בדרך חזרה לסנטרל האחים עוצרים בעיר ראש-ואלי, שם וינרי מצאה עבודה כמכונאית אוטומייל, על מנת לתקן את הזרוע של אד. שם הם פוגשים את הנסיך לין יאו שהגיע משינג לאמסטריס לחפש את אבן החכמים, יחד עם שניים ממשרתיו. לין מתלווה אליהם לסנטרל וגם וינרי שרוצה לבקר את משפחת היוז, אך שם הם מתבשרים על מותו. בינתיים בסנטרל, ריזה מצליחה ללכוד את בארי המקצץ, ורוי מוסטאנג מחליט להיעזר בו כדי לשחרר את מריה רוס, חיילת שהופללה ברצח מייס היוז משום שאנבי התחזה לה באותו זמן, ובאותו זמן למשוך את תשומת לבם של ההומונקולים שהיו אחראיים עליו במכון המחקר החמישי. בזמן שאד עוזר להבריח את רוס אל מחוץ למדינה דרך זרקסס, אל, רוי, ריזה ובארי מותקפים על ידי גלאטוני, הנעזר בגופו המקורי של בארי שהפך לכימרה. הכימרה נמלטת אל אחד ממכוני המחקר, שם הם מותקפים על ידי לאסט שהורגת את בארי, אך אינה הורגת את אל משום שהוא "קורבן אדם". לאחר שהיא פולטת שהיא אינה בת אלמוות, רוי מוסטאנג מצית אותה שוב ושוב עד שהיא נשרפת למוות. כך מתגלה שהומונקולוס יכול למות כמו כל אדם רגיל, פרט לעובדה שהוא עמיד יותר.
בינתיים בזרקסס, אד נתקל בקבוצת אישבלים שרוצה לקחת אותו בשבי, אך מתנגד להם. אישבלית זקנה מספרת לו שהיא הכירה את הוריה של וינרי ושהם נרצחו על ידי סקאר. הוא חוזר לריזנבול שם הוא פוגש בואן הוהנהיים, עליו הוא כועס מכיוון שנטש אותם, ומסרב להכיר בו כאביו. הוהנהיים עוזב בבוקר למחרת ומזהיר את פינאקו, סבתה של וינרי, שמשהו נורא עומד לקרות במדינה. גם אז עוזב וחוזר לסנטרל, שם הוא רוקח תוכנית לפתות את סקאר לתקוף אותו ואת אל ובכך להכריח את ההומונקולים לצאת ולהגן עליהם משום שאסור לתת להם למות, ואז ללכוד אותם ולחלץ מהם מידע. לין מציע לשתף אתם פעולה כיוון שגם הוא מעוניין במידע על חיי נצח. התוכנית מצליחה ולין ושומרת ראשו לאן-פאן תוקפים את גלאטוני כאשר הוא בדרך לזירת הקרב, אך אינם מצליחים להתמודד עם קינג בראדלי שמופיע במקום. לאן-פאן נאלצת לקטוע את זרועה כדי להימלט, אך זהותו האמיתית של הפיהרר נחשפת כהומונקולוס ראת'.
בינתיים, אד מכריח את סקאר להתעמת עם עברו כרוצח הרופאים שטיפלו בו, בלי לדעת שווינרי נמצאת בקרבת מקום ושומעת את שיחתם. היא מתעמתת עם סקאר שמספר לה את סיפורו, ושהלם הקרב גרם לו לראות בכל האמסטריסיאנים אויבים, גם כאשר שכב במיטת הטיפולים. סקאר נמלט מהמקום ובשעה שאל רודף אחריו, אד דואג להעביר את וינרי למקום בטוח. גלאטוני מתקיף את סקאר, אך אז לין מופיע ומצליח ללכוד אותו. אד ואל מנסים לתפוס גם את סקאר, אך אז מופיעה מיי צ'אנג, נסיכה נוספת משינג שחברה אל סקאר, ועוזרת לו להימלט בעזרת שימוש באלקהסיה. רוי וריזה מגיעים ולוקחים את לאן-פאן לרופא שייטפל בה, אך כאשר גלאטוני מגלה שרוי הוא זה שהרג את לאסט, הוא משתחרר ומתחיל להשתולל. כולם בורחים פרט לאד ואל, שנשארים להילחם בו כיוון שאסור לו להרוג אותם, וגם לין שלא מוכן לוותר על מטרתו, אך גלאטוני לא נרגע ובטירופו בולע את אד, לין ואנבי שהגיע למקום כדי לשחרר את גלאטוני.
