הפנטום מתאהב בה מיד ומחליט לקחת אותה תחת חסותו. הוא מנצל את שליטתו במעברי הסתרים שעוברים בכל המבנה המפואר כדי לדבר אליה דרך הקירות ולהציג את עצמו כ"מלאך המוזיקה" שאביה שלח על מנת ללמד אותה זמרה ופיתוח קול. תחת הדרכתו של הפנטום, שבנוסף להיותו מהנדס מוכשר הוא גם גאון מוזיקלי, כריסטין הופכת לזמרת שמיימית. באמצעות איומים וחבלה הוא מסלק מהאופרה את ה"פרימה דונה" (הזמרת הראשית) קרלוטה הדיווה ומשיג לכריסטין תפקיד ראשי באופרה החדשה. כריסטין לוקחת את ההזדמנות בשתי הידיים ונהפכת לכוכב הזוהר החדש בשמי האופרה. היא זוכה לתשואות עצומות מצד הקהל ובפרט לחיזורים מצד ראול הוויקונט דה-שאניי (Raoul the Vicomte de Chagny), חבר ילדות בו הייתה מאוהבת.
הפנטום, שלא מרוצה מחיזורי הוויקונט הצעיר, מחליט לקחת את כריסטין למסע חלומי אל מקום משכנו הגותי, אותו הוא מרפד במוזיקה השמיימית והמהפנטת שהלחין. הוא לוקח אותה אל ביתו שנמצא בקצה אגם תת-קרקעי במרתפי האופרה. הפנטום נכסף ליום שבו המוזיקה שלו תהיה חלק מכריסטין, שהיא תפרח ותצליח, אבל בעיקר שתהיה אהובתו. שם הוא חושף את עצמו בשמו – אריק (Erik) – ומתוודה לפניה על אהבתו כלפיה. כריסטין מגלה במהרה ש"מלאך המוזיקה" שלה איננו מלאך אלא אדם בשר-ודם, ובמהרה מגלה גם את הצדדים הפחות יפים שבו. בפרט, כאשר אריק שר בפניה את שיר האהבה שהלחין במיוחד בשבילה היא מורידה את המסכה מפניו של הפנטום ורואה את פניו המעוותות והמכוערות, דבר הגורם לפנטום לאבד את עשתונותיו. מאוחר יותר, תיארה כריסטין בפני ראול את הרגע המזעזע:
כריסטין זועמת על כך שאריק התחזה למלאך, ניצל את תמימותה וגרם לה לפתוח את לבה ונפשה כלפיו. היא דורשת ממנו לשחררה לחופשי. אריק מצהיר שוב על אהבתו כלפיה ומסכים לשחררה כעבור חמישה ימים, אך רק בתנאי שתישבע לחזור אליו מרצונה החופשי ולא להתאהב באדם אחר. לבסוף הוא מחזיר אותה בחזרה אל האופרה, כדי שלא ירגישו בחסרונה והיא תוכל להמשיך לככב על הבמה.
כריסטין מסכימה לשבועה וחוזרת אליו מתוך רחמים, אך מתאהבת במחזרה הצעיר והיפה, ראול. היא נקרעת בין ההבטחה למורה שלה, המלחין הגאון אך מעורר-הרחמים, לבין אהובה היפה ומלא התשוקה.
בינתיים, הנהלת האופרה החדשה מחליטה לא להיכנע לסחטנות הפנטום, ולמרות הצלחתה של כריסטין משבצים שוב את קרלוטה בתפקיד הראשי. הפנטום מחליט ללמד אותם לקח ובעזרת אמצעי לא ידוע – מה שגורם לקהל ולצוות להיראות כעל-טבעי – גורם לקרלוטה לקרקר באמצע ההופעה ולכך ש"שירתה הנוראה עוד תפיל את הנברשת" כפי שהפנטום איים בקול רם. הנברשת שמתרסקת גורמת למהומה רבתי ולמותה של עובדת אחת, שהייתה אמורה להחליף את מאדאם ז'ירי - לאחר שזאת פוטרה בשל "טירופה".
כריסטין אחוזת האימה מבינה ש"מלאך המוזיקה" שלה הוא רוח הרפאים של האופרה, שלא בוחל גם ברצח כדי להשיג את מטרותיו. היא מתנחמת בזרועותיו של ראול שמבטיח להגן עליה. השניים מחליטים להתארס בסתר ולברוח מאימתו של אריק הפנטום. כריסטין מודיעה לראול שהם יברחו מיד אחרי הופעתה בתור מרגריטה באופרה "פאוסט". (במחזמר של ובר כריסטין מופיעה באופרה "דון חואן המנצח" בתור פיתיון לפנטום, על מנת שהמשטרה תלכוד אותו.)
