חופש האמונה והדת במצרים כלולים בזכויות הבסיסיות של כל אדם על פי החוקה המצרית, סעיף 64. בפועל הם מוגבלים על ידי הממשל בעקבות סכסוכים דתיים ומדיניים. מכיוון שחוקים רבים במדינה מבוססים על חוקי האסלאם, נוצרת הדרה ואפליה חוקתית כלפי אזרחים שלא מאמינים או מקיימים את מצוות האסלאם. גם חופש הדת הרשמי בחוק לוקה בחסר, שכן הרשויות מכירות רק ביהדות, באסלאם ובנצרות כדתות רשמיות, ורק להן מתאפשר לקיים פולחן ותפילות בפומבי.
הנשיא הנוכחי עבד אל-פתאח א-סיסי ובכירים נוספים במשטר הדגישו את חזונם לחופש דת במצרים. לכדי הוכחה, בשנת 2019 אישרה הממשלה של א-סיסי מספר רב של כנסיות בכל רחבי המדינה. אולם הסולידריות ששידרה הממשלה לא עלתה בקנה אחד עם הפעולות בשטח, והרשויות לא הצליחו למנוע התקהלויות של אספסוף מוסלמי אנטי-נוצרי אלים סביב הכנסיות השונות.
אפליה נוספת שאליה טוענת הקהילה הקופטית היא במותרות החוק לבניית בתי תפילה. בעוד שבניית מסגדים מותרת באופן חופשי ללא כל התערבות מצד הרשויות, כדי להקים כנסייה (וגם בית כנסת) יש לקבל אישור מיוחד מהמועצה המקומית, כאשר רבות מהבקשות לא נענות, ולעיתים כנסיות קיימות מאבדות את האישור שלהן לטובת בניית מסגדים או בתי מגורים.
על פי סעיף 98 (ו) לחוק העונשין המצרי ניתן לתבוע אדם על הפגנת בוז או חילול קודש בנוגע לדת. ההמרה מאסלאם לכל דת אחרת אינה מוכרת בחוק, אך גם תהליך ההתאסלמות מסובך וחלק מהמתאסלמים מעוכבים על ידי הועידה להמרת דת. ישנן קבוצות נוספות הטוענות לאפליה בתוך האסלאם, כמו הפלג השיעי, אשר תועדו מקרים שבהם מוסלמים שיעים לא הורשו ללמוד באוניברסיטת אל-אזהר. בשנת 2006 הצהיר בית המשפט לעניינים מנהליים במצרים על הבחנה ברורה בין "דתות מוכרות" (כלומר אסלאם, נצרות ויהדות) לבין כל האמונות הדתיות האחרות. פסיקה זו עוררה זעם רב, שכן היא יוצרת דה לגיטימציה לכל שאר הדתות האברהמיות למעט שלוש, והפכה את כל שאר הדתות ללא מוכרות, משמע כל בני המיעוטים הדתיים רשאים להוציא תעודת זהות ומסמכים מזהים אך ורק אם הם משמיטים את פרמטר ה'דת' מהתעודה.
הגבלה על המרת דת.
על אף שחופש הדת הוא אחד החוקים הבסיסיים בחוקה המצרית, על פי ארגון Human Rights Watch "מצרים הממירים את דתם לאסלאם לרוב לא נתקלים בקושי, אך מוסלמים המבקשים להמיר את דתם לנצרות לרוב מתקשים לקבל מסמכים ותעודות חדשות, ולעיתים אף נעצרים בעוון זיוף מסמכים אלה". גם הקהילה הקופטית מונעת באופן לא רשמי ממצרים נוצרים להתאסלם, מכיוון שלטענתם תהליך ההתאסלמות קל בהרבה מתהליך ההתנצרות.
הרשויות המצריות מגבילות בפועל את המרת הדתות באופן נקודתי. מקרה נפוץ הוא כשעובדי ציבור, אשר עצמם שמרנים, מעצימים את מורכבות ההליכים המשפטיים ומעכבים בעצמם את המרות הדת גם אם הן חוקיות לגמרי. סוכנויות הביטחון עוצרות את תהליך ההתנצרות או ההתאסלמות בטענה שהוא עשוי לעורר אי שקט חברתי, ובכך מגבילות את היכולת של אזרחים להמיר את דתם.
בשנת 2007, בית המשפט המחוזי של קהיר אישר 45 בקשות להמרת דת מאסלאם לנצרות. לאחר מכן ב-2008 אישר בית המשפט רק ל-12 אזרחים להמיר את דתם, וגם זאת רק לאחר שנרשם בתעודות הזהות החדשות שלהם כי קיבלו על עצמם את האסלאם לתקופה מסוימת.
