האיחוד האיסלאמי של חיילי א-שאם שיתף פעולה כמעט תמיד עם צבא האסלאם ואף היה אחד מעמודי התווך של הפיקוד הצבאי המאוחד של ע'וטה, אולם במהלך זמן רב התנהל ביניהם סכסוך חריף בין השאר לאחר שהשליטה על איחוד בתי הדין השרעיים בע'וטה נפלה לידי נציג האיחוד - חאלד טאפור ולא לידי נציג צבא האסלאם - סמיר כאכה. בפגישה עם זקני ע'וטה במהלך המצור המתמשך על האזור, זהראן עלוש סיפר שהאיחוד האיסלאמי עצר כמה מחברי צבא האסלאם, והם בתגובה לכך עצרו כמה חברים מהאיחוד ביניהם בכיר מוביל בגוף הפוליטי. הוא טען שאותו בכיר הודה שהאיחוד מחזיק במחסניו 1,000 טון של מזון והוא דרש מזקני ע'וטה להקים ועדה שתחשוף את המחסנים של האיחוד כדי להוזיל את מחירי המזון שכן לא ייתכן ש"במחסני האיחוד יש אלף טון של מזון בעוד שהילדים שלנו צריכים לאכול תולעים ממכולות" כן הוא טען באותה הזדמנות שהאיחוד האיסלאמי גורם במכוון למחסור במוצרים כדי להמריד את התושבים נגד צבא האסלאם. למרות זאת, מאוחר יותר המחלוקות ביניהם נפתרו והארגונים חזרו לשתף פעולה כבתחילה.
בשנים הראשונות של מלחמת האזרחים, התקיים שיתוף פעולה מלא בין צבא האסלאם ואחראר א-שאם לצבא הסורי החופשי שמורכב ממורדים חילונים או איסלאמיסטים מתונים והיה אז בשיא כוחו. עד 2013, כוחו של הצבא הסורי החופשי הלך ודעך לטובת הארגונים הג'יהאדיסטים שקמו בכל רחבי סוריה, ועיקר פעילותו הייתה בצפון סוריה ובמרכזה. היחסים בין הארגונים היו מורכבים למדי שכן צבא האסלאם ואחראר א-שאם שיתפו פעולה גם עם ג'בהת א-נוסרה שנלחמה בקביעות בצבא הסורי החופשי.
בין 6 בדצמבר ל-12 בדצמבר, כוחות של החזית האסלאמית פשטו על מחסני נשק עמוסים בציוד שמקורו בסעודיה וארצות הברית במעבר הסורי-טורקי באב אל-הווא בצפון אידליב השייכים ל-SMC (אחת הזרועות של הצבא הסורי החופשי). הדיווחים הראשונים טענו שהחזית האסלאמית גירשה משם את כוחות הצבא הסורי החופשי לעבר סוריה, אולם דובר צבא האסלאם - אסלאם עלוש שמשמש גם כדובר החזית טען שה-SMC שלח עליהם קריאת מצוקה כדי להגן על המחסנים מפני התקפות של ארגונים לא מזוהים (כנראה דאעש או ג'בהת א-נוסרה). מנהיג SMC שנמלט לטורקיה - סלים אידריס, אישר מצידו שהוא ביקש מהחזית האסלאמית לשלוח סיוע וטען שהוא יכול ללכת לשם ולחזור בכל עת. עם זאת, לוחמים ששהו באותו זמן במחסנים טענו שהחזית האסלאמית השתלטה על המחסנים בניגוד לרצונם כדי למנוע מהנשק להגיע לידיים של המדינה האסלאמית.
החל מתחילת המעורבות הרוסית בסוריה ב-2015 לטובת באשר אסד, שיתופי הפעולה בין כלל הארגונים ובכללם הצבא הסורי החופשי הפכו לשכיחים יותר ויותר בלית ברירה.
