יהודה המכבי צר על מצודת החקרא, אולם מתייוונים מקרב העם מזעיקים את המלך אנטיוכוס לבוא לעזרתם. אנטיוכוס עולה על יהודה בחיל עצום שכולל פילים, פרשים, חיילים עוטי שריון קשקשים. אלעזר, שרואה פיל גדול ומפואר, סבור בטעות כי זהו פילו של המלך היווני. הוא תוקע את חרבו בפיל מתחתיו, והפיל נופל עליו וממיתו. אנטיוכוס מגיע להר הבית וצר עליו.
המגנים נמצאים במצב קשה ביותר מחמת הרעב, אך אנטיוכוס, על פי בקשת שריו וכדי שיוכל להתפנות לדיכוי מרידות במקומות אחרים, מציע ליהודים שלום ומבטיח להם להתיר להם לקיים את מצוות דתם. היהודים מסכימים ומניחים את נשקם, אולם אז מפר המלך את ההסכם והורס את חומות הר הבית.
פרק ז'.
דמטריוס הראשון סוטר בורח מרומי ומשתלט על מלכות הסלאוקים ואנטיוכוס מוצא להורג. המלך ממנה את בקכידס לנקום בבני ישראל. אל בקכידס נספח אלקימוס, שביקש ממנו התמנות לכהן גדול. בקכידס מגיע ליהודה עם צבא גדול ושולח שליחים אל יהודה המקבי עם הצעת שלום במרמה. הנהגת המרד רואה את גודל הצבא ודוחה את ההצעה, אולם "קהל סופרים" ו"החסידים" נותנים אמון בכהן ובאים אל בקכידס ואלקימוס לבקש שלום. בקכידס טובח ביהודים וממנה את אלקימוס לשלוט על יהודה ככהן גדול.
לאחר עזיבת צבאו החזק של בקכידס חוזר יהודה ונוקם במשתפי הפעולה. בקכידס שולח ליהודה את שר צבאו ניקנור. זה מנסה להפיל בפח את יהודה אך הדבר אינו עולה בידו. ניקנור עולה לבית המקדש ומציב ביהירות לכוהנים אולטימטום: מסרו את יהודה המכבי לידי או שאחריב את בית המקדש. הכוהנים מתפללים לאלוהים לנקמה ברשע. יהודה מביס את ניקנור ליד בית חורון. העם שמח מאוד ומחליט לחגוג מדי שנה את יום ניקנור בשלושה עשר באדר.
פרק ח'.
הפרק מתחיל בתיאור גדולתה של האימפריה הרומית, הישגיה הצבאיים והמדיניים, נאמנותה לבעלי בריתה ומשטרה הנאור והמצליח. יהודה המכבי שולח שני שליחים, את אופולמוס בן יוחנן בן הקוץ ואת יאסון בן אלעזר כשליחים לרומא על-מנת לכרות ברית עם הרומאים. יהודה ורומי כורתים ברית לסיוע הדדי בעת מלחמה.
נראה כי אופולמוס היה כהן שנמנה עם בני הקוץ, המשמר השביעי מבין 24 משמרות הכהונה. על פי ספר מקבים ב (פרק ד, פסוק 11), יוחנן, אביו של אופולמוס, הוא האיש שהשיג את הזכויות ליהודים שהעניק אנטיוכוס השלישי. יש המזהים את אופולמוס זה עם אופולמוס שכתב ביוונית חיבור "על מלכי יהודה".
פרק ט'.
המלך דמטריוס שומע על נפילת ניקנור ולא מוותר. הוא שולח שוב צבא גדול בפיקודם של בקכידס ואלקימוס. הצבא מגיע מכיוון סוריה, הורג יהודים רבים בבקעת ארבל ומגיע בחודש הראשון לשנת 152 לשלטון היוונים לירושלים. הצבא הסלאוקי עולה על ירושלים בכוח של עשרים אלף איש ובאלפיים פרשים בעוד לרשות יהודה המכבי החונה באלעשה עומדים רק 3000 איש. הישראלים רואים את הצבא היווני העצום ורבים מהם נמלטים בבהלה. הפעם אוחזת יראה גם ביהודה המכבי, אולם הוא אוזר עוז ויוצא לקרב נגד בקכידס. למרות מלחמת הגבורה, מובס חילו של יהודה והוא נופל בקרב. יונתן ושמעון קוברים את יהודה במודיעים ומספידים אותו.
