למרות ניסיונות שונים לעשות זאת, המתיישבים ההולנדים התקשו לפתח קשרי מסחר עם האוכלוסייה הילידית של המרחבים הסובבים את קייפטאון – הבושמנים. ברם, קשרי הסחר של המושבה היו בעיקר עם הולנד – מדינת האם של המושבה, עם מדינות אחרות באירופה, וכן עם המושבות הפורטוגזיות לאורך חופי אפריקה שהיו למעשה נקודות הנוכחות האירופית הקרובות ביותר למושבת כף.
מתחים פנימיים והתגבשות האפריקאנרים והצבעוניים.
לאורך המאה ה-18, ככל שהמושבה התפתחה והתרחבה, רובה של אוכלוסיית המתיישבים הורכב כבר מילידי המקום ולא ממהגרים ילידי אירופה. אנשים אלו סיגלו לעצמם באותן השנים אורחות חיים ייחודיים ותרבות משותפת, אשר בעיניהם הייתה שונה באופן מהותי מזו של אבות אבותיהם באירופה הרחוקה. מנקודת מבטם, הם היו איכרים חופשיים המקיימים חברה מתוקנת ואדוקה, שלא בדומה למתרחש בחברה המסואבת והמושחתת של היבשת ממנה הגיעו. עקב כך, לאורך שלהי המאה ה-18 החלו להתפתח מגמות בדלניות מסוימות בקרב האוכלוסייה. רבים מבני המתיישבים כבר לא ראו עצמם כחלוצים הולנדים ההולכים לפני המחנה למען מולדתם באירופה, אלא כבני קבוצה לאומית נפרדת שמוצאה באפריקה – מקום לידתם. על כן, הם כינו עצמם אפריקאנרים. תהליך דומה אירע באותה התקופה במושבות הבריטיות באמריקה, כאשר המתיישבים הבריטיים החלו להתגבש כאמריקנים תוך הזדהות עם היבשת החדשה על פני מדינת המקור.
עם התפשטות החוואים האירופאים לאזורים הרחוקים יותר בצפון ובמזרח, החלו רבים מהם לאמץ לעצמם אורח חיים נוודי למחצה, במידה מסוימת דומה לזה של הבושמנים אותם החליפו. כאשר נדדו במרחבים האינסופיים, בנוסף לעדרים ולמשפחה היו עמם בדרך כלל גם עגלה, אוהל, תנ"ך וכמה רובים. לאחר שהתיישבו בנו צריף מלבני בוץ, שלעיתים היה ממוקם במרחק כמה ימי נסיעה מהאירופאי הקרוב ביותר. אלה היו ה"טרקבורים" (trekboer – איכרים נוודים) הראשונים – מבודדים, עצמאיים לחלוטין משלטון רשמי, ובעלי שאיפה לספק את צורכיהם בכוחות עצמם. הם התגאו בהיותם בעלי אורח חיים אמיץ וקשוח, רוח של אינדיבידואליזם ויכולת הכרה של הטבע באופן נרחב. בעיני רוחם לפחות הם ביססו את חייהם על מקור ההדרכה העיקרי שלהם – התנ"ך, כיאה לחברות פרוטסטנטיות רבות. הטרקבור היווה את התגשמות האידיאל האפריקאנרי הלאומי באותן השנים, הגם שרוב בני מושבת הכף אשר זיהו את עצמם כאפריקאנרים לא ניהלו אורח חיים שכזה.
להתפתחות הבדלנות האפריקאנרית סייע במידה רבה הניכור שחשו רבים מבני המושבה כלפי השלטון ההולנדי, ובפרט כלפי חברת הודו המזרחית. שלטונות המושבה הרבו בהגבלות על תושביה, שכללו כאמור מיסוי כבד ותחזוק מונופול על תחומים כלכליים רבים. בנוסף, כפי שהוזכר לעיל, חברת הודו המזרחית הקפידה להגביל כל העת את גבולות ההתיישבות, במטרה לצמצם למינימום את ההתנגשויות בין המתיישבים לבין האוכלוסייה הילידית. מעבר לכל זה, אט אט החלו המתיישבים לערער על סמכותם של נציבים, פקידי ממשל ואנשי צבא שנולדו באירופה, להחליט החלטות שונות בעבור המתיישבים שנולדו באפריקה. רבים מנתיני המושבה סברו שמעמדם של שלטונות המושבה איננו לגיטימי, זאת גם בהתחשב בכך שבדרך כלל בהחלטות על המדיניות במקום לא ניתן מעמד של ממש לדעתם שלהם. על רקע זה, וכחלק ממחאתם על הדיכוי של שלטונות המושבה, בראשית שנת 1795 הקימו מתיישבים אפריקאנרים שתי רפובליקות זעירות עצמאיות לכאורה, בשתיים מעיירות המושבה – סוולנדאם וגראף-ריינט המרוחקות יחסית מבירת המושבה, קייפטאון. דגלן של הרפובליקות היה דגל הולנד. היו אלו שנותיה האחרונות של המושבה, ועקב כך הרפובליקות הקטנות לא האריכו ימים. בשנה הבאה, עם הכיבוש הבריטי הראשון של המושבה, חדלו הרפובליקות מקיומן העצמאי ואלו הפכו ככל שטחי המושבה ההולנדית לחלק משטחי המושבה הבריטית החדשה.
