זמן קצר לאחר ההמראה קופר ביקש ממקלו שתסביר לו כיצד לתפעל את דלת היציאה האחורית. דלת זו הובילה לגרם מדרגות הידראולי הנפתח כלפי חוץ. לאחר מכן הוא ביקש ממקלו, שעד אז ישבה לצדו, להצטרף לשאר הצוות בתא הטייס ולהישאר שם. דקות אחר כך, בשעה 20:13, הבחין הצוות בנורית אדומה שנדלקה בלוח המחוונים, דבר שהצביע על כך שהדלת האחורית של המטוס נפתחה. קופר הורה מראש שלא להפעיל את ויסות לחץ האוויר. אילולא היה עושה זאת, הבדלי לחץ האוויר במטוס היו גורמים לו להישאב החוצה. באמצעות האינטרקום שאל סקוט את קופר אם יש משהו שהוא יכול לעשות למענו. קופר השיב בשלילה. זו הייתה הפעם האחרונה שקולו נשמע. קופר הוריד את המדרגות ובחשכה מוחלטת ובגשם סוער קפץ מהמטוס ולא נראה עוד לעולם.
כשעתיים לאחר מכן, בשעה 22:15, נחת המטוס ברינו שבמדינת נבדה בעוד המדרגות האחוריות נגררות על מסלול הנחיתה. סוכני ה-FBI שביצעו חיפוש במטוס מצאו מספר טביעות אצבע שייתכן שהיו של קופר, עניבה, סיכת אם הפנינה ושני מצנחים. המזוודה עם הפצצה, הכסף ושני המצנחים האחרים נעלמו.
ההיעלמות.
מזג האוויר הסוער ששרר בליל הצניחה הביא לכך שהחיפושים לא התחילו עד ליום המחרת. החוקרים התקשו לקבוע את מקום הנחיתה המדויק של קופר, וזאת מכיוון שהזמן והמקום שבו קפץ מהמטוס לא היו ידועים. עם זאת, בהסתמך על נקודת הזמן המוערכת של הצניחה הם שיערו כי הוא נחת במדינת וושינגטון, סמוך לגבול עם מדינת אורגון, באזור הכולל יערות סבוכים, אגמים והרים.
בימים הראשונים התנהלו החיפושים על ידי קבוצות קטנות של סוכני FBI ושוטרים מקומיים שסרקו את האזור ברגל, בסיוע מסוקים וסירות. חברת נורת'ווסט אף הציעה פרס בסך 25 אלף דולר למי שישיג מידע לגבי מקום הימצאו של החוטף. ברם, לאחר שעברו חודשים ושום ראיות חדשות לא נמצאו, הצטרפו לחיפושים גם אנשי צבא וחברי המשמר הלאומי. לאחר כשישה שבועות של חיפושים משותפים באזור הנחיתה המשוער הסתיים מצוד האדם בין הגדולים בתולדות ארצות הברית ללא תוצאות. לא נמצא כל זכר לקופר או למצנח שלו, והשאלה אם קופר שרד את הצניחה או לא נותרה שנויה במחלוקת בקרב החוקרים עד היום.
החקירה.
מהלך החקירה.
בחודשים שלאחר החטיפה, חקרה המשטרה המקומית, בסיוע ה-FBI, מאות חשודים. אחד מהחשודים הראשונים שנחקרו היה אדם בעל רישום פלילי מינורי בשם די. בי. קופר. הוא נחקר מתוך סיכוי קלוש שהחוטף בחר להשתמש בשמו האמיתי או בשם שמתבסס על שמו האמיתי. האיש נוקה מכל חשד במהרה אולם כתב מקומי, שמיהר להעביר ידיעה לעיתונו בזמן, התבלבל וכתב את שמו של די. בי. קופר (האיש שנוקה מכל חשד), עם השם בו הזדהה החוטף, דן קופר. הדיווח, ובו הטעות, נפוץ במהרה ברחבי המדינה, והשם "די. בי. קופר" התקבע בתודעה הציבורית כשמו של החוטף.
החוקרים קבעו מהר מאוד כי לקופר לא היה שותף על הקרקע שחיכה לסייע לו עם נחיתתו, וזאת מכיוון שמהירותו של המטוס וגובהו בעת הקפיצה ביחד עם מערבולות האוויר וכיווני הרוח המשתנים לא איפשרו לחזות מראש את מקום הנחיתה המדויק.
