פרופסור סר ויליאם מתיו פלינדרס פיטרי היה אגיפטולוג אנגלי, חבר בחברה המלכותית וחלוץ המתודולוגיה של הארכאולוגיה השיטתית המודרנית, הראשון שניסח את עקרונות הארכאולוגיה המודרנית ויישם אותם בעבודתו בארץ ישראל. לאור זאת, נחשבות חפירותיו כחפירה המדעית המודרנית הראשונה בארץ ישראל. אחד הגילויים החשובים ביותר שלו הוא אסטלת ישראל, כתובת מצרית המזכירה את השם "ישראל". זהו האזכור החוץ-מקראי הקדום ביותר שנמצא לשם זה. פיטרי ראה גילוי זה כחשוב ביותר בכל שנות עבודתו.
פיטרי שהה בארץ ישראל בשתי תקופות נפרדות. בפעם הראשונה הגיע לארץ ישראל בשנת 1890, בתקופת שלטון האימפריה העות'מאנית. הוא הוזמן על ידי הקרן לחקר ארץ ישראל במטרה לחפש ולמצוא את לכיש, אותו זיהה בטעות כתל חסי. החפירה התנהלה בתקופת השלטון העות'מאני, שהיה לרוב עוין וחשדן כלפי כל עבודה מדעית הקשורה לחפירה באדמה, והקשה מאוד על הארכאולוגים בקבלת הפירמן המאשר להם לחפור. בחפירות נחשפה חומת לבני בוץ עבה מאוד. הוא חפר 79 בורות בדיקה, ותיארך את הממצאים ל-1700 לפנה"ס. פיטרי קרא לתקופה: "התקופה האמורית". הזיהוי של פיטרי נשאר תקף עד מציאת מכתבי לכיש בשנת 1935 (על ידי ג'יימס לסלי סטרקי, תלמידו של פיטרי), אשר זיהו את לכיש בתל אֶ דֻוֵיר.
מוסדות אירופאיים לחקר ארץ ישראל.
המחקר של הארכאולוגיה של ארץ ישראל התקדם עם ייסוד מוסדות מחקר קבועים של מוסדות אקדמאים אירופאים, מוסדות אלו ליבו את העניין בארצות המוצא והזינו את התורמים והחוקרים בממצאים מלהיבים חדשות לבקרים. הפוליטיקה הבינלאומית במהלכה התחרו המעצמות על השפעה בשטחי האימפריה הע'ותומנית המתפוררת האיצה את פעילות מוסדות המחקר כשלוחה נסתרת של הפעילות הדיפלומטית.
תקופת המנדט הבריטי.
כיבוש ארץ ישראל על ידי האימפריה הבריטית בשנת 1918 הביא את ארץ ישראל אל תוך המאה העשרים באחת. מיד עם שוך קרבות מלחמת העולם הראשונה שלטונות המנדט הבריטי, שראו עצמם כממשיכי דרכם של הצלבנים וכן של בני ישראל, גילו עניין רב בגילוי עברה ההיסטורי של ירושלים וארץ ישראל וטיפוח המחקר הארכאולוגי בארץ. לאחר כינון הממשל הבריטי בחודש יולי 1920, מינה הממשל הבריטי האזרחי על ארץ-ישראל את פרופ' ג'ון גרסטנג, מאוניברסיטת ליברפול להקים את מחלקת העתיקות. פעולתו בארץ הייתה כפולה. מצד אחד פעל להקמתו של בית הספר הבריטי לארכאולוגיה בירושלים (לקרן הבריטית לחקר ארץ-ישראל לא היה בסיס פעולה מקומי); ומצד שני, לסייע לשלטונות המנדט להקים את מחלקת העתיקות. ואמנם ב־14 ביולי 1920 אישר הנציב העליון את הקמתה של מחלקת העתיקות. המחלקה סונפה למחלקת העבודות הציבוריות (Public Works Department). במקביל למחלקת העתיקות הוקם גוף מייעץ היא המועצה הארכאולוגית.
בשנת 1926 התרחש חידוש נוסף בתחום הפעילות המדעית הארכאולוגית בארץ כאשר קיימה מחלקת העתיקות קונגרס בינלאומי.
הקמת מוזיאון רוקפלר.
