חציית שובר הגלים - לאחר כשעה של שחיה – בדיעבד המרחק לשובר הגלים היה 2.3 ק"מ לעומת 1.8 שתוכנן. התקרב כל זוג בנפרד אל השובר. גובה שובר הגלים במקום היה כשני מטר. הגלים החזקים שטפו את שובר הגלים העלייה הייתה מסוכנת. לאחר כמה ניסיונות מצאו עצמם שהגל זרק אותם מעל אבני השובר והצוללים ספגו חבטות. לגלים הגבוהים היה צד טוב בכך שלא נמצאו דייגים על אבני השובר. דני ברעם חש בחילה אך לא הפסיק את פעילותו. כשעלה לשובר ראו את ראשיהם של ליפשיץ ובן יוסף כבר בתוך הנמל. גם הזוג של אילן אגוזי הוטל בגל גדול מעבר לשובר. בתצפית מהשובר הגלים התגלתה לצוללים תמונה מאכזבת. משחתת הסקורי שנצפתה שינתה את מקומה וצלליתה נראתה מרחוק בדרום הנמל. בטווח הפעולה הרלוונטי לצוללים לא נמצאו מטרות צבאיות. אלא רק מבדוק, מחפר ודוברה שמיועדים לעבודות נמל.
הדבקת מוקשים בירידה מהשובר התברר כי המים בתוך הנמל רדודים. כל זוג פנה לגזרה שהוקצתה לו בתכנון המפורט. אזור הנמל היה חשוך סירות מנוע סיירו והטילו רימונים נגד צוללים חלקם בקרבת הצוללים אך הם לא נתגלו ולא נפגעו. לאחר שלא נמצאו כלי שיט צבאיים הודבקו המוקשים למטרות אזרחיות.
הפגיעה במבדוק - הניסיון של איתן ליפשיץ לפגיעה במבדוק לא צלח היות שהמוקש לא נדבק לתחתית והצוללים עברו לחפש מטרות אחרות. כאשר לא נמצאה מטרה ראויה החליט ליפשיץ לנטרל את המוקשים ולשמוט אותם בנמל. דני ברעם וגדי פטיש צללו לעבר הנמל הצבאי אך לא גילו מטרות. הזמן חלף בלית ברירה חזרו למבדוק ושם הצליחו להדביק מוקשים בחלק אחר של המבדוק. מאוחר יותר הגיעו למפקדת חיל הים ידיעות שהמבדוק טבע.
אילן אגוזי וגלעד שני יצאו לכיוון דרום מערב שם הדביקו מוקשים למחפר ולדוברה.
חיפוש הצוללת - הצוללים שהו כשעתיים במימי הנמל בדרכם חזרה נפגשו הזוג של איתן ליפשיץ עם הזוג של איתן אגוזי. הזוג של דני ברעם וגדי פטיש המשיכו בנפרד הצוללים יצאו מהנמל ושחו לאזור הצוללת אך לא הצליחו למצוא את חבריהם הסמנים. להערכת איתן ליפשיץ הגיעו הצוללים החוזרים לקרבת הצוללת, אך העיר אלכסנדריה לא הייתה מואפלת, ולא ניתן היה לראות נצנוצים על רקע אורות העיר.
תנועה לבסיס חוף -. לאחר כשעה של חיפושים החליט דני ברעם לרדת למחבוא בחוף כשני ק"מ מזרחה מהנמל. בדרכם התרחקו מדייגים ועברו ליד מעגן סירות. את ציוד הצלילה והחרצית הטביעו בדרך. עד שאיתרו אזור שקט לצאת מהמים. כבר האיר היום אך לא היה איש בסביבה. מבנה נטוש התגלה ומתחתיו מערה קטנה ונכנסו אליה. מפקד כוח הצוללים, איתן ליפשיץ אמר ללוחמים שלידו שחו כשני ק"מ מזרחה בדרכם הטביעו את ציוד הצלילה והחרצית. ובאור ראשון ירדו לחוף וחיפשו מחבוא. המבנה הנטוש והמערה תחתיו קרצו להם וכך נפגשו ששת הצוללים במערה.
ניסיון לחילוץ שני.
