ב-2 ביוני 1946 יצא קפלן כמפקד מנמל פיראוס על חביבה רייק (אוניית מעפילים). בלווית הספינה "רפי 1" בפיקודו של שמואל ינאי. ב-5 ביוני הועברו המעפילים נוספים ל'חביבה רייק'. ובסך הכל הצטופפו אז ב"חביבה רייק" 462 מעפילים. ב-8 ביוני השתלטו הבריטים על האנייה וגררו אותה לנמל חיפה.
בנמל הועברו המעפילים למחנה המעצר בעתלית אך המלווים הצליחו להתחמק בסיוע פלוגת הנמל.
קפלן נשלח ליוון וקיבל פיקוד על הנרייטה סאלד (אוניית מעפילים) שיצאה מפיראוס ב-30 ביולי 1946 ועל סיפונה 394 מעפילים. יחד עם ספינה קטנה "רפי 2" שעליה 150 מעפילים.
מנוע הספינה התקלקל וקפלן חיפש מחסה באי סירנה. תושבי האי התנגדו ודרשו מהמעפילים לעזוב. לכן הפליגה הספינה לאי הסמוך, כמילי, שם התירו להם התושבים לשאוב מים מהבאר שלהם. נשלחה בקשה ליאני אבידוב לשלוח חלקי חילוף, אספקת דלק, מזון, מים, תרופות וצוות נוסף לטיפול בילדים.
כעבור שבוע תוקן המנוע והספינות יצאו שוב לדרך. כ-150 מייל מחופי הארץ עברו מעפילי "רפי 2" ל"הנרייטה סולד". וצוות ההשטה היווני עזב, להוציא מכונאי אחד שגילה אחריות בשל מצב המנוע ובחר להישאר.
האונייה נתפסה והובלה למפרץ חיפה. כאשר נודע שבכוונת הבריטים להגלות את המעפילים לקפריסין ארגן קפלן התקוממות.
לאחר שלש שעות של מאבק ולאחר שתינוקות באנייה החלו להיחנק מרימוני עשן החליט קפלן להיכנע. הספינה הוכנסה לנמל חיפה והמעפילים הועברו לאניית גירוש.
נושא המאבק ב"הנרייטה סולד" נחקק אצל קפלן כחותם עמוק, ופעמים רבות הביע את רשמיו, במיוחד ממאבק הילדים בבריטים ומעוז הרוח שגילו המעפילים כולם באותם תנאים.
מחנות המעצר בקפריסין.
הנרייטה סאלד (אוניית מעפילים) ויגור (אוניית מעפילים) היו הספינות הראשונות שמעפיליהן גורשו לקפריסין. קפלן הוכרז על ידי הבריטים כמנהיג המחנות (Camp Leader). כנציג ועד המעפילים העמיד בתוקף את הדרישות לאוטונומיה בחיי המחנה. הבריטים הסכימו שלא להיכנס ולא להתערב בענייני המחנה מעבר לאספקת מזון. במחנות המעצר בקפריסין הופיע קפלן בשם המוסווה "יצחק כהן". לאחר כחצי שנה מסר את תפקידו ליואש צידון וחזר לארץ ישראל.
בעדות מאוחרת אמר קפלן:
למבצעי ההעפלה וחלקו בהם היו חשיבות רבה בחייו של קפלן. הם עיצבו את השקפת עולמו, העניקו לחייו תחושת משמעות והשפיעו על בחירותיו המקצועיות והאישיות.
אוניות נוספות.
ב-1947 עסק קפלן בהכנת אנצו סרני (אוניית מעפילים) בנמל חיפה להפלגת מעפילים נוספת. האונייה שנרכשה על ידי המוסד לעלייה ב' יצאה בינואר 1946 להפלגת העפלה. לאחר שנתפסה והוכנסה לנמל חיפה הוחרמה על ידי השלטונות הבריטים. לאחר מאבק משפטי שוחררה. היה צורך להכין אותה להפלגה והיא יצאה וביצעה הפלגה בשם בונים ולוחמים (אוניית מעפילים).
קפלן לא יצא עם הספינה. באותה תקופה עסק בגיוס חברים נוספים לפלי"ם, היה מפקד הפלי"ם למשך כמה חודשים, אך ביקש לחזור לעסוק בענייני ההעפלה באירופה.
ביולי 1947, התמנה קפלן יחד עם זאב רותם להכשיר באיטליה את קדימה (אוניית מעפילים) לקראת הפלגה עם 794 מעפילים.
במג'נטה, איטליה, עבד כמה חודשים בהכנת משלוחי נשק לארץ והשתתף בהעלאת מעפילים להפלגה.
פיקח על הכשרת טירת צבי (אוניית מעפילים) במספנה בנאפולי, ובאפריל הפליגה מפורמיה במפרץ גאטה עם 798 מעפילים.
