בשנת 1759 יכבוש צבא שושלת זנד את ג'ורג'אן, יביא את הקאג'ארים להיות לנתיניו ויהפוך את שני בניו הבכורים של מוחמד חסן ביחד עם שליח ראשי שלו להיות למושלים על גולסתאן. מוחמד אע'א ואחיו חוסיין קולי יברחו לעבר הערבה ממזרחה עד אשר יתפסו ויועברו כאסירים פוליטיים של זנד אל טהראן.
עלייה לכוח.
ב-16 השנים בהם היה מוחמד אע'א אסיר פוליטי בחצר המלוכה של שושלת זנד הוא קיבל התייחסות של אורח יתרה על אסיר. למעשה, בכל שנותיו במאסר, אפילו כאשר היה משבר בין זנד לשושלת הקאג'ארית, קארים ח'אן זנד נתן למוחמד אע'א את מילתו כי לא ישומש למען סחיטה פוליטית. קארים ח'אן הוקיר ביכולותיו הפוליטיות של אסירו הפוליטי ועל כן עם הזמן שיתף אותו בנושאי מדינה והפך אותו ליועץ השאה בעוד העבירו מטהראן אל שיראז. תחביבו העיקרי של מוחמד אע'א היה ציד, לעיתים היה יוצא למסעות ציד אשר נמשכו מספר ימים ארוכים עד אשר שב לשיראז, בזמנים אלו הוא שמר על קשר דרך מכתבים עם אחותו או דודתו, מי מהן אשר הייתה בארמון השאה.
בלילה בין ה-1 ל-2 במרץ של 1779 התוודה מוחמד אע'א כי אדונו קארים ח'אן נשם את נשמתו האחרונה. מיחד עם חבר נאמנים מועט נע מוחמד אע'א מאזור שיראז צפונה והגיע אל אספהאן תוך כשלושה ימים. בעודו נמלט, מלחמת אזרחים על ירושת הכס של שושלת זנד החלה עוד לפני שקארים נקבר. מוחמד אע'א המשיך צפונה עד אשר הגיע אל שבט הקאג'ארים לקחת את הפיקוד. אחיו, מוחמד קולי מנע ממנו את הכניסה לג'ורג'אן ובמשך עשר שנים לחם מוחמד אע'א כדי לאחד את כל הפלגים הקאג'ארים לכוח אחד, במהלך העשור הזה התמחה בטקטיקה צבאית, דיפלומטיה, פוליטיקה, מדינאות ועוד עד אשר הפך לראש (צ'יף) השבט.
במסגרת המלחמה לאיחוד השבט, השפעתם וסמכותם של פלגי השבט התפשטה לעברי כלל החוף הפרסי אל הים הכספי וכעת הייתה להם השפעה עליונה על הים כמו גם שליטה על כל מה שהיה בינו לבין רכס הרי האלבורז ואף מעבר לו. נוסף על כך הסכסוך דלף אל שכניו ואף הייתה התנגשות כוחות שאירעה עם האימפריה הרוסית; כאשר פלוגה ימית של הצי הרוסי בים הכספי תכננה לכבוש ולהשליט סמכות והשפעה על העיירה אשראף במאזנדראן, שליחיו של מוחמד אע'א זימנו את קציני הפלוגה למשתה במסגרתו נתפסו בשבי בעודם שבויים והוכרחו להחזיר פלוגתם צפונה.
בדרום התפתח איום רציני, שם עלי מוראד ח'אן זנד, שליט שושלת זנד וכובש אספהאן מאז שנת 1780, ערך כמה מערכות מלחמה נגד הקאג'ארים ובשנת 1782 הביא אותם זמנית לנסיגה מסארי לאסטאראבד. עם מותו של עלי מוראד, מוחמד אע'א יצא בשלוש פשיטות של מתקפת נגד על הכוחות של ג'פער ח'אן, יורשו של עלי מוראד עד אשר החילות של זנד באספהאן נאלצו לסגת בחזרה לשיראז. בכך הזמן מוחמד אע'א לסמכות העליונה על צפון פרס.
ככל ששלטונו יוצב טוב יותר על שני צדדי האלבורז, מוחמד אע'א יחל היה להעביר את מרכז כוחו מסארי אל דרומה מהאלבורז, התכנית הראשונה הייתה בחירת ריי להיות לו לבירה אך באותה העת הייתה העיר הרוסה לגמרי ולכן החל מוחמד אע'א בפיתוח כפר קטן ליד הריסות העיר אשר לימים יהפוך לבירתו טהראן. בשנת 1788 הוא הועמד למלוכה על הקאג'ארים בעיר החדשה טהראן (אם כי לא הוכתר רשמית לשליט ממלכת פרס); וזמן קצר אחר כך הוא מינה את אחיינו בבאבה חאן כיורש העצר. לפיכך, נראה כי לציין נקודה זו להיות התחלתה האפקטיבית של שלטונו ושל קיום השושלת הקאג'ארית.
