היחידה הטכנולוגית של אגף המודיעין התגייסה לפיתוח מכונת הנשמה אוטומטית המבוססת על מפוח הנשמה. מהנדסים נרתמו לייצר ציוד רפואי חלופי באמצעות מדפסות תלת מימד. היו גם חברות פרטיות שפיתחו פיתרונות חלופיים.
איתור חולים.
חקירות אפידמיולוגיות.
אחד הכלים העיקריים שהשתמשו בהם עוד מתחילת הגעת המגפה לישראל היו החקירות האפידמיולוגיות.
נוהל החקירות החקירות האפידמיולוגיות שונה מספר פעמים במהלך תקופת המגפה. באוגוסט 2020 הוקמה מפקדת "אלון" כדי לעזור במערך. משך זמן החקירה האפידמיולוגית השתנה בהתאם לתחלואה ונע על טווח של מספר ימים, כאשר היעד לקטיעת שרשראות ההדבקה היה 48 שעות לכל היותר, כולל הבדיקות. בירידת התחלואה של נובמבר משך זמן החקירה ירד לכ-24 שעות. קושי נוסף היה באי שיתוף הפעולה מצד חלק מהנשאלים. אפקטיביות המערך תהיה מלאה כשמספר הנדבקים היומי הוא כמאות חולים. גורמים אלו ואחרים השפיעו על מידת היעילות של הבדיקות שהשתנו בתקופות השונות.
תוך זמן קצר נוצר שיתוף פעולה של מספר גורמים במטרה להגביר את כמות המידע לגבי נדבקים, בניסיון להתחקות אחר התפשטות המגפה. יכולות השב"כ נרתמו לצורך איתור נדבקים אפשריים ולסיוע בחקירות אפידמיולוגיות. מספר ימים לאחר הפעלת יכולת זו הושק יישום "המגן" מטעם משרד הבריאות שמטרתו זהה. היישום התפרסם בקוד פתוח וסייע לקבוע האם המחזיק בה שהה ליד חולה קורונה מאומת וצריך להיכנס לבידוד. היישום נבדק על ידי מומחי אבטחה אשר לא הצליחו למצוא בו ליקויים. במקביל, קופות החולים החלו לשלוח ללקוחותיהן שאלונים שנועדו לספק מידע אודות התפשטות המגפה.
בדיקות.
תפקיד הבדיקות הוא איתור חולים. הבדיקות הן חלק ממערך שמסייע לצמצום ההדבקה. הוא יעיל אם מבוצע איתור מהיר של חולים, בידודם (עדיף מחוץ לתא המשפחתי) ובידוד מגעיהם. לכן, חשוב לקבל תשובות מהירות לבדיקות הקיימות, ולוודא סגירת מעגל מהירה מול מגעי החולה.
הן שימשו במרבית שלבי המגפה גם עבור עובדים חיוניים או אזרחים בסיכון מיוחד שאינם יכולים להתבודד כראוי, למשל בבתי חולים ובבתי אבות. כמו כן, הן חיוניות מאוד לקבלת מידע על מוקדי התפרצות מיוחדים. כמו כן, הבדיקות חשובות כדי להקל את הסגר. ניתן לפתוח בהדרגה אזורים גאוגרפיים שבהם נראה כי המגפה במגמת התמתנות. ועוד לפני כן - כדי לשקול אם אפשר בכלל להתקדם לכיוון של יציאה מסגר.
ב-12 במרץ 2020 הודיעו נציגי ארגוני המעבדות הרפואיות שהמעבדות הגיעו ליכולת ביצוע בדיקות מרבית של עד 700 בדיקות ליום. בשלב זה לא אושרו בדיקות רבות בגלל מחסור בבדיקות ותקצוב. בעקבות העומס הגובר אושר להן לפעול גם בסופי שבוע ובמקביל נפתחו מעבדות נוספות, ובמהרה גדל קצב הבדיקות ביום ל-2,400, בנוסף, שונו הקריטריונים לאחר ש-90 אחוז מהדגימות לבדיקת קורונה נזרקו מבלי להיבדק מפני שנלקחו ללא אישור מראש. קצב הבדיקות המשיך לעלות בהדרגה, והגיע ב-27 במרץ, על פי הדיווחים הרשמיים, לכ-6,000 בדיקות ביום, אם כי במעבדות התריעו כי מספרי הבדיקות שצוינו אלו רק מספר הדגימות שנלקחו ולא הבדיקות שעובדו בפועל. המעבדות לא עבדו במשמרות מלאות ולא הצליחו לצמצם את הפער בביצוע הבדיקות. במקביל, נחנכו מתחמי בדיקות לנוסעים ברכב פרטי. צה"ל הסב מעבדה בבסיס צריפין המיועדת לבדיקות DNA לשם זיהוי חללים, כך שתוכל לאבחן חיילים חולים. ב-25 במרץ נמסר מטעם המנכ"ל בר סימן טוב שנערכו 5,067 והחל מ-29 במרץ צפויות להיערך 10,000 בדיקות ליום.
