על רקע גלי עלייה המוניים של יהודים ממרוקו לישראל והגירה לארצות אירופה, הקהילה היהודית במרוקו הצטמצמה ובשנת 1956 נותרו במרוקו כ-160,000 יהודים. באותה שנה מרוקו הכריזה על עצמאותה מצרפת וספרד. באירוע מכונן שב המלך מוחמד החמישי למרוקו לאחר תקופת הגלייתו על ידי צרפת. טרם הכרזת העצמאות המרוקאית ב-1956 היהודים במדינה בדרך כלל חששו מהמעמד החדש שיהיה להם במרוקו העצמאית, הן כמיעוט יהודי במדינה מוסלמית שבאופן הולך וגובר הקולות הלאומיים בה קיבלו השראה מהליגה הערבית ורעיונותיו של גמאל עבד אל נאצר והן כמי שהזדהו מאוד עם השלטון הצרפתי וקשרו איתו קשר תרבותי, כלכלי ואף לשוני, וחששו שעזיבתו תדרוש מהם שינוי דרסטי באורחות חייהם. כחלק מהמאבק הלאומי המרוקאי היו התקפות על הממשל הצרפתי והמתיישבים האירופאים ולעיתים גם כנגד היהודים שזוהו איתם, ופעמים רבות העיתונים הלאומיים היו שופר להסתה אנטי-יהודית. בין הפגיעות האלימות ביהודים בתקופה שהובילה לעצמאות מרוקו: פרעות באוגוסט 1953 בעיר אוג'דה במהלכן נרצחו ארבעה יהודים וניסיון של המון מוסלמי לפרוץ למלאח של רבאט באותו חודש; בשנת 1954 בעיירה פטיז'אן (אשר נודעה בהמשך בשם סידי קאסם), נרצחו שבעה סוחרים יהודים וגופותיהם הושחתו ; פרעות אנטי-יהודיות בשנת 1955 בעיר מזאגאן, במהלכן המונים מוסלמים פרצו למלאח היהודי, בזזו אותו והבריחו ממנו את 1700 תושביו שמצאו מחסה בחלק האירופאי שבעיר;טבח באותו חודש בעיר וואדי זם (Oued Zem ) בו נהרגה משפחה בת חמש נפשות ושני יהודים נוספים ועוד.
כמו כן לאורך המחצית הראשונה של המאה ה-20 צמח הפער בין היהודים למוסלמים במרוקו באופן משמעותי. בקרב היהודים היה חינוך אוניברסלי ועד 1956 כלל הילדים היהודיים למדו באחד מבתי הספר של רשתות החינוך היהודיות הרבות שפעלו במרוקו וגם הכשרות מקצועיות בבתי ספר של אורט היו פתוחות בפני כל צעיר יהודי המעוניין בכך. לעומת זאת בקרב המוסלמים במרוקו רוב האוכלוסייה לא זכתה לחינוך בבתי ספר מודרניים, והרוב גם לא היו שותפים לאימוץ התרבות והשפה הצרפתיים. אחד החששות שעלו עקב עצמאות מרוקו היה שמרוקו תלאים את בתי הספר היהודיים ותייעד את חלקם למוסלמים, ואכן באוקטובר 1960 שליש מבתי הספר של כי"ח הולאמו על ידי הממשלה המרוקאית. חברת כי"ח תמכה במידה מסוימת במגמה לשלב תלמידים מוסלמים, מתוך המחשבה שיש לצמצם את הפערים בין האוכלוסייה המוסלמית לאוכלוסייה היהודית.
חשש נוסף עקב עצמאות מרוקו, שהתממש במהירות, היה שמרוקו העצמאית תטיל מגבלות על העלייה לישראל. כבר בשנת 1956 הוטל איסור על עזיבת יהודים לישראל, מה שהחל את תקופת העלייה החשאית ממרוקו. איסור זה נמשך עד שנת 1961, והוא הוסר הלכה למעשה לאחר טביעת ספינת אגוז וחילופי השלטון בין מוחמד החמישי לבין בנו חסן השני. ביקור גמאל עבד אל נאצר בשנת 1961 וההדים הלאומניים שהוא עורר תרמו גם כן להגברת חששותיהם של היהודים.
