בערך בשנת 500 יסודותיה של הממלכה החלו להתפתח סביב פאלמבאנג של ימינו, וישנם תיעודים סיניים משנת 600 בקירוב שמזכירים שתי ממלכות בסומטרה שמרכזיהן נמצאים בג'אמבי ובפאלמבאנג, כמו גם שלוש ממלכות בג'אווה.
האזור החשוב ביותר בסריוויג'איה היה מרכז סחר החופים בפאלמבאנג של ימינו. האימפריה הייתה תאלאסוקרטית ולא הרחיבה את השפעתה אל מעבר לאזורי החוף של דרום-מזרח אסיה. סריוויג'איה הייתה מאורגנת בשלושה אזורים ראשיים – אזור עיר הבירה שמרכזו היה בפאלמבאנג, אגן נהר מוסי שהיה העורף של הממלכה, ואזורי שפך נהר אחרים שיצרו מספר מוקדי כוח. האזור שבו הייתה עיר הבירה נוהל באופן ישיר על ידי השליט של האימפריה. אזור העורף היה תחת שלטונם של הצ'יפים המקומיים שהיו מאורגנים ברשת של נאמנויות למאהאראג'ה. כוח היה היסוד העיקרי של יחסי האימפריה עם מדינות נהר אחרות כגון אגן הנהר באטאנג הארי שמרכזו היה בג'אמבי. אנשי השושלת ששלטו באימפריה התחתנו וכרתו בריתות עם הסאילנדארים ממרכז ג'אווה.
על אף שהתיעודים ההיסטוריים והראיות הארכאולוגיות נדירים מאוד, נראה שהחל מהמאה ה-7 סריוויאג'איה שלטה על רוב סומטרה, ג'אווה המערבית, ורוב חצי האי המלאי. בעקבות הדומיננטיות שלה במלאקה ובמצרי סונדה, סריוויג'איה שלטה הן על התנועה בנתיב הובלת התבלינים והן על הסחר המקומי, גבתה מס מספינות שעברו באזור, והיוותה כוח ימי מרתיע עד המאה ה-13. תנאים אלו גרמו להפצת התרבות המאלאית ברחבי סומטרה, חצי האי המלאי, ובורנאו המערבית.
הדת העיקרית בסריוויג'איה הייתה זרם הוג'ריאנה הבודהיסטי ולפיכך האימפריה משכה אליה צליינים ומלומדים מכל חלקי אסיה. בין העולים לרגל היה הנזיר הסיני , ששהה בסומטרה לתקופות ארוכות בדרכו ללימודים בנלנדה שבהודו בשנים 671 ו-695, והמלומד הבודהיסטי מהמאה ה-11, אטישה, שמילא תפקיד חשוב בהתפתחות זרם הוג'ריאנה בטיבט. מספר נוסעים שעברו באזורים אלה ציינו כי באזורי החוף היה שימוש במטבעות זהב אך לא בפנים הארץ.
נמצאה מצבת קבר של שיח' מוסלמי בבארוס באי סומטרה שזמנה 48 להג'רה, 668/669 לספירה הנוצרית. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. קיימת עדות של נוסע סיני על נוכחות מוסלמים באינדונזיה כבר בשנת 674. ממלכת סריויג'איא יצרה קשר עם הח'ליפה עמר בן עבד אלעזיז החל משנת 100 להג'רה 718 לספירה הנוצרית. אז שלח המאהאראג'א סרי אינדראוארמאן של סריויג'איא מכתב אל הח'ליפה בבקשה שישלח אליו מטיף ללמדו את האסלאם. אין בזה אשור לאסלום ממלכת סריויג'איא כי נתיניה המשיכו להאמין בבודהיזם. תשובת המוסלמים למכתב באה במכתב משנת 724 לספירת הנוצרים בלווי שפחה "זנג'ית" אפריקנית שחורה שנשלחה אל סרי אינדראוארמאן.
מסחרה של סריויג'איא הגיע עד מדגסקר במערב, כולל מהגרים מסריויג'איא שנותרו שם בשנת 830 לספירה הנוצרית, הודו, תאילנד, פיליפינים, מלאיה, סין וכל מרחבי הארכיפלג האינדונזי עד אל איריאן המערבית. ישנה כתובת חרוטה על לוח נחושת שנמצאה בפיליפינים המעידה על קשר בין הפיליפינים לסריויג'איא והאי ג'אווה. הכתובת מכילה מילים מ-4 שפות: סנסקריט, מלאית עתיקה, טגלוג ושפת האי ג'אווה. זמנה מקביל ליום שני 21 באפריל שנת 900 לספירה הנוצרית.
