בשנת 1986 פרסם המכון ההולנדי לתיעוד מלחמתי גרסה מורחבת ומוערת של היומן ובה הגרסה הערוכה והמצונזרת והגרסה השלמה וכן מחקרים המאמתים את אמיתות היומן ומחקרים על תולדות משפחת פרנק והיומן. גם גרסה זו כוללת קטעים שצונזרו על פי בקשת משפחת פרנק מאחר שהם מכילים תיאורים "לא מדויקים" או לא מחמיאים שנתנה אנה פרנק להוריה. בשנת 1995 תורגם היומן מחדש לאנגלית בהסתמך על הגרסה המלאה ההולנדית. גרסה זו תורגמה גם לעברית. בשנת 1999 הודיע קורנליוס סוג'יק, נשיא מוזיאון השואה האמריקני, כי בטרם מותו העביר לו אוטו פרנק 5 דפים נוספים מהיומן, דפים שהוצאו מהיומן המקורי על ידי אוטו פרנק בטרם פרסומו לראשונה בסוף שנות ה-40 של המאה ה-20. בדפים אלו נכללו הערות והארות של אנה על חיי הנישואים של אוטו ואדית פרנק. אוטו פרנק ככל הנראה לא רצה בפרסומם בגלל הביקורת של אנה כלפי אדית. דוגמה לחלקים חסרים אלו ניתן לראות בהערה שכתבה אנה ב-8 בפברואר 1944 יום לאחר שהתווכחה עם אמה, אשר ממנה ערך אוטו 47 שורות שלא פורסמו. בגרסה המקורית שפורסמה נכתב רק "אמא שתקה ואני נאלצתי, כעבור רגע, לתת לה נשיקת לילה טוב. המאורע אולי היה חסר חשיבות, אבל אני מתרגזת מכל דבר". ב-47 השורות שהושמטו, אנה מבקרת את נישואי הוריה ותוהה עד כמה בדיוק אביה מעריך את אמה. לאחר הסדרת שאלות זכויות היוצרים, נכללו גם דפים אלו החל ממהדורת 2001 של היומן המוער.
בנוסף ליומן, הותירה אחריה אנה פרנק סיפורים קצרים ורומן שלא הושלם, שנאספו לספר בשם "סיפורים מן האגף הנסתר" (במקור ההולנדי: Verhalen rondom het Achterhuis), שיצא לאור בשנת 1949. מהדורה נוספת ומורחבת יצאה בשנת 1960 ומהדורה נוספת ושלמה יצאה לאור בשנת 1982. כתבים אלו פורסמו שוב ביחד עם הגרסה המלאה והמוערת של היומן בשנת 2003.
הגרסאות השונות של היומן המקורי.
הגרסה המורחבת והמוערת של היומן, שיצאה לאור על ידי המכון ההולנדי לתיעוד מלחמתי בשנת 1986, מכילה את הגרסאות הנפרדות של היומן שלא היו גלויות לציבור עד אז.
הדמות "קיטי" ומקומו של הקורא ביומן.
במהלך כתיבת טקסט ב', אנה פרנק הגדירה את מקומו של הקורא כצופה המודע חלקית לכל הקורה, הן במחבוא והן בחיי אנה עצמה, ומציינת במפורש: "אף על פי שאספר לך הרבה, עדיין, למרות זאת, תדע רק מעט על החיים שלנו". הישות אליה פונה אנה פרנק היא למעשה לא הקורא, אלא דמות בשם קיטי (הולנדית: Kitty). זהותה של דמות זאת נחשפה, לפחות באופן חלקי על ידי מרים פרסלר (Mirjam Pressler) בספרה "אנה פרנק: חיים נסתרים" (Anne Frank: A Hidden Life) ולפי מחקר זה קיטי היא דמות מסדרת ספרי הילדים "Joop ter Heul" של סיסי ואן מרקסוולט (Cissy van Marxveldt). ספריה של ואן מרקסוולט אינם נחשבים לספרות מופת הולנדית אך היו פופולריים בקרב נערות ונשים הולנדיות צעירות החל משנות ה-20 של המאה ה-20 ועדיין נמכרים לקהל של נשים צעירות במספרים לא מבוטלים. מחקרים מראים את ההשפעה של ספרים אלה על יומנה של אנה פרנק הן במבנה והן בתוכן. סדרת הספרים Joop ter Heul הייתה בת 4 ספרים שפורסמו עד מותה של אנה פרנק (ספר חמישי פורסם בשנת 1946) ובהם מתוארים חייה של נערה בת למשפחה מבוססת מאמסטרדם בשם יופ טר הול. הסדרה עוקבת אחר התבגרותה, נישואיה, לידת ילדיה ומעורבותה במפעלי צדקה. קווי דמיון בין חייה של יופ לחייה של אנה יכולים