לאחר הסרת המגבלות על עזיבת יהודים בשנת 1961 החל גל גדול נוסף של עלייה לישראל או הגירה לצרפת ולארצות אירופה האחרות על ידי עשרות אלפי יהודים. במהלך תקופה זאת רבים ממוסדות הקהילה היהודית בוטלו ורוב ראשי הקהילה והרבנים מהערים השונות עזבו. גל הגירה נוסף ואחרון ממרוקו החל לאחר מלחמת ששת הימים והחששות שלוו אותה. אחריו נותרה במרוקו קהילה של מספר אלפי יהודים בלבד. חלק מהאזורים שבהם גרו יהודים לשעבר, כגון חלקים נרחבים מהמלאח במוגדור נותרו נטושים עד היום, במקומות אחרים מוסלמים התיישבו במה שהיה פעם רבעים יהודים. בגלל הגבלות על הוצאת כסף ממרוקו לא רבים יכלו למכור את רכושם ולעזוב את מרוקו ביחד עם הונם האישי. כדי להתגבר על הגבלות אלה פעלו רשתות חשאיות להוצאת חלק מהכספים.
הקהילה היהודית שנותרה במרוקו וכעת נהייתה לפחות מאחוז מתושבי המדינה המשיכה להתקיים, לעיתים קרובות תוך ניהול החיים בין מרוקו לצרפת. בין יוצאי קהילה זאת ניתן למנות את אדמונד עמרם אלמליח - סופר שזכה לפרסום במרוקו וצרפת, ד"ר לאון בן זקן - מי שהיה שר בשנים 1956–1958 ורופאו של מוחמד החמישי, אנדריי אזולאי - יועץ למלך מרוקו הנוכחי מוחמד השישי ומגי קקון - סופרת ופוליטיקאית.
דמוגרפיה.
במאה ה-19 מספר היהודים במרוקו הגיע לפי הערכות עד ל-100 אלף נפשות. רבי אבנר ישראל הצרפתי מפאס כתב בשנת 1879 את חיבורו ההיסטורי "יחס פאס", וכלל בו מפקד מפורט של האוכלוסייה היהודית עבור חמש מערי מרוקו, כולל את שמות בתי האב. על פי התחשיב שהוא ערך, על בסיס הערכה של ארבע נפשות בממוצע לבית אב, מספר התושבים היהודים היה בפאס 5,844 נפשות, במקנס 4,608 נפשות, בתאזה 536 נפשות, בדבדו 1,120 נפשות ובעיר צפרו 2,168 נפשות. ידוע עוד שבמספר ערים בתקופה זאת היהודים היוו חלק ניכר מסך התושבים, כך למשל בצפרו ומוגדור שיעור היהודים הגיע עד למעלה מ-40 אחוז.
בשנת 1912 לאחר הסכם פאס הפך מרבית שטחה של מרוקו למדינת חסות צרפתית וחלק קטן בצפונה, למדינת חסות ספרדית. התהליך לווה בתמורות בתחומי הכלכלה והתרבות של יהודי מרוקו ובתהליך עיור מואץ שהוביל לגידול במספרן של הקהילות העירוניות. בתקופת הפרוטקטורט כמעט כל יהודי מרוקו נעשו עירוניים, והקהילה היהודית בקזבלנקה גדלה לממדים של עשרות אלפי תושבים, ובמהלך שנות ה-40, כמעט מחציתם חיו מחוץ למלאח, בשכונות החדשות של העיר. ערים נוספות שהקהילה היהודית בהן גדלה היו טנג'יר, רבאט, מרקש, מקנס ופאס כאשר בכל אחת מהן היו למעלה מ-10,000 יהודים. במהלך המאה ה-20 נתקבלו נתונים על גודלה של הקהילה ממפקדי אוכלוסין שנערכו של ידי השלטון הצרפתי ובהמשך, על ידי השלטון המרוקאי.
בשנת 1947 הגיעה הקהילה לשיא גודלה ומנתה 204,000 נפשות. בין השנים 1921 ל-1951 עמד אחוז יהודי מרוקו על כ-2.5 אחוזים מהאוכלוסייה המוסלמית. לאחר הקמת מדינת ישראל, הורע מצבם של יהודי מרוקו והחל גל עלייה שנמשך עד 1956 ובמהלכו עלו כ-85,000 עולים. בשנת 1960 מנתה הקהילה 160,000 נפשות ושיעורה עמד על 1.4 אחוזים מהאוכלוסייה המוסלמית. בהמשך, במהלך מבצע יכין עלו כ-80,000 יהודים נוספים. החל משנת 1964 מונה אולוסיית יהודי מרוקו פחות מאחוז מהאוכלוסייה המוסלמית. בשנת 2006 מנתה אוכלוסיית הקהילה 2,500 נפשות.
