בתקופה הראשונה היחסים בין ברמן לפועלים בחווה היו תקינים. ברמן הביע את תקוותו בפני הפועלים, שהוא יצליח להכשיר בדלייקה פועלים טובים שיוכלו לאחר מכן לנהל משקים למופת. הפועלים עבדו מתוך תחושת סיפוק והרמוניה; הם הזדהו עם עבודתם וחשו שהם שותפים לעבודת היצירה הראשונה של ההסתדרות הציונית בארץ ולחידוש בתחום ההתיישבות בארץ. הם ראו עצמם שותפים למפעל העם והיו מוכנים ללא היסוס להקריב לכך מכוחם וממרצם. העבודה על קרקע הלאום נראתה בעיני רבים מהם כעבודת קודש. הפועלים נודעו בכל הארץ בשל מסירותם המיוחדת לעבודה. לאחר מספר שבועות חתם ברמן על חוזה עם כל פועל לגבי תנאי העסקתו. אף על פי שבתחילת עבודתו נטה לשתף את הפועלים בקבלת החלטות, ברמן שלל את הרעיון להקים ועד פועלים.
רופין סיכם את רשמיו החיוביים מביקורו בחווה במכתב מ-22 בדצמבר 1908 ששיגר להנהלת חברת הכשרת היישוב בברלין: "חלה התקדמות רבה בעבודה... עבודת הבנייה כמעט נגמרה. הבית מכיל 6 חדרים וחצר גדולה 50X50 מ'. כמו כן נבנה מטבח.. בערך 20 פועלים יהודים עובדים במשק, מהם 12 קבועים והיתר זמניים. היחסים בין מר ברמן והפועלים הם טובים מאוד ויחס הפועלים לעבודה הוא טוב מאוד. הלוואי הלאה!"
החוקרת מרגלית שילה סיכמה כך את התקופה הראשונה של פעילות החווה: "מעז יצא מתוק. דווקא הסבל הרב שליווה את תחילת העבודה בחווה, תנאי המגורים הקשים שהן הפועלים והן הפקיד היו שותפים להם, העבודה הקשה מבוקר עד לילה והרצון העז של ברמן להוכיח את יכולתו בעבודה זו ולסתור את דברי אנשי 'החורש', הביאו לשיתוף פעולה ולרגשי אחווה חד-פעמיים בין הפקיד לבין הפועלים. בתקופה קצרה זו היו הפועלים והפקיד בחזית אחת והם רצו לדחות במשותף את טענות מתקיפיהם. התקופה בין שבועות לסוכות כונתה "ירח הדבש" של חוות כנרת. במקום בו היו תנאי העבודה קשים ביותר שררה אחווה מיוחדת".
החרפת היחסים בין ברמן לפועלים בשנת 1909, השביתה הראשונה והקמת דגניה.
ככל שהעבודה בחווה התרחבה ומספר הפועלים הלך וגדל עד לכ-40 פועלים, התגלה חוסר כישרונו הארגוני של ברמן בניהול החווה והחלו האשמות הדדית וחיכוכים שקילקלו את היחסים בינו לפועלים. בנוסף, גנבות של חלק מהיבול על ידי השכנים הערבים, גירעונות כספיים שנבעו מחוסר הכנסות, מחלות בהן חלו חלק מהפועלים ובעיקר הכבדת הוראותיו של ברמן המנהל, הגבירו את המתחים בין חברי הקבוצה וגרמו להתמרמרות בין עובדי החווה. בנוסף, ברמן כמנהל העבודה לא הצליח לבצע את תוכניות הפיתוח של החווה, ולקראת הזריעה של חורף 1909 לא הצליח להכשיר את כל השטח הנדרש לזריעה.
