עם הקמתה, הובילה המועצה האזורית מערך של בניית תשתיות ליישובים. הראשון והחשוב בהם היה הקמת מפעל המים, שחלקים ממנו נכנסו לפעולה כבר בשנת 1955. המפעל כלל תשתיות והסדרה של מי המעיינות, תוך ניקוז המעיינות המליחים או הובלת מימיהם לבריכות הדגים, וחלוקה של המים המתוקים. תשתית נוספת שנבנתה הייתה תשתית הכבישים, שחלקם נפגעו במהלך מלחמת העצמאות וחלקם היו דרכי עפר וכעת נסללו באספלט. חשובה במיוחד הייתה השלמת קטע כביש 90 שבין קיבוץ גשר למועצה אזורית עמק הירדן – הכביש הקודם נותר לאחר המלחמה בשטח ממלכת ירדן. עוד הוקמו בתחום המועצה שירותי דואר וכן אזור התעשייה מפעלי שאן.
גל ההתיישבות שאפיין את מדינת ישראל בשנותיה הראשונות לא פסח על בקעת בית שאן ובמהלך שנים אלה הוקמו בה חמישה יישובים: ירדנה, נווה אור, רוויה, רחוב ושדי תרומות. בנוסף, עובה קיבוץ עין הנצי"ב. היישובים החדשים שהוקמו, רובם בצורת מושבים, אוכלסו על ידי עולים חדשים מכורדיסטן, עיראק ומרוקו. גם ביישובים החדשים, עיקר התעסוקה היה בחקלאות, ובנוסף רבים מהעולים החדשים הועסקו כעובדים עונתיים במשקי הסביבה. ההתפתחות המהירה של ההתיישבות בעמק הובילה לפער חברתי עמוק בין שני סוגי האוכלוסייה היהודית שישבו בו: מצד אחד, תושבי הקיבוצים הוותיקים, ומהצד השני העולים החדשים תושבי המושבים והעיר בית שאן. הפער נכר בתחומים רבים: בידיעת השפה, בביסוס הכלכלי, בחינוך (בשנת 1961, למשל, 5.1% מאנשי המושבים היו בעלי השכלה תיכונית, לעומת 71% מאנשי הקיבוצים) ואף במספר הילדים למשפחה. פער משמעותי נוסף היה הקשר לשלטונות המדינה – בעוד הקיבוצים נהנו מגישה לאלה, למושבים ולאנשי בית שאן לא הייתה כל השפעה על מקבלי החלטות.
עד מלחמת ששת הימים.
לאחר השלמת הקמת התשתיות וההתיישבות בבקעה, התרחשה צמיחה משמעותית בענפי החקלאות. עמק בית שאן היה החלוץ בענף הכותנה שנכנס לישראל בשנת 1953 בהובלתו של סם המבורג, ולאחר תקופת התגברות על הקשיים שנלוו להקמתו הפך למרכזי בחיי העמק. ההתרחבות המשמעותית של החקלאות הובילה לצמיחה גם בענפי התעשייה בעמק שנתנו שירותים לחקלאות ועיבדו את התוצרת החקלאית. בשל סדרי הגודל אליהם הגיעה החקלאות והתעשייה החלה המועצה ליזום פרויקטים למתן פתרונות בשיתוף פעולה עם הרשויות השכנות.
תשתיות החינוך והתרבות שהוקמו בבקעה במהלך השנים הראשונות החלו לתת את אותותיהן בסגירה מסוימת של הפערים החברתיים, בעיקר בתחום החינוך. חוק חינוך חובה, על אף שלא יושם במלואו, העלה משמעותית את אחוז ילדי העולים שזכו להשכלה יסודית ועל יסודית במסגרת החינוך הממלכתי. בתחום הספורט התפתחו מאוד ענפי השחייה והכדורמים וספורטאי האזור הגיעו להישגים נכבדים ברמה הארצית.
על אף היות בקעת בית שאן אזור ספר של מדינת ישראל, מעט מאוד אירועים על רקע ביטחוני התרחשו עד למלחמת ששת הימים. עיקר האירועים היו חבלות ברכוש ומיקוש דרכים שבוצעו על ידי מסתננים מירדן.
מלחמת ההתשה.
על אף מיקומה של בקעת בית שאן, לא התרחשה בה שום פעילות במהלך מלחמת ששת הימים. הגבול המזרחי עם ירדן לא השתנה. כיבוש בקעת הירדן קיצר את הדרך מישובי המועצה לירושלים, אם כי רק בשנת 1971 הושק על ידי חברת אגד קו האוטובוס הראשון לבירה שנסע דרך הבקעה.
