במהלך המשבר החלו להתהוות בפרלמנט האנגלי מחנות יריבים שסייעו להתפתחות המערכת המפלגתית במדינה. אלה שתמכו בחוק של שפטסברי היו היסוד להתפתחות המפלגה הוויגית, ומתנגדיהם, שכונו Abhorrers (מביעי שאט הנפש) היו היסוד למפלגה הטורית. על רקע זה התעורר העניין בספר פטריארכה של רוברט פילמר, שנכתב ב-1631 ויצא לאור מחדש ב-1680. השמרנים עשו שימוש נרחב בטיעונים של פילמר על מנת להצדיק מלוכה אבסולטית ואת זכותו של ג'יימס לרשת את הכתר. תומכיו של שפטסברי ואישים אחרים באופוזיציה - ביניהם לוק והפילוסוף אלג'רנון סידני - פרסמו ביקורות כנגד אותם הטיעונים. אם כן, המסכת הראשונה שבה, על פי הכותרת המשנית של שתי המסכתות, "העקרונות הכוזבים ויסודות מחשבתו של סר רוברט פילמר ותומכיו מזוהים וקורסים", מהווה לקיחת צד במאבק פוליטי שהתרחש באנגליה. המסכת השנייה ממשיכה את הביקורת על ממשל אבסולוטי ומצדיקה מרד בממשל רודני, כגון ממשל שבו הרשות המבצעת משתמשת בפררוגטיבה שלה כדי למנוע את התכנסות הפרלמנט.
הצעת החוק של שפטסברי לא צלחה בסופו של דבר את תהליך החקיקה. היא עוררה גל של התנגדות כלפי מחנהו, וייתכן שזו הסיבה שלוק נמנע מלהפיץ את הטקסט מייד לאחר שהשלים אותו. שפטסברי הואשם ב-1681 בבגידה, אך שוחרר על ידי חבר מושבעים גדול. ב-1682 השמרנים יכלו להפוך את חברי המושבעים למעוז שלהם. שפטסברי, שחשש שיואשם שוב, גלה להולנד, שם נפטר ב-1683. כישלון הניסיון להתנקש בצ'ארלס ובג'יימס במסגרת מזימת בית ריי ב-1683 הפך את המתנגדים לשלטונם למבודדים עוד יותר. אלג'רנון סידני הואשם בקשירת קשר נגד המלוכה והוצא להורג. על רקע זה לוק ברח להולנד, שם ערך והשלים את המסכתות. הוא חזר מהולנד בשנת 1689, לאחר המהפכה המהוללת. באותה שנה הודפסו שתי המסכתות.
המסכת הראשונה.
הנחת המוצא של לוק היא שכל בני האדם הם יצירתו של אלוהים, ולכן הם כולם שייכים לאלוהים כקניינו וכמשרתיו. מתוך אמונה זו הוא ביקש לגזור את ערך החירות של בני האדם ואת השוויון בין אדם לאדם. מבחינה לוגית מסקנה זו היא בעייתית, אם ניתן להראות שאלוהים לא יצר את בני האדם כשווים, אלא העניק למעטים את הזכות לשלוט באחרים. טיעון נגדי מעין זה היה רווח במאה ה-17 והוא שימש בסיס להצדקה של שלטון אבסולוטי בו המלך נתפס כבחירה של האל או כיורש חוקי של זכות לשלטון שהאל העניק לקודמיו. עבור לוק, הנציג המובהק של טיעון זה היה סר רוברט פילמר, מחבר הספר "פטריארכה". לפיכך, המסכת הראשונה מוקדשת כולה להפרכת התאולוגיה הפוליטית של פילמר ורעיון השלטון הפטריארכלי כזכות אלוהית. המסכת כתובה בשפה עוקצנית ופולמית שאינה מותירה מקום לספק לגבי הבוז שלוק חש כלפי פילמר, שבעת כתיבת המסכת כבר לא היה בחיים.
פילמר השלים את כתיבת פטריארכה בשנת 1631, כחמישים שנה לפני שלוק החל לכתוב את המסכתות. אולם, הספר נאסר לפרסום והוא ראה אור זמן רב לאחר מותו ב-1680, בקונטקסט של משבר ההחרגה. בהקשר זה, הטיעונים של פילמר פורשו כטענה נגד זכותו של הפרלמנט לאסור על יורש העצר הקתולי ג'יימס לרשת את הכתר, ותומכי טענה זו עשו בהם שימוש נרחב. מנגד, המצדדים בזכות הפרלמנט למנוע מג'יימס את המלוכה פרסמו ביקורות נוקבות על פטריארכה, ביניהן המסכת הראשונה של לוק.
