בשנים 1648–1665, תקופת המבול (כינוי לתקופת הפלישה השוודית, "המבול השוודי", ומלחמות נוספות בפולין) ופרעות ת"ח ות"ט, חל משבר גדול בקרב יהדות גליציה המזרחית, שתוצאותיו באו לידי ביטוי אף יותר ממאה שנה לאחר מכן, בתקופה שלאחר חלוקת פולין והסיפוח לממלכת הבסבורג (שבהמשך הפכה לאימפריה האוסטרית ומאוחר יותר לאימפריה האוסטרו-הונגרית). במהלך הפרעות הוכחדו קהילות יהודיות רבות בגליציה המזרחית, וקהילות אחרות נאלצו להגן על עצמן באמצעות מכירת חלקים מהאוכלוסייה היהודית לשבי ולעבדות. הקהילות היהודיות נקלעו למשבר כלכלי עצום, שנפתר רק כעבור יותר מ-30 שנה.
המשבר פחות בא לידי ביטוי בערים הפיאודליות לעומת ביטויו בערים המלכותיות משום שבערים אלו מעמדם של היהודים היה זהה למעמדם של המקומיים, כך שליהודים הייתה השפעה גדולה יותר, כוח פוליטי גדול וכן קשרי חוץ מפותחים. כתוצאה מכך פחתה עוצמתה הכלכלית והפוליטית של לבוב, בעוד עוצמתן של הקהילות היהודיות בערים פיאודליות עלתה. הדבר ניכר במיוחד בערים פיאודליות שבהן הייתה קהילה יהודית גדולה ובראשן ז'ולקייב, טארנופול, קומארנו, ברודי ובוצ'אץ' אשר פרחו ושגשגו מבחינה כלכלית גם במהלך תקופה זו, כאשר ברודי אף הפכה למרכז של פליטים יהודים מגליציה כולה שחיפשו מקום מבטחים מפני הפרעות.
בשנים 1580–1764 פעל בגליציה המזרחית ועד ארבע ארצות, אשר היה הנציגות הארצית הראשונה של יהודים באזור. הארצות שהרכיבו את הוועד היו פולין גדול, פולין קטן, רוסיה האדומה, ווהלין, ליטא ווילנה.
במאה ה-18 הקהילות היהודיות המשיכו להתפשט ברחבי גליציה המזרחית על אף המלחמה הצפונית הגדולה שהתרחשה אז וגרמה לפגיעה בכלכלה הפולנית. על פי מפקד אוכלוסין שהתקיים בגליציה המזרחית בשנת 1764 כרבע מיהודי גליציה המזרחית התיישבו בכפרים, והשאר בערים ובעיירות. ערב חלוקת פולין הראשונה והסיפוח לאימפריה הרומית הקדושה, היו בגליציה המזרחית בין 60 אלף ל-80 אלף יהודים, אשר היוו חלק גדול מיהדות פולין, ועשרה אחוזים מכלל האוכלוסייה בגליציה המזרחית.
גליציה המערבית.
על פי רישומים מן המאה ה-14 והמאה ה-15, בתקופה זו כבר היה בגליציה המערבית מספר גדול יותר של קהילות יהודיות מבוססות, למשל בערים יאסלו, טארנוב, יארוסלאב, זאטור, דמביצה וז'מיגראד. לאור המחאות כנגד התיישבות היהודים בגליציה המערבית שאורגנו על ידי התושבים המקומיים, במיוחד הגרמנים ואנשי הכנסייה הקתולית, העניק המלך אישור מיוחד בשם "דה נון טוליראנדיס יודיאוס" למספר ערים, שאסר על היהודים להתגורר בערים שלהן ניתן אישור זה, ואף בפרוורי ערים אלו ובכפרים השכנים להן. בין אותם ערים ועיירות ניתן לציין את בוחניה, אשר נאסרו בה מגורים של יהודים כבר בשנת 1605, אך האיסור הופר על ידי קבוצה של יהודים שבחרו לעקוף את החוק וכן על ידי קבוצות סוחרים מתחלפות שהגיעו לעיר ב"ימי שוק" או ב"ימי יריד", ואת וייליצ'קה, שבפרבריה קמה קהילה יהודית ובשטחה אף התגוררו חוכרי מלח יהודים אחדים, באישור המולך. בעיר גורליצה הותרה התיישבות יהודית בפרבר העיר בלבד עד שנת 1765, ובבייץ' קמה קהילה יהודית רק לקראת סוף המאה ה-18. בערים המלכותיות, סבלו היהודים בעיקר מעוינות המקומיים, ואלו ניסו לדחוק את היהודים אל מחוץ למרכז העיר על מנת להגביל את כוחם הפוליטי, הכלכלי והתרבותי. ניכר שמצב זה התקיים בבירת גליציה המערבית, קרקוב, וכן ביארוסלאב, בלז'איסק ובערים נוספות. בגליציה המערבית היה מספר קטן של ערים פיאודליות בהשוואה לגליציה המזרחית. בערים אלו היה מצבם של היהודים טוב יותר, בדומה למצבם בגליציה המזרחית. הם היו בעלי זכויות יסוד מפותחות יותר, ניתן להם חופש מגורים מלא, והם הורשו לעבוד כחוכרים, סוחרים או בעלי מלאכה.
