שני בתי המחוקקים יצאו לפגרה ב-25 ביולי והיו אמורים לחזור לפעילות ב-3 בספטמבר. ב-28 באוגוסט הכריז ג'ונסון שבכוונתו לבקש מהמלכה להשבית (prorogue) את הפרלמנט עד ל-14 באוקטובר. המהלך התפרש כניסיון לקצר את הזמן שבמהלכו יכולים המחוקקים להתנגד לפרישה ללא הסכם. המלכה הודיעה שתפעל לפי עצתו של ראש הממשלה. החלטת המלכה נתפסה כחלק מההליך החוקתי המקובל שלפיו בית המלוכה שומר על נייטרליות בעניינים פוליטיים ופועל לפי עצת ראש הממשלה.
על אף ההשבתה של הפרלמנט, בית המחוקקים התכנס ב-3 בספטמבר לאחר שהונחה הצעה לסדר היום לדיון חירום. 21 "מורדים" מהמפלגה השמרנית הצביעו בעד ההצעה לסדר היום (כלומר בעד קיום דיון החירום) והמשיכו להצביע נגד הממשלה בימים שלאחר מכן. כתוצאה מכך, ג'ונסון ספג שורה של הפסדים בבית הנבחרים. האופוזיציה, יחד עם המורדים השמרנים, העבירו ב-4 בספטמבר הצעת חוק של הילרי בן שדורשת מראש הממשלה לבקש מהאיחוד האירופי לדחות את מועד היציאה מהאיחוד ל-31 בינואר 2020 אם לא יצליח להשיג הסכם ולאשרו בפרלמנט עד 19 באוקטובר. הצעה זו נחתמה על ידי המלכה והפכה לחוק ב-9 בספטמבר. הצעת חוק נוספת שעברה ב-9 בספטמבר דורשת מבכירים בממשל להציג בפני בית הנבחרים את ההתכתבויות הפרטיות שלהם לגבי ההשבתה של הפרלמנט. ג'ונסון הודיע בתגובה לתבוסות בבית המחוקקים שהוא יבקש בחירות בזק לפרלמנט, אך הוא הובס גם בשתי הצעות חוק להקדמת הבחירות היות שלא הצליח להשיג תמיכה של שני שלישים מהצירים בבית הנבחרים. בנוסף, ג'ון ברקו הודיע שיפרוש ב-31 באוקטובר מתפקידו כיושב ראש בית הנבחרים.
בתגובה להשבתת הפרלמנט הוגשו מספר עתירות לבתי משפט בממלכה המאוחדת. בית המשפט הגבוה של אנגליה וויילס החליט לדחות את העתירות בטענה שהסוגיה אינה שפיטה, ואילו בית המשפט הגבוה של סקוטלנד החליט שהסוגיה שפיטה ושההשבתה אינה חוקית. בעקבות זאת הוגשו עתירות לבית המשפט העליון, אחת של ג'ינה מילר שערערה על החלטת בית המשפט הגבוה של אנגליה וויילס, ושנייה של הממשלה שערערה על החלטת בית המשפט הגבוה של סקוטלנד. ב-24 בספטמבר בית המשפט העליון החליט פה אחד, בהרכב מיוחד של אחד עשר שופטים, שהסוגיה שפיטה וההשבתה אינה חוקית. בהחלטת בית המשפט, שרבים כינו "היסטורית" ו"חסרת תקדים", נקבע שעצתו של ראש הממשלה למלכה היא "לא חוקית, בטלה, וללא השפעה", כיוון שלא ניתנה הצדקה סבירה לפעולה, שיכולה הייתה לערער באופן קיצוני את יסודות הדמוקרטיה בממלכה המאוחדת. לכן, לפי השופטים, גם ההשבתה עצמה לא חוקית ובטלה.
הסכם ממשלת ג'ונסון עם האיחוד האירופי.
ב-17 באוקטובר 2019 הכריזו נציגי האיחוד האירופי ונציגי ממשלת ג'ונסון על הסכם חדש בין הצדדים. ההסכם מבוסס על ההסכם הקודם בין ממשלת מיי לאיחוד, אך כולל מספר שינויים, החשוב ביניהם נוגע לגבול בין בריטניה לאירלנד. לפי ההסכם הממלכה המאוחדת כולה, כולל צפון אירלנד, תהווה אזור מכס ורגולציה נפרד מהאיחוד האירופי, אבל צפון אירלנד תיישם את תקנות המכס והרגולציה של האיחוד האירופי לתקופה של ארבע שנים לאחר סיום תקופת המעבר (דצמבר 2020). בתקופה זו הים האירי יהווה בפועל מחסום מכס בין בריטניה הגדולה לבין צפון אירלנד. לפני תום ארבע השנים האספה הצפון אירית תוכל להצביע על המשך ההסדר.
