בשנת 1469 שוב הרוזן מווריק נלחם כנגד אדוארד הרביעי ולקח אותו בשבי. מרגרט ניצלה את ההזדמנות כדי לנהל משא ומתן על חסותו של בנה ועל התארים והאדמות שלו, כדי לשמר אותם ולהעביר אותו לחסותו של גיסה, ג'ספר טיודור. אדוארד ביקש עזרה מהרברט והוא, ביחד עם הנרי, בן חסותו, שהיה אז בן 12 בלבד, נלחמו כדי לסייע למלך להימלט מהשבי. לאחר קרב עקוב מדם, בו נהרג הרברט, הצליח הנרי לברוח משם.
בשנת 1470 חבר הרוזן מוורוויק אל אשתו של הנרי השישי והגלה את אדוארד הרביעי אל הולנד. הנרי השישי חזר למלוך באנגליה ומרגרט הביאה אליו את בנה. ג'ספר טיודור, שברח לסקוטלנד עם עלייתו של אדוארד הרביעי, חזר עם הנרי לוויילס והנרי נשאר תחת חסותו. באותה פגישה, ככל הנראה אמר הנרי השישי למרגרט משהו בקשר לתפקיד שבנה יגלם באיחוד העם האנגלי. מרגרט יצאה מהפגישה בתחושה מחוזקת שבנה יהיה קשור לכס המלוכה ושעליה לסייע לו להגיע לשם.
בשנת 1471 נחת אדוארד בחופי אנגליה וכבש בחזרה את כס המלכות. לאחר שראתה מרגרט כי הוא אינו מכבד הסכמים שנעשו, כדי לשמור על חייהם של אנשים שנלחמו נגדו, ביקשה מג'ספר שיבריח את בנה לצרפת. הם נמלטו למחוז בריטני לגלות ארוכה וחסרת וודאות.
מאוחר יותר באותה השנה מת הנרי סטאפורד ומרגרט שוב התאלמנה. מותו היווה מכה קשה עבורה. למרות זאת, הישרדותה ומטרתה היו מעל לכל ועוד לפני תום שנת האבל המסורתית, היא התחתנה עם בעלה הרביעי, הלורד תומאס סטנלי.
נישואים רביעיים.
בשנת 1472 התחתנה מרגרט עם לורד תומאס סטנלי. גם נישואים אלו נעשו משיקולים פרקטיים בלבד. הוא העניק לה הגנה והשפעה מוגברת בחצר המלוכה, שנשלט על ידי בית יורק. בנוסף, נישואים אלו אפשרו לה לחזק את קשריה עם משפחת וודוויל (Woodville) החזקה, שאחת מבנותיה, אליזבת וודוויל, התחתנה עם אדוארד הרביעי והייתה מלכת אנגליה באותו הזמן. מרגרט, מצידה, סיפקה לבעלה החדש השפעה טריטוריאלית נרחבת יותר, עם האדמות והאחוזות שקיבלה כירושה לא רק מהוריה, אלא גם משני בעליה הקודמים.
ואכן, נישואיה הביאו לה כבוד רב בחצר המלוכה והיא השתתפה בטקסים שונים בתור אחת הנשים המכובדות באנגליה. לאורך כל הזמן הזה, היא לא הפסיקה לשאת ולתת על נכסיו של בנה, כמו גם על חזרתו הביתה בשלום ובשנת 1482 הוחזר לבנה התואר רוזן ריצ'מונד, שהיה של אביו, אדמונד טיודור. בשנת 1483 מת המלך אדוארד הרביעי ואחיו, ריצ'רד השלישי, עלה לשלטון, הכריז על ילדיו של אדוארד כממזרים ובכך הפך את עצמו ליורש הלגיטימי היחיד. מרגרט ניסתה לנצל את ההזדמנות כדי להשיג ברית עם המלך החדש ולהחזיר את בנה בשלום הביתה. אף על פי שהייתה מקורבת לחצר המלוכה (היא זכתה בכבוד של החזקת שמלתה של אן נוויל, אשתו של ריצ'רד, בזמן הכתרתה), המלך לא בטח בבעלה. אך גם מרגרט בעצמה ניסתה לקשור כנגד המלך. היא קשרה קשר עם אליזבת' וודוויל, אלמנתו של המלך אדוארד הרביעי, להשיא את בנה עם בתה של אליזבת' ולהשתלט על המלוכה.
