לפי גילברט רייל, בתקופתו של לוק, הפכו מחלוקות בענייני דת לעיתים קרובות למחלוקות פוליטיות, וללא הכרה בערכה של הסובלנות, הצדדים במחלוקות האמינו, לעיתים קרובות, שהפתרון היחיד למחלוקת הוא ניצחון פוליטי של הצד שלהם וענישה של הצד האחר. על רקע זה, התפיסה שלוק מקדם במסה היא שהמידה בה ניתן לדרוש הסכמה לדעה היא יחסית לחוזקן של הראיות שניתן להציג כתמיכה באותה דעה. מחד, התאוריה שלוק פיתח מצמצמת מאוד את תחום הדברים שלגביהם קיים ידע ודאי; מאידך, גם בתחומים שבהם אין ידע ודאי, לוק שואף במסה לתת לקוראיו כלים לבחון את הבסיס לדעתם ואת מידת סבירותה. רייל מסכם, מנקודת מבט זו, שהמטרה המרכזית של לוק היא ללמד מהו שכל ישר, כיצד להשתמש בו, וכיצד לקדם באמצעותו את ערך הסובלנות. מנקודת מבט זו, הקהל המיידי של לוק אינו הפילוסופים שהפכו שאלות הנוגעות להכרה ולמדע למקצוע, אלא קהל הקוראים והאינטלקטואלים בציבור הרחב.
בדומה לרייל, הפילוסוף והתאולוג ניקולס וולטרסטרוף כתב שלוק פנה במסה לציבור הרחב, שהיה עסוק בדעות לוחמניות לגבי דת ומוסר, בעידן בו אין מסורת מוסכמת שבכוחה לברור לגבי שאלות אלה. "השאלה הטורדנית" שהניעה את לוק לכתוב את המסה היא "איך אנו יכולים לעצב את אמונותינו בנושאים יסודיים של דת ומוסר, באופן שיאפשר לנו לחיות יחד בהרמוניה חברתית, וזאת בתקופה שבה איננו יכולים יותר לפנות למסורת משותפת ומאוחדת?". בתשובה לשאלה זו, המסה של לוק מספקת הדרכה לאלו שמבקשים למצוא את דרכם מחוץ לתחום המצומצם בו קיים ידע ודאי. באופן זה, על פי וולטרסטרוף, יש לקרוא את המסה כתשובה של לוק לקָטָקלִיזם שחוללה הרפורמציה הפרוטסטנטית, ומניע זה הוא שהופך את תורת ההכרה של לוק למודרנית, ולפרק חשוב בפילוסופיה של הדת באירופה.
ניתן למצוא במסה עדויות לתפיסה התאולוגית של לוק עצמו. הוא מספק הוכחה לקיום האל, דוחה את הגישה הנייטיביסטית לפיה אלוהים הטביע באדם ידע המצוי בו מלידה, ומסביר שאלוהים נתן לאדם את כישורי התבונה הנדרשים על מנת לדעת חלק מהדברים על העולם, להכיר את העולם דרך הניסיון, ולבחון את ידיעתו ואמונותיו. מחשבה עצמאית, לפי לוק, היא לא רק אפשרית, אלא מהווה חובה כלפי האל. אף על פי שלוק עצמו לא הביע תמיכה בדאיזם, ואף פרסם ביקורת כלפי אמונה זו, חלק מפרשניו זיהו דמיון בין הגישות. חבריו הדאיסטים מתיו טינדל ואנתוני קולינס הושפעו מתורת ההכרה שפיתח. דרכם ודרך קוראיו במאה ה-18 השפיעה תורת ההכרה של לוק על התפתחות הדאיזם במערב אירופה.
