היה זה משלוח הנשק הגדול הראשון במלחמת העצמאות, שהגיע לארץ ישראל ב-1 באפריל 1948 ערב מבצע נחשון. מטען האונייה כלל 4,500 רובי "מאוזר", 200 מקלעים מסוג מ.ג. 34, ו-5 מיליון כדורים 7.92 מ"מ. מטען נשק זה איפשר לצייד את שלושת גדודי מבצע נחשון במלוא הנשק האישי שהיה דרוש להם, והוא איפשר את פריצת הדרך לירושלים. חלק מנשק זה ניתן לכוחות הפלמ"ח וההגנה שהדפו את המתקפה על משמר העמק והדפו את כוחותיו של קאוקג'י.
אחר כך אילין עזר לדבריו להביא שלוש ספינות נשק נוספות לישראל: אוניית "שיו", אוניית "רסורקציה", שהביאה 25 תותחי נ"מ אוטומטיים שהגיעו אל חיל התותחנים שזה עתה קם בצה"ל ואוניית "בוריאה" שנשאה עמה שישה תותחי 65 מ"מ, עשרת אלפים פגזים, 200 מקלעי "שאטו" צרפתיים, 3 מיליון כדורים למכונת הירייה "הוצ'קס" ועוד. אולם גרסה שונה יש לעדה סרני (ראו ביבליוגרפיה) שרכשה את האוניות. אילין לא היה קשור לנשק שבאוניות, אלא סייע ברכישת מטעני הכיסוי, ירקות ופרות.
לפי יהודה בן צור (ראו קישור חיצוני – רקס ובוריאה) סיפק אילין שקי בצל, תפוחי אדמה וארטישוק שכיסו את הנשק על מנת להסוותו. פנחס ספיר אמר כי אילין נתן את הכיסוי לאוניות והרוויח. פרט לאילין, כל הפעילים האחרים לא הרוויחו באופן אישי.
לפי בן צור כשיוסק'ה יריב טס לארץ בזמן הפלגת "נורה", הוא הביא איתו מכתב לישראל גלילי שמספר על חלקו של אילין ב"נורה", ומבקש להשתדל לחון את אילין.
הקשרים עם יוגוסלביה.
יוגוסלביה הייתה חלק מהגוש המזרחי אך נותקה מהקומינפורם, וכך הייתה מדינה מבודדת בעולם. מחד בסכנה של כניסת כוחות צבא סובייטים ומאידך המערב הטיל עליה אמברגו. יוגוסלביה הייתה עשירה במחצבי טבע אך חסרת יכולת תעשייתית לפיתוחם ופנתה לישראל לפיתוח כלכלת ארצה. היישוב היה זקוק לה כתחנת מעבר לנשק ממדינות שונות באירופה וכתחנת מעבר לעולים מרומניה. שייקה דן שהיה מקושר ביוגוסלביה שמע מאהוד אבריאל על יכולותיו של אפרים אילין לפתור בעיות וקשריו העסקיים הענפים ופנה אליו.
גרסה אחרת יש ליהודה בן צור (ראו מקורות חיצוניים) המצטט את מוניה מרדור: אהוד אבריאל ושייקה דן פנו לשלטונות ביוגוסלביה, והיוגוסלבים הסכימו להעברת נשק לאחר השהיה של כחודש, שכנראה נגרמה עקב רצון לאזן אספקת נשק ליהודים עם נשק לערבים. אילין כלל לא הוזכר.
אילין הגיע לבלגרד ונהפך ליועץ כלכלי ועסקי לממשלת יוגוסלביה בתחומים שונים. אחד מהם היה יצירת קשר עם התשלובת האמריקאית 'ברסארד', הוא קיבל את הסכמת החברה והסכמת ארצות הברית לפעול ביוגוסלביה למרות האמברגו האמריקני. החברה הקימה את תעשיית הפלדה היוגוסלבית בזרניצה. שייקה דן השיג דרך אילין תנורים להתכת פלדה. משנוצר הצורך ברכישת צינורות לקידוחי נפט הציע שייקה דן להקים חברה משותפת ישראלית-יוגוסלבית, אילין רכש ציוד לקידוחי נפט שהגיעו ליוגוסלביה מאנטוורפן חודשים אחדים לאחר מכן. לוי אשכול הפגיש את הלל דן, שהיה מנכ"ל סולל בונה, עם אילין על מנת להקים חברה בחו"ל שתסייע ליוגוסלבים לרכוש סחורות. במאי 1948 טס הלל דן ביחד עם דוד הכהן לפריז. הם חתמו בשם "סולל בונה" על הקמת חברה מסחרית בשותפות שווה של אילין ואברהם פרידמן. החברה השיגה ציוד באירופה ומכרה אותו ליוגוסלביה ורומניה. משדרשו היוגוסלבים שלוש מכוניות פאר חסינות לכדורים מסוג פקארד ו-12 סטודיבייקרים שנבנו לשימושם של שומרי ראשו של טיטו, דאג לכך אילין. אילין גם רכש את משלוח הפניצילין הראשון ליוגוסלביה אותו קנה במחיר עתק באיטליה.
