בירושלים נחשף הרב דיסקין למצבם הקשה של רבים מתושביה. בעיר חיו מהגרים שלחלק גדול מהם אין קרובים היכולים לטפל בהם במקרה של מות אב או אם המשפחה והסובלת ממגפות תקופתיות הגורמות למותם של רבים מהחולים. הוא הבין כי יש צורך למצוא פתרון למצבם של היתומים שנשארו ללא קרוב ומודע, כדי שלא יגיעו לבתי היתומים של המיסיון או ל"בית היתומים הברליני" בראשו עמד ד"ר ו. הרצברג, אותו זיהה הרב דיסקין עם חוגי המשכילים. בשנת 1881 הקים הרב דיסקין את בית היתומים דיסקין בחצר ביתו.
הקמת בית היתומים עורר זעם בקרב הממסד הפרושי על הרב דיסקין. בסיוון תרמ"א פרסם הרב יחיאל מיכל פינס בעיתון 'הלבנון', הקרוב למימסד הפרושי, מאמר שנחתם בפסבדונים 'מר זוטרא' התוקף בצורה חריפה את בית היתומים דיסקין וגבאיו. הכותב מציין, כי בשל העובדה שהנדיבים בחוץ-לארץ אינם תורמים למוסד הנ"ל, "...חרה אפם עד להשחית בהרב הגאון הגדול ... מוהר"ר שמואל סלנט שליט"א על כי לא ירצה לחלל שמו הטוב ולקיים את דבר בית היתומים שלהם ...' בתרנ"ב (1892), כאשר שלחו הפרושים דין-וחשבון לאמריקה על מוסדות העדה האשכנזית, הם התעלמו לגמרי ממוסדות החסידים ומוסדותיו של הרב דיסקין. על מעשה זה הגיבו תומכי הרב דיסקין במאמר חריף. כאשר ניסה הרב דיסקין לאסוף כספים באמריקה לטובת בית-היתומים, יצא הרב סלאנט נגדו וטען כי הדבר פוגע בהכנסות 'הועד הכללי'. הרב דיסקין הגיב בטענה, כי 'הועד הכללי', למרות הכנסותיו העצומות, אינו מתפקד ואין בו כל תועלת.
פטירתו של הרב דיסקין בשנת תרנ"ח (1898) הניחה את בית היתומים ללא פטרון ומצבו הידרדר. הרב מנחם נתן אוירבאך, נכדו של הרב מאיר אוירבאך שנחשב לרבה של העדה האשכנזית בדור הקודם ובעל קשרים משפחתיים ענפים עם אישים בעלי השפעה ב'יישוב הישן', נרתם למען גיוס משאבים לבית היתומים מהפזורה היהודית. יזמותו הקנתה לו את ניהול בית היתומים, והוא נקרא מעתה 'בית היתומים דיסקין-אוירבאך.
ישיבת אהל משה.
מוסד נוסף שהקים המהרי"ל עם בואו לירושלים הייתה ישיבת "אהל משה". גם הקמת מוסד זה עמדה בסימן מאבק עם זרמים נוספים שפעלו באותה העת בירושלים. ישיבת "עץ חיים" (1841) נחשבה הישיבה המרכזית בירושלים, ולצדה עמדו גדולי הדור האשכנזים כמו ר' שמואל סלנט ור' מאיר אוירבך. היה קיים חשש שהישיבה החדשה שהקים המהרי"ל תנגוס מהנתח הכלכלי של ישיבת עץ חיים. אף על פי כן הישיבה הוקמה והמהרי"ל היה ראש הישיבה הראשון שעמד בראשה.
הנהגה.
בבואו לירושלים התקבל המהרי"ל כמנהיגם של השמרנים והקיצוניים שבתושבי ירושלים. הוא היה מעביר שיעורים שנחשבו עמוקים ונועדו למתי מעט מהעילויים שבתלמידי החכמים. לא היה חולק על גדלותו בתורה, אולם הנהגתו, שהייתה חלוקה על הנהגה המקובלת על תושבי ירושלים האשכנזים, הייתה מקור לחיכוכים רבים. בתוך הקהילה החרדית עיקר מחלוקתו הייתה אל מול הרב שמואל סלנט שנחשב לפחות קיצוני בכל הקשור ליחס ללימודים כללים ולמודרנה ככלל, אף שהיה גם הוא שמרן.