הפנטום מגלה את בגידתה של כריסטין, מתמלא בזעם ומחליט לנקום. הוא חוטף את כריסטין על הבמה, בזמן הופעתה האחרונה בבית האופרה כמרגריטה באופרה "פאוסט" (במחזמר של ובר, כריסטין נחטפת בזמן השיר "נקודת האל-חזור" באופרה שכתב הפנטום "דון חואן המנצח"). במהלך ההופעה כריסטין שרה: האור מתעמעם במהירות עד לחושך מוחלט ולאחר שנייה שב על כנו, אך כריסטין לא נראית בשום מקום - היא נחטפה בידי הפנטום.
ראול עוקב אחריהם, אל מעמקי המרתפים ומעבר לאגם התת-קרקעי, באמצעות הדרכתו של זר מסתורי הידוע בתור "הפרסי", אשר הכיר את הפנטום לפני הגיעו לאופרה. ברם, ראול נופל קורבן לאחת ממלכודותיו המתוחכמות של אריק ונאלץ להקשיב בחוסר-אונים לשיחה בין אריק לכריסטין. במלכודת העינויים של אריק, משתבשת דעתו של ראול, והמלכודת מתחילה להשפיע עליו. באותו רגע לוקח הפרסי את משימת ההצלה על כתפיו, ומכאן והלאה הסיפור מסופר מנקודת מבטו. אריק המיואש מציב בפני כריסטין אולטימטום: עליה להינשא לו - או שהוא יפוצץ את בית האופרה ויהרוג את ראול ואת שאר הנוכחים בבית האופרה.
ברגע האחרון, כריסטין בוחרת להינשא לפנטום ולהציל את בחיר ליבה – ראול. הפנטום ממלא את חלקו בהסכם ומושך ידית שגורמת לנחשול מים להציף את חומר הנפץ, ביחד עם המלכודת שבה לכודים הפרסי וראול.
לאור זאת שהסיפור מסופר מנקודת מבטו של הפרסי מכאן ואלך, הפרסי וראול מתעלפים, ובקטע הבא הם נמצאים בביתו של אריק, כאשר כריסטין עומדת בצד ובשקט, ואריק מטפל בראול ובפרסי. הפרסי מוחזר לביתו, ורק בהמשך מתוודעים למצבו של ראול. אריק מגיע לבית הפרסי כאשר נהיה כבר מבוגר וחלש, ומספר לו על כל המאורעות לאחר שהחזיר את הפרסי לפתח ביתו. אריק מספר לפרסי על כך שכריסטין נישקה אותו - דבר שהוא מעולם לא זכה לו עקב קורות חייו הטראגיים ופניו המעוותות - ולאור זאת שהוא עמד למות מאהבתו אליה, הוא ביקש שתיקח את טבעת הזהב הקטנה ובעזרתה תינשא לראול, וכאשר הוא ימות, תקבור אותו ביחד עם הטבעת שנתן לה כאות לאהבתו.
בסיכום של הספר בידי לרו, הוא כותב:
קורות חיו של הפנטום, לפי ספרה של סוזן קיי.
פנטום האופרה הוא בעצם אדם, ששמו הוא אריק (Erik). ברומן של לרו אין פירוט היסטורי שלם של קורות חייו של הפנטום, אלא רק שברי זכרונות ועדויות של אנשים שונים.
הפרסי, למשל, נזכר בתקופה בה אריק הועסק בחצר השאה של פרס, ופריחתו של הארמון במזנדרן. הארמון הכיל תא עינויים מתוחכם שתכנן אריק, והשאה והסולטאנה הקטנה ניצלו זאת לענות ולהרוג קורבנות רבים. הארמון נבנה בצורה כזאת שאף לחישה איננה פרטית, וכל אוושת קול נשאת אל מקומות נסתרים, ואי-אפשר לדעת מי מאזין למה. דבר זה היה בעל חשיבות רבה בחצר מלאת התככים של השאה. את כל המבנה הזה תכנן אריק והשאה פחד שאריק יפנה את גאוניותו כנגד והורה להוציאו להורג. הפרסי, שהיה Daroga - ראש המשטרה של הארמון, סייע לאריק להימלט, אחרי שאריק הציל פעם את חייו. בסופו של דבר עברו שניהם להתגורר בפריז וקיבלו תשלום חודשי נאה מהשאה על מנת לשמור על שתיקה.
