בקיץ שלאחר הזכייה צירפה נאפולי את קארקה הברזילאי וביחד עם מראדונה היוו השניים צמד קטלני. השניים, שהיו גם לחברים טובים מחוץ לכדורגל, כבשו ביחד 28 שערים (מראדונה עם 15, קארקה עם 13) אך נאפולי לא הצליחה לשמור על תארה וסיימה רק במקום השני אחרי מילאן.
את עונת 1988/1989 נאפולי סיימה עם הרגשה חמוצה-מתוקה, הקבוצה סיימה בפעם השנייה ברציפות במקום השני כשהפעם מקדימה אותה אינטר אך התנחמה בזכייה בגביע אופ"א, הגביע האירופאי הראשון והיחיד בתולדות המועדון, אחרי ניצחון בגמר על שטוטגרט הגרמנית, כשבדרך היא גוברת על היריבה המרה יובנטוס, באיירן מינכן ובורדו.
שנתיים רצופות במקום השני דרבנו את מראדונה, שהוליך את נאפולי לזכייה שנייה בסקודטו כשבדרך הוא כובש 16 שערים. המונדיאל שנערך באיטליה בשנה זו הפגיש בחצי הגמר את איטליה המארחת ואת ארגנטינה בנאפולי, כאשר מראדונה קרא לתושבי נאפולי לתמוך בנבחרת מוצאו, ארגנטינה במקום באיטליה ואוהדי נאפולי רבים נקרעו בין האהבה למראדונה לבין הנאמנות למולדתם. בשנתו האחרונה של מראדונה הוביל אותה לזכייה בסופר קאפ האיטלקי לשנת 1990, אך בליגה יכולתו הייתה בינונית, כאשר דייגו כבש רק 6 שערים, כולם מבעיטות עונשין. מראדונה נתפס משתמש בסמים מספר פעמים, נעדר מאימונים בגלל "לחץ" לטענתו, התמודד עם סקנדל הקושר אותו לילד מחוץ לנישואים ונחשד בשיתוף פעולה עם המאפיה המקומית, ה"קאמורה". לאחר שהושעה במשך 15 חודשים על כישלון בבדיקת סמים מסוג קוקאין, עזב מראדונה את נאפולי בשנת 1992.
שנות ה-90 - ימי השפל - השקיעה.
עם השעייתו של מראדונה, החלה נאפולי להתדרדר ביכולת. האלופה הגאה של איטליה סיימה עונה נוראית ואף לא הצליחה לסיים במקום המעפיל לגביע אופ"א בליגה, והקבוצה חזרה להיות קבוצת מרכז טבלה עם יומרות שהסתכמו בניסיון להעפיל לגביע אופ"א, וזאת למרות כישרונות בסגל כדוגמת צ'ירו פרארה, פאביו קנבארו, רוברטו אז'אלה, אנדרה קרוז, לורן בלאן, פאביו פקיה, דניאל פונסקה וג'אנפרנקו זולה. ב-1998, אחרי 33 שנים רצופות בסרייה A, ירדה נאפולי ליגה, והקבוצה נאלצה לבלות שנתיים בליגת המשנה בטרם חזרה לסרייה A אך לא הצליחה לשרוד וירדה שוב לסרייה B ב-1997/1998, וזאת לאחר עונה לא מוצלחת מבחינה מקצועית, בה ניצחה פעמיים בלבד בעונה שלמה.
שנות ה-2000.
עוד בטרם הספיקו הנאפוליטנים להסתגל לסרייה B נחתה על הקבוצה מכה נוספת, החובות הכבדים של המועדון גרמו לקבוצה לפשוט את הרגל והקבוצה הורדה לסרייה C, כחלק מסילוק החובות, הקבוצה התפרקה ובמקומה נוסד המועדון: Napoli Soccer. הקבוצה נרכשה על ידי הקולנוען אאורליו דה לאורנטיס שהחל לתכנן מיד את החזרה של הקבוצה למקומה הראוי - הסרייה A.
את עונת נאפולי החלה עם יומרות גדולות אך פיספסה את העלייה כשהפסידה בפלייאוף לאבלינו. דה לאורנטיס לא התייאש והמשיך לחזק את הקבוצה ושנה מאוחר יותר חגגה נאפולי את החזרה שלה לסרייה B. במהלך השנתיים בסרייה C המשיכו האוהדים של הקבוצה למלא את יציעי סאן פאולו, למרות הליגה הנמוכה בה היה המועדון ונאפולי הציגה ממוצע קהל מהגבוהים באיטליה וקבעה שיא סרייה C - קרוב ל-65,000 צופים במשחק העלייה מול פרוג'יה.
