אנליזה גנטית משנת 1996 תמכה בתאוריה שלפיה הצ'אנגואים יכולים להיות צאצאים של קבוצה שהכובשים מדיארים השאירו מאחור בשנת 896. מחקר דומה שפורסם בשנת 2007 ב Annals of Human Genetics מצא הבדל גנטי בולט בין שני מדגמי אוכלוסייה, אחד - סקלרים ממיירקוריה צ'וק והשני - צ'אנגואים מאזור גימש (לונקה דה סוס, מחוז הרגיטה, דבר די מפתיע בהתחשב בקרבתם של שני האזורים. צוין שהצ'אנגואים היו נתונים לבידוד גנטי לעומת הסקלרים.
במחקר אחר שפורסם באותו כתב עת מדעי בשנת 2000 מצאו נתונים המצביעים שהצ'אנגואים הם הקרובים ביותר להונגרים מהאזור קישקושאג במחוז באץ'-קיסקון בהונגריה, שהם צאצאי אוכלוסייה קומנית. המחקר הדגיש גם כן שאחרי סלאבים וגרמנים, לאיראנים ועמים טורקיים היו יסודות חשובים במקורם של הצ'אנגואים והסקלרים, שיש להם ככל הנראה גנטיקה איכשהו דומה
המחקר תאם את ההשערה לפיה מוצאן של קבוצות אלה הוא באנשים שהושארו מאחור על ידי הכובשים המדיארים, ותמך ברעיון התיישבותם לפני הפלישה המונגולית הגדולה. אף על פי שלא ניתן היה לתמוך במוצא חלופי, בהיעדר ראיות, ידוע כי בין השבטים המדיארים היו בני אוכלוסיות ממוצא איראני (אלאני) וטורקי.
מחקר משנת 2015 על מדגם של אוזבקים מעמק פרגאנה, טשקנט, חווארזם, סמרקנד, אזור סורחאנדריה, קאראקלפקסטן, קזחים ממחוז אקטובה, מנוגולים ובוריאטים ועל קבוצות דוברות הונגרית מהונגריה, סקלרים וצ'אנגואים מחבל מולדובה, הצביע על תערובת מרכז אסיאטית בשיעור של 5.1% אצל המדיארים של הונגריה, 7.4% אצל הסלקרים ו6.3% אצל הצ'אנגואים, עם שונויות מסוימות.
במחקר אחר משנת 2020 נמצאה קרבה יותר גדולה בין הצ'אנגואים להונגרים מאשר אל הרומנים. כמו כן נמצא קשר חשוב לקבוצות אתניות טורקיות ממרכז אסיה וסיביר, מה שייחד אותם בהשוואה לכל שאר האוכלוסיות ממרכז אירופה ומזרח אירופה, שנחקרו באותו מחקר.
תאוריית המוצא המדיארי המערבי.
במחצית הראשונה של המאה ה-20 ויתרו החוקרים ההונגרים על תאוריות הגירת הצ'אנגואים מכיוון מזרח, והשיקו את תאוריית ההגירה בימי הביניים, מכיוון מערב, אחרי נהירת המדיארים מאטלקז אל פאנוניה. הוסכם בדרך כלל שההונגרים המולדבים הגיעו למיקומם הנוכחי בחבל מולדובה בימי הביניים, לא מכיוון מזרח אלא ממערב, מאגן הקרפטים. נשאר לברר מאין יצאו הונגרים אלה שהגיעו למולדובה. ההיסטוריונים סבורים שיכלו להגיע מעמק הסומש ומאגן הטיסה העילית. עם זאת, לפי תאוריה המבוססת על גאוגרפיה לשונית, ייתכן כי מרבית הצ'אנגואים התנתקו מקבוצה הונגרית שהתגוררה במישור הטרנסילבני.
