אחרי נפילת האימפריה הרומית, המשיכו ספינות המשוטים (אם כי בהיקף מעט יותר מצומצם) להיות אוניות המלחמה העיקריות של הממלכות שראו עצמן כיורשות האימפריה הרומית, ובעיקר האימפריה הביזנטית. במקביל הרכיבו ספינות המשוטים את ציי המלחמה של המדינות המוסלמיות החדשות. מדינות חדשות בים התיכון, ובמיוחד ונציה, פיזה וג'נובה החיו את השימוש בספינות משוטים מהמאה ה-14, עד שאניות הקרב בעלת המפרשים – אוניית הקו (ship of the line) הפכה אותן למיושנות ולכלי מלחמה שאבד עליו הכלח; הן שימשו עדיין בתפקידים שוליים עד לכניסת ההנעה בעזרת קיטור. קרב לפנטו (1571) היה אחד הקרבות הימיים הגדולים והאחרונים שבהם היו ספינות המשוטים כלי המלחמה העיקרי.
ספינות משוטים בעת העתיקה.
ספינות המשוטים הראשונות.
ספינות משוטים הפליגו בים התיכון כבר מהאלף ה-3 לפנה"ס. היוונים והפיניקים היו יורדי הים הראשונים שבנו והפעילו ספינות סוחר בעלות מפרש מרובע. אוניות המלחמה הראשונות מתוארות ביצירותיו של הומרוס ובציורים, ועל פי תיאורים אלה הן היו בעלות שורה אחת של חותרים בכל צד (בתוספת למפרש) – החותרים הוסיפו מהירות ויכולת תמרון.
למלחים באותה תקופה היו מעט מאוד כלים לניווט. מצפנים הוכנסו לשימוש אלפי שנים לאחר מכן, במאה ה-13, והתפתחותם של מכשירי ניווט כמו סקסטנט וכרונומטר, יחד עם המתמטיקה הדרושה כדי לקבוע את קו האורך וקו הרוחב הייתה עוד יותר מאוחרת. המלחים בתקופות קדומות אלו ניווטו לפי השמש והרוח; החל מהאלף ה-1 לפנה"ס כבר היה ניווט על פי הכוכבים ידוע ליורדי הים, ואיפשר ניווט בלילה, אך עדיין ללא מגע עין עם החוף היו הספינות מאבדות את דרכן. המשמעות לגבי בניית הספינות הייתה, שהתכונה החשובה ביותר לספינות הייתה יכולת התמרון, כדי לאפשר להן שיט צמוד לחוף דרך האיים; מעבר לכך, היכולת לשמור על מהירות, ללא תלות ברוח, בשייט בשעות היום, גם היא הייתה חשובה ביותר (כדי למנוע מצב שספינה תלויה ברוח תמצא עצמה מרוחקת מהיבשה ללא יכולת תמרון וניווט). משוטים היו המענה הטכנולוגי הטוב ביותר לבעיה.
ספינות משוטים בעלות 50 משוטים.
התפתחות איל נגיחה ימי בסביבות שנת 800 לפנה"ס שינתה את אופייה של הלוחמה הימית. עד אז התמקדה הלחימה בין שתי ספינות בקרב פנים אל פנים: הספינות היו למעשה מתנגשות זו בזו, ואז היו המלחים – הלוחמים שבכל ספינה – מנסים לעלות על ספינת האויב ולהכריע אותה בטקטיקות ושיטות של קרב יבשה. איל הנגיחה הותקן בחרטומן של ספינות משוטים, ונועד לפגוע בספינת האויב פגיעה אנושה מתחת לקו המים, או לגרום נזק חמור למשוטים; כעת הניצחון בקרב היה של הספינות בעלות יכולת התמרון הטובה יותר והמהירות הגבוהה יותר.
קיים ספק האם ספינות המשוטים המובסות הוטבעו ממש; המילה "טבעה" ביוונית יכולה להתפרש כ"ספוגה במים", וישנם תיאורים על ספינות משוטים מנצחות שגררו אחריהן את הספינות המובסות, בתום קרב. יש לזכור, שקשה מאוד להטביע ספינה עשויה מעץ, וגם במלחמות הנפוליוניות, אלפי שנים לאחר מכן, רוב הספינות המנוצחות נלכדו על ידי האויב, ורק מיעוטן טבעו או התפוצצו.
