בסוף תקופת שלטונו של אכבר, התפרסה האימפריה המוגולית על רוב הודו מצפון לנהר הגודאבארי, חוץ מגונדוואנה במרכז הודו, ששילמה דמי חסות למוגולים, אסאם בצפון-מזרח, וחלקים גדולים של דקאן.
מלחמותיו.
עם מותו של הומאיון, קצין הינדי בשם הימו ראה בחילופי השלטון הזדמנות להקים לעצמו ממלכה והביס את המושלים של דלהי ושל אגרה. ב-5 בנובמבר 1556 צבאו של אכבר הצליח לנצח את הימו בקרב פניפט השני, קרב בו הימו עצמו נפצע ומת, מותו של הימו איפשר לאכבר לתפוס את השלטון בדלהי ואגרה. הבסת הימו ביססה את שליטתו של אכבר במערב ומרכז תת-היבשת. צבאו כבש את לאהור ואת מולטאן וב-1558 את אג'מר ואת מצודת גליור אותה הפך לכלא ליריביו הפוליטיים.
ב-1560 פתח במסע צבאי במהלכו כבש את מאלווה והפך אותה לסובה (פרובינציה) בממלכתו.
אכבר השתלט על מרידות רבות בממלכתו, שכללו גם מרד שבראשו עמד הגנרל אדהם ח'אן שהיה בנה הצעיר של מאהם אנרה ומרד של אחיו למחצה מירזה מוחמד חכים (בנה של אשתו השנייה של הומאיון מאה צ'וצ'ק בגום)) שהיה מושל קאבול וכרת ברית עם האפגנים, כאשר דיכא את מרידות האפגנים דן את מנהיגיהם למחיצה על ידי פיל. אכבר התחיל להרחיב את הגבולות של האימפריה אשר קיבל בירושה, ב-1564 צבאו של אכבר, בפיקודו של אסף ח'אן כבש את הממלכה העשירה של הגונדים, משם הגיעו פילים מאולפים. אכבר כבש ואיחד את רג'יפוטנה, שם כבש מבצרים בעלי חשיבות, במהלך כיבושיו לא היסס להרוג לוחמים וכן אזרחים לא לוחמים, על מנת להרתיע ולמנוע מרידות עתידיות. ב-1572 כבש את אחמדאבאד וב-1573 השלים את כיבוש ממלכת גוג'ראט. ב-1574 ניצח צבאו של אכבר את צבאו של דאוד ח'אן קראני, שליט בנגל, בקרב ליד פטנה אחרי שקראני ניסה לכבוש את ביהר. ב-3 במרץ 1575, בקרב טוקרוי, ניצח צבאו של אכבר בפיקודו של מונים ח'אן את צבא האפגנים של קראני ובכך כבש אכבר את בנגל ואת ביהר. ב-12 ביולי 1576, ליד ראג'מהאל, דיכא צבאו של אכבר בפיקודו של ח'אן ג'האן קולי מרידה של דאוד ח'אן וכתוצאה מכך כבש גם את אודישה. ב-1585 שלח צבא לכבוש את קשמיר ובהמשך את בלטיסטאן ולדאק, את טהאטה שהייתה הממלכה העצמאית האחרונה בסינד וב-1595 את שארית בלוצ'יסטאן. ב-1593 פתח במערכה נגד שליטי רמת דקאן וב-1600 כבש את סולטנות אחמדנגר.
אחרי מות הומאיון, קנדהאר נכבשה על ידי האימפריה הספווית, ב-1595 הצליח אכבר להשתלט על קנדהאר, והשיא את קנדהארי בגום, בתו של השליט המקומי וצאצאית של השושלת הספווית לנכדו שאה ג'האן (כאשתו הראשונה).
כיבושיו של אכבר פתחו בפניו אפשרויות סחר הן דרך מפרץ בנגל והן דרך נמלי הים הערבי.
בניית פטהפור סיקרי.
החל ב-1571 אכבר בנה עיר בירה מוקפת חומה בשם פטהפור סיקרי (פטהפור - "מבצר הניצחון") ליד אגרה. הוא בנה שם ארמונות לכל אחת מנשותיו הבכירות, אגם מלאכותי ענק, וחצרות מלוכה מרהיבות. העיר, עם זאת, התבררה כקצרת-מועד, אולי בשל העובדה שאספקת המים לא הספיקה או שאיכותה הייתה ירודה, או כמו שכמה היסטוריונים מאמינים, אכבר נאלץ לרכז את עיסוקיו בצפון-מערב והעביר את בירתו בשל סיבות פוליטיות. בשנת 1585 הועברה הבירה ללאהור שם שהה אכבר במשך כ-13 שנה ונאבק באוזבקים וב-1599 הועברה לאגרה.