גזה באקו העלה את ההשערה לפיה הצ'אנגואים הם קבוצה מתוך העם ההונגרי שבמהלך המאות ה-10–13 חיה בחלק המערבי של שטחי הונגריה הנוכחיים, באזור הנחל ראבה) (Rába) ומשם ערקה במהלך המאה ה-12 לטרנסילבניה. מעברם אל מחוץ לקרפטים התרחש הודות להרחבת המעצמה ההונגרית מזרחה, כשמתנחלים למטרה צבאית הוצבו בקווי הגבולות הישנים של הממלכה ההונגרית: על נהר אולט, בהרי הקרפטים (המזרחיים) ועד לנהר סירט, אשר לשם הגיעו אולי בסביבות שנת 1230. לא ניתן לשלול גם את העובדה שתחת הלחץ הצבאי המונגולי, יסודות הונגרים ממזרח לקרפטים שבו לטרנסילבניה ואחר כך חזרו להתיישב במולדובה החל מהשנים 1330. בתקופה שבה השטח העתידי של מולדובה נמצא תחת עול אורדת הזהב התחולל בה דלדול דמוגרפי. אף על פי כל בעקבות השקט היחסי שהשתרר והאינטרס של הכובשים בחידוש הפעילות הכלכלית, צפיפות האוכלוסייה עלתה בתקופה הבאה. פרט לרומנים תועדה באזור בין נהר סירט להרי הקרפטים קהילה ממוצא הונגרי, כשמאוד ייתכן כי המסה של מתנחלים שבאו עד השנים 1241–1242 התחזקה בשלהי המאה ה-13 ובתחילת המאה הבאה הודות לגלים נוספים של הונגרים.
לפי יואן מריאן ציפליק, פרופסור באוניברסיטת סיביו במאות ה-11–12 משימות שמירת הגבולות המזרחיים של ממלכת הונגריה מולאו על ידי צ'אנגואים, בעוד שהסקלרים שהם, לדעתו, אוכלוסייה בעלת שורשים טורקיים, קרוב לוודאי קאוואריים קיבלו מאוחר יותר את תפקיד שומרי הגבול, אחרי שתחילה הם היו פליטים מאזור הנהר טיסה, שנמלטו כתוצאה מהחרפת היחסים הפאודליים בממלכה ההונגרית . מבחינת באקו, תאוריית המוצא המדיערי המערבי מושתתת על הטיעונים הבאים: בימי הביניים המוקדמים, לא היו קיימים קשרים מסוג פאודלי בין ממלכת הונגריה לסקלרים, והמטלות הצבאיות לא היו חובה; ניבי הצ'אנגואים נבדלים באופן מהותי מאלו של הסקלרים, אולם שומרים תכונות דומות מאוד לשפה המדיארית העתיקה, שדוברה במרחב המערבי של המישור הפאנוני;
אזור ראבה היה עד לתחילת המאה ה-12 אזור ספר. מצד שני קבוצות אוכלוסייה אלה התרכזו בשלושה אזורים:קו הנהר אולט, ממערב הקניון ראקוש, קו הקרפטים המזרחיים וקו הנהר סירט. בשני האזורים המוזכרים הראשונים הצ'אנגואים הופיעו צמודים לפצ'נגים, ששימוש במהלך המאה ה-12 כתושבי גבול של הממלכה ההונגרית.
האנתרפו-גאוגרף הרומני גאורגה י. נסטאסה טען שהממלכה ההונגרית יישבה קבוצות מדיארים עד לחלק האמצעי של נהר הסירט, באזור שפך הנהר ביסטריצה ויצרה על ידי כך גבול יציב טרם הקמת המדינה הפאודלית מולדובה./
אך לא יותר מאוחר מסוף המאה ה-13. בשם מדיניות הביטחון של ממלכת הונגריה, שגיבתה אותם, הופקד עליהם לשלוט ולהגן על הגבול המזרחי של המדינה. בהקשר זה ניסו מלכי הונגריה להרחיק את שליטתם הצבאית מעבר לגבול ולהדוף קדימה מזרחה את נקודות הגבול, מאחזיהם ומעוזיהם עד לכיוון הנהרות דנייסטר ודנובה. היישובים הראשונים באזור הספר קמו ככל הנראה אחרי פלישת המונגולים בשנים 1241–1242 ואחר כך בהתחלת המאה ה-16.
ראדו רוסטי תמך בתאוריית המושבות הצבאיות, שהסבירה את הקמת הערים בקאו וטרגו טרוטוש. . לאסלו מיקץ' היה באותה דעה והוסיף מידע שלפיו מתיישבים קתוליים גורשו ממולדובה על ידי פליקת המונגולים והוחלפו מאוחר יותר על ידי חיילים הונגרים. הוא הזכיר ששטח בישופות קומניה אוכלס בצורה זאת מחדש בשנת 1247 בעזרת האבירים הגרמנים של מסדר ההוספיטלרים. ההתיישבות המהירה הזאת נומקה על ידי מדיניות המלך בלה הרביעי שנזקק להגנה על המעברים בהרי הקרפטים. מיקץ' טען שהמלך בלה הרביעי סמך על החזקת שמירה צבאית הדוקה לאורך נהר הסירט, בעזרת מספר מבצרים שהוקמו בעמקי היובלים הימניים של הסירט:טרוטוש, ביסטריצה ומולדובה
לפני קרב מוהאץ' (1526) ההונגרים של מולדובה נהנו מחסות ממלכת הונגריה בזכות תרומתם להגנת גבולות הממלכה נגד הזרים. יורגה לא הסכים להשערה זו של המושבות ההונגריות ותמכך במוצא ה"טורקי" (במובן הרחב) שלהן.
