רצח הנשיא ז'ובנל הביארימנה, אשר נרצח יחד עם סיפריין נטאריאמירה נשיא בורונדי, היווה את העילה המיידית לתחילתו של הג'נוסייד (רצח עם על רקע גזעי) ברואנדה. בבוקרו של אותו יום שודרו קריאות של תחנת הרדיו RTLM כי משהו עומד להתרחש, וכי על בני ההוּטוּ להיות מוכנים להתפתחויות בהמשך היום. מיד לאחר הישמע החדשות בדבר הפלת המטוס, הקימו המיליציות של "בני ההוּטוּ" מחסומי דרכים וקיבלו לידיהן רשימות חיסול. אנשי "כוח ההוּטוּ" תפסו את השלטון במדינה לאחר רצח הנשי, האו"ם והקהילה הבין-לאומית הכירו בהם כמושלים לגיטימיים.
עם שלם השתתף ברצח ונוספו לו בני ההוטו מבורונדי אשר התנקמו בבני הטוטסי. יממה לאחר רצח הנשיא נרצחה גם ראש ממשלת רואנה אגתה אווילינגמיאנה (Agathe Uwilingiyimana) על ידי המשמר הנשיאותי. רציחות אלו היו נקודת פתיחה לפרוץ רצח העם ברואנדה הנקרא גם "ג'נוסייד נגד הטוסטי" אותו הובילו חברי הממשלה המשתייכים לקבוצת ההוטו. מוערך כי נרצחו בין 500,000 ל 1,000,000 רואנדים בפרק זמן של מאה ימים. רצח זה החל בשביעי באפריל והסתיים באמצע יולי 1994. כמות הנרצחים מהווה כ-70% מהאוכלוסייה של בני הטוסטי שהיו במדינה. בנוסף לבני הטוסטי גם כשלושים אחוז מאוכלוסיית בני הטווה (Pygmy Batwa) נרצחו.
ביולי 1994 הביסו כוחות ה-RPFאת שלטון ההוטו ובכך שמו קץ לג'נוסייד. לאחר הג'נוסייד כשני מיליון בני הוטו הפכו לפליטים, והם נמלטו לבורונדי, טנזניה, אוגנדה וזאיר (הנקראת בימינו הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו). לעומתם, בני טוטסי רבים שבו לרואנדה. תחת שלטון ה-RPF החלה רואנדה בהעמדה לדין של אלפי נאשמים בהשתתפות ברצח העם. במקביל, האו"ם הקים את בית הדין הפלילי הבינלאומי לרואנדה, שמקום מושבו בארושה שבטנזניה. בבית הדין של האו"ם עומדים לדין בכירים לשעבר בממשלה ובצבא הרואנדי, בעוד שמערכת המשפט ברואנדה מעמידה לדין מנהיגים מקומיים וזוטרים.
מהלך המלחמה.
בתחילת שנות ה-90 נכנס האו"ם לתמונה. הוא עודד משא ומתן בין הצדדים ובזכות התערבותו ב-10 בספטמבר 1994 נחתמה ברית "אמנת הממשלה". הברית נחתמה בוועדה משותפת לממשלת הקואליציה השיתופית בראשותו של סילבסטר הנטיבאנטונגניה. הברית סיפקה את הפעלת הכוח המשותף בין שתי המפלגות הפוליטיות העיקריות לשאר תקופת כהונתו של הנשיא, אך עם זאת, הלחימה ברחבי המדינה נמשכה כמעט שנתיים. למרות ברית זו, המצב המשיך להתדרדר. כמה פלגים בטוטסי, בעיקר פלג בשם PARENA (המפלגה הלאומית לתיקון, party for national redress) בראשות הנשיא לשעבר באגאזה, סירבו לקחת חלק בהסכם כי חשבו שההסכם פועל לרעתם. כמוהם גם FRODEBU, בהנהגתו של לאונרד ניאנגומה (Leonard Nyangoma), שהיו בני הוטו סירבו להסכם. באותה העת התרחשה פעולה אלימה של בני נוער מקבוצת הטוטסי ופעילים מהכוחות המזוינים שהמשיכו את ההתנגשויות האתניות האלימות במדינה. כתוצאה מכך, התבצע גירוש של אוכלוסיית ההוטו מאזורים מסוימים. כוחות ה-FDD, הזרוע הצבאית של ה-CNDD (מפלגת ימין המשתייכת לבני ההוטו ונמצאת כיום בשלטון אותה הקים ניאנגומה ב-1997) החלו במלחמת גרילה שכללה תקיפת חיילים ואזרחי טוטסי. הצבא בתורו, הגיב לעיתים קרובות על ידי דיכוי ללא הבחנה, דבר אשר החמיר את המשבר שפקד את המדינה.
