מעבר להתמודדות עם טענות מדתות שונות, סיבה נוספת להתפתחות הכלאם היא ריבוי המחלוקות בתוך האסלאם. מחלוקות אלה פרצו לאחר מותו של מוחמד, ובייחוד לאחר רצח הח'ליף השלישי, עות'מאן בן עפאן, רצח שסימל את קץ השלטון המסורתי דמוי תקופת מוחמד. חילוקי הדעות הביאו ליצירת פלגים שונים אשר נחלקו בפירוש הקוראן ובמשפט האסלאמי (שריעה). פלג הח'וארג' שפרש מהשיעה הפך לאנטי-ממסדי, ובדרישותיו המוסריות הגבוהות לאי-ביצוע חטאים ופקפוק בלגיטימיות השלטון, גרמו אנשיו לעיסוק גובר בשאלות התאולוגיות. באותה עת בה נזדקקו מרבית המוסלמים להוכחה בדבר ההיגיון שבאמונתם, הפך מדע הכלאם למקובל יותר. עם זאת נראה כי פריחתו החלה רק בתקופת שלטון הח'ליף הארון א-ראשיד (786–809).
מתוך חילוקי דעות אלו נאלצו חכמי הפיקה ליישב כתובים שונים בקוראן. הם עשו זאת בעזרת עקרון ה (היקש), עיקרון המשווה בין הכתובים, מוצא את המשותף ביניהם וכך שופך אור מן המקרה האחד על משנהו. החדשנות בעיקרון זה הייתה הרכיב השכלי שאומץ מן הפילוסופיה והוטמע בפרשנות תאולוגית.
התנגדות לכלאם.
בימיו הראשונים של האסלאם, אנשים שעסקו בוויכוחים תאולוגיים היו צפויים לגינוי על כך. בראיית השמרנים (שכינו את עצמם "אהל אל-חדית'"), המוסלמים בתקופת הנביא ומספר דורות אחריו לא הניחו לעצמם להתעסק בסוגיות לא חשובות ובנושאים "אסורים". תומכי הכלאם, לעומת זאת, כינו את הכלאם "מדע התווחיד" (מונותאיזם) או "מדע העקרונות הבסיסיים" (אֻצוּל). הביקורת פחתה עם השנים, אולם לכלאם נותרו מתנגדים בולטים, ביניהם מייסד המד'הב (האסכולה) החַנבלי אחמד אבן חַנבל, שתומכי האסכולה שלו התנגדו למדע הכלאם. מתנגדים בולטים נוספים היו אבן תיימיה וג'לאל א-דין א-סיוטי, ממחברי תפסיר אל-ג'לאלין.
התגבשות אסכולות הכלאם.
בניגוד לאסכולות משפטיות באסלאם, מדע הכלאם דומה יותר לפילוסופיה, ועל כן החלוקה בין אסכולות הכלאם השונות אינה כה ברורה. האיחוד בין המֻתַכַּלִמוּן השונים באסכולות השונות נבע מהסכמה במספר סוגיות מרכזיות; עם זאת, לעיתים נקטו מֻתַכַּלִמוּן בשאלות מסוימות עמדה מנוגדת לאסכולה עמה נמנו.
בין היתר בשל גישת פלג הח'וארג' שצץ באותה העת, שטענה כי מוסלמי אינו יכול להיחשב למוסלמי מרגע שחטא, נסובו הוויכוחים הראשונים סביב שאלת בחירתו החופשית של האדם (اختيار, אִח'תיאר). על פי אסכולת הקדריה (قدرة, קֻדְרה - גורל), שמאוחר יותר נקלטו אלמנטים ממנה במֻעתזילה, יש בידי האדם כוח להחליט כיצד לנהוג, ואם אדם חטא הוא עשה זאת מתוך כוונה ורצון חופשי ועל כן הוא כופר. בראיית הקדריה, אלוהים לא היה מצפה מבני האדם לנהוג כשורה, אם לא היה מעניק להם את היכולת לבחור את פעולותיהם. לעומתם סברו תומכי הג'בריה (שזוהתה בכתבים אחרים כמתנגדי הח'וארג' המורג'יאה), כי בידי אלוהים כוח הכפייה (جبر, ג'בר) שבו הוא יכול לקבוע את מעשיהם של בני האדם, ועל כן הם אינם אחראים למעשיהם. בעקבות ויכוח זה, החלו המֻתַכַּלִמוּן לדון בשאלת הצדק האלוהי, ומטרותיו של האל. התעמקות הצדדים במחלוקת בסוגיות אלו גרמה למֻתַכַּלִמוּן לדון בשאלות פילוסופיות בסיסיות יותר, כגון שאלת מקריות הקיום. דיונים אלו השפיעו רבות על התפתחות הפילוסופיה האסלאמית.
