אמלריך, שהוכרז כרוזן יפו עם הגיעו לגיל הבגרות (15 שנים), נשאר נאמן למלכה, ויחד איתה נמלט למצודה הצלבנית במגדל דוד שבירושלים כאשר צבאו של בלדווין צר עליהם מסביב לחומות העיר. סופה של מלחמת האזרחים היה בניצחונו של בלדווין, ששלט כמלך ממלכת ירושלים משנת 1152 ועד למותו בשנת 1162.
בשנת 1153 כבש בלדווין את העיר אשקלון מידי המצרים, והוסיף אותה לנחלתו של אחיו, בכך מחזק את מעמדה כאחת מהיישויות הפיאודליות החשובות והחזקות בממלכה כולה, דבר שחיזק את מעמדו של אמלריך.
בשנת 1157, בגיל 21, נשא אמלריך לאישה את אגנס מקורטניי, בתו של ז'וסלין השני רוזן אדסה, אשר התגוררה בירושלים החל משנת 1150 לאחר נפילת מרביתה של הרוזנות בידי המוסלמים. באותה התקופה גיל הנישואים המקובל היה שנות העשרה המאוחרות, וככל הנראה נערכו נישואיו של אמלריך בגיל מאוחר לאור התנגדותו החריפה של הפטריארך הירושלמי לאישור הנישואים. סיבת התנגדותו של הפטריארך הייתה נעוצה בכך שבני הזוג היו בעלי קרבת דם (סב סבו של אמלריך היה סב סבה של אגנס). לאחר מותו של הפטריארך התחתנו השניים, והביאו לעולם שני צאצאים, סיבילה ובלדווין הרביעי, שניהם עתידים למלוך בממלכה לאחר מותו של אמלריך.
העלייה לשלטון.
בשנת 1162, לאחר מותו של בלדווין, החלו תהליכי המלכתו של אמלריך למלך, וזאת חרף התנגדותה של המועצה הפיאודלית להמלכתו לפני שיבטל את נישואיו. המועצה, שאישרה את הנישואין כאשר בלדווין השלישי היה בין החיים ויכל להעמיד יורש, סירבה לאחר מותו להכיר בהם, מהסיבות הידועות של נישואי קרובים. הסלידה מפני אגנס כפי שזכורה בהיסטוריה נזקפת רבות לזכותו של ההיסטוריון ויליאם מצור, אשר הכפיש את דמותה לאחר שמנעה ממנו, מספר עשורים לאחר המלכתו של אמלריך, להתמנות למשרת הפטריארך הלטיני של ירושלים. ההיסטוריון אנרול, שנחשב לממשיך דרכו של ויליאם, כתב על אגנס: "אין זה ראוי כי מלכה שכזו תמלוך בעיר קדושה כירושלים".
ההתנגדות הציבורית גברה ואמלריך הומלך לאחר שביטל את נישואיו לאגנס. אגנס מצידה המשיכה להחזיק בתואר רוזנת יפו ואשקלון, ואף קיבלה קיצבה חודשית מהכנסות הרוזנות. זמן קצר לאחר ביטול הנישואין והמלכתו של אמלריך, נישאה אגנס לאיג מבית איבלין, מי שהיה ארוסה טרם נישואיה לאמלריך. על אף ביטול הנישואים הוכרזו ילדיהם של אמלריך ואגנס כצאצאים חוקיים וכך הוסר החשש כי לא יוכלו לרשת את המלך בשעת הצורך. דרך ילדיה המשיכה אגנס להחזיק בהשפעה רבה על החצר בירושלים, וזאת למשך שנים רבות.
העימותים מול המוסלמים.
ממלכת ירושלים, שהייתה מדינה צלבנית וככזאת הייתה נטע נוצרי זר בקרב המוסלמים, הייתה נתונה מאז היווסדה במצב מתמיד של מלחמה, מצב שאך החמיר לאחר שבלדווין השלישי תקף את דמשק במהלך מסע הצלב השני. אחרי התקפה זו, שביטלה את הברית שהייתה לדמשק המוסלמית עם ממלכת ירושלים, היה גבולה הצפוני של הממלכה חשוף להתקפותיו של השליט המוסלמי נור א-דין, שהלך וחיזק את מעמדו ממקום מושבו בסוריה. גם ההשפעה שהייתה לירושלים על המדינות הצלבניות האחרות הלכה ופחתה, בעיקר לאחר החלת ריבונותה של האימפריה הביזנטית על נסיכות אנטיוכיה.