מבחינת היוגוסלבים היתרון של אילין היה בנכונותו להפר את האמברגו האמריקאי, והם שילמו בהתאם, כך שלאילין זכה ברווחים גבוהים בעסקאות האלה.
ישראל רכשה מצ'כוסלובקיה את חמישים מטוסי הספיטפיירים הראשונים שלה ובתמורה לעזרתו של אילין התירה יוגוסלביה שימוש בנמלי התעופה שלה. הספיטפיירים היו משומשים ועליהם הורכב מכל דלק נוסף, שאיפשר טיסה מנמלים דרומיים ביוגוסלביה ישירות לישראל, ללא תדלוק ביניים. יוגוסלביה גם התירה מעבר של יהודים מארצות אירופה דרך שטחה.
לפי שייקה דן, אין קשר בין אילין ובין האישור היוגוסלבי לשימוש בשדה תעופה להטסת הספיטפיירים לישראל או מעבר של עולים דרך אדמתה.
לפי בוריס סניור בספרו, לאחר הריב של יוגוסלביה עם סטלין נוצר מחסור חמור בדלק למטוסי חיל האוויר היוגוסלבי. במסגרת ההסכם שהושג בבלגרד לקחה על עצמה מדינת ישראל לספק לחיל האוויר היוגוסלבי דלק מטוסים, תמורת נחיתת הספיטפיירים הישראלים ביוגוסלביה, בדרך מצ'כוסלובקיה לארץ. (מדובר על מטס בספט' 1948 )
שמו של אילין לא מוזכר.
לפי אבי כהן בספרו, ישראל שילמה 2,800 דולר עבור כל נחיתה של ספיטפייר ישראלי ביוגוסלביה, בדרך מצ'כוסלובקיה לארץ. (מדובר על מטס בדצמ' 1948 )
שמו של אילין לא מוזכר.
גם לפי מוריס מאן, יוגוסלביה הציעה זכויות נחיתת ביניים של הספיטפיירים בדרכם לישראל, תמורת כסף. שמו של אילין לא נזכר.
סיוע בהבאת סירות קומנדו מאיטליה.
בהיות אילין במילאנו לרגל עסקי הכותנה שלו, פגש את זאב הים, עליו הוטל לרכוש סירות טורפדו, סירות מוטור וספינות פלישה לצורכי חיל הים. זאב הים סיפר לו כי שמע שבסוף מלחמת העולם השנייה המציאו האיטלקים נשק סודי "אמצעי התנפלות", אשר הצליחו להטביע מספר אוניות מלחמה בריטיות בים התיכון. לדברי אילין (ראו גרסאות אחרות המשך), הוא פנה לנשיא חברת הספנות גדולה בעניין. הנשק עצמו הושמד אולם בעזרתו איתר את הממציא ויצרן הספינות, המהנדס קטניו. אילין הצליח לשכנע את קטניו ושכנע לחדש את הפעילות במפעל החרב שייצר אותן ושלח את הסירות לישראל. פרט לכך הוא פיתח במפעלים נשק נוסף בשיתוף עם מהנדסים איטלקים. גרסה אחרת יש לזאב הים בספרו – "רק לאחר רכישת הסמ"רים והנחתות הנ"ל התפניתי לטיפול בסירות הקטנות. מזלי שיחק לי, ללא כל קושי איתרנו במילאנו את ביה"ח אשר בנה את הסירות." עוד כותב זאב הים כי חלקו של אילין היה הלוואת אלפי הדולרים הראשונים לקניית הסירות והובלתן ארצה. לא היה לאילין חלק באיתור המפעל, או הפעלתו.
גם לפי לובה אליאב לא היה לאילין קשר לאיתור המפעל אלא מתווך איטלקי הציע זאת לאנשי הרכש.
לדברי אילין, הוא הביא לישראל את פיורנצו קאפריוטי, מדריך האימונים הראשי שהיה אחראי על הפעלתן. אולם לפי מקורות אחרים קאפריוטי לא היה קשור לאילין. קאפריוטי עצמו כותב בספרו שאת ההצעה להדריך בישראל קיבל ישירות מחיל הים האיטלקי (ציטוט מספרו). Nino Buttazzoni כותב בספרו שעדה סרני דיברה איתו על הצורך הישראלי במדריך לסירות הנפץ. הוא לא קיבל את ההצעה ולכן הוצע התפקיד לקאפריוטי, שנאות לקבלו.
