ב-30 בספטמבר, בתקווה להימנע מקישור לממשל ג'ונסון וכדי להשיג קולות ממתנגדי המלחמה בניו יורק ובקליפורניה, נאם האמפרי בסולט לייק סיטי נאום ששודר בטלוויזיה, והכריז שאם ייבחר, יפסיק את ההפצצות בצפון וייטנאם, וקרא להפסקת אש. הוא טען שמדובר ב"סיכון מובן עבור השלום." התוכנית הייתה דומה לזאת של ניקסון, שאותה לא חשף עד להשבעתו. לאחר הנאום, הפסיקו המוחים להופיע לנאומיו של האמפרי והוא זכה לתמיכת תומכי מקארתי. הוא השיג מיד תרומות בשווי 300,000 דולר ושיפר את מעמדו בסקרים, כשהוא מפגר אחרי ניקסון באחוזים בודדים לקראת אמצע אוקטובר. בינתיים, ניסה ניקסון להדגיש את נושא החוק והסדר, וטען שכל בחירה בהאמפרי תמשיך את הגישה הפסיבית בנושא הפשע במדינה. בנאום בסן אנטוניו, תקף האמפרי את ניקסון. הוא האשים את המועמד הרפובליקני במשחק פוליטי עם זכויות אדם, וטען שהיה "בדרך לתבוסה". כדי לקבל תמיכה מצד ההיספנים, טען האמפרי שניקסון מעולם לא דיבר על לבם במהלך מסע הבחירות. ניקסון המשיך לקשר בין האמפרי וג'ונסון. הוא טען שהממשל משחק בפוליטיקה עם המלחמה ומנסה להשלים הסכם לפני הבחירות לטובת סגן הנשיא. האמפרי תקף את ניקסון בחזרה וטען שניקסון משתמש באסטרטגיה הישנה שלו, של "רמיזות לא מבוססות" וביקש שיחשוף ראיות. האמפרי אתגר את ניקסון לסדרת עימותים, שאותם דחה ניקסון, בעיקר בגלל ההשפעה השלילית שלהם עליו בבחירות של 1960, וכדי למנוע מלהכיר במועמדותו של מועמד המפלגה העצמאית האמריקאית, המושל ג'ורג' וולאס מאלבמה, שהיה אמור להשתתף גם הוא. גם האמפרי וגם ניקסון דאגו שוולאס יזכה במספיק מדינות ואלקטורים כדי לאלץ את בית הנבחרים להכריע בבחירות. וולאס התמקד בעיקר בדרום, אולם גם משך הרבה תומכים בצפון. שני המועמדים השקיעו משאבים רבים כדי להוביל מסע תעמולה נגד וולאס ולטעון שזעם על ביטול ההפרדה הגזעית. לקראת יום הבחירות, ירד וולאס בסקרים, וכך ירדו סיכוייו להשפיע על התוצאות.
כמה ימים לפני הבחירות, זכה האמפרי לתמיכתו של מקארתי. בפיטסבורג, טען שהיה מאושר מתמיכת מקארתי. גם סיכוייו של האמפרי עלו לאחר שהגיעו להסכם על הפסקת ההפצצות והמשא ומתן לשלום התקדם, כך שהובלה של 18% של ניקסון הפכה להובלה של שני אחוזים בלבד בסוף אוקטובר. ברית המועצות ניסתה להשפיע על כוחות הצפון לרכך את עמדתם כדי למנוע את ניצחונו של ניקסון, אולם ניקסון האשים את הנשיא ג'ונסון בהיחפזות במשא ומתן. מקורות חשפו שניקסון שכנע את ממשלת הדרום לא לבוא למשא ומתן בטענה שישיג להם עסקה טובה יותר כנשיא. האמפרי לא העלה את הנושא לפני מערכת הבחירות, כי לא רצה להיראות נואש כשהסקרים חשפו שהיה שוויון בינו לבין ניקסון. האמפרי ערך את אספת הבחירות האחרונה שלו ביוסטון ב-3 בנובמבר לצד ג'ונסון. המושל קונלי לא נכח באירוע, ונפוצו שמועות שתמך בניקסון, אולם הוא הבטיח להאמפרי את תמיכתו. בנאומו, ביקש האמפרי מהעם האמריקני להצביע מתוך תקווה ולא מתוך פחד. למחרת היום, ביום הבחירות, הופיע בלוס אנג'לס עם מאסקי, והתקבל בפני מאה אלף תומכים. מאוחר יותר באותו היום, ערכו האמפרי וניקסון שידורים טלוויזיוניים בני ארבע שעות ברשתות מתחרות בלוס אנג'לס. האמפרי הופיע ב-ABC בשמונה וחצי בערב, וניקסון ב-NBC בתשע בערב. האמפרי, כשמאסקי לצידו, ענה לשאלות מקהל חי וידוענים שהתקשרו כפרנק סינטרה ופול ניומן. ניקסון ענה לשאלות שנקראו מתוך כרטיסיות. מאסקי הצביע על העובדה שאגניו לא נוכח בשידור ושהכול נראה מבוים. כדי להחליש את מעמדו של האמפרי, טען ניקסון שאספקה רבה נשלחה לכיוון צפון וייטנאם ואי אפשר לעצור אותה. האמפרי טען שהטענות חסרות אחריות, וניקסון טען שהאמפרי "לא יודע מה קורה". מקארתי התקשר במהלך השידור ואימת את תמיכתו. טד קנדי שלח תמיכה מצולמת בהאמפרי מביתו במסצ'וסטס.
