בינואר 1996, ב בדאבוס, יצר ברזובסקי קשר עם אוליגרכים אחרים כדי ליצור ברית, שלימים נודעה בשם "הסכם דאבוס", כדי לממן את הקמפיין של ילצין בבחירות הקרובות לנשיאות. בשובו למוסקבה, ברזובסקי פגש והתיידד עם טטיאנה דיאצ'נקו, בתו של ילצין. על פי פרופיל שלו שפורסם בעיתון "הגרדיאן", ברזובסקי ניהל את קמפיין בחירתו מחדש של בוריס ילצין ב-1996, הוא וחבריו המיליארדרים סיפקו 140 מיליון ליש"ט עבור הקמפיין.
בקיץ 1996, נחשף ברזובסקי כיועץ מרכזי של ילצין, כבעל ברית של אנטולי צ'ובאיס, ומתנגד לקבוצת שמרנים בראשות הגנרל אלכסנדר קורז'קוב. לילה אחד בחודש יוני, בחדר האורחים של "קלאב לוגובז" במוסקבה, זממו ברזובסקי, צ'ובאיס ואחרים את הדחת קורז'קוב ושאר אנשי משרד ההגנה המקורבים לילצין. ב-20 ביוני 1996 פיטר ילצין את קורז'קוב ושני שמרנים נוספים, והותיר את צוות הרפורמטורים של ברזובסקי בשליטה מלאה בקרמלין. פיטורים שהיו שנוי במחלוקת, שכן קורז'קוב כמה ימים לפני כן, תפס שניים ממארגני הקמפיין של ילצין כשהם נושאים 500,000 דולר במזומן, ללא תיעוד מבניין הממשל הנשיאותי.
ב-16 ביוני 1996, הגיע ילצין למקום הראשון בסיבוב הראשון של הבחירות, לאחר שכרה ברית טקטית עם הגנרל אלכסנדר לבד, שסיים שלישי. ב-3 ביולי, בהצבעה השנייה, הוא ניצח את הקומוניסט גנאדי זיוגאנוב. ניצחונו נבע בעיקר מתמיכת רשתות הטלוויזיה שבשליטת ולדימיר גוסינסקי וברזובסקי (NTV ו-ORT) ומכספי האליטה העסקית. "הניו יורק טיימס" כינה את ברזובסקי "הדובר והלוביסט הראשי של האליטה החדשה של רוסיה, שעברה מהצללים לקדמת הבמה תוך כמה שנים ספורות".
מאבק הרפורמטורים.
במרץ 1997, ברזובסקי וטטיאנה דיאצ'נקו טסו לניז'ני נובגורוד כדי לשכנע את מושל העיר, בוריס נמצוב, להצטרף לצוות הכלכלי של צ'ובאיס שמונה כראש המינהל הנשיאותי, שנודע כממשלת הרפורמים הצעירים. זו הייתה הפעולה הפוליטית המאוחדת האחרונה של אנשי "הסכם דאבוס". ארבעה חודשים לאחר מכן הקבוצה התפצלה לשתי קליקות שהתחרו בחירוף נפש על טובתו של ילצין. ההתנגשות התעוררה במהלך המכרז להפרטת ​​חברת התקשורת Svyazinvest, שבה התחרה בנק Onexim של נאמן צ'ובאיס, ולדימיר פוטאנין, בולדימיר גוסינסקי, שהיה שותף חברת "טלפוניקה" הספרדית. זה היה תחילה סכסוך מסחרי שהתפתח במהירות לתחרות פוליטיות בין צ'ובאיס לברזובסקי.
ניצחונו של פוטאנין במכרז הביא למלחמת תקשורת מרה, שבה האשימו ערוצי ORT ו-NTV את קבוצת צ'וביס בשינוי המכרז לטובת פוטנין, בעוד שצ'ובאיס האשים את ברזובסקי בניצול מעמדו הממשלתי כדי לקדם את האינטרסים העסקיים שלו. שני הצדדים פנו לילצין, שהכריז על עידן חדש של הפרטה "הוגנת", בהתבסס על כללי חקיקה נוקשים ואינם מאפשרים חריגות בסופו של דבר שני הצדדים הפסידו. כלי התקשורת של ברזובסקי חשפו תוכנית מושחתת, לפיה הוצאת ספרים בבעלות בנק אונקסים שילמה לצ'ובאיס ולקבוצתו מקדמות גבוהות עבור ספר שמעולם לא נכתב. השערורייה הובילה לטיהור של נאמניו של צ'ובאיס מהממשלה. צ'ובאיס הגיב בכך ששכנע את ילצין להדיח את בוריס ברזובסקי מהמועצה לביטחון לאומי. שירותו של ברזובסקי במועצת הביטחון הסתיים ב-5 בנובמבר 1997. ג'ורג' סורוס שניסה להשקיע ברוסיה באותה עת, כינה את ההתנגשות בין ברזובסקי לצ'ובאיס אירוע היסטורי. הוא טען שהמחנה הרפורמיסטי מעולם לא התאושש מהמאבק הפנימי הזה, מה שהציב את הבמה הפוליטית פנויה ללאומנים שמרנים, ובסופו של דבר לולדימיר פוטין.
