חתימת הסכם השלום בין ישראל למצרים, ב-26 במרץ 1979 קבעה את קו הגבול בין המדינות בקו עקבה רפיח, בזיקה להגבול המנדטורי. היישובים הישראלים שהוקמו מצידו השני של הגבול נהרסו לפי החלטת ממשלת ישראל (התכנון המקורי היה למכור את המבנים והתשתיות למצרים).
על פי הסכם השלום, נקבע קו אל עריש – ראס מוחמד כקו ביניים לנסיגה המתוכננת לגבול הבינלאומי. קו זה נמדד וסומן בשטח, וב-25 בינואר 1980 התייצבו כוחות צה"ל מצידו המזרחי של הקו. לאחר שנתיים ושלושה חודשים בקו הביניים, ב-25 באפריל 1982, בדיוק על פי לוח הזמנים של הסכם השלום, נסוגה ישראל אל הגבול הבינלאומי. כוחות צה"ל התייצבו באופן סמלי מעט מזרחה לקו הגבול הבינלאומי - כיוון שמצרים הסכימה לפרז שטח נרחב בחצי האי סיני, וכדי להפגין הדדיות, קבע הסכם השלום שישראל לא תציב את כוחותיה על הגבול עצמו אלא מעט מזרחה לו, כמחווה סמלית.
בעיה נוצרה באזור טאבה שכן סימון הגבול במפות משנת 1906 לא היה ברור. אבני הגבול שסימנו את הגבול בשטח לא הגיעו עד לחוף הים (הסיבה לכך אינה ידועה), ובמפות 1906 התגלו סתירות בין הסימון הבריטי (שהכליל את טאבה במצרים הבריטית) לסימון העות'מאני (שהכליל את טאבה בארץ ישראל העות'מאנית). לדעת ישראל, בהסתמך על המפות העות'מאניות, האזור המכונה טאבה הנמצא מערבית לאילת נמצא בשטחה, ולכן היא לא נסוגה ממנו, ואפשרה בו הקמת מלון ומתקני תיירות ישראליים. מצרים, בהסתמך על מפות בריטיות, טענה כי הגבול עובר ממזרח לטאבה ותבעה נסיגה ישראלית מהאזור. הפתרון היה בוררות בינלאומית שקבעה שיש לקבוע את קו הגבול בזיקה למפות המנדט הבריטי, שכן זה מה שהוסכם בחוזה השלום בין ישראל למצרים. בשנת 1989 הגיעה ישראל להסכם עם מצרים על-פיו טאבה תועבר לשטח מצרים, אולם מלון ומתקני התיירות יישארו בידי בעליהם הישראלים, אולם אלה הזדרזו למכור אותם זמן קצר אחרי העברת השטח למצרים (להרחבה ראו הערך טאבה)
על אף היותו גבול לא טבעי, ניתן לראותו בבירור מהחלל (בעיקר בחלקו הצפוני). האדמה בצד המצרי בהירה יותר, עקב פעילות עדרי הבדווים שם.
בשנת 2010 החליט ראש הממשלה בנימין נתניהו כי כל גבול ישראל-מצרים יגודר, זאת במטרה לצמצם חדירת איומים ביטחוניים ומהגרים בלתי חוקיים ממצרים לישראל. בניית הגדר הושלמה בדצמבר 2013.
כיום פעילים בגבול ישראל-מצרים שלושה מעברי גבול (בנוסף למעבר רפיח בין הרשות הפלסטינית ובין מצרים):
גבול הדרום של מדינת ישראל - רצועת עזה.
על פי תוכנית החלוקה כלל הגוש הדרומי של המדינה הערבית המוצעת את אזור רצועת עזה המורחב מעט צפונית לאיסדוד ועד לרפיח וכן רצועה במערב הנגב באזור רפיח ניצנה (שכונה אז "עוג'ה") וביר עסלוג'.
במהלך מלחמת העצמאות, כאשר הדף צה"ל את הפלישה המצרית, השתלט צה"ל על חלקים נרחבים משטח זה ואילו המצרים השתלטו על יתרת השטח. איסדוד ומג'דל (היום אשקלון), שנכללו בשטח המדינה הערבית המוצעת, נכבשו, וכן נכבש השטח בצפון מערב הנגב וגם שטחים באזור באר שבע.
