כל העיר העתיקה, השכונות שמצפון אליה, מחצית שכונת אבו תור והר הזיתים היו בתחום הירדני. מערב העיר, וכן מובלעת על הר הצופים בצפון-מזרח העיר היו בתחום הישראלי. סביב אזור ארמון הנציב היה שטח מפורז. הארמון עצמו נקבע כמטה משקיפי האו"ם והיה בשליטת האו"ם, ממערבו היה שטח מפורז ישראלי וממזרחו – שטח מפורז ירדני. בין שני חלקי העיר היה מעבר בשער מנדלבאום. המעבר נוהל על ידי אנשי מכס ישראלים וירדנים, ושימש בעיקר למעבר דיפלומטים ואנשי או"ם, וכן למעבר של צליינים נוצרים בחג המולד. מן המעבר יצאה פעם בשבועיים שיירה אל המובלעת הישראלית בהר הצופים.
שני הצדדים הקימו עמדות מבוצרות לאורך הקו העירוני. הקו הוחזק על ידי צה"ל בכוח של פלוגה מוגברת. במהלך 19 שנות חלוקתה של ירושלים כונו העמדות הישראליות והירדניות בשמות שונים על ידי המפקדים והחיילים הישראליים ששירתו לאורך הקו. כך למשל נקראה העמדה הישראלית בקצה המזרחי של שטח המפורז של ארמון הנציב - "הבית הבודד", מול עמדת "לולב" הישראלית בדרום שכונת אבו תור ניצבה עמדת "לולב" הירדנית, ועמדה ירדנית אחרת בצפון השכונה נקראה "בית התריסים הצהובים". חלק מהמוצבים הירדניים זכו לשמות שנשמרו עד היום, כמו "גבעת המבתר" ו"הגבעה הצרפתית".
מלחמת ששת הימים.
הקרב על ירושלים במלחמת ששת הימים התחולל ב-72 השעות הראשונות של המלחמה, בין הלגיון הירדני ובין צה"ל. המטרות העיקריות של צה"ל בהגנה על ירושלים הייתה מניעת פריצה ירדנית בקו העירוני, נפילת מובלעת הר הצופים בידי ירדן, ומניעת מחטפים ירדניים בשטחה של ישראל. פיקוד המרכז זיהה גם את ארמון הנציב כנקודה בעייתית, שכן גם בנקודה זו היו הירדנים יכולים לבצע מחטף מהיר וקל יחסית, ואז הייתה נפתחת לפניהם הדרך להסתערות לכיוון דרום ירושלים. תוכניות המחטפים הירדניים כללו כיבוש הר הצופים וארמון הנציב. תוכניות ישראל כללו את תוכנית "סדן" - מגננה, תוכנית "פרגול" - מתקפה ותוכניות "מחטפים". תוכנית "סדן" כללה חסימת צירי התקפה עיקריים, מערך בלימה עמוק והחזקת כוחות להתקפת נגד. תוכנית "פרגול" כללה כיבוש ירושלים והגדה המערבית. בירושלים התוכנית כללה כיבוש מוצבי צפון ומזרח ירושלים עד תל אל-פול ורכס עזריה והתחברות להר הצופים וכיבוש אוגוסטה ויקטוריה וא-טור. תפקיד חטיבה 16 היה השתלטות על העיר העתיקה ודרום ירושלים עד בית לחם. בדומה לתכנונים הירדניים היו לחטיבה 16 תכנונים ל'מחטפים' של שטחים אסטרטגיים באזור ירושלים והפרוזדור אליה. המחטפים כללו: כיבוש מוצבי שיך עבדול עזיז מצפון למבשרת ציון בידי גדוד 163; כיבוש מתחם ארמון הנציב, ג'בל מוכבר, ומתחם הפעמון בצור באהר על ידי גדוד 161; כיבוש מוצב מר אליאס ומוצב טבלייה על ידי גדוד 68; כיבוש הר ציון הירדנית ואבו תור על ידי גדוד 62. בתאריך 4.6.67 התקיימה קבוצת פקודות ואישור תוכניות המחטפים במפקדת החטיבה. למחרת הפעילו הגדודים 161 ו- 163 את התוכניות בצורה זו או אחרת.
