החומה ההקפית המרכזית סובבת את ארמון הוֹן-מארוּ. ארמון זה היווה את מקום מגורם הראשי של קיסרי שושלת אוֹוַארי וחרב בהפצצות. כיום, הארמון נתון לעבודות שיקום ובנייה מחדש, תוך הקפדה מתמדת על שימוש בטכניקות ובחומרי הבנייה המקוריים, באמצעותם נבנה הארמון לפני שחרב. עלות עבודות השיקום הכללית עומדת על כ-15 מיליארדי ינים (כחצי מיליארד שקל), והן צפויות להסתיים בשנת 2018 (הֶייסֶיי 30), אז ייפתח הארמון המחודש למבקרים.
הארמון המקורי נבנה בשנת 1615, דרומית למצודה הראשית, בסגנון ארכיטקטוני הקרוי "שוֹיין-זוּקוּרי". זהו סגנון ארכיטקטוני יפני, המיועד עבור מבני מגורים, אשר לפיו עוצבו ונבנו אחוזות צבאיות (קסרקטינים), אולמות המיועדים לאורחים במקדשים ומשכנות עבור ראשי מנזרי זֶן, בתקופות של אַזּוצ'י-מוֹמוֹיאמָה (1600-1568) ואֶדוֹ (1868-1600). סגנון זה הוא הבסיס של בית יפני, הבנוי בסגנון מסורתי, עד ימינו אלה.
מאפייניו של סגנון זה כוללים בנייה של חדרים ריבועיים, ועיצוב פני החדר נעשה אף הוא על פי תבניות ריבועיות. כמו כן, רצפת החדר מרופדת לחלוטין במחצלות "טַאטַמי". סגנון בנייה זה שואב את שמו מהמונח "שוֹיין".
הצריח הדרום מערבי.
הצריח הדרום-מערבי נקרא גם "צריח היטסוּג'י-סארוּ" ("צריח הכבשה והקוף"). הסיבה למתן שם זה נעוצה בכך, ששתי חיות אלו סימלו את הכיוון הדרום-מערבי, בהתאם לכיוון דרום-מערב במצפן - בגלגל המזלות הסיני. צריח זה הוא בעל שלושה מפלסים (קומות), ובקצהו שתי רמות, אחת מעל השנייה, של גגות. מתחת לצדדיו המערבי והדרומי של הגג התחתי, מותקנות דלתות סתרים, אשר נועדו לתת גישה ללוחמים זורקי אבנים על אויבים, תוך מתן מענה הגנתי למתקפה על המבצר. את סמל פרח החרצית, אשר מהווה את החותם הקיסרי של יפן, ניתן לראות מפוסל בקצה העליון של גג הרעפים המשולש השני (העליון). צריח זה חרב, יחד עם חומת האבן אשר תמכה בו, במהלך רעידת האדמה "נוֹבּי" בשנת 1891, והוא שוקם חלקית בשנת 1923, בעקבות הנחיות של המשרד הממשלתי של משק הבית המלכותי. הצריח הוכר כאתר מורשת תרבותי ממעלה ראשונה.
השער הקדמי השני.
השער הקדמי השני, אשר נקרא בעבר "השער הדרומי השני", מוליך אל תוך החומה ההקפית של ארמון ההוֹן-מארוּ. צדי השער בנויים מקורות עץ עבות וכבדות, ומשקוף השער - מאריחי ברזל חזקים ועבים במיוחד. שני צדי השער מהווים דוגמאות נדירות של קירות גבס חסיני אש. מאחר שזהו שער ששמר על מבנהו המקורי (ולא שופץ), הוא נחשב אתר מורשת תרבותי ממעלה ראשונה.
הצריח הדרום-מזרחי.
הצריח הדרום-מזרחי מכונה "טַאטסוּמי". למראית עין, נדמה כי יש לו שני מפלסים בלבד, אף על פי שבפועל הוא בעל שלושה מפלסים. קירות הצריח בנויים מטיט, וציפוי הטיח הלבן המרוח עליהם - הופך אותם לעמידים בפני מים ולחסיני אש. מבחינה ארכיטקטונית, צריח זה זהה בצורתו ובאופן בנייתו לצריח הדרום-מערבי של המבצר. עיצוב צורתם של שני צריחים אלו, ואופי בנייתם, מסמלים מבחינה היסטורית את השפעתה הניכרת של שושלת טוֹקוּגַאווָה עליהם. נוסף על כך, ניתן לראות את סמל פרח החוטמית, המאפיין את משפחת טוֹקוּגַאווָה, מפוסל בקצה העליון של גג הרעפים המשולש, העליון. צריח זה, כמו עמיתו - הצריח הדרום-מערבי, הוכר כאתר מורשת תרבותי ממעלה ראשונה.
