בתקופת שלטונו של סלים השני, היה דון יוסף נשיא מעורב ביחסים הבינלאומיים של הסולטנות עם מדינות אירופה והשפיע על מהלכה בנושאים שונים. כך מנע נשיא מהסולטאן להלוות כסף למלך צרפת אנרי השני, ביודעו כי הלה אינו מסוגל להחזיר את החוב. נשיא ארגן את כיבוש קפריסין בידי העות'מאנים וקיבל את תואר דוכס האי נקסוס ב-1566. כמו כן, נשיא ניהל מגעים עם האצילים ההולנדים בתחילת ההתמרדות ההולנדית נגד הספרדים ב-1566, שביקשו את תמיכת העות'מאנים. מגעים אלו הם שגרמו לתמיכתה של האימפריה העות'מאנית ב-1569 במלחמת האצילים מול המלך הספרדי-הבסבורגי, פיליפ השני. בנוסף לאי נקסוס, אף האי קפריסין הובטח לו, דבר שנמנע עם הפסדם המוחץ של העות'מאנים לספרדים ולוונציאנים בקרב לפנטו ב-1571. ייתכן שבהשפעת הפסד זה ירדה קרנו של נשיא, ובזמנו של הסולטאן הבא, מוראד השלישי, הוא הודח מתפקידו (על אף שהותר לו לשמור על תארו) ולאחר מותו ב-1579 אף הוחרם רכושו.
השפעתו של נשיא בארמון הסולטאן גרמה לסולטנות להעניק את חסותה ליהודי ממלכתה, ואף לבני חסותה היהודיים מחוצה לה. דוגמה בולטת להשפעתו של נשיא היא תקרית אנקונה ב-1556, הנוגעת לנמל ימי שהשתייך למדינות הכנסייה והיה מרכז חשוב למסחר עם המזרח. בעקבות התקבצות בנמל של יהודים אנוסים רבים שחזרו ליהדותם, כינס האפיפיור פאולוס הרביעי את האינקוויזיציה המקומית לשם החזרתם לנצרות. היהודים נעצרו, רכושם הוחרם, והם היו מועמדים להוצאה להורג, אלא אם כן יחזרו לנצרות. בהשפעתו של נשיא, הצליחה התערבותו הישירה של הסולטאן סולימאן להשיג חנינה ליהודים שהגיעו מן הסולטנות. עשרים וארבעה יהודים שסירבו 'להביע חרטה' על כך שנותרו יהודים בסתר, הועלו על המוקד. בעקבות המעשה, הכריז נשיא חרם על נמל אנקונה ובכך פתח במלחמה כלכלית מול האפיפיור. החרם קיבל את הסכמתם של ר' יוסף קארו ואחרים.  לאחר פגיעה כלכלית חמורה בעיר הנמל וחששם של יהודי אנקונה לנקמת האפיפיור בהם, בוטל החרם על העיר.
שיקום היישוב היהודי בטבריה.
משפחת נשיא פעלה רבות לחידוש ושיקום היישוב היהודי בטבריה. בתחילת המאה השש עשרה התקיים בטבריה יישוב זעיר של דייגים ובו מספר מועט של יהודים. על פי בקשת החכירה שנמצאה בפנקסי האוצר העות'מאני, כוונתם של משפחת נשיא הייתה לפתח את הפוטנציאל החקלאי שבו תוך גידול דקלים, קני סוכר ועצי תות לייצור משי. טבריה שהייתה רשומה עד כה כתימאר, הפכה ב-1563 להיות הקדש שהכנסותיו מיועדות לבית תמחוי שהקים הסולטאן סולימאן הראשון במערב דמשק.
בתעודות עות'מאניות אלה מתברר כי בשונה מדעתם של רוב ההיסטוריונים, העיר שניתנה בחכירה בסכום של אלף זהובים לשנה, ניתנה בפועל לשותפתו דונה גרציה ולא לדון יוסף נשיא עצמו. בתור חוכרת המיסים לשטח הקדש היא אף קיבלה אוטונומיה משפטית, בה לא היה ניתן להעמיד אדם לדין אלא בהסכמתה או בהסכמת באי כוחה. ברשותה היה לתפוס כל שטח פנוי בטבריה, בין לחקלאות ובין לבניין, למעט שטחם של המסגד ובית הקברות המוסלמי.
