הסיורים נערכו גם ביוזמה התקפית מול בסיסי היציאה של המחבלים בלבנון. ב-7 בספטמבר 1972, הסטי"ל אח"י "חנית" מדגם סער 3 בפיקודו של אלי רהב השמיד סירת מחבלים לא הרחק מצור. הייתה זו הפעם הראשונה בה הופעל תותח ה-76 מ"מ בקרב ימי תוך שימוש בבקרת מכ"ם בלבד. בדיעבד הייתה זו התגובה הראשונה לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן שהתרחש יומיים קודם לכן. האירוע המחיש את הצורך להצטייד באמצעי זיהוי מעבר לטווח הנשק הקל של המחבלים. בשל הגברת פעילות הסטי"לים בתחום הפעילות נגד סירות מחבלים, נעשו גם שיפורים בכוח האש הקל והותקנו מקלעים בצדי סיפוני הספינות. בסטי"לים מדגם "סער 3" אף הוחלף מוצב טילים מצטודד בתותח 20 מ"מ, דבר שפגם במוכנות ללחימת הטילים.
הובלת כוחות פשיטה - לאחר שהמחבלים הקימו בלבנון מחנות אימונים בתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20 ואף הגיעו בסירות לחופי ישראל החל צה"ל לפעול נגדם. בליל 14/15 בינואר 1971 הופעלו לראשונה בדרך הים כוחות צנחנים ושייטת 13 במבצע מבצע ברדס 20, בפיקודם של חיים נדל - מפקד הכוח הפושט, והדר קמחי - מפקד הכוח הימי. היעדים נמצאו בסרפנד ובראס א-שייח, דרומית לצידון בחוף לבנון. שש ספינות השייטת, אח"י "חנית" בפיקוד אפרים אשד שימשה ספינת , ארבע ספינות בפיקוד שבתאי לוי - אח"י "חץ" בפיקוד אברהם בן שושן, אח"י "משגב" בפיקוד גדי בן זאב, אח"י "מזנק" בפיקוד אברהם אשור ואח"י חיפה (סער 2) בפיקוד אלי רהב נשאה את כוח הצנחנים. אח"י מבטח בפיקוד רפי אפל נשאה את כוח שייטת 13 שהיה פיקודו של חנינא עמישב. כוחות הפשיטה הובלו מהסטי"לים לחוף בסירות גומי. הותקפו והושמדו שני בסיסים של החבלה הימית ובסיס אימונים יבשתיים.
השימוש בסטי"לים להובלת כוחות פשיטה הורחב באורח ניכר בראשית 1973, הן בהיקף הכוחות הפושטים והן במספר הספינות שנטלו חלק במבצעים. באותה שנה נטלה השייטת חלק בפשיטות עומק בלבנון נגד יעדי פח"ע (פעילות חבלנית עוינת) במבצע ברדס 54–55 ובמבצע אביב נעורים. על הסטי"לים, שחלקם שימש להובלת כוחות הפשיטה וחלקם לאבטחה, פיקד מפקד השייטת - שבתאי לוי (קצין).
מבצע ברדס 54-55 - בלילה שבין 22 ל-23 בפברואר 1973, פשטו כוחות צנחנים ולוחמי שייטת 13 על יעדי מחבלים צפונית לטריפולי בלבנון ופגעו בהם. הלוחמים פונו במסוקים וחלקם בסטי"לים.
מבצע אביב נעורים - בליל 9–10 באפריל 1973, הובילו ספינות השייטת כוחות מצנחנים, שייטת 13 וסיירת מטכ"ל לפשיטות במקביל על בסיסי מחבלים בביירות ובצידון. ההצלחה העיקרית של המבצע הייתה חיסולם של מספר בכירים בפת"ח. במבצע השתתפו 10 סטי"לים ושני דבורים. הכוחות הובלו ליעדם ובחזרה בסטי"לים.
מלחמת יום הכיפורים, אוקטובר 1973.
