מזרח טימור יושבה לראשונה על ידי מלנזים ואוסטרלים. הפורטוגזים החלו ליישב את האי טימור באמצע המאה ה-16. לאחר סכסוכי שליטה ארוכים עם ההולנדים באזור הגיעו לבסוף להסכם בשנת 1859 במסגרתו ויתרה פורטוגל על מערב האי. בין השנים 1942–1945 הייתה מזרח טימור תחת כיבושה של האימפריה היפנית, אך לאחר התבוסה היפנית במלחמת העולם השנייה חידשו הפורטוגזים את שלטונם במקום.
מזרח טימור הכריזה על עצמאות מפורטוגל ב-28 בנובמבר 1975, ותשעה ימים לאחר מכן פלשו אליה כוחות אינדונזיים אשר כבשו אותה. ביולי 1976 הפכה מזרח טימור למחוז באינדונזיה. במשך שני העשורים הבאים עשו האינדונזים מאמץ לדיכוי ההתנגדות לכיבוש, שלא צלח, ובמהלכו איבדו את חייהם על פי אומדנים שונים בין 100,000 ל-250,000 איש.
ב-30 באוגוסט 1999 התקיים משאל עם שנערך בפיקוח האו"ם ובו הצביעו רוב ניכר של תושבי מזרח טימור בעד עצמאות מאינדונזיה. במהלך התקופה שבין משאל העם ועד להגעתם של כוחות שמירת שלום רב לאומיים בסוף ספטמבר 1999 פעלו במזרח טימור מיליציות בחסות הצבא האינדונזי נגד העצמאות. המיליציות הרגו כ-1,400 תושבים והפכו 300,000 איש לפליטים במערב טימור. רוב תשתיות המדינה נהרסו. ב-20 בספטמבר 1999 נפרס במדינה כוח התערבות בינלאומי (INTERFET) בהובלת אוסטרליה ששם קץ לאלימות. ב-20 במאי 2002 הוכרה מזרח טימור באופן בינלאומי כמדינה עצמאית.
היסטוריה עד 1975.
באי טימור נמצאו אמנם שרידי התיישבות מתקופת האבן אך היסטוריה מתועדת קיימת רק החל מהמאה ה-15 מתוך דיווחים סיניים על סחר עם האי. בתחילת המאה ה-16 הגיעו הפורטוגזים לאי טימור ולאיים נוספים בסביבה הקרובה. מספר שנים לאחר מכן הגיעו לאזור גם ההולנדים ואחרי סכסוך מתמשך במהלך המאה ה-17 נותר בידי הפורטוגזים האי טימור בלבד שב-1702 הפך למושבה עם הגעתו של המושל הראשון מליסבון.
במאה ה-18 הצליחו ההולנדים לתפוס את החלק המערבי של האי, תפיסה שקיבלה מעמד רשמי בהסכם ליסבון ב-1859. הגבול הסופי בין מערב האי למזרח נקבע בהסכם האג ב-1916. בסוף 1941 נכבש מזרח טימור על ידי כוחות אוסטרלים והולנדים על מנת להקדים פלישה יפנית צפויה. המושל הפורטוגזי מחה נגד פלישת ההולנדים שנסוגו לצד ההולנדי של האי. כאשר היפנים פלשו לאי הם הבריחו את הכוח האוסטרלי הקטן שנותר מהבירה דילי להרים במרכז האי. ההרים הפכו לזירה של מלחמת גרילה של כוחות בעלות הברית יחד עם מתנדבים טימורזים נגד היפנים, הקרב על טימור, במהלכו נהרגו בין 40,000 ל-70,000 טימורזים. אחרי סיום המלחמה חזרו הפורטוגזים והקימו את שלטונם מחדש.
סוף עידן המושבות.
מזרח טימור המשיכה להיות מושבה פורטוגזית עד שנת 1975. באפריל 1974 התחוללה בפורטוגל מהפכת הציפורנים, אשר הביאה לקץ שלטונו של הרודן מרסלו קייטנו, והחלה תקופה של אי-יציבות שנמשכה כשנתיים והסתיימה באפריל 1976, עם בחירתו של מריו סוארש, מנהיג המפלגה הסוציאליסטית, לנשיא פורטוגל. בשנתיים אלו, הממשל הצבאי בליסבון ניסה להגיע להסכם עם אינדונזיה כדי להיפטר מהמושבה הרחוקה שהפכה לנטל כלכלי כבד. בעקבות אירועים טראומטיים באמצע שנות ה-60 באינדונזיה בהם נהרגו כמיליון איש במסגרת מהפך קומוניסטי-כביכול שנכשל, הזהירו הפורטוגזים את תושבי מזרח טימור זה שנים מהאסון שיקרה למושבה, אם יאלצו לעזוב. בו זמנית היה ברור לתושבי האי שהמשמעות של שלטון אינדונזי הוא הפיכה מחדש למושבה.
