בקרב חלק מהציבור הדתי-לאומי התגברו רגשות קשים שנולדו עוד בתוכנית ההתנתקות לגבי יחסה של המדינה אליהם ויחסם למדינה. מבחינת ציבור זה מדובר היה בטראומה שתרמה הן להקצנה לכיוון של אלימות והן להגברת האמונה שישנם גורמים בשלטון ובתקשורת שמנסים במתכוון לפגוע בציונות הדתית. מאידך בקרב חלקים מהציבור התגברה התחושה והחשש לגבי יחסם של המתנחלים לשלטון החוק וסירובם לקבל החלטות ממשלה.
אחת התמונות שצולמה במהלך העימות על ידי הצלם עודד בלילטי, בה נראית נערה אחת מול שוטרים רבים חבושי קסדות הלובשים מדים שחורים, זיכתה את צלמה בפרס פוליצר לשנת 2007. בשנת 2007 הוציאה להקת המטאל הישראלית Salem את האלבום "Necessary Evil" הכולל שיר בשם "עמונה", שהוא שיר מחאה קצר המתאר את המניעים שבמאבק בעמונה מנקודת מבטם של מתנגדי ההתנתקות.
הליכים משפטיים.
הפורום המשפטי למען ארץ ישראל וארגון זכויות האדם ביש"ע אספו עדויות על מנת להגיש תלונות למחלקה לחקירות שוטרים ותביעות אזרחיות כנגד שוטרים שהיו לטענתם אלימים. על פי דו"ח שפרסם ארגון זכויות האדם ביש"ע, נכון לינואר 2010, נפתחו למעלה מ-100 תיקים על תלונות ובהם כ-150 מתלוננים, אך רק ארבעה הבשילו לכדי כתב אישום, ומתוכם אחד הסתיים בזיכוי, אחד ללא הרשעה, אחד בהרשעה ואחד תלוי ועומד. 44 תיקים נסגרו בעילה של עבריין לא נודע, 18 נסגרו ללא חקירה, 15 נסגרו מחוסר ראיות, 9 נסגרו מחוסר עניין לציבור ו-3 מחוסר אשמה. ב-25 במאי 2010 גזר בית המשפט בירושלים על השוטר דוד אדרי 3 חודשי עבודות שירות, לאחר שהורשע ב"תקיפה הגורמת חבלה של ממש" שלא היה בה צורך כלל.
במקביל הוגשו עשרות תביעות אזרחיות ובחלקן נפסקו לתובעים שנפגעו מאלימות השוטרים פיצויים של מאות אלפי שקלים. בין היתר נפסקו 23,000 שקלים ליהודה עציון שנרמס על ידי פרש משטרתי, 35,000 ש"ח למפגין שהוכה בעורפו על ידי אותו פרש, כ-400,000 שקלים ליחיעם אייל ששוטר הכה בראשו באלה הפוכה וגרם לפציעתו באורח אנוש, כ-15,000 שקלים למפגין שננגח בראשו בקסדה, 150,000 שקלים למוטי יוגב שהוכה ונפגע ברגלו, 230,000 שקלים למפגין שהוכה בפלג גופו העליון.
מנגד, הוגשו תביעות על התפרעויות ותקיפות שוטרים כנגד אנשי ימין שהשתתפו בפינוי, ואחד מהם נידון ל-180 שעות של עבודות שירות. ב-15 בפברואר 2006 הוצת רכבו המשטרתי של תנ"צ מאיר בוקובזה, סגן מפקד מחוז ש"י במשטרה שפיקד על הפינוי. במעשה הורשעו אריה טסלר, אלישיב גלברד ומשה סקלי.
התביעה האזרחית.
בנוסף להליכים המנהליים להריסת המבנים, הגישו הבעלים הרשומים של הקרקע גם תביעה אזרחית נגד המדינה באמצעות ארגון "יש דין" ב-31 בדצמבר 2008. בתביעה טענו שקרקעות המאחז לא רק היו בבעלותם, אלא אף עובדו על ידם, והמתיישבים כונו "עבריינים ישראלים". המנהל האזרחי בדק תצלומי אוויר משנת 1985 והצהיר שחלקות רבות הכלולות בתביעה היו מעובדות בדרגות שונות. המדינה טענה כי "התובעים לא הראו בתביעתם כי הם בעלי זכויות במקרקעין". המתנחלים טענו שמדובר בקרקעות הנמצאות הרחק מחוץ לתחום עמונה ושאדמות עמונה לא עובדו מעולם. סכום התביעה המקורי עמד על מיליון וחצי ש"ח אך לבסוף המדינה שילמה 300,000 ש"ח כולל הוצאות משפט. המדינה תבעה את ועד מתיישבי עמונה, ודרשה שהם עצמם ישלמו חלק מהמוסכם בהסכם הפשרה, אך בית המשפט דחה דרישה זו, מכיוון שהמדינה לקחה חלק פעיל בהקמת עמונה ונמנעה מלפנותו.