ב-1068 ראג'נדרה קהולה, המלך משושלת קהולה ששלט בטאמיל נאדו, כבש את קדאה (במאלאית : "פתוחה לרווחה") מסריוויג'איה. ב-20 השנים שלאחר מכן הקהולאים המשיכו בסדרת פשיטות וכיבושים ברחבי אינדונזיה ומלזיה של ימינו. על אף שפלישתה של שושלת קהולה לא הצליחה בסופו של דבר, היא החלישה במידה רבה את ההגמוניה האזורית של סריוויג'איה ואפשרה את עליית כוחן של ממלכות (כגון קדירי) שהתבססו על חקלאות מפותחת במקום סחר חופים וסחר למרחקים ארוכים.
השפעתה של סריוויג'איה דעכה במהלך המאה ה-11. האי היה בעימותים מתמידים עם ממלכות ג'אוואיות, בהתחלה עם סינגהאסארי ולאחר מכן עם מאג'אפאהיט. בסופו של דבר הגיע גם האסלאם לאזור אצ'ה שבסומטרה, והרחיב את השפעות באמצעות חוזים עם סוחרים ערביים והודיים. בשלהי המאה ה-13 ממלכת פאסאי (בצפון סומטרה) המירה את דתה לאסלאם. באותו תקופה סריוויג'איה הייתה משועבדת למשך זמן לאימפריית הח'מר ומאוחר יותר לממלכת סוקהות'אי. הכתובת האחרונה מתוארכת ל-1374, ומוזכר בה נסיך הכתר אנאנגאווארמאן.
בין השנים 1400 ל-1403, פאראמסווארה, הנסיך האחרון של סריוויג'איה, והפך לפליט, המיר את דתו לאסלאם, וייסד את סולטנות מלאקה על חצי האי המלאי. נשואיו המוצלחים העניקו לו את מעמדו. הוא מת בשנת 1414.
אימפריות סינגהאסארי ומאג'אפאהיט.
מקורן של שתי האימפריות הוא מזרח ג'אווה, והן היו אלה שגרמו לפירוקה של סריוויג'איה והשתלטו על השטח. סינגהאסארי הייתה ממלכה שהייתה ממוקמת במזרח ג'אווה והתקיימה בין השנים 1222 עד 1292. אימפריית מג'פהיט (במאלאית : "דלעת מרה".) נוסדה זמן מה לאחר סינגהאסארי, ושלטה על רוב החלק המערבי של חצי האי המלאי, בורנאו, סומטרה, ובאלי החל משנת 1293 ועד 1520 בקירוב.
המייסד של אימפריית מאג'אפאהיט, קרטאראג'אסה, היה חתנו של שליט ממלכת סינגהאסארי, שבסיסה היה גם כן בג'אווה. לאחר שסינגהאסארי גירשה את סריוויג'איה מג'אווה באופן מלא ב-1290, הידיעות על כוחה העולה של סינגהאסארי הגיעו עד לקובלאי חאן שהיה במונגוליה והוא שלח שליחים אל הממלכה על מנת לדרוש תשלום מס. קרטאנאגארה, השליט של ממלכת סינגהאסארי, סירב לשלם מס וקובלאי חאן שלח כוח צבאי שהגיע לחופי ג'אווה ב-1293. באותו זמן מורד מקדירי, ג'איאקאטוואנג, הרג את קרטאנאגארה. המייסד של מאג'אפאהיט כרת ברית עם המונגולים נגד ג'איאקאטוואנג, וברגע שממלכת סינגהאסארי נחרבה, בגד במונגולים וגרם לנסיגתם.
גאג'ה מאדה, ראש הממשלה של מאג'אפאהיט והעוצר שלה בין השנים 1331 עד 1364, הרחיב את שטחה של האימפריה לאיים שבאזור ג'אווה. אינדונזים, ובכללם סוקרנו, טענו ששלטה גם בכל הארכיפלג. יש עדות שבשנת 1368 העלתה סולטנות ברוניי מס לממלכת מאג'אפאהיט. הדבר שימש עלה לאינדונזיה לתבוע את השלטון בכל האי קאלימאנטאן. ישנה תעודה בשפה הג'אואנית, נגרקרטגאמה NAGARAKERTAGAMA, משנת סאקא 1287 ספטמבר-אוקטובר 1365 לספירה הנוצרית שבה נזכר שלטון מאג'אפאהיט במקום הנקרא "ואנין". אינדונזים מזהים את ואנין בחצי האי אונין באיריאן המערבית. זאת אחת הסבות שבגללן תבעו סוקרנו ואמיר שריפודין את השלטון בכל האי גינאה החדשה וסביבתו. ממלכת מאג'אפאהיט שלטה גם בכל האי טימור. הדבר שמש עלה לדרישת אינדונזיה לשלוט גם במזרח טימור, דבר ששמש עלה לפלוש לשם. מספר שנים לאחר מותו של גאג'אה מאדה, הצי של מאג'אפאהיט כבש את פאלמבאנג, ובכך גרם לסופה של ממלכת סריוויג'איה. על אף ששליטי מאג'אפאהיט שלטו גם על איים אחרים והחריבו ממלכות שכנות, המטרה העיקרית שלהם הייתה לשלוט ולהשיג חלק גדול יותר מהרווחים של נתיבי הסחר שעברו בארכיפלג. בערך באותו זמן שבו נוסדה מאג'אפאהיט, החלו להגיע לאזור סוחרים מוסלמים ואנשים שעסקו בהמרת דת.