בעונת מיד אחרי שהבטיחה את העלייה הצהירו ראשי המועדון שהמטרה היא העפלה לסרייה A, הקבוצה החליטה להשאיר את אדוארדו רייה בתפקיד המאמן, שינתה את שמה בחזרה ל-SSC Napoli והחלה לבצע רכש מסיבי, התקוות והביטחון של הקבוצה רק התגברו לאחר משחקי האימון של הקבוצה וההצלחה במסגרת גביע מורטי שנערך בסאן פאולו במסגרתו התמודדה הקבוצה עם האלופה אינטר ומול יובנטוס. הקבוצה גם הצליחה במסגרת הגביע האיטלקי והדיחה את יובנטוס בסיבוב השלישי לאחר משחק דרמטי בסאן פאולו שהסתיים ב-3:3 ודו-קרב בפנדלים שהסתיים לזכות הקבוצה.
הקבוצה, שנחשבה מתחילת העונה כאחת המועמדות הבולטות לעלייה לסרייה א', הצליחה לעמוד בציפיות וב-10 ביוני 2007, העפילה הקבוצה לסרייה א' מהמקום השני לאחר שסיימה בתיקו 0:0 בחוץ מול גנואה שהבטיחה באותו משחק את עלייתה גם היא אחרי שסיימה בפער של 10 נקודות מפיאצ'נזה שבמקום הרביעי.
בתום 42 מחזורי הליגה, סיימה נאפולי במקום השני עם 79 נקודות (6 נקודות פחות מהיריבה יובנטוס, שבילתה בליגה השנייה בעקבות פרשת הטיית המשחקים בסרייה א' ועלתה אף היא בעונה זו חזרה לסרייה א'), ניצחה ב-21 משחקים, סיימה ב-16 משחקים בתיקו והפסידה בחמישה. היא הבקיעה 52 שערים וספגה 29 שערים (ההגנה הטובה בליגה).
בעונת 2007/2008, עלייתה של הקבוצה התקבלה בהתלהבות רבה בעיר, שם הקבוצה נקשר למספר שחקנים בסרייה א', שהם ילידי העיר שהבולטים ביניהם היו מאורו אספוזיטו ואנטוניו נוצ'רינו. אף שהשניים לא הגיעו לבסוף, הקבוצה ערכה רכש נרחב שכלל בין היתר את אסקיאל לאבסי, מרסלו זלאייטה, מנואלה בלאזי, מארק האמסיק, וולטר גרגאנו ומתאו קונטיני.
ראשי המועדון הציבו בפני הקבוצה את המטרה לסיים במקומות 10 עד 12 בליגה בעונת החזרה הראשונה, והקבוצה הציגה יכולת טובה במהלך העונה. בעוד שבמשחקי הבית הצליחה הקבוצה בצורה מרשימה (ניצחה את כל קבוצות הצמרת למעט רומא), יכולתה במשחקי החוץ הייתה לא מרשימה ונאפולי סיימה את העונה עם 3 ניצחונות חוץ בלבד. הקבוצה סיימה את העונה במקום השמיני עם 50 נקודות וזכתה בשל כך בהשתתפות בטורניר גביע האינטרטוטו. בשלב הראשון היא פגשה את פניוניוס היוונית אבל לא הצליחה להעפיל לשלב הבא לאחר הפסד 3:2 בסיכום שני המשחקים.
בעונת 2008/2009, כחלק מתוכנית ארוכת טווח כשהמטרה העיקרית היא העפלה לגביעי אירופה השונים, נאפולי המשיכה להתחזק והצליחה גם לשמור על שחקניה המובילים למרות התעניינות גוברת מצידן של קבוצות צמרת הן מאיטליה והן מרחבי אירופה. מאז חזרתה של הקבוצה לסרייה א' ועד לקיץ 2008, השקיע נשיא הקבוצה דה לאורנטיס כ-73 מיליון אירו לחיזוק הקבוצה ורכש 16 שחקנים. במשחק הפתיחה התמודדה נאפולי מול רומא במשחק חוץ שבסיומו התפרעו אוהדי הקבוצה בתחנת רכבת. הנזקים שגרמו האוהדים נאמדו בחצי מיליון אירו. כתוצאה מכך, הטילה ההתאחדות האיטלקית קנס כספי בסך 10,000 אירו וסגרה את שני יציעי ה"אולטראס" לשלושה משחקי בית (מול פיורנטינה, פלרמו ויובנטוס). בשל כך, במועדון העריכו את ההפסדים הכלכליים בשל סגירת היציעים ב-3 מיליון אירו. ב-2009/2010 סיימה הקבוצה במקום השישי בליגה והעפילה לליגה האירופית פעם נוספת.
