מבחינת הצמד, הייתה זו סיומה של תקופת הפופולריות הגדולה ביותר שלהם. בהמשך זכו להיטיהם להצלחה גדולה ביותר, אך עדיין בתדירות נמוכה מזו שהורגלו בה. הירידה הניכרת ביותר בהצלחתם של הצמד הייתה בארצות הברית, בה התקשו מאוד להכניס להיטים אל המקומות הגבוהים במצעדים כפי שהורגלו בשנים עברו. היה זה לדברי טננט "סוף העידן האימפריאלי".
שינויים אמנותיים: 1990-1992.
ב-1990 יצא אלבומם הרביעי של הצמד, "Behaviour", שהיווה שינוי מסוים בסגנונו המוזיקלי של הצמד. האלבום היה מלודי ושקט יותר מאלבומיהם הקודמים. בעיני רבים נחשב האלבום הזה לטוב ביותר של הצמד. השם מרמז על הנושא העיקרי שעובר כחוט השני בכל שירי האלבום - התנהגות ורגשות. הסינגל הראשון היה "So Hard" שעסק בבגידה והעמדת פנים בין בני זוג. בהמשך יצא לאור הסינגל "Being Boring" המלודי, שעסק בהתמודדות של הקהילה ההומוסקסואלית עם מחלת האיידס שפרצה לתודעה בבריטניה במהלך שנות השמונים. הצמד ציפה כי הסינגל יצליח, אך לתדהמתם הגיע רק למקום ה-20 במצעד הבריטי. בנוסף יצא הסינגל "Jealousy", החותם את האלבום, שעסק בקנאה ובדילמות והתסכול אשר היא יוצרת. באותה תקופה גם יצא לאור סינגל כפול הכולל "מיקס" חדש לשיר "How Can You Expect To Be Taken Seriously" הלקוח מהאלבום ואת הביצוע שלהם ל-
"Where The Streets Have No Name", במקור של פרנקי ואלי ו-U2 (בהתאמה). "How Can You Expect To Be Taken Seriously" הוא בעצם פארודיה על כוכבי רוק המעמידים פנים כי הם מובילים אג'נדה עולמית ומעמידים פנים כי אכפת להם מאנשים אחרים והם לא מעוניינים רק בעושר ותהילה. האפקט מתעצם בכך שהשיר יצא לאור לצד הביצוע המחודש לשיר של U2, שסולנה בונו ידוע כפילנתרופ ומתנדב ברמה עולמית.
במהלך 1991, בעקבות הצלחת אלבומם "Behaviour" מהשנה שעברה יצאו הצמד לסיבוב הופעות עולמי נוסף - "Performance". הפעם, ההופעות היו הרבה יותר תיאטרליות מאלו של הסיבוב הקודם. נבנתה תפאורה מיוחדת, עוצבו תחפושות והוכנו קטעי וידאו חדשים. במהלך כל ההופעה, להקת הנגנים שליוותה את הצמד הייתה מאחורי הקלעים וכלל לא נראתה לצופים. כלי הנגינה היחיד שנראה על הבמה היה מערכת הקלידים של לואו שהועלתה לבמה בחלק מן השירים. בין השירים ירדו הצמד וצוות הרקדנים מהבמה והחליפו תלבושות, בעוד שעל הבמה הוחלפה התפאורה והועלו אביזרים חדשים. הצמד התכוון שההופעה תהיה תיאטרלית ככל האפשר. טננט אף טען בזמנו שמטרתם של הצמד הייתה לתת הופעה שונה - יותר הצגת תיאטרון מאשר הופעת רוק. סיבוב ההופעות זכה להצלחה רבה ואף תועד בסרט שהופץ על גבי DVD בשנת 2004.
בסוף 1991 הוציא הצמד את אוסף הסינגלים הראשון שלהם "Discography" שכלל את כל להיטיהם עד אז וגם שני סינגלים חדשים: "Dj Culture", שהיה מן ביקורת על מלחמת המפרץ הראשונה שהתרחשה באותה תקופה, ו-"Was It Worth It" שהיה לסינגל היחיד של הצמד שלא נכנס אל 20 הראשונים במצעד הבריטי (הוא הגיע רק למקום ה-24). במקביל יצא גם אוסף הקליפים הראשון שלהם שנקרא "Videography".