לאחר שהגיעה לשיאה במאה ה-14, כוחה של מאג'אפאהיט החל לדעוך כאשר פרצה מלחמת ירושה ב-1401 שנמשכה ארבע שנים. מאג'אפאהיט לא יכלה להתמודד עם הכוח העולה של סולטנות מלאקה. בשנת 1519 מת המאהאראג'א האחרון. בשנת 1520 מספר גדול של אנשי משפחת המלוכה, אנשי החצר שלהם, אומנים ואנשי דת היגרו לכיוון מזרח והתיישבו באי באלי כאשר מאג'אפאהיט התפרקה באופן סופי. בשנת 1526 או 1527 נכשל ניסיונם להקים ממלכה באי באלי, ב 1527 נכבשה בירת מאג'אפאהיט על ידי כוחות מוסלמיים מדמאק. בשנות התשעים של המאה ה-20 נחפרה בירת מאג'אפאהיט, תרוולאן. נמצא שם אוצר גדול של כלים ומטבעות, בכללם מכסף ומזהב.
התפשטות האסלאם.
נמצאה מצבת קבר של שיח' מוסלמי ששמו רכונודין פאנסור בבארוס באי סומטרה שזמנה 48 להג'רה, 668/669 לספירה הנוצרית. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. מצבת קבר נוספת שלשונה ערבית טהורה עם תאריך 475 להג'רה מקביל לשנת 1082 לספירה הנוצרית נמצאה באי ג'אווה. ישנה עדות של נוסע סיני שהזכיר שראה מוסלמים באינדונזיה בשנת 674 לספירה הנוצרית, הדבר נזכר בירחון מסע אחר. כיון שהחלו דוברי המאלאית לקלוט את הכתב הערבי כנוהו בשם חרוף ג'אווי והגוהו בשבוש "הורוף ג'אוי". באמצעות תהליך של הטמעה, והבטחת שוויון מעמדות, תפס את המקום של ההינדואיזם החל מסוף המאה ה-16 בג'אווה וסומטרה. דת ההינדואיזם נותרה הדת השלטת רק באי באלי. במזרח הארכיפלג הייתה פעילות של מיסיונרים מוסלמים ונוצרים במאה ה-16 ובמאה ה-17, ונכון להיום, יש קהילות גדולות של שתי הדתות באזורים אלה. התפשטות האסלאם הונעה באמצעות הגדלת קשרי הסחר עם אזורים שמחוץ לארכיפלג; באופן כללי, סוחרים ואנשי משפחות המלוכה של הממלכות העיקריות היו הראשונים לאמץ את הדת החדשה. הממלכות הדומיננטיות כללו את מאטאראם במרכז ג'אווה, וסולטאנויות טרנאטה וטידורה באיי מלוקו שבמזרח. על אף שידוע שהתפשטות האסלאם החלה במערב הארכיפלג, העדויות ששרדו עד לימינו מצביעות על כך שההתפשטות לא הייתה רצופה ועל פני האזורים הסמוכים, אלא הייתה תהליך מורכב ואיטי.
סולטנות מאטאראם.
סולטנות מאטאראם הייתה הסולטנות השלישית בג'אווה. הראשונה הייתה דמאק בינטורו והשנייה הייתה פאג'אנג.
לפי ממצאים מג'אווה, קייאי גדהה פאמאנאהאן הפך לשליט של אזור מאטאראם בערך בעשור השביעי של המאה ה-16 בתמיכתה של ממלכת פאג'אנג במזרח, ליד האזור של סוראקארטה. לאחר שעלה לשלטון, היו התייחסויות רבות לפאמאנאהאן בתור קייאי גדהה מאטאראם.