מיד לאחר הפסקת הקרבות, שר הביטחון עמיר פרץ הקים ועדת בדיקה חיצונית בראשות הרמטכ"ל לשעבר אמנון ליפקין-שחק, אך היא הוקפאה בעצת חבריה כי לא הייתה מוסכמת על ראש הממשלה וספגה ביקורת רבה בתקשורת ובצבא. גם חברי הכנסת בוועדת החוץ והביטחון החליטו להקים ועדת חקירה פרלמנטרית, במסגרת ועדת החוץ והביטחון, כדי לחקור את המלחמה, וקראו לכל המעוניין לפנות אליהם לצורך שימוע.
אולמרט סירב בתוקף להקים ועדת חקירה ממלכתית באמרו שוועדה כזאת תשתק את צה"ל לכמה חודשים אך הודה ש"היו כישלונות, אסור לטייח, אסור להעלים עין" ועל כן החליט על הקמת שתי ועדות חקירה שתפעלנה במקביל: אחת לבדיקת הצבא, בראשות אמנון ליפקין-שחק והשנייה לבדיקת תפקוד הדרג המדיני. בנוסף, על מבקר המדינה הוטל לבדוק את הטיפול בעורף, אך הוא הודיע שירחיב את תחום החקירה שלו בהתאם לשיקול דעתו.
לוועדה לבדיקת החלטות הדרג המדיני ביקש אולמרט למנות את ראש המוסד לשעבר נחום אדמוני, האלוף ידידיה יערי, פרופסור יחזקאל דרור, האלוף דוד עברי ופרופסור רות גביזון אשר בשנת 1976 ביקרה את ועדת אגרנט על שהסיקה מסקנות אישיות כנגד קצינים ללא שנתנה להם הזדמנות הוגנת להתגונן.
לאחר מספר ימים, בראשית ספטמבר 2006, פסל היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, את ידידיה יערי ודוד עברי מלכהן בוועדה בגלל תלותם במערכת הביטחון אותה הם אמורים לחקור, בעיסוקיהם האחרים. בעקבות זאת, ובעקבות החלטה לבטל את הוועדה לבדיקת הצבא בראשות אמנון ליפקין-שחק, החליט אולמרט להוסיף לוועדה את השופט לשעבר אליהו וינוגרד, ולהעמידו בראשה. בטרם אישרה הממשלה את הקמת הוועדה ואת הרכבה, החליט נחום אדמוני שלא לקחת חלק בוועדת החקירה ולוועדה מונו מנחם עינן וחיים נדל.
אנשי התנועה למען איכות השלטון בישראל, המשיכו במאבקם למען ועדת חקירה ממלכתית ופתחו בשביתת רעב. מלבד זאת, קיימו שני גופי המחאה במוצאי שבת 9 בספטמבר, בכיכר רבין בתל אביב, הפגנה בה השתתפו כ-35 אלף איש. במפתיע הצטרפו לתומכים בהקמת ועדת החקירה הממלכתית, גם עמיר פרץ ושאול מופז, שהעביר ביקורת נוקבת על ניהול המלחמה.
במקביל, הקים צה"ל ועדות בדיקה רבות לבדיקת כל האספקטים השונים של התנהלות צה"ל במלחמה, החל מאופי פעולת הכוחות בשטח ועד לתפקוד הרמטכ"ל.
מינוי הוועדה וסמכויותיה.
האישור להקמת ועדת וינוגרד, ניתן בסופו של דבר בישיבת הממשלה ב-17 בספטמבר 2006, על פי סעיף 8א' לחוק הממשלה. 20 שרים תמכו, שניים התנגדו ואחד נמנע.
למחרת היום, קיימה הוועדה את ישיבתה הראשונה. על פי החלטת הממשלה, הוועדה מונתה "לבירור ההערכות וההתנהלות של הדרג המדיני ומערכת הביטחון במכלול ההיבטים של המערכה בצפון שהחלה ביום ט"ז בתמוז התשס"ו (12 ביולי 2006)". לוועדה נקבעו חלק מהסמכויות המפורטות בחוק ועדות חקירה, בהן הסמכות לזמן לעדות ולהעניש סרבנים.
היקף בדיקת הוועדה נקבע בהחלטת הממשלה:
פניות נגד מינוי הוועדה והתנהלותה.
התנועה למען איכות השלטון עתרה לבג"ץ, כדי שיורה לבטל את הוועדה ולהקים ועדת חקירה ממלכתית. ב-5 באוקטובר 2006, הורו השופטים לנציגי המדינה לנמק תוך 5 ימים מדוע לא תבוטל ועדת וינוגרד, ותוקם ועדת חקירה ממלכתית. אולם בסופו של דבר נדחתה העתירה, וועדת וינוגרד המשיכה בתפקידה.
