בשנת 35 לפנה"ס החל אוקטביאנוס להילחם בשבטים האילירים של האזור, בין השאר נגד הפאנונים ("Pannonii"), שבטים אילירים שישבו באזור שיקרא מאוחר יותר פאנוניה, במה שנקרא המלחמות הפאנוניות ("Bellum Pannonicum"). ככה התפשט השלטון והתרבות הרומית לאזור וצפון איליריה הפך גם הוא לרומי. בין שנת 32 לפנה"ס ל-27 לפנה"ס (מסמך שנכתב בשנה זו בנושא היווסדותו של ישוב חדש ב"מחוז איליריקום") אוחד הפרובינקיה הישנה עם צפון איליריה.
בשנת 6 השבטים הפאנונים והדלמטים מרדו באימפריה הרומית במה שנקרא "מרד באטו" ("Bellum Batoniancum") שנמשך שלוש שנים, עד שנת 9 (מלומדים רבים טוענים כי מרד זה התרחש דווקא בתקופה של טיבריוס, עשר עד עשרים שנה מאוחר יותר). המרד דוכא בידי הרומאים, שהחליטו לאור המרד לפצל את איליריקום לשתי פרובינקיות: דלמטיה בדרום, ופאנוניה בצפון.
השם המשיך להיות שמו של האזור כולו, וכך קרא דיוקלטיאנוס לאחת מארבע הפרפקטורות ("Præfectura"). פרפקטורת איליריקום כללה את כל הבלקן חוץ מתרקיה ואת פאנוניה. דיוקלטיאנוס בעצמו נולד שם.
לאזור איליריה הייתה חשיבות גדולה לרומאים: היו בו מספר נמלים גדולים, מכרות זהב, ושם מתחילה אחת מדרכים הגדולות של רומא, המסתיימת בקונסטנטינופול.
ב-4 בספטמבר 476, רומולוס אוגוסטולוס, הקיסר האחרון של האימפריה הרומית המערבית, הוגלה בידי המלך הגרמאני אודואקר, וזהו התאריך המקובל לסופה של האימפריה הרומית. איליריקום המשיכה להתקיים זמן קצר כמחוז רומי מעורער.
סוף העת העתיקה (476–620).
בשנת 480 אודואקר כבש את דלמטיה, וזו נשארה תחת שליטה גותית (ההונים שלטו בה זמן קצר) עד שהמצביא הביזנטי מונדוס ("Mundus") כבש אותה מידי יורשיו של תאודריק הגדול (באופן מקביל יוסטיניאנוס הראשון הורה לבליסאריוס לפלוש לאיטליה), בשנת 535.
האוכלוסייה הרומאית נשארה עוד מנפילת האימפריה הרומית, אך בגלל נדידת העמים, הם נדחקו אל עבר ערי החוף. במאה ה-7 שבטים סלאבים הופיעו לראשונה בדלמטיה, לאחר שקיבלו אישור להתיישב שם בידי הקיסר הביזנטי הרקליוס כדי שיעמדו מול האיום הברברי מצפון. אלו חיו בצפון דלמטיה, בעוד שבדרום חיו אילירים רומאנים. בסוף אותה מאה, הופיעו הקרואטים בדלמטיה.
קרואטיה בימי-הביניים (620–1102).
הגירת הקרואטים (600–620).
בדיקות DNA מראות כי מקורם של הקרואטים במרכז אסיה לפני 10,000 שנה בערך. הפעם הראשונה ששמם הועלה על הכתב, היה בממצא ארכאולוגי בחצי האי קרים. באבן, שנקראה "אבן טנאיס" על שם האתר שבו היא נמצאה, כתובה המילה כורואתוס. האבן תוארכה לשנת 200 לפנה"ס בערך. האבן שמורה במוזאון הארכאולוגי, בסנקט פטרבורג, רוסיה.
אין שום ממצאים ארכאולוגיים מהתקופה על הנושא. במקום זאת, ההיסטוריונים סומכים על ממצאים כתובים כמה מאות לאחר מכן, אף על פי שסביר להניח שהם מבוססים על סיפורי עם. נראה שמקורם של הקרואטים המודרניים בפולין של היום או מערב אוקראינה. על פי מקורות כתובים מעטים מהמאה ה-10, ישבו הקרואטים בגליציה ובמישור הפאנוני (אזור הונגריה של ימינו). כאמור, הם הוזמנו במאה השביעית לשבת בדלמטיה על ידי הקיסר הביזנטי הרקליוס כדי שילחמו בברברים שאיימו לפלוש לאימפריה.
