מכבי החלה את דרכה במוקדמות ליגת האלופות תחת המאמן פאולו סוזה, במה שהיה לקמפיין האירופי הראשון של ערן זהבי במכבי. בסיבוב המוקדמות השני פגשה מכבי את גיור ההונגרית, ובמשחק החוץ גברה עליה 0–2, משערים של ברק יצחקי, שחזר מעונת השאלה, ושל אלברמן. בגומלין הביתי העניקו זהבי וטל בן-חיים 2-1 ביתי וכרטיס לשלב המוקדמות השלישי. בסיבוב זה פגשה מכבי את פ.צ. בזל השווייצרית. במשחק הראשון בחוץ נכנעה מכבי 0–1, ואת המשחק הבא אירחה באצטדיון בלומפילד. כבר לאחר חצי שעה נקלעו הצהובים לפיגור 0–3, אך שער עצמי של פביאן שר ושערים של זהבי ושל מהראן ראדי החזירו את מכבי לשוויון 3-3 בדקה ה-55. על אף המומנטום הצהוב, המשחק הסתיים בשוויון 3-3. מכבי נשרה הישר לשלב הבתים של הליגה האירופית, בעקבות הרחקתה של מטאליסט חרקוב מהמפעלים האירופיים, לאחר פרשת הטיית משחקים בליגה האוקראינית והחלפתה בפאוק סלוניקי, שהייתה אמורה להיות יריבתה של מכבי בפלייאוף ההעפלה לשלב הבתים. הייתה זו הופעתה השנייה של מכבי בשלב הבתים של המפעל. מכבי הוגרלה לבית עם איינטרכט פרנקפורט הגרמנית, בורדו הצרפתית ואפואל ניקוסיה הקפריסאית. במשחק הראשון איבדה מכבי נקודות עם שוויון 0-0 ביתי מול אפואל ניקוסיה, כולל החמצת פנדל של יצחקי בתוך תוספת הזמן. במשחק השני השיגה מכבי ניצחון חוץ מפתיע ומרשים בצרפת, 2-1 על בורדו משערים של יצחקי ומיכה. את הפסדה הראשון בשלב הבתים רשמה בפרנקפורט, 2-0 בסיום, ובמשחק הבא השיגה את אחד מהניצחונות המרשימים ביותר של קבוצה ישראלית באירופה, כאשר אירחה את פרנקפורט. כבר במחצית הראשונה עלתה מכבי ליתרון 0–3 משערים של זהבי (שער ובישול) ויצחקי (צמד). הגרמנים כבשו פעמיים במחצית השנייה, אך פנדל מדויק של זהבי בפאננקה בדקת הסיום קבע 2–4 לאלופת ישראל. במשחק החוץ בניקוסיה שוב נפרדו מכבי ואפואל בשוויון 0-0, ובמשחק הביתי מול בורדו סיימה מכבי שלב בתים מוצלח עם ניצחון 0–1 (זהבי בפנדל), ובסך הכול השיגה שלושה ניצחונות ושתי תוצאות תיקו לצד הפסד בודד. מכבי סיימה במקום השני בבית, ולראשונה בתולדותיה צלחה שלב בתים אירופי. היא העפילה לשלב 32 האחרונות, שם הוגרלה פעם נוספת לצמד משחקים מול בזל, לאחר שהאחרונה נשרה משלב הבתים של ליגת האלופות. במשחק הראשון בבלומפילד נפרדו הקבוצות בשוויון 0-0, ובמשחק הגומלין נכנעה מכבי 0–3 לשווייצרים, וסיימה את דרכה באירופה.
העפלה שנייה לליגת האלופות (2015-2016).
