ב-1983, סנטוס הוזמנה על ידי הקונפדרציית הכדורגל להשתתף בליגה, למרות שלא השיגה את התוצאות הנדרשות להשתתפות באליפות לפי הקריטריונים שהונהגו בשנים הקודמות.
ב-1984, ז'ובנטוס, מועדון קטן מפנים מדינת סאו פאולו, לא הועלתה לליגה הבכירה, למרות שהייתה אלופת סדרה ב' בשנה הקודמת. במקומה, הובאו לסדרה א' ואסקו דה גאמה וגרמיו שלא הצליחו באליפויות המקומיות (אחד מהתנאים דאז להשתתפות בליגה).
ב-1986, איחדה קונפדרציית הכדורגל את הסדרות א', ב' ו-ג' (שנקראו אז "גביע זהב", "גביע כסף" ו"גביע ארד") לליגה אחת שמנתה 80 קבוצות. בהתאם לכללים, 32 קבוצות היו אמורות להעפיל לשלב השני של התחרות. ואסקו דה גאמה שלא הצליחה להכלל בין ה-32, תבעה בבית משפט אזרחי את ביטול החלטת בית המשפט העליון לספורט (STJD) להעניק 2 נקודות נוספות לז'וינווילה במשחקה נגד סרז'יפה בגלל שימוש בסמים. עם ביטול ההחלטה, ואסקו הייתה נכללת בין המעפילות. על כן, גם ז'וינווילה הגישה תביעה לבית המשפט כנגד. כתוצאה, החליטה הקונפדרציה להעביר את שתי הקבוצות לשלב השני, על חשבון קבוצת פורטוגזה ממדינת סאו פאולו. בעקבות איום מצד מספר קבוצות מסאו פאולו לעזוב את התחרות כתמיכה בפורטוגזה, החליטה הקונפדרציה להעלות את מספר המעפילות ל-33 ובכך להכליל גם את פורטוגזה. בגלל הקושי בסידור טבלת המשחקים עם מספר אי זוגי של קבוצות, הכריזה הקונפדרציה בהמשך על העפלתן של 3 קבוצות נוספות, וכך התחיל השלב השני עם 4 בתים של 9 קבוצות, במקום 4 בתים של 8 קבוצות כפי שתוכנן בהתחלה.
"מועדון ה-13" ומשבר ה"קופה אוניאו".
בשנת 1987 הודיע נשיא קונפדרציית הכדורגל הברזילאית, אוטביו פינטו גימראאס, כי, בגלל קשיים כספיים, לא תוכל הקונפדרציה לארגן את ליגת העל באותה השנה. כתוצאה מכך, שלוש עשרה מבין הקבוצות הגדולות מברזיל התארגנו, תחת מנהיגותו של נשיא קבוצת סאו פאולו, קרלוס מיגל איידר, וייסדו את מועדון ה-13 (בפורטוגזית: Clube dos Treze), התאחדות שמטרתה העקרית הייתה לארגן את ליגת העל ב-1987. הקבוצות אשר הרכיבו את מועדון ה-13 היו סאו פאולו, קורינתיאנס, פלמיירס וסנטוס (ממדינת סאו פאולו); פלמנגו, פלומיננסה, ואסקו דה גאמה ובוטפוגו (ממדינת ריו דה ז'ניירו); אתלטיקו מיניירו וקרוזיירו (ממינאס ז'ראיס); גרמיו ואינטרנסיונל (מריו גראנדה דו סול) ובאהיה (ממדינת באהיה). קהל שלוש עשרה הקבוצות הללו ביחד היוו 95% מציבור אוהדי הכדורגל בברזיל. קונפדרציית הכדורגל נתנה את אישורה למהלך, בתנאי היחיד שליגת העל תכלול 3 קבוצות נוספות, ממדינות אחרות. כתוצאה, הקבוצות קוריטיבה (מפרנה), גויאס (מגויאס) וסנטה קרוז (מפרנמבוקו) צורפו למיזם.
מועדון ה-13 תכנן תחרות שתהיה כלכלית מצד אחד ואיכותית מבחינת רמת הכדורגל מצד שני. איכות הכדורגל הובטחה בכך שרק 16 קבוצות חזקות תשחקנה (לעומת 80 קבוצות משלל רמות בשנת 1986). הכדאיות הכלכלית הובטחה בזכות הסכמי חסות עם תאגידים גדולים, כגון קוקה-קולה, חברת התעופה ואריג (שהטיסה את השחקנים), ורשת הטלוויזיה גלובו (ששידרה את המשחקים). התחרות נקראה קופה אוניאו (בפורטוגזית: Copa União, שם שמשמעותו גביע איחוד בעברית).