לא קיים קונצנזוס בין חוקרים לגבי הגישה הדתית בה לוק עצמו החזיק. חלק מפרשניו סבורים שהחל משנות ה-80 של המאה ה-17 הוא השתייך לסוציניאניזם, פלג אוניטרי שהדגיש את חשיבות התבונה והסובלנות ודחה את האמונה המקובלת לגבי השילוש הקדוש, או לכל הפחות אמונתו הדתית הייתה קרובה לאמונה הסוציניאנית. עם זאת, ייתכן שעמדותיו של לוק לגבי חלק מתפיסות הסוציניאניזם התגבשו רק בשנות התשעים, כך שתורת ההכרה שלו אינה צריכה להתפרש כביטוי לעמדות סוציניאניות חד משמעיות. בימי חייו של לוק, ביקרו אדוארד סטיליגפליט וגוטפריד וילהלם לייבניץ את המסה על שכל האדם בטענה שהספר תומך באמונה הסוציניאנית. להאשמה בסוציניאניזם, אמונה שנחשבה למינות, היו יכולות להיות השלכות חמורות בתקופתו של לוק, ואפשר שמסיבה זו היו ללוק גם סיבות אישיות לטעון בזכותה של הסובלנות הדתית.
מבנה המסה ומטרתה.
המסה מחולקת לארבעה חלקים המכונים "ספרים". הספר הראשון מוקדש להפרכה של התאוריה לפיה ישנם מושגים הטבועים באדם מלידה ומהווים את הבסיס לידע. החלק השני מסביר מהן אידיאות, דן במקורות של האידיאות ואפיונן, כולל מיון של האידיאות לסוגים שונים ודיון באידיאות חשובות מסוימות. החלק השלישי דן בטבע השפה, מקורותיה, השימוש בה ותפקידה בהבנה ובידע. החלק הרביעי דן בידע ובמגבלותיו, בהבחנה בין ידע, דעה ואמונה, בדרגות שונות של ידיעה, ובסוגים שונים של מדע.
לוק טוען בפתח הספר שקהילת הידע בת זמנו לא חסרה בנאים דגולים שעתידים להשאיר אחריהם מונומנטים חשובים של ידע, שיזכו להערצת הדורות הבאים. הוא מציין במיוחד את ההישגים של אייזק ניוטון, רוברט בויל, כריסטיאן הויגנס ותומאס סידנהם. בהמשך לאנלוגיה בין עולם הידע לעולם הבניין, הוא ממשיל את חיבורו לעמל של עובד זוטר שמטרתו אינה להקים עוד מונומנט מפואר, אלא לנקות מעט את הקרקע עליה מושתת עולם הידע:
על אף שלוק מביע במסה ביטחון ביכולת "לנקות" את יסודות הידע מתפיסות מוטעות והבלים, הוא סבר שהיכולת האנושית למצוא ודאות היא חלקית ומוגבלת, ושבני אדם, מטבע הדברים, לעולם אינם חסינים מטעויות. בהתאם, הבנה של מגבלות הידע האנושי היא מטרה מרכזית בתורת ההכרה שפיתח. במקרים רבים בני אדם צריכים להסתדר ללא ידע ודאי, כלומר לבסס את הבנתם על דעות ואמונות. אולם גם במקרים אלה יש להבחין בין מידות שונות של הסכמה (Assent) שניתן לייחס לדעה או לאמונה כביטוי של אמת. בהתאם, מטרה נוספת של לוק היא למצוא קריטריונים למידת האמת של דעות ואמונות. מטרות אלה מצריכות גם הבנה של מקורות הידע וההבנה האנושיים. לוק מנסח את מטרת המסה על שכל האדם כך: "לשאול לגבי המקור, הוודאות, וההקף של הידע האנושי; יחד עם הבסיס והמידות של אמונה, דעה והסכמה".
ספר ראשון: על המושגים המולדים.