מבחינת נתוני הקהילות השונות, עולה כי בראשית המאה ה-20 הייתה הקהילה במרקש הגדולה במרוקו ובשנת 1912 מנתה 15,000 נפשות. בשנה זו מנתה קהילת מוגדור 12,000 נפשות. תהליך העיור המואץ הוביל לכך שבשנת 1936 הייתה קהילת יהודי קזבלנקה הגדולה בקהילות מרוקו ומנתה 38,000 נפשות ובשנת 1951 היא גדלה לכדי 80,000 נפשות. הקהילה במרקש הייתה השנייה בגודלה ובשנת 1936 מנתה 25,600 נפשות, כאשר מספר זה קטן לכדי 17,000 נפשות בשנת 1951. בשנה זו, היו הקהילות בפאס, מקנס ורבאט דומות בגודלן ואוכלוסייתן מנתה בין 13 ל-14 אלפי נפשות. לפי נתוני מפקד צרפתי נוסף שנערך בשנת 1951, כ-90 אחוז מהאוכלוסייה היהודית במרוקו הייתה עירונית.
העלייה ממרוקו.
ניצני עליית המגרב.
עלייה לארץ ישראל ממרוקו התרחשה לאורך כל הדורות, וחלקם היחסי של יוצאי מרוקו בקהילות היהודיות בארץ ישראל היה גדול לאורך השנים. כך למשל, ר' יהודה אלחריזי בן המאה ה-13 כתב בעת ביקורו בירושלים שבעיר ישנה "קהילה חשובה וטובה" של "מערביים" (יוצאי ה"מערב", הכינוי למרוקו בערבית). ייתכן שקהילה זאת הוקמה עקב גלי הפליטים מרדיפות אל-מוואחידון. בעת המודרנית, עליית יהודי מרוקו לארץ ישראל נחלקת לשתי תקופות; זרם איטי של עולים טרם קום המדינה ותקופת העלייה ההמונית בשנות ה-50 וה-60. בין העולים לארץ טרם המאה ה-20 היו רבנים וראשי קהילה שרצו לקיים מצוות העלייה לארץ ישראל. ביניהם ניתן למנות את ר' חיים אבן עטר, ר' ישראל יעקב חגיז ר' דוד בן שמעון, ר' אברהם אזולאי (סבו של החיד"א) ר' אברהם שלוש ורבים נוספים. יפו הייתה אחת המוקדים לעלייה ממרוקו, ומתוך 65 המשפחות היהודיות ששכנו בעיר באמצע המאה ה-19 הרוב היו יוצאי מרוקו, שסייעו ליוזמות להקים שכונות חדשות מחוץ ליפו, שלימים יהיו העיר תל אביב. כך למשל חיים אמזלאג היה מבין מייסדי נווה צדק ורכש את האדמות שלימים יהיו ראשון לציון וכנראה היה מעורב גם ברכישת האדמות של "אם המושבות", פתח תקווה. יוסף אליהו שלוש ויוסף מויאל היו גם הם ממייסדיה של תל אביב.
הציונות עוררה התרגשות ואהדה בשיח היהודי במרוקו כבר בשנותיה המוקדמות, כך למשל המשורר רבי דוד אלקיים חיבר שיר שבח להצהרת בלפור ויצאו לאור עיתונים יהודים-לאומיים במדינה מתחילת המאה ה-20. בין 60 ל-80 משפחות צעירות עלו בין השנים 1908 עד 1918, והתיישבו בעיקר בירושלים ובטבריה. העלייה ברובה התבצעה דרך תוניסיה, ומשם בספינות קטנות לארץ. קהילת יהודי המגרב הייתה מצומצמת עד העלייה השנייה ורק אחריה גדל מספרם לכ-8000 איש בירושלים (כרבע מהאוכלוסייה). יוצאי מרוקו היו פעילים בחיים הקהילתיים בעיר, והקימו את ועד העדה המערבית בירושלים בראשות רבי דוד בן שמעון. ועד העדה שלח שד"רים ליהודי מרוקו וגייס כספים שבעזרתם הוקמה השכונה השנייה מחוץ לחומות ירושלים, "מחנה ישראל".
לאחר קום המדינה.