משפחה של כהנים גדולים מבית צדוק ששימשה בתפקיד מכיבוש ארץ ישראל על ידי אלכסנדר הגדול ועד תקופתו של אנטיוכוס הרביעי שהדיח את הכהן הגדול חוניו השלישי מתפקיד הכהן הגדול ומסר את התפקיד תמורת שוחד לאחיו המתייוון יאסון. בין בית חוניו ובית טוביה התנהלו מאבקים על כוח ושררה ועל עמדת הבכורה. הכהן הגדול בנוסף להיותו מנהיג דתי היה גם בעל כוח כלכלי, הוא עסק בגביית מיסים, שלט באוצרות בית המקדש וניהל את השוק בירושלים.
יוסף בן טוביה.
מצב זה, של התקררות היחסים בין יהודה למצרים, נוצל על ידי בן אחותו של הכהן הגדול, יוסף בן טוביה, פיקח ונמרץ, שהבין כי יוכל לנצל את המצב לתועלתו. יוסף היה בן למשפחה עשירה ומיוחסת, בית טוביה, בעלת אחוזות שהתגוררה בעבר הירדן, והתנגדה בזמנה להנהגת נחמיה. בהיוודע דבר ניצחונם המזהיר של התלמיים על בית סלאוקוס, כינס יוסף בן טוביה את אספת העם בירושלים וממנה קבל ייפוי כוח להגיע משמה לאלכסנדריה ולפייס את המלך הרוגז. יצוין כי תפקיד הייצוג של יהודה כלפי המלכות, שהיה מסור לכהן הגדול עבר, בהסכמת העם, לידי יוסף בן טוביה. במתנות ובדברי חנופה עלה בידי יוסף בן טוביה לקנות את לב שליחו של תלמי השלישי, וכך סלל לעצמו דרך לחצר המלך במצרים. יוסף הצליח לקנות את לב המלך, כשהוא מבטיח לו להכפיל את מכסת המיסים של יהודה, אם תימסר לידיו חכירת המיסים של "סוריה ופויניקיה", שיהודה שייכת להן. המלך נעתר לבקשתו ואף צייד אותו באלפיים לוחמים כדי שיוכל לגבות את המיסים ללא התנגדות, וכך אכן קרה, תוך גביה אכזרית מצידם. במשך עשרים ושתים שנה היה יוסף בן טוביה חוכר מסי המלך, התנהלותו של יוסף בלטה בדאגה לקידום האינטרסים האישיים והתעלמות מצרכי העם. המכה שניחתה על הכהונה הגדולה במישור האישי ובמישור הממלכתי הייתה קשה. התוצאות בהמשך, בדבר המריבה בין שני הכוחות, הזיקה מאוד ליהודה.
הארץ בשליטה סלאוקית (142-198 לפנה"ס).
בשנת 200 לפנה"ס, במהלך המלחמה הסורית החמישית, הכה אנטיוכוס השלישי הגדול, המלך השישי מבית סלאוקוס, את צבאות בית תלמי בקרב בניאס, ומאז ניתנה יהודה תחת שלטון הממלכה הסלאוקית. ממלכה זו, בשונה מבית תלמי, הייתה מורכבת מפסיפס של עמים ואתנוסים. אזור הממשל התלמי "סוריה ופיניקיה" הפך ל"חילת סוריה ופיניקיה", שהיה מחולק למרידרכיות (למשל: רצועת החוף, אידומיאה ועזה) ולטופרכיות קטנות.
בתקופת השלטון הסלאוקי החלה מדיניות קולוניזציה אינטנסיבית, והובאו מתיישבים יוונים. הסלאוקים ניהלו מדיניות הלניזציה שהגיעה לשיאה בימי אניטוכוס הרביעי אפיפנס. השלטון ראה בערי הפוליס ההלניסטיות אמצעי להגברת ההלניזציה בארץ, והן היו חלק מהמערך השלטוני. הם גבו מיסים מהטריטוריות שסופחו לערים וגייסו את תושביהן לצבא הסלאוקי. האיכרים היהודים והשמים היו לאריסים על אדמותיהם לשעבר, ומצבם הנחות הביא לחיכוכים עם המתיישבים ההלניסטים.
אנטיוכוס השלישי ומגילת הזכויות ליהודים.