בעקבות תלונות מצד התנועה למען איכות השלטון בישראל, הודיע היועץ המשפטי ב-5 באוקטובר 2006 לממשלה שימנע את מינוי מני בן-חיים לתפקיד מרכז ועדת הבדיקה. זאת משום שבן-חיים ריכז במהלך הבחירות את מטה המתנדבים של מפלגת קדימה, ולדברי מזוז "מדובר במפלגה שאת פעילותה והתנהלותה אמורה לבדוק הוועדה... ועלולה להיווצר מראית עין של ניגוד עניינים".
מזוז גם פסל את מועמדו של ראש הממשלה לוועדה - אלוף (מיל') ידידיה יערי, המכהן כמנכ"ל רפא"ל, מחשש לניגוד עניינים, משום שהוא מנכ"ל חברה ממשלתית הכפופה לשר הביטחון.
ב-6 בפברואר 2007 הכריע בג"ץ בעתירה שהגישה חברת הכנסת זהבה גלאון נגד ועדת וינוגרד, בה דרשה כי הוועדה תקיים ישיבות פומביות ותפרסם את הפרוטוקולים של דיוניה בתום כל ישיבה, עוד בטרם תפרסם דו"ח ביניים. פסק הדין ניתן לאחר שנסתיים כבר פרק שמיעת העדויות והוועדה שמעה את כל העדויות שהיו בפניה בדלתיים סגורות. בית המשפט העליון החליט כי "על ועדת וינוגרד מוטלת חובה להתיר חשיפה של תוכן דיוניה וחומר שהוגש בפניה עד למירב האפשרי, וזאת בלא שייפגעו תכלית הביטחון או אינטרס לאומי אחר מהמעלה הראשונה".
בעקבות ההחלטה, בתאריך 23 במרץ 2007 עלה לרשת אתר של הוועדה, בו פורסמו עדויותיהם של הנחקרים, לאחר שעברו צנזורה. כמו כן ניתן למצוא בו מידע על פעילות הוועדה והודעות מטעם הוועדה. העדויות פורסמו בהדרגתיות, וזאת כדי להקל על הוועדה ועל העדים את התגובה לפרסום במידת הצורך ולאפשר בכך לוועדה לסיים את הדו"ח הסופי בזמן.
עבודת הוועדה.
הוועדה הזמינה לעדות כל אדם שחפץ להביא בפניה מידע או דעה. לפני הוועדה הופיעו 75 עדים, בהם בכירי הממשל הישראלי, מנהיגי ציבור שונים, קציני צבא ומומחים. בפני הוועדה העידו בין היתר: הרמטכ"ל בזמן מלחמת לבנון השנייה דן חלוץ, אלוף פיקוד הצפון בזמן המלחמה אודי אדם, ב-1 בפברואר העיד ראש הממשלה אהוד אולמרט ועדים נוספים הקשורים בפרשה.
בצד הוועדה סייעו 12 עוזרים בתחום הצבאי, המדיני והמשפטי. שמונה מהם קציני מילואים בדרגת תא"ל, שאיתם נפגשו כמאתיים אנשים, רובם קציני צבא בכירים בהווה ובעבר, (בהם גם עשר משפחות של חללים במלחמה). עשרות מתמלילי העדויות פורסמו בציבור, על פי צו של בית המשפט העליון (לתמלילים ) (דו"ח סופי עמ' 44–45).
הוועדה ציינה שדרכי עבודתה היו
לאחר שמיעת העדים, סיימה הוועדה את פרק שמיעת העדויות. זאת בטרם תגיש דו"ח ביניים.
הדו"ח החלקי.
ב-30 באפריל 2007 פרסמה הוועדה דין וחשבון חלקי, שעסק בתקופה שקדמה למערכה, בימיה הראשונים (12 עד 17 ביולי) ובכמה נושאים כלליים. הסיבה לפרסום הדו"ח החלקי הייתה הדחיפות שבתיקון הליקויים שעלו.
הדו"ח טען כי ההחלטה על היציאה למלחמה נעשתה באופן מהיר ולא אחראי. הדו"ח כלל מסקנות אישיות כנגד ראש הממשלה אהוד אולמרט, שר הביטחון עמיר פרץ והרמטכ"ל בזמן המלחמה דן חלוץ. הדו"ח ציין כי שלושת האישים כשלו בתפקידם בקבלת ההחלטות ובניהול מלחמת לבנון השנייה (עמ' 144).
