רשת המפלגות החלה לתפקד ב-1794 או 1795, כשמינויים פוליטיים החלו להתרבות. שיטת הבחירות הרובית יצרה פערים רבים בין המנצחים, שזכו בכל, לבין המפסידים, שלא זכו בכלום. המילטון חילק מעל 2,000 עבודות במחלקת האוצר, וג'פרסון חילק רק משרה חלקית אחת במחלקת המדינה. בניו יורק, ג'ורג' קלינטון נבחר להיות מושל ניו יורק והשתמש במינויים הפוליטיים כדי לעזור לרפובליקנים.
וושינגטון ניסה ונכשל לפייס בין שני החברים הבכירים בקבינט שלו. הוא נבחר ללא התנגדות במהלך הבחירות של שנת 1792. הדמוקרטים-רפובליקנים רצו שקלינטון יחליף את ג'ון אדמס הפדרליסט כסגנו, אולם אדמס ניצח. בקונגרס, המצב היה צמוד, כשהיו חברים נייטרליים. בתחילת 1793, ג'פרסון פרסם מאמרים כנגד המילטון, שהגן על מעשיו בשם העזרה לכלכלה האמריקנית.
הפדרליסטים טענו שהמילטון החזיר למדינה את השגשוג. בתגובה, טען ג'פרסון שהפדרליסטים הם אריסטוקרטים ומונרכיסטים.
כוח המפלגה בקונגרס.
אמנם קשה לסווג את חברי הקונגרס בשנים הראשונות, אולם לאחר 1796 המצב הפך לברור יותר:
יחסי חוץ.
המהפכה הצרפתית והמלחמות בין בריטניה לצרפת השפיעו על הפוליטיקה האמריקנית עד 1800, ואיימו לסבך את האומה במלחמה שתאיים על קיומה. הוצאתו להורג של לואי השישה עשר, מלך צרפת ב-1793 הובילה את הבריטים להכריז מלחמה כנגד הצרפתים כדי להחזיר את המונרכיה. המלך עזר לאמריקה להשיג את עצמאותה. כשמת, אריסטוקרטים שתמכו באמריקה בצרפת הוצאו להורג או הוגלו. הפדרליסטים הזהירו שהרפובליקנים מתכננים להשתמש בשיטות המהפכה הצרפתית, והדאיגו את השמרנים במדינה. הרפובליקנים, שתמכו בצרפת, תמכו בהוצאתו להורג של המלך, למרות תחילתו של שלטון הטרור. ההוצאות המרובות להורג הכריחו אותם למתן את תמיכתם בצרפת. רבים מאלו שהוצאו להורג תמכו בארצות הברית. הרפובליקנים טענו שהמילטון, אדמס ואף וושינגטון תמכו בבריטניה, היו מונרכיסטים והתנגדו לרפובליקניזם.
פריז שלחה שגריר חדש, שעורר את התמיכה בצרפת בקרב הציבור ומימן את הדמוקרטים-רפובליקנים כנגד הפדרליסטים, כדי להשיג את תשלום החובות לצרפת ולעזור לצרפתים לפלוש ללואיזיאנה ולפלורידה הספרדיות. ג'פרסון, מזכיר המדינה, התנגד להתערבות הגסה בפוליטיקה האמריקנית. התמיכה בצרפת נעלמה. השגריר נאלץ לברוח לאחר שהוכרז שיוצא להורג.
הסכם ג'יי ב-1795 היה ניסיונם של וושינגטון והמילטון לפתור את הבעיות עם בריטניה, בנוגע לשטרות חוב, חובות ונוכחות בריטים בצפון-מערב המדינה. אמריקה קיוותה לפתוח את ערוץ הסחר עם בריטניה ולהבטיח חופש שיט. בנוסף חפצה להימנע ממלחמה.
בשם הנייטרליות, טענה ארצות הברית שיש לה זכות לסחר חופשי. הבריטים החרימו את הספינות האמריקניות שסחרו עם צרפת. הפדרליסטים תמכו בבריטניה במלחמה וסחרו איתה. הסכם חדש נחתם, הבריטים פינו את מערב המדינה והסכימו לפתיחת הסחר ולמשא ומתן בנוגע לחובות.
הרפובליקנים רצו שבריטניה תילחם מול ארצות הברית (הם סברו שארצות הברית תוכל לנצח) וגינו את ההסכם כבגידה בברית עם הצרפתים ובחקלאים הדרומיים שהוחרמו להם עבדים בידי הבריטים. הפדרליסטים שלטו בסנאט והעבירו את ההסכם ברוב של שני שלישים, 20 מול 10. הציבור החל לתמוך ברפובליקנים, והפדרליסטים איבדו את תמיכתם בדרום.
