בעשור השני של המאה ה-20, לאחר כינון השלטון הצרפתי בראשית תקופת הפרוטקטורט, החל האחרון בהקמת מוסד רב ראשי למדינה, שייצג את היהודים בפני מוסדות השלטון, וינהל תחתיו מועצת רבנים. בין הרבנים שכיהנו בתפקיד:
תפקידם העיקרי כל אחד מהם היה אב בית הדין הגדול שמושבו היה בעיר ברבאט.
מרוקו כמדינת חסות צרפתית וספרדית.
בתחילת המאה ה-20, קודם להחלת משטר החסות הצרפתי והספרדי על מרוקו, אי יציבות רבה שררה במרוקו ובמהלכה התרחשו מספר רב של אירועי פרעות ביהודים. פרעות התרחשו בעיר תאזה ב-1903 (40 הרוגים), בעיר סטאת ב-1907 (50 הרוגים), ובקזבלנקה ב-1907 (30 הרוגים). הפרעות בקזבלנקה, בה היה המלאח הגדול במדינה, כללו פריצה של כ-5,000 מורדים חמושים לרובע היהודי, ביזתו והריסתו כליל, כולל מאות חנויות השוק היהודי ורוב הבתים הפרטיים. הפרעות לוו גם במקרים של המרות דת בכפייה לאסלאם של נערות יהודיות צעירות שנשבו על ידי המורדים. מאות פליטים יהודים עזבו את קזבלנקה כתוצאה מהטבח. ב-1908 התרחשו פרעות גם כנגד יהודי מזאב על ידי כוחות מורדים, יהודים רבים נהרגו, המלאח היהודי בעיר נהרס כליל ומאות תושביו נמלטו לערים אחרות. יהודים בערים אחרות במרוקו כגון רבאט ופאס סבלו גם הם מפגיעות.
כבר במהלך גל פרעות זה כוחות הצבא הצרפתיים שכבר נכחו במרוקו היו אלה שלרוב הגנו על היהודים. על רקע זה, היהודים על פי רוב שמחו מהפיכתה של מרוקו בשנת 1912 למדינת חסות של צרפת, כחלק מהסכם פאס; ובמקביל הכנסת צפון מרוקו (פחות מ-10 אחוז מהמדינה) תחת חסות ספרדית. תחת שליטתן הישירה של צרפת וספרד על מרוקו, היהודים לרוב נהנו מהגנה וביטחון רבים יותר מאשר לפני התקופה הקולוניאלית. במהלך תקופה זאת החיים היהודיים במרוקו חוו תמורות משמעותיות בתחום התרבות, כלכלה, מעמד משפטי ואף השפה.
עם זאת, תקופת הפרוטקטורט הצרפתי החלה עם מאורע קשה עבור היהודים; כשבועיים בלבד אחרי תחילת הפרוטקטורט האוכלוסייה המוסלמית מרדה כנגדו בעיר פאס, מה שמהר מאוד נהפך לפוגרום ביהודי המלאח של העיר שמנו אז כ-12,000 איש. במהלך הפרעות (שכונו התריתל) רכוש רב הועלה באש או נבזז ו-51 יהודים נהרגו. ביקורת רבה הוטחה בשלטונות הצרפתיים על כך שהם אספו את הנשק שהיה ליהודים במלאח רק זמן קצר לפני כן ובכך מנעו כל אפשרות להגנה עצמית. לעומת זאת בהמשך ימיו השלטון הצרפתי הצליח בדרך כלל למנוע פרעות כנגד היהודים, ועל אף שהיהודים במרוקו תחת השלטון הקולוניאלי לא זכו לזכויות והגנה כפי שזכו להן היהודים באלג'יריה ותוניסיה, בכל זאת היה שיפור לטובה במצב היהודים עד פרוץ מלחמת העולם השנייה.
