פיטר מתעורר במכולת מטען בנמל באירלנד, ללא מרבית זכרונותיו בגלל האיש מהאיטי. הוא חובר בלית ברירה לקבוצת שודדים ומגלה בדיעבד את כוחותיו. הוא מתאהב בבחורה מקומית, ואט אט מאבד כל רצון למצוא את חייו הישנים. אחריו נשלחת מתנקשת, אל בישופ, שהורגת במקומו את מנהיג כנופיית הגנבים ולמעשה משחררת אותו למצוא מחדש את גורלו.
הוא ואהובתו מגיעים למונטריאול, שם מגלה פיטר מחסן נטוש וכרטיס מאדם שלא הכיר, ששמו אדם מונרו (קנסאי, חברו האלמותי של הירו נקמורה). אז הוא מאבד שליטה בכוחו לנוע בזמן, והוא ואהובתו נזרקים לניו יורק של 2008, לאחר זיהום ביולוגי רחב היקף. הוא מצליח לחזור, אך היא נותרת מאחור, בעתיד הקודר. בהווה, פיטר מצליח לשחזר את זכרונו בעזרת כוח חידוש הרקמות שקיבל מקלייר, ונזכר בכל מה שקרה לו לאחר שניית'ן עף איתו לשמיים בתום העונה הראשונה.
כאדם המודע לכוחותיו, עוזר פיטר לאותו אדם מונרו להגשים את נקמתו תחת אצטלת צדק כלשהו והשגת תרופה לאהובתו. במסע נקמתם הורגים השניים את אחת ממייסדות החברה, והדבר תוקע טריז בין אדם לבין פיטר, שאינו שלם עם המעשה. בסוף העונה, מתנתק הקשר בין השניים כאשר אדם נקלע לקרב עם הירו נקמורה.
בינתיים ניית'ן פטרלי מאמין שפיטר מת בהתפוצצות, ומתאבל על אובדנו בניו יורק. הוא עצמו סובל מכוויות רדיואקטיביות חמורות, בעקבותיהן נאלץ להתפטר ממשרתו בקונגרס שהושגה בתרמית. אשתו וילדיו עוזבים אותו לאחר שהוא מספר להם את האמת, והם חושדים שאבדה עליו דעתו. לאחר שביקור לילי מבריא את פצעיו בדרך פלא, הוא חובר למאט פארקמן בחקירותיו על מנת לסייע לאמו. בסוף העונה מחליט ניית'ן כי הפתרון היחיד למצב הביש בו הוא שרוי הוא לגלות את כוחותיו לציבור הרחב. במהלך מסיבת עיתונאים, בטרם מצליח ניית'ן להתבטא, מתנקש עלום שם יורה בו ונמלט.
אנג'לה פטרלי מעוניינת להחזיר המצב לקדמותו, אך ללא הצלחה. מתברר שאיש מעברה מנסה לרצחה יחד עם ידידה משכבר הימים, מר נקמורה (אביו של הירו). לאחר שנקמורה נרצח, גברת פטרלי מתערערת עוד יותר. כחשודה העיקרית ברצח, היא נחקרת שוב ושוב על ידי מאט פארקמן, שלא מהסס להשתמש בכוחותיו המתפתחים כדי להשיג תשובות. הוא מגלה כי החברה של מר לינדרמן נוסדה ככל הנראה על ידי אנשים בעלי יכולות - ומוצא שרציחתו של נקמורה הייתה רק סעיף בקנוניה גדולה יותר. הוא עוקב בקפדנות אחר כל המשתתפים בצילום קבוצתי שמצא, המונה 12. לקראת סוף העלילה הוא מגלה כי מסע הרציחות הוא חלק מנקמתו של אדם מונרו, וכי בידיו מסייע גם פיטר פטרלי, שדומה ששב מן המתים.
בינתיים, זוג התאומים מאיה ואלחנדרו עוברים דרך דרום אמריקה בדרך לארצות הברית. כל אימת שמאיה נותרת לבדה, היא מייצרת מעין מחלה שהורגת את כל הסובבים אותה, ועיניה מתמלאות הפרשה שחורה. היחיד שיכול להחזיר במידת מה את האפקט הקטלני הוא אלחנדרו, אם הוא מגיע אליה בזמן. השניים מבוקשים בעבור רצח המוני שאירע בעת אחת מההתפרצויות של מאיה. בעת מסעם לעבר מקסיקו ומשם לארצות הברית, הם מגלים נווד על אם הדרך. נווד זה הוא סיילר, שחוזר לכוחותיו במהירות ושמח לשמוע כי מאיה ואלחנדרו מיוחדים. הוא מספר להם אודות פרופסור סורש, ומוודא כי איש אינו נוסע איתם מלבדו. לאחר שאלחנדרו מגלה את עברו של סיילר, הוא נרצח בזריזות. סיילר מספר לאחותו כי אחיה התאום ביקש לעזבה, היות שאינו שלם עם מחלתה הנוראה. בסוף העונה סיילר ומאיה מגיעים למשרדו של מוהינדר, שם הם מאלצים אותו להזריק לסיילר את התרופה שיועדה לניקי. התרופה מצליחה - ובמקום להרוג את המטופל, סיילר רוכש מחדש את כוחותיו.
