כל עוד מייסד הארגון חסן עבוד וצמרת הפיקוד שלו ניהלו את הארגון, המחלוקות היו זניחות ונותרו מתחת לפני השטח מאחר שכל פעולות הארגון נקבעו על ידי ההנהגה. בספטמבר 2014, פיגוע ההתאבדות של דאעש על מפקדת הארגון גרם להריגת חסן עבוד ו-40 בכירים נוספים מצמרת הפיקוד. אחראר א-שאם הצליחה להתגבר על המשבר באמצעות שרשרת הפיקוד המאורגנת ומועצת השורא של הארגון שקבעה את זהות המנהיג החדש וסגניו והלאה. המנהיגים החדשים של אחראר א-שאם נבחרו לתקופת כהונה של שנה, וכוחם הוגבל במידת מה על ידי החלטות 22 חברי המועצה שהתחלקו בין הזרם המתון לזרם הקיצוני. המנהיג שנבחר על ידי המועצה - אבו ג'אבר שייח', לחם קודם לכן בשורות ג'בהת אנצאר א-דין הזהה בהשקפתה לג'בהת א-נוסרה, כך שבמשך כהונתו מ-2014 עד 2015, הוא הידק את שיתוף הפעולה עם הארגונים הקיצוניים שבאה לידי ביטוי בהקמת צבא הכיבוש. סגנו שהחליף אותו בתום השנה על פי הצבעת המועצה - אבו יחיא אל-האמאווי, היה מתון במעט מקודמו אך גם דגל בשיתוף הפעולה עם א-נוסרה, כך שהוא היה מקובל על כל הזרמים.
ב-28 באוגוסט 2016 לקראת אמצע כהונתו של אל-האמאווי, טורקיה פתחה במבצע מגן הפרת על מנת להרחיק את המדינה האסלאמית מגבולה וכן למנוע את הרצף הטריטוריאלי של כורדיסטן הסורית. ההשתתפות של אחראר א-שאם במבצע לצד צבא טורקיה וצבא סוריה החופשית במקביל לשיחות המיזוג בין אחראר א-שאם לג'בהת פתח א-שאם, גרמו לעליית היריבויות בין הזרמים. ב-20 בספטמבר, הוציאה מועצת השורא של אחראר א-שאם פתווה (פסק הלכה) המתיר את המאבק לצד הקואליציה הטורקית-סורית נגד המדינה האסלאמית והכורדים. הפתווה הובילה לקרע בארגון לאחר שהזרם הקיצוני טען שלא התקיימו התנאים הדתיים הדרושים לכך. נוסף על כך, המשא ומתן למיזוג עם ג'בהת פתח א-שאם שהוביל הזרם הקיצוני כאמצעי לחיזוק האחדות בקרב המורדים, נכשל לאחר שהזרם המתון במועצה התנגד לכך באופן גורף מחשש לאבד תמיכה חיצונית ולהיות מתויג כארגון טרור.
בניגוד למקרים קודמים שבהם הבכיר בארגון שקיבל את רוב התמיכה במועצה זכה בראשות הארגון, בחירת המנהיג החדש לאחראר א-שאם בנובמבר 2016 בתום כהונתו של אל-האמאווי היה הקש האחרון שהוביל לקיטוב פנימי רציני בארגון: לרוב, מנהיג הקבוצה שקיבל רוב מבין 22 חברי מועצת השורא מכהן למשך שנה; על אף שעלי אל-עומאר המשמש כמנהיג הנוכחי של הארגון זכה ברוב הקולות של המועצה, 8 חברי המועצה המשתייכים לזרם הקיצוני השעו את חברותם עקב הקיפאון לדעתם בפתירת בעיות התנועה. הזרם הקיצוני סירב לקבל מועמד אחר מלבד שני המועמדים שהוצעו על ידם: אבו ג'אבר שייח', והמפקד הצבאי של הארגון אבו סאלח טהאן, לאחר שהם האשימו את הזרם המתון בדחיקתם ממוקדי הכוח על מנת לשנות את זהות התנועה ולהפוך אותה למקובלת יותר על ידי המערב. חילוקי הדעות בין הבכירים של שני הזרמים הגיעו לשיאם ב-10 בדצמבר, כאשר 16 יחידות מהזרם הקיצוני של תנועת אחראר א-שאם הקימו תת-תנועה בשם ג'יש אל-אחראר בהנהגת אבו ג'אבר שייח' שהמשיכה לפעול למיזוג הארגון עם ג'בהת פתח א-שאם. המשבר בא לסיומו לאחר שתת-התנועה הקיצונית כולה ערקה יחד עם בכיריה בראשות אבו ג'אבר שייח' ואבו סאלח טאהן לארגון החדש תחריר א-שאם שהוקם על ידי ג'בהת פתח א-שאם וארגונים קיצוניים נוספים. אבו ג'אבר מונה למנהיג הארגון החדש, ומנהיג ג'בהת פתח א-שאם אבו מוחמד אל-ג'ולאני מונה למפקד הצבאי של הארגון. אף שהעריקה החלישה במעט את אחראר א-שאם, בראייה כוללת היא סייעה לארגון להיפטר ממרבית אנשי הזרם הקיצוני ולמנוע משברים עתידיים נוספים כעין זה.