עם התבססות שלטון המנדט והתגברות המחקר המדעי בארץ החלו ממצאים ארכאולוגיים להיערם במשרדי מחלקת העתיקות של ממשלת המנדט הבריטי. תוכנית מפורטת למוזיאון מרכז מחקר ומרכז לוגיסטי בירושלים הוגשה בשנת 1924. הארכאולוג ואגיפטולוג ג'יימס הנרי ברסטד (James Henry Breasted) מהמכון האוריינטלי של אוניברסיטת שיקגו (Chicago Oriental Institute) גילה עניין בפרויקט המוזיאון ושכנע את המיליונר האמריקני הנודע ג'ון ד. רוקפלר, הבן לתרום שני מיליון דולר להקמת המוזיאון בירושלים ולאחזקתו. תרומתו של רוקפלר, שהוכרזה במכתב אל הנציב העליון, הלורד הרברט פלומר, ביום ה 13 באוקטובר 1927, נחלקה לשניים: מחצית הסכום נועדה להקמת הבניין, ומחציתו השנייה הושקעה בקרן, שנועדה לממן את הפעילות השוטפת. עם הקמתו של המוזיאון בסוף שנת 1937 ומעבר מחלקת העתיקות המנדטורית אליו, היה זה המוסד היחיד מבין מוסדות הממשל שהיו בידיו בניין ראוי לשמו ותקציב נדיב לשם פעילות יום יומית.
רוברט מקאליסטר.
רוברט מקאליסטר היה ארכאולוג בריטי שנשלח לארץ-ישראל מטעם הקרן הבריטית לחקר ארץ-ישראל כדי לשמש עוזרו של פרדריק ג'ונס בליס בחפירות בארבעה תלים באזור השפלה, חפירות שנועדו בין היתר כדי לאתר את גת-פלשתים. השניים חפרו במרשה-(תל צנדחנה), תל צפית-(תל אל-צאפי), תל גודד- (תל אל-ג'ודידה) ובעזקה-(תל זכריה). בשנים 1909-1900 ניהל את הקרן הבריטית לחקר ארץ ישראל, ובשנים 1905-1902 ו-1909-1907 ערך חפירות מקיפות ביותר באתר תל גזר, מיקומה של גזר המקראית. חפירתו של מקאליסטר בגזר, לבד מתוצאותיה וממצאיה, הפכו גם לנקודת ציון בתחום המתודולוגיה הארכאולוגית בארץ, שהכל משתדלים ללמוד ממנה לקח. תל גזר הוא תל מקראי מן הגדולים בארץ. שטחו, בראשו, כ-100- דונם. מקאליסטר חפר למעלה ממחצית שטח התל, ובחלק גדול משטח החפירה ירד מפני השטח ועד לסלע, ובסך הכל היקף עבודה עצום בממדיו. מקאליסטר "פרס" את התל בפסי חפירה צרים וארוכים כשהוא חופר שטח צר וארוך ושופך את העפר והמבנים שפרק לפס החפירה הקודם, וכן הלאה. באופן זה חפר שלושים שטחי חפירה צרים וארוכים שהפכו את התל על פניו. אחד הלקחים שעולים מן החפירה הזו, היא העובדה שמקאליסטר חפר חלק גדול מדי של התל. חפירתו עשויה להמנות בין החפירות שניתן לכנותן "חפירות טוטאליות", שכן כילתה חלק ניכר של התל. ממצאיו פורסמו בשנים 1912-1911 בשלושה כרכים בשם "The Excavation of Gezer", אחד ממצאיו המפורסמים היה לוח גזר.
בין שתי מלחמות עולם.
החפירות הארכאולוגיות בארץ ישראל, בראשות מכוני המחקר המקומיים והבינלאומיים קיבלה תאוצה ניכרת בתקופה שבין מלחמת העולם הראשונה למלחמת העולם השנייה והיא ידועה גם כתור הזהב של החפירות בארץ ישראל
בתקופה זו ערכה קרן לחקר ארץ ישראל חפירות באשקלון (1920-1921) ושומרון (1931-1935) המכון האוריינטלי של אוניברסיטת שיקגו החל לחפור בתל מגידו (1925 -1939) וחוקרים מאוניברסיטת פנסילבניה החלו לחפור בבית שאן (1921-1933). חוקרים מהחברה אוריינטלית אמריקאית חפרו בתל בית מירסים (1926-1932). משלחת מטעם מוזיאון המטרופוליטן של ניו יורק חפרה את המבצר הצלבני המונפורט (1926).
