במדינות המייצאות מאירופה התקנות של רווחת בעלי החיים רופפות, ואין נתונים על תנאי ההובלה למעט צילומים של פעילים למען בעלי חיים שמצלמים בעת ההעמסה והפריקה. מסיבות טכניות לא תמיד האוניות נכנסות לפריקה מיד עם הגעתן לנמל, ולעיתים הן עוגנות מחוצה לו במשך יממה כשהן עמוסות בבעלי החיים. אף על פי שהמסע קצר אחוזי התמותה הם גבוהים. לפי דוח שהשיג עו"ד יוסי וולפסון עבור עמותת תנו לחיות לחיות במסגרת בקשה לחופש המידע, באונייה שהגיעה ארצה בחודש מארס 2015, עגל אחד מכל 15 לא שרד. כמעט 7% תמותה במסע של שבוע, פי 346 מהתמותה של עגלים בישראל.
במהלך השנים מתועדות שוב ושוב גופות של עגלים שנסחפו לחופי הים התיכון, ולפי תגי האוזן מקורם הוא באוניות המשלוחים החיים. ביוני 2015 יצאה מרומניה אוניית משלוחים חיים עם 20,000 כבשים, והגיעה לנמל עקבה כש-7,000 מהם מתים. על פי הדיווח הכבשים מתו מצמא, כי השקתות והאבוסים על האונייה היו ריקים. ירדן סירבה לאפשר לאונייה לעגון בגלל הסרחון העז, ודרשה מהיצואן להיפטר תחילה מהגופות.
המשלוח התקוע מפורטוגל.
בסוף אוקטובר 2016 יצאה מפורטוגל אונייה ועליה כ-4,000 עגלים וטלאים בדרך לפיטום ושחיטה בישראל. האונייה נתקעה בים למשך 26 יום, במקום מסע של 6 ימים. פעילי ישראל נגד משלוחים חיים עקבו אחרי הספינה. אוניית גרר הגיעה לספינה אחרי שלושה ימים שהייתה תקועה באזור אלג'יר, וביום ה-16 הגיעה אוניית המשלוחים לנמל קרטחנה. בקרטחנה הועמסה האניה בחציר ומים ויצאה ללא יכולת תנועה עצמאית, כאשר היא עדיין מחוברת לאניית גרר, לכיוון ישראל. כעבור 10 ימים נוספים, ב-20 בנובמבר 2016, הגיעה האונייה עמוסת העגלים והטלאים לנמל אשדוד. פעילים תיעדו את פריקת העגלים והטלאים. בתעוד נראים עגלים מכוסים בצואה מכף רגל ועד ראש, מוצמאים ומורעבים, חלקם פגועי עיניים, ככל הנראה בשל אדי האמוניה העולים מהצרכים בתנאים הצפופים. העגלים נראו מורצים, כנראה בעזרת שוקרים חשמליים, במורד כבש האונייה, ונדחסים בצפיפות קיצונית לתוך משאיות. אין דיווח של היבואן על מספר העגלים החולים והמתים שנזרקו לים.
משלוחים אוויריים לישראל.
המשלוחים האוויריים לישראל נעשים במטוסי מטען. מטוס יוצא מישראל ללא מטען פרט לכלובים ריקים, וחוזר כשעליו עגלים קטנים עבור תעשייני עגלי החלב בארץ. בנוסף מיובאים דרך האוויר טלאים שמיועדים לרשות הפלסטינית לקראת החגים המוסלמיים. החברות הישראליות אל על וק.א.ל. מטיסות את בעלי החיים ארצה, והמשלוחים יוצאים ממזרח אירופה. בארץ המוצא בעלי החיים מועמסים לתוך ארגזים ייעודיים בצפיפות רבה. במשך כל השהות בארגזים, דבר הנמשך שעות וימים, הם אינם יכולים לשכב או לנוח או אפילו להסתובב והם עושים צרכים זה על זה.
תקנות בארצות המייצאות.
