היו תקופות אשר בהן המוסלמים והנוצרים התחרו על השליטה בארץ הקודש. מסעי הצלב אשר בוצעו על ידי אירופה המערבית בין המאה ה-11 עד המאה ה-13 הביאו את ההשפעה והכוח של הכנסייה הקתולית לאזור. ב-1889 האימפריה העות'מאנית איפשרה לכנסייה הקתולית לחדש את שליטתה בארץ. בזמן תקופת ממלכת ירושלים הפטריארכים התפצלו לארבע ארכידיוקסיות - הארכיבישוף של צור, הארכיבושוף של קיסריה, הארכיבישוף של נצרת, הארכיבישוף של פטרה - ומספר דיוקסיות אשר הפיצו את דת זו באזורים הללו כמו גם האריסים של ממלכת ירושלים. כנסיות קדומות אחרות, כגון הכנסייה הארמנית, הקופטית והאתיופית, גם מיוצגות היטב, במיוחד בירושלים.
התוצאה של ההיסטוריה הארוכה של האורתודוקסיות הביזנטינית המזרחית ולאחר מכן הנוכחות הצלבנית הרומית הקתולית בתחומי המזרח התיכון כולל את ישראל, היא שרבים מהמקומיים קיבלו ודבקו בצורות הרשמיות הללו של הנצרות כאמונתם עד היום. בעתות סכנה, נוצרים רבים היו מסוגלים לתפוס מקלט בכנסיות מבוצרות היטב או אשר נשארו נאמנים לשרת את עדר הנאמנים שלהם גם כאשר היו מוקפים במסות של אוכלוסייה אסלאמית.
במרץ 2000 ראש הכנסייה הקתולית, האפיפיור יוחנן פאולוס השני, ביקר בישראל. בניסיון מתמשך לשים קץ לאיבה הישנה בת מאות השנים בין הכנסייה הקתולית והיהודים, האפיפיור יוחנן פאולוס השני ביקר ביד ושם, ובכותל המערבי בירושלים.
ישנן תשע כנסיות רשמיות המוסמכות לאשר נישואין וגירושין על פי החוק הקיים: הכנסייה המזרחית, הכנסייה הרומית קתולית, הכנסייה הארמנית-גריגורינית, הכנסייה הסורית-קתולית, הכנסייה האוניאטית, הכנסייה היוונית הקתולית, הכנסייה המארוניטית, ושתי הכנסיות האורתודוקסיות הסוריות. בנוסף, ישנם סידורים פחות פורמליים עם כנסיות אחרות, כמו הכנסייה האנגליקנית.
הדת הדרוזית.
מרכזי היישובים הדרוזים בישראל, נמצאים בכרמל, בגליל וברמת הגולן. בסוף שנת 2008 מנו הדרוזים 122 אלף בני אדם המהווים כ-1.7 אחוזים מאוכלוסיית המדינה. ביוני 1967 כבשה ישראל חלק ניכר מרמת הגולן ובכלל זה את הכפרים הדרוזיים בצפון הרמה, שבהם חיים היום כ-20,000 נפש. הכפרים הם: מג'דל שמס, מסעדה, בוקעתא ועין קנייא.
הדת הדרוזית התפצלה מהאסלאם השיעי במאה ה-11. הדת היא סודית, וידועה רק לחכמים ("עוקאל" - משכילים, ידענים, נבונים), שהם מיעוט העדה; שאר ההדיוטות ("ג'והאל" - בורים) אינם מכירים את הדת.
בשנת 1957 הוכרו הדרוזים בישראל כעדה דתית מבחינה רשמית, דבר שלא זכו לו באף מדינה אחרת, ומאותה שנה הם משרתים בצה"ל שירות חובה. לבנות הדרוזיות וכן לדרוזים הדתיים (אלו שבאו בסוד הדת) יש בישראל פטור משירות בצבא. הדתיים אינם יכולים להתפלל במדים, והאווירה שם אינה מתאימה לחוקי דתם, ולכן הפטור ניתן כבר בעת חקיקת חוק גיוס החובה לדרוזים. שיעור הדתיים בגיל הגיוס נמוך מאוד, ומכאן אחוז הגיוס הגבוה שלהם.
חגים.
הדרוזים חוגגים את חג הקורבן (עיד אלאדחא) בתאריך זהה לחג המקביל אצל המוסלמים (אם כי מנהגי החג אצלם שונים). זה החג החשוב ביותר לבני העדה. מקובל לברך בחג זה באחת מהברכות: כֹּל עאם ואינתום בח'יר או כֹּל סאנה ואינתום סאלמין.