כאשר הפורטוגזים סוף סוף אישרו את התארגנותן של מפלגות פוליטיות במזרח טימור בסוף אפריל 1974, התנגדו שתי המפלגות הגדולות, המרכז-ימנית (Uniao Democratica Timorese; UDT) והשמאלנית (Associação Social Democrática Timorense; ASDT), לכל מחשבה על הכללת החלק המזרחי של האי באינדונזיה. ה-UDT ביקשה לקדם "אוטונומיה מתקדמת" תחת דגל פורטוגל וה-ASDT דרשה עצמאות מיידית. מפלגה קטנה ושולית הייתה מוכנה לשקול איחוד עם אינדונזיה אך גם זה היה מותנה באוטונומיה מקומית. השלטון בג'קרטה, בירת אינדונזיה, ראה את הדמוקרטיזציה במזרח טימור בדאגה רבה בגין החשש שתתפשט למחוזות העניים של אינדונזיה ותדרבן אותם להיפרד, ובכך לסכן את הישג איחוד המדינה עבורו שילמו האינדונזים ביוקר בשנים שעברו.
בספטמבר 1974 קיבל צבא אינדונזיה חיזוקים של ממש לחששו, כאשר תנועת ה-ASDT במזרח טימור פנתה שמאלה עוד יותר, שינתה את שמה לפרטילין (FRETILIN) והחלה לממש תוכניות חברתיות, כלכליות ומדיניות בעלות אופי קומוניסטי. באותו חודש ממש בו ה-ASDT הפכה לפרטילין, נפגשו נשיא אינדונזיה סוהארטו וראש ממשלת אוסטרליה, גוף ויטלם. בפגישה קיבל סוהארטו את ברכת הדרך למדיניות הכללת מזרח טימור באינדונזיה כאשר ויטלם הצהיר שמזרח טימור עצמאית תהיה למדינה ללא יכולת קיום ותהפוך לאיום פוטנציאלי לאזור. המדינה היחידה באזור שהייתה יכולה לרסן את תוכניותיו של צבא אינדונזיה למעשה נתנה לו גושפנקה וסיכלה את עצמאותה של מזרח טימור.
בהשראת ההבנה שהושגה עם אוסטרליה ובתמיכה שקטה של מדינות מערביות כמו ארצות הברית (שדאגה לחופש השייט ומעברי ים אסטרטגיים באזור בזמן המלחמה הקרה) ויפן (שרכשה אז מעל 40 אחוז מייצוא הנפט האינדונזי), החל צבא אינדונזיה לתכנן את סיפוח מזרח טימור. תחילה נעשה ניסיון להשיג את המטרה באמצעות מבצע חתרני, בביצוע שרותי המודיעין האינדונזים, "מבצע קומודו". הכוונה הייתה להתערב במצב הפנימי במזרח טימור, כך שהכיבוש האינדונזי יכול להיות מוצג כהזמנה על ידי מנהיגי מזרח טימור על מנת להחזיר את הסדר על כנו. לצורך כך טופחה מנהיגות מפלגת ה-UDT ובו-זמנית הוכרז פרטילין כאיום קומוניסטי. בסופו של דבר, המטרה הייתה לגרום למלחמת אזרחים על ידי עידוד של מהפך שלטוני בהובלת ה-UDT ויצירת מצב שבו יהיה ניתן לתת להתערבות צבא אינדונזיה לגיטימציה בינלאומית כלשהי.
המצב הפוליטי במזרח טימור עצמו חייב פעילות מהירה כי ביולי 1975 נקבע בליסבון שכוחות פורטוגל ייסוגו סופית ממזרח טימור באוקטובר 1978 אחרי עריכת בחירות חופשיות במושבה. בבחירות המוניציפליות ביולי 1975 - הבחירות החופשיות היחידות שהתקיימו במזרח טימור עד למועד זה, זכתה תנועת פרטילין ב-55% מהקולות, ניצחון שדרבן את צבא אינדונזיה לפעול במהירות על מנת למנוע פגיעה קשה במפלגת ה-UDT.
