אף שרוב התנועות הבדלניות שקמו תמכו בביטול העבדות, היו גם קריאולים ששאפו להתנתק מן השלטון הספרדי, אך להמשיך בהחזקת עבדים. פתרון אפשרי שהוצע הוא סיפוח לארצות הברית, שבה העבדות הייתה מותרת. הרעיונות עברו לפסים מעשיים בין 1848 ל-1851, כאשר גנרל ספרדי בשם נארסיסו לופס ניסה להשתלט על שטחים בקובה, במטרה להביא לסיפוחה לארצות הברית. כוח של 600 לוחמים בפיקודו השתלט על העיר קארדנאס, אך נסוג בהיעדר תמיכה מקומית. כוח אחר, של 400 לוחמים, נחת במחוז פינאר דל ריו, אך ניגף בפני הספרדים, ולופס הוצא להורג.
בארצות הברית עצמה נמצאו תומכים לרעיון הסיפוח. כבר ב-1805 שלח בחשאי הנשיא ג'פרסון נציגים מטעמו למושל סומרואלוס, כדי שיגששו אצלו בעניין זה. באפריל 1823 העלה מזכיר המדינה האמריקני ג'ון קווינסי אדמס, לימים נשיא ארצות הברית, תאוריה שכינה בשם "תאוריית הפרי הבשל". אדמס טען כי "יש כללים של כוח משיכה פוליטי, בדומה לכללי כוח המשיכה הפיזיקלי. קובה, כשהיא מנותקת מספרד, תיפול בהכרח לזרועותיה של ארצות הברית, כשם שפרי בשל נופל בהכרח על הקרקע". רעיון הסיפוח עלה בקנה אחד גם עם דוקטרינת מונרו, שפרסם הנשיא ג'יימס מונרו, בהשפעתו של אדמס, בדצמבר אותה שנה. אחד מסעיפיה המרכזיים של הדוקטרינה נשא את הכותרת "אמריקה לאמריקאים", ולפיה ארצות הברית תתנגד לכל נוכחות אירופאית-קולוניאלית ביבשת אמריקה.
המאבק לעצמאות.
בסוף המאה ה-19 ניהלו תושבי קובה שלוש מלחמות במטרה להשיג עצמאות: מלחמת עשר השנים (1878-1868), המלחמה הקטנה (1880-1879) ומלחמת העצמאות, המכונה גם "מלחמת 1895" (1898-1895). בסופו של דבר הושגה העצמאות רק לאחר התערבות של צד שלישי, ארצות הברית, במהלך מלחמת ארצות הברית–ספרד.
מלחמת עשר השנים.
בשנות ה-60 של המאה ה-19 פקד את קובה משבר כלכלי, שהגיע לשיאו בשנים 1867-1866. חרף המשבר, הממשל הקולוניאלי המשיך לגבות מיסים גבוהים, שרובם המכריע כלל לא הושקע בקובה עצמה, אלא שימש את מנגנוני השלטון או הועבר לספרד. באותה העת היוו הספרדים 8% מהאוכלוסייה, אך החזיקו בלמעלה מ-90% מההון. נוסף על הפערים הכלכליים, היו גם פערים פוליטיים - רוב תושביה של קובה היו נטולי זכויות פוליטיות, והיו חסרי יכולת להשפיע על הנעשה בה.
ביולי 1867 הוקם ארגון בדלני חדש, שנבדל מקודמיו בזהות מקימיו: בהנהגתו נמנו כמה מעשירי בעלי המטעים בקובה, בעיקר מאזור ביאמו ומנסניו שבמחוז אוריינטה, בהם פרנסיסקו ויסנטה אגילרה וקרלוס מנואל דה סספדס, שהיה לדמות הבולטת בו. ב-10 באוקטובר הגיע סספדס לעיירה יארה, בין ביאמו למנסאניו, שחרר את עבדיו, וקרא להם להצטרף אליו למאבק למען עצמאות קובה. קריאתו, שנודעה בשם "Grito de Yara" ("קריאת יארה"), סימנה את פרוץ המלחמה. רבים באוריינטה נענו לקריאתו. בתוך ימים ספורים השתלטו כוחות מורדים על שמונה עיירות באוריינטה, ועד סוף החודש מנו הכוחות כ-12 אלף לוחמים. בהמשך, הצליחו המורדים אף להחזיק בביאמו למשך שלושה חודשים. הקרבות אף גלשו גם לקמגואיי ולמחוז לאס ויאס (מחוז ויה קלרה של ימינו), אך לא הגיעו להוואנה ולמערב האי.
