במאה ה-6 קיבלו עליהם שליטי נוביה את הנצרות, והקימו ממלכות נוצריות, שהיו כפופות מבחינה דתית לפטריארך הקופטי באלכסנדריה. לאחר הכיבוש המוסלמי של מצרים, נותקה למעשה הנצרות הסודאנית משאר הנוצרים בעולם, והשפעתו של האסלאם החלה לחדור לאיטה לאזור. הממלכות הנוצריות בנוביה התקיימו עד המאה ה-15, ושמרו על דתן ותרבותן.
עם עליית האסלאם, וכיבוש צפון אפריקה על ידי הערבים במהלך המאה ה-7 נעשו ניסיונות לכבוש ולאסלם את הממלכות הנוביות הנוצריות, אך אלו כשלו. שליטי מצרים חתמו על הסכם שלום עם שליטי נוביה, שנקרא "באקט", והסכם זה הסדיר את יחסי השלום והסחר החופשי בין המדינות למשך מאות בשנים.
במקביל, התקיים תהליך של הגירה ערבית לנוביה, והטמעת יסוד ערבי אסלאמי באוכלוסייה, תוך התפוררות והתמוטטות הממלכות הנוביות המקוריות. על אף שלא כל המוסלמים באזור דיברו ערבית, החל תהליך של קבלת האסלאם שהגביר את תהליך קבלת התרבות הערבית. לא הייתה מדיניות של המרה בכוח, אך מניעים תרבותיים וכלכליים קידמו מאוד את קבלת האסלאם באזור, הן באמצעות נישואי תערובת וקשרים עם מתיישבים ערבים, והן באמצעות פטור ממס שניתן למוסלמים שתושבי הממלכות המוסלמיות. במאה ה-16 הבשיל תהליך האסלאמיזציה המקומי לכדי ייסוד סולטנות בשם ממלכת סנאר שהחליפה את ממלכת אלווה שהייתה השלטת באזור מין המאה ה-7.
ב-1820, כבש צבאו של מוחמד עלי את סודאן.
במהלך המאה ה-19 החלו הבריטים להתערב בנעשה במצרים, ובמסגרת זו ניסו גם להשליט את שלטון המצרים בסודאן. המנהיג הדתי מוחמד אחמד הכריז על עצמו שהוא המהדי (המשיח באמונה האסלאמית) ניסה לאחד את השבטים של מערב ומרכז סודאן כנגד שלטון האימפריה הבריטית. הוא הנהיג מרד לאומני שהגיע לשיאו בנפילת ח'רטום בשנת 1885. בעת המצור, צ'ארלס ג'ורג' גורדון, הגנרל האנגלי נהרג. המדינה החדשה שרדה עד אשר כוח אנגלי חדש בהנהגתו של הורציו קיצ'נר הביס את המורדים בשנת 1898.
תחת כיבוש בריטי-מצרי.
בין השנים 1899–1956 הייתה סודאן בשליטה משותפת של בריטניה ומצרים, אך בפועל מדינת החסות הייתה בשליטה בריטית מלאה ומצרים קיבלה השפעה במקרים ספציפיים. עד שנת 1914, מצרים הייתה חלק מהאימפריה העות'מאנית. במהלך המאה ה-19 הרחיבה מצרים את שליטתה בסודאן עד האגמים הגדולים של אפריקה. בשנת 1881 פרצה המלחמה המהדית בסודאן, ובשנת 1882 פלשו הבריטים למצרים, וכך מצרים הפכה למדינת חסות של בריטניה. לאחר מכן כוחות בריטיים ומצרים כבשו בהדרגה את סודאן. בשנת 1899 הם הסכימו רשמית להקים מדינת חסות משותפת: מצרים על בסיס שלטונה הקודם בסודאן ובריטניה על בסיס זכות כיבוש.
בין השנים 1914–1922, סולטנות מצרים וסודאן, היו רשמית חלק מהאימפריה הבריטית. לאחר עצמאות מצרים בשנת 1922, בריטניה קיבלה בהדרגה שליטה רבה יותר במדינת החסות המשותפת, והוציאה את מצרים מסודאן כמעט לחלוטין עד שנת 1924. חוסר שביעות הרצון הגובר של מצרים מהסדר זה הגיע לשיאו לאחר מהפכת הקצינים החופשיים ב-1952. ב-1 בינואר 1956, מצרים ובריטניה ויתרו על סודאן והעניקו לה את עצמאותה.
