במחנה 3 היו האסירים לחלק מ"כוח העבודה של יאסנובאץ", שהושם תחת פיקודו של המהנדס הינקו דומיניק פיצילי. הכוח חולק ל-16 פלוגות עבודה: "מפעל הלבנים", "מסגרים", "פלוגת חווה", "פלוגת ספרים", "פלוגת נגרות", "פלוגת חשמלאות", "פלוגת בנייה" ועוד. קשות במיוחד היו עבודות במפעל-הלבנים: היה צורך לחצוב, לסחוב, לעצב ולארגן מאות ואלפי לבנים. גם עבודת הנפחות הייתה קשה, מפני שמסגרים רבים עבדו בפרך ב"מפעל השרשראות" וייצרו את כלי הנשק של האוסטאשים. כשהמחנה עמד על תלו לא הייתה לפלוגת הבנייה עבודה רבה, אך בשיא החורף היה צורך לחזק את הדייק של המחנה 3 באופן דומה לזה שהיה במחנות הראשונים. לפי העדים (בהם צדיק דאנון, בוריסלאב שבה ועוד רבים), האוסטאשים הזדיינו באלות משוננות ושאר כלי-עבודה קהים, והכו בהם את האסירים שעבדו מעלות-השחר עד הלילה (בעוד שהעבודה ארכה לרוב 11 שעות בשאר המקומות) ואת המתים והגוססים קברו בדייק. הגוססים נקברו חיים. העדה מארה צ'בטקו העידה במשפטו של דינקו שאקיץ', כי כעובדת חווה אף היא הועסקה בפרך, שכן הקבוצה שלה הוצאה מן המחנה לעבודות חוץ בחוות במלאקה ויאבלאנאץ, לכן צריכים היו לצאת לפנות בוקר לרוץ מרחק מילין רבים רק כדי להגיע לאתר, שממנו שבו באישון לילה. קבוצות שעבדו בפחות עמל כללו את החייטים והסנדלרים, שהועסקו בבניין גדול באזור המזרחי של המחנה, שלימים שימש כמחנה נשים. כמו כן לספרים ניתנו תנאים טובים יותר, שכן במסגרת עבודת נאלצו להסתובב סביב במחנה ולספר אסירים וקצינים, והוקנה להם בכך חופש תנועה יחסי. אסירים אחרים עבדו בלשכה ותיאמו את העבודות בין הפלוגות האחרות. פלוגת תחזוקה עבדה בניקיון וסידור הצריפים ואחר כך בביצוע עבודות דחק סביב למחנה. לכל פלוגה היה אסיר אחראי שהיה "לוגורניק" (Logornik, אחראי מחנה) ותחתיו גרופניקים (Grupnik, ראש-קבוצה) ושטוטניצים, שהיו אחראים על קבוצות של אסירים. הגרופניקים של קבוצת האחזקה היו אחראים על הבלוקים השונים, ואילו השטוטניצים על הצריפים השונים. האסירים הושכמו ב-5 לפנות בוקר, וב-6 נערך מסדר שבו התמיינו האסירים לקבוצות העבודה שלהם. ב-12 הייתה הפסקת צהריים ובה ארוחת-צהריים וזמן קצוב לעשיית צרכים - עד השעה אחת בצהריים, וממנה והלאה עד השעה 18:00. בשמונה בערב הוטל עוצר לילה, והיציאה נאסרה. בלילות חשוכים פחות ניתן היה לצאת ללטרינות גם בשעות 10–11 בליווי חמוש, תוך כדי השפלה ומכות. כמו כן, היו נוהגים להתעלל באסירים בכך ש"ההופעות הציבוריות" (מסדרים) לצפייה או הסלקציה לענישה ציבורית נעשו בלילה לאחר שעות העבודה. כמו כן, המשיכו להעביד אסירים בעבודות ללא כל תכלית, ולעיתים היו מעירים אותם בלילה למסדר, וכשהיו יוצאים היו מוכרחים לרוץ במעגלים תוך כדי הכאה מצד השומרים.
מצבם הנפשי של האסירים.
במחנה הריכוז התעוררו תגובות נפשיות כמו הזיות, חלומות בהקיץ, סיוטי לילה, חרדה ופרנויה, והיעדר שליטה עצמית.
הרכוש והלבוש של האסירים.
