לאחר שנים שבהן כיכר ספרא לא תססה מפעילות עירונית, אלא שימשה לכל היותר למעבר מהחניון התת־קרקעי אל בניין העירייה, הוחלט על פרויקט לחידוש הכיכר. האדריכלים חיוטין ושטרסבורגר זכו בתחרות האדריכלים שיזמה עיריית ירושלים. הצעתם כוללת תוכנית לשנוי דפנות הכיכר ולהחליף את מחלקות העירייה בחנויות מסחריות.
הקמת קריית העירייה.
לאחר אישור תוכנית ניב, החלה העירייה, בשנת 1985 בהליכי בחירת היזם שיבנה את הפרויקט. בשנת 1986 זכתה במכרז ההקמה קבוצת האחים רייכמן. בשנת 1988 נחתם הסכם לפיו החברה תספק מימון עבור הפרויקט בסך של 30,000,000 דולרים אמריקאיים אשר יינתנו כהלוואה לשלושים שנה.
ב-23 ביוני 1988 נערך טקס הנחת אבן הפינה להקמת קריית העירייה בנוכחות טדי קולק, נשיא המדינה חיים הרצוג ורעייתו אורה, ממלא מקום ראש הממשלה שמעון פרס, השר יצחק חיים פרץ, הרב הראשי של ירושלים יצחק קוליץ והיזמים דב ואדוארד רייכמן.
החלטות בדבר הריסה ושימור של מבנים היסטוריים.
ביולי 1988 התבקש האדריכל דוד קרויאנקר להכין סקר מפורט של מבני מגרש הרוסים ואתר הבנייה, על מנת לסקור את המבנים בעלי ערך ארכיטקטוני או ערך היסטורי הראויים לשימור (וזאת על פי עקרונות תוכנית ניב, אך ללא קשר להמלצותיה). קרויאנקר המליץ לשמר שני בניינים אשר במסגרת תוכנית ניב הוחלט להרסם: בניין הבייגלמאכער בסמטת יוחנן מגוש חלב ובניין אביחיל. לעומת זאת, הסקר המליץ על הריסת בית סיטון אשר במסגרת תוכנית ניב נועד דווקא לשימור. בין היתר, המליץ קרויאנקר לבנות קומה נוספת לבניין עיריית ירושלים ההיסטורי (שכן קומה זו תוכננה על ידי קליפורד הולידיי ולא נבנתה מחוסר תקציב) - הצעה זו לא נתקבלה. כמו כן קרויאנקר המליץ לשמר את מבנה השער הדרומי של מגרש הרוסים, שתוכנן על ידי האדריכל אלקסי פרנג'יה בשנת 1890, תוך העתקתו למיקום צפוני יותר (אחרת היה השער באמצע כיכר ספרא). המלצה זו התקבלה.
הכנת תוכניות אדריכליות מפורטות.
חברת היזמות רון החליטה באוגוסט 1988 לבחור באדריכל הקנדי ג'ק דיאמונד לתכנן את מבני קריית העירייה החדשים, אולם לבסוף הוחלט כי מספר אדריכלים יתכננו את המבנים - תכנון בניין מועצת העיר הועבר למשרד האדריכלים של האדריכלים אמיר קלוקר, עופר קלוקר ורנדי אפשטיין (שזכו בתחרות לתכנון בניין בית המשפט העליון בפרס שני), והתוכניות לשיקום ושחזור המבנים האחרים בכיכר הועברו לידי משרדי האדריכלים של פיטר בוגוד, יוניס פיגרדו ואסתר ניב (שתכננו את שיקום הקארדו שברובע היהודי), ומשרדם של נחום מלצר וגיא איגרא (שתכננו את שיקום שכונת נחלת שבעה).
משרד בוגוד הציע תוכנית בה משרדי העירייה יעמדו בזווית של 45 מעלות לכיכר, וכן שני צירים למעבר בכיכרות (האחת מהם חוצה את בניין הבייגלמאכער), ואילו משרד מלצר-איגרא הציע תוכנית בצורת האות "ר" לבנייני העירייה, סביב כיכר העיר, וכן הציע בניית מגדל בחזית בניין העירייה ההיסטורי. משרד קלוקר- אפשטיין הציע בניין אחד מארך במזרח הכיכר. משרד דיאמונט הציע תוכנית הבונה שני גושים של בניינים - האחד מצפון לכיכר, והאחר מדרום לו, כאשר במרכז הקומפלקס תיבנה כיכר בגודל 4,000 מ"ר (50 מטרים על 80 מטרים).
