הקיסר מוצוהיטו, ששב לכס השלטון, המשיך ברפורמות התיעוש והחימוש הצבאי של יפן, כדי למנוע מארצות הברית וממעצמות אירופה להכריעה. הצי המלחמתי היפני הוקם רשמית ב-1869. הממשלה החדשה הכינה תוכנית שאפתנית לבניית צי בן 200 אוניות, שאורגן ב-10 שייטות. התוכנית נזנחה לאחר שנה בשל מחסור במשאבים. מרידות מבית, ובמיוחד מרד סָצוּמָה (1867) אילצו את הממשלה להתמקד בלוחמת יבשה. המדיניות הימית-מלחמתית, שבוטאה בסיסמה "שוּסֵיי קוֹקוּבּוֹ" (הגנה סטטית), התמקדה בהגנת החופים, בצבא קבע ובצי מלחמתי חופי, והובילה לבניית ארגון צבאי שבבסיסו עקרון ה"רִיקוּשוּ קָאיג'וּ" (הצבא ראשון והצי שני לו).
הסיוע הבריטי.
בשנות השבעים והשמונים של המאה ה-19 נותר הצי הקיסרי היפני כוח להגנה חופית בעיקרו, אם כי ממשלת מייג'י המשיכה לחדשו. האונייה "גְ'הוֹ שוֹ מָארוּ", ששמה הוחלף זמן קצר אחר כך ל"רִיאוּג'וֹ מָארוּ"), נרכשה בסיוע הסוחר הבריטי תומאס גלובר והושקה באברדין שבסקוטלנד ב-17 במרץ 1869. ב-1870 קבע צו קיסרי, כי הצי המלכותי הבריטי ישמש כמודל לפיתוח הצי היפני. אוניות כמו האוניה המשוריינת "פוּסוֹ" והקורבטות "קוֹנגוֹ" ו"הִיאֵי" נבנו ב-1877 במספנות בריטיות במיוחד עבור הצי הקיסרי היפני. משלחת ימית בריטית, בראשות קומודור ארצ'יבלד דאגלס (Archibald Douglas), ביקרה ביפן ב-1873. מאוחר יותר, ב-1879, נשכרו שירותיו של קומודור ל.פ. וילן (L.P. Willan) לאמן פרחי קצונה ימיים יפניים. חברות תעשייה כבדה פרטיות, כמו אישיקאוואג'ימה-הארימה וקאוואסאקי נולדו גם הן באותה תקופה.
שתי סיירות הוזמנו ממספנות בריטיות. הסיירות "נָנִיווָאה" ו"טָקָצִ'יהוֹ" היו בעלות הדחק של 3,650 טונות. הן היו יכולות להגיע למהירות של 18 קשרים (33 קמ"ש) וחומשו בסיפון משוריין בעובי 2-3 אינץ' (51 - 76 מ"מ) ובשני תותחים מתוצרת החברה הגרמנית קרופ בקוטר 10.2 אינץ' (261 מ"מ). הארכיטקט הימי סָאסוֹ סָאצ'וּ תכנן את האוניות האלה על פי דגם הסיירות המשוריינות הבריטיות מדגם "אלסוויק" (Elswick), אך עם ביצועים טובים יותר. נפתח מרוץ חימוש עם סין, אשר רכשה שתי אוניות-מערכה גרמניות גדולות בנות 7,335 טון, "דינג יואן" ו"צ'ן יואן". מאחר שלא יכולה להתמודד עם הצי הסיני כשלרשותה שתי סיירות מודרניות בלבד, פנתה יפן לקבלת סיוע גם מצרפת, כדי לבנות צי מודרני שיוכל לעמוד בהצלחה בעימות עתידי.
השפעת "האסכולה הצעירה" הצרפתית.
בשנות השמונים של המאה ה-19 גברה השפעת צרפת הודות לדוקטרינת "האסכולה הצעירה" הצרפתית ("Jeune Ecole"), שהעדיפה אוניות מלחמה קטנות ומהירות, במיוחד סיירות וספינות טורפדו, על פני אוניות גדולות יותר. ממשלת מייג'י חוקקה את חוק ההתחמשות הימית הראשון שלה ב-1882, שקבע כי יש לבנות 48 אוניות מלחמה, 22 מתוכן ספינות טורפדו. דומה כי ניצחונות הצי הצרפתי במלחמת סין–צרפת (1883) הם שהוכיחו הלכה למעשה את הפוטנציאל הגלום בספינות טורפדו, גישה אשר התאימה גם למשאבים המוגבלים של יפן. הסיסמה של הצי החדש ב-1885 הייתה "קָאיקוֹקוּ נִיפּוֹן" ("יפן הימית").
