לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה כפי שפורסמו בערב ראש השנה תשפ"א, 19 בספטמבר 2020, בהגדרה עצמית של יהודים בני 20 ומעלה על בסיס רמה דתית:
43.1% חילוניים, 21.1% מסורתיים לא כל כך דתיים, 12.3% מסורתיים-דתיים, 11.3% דתיים, 10.1% חרדים.
כמחצית מה-20% שאינם מאמינים באלוהים הם אתאיסטים.
בסקר שנערך בשנת 2007 על ידי המכון הישראלי לדמוקרטיה נמצא כי רק 27% מכלל היהודים הישראלים אמרו כי הם שומרים שבת, בעוד ש- 53% אמרו שהם לא שומרים שבת כלל. הסקר גם מצא ש-50% מתוך הנשאלים היו מוותרים על עריכת קניות במהלך השבת כל עוד התחבורה הציבורית תופעל ופעילויות הפנאי ימשיכו להתקיים. רק 38% האמינו כי פשרה מסוג זה תקטין את המתח בין הציבור החילוני לציבור הדתי.
יחסי דת ומדינה בין היהדות לישראל.
קו מנחה מרכזי להסדרת יחסי דת ומדינה, המבוסס על הסכמים שהושגו במהלך תקופת המעבר מהיישוב היהודי בארץ ישראל למדינת ישראל, נקרא הסטטוס קוו. הסכמים אלו כללו את מעמדן של הרבנות והמועצות המקומיות, האוטונומיה לזרמי החינוך הדתיים וחוקים נוספים בתחום השבת והכשרות.
מקור הסטטוס קוו בנושאי דת בישראל הוא במכתב הסטטוס קוו אותו כתב דוד בן-גוריון לנציגי אגודת ישראל ב-1947, טרם הכרזת העצמאות. המכתב מתייחס לארבעה תחומים: שבת, כשרות, חינוך ודיני המעמד האישי. דוגמה לסטטוס-קוו בנושא השבת היא התחבורה הציבורית בישראל שהמשיכה לשבות בשבת ברוב האזורים בהם ישנו רוב יהודי גדול, אך המשיכה לפעול בחיפה, שעד למלחמת העצמאות נחשבה לעיר מעורבת.
במהלך השנים חלו שינויים בסטטוס קוו ולעיתים נוצרו בשל כך משברים שונים. בין התחומים שנסובה סביבם מחלוקת ציבורית, בולטים בעיקר נושאי המעמד האישי ונושא השבת. בשנים האחרונות, נוצרו מפלגות חילוניות במופגן (כדוגמת מפלגת שינוי) שלחמו במפלגות הדתיות.
נוצרו מחלוקות גם סביב נושאים נוספים, כדוגמת תוכנית הליבה, שירות לאומי וגיוס בחורי ישיבות לצה"ל.
הרבנות הראשית.
הרבנות הראשית בישראל הוקמה במהלך תקופת המנדט הבריטי בארץ ישראל על ידי המנהל הבריטי, שבחר להקים רבנות ראשית רשמית במדינה שתהיה מורכבת מנציגים אשכנזים וספרדים מן הזרם האורתודוקסי בלבד, כחלק מהמאמצים לגבש ולארגן את החיים היהודיים ותוך ביסוס על המודל הבריטי שעודד את נאמנותם המוחלטת של היהודים בבריטניה לכתר הבריטי, וכדי לנסות ולהשפיע על חייהם הדתיים של היהודים בארץ באופן דומה. בשנת 1921 נבחר הרב אברהם יצחק הכהן קוק (1864–1935) לרב הראשי האשכנזי הראשון, והרב יעקב מאיר לרב הראשי הספרדי הראשון (הראשון לציון). הרב קוק היה מקור ההשראה לתנועה הציונית הדתית, והוכר על ידי רבים כרב הגדול בדורו. הוא האמין שהעבודה של היהודים החילונים בכיוון יצירת מדינה יהודית בארץ ישראל היא חלק מהתוכנית האלוהית ליישוב ארץ ישראל. החזרה לישראל הייתה לפי השקפתו של הרב קוק לא רק תופעה פוליטית לשם הצלתם של היהודים מרדיפות, אלא אירוע בלתי רגיל בעל משמעויות היסטוריות ותאולוגיות.
