בשנה הראשונה לפעולתה זכה צוות גלגלצ בפרס מפקד גל"צ, על הקמת התחנה. למרות זאת, בתחילת דרכה זכתה גלגלצ לאחוזי האזנה נמוכים למדי, והייתה מוקד להתקפות מבית ומחוץ, כאשר רבים מאנשי גל"צ טענו כי לתחנה אין סיכוי להצליח או כי היא פוגעת בתחנת האם. נועם אבירם שימש בתפקיד קרוב לשנה, אולם אז החליט לקבל הצעות מבחוץ ולעבור לרדיו האזורי. כשאבירם עזב, קיבל את המשרה עודד נפחי. נפחי הדיח בהדרגה את רוב עובדי גלגלצ, במטרה לאפשר לו לערוך מספר שינויים ושיפורים במבנה השידורים של התחנה. בתקופה זו עזבו את התחנה בין השאר ארז טל, רפי רשף, מרב מיכאלי וראודור בנזימן.
בשנת 2020 לאחר הפסקת המסורת של ניגון השיר Hurt של ג'וני קאש ביום שישי לפני השעה 18:00 בערב, התחנה החליטה לחפש שיר מחליף וביקשה מהמאזינים להציע שירים, לבסוף שמונה שירים שנבחרו על ידי מאזינים רבים עלו להתמודד בדו קרבים בטורניר ראש בראש שהמנצח כל פעם עולה שלב, בכל יום הושמעו בתוכנית של ערן אביגל השירים המתמודדים בכל יום ולאחר מכן נפתחה ההצבעה שהתקיימה ברשתות החברתיות של התחנה שהמנצח עולה שלב, אל שלב הגמר הגיעו השירים "מודה אני" של מאיר אריאל מול השיר "The Sound of Silence" של להקת דיסטרבד. ב-20 בנובמבר 2020 הוכרז השיר "מודה אני" של הזמר מאיר אריאל למנצח של הטורניר והפך למסורת החדשה של התחנה שתתנגן כל שישי לפני השעה 18:00.
שיפורי מדיניות.
חלק מהתוכניות שונו, העבודה במשמרות הופסקה וגובש צוות קבוע לכל תוכנית, שכלל מגיש, עורך ראשי ומפיק. נפחי ניסה לשפר את תדמית גלגלצ בעיני אנשי התחנה, דרש לכלול בכח האדם שלה בוגרי קד"צ של התחנה, שינה את התקן של עובדי גלגלצ מפקידים לעיתונאים ונתן להם קרדיט בשידור כמפיקים ועורכים. נפחי דרש מהשדרנים בלעדיות לגלגלצ, והתחייבות שלא ילכו לשדר בתחנות האזוריות למשך שנה. אמיר אשר שהיה חתום ברדיו תל אביב פוטר, ובמקומו שידרה נועה ירון. לאה עוז יצאה לחופשה בת שבועיים, ומשראתה שגדי טאוב מצליח בהחלפתה, קיצרה את חופשתה ושבה מיד. כך אט אט נוצרה תחרות בין אנשי התחנה שהביאה בסופו של דבר להגברת המקצועיות ולשיפור השידורים.
נפחי הורה להפחית את כמות המלל בתוכניות, ולהתמקד במוזיקה. גם הקו המוזיקלי שונה והושמעו רק להיטים. בכל שעה הושמעו שני שירי דאנס, והוכנו ג'ינגלים על מוזיקת דאנס. מוזיקה מזרחית הושמעה, אולם בהדרגה הועברה כולה להשמעה בסוף השבוע.
גלגלצ החלה בשיווק אינטנסיבי של עצמה, הן באמצעות סטיקרים וחולצות שחולקו למאזינים, הן באמצעות חיזוק מועדון הנאמנים ובעיקר על ידי ג'ינגלים ואותות שהוכנו בתחנה. קמפיין בולט במיוחד היה "כבר אי אפשר בלי גלגלצ", שנערך עם אלי ישראלי, ובמהלכו הסבירו מאזינים מדוע גלגלצ חשובה להם.
בתוך זמן קצר תפסה לעצמה גלגלצ מקום של כבוד בקרב כלי התקשורת בישראל, אחוזי ההאזנה עלו מארבעה אחוזים בלבד ל-13 אחוז, ודיווחי התנועה של גלגלצ זכו לאמינות גבוהה בקרב הציבור.
שינויי מדיניות.
