בשנת 1989 ספרטק זכתה באליפות ברית המועצות האחרונה שלה כשהיא גוברת על יריבתה המשובעת דינמו קייב 2:1 במחזור האחרון. חלוצה של ספרטק, ולרי שמארוב הבקיע את שער הניצחון מבעיטת עונשין כתוספת הזמן. בעונה הבאה ספרטק העפילה עד לשלב חצי גמר גביע אלופות אירופה, אחרי שהדיחה קודם את נאפולי ואת ריאל מדריד, אך הפסידה בחצי למרסיי.
הדומיננטיות בליגה הרוסית.
פרק חדש במועדון החל כשברית המועצות נפלה, והוקמה הליגה הרוסית. ספרטק שהובלה על ידי המאמן הראשי אולג רומנצב, שלטה בליגה וזכתה בתשע אליפויות בעשר שנותיה הראשונות של הליג בשנים 1992–2001, כשהיא מייצגת את רוסיה פעם אחר פעם בליגת האלופות. פעם אחת בלבד הפסידה ספרטק את האליפות באותן שנים, בעונת 1995 כשזכתה בה קבוצת אלניה ולדיקווקז.
הבעיות החלו עם פתיחת המאה ה-21, כאשר מספר משחקניה הגדולים כמו אנדריי טיכונוב ואיליה צימבלאר עזבו בעקבות סכסוך עם רומיאנצב, שבהמשך מכר את אחזקותיו בקבוצה לאיל הנפט אנדריי צ'רוויצ'נקו שהיה לנשיא הקבוצה בשנת 2003. השניים הסתכסכו ביניהם ולאחר עזיבתו של רומיאנצב צ'רוויצ'נקו מכר את אחזקותיו לחברת הנפט לוקאויל.
בשנת 2003 ספרטק הוסיפה כוכב מוזהב ללוגו שלה כדי לציין את הזכייה בחמש האליפויות של השנים 1992, 1993, 1994, 1996 ו-1997. עם זאת אותה שנה הייתה לאחת הגרועות בתולדותיה, כשסיימה במקום 10 בטבלת הליגה.
עידן לוקאויל: תחת פדון ואלקפרוב.
בשנת 2003 האוליגרך לאוניד פדון, שיחד עם איש העסקים ואגיט אלקפרוב מחזיק במניות חברת הנפט לוקאויל, רכש את מרבית מניות הקבוצה והפך לבעלים החדש. תחת פדון ספרטק זכתה באליפות העשירית שלה והראשונה אחרי 16 שנים וזכתה לראשונה בטורניר הסופרקאפ הרוסי בכדורגל. בשנת 2005 ובשנת 2006 סיימה ספרטק במקום השני בליגה הרוסית, תחת המאמן אלכסנדרס סטארקובס ואחר כך ולדימיר פדוטוב, לאחר שעברה בתצוגות מרשימות את לוקומוטיב מוסקבה, זניט סנקט פטרבורג ורובין קאזאן בדרך למקום השני ששלח נציגה לליגת האלופות. בשורות הקבוצה שיחק אז הקפטן הנודע דמיטרי אלניצ'ב.
בתחילת שנת 2007 השתתפה ספרטק בטורניר "גביע הערוץ הראשון", שנערך בישראל. במהלך הטורניר, ניצחה ספרטק את מכבי חיפה הישראלית, ובסופו של דבר הפסידה את הגביע לצסק"א מוסקבה.
ב-2013 מונה רומן אסחבאדזה למנכ"ל הקבוצה. בתקופתו, ספרטק הוסיפה כוכב נוסף ללוגו כדי לכלול גם את הזכייה באליפויות מהתקופה הסובייטית ובעונת 2012/2013 העפילה לשלב הבתים של ליגת האלופות אך סיימה אחרונה בבית שהכיל גם את ברצלונה, סלטיק ובנפיקה ליסבון. בליגה ספרטק סיימה רביעית והודחה מהגביע בשלב 16 האחרונות על ידי רוסטוב והשלימה בכך עונה מאכזבת למדי. בשלוש העונות הבאות (2013/14, 2014/15, 2015/16) היא הציגה מאזן דומה כשסיימה ששית או חמישית ולא השתתפה במפעלים האירופיים.
ב-2014 הקבוצה עברה לאצטדיון אוטקריטיה ארנה, סמוך לשדה התעופה טושינו במוסקבה. האצטדיון מכיל 45,360 מקומות ישיבה ונבנה בעלות של מעל 400 מיליון דולרים במטרה לארח המשחקים במונדיאל 2018. ב-2015 מונה נאיל איזמאילוב למנכ"ל הקבוצה.
אליפות 2017.
