לאורך השנים נמתחה ביקורת על כך שהמחסור במקורות מהימנים שמגבים חלק ניכר מהתוכן הופכים את ויקיפדיה למקור מידע בלתי אמין. מנגד ישנם הסבורים כי ויקיפדיה יכולה להיות מהימנה, אך האמינות של כל ערך אינה תמיד ברורה. עורכים באנציקלופדיות מסורתיות כמו "בריטניקה" הטילו לאורך השנים ספק בכך שוויקיפדיה מתיימרת להיות אנציקלופדיה. מייסד ויקיפדיה ג'ימי ויילס טען מנגד שוויקיפדיה נמנעה במידה רבה לאורך השנים מבעיית "חדשות כזב" הודות לכך שעורכי ויקיפדיה מקיימים דיונים רבים אודות איכות המקורות בערכים.
המבנה הפתוח של ויקיפדיה הופך את האתר למטרה קלה עבור טרולים באינטרנט, אנשים שמעוניינים להפיץ מידע מוטעה, ואנשים שעוסקים בכתיבת ערכים בתשלום - דבר אשר נחשב בעיני רבים כפוגעים בנייטרליות ובאמיתות התוכן. בתגובה למקרים של כתיבה בתשלום צוין כי ויקיפדיה הקשיחה את הכללים הנוגעים לעריכות בתשלום שהעורך לא ציין בשום מקום שהוא/היא מבצעים את העריכות בתשלום. לפי כתבה ב"וול סטריט ג'ורנל", אשר עסקה בנושא, צוין כי "החל מיום שני, [16 ביוני 2014], ייכנסו לתוקף שינויים בתנאי השימוש של ויקיפדיה אשר יחייבו את כל מי שעורך ערכים בתשלום לחשוף זאת, לטענת קתרין מאהר, מנהלת התקשורת הראשית של קרן ויקימדיה, השינויים מתייחסים לסברה הקיימת בקרב עורכים רבים כי "איננו שירות פרסום, אנחנו אנציקלופדיה".
הספר של אוניברסיטת הרווארד "Legal Research in a Nutshell" משנת 2011 מציין שוויקיפדיה הוא "מקור כללי" ש"יכול להיות ברכה אמיתית" ולסייע "להבין במהירות את החוקים הרלוונטיים לסיטואציה", ו-"בעוד שהוא אינו מהווה מקור סמכותי, יכול לספק עובדות בסיסיות וכן להוביל למשאבים מעמיקים יותר".
סוגיות שעלו במוסדות לימוד.
רוב המרצים באוניברסיטאות ובמכללות נוהגים להרתיע את הסטודנטים מלהשתמש בכל סוג של אנציקלופדיה בעבודות אקדמיות, וקוראים לסטודנטים להסתמך רק על מקורות ראשוניים. חלקם אף אוסרים במפורש על שילוב ציטוטים מוויקיפדיה. ויילס הדגיש לא פעם שאין להסתמך על אנציקלופדיות מכל סוג שהוא בעבודות אקדמיות. במאמר של ויילס הוא ציין שהוא מקבל כ-10 הודעות דוא"ל מדי שבוע מסטודנטים שונים שמציינים בפניו שהם קיבלו ציון נכשל בעבודות שהגישו משום שבעבודתם הסתמכו על מידע אותו מצאו בוויקיפדיה.
בפברואר 2007 מאמר בעיתון "הרווארד קרימסון" דיווח כי מספר פרופסורים באוניברסיטת הרווארד כללו ערכי ויקיפדיה בסילבוסים שלהם, ככל הנראה מבלי שלקחו בחשבון שהערכים עשויים להשתנות. ביוני 2007 הנשיא לשעבר של איגוד הספריות האמריקני, מייקל גורמן, ציין כי אקדמאים אשר תומכים בשימוש בוויקיפדיה הם "המקבילה האינטלקטואלית של דיאטנית שממליצה על דיאטה קבועה של ביג מק עם הכל".
מידע רפואי.
ב-5 במרץ 2014 פורסם מאמר במגזין "אטלנטיק" מאת ג'ולי בק שכותרתו הייתה "מקור הרופאים מספר 1 למידע על בריאות: ויקיפדיה". המאמר ציין בין היתר כי "חמישים אחוז מהרופאים משתמשים בוויקיפדיה, וחלקם עורכים אף בעצמם את הערכים על מנת לשפר את איכות המידע הזמין." בק ציינה במאמר גם שבאוניברסיטת סן פרנסיסקו ישנם קורסים בבית הספר לרפואה אשר מסייעים לסטודנטים לרפואה ללמוד כיצד לערוך ולשפר ערכים בוויקיפדיה העוסקים בבריאות.
