כמו כן עשה חאווייר מאמצים לשכנע את מלך ונאד, ממלכה קטנה בדרום הודו, להמיר את דתו. ב-1544, בזמן שהותו בוונאד, פלש אליה צבא אימפריית ויג'איאנגר, ביצע טבח בתושבים והחריב יישובים, ואחר כך חזר לבסיסו. על הסיבות לפלישה ועל מה שקרה במהלכה חלוקות הדעות. המסורת הנוצרית טוענת כי המטרה הייתה לכבוש את ונאד וכי חאווייר חולל נס ועצר במו ידיו את הפלישה. חאווייר התגורר אז בקוטאר (כיום חלק מהעיר נגרקויל), הבירה הדרומית של ונאד. כששמע על הפלישה, עלה על גבעה בוודאסרי (Vadasery, אף היא חלק מנגרקויל כיום), כשני קילומטרים מקוטאר, עמד כפסל כשהוא נושא צלב בידיו והמראה הפחיד את הפולשים שנסוגו. המסורת ההינדית טוענת כי הפלישה נועדה להעניש את האוכלוסייה שהתנצרה עקב פעולותיו של חאווייר, וכי לאחר שהמשימה הושלמה בהצלחה חזר הצבא כמנצח. בכל מקרה וודאי שחאווייר הקים כנסייה קטנה בקוטאר על חלקת קרקע שקיבל במתנה ממלך ונאד שהורחבה עם השנים, וכיום היא קתדרלה, מקום מושב הבישוף של הדיוקסיה של קוטאר.
בעקבות התנהגותם המופקרת לטעמו של ראשי הממשל בגואה, וראיות לקיום יהדות בסתר של האנוסים (יהודים שהתנצרו בכפייה) שהתגוררו בגואה, כתב חאווייר ב-1545 למלך פורטוגל ז'ואו השלישי וביקש כי תוקם אינקוויזיציה בגואה. בקשה זו מולאה שמונה שנים לאחר מותו. האינקוויזיציה של גואה שהוקמה ב-1560 ופעלה עד 1774 כונתה "חסרת הרחמים ביותר בכל עולם הנצרות", והוציאה להורג בשריפה אלפי אנשים.
בסתיו 1545 הפנה חאווייר את מאמציו מזרחה ותכנן מסע מיסיונרי למקאסאר שבאי סולאווסי, כיום באינדונזיה. הוא הגיע למלאקה באוקטובר אותה שנה והטיף לאוכלוסייה במרכז מסחרי זה, אך לאחר שחיכה במשך שלושה חודשים לשווא לספינה למקאסאר הוא ויתר על תוכניתו. הוא עזב את מלאקה ב-1 בינואר 1546 ונחת באי אמבון שבקבוצת איי מלוקו (המכונים איי התבלינים), שם שהה באי עד אמצע יוני. הוא ביקר אז באיים נוספים בקבוצת איי מולוקו ובכלל זה טרנאטה ומורוטאי. אחרי חג הפסחא של 1546 הוא חזר לאמבון ואז למלאקה. כמה כותבים מהמאה ה-17 טענו כי במהלך מסעו זה הגיע חאווייר גם למינדנאו שבפיליפינים. טענה זו הופיעה גם בבולה שהכריזה עליו כקדוש והתפרסמה ב-1623 ולכן מכונה חאווייר גם ה"שליח הראשון לפיליפינים", אך אין שום הוכחה כי היה בפיליפינים.
"נס האצ'ין".
בשלהי שנת 1547 חזר חאווייר למלאקה, ופגש לראשונה בפרנאו מנדש פינטו, הרפתקן ומגלה ארצות, שבעקבות המפגש עם חאווייר הפך לחסיד נלהב שלו והקדיש לו קטעים ארוכים בספרו האוטוביוגרפי "מסעות". פינטו מנדש מתאר בספרו כי באותה תקופה היה המושל הפורטוגזי של מלאקה סימאו דה מלו (Simão de mello), שקיבל את מינויו ב-1545 והיה המושל הרביעי של מלאקה בתוך שלוש שנים. בהגיעו למלאקה מצא דה מלו כי כמות החיילים שעמדו לרשותו על מנת להגן על העיר הייתה בלתי מספקת, בין השאר, משום שחיילים שקיבלו תעודות מסע למלאקה העדיפו להציע את שירותם כשכירי חרב לכל מלך באזור שהיה מוכן לשלם. עובדה זו הייתה ידועה גם לאויביהם של הפורטוגזים, ובליל 9 באוקטובר 1547 תקף צי, ובו שבעים ספינות של סולטנות אצ'ה שעל סיפונן כ-5,000 חיילים, את נמל מלאקה והעלה באש שבע ספינות שעגנו בנמל. חבל אצ'ה שבצפון מערב סומטרה (כיום מחוז באינדונזיה) היה אז מקום מושבה של אחת הסולטנות המוסלמיות החזקות בדרום מזרח אסיה שנתכנתה בפי הפורטוגזים אצ'ין (Achin). הצי של אצ'ה לא תקף את המבצר והתרחק מטווח התותחים שבו. בבוקר לכדו האצ'ינים סירה ועליה שבעה דייגים מלאים ממלאקה. לאחר שכרתו את אוזניהם ואפם הם שלחו אותם בחזרה למלאקה בלוויית מכתב שבו התרברב מפקד הצי האצ'יני בכוונתו לסייר לאורך המצרים וללכוד כל ספינה שיחפוץ והתריס בפני מושל מלאקה שינסה לעצור בעדו.