למרות הפעולות שננקטו, עם הגידול במספר הנדבקים התמעטו הן הבדיקות הזמינות והן הצוותים הרפואיים הזמינים לכך.
לפי מספר מקרים שדווחו, בשל מיעוט הבדיקות, התקיימו קריטריונים קשיחים לביצוען. מסיבה זו היו מבודדים שנחשדו כחולים, לא אושרו לבדיקות בבתי חולים או במד"א ושוחררו. לכן ההערכה הייתה שמספר המודבקים והחולים בפועל גבוה מהמספרים המדווחים.
השיבושים בביצוע מהיר של בדיקות הגבירו חשיפה של חולים בסיכון לנגיף. למשל, אי ביצוע בדיקות במועד היה אחד הגורמים להדבקת הדיירים והעובדים במגדל נופים בו נדבקו עשרות חולים בסיכון, זאת לאחר שנודע על ביקור נשאית בבניין, והבדיקות לשוהים נערכו רק לאחר כשבועיים.
למרות תכנון הממשלה להמשיך להגביר במהירות את קצב הבדיקות, התכנונים לא יצאו לפועל כמתוכנן עקב גורמים כמו מחסור בחומרים כימיים (ריאגנטים). עם זאת, באפריל אותר חומר חלופי ובוצעו עסקאות רכש להגדלת המלאי.
במקביל הוקלו הקריטריונים לקבלת הפנייה לבדיקת קורונה, והתאפשרה קבלת הפנייה גם דרך רופא המשפחה. ההפניה נתינה למטופלים שחוו תסמינים מוגדרים ולאחר התייעצות מרחוק עם הרופא.
ב-13 באפריל, הושלם באיחור יעד ממשלתי להגעה לכ-10 אלף בדיקות ביום, ובהמשך החודש הייתה ישראל בין המדינות המובילות בעולם במספר הבדיקות לנפש (ובשיאה הייתה ראשונה למעט מדינות קטנות יותר - איסלנד, לוקסמבורג, בחריין ואסטוניה). בשלב זה הזמן מדיווח על תסמינים ועד קבלת תוצאות בדיקה עמד על כ-7 ימים בממוצע לעומת על 3 ימים במרץ.
בשלבים אלו רכש משרד הבריאות בדיקות לזיהוי נוגדנים (סרולוגית). מטרתן גילוי תמונת מצב בנוגע לתחלואה בציבור בכך שימצאו נדבקים שלא אומתו. בדיקות אלו שימשו בכמה סקרים שפורסמו. במקביל התייעלה יכולתן של קופות חולים ליטול בדיקות, יחד עם מד"א. החל משלב זה דגש מיוחד ניתן לביצוע בדיקות בבתי אבות.
ב-14 במאי, דרשו עובדי המעבדות דרשו כוח אדם נוסף וחששו מקריסה אם יהיה גל תחלואה נוסף. כדי להפחית סיכוי לקריסה, הוחלט להתמקד בהפחתת מספר הבדיקות למחלימים לטובת בדיקות לאיתור חולים חדשים. בסוף מאי, החליט יולי אדלשטיין להרחיב את הקריטריונים. למשל, אנשים ללא תסמינים במצבים מסוימים יכלו להיבדק והותרה נטילת בדיקה לפי שיקול דעת של הרופא המטפל. בהמשך שונו בהתאם לצורך.
ב-25 ביוני פרסם משרד הבריאות כי מבודדים שנחשפו לחולה ייבדקו בתוך 48 שעות - שבועיים בלבד אחרי שסדצקי הורתה להמתין בין ארבעה ימים לשבוע. באותו השלב, המתשאלות היו בעיקר אחיות שגויסו. הוקמה מפקדת "אלון" לצורך הגדלת כמות התשאולים.
בשיא הגל השלישי ב-11 בינואר 2021 נבדקו 120 אלף איש בבדיקות PCR ביום. ובגל הרביעי ב-13 בספטמבר הגיעו לשיא של 179 אלף בדיקות PCR ביום.
עם הזמן נכנסו לשימוש בדיקות מהירות יותר, שאיפשרו כניסה למקומות ואירועים. בשלהי 2021 הן אף שימשו לפטור לבידוד במקרים מסוימים.