הקבוצה האורתודוקסית הקנאית שקבלה על עצמה את הנהגתו של המהרי"ל ערערה על ההנהגה האשכנזית הירושלמית הוותיקה של הפרושים. בתרמ"א (1881) נתן הרב דיסקין את חסותו גם ל'אגודת מייסדי היישוב' בפתח-תקוה, שברובה הייתה מורכבת מאנשי כולל הונגריה. חברי האגודה היו בעימות חריף עם מייסדי המושבה, שנמנו עם אנשי הממסד הפרושי, בראשותו של יואל משה סלומון. במחלוקת זאת היה שיתוף-פעולה מסוים בין 'אגודת מייסדי היישוב' לבין ישראל דוב פרומקין, שנאבק בהנהגה הפרושית מסיבות שונות לחלוטין.
עמדת כוח נוספת במאבק עם הנהגת הפרושים רכש הרב דיסקין בהקמת "כולל אמריקה" ארגון צדקה למען עולים מאמריקה, מעשה שזכה בתמיכתו של הקונסול האמריקני. הכולל החדש זכה להצלחה בשלהי שנות התשעים, ו"הוועד הכללי" נאלץ להכיר בו ולהגיע עמו לפשרה.
בראשית שנות השמונים הפך הרב דיסקין לבעל השפעה מכרעת בכמה כוללים ירושלמיים אשר הסתכסכו עם "הוועד הכללי" של עדת האשכנזים בקשר לענייני כספים וסמכויות, או שדעתם לא הייתה נוחה מהנהגתו של הרב סלנט בתחומים אחרים. המהרי"ל הקים בית דין משלו למרות קיומו של בית הדין של הרב סלנט. הוא צירף לבית-דינו את הרב יעקב יהודה לעווי מכולל ורשה, שקודם-לכן שימש כדיין בבית-דינו של הרב סלנט, אך נאלץ לפרוש עקב חיכוכים על רקע כלכלי בין כולל ורשה לבין משפחת סלנט. מאותו זמן הפך הרב דיסקין לפטרונו של כולל ורשה. כולל נוסף שראה ברב דיסקין את רועהו הרוחני, היה כולל הונגריה, שמאז יסודו לא השתלב במימסד הפרושי המזרח-אירופי. את הרקע לתמיכתם של הכוללים במהרי"ל מתאר ישראל פריידין כך:
ההיסטוריוגרפיה נוטה לייחס לרב דיסקין אידאולוגיה קנאית בהשוואה לדרך המתונה של מחנהו של הרב סלנט. אולם כאשר משווים בין פסיקותיהם של הרב דיסקין והרב סלנט לפחות בשני עניינים - שימוש בשמן שומשומין בפסח ובענייני השמיטה - הרב דיסקין דווקא נטה להקל לעומת פסיקה מחמירה יותר של הרב סלנט. מתקבל על הדעת שיחוס הקנאות לרב דיסקין מבוססת על כך שהוא הרבה להשתמש בחרם כאמצעי למלחמתו בפורצי-גדר, בעוד שהרב סלנט כביכול לא נקט בדרך זו. הרב דיסקין היה מעורב בהחרמתה של אגודת תשבי שהואשמה במינות, והוא זה שהטיל חרם על יהושע ילין ושלל את דמי החלוקה מהכולל שלו, משום ששלח את בנו דוד ילין לבית הספר כל ישראל חברים.
אולם יש טוענים כי בחינה מדוקדקת של העובדות מראה כי לא תמיד תאם דימוי זה את המציאות. פריידין מציין את הדברים הבאים: "בשנת תרנ"ז (1897) כשעמל הרב דיסקין בייסוד 'כולל אמריקה', במסגרת מאבקו ב'ועד הכללי', יזמו ראשיו הפגנה ליד ביתו של הרב. דבר ההפגנה פורסם בעילום שם בעיתון 'הצפירה'. ראשי 'הועד הכללי', ובראשם הרב סלנט, החרימו את מפרסם המאמר, אך נתקלו בהתנגדותו של הרב דיסקין שביטל את החרם. במכתב ששלחו אנשי כולל אמריקה בירושלים בכ"ה באייר תרנ"ז לראש הכולל בניו-יורק מסופר: ' ... כי יצא רבינו שליט"א חוץ ד' אמותיו להראות למנהלי "הוועד הכללי" כי אין העולם הפקר ולא כל העולה על רוחם יעשו. ולולי עזרת מרן הקדוש שליט"א היו מוסיפים להחרים את כל אחד ואחד החושב טוב'. שנתיים קודם-לכן, כשעמדה בשיאה המחלוקת בין 'הועד הכללי' ל'בני משה', נטה הרב סלנט, בעצת פינס, להחרים את "בני משה" אך היתנה זאת בהסכמת הרב דיסקין. הרב דיסקין דחה את ההצעה. גם בתרנ"ד (1894) כאשר בן-יהודה הוחרם על ידי הרב סלנט, הרב דיסקין לא היה שותף לחרם ואף לא נטל חלק במאבק נגד בן-יהודה." מכאן נראה שהחרמות הוטלו לא רק על ידי הרב דיסקין אלא גם על ידי הרב סלנט, ולעיתים אפילו נמנע המהרי"ל מחרמות במקום שהר"ש סלנט ראה לנכון להשתמש בהם.