ב-1886 נשכר המהנדס הימי הצרפתי המוביל לואי-אמיל ברטן (Louis-Emile Bertin) לארבע שנים כדי לתגבר את הצי היפני ולהנחות את בניית המספנות בקוּרֶה וסָאסֶבּוֹ שליד נגסאקי. הוא פיתח את הסיירות מדגם "סנסייקאן"; שלוש אוניות, שהתאפיינו בתותח ימי יחיד רב עוצמה, תותח קאנֵה בקוטר 12.6 אינץ'. בסך הכול פיקח ברטן על בנייתן של למעלה מעשרים אוניות. הוא סייע להקמת הכוח הימי המודרני האמיתי הראשון של יפן. הדבר איפשר ליפן להשיג עליונות בבניית אוניות גדולות, מאחר שכמה מן האוניות יובאו, ואחרות נבנו בבית במספנה ביוֹקוֹסוּקָה.
תקופה זו איפשרה ליפן לאמץ ברצון את הטכנולוגיות החדשות והמהפכניות הגלומות בטורפדות, ספינות טורפדו ומוקשים ימיים, אשר אלו מהם שיוצרו ונבנו בצרפת היו קרוב לוודאי הטובים ביותר בעולם באותה תקופה. יפן רכשה את הטורפדות הראשונות שלה ב-1884, והקימה "מרכז אימוני טורפדו" ביוקוסוקה ב-1886.
אוניות אלה היו ההזמנות הגדולות האחרונות שנעשו מצרפת. יפן חזרה שוב אל בריטניה, עם הזמנה של ספינת טורפדו מהפכנית, ה"קוֹטָאקָה" של שנת 1887, הנחשבת לדגם המשחתת היעילה הראשונה בעולם. עם רכישת הסיירת "יוֹשִינוֹ", שנבנתה במספנות "ארמסטרונג ויטפורת" באלסוויק, הייתה יפן בעלת הסיירת המהירה ביותר בעולם בזמן השקתה ב-1892.
מלחמת סין-יפן (1894-1895).
יפן המשיכה לחדש את צייה המלחמתי, במיוחד משום שגם סין בנתה צי חזק ומודרני בסיוע זר, בעיקר של גרמניה, והמתיחות בין שתי המדינות הלכה והתעצמה בעקבות תוכניותיהן להשתלט על קוריאה. מלחמת סין-יפן הוכרזה רשמית ב-1 באוגוסט 1894, אם כי הלחימה החלה עוד קודם לכן.
הצי היפני הכה את צי בֶּייָאנְג הסיני בקרב בשפך הנהר יָאלוּ ב-17 בספטמבר 1894 והשמיד 8 מתוך 12 אוניותיו. אף שידה של יפן הייתה על העליונה, שתי אוניות המערכה מתוצרת גרמנית של הצי הסיני עמדו כמעט לחלוטין בפני פגיעת התותחים היפנים, דבר שהאיר את עיני המפקדים היפנים לצורך באוניות מערכה גדולות יותר. ("דינְג יוּאָן" הוטבעה לבסוף על ידי טורפדות ו"צֶ'ן-יוּאָן" נשבתה עם מעט נזקים). שלב ההתעצמות הבא של הצי הקיסרי היפני כרך בחובו, אפוא, שילוב של אוניות-מלחמה גדולות וכבדות-חימוש עם כלי שיט התקפיים חדישים וקטנים יותר, המאפשרים שימוש בטקטיקות אגרסיביות.
בעקבות המלחמה ועל פי תנאי הסכם שִימוֹנוֹסֶקִי עברו טאיוואן והאיים הפֶּסְקָדוֹריים לידי יפן. הצי הקיסרי היפני השתלט על האי ודיכא את תנועות ההתנגדות ממרץ עד אוקטובר 1895. האיים הוסיפו נשארו במעמד של קולוניות יפניות עד 1945. יפן קיבלה גם את השליטה על חצי האי לִיאָדוֹנג, אם כי נאלצה בלחצה של האימפריה הרוסית להחזירו לידי סין. זמן קצר אחר כך השתלטה עליו רוסיה עצמה.
הצי הקיסרי היפני התערב פעם נוספת בסין ב-1900, עת נטל חלק יחד עם מעצמות המערב בדיכוי מרד הבוקסרים. מבין כל המדינות המעורבות, העמידה יפן את המספר הרב ביותר של אוניות מלחמה (18 מתוך 50) ושל חיילי צבא וצי (20,840 חיילים מתוך סך של 54,000).
מלחמת רוסיה–יפן (1904-1905).
בעקבות מלחמת סין-יפן וההשפלה שנגרמה לה בשל ההחזרה הכפוייה של חצי האי ליאדונג לידי סין בלחץ רוסי ("ההתערבות המשולשת"), החלה יפן לחזק את כוחה הצבאי לקראת עימותים נוספים.
