חודש לאחר פרסום ההצהרה, ב-15 באוקטובר 1935, פרסם המטה הכללי של צבא ארצות הברית נוסח מעודכן של המדריך לדוקטרינה של הגיס האוויר, שנקרא TR-440-15, הפעלת החילות האוויריים של הצבא. שנה לפני כן שינה מקארתור את התקנה כדי להבהיר את "מקומו של הגיס האווירי בתוכנית הכללית של הביטחון הלאומי... וכדי לסלך אי הבנות ודעות קדומות בין זרועיות". המטה הכללי הגדיר את התקנה המעודכנת מ-1935 כ"פשרה" עם חסידי הכוח האווירי, וזאת כדי להקל את הביקורת הציבורית על הצהרת הפעילות המשותפת. ואולם, התקנה החדשה הייתה למעשה חזרה על המסקנות של וועדות דראם ובייקר שהתנגדו לאוטונומיה של הכוח האווירי ואישרה מחדש את עמדתו ארוכת השנים של המטה הכללי ושל מזכיר ההגנה דרן, על פיה מטרתו העיקרית של הגיס האווירי היא להוות כוח עזר וסיוע לכוחות הקרקע. TR-440-15 הכיר בכמה עקרונות תורתיים שאוששו על ידי בית הספר הטקטי של הגיס האווירי (Air Corps Tactical School, ACTS) ובהם ההכרח בהשמדת חיל האוויר של האויב וריכוז הכוחות האוויריים נגד מטרות עיקריות, והכירה בכך שבמלחמות עתידיות תתחייבנה כמה משימות שיהיו "מעבר למרחב ההשפעה של כוחות הקרקע" (כלומר, הפצצות אסטרטגיות), אך המדריך המעודכן לא ראה חשיבות בתיעדוף של המטרות, וכך החליש את יעילות הדוקטרינה אותה הציג. הגיס האווירי קיבל את השינויים, כפי שעשה מול פשרות אחרות באותה תקופה, מתוך הבנה שיש לקבל אותם לעת עתה. הדוקטרינה שקבע TR 440-15 נותרה הדוקטרינה הרשמית של הגיס האווירי עד שהוחלף במדריך השדה הראשון של הגיס האווירי, FM 1-5, "הפעלת (כוחות) התעופה של הצבא", שפורסם ב-15 באפריל 1940.
בסתיו 1937 נשמעה דעה דומה לזו של המטה הכללי בקורס של קולג' המלחמה של צבא ארצות הברית. מרצי הקולג' לימדו שהכוח האווירי הוא כוח מוגבל כאשר הוא מופעל באופן עצמאי. הקצינים שלימדו בקולג' הסתייעו בדיווחים של נספחים צבאיים ממלחמת האזרחים בספרד ומהמלחמה האיטלקית-אתיופית השנייה ובעדותו של מדריך בכיר, קולונל ביירון ק. ג'ונס, שהיה איש הגיס האווירי. ג'ונס הצהיר במהלך הקורס כי תפיסת "המבצר המעופף" "מתה בספרד", וכי עיקר מטרתו של הכוח האווירי היא לשמש כ"ארטילריה ארוכת טווח". קציני הגיס האווירי במחלקה G-3 במטה הכללי (מחלקה המקבילה למחלקת מבצעים) הצביעו על כך שמסקנותיו של ג'ונס לא עלו בקנה אחד עם מדריך הדוקטרינה TR-440-15, אך דעותיהם נדחו על ידי סגן ראש המטה הכללי, מייג'ור גנרל סטנלי אמביק שהעיר: "אף דוקטרינה אינה מקודשת, ומכל הדוקטרינות הצבאיות זו של הגיס האווירי צריכה להיות האחרונה שיש להתייחס אליה ככזו".
