ב-2016 החליט הרמטכ"ל גדי איזנקוט להוציא מידי הרבנות הצבאית את ענף תודעה יהודית, ולהעבירה לאגף כח האדם, זאת בניגוד לדעתו של הרב פרץ. ביולי אותה שנה החליט לפרוש מתפקידו. בתקשורת הדתית פורסם בשם מקורביו כי הוא עשה זאת במחאה על פגיעת ראשי הצבא ברבנות הצבאית ובפרט על העברת ענף תודעה יהודית מן הרבנות לאכ"א. בדצמבר 2016 שוחרר מצה"ל והוחלף על ידי תא"ל הרב אייל קרים, ושב לעמוד בראש מכינת "עצם" שהקים.
פעילות פוליטית.
ב-3 בפברואר 2019 החליטה המועצה הציבורית שמינתה מפלגת הבית היהודי לצורך איתור מנהיג למפלגה לקראת הבחירות לכנסת ה-21 להמליץ על מינויו, ולמחרת אישר מרכז המפלגה את ההמלצה. פרץ הגיע להסכם בדבר ריצה משותפת עם האיחוד הלאומי-תקומה, ולפיו הוצב במקום הראשון ברשימת איחוד מפלגות הימין לכנסת. בהמשך הגיעו שתי המפלגות להסכם עם עוצמה יהודית, ולפיו תצטרף גם היא לרשימה, ואחר הבחירות יתפלגו לשתי סיעות. בבחירות קיבלה הרשימה חמישה מושבים בכנסת.
ביוני 2019 מונה פרץ לשר החינוך ה-21 של מדינת ישראל, במסגרת הממשלה ה-34, בכהנה כממשלת מעבר.
בבחירות לכנסת ה-22 עמד פרץ בראש מפלגת הבית היהודי, הוצב במקום השני ברשימה "ימינה" ונבחר לכנסת.
בדצמבר 2019, לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושלוש, חתם פרץ הסכם עם איתמר בן-גביר, ולפיו מפלגת הבית היהודי תתמודד ברשימה אחת עם מפלגת עוצמה יהודית. בינואר 2020, זמן קצר לפני תום המועד להגשת הרשימות, לאחר שמפלגת האיחוד הלאומי חברה למפלגת הימין החדש, הצטרפו פרץ והבית היהודי גם הם לרשימת "ימינה" הכוללת את הבית היהודי, האיחוד הלאומי והימין החדש. בן-גביר ורשימתו לא הוכנסו לרשימה, בשל התנגדותו של בנט לצירופו של בן-גביר. רשימת ימינה זכתה בשישה מנדטים, מתוכם אחד בלבד למפלגת הבית היהודי, ופרץ הוא נציגה היחיד בכנסת העשרים ושלוש.
ב-14 במאי 2020 פרש פרץ משאר חבריו בסיעת ימינה וחתם על הסכם קואליציוני עם הליכוד. הוא הצטרף לממשלת ישראל השלושים וחמש בתור השר לענייני ירושלים כראש סיעת היחיד של הבית היהודי, בעוד סיעת ימינה ממנה התפצל נותרה באופוזיציה.
ביוני 2020 כחלק מתפקידו כשר ירושלים הנחה פרץ את העברת כל משרדי הממשלה שעדיין לא שוכנים בירושלים לתוך ירושלים, כחלק מהיוזמה שלח פרץ מכתב לשר התקשורת, יועז הנדל ולשרה לנושאים אסטרטגיים, אורית פרקש הכהן, במכתב ביקש פרץ להעביר את יחידות משרדיהם של הנדל ופרקש הכהן לירושלים
בינואר 2021 הודיע שלא יתמודד בחירות המקדימות לקראת הבחירות לכנסת העשרים וארבע וימשיך לכהן כשר עד להרכבת הממשלה הבאה. לאחר בחירתה של חגית משה היא החליפה אותו בתפקיד יו"ר הבית היהודי.
לאחר הפרישה מפוליטיקה.
עם השבעת ממשלת ישראל השלושים ושש ב-13 ביוני 2021 סיים הרב פרץ את תפקידו כשר. לאחר מכן התמנה ל"ראש מוסדות עצם" ובאוקטובר של אותה שנה מונה במקביל לדיין בבית הדין לגיור של צה"ל.
עמדותיו.
על אף התנגדותו לתוכנית ההתנתקות בשנת 2005 שלל נחרצות כל גילוי של התנגדות אלימה או סירוב פקודה. על מעורבות צה"ל בביצוע התוכנית אמר: "גרגר לא יפריד בינינו לבין צה"ל לעולם. זה מאוד קשה לי שכל החברים שלי צריכים לבוא לפה היום. יש בזה ציניות שהממשלה העמידה אותנו בסיטואציה הזאת". במהלך התוכנית, סייע לאלו מתלמידיו אשר ביקשו זאת להימנע מהשתתפות פעילה במבצע על ידי שיתוף פעולה עם גורמים צבאיים.