יוסף נשיא שלח בא כוח מטעמו שיפקח על בניית העיר ופיתוח החקלאות. הוואלים (ניצבים מטעם הסולטאן) בדמשק ובצפת חויבו לסייע לו והוא הופקד אף על בניית חומה, אשר עבורה הקציב הסולטאן סלים השני 5,000 פרנק ושמונה יניצ'רים מחיל המצב בדמשק, שישמשו כשומרים. בניית החומה, שהייתה 1,200 מטר לערך, הושלמה ב-1565 ואף החלה אז נטיעת עצי התות. בהוראת הסולטאן, נקבעו ימי שוק קבועים והעברת מי המעיינות אל תוך העיר נעשתה על חשבונה של דונה גרציה.
ניתן לראות כי לפחות אצל הקהילות היהודיות באיטליה, פירשו בני הדור את הקמתה של טבריה מחדש כפעמי גאולה, ודון יוסף נשיא, בעל ההשפעה באיסטנבול, הצטייר כמבשרה. הוא אף הוציא "קול מבשר" בו הוא קורא ליהודים ובעיקר לבעלי מלאכה לבוא ליישב את טבריה והעמיד ספינות לשם הבאתם בוונציה ואנקונה.
במכתביה של קהילת קורי מאיטליה בין השנים 8–1557, נכתב: "...וקבלה היא שבטבריא עתידים לחזור תחילה ומשם נעתקים למקדש".
עדות לתחושת היהודים לגבי חידוש ההתיישבות בטבריה, מובאת מידי הנוסע הפורטוגזי פנטליאו דה אביירו, שביקר בארץ ישראל סמוך לשנת 1565: "חדשות אלו הביאו שמחה גדולה לכל היהודים היושבים בארץ ישראל, מכיוון שאלה האמינו, שעם התיישבותם שם, חייב גם המשיח לבוא. בזמן שהותי בוונציה ביקרתי, מתוך סקרנות, כמעט מדי שבת בשבתו, את בית הכנסת שלהם...הבינותי מהם, שהיו בטוחים ביותר בעצמם, כי תוך שבע או שמונה שנים יבוא המשיח... ובדרך כזו הלכו שולל כל האנשים הנקלים האלה, אחרי רעיון ודמיון זה, בכל הארץ הקדושה כולה".
אלא שעם תום כהונתו של הסולטאן סלים השני ב-1574 ואיבוד כוחו של יוסף נשיא, הקיץ הקץ על היישוב בטבריה. אף לא עזרה התערבותו של יהודי נוסף בעל השפעה בחצר הסולטאן, דון שלמה אבן יעיש, שניסה לקחת את טבריה תחת חסותו. היהודים שבו לצפת ולישוביהם הקודמים ונוסעים שונים מתארים כי טבריה חזרה להיות שוממה. כך מתארים דבריו של סלומון שוויגר ב-1587: "טבריה המפורסמת בלתי מאוכלסת כולה, מחמת הריבוי הגדול של נחשים ארסיים השולטים כאן". לאחר מכן ב-1599, מתאר אקווילנטה רוקטה, כי "הלאה, במרחק ארבעה מילים בערך, לצד שמאל, בכיוון דרום, מצוי המקום שם עמדה העיר טבריה שממנה לא נותר שריד, מאחר שהיא קבורה בתוך המים ובתוך החול של אגם זה".
מגדל הקרייה
חמת טבריה
חמת טבריה הוא אתר ארכאולוגי וגן לאומי אשר נמצא על שפת הכנרת, בכניסה הדרומית לטבריה. המקום ידוע בעיקר בשל שרידי בית הכנסת שנתגלה בו. המוביל המלוח הנמתח לאורך חופה המערבי של הכנרת, חוצה את הגן הלאומי מצפון לדרום.
היסטוריה.
טבריה, שאותה ייסד הורדוס אנטיפס (בנו של הורדוס הגדול) בשנת 18 לספירה וחַמֹּת דֹּאר, עיר מקראית שקדמה לה, היו תחילה ערים נפרדות, מוקפות חומות, עד שחוברו לעיר אחת במאה ה-11. בחמת (ובאריח שבדרום הכנרת) התיישבה משמרת מעזיהו, אחת מכ"ד משמרות כהונה אשר עברו אל הגליל לאחר מרד בר כוכבא.
חמי טבריה הם מעיינות חמים, שכמותם רבים בבקעת הירדן, בהיותה אזור בלתי יציב מבחינה גאולוגית ומשום כך מועד רעידות אדמה. מצב זה גורם כנראה למגע עם שכבות לוהטות בתוך כדור הארץ.