אידאולוגיה והמחלוקת בדבר היותו ארגון טרור.
אחראר א-שאם מבקשת להקים ממשלה אסלאמית בסוריה. שלא כמו המדינה האסלאמית ותחריר א-שאם, תנועת אחראר א-שאם מדגישה שהמאבק שלה מוגבל לסוריה וכי היא אינה דוגלת בג'יהאד עולמי. התנועה תיארה את ההתקוממות הסורית כמאבק נגד המזימה של איראן להקים מדינה שיעית מאיראן דרך עיראק וסוריה עד לבנון. כדי להתמודד עם הרושם הקיצוני של הקבוצה, אחראר א-שאם שמעמדה במרד הסורי נמצא על קו התפר בין הקיצונים למתונים החלה ליצור לעצמה תדמית מתונה יותר מ-2015 ואילך. בעזרתה של טורקיה, אחראר א-שאם ניסתה לשכנע את המערב שהיא האופציה הטובה ביותר לסוריה אחרי הבסת משטר אסד והמדינה האסלאמית. עם זאת, על פי גורמי המודיעין במערב, כמה חברי אל-קאעידה ששוחררו מכלא סאדיאניה על ידי ממשלת סוריה הצליחו להשפיע על הקבוצה, ופעיליהם השתלבו בתוך הדרגים הבכירים של אחראר א-שאם; ארצות הברית ביצעה אף מספר פעמים תקיפות אוויריות על מפקדים קיצוניים של הארגון המקושרים לאל-קאעידה. העריקה של חלק מהזרם הקיצוני בארגון לתחריר א-שאם והמיזוג של פלגי מורדים מתונים עם אחראר א-שאם מפאת התקפות הג'יהאדיסטים הקיצונים, סייעה במובנים רבים לתנועה למתג את עצמה כמתונה ואחראית יותר.
מאז דצמבר 2015, מנסה מועצת הביטחון של האו"ם להרכיב רשימה של ארגוני טרור בסוריה. תנועת אחראר א-שאם לא הוכרזה על ידי מחלקת המדינה, האו"ם או האיחוד האירופאי כארגון טרור, והיא ממשיכה להיות נקודת מפתח במחלוקת בין המערב לבעלות בריתה של ממשל סוריה במשא ומתן להפסקת האש בסוריה. משטר אסד, רוסיה, לבנון, עיראק, מצרים ואיחוד האמירויות הערביות, ניסו להשפיע על מועצת הביטחון להכריז על אחראר א-שאם כארגון טרור, ולגרום לכך שהארגון לא יכלל בהפסקת האש וניתן יהיה להפציץ אותו בכל עת. מחלקת המדינה האמריקאית קבעה שאחראר א-שאם אינו ארגון טרור למרות קשריו עם ג'בהת א-נוסרה, ובחודש מאי 2016, ארצות הברית, בריטניה, צרפת, ואוקראינה חסמו את ההצעה הרוסית לאו"ם להכניס את הארגון לרשימה השחורה של ארגוני הטרור.
אזורי פעילות, מטרות וחימוש.
עם הקמתה בשנת 2012, תנועת אחראר א-שאם פעלה בעיקר במחוז אידליב. בשנת 2013 עם התרחבותה לכ-83 יחידות, היא הרחיבה את פעילותה למחוזות: חלב, חמה, א-רקה, אל-חסכה, דיר א-זור, דרעא ולטקיה. היא החלה לפעול בקוניטרה בשנת 2014 ובחומס בשנת 2015, וסולקה במהלך השנתיים האלו ממחוזות ראקה, דיר א-זור ואל-חסכה על ידי המדינה האסלאמית וה-YPG.
