כתוצאה מן האבדות במערכה על נורווגיה, רק קומץ אוניות גדולות היו מוכנות לפלישה המתוכננת לבריטניה בקיץ 1940 (מבצע "ארי הים", Unternehmen Seelöwe), פעולה שמעולם לא בוצעה. לאחר נפילת צרפת וכיבוש נורווגיה נמצאו הצוללות הגרמניות קרובות הרבה יותר לנתיבי הספנות הבריטיים באוקיינוס האטלנטי. בתחילה חסרו לשיירות הבריטיות אוניות-ליווי המצוידות במכ"ם, ולכן היה קשה ביותר לגלות את הצוללות במהלך ההתקפות העל-מימיות הליליות שלהן. שנה זו הייתה אפוא מן המוצלחות ביותר לצוללות הגרמניות, אם מודדים את תפוסת אוניות הסוחר אותן הטביעו בהשוואה למספר הצוללות שאבדו.
איטליה נכנסה למלחמה ביוני 1940, אז גם החל הקרב על הים התיכון. מספטמבר 1941 עד מאי 1944 הועברו אליו כ-62 צוללות גרמניות, כשהן חומקות בעד הבסיס הימי הבריטי בגיברלטר. הצוללות הגרמניות שפעלו בים התיכון הטביעו 24 אוניות מלחמה של בעלות הברית (12 משחתות, 4 סיירות, 2 נושאות מטוסים ואוניית מערכה אחת) ו-94 אוניות סוחר (בתפוסה של 449,206 טון). אף אחת מהצוללות הללו לא שבה יותר לגרמניה, מאחר שכולן טבעו בקרב או הוטבעו בכוונה תחילה על ידי צוותיהן בסוף המלחמה.
ב-1941 הטביעה "ביסמרק" ("Bismark"), אחת מאוניות המערכה הגרמניות החדישות, את "אה"מ הוד" (HMS "Hood") בשעה שהבקיעה לעצמה דרך אל האוקיינוס האטלנטי כדי לפשוט על אוניות הסוחר של בעלות הברית. גורלה לא אחר לבוא, וב - 27 במאי 1941 "ביסמרק" הותקפה על ידי כוחות עדיפים בהרבה והוטבעה.
בדצמבר 1941, בעקבות ההתקפה היפנית על פרל הארבור, הכריזה גרמניה מלחמה על ארצות הברית, מה שהוביל לשלב נוסף בקרב על האטלנטי. מספר רב של אוניות סוחר של בעלות הברית הוטבעו על ידי צוללות גרמניות בחופי אמריקה, מאחר שלא היה סיפק בידי האמריקנים להתכונן ללוחמה נגד צוללות. יכולות בניית האוניות העצומות של האמריקנים וציים המלחמתי הענק נכנסו עתה למלחמה, ועד מהרה פיצו על האבדות שגרמו להם אנשי הצוללות הגרמניות. ב-1942 נמשכה הלוחמה נגד צוללות בכל החזיתות, וכאשר הגיע הצבא הגרמני הנלחם בברית המועצות אל הים השחור, הועברו בסופו של דבר כמה צוללות גם אליו.
קרב ים ברנץ היה ניסיון של כוח ימי גרמני לתקוף שיירת אוניות של בעלות הברית באוקיינוס הארקטי. ברם, היתרון לא נוצל והוא שב לבסיסו. היו לכך השלכות חמורות: היטלר זעם על הכישלון וכמעט שהוציא לפועל החלטה לחסל לחלוטין את צי אוניות השטח. במקום זאת הופנו משאבים אל הצוללות, ולהוציא אוניית המערכה "טירפיץ" ("Tirpitz") פסק צי אוניות השטח להוות איום משמעותי.
לאחר 1943, השנה בה הוטבעה סיירת המערכה שרנהורסט ("Scharnhorst") בקרב כף הצפון, רוב אוניות השטח הגרמניות היו מסוגרות בנמליהן או בסמוך להם מחשש פן יאבדו, אך למרות זאת הוסיפו להעסיק את הצי הבריטי בהטלת הסגר ימי עליהן. הגדולה שבאוניות אלה, אוניית המערכה "טירפיץ", הוצבה בנורווגיה כאיום על הספנות של בעלות הברית וכן להגנה מפני פלישה אפשרית של בעלות הברית. לאחר שהוטבעה על ידי מפציצים בריטיים בסוף 1944 (מבצע קטכיזם), ניתן היה להעביר כמה מהאוניות הראשיות הבריטיות אל האוקיינוס השקט.
