ברבות מעדויות העולים מתוארים מאפיינים דומים: ההורה הגיע לביקור ילדיו (בבתי תינוקות, בבית החולים במחנה או בבית החולים מחוץ למחנה) ונאמר לו כי הם מתו וכבר נקברו. הוכח שמעטים מהילדים נעלמו מבית הילדים כשהם בריאים לחלוטין. לחלק מההורים לא הראו את הקברים, ולאף אחד מהם לא הראו גופה ופרטי נתיחה שלאחר המוות, ולא ניתנה תעודת פטירה. ההורים ניסו למחות, אך בדרך כלל ללא הועיל. באחד המקרים העידה אם שכאשר באה להיניק את בנה נאמר לה כי הוא חלה והועבר לבית חולים בחיפה. לאחר שחוללה מהומה ורופא הכה אותה, הראתה לה אחות את בנה בבית התינוקות. כמה בני משפחה מסרו עדויות שאינן מכלי ראשון, על ילדים שהוחזרו להוריהם לאחר שנאמר להם שהם נפטרו, בעקבות מחאה נמרצת.
מתוך 745 מקרי העלמות שהובאו בפני וועדת החקירה הממלכתית, צוין מקום היעלמות לגבי 735 תינוקות. לפי עדות המשפחות כ-200 תינוקות נעלמו מבתי תינוקות שפעלו במחנות העולים, ומרבית התינוקות האחרים נעלמו מבתי החולים בתקופת המחנות והמעברות. מתוך התינוקות שנעלמו בבתי חולים כ-220 נעלמו בתקופת המחנות, וכ-240 בתקופת המעברות. במקום אחר מחלקת הוועדה 745 מקרי היעלמות עם מספרים מעט שונים:
העיתונאי שאול בן חיים הציע בשנת 1954 הסבר לכך שילדים רבים שנסעו לבתי החולים אבדו להורים. לדבריו, נהגי אמבולנס נהגו למלא את המכונית בילדים חולים. בתי החולים היו מלאים חולים ופצועים. אם הילד החולה לא התקבל במקום אחד, נסע הנהג לבתי חולים נוספים בניסיון לאשפזו שם. ייתכן שהנהג לא מסר תמיד באופן מסודר היכן הילדים, הן בגלל היעדר מודעות לחשיבות הרישום והן בגלל הקושי הגדול להשתלט על השמות. אפשרות נוספת היא שהמטפלת לא הספיקה לרשום את מה שאמר הנהג.
גורם נוסף שגרם לבלבול היה אחיות חדשות שרק החלו לעבוד בישראל וחלקן לא ידעו לקרוא עברית. לפי יצחק מעוז, ייתכן שילד מסוים נפטר ובמקומו קיבלו הוריו ילד תימני אחר. ילדים רבים נכנסו לבית החולים כשהם רזים מאוד, ולאחר תקופת אשפוז השתנו פניהם והורים התקשו לזהות אותם. הורים חיפשו את הילדים בין בתי החולים ובחלק מהמקרים הילדים נמצאו.
המסתורין שאפף את ההיעלמות הוביל לטענה קשה יותר, שלפיהן ילדים רבים שנרשמו כנפטרים למעשה נחטפו ונמסרו לאימוץ. הפרשה שבה והסעירה את מדינת ישראל מעת לעת והוקמו שלוש ועדות רשמיות לחקירתה. הוועדות דנו במאות רבות של מקרים, חלקם חופפים או קשורים זה לזה, וקבעו כי רובם המכריע של הילדים אכן נפטרו אך ללא הסבר ברור להשתלשלות האירועים עד מותם. בחלק מהמקרים לא הצליחו הוועדות לקבוע מה עלה בגורל הילדים. הסערה הציבורית התעצמה בפרשת הרב עוזי משולם.
הטענות העיקריות.
עדויותיהם של אחדים מאנשי הממסד באותן שנים עולות בקנה אחד עם עדויות משפחות העולים בדבר הדפוס החוזר - הורים המגיעים לבקר את ילדיהם (חלקם לא היו חולים אלא בריאים), ונאמר להם כי הילדים נפטרו ונקברו, ללא הסבר למות הילד או היעלמותו.
