הקבוצה השלישית שהתיישבה באזור היו היוט של מרכז יוטה ומזרח קולורדו. חבורת הטימפאנוגוט (קרויים גם טימפאנוגוס) מבני היוט יישבו את עמק יוטה. הם היו הקבוצה הדומיננטית ביותר של היוט בשל הקלות היחסית בה אספו אספקת מזון בשפע. העמק היה נקודת מפגש קדושה עבור שבטי הטימפאנוגוס, חבורות יוט אחרות ושבטי שושוני. בתקופת ההשרצה של הדגים באביב היו שבטים אלו נפגשים באגם יוטה לפסטיבל הדגים השנתיים. בפסטיבל נהגו לרקוד, לשיר, לסחור לערוך מרוצי סוסים, להמר ולהתפטם בשפע הדגים שהאגם סיפק. הייתה זו גם ההזדמנות למצוא בן זוג מחמולה אחרת. ב-1826 ביקר ג'דדיה סמית מחנה לאורך הנהר ספניש פורק שבו היו 35 בקתות ובהן כ-175 תושבים.
מגלי ארצות אירופיים.
בשלהי קיץ 1776 יצאה משלחת בראשות המיסיונר הפרנציסקני הספרדי סילבסטרה ולס דה אסקלנטה. והאב הפרנציסקני הספרדי פרנסיסקו אטנסיו דומינגס מסנטה פה שבניו מקסיקו במטרה להגיע למונטריי בקליפורניה. שני אינדיאנים מבני הטימפאנוגוט מעמק יוטה שימשו כמורי דרך. ב-23 בספטמבר 1776 ירדה החבורה בקניון ספניש פורק ונכנסה לעמק יוטה. ביומנו של אסקלנטה הוא מתאר את אגם יוטה: "האגם, שרוחבו לפחות שש ליגות ואורכו חמש עשרה ליגות, משתרע הרחק עד אחד מעמקים אלו. כיוונו צפון-מערב, ועל פי מה שסיפרו לנו, הוא מקושר לאגמים אחרים גדולים עוד יותר. אגם זה של טימפאנוגוטסיס (Timpanogotzis) שופע כמה מינים של דגים טובים, אווזים, בונים ובעלי חיים אמפיביים אחרים שלא הייתה לנו ההזדמנות לראותם. סביב האגם יש את האינדיאנים החיים משפע הדגים שבאגם, ומסיבה זו קוראים להם היוטס סבואגאנס (Yutas Sabuaganas), "אוכלי דגים". מלבד זאת הם אוספים זרעים, והם משלימים את התזונה בארנבות, ועופות מים המצויים בשפע כאן". אסקלנטה קרא לאגם "אגם טימפאנוגוס", על שם השבט ששכן באזור. הרישומים ביומן של אסקלנטה מבחינים בבירור בין אגם טימפאנוגוס זה, גוף של מים מתוקים שאותו ראה ואת גודלו העריך, וימת המלח הגדולה, שאותה לא ראה ולא נתן לה שם, אבל תואר באוזניו שנהר "מקשר לאגמים אחרים גדולים יותר." המבקר האירופי הבא המתועד היה צייד הפרוות הצרפתי-קנדי אטיין פרובו (Étienne Provost; 1850-1785), שביקר באגם יוטה באוקטובר 1824. העיר פרובו והנהר פרובו קרויים על שמו.
התיישבות מורמונית מוקדמת.
ההתיישבות של המורמונים ביוטה החלה ביולי 1847, כאשר חלוצים נכנסו לעמק סולט לייק. תחת ניהלו של פארלי פראט (.Parley Parker Pratt Sr; 1857-1807) נחקר עמק יוטה. חבורת המחקר הביאה סירה קטנה שבאמצעותה חקרו את אגם יוטה ולכדו דגים ברשתות. הקרב הראשון בין המתיישבים לאינדיאנים התחולל במרץ 1849. חבורה של ארבעים גברים נשלחה לעמק יוטה לעצור את גנבת הבקר מעמק סולט לייק. החבורה נפגשה בכפרו של "הצ'יף הקטן" (Little Chief), שסיפר להם היכן שוכנים האנשים האחראים לגנבה. עימות התחולל במקום וארבעה מבני הטימפאנוגוט נהרגו. המתיישבים כינו את מקום העימות "בטל קריק" (Battle Creek – "נחל הקרב"), שמאוחר יותר שינה את שמו לפלזנט גרוב (Pleasant Grove – "חורשה נעימה").