ממשלת ג'ונסון והאיחוד האירופי צרפו להסכם הצהרה פוליטית בלתי-מחייבת הנוגעת להסדרים עתידיים בין הצדדים. לפי ההצהרה היחסים העתידיים יהיו מבוססים על הערכים המשותפים של הצדדים, על איזון בין חובות וזכויות ועל כוונתם ליצור שותפות המבוססת על הסמי סחר חופשי, הסכמים לגבי תנועה חופשית של הון ומדיניות משותפת בנושאים כגון אכיפה של חוקים, מדיניות חוץ, מדיניות ביטחונית, הגנה על זכויות קניין רוחני והגנה על פרטיות נתונים.
ג'ונסון הביא את הצעת ההסכם לאישור בית הנבחרים הבריטי ב-19 באוקטובר. זו הייתה הפעם הראשונה מאז מלחמת פוקלנד ב-1982 שבית הנבחרים התכנס ביום שבת. מחוץ לפרלמנט, מאות אלפים הפגינו נגד היציאה מהאיחוד ובעד משאל עם שני. לפני שהתאפשר לנבחרים להצביע על ההסכם, הם הצביעו על תיקון לחוק שהציע אוליבר לטווין , אחד המורדים במפלגה השמרנית, שהפך לעצמאי אחרי שהצביע נגד עמדת מפלגתו ב-3 בספטמבר. לפי התיקון, שאושר ברוב של 322 תומכים מול 306 מתנגדים, הפרלמנט הבריטי יעכב את הסכמתו הסופית להסכם עד שכל החקיקה הנלווית לו תעבור. אישור התיקון התקבל כתבוסה לג'ונסון, כיוון שהוא הפך הצבעה על ההסכם באותו היום לחסרת משמעות. בעקבות התיקון, ההצבעה על ההסכם הוסרה מסדר היום. תומכי התיקון טענו שהוא יתן לנבחרים יותר זמן להבין את המשמעויות של ההסכם וימנע מצב שבו בית הנבחרים מאשר את ההסכם לפני שדן בפרטיו ואישר את החקיקה המתחייבת לפיו.
על אף שהחוק שעבר ב-9 בספטמבר מחייב את ראש הממשלה לבקש מהאיחוד האירופי לדחות את מועד הפרישה מהאיחוד ל-31 בינואר 2020 אם הפרלמנט לא אישר הסכם עד 19 באוקטובר, ג'ונסון טען מייד לאחר ההצבעה שהוא לא מחויב לבקש דחייה ושהוא לא מתכנן לעשות זאת. הוא הודיע שיביא את החקיקה הרלוונטית לאישור בית הנבחרים בשבוע שלאחר מכן. מאוחר יותר באותו היום ג'ונסון שלח לנשיא המועצה האירופית דונלד טוסק עותק לא חתום של בקשת ההארכה שהחוק דרש ממנו לשלוח ומכתב חתום שמסביר מדוע ממשלתו לא רצתה לבקש דחייה נוספת. בכירים באיחוד האירופי אמרו שהמועצה האירופית תתייחס למכתבים כבקשה להארכה ושהם יקבלו אותה אם ההסכם לא יאושר בפרלמנט הממלכה המאוחדת.
ב-21 באוקטובר ניסה ג'ונסון להעלות את אישור ההסכם להצבעה פעם נוספת, אך הצעת החקיקה נדחתה על ידי יושב ראש בית הנבחרים ג'ון ברקו בטענה שאין זה מקובל לדון בשנית על הצעה מייד לאחר שנדחתה ומבלי שנערכו בה שינויים. בעקבות זאת פרסמה הממשלה את הצעת החקיקה המלאה, שנועדה ליישם את ההסכם. ההצעה כוללת, בנוסף לפרטים לגבי ההסדר בצפון אירלנד ולגבי תקופת המעבר, גם הבטחות לגבי שמירת זכויות העובדים לאחר הפרישה מהאיחוד.
ב-22 באוקטובר אישר בית הנבחרים קריאה שנייה של הצעת החוק לפרישה מהאיחוד ברוב של 329 תומכים מול 299 מתנגדים. זו הייתה הפעם הראשונה שבה בית הנבחרים הצביע בעד הסכם פרישה. אולם, הממשלה הפסידה בהצבעה על סעיף שאמור היה לאפשר אישור של סעיפי החוק בפרלמנט בחקיקת בזק וכך לאפשר את אישור ההסכם לפני 31 באוקטובר. הסעיף נדחה ברוב של 322 מתנגדים מול 308 תומכים. הוא נתקל בהתנגדות שהובלה על ידי השמרנים לשעבר פיליפ האמונד ורורי סטיוארט , שמרדו בעמדת הממשלה בספטמבר והפכו לעצמאיים.