תוצאות.
ביום הבחירות, נוצח האמפרי כשהשיג 191 אלקטורים לעומת 301 לניקסון. וולאס השיג 46 מהדרום. מבחינת קולות, היה זה מרוץ צמוד: ניקסון ניצח עם 43.42% לעומת 42.72% להאמפרי, הפרש של חצי מיליון קולות. האמפרי ניצח במדינת מגוריו, מינסוטה, ובטקסס של הנשיא ג'ונסון (וגם במיין של מאסקי). הוא גם ניצח ברוב אזור צפון מזרח המדינה ובמישיגן, אולם הפסיד במערב לניקסון ובדרום לוולאס. האמפרי בירך את ניקסון על ניצחונו ואמר שיתמוך בו כנשיא. לאחר מכן אמר שעשה כמיטב יכולתו.
הסקרים לאחר הבחירות חשפו שהפסיד במניין הקולות הלבנים וזכה ב-38%, תשעה אחוזים פחות מניקסון, אולם השיג 85% לעומת 12% מבחינת הקולות הלא לבנים, ביניהם 97% מקולות השחורים. השחורים תמכו בהאמפרי בגלל תמיכתו בזכויות האזרח והתנגדותם למלחמה, שכן חיילים רבים היו שחורים. החלוקה הגזעית בבחירות התרחבה מאז 1964, בשל המחאות בנושא זכויות האזרח והמהומות. האמפרי השיג 45% מקולות הנשים, 2% פחות מניקסון, אולם הפסיד לרפובליקני בקרב הגברים, עם 41% לעומת 43%. הבוחרים בעלי חינוך יסודי תמכו בהאמפרי בהפרש של 52% לעומת 33%, ואילו ניקסון ניצח בקרב אלו שהיו בעלי השכלה תיכונית ומטה (43% לעומת 42%) ואלו בעלי חינוך אוניברסיטאי (54% לעומת 37%). בקרב מקצועות, תמכו הפועלים בהאמפרי בהפרש של 50% לעומת 37%, כשעובדי צווארון לבן (47% לעומת 41%) והמקצוענים (56% לעומת 34%) תמכו בניקסון. האמפרי ניצח בקרב מצביעים בני פחות משלושים עם 47% לעומת 38%, וניצח את ניקסון בקרב המצביעים בין גילאי שלושים לארבעים ותשע, עם 44% לעומת 41%. ניקסון ניצח בקרב הבוחרים מעל גיל חמישים, עם 47% לעומת 41%. הקתולים תמכו בהאמפרי עם 59% מהקולות, הפרש של שנים עשר אחוזים מניקסון, אולם הפרוטסטנטים תמכו בניקסון, עם 49% לעומת 35%. האמפרי הפסיד בקרב העצמאיים עם 31% מול 44%, כש-25% תמכו בוולאס. בנוסף הוא זכה לאחוז נמוך יותר בקרב הדמוקרטים (74%) מאשר התמיכה בניקסון בקרב הרפובליקנים (86%). הסיבה לכך הייתה מערכת הבחירות המקדימות שגרמה לתומכי מקארתי, קנדי ומקגוורן לתמוך בניקסון ובוולאס במחאה.
לאחר ההפסד (1969–1978).
הוראה וחזרה לסנאט.
לאחר ההפסד, החל האמפרי ללמד מדע המדינה באוניברסיטת מינסוטה ובמכללה מקומית, ובנוסף שירת כיושב ראש חבר היועצים לתאגיד החינוכי של אנציקלופדיה בריטניקה.