לאחר שזכתה עונה שנייה ברציפות באליפות המדינה, העפילה מכבי לשלב המוקדמות בעונת 2014/2015 בליגת האלופות. את העונה האירופית פתחה מכבי עם אוסקר גארסיה, שחזר לקדנציה שנייה במקומו של סוזה. באותה התקופה פרץ בארץ מבצע צוק איתן, ובמהלכו נורו טילים לכיוון תל אביב. המצב הביטחוני הביא לאיסור על אירוח משחקים בארץ, ומכבי אירחה את משחקיה באצטדיון אנטוניס פאפאדופולוס בלרנקה שבקפריסין. בסיבוב המוקדמות השני הוגרלה מכבי מול סנטה קולומה האנדורית, לה רשמה הפסד מביך מספר שנים קודם לכן. הפעם שרדה מכבי את משחק החוץ עם ניצחון 0–1, משער של ראדה פריצה, ובגומלין ניצחה 0–2 משערים של בן-חיים ושל ראדי. בסיבוב המוקדמות השלישי פגשה מכבי את מריבור הסלובנית, ובמשחק הראשון בחוץ ספגה חמש דקות בתוך תוספת הזמן ונוצחה 0–1. גם בגומלין הביתי לא הצליחה מכבי לייצר יתרון, סיימה בשוויון 2-2 (בן-חיים ועדן בן בסט) ונשרה לפלייאוף הליגה האירופית. בסיבוב זה הוגרלה מכבי למפגש מול אסטרס טריפוליס, והפסידה 0–2 בחוץ. המצב הביטחוני הביא להתפטרותו של גארסיה עוד בטרם פתיחת העונה בליגת העל, ובמשחק הביתי בקפריסין עמד על הקווים לראשונה ז'ורדי קרויף, המנהל המקצועי, כמאמן זמני. מכבי ספגה ראשונה, אך הצליחה להגיב עם שערים של ברק בדש, זהבי ופריצה. בסיום, 3-1 למכבי, שהודחה עקב חוק שערי חוץ.
באותה העונה השיגה מכבי של המאמן פאקו אייסטאראן את הטרבל המקומי, והשיגה מקום בשלב המוקדמות של ליגת האלופות עונה שלישית ברציפות. לקראת העונה הגיע למכבי המאמן סלבישה יוקאנוביץ', שהוביל את מכבי באירופה. בסיבוב המוקדמות השני הופתעה מכבי מול היברניאנס המלטזית עם הפסד 1–2 בחוץ, לאחר שער יתרון של נוסא איגיבור. בגומלין השיגה מכבי את הכרטיס לשלב הבא עם ניצחון 1–5 ביתי עם צמד של זהבי ושערים של בן-חיים, איגיבור ושער עצמי. בסיבוב המוקדמות השלישי פגשה מכבי את ויקטוריה פלזן הצ'כית. במשחק הראשון בבלומפילד עלתה פלזן ליתרון בזק, 2-0 לאחר 21 דקות, וברק יצחקי רק צימק לקראת הסיום. הגומלין בחוץ התנהל ללא שערים עד לרבע השעה האחרונה, אז סחט זהבי פנדל אותו תרגם ליתרון 0–1. בדקה ה-85 השלים זהבי צמד וקבע 0–2 למכבי, ובכך מחק את היתרון הצ'כי מהמשחק הראשון והעלה את מכבי לפלייאוף ההעפלה לליגת האלופות. בשלב הפלייאוף הוגרלה מכבי למפגש כפול מול בזל, שהדיחה אותה פעמיים בעונת 2013/2014 - במוקדמות ליגת האלופות ובשלב 32 האחרונות של הליגה האירופית. במשחק הראשון בחוץ עלתה מכבי ליתרון בדקה ה-31 משער של זהבי. השווייצרים איזנו כעבור מספר דקות, ושתי דקות לסיום השלימו מהפך ועלו ליתרון 1–2. בדקה ה-96, שש דקות לתוך תוספת הזמן, כבש זהבי בנגיחה לאחר הגבהה של מיכה וקבע שוויון 2-2 דרמטי. בגומלין הביתי עלתה בזל ליתרון כבר בדקה ה-11, אך בדקה ה-24 שוב היה זה זהבי שאיזן את התוצאה לאחר בישול של ניקולה מיטרוביץ' וקבע שוויון 1-1. התוצאה נותרה עד לסיום, ומכבי הדיחה את בזל בזכות חוק שערי חוץ והעפילה בפעם השנייה בתולדותיה (השוותה את שיאה של מכבי חיפה) לשלב הבתים של ליגת האלופות.
