הן לזכרים והן לנקבות של צפיר הפירנאים יש קרניים דקות ובנוניות, ולהם מבנה מיוחד; הקרן צומחת בצורה ישרה כלפי מעלה, ובסופה היא מתעקלת באופן חד המזכיר וו מעוקל. קצה הקרן חד מאוד, ולולא הוו המעוקל הקרבות בין הזכרים היו עלולים להיות קטלניים מאוד, בדומה לסוג צפיר הקורדילרים שאצלו הקרן אינה מעוקלת כוו - ובהתאם לכך קרבות בין זכרים או בין נקבות גורמים לפציעות חמורות ולתמותה גבוהה. אף על פי שהקרן של צפיר הפירנאים ישרה בדרך כלל, היא עלולה להיראות כפופה משום שבסיס הקרן הוא מעל העיניים וצומח כלפי קדימה והצדדים בצורה אנכית. כיוון שהקרניים ישרות ובגודל דומה, כאשר מסתכלים על הצפיר מהצד הוא נראה כבעל קרן אחת בלבד. הקרניים בדרך כלל חלקות, או מחורצות במידה מועטת; צבע הקרניים הוא כהה, ונע בין שחור, ל-אפור כהה או אפור בהיר. באופן כללי אין הבדל בין קרני הזכרים לקרני הנקבות, אך קרני הזכר עבות יותר והוו שבקצוות כפוף אצלם יותר.
מראה חיצוני.
הפרווה של צפיר הפירנאים קצרה בכל העונות, כאשר בקיץ היא מורכבת משכבה צמרית דלילה המורכבת משערות בהירות, ובחורף היא הופכת לכהה יותר ומגדלת שכבת שערות נוספת בעובי של 20 ס"מ - המגינה עליו מרוחות וטמפרטורות קיצוניות בבית גידולו ההררי.
צבע הפרווה הכללי משתנה בין חום אדמדם בהיר לכהה כפי שיובא להלן. בכל העונות יש לצפיר הפירנאים כתם בצבע קרם בהיר שנמשך מהמצח ועד החוטם, ומופרד מהלחיים והלוע הבהירים על ידי פס שחור (שעוביו משתנה בין העונות); הפס מתחיל בבסיס הקרניים, מתעגל והופך לגדול יותר באזור העין, והופך שוב לצר עד הנחיריים. בתוך הכתם השחור מעל העין יש רצועה קטנטנה של שיער אדמדם בהיר או כהה - תלוי עונה. הן בקיץ והן בחורף יש פסים שחורים (משתנים בעונות בין דק לעבה) שמתחילים בהתאמה מהפלג העליון של הגפיים הקדמיות, ממשיכים לכיוון מעלה עד קצוות האוזניים בצורת "צווארון" או "סודר", ומסתיימים פעמים רבות בתחילת הכתם השחור שבעיניים. צידם הפנימי של האוזניים הוא לבן-קרם.
בכל העונות פלג הגוף האחורי (בעיקר השוקיים), ופלג הגוף הקדמי (צדדי הצוואר) הם בצבע חום אדמדם בהיר או כהה; הגחון אף הוא יהיה תמיד בצבע כתמתם בהיר או כהה - אולם בשל הכתמים השחורים במותניים וברגליים ניתן לחשוב שהוא שחור. כמו כן בקיץ ובחורף יש פס שחור לאורך הגב, המשתנה בין כהה וארוך בחורף, לדהוי וקצר בקיץ. העכוז בהיר, ובמרכזו בולט הזנב הקצרצר והשחור; אצל הגדיים הזנב בצבע קרם ופחות בולט.
הבדלים בין החורף לקיץ.
צבע הפרווה והסימונים בגוף משתנים בין הקיץ לחורף כדלהלן:
בקיץ הצבע העיקרי הוא חום אדמדם כהה-בהיר או חום קרם, וישנם סימונים בכמה מקומות: 1) פס שחור דק ודהוי המשתרע לאורך השדרה ומסתיים סנטימטרים ספורים לפני הזנב; 2) כתמים שחורים דהויים גדולים נמשכים מהשוקיים עד הירכיים בחלק האחורי, ובחלק הקדמי הם ממשיכים למעלה עד האוזניים בצורת "צווארון"; 3) פס שחור דק ודהוי הנמשך מהקרן ועד האף; 4) "גבות" דקות מעל העין בצבע כתום בהיר.
בחורף לעומת זאת הפרווה הופכת לכהה יותר בצבע חום כהה-שחרחר, כאשר הסימונים השחורים גדולים וכהים יותר ומתווספים סימונים נוספים: 1) הפס השחור לאורך השדרה הופך לעבה וכהה יותר, וכן נמשך עד לקרניים מקדימה ועד לזנב מאחורה. 2) הכתמים השחורים ברגליים כהים וגדולים יותר ומגיעים עד סוף הרגל, והצווארון השחור גדול ועבה יותר - מה שיוצר משולש בהיר המשתרע על הלחיים והלוע. 3) הפס השחור המשתרע מהקרניים ועד קצה החוטם שחור ועבה יותר. 4) ה"גבות" הכתומות מעל העיניים כהות ובולטות יותר בחורף. 5) בחורף, הצלעות הופכות לכהות מאוד עם צבע כללי של אפור כהה השזור בשערות שחורות וחומות, ואילו בקיץ צבע הצלעות בהיר כשאר הגוף. 6) בחורף יש כתמים שחורים קטנים בצדדי העכוז, ואילו בקיץ הם נעדרים. 6) בחורף, יש פס שחור במותניים כשל הצבי המתחבר בדרך כלל עם הצלעות הכהות, ואילו בקיץ הוא כמעט ואינו נראה.
מבנה ומידות גוף.
הדו-צורתיות זוויגית (הבדל בין זכרים לנקבות) אינה בולטת כל כך במין זה, אולם באופן כללי הזכרים גדולים במעט, עלולים להיות כהים יותר, וקצוות קרניהם כאמור מכופפות יותר; אצל הזכרים הקרניים עבות יותר, ומשום כך הן כמעט מחוברות בבסיסן מה שאין כן אצל הנקבות. עיניו של הצפיר בינוניות וכתמתמות, אפו דק ומחורץ, ואוזניו דקות וארוכות. גופו ארוך ודק, צווארו בינוני, ראשו קצר, ורגליו מוצקות וחזקות. כפי שניתן לצפות ממין מתת-משפחת היעלים, פרסותיו של צפיר הפירנאים עבות וקצרות, ומותאמות לטיפוס מהיר וזריז על סלעים וצוקים.
מידות גופו של צפיר הפירנאים הן:
גובה הכתפיים: 80-76 ס"מ.
אורך הראש והגוף: 130-90 ס"מ.
אורך הזנב: 4-3 ס"מ.
אורך הקרניים: עד 20 ס"מ.
משקל הזכר: 50-25 ק"ג.
משקל הנקבה: 32-24 ק"ג.
תת-מינים.
צפיר הפירנאים מחולק לשלושה תת-מינים התופסים אזורים גאוגרפים שונים:
צפיר האלפים.
צפיר האלפים זהה במבנה גופו לצפיר הפירנאים אך שוקל בממוצע כ-10 ק"ג יותר וקרניו ארוכות ועבות יותר. בחורף הזיהוי ביניהם קל מאוד משום שפרוותו של צפיר האלפים שחורה לגמרי מלבד כתם לבן בלחיים וכתם לבן בחוטם, ואילו בקיץ לעומת זאת הזיהוי די מסובך משום ששניהם מתאפיינים בפרווה בהירה; עם זאת ניתן עדיין להבדיל ביניהם על ידי סימנים שאינם בולטים כדלהלן:
1: הפס השחור בעיניים, כהה יותר אצל המין האלפיני בקיץ מאשר אצל הפירנאי.
2: הפס השחור בגב, דהה יותר אצל המין האלפיני.
3: אצל המין האלפיני הכתמים השחורים במותניים וברגליים כהים יותר בקיץ, והם נמשכים עד קצה הרגליים משא"כ אצל המין הפירנאי.
4: ההבדל העיקרי בקיץ - למין האלפיני יש רק לעיתים פס שחור דהוי לאורך הגרון, ואילו אצל המין הפירנאי יש שני פסים משני צדדי הגרון אך לא באמצעו. פעמים רבות ההבדלים הללו בקיץ אינם נראים, כך שלא ניתן להסתמך עליהם באופן גורף.
תפוצה ובית גידול.
צפיר הפירנאים נפוץ במערב דרום אירופה; תפוצתו מתחילה בשלוש אוכלוסיות קטנות במחוזות איטליה: מארקה, אומבריה, ואברוצו, ממשיכה הלאה מערבה יותר במרחק של 1,500 ק"מ לאוכלוסייה גדולה לאורך הרי הפירנאים במדינות: דרום צרפת (בחבלים: לנגדוק-רוסיון, אקיטן, ומידי-פירנה), אנדורה, וצפון ספרד, ומסתיימת בשתי אוכלוסיות בינוניות בצפון מערב ספרד המופרדות מהאוכלוסייה בפירנאים על ידי 1,000 ק"מ.