סך הכל, ערב פרוץ המלחמה נהנה הצבא הירדני מעדיפות על כוחות צה"ל במרחב ירושלים, הן מבחינה כמותית - במיוחד בשריון ובארטילריה (כולל כוחות מתוכננים לעלות מבקעת הירדן), והן מבחינה איכותית, בשל היתרון של טנקי הפטון M-48 הירדניים החדישים על טנקי השרמן המיושנים של ישראל (עם מפעילים מיומנים יותר). אולם, החל מצהרי היום הראשון למלחמה השתנה מאזן הכוחות לטובת ישראל, הודות לעליונות האווירית שהשיג חיל האוויר הישראלי. שליטה אווירית זו אפשרה לחיל האוויר למנוע מהירדנים להעביר את כוחות עתודת השריון מעמק הירדן לתגבור כוחותיהם במרחב ירושלים. פיקוד מרכז ריכז את כוחותיו למתקפה בסדר כוחות אוגדתי (3 חטיבות) במרחב ירושלים, וכך הצליח להשיג עדיפות מקומית מכרעת על הכוחות הירדניים, שניצבו מולו בגזרה זו במהלך המלחמה.
ב-5 ביוני בשעה 9:40 פתח צבא ירדן במלחמה בגזרת ירושלים בירי נשק קל ולאחר מכן בהפגזה כבדה על ירושלים המערבית שבריבונות ישראל אל מול תגובה ישראלית מדודה וניסיונות הידברות ישירים ועקיפים מצידה על מנת להימנע מהסלמה. בתיווך האו"ם הושג הסכם להפסקת אש, אך ירדן הפרה הסכם זה תוך זמן קצר, והשתלטה בשעה 12:30 על ארמון הנציב. ישראל הגיבה במתקפת נגד בשעה 15:15 וכבשה את ארמון הנציב באמצעות גדוד 161, הסיירת הירושלמית וכוח הטנקים של חטיבת ירושלים. הטנקים היו אסורים להיות נוכחים בירושלים לפי הסכם שביתת הנשק, אך בפועל היו בירושלים טנקים במחנה שנלר ומחנה סטף.
מכאן ואילך עברה היוזמה לידי ישראל ונותרה בידה עד תום הקרבות. לאחר ההשתלטות על ארמון הנציב המשיכה מתקפת הנגד הישראלית וכוח של חטיבת ירושלים מתוגבר בטנקים המשיך לכבוש את רכס צור באהר שמדרום לו ומוצבים נוספים עד קיבוץ רמת רחל. במקביל לכיבוש שטחים בדרום ירושלים הופעלה חטיבת הראל (חטיבה 10) ממערב בכיוון צפון ירושלים ובמהלך הלילה הראשון כבשה את מוצבי שייך עבדול עזיז ומוצבי הרדאר מצפון למבשרת ציון ומעלה החמישה והבקיעה עד גב ההר עד הבוקר למחרת. במקביל כבש גדוד 163 מחטיבת ירושלים את מוצב הרדאר 3.
ביום השני, 6 ביוני, לפנות בוקר חטיבה 55 הבקיעה דרך גבעת התחמושת, שכונת שיח' ג'ראח ודרך שכם, והגיעה עד מוזיאון רוקפלר. חטיבת הראל נעה דרומה וכבשה את גבעת המבתר. גדוד 163 מחטיבת ירושלים כבש באותו יום אחר הצהריים את שכונת אבו תור הערבית. במהלך הלילה הפציץ חיל האוויר הישראלי תגבורות שריון של צבא ירדן שניסו להגיע אל העיר מכיוון יריחו.
בבוקר 7 ביוני כבשה חטיבה 55 בסיוע חטיבת הראל את מתחם אוגוסטה ויקטוריה על הר הזיתים. בסביבות השעה 10:00 באותו בוקר נכנסו הכוחות אל העיר העתיקה: צנחני חטיבה 55 נכנסו דרך שער האריות והגיעו אל הר הבית ואל הכותל המערבי, וחיילי גדוד 163 מהחטיבה הירושלמית נכנסו דרך שער האשפות, הגיעו לשכונת המוגרבים ושחררו את הרובע היהודי והרובע הארמני.
בצהרי ה-7 ביוני נעו כוחות חטיבה 16 דרומה, כבשו את דרום הגדה המערבית והתארגנו להקמת הממשל הצבאי כאשר גדוד 68 בנפת חברון וגדוד 161 בנפת בית לחם.
הקרב על ירושלים, שהתנהל על תא שטח מצומצם יחסית, היה אחד הקרבות הקשים ביותר במלחמת ששת הימים. בקרב נהרגו 182 חיילי צה"ל, כרבע מהנופלים במלחמה כולה.
קרבות מרכזיים של חטיבת ירושלים.
