ההגנה הפנימית של הנמל התבססה על רשתות נגד צוללים, סיורי סירות חמושות, הטלת מטעני עומק, בדיקת תחתיות כלי שיט, תותחים נגד מטוסים וזרקורים והגברת השמירה על כלי השיט והרציפים. פתח הנמל הנמצא בגבולו המערבי ביותר נשמר במיוחד.
התאורה - הייתה תאורה חזקה לאורך רציפי הנמל. נראה כי טרם הופעלה האפָלָה כללית בנמל או בעיר עצמה.
פריסת יחידות הצי המצרי מרבית יחידות הצי המצרי התבססו באלכסנדריה. בתקופת ההמתנה כדי לממש את סגירת מצרי טירן או כתוצאה מפעילות הונאה ישראלית, נשלחו מספר צוללות משחתות ומקשות דרך תעלת סואץ לים האדום. הפריסה הרגילה של יחידות הצי הייתה באזור ראס אל-תין בצפון מזרח הנמל. היה צפי שבמצבי חירום יתפרסו כלי השיט של הצי באזורי הנמל השונים: מספר סט״רים וסטי״לים נקשרו בבריכת הדלק שבכניסה לנמל, שתי משחתות דגם סקורי וצוללת בבריכת הפחם, פריגטה וקורבטה בבריכת ה"ארסנל", שני סטי״לים או ספינות משמר נגד צוללות עשויים להמצא קשורים למצופים מול הארמון בדרום הנמל. מקומות אפשריים נוספים לפריסה היו: רציף הניטרטים, הרציף המרכזי ורציף הנוסעים.
תוכנית הפעולה.
תוכנית הפעולה התגבשה בתקופת ההמתנה למלחמה תוך כדי שהצוללת נמצאת בים. ב-20 במאי 1967 נשלחה הצוללת אח"י תנין בפיקוד רס"ן אברהם דרור לנקודת המתנה כ־50 מיל ימי מחיפה בלב ים. בנוסף ל-60 אנשי צוות, היו עליה שמונה צוללים משייטת 13 בפיקוד איתן ליפשיץ ורופא. יעד הפעולה מתוך 4 אפשרויות : לטקיה, מינת אל-בידה, טרטוס ואלכסנדריה טרם נקבע. הצוללת חזרה ב-23 במאי לתספוק ותדרוך ויצאה שוב למחרת כאשר פניה לאזור אלכסנדריה. ב-31 במאי חזרה לנמל חיפה. ב-1 ביוני יצאה פקודה עדכנית ל'מבצע רוגל 4' . ובה הוגדרו כוונות המפקדה – והוטלה המשימה
השיטה הצוללת תימצא באזור ההמתנה תקיים האזנה תתקדם לאזור היעד ותיערך להגיע לנקודת הוצאת הצוללים עד שעה 18:00 ביום הביצוע. בדרכה תתקוף בטורפדו כל מטרה צבאית המזדמנת לה גם אם הדבר יבטל את פעולת הצוללים. הצוללים ידביקו מוקשים לכלי שיט צבאיים שיפגשו תוך מתן עדיפות לכלי שיט גדולים משחתות וצוללות
ציוד מיוחד –מכשיר צלילה בחמצן ושני מוקשי עלוקה לכל צולל. ציוד למפגש ומכשיר קשר מיוחד לחילוץ 'שרה' בכל זוג צוללים.
איסוף הצוללים באותה נקודה באותו הלילה. או בלילה ע+2 במקום שיקבע מפקד הפעולה עם הצוללים.
הוראות נוספות – במקרה של היעדר קשר, קליטת הודעה בקול ישראל על פרוץ פעולות האיבה בין ישראל ומצרים, דינה כדין פקודת ביצוע.
תכנון מפורט במהלך ההפלגה ערך מפקד הצוללים איתן ליפשיץ תוכנית מפורטת בכתב להפעלת הצוללים. התוכנית נבנתה בהתייעצות עם הצוללים ובאישור אברהם דרור שבעברו היה איש שייטת 13. התכנון המפורט לא הוצג למפקד שייטת 13 דב שפיר לפני היציאה האחרונה לים. התכנון המפורט כלל חלוקה לארבעה זוגות: זוג צוללים סמנים שישאר מעל הצוללת כדי לאותת לצוללים החוזרים מהפעולה ושלושה זוגות צוללים חודרים עם חלוקה לגזרות פעולה. עקב הלילה הקצר שאיפשר 7 שעות פעולה לא תוכננה חדירה לתוך המעגן הצבאי. מתוך הערכה שלכך ידרשו 9 שעות לפחות. וגם לאזורים הדרומיים בנמל לא ניתן להגיע ולחזור עקב מגבלות המרחק ולוח הזמנים.