לאחר חצות בליל 6–7 ביוני שואלת מפקדת חיל הים את מפקד התנין: מברק תשובה נשלח בשעה 02:20, מהצוללת למפקד החיל:
המנחה המקצועי לנושאי צוללות מפקד שייטת הצוללות סא"ל הדר קמחי נמצא בהפלגה עם אח"י לויתן (צ-75) ולא הייתה אפשרות להיועץ בו. הנזק שנגרם לסונאר הראשי הגביר את הסיכון בחילוץ הצוללים שתוכנן לליל 7/8 ביוני. בהערכת המצב שנעשתה במפקדת חיל הים השתתף קצין טכני בעל ניסיון בשייטת הצוללות, רס"ן אלחנן התרסי שנשאל באם הצוללת תוכל לפעול רק עם מכשיר סונאר משני שמיועד לאתר שידורי מכשירי גילוי צוללות. תשובתו הייתה חיובית אך שהתקלה בנצנץ הציון לא תאפשר חבירת הצוללים.
בדיונים הועלתה גם אפשרות באם הצוללים נשבו אולי סיפרו בחקירתם על מקום ומועד החילוץ. מרבית הנוכחים האמינו בכושרם של הלוחמים לעמוד בחקירות. מפקד חיל הים שלמה אראל החליט לקיים את החילוץ על ידי אח"י תנין (צ-71) כפי שתוכנן. ב-7 ביוני בשעה 03:35 הועברה לצוללת הוראה להיכנס לביצוע האיסוף.
בשעה 03:35 (7 ביוני) התקבל בצוללת אישור ממפקד החיל לחילוץ הצוללים בנמל אלכסנדריה אברהם דרור, מפקד אח"י תנין (צ-71), אישר שינסה להיכנס והציע שתקוים תקיפת מטוסים כדי להסב תשומת לב המצרים באזור. בדיון במפקדת חיל הים הייתה דעת מרבית הנוכחים שיש לשלוח כלי שיט להשתתף בחילוץ.
מפקד חיל הים בדק עם מפקד חיל האוויר, מרדכי הוד, שהודיע כי יוכל לבצע הטרדה באזור אלכסנדריה אך לא לשמור רצף מטוסים בגלל המרחק. באישור סגן הרמכ"ל חיים בר-לב יצאה שייטת המשחתות בפיקודו של אל"ם נפתלי רוזן לעבר אלכסנדריה ואיתה גם סירת 'ציפור' וסירות גומי למקרה הצורך. הרמטכ"ל יצחק רבין שמע על כך והעריך שהסיכון לפגוש ספינות טילים מצריות גבוה והורה לחיל הים להחזיר את המשחתות.
ביטול החילוץ -בעוד אח"י תנין (צ-71) מתקרבת בצלילה לאלכסנדריה במגמה לאסוף את הצוללים. נציג המודיעין הימי במוצב הפיקוד העליון סא"ל אורי מרץ איתר בין החומר הגלוי מתוך העיתונות והשידורים המצריים את המידע שהמצרים לקחו בשבי את חוליית הצוללים על שובר הגלים בנמל אלכסנדריה. מידע זה היה חשוב ביותר ומפקדת חיל הים החלה בשידורים רצופים ללא מענה: . אח"י תנין (צ-71) הייתה אז בצלילה מתגנבת עד 8 מיילים מהיעד, עת קלטה (בשעה 16:15) את ההוראה "לחזור". העובדה שהייתה בשינור אפשרה את קליטת ההודעה, אולם הקליטה לא הייתה ברורה. הצוללת שינתה קורס וב-18:55 קלטה בבירור את ההוראה: אח"י תנין קלטה את המברק ושבה על עקבותיה. מקורות תקשורת זרים הודיעו שבנמל טובע מבדוק צף.
בשעה 20:00 עלתה אח"י תנין על פני המים והמשיכה בדרכה לארץ. בשעה 00:55, 8 ביוני, קלטה הודעת המפקדת חיל הים על המצאות שלוש צוללות אויב בקרבת חופי הארץ. וכי הצוללות המצריות התגלו והותקפו על ידי משחתות חיל הים. במצב רגיל הייתה זו הזדמנות להציב להן מארב. כניסה לקרב נגד צוללות ללא סונאר אינה אפשרית. אח"י תנין שמצאה את עצמה בנחיתות שייטה בנתיב עוקף. כדי להגיע לחיפה מהצפון ולהימנע מפגישה עם צוללות האויב.
