לפי ספר מהלך המאורות, האחד בחודש הראשון הוא יום השוויון האביבי, האחד בחודש הרביעי הוא יום ההיפוך הצפוני, האחד בחודש השביעי הוא יום השוויון הסתוי, והאחד בחודש העשירי הוא יום ההיפוך הדרומי. תיאור זה אינו מתאים למציאות כיוון שהזמנים בין הנקודות אינם זהים. בנוסף, מכיוון שאורך השנה הטרופית הוא כמעט 365.25 ימים, הלוח צובר פער של כיום ורבע מדי שנה. יש טוענים שהיה מנגנון עיבור שנה כדי להתאים את הלוח לעונות השנה ואטיין נודט אף טען שברכת החמה היא שריד למחזור עיבור, אבל בכל הצעותיהם יש קשיים ניכרים ובראשם ההתנגדות העזה של מקורות הלוח לכל סטייה מהערך של 364 יום בשנה. כנראה הלוח שמר על יציבות ולא הייתה בו התאמה למציאות באופן סדיר, אם כי ייתכן שנעשו מדי פעם תיקונים אד הוק. עדת קומראן התעלמו מההבדלים בין לוח השנה שלהם למציאות, כי מכיוון שהתנזרו מפולחני המקדש, לא היו מביאים ביכורים ולא היו כפופים לעונות השנה. הפער הוסבר בספר מהלך המאורות כסטיית הטבע מהדרך הרצויה עקב חטאי בני האדם.
החגים.
מועדי התורה.
כל המועדים הכתובים בתורה תוארכו על ידי כת מדבר יהודה על פי הלוח הזה:
אין במגילות התייחסות למועדים שבנביאים (ארבעת הצומות) ושבכתובים (פורים) שאין בהם קרבנות. ייתכן שחברי הכת התנגדו למגילת אסתר ולכן לא חגגו את פורים, או שגם בקרב שאר היהודים היה מעמדו רופף.
חגים נוספים.
במגילת המקדש נוספו עוד חגים:
בספר היובלים כל יום תחילת תקופה הוא יום זיכרון וחג. צוואת לוי הארמית מתארכת את לידות ארבעת ילדיו לימי התקופות:
בסוף מגילת התהילים הגדולה, נכתב שדוד המלך חיבר שיר מיוחד לכל אחד מארבעת הימים ה-'פגועים' כמו שחיבר שיר מיוחד לכל שבת ולכל ראש חודש ול-18 ימים טובים, אלא שאין קורבן מוסף מיוחד לימים הפגועים ולכן נקראים על שם התפילה. לא ברור האם הכוונה לימי תחילת התקופה או לימי סיום התקופה. ייתכן שאלה הם ארבעת שירי הלחש הכוללים את תהילים צ"א הנקרא בגמרא 'שיר של פגעים'. מלבד השיר, כל שבת קיבלה מספר משלה, כיון שכל שבת נחשבה כמועד בפני עצמו.
בשבת.
אין חג שחל בשבת, בהתאם לכתוב בספר ברית דמשק: אל יעל איש למזבח בשבת כי אם עולת השבת כי כן כתוב "מלבד שבתותיכם". עם זאת, מגילת המקדש מפרטת גם את מוספי היום הרביעי של חג הסוכות שחל תמיד בשבת לפי לוח זה. ייתכן שמגילת המקדש אינה חלק מכתבי עדת היחד ואף לא השתמשה בלוח השנה שלהם, או שנכתבה על ידי כת נפרדת משאר עדת היחד, כמו ספר היובלים שמתיר הקרבת עוד קרבנות בשבת. מחלוקת פנימית נוספת ניכרת בכך שרק חלק מהמגילות מציינות מועדים נוספים על המועדים הכתובים בתורה. לדעת יעקב שלום ליכט, הלוח כולו היה שנוי במחלוקת בתוך עדת היחד ולא כולם קיבלוהו. לדעת יונתן בן-דב לא ייתכנו מחלוקות פנימיות לגבי לוח השנה, מפני שהוא גורם עיקרי לפילוג משאר העם. כנגדו טען מיכאל ירוסלב קלוקובסקי שאין כל הוכחה לפולמוס מפלג בעניין הלוח. גם יהודה שיפמן טען שאם היה כך היה מחבר מגילת מקצת מעשי התורה מתייחס בתוך איגרתו לעניין הלוח. יששכר שטרן האריך לטעון שרק בתקופת הנצרות הפך לוח השנה לעניין פולמוסי מפלג.
