עונת 2007/2008 לא היטיבה עמו. תחילה שיחק תחת הדרכתו של עודד קטש והציג מספרים יפים, אך לאחר פיטוריו של קטש, מונה למאמן צביקה שרף, תחתיו לא הרבה אליהו בדקות משחק. היחסים בין השניים הגיעו לסף פיצוץ לאחר שמשפחתו של אליהו התראיינה ב"מעריב" ותקפה את שרף ואת הנהלת מכבי. במהלך עונה זו שיחק רק 10.2 דקות ביורוליג ו-15.2 דקות למשחק בליגת העל בממוצע.
בעונת 2008/2009, תחת אימונו של פיני גרשון, קלע 14 נקודות בממוצע ביורוליג, ואף רשם את משחק השיא שלו ביורוליג ב-4 בדצמבר 2008, נגד ציבונה זאגרב, עם 24 נקודות, 17 כדורים חוזרים ו-6 אסיסטים (מדד משוקלל של 42 נקודות). במהלך חודש זה זכה בתואר ה-MVP של היורוליג לחודש דצמבר, יליד ישראל הראשון להישג.
בתום אותה העונה חתם בקבוצת קאחה לבורל ויטוריה הספרדית לשלוש עונות. עם קבוצתו החדשה הגיע לרבע גמר יורוליג וזכה עימה באליפות ספרד לאחר ניצחון מרשים בסדרת הגמר על ברצלונה, אלופת היורוליג. במשחק האחרון של סדרת הגמר הוביל את קלעי הקבוצה עם 18 נקודות.
ב-31 באוגוסט 2010 חזר לליגה הישראלית כשחתם על חוזה ל-5 שנים במכבי תל אביב. בעונת 2010/2011 זכה ביחד עם מכבי בגביע ובאליפות המדינה, והגיע לגמר היורוליג שם הפסיד עם קבוצתו.
בעונת 2011/12 נבחר לשחקן העונה בליגת העל.
בדצמבר 2012 מונה לקפטן מכבי תל אביב לאחר השעיית גיא פניני מהקבוצה בשל קללותיו הבוטות בדרבי.
בתום עונת 2012/13, בה הפסידה מכבי תל אביב במשחק הגמר של הליגה למכבי חיפה, מימשה הקבוצה סעיף יציאה בחוזה עם אליהו הכולל תשלום 100 אלף דולר לשחקן. מכבי הציעה לאליהו לחתום על חוזה חדש בשכר נמוך יותר מהחוזה הקודם, אך הוא סירב.
הפועל ירושלים.
ב-14 בנובמבר 2013 חתם אליהו לקבוצת הפועל ירושלים ל-3 עונות.
בעונת הבכורה בקבוצה שימש אליהו שחקן מפתח. עונת 2013/14 סומנה כאכזבה גדולה לאחר שהקבוצה שהבטיחה רבות סיימה אותה ללא תואר. בתחילת עונת 2014/15 זכה עם הקבוצה בגביע ווינר והוביל אותה לאליפות ראשונה בתולדותיה. אליהו נבחר בפעם השנייה לשחקן העונה.
בינואר 2016 האריך את חוזהו בהפועל ירושלים בשלוש שנים.
בעונת 2016/2017 זכה אליהו עם הפועל ירושלים באליפות ליגת העל בפעם השנייה בתולדותיה מול מכבי חיפה.
ב-10 במאי 2018 רשם אליהו שיא קריירה של 15 אסיסטים בניצחון על הפועל אילת והוסיף 10 נקודות, 5 ריבאונדים ו-4 חטיפות.
לאחר פרישתו של יותם הלפרין ממשחק פעיל, ב-23 באוגוסט 2018 מונה אליהו לקפטן הקבוצה. במהלך העונה התגלעו ויכוחים בינו לבין מאמנו, עודד קטש, כשבשיאם הושעה אליהו לכחודש ממשחק פעיל. בחודש פברואר 2019 הוביל את קבוצתו לזכייה בגביע המדינה, והצטיין במהלך משחק גמר הגביע. קבוצתו הודחה ברבע גמר ליגת האלופות בכדורסל מול טנריפה הספרדית וחצי הגמר (פיינל פור) הישראלי על ידי מכבי ראשון לציון. בסיום עונת 2018/2019 אליהו עזב את הפועל ירושלים לאחר שש עונות.
מכבי אשדוד.
ב-25 ביולי 2019 אליהו חתם במכבי אשדוד מליגת העל. בפברואר 2020 נפצע באימון ושבר את ידו ובכך סיים את העונה בטרם הושבתה הליגה בשל נגיף הקורונה; קבוצתו ירדה ליגה בסיום העונה.