רכושם ובגדיהם של האסירים נלקחו מהם, והם קיבלו כותנות אסירים בלויות ודקות. לאסירים ניתנו מעילי גשם דקים בחורף, וכן ניתנה להם האפשרות להכין נעלי בית קלות. כן ניתנה קערת מזון אישית, שהאחריות לשמירתה הייתה בידי האסיר; גודלה היה כשל ספל גדול ותכולתה 400 גרם. במשך הזמן היו הקערות מתלכלכות או נגנבות לצורך עשיית צרכים. רק לקראת ועדת-עיתונאים שהגיעה למחנה קיבלו האסירים קערות כפולות בגודלן וכפות אישיות. לכבוד בואה של ועדת-העיתונאים הונהגה במחנה שיטת תיוג למטרות זיהוי, כמו במחנות הריכוז הנאציים. תחילה סומנו האסירים בצבעים: צהוב – יהודים, כחול – סרבים, ואדום – קומוניסטים, בעוד מוסלמים צוינו בירוק ולצוענים לא היה סימון כלל. לתגים נוספו סימנים כמו טלאי-פח צהוב ועליו האות Z ליהודי. לכל הטלאים הוספו מספרים-סידוריים גבוהים (כדי ליצור את הרושם שאסירים רבים עברו במחנה ושוחררו) עם אות סופית: Z – יהודים, S – סרבים, ו-H – קרואטים. כמו כן, קיבלו האסירים לביקור כומתות, שאותן חויבו להסיר ולעמוד דום כשהם מציבים אותן לפני החזה (תנוחת "הקשב", בלשונו של דאנון). בלילה ניתנו לאסירים שמיכות, אך אלו היו דקות, שורצות טפילים ולא הספיקו לכל האסירים. את כל הציוד האישי הניחו האסירים בסוף הצריף או תחת הדרגש, ועם שחר חויבו לארגן אותו, במהירות ובדיוק.
רצח ועינויים.
פעולות הרצח והאכזריות הגיעו לשיאן בסוף קיץ 1942, כאשר כ-16,000 כפריים סרבים גורשו ליאסנובאץ מאזור הלחימה נגד הפרטיזנים בהר קוזארה (כיום ברפובליקה סרפסקה שבבוסניה). רוב הגברים נהרגו ביאסנובאץ, הנשים נשלחו לעבודת כפייה בגרמניה, והילדים נלקחו מאמותיהם, חלקם נרצחו, והשאר פוזרו בבתי יתומים ברחבי המדינה.
בליל 29 באוגוסט 1942 נעשו הימורים בין שומרי הכלא, מי מהם יוכל להרוג מספר גדול יותר של אסירים. אחד השומרים, פטר ברזיצה, שיסף את צווארם של 1,360 אסירים עם סכין קצבים מיוחדת שכונתה סרבוסייק ("חותך-סרבים") או "שוסעת-גרונות". כמי שהוכרז כמנצח בתחרות, הוא זכה בתואר "מלך חותכי הצוואר", והוענקו לו מתנות שונות כפרס. גם השומרים האחרים רצחו כחלק מהתחרות: מילאן פריגאנוביץ' טען שהרג בעצמו כ-1,100 איש, ובהם פולני ווקאסין שאותו הכריח לברך את אנטה פאבליץ', וכשהלה מיאן, חתך פריגאנוביץ' את אוזניו, לשונו, ואז את עיניו, לבו וגרונו. לפניו, שני הסוהרים האחרים: אנטה זרינושיץ' ופלוני בשם סיפקה, הרגו כמה מאות אסירים. לפי מקור אחד מתו בחיסול הגדול שבלילה ההוא כ-10,000 סרבים. ייתכן שזוהי הגזמה, אך היא אינה רחוקה מאוד מהמציאות. באופן דומה, היו מקורות ששינו במספר ההרוגים שמתו מידיו של ברזיצה, כגון 1,500 או 1,450.
