בשנתיים הראשונות לקיומו לא יצא "ישראל היום" בימי שישי ובערבי חג, פרט לשני מקרים מיוחדים: בעקבות חשיפת הפרשה שבה נחשד אהוד אולמרט בקבלת כספים שלא כדין ועם מציאת גופתה של הילדה הנעדרת רוז פיזם. מנובמבר 2009 מחולק היומון גם ביום שישי, בגיליון סוף שבוע מורחב. מהדורה זו הופצה בכ־255,000 עותקים ומתחילת 2010 בכ־350,000 עותקים. בהמשך הוגדלה התפוצה לכ־375,000 עותקים, אך בתחילת 2011 חזרה תפוצתה של מהדורת סוף השבוע לכ־350,000 עותקים. במאי 2017 הודפס העיתון בכ-275,000 עותקים בימי חול, וב-450,000 עותקים בימי שישי וערבי חג. ביולי 2020 דווח כי התפוצה ירדה לכ-175,000 בימי חול ולכ-300,000 בשישי וערבי חג.
מאוקטובר 2011 חלוקת "ישראל היום" למנויים כרוכה בתשלום, בשעה שבנקודות ההפצה העיתון מחולק חינם.
אתרי אינטרנט ויישומים.
אתרי האינטרנט של "ישראל היום" בעברית ובאנגלית מציגים עדכוני חדשות שוטפים, כתבות, פרשנויות, וידאו, הסכתים (פודקאסטים) ושידורים חיים. לצד אתרי חדשות בעברית ובאנגלית, ל"ישראל היום" אפליקציות בשתי השפות. באתר מוצג מאגר גיליונות של העיתון המודפס מנובמבר 2007. האתר מציע גם ניוזלטר יומי בעברית, וביוני 2011 השיק העיתון ניוזלטר באנגלית.
במרץ 2014 רכש העיתון תמורת 3 מיליון ש"ח את אתר האינטרנט "nrg מעריב" ושינה את שמו ל"nrg".
ב-3 במאי 2021 עלה לאוויר האתר החדש של ישראל היום.
תוכנית עסקית.
לדברי המו"לים של "ישראל היום", העיתון מושתת על תוכנית עסקית המבוססת על הכנסות מפרסום מודעות, שתביא אותו לרווחיות, אך הם נמנעו מציון לוח זמנים להשגת יעד הרווחיות. כחברה פרטית העיתון אינו מפרסם דוחות כספיים, אך ההערכות הן שבשלוש השנים הראשונות לפעילותו הגיעו הפסדיו ל־250 מיליון ש"ח. להערכתו של שלמה בן־צבי, שהיה שותפו של אדלסון בחינמון "ישראלי", ההפסדים גבוהים יותר. לטענת העיתון "הארץ", הפסדי "ישראל היום" עד 2014 מגיעים ל-730 מיליון ש"ח. החל באוקטובר 2011 חלוקת "ישראל היום" למנויים כרוכה בתשלום, אשר נועד לממן את עלות ההפצה.
בדצמבר 2013 רכש "ישראל היום" את בית הדפוס ששימש את העיתון "מעריב" לשם הדפסה עצמאית של העיתון (אשר הודפס קודם לכן בבתי הדפוס של "הארץ" ו"גלובס").
למרות מהלכים אלו, לטענת העיתונאי וחבר הכנסת לשעבר מיקי רוזנטל, בעשור 2010–2019 הפסיד "ישראל היום" למעלה ממיליארד ש"ח.
הצעה לתיקון פקודת העיתונות.
בדצמבר 2009 העלתה קבוצה של חברי כנסת הצעת חוק פרטית לתיקון פקודת העיתונות, לפיה השליטה בעיתון ישראלי תהיה בידי אנשים שהם אזרחי ישראל ותושביה. הועלתה טענה כי ההצעה מכוונת לאסור או לבטל את בעלותו של שלדון אדלסון ב"ישראל היום" ואת תמיכתו בעיתון. היוזמה להגשתה יוחסה על פי גורמים שונים לארנון מוזס, מו"ל "ידיעות אחרונות", ולעופר נמרודי, מו"ל "מעריב". נמרודי אף התריע ש"ישראל היום" עלול להביא לסגירת "מעריב" ולפגיעה קשה ב"ידיעות אחרונות". עמוס רגב, עורך "ישראל היום", התריע בתגובה להצעת החוק כי היא מכוונת לסתימת פיות.