ב-1996 המדינה עמדה בפני מחאה פנימית ובינלאומית ניכרת שכללה סנקציות כלכליות נגדה. מדינות רבות ברחבי העולם לא הכירו בממשלה בראשותו של פייר בויויה. בשנת 1997 הוקלו הסנקציות והאמברגו הוסר סופית ב-1999.
ניסיונות להסכם שלום.
אחד האתגרים הגדולים והארוכים במלחמת האזרחים היה לגרום לקבוצות המורדים השונות לנהל שיח דיפלומטי אשר יוביל להפסקת הלחימה ולשלום במדינה. כשהממשלה וקבוצות המורדים השונות החלו לנהל משא ומתן, היה קושי ליצור הסכמה ועל כן הסיטואציה הסתבכה במשך שנים רבות.
בבסיס הסיבוך שנוצר היו שני גורמים מרכזיים: הראשון הוא הקושי להבחין בין הקבוצות ולקבוע עד כמה קבוצות המורדים המרכזיות שונות זו מזו מפני שיש להן מנהגים משותפים ושפה משותפת. הגורם השני, ואף הבסיסי יותר, הוא שקבוצות המורדים נטו שלא להסכים ולא לפעול על פי ההסכמים שנחתמו. באופן זה נוצרה מציאות בה היה קושי למצוא הסכמים המקובלים על קבוצות המורדים ועל הממשלה דבר שהוביל להארכת מלחמת האזרחים. את שיחות השלום שהחלו ב-1995 בין הפלגים היריבים, יזם והנחה ג'וליוס נייררה, נשיא טנזניה לשעבר. בעקבות מותו של נייררה בשנת 1999, נשיא דרום אפריקה לשעבר, נלסון מנדלה, לקח על עצמו את תפקיד המתווך. מועצת הביטחון של האו"ם קיבלה את נלסון מנדלה בשנת 2000 כמסייע בתהליך הסכמי השלום "ארושה".
בסיועו של מנדלה, נכתבה חוקה שבבסיסה עומדת הכרה בהבדלים האתניים בין האזרחים. החוקה מזהה במפורש את ההבדלים האתניים כתנאי הכרחי על מנת לבטא הן את זכויות המיעוט והן את זכויות הרוב. מטרת החוקה היא ליצור איזון הולם בין ההוטו לטוטסי בארגונים המבצעים והמחוקקים של הממשלה ובמועצות הקהילתיות. בין מרכיבי המפתח בחוקה: על הנשיא להיעזר בשני סגני נשיא כאשר אחד מהם משתייך לקבוצת ההוטו והשני לקבוצת הטוטסי. מרכיב נוסף דן בהרכב הממשלה, וקבע כי הממשלה צריכה להיות מורכבת מ-60% בני הוטו ו-40% בני טוטסי. בנוסף, נשים צריכות לקבל ייצוג של 30% מתוך האספה הלאומית.
בשנת 2000 חתם נשיא בורונדי על הסכם השלום, "הסכם ארושה", ביחד עם מרבית הקבוצות הלוחמות משתי הקבוצות האתניות, אך למרות החתימה היו עדיין חילוקי דעות רבים. אחד הנושאים בהם התבטאו חילוקי הדעות היה מועד תחילת הפסקת האש, ועל כן הלחימה נמשכה גם לאחר חתימת ההסכם. קבוצות המורדים העיקריות של ההוטו סירבו לחתום על הסכם הפסקת אש באותו זמן כי חשבו שהמשך הלחימה ישפר מעמדם, ו -500 מורדים נהרגו בהתקפה שלהם נגד צבא הטוטסי ב -25 בדצמבר 2001. בשנת 2001 השיחות הושלמו, ובהתאם להסכם ארושה הוחלט כי יחידות הביטחון של האו"ם יבצעו אכיפת שלום בבורונדי.
בנובמבר 2001 עלתה ממשלה חדשה לשלטון שהייתה אמורה להיות מורכבת משלטון של נשיא מקבוצת הטוטסי, דומניטיאן נדאייזאזא (Domnitien Ndayizeye), למשך 18 חודשים ולאחר מכן שלטון של נשיא מקבוצת הוטו ל-18 חודשים נוספים, פייר בויויה. עם זאת, כתוצאה מכך שלא כל הכוחות חתמו על הסכם ארושה, הלחימה בין קבוצות המורדים לממשלה נמשכה והאלימות אף החריפה. כשנתיים לאחר מכן, בשנת 2003, חתמה CNDD-FDD, "המועצה הלאומית להגנה על הדמוקרטיה"- מפלגת ימין של הוטו, על הסכם עם נשיא בורונדי.