הטענות לרכישת הקרקע.
אדמות עמונה רשומות על שם תושבי הכפר סילוואד. המתנחלים טוענים שהשטח הבנוי בעמונה הוא על קרקעות בבעלות משותפת שחלק הארי של הבעלות בהן נרכש בשנת 1995, אך על רקע החשש ממכירת הקרקע ליהודים, סוכם שהבעלות לא תועבר על שם הקונים בטאבו, אלא המוכרים לא ימנעו מהרוכשים את החזקה בקרקע או יתבעו בעלות בגינה. טענה זו מגובה במסמכי הרכישה, בקבלות על התשלום ובתצהיר של מתווך הקרקעות. את בעיית מיעוט השטח שלא נמכר, הם מבקשים לפתור באמצעות פירוק השותפות בחלקות אלו כך שהשטח הבנוי ימוקם בקרקע בבעלותם המלאה. בפברואר 2015, בעקבות תלונה של עמותת יש דין נעצרו שלשה אנשים הקשורים לחברת הקש אל ווטן, שעמדה מאחורי רכישת קרקעות לכאורה בעמונה, מגרון וגבעת אסף, בחשד לזיוף מסמכי רכישה.
פינוי עמונה.
פסק הדין להריסת המאחז כולו.
בדו"ח המאחזים הבלתי מורשים של עו"ד טליה ששון, עמונה הוגדרה מאחז בלתי מורשה, ולכן גם לא חוקי, מכיוון שהוקמה בלא החלטת ממשלה, ללא תכנון כדין, ללא שנקבע תחום שיפוט בצו מפקד האזור, והיא נבנתה על קרקעות שהיו בבעלות של פלסטינים, בניגוד לפסיקת בג"ץ מ-1979 שיישובים ישראלים מעבר לקו הירוק יוקמו רק על אדמות מדינה. בנוסף, ללא מסמכי רכישה כדין, הקמת יישוב על אדמות של פלסטינים, נחשבת גזל ופגיעה בזכות הקניין של הבעלים.
ב-25 בדצמבר 2014, בעקבות עתירה נוספת לבג"ץ בדרישה להריסת המאחז כולו, פסק בג"ץ כי הואיל ועמדת המדינה היא שהמאחז כולו נבנה באופן בלתי חוקי על מקרקעין מוסדרים בבעלות פרטית, והואיל והטענות לרכישת חלק מהמקרקעין טרם הגיעו לכדי בירור, וגם אם יאומתו והליכי פירוק השיתוף יושלמו, לא ברור שיהיה בהם די בשביל להכשיר את כול המאחז או אפילו את רובו, חובה על המדינה להרוס את המאחז. על מנת לאפשר מציאת פתרונות דיור חלופיים לתושבים, שהשתקעו ביישוב והקימו בו קהילה, הורה בג"ץ על מימוש הצווים בתוך שנתיים.
הניסיונות להסדרת המאחז.
בעקבות ההסכם הקואליציוני בין הבית היהודי לליכוד הוקמה ב-2015 "ועדת ההסדרה" בראשות מזכיר הממשלה אביחי מנדלבליט, במטרה להמליץ על מתווה להסדרת מבנים ושכונות ביישובים יהודיים ביהודה ושומרון אשר הוקמו תוך מעורבות של הרשויות. בספטמבר 2016 בחנה הוועדה אפשרות להקים מחדש את היישוב בחלקות סמוכות שהן במעמד של נכסי נפקדים ואין לגביהם תביעות. בעקבות כך פרסם המנהל האזרחי את מספרי החלקות והוגשו תביעות בעלות על רובן הגדול.
באוקטובר 2016 הגישה המדינה בקשה לבג"ץ לדחיית הפינוי בשבעה חודשים, משום שנחוץ זמן נוסף לצורך העמדת חלופות מגורים לתושבים, בתקווה כי ניתן יהיה למנוע או להפחית את ההתנגדות לפינוי. בג"ץ דחה את הבקשה.