חזרה לפוליטיקה ועליית פוטין.
באביב 1998 עשה ברזובסקי קאמבק פוליטי בלתי צפוי, החל ממינויו, באפריל 1998, לתפקיד מזכ"ל ארגון חבר המדינות. הוא צמח במרכזה של קבוצת כוח בלתי פורמלית חדשה - "המשפחה", מעגל מלוכד של יועצים סביב ילצין, שכלל את בתו של ילצין טטיאנה והרמטכ"ל שלו, יומשב. השמועה הייתה ששום מינוי ממשלתי חשוב לא יכול לקרות ללא תמיכת המשפחה. עד 1999, המשפחה כללה גם שניים ממקורביו של ברזובסקי, שותפו לשעבר ב-AVVA אלכסנדר וולושין, שהחליף את יומשב כראש המטה של ​​ילצין, ורומן אברמוביץ'.
הדאגה העיקרית של המשפחה הייתה מציאת יורש "נבחר" לילצין, כדי להתמודד עם השאיפות הנשיאותיות של ראש הממשלה דאז, יבגני פרימקוב. קרבות פוליטיים בין המשפחה למחנהו של פרימקוב התרחשו בשנתיים האחרונות לכהונתו של ילצין.
בנובמבר 1998, במסיבת עיתונאים בטלוויזיה, חשפו חמישה קציני ה-FSB, בראשות לוטננט קולונל אלכסנדר ליטוויננקו, מזימה לכאורה של הממונים עליהם להתנקש בחיי ברזובסקי.
באפריל 1999, התובע הכללי של רוסיה, יורי סקורטוב, פתח בחקירת מעילה ב"אירופלוט" והוציא צו מעצר לברזובסקי. ברזובסקי מצידו טען שהחקירה מונעת ממניעים פוליטיים, ומתוזמרת על ידי פרימקוב. ניקולאי גלושקוב, מנכ"ל "אירופלוט" לשעבר, חשף מאוחר יותר כי הסכסוך עם פרימקוב נבע מהרוגז שעורר צוות ההנהלה של ברזובסקי בשירות הביון החוץ הרוסי, שבראשו עמד פרימקוב לפני שהפך לראש ממשלה, על רקע פיטורים של אלפי מרגלים, שהשתמשו באירופלוט ככיסוי בתקופה הסובייטית. צו המעצר בוטל כעבור שבוע, לאחר שברזובסקי הסגיר עצמו לחקירה ולא הוגשו כתבי אישום. ילצין פיטר את ממשלתו של פרימקוב זמן קצר לאחר מכן, והחליף אותו בסרגיי סטפשין כראש ממשלה חדש.
עלייתו המטאורית של ולדימיר פוטין לנשיאות רוסיה במהלך מספר חודשים קצרים של 1999, יוחסה לאינטימיות שלו עם "המשפחה" כבן חסותם של ברזובסקי ויומשב. עד סוף 1999, המשפחה שכנעה את ילצין למנות את פוטין ליורשו הפוליטי ולמועמד לנשיאות. ההיכרות של ברזובסקי עם פוטין החלה בתחילת שנות ה-90, כאשר האחרון, כסגן ראש עיריית סנקט פטרבורג, סייע LogoVAZ להקים סוכנות רכב בעיר. הם נהנו מיחסי ידידות; מדי פעם, ברזובסקי לקח איתו את פוטין לחופשות סקי בשווייץ.
בפברואר 1999, כאשר מעמדו הפוליטי של ברזובסקי נראה לא בטוח, בגלל המאבק שלו עם פרימקוב על "אירופלוט", פוטין, אז מנהל ב-FSB, עשה מחווה נועזת של ידידות כשהופיע במסיבת יום הולדת לאשתו של ברזובסקי. "ממש לא אכפת לי מה פרימקוב חושב עליי", אמר פוטין לברזובסקי באותו לילה. זו הייתה תחילתה של הברית הפוליטית שלהם. לפי ה"הטיימס", משטרת ספרד גילתה כי עד חמש הזדמנויות בשנת 1999, פוטין ביקר בסתר בווילה בספרד השייכת לברזובסקי.
