למחרת (16 ביוני) הרוכבים נכנסו ליום המנוחה הראשון במרוץ. הם חזרו ממנו למחרת ב-17 ביוני לקטע ה-11, עם ההזדמנות האחרונה של המאיצים לפני הכניסה לפירנאים, בקטע של 167 קילומטרים מאלבי לטולוז. בקטע השיג קיילב יואן את הניצחון הראשון שלו בקטע, כשהוא מקדים את דילן חרונבייחן ואת אליה ויוויאני. המצב בקטגוריות השונות לא השתנה. לפני תחילת הקטע פרש ריק צאבל, כשבמהלך הקטע פרש ניקי טרפסטרה לאחר שהתרסק. הקטע ה-12 של המרוץ כלל 209.5 קילומטרים, מטולוז לבנייר-דה-ביגור, הקטע למעשה סימן את תחילת מאבקי הדירוג הכללי ובוא המרוץ לפירנאים. בתחילת השלב יצאה קבוצת בריחה גדולה, ביניהם טים ולנס שהגדיל את הפער שלו בקטגוריית ההרים. במהלך הטיפוס האחרון של הקטע, ה-Horquette d'ancizan, הקבוצה הצטמצמה לשלושה רוכבים בלבד, סיימון ייטס (מיצ'לטון - סקוט), גרגור מילברגר (בורה–הנסגרוהה) ופלו בילבאו (אסטנה). לאחר תום הטיפוס השלב היה בתוואי ירידה ומישורי, ובספרינט הסיום גבר ייטס על בילבאו ומילברגר וניצח את הקטע. בשאר הקטגוריות לא חלו שינויים. במהלך הקטע פרשו רוהאן דניס (בחריין מרידה) וג'אקומו ניצולו (דיימנשן דאטה), כשיספר פיליפסן (יו. איי. אי. אמירטס) פרש לפני תחילת הקטע.
הקטע ה-13 של המרוץ כלל 27 קילומטרים בעיר פו והיה קטע נגד השעון האישי היחיד במרוץ. ז'וליאן אלאפיליפ, שזינק אחרון מפאת היותו מוביל את המרוץ, ניצח את הקטע, 14 שניות מגריינט תומאס ו-36 מתומאס דה חנט. בעקבות כך הגדיל את הפער שלו בפסגה, כשסטייבן קראוסווייק ניצב במקום השלישי על חשבונו של ברנל שסבל מיום רע והתדרדר למקום החמישי, כשגם אנריק מאס עוקף אותו במקום הרביעי. מאס גם עקף את ברנל בקטגוריית הרוכב הצעיר. במהלך השלב התרסק ווט ואן ארט ונאלץ לפרוש כתוצאה מכך.
הקטע ה-14 של המרוץ התחיל בטרבה והסתיים במעבר טורמאלה, המעבר הוותיק ביותר במרוץ מבין העליות המיתולוגיות והעלייה שנכללה הכי הרבה פעמים במרוץ, הקטע כלל כ-111 קילומטרים בסך הכל. במהלך הקטע יצאה קבוצת בריחה שכללה את המוביל בקטגוריית ההרים, טים ולנס, שהגדיל את כמות הנקודות שלו ל-64, לאחר שלקח נקודות בעליות המוקדמות של השלב. את השלב עצמו ניצח טיבו פינו, 6 שניות לאחר אלאפיליפ שהמשיך להיראות בכושר מעולה בניגוד לצפוי וסיים שני וסטייבן קראוסוויק שסיים שלישי. עמנואל בוכמן וברנל סיימו במקומות ה-4 וה-5 בהתאמה, כ-8 שניות אחרי פינו. גריינט תומאס במקום ה-8, כ-36 שניות אחרי פינו. נאירו קינטנה, שקבוצתו עבדה עבורו מתחילת השלב, איכזב וסיים במקום ה-17, 3:24 דקות אחרי פינו, כשבן קבוצתו של קינטנה, מיקל לנדה, הרשים יותר וסיים במקום השישי, 14 שניות אחרי פינו. בעקבות כך, תמונת הדירוג הכללי השתנתה, כשהפער של תומאס במקום השני גדל ל-2:02 מאלאפיליפ, וסטייבן קראוסוויק במקום השלישי, 2:14 מאלאפיליפ. כשברנל רביעי בפער של 3 דקות מאלאפיליפ, ובוכמן ופינו בפער של 3:12 דקות. לפני תחילת השלב פרש מקסימיליאן שכמן לאחר ששבר את האצבע במהלך קטע נגד השעון של אתמול.
השבוע השלישי והסופי (קטעים 15-21).
הקטע ה-15 היה גם הוא הררי, 185 קילומטרים מלימוואה לפואה, כשהוא מסתיים בעלייה לפראט ד'אלביס. בקטע עצמו ניצח סיימון ייטס והשיג את הניצחון השני שלו בקטע במרוץ, לאחר שוב שרד מקבוצת הבריחה. טיבו פינו המשיך להיראות טוב, לאחר שסיים שני, בפער של 33 שניות מייטס. אבל מי שכבר לא נראה טוב הוא ז'וליאן אלאפיליפ, שלראשונה בטור הראה סימני חולשה והתקשה לעמוד בקצב של שאר רוכבי הדירוג הכללי, כשהוא מסיים במקום ה-11, 1:49 דקות מייטס. גריינט תומאס וסטייבן קראוסוויק סיימו את השלב במקומות ה-7 וה-8 בהתאמה, 1:22 דקות מייטס. בוכמן וברנל סיימו במקומות ה-4 וה-5 בהתאמה, 51 שניות, כשמיקל לנדה ממשיך להיראות טוב יותר מהמוביל השני של קבוצתו, קינטנה, ומסיים במקום השלישי, לצד טיבו פינו. קינטנה סיים את הקטע במקום ה-19, כ-2:58 דקות מייטס. בעקבות כך הפער בדירוג הכללי הצטמצם, כשגריינט תומאס במקום השני מצמצם את הפער ל-1:35 דקות מאלאפיליפ וקראוסוויק במקום השלישי מצמצם את הפער ל-1:47 דקות. כשפינו חולף על פני ברנל ועולה למקום הרביעי, 1:50 דקות מאלאפיליפ. ברנל במקום החמישי, 2:02 דקות פער.
למחרת (22 ביוני) הרוכבים נכנסו ליום המנוחה השני והאחרון במרוץ. הם חזרו ממנו ב-23 ביוני לקטע ה-16 של המרוץ, בו קיבלו הרוכבים אתנחתא ממאבקי הדירוג הכללי והעליות, כשהקטע היה בתוואי גבעי שהתאים למאיצים בעיר נים. בקטע ניצח קיילב יואן והשיג את הניצחון השני שלו בקטע במרוץ, מקדים את אליה ויוויאני ודילן חרונבייחן. במהלך הקטע פרש יאקוב פוגלסן לאחר שהתרסק ונפצע, כשווילקו קלדרמן (סאנווב) פרש לפני תחילת הקטע. גם השלב ה-17 למחרת היה נטול ממאבקי הדירוג הכללי, הוא כלל 200 קילומטרים מפון-דו-גאר לעיר גאפ. בתחילת הקטע יצאה קבוצת בריחה גדולה ששרדה עד הסיום, היא התפצלה והצטמצמה בקילומטרים האחרונים של המרוץ, ומטאו טרנטין התקיף בעלייה האחרונה של הקטע, ה-Col de la Sentinelle ושמר על הפער שלו עד הסיום, כשהוא מנצח את הקטע, מקדים את קספר אסגרן (דקונינק קוויק-סטפ) ב-37 שניות ואת גרג ואן אוורמט ב-41 שניות. לפני תחילת הקטע פרשו לואיס לאון סאנצ'ס (אסטנה) וקייס בול (סאנווב). טוני מרטין (יומבו–ויסמה) ולוק רואו (אינאוס) נפסלו מהמרוץ לאחר עימות ביניהם.
