הבחירות היו בהגרלה. מושל ליבורנו היה בוחר חמישה מהפתקים שהיו בקלפי. הבחירה הייתה טעונה אישור הגוף הבוחר שהיה מורכב מראשוני המתיישבים בעיר ואלה שחברי הגוף הקיים הסכימו לצרף אליהם. תנאים מוקדמים להכללה בגוף הבוחר היו: המועמד לא פשט את הרגל, לא עסק במקצוע התיווך, גר שנתיים בעיר וכניסתו וישיבתו בליבורנו היא בהתאם לחוק. הבחירות היו אחת לשנה, סמוך לחנוכה - תחילת השנה האזרחית. ההכרזה על בחירת הפרנסים החדשים הייתה בבית הכנסת בשבת חנוכה. כהונת הפרנסים הייתה כדלקמן: השניים הראשונים כיהנו בחצי שנה הראשונה והשניים האחרים - בחצי שנה השנייה, אחד הפרנסים היה ברזרבה. הפרנסים היו סוחרים ובעלי הון יוצאי ספרד ופורטוגל. יוצאי איטליה והלבנט לא מונו לפרנסים אפילו אם היו בעלי הון. במרוצת הזמן היו שסירבו לקבל את התפקיד, ונקנסו עקב כך, בהתאם לתקנות. הפתרון נמצא בשינוי התקנות שנערך בשנת 1655. התקנות החדשות דנו בסעיפים הפותחים את קובץ התקנות בסדרי ארגון בחירת הפרנסים. זאת, בשונה מהתקנות של קהילות ספרדיות אחרות מאותה תקופה, בערים: פיזה, אמסטרדם ולונדון שבתקנותיהם דנו תחילה בסדרי בית הכנסת. בתקנות החדשות של קהילת ליבורנו נקבע, כי המועמדים להיבחר לפרנסים יבחרו על ידי גוף בוחר של עשרה אנשים. הגוף יהיה מורכב מחמשת הפרנסים המסיימים את תפקידם ועוד חמישה אנשים שהם יצרפו אליהם. הפרנסים החדשים היו נבחרים שוב בהגרלה (הפעם ללא המושל וללא השופט) והגוף הבוחר היה מאשר אותם.
ניהול הקהילה - הפרנסים והמועצה.
הבחירה לתפקיד פרנס הייתה כרוכה בעבודה קשה. בתקופת כהונתו הפרנס נאלץ להפסיק את עסקיו הפרטיים ולכן נקבע במרוצת השנים כי הכהונה של הפרנסים תצומצם לשלושה חודשים, כל פרנס יכהן רבע שנה ולאחר מכן שנתיים לא ניתן יהיה לבחור בו שוב. פתרון נוסף היה הקמת ועדות. חשובה הייתה הוועדה הממונה על האדמיניסטרציה הכספית, כולל הטלת מיסים, שמנתה 45 חברים. לוועדה זו היה חשוב הגיבוי הציבורי שלה. הייתה גם ועדה לאישור נשיאת נשק ובה היו חמישה חברים. נשיאת נשק במקום ציבורי, הליכה בליווי שומרי ראש ונסיעה במרכבה היו בין הזכויות המיוחדות הכלולות ב"הליוורנינה". מינוי חברי הוועדות היה לפי ראות עיניהם של הפרנסים.
הוועדות לא יכלו להיות מכשיר יעיל לניהול הקהילה. מה עוד שמספר הנפשות בקהילה הלך וגדל במרוצת השנים עד שהגיע ל-6,000. הקהילה החליטה על הקמת מועצת ה-12. הפרנסים מינו המועצה הראשונה בשנת 1663. תפקידה היה לנהל את ענייני הקהילה. כשהדוכס של טוסקנה אישר את קיומה היא הפכה לאחת מהמוסדות הרשמיים וכונתה : "מועצת השנים-עשר" (Doze או dodici deputati). המינוי היה לכל החיים. הפרנסים מינו חבר חדש כאשר חבר במועצה נעדר מהעיר או נפטר.
לדוכס הוגשה הצעת חוק לפיה יהיה גוף של 40 איש שינהל את ענייני הקהילה:
נקבע גם כי בעת הצורך תוקם ועדה של מומחים למשפט. הגבלה חדשה הוטלה על הפרנסים: בני משפחה אחת לא יוכלו לכהן, זה אחרי זה, אלא בהפרש של שנה לפחות.