בעת התעצמות ארגון המדינה האסלאמית (דאעש), טרם היה סכסוך בינה לבין צבא האסלאם כל עוד היא פעלה במשותף עם שאר הארגונים במזרח סוריה (אף שבדומה לג'בהת א-נוסרה היא נלחמה בצבא הסורי החופשי). יתר על כך, בתחילה היא אף שימשה כבוררת במחלוקות בין ארגוני מורדים אחרים על שליטה בשדות נפט שנפלו לידם ושיתפה פעולה איתם בדיר א-זור, בקמישלי ובחלב. אבו עומר א-שישאני שהיה באותה תקופה מנהיג של חטיבת המוג'אהירין הצ'צ'נית בטרם עריקתו ניסה אף לקנות מהחזית האסלאמית טילי נ"ט עבור המדינה האסלאמית אך נתקל בסירוב מצידם ובשל כך ארגונו התקיף בסיס של הצבא הסורי החופשי כדי לקחת משם את השלל לצורך המלחמה בעיראק. לאחר הקרע בין המדינה האסלאמית לאל-קאעידה וסירובו של אבו מוחמד אל-ג'ולאני לאחד את ג'בהת א-נוסרה עם המדינה האסלאמית, פרץ ב-3 בינואר 2014 מאבק אלים בין שני הארגונים כאשר המדינה האסלאמית עצרה ועינתה מורדים מכל הארגונים באזורי כיבושיה מה שגלש עד מהרה לסכסוך בין המדינה האסלאמית לכלל ארגוני המורדים הסורים כשהללו בתגובה לכך סילקו את דאעש מכל אזור אידליב וחלב. המדינה האסלאמית מצידה הבטיחה נקמה במהרה, ובניסיון אחרון למנוע את המלחמה בין כלל הארגונים, השייח' התאולוג - ד"ר עבדאללה אל-מוהאיסיני שנחשב לאחד מאנשי הדת הבכירים ביותר בקרב המורדים הסורים, ניסה לעשות פשרה שנודעה בשם "יוזמת אל-אומה" שבה יוקם בית משפט נייטרלי על פי חוקי השריעה ויהווה בורר במחלוקות בין הארגונים וכן יזם מפגש משותף בחלב בין ג'בהת א-נוסרה-המדינה האסלאמית-אחראר א-שאם. בעוד שכל ארגוני המורדים - כולל ג'בהת א-נוסרה, צבא האסלאם, הצבא הסורי החופשי ועוד - הסכימו לפשרה, המדינה האסלאמית הודיעה שמעבר לדרישה ש-50% מהשופטים יהיו מאנשיה, יש לה שני תנאי יסוד: 1. כל הצדדים יודיעו בפומבי על עמדתם ביחס לדמקורטיה חילונית - בייחוד הצבא הסורי החופשי שזאת הייתה מטרתו המוצהרת. 2. על הצדדים לנקוט עמדה ברורה ביחס למעצמות זרות. עם התנאי הראשון היווה בעיה עבור הצבא הסורי החופשי, הרי שהתנאי השני היווה משוכה רצינית עבור מרבית הארגונים היות שרובם נתמכו על ידי סעודיה, קטר, טורקיה או ארצות הברית, כך שמבחינתם גינוי של מדינות זרות לא בא כלל בחשבון. מהרגע שהארגונים הגיעו למסקנה שהפשרה והמלחמה עם הארגון כמעט בלתי נמנעים הם הגיבו באופנים שונים: אבו מוחמד אל-ג'ולאני היה כבר מסוכסך עמוק עם הארגון לאחר שהמדינה האסלאמית התנערה אל-קאעידה והוא סירב לבקשת אבו בכר אל בגדאדי להתאחד עם ארגונו אף שבעבר היה אחד מהאנשים הקרובים אליו. חסן עבוד מאחראר א-שאם הודיע כי ארגונו יעשה את מירב המאמצים כדי לא להסתכסך עם המדינה האסלאמית. אחמד אבו עיסא מצ'וקור א-שאם נקט בעמדה תקיפה כלפי הארגון והודיע שהוא מתכוון לסלק את הארגון מכל הלבנט. זהראן עלוש באותו שלב נקט בעמדה מתונה יותר מאחמד אבו עיסא לפחות באופן מילולי.
לאחר שהמדינה האסלאמית החליטה להקים חליפות אסלאמית בכל רחבי עיראק וסוריה ופתחה במלחמה כוללת עם שאר הארגונים, זהראן עלוש הפך במהרה להיות מהמתנגדים הגדולים שלה, ולאחר שזרוע התקשורת של דאעש העלתה סרטון שבו לוחמיה הוציאו להורג כ-12 אנשים מלוחמיו של עלוש בעריפת ראש הוא גמל להם על כך באופן דומה. מעבר ללחימה העיקשת ביניהם בעוטף דמשק ודרום סוריה, הארגון ברשותו פרסם סרטים שבהם הואשם דאעש בכך שהוא ארגון פורק עול המהווה סכנה לתנועת הג'יהאד, הורג את המוסלמים ומשאיר את עובדי האלילים, בוזז את רכוש המוסלמים ומשפיל את כבודם, משתף פעולה עם צבאו של אסד, וכן שהוא משתמש בפסוקים מהקוראן המדברים על כופרים כדי ליישם אותם על מוסלמים. בסרטון שהתפרסם ב-6 ביולי 2014, זהראן עלוש נאם בפני לוחמיו נגד המדינה האסלאמית ובין השאר אמר:
בעוד שכוחות המדינה האסלאמית הביסו את צבא האסלאם ויתר הארגונים בדיר א-זור, א-ראקה ושאר מזרח סוריה, צבא האסלאם מנגד היה מהראשונים שעצרו את תנופת דאעש בסוריה באזור ריף דמשק, ובשיתוף פעולה עם שאר הארגונים הם הביסו את דאעש גם בחלב ואידליב. זהראן עלוש שרד אף מספר התנקשויות מצד המדינה האסלאמית.
