במרץ 1640 נבחר לפרלמנט הקצר כנציג של טיוקסברי. בתחילת מלחמת האזרחים, שפרצה ב-1642, הוא נמנע מלהשתתף באירועים. באביב 1643 הוא הצטרף למלוכנים והקים רגימנט רגלים ומשמר פרשים שנלחמו למען המלך צ'ארלס. בפברואר 1644 הוא החליף את נאמנותו, ועבר ללחום לצד כוחות הפרלמנטרים בדורסט. מאוחר יותר הוא טען שהשינוי נבע מכך שהבין שמדיניות המלך היא מסוכנת לדת ולמדינה. מסיבות שאינן לחלוטין ברורות, במהלך 1645 הוא הפסיק למלא תפקיד אקטיבי בצבא הפרלמנט ועבר לתפקידים אזרחיים.
ב-1646 קופר החל להשקיע בעסקים בקולוניות. הוא רכש מטע סוכר בברבדוס, שהעסיק עבדים והשקיע במניות בספינה שעסקה בסחר העבדים האטלנטי.
שלטון קרומוול.
אשתו הראשונה של קופר מתה ביולי 1649. באפריל 1650 הוא נישא בשנית לפרנסס ססיל, בתו של רוזן אקסטר השלישי. בנו הבכור (לימים, אנתוני אשלי קופר, רוזן שפטסברי השני) נולד ב-1652.
בשנת 1652 הפרלמנט "המקוצץ" (the Rump Parliament) מינה את קופר לשרת בוועדה שהייתה אמורה לסייע בקביעת רפורמות חוקתיות. הוועדה התכנסה לזמן קצר והמדיניות שהציעה לא התממשה. ב-1653 הוא קיבל חנינה רשמית על מעשיו בתחילת מלחמת האזרחים, והוא מונה לפרלמנט (Barebone's Parliament) כנציג של וילטשייר. הוא שכנע את הרוב בפרלמנט לאפשר לאוליבר קרומוול להפוך ללורד פרוטקטור, מונה למועצת המדינה, וכיהן כחבר בפרלמנט של 1654.
תמיכתו בקרומוול הסתיימה בסוף 1654 היות שסבר שקרומוול נוטה לשלוט באמצעות הצבא ולא באמצעות הפרלמנט. בתחילת ינואר 1655 הוא הפסיק לקחת חלק בישיבות מועצת המדינה ותמך בהחלטת פרלמנט לאסור על הממשל לשלם או לאסוף כספים ללא הסכמת הפרלמנט. קרומוול פיזר את הפרלמנט בסוף אותו החודש. באותה שנה קופר נישא בשלישית למרגרט ספנסר, פחות משנה לאחר שנפטרה אשתו השנייה.
בפברואר 1655 כתב המלך הגולה צ'ארלס השני לקופר בבקשה שיצטרף למאמצים להחזרת שלטון בית סטיוארט בתמורה לחנינה. קופר לא השיב לו בשלב זה. הוא נבחר שוב לפרלמנט ב-1656, ושמו נכלל ברשימה של כמאה נציגים שמועצת המדינה סרבה לישיבתם בפרלמנט. הוא מחה יחד עם אחרים כנגד צעד זה, ובסופו של דבר קיבל את המושב בפרלמנט ב-1658. האופוזיציה שלו לקרומוול בשלב זה הייתה ברורה. קרומוול פיזר את הפרלמנט שבועיים אחרי שקופר וחברי פרלמנט אחרים שנכללו ברשימה החלו לכהן.
קופר המשיך לכהן כנציג בפרלמנט שהתכנס תחת שלטונו של ריצ'רד קרומוול ולקדם שליטה אזרחית בצבא. הוא נעצר לתקופה קצרה באוגוסט 1659 בחשד ששיתף פעולה עם ניסיון התקוממות מלוכנית, אך שוחרר וזוכה מהחשדות כעבור מספר שבועות. בסוף אותה שנה, לאחר שהצבא השתלט על מועצת המדינה, הוא שיתף פעולה עם קבוצה של מדינאים שהקימו מועצת מדינה אלטרנטיבית וביקשו להשיב את הפרלמנט המקוצץ. הוא גם שיתף פעולה בניסיון שנכשל להשתלט על מצודת לונדון. בדצמבר הפרלמנט המקוצץ התכנס ומינה את קופר כאחד משבעה נציבים בעלי שליטה זמנית על הצבא ואחד משלושה נציבים בעלי שליטה על מצודת לונדון. הוא תמך בצעדה של ג'ורג' מונק ללונדון וברסטורציה של הפרלמנט הארוך. כשהפרלמנט הארוך התכנס הוא מונה שוב למועצת המדינה.
