חלקו המרכזי של התחקיר מתמקד במימון הנסיעות של נתניהו ובני משפחתו על ידי בעלי הון שונים, בשנים 1999–2008. לפי דרוקר, הנסיעות של נתניהו ומשפחתו על חשבון גופים פרטיים נמשכו גם אחרי שנתניהו חזר לפוליטיקה - הוא חשף 16 נסיעות שונות שבהן יש בעיה לכאורה. לדוגמה, ביוני 2004 נסע שר האוצר נתניהו לכנס מכון המחקר האמריקאי אנטרפרייז, כאשר מכון המחקר שילם, לטענת דרוקר, 23 אלף דולר על טיסת בני הזוג נתניהו.
עוד חשף דרוקר שני מקרים שונים משנת 2006 בהם, לכאורה, שילמו שני גופים על אותו כרטיס טיסה של נתניהו, בעת כהונתו כחבר כנסת. על פי דרוקר, אחד מן הגופים מימן את טיסת נתניהו, בעוד הגוף השני שילם עבור כרטיס לרעייתו שרה, וזאת אף על פי ששתי החשבוניות הוצאו על שמו של נתניהו עצמו. לטענת דרוקר, שלושה מתוך ארבעה הארגונים אישרו כי הם שילמו עבור כרטיס הטיסה ואף נקבו בסכום שנמצא בחשבונית, כאשר הארגון הרביעי סירב לחשוף את תשלומיו.
עוד עלה מהפרסום, כי בספטמבר 2006, טס נתניהו לארצות הברית כדי להופיע בכנס של המרכז הרפואי אשדוד. הוא דיווח על האירוע לוועדת האתיקה של הכנסת, קיבל אישור לנסיעה, וכן הוצאה חשבונית אחת עבור המרכז הרפואי, על סך של 8,237 דולרים. אולם, בחשבונית אחרת שהוצאה על כרטיס טיסה באותו הסכום, זהות הגורם המשלם היה ארגון "HERITAGE", המקדם תכנים של זהות יהודית. על פי התחקיר, נתניהו לא קיבל אישור מוועדת האתיקה לקבלת מימון מאותו ארגון עבור הנסיעה.
תגובת נתניהו לתחקיר.
ב-30 במרץ 2011, במסגרת שידור אינטרנטי של חדשות ערוץ 2, התייחס נתניהו לראשונה לתחקיר וטען, בין היתר, כי מדובר בניסיון לפגוע בו באמצעות מסע הכפשה נגדו ונגד אשתו.
ב-12 באפריל 2011 הגיש נתניהו לבית המשפט המחוזי בירושלים תביעת דיבה בגובה שלושה מיליוני שקלים וחצי נגד ערוץ 10, רביב דרוקר, מיקי רוזנטל ונענע 10, בעקבות הפרסום על המימון הכפול לכאורה לאחת מטיסותיו. בעקבות גישור בין הצדדים הגיעו הצדדים להסכמה על ביטול תביעה זו ותביעה נוספת של נתניהו נגד ערוץ 10, תוך ש"ראש הממשלה ורעייתו שומרים על מלוא זכותם לחדש את ההליכים המשפטיים נגד כל אחד מהנתבעים בכל אחת משתי התביעות בכל עת, על-פי שיקול דעתם הבלעדי", ואילו הנתבעים הבהירו כי "ינהגו באופן הוגן וענייני כלפי ה"ה שרה ובנימין נתניהו, בהתאם למדיניותם כלפי יתר האישים והגורמים אותם הם מסקרים".
בספטמבר 2016, במסגרת כתבה באתר "העין השביעית", טען דרוקר כי נתניהו נסוג מהכוונה לנהל נגדו משפט דיבה בפרשה, בין היתר משום שפחד ממה שיתגלה בכתב ההגנה; זאת, לאחר שפרקליטו של נתניהו דוד שמרון נחשף לטיוטת כתב ההגנה בפגישה עם פרקליטם של דרוקר וערוץ 10. לדברי דרוקר, המהלך תוכנן מראש כדי להשיג מטרה זו.
בדיקת מבקר המדינה.
