אחד ההבדלים הבולטים בין תעודה זו לבין מכתבי חסדאי ויוסף הוא בכתיב של שם הארץ והעם: "קזריה" ו"קזר" בק', ולא "אל-כזר", "כזר", "כזריים", או "כזריה" ו"כוזרים" בכ', כפי שמופיע גם במקורות היהודיים האחרים. אך עיקר ההבדלים בין המכתבים הוא בתיאור מוצא הכוזרים ובסיפור ההתגיירות. מאחר שתחילת המכתב חסרה, הטקסט מתחיל באמצע משפט: "ויברחו מפניהם אבותי...לשאת עול עובדי אלילים ויקבלום... קזריא היו תחילה בלא תורה וישאר... בלא תורה ומכתב ויתחתנו ליושבי הארץ...וילמדי מעשיהם ויצאו עמם תמיד ב... ויהיו לעם אחר רק בברית מילה נסמכו ומק... שומרים את השבת". אבותיו מתוארים כיהודים שברחו מחמת רדיפות דת ומצאו מקלט בכזריה, שם התערבבו בעם הארץ אך המשיכו לשמור על ברית המילה והשבת. בהמשך מנסה הכותב לחזק את המקור היהודי של אבותיו ומוסיף: "ואומרים בארצנו כי אבותינו משבט שמעון היו אבל איננו עומדים על אמתם".
מכאן שיותר מסיפור על התגיירות הסיפור הוא על חזרה בתשובה. כמו במכתב המלך יוסף גם כאן מתואר תהליך הדרגתי. אך בעוד שבמכתב יוסף החל בו מלך בשם בולאן בהשפעת חלום שבו הופיע מלאך אלוהים, במכתב זה החל בו שר צבא אנונימי בהשפעת אשתו ששמה היה סרח, ואביה שהיה איש צדיק ש"הורהו דרך החיים". לא מפורט במה התבטאה אותה תשובה, אך מסופר שהיא עוררה את זעמם של שליטי הנוצרים והמוסלמים. גם כאן מתואר ויכוח בין חכמי הדת של הנוצרים, המוסלמים והיהודים. הכותב אינו מביא את פרטי הוויכוח (החסר אולי גם בגלל מצב המסמך), אך הוא מסתיים בצורה שונה: אנשי קזריא נזכרו שבמערה בבקעת תיזור טמונים ספרים מתורת משה. הם מוציאים את הספרים וחכמי ישראל מפרשים אותם, ואז חוזרים "ישראל עם אנשי קזריא בתשובה שלמה". מערה שהוטמנו בה ספרי תורה נזכרת גם במכתבו של חסדאי אבן שפרוט. גם בספר הכוזרי מסופר על מערה, אך לא ספרים מוסתרים בה, אלא יהודים השובתים בה בכל שבת. גם בספר הכוזרי מעורב שר צבא בסיפור. המלך מספר לו על התגלות המלאך והוא נלווה אל המלך בלכתו אל המערה.
מכתב הגניזה מספר שלאחר החזרה בתשובה וההתגיירות של שאר הכוזרים, היגרו לכזריה יהודים מארצות שכנות: בגדאד, קונסטנטינופול וכורסם, וכי אנשי הארץ מינו את אחד החכמים לשופט, ושמו הוסב לסבריאל. הוא הוכתר למלך. המכתב ממשיך בתיאור יחסי כזריה עם המדינות השכנות והמלחמות עם הרוסים והביזנטים בתקופת המלכים בנימין ואהרון ועד מלכותו של יוסף המלך, שכותב המכתב מכנה "אדוני". הוא מדגיש את הברית שכרתה כזריה עם מלך אלן, כי האלאנים מקצתם היו שומרים תורת היהודים" עד כי מלך אלן השיא את בתו למלך יוסף. אחד מגיבורי המלחמות נגד הרוסים הוא שר צבא ששמו פסח. המשפטים האחרונים שניתן לקרוא במסמך מתארים את מיקומה הגאוגרפי של ממלכת כזריה אך סופו של המכתב חסר.
המחלוקת על האותנטיות של המכתבים.
