בשנת 1866, כנופיה זו (שייתכן שכללה את ג'סי אך ייתכן גם כי הוא עוד החלים מפצעיו) ביצעה את השוד המזוין הראשון של בנק אמריקאי בזמנים שלאחר המלחמה. הכנופיה שדדה את בנק קלאי המחוזי לחסכונות (Clay County Savings Association) בעיר ליברטי, מיזורי, במהלך השוד נהרג סטודנט שלמד בקולג' "ויליאם ג'וול". הכנופיה ביצעה כמה מעשי שוד נוספים במהלך השנים שלאחר מכן.
ב-1868, פרנק וג'סי הצטרפו לכנופיית ה"קול יונגר" בשוד שביצעה בבנק ברוסלוויל, קנטקי. למרות זאת ג'סי נותר אנונימי עד דצמבר 1869, כאשר הוא ופרנק (כנראה) שדדו את בנק דייוויס (Daviess County Savings Association) בגלטין, מיזורי. השוד לא היה רווחי ביותר אך ג'יימס (כך נראה) ירה והרג את הקופאי, בעודו מאמין בשוגג כי האיש הוא סמואל פ. קוקס, קצין המיליציה אשר הרג את "ביל העקוב מדם" אנדרסון במהלך מלחמת האזרחים. ניסיונו של ג'יימס לנקום את מות מפקדו, והבריחה הנועזת שביצעו הוא ואחיו דרך ההמון לאחר מכן תרמו לכך ששמו יופיע בכותרות בפעם הראשונה.
השוד סימל את פריצתו של ג'יימס כמפורסם ביותר מבין חיילי הגרילה אשר סרחו לחיים של פשע. פריצה זו גם היוותה את תחילתה של הברית בינו ובין ג'ון ניומן אדוארדס, עורך בקנזס טיימס אשר תמך בשיבתם של גורמי הכח של הקונפדרציה במיזורי. אדוארדס פרסם את מכתביו של ג'סי ובעזרת עריכתו השנונה והרעפת שבחים הפך אותו לסמל המרידה המתריסה לבנייה מחדש של הדרום. תפקידו של ג'סי בבניית דמותו הציבורית מהווה אבן מחלוקת בין היסטוריונים וביוגרפים שונים, אף על פי שאידאולוגיה פוליטית אכן אפפה את הקריירה של ג'יימס והעצימה את המוניטין הידוע לשמצה שלו.
בו בזמן, האחים ג'יימס, יחד עם קול יונגר ואחיו, סלל מילר ותומכי קונפדרציה (לשעבר) נוספים - אשר עתה הרכיבו את כנופיית ג'יימס-יונגר - המשיכו ברצף המדהים של שוד בנקים החל מאיווה לטקסס ומקנזס למערב וירג'יניה. הם שדדו בנקים, כרכרות נוסעים ויריד בקנזס סיטי, בדרך כלל בנוכחותו של ההמון, בעודם יוצרים מעין הצגה לצופים. ב-1873, פנתה הכנופיה לשדוד רכבות, כשהם מסיטים את רכבת רוק-איילנד מפסיה באדייר, איווה. מעשי שוד הרכבות המאוחרים יותר שלהם ניחנו ביותר אלגנטיות - למעשה רק בשני מקרים מתוך כל הפעמים שבהם שדד ג'סי רכבות הוא שדד גם את הנוסעים, וזאת עקב כך שלרוב התרכז ג'סי בכספת שבקרון המסע. טכניקות מעין אלו חיזקו את תדמית רובין הוד של ג'יימס אשר אותה טיפח אדוארדס בעיתוניו. מקובל להאמין כי ג'סי ג'יימס הרג 15 אנשים בכל הקריירה שלו כשודד.
כניסתו של פינקרטון לתמונה.
חברות הרכבות פנו באין אונים לחברת הבילוש הפרטית של אלן פינקרטון (Pinkerton National Detective Agency) ב-1874 על מנת שתעצור את ג'סי וכנופיית ג'יימס-יונגר. הסוכנות בשיקגו התמחתה בעיקר בשודדים עירוניים כגון זייפנים, פורצי כספות, ונוכלים (שמתמחים בתרגילי עוקץ). אנשי הגרילה לשעבר בגיבויים של תומכי קונפדרציה לשעבר התגלו כאתגר קשה. סוכן שנשלח על מנת להסתנן אל חוותו של ג'יימס נמצא מת זמן קצר לאחר מכן. שניים אחרים נשלחו אחרי האחים יונגר ואחד מהם מצא את מותו בקרב אקדחים. למרות זאת הצליח להרוג את ג'ון יונגר בקרב זה.