ב-11 בפברואר 1969, נפגש האמפרי עם ראש עיריית שיקגו ריצ'רד דיילי והכחיש שאי פעם נלחם בו. במרץ, סירב האמפרי לענות על שאלות לגבי ממשל ג'ונסון ועל מעורבותו בהפסקת ההפצצות בצפון וייטנאם. במסיבת עיתונאים ב-2 ביוני 1969, גיבה האמפרי את תוכנית השלום של ניקסון, וביטל את ההאשמה שלא ניסה לסיים את המלחמה. ביולי, נסע לפינלנד לביקור פרטי. מאוחר יותר באותו החודש, חזר לוושינגטון לאחר ביקור באירופה, שבוע לאחר שהכריז מקארתי שלא ינסה להיבחר מחדש, וסירב לענות לשמועות שיחזור לסנאט. בסתיו, נפגש האמפרי עם ניקסון בתיווך היועץ לביטחון לאומי, הנרי קיסינג'ר, וטען למחרת היום שניקסון הביע את הערכתו בנושא עמדתו של האמפרי בנושא וייטנאם. ב-3 באוגוסט, אמר האמפרי שרוסיה קונה זמן כדי לפתח טילים בליסטיים שידביקו את הפער מארצות הברית. כעבור כמה ימים, ביטל את ההאשמות נגד יוזמתו של ניקסון לפיתוח מערכת נגד טילים בליסטיים. באוקטובר, נאם בפני ועידת הפועלים והתעשיינים וטען שמדיניותו הכלכלית של ניקסון גורמת לאבטלה גבוהה ללא האטה מקבילה באינפלציה. ב-10 באוקטובר, הביע את תמיכתו במדיניות ניקסון בווייטנאם וטען שהדבר הכי גרוע לעשות הוא לפקפק במאמציו. ב-21 בדצמבר, במסיבת עיתונאים, הכריז האמפרי שהנשיא ניקסון השתתף ב"פוליטיקה מקטבת" ושלא יכול היה לדרוש אחדות מצד אחד אולם לפלג את העם האמריקני מצד שני. ב-26 בדצמבר, הגיב האמפרי לטענתו של הנשיא לשעבר ג'ונסון שקריאתו להפסקת ההפצצות עלתהלו בבחירות, בטענה שעשה מה שחשב שהיה נכון ואחראי.
ב-4 בינואר 1970, אמר האמפרי שעל ארצות הברית להפסיק לערוך ניסויים בכלי נשק גרעיניים במהלך השיחות להגבלת הנשק עם ברית המועצות. בפברואר, חזה האמפרי שניקסון יוציא עוד 75,000 חיילים לפחות מווייטנאם לפני בחירות אמצע הכהונה ושהנושא המרכזי יהיה הכלכלה. ב-23 בפברואר, המליץ האמפרי שלורנס או'בריאן יחזור לנהל את הוועדה הדמוקרטית הלאומית. באפריל 1970, גרמו ההתקפות של וייטנאם על קמבודיה לכך שהאמפרי השלים עם העובדה שהמלחמה נותרה בשיח הפוליטי. במאי, התחייב האמפרי לעשות כל שביכולתו לספק עוד מטוסי קרב לישראל ולהציג את הנושא בפני מנהיגים אמריקניים. ב-11 באוגוסט, נאם בפני איגוד עורכי הדין וקרא לליברלים להפסיק להגן על הקיצוניים מהאוניברסיטאות והמיליטנטים ולתמוך בחוק ובסדר.
האמפרי לא תכנן לשוב לחיים הפוליטיים לאחר ההפסד, אולם ב-1970 נקרתה בפניו הזדמנות אירונית לשוב לסנאט, לא למושב "שלו", אותו פינה ב-1964, אלא למושב השני של מדינת מינסוטה, שאותו אייש יריבו יוג'ין מקארתי. מקארתי איבד את כוחו הפוליטי בעקבות השתלשלות האירועים ב-1968, והבין שאפילו לא בטוח שיצליח להיבחר כמועמד מפלגתו, עקב ביקורתו על ג'ונסון והאמפרי. הוא החליט שלא לעמוד לבחירה מחדש, לנוכח סיכוייו הדלים. האמפרי זכה במועמדות, ניצח את חבר הקונגרס הרפובליקני קלארק מקגרגור וחזר לסנאט לכהונה רביעית ב-3 בינואר 1971. לפני כניסתו לתפקיד, נפגש ב-16 בנובמבר 1970 עם ניקסון יחד עם סנאטורים חדשים. ב-1976 הוא נבחר מחדש לסנאט, בפעם החמישית והאחרונה, ונשאר בתפקידו עד למותו. באופן נדיר למדי, ייצג האמפרי את מדינתו בסנאט בשני המושבים בכהונותיו. עם חזרתו לסנאט כיהן בקונגרסים ה-92, ה-93, ה-94 ובחלק מהקונגרס ה-95. הוא כיהן כיושב ראש ועדת הקונגרס לתיאום כלכלי בקונגרס ה-94.
כהונתו הראשונה בסנאט.