ספרואנס העריך שאם יצליח להפתיע את היפנים, העסוקים בתקיפת מידווי ונמצאים תחת מתקפה של המטוסים האמריקניים מן האי, יצליח למנוע מהם להיערך בצורה טובה לקראת מתקפה אפשרית וישיג ניצחון. ואכן, למרות אובדן מפציצי הטורפדו, השתלם ההימור של ספרואנס: מטוסי הקרב היפניים היו עסוקים בהדיפת מפציצי הטורפדו בגובה נמוך ועל סיפון נושאות המטוסים התנהלה פעילות קדחתנית לקליטת המטוסים שהשתתפו בתקיפת מידווי, חימושם ותדלוקם מחדש לקראת השלב הבא, כך שהסיפונים היו מלאים בחימוש חי וצינורות תדלוק. ברגעים אלה הופיעו מפציצי הצלילה האמריקניים והפתיעו לגמרי את היפנים. בתוך כמה דקות הצליחו המטוסים האמריקניים להטביע שלוש מתוך ארבע נושאות המטוסים היפניות, "קאגה", "אקאגי" ו"סוריו". "היריו" הצליחה להזניק מתקפה שהביאה לפגיעה קשה ב"יורקטאון" (שטובעה מאוחר יותר על ידי צוללת יפנית), אך כמה שעות לאחר מכן הצליחו מטוסים אמריקניים להטביע גם את "היריו".
בכך הסתיים למעשה הקרב. היפנים איבדו ארבע נושאות מטוסים, יחד עם צוותי האוויר והקרקע שעליהן, אובדן שממנו לא התאוששו למעשה עד תום המלחמה. מאידך, הקרב קנה לארצות הברית זמן יקר, שאיפשר למערך התעשייתי העצום שלה להתחיל בבניין הכוח הימי, שהכריע את המלחמה בסופו של דבר.
מנהיגותו של ספרואנס במהלך הקרב זכתה לשבחיו של נימיץ, והוא עוטר במדליית השירות המצוין של הצי. ספרואנס שלט במהלכיו של הקרב המורכב שבו היו הכוחות מפוזרים על פני מרחקים גדולים. הוא נטל סיכונים כשראה בכך סיכוי וסירב להסתכן כשסבר שאין טעם בכך; עם סיום הקרב דחקו בו אנשי המטה לנצל את ההצלחה ולהפליג מערבה כדי להשמיד אוניות יפניות נוספות, אך ספרואנס סירב, והורה לאוניותיו לשוב לפרל הארבור. הוא ספג ביקורת רבה על מהלך זה, אך ניתוחים מאוחרים יותר הראו שלו היה ספרואנס נוהג כעצת אנשיו היה נתקל בצי היפני העיקרי, שאוניות המערכה שלו היו עלולות לפגוע בו קשות. ספרואנס היה מוכן לקבל עצות גם מזוטרים ממנו: כאמור, השהה את הזנקת מטוסיו בעצת אחד מהקצינים הזוטרים, ולקראת סיום הקרב היה מוכן לשמוע בעצת הטייסים ולדחות את חוות דעתו של ראש המטה שלו, בראונינג.
היסטוריון צי ארצות הברית, סמואל אליוט מוריסון, כתב על תפקודו של ספרואנס בקרב:
מפקד הצי החמישי.
זמן קצר לאחר קרב מידווי מונה ספרואנס לראש המטה של נימיץ, המפקד העליון של הצי הפסיפי (Chief of Staff to the Commander in Chief, בקיצור CINPAC), ובספטמבר 1942 מונה לסגנו. על תפקודו כראש המטה וכסגן זכה ספרואנס בשנית במדליית השירות המצוין (למעשה, ניתן לו כוכב זהב במקום מדליה נוספת, כפי שהיה מקובל). באוגוסט 1943 מונה ספרואנס למפקד הכוח הפסיפי המרכזי, שהוגדר מחדש ונקרא הצי החמישי של ארצות הברית. מינוי זה היה חלק מהסדר ייחודי אותו גיבש נימיץ: הפיקוד על הצי התחלף בין ספרואנס להלסי. כאשר הפיקוד היה בידיו של הלסי, נקרא הצי "הצי השלישי" ו"כוח משימה 38"; וכאשר פיקד ספרואנס על הצי, ניתן השם "הצי החמישי" ו"כוח משימה 58". מעבר לצורך בפשרה, היה בהסדר הפיקוד יתרון: ההסדר איפשר לכל אדמירל, יחד עם המטה שלו, לתכנן את המבצע הבא, כך שכאשר אדמירל אחד ניהל את המערכה היה האדמירל השני פנוי לתכנון השלב הבא במלחמה, וכך הלאה.
