סדרת בת פופולרית מתקופה זו היא אולטימייט אקס-מן בה הכותב מארק מילר והמאייר אדם קוברט הכניסו את סיפורם של האקס-מן ליקום אולטימייט מארוול. במסגרת זו נכתב סיפורה של הקבוצה מחדש, לצד סיפוריהם של אולטימייט ספיידרמן ואולטימייטס (המבוססת על האוונג'רס), תוך הפיכת הדמויות לצעירות יותר ובעלות סיפורים ורקעים המתאימים יותר לזמנים מודרניים במטרה למשוך קהל צעיר וחדש לסדרה.
מוריסון סיים את הרצתו כאשר החזיר את מגנטו בסיפורים " (Planet X) ו" (Here Comes Tomorrow). בנוסף, ג'ין גריי נהרגה כאשר התמזגה עם כוח הפניקס. במהלך מעורר מחלוקת נוסף, מגנטו הפך לרוצח המונים וראשו נערף בידי וולברין, ופעם נוספת סקוט נאלץ לצפות בג'ין מתה.
אמצע שנות ה-2000.
הרצה מחודשת.
שנת 2004 סומנה כשנה של שינויים בצוותים העובדים על הסדרות השונות. לאחר עזיבתו של גראנט מוריסון, החליטה מארוול לבטל את הסדרה "אקסטרים אקס-מן" ולהחזיר את כריס קלרמונט למקומו ככותב של 'אקס-מן המופלאים', שנכתבה קודם לכן על ידי ג'ו קייסי. קבוצה זו כללה את סטורם, וולברין, בישופ, סייג', מארוול גירל, נייטקרולר וקאנונבול, והיא קיבלה אישור מטעם האו"ם לפעול כאוכפי חוק לענייני מוטאנטים ברחבי העולם. סדרת 'אקס-מן החדשים' שינתה בחזרה את שמה ל'אקס-מן', וכללה את דמויותיהם של האבוק, פולאריס, אייסמן, ג'אגרנוט, רוג וגמביט. החברה החלה בהרצתה של סדרת-בת חדשה, שנחשבת לסדרת הדגל של הכותר, "אקס-מן המדהימים" (Astonishing X-Men), שנכתבה על ידי במאי הטלוויזיה המוערך ג'וס וידון ואוירה על ידי ג'ון קסאדיי. קבוצה זו כללה את סייקלופס, אמה פרוסט, חיה, וולברין ושאדוקאט. הסדרה המשיכה בצורה עקיפה את עלילותיה של 'אקס-מן החדשים' שכתב מוריסון, בה אקסבייר עוזב את האקס-מן וממנה את סייקלופס ואמה פרוסט - שכעת הפכה לבת זוגו של סייקלופס בעקבות מותה של ג'ין - למנהליו החדשים של בית הספר. כדי להבדיל בין שלוש הקבוצות השונות, סייקלופס הורה להם לנטוש את חליפות העור ולחזור לתלבושותיהם המסורתיות יותר, וכן הוציא מכלל פעולה את ארכאנג'ל, האסק, ג'ובילי ונורת'סטאר.
סדרת 'אקס-מן המדהימים' הפכה להצלחה בקרב מעריצי הקומיקס בעיקר בגלל כתיבתו של וידון ואיוריו הנקיים והמציאותיים של קאסדיי. כמה מהם מצאו שגישתה הישירה של הסדרה החדשה היא זו שתרמה להצלחתה - הרבה כותרי אקס משנות ה-90 היו ידועים בהמשכיות המסובכת ובאמנות ראוותנית שהאפילה על פיתוח הדמויות שבסיפור. הסדרה החזירה את קולוסוס לחיים; הוסיפה מהדורות מוגבלות כגון "פניקס - שירת הברבור" ו"קולוסוס: שושלת יוחסין"; ושובה לחיים של פסיילוק בסדרת 'אקס-מן המופלאים'. חברת מארוול הוציאה גם מספר חוברות השייכות לעולם האקס-מן, כמו "מחוז אקס" שבה בישופ מנהל שכונה מוטאנטית מחוץ לניו יורק; "אקס-מן החדשים: אקדמיית אקס", המשכה של סדרת המוטנטים החדשים בכיכובו של אגף התלמידים באחוזת אקסבייר; והרצה מחודשת של אקסקליבר בכיכובו של מגנטו, כאשר הסיפור הקודם שוכתב לפיו מדובר במתחזה חייזרי בשם קסורן וניסיונו של אקסבייר לבנות מחדש את ג'נושה. באותה תקופה, מספר דמויות קיבלו סדרות משלהן, כמו רוג, נייטקרולר, ג'ובילי וגמביט, אם כי הסדרה של ג'ובילי בוטלה לאחר שש חוברות בלבד, ורוג וגמביט נמשכו כ-12 חוברות כ"א. סדרת "אקס-סטאטיקס" בוטלה עם עזיבתם של פיטר מיליגן ומייק אלרד, ומיליגן החליף את צ'אק אוסטן ככותב סדרת 'אקס-מן' הראשית בינואר 2005.
