המערכת הפרלמנטרית באינדונזיה החלה להיחלש בעקבות מרד PRRI בסומטרה, וספיחיו בסולאווסי, ג'אווה המערבית, ואיים אחרים, בנוסף על הכישלון של אספת החוקה של אינדונזיה לנסח חוקה חדשה, מה שגרר גם את התפטרות מחמד האתא מתפקיד סגן נשיא אינדונזיה ב-1 בדצמבר 1956. כתוצאה מכך, ב-1959, כאשר החליט הנשיא סוקרנו על דעת עצמו לתת תוקף לחוקת 1945, שנתנה לנשיא המדינה סמכויות ביצועיות רחבות ביותר, הוא נתקל בהתנגדות מעטה בלבד.
דמוקרטיה מודרכת.
בין השנים 1959 עד 1965 החיל הנשיא סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". כמו כן, הוא שינה את מדיניות החוץ של אינדונזיה כך שהיא הפכה למדינה בלתי מזדהה. מדיניות זו זכתה לתמיכתם של מנהיגים בולטים אחרים של מושבות לשעבר שדחו בריתות רשמיות עם הגוש המערבי או הגוש הסובייטי. מנהיגי המדינות הללו נפגשו בג'אווה המערבית ב-1955, והניחו את היסודות למה שלימים תיקרא ברית המדינות הבלתי-מזדהות. בשלהי שנות ה-50 וראשית שנות ה-60 התקרב הנשיא סוקרנו למדינות הקומוניסטיות שבאסיה בענייני חוץ ולעבר המפלגה הקומוניסטית של אינדונזיה (PKI) בענייני פנים. על אף שה-PKI הייתה המפלגה הקומוניסטית הגדולה ביותר מחוץ לברית המועצות וסין, בסיס התמיכה הגדול שלה מעולם לא הפגין את המסירות האידאולוגית שאפיינה מפלגות קומוניסטיות במדינות אחרות.
בעיית איריאן המערבית.
בזמן שאינדונזיה קיבלה את עצמאותה, הולנד החזירה לעצמה את השליטה בחצי המערבי של גינאה החדשה, ואפשרה לתושבי המקום לבצע מספר צעדים לקראת כינונו של ממשל עצמי והכרזת עצמאות ב-1 בדצמבר 1961.
לאחר משא ומתן עם הולנד שנושאו היה הכללת הטריטוריה בתוך אינדונזיה נכשל, החלה פלישה של צנחנים אינדונזיים ב-19 בדצמבר, שהקדימה את ההתנגשויות הצבאיות בין חיילי אינדונזיה והולנד ב-1961 ו-1962. ב-1962 ארצות הברית הפעילה לחץ מדיני על הולנד כדי שתסכים לנהל שיחות חשאיות עם אינדונזיה. שיחות אלה הניבו באוגוסט 1962 את הסכם ניו-יורק, ואינדונזיה קיבלה אחריות מנהלית על איריאן המערבית ב-1 במאי 1963.
העימות בין אינדונזיה למלזיה.
ב-1961 חולק האי בורנאו לארבע מדינות נפרדות: קאלימאנטאן, פרובינציה אינדונזית, הייתה ממוקמת בדרום האי. בצפון האי היו סולטנות ברוניי שהייתה אז מדינת חסות בריטית ושתי מושבות בריטיות – סאראוואק וצפון בורנאו הבריטית שמאוחר יותר שונה שמה לסאבה. כחלק מהנסיגה שלה ממושבותיה בדרום-מזרח אסיה, הממלכה המאוחדת פעלה על מנת לשלב את מושבותיה בבורנאו עם אלו שבחצי האי המלאי, ולהקים את מלזיה.
בברוניי, התמרדו כוחות הצבא הלאומי של צפון קאלימאנטאן (TKNU) - בתמיכה אינדונזית - ב-8 בדצמבר 1962. הם ניסו לכבוש את סולטנות ברוניי, להשתלט על שדות הנפט ולקחת בני ערובה אירופאים. הסולטאן ברח וביקש סיוע בריטי, הוא קיבל מסינגפור חיילים בריטיים וחיילי גורקה. ב-16 בדצמבר דיווח פיקוד המזרח הרחוק הבריטי שכל בסיסי המורדים העיקריים נכבשו, וב-17 באפריל 1963 נלכד אחד משני מנהיגי המורדים, והשני אחמד מחמוד אזאהארי נמלט אל הפיליפינים ומשם עבר אל אינדונזיה והמרד הסתיים.