הורי הילדים שנעלמו באופן מסתורי וללא כל קצה של חוט לידיעה מה עלה בגורלם, הגישו תלונות שברובן היו מאפיינים משותפים:
בשנת 1985, העיד בוועדת הפנים של הכנסת אביגדור פאר, שהיה בתקופת ההיעלמות סגן מנהל המחלקה לטיפול בעולה, ותפקידו היה לנהל את רישומי הילדים במחנות:
דב שילנסקי, שהשתתף בישיבה, אמר שפאר סיפר לו לפני הישיבה כי העובדות הסוציאליות עמדו נבוכות בפני העולים שביקשו לראות את ילדיהם, ושנאמר להם שהילדים נפטרו. שילנסקי אף סיפר בישיבה שהסתובב במחנות העולים באותה תקופה וכי במו עיניו ראה את הדברים עליהם מדברים בישיבה.
אחיות ופקידות סעד העידו בוועדת החקירה הממלכתית שהן העבירו ילדים בריאים באמבולנסים מבתי הילדים שבמחנות העולים לבתי החולים. אחות שעבדה במחנה העולים "עין שמר" העידה שהיא עצמה לקחה בזה חלק, ושמעולם לא החזירה ילדים מבתי החולים למחנה. חלק מהאחיות קשרו את היעלמות הילדים עם ביקורם של אנשים מחו"ל במחנות. בעדות לגבי בית ילדים בעין שמר נאמר:
גם נהגי אמבולנסים העידו שלקחו ילדים בריאים ממחנות העולים לבתי החולים ולא החזירו אותם, ועשו זאת בעיקר בלילה.
בוועדת החקירה הממלכתית העידה חנה גיבורי, פקידת סעד ראשית בשנים 1948–1954, וממונה על אימוץ ילדים במחוז הצפון: .
בוועדת החקירה הממלכתית נשמעו גם עדויות של נשים מאמצות. מציאות זו של אימוצים באופן בלתי חוקי הייתה ידועה באותה תקופה גם לשופט בית המשפט העליון שניאור זלמן חשין, שכתב: . בספר "בהיקלט עם" כתב ד"ר אברהם שטרנברג, שהיה אחראי על השירות הרפואי לעולה, כי לא היה מנוס מלהעביר "עשרות ומאות" מילדי עולי תימן מבתי החולים לבתי התינוקות של ויצו בירושלים, בתל אביב ובצפת. קיימות עדויות נוספות של רופאים המעידים כי נשלחו ילדי עולים לויצו לצורך אימוץ. אהובה גולדפרב, המפקחת הארצית על השירותים הסוציאליים של הסוכנות היהודית, העידה בוועדת החקירה הממלכתית על הצורה השיטתית שבה הילדים נשלחו לאימוץ, ועל כך ש"לא אלפים נעלמו, אבל על מאות לא אתווכח".
התייחסויות ראשונות לפרשה.
כבר בשנת 1949 היה הדרג הבכיר בממשלה מודע לפרשה. בשנת 1950 שלח ארגון "התאחדות התימנים" מכתבים בנושא אל שר המשטרה בכור-שלום שטרית. במכתב, שנשלח ב-8 במאי 1950, נאמר:
ד"ר ליכטיג כתב לבתי החולים הממשלתיים ב-21 באפריל 1950:
מסמכים מאותה שנה מעידים ששר המשטרה ושר הבריאות היו מודעים לבעיה אך הסתירו מידע רב. סיווגם של רבים ממסמכים אלה היה "סודי" או "סודי ביותר".
בינואר 1950 נעלם תינוק בן 7 חודשים, משה בן סלים, שהוריו שהו במחנה העולים בבית-ליד. במרץ 1950 החלה חקירת משטרה על היעלמות זו, שכללה תשאול במחנות העולים ובבית החולים בחודשים מרץ ואפריל של אותה שנה. מסקנת המשטרה הייתה שהתינוק הבריא לאחר שאושפז. הוא נשלח בטעות למחנה עין שמר ושם נעלם עקב אי-סדרים ברישום החולים במחלקות הרפואה במחנות אלו. בספטמבר 1950 תיאר בקצרה העיתון 'דבר' את היעלמו. הכתב מציין כי "אין זה מקרה ראשון שהילדים אשר נשלחו מהמחנה לבתי חולים נעלמו בדרכם חזרה". אחד ממכתבי התגובות תהה "הרי התינוק איננו חבילת חפצים הנעלמת בנמל! ... מי אחראי לשערורייה זו שילדים נשלחים אפילו לא כצרור דואר רשום?".
במרץ 1950 דווח בעיתון "דבר" על אישה ובנה התינוק, מעולי תימן, שבעלה ואביו מחפש אותם. בדיווח נאמר כי ידוע על מקרים דומים נוספים. ועדת החקירה הממלכתית העלתה כי האם ובנה נפטרו זמן קצר לאחר עלייתם.
