לעיתים משתמשים בביטוי סטיגמה מינית מופנמת במקום לייצוג הומופוביה מופנמת. סטיגמה מופנמת מתעוררת כאשר אדם מאמין בסטריאוטיפים שליליים לגבי עצמו, ללא קשר למקום ממנו מגיעים הסטריאוטיפים. זה יכול להתייחס גם לסטריאוטיפים רבים מעבר למיניות ולתפקידים מגדריים. הומופוביה מופנמת עלולה לגרום לאי נוחות עם נטייה מינית של עצמך ואי-הסתייגותם. נטייה מינית אגו-דיסטונית או הומופוביה אגודיסטונית, למשל, הוא מצב המאופיין על ידי נטייה מינית או משיכה העומדת בסתירה לדימוי העצמי האידיאלי, גורם לחרדה ורצון לשנות נטייה מינית. מצב כזה עלול לגרום לדיכוי קיצוני של רצונות הומוסקסואליים. במקרים אחרים, עלול להתרחש מאבק פנימי מודע למשך זמן מה, ולעיתים קרובות מעמיד אמונות דתיות או חברתיות עמוקות כנגד רצונות מיניים ורגשיים חזקים. אי התאמה זו עלולה לגרום לדיכאון קליני, ותופעה זו יוחסה שיעור גבוה יותר של התאבדות בקרב בני נוער להט"בים (עד 30 אחוז מבני הנוער הלא-הטרוסקסואליים). פסיכותרפיה, כגון פסיכותרפיה חיובית כלפי הומוסקסואליות, והשתתפות בקבוצה התומכת במיעוטים יכולה לסייע בפתרון הסכסוכים הפנימיים, כגון בין אמונות דתיות וזהות מינית ומגדרית. גם טיפולים לא פורמליים העוסקים בהבנת וקבלת נטייה לא הטרוסקסואליות יכולים להוכיח יעילות. ניתן להשתמש במאפייני "קשקשים הומופוביים מופנמים" רבים למדידת אי הנוחות של האדם במיניותו, ובחלקם ניתן להשתמש על ידי אנשים ללא קשר למין או נטייה מינית.
הומופוביה חברתית.
הפחד להיות מזוהה כהומו יכול להיחשב כצורה של "הומופוביה חברתית". תאורטיקנים כולל קלווין תומאס וג'ודית באטלר הציעו כי הומופוביה יכולה להיות מושרשת בפחד של האדם להיות מזוהה כהומו. הומופוביה אצל גברים מתואמת עם חוסר ביטחון לגבי גבריותם. מסיבה זו, הומופוביה מצויה לעיתים קרובות בענפי ספורט, ובתת-תרבות אשר בקרב תומכיה נחשבת לגברית סטריאוטיפית כמו כדורגל ורוגבי.
תאורטיקנים אלה טענו כי אנשים המביעים מחשבות ורגשות הומופוביים אינם עושים זאת רק כדי להעביר את אמונותיהם אודות מעמד ההומואים, אלא גם להתרחק ממעמד זה וממעמדו החברתי. לפיכך, על ידי התרחקותם מאנשים הומוסקסואליים, הם מאשרים מחדש את תפקידם כהטרוסקסואלים בתרבות ההטרונורמטיבית, ובכך מנסים למנוע מעצמם מלתייגם על ידי הסביבה ולקבלת יחס כלפיהם כאל אדם הומו. פרשנות זו רומזת לרעיון שאדם עשוי להביע התנגדות אלימה לנטייה מינית או מגדרית שונה מהפרשנות ההטרונורמטיבית בנושא כאמצעי לבסס את זהותם כחלק מהרוב ההטרוסקסואלי ובכך לזכות בקבלה חברתית ותשומת לב רחבה יותר ולא מתחושת התנגדות אמיתית כלפי העניין. ננסי ג'יי צ'ודורוב קובעת כי ניתן לראות בהומופוביה שיטת הגנה על "הגבריות הגברית".
גורמים להומופוביה.
