בחודש ספטמבר 1240 הגיע מסע צלב חדש בראשות ריצ'רד מקורנוול אחיו של מלך אנגליה הנרי השלישי שנחת בחופי עכו באוקטובר של אותה שנה. ריצ'רד החל לבנות מחדש את ביצורי אשקלון שנהרסו עוד בידי צלאח א דין לאחר קרב קרני חיטין איום לא מרומז שהביא את שליט מצרים לשולחן המשא ומתן שהביא לידי הצלבנים נכסים טריטוריאליים הן בצפון הארץ כגון צפת, הר תבור ומבצר הבופור צעד שהביא את כל רצועת החוף והגליל לידי הצלבנים ובנוסף נמסרו שטחים נוספים במרכז הארץ והסכמה מצרית ניתנה לביצור מחדש של נקודות אסטרטגיות. עזיבתו של ריצ'רד מקורנוול את הארץ הציתה מחדש את מלחמת האזרחים בין האבירים המקומיים לבין נציגי הקיסר שנשא את התואר של מלך ירושלים וקרבות של ממש התחוללו בתוך העיר עכו אותם לוותה מערכה משפטית בסופה נותרה מדינת הצלבנים ללא דמות העומדת בראשה - מלך או מלכה, והשלטון היה בידי אספת אצילים הנשמעת ל"סיעה" מקומית בראשות בני משפחת איבלין.
קרב הירביה.
המזרח הקרוב האיובי היה - הלכה למעשה - פדרציה של ישויות עצמאיות בראשון נסיכים שהדבק היחיד המחזיק אותם הוא ההכרה הרופפת בבכורה של הסולטאן של מצרים - ונסמכת על קרבת משפחה בין שליטי המדינות המוסלמיות. גורמים מאחדים אלו לא עמדו בפני נטיות בדלניות קנאה ועוינות אישית. בשנת 1244 נכרתה ברית בין הנסיכים האיובים של דמשק ועבר הירדן כנגד הסולטאן המצרי ועל מנת להבטיח את אגפם ועל מנת לתגבר את צבאם, נחתם חוזה עם הצלבנים באמצעות מסדר הטמפלרים שהבטיחו להעמיד את צבאם לרשות הקואליציה המוסלמית. התמורה העיקרית בחוזה הייתה העברת כל שטח העיר ירושלים - ובעיקר הר הבית לשלטון הצלבני. הצבאות המאוחדים של הקואליציה המוסלמית נוצרית החלו להתכנס לכוון מקום מפגשם בסמוך לעיר עזה בעוד הצבא המצרי מתכנס בסמוך וממתין לבוא תגבורת של הצבא החואריזמי. ביום ה-17 באוקטובר 1244 נפגשו הצבאות באזור החולי שבין אשקלון לעזה ליד הכפר הקטן "הירביה" הקרוי בפי הצלבנים Forbie, היום באזור קיבוץ זיקים. לאחר לחימה שנמשכה שעות הסתיים הקרב בתבוסה צלבנית מוחלטת. הצבא הנוצרי של ממלכת ירושלים הושמד וקרב הירביה זכה לשם חיטין השנייה.
בקיץ של שנת 1247 יצא צבא מצרי צפונה להשלים את החשבון עם המדינה הצלבנית. טבריה הותקפה ונכבשה לאחר מצור קשה. אחריה הותקפה אשקלון והושמה תחת מצור משולב של צי מצרי בן 22 ספינות מלחמה מהים, ומהיבשה גדודי פרשים. לאחר פריצה נועזת לעיר של צי צלבני מקפריסין ועכו נותרו שוב המגינים לבדם מול כוח המצור היבשתי שהביא מכונות מצור ופרץ לעיר ביום 15 באוקטובר 1247 טבח את חיל המצב הצלבני שרק מעטים ממנו הצליחו להימלט לעכו. בכך בה הקץ על אשקלון הצלבנית.
תוך שלוש שנים מתום קרב הירביה נמחקו רוב ההישגים של מסעי הצלב שהגיעו בעמל ומאמץ אדיר מאירופה, המדינה הצלבנית הגיע לעברי פי פחת וסכנת השמדה מרחפת על גורלה. התבוסה שמה קץ לניסיונות ההתפשטות הנוצריים. אף שבתקופות מאוחרות אפשר היה למצוא בערים 1000 ולעיתים גם 2000 אבירים ורגלים רבים, לא יצאו עוד הצלבנים להתקפות גדולות. הם הסתגרו בין חומותיהם וצפו בהרס שיטתי של מבצריהם ועריהם הבצורות על ידי המוסלמים.
