תכנון מאפייניה של הדמיית דינמיקה מולקולרית לוקח בחשבון פרמטרים שונים ובראשם כמות משאבי החישוב שבנמצא. גודל ההדמיה (מספר החלקיקים), משך צעד בהדמיה וזמן ההדמיה הכולל צריכים להיקבע כך שהחישוב יוכל להסתיים בזמן סביר. אולם, ההדמיה צריכה להיות ארוכה מספיק כדי שתהיה רלוונטית לסקלת הזמן של התהליכים הנחקרים. כדי להגיע לתוצאות בעלות משמעות סטטיסטית זמן ההדמיה צריך להשתוות לזמן התהליך בטבע. אחרת, יהיה הדבר אנלוגי לחקר מכניקת ההליכה האנושית על ידי בחינה של פחות מצעד בודד. מרבית הפרסומים המדעיים בתחום דינמיקה של חלבונים ודנ"א עושים שימוש בהדמיות שאורכות בין ננושניות למיקרושניות. כדי לבצע את ההדמיות יש צורך בזמן עיבוד שנע בין מספר ימים ועד לשנות חישוב (שניתן לחשב במקביל על כמה מעבדים שונים בעזרת חישוב מבוזר).
פוטנציאלים בהדמיות.
לב ליבה של הדמיית דינמיקה מולקולרית הוא מודל הכוחות בו נעשה שימוש בהדמיה כדי לתאר באופן אנליטי את האינטראקציות השונות בין החלקיקים. מהימנות תוצאות ההדמיה תלויה במידה רבה במידת הדיוק של מודל הכוחות וכמו כן, חלק זה של החישוב נוטה להיות האינטנסיבי ביותר. כאמור, הדמיית דינמיקה מולקולרית דורשת את הגדרתה של פונקציית פוטנציאל, או תיאור אחר של דרכי האינטראקציה של החלקיקים בהדמיה. בכימיה ובביולוגיה קוראים לתיאור זה שדה כוח ובפיזיקה ובהנדסת חומרים הוא נקרא פוטנציאל בין אטומי. ניתן להגדיר פוטנציאלים ברמות דיוק שונות, אלו המיושמים בכימיה ומבוססים על מכניקה מולקולרית ופיזיקה קלאסית יכולים לשחזר שינויים מכניים ומבניים מסוימים אך ברוב המקרים לא יכולים לשחזר תגובות כימיות. ההפשטה הנעשית מתיאור קוונטי מדויק לתיאור קלאסי מקורב טומנת בחובה כמה קירובים. הראשון הוא קירוב בורן–אופנהיימר, אשר קובע כי ניתן להניח שהאלקטרונים נעים כה מהר עד שהם מגיבים מיד לשינוי במיקום הגרעין. כתוצאה מכך, ניתן לטפל בהם בנפרד. קירוב נוסף נוגע לגרעין עצמו, קירוב זה מתייחס לגרעין כמטען נקודתי שמתנהג בהתאם לחוקי התנועה של ניוטון. כאשר יש צורך בחישובים מדויקים יותר, ניתן לשלב פוטנציאלים מבוססי מכניקה קוונטית. ישנן שיטות המשלבות בין חישובים קלאסיים לקוונטיים ויוצרות פוטנציאלים היברידיים. כך רוב המערכת יחושב באופן קלאסי (פשוט יותר לחישוב) וחלק קטן ממנה מטופל באופן קוונטי, זה נעשה כאשר יש לקחת בחשבון תגובות כימיות שונות.
דוגמה פשוטה לפוטנציאל בין מולקולרי אמפירי כזה המשמש הלכה למעשה במערכות דינמיקה מולקולרית (למשל במערכת CHARMM), ניתן לראות שלפוטנציאל כמה מרכיבים שונים - חלקם פועלים בין מולקולות שונות וחלקים פועלים בין אטומים באותה המולקולה. זוהי דוגמה לפוטנציאל קלאסי המחושב בין כל זוג חלקיקים לחישוב הכוח הכולל, בפוטנציאל מופיעים קבועים אמפיריים ( הנובעים ממדידות) רבים התלויים במאפייני ההדמיה.
formula_1
מתוך הפוטנציאל בו נעשה שימוש בהדמיה ניתן לקבל את הכוח הפעול על כל חלקיק.
formula_2
ניתן לפתור את משוואות התנועה בקירוב מתוך ידיעת הכוח המופעל על של חלקיק והמסה שלו.
formula_3
גבולות ההדמיה.
