שיטת העבודה בכתיבת האמנה הייתה שונה אף היא מאמנות קודמות. בתחילה ישבו גביזון ומדן זו עם זה וגיבשו טיוטה לאמנה, מתוך מחשבה לייעל בכך את תהליך ההתדיינות. לאחר מכן נשלחה טיוטה זו לאישים מן הקשת החברתית היהודית-ישראלית, על מנת שיעירו את הערותיהם על הטיוטה. בשלב הבא חזרו גביזון ומדן לפורום המצומצם ודנו בהערות, ועל פיהן גם עדכנו את האמנה. לבסוף פורסמה האמנה בספר שהכיל יותר מ-300 עמודים.
מבנה האמנה.
האמנה בנויה מ-5 פרקי בסיס, כאשר כל פרק פותח בדברי הסבר נפרדים של רות גביזון ויעקב מדן, בהם הם מרחיבים את הדיון על הנושא, ומעלים את שיקוליהם לפשרות שהושגו באותו הפרק. בהמשך מובאות ההצעות הקונקרטיות להסדר שמנוסחות כהצעות חוק. הפרקים על פי הסדר הם: שבות, מעמד אישי, שבת, סוגיות נוספות, וההסדרה המשפטית. כהקדמה לפרקים אלו מובאת 'רוח האמנה' ורקע לכתיבתה, ולסיום האמנה, כל אחד מהכותבים פורס את משנתו הכללית בצורה רחבה ומפורטת.
עקרונות יסוד.
בפתיחת האמנה מופיע פרק בשם "רוח האמנה" ובו מונים המחברים את העקרונות שהנחו אותם בכתיבתה: "במטרה לקדם את הסולידריות היהודית ואת תחושת האחדות ושותפות הגורל בין מרכיביו השונים של העם היהודי בכלל ובמדינת ישראל בפרט ואת הכבוד לכל אחד ממגזריו. מאמונה גמורה בשני העקרונות – שמדינת ישראל היא מדינתו של העם היהודי על המשתמע מכך, ושמדינת ישראל היא מדינה שהשוויון לכל אזרח והכבוד המלא לזכויותיו כאדם הם נשמת אפה...".
כאמור, מתוקף ההנחות בדבר היותה של מדינת ישראל מדינה יהודית ודמוקרטית, האמנה דנה בתחומי הפרהסיה המשותפת לגווני החברה היהודית בישראל. האמנה, על פי המחברים, שוללת כפייה והכרעות חד-צדדיות בנושאים אלו, הן פוליטיות והן משפטיות, ומאמינה שדרך ההידברות וההסכמיות היא הטובה ביותר להכריע בסוגיות יסוד. מתוך כך, קוראים מחברי האמנה לציבור הרחב ולמנהיגיו ללמוד את האמנה ולאמץ אותה.
נושאים והצעות להסדר.
שבות.
הפרק על השבות כולל התייחסות לארבעה נושאים: חוק השבות, אזרחות, מרשם וגיור. בתחומים אלו ישנן מספר הצעות משמעותיות לשינוי מהמצב הנוכחי. ראשית, בבסיס חוק השבות עומדת השאלה "מיהו יהודי?". האמנה יוצרת הבחנה בין ההגדרה הדתית-הלכתית, שרואה כיהודי אך ורק מי שנולד לאם יהודייה או שנתגייר גיור מלא, לבין ההגדרה הלאומית. זו האחרונה, שהתקבלה באמנה, מדברת על כך שאף מי שנולד לאב יהודי ולאם שאיננה יהודייה יוכל להיעזר בחוק השבות ולהגר לישראל. בנוסף, מי שקשר את גורלו בעם היהודי, בין אם על ידי גיור למחצה או שהוא רואה בעצמו כקשור לעם ואף נרדף בשל כך, ייכלל אף הוא בחוק השבות. כדי למנוע בלבול מושגים שונתה ההגדרה הטרמינולוגית בחוק השבות המוצע ל"בן לעם היהודי" במקום ההגדרה "יהודי" ששימשה בעת כתיבת ההצעה. בנושא האזרחות, ההצעה המרכזית היא להקנות אזרחות רק לאחר תקופת הסתגלות וטמיעה בחברה, כנהוג ברוב המדינות. ההשלכה העיקרית תהיה על העולים מכוח חוק השבות, שלא יוכלו לקבל אזרחות אוטומטית. מטרתה המוצהרת של הצעה זו היא כפולה: ראשית, לנסות ליצור שוויון בין יהודים לשאינם יהודים בבואם לקבל אזרחות של מדינת ישראל. שנית, לנסות למנוע ניצול של חוק השבות בידי עולים הרוצים רק בשיפור מצבם הכלכלי. בנוגע לגיור האמנה מכירה בגיורים שאינם אורתודוקסים, אך במקביל מעלה את הצורך ליצור "שקיפות במרשם", כדי להבהיר מה מקור הגיור של כל מתגייר. כך גם בעניין המרשם, ההצעה היא שכל אחד יירשם על פי הצהרתו, אך תהיה שקיפות לגבי מקור גיורו. על נקודה זו (סעיף 2 בדבר מרשם וגיור) אמרו גביזון ומדן שהיא "...היחידה בכל האמנה שלא הצלחנו להגיע בה להסכמה".