כיבוש וחורבן ירושלים.
הצבא הח'ואריזמי, בדרכו לשדה הקרב של הירביה הופיע ביום 11 ביולי 1244 מול חומות ירושלים, אף על פי שהח'ואריזמים לא היו ערוכים למצור נתקפה האוכלוסייה המקומית בבהלה משהוברר כי צבאות המדינה הצלבנית ובני בריתה החדשים לא מוכנים לסטות מצעדתם לכיוון דרום ולשחרר את ירושלים מהאיום. תושבי העיר החליטו לעזוב את העיר בשעות הלילה של 21 באוגוסט. בדרך סבלו הפליטים מהתקפות של תושבים מקומיים אך לפתע הסתובב חלק ממחנה תושבי ירושלים וחזר על עקבותיו אל ירושלים. על פי הסיפור הבחינו הבורחים כי דגלים נוצריים מונפים על חומות העיר ירושלים והאמינו כי צבא נוצרי כבש את העיר. הנוצרים שאיתרע מזלם וחזרו לירושלים נפלו בידי הח'ואריזמים נטבחו כולם, הכנסיות בעיר נחרבו ותשומת לב מיוחדת הוקדשה להרס כנסיית הקבר, וכנסיות נוצריות מחוץ לחומות ירושלים. אירוע זה הוציא את ירושלים - לתמיד - מידי הנוצרים. חורבן זה, האחרון בסדרה של אסונות, הביא את ירושלים לשפל המדרגה, העיר שקעה למעמד של עיר משנית ללא ביצורים וחסרת חשיבות כלכלית ומדינית מלבד היותה מקום משכנם של אתרים קדושים לאסלאם. שאר הפליטים נתקלו בגדוד אחר של הצבא הח'ואריזמי באזור רמלה וכולם נטבחו מלבד 300 נוצרים שמצאו מקלט בעיר המבוצרת יפו. בין הפליטים שברחו מירושלים היו היהודים - תושבי העיר מאז כיבושה בשנת 1187 בידי צלאח א דין.
מסע הצלב השביעי.
עם קבלת הידיעה על אסון קרב הירביה ואובדן ירושלים, בחודש דצמבר 1244, נטל על עצמו המלך הצרפתי לואי התשיעי, מלך צרפת את הצלב כיוזמה אישית ונשא את חותמו של המלך הקדוש הנוצרי. המסע נערך משנת 1248 עד שנת 1254 ולו שני חלקים שונים. תחילה פלשו הצלבנים בחופי מצרים מתוך כוונה לכבוש את קהיר ומתוך תקווה כי התמוטטות השושלת האיובית תוביל לנפילת ירושלים וארץ ישראל כפרי בשל לידי הנוצרים. חלק זה של המסע הסתיים בתבוסה צלבנית בקרב פארסכור ביום 6 באפריל 1250 ובסיומו הושמד לחלוטין הצבא הצלבני, ולואי התשיעי, מלך צרפת נפל בשבי. סיום השלב המצרי של מסע הצלב הביא להתמוטטות השלטון האיובי ולעלייתם של המצביאים הצבאיים הממלוכים לעמדות כוח ושליטה, מהן יתפסו, בסיכומו של דבר, את השלטון.
השלב השני של מסע הצלב החל עם שחרורו של המלך הצרפתי מהשבי המצרי והגעתו לעכו. כאן החלו הצרפתים במבצע בנייה מאסיבי, שלא נראה כמוהו אלא בימי הורדוס, במהלכו בוצרו ערים ומבצרים בגליל ולאורך מישור החוף מתוך תקווה כי ביצורים אלו יבססו את ביטחונה של ממלכת ירושלים. במהלך שהותו בארץ ניסה לואי התשיעי ליצור קשרים ובריתות עם האימפריה המונגולית, שצבאותיה נלחמו באזור מסופוטמיה בצבאות מוסלמיים. עם תום עבודת הביצורים, משאזל כספו והמצב הפוליטי בתוך צרפת נשתנה לרעה, עזב לואי את ארץ הקודש ובכך נסתיים מסע הצלב השביעי.
