בצידה הדרומי של העיר, מעל נחל אחוריאן, שוכנת קתדרלת אני, המבנה הגדול והחשוב ביותר הניצב באתר. לפי מקורות היסטוריים ומכתובת שנמצאת בקתדרלה עצמה, הקמתה החלה בשנת 989 בידי המלך סמבט השני, והמבנה הושלם בשנת 1001 או 1010, בימי שלטונו של גגיק הראשון. האדריכל של הקתדרלה היה תרדת, אחד האדריכלים הארמניים המפורסמים ביותר בימי הביניים, והיא הייתה למקום מושבו של הקתוליקוס, ראש הכנסייה האפוסטולית הארמנית. לאחר הכיבוש הסלג'וקי של העיר בשנת 1064, הקתדרלה הפכה למסגד שזכה בשם "מסגד הניצחון" (Fethiye Camii), ושבה לשמש ככנסייה רק ב-1124. כתובת במבנה מציינת כי במאה ה-13 נערכו בו עבודות שיקום. רעידת האדמה של 1319 מוטטה את הכיפה בצורת החרוט ורעש מאוחר יותר הרס את התוף עליו היא נחה. ייתכן שאז פסק השימוש הכנסייתי במבנה. המבנה נפגע גם ברעידת האדמה בספיטק בשנת 1988, ופינתו הצפון-מערבית התמוטטה.
צורתו של המבנה כשל מלבן, אורכו 34.3 מטרים ורוחבו 24.7 מטרים. בשלמותו הוא נישא לגובה של 38 מטרים והיה המבנה הגבוה באתר. המבנה בנוי כולו מאבן צהובה ומשולבות בו אבנים בגווני שחור ואדום. את המבנה מקיפה ארקדה מדומה הניצבת על עמודים צרים וגבוהים. למבנה שלוש כניסות, הראשית שבהן בצידו המערבי ושתי האחרות בחזית הדרומית והצפונית. בחזית כל כניסה נקבע פורטיקו, שרובו הרוס כיום. המבנה נחלק לשלוש ספינות על ידי ארבעה עמודים מסיביים שיוצרים את מקום המצלב. הספינה המרכזית מסתיימת באפסיס שמשני צדדיו שתי קפלות.
ביצורי אני.
אני מוגנת היטב בצורה טבעית משלושה כיוונים בצוקים תלולים הנוצרים על ידי נחל אחוריאן ושני יובליו, ורק בצידו הצפוני של האתר משתרע מישור. החומה הצפונית הראשונה של העיר חצתה את המישור סמוך מאוד למצודה, ושטחה של העיר היה קטן בהרבה משטחה בשיאה. חומה זו הוקמה על ידי המלך אשוט השלישי בשנים 960–961, עת העביר את בירתו לאני. כשלושים שנה לאחר מכן, בימי המלך סמבט השני הוקפה העיר בחומה חדשה באורך של חמישה קילומטרים. חומה זו הקיפה שטח גדול בהרבה, ובצידה הצפוני והרגיש של העיר הוקמה חומה כפולה. אף שהחומה המקורית היא מהמאה ה-10 היא חוזקה ושופצה פעמים רבות, דבר הניכר בשכבות השונות שנחשפו במקומות בהם נגרם נזק לחומה. מחוץ לחומה זו נמתח חפיר יבש. החומה החיצונית נמוכה מהפנימית ופחות שמורה ממנה. בחומה הפנימית קבועים מגדלים חצי עגולים בני שתיים או שלוש קומות הניצבים במרחקים קטנים זה מזה, ולעיתים קרובות הם גבוהים מהחומה עצמה במידה ניכרת. החומות עשויות מאבני גוויל ומלט שכוסו בבזלת בהירה, ולעיתים שולבו בהן אבני בזלת אדומה או שחורה בדוגמאות של צלבים, שלטי אצולה, בעלי חיים וכיוצ"ב. השערים בשתי החומות מדורגים ויוצרים שטח הריגה. בחומות נקבעו שלושה שערים - שער האריה בתווך, שער קארס במערב ושער "לוח השחמט" במזרח:
מקדש האש.
