פיטר פטרלי מוצא את הספר שחיבר אביו של מוהינדר סורש, על אנשים עם כוחות מיוחדים ופוגש אותו ועוזר לו במחקר. כחלק מהמחקר מוהינדר ופיטר נוסעים לאייזיק כדי לבחון את ציוריו. בזמן הנסיעה, הזמן עוצר ופיטר נפגש עם הירו. זה מסביר לו כי הוא הגיע מהעתיד ושעליו להיפגש עם הירו של ההווה, על מנת "להציל את המעודדת, להציל את העולם". לאחר המפגש ברכבת התחתית מוהינדר משתכנע כי פיטר לוקה בנפשו, ובעקבות כך מתייאש מלמצוא את הפתרון לעבודתו ארוכת השנים של אביו. פיטר ממשיך במחקר בכוחות עצמו, ומוהינדר חוזר להודו להמשיך בחייו שם.
במקביל, אייזק נלקח מדירתו על ידי אנשי "החברה", העובדת תחת כסות של מפעל הנייר המקומי בשם "פרימה-טק". שם הוא נכנס להליך של חקירה, גמילה מסמים וניסיון להרחבת כוחותיו על ידי המנהל המקומי מר בנט (אביה של קלייר). ללא נוכחותו של אייזק במקום, פיטר מבין שהמעודדת שעליו להציל היא נערה הלומדת בתיכון בטקסס. אף על פי שאחד מציוריו של אייזק מראה כי פיטר ימות בניסיון ההצלה, פיטר בוחר לנסות להציל את המעודדת נוסע לתיכון ונאבק בסיילר שמנסה להרוג את קלייר. הקרב מסתיים בנפילה שכמעט הורגת את פיטר - עד הגעתה של קלייר ומבין שהוא יכול לספוג כל כוח מיוחד ולא רק את של אחיו. סיילר, שגם הוא כמעט ולא ניזוק, נופל בשבי של "החברה", שארבו לו במקום מבעוד מועד, ונכלא במפעל הנייר.
בה בעת, מאט פרקמן מנסה להשתלב בחקירת FBI המתחקה אחר סיילר, ומגיע בעקבותיו לתיכון בטקסס. שם הוא מצליח להבין כי יש קשר בין סיילר למר בנט ומפעל "פרימה-טק", אך בזכות חוסר ניסיונו הוא מפיל את החקירה ומגורש מהכוח. אובססיבי להוכיח את צדקתו, מנסה מאט למצוא דרך לברר את מהות הקשר, ולחשוף את מר בנט. תוך כדי כך הוא מפתח ברית חדשה ולא צפויה עם טד ספראג, האיש הרדיואקטיבי, המנסה לקבל תשובות משל עצמו ממר בנט ו"החברה".
קלייר שכעת אינה יכולה להסתיר מאביה המאמץ את כוחה, מנסה לפחות למצוא את מקורותיו. מר בנט מנסה למנוע ממנה לגלות את עברה, ומצווה על עוזרו מהאיטי למחוק בעזרת כוחו את זיכרון היודעים על כוחה כולל קלייר בעצמה. אך האיטי משאיר את זכרונה של קלייר על כנו. קלייר מוצאת את אמה הביולוגית מרדית' גורדון, אישה המסוגלת לשלוט באש, ובעקבות כך את אביה האמיתי - ניית'ן פטרלי.
לאחר התקיפה בתיכון, פיטר מתעלף ונכנס לתרדמת לשבועיים. בתרדמת הוא חולם שהוא מתפוצץ והורס את ניו יורק. הוא רואה את כל הגיבורים שיכיר בהמשך, ככל הנראה בעקבות יכולת החיזוי שספג בעבר. ביניהם הוא רואה אדם מזוקן. כשפיטר מתעורר הוא יוצא לרחוב, שם פוגש את האדם המזוקן מהחלום באורח מקרי. שמו קלוד ריינס והוא מסוגל להפוך לבלתי נראה. קלוד עבד בעבר ב"חברה" עם מר בנט, אך בגד בהם ומאז הוא נרדף ונאלץ לחיות במחתרת. בזכות היכרותו מתקופתו ב"חברה" עם עשרות בעלי כוחות שונים, הוא מאמן את פיטר לשלוט בכוחו. סדרת האימונים נקטעת באיבה, לאחר שמר בנט והאיש מהאיטי עולים על עקבותיו של ריינס, ומאלצים אותו לעזוב את פיטר לפני תום ההכשרה.