הקטע ה-18 של המרוץ כבר היה בתוואי הררי והיה אחד מהקטעים ההרריים ביותר במרוץ, הוא כלל 208 קילומטרים מאמבורן לוואלורי, וכלל בתוכו את מעבר האיזואר ומעבר הגאליבייה, שתיים מהעליות הידועות במרוץ. רומן בארדה, שהגיע לטור כאחד מהפייבוריטים, נכשל במאבקי הדירוג הכללי ואיכזב לאחר שנחשב לאחת מהתקוות הצרפתיות הגדולות למרוץ. בעקבות כך הוא החליט לשנות אסטרטגיה ולהתרכז בקטגוריית ההרים, ובמהלך הקטע נכנס לקבוצת הבריחה ולקח את הנקודות באיזואר וגם בגאליבייה, ועקף את טים ולנס בקרב על קטגוריית הנקודות ועבר להובילה. עוד מי שבילה בקבוצת הבריחה היה נאירו קינטנה, שאיכזב גם הוא במאבקי הדירוג הכללי כשבן קבוצתו מיקל לנדה הראה עדיפות עליו בעליות. במהלך הטיפוס לגאליבייה התקיף קינטנה את בארדה ואת אלכסיי לוצנקו, שמר על הפער שלו במהלך השלב שהיה בירידה ובמישור, וניצח את הקטע. מתוך דבוקת הדירוג הכללי, במהלך הטיפוס לגאליבייה התקיף ברנל ובסופו של דבר חבר לרוכבים אחרים שהתפרקו מקבוצת הבריחה, וסיים 4:46 דקות מקינטנה, כששאר דבוקת הדירוג הכללי מסיימת ביחד, בפער של 5:18 דקות מקינטנה. בעקבות כך ברנל עלה למקום השני הכללי על חשבונו של תומאס, כשהוא מוריד את הפער מאלאפיליפ ל-1:30 דקות. בעקבות עלייתו של ברנל למקום השני הוא גם הוריד את קראוסוויק למקום הרביעי ואת פינו למקום החמישי. סרן קראו אנדרסן (סאנווב) ולוקאס פוסטלבגר (בורה–הנסגרוהה) פרשו לפני תחילת הקטע.
הקטע ה-19 של המרוץ אמור היה לכלול 130 קילומטרים מסנט-ז'אן-דה-מורין לטין במהלך הקטע פרש טיבו פינו מהמרוץ, ככל הנראה בשל פציעה שליוותה אותו מהקטע הקודם. במהלך הטיפוס למעבר איסראן התקיף ברנל וכתוצאה מהתקפה זו התפרק ז'וליאן אלאפיליפ. במהלך הירידה ממעבר איסראן לקראת הטיפוס הסופי לעיר טין, שיטפונות הציפו את המסלול והפכו אותו ללא רכיב, והוחלט לקצר את המסלול, ככה שהסיום יקבע בפסגה של מעבר איסראן והזמנים יינתנו על ידי הפערים בה, והשלב יסתיים ללא מנצח בו. בעקבות כך, ברנל, שחצה את הפסגה למעבר איסראן ראשון ובפער של 2:07 דקות מאלאפיליפ, עבר להוביל את המרוץ על חשבונו, כשהוא יורד למקום השני בפער של 45 שניות מברנל ו-1:11 דקות מבן קבוצתו תומאס במקום השלישי.
הקטע ה-20 של המרוץ היה הקטע האחרון בו התקיימו מאבקים על הדירוג הכללי והקטע לפני אחרון במרוץ, לקראת ההגעה לפריז בקטע ה-21. גם מסלול הקטע הזה קוצר, מ-130 קילומטרים ל-59, לאחר חשש משיטפונות בחלק מהאזורים שהקטע היה אמור לעבור בהם, הקטע הוזנק מאלברוויל והסתיים בעלייה לואל טורנס. במהלך הקטע יצאה קבוצת בריחה שכללה את וינצ'נצו ניבאלי, שלא הצליח לקחת חלק במאבקי הדירוג הכללי לאחר המקום השני שלו בג'ירו ד'איטליה. ניבאלי התקיף במהלך העלייה לואל טורנס את שאר קבוצת הבריחה וניצח את הקטע. בדבוקת הדירוג הכללי, אלחנדרו ולוורדה סיים שני אחרי ניבאלי, כ-10 שניות אחריו, בעוד בן קבוצתו, מיקל לנדה, מסיים שלישי בפער של 14 שניות מניבאלי. ברנל ותומאס סיימו במקומות ה-4 וה-5 בהתאמה, 17 שניות מניבאלי. בעקבות כך הבטיח ברנל את הניצחון במרוץ. במהלך הטיפוס לואל טורנס, התפרק אלאפיליפ וסיים את הקטע במקום ה-26, כ-3:17 דקות אחרי ניבאלי ונשר עד למקום החמישי הכללי, כשקראווסוויק ובוכמן חולפים על פניו במקומות השלישי והרביעי בהתאמה, כשתומאס שני.
הקטע ה-21 היה הקטע האחרון במרוץ, הוא כלל כ-128 קילומטרים מראמבוייה לשדרות השאנז אליזה בפריז. הקטע נחשב לקטע טקסי וממלכתי, שלא נאבקים בו על הדירוג הכללי. קיילב יואן ניצח את הקטע והשיג את הניצחון השלישי שלו בקטע במרוץ והפך לרוכב הכי פורה מבחינת ניצחונות במרוץ. יואן הקדים את דילן חרונבייחן ואת ניקולו בונפאציו ובעקבות כך עלה למקום השני בקטגוריית הנקודות, אחרי פטר סאגאן.