עם סגירת תוכנית Senior Crown, טסו מטוסי Det-4 את טיסתם המבצעית האחרונה באירופה, ב-20 בספטמבר 1989, הגיחה אחרונה שנרשמה ביחידה הייתה טיסת בדיקה ב-20 בנובמבר 1989 והמטוס האחרון עזב את אנגליה ב-19 בינואר 1990.
הפרישה והתחיה הקצרה.
עם פתיחת תוכנית Senior Crown להפעלת מטוסי SR-71 להשגת מודיעין אסטרטגי, היא דורגה לפי סימון פנטגון PE 11133F, כאשר הספרה הראשונה (1) סימנה שהתוכנית בעלת נופך אסטרטגי. באותה התקופה (1968) התוכנית נכללה תחת קטגוריית "עולם שחור" (קטגוריה חסויה) של תקציב משרד ההגנה, שבעצם הגנה על תקציב התוכנית מבידוק ובקרה של הסנאט, מה שהבטיח יציבות תקציבית לאורך זמן. בשנת 1975 עברה התוכנית לקטגוריה הגלויה של תקציב משרד ההגנה ובגלל הסימון שקיטלג את התוכנית כאסטרטגית היא בעצם שאבה כספים מכלל התקציב לתוכניות אסטרטגיות של ה-SAC שכללו גם את הטילים הבליסטיים והמפציצים הכבדים. בשל כך החלו קציני ה-SAC להקטין את גודל התוכנית בשביל לא לפגוע בתקציב התוכניות האחרות. לקראת שנת 1985 גברה ההתנגדות בקרב בכירי הקצינים במטה ה-SAC לתוכנית, עם הגידול בדרישות המבצעיות בזירה האירופאית. עם התפרקותה של ברית המועצות הופסק תקצוב התוכנית, וב-22 בנובמבר 1989 נסגרה התוכנית כאשר הוצאתו של המטוס משירות מבצעי צוינה בטקס רשמי בבסיס ביל ב-26 בינואר 1990. לו תוכנית Senior Crown הייתה מסומנת בפנטגון כתוכנית מודיעין (3 בספרה הראשונה, במקום 1), ייתכן והתקציב לתוכנית היה נותר קבוע ומתמשך.
ב-1994 כאשר יחסי צפון קוריאה וארצות הברית הגיעו לשפל חדש הוצעה החזרתם של שלושה מטוסי SR-71 לשימוש. הסנאט ייעד לטובת התוכנית 100 מיליון דולר שאפשרו את השיפוץ, ההסמכה המחודשת של 3 צוותים וטיסות האימון. המטוס הוצב בבסיס אדוארדס בשביל שימוש במתקנים של NASA לטובת המטוס. אך קציני חיל האוויר התנגדו לכך נחרצות, ואף שהסנאט ייעד לתוכנית עוד 39 מיליון דולר בשנת 1995 הופסקה התוכנית עוד פעמיים עקב מלחמות ביורוקרטיות. המטוס הוצא סופית משירות פעיל ב-1 באוקטובר 1998, כאשר גיחת האימון האחרונה התבצעה ב-10 באוקטובר 1997.
נאס"א.
עם הפסקת תוכנית ה-F-12, הועברו שני מטוסי הניסוי ה-YF-12 לנאס"א לטובת תוכניות ניסוי בתנאי מאך גבוה. לאחר התרסקות אחד המטוסים, השאיל חיל האוויר לנאס"א מטוס SR-71A ב-16 ביולי 1971. אחד התנאים להפעלה של המטוס היה שינוי הסימון שלו ל-YF-12C. לאחר 88 טיסות ניסוי, ב-28 בספטמבר 1978, הוצא המטוס משירות פעיל.
בתחילת שנת 1990 השאיל חיל האוויר שלושה מטוסי SR-71. המטוסים השתתפו במספר תוכניות ניסוי בהן ניסויים במנועי אארוספייק שכונו LASRE. המטוסים טסו בפעמים האחרונות בימים הפתוחים בבסיס אדוארדס ב-9 ו-10 באוקטובר 1999. לאחר מכן המטוסים הוצאו המטוסים משירות עקב קשיים טכניים.
תאונות ובטיחות.
