הפילוסוף גוטפריד וילהלם לייבניץ כתב בתגובה למסה את "מאמרים חדשים על התבונה האנושית", חיבור בו הוא מפריך פרק-אחר-פרק את הטענות של לוק. לוק היה מודע לביקורת של לייבניץ, שגם ניהל עימו תכתובת, אך את החיבורים עצמם לייבניץ החליט לא לפרסם לאחר שנודע לו על מותו של לוק. הם התפרסמו לבסוף ב-1765. על עמדותיו אל מול אלה של לוק, כתב לייבניץ: "מעל הכול לקחתי על עצמי להציל את אי-החומריות של הנפש, דבר שלוק מותיר בספק. אני מצדיק גם את הקיום של אידיאות מולדות [innate ideas], ומראה שהנפש יוצרת מעצמה את התפיסה שלהן. אכסיומות, גם כן, אני רואה בחיוב, בעוד שללוק דעה שלילית כלפיהן. בסתירה ללוק, אני מראה שהאינדיבידואליות של האדם, אשר דרכה הוא משמר את זהותו, היא ההמשכיות של המרכיב [substance] הפשוט, או הבלתי-חומרי, שמחייה אותו; [...] שאין לא ריק ולא אטומים; שחומר, או העיקרון הפסיבי, לא יכול להיות מודע, אלא כאשר אלוהים מאחד עמו מרכיב מודע. אכן, אנו לא מסכימים על מספר רב של דברים נוספים [...] אף על פי שאני משוכנע שכוונתו של לוק הייתה טובה לחלוטין".
פילוסוף נוסף, בן המאה ה-17, שהושפע מלוק הוא ג'ורג' ברקלי, שאת חיבורו מ-1713, "עקרונות דעת האדם", ניתן לקרוא כתגובה ללוק. ברקלי פיתח פילוסופיה אידיאליסטית לפיה לא קיימים דברים שהם חומריים בלבד, במובן שהם עצמאיים מהשכל. לפי ברקלי הרעיון שקיים חומר באופן עצמאי ובלתי תלוי בשכל עשוי להביא לאתאיזם ולספקנות. לטענתו, ניתן לקבל את ההנחה של לוק שהאובייקטים של השכל הם אידיאות בלבד ומכך נובע שכל הדברים שאנו תופסים כאילו היו קיימים בעולם באופן עצמאי מהשכל הם אידיאות והם תלויים בשכלנו. לוק וממשיכיו עונים (לפי ברקלי) שאמנם האובייקט המיידי של השכל הוא אידיאות, אך האידיאות מייצגות אובייקטים אחרים שקיימים במנותק מהשכל ונתפסים באופן לא מיידי. לפי ברקלי פתרון זה אינו מוצלח וחסר בסיס. בהתאם, הוא ביקר אלמנטים שונים בתאוריה של לוק שיכולים להתפרש כתמיכה בטענה שקיים חומר עצמאי מהשכל. הוא שולל את ההבחנה בין איכויות ראשוניות לאיכויות משניות, ומראה שאין אפשרות לתפוס או לתאר דברים על ידי איכויות ראשוניות בלבד תוך הפשטה של האיכויות המשניות. גם הרעיון שאידיאות של איכויות ראשוניות הן דמויות (resemblances) של האיכויות עצמן הוא חסר פשר, כיוון שהדבר היחיד שיכול להידמות לאידיאה הוא אידיאה אחרת. בנוסף ביקר ברקלי את הדיון של לוק על אידאות מופשטות וטען שהוא מוביל לסתירות.
בנוגע לדיון של לוק על טבעה של השפה, התאולוג הקתולי ג'ון סרג'נט כתב מספר טיעוני ביקורת, שחזרו על עצמם מאוחר יותר בתחום הפילוסופיה של הלשון. סרג'נט ביקר את הרעיון שכאשר אנחנו משתמשים במילים אנחנו מסמנים את האידיאות שבשכלנו ולא את העצמים עצמם שקיימים בעולם. לפי סרג'נט, "כשג'נטלמן מבקש ממשרתו להביא יין מהמרתף, הוא לא מתכוון לבקש ממנו שיביא את האידיאה של היין שבראשו, אלא את היין, שבעצמו נמצא במרתף". ג'ון סטיוארט מיל הביע ביקורת דומה במאה ה-19. בנוסף, לפי סרג'נט, הטיעון של לוק שהשימוש במילים תלוי בהסכמה בין הדוברים על משמעותן נמצא בסתירה עם טיעונו שהמילים מסמנות אידיאות בשכלנו, שאינן נגישות לאף אחד מלבד הדובר עצמו. סרג'נט שואל, כיצד ניתן מלכתחילה להגיע להסכמה, אם המצב הראשוני הוא שאף אדם לא יכול לדעת מה נמצא בשכלו של אדם אחר. ברקלי ביקר גם כן את התאוריה של לוק לגבי שימוש בשפה, בין השאר בטענה שתכלית השפה היא לא רק תקשורת והבהרה של האידיאות שבשכלנו, אלא גם עירור של תחושות ורגשות, באופן שאינו מתווך על ידי אידיאות.
