בשנות ה-50 ושנות ה-60 ממשלתו של סוקרנו הצטרפה בתחילה לגוש המדינות הבלתי מזדהות ומאוחר יותר לגוש הסוציאליסטי. בשנות ה-60 אינדונזיה הייתה בעימות צבאי נגד מלזיה, וסבלה מבעיות פנים גוברות בעקבות קשיי פנים כלכליים. הגנרל סוהארטו נתמנה לנשיא ב-1967 מתוך מטרה להוביל את המדינה לניצחון נגד ניסיון הפיכה קומוניסטית שכוון נגד הנשיא החלש סוקרנו, שתקיפותיו כנגד אנשי שמאל הדאיגו מאוד הן את אנשי הצבא והן את המערב. בתקופה שלאחר עלייתו לשלטון של סוהארטו מאות אלפי אנשים נהרגו או נכלאו על ידי הצבא, והתחוללו מאבקים קשים בין קבוצות דתיות לבין תומכים לכאורה של הקומוניזם. הכינוי הנפוץ ביותר לתקופת שלטונו של סוהארטו הוא "תקופת הסדר החדש".
סוהארטו קרא למשכילים אינדונזיים שלמדו בחוץ לארץ לשוב אל אינדונזיה ולשקמה. בין השבים בשנת 1967 היה גם גאולוג חניך אוניברסיטת הוואי בשם לולו סותורו אביו החורג של הנשיא הקודם של ארצות הברית ברק אובמה. סותורו בא עם אשתו אן דנהם אמו יולדתו של אובמה. אובמה שהגיע כשהיה בן 6, למד בג'קרטה במשך 4 שנים, לפני שנשלח להוואי.
בשנת 1969 נתקלו האינדונזים בעובדה שלא סומנה במפתם בשנת 1960: מודדי גבולם הבחינו ש-2 איים, סיפאדאן וליגיתאן, חלקים של מדינת סאבאה במלזיה נמצאים מדרום לקו רוחב צפוני 10'4. הקו הזה מהווה בחוף האי קאלימאנתאן את הגבול בין שתי המדינות, ובאי סבאטיק מסומן הגבול בערך בקו רוחב צפוני 11'4. מצפון סאבאה של מלזיה ומדרום מחוז קאלימאנטאן המזרחית של אינדונזיה. המשמעות המעשית הייתה תביעה אינדונזית לבעלות על 2 האיים.
סוהארטו הזמין מספר משקיעים זרים למדינה, שגרמו לצמיחה כלכלית מסוימת. אולם, סוהארטו העשיר את עצמו ואת משפחתו באמצעות מעשי שחיתות שלטונית נרחבת והיה מוכרח להתפטר מתפקידו בעקבות ירידה חדה בפופולריות, הכלכלה הכושלת והמחאה שנוצרה במהלך המהפכה האינדונזית של 1998. ב-21 במאי 1998, הנשיא סוהארטו הודיע על התפטרותו וביקש מסגן הנשיא שלו, באכארודין חביבי, להתמנות ולקחת על עצמו את תפקיד נשיא המדינה.
מ-1998 עד 2018 היו באינדונזיה חמישה נשיאים: באכארודין יוסוף חביבי (1998 – 1999), עבד א-רחמן וחיד (1999 – 2001), מגוואטי סוקרנופוטרי (2001 – 2004) ,סוסיליו באמבאנג יודהויונו (2004 עד 2014), וג'וקו וידודו (2014 - 2018 וממשיך בתפקיד).
סיפוח איריאן המערבית.
לאחר שדחתה את הצעת הפיקוח של האו"ם, ממשלת אינדונזיה תחת הנהגתו של סוהארטו החליטה ליישב בעצמה את שאלת איריאן המערבית, לשעבר גינאה החדשה ההולנדית, לטובתה. במקום לקיים משאל עם בקרב תושבי המקום כפי שהוסכם כאשר סוקרנו היה הנשיא, נחקק "חוק הבחירה החופשית" ב-1969 שבמסגרתו נבחרו 1,026 נציגים מקרב התושבים, על ידי האינדונזים. לאחר מספר שיעורים ללימוד השפה האינדונזית הם הוזהרו שעליהם להצביע פה אחד לטובת איחוד של איריאן עם אינדונזיה. אספה של העצרת הכללית של האו"ם שנערכה לאחר מכן אישרה את העברת הריבונות לאינדונזיה. הראיון של נציגי האו"ם היה בשני שלבים, ביולי וב-2 באוגוסט 1969. ב-19 בנובמבר נערכה הצבעה בנושא זה באספה הכללית של האו"ם. 84 מדינות תמכו בסיפוח איריאן המערבית לאינדונזיה. אף מדינה לא התנגדה.