זמן קצר לפני תחילת התחרות, שינתה הקונפדרציה את דעתה והחליטה להתערב בארגון ליגת העל. הסיבות לכך לא ברורות ויש הטוענים כי מדובר בלחץ מצד קבוצות שנשארו מחוץ למיזם, בראשן אמריקה פוטבול קלוב (ריו דה ז'ניירו) (מקום רביעי בליגה בשנת 1986) וגוארני מסאו פאולו (סגנית האלופה ב-1986). טענות נוספות הן שהקונפדרציה הבינה שניתן לתכנן תחרות כלכלית, או שהיא פחדה לאבד את שליטתה על ליגת העל גם לשנים הבאות.
העובדה היא שהקונפדרציה הכריזה על תחרות מקבילה לקופה אוניאו עם 16 קבוצות נוספות, לה היא קראה "המודול הצהוב" של אליפות ברזיל, בזמן שלקופה אוניאו היא קראה "המודול הירוק" של אליפות ברזיל. הקבוצות שנקבעו לשחק את המודול הצהוב היו: אמריקה פוטבול קלוב (ריו דה ז'ניירו) ובנגו (מריו דה ז'ניירו); גוארני, אינטרנסיונל ופורטוגזה דה דספורטוס (מסאו פאולו); אתלטיקו פרנאאנסה (מפרנה); ספורט ונאוטיקו (מפרנמבוקו); ז'ויינווילה וקריסיומה (מסנטה קטרינה); ויטוריה (מבאהיה); ריו בראנקו (מאספיריטו סאנטו); אתלטיקו גויאניאנסה (מגויאס); סיארה (מסיארה); טרזה (מפאראיבה) ו-CSA (מאלגואס).
יתר על כן, קבעה הקונפדרציה כי אלופת ברזיל ב-1987 לא תהיה זוכת קופה אוניאו אלא הזוכה בטורניר הצלבה שיפגיש את הזוכות (אלופה וסגניתה) של שני המודולים.
החברות במועדון ה-13 דחו את הכללים החדשים והודיעו כי לא ישתתפו בטורניר ההצלבה, אך הקונפדרציה לא חזרה בה.
קופה אוניאו התנהלה כמתוכנן והייתה להצלחה ללא תקדים בכדורגל הברזילאי. מספר האוהדים הממוצע באצטדיונים למשחק היה גדול במיוחד (יותר מ-20 אלף צופים). במשחק הגמר גברה פלמנגו על אינטרנסיונל והייתה לאלופת קופה אוניאו/המודול הירוק.
המודול הצהוב, לעומת זאת, התקיים בצורה פחות חלקה. קבוצת אמריקה פוטבול קלוב (ריו דה ז'ניירו), שסברה שאין סיכוי שקבוצות המודול הירוק ישחקו בטורניר ההצלבה, החליטה להחרים את התחרות ולא הופיעה למשחקים. גמר התחרות בין הקבוצות ספורט וגוארני הסתיים ללא הכרעה, עם תוצאה 11:11 בדו-קרב בעיטות העונשין. שתי הקבוצות הוכרזו זוכות המודול הצהוב.
כמובטח על ידי מועדון ה-13, פלמנגו ואינטרנסיונל סירבו להשתתף בטורניר ההצלבה, וכתוצאה מכך, שיחקוהו ספורט וגוארני בלבד. לאחר שני משחקים גברה ספורט על גוארני והוכרזה אלופת ברזיל לשנת 1987 על ידי קונפדרציית הכדורגל. מועדון ה-13 ניגשה ל"מועצה הלאומי לספורט" (שהיה הגוף המשפטי העליון לענייני ספורט בברזיל, לפני ייסוד הוועד האולימפי הברזילאי), וזו קבעה כי פלמנגו היא אלופת ברזיל ל-1987, קביעה שהקונפדרציה לא קיבלה. הכרעה סופית לסוגיה באה רק בשנת 1997, כאשר המקרה הגיע למערכת המשפט הברזילאי, שקבעה באופן סופי כי ספורט היא אלופת ברזיל ב-1987.
ב-21 בפברואר 2011 שינתה הקונפדרציה את החלטתה והחליטה להכריז על פלמנגו וספורט כאלופות ברזיל בענת 1987.
פרשת "גביע הכדורים".
השלכותיה של משבר "קופה אוניאו" הורגשו גם לאורך שנות ה-90 ושנות ה-2000, בהקשר ל"גביע הכדורים". גביע הכדורים (בפורטוגזית: Taça das Bolinhas), או בשמו הרשמי גביע ברזיל (Copa Brasil), היה הגביע שהוענק לאלופת ליגת העל הברזילאית מדי שנה. עם ייסוד אליפות ברזיל, הכריזה קונפדרציית הכדורגל כי הגביע יועבר מאלופה לאלופה עד שקבוצה תזכה באליפות חמש פעמים או שלוש פעמים ברציפות, אז תזכה אותה הקבוצה בגביע לצמיתות.