איכות הכתיבה.
לאורך השנים נמתחה ביקורת על כך שבמקרים מסוימים ערכים בוויקיפדיה יכולים להיות מדויקים מבחינה עובדתית, אך מנוסחים בצורה אשר כמעט בלתי קריאה.
על מנת להעריך את האיכות של ערך בוויקיפדיה נהוג לבדוק את אמינות, שלמות, אובייקטיביות וישימות המידע, וכן האם הטקסט קריא, ואם סגנון הכתיבה מוצלח.
היקף כיסוי התוכן וקיומה של הטיה מערכתית.
ויקיפדיה חותרת להציג סיכומים של כלל הידע האנושי בצורה של אנציקלופדיה מקוונת, כאשר כל הנושאים שנמצא שיש להם חשיבות אנציקלופדית מכוסים בערכים נפרדים. מאחר שוויקיפדיה נכתבת על שרתים עם שטח דיסק גדול במיוחד ויקיפדיה יכולה לעסוק בנושאים רבים בהרבה ממה שניתן לכסות בכל האנציקלופדיות המודפסות. האופן שבו מוחלט לכסות נושאים מסוימים בוויקיפדיה נמצא בביקורת מתמדת מצד עורכי ויקיפדיה, ומחלוקות על כך שכיחות למדי. ויקיפדיה מכילה מידע שעשוי להיחשב בעיני אנשים מסוימים כשנוי במחלוקת, פוגעני, או בוטה וזאת משום שלא נהוג לצנזר מידע אנציקלופדי מוויקיפדיה רק משום שהוא אינו נוח לאנשים מסוימים או לקבוצת אוכלוסייה מסוימת. מדיניות זו גרמה לא אחת למחלוקת - בשנת 2008 דחתה ויקיפדיה עצומה מקוונת נגד הכללת ציורים של מוחמד במהדורה האנגלית של ויקיפדיה בערך שעוסק במוחמד, בהסתמך על מדיניות זו. נוכחותם של חומרים רגישים מבחינה פוליטית או דתית בוויקיפדיה הובילה לאורך השנים לכך שהרשויות בסין, פקיסטן ובמדינות נוספות עסקו בצנזור של תוכן בוויקיפדיה.
מחקר שנערך בשנת 2008 על ידי חוקרים מאוניברסיטת קרנגי מלון ומרכז המחקר של פאלו אלטו העריך כי התפלגות הנושאים בוויקיפדיה באותה העת הייתה כדלהלן:
מספרים אלה מתייחסים רק לכמות הערכים. במקרים רבים נושא מסוים עשוי להיות מכוסה במספר רב של ערכים קצרים במיוחד, ונושא אחר עשוי להכיל מספר קטן של ערכים גדולים במיוחד.
מחקר שנערך בשנת 2011 על ידי חוקרים מאוניברסיטת מינסוטה הראה כי עורכים ועורכות נוהגים להתמקד בנושאים שונים. מהמחקר עלה שעורכות נוטות להתמקד יותר בפיתוח ערכים בקטגוריה 'אישים ואמנויות' בעוד שעורכים נוטים יותר להתמקד בפיתוח ערכים בנושאים גאוגרפיה ומדע.
ממחקר שנערך בשנת 2009 על ידי מארק גרהם מהמכון לחקר האינטרנט של אוניברסיטת אוקספורד עלה שהתוכן בוויקיפדיה מאוד ממוקד בעולם המערבי ובאירועים העכשוויים וכי ישנו מחסור מהותי במידע על נושאים הקשורים לדוגמה לאפריקה.
הטיה מערכתית.
כאשר עורכים מרובים תורמים לנושא אחד או לנושאים מסוימים עשויה במקרים רבים להיווצר הטיה מערכתית כתוצאה מהרקע הדמוגרפי של העורכים. בשנת 2011 ציין ויילס כי העובדה שהנושאים השונים מכוסים באופן לא מאוזן בוויקיפדיה נובעת מהדמוגרפיה של העורכים, אשר מורכבת בעיקר מגברים צעירים משכילים במדינות מפותחות.