אף שלרו לכאורה מספק רק סקירה שטחית על העבר של אריק, קורות חיים יותר עמוקות קיימות במספר צורות, בהתבסס על מה שאנו למדים מהרומן של לרו. הגרסה "הרשמית" המקובלת ביותר להיסטוריה של אריק הוא הרומן "פנטום" שנכתב על ידי סוזן קיי (Susan Kay). הרומן של קיי מספר את קורות חייו של אריק, מלידתו ועד למותו במרתפי האופרה.
לפי הרומן של קיי, אריק נולד בעיירה קטנה לא רחוק מרואן לאדריכל גאון ומפורסם. אריק נולד כתינוק שפניו התעוותו כתוצאה ממום בלידה וכתוצאה מכך אמו שנאה אותו והתנכרה לו. אביו מת בטרם נולד. היא סירבה אף לתת לו שם והכומר שהטביל אותו קרא לו "אריק" על שמו. בגלל פניו המעוותות אריק תמיד לבש מסכה מבד שהסתירה את פניו. כבר מגיל צעיר אריק גילה עניין רב באדריכלות והנדסה, ואף למד באופן פרטי אצל פרופסור מפורסם.
ביום הולדתו הוא עשה טעות קשה כאשר סירב ללבוש את מסכת הבד שאמו הכריחה אותו ללבוש מאז לידתו. הוא דרש לדעת מדוע היא נוהגת בו בצורה שונה, והיא בכעס הראתה לו את פניו במראה. אריק הקטן לא הבין שהוא רואה את השתקפותו וחשב שהמראה היא חלון שדרכו הוא רואה מפלצת לכודה. אחרי אירוע זה הוא ניסה ליצור מראה על מנת שיוכל לשלוט במפלצת הזאת.
כאשר אמו נשאה לרופא מקומי, ברח אריק מהבית באמצע הלילה. אחרי שבוע ללא מזון, נתקל אריק בקרנבל נודד של צוענים. הוא ניסה לגנוב מהם קצת לחם, אך תחת זאת הצטרף אליהם והם למדו אותו להיות לוליין וגנב סוסים. אחרי שהם הצליחו להסיר את המסכה וגילו את פניו המעוותות, הם הפכו אותו ל"פריק שואו" (מופע אימים או מופע חריגים) תחת השם "הגווייה החייה". יחד עם הצוענים הוא טייל ברחבי אירופה ואסיה. בתקופת מסעות אלה אריק רכש כישורים באקרובטיקה ומוזיקה וחידד את גאוניותו המעוותת. בסופו של דבר הוא רכש כבוד המבוסס על יראה מצד הצוענים וזכה לאוהל משלו.
כעבור מספר שנים, החליט ראש המשטרה (ה"דארוגה") של ארמון מזנדרן והחצר הקיסרית להעסיק את אריק כמתנקש ומהנדס אישי של השאה הפרסי. אריק בנה לשאה מלכודות ומתקני עינויים מתוחכמים (כגון הפלצור הפונג'אבי ותא העינויים המתומן). אחרי שאריק תכנן ובנה את "היכל ההדים" עבור השאה, פחד השאה שאריק ידע יותר מידי על סודותיו והחליט להיפטר ממנו. נאדיר, הדארוגה שנהפך לחברו, עזר לאריק להימלט מזעם השאה והשניים חזרו לבסוף לצרפת. (בהתבסס על התאריכים בעלילה, השאה - ששמו לא מוזכר - יכול להיות נאסר א-דין שאה קאג'אר שמלך בשנים 1848–1896).
לפי הרומן של קיי, אריק חשק במשרת האדריכל הראשי והמתכנן שיבנה את בית האופרה של פריז. לרוע מזלו, עד שנודע לו על כך המכרז הסתיים. הוא פנה אל הזוכה במכרז, האדריכל שארל גרנייה, וסגר איתו עסקה שתאפשר לו לעזור לתכנן ולבנות את בית האופרה. מתחת לבית האופרה נוצר אגם מלאכותי באמצעות שימוש בשמונה משאבות הידראוליות שמטרתן הייתה לנקז את מי התהום שהפריעו לבנייה. אריק ניצל את הסחת הדעת כדי לבנות רשת של מנהרות, מסדרונות ודלתות סתרים מבלי שאף אחד יידע על כך. מעבר לאגם התת-קרקעי הוא בנה מאורה לעצמו, שם הוא יכול לחיות בטוח הרחק מעינו של הציבור.