ה-FBI החל להתמקד בניסיון לאתר את שטרות הכופר ופרסם את מספרם הסידורי בבנקים, בחברות הלוואה ובבתי עסק. ארגוני חוק ברחבי העולם קיבלו גם הם מידע על קופר ועל השטרות. בנובמבר 1973 עיתון מקומי המבוסס בפורטלנד שבמדינת אורגון החל לפרסם, באישור ה-FBI, את מספרם הסידורי של השטרות ואף הציע פרס על סך 1,000 דולר לראשון שימצא את אחד מהשטרות. למרות הצעה דומה ממספר עיתונים נוספים ברחבי המדינה, אף אדם לא הגיע עם שטר מתאים על מנת לגבות את הפרס. שנים לפני כן הצליח ה-FBI לפתור מספר פשעים של סחיטה ושוד בנק על ידי מעקב אחר המספרים הסידוריים של השטרות. כל המקרים הללו נפתרו בתוך מספר שבועות וזאת מכיוון שהפושעים החלו לבזבז את הכסף מספר ימים אחרי ביצוע הפשע. נסיבות אלו ללא ספק לא היו קיימות במקרה של קופר.
צוות האוויר והנוסעים שהיו עם קופר במטוס נחקרו ומסרו תיאור כמעט זהה שלו. על סמך תיאורים אלה, הרכיב ה-FBI קלסתרון של קופר והפיץ אותו לציבור. קצוות החוט שהגיעו בעקבות כך נפסלו מהר מאוד ופעם נוספת לא הייתה כל התקדמות בחקירה. בקלסתרון זה נעשה שימוש עד היום.
פריצת דרך.
בסוף שנת 1978 נמצאה הראיה הראשונה לחטיפה על הקרקע. צייד שהסתובב סמוך למקום הנחיתה המשוער של קופר, מצא פלקט ובו הסבר על הדרך להוריד את גרם המדרגות מהפתח האחורי של בואינג 727. בדיקות שבוצעו אישרו כי הפלקט שייך למטוסו של קופר.
ב-10 בפברואר 1980 התרחשה פריצת הדרך המשמעותית ביותר בחקירה. בריאן אינגרם, ילד בן 8, חפר בחול ליד נהר קולומביה ומצא 294 שטרות נרקבים של 20 דולר בסכום כולל של 5,880 דולר. השטרות נמצאו על גדות הנהר כשהם עטופים ברצועות גומי וקבורים 5 ס"מ מתחת לחול. לאחר בדיקת המספר הסידורי של השטרות הסתבר כי מדובר בחלק מהכופר שניתן לקופר תשע שנים קודם לכן. אינגרם לקח את חוקרי ה-FBI למקום מציאת הכסף, אך למרות חיפושים נרחבים שנעשו במקום, לא נמצאו שטרות נוספים. ב-18 במאי, 14 שבועות לאחר מציאת הכסף, התפרץ הר הגעש סנט הלנס וכיסה את האזור באפר עבה. רבים מאמינים שבכך אפסו הסיכויים למצוא ראיות נוספות שאולי עדיין נמצאות במקום.
מספר תאוריות צצו בעקבות הגילוי. מבדיקות מדעיות שבוצעו ועל סמך התייעצות עם מומחים נקבע כי הכסף הגיע למקום לא יאוחר מ-1974, שלוש שנים לאחר החטיפה. מספר חוקרים העלו השערה כי קופר לא שרד את הצניחה וגופתו והתיק עם הכסף נמצאים בקרקעית הנהר. באשר לדרך שבה הגיע הכסף לגדות הנהר הם מסבירים כי לאחר מספר שנים נרקב התיק מספיק כדי לשחרר כמה חבילות של שטרות שנסחפו עם הזרם, ובסופו של דבר הגיעו לגדות הנהר שם נמצאו על ידי אינגרם. תאוריה אחרת גורסת כי קופר חזר למקום מספר שנים לאחר החטיפה וזרק את הכסף על מנת לטשטש את עקבותיו או כיוון שהגיע למסקנה שמסוכן מדי להשתמש בכסף. למרות זאת יש המאמינים בהסבר הפשוט יותר, לפיו השטרות פשוט נפלו מתיקו של קופר כאשר הוא קפץ מהמטוס.
באשר לחוקרי ה-FBI, מציאת הכסף חיזקה את השערתם כי קופר לא שרד את הצניחה. השערה זו התבססה על ההנחה שפושע כמוהו לא יהיה מוכן להשאיר מאחור חלק מהשלל למענו סיכן את חייו כל כך.
אינגרם קיבל בסופו של דבר 2,860 דולר מהכסף שנמצא. ב-13 ביוני 2008 הוא מכר 15 מהשטרות במכירה פומבית בסכום כולל של 37,000 דולר.