מרד הוויסקי.
מס שהוטל ב-1791 גרם למרד מיסים. התירס, שהיה יבול מרכזי, היה קשה למסחר מהמערב החוצה אלא אם כן יהפוך לוויסקי. האוכלוסייה צרכה הרבה ויסקי ולכן ההליך היה רווחי. לאחר הטלת המס, רבים התנגדו להטלתו וטענו שהוא עוזר למזרח המדינה.
וושינגטון, שהחליט להפעיל את כוח הממשל, הוביל 13,000 חיילים אל פנסילבניה כדי לעצור את מרד הוויסקי. המרד דוכא ב-1794, בפעם היחידה שבה הנשיא הוביל את הצבא באופן אישי (מלבד הפעם בה ג'יימס מדיסון ניסה להציל את הבית הלבן במהלך מלחמת 1812). המורדים נכנעו ללא קרב. הפדרליסטים תמכו בממשלה שהצליחה להתגבר על המרד, והרפובליקנים טענו שהייתה זו מניפולציה, שלא היה מרד אמיתי ושהעניין היה כדי להרגיל את האמריקנים לצבא קבע.
האגודות הדמוקרטיות-רפובליקניות תקפו את הנושא, וגרמו לוושינגטון להוקיע אותן. הפדרליסטים טענו שהרפובליקנים הם "דמוקרטים" (תומכים באוכלוקרטיה) או יעקובינים.
וושינגטון סירב לרוץ לכהונה שלישית. הוא הזהיר מפני מעורבות במלחמות האירופאיות, מפילוג בין הצפון לדרום ומפני פיצול פוליטי. הוא התנגד למפלגות שיפגעו בממשל הציבורי. הוא עצמו תמך במדיניות פדרליסטית.
עורכי עיתונות נלחמים.
כדי לחזק את הקואליציה שלהן ולפגוע בהתנגדות אליהן, מימנו שתי המפלגות עיתונות בפילדלפיה ובערים אחרות. בצד הרפובליקני, העיתונאים תקפו את הממשל, ואף טענו שוושינגטון הוא תומך במונרכיה ותומך במינויו למלך. הם טענו שוושינגטון היה גנרל פחדן וברון רודף כסף שהשתמש במהפכה כדי לקדם את הונו ותהילתו, שאדמס היה דיפלומט כושל שלא סלח על כך שהצרפתים חיבבו יותר את בנג'מין פרנקלין וחשק בכתר לעצמו, ושהמילטון היה המונרכיסט הגדול מכולם.
הפדרליסטים, ששלטו בכמות גדולה פי שניים של עיתונים, תקפו בחזרה. בין העיתונאים שלהם היה גם נוח ובסטר. המילטון מימן את רוב העיתונות הפדרליסטית, כתב עבור העיתונות ואף הקים את הניו יורק פוסט ב-1801 כדי לפרסם את מאמריו.
ממשל אדמס, 1797-1801.
המילטון לא סמך על אדמס, שהיה סגן הנשיא, ואדמס מצידו גם לא סמך עליו. למרות זאת, לא הצליח המילטון למנוע מאדמס להתמנות לנשיאות. הבחירות של שנת 1796 היו הבחירות המפלגתיות הראשונות בתולדות המדינה, והיו מלאות בהתקפות בעיתונות. אדמס ניצח בניו אינגלנד וג'פרסון בדרום, ומדינות הביניים נטו לאדמס. אדמס ניצח בהפרש של שלושה אלקטורים, וג'פרסון, שהגיע למקום השני, הפך להיות סגנו, לפי החוק שתוקן במהלך התיקון ה-12 לחוקת ארצות הברית.
מדיניות החוץ המשיכה לעמוד בראש מעייני הפוליטיקה האמריקנית, והמלחמה באירופה איימה למשוך לתוכה את ארצות הברית. הנשיא החדש היה עצמאי, ולא התייעץ עם המילטון או עם פדרליסטים אחרים. בנג'מין פרנקלין טען שאדמס היה כנה תמיד, מבריק לעיתים קרובות, ולפעמים מטורף. הוא היה אהוד בקרב תומכי המפלגה, אולם לא בנה לעצמו בסיס פוליטי מקומי או לאומי, ולא שלט בקבינט שלו, שנשלט יותר בידי המילטון.
