לאחר מות ארבעת האחים טופף ניהלה אלמנתו של אחד מהם את החברה. בהמשך הפכו שניים משלושת ילדיה, לודוויג (1903-1945) וארנסט (1904-1979), למנהליה. לודוויג הוכשר כמהנדס מכונות והוא ואחיו למדו גם מנהל עסקים. בתחילת שנות השלושים נפגעה חברת טופף מהמשבר הכלכלי ברפובליקת ויימאר עד כי עמדה בפני קריסה. באותה עת הורחקו האחים טופף מהחברה בעקבות סכסוך עם אמם. לאחר עליית המפלגה הנאצית לשלטון בינואר 1933 האשים אותם ועד העובדים של המפעל בהתיידדות עם יהודים (לאחים אכן היו קשרים טובים עם שכנים ואנשי עסקים יהודים). בעקבות זאת הצטרפו האחים למפלגה הנאצית ובאפריל הם הורשו לשוב לחברה. לודוויג היה למנהל הטכני שלה וארנסט היה למנהל העסקים. באותה עת גם הצטרף לחברה המהנדס קורט פרופר (Kurt Prüfer), שמונה למנהל מחלקת הכבשנים שלה ולמתכנן הכבשנים הראשי. בשנת 1939 העסיקה החברה 1,150 עובדים.
אספקת משרפות למחנות הריכוז וההשמדה.
במהלך מלחמת העולם השנייה הייתה החברה הבולטת בין תריסר חברות שסיפקו משרפות לשרפת גופות נרצחים למחנות הריכוז וההשמדה של האס אס. ייצור המשרפות נעשה במפעל החברה בארפורט ואנשיה נשלחו למחנות כדי להתקינן שם.
בספטמבר 1939 סיפקה החברה למחנה הריכוז דכאו משרפה לגופות בעלת שני תאים. חברה מתחרה, ה. קורי (H. Kori), סיפקה לדכאו משרפות נוספות.
בחורף 40–1939 סיפקה חברת טופף משרפה דו-תאית למחנה הריכוז בוכנוואלד, ששכן קילומטרים מעטים ממטה החברה בארפורט. ממועד היווסדו של המחנה ועד אז שלחה הנהלת המחנה את גופות הנרצחים בו לשרפה במשרפה של העיר ויימאר הסמוכה, אך האס אס החליט שדרושות למחנה משרפות משלו.
המשרפות שסיפקה החברה למחנות היו בעלות תאי שרפה קטנים יותר משל משרפות אזרחיות, שלתוכן הוכנסו ארונות קבורה. המהנדס פרופר תכנן בהמשך משרפות בעלות תאים גדולים יותר כדי שיוכלו להכיל יותר גופות בבת אחת. בהמשך סיפקה החברה עם המשרפות עם הוראות הפעלה שהמליצו להכניס לתאי השרפה גופות במרווחים של 20 דקות.
מאוגוסט 1940 ועד מאי 1942 סיפקה חברת טופף שלוש משרפות כפולות תאים למחנה אושוויץ I. באוקטובר 1941 הזמין האס אס חמש משרפות רבות תאים לשימוש במחנה אושוויץ II (בירקנאו). אלו נועדו בתחילה לשרפת גופות של רבבות שבויי מלחמה סובייטים שהוחזקו במחנה. משלוח ראשון של יהודים להשמדה הגיע למחנה בירקנאו ב-15 בפברואר 1942. כדי להתמודד עם הביקוש הגובר למתקנים לסילוק גופות הנרצחים התקינה החברה במחנה בספטמבר 1942 שתי משרפות נוספות בעלות שמונה תאים כל אחד. היא התקינה שם עוד חמש משרפות בעלות שלושה תאים כל אחד במרץ 1943. ממרץ 1943 ועד נובמבר 1944 נשרפו גופות נרצחים במשרפות המחנה בקצב של עד 10,000 ליום.
החברה סיפקה משרפות רבות תאים גם למחנות מאוטהאוזן וגרוס-רוזן וכן לגטו מוהילב. סבורים שהיא סיפקה משרפה גם לאחד ממתקני המתת החסד של אזרחים גרמנים, שבהם נרצחו לפחות 70 אלף איש.
ב-1943 התקינה החברה גם מתקני פליטה לגזים במשרפות ובתאי הגזים במחנה בירקנאו. לפני כן ארכו כל מחזור רצח בתוכם ואוורורם לאחר מכן מספר שעות, אך התקנת מתקני הפליטה קיצרו זמן זה ואפשרו להגדיל את קצב השימוש בתאי הגזים.