בשנת 1992, זכתה פלמנגו בליגת העל, כאשר קודם לכן זכתה באליפות בשנים 1980, 1982 ו-1983 וכן בקופה אוניאו ב-1987. על כן, דרשה פלמנגו מהקונפדרציה את גביע הכדורים. אך נענתה הקונפדרציה בסירוב בטענה כי אלופת ברזיל ב-1987 הייתה קבוצת ספורט קלוב רסיפה ולא פלמנגו (ראו תיאור של משבר קופה אוניאו למעלה). כתוצאה, הייתה פלמנגו על פי הקונפדרציה אלופה ארבע פעמים ולא חמש.
במשך שנים הפעילה פלמנגו לחץ על הקונפדרציה לחזור בקביעה ולהעניק לה את הגביע, ללא הצלחה.
המשבר קיבל מימד נוסף בשנת 2007, כאשר קבוצת סאו פאולו זכתה בליגת העל בפעם החמישית שלה ודרשה אף היא את החזקת הגביע לצמיתות.
המשבר והוויכוח המשיכו עוד מספר שנים והסתיימו באופן רשמי ב-13 באפריל 2010, כאשר המחלקה המשפטית של קונפדרציית הכדורגל קבעה באופן סופי שהגביע תוענק לצמיתות לסאו פאולו. זאת אף על פי שפלמנגו הוכרזה על ידי הקונפדרציה בפברואר 2011, פחות משנה מאוחר יותר, כאלופת ברזיל של 1987 יחד עם ספורט.
בין השנים 1988 ו-1999.
בשנת 1988 חזרה קונפדרציית הכדורגל לארגן את ליגת העל באופן מלא ומועדון ה-13 נהיה ארגון ניהולי בלבד, המתעסק בזכויות שידור עבור חברי המועדון. עד לשנת 1993 לא נרשמו תקלות מיוחדות בליגת העל, במיוחד בשנים 1991 ו-1992 בהם מספר הקבוצות וכללי האליפות היו סבירים ומוצלחים.
אך בשנת 1993 חוסר היציבות שוב חזר. קונפדרציית הכדורגל העלתה את מספר המשתתפות בליגת העל מ-20 ל-32 והכריזה כי בתום העונה אף חברה במועדון ה-13 לא תרד לסדרה ב', ללא קשר למקומן בטבלה. ככל הנראה, המהלך נבע מלחץ מצד מועדון ה-13, ראשית כל על מנת לחלץ את גרמיו משהיה שנייה בסדרה ב' (היא ירדה בתום 1991 ולא הצליחה לעלות בכוחות עצמה בעונת 1992). והסיבה השנייה היא למנוע מ-16 הקבוצות הגדולות (חברות במועדון ה-13) לרדת מליגת העל. בתום העונה הייתה אתלטיקו מיניירו בתחתית הטבלה, וכפי שמובטח על ידי הכללים, נשארה בליגת העל.
בשנת 1996, סיימו פלומיננסה וברגנטינו בתחתית הטבלה וכתוצאה היו אמורות לרדת לסדרה ב' ב-1997. קונפדרציית הכדורגל שנתה את הכללים והכריזה על תחרות עם 26 משתתפות (שתיים יותר מאשר בשנה הקודמת), ועל כן, לא היו יורדות מליגת העל באותה השנה. ככל הנראה, המוטיבציה הייתה להציל את פלומיננסה מהירידה.
ב-1999, שוב שונה קריטריון הירידה לסדרה ב'. הפעם, הממוצע המשוקלל של נקודות בעונות 1998 ו-1999 הוא שאמור היה לקבוע את היורדות בעונת 2000. בתום עונת 1999, בוטפוגו הייתה בין היורדות ואילו הקבוצה הקטנה גאמה מהמחוז הפדרלי הייתה בין הנשארות בליגת העל. אך, החלטת בית המשפט העליון לספורט (STJD) להעניש את סאו פאולו בגלל גיל בלתי חוקי של אחד משחקניה (ונקודות המשחקים בהם השתתף השחקן ניתנו ליריבותיה של סאו פאולו), המצב התהפך ובוטפוגו נצלה מירידת ליגה, על חשבון גאמה. בהמשך, גאמה הגישה תביעה לבית המשפט האזרחי נגד הירידה וזה הוביל למשבר של שנת 2000 - גביע ז'ואאו אבלנז'ה.
גביע ז'ואאו אבלנז'ה.