המורדים לא הסתפקו בפעילות צבאית, ובאפריל 1868 התכנסה בקמגואיי אספה מכוננת שהורכבה מנציגי האזורים שנטלו חלק בקרבות, שהכריזה על כינונה של רפובליקה בראשותו של סספדס. הממשל הקולוניאלי הגיב להתרחשויות ביד קשה, ובין היתר קבע מדיניות לפיה מנהיגי המורדים ומשתפי הפעולה עמם שיילכדו - יוצאו להורג מיד, כמו גם צוותי ספינות הנושאות נשק וגברים מעל גיל 15 שיימצאו מחוץ למקום מגוריהם או למטעים בלא הסבר. כמו כן, נצטוו הערים ברחבי קובה להניף דגלים לבנים או שיועלו באש.
המלחמה נמשכה עשר שנים, ואף צד לא הצליח להגיע להכרעה חד משמעית. בסופו של דבר הייתה ידם של הספרדים על העליונה. לכשלונם של המורדים היו כמה גורמים: מחלוקות פנימיות, בעיות ארגוניות ומחסור במשאבים, היעדר תמיכה במערב האי, התנגדות אמריקאית לרעיון העצמאות (ארצות הברית אף סיפקה נשק לספרדים) וכן הצלחת הספרדים בהטמעת החשש לפיו יופר האיזון בין שחורים ללבנים, שהביא לירידה בתמיכת הלבנים במורדים. עם סיום המלחמה הקרליסטית השלישית ב-1876, יכלו הספרדים להפנות כוחות נוספים לקובה, ומספר החיילים שהציבו באי הגיע לכרבע מיליון.
ב-10 בפברואר 1878 נכנעו המורדים, וחתמו על הסכם סאנחון (Zanjón), שבו הכירו בבלעדיות הריבונות הספרדית בקובה. למורדים היו מספר הישגים בהסכם - הספרדים הסכימו לאפשר את קיומן של מפלגות פוליטיות, לאפשר חופש עיתונות והתארגנות, כל עוד אינם מופנים נגד ספרד, לשחרר את כל העבדים שהשתתפו בלחימה נגד ספרד וכן חלק מהמורדים שנאסרו על ידם.
בנוסף, הטילו הספרדים איסורים ומגבלות על החזקת נשק, ובכך הקשו על התארגנויות עתידיות.
המלחמה הקטנה.
לא כל מנהיגי המורדים הסכימו לחתום על הסכם סאנחון, אף שבסופו של דבר הניחו גם הם את נשקם. אחד מהם, קאליקסטו גארסיה, נסע לניו יורק, והחל בהתארגנות למרד נוסף בספרדים. ב-26 באוגוסט 1879 ניצתה האש מחדש, בעיירה לה ריוחה, הסמוכה לאולגין. המורדים נתקלו בקשיים דומים לאלה שנתקלו בהם קודמיהם במלחמת עשר השנים. לקשיים אלה נוספו קשיים נוספים: היעדרם של מנהיגים צבאיים מנוסים והיעדר תמיכה בציבור, שהיה מותש מהמלחמה הקודמת. בספטמבר 1880 נכנעו המורדים, ובאי נשמר השקט למשך 15 השנים הבאות.
בין המלחמות.
במהלך שנות ה-80 של המאה ה-19 חוותה קובה מספר שינויים חברתיים חשובים. באוקטובר 1886 בוטלה העבדות (קובה הייתה אחד המקומות האחרונים בחצי הכדור המערבי בהם בוטלה העבדות, ורק בברזיל נותרה העבדות לשנתיים נוספות), ושחורים רבים היו עתה לחלק ממעמד הפועלים בערים או לאיכרים באזורים הכפריים. בתוך כך, קובנים עשירים רבים ירדו מנכסיהם, ומעמד הביניים התרחב. ההתפתחויות הטכנולוגיות הביאו לכך שמספר טחנות הסוכר הצטמצם באופן דרמטי, וכעת רק בעלי מטעים עשירים וחברות גדולות יכלו להחזיק מפעלי סוכר משל עצמם. בעלי המטעים הקטנים נטשו את גידול הסוכר, והחלו לעסוק בחקלאות שנועדה לספק את צורכיהם.
תהליך נוסף שעברה קובה בתקופה זו הוא התגברות המעורבות האמריקנית. האמריקאים החלו לא רק לרכוש סוכר וטבק, אלא גם להשקיע בעסקים אלה, וכן בכרייה. ב-1895 עמד היקף ההשקעות האמריקניות בקובה על כ-50 מיליון דולר. אף שקובה הייתה עדיין מושבה ספרדית, בשלב זה היא הייתה תלויה במידה רבה בארצות הברית.
