ביפן, פנדורין שוב מוצא את עצמו מעורב בתככים פוליטיים ופושעים, שבה פוליטיקאים ושודדים יפניים בולטים ממאורות יוקוהמה, כמו גם שינובי נינג'ה מסתורי הופכים למשתתפים בה. פנדורין זוכה בנאמנותו של איש היאקוזה מסאהירו שיבאטה, בן ה-18, שכונה טנוקי ("כלב זאב דביבון"), שחייו וכבודו (שמאסה העריך יותר מחייו) ניצלו בזכות המזל של פנדורין בהימורים. מאסהירו (מאסה), עורך טבילה אורתודוקסית ומאמץ את השם מיכאיל אראסטוביץ' פנדורין (אירוע המתואר ברומן "כל העולם במה"), הופך מעתה למשרתו של פנדורין, חברו היחיד ובן לוויה נאמן בכל הרפתקאותיו.
בנוסף, אראסט פטרוביץ' פוגש את הגיישה היפה או-יומי (שמה האמיתי הוא מידורי). תשוקה מתלקחת בין מידורי לפנדורין. מידורי מתגלה כבתו של ראשו האחרון של שבט שינובי העתיק מומוצ'י טמבה. בזכות מומוטי, פנדורין מכיר את כישורי אומנויות הנינג'ה. בעזרת מידורי, מאסה וטמבה, פנדורין מסיר את סבך התככים ומעניש את הנבל הראשי. אך, בצירוף מקרים גורלי, על מידורי להקריב את חייו כדי להציל את אראסט (כתוצאה, מתברר כי או-יומי שרדה, ואף הולידה את בנו הבלתי לגיטימי, אך זה לנצח יישאר סוד עבור פנדורין). לאחר "מות" מידורי, פנדורין סוגר לבסוף את לבו ("אני לא יכול לאהוב, אני לא יכול לאהוב", - הוא חוזר על מדורת הלוויה שלה) ומקדיש את כולו ללימוד אמנות "הזחילה": שינובי. מומוטי טמבה הופך לחונך שלו. תקופת זו בחייו של ארסט פטרוביץ' מתוארת בכרך השני של הרומן "מרכבת היהלום". בשנת 1881, פנדורין חוקר ביפן מקרה זאב קטן. מתואר בסיפור "Sigumo" (אוסף "מחרוזת הירקן").
בשנת 1882, במוסקבה פנדורין חוזר מיפן, הוא ממונה למשרת הפקיד למשימות מיוחדות בפיקודו של המושל הכללי במוסקבה, הוא חוקר את נסיבות מותו הפתאומי המוזר ביותר של חברו לנשק, הגנרל מיכאיל דמיטרייביץ' סובולב (המבוסס על מיכאיל סקובלב). במהלך החקירה פנדורין שוב בא במגע עם פרשת עזאזל. הספר "מות אכילס" מוקדש לאירועים אלה.
ב-1883 במוסקבה. פנדורין חוקר את רצח יזם הרכבות העשיר ביותר לאונרד פון מאק. במהלך החקירה נאלץ אראסט פטרוביץ' להתחזות לסטודנט במכון למהנדסי רכבת (למעשה, בית הספר להנדסה במוסקבה במשרד הרכבות נוסד בשנת 1896). בדיוק אז הופיע הדיוקן המפורסם של פנדורין במדי מהנדס רכבת. מתואר בסיפור "מחיי השבבים" (אוסף "מחרוזת ירקן").
בשנת 1884, פנדורין חושף רצח סוחר העתיקות פריאכין. מחקירת פנדורין שהושלמה בהצלחה, יש מחרוזת ירקן עתיקה שהייתה שייכת לחכם הסיני טה גואנגזי. במהלך חייו הבאים, חרוזי המחרוזת הללו יסייעו למחצה לפנדורין לרכוש "הארה לא רציונלית". בהמשך יוריש את מחרוזת התפילה לבנו אלכסנדר והנכד ניקולאי. מתואר בסיפור "מחרוזת ירקן". ב-1886, מול פנדורין מתמודד נוכל המצאה שמכונה מומוס. במהלך החקירה הזו, לפנדורין יש עוזר חדש - פקיד זוטר בשם אניסיי פיטירימוביץ' צבעונימוב. מתואר בסיפור מתוך משימות מיוחדות.