בניית ספינת משוטים יעילה הציבה בעיות טכנולוגיות קשות. ספינה המפליגה במהירות גבוהה יוצרת גל מתחת לחרטומה, ועליה לבזבז אנרגיה משמעותית כדי לטפס על הגל, המקשה על התקדמותה, ולפיכך הגברת המהירות דורשת אנרגיה רבה. ככל שהספינה ארוכה יותר, היא יכולה להגיע למהירות גבוהה יותר לפני שהיא נתקלת בבעיה זו, אך הטכנולוגיה שהייתה קיימת בתרבויות הים התיכון הקדומות הקשתה על בניית ספינות ארוכות. בתהליך של ניסוי וטעייה הגיעה המונרס – ספינת משוטים בעלת שורה אחת של חותרים בכל צד – למבנה של פנטקונטורוס, ספינה באורך של כ-38 מטרים, עם 25 חותרים בכל צד (בסך הכול 50 חותרים, ומכאן שמה). להערכת חוקרים, אונייה כזו הייתה יכולה להגיע למהירות של כ-9 קשרים – 18 קמ"ש, מהירות הנופלת רק בקשר אחד בערך מזו של סירות משוטים תחרותיות היום. אורכה של הספינה דרש מבוניה למתוח כבלים בין החרטום לירכתיים, כדי לאפשר חלוקה נכונה של העומס.
בירֶמות וטרירמות.
בסביבות המאה ה-6 לפנה"ס או המאה ה-7 לפנה"ס השתנה התכנון של ספינות המשוטים. בוני ספינות, כנראה בפיניקיה, הוסיפו שורה שנייה של משוטים מעל השורה הראשונה, מעין קומה שנייה, ויצרו ספינה בשם בירמה (bireme; המונח כנראה לא היה בשימוש באותה תקופה). היוונים העתיקו את הרעיון, ולאחר זמן לא רב הוסיפו שורה שלישית של חותרים, ויצרו ספינת משוטים שנקראה "טריארס" (trieres, מותאמת לשלושה). הרומאים קראו לתכנון זה טרירמיס (triremis, באנגלית – trireme).
מקורו של החידוש כנראה בפיניקיה. תוקידידס טוען שהחידוש שייך לבונה הספינות אמינוקלס מקורינתוס, בערך בשנת 700 לפנה"ס; הרודוטוס הוא הראשון שהעיד על השתתפותן של טרירמות בקרב: הוא מזכיר שפוליקרטס, טירן סאמוס החזיק טרירמות בצי שלו בשנת 539 לפנה"ס.
בתחילת המאה ה-5 לפנה"ס התמודדו ערי המדינה היווניות מול האימפריה הפרסית; זו האחרונה עשתה שימוש בספינות ששכרה מערים פיניקיות שהיו תחת שלטונה. אתונה הביסה את צי הפלישה הראשון בקרב מרתון בשנת 490 לפנה"ס. כשהגיעו הידיעות ליוון על התארגנות צבא פרסי עצום באסיה הקטנה, החלו היוונים בהרחבת הציים שלהם: בשנת 480 לפנה"ס החל מנהיג אתונה, תמיסטוקלס בתוכנית לבניית 200 טרירמות; כנראה שהפרויקט הוגשם באורח די מלא, שכן, כמדווח, השתתפו 180 טרירמות אתונאיות בקרב סלמיס בשנת 480 לפנה"ס, קרב שבו הובס צי הפלישה הפרסי.
טרירמות לחמו בקרבות הימיים של המלחמות הפלופונסיות, כולל קרב איגוספוטמוי בשנת 405 לפנה"ס, קרב שהשלים את תבוסתה של אתונה בידי ספרטה ובנות בריתה, והיה למעשה סיום המלחמה הפלופונסית השנייה.
קווינקורמות ופולירמות.
במאה ה-4 לפנה"ס, אחרי המלחמות הפלופונסיות, הורגש בציי המלחמה השונים מחסור בחותרים בעלי ידע וניסיון מספיקים כדי לאייש מספר גדול של טרירמות. נוצר אם כן צורך בהמרת הידע והמקצועיות שהיו דרושים להפעלת טרירמות, בסוג חדש של ספינת משוטים שתדרוש כוח פיזי ולא יותר. דיוניסיוס מסירקוסאי החל לבנות טטררות (קוואדרירמות) ופנטרות (קווינקוורמות). היסטוריונים מודרניים מסבירים, שהמספרים המתארים ספינות משוטים אלו לא היו מספר שורות המשוטים, כפי שהיה בטרירמות ובבירמות, אלא מספר החותרים היושבים בכל צד. כך, קוואדרירמות – ספינות של ארבעה – לא נשאו ארבע שורות משוטים, אלא היו ספינות בעלות שורת משוטים אחת, כאשר כל משוט מופעל על ידי ארבעה חותרים, או שתי שורות משוטים עם שני חותרים למשוט, או שלוש שורות משוטים, כאשר בשתי שורות חותר אחד מפעיל משוט, ובשורה העליונה שני חותרים מפעילים משוט. כנראה שהיו ספינות מכל אחד מהסוגים הללו.