ספרטק פתחה את עונת 2016/2017 בהחתמת מאסימו קאררה האיטלקי למאמן הקבוצה והבאת מספר שחקנים זרים מוכשרים כמו קווינסי פרומס, זה לואיש, לורנצו מלגארחו, דניס גלושאקוב ואיליה קוטפוב. כתוצאה מכך, במאי 2017 זכתה באליפות העשירית שלה, לאחר 16 שנות בצורת ללא תוארי אליפות וזכתה לראשונה בתולדותיה בטורניר הסופרקאפ הרוסי. הקבוצה הציגה משחק הגנתי לאורך רוב העונה במה שאיפשר לה להשתתף בעונת 2017/2018 בליגת האלופות בשלב הבתים של המפעל. עם זאת הקבוצה ספגה באותה עונה, ב-6 בדצמבר 2017, את התבוסה הגדולה ביותר בתולדותיה כשהובסה על ידי ליברפול בתוצאה 0–7, אף שהביסה קודם את סביליה בתוצאה 5–1.
רצף הכישלונות תחת אולג קונונוב.
עם זאת, הקבוצה התקשתה לשמור על רצף ניצחונות ולאחר מכירת קווינסי פרומס לסביליה הספרדית ב־2018, ספרטק נכנסה למשבר. בתשעת המשחקים הראשונים ללא פרומס, המועדון השיג שני ניצחונות בלבד. בנוסף, ספרטק הייתה במרכז שערורייה עם הרחקתו של הקפטן דניס גלושאקוב מהנבחרת. הפרשנים טענו כי קאררה איבד שליטה על הקבוצה והתפטרותו של המאמן הייתה בלתי נמנעת. ב־21 באוקטובר 2018, ספרטק הפסידה 2–3 בבית לארסנל טולה ולאחר מכן קאררה פוטר. ב־23 באוקטובר פרסם ארגון האוהדים של ספרטק, Fratria, הצהרה בה הביע "אי הסכמה גורפת" עם החלטת ההנהלה לפטר את קאררה ודרש גם הוא להושיב על הספסל את גלושאקוב.
ב־12 בנובמבר 2018 מונה אולג קונונוב למאמן ספרטק, לקבוצה הצטרפו סרגיי קוזנצוב, מיכאיל קוז'בניקוב, סנטיאגו סוארס, סטרגיוס פוטופולוס, שהיו בעבר במטה ארסנל טולה, כמו גם רמיל שריפוב, שהיה במטה של קאררה. לפני פגרת החורף זכתה ספרטק בשלושה ניצחונות באליפות והפסידה שני משחקים ב וסיימה במקום האחרון בבית. ב-18 בדצמבר עזב סרגיי רודיונוב את תפקיד המנכ"ל של ספרטק ומונה למנהל הספורטיבי של המועדון. בינואר 2019 זכתה ספרטק בטורניר הידידות של גביע Match Premier. ב־26 באפריל נעתרה מועצת המנהלים של ספרטק לבקשת סגן הנשיא נייל איזמאילוב וסרגיי רודיונוב להתפטר. כל אלה היו רק סממן למשבר בקבוצה, שבשאר העונה השיגה 6 ניצחונות, 3 תוצאות תיקו ו־4 הפסדים כולל הדחה מהגביע. ב־14 במאי, סוכן הכדורגל תומאס צורן מונה למנכ"ל החדש של ספרטק, וכן לראש מחלקת הספורט של המועדון. במחזור ה-30, ספרטק הפסידה בחוץ לאורנבורג (0:2), הקבוצה סיימה במקום החמישי, שהעניק לה את הזכות לשחק בליגה האירופית בעונת 2019/20, החל מסיבוב המוקדמות השלישי. עם זאת, ניצחון היה נותן מקום בשלב הבתים, אך בסופו של דבר עקפה אותם צסק"א.
