בשנת 1990 התמודד המודיעין הימי עם אחת הפרשיות המורכבות והמסובכות שידע אי פעם. מדובר בסיכול פיגוע שנועד להתבצע באמצעות אונית-אם, ועליה שש סירות מהירות החמושות במטל"רים, מקלעים טילי כתף נ"מ, ו-17 מחבלים אשר תוכנן לפגוע בתל אביב. הניסיון נעשה על ידי ארגון החזית לשחרור פלסטין של אבו עבאס ובסיוע צמוד של הקומנדו הימי הלובי. המודיעין הימי איתר את כוונת ומתווה הפיגוע, את שלבי ההכנות הממושכות וכן את מועד יציאת הכוח מלוב. הטמעת המודיעין בקרב הכוחות הלוחמים הייתה במיטבה וחיילי צה"ל ידעו למה לצפות. עם זאת, לא עלה בידי המודיעין הימי להצביע מבעוד מועד על זהות אונית האם ועל כך שהיא יצאה לדרכה מאזור בנגאזי ולא מהאזור שבו התארגנה החוליה בסמוך לטריפולי. המודיעין הימי פרסם שתי התרעות קונקרטיות בליל חג השבועות. האחת, מידית, פורסמה כיממה לפני גילוי סירת המחבלים הראשונה, והשנייה - התרעת בזק שפורסמה בליל חג השבועות, כ-6 שעות לפני גילוי סירת המחבלים הראשונה. הרמטכ"ל, ראש אמ"ן וקציני מודיעין בכירים נוספים שיבחו את עבודת המחקר שנעשתה במודיעין חיל הים.
מחשש הסיורים הימיים הורידה אניית האם את הסירות במרחק רב מהחוף הישראלי. לסירות אזל הדלק והמחבלים היו מותשים. סירת הפיקוד נעצרה ללא דלק והתגלתה על ידי תחנת מכ"ם חוף במרחק 16 מייל מקיבוץ געש כשהיא ללא תנועה. לעברה הוזנק דבור 901 בפיקוד שי שמש אשר הגיע אליה כעבור 45 דקות וצוותה נכנע ללא קרב. שאר שלוש הסירות פנו לכיוון דרום-מזרח, וכאשר אזל הדלק לשתיים מהן, עצרו כל השלוש למנוחה ועגנו במשך מספר שעות במרחק 25 מיל מאשדוד. אף ספינת ח"י לא גילתה אף לא סירת מחבלים אחת משלוש הסירות, בשום שלב של הפיגוע - אף על פי שהשלוש עגנו בגזרת הסיור של סטי"ל ח"י. עם אור הבוקר העבירו המחבלים את יתרת הדלק והתרכזו לסירה אחת שנעה לרצועת עזה. מכ"ם אשדוד, אשר רוב הפעילות הייתה בגזרתו, לא גילה את הסירה שהגיעה עד לטווח 4.5 מיל מאשדוד, והיא נתגלתה על ידי תחנת מכ"ם ארז. בסיוע מטוס קל נרדפה הסירה בירי על ידי דבור 909, בפיקוד רוני שדה. הדבור לא הצליח להשיג אותה ופתח באש בטווח רחוק ואף כיוון אליה מסוקי תקיפה. הסירה הבורחת לא נפגעה מהירי. היא הגיעה לחוף שטח אש 608. ואנשיה ברחו לתוך החולות, נרדפים על ידי מסוקי קרב. חלקם נכנעו ונתפשו שם על ידי כוח יבשתי.
השאיפה של חיל הים לעצור את המחבלים לפני שיגיעו לחופי המדינה לא מומשה. את המידע שהמחבלים מצטיידים בספינות מהירות הביא המודיעין הימי שנים קודם לכן. הצטיידות בספינות בט"ש מהירות קיבלה עדיפות רק כאשר קיבל האלוף אברהם בן שושן את הפיקוד על החיל. לאחר האירוע הזמין מפקד חיל הים מיכה רם שש ספינות דבורה נוספות.
מאז סיכול הניסיון חלה הפסקה ארוכה בניסיונות ארגוני המחבלים לביצוע פיגועים באמצעות אוניות אם. המודיעין הימי ומערך הגילוי החופי של חיל הים דרוכים וערניים כדי למנוע פיגוע כזה. כוחות חיל הים הישראלי ממשיכים בפעילות הביטחון השוטף. עם הזמן שודרגו כל ספינות הבט"ש של חיל הים לספינות מהירות.
מלחמת המפרץ הראשונה.