הפיליפינים ואינדונזיה הסכימו באופן רשמי להכיר ביצירתה של מלזיה אם ייערך משאל עם באזור הנתון למחלוקת (על ידי האו"ם) שבו יהיה רוב להצעה. אולם, ב-16 בספטמבר, עוד לפני שנודעו תוצאות ההצבעה, קבעה הממשלה המלזית שהפדרציה תקום, ותיארה את ההחלטה כעניין פנימי שלה, שאינו מצריך ייעוץ חיצוני. הממשלה האינדונזית ראתה פעולה זו כהבטחה שהופרה וכעדות לאימפריאליזם בריטי.
ב-20 בינואר 1963, הודיע שר החוץ של אינדונזיה, סובאנדריו, כי אינדונזיה תנקוט במדיניות Konfrontasi עם מלזיה. ב-12 באפריל החלו מתנדבים אינדונזיים – כביכול אנשים מהצבא האינדונזי – לחדור לסאראוואק וסאבאה, ליזום פשיטות ומעשי חבלה, ולהפיץ תעמולה. ב-27 ביולי, הכריז סוקרנו שהוא הולך "למחוץ את מלזיה".
משני צדי מצר מלאקה החלה להיווצר מתיחות רבה. יומיים לאחר מכן נשרפה השגרירות הבריטית בג'קרטה על ידי פורעים. מאות פורעים פשטו על השגרירות ועל בתי הדיפלומטים של סינגפור. במלזיה, נלכדו סוכנים אינדונזיים והחלו התקפות של אזרחים כנגד השגרירות האינדונזית בקואלה לומפור.
כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם וניסה ליצור את וועידת הכוחות המגיחים מחדש (Conefo) כאפשרות חלופית.
באמצע שנת 1965 החלה הממשלה האינדונזית להשתמש באופן גלוי ביחידות צבאיות. ב-28 ביוני הן חצו את הגבול באי המחולק סבאטיק בקצה המזרחי של החזית ליד תאוואו, סאבה, והתעמתו עם המגינים המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבות פריצת מלחמת האזרחים באינדונזיה.
הדחת סוקרנו.
בשלהי 1965 הצבא האינדונזי התפצל לשני מחנות: ימני ושמאלני. מחנה השמאל הזדהה עם המפלגה הקומוניסטית של אינדונזיה (PKI), שגם שלטה על רוב הארגונים האזרחיים והתרבותיים שסוקרנו יצר על מנת לגייס תמיכה למשטרו. מחנה הימין נתמך מבחוץ על ידי ארצות הברית, שאימנה מספר קצינים ויצרה מספר צוותי חשיבה. לאחר שקיבלה את הסכמתו של סוקרנו, ה-PKI החלה לחמש קבוצות של איכרים כדי שיילחמו באזורי הכפר בכוח העולה של מפקדי מחנה הימין. מפקדי הצבא התנגדו לתוכנית.
ב-30 בספטמבר 1965, שישה גנרלים בכירים כולל הרמטכ"ל אחמד יאני וכן 4 קציני צבא אחרים נרצחו על ידי שומרי הארמון של סוקרנו, בתואנה שהם נאמנים ל-PKI. לאחר שהחלה להתפשט באינדונזיה תחושת פאניקה שנבעה מהחשש לניסיון הפיכה קומוניסטי, מייג'ור גנרל סוהארטו, מפקד צבא המילואים האסטרטגי (קוסטראד), ארגן מתקפה תחת הצידוק של דיכוי המרד. נטען שהצבא הרג עשרות אלפי אנשים שנחשדו כקומוניסטים באזורי הכפר. עד 1966 נרצחו לפחות 500,000 בני אדם. האלימות הייתה חריפה במיוחד בג'אווה ובבאלי.