נפחי החזיק במשרת מנהל גלגלצ במשך שנה ושלושה חודשים, וכשעזב החליף אותו אלדד קובלנץ. אלדד שירת בתחנה כחייל משנת 1985 ושימש כעורך מוזיקלי. בנובמבר 1995 חזר קובלנץ כדי לנהל את גלגלצ, ותוך זמן קצר שינה את מבנה השידורים מהיסוד בצורה שעוררה ביקורת שלילית ושינתה את פני הרדיו.
תפיסת השידורים של גלגלצ שונתה לפנייה לקהל יעד מסוים, מוגדר ובעל מאפיינים ברורים, ופנייה אליו בלבד במשך כל שעות היממה. קובלנץ, בעצתו של ארז טל, ומתוך למידת ניסיונות דומים בתחנות רדיו בעולם, הגיע למסקנה שאופי שידור כזה יביא להגדלת מספר המאזינים, וייצור קהל מאזינים שיהיה נאמן לתחנה, במשך כל שעות היום. בשלב הראשון פנתה גלגלצ לציבור של בני הגילאים 18 עד 40. בהתאם לכך נבחרה המוזיקה, שהייתה מוגבלת וכללה כמעט להיטים בלבד, חלקם חדשים, וחלקם ותיקים יותר, רובם משנות ה-80 וה-90. רוב התוכניות שלא התאימו להגדרות הללו בוטלו. עם הזמן התגבש קהל שכלל את בני הגילאים 15 עד 35, ובקרבו זכתה גלגלצ לפופולריות עצומה.
במקביל התבצע שינוי קיצוני במבנה שעת שידור. גם לאחר השינויים שהנהיג עודד נפחי, עדיין הכילה שעת שידור בגלגלצ כמות רבה של מלל. קובלנץ דגל בתפיסה שמאזיני גלגלצ מאזינים לה בגלל המוזיקה, ומעוניינים לשמוע מוזיקה, ומוזיקה בלבד. כך הגיעו השדרנים למצב שכמעט ולא דיברו במהלך שעת שידור.
בעקבות השינויים בלוח המשדרים וההתערבות ההולכת וגוברת של הנהלת המערכת במבנה התוכניות, התעורר כעס רב בלב השדרנים והעורכים המוזיקליים, שאיבדו חלק גדול מהחופש שלהם בשידור. דבר זה הביא לעזיבה של חלק גדול מהשדרנים הוותיקים והחלפתם בחיילים צעירים. בין הקריינים שעזבו היו אלי ישראלי, יואב קוטנר, אלכס אנסקי, אורלי יניב ורון לוינטל. במקום התוכניות הישנות עלו לשידור תוכניות חדשות, ביניהן "מדינה בדרך" עם אודיה בוגאי, התוכנית "נעים" עם לילך ברנע והתוכנית "הבחירות" עם עידו מור. באותה תקופה עלתה לשידור בגלגלצ התוכנית "עסק שחור", שחרגה מהקו הקבוע שנבחר לתחנה על ידי קובלנץ. בתוכנית קוואמי דה-לה פוקס ולירון תאני שילבו קטעי הומור וסאטירה עם מוזיקה שחורה (ראפ, R&amp;B והיפ-הופ).
השינוי בקו המוזיקלי עורר ביקורת לפיה השירים החדשים של אמנים נחשבים מודרים מהתחנה. כפי שתיארה תמר סוקניק בהארץ בשנת 2006: "מאלבומו האחרון של איינשטיין, "רגעים", יצאו חמישה סינגלים, ורק אחד מהם נכנס לפלייליסט של גלגלצ (ונפלט כעבור שבועיים בלבד). פיטר רוט, שעבד על האלבום יחד עם איינשטיין, מתקשה להבין את היחס שמפגינה גלגלצ כלפי אמנים ותיקים. "אני יכול להבין שלפעמים אמן ידוע מוציא אלבום שלא מתאים לרוח התחנה, אבל לא ייתכן שכמעט אף שיר של אריק איינשטיין לא נמצא ראוי להשמעה. לא מדובר באיזה ניסוי אלטרנטיווי או באלבום טראנס, אלא באמן ותיק ואהוב שלא יכול להיות שלא קיים קהל שמצפה לשמוע אותו. בעיני, אלבום חדש של דני סנדרסון, למשל, צריך להיות אירוע שמשול להוצאה של אלבום חדש של אריק קלפטון בחו"ל. אבל בגלגלצ הוא לא הושמע".
