בבוקר שלמחרת, ג'ק פוגש את האופה ומספר לו על הרפתקאותיו מסמרות השיער במעלה גבעול האפונים, שם הוא מצא טירה בשמיים ופגש זוג ענקים נשוי, מהם הוא גנב חמישה מטבעות זהב ללא ידיעתם ("Giants in the Sky"). ג'ק נותן לאופה את חמשת מטבעות הזהב בתמורה למילקי וייט, וכאשר הוא רואה שהאופה מהסס, הוא חוזר אל גבעול האפונים במטרה למצוא זהב נוסף. הזר המסתורי שפגש בג'ק קודם לכן פוגש כעת את האופה, מתגרה בו וגונב ממנו את מטבעות הזהב. כשהיא נתקלת שוב בבעלה, אשת האופה מתוודה שהיא איבדה את מילקי וייט, והיא והאופה מחליטים להתפצל ולחפש אחרי מילקי וייט, כל אחד בדרכו. בדרכה, אשת האופה עדה למפגש ארעי בין הנסיכים של סינדרלה ורפונזל, שמתגלים כאחים, ושומעת את סיפורו של הנסיך של רפונזל על התאהבותו בנערה בעלת שיער צהוב כתירס הלכודה במגדל גבוה. ברם, שני הנסיכים מקוננים אל אהבותיהם החדשות והרחוקות מהישג היד ("Agony"). בעקבות סיפורו של הנסיך של רפונזל, אשת האופה מגיעה אל המגדל הגבוה ומערימה על רפונזל לשלשל את שיערה ואז חותכת פיסה משיערה, ובמקביל, הזר המסתורי משיב לאופה את מילקי וייט. לאחר ליל הנשף השני, אשת האופה וסינדרלה נפגשות בשנית, ואשת האופה הנואשת מנסה לקחת ממנה בכוח את סנדל הזהב שלה וכמעט מצליחה בכך, אך סינדרלה גוברת עליה ונמלטת שוב. לאחר שהיא נכשלת להשיג את סנדל הזהב, האופה ואשתו נפגשים שוב, כשהפעם יש ברשותם שלושה מתוך ארבעת הפריטים הנחוצים. האופה מודה בכך שעל מנת להשיג את סנדל הזהב ולמלא את מטרתם לזכות בפרי בטן, יהיה על שניהם לעבוד יחדיו ("It Takes Two"). לאחר שהאופה ואשתו חולקים רגע, ג'ק מגיע למקום עם תרנגולת שמטילה ביצי זהב ומנסה שוב לקנות את מילקי וייט, אך עם צלצול החצות השני, מילקי וייט כורעת ומתה והדמויות שוב משתפות את הצופים עם לקחיהם המוסריים מהיום החולף ("Second Midnight"). באותו הזמן, המכשפה מגלה שנסיך יפה תואר ביקר את רפונזל בחדרה שבמגדל ומתחננת בפניה להישאר עמה ולאפשר לה להגן עליה מהעולם החיצוני ("Stay with Me"), אך רפונזל מסרבת, ובזעמה, המכשפה קוצצת את שערה ומגרשת אותה אל מדבר הנמצא בשולי היער. האופה פוגש שוב בזר המסתורי, שנותן לו הפעם כסף על מנת לקנות פרה אחרת, וג'ק פוגש בכיפה אדומה, שהפעם עוטה שכמייה העשויה מעור הזאב, ומספר לה על הרפתקאותיו בשמיים, אך כשכיפה אדומה מזלזלת בו ומבטלת את דבריו, ג'ק נחוש לחזור אל הטירה בשמיים ולגנוב נבל קסום.