באפריל 1948 מונה קפלן על ידי יהודה ארזי כ"נציג הבעלים" של אוניית הרכש האיטלקית RESSURECTIO וליווה אותה בהפלגה ארצה, לאחר שהוטענה ב 25 תותחי נ"מ 20 מ"מ, נשק ותחמושת, לכאורה עבור ניקרגואה.
האנייה עברה לסיציליה, והעמיסה מטען כיסוי שכלל פקעות בצל, תפוחי אדמה וארטישוק. צוות ההשטה כלל ימאים מקצועיים בני משפחה סיציליאנית, האנייה הגיעה בערב פסח תש"ח, 23 אפריל 1948, לנמל תל אביב. עובדי הנמל בילו את ליל הסדר בפריקת מטען החימוש.
שירות בחיל הים.
התפקיד הראשון שקיבל מסוף אפריל 1948 היה מפקד בסיס חיפה שהתחיל בבית ברח' העצמאות 56 שהתקבל ממחלקת הנמל של הפלמ"ח. משם עבר למחנה מעבר בחוף שמן העיסוק העיקרי הכנת כלי שיט מצי הצללים לכשירות הפלגה.
מפקד אח"י וג'ווד.
כמפקדה הראשון של אח"י וג'ווד השתתף איתה במרבית קרבות מלחמת העצמאות
ב-17 ביוני 1948 תקף מטוס ספיטפייר מצרי את אח"י וג'ווד באותו אזור. המטוס הופל באש מתותחי אורליקון של האונייה.
בין ה-20–22 ביוני 48' השתתפה אח"י וג'ווד בניסיון למנוע מ"אלטלנה" לפרוק את נשקה בחוף. נוכח המצב המורכב שנוצר בעימות בין יהודים ליהודים היו המשתתפים במבצע חלוקים בדעתם ונמנעו מפעולה נחרצת כנגד פעולות אנשי האצ"ל ב"אלטלנה".
ב-16 ביולי 1948 הופעלה הקורבטה להענקת סיוע ארטילרי לכיבוש הכפרים הערביים בחוף הכרמל.
בליל 17/18 ביולי הופגזה העיר צור בלבנון מהים על ידי אח"י אילת (א-16) ואח"י וג'ווד במטרה להרתיע את ממשלת לבנון ממעורבות לבנונית במלחמה בארץ ישראל.
מבצע שודד לתפישת אונייה איטלקית "ארג'ירו" עם מטען נשק שהובל לסוריה. מודיעין הביא מידע וחולית קומנדו השתלטה על הספינה בדרכה. תואם מפגש עם הקורבטות אח"י הגנה ואח"י וג'ווד וב-26 באוגוסט הועבר הנשק בלב ים לקורבטות. הספינה 'ארג'ירו' טובעה על ידי קפלן בנגיחת חרטום של אח"י וג'ווד. ב-30 באוגוסט 1948 נכנסו הקורבטות לנמל חיפה והנשק נמסר לאנשי החימוש של צה"ל.
קרב אשקלון – -ב-19 באוקטובר 48' התחולל קרב ימי בין כוח שכלל את אח"י הגנה בפיקוד דוד מימון ואח"י וג'ווד בפיקוד קפלן, לבין לשייטת אניית תובלה חמושה "מצר", שהביאה אספקה לכח המשלוח המצרי חוף. מול חוף מג׳דל (אשקלון היום). אח"י נגה (ק-26) בפיקודו של ג'וקי אפשטיין נכחה, אך מגבלת תותחיה מנעה את השתתפותה בקרב.
הקורבטות שהיו חמושות בתותחי שדה מיושנים פתחו באש מטווח 5000 מ׳ ללא תוצאות.
המטוסים המצרים הטילו פצצות מגובה רב, אך אח"י הגנה הצליחה לחמוק מהם. אחד המטוסים הופל למים אחד מאנשי הצוות נהרג וארבעה נפצעו בתוכם סגן מפקד האונייה מרדכי לימון בשל הדף נפילתו.
לאור חוסר יעילותם של התותחים ולמרות הפקודה לסגת, החליט קפלן לסגור טווח אל האונייה המצרית ובשינויי קורסים תכופים וירי מהחרטום ומהירכתיים התקרב ופגע בה באמצעות תותחי האורליקון נגד מטוסים. הייתה זאת הפעם הראשונה שאוניית חיל הים פגעה באוניית אויב בקרב ימי במלחמת העצמאות.
אורחים ופקודים חשובים.
ב-31 באוגוסט 1948 הגיע דוד בן-גוריון לביקור בחיל הים. קפלן כמו רוב מפקדי האוניות היו אנשי פלי"ם, קיבלו אותו במדים לבנים ללא דרגות עונדים בהתרסה את סמלי הפלמ"ח.