על פי התקנות האוסטרליות השטח שיש להקצות לכל בעל חיים על האונייה הוא יחסי למשקלו, לעגלים קטנים מתחת ל-200 ק"ג השטח נקבע ל-0.6 מ"ר, ולעגלים במשקל 600 ק"ג כ-2 מ"ר. אין להעלות לאוניות עגלים מעל 600 ק"ג משום שהמסע מסכן את חייהם בצורה מוגברת. לכבשים השטח התקני נקבע ל-0.26 עד 0.6 מ"ר לכבש במשקל 90 ק"ג. התקנות קובעות גם תנאי אוורור, חום, והאכלה. במצבים מיוחדים, למשל בטרנספורטים היבשתיים, מותר למנוע אוכל ומים מעגלים עד 48 שעות, ומצאן עד 38 שעות. לאור התנאים הקשים מקרי מוות הם בלתי נמנעים, והחוק האוסטרלי מתיר עד 2% תמותה של טלאים ועד 1% תמותת עגלים, בכפוף לאורך המסע. לשם השוואה, תמותת עגלי מרעה בישראל היא 1% בשנה. החוק האוסטרלי מחייב נוכחות וטרינר באונייה במשלוחים מעל גודל מסוים, הווטרינר הוא עובד של היבואן ומקבל ממנו את משכורתו.
בפועל קשה לאכוף תקנות אלה, והווטרינרים שמשרתים את היבואן נמצאים בניגוד אינטרסים. לדברי הארגון למען בעלי חיים RSPCA אוסטרליה - "שום כמות של רגולציה ממשלתית לא תוכל להתגבר על הבעיות האינהרנטיות של מצוקת בעלי חיים שנובעות מהעקה של המסע הארוך, תנאי האקלים, וטיפול לא נאות תחת רשויות זרות" (גם שטח האוניות הוא אקס-טריטוריאלי).
תקנות האיחוד האירופי לגבי משלוחי בעלי חיים הן כלליות ואינן מתייחסות למשלוחים בים, ולרוב הן נוגעות יותר למסחר בין מדינות האיחוד. עוד ב-1992 קבעה הוועדה הווטרינרית של האיחוד האירופי: להובלה יש תמיד השפעה חמורה על רווחת בעלי חיים. באופן כללי ככל שהמסע ארוך יותר כך הסיכוי לבעיות גדול יותר. ב-2005 ביטל הפרלמנט האירופי בהשפעת ארגוני בעלי חיים סובסידיה של 40 מיליון יורו שהאיחוד העניק ליצואנים אל מדינות שמחוץ לאיחוד. ב-2013 אושרה בפרלמנט של איחוד אירופה תקנה ששום הובלה של בעלי חיים לצורך שחיטה לא תעלה על 8 שעות, אך תקנה זו נוגעת רק ליצוא ויבוא בין מדינות איחוד אירופה, ואינה חלה על יצוא למדינות אחרות.
מדיניות המשלוחים החיים לישראל.
לקראת שנת 2000, במסגרת מדיניות פתיחת ישראל לסחר חופשי, החל יבוא של עשרות אלפי עגלים וטלאים מדי שנה מאוסטרליה ומאירופה לישראל. היבוא נועד לענות על הביקוש ולהוזיל את מחיר הבשר הטרי לצרכן הישראלי. בשר העגלים והטלאים מהמשלוחים החיים מהווה קרוב לשני שלישים מהבשר הטרי הנאכל בישראל. ב-2015 הגיעו לישראל במשלוחים חיים כמעט 300 אלף בני צאן ובקר. יבוא העגלים נחלק בערך שווה בשווה בין אירופה לאוסטרליה, ומתחילת שנת 2016 מסתמן גידול ביבוא עגלים מאירופה. הבקר מאירופה מגיע בעיקר מרומניה והונגריה, ומעט מסרביה, ליטא ופורטוגל. ב-2015 הגיעו לישראל כמעט 70 אוניות, מתוכן 12 מאוסטרליה והשאר מאירופה, כאשר הממוצע הוא כמעט 6 אוניות בחודש. נכון ל-2015, 97% מהטלאים יובאו מאוסטרליה. המשלוחים מאוסטרליה מגיעים לנמל אילת, המשלוחים מאירופה מגיעים לנמלי חיפה ואשדוד. העגלים ממזרח אירופה הם תוצרי לוואי של תעשיית החלב שם, העגלים מאוסטרליה הם מתעשיית הבשר, חלקם מגיע ממכלאות פיטום שם שהו בחודשים האחרונים כדי להעלות משקל במהירות ולהבטיח איכות אחידה של הבקר המיוצא. משלוחים חיים מאוסטרליה מגיעים למספר מדינות נוספות במזרח התיכון: קטר, בחריין, איחוד האמירויות, ירדן וכווית. בעבר הגיעו משלוחים חיים לעזה, אך בעקבות מספר תלונות על התעללות ותחזוקה לקויה המשלוחים פסקו.
