באוקטובר אותה שנה חידש את מעורבותו בתחום "הפוליטיקה הגבוהה". ב-5 באוקטובר נפגש עם שר המושבות מלקולם מקדונלד. הוא הציע לו לחזק את האופוזיציה להנהגת המופתי אמין אל-חוסייני ולאשר עלייה מיידית של 100,000 צעירים יהודים מאירופה, שיגויסו לצבא הבריטי ויהוו את הבסיס לכח הצבאי האימפריאלי שיגן על המזרח התיכון. כמו כן, דרש להשהות את ההכנות לכינוס ועידת השולחן העגול, אולם השר דחה את הדרישות להעלאת הלוחמים ולדחות את כינוס הוועידה. ב-19 באוקטובר נערכה פגישה נוספת עם השר, ובה הגיש לעיונו תוכנית מדינית הכוללת שבעה סעיפים להסדר בין יהודים לערבים: חלוקת ארץ ישראל לאזורים מנהליים על פי קווים לאומיים; איסור מוחלט על התיישבות יהודים באזורים ערביים ולהפך; הגבלת מכירת קרקעות והתנייתה בהסכמת השלטונות הבריטיים; עלייה יהודית על פי עקרון כושר הקליטה הכלכלית, והתחייבות הסוכנות היהודית לשאת במשך שנתיים בהוצאות קיומם של העולים. בפגישה נוספת עם השר בנובמבר, כרך את תוכניתו לפתרון שאלת ארץ ישראל עם תוכנית הקמת התאגיד הכלכלי הגדול, והציע הקמת פדרציה ערבית גדולה שתורכב מארץ ישראל, עבר הירדן, סוריה, הלבנון ועיראק. כספי התאגיד יושקעו בפיתוח כל האזורים הללו והקמת הפדרציה תמתן את התנגדות ערביי ארץ ישראל לטריטוריה יהודית נבדלת במסגרת זו. אלא שיוזמתו של רוטנברג התמוטטה. הוא נכשל בגיוס הכספים להון היסוד של התאגיד ותוכניתו לא זכתה להיענות מצד האמיר עבדאללה בפגישתם ב-28 בדצמבר.
לקראת כינוס ועידת השולחן העגול, החל רוטנברג לנקוט בעמדה פוליטית בלתי מתפשרת, שתאפיין את שארית ימיו כאיש ציבור. הוא סירב לניסיונות הנהלת הסוכנות היהודית לשלבו בפאנל שייצג את העמדה היהודית וגינה את עצם הסכמתה של הסוכנות להשתתף בוועידה. הוא טען כי המחנה היהודי כולו צריך להתבצר בהתנגדות פסיבית ואי שיתוף פעולה מוחלט עם ממשלת המנדט, ובתביעה לעלייה יהודית חופשית בשל מצבו של העם היהודי בעולם. הוא דרש להחרים את הוועידה וטען כי החרמתה תביא בסופו של דבר לביטולה. בהתנגדותו הפסיבית המוחלטת, דחק עצמו למצב של אי-עשייה והמתנה לסיום הוועידה, שנערכה לבסוף בלונדון בפברואר 1939. בשלב זה נואש ממגעיו המדיניים והחל למקד את פעילותו בתוך היישוב היהודי בארץ ישראל. במרץ 1939 העביר לבן-גוריון מכתב מז'בוטינסקי ואף הביא את השניים להיפגש בלונדון, אולם בן-גוריון הסתייג מהמשך תיווכו. לאחר מכן ניסה לגבש בלונדון הסכם בין המפלגה הרוויזיוניסטית לבין הוועד הלאומי. הוא כינס את ז'בוטינסקי ובן-צבי במלונו, אולם פרסום הפגישה הסודית גרם להפסקת השיחות. אף על פי כן, כבר התגבשו בהן התנאים להצטרפותם העתידית של הרוויזיוניסטים לוועד הלאומי.
נשיא הוועד הלאומי 1939–1940.
ב-17 בספטמבר 1939 נבחר רוטנברג לכהן כנשיא הוועד הלאומי, ויושב ראש הוועד, יצחק בן-צבי, הוכפף למרותו. רוטנברג דרש הקמת הנהלה מצומצמת ויעילה, אולם בעקבות הקריאות לאחדות לאומית, נבחרה הנהלה חדשה גדולה מאוד ובה 18 חברים, שניים מהם מהמפלגה הרוויזיוניסטית. אחד מסעיפי הסדר הצטרפותו לוועד הלאומי קבע שיוזמן גם לישיבות הנהלת הסוכנות היהודית. בישיבות הללו התבטא בעיקר בנושא המצוקה הכלכלית של היישוב וארגון הסיוע, ובהתאם להתחייבותו, נמנע מפוליטיקה עצמאית.
