בתום עונת , בה לא הצליחה הקבוצה להתמודד על מקום בפלייאוף, הוחלט לחלק את העונה במקסיקו לשני טורנירים נפרדים, ולהכתיר אלופה בכל טורניר. הטורניר הראשון תחת המתכונת החדשה היה טורניר החורף (אינביירנו) 1996. באותה עונה הצטרף אליה מי שהיה בעתיד לגדול כובשיה בכל הזמנים, חארד בורחטי, ששיתף פעולה עם כוכבים נוספים בקבוצה, בהם מאורו קאמורנזי ובנחמין גלינדו. תחת המאמן אלפרדו טנה, שחקנה של נבחרת מקסיקו במונדיאל 1978, הציגה הקבוצה יכולת גבוהה מאוד. היא סיימה בראש הבית שלה, ודורגה שנייה בדירוג הכללי, כשבמאזנה שלושה הפסדים בלבד ב-17 משחקי הליגה הסדירה. בשלב רבע גמר הפלייאוף פגשה סנטוס את אטלס. במשחק הראשון בחוץ הייתה קרובה סנטוס להשיג ניצחון משער של בורחטי, אך אטלס השוויתה בדקות הסיום. בגומלין, שער של גלינדו בפנדל וצמד של בורחטי העניק לסנטוס ניצחון 3-1 וכרטיס לחצי הגמר. בשלב זה פגשה הקבוצה את טורוס נסה. סנטוס גברה על יריבתה 2-0 בחוץ, והשלימה את ההעפלה לגמר השני בתולדותיה עם ניצחון 3-2 בגומלין הביתי, עם שלושער לבורחטי. בגמר התמודדה סנטוס מול האלופה המכהנת נקקסה. במשחק הראשון באצטדיון האצטקה, גברה נקקסה על סנטוס 1-0, אך בגומלין הציגה סנטוס לגונה יכולת משופרת, מחקה את ההפסד מהמשחק הראשון עם ניצחון 4-2 וזכתה באליפות הראשונה בתולדותיה.
בטורניר הקיץ (וראנו) 1997 נעצרה הקבוצה ברבע הגמר. בטורניר החורף של אותה שנה הציגה הקבוצה את אחת העונות הגרועות בתולדותיה. היא סיימה אחרונה בדירוג הכללי, לאחר שהשיגה שלושה ניצחונות בלבד מ-17 משחקים, ובמשך שלוש השנים הבאות כשלה להעפיל לגמר הפלייאוף.
בטורניר הקיץ בשנת 2000 חזרה סנטוס לגונה להציג יציבות ויכולת גבוהה. היא סיימה במקום השני בדירוג הכללי, לאחר שספגה שני הפסדים בלבד במהלך העונה הסדירה, ובשלב הפלייאוף הדיחה את מונרקס מורליה ברבע הגמר ואת אוניברסידד נסיונל בשלב חצי הגמר. בשלב הגמר היא התמודדה מול דפורטיבו טולוקה, הקבוצה בעלת המאזן הטוב בליגה הסדירה, ולא הצליחה להוות לה יריבה ראויה. סנטוס נוצחה 2-0 במשחק הראשון והובסה 5-1 בגומלין, וטולוקה הוכתרה כאלופה.
שנה אחת אחר כך, בטורניר קיץ 2001, שוב השיגה סנטוס את המאזן השני בטיבו בליגה. ברבע הגמר הדיחה סנטוס את אסטודיאנטס טקוס לאחר שניצחה אותה פעמיים, 7-2 בסיכום. בחצי הגמר מול פואבלה, התארחה סנטוס במשחק הראשון ושלושער של בורחטי לא הספיק בדרך להפסד 5-4. בגומלין סנטוס ניצחה 2-1, ועלתה לגמר הפלייאוף בזכות חוק שערי החוץ. בשלב הגמר פגשה סנטוס את פצ'וקה. היא נוצחה 2-1 במשחק הראשון בחוץ, אך בגומלין מחקה את ההפסד עם ניצחון 3-1, שהעניק לה את תואר האליפות השני בתולדותיה. חארד בורחטי זכה בפעם השנייה ברצף בתואר מלך השערים של הליגה. הוא כבש תשעה שערים בשישה משחקים בפלייאוף, ובסך הכל כבש 22 שערים, כמות כפולה מזו של איוואן זמורנו, חוסה קרדוסו ואלברטו גרסיה אספה, שסיימו במקום השני עם 11 שערים כל אחד.
