ג'ודאי וחבורתו לוחמים בעונה הזו כנגד חבורה של שבעה דואליסטים המכנים עצמם "רוכבי הצללים" (בדיבוב. במקור הם נקראים Seven Stars Assassins セブンスターズ刺客). רוכבי הצללים הם דואליסטים המתמחים ב"קרבות צללים", בהם המפסיד מת (נשלח לממלכת הצל בדיבוב), ומטרתם היא למצוא את שלושת קלפי "החיות המקודשות". "החיות המקודשות" הם שלושה שדים רבי עוצמה שכוחם העוצמתי עלול להשמיד עולם ומלואו, ולכן הם נקברו במעמקי האדמה, סמוך למקום עליו נבנתה אקדמיית הדו-קרב. ג'ודאי, יחד עם מנג'ומה, אסוקה, דאיצ'י, קרונוס, "קייזר" ריו, וראש בית סלייפר פרופסור דאיטוקוג'י (פרופסור לימאן באנר) נצטוו לשמור על המפתחות השומרים על הכניסה למקום בו קלפי החיות קבורים. ג'ודאי נלחם ברוכב הצללים הראשון, רק כדי לגלות שמדובר באחיה של אסוקה, ושהוא נשלט על ידי ישות בשם "האפלה" או "Darkness" (בדיבוב: Nightshroud). ג'ודאי מצליח להביס את אטיקוס אבל השפעתה של "האפלה" עדיין ניכרת עליו. קרונוס וקייזר מפסידים את המפתחות שלהם לערפדית קאמולה אך היא מובסת בידי ג'ודאי. במהלך הקרב נגד רוכב צללים אחר, אמנאל, שכביכול חטף את פרופסור דאיטוקוג'י, מתגלה כי דאיטוקוג'י מת מזמן ואמנאל הוא בעצמו פרופ' דאיטוקוג'י. המפתחות נופלים בסופו של דבר לידיו של ראש רוכבי הצללים, קאגמארו, שהיה בעברו בכיר ובעל השפעה באקדמיית הדו-קרב. קאגמארו מצליח לשחרר את קלפי החיות המקודשות, ועושה לג'ודאי חיים קשים כשהוא מצליח לזמן את כולם בו זמנית בשלב מסוים, אך לאחר קרב קשה ג'ודאי מצליח להביסו. עם תבוסתו מתגלה כי קאגמארו הזקן בסך הכל רצה להשתמש בכוחן של החיות כדי לקבל נעורי נצח, ובזכות ג'ודאי הוא לומד להעריך את עצמו מחדש.
השנה מסתיימת ומגיעים קרבות הסיום. האיאטו מקבל הצעת עבודה כמעצב קלפים עבור חברת "אשליות תעשייתיות" (החברה של פגסוס) אך לצורך כך הוא חייב להילחם נגד פרופסור קרונוס. אף על פי שהוא מפסיד, קרונוס מרשה לו לעזוב את האקדמיה לטובת הקריירה. "קייזר" ריו, שמסיים את לימודיו, נדרש לבחור דואליסט אחד נגדו יתמודד בקרב הבגרות שלו. הוא בוחר בג'ודאי, ולאחר קרב צמוד מאוד שנגמר בתיקו הוא נפרד מג'ודאי ומעביר לו מסר שבסוף הוא יתפוס את מקומו כדואליסט המצטיין של האקדמיה.
עונה 2: התאחדות האור.
בשנתו השנייה של ג'ודאי הוא פוגש בחבר חדש, טייראנו קנזאן (טייראנו הסלברי), שנכנס ליריבות עם שו על "מי החבר הטוב ביותר של ג'ודאי". מתגלה כי "קייזר" ריו הפך לדואליסט מקצועי אך בקרב הראשון שלו הוא הפסיד לדואליסט בשם אדו (אסטר) פיניקס, שמגיע גם לאקדמיית הדו-קרב ומנחיל תבוסה צורבת לג'ודאי. פיניקס נשלח לאקדמיה על ידי אדונו, סאיו טאקומה (סרטוריוס), שמנהיג כת בשם "התאחדות האור", ומאמין שאדו פיניקס הוא "הנבחר" שנועד להראות לעולם את "האור". בעקבות התבוסה, ג'ודאי מאבד את היכולת לראות את קלפיו ומחליט לפרוש מהאקדמיה.
לאחר עזיבתו, ג'ודאי מוצא את עצמו מגיע למימד בשם "נאו-חלל" ובו שוכנים יצורים בשם "נאו-חלליים", שמספרים לו על איום חדש בשם "אור החורבן", ועל האמת מאחורי הכת שעומדת מאחורי אדו פיניקס ואדונה, סאיו. ג'ודאי משיג בסוף המסע את קלפי הנאו-חלליים ואת גיבור היסודות "נאוס", חוזר לאקדמיה, והפעם מצליח להביס את אדו פיניקס.
