ימי מלכותם של פליפה השני ושל פליפה השלישי התנהלו, באופן יחסי, על מי מנוחות, בעיקר מכיוון שספרד המעיטה להתערב בענייניה של פורטוגל, שבה משלו ממשלים פורטוגלים. מלכים אלה אפשרו לחיים בפורטוגל להתנהל ברוגע ובשלווה, וכן כיבדו את מעמדה של פורטוגל כממלכה, ומינו אצילים פורטוגלים למשרות נחשקות וטובות בחצר המלוכה הספרדית, בה בעת שהותירו על כנם החוקים, המטבע והממשל הפורטוגלי. אף הועלתה הצעה להעביר את בירת האימפריה הספרדית לליסבון.
החל מ-1630, כבר בימי מלכותו של פליפה הרביעי, הסתמנה נטייה ספרדית להתערב בענייניה של פורטוגל, כך שגבר אי השקט של הפורטוגלים. האצילים הפורטוגלים חששו מפגיעה במעמדם. ספרד הייתה מעורבת באותה העת במלחמות רבות, לדוגמה, המלחמה נגד ארצות השפלה (מלחמת שמונים השנים) או המלחמה נגד אנגליה. במלחמות אלה קיפדו פורטוגלים רבים את חייהם. בשנים 1634 ו-1637 פרצו בפורטוגל שתי מרידות, אשר בהן לא היה די כדי לערער את שלטון ספרד בפורטוגל. עם זאת, עד שנת 1640, הצטמצמה מאוד עוצמתה הצבאית של ספרד, עקב מלחמתה עם צרפת והמרד שפרץ בקטלוניה באותה השנה.
מה שגדש את הסאה היה כוונתו של אוליבארס ב-1640 להשתמש בכוחות פורטוגליים נגד הקטלאנים, שהכריזו על עצמם כנתינים של מלך צרפת. הקרדינל רישלייה תמך בדוכס ברגאנסה, כדי שזה יוביל מרד נגד ספרד. כוחות ספרד, מותשים מקרבות אינספור, לא יכלו להשיב את המצב לקדמותו. מרגריטה מסבויה, הדוכסית ממנטואה ונציגת המלך הספרדי בליסבון, הורחקה מתפקידה. דוכס ברגנסה הומלך על פורטוגל תחת השם ז'ואאו הרביעי. ובכך באו לקיצם 60 שנות שלטון ספרד בפורטוגל.
פרצה בין פורטוגל וספרד מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי, ניסיון של ספרד להשיב את כתר פורטוגל לחיקה. חיל המשמר של סאוטה לא קיבל על עצמו את מרותו של מלך פורטוגל, שאך לא מכבר הוכתר, ושמר על נאמנותו למלך ספרד, פליפה הרביעי. שררה מתיחות עד לחתימה על הסכם ליסבון (1668), בו הכירה ספרד בריבונותה של פורטוגל. בתמורה הכירה פורטוגל בריבונותה של ספרד במובלעת סאוטה שבמרוקו, כפי שתבעו תושבי המובלעת.
סוף ספרד ההבסבורגית.
הטינה נגד ההשפעה המופרזת של אוליברס הייתה כה חזקה עד כי פליפה נאלץ לפטר אותו ב-1643. מאז, המלך קבע שוב את המדיניות. אמנם היו עדיין יועצים ומדריכים, אבל אף אחד לא היה חזק כמו אוליברס. במהלך אמצע המאה ה-17, ימי הגדולה הספרדים בשלטון הבסבורג החלו בדעיכתם הארוכה שהחלה בסדרת הפסדים במלחמת שמונים השנים. בהסכם השלום בין ספרד להולנד, אשר נחתם בשנת 1648, היה על פליפה הרביעי להכיר בעצמאותה של הולנד, אך בה בעת הבטיח את המשך ארצות השפלה הספרדיות נגד צרפת.
באדמה, ספרד ההבסבורגית כותרה במהלך מלחמת שלושים השנים, ובחציה השני של המאה ה-17 הובסה בידי הצרפתים, תחת הנהגתו של לואי הארבעה עשר. סוכם בחוזה השלום כי לואי הארבעה עשר הצעיר ינשא למריה תרזה בתו של פליפה הרביעי מלך ספרד, ושהיא תוותר על הכתר הספרדי כחלק מהנדוניה לנישואים. ספרד, שהייתה במצב של פשיטת רגל, לא עמדה בתשלום הנדוניה. התבוסה הספרדית ואי תשלום הנדוניה החלישו מאוד את מעמדה של ספרד כמעצמה והביאו לדומיננטיות של צרפת במערך הכוחות האירופי. במהלך שלטונו, התוצאות של מלחמות, רעב ומגיפות הקטינה באופן משמעותי את מספר תושבי ספרד.