צבא האסלאם של עלוש היה יריב מר של ארגוני הטרור השיעים שבאו לעזרת אסד ממדינות שיעיות - בעיקר חזבאללה מלבנון, קאטיב חזבאללה מעיראק וחטיבת הפאטימיון האפגנית. היחסים בין ארגונו של עלוש לבין הכוחות הכורדים היו מורכבים יותר: בעוד שבשנים הראשונות של מלחמת האזרחים גם ארגוני המורדים הג'יהאדיסטים שיתפו פעולה עם ארגונים כורדים כדוגמת ג'בהת א-אכראד בלחימה מול אסד ודאעש (החזית האסלאמית הכורדית אף התאחדה עם אחראר א-שאם לגמרי), ככל שעבר הזמן היחסים ביניהם הפכו למתוחים יחסית - ייתכן גם בשל השפעתה של התומכת העיקרית טורקיה שראתה בהתעצמות הכורדים בצפון סוריה איום אסטרטגי. תקריות וחילופי אש בין צבא האסלאם וארגונים סוניים אחרים לבין ה-YPG או הכוחות הסוריים הדמוקרטיים חדלו מלהיות נדירים כבעבר, בעיקר בשל הרושם שהכורדים משתפים יותר ויותר פעולה עם אסד נגד המורדים וכן התנגדות לרעיון של אוטונומיה כורדית בצפון סוריה.
יחסים עם המערב.
כבר מספר חודשים לאחר הקמת פלוגת האסלאם של עלוש, הוא זכה במהרה לתמיכה כספית של סעודיה - שהתבטאה גם בהעברת תחמושת ומדריכי לחימה פקיסטנים דרך ירדן - כחלק מנסיונותיה להחליש את הברית השיעית ההולכת ונרקמת בין איראן - עיראק - סוריה - לבנון ומאידך כדי שארגונו יהווה משקל נגד לג'בהת א-נוסרה שהתמיכה בה הייתה בעייתית בשל היותה שלוחת אל-קאעידה בסוריה. טורקיה וקטר גם הם הצטרפו מאוחר יותר לתמיכה כספית בארגון - הן כחלק מהברית הסונית בראשות סעודיה לדחיקת הברית השיעית בסוריה ובתימן, והן בשל היריבות האישית שבין טורקיה לסוריה. המנהיג הפוליטי של צבא האסלאם ובן דודו של זהראן - מוחמד מוסטפא עלוש - השתתף אף בשיחות השלום בוועידת האופוזיציה הסורית בריאד כחלק מהכנה לקראת משא ומתן של המעצמות על עתידה של סוריה, אף על פי שעלוש טען במספר הזדמנויות שהאופוזיציה הסורית אינה מייצגת כלל את העם הסורי שכן היא שוכנת מחוץ לסוריה. במהלך המצור על ע'וטה ב-2014, זהראן עלוש שהיה אף הוא נצור בעיר נראה במפתיע באיסטנבול במהלך פגישה עם אנשי דת סורים התומכים באופוזיציה נגד אסד. אסלאם עלוש - בן דודו של זהראן המשמש כדובר של צבא האסלאם ואחד המפקדים הבכירים בארגון - סירב לענות לשאלה כיצד זהראן הצליח לצאת מע'וטה לאיסטנבול ולחזור במהלך ריאיון לתקשורת הערבית. בעקבות התחממות היחסים בין טורקיה לסעודיה וביקורו של רג'פ טאיפ ארדואן בסעודיה, אסלאם עלוש הודיע שהארגון מברך על ההתקרבות בין המדינות בתקווה שיהא לכך השפעה על קיצו של המשטר הסורי. הארגון גם שיגר הודעת ברכה לרג'פ טאיפ ארדואן בעקבות ניצחונו בבחירות בשנת 2015.