חזרה לפופ: 1993-1995.
לקראת האלבום הבא החליטו הצמד לשנות את הכיוון המוזיקלי מהאלבום הקודם ולחזור לפופ טהור כפי שעשו בשנות השמונים. באמצע 1993 הם הוציאו את הסינגל החדש "Can You Forgive Her" העוסק בהתחבטויותיו של נער הומוסקסואל "בארון" שמצד אחד נמצא בקשר עם בחורה שכל הזמן לועגת לו ועל הרגליו ה"הומוסקסואליים" ומצד שני רוצה "לצאת מהארון" ולהיות בקשר עם בחור. הסינגל החדש, שסימן את חזרתם של הלהקה למוזיקת פופ קצבית, לווה בקליפ שנעשה כולו באמצעות אנימציה ממוחשבת והיה שונה בתכלית משאר הקליפים באותה תקופה. הצלחתו של הסינגל הכשירה את הקרקע לסינגל המצליח ביותר שהלהקה הוציאה תחת ידיה באותו עשור. לקראת סוף 1993, הם הוציאו את "Go West" שהיה במקור להיט של להקת ווילג' פיפל. הצמד, שביצעו את השיר בהופעה חיה בתערוכה של ידידם אומן ה"וידאו-ארט" דרק ג'ארמן, הרגישו שהם מוסיפים לשיר, שביסודו מדבר על חברה הומוסקסואלית אוטופית, נופך דיכאוני וציני. לואו טען כי קולו של טננט יגרום למאזינים להרגיש את הפער בין החלום למציאות, ובעצם שאין עתיד לרעיון הזה. הקליפ, שחלקו צולם בכיכר האדומה במוסקבה, המשיך בקו הממוחשב של "Can You Forgive Her" והציג אף הוא אנימציה מתקתקה ותחפושות ססגוניות. הסינגל החדש זכה להצלחה ענקית בכל העולם, ובישראל בפרט, בה אף זכה למחווה בפרסומת לקטשופ אסם שהתבססה על הקליפ שלו. במקביל יצא לאור גם האלבום החדש "Very", שהיה כולו שירי פופ להיטיים אך בעלי משמעויות עמוקות כהרגלם של הצמד. בהמשך יצאו לאור הסינגלים "I Wouldn't Normally Do This Kind Of Thing" ו-"Liberation".
באמצע 1994, יצא לאור הסינגל "Absolutely Fabulous". הסינגל, שלא הופיע באלבום, היה מחווה לקומדיה בריטית מצליחה באותה תקופה בעלת אותו שם, והכיל קטעי שיחה ממנה. על עטיפת הסינגל לא הופיע השם "פט שופ בויז" וכל הכנסותיו נתרמו לקרן צדקה שיסדו קומיקאים בריטים. שלושה חודשים לאחר מכן יצא הסינגל החמישי של הצמד מאלבומם האחרון - "Yesterday, When I Was Mad". השיר מספר על מגוון "מחמאות" די מעליבות שהצמד קיבל במהלך הקריירה, וכי למרות אותן הערות מרגיזות, הם החליטו לא לוותר על המוזיקה והעשייה שלהם. שיר דומיננטי נוסף מאותו אלבום הוא "Dreaming Of The Queen". השיר, שטננט סבור כי הוא הטוב ביותר שלהם, מספר על חלום שלו שבו הוא מבקר את מלכת אנגליה, ששוטחת בפניו את אכזבתה מכך שכל המאהבים הגדולים בעולם מתו. בראיון שנערך באותה תקופה, הסביר טננט שהוא התכוון לרמוז שאותם מאהבים בשיר הם בעצם הומוסקסואלים וכי הם מתו מאיידס.