מבחינתו של חיל הים הישראלי, לא היו למלחמה זו היבטים משמעותיים הראויים לציון, הגם שהוא נערך, בהתאם להערכות המודיעין, לאפשרות שהעיראקים ינסו לפגוע בנמלי ישראל ובכלי שיט של חיל הים באמצעות כלי טיס החמושים בטילי אוויר-ים ייעודיים (כגון "אקסוסט", C-601 ועוד). לעיראקים היה ניסיון מבצעי בתחום זה, שכן חיל האוויר העיראקי פגע בפריגטה האמריקאית "סטארק" באמצעות טילי אוויר-ים מסוג "אקסוסט" בשעה שהיא פעלה בצפון המפרץ הפרסי בשנת 1987 (בזמן מלחמת איראן–עיראק).
מאידך, באותה מלחמה שולב המודיעין הימי במעקב שקיימה קהילת המודיעין אחר ההכנות למלחמה (בין אוגוסט 1990 לינואר 1991). המודיעין הימי תרם את חלקו ובנה את תמונת ההצטברות של כלי השיט הצבאיים מציי הקואליציה ובראשם ארצות הברית במפרץ הפרסי, וכן עקב אחר תנועת אוניות התובלה (הצבאיות והאזרחיות) שהובילו את הגייסות שהשתתפו בלחימה הקרקעית.
העיסוק הנרחב בתובלות אמל"ח באותה מלחמה, העמיק את יכולותיו של המודיעין הימי בתחום מחקר הספנות וזאת לא רק בהקשר של ארגוני טרור ופיגועים, אלא גם בהקשר של תובלת אמל"ח וציוד אסטרטגי למדינות ערב השונות ולאיראן מרחבי העולם, ובמיוחד מדרום מזרח אסיה.
מבצעים נגד הטרור בין מלחמות לבנון.
פעילות מבצעית בלבנון ומבצע "שירת הצפצפה".
הלחימה בלבנון, בעיקר מול ארגון חזבאללה, נמשכה גם אחרי סיום מלחמת לבנון, במה שהוגדר כרצועת הביטחון. כחלק מהלחימה בוצעו גם מבצעים של שייטת 13, שהגיעו ליעדם בדרך הים.
מבצע "שירת הצפצפה", שנערך בליל 4–5 ספטמבר 1997 בחוף לבנון, הסתבך, כשכוח של לוחמי השייטת נפגע באזור העיירה אנצרייה ותריסר לוחמים נהרגו. יש חילוקי דעות בין המשפחות והמערכת הצבאית באשר לסיבות האסון. כנגד תיאור לחימה בכח אויב יש הטוענים שהאסון נגרם עקב תקלה במטענים שנשאו הלוחמים. בארבע ועדות חקירה שבדקו את האירוע – שבשתיים מהן שולבו קציני מילואים בכירים ממערך המודיעין הימי, לא נמצאה עדות לפעילות של כוח אויב חמוש בשטח. למרות הנאמר לעיל, הניחה ועדת האלוף גבי אופיר שהיו בשטח גם מטעני אויב שהתפוצצו על הכוח. כתוצאה מההנחה של המצאות מטעני אויב בשטח ועל רקע אי מציאת העדות לכך שכוח אויב פעל בשטח בזמן האירוע, נותרה הדילמה האם היה זה מארב אקראי של חזבאללה או מארב מתוכנן מראש, שנפרש בשטח בעקבות מידע מוקדם שהגיע לידיהם.
ב-31 באוגוסט 2007 התפרסמה בעיתון "מעריב" הערכה לפיה דליפה מודיעינית משידורים גלויים של מזל"ט ישראלי לפני המבצע היא שאפשרה לחזבאללה להציב מארב מתוכנן. בתחילת אוג' 2010 פרסם מנהיג חזבאללה נסראללה סרטון, שלדבריו נקלט מערוץ לא מוצפן של מזל"ט ישראלי שסרק את השטח במשך כשבועיים לפני האירוע. לדברי נסראללה, התמונות שיורטו הן שחשפו בפניהם את נתיב הכוח ואפשרו להם להציב מארב ללוחמי הקומנדו הימי. דברי נסראללה, ששאף להדוף את השלילה הציבורית בלבנון על רצח ראש ממשלת לבנון, סעד אל-חרירי, ולהעמיד את חזבאללה כמנצח. מועלים כחיזוק לתיזה שגרסה כי הופעל מארב מתוכנן כלפי הכוח.
ראש מספן המודיעין שי ברוש שעקב בזמן אמת אחרי ההתרחשות, עברו כלוחם ומפקד שייטת 13 הכשירו להבין בדיוק את התנועות בשטח. כבר סמכא עיקרי לנושא, משוכנע ברוש לחלוטין, כי מסקנותיו הן שלא היה שום מארב ואף לא מוקש. ההרוגים והפצועים בכח נבעו מפיצוץ מטעני החבלה שנשאו איתם הלוחמים. ראש אמ"ן אלוף משה יעלון תמך במסקנותיו של ברוש.
למרות דברים אלה של שי ברוש קיבלו ועדות החקירה שהכח נתקל במוקשים רבי עוצמה. דרישת אב שכול לחקירה נוספת הועלתה לבג"ץ ונדחתה.
תפיסת אוניית הנשק "קארין איי".
לאחר החתימה על הסכם אוסלו בשנת 1993 וכניסת גורמי הרשות הפלסטינית לגדה המערבית ולרצועת עזה, ניסו הפלסטינים להחדיר אמל"ח בדרך הים לרצועת עזה. בתחילה נעשו הניסיונות באמצעות כלי שיט קטנים יחסית דוגמת הספינות "חסן" ו"סנטוריני", שהובילו אמל"ח שנשלח מלבנון לרצועת עזה. האמל"ח ב"סנטוריני" - שנתפסה ב-5–7 מאי 2001 - הוסלק בחביות, שהכוונה הייתה להטילן מול חופי עזה שם דייגים היו אמורים לאסוף אותן. ניסיונות אלה סוכלו בעקבות מעקב מודיעיני מוצלח של מספן מודיעין.
הניסיון המשמעותי בהקשר זה התבצע בהובלה וביוזמה של גורמים בכירים ברשות הפלסטינית, שבראשה עמד יאסר ערפאת שידע על התוכנית ודחף למימושה. המדובר בתובלת האמל"ח על גבי האונייה קארין איי, שהמודיעין עקב במשך תקופה ארוכה אחרי ההתארגנות למימוש ההברחה, שהתבצעה במעורבות של איראן וחזבאללה. משהתגבשה תמונת המודיעין בדצמבר 2001, לרבות זהות האונייה ומסלול הפלגתה מנמל איראני, החלה פעילות מבצעית שנועדה לסכל את העברת האמל"ח. בסופו של דבר בחודש ינואר 2002 לכד חיל הים בים האדום את הספינה "קארין איי", במסגרת מבצע "תיבת נוח". על הספינה נתפסה כמות רבה יחסית של אמל"ח – יותר מחמישים טונות. על עבודת המודיעין שהובילה לתפיסת האונייה זכה המודיעין הימי לפרס ראש אמ"ן לחשיבה יוצרת על שם עוזי יאירי.
ההתעצמות הימית במדינות העימות מאז מלחמת המפרץ.
הופעת איראן בפעילות ימית עוינת במרחב.
בעקבות מלחמת איראן–עיראק, ובהמשך מלחמת המפרץ ומלחמת עיראק מתבלטת איראן כמעצמה ימית במפרץ הפרסי ובשנים האחרונות גם בים האדום. "זרועותיה" הימיות מגיעות גם לים התיכון באמצעות אספקת אמל"ח ימי מתקדם, פרי ייצור התעשייה הביטחונית האיראנית, לסוריה ולחזבאללה בלבנון ולארגוני הטרור ברצועת עזה. איראן פיתחה את העוצמה הימית שלה בשני מישורים:
במקביל התפתחה מאוד התעשייה הביטחונית האיראנית, שהתמחתה בין השאר בפיתוח ובייצור של מגוון טילים ימיים, שביחס לחלקם הם קיבלו רישיונות ייצור מסין (לדוגמה, הטילים נגד ספינות מסדרת C ובהם C-802, C-801, C-704, C-701 ועוד). בתוך זמן קצר החלו טילים אלה להגיע לזירה הקרובה ונכנסו לשימוש הן בחזבאללה בלבנון והן בחיל הים הסורי. ניסיונות שנעשו – אך לא צלחו – להעביר טילים נגד ספינות לרצועת עזה. בנוסף מעבירה איראן לאזור נשק תת-מימי כגון טורפדו ומוקשים ימיים.
איראן, שעד נפילת השאה הייתה ידידה לישראל, נהפכה מאז המהפכה האסלאמית שחולל רוחאללה ח'ומייני באיראן ליעד מודיעיני מבחינתו של המודיעין הימי, לא רק בגלל עוצמתה הימית במרחב המפרץ הפרסי ובאוקיינוס ההודי, אלא בעיקר משום מדיניות ייצוא המהפכה למדינות הקרובות, שבא לידי ביטוי הן באספקת אמל"ח ימי מתקדם (ובכלל זה טילים נגד כלי שיט, טורפדו ומוקשים ימיים) והן בסיוע בגיבושה של חשיבה מבצעית רלוונטית בתווך הימי.
חילות ים ערביים אחרים.