הצוללת תתיישב על הקרקע מול מרכז הקטע הצפון-מזרחי של שובר הגלים בטווח 1.6 ק"מ. הצוללים יוצאים כל זוג בנפרד ושוחים לנמל. כ־150 מטר מהשובר עוברים לצלילה תוך כדי תצפית לאיתור מטרות, צלילה למטרות, חזרה לשובר ולצוללת.
אח"י תנין (צ-71) תוציא את הסמנים משעה 20:30 ובאם לא ייווצר מפגש עם הצוללים החוזרים יכנסו הסמנים בשעה 03:00. באם לא נוצר קשר או חסרים צוללים. ינצנצו הסמנים באור אדום, בעשר הדקות האחרונות.
עדכון לתוכנית – היות שלא נתקבל דוח מטרות ימיות בנמל אלכסנדריה הוכנס שינוי בתוכנית. על הזוגות להתקבץ מעל הצוללת ולנוע יחד עד השובר ולצפות על הנמל. שינוי זה חל מפני שלצוללים לא היה מידע לגבי מיקום מטרות בנמל.
לפני היציאה סוכם סופית עם מפקד הצוללת, שאם הצוללים לא ייאספו באותו הלילה, תעזוב הצוללת ותחזור יומיים מאוחר יותר לאותה נקודת ישיבה.
הוראה לביצוע.
קידום והמתנה ב-1 ביוני בשעה 20:00 יצאה אח"י תנין בשלישית בדרכה לאלכסנדריה. ובמהלך השבוע קיצרה טווח בהוראת המפקדה, עד שב-5 ביוני שעה 12:00 נתן הרמטכ"ל יצחק רבין אישור לפעולה שהועבר לאח"י תנין.
בצהרי היום הועברה הודעת עדכון מהמודיעין הימי לאח"י יפו (ק-42) שיצאה לפעולת פורט סעיד (1967) על תנועת צוללות מאלכסנדריה לפורט סעיד. מפקד הכח אל"ם בנימין תלם נערך לקבל את פני הצוללת המצרית. הודעה זאת לא התקבלה באח"י תנין (צ-71).
מטאורולוגיה - בליל 5–6 ביוני היה לילה חשוך ביותר. הירח בין מולד לרביע ראשון, אין עננות והראות אפסית. נשבה רוח קלה צפון-מערבית. בים היו גלי חזקים נשברים על שובר הגלים. באזור היה זרם קבוע מזרחי, שנעשה חזק למדי בקרבת שובר הגלים.
פעולת הצוללת.
הצוללת החלה בהתגנבות לנקודת ההורדה. בשעות אחה"צ התגלתה משחתת סקורי מסיירת במקביל לחוף. הייתה זו מטרה ראויה ומועדפת אך עברה במרחק גדול מאוד ואח"י תנין (צ-71) המשיכה לעבר לנקודת הישיבה המתוכננת. לקראת אור אחרון, נראו בפריסקופ תרנים האופייניים למשחתת סקורי לכאורה עוגנת בקרבת שובר הגלים בתוך הנמל.
הוצאת הצוללים החלה בשעה 19:00 היא נעשתה בזוגות וארכה כשעה. לאחר המתנה של שלוש שעות הוצאו זוג הסמנים. מעל הצוללת בעת היציאה אבד אחד הפנסים. הים היה גלי. מגדלור רס אל טין לא עבד. הנצנץ הופעל באינפרא אדום אך לאחר חצות התקלקל. הסמנים נצנצו באור אדום רגיל. בדיעבד התברר כי בגלל הים הגלי הסיכוי שהצוללים החוזרים יבחינו בנצנוצי פנס בגובה פני הים היה אפסי.
יציאה - מאחר שלא נוצר מפגש, הורה מפקד הצוללת בשעה 06:03 לסמנים להיכנס והצוללת החלה להתרחק מהחוף ב. הסמנים תוחקרו בתוך הצוללת וסיפרו כי הנצנץ המיוחד לסימון מקום הצוללת לא עבד והם נצנצו חלק מהזמן באור אדום ואור לבן.
תקיפה והתגוננות.
בקרבת הצוללת התגלתה פריגטה מצרית "טארק" בסיור, בפיקוד עבד אל-מונעים צדיק. הייתה זו פריגטה מדגם בריטי Black Swan שאחיותיה קצרו הצלחה רבה כנגד צוללות גרמניות במלחמת העולם. הייתה זו מטרה ראויה - באורך 92 מטר ושוקע של 4.3 מטר, ואברהם דרור החליט לתקוף אותה. חימוש הצוללת היה 6 טורפדות 21 אינץ' דגם 8 מתוצרת בריטית ללא מנגנון ביות והמרעום ללא מחוש קרבה.
