על אף שבתקופת מלחמת העולם השנייה סבלו יהודי אלג'יריה מהיחס האנטישמי של השלטונות הצרפתיים, הדבר לא פגם בהזדהותם עם צרפת. במהלך המאבק האלג'יראי לעצמאות מצרפת, שצבר תאוצה לאחר מלחמת העולם השנייה, צידדו רוב יהודי אלג'יריה בצד הצרפתי ונמנעו מלקחת חלק בתנועה הלאומית האלג'יראית. מספר מנהיגים אלג'יראים קראו לשתף גם את היהודים במאבק הלאומי, אך יהודים מעטים נענו לקריאה.
במהלך מלחמת העצמאות של אלג'יריה, העמדה הרשמית של מוסדות הקהילה היהודית הייתה נייטרלית, והקהילה היהודית נמנעה מלצודד בגלוי באחד הצדדים במלחמה. עם זאת, יהודים כבודדים לקחו חלק בשני צדדי המלחמה, הן בחזית הלאומית לשחרור אלג'יריה, הארגון שהוביל את המאבק האלג'יראי נגד צרפת, והן ב-OAS ("ארגון צבאי חשאי"), ארגון של מתיישבים צרפתים שנלחמו כנגד עצמאות אלג'יריה וכנגד נסיגה צרפתית.
הקונגרס המוסלמי נתן הרשאה שיהודי אלג'יריה הם אלג'יראים לכל דבר והם ציפו שהפדרציה היהודית באלג'יריה תתמוך בלחימה, הקונגרס המוסלמי ציפה לתשובה ורק לאחר זמן רב נשיא הפדרציה היהודית נתן תשובה חד משמעית בנוגע לעניין ואמר שהפדרציה היהודית תישאר נאמנה לצרפת ואמר: "אתם דורשים מהיהודים לבגוד במולדת, שהם אזרחיה, וזאת בשביל לתמוך במולדת שאיננה קיימת. ברצוננו להישאר נאמנים לצרפת, לצדק ולדמוקרטיה". ב-1959 הופצה הסיסמה "אלג'יריה לאלג'יראים" וחלה מערכת אי שוויונית ואי סובלנית כלפיהם. חשש היהודים היה שכאשר מדינות ערב יתקפו את ישראל ישתמשו בהם כבני ערובה. ב־1961 החלו החזית הלאומית לשחרור אלג'יריה לתפוס תאוצה וכוח שלטוני. מקהיר יצאו הוראות סודיות בנוגע לחיים באלג'יריה - " הכו באירופאים, הכו ביהודים בשביל שיצאו מהארץ"- מכאן אפשר להסיק שהשלטון האלג'יראי ראה את היהודים ואת האירופאים כאחד, כזרים המשפעים על אלג'יריה לרעה ויש לסלקם מהארץ. מצב זה היה אחד הגורמים האחרונים לרצון יהודי אלג'יריה לצאת מהארץ.
לאורך מלחמת העצמאות של אלג'יריה נפגעו היהודים לעיתים קרובות מאלימות שכוונה כנגדם או כנגד מתיישבים צרפתים על ידי לאומנים אלג'יראים. התקפות אלה, שכללו פיגועים נגד בתי כנסת והתנקשויות באישים חשובים בני הקהילה היהודית, זעזעו את הקהילה והרחיקו אותה מהתנועה הלאומית האלג'יראית עוד יותר. כך למשל, ההתנקשות בזמר היהודי הנודע רמונד לריס (אשר היה ידוע בכינוי "שייח רמונד") ב-22 ביוני 1961 סימלה עבור רבים את תחילת הסוף של חיים יהודיים באלג'יריה. ב-1958 נחטפו ונרצחו באלג'יריה שני שליחי עלייה ישראלים.