לדרוזים יש מספר חגים המיוחדים להם, המצוינים במקומות קדושים לדרוזים.
חג הקורבן וחג הנביא שועייב הם חגים עממיים שנחגגים בקרב העדה כולה. יתר החגים מצוינים על ידי העוקאל (חכמי הדת). בישראל מקובל להחשיב את כל החגים המוזכרים לעיל כימי מנוחה בבתי ספר של העדה הדרוזית ועבור עובדי מדינה דרוזיים.
דת השומרונים.
ישראל היא ביתם של האוכלוסייה המשמעותית היחידה של שומרונים בעולם. ב-1 בינואר 2012 חיו 800 שומרונים בישראל. הקהילה חיה בעיקר בקריית לוזה שבהר גריזים ובנווה פנחס שבחולון.
נווה פנחס נקראת על שם הכוהן השומרוני פנחס בן אברהם (1923-1992). השכונה ממוקמת בדרום מזרח חולון, סמוך לאזור התעשייה וגובלת בשכונות נאות יהודית ונווה ארזים. מתגוררים בה כ-300 תושבים (2006), רובם ככולם שומרונים. השכונה היא למעשה רחוב אחד בן עשרים וארבעה בתים, רחוב בן עמרם, הקרוי על שמו של משה, הנביא הבלעדי בדת השומרונית. הרחוב מקביל מהצד המערבי לרחוב המעלות השייך לשכונת נאות יהודית, ומצד המזרחי לכביש רחוב המלאכה העובר דרך אזור התעשייה של חולון ומהווה עורק תחבורה חשוב ואחת הגישות לעיר (מצומת אזור). ישנם בשכונה שני בתי כנסת שומרוניים ו"מכון א.ב. ללימודי שומרונות".
יהדות משיחית.
היהודים המשיחיים, שאלו מביניהם שאינם יהודים על פי ההלכה, לא נחשבים ליהודים לפי מרשם האוכלוסין. הם מאמינים שישו הוא המשיח היהודי שבא לגאול את עם ישראל ואת האנושות כולה. היהודים המשיחיים מדגישים את העובדה כי ישו בעצמו היה יהודי, וכך היו גם מאמיניו הראשונים - היהודים-נוצרים. רוב היהודים המשיחיים בישראל דוחים את הנצרות המסורתית וסמליה וחוגגים את חגי ישראל ומועדיו לפי מנהגיהם. ההערכה היא כי ישנם קרוב ל-10,000 יהודים משיחיים כיום במדינת ישראל, רבים מהם הם מהגרים חדשים מברית המועצות לשעבר. בירושלים, יש 12 קהילות משיחיות.
היהודים המשיחיים עוסקים במסיונריות ובפעילות של הפצת רעיונותיהם בקרב הציבור היהודי בישראל כחלק מאמונתם.
דת הבהאים.
המרכז הבהאי העולמי של הדת הבהאית נמצא בחיפה, על אדמות שהיו בבעלותם מאז שבהאא אללה נאסר בעכו בסביבות שנות השבעים המוקדמות של המאה ה-19 על ידי השלטון העות'מאני. צליינים מכל רחבי העולם באים לביקורים לתקופות קצרות. מלבד כמה מאות מתנדבים, מאמיניה של הדת הבהאית אינם גרים בישראל.
מבני המרכז הבהאי העולמי וסביבותיהם, ובמיוחד המתחם הבהאי על הר הכרמל ומתחם אל-באהג'ה בעכו, מעוצבים בקפידה, תוך שימת דגש על יופי, אסתטיקה ועיצוב נופי הנחשבים לעקרון חשוב בדת הבהאית. הם מהווים מוקד עלייה לרגל לבהאים מרחבי העולם, ויעד תיירותי לתיירים ולמבקרים אחרים. בשנת 2008 הוכרזו 26 ממבני המרכז השוכנים ב-11 אתרים שונים בחיפה ובגליל המערבי כאתר מורשת עולמית.
דת האחמדים.