להסביר את המשיכה של אנה פרנק לדמות ולספרים - יופ קשורה מאוד לאביה, ומאידך סובלת ממערכת יחסים מתוחה עם אמה, ליופ (ולאנה) יש אחות בוגרת האהובה על כולם, יופ וגם אנה הן דמויות המקרינות חיות, עליצות ואהבת חיים כלפי חוץ, אך מתמודדות עם רגשות של חוסר ביטחון עצמי ועולם פנימי עשיר ו"רציני". קיטי הספרותית היא אחת מחברותיה של יופ המתוארת כדמות הדומה לה ביותר. בנוסף לכך, שמה המלא של הדמות, "קיט פרנקן" (Kit Franken), נושא דמיון מסוים לשמה של אנה פרנק. יכול להיות כי עובדות אלו הביאו את אנה להשתמש בשמה כדמות אליה היא פונה ואתה היא מזדהה. ההשפעה והדמיון בין שתי היצירות הספרותיות ניכרת גם במבנה - הסדרה Joop ter Heul מתחילה בפרק בו הגיבורה כותבת מכתבים לחברים אך נאלצת להפסיק במצוות אביה ומשקיעה את כישרון כתיבתה בכתיבת יומן ההופך למעשה לספר הראשון בסדרה.
בטקסט א' מציינת אנה במכתב מיום 22 בספטמבר 1942, המופנה לראשונה ל"קיטי", כי היא סיימה לקרוא במהירות ובהתלהבות רבה את ספרי הסדרה, ומיום זה ועד דצמבר היא כתבה את כל הטקסטים ביומנה כמכתבים המופנים לדמויות מספרי הסדרה - אך לא לגיבורה הראשית "יופ". במכתבים אלו פורשת אנה את קורות חייה ומשפחתה במחבוא ואף משלבת ומשבצת בהם קטעים המופנים או מתייחסים לדמויות הדמיוניות. בטקסט א' אנה כותבת "מכתבים" למספר דמויות מסדרת הספרים, אך לאחר ספטמבר 1942, מסיבות לא ידועות, מעלימה אנה את מגוון הדמויות ואת נטייתה לכתוב לדמויות בספרים אותם קראה ככל הנראה מתוך כוונה לפשט את קו העלילה ולהקטין את מספר הדמויות ומורכבות היחסים בספר. קיטי המופיעה בטקסט ב' היא דמות שנבנתה במכוון כחברה דמיונית ואיננה דמות מספרי הילדים והופכת למעשה להאנשה של היומן. ברישום הראשון של טקסט ב' והיחיד שלא נכתב כמכתב מסבירה אנה כי "הסיבה שהתחלתי לכתוב יומן היא מאחר שאין לי חברה כזו באמת" וממשיכה לפרט: " על מנת לגבש בעיני רוחי את דמותה של החברה לה חיכיתי זמן רב כל-כך, איני רוצה לרשום סדרה של תכונות כמו שרוב האנשים עושים, אני רוצה שהיומן עצמו יהיה לי לחברה ואני אקרא לה קיטי".
אור נוסף נשפך על האבולוציה של הדמות "קיטי" בסיפור הקצר שכתבה אנה פרנק ונושא את השם "קיטי", תחילה בקובץ סיפורים נפרד ולאחר מכן העתיקה אותו אל טקסט ב' על מנת שיפורסם כחלק מספרה העתידי (ואוטו פרנק השמיט אותו מטקסט ג'). בסיפור זה קיטי היא האלטר אגו של אנה פרנק - היא בלונדינית עם עיניים כחולות, יתומה מאב וחיה עם אמא אוהבת ושישה אחים ואחיות. היא נוצרייה אדוקה המשוטטת באופן חופשי בכל מקום שתרצה, שאיפתה בחיים היא לעבוד בבית חרושת, להינשא וללדת ילדים. אחיה הבכור, פיטר, מתואר כדמות אב חזקה גברית ונדיבה - ועל בסיס ההנחה כי קיטי היא דמות מראה של אנה, ייתכן כי דמותו של פיטר היא האלטר אגו של פיטר ואן-פלס. קטעים נוספים בטקסט ב' שופכים אור נוסף על מערכת היחסים בין אנה לקיטי: 2 מכתבים נפתחים מתוך טעות סופר ב"אנה היקרה" (במקום "קיטי היקרה"), וייתכן שהדבר מוכיח כי אנה ראתה זהות בינה לבין הדמות הדמיונית שנמצאת מחוץ לתחומי המציאות של עולמה של אנה פרנק ואולי של אירופה בזמן מלחמת העולם השנייה, אך נכתבה כחברה קרובה ואפילו אינטימית של אנה פרנק ובה בעת מרוחקת ממנה. קיטי של טקסט ג' מגדירה את תפקידו של הקורא העתידי ביומן כצופה מהצד.