החפירות האינטנסיביות ביותר נוהלו על ידי פלינדרס פיטרי החל משנת בשנת 1926 הוא ערך סדרת חפירות בדרום ארץ ישראל ובצפון סיני וערך סקרים ארכאולוגיים בעבר הירדן. בין השנים 1926–1938, חפר פיטרי בארבעה אתרים. בשנים 1926–1927 חפר פיטרי בתל ג'מה. בין השנים 1928–1930 חפר פיטרי בתל אל-פארעה, בקצה הצפוני של התל, על גבי הסוללה החיקסוסית, חשף פיטרי בניין מפואר שכינויו "בית המושל", בניין עם חצר מרוצפת מוקף חדרים, כולל כיריים. סביב התל חשף פיטרי שמונה שדות קבורה הכוללים מאות קברים. בין השנים 1930–1934 ו-1937–1938 חפר פיטרי בתל אל-עג'ול הנמצא ליד עזה. החפירה נערכה במסגרת בית הספר הבריטי לארכאולוגיה במצרים.
תלמידו של פיטרי ג'יימס לסלי סטרקי חפר בשנת 1932 בתל אֶ דֻוֵיר אשר זוהתה לאחר מכן כלכיש המקראית, עיר חשובה בממלכת יהודה. החפירות התנהלו עד שנת 1938. הממצאים העיקריים כללו מקדש מתקופת הברונזה המאוחרת, פיר גדול, קיר חיצוני מדופן, שער העיר, בנין מנהלי גדול מתקופת ממלכת יהודה ומקדש השמש מהתקופה הפרסית והליניסטית. אחד הממצאים החשובים ביותר שלו היו "מכתבי לכיש".
יריעת המחקר הארכאולוגי של ארץ ישראל הורחבה באופן ניכר בעקבות עבודתה של דורותי גארוד שחפירותיה בארץ ישראל חשפו את עברה הפרהיסטורי של הארץ. גארוד הגדירה את התרבות הנאטופית, תרבות ייחודית של ציידים-לקטים על סף המהפכה החקלאית, במערת שוקבא ביהודה ובמערת הנחל בנחל מערות. גולת הכותרת של עבודתה הייתה חפירת מערות האדם הקדמון שעל הר הכרמל (1929-1934). על המדרון המערבי של הכרמל, במערת תנור נחשף שלד של אישה ניאנדרטלית, שנחשב "אחד ממאובני אנוש החשובים ביותר שנמצאו אי-פעם", במערת תנור גארוד חשפה גם רצף ארוך ביותר (לפחות חצי מיליון שנה) של תרבויות פלאוליתיות: התרבות האשלית, התרבות האשלו-יברודית והתרבות המוסטרית. במערה אחרת בנחל מערות, מערת הגדי (א-סחול), גילתה גארוד את שלדיהם המאובנים של בני אדם בעלי אנטומיה מודרנית (הומו ספיינס), מלפני כמאה אלף שנה (התרבות המוסטרית). בשנת 1935 חפרה גארוד באתר גשר בנות יעקב וגילתה כלים אופייניים לתרבות האשלית הקדומה, מלפני 780,000 שנה.
פרוץ המרד הערבי בשנת 1936 ולאחר מכן פרוץ מלחמת העולם השנייה הביאו את תנופת החפירות לכדי עצירה כמעט מוחלטת.
מדינת ישראל.
הקמת מדינת ישראל בשנת 1948 וחלוקת ארץ הקודש בין שתי גדות נהר ירדן עם ממלכת ירדן קטע את המחקר הסימולטני והרציף של ארץ ישראל. בממלכה הירדנית, שמשאביה האקדמיים לא אפשרו מחקר ארכאולוגי על ידי מוסדות מקומיים המשיך איש מדע בריטי ג'רלד לנקסטר הרדינג לעמוד בראש מחלקת העתיקות הירדנית שמשרדיה שכנו ברבת עמון ובירושלים המזרחית שסופחה לירדן בשנת 1950. החפירות בעבר הירדן בוצעו על ידי מכוני המחקר הבינלאומיים, מכון המחקר האמריקאי חפר בתל בלטה (1956-1964), בית הספר הבריטי לארכאולוגיה בירושלים בראשות קתלין קניון חפר ביריחו (1952–1958) ובירושלים (1961–1967), בית הספר הצרפתי למקרא ולארכאולוגיה, בפיקוחו של החוקר הצרפתי רולאן דה וו. חפר בתל אל פארעה (הצפוני) (1946-1960) ובמערות קומראן (1951–1956).
1948 עד 1967.