בתחילת שנות ה-60, עם ההבנה שנסיגה צרפתית מאלג'יריה קרובה, החלה עזיבה המונית של היהודים והגירה לצרפת וישראל. יהודי אלג'יר ניצבו בפני החלטה: איך להגיב לאבדנה של אלג'יר הצרפתית ? איש לא שקל את המשך קיומה של הקהילה היהודית באלג'יריה כעצמאית ולו גם קהילה מצומצמת שכן גדול היה הפער בין האוכלוסייה היהודית למוסלמית במדינה. הניסיונות המועטים שנעשו בכיוון זה נחלו כישלון. גם ישראל כיעד לא הייתה בראש מעייניהם. יהודי אלג'יר החליטו ברובם הגדולה כי צרפת לבדה תהיה ברירת המחדל שלהם. מספר עשורים לאחר מכן כבר היו חלק מהמהגרים או ילדיהם במצב שבו יכלו לשקול את אפשרות העלייה לארץ ומאז הלך וגדל מספר היהודים ממוצא אלג'יראי שעלו מצרפת לישראל.
העזיבה הגיעה לשיאה ב-1962 כשאלג'יריה השיגה עצמאות, אז בשנה אחת עזבו את אלג'יריה כ-99% מהיהודים שנשארו בה, ביחד עם כ-1.5 מיליון מתיישבים צרפתים. בסך הכל עזבו את אלג'יריה מעל 160 אלף יהודים. רובם הגדול - כ-85 אחוזים - עזבו לצרפת ומימשו את אזרחותם הצרפתית, וכ-15 אחוזים עלו לישראל. יהודי אלג'יריה שעלו לישראל סייעו לפיתוח הארץ; מספר יישובים בארץ ישראל הוקמו על ידי בני התפוצה או שהם היו בין מתיישביהם הראשונים. יישובים אלה כוללים את מושב זוהר, עין הוד, פתחיה, בית גמליאל, צרופה, יושיביה ועוד.
נכון ל-2005, לפי ההערכה, יש בין 100 ל-200 יהודים בכל אלג'יריה.
יציאת היהודים מאלג'יריה.
ב-1956 בתחילת המרד, הקונגרס המוסלמי אישר החלטה שלאחר יציאת צרפת - היהודים יהיו אלג'יראים לכל דבר. בזמן המלחמה גם ליהודים באלג'יריה הייתה שאיפה לחיות בשלום עם העם האירופאי הצרפתי (שלקח את היהודים באלג'יריה תחת חסותם) ובנוסף לחיות בשלום עם העם המוסלמי. יחד עם כל השאיפות של נתינת אזרחות שווה ולחיות בשלום, לאחר סיום המלחמה החלום הזה התנפץ לרסיסים וכמות הדם שנשפך ממלחמה זו לא יכלה לאפשר גישור בין הצד המוסלמי ליהודים. כאשר צרפת יצאה מאלג'יריה תוך 48 שעות כך גם כל היהודים- בסופו של דבר כמאה עשרים אלף יהודים היגרו לצרפת תוך שנה אחת. מיעוט קטן לישראל אך הרוב לצרפת.
מספר סיבות גרמו לכך שיהודי אלג'יריה בחרו להגר לצרפת על פני ישראל: היהודים האלג'יראים הרגישו זיקה מאוד גדולה לצרפת והרגישו צרפתים לגמרי ולכן המעבר בשבילם לא היה הגירה אלא מעבר למולדת. יהודי אלג'יריה שהיגרו לצרפת במאה העשרים, כמו גם יהודים צפון אפריקאים אחרים, השתלבו במערך הקהילתי ועובדים במקצועות חופשיים כמו עיתונות, תקשורת ועריכת דין ובמקצועות ההייטק והרפואה.
להלן טבלת העליות של יהודי אלג'יריה לישראל:
קהילות אלג'יריה.
במאה ה-20, התגוררו מרבית יהודי אלג'יריה בשלושה מרכזים עירוניים בצפון המדינה בקרבת חופי הים התיכון; קונסטנטין במזרח, אלג'יר במרכז, ואוראן במערב. בשנות ה-50 של המאה ה-20 בכל אחד משלושת מרכזים אלה שכנה קהילה של כ-30 אלף יהודים. תחת שלטון צרפת כל אחד משלושת המרכזים הוגדר כקונסיסטוריה (ארגון קהילתי) משל עצמה, שחולשת גם על כל הקהילות היהודיות ששוכנות בסביבתה. כתוצאה מכך יהודי אלג'יריה לא היו חלק ממסגרת ארגונית אחת אלא היו מחולקים לשלוש מסגרות על-קהילתיות שונות על פי חלוקה אזורית.