הפשרה שיצר נימיץ נועדה להתגבר על המתח שהיה עלול להתעורר אם היה מכריע לטובת אחד משני האדמירלים. הלסי וספרואנס היו שונים מאוד זה מזה באישיותם ובסגנון הפיקוד שלהם: הלסי היה אגרסיבי, ונכון ליטול סיכונים. ספרואנס, לעומתו, היה קר ומחושב הרבה יותר, וזהיר בהתנהלותו. למרות הבדלים אלה, השניים היו ידידים קרובים, דבר שאיפשר התנהלות טובה של ההסדר ביניהם. היה זה אחד ממאפייניו האישיים של ספרואנס: היכולת לבנות מערכות יחסים טובות גם עם אנשים בעלי אופי סוער מורכב. רוב המלחים הפשוטים והקצינים הזוטרים היו גאים לשרת בפיקודו של הלסי; רוב המפקדים הבכירים העדיפו לשרת תחת ספרואנס. אחד מן המפקדים ששירת תחת שני האדמירלים, העיד:
תחושה זו הביאה לתיאורו של ספרואנס כ"אדמירל של אדמירלים".
מספטמבר 1943 עד 1945 פיקד ספרואנס מאוניות הדגל שלו, אינדיאנפוליס או ניו ג'רזי על המערכה באיי גילברט (נובמבר 1943), איי מרשל (ינואר 1944), איי מריאנה (הקרבות בסאיפאן, גואם, טיניאן וקרב ים הפיליפינים, במהלך יוני 1944), איוו ג'ימה (פברואר - מרץ 1945) ואוקינאווה (אפריל - יוני 1945).
מבצע כדור ברד.
בפברואר 1944 פיקד ספרואנס על מבצע כדור ברד (Operation Hailstone) כנגד בסיס הצי הקיסרי היפני בלגונת טרוק. המבצע התרחש במקביל לקרב אניווטוק, בו נחתו בעלות הברית באטול אניווטוק שבאיי מרשל, כ-1,100 ק"מ ממערב לטרוק. מטרת מבצע "כדור ברד" הייתה למנוע מהיפנים אפשרות לסייע לכוחות באניווטוק, ולפגוע בצי שלהם בלגונת טרוק. המבצע היה מוצלח ובמהלכו הטביעו המטוסים האמריקניים 12 אוניות מלחמה ו- 32 אוניות סוחר יפניות והשמידו 249 מטוסים יפניים. במהלך המבצע תקפו מטוסים אמריקניים לראשונה במהלך הלילה, בהצלחה רבה. צי ארצות הברית איבד 32 מטוסים בלבד, וספג פגיעת טורפדו אחת בנושאת המטוסים אינטרפיד, שהותקפה על ידי מפציצים יפניים שהיו מצוידים במכ"ם. במהלך המבצע פיקד ספרואנס ישירות על אוניות מלחמה אמריקניות שהתנתקו מהכוח העיקרי כדי לרדוף אחרי אוניות יפניות שנמלטו מן האטול. למרות ההצלחה, עיקרו של הצי היפני עזב את המעגן בימים שלפני המתקפה ולא הושמד.
קרב ים הפיליפינים.
ארצות הברית החלה במתקפה לכיוון יפן בסוף 1943 בנחיתה באי בטיו שבאטול טאראווה, עליו השתלטו כוחות החיל הנחתים והצבא בקרב קשה. כיבוש האטול איפשר לארצות הברית להתקדם לכיבוש איי מרשל, שנועדו להוות בסיס להסתערות על איי מריאנה. אלה האחרונים, בתורם, נועדו להיות הבסיס שממנה תותקף יפן עצמה. הצי הקיסרי היפני עדיין קיווה להביא את צי ארצות הברית לקרב מכריע, בו יצליח להשמיד אותו ולהביא לניצחון במלחמה. ואולם, האבדות הרבות שספגו היפנים בקרב ים האלמוגים, קרב מידוויי ובקרב גוודלקנל האטו מאוד את הכנותיהם לקרב זה.