באמצע יולי 1999 שלחה "המשפחה" את ברזובסקי לביאריץ, שם נופש פוטין, כדי לשכנע אותו לקבל את תפקיד ראש הממשלה ותפקיד "יורש העצר", ב-9 באוגוסט, פיטר ילצין את ממשלתו של סרגיי סטפשין ומינה את פוטין לראש ממשלה, על רקע דיווחים כי ברזובסקי יזם את השינוי.
מתנגדיו העיקריים של פוטין היו ראש הממשלה לשעבר יבגני פרימקוב וראש עיריית מוסקבה יורי לוז'קוב, בגיבוי ברית מולדת – רוסיה כולה. כדי להתמודד עם קבוצה זו בבחירות לדומה של 1999, ברזובסקי היה גורם מרכזי ביצירתה, תוך מספר חודשים, של מפלגת "האחדות", שפעלה ללא שום קו אידאולוגי מלבד תמיכתה בפוטין. מאוחר יותר, הוא חשף שמקור המימון של מפלגת "האחדות", בידיעתו ובהסכמתו של פוטין, היה חברת "אירופלוט". בבחירות של 1999, ברזובסקי פעל כנאמן לפוטין וזכה במושב בדומה, שייצג את הרפובליקה הצפון קווקזית של קאראצ'אי-צ'רקסיה.
במהלך מערכת הבחירות לדומה, רשת ORT של ברזובסקי שימשה מכונת תעמולה יעילה ביותר עבור מחנה פוטין, תוך שימוש בדיווחי חדשות אגרסיביים כדי לבזות וללעג ליריביו של פוטין, פרימקוב ולוז'קוב, טקטיקות שנמתחו עליהן ביקורת חריפה כהתערבות בלתי הוגנת בתקשורת. מפלגת "האחדות" זכתה באופן מפתיע לקולות רבים בבחירות, מה שסלל את הדרך לניצחון של פוטין בבחירות באביב 2000.
המאבק מול פוטין והבריחה מרוסיה.
חילוקי הדעות של ברזובסקי עם פוטין הפכו לגלויים שלושה שבועות לתוך נשיאותו של פוטין. ב-8 במאי 2000, ברזובסקי ואברמוביץ' נצפו יחד בטקס ההשבעה של פוטין במוסקבה . עם זאת, ב-31 במאי תקף ברזובסקי בחריפות את הרפורמה החוקתית שהציע הנשיא, שתעניק לקרמלין את הזכות לפטר מושלים נבחרים. ב-17 ביולי 2000, התפטר ברזובסקי מהדומה, באומרו שהוא "לא רוצה להיות מעורב בהרס המדינה והקמת משטר אוטוריטרי". באוגוסט תקפו כלי התקשורת של ברזובסקי את פוטין על הדרך שבה טיפל בטביעת הצוללת הרוסית קורסק, והאשימה את מותם של 118 מלחים באי רצונו של הקרמלין לקבל עזרה זרה. בספטמבר טען ברזובסקי כי הקרמלין ניסה להפקיע את מניותיו ב-ORT והודיע ​​כי יעביר את חלקו בחברה לנאמנות שתישלט על ידי אינטלקטואלים בולטים. במאמר ב"וושינגטון פוסט", טען ברזובסקי ש"בהיעדר חברה אזרחית חזקה ומעמד ביניים, ייתכן שלעיתים יש צורך שבעלי הון יתערבו ישירות בתהליך הפוליטי של רוסיה כמשקל נגד לקומוניסטים לשעבר. ששונאים דמוקרטיה וחולמים להחזיר לעצמו תפקידים אבודים".
ב-28 ביולי 2000 ערך פוטין פגישה בקרמלין עם 21 אוליגרכים רוסים בה דרש מהם לציית לחוקי המדינה ולשלם מיסים. לפגישה לא הוזמנו אנטולי צ'ובייס, ולדימיר גוסינסקי וברזובסקי. באוקטובר, בראיון ב"לה פיגארו", הודיע ​​פוטין כי לא יסבול עוד ביקורת על הממשלה על ידי כלי תקשורת שבשליטת האוליגרכים. "במידת הצורך נשמיד את הכלים המאפשרים את הסחיטה הזו", הוא הכריז. בתשובה לשאלה על ברזובסקי, הוא הזהיר כי "משהו" מצפה לו.