אלן פינקרטון, מייסד וראש הסוכנות, לקח את התיק על עצמו כנקמה אישית. בעובדו עם תומכי איחוד ותיקים בסביבות חוותו של ג'יימס, הוא ניהל פשיטה על האחוזה בליל 25 בינואר 1875. מתקן הצתה שנזרק על ידי הסוכנים התפוצץ וגבה את חייו של אחיו למחצה הצעיר של ג'יימס וכרת את אחת מזרועותיה של אימו. מאוחר יותר הכחיש פינקרטון מכל תוקף כי מטרת הפשיטה הייתה לשרוף את ביתו של ג'יימס.
למרות זאת, ספר שיצא ב-1994, שנכתב על ידי רוברט דייר, שכותרתו "ג'סי ג'יימס ומלחמת האזרחים במיזורי" מכיל את המשפט הבא: "בתחילת 1991, חוקר בתחום של ג'סי ג'יימס ששמו טד ייטמן, גילה מכתב מעניין בין ניירותיה של סוכנות הבילוש של פינקרטון. המכתב נכתב על ידי אלן פינקרטון לעורך דין שעבד עבורו בליברטי, מיזורי. במכתב פינקרטון מספר לעורך הדין שכאשר ילכו אנשיו לביתו של ג'יימס למצוא את ג'סי עליהם למצוא דרך "לשרוף את הבית". הוא מציע כי כדאי שישתמשו בסוג כלשהו של 'פצצת-אש'"
הכישלון העקוב מדם נחל הצלחה גדולה יותר מכל טוריו של אדוארדס להפיכת ג'יימס לדמות אהודה בציבור. הצעת חוק, שהרעיפה שבחים על האחים יונגר וג'יימס וקראה לחנינתם, כמעט ועברה אישור, ונדחתה ברוב זעום בלבד. תומכי קונפדרציה לשעבר שהורשו שוב להחזיק במשרות ציבוריות ולהצביע, העבירו חוק שקבע תקרת מחיר אשר יכול לנקוב המושל עבור פושעים. למרות כל זאת נישאו ג'סי ופרנק ועברו לנשוויל, טנסי, ייתכן מתוך דאגה לאימם והחשש שתיפגע מהתקפות נוספות.
נפילתה של הכנופיה.
ב-7 בספטמבר 1876, ביצעה הכנופיה את הפשיטה הנועזת ביותר שלהם עד כה, המטרה הייתה הבנק הלאומי הראשון בנורת'פילד, מינסוטה. קול ובוב יונגר ציינו מאוחר יותר שהם בחרו את הבנק הזה עקב קשריו לשני גנרלים של האיחוד ופוליטיקאים רפובליקאים מהפכנים: אדלברט איימס, מושל מיסיסיפי בזמן השיקום, ובנג'מין בטלר, גיסו של אדלברט והמפקד של האיחוד בניו-אורלינס הכבושה.
השוד סוכל כאשר ג'וזף לי הייווד סירב לפתוח את הכספת, בטענת שווא כי היא נעולה על ידי נעילת זמן, וזאת בעוד הכנופיה מצמידה סכין לצווארו ומרוצצת את גולגולתו בעזרת ידית האקדח. תושבי נורת'פילד שגילו כי הבנק שלהם נשדד הגיעו למקום כשהם נושאים עמם רובים. בעזבם את הבנק ירה פרנק ג'יימס בראשו של הייווד על אף שהיה לא חמוש. חברי הכנופיה שיצאו מהבנק מצאו עצמם מוקפים באנשי העיר, שפתחו עליהם באש מהחלונות ומפינות הרחוב. הם נמלטו בעור שיניהם, כשהם משאירים מאחוריהם שני חברים הרוגים ושני תושבים מתים. תושבי העיר פתחו במצוד אחרי הכנופיה, מה שהביא את האחים ג'יימס להיפרד מהכנופיה ולברוח למיזורי. האחים יונגר נחשפו במהרה. לאחר קרב יריות נאסרו שניהם, ומלבד האחים ג'סי ופרנק ג'יימס הכנופיה חוסלה לגמרי.
ג'סי ופרנק שבו לאזור נשוויל ושינו את שמותיהם לתומאס הווארד ובי.ג'יי. וודסון, בהתאמה. נראה היה כי פרנק השתקע, אך ג'סי נותר חסר מנוחה. הוא גייס כנופיה חדשה ב-1879 וחזר לחיים של פשע, כשהוא שודד רכבת בגלנדייל, מיזורי, ב-8 באוקטובר 1879. למרות תחייתה של הכנופיה מחדש, חבריה לא היו עוד לוחמי גרילה משופשפים מימי מלחמת האזרחים. החברים החדשים נתפסו ואז החלו להלשין זה על זה. ג'סי הפך פרנואיד מיום ליום, עד שהרג והבריח חברים מן הכנופיה. הרשויות החלו לחשוד וב-1881 האחים הורחקו בחזרה למיזורי. בדצמבר, ג'סי שכר בית בסנט ג'וזף, מיזורי, לא רחוק מהמקום בו גדל. פרנק לעומתו החליט לעבור לשטח בטוח יותר, ושם פעמיו מזרחה לוירג'יניה.