בשעה 20:40 נשלח דוח מים/3 לצוללת בו הודיעה המפקדה כי שלוש צוללות אויב התגלו בקרבת החוף מחיפה ודרומה. והתנין עשויה לפגוש צוללת אויב שנסוגה לאלכסנדריה. התנין התבקשה לציין את נתיב תנועתה ולוח זמנים עד לכניסתה לנמל חיפה. תשובת אח"י תנין (צ-71) הייתה: ואכן ב-9 ביוני בשעה 04:00 נכנסה אח"י תנין לנמל חיפה.
בשבי המצרי.
לוחמי הקומנדו הימי שביצעו את פעולת אלכסנדריה לא הצליחו לחבור לצוללת. נחבאו יחד בנקיק סלע בחוף הים בשעות אחרי הצהריים התגלו על ידי נער מצרי שקרא להמון מאיים. איתן בא איתם בדברים עד שהגיעו רכב צבאי ושוטרים שלקחו אותם בשבי. שני הקיבוצניקים מכפר מנחם, אילן אגוזי וגדי פטיש, ניצלו את המהומה ונמלטו. הם נתפסו רק למחרת בבוקר בפרברי אלכסנדריה.
ביום הראשון נמצאו במרתפי מפקדת הצי ברס אל טין. כבר שם החלו לספוג מכות ועינויים וחקירות קשות. השבויים כל אחד בנפרד עמדו בחקירות ולא מסרו שום מידע רלוונטי מעבר לשמם ומספרם האישי.
למחרת הועברו הצוללים בלא קשר ביניהם כאשר הם אזוקים ומכוסי עיניים לכלא בקהיר. שם הוחזקו בתא קטן בנפרד. את מזון הכלא: מים מעופשים, פיתה יבשה, פול ועדשים לא הצליחו לאכול ונשארו זמן רב רעבים. עברו חקירות קשות על ידי המודיעין המצרי תוך כדי מכות ועינויים. החוקרים התעניינו בפעולה איך הגיעו לאלכסנדריה ובשיטות עבודה בקומנדו הימי. השבויים ענו תשובות שלא ממן העניין ושום מידע חיוני לא נחשף בחקירות אלה.
שיפור יחסי - לאחר כשבוע הופגשו עם נציג הצלב האדום, בשם בואזר בתחילה התייחסו אליו בחשדנות אך התנאים החלו להשתפר. קצב החקירות ירד מכות ועינויים הופסקו. באמצעותו התאפשרה העברת מכתבים למשפחות. המכתבים משני הצדדים נקראו על ידי קצין מהמודיעין המצרי. שדרוג משמעותי במעמדם חל ב-17 ביוני כאשר מצאו עצמם יחד בחדר משותף ואיתם גם שלושה טייסים יאיר ברק דן מנור ומרדכי לבון. לאחר שפגה החשדנות התברר כי הטייסים נפלו ביומיים הראשונים למלחמה ולא היה ביכולתם לחדש רבות לצוללים. הטייס מרדכי לבון הוחזר לישראל לאחר כשבוע, כנראה מסיבות בריאות, והטייס יאיר ברק בן ה-29 דובר אנגלית שוטפת קיבל תואר "בכיר השבויים" וייצג אותם מול שלטונות הכלא.
קבלת החלטות - הקבוצה התנהלה במעין קומונה והחלטות התקבלו בהצבעה. יחד עם המכתבים החלו להגיע חבילות מהבית. המזון בכלא היווה בעיה ולמעשה סבלו השבויים מרעב כל התקופה. נקבע עקרון שמצרכי מזון המגיעים נעשים נחלת הכלל.
שבויים נוספים – ב-14 ביולי 1967, שבו המצרים את סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור (וידומלנסקי) בפורט תאופיק לאחר שהשיטו את דגל ישראל בסירת גומי שטובעה ביריות. הם הוחזקו בתאים נפרדים באותו הכלא וסבלו מחקירות. ב-4 בספטמבר צורפו השנים לחדר עם שאר השבויים.
קצינים מצרים בכלא - פילדמרשל עבד אל-חכים עאמר, שהודח מתפקידו לאחר מלחמת ששת הימים, ניסה באוגוסט 1967, לבצע הפיכת נגד עם 2000 קצינים מתומכיו. הפיכת הנגד נכשלה והכלא היה מתח רב והשבויים לא הבינו את המתרחש. עאמר עצמו נתפס, ואולץ להתאבד.