יסודותיו של מבנה זה התגלו בחפירות ב-1909, והסברה היא כי אלה הם שרידים של מקדש זורואסטרי של כת עובדי-אש, שנבנה בין תחילת המאה ה-1 לאמצע המאה ה-4. לחלופין, ייתכן שזהו מונומנט נוצרי מוקדם - אולי מרטיריון מהמאה ה-4 או ה-5 - שהוקם באופן יוצא דופן על פני הקרקע. בכל אופן, זהו ככל הנראה המבנה הקדום ביותר שעדיין ניצב באני; ואם זהו אכן מקדש אש, הוא שריד לתקופה הקדם-נוצרית באתר. השרידים כוללים ארבעה עמודים מעוגלים בקוטר של 1.3 מטרים כל אחד, הניצבים בצורת ריבוע במרחק של 1.8 מטרים אחד מהשני. העמודים נושאים כותרות פשוטות, ואף שבאתר לא נמצאו שרידי גג, קוטרם וצורתם של העמודים תומכים בסברה כי נשאו גג אבן. במרכזו של המבנה היה ככל הנראה מזבח.
במועד בלתי יודע, הוסב המבנה לקפלה על ידי הקמת ארבעה קירות בצורת חצי מעגל בין העמודים. מקירות אלה לא נותר כמעט דבר. בקיר הדרומי הייתה קבועה דלת וריצפת חלקו המזרחי של המבנה מורמת מעט כמו ליצור בימה. מסביב למבנה התגלו מספר קירות מתקופה מאוחרת יותר, וייתכן שאלה יצרו חצר קדמית בצידו הדרומי. עוד ייתכן כי הקפלה שימשה בית מגורים פרטי, וגילוי עצמות בסביבתה מעלה אף אפשרות לשימוש כמקום קבורה.
כנסיית גרגוריוס הקדוש של גגיק.
כנסייה זו המיוחסת למלך גגיק (מלך 989–1020) נבנתה לכבוד המילניום הראשון בין השנים 1005-1001. ייתכן שגגיק שכר לשם כך את שרותיו של תרדת אשר תכנן גם את הקתדרלה. הכנסייה נועדה לחקות בממדיה ובצורתה את קתדרלת זוורטנוץ בואראשאפאט שנבנתה במאה ה-7 וחרבה ברעידת אדמה במאה ה-10. הקתדרלה שיוחסה לקתוליקוס נרסס השלישי, נחשבת לאחד הממבני הדת הארמניים הידועים ביותר בימי הביניים המוקדמים, ולפי המסורת בה היו שמורים שרידיו של גרגוריוס המאיר. כמו קתדרלת זוורטנוץ, הכנסייה היא מבנה עגול המקיף קואטרפויל (, אלמנט הבנוי בצורת ארבעה אפסיסים המחוברים זה לזה). המבנה לא היה יציב וב-1013 נערכו בו עבודות שיפוץ, אולם הן לא היו מוצלחות וזמן קצר לאחר מכן הכנסייה התמוטטה. במאה ה-13 נבנו מבנים חדשים באתר וסביבו, תוך שימוש חוזר בחומרי הבניין של הכנסייה. במשך מאות השנים כוסה האתר באדמה ובמאה ה-19 כל שנותר ממנו היה מספר קירות נמוכים על בסיס מוגבה. בשלב זה מיקומה של הכנסייה לא היה ידוע ובטעות סברו כי האתר שימש כבית הסינוד של הכנסייה הארמנית באני. האתר נחפר ב-1906 ותוכנית הכנסייה נחשפה.
מאחר שרק יסודותיו של המבנה נחשפו צורתו המדויקת אינה ידועה, בדומה לידע החסר אודות קתדרלת זוורטנוץ. פסל של המלך גגיק האוחז בידיו בדגם הכנסייה נחשף בעת החפירות, אולם רובו של דגם המבנה היה חסר, כך שהתגלית לא שפכה אור על צורתה המדויקת של הכנסייה. הן הכנסייה והן הקתדרלה בזוורטנוץ דומות למעין עוגת חתונה בת שלוש קומות. הקואטרפויל הפנימי היה בגובה שלוש הקומות ונשא את התוף והכיפה.
כנסיית גרגוריוס הקדוש של משפחת אבור'אמיר.