אחראר א-שאם הייתה אחת הקבוצות הראשונות בסוריה שהחלה להשתמש בחומרי נפץ ולפשוט על בסיסים צבאיים כדי לקחת שלל להמשך הלחימה. בין השנים 2012 ל-2014, מטרותיה העיקריות היו הצבא הסורי, חזבאללה, והארגונים של כורדיסטן הסורית. בשנת 2014 תנועת אחראר א-שאם החלה להאבק גם במדינה האסלאמית ובהמשך גם במשמרות המהפכה של איראן והמיליציות השיעיות מעיראק ואפגניסטן. בנוסף, אחראר א-שאם תקפה לא פעם ריכוזים של אזרחים עלאווים בנקמה על פעולות המשטר העלאווי של אסד.
החימוש של ארגון אחראר א-שאם כולל בין השאר טנקים, נגמ"שים, שריוניות, תותחים ניידים, טילי נ"ט מסוגים שונים, משגרי רקטות, מרגמות, רימונים ורובי סער למיניהם. מרבית החימוש הכבד הוא שלל שנלקח מצבא סוריה. עם התרחבות ארסנל הנשק שלה, תנועת אחראר א-שאם החלה לבצע התקפות גדולות יותר במגמה לכבוש שטחים נרחבים בסוריה. כמו כן, נטען שיש לארגון חטיבת טכנית שתפקידה לבצע טרור סייבר. בניגוד לארגונים ג'יהאדיסטים רבים, אחראר א-שאם אינה משתמשת ברכבי תופת ובמחבלים מתאבדים לצורך התקפות על עמדות המשטר, על אף קשריה ההדוקים עם תחריר א-שאם שמשתמשת בפיגועי התאבדות באופן שוטף; עם זאת התנועה משתמשת לעיתים במנהרות תופת הנחפרות מתחת למפקדות של המשטר הסורי ובעלי בריתו.
מימון, וסיוע כספי וצבאי.
חלק נכבד מאמצעי המימון של הארגון, מגיעים מגביית מיסים מארגוני מורדים אחרים תמורת מתן מעבר למשאיות האספקה שלהם שנכנסות לסוריה מטורקיה דרך מעבר הגבול באב אל-הווא הנמצא בשליטת אחראר א-שאם, אך התנועה מקבלת מימון נכבד גם ממקורות מחוץ לסוריה. הארגון קיבל לראשונה מימון זר מרשתות תמיכה אסלאמיות במדינות המפרץ הפרסי שעל פי הדיווחים היו קשורים לממשלת קטר. בשנת 2014, החלה קטר לממן רשמית את הארגון ופלגי מורדים אחרים, ובתגובה לכך, בחריין, סעודיה ואיחוד האמירויות הערביות משכו את שגריריהם מקטר עקב התמיכה שלה בטרור לטענתם. עם זאת, ב-2015 סעודיה וטורקיה החלו גם הן לממן את הארגון רשמית, במאמץ משותף לחזק את כוחות האופוזיציה הסוריים לאחר המעורבות הרוסית במלחמת האזרחים בסוריה והצטרפות משמרות המהפכה של איראן ומיליציות שיעיות להגנה על משטר אסד. מלבד התמיכה הכספית, המדינות הסוניות הללו החלו לספק לארגוני המורדים גם אמצעי לחימה בקצב הולך וגובר, עקב התבוסות שחוו המורדים בשנת 2016. טורקיה מנצלת את תמיכתה הרבה בארגון על מנת להשפיע עליו להתרחק מארגוני הג'יהאדיסטים הקיצוניים.
החזית האסלאמית שבה הייתה חברה תנועת אחראר א-שאם, נהגה גם לפשוט על מחסני ציוד של צבא סוריה החופשי שניתנו לו על ידי המערב כדי להשלים חוסרים - מה שהוביל להשעיה לזמן מה של אספקת נשק מתקדם על ידי ארצות הברית ובריטניה. בשנת 2014, ארצות הברית שקלה לחדש את הסיוע הלא-קטלני לאופוזיציה המתונה (תרופות, כלי רכב וציוד תקשורת), אפילו עם חלק מזה הולך בסופו של דבר לקבוצות האיסלאמיסטיות.