בינתיים, סאיו צובר כוח והשפעה בתוך האקדמיה, ומצליח לגרור בעורמה אל תוך הכת שלו את מרבית תלמידי "אובליסק כחול" ו"רע צהוב", כולל את מאנג'ומה ואסוקה. בינתיים, "קייזר" ריו, שהושפע קשות מהתבוסה שלו בידי אסטר, הופך לדואליסט אכזר וחסר רחמים ומניח את ידיו על חפיסת הסייבר האפלה, ובכך זונח את חפיסת הסייבר הרגילה שלו, והופך ל"הל קייזר" (Hell Kaiser. שמו לא משתנה בדיבוב האנגלי).
הנשיא של אקדמיית הדו-קרב, סאניג'ימה (שפרד) מארגן, בהשפעת סאיו, טורניר קרבות שנקרא "GeneX Tournament". לצורך הטורניר הם מגייסים דואליסטים מקצועיים דוגמת ריו, פיניקס, הנסיך אוג'ין שבבעלותו לוויין משוכלל, וסאיו עצמו. המטרה של סאיו היא להשתלט על הלוויין מידי אוג'ין ולהשתמש בו כדי להשמיד (בדיבוב: לשעבד) את האנושות בכוחו של "אור החורבן". פיניקס מגלה את האמת מאחורי רצח אביו, בוגד ב"התאחדות האור" ומצטרף לג'ודאי כדי להפיל אותם. פיניקס מאתר את רוצח אביו, שנשלט על ידי "אור החורבן", ולאחר שהוא מביס אותו, מופיעה לפניו רוחו של אביו שאומרת לו שגם סאיו עצמו הוא שטוף מוח של "אור החורבן".
פיניקס יוצא ללחום בסאיו אך מובס, וג'ודאי תופס את מקומו ומאתגר את סאיו. במהלך הקרב ביניהם סאיו משיג בעורמה את המפתחות של הלוויין ומכוון אותו לעבר כדור הארץ כדי לממש את מטרתו של "אור החורבן", אך ג'ודאי מביס אותו, משחרר אותו משליטתו של "אור החורבן" ובעזרת "נאוס" מצליח להשמיד את הלוויין בזמן.
העונה מסתיימת בכך שמאנג'ומה (שהשתחרר מוקדם יותר מהכת של סאיו בעזרת ג'ודאי) הופך לאלוף הטורניר לאחר שהביס את ראיי סאוטומה (בלייר פיניגן), תלמידה צעירה שמאוהבת בג'ודאי והתחזתה לגבר כדי להיכנס לאקדמיה למרות גילה הצעיר.
עונה 3: עולם הממדים.
עונה זו הייתה האחרונה שדובבה לאנגלית, ומתאפיינת ברצף עלילתי חזק יותר מאשר העונות הקודמות, ובטון אפל וקודר יותר.
השנה השלישית של ג'ודאי באקדמיה מתחילה ואל האקדמיה מגיעים תלמידים מאקדמיות אחרות ברחבי העולם במסגרת תוכנית חילופי סטודנטים. אל האקדמיה מגיעים ג'ים "קרוקודייל" קוק מהאקדמיה הדרומית, אמון גאראם (אדריאן גקו) מהאקדמיה המזרחית, יוהאן (ג'סי) אנדרסון מהאקדמיה הצפונית, ואובריאן אוסטין (אקסל ברודי) מהאקדמיה המערבית, יחד עם מורו, פרופסור קוברה (פרופסור וייפר). יוהאן וג'ודאי נלחמים בקרב ראווה, בו מספר יוהאן לג'ודאי על אגדת "דרקון הקשת בענן", ומיד לאחר מכן מתיידדים ורואים האחד בשני את תאומו.
לאחר קרב הראווה הזה, מכריז פרופסור קוברה על "קרבות הישרדות", שבמסגרתם על כל הסטודנטים להילחם ב"קרבות חובה" מדי יום, ואנרגיית הדו-קרב שלהם תישאב ותימדד על ידי צמידים שילוו את הסטודנט לכל אורך היממה. במהלך קרבות ההישרדות האלו, ג'ודאי מתמודד מול אובריאן ומתיידד איתו לאחר מכן, ובין אמון למאנג'ומה, ששניהם נערים עשירים ממשפחות מיוחסות, מתגלעת יריבות מרה שמסתיימת בדו-קרב בו אמון משפיל את מאנג'ומה בפומבי.
