במקור היו באגם שלוש עשר מינים מקומיים של דגים ומהם שרדו רק המינים "Catostomus ardens" (באנגלית Utah sucker) ו-"Chasmistes liorus" (June sucker) המצוי בסיכון גבוה. המין הדומיננטי באגם הוא קרפיון מצוי שהוחדר לראשונה למי האגם ב-1883 כתחליף לדגים המקומיים שהתמעטו בשל דיג יתר. הקרפיון מהווה כ-90% מהביומסה באגם ותורם להתדרדרות אוכלוסיות הדגים המקומיות על ידי שינויים מפליגים במערכת האקולוגית. גם זיהום גורם לפגיעה במערכת האקולוגית של האגם. שפכים שמקורם בביוב הוזרמו לאגם עד 1967. בעיות של זיהום מים עדיין קיימות. רמת הזרחות והמלחים באגם גבוהה בהרבה מעל למותר על פי חוק המים הנקיים.
גאוגרפיה.
אגם יוטה שוכן בתוך עמק יוטה בצפון-מרכז מדינת יוטה. הרים מקיפים את עמק יוטה משלושה צדדים: רכס ווסאץ' (Wasatch Range) ממזרח, הרי טראוורס (Traverse Mountains) מצפון והר לייק (Lake Mountain) ממערב. הר נבו (Mount Nebo) מתנשא לגובה של 3,616 מטרים, והר טימפאנוגוס (Mount Timpanogos) לגובה של 3,580 מטרים, כמעט 2,210 מטרים מעל לקרקעית העמק. הר וסט (West Mountain) בגובה 2,074 מטרים חודר לאגם ומחלק אותו בין מפרץ גושן (Goshen Bay) וחוף לינקולן. אגם יוטה שוכן בקצה המערבי של העמק ומשתרע על יותר מ-25% משטחו. אורכו 38.3 קילומטרים, אורך חופיו 122.3 קילומטרים, גובהו 1,368 מטרים מעל פני הים, עומקו המקסימלי 4.27 מטרים, שטח פניו 392 קמ"ר ונפח מימיו כ-1.13 מיליון קילומטרים מעוקבים. החוף המזרחי הוא מדרון מתון, בשל מיקומו של האגם בחלק המערבי של העמק, בעוד שבחוף המערבי מתנשא בתלילות הר לייק (Lake Mountain). אל החלק המרכזי של האגם מחוברים שני מפרצים גדולים רדודים: מפרץ גושן שהוזכר לעיל (צפון עמק גושן), בדרום ומפרץ פרובו (Provo Bay) במזרח. ערים גדולות דוגמת פרובו ואורם שוכנים בין חופו המזרחי של האגם והרי ווסאץ'.
אגם יוטה הוא שריד לימה גדולה בהרבה מהפליסטוקן, ימת בונוויל (Lake Bonneville), שהתקיימה בין לפני 75,000 שנים ועד לפני 8,000 שנים. בשיאה לפני 30,000 שנים, הגיעו פני ימת בונוויל לגובה של 1,550 מטרים מעל פני הים ושטחה היה 51,000 קילומטרים רבועים, כמעט כמו שטחה של ימת מישיגן. משקל מי הימה דחס חלקים מקרקעית הימה לעומק של עד 73 מטרים, ואלו חזרו לגובהם המקורי כשהימה התייבשה. לפני כ-12,000 שנים האקלים באזור התחמם והפך צחיח יותר. שיעור ההתאדות היה גבוה משיעור כניסת המים לימה והימה החלה להתייבש, כשהיא מותירה מאחוריה כשרידים את ימת המלח הגדולה, אגם יוטה, אגם סווייר (Sevier Lake) ואגם ראש (Rush Lake).
במהלך 65,000 שנים שבהן התקיימה ימת בונוויל הצטברו משקעים ויצרו מישור אגמי בעמק יוטה. משום כך קרקעית העמק וקרקעית אגם יוטה שטוחים יחסית, ובשל כך האגם רדוד. עומקו המקסימלי של האגם הוא 4.27 מטרים ועומקו הממוצע הוא 2.74 מטרים. רדידות זו מאפשרת לרוחות לנתק בקלות משקעים מקרקעית האגם, ובכך לתרום לעכירות וליצירת הרושם שיש זיהום במי אגם יוטה.
