ב-1807 סירבה פורטוגל למלא אחר דרישת נפוליאון לתמוך במצור קונטיננטלי על בריטניה, כחלק מאמברגו על הממלכה המאוחדת. כתוצאה מכך, כוחות צרפתיים, תחת פיקודו של הגנרל ז'ונו (Junot), פלשו לפורטוגל והשתלטו על הבירה ב-1 בדצמבר 1807. מעורבותם של הכוחות הבריטיים במלחמת העצמאות הספרדית השיבה למדינה את עצמאותה. ב-1812 גורשו אחרוני החיילים הצרפתים. פורטוגל איבדה במלחמה זו, שכונתה מלחמת התפוזים, את פרובינציית אוליבנזה, שעברה לידי הספרדים. משפחת המלוכה נמלטה לריו דה ז'ניירו וזו הפכה זמנית, במקום ליסבון, לבירת האימפריה הפורטוגלית (בשנים 1808-1821). ב-1820 פרצו התקוממויות בערים פורטו (24 באוגוסט) וליסבון (15 בדצמבר). כשהוכרזה עצמאותה של ברזיל ב-1822, חזרה ליסבון למעמדה כבירת פורטוגל.
עם מותו של המלך ז'ואאו השישי ב-1826 החלה בפורטוגל מלחמת ירושת הכתר. בנו בכורו, פדרו הראשון, אשר כיהן כקיסר ברזיל העצמאית, הוכרז גם כמלך על פורטוגל, תחת השם פדרו הרביעי. הן הפורטוגלים והן הברזילאים לא רצו באיחוד מונרכי בין שתי הממלכות; כתוצאה מכך, ויתר פדרו על כתר פורטוגל לטובת בתו מריה השנייה, תחת התניה שזו תינשא לאחיו, מיגל. שררה בממלכה אי-שביעות רצון מהרפורמות החוקתיות שביצע פדרו. עקב כך, ב-1828 הובילו האצילים והכנסייה להכתרתו של מיגל הראשון, ובכך פרצו המלחמות הליברליות שבהן כפה פדרו על אחיו מיגל, בסיוע האנגלים, לוותר על הכתר ולצאת לגלות (1834). בכך שמרה בתו מריה השנייה על כס המלוכה.
מלחמת חצי האי.
כאשר הכתיר נפוליאון בונפרטה את עצמו כקיסר, הוא החל ביישום אסטרטגיה צבאית אגרסיבית באירופה, במטרה להשיג הגמוניה צרפתית ביבשת ולשים קץ למעמדה של הממלכה המאוחדת כמעצמה הכלכלית והצבאית העיקרית באותה התקופה. ארצות אירופה נדרשו על ידי נפוליאון לשתף פעולה בהטלת מצור יבשתי על אנגליה, כדי למנוע ממנה לסחור עם היבשת. ריבונים באירופה אשר סירבו לקחת חלק באכיפת המצור על אנגליה צפוים היו להשקיף על צבאות צרפתיים אימפריאליים פולשים לשטחם. פורטוגל, שהייתה חתומה על ברית עם אנגליה עוד מתקופת ימי הביניים (ברית ווינדזור, התקפה עד ימינו, הברית הדיפלומטית העתיקה בתבל) סרבה לשתף פעולה במצור על אנגליה. נפוליאון בא לידי ברית עם ספרד, בה הוסכם על סיפוח פורטוגל (הסכם פונטנבלו). הוא פלש לפורטוגל, ואילץ את בית המלוכה הפורטוגלי לגלות לברזיל. נכונות פורטוגל להסתייע באנגלים עתידה הייתה להתברר כחיונית לגירוש הפולשים מפורטוגל. הקרבות לא הוגבלו ליבשת אירופה בלבד, אלא גם חרגו ליבשת דרום אמריקה, בה כבשו הפורטוגלים את גיאנה הצרפתית.
המהפכה הליברלית בעיר פורטו (1820).
בתחילת המאה ה-19 שקעה פורטוגל במשבר, שהחל עם עזיבתה של משפחת המלוכה לברזיל. תוצאותיה ההרסניות של פלישת נפוליאון, יחד עם ההיבטים השליליים של התלות באנגלים ושל פתיחת הנמלים בברזיל לסחר הבינלאומי, הובילו סוחרים פורטוגלים רבים אל סף פשיטת רגל. באותה עת, החלה להשתרש גישה אידאולוגית ליברלית בקרב בני המעמד הבורגני.