מתחמי ארמון הנציב והפעמון בצור באהר
בצהריים ביום 5.6.67 (ה-5 ביוני 1967) הורה המטכ"ל הירדני על כיבוש השטח המפורז של ארמון הנציב. פלוגה מוגברת מחטיבה 27 עם תול"רים, מקלעים ומרגמות, שהייתה באבו דיס, נכנסה לארמון. ב-12:30 קידם מג"ד 161 אשר דר את פלוגות ב' ו-ה' לחוות הלימוד. בשעה 13:30 דיווח ראש משקיפי האו"ם, גנרל אוד בול, כי ארמון הנציב נכבש. באותו הזמן הודיעו החיילים הישראליים שהיו בתצפית בעמדת 'הבית הבודד' בשטח המפורז למפקד הקו, מ"פ ד' מגדוד 161, כי כוח ירדני מתקדם לכיוונם. מפקד הקו רפי בנבנשתי הודיע למטה החטיבה ופתח באש מרגמות על מסלול התקדמות היחידה הירדנית. פלוגות ה' ו-ב' בחוות הלימוד פתחו באש שטוחת מסלול ומרגמות על הירדנים המתקרבים.
קצין המבצעים של חטיבה 16 רס"ן עמוס נאמן הציע הקמת צוות קרב גדודי למשימת כיבוש הארמון בפיקודו של אשר דר מג"ד 161. הצוות היה מורכב: מיחידת הסיור 90 של החטיבה (הסיירת), המורכבת משתי מחלקות על גבי זחל"מים, שתי מחלקות ג'יפים ומחלקת תול"רים בפיקוד רס"ן יוסי לנגוצקי; חצי מפלוגת הטנקים המסופחת לחטיבה 16 (8 טנקים), בפיקוד רס"ן אהרון קמארה; פלוגה ה' (פחות מחלקה) מגדוד 161, בפיקודו של אברהם בורנשטיין; פלוגה ב' בפיקוד דודו פרלשטיין כעתודה; ובסיוע מחלקת מרגמות מוגברת (12 קנים) מהפלוגה המסייעת של גדוד 161 בפיקוד ישראל אליעזרי. בשעה 14:20 קיבל המג"ד דר פקודה לכבוש את מתחמי ארמון הנציב ולהתכונן להמשך כיבוש מוצב הפעמון בצור באהר. בשעה 15:15 נפרץ שער מתחם הארמון ממערב על ידי הטנקים. רוב הכוח התוקף המשיך לגבעה מזרחית לארמון, שנקראה "גבעת האנטנה" ובהמשך עמדת 'הצומת' הנמצאת בהצטלבות עם הדרך לבית לחם. פלוגה ה' (פחות מחלקה) מגדוד 161 נעה רגלית מחוות הלימוד ונתקלה באש מהחורשה המערבית של הארמון וסבלה הרוג וחמישה פצועים. הכוח המשיך בתנועה וכבש את החורשה שמצפון, ממערב וממזרח לארמון ביחד עם חיילי הפלס"ר.
בשעה 16:00 החלו חיילים ממחלקה מוגברת של הסיירת ביחד עם כתת-חיילים מפלוגה ה' בהתקפה על מוצב 'הנקניק' שהיה מוגן על ידי פלוגה ירדנית אחת ובה כ-60 חיילים. המוצב נבנה כדי להדוף התקפה ממערב ולא מצפון, ולכן הצליחו חיילי הסיירת לכבוש את המוצב בתוך כשעה, ללא אבדות. לירדנים היו כ-35 הרוגים.
תוך כדי כיבוש מוצב "הנקניק", אישר המטכ"ל גם את כיבוש מוצב "הפעמון" והכפר צור באהר. בשעה 18:20 יצא כוח בהרכב מחלקת סיירים ושני תול"רים מהסיירת בפיקוד לנגוצקי ועוד שלושה טנקים, בפיקוד מג"ד 161 אשר דר לכיבוש ה'פעמון'. אחד הטנקים התהפך בדרך. הכוח חדר למוצב ממזרח והפתיע את הירדנים. המוצב נכבש במהירות בקרב עז עד שעה 19:30. גדוד 62 פרץ את שדה המוקשים ממערב למוצב 'הפעמון' וחבר לכוח של דר בשעה 22:00. במשך הערב החליפה פלוגה ב' את פלוגה ה' בחורשה מצפון לארמון. למחרת בבוקר ספגה הפלוגה התקפת נגד מאש טנקים ירדנית עם נפגעים רבים.
כיבוש מוצבי הרדאר