במהלך השירות של ה-SR-71 אבדו 11 מטוסים מסיבות שונות ונהרג איש צוות אוויר אחד. 4 מתוך המטוסים הורדו מהמצבה בשל תאונות במהלך המראה או נחיתה, השאר התרסקו ממספר סיבות טכניות שונות. כיסאות המפלט וחליפות הלחץ של המטוס הוכיחו את עצמן כיעילות ביותר במגוון גבהים ומהירויות.
שיאים.
ה-SR-71 קבע מספר שיאים במהלך שירותו:
הטסת המטוס.
ביצועים ותכונות.
ה-SR-71 היה מטוס ייחודי בעל יכולות ודרישות ייחודיות. בניגוד לרוב המטוסים בהם הטווח המרבי ונתוני השיוט המיטביים של המטוס נקבעים יחסית למהירות הגרר המזערי בה התנגדות האוויר הכוללת (הגרר המושרה והגרר הטפילי) היא הנמוכה ביותר, ב-SR-71 המטוס היה יעיל יותר ככל שהוא טס מהר יותר בשל אופן פעולת בית המנוע. ההגבלות למהירות הטיסה של המטוס נבעו מהמנוע ומבנה המטוס שיכלו להינזק מהחום הרב במהירויות של מעל ל-3.3 מאך. לדוגמה במטוס במשקל כולל של 45,359 קילוגרם (100,000 ליברות) בטמפרטורה סטנדרטית (59- מעלות צלזיוס בגובה רב) ובמהירות מאך 3.0 המטוס צורך 17,000 קילוגרם דלק בשעה, כאשר באותם נתונים במהירות של מאך 3.15 המטוס היה צורך 16,300 קילוגרם דלק בשעה. תנאים אטמוספיריים מקומיים דוגמת טמפרטורה חיצונית הם גורמים קריטיים המשפיעים על ביצועי המטוס. עם טמפרטורה חיצונית נמוכה מהסטנדרט בית המנוע של המטוס עובד בצורה יעילה יותר, בעוד בטמפרטורה גבוהה מהממוצע המנוע יעיל הרבה פחות.
המטוס דרש את מירב הקשב של אנשי הצוות בכל שלבי הטיסה שכן אפילו טעויות קטנות עלולות להיות הרות אסון. בהתחשב במרחקים שהמטוס היה צריך לעבור בכל משימה, אפילו עם מספר תדלוקים באוויר, צוותי האוויר היו צריכים לתת תשומת לב רבה לביצועי השיוט שמשמעה מעקב צמוד אחר עקומת נצילות הדלק של המטוס, נצילות דלק קטנה משמעותה חוסר יכולת הגעה ליעד או חזרה לבסיס עם הדלק הנותר. עם שינוי מצב כמות הדלק מרכז הכובד גם משתנה ועל כן על הטייס צריך להתאים אותו בשביל לא לסכן את יציבות המטוס מחד ולא להקטין את נצילות הדלק מאידך. אף על פי שהמטוס כלל מערכות אוטומטיות לבקרה על חרוטי הכונסים של המנועים וכן על דלתות הקדמיות, שאר הדלתות של המטוס הן תחת בקרה ידנית של הטייס. על צוות המטוס היה מוטל גם לפקח על המערכות האוטומטיות דוגמת הטייס האוטומטי, מערכות הביון והל"א ולתפעל אותן במהלך תקלה.
המראה ונחיתה.
המטוס לעולם לא ממריא עם דלק גוף מלא מכיוון שאם אובד אחד המנועים בהמראה למטוס לא יהיה מספיק דחף בשביל לבצע נחיתה בטוחה. בהמראה המטוס דרש ביצוע פעולות בצורה מהירה מכיוון שטווח המהירויות שבהן היה צריך לבצע את הפעולות הוא קטן ביותר. מהירות הרמת אף במטוס היא 180 קשר וניתוק מהקרקע ב-210 קשר, חשוב מאוד לנתק במהירות המתאימה מכיוון שכנף הדלתא של המטוס גורמת ללחץ על כני הנסע בהרמת אף הגורם להגדלת החיכוך על הצמיגים ואם ממריאים מעל למהירות זאת יכול להיגרם נזק לצמיגים. העלאת ידית כני הנסע חייבת להיעשות מיד עם הניתוק מכיוון שתהליך סגירת כני נסע לוקח בין 12 ל-16 שניות בהן המטוס מאיץ והתמהמהות עם הרמת הידית משמעותה שהפנלים של כני הנסע יכולים להינזק ואף להיקרע מהמטוס.