יפן השיקה תוכנית עשר-שנים של בנייה ימית תחת הססמה "גָשִינְשוֹטָן" (התמדה ונחישות), במסגרתה הוכנסו לשירות, בנוסף לספינות שהיו כבר קודם, 110 אוניות-מלחמה בהדחק כולל של 200,000 טון, והגדילה את מצבת כוח האדם של הצי מ-15,000 ל-40,800. הצי החדש כלל:
אחת מאוניות-המערכה הללו, ה"מִיקָאסָה", אוניית המלחמה המתקדמת ביותר בעולם בתקופתה, הוזמנה ממספנות ויקרס (Vickers) בבריטניה בסוף 1898 ונמסרה ליפן ב-1902. בניית אוניות סוחר ביפן באה לידי ביטוי באוניית קיטור דו-מדחפית בשם "אָקִי-מָארוּ", שנבנתה עבור חברת "נִיפּוֹן יוּסֶן קָאישָה" על ידי מספנות "מִיצוּבִּישִי" בנגסאקי. הסיירת היפנית "צִ'יטוֹסֶה" נבנתה ב"יוניון איירון וורקס" בסן פרנסיסקו, קליפורניה.
הכנות אלו הגיעו לשיאן במלחמת רוסיה–יפן (1904-1905). בקרב צוּשִימָה הוביל האדמירל היהאצ'ירו טוגוֹ על סיפון המיקאסה את הצי היפני למה שיכונה לימים "קרב ההכרעה הימי הבולט ביותר בהיסטוריה". הצי הרוסי הושמד כמעט כולו: מתוך 38 אוניות רוסיות הוטבעו 21, 7 נפלו לידי האויב, 6 הוצאו מכלל פעולה, 4,545 קצינים ומלחים נהרגו ו-6,106 נפלו בשבי. היפנים, לעומת זאת, איבדו 116 איש ו-3 ספינות טורפדו בלבד. ניצחון זה מוטט את כוחה של רוסיה במזרח אסיה, והצית גלי מרידות בצי הקיסרי הרוסי בסבסטופול, ולדיבוסטוק וקרונשטאדט. המרידות הגיעו לשיאן ביוני, במרד באוניית המערכה "פוטיומקין", והיו אחד הגורמים לפרוץ המהפכה הרוסית ב-1905.
במהלך המלחמה עשתה יפן מאמצים קדחתניים להקים שייטת צוללות. כלי שיט מסוג זה נעשו מכונות-מלחמה מבצעיות רק זמן קצר קודם לכן, ונחשבו לכלי נשק מיוחדים בעלי פוטנציאל ניכר. הצי הקיסרי היפני רכש את צוללותיו הראשונות ב-1905 מחברת Electric Boat Company האמריקנית, ארבע שנים בלבד לאחר שארצות הברית הכניסה לשירות את הצוללת הראשונה שלה "הולנד" (USS Holland). הצוללות היו פרי תכנונו של ג'ון פיליפ הולנד, נשלחו מפורקות ליפן והורכבו במספנת הצי הקיסרי ביוקוסוקה. כינוין היה "מס' 1" עד "מס' 5", והן הוכנסו לשירות מבצעי בסוף 1905.
לקראת צי לאומי המספק את כל צרכיו.
יפן המשיכה במאמציה לבנות תעשייה ימית-מלחמתית לאומית חזקה. בעקבות האסטרטגיה של "העתק, שפר, הכנס חידושים", נחקרו אוניות זרות מדגמים שונים לעומקן, מאפייניהן שופרו לעיתים קרובות, והן נרכשו בזוגות כדי שניתן יהיה להשוות את ביצועיהן ולשפרם. במשך הזמן ובהדרגה הוחלף ייבוא האוניות מכל הדגמים בהרכבה מקומית ואחר כך בייצורן בשלמותן ביפן עצמה. תחילה נבנו בייצור מקומי כלי השיט הקטנים ביותר, כגון ספינות טורפדו וסיירות בשנות השמונים, ומאוחר יותר - בשנים הראשונות של המאה העשרים - גם אוניות-מערכה. הרכישה הגדולה האחרונה נעשתה ב-1913, עם קנייתה של אוניית-המערכה "קוֹנְגוֹ" ממספנת "ויקרס". ב-1918 לא נמצא אף תחום בטכנולוגיית בניית אוניות, שבו נפלו יכולותיהם של היפנים מתחת הסטנדרטים העולמיים. ב-1920 היה הצי הקיסרי היפני השלישי בגודלו בין ציי העולם, ובהיבטים רבים של הפיתוחים הימיים אף המוביל שבהם.
מלחמת העולם הראשונה.