ויכוח נוסף, שנבע מהעימותים על הנהגת המוסלמים ומשאלת ביצוע החטאים, עסק בלגיטימיות של השליט. בעוד שהשיעים טענו כי מנהיג הקהילה נולד עם יכולות הנהגה (אותה ירש מהנביא מוחמד), ורק הוא יכול להיות מנהיגה, טענו תומכי הח'וארג' כי כל מוסלמי אדוק, גם אם הוא עבד, יכול להיות ח'ליף. הח'ליפים האומיים, לעומת זאת, שביצעו חטאים, אינם ראויים, על פי השקפתם של הח'וארג', לשלוט על האומה המוסלמית.
כבר בתקופה הראשונית של הכלאם, טרם התהוות אסכולות ברורה, נדונה שאלת היווצרות הקוראן. לטענת הג'בריה, הקוראן נוצר על ידי אלוהים (مخلوق, מַחְ'לוּק, "נברא"), ולא ניתן לומר שהספר הקדוש הוא "דבר אלוהים", שכן אלוהים אינו מדבר כדרכם של בני האדם. שאלה נוספת שנדונה הייתה האנשת האל, שכן אללה מתואר במספר דרכים במקומות שונים בקוראן: לעיתים הוא מתואר כרחוק מכל דימוי אנושי (תנזיה, تنزيه - טוהרו וריחוקו של אלוהים מכל דבר אחר ביקום), אך לעיתים דווקא כבעל תכונות אנושיות (עקרון התשביה - تشبيه, דמיון האל לבני האדם). אבן ח'לדון מציין בכתביו כי המוסלמים השמרנים טענו כי אין דמיון בין אלוהים לברואיו; לעומת זאת הוא הזכיר קבוצה אחרת, אותה הוא כינה בלשון גנאי "מחדשים" (מֻבְדַעיה, מהשורש ב.ד.ע بدع - יצירת חידוש בדת) שביצעו האנשה מוחלטת של אלוהים; וקבוצה שלישית, לדברי אבן ח'לדון, ניסתה לשלב בין שתי הגישות. קבוצה זו הגיעה למסקנה כי לאלוהים "גוף השונה מכל הגופים האחרים" - קרי, פניו של האל קיימים, אך שונים בתכלית מאלה של בני האנוש. המֻתַכַּלִמוּן מצאו פשרה בין התכונות והאיברים האנושיים המיוחסים לאלוהים בקוראן, עם פסוקים הטוענים בתקיפות כי אין להשוות את אלוהים לברואיו (באופן מלא).
לאחר התבססות שלטון בית עבאס פסקו כמעט הוויכוחים אודות לגיטימיות השלטון, ומרבית טיעוני המֻתַכַּלִמוּן עסקו בהגנה על עקרונות דתיים, בייחוד על עקרון התווחיד, מול התפשטות אמונות דואליסטיות כגון הזורואסטריות ומניכאיזם.
הופעת המֻעתזילה.
החל מסוף המאה ה-8 לספירה ועד תחילת המאה ה-10 החלו להתגבש בבצרה (נמצאת בדרום עיראק כיום) ובבגדאד קבוצות מֻתַכַּלִמוּן, שהסכימו ביניהם על עקרונות רבים ואימצו את השימוש בהיגיון בניסיון להוכיח את עקרונות האסלאם. המלומד אל-חסן אל-בצרי הקים בבצרה מדרסה שרבים מתומכי המֻעתזילה באו משורותיה, ביניהם מייסדי האסכולה ואסִל אִבְן עטאא' ועמר אבן עובייד. הקבוצה הבולטת פחות מבגדאד הונהגה על ידי בשיר אל-מתעמר, שאף נכלא לתקופה בידי הח'ליף הארון א-ראשיד. לאור ויכוח תאולוגי בין אל-בצרי לאבן עטאא' אודות מעמדו של אדם שחטא, טען אבן עטאא' כי מוסלמי כזה אינו כאפר (כופר) אלא רק "סטה מדרך הישר". על פי מספר גרסאות, הכריז אל-בצרי כי אבן-עטאא' "אִעתַזַלַ ענא" (اعتزل عنا, פרש מאיתנו), ומכאן שם האסכולה (المعتزلة - אלמֻעַתַזִלה, מילולית: הפורשים). לאור דבקותה של האסכולה בהתבססות על הדיאלקטיקה היוונית והשימוש שעשתה בנימוקים רציונליים בלבד לטענותיה, לא זכתה האסכולה לתמיכה מצד חכמי הדת השמרנים וכלל הציבור.