המהנדסים ועובדי חברת טופף ביקרו פעמים רבות במחנות. אחד מעובדי החברה, מרטין הוליך (Martin Holich), שהה כמעט שנה במחנה אושוויץ-בירקנאו במהלך 43–1942 לצורך התקנת המשרפות ואחזקתן. הביקורים במחנות נערכו גם על מנת לצפות בהפעלת המשרפות ולתכנן את שיפורן. ב-5 במרץ 1943 נערך ניסוי הפעלה בקרמטוריום II בבירקנאו בנוכחות מפקדי המחנה, קציני אס אס בכירים ועובדי חברת טופף. הנוכחים צפו בשרפת גוויות נרצחים במשרפות, השתמשו בשעוני עצר כדי למדוד את משך הזמן של השרפה ורשמו הערות. שבוע אחר כך צפו שני מהנדסים של החברה בניסוי נוסף - רצח 1,492 יהודים מגטו קרקוב בתאי הגזים במחנה ושרפת גופותיהם. אחד מהם מסר על כך דיווח מפורט למנהל החברה לודוויג טופף.
בסך הכל סיפקה החברה למחנות האס אס 25 משרפות ובהן 76 תאי שרפה.
מ-1941 ועד תום המלחמה ניצלה החברה את עבודתם של לפחות 620 עובדי כפייה, מרביתם שבויי מלחמה מברית המועצות, צרפת ואיטליה, וכן עובדים פולנים, הולנדים, קרואטים וצ'כים. במפעל הותקנו תאי מגורים ל-52 עובדים לפחות. הם עבדו שעות רבות יותר מהעובדים הגרמנים וקיבלו שכר מופחת בהרבה. שממנו גם נוכו הוצאות על מזון והלנה. גם ננקטה כלפיהם אלימות על ידי האחראים על המגורים. ארנסט טופף פיטר אחד מהאחראים בשל אלימות זו ב-1944.
לאחר המלחמה.
תאי הגזים והמשרפות במחנות אושוויץ-בירקנאו הוחרבו על ידי הגרמנים לפני שפונו ונתפסו על ידי הצבא האדום בינואר 1945. הרוסים מצאו במשרדי המחנה מסמכים רבים אודות אספקת המשרפות ומתקני הפליטה למחנות על ידי חברת טופף, לרבות חישובים על מספר הגופות היומי שניתן לשרוף בהם. במחנה בוכנוואלד נתפסו המתקנים בשלמותם על ידי הצבא האמריקאי באפריל 1945. הם תועדו לרבות לוחיות שם היצרן של טופף עליהם והצילומים הופצו ברחבי העולם. צילומים אלו גם שימשו כראיות במשפטי נירנברג.
הצבא האמריקאי פתח בחקירה נגד חברת טופף. עוד בשלהי אפריל נפגשו מנהלי המפעל עם ועד העובדים שלה וסיכמו כי הגרסה שתימסר לחוקרים תהיה כי החברה סיפקה את המתקנים למחנות אך לא היה ידוע לה על פרטי השימוש בהם. ב-30 במאי נעצר המהנדס פרופר. ביום המחרת התאבד לודוויג טופף בבליעת ציאניד, לאחר שהוזהר שגם הוא עומד להיעצר. במכתב התאבדות שהשאיר טען כי הוא ואחיו היו חפים מפשע וכי התנגדו לנאצים.
השלטונות הסובייטיים עצרו במרץ 1946 ארבעה מהנדסים של חברת טופף וביניהם פרופר (פרופר נעצר עוד קודם על ידי האמריקאים ונחקר, אך שוחרר). אחד מהם, פריץ סנדר, בן 70, מת בכלא זמן קצר לאחר מכן. האחרים הוחזקו במעצר ובאפריל 1948, מבלי שנוהל משפט על החשדות נגדם, הם נדונו ל-25 שנות מאסר בגולאג. פרופר מת בכלא ב-1952. שני האחרים שוחררו מהמאסר ב-1955.
פריץ סנדר צוטט כמי שהעיד בחקירתו כי כמהנדס וכאיש מפתח בחברת טופף ראה לעצמו חובה לנצל את מומחיותו כדי לעזור לגרמניה לנצח במלחמה, כשם שמהנדסים בונים מטוסים למלחמה ובכך הם קשורים להריגת בני אדם.