לפני הכיבוש הבריטי של ארץ ישראל בשנת 1917, האימפריה העות'מאנית הכירה ברבנים המובילים בקרב היישוב הישן כמנהיגיה הרשמיים של הקהילה היהודית הקטנה, שהורכבה בעיקר מאורתודוקסים מזרח אירופיים ואלו מהלבנט שעלו לארץ הקודש, בעיקר מסיבות דתיות. הכרה זו הייתה חלק ממדיניותה הבלתי רשמית של האימפריה העות'מאנית, אשר זכתה לכינוי "שיטת המילט", אשר גרסה כי לשם השמירה על היציבות ברחבי האימפריה, על האימפריה להאציל מסמכויות שלטון הפנים העומדות לרשותה לטובת הנהגות אותנטיות של מיעוטים מקומיים, אשר ימלאו תפקיד שלטוני מצומצם ביחס לקהילותיהם ובכך יקלו על נטל השלטון של האימפריה בעדות המיעוטים בה. המהגרים האירופאים התאחדו בתחילה תחת ארגון שהיה ידוע אז בשם "ועד העיר", ובהמשך שינו שם זה לעדה החרדית. הטורקים ראו ברבנים המקומיים בארץ כשלוחה של החכם באשי (הרב הראשי הטורקי), שהיה נאמן לסולטאן.
בשל העובדות הללו הרבנות הראשית בישראל כיום עדיין בשליטה אורתודוקסית מוחלטת כמו שהייתה כאשר הוקמה בשנת 1948 ועדיין מחזיקה באופן בלעדי על כל האספקטים הדתיים-יהודיים של חיי תושביה החילונים של מדינת ישראל.
דרך מערכת מורכבת של "ייעוץ והסכמה" ממגוון של רבנים בכירים ופוליטיקאים בעלי השפעה, כל הערים והעיירות בישראל בוחרים גם ברב ראשי מקומי משלהם אשר זוכים להערכה בקרב הקהילות המקומיות הדתיות כמו גם החילוניות ובכלל בקנה מידה ארצי.
דרך רשת ארצית של בתי דין רבניים, כמו גם רשת של מועצות דתיות אשר מהוות חלק אינטגרלי בכל רשות מקומית בישראל, הרבנות הראשית בישראל שומרת על שליטה בלעדית ולמעשה בעלת המילה האחרונה במדינה בכל הנושאים הקשורים לגיור, מתן הכשר לכל סוגי המאכל, טקסי הנשואין והגירושים היהודיים, ומפקחים על שמירה של חוקים מסוימים הקשורים בשמירת השבת, פסח (במיוחד בענייני מכירת או בעלות על חמץ), ההקפדה של שנת השמיטה בתחום החקלאי.
הרבנות הראשית נמצאת באופן מתמיד תחת ביקורת של קבוצות יהודיות בישראל. ישראלים חילונים רבים אינם מרוצים מהעובדה שחייהם האישיים כפופים להחלטות של בית משפט דתי. מהצד השני, האוכלוסייה החרדית סבורה שהרבנות הראשית מקלה מדי (בעיקר בנושאים שקיים בהם קונצנזוס דתי שבהם יש להחמיר), ו"ציונית מדי", ושהיא "משרתת" את הממסד הפוליטי הישראלי, כך למשל, אפילו חברי הכנסת הלא-דתיים, יכולים להיות שותפים במועצה הבוחרת את הרבנים הראשיים של ישראל כל עשר שנים.
במקביל, דתיים רבים טוענים שחרף תרומתם למדינה ורצונם להשתלב בה הם סובלים מכפייה אנטי-דתית ורדיפה מצד מוסדות המדינה ובהם הצבא והמשטרה, ומצד אמצעי התקשורת. לטענה זו, הרדיפה מודגמת, בין השאר, ביחס עוין מצד מערכת המשפט, באפליית חיילים דתיים ובענישתם בחומרה על הקפדתם על מצוות דתם, כגון במקרה של סירוב להיות נוכח במופע זמר בו שרות חיילות. על פי טענות אלה, הציבור החילוני שטוף בסטיגמות ובדיעות שליליות על הדתיים בכלל והחרדים בפרט - דבר שמגביר את התחושה בקרב דתיים שהם חיים, כבימי אבותיהם, כמיעוט קטן ומסוגר בתוך מדינה מנוכרת ועוינת.
אסלאם.
