המדען הראשי במשרד הכלכלה הוא יושב ראש הוועדה לחלוקת המשאבים לעידוד התעשייה על פי החוק לעידוד מחקר ופיתוח בתעשייה והוא חולש על התקציב הגבוה ביותר מבין כל שאר המדענים הראשיים. לכן, כאשר משתמשים במונח "המדען הראשי" במגזר הפרטי הישראלי מתכוונים לרוב למדען הראשי של משרד הכלכלה.
כיהנו לאורך השנים:
משרד החינוך.
מדען ראשי במשרד החינוך מונה לראשונה בשנת 1974 על ידי השר אהרון ידלין. לתפקיד מונה עוזר שילד אשר בכוונה לא היה איש חינוך אלא איש אקדמיה מתוך רצון למנות לתפקיד אדם שלא שייך לממסד של המשרד. שילד כיהן בתפקיד בשנים 1974-1976. באותן שנים היה תפקיד המדען הראשי היחיד במשרד החינוך שלא היה כפוף למנכ"ל המשרד. רב המדענים הראשיים שבאו אחריו היו אנשי אקדמיה בכירים מתחום מדעי והערכת החינוך. החזיקו בתפקיד, בין השאר: פרופ' שלמה קוגלמס, פרופסור יוסף באשי (1981-1993), פרופ' פרלה נשר (1993-1995) מבית הספר לחינוך באוניברסיטת חיפה, פרופ' זמירה מברך (1998–2001) מבית הספר לחינוך באוניברסיטת בר-אילן, פרופ' דוד נבו (2003) מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב, ופרופ' סידני שטראוס (2005–2008) מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב.
המדען הראשי עוסק בעיצוב מדיניות המחקר בתחום החינוך, קביעת קריטריונים להקצאת משאבים למחקר, קביעת עדיפויות מחקר בתחומי החינוך השונים ויצירת מסגרות ונהלים מתאימים לביצוע של מחקרים והפצת ממצאיהם. בנוסף אמון על שילוב ידע ומדע בשירות המדיניות, סיוע בקביעת מדיניות ובקבלת החלטות על בסיס ידע מדעי, איתור בעיות אשר לצורך טיפולן ראוי להסתייע בידע מדעי וקביעת המדיניות בנוגע לפעולות ההערכה של מדיניות המשרד ותוכניותיו.
במהלך כהונתו, ביטל פרופ' יוסף באשי את המבחנים הפסיכומטריים כדרך לנבא הישגים עתידיים של תלמידים בגלל הסטיגמה שמבחנים כאלו עלולים להדביק לתלמיד. לקראת סוף כהונתו הוא ניסה לקדם מבחני משוב ארציים לבתי הספר, אולם היוזמה בוטלה על ידי שרת החינוך שולמית אלוני. בסוף שנת 2003 התפטר פרופ' דוד נבו מתפקיד המדען הראשי בין השאר בעקבות חילוקי דעות סביב מבחני המיצ"ב. למרות שהוא תומך במבחני המיצ"ב ולא היה מבטל אותם, דרך היישום לטענתו היא בעייתית מכיוון שהמבחנים משמשים כשוט כלפי המנהלים, במקום להיות כלי עזר עבורם.
בשנת 2009 מונה ד"ר גבי אביטל לתקופת ניסיון בתפקיד המדען הראשי במשרד החינוך, אך בשל חוסר שביעות רצון מתפקודו הוא פוטר בשנת 2010. בשנת 2011 מונה לתפקיד פרופ' זכריה מדר. בנובמבר 2013 מונה לתפקיד פרופ' עמי וולנסקי מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב.
משרד האנרגיה.
המדען הראשי של משרד האנרגיה עוסק בהיבטי מחקר ופיתוח ובתמיכה מדעית-טכנולוגית למקבלי החלטות בכל תחומי העשייה של המשרד, שהם: אנרגיה לסוגיה ולשימושיה השונים, מים, השילוב בין אנרגיה ומים, פיתוח והפקה של משאבי טבע מקומיים ומדעי האדמה והים.
למדען מספר תוכניות למימון ולתמיכה בפרויקטי מחקר ופיתוח, החל ממחקר יישומי ובסיסי באקדמיה, דרך פרויקטי הזנק מתוכנית Startergy וכלה בפרויקטי חילוץ והדגמה. בנוסף, למשרד תוכנית מלגות לסטודנטים בנושאי הליבה של המשרד. כמו כן, למדען הראשי פעילות בינלאומית ענפה במחקר ופיתוח באמצעות שותפות ומעורבות בפורומים בינלאומיים ובתוכניות מימון פרויקטי מו"פ בינלאומיים.