שנות הפרוטקטורט הצרפתי בישרו שינוי גדול עבור יהודי מרוקו. בעידוד בתי הספר של חברת כל ישראל חברים וממשלת צרפת, החלו ילדים יהודים במרוקו לקבל חינוך צרפתי מודרני שכלל מקצועות חול ומדעים לצד לימודי עברית ויהדות צנועים יותר. כרבע מיליון צרפתים באו בעקבות הסכם פאס להתגורר במרוקו, אנשי צבא וביטחון, אנשי מנהל ואנשי עסקים. הצרפתים הקרינו את תרבותם, ושפתם הפכה לשפה שנייה במרוקו כולה ובקרב היהודים במרוקו בפרט. בשנות הפרוטקטורט חלקים ניכרים מבני המעמד הבינוני והגבוה היהודיים אימצו את התרבות הצרפתית והזדהו עם השלטון הצרפתי. עיתונים יהודים בצרפתית יצאו לאור, סטודנטים יהודים ממרוקו יצאו ללמוד באוניברסיטאות בצרפת וספרד, והתפתחה אליטה יהודית בנפרד מהרבנים וממלומדי הדת, שהיו פעמים רבות מנהיגי הקהילה היהודית במדינה עד אותה עת. בתהליך איטי התחיל זרם של עזיבת המלאח לטובת השכונות האירופאיות החדשות של ערי מרוקו, תוך העלמת עין מצד השלטון הצרפתי. תופעה זו, אשר נבלמה במהלך מלחמת העולם השנייה, התעצמה בשנים שלאחריה. האמידים והצעירים היו הראשונים אשר עזבו את השכונות היהודיות אל העיר החדשה. בערים כמו מקנס הקהילה היהודית של העיר אף בנתה לעצמה מלאח חדש, מודרני ומרווח יותר, במטרה למנוע את עזיבת המשפחות. בזכות יזמה זו טיפחה הקהילה היהודית חיים יהודיים ערים בתקופה הקולוניאלית. בתקופת הפרוטקטורט חל תהליך עיור מואץ וכמעט כל יהודי מרוקו נעשו עירוניים.
האליטה היהודית במרוקו במהלך תקופת החסות הצרפתית נקטה במדיניות פרו-צרפתית. היהודים על פי רוב נרתעו מלקחת חלק במאבק הלאומי המרוקאי כנגד השלטון הצרפתי. ארגון כי"ח ורבים מחברי האליטה ניסו אף לשדל את השלטונות הצרפתיים להעניק אזרחות ליהודי מרוקו על בסיס המודל של יהדות אלג'יריה. עם זאת, הכוונות של צרפת בנוגע למרוקו היו שמרניות, והשלטונות הצרפתיים במדינה דגלו במובנים רבים בהמשכיות של הסדר הישן ששרר במרוקו.
תחת משטר וישי היהודים שהזדהו עם צרפת נחלו אכזבה מכך שהאנטישמיות פשטה בשלטון הצרפתי. מאידך, היהודים לא שולבו וכמעט שלא הזדהו עם המאבק הלאומי המרוקאי לעצמאות מצרפת. הציונות לעומת זאת זכתה לאהדת הקהילה היהודית במרוקו ופעילות ציונית החלה מראשית המאה ה-20. עד קום המדינה אהדה זאת באה לידי ביטוי בפעילות של עיתונים בעלי גוון יהודי-לאומי, בהם השבועון הפרו-ציוני בשפה הצרפתית "ל'אווניר אילוסטרה", הקמת אגודות ציוניות בכלל הערים הגדולות במרוקו, בתנועות נוער ציוניות שלימדו עברית מודרנית והכינו צעירים לעלייה לארץ, בתרומות לקרנות ציוניות, הצהרות תמיכה מצד גדולי הרבנים, ובעלייה לישראל של מספר אלפי נפשות. לאחר קום המדינה החל גם גל עלייה שכלל את רוב יהודי מרוקו, התגבר עם השנים והגיע לשיאו בתחילת שנות ה-60.
תחת שלטון וישי.