במסגרת הסכמי רודוס ב-1949 סוכם על קווי שביתת הנשק עם מצרים. מאוחר יותר, בתחילת 1950 הקו תוקן במסגרת "פשרת שעה" שקיבלה תוקף מחייב (להרחבה ראו הסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות). קו זה הוא הקו המשמש כיום כגבולה של רצועת עזה. מצרים לא סיפחה את הרצועה (לעומת ירדן שסיפחה את יהודה ושומרון), אך הטילה עליה ממשל צבאי מצרי.
במהלך מבצע סיני בשנת 1956 כבש צה"ל את הרצועה, והטיל עליה גם הוא משטר צבאי, אך נסוג בלחץ בינלאומי לאחר זמן קצר.
במלחמת ששת הימים בשנת 1967 נכבשה הרצועה על ידי מדינת ישראל. בדומה למדיניותה כלפי יהודה ושומרון (למעט ירושלים) וכלפי סיני, נמנעה מדינת ישראל מלהחיל את המשפט הישראלי על רצועת עזה, אך לא נמנעה מלהקים בה יישובים, לרבות גוש יישובים גדול שנקרא גוש קטיף.
על פי הסכם השלום בין ישראל למצרים לא השתנה מעמדה של הרצועה, אם כי על פי תוכנית האוטונומיה והסכמי קמפ דייוויד אמור היה לקום שלטון עצמי פלסטיני שטיבו המדויק לא נקבע. הסדר מיוחד חל בעיר רפיח שבמהלך שנות השלטון הישראלי בחצי האי סיני גדלה והתפתחה אל צידו המצרי של הגבול. העיר נחצתה לשניים, וחלקה המערבי עבר לשליטת מצרים.
על פי הסכמי אוסלו, נותרה בידי ישראל השליטה על האזורים של גוש קטיף השוכן בין ח'אן יונס ורפיח לבין הים, הדרך המובילה ("ציר כיסופים" וכן "גשר מור") אל גוש קטיף ממחסום כיסופים וכפר דרום הנמצא סמוך לדרך זו, היישוב נצרים הנמצא מדרום לעיר עזה, וסמוך למחנה הפליטים נוסראת, והיישובים ניסנית, דוגית, ואלי סיני השוכנים בצפון הרצועה. כמו כן נותרה בשליטה ישראלית רצועה צרה לאורך הגבול בין רצועת עזה לבין מצרים ("ציר פילדלפי"), ושליטה על מעבר הגבול עם מצרים ברפיח. בשאר חלקי הרצועה השליטה עברה לידי הרשות הפלסטינית אם כי הריבונות נותרה בידי צה"ל. במקביל, נבנתה באמצע שנות התשעים גדר מערכת מסביב לרצועת עזה, בתוואי קווי שביתת-הנשק מ-1949.
בשנת 2004 התקבלה בכנסת תוכנית ההתנתקות, ובה נסוג צה"ל מן הרצועה, באופן חד צדדי, והותיר אותה בשליטתה המלאה של הרשות הפלסטינית. היישובים הישראליים ברצועה נהרסו על-פי החלטת ממשלת ישראל, וציר פילדלפי הועבר לפיקוח ביטחוני מצרי, לפי הסכם מיוחד ששינה במידת-מה את תנאי הסכם השלום. התוכנית בוצעה באוגוסט 2005 והסתיימה ב-12 בספטמבר 2005. מדינת ישראל הודיעה על ביטול הממשל הצבאי ברצועת עזה והחלה להתייחס ל"קו הירוק" באזור הרצועה כאל גבול בינלאומי. זאת, על אף שישראל אינה מכירה ברשות הפלסטינית כמדינה, וגם מבחינה בינלאומית מעמדה של הרשות אינו סופי. ממשלת ארצות הברית, האיחוד האירופי ומדינות אחרות, מצהירים כי מטרתו הסופית של התהליך היא יצירת מדינה פלסטינית שתתקיים בשלום לצד מדינת ישראל.