מנהיגי ה-UDT זומנו לפגישה עם מפקדי צבא אינדונזיה וב-11 באוגוסט 1975 הם ביצעו הפיכה בבירה דילי שמטרתה הייתה לקחת את השלטון מיידי הפורטוגזים ולעצור את התעצמותה של תנועת פרטילין. ההפיכה נכשלה כישלון חרוץ כי חיילים טימורזים בצבא פורטוגל במושבה, תומכי פרטילין, התערבו ותוך מספר שבועות הבריחו את שארית כוחות ה-UDT מעבר לגבול לתוך אינדונזיה. להתערבות הצבא לצידה של פרטילין היו השלכות מרחיקות לכת: לא רק שבאופן זה הובטח ניצחון התנועה במלחמת האזרחים אלא שכך גם נבנה הפוטנציאל הצבאי לעתיד לבוא: פלינטיל (FALINTIL), הזרוע הצבאית של תנועת פרטילין, הוקמה ב-20 באוגוסט 1975 והתבססה על כ-20,000 חיילים, חלקם מקצועיים, מצוידים בנשק חדיש של נאט"ו שהיה בידי חיילי פורטוגל במזרח טימור ונפל לידי פלינטיל. השילוב של כוחות מאומנים יחסית ונשק חדיש איפשר לפלינטיל להתנגד לחדירות צבא אינדונזיה לשטח מזרח טימור, חדירות שהחלו לקראת סוף 1975 ונמשכו עד לפלישה ב-7 בדצמבר 1975.
הפלישה האינדונזית.
פלישת צבא אינדונזיה החלה ביום 7 בדצמבר 1975 אחרי שנדחתה ב-24 שעות על מנת לא להביך את נשיא ארצות הברית, ג'רלד פורד ומזכיר המדינה הנרי קיסינג'ר שביקרו בג'קרטה ביקור רשמי ב-5 וב-6 בדצמבר. צמידות זו של הביקור לפלישה תרמה לחשד שהמבצע זכה לאישור סופי של ארצות הברית. ואכן, ארצות הברית מימנה כ-90% מהנשק לפלישה- בשווי של כ-$250,000,000.
מתחילת הפלישה גילו כוחות הצבא האינדונזי העדר תיאום ויכולת והמבצע, שככל הנראה היה הגדול בהיקפו שבוצע על ידי צבא אינדונזיה, חשף את חולשותיהן של יחידות העילית השונות שהשתתפו בלחימה. מספר האבדות האינדונזיות אינו ידוע אך הערכות מדברות על 16,000 חיילים. שלטונות אינדונזיה עשו את כל שביכולתם על מנת למנוע את פרסום היקף האבדות וטענו שהכוחות היחידים שפעלו במזרח טימור היו כוחות מתנדבים שתמכו במתנגדי תנועת פרטילין. האבדות האזרחיות נאמדו בכ-2,000 הרוגים בימים הראשונים כאשר כוחות אינדונזיה ביצעו מעשה טבח וביזה חסרי רסן בעיר הבירה דילי.
למרות הכוחות הרבים שהפעיל צבא אינדונזיה בפלישה, לקח להם כ-3 שבועות עד שהשלימו את כיבוש עיר הבירה בלבד. העדר יכולת צבאית והתנגדות קשה של כוחות פרטילין ריתקו את הכוחות האינדונזים ברצועת חוף צרה למשך כשנתיים, עד מאי 1978. רק אז גייסו כוחות נוספים והתחילו לפעול נגד בסיסי כוחות פרטילין שברחו להרים.
במהלך 1977 ו-1978, באווירה של אדישות בינלאומית כלפי הסכסוך ועל רקע של עליות מחירי הנפט שתרמו רבות לקופת השלטון האינדונזי, הצליח צבא אינדונזיה להצטייד בנשק ובמטוסים חדישים. בעזרת הנשק החדיש, תגבור נוסף של כוחות הקרקע והפצצות מתמשכות מהאוויר, הצליחו הכוחות האינדונזים להכניע את ההתנגדות של כוחות פרטילין. עם תפיסתו (והריגתו) של מנהיג פרטילין ניקולס לובטו ב-31 בדצמבר 1978 הסתיימה למעשה ההתנגדות המזוינת של אוכלוסיית מזרח טימור כנגד הפולשים האינדונזים.
במשך כל תקופת הפלישה הפעיל צבא אינדונזיה אלימות יוצאת דופן כלפי האוכלוסייה האזרחית של מזרח טימור ומלבד ביצוע של מעשי טבח רבים, עינויים של עצורים ואחזקתם במחנות ריכוז ואונס נשים, חיילים שדדו, בזזו ורוקנו את כל הרכוש מהחלק המזרחי של האי.
תקופת הכיבוש האינדונזי.