באיגרת מחודש סיוון ה'תרע"ג ביקש ממנו הרב קוק לכתוב מבוא חדש לתלמוד, בו תיערך השוואה שיטתית בין התלמוד הבבלי והתלמוד הירושלמי, והתייחסות למקורות קדומים נוספים. כאשר בא להיפרד מרבו לקראת נסיעתו לאנגליה, חזר הרב קוק על הבקשה ואמר "דע לך כי ספרים מתחברים לפי צורך הדורות. דורנו זקוק למבוא חדש לתלמוד. לך והתחל בעבודה...". גם כאשר שהה בחוץ לארץ הוא דחה את כתיבת המבוא במשך זמן רב, אך לאחר מות הרב קוק הוא ראה בכך צוואה שלו - והחל בכתיבתו. משיצא לאור, עשה הספר רושם גדול בעולם התורני.
הסדרה מכילה שבעה כרכים למסכתות שונות, ובהם מביא הרב פורת את תמצית הסוגיות: הכרך הראשון (יצא לאור בשנת תש"ב) הוא על מסכת גיטין (פרקים א ו-ב); הכרך השני (תש"ג) על מסכת גיטין (פרקים ג ו-ד) וסוגיות נוספות; הכרך השלישי (תש"ה) על בבא קמא; הכרך הרביעי (תש"ח) על בבא מציעא; הכרך החמישי (תשי"א) על מסכת סנהדרין; הכרך הששי (תשט"ו) על מסכת חולין; הכרך השביעי והאחרון (תש"ך) על מסכת כתובות. בין השנים תש"מ - תש"ו, הוציאו בניו של המחבר את הספר במהדורה חדשה ומתוקנת.
אמפולה
אמפולה (מלטינית ampulla צורת הקטנה של ἀμφορεύς (אמפורה מיוונית); בעברית: בַּקְבּוּקִית) היא שפופרת זכוכית או פלסטיק אטומה המכילה בתוכהּ כמות קטנה של חומר שיש לשומרו ממגע עם אוויר. הוצאת החומר נעשית על ידי שבירת ראש האמפולה.
היסטוריית השם.
ברומא העתיקה הכלי עם השם הזה היה מחרסית, זכוכית או מתכת בדרך כלל עם גוף רחב, צוואר דק ושתי ידיות ושימש לשמירת נוזלים.
בכנסייה שימשו אמפולות לשימור דגימה קטנה של דם של אדם שמת, במיוחד של קדושים נוצרים, מור או לנוזלים שנחשבו לקדושים (מים קדושים וכו') .
מגוון של אמפולות עתיקות מוצגות במוזיאון הוותיקן.
בתקופת המנדט הבריטי שימשו אמפולות את לוחמי המחתרות כמרעומים לפצצות.
במאה ה-21 אמפולות משמשות בעיקר עבור תרופות וכימיקלים טהורים שיש לשומרם ממגע עם אוויר. שימוש נפוץ נוסף באמפולות נעשה במתזים.
אמפולה שבורה לא ניתנת לתיקון, ולעיתים היא משמשת ראייה משפטית לכך שהאמפולה נפתחה.
אופן התפעול.
האמפולה מורכבת מחלק תחתון המכיל בתוכו את החומר וראש דק יותר. בין הראש לחלק התחתון יש אזור חלש הנשבר בקלות עם הפעלת לחץ. בזמן השבירה האזור צריך להימצא כלפי מעלה. יש שיטות שונות ליצירת האזור החלש. באחת השיטות מוכנס חומר צבעוני, לרוב כחול, לתוך הזכוכית באופן המחליש אותה ומקל על שבירת האמפולה בעת הצורך. לעיתים בערכה תהיה סכין מיוחדת.
טטיסבאנה
דני גוטווין
דניאל גוטוויין
שעון מולקולרי
שעון מולקולרי, או שעון גני, המבוסס על היפותזת השעון המולקולרי (ובקיצור MCH), הוא טכניקה במחקר גנטי המאפשרת לתארך את המועד בו התפצלו שני מינים מאב קדמון משותף. הטכניקה מבוססת על זיהוי מועד היווצרות השינויים הקטנים בין שני רצפי ה-DNA של המינים.
היסטוריה.
המושג "שעון מולקולרי" יוחס לראשונה לאמיל צוקרקנדל ולינוס פאולינג, אשר הבחינו בשנת 1962, כי מספר ההבדלים בחומצות אמינו בהמוגלובין בין שתי שושלות יוחסין פרופורציונליים בקירוב לזמן התפצלותם מאב קדמון משותף, כפי שהוערך מעדויות מאובנים. הם הכלילו מתצפית זאת וטענו כי קצב השינוי האבולוציוני של כל חלבון הוא קבוע בקירוב. המושג יושם גם לאבולוציה של רצפי DNA, ובמיוחד לאבולוציה נייטרלית.