מושל מלאקה התייעץ עם חאווייר, שבתקופה זו כבר יצא שמעו לפניו, שהציע לו לתקוף. מכיוון שלרשות המושל עמדו שבע ספינות בלבד שלא היו ראויות לצאת לים, נשא חאוויר נאום נלהב בפני הקצינים על חובתם כלפי האל. השפעת הנאום על הפורטוגזים הייתה עזה, ובמשך 5 ימים עמלו 700 איש לטפל בספינות. אלא שכשיצא הכוח שמנה 120 לוחמים בלבד לים במטרה לרדוף אחרי הצי של אצ'ין טבעה אחת הספינות מיד, ושאר הספינות חזרו מיד לנמל כשאנשיהם מסרבים להמשיך בטענה שהטביעה היא אות אזהרה מאלוהים. דה מלו שלח לקרוא לחאווייר, והלה הבטיח לחיילים שבתמורה לספינה שאבדה ישלח להם אלוהים עוד באותו יום שתי ספינות אחרות. ואכן, לפנות ערב הופיעו באופק שתי ספינות. בירור העלה שמדובר בספינות עליהן פיקד דיוגו סאורש דה מלו (Diogo Saurez de Mello), שעמד בראש שכירי החרב הפורטוגזים בשירות מלך בורמה. דה מלו היה בדרכו חזרה לבורמה, לאחר שהביא עמו סחורות, ולא התכוון לעגון במלאקה. בתמורה להבטחה של חאווייר כי לא יושת עליו מכס הסכים דה מלו להצטרף למסע העונשין כנגד אצ'ין. שמונה הספינות הפליגו במעלה החוף המערבי של חצי האי המלאי בפיקודו של דום פרנשיסקו דה סה (Dom Francisco de Sá) על מנת לגלות כי הצי של אצ'ה עוגן בנהר פרליס (Perlis, כיום במדינה בעלת אותו שם במלזיה). בקרב שהתחולל ב-25 באוקטובר 1547 השמיד הצי הפורטוגזי את הצי של אצ'ה.
לטענת מנדש פינטו ידע חאווייר מיד באותו רגע על הניצחון, עליו הכריז תוך כדי תפילה, אף על פי שהאישור הרשמי על כך הגיע רק שישה ימים אחר-כך, כשהגיעה ספינה מהירה מהצי הפורטוגזי למלאקה. אירוע זה לכינוי "נס האצ'ין".
ביפן.
המפגש עם אנג'ירו.
האירופאים הראשונים שהגיעו ליפן היו צמד סוחרים פורטוגזים שנחתו בכף קדוקורה, בקצה הדרומי של האי טנגשימה, דרומית לאי קיושו על סיפונה של ג'ונקה סינית ב-23 בספטמבר 1543. לאחר שנפוצה השמועה על עושרה של יפן החלו סוחרים פורטוגזים לפקוד את נמלי דרום יפן. ב-1547 ביקר רב החובל ז'ורז'י אלוורש (Jorge Alvarez) ביפן. בעת שעמד לעזוב את נמל ימאגאווה (山川町) שליד קגושימה שבקיושו בדרכו בחזרה למלאקה הוא הסכים להעלות לספינתו שלושה יפנים: סמוראי בן 35 ששמו אנג'ירו (או יאג'ירו לפי גרסה אחרת), אחיו ומשרתו. אנג'ירו ביקש להימלט מיפן לאחר שהואשם ברצח. בסוף דצמבר 1547 הפגיש אלוורש בין פרנסיסקו חאווייר, שעצר במלאקה בדרכו מאיי מאלוקו לגואה, לאנג'ירו שכבר ידע לדבר בפורטוגזית רצוצה.