במסגרת תוכניות המימון, לשכת המדען הראשי במשרד האנרגיה, מקדמת פרויקטים שמטרתם פיתוח תחליפי נפט לתחבורה מבוססי גז טבעי, תאי דלק, הנעה חשמלית וביודלקים מתוך ראייה כוללת המוקדשת למציאת פתרונות ארוכי טווח להפחתת התלות בדלקים, פרויקטים בתחום האנרגיות המתחדשות כגון אנרגיית הרוח, אנרגיית השמש וייצור חשמל באמצעותן, וקיימות במרחב האורבאני.
המדען הראשי הנוכחי במשרד הוא ד"ר גדעון פרידמן. משרד הפיתוח, שהוסב למשרד התשתיות הלאומיות, האנרגיה ומים, ולאחר מכן למשרד האנרגיה, היה המשרד השני למנות מדען ראשי, אחרי משרד הביטחון. באפריל 1970 מונה לתפקיד פרופ' אברהם פצ'ורניק. בשנים 1980–1983 כיהן בתפקיד חיים אילתה ובהמשך שנות ה-80 של המאה ה-20 כיהן בתפקיד דן זסלבסקי, בשנים 2002–2005 החזיק בתפקיד ד"ר מיכאל בייט ובשנת 2007 כיהן כמדען ראשי, ד"ר יוסי ברטוב. מ-1 בנובמבר 2007 כיהן בתפקיד המדען הראשי של המשרד, ד"ר שלמה ולד. במרץ 2015 הוא הוחלף על ידי ד"ר ברכה חלף.
משרד המדע, הטכנולוגיה והחלל.
בין השנים 2000–2003, כיהנה בתפקיד פרופ' חגית מסר-ירון, ומתחילת שנת 2003 עד סוף שנת 2004 לא היה למשרד מדען ראשי ואז מונתה לתפקיד פרופ' מינה טייכר שכיהנה עד אמצע שנת 2007. פרופ' דוד מנדלוביץ' כיהן בתפקיד בשנים 2008–2010, פרופ' דני וייס מונה לתפקיד ב-27 באוקטובר 2010 . בין השנים 2012 ל-2014 כיהן פרופ' אהוד גזית בתפקיד. אחריו כיהנה פרופ' נורית ירמיה. באוגוסט 2016 מונה פרופ' אלכסנדר בליי למדען ראשי במשרד המדע.. בשנת 2021 מונה פרופ' אבי דומב לתפקיד המדען הראשי.
משרד הבריאות.
המדען הראשי במשרד הבריאות עוסק בעידוד מחקר בנושאים רפואיים בעיקר באמצעות קרן ממשלתית, אך גם בהמלצה על מתן פרסים ומענקי מחקר פרטיים. כך למשל, בתביעה כנגד תנובה בפרשת הסיליקון בחלב, הוסכם שחלק מהפיצוי שיינתן יהיה בצורת קרן מחקר שבראשה יעמוד המדען הראשי של משרד הבריאות. בנוסף, המדען הראשי עוסק בפיקוח על מחקר רפואי, למשל פיקוח על ניסויים בבעלי חיים לפי החוק צער בעלי חיים (ניסויים בבעלי חיים), ועל מחקרים במחוללי מחלות ביולוגיים.
לשכת המדען הראשי הוקם במשרד בשנת הכספים 1971-1972 והמדען הראשי הראשון היה פרופ' הנרי נויפלד, שכיהן בתפקיד עד אפריל 1979, אז החליפו פרופ' דוד דנון.
בשנת 1991 כיהן כמדען הראשי של משרד הבריאות פרופסור עודד אברמסקי, בשנים 2001–2008 החזיק בתפקיד פרופסור רמי רחמימוב וכיום מחזיק בו בני שהרבני.
דו"ח של המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח, בראשות פרופסור עודד אברמסקי טוען שמשרד הבריאות לא גיבש מעולם מדיניות לגבי תחומי המחקר הרפואי הנדרשים בישראל, כי אין מעקב מסודר אחרי המחקרים שמתבצעים, אין יכולת לקבוע מדרג חשיבות למחקרים ואין קריטריונים לגבי איכות המחקרים. הדו"ח ממליץ לנהל מאגר מידע שיטתי על המחקר הרפואי המבוצע בתמיכתו וממליץ שכל מחקר במשרד הבריאות ילווה על ידי ועדה מדעית בראשות המדען הראשי.
משרד התקשורת.