משלהי 1944 ועד סוף המלחמה עסקו אוניות השטח של ה"קריגסמרינה" בעיקר בהענקת סיוע ארטילרי לצבא הגרמני הנסוג לאורך החוף הבלטי ובהעברת פליטים אל חלקיה המערביים של גרמניה. במהלך אותה פעילות הוטבעו כמה אוניות נוסעים גרמניות גדולות: "וילהלם גוסטלוף" ("Wilhelm Gustloff") ו-"גויאה" ("Goya") הוטבעו על ידי צוללות סובייטיות, בעוד אוניית הקיטור "קאפ ארקונה" (Cap Arcona) הוטבעה על ידי מפציצים בריטיים. בכל אחת מהאוניות הללו קיפחו את חייהם אלפי אזרחים.
במהלך 1943 ו-1944 החלו הצוללות הגרמניות לסבול אבדות כבדות בשל השתכללות הטקטיקות נגד צוללות והציוד המשופר של בעלות הברית. מכ"ם, הגנה אווירית, טקטיקות משופרות וכלי נשק חדשים כולם תרמו לכך. הפיתוחים הטכניים הגרמניים, כגון צינור השינור (שנורקל), נועדו להוות משקל נגד להם. דגמים חדשים של צוללות גרמניות, ה"אלקטרובוטה" (Elektroboote) נמצאו בפיתוח, ולו נעשו מבצעיים והיו מיוצרים בכמות מספקת, יתרון בעלות הברית היה מתכרסם.
בין השנים 1943-1945 פעלה יחידת הצוללות "מונסון גרופה" (Monsun Gruppe) באוקיינוס ההודי מבסיסים יפניים באינדונזיה הכבושה. מאחר שאוניות הסוחר של בעלות הברית באזור זה לא אורגנו בשיירות, רבות מהן הוטבעו בתחילה על ידי הצוללות הגרמניות, אך לא לאורך ימים. בשנות המלחמה האחרונות שימשו צוללות גרמניות כאמצעי להעברת ציוד מלחמתי חיוני בין יפן וגרמניה.
לאחר המלחמה חולקו בין המנצחים אוניות השטח הגרמניות ששרדו (רק שתי אוניות מלחמה גדולות היו מבצעיות). אחדות (כמו נושאת המטוסים הבלתי גמורה "גרף צפלין") שימשו כמטרות לאימוני ירי, בעוד אחרות (מרביתן משחתות וספינות טורפדו) הוכנסו לשירות בציי בעלות הברית שחסרו אוניות שטח לאחר המלחמה. הצי הצרפתי והצי הסובייטי קיבלו את המשחתות, וכמה ספינות טורפדו הועברו אל הצי הדני והצי הנורווגי. לקראת סוף שנות החמישים הוצאו משירות כל המשחתות, אך כמה מספינות הטורפדו הוחזרו לגרמניה המערבית בשנות השישים.
ב-1956, עם הצטרפותה של גרמניה המערבית לנאט"ו, הוקם צי מלחמתי חדש בשם "בונדסמרינה" (Bundesmarine, "הצי הפדרלי"). כמה ממפקדי ה"קריגסמרינה", כמו אריך טופ (Erich Topp) ואוטו קרצ'מר (Otto Kretshmer), המשיכו לשרת ב"בונדסמרינה". זמן מה לאחר המלחמה הוקם בגרמניה המזרחית ה"פולקסמרינה" (Volksmarine, "צי העם"). עם איחודה של גרמניה ב-1990 הוחלט להשתמש בשם "דוייטשה מרינה" (Deutsche Marine, "הצי הגרמני").
אוניות.
בתחילת מלחמת העולם השנייה היו רוב אוניות השטח של הצי הגרמני חדישות: מהירות, חמושות היטב ומשוריינות כראוי. הדבר הושג בהסתר אך גם תוך הפרה גלויה של הסכם ורסאי ושל ההסכמים הימיים השונים שנחתמו לאחר מלחמת העולם הראשונה. אמנם הוכנה תוכנית להגדלה משמעותית של הצי (תוכנית Z), אך משפרצה המלחמה ב-1939 נדחה ביצועה והמשאבים שיועדו לה הופנו לתחומים אחרים.
גרמניה תגברה את צייה המלחמתי במספר כלי שיט שנלקחו שלל מהמדינות הכבושות.
כמה מדגמי האוניות אינו תואם את הסיווג המקובל. בכל מקום בו קיימת מחלוקת דעות, נוספה הערה.
