בשנת 1930 מכר זמוריי את חברת הפירות שלו, קויאמל פירות - Cuyamel Fruit, לחברה הענקית המתחדשת חברת הפירות המאוחדת - United Fruit מבוסטון, תמורת 300,000 ממניות החברה בשווי של 31.5 מיליון דולר, ופרש מהעסקים לביתו. חברת הפירות המאוחדת סבלה כלכלית בגלל ניהול כושל ובגלל השפל הגדול שהיה בארצות הברית. הכישלון היה עד כדי כך עמוק, שמניות החברה צנחו בערך של כ-90% לאחר רכישת חברת קויאמל פירות של זמוריי. משבר זה עודד את זמוריי לחזור לעסקי הבננות, תוך כדי רכישת מניות שליטה נוספות בחברת יונייטד פירות וזכות הצבעה בדירקטוריון. רכישה זו הביאה את זמוריי להיות בעל כמות המניות הגדולה ביותר בחברה. בשנת 1933 הפך זמורי למנכ"ל החברה ולנשיאה. בשלב זה הוא הדיח את מועצת המנהלים, ארגן את החברה מחדש וערך בה שינויים מבניים. זמוריי ביזר את דרך קבלת ההחלטות, הפך את החברה לרווחית פעם נוספת.
והמשיך לכהן כנשיא החברה עד סוף שנת 1951.
בשנים 1933–1951 כשסם זמוריי היה נשיא חברת הפירות המאוחדת, זו הייתה חברת מסחר ענקית שסחרה עם כל העולם. החברה העסיקה מעל 100,000 עובדים, נכסיה כללו 75% משטחי האדמות הפרטיות בגואטמלה וזאת בנוסף לשטחים נרחבים בהונדורס. לחברה היה צי אוניות משא, שמנה מעל 60 אניות, ונמלי בית משלה בצפון הונדורס בפורטו קורטז ובניו אורלינס. כמו כן היו לחברה קווי רכבת פרטיים, והיא אף הייתה אחראית על הדואר וקווי הטלפון במדינות אמריקה המרכזית. מעל לכל, הרודנים ושליטי מדינות אמריקה המרכזית, קובה והאיים הקריביים העריצו את הגרינגו סם זמוריי. אשר בהבל פה היה יכול לגרום לכך שיתעשרו או יתרוששו.
מלחמת העולם השנייה.
מלחמת העולם השנייה היוותה אסון לחברת הפירות המאוחדת. ב־12 ביוני 1942 ספינת החברה סיקס-אולה Sixaola, או כפי שכונתה "סוס הברזל", טורפדה על ידי צוללת נאצית צפונית לגואטמלה. 29 אנשי צוות הספינה טבעו, מהספינה לא נמצא דבר, מלבד כתם שמן וכמה אלפי בננות שצפו על פני הים כפסולת. זו הייתה הטרגדיה הקשה ביותר בתולדות של החברה.
זמן קצר לאחר שהיפנים תקפו את פרל הארבור, הכריזה מחלקת המלחמה האמריקאית על הבננות כמוצר מותרות, וגייסה את מרבית הצי הלבן הגדול לצורכי המלחמה. האניות הפכו לנחלתו של הצי האמריקאי, מוגנו בשריון והותקנו עליהן תותחים. במהלך המלחמה טובעו 19 אניות של החברה על ידי הצוללות הנאציות.
האתגר העסקי של זמוריי לא היה פשוט. אף על פי שהמוצרים שלו היו מצוינים, לא היו לו הספינות שיובילו אותם לשווקים. בין השנים 1942–1944 נרקבו בשדות בממוצע שבעים אלף טונות בננות של חברת UF. שטחי הבננות העצומים של החברה לא נוצלו, וזמוריי החל בחיפוש אחר גידולים ששיווקם לא הוגבל במגמה לגדלם על אדמות החברה. ראשית הגביר את שיווק קניי הסוכר משטחי החברה שבאיים הקריביים, ולאחר מכן מצא שעל אדמות החברה המשתרעות על קו המשווה ניתן לגדל גידולי בר שמעולם לא גודלו בצורה מסחרית. חלקם היו חדשים: דקלים לתעשיית שמן דקלים, כינין, אגבות ועוד. זמוריי התעניין במיוחד בצמחים החשובים למאמץ המלחמתי אשר יבואם מאסיה נחסם על ידי היפנים. אגבות לתעשיית חבלים, כינין לתרופה נגד מלריה, עצי גומי לתעשיית הגומי בה יוצרו זחלי הטנקים, סוליות הנעליים הצבאיות וכל שאר חומרי הגלם החיוניים. הוא הבטיח לעמוד בדרישה הצבאית שכללה הגדלת אספקה עם הזמן. עד שנת 1944 היו לזמוריי אלפי דונמים במרכז אמריקה בהם גידל את המטעים החיוניים האלה. סם זמוריי היה מעורב במאמץ המלחמתי ככל האפשר, עקב גילו המתקדם (65) לא יצא לשדה הקרב, אך הוא תרם ככל יכולתו, התנדב ואירח. במסגרת צורך שעלה במועצת המלחמה הלאומית שהקים פרנקלין דלאנו רוזוולט, נשיא ארצות הברית, הביא זמוריי יותר מעשרים אלף גברים מג'מייקה לעבודה במפעלים החיוניים במערב התיכון.
במלחמת העולם השנייה נפגע זמוריי גם מאסון אישי כבד. ב-7 בינואר 1943 נהרג בנו בכורו סם ג'וניור, שהיה מייג'ור טייס בצבא ארצות הברית, בזמן שהטייסת שלו שרתה באלג'יריה ובמרוקו, קזבלנקה. סם ג'וניור היה בגיל 31 במותו. במדויק נסיבות נפילתו אינן ידועות. ההשערה היא שנתקל בצלע הר, כשהיה בטיסה בתנאי ראות גרועים כתוצאה מערפל.
פעילות ציונית בחשאי.
לאחר מות בנו היה סם זמוריי זקוק לפרויקט ענק כדי להתגבר על השכול והכאב. הוא ידע כי עליו למצוא מטרה גדולה ומשמעותית אף יותר מהעשייה העסקית העניפה שלו. הוא מצא את הפרויקט הזה בעיסוק במדינת היהודים המתהווה.
וכך אף על פי שלא הייתה לזמוריי תחושה חזקה של זהות יהודית. אף על פי שמבחינתו היהדות הייתה רק פרט נוסף בביוגרפיה שלו ומעולם לא תיאר עצמו כאדם דתי, וילדיו אף לא נישאו לבני זוג יהודיים, למרות כל זאת הוא תמך רבות במפעל הציוני ובהקמת מדינת ישראל. יש הזוקפים זאת לכך
שרציחתם של מכריו מקישינב על ידי הנאצים נגעה מאוד לליבו, יש האומרים כי בהשפעת השואה הוא סבר כי "אם השואה יכלה לקרות בגרמניה, היא יכולה לקרות בכל מקום", ולכן יש להקים מדינת יהודים. ויש גם הזוקפים את מעורבותו הרבה ועזרתו לידידותו העמוקה עם הנשיא הראשון של מדינת ישראל חיים ויצמן.
מפגשים עם חיים ויצמן.
חיים ויצמן, שעם השנים הפך לנשיא המייסד של מדינת ישראל, נסע בשנת 1922 לארצות הברית במשימה לגייס כספים למען פעילות הסוכנות היהודית ויצר קשר עם זמוריי. כשויצמן שמע את סיפוריו הראשונים של "איש הבננה", הוא כתב באוטוביוגרפיה שלו. "מצאתי 'ממצא' יוצא דופן בניו אורלינס, שם חי אדם בעל אישיות מדהימה מאוד בשם - סמואל זמוריי, "מלך הבננות". "ביקשתי במיוחד שבביקורי הראשון אפגוש אותו בניו אורלינס. נאמר לו על הגעתי, והוא התנה את פגישתנו בכך שתהיה דיסקרטית לחלוטין. מאידך דחה את עזיבתו המתוכננת מהעיר, למשך מספר ימים. ימים שנמצאו, לא רק מעניינים במיוחד, אלא גם רווחיים עבור הקרנות היהודיות."
השניים קיימו מספר פגישות דיסקרטיות באותה השנה, וכך גם בכל נסיעותיו האחרות של ויצמן לארצות הברית במשך השנים.
זמוריי היה אדם דיסקרטי וחשדן אך הקשר בינו לבין ויצמן היה מהיר ועמוק ביותר. שניהם היו אבות שכולים שאיבדו את בניהם הטייסים במלחמת העולם השנייה. ב-2 בנובמבר 1942. חודש לפני נפילת סם ג'וניור, נפל מיכאל עוזר ויצמן, בנו של חיים ויצמן. שהיה סגן, טייס בחיל האוויר המלכותי הבריטי. הוא נפל לים עם מטוסו במפרץ ביסקאיה, במרדף אחר צוללות נאציות.
שיחות השניים נמשכו שעות, הם נסחפו מאנגלית, לרוסית וליידיש, בכל שפה שביטאה בצורה הטובה ביותר את המחשבות והתחושות באותו הרגע: בשפה האנגלית שוחחו על עסקים וכסף, ברוסית דיברו על סיפור המאבק, ביידיש הביעו את כאב הלב שעומד בפני יהודי העולם. ויצמן דיבר על עיר הולדתו בפולין, על אכזבותיו וכעסיו, על הבנתו שהיהודי יהיה חופשי רק כאשר יישב בארצו. זמוריי דיבר על החיים באיתמוס (הגשר היבשתי בין צפון אמריקה ודרום אמריקה האזור המוכר כאמריקה המרכזית), ועל הקריירה שלו בתחום הבננות הבשלות והירוקות. ויצמן כתב על פשטותו של זמוריי, כנותו השקופה, התעניינותו הרבה באנשים ועל רצונו לשרת את העם היהודי.
"הוא לא לקח חלק ציבורי בעבודתנו", כתב ויצמן,"אבל העניין שלו היה רציף ונדיב." בשנות העשרים תרם זמוריי לסוכנות היהודית חצי מיליון דולר, כסף ששימש לרכישת אדמות למתיישבים, לבניית בתים, לקניית ציוד חקלאי וזרעים. הוא שימש כמנהל התאגיד הכלכלי של א"י, תפקיד שקידם אותו לרמה המכובדת של לואי מרשל, פליקס ורבורג, סמואל אונטרמאייר והרברט ליהמן, מהיהודים החזקים והעשירים באמריקה.
הספר הלבן.
בשנת 1939, ויצמן פגש שוב את זמוריי, זמן קצר לאחר שהבריטים הוציאו את הספר הלבן, שאסר עלייה לארץ ישראל, בימים שהיטלר עבר לשלב הרצחני ביותר של מלחמתו ביהודים. באותם ימים ויצמן מצא את זמוריי "מדוכא, אך עם זאת מלא תקווה לתוצאה הסופית."
בתחילת שנות הארבעים של המאה העשרים השתמש סם זמוריי בהשפעתו בקריביים כדי לשכנע את הרודן רפאל טרוחיו מהרפובליקה הדומיניקנית לקבל 100,000 פליטים יהודים מאירופה לארצו. רפאל טרוחיו השתכנע והיה המנהיג היחיד שקרא בועידת אוויאן ל-100,000 יהודים להגיע לארצו. אך בפועל הגיעו רק 600 פליטים יהודים מאירופה. קבוצת פליטים זו התיישבה בכפר שנקרא סוסואה בחוף הצפוני של הרפובליקה הדומינקנית. הקהילה הייתה מאורגנת ביותר, אנשיה הקימו חנות, בית ספר, בית כנסת, בית חולים, מאפייה, וכן מפעלים נפרדים למוצרי חלב ובשר בהם ייצרו את 'מוצרי סוסואה'. במהלך השנים חלק מבני הקהילה עלו לישראל, אחרים עברו לארצות הברית, ואחרים התבוללו. בספטמבר 2018 נותרו במקום רק 10 יהודים.
העפלה.
באוגוסט 1945, זמן קצר לאחר יום הניצחון על הנאצים, זאב שינד 1909-1953(כינוי בהגנה "דני") שעמד בראש המוסד לעלייה ב' בארצות הברית והיה ממונה על רכש אניות המעפילים, יצר קשר עם זמוריי בשליחותם של דוד בן-גוריון וחיים ויצמן. בפגישת פנים אל פנים תיאר זאב לזמוריי את הפוגרום בקיילצה ואת מצב שארית הפליטה במחנות העקורים באירופה. וביקש את עזרתו בכסף, באניות, במסמכים, במומחים ובכל הניתן לעזור למען הצלת שארית הפליטה.
מכיוון שמחצית מאניות צי האניות הלבנות של חברת UF הפליגו תחת דגל בריטי ורוב העסקים של זמוריי נעשו בבריטניה ובאירופה. הוא ענה לשינד כי אמנם חברה בריטית אינה יכולה לשבור את האמברגו והסגר שהוטלו על א"י, אך הוא יכול לעזור רבות. כל זאת בתנאי שיישמרו הסודיות והדיסקרטיות של מעשיו.
הבריחה והעפלה היו בעיצומן. אנשי קשר גויסו, כספים נאספו, ספינות נרכשו, והונפקו מסמכים שגרמו למנהלי הנמלים לחתום על מניפסטים ימיים ולפתוח שערי נמלים.