כבר ב-1967 פורסמה כוונה למנות מדען ראשי למשרד הדואר אולם העניין לא יצא אל הפועל. בסוף שנת 1970 הוחלט שוב על מינוי מדען ראשי למשרד, ולתפקיד מונה ד"ר יהודה קלע אשר כיהן בשנים 1971–1978, תחילה תחת התואר סגן המדען ומשנת 1975 בתואר המדען הראשי. לאחריו כיהן בתפקיד דוד בירן. בשנים 1983–1985 שב יהודה קלעי לכהן בתפקיד ובשנת 1986 מונה לתפקיד ד"ר אדם ליבנה. בינואר 2006 בוטלה יחידת המדען הראשי במשרד. בשנת 2014 הוחלט על הקמתה מחדש של יחידת המדען, ובאוקטובר 2014 מונה לתפקיד ד"ר אמיר אדלר.
משרד התחבורה.
המדען הראשי במשרד התחבורה משמש יועץ מדעי לשר התחבורה ולמנכ"ל המשרד ומנהל את יחידת המדען הראשי במשרד; מוביל את התכנון האסטרטגי והחדשנות הטכנולוגית בתחום התחבורה בישראל, תוך התבססות על מידע ומחקר, על מנת לשרת את תהליכי קביעת מדיניות התחבורה וקבלת ההחלטות במשרד; פועל לשיפור איכות התכנון התחבורתי ולקידום הידע והמידע המשרת את קהילת מתכנני מערכות התחבורה בישראל; מגבש הצעות למדיניות כוללת של המשרד; מבצע בקרה על הכנת תוכנית אב לתחבורה; מקדם מחקרים וחדשנות בתחום התחבורה; מקדם טכנולוגיות חדשות והנעות חלופיות לכלי רכב; מנהל מערך סקרים ומאגרי מידע בתחבורה; יו"ר הוועדה הבינמשרדית לניסויים בדרך, דירקטור בארגון אקומושן וחבר בוועדת התחבורה של האיחוד האירופי במסגרת תוכנית הורייזן 2020.
במאי 1975 מונה שלום רייכמן, שייעץ למשרד במשך שנים, למדען הראשי של משרד התחבורה. בראשית שנות ה-2000 תפקיד המדען הראשי במשרד לא היה מאויש. בשנים 2007–2009 כיהן בתפקיד פרופ' יוסף פרשקר, בשנים 2011–2013 כיהן בתפקיד ד"ר אמיר זיו-אב.
בשנת 2014 נתמנה לתפקיד ד"ר שי סופר.
המשרד להגנת הסביבה.
המדען הראשי במשרד להגנת הסביבה עוסק במימון מחקרים וסקרים בנושאי איכות הסביבה, פיתוח מדדים כמותיים לבחינת איכות הסביבה והגברת המודעות והחינוך לשמירת הסביבה. תקציב המדען הראשי בשנת 2003 היה כ-2 מיליון ש"ח, בסביבות 1% מתקציב המשרד. בשנים 1999–2000 כיהנה בתפקיד מרים הרן.
החל מיוני 2011 המדענית הראשית של המשרד להגנת הסביבה הייתה ד"ר סיניה נתניהו, שפרשה באוגוסט 2018. המשרה נותרה לא מאוישת עד למינויה של פרופ' נגה קרונפלד-שור בינואר 2021.
המשרד לחקלאות ופיתוח הכפר.
המדען הראשי במשרד החקלאות ופיתוח הכפר אחראי על מחקר ופיתוח החקלאות הישראלית. המחקר והפיתוח משפיעים על תועלת ענפי החקלאות השונים, איכות התוצרת החקלאית והמחירים לצרכן. תקציב המדען הראשי בשנת 2019 הוא כ-50 מיליון ש"ח. מכהנת בתפקיד ד"ר מיכל לוי.
המרכז למיפוי ישראל, יחידת סמך של משרד השיכון והבינוי.
המדען הראשי במרכז למיפוי ישראל מכוון את המחקר והפיתוח במדינת ישראל בתחומי הגיאודזיה, הקדסטר, המיפוי והגיאו-אינפורמציה. המדען מקדם את התקינה והחקיקה בנושאים אלה ומיעץ למנהל בהכנת תקנות המודדים, הנחיות המנהל ותקנים לאומיים. בנוסף, המדען יוזם שיתוף פעולה ופרויקטים לאומיים מתקדמים בתחום עם גופי ממשלה, אקדמיה וחברות בארץ ובעולם. תפקיד המדען הראשי אויש לראשונה ב 1995 על ידי ד"ר יוסף פוראי, ב 2003 מונה ד"ר גרשון שטיינברג לתפקיד וב 2010 מונה פרופ. ח. ירון פלוס לתפקיד.
חלומות
פ.צ. קופנהגן