מעמד אישי.
הפרק העוסק בנושא הנישואין והגירושין פותח בדיבור על כך שהמונופולין של הרבנות על הנישואין גורם לניכור הולך וגובר כלפיה, ומנגד ישנן מספר זכויות יסוד שנפגעות מ"חוק הנישואין". בין זכויות אלו ניתן למנות את "חופש הדת ומדת" שנפגע בגלל החיוב להינשא לפי היהדות האורתודוקסית. כמו כן ישנו ציבור גדול שאיננו יהודי, ואינו משתייך לשאר העדות בישראל, שהחוק לא מכיר בו ובכך נמנעת ממנו את האפשרות להתחתן. בגישתם אל הדיון מעידים המחברים כי ההצעה היא מהפכנית, וכי היא "מבוססת על העיקרון שבתחום הנישואין ילך הצד ה"דתי" לקראת רעהו עד קצה גבול יכולתו, ובתחום הגירושין, ילך הצד ה"חילוני" לקראת רעהו באותה מידה".
הפתרונות המוצעים באמנה לעניין הנישואים מאפשרים לכל אדם להקים משפחה, ולקבל רישיון נישואים מהמדינה בהתאם להגבלות המוסכמות אוניברסלית (כגון גיל, מונוגמיה, הטרוסקסואליות וכו'). מחזיקי הרישיון יוכלו להינשא בכל טקס שיבחרו, אורתודוקסי, לא אורתודוקסי ואזרחי. מן העבר השני, הגירושין יעשו על פי ההלכה האורתודוקסית, ורק על פיה יחשב אדם כ"פנוי" לנישואין עם אחר. הדבר נובע מהרצון להימנע ממצב שאישה, שלא נחשבת פנויה על פי ההלכה, תינשא בשנית, וילדיה יחשבו "ממזרים" על פי ההלכה. שני הצדדים מסכימים כי נושא מניעת ממזרות הוא קריטי, וימנע פיצול משמעותי בחברה היהודית. ההצעה גם מחדשת ישות משפטית בשם "התרת נישואין אזרחית" שתאפשר לאישה להיפרד מבעלה לכל דבר, אך לא תוכר כגירושין לצורך נישואין לאחר. וכמו בנושא הגיור, גם כאן תהיה "שקיפות" שתבטא את טיב הנישואין וסוג הטקס בו נישא הזוג.
שבת.
סוגיית השבת מהווה סלע מחלוקת בין דתיים וחילונים מימים ימימה. פרק זה פותח דווקא בהסכמה ברורה על כך שהשבת היא יום מנוחה, ושיש לחוקק זאת בחוק יסוד. השאלה בדבר אופיו של יום זה מביאה אל הדיון שני צדדים: מחד גיסא, זכותו של אדם לנוח כרצונו, ובכלל זה בילויים. מאידך גיסא, שני הצדדים מביעים דאגה רבה מהפיכת יום השבת ל"יום הקניות", אשר פוגע הן בעובדים הדתיים, שיקשה עליהם לעבוד במקום הפתוח בשבת, והן בעובדים החילוניים, שבעצם מאבדים את יום המנוחה ועוברים לשבוע עבודה בן 7 ימים. בנוסף, רבים בתי העסק שבבעלות דתית שמתקשים להתמודד מול בתי העסק שפתוחים בשבת ומושכים אליהם את הלקוחות גם בשאר השבוע. על כן, באמנה גובשה נוסחה לפיה יש להבדיל בין מוסדות בילוי לבין מוסדות מסחריים, ושאלו האחרונים יהיו סגורים בשבת גם בקיבוצים ועל אם הדרך. מנגד, מקומות הבילוי יהיו פתוחים על מנת לאפשר לציבור מקומות בילוי ביום השבת, ועל מנת שלא לפגוע בציבור שומרי השבת תינתן לוועדה ברמת הרשות המקומית הסמכות לקבוע את מיקומם של מקומות בילוי אלו. כמו כן, מתוך הכרה בציבור רחב שאין בבעלותו כלי רכב פרטיים, תחבורה ציבורית תפעל בשבת, אך באזוריים מסוימים ייתכן שתוגבל נסיעתה בשעות המתאימות, לפי החלטת אותה ועדה. וכדי לשמור על זכויות עובדים, תיעשה העבודה בשבת על בסיס משמרות, ולא יקופחו עובדים שרצונם שלא לעבוד בשבת. ישנם סעיפים נוספים באמנה, אך הכיוון הכללי של כולם זהה – לדון במרחב הציבורי של השבת, תוך ניסיון לשמור על רגישות כלפי ציבור שומרי המסורת, ובמקביל לאפשר למי שרוצה בכך לבלות. כמו כן, להישמר מפני אובדן הצביון התרבותי של השבת לטובת מסחור יתר של יום זה. וכדברי הרב מדן: "ויתור הדדי בתחום השבת, שהיה מאז ומעולם סלע מחלוקת בין הדתיים והחילוניים, עשוי להיות דווקא פתח לאיחוי מחודש של החברה הישראלית".