המרד נכשל ומרגרט מצאה את עצמה במצב מסוכן מאוד. היא הצליחה להיחלץ ממנו הודות לבעלה, שנשאר נאמן למלך ריצ'רד. אך היא נענשה. בעלה נאלץ לכלוא אותה ולמלא את תפקיד הסוהר, בעוד שכל הונה ואדמותיה עברו לידיו, כולל אלו שהייתה אמורה לרשת מאמה. אך לורד סטנלי איפשר למרגרט להמשיך לתקשר עם בנה וסייע להם במטרתם. בשנת 1485, 14 שנים לאחר שיצא לגלות, חזר הנרי לוויילס ביחד עם ג'ספר טיודור וניצח בקרב בוסוורת' את המלך ריצ'רד השלישי. בזאת הוא הפך למלך הנרי השביעי.
אמו של המלך.
לאחר שסייעה להנרי להשיג את כס המלכות, התפנתה מרגרט לשימור מלכותו, על ידי העסקה של רשת מרגלים, לא רק בחצר המלוכה, אלא בכל אנגליה. לאורך השנים צצו יורשים ומתחזים שונים, שניסו להחליף את בנה כמלכי אנגליה: אדוארד פלנטג'נט (Edward Plantagenet), בן דודה של המלכה מצד אביה; למברט סימנל, שהתחזה לאדוארד פלנטג'נט, אף על פי שזה היה כלוא במצודת לונדון באותו הזמן; פרקין וורבק, שהתחזה לאחיה של המלכה, יורש העצר של המלך אדוארד הרביעי ולכן המלך החוקי של אנגליה; ואדמונד דה לה פול, קרוב משפחתה של מרגרט, בעל קרבה חזקה יותר למשפחת המלוכה ממנה ומבנה.
הנרי גמל טובה לאמו על עזרתה במהלך שנות ילדותו ונעוריו (כאשר בחלקן היה בגלות) ולאחר שעלה לשלטון החל להעניק לה אחוזות ואדמות כאות תודה וכבוד. בנוסף, כל אדמותיה ונכסיה הוחזרו לה והפרלמנט אישר את ההסכם שערכה עם בעלה לפני הנישואים ובו סוכם שאדמותיה יישארו שלה. היא נהנתה מכבוד רב בחצר המלוכה ובאנגליה כולה ונהנתה מקדימות מלכותית. היא אף התלבשה בצורה ובתלבושות דומות לאלו של המלכה עצמה וקיבלה את אות מסדר הבירית ביחד עם המלכה, לבושה בצורה זהה לה. היא ליוותה את בנה בביקורים וסיורים מלכותיים ונפגשה עם הנרי בצורה סדירה ומתמשכת. כאשר ישנו מחוץ לארמון, הם ישנו בחדרים צמודים או בעלי חדר הסבה מקשר, כדי שיוכלו להתבודד, לדבר על נושאים פוליטיים שונים או לשחק בקלפים. אף על פי שלא התראו במשך רוב חייו של הנרי, היחסים ביניהם היו מאוד קרובים והם שיתפו פעולה בדרכים רבות, בין אם בקשרי חוץ ובין אם בקשר בין המועצות שלהם. הקרבה ביניהם לא נבעה רק מכך שהיא ויתרה על הכתר בשבילו (שהרי היא הייתה זו שאמורה לרשת את הכתר לפניו), אלא גם מכך שהיו להם נושאי עניין משותפים, כגון חינוך, דת וספרות. השפעתה של מרגרט בחצר המלוכה הייתה מאוד גדולה ולעיתים אף מאיימת, סימן לכבוד הגדול שקיבלה מבנה והיא הייתה בעלת הכוח לשכנע אותו לשנות את דעותיו ועמדותיו בנושאים שונים.
כוחה היה כה רב, עד שבשנת 1499 היא הפסיקה להשתמש בחתימה M. Richmond והחלה להשתמש בחתימה Margaret R.. לא ברור האם ה- R. הייתה עבור Richmond או עבור Regina – מלכה, אך ככל הנראה היה מדובר באפשרות השנייה. באותה השנה היא נשבעה שבועת התנזרות, באישורו ובנוכחותו של בעלה, סטנלי. זה היה תקדים, מכיוון שבאותה העת, נשים נשבעו שבועות התנזרות לאחר מות בעליהן. שבועה זו אפשרה לה לקבוע לעצמה את משקי הבית שלה וככל הנראה גם שיקפה את רצונו של בנה, שהכוח הרב של אמו לא יעבור אל בעלה, באופן אוטומטי. כוחה גבר עוד יותר כאשר ביקשה את אישורו של הפרלמנט להעניק לה מעמד של Femme Sole. החל מהמאה ה-14 ואילך, מעמד משפטי זה איפשר לאישה תואר ונכסים משלה וחופש, לא להיות תחת מרות של גבר, ככל שהדבר נגע למסחר, ניהול עסק, העברת כספים וסחורות והעסקת שוליות.
