בשנת 1997 מונה לתפקיד המנהל האמנותי של תיאטרון חיפה, תפקיד אותו מילא עד שנת 2000.
בשנות ה-2000.
ב-2001 ביים ב"הבימה" את המחזה "יומנה של אנה פרנק" מאת פרנסס גודריץ' ואלברט האקט.
ב-2002 ביים ב"קאמרי" את ההפקה החמישית של המחזמר "עוץ לי גוץ לי", ההפקה עלתה שוב מספר פעמים במשך כחמש שנים. באותה שנה גם ביים ב"הבימה את "אוהבים את אופל" מאת המחזאי האמריקאי ג'ון פטריק.
ב-2003 ביים את המחזה "מותו של סוכן" מאת ארתור מילר ב"הבימה".
ב-2004 ביים אופרה לילדים שהלחין גיל שוחט, על פי הספר "מקס ומוריץ" בנוסח עברי של דן אלמגור. באותה שנה גם ביים ב"קאמרי" את המחזה "הדודה ואני" מאת מוריס פאניץ', בתרגום שמוליק לוי.
ב-2005 שיחק בסדרת הטלוויזיה "חדר מלחמה" בתפקיד סגן המפקד. באותה שנה הועלתה בתיאטרון בית לסין הקומדיה "פילומנה" מאת אדוארדו דה פיליפו בבימויו של פינקוביץ', שגם כתב את הנוסח העברי ביולי 2017 הועלתה שוב "פילומנה" בתיאטרון "הבימה" בבימויו של פינקוביץ'.
ב-2006 עלה במסגרת בפסטיבל פותחים במה המחזה "תה", אותו גם כתב, וב-2007 המחזה "סופ"ש עם תום" שביים. באותה שנה גם ביים את מופע הקאמבק של רבקה זהר "חלקת אלוהים", שהחזיר אותה לבמות לאחר כ-20 שנה, ואף תועד לערוץ 2.
ב-2010 מונה למנהל האמנותי של תיאטרון המדיטק בחולון, תפקיד אותו מילא עד 2017. באותה שנה בייים את המחזה "איחש פישר", מחזה של חנוך לוין שלא הוצג מעולם עד אז. המחזה הוצג במשך כשנה ב.
בנובמבר 2016 הועלתה בתיאטרון הבימה ההצגה "הצמה של אבא" בבימויו של פינקוביץ'.
ב-2017 ביים ב"בית ליסין" את המחזה "הזוג המוזר - הגרסה הנשית" מאת ניל סיימון.
בתחילת 2018, כתב וביים את המחזה "התקווה" בהבימה. בספטמבר 2018 ביים בתיאטרון בית לסין המחזה "אנשים, מקומות ודברים" מאת דנקן מקמילן, וביוני 2019 הועלתה באותו תיאטרון הקומדיה "עבדאללה שוורץ" מאת רמי ורד, גם כן בבימויו של פינקוביץ'.
בינואר 2020, עלה המחזה "קונטקט" שפינקוביץ' כתב, ביים וגם שיחק, על שבע דמויות שהגורל קשר ביניהן והן מחפשות פשר ומשמעות לאהבה. במחזה השתתפה גם בתו איאן יואל פינקוביץ'.
לימד משחק בבית צבי ובסטודיו למשחק של יורם לוינשטיין, וניהל את תיאטרון המדיטק בחולון.
חיים אישיים.
פינקוביץ' היה נשוי לשחקנית העבר תומי יואל, ויש לו שלוש בנות, ביניהן השחקנית איאן יואל פינקוביץ'.
לאחר שהתמודד עם טרשת נפוצה במשך 30 שנה, בחר לסיים את חייו בהמתת חסד בשווייץ, ב-10 בדצמבר 2020.
השבועות האחרונים של חייו תועדו ושודרו בתור הפרק "גרסת הבמאי" במסגרת העונה החמישית של תוכנית התחקירים "זמן אמת" בכאן 11.
פרסים והוקרה.
ב-1990 זכה בפרס הבימוי בפסטיבל עכו על בימוי המחזה "המוזג".
ב-2003 זכה בפרס הבימוי ע"ש יוסף מילוא על בימוי ההצגה "עוץ לי גוץ לי".