בעקבות פרסום התחקיר החליט מבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס לפתוח בבדיקת הממצאים וקבע כי יש לפתוח בחקירה פלילית נגד נתניהו. על בדיקת הממצאים הופקד ניצב משנה (בדימוס) נחום לוי, קצין בכיר לשעבר במשטרת ישראל, שמונה ליועצו לענייני שחיתות של המבקר. מינויו של לוי לתפקיד עורר תרעומת בסביבתו של נתניהו, ובכיר בליכוד אף פנה ללינדנשטראוס וביקש ממנו שלוי לא יחקור את הפרשה, משום שלוי שימש ראש צוות השוטרים שחקר את פרשת עמדי, במסגרתה נחשד נתניהו בכך שהשית תשלומים פרטיים על חשבונו של משרד ראש הממשלה. במסגרת ההליך נבדקו במשרד המבקר נסיעותיו של נתניהו הן בתקופת כהונתו כשר האוצר (2003–2005) והן כשהיה ח"כ ויו"ר האופוזיציה (2005–2009). במסגרת הדו"ח שחיבר לוי נקבע כי בהתנהגות בני הזוג נפל חשד לכאורה לפגיעה בטוהר המידות.
ב-4 ביולי 2012 הושבע לתפקיד מבקר המדינה השופט יוסף שפירא, והטיפול בפרשת נסיעותיו של נתניהו הועבר אליו. ב-12 בספטמבר 2012 הדיח שפירא את חוקר הפרשה נחום לוי מתפקידו.
בעניין היקף חקירתו של לוי, הגיש עורך דינו של נתניהו, דוד שמרון, חוות דעת לפיה מבחינה חוקית, למבקר המדינה אין כל סמכות לבדוק נסיעות אל מחוץ לישראל של חברי הכנסת ובפרט את הזה של נתניהו, בתקופה שכיהן כחבר הכנסת וכיו"ר האופוזיציה. שפירא, אשר תמך בחוות דעתו של עו"ד שמרון, העביר בדצמבר 2012 לבדיקת היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין את החלק בטיוטת דו"ח המבקר הנוגע להתנהלות נתניהו בזמן כהונתו כחבר הכנסת, כאשר על הבדיקה הופקד עו"ד אורי קורב, מפרקליטות מחוז ירושלים. הטיפול בתיק עבר ליועץ המשפטי לממשלה לאחר שמבקר המדינה סבר כי החקירה אינה בסמכותו.
בספטמבר 2013 החלה המשטרה לגבות עדויות בפרשה. בין היתר, זומנו לתשאול ולגביית עדויות שורה של עובדים לשעבר בלשכותיו של ראש הממשלה נתניהו - ובנוסף נעשו פעולות חקירה שונות בישראל ומחוץ לה, הכוללות בעיקר השגת מסמכים.
בספטמבר 2014, כמעט שנתיים לאחר העברת הטיפול בפרשה ממשרד מבקר המדינה, הודיע וינשטיין על העברת התיק למשרד מבקר המדינה, תוך שהוא מציין כי: "אין סיכוי של ממש שהמשך הבדיקה, ואף חקירה פלילית, יובילו לממצאים ברמה הנדרשת להעמדה לדין, בין היתר, בשל חלוף הזמן הרב מאז התרחשות האירועים".
בפברואר 2015 הועברו לוינשטיין, ממשרד מבקר המדינה, חומרים שעלו בעת גיבוש דו"ח המבקר בעניין מימון נסיעותיו של נתניהו. החומרים הנוספים, שמקורם בתגובות של מושאי ביקורת אחרים בדו"ח, הועברו לאחר שווינשטיין הודיע בספטמבר 2014 כי ממצאי הדו"ח הראשוני שגובש לא העלו חשד לביצוע עבירה.
ב-10 בינואר 2016, נחשף בחדשות 10 כי וינשטיין החל בבדיקת חשד לפלילים בקשרים שניהל נתניהו עם אנשי עסקים במהלך נסיעותיו. חשד זה התעורר בעקבות תגובתו של ראש הממשלה לדו"ח שהועבר למשרד מבקר המדינה שפירא ב-15 בנובמבר 2015.
ב-15 בינואר 2016 ערך מבקר המדינה שפירא שימוע לנתניהו בנושא מימון נסיעותיו, במסגרת המאמצים להשלים את הדו"ח. השימוע נערך לבקשת נתניהו לאחר שחש כי לא הצליח להפריך את החשדות בשימועים קודמים שנערכו לו וביקש לשטוח את טענותיו בעל פה ולא להסתפק רק בתגובה בכתב. במהלך השימוע דרש נתניהו שהיועץ המשפטי של משרד מבקר המדינה, פרופ' יורם רבין, לא ישתתף בשימוע וזאת בשל היותו חבר של רביב דרוקר, חושף הפרשה. רבין השיב כי אינו רואה כל מניעה מלהשתתף בהליך וכי הוא אינו מצוי בניגוד עניינים, אך לבסוף נעתר לבקשה.
פרסום דו"ח מבקר המדינה.