בינתיים, סדרת הקומיקס NYX הציגה את דמותה של X-23, כפילה צעירה של וולברין אשר הופיעה במקור בסדרת האנימציה "".
השמדה.
בקיץ של שנת 2005 הציגה מארוול את אחד האירועים הגדולים בתולדות ההוצאה, עם עלילה שנקראה "בית אם" תחת כתיבתו של בריאן מייקל בנדיס ואשר התרחשה בו זמנית בכותרים רבים, הן של אקס-מן והן של סדרות אחרות בהוצאה כמו ספיידרמן וארבעת המופלאים. בעלילה זו, מכשפת השני סבלה מהתמוטטות עצבים שהובילה לקרע במרקם המציאות, בעקבות הניסיון להציל את ילדיה. בעלילה משתתפים גם אביה, מגנטו, ואחיה התאום קוויקסילבר. השלכות העלילה הובילו לאיבוד כוחותיהם של מיליוני מוטאנטים, ביניהם פרופסור אקס ומגנטו. לאחר אירועי הסיפור "בריאה קטלנית", שחשף שלדים בארונו של אקסבייר, הוא וסייקלופס הפנו עורף אחד לשני, וכן הוצגה דמותו של וולקן, אחיו האובד והמרושע של סייקלופס. כמו כן, בהמשך לסיפור "וולברין: מקורות", וולברין נזכר במלוא אירועי עברו.
בינתיים, מהדורות מוגבלות של "בנו של אם", "דור אם" ו"ה-198" עסקו במוטאנטים אשר איבדו את כוחותיהם. אפוקליפס קם לתחיה והפך גיבורי-על כמו גמביט ופולאריס לנבלים, אם כי השניים ניצלו בזמן. קבוצת האוונג'רס ומגנטו חקרו את כוחות המוטאנטים האבודים, שנאגרו כולם בקולקטיב אנרגטי אחד. לאחר מכן, "בית אם" הוביל למלחמת האזרחים" ביקום מארוול. כריס קלרמונט עזב את הסדרה לטובת 'אקסקליבר החדשים'. אקסבייר ייסד קבוצת אקס-מן חדשה בסיפור שהמשיך את אירועי "בריאה קטלנית", כאשר אד ברובייקר נטל את מושכות מלאכת הכתיבה בכותר 'אקס-מן המופלאים'.
סוף שנות ה-2000.
תסביך משיח.
בשנת 2007, הסיפור "זן בסכנת הכחדה" מביא את השלכות אירועי "השמדה". חיה מנסה לחפש תרופה עבור כל המוטאנטים שאיבדו את כוחותיהם, אך לשווא. מאוקטובר 2007 ועד לינואר 2008, "" היה לקשת הסיפור העיקרית ששלטה בכותרי האקס. כאשר התינוקת המוטאנטית הראשונה נולדת לאחר אירועי "בית אם", קבוצת האקס-מן ממהרת לאתר אותה ולהגן עליה, אולם היא מגלה שקבוצת "המטהרים" שונאי המוטאנטים טבחה באנשי העיירה בניסיון למצוא את התינוקת. לאחר מכן, חברי הקבוצה נרצחים בידי "המשוטטים", מתנקשים מוטאנטים שעובדים עבור מיסטר סיניסטר שרוצה להשיג את התינוקת לצורך מטרותיו הזדוניות. טורף אקס המפלצתי גם הוא מחפש אחר הילדה, היות שהוא ניזון על ידי אכילת מוטאנטים. ארבע סיעות שונות מחפשות אחר משיחת המוטאנטים, ביניהם גם קייבל, שרוצה לגדל את הילדה בבטחה בעתיד, ובישופ, שבטוח כי הילדה היא הגורם לעתידו הדיסטופי ומבקש להרגה. בסוף הסיפור, קייבל עוזב עם הילדה לעתיד, אקסבייר נורה בראשו וסייקלופס מפרק את קבוצת האקס-מן. מפברואר ועד אוגוסט באותה שנה, מסופר ב"" כיצד חברי האקס-מן השונים מתמודדים עם פירוק הקבוצה.