ההטיה המערכתית בוויקיפדיה עשויה לשקף את התרבות הקיימת בקרב העורכים הבולטים בכל מהדורה של ויקיפדיה - לדוגמה, העדפה לכתוב על לאומים מסוימים, קבוצות אתניות מסוימות, או דתות מסוימות. ההטיה המערכתית בוויקיפדיה יכולה גם לשקף את ההטיות של תרבות האינטרנט, בה לעיתים רבות המשתמשים הפעילים ברחבי העולם נוטים להיות צעירים, זכרים, דוברי אנגלית, משכילים, בעלי מיומנויות טכנולוגיות, ואמידים מספיק בשביל להקדיש זמן לעריכת ערכים בוויקיפדיה. הטיות מערכתיות נוספות יכולות לכלול גם את ההעדפה של עורכים רבים לשים דגש רב יותר על כתיבת ועריכת ערכים בנושאים כמו תרבות פופולרית, טכנולוגיה ואירועים אקטואליים.
שילוב תוכן ויזואלי שנוי במחלוקת.
לאורך השנים הועלתה ביקורת על כך שבמקרים רבים משולבים בערכי ויקיפדיה תמונות בעייתיות. בוויקיפדיה האנגלית, ובמספר מהדורות אחרות של ויקיפדיה ערכים העוסקים בנושאים כגון צואה, גופה, פין, פות ועירום מוצגות תמונות פוגעניות אשר זמינות לכל מי שיש לו גישה לאינטרנט, כולל ילדים.
בשרתי ויקיפדיה מאוחסנים גם תמונות וקטעי וידאו בעלי תוכן מיני, כגון תמונות וקטעי וידאו של אוננות ושפיכה, איורים של זואופיליה, ותמונות מסרטים פורנוגרפיים. בנוסף לכך ישנם מספר ערכים בוויקיפדיה האנגלית בהם מוצגות תמונות לא מיניות של ילדים עירומים.
בערך בוויקיפדיה האנגלית העוסק באלבום של להקת הרוק הגרמנית "סקורפיונס" "Virgin Killer" מוצגת העטיפה המקורית של האלבום, המציג ילדה ערומה. העטיפה המקורית של האלבום הייתה שנויה במחלוקת ולכן לא נעשה בה שימוש במספר מדינות בהן יצא האלבום לשווקים. בדצמבר 2008 הגישה לערך של האלבום "Virgin Killer" בוויקיפדיה האנגלית נחסמה במשך ארבעה ימים על ידי רוב ספקי האינטרנט בבריטניה לאחר שהארגון Watch Watch Foundation החליט שעטיפת האלבום עלולה להיות בלתי חוקית ועל כן הוסיף את כתובת הערך ל"רשימה שחורה" שהוא מספק לספקי האינטרנט הבריטים.
באפריל 2010 לארי סנגר, מהמייסדים המקוריים של ויקיפדיה, כתב מכתב ל-FBI ובו תיאר את חששותיו מכך שישנם בשרתי ויקיפדיה תמונות של פורנוגרפית ילדים, בניגוד לחוק הפדרלי בארצות הברית. סנגר הבהיר מאוחר יותר כי התמונות לא היו של ילדים אמיתיים, אך אמר כי הם מהווים "ייצוג ויזואלי של התעללות מינית בילדים". סנגר גם הביע חששות לגבי גישה לתמונות הללו בשרתי ויקיפדיה מבתי הספר. דובר קרן ויקימדיה ג'יי וולש דחה בתוקף את ההאשמה של סנגר, ואמר שלוויקיפדיה אין "חומר שנראה לנו בלתי חוקי. אם היה לנו, היינו פועלים להסיר אותו". בעקבות התלונה של סנגר, ג'יימי ויילס מחק תמונות שונות משרתי ויקיפדיה מבלי להתייעץ על כך קודם עם הקהילה. לאחר שהועלתה הטענה כי התמונות נמחקו בחופזה, ויילס ויתר מרצון על כמה מהסמכויות בהן הוא החזיק עד אז כחלק מהסטטוס שלו כמייסד של ויקיפדיה. הוא כתב בהודעה ברשימת הדיוור של קרן ויקימדיה כי הוא החליט לוותר על הסמכויות המסוימות אשר בהן הוא החזיק "כדי לעודד דיון זה על נושאים פילוסופיים / תוכן אמיתי, במקום שהדיון יתמקד בי ועל כך שפעלתי בחופזה". חלק מהתמונות שנמחקו בתקרית זו במהלך 2010 הועלו מאז שוב לשרתי ויקיפדיה. ויקיפדיה העברית נחשבת כמחמירה בתחום הפורנוגרפיה, כאשר ככלל על כתיבת ערכים על סרטי פורנו ועל שחקני פורנוגרפיה. כן אוסרת הקהילה על הצגת תמונות גוף של הדמות וכן מתן קישורים חיצוניים לאתרי סקס.
סקסיזם.