ענידת טלאי צהוב נאכפה מ-27 במאי 1942. בגרסה הבלגית הייתה אות שחורה "J" ("Juif" בצרפתית ו-" "Jood"" בהולנדית) במרכז מגן דוד צהוב. המגן-דוד היה צריך להיות מוצג באופן בולט על הלבוש החיצוני כשהאדם היה בפומבי והוטלו עונשים קשים על אי-ציות. הגזירה עוררה זעם ציבורי בבלגיה. תוך סיכון אישי, חלק מהממונים ברשויות האזרחיות בבלגיה - בבריסל ובלייז' - סירבו להפיץ את הטלאי וכך אפשרו ליהודים רבים להרוויח זמן על מנת למצוא מסתור.
הרשויות הגרמניות באנטוורפן ניסו לאכוף את ענידת הטלאי בשנת 1940, אך המדיניות לא יושמה. אזרחים לא-יהודים מחו וחלקם ענדו סרטי זרוע.
גירוש והשמדה, 1942–1944.
מאוגוסט 1942 החלו הגרמנים לגרש יהודים באמצעות "גיוס לעבודה" במפעלים גרמנים כעילה לגירוש. היו יהודים שהגיעו מרצונם אך על רובם נכפה מעצר. בהמשך המלחמה הסתמכו הגרמנים יותר ויותר על המשטרה כדי לעצור יהודים בכוח.
השיירה הראשונה מבלגיה, שנשאה יהודים חסרי אזרחות, עזבה את מחנה המעבר מכלן לאושוויץ ב-4 באוגוסט 1942 ובעקבותיהם יצאו טרנספורטים אחרים. הרכבות הללו יצאו למחנות ההשמדה במזרח אירופה. בין אוקטובר 1942 לינואר 1943 הופסקו הגירושים באופן זמני; עד אז גורשו 16,600 יהודים ב-17 טרנספורטים. כתוצאה מהתערבותה של המלכה האם אליזבט, המגורשים בגל הראשון הזה לא היו אזרחים בלגים. בשנת 1943 התחדשו הגירושים. עד אז, כמעט 2,250 מיהודי בלגיה גורשו כפועלים בכפייה עבור ארגון טודט, ובמסגרתו פעלו עם קבוצת הנדסה אזרחית וצבאית, שעסקה בבניית החומה האטלנטית בצפון צרפת.
בספטמבר פשטה יחידת סייענים מתנדבים פלמים על בתים כדי לתפוס חפצי ערך וחפצים אישיים כשתושביהם התכוננו להתייצב במחנה מעבר. באותו חודש גורשו יהודים בעלי אזרחות בלגית לראשונה. יחידת בסייענים הסתמה על רשתות של מודיעים, ושילמו בין 100 ל-200 פרנק בלגי עבור כל אדם שהוסגר. לאחר המלחמה הצהיר משתף הפעולה פליקס לאוטרבורן במשפטו כי 80 אחוז מהמעצרים באנטוורפן נעשו לאור מידע של מלשינים בתשלום. 6,000 יהודים גורשו בשנת 1943, ועוד 2,700 ב-1944.
באנטוורפן גורשו 67 אחוז מהיהודים. בבריסל 37 אחוז, בלייז' 35 אחוז ובשרלרואה 42 אחוז. היעד העיקרי של הטרנספורטים היה אושוויץ. שילוחים היו גם למחנות הריכוז בוכנוואלד ורוונסבריק, וכן למחנה הריכוז ויטל בצרפת.
בסך הכול גורשו מבלגיה 25,437 יהודים. רק 1,207 מהם שרדו את המלחמה. בין המגורשים שנרצחו היה האמן הסוריאליסטי פליקס נוסבאום בשנת 1944.
שיתוף פעולה בלגי בשואה.
חברי מפלגות פוליטיות בלגיות ניסו לסייע בגירוש היהודים. אגודה המכונה / ("ההגנה העממית") הוקמה כדי לקבץ אנטישמים בלגים ולסייע בגירוש. בשלבים הראשונים של הכיבוש פעלו למען חוקים אנטי-יהודיים חריפים יותר. מפלגות ו-VNV פרסמו באופן שגרתי מאמרים אנטישמיים בעיתוניהם המפלגתיים.