מקורם של חמשת העקרונות שהתגבשו על ידי המֻתַכַּלִמוּן המֻעתזילים הוא בדיונים תאולוגיים שהתקיימו החל מימי האסלאם הראשונים ועד המאה ה-11 לספירה. העיקרון הראשון הוא תפישת התכונות האנושיות המיוחסות לאללה בקוראן כמטפוריות בלבד, ושלילה מוחלטת של ראיית התשביה. העיקרון השני כונה "הצדק האלוהי": על פי השקפתם של תומכי המעתזילה, אלוהים יצר רק טוב ומתנהל בדרך צודקת לחלוטין; לבני האדם ניתנה היכולת לקבוע את התנהלותם (עקרון התַפוויד, تفويض, הקובע כי אלוהים מייפה את כוחם של בני האדם לקבוע את מעשיהם), ועל כן בני האדם אחראים למעשיהם. במידה רבה, התורה מגבילה את אלוהים, בכך שהיא טוענת כי הוא מסוגל לבצע רק טוב. חכמי הדת השמרנים שללו את ניסיון המֻתַכַּלִמוּן המֻעתזילים לשפוט את התנהלות אלוהים בדרך רציונלית. על פי השקפתם של השמרנים, אלוהים הוא היוצר את היקום ובעל הכוח המוחלט, לפיכך התנהלותו היא התגלמות הצדק ואין צורך להצדיקה באמצעות ההיגיון. העיקרון השלישי עסק ביום הדין: בראיית המֻעתזילים רק אדם שהביע חרטה מלאה על חטאיו יוכל להגיע לגן עדן, זאת בניגוד לעמדת המורג'יאה, שטענו כי כל סוני יגיע לגן עדן. העיקרון הרביעי של המֻעתזילה היה זה שגרם למעשה לפיצולה מבית מדרשו של אבן-עטאא': המֻתַכַּלִמוּן המעתזילים האמינו כי אדם שחטא מסוגל לשוב לדרך הישר, כשאז לא ייחשב ככופר. העיקרון החמישי של האסכולה טען כי על בני האדם לדבוק בעשיית הטוב (معروف מַעְרוּף, מילולית: הדרך הטובה) ולהתרחק מהרע. על השליטים, להשקפתם של המֻעתזילה, יש להטיל את העונשים, אולם בני האדם הם אלו שצריכים לקבל את ההחלטות על מעשיהם. בעוד חכמי הדת השמרנים טענו כי החובה לדבוק בדרך הטובה צריכה להיעשות בלב האדם ועם לשונו, כלומר לגנות את הרע, טענו תומכי המֻעתזילה כי על כל מוסלמי מאמין, במקרה הצורך, צריך להשתמש גם בחרב כדי לאכוף את הטוב. עיקרון זה התיר למעשה מרידה נגד שליטים המבצעים את המגונה, זאת בניגוד לראיית המֻתַכַּלִמוּן השיעים, שטענו כי מנהיגי הקהילה (האימאמים) חסינים מפני טעות. המֻתַכַּלִמוּן המֻעתזילים האמינו כי ירושת מוחמד על ידי ארבעת הח'ליפים ישרי הדרך הייתה נכונה. תומכי המֻעתזילה נקטו עמדה שלילית כלפי שלטון בית אומיה ועמדה נייטרלית בתחילת שלטון בית עבאס עד לעליית הח'ליף אל-מאמון ב-813.
אחת מעמדותיהם השנויות במחלוקת של המֻעתזילים הייתה שאלת מקורו של הקוראן. בעוד שהמֻעתזילים גרסו כי הקוראן הוא דבר האל ונוצר על ידיו, טענו חכמי הדת השמרנים כי הקוראן הוא נצחי כמו האל. המֻעתזילים טענו כי דבר האל מייצג את אחת מפעולות האל (דיבור) שאינן נצחיות, ולא את מהות האל, שהיא נצחית.
המִחְנה.