מוהינדר סורש מגלה בהודו רשימה שאביו עבד עליה, שמכילה את כל שמות הגיבורים השונים שמכילים את האנומליה הגנטית ומחליט לפגוש אותם. רק אחד, בחור בשם זֵין טיילור, מסכים לקבל את פניו. סיילר שנמלט מכלאו מתחקה גם הוא אחר בעלי הכוחות. הודות לצירוף מקרים, סיילר מגיע לביתו של טיילור שעות ספורות לפני מוהינדר, הורג אותו, סופג את כוחו ומתחזה לטיילור בפני סורש. במאמץ לשים את ידיו על הרשימה, סיילר מציע לעזור לסורש בחיפושים.
בינתיים, בזמן שניקי מנסה להיחלץ ממלכודת שטווה לה מר לינדרמן, מיליונר בעל השפעה שממנו לוותה כספים, בעלה הפושע נמלט מכלאו וחוזר הביתה. לאחר זמן מה בורח ממנה ולוקח איתו גם את בנם המשותף מייקה. בניסיון להחזיר את בנה, ניקי פונה לג'סיקה וזו מגיבה בחומרה מוגזמת, מה שמביא לכליאת שתיהן בגין רצח. מר לינדרמן, משחרר את השתיים בתמורה לחוזה עבודה קבוע של ג'סיקה בחברתו, כרוצחת שכירה.
הירו נקמורה ואנדו שנודדים ברחבי ארצות הברית מוצאים חוברת קומיקס שצייר אייזיק שבה הוא מצויר עם חרב. לאחר בדיקה הוא מגלה שהחרב היא עתיקה ומצויה באוסף פרטי של מר לינדרמן. הם גונבים את החרב ומנסים להגיע לסיילר על מנת להציל את העולם.
לבסוף מתגלה שלינדרמן תכנן את הפיצוץ בניו יורק כדי שיוכל להשתלט על ארצות הברית. יש לו גיבוי לכל אפשרות: אם טד ספראג הגרעיני לא יתפוצץ, סיילר ייקח ממנו את כוחו ויתפוצץ במקומו; אם סיילר לא יתפוצץ, פיטר פטרלי יספוג את כוחו הגרעיני ויתפוצץ במקומו, וכך הלאה. ואכן, בפרק הסיום של העונה הראשונה, מתמודדים הגיבורים, שנפגשו במקרה, מול סיילר כאשר גם לפיטר וגם
לסיילר הכוח הגרעיני שספגו מטד. בסוף פיטר גובר על סיילר והירו מגיע עם החרב והורג את סיילר, אבל פיטר לא מצליח לשלוט בכוח הרדיואקטיבי שלו ועומד להתפוצץ ואז ניית'ן, שקודם היה בעד שניו יורק תתפוצץ, מגיע ואומר לפיטר שיש דרך לעצור את הפיצוץ ופיטר וניית'ן עפים ופיטר מתפוצץ באוויר.
בסצנה שלאחר הכתוביות רואים שהגופה שסיילר נעלמה מה שמרמז שסיילר לא מת.
עונה שנייה ("דורות").
הירו נקמורה, שניסה לברוח בסוף העונה הראשונה מאימתו של סיילר, מוצא עצמו רחוק משציפה, בימי הביניים ביפן. הוא חובר לקנסאי, הגיבור שלמענו חושלה החרב אותה ניכס בעתיד, ועוזר לו לממש את גורלו ההיסטורי. מתגלה שקנסאי עצמו הוא גיבור, ושכוחו הוא כמו של קלייר, חידוש רקמות, ועל כן אינו מסוגל להיפגע ולמות. בניסיונו להגשים את אגדות קנסאי עליהם גדל, מנסה הירו לעקוב בקפדנות אחר ההיסטוריה, אך שוגה ומתאהב בבחורה הלא נכונה. כך הוא משאיר מאחוריו את העבר שגוי, ומשחרר נבל נוסף לעלילה. כשחזר לעתיד, גילה שאותו נבל נכלא במרתפי "החברה" במשך זמן ארוך, וכעת השתחרר ומחפש נקמה. הירו מנסה לעצור בעדו, ובפרק האחרון של העונה נקלע לקרב פנים אל פנים, ממנו הוא יוצא חבול אך מנצח.