מעשי הרצח במחנה בוצעו כמעט בכל כלי שהיה בהישג ידם של המרצחים. מלבד ירי, תלייה, הטבעה, חנק, שרפה או קבורה בחיים, חנק בגז (מחנה סטארה גראדישקה) וכדומה, השתמשו האוסטאשים לרצח ולעינויים גם בפטישים ומקבות, בסכינים, באתי חפירה, במסורים ידניים, במכבשות, בקדירות, במי-קרח, במלח, במחטים (שהוחדרו תחת הציפורניים) ובהפחתת מינוני המזון והשתייה שניתנו לאסירים מסוימים עד מותם האִיטי. אחד העינויים האכזריים ביותר היה החדרת חולדות למעי הקורבנות. פשעים רבים תועדו בדו"ח מטעם ועדת החקר הממלכתית של קרואטיה. השימוש בכלי מלאכה אלו במקום בשיטות "מכניות" – כמקובל במחנות הנאציים – חסך "בזבוז מיותר" של גז, חשמל או קליעים על האסירים בני "הגזעים הנחותים". לפי העד שוורץ, מעשי רצח בוצעו במחנה באופן חופשי במפוזר, ללא התחשבות במקום ובנוכחות אסירים, לפי גחמות או בחמת-טירוף, או גם בבדיחות-הדעת. רק לאחר ביקור הוועדה הבינלאומית, הושלט סדר ומשמעת והרצח בוצע בעיקר בגראדינה או בתלייה "מסודרת". אך עם זאת, רצח ועינויים המשיכו להתבצע סביב המחנה. כשנשאל בוריסלאב שבה האם ראה מקרי רצח במחנה, ענה: "איך יכולתי שלא לראות?!". ב-1943 הורחק הרצח מעיני האסירים עוד יותר.
במחנה בוצעו עינויים איומים באסירים, במחסן שלפי ועדת-החקר הממלכתית שימש לאחסון פעמונים שבורים של כנסיות אורתודוקסיות, ואחר כך כמחסן פחם, ומכאן שמו – "זבונארה" ( "פעמונייה"). שם הוחזקו אסירים שנידונו בסלקציה להוצאה להורג, בטרם נתלו או נרצחו. ראשית הם עונו ברעב: האוסטאשים החזיקו אותם במבנה הזעיר ונתנו להם קערית-מרק בודדת ליום כמעט ללא מזון מוצק, כשהמרק תובל באבקת חזרת כדי להגביר את הצימאון והרעב. מים ניתנו לאסירים במשׂורה, לא היו להם תנאים סניטריים, מגע עם אנשים, אור יום או מרחב תנועה, והכותנות שלהם הלבינו מכינים.
המחנה יאסנובאץ כמחנה השמדה ראשי.
אופי הרציחות שהיו נהוגות במחנה גרמו למקום להשתייך למעשה לקבוצת מחנות ההשמדה העיקריים, והוא למעשה מחנה ההשמדה הראשי היחיד שלא היה על אדמת פולין. אלו שנידונו לשהייה של שלוש שנים במחנה נרצחו במקום, ועִמם כל האנשים החלשים והזקנים, הנשים והטף, וגברים שלא היה להם משלח-יד או שלא ניתן היה לשכנם במחנה. אסירים שלא נגזר דינם חוסלו עם "אסירי שלוש-השנים". המיונים היו נמשכים מספר ימים, שבמהלכם היו נערכים מסדרים וסלקציות של שתי הקבוצות: הוותיקים והחדשים, עד ששתיהן היו מצטמצמות כך שניתן היה לשכן את הנותרים במחנה.
אתרי ההשמדה במחנה.
ההשמדה בוצעה בעיקרה באמצעים ידניים במספר אתרים מרכזיים:
האוסטאשים השתמשו גם בשיטות "מכניות" כמו אלו שנהגו הנאצים להשתמש בהן במחנות ההשמדה שלהם בפולין:
המחקר ההיסטורי.
קיימות הערכות שונות בנוגע למספר הקורבנות שמתו במחנה, אך קיים חוסר בהירות בעיקר עקב העדר רישום מדויק, ובשל האינטרסים השונים שמעורבים בכך. מספר הקורבנות נע בין 30 אלף לפי ההערכה הממעיטה, ל-1,400,000 לפי הגדולה ביותר. האומדנים האמיתיים הם בין 85,000 ל-500,000, והאמינים ביותר: בין 100,000 לבין 500,000 (ראו מקורות בהמשך הפסקה). ההערכה נעה בדרך כלל בין עשרות אלפים – המספר המקובל יותר כיום – לבין מאות אלפים, שהייתה הערכה המקובלת עד שנות ה-90. ההערכות מסתמכות או על מקורות סרבים, הרוצים להאמין שמספר קורבנות המחנה היה גדול יותר וכך גם גודל אחריותם של הקרואטים, המוסלמים והוותיקן, ומאידך על מקורות קרואטיים, החפצים למזער את מספר הקורבנות מתחת לגבולות ההיגיון. מקורות מערביים תומכים במקורות הקרואטיים, ואילו מקורות יהודים מעמידים אותו על מספרים גבוהים יותר.