מרגרט יצרה בכך תקדים, שכן היא הייתה האישה האריסטוקרטית הראשונה שהכריזה על עצמה כ- Femme Sole. הרכוש שהגיעה עמו לנישואיה חולק בינה לבין בעלה סטנלי, אך ההון הרב שצברה לאחר עלייתו של בנה לשלטון היה שלה בלבד. היא שימשה כשופטת באזורים בהם שלטה, דבר שהיה חדש בימי הביניים המאוחרים וסייעה לבעלה הרביעי בבית המשפט שלו בתור פוסקת.
מרגרט לא שכחה את בני משפחתה, גם כשהייתה אמו של המלך. היא עזרה להם גם כאשר האינטרסים שלהם היו מנוגדים או אף הזיקו לאינטרסים של בנה. השפעתה הרבה במהלך שלטונו של בנה נבעה מנכסיה הרבים ועושרה הגדול. הכסף איפשר לה לממן את משקי ביתה ולפעול בעבור פטרונות דתית או חינוכית. היא גם תרמה רבות לילדים עניים וסיפקה להם מגורים ובגדים. לאחר מותו של בעלה וקבלת ירושתו, גדלה הכנסתה ואפשרה לה להקים את Christ's Church באוניברסיטת קיימברידג', אחד מהמקומות הרבים שמרגרט הייתה הפטרונית שלהם.
בשנים 1507–1508 חלה הנרי ומרגרט עברה לגור קרוב אליו ועזרה לטפל בו. בשנת 1509 הוא מת ובנו, המלך הנרי השמיני עלה לשלטון. מרגרט ארגנה את הלווייתו של בנה ואת הכתרתו של נכדה. למעשה, היא כתבה פרוטוקולים מדויקים להלוויות, הכתרות וחתונות.
מותה.
בימי הביניים, מוות של אצילים בעלי נכסים היה עניין חשוב והחל מגיל 30, בעלי אדמות רבים כתבו צוואות, כדי להבטיח שאדמותיהם ורכושם יעברו לידיים הנכונות. מרגרט לא הייתה שונה בזה. היא החלה לכתוב את צוואתה הראשונה בשנת 1472, בגיל 29. נכסיה היו אמורים לעבור לבנה וצוואתה התפתחה עם השנים, כדי לכלול את המוסדות בהן תמכה, את האנשים שעבדו אצלה, את אלו שבהם תמכה מבחינה כלכלית ואת המוסדות שסייעו לעניים, בהם תמכה גם במהלך חייה.
השנים האחרונות לחייה לא היו קלות. כלתה ושניים מנכדיה מתו שנים קודם לכן ועתיד הממלכה נפל על כתפיו של נכדה המתבגר, הנרי, שהומלך לאחר מות אביו כהנרי השמיני. בתחילת 1509 חלתה מרגרט בצורה חמורה, אך הצליחה להתאושש ולהאציל חלק מסמכויותיה על ג'ון פישר ושני גברים נוספים, שגם הוציאו לפועל את צוואתה לאחר שמתה. ביוני של אותה שנה, כחודשיים לאחר מותו של בנה, חלתה מרגרט בזמן חגיגות נישואיו והכתרתו של נכדה ומתה בתאריך 29 ביוני 1509. היא נקברה בכנסיית ווסטמינסטר בלונדון, במקום בו נקברו בנה וכלתה, בתאריך 9 ביולי 1509.
דמותה של מרגרט ביופורט באמנות ובכתיבה היסטורית.
בימי הביניים, כתיבת יומנים לא הייתה מנהג נפוץ ולא נשתמרו כמעט מכתבים מאותה התקופה. לכן, קשה לעיתים להסיק על אופיים של אנשים מסוימים, כמו גם על המניעים והמטרות שלהם בפעולות מסוימות. הדבר נכון גם במקרה של מרגרט בופורט, אך בניגוד לרבים אחרים שחיו בתקופתה, ניתן למצוא מידע רב לגבי אופייה, בספר הזיכרונות של הכומר המוודה שלה, ג'ון פישר. ג'ון פישר הכיר את מרגרט היטב והיא אישרה את הפצת ספר הזיכרונות שלו, עם סיפוריו עליה, בצוואתה.