בשנת 2004 האו"ם לקח על עצמו את האחריות לשמירת השלום בבורונדי כחלק מהניסיון להראות תמיכה בינלאומית לאור ההתקדמות שנעשתה. למרות ההתערבות של האו"ם במצב הביטחוני במדינה הקבוצות המורדות של בני ההוטו לא שמרו על השלום והמשיכו לפעול באלימות. קבוצות אלו היוו מכשול בדרך לשלום. בשנת 2005 נבחר פייר נקורונזיזה, חבר בקבוצת ההוטו, לייצג את מפלגת (CNDD-FDD) במרוץ לנשיאות בו זכה ברוב של שני שלישים מהפרלמנט.
בשנת 2006 חתמה הקבוצה האחרונה, FNL (national forces of liberation, על הסכם הפסקת אש עם הממשלה. קבוצה זו הייתה מורכבת ממורדים שלחמו למען בני ההוטו. חתימה זו נתנה תקווה לאזרחי בורונדי שכעת המדינה תוכל להתמקד בקידום האחדות ובבנייה מחדש של המדינה. על אף שחתמה על הסכם השלום, הפרה אותו קבוצת ה-FNL עוד באותה שנה בפעילויות אלימות. פלגים של ה- FNL ביצעו פעולת התנקשות בבוג'ומבורה, והרגו כ-20 לוחמים. התקפות מורדים דווחו גם בצפון מערב המדינה. הסכם הפסקת האש הוחזר לאחר משא ומתן בין הממשלה לחברי FNL, לאחר שהממשלה העניקה לשלושים ושלושה ממנהיגי הקבוצה משרות בממשלה.
לאחר המלחמה.
בקיץ 2005 נבחרה הממשלה המעורבת הראשונה בבורונדי שלאחר מלחמת האזרחים, אך זו לא הצליחה להחזיק למשך זמן רב. בשנת 2010, הואשמה מפלגת השלטון בראשות ההוטו (FDD-CNDD) בזיוף הבחירות שהתקיימו באותה השנה. בעקבות ההאשמות, הידרדרה המדינה שוב לאלימות פוליטית ברוטלית בין בני ההוטו לטוּטסִי.
באוקטובר 2011 הקימה ממשלת בורונדי, בלחץ המערב, וועדת אמת ופיוס אשר אמורה הייתה להגיש דו"ח לפרלמנט עד דצמבר 2012 בנוגע למלחמת האזרחים. מטרת הדו"ח הייתה לחקור את מעשי הטבח ורצח העם שהתחוללו במדינה מאז 1962 ועד 2008. הוועדה לא הגישה דו"ח וכנראה גם לא פעלה. דוח של Human Rights Watch משנת 2012 תיאר מספר מעשי טבח שהתבצעו בבורונדי וקובע כי עשרות מנהיגים ופעילים פוליטיים נרצחו בידי הממשלה מאז 2010. בנוסף, הדו"ח מזהיר מפני תנועת נוער המחומשות ומאומנות על ידי הממשלה.
בינואר 2012 דווח כי ממשלת הטוטסי השחיתה באמצעות דחפורים בורות הריגה, בהם נרצחו יותר מ-430 בני הוטו בשנת 1995. בנוסף, בדצמבר 2014 נערכה הצבעה בפרלמנט על הרכב הוועדה. האופוזיציה החרימה את ההצבעה בטענה שתהליך הקמת הוועדה היה חד צדדי. וכך פצעי העבר נפתחו שוב, והזעם בקרב הציבור תועלו להתפרצות נוספת של גל אלימות.
באפריל 2015 הודיע הנשיא פייר נקורונזיזה על כוונתו להתמודד לקדנציה שלישית. הודעתו של נקורונזיזה הציתה גל מהומות במדינה משום שהיא נתפסה כמנוגדת לחוקה, המגבילה את כהונתו של הנשיא לשתי קדנציות בלבד. במאי, כשנקורונזיזה יצא מהבירה, התקיים ניסיון הפיכה צבאי כושל שרק הגביר את הפרנויה בקרב האליטה השלטונית. ביולי 2015 ניצח קורונזיזה את הבחירות, לאחר שקיבל לטענת ועדת הבחירות המרכזית במדינה 69.41% מקולות הבוחרים. יום הבחירות עצמו לווה בעימותים אלימים ברחובות ובחילופי אש בין המשטרה למתנגדי הממשלה. ניצחונו של קורונזיזה, שלא הוכר על ידי הקהילה הבינלאומית, העמיק את השסע האתני והפוליטי בבורונדי ואת ההגירה ממנה.