באחד המקורות הללו נאמרים דברים שונים: כי הקרואטים לא הוזמנו בידי הרקליוס, אלא הובסו בידי הברברים ויישבו מרצונם החופשי במזרח קרואטיה. מקור זה נכתב במאה ה-13, 600 שנה לאחר הגירת הקרואטים.
התנצרות הקרואטים והתקופה הקארולינגית (620–925).
התנצרות הקרואטים החלה זמן קצר לאחר בואם במאה השביעית. השבטים הקרואטים התארגנו לשתי דוכסויות: דוכסות פאנוניה בצפון ודוכסות דלמטיה בדרום, בדומה לפרובינקיות הרומיות, אם כי עם גבולות שונים. בשנת 640 שלח האפיפיור יוחנן הרביעי לשם כומר כדי שישלם כופר לשחרור אסירים ולחילוץ שרידים של קדושים מעונים. זו ועוד מיקומם בקרבת הערים הרומיות העתיקות הביאו את הנצרות על הקרואטים מהר יחסית. ההתנצרות הושלמה במאה ה-9.
הקרואטים בראשית ימי הביניים התמקמו בין ארבע ישויות גדולות: האימפריה הביזנטית, שחפצה בשליטה על האיים האדריאטים וערי החוף; הפרנקים, שמטרתם הייתה לשלוט בצפון וצפון-מערב; המדיארים ומדינות חדשות שאיימו לפלוש; והסרבים והבולגרים, שעל אף שלא היוו איום ממשי על הקרואטים, עדיין רצו באדמתם.
דוכסות פאנוניה הפכה לקארולינגית כשהדוכס ווינומיר ("Vojnomir") החליט לצדד בפרנקים, בשנת 796. השליטה הפרנקית סייעה להתפשטות הנצרות באזור. שלוש שנים לאחר מכן, פלש קרל הגדול לחלק הדלמטי של קרואטיה וסיים את הכיבוש ב-803. הדוכס ששלט בדלמטיה באותה העת היה וישלאב ("Višeslav").
פלישת קרל הגדול לערי החוף והאיים הדלמטיים הציתה מלחמה עם האימפריה הביזנטית, ולאחר שנחתם הסכם שלום, ערי החוף והאיים חזרו לשליטה ביזנטית, בעוד שקרל הגדול המשיך לשלוט בדלמטיה הפנימית וחצי האי איסטריה.
אחרי מות קרל הגדול בשנת 814, ההשפעה הפרנקית פחתה, והדוכס הקרואטי ליודביט פוסאבסקי ("Ljudevit Posavski") הרים את נס המרד בפאנוניה (819). הצבאות הפרנקים שנשלחו לשם נכשלו פעם אחר פעם, עד שהצליחו בסופו של דבר להכריח את כוחותיו של ליודביט לסגת לבוסניה. בשנת 827 כבשו הבולגרים את מזרח פאנוניה אך ב-845 הפרנקים כבשו אותו מחדש. השליטה הפרנקית בפנוניה נגמרה רק בסוף המאה ה-9.
הדוכס הקרואטי טרפימיר הראשון ("Trpimir") שלט בדלמטיה החל משנת 845. הוא הדוכס הראשון שהצליח לנצח את הבולגרים לאחר שאלו ניסו להרחיב את ממלכתם אל חופי הים האדריאטי, והרחיב את מדינתו שכללה כעת את כל בוסניה. הוא חיזק את השלטון הקרואטי בדלמטיה ובוסניה וגם בפאנוניה, בזמן שחילק את המדינה למחוזות ואזורים כדרך לשלוט באלו שמתחתיו (רעיון זה שאב השראה מקרל הגדול, שעשה דבר דומה כדי לאחד את ממלכתו). טרפימיר היה הראשון שהעלה על הכתב את שם הקרואטים, בספר חוקים רשמי אותו כתב ב-4 במרץ 852. הוא זה שייסד את שושלת טרפימירוביץ' ("Dinastija Trpimirović"), ששלטה בקרואטיה (באופן לא רציף) מ-845 עד ל-1091, ב-864 הוא נפטר.
יורשו של טרפימיר היה הדוכס דומאגוי ("Domagoj"). הוא ייסד את בית דומאגוי, ששלט לסירוגין עם בית טרפימירוביץ'. כשראה שהוא מתמודד עם מספר איומים ימיים, גייס דומאגוי צי וחיסל סופית את שודדי הים אשר ישבו בערי החוף הקרואטיות (לאחר שהוחלשו בידי הביזנטים), עזר לפרנקים לכבוש את בארי ודרש תשלום מכל הספינות הזרות אשר עברו בים האדריאטי.