לקראת שלב הבתים ביצעה מכבי שינוי בעמדת השוער, כאשר פרדראג ראיקוביץ' הוחתם במקומו של חואן פבלו קולינאס. מכבי הוגרלה לבית קשה עם צ'לסי של המאמן ז'וזה מוריניו, פורטו ודינמו קייב. מכבי, שאירחה את משחקיה באצטדיון סמי עופר, רשמה קמפיין חלש, בו הובסה פעמיים 0–4 על ידי צ'לסי, לא השיגה כלל נקודות (שישה הפסדים בשישה משחקים), וכבשה רק שער אחד בפנדל, בהפסד הביתי 1–3 לפורטו, מרגליו של זהבי. בסך הכול סיימה מכבי במקום האחרון בבית ללא נקודות, ובפער שערים שלילי של 1–16.
העפלות לשלב הבתים של הליגה האירופית (2016-2018).
לאחר הקמפיין האירופי וחילופי המאמנים, סיימה כסגנית האלופה והעפילה לשלב המוקדמות בעונת 2016/2017 בליגה האירופית. הייתה זו עונת מעבר עבור הצהובים, שנפרדו מתאריהם בעונה החולפת, ולקראת העונה נאלצו להיפרד מהכוכב הגדול של הקבוצה, ערן זהבי, וכן מאצטדיונה הביתי בלומפילד שעבר שיפוצים ובמקומו אירחה את משחקיה באצטדיון נתניה. המאמן הגיאורגי, שותא ארבלדזה, הגיע ואיתו בגזרת הרכש הגיעו בין היתר וידאר קיארטאנסון, אוסקר סקאריונה ויוסי בניון. מכבי נאלצה לעבור ארבעה סבבי מוקדמות בדרך לשלב הבתים, והחלה את דרכה מול גוריצה הסלובנית. במשחק הראשון בבית השיגה מכבי ניצחון 0–3 מצמד של איגיבור ושער של אורלנדו סה, והשלימו העפלה עם ניצחון בגומלין, 1-0 משער של בניון. בסיבוב המוקדמות השני פגשה מכבי את קאיראט אלמטי הקזחית. במשחק הראשון בחוץ איזן בניון בדקה האחרונה לאחר שער יתרון של אנדריי ארשאבין, ובגומלין, שערים של בן-חיים ושל אלברמן הספיקו לניצחון 1–2 ולכרטיס לשלב הבא. בסיבוב המוקדמות השלישי פגשה מכבי את פאנדורי טרגו ז'יו הרומנית, והשיגה ניצחון כפול, 1–3 בחוץ (בן-חיים, איגיבור ומיכה) ו-1–2 ביתי (איגיבור וסקאריונה). לאחר שלושה סיבובי מוקדמות הגיעה מכבי לפלייאוף ההעפלה לשלב הבתים מול היידוק ספליט הקרואטית. במשחק הראשון כבשו אלברמן וסקאריונה לזכות הצהובים בדרך לניצחון 1–2 בנתניה, ובגומלין נכנעו הצהובים באותה התוצאה (סקאריונה למכבי). המשחק הגיע לדו-קרב פנדלים, בו כבש ריקן את הפנדל השישי והמכריע וקבע 3–4 למכבי בדרך לשלב הבתים של הליגה האירופית. הייתה זו העפלה שלישית של מכבי לשלב הבתים של המפעל, והיא הוגרלה מול זניט סנקט פטרבורג הרוסית, א.ז. אלקמאר ההולנדית ודאנדוק האירית. במשחק הראשון אירחה מכבי את זניט, וצעדה ביתרון מבטיח של 0–3 מצמד של מדוניאנין ושער של קיארטאנסון עד לדקה ה-77, אך בתוך 13 דקות הפך הניצחון המרשים להפסד כואב, הרוסים הפכו ל-3–4 ומכבי נותרה ללא נקודות. מכבי התקשתה להתאושש מאובדן הנקודות ורשמה הפסד מפתיע באירלנד, 1-0 לדאנדוק. במשחק החוץ מול אלקמאר השיגה מכבי נקודות ראשונות, עם ניצחון 1–2 משערים של סקאריונה ושל אייל גולסה (שער נאה בבעיטה ממרחק). לאחר שוויון 0-0 ביתי מול היריבה ההולנדית, נכנעה מכבי 0–2 לזניט בחוץ, וסיימה את שלב הבתים עם ניצחון 1–2 על דאנדוק משערים של בן-חיים (פנדל) ומיכה. מכבי סיימה שלישית בבית וכשלה להעפיל לשלב הבא.