בקיץ 2019 עזבו מספר שחקנים בולטים, בהם המגן סלבטורה בוקטי, הקשרים פרננדו ודניס גלושקוב, כמו גם החלוצים לואיס אדריאנו וזה לואיש. את מקומם החליפו הקשרים המנוסים פחות אלכס קראל וגאוס ת'יל, כמו גם החלוצים אסקיאל פונסה וג'ורדן לרסון. ב־27 ביולי, ספרטק הפסידה 0:2 לטמבוב שזו הייתה עונת הבכורה שלה בליגה, במשחק החוץ השלישי בסרנסק, בעוד שבפועל לאורך כל המשחק נשמעו קריאות אוהדי ספרטק שדרשו את התפטרותו של אולג קונונוב והחזרתו של מאסימו קאררה. ב-29 באוגוסט סיימה ספרטק את הופעותיה בליגה האירופית, כשהיא מפסידה לבראגה בפלייאוף (0:1 בחוץ, 1:2 בבית). ב-20 בספטמבר ספגה ספרטק את התבוסה הרביעית ברציפות, הפעם מאופה (0:1). ב־29 בספטמבר 2019, היא הפסידה במשחק מול אורנבורג (1:2), אחרי ששיחקה את 20 הדקות האחרונות של המשחק ברוב, אך לא הצליחה לעשות דבר וזה כבר היה הפסד רביעי רצוף בליגה הרוסית, מה שלא קרה לה מאז 2010. לאחר המשחק התפטר קונונוב שהוכר כמאמן הגרוע ביותר בהיסטוריה של ספרטק. לאחר עזיבתו, סרגיי קוזנצוב, שימש כממלא מקום.
תקופת דומניקו טדסקו.
ב־14 באוקטובר 2019 מונה מאמן ראשי חדש: דומניקו טדסקו בן ה-34 שהיה הגרמני הראשון בתולדות ספרטק. טדסקו שיחק את משחקו הראשון ב־19 באוקטובר 2019 במחזור ה־13 באליפות רוסיה 2019/20 מול רובין קאזאן (0:0). הוא זכה בניצחון הראשון שלו ב-27 באוקטובר במשחק החוץ במחזור 14 בדרבי מול לוקומוטיב (3:0), במשחק הזה טדסקו השתמש בשיטה עם שלושה מגנים מרכזיים. ב־8 בפברואר 2020 זכתה ספרטק בטורניר הידידות גביע Match Premier. ב-14 במרץ 2020, במשחק החוץ של המחזור ה-22 באליפות רוסיה מול אורנבורג (3:1), ספרטק העלתה למשחק עם ההרכב הצעיר ביותר של הקבוצה במאה ה-21 וסיים את העונה במקום השביעי וללא השתתפות במפעלים האירופיים. בגביע הרוסי הוא הוליך את ספרטק לחצי הגמר, שם הפסיד לזניט (1:2).
ב־7 ביולי 2020 הודיע המועדון כי הדירקטוריון החליט לפטר את המנכ"ל תומאס צורן. ב-10 ביולי הודיעה הנהלת ספרטק על מינויו של שאמיל גזיזוב לתפקיד מנכ"ל המועדון. במהלך חלון ההעברות בקיץ הוחתמו חוזים עם החלוץ אלכסנדר קוקורין מזניט סנקט פטרבורג והקשר אוסטון אורונוב וחיזק היטב את ההתקפה של הקבוצה עם שחקנים כמו זלימחאן בקייב ואלכסנדר סובולב. החלוצים גאורגי מלקדזה ואלכסנדר רודנקו, כמו גם הקשר אלכסנדר לומוביצקי וארטיום טימופייב נשארו בהשאלה. לפני סגירת חלון ההעברות, הושאל הקשר ויקטור מוזס מצ'לסי.
ב־9 באוגוסט 2020, ספרטק החלה את העונה החדשה במשחק בית מול סוצ'י (2:2), בו הייתה שערוריית שיפוט כאשר השופט וסילי קאזארצב שרק לשתי בעיטות עונשין שנויות במחלוקת. לאחר המשחק, ראש מחלקת השופטים בהתאחדות, ויקטור קשאי, הודיע כי העונש נקבע באופן שגוי בדקה ה-88 במשחק, ושופט המשחק קאזארצב הורחק מהשיפוט והוא, יחד עם שופט ה־VAR, אלכסיי אסקוב, יעברו בדיקת פוליגרף. ב-12 באוגוסט מסר לאוניד פדון הצהרה בה אמר כי ספרטק תמשיך לשחק באליפות רוסיה, אך אם השופט ימשיכו לפסוק נגדה במשחקים, הקבוצה מוכנה לעזוב את הליגה. ב-29 באוגוסט ניצחה ספרטק את ארסנל טולה (2:1) ויצאה לפגרת הנבחרות בת שבועיים כשהיא מוליכה את טבלת האליפות, לראשונה מאז 21 במאי 2017, כאשר זכתה באליפות. כך אתעונת 2020/2021 ספרטק פתחה עם 4 ניצחונות ו-2 שוויונות ולצד סוצ'י הייתה הקבוצה היחידה שטרם ספגה הפסד ובמחזור הששי כבר ניצבה בראש טבלת הליגה, לראשונה מאז עונת האליפות 2017. באותה עונה ספרטק הגיעה לרצף של 14 משחקים רצופים בהם היא מבקיעה, במה שהייתה לסדרה הארוכה ביותר בתולדות הליגה