מייד לאחר ההצבעה אמר ג'ונסון שהוא יקפיא את הדיונים על הצעת חוק הפרישה בפרלמנט ויאיץ את ההכנות לקראת פרישה ללא הסכם. יומיים לאחר מכן הוא הודיע שיבקש מבית הנבחרים להקדים את הבחירות ל-12 בדצמבר 2019. על פי חוק המשך הקבוע של כהונת הפרלמנט מ-2011, ג'ונסון יצטרך לגייס תמיכה של שני שלישים מהנבחרים כדי להקדים את הבחירות. בממלכה המאוחדת הודעה זו פורשה כנסיגה של ג'ונסון מההבטחה לצאת מהאיחוד האירופי עם או בלי הסכם עד 31 באוקטובר.
ב-28 באוקטובר הודיע דונלד טוסק שהמועצה האירופית אישרה את הבקשה של ג'ונסון לדחות את תאריך היעד ליציאה מהאיחוד האירופי ל-31 בינואר 2020. המועצה הגדירה את ההארכה כ"גמישה" והותירה את האפשרות שהממלכה המאוחדת תפרוש בתאריך מוקדם יותר אם ההסכם יאושרר בבית הנבחרים הבריטי לפני 31 בינואר. ג'ונסון ענה במכתב בו כתב שהוא מקבל את ההארכה על אף שהיא "נכפתה על הממשלה בניגוד לרצונה". באותו היום פתחה הממשלה בדיונים בבית הנבחרים על הקדמה של הבחירות ויום לאחר מכן נקבע שהבחירות לפרלמנט הבריטי ייערכו ב-12 בדצמבר.
ממשלת ג'ונסון השנייה: אישור ההסכם ופרישה.
בבחירות הכלליות שנערכו ב-12 בדצמבר 2019, זכתה המפלגה השמרנית ב-365 מושבים בבית הנבחרים. הניצחון העניק למפלגה רוב מוחלט של יותר מ-50% מהמושבים (326) ויתרון של 80 מושבים על פני מפלגות האופוזיציה. הבטחת הבחירות המרכזית של ג'ונסון הייתה לפרוש מהאיחוד עד 31 בינואר 2020 וסיסמת הבחירות שלו הייתה "Get Brexit Done".
לאחר הבחירות, ב-20 בדצמבר 2019, אישר בית הנבחרים את ההסכם עם האיחוד האירופי, ברוב של 358 תומכים מול 234 מתנגדים. ב-22 בינואר 2020 הפרלמנט הבריטי אישר סופית את הצעת החוק לאישור ההסכם, ברוב של 342 תומכים מול 234 מתנגדים, זאת לאחר שבית הנבחרים דחה מספר תיקונים שהוצעו על ידי בית הלורדים ובית הלורדים החליט לא להציע תיקונים נוספים. יום לאחר מכן הצעת החוק קיבלה את אישור המלכה ובכך הפכה לחוק מחייב.
הפרלמנט האירופי אישר את ההסכם ב-29 בינואר, ברוב של 621 תומכים מול 49 מתנגדים. זו הייתה ההצבעה האחרונה של נציגים בריטיים בפרלמנט האירופי. 27 המדינות הנותרות באיחוד נתנו את הסכמתן הסופית להסכם כשאישרו אותו פה אחד במועצה האירופית.
ב-31 בינואר, בשעה 23:00 שעון לונדון, חצות שעון בריסל, ההסכם יצא לפועל והממלכה המאוחדת פרשה מהאיחוד.
לאחר הפרישה.
מייד עם פרישת הממלכה המאוחדת מהאיחוד החלה תקופת מעבר שנמשכה עד 31 בדצמבר 2020. במהלך תקופת המעבר נשמר הסטטוס קוו והצדדים דנים על הסכם קבע. ב-12 ביוני 2020 הודיעה הממלכה המאוחדת רשמית שהיא לא מעוניינת בהארכה של תקופת המעבר. ב-24 בדצמבר 2020 נחתם הסכם סופי מקיף בין האיחוד לממלכה המאוחדת, המכסה את סוגיות הדיג, הסחר החופשי והמכסים, הגבולות ויתר העניינים שהיו שנויים במחלוקת.
מחלוקות בנושא הברקזיט, בעיקר סביב צפון אירלנד, נמשכו לאחר מכן. היו שקישרו זאת למהומות שפרצו בצפון אירלנד באפריל 2021.