במהלך המלחמה ביקר נשיא המדינה חיים ויצמן בנמל חיפה והתקבל על ידי ראש השירות הימי גרשון זק על סיפון אח"י וג'ווד.
תחת פיקודו של קפלן כמפקד הקורבטה שירת מילה ברנר כקצין ניווט לחודש ימים.
סגן בנימין תלם שירת בספינה כקצין קשר ונעשה קצין ניווט.
בדצמבר 1948 סיים קפלן את תפקידו באח"י וג'ווד ומסר את הפיקוד למרדכי לימון.
פינוי שרידי אלטלנה.
בשנת 1949 התמנה קפלן כמפקד הימי של יחידת הנחתות. בספטמבר 1949 קיבל את המשימה, שהטיל דוד בן-גוריון, לפנות את שברי האלטלנה מחוף תל אביב ולהטביעם. במסגרת המבצע פיקד קפלן על בסיס יפו. המבצע הסתיים ב-25 בנובמבר 1949.
מפקדת חיל הים.
עם חזרתו מהלימודים בארצות הברית בשנת 1952 התמנה קפלן כראש מחלקת משק וחבר המטה המתאם של חיל הים. התפקיד כלל אחריות על כל הצד הלוגיסטי של החיל. בהמשך שימש כראש ענף תכנון במפקדת חיל הים. כיו"ר צוות "צימוק" ניהל את המבצע לצמצום תקציבו של חיל הים, שהועמד כתנאי לרכש המשחתות בבריטניה –אח"י אילת (ק-40) ואח"י יפו (ק-42).
בחיל החימוש.
בשנת 1956 חשב קפלן להשתחרר אך בהוראת המטכ"ל משה דיין הוצב כסגן למפקד חיל החימוש. בתפקיד זה שירת שנה וחצי כולל תקופת מלחמת סיני. בתום מבצע סיני היה עיקר העיסוק בחיל החימוש שיקום ציוד הלחימה וניצול השלל לשימוש. קפלן קיבל תקן של אל"ם אך נשאר בדרגת סא"ל היות שמפקד החיל עמוס חורב נשא דרגת אל"ם.
מחלקת ציוד.
בשנת 1957 חזר קפלן למטה חיל הים בתפקיד ראש מחלקת ציוד והועלה לדרגת אל"ם. היה חבר המטה המתאם בתקופת פיקודם של שמואל טנקוס ויוחאי בן נון. הוא עסק בקליטת הצוללות והטרפדות שנרכשו והנחתות שנבנו. השתתף בהקמת מזח הצוללות בחיפה ובנית בסיס אשדוד. כן היה שותף ביוזמה להקמת מוזיאון ההעפלה וחיל הים בחיפה.
באזרחות.
סוכנויות.
עם שחרורו הוצעו לקפלן תפקידי ניהול שונים אך שאיפתו הייתה להיות עצמאי. קפלן מונה כנציג בישראל של חברות בינלאומיות, וסיפק ציוד למספנות ישראל ול"וולקן הנדסה" בהסכמי עבודה תמורת עמלה.
קפלן מונה לנציג חברת "נביוס החזקות ימיות" בישראל וסייע לקשירת חוזה להובלת פחם מאוסטרליה לחברת החשמל באמצעות חברה זו.
הוצאת ספרים.
קפלן הקים הוצאת ספרים בשם "שגב" והוציא לאור את תרגום הספר 'תרגילי כושר גופני על פי שיטת חיל האוויר הקנדי5BX - XBX. .
לאחר מספר שנים הקים הוצאת ספרים בשם "דולפין" עבור ספרי השירה של אשתו בינה קפלן.
משפחה ממשיכה.
בשנת 1939 נישאה האם רחל ליצחק אקשטיין ובשנת 1941 הביאה לעולם בת אראלה אחותו, הצעירה מקפלן ב-17.5 שנים.
בתיווכו של חבר מבית הספר החקלאי כדורי פגש קפלן את בינה לבית דודניק בשנת 1941. על אף שהקשר הראשוני היה קצר, זכרו זה את זה לאורך השנים ושבו ונפגשו מקץ פעילותו הימית ביוזמתו של קפלן שמצא את בינה מוכנה לקראתו. לאחר שחזר מהשליחויות נישאו בספטמבר 1948. בינה שהייתה אשת חינוך, משוררת ומתרגמת.
לזוג נולדו 3 ילדים. בשנת 1949 נולדה הבכורה דבי. בשנת 1954 נולדה בת שנייה נגה. בשנת 1962 נולד בן בעז.
פטירה.
קפלן חלה ונפטר במרכז רפואי בני ציון בחיפה ב-12 ביוני 2003 ונטמן בבית העלמין בחוף הכרמל.