בשובה מליל הנשף השלישי והאחרון, סינדרלה מתארת לצופים כיצד הנסיך מרח זפת על מדרגות הארמון במטרה למנוע ממנה לברוח שוב, ובעודה לכודה בין הרצון לברוח שוב לבין הרצון להישאר ולהיתפס על ידי הנסיך, היא החליטה להשאיר את הבחירה בידי הנסיך והשאירה לו אחד מסנדלי הזהב שלה כרמז לזהותה ("On the Steps of the Palace"). אשת האופה מגיעה למקום ושוב פוגשת בסינדרלה, כשהפעם היא מצליחה לשכנע אותה לוותר על סנדל הזהב הנותר שלה, ומציעה לה בתמורה את אפון הפלא השישי. סינדרלה משליכה את האפון לקרקע, אך בכל זאת מסכימה להחליף את סנדל הזהב שלה בתמורה לנעליה של אשת האופה ונמלטת שוב מהנסיך. האופה מגיע עם פרה חדשה שקנה יחד עם הנסיך ועוזרו, שרב עם אשת האופה על סנדל הזהב השני, אך המריבה מופסקת לאחר שנשמע רעש חזק ואמו ההיסטרית של ג'ק נתקלת בקבוצה ומודיעה להם שענק חיפש את ג'ק כנקמה על כך שגנב ממנו את הנבל הקסום ומת כתוצאה מנפילה מגבעול האפונים הראשון לאחר שג'ק קצץ את בסיס הגבעול. הנסיך, שמודאג יותר מחיפוש אחר סינדרלה, מבטל את דבריה של אמו של ג'ק ומסתלק עם אחד מהסנדלים המוזהבים, כשאת השני הוא מותיר לאופה ולאשתו. ג'ק, לרווחת אמו, חוזר עם הנבל הקסום. המכשפה מגלה שהפרה החדשה אינה לבנה לגמרי; הוא מכוסה בקמח, אך עם זאת, המכשפה מחזירה את מילקי וייט בחזרה לחיים ומורה לאופה ואשתו להאכיל אותה בשלושת הפריטים הנותרים. ג'ק מנסה לחלוב את מילקי וייט, אך מגלה שהיא עדיין אינה מסוגלת להניב חלב. אשת האופה מודה כי השיער הצהוב שייך לרפונזל, והמכשפה מסבירה בזעם שהשיקוי לא יעבוד מכיוון שהיא כבר נגעה בשיערה של רפונזל, ומסבירה לראשונה שזאת הסיבה בגינה היא שלחה את האופה ואשתו להשיג עבורה את ארבעת הפריטים עבורה; מכיוון שאסור לה לגעת בכל הפריטים. הזר המסתורי מופיע שוב ומורה לאופה להאכיל את מילקי וייט בשיער המשי של קלח תירס. לאחר שהאופה מאכיל את הפרה בשיער התירס, הקבוצה מגלה שכעת מילקי וייט מסוגלת להניב חלב. המכשפה מגלה לאופה שהזר המסתורי הוא למעשה אביו. המכשפה שותה את השיקוי ופתאום הזר המסתורי מת מאחר שזכה לכפרה. הקללה נשברת והמכשפה מקבלת שוב את יופייה ונעוריה והופכת לאשה צעירה ויפה. במקביל, הנסיך של סינדרלה מחפש את הנערה שרגלה מתאימה לסנדל; כשמגיע תור האחיות החורגות לנסות את מזלן, האם החורגת מבינה שהיא תוכל להתאים את הסנדל לרגליהן רק באמצעות ניסור חלקים מכף רגלן ("Careful My Toe"). במפתיע, סינדרלה מופיעה, רגלה מתאימה לסנדל, והיא הופכת לכלתו של הנסיך ("The True Bride"). לאחר שהנסיך שלה מצא אותה וחילץ אותה מהמדבר, רפונזל נכנסת להיריון ויולדת לו תאומים. המכשפה מנסה לקלל את בני הזוג, אך מגלה שעם השבת נעוריה, כוחותיה אבדו. בחתונה של סינדרלה והנסיך, פלורינדה ולוסינדה מנסות לזכות ברחמיה של סינדרלה, אך הציפורים תוקפות אותן ומעוורות אותן כעונש על רשעותן ואשת האופה, הנמצאת בהיריון מתקדם, מודה לסינדרלה על הסנדל. כל אורחי החתונה, חוץ מהמכשפה והאחיות החורגות, מברכים את עצמם על היכולת לחיות באושר ועושר, אך עם זאת, אף אחד לא מבחין בגבעול אפונים נוסף שצומח בשמיים ("Act I Finale: Ever After").
מערכה שנייה.
כשהוא פותח שוב במשפט: "היה היה פעם... מאוחר יותר...", המספר מציג שוב לצופים את ארבע הדמויות; סינדרלה, ג'ק והאופה ואשתו, שלכאורה התבססו היטב בחייהם; אך עדיין יש לכל אחד מהם משאלות נוספות: האופה ואשתו זכו סוף כל סוף לפרי הבטן לו הם ייחלו, אך השניים מייחלים להגדיל את ביתם הקט, שנהיה צפוף מלהכיל ואילו אשת האופה מאוכזבת מחוסר רצונו של האופה להחזיק את בנם ולו לרגע קט; ג'ק ואמו כעת עשירים ומבוססים כלכלית, אך ג'ק מייחל לחזור לממלכה בשמיים שהותיר אחריו; וסינדרלה כעת נשואה לנסיך וחיה בארמון, אך היא מוצאת את חיי הארמון משמימים ומייחלת לחזור שוב לחייה הקודמים.