מאוחר יותר, התבססו אלן ווילסון ווינסנט סאריץ' על מחקר זה ועל מחקרו של מוטו קימורה (1968), צפו וסיפקו ניסוח פורמלי לכך שטעויות ספונטניות בשכפול DNA גורמות למוטציות שמניעות את האבולוציה המולקולרית, וכי ההצטברות של הבדלים אבולוציוניים "נייטרליים" בין שני הרצפים עשוי להיות בסיס למדידת זמן, אם קצב הטעויות בשכפול ה-DNA ניתן לכיול. שיטה אחת לכיול קצב הטעויות היא השוואת זוגות של קבוצות מינים חיים שתאריך ההיפרדות שלהם כבר ידוע כתוצאה מתיעוד של מאובנים.
כיול.
במקור, ההנחה הייתה ששיעור הטעויות בהכפלת DNA הוא קבוע – לא רק בזמן, אלא גם בכל המינים ובכל חלק של הגנום. מכיוון שהאנזימים שמכפילים את ה-DNA נבדלים מעט מאוד בין מינים שונים, ההנחה נראתה הגיונית.
הנחה זו התבררה מאוחר יותר כשגויה, כיוון שהיא מתעלמת מגורמים נוספים המשפיעים על קצב השינוי. לו פולינג או צוקרקנדל היו ביולוגים אבולוציוניים במקום ביולוגים ניסויים (או במקרה של פולינג, כלל לא ביולוג), סביר להניח שטעות זו הייתה מושכת את תשומת לבם.
תחומי המחקר ביולוגיה אבולוציונית ומולקולרית היו רחוקים מדי זה מזה בתקופתם, מה שגרם לכך שההנחה השגויה נתפסה כנכונה תקופה ארוכה עד שהחלו להתברר ממדי הטעות. ככל שהראיות המולקולריות הצטברו, הנחת הקצב הקבוע הוכחה כשגויה. למרות זאת, הנחת ה-MCH מהווה קירוב טוב במקרים פרטיים רבים, וניתן לבחון את הדיוק של שעונים מולקולריים אינדיבידואליים ולעשות בהם שימוש במקרים רבים. התיקון להנחה המקורית הוא בצורך לכייל את השעון המולקולרי בכל מקרה פרטי בעזרת עדויות חומריות כגון מאובנים, לפני שניתן לבסס עליהם מסקנות חזקות.
מאז ראשית שנות התשעים של המאה ה-20 תוארו דוגמאות של שיעורים לא אחידים של אבולוציה מולקולרית. בהנחה שמדובר במקרה של הרבה טקסונים, נמצא כי אין שיעור אחיד של אבולוציה מולקולרית, אפילו לא בתקופות זמן קצרות השוואתיות מבחינה אבולוציונית. נראה כי ליסעוראים יש שעון מולקולרי שבממוצע מתקדם בחצי מהירות ביחס לציפורים אחרות, ככל הנראה בגלל זמני דור ארוכים, ולהרבה צבים יש שעון מולקולרי שמתקדם בשמינית מהירות לעומת יונקים קטנים.
סביר להניח שהשפעות של אוכלוסייה קטנה מבלבלות גם כן את הניתוח של השעון המולקולרי; לדוגמה, האבולוציה של הברדלס, שעברה 2 צווארי בקבוק של אוכלוסייה, לא ניתנת לבדיקה תוך התבססות על מודל השעון המולקולרי. חוקרים כמו איילה והאנתרופולוג ג'פרי ה. שוורץ אתגרו את היפותזת השעון המולקולרי ברמה יסודית יותר. לפי מחקרו של איילה משנת 1999, ישנם 5 גורמים המתחברים זה אל זה ומערערים את המודל הסטנדרטי של השעון המולקולרי:
משתמשים בשעון המולקולרי פיתחו פתרונות עוקפים תוך שימוש במספר גישות סטטיסטיות כולל טכניקות של נראות מקסימלית ומאוחר יותר במודל של חוק בייס.
בפרט, מודלים שלוקחים בחשבון שינויים בקצב לרוחב אילנות יוחסין הוצעו על מנת להשיג הערכות טובות יותר של זמן ההתפלגות ופרמטרים אחרים שניתן להעריך מקצבי ההחלפה, כגון גודל האוכלוסייה האפקטיבי. מודלים אלה מכונים "שעונים מולקולריים רגועים".