התוכניות השונות הוצגו לצוות ועדת ההיגוי ב-29 בנובמבר 1988 ובפני ראש העיר טדי קולק ב-2 בדצמבר 1988. ב-19 בינואר 1989 הוצגו התוכניות לציבור הרחב. היתרי הבנייה התקבלו בפברואר 1990 לאחר שהתוכניות עברו מספר שינויים בשל ביקורת ציבורית על היבטים שונים של הפרויקט. תוכניתו של דיאמנט זכתה בפרס שהוענק לו על ידי ביטאון האדריכלים הקנדי ("The Canadian Architect Magazine") בשל "השילוב בין הישן והחדש בצורה אורגנית, ותכנון מבנים מודרניים תוך התאמתם לעולם הצורות הירושלמי ללא קלישאות".
פינוי השטח והחפירות הארכאולוגיות.
הכנת השטח להקמת קריית העירייה החלה בספטמבר 1988. לפני תחילת העבודות נערכו באתר קידוחי עומק על מנת למפות את השטח ואת החפירות והחציבות הנדרשות. במסגרת קידוחים אלה התגלה שפני הסלע הטבעי מצויים בין מטר אחר למטר ומחצה מתחת לפני הכיכר - דבר שהבהיר כי לא יידרשו חפירות ארכאולוגיות נרחבות מאחר שפני השטח קרובים לסלע הטבעי. המתכננים חששו כי במקום יתגלו שרידיה של החומה השלישית שבנה המלך אגריפס הראשון בשנים 41–44 לספירה, אולם שרידי החומה לא התגלו.
בחפירות ההצלה שנערכו במקום על ידי הארכאולוגים דן בהט ואהרון מאיר התגלו שרידי מבנה מהתקופה הצלבנית. ככל הנראה היו אלה שרידיו של בית מצורעים ומנזר על שם אלעזר הקדוש (לזרוס). מבנים אשר היו ידועים ממפות מתקופת ימי הביניים באזור זה ולא נתגלו קודם לחפירות אלה. עוד נתגלו במקום שרידים של ח'אן שנבנה על ידי הסולטאן הממלוכי ביברס. מרבית האבנים של מבנים אלה נלקחו לשימוש חוזר בעת בניית מגרש הרוסים ולכן לא נותרו שרידים רבים מהמבנים.
עוד התגלו באתר ידית של קנקן מתקופת המלך חזקיהו, מהמאה השמינית לפנה"ס עליה כתוב "למלך שוכה", ידית של כלי חרס מהמאות התשיעית או השמינית לפנה"ס שיובא לארץ ישראל מקפריסין (ממצא נדיר בירושלים), וכן ידית של קנקן מהתקופה ההלניסטית ועליה הכיתוב "יהד" - ככל הנראה מדובר בקנקן שנחתם בחותמת רשמית של המדינה החשמונאית.
הריסת בית סיטון, בניין הבייגלמאכער ופינוי שער מגרש הרוסים.
בניין הבייגלמאכער נהרס ברובו בראשית שנת 1991 ובמקום בוצעה חפירת הצלה ארכאולוגית על ידי הארכאולוגים אלון זהבי ובביאנה איטונים. במקום התגלו שרידים נוספים של בית החולים על שם לזרוס שהתגלו על ידי דן בהט ואהרון מאיר. ככל הנראה, בעת בניית בניין הבייגלמאכער, בשל הקרבה אל הסלע הטבעי, נהרסו כל השרידים הארכאולוגיים במקום.
בהתאם להחלטה להרוס את בית סיטון, ועל אף התנגדויות החברה להגנת הטבע והמועצה לשימור מבנים ואתרי התיישבות, נהרס המבנה בלילה שבין ה-21 בספטמבר וה-22 בספטמבר 1989 על ידי חברת הלויים, על מנת לפנות מקום לכיכר המתוכננת. כל אבן ואבן מאבני שער מגרש הרוסים שהוחלט לשמרו מוספרו, שני מבני השומרים משני צידי השער נהרסו בשנת 1989 ואבני השער הועברו לאחסנה. במאי 1992 נבנה השער מחדש, בלא מבני המשמר, בין בניין מועצת העירייה החדש ובין בניין אביחיל.