ב-2008 זכה בפרס תיאטרון בית לסין על בימוי. בין נימוקי הוועדה הבוחרת:
ממילא
ממילא היא שכונה בלב ירושלים, בעמק המקשר בין שער יפו בעיר העתיקה לבין העיר החדשה. השכונה הוקמה בסוף המאה ה-19 כשכונת סוחרים ובעלי מלאכה יהודים וערבים, ושגשגה כחלק מהמרכז המסחרי של העיר. בין השנים 1948–1967 הייתה השכונה צמודה לשטח ההפקר בין ישראל וירדן, ושנים רבות נחשבה לשכונת מצוקה. לאחר מלחמת ששת הימים הוחלט להרסה ולבנות את המתחם מחדש בחלוקה לאזורי מגורים, מלונאות, מסחר ומשרדים, באחד ממיזמי הבנייה הגדולים, היקרים והארוכים בתולדות העיר המודרנית.
ממילא ממוקמת במרכז קו התפר בין מזרח ירושלים ומערבה, קרקע שבשנות ה-2000, נחשבת לאחת היקרות במדינת ישראל. מיזם שיקומה ובינויה היה כרוך בהשקעות עתק, ולווה בקונפליקטים משפטיים, עסקיים ודתיים עזים שהביאו לעיכובים רבים בהשלמתו. הוויכוח סביב המתחם שכך מעט מסוף 2006, עת הושגו פשרות בנוגע לבנייה באזור ועם חידוש אינטנסיבי של העבודות במקום. רק בסוף העשור הראשון של המאה ה-21, הושלמו מרבית אזורי המגורים והמלונאות, ונפתחו לקהל הרחב מתחם הבילוי הקניות ובתי הקפה.
מיקום ותיאור פיזי.
שכונת ממילא נמצאת בירושלים, בעמק שהוא המשכו הטבעי של גיא בן הינום, למרגלות העיר העתיקה הממוקמת על רכסי ההרים הסמוכים.
גבולותיה של השכונה הם חומת העיר העתיקה במזרח ורחוב המלך דוד במערב, רחוב שלמה המלך וכיכר צה"ל בצפון, ושכונת ימין משה והקונסוליה הצרפתית בדרום. סך כל שטח המתחם הוא כ-120 דונם.
אובייקטים היסטוריים רבים תוחמים את האתר: מגדל דוד, שער יפו, חומת העיר העתיקה, בריכת ממילא ובריכת הסולטן, המתחם הצרפתי עם ההוספיס סן ונסן דה פול ואכסניית נוטר דאם, הר ציון ומשכנות שאננים. בנוסף להם נמצאים בקרבת השכונה מלונות, מוסדות ציבור, משרדים, עורקי תנועה ומוקדי בילוי רבים.
ארכאולוגיה.
לפני שהוחל בהקמתו של פרויקט הבנייה הגדול בממילא נערכה במקום חפירת הצלה מטעם רשות העתיקות. תחילה נערכה חפירה באתר על ידי אהרון מאיר (1989). עיקר החפירה נערכה בין השנים 1989–1992 בהנהלתו של רוני רייך, ובסיועם של אלי שוקרון ויעקב ביליג. נחשפו השרידים הבאים:
תקופת הברזל השנייה.
נחשפו כתריסר קברים מתקופת הברזל השנייה, כלומר שהיו בשימוש למן המאה ה-8 לפנה"ס ועד לחורבן הבית הראשון בשנת 586 לפנה"ס. הקברים הן מערות קבורה משפחתיות חצובות בסלע. מפתח קטן הסגור באבן גולל, נכנסו אל חלל רבוע שגודלו כ 3 על 3 מ' בממוצע. משנים או שלושה צדדים מצויות אצטבאות סלע חצובות להנחת הנפטרים. בפינה הימנית הפנימית חצוב בו עמוק לאיסוף עצמות הנפטרים. עצמות הנפטרים נמצאו כולן במצב של פירורים. העפר שסונן ניתן לנציג משרד הדתות לשם קבורה חוזרת. בקברים נמצאו כמויות גדולות של כלי חרס ששימשו כמנחה למתים או לחלופין שימשו את מי שעסקו בקבורה. נמצאו גם מספר מצומצם של ראשי חצים, צלמיות חרס, מעט חרוזים ושלוש חותמות עבריות שנשאו את השמות: חננ (י) (בן) טבשלם; יהוהחן בת פקעת; לטבשלם יהוכל. בשני קברים נמצא המשך שימוש אל תוך התקופה הפרסית, ובאחד מהם אף המשך שימוש עד לתקופה החשמונאית.
תקופת הבית השני.
באתר נחשפו קברים אחדים מימי הבית השני מהמאה ה-2 לפנה"ס, ובהם קברי פיר שבתחתיתם כוכים, שהוא סוג של קברים שלא נודע כמותם קודם לכן בירושלים.