שייטת ספינות הטילים נטלה חלק פעיל בלחימה של צה"ל במלחמת יום הכיפורים. לפי מדיניות הביטחון של צה"ל ועל פי פקודת סלע על חיל הים היה לפעול בדרך הגנתית ולהישאר בקרבת חופי ישראל, אולם מפקד חיל הים בנימין תלם נקט ביזמה התקפית ויידע את הרמטכ"ל כשספינות הטילים פגשו באויב בקרבת נמליו. הניצחון המוחלט בקרב הראשון יצרה התייחסות שונה במטה הכללי בהמשך המלחמה. החזית הימית נפתחה וההצלחות הברורות בה היו נקודות אור יחידות בימים הראשונים למלחמת יום הכיפורים. ההכרעה בקרבות הטילים במהלך המלחמה יצרה מעמד מבוסס לישראל בזירה הימית. אף על פי שחלפו שנים רבות, ההרתעה מיכולת חיל הים הישראלי מחזיקה מאז מעמד.
סדר הכוחות במלחמה בים התיכון.
ערב המלחמה כלל שייטת ספינות הטילים 13 יחידות לחימה, כולן בזירת הים התיכון:
מפקד השייטת היה אל"ם מיכאל (יומי) ברקאי, לימים אלוף ומפקד חיל הים. על חלקו בלחימה הוענק לו עיטור המופת.
בנוסף לספינות הטילים היו במערך חיל הים בים התיכון, 14 ספינות בט"ש (דבורים וברטראמים), 3 נחתות וכוח קומנדו ימי שייטת 13.
סדר כוחות ציי האויב בים התיכון.
ציי מצרים וסוריה היו האויבים הימיים בזירת הים התיכון. להלן כלי השיט ומערך הגנת החוף שהיו להם:
התארגנות ויציאה.
בערב יום הכיפורים נשלחו "געש" בפיקוד רס"ן אריה שפר, גם כמוביל זוג, ו"חרב" בפיקוד סרן שמואל פרס (פפר) לסיור מודיעין בגזרה צפונית מזרחית לפורט סעיד. הסיור בוצע בדממת מכ"ם ותקשורת מוחלטת ומחוץ לטווחי הגילוי של מערך המכ"מים המצרי. לא התגלתה פעילות מצרית כלשהי והספינות חזרו בבוקר לנמל חיפה.
אף כי המודיעין הימי התריע על מלחמה קרבה, השייטת קיבלה את הידיעה על כך רק בבוקר יום ו', 5 באוקטובר 1973. פעילות ההתארגנות נעשתה בלחץ רב. הבעיה העיקרית שעמדה הייתה התחמשות בטילי גבריאל, מאחר שכל ספינות השייטת נשאו רק מחצית מהחימוש המלא. בספינות מדגם סער 3 הייתה בעיה חריפה יותר: משגר מצטודד לשלושה טילים מבין שני המשגרים שהיו, הוחלף בתקופה שלפני המלחמה בתותח 20 מ"מ, על מנת שספינות אלה תוכלנה לסייע בלחימה בסירות מחבלים במסגרת סיורי הבט"ש. אספקת הטילים הייתה לפי קצב הכשרתם בבית המלאכה לטילים והתקנתם בספינה חייבה עבודה עם מנוף. הגישה לספינות הייתה דרך כביש צר על שובר הגלים והיו רק שני רציפים שאפשרו את ההעמסה. ההתארגנות הטכנית נמשכה עד אחרי פרוץ הקרבות בשעה 1400 של יום הכיפורים, ונעשתה על חשבון תדרוכים ותכנונים אחרונים.
בבוקר יום הכיפורים בסביבות 1000 הוחל בפריסת יחידות חיל הים: שתי ספינות אח"י קשת מדגם סער 4 ואח"י אילת מדגם סער 2 בפיקוד מפל"ג סער 4 אלי רהב נשלחו להתרעה נגד מטוסים מול דרום המדינה. כמו כן שתי ספינות נוספות, אח"י מבטח מדגם סער 1 בפיקוד דני מלמד עם מפל"ג 31 מיכה לצרוס ואח"י רשף מדגם סער 4 בפיקוד מיכה רם, נשלחו צפונה, לאזור מצפון לראש הנקרה להתרעה נגד מטוסים וכן למניעת הגעת סטילים סוריים לאזור צור לביצוע ירי טילים על אזור מפרץ חיפה.