בישיבת ממשלה ביולי 2019 שעסקה במצב הקהילות היהודיות בעולם אמר פרץ שנישואי תערובת בין יהודים ללא יהודים גרמו לאובדן שישה מיליון יהודים בשבעים השנים האחרונות.
בריאיון ביולי 2019 אמר פרץ שהוא שואף להחיל את הריבונות הישראלית על כל יהודה ושומרון, ולו בשלבים, ללא מתן זכות הצבעה לכנסת לתושבים הפלסטינים. כשנשאל האם הוא מאמין שאפשר להמיר נטייה הומוסקסואלית, השיב שמניסיונו החינוכי הדבר אפשרי. כשנשאל כיצד ייעץ לתלמיד האומר לו שהוא חושב שיש לו נטייה הומוסקסואלית, השיב: "קודם כול חיבקתי אותו ואמרתי לו דברים מאוד חמים, אמרתי לו: בוא נלמד, בוא נחשוב ובוא נתבונן", על מנת שיכיר את עצמו ויחליט." דבריו ספגו ביקורת, והוא כתב במכתב למנהלי בתי ספר כי טיפולי המרה הם פסולים וחמורים, וכי כוונתו בריאיון הייתה שזכותם של בעלי נטייה חד-מינית לפנות לגורמים המקצועיים בדרך מכבדת ואוהבת.
בראיון שהעניק לידיעות אחרונות שפורסם בינואר 2020, נשאל פרץ כיצד היה מגיב אם אחד מילדיו היה מגלה נטייה מינית שונה, והשיב: "ברוך השם הילדים שלי גדלו בצורה טבעית ובריאה. הם בונים את הבתים שלהם מתוך ערכים יהודיים. אני לא מעסיק את הראש שלי במה היה אם". לאחר מכן נשאל מה זו משפחה נורמטיבית בעיניו, וענה: "בציבור הדתי שחי על פי התורה, המשפחה הנורמטיבית היא איש ואישה, על פי המסורת של עם ישראל. ואנחנו צריכים לדעת גם לשמור את הערכים האלה איתנו. לא צריך להתבייש בזה שאנחנו חיים בדרך הטבעית הזאת". דבריו עוררו סערה ציבורית ולהפגנת מחאה של אלפי תלמידים נגדו.
חיים אישיים.
פרץ נשוי למיכל לבית היימן (אחותו הגדולה של תת-אלוף יוסי היימן), ואב ל-12 ילדים. עד לביצוע תוכנית ההתנתקות התגורר ביישוב עצמונה שבגוש קטיף. מאז מתגורר בחבל שלום, תחילה ביישוב יתד ולאחר מספר שנים בנווה. אחד מבניו, רב-סרן אלעד פרץ, שימש כסגן מפקד גדוד 202 בחטיבת הצנחנים והתפטר מתפקידו, בעידודו של אביו, בעקבות תקרית אש כוחותינו בגבול רצועת עזה שבה נהרג אחד מחייליו. בנו תום משמש כמפקד צוות במכללה לפיקוד טקטי. בנו, הרב רעי, החליף אותו בתפקיד ראש מכינת עצם לאחר שמונה למנהיג הבית היהודי.
פרץ הוא בן דודו של הכתב אבישי בן חיים.
מכינה קדם-צבאית עצם
מכינת עֹצֶם (מכינת עצמונה) היא מכינה קדם-צבאית דתית-לאומית ישראלית שהוקמה בשנת ה'תשנ"ב (1991) ביישוב עצמונה שבגוש קטיף.
בעקבות תוכנית ההתנתקות המכינה עברה למושב יתד, ולאחר כמה שנים עברה למקומה הנוכחי במושב נווה ששוכן בחבל שלום בדרום.
היסטוריה.
את המכינה הקים הרב רפי פרץ בשנת ה'תשנ"ב (1991) ביישוב בני עצמון (עצמונה) שבגוש קטיף. במסגרות המכינה לומדים כ-300 תלמידים.
בכ"ד באדר ה'תשס"ב (7 במרץ 2002), במהלך האינתיפאדה השנייה, חדר מחבל ליישוב ורצח חמישה מתלמידי המכינה בעת שיעור לילי.
