ב-25 באוקטובר 1965, נכנסו האוניות האחרונות לנמל יפו ולנמל תל אביב, וב-3 בנובמבר, הופסקה הטעינה והפריקה בהם. חלק גדול מעובדי נמלים אלה, שהם מוותיקי היישוב העברי, עברו להתגורר באשדוד, עיר העולים החדשה, כדי להפעיל את נמל אשדוד החדש. ב-21 בנובמבר הופעל לראשונה הנמל לפריקה וטעינה, עם כניסתה של האונייה השוודית "וינגאלגד" שהביאה 1,621 טונות של סוכר. האונייה "מלטיאן" הייתה הראשונה שהטעינה בנמל, מטען של 55,000 תיבות פרי הדר. ב-1966 הושלמה סופית בניית שוברי הגלים. אורכו של השובר הצפוני 900 מטרים, ושל הדרומי 2,200 מטרים. בינואר 1967, הופעל לראשונה רציף הצובר (תפזורת), הכולל מערכות פריקת קרונות רכבת וטעינת אוניות. בשנה זו החל לפעול בסיס חיל הים באשדוד שאחראי על זירה הימית באזור זה ועל אבטחת הנמל.
באוקטובר 1975, עם חתימת הסכם הביניים עם מצרים, החל בנמל אשדוד עידן התיירות הימית, עם בואה של אוניית התיירים הגדולה "סטלה סולריס" מנמל אלכסנדריה. בנובמבר 1975, הסתיימה בנייתו של רציף 5 באורך של 380 מטרים והוא הוכנס לעבודה שוטפת. חלקו הראשון של הרציף באורך 180 מטרים הוכן עוד באפריל 1973, לעגינה היסטורית חד פעמית, של אוניית התיירים הגדולה בעולם "קווין אליזבת' 2" . ב-7 ביולי 1977 נפתח רציף מספר 7 - רציף המכולות, עת נקשרה "צ'לסי-סטרים" הבריטית לרציף, והפעילה אותו לראשונה.
ב-17 בפברואר 2005 יושמה "הרפורמה בנמלי הים בישראל"; נכנס לתוקף חוק רשות הספנות והנמלים התשס"ד-2004, אשר ביטל את רשות הנמלים ובמקומה הוקמו ארבע חברות ממשלתיות ובהן חברת נמל אשדוד בע"מ, אשר הוסמכה להפעיל את נמל אשדוד ולספק בו שירותי נמל. ב-1 במאי של אותה שנה מופעלת לראשונה המערכת הממוחשבת לבקרת מכולות (TOS) בשילוב GPS לאחסון ושיגור המכולות בנמל איתן החדש ובכך הופך נמל אשדוד לנמל הממוחשב הראשון בישראל. ה-TOS) Terminal Operating System), היא מערכת המאפשרת תיאום רציף, ניהול פריקה וטעינה של מטענים בפועל, לפי תכנון האונייה ופיקוח על קצב העבודה, זיהוי ופתרון הבעיות בתפעול. בהמשך שולבו מערכות ה-TOS וה-GPS בשאר מסופי המכולות.
ב-2013 הודיעה חברת נמלי ישראל על החברות הניגשות למכרז לבניית מסופי מכולות חדשים, "נמל המפרץ" בחיפה ו"נמל הדרום" באשדוד. למרות התוכניות הכפולות, הכוללות חפירה ימית ובניית רציפים שיאפשרו כניסת אוניות ענק, ממשלת ישראל אישרה פיתוח של נמל אחד בשלב הראשון מטעמים כלכליים. כתוצאה מזאת, שתי הערים, אשדוד וחיפה נאבקו על ההוצאה לפועל של הפרויקט במטרה שתעשה בעירן. התוכנית להרחבת הנמל באשדוד כוללת רציף ראשי באורך 1,050 מטרים וכן הארכת שובר גלים קיים יחד עם שוברי גלים משניים בעוד 2,800 מטרים. הנמל החדש מתוכנן לקלוט קיבולת של כ-1.1-1.4 מיליון מכולות בשנה.
במאי 2014 נעצרו מספר בכירים בנמל אשדוד בחשד לשחיתות בנמל.
נמל היובל.
תוכנית הפיתוח לנמל "היובל" אושרה עקרונית על ידי ממשלת ישראל בישיבתה מיום 16 ביולי 1995. הממשלה קיבלה את החלטתה לאחר שהוצגו בפניה תוכניות מפורטות שהוכנו על ידי צוות ההיגוי להקמת הנמל הצפוני שמונה על ידי שר התחבורה. מתוך החלטת הממשלה:
ב-6 בספטמבר 1998, הונחה אבן הפינה לנמל היובל. לשם הקמת נמל זה היה צורך להאריך את שובר הגלים לצד צפון. ב-23 בנובמבר 2004, בעת שסערה קשה פקדה את הנמל, טבע למוות רפאל איתן, שניהל את פרויקט ההקמה של שובר הגלים. ב-2 באוגוסט 2005 נחנך נמל היובל אשר הסב את שמו לנמל איתן, על שמו. הנמל הוקם בהשקעה של 3 מיליארד ש"ח וביסס את מעמדו כשער כלכלי חשוב לישראל.
הפיגוע בנמל אשדוד.
ב-14 במרץ 2004 נרצחו 8 מעובדי הנמל, שני אזרחים ו-16 נפצעו בפיגוע התאבדות כפול שביצעו החמאס וגדודי חללי אל-אקצא. למרות האבטחה הכבדה, הצליחו שני המחבלים לחדור לשטח הנמל בתוך מכולה בעלת דופן כפולה שלא התגלתה במעבר קרני, ובשעה 14:20 פוצצו עצמם. המחבל הראשון התפוצץ בתוך מתחם הנמל, בבניין משרדים אחורי, והשני על הגדר.
לאחר האירוע, נבנו שתי אנדרטאות זיכרון לנרצחים בפיגוע; האחת בשדרות בן-גוריון פינת שדרות הרצל בעיר אשדוד, אנדרטה עשויה דבלטי שבור ומעליו שחפים מרחפים. השנייה היא כיכר בכניסה לנמל שנקראת '"כיכר השמונה", לזכר שמונה מעובדי הנמל שנהרגו בפיגוע, כיכר ובה שמונה עצי זית.
מיקום.
נמל אשדוד ממוקם כארבעים ק"מ דרומית לתל אביב, ליד שפך נחל לכיש. הצורך להקמת נמל עמוק מים התעורר כבר בימיה הראשונים של המדינה, לאחר שהתברר, שאין אפשרות להרחיב את הנמלים הקיימים כדי להבטיח שינוע וטיפול יעיל במטעני היצוא והיבוא, שהיקפם הלך וגדל. ההחלטה להקים את הנמל הנוסף באשדוד, התבססה על מספר שיקולים:
הנמל מקושר לקו מסילת לוד-אשקלון בשלוחה מיוחדת בת 7 ק"מ היוצאת מצומת פלשת, המייעלת ומקצרת את תהליכי העבודה למינימום. התוכנית מבטיחה את חיבור הנמל לשלושה עורקי תחבורה, מצפון, ממזרח, ומדרום, המסוגלים לשאת בהיקף המטענים אל הנמל וממנו.
כמו כן קיים תכנון לחבר את המחלף לכניסה צפונית לכביש 4, "דרך הרצל ג'" שתחבר בין הנמל למחלף אשדוד צפון ואזור התעשייה הצפוני של העיר.
הנמל ממוקם צפונית לאשדוד, באופן שמנתק אותו לחלוטין משטחי המגורים שבה, על ידי נחל לכיש שחוצץ ביניהם. בניגוד לעיר חיפה שבה הנמל נבנה כחלק מהעיר, בניית הנמל באשדוד לא השפיעה כלל על התפתחותה של העיר שכן היא תוכננה מראש והוא נבנה בנפרד ממנה. מרחקו ממתחמי המגורים הביאה לכך שאין בינו לבין תושבי אשדוד אינטראקציה כלל, פרט לאלו שעובדים בו. מיקום הנמל נמצא בסמוך ליבנה, בני דרום וניר גלים.
הנהלה ועובדים.
מאז הקמתו ועד ל-2005, היה הנמל יחידה שתפקדה כחוליה במסגרת רשות הנמלים והרכבות. עם הקמת חברת נמלי ישראל (חנ"י), הועברו תחת סמכותו של הגוף החדש, האחריות על נכסי הנמלים ופיתוחם. תפעול הנמל ומערך השירותים ללקוחותיו, הועברו לאחריותה של חברת נמל אשדוד בע"מ, המנוהלת על ידי מועצת מנהלים ומנכ"ל. 16 מנהלים (מ־2005 מנכ"ל חברת הנמל) עמדו בראשות נמל אשדוד, מאז החל לפעול באמצע שנות ה-60 והם:
ההנהלה מתחלקת לשני חלקים: דירקטוריון נמל אשדוד והנהלת חברת נמל אשדוד.
בראש דירקטוריון חברת נמל אשדוד עמדו מאז הקמתה בשנת 2005: איריס שטרק, יעקב רז, גדעון סיטרמן, אורנה הוזמן בכור.