ב-23 באוגוסט 2020 הכריז אליהו על פרישה ממשחק פעיל.
לאחר הפרישה.
בחודש מרץ של שנת 2021 נחשף כי ליאור אליהו התחיל להתאמן עם הפועל תל אביב ברצונו לחזור למשחק פעיל.
נבחרת ישראל.
כששיחק בנבחרת הצעירה (העתודה) של ישראל, נחשב אליהו לאחד השחקנים הבולטים שלה. מלבד השתתפותו במדי העתודה בעודו בליגת הנוער, הוא שיחק ב-2004 במדי נבחרת העתודה באליפות אירופה עד גיל 20, שם זכתה במקום השני. שנה לאחר מכן הצעיד את נבחרת העתודה למקום הרביעי באליפות אירופה עד גיל 20 בצ'כוב (רוסיה), ביולי 2005. אליהו זכה בתואר סגן מלך הסלים באליפות, עם 18 נק' בממוצע למשחק, ובנוסף נבחר לחמישיית האליפות. חודש לאחר מכן השתתף באליפות העולם לנבחרות עד גיל 21, אשר נערכה בארגנטינה, בה סיימה ישראל במקום העשירי.
עם הזמן, קנה לעצמו מקום קבוע בהרכב הנבחרת הבוגרת, והשתתף במסגרתה ביורובאסקט 2007 וביורובאסקט 2009 ובשנה האחרונה השתתף עם הנבחרת במוקדמות היורובאסקט 2011 וסיים עם ממוצעים של 20 נק', 2 ריב', ועלה עם הנבחרת ליורובסקט 2011.
במוקדמות אליפות אירופה בכדורסל 2013, ב-8 בספטמבר רשם טריפל דאבל של 18 נקודות, 12 ריבאונדים ו-11 אסיסטים נגד נבחרת סלובקיה. באותו משחק עלתה נבחרת ישראל ליורובסקט 2013.
באוגוסט 2017 נבחר אליהו לסגל הנבחרת ליורובאסקט.
במאי 2018 הודיע אליהו על פרישה מנבחרת ישראל. אליהו שיחק 160 משחקים בנבחרת. הוא קלע 1686 נקודות בנבחרת והוא רביעי בקלעי כל הזמנים בנבחרת ישראל אחרי דורון ג'מצ'י, מיקי ברקוביץ' ובועז ינאי.
תארים.
הישגים אישיים:
ארגון המגן
ארגון המגן היה ארגון שמירה עברי שפעל במושבות דרום הארץ בשנים 1915 – 1917. מקים הארגון ומנהיגו היה יוסף לישנסקי. בשיאו היו בארגון 20 חברים ושומרים נוספים שאינם חברים. הארגון התפרק כאשר לישנסקי פרש ממנו והצטרף אל ניל"י.
רקע וסיבות להקמת הארגון.
במשך שנות כיבוש השמירה, היה "השומר" - שהוקם ב-1909 - ארגון השמירה המרכזי והבולט ביישוב העברי הקטן. זה היה ארגון סגור, בעל מספר חברים מצומצם ותנאי קבלה נוקשים. על מנת שאדם יתקבל כחבר מן המניין לארגון "השומר" היה עליו לשמור זמן מה במושבות (לעיתים אפילו שנתיים – שלוש), ולאחר מכן, באספת חברים של "השומר", הוחלט אם לקבלו.
יוסף לישנסקי שמר במשך מספר שנים (החל מ-1912) במושבות העבריות, אך לא נתקבל כחבר לארגון "השומר" למרות היותו בדרגת 'רוכב' (דהיינו שומר רכוב על סוס, דרגה הגבוהה מ'שומר רגלי' בארגון "השומר") ולמרות התאמתו בתכונות אחרות. יוסף עמד, למשל, בדרישה לבקיאות בשימוש בנשק כמנהג הערבים. חרף זאת הוא לא נתקבל לארגון "השומר" כחבר מן המניין, מכיוון שהיה בעל אידאולוגיה שונה משל שאר חברי הארגון, מבחינת יחסו לנקמת דם כלפי הפורעים הערבים, מבחינת רעיונות הסוציאליזם ומבחינת גישתו למשמעת הנוקשה. יוסף נתפס גם כאינדיבידואליסט, ונמתחה ביקורת גם על אישיותו. הוא אף הואשם, כנראה שלא בצדק, בהריגת ערבי בהתנפלות על המושבה מנחמיה בפברואר 1915.