ב-1888, פנדורין וצבעונימוב נתקלים באגדה מסתורית על סקרפי בסקקוב, שקשורה באופן בלתי מובן למותה של האחרונה מבני בסקקוב, בעלת האדמות העשירה סופיה קונסטנטינובנה. שם פוגש ארסט פטרוביץ' את היפהפייה המקומית אנג'לינה קראשניקניקובה. מתואר בסיפור "העכנאי של בני בסקאקוב", מתוך מחרוזת ירקן.
ב-1889, פנדורין עסוק בחקירת המקרה של רוצח מטורף שכונה "מעצב", שלימים התברר שהוא ג'ק המרטש בעצמו. במהלך חקירה זו, צבעונימוב מת. כשהוא מבין שקשה לעצור את המטורף באמצעים חוקיים, אראסט פטרוביץ' מוציא להורג את הרוצח במו ידיו. אחרי זה אנג'לינה קראשניקניקובה, שאוהבת אותו, כבר לא יכולה לחיות עם פנדורין ועוברת למנזר. מתואר בסיפור "מעצב" (ברומן "משימות מיוחדות").
ב-1890, פנדורין חוקר רצח שמוגדר כתאונת ציד. כתוצאה מהחקירה הוא הולך לחקור רצח אחר. במקרה, הוא מגלה את העובדה שמחברת בין שני הפשעים הללו. לסיפור יש סוף פתוח, אך הקורא יכול לחזות את הפתרון לשתי הרציחות. מתואר בסיפור "עשירית האחוז" (אוסף "מחרוזת ירקן").
ב-1891, פנדורין, נערך להיכנס תפקיד מפקד המשטרה במוסקבה. אלא שתוכניותיהם של פנדורין ופטרונו מופרעות על ידי ההתנקשות הבלתי צפויה והנועזת בכרכרתו של שר הפנים לשעבר, הגנרל חראפוב, שזה עתה מונה למושל הכללי של סיביר. הרצח בוצע על ידי מחבל "הקבוצה הלוחמת" בראשות אדם בשם "גרין", שהצליח להתקרב לגנרל והתחזה, לפנדורין עצמו. אם הפשע לא ייפתר בהקדם האפשרי, המושל הכללי המוסקבאי, הנסיך דולגורוקי עומד בפני התפטרות מוקדמת. אראסט פטרוביץ' מתחיל בחקירה. עם זאת, העניין מורכב מנסיבות רבות. ראשית, מגיע מסנקט פטרבורג סגן מנהל מחלקת המשטרה לעניינים פוליטיים, הנסיך פוז'ארסקי, חוקר מצטיין, אך במקביל חסיד של סיעה פטרבורגית המתנגדת לדולגורוקי. שנית, פנדורין מתחיל רומן מהירה עם אוהדת בלתי צפויה לסוציאליסטים ובתו של הבנקאי העשיר ביותר אבשלום אפרימוביץ' ליטווינוב (מבוסס על לזר פוליאקוב) אסתר. שלישית, עד מהרה מתברר כי למחבלים יש מודיע בין האנשים החוקרים את רצח חראפוב. אראסט פטרוביץ' חושף את רצח חראפוב ומוצא את הבוגד, מה שמוביל להרס הקבוצה הלוחמת ולכידתו של "גרין". אך העובדות שנחשפו כתוצאה מחקירת פנדורין ומותו של הנסיך פוז'ארסקי הטילו צל על ההנהגה הבכירה של האימפריה הרוסית. בנוסף, הנסיך דולגורוקי לא מצליח למלא את תפקידו. כתוצאה מסכסוך עם המושל הכללי החדש, אחיו של הקיסר, הדוכס הגדול סמיון אלכסנדרוביץ', נאלץ פנדורין לעזוב את רוסיה בחופזה. אירועים אלה מתוארים ברומן "יועץ ממלכתי".