באפריל 1849, הגיעה קבוצה של כשלושים משפחות לעמק יוטה והתיישבה על נהר פרובו, קרוב מאוד לכפר של הטימפאנוגוט על הנהר פרובו. המתיישבים בנו גדרה, מבצר המוקף בחומת גזעי עצים מחודדים שכונתה פורט יוטה וציידו אותו בתותח של שנים עשר ליטראות על מנת להפחיד את הטימפאנוגוט. באוגוסט נרצח מנהיג טימפאנוגוט שהלבנים כינו בשם "הבישוף הזקן" על ידי שלושה מתיישבים לאחר שהלה תפס אותם צדים בניגוד להסכם בין המורמונים לאינדיאנים. בתגובה כמה מבני הטימפאנוגוט ירו בבקר או גנבו תירס. החורף היה קשה במיוחד והטימפאנוגוט גנבו בקר עבור מזון. בינואר 1850 דיווחו המתיישבים בפורט יוטה למרכז בסולט לייק סיטי שהמצב הופך למסוכן. הם דרשו שחבורה צבאית תתקיף את הטימפאנוגוט. המיליציה של המורמונים "לגיון נאוו" נשלחה מסולט לייק סיטי וב-8 וב-11 בפברואר הם נלחמו בטימפאנוגוט. ב-14 בפברואר נכנעו 11 לוחמים מהטימפאנוגוט, אבל מאוחר יותר הוצאו להורג בעוד בני משפחתם צופים. רופא ממשלתי נשלח לאתר ההוצאה להורג וכרת את ראשיהם של הטימפאנוגוט לבדיקה מאוחר יותר. בקרבות נהרג איש מיליציה אחד ו-102 מבני הטימפאנוגוט. בשנים אחר-כך התגוררו פחות ופחות בני טימפאנוגוט בעמק יוטה, ובהגיע 1872 כל בני הטימפאנוגוט עברו לשמורה האינדיאנית של יואינטה ויוראי. עם זאת, מדי פעם חזרו טימפאנוגוט לדוג באגם יוטה עד שלהי שנות ה-20 של המאה ה-20.
קפטן הווארד סטנסברי (Howard Stansbury; 1863-1806) מקורפוס המהנדסים הטופוגרפיים של צבא ארצות הברית נצטווה למפות, לסרוק ולחקור את עמקי יוטה וימת המלח. ב-1850 חקר סטנסברי את אגם יוטה ואת יוטה. ותיעד את חיות הבר במקום.
המערכת האקולוגית.
במקור היו באגם ובסביבתו ארבעה מינים של דו-חיים, שנים עשר מינים של זוחלים, שלושה עשר מינים של דגים, 152 מינים של עופות ו-42 מינים של יונקים. הזרמת שפכים בלתי מטוהרים, הרס בית הגידול הטבעי, ציד והחדרת מיני דגים גרים גבו מחיר מהמינים המקומיים באגם וסביבו.
כמה ממיני היונקים השוכנים סביב האגם הם אפלול אמריקני, עטלף כסוף שיער ("Lasionycteris noctivagans"), אייל פרדי שחור-זנב, עכבר כיס בוטה ("Thomomys bottae"), חולדה סוחרת מדברית ("Neotoma lepida") ובואש מפוספס. היו שבעה עשר מינים של רכיכות באגם יוטה. רק שלושה דווחו במערכת האקולוגית של האגם ב-1969, ומין אחד נכחד. הפרט החי האחרון של "Stagnicola utahensis", שבלול של מים מתוקים, נראה לאחרונה בתחילת שנות ה-30 של המאה ה-20. ארבע דגימות נשלחו למוסד סמית'סוניאן ב-1911 והמקום היחיד שבו אותר השבלול הוא אגם יוטה.
עופות.
במהלך המאה ה-19 ועד שנות ה-30 של המאה ה-20 התייחסו לקטילת עופות אוכלי דגים כאמצעי לשימור הדגים. רשויות ממשל מקומיות נהגו לחלק פרסים למי שהביא גוויות של עופות כאלו. דו"ח של צייד מציין: " היה פרס שחולק בגין עגורים ואנפות ב-1895. שני אנשים היו מסוגלים להרוויח עד 66 דולר ליום. כשהם משכשכים לתוך מושבות ההטלה בלא מכנסיהם הם יכולים לפצח את ראש האנפה במכה. כאשר שולם הפרס על שקנאי... תפסנו גם שחפים. כ-10,000 נשחטו. בתעלה הגדולה... ירינו בארבע מאות או חמש מאות שקנאים. ב-1928 הרגתי 1,240 אגמיות. היינו אוכלים את הלבבות וקיבות השרירים, לוקחים את הנוצות והשמן ונפטרים מהשאר."