לדברי החכם הקראי יעקב הקרקסאני, הצדוקים (שלהם ייחסו הקראים בטעות את כתבי קומראן שהגיעו לידיהם) לא ספרו את יום השבת בימי החגים אלא דחו את המשך החג למחרת. לפיכך חג המצות וחג הסוכות נמשכים עד יום רביעי 22 בחודש (שבעת ימי חג המצות המסתיימים בכ"א בניסן נחשבים רק שישה ימים ביחס לקורבנות). שמיני עצרת ביום חמישי 23 בחודש השביעי, וקורבן העצים של שבטי דן ונפתלי ביום ראשון 29 בחודש השישי. כך מסתיימים ימי קורבן העצים בדומה לכל מועדי הביכורים שחלים ביום ראשון. היום הראשון למילואים הוא גם יום תחילת השנה שבו הוקם המשכן.
ראיה לכך שבתחילת ימי בית שני לא הקריבו בשבת אלא דחו את החג למחרת ניתן להביא מ, המתארך את אירועי אמנת נחמיה, שנערכו מיד לאחר שמיני עצרת, לכ"ד בתשרי. עוד ראיה עולה מהשוואת הכתוב ב למקבילו ב . הפרושים הקילו באיסורי השבת שהיו נהוגים בתקופת נחמיה, התירו להקריב בשבת כל קורבן שזמנו קבוע, אפילו קורבן פסח, הפכו את היום האחרון של הרגלים לאסרו חג, ופירשו את הסתירה בין הפסוקים בעניין אחר. ראיה נוספת יש במגילת תענית הפותחת בשני מועדים: מא' בניסן עד ח' בניסן וממנו עד שביעי של פסח, לפי פרשנות הקראים ורבי אברהם אבן עזרא מועדים אלה מקבילים לשבעת ימי המילואים ולימי קורבנות הנשיאים.
ספר היובלים מתארך את שמיני עצרת ל-22 בחודש השביעי. את הסתירה בין ספר מלכים לדברי הימים ניתן ליישב שבתקופת בית ראשון וגלות בבל עדיין לא חגגו את שמיני עצרת וכותב ספר דברי הימים תיקן את התאריך כדי להתאימו לשיטת המקור הכהני.
הלוח הירחי.
בכמה מגילות מופיע לוח שנה ירחי שמותאם עם לוח השנה העיקרי במחזור של 3 שנים. החודשים האי זוגיים הם בני 29 יום והחודשים הזוגיים הם בני 30 יום, שנה של 12 חודשים כאלה נמשכת 354 ימים שזה 10 ימים פחות מאורך שנה של 52 שבתות, כעבור 3 שנים ההפרש מצטבר ל-30 יום ואז מוסיפים עוד חודש בן 30 יום וכך נשלם מחזור תלת-שנתי של 1092 יום שבו שנת החמה ושנת הלבנה תואמות. החודש הירחי הראשון במחזור מתחיל ביום הראשון בחודש השמשי הראשון בשנה הראשונה.
אורך החודש הממוצע בלוח זה הוא 29 ימים 12 שעות 19 דקות וכ-27.6 שניות, קצר ב-24 דקות וכ-35.5 שניות מהזמן המדויק. הפרש זה גורם לסטייה של יום אחד תוך חמש שנים בין הירח בלוח לירח הנצפה (חודש שלם בכ-140 שנה), הסטייה בין הלוח לתנועות השמש והירח בפועל מוזכרת כבר בספר מהלך המאורות. לדעת יוסף אלימלך באומגרטן הלוח הירחי שימש לצרכים ליטורגיים, לדעת יונתן בן-דב שילוב הירח במערכת סכמטית כוללת נועד לתת תוקף לחשבון הזמנים האלוהי שעמד בבסיס הרעיוני של עדת היחד.
דוק.
בחלק מהמגילות מוזכר אירוע ירחי בשם 'דוק' או 'דוקה' שחל 13 יום לפני תחילת החודש. חוקרים רבים טוענים שהכוונה לראיית הירח החדש ושהאירוע של תחילת החודש הוא מילוא הירח. יונתן בן-דב הוכיח שהכוונה לתחילת התמעטות הירח - הפעם הראשונה שבה הוא שוקע אחרי הזריחה, ושהאירוע של תחילת החודש הוא ראיית הירח האחרונה (שבה מסתיים החודש בלוח השנה המצרי הירחי). בשונה מספר מהלך המאורות שמתחיל את החודש ביום ראיית הירח החדש, וכן ממגילה 4Q503 שמתחילה את החודש בליל ההתקבצות, שהוא הלילה שבין הראייה האחרונה של הירח הישן לפנות בוקר לראייה הראשונה של הירח החדש בערב.
