המניע הראשוני להחזרת איסאאקיוס השני, אביו של הנסיך אלכסיוס, לשלטון, היה שאחרי החזרתו יקבלו הצלבנים את התמיכה שהובטחה להם. לאלכסיוס השלישי, שהדיח את איסאאקיוס ושלט במקומו בקונסטנטינופול נודע על המצאות הצלבנים באזור. אזרחי קונסטנטינופול לא התעניינו בהדחת השליט והגליית בנו; תפיסות השלטון שלא כדין היו די שכיחות בביזנטיון, והפעם כס המלוכה אף נשאר באותה המשפחה. מחומות העיר האזרחים התגרו והביכו את הצלבנים שהובטח להם שהנסיך אלכסיוס יקודם בברכה. הצלבנים נחתו, לאחר שהצליחו לחתוך את השרשרת הכבדה שחסמה את קרן הזהב, התקיפו את החלק הצפון-מזרחי של העיר, והעלו באש בניינים רבים. בכך, גרמו הצלבנים לאזרחי העיר להפנות את גבם אל אלכסיוס השלישי שנמלט מיד, או לפי גרסה אחרת, יצא מן העיר המובסת על מנת לחזור אליה בכוחות מחודשים. הנסיך אלכסיוס (אלכסיוס הרביעי) תפס את המלוכה, ושלט באימפריה יחד עם אביו איסאאקיוס.
התקפות נוספות על קונסטנטינופול.
אלכסיוס הרביעי הבין שיהיה לו קשה לקיים את הבטחותיו לצלבנים, שכן אלכסיוס השלישי לקח איתו סכום כסף גדול כשנמלט מהעיר, והשאיר את האימפריה חסרת-כסף. בנקודה זו הורה אלכסיוס להרוס ולהתיך סמלים ביזנטיים ורומיים בעלי-ערך כדי להפריד את הזהב והכסף שבהם. בעיני כל היוונים שידעו על ההחלטה הזו, היה זה סימן מזעזע לייאוש והנהגה חלשה, שהגיע לה להיענש על ידי אלוהים. ההיסטוריון הביזנטי ניקטאס כוניאטס אף אפיין אותו כנקודת מפנה של שקיעת האימפריה הרומית.
כתוצאה מכך, אלכסיוס הרביעי היה צריך לטפל בשנאה הגוברת של אזרחי קונסטנטינופול ל"לטיניים" ולהפך. מתוך פחד על חייו, אלכסיוס ביקש מהצלבנים לחדש את ההסכם שלהם לעוד שישה חודשים (עד לאפריל 1204). הסכם זה התקבל בקרב ההנהגה הצלבנית לאחר תחנונים כלפי הצלבנים אשר התמרמרו על כך שהם נשארים בקונסטנטינופול ולא יוצאים לארץ ישראל. אף על פי כן, תקיפות בתוך העיר עדיין נמשכו, והצלבנים התקיפו באוגוסט 1203 מסגד, שהוּגן על ידי כוח משולב של מוסלמים ויוונים. בניסיון נוסף לברוח, הוונציאנים הקימו חומת אש, וגרמו ל"השריפה הגדולה", שבה חלק גדול מהעיר נשרף כליל. ההתנגדות לאלכסיוס הרביעי גברה, ואחד מהחצרנים שלו, אלכסיוס דוקאס, הפיל אותו מהשלטון וחנק אותו למוות. דוקאס תפס את כס המלוכה והיה לאלכסיוס החמישי; איסאאקיוס מת קצת אחר-כך, כנראה מוות טבעי.
הצלבנים והוונציאנים, שכעסו בגלל רצח הפטרון המיועד שלהם, התקיפו את העיר פעם נוספת ב־8 באפריל, צבאו של אלכסיוס החמישי הציג התנגדות חזקה שהרתיעה את הצלבנים. היוונים ירו קליעים ענקיים לתוך מכונות המצור של הצלבנים, וריסקו רבות מהן. מזג האוויר הקשה היווה מכשול רציני לצלבנים - רוח חזקה נשבה מהחופים ומנעה מרוב הספינות להתקרב לחומות כדי לשגר מתקפה. רק חמישה מתוך הצריחים היוונים הותקפו, ואף אחד מהם לא נכבש או נפגע. בצהרי-היום היה ברור שהמתקפה נכשלה.
