חוסר איזון זה בין זכרים לנקבות מקורו בסיבות אבולוציוניות. הנחת הבסיס של התאוריה המקובלת ביותר בנושא גורסת כי זכר הקאקאפו צריך להיות גדול וחזק, כדי להילחם על לבן של הנקבות. זכר גדול וחזק יותר יזכה להזדווג עם יותר נקבות ולהעביר את זרעו הלאה - לצאצאים שיהיו גדולים וחזקים כמוהו. כדי שזכר יהיה גדול וחזק אין די בגנים טובים, ועל אמו להאכילו במזון רב. התאוריה טוענת כי לנקבת הקאקאפאו יש מנגנון פנימי לשליטה במין הצאצאים. מנגנון זה איננו ייחודי לחולייתנים - הוא קיים בזוחלים (דוגמת הצבים, אשר אצלם טמפרטורת הסביבה קובעת את מין הילוד) ובחסרי חוליות רבים, אך נדיר בעופות. לפי התאוריה, המנגנון אינו נתון ל"שליטה מחשבתית" כלשהי של הנקבה, אלא הוא מנגנון פנימי של הגוף, המגיב לשינויים חיצוניים.
בהתאם להנחת היסוד של התאוריה, כאשר המשאבים מועטים, "משתלם יותר" להביא נקבות לעולם - כי יהיה קשה לגדל זכר גדול וחזק, הדורש משאבים רבים. לעומת זאת, כאשר המשאבים רבים, משתלם יותר להביא זכרים אשר ניתן יהיה להאכילם ולהביאם למצב מיטבי. ישנם מספר חיזוקים לתאוריה זו, והעיקריים שבהם:
טקסונומיה ואבולוציה.
שמו המדעי של המין, "Strigops habroptilus", ניתן לו על ידי הזואולוג האנגלי ג'ורג' גריי (George Gray) בשנת 1845. המין קאקאפו ("Strigops habroptilus") הוא הנציג היחיד של הסוג "Strigops", המתויג לרוב בעצמו כנציג היחיד בשבט Strigopini - שבט הממוקם בתת-משפחת ה-Psittacinae לצד מספר תוכיים אחרים. בדיקות DNA מצביעות על כך שלקאקאפו, לקיאה ("Nestor notabilis") ולקאקה ("Nestor meridionalis") אב-קדמון משותף.
לפני כ-100 מיליון שנים, בעקבות התפלגותה של יבשת-העל גונדונה, שינויים גאולוגיים שאירעו בכדור הארץ והיווצרות הים הטסמני, נפרד שטח יבשתי (שהוא ניו זילנד של ימינו) מיבשת אוסטרליה. בשטח זה חי מין תוכי גדול קדמון שהוא מאבות-אבותיו של הקאקאפו החי בימינו, וכך הגיע תוכי זה לניו זילנד. בניו זילנד אב-קדמון זה התפתח לאב קדמון נוסף, "הפרוטו קאקה". הקאקאפו, "Strigops", נפרד מהפרוטו קאקה לפני כ-70 מיליון שנים, בעקבות בידוד אקולוגי. מאוחר יותר, בעקבות הרים שהחלו להתרומם בניו זילנד (בעיקר באזור פיורדלנד) ושינו את תוואי הקרקע, נפרדו אף הקיאה, ומאוחר יותר גם הקאקה, מקבוצת ה"פרוטו קאקה". בשל הבידוד הגאוגרפי של בית הגידול שלהם, ניו זילנד, והיותם אנדמיים לאי זה, כל המינים שהתפצלו מהאב הקדמון "פרוטו קאקה" שונים בצורה ניכרת מרוב מיני התוכיים האחרים.
הקאקאפו והאדם: הכחדה ושימור.
אוכלוסיית הקאקאפו בניו זילנד והאיים שבסביבתה צנחה באופן משמעותי לאחר התיישבות האדם בארץ. האדם הביא עמו את תופעת הציד, וכן מינים פולשים חדשים שהקאקאפו לא יכול להם, כך שנתערער המרבד האקולוגי העדין. תוכנית שימור משנת 1891 לא הביאה הצלחה רבה. מיזם ההשבה המוצלח ביותר יושם בשנת 1989.
הפגיעה האנושית.