ב־198 לפנה"ס העניק אנטיוכוס השלישי ליהודים מגילת זכויות חשובה. מגילת הזכויות, המופיעה אצל יוסף בן מתתיהו, מאושרת לפחות בחלקה מן הממצא הארכאולוגי: מ"כתובת חפציבה" שבעמק יזרעאל המזרחי, וכן משרידי כתובת יוונית מבית המקדש, שנמצאה ליד שער האריות.
הענקת מגילת הזכויות נבעה מרצונו של אנטיוכוס השלישי לחזק את יהודה כגורם נאמן ויציב בגבול העימות עם בית תלמי המצרי וכגמול על השותפות המיוחדת שנוצרה בירושלים, ערב כיבושה בידי הסלאוקים, בין יוסף בן טוביה לבין שמעון הכהן הגדול, שותפות שסייעה לגרש את חיל המצב המצרי שחנה ב"מצודת הבירה" (המצודה שמצפון-מערב למקדש), שסיפק ציוד ומזון ללוחמיו של אנטיוכוס.
מגילת הזכויות העניקה ליהודים מידה רבה של אוטונומיה, וחיזקה את מוסד הכהונה. הכהנים שעסקו בתפקידי שיפוט נמנו עם שכבה סגורה - משפחת בית צדוק. הללו שרתו במקדש במשמרות, על-פי חלוקה לכ"ד בתי אב, ופרנסתם הייתה על הציבור.
הירידה במעמדם של בית טוביה.
חיזוק הכהנים היה בבחינת "טריק" סלאוקי, שמטרתו הייתה לגמד כוחות מתחרים "חילוניים". במשפחת בית טוביה רבו המתחים הפנימיים. הורקנוס, בנו של יוסף בן טוביה, נהנה מחסדם של התלמיים, לאחר שתלמי הרביעי, "פילופטור", הביס את אנטיוכוס השלישי, הסלאוקי, בקרב רפיח, בשנת 217 לפנה"ס וקנה לו מעמד נכבד. אירועים אלה החריפו את המתחים בינו לבין אחיו. בעקבות מפלת הצבא התלמי בקרב על בניאס בשנת 200 לפנה"ס וכיבוש יהודה נאלץ הורקנוס להימלט מיהודה ולהתבצר בנחלת אבותיו, בנחלת טוביה שבעבר הירדן. בריחתו חיזקה את מעמדה של הכהונה הירושלמית הפרו-סלאוקית שעמה נמנו אישים כמו שמעון השני וחוניו השלישי.
הפערים הכלכליים ותופעת ההתיוונות.
הבעיה הסוציו-אקונומית ביהודה הייתה קשה וללא סימני פתרון. נוצר פער עמוק בין המעמדות: האצילים, בעלי הנכסים והרכוש, ובין האיכרים ביהודה. פער זה והשלכותיו החברתיות והמוסריות מוצא את ביטויו הקשה בחיבורו של המשורר והסופר שמעון בן סירא. פערים אלה החריפו על רקע תופעת ההתיוונות. המתיוונים, בדרך כלל עשירים, עירוניים, ממשפחות מיוחסות, גרמו לביקורת קשה שנמתחה עליהם מצד העניים, הכפריים, אשר ההתיוונות הייתה זרה להם.
מות אנטיוכוס השלישי והחלפתו בסלאוקוס הרביעי.
אנטיוכוס השלישי הסתבך במלחמה עם הרומאים, שהחלו ללטוש עין אל ממלכת הסלאוקים. המלחמה הסתיימה בכישלונו המוחץ בקרב מגנסיה (190 לפנה"ס). אנטיוכוס נאלץ לשלם לרומאים, בעקבות שלום אפאמיאה שנכפה עליו (188 לפנה"ס), פיצויי מלחמה כבדים, לצמצם את שטחי ההשפעה שלו בצפון, ואף למסור לידיהם את בנו, אנטיוכוס הרביעי, כבן ערובה. כדי לעמוד בהתחייבויותיו הכספיות לרומאים, הטיל אנטיוכוס מיסים כבדים על העמים המשועבדים לו, ואף נאלץ לשלוח ידו באוצרות מקדשיהם. כאשר ביקש לחמוס את אוצר המקדש בעילם, התנפלו עליו המקומיים והרגוהו. יורשו, סלאוקוס הרביעי, קיבל ב"ירושה" גם את ההתחייבויות הכספיות ואף הוא, כקודמו, ביקש למצוא דרכים למלא את קופת המדינה.