בשנת 1963 נוסד ארגון גרילה ORGANISASI PAPUA MERDEKA (במלאית "ארגון פפואה העצמאית") שפתח במלחמת גרילה בקנה מידה קטן בשנים שלאחר הסיפוח על ידי אינדונזיה. שמה של איריאן המערבית שונה לאיריאן ג'איה ('איריאן המנצחת') ב-1973. בשנת 1894 נבזזה תעודה עתיקה הכתובה בשפת האי ג'אוה בשם נגרקרטגאמה NAGARAKERTAGAMA שנמצאה על ידי חיילים הולנדים בזמן דכוי מרד באי לומבוק בעת מבצע צבאי. בין היתר נכתב בה שבשנת סאקא 1287, בתאריך המקביל לספטמבר / אוקטובר 1365 לספירה הנוצרית, שלטה ממלכת מאג'אפאהית הקדומה במקום בשם "ואנין". האינדונזים מזהים את "ואנין" עם חצי האי "אונין" במערב גינאה החדשה. בשנת 1973 השיבה מלכת הולנד את התעודה לאינדונזים, בזמן בקור ממלכתי שערכה באינדונזיה, ואלה השתמשו באזכור שלטון מאג'אפאהית ב"אונין" כהוכחה היסטורית לנכונות תביעותיה של אינדונזיה לשלטון באיריאן ג'איה.
סיפוח טימור המזרחית.
גורמים אינדונזיים שונים תבעו את ספוח טימור המזרחית אל אינדונזיה החל משנת 1945 בהסתמך על העובדה שממלכת מאג'אפאהית הקדומה שלטה בכל האי. החל משנת 1974 מצאו האינדונזים סבה לדרוש בקולניות את ספוח טימור הפרטוגאלית כאשר מהפכת הציפורנים בפורטוגל גרמה לרשויות המקומיות במדינה להודיע על תוכנית לביטול הקולוניזציה של טימור המזרחית, החלק המזרחי של האי טימור שחלקו המערבי היה חלק מהפרובינציה האינדונזית של נוסה טנגארה המזרחית. הדרישה האינדונזית גרמה נתוק הקשרים הדיפלומטיים עם פורטוגל בשנת 1974. בבחירות שנערכו בטימור הפורטוגלית ב-1975 פרטילין, מפלגה שנטתה לכיוון השמאלי של המפה הפוליטית ומפלגת האיחוד הדמוקרטי הטימורי (UDT), חברו אל האליטות המקומיות, והפכו למפלגות גדולות, לאחר שבעבר כבר יצרו ברית שמטרתה הייתה קבלת עצמאות מפורטוגל. אפודטי, מפלגה שתמכה באינטגרציה עם אינדונזיה, זכתה לתמיכה מעטה בלבד.
אינדונזיה טענה שמפלגת פרטילין היא קומוניסטית, ולפיכך חששה שמזרח טימור, כמדינה עצמאית, תגרום לפילוג בארכיפלג כולו. המודיעין הצבאי האינדונזי גרם להפסקת הברית בין פרטילין ו-UDT, מה שהוביל לניסיון הפיכה של UDT ב-11 באוגוסט 1975, ולמלחמת אזרחים שנמשכה חודש. במהלך הזמן הזה, הממשלה הפורטוגלית נטשה את הטריטוריה הלכה למעשה, ולא המשיכה בתהליך הדה-קולוניזציה. ב-28 בנובמבר הכריזה מפלגת פרטילין באורח חד צדדי על עצמאות המדינה שתיקרא הרפובליקה הדמוקרטית של טימור המזרחית. ב-29 בנובמבר 1975 פלשו האינדונזים למובלעת אוקוסי אמבנו על החוף הצפון מערבי חלק מטימור הפרטוגלית. ב-7 בדצמבר ביום שהודיעו הפורטוגזים רשמית על עזיבתם, פלשה אינדונזיה במבצע "סרוג'א" (במאלאית : "לוטוס"), לעקר השטח של טימור המזרחית. הפלישה באה יום לאחר שנשיא ארצות הברית אז, ג'רלד פורד עזב את אינדונזיה, ב-6 בדצמבר, אז נאמר לו שאינדונזיה מתכוננת לפלוש אל טימור המזרחית. ביום הפלישה היה פורד בחנית בינים בהוואי. כששמע אודות הפלישה, דווח שהגיב: "הפעם אנחנו עם האינדונזים". לבסוף, עד 17 ביולי 1976 הצליחה לספח אליה את המדינה הקטנה שגרו בה (אז) כ-680,000 תושבים. המלחמה לא הייתה אהודה באינדונזיה. היא עלתה לה ב 900 הרוגים וב 2,000 פצועים. אינדונזיה נתמכה מבחינה חומרית ומבחינה דיפלומטית על ידי ארצות הברית, אוסטרליה והממלכה המאוחדת שראתה באינדונזיה בעלת ברית אנטי-קומוניסטית. נחקקו 2 חוקים בעניין הספוח, האחד ב-17 ביולי 1976 והשני בשנת 1978.