השפעה במאה ה-18.
לביקורת של לוק על רעיון האידיאות המולדות הייתה השפעה רבה על הפילוסופיה של המאה ה-18. בתחילת המאה היא צברה תומכים רבים והייתה לעמדה המקובלת. ג'ון רוג'רס כתב שהפילוסופיה של לוק "משלה" בפילוסופיה של המאה ה-18, לא במובן שפילוסופים במאה זו היו "לוקיאנים", אלא במובן שרוב הדיונים הפילוסופים החלו מתשובות שהוא סיפק ונושאים שהוא העלה. דוגמה בולטת להשפעה של המסה על התפתחות האמפיריציזם היא תורת ההכרה של דייוויד יום. יום אימץ את הביקורת של לוק על רעיון האידיאות המולדות וקיבל חלקים מהותיים מהתורה של לוק. חידוש משמעותי בפילוסופיה של יום הוא ההבחנה בין רשמים לבין אידיאות, אשר לא קיימת אצל לוק. יום גם הושפע, כמו רבים אחרים במאה ה-18, מהתאוריה של לוק על זהות אישית. גם בתחום התאולוגיה, רעיונות מהמסה ומכתבים אחרים של לוק היו במרכז השיח.
בצרפת למסה הייתה השפעה הולכת וגוברת החל מראשית המאה ה-18. שני גורמים הביאו לכך שההתייחסות של לוק לאפשרות קיומו של חומר חושב הייתה השפעה רבה בקרב אינטלקטואלים צרפתיים. ראשית, במהדורה השנייה של המסה בצרפתית, שפורסמה ב-1729, נוספה הערה ארוכה לגבי המחלוקת בין לוק לסטילינגפליט בנושא. שנית, בחיבור "מכתבים פילוסופיים על האנגלים" וולטר הדגיש את ההתייחסות לנושא ושיבח את לוק על כך שהוא מכיר בבורות של בני אדם בנושאים מטאפיזיים מעין אלה. כתוצאה מכך, ההערה של לוק, שאינה מרכזית למסה, הפכה בצרפת ובמקומות אחרים באירופה לנושא בוער. החיבור אף הוחרם בשל הערה זו במדינות מסוימות. וולטר סייע להפצה של הרעיונות של לוק גם בספרו "אלמנטים של הפילוסופיה של ניוטון". מלבד וולטר, אישים בולטים אחרים בנאורות הצרפתית הושפעו מלוק. דני דידרו כתב את הערך על לוק באנציקלופדיה הגדולה ועסק בבעיות העולות במסה בכתבים שונים, כגון "מכתב על העוורים: לשמושם של הרואים"; העבודות של אטיין בונו דה קונדיאק הושפעו כמעט כולן מהמסה וקידמו רעיונות מרכזיים בה.
השפעה במאות ה-19 וה-20.
המסה של לוק המשיכה להיות בדפוס לאורך המאה ה-19. בשנת 1805 יצאה המהדורה ה-21 של המסה, בשנת 1860 יצאה המהדורה ה-32, ואחריה יצאו מספר מהדורות נוספות, זאת בנוסף לחמש מהדורות לפחות של כל עבודותיו של לוק. ב-1894 יצאה מהדורה של המסה שנערכה על ידי אלכסנדר קמפבל פרייזר , אשר נחשבה למקור בר-סמכא במשך שנים רבות, על אף שכיום ידוע שהיא כוללת טעויות רבות. המהדורה של פרייזר כללה גם הערות פרשניות רבות, שבהרבה מקרים היו ביקורתיות ושליליות כלפי הטיעונים של לוק. הרוח הפרשנית הזו שיקפה דעיכה כללית יותר במוניטין של המסה לאורך המאה ה-19, עד שיקומו לקראת סוף המאה העשרים.