סוגיות נוספות.
באמנה גם נידונו נושאים כדוגמת: הקמת בתי קברות אזרחיים שיאפשרו לנקברים לבחור בטקס קבורה על פי בחירתם, עיסוק בנושא גיוס בני ישיבות ושילוב נשים בצה"ל, שמירה על כשרות של המטבחים הציבוריים בישראל ויצירת רשות כשרות ארצית, העלאה לדיון של תפילה ברחבת הכותל לקבוצות השונות, והתייחסות לסוגיית המועצות הדתיות.
יישום האמנה.
בשנת 2003, לאחר פרסום האמנה, הוקם, בסיוע קרן אבי חי, המטה ליישום אמנת גביזון-מדן. מטרתו הייתה לפרסם את האמנה בציבור הרחב באמצעות חשיפתם של מעצבי דעת קהל ואנשי מפתח לאמנה, ובאמצעות פעולות חינוכיות, בדמות כנסים והרצאות. בנוסף, המטה ניסה לקדם חקיקה בנושאי מפתח. משנת 2005 ועד סיום פעולתו פעל המטה במסגרת מלי"ץ (מכונים לחינוך יהודי ציוני). בנוסף לפעילות החינוכית, ועל מנת להנגיש את האמנה לציבור הרחב, הוכן תקציר של האמנה, ונפתח אתר אינטרנט המוקדש לאמנה ולפעילות שסביבה.
בשנת 2013 הקימו חברי הכנסת ציפי לבני, יצחק הרצוג, ואלעזר שטרן שדולה בכנסת תחת הכותרת "עם דת ומדינה", ששמה לה למטרה לקדם את אמנת גביזון-מדן, בין היתר על ידי שילוב לימוד האמנה בשיעורי אזרחות.
מפלגת "ירושלמים", שיש לה נציגים במועצת עיריית ירושלים, ציינה במצע שלה שתשאף "לאפשר לכל ירושלמי חילוני ודתי כאחד לקיים את השבת לפי דרכו על פי מתווה אמנת גביזון-מדן". ב-2019, לקראת הבחירות לכנסת העשרים ואחת הודיעה איילת שקד כי מפלגת הימין החדש תנהג בסוגיות דת ומדינה על פי אמנת גביזון-מדן.
הערכת האמנה.
העובדה שעל האמנה עבדו שני אישים אפשרה ליצור שיח ענייני ויעיל. בעזרת קבוצת הדיון הרחבה שהעירה את הערותיה על המסמך, ביקשו המחברים לחפות על החיסרון שבעבודה מצומצמת, ולהגיב על הביקורת האפשרית שהם אינם מייצגים את המגזרים שבשמם הם מדברים, ואף לא הוסמכו לכך. כבר הוזכר היקף העבודה שנעשתה (כשנתיים), היקף התוצר (כ-300 עמ'), וכן מגוון הנושאים – שבכך עלתה האמנה על הקודמות לה. מעבר לכך, האמנה מכילה פרק שלם הדן בהסדרה המשפטית והחוקית של האמנה, ולכל אורך הדרך המחברים מסבירים בפירוט רב את השיקולים שעמדו מול עיניהם. כמו כן, תקציר האמנה השווה לכל נפש, אתר האינטרנט שנפתח, והמטה ליישום האמנה, הם בגדר 'חידוש בעולם האמנות', והעלה את האפשרות שאמנה זו, שלא כקודמותיה, תגיע אל הציבור ולא תשקע לתהום הנשייה.