הצעת חוק נוספת שכוונה נגד "ישראל היום" הגישה חברת הכנסת מרינה סולודקין (שהייתה אחת מאלו שהעלו את הצעת החוק הפרטית). בהצעה זו הוצע להגביל לשנה את חלוקתם ללא תשלום של עיתונים. ב־2 ביוני 2010 נדחתה ההצעה בקריאה טרומית ברוב של 61 מתנגדים מול 14 תומכים. הצעת חוק שלישית, שאותה הגישו חברי הכנסת סולודקין, מירי רגב ודוד רותם (כולם נמנו עם מי שהעלו את הצעת החוק הראשונה), ביקשה לאסור מכירת מוצר או שירות "במחיר טורפני", שהוא מחיר הנמוך ב־50% או יותר מעלות הייצור של המוצר או מעלות הספקתו של השירות.
במרץ 2014 הגיש חבר הכנסת איתן כבל הצעת חוק לתיקון פקודת העיתונות שכוונה נגד "ישראל היום". בהצעה תמכו חברי כנסת משבע סיעות מהאופוזיציה ומהקואליציה. לפיה, כל עיתון שמוגדר כאחד מארבעת העיתונים היומיים בעלי התפוצה הרחבה ביותר בארץ יחויב להימכר בעבור לא פחות מ־70% ממחירו של העיתון היומי הנפוץ והזול ביותר. בתגובה נפתחה ב"ישראל היום" פינה אשר ביקרה את החוק, את תומכיו ואת בעלי "ידיעות אחרונות" ופרסמה אישים בכירים ומפורסמים שהתנגדו לחוק, בהם נשיאת מועצת העיתונות והשופטת בדימוס דליה דורנר. לקראת ההצבעה על הצעת החוק יצא "ישראל היום" במסע פרסום נרחב נגדה. ההצעה אושרה בקריאה טרומית ב־12 בנובמבר 2014 כאשר תמכו בו 43 ח"כים לעומת 23 ח"כים שהתנגדו ו9 נמנעו, אך הבחירות הוקדמו בידי נתניהו והכנסת פוזרה חודש לאחר מכן, בין השאר כדי למנוע את העברת החוק.
הפולמוס סביב העיתון.
בהיותו ראש הממשלה מתח אהוד אולמרט ביקורת בפני בעל העיתון, שלדון אדלסון, שנחשב למקורבו של נתניהו, בטענה שהיומון נוקט עמדה פוליטית. ביקורת על "ישראל היום" נמתחה גם מפי פוליטיקאים המצויים ימינה ממנו: אביגדור ליברמן השווה אותו לעיתון הרוסי "פראבדה" וטען כי הוא עיתון פרסונלי ולא אידאולוגי. דברים דומים טען גם נפתלי בנט. הסופר אהוד בן עזר, שהיה בעל טור ב"ישראל היום", חדל לכתוב בו את טורו, לאחר שלדבריו נפסל טור דעה שכתב, שבו צידד באולמרט. בתחקיר תוכנית הטלוויזיה "המקור" ששודר בפברואר 2013 נטען כי העורך הראשי של העיתון, עמוס רגב, מתערב בתכנים של כתבי העיתון כדי שיסקרו באופן חיובי את נתניהו. שבועון החדשות "האקונומיסט" טען שהכותרות של "ישראל היום" מאושרות בקביעות בלשכת ראש הממשלה, אך "ישראל היום" ולשכת ראש הממשלה הכחישו טענה זו.
תחקיר של מורן ראדה שפורסם באתר "העין השביעית" ב־2008 גרס כי "מעריב", ובמיוחד "ידיעות אחרונות", מפגינים כלפי נתניהו יחס ש"אינו הוגן במיוחד" ואף שמחים במפלותיו. לעומת זאת "ישראל היום" מגלה העדפה ברורה לנתניהו "כמעט בכל בחירה עריכתית... העיתון מצניע אירועים שאינם תורמים ליצירת תדמית חיובית עבור נתניהו, ומנגד, מגדיל ומרומם אירועים שבאים לסייע לו ולקדם אותו ואת הליכוד". עם זאת ציינה ראדה שבשאר התחומים אין הבדל בין הסיקור של "ישראל היום" ומתחריו. גם אורן פרסיקו פרסם ב"העין השביעית" מאמר ברוח דומה בשנת 2009, וגרס כי במהלך מערכת הבחירות פורסם ב"ישראל היום" רק מאמר אחד נגד הליכוד או נתניהו, לעומת עשרות מאמרים שתקפו את מפלגת קדימה ואת מי שעמדה בראשה.