לאחר עצמאות סודאן.
השלטון.
סודאן זכתה בעצמאות בשנת 1956. בחירות ראשונות התקיימו רק בשנת 1965, אך הממשלות הסודאניות לא הצליחו לייצב את השלטון בידיהן ולא גובשה חוקה למדינה. ב־25 במאי 1969 ביצע קולונל ג'עפר נומיירי הפיכה צבאית אשר הפילה את הממשלה הדמוקרטית בראשותו של אסמאעיל אל-אזהרי. נומיירי היה לראש הממשלה והוציא אל מחוץ לחוק את כל המפלגות האחרות. חילוקי הדעות בין המרקסיסטים למתנגדיהם בתוך החונטה השלטת גרמה להפיכה קומוניסטית ביולי 1971, אך הממשלה הקומוניסטית הופלה כעבור כמה ימים ונומיירי חזר לתפקידו.
בעקבות רעב המוני, מחסור בדלק ובלחם ואי שקט בדרום, התרחשה הפיכה נוספת בשנת 1985. ההפיכה הונהגה על ידי הגנרל עבד א-רחמן סוואר א-דהב שהחזיר את השלטון האזרחי. ב־1989 הגנרל עומר אל-בשיר הפך לנשיא, ראש ממשלה ומפקד הכוחות המזוינים. החוק הפלילי משנת 1991 קבע עונשים חמורים, כולל קטיעת איברים וסקילה. אף על פי שהמדינות הדרומיות, שהדת השלטת שם היא הנצרות, קיבלו פטור מהאיסורים והעונשים האסלאמיים, החוק איפשר לכפות עליהם את הדברים האלה בעתיד.
מלחמות אזרחים.
שליטי סודאן היו ערבים מוסלמים אשר בקשו להביא במידה זו או אחרת להשפעה אסלאמית גם על תושבי הדרום שברובם היו נוצרים לא ערבים. דבר זה הביא למתיחות רבה בין הצפון לדרום ובמהרה נפתחה מלחמת אזרחים שנמשכה כ־16 שנים (1955–1972). גורם נוסף שהביא להעמקת האיבה בין הצפון לדרום היה מדיניות "האדמה החרוכה" שהנהיגה הממשלה, על פיה נמנעה המדינה מלספק בדרום סודאן משאבים כגון מקורות חינוך תשתיות בריאות ורווחה ומים וחשמל, כך שהאזרחים נותרו ללא אפשרות לגדל את גידוליהם. על ידי מדיניות זו יצרה הממשלה המרכזית פער סוציו-אקונומי עמוק בין הצפון המוסלמי לבין הדרום הנוצרי שהעמיק את המתיחות האתנית בין הצדדים.
בשנת 1972 נחתם הסכם אדיס-אבבה אשר העניק לדרום סודאן אוטונומיה אזורית. אולם בשנת 1983, בקשה ממשלת סודאן להחיל את השריעה, על דרום סודאן דבר שהביא לפרוץ מלחמת האזרחים השנייה, בין כוחות הממשלה לבין צבא השחרור העממי הסודאני (SPLA), ארגון המורדים הגדול בדרום. מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה הביאה למותם של מיליוני בני אדם, באופן ישיר בלחימה, או באופן עקיף מרעב. כן ברחו סודאנים רבים מבתיהם ונוצרה בעיית פליטי דרום סודאן. כ-4 מיליון איש עזבו את בתיהם בדרום סודאן. חלקם ברחו לערים דרומיות יותר, כג'ובה, אחרים צעדו צפונה לח'רטום, וכמה מהם צעדו אף עד אתיופיה, קניה, אוגנדה, מצרים ומדינות שכנות אחרות. אנשים אלה לא יכלו לגדל מזון או להרוויח כסף כדי להאכיל את עצמם, ותת-תזונה ורעב נעשו נפוצים. חוסר השקעת הכספים בדרום, גרם למה שארגונים הומניטריים כינו "דור אבוד". דור שלא זכה לקבל חינוך, שירותי בריאות בסיסיים, ויש לו סיכוי קטן בלבד להשיג עבודה בסודאן.