ב"פטריארכה", פילמר, כפי שלוק הבין אותו, טען שהבסיס לקיומו של ממשל הוא שלטון האב במשפחה. אדם הראשון היה גם המלך הראשון, והוא קיבל את המלוכה מאלוהים, שנתן לו את הזכות האבסולוטית לרדות באחרים. הזכות למלוכה עברה מאב לבן, הגיעה לנוח, ומשם לבניו. זהו המקור לכל ממשל, וכפי שמתואר במשפט המלך, זכותם של המלכים לעשות כל דבר על פי רצונם והם אינם כפופים לחוק. חובת הציות של הנתינים היא צו אלוהי המקביל לציווי כיבוד האב בעשרת הדברות. כל מלכי העמים כיום הם אבות של עמים, או שהם יורשיהם של אבות כאלו, או שהם גזלו בכוח את הזכות למלוכה מאבות כאלה. בכל המקרים האלה המלוכה היא חוקית, ומכאן שיש שני בסיסים להצדקה של מלוכה – מלוכה מזכות ירושה ומלוכה מזכות התפיסה בכוח.
לוק מבקש לסתור את הטיעון הזה מכל וכל. כמו פילמר, הוא חשב שהמילים בספרי הקודש מבטאות אמת, שיכולה להוות בסיס לדיון פוליטי והיסטורי. הוא דגל בפרשנות מילולית של התנ"ך והדגיש ש"הנחות מוקדמות, המבוססת על דעות חסרות בסיס, לא נותנות לנו את הסמכות להבין את כתבי הקודש באופן המנוגד למשמעות הישירה והפשוטה של המילים". עם זאת, לוק האמין גם שהמשמעות של הטקסט המקראי שעליו התבסס פילמר - בעיקר ספר בראשית - היא לכל הפחות מעורפלת בכל הקשור לשלטון מדיני, ושבמקומות בהם המילים המקראיות כפשוטן לא מספיקות כדי לבסס את עקרונות הלגיטימציה של הממשל המדיני, יש להסתמך על התבונה. מתוך גישה זו, לוק תוקף במסכת הראשונה את הטיעון של פילמר. הוא מספק פרשנות מנוגדת של הטקסט המקראי ומצביע על כשלים לוגיים בטיעון המלוכני-אבסולוטי. כך למשל, האדם הראשון לא קיבל זכות לשלטון אבסולוטי על בני אדם אחרים, אלא זכות לרדות בבעלי החיים בלבד. לא ניתנה זכות לשלטון אבסולוטי מתוקף אקט הבריאה, לא מתוקף זכות שהוענקה על ידי האל, לא מתוקף עונש השעבוד של חוה, ולא מתוקף האבהות. לגבי חוה, לוק טוען שאלוהים לא ציווה על אדם לשלוט בה, אלא רק צפה את העתיד כי חולשתן של הנשים תביא לשליטת הגברים בהן. לוק מודה כי על פי עשרת הדיברות ילדים מצווים לכבד את אביהם, אך מציין כביקורת על פילמר שהילדים מחויבים לכבד את האם כפי שהם מחויבים לכבד את האב. מכאן, על פי לוק, מצוות כיבוד אב ואם אינה יכולה להוות בסיס לשלטון אבסולוטי של האב. על פי לוק, זכות ההורים לשלוט בילדיהם ניתנת להם רק כל עוד הילדים צעירים מכדי לשלוט בעצמם. זו אינה זכות אבסולוטית, אלא זכות למשמורת. כחלק מטיעון זה לוק מבקש להפריך את האנלוגיה בין אבהות לבין בעלות על קניין.
הטענה בזכות השלטון האבסולוטי מופרכת לא רק כיוון שהצדקתה על בסיס כתבי הקודש כושלת, אלא גם מפני שהיא מובילה לאבסורד ואינה רציונלית. הנחת המוצא של לוק היא שהיחסים בין נתינים לשליט האבסולוטי הם כמו היחסים בין עבד חסר זכויות וחירות למעביד. הדרישה שבני אדם יקבלו את המוסד הזה כלגיטימי כמוה כדרישה שיתכחשו לנטיות הטבעיות שאלוהים נטע בהם. זוהי טענה כה קיצונית שמי שמגיע אליה חייב להתייחס אליה כאל אבסורד ולבחון מחדש את הנחות המוצא שלו.