לאחר סדרה של התעלפויות ובעיות בריאותיות בקרב הסטודנטים, מחליטים ג'ודאי וחבורתו לחקור את העניין ולגלות האם יש קשר בין קרבות ההישרדות והצמידים לבין התופעה המדאיגה. החששות מסתברים כמוצדקים לאחר שאובריאן מגלה בפניהם את המחבוא של פרופסור קוברה, ושם מתגלה כי הוא אוסף את האנרגיה בתוך מיכל למטרה לא ידועה. החבורה מתעמתת עם פרופסור קוברה ולאחר שג'ודאי מאתגר את קוברה לקרב, מגלה האחרון להם כי הוא מעוניין להשתמש באנרגיה כדי להחיות את בנו שנהרג בגיל צעיר. במהלך הקרב, אמון חודר גם הוא למעבדה של קוברה, ובתוך המיכל הוא פוגש בנשמת דו-קרב זדונית שמציעה לו כוח אם יקבל את הצעתה. אמון מסכים לכך ומתחיל למלא את בקשותיה של הרוח הזדונית.
ג'ודאי מצליח להביס את קוברה וכתוצאה מהאנרגיה הרבה שהושקעה במהלך הדו-קרב, היצור הזדוני משתחרר מתוך המיכל, מופיע בפני קוברה בצורת בנו, אבל משליך אותו מראש המגדל עליו נלחם ובכך גורם למותו. היצור הזדוני משחרר גל אנרגיה עצום שמעביר את האקדמיה כולה לעולם מדברי מסתורי בו מפלצות דו-קרב הופכות לאמיתיות ומזיקות פיזית לדואליסטים. תלמידי האקדמיה הופכים לאט לאט לזומבים, בעוד שהיצור משתלט על נער בשם מרטין קאנו (מרסל בונפרטה) ומתחיל לחפש אחרי החיות המקודשות. בעזרת החיות המקודשות מרסל מאתגר את ג'ודאי לדו-קרב אבל מצטרף אליו עד מהרה יוהאן שהשיג סוף סוף את "דרקון הקשת בענן" ומתכוון להשתמש באנרגיית הדו-קרב כדי להחזיר את כולם לעולם האמיתי. התוכנית מצליחה, אבל היצור מצליח לחטוף את יוהאן למימד אחר, לא לפני שהוא חושף בפני ג'ודאי את זהותו וצורתו האמיתית, יובל, נשמת דו-קרב שג'ודאי שיחק איתה כקלף כשהיה ילד אך לאחר שגילה שהשימוש בקלף פוגע פיזית ביריביו, שלח אותו לחלל בחללית של "קאיבה קורפ" במטרה להשמיד אותו.
ג'ודאי מחליט לחזור יחד עם כמה מחבריו למימד האחר, כדי לחפש את יוהאן. במהלך המסע הוא נתקל ביצורי העולם האפל שמכריחים אותו להקריב את חבריו, והזעם על כך מצית אצל ג'ודאי רוע נסתר, והופך את ג'ודאי למלך רשע שנקרא "המלך הנעלה". "המלך הנעלה" הוא שליט אכזר ועריץ בעולם הנשמות, שלוקח נשמות של שחקני דו-קרב, ובסופו של דבר מובס בידי אובריאן שמחזיר חזרה את ג'ודאי האמיתי. ג'ודאי, מזועזע ממה שעשה, לא מצליח במשך זמן רב לחזור לעצמו. בינתיים, אמון, שגילה את כוחה של אקסודיה, מקריב את היקרים לליבו כדי לשלוט באקסודיה ולהיעזר בה להפוך למלך על כל הממדים.
בסופו של דבר הם מוצאים את יוהאן, רק כדי לגלות שהוא נשלט על ידי יובל, והשחית את חפיסת הקריסטל שלו בכך שהפך אותן למפלצות אפלות ומרושעות. הראשון שמתמודד מולו הוא "קייזר" ריו, אך הוא מתמוטט כתוצאה מבעיות לב שפיתח לאורך הזמן. לאחר מכן יוהאן האפל מתמודד מול אמון, ולאחר קרב קשה מביס אותו לאחר שמגלה את האפלה שבליבו. ג'ודאי לבסוף נאלץ להילחם ביוהאן האפל, ומצליח לשחרר אותו מהשפעת יובל בכך שמאחד את דרקון הקשת בענן, שהושחת על ידי כוחות האופל, יחד עם נאוס, ויוצר את "נאוס הקשת בענן". יובל, עכשיו בגופה המקורי, גוברת על השניים בעורמה ומצליחה לקחת מג'ודאי את הקלף "סופר-מיזוג" שהיה בבעלותו.