במאמר של איתמר ב"ז באותו אתר, נאמר, שב"ישראל היום" לא מסתפקים בהדגשת הצד החיובי של נתניהו, אלא אף מונעים מהקורא להיחשף לטענות ולמידע שעומדים בבסיס הביקורת נגדו, לכן, לדבריו, זהו "אינו סתם עיתון שמצדד באופן עקרוני בעמדותיו ובמעשיו של ראש הממשלה, אלא מכשיר תעמולה [...] שכל תכליתו היא שירות צרכיו הפוליטיים של המנהיג".
באתר "לאטמה", המזוהה עם הימין הפוליטי, הגיעו למסקנות דומות – "ישראל היום" גילה העדפה ברורה לנתניהו ואילו מתחריו גילו העדפה ברורה נגדו, אך בשאר תחומי הסיקור הפגין העיתון קו דומה לאלה של מתחריו, ובמקרים מסוימים אף נטה שמאלה. עם הכותבים הקבועים במדור הדעות בעיתון נמנה יוסי ביילין, איש מחנה השמאל. הדעות שהוא מציג, כגון המאמר שכותרתו "הפתרון היחיד: לצאת מרוב השטחים", רחוקות מאלה של נתניהו, אם כי ביילין אינו תוקף את נתניהו.
בשנת 2015 העיתונאי רביב דרוקר הגיש בקשת חופש מידע, שחשפה קשר קבוע בין נתניהו לעורך העיתון ולבעלים.
בינואר 2017, במסגרת חקירת תיק פלילי של להב 433 המכונה "תיק 2000", נחקרו תחת אזהרה בנימין נתניהו וארנון מוזס, בעליו של העיתון ידיעות אחרונות. על פי פרסומים, המשטרה תפסה הקלטות שנעשו ביוזמת נתניהו ובהן הציע מוזס כי "ידיעות אחרונות" יסקר את נתניהו באופן אוהד ואף ימנה לעיתון כתבים לפי בחירת נתניהו, אם ידאג האחרון לפגוע בהצלחתו של ישראל היום, הפוגעת קשות ברווחי "ידיעות". המשטרה גבתה בעניין גם את עדותם של העורך עמוס רגב והבעלים של העיתון שלדון אדלסון.
ב-26 ביולי 2017 הופיעה בעיתון כותרת ראשית, אשר יצאה נגד החלטת נתניהו להסיר את גלאי המתכות בכניסה להר הבית, שהוצבו שם יומיים לאחר שהתרחש פיגוע במקום. רבים בעולם התקשורת התייחסו לכותרת כהחלטה תקדימית של העיתון לצאת מפורשות נגד נתניהו.
בשנת 2020 פורסם מחקר של חוקרים מכמה אוניברסיטאות שבחן את השפעת ישראל היום על הפוליטיקה הישראלית. בהשוואת טקסטים בין ישראל היום לידיעות אחרונות, ולאור השוואה נוספת למצעי המפלגות, מצאו החוקרים הטיה ימנית פוליטית ברורה ביחס ל"ידיעות אחרונות" ובפרט לטובת הליכוד ובנימין נתניהו - הטיה שהתחזקה לאורך השנים ובאה לידי ביטוי במיוחד בעמודים הראשונים. בנוסף, מצא המחקר קורלציה בין תפוצת "ישראל היום" ביישובים שנבדקו לבין עלייה בשיעור ההצבעה למפלגות ימין ובעיקר לליכוד. השפעה זו הורגשה במיוחד על "קולות צפים" באזורים שאינם מזוהים עם צד מסוים של המפה הפוליטית. החוקרים העריכו שבמערכות הבחירות שהתקיימו בין השנים 2009 ל-2015 התרגמה השפעתו של ישראל היום לתוספת של 2 מנדטים לפחות למפלגות הימין, ובעיקר לליכוד. נמצא קשר בין חשיפה ל"ישראל היום" לשיפור תדמיתו של נתניהו בעיני הקוראים.
בפברואר 2022, לאחר סיום כהונתו של בועז ביסמוט כעורך, נטען שהעיתון החל למתוח ביקורת על נתניהו.
תביעות בבית המשפט ובבית הדין לאתיקה.
במאי 2018 פסק בית-הדין לאתיקה של מועצת העיתונות ש"ישראל היום" ואתר ynet הפרו את תקנון האתיקה של מועצת העיתונות, בכך שפרסמו סקרים בנושאים מדיניים ופוליטיים המתבססים על מדגם של האוכלוסייה היהודית בלבד.