במאה ה-17 הגיעו מתרימים רבים כל כך מקהילות יהודיות אחרות בעולם, ובמיוחד מיהדות פולין שחוותה מאורעות קשים באותן שנים, עד שבפאס התקינו תקנה שמלבד ההקצבות לעניי הקהילה ולשליחים מארץ ישראל, יש גם להקצות כספים לשליחים מקהילות יהודיות בארצות אחרות. זאת על אף שגם בפאס עצמה הקהילה היהודית עמדה בפני קשיים כלכליים באותן שנים.
השושלת העלאווית.
בשנת 1631 נוסדה במרוקו השושלת העלאווית ששולטת במרוקו עד היום. המיתוס המכונן של המשפחה המלכותית העלאווית הוא שהם צאצאים למשפחת הנביא מוחמד, ובהתאם הם תופשים את עצמם כממונים על הגנת האסלאם. היחס ליהודים במהלך תקופתה של השושלת העלווית לא היה עקבי (כפי שבא לידי ביטוי במיתוס האנטישמי, אגדת אבן משעל, להגדרת קום השושלת כתגובת נגד ל"רשעות" היהודים כנגד המוסלמים) והיה תלוי במדיניותו של הסולטן של כל תקופה.
מייסד השושלת העלאווית, מולאי ראשיד, הצליח במהלך מסע כיבושים לאחד את מרבית שטחה של מרוקו המודרנית תחת שליטתו. במהלך מסע הכיבושים הוא התאכזר ליהודים בערים השונות שעליהם הוא הצליח להשתלט. במרקש הוא הורה על שריפתה הפומבית של משפחתו של היועץ היהודי לשליט הקודם של העיר, והרס בתי כנסת בעיר. לאחר שכבש את האזור סוס בדרום מרוקו, הוא גירש משם יהודים רבים והתייחס אליהם ברודנות.
תחת מולאי ראשיד עלה לשלטון בנו ויורשו, מולאי איסמעיל (1672–1727). מולאי איסמעיל נודע באכזריותו כנגד נוצרים, אך היה דווקא אדיש ביחס ליהודים. מסיבה זו מצד אחד לא מנע מיהודים להגיע לתפקידים בכירים כגון וזירים או שגרירים, אך מצד שני גם לא מנע את ההשפלות והפוגרומים נגד יהודים שהתרחשו בדרום מרוקו בתקופת שלטונו והטיל על הקהילות היהודיות מיסים רבים. מולאי אסמאעיל הפך את העיר מקנס לעיר בירתו וכנהוג בנה מלאח ליהודים קרוב לארמון המלוכה. תחת מולאי איסמעיל היציבות במרבית מרוקו התחדשה וניתן אישור לשקם כמה מבתי הכנסת שנהרסו בימי אביו.
שני הסולטנים שבאו לאחר מולאי אסמעאיל המשיכו ביחס סובלני יחסית ליהודים, וכך למשל השליט מוחמד אבן עבדאללה (1757-1790) החיה את העיר מוגדור והזמין את היהודים לבוא אליה ולסחור שם. בתקופתם יצור מטבעות המדינה היה מונופול בידיים יהודיות, ויהודים שימשו כבנקאים, מתרגמים, וכשליחי המלך במשא ומתן מול מלך צרפת, לואי ה-15 ומנהיגים אירופאים אחרים.
היורש של מוחמד אבן עבדאלה היה הסולטן יזיד (1790-1792) שרדף את היהודים וכונה בספר דברי הימים של יהודי פאס "יזיד המזיד". תחת שלטונו של יזיד היהודים חוו מאורעות קשים ברחבי מרוקו. למשל כשיזיד כבש את העיר תטואן הוא הורה לקשור את העשירים מבין היהודים לסוסים ולגרור את גופותיהם ברחבי העיר. בנוסף המלאח היהודי בעיר נבזז ונשים יהודיות נאנסו. בשנת 1790 הרס המלך יזיד את בתי הכנסת בפאס וגירש את היהודים מהעיר. רק ב-1792 הותר להם לשוב, אך מספר היהודים ששבו היה קטן. פרעות דומות נערכו גם ביהודים במקנס, רבאט, אל-קסר אל-כביר, טנג'יר וערים נוספות. מסורת של בני עיירת אופראן מדרום מרוקו מספרת ששליט אזורי מקומי מטעם יזיד קשר בשלשלאות 50 מגברי הקהילה ואילץ אותם לבחור בין התאסלמות למוות, ובעקבות זאת 50 הגברים החליטו למות על קידוש השם וקפצו בזה אחר זה לתוך אש בוערת.