צפיר האלפים לעומת זאת, בעל תפוצה רחבה יותר ומצוי בהרי האלפים, הרי הקרפטים, הרי הבלקן, ואסיה קטנה, כאשר התפוצה הדרומית ביותר שלו מצויה ברכס הצפוני של הרי האפנינים, ומשום כך הוא אינו נפגש עם תת-המין האפניני של צפיר הפירנאים המצוי ברכס התיכון של הרים אלו.
בית גידולו של צפיר הפירנאים הוא פסיפס של אחו, מרעה תת-אלפיני, כרי דשא, סלעים, וצוקים, ולעיתים גם עמקים מיוערים בדלילות. בעבר צפירים אלו היו נמנעים מיערות, אולם כיום חלק מהם כבר החלו לחיות ביערות לאורך כל השנה. באזורים הרריים הם נמצאים עד גובה של 3,000 מטר מעל פני הים.
אקולוגיה.
צפיר הפירנאים הוא בעל חיים יומי, ושיא הפעילות מתרחשת בשעות הבוקר והערב. בתקופת החורף הם עשויים להיות פעילים במשך כל הזמן כדי להדביק את צריכת המזון שלהם. בחורף הם גם נוטים לרדת לאזורים נמוכים יותר שבהם השלג אינו עמוק כל כך. הצפיר הוא בעל חיים זהיר הסורק תדיר את סביבתו ובודק שהיא נקייה מאיומים. בעת הבחנה בסכנה הצפיר ישמיע שריקה חזקה דרך האף או התעטשות תוך כדי רקיעה עם רגליו בקרקע.
הצפיר זריז ומהיר כצבי, ובשעת סכנה הוא מסוגל לקפוץ לגובה 2 מטר ומרחק של 6 מטר. הוא גם מסוגל לרוץ במהירות של 50 קמ"ש על קרקע מישורית או תלולה - בניגוד למרבית מיני היעלים שאינם אצנים טובים כל כך. בעת מרדף אחר הצפיר הוא יימלט לאזור תלול והררי שיקשה על הטורף להדביקו.
הצפירים הם בעלי חיים חברותיים, כשהנקבות והגדיים נוטים לחיות בקבוצות בינוניות של 30-15 פרטים. המספר משתנה בין העונות. הזכרים נוטים לחיות בבדידות ברוב ימות השנה, ומצטרפים לקבוצת הנקבות רק בסוף הקיץ. לקראת סוף החורף הנקבות שנמצאות בהריון עוזבות את העדר ומחפשות אזור בטוח שבו הן יוכלו להמליט בתחילת האביב. לאחר ההמלטה הנקבה חוזרת עם הגדי שלה לקבוצה. גם לאחר הגמילה והעצמאות, הגדי נשאר בקבוצה 3-2 שנים. לאחר מכן הוא הופך לנווד ונע ממקום למקום עד שהוא נקשר לאזור מסוים בהגיעו לבגרות מלאה בגיל 9-8 שנים.
במהלך עונת הרבייה מתקיימת תחרות בין הזכרים על השליטה בקבוצת הנקבות, וזכרים מבוגרים וחזקים מסלקים את הזכרים הצעירים מהאזור ומדי פעם אף עלולים להרוג אותם.
הטורף העיקרי בעבר של צפיר הפירנאים היה זאב איברי, אולם כיום לאחר היעלמותו מאזורים רבים, אין אויב מסוים לבוגרים, והגדיים עלולים להיטרף על ידי שונר, שועל אדום ועיט זהוב.
בחודשי הקיץ, צפיר הפירנאים ניזון בעיקר מעשבי תיבול ופרחים, ובחודשי החורף הוא ניזון בעיקר מחזזיות, טחבים, וענפים צעירים של עצי מחט. לצפיר הפירנאים יש חפיפה באזורים מסוימים עם יעל איברי. כאשר השלג מכסה את כל מקורות המזון, הצפיר חופר בפרסותיו על מנת להגיע למזון שקבור בשלג.
הרבייה של צפיר הפירנאים מתרחשת בסתיו ולאחר תקופת הריון של 170 ימים, נולד בדרך כלל גדי אחד בתקופת האביב. מדי פעם עלולה להתרחש לידה של תאומים או שלישייה. נקבת הצפיר ממליטה את הגדיים במקום מוגן בין הסלעים. הגדי מסוגל לעקוב אחר אימו כמעט מיד לאחר הלידה, והם משפרים במהירות את יכולת הקפיצה שלהם בימים הראשונים לחייהם.
תוחלת החיים המרבית של צפיר הפירנאים בטבע היא 22 שנים.
מצב.