כשדומאגוי מת ב-876, ירש את הכתר בנו, בעל שם לא ידוע, ששלט שנתיים בלבד. כוחותיו פלשו לחצי האי איסטריה, אך הובסו בידי הצי הונציאני. חיל הרגלים שלו, לעומת זאת, ניצח את דוכס פאנוניה קוצליה ("Kocelj"), שהיה וסאל של הפרנקים. המלחמות שניהלו דומאגוי ובנו שחררו את דלמטיה מהכפיפות לשלטון הפרנקי.
בשנת 878 בנו של טרפימיר, זדסלאב ("Zdeslav"), הדיח את בנו של דומאגוי מהשלטון, אך שלט זמן קצר (שנה לאחר מכן הוא הודח), רק כדי לראות את האימפריה הביזנטית כובשת את רוב דלמטיה. הוא הודח מהשלטון בידי הדוכס בראנימיר ("Branimir") מבית דומאגוי, בשנת 879. בראנימיר נתמך בידי הכנסייה הקתולית, ומדינתו הוכרה בידי האפיפיור יוחנן השמיני כדוכסות תחת שלטונו של בראנימיר, ונודע כ"דוכס הקרואטים" ("Dux Chroatorum"). בראנימיר סילק את ההשפעות הביזנטיות מדלמטיה, וכשמת ב-892, השליטה בדוכסות הועברה לאחיו של זדסלאב, הדוכס מונצימיר ("Muncimir"), לבית טרפימירוביץ'. הוא שלט בדלמטיה באופן עצמאי מרומא וביזנטיון כ"דוכס הקרואטים בעזרת האל" ("Divino Munere Dux Chroatorum").
הדוכס הקרואטי הפאנוני האחרון שהיה וסאל של הפרנקים, והדוכס הפאנוני האחרון בכלל, היה בראסלב ("Braslav"; תאריך מותו אינו ידוע), אשר מת במלחמה נגד המגיארים, שהגרו למישור הפאנוני. בדלמטיה, הדוכס טומיסלאב (דוכס "Tomislav" ;910–928), כנראה בנו של מונצימיר, אף הוא לבית טרפימירוביץ', ירש את הדוכסות. הוא הדף את המגיארים בהצלחה רבה, ואיחד את שתי הדוכסויות הקרואטיות לממלכה קרואטית אחת.
ממלכת קרואטיה (925–1102).
טומיסלאב הוכתר בשנת 925 בשדה דובנו ("Duvno") (המקורות השונים נעים בין 923 ל-928, זה הממוצע), כמלכה הראשון של קרואטיה. העיר דובנו נקראת היום טומיסלאבגראד ("Tomislavgrad", "עיר טומיסלאב") לכבודו. הוא הוכר כמלך בידי האפיפיור יוחנן העשירי, כ"מלך הקרואטים" ("Rex Chroatorum"), ושלט בממלכה הכוללת את קרואטיה ואת בוסניה של היום. המדינה נוהלה על-פי אחד-עשר מחוזות ("Županija"). לכל אחד מהם הייתה טירה מלכותית מבוצרת.
קרואטיה באיחוד עם הונגריה (1102–1917).
קרואטיה לאחר האיחוד (1102–1409).
כשקרואטיה הייתה באיחוד "ארצות כתר סטפן הקדוש" ("Szent István Koronájának Országai") יחד עם נסיכות טרנסילבניה וממלכת הונגריה היא עברה שינוי משמעותי בצורת השלטון. מי שעתה שלט בקרואטיה לא היה מלך, אלא מושל, "באן" ("Ban"). עד אז הבאן היה מי ששלט במחוזות ולא בכל המדינה, ובאיחוד עם הונגריה הפך התפקיד לבכיר ולחשוב ביותר בקרואטיה. באן יחיד שלט בכל המחוזות הקרואטים עד 1225, כשהאחריות התפצלה לבאן של סלבוניה ובאן של קרואטיה. אחרי 1345 אדם אחד החזיק בשני התפקידים, והם אוחדו לאחד ב-1476.
צורת השלטון באיחוד הייתה פיאודלית. תשלום רחב ניתן לאנשים אשר ייגנו על אדוניהם מפני אויביהם, כמו פלישת מדינה עוינת אך גם מאבקים פנימיים, וכך נוצרה מערכת הגנה למדינה כולה. למרות זאת, במתן יותר ויותר כוח צבאי וכלכלי לאצילים השלטון המרכזי איבד את כוחו למשפחות האצולה המקומיות. בתקופה הזו, מסדר אבירי היכל שלמה וההוספיטלרים רכשו אדמות ונכסים רבים בקרואטיה.