באמצעות מגעיו עם אנשי הממשלה והבולשת, הביא בסוף אוקטובר לשחרורם של אנשי אצ"ל העצורים בצריפין, ובראשם מפקד הארגון, דוד רזיאל.
לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה ובמהלכה, התנגד רוטנברג למאבק חזיתי בממשלת המנדט, והאמין כי רק באמצעות שיתוף פעולה ועשייה, ניתן יהיה להתגבר על סעיפי הספר הלבן שפורסם במאי 1939. ב-28 בפברואר 1940 פורסם חוק הקרקעות, שאסר על יהודים רכישת קרקעות באזורים מוגדרים בארץ ישראל. הזעם ביישוב התפרץ בהפגנות אלימות בערי הארץ. ב-2 במרץ נפגש רוטנברג עם המזכיר הראשי של הממשלה, ג'ון מקפרסון, והודיע לו כי על אף התנגדותו העקרונית לשביתות ולאלימות, כיהודי, הוא שמח על כך שהיו "מחאות אלימות". למחרת פרסם בעיתוני הארץ, גילוי דעת מטעם נשיא הוועד הלאומי, שגינה את ניסיונות ממשלת בריטניה להגביל את התפתחות היישוב העברי. כחודש לאחר פרסום החוק, התנגד לחלוטין להצעת בן-גוריון להכריז על מרי אזרחי שיקיף את כל היישוב, בטענה כי אין לעשות דבר העלול להחליש את כוחה של בריטניה בזמן מלחמתה על "קיומה של הציוויליזציה" וכי צעד כזה יסכן מאוד את קיומו של היישוב.
כבר מתחילת כהונתו כנשיא הוועד הלאומי, שאף רוטנברג לבטל את שיטת הזרמים במערכת החינוך היהודית, אך באפריל 1940 החליטה הנהלת הוועד כי יש לשמור בקפדנות את "יסוד הזרמים החינוכיים המוכרים והתפתחותם" – החלטה שהתפרשה ככישלון מוחלט לרוטנברג. במאי 1940 יצא ללונדון ונפגש עם שר המושבות החדש, לורד לויד . רוטנברג העלה בפני פקידי המשרד מספר הצעות, ובהן בניית מזח בחיפה לטיפול באניות הצי הבריטי והקמת חברת תעופה ארצישראלית. כמו כן, הציע להקים צבא יהודי שיסייע לבעלות הברית במלחמה וביקש סיוע בקבלת אשרת כניסה לארצות הברית לשם רכישת נשק למען צבא זה. אולם כל בקשותיו נדחו על הסף ומסעו המדיני הסתיים בכישלון מוחלט. בסוף יוני חזר לארץ ישראל וב-17 ביולי כינס מסיבת עיתונאים, בה הודיע כי הגיע להסכמה עם הנהלת הוועד הלאומי על צמצום מספר חבריה ל-11. אלא שלאחר מכן הפסיק להשתתף בישיבותיה. באותו חודש התגלו סימנים ראשונים לגידול ממאיר בגרונו: מצבו הגופני החמיר והוא התקשה בדיבור. ב-27 באוגוסט קרא בן-צבי בישיבת ההנהלה את מכתב ההתפטרות שלו, שהוסברה במצבו הבריאותי.
ב-7 בנובמבר 1940 כינס רוטנברג מסיבת עיתונאים גדולה במלון המלך דוד בירושלים, בה סיכם את 11 חודשי נשיאותו בוועד הלאומי. בנאום קשה, שכותרתו "אל הישוב", קרא לבטל את משטר המפלגות וטען כי יש להפקיד את כל הסמכויות בידי אנשים מוכשרים ויעילים, במקום בידי עסקני המפלגות. הוא גינה את העיסוק בריב מפלגות אפילו בתקופת חירום קשה זו (מלחמת העולם השנייה), מתח ביקורת על כל הפלגים ביישוב וקרא לאחדותו. בסוף הנאום, אמר: "הגיע הזמן, שגם אנו נתעורר ונשליך אחרי גוונו את הקטנות הבלתי־חשובות של חיינו, את 'האידאולוגיות' והאינטרסים הקטנים". דבריו עוררו סערה ביישוב וגם בעולם היהודי, והתגובות להם כללו הן תמיכה והן התנגדות. הביקורת נשמעה מקרב חוגים רחבים, אולם רוטנברג נעלם מעיני הציבור עד יום מותו.