כמו יוסף, גם שומרים ותיקים אחרים לא התקבלו כחברי "השומר" מטעמים שנראו להם לא ענייניים והם שאפו להקמת אגודה חלופית. ניסיון קודם להקמת ארגון שמירה נפרד מ-"השומר" נעשה בהקמת "אגודת הנוטר". אגודה זו הוקמה ב-1912 על ידי מועמדים שלא נתקבלו לארגון "השומר", והיא החזיקה מעמד זמן קצר בלבד עד לפירוקה.
הקמת הארגון.
בהקמת ארגון "המגן" חברו ליוסף עוד שומרים, מועמדים לארגון "השומר" שלא התקבלו אליו במשך זמן רב - ביניהם יחזקאל קינמן, יהודה זריז, דוקמן ולבובסקי. הוחלט ביניהם שיוסף ירד דרומה על מנת למצוא מקום בו ניתן יהיה להתחיל לשמור. לישנסקי דאג בעיקר לתחום המעשי – יצירת הקשרים עם האיכרים וערביי הסביבה, בעוד ש. שמואלי ויהודה זריז עסקו בפן האידאולוגי של "המגן". חברים נוספים בארגון "המגן" היו: אליעזר לובראני, בן ציון משביץ, שלום וייסבורד, משה זולוטקובסקי (אופיר), נח סטופנסקי, הסופר משה סטבסקי (סתוי), יעקב מחט ("אבו עדרי"), דוד צלביץ, מאיר ברנר (אחיו של הסופר י.ח ברנר) ואחרים.
ארגון "המגן" הורכב מאנשים שונים: חברי "השומר" לשעבר, ופועלים מ"פועלי ציון" ומ"הפועל הצעיר". ההתמקדות של לישנסקי דווקא במושבות הדרום נבעה מהעובדה שעד אז לא הייתה שם דריסת רגל לשומרים עבריים. תנועת "השומר" פעלה אז בעיקר במושבות הגליל. ארגון "המגן" מנה בשיאו כ-20 חברים. המקום הראשון בו נתקבל הארגון לשמירה היה רוחמה, אחריה קיבל הארגון את השמירה בבאר טוביה (קסטינה) ובמזכרת בתיה (עקרון). לבסוף הצליח הארגון לקבל את השמירה גם במושבה גדרה. בעזרת "הועד המרכזי של ההסתדרות החקלאית ביהודה" ניתנו לשומרים תעודות שחרור ("ואסיקות") מהצבא הטורקי.
ארגון המגן וניל"י.
בדיעבד נטען כי המושבות הדרומיות יכלו להוות בסיס לפעולות הריגול של מחתרת ניל"י, בשל פעילותו של לישנסקי. אולם, כשהוקם "המגן", בקיץ 1915, ככל הנראה לא ידע לישנסקי עדיין על פעילות ארגון ניל"י.
היו האשמות על כך שאנשי "המגן" נהנים מזהב שהבריטים מעבירים לניל"י. קל להפריך טענה זו בהסתכלות במצב הכלכלי של חברי הארגון: השומרים בארגון "אכלו חודשים", כלומר, אכלו אצל איכר מסוים למשך חודש. גם מקומות הלינה שלהם היו בבתי האיכרים. מעט הכסף שהיו צריכים לקבל בנוסף לארוחות ומקום הלינה הובטח להם מהתבואה החדשה, אך זו בוששה לבוא. בדרך כלל הלכו השומרים יחפים. לזמן שמירה לקחו את הנעליים מהשומר הקודם. אך למרות הכל, מעיד יעקב מחט ("אבו עדרי") ש"המצב הכלכלי של השומרים בעקרון היה לא רע יחסית... העיקר היה כיבוש השמירה העברית".
אמנם, כבר בדצמבר 1915 ביצע יוסף לישנסקי פעולות בעבור ניל"י, ומראשית 1917 השקיע את כל מרצו בפעילות ניל"י, כולל ירידה למצרים למשך שבועות רבים, אולם, חברי "המגן" לא ידעו על קשריו של יוסף עם ניל"י, ובעיניהם היה "המגן" ארגון המקביל לארגון "השומר" מבחינת שמירה עברית ותו לא. תעיד על כך העובדה שחברי הארגון התמרמרו על כך שיוסף לא שמר איתם, מה עוד שהייתה לו סוסה מעולה; היו שהחשיבו זאת ליהירות או מצאו פסול אחר ביוסף. כדי לא להשאיר את סוסתו המעולה של יוסף ללא מעש, הפך מאיר ברנר ל"שומר רוכב" על סוסתו של יוסף.
בודדים בין חברי הארגון היו גם חברי ניל"י (כגון חיים דב בלינקוב) או שידעו על חברותו של יוסף במחתרת.