מודלים אלו, הנשענים על מדגם של מידע הטרו-כרונומטרי מהרצף, פותחו מפילוגנזה של נגיפים ומחקרים של DNA עתיק, שני תחומים של הביולוגיה האבולוציונית בהם ניתן לדגום רצפים בקנה מידה אבולוציוני, ובכך לספק מידע מכייל נוסף על זה המסופק בדרך כלל על ידי תיעוד המאובנים.
מודלים אלו מכונים "מודלים של שעון רגוע" כיוון שהם מייצגים עמדת ביניים בין היפותזת השעון המולקולרי "הקשוחה" ומודל השיעורים המרובים של פלסנסטיין, והם מתאפשרים דרך שימוש בטכניקות הסטטיסטיות של שרשרת מרקוב ושיטת מונטה קרלו (MCMC) החוקרות טווח נרחב של טופולוגיות עצים ומעריכות פרמטרים של מודל ההחלפה הנרחב.
גם מודלים אלו עדיין מבוססים על מסקנות סטטיסטיות ולא על ראיות ישירות ולפיכך, מבחינה מדעית אפילו שעון מולקולרי רגוע יכול רק לתמוך אבל אף פעם לא "להוכיח" היפותזה. לבעיה זו ניגשים באמצעות שימוש בתיעוד מאובנים, שהוא בדרך כלל מספיק טוב ומתועד באופן מספיק כדי לספק ראיות מוצקות, על מנת לכייל את השעון המולקולרי בהתאם. מצד שני, בחקר האבולוציה של פתוגן או מחקרים של DNA עתיק, ניתן לעשות שימוש בדגימות סדרתיות.
שימושים.
טכניקת השעון המולקולרי היא כלי חשוב בסיסטמטיקה מולקולרית, שהיא שימוש של מידע מגנטיקה מולקולרית על מנת לקבוע את הסיווג המדעי הנכון של אורגניזם.
ידיעת שיעור האבולוציה המולקולרית הקבוע-בקירוב בסדרות מסוימות של אילנות יוחסין מקלה על קביעת מאורעות פילוגנטיים שאינם מתועדים על ידי מאובנים, למשל התפלגויות של מינים שקיימים בימינו, והיצירה של העץ הפילוגנטי. אבל במקרים אלה – בייחוד במקרים של טווחי זמן ארוכים – השעון המולקולרי עשוי להיות חסר תועלת לשימושים מעשיים; הערכות כאלה הן בדרך כלל גסות, עם טווח שגיאה המגיע עד 50%.
איבראהים אל-אוול
איסיק קול
איסיק קול (בקירגיזית: Ысык-Көл, ברוסית: Иссык-Куль) הוא אגם הנמצא במזרח קירגיזסטן. הוא נמצא צפונית לרכס טיין שאן ודרומית להרי קונגיי אלאטאו . האגם נמצא בגובה של 1,606 מטר מעל פני הים. שטחו 6,236 קמ"ר ועומקו המרבי 668 מטר.
זהו האגם ההררי השני בגודלו בעולם לאחר אגם טיטיקקה באמריקה הדרומית וכן אגם המלח השני בגודלו בעולם לאחר הים הכספי. הוא ניזון ממעיינות ומכ-118 נהרות ונחלים המביאים את מי הפשרת השלגים והקרחונים באביב ובקיץ.
פירוש שמו הוא "האגם החם". מקור השם בכך שמימיו אינם קופאים בחורף, גם כשהטמפרטורה סביבו נמוכה מנקודת הקיפאון, בשל צירוף של גורמים: מליחות נמוכה (סביב 0.6% בהשוואה ל-3.5% במי ים), גוף מים עמוק ופעילות גאותרמית תת-קרקעית.
האקלים באזור האגם הוא יבשתי קיצוני, הגורם להבדלים גדולים בין החורף לקיץ: הטמפרטורה הממוצעת בקיץ היא כ-22 מעלות צלזיוס, אולם נרשמו מקרים של 40 מעלות צלזיוס. בחורף ממוצע הטמפרטורות הוא כ-5 מעלות צלזיוס, אך היו רישומים של 30- מעלות צלזיוס ואף פחות מזה.
תיירים רבים מגיעים לאגם בעיקר מפני שזהו האגם הגדול ביותר בקירגיזסטן, בגלל יופיו והנוף היפה סביבו.
האגם וסביבתו מוכרזים על ידי ארגון אונסק"ו כשמורה ביוספרית מאז שנת 2001.
Tethysbaena
Copepoda
Typhlocaris
Collembola
מדאם באטרפליי