אך השקט הביטחוני שאפיין את האזור במשך 19 שנה הסתיים באחת: ב-19 ביוני 1967, התגלה מטען חבלה סמוך לקיבוץ גשר. ב-6 באוגוסט 1967 הותקף בירי מהמארב טנדר שנסע בין מעוז חיים וכפר רופין. בהמשך הופגזו ישובי המועצה באופן יומיומי על ידי הארטילריה של צבא ירדן, וחדירות מחבלים ופיגועים הפכו לחלק משגרת החיים במועצה. במהלך המלחמה ספג קיבוץ כפר רופין, לדוגמה, 58 הנחתות אש. בית שאן ספגה 40 הנחתות אש.
כתוצאה מכך דרכי העפר החקלאיות באזור צופו באספלט למניעת מיקוש, ביישובים נחפרו תעלות קשר רבות (תוך כדי הרס הנוי בחלק מהיישובים) ונבנו בחלקם מקלטים מרווחים יותר שיועדו גם ללינה. ילדי חלק מהיישובים לנו קרוב לשלוש שנים במקלטים באופן קבוע. היישובים עברו משברים חברתיים על רקע הלחימה. גידול הילדים במקלט היווה בעיה. דובר על פינוי ומשפחות עזבו. מפקדי הצבא הגיעו ליישובים במטרה לחזקם ולהבטיח להם שצה"ל מנסה לעשות הכל כדי לסייע להם. אנשי המשקים דרשו מאלוף פיקוד הצפון לכבוש את הגלעד כפי שכבשו את רמת הגולן במלחמת ששת הימים ולהרחיק את הסוללות הירדניות והעיראקיות.
בעידוד הממשלה יצאו ילדים ומשפחות מישובי הקו לנופש בעורף, אולם לא היה בכך כדי להקל בהרבה על הבעיות. כמו כן, התנדבו אזרחים מן העורף לסייע ליישובים שבקו האש על ידי הגעה ליישובים למספר ימים וסיוע בעבודה במקום.
בשנים אלו החלה ממשלת ישראל גם בהקמת היאחזויות נח"ל בבקעת הירדן, שקיבלו את השירותים המונציפיאליים מהמועצה עד להקמתה של מועצה אזורית בקעת הירדן. בנוסף, אוזרחה גם היאחזות הנח"ל במעלה גלבוע.
שנות ה-80 ואילך.
בשלהי שנות ה-80, בימי האינתיפאדה הראשונה, התרחשו מספר פיגועי טרור פלסטיני נגד יישובי המועצה, שכללו גם טרור חקלאי והצתות. בשנת 1989 הטילה המועצה באמצעות מטוס קל ששכרה כרוזים מעל הכפרים פקועה וג'לבון שבצפון השומרון, בהם הוזהרו התושבים מהמשך הפיגועים. בהמשך השנה דרש ראש המועצה יגאל שחר ממשרד החקלאות וממשרד האוצר להכיר ביישובי המועצה כיישובי קו עימות. ב-1990 יצאו משטרת ישראל, משמר הגבול ואנשי קרן קיימת לישראל במבצע למיגור ההצתות במרחב, שכונה מבצע "זנב שועל". בנוסף, פנו אנשי המועצה אל מוכתרי הכפרים על מנת שיעשו מאמצים לעצירת הפיגועים, אך ללא הועיל.
באפריל 2004 הושלם קטע גדר ההפרדה העובר לאורך הגלבוע מנחל בזק לסאלם, ובזאת נחסמה האפשרות לעבור משטחי המועצה ישירות לישובי הגלבוע שבתחום שליטת הרשות הפלסטינית.
חינוך ותרבות.
בתחומי המועצה שוכנים שבעה בתי ספר, מהם חמישה בתי ספר יסודיים: רימון, דרור, שק"ד, ביכורים ודקלים, ושני בתי ספר על-יסודיים: גאון הירדן ושק"ד. מוסד לחינוך מיוחד "אולפנת גלעד", וחוות בעדן, חווה חקלאית להעשרה בתחום החינוך לחקלאות ולקיימות. בתחום המועצה גם מתנ"ס ואולם מופעים ממוגן ("הקימרון") ובו 938 מקומות ישיבה. על פי נתוני משרד החינוך בשנת הלימודים תשע"ח (2017–2018) זכו תלמידי המועצה לתקצוב הגבוה ביותר בישראל, 57,357 שקל בשנה לתלמיד.
בתחומי המועצה פועל המוסד "מלכישוע", מוסד לגמילה מסמים.
ספורט.