גלאטוני מסכים לקחת את אל ל"אבא" של ההומונקולים, שאולי יידע אם ניתן לעזור לאד ואנבי, ומוביל אותו למשכן שלהם מתחת לסנטרל. סקאר ומיי עוקבים אחריהם, אך מותקפים על ידי כימרות ששומרות על המעבר. בתוך הבטן של גלאטוני, אנבי מסביר לאד ולין שגלאטוני הוא למעשה ניסוי כושל של אביהם ליצור שער אל "האמת", ושהם נמצאים כעת בתוך יקום מקביל שאין ממנו יציאה. הוא גם מספר להם שההומונקולים היו אלה שאחראיים למלחמת אישבל, ושהוא עצמו התחיל אותה על ידי כך שהתחזה לחייל וירה בילדה אישבלית. אד מעלה השערה לפיה אם יצליח לפתוח את השער האמיתי, הם יוכלו לצאת דרכו החוצה. הם אכן מצליחים, ובתוך "האמת" אד רואה את גופו האנושי של אל ומנסה לקחת אותו החוצה, אבל לא יכול מפני שאל יכול לצאת רק עם נשמתו-שלו. אד מבטיח לו שיחזור לקחת אותו יום אחד.
אד, אנבי ולין יוצאים מבטנו של גלאטוני בדיוק כאשר הוא ואל מגיעים למשכנו של אבא, שנראה בדיוק כמו הוהנהיים ויכול להשתמש באלכימיה בלי לזוז כלל ובלי התחשבות ב"חוק השוויון". הוא רוצה להרוג את לין, כיוון שהוא אינו קורבן אדם ולא אמור לדעת על המקום הזה, אך לאחר שהאחרון מצליח להתנגד לו, הוא מחליט במקום זאת להשתמש בגופו ולברוא בו מחדש את גריד. לין מחליט לא להתנגד משום שכך יזכה בחיי נצח, והוא הופך לגריד מרצונו החופשי. סקאר ומיי מופיעים ו"אבא" מבקש להרוג גם אותם, אך אד ואל מחליטים לשתף אתם פעולה כדי שיוכלו להימלט. סקאר יוצר מסך אדים באמצעות פיצוץ מים והוא נעלם, ומיי מסתתרת בתוך שריונו של אל. בשעה שאנבי מלווה את האחים החוצה, סקאר ממשיך לחקור את המקום ונתקל בד"ר מרקו השבוי. למרות הרצון העז לנקום בו, הוא משחרר אותו כיוון שהוא מבין שההומונקולים הם האויב המשותף של שניהם, לא לפני שמרקו מספר לו את האמת על מלחמת אישבל, כולל השימוש בשבויי מלחמה כמרכיבים לאבן החכמים.
בינתיים, רוי מוסטאנג מנסה לרמוז לאחד הגנרלים הבכירים, רייבן, אודות זהותו האמיתית של הפיהרר, אך מגלה שכל המחלקה הבכירה בצבא מודעת לכך ומשתפת פעולה עם תוכניותיו של "אבא". הפיהרר מפזר את החיילים הכפופים לרוי בקצוות המדינה, ואת ריזה הופך למזכירתו האישית כשהיא למעשה בת ערובה. גם אד ואל מובאים אליו, והוא מאיים עליהם שאם ימשיכו לחקור ולהפריע, וינרי תיפגע. עם זאת, הוא מסכים שימשיכו לחקור אך ורק כדי לגלות כיצד לחזור לגופיהם הקודמים.