ב-24 באוגוסט 1820 פרצה בעיר פורטו מהפכה ליברלית שייעדה המיידי למנות מליאה פרלמנטרית האמונה על ניסוחה של חוקה עבור פורטוגל.
לא היו גילויי התנגדות כלפי ההפיכה. להפיכה הצטרפה גם העיר ליסבון, ומונתה חונטה זמנית שמטרתה לארגן בחירות לפרלמנט (ה-cortes). נבחרו כחברים בפרלמנט הראשון בפורטוגל נציגים מכל קצוות האימפריה: מברזיל, מאיי מדיירה, מהאיים האזורים, ומהטריטוריות הפורטוגליות באפריקה ובאסיה.
הפרלמנט דרש מהמלך ז'ואאו השישי לחזור מיד לפורטוגל. לפני חזרתו, מינה המלך את בנו פדרו כעוצר על ממלכת ברזיל. צעד זה לא נשא חן בעיני חברי הפרלמנט, אשר גרסו שאכיפת הריבונות על שטחי האימפריה צריכה להתבצע משטחי פורטוגל באירופה. בנוסף, נדרש פדרו לחזור לאירופה, על מנת להמשיך בה את תהליך הכשרתו למלוכה. 65 חברי הפרלמנט הברזילאים מחו כנגד דרישה זו ובתגובה נטשו את הפרלמנט בפורטוגל וחזרו לברזיל. ב-7 בספטמבר 1822, הגיעה לידיו של פדרו בברזיל הודעה נוספת בנושא מאת הפרלמנט. הדבר הוביל אותו להכריז על עצמאותה של ברזיל ועל עצמו כקיסר הראשון שלה, באירוע שנודע לימים כזעקת איפירנגה.
באותה שנה אושרה החוקה. היא נוסחה כרוחה של החוקה הצרפתית (1791), שקידשה הפרדה בין הזרוע המחוקקת, הזרוע המבצעת והזרוע השופטת, וייחסה למלך תפקיד סמלי בלבד. הגה השלטון עבר לידי פרלמנט חד-אגפי, שחבריו נבחרו בבחירות ישירות, ובידיו השליטה הבלעדית בחקיקה.
המלחמות הליברליות.
עם מותו של ז'ואאו השישי פרץ משבר חוקתי בנוגע לירושה. היורש המיועד היה פדרו הרביעי שמונה אחרי הכרזת העצמאות של ברזיל ב-1822 לקיסר ברזיל העצמאית. על מנת לשמור על מעמדו בברזיל ויתר פדרו על אזרחותו הפורטוגלית ועל תביעתו לכתר זמן מועט לאחר שירש אותו. שתי אחיות של פדרו, מריה תרזה ומריה פרנצ'סקה נישאו לנסיכים ספרדים הן איבדו את זכות הירושה. היורשת הבאה בסדר הירושה הייתה בתו של ז'ואאו, איזבל מריה והיא שימשה עוצרת עד שפדרו וויתר על כס המלוכה הפורטוגלי לטובת בתו מריה השנייה כדי להמשיך בכהונתו כקיסר ברזיל. איזבל מריה שלטה כעוצרת בשמה של מריה השנייה עד פרוץ המלחמה הליברלית ב-1828.
אחיו של פדרו, מיגל, מונה כעוצר הממלכה והוסדרו בעבורו נישואין עם אחייניתו מריה השנייה ששהתה בלונדון. מיגל שהה במקום גלותו באוסטריה, לאחר שני ניסיונות מרד באביו. מיגל התייצב נגד משטרה המלוכני החוקתי של מריה השנייה וניסה לכפות משטר אבסולוטי. אי לכך, פרצו בפורטוגל עימותים מזוינים אשר נמשכו 6 שנים ובהם היו מעורבות גם מעצמות אירופיות נוספות. בניסיון להתיר את הסבך שנוצר, ויתר פדרו על קיסרות ברזיל העצמאית, וכפה את מרותו בפורטוגל בכח הזרוע. מיגל נאלץ לחדול מנסיונותיו לכפות משטר אבסולוטי. בכך, אושרר הסכם הפשרה של אבורה-מונטה. מעתה, הושבה על כנה החוקה הפורטוגלית משנת 1826, ונסללה הדרך לחזרתה של מריה השנייה לכס המלוכה בפורטוגל.