הסיבות לשנאת אנשי קהילת הלהט"ב הן בדרך-כלל תרבותיות. בתרבויות שונות נתפשת נטייה מינית או מגדרית שאינה הטרונורמטיבית כטאבו. כלומר, במסגרת הנורמות המגדירות את המותר והאסור, הנכון, המוסרי והסוטה בקשרים רומנטיים ומיניים בין בני אדם, הומוסקסואליות נתפשת סטייה חמורה. חלק מהאנשים המאמצים תפישות אלו, מגלים עוינות כלפי אלו המתנהגים באופן שונה מהנכון והמקובל בעיניהם. הומופוביה נובעת גם מדעות קדומות שנקשרו בקהילת הלהט"ב. גם חברי הקהילה עצמם עלולים לחוש תחושות הומופוביות ולהביע עמדות הומופוביות אשר לרוב נובעת מהומופוביה מופנמת כתוצאה מקבלת הסביבה. נמצא מתאם בין הומופוביה עצמית זו לבין לחץ ומצוקה נפשית. במחקרים שנערכו על עמדות החברה כלפי הומואים ולסביות התברר שהומופוביה נפוצה במיוחד אצל אנשים שנוטים לדפוסי חשיבה דיכוטומיים, כאלה שאינם יכולים לשאת עמימות, אי-בהירות ואי-ודאות. נמצא גם קשר מובהק בין אנשים שהם חסרי ביטחון כלפי המיניות של עצמם לבין עמדות הומופוביות (התקה).
במחקרים שונים שערך ד"ר ג'ורג' מ. הרק, חוקר ומרצה באוניברסיטת קליפורניה בדייוויס, הוא בדק את הקשר בין משתנים דמוגרפיים והומופוביה, ומצא מספר מאפיינים הקשורים לעמדות הומופוביות,
גם גיל נמצא כגורם הקשור לעמדות הומופוביות כאשר מבוגרים נוטים לגלות ביטויים הומופוביים יותר מאשר צעירים. ככלל, מהמחקרים עלה כי גברים נוטים להחזיק בעמדות הומופוביות ולבטא אותן יותר מאשר נשים. כל מחקריו אשר בדקו את נושא ההומופוביה מצאו שהיכרות וקשר עם הומואים ולסביות הוא האמצעי היעיל ביותר לשינוי עמדות סטראוטיפיות ולהפחתת הומופוביות. במחקר מאוניברסיטת טור ורגטה ברומא, איטליה, נמצא כי בקרב אנשים המחזיקים בעמדות הומופוביות, נמצאות רמות גבוהות יותר של בעיות פסיכולוגיות דוגמת פסיכוטיות ומנגנוני התמודדות כושלים, לעומת מי שאדיש כלפי העניין או מביע התייחסות חיובית.
סיווג.
הומופוביה באה לידי ביטוי בצורות שונות, ומספר סוגים שונים הוצבו במשך השנים בהם, הומופוביה מופנמת, הומופוביה חברתית, הומופוביה רגשית, הומופובית רציונליזציה ואחרים. הומופוביה מסווגת לעיתים כגזענות והפרעת אישיות.
בשנת 1992, איגוד הפסיכיאטרים האמריקני, שהכיר בכוח הסטיגמה נגד הומוסקסואליות, פרסם את ההצהרה הבאה, שאושרה מחדש על ידי חבר הנאמנים ביולי 2011,
גישות דתיות.
דתות עולמיות רבות מכילות תורות אנטי-הומוסקסואליות, ואילו לדתות אחרות יש דרגות שונות של אמביוולנטיות, נייטרליות, או שילוב בהן תורות הרואות הומוסקסואלים כמין שלישי. גם בתוך כמה דתות שמרתיעות בדרך כלל הומוסקסואליות, ישנם גם אנשים הרואים בחיוב את הנטייה, ומספר עדות דתיות מברכות או מנהלות נישואים חד מיניים. קיימות גם מה שמכונה "דתות קוויריות", המוקדשות לשרת את הצרכים הרוחניים של אנשי קהילת הלהט"ב. תאולוגיה קווירית מבקשת לספק נקודת נגד להומופוביה דתית.
בשנת 2015 הצהירה עורכת הדין והסופרת רוברטה קפלן כי קים דייוויס (פקידת מחוז לשעבר במחוז רואן, קנטקי, שזכתה לתשומת לב בינלאומית באוגוסט 2015 כאשר התריסה עם צו בית משפט פדרלי בארצות הברית נגד הנפקת רישיונות נישואים לזוגות חד מיניים אשר הובסה על ידי המתמודד הדמוקרטי אלווד קאודיל ג'וניור בבחירות 2018 ופינתה את המשרד ב-7 בינואר 2019) "היא הדוגמה המובהקת ביותר למי שרוצה להשתמש בטיעון "חופש דת" כדי להפלות זוגות חד מיניים".
יהדות.