הגורם הראשון לצמצום אוכלוסיית הקאקאפו הוא הגעת בני האדם הראשונים לניו זילנד, לפני כ-1,000 שנה. מתיישבים מאורים מפולינזיה צדו את העוף, בין לצורך מאכל ובין בשביל עורם ונוצותיהם של הקאקאפו, שאותם שיבצו בשכמיות או במעילים מפוארים, ואף השתמשו בראשיהם המיובשים לעיטור אוזניהם. בשל חוסר יכולת התעופה שלו, ריחו החזק ודרך ההתגוננות שלו מפני סכנות, היה הקאקאפו טרף קל למאורים ולכלבים שהביאו איתם. ביציהם וגוזליהם היו אף הם מטרה קלה לחולדה הפולינזית ("Rattus exulans"; "קיורֶה"), שאף היא הגיעה עם בני האדם לאיים. יתר על כן, כריתת העצים ובירוא שטחי הצמחייה בידי המאורים צמצמו משמעותית את שטחי המחיה של הקאקאפו. עד בוא האירופים כבר נכחד הקאקאפו מאזורים רבים באיים, אך עדיין שרד בחלקו הפנימי של האי הצפוני ובאזורים המיוערים באי הדרומי.
החל משנות ה-40 של המאה ה-19 כילו מתיישבים אירופאים כמויות עצומות של צמחייה למטרות חקלאות, והפכו את השטחים לשדות מרעה. בנוסף להרס המעון הטבעי של הקאקאפו, הביאו האירופאים איתם גם בעלי חיים פולשים, כגון טורפים דוגמת חתוליים, זנים גדולים יותר של חולדות ועוד כלבים; בעלי חיים אלה לא חיו בניו זילנד לפני כן, והופעתם הביאה לערעור המרבד האקולוגי העדין שבה. האירופים ידעו מעט על הקאקאפו עד שג'ורג' גריי (George Gray), איש המוזיאון הבריטי, תיאר אותו על פי עורו בשנת 1845; הוא גם העניק לו את שמו המדעי. כמו המאורים, החוקרים האירופאים הראשונים ובעלי החיים שלהם צדו את הקאקאפו לצורכי מאכל. לקראת שנת 1810 נודע הקאקאפו כבעל חיים המסקרן מדענים וחוקרים, ואלפי פרטים נקטלו לצורכי מחקר או הצגה במוזיאונים, או לחלופין נלכדו חיים עבור גני חיות ואספנים. רוב הפרטים שנלכדו מתו בשבי בתוך חודשים אחדים.
החל משנות השבעים של המאה ה-19 ברור היה לאספנים ולחוקרים כי אוכלוסיית הקאקאפו הולכת וקטנה, ושהמין קרוב להכחדה. למזלו הרע של הקאקאפו, דאגתם העיקרית של אלה הייתה לאסוף כמה שיותר פרטים לפני שייכחדו, ולא לדאוג לשימורם. בשנות השמונים של המאה ה-19 שיחררו מתיישבי ניו זילנד סמוריים וחמוסים במספרים גדולים מאוד, וזאת כדי שישמשו כמדביר ביולוגי לצמצום מספר הארנבונים. אולם, אלה טרפו נוסף לארנבות גם מינים מקומיים רבים, ביניהם הקאקאפו. בעלי חיים צמחוניים אחרים שביית האדם, כגון האייל, התחרו עם הקאקאפו על המזון, וגרמו לכליית כמה ממיני הצמחים המועדפים עליו.
מאמצי שימור מוקדמים.
בשנת 1891 קבעה ממשלת ניו זילנד כי האי רזולושן (Resolution Island), הסמוך לחופי המדינה, הוא שמורת טבע אסורה לציד, ובשנת 1894 מינתה את ריצ'רד הנרי, חובב טבע נלהב, כשומר השמורה. הנרי היה מודע לכך שמספר הציפורים מתמעט בשל הטורפים שהובאו, במיוחד חולדות וסמוריים. בראותו את התועלת הצומחת לאוכלוסיית הקאקאפו מחיים באיים נטולי-טורפים, כדוגמת רזולושן, החל במבצע רחב להעברת קאקאפו וקיווי מכל שטחי ניו זילנד אל האי רזולושן. במשך שש שנים העביר למעלה מ-350 קאקאפו, אך פתרון זה לא נחל הצלחה: אוכלוסיית סמוריים גדולה שחתה אל האי רזולושן (הנמצא במרחק לא רב מהחוף), ובתוך שש שנים חיסלה את כל אוכלוסיית הקאקאפו שם.
בשנת 1903 הועברו שלושה קאקאפו מרזולושן לשמורת הטבע שבאי האוטורו (Hauturu Island) שמצפון-מזרח לאוקלנד, אך חתולי בר נצפו באי והקאקאפו לא נראו עוד - מן הסתם נטרפו. ב-1912 הועברו הקאקאפו שנשארו לאי קאפיטי (Kapiti Island), הממוקם מצפון-מערב לוולינגטון. אחד מהם שרד לפחות עד שנת 1936, למרות נוכחות חתולי בר באי בחלק מתקופה זו.