בשנת 2000 מינה משרד החקלאות את "ועדת השירותים הווטרינרים לעניין הובלת בעלי-חיים" כדי שתחקור את תחום הובלת בעלי החיים בארץ. הוועדה הקדישה פרק נרחב למשלוחים החיים ואמרה: "מדובר בהובלות שמעוררות בעיה חריפה ביותר מבחינת צער בעלי-חיים, הקשה ביותר בתחום של הובלת יונקים בארץ, אליה וממנה". מגדלי הבקר והצאן בישראל מותחים ביקורת על המשלוחים החיים בשל הפגיעה ביצרני הבשר המקומיים.
במרץ 2014, במטרה להוריד את יוקר המחיה ולהקל על הצרכנים, העלה שר האוצר יאיר לפיד את מכסת יבוא בעלי החיים הפטורה ממס בהדרגה עד 5,700 ק"ג בסוף 2018. בשילוב עם כך החליטה הממשלה על הקצאת 45 מיליון דולר מתקציב משרד החקלאות לטובת מענקי הסתגלות לתעשייני הבקר עם עליית המכסה. כמו כן הוחלט על תוספת של 24 מיליון ש"ח לשנה לענף בקר המרעה מעבר לסבסוד הקיים, מתוך ציפייה שהם ייפגעו מעליית מכסת היבוא. בנוסף הוחלט על הקצבת 1.5 מיליון שקל למסע שיווק ומיתוג הבשר הטרי בעיני הציבור. עם זאת, ביטול המכס לא הביא לירידת מחירי הבשר הטרי.
ביולי 2018 אישרה ועדת השרים לחקיקה הצעת חוק של ח״כ מיקי זוהר מהליכוד לצמצום הדרגתי של המשלוחים החיים עד להפסקתם המוחלטת בתוך 3 שנים. ראש הממשלה בנימין נתניהו פרסם את דבר ההחלטה בדף הפייסבוק שלו, וכתב "חובה לעשות תיקון אמיתי לצער הגדול הזה שנגרם לבעלי החיים".אך שלושה ימים לאחר מכן, הגיש שר החקלאות אורי אריאל ערר נגד החלטת ועדת השרים.
פעילות בישראל נגד המשלוחים החיים.
ארגונים למען בעלי חיים הגישו מספר עתירות לבג"ץ בנושא המשלוחים החיים, וזכו לכמה השגים. ב-2003 הגישה עמותת תנו לחיות לחיות עתירה לבג"ץ נגד משרד החקלאות, בדרישה לנמק מדוע לא יבוטלו התרי היבוא בגלל א) הסבל החריף שנגרם לבעלי-החיים במשלוחים מאוסטרליה, ב) היעדר תקנות להגנת בעלי-חיים בהובלה, ג) כללי מכס שמעודדים התעללות שכן עגלים מתחת למשקל מסוים פטורים ממכס, ולפי עדויות מהשטח יבואנים מנעו מזון ומים מהעגלים כדי שבעת השקילה לא יעברו את הרף. המדינה הגנה על החלטותיה בנימוק שהיא ניסתה להמעיט מסבלם של בעלי-החיים וטענה כי הוא בלתי נמנע בשל שיקולים כלכליים, ביורוקרטיים, ביטחוניים ואובייקטיביים. בית המשפט קיבל את רוב טענות העותרים. בעקבות הבג"ץ ביטל משרד החקלאות יבוא בעלי חיים דרך נמל עקבה שהיה נהוג עד אז, בשל ריבוי מקרי המוות במעבר הגבול ועקב הסבל של בעלי החיים שהמתינו שעות וימים בחום ובשמש ללא מים. ב-2014 הגדיל שר האוצר יאיר לפיד את מכסת היבוא של משלוחים חיים, ונימק את החלטתו בפני הארגונים למען בעלי חיים בכך שיבואנים הרעיבו את בעלי החיים כדי שיירדו במשקל ויעמדו במכסת היבוא. עם זאת, העלאת המכסה העלתה את מספר בעלי החיים המיובאים.
במרץ 2014 החלה פעילות אינטנסיבית של קבוצת "ישראל נגד משלוחים חיים" אשר עוררה מחדש את נושא המשלוחים לאחר 11 שנים, והפכה אותו לנושא המרכזי של התנועה לזכויות בעלי חיים בישראל. תוך למידת נושא המשלוחים החיים לעומק, הקפידו פעילי הקבוצה לתעד משלוחים חיים שהגיעו ואף תיעדו לראשונה בישראל משלוחים חיים אוויריים. לצד פעולות התיעוד ערכה הקבוצה מחאות רבות ושלל פעילויות במטרה ליידע את הציבור בנושא המשלוחים החיים.