בכל שנות פעילותו הציבורית והכלכלית בארץ ישראל, לא היה רוטנברג חבר באף מפלגה שפעלה ביישוב. הוא נחשב לאישיות על-מפלגתית ועובדה זו הייתה אחד מגורמי השפעתו ביישוב. הוא היה מקורב הן להנהגת הרוויזיוניסטים והן להנהגת תנועת העבודה, ובמהלך פעילותו הציבורית, התהדקו קשריו עם זו האחרונה. הוא מעולם לא הגדיר עצמו כציוני, במובנו הרשמי של המונח. הוא לא היה חבר בהסתדרות הציונית ומעולם לא השתתף בקונגרס ציוני.
עד יום מותו האמין כי היישוב היהודי בארץ ישראל אינו בשל למדינה עצמאית.
רוטנברג השתמש בארץ ישראל ביידיש, בה דיבר עוד כשהיה נער צעיר. עד סוף ימיו התקשה בדיבור עברי.
פטירתו.
במשך תקופה ארוכה שכב רוטנברג חולה בביתו בחיפה, וביולי 1941 הועבר לדירה בירושלים, כדי שיהיה קרוב לרופאיו בבית חולים הדסה. הוא נפטר ביום שבת, 3 בינואר 1942. למחרת נערך מסע ההלוויה בירושלים המושלגת. בהתאם לצוואתו, נטמן בבית הקברות היהודי בהר הזיתים. על פי בקשתו, בטקס הלוויה לא הושמעו הספדים ולא הונחו זרי פרחים על קברו. שני בני אחיו אמרו עליו קדיש.
בצוואתו ביקש שלא יקראו אתרים ומוסדות על שמו. את רכושו, כולל ביתו שבחיפה, הוריש ל״אוצר פנחס רוטנברג״ לקידום חינוך הנוער בארץ, והסביר: "הנוער שלנו – תקוות עתידנו. בחינוכו העברי הנכון – ביטחון קיומנו". את מניותיו בחברת החשמל הוריש למדינת ישראל.
הנצחתו ודמותו בתרבות.
עוד בחייו זכתה דמותו של רוטנברג למעמד מיתולוגי, ועוד לפני שמלאו לו 50 כבר היה ידוע בכינוי "הזקן מנהריים". ב-1934 כתב והלחין מרדכי זעירא – שעבד אז כפועל פשוט בחברת החשמל – את "שיר הרשת", העוסק ביזמתו של רוטנברג, "הזקן מנהריים", בהקמת תחנת החשמל. השיר התפשט בארץ כשיר עממי, בשינוי קל של המנגינה, ומילותיו זכו לגרסאות מקומיות רבות. השיר סייע לקבע את כינויו ודימויו של רוטנברג בציבור.
בעקבות צוואתו של רוטנברג החלו לפעול יוזמות חינוך בבית רוטנברג שבחיפה. בין השאר קיימו אנשי הבית את "סמינר רוטנברג", מוסד להכשרת מורים ומדריכים ולהשכלת מבוגרים שפעל בסיוע הג'וינט בקרב העולים במחנות המעצר בקפריסין.
ביוגרפיה ראשונה של רוטנברג, שנכתבה על ידי יעקב יערי-פולסקין, פורסמה עוד בחייו של רוטנברג, בשנת 1939. ב-1990 פורסמה ביוגרפיה פוליטית של רוטנברג בשני כרכים, שנכתבה על ידי ההיסטוריון אלי שאלתיאל.
ב-2003 יצא הסרט הישראלי "איש החשמל" בבימוי אלי כהן. במרכז הסרט ניצבת דמותו של רוטנברג, אותה משחק מנשה נוי, והוא מתרחש ב-1931, בעת משבר בתחנת הכוח בנהריים.
למרות בקשתו בצוואה שלא לקרוא על שמו רחובות ומוסדות, קרויה תחנת הכוח באשקלון על שמו ועל שם אחיו אברהם, שהיה מנהל חברת החשמל אחריו, וכן קרויים על שמו של פנחס רוטנברג רחובות ברמת גן, בראשון לציון, בבאר שבע ובחיפה (יחד עם אחיו – על יד משרדי חברת החשמל).
אוספו האישי של רוטנברג הכולל התכתבויות, תעודות אישיות ותצלומים שמור בספרייה הלאומית.
דורה אורופוס
מוסא כאזם אל-חוסייני