די.אל, בעלה של ניקי, מצליח להתגבר על פצעיו מתום העונה הראשונה, ונראה שהוא וניקי יכולים להחזיר את משפחתם לתלם. על מנת להימנע משובה של ג'סיקה, ניקי מנסה לקחת גלולות נסיוניות שמציע לה בוב בישופ, מנהל החברה של לינדרמן. בעקבות תופעות לוואי, ניקי מפסיקה לקחת את הגלולות ונופלת קורבן לפיצול נוסף. די.אל בא לחלצה ונורה שוב - הפעם למוות. ניקי עוזבת את לאס וגאס עם מייקה, ומבקשת שוב את התרופה למצבה במעבדות החברה של לינדרמן, שעדיין משגשגת תחת מגע הזהב של בוב. את מייקה היא משאירה עם דודתו (ככל הנראה מצד די.אל) בניו אורלינס. שם הוא מוצא כי בת דודתו, מוניקה דוסון, גם היא בעלת כוחות - היכולת לחקות במדויק כל מיומנות שהיא רואה אצל אחרים. בחברה מצליחים לשקם במידת מה את ניקי, אך רק לתקופה מוגבלת: פיצול נוסף גורם לה להתפרעות, שבסופה מוזרק לה וירוס נסיוני על מנת לשתקה. וירוס זה פותח במטרה להיות תרופה סופית למצבה, אך ייתכן שהוא יהרוג אותה. בעודה מתמודדת עם מחלתה והאפשרות כי תמות, חוזרת ניקי לבנה מייקה בבית סבתו. שם היא נקלעת לקרב בין מוניקה לפושעים, ונכלאת בבניין בוער.
מוהינדר סורש חובר לנוח בנט, ויחדיו הם מנסים להפיל את החברה. בו בעת, מוהינדר ומאט פארקמן מנסים לגונן על מולי ווקר מפני המנסים להרגה או לתפסה ומפני הסיוטים המציאותיים הפוקדים אותה. פארקמן מתחיל את העונה ללא אשתו וילדו, לאחר שחשד כי התינוק שבבטן אשתו שייך למעשה לשותפו למשטרה. סורש מנגד מקבל על עצמו עבודת מחקר בחברה תחת בוב בישופ. שם הוא מהווה סוכן כפול - מר בנט מפעיל אותו ללא ידיעת החברה על מנת להשיג מידע פנימי. בין הפרטים שמגלה מוהינדר נמצאים הציורים האחרונים של מנדז - שאחד מהם לפחות מעיד שימיה הקשים של קלייר עוד לא מאחוריה, וימיו של מר בנט ספורים.
מאט פארקמן מגלה כי האיש מאחורי סיוטיה של מולי הוא אביו, מורי פארקמן. כאשר הוא מתחקה אחריו, מצליח אביו לכלאו בסיוט כפי שעשה למולי. עם זאת החוויה מצליחה לשדרג את כוחותיו המנטליים של מאט, ובהמשך מצליח השוטר להביס את אביו בקרב.
משפחת בנט עוברת לקוסטה ורדה שבקליפורניה ומנסה להתחיל חיים חדשים בשם בדוי. קלייר מתקשה להתמודד בבית הספר החדש, אך חבר מפתיע בשם אית'ן וסט מנסה לעזור לה. מתברר כי וסט גם הוא גיבור, ובעל יכולת תעופה, בדומה לניית'ן פטרלי - וכי הוא מופיע בציוריו האחרונים של מנדז. לאחר שקלייר ווסט מציגים את כוחותיהם בפומבי על מנת לבצע מתיחה, מחליט מר בנט לעקור שוב מקוסטה ורדה, אך קלייר מסרבת לעבור איתו שוב. הריב מפצל את המשפחה לאחר צהריים אחד, ובו מצליח בוב לחטוף את קלייר - ומר בנט לחטוף את בתו של בוב, אל. חילופי השבויות נתקלים בבעיה, ומר בנט נורה למוות, כפי שציורו של מנדז חזה מראש. הגופה מוסלקת למרתף ניסויים של החברה, שם מוהינדר סורש מנסה עירוי דם מיוחד, המצליח לרפא את פצעי הגופה ואז להחיות את מר בנט. בתמורה לחייו החדשים, מכריחה החברה את בנט להיפרד ממשפחתו לעד.
סיילר, שניצל מפצעים אנושים בסוף העונה הראשונה, מתעורר אי שם לצידה של קנדיס. לפי פקודת החברה, היא הצילה אותו ברגע האחרון בכיכר קירבי, והביאה אותו למחסה מוגן. היא מתפארת בשם ומראה חדשים, ומנסה להקל עליו את ההחלמה על ידי הצגת אשליות. הוא מנגד מתרשם מיכולותיה והורג אותה, כדי להוסיף לעצמו את כוחה. לצערו, כוחותיו אבדו והוא לא מצליח להפעילם. הוא מגלה כי בית המסתור של קנדיס מצוי עמוק ביערות אמריקה הצפונית, ומסע ההמלטות שלו משם משאיר אותו לבסוף רובץ על סף דרך כפרית, ללא מים וכוח להמשיך.