בתקופת מלחמת העולם השנייה היו רוב יהודי צפון אפריקה (אלג'יריה, תוניסיה ומרוקו) תחת שלטון צרפתי. היהודים במדינות תחת חסות צרפת קיוו בראשית המלחמה לקבל את הגנתה של צרפת, בעיקר קיוו כך היהודים בני המעמד הבינוני-גבוה שהזדהו עם צרפת ואימצו את השפה והתרבות הצרפתיים לאורך שנות הפרוטקטורט. אולם לאחר תבוסת צרפת ב-1940 וביסוס צרפת של וישי, המשטר הצרפתי החל לנקוט בצעדים אנטי-יהודיים. ייתכן כי בשלב מסוים, תוכנית "הפתרון הסופי" של גרמניה הנאצית שאפה לחסל גם את יהדות צפון אפריקה, והם נספרו תחת הקטגוריה של יהודים ב"שטחים צרפתיים לא כבושים". מבצע לפיד בנובמבר 1942 ושחרור צפון אפריקה על ידי כוחות הברית מנעו מכוונות אלה להתממש.
לאחר חתימת הסכם כניעת צרפת לגרמניה הנאצית ב-22 ביוני 1940 שיתפה פעולה הממשלה הצרפתית של וישי עם הממשל הגרמני שחוקק חקיקה אנטי יהודית. המלך המרוקאי מוחמד החמישי התנגד לה הצהרתית, הצהיר שהוא לא יאפשר פגיעה ביהודים תחת חסותו. למרות זאת, הוא בעצמו חתם על הצווים שהרעו את מצבם של היהודים תושבי מרוקו. יש דיון בין החוקרים האם מוחמד החמישי שימש כחותמת גומי של משטר וישי או שהוא אכן ניסה להתנגד לצעדים אנטי-יהודיים. בעקבות הצווים עובדים רבים פוטרו ממשרדי הממשלה, תלמידים יהודים סולקו מבתי הספר הצרפתיים הממשלתיים, יהודים לא הורשו לגור מחוץ למלאח (השכונה היהודית) ויהודים שגרו בשכונות אירופאיות גורשו מהן. בשנת 1941 הופצו כרוזים בצרפתית ובערבית בשכונה היהודית, הקוראים ליהודים להתייצב למפקד בעירייה שמטרתו הייתה לרשום את רכוש היהודים. אחרי המפקד שנערך בעיר מוגדור (Mogador, אסואירה), כתב פקיד עירייה בכיר שהוא מרוצה שהכול עבר ללא התנגדות מצד היהודים. נרשמו 153 בעלי רכוש, הרכוש הכללי נאמד ב-55 מיליון פרנקים צרפתיים.
יהדות מרוקו נפגעה פחות מן אלימות ביחס לאזורים אחרים של שלטון וישי. עם זאת, ב-15 בנובמבר 1942, זמן קצר לאחר שחרור קזבלנקה על ידי הצבא האמריקאי, נערך פוגרום ביהודי העיר בעידוד פקידים צרפתיים אנטישמים. היהודים סבלו מתקריות אלימות ספורדיות נוספות גם בערים אחרות ואף בכפרים מרוחקים. בנוסף למאורעות שחוו היהודים במרוקו עצמה, לפחות 153 יהודים ממרוקו, ששהו בצרפת בזמן גירוש היהודים מפריז ב-1942, גורשו ונרצחו באושוויץ. מנגד, אלפי פליטים יהודים מאירופה שהגיעו למרוקו בתקופת מלחמת העולם השנייה נשלחו למחנות עבודה שהוקמו בדרום-מזרח מרוקו, קרוב לגבול עם אלג'יריה. הקהילה היהודית המקומית הקימה ועדות חירום במטרה לסייע לפליטים היהודים מאירופה, הגדול שבהם קם בקזבלנקה על ידי עורכת הדין היהודיה הלן קאזס בן עטר.
למרות הקשיים שבפניהם ניצבו היהודים במרוקו הספרדית תחת ממשל פרנקו, הם סייעו לאחיהם באירופה בקליטת פליטים, משלוח חבילות וארגון ויזות ספרדיות.
במרוקו העצמאית.