המוזיקה השחורה זכתה לפופולריות עצומה בעיקר בקרב המאזינים הצעירים של גלגלצ. עקב ההצלחה התרבו השמעות של המוזיקה השחורה בשידורי גלגלצ ושאר תחנות הרדיו בארץ בכל שעות היממה. בתחילת 1997 הראו הסקרים שהשינויים שהונהגו היו מוצלחים וכי גלגלצ הייתה לתחנה המואזנת ביותר עד גיל 35. מנגד טענו המבקרים שגלגלצ זכתה להצלחה בגלל היותה התחנה היחידה על הסקאלה שיכולה לשדר מוזיקה ברצף ללא פרסומות ובפריסת משדרים ארצית וכך אין לה שום מתחרה ממשית.
שידורי גלגלצ רצופי ג'ינגלי (אותות) מעבר, המשובצים מספר פעמים בכל שעה, בין שירים או לפני החדשות. כך, למשל, נשמעים אותות שמכילים אלמנטים מוזיקליים פופולריים, אותות המשולבים בתוך שירים חדשים, או קמפיינים רבי אותות, כמו "גלגלצ – בגלל המוזיקה" או "גלגלצ - לפני כולם".
דיווחי תנועה.
במהלך שנת 1997 ביצעה גלגלצ גם רפורמה במערך דיווחי התנועה. צורת הבדיקה, הניסוח והתיעוד הפכו מובנות יותר ואפילו מדעיות יותר. על סמך מידע וניסיון שהצטבר בידי המערכת ובידי עורכי הדיווחים, התאפשר לעשות מיפוי של מיקום, אורך ומועדי תחילת עומסי התנועה הגדולים. רכז תנועה מונה לעמוד בראש מערכת דיווחי התנועה ונקבעו כללים ברורים וקבועים לניסוח הדיווחים בצורה הפשוטה, הבהירה והמדויקת ביותר. כן ננקטו צעדים להפיכת המידע לאמין ומעודכן יותר, כך עמדה מערכת גלגלצ בקשר ישיר ורציף עם מוקדי אגף התנועה של משטרת ישראל וקיבלה מידע שוטף ומדויק בזמן אמת על חסימות צירים, תאונות דרכים, הפרעות לתנועה ועבודות בכביש. ניסיון המערכת וחקר הרגלי התנועה של הציבור מאפשרים לגלגלצ לעשות שימוש יעיל יותר במסוק לאיתור העומסים ולזיהוי הפרעות התנועה. השינוי בתפיסת השידור והדיווח בגלגלצ, איפשר להעביר את המידע למאזינים בצורה פשוטה ומהירה יותר, ולנצל טוב יותר את הזמן העומד לרשות צוות המסוק. שינויים אלו הציבו את גלגלצ כתחנה המובילה והאמינה ביותר בתחום דיווחי התנועה בארץ.
גלגלצ פתחה קו טלפון בשיחת חינם, שדרכו מתקשרים מאזינים כדי למסור דיווחי תנועה. הסיוע מחברת התקשורת פלאפון איפשר לגלגלצ לפתוח מוקד דיווחים נוסף, באמצעות חיוג מקוצר מטלפונים סלולריים ברשת פלאפון, שם קיבלו את השיחות מוקדני חברת פלאפון והעבירו את המידע בתקשורת מחשבים אל העורך באולפן גלגלצ. החל מ-2010 כל השיחות מגיעות לאולפן גלגלצ ושיתוף הפעולה עם חברת פלאפון הסתיים. העורך והמפיקים אחראים לוודא את אמיתות הדיווחים, לנסחם ולהזינם למחשב שנמצא מול השדרן, שקורא בהפרשי זמן קבועים. גלגלצ היא התחנה הראשונה בארץ, שהטקסטים שלה נערכו ונקראו ממערכת ממוחשבת. כיום נעשה שימוש גם באפליקציית Waze ובאמצעים דיגיטליים אחרים לעריכת דיווחי התנועה.
באמצע שנת 1997 נוספו לתחנה שעות שידור. רצועת הבוקר נפתחה מוקדם יותר, בשעה 6:30, בהתאם לשעות העמוסות בכבישים, ולאחר חצות נוספו ללוח השידורים שעתיים שבהן שובצה מחדש התוכנית "לילה טוב" שהוגשה על ידי אילת מידן. זמן קצר לאחר מכן הוחלפה התוכנית, והוחל בשידור "שתיקת הכבישים" עם גידי שפרוט לאחר מכן הגישו את התוכנית לאורך השנים נעמה חן, שרהלה בן אשר ואורלי יניב. החל משנת 2015 התוכנית מוגשת על ידי חיילי התחנה.
שינוי לוח המשדרים 1999.