כ-226 מינים של עופות משתמשים כיום באגם כביתם הקבוע או כתחנת ביניים בעת נדידתם. שמורת ביצות אגם יוטה (Utah Lake Wetland Preserve) הוקמה בקצה הדרומי של אגם יוטה. היא כוללת שתי יחידות, האחת במפרץ גושן, משתרעת על שטח של 88 קילומטרים רבועים, והשנייה בביצת בנג'מין (Benjamin Slough). בין העופות שניתן לראות באגם יוטה כלולים: עגור קנדי, קורמורן מצויץ ("Phalacrocorax auritus"), אוח וירג'יניה, קתרטס תרנגולי, עיט זהוב, ברווז קינמון וברכייה.
דגים.
פארלי פראט ביקר בפורט יוטה ביוני 1849 וראה אלפי דגים שנלכדו על ידי המתיישבים והטימפאנוגוט. הוא העריך שניתן לדוג בבטחה 5,000 חביות של דגים. בחורף של 1885–1886 מתו מרבית חיות המשק של המתיישבים המורמונים ביוטה. מנהיגי הכנסייה המורמונית שלחו חברי כנסייה מעמק סולט לייק לאגם יוטה להביא דגים, והם הביאו 44 טון של דגים בחזרה. ענף הדיג המסחרי החל באותה שנה. בכינוס הכללי של הכנסייה המורמונית ב-1870 מונתה ועדה לפתח גידול דגים בשל הירידה ביבול הדגים מאגם יוטה. החל משנת 1904 נאסר בחוק דיג מסחרי של דגים, מלבד דגים גרים, באגם יוטה.
לפחות 25 מינים של דגים הוכנסו למי אגם יוטה. 13 מתוכם לא נקלטו. קרפיון, בס גדול-לוע ("Micropterus salmoides"), בס לבן ("Morone chrysops"), "Ameiurus melas" ממשפחת האיכטלוריים, שמפנון תעלות ("Ictalurus punctatus"), "Sander vitreus" ממשפחת הפרקיים, דג זהב, אוקונוס צהוב ("Perca flavescens"), כחול-זים ("Lepomis macrochirus") ו-"Pomoxis" שחור מצויים בשפע. לעומת זאת, גבנון זהוב ("Notemigonus crysoleucas") ו-"Pimephales promelas" נדירים למדי.
מ-13 מיני הדגים המקוריים של אגם יוטה, מין אחד נכחד ("Cottus echinatus", באנגלית Utah Lake sculpin), מין אחד כבר לא חי באגם ("Iotichthys phlegethontis", June sucker) ונבחן האם הוא עונה על הדרישות להגדרתו כמין המוגן על פי חוק המינים בסיכון (Endangered Species Act), מין אחד כבר מוגדר בסיכון ("Chasmistes liorus"), ואחד מצוי בשפע יחסי ברחבי יוטה ("Catostomus ardens"). כל שאר המינים המקוריים לא קיימים באגם.
היסטורית הייתה טרוטת קלארק יוטה ("Oncorhynchus clarki utah") הדג הטורף הראשי במערכת האקולוגית, אבל כעת תפוצתה מוגבלת ליובלים המובילים לאגם. סקירה ב-2008 ציינה שאוכלוסיות בנות קיימא מפוזרות בכל רחבי תחום המחייה ההיסטורי של הדג ואין הצדקה לסווגו כמין מאוים או מין בסיכון.
הפעם האחרונה שנראה ה-Utah Lake sculpin באגם הייתה ב-1928, וככל הנראה נכחד בשנות ה-30 של המאה ה-20 לאחר שבצורת חמורה גרמה לירידה ברמת פני האגם, ואפשרה לרוב מימיו לקפוא בחורף וכל הדגים הצטופפו בחלקים שלא קפאו. צפיפות זו וזיהום שמקורו במי נגר עילי מקובלים כגורמים הסבירים להיכחדות הדג.