סקאר מחליט לנסוע לצפון, שם החביא את כתבי המחקר של אחיו. הוא נוסע בנפרד ממרקו ומיי במטרה ליצור הסחה, כיוון שההומונקולים מעוניינים במרקו יותר מאשר בו. ההומונקולים משחררים מהכלא את קימבלי, אלכימאי הארגמן הסאדיסט שרצח את משפחתו של סקאר ועוד המוני אישבלים נוספים, כדי שיהרוג את סקאר וישיב אליהם את מרקו. גם אד ואל יוצאים אל הצפון בעקבות מיי, כיוון שהם מאמינים שהאלקהסיה תוכל לעזור להם להשיב את גופם במקום בו האלכימיה נכשלה. אלכס לואי ארמסטרונג ממליץ להם ללכת אל רכס הרי בריגס, שם נמצאת אחותו הגנרלית אוליביה מירה ארמסטרונג, המפקדת על מוצב בגבול עם מדינת דרקמה.
האחים מגיעים לבריגס ופוגשים את אוליביה הקשוחה שמתקשה לתת בהם אמון. באותו רגע, הומונקולוס בשם סלות' פורץ למוצב דרך מנהרה תת-קרקעית, אך בכוחות משותפים כולם מצליחים להדוף אותו. אד ואל מצליחים לשכנע את אוליביה כי הם אינם קשורים לסלות', ונאלצים לספר לה הכול. הם חוקרים את המנהרה של סלות' ועל פי צורתה מגלים שהיא למעשה מעגל התמרה ענק מסביב לכול המדינה, ומסיקים שאמסטריס (שצורתה עיגול) נוצרה מלכתחילה על ידי ההומונקולים במטרה להשתמש בכל תושביה כרכיבי אלכימיה. מיד לאחר מכן, קימבלי וגנרל רייבן מגיעים לבריגס, ולאחר שרייבן אומר לאוליביה שסלות' למעשה בצד שלהם ומשיב אותו למנהרה, הוא מציע לה להצטרף אליו ולקבל "כוחות צבא נצחיים". היא עושה את עצמה כמקבלת את ההצעה ורייבן פולט את כל תוכניותיהם ומאמת את המסקנה של אד, ואוליביה בתגובה הורגת אותו.
כעת קימבלי אינו כפוף לאיש, הוא מציע לאד לעזור לו ללכוד את סקאר ומרקו ולקבל בתמורה את אבן החכמים שהוא הסתיר כל השנים (אנבי נתן לו אבן נוספת כאשר השתחרר מהכלא). הוא מביא את וינרי לבריגס כדי לרמוז לו שחייה בסכנה אם יסרב. אד עושה את עצמו מסכים, ויחד עם ארבעה מהכפופים לקימבלי (שהם למעשה כימרות ששולבו עם אריה, גורילה, צפרדע וחזיר בר) הם עולים על עקבותיו של סקאר בעיר המכרות יוזוול, אך מחליטים לשתף איתו פעולה. סקאר מעמיד פנים שהוא חוטף את וינרי (כדי שהאחים לא ייחשדו בכך שעזרו לה לברוח) ונמלט לבריגס המוגנת דרך מעבר מכרה תת-קרקעי יחד עם מרקו, מיי ושתיים מהכימרות שמורדות בקימבלי. מיד לאחר מכן, חיילי בריגס מגלים כי אוליביה נלקחה לסנטרל וחיילי הפיהרר השתלטו על בריגס, לכן זהו אינו מקום בטוח יותר, ואל יוצא בעקבות סקאר והאחרים להזהיר אותם. שאר חיילי בריגס מתכננים להתנקש בחיי קימבלי, למורת רוחו של אד, אך קימבלי מבחין בכך ונמלט מיוזוול, אך מאבד את אבן החכמים שלו. שתי הכימרות הנוספות, אותם השאיר למות במכרה, מחליטים אף הם לנטוש את נאמנותם לקימבלי ולוקחים משם את אד הפצוע קשה לרופא, לא לפני שמוצאים את אבן החכמים.