שיטת הממשל.
שיטת הממשל המרכזית והריכוזית של אכבר התבססה על המערכת שהתפתחה מאז סולטנות דלהי, אבל הפונקציות של המחלקות השונות אורגנו מחדש בקפידה עם תקנות מפורטות הנוגעות לתפקוד שלהן.
מערכת השלטון הייתה מורכבת מארבעה אגפים עיקריים, שכולם היו כפופים לארמון:
המדינה חולקה ל-12 סובות (פרובינציות), כל אחת תחת שליטתו של סובהדר (מושל), מושלים אלו היו ידועים גם בתואר נזים (ناظم).
מיסוי.
בראש משרד האוצר עמד וזיר (דיוואן - diwan), שהיה אחראי על כל נושאי הכספים וניהול קרקעות הג'גיר.
אכבר אימץ שתי גישות שונות אך אפקטיביות לשליטה על שטח נרחב והכללת קבוצות אתניות מגוונות בשירות הממלכה. בסיס השיטה היה המשך של המנגנון אותו הקים שיר שאה סורי המס נקבע בשיעור קבוע על פי סוג היבול ואיכות הקרקע ולעיתים לא היה אופטימלי.
בשנת 1580 אכבר קיבל סטטיסטיקות על גביית המיסים בעשור הקודם כדי להבין את מידת היעילות ואת תנודות המחיר של יבולים שונים. בעזרת תודר מאל, שר הכספים שלו, אכבר הגדיר לוח זמנים לאיסוף המס בו יוכלו האיכרים לעמוד תוך כדי מיקסום הרווח למדינה. מערכת המס החדשה נקראה "דסלה". המס נקבע בהתאם למקובל בכל אזור ומידת הבירוא ואיכות האדמה, נע בין שליש למחצית היבול הממוצע בעשר השנים הקודמות ושולם במזומן.
אכבר היה תלוי במידה רבה בזמינדרים, בעלי אדמות. הם השתמשו בידע שלהם על המקום ובהשפעתם, כדי לאסוף את המס ולהעביר אותו למשרד האוצר, כאשר הם שומרים לעצמם חלק מההכנסה (לרוב כ-10%). לזמינדרים היה כוח שיטור משל עצמם שאיפשר להם לגבות את המס. המס עצמו נגבה כתוצרת חקלאית. הזמינדרים של כל אזור נדרשו לספק הלוואות וכלים חקלאיים בעת הצורך, כדי לעודד את החקלאים לחרוש שטחים רבים ככל האפשר, וכדי לזרוע זרעים בעלי איכות גבוהה. לזמינדאר לא הייתה זכות לנשל איכר מאדמתו כל עוד המיסים שולמו כסדרם.
חלק מהזמינדרים היו האצולה הצבאית (המנסבדים, ראו בהמשך) והם שמרו לעצמם נתח גדול יותר מהמס על מנת שיוכלו לתחזק צבא שיעמוד לרשות השלטון המרכזי בעת הצורך.
שיטת הזמינדרים גרמה לכך שלא היה לאיכר קשר ישיר עם השלטון המרכזי, אלא עם השלטון המקומי בלבד.
צבא.
ראש הצבא נקרא "מיר בקשי", נבחר מקרב האצילים המובילים של חצר המלוכה. ה"מיר בקשי" היה אחראי על איסוף מודיעין, וגם ייעץ לשליט בנושאי מינויים צבאיים ומבצעים צבאיים.
כחלק מהשיטה האדמיניסטרטיבית של אכבר, לאריסטוקרטיית הלוחמים (המנסבדרים) היו דרגות (מנסב) שהתבטאו במספר החיילים הכפופים להם, כלומר מספר החיילים שעליהם להביא לשדה הקרב כאשר קוראים להם. בזכות שיטת המנסב, צבא הקבע האימפריאלי היה צבא קטן ועיקר הצבא התבסס על כוחותיהם של המנסבדרים.
לכל מנסבדר הוקצה שטח שנקרא ג'אגירים (כפרים ששילמו מס) שלא עברו בירושה והיו ניתנים להעברה כמטבע עובר לסוחר. ובשל כך נקראו המנסבדרים גם ג'אגירדאר. המנסבדר היה המושל המקומי של השטח אותו קיבל אולם למניעת צבירת כוח רב מדי, העבירו את המנסבדרים מעת לעת ממקום למקום.
להבדיל מאימפריות אחרות, שכבת האצולה (המנסבדרים) לא הייתה פטורה ממסים. שכרם התקבל כחלק מהמס שהם גבו מהג'אגירים ואת היתרה העבירו לחצרו של אכבר.