ב-5 בינואר 2022 בעקבות העומסים במתחמי הבדיקות, אושר מתווה בדיקות לפיו רק אנשים מעל גיל 60 וקבוצות סיכון יוכלו לבצע בדיקות PCR, בעוד היתר יידרשו לבדיקות אנטיגן מהירות אך פחות מדויקות. ב-12 בינואר הותרו בדיקות ה-PCR לכולם, אך עם קדימות לגילאי 60 ומעלה ולקבוצות סיכון. ב-18 בינואר הוחלט לשוב למתווה הקודם. בפברואר, שכבות גיל נוספות יכלו להבדק ב-PCR.
אמצעים נוספים.
חוקרים ממכון ויצמן למדע הציגו שאלון ומערכת מיפוי שמטרתם לנבא אזורי התפשטות אפשריים. קבוצת חוקרים נוספת מהמכון פיתחה בשיתוף עם המרכז הרפואי וולפסון פלטפורמה המאפשרת לבצע ניטור עצמי של חוש הריח כדי לאתר מקרי קורונה בשלבי ההתפתחות המוקדמים. באוניברסיטת באר שבע, פותח מנגנון לאיתור נדבקים בעזרת ביוב.
אלי שפרכר פיתח מודל לחיזוי תחלואת הקורונה שאומצה על ידי הממונה רוני גמזו בשילוב עם מודלים אחרים. במכון ויצמן למדע פותח מודל לזיהוי תחלואה סמויה ביישובים.
ציוד ורכש.
לאחר מחסור שהתעורר במטושים, חברת MyHeritage תרמה כ-66 אלף מטושים שהוזמנו מחוץ לישראל. חברת אינוויטק הודיעה שתספק אלף מכונות הנשמה.
בעקבות מצב החירום, משרד הביטחון צורף למאמצי ההצטיידות, והמוסד סייע בהבאת ערכות בדיקה נוספות. עקב המחסור המסתמן בציוד מגן, מערכת הבריאות החלה להטיל מגבלות על ניפוק הציוד. עודפים רבים של ציוד מגן נותרו בסין כאשר לספקים לא הייתה יכולת לשלוח אותם לישראל עקב הפסקת הטיסות. בהמשך לכך, חברת ישראייר הטיסה לראשונה אי פעם מטוס לסין, שנועד להביא לישראל מסכות מגן.
ב-25 במרץ התפרסם כי הוקם חמ"ל משותף למשרד הבריאות, הביטחון והמוסד, לצורך תיאום רכש, בשל המחסור הגובר בציוד רפואי בעולם. בהמשך החמ"ל הפך למרכז שליטה כללי שפעל ממתחם בית החולים תל השומר עד לסגירתו כעבור כחודשיים בשל דעיכת גל התחלואה הראשון.
משרד הביטחון הקים צוות חירום בראשות ד"ר דני גולד, ראש המינהל למחקר, פיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית, לקישור בין יצרני ציוד רפואי לתעשיות הביטחוניות, לשם ייצור מואץ של ציוד רפואי ומתן פתרונות חדשניים למלחמה במגפה.
ב-26 במרץ נמסר דו"ח מטעם מרכז המחקר והמידע של הכנסת ליו"ר ועדת הקורונה עופר שלח ולפיו בישראל יש רק 1,437 מכונות הנשמה זמינות לשימוש מערכת הבריאות, ובהסתמכות על מקורות נוספים, יש צפי ל-2,864 וזאת אל מול תחזית של 5,000 מונשמים. נקבע נייר עמדה על ידי ועדה משותפת של המועצה הלאומית לביואתיקה, הלשכה לאתיקה של ההסתדרות הרפואית בישראל ומשרד הבריאות, שקבע סדרי עדיפויות למקרה ששיעור ההידבקות יהיה גבוה מיכולת ההתמודדות של בתי החולים.
לקראת עונת השפעת והחשש מתחלואה כפולה, הוצהר שכמות חיסוני השפעת שנרכשה הוכפלה.
הדילמה סביב הגדרת חולים קשים.
ב-12 ביולי הפיץ משרד הבריאות הנחיות חדשות באשר להגדרתם של חולים במצב קשה במטרה ליצור אחידות בין בתי החולים בישראל בדיווח על מצב החולים, ולהתאים את הקריטריונים להגדרות של ארגוני בריאות בעולם. הגדרות קליניות אחידות למצבם של חולי קורונה חשובות כי מהן נגזר אופן הטיפול הרפואי ודחיפותו, לצד ביצוע ניסוים קליניים. ההגדרות משתנות לעיתים בהתאם למידע ולניסיון הרפואי והמחקרי שנצברים.