יחסי הרוב המוסלמי למיעוט הקופטי.
היחסים בין השלטון לנוצרים.
הנוצרים הקופטים, שמהווים את המיעוט הדתי הגדול במצרים, סובלים במשך שנים רבות מאפליה מצד המדינה. הקהילה הקופטית טוענת לאפליה שהולכת וגדלה עם השנים, ככל שאחוזם באוכלוסייה קטן. על פי מנהיגי הקהילה, היחס הלא הוגן לנוצרים התחיל במהפכת הקצינים החופשיים בשנת 1952 אשר הונהגה על ידי גמאל עבד אל נאצר.
עד לאחרונה נאלצו הנוצרים לקבל אישור ממשלתי מיוחד כדי לקיים אפילו טקסים שוליים וקטנים. החוק הוקל ב-2005 כך שהסמכות למתן אישור עברה למושל המחוז, אך הקופטים ממשיכים להתמודד עם מכשולים רבים עד שניתן להם לבנות כנסיות. הקהילה הקופטית מצביעה על מכשולים רבים שמציבה המדינה, אשר לא קיימים בבניית מסגדים.
היתקלויות אלימות בין קבוצות דתיות.
על אף שלרוב המוסלמים והנוצרים במצרים חיים זה לצד זה, מדי פעם בפעם נרשמות היתקלויות אלימות על בסיס דתי או דעות קדומות בין שתי הקבוצות הללו. האירועים האלימים קיבלו תנופה בעשור השני של המאה ה-21, כאשר כל שנה כמעט התחולל אירוע רב נפגעים, לרוב מצד המוסלמים כלפי הנוצרים. האירוע האלים המשמעותי ביותר בו מוסלמים ונוצרים היו מעורבים היו הפיגועים בכוש בשנים 2000–2001, שהיוו נקודת שבר ביחסים שבין נוצרים למוסלמים במצרים. במהלך הפיגועים מוסלמים ונוצרים החלו בתקיפות אלימות זה נגד זה בעקבות התנגשות בין שני צעירים בעלי דתות אלו. כלי התקשורת בכל העולם דיווחו כי "עשרים נוצרים ומוסלמי אחד נהרגו לאחר שפרצה אלימות בעיירה אל-כוש, 440 ק"מ דרומית לקהיר". מאוחר יותר התברר כי היה הרוג נוסף, מוסלמי.
בשנת 2005, בכפר א-סלאמה שבנפת שרקיה, מחלוקת בין מוסלמי לנוצרי הובילה לאלימות ולבסוף למותו של המוסלמי. בתגובה, קבוצת מוסלמים מהעיירה תקפו את כנסיית אבו סיפין וכמה בתים של תושבים נוצרים כפעולת נקם, ובנוסף גם הספיקו לבזוז כמה חנויות בבעלות נוצרית עד שהמשטרה המקומית הצליחה להרגיע את הרוחות ולפזר את ההמון.
בשנת 2006, מוסלמי בשם מחמוד סלאח-אדין עבד אל-רזיק, שנמצא בחקירת המשטרה שיכור ובעל מחלות נפש, תקף באמצעות אקדח שתי כנסיות ונעצר כאשר ניסה לתקוף שילישית, והותיר אחריו הרוג אחד ו-16 פצועים. התוקף לא השתייך לאף אגון ממוסד, וגם האחים המוסלמים מהאופוזיציה גינו את התקיפה.
ב-7 בינואר 2010 חמושים מוסלמים פתחו באש לעבר מתפללים נוצרים בעת יציאתם מכנסייה בנגע חמאדי ורצחו תשעה מתוכם. הפיגוע התרחש ביום הקדוש ביותר לנוצרים הקופטים, והיה לפיגוע השני בגודלו בעשור, אחרי הפיגועים בכוש. ביום המחרת התחוללו מהומות מצד הנוצרים בעיר שדרשו אכיפה חזקה יותר של המשטרה, מה שהוביל ליידוי אבנים וקריאות גנאי כלפי השוטרים.