עונה שלישית ("נבלים" ו"פליטים").
המתנקש האלמוני שירה בניית'ן הוא פיטר, בגרסתו העתידית. באותו עתיד ממנו בא, בעלי היכולות המיוחדות נרדפים כפושעים ומסוגרים במחנות. האירוע המכונן של עתיד זה הוא נאומו של ניית'ן, בו התכוון לחשוף את בעלי היכולות. כאשר הוא נמלט מרודפיו, מחליט פיטר העתידי להסתתר במקום הברור ביותר - כפיטר הנוכחי. למען הסוואה זו הוא מעביר את פיטר לגוף של אסיר ואת מאט פארקמן למדבריות אפריקה, על מנת לקנות לו זמן. הסוואה זו שורדת זמן קצר בלבד, היות שאמו של פיטר, אנג'לה פטרלי, מזהה מיד כי הוא אינה בנה כפי שהכירה. היא מאמינה מיד לסיפורו על העתיד - וטוענת כי חלמה עתיד זה וחלומותיה מבשרים את הבאות. בכך מצוין לראשונה בסדרה כוחה של גב' פטרלי, שרק נרמז בעבר. ניית'ן מתאושש מפצעיו בדרך נס, ומצליח להחלים במהירות בבית החולים. תוך כדי שיקומו הוא הוזה את דמותו של מר לינדרמן המנוח, ומשתכנע כי החלמתו זו הפעם השנייה מפציעות קשות היא סימן לנס אלוהי. מול מצלמות הטלוויזיה מתוודה נית'ן כי הוא חב את חייו לאל.
יועצת פוליטית בשם טרייסי סטראוס עוקבת אחר שידור זה, ומשכנעת את הסנאטור לו היא יועצת כי ניית'ן יהווה פוליטיקאי מצוין בשורות המפלגה. כשהיא מגיעה להפגש עם ניית'ן הוא קורא לה בשם זר - ניקי סנדרס, אישה שמעולם לא פגשה בעבר אך דומה לה כאחותה התאומה. ניקי, שמתה מפצעיה בהתפוצצות בניו-אורלינס, חוזרת לרדוף אחר טרייסי סטראוס כשעיתונאי שם יד על הקלטת המפלילה של ניית'ן וניקי במלון בלאס וגאס. אותו עיתונאי טוען לשערורייה, במסגרתה סטראוס מקדמת את מאהבהּ על חשבון מניעים מקצועיים. בבהלה טרייסי נוגעת בידו ולהפתעתה הוא הופך לנציב קרח ומתרסק לרסיסים. לטענתה זוהי ההתגלות הראשונה של כוחה. מאוחר יותר פוגשת טרייסי את בנה של ניקי, מייקה, וזה מקשר בין השתיים באמצעות המחשב ומגלה כי הן נולדו במסגרת מהפריה מלאכותית על ידי אותו רופא. רופא זה מתוודה בהמשך כי הוא עבד בשירותו של מר לינדרמן כחלק ממזימת האחרון להשמיד את ניו-יורק, ויצר גם את ניקי ואחותה התאומה ג'סיקה.
הירו מגלה חלק מנוסחה הרסנית שאביו השאיר לו, אך היא נגנבת על ידי אישה שרצה במהירות האור. הירו ואנדו יוצאים לחפשה ובמהלך הדרך הירו משתגר לעתיד על מנת לראות למה הנוסחא יכולה לגרום, אך בעתיד אליו הוא מגיע הוא רואה את אנדו רוצח אותו באמצעות כוחות על. מנקודה זו מתחילים יחסיהם של השניים להידרדר.
סיילר מגיע לביתה של קלייר, תוקף אותה ומצליח לקחת ממנה את כוחות התחדשות הרקמות, שמונעים ממנה למות מהניתוח. ולאחר שמכסה גולגולתה מוחזר לראשה היא מגלה שהיא כבר איננה מסוגלת לחוש בכאב, והיא מנסה לבדוק זאת בכך שהיא עומדת על פסי רכבת בכוונה להידרס אך ניצלת ברגע האחרון על ידי פיטר פטרלי. סיילר לוקח גם את הכוחות של בוב ונלחם בבתו, אל ובנוח בנט. תוך כדי הקרב אל משחררת פרץ אנרגיה חשמלי שמשחרר את כל האסירים המסוכנים שהיו כלואים במרתפי החברה. סיילר נתפס ומוחזק בצינוק החברה, שעוברת לפיקוד אנג'לה פטרלי עם מותו של בוב. בגילוי מפתיע, אנג'לה מספרת לסיילר שהיא אימו.