המתח בין ברמן לפועלים הגיע לשיא בסוף קיץ תרס"ט, כאשר ערימות התבואה היו על הגורן והתעורר חשש שהגשם הצפוי ירטיב את התבואה. ברמן שיגר שליח לכפר הקרוב והביא קבוצת ערבים לעבודה. זו הייתה הסיבה המיידית להחלטת הפועלים בחווה להכריז בסוף אוקטובר 1909 על שביתה . על פי גרסה נוספת, השביתה פרצה על רקע רצונו של ברמן להחתים את הפועלים על חוזה חדש, שנועד לאפשר לברמן להעסיק ערבים בחווה, כאשר הפועלים מסכימים לכך מראש. בכל מקרה, רופין הוזמן על ידי ברמן לחווה, כדי לפתור את הסכסוך, אך הוא הגיע לחווה לאחר כשבועיים. בינתיים, השביתה הסתיימה לאחר ארבעה ימים בפיוס בין הצדדים, אבל שמונת הפועלים, אנשי קומונת רומני, שהיו ממייסדי החווה, עזבו ועברו לחדרה, כדי להמשיך את עבודתם השיתופית. ההיסטוריון יעקב גולדשטיין כתב ששביתה זו פרצה בגלל הסתירה בין תפיסתם של העולים בעלייה השנייה לבין תפיסתו של ברמן. הפועלים האידאולוגיים גיבשו תפיסה של "כיבוש העבודה" ויצירת מעמד פועלים יהודי בעל תחושת שליחות חברתית ולאומית. מנגד, ברמן גיבש תפיסה פרגמטית, שעיקרה הצלחת החווה מבחינה משקית ולכן העסיק פועלים ערבים בחווה - מהלך שהפועלים התנגדו לו בתוקף.
בישיבה שקיים רופין עם ברמן והפועלים בנובמבר 1909 הוא הציע להשאיר את ברמן בחווה לשנה נוספת, אך לחלק את החווה בין ברמן לפועלים שנשארו: לתת לקבוצת פועלים שטח מאדמת אום-ג'וני כדי שיעבדו אותו על אחריותם ללא פיקוח חיצוני. ההצעה התקבלה על ידי 'החורש', שהרכיב קבוצה של שישה פועלים שהצליחו בעבודתם. כך הם יצרו את הבסיס להקמתה של הקבוצה הראשונה - דגניה - בדצמבר 1909. הקמתה של דגניה, כצורת ההתיישבות שיתופית, נחשבת כתרומה החשובה ביותר של החווה להתיישבות החקלאית ולפועלים בארץ.
הסוגיות במחלוקת בין ברמן לפועלים.
"תחילת התבססות החווה, גידול במספר הפועלים, הסרת החרם מצד אנשי 'החורש', המציאות של עבודה קשה שאינה מכניסה רווחים מיידיים, פגעי אדם וטבע, מחלות ומעל הכל - יחסו הקשה של ברמן לפועלים, כל אלה שינו במהרה את מצב הדברים בחווה וגרמו למשברים קשים".
תנאי המגורים בחווה היו גרועים וגם המצב התזונתי היה ירוד. לתנאי המגורים הייתה השפעה מיידית על מצב בריאותם ועל עבודתם של הפועלים ובסופו של דבר אף על האווירה במקום ועל ריבוי המריבות והסכסוכים. בתחום הרפואי, החל מסתיו 1908 היה מצב החולים בחווה בכי רע. מתוך כ-20 הפועלים חלו מחציתם. המחלה הרווחת הייתה מלריה שתקפה בעיקר את העולים החדשים. בחווה לא היה כל טיפול בחולים ובשל צפיפת המקום חיו ביחד החולים והבריאים. נוסף למחלתם סבלו הפועלים מחיסרון כיס, שכן פועל יומי לא כסף קיבל בתקופת מחלתו. פועל חודשי שחלה נחשב כאוכל לחם חסד ומקבל שכר שלא מגיע לו. הפועלים חשו עצמם כעזובים ומופקרים - אין דואג ואין מבין. מנגד, ברמן ראה בחולים קבוצת 'פרזיטים' הנהנים מבטלה והגורמים הוצאות מיותרות לחווה ומחבלים בהתקדמותה המשקית. "ככל שהתנאים הפיזיים נעשו קשים יותר, כן גדל מספר החולים, התמעטה העבודה החקלאית בחווה וגדל קיצפו של הפקיד. הדבר היה חסר מוצא והיה לגורם חשוב בהתערערות היחסים בין הפועלים לפקיד", כפי שאירע בהמשך.