לאחר מות יהודה עולה שוב כוחם של משתפי הפעולה עם היוונים. בקכידס ממנה אותם למושלי הארץ והם רודפים ומסגירים את תומכי יהודה המכבי לידי השלטון הסלאוקי. אנשי יהודה המכבי מתכנסים ובוחרים ביונתן לעמוד בראש המרד. לבקכידס נודע דבר המינוי והוא מבקש להמית את יונתן.
יונתן שולח את יוחנן אחיו לבקש סיוע ומחסה לרכושם של האחים החשמונאים, מבני נביות, שבט ערבי הקרוב למידבא. בני ימרי תופסים והורגים את יוחנן. יונתן ושמעון עוברים את הירדן, פושטים על בני ימרי והורגים בהם כדי לנקום את נקמת אחיהם, אולם בחזרתם, עלה עליהם בקכידס לקרב נוסף. אף על פי שהם מצליחים לגרום לבקכידס אבדות כבדות, נאלצים יונתן ואנשיו לסגת לעבר הירדן המזרחי. היוונים מציבים חיל מצב בירושלים ומבצרים רבים ביריחו, אמאוס, בית חורון, בית אל, תמנתה פרעתון, תפוח, בית צור, גזר ועוד. בשנת 153 מצווה אלקימוס להרוס את חומת חצר המקדש הפנימית, אולם אשר הוא מתחיל במעשיו הוא חולה, מאבד את יכולת הדיבור ומת. בקכידס שב אל המלך דמטריוס ויהודה שוקטת במשך שנתיים.
משתפי הפעולה מקרב היהודים מזעיקים את בקכידס לבוא ולתפוס בשבי את יונתן, אולם מזימתם מתגלה. יונתן ושמעון מתבצרים במדבר, ובקכידס לא מצליח להתגבר עליהם. בקכידס מסכים לכרות הסכם שלום עם יונתן ועוזב את הארץ. יונתן מתיישב במכמש ומתחיל לשלוט בישראל.
פרק י'.
בשנת 160 לשלטון יוון, עולה אלכסנדר באלאס, בנו של אנטיוכוס אפיפנס, על עכו, כובש אותה וממליך עצמו על המדינה הסלאוקית. דמטריוס רוצה לדכא את המרד ויוצא נגדו למלחמה. שני הצדדים, אלכסנדר ודמטריוס מתחרים ביניהם על תמיכתו של יונתן. דמטריוס משיב ליונתן את בני הערובה ששהו במצודת החקרא ומאפשר לו לחזור לעיר. הנוכרים שהשאיר בקכידס בארץ נמלטים ורק בבית צור נשארים מתייוונים. אלכסנדר מגדיל לעשות ושולח ליונתן אדרת ארגמן ועטרת זהב וממנה אותו לכהן גדול. דמטריוס מתחרה באלכסנדר על ידי מתן הטבות כספיות והנחות במיסים, שחרור כל השבויים היהודים, מתן ימי חופשה רבים ליהודים בשבתות, בחגים ובראשי חודשים, מתן שכר לשלושים אלף אנשי צבא יהודים, סיפוח עכו וסביבותיה ליהודה ומימון לבניה מחדש של חומות ירושלים. יונתן לא נופל בפח ולא מאמין להצעותיו הנדיבות של דמטריוס.
יונתן ואנשיו תומכים באלכסנדר באלאס הגובר על דמטריוס ומשתלט על הממלכה הסלאוקית. אלכסנדר מתחתן עם קלאופטרה תאה, בתו של תלמי השישי פילומטור מלך מצרים. בכך לא תמו התלאות.
דמטריוס ניקטור, בנו של דמטריוס סוטר, עולה על סוריה. דמטריוס שולח צבא בראשות אפולוניוס לארץ יהודה וזה מגיע ליבנה. אפולוניוס מתגרה ביונתן וקורא לו לצאת נגדו למלחמה בשטח מישורי בעמק ולא להסתתר בערים. יונתן נענה לאתגר ויחד עם שמעון הם מצליחים להביס את צבאו של אפולוניוס. יונתן כובש את אשדוד ושורף את היכל דגון הנמצא בו, והורג רבים מאויביו לרבות אלפי אזרחים בערים ששרף. אלכסנדר מתרשם מביצועי ידידו ומעניק לו את עקרון במתנה.
לדעת מנחם שטרן, אגרת דמטריוס ליהודים (פס' 25–45) שבה הוא מבטיח ליונתן הבטחות מפליגות, היא אותנטית, וכך סבורים גם רוב החוקרים.