המאה ה-19 וראשית המאה ה-20.
במהלך המאה ה-19 מרוקו חוותה אי יציבות ומלחמות עם המעצמות האירופאיות ספרד וצרפת. היהודים, על אף שלא היו מעורבים, פעמים רבות נקלעו למצוקה בעקבות הקרבות. כך למשל כשפרצה המלחמה בין מרוקו לצרפת בשנת 1844, היהודים במוגדור סבלו גם מהפגזות ספינות הקרב הצרפתיות וגם מפוגרום מצד תושבים מוסלמים שניצלו את אי היציבות כדי לפרוץ לרובע היהודי. לפי דיווחים מהתקופה, 50 יהודים נהרגו ו-4000 נשארו ללא קורת גג. כשפרצה המלחמה בין מרוקו לספרד ב-22 בספטמבר 1859, האוכלוסייה המוסלמית בעיר תטואן התנכלה לקהילה היהודית בעיר, בזזה את רכושה, וגרמה לבריחתם של יהודים רבים ולמותם של כ-400 יהודים. אף על פי שהיהודים סבלו מהקרבות בין מעצמות אירופה למרוקו, למפגש המחודש עם אירופה היה גם פן חיובי. במהלך המחצית השנייה של המאה ה-19 נוצר מעמד חדש במרוקו שהיה קרוי "תג'אר אל-סולטאן" או "סוחרי המלך". קבוצה זו של סוחרים, שחלק ניכר מהם היו יהודים, ניהלו את קשרי המסחר של מרוקו עם מעצמות אירופה. סוחרים אלה נבחרו על ידי השלטון בשל מיומנותיהם ותפקידם היה להגדיל את ממונו של המלך בעזרת סחר עם זרים, ולבלום את ההשתלטות האירופאית על כלכלת מרוקו. סוחרים אלו היו פטורים ממס הגולגולת שהיה מוטל על היהודים, חיו באזור המנהלי, ונהנו מאהדה ותמיכה רבה מהשלטון. כמו כן, כחלק מהפגישה המחודשת בין מגורשי ספרד לבין אירופה, רבים שדיברו עד אותה תקופה בשפת החכיתיה אמצו את הספרדית המודרנית, ושפות אירופאיות נוספות (במיוחד צרפתית). קהילת יהודי מוגדור אימצו במיוחד את האנגלית ועמדו בקשרי מסחר נרחבים עם אנגליה.
תופעה ראויה לציון נוספת במהלך המאה ה-19 הייתה הגירה של יהודים ממרוקו לדרום אמריקה בעקבות תעשיית הגומי - עד 1910 כמעט אלף משפחות ערכו את המעבר. מספר מצומצם יותר של יהודים ממרוקו היגרו גם לאנגליה, צרפת ואף לארצות הברית. סוחר יהודי בינלאומי בולט מהתקופה הוא משה אליהו לוי ממוגדור שהיגר בבגרותו לפלורידה, זכה לפרסום עקב מאמרו נגד העבדות, רכש מאות אלפי דונם של אדמה בפלורידה והקים שם התיישבות חקלאית מתוך כוונה לקלוט פליטים יהודים ממזרח אירופה.
המפגש המחודש עם אירופה כלל גם את חידוש הקשרים עם הקהילות היהודיות במערב אירופה. כך למשל, בשנת 1863 משה מונטיפיורי, יהודי ספרדי וראש קהילת יהודי בריטניה, קיבל פניה לבוא לעזרת יהודים מהעיר אספי במרוקו שהיו אמורים להיות מוצאים להורג בהאשמה שהם הרגו אזרח ספרדי. מונטיפיורי בהסכמת הממשלה הבריטית ערך ביקור מפורסם למרוקו וניסה לשדל את הסולטן מוחמד הרביעי לשחרר את היהודים הכלואים ולשפר את מצבם של היהודים תחת שלטונו. הסולטן נענה לבקשתו, שחרר את העצורים, ואף פרסם צוו שמורה על זכות שווה למשפט צדק בין נתיניו המוסלמים והלא-מוסלמים. עם זאת כבר באותם ימים הועלו ספקות לגבי כנות הצו, שנועד בראש ובראשונה לרצות את מונטיפיורי בעל הקשרים לממשלת בריטניה.