בנחיתה הטייסים הונחו לשאוף לנחות עם 4,500 ק"ג דלק כאשר בתנאים כאלה מהירות הגישה היא 175 קשר ונחיתה היא 155 קשר. כנפי הדלתא עם שטח הפנים הגדול שלהן יצרו מעין כרית אוויר מתחת לכנפיים כאשר המטוס נכנס לאפקט הקרקע, בשל האפקט החזק המטוס לא נזקק למשטחי עזר כגון מדפי שפת התקפה וזרימה והיה נוח לנחיתה. עם זאת, מבנה השמשה שלו וכן בשל מבנה המנשק הזוויתי הגבילו את הראות מתוך התא והטייס נאלץ להעריך את הנחיתה על פי הראות הצידית וכן על ידי מכשירי ה-ILS, מיד עם הנגיעה הטייס פותח את מצנח הבלימה עד להאטה למהירות הסעה מתאימה.
טיסה איטית.
שלב הטיסה האיטית הוא השלב בין המראה ותדלוק אווירי, תדלוק אווירי והאצה לשיוט, או האטה משיוט לנחיתה או תדלוק אווירי. ככלל הטיסה האיטית נעשתה תמיד במהירות של מאך 0.9. בטיסה איטית מרכז הכובד חייב היה להיות בין 17 ל-22 אחוז מאורך מיתר הכנף. במצב זה הטייסים העידו שהמטוס הוא נוח למדי, ללא בעיות תפעול שונות גם עם דחף אסימטרי.
במהלך תדלוק עם עלייה בכמות הדלק (בעיקר מעל 34,000 קילוגרם דלק) המטוס היה מאבד מהיכולת שלו להישאר בעמדת תדלוק בכוח מנוע רגיל, לרוב הטייסים היו מכניסים מנוע שמאל למבער אחורי מינימלי ומפצים על המומנט הסיבובי בעזרת גלגול ופקודת סבסוב עד לתדלוק מלא.
נסיקה והנמכה.
במהלך הנסיקה בשביל לחסוך את מרבית הדלק במהלך מעבר מאך שבו הגרר עולה בצורה דרמטית המטוס מבצע צלילה קלה שמיד אחריה לאחר מעבר המאך המטוס חוזר לטיפוס. הטייס שומר על מהירות 450 KEAS בשלב זה ובהגעה לגובה (21,640 מטר) 71,000 רגל במהירות זאת המטוס יהיה במאך 3. במהלך הנסיקה אנשי הצוות היו עסוקים בבקרה על דלתות המעקף הידניות, מערכות המנוע, הניווט, המודיעין והל"א.
פרופיל ההנמכה של המטוס היה מאוד נוקשה וברגע שהוא החל בשביל למנוע הזדקרויות מדחס וכיבויי מנוע בודדים או כפולים על המטוס להישאר בדיוק בתוך הגזרה של הפרופיל. על הטייס היה להוציא לאט את המנועים ממבער מלא למבער מינימלי וליבש מלא. בשלב זה הוא היה צריך לשמור בעזרת הטייס האוטומטי על מהירות 365 KEAS תוך תפעול מצערת בהתאמה, תוך כדי התפעול הזה על הטייס היה לשלוט על מצבי דלתות המעקף במטוס ולשלוט על מרכז הכובד של המטוס.
טיסה מהירה ושיוט.
במצב רגיל השיוט במטוס התבצע במהירות מאך 3.05, כאשר במהלך השיוט כמות הדלק קטנה עם הזמן, בשביל לשמור על מספר המאך המטוס בעזרת הטייס האוטומטי (במצב שמירת מאך) מבצע טיפוס מתון תוך שיוט (מצב שנקרא שיוט-טיפוס). מרכז הכובד המיטבי למטוס הוא 25–26 אחוז מאורך מיתר הכנף, מעל זה המטוס הופך ללא יציב בצורה מסוכנת, פחות מזה והמטוס יגיב בכבידות לפקודת הגאים וקיזוז ולכן זה יפגע בביצועי השיוט. במהלך השיוט על הטייס והנווט לבצע בקרה הדוקה על כל המערכות של המטוס ולעקוב אחר נצילות הדלק.
התגוננות מפני טילים.