ב-2009 בחר ה-FBI צוות של מדענים כדי שיבדקו שוב את הראיות. בעזרת מיקרוסקופ אלקטרוני זיהו המדענים חלקיקי יסודות נדירים כגון טיטניום טהור וצריום על העניבה שהשאיר קופר במטוס. כשניסו המדענים להבין היכן בארצות הברית ניתן היה למצוא שילוב של כל היסודות, התגלה שהמיקום היחיד הוא כנראה במפעלי הייצור של בואינג, ולכן קופר כנראה עבד בהם או שהיה קבלן משנה באחד מהמפעלים הללו.
חשודים.
זמן קצר לאחר החטיפה ה-FBI עיכב לחקירה עבריין מוכר תושב פורטלנד בשם די. בי. קופר. אדם זה מעולם לא נחשב כחשוד משמעותי בפרשה, והוא עוכב רק מכיוון ששמו היה זהה לזה של החוטף. החשוד זוכה ושוחרר במהרה בתום חקירה קצרה, אך התקשורת ששמעה על עיכובו, מיהרה לפרסם את שמו ברבים והשם השתרש, וזהו השם שבו נודע החוטף מאז ועד היום.
במשך השנים הועלו מספר השערות לגבי זהותו של קופר. ה-FBI האמין כי קופר הכיר את אזור סיאטל מכיוון שהוא הצליח לזהות אותה מהאוויר ואף העיר כי בסיס טיסה של חיל האוויר נמצא כ-20 דקות נסיעה משדה התעופה. ה-FBI סבר כי קופר היה עובד פעיל או בדימוס של חיל האוויר של ארצות הברית או צנחן חובב, זאת מכיוון שהוא גילה ידע נרחב בצניחה ובאווירודינמיקה של מטוסי סילון.
עם השנים הלך וגדל מספר החשודים והרשימה מונה כיום למעלה מ-1,000 איש. עם זאת, מספרם של החשודים המרכזיים קטן בהרבה.
ג'ון ליסט.
זמן קצר אחר החטיפה נחשד הרוצח ג'ון ליסט כי הוא די. בי. קופר. קופר חטף את המטוס 15 ימים בלבד לאחר שליסט רצח את כל משפחתו. כמו כן, גילו, מאפייני פניו ומבנה גופו של ליסט דמו מאוד לאלה של קופר. חוקר ה-FBI הראשי, ראלף הימלסבך, הצהיר כי ליסט הוא חשוד מרכזי בפרשה. קופר צנח מהמטוס עם 200 אלף דולר, אותו סכום כסף שליסט הוציא מחשבונה של אמו מספר ימים לפני ביצוע הרצח. לאחר שנתפס ונעצר ב-1989, הכחיש ליסט בתוקף שהוא קופר וה-FBI הגיע למסקנה כי הוא לא חשוד בחטיפה.
ליסט מת בכלא ב-21 במרץ 2008.
ריצ'רד מקוי ג'וניור.
ב-7 באפריל 1972, ארבעה חודשים לאחר החטיפה, עלה על טיסה 855 של חברת התעופה יונייטד איירליינס הנוסע ריצ'רד מקוי ג'וניור. מקוי, נשוי ואב לשני ילדים, טייס מסוקים לשעבר וצנחן נלהב, עלה למטוס תוך שהוא משתמש בשם הבדוי ג'יימס ג'ונסון ולובש עניבה וסיכת אם הפנינה. לאחר ההמראה מסר מקוי לדיילת פתק שבו הוא דרש ארבעה מצנחים וחצי מיליון דולר. לאחר שהמטוס נחת בסן פרנסיסקו ודרישותיו מולאו, הורה מקוי לתדלק את המטוס והוא המריא. זמן קצר לאחר ההמראה צנח מקוי מהמטוס. המטוס היה מסוג בואינג 727 עם גרם מדרגות אחוריות, ושיטת הפעולה הייתה זהה לזו של קופר, אך בניגוד לקופר מקוי עשה מספר טעויות גורליות. הוא השאיר את הפתק עם כתב ידו על המטוס ואת טביעות אצבעותיו על ירחון שקרא.
המשטרה החלה לחקור את מקוי בעקבות מידע שהגיע משוטר תנועה שהיה מיודד עמו. ככל הנראה, זמן קצר לאחר חטיפת המטוס על ידי קופר העיר מקוי על כך שקופר היה צריך לבקש חצי מיליון דולר ולא להסתפק ב-200 אלף. חשדו של השוטר התעורר ולכן יצר קשר עם ה-FBI.