באפריל 1660 הוא נבחר כנציג של וילטשייר לפרלמנט (Convention Parliament) והצביע בעד הרסטורציה. הוא נבחר לאחד משנים-עשר הנציגים שנשלחו להאג להזמין את צ'ארלס השני לחזור לאנגליה.
לאחר הרסטורציה.
קופר חזר לאנגליה יחד עם צ'ארלס ב-2 במאי 1660 ובאותו החודש מונה לחבר במועצה המלכותית. הוא קיבל חנינה על פעולותיו תחת שלטון קרומוול ותמך במדיניות מתונה כלפי אחרים ששיתפו פעולה עם השלטון בתקופת האינטרגנום. המדיניות שהתקבלה היא שרק אלה שהיו מעורבים ישירות בהחלטה להוציא את המלך להורג ובהוצאה להורג עצמה לא יקבלו חנינה.
באפריל 1661 הוא קיבל מצ'ארלס השני את התואר ברון (הברון אשלי מוימבורן סנט ג'יילס). בהתאם, בשנים 1661–1672 הוא כונה לורד אשלי. במאי אותה שנה הוא קיבל מושב בבית הלורדים ומונה לשר האוצר (Chancellor of the Exchequer). הוא מונה גם לסגן של הלורד הראשון של האוצר, שהיה דודו הרוזן סאות'המפטון. כחבר במועצה המלכותית הוא ישב בוועדות רבות, כולל במועצת הסחר ובוועדה שעסקה במטעים בקולוניות מעבר לאוקיינוס.
לורד אשלי התנגד לנישואין של צ'ארלס השני וקתרינה מברגנסה, כיוון שחשש שברית עם פורטוגל, בת בריתה של צרפת ויריבתה של ספרד, תכניס את אנגליה למרחב ההשפעה הצרפתי. בכך הוא יצא כנגד המדיניות שהתווה הרוזן קלרנדון, וזו הייתה תחילתה של יריבות ארוכת שנים ביניהם. עם זאת, יחסיו עם המלך התחממו, והוא הפך בהדרגה לדמות משמעותית ביותר בחצרו. בשנת 1663 אשלי קיבל, יחד עם שבעה אצילים אחרים, את הזכות על שטח נרחב בצפון אמריקה, פרובינציית קרוליינה.
בשנת 1667 אשלי תמך בחוק שמנע יבוא של בקר מאירלנד לאנגליה. זו הייתה הפעם הראשונה שהוא צידד בעמדת הרוב בבית הנבחרים, שלא היה מרוצה מהמדיניות של המלך. התמיכה של אשלי בחוק והתרחקותו מחצר המלך עלו לו בכך שלא מונה ללורד הראשון של האוצר לאחר מותו של הרוזן סאות'המפטון. באותה שנה אשלי הזמין את הפילוסוף ג'ון לוק להיות מזכירו ובן ביתו.
לאחר הכישלון במלחמת הולנד-אנגליה השנייה, קלרנדון איבד את אמון המלך ואת תפקיד הלורד צ'נסלור. למרות היריבות ביניהם, אשלי לא תמך בהדחה של קלרנדון והצליח למנוע את כליאתו במצודת לונדון.
הממשל שירש את קלרנדון כונה על ידי היסטוריונים הקאבא"ל (CABAL), ראשי תבות של האצילים שלכאורה הובילו אותו, כאשר אשלי מיוצג על ידי ה-A השנייה (קליפורד, ארלינגטון, בקינגהאם, אשלי ולודרדייל). בפועל החמישה לא היו קבוצה מאוחדת, ואשלי לא היה בתחילה בקבינט של המלך או במרכז קבלת ההחלטות. עם זאת, לאחר שהחלים מניתוח מסובך ב-1668, הוא חזר לכהן במספר ועדות חשובות שעסקו במסחר ובקולוניות, והוא המשיך להרחיב את השקעותיו בקולוניות. בעזרת לוק הוא כתב את החוקה היסודית של קרוליינה ב-1669. באותה שנה הוא צורף לוועדה לענייני חוץ ותמך באיחוד פוליטי עם סקוטלנד, שלא יצא לפועל.
העובדה שצ'ארלס וקתרינה לא הצליחו להביא ילדים, ושיורש העצר נותר אחיו של צ'ארלס, ג'יימס הדוכס מיורק, עוררה את חששם של רבים, ובכללם אשלי. אשלי תמך בקריאה לצ'ארלס להצהיר על בנו הלא חוקי, ג'יימס, דוכס מונמות' כחוקי, אך צ'ארלס לא נענה לניסיונות השכנוע. הוא תמך גם בהצעת חוק שהונחה במרץ 1670, לפיה צ'ארלס יוכל להתגרש ולהתחתן מחדש, וטען שנישואין הם עניין אזרחי, לא כנסייתי. הצעת החוק התקבלה, אבל צ'ארלס סירב לפעול לפיה.