דמותה של קיטי הונצחה בסרט איפה אנה פרנק.
הפיכת היומן לאוניברסלי.
במקביל לפרסום היומן פעל אוטו פרנק להפוך את היומן מסיפור טרגי של נערה יהודייה בשואה, לספר בעל מסר אוניברסלי של אמונה בטוב ובערכים הומניים. על רקע סבל בל יתואר, הפכה אנה פרנק לסמל לנעורים, דמות אנושית עמה קל להזדהות, ואוטו פרנק הפך דמות אב ששיתף את מאזיניו בכאבו על אובדן משפחתו. באופן מודגש הובלעו העובדות הבסיסיות וההיסטוריות של חיי אנה פרנק ובעיקר יהדותה. הדוגמה הבולטת ביותר למגמה זו אירעה עם המחזת היומן על ידי מאיר לוין בשנת 1952, התסריט נדחה על ידי אוטו פרנק שכתב למחזאי על עמדתו: "[היומן] הוא לא ספר יהודי, אז אל תהפוך אותו למחזה יהודי". באותה רוח השמיט אוטו פרנק ביטויים אנטי גרמניים מהיומן, ואף אישר הפצה בגרמניה תרגום לגרמנית בו הוכנסו שינויים נוספים וצונזרו ביטויים העלולים להיות צורמים לקורא הגרמני. כך יכול קורא מהדורה זו להתרשם כי אין אשמה של העם הגרמני בכל מהלך האירועים שהובילו לבריחת משפחת פרנק למחבוא וברדיפת יהודי הולנד ואירופה. במאמר על אנה פרנק המתייחס בעיקר ליומן על הקשריו היהודיים והאוניברסליים כותבת פרופסור דינה פורת, ראש המכון לחקר האנטישמיות והמופקדת הקתדרה לחקר האנטישמיות והגזענות באוניברסיטת תל אביב, כי הגרסה היפנית תורגמה כך שהקוראים יוכלו להזדהות עם החורבן של משפחת פרנק ולא לשקוע באבל על קטסטרופות לאומיות כמו הרס הירושימה ונגסאקי וחורבן האימפריה היפנית.
היומן מסתיים עם גילוי המחבוא, וכפועל יוצא מכך נחסכים מהקורא תיאורים קשים של מחנות הריכוז ומחנות ההשמדה שבהם שהתה אנה פרנק בחלק האחרון והטרגי של חייה, תיאורים נפוצים בזיכרונות של ניצולים אחרים ששרדו את אימי המחנות. היומן של אנה פרנק, בניגוד ליומנים שנכתבו במזרח אירופה, אינו מתאר את שגרת חיי הגטאות על זוועות ההרעבה והמחלות והמפגש עם מכונת ההשמדה הגרמנית דרך האקציות, ומעט הידיעות על הרג יהודים משתקפות ביומן כסיפור רקע. במאמרה על אנה פרנק, מציינת פרופסור דינה פורת כי כתוצאה מכך הקורא ביומן נחשף לשואה אך גם לא מתוודע לזוועה. היא מתארת את היומן כספר שבו-זמנית עוסק בשואה - ומתעלם מהשואה. במאמרו "הלקח שלא נלמד מאנה פרנק", כתב ברונו בטלהיים כי כל ניסיון להפיק מוסר-השכל אופטימי מחיי אנה פרנק בהכרח שולל אפשרות להגיע להבנות על השואה "אם כל בני האדם טובים מיסודם, אז אושוויץ לא היה קיים ואין אפשרות כי יחזור".