מאז 1978 מתקיים מרוץ חצי מרתון עמק המעיינות (בעבר נקרא חצי מרתון בית שאן). המרוץ מהווה את אליפות ישראל בחצי מרתון ונחשב למרוץ ההכנה למרתון טבריה. בשנת 2018 השתתפו במרוץ 3,500 רצים. מאז 2014 מתקיים גם מרוץ שבילי עמק המעיינות – מרוץ אולטרה מרתון הנמשך יומיים (חלקו כמרוץ לילה) וכולל הפנינג במתחם גן השלושה ונחל הקיבוצים.
מועדון כדורסל גלבוע/מעיינות משותף למועצה אזורית עמק המעיינות ומועצה אזורית גלבוע. המועדון הוקם ב-2009, ונכון ל-2018 הוא מונה 1,200 בנים ובנות בגילאי 6–18 במסגרת של 50 חוגים וקבוצות תחרותיות. הקבוצה הבכירה של המועדון היא הפועל גלבוע קרן המשחקת בליגה הלאומית בכדורסל נשים.
תחבורה.
כביש 90 מהווה את עורק התחבורה העיקרי בתחום המועצה וחוצה אותה מצפון לדרום לכל אורכה. צירי הרוחב הם כביש 667 העולה לגלבוע ומחבר את ישובי הגלבוע, כביש 669 העוקף את בית שאן מדרום ומחבר מספר יישובים, והמשכו בכביש 6678, וכביש 71 המהווה את הקשר העיקרי לכיוון מערב ולמרכז הכלכלי של מדינת ישראל. בתחום המועצה עוברת מסילת העמק, ואת תושבי המועצה משרתת תחנת הרכבת בית שאן.
ממוצע המרחקים בין כל יישובי המועצה הוא 11.9 ק"מ.
תעסוקה, כלכלה ומסחר.
חקלאות.
בשטח המועצה שטחי חקלאות רבים. כ-35% מתושבי המועצה עוסקים החקלאות. הגידולים הבולטים נכון ל הם בריכות דגים, עשבי תיבול, תמרים וזיתים. בעבר בלטה החקלאות בעמק בית שאן בגידולי הכותנה.
תעשייה.
בשנות ה-50 החל לפעול בתחום המועצה אזור תעשייה "מפעלי שאן". בראשיתו עיקר התעשייה נועדה לתוצרת החקלאית, אך עם השנים הצטמצם הצורך וכיום האזור מכיל מגוון של תחומים. בשנת 1996 החלה הקמתו של אזור תעשייה נוסף "פארק צבאים", בבעלות משותפת עם עיריית בית שאן. כיום מועסקים בו כ-300 איש. הפארק מוגדר כאזור עדיפות לאומית א' ולמן הקמתו זכה למענקי פיתוח של עשרות מיליוני שקלים מתקציב המדינה. אף על פי כן, סובל הפארק מתת אכלוס ואינו ממצה את הפוטנציאל הטמון בו.
בשנת 2008 הוצגה לממשלה תוכנית להקמת אזור תעשייה נוסף, "שער ירדן", בשיתוף ישראלי-ירדני. 275 דונם משטחי אזור התעשייה כלולים בשטח המועצה, ו-700 דונם בשטח ירדן. האזור יאפשר מעבר של עובדים וסחורות בין שתי המדינות. התוכנית אושרה סופית ב-2013, וב-2016 החלו עבודות הפיתוח של האתר, שיכלול גם גשר על נהר הירדן.
בתחום המועצה פועלת תחנת הכוח מעלה גלבוע, פרויקט תשתית לאומית.
תיירות.
בתחום המועצה ובצמוד אליה מספר רב של אטרקציות תיירותיות, בהן אתרי טבע, נופש ופנאי, ועתיקות רבים.
שמורות טבע וגנים לאומיים.
בשטח המועצה קיימות 15 שמורות טבע מוכרזות המהוות 16.1% משטח המועצה, 2 גנים לאומיים ושמורת נוף אחת. המוכרים ביותר הם:
מסלולי טיול.
בקיץ 2010 ביוזמת מכינת העמק ששוכנת בתל תאומים, נפתח מסלול הליכה מעגלי העובר בין אתרי התיירות השונים בעמק בשם שביל עמק המעיינות, שאורכו הכולל 120 ק"מ. מעבר לשביל עמק המעיינות, האזור עשיר מאוד במסלולי טיול מותאמים להליכה במגוון רחב של רמות קושי, לאופני שטח ולטרקטורונים. עם המסלולים הפופולריים נמנים נחל הקיבוצים, אשר לאורכו גם חניוני יום ולילה, קניון הבזלת בנחל חרוד, ונחל יששכר.
לינה.