לאחר שלודוויג טופף מת ואחיו נמצא בגרמניה המערבית (ראו להלן) הוכרזה חברת טופף כחברה בלא בעלים. המדינה המזרח-גרמנית השתלטה על החברה וצירפה אותה לקבוצה של חברות הנדסה בבעלות המדינה. שמה שונה מספר פעמים. ב-1957 הפסיקה החברה כליל לייצר כבשנים ומשרפות. ב-1993, לאחר איחוד גרמניה, הופרטה החברה וב-1996 פורקה. דרישות של צאצאי משפחת טופף להשיב לידיהם נכסים של החברה שהולאמו נדחו על ידי שלטונות גרמניה.
החקירות נגד ארנסט טופף.
בסוף יוני 1945 נסע ארנסט טופף לשטוטגרט שבמערב גרמניה על מנת לגבות בעקבות מות אחיו כספי ביטוח חיים שהוצא על שמו. ב-3 ביולי הועברה ארפורט לשליטת הצבא האדום בהתאם להסכמי יאלטה, וארנסט טופף לא הורשה לשוב אליה. הוא עבר להתגורר באזור הכיבוש האמריקאי.
במרץ 1946 נעצר טופף על ידי האמריקאים, נחקר במשך שלושה שבועות ושוחרר. בחקירתו הוא טען שהמשרפות שסיפק למחנות היו ציוד סטנדרטי כמו זה שסופק למתקנים אזרחיים בגרמניה, וטען כי לו היו מנהלי החברה מסרבים לספק ציוד לאס אס הם היו נענשים בחומרה.
בדצמבר 1946 פתח בית הדין אזרחי גרמני לדה-נאציפיקציה בחקירה נגד טופף בשל חברותו במפלגה הנאצית. טופף נדרש להמציא שני תצהירים בשבועה של עדים אודות נטייתו האנטי-נאצית, והשיג אותם מידי שני עובדים של החברה. בית הדין התקשה להשיג ראיות בעניינו, בין השאר משום ששלטון הכיבוש הסובייטי, שהחזיק בעיר ארפורט, לא שיתף פעולה עם שלטון הכיבוש האמריקאי.
הליכי הדה-נאציפיקציה נגד טופף נסתיימו במרץ 1949. אז הועבר עניינו למשרד התובע הכללי בעיר ויסבאדן, שחקר את החשדות לסיועו במעשי רצח במהלך המלחמה. עקב מחסור בראיות - שוב, בשל אי שיתוף פעולה מצד הסובייטים - הושעתה החקירה ב-1951. החקירות נגד טופף חודשו ב-1959 וב-1962, אך אף אחת מהן לא הבשילה לכדי הגשת כתב אישום.
ב-1951 ייסד טופף חברה חדשה לייצור כבשנים בעיר ויסבאדן. היא הועברה בהמשך לעיר מיינץ. הוא השתמש בשם הפירמה הקודמת שלו בתקווה להרוויח מהמוניטין שצברה, אך עסקיו לא עלו יפה, בין היתר בשל כך שפעילותה במחנות הריכוז וההשמדה פורסמה ברבים. ב-1963 הגיעה החברה לחדלות פירעון ופורקה.
טופף מת בשנת 1979 מבלי שנתן את הדין על מעשיו במהלך המלחמה.
הנצחה.
מעשיה של חברת טופף נשכחו למשך שנים רבות. רק בשלהי שנות השמונים החל להתקיים מחדש מחקר בנוגע אליהם, וביתר שאת לאחר התפרקות ברית המועצות ב-1991. אז נתגלו שם מסמכים מהחקירות שנערכו על ידי הסובייטים למהנדסי חברת טופף.
קרן הזיכרון של מחנות בוכנוואלד ומיטלבאו-דורה החלה לערוך מחקר בנושא בשנת 2002 ובעקבותיו הפיקה תערוכה נודדת אודות פעולות חברת טופף שהוצגה החל מ-2005 בחמש ערים בגרמניה ובאירופה, וזאת בסיוע המוזיאון היהודי בברלין ומוזיאון אושוויץ. לימים הועברה התערוכה לתצוגת קבע במוזיאון שהוקם בבניין המטה של חברת טופף בארפורט (ראו להלן).
המוזיאון בבית מטה החברה.
בניין מטה חברת טופף לשעבר בארפורט עמד מוזנח ושומם במשך שנים. בשנת 2001 פלשו פעילים מחוגי שמאל לבניין. הם ניהלו בו פעילות תרבותית שעסקה גם במעשיה של החברה בשואה. פעילותם עוררה תשומת לב ציבורית ואף חובר ספר אודותיה. אחרוני הפולשים פונו מהבניין על ידי המשטרה ב-2009.