כנסייה קטנה זו ניצבת בצידו המערבי של האתר והיא מתוארכת לסוף המאה ה-10 על בסיס מאפיינים האופיינים לתקופה זו. המבנה מיוחס לנסיך גריגור פהלווני שהקימו כקפלה משפחתית, ועל הטימפנון נזכר שמו של אחד מבני המשפחה, אבור'מיר (או אבור'מרנץ), שהעניק לכנסייה את שמה. לכנסייה 12 צלעות בצידה החיצוני, בשישה מהם קבועים חלונות קטנים ובששת האחרים נישות עמוקות. המבנה נושא תוף שבו 12 חלונות קטנים וכיפה. הדלת קבועה בחזית הדרום-מערבית, ולא בצד מערב כמקובל, בגלל מיקומה של הכנסייה על שפת מצוק. בשלב מאוחר יותר נבנתה לפני הדלת חצר קדמית שלא שרדה. פנים הכנסייה מעוצב בצורת הקספויל - שישה אפסיסים המקרינים מחלל מרכזי כמו עלי כותרת של פרח. קיימים שרידים של פרסקו על תקרת המבנה ובאפסיס המזבח, ואלה מאוחרים מהמבנה עצמו, ככל הנראה מהמאה ה-13. משני צדדיו של המזבח שוכנות שתי קפלות זעירות. על קירות המבנה כתובות גרפיטי רבות בארמנית, רוסית וערבית. מצידו הצפוני של המבנה צמוד לו מבנה קבר משפחתי שמתוארך לפי כתובת במבנה ל-1040. בקבר נקברו שלושה בני אדם, ושודדי עתיקות שפרצו את הקבר ב-1998, הותירו שברי עצמות אדם פזורים במקום.
מצודת קיזקאלה.
בקצה הדרומי של אני, מדרום לגבעת המצודה, האתר נעשה צר ומעין חצי אי המוקף משלושה צדדים על ידי נחל אחוריאן מתנשא בתלילות. צוק זה היה בעבר מתחם מבוצר נפרד, שהיה נגיש על ידי שביל צר לאורך הנחל. חלק זה של העיר לא נחקר לעומק, אך בסיסי המבנים השמורים יחסית עשויים לרמוז לכך שהיה מאוכלס עד תקופה מאוחרת יחסית. הצוק מוכר בשם הטורקי קיזקאלה (Kızkale), היינו, מצודת העלמה, ולפי המסורת, בטרם קיבלה על עצמה ארמניה את הנצרות, ניצב במקום זה מקדש פגני לאלה הארמנית אנאהיט. המקדש נהרס על ידי גרגוריוס המאיר שהקים תחתיו כנסייה. למסורת זו אין תמיכה היסטורית וייתכן שנוצרה כדי לפאר את שמה של אני.
בראש הצוק נצבת כנסייה הרוסה שנבנתה ככל הנראה בעשור הראשון של המאה ה-13, כפי שמעידה כתובת על קירות המבנה המיוחסת לשליט אני מטעם הגאורגים. ייתכן שהכנסייה הוקדשה למרים, אם ישו. מבנה הכנסייה מלבני ובכל אחת מפינותיה שוכנת קפלה בת שתי קומות. כיפת הכנסייה כמו גם חלקה הדרום-מערבי נהרסו בסוף המאה ה-19, וצידה הדרום-מזרחי נהרס ברעידת האדמה של 1988.
מסגד מינוצ'יר.
מסגד זה המשקיף אל נחל אחוריאן, נוסד לפי אחת המסורות בידי האמיר מינוצ'יר ששלט באני החל בשנת 1072, והיה הראשון מבין שליטיה הכורדיים של העיר ששלטו בה בחסות הסלג'וקים. עם זאת, מועד ונסיבות הקמתו של המבנה מזינים ויכוחים בעלי אופי לאומני בין ארמנים וטורקים - לפי הגרסה הארמנית, המבנה היה ארמון של שושלת בגראטוני וקדם לכיבוש הסלג'וקי עת הפך למסגד; או ז'מטון (נרתקס בכנסייה ארמנית) של כנסייה שחרבה. לפי גרסאות אחרות המבנה היה בתחילה בית מכס (בשל קרבתו לחומת אשוט השלישי) או מעונו של הקתוליקוס. הגרסה הטורקית טוענת כי המבנה נבנה מלכתחילה כדי לשמש כמסגד, דבר ההופך אותו למסגד הקדום ביותר ששרד באנטוליה. גם גרסה זו איננה נקיה מספיקות, שכן פנים המסגד תומך בסברה כי הוקם במאה ה-12 או ה-13. נראה כי זוהי הגרסה הנכונה אם כי ברי שהמבנה הקיים נסמך על יסודותיו של מבנה קדום יותר.