ב-1891, בריסטול שבבריטניה, ארסט פטרוביץ' הוא בגלות עם אמצעים מוגבלים מאוד. הוא נאלץ לשכור דירה צנועה ממיס פאלמר (ששם המשפחה שלה הוא אנגרמה של שם המשפחה של מיס מארפל, בלשית חובבת מספרי אגתה כריסטי). משרתת זקנה וגברת אמיתית, היא מתגלה כאדם ממולח ביותר שיש לו נטייה מסוימת לחקור סוגים שונים של תעלומות. כתוצאה מכך, פנדורין ובעלת הבית שלו, שזכו להנאה כנה משיתוף פעולה אינטלקטואלי, חושפים את היעלמותו המסתורית של לורד ברקלי הזקן, וגם משיבים בהצלחה את שרשרת שביל החלב הגנובה ומקבלים על כך תגמול כספי נאה. פנדורין מבין לפתע שהמיומנויות האנליטיות שלו יכולות להיות דרך טובה להתפרנס. מתואר בסיפור "שעת התה בבריסטול" (מתוך הרומן "מחרוזת ירקן"). בעוזבו את בריטניה עובר פנדורין לארצות הברית. בסביבות 1893, בניו יורק, הוא נתקל לראשונה במארגן המפורסם של פשעים רבים ומוכרים בשם "ד"ר לינד" (המקרה של ניסיון שוד של בנק איסטרן יונייטד).
ב-1894, ויומינג ארצות הברית, אראסט פנדורין, בהזמנתו של קולונל מוריס סטאר (יליד רוסיה, מאוריציוס כריסטופורוביץ' סטארובוזדביצ'נסקי) מגיע למערב הפרוע כדי לחקור אירועים המסתוריים הקשורים להופעה במקום שנקרא עמק החלומות של כנופיית פשע. במהלך החקירה, אראסט פטרוביץ' יצטרך להתמודד עם אינדיאנים, מתנחלים מורמונים, מתיישבים רוסים מקהילת "קרן האור", פרש מסתורי חסר ראש, בוקרים המרתקים, וגם לפגוש את העלמה קליגן, שהפגישה איתה תהפוך לאחת ההרפתקאות המרגשות ביותר של פנדורין. מתואר בסיפור "עמק החלומות" ברומן "מחרוזת ירקן".
1896 מוסקבה. ערב הכתרתו של הקיסר ניקולאי השני הפושע בינלאומי, ד"ר לינד, מבצע פשע בגן נסקוצ'ני עם חטיפה נועזת של אחד מבני דודיו של הקיסר, מיקה הצעיר (הדוכס הגדול מיכאיל גאורגייביץ'). רק במזל הגיע אראסט פטרוביץ' בזמן, רודף אחרי "חברו הוותיק" לינד, בכך נמנע חטיפתה של הדוכסית הגדולה קסניה גאורגייבנה. אך ככופר עבור הילד דורש ד"ר לינד לא פחות מיהלום אורלוב, שריד מפורסם לבית רומנוב. למרות התנגדויותיו הזועמות של מושל מוסקבה, סימון אלכסנדרוביץ', דוד הקיסר ותחת חסותו של אחיו הבכור, הדוכס הגדול קיריל אלכסנדרוביץ', מפקד המשמר, שזוכר היטב את פנדורין מחקירת מות הגנרל סובולב, ארסט פטרוביץ', בחיפוש אחר לינד, מצא את עצמו במוסקבה מקבל סמכויות יוצאי דופן מבני המשפחה הקיסרית להציל את הילד, לנטרל את ד"ר לינד ולשמר את יהלום אורלוב. במהלך החקירה הופכים המשרת הדוכס הגדול אפאנסיי זיוקין, כמו גם אומנתו של הנער החטוף, מדמואזל דקליק, לעוזרים בלתי מודעים ליועץ הממלכתי בדימוס. בנוסף, פנדורין מנהל רומן קצר, אפלטוני לחלוטין, עם הדוכסית הגדולה קסניה גאורגייבנה. לינד נחשף, אך לא ניתן להציל את מיקה הקטן. בנוסף, שנאתו של הדוכס הגדול סימון אלכסנדרוביץ' כלפי פנדורין תאלץ את האחרון לעזוב את רוסיה שוב. מתואר ברומן הכתרה.
ב-1900 פריז. במהלך התערוכה העולמית, אראסט פטרוביץ', יחד עם מאסה, עוצר את הפורץ המפורסם - הגנב לה קולברה (מתואר ברומן פשוט מאסה). ארסט פנדורין חוזר לרוסיה לזמן קצר, עם הופעתו של "מועדון המתאבדים" במוסקבה. בחקירת המקרה של "מועדון המתאבדים" פנדורין פוגש את מריה מירונובה, אדם מודרני ומתקדם שמעדיף את השם "קולומביין". מתואר ברומן אהובת המוות.