שנות השפל הספורטיבי והניהולי (2001 - 2007).
לאחר הזכייה באליפות השנייה, הצליחה סנטוס לגונה להעפיל שלוש פעמים רצופות לפלייאוף, אך באף אחת מהפעמים לא הצליחה להעפיל לשלב הגמר.
ב-19 בדצמבר 2003 מכרה גרופו מודלו את הקבוצה לאיש העסקים הארגנטינאי קרלוס אהומדה, בעליה של קבוצת לאון. מספר חודשים אחר כך, במסגרת טורניר האינטרליגה שנוסד באותה שנה על מנת לחלק שני כרטיסים לגביע ליברטדורס, הצליחה סנטוס להשיג את הכרטיס הראשון לטורניר. בטורניר עצמו הצליחה סנטוס להעפיל משלב הבתים עם מאזן נקי מהפסדים. בשמינית הגמר נעצרה סנטוס על ידי ריבר פלייט בדו-קרב בעיטות עונשין.
במהלך טורניר הקלאוסורה של 2004, נחשפה פרשת שחיתות בה הוצגו סרטוני וידאו של אהומדה כשהוא מעביר סכומי כסף גבוהים כשוחד לפוליטיקאים מקסיקנים, על מנת להשיג חוזים גבוהים לחברת הבנייה שבבעלותו. בעקבות החלטת התובע הכללי המקסיקני הוחלט להפסיק את פעילותו של אהומדה במסגרת הקבוצה, ומונה לה מנהל זמני מטעם ההתאחדות. כחודש לאחר מכן, חתמה קבוצת גרופו מודלו, ששנה קודם לכן מכרה את זכויותיה, על חוזה שבמסגרתו היא תדאג לניהול הקבוצה עד לסיום ההליכים המשפטיים מול אהומדה. הפרשה השפיעה על הקבוצה גם על המגרש, והיא סיימה במקום ה-14, המקום הנמוך ביותר שלה מאז 1999.
לקראת טורניר אפרטורה 2014, בעקבות המשבר הכלכלי והניהולי אליו נקלעה הקבוצה בפרשה, נאלצו מנהלי הקבוצה למכור את המשתכרים הגבוהים במועדון. שבעה שחקנים נמכרו או שוחררו מהקבוצה, וביניהם חארד בורחטי. הקבוצה המוחלשת כשלה לעלות לפלייאוף, אך במהלך הטורניר הצליחה קבוצת גרופו מודלו לשקם את המצב של הקבוצה, ואף הפכה פעם נוספת לבעלת השליטה המלאה במועדון. בטורניר הבא, טורניר קלאוסורה 2005, הצליחה הקבוצה שבשורותיה בעיקר שחקנים צעירים לסיים במקום השישי בטבלה ולהעפיל לרבע גמר הפלייאוף, אך לא הצליחה לשחזר את ההישג בשלושת הטורנירים הבאים.
החזרה לצמרת (2007 - ).
לקראת טורניר קלאוסורה 2007, כשהקבוצה בסכנת ירידה ממשית, הוחלט לבנות את הקבוצה מחדש ולבצע שינויים נרחבים בסגל. שחקנים שנחשבו לבכירים במועדון נמכרו, ובמקומם הגיעו שחקנים בעלי ניסיון מוכח של הצלחות, בהם שוער הנבחרת אוסוולדו סאנצ'ס. לאחר שהעונה של הקבוצה נפתחה עם חמישה הפסדים ושתי תוצאות תיקו בשבעת המשחקים הראשונים, הצליחה הקבוצה להשיג שיפור משמעותי ולסיים במקום התשיעי, לשרוד בליגה הבכירה ואף להעפיל לפלייאוף. סנטוס לא הייתה רחוקה מלהפתיע את המדורגת ראשונה באותה עונה, פצ'וקה, לאחר ששני המפגשים בין השתיים הסתיימו בשוויון 1-1, ופצ'וקה העפילה רק בזכות דירוג הליגה העדיף שלה על סנטוס.