פגיעה בכלי שיט בתנועה מחייבת את מפקד הצוללת לבצע הצצות בפריסקופ להעריך את והמהירות של המטרה. הוצאת פריסקופ בקרבת כלי שיט צבאי צפויה להתגלות ולתגובת נגד חריפה. וגם הטווח נמדד בצורה אופטית ואינו מדויק. כדי להגדיל את סיכויי הפגיעה נורו ארבעה טורפדות מטווח שהוערך כ-3000 מטר. בעת הירי מאבדת הצוללת ממשקלה ועלולה להגיח מהמים ולהראות לאויב. קצין המכונה גבי קינן מיהר להשקיע אותה.
הפריגטה המצרית 'טאריק' הבחינה בטורפדות שנורו לעברה, ופנתה מיד לעבר הטורפדות שעברו במקביל אליה ולא נפגעה. טאריק ביצעה התקפת נגד והטילה 3 פצצות עומק חזרה להתקפה נוספת והטילה 5 פצצות עומק. באח"י תנין (צ-71) לא נקלטו שידורי מכשיר גילוי צוללות במשך כל התקיפה. נראה שהפריגטה לא הצליחה לגלות את מקום הצוללת המדויק. פצצות העומק התפוצצו בקרבה מהממת לאח"י תנין (צ-71) אך המבנה עמד בלחצים והנזקים לא היו קטלניים.
נזקים ותיקונם - אח"י תנין שרדה את ההתקפות אך מכשיר הסונאר הראשי יצא מפעולה. וגם הצינור המוציא את גזי הפליטה בעת השינור נבעו חורים. גזי הפליטה החמים הרתיחו את מי הים ועמוד אדים ריחף מעל הצוללת וסימן את מקומה למטוסים או כלי שיט כאשר ניסתה להפליג בשינור.
הצוללת, שמסתמכת בעיקר על השמיעה, נעשתה חירשת חלקית. אח"י תנין המשיכה במשך היום בצלילה, בשעות החשיכה עלתה ל והעבירה דיווח מסכם למפקדה.
אח"י תנין כבר הייתה במרחק רב מהחוף עלתה על פני המים. קצין המכונה גבי קינן ורס"ר יעקב לוי יצאו מחוץ לצוללת וביצעו בקרת הנזקים לצינור הפליטה. בידיעה ברורה שאם יגיע מטוס או כלי שיט אויב הצוללת תצלול ותשאיר אותם צפים בים.
פעולת הצוללים.
צוללי שייטת 13 שהו זמן רב באח"י תנין (צ-71) בתנאי צוללן ופחות מכך. כל אותה תקופה כמעט ולא ניתן היה לבצע תרגילי כושר שחיה וצלילה, פרט לזמנים שבהם הצוללת עלתה אל פני הים. המתח לקראת הפעולה היה רב והרצון לבצע ולהצליח חזק מאוד.
לאחר התמקמות אח"י תנין בישיבה על הקרקע התארגנו הצוללים למשימתם בשלושה זוגות. איתן ליפשיץ עם זאב בן-יוסף, דני ברעם וגדי פטיש, זוג שלישי אילן אגוזי עם גלעד שני.
יציאה מהצוללת ושחיה לנמל – תא המעבר כלל פתח תחתון ועליון ואפשרות למילוי וריקון מי הים. המקום היה צר מאוד להכיל שני צוללים עם מכשירי צלילה נשק ומוקשים. הכוונה להתקבץ יחד מעל הצוללת ולשחות ששת הצוללים לשובר הגלים ושם לחלק מטרות. אך תקלה בתפעול מגלול המצוף הסימון גרמה לשינוי משמעותי והכוונה לא מומשה. המצוף החל לעלות אך נעצר כמה מטרים מתחת לפני המים. בצלילת חמצן אין לרדת מתחת ל-10 מטר החבל הסתבך וליפשיץ חשש שהתעסקות עם תוף החבל בעומק תגרום להרעלת חמצן. החליט להמתין מעל הצוללת מבלי להחזיק בחבל הסימון. על פני המים התגלו גלי גיבוע גבוהים וארוכים ובלי חבל קשור לצוללת נמנעה אפשרות להישאר במקום. הזוג השני יצא וללא החבל לא פגש את הזוג הראשון. אף כי היו קרובים הגלים הגבוהים והחושך לא ראו אחד את השני. כך קרה גם עם הזוג השלישי. כל זוג המשיך לכיוון שובר הגלים מיד לאחר יציאתו. ולאחר כ-15 דקות המתנה יצא הזוג הראשון בשחיה לשובר הגלים.