אף שהאש שככה בתקופה זו, רעיון העצמאות לא נזנח, וכמה ממנהיגי מלחמת עשר השנים נקטו צעדים לקראת חידוש המאבק לעצמאות. חוסה מארטי, שגורש לספרד בתום מלחמת עשר השנים, הגיע לארצות הברית ב-1881 והחל לנסות להשיג תמיכה מגולים קובניים שהתגוררו בטמפה ובקי וסט. במקביל, עסק בשדלנות נגד רעיון סיפוחה של קובה לארצות הברית, שקנה לו תומכים בקובה ובארצות הברית, ובהם אף מזכיר המדינה האמריקני, ג'יימס בליין. לאחר מכן ניהל מגעים עם תנועות פטריוטיות בארצות הברית, אמריקה הלטינית והאיים האנטילים, וב-10 באפריל 1892 הקים את המפלגה הקובנית המהפכנית ("El Partido Revolucionario Cubano"), ששמה לה למטרה להשיג עצמאות בקובה ובפוארטו ריקו.
מלחמת העצמאות.
ב-24 בפברואר 1895 פרצו מהומות בכל רחבי קובה. ההתקוממויות במזרח האי נחלו הצלחה יחסית. במרכז האי המהומות דוכאו במהרה, ומנהיגיהן נעצרו. חלקם הוצאו להורג וחלקם הוגלו. ההתקוממויות בהוואנה נחשפו עוד בטרם החלו, ובשל כך הוחלט להשהות את ההתקוממות בפינאר דל ריו.
חוסה מארטי החל לעשות את דרכו חזרה לקובה, וב-25 במרץ נשא בסנטו דומינגו את הכרזת מונטקריסטי ("Manifesto de Montecristi"), במטרה להתוות את קווי המתאר של המאבק לעצמאות:
בראשית אפריל הגיעו לקובה ראשי המהפכנים: אנטוניו מאסאו נחת בברקואה, ואילו חוסה מארטי ומאקסימו גומס - בפְּלָאיִיטָס. באותה העת עמדה מצבת החיילים הספרדים בקובה על כ-80 אלף, מהם כ-60 אלף מתנדבים מקומיים, שעסקו בעיקר בתפקידי שיטור. מארטי, שנחשב לאבי האומה הקובני לצד סספדס, נהרג כבר בראשית המלחמה, ב-19 במאי, ולא זכה לראות את קובה זוכה לעצמאות. את המלחמה המשיכו להנהיג מאסאו וגומס.
בספטמבר התכנסו ראשי המורדים בחימגואיו (Jimaguayú) הסמוכה לקמגואיי, וניסחו את "חוקת חימגואיו". במסמך זה כוננו ממשל מרכזי, בראשות סלבדור סיסנרוס וברתולומה מאסו, ששימש הן כרשות מבצעת והן כרשות מחוקקת.
האיסור על החזקת נשק הקשה על המורדים, ואף ניסיונות להבריח נשק מחו"ל לא צלחו ורובם סוכלו בידי הספרדים או האמריקאים. למעשה, מתוך 71 ניסיונות הברחה צלחו רק 27. אף שהיו בממשל האמריקאי מי שסברו שיש לתמוך בקובנים, העברת הנשק הייתה בניגוד לחוקי ארצות הברית, והאיסור נאכף בידי משמר החופים האמריקאי. המחסור בנשק הביא את המורדים לאמץ שיטות גרילה, המבוססות על מתקפות פתע של פרשים חמושים במצ'טות. חלק מהפשיטות על בסיסי הספרדים נועד לגנבת נשק.
בדומה למלחמת עשר השנים, עיקר הצלחותיהם של המורדים היו במזרח - באוריינטה ובקמגואיי. כדי למנוע את זליגת הקרבות מערבה, ביססו הספרדים רצועת ביטחון, הטְרוֹצָ'ה, באורך 80 ק"מ וברוחב 200 ק"מ. לאורך הרצועה, בין חוקארו בדרום לבין מורון בצפון, הוקמה מסילת ברזל, עליה נעו כלי רכב משוריינים. לאורך המסילה הוקמו ביצורים, עמדות, גדרות תיל ומלכודות. הטרוצ'ה לא השיגה את מטרתה, והמורדים הצליחו לחדור אותה בכמה מקומות. ב-22 בינואר 1896, הגיעו כוחות המורדים לקצהו המערבי של האי, נקודה שלא הייתה לה חשיבות אסטרטגית, אך היה זה הישג בעל חשיבות סמלית ופסיכולוגית.