במקביל הזמין המטה הכללי מכל זרועות השירות ניירות עמדה שיהוו טיוטה למדריכי הדוקטרינה הבאים. מטה הגיס האווירי הגיש בספטמבר 1938 טיוטה שכללה הגדרת מבצעים אוויריים עצמאיים, מתקפות אסטרטגיות אוויריות ופעולות אוויריות נגד כוחות ימיים. המטה הכללי דחה את כל אלה במרץ 1939. במקום זאת הורה המטה הכללי שפרק הפתיחה למדריך הגיס האווירי יהיה הצהרת דוקטרינה שפותחה בידי מחלקת G-3, שלא תותיר מקום לספק לגבי כוונתו של המטה הכללי "לפתח ולהפעיל תעופה (צבאית) כסיוע לחילות היבשה". מטה הגיס האווירי, בהוראת מייג'ור גנרל הנרי ארנולד, מפקד הגיס האווירי באותה עת, הורה על יצירת מחקר סודי שנועד ל"הגנת דוקטרינת מונרו". מחקר זה המליץ על פיתוח מפציצים ומטוסי סיור שיהיו בעלי טווח ארוך, תקרת שירות גבוהה ומהירות גבוהה כדי להשיג מטרה זו.
מחלקת המלחמה שאפה לחסל את תהליך רכישתם של מפציצי B-17, ובמקביל הגיעה באיחור למסקנה כי נושא התיאום בין הכוח האווירי לכוחות היבשתיים הוזנח זמן רב. בשל כך הוחלט כי בשנות התקציב 1939 עד 1941 יירכשו רק מפציצים דו מנועיים קלים. בנוסף החליטה מחלקת המלחמה על דחיית פרויקט A, תוכנית הפיתוח למפציץ בעל טווח ארוך מאוד. ב-29 ביוני 1938 קבע המטה המשולב כי אינו רואה תפקיד למפציצים ארוכי טווח בעימותים עתידיים. תוצאה ישירה לקביעה זו הייתה ביטול ההזמנה האחרונה של 67 מפציצי B-17, והוטל מורטוריום על פיתוח נוסף של המפציץ על ידי הגבלת תקציבי מחקר ופיתוח למפציצים קלים ובינוניים בלבד. בפועל נמשכה מדיניות זו פחות משנה, גם בשל הסיבה שהייתה מנוגדת למגמות הטכנולוגיות וגם בשל המציאות הגאופוליטיות, שבישרה על התקרבותו של עימות גדול. באוגוסט 1939 שונתה תוכנית המחקר והפיתוח של 1941 ונוספו לה קרוב לחמישה מיליון דולר לצורך רכישת חמישה מפציצים ארוכי טווח לניסויים, וב-10 בנובמבר 1939 ביקש ארנולד, מפקד הגיס, שתוכנית הפיתוח תיצור מפציץ בעל טווח ארוך במיוחד, בואינג B-29 סופרפורטרס, שאושר ב-2 בדצמבר.
בין 1930 ל-1938 הצליח הגיס האווירי לבסס את אחריותו על משימת הגנת החופים, וכך הצדיק הקמת כוח תקיפה ופיתוח מפציצים בעלי ארבעה מנועים. למרות התנגדות המטה הכללי ניסה הגיס האווירי לשכנע את מקבלי ההחלטות בפיקוד צבא ארצות הברית ובדרג הפוליטי, כי תחת אחריותו צריכה להיות גם משימת הפצצה אסטרטגית, משימה שלו הייתה ניתנת לגיס האווירי הייתה מבססת טיעון משכנע להפרדת הגיס מהצבא ויצירת כח אווירי אוטונומי. כאמור, המטה הכללי של צבא ארצות הברית התנגד לשאיפות אלה של הגיס האווירי. מחירה של התנגדות זו, במושגי מוכנות הכח האווירי של צבא ארצות הברית למלחמת העולם השנייה, היה כבד. מדיניותו של המטה הכללי הביאה לכך שמטוסים מיושנים שעבר זמנם נרכשו כדי למלא משימות קו ראשון שלא התאימו להן כלל. מעבר לכך, הופסקו פיתוחים טכנולוגיים למטוסים טובים יותר; עוכבו פיתוחן של מערכות חשובות, כמו מכ"ם וסוגי חימוש שונים; והוטלו מגבלות מכבידות על אימונים, פיתוח תורת לחימה ופיתוח מערכים התקפיים, בעיקר על ידי התנערות מהזמנות מתוכננות למפציצי B-17: במקום 206 מטוסים מדגם זה אותם הזמין הגיס האווירי, סופקו לו עד תחילת מלחמת העולם 14 מפציצים ארבעה מנועיים בלבד.