הרצח.
כשכנופייתו עזובה עקב מעצרים, מוות ועריקות, חש ג'סי כי נותרו רק שני אנשים עליהם היה יכול לסמוך, האחים בוב וצ'ארלי פורד. צ'ארלי השתתף כבר עם ג'סי במעשי שוד, אך בוב היה מגויס חדש ונלהב. על מנת להגן על עצמו טוב יותר, ביקש ג'סי מהאחים פורד לעבור לגור איתו ועם משפחתו. באותה עת ניהל בוב פורד מגעים חשאיים עם תומאס ט. קריטנדן, מושל מיזורי, בנוגע למעצרו. קריטנדן מיקם את תפיסתם של האחים ג'יימס בראש סדר עדיפויותיו. בנאום הכניסה לתפקיד הכריז כי שיקולים פוליטיים לא יעצרו אותו מלהביא את האחים ג'יימס למשפט צדק. מנוע על פי החוק מלהעלות את גובה הפרס שעל ראשם, הוא פנה לחברות הרכבות לשים פרס של 10,000$ על ראשו של כל אחד מהאחים.
בבוקר ה-3 באפריל 1882, בעוד ג'סי מתכונן לשוד נוסף, הוא טיפס על כיסא על מנת לאבק תמונה. זה היה רגע נדיר - אקדחיו לא היו עליו, לאחר שהסיר אותם יחד עם מעילו - והאחים פורד, בנצלם את הרגע, שלפו את נשקם. בוב היה המהיר מביניהם, וירה ירייה בודדת בראשו של ג'סי, מגבו. הירייה הרגה את ג'סי במקום.
מאוחר יותר תיאר בוב את מאורעות בוקר הרצח, והעיד שהתמונה שעל הקיר לא הייתה כלל מלוכלכת. לדבריו, ג'יימס הסיר את אקדחיו והפנה אליו את גבו במתכוון, כדי להרגיע את פורד - על מנת שיוכל להרוג אותו מאוחר יותר.
ההתנקשות הייתה לסנסציה לאומית. האחים פורד לא עשו כל מאמץ להסתיר את חלקם במאורעות. בוב שלח מברק למושל ובו דרש את כסף הפרס, וזמן רב התפרנס מתמונות בהן הצטלם עם הכתובת "האיש שהרג את ג'סי ג'יימס". בעוד ההמון זורם אל ביתו של ג'סי על מנת לראות את גופת השודד הנודע, הודו השניים באשמה ונידונו, להפתעתם, למוות בתלייה. למרות זאת הם זכו לחנינה מיידית מן המושל, עובדה המצביעה בבירור על כך שהמושל ידע שהם עומדים לרצוח אותו ולא להביא אותו לדין. היות מושל מיזורי בסוד הקשר לרציחתו של ג'יימס עוררה סערה ציבורית, ותרמה ליצירת אגדות חדשות אודות ג'יימס.
האחים פורד קיבלו רק נתח מהפרס, ונמלטו ממיזורי. צ'ארלס פורד התאבד במאי 1884. בוב פורד נרצח ב-8 ביוני 1892 בבית המרזח הארעי שפתח בקריד קולורדו, על ידי מתנקש שירה בו מטווח קרוב ברובה ציד קצוץ קנה. רוצחו של בוב פורד נידון למאסר עולם למשך חייו, אך שוחרר לאחר מכן ב-3 באוקטובר 1902 עקב בעיות בריאותיות.
על מצבתו של ג'סי חרתה אמו כך: "לזכרו של בני האהוב, אשר נרצח על ידי בוגד ופחדן ששמו אינו ראוי להופיע כאן".
משפחה.
ג'סי נישא לבת דודתו זרלדה מימס (Zerelda Mimms). נולדו להם ארבעה ילדים: ג'סי ג'יימס ג'וניור שנולד ב-1875, גולד ג'יימס נולד ב-1878, מונטגומרי ג'יימס נולד ב-1878, ומארי סוזאן ג'יימס שנולדה ב-1879. התאומים גולד ומונטגומרי נפטרו בלידה.
תיאוריות קונספירציה.