כיבוש פרס.
מלחמה בזנד.
בשנת 1791 מוחמד אע'א עמד בפני התקפות מחודשות על גולסתאן על ידי התקדמותם המחודשת של שושלת זנד תחת לוטף עלי ח'אן לעבר אספהאן, לוטף היה נסיך זנד הצעיר האמיץ והפופולרי, שגייס תמיכה בפארס והיה מספר אחת בדרך לשלוט על שושלת זנד אשר הייתה בעוד אירוע של מאבק פנימי. בינתיים, יצא מוחמד אע'א בראש פלישה מרכזית נגד חילות זנד, מה שהכריח את לוטף לסגת לעבר שיראז. צאי אבראהים, המושל של שיראז, הנדס הפיכה בצבא זנד ואסר את כניסתו של לוטף עלי בנסיגתו, האחרון גייס כוח פרשים טרי מתומכיו בעברי חוץ העיר והביס את הקאג'ארים שלוש פעמים לפני שמוחמד אע'א צלח לצעוד על שיראז. בשנת 1792 העיר לבסוף הועברה בשלום לידי הקאג'ארים בעזרתו של צאי אבראהים אשר היה תומכם בסתר.
מנהיג הקאג'ארים מוחמד אע'א העביר את זנדים שנותרו בעיר יחד עם 12,000 משפחות תומכיהם ושבטי לור, לפרובינציית אספהאן ומזנדאראן; הוא הרס את חומות העיר שיראז, ולא הסתפק בכל שלל אוצרותיה אלא הוסיף להוביל את עמודי הדלתות של ארמון הח'אן לבירתו טהראן. לוטף עלי ח'אן ברח מזרחה וב-1794 נפל למצור בכרמאן, בקירוב אל מדבר לוט, מן המצור ברח לבם.
התנהלותו של אע'א מוחמד בכרמאן הגיעה למופת של אכזריות: כמעט 20,000 נשים וילדים ניתנו כעבדים לחיילים, וכל הזכרים הבוגרים נהרגו או עוורו. לוטף עלי ח'אן נבגד והועבר לידי הקאג'ארים על ידי מושל באם; עונה והושחת לפני שנשלח להוצאה להורג פומבית בטהראן. בשובו לשיראז מינה אע'א מוחמד את היורש שלו, בבאבה חאן, להיות למושל הכללי של פארס, כרמאן ויזד, והפך את צאי אבראהים לוזיר הגדול שלו (שדר-א עאם). מחשד למרד בידי אחיו ג'עפר-קולי, שאותו סירב למנות למושל אספהאן, מוחמד אע'א קרא לו להתייצב בטהראן, שם הוציאו להורג ללא משפט. מוחמד אע'א היה כעת אדון בכל שטחי אימפריית זנד לשעבר והחל מתכנן תוכניות להחזיר את השטחים הספווים לשעבר שאבדו במות נאדיר שאה.
מלחמה בגאורגיה.
ארקלה השני, מלך ממלכת כארתלי-קאחתי היה שליט העם הגאורגי מזה זמן מה ובעוד ממלכתו הייתה מדינת חסות של הממלכה הפרסית זמן רב, הכאוס הפנימי בתוך פרס הביא את הממלכה הגאורגית להיות סמי-עצמאית דה פקטו. ארקלה טען לשמר אוטונומיה זאת באמצעות ברית התקפה והתגוננות עם רוסיה שנחתמה בג'ורג'יבסק (נמצא בסובייקט הפדרלי סטברופול בפדרציה הרוסית של היום). אע'א מוחמד הורה לשווא לארקלה להכיר בסבירותו לאדון על ממלכת פרס ולשליט עליון מעליו ובאביב 1796 צעד על הפרובינציות שמעבר לאזרבייג'ן האיראנית כדי לאכוף את טענותיו.
מארדביל חילק מוחמד אע'א את צבאו המונה כ-60,000 איש לשלושה טורים; על הראשון היה להתקדם דרך הערבות מימת ואן ולהתקדם אל עבר השטחים של ארמניה הגדולה, על השני לקחת את ירוואן, והשלישי עליו פיקד באופן אישי, אוגד בביצורים אסטרטגים למצור על העיר שושה שהוחזקה בידי אבראהים שאלאל ח'אן מקראבאש, אמיר אזרי שחפץ בעצמאות והעשרת כוחו שלו.