לאחר שהחל לראות בלאומיים ובסוקרנו הפרו-קומוניסטי כאיום לאינטרסים שלו, המערב נטה לנצל את המצב לטובתו. תיאור המאורעות של סוהארטו בתור 'קוטל קומוניסטים' היה הגרסה הרשמית שקודמה במערב. הרומן הידוע של כריסטופר קוך "שנה של חיים בסכנה" סייע בשלב מאוחר יותר לחזק את הטענה הזו. כמו כן, נטען כי עיקר ההרג של חברי ה-PKI היה בעידוד של ממשלות ארצות הברית והממלכה המאוחדת. לפי מזכר של ה-CIA, ראש הממשלה הרולד מקמילן והנשיא ג'ון קנדי הסכימו "לחסל את הנשיא סוקרנו, תלוי במצב ובהזדמנויות שיהיו". ב-1990 העיתונאית האמריקנית קאת'י קאדאן גילתה את הגבול של התמיכה האמריקנית של אירועי הטבח של 1965 – 1966 שאפשרו את תפיסת השלטון על ידי סוהארטו. היא ראיינה פקידי ממשל ואנשי CIA לשעבר, שדיברו על רשימות של 5,000 פעילי PKI, שהאמריקנים סימנו את האנשים הרשומים בהן כהרוגים או שבויים. הם עבדו באופן צמוד עם הבריטים שניסו להגן במידת האפשר על האינטרסים שלהם במלזיה. סר אנדרו גילכרייסט שלח מכתב למחלקת החוץ בלונדון שתוכנו היה: "... מספר קרבות ירי באינדונזיה הם צעד מקדים לשינוי יעיל". ה-PKI קיבלה תמיכה מסוימת מהעניין, וזו הייתה תמיכה שהדאיגה מאוד את האמריקנים שחששו שאינדונזיה בדרך להפוך למדינה קומוניסטית, בדומה לווייטנאם שבצפון.
ישנם ספקות באשר לשאלה האם הצבא היה הגורם היחיד שהיה אחראי לטבח. על אף שה-PKI זכתה לתמיכה בקרב העניים, הם לא קיבלו תמיכה כלשהי מקבוצות אחרות, כיוון שקבוצות אלה האמינו שהקומוניסטים חסרי אמונה באלוהים. הקומוניסטים, בניגוד לסוקרנו, לא הבינו שלחוואים יש חוות פרטיות. לפיכך, כאשר הם קיבלו תמיכה בקרב האיכרים העניים, הם היו שנואים בקרב איכרים אחרים שחששו שהאדמה שלהם תילקח על ידי חזית האיכרים של אינדונזיה.
סו הוק גי, בחיבורו "על הטבח באי באלי", כתב על מה שקרה בבאלי. לטענתו לא היה זה הצבא שביצע את הטבח כי אם אנשי באלי עצמם שהיו תומכים של הנאס"אקום (לאומניים – דתיים – קומוניסטיים) או שהיה להם קשר לקומוניסטים. הם הובילו את הטבח נגד כל מי שנחשד כקומוניסט (ולא בהכרח היה כזה) על מנת להסתיר את הקשר שלהם עם הקומוניסטים או לנצל את האירוע על מנת לסלק את יריביהם (בעסקים או בפוליטיקה) מהדרך.
בשנים 1965 – 1966 הנשיא סוקרנו ניסה להשיג מחדש את מעמדו הפוליטי ולהחזיר את המדינה למצב שהיה לפני אוקטובר 1965. על אף שהוא נשאר הנשיא, ב-11 במרץ 1966 סוקרנו נאלץ להעביר סמכויות פוליטיות וצבאיות חשובות לגנרל סוהארטו, שבאותו זמן כבר היה בתפקידו הרשמי מפקד כוחות היבשה של אינדונזיה ולמעשה הקצין הבכיר ביותר שלא נרצח ב-30 בספטמבר 1965.
סוהארטו החל לנהל מדיניות חוץ עצמאית כבר בשנת 1966. הוא השיב את אינדונזיה לחברות באו"ם והחל מ-28 במאי 1966 חפש שלום עם מלזיה. אז נשלח אדם מליך אל בנגקוק לוועידת שלום. ב-11 באוגוסט 1966 הושג ההסכם, שבו הכירה אינדונזיה בקיום מלזיה ובשלמות שטחיה. בשובו של אדם מליך מבנגקוק בא סוהארטו אל סוקרנו כדי שסוקרנו יאשר את ההסכם. אבל סוקרנו, שכינה את מלזיה בשם "מדינת בובה נאו-קולוניאליסטית, קולוניאליסטית, אימפריאליסטית" סירב לחתום וסוהארטו אישר את ההסכם בעצמו. ההסכם, שהתבסס על גבולות שגבלו הולנד ובריטניה בשנת 1891 הותיר את הגבול הימי בלתי תחום. מקור לסכסוך על האיים סיפאדאן וליגיתאן ולהביא להתנגשות ימית בין ספינות משתי המדינות ב-8 באפריל 2005 מול אמבאלאת במחוז קאלימאנטן המזרחית.
ב-12 במרץ 1967 אספת המחוקקים העממית הזמנית (MPRS) מינתה את סוהארטו לנשיא בפועל. סוקרנו הפסיק להוות מוקד כוח פוליטי ולמעשה הוא חי תחת מעצר בית בבוגור עד מותו ב-1970.
תקופת הסדר החדש.