במאי 2016 הגיש מבקר המדינה את הדו"ח השנתי, אשר אחד מפרקיו עוסק במימון הטיסות של נתניהו ובני משפחתו בזמן שכיהן כשר, ממרץ 2003 ועד אוגוסט 2005. מהדו"ח עולה כי מתוך 15 טיסות, שבע היו במימון ממשלתי, ואילו יתר הטיסות, בעלות כוללת של חצי מיליון שקל, מומנו על ידי גורמים חיצוניים ובהם ממשלות של מדינות אחרות, ארגון הבונדס, גופים ציבוריים, אנשי עסקים ואנשים פרטיים בעלי קשרים שונים לנתניהו או למשק הישראלי. על פי הדו"ח, נתניהו לא דיווח על הנסיעות והמימונים החיצוניים לגורמים המשפטיים המוסמכים וטען בתגובה כי מדובר בכספים לצורך נסיעותיו במסגרת תפקידו. בהקשר זה הדגיש מבקר המדינה בדוח כי הימנעות ביודעין מדיווח על טובת הנאה "מהווה עבירה פלילית". עוד הוסיף המבקר כי "אין זה ראוי שבנסיעות של שר לחו"ל לתפקיד שבהן הממשלה מממנת את הטיסה, גורם חיצוני יממן את שהות השר בחו"ל".
בהמשך הדו"ח מציין המבקר כי היבטים מסוימים של הפרשה עדיין נבדקים על ידי היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, אך אינו מפרט במה מדובר. בהודעה לעיתונות שפורסמה מטעם המבקר לפני פרסום הדו"ח נכתב כי עניינים אלה מעלים חשש לפלילים – אולם הבדיקה עדיין בעיצומה.
תגובות בעקבות פרסום הדו"ח.
במאי 2016 ביקש ערוץ 10 שנציג מטעם נתניהו יגיע ויגיב לממצאי דו"ח המבקר במהדורת החדשות המרכזית. דוברו של ראש הממשלה העביר לעורכי המהדורה הצעות לראיין את השר זאב אלקין או את ח"כ דוד ביטן, אבל העורכים סירבו לקבלם בתור נציגיו של נתניהו.
בעקבות הסירוב, הגיב ראש הממשלה בנימין נתניהו בעמוד הפייסבוק שלו וכתב כי "נראה שזה בלתי נמנע שהכתבות בנושא דו"ח מבקר המדינה יהיו מגמתיות בצורה קיצונית ויתעלמו מעובדות בסיסיות. הגדיל לעשות ערוץ 10 שאפילו לא היה מוכן לאפשר לנציג מטעמי לייצג את עמדתי. דרוקר מראיין את קרא, קרא מראיין את דרוקר. איזון במיטבו.. זהו עוד ניסיון של גורמים בתקשורת לפגוע בשלטון הליכוד. מה שהם לא הצליחו לעשות בקלפי הם מנסים לעשות באמצעים אחרים. אני מודה לציבור הרחב על התמיכה האיתנה בי. אמשיך לשרת אתכם נאמנה כראש ממשלת ישראל". בעקבות הפוסט, הגיב רביב דרוקר בפוסט משלו, ממנו עולה כי העובדות לכאורה שהציג בנימין נתניהו שונות בתכלית.
פרסום דו"ח המבקר עורר סערה במערכת הפוליטית, כאשר מספר חברי כנסת זעמו על מערכת אכיפת החוק, שלטענתם לא טיפלה בפרשה כראוי על מנת לוודא כי תגיע לדיון משפטי כנדרש. ח"כ מיקי רוזנטל מ"המחנה הציוני" טען כי: "הטיוח בפרשת 'ביביטורס' חמור יותר אפילו מהתנהלותו של ראש הממשלה. זו אחת המריחות החצופות שנעשו פה על ידי שומרי הסף, הן היועץ המשפטי לממשלה הקודם והן על ידי מבקר המדינה הנוכחי".
ב-26 במאי 2016 הגיב היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, לדברי הביקורת כלפי תפקוד מערכת אכיפת החוק ואמר כי בטענות "יש משום ניסיון לערער על המקצועיות והיושרה של מערכת אכיפת החוק ללא כל ביסוס בעובדות". את הדברים כתב היועמ"ש מנדלבליט במכתב ששלח כמענה אל ח"כ יואל חסון מ"המחנה הציוני", אשר שיגר מכתב ליועמ"ש הקודם וינשטיין, עם פרסום דו"ח המבקר על הפרשה, והאשים אותו כי "ידוע לי כיצד נעשו מאמצים מאחורי הקלעים לטיוח הפרשה, לגרירת רגליים ולחבלה בעבודת המבקר על מנת להגיע להתיישנות".