המקורות התיעודיים הראשונים על נוכחותה של קהילה אתנית הונגרית במולדובה ידועים מהמאה ה-13. קיומם של טופונימים והידרונימים ממקור הונגרי, המתקבצים רובם בחלק המערבי של חבל מולדובה, מוכיח שבקרב המתיישבים ממזרח לקרפטים המזרחיים נמצאו קהילות של דוברי הונגרית. שמות כאלה מתועדים עוד מלפני אמצע המאה ה-15 (בקאו, ברגאואן (ניאמץ), נחל קוייז'ד, נחל קרקאו, הינדאו, חרלאו וכו'. מכיוון שהשתרשותם לקחה כמה עשורי שנים, ניתן לשער כי הופיעו עוד לפני הקמת נסיכות מולדובה
יחד עם הגעת היסודות הרומנים מטרנסילבניה לפני הקמת הנסיכות מולדובה, התיישבו שם גם קבוצות קטנות של סקסונים טרנסילבנים, הונגרים ואולי, גם סקלרים. העדויות הישנות ביותר על התתישבות גרמנים ("טבטונים") והונגרים בדרום-מערב מולדובה וצפון-מזרח מונטניה במסגרת בישופות קומניה מקורן מלפני שנת 1234. קודם לכן היו חדירות של אבירים טבטונים מעבר לעקומת הקרפטים אבל הן לא הותירו עקבות ממושכים במבנה האתני של האזור. החרבת בישופות קומניה על ידי פשיטת המונגולים ב-1241–1242 והתקופה שלאחר כיבוש אזורים מצפון לזרועות שפך הדנובה על ידי המונגולים גרמה לבריחת המתיישבים שבאו מטרנסילבניה. לפי ויקטור ספיניי, אלו חזרו, ככל הנראה, רק החל מתחילת המאה ה-14., כשהישויות הטרום-מדיניות המתעצמות עשו מאמצים להבטיח אווירה יציבה, הרצויה להתפתחות המסחר והמלאכות.
מקשרים את ההגירה להערכה שבדרך כלל התושבים הרומנים המקומיים לא נטו כל כך למלאכות ומסחר וכך הוסבר שפעילויות אלו נותרו במידה רבה בשליטת הזרים.
פאל פטר דומוקוש סבר שהצ'אנגואים הראשונים הגיעו מיד אחרי גירוש האבירים הטבטונים ממלכת הונגריה בשנת 1225. לעומת זאת קרל אאונר חשב שהם הגיעו בחסות האבירים הטבטונים בשנים 1225-1211. הכומר יואן פרנץ ציין שהמושבות הקתוליות הראשונות במולדובה קמו בשנים המוזכרות על ידי אאונר, וכללו סקסונים טרנסילבנים, הונגרים וסקלרים. הוא הסכים שמתוך היותן על אדמת "קומניה" הכבושה על ידי האבירים הטבטונים ומתפתחות תחת חסותם וניהולם, היו מושבות אלה בפיקוחו הכנסייתי של ה"דקאן" מבראשוב שהופקד מטעם הכס הקדוש על "כל ארץ הטבטונים".
לפי דימיטריה קנטמיר הובאו הקהילות הקתוליות הדוברות הונגרית על ידי שטפאן הגדול בעקבות קרב נגד מלך מתיאש הוניאדי. הרוזן ד'אוטריב בתיאורו משנת 1787 את ארץ מולדובה וכן רודולף ברגנר האוסטרי בספר שפרסם ב-1887 הביעו אותה דעה.ניקולאיה יורגה סבר שהתושבים ההונגרים של פראואן, במחוז בקאו, ובכפרים אחרים מסביבות העיר רומאן, היו צאצאים של מתיישבים מימי השליטים דראגוש, בוגדאן הראשון או רומאן.
לדעת פטר זלד הצ'אנגואים באו מטרנסילבניה למולדובה במאה ה-15, ביתר דיוק בסביבות שנת 1420, בימי שלטונו של זיגיסמונד לבית לוקסמבורג
חוקרים רבים, במיוחד הונגרים ורומנים, חלקו על תאוריית הגעתם המאוחרת במאה ה-15.