ב-2011 אירעו מספר רב של התנגשויות אלימות בין המוסלמים לנוצרים, בחסות המהפכה, כשבראשונה נהרגו לפחות 21 בני אדם ונפצעו 83 כאשר מכונית תופת התפוצצה מחוץ לכנסייה קופטית באלכסנדריה ב-1 בינואר. ב-7 במאי המהומות הגיעו לבירה קהיר כשכנסייה קופטית הוצתה, ו-11 אנשים נהרגו. ב-10 באוקטובר קמה מחאה עצומה של הקהילה הקופטית שהפגינה מול בניין הטלוויזיה בקהיר. המפגינים הביעו את התסכול בצורה אלימה ולא מבוקרת, ובמצרים דווח על הצתה של רכבי משטרה, זריקת בקבוקי תבערה ואף ירי באש חיה כלפי השוטרים. לאחר עימותים עם כוחות הביטחון, המחאה הגיעה למספר שיא של 24 הרוגים ויותר מ-200 פצועים, מצד המפגינים והשוטרים. באותו חודש דווח על הפגנות מוסלמיות כנגד אישור הממשלה לפתיחת כנסיית הבתולה שהייתה סגורה במשך שלוש שנים, וגם בה נרשמה, אם כי במידה פחותה בהרבה, אלימות בין מפגינים לשוטרים.
ב-14 באוקטובר 2012 שני צעירים מוסלמיים נורו בידיי כוחות הביטחון לאחר שניסו לחטוף אישה ממוצא קופטי.
בינואר 2013, כאשר השלטון במצרים היה נתון בידיי האחים המוסלמים, העמותה הנוצרית ללא מטרות רווח "דלתות פתוחות" דירגה את מצרים במקום ה-25 ברשימת המדינות שהכי קשה להיות נוצרי בהן. במקום הראשון דורגה ניגריה.
הדת בחוק המצרי.
דתות המוכרות בחוק.
אסלאם.
האסלאם הוא הדת הלאומית של מצרים מאז שנת 1980 כאשר נעשה תיקון לחוקה המצרית, אשר לפניו מצרים הוגדרה בחוק כמדינה חילונית. הרוב המכריע של המוסלמים המצריים הם סונים, אחריהם השיעים עם בין אחוז ל-4 אחוז מהמוסלמים, והשאר מתחלקים בין קבוצות של אחמדים, מועתזילתים ואסמאעילים. מספר לא מבוטל של המצרים הסונים משיכים עצמם לזרם הסופיות.
המוסד הסוני החשוב ביותר בעולם כיום, אוניברסיטת אל-אזהר, נמצא במצרים. זהו המוסד האיסלאמי העתיק ביותר שקיים (נוסד בסביבות שנת 970 לספירה), ובעיני רבים נחשב לאוניברסיטה הראשונה בעולם. האוניברסיטה מסמלת את חשיבותו של האסלאם לעם המצרי, ואת חשיבותה של מצרים לאסלאם.
השיעים, הסונים והאסמאעילים כולם הגיעו למצרים וביססו שם את דתם, והפכו את קהיר לבירתם. החיים החברתיים והפרשי המעמדות במצרים הובילו לתפיסה שונה של האסלאם במדינה, בשונה ממדינות אחרות. תנועת הסופיות (סופיזם) פרחה דווקא במצרים והשפיעה על התפישה הדתית של התושבים. הבדלי המעמדות באו לידי ביטוי כאשר בני המעמד הגבוה והבינוני תמכו בדעה שהאסלאם הוא פרטי לכל אדם ואדם, ואינו צריך להשפיע על אורך החיים הציבורי; לעומתם, בני המעמד הנמוך (שהיוו את רוב האזרחים) תפסו כי על האסלאם למלא תפקיד דומיננטי בחיים הציבוריים.
על פי החוקה המצרית, כל חקיקה חדשה חייבת לפחות להסכים באופן מרומז לחוקי האילסאם ולשריעה. האסלאם נתמך על ידי הממשלה כאשר על בית הספר של האסכולה החנפית שומרים האל-ואקף, וגם האוניברסטיאות המוסלמיות השונות ממומנות על ידי המשטר.
נצרות.
הקהילה הנוצרית הקופטית במצרים היא הקהילה הנוצרית הגדולה ביותר במזרח התיכון ובצפון אפריקה, והיא עומדת על 10% - 15% מכלל אוכלוסיית מצרים על פי גורמים סטטיסטיים שונים. כ-95% מהנוצרים במצרים משתייכים לזרם הקופטי האורתודוקסי ורובם מתגוררים באלכסנדריה וסביבותיה. הכנסייה הקופטית הוקמה על פי המסורת בידיי מרקוס המבשר. בראש הכנסייה עומד האפיפיור הקופטי, שייחודי לקהילה נוצרית זו ובעל סמכויות דומות לאלו של האפיפיור הקתולי. על פי גורמים רשמיים ישנם כ-10 מיליון נוצרים קופטים ברחבי העולם.