אוניות המעפילים היו מאוישות בצוות מקצועי שהיה צוות זר. הוברר שיש צורך שבין מלווי האוניות יהיה בעל מקצוע הבקיא באמצעי ההנעה ומערכות ההשטה של הספינות. לצורך הכשרת בעלי מקצוע כאלה נפתח בבית הספר המקצועי טיץ בקיבוץ יגור קורס למכונאות ימית, והנושאים העיוניים נלמדו בבית הספר בסמ"ת בחיפה.
בתחילת שנת 1945 התקיים קורס חובלים ראשון של הפלי"ם בבית הספר הימי בחיפה בקורס שארך שישה חודשים הוקנה ידע תאורטי ומעשי בהשטת אוניות ברמה של חובל שני בצי הסוחר. כן הוחדרו נושאי ההעפלה והיחס למעפילים. המדריך הראשי בקורס היה שמואל טנקוס. אחד החניכים בו היה אברהם זכאי שנעשה מפקד ראשון של הפלי"ם. נערכו 5 קורסים ברצף בהם הוכשרו כ-80 חניכים. בוגרי קורס חובלים של הפלי"ם היו נכונים ליציאה מחוץ לארץ ישראל, למפגש עם העולים פליטי השואה, להכנת אוניות לקליטתם, להפלגה ים והורדת העולים בחוף.
הקדטים במגמת מפעילי רדיו משלושת המחזורים הראשונים הצטרפו לגדעונים ותרמו רבות להצלחת מפעלי ההעפלה. ביניהם יואש צידון.
ועד הנאמנים.
קבוצת מקימי בית הספר הימי בחרה את עצמה כ"ועד הנאמנים" - גוף שפעל להנחית בית הספר וחשוב מכל למצוא לו מימון. חברי הוועד הראשונים היו: ד"ר סולובייטשיק יו"ר, בן נחום ואבא חושי מטעם החבל הימי לישראל. ד"ר שלמה קפלנסקי וד"ר שלמה ברדין מטעם הטכניון. מנהל הטכניון, מטעם הסוכנות היהודית: יצחק גרינבאום, בר-כוכבא מאירוביץ ו ד"ר נפתלי וידרא.
ועד הנאמנים המשיך בתפקידו גם מול בית הספר לקציני ים בעכו עד שהוחלף על ידי הדירקטוריון של החברה לחינוך ימי.
תקופת אנריקו לוי.
ב-4 בספטמבר 1951 קיבל רב חובל אנריקו לוי את ניהול בית הספר הימי. לוי בוגר אקדמיה ימית בוונציה ניתב את בית הספר לעצמאות. תוך חודש מתחילת כהונתו הגיש הצעה לשדרוג בית הספר לבית ספר עצמאי שיתנהל באניית אימונים ומגורים שתעגון דרך קבע בנמל חיפה. התוכנית לא התקבלה מחשש שתחזוקת האנייה תיעשה על חשבון ההכשרה והלימודים.
הייתה זו תקופת הרחבה לצי הסוחר הישראלי במסגרת הסכם השילומים התקבלו אניות מגרמניה ונוצר צורך בקציני ים וצוותים לאיושן.
גם בחיל הים הישראלי נעשתה הערכת הצרכים בקציני ים. והמסקנה הראשונית הייתה לקיים הכשרה משותפת לשירות בים לצי הסוחר ולחיל הים. בחודש אפריל 1952, מונתה ועדה משותפת לחיל הים בראשות קצין ההדרכה, סא"ל שלמה אראל, והנהלת בית הספר. שהגישה את תוכניתה ביוני 1952 לשלב הכשרה הצבאית בפעילות בית הספר. הוועדה ביקשה לבדוק את מוכנות בית הספר ליצור את טיפוס הקצין הימי הישראלי אשר יהיה, בין היתר, .
הוועדה הגישה הצעה לתוכנית לימוד בת חמש שנים, כשהשנה האחרונה נלמדת במסגרת שירות החובה. ההשכלה משלבת לימודי בגרות במגמה ריאלית, עם מקצועות ימיים ברמה של קצין שני בסיפון, וקצין מכונה שני. הציעה כי כל החניכים יעברו קורס קצינים בסיסי במסגרת בית הספר ויוכלו להשתמש במתקני חיל הים לצורכי אימונים. ההצעה התקבלה.
אנריקו לוי וסגל בית הספר חיפשו מקום והגיעו למפרץ עכו. כאן גילו רצועת חוף ארוכה יחסית ממזרח למערב שאינה מושפעת מגלי חוף בכל כיווני הרוחות. ראש העיר עכו יוסף גדיש תמך ותרם את גן העיר ובניני תחנת הרכבת שעמדו ללא שימוש.