על אולמרט נאמר כי החלטותיו הקשורות ליציאה למערכה ב-12 ביולי, התקבלו במהירות וללא בחינה עמוקה של זירת המערכה ושל טעמי מדיניות ההכלה, ללא תוכנית מעובדת היטב וללא מתווה אסטרטגי ברור. ולכך שמטרות המערכה לא נקבעו בבהירות ובזהירות, ולא נבחן האם יעדי המערכה המוצהרים יושגו בדרכים שננקטו להשגתם. כל אלו "מצטרפים יחד לכשל חמור הנוגע להפעלת שיקול דעת, אחריות וזהירות" (עמ' 135–136).
לגבי פרץ נאמר כי כשל בכך שלא ביקש דיון אסטרטגי של ממש, לפני היציאה למלחמה. כשל מרכזי היה שלא נתן תשומת לב מיוחדת להשלמת חוסר התמצאותו הברורה בנושאי משרדו, ולא נקט בצעדים שנועדו לפצותו על כך, הוועדה קבעה כי "כשל כזה של ציר כה מרכזי, ללא ספק החליש את יכולתה של המערכת בכללותה, לתפקד בצורה שקולה, אחראית ומקצועית" ולכן בכל אלה הוועדה מצאה כשלים וליקויים של ממש בהתנהלותו של שר הביטחון (עמ' 140–141).
לגבי חלוץ נאמר כי "הרמטכ"ל לא שטח בפני הדרג המדיני את מלוא המידע שהיה נדרש לצורך החלטות מסוג אלו שהתקבלו באותו יום", ושגה ב"אמונת-יתר בכוחו של חיל האוויר ואי הערכה נכונה של כוחו והיערכותו של היריב", חלוץ נמצא "אחראי אישית ופיקודית לעובדה כי ביום הפקודה לא היו באמתחתו תוכניות מוכנות ריאליות למצב הסלמה בזירת הלבנון, שיכלו לסייע לדרג המדיני לבחון בצורה טובה את האפשרויות שעמדו בפניו". כל אלה לדעת הוועדה "מצטרפים לכשלים חמורים של הצבא ושל הרמטכ"ל לשעבר בראשו" (עמ' 141–143).
בנוסף, הדו"ח ביקר את התנהלות הממשלה כולה, והעלה עדויות בהן נאמר כי "שרי הממשלה הצביעו על תוכנית שלא ידעו מה טיבה" ו"בכך הם לא מילאו את תפקידם - לשקול בצורה אחראית וזהירה מהלכים מסוג זה" (עמ' 125). על פי עדותו של שמעון פרס בפני הוועדה, הוא התנגד עקרונית ליציאה למלחמה, אך הצביע בעדה מפני שלא רצה להוריד מסמכותו של ראש הממשלה ולפגוע ביציבות הממשלה והקואליציה בזמן מלחמה. הוועדה ביקרה את תרבות הדיון המטכ"לית וקבעה כי "לא סייעה לסיעור מוחות יוצר, המשלב ניסיון ודעות של אנשים שונים" אף ש"השתתפו בדיונים הרבה אנשים מקצועיים ומנוסים, והיו להם תובנות מבוססות היטב" בשל "הנוכחות בולטת מאוד של הרמטכ"ל ושל העדפותיו", ובמיוחד "לאור ההנחיה של הרמטכ"ל בפורום הבכירים, כי על אנשי הצבא להימנע מלהשמיע דעות "עצמאיות" במקום שמתבקשת המלצת הצבא." (עמ' 127–128)
בפרק ההמלצות הוועדה המליצה על שורת המלצות ממסדיות ובהן: להילחם במכת ההדלפות ששיתקה את הפעילות הממשלתית, לקבוע כללים להצגת מסמכים בפני הממשלה, לקדם את בסיס הידע של שרי ממשלה בנושאי ליבה אסטרטגיים, לפעול לשילוב מלא של משרד החוץ בהחלטות ביטחוניות בעלות ממד מדיני, לחזק את המועצה לביטחון לאומי (מל"ל) בדרכים שונות ועיגון סמכויותיה בחוק, באופן שיהפכו אותה לגוף רלוונטי ובעל תפקודיות טובה, ולהקים מרכז לניהול משברים לאומיים במשרד ראש הממשלה, ובו חדר מצב מתוקשר לגופי הביטחון האחרים.
תגובות במערכת הצבאית לדו"ח החלקי.
בחודשים שלאחר המלחמה פרש אלוף פיקוד הצפון, אודי אדם מתפקידו, וכמו כן פרש גם גל הירש, מפקד עוצבת הגליל אשר שמו נקשר בליקויי המלחמה. הציבור דרש "למצות את הדין" עם דרג הפיקוד הבכיר ביותר- ראש הממשלה אהוד אולמרט, שר הביטחון עמיר פרץ והרמטכ"ל דן חלוץ.
הרמטכ"ל דן חלוץ התפטר כבר בינואר 2007, שלושה חודשים לפני הגשת הדו"ח.