במקביל לשינויים אלו, התחוללו גם שינויים בטקטיקה הימית; הציים הלוחמים נשענו יותר על השתלטות על ספינת האויב (על ידי היצמדות עליה ועלייה על סיפונה) ועל הפיכת ספינות המשוטים לפלטפורמות הנושאות ארטילריה. במלחמות הדיאדוכים (322 – 281 לפנה"ס), המלחמות שבין יורשי אלכסנדר מוקדון, נבנו ספינות משוטים גדולות יותר ויותר; השיא היה בימיו של דמטריון הראשון, מלך מוקדון, שבנה ספינות של שישה עשר חותרים לכל משוט (!)
למרות זאת, עדיין נעשה שימוש בטרירמות ובאוניות קטנות יותר. הליבורנים (תושבי ליבורניה, חבל ארץ הנמצא בקרואטיה של היום נודעו אצל הרומאים כשודדי ים, שפשטו בכל רחבי הים האדריאטי. ספינותיהם היו מעין טרירמות קטנות וקלות יותר, ונקראו בפי הרומאים ליבורנות. אוניות אלו הוכיחו עצמן כיעילות למדי בקרב נגד האוניות הכבדות יותר, הודות ליכולת התמרון הגבוהה שלהן. בקרב הימי הגדול האחרון של העת העתיקה, קרב אקטיום, בשנת 31 לפנה"ס, ניצח הצי של אוקטביאנוס, שהורכב בעיקר מספינות קלות ובעלות יכולת תמרון גבוהה, את הצי של מרקוס אנטוניוס, שספינותיו היו כבדות ומגושמות יותר. הקיסרות הרומית שלטה מעתה בים התיכון כולו; ציי מלחמה גדולים הפכו מיותרים. עד שנת 325 לספירה לא היו יותר ספינות משוטים בעלות שורות רבות של משוטים.
ספינות משוטים בזמנים מאוחרים יותר.
ספינות משוטים בימי הביניים.
ספינות משוטים התפתחו בצפון אירופה מספינות הויקינגים. הספינות הארוכות (longships) של הוויקינגים הונעו על ידי מפרש, אך בצפון אירופה הוסיפו להן משוטים. בין 1263 ל-1500 השתמשו מלכים בסקוטלנד בספינות משוטים, לקרב ולהובלה בתוך נחלותיהם הימיות. נחלות אלו כללו את החוף המערבי של סקוטלנד, את האיים ההברידיים (הנמצאים ממערב לאי הבריטי, במקביל לחוף של סקוטלנד), ואת החוף הצפון-מזרחי של אירלנד. ספינות המשוטים שימשו לקרבות ימיים ולתקיפת מבצרים וטירות שהיו על החוף. הציים השונים נבנו בדרך שהייתה מקובלת בתקופה הפיאודלית (ראו:פיאודליזם) – הוסאל היה מחויב לספק לסניור ספינות במספר ובעוצמה מסוימת.
ציורים של ספינות משוטים שנמצאו חרוטים על אבני מצבה משנת 1350 ואילך מראים פרטים על תכנונן של ספינות אלו. החל מהמאה ה-14 החלו בוני הספינות להעדיף התקנת משוט-הגה להיגוי הספינה (כלומר: משוט אחד המחובר לירכתי הספינה, שבהטייתו ימינה או שמאלה יכול ההגאי לכוון את האונייה) על פני היגוי בעזרת המשוטים; שינוי זה חייב גם עיצוב מחדש של הירכתיים. מסמך משנת 1624 ניתן ללמוד על כמה סוגי ספינות משוטים שהיו בשימוש: ספינת משוטים רגילה הייתה בת 18 עד 24 משוטים, בירלין (כנראה ממילה בנורווגית שמשמעה "ספינת מטען") – בת 12 עד 18 משוטים, ולימפד (כנראה שיבוש המילים בגאלית "לונג פאדה", שמשמעו ספינה ארוכה – באופן מוזר, המשמעות הפוכה: לונג פירושו ספינה, ופאדה – ארוכה) – ספינה קטנה עוד יותר.