חוקי הזרים וההסתה.
לאחר שהצרפתים העליבו את המשלחת האמריקנית בפריז בפרשת x y z ב-1797, הציבור פנה כנגד הצרפתים. המלחמה הבלתי רשמית בין ארצות הברית לצרפת פרצה ב-1798 ונמשכה עד 1800, וכל צד תקף את הספינות של האחר. מלחמה מעולם לא הוכרזה, אולם הסלמה הייתה איום רציני. הפדרליסטים, בשיא האהדה כלפיהם, ניצלו זאת והתכוננו לפלישה מצד צרפת.
כדי להשתיק את מבקרי הממשל, הפדרליסטים העבירו את חוקי הזרים וההסתה ב-1798. חוק הזרים הסמיכו את הנשיא לסלק זרים שהוכרזו כמסוכנים. חוק ההסתה אסר על פרסום ביקורת שקרית ועוינת כנגד הממשל הפדרלי, אולם משום מה לא מנע מהעיתונות לבקר את סגן הנשיא ג'פרסון. עורכי עיתונים דמוקרטים-רפובליקנים הורשעו ונקנסו או נכלאו, ושלושה עיתונים נסגרו. ג'פרסון ומדיסון הכריזו על החוקים כבלתי חוקתיים, והתעקשו לתת למדינות את הכוח לבטל את החוקים הפדרליים.
הפדרליסטים יצרו את צי ארצות הברית, עם פריגטות חדשות, וצבא חדש וגדול, כשוושינגטון מונה למפקדו והמילטון פיקד עליו בפועל. כדי לשלם על הכל הם העלו מיסים על קרקעות, בתים ועבדים, וגרמו למהומה. בפנסילבניה פרץ מרד של ממש, כשאנשים סירבו לשלם מיסים חדשים. מנהיג המרד נשפט למוות, אולם אדמס חנן אותו. בבחירות של 1798 הפדרליסטים הצליחו, אולם העניינים הללו התחילו לפגוע בהם ב-1799.
בתחילת 1799, החליט אדמס להתנתק מהשפעתו של המילטון, והדהים את המדינה ומפלגתו כשהתחיל דיוני שלום עם צרפת. הוא הצליח והמלחמה הסתיימה, כשהצבא התפרק. תומכי המילטון קראו לאדמס כישלון, ואדמס פיטר את תומכי המילטון מהקבינט.
המילטון ואדמס שנאו אחד את השני, והפדרליסטים התפלגו בין תומכיהם. המילטון כעס על אובדן השפעתו הפוליטית וביקר את נשיאותו של אדמס, תוך כדי שהוא ניסה לגרום למפלגה לתמוך בצ'ארלס קוטוורת' פינקני כמועמדם לנשיאות. הפיצול במחנה הפדרליסטי עזר לג'פרסון לנצח.
בחירות 1800.
השלום של אדמס היה אהוד בקרב תומכי המפלגה, ונראה היה שיש לו סיכוי טוב להיבחר מחדש. אלמלא פשרת "שלוש החמישיות" (שנתנה לעבדים "שלוש חמישיות" מקול רגיל), הוא היה יכול להיבחר, כיוון שרוב המועצות המחוקקות הפדרליסטיות לא נתנו לבוחריהן לבחור אלקטורים מחשש לניצחון דמוקרטי. ג'פרסון שוב היה יריבו והפדרליסטים תקפו אותו כמהפכן מסוכן, מתנגד לדת, שיחליש את הממשלה, יפגע בכלכלה וילחם מול בריטניה. רבים האמינו שאם ג'פרסון יזכה בבחירות, יהיה זה סופה של ארצות הברית. הרפובליקנים תקפו את חוקי הזרים וההסתה, ואת המיסים החדשים, שגרמו לעוינות כנגד הממשלה.
הבחירות היו תלויות בניו יורק. האלקטורים שלה נבחרו בידי המועצה המחוקקת, ובגלל האיזון בין הצפון והדרום, הם יכריעו את הבחירות. ארון בר ארגן את תומכיו בניו יורק סיטי בבחירות למועצה המחוקקת, וניצח בבחירות למועצה בהפרש של כמה קולות, כשהוא מבטיח את היבחרו של ג'פרסון. כפרס על כך הוא נבחר למועמד לסגנות הנשיאות. המילטון, שידע שאין סיכוי לנצח את הבחירות, תקף את אדמס והחליש את מפלגתו.