לפי לובה אליאב, הם פנו למטה הצי האיטלקי ברומא ושם הפנו אותם לקאפריוטי. אליאב וזקימוביץ נסעו מיד לדירתו של קאפריוטי ברומא וסיכמו איתו את נסיעתו לארץ.
בסירות נפץ אלה נעשה שימוש בפעולת הקומנדו הימי ב-22 באוקטובר 1948, במסגרת מבצע "עשר המכות" להטבעת אוניית הדגל של הצי המצרי "האמיר פארוק".
סיוע בהעלאת יהודי רומניה.
הרומנים נזקקו לציוד לקידוח נפט על מנת לשקם את שדות הנפט בפלוישט שנפגעו בזמן המלחמה, רומניה פיגרה באספקת הנפט לארצות הקומינפורם. שייקה דן טס לרומניה עם אילין. אילין סיפק לרומנים אונייה שלמה עם ציוד לקידוח נפט. דן נשא ונתן עם הרומנים ובתמורה לכך קיבל מרומניה היתר להעלות מאה וחמישים אלף יהודים משטחה.
לפי שייקה דן, ההיתר לעלית היהודים הושג תוך שילוב של תשלום מס גולגולת לשלטונות, שיחוד פקידים מקומיים, ניסיונות לשכנוע אנשי מפתח (למשל אחיה הישראלי של שרת החוץ הרומנית אנה פאוקר), ועוד. עסקת ציוד הקידוח שולבה באמצעי השכנוע האלה.
לפי אורי בייאלר, מאוקטובר 1948 השליחים הישראלים הוסיפו את עסקת ציוד הנפט כאחד התמריצים לרומנים כדי שיתירו עלייה מרומניה. השליחים הישראלים ידעו כי ניסיון להתניה ישירה של עזרה לרומניה תמורת עלייה לא יתקבל ולכן נקטו בשילוב השיטות הנזכרות. ציוד הנפט סופק עד סוף 1949.
הקמת תעשיית הרכב במדינת ישראל.
עם קום המדינה היא נעדרה תשתית של תעשייה כבדה, פרט ייצור רכב. מכיוון שהיה זה אחד המוצרים להם נזקקה, הן לצורכי הצבא והן לצרכים אזרחיים, היא הייתה מעוניינת בפיתוחו. לאחר שחברת פורד נכנעה ללחץ של ארצות ערב (החרם הערבי) וביטלה את התחייבותה להקים מפעל הרכבת מכוניות בישראל, ראתה הממשלה לשים בראש סדר העדיפיוית לעניין מפעל דומה, בעל מוניטין בינלאומי. הקושי הרב הטמון בכך היה בעובדה כי חלק הארי של מפעלי המכוניות בעולם נמנעו משיתוף פעולה כלכלי עם ישראל.
אילין התיידד עם היקמן פרייס, סגן נשיא "קייזר-פרייזר"; הלה ראה חשיבות בהעברת ייצור חלקי לפחות למדינות הרוכשות את כלי הרכב של חברתו כדי ליצור איזון מסחרי. אילין נכנס לשותפות עם "קייזר-פרייזר", ולפי תנאי העסקה קייזר-פרייזר השקיע חצי מיליון דולר ואילין השקיע שני מיליון דולר. חברת "קייזר פרייזר לישראל בע"מ (קפריש)" הקימה את המפעל בנשר תוך שנה וחצי.
בשנים 1950–1955 היוו מפעלי "קייזר-אילין" כ-28% מכלל היצוא התעשייתי של מדינת ישראל ועל כך קיבל המפעל תעודת הוקרה ממשרד המסחר והתעשייה, כיצואן מצטיין. בשנת 1952 קיבל המפעל אות הצטיינות משר המסחר והתעשייה, דב יוסף.
דרכו של המפעל לא הייתה קלה, בפרט לאחר שהחברה האמריקאית חדלה לייצר מכוניות נוסעים.
באוגוסט 1959, ולכאורה כדי שיתאפשר לה להתמודד על מכרז להרכבת רכב במצרים, ביטלה חברת רנו, שהייתה בבעלות ממשלת צרפת, את חוזה הייצור עם מפעל "קייזר-אילין". לעומת זאת, עמדת רנו הייתה שהחוזה תם, והבעיה הייתה מסחרית בלבד, כפי שאמר דרייפוס, מנהל רנו.