במאה ה-19 יהודי מרוקו חיו בשלושה אזורים בעלי מאפיינים שונים, שבכל אחד מהם ישבו כשליש מכלל היהודים במדינה. באזורי החוף של מרוקו, בין אם לחופי הים התיכון, או לחופי האוקיינוס האטלנטי, בערים כגון טנג'יר, תטואן, מוגדור, אגדיר ועוד, ישבו יהודים שניהלו קשרי מסחר ענפים עם אירופה שממנה חלק ניכר מהם הגיעו, בין אם כמגורשים מספרד, ובין אם כמהגרים ואנוסים בתקופות מאוחרות יותר. יהודים אלה גם ניהלו קשרים ענפים עם הקהילות היהודיות באירופה. חלק נוסף מיהדות מרוקו ישב במרכז הארץ, בערים כגון פאס ומקנס, גם בערים אלה רבים מהתושבים היו ממגורשי ספרד ומהגרים מאוחרים יותר. האזור השלישי שבו ישבו יהודים במרוקו היה דרום המדינה, במיוחד במרקש ובכפרים רבים. יהדות הרי האטלס ישבה באזורים הכפריים וההרריים הבֶּרְבֶּרִים ומנתה מספר אלפי יהודים שדברו לרוב בניב יהודי של התַשֶלְחִית, יהודים אלה היו לרוב סוחרים, והם סייעו לגשר בין השבטים הבֶּרְבֶּרִים השונים שפעמים רבות היו עוינים אחד לשני ורק היהודים יכלו לעבור בין הגבולות השבטיים. עם זאת, לעיתים היהודים נפגעו ממעמדם כבני חסות של שבטים באזורים ההריים, ומקרים שבהם רכושם נלקח מהם על ידי השבט או המשפחה שהם היו תחת חסותה לא היו נדירים.
עד המאה ה-19, רבעים יהודים מסוגרים בערים מרוקאיות (מלאח) היו קיימים רק בשלוש מהערים הגדולות של מרוקו - פאס, מרקש ומקנס. עד אותה תקופה המלאח נתפש כמאפיין של עיר הבירה, אך לא בהכרח של ערים אחרות. היה זה הסולטאן מולאי סלימאן (1792-1822) שהפך את המלאח לתופעה נפוצה ברוב ערי מרוקו. הוא היה אחראי לבנייתם של מלאח במספר ערי נמל חשובות - רבאט, מוגדור, סלא ותטואן (בה המלאח היה ידוע בשם הספרדי judería, הרובע היהודי). ברבות מהערים הגירוש למלאח היה כרוך בסבל רב ליהודים.
במהלך המאה ה-19 החל זרם מואץ יותר של עלייה יהודית ממרוקו לארץ ישראל, בעיקר של רבנים חשובים ומשפחותיהם (כגון משפחת בן שמעון, משפחת שלוש ומשפחת מויאל). בשנת 1846 מולאי עבד אל-רחמן, שליט מרוקו, כתב למושל טנג'יר:
במהלך המאה ה-19 הוצאה להורג סול חגוואל, צעירה יהודיה מהעיר טנג'יר שהואשמה שהתאסלמה וחזרה ליהדות. היא נזכרת כצדיקה במורשת של יהודי מרוקו והיא הונצחה במספר רב של שירים ופיוטים.
חיי הקהילה.
הארגון הקהילתי.
הקהילה היהודית היא גוף דמוקרטי ועצמאי. בניגוד למקובל בקהילות של המגורשים במזרח התיכון, לא ידוע במרוקו על אסיפות קהל שהשתתפו בהם כל שכבות הציבור, כולל העניים. במרוקו ייצגו את הקהילה "הגדולים בפורעי המס", כלומר אלה שנחשבו הטובים ביותר, העשירים ביותר- זאת הייתה אפליה מכיוון שנתנו כוח רב רק לעשירים- רק הם אלו שייצגו את הקהילה ורוב הכוח הפוליטי היה בידם. מגורשי ספרד ארגנו את הקהילות שלהם במרוקו לפי הסדרים והתקנות שהיו נהוגים בקשטיליה. שנתיים אחרי הגירוש חכמי פאס כתבו את ספר התקנות של מגורשי קשטיליה אשר בפאס. הספר כולל מאתיים וחמישים תקנות אשר הותקנו במשך כמאתיים חמישים שנה מתחילת גירוש ספרד במאה ה15 ועד מחציתה של המאה ה-18. התקנות כוללות תחומי חיים כמו סדרי הדין והמשפט, הנהגה, איסור מכירת יין לנוכרים, מיסים, חינוך, צניעות נשים, נעילת חנויות בערב שבת ועוד. בין הקהילות היה שיתוף פעולה בקשר לתקנות, למשל חכמי קהילת מכנאס נתבקשו להסכים על תקנה כלשהי עם חכמי קהילת פאס.
הנגיד.