המדיניות של הרשויות האזרחיות הבלגיות (במיוחד המשטרה והז'נדרמריה) לא הייתה אחידה. חלקם סייעו לשלטונות הגרמנים במעצרי יהודים, באנטוורפן במיוחד. הם סייעו לשרות העבודה הבלגי על גיוסם של יהודים לעבודות כפייה בצרפת בשנת 1941 וסייעו באיסוף היהודים באוגוסט 1942 לאחר שבמקרה אחד, משטרת הביטחון והאס-דה איימו לכלוא אנשי משטרה מקומיים במבצר ברנדונק. מחוץ לאנטוורפן כפו לעיתים הגרמנים על המשטרה הבלגית להתערב ולסייע במעצר יהודים. כחמישית מהיהודים שנעצרו בבלגיה נעצרו על ידי המשטרה הבלגית.
התנגדות בלגית לרדיפות היהודים.
ההתנגדות הבלגית לרדיפת היהודים התגבשה בין אוגוסט לספטמבר 1942, בעקבות החקיקה בנושא טלאי צהוב ותחילת הגירוש. עם תחילת הגירוש, השמידו פעילי מחתרת יהודים רשומות של יהודים שנערכו על ידי ה-AJB. הארגון הראשון שהוקדש במיוחד להסתרת יהודים, "הוועד להגנת היהודים בבלגיה"), הוקם בקיץ 1942 בידי תנועה המחתרת הגדולה "חזית העצמאות". על פי הערכות, הוועד הציל עד 3,000 ילדים ו-5,000 מבוגרים במציאת מקומות מסתור. הוא הפיק שני עיתוני מחתרת בשפה היידית, "אונדזער וורט" (בעל עמדה ציונית סוציאליסטית) ו"אונדזער קאמפף", "המאבק שלנו", בעל אוריינטציה קומוניסטית). בנוסף היו עוד קבוצות התנגדות מאורגנות שסיפקו תמיכה ליהודים מסתתרים. קבוצות אחרות ואנשים פרטיים היו אחראים על מציאת מקומות מסתור ואספקת מזון ומסמכים מזויפים. יהודים הצטרפו לקבוצות התנגדות מאורגנות, חזית העצמאות (Front de l'indépendance) היו פופולריות בקרב יהודי בלגיה. לקבוצת "הפרטיזנים החמושים (הזרוע החמושה של חזית העצמאות)" היו פעילים יהודיים רבים בבריסל.
ההתנגדות הייתה אחראית להתנקשות בחייו של רוברט הולצינגר, אחראי הכנת רשימות הגירוש, בשנת 1942. הולזינגר היה יהודי אוסטרי שנבחר על ידי הגרמנים לתפקיד. ההתנקשות הביאה לשינוי בהנהגת ה-AJB. חמישה מנהיגים יהודים, כולל ראש ה-AJB, נעצרו ונכלאו בברנדונק, אך שוחררו לאחר מחאה ציבורית. שישי גורש ישירות לאושוויץ.
באוגוסט 1942 דיווח העיתון המחתרתי כי "הם [היהודים המגורשים] נהרגים בקבוצות על ידי גז, ואחרים נהרגים בירי ממכונות ירייה."
בתחילת 1943, אחת מיחידות המחתרת שלחה את ויקטור מרטין, כלכלן באוניברסיטה הקתולית בלוון, לאסוף מידע על גורל יהודי בלגיה שגורשו באמצעות תפקידו כיסוי של חוקר באוניברסיטת קלן. מרטין ביקר במחנה לוויין של אושוויץ ודיווח על שריפת גופות במשרפות. הוא נעצר על ידי הגרמנים, נמלט והצליח לדווח על ממצאיו ל-CDJ במאי 1943.
בטירת פן הוסתרו במהלך המלחמה 87 ילדים יהודים.
ההתקפה על הטרנספורט ה-20.
פעולת ההתנגדות הבלגית הידועה ביותר בשואה הייתה ההתקפה על הטרנספורט העשרים לאושוויץ. בערב 19 באפריל 1943, שלושה צעירים שלא היו אנשי מחתרת, חמושים באקדח בודד, תקפו את הטרנספורט כשעבר ליד האכט בבראבאנט הפלמית. הרכבת שהכילה יותר מ-1,600 יהודים נשמרה על ידי 16 גרמנים ממשטרת הביטחון ומהאס-דה. אנשי המחתרת השתמשו בפנס מכוסה בנייר אדום (איתות סכנה) כדי לעצור את הרכבת, ושחררו 17 אסירים מקרון אחד לפני שהתגלו על ידי הגרמנים. 200 אסירים נוספים הצליחו לקפוץ מהרכבת בהמשך המסע. שלושת אנשי המחתרת האחראים לפעולה נעצרו לפני תום הכיבוש. יורה ליבשיץ הוצא להורג וז'אן פרנקלימון ורובר מייסטריו גורשו למחנות ריכוז אך שרדו.