ב-17 במרץ 1928, הועבר "מרכז המשלחת האחמדית לארצות המזרח-התיכון" מדמשק לשכונת כבביר שבחיפה. המקום היה עד אז כפר קטן בשיפולים המערביים של הר הכרמל, מעל נחל שיח. כפר זה הפך לשכונה קטנה המונה מעל 1,000 איש, מוקפת מכל צדדיה בשכונות יהודיות. לקהילה האחמדית בחיפה מסגד גדול שצריחיו ניכרים במבט מהחוף. המסגד קרוי "אדוננו מחמוד", על שם החליף השני של הכת. הוא בנוי כמבנה מתומן לפי מתכונת כיפת הסלע בירושלים. על הקיר בפתח מתנוססת ההבטחה: "כל מי שישהה כאן, בטוח יהיה". אימאם העדה האחמדית בישראל כיום הוא מוחמד חמיד קאסר, והוא כפוף לח'ליף מירזא מסרור אחמד, שמושבו בלונדון. ראש העדה הוא מחמוד שריף עודה. לעדה ירחון הקרוי "אלבושרא אלאסלאמיה אלאחמדיה" - "הבשורה המוסלמית האחמדית", אשר מופיע מאז שנת 1932. כבר בגליונו הראשון פנה ליהודים בהצעה להתאסלם.
דתות אחרות.
בנוסף, קיימת בישראל נוכחות קטנה יותר של דתות נוספות אשר אינן מקומיות לאזור, ביניהן דתות מן המזרח (הנפוצות גם בקרב מהגרי עבודה), דתות חדשות וכיתות דתיות שונות. ביניהן ניתן למצוא את הסיינטולוגיה, המפעילה מספר מרכזים בישראל; בודהיזם, אשר נלמד גם כתורה רוחנית וגם כתורה דתית; הינדואיזם והרי קרישנה בפרט; ראלים, נאו-פגאניזם ונאו-פגאניזם יהודי וכנעני בפרט ועוד.
מקומות קדושים.
במדינת ישראל ובשטחים שבשליטתה נמצאים מקומות קדושים לבני דתות שונות. בין השאר נמצאים בירושלים הר הבית הקדוש ליהודים ולמוסלמים (ובו, בין השאר, כיפת הסלע והכותל המערבי), ובנוסף, כנסיית הקבר הקדושה לנוצרים. בחיפה נמצא מקדש הבאב, הקדוש לבני הדת הבהאית.
חוק השמירה על המקומות הקדושים, התשכ"ז-1967, אושר בכנסת ב-27 ביוני 1967, לאחר שלשליטת ישראל עברו מקומות קדושים רבים שהיו קודם לכן בשליטת ירדן, ונדרש חוק שיבטיח את שמירתם ואת חופש הגישה אליהם. מטרה זו נקבעה בסעיף 1 לחוק, האומר: "המקומות הקדושים יהיו שמורים מפני חילול וכל פגיעה אחרת ומפני כל דבר העלול לפגוע בחופש הגישה של בני הדתות אל המקומות המקודשים להם או ברגשותיהם כלפי אותם המקומות". החוק קובע עונש מאסר למי שמחלל מקום קדוש או פוגע בו, ולמי שעושה דבר העלול לפגוע בחופש הגישה של בני הדתות אל המקומות המקודשים להם או ברגשותיהם כלפי אותם מקומות. תקנות שהותקנו מכוח חוק זה, עוסקות רק במקומות הקדושים ליהודים.
מתיחות דתית.
מדינת ישראל נותנת כיום חופש דת לכל הקהילות הדתיות בארץ, גם בחוקיה וגם הלכה למעשה. כל קהילה שהוכרה על ידי המדינה נהנית מאוטונומיה על ענייני הנישואים, הקבורה והגירושים של חבריה.
בתוך הציבור היהודי ישנם מתחים דתיים בעיקר בין חרדים וחילונים. חוק שירות ביטחון מחיל חובת גיוס על כל הישראלים בגיל המתאים, אך פוטר ממנה ערבים ונשים דתיות. בנוסף, בציבור הדתי בכלל והחרדי בפרט ישנו נוהג שגברים מקדישים את ראשית חייהם הבוגרים ללימודים תורניים במסגרת ישיבתית. המדינה מאפשרת להם לדחות את שירותם הצבאי בצה"ל, מדי שנה בשנה, עד סיום לימודיהם. הסדר זה מביא לכך שרוב מקבלי הדחייה משרתים זמן מועט בהרבה מאלו שאינם דוחים את שירותם, ויש רבים שאינם משרתים כלל. מלבד הרצון להשקיע רק בלימוד התורה, רואים ראשי הישיבות החרדיות צורך בדחיית השירות, כדי להגן על ציבור תלמידיהם מלהיחשף להשפעות הסביבה החילונית של צה"ל. במשך השנים הנהגת הציבור הדתי העלתה פעמים רבות תלונות על בעיות שנגרמות לחיילים הדתיים במהלך השירות בצה"ל, בעיקר בעניינים הנוגעים לשירות משותף עם בנות ולשמירת כשרות ושבת.