עקב חולשתם היחסית של הצלבנים מול נור א-דין בצפון, עיקר העימותים מול המוסלמים בתקופתו של אמלריך התרחשו במצרים, שם שלטו בזה אחר זה ח'ליפים צעירים וחסרי ניסיון, שהביאו את המדינה לכדי מלחמת אזרחים. שאיפתם של הצלבנים לכבוש את מצרים הייתה קיימת עוד מימיו של המלך בלדווין הראשון, ואפילו קודמו בתפקיד גוטפריד מבויון הבטיח לפטריארך הירושלמי כי יעניק לו את ירושלים כממלכה דתית לאחר שיכבוש את קהיר ויקים בה ממלכה חילונית. לאחר כיבוש אשקלון מידי המצרים הפכה ההזדמנות לכיבוש מצרים לממשית, ומלאכת תכנון ההתקפה הוטלה על אבירי המסדר ההוספיטלרי.
הפלישה למצרים.
אמלריך הוביל את המסע הראשון לעבר מצרים בשנת 1163, בהשתמשו בטענה כי המצרים מסרבים להעלות את המס אשר התחייבו לשלם לממלכת ירושלים עוד בתקופת כהונתו של בלדווין השלישי. לאור גילו הצעיר של הח'ליף המצרי, שלט בממלכה בפועל וזיר בשם דירג'אם, שהדיח זמן קצר לפני פלישתו של אמלריך את הווזיר הקודם שאוואר. צבאותיו של דירג'אם יצאו לקראת אמלריך אולם הובסו תוך זמן קצר. לאחר המפלה הצבאית פתחו המצרים את הסכרים שעל הנילוס במטרה להציף שטחים ולמנוע מאמלריך כל התקדמות נוספת.
תוכניתם של המצרים נשאה פרי ואמלריך שב לירושלים ללא כל השג משמעותי פרט להכאת הצבא המצרי. מיד לאחר הסרת האיום הצלבני ממצרים יצא הווזיר המודח שאוואר לסוריה, במטרה לבקש מהשליט נור א-דין שיעזור לו להחזיר את הגלגל לאחור ולמנותו לווזיר במצרים בשנית. נור א-דין שלח לעזרת שאוואר את המצביא הכורדי שירכוה שיצא לדרכו בשנת 1164. בשומעו על הצבא המתקרב אל ממלכתו נבהל דירג'אם, ופנה אל אמלריך כדי שיעצור את הצבא הסורי. אמלריך החל בהכנות ליציאה נוספת לעבר מצרים, אולם שירכוה הקדימוהו, הרג את דירג'אם והשיב את שאוואר למשרת הווזיר.
אולם שאוואר, שלאחר שובו לעמדת כח פחד שכעת ינסה שירכוה להדיחו במטרה להשתלט על הממלכה, גירש את המצביא ממצרים וכרת אף הוא ברית עם אמלריך כדי שהאחרון יגן על מצרים מפני ההתקפות הסוריות הצפויות לאחר גירושו של שירכוה. לבקשתו של שאוואר הגיע אמלריך למצרים בראש צבאו וצר על מחנהו של שירכוה עד לנסיגתו של המצביא חזרה לעבר סוריה.
בתחילה התכוון אמלריך להישאר במצרים ולפקח מקרוב על הפיכת הממלכה למדינה צמיתה לממלכת ירושלים, אולם התקפות חוזרות ונשנות של נור א-דין בצפון הממלכה חייבו אותו לשוב לירושלים. במהלך היעדרותו של אלמריך שבה נור א-דין את בוהמון השלישי נסיך אנטיוכיה וכן את ריימון השלישי רוזן טריפולי. לאחר שבייתם של השניים מיהר אמלריך להכריז על עצמו כעוצר באנטיוכיה וטריפולי ודאג לתשלום הכופר תמורת שחרורו של בוהמון בשנת 1165 (ריימונד נשאר בכלאו עד לשנת 1173).
שנת 1166 החלה כשנה שקטה יחסית, ואיפשרה לאמלריך לנסות ולהשיג הסכם שלום מול האימפריה הביזנטית, כמו גם כלה ביזנטית שתחזק את ההסכם העתידי. לקראת אמצע השנה חודשו פשיטותיו של נור א-דין בצפון ממלכת ירושלים, פשיטות במהלכן אבדה לצלבנים העיר בניאס.