עד מהרה החלו האפריקאנרים לסגל לעצמם ניב הולנדי מקומי, אשר למרות קרבתו הרבה להולנדית התעקשו מתיישבים רבים לראות בו שפה עצמאית, שפתו של העם האפריקאנרי, היא שפת האפריקאנס. האפריקאנס הייתה למעשה הולנדית, עם שינויים קלים בחוקי התחביר ועירוב ביטויים רבים משפות העבדים שהחזיקו האפריקאנרים בחוותיהם. הייתה זו למעשה השפה בה הם תקשרו עם עבדיהם, שפה אותה הם עם השנים החלו לטפח כאשר לא ראו עוד ערך בשימור השפה ההולנדית התקינה. במהלך המאה ה-19 תהפוך שפת האפריקאנס ללשונה הלאומית של הלאומיות האפריקאנרית, אף על פי שעוד שנים רבות קדימה תשמור ההולנדית על בכורתה כשפת האליטה התרבותית.
שפת האפריקאנס תהפוך לימים גם לאחת השפות הבלעדיות של אוכלוסייה חשובה אחרת בדרום אפריקה שהתעצבה בשנות השלטון ההולנדי – הצבעוניים. האוכלוסייה הצבעונית בראשיתה התפתחה בעיקר על רקע המחסור בנשים בשנותיה הראשונות של המושבה. על רקע זה, מתיישבים לבנים לקחו לא פעם לאישה נשים שחורות מהאוכלוסייה הבושמנית. בנוסף, הייתה גם בנמצא שכיחות מסוימת של מקרי אונס של צעירות שחורות על ידי מתיישבים אירופאים. שתי תופעות אלו התעצמו עם התבססות המושבה, וריבוי העבדים אצל לבנים רבים. הצאצאים פרי תופעות אלו היו למעשה בני תערובת קריאולים, אשר כונו לימים "צבעוניים", בשל עורם אשר היה בדרך כלל לא שחור דיו אך גם לא מספיק לבן. לימים, החלו אנשים אלו לטפח במקומות רבים קהילות נפרדת, בעיקר עקב הדחייה שספגו הן מהאוכלוסייה הלבנה והן מזו השחורה.
גל ההגירה הראשון של אוכלוסייה אסייתית למושבת הכף החל בשנת 1654, עוד בראשית ימי המושבה, אז גירשה חברת הודו המזרחית ההולנדית כמה מנתיניה בג'קרטה למושבה. אסייתים אלו, תרמו ליצירתה של הקהילה האסייתית בדרום אפריקה, שבדומה לאפריקאנרים ולצבעוניים, התהוותה באותן השנים. בעוד חלק מהאסייתים הקימו קהילות נפרדות, אחרים מצאו את עצמם לאורך השנים משתלבים בקהילה הצבעונית.
התרחבות ועימותים עם האוכלוסייה הילידית.
אף על פי שאזור מושבת הכף היה יחסית בלתי מאוכלס עם ראשית ההתיישבות ההולנדית, הייתה בו נוכחות בולטת יחסית של בושמנים בני חוי חוי וסאן. מעריכים שבאותן השנים חיו בכל אפריקה הדרומית כמאה אלף כאלו, ובאזורי מושבת הכף בין 13,000 ל-15,000. כל עוד הייתה המושבה מוגבלת לסביבתה הקרובה של קייפטאון, בדרך כלל נעדרו מהנוף התנגשויות בין המתיישבים האירופאים לבין האוכלוסייה הבושמנית הילידית.