בפועל, לא היו מרידות של מנסבדרים נגד השלטון המרכזי כך שהשיטה יכלה להמשיך להתקיים.
יחסים בין דתיים.
אכבר היה שליט פיקח, שנהנה מהאתגר של שליטה על אימפריה כה גדולה, והוביל מדיניות של פיוס והטמעה של ההינדים (כולל מריאם אל-זאמאני, האם הראג'פוטית ההינדית של בנו ויורשו, ג'אהאנג'יר), שהיוו את רוב האוכלוסייה. אכבר לא כפה את האסלאם הסוני על נתיניו, הוא גייס ותגמל ראשי שבטים הינדים ונתן להם עמדות בכירות בממשלו; עודד נישואי תערובת בין האריסטוקטיות המוגולית והראג'פוטית; הרשה לבנות מקדשים חדשים; השתתף בעצמו בחגיגות הינדיות כמו הדיוואלי - פסטיבל האורות; וביטל את הג'יזיה (מס הגולגולת) שהוטלה על הלא-מוסלמים.
הפקידות המוגולית לא הייתה אחידה בדת, שפה או מוצא אתני. בביורוקרטיה של אכבר שירתו בני לאומים רבים: ראשי שבטים, לצד פקידים פרסים, אוזבקים, רג'פוטים, הינדים ומוסלמים מקומיים. שפת האדמיניסטרציה במדינה הייתה פרסית, ולאחר מכן הוחלפה באורדו, אך המוגולים לא כפו שפה על הקצינים שלהם. קצין רג'פוטי היה מדבר בשפתו.
אכבר המציא תאוריה של "שלטון כהארה אלוהית", ושילב אותה בדת החדשה שיצר - דין-אי-אלאהי (קרי: 'אילאהי' "הדת האלוהית"), שכללה את עקרון קבלת בני כל הדתות והכתות. הוא עודד נישואים מחדש של אלמנות, פעל נגד נישואי ילדים, הוציא את מנהג הסאטי מחוץ לחוק, ושכנע את סוחרי הודו לערוך ימי שוק מיוחדים לנשים, שאחרת היו מוגבלות לבתיהן.
אכבר יצר לוח שנה אחיד לאימפריה, לוח שנה אלאהי שהיה לוח שמשי ולא לוח ירחי (מוסלמי) והחל ב-1585 נשאו מטבעותיו של אכבר שנות מנין חדש: "אלאהי".
משק הבית.
"מיר סמעאן" היה אחראי על משק הבית הקיסרי כולל ההרמון, המבנים של חצר המלוכה, כבישים, גנים, מחסנים, אחראי על הרכש, ופיקח על תפקודם של בתי המשפט ושומרי הראש של השליט.
מערכת המשפט.
מערכת המשפט הייתה ארגון נפרד בראשות קאדי, שהיה אחראי גם על אמונות דתיות ומנהגים.
פטרונות תרבותית.
האימפריה של אכבר הייתה מוקד אינטלקטואלי ותרבותי. הספרייה הקיסרית הענקית כללה ספרים בהינדית, פרסית, יוונית, קשימירית, אנגלית וערבית, כמו השאנאמאה, בגווהטה פוראנה והתנ"ך והברית החדשה. אכבר היה צמא לידע ולאמת בכל מקום בו יכול היה למצוא אותם ובמגוון דרכים. הוא תמך בוויכוחים פומביים ודיאלוגים בין אנשי דת ואינטלקטואלים אחרים שהציגו דעות שונות, וקיבל בברכה את המיסיונרים הישועים מגואה בחצרו. אכבר גם פיקח על הקמת ה"המזאנאמה" - יצירת אמנות שכללה 1,400 ציורים.
משפחתו.
בנובמבר 1551 התחתן בנישואים מוסדרים עם בת דודו, רקיה סולטן בגום שהייתה בתו היחידה של דודו הינדאל מירזא והייתה בת גילו, כלומר בת 9 בעת נישואיה. הנישואין הוסדרו על ידי הומאיון אחרי שהינדל נפל בקרב. נולדו להם 5 ילדים, 4 מתוכם מתו בינקותם או ילדותם ואחת נישאה לאחד הנסיכים.
ב-1561, התחתן עם בת דודה נוספת, סלימה סולטן בגום שהייתה אלמנתו הצעירה של בירם ח'אן. לא ידוע על צאצאים מזווג זה.
ב-6 בפברואר 1562 נישא לנסיכה ההינדית הקרה-ביי, שקיבלה אחרי נישואיה את השם מרים אוז זמאני, היא הייתה בתו של ברמל, מושל ג'איפור. מנישואין אלו נולד סלים.