בשנת 1167 שלח נור א-דין את שירכוה למסע כיבושים נוסף במצרים, ואמלריך, לבקשתו של שאוואר, יצא כדי לעצור את הצבא הסורי. אמלריך הקים את מחנהו בקרבת העיר קהיר, ושם חתם על הסכם הגנה מול מצרים, הסכם שאושר בידי הח'ליף אל-אדיל בעצמו. בהגיעו למצרים הקים שירכוה את מחנהו בגדה המזרחית של הנילוס, והתכונן לקרב מול הצבא הצלבני. בקרב שנערך זמן קצר לאחר מכן לא הושגה כל הכרעה, ושירכוה וצבאו נסוגו כדי לכבוש את אלכסנדריה. לאחר כיבוש אלכסנדריה בידי הסורים יצא אמלריך למקום וצר על צבאו של שירכוה, בעזרת צי ספינות שהגיע ממלכת ירושלים. שירכוה, שהבין את נחיתותו הצבאית, נשא ונתן עם אמלריך, משא ומתן שבסופו הותר לשירכוה לסגת עם צבאו חזרה לסוריה בעוד אמלריך מקבל את השליטה באלכסנדריה. לאחר שעשק את אוצרות העיר שב אמלריך לירושלים.
הברית עם הביזנטים.
לאחר שובו של אמלריך לירושלים בשנת 1167 הוא נשא לאישה את מריה קומננה, אחיינית מדרגה שנייה של הקיסר הביזנטי מנואל הראשון. המגעים בין ירושלים הצלבנית לקונסטנטינופול הביזנטית בנוגע להסכם השלום נערכו כשנתיים, בעיקר בגלל דרישתו הבלתי מתפשרת של אמלריך להשבת הריבונות על אנטיוכיה לידיו. לאחר שוויתר לבסוף על דרישה זו, התאפשרה כריתת הברית, שנחוגה באופן רשמי ביום חתונתו של אמלריך בעיר צור ב-29 באוגוסט 1167. בתקופת שהייתו בעיר צור מינה אמלריך את ויליאם מצור למשרה דתית חשובה בעיר והטיל עליו את מלאכת כתיבת ההיסטוריה של ממלכת הצלבנים.
בשנת 1168 החלה נרקמת תוכנית בין אמלריך לבין הקיסר הביזנטי להתקפה משותפת על מצרים. בין השגרירים ששלח אמלריך לקונסטנטינופול לצורך חתימת ההסכם היה גם ויליאם מצור. את הברית שהייתה לצלבנים מול שאוואר במצרים ביטל אמלריך בטענה כי בכוונת שאוואר לאחד כוחות עם נור א-דין, טענה ששימשה אמתלה להתקפת הכוחות הנוצרים על מצרים. אמלריך, בסיוע האבירים ההוספיטלרים, תקף את מצרים באוקטובר 1168, מבלי שהמתין לעזרתם של הביזנטים (המתקפה החלה למעשה לפני שובם של השגרירים הצלבנים מביזנטיון). בתחילת המתקפה נטבחו אלפי אזרחים מצרים מוסלמים, וכשהגיע אמלריך לפאתי קהיר הציע לו שאוואר שני מיליון פיסות זהב בתמורה לנסיגתו חזרה לירושלים. באותו הזמן שלח נור א-דין את שירכוך לעזרת המוסלמים במצרים, אולם עד להגעת הצבא הסורי למקום, כבר נסוג אמלריך עם הכופר שניתן לו תמורת עצמאות הממלכה.
עלייתו של צלאח א-דין.
בינואר 1169 רצח שירכוך את שאוואר ולקח לעצמו את משרת הווזיר במצרים. חודשיים מאוחר יותר, מת שירכוך ואת מקומו ירש אחיינו צלאח א-דין, שהכריז על נאמנותו לנור א-דין שליט סוריה. אמלריך, שזיהה את הסכנה הכרוכה בשליט המצרי החדש והמבריק, ביקש את עזרתם של שליטי אירופה, אולם אלה סירבו לשלוח כל עזרה. העזרה היחידה שהוגשה לאמלריך הייתה מצד הביזנטים, ששלחו צי ספינות מלחמה לטובת הדחתו של השליט המוסלמי החדש במצרים.
באוקטובר של אותה שנה תקף אמלריך את מצרים והטיל מצור יבשתי וימי על עיר הנמל דמייטה. המצור נמשך זמן רב, והמחנה הצלבני סבל קשות ממגפה שפשטה בשורות החיילים. המגפה והרעב הביאו לסיומו של המצור על ידי הפסקת אש שהושגה מול צלאח א-דין, ואמלריך יצא בראש צבאו חזרה לירושלים.