חוניו השלישי הכהן הגדול.
באותו זמן נסערה יהודה מיריבויות בין שני כוחות. חוניו השלישי, שירש את הכהונה הגדולה לאחר מות אביו, שמעון השני (להבדיל משמעון הצדיק, כינויו של שמעון הראשון), הרחיב את סמכויותיו, והיה גם מקובל על רוב העם. התחזקותו עוררה את קנאתם של חוגי אצולה ביהודה, ובראשם משפחת בית טוביה. עימות זה היה מורכב משלוש זוויות: זווית עקרונית - עימות בין חוגי אריסטוקרטיה (מעין "חילונית") לבין הנהגה דתית (תאוקרטית), זווית כלכלית - רצון לחתור תחת מנהיגותו של הכהן הגדול השולט על אוצרות המקדש, ניהול השוק בירושלים וגביית המיסים וזווית פוליטית - רצון לחתור תחת סמכותו של הכהן הגדול, כמי שמייצג את העם לפני השלטון הזר, ובמקרה זה - בית המלוכה הסלאוקי.
עימותים אלה התנהלו גם בין הכהן הגדול חוניו השלישי, שעל אף מעמדו ועמדתו היה בעל נטייה פרו-תלמית, לבין אחיו הכהנים, שהמשיכו את מסורת בית אבא ותמכו בסלאוקים. באותה שעה פרץ סכסוך בין שמעון, "נגיד המקדש" (הממונה על משק המקדש) על ניהול שוק העיר והפיקוח עליו (תפקיד שנקרא "אגורנומוס" ביוונית) לבין חוניו השלישי שדחה את בקשתו. שמעון נמנה עם משפחת כהנים בשם בית בילגה, שהייתה מפורסמת כמשפחה מתייוונת.
שמעון המתייוון לא בחל באמצעים, והחליט להשיג את מבוקשו על ידי התערבות סלאוקית. שהם כמו התלמאים שקדמו להם, מיעטו עד כמה שאפשר, להתערב בעניינים פנימיים של הנשלטים. שמעון פנה לאפולוניוס, אחד המצביאים הסלאוקיים, ודיווח לו כי אוצרות רבים נאגרים בבית המקדש (עובדה שהסלאוקים היו מודעים לה זה מכבר) ובכללם (וזה אכן חידוש) כספיו של הורקנוס יוסף בן טוביה, שהיה מאוהדיו ומתומכיו של בית תלמי. אפולוניוס העביר את המידע להליודורוס, ראש מינהל השרים הסלאוקי, והלה מיהר לבית המקדש בירושלים, במצוות המלך סלאוקוס הרביעי ובברכתו, על מנת להחרים את האוצרות. הקופה הסלאוקית הריקה והחובות לרומאים "השכיחו" איפוא מהמלך הסורי את נוהלי אי-ההתערבות. כמו כן מהלך זה היה בבחינת פגיעה בסעיפי כתב הזכויות, שהעניק בזמנו אנטיוכוס השלישי ליהודים.
על-פי המסופר בספרות החיצונית היהודית, בספר מקבים ב', אך דרכו רגליו של הליודורוס על מפתן בית המקדש, הופיע פתאום פרש מסתורי רוכב על סוסו ושני מלאכים תפסו את הליודורוס, הפילוהו ארצה והכו אותו נמרצות. הליודורוס שנפל, מן-הסתם, למארב מתוכנן, ביריוני, הוצא מן המקדש מחוסר הכרה.
הידיעות על תככיו ומעשי בגידתו של שמעון עוררו את חמת המוני העם בירושלים, ובעיר פרצו מהומות (כמהלך מוסת, כך דומה, על ידי מתנגדי שמעון). חוניו השלישי, הכהן הגדול, ביקש להיפגש עם אנטיוכוס הרביעי הסלאוקי (מי שעלה למלוכה ב־175 לפנה"ס לאחר מות סלאוקוס הרביעי, אחיו, ובהסכמת הרומאים, כמהלך טקטי מתוחכם), שכינויו "אפיפנס" ("המתגלה" ביוונית) כדי לפרט בפניו את הסיבות למהומות בעיר ולבקשו להרחיק את שמעון, הגורם למריבות אחים. בשלב זה ציווה המלך אנטיוכוס לעכב את חוניו השלישי במעצר.
יאסון הכהן הגדול.