ליברליזם.
לאחר תבוסת האבסולוטיסטים, התאפיין השיח הפוליטי הפורטוגלי במאה ה-19 באימוץ רעיונות ליברליים. עם זאת, לא הושגה בזירה הפוליטית הרגיעה המיוחלת. הליברלים היוו קבוצה הטרוגנית, השרויה במצב של מחלוקות פנימיות לא פשוטות בין האגפים המרכיבים אותה, אך מגובשת במאבק נגד האבסולוטיסטים. ועל כן חל בראש ובראשונה פילוג בין המתונים לבין הפרוגרסיביים. נקודת המחלוקת העיקרית הייתה בעניין החוקה. הפרוגרסיביים (ה"ספטמבריסטים") תמכו בחוקת 1821 והמתונים (ה"קרטיסטים") צידדו בחוקת 1826. המלכה תמכה במתונים והפקידה את רסן השלטון בידיו של קושטה קברל, ומינתה אותו לתפקיד שר המשפטים. קושטה קברל משל במדינה כרודן. אי-שקט שרר בקרב האוכלוסייה, ופרצה מלחמת אזרחים. המלכה נאלצה להדיחו ולקרוא למפלגה הפרוגרסיבית למשול במדינה.
שושלת בית סקסה-קובורג-גותה, אחרוני המלכים הפורטוגלים.
ב-1836 נישאה המלכה מריה השנייה לנסיך פרדיננד ממשפחת האצולה הגרמנית סקסה-קובורג-גותה, אשר הוכתר כמלך פורטוגל לצידה כחוק בשם פרננדו השני. בשנת 1853 מתה מריה השנייה בדמי ימיה בעת לידת בנה האחד עשר והיא בת 34 בלבד.
יורשה של מריה השנייה לכתר היה בנה פדרו החמישי. בעת מות אימו הוא היה קטין, ואי לכך שימש אביו פרננדו השני כעוצר. בשנת 1855 הגיע פדרו לבגרות ונטל לידיו את רסן השלטון. שלטונו היה יציב לאורך שנים, ופורטוגל הפכה למונרכיה חוקתית לדוגמה, בה נשמרו זכויות הפרט והובטח חופש עיתונות נרחב.
המפלגות הליברליות השיגו קונצנזוס לגבי אופן ניהול משאבי הממלכה, פיתוחן של מסילות הברזל, המסחר והתעשייה, ושמו בצד את המחלוקות בעניין החוקה. אף על פי כן, שרר אי שקט חברתי. הואט קצב התיעוש והמודרניזציה בענף החקלאות ואף נזנח הטיפול בחינוך ובהוראת קרוא וכתוב, בהשוואה לכל מדינה אחרת במערב אירופה.
עם תום המשבר הפוליטי שפקד את הממלכה בשנים 1868–1872, שחפפו לשש שנות דמוקרטיה בספרד, שבה היציבות למערכת הפוליטית. נחנך בה מודל הרוטציה בין המפלגות, שבו שלטו לסירוגין שתי המפלגות העיקריות השולטות, המפלגה השמרנית והמפלגה הפרוגרסיבית. בשנות ה-80 (המאה ה-19) הוענקה זכות הבחירה הן לנשים והן לגברים, צעד משמעותי לקראת החלת זכות בחירה אוניברסלית. עם זאת, מרבית האוכלוסייה, כפרית ברובה, לא ידעה קרוא וכתוב וגם לא התערתה בעניינים פוליטיים, כך שנח היה לשלוט ללא מיצרים במערכת הפוליטית.
בפוליטיקה הפורטוגלית בשלהי המאה ה-19 בלטו מאפיינים של מונרכיה חוקתית - חל בה מודל פוליטי שבו שלטו המפלגות הפעילות בזירה בסבבים. מודל זה כונה בפורטוגלית rotativismo (כלומר - שלטון ב"רוטציה"), ולפיו שלטו שתי המפלגות העיקריות הפעילות באותה עת, המפלגה השמרנית (שכונתה Partido Regeneracionisa) והמפלגה הפרוגרסיבית (כינויה Partido Histórico או Partido Progresista) בסבבי שלטון עוקבים ולסירוגין.