מאורעות ותמורות עולמיים השכיחו את חשיבות השימור במהלך מלחמת העולם הראשונה, בימי המשבר הכלכלי העולמי של 1929 שלאחריה, ולבסוף מלחמת העולם השנייה. בגלל אי תשומת לבם של התושבים לשימור המין המשיכה אוכלוסיית הקאקאפו להצטמצם. בסביבות שנות העשרים של המאה ה-20 נכחד הקאקאפו באי הצפוני (האי הצפוני מבין שני האיים העיקריים המרכיבים את ניו זילנד), ובאי הדרומי קטנה מאוד תפוצתו. אחד מהמקלטים האחרונים שנותרו לקאקאפו היה אזור מסוים בפיורדלנד (Fiordland; אזור בדרום-מערב האי הדרומי של ניו זילנד); שם במשך שנות השלושים של המאה ה-20 הם נראו או נשמעו לעיתים קרובות יחסית, ולעיתים נאכלו על ידי ציידים או מקומיים. במשך שנות הארבעים של המאה ה-20 דיווחים על צפייה בקאקאפו הלכו ונעשו נדירים.
המחלקה לשימור הטבע של ניו זילנד.
בשנות החמישים של המאה ה-20 נוסדה מחלקת השימור של ניו זילנד והחלה לחפש אחר קאקאפו, לרוב בפיורדלנד ובשטח בו נכלל הפארק הלאומי קאורנג'י (Kahurangi National Park) של ימינו שבצפון-מערב האי הדרומי של ניו זילנד. שבעה מסעות חיפוש לפיורדלנד נערכו בין השנים 1951 ל-1956, אך נמצאו רק סימנים מעטים לנוכחות הציפור. לבסוף, בשנת 1958, נלכד קאקאפו ושוחרר באזור מוגן יחסית, בקרבת הפיורד מילפורד סאונד שבפיורדלנד. בשל חשש שצבאים ויעלים יאכלו מקורות מזון חשובים לקאקאפו, כפי שקרה באזורים אחרים, הוחלט להעביר את הציפורים לשבי. בשנת 1961 נלכדו שישה פרטים; אחד שוחרר, והחמישה הנותרים הועברו למקלט לעופות באי הצפוני. בתוך מספר חודשים מתו ארבעה מהעופות, והחמישי מת כעבור כחמש שנים. ב-12 השנים הבאות מצאו מסעות איתור כאלו סימנים מעטים עוד יותר לקאקאפו, דבר שהעיד על המשך הצמצום בגודל אוכלוסייתם. רק קאקאפו אחד נראה במשך שנים אלו. הוא נלכד ב-1967, ולמרות האופטימיות בדבר שיטות יעילות יותר להחזקת הקאקאפו בשבי, הוא מת בשנה שלאחר מכן.
בשנות השבעים המוקדמות לא היה ידוע בוודאות האם הקאקאפו שרד או שנכחד מהטבע לחלוטין. עם הפיכתם של המסוקים לכלים נפוצים יותר, התאפשרה הגעה לאזורים שלא היו נגישים בעבר ומספר קטן של פרטים נצפה. בשנת 1974 נלכדו שני קאקאפו במילפורד סאונד והועברו לאי "מוד" (Maud Island) שבצפונו של האי הדרומי. היותם של הקאקאפו שנלכדו בגדלים שונים עוררה צפייה כי מדובר בזכר ונקבה וייתכן שהללו יתרבו. הפרט שנחשב כנקבה נהרג בידי כלב בשנת 1977, והתברר שזה שנשאר בחיים אכן היה זכר.
בשנת 1974 לכדו חוקרים עוד עופות זכרים אחדים, וערכו את התצפית המדעית הראשונה על בימבום של זכרי הקאקאפו במסגרת טקס החיזור. זכר אחד נלכד בשנת 1975 באזור מילפורד והועבר לאי מוד. פרט זה, שקיבל את השם "ריצ'רד הנרי" - על שם חוקר הטבע, נחשב תקופה ארוכה למבוגר ביותר באוכלוסייה זו; הוא מת בשנת 2010, וגילו הוערך בכשמונים שנה. בשנת 1976 התגלו ארבעה זכרי קאקאפו ב"עמק טרנסיט" (Transit Valley; "עמק המעבר").