ארגון הקהילה ומוסדותיה.
הקהילה שצמחה במהירות הקימה רשת של מוסדות חינוך, סעד, מינהל ומשפט.
הגבאים.
עושרה של הקהילה הביא לכך שבקשות כספיות לעזרה הגיעו אליה מקהילות יהודיות רבות בעולם. פעילות רבה הייתה בתחום פדיון שבויים ועזרה לתושבי ארץ ישראל העניים והתלמידי חכמים. על כך היו מופקדים כשמונה גבאים. היו גבאים שהיו מופקדים על כל תחום ותחום.
גבאים נוספים היו: ממונה על אסירים עניים ועל חברה קדישא. משרות הגבאים לא היו משרות בשכר. הגבאים נבחרו אחת לשנה, בראשית השנה האזרחית. בשנת 1661 הוחלט כי הבחירות ייערכו ביום ראשון של ראש השנה.
מערכת החינוך.
מערכת החינוך כללה: כיתות לימוד לנערים לאוכלוסייה מוגבלת, בתי מדרש וישיבות. מוכרות הישיבות הבאות: בית מדרש ולנסיה בראשות הרב נתן אשכנזי 1653, הישיבה של מרדכי דה סוריה בה ר' יעקב ששפורטש ובסוף המאה ה-19 ישיבת "ראשית חכמה" שבראשה עמד הרב דוד ניטו, בטרם יציאתו לכהונת רבה של יהדות לונדון.
התערבות פרנסי הקהילה בחינוך החלה בשנת 1664, כאשר נקבעה תקנה כי בני הקהילה חייבים לשלוח את בניהם לתלמוד תורה ונאסר עליהם לשכור מורים פרטיים או לשלוח אותם לבתי ספר פרטיים. באותה הזדמנות ה"מלמדים" נדרשו לפקח את התנהגות התלמידים גם מחוץ למסגרת הלימודים, כולל בזמן קריאת התורה בבית הכנסת.
ועדת האיסור והיתר.
הוועדה מנתה שלושה תלמידי חכמים והם היו פוסקים בענייני הלכה. כן שימשו בתפקיד בית הדין של הקהילה. הם עסקו רק בענייני הלכה. וגם זאת רק כאשר התבקשו לכך על ידי "המעמד" - דהיינו: הפרנסים. החלטותיהם היו רק בגדר המלצה לפרנסים. אם פעלו בניגוד לדעתם, משרתם לא הוארכה מעבר לשנה.
המינהל הכספי.
תפקידיהם של הממונים על האדמיניסטרציה הכספית היו רבים ומורכבים, לכן נדרשה מומחיות רבה לביצועם. בקובץ התקנות הם נקראו "הממונים על בית הכנסת" או "הממונים על כספי הקהל" (gabay des caxetas). הם נבחרו בנפרד משאר נושא התפקידים ולתקופה ארוכה יותר. בתקנות נקבע דרכי בחירתם וכיצד יש לפקח על פעולותיהן. הקהילה מנתה בסוף המאה ה-17 3,000 נפש והיקף פעולתם היה רחב. כאמור, גביית מיסי הקהילה נאכפה על ידי השלטונות.
ה"חברות".
אלה פעלו מחוץ למנגנון הקהילה. החברות פעלו בתחומי הסעד, חברה ותרבות. בפעילותם השלימו את המערכת הארגונית של הקהילה. ניתן למנות את החברות החשובות האלה שפעלו במאה ה-17: "מוהר בתולות", "מלביש ערומים", "ביקור חולים" ו"גמילות חסדים".
מהמאה ה-18 ואילך.
אוכלוסיית היהודים הגיעה באמצע המאה ה-18 ל-7,000 תושבים - כעשירית מאוכלוסיית העיר. במאה ה-19 ירדה ליבורנו מגדולתה, בין השאר בשל כיבוש ארצות צפון אפריקה בידי צרפת, שביטל את החשיבות שהייתה לקשרי המסחר בין ליבורנו לבין המגרב בשל האוכלוסייה היהודית שהייתה במקומות אלה. כמו כן, השתנו יעדי ההגירה היהודית והחלה ההגירה ליבשת אמריקה.
ב-1864–1897 שימש בה ברבנות הסופר הרב ישראל קושטא.