הדמיית דינמיקה מולקולרית מתבצעת במרחב שהוא אמנם וירטואלי אך עודנו מוגבל (מעצם היות משאבי החישוב מוגבלים), לכן יש לתת את הדעת לנושא גבולות ההדמיה. קיימות מספר אפשרויות לטיפול באזור גבול ההדמיה, ניתן בעיקרון לקיים הדמיה שהיא 'חסרת גבולות', למשל טיפה של נוזל או חלבון בוואקום. שיטה זו גוררת מעין גבול על שפת המערכת שבמקרים רבים אינו תואם את התיאור הפיזיקלי שלה. שיטה נוספת בה נעשה שימוש היא הדמיה ב'גבולות מוגדרים' בה מדמים מערכת שלה גבולות ברורים ומוגדרים מראש, מעין "קירות" אשר למעשה משתתפים באינטראקציות עם שאר החלקיקים. השיטה הנפוצה ביותר היא שיטה בה קובעים 'תנאי שפה מחזוריים' בה חלקיק המגיע אל צד אחד של ההדמיה מופיע מיד בצדה השני, כך ניתן לדמות עם מספר קטן של חלקיקים מערכת גדולה יחסית.
יישומים נבחרים.
דינמיקה מולקולרית משמשת בענפים רבים ומגוונים במדע.
מריה בשקירצבה
מריה קונסטנטינובנה בשקירצבה (ברוסית: Мари́я Константи́новна Башки́рцева; 24 בנובמבר 1858 - 31 באוקטובר 1884) הייתה כותבת, ציירת ופסלת אוקראינית.
חייה ודרכה באמנות.
מריה בשקירצבה נולדה בכפר באימפריה הרוסית באזור גברונטסי, סמוך לפולטבה (היום בשטח אוקראינה), למשפחת אצולה עשירה. הוריה נפרדו כאשר הייתה צעירה ועיקר שנות ילדותה ונעוריה הייתה מחוץ למולדתה לצד אמה במקומות שונים ביבשת אירופה. היא התגוררה תקופות ארוכות יותר בגרמניה ובריביירה הצרפתית, שלאחריהן התיישבה משפחתה בפריז. חינוכה היה בידי מורים פרטיים וכשרונה המוזיקלי התגלה בגיל צעיר, אולם עקב מחלה לא הצליחה לפתח קריירה בתחום הזמרה לאחר שמיתרי קולה נפגעו. בנחישותה להיות אמנית החלה ללמוד ציור בצרפת בסטודיו של הצייר טוני רובר-פלורי ובאקדמיה ז'וליאן. האקדמיה הייתה במאה ה-19 אחד המוסדות הבודדים אשר קיבלו נשים לשורותיו, והיה בה ריכוז של תלמידות לאמנות מכל רחבי אירופה וארצות הברית. במהלך חייה הקצרים יצרה בשקירצבה אוסף יצירות בולטות באיכותן אף שאין בהן פריצת דרך אמנותית. בשנת 1880 הציגה לראשונה תערוכה בפריז בסלון, התערוכה השנתית היוקרתית של האקדמיה לאמנויות היפות ומאז שלוש פעמים נוספות עד מותה.
ציוריה הבולטים של בשקירצבה הם:
אף שבתקופת מלחמת העולם השנייה הושמדו רבות מיצירותיה על ידי הנאצים, לפחות 60 ציורים שרדו. בשנת 2000 התקיימה בארצות הברית תערוכה נודדת בשם "התגברות על כל המכשולים: הנשים של האקדמיה ז'וליאן", בה נכללו יצירותיה של בשקירצבה וחברותיה ללימודים.
כציירת, קיבלה בשקירצבה השראה מידידה הצייר, ז'ול באסטי-לפאז' ומהערצתו לציור הריאליסטי. בעוד באסטי-לפאז' התמקד ביצירתו בנוף הטבעי, בשקירצבה פנתה לתיאור הנוף העירוני. היא כתבה: "אינני אומרת דבר על השדות כיוון שבאסטי-לפאז' מולך עליהם כשליט בלעדי; אולם לרחובות... עדיין אין אדון." אתרע מזלם של שני אמנים אלה והם הלכו לעולמם באותה שנה - באסטי-לפאז' מת מסרטן לאחר מספר שנים בהן סבל מהמחלה, וביומנה מתארת בשקירצבה את ביקוריה אצל הצייר הנוטה למות.