על אף הנסיגה משטח הרצועה, שמרה ישראל לעצמה את השליטה במרחב האווירי של רצועת עזה, ובמימיה הטריטוריאליים. גם חלק מהתשתיות החיוניות ברצועת עזה נותרו תלויות במדינת ישראל. מעבר גבול מסודר בין מצרים לרצועת עזה, בפיקוח ישראלי חלקי, היה אמור להתקיים ברפיח. בפועל המעבר הפסיק לפעול והגבול נפרץ פעמים רבות על ידי הפלסטינים. בעיר רפיח מתנהלת פעילות ענפה של חפירת מנהרות מתחת לקו הגבול, שמשמשות להברחת סחורות ונשק. בשנת 2012 החל הצבא המצרי בפעילות להפסקת הפעילות במנהרות, ובשנת 2013 החל להכשיר מחדש את ציר פילדלפי כציר ביטחוני, תוך הרס מבנים שנבנו במהלך השנים לאורך תוואי הציר.
סביב הגבולות הצפוניים והמזרחיים של רצועת עזה, שנקראים ציר הוברס, הקים צה"ל את מערך ההגנה "בני קשת" הכולל גדרות, דרכי פטרולים, דרכי טשטוש, חומה ליד נתיב העשרה, פילבוקסים, מערכות תצפית, מערכת "רואה-יורה" וכוחות שונים המסיירים סביב הציר ושומרים עליו.
בנוסף הוקמו גדר המערכת סביב רצועת עזה, המכשול נגד מנהרות בגבול רצועת עזה והמכשול הימי בגבול רצועת עזה.
בגבול שבין ישראל לרצועת עזה פעילים כיום ארבעה מעברים, המשמשים בעיקר למעבר סחורות אל תוך הרצועה וממנה. אלו הם: מעבר ארז, מעבר קרני, מעבר סופה ומעבר כרם שלום.
גבולות ימיים.
בים התיכון.
לישראל גבול ימי ארוך בים התיכון המבדיל בין המים הטריטוריאליים שלה (12 מייל ימי מהחוף) למים בינלאומיים. מיקומו של הקו המפריד בין תחום השליטה האזרחית הישראלית לבין התחום הבינלאומי נקבע בהתאם לאמנות בינלאומיות, אולם ישראל מפעילה פיקוח צבאי גם על אזורים בים התיכון הנמצאים מעבר לקו הזה. חיפוש גז טבעי ונפט בים התיכון הצריך התייחסות לגבולות האזור הכלכלי הבלעדי של ישראל - אזור הים שהזכויות למשאבי טבע בו הן בידי ישראל, ומשתרע עד למרחק של 370 ק"מ מחופיה. ב-17 בדצמבר 2010 חתמו ישראל וקפריסין על הסכם תיחום בין שתי המדינות. הסכם זה מהווה למעשה הגבול בין מדינת ישראל לבין האיחוד האירופי, שכן קפריסין חברה באיחוד האירופי.
חיל הים הוא האחראי על הגנת הגבולות הימיים ועל הפיקוח הצבאי שמטילה ישראל מעבר לגבולות האלה. הפיקוח על הנעשה בתוך תחום המים הטריטוריאליים של ישראל נמצא בסמכות יחידות השיטור הימי של משטרת ישראל. ככלל הגבולות הימיים של ישראל שקטים יחסית והסכסוכים עם מדינות אחרות לחוף הים התיכון מעטים, אולם היו בעבר חדירות לתוך שטח ישראל דרך הים, בפרט מלבנון (מהמקרים הידועים: הטבח בכביש החוף והפיגוע בנהריה). כמו כן התנהלו מספר קרבות ימיים בין ישראל למצרים במהלך מלחמת ששת הימים ומלחמת יום הכיפורים.
הפיקוח ההדוק (כולל דרישה לאישור של כל יציאת ספינת דייגים) שמפעיל חיל הים על חופה של רצועת עזה (גם לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות) מהווה את אחת מנקודות החיכוך המשמעותיות של ישראל אל מול הפלסטינים.
ב-14 באוקטובר 2020, החל המשא ומתן בין ישראל ללבנון. השיחות עוסקות בקביעת הגבול הימי-כלכלי בין המדינות, ובמחלוקת על שטח שגודלו הוא כ-550 ק"מ רבוע.
בים סוף.
לישראל גבול ימי קצר במפרץ אילת עם מצרים וירדן כאשר חלק מתחום המים הטריטוריאליים המצריים באזור מוגדר כניתן לכניסת ישראלים ללא דרישה לדרכון.
הגבול הימי בין ישראל לירדן נקבע ב-1996 בעקבות הסכם השלום בין המדינות מ-1994.