בשנת 1924 התקיים בעיר כינוס היסוד של הסתדרות ציוני איטליה. לאחר השואה הצטמצמה הנוכחות היהודית בעיר והיום מונה הקהילה 700 יהודים. לקהילה שלוחה בפיטיליאנו (Pitiliano) שכונתה ירושלים הקטנה, בעיר זו יוצר במשך שנים רבות יין קיאנטי כשר.
מזמן מחציתה השנייה של המאה השמונה עשרה ועד לאחר מחציתה השנייה של המאה העשרים, פעלו בליבורנו מספר בתי דפוס עבריים, שהדפיסו מאות ספרים. דפוס ליבורנו הפך למרכז העיקרי להדפסת ספרים של יהודי המזרח, וספרים אלו הופצו בכל רחבי המזרח התיכון, צפון אפריקה וארצות הבלקן. בליבורנו הודפסו רוב ספרי היסוד היהודיים, בכל התחומים, כמו גם ספרים מיוחדים שנדפסו רק שם. רוב ספרי החיד"א, שישב בליבורנו, נדפסו לראשונה בליבורנו. מהמדפיסים בני ליבורנו: משפחת בילפורטה, טוביינה, והרב אליהו בן אמוזג.
בתקופת השואה נשלחו 90 מיהודי העיר למחנות השמדה, אחרים נרצחו בהרים הסובבים את העיר על ידי חיילי הורמאכט שהיו פעילים בסביבה. בתום השואה נותרו בליבורנו כ-1,000 יהודים.
בית הכנסת הספרדי.
בליבורנו עמד עד מלחמת העולם השנייה בית כנסת מפואר שהיה בית הכנסת הספרדי, השני בגודלו באירופה, אחרי בית הכנסת באמסטרדם. המבנה נהרס כליל בהפצצה אווירית בזמן המלחמה, ההריסות פונו והמגרש היה למגרש חניה.
בצמוד לבית הכנסת עמד בנין משרדי הקהילה היהודית בעיר, ששרד וניצב על עמדו גם במאה ה-21.
במאה ה-20.
במחצית הראשונה של המאה ה-20 נחלקו יהודי ליבורנו, כמו שאר יהודי איטליה ואירופה, בין אלה שראו עצמם איטלקים בני דת משה, ואחרים, בדרך כלל מעטים יותר, שהיו נאמנים לארגונים יהודיים בינלאומיים שתמכו בשיבת ציון כמו ההסתדרות הציונית העולמית.
דוגמה להלך הרוחות של נציגיו הבולטים והפעילים של הנוער היהודי הוא קונגרס הנוער היהודי שהתקיים בראשית נובמבר 1924 בליבורנו. בכנס השתתפו דתיים, ציונים ואלה שחיפשו דרכים אחרות ליהדותם. שתיים היו העמדות העיקריות: האחת - העמדה הציונית על גווניה, והשנייה - זו שטענה כי יש להתנגד לממשל הנוכחי באיטליה, השלטון הפשיסטי בהנהגת בניטו מוסוליני.
בשנת 1996 ניטע עץ זית לשלום במקום מרכזי בליבורנו, כחלק מיחס חיובי של השלטונות לקהילה.
בעיר גם פועל תלמוד תורה וגן ילדים בימי ראשון . המניין בבית הכנסת פועל בשחרית בימי שני וחמישי וכן בשבתות ובחגים. יש בעיר מקווה טהרה וכן אפשר להזמין ולקבל ארוחות שבת כשרות. כמו״כ יש בשוק המקומי הסמוך לבית הכנסת חנות לממכר מוצרי מאפה כשרים וחנות איטליז לממכר בשר ועופות כשרים והכל בהזמנה מראש כמובן.
בעיר היו ארבעה בתי קברות יהודיים עתיקים: שנים פונו, בשלישי היה קבור החיד"א, ולאחר שהועלו עצמותיו לישראל נאסרה הכניסה אליו מחשש למפולות. בית הקברות הרביעי, הפתוח כיום, נמצא ליד בית הקברות הכללי של העיר. בבית קברות זה יש לוח זיכרון לחללים היהודים ממלחמת העולם הראשונה ול-120 קורבנות השואה. בבית הקברות יש אוסף מצבות מבתי הקברות שנהרסו; מיוחדות במינן הן המצבות בצורה פירמידה קטומה מהמאה ה-17, עם סמלי משפחה וכיתוב לזכרו של הנפטר.
הניב המקומי באז'יטו.