בשנת ה'תשס"ה (2005) החל תהליך הפינוי מגוש קטיף אשר בו שכנה המכינה. בזמן ההתנתקות לא נכנסו תלמידי המכינה לעימות עם החיילים כאשר אלו הגיעו לפנות אותם, אלא התחבקו, שרו, ובכו עמם. לאחר הפינוי, עברה המכינה באופן זמני לבסיס צבאי ליד צומת ראם, לאחר מכן היא שכנה במושב יתד ובאפריל 2011 עברה המכינה למשכנה הקבוע במושב נווה שבחולות חלוצה בדרום המועצה האזורית אשכול.
בראש המכינה עמד מיום הקמתה הרב רפי פרץ. בשנים 2010–2016, שבהן שימש הרב הראשי לצה"ל, מילא את התפקיד הרב חיים ברוך. כאשר פרש מצה"ל שב הרב פרץ לעמוד בראש המכינה. כאשר מונה בפברואר 2019 ליו"ר הבית היהודי החליפו בתפקיד בנו, הרב רעי פרץ.
עבודת שדה
עבודת שדה, מונח כללי המגדיר איסוף של חמרי גלם ונתונים בשטחי המדע השונים כמו ביולוגיה, אקולוגיה, גאולוגיה, גאוגרפיה, פלאונטולוגיה, ארכאולוגיה, אנתרופולוגיה, אתנוגרפיה, אתנומוזיקולוגיה, בלשנות וסוציולוגיה. עבודת השדה מתאפיינת בכך שהיא מתבצעת "בשטח" – בסביבה הטבעית, בהקשר התרבותי הישיר ולא במוסדות המחקר בהם הסביבה מבוקרת ולעיתים זרה למושאי המחקר. המונח ידוע בדרך כלל בתחום של שיטות המחקר המדעי.
בעבודת שדה בתחום של חקר חברת האדם ותרבותו או באתנרופולגיה חברתית ותרבותית, החוקר לומד את בין היתר את השפה הפולקלור ואת המבנה החברתי המקומי בסביבה הטבעית ולעיתים הוא חלק מן ההתרחשות עצמה בשטח. לשם איסוף הנתונים אפשר לבצע גם צילומים הקלטות ורישומים שונים. יש לתעד את כל הפעולות בפרוטוקולים כדי להקל על ניתוח מאוחר יותר של הנתונים ולאפשר ביקורת ומחקר עתידי בעזרת הנתונים שנאספו. הפרוטוקולים הם גם כלי חשוב למניעת התופעה של אפקט הצופה או הטיית הצופה.
מדריך נוער
המדריך הוא הדמות המובילה בקבוצה בתוך מסגרת בלתי פורמלית חינוכית כמו תנועת נוער, ארגון נוער, מרכז קהילתי וכדומה. בראש ובראשונה המדריך הוא מחנך. המדריך אחראי על ארגון פעילות הקבוצה (פעולות, טיולים ואירועים שונים), על העברתה, על הדינמיקה בקבוצה, ועל כל חניך כפרט בקבוצה. לרוב, המדריך מבוגר מחניכיו בשנים ספורות. מושג זה מושאל גם לקבוצות למידה או רכישת מיומנויות שונות על מנת לנכס למורה תכונות של מדריך כגון קרבה ונגישות.
תפקידי המדריך.
תכנים וידע.
המדריך אחראי על תכנון התכנים שיועברו לקבוצה והעברתם. עליו לוודא שתוכן הפעילות עונה על המטרות החינוכיות ואינו פוגע בחניך. עליו להתאים את הפעילות לקבוצה וליכולתה. המדריך הוא מקור ידע מקצועי ומקור ידע דידקטי-פדגוגי. תכונה זו מתבטאת בפעולות השונות בתכניהן ובמתודיקה בה הוא בוחר להשתמש.
תהליכים קבוצתיים וערכיים.
המדריך מעורר את חניכי הקבוצה להתפתחות ערכית באמצעות תוכני הפעולות ובאמצעות הפגנת דוגמה אישית. על המדריך להיות ער לתהליכים המתרחשים בתוך הקבוצה ולנתב אותם על פי המטרות החינוכיות, מצפונו, ערכיו וכללי המסגרת. לפני גיבוש החניכים לכדי קבוצה עשוי להדרש המדריך לגיוס ובניית הקבוצה. שלב הגיוס נעשה לרוב כחלק מגיוס קהל היעד על ידי המסגרת הכוללת של הפעילות, אך תהליך בניית הקבוצה מוטל על המדריך ובתוכו היכרות, גיבוש, קביעת נהלים או חוזה קבוצתיים והגדרת מטרות. תהליך זה נוצר על מנת ליצור קביעות ומחויבות של החניכים אל הקבוצה והפעילות.
החניך המודרך.