ההנהגה הדתית במסע דנה במצב והחלה בהעלאת המורל בצבא המיואש. הם ניסו לשכנע את האנשים שאירועי השמיני והתשיעי באפריל לא היו עונש האלוהים על מסע רצוף-חטאים, אלא מסע צודק שעם אמונה נכונה, יצליח. הרעיון שאלוהים בודק את נחישותם של הצלבנים דרך מפלות זמניות היה אמצעי מוכר של הכמורה להסברת כישלון במהלך המסע. הודעת הכמורה הוכנה כך שתחזיר את הביטחון ותעודד את הצלבנים. הטענה שההתקפה על קונסטנטינפול הייתה דתית סבבה סביב שני רעיונות. ראשית, היוונים היו בוגדים ורוצחים מכיוון שהם הרגו את אדונם ההוגן, אלכסיוס הרביעי. אנשי הכנסייה השתמשו בשפה משלהבת וטענו ש"היוונים גרועים יותר מהיהודים", ופנו למרות האלוהים והאפיפיור לנקוט בפעולה. אף על פי שהאפיפיור אינוקנטיוס השלישי הזהיר שוב את הצלבנים לא לתקוף, ההוראה האפיפיורית הודחקה על ידי הכהונה והצלבנים התכוננו להתקיף, בזמן שהוונציאנים התקיפו מהים; צבאו של אלכסיוס החמישי נשאר בתוך העיר כדי להילחם, יחד עם המשמר הוורנגי, אבל אלכסיוס עצמו נמלט במהלך הלילה.
כיבוש קונסטנטינופול.
ב־12 באפריל תנאי מזג האוויר השתנו לטובת הצלבנים, רוח צפונית חזקה סייעה לספינות הוונציאניות להתקרב לחומות, ולאחר קרב קצר, כשבעים צלבנים הצליחו להיכנס לעיר. חלק מהצלבנים הצליחו ליצור חורים בחומות, שדרכם זחלו מספר צלבנים בכל פעם. הוונציאנים הצליחו גם הם להעפיל על החומות מהים, למרות לחימה עקובה-מדם עם הורנגים. הצלבנים כבשו את החלק הצפון-מערבי של העיר והשתמשו בו כבסיס כדי לתקוף את שאר העיר. בניסיון להגן על עצמם עם חומת אש, הם שרפו חלקים מהעיר. לבסוף, כבשו הצלבנים את העיר ב־12 באפריל. הצלבנים בזזו את העיר במשך שלושה ימים, שבמהלכם נהרסו או נגנבו הרבה עבודות יווניות ורומיות עתיקות לרבות אלו שנשמרו בתוך הארמון הגדול של קונסטנטינופול. למרות שבועתם והאיום להחרמה, הצלבנים חיללו את המקומות הקדושים באופן שיטתי ובברוטליות, בעיקר על מנת להעביר שרידי קדושים למדינות אירופה. כאשר שמע אינוקנטיוס על מעשיהם של הצלבנים, הוא התמלא בבושה וגער בהם בחומרה.
לפי הסדר מסודר מראש, האימפריה חולקה בין מנהיגי ונציה והצלבנים והוקמה האימפריה הלטינית של קונסטנטינופול. בוניפציו לא נבחר למושל החדש, אף על פי שהאזרחים התייחסו אליו כמושל; הוונציאנים חשבו שהיו לו יותר מידי קשרים עם האימפריה לשעבר בגלל אחיו, שהיה נשוי לקיסרית ביזנטיון. במקומו העלו הצלבנים והוונציאנים לשלטון את בלדווין הראשון. בוניפציו המשיך והקים את ממלכת סלוניקי, מדינת חסות של האימפריה החדשה. הוונציאנים גם הקימו את דוכסות ארכיפלגו בים האגאי. בינתיים הקימו פליטים ביזנטיים מדינות חדשות משלהם, ביניהן אימפריית ניקאה, אימפריית טרביזונד ועריצות אפירוס.
תוצאות המסע.
לא הרבה צלבנים הגיעו לארץ הקדושה, ובשל מספרם הקטן לא הסכים המלך הצלבני בעכו אמרליך השני להפר את הפסקת האש עם המוסלמים ולצאת ללחימה מולם. צלבנים אחרים לחמו עבור ממלכות נוצריות אחרות בלבנט מול מוסלמים ואפילו בעימותים בין המדינות הנוצריות. האימפריה הלטינית המעורערת שאבה את מרץ הצלבנות של אירופה. המורשת של מסע הצלב הרביעי הייתה תחושת הבגידה העמוקה שהלטינים החדירו ביוונים. עם אירועי 1204, הקרע בין הכנסייה הקתולית והאורתודוקסית התעצם. כאחרית דבר למסע, אינוקנטיוס השלישי, מי ששלח את המסע, רעם נגד הצלבנים בהודעה שבה אמר כי חרבותיהם הוכתמו בדם נוצרים, ולא בדמם של הכופרים.