טורניר האפרטורה של אותה השנה סימן את חזרתה של סנטוס לגונה לצמרת הכדורגל המקסיקני. הקבוצה רשמה את העונה הסדירה הטובה בתולדותיה, כשדורגה ראשונה בסיום העונה הסדירה בפעם הראשונה בתולדות המועדון, תוך שהיא מפסידה משחק ליגה אחד בלבד. ברבע הגמר השיגה סנטוס ניצחון כפול על מונרקס מורליה והעפילה לחצי הגמר לראשונה מאז 2002, אך שם היא נעצרה לאחר הפסד 5-4 בסיכום שני מפגשיה עם אוניברסידד נסיונל.
סנטוס המשיכה להשתפר בתוצאותיה ולהפגין יכולת גבוהה גם בטורניר הבא, קלאוסורה 2008. עם שני הפסדים בלבד בעונה הסדירה סיימה סנטוס שנייה בדירוג הכללי. היא הדיחה את נקקסה ברבע הגמר ואת מונטריי בחצי הגמר, וחזרה לגמר הפלייאוף לראשונה מאז הזכייה ב-2001. בשלב הגמר פגשה סנטוס את קרוס אסול, ובמשחק הראשון בחוץ הצליחה להפוך פיגור 1-0 לניצחון 2-1. שוויון 1-1 במשחק הגומלין העניק לקבוצה את האליפות השלישית בתולדותיה.
סנטוס הייתה לחלק בלתי נפרד מצמרת הכדורגל המקסיקני, כשבין 2010 ל-2012 העפילה לארבעה מתוך חמשת משחקי גמר הפלייאוף. סנטוס הפסידה בגמר הביסנטנאריו (שמו של טורניר הקלאוסורה 2010 לציון מאתיים שנים לעצמאות מקסיקו) לטולוקה בדו-קרב פנדלים. טורניר אחד אחר כך, האפרטורה של אותה שנה, הסתיימה בהפסד בגמר ליריבה הגדולה מונטריי. לאחר טורניר בו כשלה להעפיל לפלייאוף, חזרה סנטוס לגמר אפרטורה 2011, שם הפסידה לטיגרס.
רצף ההפסדים בגמר נעצר בטורניר הקלאוסורה 2012. בעונה בה סיימה סנטוס עם מאזן הליגה הטוב ביותר, היא הצליחה לגמול ליריבתה מונטריי ולזכות באליפות הרביעית בתולדות המועדון. הייתה זו אליפות ראשונה על הקווים לבנחמין גלינדו, שבשנת 2006 היה למאמן הקבוצה הראשון שהיה גם שחקן בקבוצה, וחזר שנה קודם לכן לקדנציה שנייה במועדון. במקביל הצליחה סנטוס לגונה להעפיל באותה עונה לגמר ליגת האלופות של CONCACAF. היא הדיחה בדרכה את סיאטל סאונדרס ואת טורונטו, אך נעצרה בשלב הגמר על ידי מונטריי, כחודש לפני שגברה עליה בגמר פלייאוף האליפות בליגה.
כישלונה של סנטוס לגונה להעפיל לפלייאוף אפרטורה 2012 הביא לשינוי על הקווים בקבוצה, כשהמאמן הפורטוגלי פדרו קיישיניה מונה לתפקיד המאמן. הוא הוביל את הקבוצה לחצי גמר הפלייאוף בטורניר הראשון שלו, הקלאוסורה 2013, ובמקביל הוביל אותה לגמר גביע האלופות השני ברציפות. לאחר שעברה את שלב הבתים, הדיחה סנטוס את יוסטון דינמו ברבע הגמר ואת סיאטל סאונדרס בחצי הגמר, בדרך לגמר שני ברציפות מול מונטריי. גם הפעם הצליחה מונטריי לזכות בתואר על חשבון היריבה הגדולה שלה, סנטוס לגונה.
תחת קיישיניה השיגה הקבוצה שלושה תארים, והוא היה למאמן הראשון שמוביל את הקבוצה לזכייה ביותר מתואר אחד. התואר הראשון אליו הוביל את הקבוצה היה הגביע המקסיקני הראשון בתולדותיה, בו זכתה בטורניר אפרטורה 2014. סנטוס הפגינה יכולת מרהיבה במהלך הטורניר, כשהביסה 5-0 את גוודלחרה ברבע הגמר, הפכה פיגור 2-0 לניצחון 4-2 על טיגרס בחצי הגמר, וזכתה בתואר לאחר ניצחון בדו-קרב פנדלים בגמר מול פואבלה.