הקמת החניונים התת-קרקעיים.
עבודות חפירת החניונים החלה עוד לפני קבלת היתר הבנייה לבנייני העירייה. החפירה החלה במרץ 1989 ונמשכה כשנה. במסגרתה הוצאו כ-150,000 קוב אדמה וסלעים. הבניינים בשולי אתר החפירה (בניין הזואולוגיה, בית ברגהיים האחורי ובניין אביחיל) חוזקו באמצעות עמודי בטון ופלדה וכלונסאות פלדה הוכנסו אל מבנה הסלע שמתחת לבניינים. החפירה בוצעה על ידי חברת "הלויים" בפיקוח חברת "רון הנדסה".
עמודי חניון המבנה, שעומקו חמש קומות תת-קרקעיות, נוצקו בתוך תבניות פלדה שיוצרו על ידי חברת "שבא" הבאר-שבעית. בין כל זוג עמודים הונחו קורות בטון טרומיות (שנבנו באתר אחר) שאורכן 8.1 מטרים ומשקלן 5 טונות. על הקורות הונחו פלטפורמות התקרה העשויות בטון דרוך (pre stressed concrete). במקביל לבניית החניון החלה בספטמבר 1990 בניית המקלטים בבניין המשרדים המשני של העירייה (הבניין שנמצא דרומית מזרחית לכיכר). המבנים התת-קרקעיים הושלמו עד סוף ספטמבר 1990, וזאת על אף הקשיים להביא פועלים מהשטחים בשל האינתיפאדה הראשונה. עמודי הבטון שנוצקו סותתו על מנת להיראות כעמודי אבן בשטחים שמעל הקרקע.
הקמת הבניינים שמעל פני הכיכר.
שלד בניין מועצת העיר הוקם תוך 19 חודשים. המבנה נבנה על ידי הקמת רשת עמודי בטון עגולים בקוטר של 60 ס"מ לכל עמוד; כותרות העמודים הן בגודל 90 ס"מ על 90 ס"מ. העמודים ניצקו במרווחים קבועים של 8.1 מטרים בין עמוד לעמוד, וביניהם הונחו קורות של בטון דרוך שהוכנו קודם לכן. על הקורות הונחו לוחות טרומיים של בטון דרוך, שצופו בשכבת בטון שחיזקה את הלוחות. שטח משטחי הלוחות הכולל בבניינים הוא כ-30,000 מ"ר.
באוגוסט 1991 החלו לבנות את קירות האבן החיצוניים של המבנים, והאדריכל דיאמונד ביקר במקום ווידא אישית שגוון האבנים יהיה אחיד (ואף דרש מהקבלנים לבנות שוב ושוב חלקים מהקירות שהגוון שלהם לא היה אחיד). כיפת מועצת העירייה הוקמה במרץ 1992. ראשית נבנתה שבכת המתכת שקוטרה 16 מטרים, ולאחר מכן צופתה הכיפה בלוחות דיקט, ואלה כוסו בלוחות בידוד וצופו לוחות נירוסטה. אף על פי שמלחמת המפרץ שהתחוללה בין ה-16 בינואר וה-28 בפברואר 1991 וכן שלג כבד בשנת 1992 האטו את עבודות הבנייה, ב-24 במרץ 1992 הושלמה בניית שלד הבניין.
ביולי 1992 פורקה החזית המערבית של בניין הביגלמאכער (שנועדה לשימור), ונבנה, במקומו של המבנה הישן, מבנה חדש שגובהו שלוש קומות ובמרכזו מעבר. חזית המבנה הישן שולבה במבנה החדש. הרחבה המרכזית נבנתה בחודשים ספטמבר - אוקטובר 1992. הרחבה חופתה בשתי וערב של אבני גרניט בגדלים שונים ובצבעים שונים - 27% משטחי הרחבה באבני גרניט אדומה שהובאו מבברזיל. כ-36% משטחי הרחבה באבני גרניט אדומות שהובאו מהודו וכ-36% נוספים באבני גרניט בצבע צהוב-אפור שהובאו מברזיל. האבנים נחתכו במפעל באיטליה והריצוף בוצע בפועל על ידי אומני ריצוף איטלקיים.
מבנה הכיכר.
כיכרות ציבוריות.