האתר הקדוש השלישי בחשיבותו למוסלמים הסונים בעולם, לאחר מכה ואל-מדינה אשר בערב הסעודית, נמצא בישראל, מסגד אל-אקצא אשר בהר הבית. אף כי אין לכך אזכור בקוראן עצמו, לפי החדית' והאמונה המוסלמית סונית המקובלת כיום, זוהי הנקודה ממנה עלה מוחמד לשמיים. ב-1967 העניקה ממשלת ישראל לווקף המוסלמי סמכות לנהל ולפקח על המקום, וכיום היא אוסרת על יהודים להתפלל שם, מחמת החשש להפרות סדר.
רוב המוסלמים בישראל הם ערבים סונים. בין השנים 1516 ל-1917 האימפריה העות'מאנית אשר השתייכה לדת הסונית שלטה בתחום הטרטוריאלי אשר כולל כיום את מדינת ישראל. השליטה שלהם חיזקה והבטיחה את המרכזיות והחשיבות של האסלאם כדת הדומיננטית באזור. כיבושה של ארץ ישראל על ידי הבריטים ב-1917 והצהרת בלפור אשר באה לאחר מכן פתחה את שעריה של ארץ ישראל בפני הגעתם של מהגרים יהודים רבים אשר רק התעצמו במשך הדורות. אף על פי כן, הבריטים העבירו את הממשל האסלאמי הסמלי שהיה קיים בארץ לשושלת ההאשמית בירדן, ולא לבית סעוד. ובכך ההאשמים הפכו לשומריהם הרשמיים של המקומות הקדושים האסלאמיים בירושלים וסביבתה, בייחוד בתקופה בה ירדן שלטה בשטחי יהודה ושומרון (1948-1967). ב-1922 בתקופת המנדט הבריטי בארץ הבריטים הקימו את המועצה המוסלמית העליונה ומינו את אמין אל-חוסייני (1895 - 1974) בתור המופתי הראשי של ירושלים. המועצה בוטלה ב-1948. ילדיהם של המוסלמים בישראל לומדים לימודי אסלאם במסגרת בתי הספר שלהם.
חוקרים שונים מעריכים כי בין 10% ל-20% מהאוכלוסייה המוסלמית בישראל הם "חילונים", אם כי משמעותו של המושג הזה חלשה אפילו יותר ממקבילו בחברה היהודית (רון קרוניש סבר ש"מסורתיים" הוא כינוי הולם יותר). מדובר באלו שמתעלמים מציוויי הדת בחייהם הפרטיים, ובדרך כלל לא צמים בחודש הרמדאן. כחברה, הציבור המוסלמי לא מכיר באורח חיים לא-דתי, והתופעה מוגבלת לתחום האישי. בסקר הלמ"ס של 2018, 7% מהנסקרים המוסלמים הגדירו את עצמם כ"לא דתיים."
נצרות.
הנוצרים כיום הם הקבוצה הקטנה ביותר בישראל מתוך שלוש הדתות המונותאיסטיות הגדולות. רוב הנוצרים אשר חיים כיום בישראל הם ערבים או אנשים שבאו מארצות אחרות לחיות ולעבוד בעיקר בכנסיות או במנזרים.
אף על פי שלפי הדת הנוצרית ישראל היא המקום בו ישו נולד, חי, ומת (לפי המסורת הקתולית, כנסיית הקבר בירושלים היא המקום בו ישו מת ולבסוף נקבר - עובדה אשר הופכת את ירושלים לאחד האתרים הקדושים ביותר לנצרות) מספר הנוצרים החיים בישראל נמוך ביחס למספר המוסלמים והיהודים.
רוב הנוצרים בישראל משתייכים לקהילת הנצרות האורתודוקסית המזרחית. כנסייה זו מפקחת על מגוון של כנסיות, מנזרים, סמינרים ומוסדות דתיים בכל הארץ, במיוחד בירושלים. הסיבה לכך היא היסטורית. האימפריה הביזנטית אשר שלטה ברוב המזרח תיכון מהמאה ה-4 עד העשור הראשון של המאה ה-15, צידדה בנצרות האורתודוקסית המזרחית, בעת פילוג הכנסייה הנוצרית של שנת 1054.
שליטת האימפריה הביזנטית בארץ הופסקה זמנית על ידי הממלוכים בשנת 1291 ולאחר מכן באופן סופי על ידי האימפריה העות'מאנית האסלאמית.
במאה ה-19 האימפריה הרוסית הסמיכה את עצמה כשומרת הרשמית של העניינים הנוצרים בארץ הקודש, ואפילו כיום, שטחי מקרקעין נרחבים בירושלים (שכללו בעבר את האתר בו עומד בניין הכנסת כיום) שייכות לכנסייה היוונית אורתודוקסית.