הטיעון של לוק לגבי מקור הידע האנושי מתחיל בשלילה של הגישה הרווחת בתקופתו, לפיה ישנם אידיאות ועקרונות שהם מולדים ואוניברסליים וטבועים בכל יצור אנושי (רעיון המכונה בפסיכולוגיה נייטיביזם). העמדה שאותה לוק מבקר הייתה משותפת לזרמים שונים בפילוסופיה בת זמנו, כולל הפילוסופיה של דקארט ותלמידיו, פילוסופים בולטים בכנסייה האנגליקנית, והמסורת הפלטוניסטית. לפני לוק תומאס הובס, פייר גסנדי ואחרים כבר ביקרו את אותה התפיסה, אך היא נותרה הגישה הדומיננטית בפילוסופיה. לפי תפיסה זו, העקרונות שטבועים בכל אדם הם ברורים לכול, נטבעו באדם על ידי אלוהים, והם מהווים את הבסיס לידע, לאמת ולכללי מוסר אוניברסליים. לוק טען שאין לתפיסה זו בסיס. ראשית, כיוון שלא קיימים עקרונות אוניברסליים ומוסכמים על כל בני האדם. כך למשל, אידיאות כגון זהות, אי-אפשרות, ואלוהים, או עקרונות מעשיים כמו עבודת האל – דברים שפילוסופים בני זמנו של לוק חשבו לטבועים בכל בן אנוש – אינם אוניברסליים, כיוון שאינם קיימים אצל ילדים, ובמקרים רבים אף אינם ברורים למבוגרים. שנית, גם אם אידיאות ועקרונות אלה היו אוניברסליים, אין משתמע מכך שהם טבועים בכל אדם מלידה, כיוון שייתכנו דרכים אחרות להגיע להסכמה אוניברסלית.
הפרכת התפיסה בדבר עקרונות מולדים מובילה את לוק להנחת המוצא שלפיה כל האידיאות המהוות את הבסיס לידיעה מגיעות מהניסיון, דרך החושים, כאשר מדובר בניסיון שמקורו באובייקטים חיצוניים, או עיון פנימי (רפלקציה), כאשר מדובר בניסיון של פעולות פנימיות לשכל, כגון מחשבה, הטלת ספק, אמונה, רצון וכדומה. ההנחה היא שהשכל האנושי בראשיתו הוא, במילים של לוק, כמו "דף לבן נטול תווים". על אף שלוק לא השתמש בביטוי, מקובל לתאר רעיון זה כרעיון לפיו השכל הוא "טאבולה ראסה" (לוח חלק) לפני הניסיון. כיוון שהידע לפי גישה זו מגיע מהניסיון בלבד, לוק נחשב להוגה חשוב בהתפתחות האמפיריציזם. עם זאת, בתקופתו של לוק לא היה מקובל להבחין באופן מוחלט בין "אמפיריציזם" ל"רציונליזם", והעיקרון לפיו מקור הידע לגבי הטבע הוא בהתבוננות וניסיון היה מקובל בתקופתו על אחרים בחברה המלכותית, גם לפני יציאתה של המסה לאור.
ספר שני: על האידיאות.
כל מה שאנחנו יודעים, מבינים וחושבים מקורו בניסיון, אך אין לנו, בני האדם, יכולת לחוות מושאים (אובייקטים) באופן ישיר, אלא רק בתיווך האידיאות שהם יוצרים בשכלנו. לפיכך, האידיאות מהוות את אבני הבניין של ההכרה והידע שלנו לגבי העולם. רעיון זה לא אמור לסתור את התפיסה האמפיריציסטית, כיוון שהאידיאות עצמן קיימות אך ורק בעקבות הניסיון. בהתאם, לוק מבחין בין אידיאות (Ideas) שבשכלנו ומהוות את "המושא המיידי" של השכל, לבין איכויות (Qualities) באובייקטים אשר מכוחן נוצרות האידיאות. אחת הדוגמאות שלוק מספק היא של כדור שלג: לכדור השלג יש את הכוח (power) לייצר בנו אידיאות כגון "לבן", "קר" ו"עגול". הכוח בכדור השלג שמייצר בנו אידיאות אלה נקרא "איכויות", בעוד ש"לבן", "קר" ו"עגול" כתחושות או תפיסות הנתונות להבנה כמושאים של השכל הן אידיאות. ייתכנו גם אידיאות שאין להן מושא חיצוני, כפי שקורה כשאנחנו חושבים או מדמיינים משהו שאינו קיים.