בשנת 1954 נפרד בית הספר מהטכניון ועבר למשכנו הנוכחי בחוף עכו. בית הספר קיבל מעמד ממלכתי תחת משרד החינוך, משרד הביטחון ומשרד התחבורה. שמו החדש "בית הספר לקציני ים עכו". השם בנוסח הלועזי השתנה מ ל.
המחזור שהחל את לימודיו בשנת הלימודים תשי"ג בחיפה הוגדר כמחזור א' של בית הספר המשודרג. למד שנתיים בעכו והצטרף לקורס חובלים ה' בחיל הים. הסמכתו ב-7 בדצמבר 1957 ציינה את התפוקה הראשונה מבית הספר המשודרג.
סגל בית הספר.
לעזרתו של אנריקו לוי מונה כמפקד הקדטים סא"ל מיל יהודה קלאוז שהגיע מחיל התותחנים לאחר שירות קודם בצבא הבריטי. את הניהול האדמיניסטרטיבי ביצע סא"ל דימ' יעקב יפה. כמנהל ההוראה שימש שמעון מהרש"ק ואחריו צבי וכס המורה לאנגלית. הניווט החופי והאסטרונומי על ידי רב חובל עמנואל קלמפרר ואת השיט המעשי ניהל יעקב אגייב בצריף הסירות.
ביקורים בבית הספר.
בית הספר העצמאי במתכונתו ומיקומו הייחודי משכו תשומת לב של אנשים חשובים רבים. שבאו מתוך סקרנות או רצון ללמידה. הקדטים בבית הספר נערכו לכל ביקור כמו למבצע והפגינו הופעה נאה וגאוות יחידה. האורחים התקבלו בהתאם לחשיבותם על ידי משמר כבוד ושריקות בצפצפת רב המלחים. קדט זקיף בשער היה הראשון להצדיע לאורחים.
עיצוב המנהיגות הימית.
הנהלת בית הספר סגל ההוראה ומדריכי הפנימיה עבדו במתואם ושאפו ליצור קצין ים שיהיה: בעל ידע מקצועי, יפגין דוגמה אישית ויתפקד ביחסי אנוש בריאים בצוות ובהיררכיה פיקודית. לשם כך נקבעה תוכנית לימודים ותקנון מפורט להתנהלות נכונה. המורים והמדריכים השקיעו תשומת לב רבה והקפדה על פרטים וכך הנחילו צורת חשיבה לקדטים.
הקנית הידע המקצועי.
תוכן הלימודים הלימודים נערכו התוכנית הנדרשת לבגרות מגמה ריאלית. לימודי השפה האנגלית לפי ספר Tha Sea Around Us שנכתב על ידי Rachel Carson וכלל מידע רב על המתרחש בעולם המים. בניגוד לבתי ספר תיכון רגילים לא נלמדה שפה שלישית.
מרבית האוניות בעולם הונעו באמצעות קיטור. נושא תרמודינמיקה נלמד על ידי מגמת מכונה וציון במבחני בגרות. במגמת שייט נלמדו נושאים כניווט חופי וניווט אסטרונומי שנכלל בבחינת הבגרות. נושאים כמו: בנין אוניות ויציבות אונייה, נלמדו על ידי שתי המגמות.
מיקוד - בלימודי השפה העברית נדרשו הקדטים למיקוד ובהירות לסכם נושא בחיבור בגודל דף אחד.
ציוני מבחנים פורסמו דרך קבע בלוח המודעות. לעידוד התלמידים המתקדמים ודרבון האחרים.
"'בלימודים המעשיים" בבית המלאכה תורגלו הקדטים בשנה הראשונה בעבודת שיוף ידני של ריבוע מתכת. השיוף נמשך משיעור לשיעור והריבוע הולך וקטן. בדיעבד הוברר כי נרכש הרגל של סידור הכלים הנחוצים לפני העבודה והחזרתם למקומם הקבוע לאחריה. נרכש הרגל של התחלה וסיום בשולחן נקי.
שיט בסירות צריף הסירות נבנה בפינה המערבית של חוף בית הספר. האזור מוגן מהרוח המערבית השלטת. מספר סירות פח שהורדו מאניות ונרכשו שלוש סירות מדגם 'לווייתנית'. לא היה מזח עגינה ושיעור השיט כלל הורדה והרמה מהמים בדחיפה על צינורות. כך נרטבים עד המותניים לפני השיעור. לימים קבעו בגדים מיוחדים לשיט אשר לא מנעות את ההרטבה.