שלושה העתקים קיימים מתחת לאגם יוטה. כיוונו של אחד ההעתקים, העתק אי הציפור (Bird Island fault), הוא מתחת לקצה המזרחי של האגם, והוא מאפשר את קיומם של מעיינות חמים בסמוך לחוף לינקולן. המעיינות החמים המשמעותיים הנוספים הם בחוף הצפוני וקרויים סרטוגה ספרינגס (Saratoga Springs). המעיינות החמים הם בעיקר תוצאה מהתפתחות לחץ הידראולי כשמי התהום זורמים לכיוון מרכז האגם.
באגם שוכן אי קטן הקרוי אי הציפור (Bird Island), כ-3.5 קילומטרים צפונית למזח הסירות של חוף לינקולן, בסמוך לקצה הדרומי של האגם. על האי צומחים כמה עצים שניתן לראות מחוף לינקולן. בשנים שפני האגם מתרוממים האי מוצף לגמרי, והעצים הם הסימן היחיד להימצאותו שם. האי הוא יעד פופולרי לדייגים המחפשים את מיני הדגים "Sander vitreus", בס לבן ("Morone chrysops") ומין השפמנון "Ictalurus punctatus".
הידרולוגיה.
אגן הניקוז של אגם יוטה משתרע על פני שטח של 9,962 קילומטרים, שרובו הררי. הנקודה הגבוהה ביותר באגן הניקוז היא הר בולד (Bald Mountain) המתנשא לגובה 3,586 מטרים ברכס הרי יואינטה. 3,166 קילומטרים מתוך שטח אגן הניקוז (32%) מנוהלים על ידי שירות היערות של ארצות הברית, 1,009 קילומטרים רבועים (11%) מנוהלים על ידי רשויות ממשל אחרות, ורוב היתרה, 5,114 קילומטרים רבועים (51%), נמצאים בידיים פרטיות.
שני יובלים עיקריים אחראים לכמעט 60% מהמים הנכנסים לאגם יוטה. פרובו (Provo) מספק 36% מהמים, וספניש פורק (Spanish Fork) מספק 24% מהמים. יובלים אחרים כוללים את הנחלים אמריקן פורק (American Fork), קרנט קריק (Current Creek), דריי קריק (Dry Creek), הובל קריק (Hobble Creek) ומיל רייס קריק (Mill Race Creek). בנוסף, יש מעיינות חמים רבים וערוצים קטנים יותר הזורמים אל האגם. את אגם יוטה מנקז הנהר ג'ורדן, המתחיל בקצה הצפוני של האגם. הנהר מנקז 51% מסך כול המים היוצאים מהאגם. הוא זורם דרך המחוזות יוטה, סולט לייק ודייוויס ונשפך לחלקה הדרום-מזרחי של ימת המלח הגדולה. בשל האקלים הצחיח למחצה השורר באזור האגם, שטח הפנים הגדול שלו ורדידותו, ההתאדות אחראית ל-42% מהמים היוצאים מהאגם. 7% הנותרים מחלחלים לקרקע.
בשלהי המאה ה-19, לאחר כמה שנים של בצורת פרצו ויכוחים בין חברות ההשקיה על חלקם במי אגם יוטה מהנהר ג'ורדן. השופט מורס (Morse) מבית המשפט המחוזי השלישי נתן פסק דין שכונה צו מורס מ-1901. הצו קבע שחברות ההשקיה "זכאיות לצו המעניק להם, כפוף להגבלות המוגדרות להלן, את הזכות להשתמש בכל מאזן מי הנהר ג'ורדן, למטרות עירוניות, השקיה, בישול ושימוש ביתי, עד לקיבולת של התעלות השונות שלהם, והזכות לסכור ולאגור את מי הנהר האמור באגם יוטה" בתגובה לבצורת נבנה מתקן שאיבה ביציאה של הנהר ג'ורדן מאגם יוטה. היה זה מתקן השאיבה הגדול ביותר בארצות הברית בשעתו. המתקן כלל שבע משאבות בספיקה כללית של 20 מטרים מעוקבים בשנייה. לאחר הצו הפך אגם יוטה בפועל למאגר מים להשקיה וזרימת המים בנהר ג'ורדן הייתה תחת פיקוח הדוק.
כתוצאה מהשיטפונות בשנים 1983–1984, הוגשה תביעה לפיצוי בשל נזקי השיטפונות המבוססת על הפרת החוזה של רמת הפשרה הקודמת. ב-1985 הגיעו הצדדים להסכמה על רמת פשרה חדשה שקבעה את הרמה המקסימלית של פני האגם על 1,368 מטרים מעל פני הים. כאשר גובה המים באגם יוטה עובר רמה זו משאירים את השערים והמשאבות שבפתח הנהר ג'ורדן פתוחים, אלא אם פתיחת השערים תגרום לכך שספיקת מי הנהר ג'ורדן תעלה על המקסימום שנקבע בפשרה. משמעות רמת הפשרה החדשה הייתה שגובה פני אגם יוטה הוא מתחת לגובה קרקעית הנהר ג'ורדן.
זיהום.
מחקר מ-1948 הראה שאגם יוטה מזוהם בצורה רצינית. כתוצאה מכך החליטו ערי מחוז יוטה לתכנן כיצד והיכן לבנות מכונים לטיהור שפכים במקום להזרים את השפכים ישירות לאגם. עד 1954 בנו ערים רבות מכוני טיהור שפכים, אבל המכון של פרובו היה עדיין בבנייה. ב-1967 עדיין הוזרמו לאגם שפכים בלתי מטוהרים.
מחלקת איכות המים של יוטה (Utah Division of Water Quality) ומחלקת מי השתייה של יוטה (Utah Division of Drinking Water) הם הגופים האחראים במדינת יוטה על ניהול ופיקוח איכות המים. אגמים, נהרות ונחלים שחורגים מרמות התקן מוכנסים לרשימה על פי סעיף (d)303 לחוק המים הנקיים (Clean Water Act). חוק זה שנחקק ב-1972 בקונגרס של ארצות הברית, ועבר כמה שינויים משמעותיים מאז, מחייב מדינות לזהות מדי שנתיים גופי מים לקויים. המדינות מחויבות לפתח מדד המכונה עומס יומי כולל מקסימלי (total maximum daily load), בראשי תיבות TDML, לכמות המזהמים שגוף המים יכול להטמיע מבלי לגרום לגוף המים לחרוג מתקני איכות המים. אגם יוטה הוכנס בשנים 2000 ו-2004 לרשימת (d)303 בשל זרחות ומוצקים מומסים (total dissolved solids בראשי תיבות TDS) בכמות העולה על הערכים המומלצים. רמות גבוהות של זרחן עלולות לגרום למטרד של פריחת אצות, רמה נמוכה של חמצן מומס, ורמות גבוהות של pH. TDS מודד את ריכוז מלחי המינרלים במים, שעלולים לגרום לבעיות בחקלאות ומי השתייה. מחלקת איכות המים של יוטה הכינה תוכנית חומש לטיפול באגם בשנים 2019-2015.
כריסי וילסון (Krissy Wilson) ממחלקת משאבי חיות הבר של יוטה (Utah's Division of Wildlife Resources), הצהירה ב-2010 שאיכות המים משתפרת, כשזרימות מים גדולות יותר, בין שאר הדברים, תורמות לשיפור. עם זאת, נוכחות ופעילות הקרפיונים, גורמים לערבול מוצקים במים, ומקשים בכך להעריך את השיפור מבלי לערוך מדידות מדעיות.
היסטוריה.
טרום הגעת האירופים.
המתיישבים הראשונים באזור היה ציידים-לקטים מתרבות המדבר הארכאית. אתר ארכאולוגי מתקופה זו שנחקר קרוי כפר סואונקהני (Soo'nkahni Village) בסמוך לנהר ג'ורדן בדרייפר (Draper). האתר מתוארך לפני 3,000 שנים ומעל 30,000 חפצים נמצאו באתר. המתיישבים הבאים שתועדו באזור היו בני תרבות פרימונט שחיו באזור אגם יוטה מבערך שנת 400 לספירה עד סביב שנת 1350 לספירה. הם התגוררו בכפרים קטנים של ציידים וחקלאים. הם גידלו תירס, דלעת ושעועית. שינוי התנאים האקלימיים גרם צרות לחקלאות. כמו כן, אבותיהם הקדומים של שבטי היוט, הפאיוט, והשושוני הצפון-מערביים עקרו לאזור. עקב כך עזבו בני תרבות פרימונט את האזור.