מוהינדר ממשיך במחקרו ומוצא תגלית מפתיעה; הוא לוקח ממאיה דגימת דם בהשפעת הכוח שלה ומפריד את החומר שאחראי על היכולות ומערבב אותו עם אדרנלין. מאיה מנסה לשכנע אותו להשמיד את המזרק שבתוכו נמצא הנוזל שמסוגל לתת כוח לכל אדם.
מוהינדר מצידו, במטרה לקדם את מחקרו, מזריק לעצמו את הנוזל ומתעלף. כשהוא חוזר להכרה חושיו מתחדדים- הוא הופך להיות חזק יותר, מהיר יותר וקל יותר. הוא בודק את עצמו ונוכח לדעת שההזרקה לא נתנה לו כוח על ולא שינתה אותו כהוא זה אלא רק חידדה את חושיו.
בשיכרון הכוח מוהינדר פותח רומן שאיננו יודעים לאן יתפתח עם מאיה.
בינתיים אדם זר מציל את חייו של מאט ונותן לו מים במדבר, האיש המסתורי לוקח את מאט ל'הליכת רוח', ומתגלה כי גם הוא בעל כוח, ציור העתיד. מאט מגלה כי האיש צייר אותו בכל אחד אחד מציוריו המבוססים על אירועים שקרו לו, אך ישנם מספר ציורים שטרם התרחשו.
לאחר שסיילר מגלה שאנג'לה היא אימו האמיתית הוא מצוות לנוח בנט על מנת לתפוס את הנבלים שנמלטו ממדור חמש. בינתיים פיטר פטרלי, הלכוד בגופו של אחד הנבלים, הולך עם הנמלטים על מנת לשדוד בנק ומנסה לעצור בעדם ובדיעבד מתגלה כוחו של הנבל שבגופו הוא כלוא - היכולת לצעוק בצורה כה חזקה אשר גורמת להדף. בזמן שנוח בנט וסיילר באים על מנת ללכוד אותם הזמן נעצר ופיטר פטרלי של העתיד מגיע, משחרר את פיטר של ההווה מגופו של הנבל והשניים משתגרים לעתיד.
בינתיים, אימה האמיתית של קלייר, מרידית', מגיעה לבית בנט על מנת לשמור על המשפחה, מתפתחים וויכוחים רבים בין מרידית' לאימה המאמצת של קלייר. בעקבות המפגש עם סיילר קלייר מבקשת ממרידית' שתלמד אותה כיצד להילחם ומרידית' מעמידה אותה במבחן הישרדות בתוך מכולת ברזל.
טרייסי מגיעה לכתובת שהשיגה ומגלה שם תמונות שלה ביחד עם די.אל ומייקה, מייקה גם מופיע בבית אך היא איננה מכירה אותו, הוא משתמש בכוחו (שליטה בטכנולוגיה) על מנת להצליב מידע בין טרייסי לניקי ומגלה שהם נולדו באותו יום ואותה שעה אצל אותו רופא מיילד, וטרייסי נוסעת לפגוש אותו.
הירו ואנדו עוקבים אחרי דפני, האישה המהירה, הודות למכשיר איתור שהירו הטמין תחת המדליה שלה והם מגיעים לתיאטרון אשר בו אמור להתבצע חילוף של הנוסחה בין שני אנשים, שאחד מהם מתגלה כאיש מהאיטי. הכוחות של השניים אינם עובדים בקרבתו של האיש ודפני מסכסכת בין הירו לאנדו, מה שגורם לאי תאימות בתוכניות שלהם והנוסחה גנבת שוב על ידי דפני ולו השניים נתפסים על ידי האיש מהאיטי ונכלאים.
נוח חושף את תוכניתו בפני האיש מהאיטי - לעבוד עם סיילר עד אשר ימצא את חולשתו ואז יהרוג אותו אחת ולתמיד.
טרייסי פוגשת את הרופא המיילד שלה וזה מספר לה שהיא חלק מניסוי בו ניסו ליצור שלישייה מושלמת, ולשתי אחיותיה קוראים ג'סיקה וברברה, והן הופרדו בלידתן כשהוריהם נפטרו - הרופא לא מסכים לומר יותר מכך.