הכותר המרכזי של האקס-מן שינה את שמו ל'אקס-מן: ירושה' (X-Men Legacy). פרופסור אקס מתעורר מתוך התרדמת בה הוא שרוי, והוא יוצא למסע חיפוש עצמי בעקבות שברירי זכרונותיו לאחר שנורה בידי בישופ. בחוברות הקומיקס של קייבל, זה האחרון מנסה לגדל את הילדה בעתיד, אך בישופ פוגם במנוע קפיצת הזמן שלו, מה שמאלץ את קייבל לנסוע רק קדימה בזמן. כמו כן, בניסיון לכתר את קייבל, בישופ גורם לסדרת אסונות כדי להפוך את העתיד לשממה מסוכנת. בסדרת כותרי אקס-פורס, סייקלופס מקים מחדש את הקבוצה כיחידת מבצעים מיוחדים סודית. הקבוצה כוללת את וולברין, X-23, וורפאת' ו-וולפסביין, והם נשלחים לעצור את קבוצת "המטהרים". בהמשך מצטרפים לקבוצה ארכאנג'ל, אליקסיר, דומינו והמעלים.
הייעוד הגלוי.
מאמצע 2008 ועד לתחילת 2009 פורסמה קשת הסיפור , שמתעדת את השינוי שעוברת קבוצת האקס-מן בעקבות המעבר ממחוז ווסטצ'סטר, ניו יורק לסן פרנסיסקו. בחלק השני של טרילוגיית המשיח, ", סייקלופס שולח את וולברין וקבוצת אקס-פורס לעתיד כדי למצוא את קייבל והילדה המוטאנטית, הופ. חברי הקבוצה פוגשים בדדפול המזדקן, שאומר להם כי הם אינם יכולים להימלט מאזור הזמן בו הם נמצאים. הם מותקפים בידי חייליו של סטרייף, שיבוט של קייבל אשר שולט בעתיד זה וחובר לבישופ כדי להרוג את קייבל. בתוהו ובוהו המתחולל, וורפאת' והופ נלכדים, וקבוצת אקס-פורס מתפצלת - כדי למצוא את שני הלכודים וכדי למצוא דרך להימלט מהעתיד. לבסוף, קבוצת אקס-פורס מביאה את שלטונו של סטרייף לקיצו בעזרתם של ארכאנג'ל ואפוקליפס.
בין אוגוסט לנובמבר 2009 פורסמה קשת הסיפור ", שבה אקטיביסט שונא מוטאנטים בשם סיימון טראסק גורם למהומות בסן פרנסיסקו כאשר הוא מציע לאכוף את זכות המוטאנטים להתרבות. נורמן אוסבורן שולח את האוונג'רס האפלים שלו כדי לדכא את המהומות, ומקים את קבוצת אקס-מן האפלים. כתגובה על כך, סייקלופס מרים את אסטרואיד M ממעמקי האוקיינוס השקט, מעביר את אוכלוסיית המוטאנטים אליו וקורא לאי החדש בשם "אוטופיה". ב, מגנטו מצטרף לאקס-מן.
באירועי "נקרושה", הערפדית האלמותית סלנה אוספת חוג פנימי של מוטאנטים שכוחותיהם קשורים במוות, ומחייה מחדש רבבות מיליוני מוטאנטים שנהרגו (כולל אלה שנהרגו בג'נושה) כדי לספוג את נשמותיהם ולהפוך לאלה. קבוצת אקס-פורס מצליחה לעצור אותה ולהרגה.
שנת 2010 ואילך.
הביאה השנייה.
בין מרץ ליולי 2010 פורסם החלק השלישי והמסכם בטרילוגיית המשיח, "". הופ סאמרס חוזרת להווה עם קייבל, וגורמת לזקיף שידוע בשם באסטיון לנסות ולהשמיד את האקס-מן סופית. נייטקרולר וקייבל מקריבים את חייה למענה, בעוד אחרים נפצעים במאמץ להציל את המשיחה המוטאנטית. האקס-מן נלכדים באוטופיה, כשזקיפי נמרוד מהעתיד פולשים לאי דרך שער מממד אחר. סייקלופס שולח את אקס-פורס להשמיד את זקיף-העל מאסטר מולד, שמפעיל את הזקיפים, והופ הורגת את באסטיון כאשר כוחותיה מתפתחים לראשונה. סרברה, המתקן לאיתור מוטאנטים, מאתר חמישה מוטאנטים חדשים ברחבי העולם. אותם מוטאנטים, הנקראים "חמשת האורות", הם התקווה החדשה לעתיד הגזע המוטאנטי, והם נלקחים תחת חסותה של הופ לאימונים כקבוצת חילוץ.
חמשת המוטאנטים החדשים הם: