בחיבור יהודי מהמאה השלישית לספירה מסופר שאלכסנדר סוורוס, קיסר רומא בשנים 222 - 235, נתן במתנה לבית כנסת ברומא ספר תורה שנבזז מירושלים בשנת 70. במספר מקורות יהודיים מימי הביניים מובאים חילופי נוסחים המיוחסים לספר תורה זה. כמו כן, במדרש אגדה קדום, מתוארים שינויים בנוסח התורה שנמצאו ב'תורתו של רבי מאיר' ונאמרו בדרשותיו, ולפחות אחד מהם תואם את הנוסח המיוחס לספר התורה הקדום. לדברי ג'ונתן סיגל, אף שינויים אלו מקורם באותו ספר תורה. מהמקורות השונים הוא ליקט 33 חילופי נוסחאות, שבחלקם קשה לקבוע מהו בדיוק החילוף, אך באופן כללי ניתן לזהות בהם התרופפות של האותיות הגרוניות וחילופים של אותיות דומות, המזכירים בחוסר הדיוק שלהם את מגילת ישעיהו שנמצאה בקומראן.
התרגומים העתיקים למקרא.
באלף הראשון לספירה תורגם המקרא לכמה מהשפות הנפוצות באותה עת. הנוסח העברי שעמד ביסוד התרגומים הללו קרוב במידה רבה לנוסח המסורה, אך מספר ההבדלים איננו מבוטל כלל ועיקר. שיחזור הנוסח שהיה מונח (Vorlage) לפני המתרגם עשוי לסייע במלאכת ביקורת הנוסח הואיל ולתרגומים אלה קיימים ממצאים כבר מהמאה השנייה לפני הספירה. בשחזור המצע העברי נתקלים החוקרים בכמה קשיים ועבודה זו דורשת היכרות טובה עם סגנונם של המתרגמים. הקושי העיקרי נעוץ בממד הפרשנות ההכרחי שבמלאכת התרגום, אם בפרשנות לשונית מתחייבת ואם בפרשנות מרחיבה, מדרשית או כזו הנמנעת מהגשמת האל. כמו כן, מלבד שיבושי העתקה רגילים, ניתן למצוא בתרגומים שיבושים הנובעים מטעויות בקריאת הטקסט המקורי או בשיבושים הנוגעים לשפת התרגום. כמו כן, מלבד פרשנות או שיבושים הנופלים בשוגג, קיימת גם האפשרות לפיה המתרגם שינה במכוון מהמקור שהיה לפניו מטעמים פוליטיים, איזוטריים או אחרים. קשיים אלה ואחרים מובילים להנחת היסוד הגורפת כי כל עוד קיימת זהות בין התרגום לנוסח המסורה ברמת התוכן יש לשער כי הייתה זהות גם מבחינה מילולית. עם זאת במקרים רבים ניתן לזהות כי לפני המתרגם עמד נוסח השונה מזה של נוסח המסורה, ובמקרים מסוימים ניתן אף להעריך כי מדובר בשיבוש שנפל דווקא בנוסח המסורה שלפנינו. לעיתים נמצא לתרגום סיוע עברי מחוץ לנוסח המסורה, כגון במגילות קומראן ועוד.
תרגום השבעים ועיבודיו.
תרגום המקרא ליוונית, המכונה "תרגום השבעים", הוא תרגום שהוכן על ידי יהודים ולשימושם, בתהליך שהחל עם תרגום התורה במאה השלישית לפנה"ס ונמשך בתרגום יתר ספרי המקרא ועיבודם בארבע מאות השנים הבאות, בעיקר באלכסנדריה שבמצרים. לדעת מרבית החוקרים, לכל אחד מספרי תרגום השבעים היה במקור נוסח מתורגם אחד. חשיבותו של תרגום השבעים לחקר נוסח המקרא נובעת מכך שהוא משקף נוסח עברי השונה במידת מה מנוסח המסורה. העובדה כי חלקים גדולים מתרגום השבעים נעשו כתרגום מילולי נאמן למקור מסייעת להבחין בהבדלי הגרסאות שבין מצעו העברי לנוסח המסורה. יש מהספרים בהם נראה שככל שהתרגום אכן נאמן למקור, הרי שעמד לפני המתרגם נוסח השונה במידה רבה מאוד מזה הנמצא לפנינו בנוסח המסורה, כך באשר לספרים כמו ירמיהו, יחזקאל ודניאל.
שמו של התרגום משקף את המסורת בדבר תרגום התורה או המקרא כולו ליוונית על ידי 70 או 72 זקנים. שלא כמו בנוסח המסורה, מסודרים הספרים בתרגום השבעים בשלוש חטיבות על פי סוגתם הספרותית - חוק והיסטוריה, שירה וחוכמה, נבואה. כמו כן, כולל תרגום השבעים תרגום לספרים עבריים אחרים ("הספרים החיצונים") וחיבורים אחרים שנכתבו במקורם ביוונית (ספר "חכמת שלמה" ואחרים). העדים של תרגום השבעים רבים ומגוונים, המוקדמים שבהם כתובים על פפירוסים מן המאה השנייה לפנה"ס ונתגלו בארץ ישראל ובמצרים. מגילות הכוללות את תרגום השבעים נמצאו גם בקומראן. שלושת כתבי היד השלמים החשובים של תרגום השבעים הם מהמאות הרביעית והחמישית לספירה וסימונם A, B ו-S.
במרוצת המאות הראשונות לספירה נוצרו כמה עיבודים יהודיים לתרגום השבעים שערכו תיקונים ושינויים בנוסחו של תרגום השבעים. המניעים ליצירת העיבודים היווניים הללו היו מגמה לקרב את נוסח תרגום השבעים לנוסח המסורה, וכן מגמה להתרחק מהנוסח המזוהה עם הכנסייה הנוצרית. בין העיבודים המוקדמים החשובים יש למנות את עיבודיהם של עקילס הגר, סומכוס (לגביו אין ידוע האם היה יהודי, גר, שומרוני או נוצרי) ותיאודוטיון. באמצע המאה ה-3 ערך אוריגנס חיבור בן שישה טורים ("הכספלה") ובו כלל את נוסח המקרא בעברית, בתעתיק ובארבעה תרגומים יווניים שהשלישי ביניהם הוא תרגום השבעים. העיבוד החשוב המאוחר ביותר הוא עיבודו של לוקיאנוס מאנטיוכיה (250–312).
תרגומים ארמיים.
עם היחלשות השפה העברית בסוף ימי בית שני, נתפס מקומה על ידי הארמית, שהפכה לשפת הדיבור העיקרית בקרב יהודים. במסגרת זו תורגמו ספרי המקרא לארמית, תחילה בעל פה, ולאחר מכן על הכתב. במסורת חז"ל מיוחס התרגום הראשון לארמית כבר לעזרא הסופר. הממצא העתיק ביותר הקיים בידינו הוא קטעי תרגום לספרי איוב וויקרא מקומראן. באופן כללי, הנוסח העברי שעמד בבסיסם של תרגומים אלה קרוב מאוד לנוסח המסורה. במסורת היהודית הרבנית זכו התרגומים למעמד מיוחד ובהוצאות רבות של המקרא נדפסים התרגומים לארמית לצד הטקסט העברי. התרגום המפורסם ביותר הוא תרגום אונקלוס לתורה שעל פי מסורת חז"ל הוכן על ידי אונקלוס הגר במאה השנייה לספירה. במחקר חלוקות הדעות לגבי זמנו (יש המקדימים אותו למאה הראשונה ויש המאחרים אותו למאה החמישית) ומקומו (בבל או ארץ ישראל). התרגום מאופיין בהיצמדות לפשט, למעט נטייה לפרשנות דרשנית בקטעי השירה בתורה. באופן כללי הנוסח שלו כמעט זהה לנוסח המסורה וקיימים בו ככל הנראה כמה מאות חילופי נוסח זעירים. תרגומים חשובים אחרים הם תרגום יונתן לנביאים, תרגומים ירושלמיים (שיוחסו בטעות ליונתן בן עוזיאל) לתורה ותרגום לכתובים.
העתקת ספרי המקרא ומסירתם.
במאה ה-19 החלו החוקרים לשחזר בדרכים שונות את שיטות ההעתקה והמסירה של ספרי המקרא. החוקרים התבססו על המתואר בכתובים מקראיים ועל כתבי יד מימי הביניים, פפירוס נש, עדויות חז"ל בסוגיה ועוד. גילוין של מגילות מדבר יהודה שפך אור חדש גם על סוגיה זו.
העתקת ספרי המקרא.
חומרים, צורה והיקף.
חומרי הכתיבה ששימשו בימי בית ראשון היו אבן, לוחות חומר, עץ, חרסים, פפירוס (גומא), מתכת ועור. על גבי אבנים ניתן היה לחרוט (מצבת מישע) או לכתוב בדיו על גבי טיח ("וְשַׂדְתָּ אֹתָם בַּשִּׂיד"), אך היקף הטקסט אותו ניתן לכתוב אינו גדול. כך הדבר גם באשר למרבית החומרים האחרים שנזכרו. באוגרית נכתבו אמנם טקסטים ארוכים במיוחד (כגון עלילות בעל וענת) בכתב יתדות על גבי לוחות חומר, אך אין סימן לכך שטקסטים מקראיים נכתבו בשיטה זו.
פפירוס ועור היו אם כן לחומרים העיקריים שעליהם נכתבו ספרי המקרא. במקרא מוזכרת כתיבה על גבי מגילה הניתנת לקריעה ולשריפה, אך יש המשערים שבימי בית ראשון עיקר הטקסטים נכתבו על גבי פפירוס. השערה זו נתמכת בידיעות מעמי הסביבה ומתבססת על כתובים מקראיים. לדעה זו, רק בראשית ימי בית שני נוצר צורך בכתיבת טקסטים ארוכים יותר, ואז החל מעבר הדרגתי לכתיבה על גבי קלף מעובד.
בהתאם להשערה, מרבית המגילות שנמצאו בקומראן עשויות עור, ומיעוטן פפירוס. המגילות שנמצאו עשויות יריעות עור מחוברות או פיסות פפירוס שהודבקו זו לזו. על פי הממצאים הקיימים, אורך כל יריעה נע בין 26 ל-89 סנטימטרים ורוחבה בין 6 ל-20 סנטימטרים. היריעות חולקו לטורים משורטטים, עד ארבעה טורים ליריעה, ובכל טור כעשרים שורות. את חמש המגילות נטו לכתוב בטורים צרים במיוחד. אורך המגילות המחוברות מגיע עד שמונה מטרים, וניתן לשער שהיו מגילות בממדים גדולים אף יותר. למעט יוצאי דופן בודדים, כללה כל מגילה ספר מקראי אחד בלבד.
רבים מהממצאים תואמים את דברי חז"ל במסכת סופרים, כגון בדיני השוליים העליונים והתחתונים ובבעיית השירטוט קודם הכתיבה. ישנם גם הבדלים, כגון קיומם של טלאים ועוד. שיטת הכתיבה במצחפים (קודקס) וכתיבה על שני צדי הקלף (כתוצאה של שכלול בשיטות העיבוד) איננה משתקפת בקומראן כיוון שהחלה לנהוג רק מאות שנים אחר כך.
מימי הביניים ועד ימינו מתקיימות זו לצד זו שתי צורות לכתיבת ספרי המקרא. הצורה האחת, בהמשך לשיטות מימי בית שני, היא כתיבה מוקפדת ומדוקדקת באמצעות דיו על גבי עור מעובד. ספרים הנכתבים בצורה זו, בעיקר ספרי התורה אך גם חלקים אחרים מהמקרא כגון ספרי הפטרות וחמש מגילות, משמשים בעיקר למטרות ליטורגיות של קריאה בציבור. על הכותב חלים כללים רבים שנתנסחו עם השנים בתלמודים ובספרי הלכה. בצורת הכתיבה הזו יש אותיות ורווחים בלבד, ולא סימני ניקוד וטעמים.
צורת הכתיבה השנייה הקיימת עד ימינו נועדה לשימושים שאינם ליטורגיים, כגון לימוד ביחיד או בציבור. בשיטה זו נכתבו ספרי המקרא בעבר על גבי מצחפים ובימינו בעיקר על גבי נייר מודפס. על כתיבה זו לא חלים כללי כתיבת הסת"ם, אך גם בהם מושקעת עבודת הגהה רבה. בטקסטים מסוג זה נמצאים סימני ניקוד וטעמים סביב האותיות ובמקרים רבים מובאים לצד הטקסט תרגום אונקלוס או דברי פרשנות.
הכתיבה.
לאופני הכתיבה גובשו במהלך הדורות כללים ומנהגים שונים. מסכת סופרים היא מסכת מאוחרת אמנם, מן המאה התשיעית, אך משתקפות בה גם מסורות קדומות רבות שחלקן נתאשרו מתוך ממצאי קומראן.
הכתב.