בנובמבר ודצמבר 2016 התגלעה מחלוקת בממשלה בין הבית היהודי למפלגת הליכוד בנושא עמונה. בעקבות אי-מציאת פתרון לתושבים, החל הבית היהודי בקידום הצעת חוק ההסדרה של חברי הכנסת שולי מועלם-רפאלי, בצלאל סמוטריץ' ויואב קיש. ההצעה התקבלה בוועדת השרים לענייני חקיקה פה אחד וב-7 בדצמבר עברה בקריאה ראשונה בכנסת. היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט הודיע שהוא מתנגד לחוק ולא יגן עליו בבג"ץ. לפי דרישת שר האוצר משה כחלון נוסף להצעה סעיף המחריג ממנה צווים שיפוטיים קיימים, כמו פסק הדין להריסת עמונה. החוק עבר בקריאה שלישית ב-6 בפברואר 2017, כשבוע אחרי פינוי עמונה.
במקביל ניסתה הממשלה לגבש פתרון חלופי לתושבים. ב-12 בדצמבר הודיע נפתלי בנט על גיבוש מתווה שמעתיק את מגורי התושבים לשטח אחר על אותו הר המוגדר כ"נכסי נפקדים". לפי ההצעה, שזכתה להסכמתו של מנדלבליט, רוב היישוב יתפנה ללא התנגדות לעלי עד להכשרת השטח החלופי, ועשר משפחות יתפנו היישר לאחת החלקות. אישור ההתיישבות בשטח החלופי יוארך מעת לעת כל עוד המעמד המשפטי של הקרקע יישאר בעינו. תושבי עמונה דחו את ההצעה ברוב קולות, בנימוק שהשלמתה תלויה באישורים משפטיים מוטלים בספק. ב-18 בדצמבר קיבלו התושבים מתווה משופר שהציעה הממשלה, ולפיו מספר המשפחות שיוכלו להישאר על ההר יעלה ל-24 וימונה רפרנט לקידום המתווה. ההסכמה הושגה שבוע לפני המועד האחרון שקבע בג"ץ לפינוי, והמדינה ביקשה אורכה של 45 יום לצורך יישום התוכנית. בג"ץ הציב קודם להחלטתו אולטימטום שלפיו הוא מצפה כי כל אחד מהתושבים יצהיר שאם ייקבע מועד דחוי לפינוי הוא יתקבל ללא התנגדות, ללא תלות במימוש המתווה. התושבים עשו זאת ובג"ץ אישר את הדחייה.
ארגון עתר לבג"ץ בשם מועצת הכפר הסמוך סילואד, שעל אדמותיו מתוכנן לצאת לפועל חלק מן המתווה. ב-23 בינואר 2017 הוציא בג"ץ צו ביניים האוסר על בנייה או הקמת תשתיות במסגרת המתווה. ב-1 בפברואר 2017, היום שבו החל פינוי המאחז, הורה בג"ץ על ביטול המתווה.
הפינוי.
ב-1 בפברואר 2017 החלה משטרת ישראל, בהוראת ראש הממשלה בנימין נתניהו, בפינוי עמונה במבצע שנקרא "גן נעול". במסגרת המבצע פונו מבתיהן ארבעים ושתיים משפחות ומעל אלף מתנגדים נוספים לפינוי רבים מהם בני נוער. פונו גם ילדים ותינוקות שהובאו למקום ביזמת ארגון "נחלה" בהנהגת דניאלה וייס.
הפינוי הושלם למחרת, אחרי שהשוטרים פינו עשרות צעירים, שאינם תושבי המקום, שהתבצרו בבית הכנסת שביישוב. במהלך פינוי בית הכנסת, הותקפו השוטרים על ידי מתבצרי בית הכנסת שיידו בהם מטפי כיבוי וזרקו עליהם מוטות ברזל ובקבוקי זכוכית והתיזו עליהם אקונומיקה. במהלך הפינוי נפגעו כ-60 שוטרים וכ-15 ממתנגדי הפינוי, רובם קל. 13 צעירים נעצרו. במהלך האירוע התלוננו חלק מהמתבצרים על אלימות משטרתית, וכמה מקרים אף תועדו, בהם שוטר המשליך כיסא על המתבצרים. לאחר הפינוי התגלו על קירות בית הכנסת כתובות נאצה כנגד המשטרה וצלבי קרס עם סמל משטרת ישראל.
הקמת יישוב חדש למפוני עמונה.
ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו הבטיח להקים למפוני עמונה יישוב חדש. מתיישבי עמונה בחרו בגבעת "גאולת ציון" שבגוש שילה שבחבל בנימין (בה יש 600 דונם אדמות מדינה) ליישוב החדש שהם מבקשים להקים.
כחודש לאחר הפינוי פתחו מפוני עמונה בשביתת רעב במחאה על הסחבת בהקמת יישוב חדש למפונים.