מסע הצלב השביעי נרשם בהיסטוריה ככישלון קולוסלי. מאמץ אדיר של אירופה הנוצרית שנסתיים במפלה מוחצת. מסע הצלב הביא - עם זאת- לשינוי משמעותי בהיסטוריה של מצרים והאיץ תהליך היסטורי של עליית הממלוכים לשלטון. בהיסטוריה של מסעי הצלב עומדת דמותו של לואי התשיעי כדמות ייחודית שתרומתה בגוף ובכסף למדינה הצלבנית היא ללא מתחרה. עם זאת הוצאה אדירה זו עליה נוספו הוצאות כבדות לא פחות של אצילי צרפת, המסדרים הצבאיים, ממלכת ירושלים, והקומונות האיטלקיות הותירה תוצאות צנועות בלבד. שטח הממלכה הצלבנית לא נשתנה כלל. גרוע מכך - מדינות אירופה ותושבי אירופה "התנתקו" לחלוטין ממדינת הצלבנים, נעלמה הזיקה הרגשית והדתית לרעיון מסעי הצלב והתחלפה באיבה ואדישות לגורל ממלכת ירושלים.
קונרד השני וקונרד השלישי.
ביום 25 באפריל 1243 הגיע קונרד בנו של פרידריך השני ואיזבל לגיל 15 ובגרות. על פי חוק של ממלכת ירושלים (ואירופה הפיאודלית) פסק פרידריך מלשמש כעוצר וכתר המלוכה אמור היה לעבור לקונרד. על מנת לממש את זכותו היה המלך המיועד צריך להגיע לירושלים לטקס הכתרה ולקבל רשמית את שבועת הנאמנות הוסלית של אצילי הממלכה. מאחר שקונרד היה באיטליה, עסוק במלחמה לחיים ולמוות מול הכס הקדוש, ולמעשה לא יגיע לעולם לארץ הקודש, הועבר כתר ממלכת ירושלים בחזקה לאליס מקפריסין שהייתה "הקרובה ביותר לכתר" כבתה של איזבל הראשונה, מלכת ירושלים. אליס מתה בשנת 1246 ובנה אנרי הראשון, מלך קפריסין יחזיק גם בתואר חסר המשמעות אדון הממלכה הירושלמית. עם מותו של קונרד בשנת 1254 ובנו קונרד השלישי, מלך ירושלים המכונה קונראדין שהוצא להורג בשנת 1268 יבוא קץ לשלטון בית שטאופן (הוהנשטאופן) בממלכת ירושלים.
הפלישה המונגולית.
בשנת 1251 הטיל מונגקה חאן (נכדו של ג'ינג'יס חאן) על אחיו הולגו חאן להוביל את כיבושי המונגולים בפרס, בדרום מערב אסיה ועד גבול מצרים. ב-1256 כבש הולגו את פרס וניצח את החשישיון. ב-1258 כבש את בגדאד, טבח בתושביה המוסלמים (אך חס על הנוצרים והיהודים), והוציא להורג את הח'ליף העבאסי אלמועתסם. בסוף 1259 החלה בריחה המונית של המוסלמים מסוריה דרומה. בינואר 1260 נפלה חלב, ובמרץ דמשק.
הולגו, שאמו ואשתו היו נוצריות, ניסה להתקרב לנוצרים באזור, ולשתף איתם פעולה במאבק במוסלמים. הוא זכה לשיתוף פעולה של כוחות נוצריים מארמניה ואנטיוכיה שהשתתפו בכיבוש סוריה. אולם ממלכת ירושלים הקתולית, (שבאותה עת מרכזה היה בעכו) גילתה כלפי הפולשים הברבריים מהמזרח יחס חשדני. תרמה לכך העובדה שאנטיוכיה נאלצה תחת המרות המונגולית לקבל על עצמה פטריארך יווני. בעוד הממלוכים מתכוננים למלחמה, התקבלה במחנה המונגולי שבסוריה ידיעה על מותו של השליט העליון, מונגקה חאן. הולגו מיהר לשוב מזרחה עם חלק גדול מצבאו והשאיר בידי המפקד המונגולי הנוצרי קיטבוקה (כתבוגא) צבא של 10,000 חיילים. שני הצדדים ביקשו את תמיכת ממלכת ירושלים הצלבנית. קוטוז - השליט הממלוכי, שלח לעכו משלחת על מנת לבקש עזרה. רוב הצלבנים תמכו בהענות לבקשה הממלוכית אך בהשפעת המסדר הטבטוני שחשש מבגידה מוסלמית הוחלט לשמור על נייטרליות – אם כי נייטרליות אוהדת לממלוכים.
ביום שישי ה-3 בספטמבר 1260 נפגשו הצבאות באזור מעיין חרוד וסיומו של יום הקרב הובס הצבא המונגולי ומפקדו נהרג. ב-24 באוקטובר, בדרכם חזרה למצרים, רצח ביברס את קוטוז, והפך לסולטאן. ביברס העביר את מרכז האסלאם לקהיר, ואף חידש את הח'ליפות בקהיר במקום בבגדאד.
נפילת הממלכה.
התפוררות.