מלבד שלושת המרכזים היהודיים הגדולים, שכנו קהילות יהודיות קטנות יותר גם בערים נוספות בצפון המדינה כגון תלמסאן (הקהילה הרביעית בגודלה), סטיף, בלדיה, מוסטגנם, בון, מיליאנה, בג'איה, מסקרה ועוד. רבות מהקהילות בערים אלו הן קהילות חדשות אשר הוקמו במאה ה-19 על ידי יהודים שהתיישבו בערים השונות של אלג'יריה בחיפוש אחר ההזדמנויות הכלכליות בעקבות הפרויקטים ההתיישבותיים של צרפת. כך למשל בשנים 1838–1851 לבדן הוקמו באלג'יריה 19 יישובים עירוניים חדשים על ידי צרפת, ועד מהרה בכולן צמחה גם קהילה יהודית.
קהילות יהודיות קטנות נוספות וייחודיות באופיין התגוררו בדרום אלג'יריה ובעמק מזאב, ביישובים כגון העיירה גרדאיה שמצויה בחלקו הצפוני של מדבר הסהרה. קהילות אלה נכנסו תחת שליטה צרפתית ישירה במחצית השנייה של המאה ה-19, מאוחר יותר משאר קהילות אלג'יריה.
רוב היהודים חיו בתנאים מבודדים בשכונות מסוגרות בתוך המרכזים העירוניים האלג'יראים הגדולים. כ-80% מהם השתייכו למעמד הפועלים העני, וכ-70% קיבלו סיוע ממוסדות הסעד הצרפתיים והיהודיים. המגע בינם לבין האוכלוסייה הצרפתית והאירופית בקולוניה הוגבל בעיקר לשעות העבודה, דבר שפגע והאט את תהליך האקולטורציה שלהם בחברה ובתרבות הצרפתית. כראיה לכך, מספר נישואי התערובת בין יהודים לאירופים שהתקיימו בעשור האחרון של המאה ה-19 עמד על 109 בלבד.
גילויים של היהודים האלג'יראים ב-1830 יצר בלבול בקרב הצרפתים שהתלבטו לאיזו קבוצה תרבותית ואתנית יש לשייכם. מצד אחד, קשה היה להבחין בין היהודים למוסלמים, שכן היהודים חלקו מאפיינים תרבותיים רבים עם שכניהם. הם דיברו בשפה הערבית יהודית שנשמעה באוזני הצרפתים כניב של השפה הערבית, לבשו את הבגדים הערביים המסורתיים, ואף חלקו עם שכניהם מקצת מטקסיהם הפולחניים המקומיים. מצד אחר, בניגוד לזרות המוסלמית, הצרפתים הגיעו לאלג'יריה עם ידע מוקדם אודות היהודים אותם הכירו ממרחב המטרופולין.
הזדהות יהודי אלג’יריה עם צרפת.
שני הגופים המרכזיים של ההנהגה היהודית האלג'יראית היו מוסד הקונסיסטוריה ומוסד הרבנים הראשיים האזוריים. בצמרת סניפי הקונסיסטוריה שפעלו באלג'יר עמדו בעיקר יהודים מקומיים, בעלי תפקידים חילוניים, שרבים מהם השתייכו לאליטה היהודית המסחרית שפעלה בקולוניה עוד בימי השלטון העות'מאני.
הרבנים הראשיים לעומת זאת, היו ברובם יהודים צרפתים שהגיעו מן המטרופולין והשתייכו לאליטה היהודית צרפתית. בין שני הגופים הללו נערך עימות מתמשך מאז 1870, כאשר אחת הסוגיות שהפרידה ביניהם הייתה השאלה כיצד ובאיזו מידה על היהודים לאמץ את התרבות הצרפתית וסמלי הלאום הצרפתי. הרבנים הראשיים הביעו לרוב עמדה הקוראת לרוב ליהודי אלג'יר להביע את נאמנותם המוחלטת ללאום הצרפתי, לאמץ את השפה הצרפתית ולקבל את כל חובותיהם וזכויותיהם של אזרחי צרפת. הם טענו בנוסף כי היהודים מסוגלים לאמץ את ערכיה התרבותיים של צרפת מבלי לוותר על אורח חייהם הדתי.