במקביל ליציאת האלבום יצא הצמד לסיבוב הופעות עולמי קצר באוסטרליה ובדרום אמריקה - "Discovery". שמו של סיבוב ההופעות הוא לכאורה מילה באנגלית (תגלית), אך הוא למעשה חיבור של שתי מילים - "Very" (האלבום שאותו ליווה סיבוב ההופעות) ו-"Disco". ההופעות היו פחות תיאטרליות מאלו של הסיבוב הקודם, אך שילבו בשירים ביצועים למספר להיטי פופ עכשוויים מאותה תקופה: "Rhythm Of The Night" (במהלך "Left To My Own Devices" ו-"Mr.Vain" (במהלך "One In A Million"). בנוסף, באותו סיבוב הופעות החל מנהג שנמשך גם בסיבובי ההופעות הבאים של הצמד - שילוב להיט הדיסקו הקלאסי "I Will Survive" בביצוע השיר "It's A Sin".
באותה שנה הוציא הצמד את אוסף ה"רמיקסים" השני שלהם "Disco 2" שכלל עשרה "רמיקסים" ללהיטיהם מתקופת אלבומם האחרון "Very". בנוסף, כלל האוסף "רמיקס" של הלהיט "So Hard" ו"רמיקס" של השיר "We All Feel Better In The Dark" שהיה "בי-סייד" של הסינגל "Being Boring".
ב-1995, הוציא הצמד אוסף "בי-סיידים" כפול "Alternative". האוסף הכיל את כל ה"בי-סיידים" שהצמד הוציא על גבי סינגלים במהלך הקריירה שלהם. בראיון שנערך בעקבות שחרור האוסף, הסביר הצמד כי לשם שבחרו לאוסף יש מספר רבדים ומשמעויות. ראשית, "בי-סייד" הוא האלטרנטיבה של "איי-סייד" (הצד של הסינגל שהכיל את הלהיט). שנית, השירים שיצאו לאור כ"בי-סיידים" היו בעיניהם יותר אלטרנטיביים ולא "מיינסטרים" כמו הלהיטים שלהם. שלישית, על גבי העטיפה השחורה הופיעה הולוגרמה שהתחלפה בין פרצופו של טננט ופרצופו של לואו. הסינגל שיצא לאור כדי לקדם את האוסף היה עיבוד מחודש לשיר "Paninaro" שהיה "בי-סייד" של הלהיט "Suburbia" משנת 1986. לסינגל, שנקרא "Paninaro 95", התווסף "בי-סייד", "In The Night 95" (גם הוא עיבוד חדש ל"בי-סייד" של סינגל ישן - "Opportunities (Let's Make Lots Of Money" בגרסתו הראשונה) שהיה באותה תקופה שיר הפתיחה של תוכנית אופנה בריטית.
דעיכה: 1996-1998.
ב-1996, בעקבות שני סינגלים חדשים - "Before" והלהיט ההמנוני "Se A Vida E", יצא לאור האלבום השישי של הצמד "Bilingual" (דו-לשוני). האלבום הושפע מחשיפתו של טננט למוזיקה הלטינית בעקבות קשר רומנטי אותו ניהל באותה תקופה עם בחור ממוצא לטיני. חלק מהשירים באלבום היו בעלי מקצבים לטיניים ובחלקם אף היו שורות בספרדית ופורטוגזית. בהמשך יצאו לאור הסינגלים "A Red Letter Day" ו-"Single (Bilingual)". באופן כללי, האלבום זכה לביקורות פושרות ונחשב לאחד האלבומים הפחות מוצלחים של הצמד. אלבום זה סימן את תחילת דעיכתה של ההצלחה המסחררת לה זכו הצמד בשנים הקודמות.
ב-1997, הוציאו הצמד סינגל חדש שלא הופיע באלבום לפני כן - "Somewhere". טננט הסביר כי הסיבה להקלטת השיר ושחרורו כסינגל היא חיבתם הרבה אליו. השיר, הלקוח מהמחזמר "West Side Story", אמנם לא הופיע באלבום, אך סימן תקופה חדשה בקריירה של הצמד - כתיבת מחזמר.
המחזמר: 1998-2001.
בסוף שנות התשעים החלה הלהקה, יחד עם במאי התיאטרון ג'ונתן הארווי, לעבוד על מחזמר מקורי בשם "Closer To Heaven" שכולו מוזיקה עכשווית חדשה שהצמד חיבר במיוחד (למעט השיר "Shameless", שבמקור היה ה"בי-סייד" של "Go West" והעביר ביקורות על אנשים שיעשו הכול בשביל להתפרסם ולו לכמה רגעים).