פיקוד חיל האוויר של המפקדה העליונה של הצבא.
צעד מרכזי לקראת יצירת חיל אוויר נפרד אירע ב-1 במרץ 1935, עם הפעלת פיקוד מרכזי לכוחות האוויר, שבראשו עמד קצין אווירי שהיה כפוף ישירות לראש המטה הכללי של הצבא. פיקוד זה נקרא "חיל האוויר של המטה הכללי" (General Headquarters Air Force) ולמרות שהופעל ב-1935 הרי שתכנוני הצבא כללו ארגון מחדש שבמרכזו פיקוד כזה כבר מ-1924, כגוף שיהיה כפוף למפקדה העליונה של הצבא ויהיה אחראי על הפעלת כל היחידות האוויריות במקרה של גיוס כללי בעת מלחמה. ב-1933 נערך הצבא לאפשרות של התערבות צבאית ב, במה שכונה "מהפכת הסרג'נטים" אותה הוביל פולחנסיו בטיסטה. לקראת אפשרות כזו הוקם הפיקוד המרכזי ב-1 באוקטובר באותה שנה, אך לא אויש. ועדת דראם אימצה את רעיון פיקוד חיל האוויר בדו"ח שלה מ-1933, אך המטרה הייתה לשלב מחדש את הגיס האווירי לשליטת המטה הכללי.
בין המלצות וועדת בייקר, שהוקמה כאמור בעקבות מחדל דואר האוויר, הייתה ההמלצה אותה אימצה ועדת דראם: הגדלת כוחו של הגיס האווירי ל-2,320 מטוסים והקמת פיקוד אווירי כגוף ארגוני טקטי קבוע, גם בימות שלום (בניגוד למפקדה העליונה, שהייתה גוף שנועד להיות מופעל רק בעיתות חירום). זאת, כדי להחליש את הלחצים להקמת חיל האוויר נפרד, וגם כדי לנצל את היכולות המתפתחות בתעופה הצבאית. מכיוון שלגיס האווירי לא היה מטה משלו היה הגיס כפוף למטה הכללי של הצבא. בתגובה להמלצות וועדת בייקר עמדה מחלקת תוכניות המלחמה של הצבא על כך שמאמצי הרכש וההתעצמות יופנו בראש ובראשונה לגיוסן וציודן של שבע דיוויזיות חדשות לפני הגדלה כלשהי של הגיס האווירי. מחלקת תוכניות המלחמה התנגדה לכל ניסיון להביא את הגיס האווירי להיקף של 1,800 מטוסים, שנקבע ב-1926, וזאת מחשש להתנגדות הצי. הנשיא רוזוולט אישור תוכנית להגדלת כוחו של הגיס האווירי ל-2,320 מטוסים, אם כי מבלי לקבוע את מקורות המימון, ומזכיר המלחמה, ג'ורג' דרן, אישר את הפעלת פיקוד חיל האוויר במטה הכללי בדצמבר 1934.
עד הקמת חיל האוויר של המטה הכללי היו היחידות האוויריות הקרביות תחת אחריות של מפקדים אזוריים. עם הקמתו עברו לאחריות חיל האוויר כל היחידות הללו, והן אורגנו מחדש ככוח תקיפה שהיה בנוי בשלוש כנפות. ביומו הראשון היו תחת אחריות חיל האוויר של המטה הכללי 60 מפציצים, 42 מטוסי תקיפה, 146 מטוסי מרדף ו-24 מטוסי תובלה. מבחינה ניהולית אורגן הכוח האווירי לארבעה מחוזות גאוגרפיים, שהקבילו למחוזות המינהליים של הצבא. מחוזות אלו הפכו מאוחר יותר לארבעת חילות האוויר של צבא ארצות הברית הראשונים, 1 עד 4.