פרק י"א.
תלמי מלך מצרים קושר עם דמטריוס ומנצל את היעדרותו של אלכסנדר כדי לתפוס את השלטון גם באנטיוכיה. אולם בעקבות מותו תופס דמטריוס את השלטון. יונתן מחדש את הברית עמו ואף שולח לו חיל סיוע. בהמשך תופס את השלטון באנטיוכיה טריפון בשם אנטיוכוס בן אלכסנדר. גם הוא מכיר ביונתן ככהן גדול ושליט יהודה. יונתן נלחם בעזה וכן בצבא דמטריוס מורד באזור קדש.
בפרק מופיע העתק שנשלח אל יונתן של אגרת דמטריוס ללאסתנס, בדבר אישור זכויות היהודים (פס' 30–37). לאסתנס זה אינו מוכר ממקורות אחרים. הוא נעשה ראש השרים של דמטריוס והמכתב הופנה אליו בתוקף תפקידו זה.
בפסוק 70 נזכרים שני מפקדים שנשארו עם יונתן לאחר שחייליו ברחו: מתתיהו בן אבשלום ויהודה בן חלפי. השניים הללו נזכרים רק כאן.
פרק י"ב.
יונתן מחדש את הברית עם רומא וכן עם ספרטה. הוא יוצא למסע מלחמה באזור חמת ומנצח את צבא דמטריוס. שמעון ממשיך לבסס את שלטונו בחוף פלשת ולבצר את ירושלים ויהודה. טריפון לוכד את יונתן בעזרת מעשה רמיה.
באגרת יונתן לספרטה מצוטט מכתב שנשלח מאת אראוס הראשון מלך ספרטה (309–265 לפנה"ס) אל הכהן הגדול חוניו הראשון או השני, בו נאמר כי "מצוי בכתב על הספרטאים והיהודים, שהם אחים מזרע אברהם". אגרת יונתן נשלחה כדי לחדש את הידידות עם ספרטה, ונאמר בה כי שני שליחים נשלחו לרומאים כדי לחדש את הברית איתם, וכי השניים נצטוו להגיע גם לספרטה ולמסור את האגרת.
שני השליחים לרומא הם נומניוס בן אנטיוכוס ואנטיפטרוס בן יאסון. נומניוס נזכר גם בהמשך (פרק טו, פסוק 15). ייתכן שיאסון זה הוא שליחו של יהודה המקבי (פרק ח, פסוק 17).
פרק י"ג.
שמעון עולה לשלטון במקום יונתן. הוא שולח את יונתן בן אבשלום לכבוש את יפו, והוא מגרש את תושביה הגויים ומיישב אותה ביהודים. טריפון נכשל בניסיונו להשתלט על יהודה. הוא הורג את יונתן וקובר אותו. לאחר מכן שמעון מביא את עצמותיו לקבורה במודיעין, שם הוא מקים מתחם קבר מפואר להוריו ואחיו. טריפון חוזר לארצו, הורג את המלך אנטיוכוס ותופס את השלטון. שמעון כורת ברית עם מתחרהו דמטריוס, כובש את גזר וכן את מצודת החקרא. הוא ממנה את בנו, יוחנן למפקד הצבא.
יונתן בן אבשלום הוא כפי הנראה אחיו של מתתיה בן אבשלום, הנזכר בפרק יא (פסוק 70). בתיאור המצור על גזר נאמר ששמעון עשה לו "הלפוליס" – מגדל המצויד במכונות להתקפת חומות. מתברר אם כך שבשלב זה כבר היה צבאו של שמעון מצויד בציוד מלחמה הלניסטי.
בגרסת תרגום הוולגטה ללטינית, נאמר כי טריפון רצח גם את שני בניו של יונתן, ששמעון מסר לו כבני ערובה. יוחנן בן שמעון מכונה אצל יוסף בן מתתיהו גם "הורקנוס", שם שאינו נזכר כלל בספר מקבים א.
פרק י"ד.
שמעון כובש את יפו, וכך יש לממלכת יהודה נמל ימי. ראשי ספרטה שולחים לשמעון אגרות ידידות. שמעון שולח לרומי שי - מגן זהב גדול (באמצעות נומניוס, הנזכר בפרק יב), כדי לקיים את הברית עם רומי. בני העם מחליטים, כהכרת תודה למשפחת החשמונאים על פעלם למען עם ישראל, למנות את שמעון נשיא וכהן גדול לעולם, וכן להיות שר הצבא והאחראי על המקדש.