לפי פרידמן עלייתו של הרב דיסקין לארץ-ישראל הפכה את הקנאות לתופעה של קבע בירושלים, והראיה לכך היא כי הקנאים ראו ורואים בו עד היום את מורה דרכם. מנגד טוען פריידין כי: "ממשיכיו של הרב דיסקין לא תמיד השכילו להבין את 'תורת הקנאות' שלו ונגררו לעיתים קרובות אחרי מעשים של קנאים קיצוניים שגרמו להם נזק. רק אצלם הפכה הקנאות למטרה בפני עצמה וחלק מאידאולוגיה".
נחשב לקנאי, והנהיג חרם נגד המשכילים והמחדשים. סביב הרב דיסקין התקבצו חוגי הקנאים בירושלים, ואף היה לו בית דין מיוחד משלו. בעקבות תקנות וגזירות שרצה הרב דיסקין להתקין בירושלים נוצרה מתיחות בקהילה האשכנזית בירושלים, נקבע חוק כי כל תקנה וגזירה שיתקן הרב דיסקין ללא אישורו של הרב שמואל סלנט והרב משה נחמיה כהנוב, לא תחשב לתקנה, וכי בית הדין האשכנזי הקובע בירושלים, הוא בית הדין היושב בחצר בית הכנסת החורבה, מקום מושבו של הרב סלאנט. הרב סלאנט בעצמו דאג למנות את הרב דיסקין כרב האחראי על בית המטבחיים, אם מפני שנחשב למקל, ואם כדי שלא יתערב בענייני הרבנות של ירושלים.
מתיחות מסוימת שררה בין הרב דיסקין לרב שמואל סלנט, ובין קבוצות שהיו מרוכזות סביב כל אחד מהרבנים. הרב סלנט טען גם כנגד הרב דיסקין כי כך למשל התנגדותו של הרב סלנט ליסוד בתי ספר חדשים בירושלים שילמדו בהם מקצועות חול ושפות זרות הייתה פחותה מהתנגדותו של הרב דיסקין. הרב סלנט גם התנגד לחרם שהוצא על ידי חוג הרב דיסקין כלפי יחיאל מיכל פינס.
הרב דיסקין סייע בהקמת פתח תקווה, ושימש סמכות רוחנית עבור המתיישבים.
דראפט
דראפט (מאנגלית: Draft, גיוס) הוא תהליך שבו קבוצות ספורט מקצועניות בוחרות ספורטאים שאינם כבולים בחוזה עם מועדון אחר, בדרך כלל ממכללות, תיכונים או קבוצות לא מקצועניות. שיטת הדראפט נהוגה בענפי ספורט רבים בארצות הברית, כמו בהוקי קרח, בבייסבול, בפוטבול ובכדורסל. השיטה כמעט לא נהוגה מחוץ לצפון אמריקה, שם עיקר השחקנים מגיעים ממחלקת הנוער ומקבוצות אחרות על ידי רכישה ישירה.
בדראפט ניתנת לכל אחת מקבוצות הליגה בתורה הזדמנות לבחור שחקן מבין המועמדים, לפי סדר מסוים: ככל שקבוצה נמצאת במקום מוקדם יותר בדראפט, באפשרותה לבחור מבין מבחר שחקנים גדול יותר.
בדראפט של ליגת ה-NFL, שהחלו להשתמש בו בשנת 1936, סדר הקבוצות שבוחרות בדראפט הוא הפוך מהישגי הקבוצה בעונה הקודמת: הקבוצה שסיימה עם המאזנים הגרועים ביותר בוחרת ראשונה בדראפט, והזוכה בסופרבול בוחרת אחרונה.
בדראפט של ה-NHL ובדראפט הידוע ביותר, דראפט ה-NBA, השיטה הנהוגה דומה לשיטת ה-NFL; אך נערכת הגרלה משוקללת.
שיטת הדראפט ב-NBA.