התקופה הרומית המאוחרת.
מהתקופה הרומית נמצאו באזור ממילא שברי רעפים פזורים ולבנים של חרס ועליהם טביעות חותם של הלגיון הרומאי העשירי, שנותר בירושלים כחיל מצב לאחר חורבנה בשנת 70. לא ברור לאילו מבנים שהתקיימו וודאי בסביבה הקרובה, השתייכו פריטים אלה.
התקופה הביזנטית והתקופה המוסלמית הקדומה.
מן התקופה הביזנטית נחשפו באתר מבנים רבים, שכולם מצויים כיום מתחת לגשר החדש המקשר את המדרחוב והחניון הגדול עם שער יפו.
מתחת לשער יפו ממש נחשף חלק ניכר מבית מרחץ ציבורי הבנוי על העיקרון שהומצא בידי הרומאים של חימום תת-קרקעי של רצפות. בסמוך ומצפון-מערב למרחץ עוברת אמת מים שקישרה את בריכת ממילא המרוחקת כמה מאות מטרים מן העיר, עם הבריכה שברובע הנוצרי של העיר העתיקה, המכונה בשם האנכרוניסטי 'בריכת חזקיהו'. הן בית המרחץ והן אמת המים השתמרו היטב. בית המרחץ המשיך לשמש גם בתקופה המוסלמית הקדומה.
מתחת לשער יפו מצויים שרידיו של רחוב היוצא לכיוון דרום-מזרח משער עיר כלשהו, שלא נחשף, שהיה מתחת לשער יפו העות'מאני. זוהי ראשיתה של דרך בית לחם הביזנטית. משני צדדיה שרדו יסודות של חנויות.
בכל השטח נחשפו קברי שוחה אחדים מן התקופה הביזנטית. במרחק מה משער יפו (במקום שמצוי כיום שער הכניסה המערבי לאוטובוסים לחניון) נחשפה קפלת תפילה נוצרית קטנה, עם אפסיס קטנה הפונה למזרח, ובו עקבות פרסקו המתאר את סצנת הבשורה. בקיר הצדדי נפער פתח אל מערה ובה נמצאו מושלכות כמויות ניכרות של עצמות אדם. לפני הפתח נמצאו שרידים של כתובת יוונית עשויה ברצפת הפסיפס ובה נאמר: לישועה ולהצלה של מי שהאל יודע את שמותיהם – נוסח הידוע מכנסיות נוצריות אחרות בנות התקופה. צלבים תוארו גם ברצפה וגם על משקוף הפתח למערה. ניפוי ממצא העצמות העלה תליונים אחדים דמויי צלב ומטבעות שהמאוחרת ביותר מביניהן היא מימיו של הקיסר הביזנטי פוקאס (602–610). נתונים אלה ושיקולים נוספים הביאו את החופרים למסקנה שמדובר באחד ממקומות הקבורה אליו נאספו קרבנות הטבח שערכו הפרסים הסאסאנים, במסע האלים שלהם לארץ הקודש בשנת 614. על כשלושים מקומות קבורה שכאלה אליהם אסף תומאס הקברן את קרבנות הטבח ידוע מן המקורות ההיסטוריים (רשימה שנשתמרה בשש גרסאות בערבית ובגאורגית), ומהן עולה שבאזור ברכת ממילא (הוא האזור שמדובר בו כאן) נאספו למעלה מ-20,000 גופות. המערה הזו ודאי היא אחד ממקומות הקבורה, והמקום הראשון בסדרה זו שהתגלה בחפירות. למרות הזיהוי הברור שהנקברים במקום היו נוצרים, טען ארגון אתרא קדישא כי הם יהודים, הפריע למהלך החפירה ואחר כך ביקש לקבור את העצמות בקברוה יהודית.
התקופה האיובית.
החל מהתקופה האיובית נחשפו פניה החיצוניים של חומת העיר בקטע שמצפון לשער יפו. הממצאים הראו כי זהו קטע מביצור העיר שבנה השליט האיובי אל מלכ מועט'ם עיסא (קרי: מועזם), אחיינו של צלאח א-דין, בשנת 1212. כשבע שנים מאוחר יותר ציווה שליט זה להרוס את ביצורי העיר, שעל הקמתם שקד זמן קצר קודם לכן, מפחד שהצלבנים יכבשו מחדש את העיר ויקשה עליו לסלקם ממנה. מעשה זה הוא יחידאי בתולדות בנייתם של ביצורים.
שימור.