עד לשלהי המאה ה-19 היו שסברו שהמכתבים הם זיוף מאוחר. פרסום נוסח פירקוביץ' על ידי הרכבי ב-1879, ופרסום ספרי מסע וגאוגרפיה מוסלמיים מימי הביניים שבהם מוזכרת יהדותם של הכוזרים שינה את היחס למכתבים. אם כי השמועות על כך שפירקוביץ' זייף תעודות ומצבות כדי להוכיח קשר בין הכוזרים לקראים, עוררו חשד גם לגבי המסמך שמצא. מה עוד שנוסח פירקוביץ' לא כולל את מכתב חסדאי. אין הסכמה גם באשר ליחס בין נוסח עקריש ונוסח פירקוביץ'. האם נוסח פירקוביץ', הארוך יותר, הוא הנוסח המקורי או שהוא הרחבה של נוסח עקריש.
פרסום המכתב מן הגניזה על ידי שכטר ב-1912 עורר עניין רב בקרב המלומדים. לטענת שכטר מסמך זה גם הוא תשובה לאיגרת חסדאי ועונה על רוב שאלותיו. אך הכותב הוא אדם אחר מאחר שהוא שונה הן בפרטי תוכן רבים והן בסגנון ובשפה. אולם באין מקורות נוספים, אין דרך לדעת מי כתב אותו. לא סביר לדעתו שמלך הכוזרים ביקש משני אנשים שונים לנסח מכתב תשובה לחסדאי הנחה מקובלת היא שהטקסטים של המכתבים הידועים לנו, שנמצאו בתוך קבצים של כתבי יד, הם העתקים של המכתבים האותנטיים.
המידע הרב שנכלל במכתב שכטר על יחסי ממלכת הכוזרים עם קונסטנטינופול ועם הרוסים ועל המלחמות ביניהם, תואם למידע שמספקים מקורות רוסיים וביזנטיים מהתקופה. למרות קושי לא מבוטל בהתאמה של שמות ותאריכים למאורעות ספציפיים. במכתב יש אי בהירות רבה בפרטים הגאוגרפיים של כזריה, שקשה מאוד לתרצם באם הכותב הוא אכן כוזרי או אפילו יהודי מקונסטנטינופול. למרות זאת חקר המקורות המוסלמיים והמקורות הרוסיים והביזנטיים ביסס את תמונת ההקשר ההיסטורי של ממלכת הכוזרים וחיזק מאוד את התמיכה באותנטיות של המכתבים ובמהימנות של סיפור ההתגיירות.
מאידך, המקורות הלא יהודיים אינם מסבירים את הבדלי הגרסאות במכתבים בתיאור מוצא הכוזרים ובפרטי הסיפורים על ההתגיירות וגם אין בהם שום אישוש לסיפורים אלה. פולק מתייחס לשאלת האותנטיות של המכתבים ולדעתו מכתבי חסדאי ויוסף חוברו בידי אדם אחד שחי בספרד בשנים 1070–1080 בקירוב, כדי שהידיעות על הממלכה היהודית בכזריה יעודדו את היהודים החיים בגלות. כותב המכתב התבסס בעיקר על מקורות ספרותיים שנכתבו בזמנים שונים ולפעמים סתרו זה את זה. הוא לא הכריע ביניהם והביא אותם כפי שהם, מה שמסביר חזרות וסתירות במכתבים. הכותב השתמש בנוסח הנמלץ שהיה מקובל בהתכתבות דיפלומטית ואת התיאור הגאוגרפי של מדינת הכוזרים שאב מכתבי נוסע שביקר באזור.