השער המזרחי הראשון.
השער המזרחי הראשון היה שער איתן, אשר יצר, יחד עם השער החיצוני, מעטפת ריבועית, שסבבה את ארמון ההוֹן-מארוּ. לשער זה היה גג רעפים משולש, ובצידו הימני נלווה אליו שער קטן יותר, אשר חיבר בינו ובין השער הראשי של המצודה הראשית - שער מגדל הטירה ("דוֹנג'וֹן"). שער זה הוא שחזור מדויק של השער המקורי, אשר חרב במהלך מלחמת העולם השנייה.
אבן קיוֹמאסָה.
צורת חלק ניכר מחומות האבן הסובבות את מבצר נגויה ומגנות עליו - היא ריבועית. חומות אלו כוללות מספר אבנים גדולות, אשר נועדו לשקף את יכולותיו ההגנתיות של המבצר.
על פי האגדה, קאטוֹ קיוֹמאסָה, אשר היה גנרל נודע ומהנדס מבצרים, הוביל אחת מאבנים אלו אל המבצר, התקין אותה באחת מחומותיו - וזו נקראה מאוחר יותר על שמו, "אבן קיוֹמאסָה". עם זאת, יש הסוברים שהאחראי להתקנת האבן הוא דווקא קוּרוֹדָה נאגאמאסָה, שהיה לוחם ודַאימיוֹ, החל מתקופת "אזוּצ'י - מוֹמוֹיאמָה", ועד תקופת אֶדוֹ המוקדמת. בתקופה זו בעבר, כל פיאודל אשר היה אחראי על אבן מסוימת, חרט את שמו או סימן האופייני לו בלבד - על גביה, זאת על מנת להבדילה מאבנים אשר היו שייכות לפיאודלים אחרים. מכאן, יש הסוברים כי סימני החריטה שנמצאו על אבן זו - מעידים על היות פיאודל זה האחראי להובלת האבן אל המבצר והתקנתה בחומה, במיקום בו היא נמצאת עד ימינו אלה.
מצודות (דוֹנג'וֹנים).
שתי המצודות (דוֹנג'וֹנים) העיקריות של מבצר נגויה שוכנות בתוך מתחם ההוֹן-מארוּ, אשר חומה ריבועית מקיפה אותו. מאפיין מובהק של מבצר נגויה הוא סגנון בנייתו הייחודי, המקשר בין שתי מצודות אלו.
המצודה הראשית היא בעלת חמש קומות, והמצודה המשנית, הקטנה יותר - בעלת שתי קומות. שתי המצודות מקושרות זו לזו באמצעות גשר, אשר מעבר לתפקידו הראשי - אמצעי מעבר בין שתי המצודות, גם מווסת ומפחית את העומס הפועל על המצודות (אשר גורם להחלשותן). כלומר, גשר זה מאפשר לפזר את הלחץ הצדי הפועל עליהן - גם על שטח פניו (לעומת לחץ רב יותר הפועל על המצודות לבדן, אילולא היה קיים גשר זה).
בנוסף לשתי מצודות אלו, קיימת ראייה לכך, שמצודה קטנת ממדים נוספת תוכננה להיבנות בצמוד למצודה הראשית, אך מערבית לה, על פני שטחה העליון של החומה, הסובבת את מתחם ההוֹן-מארוּ. ראייה זו מתבטאת בדמות שרידים של כניסה נוספת, לכאורה, למבנה שבנייתו ננטשה טרם התחלתה, ואשר נמצאת, כאמור, במקום זה. ניתן להסיק, על פי ממצאי כניסה זו, שמצודה זו נועדה להשקיף לכיוון מערב, אל מחוץ למתחם ההוֹן-מארוּ, ולספק מענה הגנתי נוסף ומידע על המתרחש מחוץ למתחם - בעת מתקפה אפשרית על המבצר. כמו כן, הכניסה למצודה המשנית תוכננה אף היא לכיוון מערב, מאותם שיקולים ביטחוניים - בעת מתקפה אפשרית על המבצר. מיקום הכניסה למצודה המשנית שונה במהלך תקופת בניית המצודה, וכיום הכניסה אליה אינה פונה עוד לכיוון מערב. עם זאת, שרידי הכניסה המערבית, המקורית, נשארו חקוקות בחומת האבן של המצודה, עד ימינו אלה.