שני החילות התוקפים לא צלחו בהשגת יעדיהם, ולאחר שהכוחות נותקו יצא מוחמד אע'א לפעולה עם חילו שלו, ששלושת החילות הצטרפו לעמודה ישירה תחת מוחמד אע'א וצעדו הישר אל טביליסי. צבאו של ארקלה, שהיה גדול במספר רב מחילות הפרסים, הובס, וטביליסי נכבשה בפראות; הזקנים, החלשים והכמרים נטבחו, ולפחות 15,000 גברים ונשים כשירים נלקחו לעבדות.
לרוסים, שהמעיטו בנחישותו של אע'א מוחמד ובכלל בכוחם של הפרסים, לא היו שום חיילים בעבר הקווקז מדרום אל הקווקז הגדול שיעזרו לבעלת בריתם החדשה שלהם. ירוואן נכנעה, בעוד ששושה החזיקה מעמד. מרוצה לעת עתה מהישגיו, מנהיג הקאג'ארים חזר אל פרס. שם בבירתו של טהראן במרץ, 1796, הוא הוכתר רשמית כשאה הבלעדי של מדינת האיראנים, הממלכה הפרסית. מנקודה זאת והאלה לבש מוחמד אע'א את חרבם הטקסים של הספווים.
מלחמה באפשאר.
מוחמד אע'א צעד מיד עם הכתרתו כשאה של כל פרס לעבר משהד, בירת האפשארים, לכאורה למען עלייה לרגל (שכן העיר הייתה מבין ערי הקודש באסלאם), אך למעשה כדי להשיב את ח'וראסאן לידי ממלכתו כפי שעשה שאה אסמאעיל הראשון אבי הספווים. באותה העת השאה האפשארי, שאהרוח, הזדקן והפך בובה פוליטית בידי מנהיגי שבט טורקמני בעוד מוחמד אע'א כבש בירתו בעזרת מתקפת פתע. בנו ויורשו של שאהרוח, נאדיר מירזה נמלט אל האימפריה הדוראנית באפגניסטן.
שאהרוח עונה כדי לחשוף היכן הסתיר את התכשיטים שנותרו ממאגר השלל ההודי של נאדיר שאה בהם נמצא הקוהינור ולבסוף מת מאותם העינויים בדרכו לשבי בטהראן. שליחים נשלחו לדרוש מידי השליטים הרבים של הממלכות ממזרח להשיב את שאר המרכזים של ח'וראסאן הגדולה: מהשליט האוזבקי בגי ג'ן נדרשו האורחים האיראנים אשר ברחו ממוחמד אע'א אל בוכרה ומזמאן שאה דוראני בקאבול, שליט האימפריה הדוראנית הורה השאה הפרסי על מיתון הכוחות הרדיקלים באפגניסטן והעברת העיר הראת לידי פרס. יכולתו של אע'א מוחמד לאכוף את כל הדרישות הללו לא הועמדה למבחן.
מלחמה ברוסיה.
באותו סתיו יקטרינה השנייה, קיסרית רוסיה, למען נקמה על מה שנעשה בממלכת כארתלי-קאחתי, העבירה חיל מצבאה תחת ולריאן זובוב בן העשרים וארבע, אשר, בסוף העונה, הכניע את כל החוף הכספי עד אשר הגיע לעבר גילאן ונראה היה שהחיל הרוסי מוכן לצעדה על טהראן. עם זאת, יקטרינה נפטרה בנובמבר החודש, ויורשה פאבל הראשון, קיסר רוסיה ביטל במידית את מדיניות הלוחמה של אמו וקרא לשיבת הצבא.
אע'א מוחמד אשר כל זמן זה היה עדיין בח'וראסאן, לאחר שחזר לטהראן, פתח באביב שלאחר מכן במערכה שנייה ברחבי הערים. אבראהים שאלאל ח'אן מקראבאש הודח בנקודה זאת מהמצודה של שושה על ידי הפיכה, ואע'א מוחמד הוזמן לקחת את הכוח על העיר. לאחר שחצה את אזרבייג'ן האיראנית וחיזק את מערך הגבול של הקווקז הגדול עם דאגסטן ועם הקיסרות הרוסית, היה הצבא הקאג'ארי מוכן לפשיטה שנייה על גאורגיה.
רצח.
בנקודה זו, אירוע טריביאלי במחנה הפנימי הביא למותו של אע'א מוחמד ושם קץ לא רק למערכה זו אלא לכל שאיפות הקאג'ארים מצפון לאזרבייג'ן. על פי רוב הכתבים, שני משרתים בחצר השאה, שידאק חאן הגאורגי ולודאד האפגאני, החלו לריב בקול רם כל כך, עד שהשאה הורה להוציא את שניהם להורג.