הדירקטוריון מתווה את מדיניות החברה וקובע את תוכניות הפעולה שלה, אחראי לעריכתם ולאישורם של הדו"חות הכספיים ובדיקת מצבה הכספי של החברה, וכן מפקח על ביצוע תפקידי המנכ"ל ופעולותיו. יו"ר דירקטוריון החברה היא אורנה הוזמן בכור.
בנובמבר 2019 בחר דירקטוריון נמל אשדוד בתת-אלוף במיל' משה זנה לתפקיד מנכ"ל חברת נמל אשדוד במקום יצחק בלומנטל, אשר סיים את תפקידו בחודש יולי 2019. בעקבות זאת, החליט דירקטוריון הנמל על מינויו של סמנכ"ל התפעול איציק כהן לתפקיד מנהל בפועל \ממלא מקום מנכ"ל, החל מראשית יולי 2019.
הנהלת חברת נמל אשדוד מורכבת ממספר חטיבות:
כמו כן, לחברה לשכה משפטית ולשכה למבקר הפנימי של הנמל, מחלקת ביטחון, מִנהלת פרויקטים, ומִנהל סיכונים.
ב-2011 היה מספר העובדים בנמל אשדוד 1,317. שכרם הממוצע ברוטו של העובדים עמד על 24,557 ש"ח. וועד עובדי הנמל הוא וועד הכפוף לאיגוד עובדי התחבורה בהסתדרות, והוא הוועד השני החזק במדינה, אחרי ועד עובדי הרכבת. בראשו עמד בעבר יהושע פרץ. הוועד גרם לשביתות וסכסוכי עבודה רבים לאורך השנים בנמל, בדרך כלל כמחאה על פגיעה בזכויות העובדים, פגיעה במאמצים של משרד התחבורה להפריט את הנמל, או סכסוכים פנימיים בין ראשי הוועד. אורי יוגב, מנהל רשות החברות הממשלתיות אמר כי שיעור של כ-40% מכלל העובדים בנמל אשדוד הם קרובי משפחה.
מבנה ותפקוד הנמל.
שוברי הגלים והרציפים.
נמל אשדוד הוא אחד הנמלים עמוקי המים הבודדים בעולם שנבנו בים הפתוח, ובנייתו הייתה כרוכה בקשיים הנדסיים רבים. להחלטה על מיקום הנמל ובנייתו קדם סקר ימי ואקלימי, שאושש את ישימות הקמתו.
בנמל אשדוד פועלים 13 רציפים תפעוליים, שאורכם הכולל מסתכם ב-4,123 מטרים; 2,074 מטרים שמיועדים לטעינת מטען כללי ופריקתו, 485 מטרים למטעני מכולות, 434 מטרים לרציף רב-תכליתי וכ-500 מטרים למטעני צובר. בנוסף לרציפים אלו ישנם גם שני רציפי תפזורת ונוזלים, הנמצאים בחלקו הדרומי של הנמל. מתקן התפזורת אחראי לייצוא מחצבים מישראל לאירופה ולאמריקה. סמוך לרציף 22, נמצא חניון המכוניות המיובאות.
נמל אשדוד מוגן על ידי שובר גלים ראשי שאורכו 3,350 מטרים, אשר יוצא סמוך לקצה הדרומי של קו החוף, חודר לים, ונמשך לכיוון צפון. שובר גלים צדדי, אשר ממוקם בחלק הצפוני, חוסם את שטח המעגן מכיוון צפון באורך של 800 מטרים.
מנופים.
לאורכו של נמל אשדוד פרושים כ-80 מנופים ועגורנים. חלוקתם לפי רציפים וערוגות:
באפריל 2022 הותקנו ברציף 21 חמישה מנופי גשר חצי-אוטומטיים מסוג Zenhua 36 מתוצרת חברת ZPMC הסינית. המנופים מותאמים לעבודה עם אניות ענק בגודל של עד 24,000 TEU. גובה כל אחד מהמנופים הוא 140.6 מטר במצב זרוע מורם, ואורך הזרוע הימית של המנוף עומד על 71 מטר. המנופים מותאמים לאניות ברוחב 62 מטר אשר נושאות כ-24 שורות של מכולות. המנופים מסוגלים להרים מטענים חריגים במשקל כולל של עד 95 טון באמצעות אונקל ייעודי, וכמו כן כל אחד מהמנופים כולל מתקן הרמה מסוג Tandem המאפשר ניטול של שתי מכולות מלאות באורך 40 רגל עם משקל כולל של 80 טון. המנופים כוללים אפשרות להפעלה מחדר שליטה מרוחק ואפשרות לעבודה חצי-אוטומטית על ידי קבלת פקודות ישירות ממערכת TOS.
עורף הנמל.