ההתקפה על הטרנספורט ה-20 הייתה התקיפה היחידה על רכבת גירוש מבלגיה במהלך המלחמה.
התנגדות פסיבית.
רדיפת היהודים על ידי הגרמנים הביאה להתנגדות ציבורית בבלגיה. ביוני 1942 התלונן נציג משרד החוץ הגרמני בבריסל, ורנר פון ברגן, שהבלגים לא הפגינו "הבנה מספקת" של מדיניות הגזע הנאצית.
עיתון המחתרת הבלגי La Libre Belgique קרא לאזרחי בלגיה להראות את סלידתם מהמדיניות הגזענית הנאצית. באוגוסט 1942 קרא העיתון לבלגים "ברך אותם [היהודים] כשאתה עובר ברחוב! הצע להם את מושבך בחשמלית! הפגן נגד האמצעים הברברים שמופעלים נגדם. זה ירתיח את הבושים!".
אפליית יהודים הוקעה על ידי אישים רבים בבלגיה. מאוקטובר 1940 גינה הארכי-הגמון הקתולי בבלגיה, הקרדינל יוזף-ארנסט ואן רואי, את המדיניות הגרמנית ובמיוחד את החקיקה משנת 1942. ואן רואי העמיד משאבי כנסייה לצורך הסתרת יהודים, אך נמנע מגינוי פומבי של יחס הגרמנים ליהודים, עקב חששם של עמיתיו מדיכוי הכנסייה בתגובה לכך, על ידי הנאצים. ניסיונות גרמנים לערב את הרשויות הבלגיות ואת השלטון המקומי ברדיפות היהודים עוררו מחאה משנת 1942 ואילך. ועדת המזכ"לים, קבוצת עובדי מדינה בכירים בבלגיה שמונו לשם יישום דרישות גרמניה, סירבה לאכוף חקיקה אנטי-יהודית. ביוני 1942 סירבה ועידה של 19 ראשי הערים באזור בריסל רבתי לאפשר לפקידיה לחלק טלאי צהוב ליהודים במחוזותיהם. ראשי הערים, בראשות יוזף ואן דה מילברוק, שלחו מכתב מחאה על הגזירה לרשויות השלטון הגרמני ב-5 ביוני. סירוב מועצת בריסל ובהמשך סירוב מועצת העיר ליאז' להפיץ טלאים צהובים אפשר ליהודים רבים להסתתר לפני תחילת הגירוש.
באותה שנה נפגשו חברי ה-AJB עם המלכה האם אליזבת בבקשה שתתנגד לגירוש. היא פנתה למושל הצבאי של בלגיה, הגנרל אלכסנדר פון פלקנהאוזן, ששלח את אגרט רדר, סגנו וראש ההיבטים הלא צבאיים של הממשל, לברלין כדי לברר את המדיניות עם הימלר. המשרד הראשי לביטחון הרייך נענה לאליזבת והעניק לחלק מהיהודים שהיו בעלי אזרחות בלגית פטור זמני מגירוש.
מורשת וזיכרון.
ניצולי שואה בלגיים בולטים כוללים את פרנסואה אנגלר, זוכה פרס נובל לפיזיקה בשנת 2013, ופול לוי, עיתונאי ידוע (שהתנצר) שהיה ממעצבי הדגל האירופי.
מאז שהתקבל חוק הכחשת השואה בשנת 1995, אין זה חוקי להכחיש או לנסות להצדיק את השואה. החוק בא בעקבות החוק הבלגי נגד גזענות, שהתקבל בשנת 1981, חוק שהביא להקמת המרכז לשוויון הזדמנויות והתנגדות לגזענות, מרכז שחוקר גזענות ואנטישמיות בבלגיה וכן מסייע לקורבנות אפליה. צריפי ברנדונק ודוסין (אתר מחנה המעבר מכלן לשעבר) נשמרים כמוזיאונים לשואה ולדיכוי הגרמני בבלגיה במהלך הכיבוש.
בשנת 2004 הנחה הסנאט הבלגי את המרכז לחקר היסטורי ותיעוד על מלחמה וחברה עכשווית (Ceges/Soma) להפיק דוח היסטורי על שיתוף פעולה בלגי בשואה. הדו"ח, שכותרתו "בלגיה הצייתנית" ( / ), פורסם בשנת 2007. הדו"ח הדגיש את שיתוף הפעולה של המשטרה והרשויות הבלגיות בגירוש היהודים.
עד שנת 2022, זכו 1,744 בלגים באות חסידי אומות העולם בגין סיכון חייהם לשם הצלת יהודים במהלך הכיבוש הנאצי.