בנוסף לכוחות הממשלה הרשמיים, נטען בידי ארגוני זכויות אדם בינלאומיים כי הממשלה מחמשת ותומכת בחשאי בפשיטות טרור של שבטים מוסלמים כנגד אנשי דרום סודאן. כוח ה- SPLA הוא אומנם הכוח העיקרי הלוחם בשם אזור דרום סודאן, אך פילוגים והתפצלויות של מחתרות ומורדים שונים התרחשו לאורך כל שנות מלחמת האזרחים. פיצולים אלו בעיקר נובעים מהגיוון האתני באזור, בו מתגוררות כמאה קבוצות אתניות אפריקניות שונות. הפיצולים במחנה המורדים בדרום המדינה, יחד עם תחרות על משאבים מועטים וריבוי כלי הנשק בידי אזרחים, הובילו לאלימות בין-שבטית קשה באזור זה.
בנוסף למתיחות האתנית והדתית, אבן נגף גדול שמנע את סיום מלחמת האזרחים היה מאגרי הנפט הגדולים בדרום סודאן, אשר שני הצדדים בקשו ליהנות מרווחיהן. מצד שני, הנפט היה תמריץ לצדדים ולכוחות בינלאומיים לסיום הלחימה כדי לאפשר לכל הצדדים ליהנות מרווחי הנפט. בשנת 1999 נפתח קו הנפט המוביל ממאגרי הנפט הגדולים הממוקמים בעיקר באזור דרום סודאן אל החוף הסודאני הנמצא בצפון-מזרח המדינה. התקדמות מגעי השלום בין הצדדים הלוחמים בין השנים 2002–2004 הביאו לחתימה הסופית על הסכם שלום ב־31 בדצמבר 2004 (CPA- Comprehensive Peace Agreement). עיקרי ההסכם כללו חלוקה שווה ברווחי הנפט בין הממשלה לבין כוחות המורדים ואוטונומיה שלטונית לכוחות המורדים בדרום המדינה לתקופה של 6 שנים. הוסכם שבתום תקופה זו, יערך משאל עם בקרב אזרחי דרום סודאן, על עתיד האזור. ההצבעה אכן התקיימה ב-9 בינואר 2011, ותושבי דרום סודאן הצביעו בעד עצמאות.
בתחילת 2003 החל מרד נוסף במחוז דארפור שבמערב. ממשלת סודאן הופתעה, וכדי לסיים את המרד חימשה מיליציות ערביות, מיליציות הג'נג'אוויד (שפירוש שמן הוא "אדם חמוש רכוב על סוס"), ואלו החלו להיאבק במורדים. אלא שהמיליציות לא נאבקו רק בארגוני המורדים במחוז, אלא הפכו את הסכסוך ליותר ויותר אתני. שמן נקשר באונס, טבח ושרפת כפרים של שחורים אנימיסטים במחוז. בפברואר 2004 הכריזה הממשלה כי היא ניצחה את המרד במערב, אולם דיווחים אחרים העידו כי הלחימה עודה נמשכת. לפי הערכות שונות, כ־400 אלף מתושבי חבל דארפור נהרגו במהלך הסכסוך, וכשני מיליון וחצי נוספים איבדו את בתיהם, חלקם עקרו לצ'אד הסמוכה. הלחימה נמשכה עד פברואר 2010, אז נחתם הסכם הפסקת אש בין הממשלה למורדים. האו"ם מעריך שכ-300,000 אנשים נהרגו או רעבו למוות עקב הסכסוך וכי למעלה מ-2.8 מיליון נפשות נעקרו מבתיהן ומוגדרים כפליטים.
שיחות השלום בין המורדים בדרום סודאן לבין הממשלה הביאו להסכם בינואר 2005 לפיו הכנסות המדינה – בפרט כסף מנפט – יחולקו בין הממשלה לקבוצות המורדים בדרום, וכי הדרום יזכה לאוטונומיה למשך שש שנים, ולאחר מכן ייערך משאל עם שבו יחליטו התושבים אם ברצונם להישאר חלק מסודאן או להפוך למדינה עצמאית. המשאל נערך במהלך ינואר 2011 והמשתתפים בו הצביעו כמעט פה-אחד להיפרד מסודאן. ב-9 ביולי 2011 הכריזה דרום סודאן על עצמאותה.
ב-3 במאי 2007 חתמו נשיא סודאן, עומאר חסאן אל-באשיר, ונשיא צ'אד, אידריס דבי, על הסכם שלום, במטרה להוריד את המתיחות הקשה בין שתי המדינות, אך ב-2008 הידרדרו פעם נוספת היחסים בין המדינות, לאחר שאל-באשיר טען שצ'אד מסייעת למורדים בדארפור.
שלטון חדש.