ההתקפה על איי מריאנה החלה ב-12 ביוני 1944, ולוותה בהפגזת מטרות בחוף על ידי אוניות מלחמה אמריקניות. ב-15 ביוני נחתו הכוחות האמריקניים בסאיפאן, והחלו בקרב לכיבושו. מבחינת היפנים הייתה זו התקפה על קו ההגנה הפנימי שלהם, שכן המפציצים הכבדים החדשים של חילות האוויר של צבא ארצות הברית מדגם בואינג B-29 סופרפורטרס היו יכולים להפציץ את יפן בטיסה ישירה מסאיפאן. מטה הצי הקיסרי היפני החליט שהגיעה העת לקרב המכריע ולביצוע התוכנית שנועדה להביא להתרחשותו, תוכנית שנקראה "תוכנית A-GO" או "מבצע A-GO".
הצי היפני ייעד למבצע למעשה את כל אוניות המלחמה השמישות שלו: תשע נושאות מטוסים, בהן שלוש נושאות מטוסים גדולות, ארבע נושאות קלות ושתיים שהוסבו מאוניות סוחר, ועליהן כ-430 מטוסים; חמש אוניות מערכה, ובהן אוניות המערכה הענקיות יאמטו ומוסאשי; 13 סיירות כבדות ו-6 סיירות קלות, 27 משחתות, 6 מיכליות ו-24 צוללות. מול הצי היפני עמד כוח המשימה 58, בפיקוד ספרואנס. בניגוד לקרב מידווי בו היו האמריקנים בנחיתות מספרית, בקרב זה הייתה התמונה הפוכה: לכוח משימה 58 היו שבע נושאות מטוסים גדולות ושמונה נושאות מטוסים קלות, ועליהן קרוב ל-900 מטוסי קרב, מפציצי צלילה ומפציצי טורפדו. את נושאות המטוסים ליוו שבע אוניות מערכה, שמונה סיירות כבדות ו-13 קלות, 62 משחתות ו-25 צוללות.
היפנים היו מודעים לנחיתותם המספרית אך ציפו לפצות עליה בכמה דרכים. ראשית, הם קיוו לתגבר את הכוח האווירי שעל נושאות המטוסים במטוסים מבסיסים יבשתיים, וכך להגיע ל-1,200 מטוסים. שנית, למטוסים היפניים היה טווח ארוך בהרבה מזה של המטוסים האמריקניים. יתרון זה נתן ליפנים את האפשרות לגלות את הצי האמריקני ראשונים, ולתקוף ראשונים. היפנים תכננו שמטוסיהם יתקפו מנושאות המטוסים שלהם במערב, וימשיכו לנחיתה בגואם, במזרח, מדרום לסאיפאן. כך יוכלו לנצל במלואו את הטווח העדיף של מטוסיהם.
מאידך, הצי האמריקני השתפר מאוד מאז מידווי. רוב הטייסים היפנים הוותיקים והמנוסים נספו בקרבות הקודמים והוחלפו על ידי טייסים שזכו למעט מאוד שעות אימון, לעומת אימון מקיף בהרבה לו זכו טייסי צי ארצות הברית. אלו האחרונים הטיסו כעת מטוסי קרב חדשים יותר, שהשתוו ברמתם למטוסים היפניים ואף עלו עליהם. לאוניות האמריקניות היה מכ"ם, שאיפשר להם גילוי מוקדם של מטוסי האויב, וכקו הגנה אחרון הכניסו אוניות הצי לשימוש פגזי נ"מ בעלי מרעום קרבה, שאיפשר גרימת נזק למטוסים גם ללא פגיעה ישירה בהם.
ספרואנס הבין כי הוא עומד בפני קרב גדול, אך העריך שיש עדיין זמן כדי לתקוף את הבסיסים היבשתיים שבזירה. המטוסים האמריקניים הפציצו את הבסיסים היפניים בגואם ובאי רוטה, שמצפון לו, וכך צמצמו את היתרון היפני במטוסים. במקביל הורה ספרואנס לכל יחידות הצי החמישי להתרכז, וסירב להצעות של פקודיו לתקוף את הצי היפני. הוראותיו של נימיץ לספרואנס היו ברורות: הגנת כוח הנחיתה בסאיפאן הייתה בעדיפות עליונה. ספרואנס חשש ממצב שבו הכוחות היפניים ינסו להתחמק ממגע עם הצי העיקרי, כוח משימה 58, כדי לתקוף את הכוח האמפיבי ולהשמיד את הכוח הנוחת. למעשה, זו הייתה הטקטיקה אותה ניסו היפנים ליישם בקרב מפרץ לייטה, ארבעה חודשים לאחר מכן, ובגלל טעות של אדמירל הלסי כמעט והצליחו בה. ספרואנס החליט לרכז את כוחותיו ולא לתקוף.