על פי לוק, גם אם היינו מקבלים את הטענה של פילמר כי האדם הראשון קיבל מאלוהים את הזכות למלוך באופן אבסולוטי, אין בסיס לטענתו שזכות זו עוברת בירושה. עוד הוא טוען כי גם אם הייתה הזכות הזו עוברת בירושה, לא הייתה לגיטימציה לקחת אותה בכוח, ולכן על מנת לדרוש ציות צריכים המלכים כיום להראות כי הם קיבלו ירושה זו מהאדם הראשון, דבר שאינו אפשרי.
לביקורת של לוק על פילמר במסכת הראשונה יש חשיבות בהיסטוריה של הרעיונות המדיניים כיוון שהיא מהווה ביקורת הן על הרעיון של זכותם האלוהית של מלכים והן על פטרנליזם מדיני.
המסכת השנייה.
נקודת הסיום של המסכת הראשונה היא נקודת הפתיחה של המסכת השנייה: היות שטענותיו של פילמר בדבר מקור הזכות של המלכים לשלוט ובדבר האופן בו מותר למלכים לשלוט הופרכו כולן, יש כעת להבין מחדש את מקור ומהות הכוח המדיני ואת המגבלות על השימוש בכוח זה. בפרק הראשון של המסכת השנייה הוא קובע שהכוח המדיני הוא "הזכות לחוקק חוקים, תוך קביעת עונשי מוות, ולפיכך גם את כל העונשים הקלים יותר, על מנת להסדיר את הקניין ולשמרו, וכן הזכות להשתמש בכוח של העדה, לצורך ביצועם של חוקים כאלה ולשם הגנה על הקהילה מפני פגיעת ידם של זרים וכל זה לטובת הכלל בלבד." הגדרה זו היא נקודת ההתחלה של המסכת השנייה, ובהמשכה לוק מרחיב לגביה ומבהיר את המושגים הכלולים בה, כגון זכות, חוק, קניין וטובת הכלל.
מצב הטבע.
לוק קובע בפתחו של פרק ב' של המסכת השנייה, שהבנת הממשל המדיני לאשורו דורשת התייחסות למצב הטבעי של בני האדם:
התיאור של מצב הטבע משמש את לוק כדי להראות כיצד ממשל לגיטימי יכול להיווצר באופן טבעי ומתוך הסכמה, ולא כפי שפילמר טען כתוצאה מאי-שוויון ראשוני או זכות האב. חלק מהפרשנים של לוק מדגישים את הא-היסטוריות של מצב הטבע כמהותי לטיעון של לוק. לוק עצמו התגונן מפני הטענה שזהו מצב היפותטי לחלוטין ומביא דוגמאות למקרים בהם בני אדם נמצאים במצב הטבע, כגון המצב בו נמצאים שליטים בני זמנו זה מול זה ומצבם של הילידים באמריקה, זה מול זה וביחס למתיישבים מאירופה. על בסיס טיעון זה חלק מפרשניו של לוק טוענים כי מצב הטבע, עבור לוק, אינו תרגיל מחשבתי היפותטי, אלא עובדה היסטורית.
לוק מדגיש שמצב הטבע מאופיין בחירות מושלמת (perfect freedom), אך לא בהפקרות או פריקת כל עול (license). גם בהיעדר שלטון מדיני בני האדם כפופים לחוק הטבע שמחייב את כולם ושניתן להכירו באמצעות התבונה. כל אדם שמשתמש בתבונה מבין שאף אחד לא מחויב לפגוע בחיים, בבריאות, בחירות או ברכוש של אדם אחר. האדם אמנם מחויב תמיד לפעול לשימורו העצמי, אך כאשר השימור העצמי אינו בקונפליקט עם שימורם של אחרים, הוא מחויב מוסרית לפעול גם לשימור שאר המין האנושי וחל עליו איסור לפגוע באדם אחר. אלה הן חובות שכל אדם חייב מתוקף חוק הטבע וכלפי אלוהים, שכל בני האדם והעולם כולו הם קניינו.