בנוסף, הייתה מחלוקת בסיסית לגבי ניהול החווה - ברמן רצה בשלטון ריכוזי בחווה ודרש מהפועלים ציות מלא להוראותיו, ואילו הפועלים, אנשי העלייה השנייה, רצו בעבודה עצמאית ובקבלת אחריות לגבי העבודה, ללא תלות בהוראות הפקידות.
הנושא העיקרי שהעסיק את פועלי העלייה השנייה בכלל ואת פועלי החווה בפרט היה העבודה הערבית ביישובים יהודיים. חברת הכשרת היישוב שהקימה את החווה קבעה עם הקמתה את הכלל של "העסקת יהודים ככל האפשר", אך עיקרון זה היה נתון לפרשנות. המסקנה שהשתמעה הייתה שלא ניתן לבסס את העבודה בחווה על פועלים יהודים בלבד. ברמן תמך בהעסקת ערבים בחווה, שכן זו הייתה עבודה זולה ויעילה, והשיקול העיקרי שלו היה להציג את החווה כרווחית. לכן באוקטובר 1909 הודיעו הפועלים על שביתה. רופין תמך בעמדת הפועלים של עבודה עברית בלבד משיקולים לאומיים.
"השביתה הגדולה" בפברואר 1911 ופיטורי ברמן.
כשנה ורבע לאחר השביתה הראשונה, בחורף 1911-1910, החל עימות נוסף בין ברמן לפועלים, שבעקבותיו פרצה בחווה שביתה נוספת, שנודעה בשם "השביתה הגדולה". בפרק הזמן שחלף מהשביתה ראשונה לא חל שינוי ביחסים בין ברמן לפועלים, מה שהוביל להצטברות מרירות. הגורמים שהעלו את המתח בחווה לשיא בראשית 1911 היו השלמת הבנייה של ביתו המפואר של ברמן בחווה, בעוד שחלק מההפועלים נאלצו ללון תחת כיפת השמים, עקב העדר תקציב לבניית חדרים. בנוסף, עצירת גשמים איימה על תבואות החורף, מה שעלול היה להחמיר את מצבה הכספי של החווה ובפברואר היה מזג אוויר קשה במיוחד והפועלים סבלו סבל פיזי רב. ב-29 בנובמבר פרצה שביתה למחצית יום, בהנהגתו של ברל כצנלסון, שמטרתה הייתה לשפר את תנאי המגורים של הפועלים. הם דרשו מברמן לתת להם שני חדרים, אחד לחולים ואחד לבריאים: להעמיד לרשותם 10 מיטות, 15 מזרנים, 10 כיסאות ו-5 שולחנות: לתקן את השמשות השבורות והגג הדולף בבניין שבו התגוררו: ולהשתתף בהוצאות התרופות והחובש עבור הפועלים החולים. למרות שדרישות הפועלים נראות קטנות עד כדי גיחוך, כצנלסון העריך אותן כמהפכה במחשבת הפועלים - בעצם העלאת דרישות לפקיד לשיפור בתנאי החיים שלהם. ברמן קיבל את דרישות הפועלים, אולם לא הוציאן לפועל. בתגובה, הכריזו הפועלים על שביתת אזהרה למשך חצי יום, שאחריה הכריז ברמן שיפעל לקיום דרישת הדיור ואילו את השאר הדרישות הפנה לרופין.