החל מ-2010 ואילך.
בעונת 2010/2011 סיימה הקבוצה במקום השלישי בליגה והעפילה לליגת האלופות לראשונה מאז תחילת שנות ה-90 שהצליחה להעפיל למפעל הבכיר של אירופה.
בעונת 2011/2012 הקבוצה סיימה במקום החמישי בליגה, וזכתה בגמר גביע המדינה נגד יובנטוס לאחר 25 שנה. בעונת 2012/2013 הקבוצה סיימה מקום שני וזו הייתה העונה הטובה ביותר במועדון מאז עונת הזכייה האחרונה בעונת 1989/1990, כאשר שחקן הקבוצה אדינסון קבאני סיים כמלך שערים בליגה עם 29 שערים.
בעונת 2013/2014 זכתה נאפולי בגביע האיטלקי החמישי בתולדותיה לאחר כשגברה על פיורנטינה בתוצאה 1–3. בעונת 2014/2015 זכתה נאפולי בסופר קאפ האיטלקי לאחר שגברה על יובנטוס בתוצאה 5–6 בפנדלים. בליגה סיימה הקבוצה במקום החמישי, כאשר רפאל בניטס עוזב את נאפולי לטובת ריאל מדריד, ומוחלף על ידי מאוריציו סארי. הקבוצה ניסתה להתחרות ביובנטוס על האליפות בעונה הבאה, אבל סיימה רק במקום השני בליגה. בעונת 2017/2018 סיימה הקבוצה כסגנית האלופה, כאשר היא מהווה יריבה ליובנטוס במהלך כל העונה, אבל כושלת בסיבוב האחרון. במסגרת האירופית סיימה הקבוצה במקום השלישי בבתים בליגת האלופות ונשרה לליגה האירופית שם הפסידה לר.ב. לייפציג בשלב 32 האחרונות. בסוף העונה עזב את המועדון סארי לצ'לסי. קרלו אנצ'לוטי מונה במקומו למאמן הקבוצה, והצליח להשיג עם הקבוצה את המקום השני, והקבוצה סיימה פעם נוספת כסגניתה של יובנטוס, בהפרש של 10 נקודות מהמקום השלישי. בעונת 2019/2020 זכתה הקבוצה בגביע האיטלקי בפעם השישית בתולדותיה לאחר שניצחה את יובנטוס 2–4 בדו-קרב פנדלים בתום 120 דקות אחרי תיקו 0-0 במשחק הגמר.
אצטדיון ואוהדים.
הקבוצה משחק באצטדיון סאן פאולו, אחד האצטדיונים הגדולים באיטליה. תכולת האצטדיון מוגבלת ל-70,240 צופים בשל תקנות בטיחות. האצטדיון עצמו מכיל 78,210 מושבים ומשמש כאצטדיונה הביתי של הקבוצה משנת 1959. לפני שעברה לשחק בסאן פאולו, שיחקה נאפולי באצטדיון ארטורו קולאנה ואצטדיון ג'ורג'ו אקסרלי.
נאפולי סיימה ראשונה בממוצע הקהל שלה מ-1966 עד 1988 (למעט שנתיים בהן מילאן הציגה ממוצע גבוה יותר) ובשנת 1985 הציגה ממוצע של 77,600 צופים למשחק. אוהדי הקבוצה ה"שרופים" המכונים ה"אולטראס", יושבים ביציעים מאחורי השערים הנקראים "קורבה A" ו"קורבה B" (מכילים 28,200 מקומות ישיבה ביחד). האצטדיון נחשב לאחד האצטדיונים הביתיים באיטליה, כך למשל בעונת 2007/2008 ניצחה נאפולי את כל קבוצות הצמרת למעט רומא, וזאת על אף שסיימה במקום השמיני בלבד.
לאוהדי נאפולי קשרים טובים עם אוהדי גנואה. בנוסף חברים אוהדי נאפולי עם הגרעין הקשה שבאוהדי לוקומוטיב פלובדיב הבולגרית, שקראו לעצמם "Napoletani Ultras Plovdiv" על שם המועדון הנפוליטני. קשרים נוספים מקיימים אוהדי נאפולי עם אוהדי קטניה, בורוסיה דורטמונד, פריס סן ז'רמן וסלטיק.
יריבות.