באחד מפיוטי אלעזר בירבי קליר מופיעה המילה 'דוק' בהתייחסות לירח. לפי מנחם קיסטר משמעות המונח היא החלק החשוך בירח.
המשמרות.
מגילות רבות מתארכות את מועדי הלוח, וכן מאורעות היסטוריים, על פי מחזור משמרות הכהונה, שהונהג בבית המקדש השני בעת חנוכת המקדש ונהגו במקדש לציין תאריכים על פיו. המשמרות מתחלפות מידי שבת בצהריים. יום השבת נחשב במגילות כתחילת השבוע של המשמר הנכנס, ולא כסוף השבוע של המשמר היוצא כמקובל למנות את יום השבת כסוף השבוע. מחזור המשמרות נמשך 24 שבועות ברצף ללא תלות בתאריך. אורך השנה הוא 52 שבועות שהם 2 מחזורים ועוד 4 שבועות, כך שבשש שנים שהן שני מחזורי ירח יש בדיוק 13 מחזורי משמרות. המחזור השש-שנתי נקרא 'עדיה'. השנה הראשונה במחזור מתחילה ביום רביעי במשמרת גמול (המשמרת ה-22), השנה השנייה מתחילה במשמרת ידעיה, השנה השלישית במשמרת מימין, הרביעית במשמרת שכניהו, החמישית במשמרת ישבאב והשישית במשמרת הפצץ.
במגילת מלחמת בני אור בבני חושך מוזכרים "אבות העדה שנים וחמישים", מספר הזהה למניין שבתות השנה, ו"ראשי משמרות שישה ועשרים", דהיינו שתי משמרות יותר מהמחזור המוכר. לדעת מיכאל חיוטין, מגילת המלחמה מתארת חזון אפוקליפטי המנוגד לסדר הנהוג. לדעת טוביה כהנא, הכוונה שבחצי שנה עוברות 26 משמרות כולל אלה שחוזרות על עצמן. לדעת חנן אשל, מחבר המגילה קבע סדר נפרד לשנת שמיטה כדי לשלב את מחזור המשמרות עם מחזור השמיטה.
שמיטה ויובל.
מגילה 4Q330 מציינת את המשמרת המכהנת בתחילת כל שנה ומונה את השנים לשמיטה ואת השבוע ביובל (שבוע = 7 שנים. כמו ב). מגילת האותות (4Q319) מציינת את תחילת מחזורי הירח על פני שישה יובלות (כל יובל 49 שנים) לפי שנות השמיטה. המחזור הראשון מתחיל במשמרת גמול בשנה שאחרי שנת שמיטה, שהיא גם שנת היובל הראשון ושנה ראשונה ליובל השני, כדעת רבי יהודה בגמרא ובהתאם למסורת הגאונים שכך נהגו בבית שני. לפיכך המניין מהיובל השני עד השביעי ואות שכניה אחר השמיטה נמנה כאות 17 ביובל הרביעי ולא כאות הראשון ביובל החמישי.
משך הזמן של מחזור זה (294 שנים * 364 ימים = 107016 יום), שהוא הזמן ששהה חנוך עם המלאכים, זהה כמעט ל-293 שנים טרופיות (ההפרש הוא פחות משעה).
שנות השמיטה והיובל הן חקלאיות ולכן מתחילות בסתיו, בעשירי בחודש השביעי שהוא יום הכיפורים המייצג את תום שנת החמה. אמנם בספר היובלים, שהוא כרונולוגיה ואינו מתייחס לשמיטה ההלכתית, השנים בשבוע וביובל מתחילות באחד בחודש הראשון. הצורך בחישוב היובלות נבע משאיפת אנשי העדה לקיים את מצוות היובל הכתובות בתורה שלא הונהגו בפועל בתקופת בית שני.
ייסוד הלוח.
מספר חוקרים טענו שהלוח מעולם לא שימש בפועל אלא היה תאורטי בלבד, או לכל היותר לוח דתי-פולחני. הקושי בטענה זו הוא האזכורים של הלוח הלכה למעשה, בהקשר דתי או היסטורי. יהודה שיפמן טען שלא נעשה שימוש בלוח בפועל מעבר לתקופה קצרה שבה נכתבו המגילות.
אנני ז'ובר טענה שבתאריכי המאורעות בתנ"ך ניכרת הימנעות משבת והעדפה של שלושת הימים שבהם חלים החגים בלוח זה: ראשון, רביעי ושישי. מכאן שזהו הלוח שנהג בתקופת המקרא. כנגד השערה זאת הועלו כמה טענות: