האקלים הממוצע של אגן הניקוז של הנהר סנייק הוא בעיקר צחיח למחצה ואפילו מדברי. כמות המשקעים הממוצעת היא פחות מ-300 מילימטרים בשנה. עם זאת, כמות המשקעים הממוצעת באגן הנהר סנייק משתנה ותלויה מאוד באזור. בטווין פולס שבמרכז מישור הנהר סנייק, האקלים הוא כמעט מדברי, כשכמות הגשמים השנתית הממוצעת היא רק 235 מילימטרים, אם כי לזה יש להוסיף כמות שלג ממוצעת של 330 מילימטרים. האקלים המדברי אופייני לרוב שטח אגן הניקוז של הנהר סנייק, ולכן אף על פי שהסנייק ארוך מהנהר קולומביה מעל לנקודת המפגש, הספיקה שלו בממוצע משמעותית קטנה יותר. עם זאת בהרי הרוקי הגבוהים של ויומינג, באזור עמק ג'קסון הול, כמות הגשמים הממוצעת היא 760 מילימטרים וכמות השלג הממוצעת היא 6,400 מילימטרים. רוב שטח אגן הניקוז של הנהר סנייק משתרע על מישורים נרחבים צחיחים וגבעות נמוכות, הגובלים בהרים גבוהים. עם זאת בחלקו העליון של אגן הניקוז, הנהר זורם באזור של אקלים אלפיני מובהק. יש גם קטעים שבהם הנהר ויובליו חצבו נתיבים בקניונים צרים. אגן הניקוז של הנהר סנייק כולל חלקים של הפארק הלאומי ילוסטון, הפארק הלאומי גרנד טיטון, אזור הנופש הלאומי קניון הלס, ופארקים לאומיים ומדינתיים רבים אחרים.
רוב האזור לאורך הנהר, במרחק של כמה קילומטרים מגדותיו, הוא שטח חקלאי מושקה, בייחוד בחלקו האמצעי והתחתון. סכרי השקיה כוללים את סכר אמריקן פולס, סכר מינידוקה (Minidoka Dam), וסכר צ'. ג'. סטרייק (C.J. Strike Dam). מים לצורך השקיה נשאבים גם מהאקוויפר של מישור הנהר סנייק. ערים עיקריות לאורך הנהר כוללות את ג'קסון בוויומינג, טווין פולס, איידהו פולס, בויסי ולואיסטון באיידהו והטרי-סיטיס בוושינגטון (Tri-Cities, מילולית "שלוש הערים" בהתייחס לערים קנוויק, פאסקו וריצ'לנד). בסך הכול יש חמישה עשר סכרים לאורך הנהר סנייק, שמלבד השקיה, מייצרים חשמל, מייצבים ערוץ שיט לאורך חלק מנתיב הנהר, ומונעים שיטפונות.
עם זאת, מעבר דגים מוגבל לקטע בין השפך לקניון הלס.
אגן הניקוז של הנהר סנייק גובל באגני ניקוז גדולים אחרים של נהרות באמריקה הצפונית, הנשפכים לאוקיינוס השקט, לאוקיינוס האטלנטי או לאגנים סגורים. בצד דרום-מערב קו פרשת המים מפריד בין אגן הניקוז של סנייק מאגן הרני (Harney Basin) באורגון שהוא אגן סגור. מדרום אגן הניקוז של הסנייק גובל באגן הניקוז של הנהר המבולדט (Humboldt) בנבדה ואגן הניקוז של ימת המלח הגדולה (הנהרות בר, ג'ורדן וובר). הנהר סנייק גם חולק גבול עם הנהר גרין בדרום מזרח. הנהר גרין מנקז חלקים מוויומינג ויוטה והוא היובל הגדול ביותר של נהר הקולורדו. בקצה הקיצוני המערבי מפריד קו פרשת המים של אמריקה לאורך קטע קצר בין אגן הנהר סנייק לזה של הנהר ביגהורן, יובל של הנהר ילוסטון, קרוב למקורת נהר הסנייק. בצפון גובל אגן הניקוז של נהר הסנייק בנהר רד רוק (Red Rock), יובל של הנהר ביוורהד (Beaverhead), הנשפך לנהר ג'פרסון, יובל של המיזורי, חלק מאגן הניקוז של מפרץ מקסיקו.
יתרת אגן הניקוז של הנהר סנייק גובלת באגני ניקוז של יובלים ראשיים אחרים של הנהר קולומביה, בעיקר הנהר ספוקיין (Spokane) מצפון אבל גם קלארק פורק (Clark Fork) במונטנה מצפון-מזרח ונהר ג'ון דיי (John Day) ממערב. מאלו, נשפכים הנהרות קלארק פורק (דרך הנהר פנד אוריי (Pend Oreille)) וספוקיין לקולומביה מעל למפגש הסנייק עם הקולומביה, בעוד שג'ון דיי נשפך לקולומביה בקניון הנהר קולומביה, מתחת למפגש עם הסנייק. קו הגבול בין איידהו למונטנה נקבע על פי קו פרשת המים הצפון-מזרחי של הנהר סנייק, ולכן אגן הנהר סנייק אינו כולל חלקים במונטנה.
רכסי הרים באגן הנהר סנייק כוללים את רכס טיטון, רכס ביטררוט (Bitterroot Range), הרי קלירווטר (Clearwater Mountains), הרי סוון דווילס (Seven Devils Mountains) והקצה הצפון-מערבי הקיצוני של רכס וינד ריוור (Wind River Range). הפסגה הגבוהה ביותר באגן הנהר סנייק היא הר גרנד טיטון (Grand Teton) בגובה 4,199 מטרים מעל פני הים. גובה הנהר בנקודת המפגש עם הקולומביה הוא 109 מטרים מעל פני הים.
זיהום.
נגר המגיע משדות חקלאיים ומחוות במישור הנהר סנייק ואזורים רבים אחרים פגע קשה באקולוגיה של הנהר במהלך המאה ה-20. אחרי שסכרי ההשקיה הראשונים על הנהר החלו לפעול בעשור הראשון של המאה ה-20 עובדו כל הקרקעות הראויות לחקלאות ברצועה ברוחב מספר קילומטרים משני צדי הנהר או שהפכו לשטחי מרעה, ומים שחזרו משטחים חקלאיים החלו לזהם את נהר הסנייק. הנגר מכמה רפתות ודירים הושלך לנהר עד שהחוקים הפכו מנהג זה לבלתי חוקי.
דשנים, זבל וכימיקלים ומזהמים אחרים שנשטפו לנהר מגביר את האיטרופיקציה, בייחוד של זרחן, קוליפורמים צואתיים וחנקן. בתקופה שהזרם נחלש התרחשה פריחת אצות בקטעים השקטים של הנהר, תוך צמצום אספקת החמצן.
מרבית המים המושבים לנהר אינם נשפכים ישירות לסנייק אלא לאקוויפר מישור הנהר סנייק שמתחת למישור הנהר. מים שנשאבו מהנהר לשם השקיה, חודרים מחדש לקרקע לאחר שספחו מזהמים מפני השטח ומזינים את האקוויפר. אף שרמת המים באקוויפר נשמרה, כמות המזהמים בהם הלכה וגברה. המים באקוויפר זורמים בסופו של דבר לקצה המערבי של מישור הנהר סנייק וחוזרים לנהר כמעיינות.
בעיה חוזרת נוספת היא עודף המשקעים ברחבי מרבית מישור הנהר סנייק וקניון הלס. בדצמבר 2007 הנפיקה הסוכנות להגנת הסביבה של ארצות הברית אישור המחייב בעלים של בריכות דגים לאורך נהר הסנייק להקטין את פליטת הזרחן שלהם ב-40%. רמת המזהמים בקניון הלס במעלה הזרם מהמפגש עם הנהר סלמון, כולל טמפרטורת המים, חומרי מזון מומסים ומשקעים חייבים לעמוד ברמות מסוימות.
ספיקה.
הספיקה הממוצעת של נהר הסנייק היא 1,553 מטרים מעוקבים בשנייה. הסקר הגאולוגי של ארצות הברית תיעד את ספיקת הנהר בתקופה 1963–2000 בתחנת מדידה מתחת לסכר אייס הרבור (Ice Harbor Dam). בתקופה זו הייתה הספיקה השנתית הממוצעת הגדולה ביותר שתועדה 2,384 מטרים מעוקבים בשנייה בשנת 1997, והספיקה השנתית הממוצעת הנמוכה ביותר שתועדה הייתה 770 מטרים מעוקבים בשנייה בשנת 1992. הספיקה היומית הממוצעת הנמוכה ביותר שנמדדה הייתה 76 מטרים מעוקבים בשנייה ב-4 בפברואר 1979. ב-27 באוגוסט 1965 הייתה הפסקה זמנית בזרימת הנהר עקב בדיקות בסכר אייס הרבור. הספיקה היומית הממוצעת הגבוהה ביותר שנמדדה הייתה 8,800 מטרים מעוקבים בשנייה ב-19 ביוני 1974. הספיקה הגבוהה ביותר שנמדדה אי פעם בנהר סנייק הייתה בתחנת מדידה שונה של הסקר הגאולוגי של ארצות הברית בסמוך לקלארקסטון (Clarkston), שפעלה בשנים 1915–1972. תחנה זו מדדה ב-29 במאי 1948 ספיקה מקסימלית של 10,400 מטרים מעוקבים בשנייה, יותר מהספיקה הממוצעת של הנהר קולומביה. ספיקה גבוהה עוד יותר, המוערכת ב-11,600 מטרים מעוקבים בשנייה, התרחשה בשיטפון של יוני 1894.
זרם הנהר נמדד גם במקומות נוספים במסלולו. מעל אגם ג'קסון בוויומינג הספיקה היא 25.1 מטרים מעוקבים בשנייה מאגן ניקוז בשטח של 1,260 קילומטרים מרובעים.
ביישוב הקטן מינידוקה (Minidoka) באיידהו, באמצע הדרך במישור הנהר סנייק, עולה הספיקה של הנהר ל-222 מטרים מעוקבים בשנייה.
עם זאת בעיירה בול (Buhl), כ-80 קילומטרים בלבד במורד הזרם יורדת הספיקה של הנהר ל-139.0 מטרים מעוקבים בשנייה בשל הטיית מים לחקלאות וחלחול.
אבל בגבול בין איידהו לאורגון, בקרבת העיירה וייסר (Weiser) בתחילת קניון הלס, עולה הספיקה של נהר הסנייק ל-503 מטרים מעוקבים בשנייה לאחר שהנהר מקבל את מימיהם של כמה יובלים כדוגמת פאייט, אווהי ומלהיור (Malheur).
הספיקה גדלה בהמשך ל-553 מטרים מעוקבים בשנייה בסכר קניון הלס בגבול בין איידהו ואורגון.
ביישוב הקטן אנאטון (Anatone) במורד הזרם מהמפגש עם נהר הסלמון, אחד היובלים הגדולים של הסנייק, הספיקה הממוצעת היא 979 מטרים מעוקבים בשנייה.
היסטוריה.
מגלה הארצות הקנדי דייוויד תומסון (David Thompson 1857-1770) תיעד לראשונה את שם הנהר כפי שהילידים הגו אותו כ"שואופטין" ("Shawpatin") כשהגיע אל שפך הנהר בסירה בשנת 1800. כאשר משלחת לואיס וקלארק חצתה את אגן הניקוז של הנהר ממזרח ב-1805 כינו חבריה את הנהר לראשונה בשמות "נהר לואיס", "יובל לואיס" ("Lewis Fork") או "יובלו של לואיס" ("Lewis's Fork"), כיוון שמריווד'ר לואיס היה הראשון במשלחת שראה את הנהר.
הם כינו את בני השושוני שחיו לאורך הנהר "האינדיאנים של הנחש" ("Snake Indians"), ולמדו שהילידים קוראים לנהר "קי-מו-אי-נים" או "יאמ-פא-פא" (על שם צמח שגדל בשפע לאורך גדותיו). מאוחר יותר, חוקרי ארצות אמריקניים שחלקם השתתפו במשלחת לואיס וקלארק, ערכו מסעות לאגן הניקוז של הנהר סנייק ותיעדו מגוון של שמות הקשורים בנהר. חוקר הארצות וילסון פרייס האנט (Wilson Price Hunt; 1842-1783) קרא לנהר בשם "הנהר המשוגע" ("Mad River"). אחרים כינו את הנהר בשמות שונים: "נהר שושוני" (על שם השבט) ו"נהר ספטין" ("Saptin River").
בסופו של דבר נקלט השם "הנהר סנייק" ("Snake River"), כלומר "נהר הנחש". על המקור לשם קיימות שתי גרסאות. האחת, בשל הכינוי "האינדיאנים של הנחש" של בני השושוני בפי אנשי משלחת לואיס וקלארק. והשנייה, בשל התנועה דמוית האות S שבני שבט השושוני עשו בידיהם על מנת לייצג את תנועתו של דג סלמון שוחה. חוקרי ארצות הראשונים שהגיעו לנהר טעו בהבנת התנועה וחשבו היא מייצגת תנועת נחש, וכך קיבל הנהר את שמו הנוכחי.
תושבים ראשונים.