האימפריה הלטינית עמדה במהרה כנגד מספר רב של אויבים. מלבד המדינות הביזנטיות-יווניות החדשות באפירוס ובניקאה, האימפריה עמדה בפני לחץ רב מסולטנות רום ומהאימפריה הבולגרית השנייה. המדינות היווניות נלחמו על עליונות כנגד הלטינים וגם אחת בשנייה. אלכסיוס השלישי נתפס על ידי בוניפציו ונשלח לגלות בדרום איטליה. בוניפציו עצמו הובס על ידי דוקאס, שליט אפירוס, וממלכת סלוניקי הוחזרה לשלטון ביזנטי ב-1224.
מספר אצילויות לטינית-צרפתיות ברחבי יוון - בעיקר דוכסות אתונה ונסיכות אכיאה - סיפקו קשרים תרבותיים עם מערב אירופה ולימוד השפה היוונית. השפעה צרפתית על יוון ניכרה באוסף חוקים, דיני רומניה ("Assises de Romanie"). היצירה הידועה "כרוניקות של מוראה" תורגמה לצרפתית וליוונית. טירות צלבניות רבות וכנסיות גותיות נבנו ברחבי יוון במהלך מסע הצלב, ואחריו היו למוקד תיירותי. אף על פי כן, האימפריה הלטינית נשענה תמיד על יסודות רופפים. העיר נכבשה לבסוף ב-1261 על ידי היוונים, והמסחר עם ונציה חודש.
במהלך רצף אירוני של אירועים באמצע המאה ה-15, הכנסייה הלטינית ניסתה לארגן מסע צלב שכיוון להחזרת האימפריה הביזנטית, שנכבשה בהדרגה על ידי העות'מאנים. הניסיון נכשל, כאשר הרוב הביזנטי סירב לאחד את הכנסיות. במידת מה, היוונים הביזנטים חשבו שהתרבות הביזנטית, שמרכזה הייתה באמונה האורתודוקסית, תהיה יותר מוגנת תחת שלטון עות'מאני, והעדיפו להקריב את חופשם הפוליטי כדי לשמר את דתם. בסוף המאה ה-14 ובתחילת המאה ה-15, שני מסעות צלב אורגנו לבסוף על ידי ממלכות הונגריה, פולין, ולאכיה וסרביה. שני המסעות חוסלו על ידי האימפריה העות'מאנית. במהלך כיבוש קונסטנטינופול ב-1453 על ידי העות'מאנים, מספר גדול של אבירים ונציאנים וגנואים מתו בהגנה על העיר.
שמונה מאות שנים אחרי מסע הצלב הרביעי, האפיפיור יוחנן פאולוס השני הביע צער לגבי אירועי המסע הרביעי פעמיים. ב-2001, הוא כתב לקריסטודולוס, הארכיבישוף של אתונה, ש"זה טראגי שהתוקפים, שיצאו להבטיח גישה בטוחה של הנוצרים לארץ הקדושה, הפנו גב לאחיהם. העובדה שהם היו נוצרים לטינים ממלאת את הקתולים בחרטה רבה." . ב-2004, כאשר הפטריארך של קונסטנטינופול ביקר בותיקן, יוחנן פאולוס השני שאל "איך ניתן לא לחלוק את הכאב ואת שאט-הנפש גם אחרי שמונה מאות שנים" . אל דבר זה התייחסו כהתנצלות לעבר הכנסייה האורתודוקסית היוונית על הטבח שבוצע על ידי לוחמי מסע הצלב הרביעי.
מסע הצלב הרביעי היה אחד ממסעות הצלב הגדולים האחרונים שהונחו על ידי האפיפיורות, שבעצמו יצא משליטת האפיפיור באמצע. אחרי שסכסוך בין חילונים לנציג האפיפיורות הוביל להתפוררות מסע הצלב החמישי, המסעות הבאים הונחו על ידי שליטים אינדיבידואלים, בעיקר כנגד מצרים. רק מסע אחד, השישי, הצליח להחזיר את ירושלים לידי הנוצרים, ורק לזמן קצר.
לנבל