האנס אורסלף כתב שבמאה ה-19 היו ללוק מגנים ומבקרים, "אבל הדעה הרווחת נעה בין עוינות קיצונית ולעג לביקורת מתנשאת על נקודות מבודדות ומינוריות". לפי אורסלף, הדיון על המסה במאה ה-19 הוא דוגמה לאופן שבו טקסטים פילוסופים יכולים להיקלע למחלוקת סוערת באופן שמקשה על הבנתם, אך המחלוקת מראה גם שלוק נותר דמות רבת השפעה במאה ה-19. הוא מתארך את תחילתה של רוח זו ל-1829, השנה בה יצאו לאור ה"הרצאות על הפילוסופיה המודרנית" של הפילוסוף הצרפתי ויקטור קוזן . חלק ממבקרי המסה במאה ה-19, כגון תומאס קרלייל האשימו את המסה של לוק בדרדור הרוח והמוסר של התקופה, והעדיפו את האידיאליזם הגרמני שנטה יותר לנשגב. אך גם אינטלקטואלים רדיקליים יותר, כגון ויליאם הזליט, נטו לביקורת על המסה, תוך הדגשת סגנון הכתיבה של לוק, אותו הם מצאו כבד, טרחני ופדנטי.
ההחלטה באוניברסיטת אוקספורד לא ללמד את המסה, שהתקבלה עוד בימי חייו של לוק, לא השתנתה עד סוף המאה ה-19. בקיימברידג', לעומת זאת, המסה של לוק זכתה להערכה רבה בתחילת המאה ה-19. לקראת אמצע המאה, הערכה זו פינתה את מקומה לביקורת חסרת פשרות. אדם סדג'וויק ראה את המסה כמקור לטעויות של אחרים וקידם באופן מודע פילוסופיה "אנטי-לוקיאנית" בקיימברידג'. הוא וויליאם יוּוֵל תקפו את טיעוני המסה וביקורתם זכתה לתהודה רבה.
ג'ון סטיוארט מיל היה חריג בולט בהערכתו למסה. על אף שגם לו הייתה ביקורת על חלק מהטיעונים של לוק, הוא תקף בשפה חריפה וסרקסטית את מבקריו של לוק בקיימברידג' והצביע על טעויות בפרשנויות של המבקרים. מיל התייחס למסה ולכתביו האחרים של לוק כאל חלק ממסורת פילוסופית, שהתפתחה בלמידה מתוך ניסוי ואינדוקציה ואשר המשיכה בימיו בכתביו התועלתניים והרדיקליים של ג'רמי בנת'אם. מסורת זו עומדת אל מול השמרנים האנטי-אינדוקטיביים, שהאמינו במאה ה-19 בנחיתותו של לוק אל מול הפילוסופיה של קאנט, שלינג והגל. הוא ביקש להגן על הגישה לוק וממשיכי דרכו, אך גם לעדכנהּ ולפרשהּ מחדש, במטרה להפריך את הפרשנות השטחית של מבקריהם. הדיון בין מיל לאנשי קיימברידג' זכה לתהודה והחריף את העוינות של מבקרי המסה.
ג'ון רוג'רס מסכים שהשפעת המסה של לוק דעכה במאה ה-19 ובעשורים הראשונים של המאה ה-20, בעקבות הפופולריות הגוברת של תורות אפיסטמולוגיות מתחרות, אלה של קאנט והגל. התייחסות מפורשת של הגל עצמו לתורת ההכרה של לוק נשמרה בהרצאות על תולדות הפילוסופיה, כתבי יד שהשתמרו ונערכו לאחר מותו. בהרצאות, הוא מתייחס לפילוסופיה של לוק כאל שלב משמעותי בהתפתחות הגישה המטאפיזית, שכוללת גם את לייבניץ וכריסטיאן וולף. הגל כותב שהגישה האמפיריציסטית של לוק שלטת עדיין בפילוסופיה האירופאית, אך מטבעה של גישתו ההיסטורית, תורת ההכרה של לוק מופיעה כשלב חולף שסולל את הדרך לגישות מאוחרות יותר שסותרות אותה ומקדמות את הפילוסופיה. לפי הגל, בעיה מרכזית בגישה של לוק ודומיו היא ההנחה שהפילוסופיה חייבת להתחיל בבחינת הגבולות של היכולות האינטלקטואלית האנושיות; הנחה שבהכרח מובילה למסקנה של קאנט שהיכולות הקוגניטיביות של האדם עומדות כטריז בינו לבין המציאות כפי שהיא.