מספר סוגים של כלי נשק אוחסנו בקומה הראשונה של מצודת המבצר הראשית. חומרים דליקים, כגון אבק שרפה, אוחסנו במיכלים מחוץ לגבולות המבצר.
במהלך מלחמת העולם השנייה, חרבו שתי מצודות המבצר - הראשית והמשנית, ונבנו מחדש בשנת 1959, תוך שימוש בחומרים מודרניים לאורך תהליך שיקומם, אשר כללו, בין היתר, קורות פלדה ובטון. עם זאת, ישנם תכנונים המתעתדים לבנות מחדש את מצודות המבצר בשלמותן, אך תוך שימוש בחומרי הבנייה המקוריים, מהן היו בנויות המצודות טרם חורבנן, כאשר חומר הבנייה העיקרי היה עץ. התקציב המשוער להוצאה לפועל של תוכנית זו הוערך בכמה מיליארדי ינים.
נטל עבודות הבנייה של חומות המבצר חולק בין עשרים פיאודלים, ביניהם היה גם הדַאימיוֹ והלוחם קאטוֹ קיוֹמאסָה, אשר חי החל מתקופת אַזוּצ'י-מוֹמוֹיאמָה, ועד תחילת תקופת אֶדוֹ.
קאטוֹ קיוֹמאסָה הותיר את חותמו במבצר, בשל המוניטין הרב שרכש לעצמו כארכיטקט מצטיין, אשר התמחה בבניית טכניקות הגנה וביצורים עבור מבצרים. חומות המצודה הראשית נבנו על ידי משפחת קאטוֹ, ובאבני הפינה שלה טבועים בסלע רישומיהם של בני המשפחה, אשר לקחו חלק בתהליך הבנייה. רישומיהם של קאטוֹ קיוֹמאסָה ומשרתיו נטבעו באבן הפינה הצפון-מזרחית של חומת המצודה.
בחומת המצודה הראשית חקוקים סימנים רבים, כגון צורות (משולשים ומעגלים) וחפצים שונים (מניפות מתקפלות, מניפות מלחמה ועוד). טביעות סימנים אלו בסלע קרויות "קוֹקוּמוֹן", והן מייצגות את סימניהם של הדַאימיוֹ-ים השונים והוסאלים שלהם, אשר להם היה חלק בתהליך בניית חומת המצודה הראשית. טביעות הסימנים נחקקו באבנים, על מנת להבהיר באופן חד משמעי מיהו הפיאודל האחראי להובלת אבנים מסוימות אל המבצר, להתקנתן בחומת המצודה הראשית ולעיצובן. כך נמנעו מחלוקות בנוגע ל"זהות" האבנים בקרב הפיאודלים, בוני חומת המצודה.
חלק מאבני הפינה של חומת המצודה הראשית הוצאו ממנה, והובלו למדשאה בחלקו הצפוני של המבצר, במהלך השיפוצים שנערכו בו ב-1959. זאת, בעקבות הנזק הנרחב אשר נגרם להן - כתוצאה מהחום העז אשר הכה בהן, במהלך ההפצצות. החום הרב גרם, לבסוף, לקריסת המצודה כולה.
החומה התומכת במצודה הראשית נבנתה בטכניקת בנייה מיוחדת, הקרויה "שיפוע של מאוורר", או ליתר דיוק - "שיפוע של כנף מאוורר". הסיבה למתן שם זה נעוצה בשיטת הבנייה הייחודית בה נבנתה חומה זו: החומה מתעקלת ומתפתלת בצורה חדה, כלפי חוץ, יותר ויותר, ככל שפני החומה קרבים לקרקע (במורד החומה). טכניקת בנייה זו נקראת גם "חומת אבן בצורת חצי סהר", וגם בשם המאדיר את ממציאה ומפתחה - "סגנון קיוֹמאסָה"- על שם קאטוֹ קיוֹמאסָה. שיטת בנייה זו מעניקה יכולות הגנתיות גבוהות למצודה, מקשה על הטיפוס עליה (בהשוואה לטיפוס על חומה בעלת שיפוע קבוע), ומוסיפה "חלקלקוּת" למדרון החומה. נוסף על כך, מעניקה שיטת בנייה זו תמיכה מאוזנת יותר עבור תשתית המצודה, הנתונה ללחצי אדמת הקרקע והחול, אשר מהם היא בנויה מבפנים, וכן מצד לחץ הקרקע עליה היא בנויה. כך מונעת שיטה זו "התנפחות" של המצודה מבפנים כלפי חוץ. סגנון בנייה זה נוסך חן ואלגנטיות במצודה, ומייפה את מראה המבנה כולו.