שחייה בים – כושר השחיה מקנה ביטחון בסיסי לשיט בים. חוף הים של בית הספר אפשר מגע רב ובלתי אמצעי עם הים. אימוני שחייה היו חלק חשוב בהכשרת הקדטים. כל הזדמנות יורדים לחוף ושוחים עד ל'אי הזבובים' בפתח נמל עכו. פעם בשנה נעשה משחה חומות עכו ירידה למים מול משטרת עכו ושחייה רגילה ללא טלפיים או חגורת הצלה עד חוף בית הספר.
בניית הדוגמה האישית.
החדרת הדרך הנכונה לביצוע נעשתה בשילוב של פעולות ובעיקרן תשומת לב והקפדה על הצורה שבה מתבצעות הפעולות. הדוגמה אישית שולבה בטיפוח גאווה של קדט על עצמו ועל בית הספר. פניה מכבדת הקדמת המילה 'קדט' ושם המשפחה. מרבית התלמידים המונח קדט היה חדש. עד מהרה התברר כי הזכויות בו הן בעיקר עתידיות כאשר יוסמך לקצונה. החובות לעומת זה החובות קיבלו ביטוי מיידי מול הקדט נצבו דרישות רבות.
כובע הקצינים - האביזר החשוב ביותר לבנית תדמית התלמידים, כצוערים השואפים למנהיגות ימית. מנהג חבישת כובע קצינים לצוערים מקובל במרבית מוסדות הכשרת הקצונה בעולם. חבישת כובע הקצינים החלה עם פתיחת בית הספר הימי בחיפה.
כובע ציפה לבנה מעל מצחיה שחורה ובמרכז הסמל היווה חלק עיקרי במדי בית הספר, נחבש משנת הלימודים השנייה שימש את הקדטים במשך שלוש שנים עד טקס הסיום. הכובע נחבש כל היום למעט בזמן השיעורים והארוחות. לחופשות שהיו פעמים בשבוע ולחופשה חודשית. חבישת הכובע בנתה לנערים הצעירים שפת גוף אסרטיבית מעוררת כבוד. המצחיה מחייבת להרים את הראש לזקוף את הגב. כך להביט בעיניים מול אחרים ולהקרין חשיבות עצמית.
בתחילת שנות התשעים בתקופת זאב אלמוג (אברוצקי) נדחתה חבישת כובע הקצינים רק במהלך השנה הרביעית. קדטים בשלוש השנים הראשונות קיבלו כומתה המשדרת משמעת בעת חבישתה אך בדרך כלל אינה נחבשת.
חבישת כובע הקצינים כיום נעשית בתחומי בית הספר במסדר בוקר ואירועים מיוחדים ואינה נדרשת בחופשות. הופעת הקדטים נפגמת, אין השפעה על יציבת הגוף והתדמית העצמית נמוכה.
מדים לבנים הקדטים בבית הספר לבשו מדים לבנים כל שבת ואף יצאו כך לחופשות. המדים הלבנים משכו תשומת לב והקדט ידע שהוא מייצג את בית הספר. כדי לשמור על המדים נמנעו מלהתחכך בעמודים ועצים והתיישבו רק במקומות נקיים. המדים הלבנים חייבו התנהגות ראויה, יצרו מודעות עצמית גבוהה והוו פרסום יעיל להרשמת תלמידים חדשים. בשנות ה-2000 צומצם המנהג של לבישת מדים לבנים, ונשמר רק בטקסים ואירועים מיוחדים. ההשפעה הטבה על התדמית העצמית והחיצונית נפגמה.
עמידה בזמנים - הקפדה שכל ביצוע יתחיל בדיוק בזמן הנקוב לו. חזרה מחופשה חודשית יום א' עד שעה 12:00. חזרה מחופשה שבועית עד 22:00. סדר יום מחייב 05:50 השכמה 6:00 התעמלות בוקר המסתיימת ברחיצה בים. 7:00 ארוחת בוקר. מסדר בוקר - 07:30, תחילת לימודים - 08:00, ו-21:30 כיבוי אורות למחלקות א וב 22:00 למחלקות ג' וד'.
כל ארוחה טקס – נימוסי שולחן: מהיום הראשון בכיתה א' אכילה בסכין ומזלג, יושבים במקומות קבועים ומתחילים יחד. שקט מלא אין דיבורים והזזת הכיסאות בהרמה ולא בגרירה רועשת.