בשקירצבה חלתה בשחפת בגיל 16, ומתה מהמחלה בגיל 25. במהלך חייה הספיקה להתבלט כאינטלקטואלית בקהילייה התרבותית בצרפת. באקדמיה ז'וליאן אימצה תפיסות פמיניסטיות שנחשבו אז לרדיקליות. דעותיה נגועות במיזאנדריה ופורסמו בעיתון פמיניסטי בפריז בשנת 1881 תחת שם עט. אחת מאימרותיה המצוטטות ביותר היא: "הבה נאהב כלבים, הבה נאהב רק כלבים! גברים וחתולים הם יצורים לא ראויים."
מתה בפריז בשנת 1884, ונקברה בבית הקברות של פאסי ברובע השישה-עשר במאוזוליאום שבו קבורים בני משפחתה. מבנה קברה מדמה סטודיו של צייר, והוכרז כאתר היסטורי על ידי ממשלת צרפת.
יומנה.
בגיל 13 החלה בשקירצבה לכתוב יומן אישי, שיצא לאור לאחר מותה בצרפת במספר כרכים, ותורגם לשפות רבות. בחלקו הראשון היא מספרת את סיפור התבגרותה, ולקראת סופו היא מתארת את מאבקה במחלת השחפת.
היומן זכה לפרסום ולשבחים. בשקירצבה מיטיבה להתבטא בו, ויש בו הן עיסוק בחייה האישיים והן בביקורת על החברה הבורגנית של צרפת. בין השאר כתבה ביומן: "אם לא אמות צעירה, אני מקווה להיות אמנית דגולה, אבל אם אמות צעירה, אני מתכוונת לפרסם יומן זה, אשר אינו יכול שלא להיות מעניין."
יומניה של בשקירצבה נפרסו על פני 105 מחברות בכתב ידה. הם פורסמו לאחר מותה, החל משנת 1887. זה היה היומן השני של אישה שפורסם עד אז בצרפת. הספרים זכו להצלחה מסחרית, ותורגמו למספר שפות. בין השאר זכו לשבחים מפי ראש ממשלת בריטניה ויליאם גלאדסטון, הסופר הבריטי ג'ורג' ברנרד שו והמשורר הרוסי ולרי בריוסוב. סיפור חייה היווה השראה למספר מחזות וסרטים, ויומנה של בשקירצבה הוזכר כמקור להשראה על ידי סופרות רבות, בהן קתרין מנספילד ואנאיס נין.
רובע המערב החדש
רובע אמסטרדם המערב החדש (בהולנדית: Amsterdam Nieuw West) הוא אחד משמונה מחוזות של עיריית אמסטרדם, הולנד.
הרובע הוקם בשנת 2010 ומורכב משלשה שכונות מגורים, חויזנואלד סלטרמייר (Geuzenveld-Slotermeer), אוסדורפ (Osdorp), וסלוטרואט (Slotervaart).
הרובע משתרע על שטח של 32.38 קמ"ר. חלק מהשכונות ברובע זה נבנו בשנות החמישים כחלק מתוכנית הרחבה עירונית.
היסטוריה.
רובע המערב החדש הוא אזור מגורים פרברי וצפוף. הרובע ממוקם במערב אמסטרדם של שטחה של העיירה סלוטן (Sloten) שנחשבת חלק מרובע זה.
שכונות הרובע מוקפות בחגורות דשא ירוקות הנקראות ערי הגן המערבי (Westelijke Tuinsteden) ורובן נבנו בשנות החמישים והשישים. במרכזו של הרובע שוכן אגם סלוטרפלאס (Sloterplas) המוקף בפארק גדול הנקרא סלוטרפארק (Sloterpark).
השכונות הוותיקות ביותר ברובע זה הן: סלוטרוארט (Slotervaart), חויזנואלד סלטרמייר (Geuzenveld-Slotermeer), אוברטומסה ולד (Overtoomse Veld) ואוסדורפ (Osdorp)
בשנות ה-90 מספר שכונות נוספות: אוסטאובר (Oostoever), ניו סלוטן (Nieuw Sloten) ודה אקר (De Aker).
בתחילת שנות ה-2000, כחלק ממסגרת התחדשות עירונית נרחבת, נבנו בתים חדשים, שהחליפו שכונות קטנות ואזורים מיושנים.
בשנת 2007, סימנה, שרת השיכון והדיור הגב' אלה בוחאלנר (Ella Vogelaar), את שכונת בוס אן לומר (Boss en Lommer) הנמצאת כעת ברובע מערב אמסטרדם, כשכונה מקופחת והכריזה על תוכנית שיקום שכונות.
התוכנית כללה גם את שכונות: סלוטרוארט (Slotervaart), חויזנואלד סלטרמייר (Geuzenveld-Slotermeer) ומרכז אוסדורפ (Osdorp).
אליפות העולם בכדורסל נשים 1953