הגירת פנים.
מקור הרעיון היה בשנת 1905, בימי שלטונם של ההולנדים, אבל עקר הבצוע של התוכנית היה בימי שלטון סוהארטו. החלה מגמה של התפתחות ומודרניזציה של האזורים העירוניים במדינה. בנוסף, חל שיפור בתנאי החיים. מצב זה גרם לעלייה משמעותית בצפיפות האוכלוסין, כיוון שכפריים החלו להגר לערים בחיפוש אחר עבודה. על מנת להתמודד עם בעיה זו, סוהארטו הפעיל את "תוכנית הגירת הפנים", והעביר אנשים מהאיים ג'אווה, באלי ומאדורה לאזורים אחרים וביניהם פפואה, קאלימאנטאן, סומטרה וסולאווסי. יש טענה שמחצית המפונים הועברו בכפייה.
התמריץ שהנהיג ממשל סוהארטו היה גדול: קבלו המפונים קרקע בשטח 5 אקרים, בית עץ של 2 חדרים, תכופות ביישוב חקלאי חדש, מזון ודשנים לשנה. הבעיה הייתה שבראשית התוכנית הייתה העלות של העברת משפחה 500 דולרים של ארצות הברית, אבל האינפלציה, השחיתות, וחוסר יעילות נוסח "העולם השלישי", גרמו לכך שעלות העברת משפחה גדלה עד 7000 דולרים.
עד שנת 1989, הועברו כ-3 מיליוני אנשים בחסות התוכנית. לתוכנית הייתה השפעה מהותית על הדמוגרפיה של מספר אזורים; לדוגמה, ב-1981 60% מתוך שלושת מיליוני התושבים שבפרובינציית לאמפונג, הדרומית ביותר בסומטרה, היו מהגרי פנים. הבנק העולמי, בנק הפיתוח האסייתי ומספר תורמים עצמאיים ייסדו את התוכנית בשנות ה-80 עם תקציבי עתק.
מטרתה המוצהרת של התוכנית הייתה להפחית את העוני והצפיפות בג'אווה, לספק הזדמנויות לעניים בעלי יכולת עבודה, ולספק כוח עבודה שיוכל לנצל ביעילות גבוהה יותר את המשאבים הטבעיים של האיים החיצוניים. התוכנית נוהלה במקביל למאמצים לאחד את המדינה עוד יותר באמצעות יצירת זהות 'אינדונזית' יחידה שתהיה נוספת על או תחליף את הזהויות המקומיות.
בשנת 1992 נסגר האי סומטרה לאכלוס.
מבקרי התוכנית האשימו את הממשלה האינדונזית שהיא מנסה להשתמש במהגרים כדי להחליף את אוכלוסיית הילידים, ולהחליש תנועות בדלניות. התוכנית הפכה לנושא שנוי במחלוקת, כולל התנגשויות אלימות בין מהגרים ואוכלוסיות מקומיות. מקור ההאשמות נגע ל"איריאן ג'איא" ולטימור המזרחית. ההבדל ביניהן הייתה שבעוד שהמחוזות של היום פפואה (פרובינציה) ופפואה המערבית 48 % מהתושבים במפקד 2010 הם מהגרי פנים מאיים אחרים באינדונזיה, ואינדונזיה ממשיכה לשלוט בחלק המערבי של גינאה החדשה. לעומתה, במזרח טימור כשל הרעיון לגמרי. מקומיים זהו מהר מאוד מי אינו מבין פורטוגזית או טטום וידעו שהוא מהגר. הדבר גרר מהומות. החל מ-24 במאי 1998 מזמן שהעלה בחרודין יוסוף חביבי את הרעיון לאפשר לטימור המזרחית משאל שבו יוכלו תושביה לבחור באוטונומיה או בעצמאות, היו המהומות סבה שבגללה אמרו שאי אפשר לשמור שם את החק והסדר. כל זמן שסוהארטו היה נשיא הוא העסיק שם את הצבא, אבל לחביבי נמאס מהמצב והוא העלה רעיון של אפשרות להפרד מטימור המזרחית.