11 ספינות היו מוכנות לקרב כאשר פרצה המלחמה. שתי ספינות היו באחזקה במספנות חיל הים - אח"י חיפה ואח"י חץ. הן הוכשרו לכשירות מלאה תוך זמן קצר והשתתפו בקרבות ההמשך. הדבר איפשר ריכוז שני כוחות משימה אחד לזירת מצרים והשני לזירת סוריה. זאת תוך הגעה לעדיפות אופרטיבית בשתי הזירות. יציאת הכוחות נעשתה ללא נוהל קרב מסודר והספינות שיצאו בזוגות הצטברו ככוח בים. תורת הקרב שימשה כשפה משותפת ואפשרה ציוות ספינות והבנה מלאה בין המפקדים.
תורת הקרב לספינות סער העניקה עדיפות ללחימה בלילה. הקרבות נוהלו ביוזמה התקפית בקרבת חופי אויב. כוחות אוויר של האויב לא הופעלו מעל הים. הספינות יצאו בגיחות ליליות וחזרו מדי יום לבסיס להתחמשות ותדלוק.
המעורבות הסובייטית בגזרת תנועת הכוחות והלחימה.
עם הידיעה על המלחמה העומדת לפרוץ יצאה אוניית הביון 'קרים' מפורט סעיד, תפסה עמדה והעבירה מידע על תנועות חיל האוויר וחיל הים הישראליים.
קרב לטקיה.
קרב טילי ים-ים הראשון בעולם נערך בלילה שבין 6 ל-7 באוקטובר מול חופי סוריה. כוח שמנה חמישה סטי"לים בפיקודו של המש"ט - מיכאל (יומי) ברקאי, יצא לסיור אלים לפגיעה במטרות ולהשמדת כלי שיט באזור נמל לטקיה. הספינות בכוח היו: אח"י מזנק (סער 2), בפיקוד משה בן ישי (צינר) הייתה ספינת הדגל כשעליה המש"ט ברקאי ועמו צוות החפ"ק (חבורת הפיקוד) השייטתי. אח"י חנית (סער 3), בפיקוד זאב יחזקאלי. אח"י געש (סער 3), בפיקוד אריה שפר, אח"י מבטח הייתה עדיין חמושה בתותחים בלבד (סער 1), בפיקוד דני מלמד ועליה מפל"ג 31 מיכה לצרוס. אח"י רשף (סער 4), בפיקוד מיכה רם.
כמעט קרב באזור טרטוס - בשעה 20:30 לערך, כשהכוח הישראלי היה דרומית מערבית לנמל טרטוס התגלה מכ"ם סטי"ל סורי באזור מבואות הנמל. מפקד השייטת דיווח למפקדת חיל הים וביקש סיוע אווירי כמוגדר בתורת הקרב, אך נענה שאין באפשרות חיל האוויר להקצות סיוע כזה. בוצעה הערכת מצב על פי כל הנתונים שהיו בידי הכוח ולא היה ברור באם הסטי"ל הסורי הוא בתוך הנמל או מחוצה לו. מפקד השייטת החליט להפליג מזרחה עם ה"מזנק" ולהתקרב לחוף להבהרת תמונת הקרב. שאר ארבע הספינות נשארו מאחור, ממערב לטרטוס ובפריסה רחבה. לא התגלו מטרות כלשהן ולכן החליט מפקד השייטת להמשיך עם הכוח צפונה לאזור שממערב ללטקיה ואז להתפצל לשני כוחות תוך ביצוע הטעיות שיגרמו לסורים להוציא כוחות לים. במידת הצורך החליט שתבוצע גם הפגזת חוף.
קרב לטקיה - בהמשך תוך כדי תנועתו לאזור לטקיה כ 35 מייל מהחוף, זיהה הכוח טרפדת סורית, והספינות מזנק ורשף פתחו עליה באש תותחים ופגעו בה, אך היא המשיכה במנוסתה לכיוון החוף, תוך דיווח למפקדת הצי הסורי שהיא מנהלת קרב עם ספינות אויב. החנית נשארה להטביעה ושאר הכוח המשיך בדרכו. בשלב זה ההתגלתה מטרה מזרחית לכוח. בתחילה זוהתה בטעות כספינת טילים ובהמשך כמקשת סורית בטווח העולה על טווח ה"גבריאל". הספינות מזנק וגעש החלו לדלוק אחריה ובטווח של כ-23 ק"מ, מעבר לטווח המרבי של הגבריאל, ירתה אח"י מזנק טיל שנפל לפני המטרה. בינתיים הספינות רשף ומבטח התקרבו למקשת, רשף שיגרה לעברה שני טילים שפגעו בה והבעירוה.