יהודי גליציה המערבית סבלו מפורענות ועוינות המקומיים לעיתים קרובות אף יותר מאשר יהודי גליציה המזרחית. הפרעות שהתרחשו בקהילה היהודית השפיעו עליה גם לאחר יותר מדור שלם. בגליציה המערבית הפורעים עשו זאת דווקא מתוך מניעים דתיים. בתחילת המחצית השנייה של המאה ה-15 הגיע נזיר בשם יוהאן קאפיטראנסו לקרקוב הילל את האדיקות הדתית והטיף כנגד כפירה. נאומו השפיע מאוד על תושבי קרקוב, עד כדי כך שגרמו לפריצתן של פרעות באזור ובשנת 1454. בשנת 1499 שדדה קבוצת "נושאי הצלב" את יהודי גליציה המזרחית וטבחה בהם. בתקופת פרעות ת"ח ות"ט צבאו של בוגדן חמלניצקי לא הגיע לצידה המערבי של גליציה, אך הקהילות היהודיות חששו מאוד מתרחיש זה ונתמלאו בפליטים יהודים מצידה המזרחי של גליציה. אף על פי כן, הסכנה הבאה של יהודי גליציה המערבית לא בוששה לבוא, ובשנים 1655–1656, זמן קצר לאחר סיום תקופת "המבול", פלשו לגליציה המערבית השוודים, שדדו את רכושי התושבים וטבחו בהם. עד חלוקת פולין האזור היה שדה קרב בין רוסיה לפולין.
עלילות הדם בגליציה המערבית נחשבו כאירועים שחרגו מהגבולות המקומיים, וגרמו להשלכות בעבור כל יהודי גליציה, בין אם הקורבן נאלץ להודות באשמה על לא עוול בכפו ולסבול מעינויים אכזריים ומהוצאה להורג, בין אם לא הודה אך בכל זאת הייתה העלאה על המוקד, ובין אם העלילה הופרכה והקורבן הוכרז כזכאי. עלילות דם בעלות השפעה גדולות התרחשו בבירת גליציה המערבית קרקוב בשנים 1407, 1542, 1539, 1631, 1633, 1635, ו-1662. בנובי-סונץ' היו שתי עלילות דם מרכזיות בשנים 1751 ו-1761. בעלילות הדם בלבוב בתקופה זו, בשנים 1710 ו-1728 הועלו על המוקד כמה מבני המשפחות היהודיות המכובדות של העיר. בשנת 1912 נעלם ילד נוצרי בדוברה, וגרם לעלילת דם שבה הקורבן היה כלל היהודים בדוברה. המקומיים התקהלו ורצו לחסל את הקהילה היהודית במקום כנקמה, אך הילד נמצא טרם הספיקו לעשות זאת.
השלטון האוסטרי.
בתקופה זו התעצבה דמותם של יהודי גליציה, כפי שתוארה בתרבות. דוד הורוביץ (לעיתים הורוויץ) תיאר בספרו "האתמול שלי" את תקופה זו מבחינת התנועות הרוחניות והקהילתיות שקמו בגליציה:
בימי השלטון האוסטרי חלו תהליכי מודרניזציה בקרב כלל תושבי גליציה, ואלו גרמו לא רק לשינוי בסדר החברתי-פוליטי-מדיני באזור, אלא גם להתעוררות של תנועות לאומניות בקרב היהודים, האוסטרים והפולנים. היהודים פיתחו את זהותם ותרבותם, יכלו לבחור לאמץ לעצמם את הזהות היהודית-גליצאית, את הזהות היהודית-פולנית, יהודית-צ'כית, יהודית-אוסטרית או יהודית-גרמנית (זהות שנקשרה בזהותם של השכנים ליהודים, תלוי במקום מגורם), או את הזהות האוסטרו-הונגרית.