לקראת סוף המאה ה-17, כאשר התרחבות המושבה הפכה ניכרת, התנגשויות הפכו לתופעה בלתי נמנעת. העימות עם האוכלוסייה הילידית בתחומי המושבה היה בדרך כלל מינימלי יחסית, בעיקר בשל כך שההתנגדות הבושמנית נשברה לרוב במהירות על ידי המתיישבים האירופאים המצוידים בנשק חם. בנוסף, הפיצול הפוליטי בקרב הבושמנים סייע גם הוא לקריסת חברותיהם בפני האדם הלבן, אשר דחק את רובם בקלות יחסית צפונה ומזרחה. עיקר העימותים בין האוכלוסיות פרצו על רקע סכסוכים באשר לבעלות על אדמה ומקנה. עימותים אלה גרמו להתקפות אלימות ולהתקפות-נגד של שני הצדדים, הידועים כמלחמות ההולנדים והחויחוי (Khoikhoi-Dutch Wars). המלחמה הראשונה אירעה ב-1659, השנייה ב-1673 והשלישית בשנים 1674 עד 1677.
עם זאת היחס לאוכלוסייה הבשומנית לא היה זהה בכל מקום: בעוד בדרך כלל בני "החוי חוי" הרועים והחקלאים למחצה חיו ביחסי שכנות עם המתיישבים והמשיכו לרעות את עדריהם בחופשיות בשטחי החוות של הלבנים, עם בני הסאן הציידים-לקטים נרשמו בדרך כלל תגרות אלימות רבות. לקריסתן של החברות הבושמניות סייעו גם שתי התפרצויות של מגפות אבעבועות שחורות בשנים 1713 ו-1755, אשר הביאו לתמותה המונית בקרב שבטים אלו.
בעוד שלאורך המאה ה-18 היה נראה שההתנגדות הבושמנית כבר דוכאה, עם השנים החלו להתרבות ההתנגשויות עם אוכלוסייה שחורה אחרת ומשמעותית יותר – בני הבנטו. בניגוד לבושמנים, הבנטו אכלסו בעיקר אזורים מרוחקים יותר מבסיס המושבה, בדרך כלל לפחות כמה מאות קילומטרים מזרחה מקייפטאון. שבט הבנטו הסמוך ביותר למושבה היה הקוסה, אשר התגורר בשטחי פרובינציית הכף המזרחי המודרנית. לפיכך, עם התפשטות המושבה באותן השנים מזרחה, עימותים עם בני הקוסה הפכו נפוצים. מלחמות הקוסה (Xhosa Wars), היו סדרה של מלחמות בין חלקים מבני הקוסה לבין מתיישבים אירופאים ובעלי בריתם מקרב הקוסה, החל משנת 1779. בדומה לגורלם המר של הבושמנים, המלחמות הסתיימו בתבוסת בני הקוסה, אשר איבדו את רוב אדמותיהם ושועבדו לשלטון האירופאי.
היריבות ההולנדית-בריטית וסופה של המושבה.
עם השקיעה האטית של ספרד ופורטוגל כשליטות האוקיינוסים במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-17, הפכו הולנד ובריטניה למעצמות המובילות את הקולוניאליזם האירופאי מעבר לים. עד מהרה התגלעה יריבות מרה בין ההולנדים לאנגלים, שהתבטאה במתיחות מתמשכת בין הולנד לבריטניה, מתיחות אשר עמדה ברקע כל ימי המושבה. במהלך 1664, הסלימה המתיחות בין בריטניה לבין הולנד עקב שמועות על מלחמה קרבה ובאה. באותה שנה החלה בניית מבצר בצורת מחומש על חופה של קייפטאון וב-1679 נבנו חמישה ביצורים בצורת קדקודים מסביב למחומש כך שהוא הפך למצד כוכב. המצודה נבנתה בין השנים 1666 ל-1679 על ידי חברת הודו המזרחית ההולנדית, וכיום היא הבניין העתיק ביותר בדרום אפריקה.
בחורף 1794 כבש צבא הרפובליקה הצרפתית המהפכנית את הרפובליקה ההולנדית. על חורבותיה של הרפובליקה הוקמה מדינת חסות צרפתית בשם הרפובליקה הבטאווית. עקב מה שראו בבריטניה כקיצה של האימפריה ההולנדית, מקבלי ההחלטות בלונדון סברו כי עומדת בפניהם שעת כושר טובה להשתלטות על מושבת הכף האסטרטגית, אשר עשויה להבטיח עבור האימפריה הבריטית נתיב שיט בטוח למושבה החדשה בהודו.