אמנת דובר הסודית , לפיה צרפת ואנגליה ישתפו פעולה במלחמה נוספת נגד הולנד וצ'ארלס יכריז על עצמו קתולי, נשמרה בסוד מאשלי. כדי להבטיח את שיתוף הפעולה שלו (ושל בקינגהאם ולודרדייל) עם התוכניות למלחמה, הוכנה "אמנת כיסוי" (cover treaty או traité simlulé) שתנאיה דומים לאלה של האמנה הסודית, אך לא נוגעים לדת של המלך. אשלי חתם על האמנה יחד עם שאר חברי הקאבא"ל, לאחר שהתעקש על הגדלת חלקה של אנגליה בטריטוריות ההולנדיות שייכבשו. הוא תמך גם בהכרזת האינדולגנציה של 1672, שפטרה קתולים ופרוטסטנטים לא קונפורמיסטיים מעונשים. המטרה הרשמית של ההכרזה הייתה להבטיח את שיתוף הפעולה של זרמים לא קונפורמיסטיים במלחמה נגד הולנד הפרוטסטנטית. הכרזת המלחמה הובילה גם לסבב נוסף של האצלת תארים על חברי הקאבא"ל, במטרה להבטיח את נאמנותם, ואשלי קיבל תואר רוזן (Earl). בהתאם, החל מ-1672 הוא נקרא רוזן שפטסברי הראשון. באותה שנה הוא גם מונה ללורד צ'נסלור.
הכרזת האינדולגנציה עוררה סערה וכעס בבית הנבחרים ובציבור. שפטסברי הגן עליה, אך לבסוף היא בוטלה. על אף תמיכתו בה הוא תמך גם בחוקי המבחן של 1673 (the Test Act), אשר הפלו לרעה קתולים ופרוטסטנטים לא קונפורמיסטיים. אחת הסיבות להתרחקות של שפטסברי מהמלך היא החשש מפני יורש עצר קתולי. ג'יימס לא לקח את הסקרמנט האנגליקני בפסחא 1673, ובאותה שנה החליט לשאת לאישה את מרי ממודנה הקתולית. שפטסברי מחה על כך באופן גלוי ואפשר לבית הנבחרים למחות על הנישואין. בתגובה, ג'יימס דרש מצ'ארלס שיפטר את שפטסברי. צ'ארלס, שכך או כך כבר חשד ששפטסברי אינו נאמן, פיטר את שפטסברי ב-9 בנובמבר 1673.
לאחר פיטוריו מתפקיד הלורד צ'נסלור, המשיך שפטסברי לכהן כנציג בפרלמנט. הוא סירב בתחילה לניסיונות גישור בינו לבין המלך והמשיך לטעון כנגד האפשרות של מלוכה קתולית באנגליה. הוא סולק מהמועצה המלכותית ב-1674 והוצא צו שהורה לו לצאת מלונדון. עם זאת, כשהפרלמנט התכנס שוב ב-1675 ונידונה בו הצעה של לורד דנבי להחמרה של חוקי המבחן האנטי-קתוליים, שפטסברי התנגד להצעת החוק ובאופן זמני נוצר שיתוף פעולה בינו לבין ג'יימס. הוא אף נקרא חזרה לתקופה קצרה לחצר המלך. זו הייתה תחילתה של יריבות ארוכת שנים בינו לבין דנבי. באותה שנה הוא כתב (ייתכן שבעזרת לוק) את הפמפלט "A Letter from a Person of Quality to His Friend in the Country" שהוקיע את דנבי כאויב של הפרלמנט וכתומך באבסולוטיזם המגובה ברעיון זכותם האלוהית של מלכים.
בפברואר 1677 נפתח מושב חדש של הפרלמנט. שפטסברי, יחד עם מספר הציגים אחרים, ניסו להעביר החלטה לפיה, על פי חוק מתקופת אדוארד השלישי, לא קיים פרלמנט חוקי ועל המלך לכנס פרלמנט חדש. תקוותם הייתה שאם ההחלטה תתקבל הפרלמנט החדש יהיה רדיקלי יותר ויאפשר התנגדות חריפה יותר למדיניות המלך. אולם, התוכנית נכשלה ובעקבותיה שפטסברי נשלח ב-15 בפברואר למאסר במצודת לונדון. הוא היה כלוא במצודה עד שהסכים להתנצל על מעשיו ב-25 בפברואר 1678. מספר ימים לאחר שחרורו, חזר שפטסברי לבית הלורדים.