סיירת המערכה.
הסיווג של אוניות אלה בעייתי. האפיון כ"סיירת מערכה" הוא במידה רבה בריטי והיה בשימוש הצי המלכותי הבריטי, בעוד הגרמנים בעיקר מתארים אותן כ"אוניות מערכה" (battleships או Schlachtschiff)
אוניות מערכה זוטא.
כונו בגרמניה (Panzersheiff). פרשנים מודרניים מעדיפים לסווגן כ"סיירות כבדות", ואומנם הקריגסמרינה עצמו סיווג אוניות אלה מחדש ב-1940 כ-Schwerer Kreuzer.
משחתות.
הגם שצי המשחתות (Zerstörer) הגרמניות במלחמת העולם ה-2 היה מודרני והאוניות היו גדולות מאלו המקובלות בציים אחרים, היו להן בעיות. דגמי המשחתות הראשונים היו בלתי יציבים, סיפוניהם הוצפו מים בים סוער, הם סבלו מתקלות במנועים וטווח השיט שלהם היה קצר. מקצת הבעיות נפתרו עם פיתוחם של דגמים חדשים יותר, אך המשך הפיתוח עוכב על ידי המלחמה ובסופו של דבר על ידי תבוסת גרמניה.
בשנה הראשונה למלחמה שימשו המשחתות לזריעת מוקשי תקיפה בנתיבי הספנות סמוך לחופי בריטניה.
ספינות טורפדו.
ספינות אלה התפתחו מכלי השיט הקטנים של שנות השלושים, שנשקן הכמעט יחיד היו טורפדות, למה שהיו למעשה משחתות קטנות, החמושות במוקשים, בטורפדות ובתותחים. שני סוגים של ספינות טורפדו גדולות תוכננו בשנות הארבעים אך לא נבנו בסופו של דבר.
אוניות מערכה ממלחמת העולם הראשונה.
שימשו בעיקר כאוניות אימונים.
סיירות עזר.
במהלך המלחמה הוסבו תשע אוניות סוחר לסיירות עזר ושימשו לתקיפת הספנות המסחרית של האויב, בעיקר באוקיינוס ההודי ובאוקיינוס השקט. הסיירת המוצלחת ביותר הייתה אטלנטיס בפיקודו של ברנהרד רוגה שהטביעה או לכד 22 ספינות אויב בנפח של כולל של 145,697 טון.
צוללות.
כשפרצה המלחמה הייתה לקריגסמרינה שייטת קטנה יחסית של צוללות, שמנתה סך הכול 57 צוללות. לאחר שהיטלר נואש מתפקודן של אוניות השטח הגדולות, הוגדל מספר הצוללות. עדיין נתונה לוויכוח הקביעה שבריטניה הייתה נכנעת בשל חוסר יכולת להגן על שיירותיה לו היו הגרמנים מקדימים להשקיע משאבים נוספים בצוללות. למעשה, בתום שנה למלחמה הדביקה בניית האוניות החדשות את קצב האבדות.
דגמי הצוללות העיקריים היו דגם IX, צוללת ארוכת-טווח לשימוש במערב ובדרום האוקיינוס האטלנטי, באוקיינוס ההודי ובאוקיינוס השקט; ודגם VII, כמותו נבנו רוב הצוללות, ששימש בעיקר בצפון האוקיינוס האטלנטי. הצוללות מדגם X היו מניחות מוקשים ואלו מדגם XIV, שכונו "פרה חולבת" (Milchkuh), היו צוללות ייעודיות ששימשו להובלת אספקה לצוללות שפעלו הרחק מבסיסיהן.
דגמי XXI ו-XXIII, ה- Elektroboot, עשויות היו לסכל חלק ניכר מהטקטיקות והטכנולוגיה נגד צוללות של בעלות הברית, אלא שמעולם לא נפרשו בכמות מספקת. לאחר המלחמה הן נעשו אבות-הטיפוס של צוללות מודרניות, במיוחד של הצוללות הסובייטיות מסוג W.
במהלך מלחמת העולם השנייה אבדו בקרב כ-60% מהצוללות הגרמניות המבצעיות; 28,000 מתוך 40,000 אנשי צוות נהרגו במלחמה ו-8,000 נפלו בשבי. שאר הצוללות נכנעו לבעלות הברית או הוטבעו על ידי צוותיהן בסוף המלחמה.
לאחר המלחמה הטביעו בעלות הברית בים הפתוח את רוב הצוללות הגרמניות שנכנעו והועברו לידיהן.
מיינה מצויה