הדיון הראשון במליאת הכנסת בפרשה זו התקיים ב-20 בנובמבר 1950, במסגרת דיון על המצב במעברות. בדיון דיבר ח"כ מאיר וילנר ממק"י על השתיקה סביב הפרשה ואמר כי "כל חבר כנסת בלתי משוחד יודע שהמצב הוא בכי רע".
למרות זאת, תינוקות וילדים המשיכו להיעלם. לפי ועדת קדמי בשנים 54–1951 נעלמו כ-260 תינוקות ברחבי הארץ.
ב-1952 נכתב בדו"ח פנימי של אגף החקירות של המשטרה על היעדרותם של תינוקות מבתי חולים ובתי תינוקות במחנות העולים בית ליד, ראש העין ועין שמר. שר המשטרה ושר הבריאות התכתבו בעניין.
ועדות בדיקה ופעילות ציבורית.
מאז שנות ה-60 של המאה ה-20, שבה והייתה פרשת ילדי תימן נושא לדיון ציבורי אחת לכמה שנים. שלוש ועדות הוקמו לחקירת הנושא וכן פעלו עמותות וחוקרים לשפוך אור על הפרשה.
חקירה של הוועד הציבורי למען ילדי תימן.
בשנת 1966, לאחר שמשפחות ילדים נעדרים קיבלו צווי גיוס עבורם, החלה לפעול קבוצה בשם הוועד הציבורי למען ילדי תימן או "ועדה ציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים". השתתפו בה פסיכולוגים, רבנים וראשי רשויות. חברי הקבוצה ערכו בתל אביב מפגש התרמה וגייסו את החוקר עמי חובב. חובב, בן למשפחה מיהדות תימן שהיה קצין מודיעין בדק כ-200 מקרים. חקירתו ארכה כ-5 חודשים ובמהלכה הגיע למסקנה כי הילדים נפטרו וכי אין קשר בין היעלמות הילדים לממסד. לדבריו הוא הגיש את הממצאים לטוב צדוק, ראש הוועד הציבורי למען ילדי תימן, וזה סמך ידיו על הממצאים.
ועדת בהלול-מינקובסקי.
ב-3 בינואר 1967 הוקמה על ידי שרי המשפטים והמשטרה, ועדת בהלול-מינקובסקי. בראש הוועדה עמדו יוסף בהלול, פרקליט מחוז חיפה והצפון, ורב־פקד ראובן מינקובסקי מהמטה הארצי של המשטרה. תפקיד הוועדה היה לברר את הטענות בדבר היעלמם של תינוקות ממחנות העולים בשנים 1949–1951 וגורלם.
לדברי העיתונאי עמוס כרמלי בטרם עבודת הוועדה הוערך כי קיימים בין עשרה למאה נעדרים. בכתב המינוי הודגש כי על חברי ועדת החקירה לעמוד בקשר עם נציגי הוועדה הציבורית (ראו להלן). שניים מבין חברי הוועדה הציבורית, יועצה המשפטי ה. קהן והחוקר עמי חובב הצטרפו לוועדה כנציגים. לרשותה הוועדה 4 חוקרים קבועים, ולאחר שהתברר כי החקירה ומסתעפת הצטרפו אליה חוקרי משטרה נוספים.
הוועדה לקחה מסמכים מארכיבים של הסוכנות היהודית, משרד הסעד, משרד הבריאות, בתי־חולים ועוד. היא פנתה לציבור באמצעות העיתונות והרדיו למסור לה ידיעות הנוגעות להעלמות הילדים. אנשיה חיפשו חומרים ומסמכים גם בשישה מחנות עולים שבהם גרו עולי תימן. הוועדה ראיינה עשרות מנהלים ועובדים וגבתה עדות מ-399 הורים מתלוננים ולכל תלונה נפתח תיק. לטענת כרמלי הקושי העיקרי של הוועדה היה 17 השנים שחלפו מאז התרחשות האירועים. מרבית המוסדות שבהם שהו העולים התחסלו וחלק מהארכיונים הושמדו או נמצאו חסרים עקב העברתם למקומות אחרים. בין היתר הגיעה הוועדה, אל י. אריכא, יהודי דתי יוצא תימן שהיה אחד האחראים על מחנה העולים בעין שמר. הוא סיפר לוועדה על תחלואה קשה במחנה שכתוצאה ממנה נפטרו רבים מהילדים. היות שלא היה מנגנון קבורה במחנה הוא ארגן חברה קדישא פרטית. הוא קיבל חלקת אדמה וקבר בה נפטרים. הוא רשם את הקבורה בפנקס שנשמר בבית.