ב-17 בספטמבר 1665 מת פליפה במדריד, ובנו קרלוס השני, מלך ספרד עלה לשלטון במקומו. שנות שלטונו של קרלוס היו קשות עבור ספרד. הכלכלה הייתה גרועה, היה רעב בארץ, ושלטון המלוכה על המחוזות הספרדים השונים היה חלש מאוד. קרלוס היה בן שלוש ומועצת קסטיליה מינתה את אשתו השנייה של פליפה ואמו של קרלוס, מריאנה מאוסטריה, כעוצרת השלטון במקומו של קרלוס. גם בבגרותו של קרלוס המשיכה אמו למשול, בשל מחלתו וחוסר תפקודו. בשנת 1677 נערכה הפיכה נגד מריאנה, שהובלה על ידי חואן מאוסטריה הצעיר - בנו הלא חוקי של פליפה הרביעי, מלך ספרד, ומסרה את השלטון לקרלוס. בתקופתו כשל הניסיון לשמור על האיחוד עם פורטוגל ונמשכו המלחמות בארצות השפלה הספרדיות.
לקראת סוף חייו התדרדר מצב בריאותו השברירי של קרלוס. המלך פרש מתפקידו כאשר הייתה לו התמוטטות עצבים שנגרמה בעקבות הלחץ שהיה עליו להושיע את ספרד ממהצרות הכלכליות שנחתו עלייה. הוא מת במדריד ב-1 בנובמבר 1700. בעקבות מותו של קרלוס פסק השלטון של בית הבסבורג בספרד, מה שהביא לפרוץ מלחמת הירושה הספרדית, שבסיומה עלה לשלטון פיליפ, דוכס אנז'ו, נכדו של לואי הארבעה עשר, מלך צרפת. הוא הוכתר בפליפה החמישי והחל שלטון בית בורבון.
המלחמה התמשכה יותר מעשור והסתיימה בהסכם אוטרכט (1713) ובהסכם רשטאט (1714). בהתאם להסכם אוטרכט, פליפה החמישי הוכר כמלך ספרד, אך נכפה עליו לוותר על מקומו בירושה הצרפתית, במטרה ששתי המדינות לא יתאחדו לעולם תחת כתר אחד בעתיד. ספרד מסרה את ארצות השפלה הספרדיות, נאפולי, מילאנו וסרדיניה לאוסטריה, את סיציליה וחלק ממילאנו מסרה לבית סבויה, ואת גיברלטר והאי מנורקה מסרה לבריטניה. כך, אחיזתה של ספרד באירופה עצמה נחלשה, והאיום הפוטנציאלי על בריטניה ופורטוגל פחת. יתר על כן, הציעה לבריטניה זכויות בלעדיות במסחר בסחר העבדים בשטחיו לשלושים שנה.
ספרד הבורבונית.
תקופה זאת כונתה גם . המלכים הבורבונים שלטו שלטון אבסולוטיזם נאור והביאו לרפורמות במדינה, אם כי הממלכה נשארה קתולית אדוקה, והאינקוויזיציה הוסיפה להחזיק בעמדות כח במדינה. למרות זאת, חל שינוי במעמדה. תחילה מוקדו הרפורמות בספרד עצמה אך בימי קרלוס השלישי בלטו הרפורמות בשטחי העולם החדש.
ארגון מחדש באמריקה.
במהלך המאה ה-18 נערכו באימפריה הרפורמות הבורבוניות, שנועדו לחזק את המלך, להגביר את הביטחון ולהגדיל את הרווחים הכלכליים מהמושבות. ספרד ניהלה את המושבות באמריקה הספרדית באמצעות מלכויות משנה. ב-1525 כוננה הראשונה שבהן, מלכות המשנה של ספרד החדשה, בשטחים שתפסה ספרד בצפון ובמרכז אמריקה, באיים הקריביים וכן במושבותיה באוקיינוס השקט. בירתה נקבעה במקסיקו סיטי. ב-1544 כוננה מלכות המשנה של פרו, שהשתרעה על פני השטחים שכבשה ספרד בדרום אמריקה, ובירתה נקבעה בלימה. תחת כל מלכות משנה פעלה אאודיינסיה. במסגרת הרפורמות, פוצלה מלכות המשנה של פרו. ב-1717 הוקמה מלכות המשנה של גרנדה החדשה, בשטחיהן של ונצואלה, קולומביה, פנמה ואקוודור של ימינו, ובירתה נקבעה בבוגוטה. ב-1776 הוקמה מלכות המשנה של ריו דה לה פלטה, בשטחיהן של ארגנטינה, אורוגוואי, פרגוואי ובוליביה, ובירתה נקבעה בבואנוס איירס.
במהלך המאה ה-18 דעכה שיטת ציי האינדיאס, שבמסגרתה התבצע הסחר בין נמל אחד בלבד בספרד (סביליה, ומאוחר יותר קדיס) אחת לכמה חודשים, עם נמלי יעד ספורים בלבד באמריקות. שיטה זו הונהגה הן מתוך כוונת שליטה ופיקוח על הסחר והן לשם ביטחון הספינות במימי האוקיינוס האטלנטי, אולם היא דעכה כתוצאה מפיראטיות, מתקופות שיתוק ארוכות כתוצאה ממלחמות שונות ומחוסר גמישות כלכלית שהביא לסחר מוגבל מדי. במהלך שנות ה-40 של המאה ה-18 הופסקה שיטת הציים לאמריקות במרבית שטחי האימפריה, וספינות החלו להגיע ישירות לחופה המערבי של אמריקה הדרומית, על ידי מעבר במצר מגלן, מבלי להזדקק לתיווך במצר פנמה.
בהדרגה החל סחר ישיר בין ספרד ובין חלקים באמריקות. וב-1778 של המאה ה-18, הוכרז סחר חופשי ברחבי האימפריה כולה (להוציא מקסיקו וונצואלה). יתר על כך, בשנת 1774 אושר לקולוניות באמריקות לסחור אלו עם אלו. הרפורמות אישרו את הסחר מ-13 נמלים בספרד לכל הנמלים החשובים באמריקות, וספינות יחידות הורשו לסחור ללא כל תלות בציים, שבוטלו.
הרפורמות הכלכליות הביאו, מחד, לשיפור יעילות המיסוי ולניצול מיטבי של משאבי הקולוניות לתועלתה של ספרד. מאידך, הדבר הביא להתמרמרות אנשי הקולוניות מכל השכבות החברתיות, ואף למרידות.
מאבקים מול מדינות אירופה וכיבוש זר.
לאחר ניצחון גייסותיו של אביו, פיליפה החמישי, את האוסטרים בקרב ביטונטו שבדרום איטליה במסגרת מלחמת הירושה הפולנית (1733–1735) הפך קרלוס השלישי למלך ממלכת נאפולי וממלכת סיציליה. הדוכסויות של פארמה, פיאצ'נצה וטושיה (בלאציו) שבאיטליה היו חלק מהאימפריה בחלק מתקופת ההארה. לאחר מותו של פרננדו השישי, קרלוס השלישי הוכתר למלך ספרד. ב-6 באוקטובר ויתר על כסי המלוכה של נאפולי וסיציליה והוריש אותם לבנו השלישי, פרננדו.
בשל חוזה פריז (1763), ממלכת צרפת העבירה לספרד את שליטתה בלואיזיאנה הצרפתית, שטח ענק במרכז צפון אמריקה. אף על פי שנהוג לחשוב כי הוויתור על לואיזיאנה היה חלק מההסכם, הרי שלמעשה ויתרה צרפת על טריטוריית לואיזיאנה כבר בשנת 1762, על פי הסכם פונטנבלו. ספרד העבירה לידי בריטניה את השליטה בפלורידה. בתום מלחמת העצמאות האמריקאית נתנה בריטניה את המושבה לספרד (המושבה הועברה לארצות הברית במהלך המאה ה-19). שטחי לואיזיאנה הספרדית הושבו לצרפת במסגרת חוזה סן אילדפונסו השלישי בשנת 1800, לאחר ניצחונה במלחמה על הפירנאים (אחת מחזיתות מלחמת הקואליציה הראשונה) כנגד ספרד ופורטוגל.
קרלוס השלישי נפטר בשנת 1788, ובנו קרלוס הרביעי, מלך ספרד עלה לשלטון במקומו. קרלוס ביקש לשמור על הישגי הרפורמות של אביו, ובשל כך נשאר בתחילה בברית עם צרפת המהפכנית, למרות מה שעוללה לקרוביו מבית בורבון הצרפתי. אולם, בשנת 1793 יצא קרלוס למלחמה על צרפת, בהשפעת מנואל דה גודוי, ואיבד את חלקו המזרחי של האי סנטו דומינגו.