פתאום, כולם מזועזעים מרעש התרסקות קולני ועקבות של ענק מסתור שהרסו את הגינה של המכשפה, למעט מספר אפוני פלא. האופה ואשתו מחליטים שהם חייבים ליידע את משפחת המלוכה, ובדרכו, האופה מגייס את עזרתם של ג'ק ואמו. בארמון, עוזרו האישי של הנסיך מתעלם מדיווחם של האופה ושל אמו של ג'ק. כשהוא חוזר הביתה, האופה מוצא את כיפה אדומה כשהיא בדרכה אל ביתה של סבתה מכיוון שביתה נהרס ואמה חסרה; והאופה ואשתו מחליטים ללוות אותה. בינתיים, ג'ק מחליט שהוא חייב להרוג את הענק וסינדרלה מגלה מחבריה הציפורים שהקבר של אמה נהרס ומחליטה למהר לשם, לבוש בבגדיה הישנים. שוב, כל הדמויות שבות אל היער, אך כשהפעם מצב הרוח קודר ואין שירת ציפורים ברקע ("Act II Prologue: So Happy").
בעוד שכולם נמשכים חזרה ליער, רפונזל בורחת משם בהיסטריה, לאחר שאופייה המגונן מדי של המכשפה הטריפה את דעתה. הנסיך שלה רודף אחריה, אך כאשר הוא פוגש את אחיו, השניים מתוודים שישנה סיבה נוספת לנוכחותם ביער; הם נהיו משועממים ומתוסכלים מנישואיהם לסינדרלה ולרפונזל, וכעת הם משתוקקים לחזר אחר שתי נשים יפות הנמות את שנתן ביער - שלגיה והיפהפייה הנרדמת ("(Agony (Reprise"). בינתיים, האופה, אשתו, וכיפה אדומה אובדים ביער ומוצאים במקום את משפחתה של סינדרלה ואת עוזרו האישי של הנסיך, שמגלים שהטירה נהרסה על ידי הענק. המכשפה מגיעה גם כן, מביאה כחדשות שהענק הרס את הכפר ואת ביתו של האופה. לפתע נשמעים קולות רועמים והענק מופיע. לתדהמת כולם, הענק הנוכחי הוא למעשה אישה שהגיעה מגבעול האפונים השני והיא אלמנתו של הענק שג'ק הרג על ידי קיצוץ הגבעול הראשון. קולה הרועם מכריז שהיא רוצה את דמו של ג'ק כנקמה. על מנת לספק את הענקית, הקבוצה מבינה שהם חייבים לתת לה מישהו, אך הם אינם מסוגלים להגיע להסכמה את מי להקריב עד הם מחליטים (כאקט של שבירת הקיר הרביעי) להציע את המספר כקרבן לענקית. המספר משכנע את הקבוצה בחשיבותו להמשך העלילה, אך המכשפה בכל זאת מקריבה אותו לענקית. אמו של ג'ק מוצאת את הקבוצה ומגנה באגרסיביות על בנה, ומכעיסה את הענקית, עוזרו של הנסיך מנסה להרגיע את הענקית, אך בשוגג הורג את אמו של ג'ק. בזמן שהענקית עוזבת על מנת לחפש את ג'ק, רפונזל רצה לתוך דרכה ונרמסת למוות, לחרדתם של המכשפה והנסיך שלה ("Witch's Lament"). משפחת המלוכה ממשיכים בדרכם ונמלטים לממלכה סמוכה, למרות בקשותיו של האופה שיישארו ויילחמו בענקית. המכשפה מצהירה שהיא תמצא את ג'ק ותקריב אותו לענקית, והאופה ואשתו מחליטים שעליהם למצוא את ג'ק לפניה ומתפצלים שוב. אשת האופה פוגשת בנסיך של סינדרלה, שמפתה אותה בקלות ("Any Moment"). בינתיים, האופה מוצא את סינדרלה בקברה ההרוס של אמה ומשכנע אותה להצטרף לקבוצה שלהם. הנסיך, מרוצה, עוזב את אשת האופה בקלישאה שהוא יזכור אותה, והיא מבינה את הטעות שלה ומחליטה לחזור לחיים מאושרים שלה עם האופה ובנם ("Moments in the Woods"). עם זאת, היא מאבדת את דרכה, נקלעת למסלולה של הענקית, וכתוצאה מכך נהרגת על ידי עץ נופל.