אנג'ירו סיפר לחאווייר על חייו ביפן ועל המנהגים והתרבות של מולדתו, וחאווייר היה מוקסם ממה ששמע על הארץ החדשה שנתגלתה לאירופאים לא מכבר. בעיני רוחו הוא ראה בארץ רבת האוכלוסין ובעלת התרבות העשירה כר פורה לפעילות מיסיונרית, והוא החל לתכנן את הפעילות המיסיונרית לארץ שנתגלתה לאירופאים לראשונה רק חמש שנים לפני־כן. "שאלתי את אנג'ירו האם היפנים יהפכו לנוצרים אם אצטרף עמו לארץ זו, והוא ענה כי הם לא ימירו דתם מיד, ובתחילה ישאלו אותי שאלות רבות ויראו מהן ידיעותיי. מעל לכל הם ירצו להיווכח שאני חי לפי העקרונות שאני מטיף להם. כל הסוחרים הפורטוגליים שביקרו ביפן מבטיחים כי בלכתי לשם אעשה שרות רב לאל, ויותר מאשר בקרב עמי הודו, שכן היפנים הם גזע המושפע בעיקר מההיגיון." כשחזר חאווייר לגואה ב-1548 הוא לקח עמו את אנג'ירו, משרתו ואחיו, ובחג הפנטקוסט של 1548 הוטבלו השלושה לנצרות. אנג'ירו, שנקרא מעתה פאולו דה סנטה פה (פאולו של האמונה הקדושה), ושני היפנים הנוספים החלו ללמוד פורטוגזית בקולג' הישועי של סאו פאולו (Collegio de São Paulo) בגואה.
המסע ליפן.
חאווייר לא היה יכול לצאת למסע ליפן מיד. חובותיו כמנהל הכללי של הישועים במזרח הרחוק חייבו אותו לטפל בעניינים מנהליים הקשורים למסדר. בנוסף, מותו הפתאומי של המושל הפורטוגזי של המושבות במזרח הרחוק, המשנה למלך דום ז'ואאו דה קסטרו (João de Castro; 1548-1500), ביוני 1548 אילץ את חאווייר להמתין למחליף דום גרסיה דה סה (Garcia de Sá). במשך 15 חודשים עסק חאווייר בפעילות אדמיניסטרטיבית של הקמת המרכז הישועי בגואה. בשיתוף ישועים נוספים, שהגיעו לגואה על מנת להצטרף אליו, הקים חאווייר ב"קולג' האמונה הקדושה", שנוסד כמה שנים לפני כן והועבר לישועים, מרכז לחינוך של כמרים ילידים ומומרים עבור הדיוקסיה של גואה שהשתרעה מכף התקווה הטובה שבדרום אפריקה ועד סין. במכתביו מתקופה זו הוא מציין לרעה את התנהגותם של הפורטוגזים ואת אורח חייהם הבלתי־נוצרי.
ב-15 באפריל 1549 יצא חאווייר למסע ליפן כשהוא מצויד במכתב המלצה מהמשנה למלך החדש למושל מלאקה. התלוו אליו שני משרתיו (סיני והודי ממלבר), אנג'ירו ושני היפנים הנוספים, ושני ישועים מקסטיליה: קוסמה דה טורס (Cosme de Torrès; 1570-1510), כומר ספרדי שהיה בעברו חייל שחאווייר פגש בגואה ושכנע אותו להצטרף למסדר הישועים, והאח חואן פרננדס (Juan Fernández 1526-1567). הוא עזב את גואה בספינה פורטוגלית בדרכו למלאקה. לפני צאתו ליפן כתב חאווייר מכתב לאיגנטיוס מלויולה ראש המסדר ובו פרט את מיקומם ומספרם של חברי המסדר במזרח הרחוק וסיפר על הכוונה לבקר ביפן:
למסע זה נשא חאווייר עמו מתנות ל"מלך יפן" כיוון שהתכוון להציג את עצמו כשגריר האפיפיור. חאווייר וחבורתו הגיעו למלאקה ב-31 במאי 1549. במלאקה עברה החבורה לג'ונקה של שודדי ים סיניים שהייתה הספינה היחידה שהפליגה ממלאקה ליפן, כאשר מושל מלאקה, דום פדרו דה סילבה (Dom Pedro da Silva) מסייע להם בכסף ואספקה. הג'ונקה הפליגה ממלאקה ב-24 ביוני 1549.
קגושימה.