שטמפפר מגיע למסקנה שהמכתבים אמנם מוקדמים, ועשויים להיות מהמאה ה-10 או ה-11, אך יש להתייחס אליהם כאל פסבדואפיגרפיה. הז'אנר של כתיבה פסבדואפיגרפית היה נפוץ ובמקרים רבים בצורת מכתבים. יצירות פסבדואפיגרפיות רווחו בימי הביניים גם בקרב היהודים. סיפורים על הכוזרים, עם רחוק ומוזר היושב אי שם בערבות המזרח, וממלכתם האדירה שמלכיה היהודים נלחמים בשכניהם וגוברים עליהם, נפוצו כנראה בקהילות יהודיות כמו הסיפורים על עשרת השבטים האבודים ועל היהודים החיים מעבר לסמבטיון. סיפורים דומים נפוצו באירופה על ממלכה נוצרית של מלך-כומר, המכונה פרסטר ג'והן הנמצאת אי-שם בהודו או באפריקה. ואכן במכתבים יש ניסיון לקשור את הכוזרים לשבט שמעון או לשבט דן. בסיפור ההתגיירות במכתבים מופיעים מוטיבים בעלי אופי אגדי מובהק, כמו התגלות מלאך אלוהים בחלום, ספרי תורה הגנוזים במערה וגילוי אוצרות כסף וזהב. הסיפור על הוויכוח בין חכמי דת של יהודים, נוצרים ומוסלמים אינו מפתיע בתקופה זו שבה ויכוחים דתיים היו מקובלים ומפורסמים. ידועים היו גם סיפורים על ויכוחים דתיים על רקע הניסיון של ביזנץ והכליפות להמיר את דתם של השבטים ממרכז אסיה לנצרות או לאסלאם. אל-בכרי, היסטוריון וגאוגרף מהמאה ה-11שחי באנדלוסיה ומסתמך על כתבים קודמים לו מספר שלהתגיירות הכוזרים קדם ויכוח בין נציגי שלוש הדתות המונותאיסטיות. היהודי ניצח בו לאחר שהרעיל את החכם המוסלמי.
שטמפפר מצביע על סתירות ושגגות היסטוריות וגאוגרפיות רבות במכתבים, שמקורם לדעתו במקורות משניים שונים שמהם שאבו המחברים ידיעות על ממלכת הכוזרים ומלחמותיה ולהם הוסיפו פרטים כיד הדמיון.
המחלוקת על יהדותם של הכוזרים.
הדעה שהכוזרים אכן התגיירו והנהגתם או גם חלק מעמם היו יהודים, התקבלה בקרב רוב החוקרים במחצית השנייה של המאה ה-20. פיטר גולדן בוחן את התגיירות הכוזרים על רקע תהליכי המרת דת של עמים ושבטים נומדיים באירואסיה. מסורות שונות על המרות דת מכילות אלמנטים פלאיים. במקרים רבים השליטים והאליטה השבטית מובילים תהליכי המרה בקרב פשוטי העם ולעיתים נתקלים באי הסכמה. המרת הדת של עמים פגאניים לדתות מונותאיסטיות הייתה בדרך כלל תהליך איטי והדרגתי, כאשר אמונות ומנהגים פגאניים ממשיכים להיות נוכחים במשך זמן רב לאחר אקט ההמרה הפורמלי של השבט או הממלכה. החוקרים הסבורים שהכוזרים אכן התגיירו מסתמכים בעיקר על עדויות גאוגרפים והיסטוריונים מוסלמים מהמאות התשיעית עד האחת עשרה. פיטר גולדן מביא כאסמכתא מוצקה את אבן פדלאן, שהיה אולי היחיד מביניהם שבאמת ביקר בכזריה (921–922). מקור משמעותי אחר בעיניו הוא אל-מסעודי מהמאה ה-10, המספר שההתגיירות אירעה בימי הכליף הארון א-רשיד (786–809) ושבימי רומאנוס ליקאפינוס (920–944) קיסר ביזנץ היגרו יהודים רבים לכזריה כתוצאה מרדיפות. גם החכם הקראי יעקב הקרקסאני שחי בעיראק מזכיר את הכוזרים כמי שהתגיירו ליהדות, בפירושו לספר בראשית. ממה שכתבו יהודה אלברצלוני ורבי אברהם אבן דאוד (הנזכרים לעיל) נראה בבירור ששמועות על התגיירות הכוזרים היו ידועות ואולי אף נפוצות בספרד הראב"ד גם מוסיף שפגש בעצמו בטוליטולה (טולדו) תלמידי חכמים שטענו שהם מבני בניהם של אותם עמים כוזרים שהתגיירו.