עד אביב העמים.
בשנים 1772–1795 סופחה גליציה כולה לשטחי ממלכת הבסבורג, אשר שכנה בתוך האימפריה הרומית הקדושה, במסגרת חלוקת פולין. החלפת השלטון גרמה לתמורות מפליגות בחיי היהודים - שלטון האימפריה הצהיר על "רפורמה" בחייהם של היהודים, מתוך כוונה לעשותם נאורים יותר. תחילה בוטלו בהדרגה המעמדות הפיאודליים, והיהודים איבדו את יתרון המעמד שלהם לעומת האוקראינים ובני המיעוטים. לאחר מכן הוטל פיקוח על היהודים, על ידי צווים שהוצאו על ידי קיסרי האימפריה. עד שנת 1785 המשיכו הקהילות היהודיות להתנהל כפי שהתנהלו טרם חלוקת פולין, אך אז כפה עליהם השלטון לפתוח 6 ארגוני גג לקהילות היהודיות - ארגון גג לכל אזור של קהילות בגליציה. ארגוני הגג שימשו לצורך שיפוט וניהול המרשם האזרחי. בשנת 1789 פרסם יוזף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה "צו סובלנות" ליהודי גליציה, שהסדיר את "רפורמת היהודים", אותה רפורמה שהצהיר עליה בתחילת הסיפוח. על פי צו הסובלנות הותר ליהודי גליציה לעסוק במסחר ובמלאכה, אך הם נאסרו לעסוקות במקצועות שנחשבו אז למסורתיים: חכירת אדמות וטחנות קמח, מזיגת משקאות (עבודה כברמנים) או שיווק של משקאות.
באותה תקופה יהודי גליציה נאלצו לשלם מיסים גבוהים יותר לעומת שאר האוכלוסייה, כמו "מס הסובלנות", אשר החליף את "מס הגולגולת" (מס על כל נפש חיה) ששאר האוכלוסייה התבקשה לשלם, ולעיתים אף נאלצו לשלם מיסים ששאר האוכלוסייה כלל לא התבקשה לשלם, כמו "מס בשר כשר" או "מס חתונות". יהודים שלא שילמו את מס הסובלנות (לשעבר מס הגולגולת) נחשבו ל"יהודים קבצנים" (Betteljude), וגורשו מגבולות גליציה. בעל ואישה יהודים אשר לא שילמו "מס חתונות" גורשו יחד עם הוריהם מגבולות גליציה, ורכושם הוחרם על ידי השלטון. המס שהכי הזיק ליהודים והעיק עליהם היה "מס הנרות" שהוטל על נרות שבת ויום טוב החל משנת 1797. על אף שהמס העיק מאוד על היהודים, גם הייתה לו השפעה חיובית: משלמי המס יכלו לבחור או להיבחר לתפקידים בוועד הקהילה המקומית. הדבר גרם לקשרי הון-שלטון, ואפשרו רק לעשירים שביהודי גליציה להיבחר או להשפיע על וועדי הקהילות. לרוב התמנו חוכרי המס היהודים, אשר החזיקו בהון רב, לתפקידים מרכזיים בוועד. כחלק מהרפורמות, בתקופה זו גם גויסו יהודים רבים לצבא. כך למשל, בשנת 1790 השתתפו 1070 יהודים מגליציה במלחמה העות'מאנית-רוסית.
עם סיום מלחמות נפולאון, ולאחר קונגרס וינה שבא אחריהן, הופסקו ה"רפורמות" של הקיסר יוזף השני. הרפורמות הנאורות נעלמו, אך ההגבלות והמיסים נשארו - עם מטרה "פחות נאורה" - לספק את רצונה של האוכלוסייה הכללית ולמנוע או להפחית את היקף התחרות הכלכלית שהיוו היהודים על שאר האוכלוסייה. מצבן הכלכלי הרע של הקהילות היהודיות בגליציה החריף בשל אי שינוי ההגבלות (כל זמן שמצב זה התמשך החריף המצב עוד יותר), אך הן זכו בחזרה באוטונומיה הדתית והניהולית שהייתה להן בתקופה שלפני הסיפוח האוסטרי, תחת השלטון הפולני. התפרצויות האיכרים בשנת 1846 "הכינו את הקרקע" לקראת מהפכות אביב העמים והיוו את הסמן הראשוני בדרך לחזרתה של יהדות גליציה לגדולתה.
מאביב העמים עד מלחמת העולם הראשונה.