התופעה עניינה את הקדמונים, שיצרו הסברים ואמונות על ראשית התחוללותה. החוקר זאב וילנאי מספר על אמונה עממית, לפיה המלך שלמה הציב חבורת שדים מתחת לפני האדמה, להסיק כבשנים שבנה שם מתחת לארמון של אחת מנשותיו הרבות. השדים סתמו את אוזניהם מחמת רעש הכבשנים ולכן לא שמעו, שהמלך כבר מת והם ממשיכים לעבוד ולהסיק את הכבשנים עד עצם היום הזה.
כאשר נסלל כביש טבריה צמח על ידי פועלים יהודים, הם מצאו שרידים עתיקים ובקשו מהחברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה לבוא לחקור את המקום בצורה מסודרת. בנובמבר 1920 הגיע למקום נחום סלושץ מטעם החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה שמצא את שרידי בית הכנסת הצפוני בחמת והחל לחפור כדי לזהות את המבנה העתיק. לאחר מספר ימים הוא מצא עמודי שיש שעליהם חרוטים סמלים יהודיים וקטעי פסיפס. החפירות נמשכו גם בשנת 1921. לאחר סיום החפירות וצילום הממצאים, בית הכנסת כוסה בעפר, ולימים קם מעליו בית מלון. חלק מהעתיקות הוצבו בסוף 1922 בגן בטבריה.
בית הכנסת השוכן בגן הלאומי התגלה בדצמבר 1961 בידי פרופ' משה דותן מטעם רשות העתיקות, במימון חמי טבריה. באתר זה שכנו שלושה בתי כנסת זה על גבי זה, החל במאה ה-3, עת עדיין פעלה הסנהדרין בטבריה, ועד אמצע המאה ה-8, עובדה המעידה על ישיבת יהודים באזור עד תקופה זו.
באתר נמצאו גם שרידי קיר עם שלוש קשתות של בית מרחץ. על פי השרידים האדריכליים שנמצאו באתר, תוארך המבנה לתקופה הרומית. מתחת לקשתות נמצאת נביעה של מים חמים.
מבנה נוסף באתר הוא חמאם סולימאן שהוקם בשנת 1780 ונבנה מאבני בזלת. החמאם קרוי על-שם המלך שלמה, שכן לפי מסורת מוסלמית הושיב שלמה קבוצת שדים במעבה האדמה והורה להם לחמם את המים. החמאם פעל עד שנות ה-40 של המאה ה-20. בתוך החמאם הוקם מוזיאון קטן המציג ממצאים קטנים שנמצאו באתר.
בחודש מאי 2012 נפגע האתר על ידי ריסוס כתובות כמו "על כל קבר אתר" וכתובות נוספות. בנוסף הושחתה רצפת הפסיפס של בית הכנסת. על ידי התזת צבע על כתובות הפסיפס העתיקות והוצאת קטעי פספס, ביניהן פגיעה בקטע הפסיפס של ארון הקודש. רשות הטבע והגנים פעלה לשחזור ושיקום האתר שנפגע. עד סתיו 2013, האתר שוקם, ואין בו אזכור כלשהו לפגיעה שאירעה במתחם.
בתי הכנסת.
בעת החפירות הארכאולוגיות נמצאו באתר ארבעה בתי כנסת שנבנו זה על גבי זה. בית הכנסת הראשון במקום נבנה בשנת 230 לערך מעל שרידי מבנה ציבורי, וחרב כנראה במאה ה-3.
מעל מבנה בית הכנסת הראשון נבנה כבר במאה ה-3 בית כנסת נוסף. בית כנסת זה התקיים גם במאה ה-4 ושופץ ככל הנראה לאחר רעידת האדמה שפקדה את טבריה בשנת 306. הכניסה לבית הכנסת הייתה במקור בצידו המזרחי, אולי כדי לשמר את האמירה ש"אין פותחים בתי כנסיות אלא למזרח". בית הכנסת ייחודי בכך שאינו סימטרי, ובצידו המזרחי שתי סיטראות לעומת סטראה בודדת במערב. לא ידוע למה שימש המעבר המזרחי הנוסף והתומכים בקיומה של עזרת נשים כבר באותה תקופה, טוענים כי זה היה ייעודו. לבית הכנסת חובר חדר ספח שנקרא "רבועה", ובו היו נערכים אירועים. בית כנסת זה חרב כנראה בראשית המאה ה-5 ברעש אדמה. פס לרוחב רצפת הפסיפס קוטע את היצירה, שריד לקיר שהוקם מעליה בתקופה הפאטימית.