קטעים המתפרשים בדרך כלל כמגנים הומוסקסואליות או יחסי מין חד-מיניים נמצאים בתנ"ך וגם בברית החדשה.
בתנ"ך נאמר בויקרא 18:22: "ואת זכר לא תשכב משכבי אשה תועבה היא". הרס סדום ועמורה נתפס לעיתים כגינוי של הומוסקסואליות. נוצרים ויהודים מפרשים לרוב מקורות אלה כמתנגדים להומוסקסואליות. עם זאת, הוצעה גם פרשנות שונה. הוויכוח הפרשני התמקד בהקשר ההיסטורי ובתרגום של מילים נדירות או יוצאות דופן בקטעים הנדונים. למשל, חטאי סדום מתפרשים היסטורית ככאלו שאינם קשורים בהומוסקסואליות כשלעצמה.
נצרות.
במגזין "Religion Dispatches" טוענת קנדס צ'לוו-הודג' כי ששת הפסוקים שמצוטטים לעיתים קרובות כדי לגנות את אנשי קהילת הלהט"ב מתייחסים במקום ל-"מין פוגעני". היא ציינה כי אין בתנ"ך גינוי ל-"יחסים אוהבים, מחויבים, בין הומואים ולסביות" וכי ישו "שתק בנושא". לדעה זו מתנגדים מספר אוונגליסטים שמרניים, בהן רוברט א. ג. גאנון אשר טוען כי "כל האנשים שהם הומוסקסואלים בחרו בהתנהגות זו מרצון ולכן הם יכולים לשנות בהצלחה את זהותם המינית".
משנתה הרשמית של הכנסייה הקתולית ביחס להומוסקסואליות היא כי אין לבטא התנהגות חד מינית. בארצות הברית, סקר של מרכז המחקר פיו בפברואר 2012 הראה כי קתולים תומכים בנישואים חד מיניים בהפרש של 52% עד 37%. מספר תומכים זה עלה ב-6% משנת 2010, אז כ-46% מהקתולים היו בעד נישואים חד מיניים. הקטכיזם של הכנסייה הקתולית קובע כי, "'מעשים הומוסקסואליים מופרעים באופן מהות. הם מנוגדים לחוק הטבע... בשום פנים ואופן לא ניתן לאשר אותם".
אסלאם.
בחלק מהמקרים ההבחנה בין הומופוביה דתית לבין הומופוביה בחסות המדינה אינה ברורה, דוגמה מרכזית היא שטחים שבסמכות האסלאם. כל הזרמים האסלאמיים הגדולים אוסרים על הומוסקסואליות, שהיא פשע על פי חוקי השריעה ונענשים ברוב המדינות המוסלמיות. באפגניסטן, למשל, הומוסקסואליות נשאה עונש מוות תחת שלטון ארגון הטרור, טליבאן. לאחר נפילתם, הומוסקסואליות הופחתה מפשע מוות לפשע שנענש בקנסות ועונשי מאסר. המצב המשפטי באיחוד האמירויות הערביות, לעומת זאת, אינו ברור אך מדווח כדין עונש מוות גם כן.
באיראן, מאוריטניה, ערב הסעודית, סודאן ותימן קיים עונש מוות כיום על פעילות חד מינית במדינה. מאז המהפכה האיראנית בשנת 1979, הממשלה האיראנית הוציאה להורג יותר מ-4,000 להט"בים שהורשעו בקיום מעשים הומוסקסואליים. אירוע ידוע בנושא הוא הוצאתם להורג של מחמוד אסגרי ואייאז מארחוני. בערב הסעודית, העונש המקסימלי על הומוסקסואליות הוא הוצאה להורג ציבורית, אך הממשלה משתמשת בעונשים נוספים כגון קנסות, מאסר בפועל, הצלפות ואף שינוי מין כפוי כאלטרנטיבות עבור מניעת גינויים פומביים מרחבי העולם, אלא אם כן היא מרגישה שאנשים העוסקים בפעילות הומוסקסואלית מאתגרים את המדינה בסמכות על ידי עיסוק בתנועות חברתיות להט"ביות. בניגריה וסומליה, קיימים הוצאות להורג על פעילות הומוסקסואלית באזורים מסוימים ברחבי המדינות. באזורים מסוימים, הומוסקסואלים נרדפים ונרצחים על ידי מיליציות איסלאמיסטיות כגון ג'בהת פתח א-שאם והמדינה האסלאמית בחלקים של עיראק וסוריה.