את ויינקרץ החליף רוני בוסאני, שחקן העבר של המועדון. בראיין אוליבר היה הקלעי המוביל של הקבוצה ונחשב לגארד הטוב בליגה לעונה זו. לצד שחקנים כגאלי, גוט, אלכס ניקוליץ' וגלעד שמחוני, סיימה הקבוצה את עונת 1995/1996 הסדירה במקום ה-5, בשוויון נקודות עם בני הרצליה והפועל גליל עליון אך הפרש סלים נחות מהן, וכך היא נותרה מחוץ לפלייאוף פעם נוספת. בגביע קוראץ' הודחה בשלב המוקדמות השלישי על ידי אפס פילזן. בוסאני הוחלף בחנוך מינץ ואוליבר עזב את הקבוצה, אליה הצטרפו דורון ג'מצ'י ממכבי תל אביב וכן הזרים לדל אקלס ודארן דיי. הקבוצה הגיעה למקום ה-6 בלבד בסוף עונת 1996/1997, ובגביע קוראץ' הודחה בשלב ההצלבה הראשון, שלב 32 הגדולות, על ידי ספורטינג אתונה. בתום העונה עזב גאלי את מכבי ראשון לציון, כשבסיכום 3 שנים בקבוצה קלע 1,142 נקודות. בעת עזיבתו היה במקום ה-2 ברשימת קלעי הקבוצה לאורך ההיסטוריה, ונכון להיום (2016) הוא במקום ה-3.
גרשון שב לקבוצה כמאמנה לקדנציה שנייה. ג'מצ'י הוביל את הקבוצה בנקודות בעונת 1997/1998 ואף היה מלך הסלים הישראלי, כשהוא קולע יותר מחבריו הזרים לקבוצתו דניס הופסון, שהיה מלך החטיפות של הליגה, וברד סלרס. למרות הציפיות הגבוהות מגרשון, סיימה הקבוצה את העונה הסדירה במקום ה-6 פעם נוספת. בעונה זו שונתה המתכונת של הליגה והונהג סיבוב פלייאוף נוסף, ובטרם חצאי הגמר הוכנסו גם סדרות של הטוב מחמישה. ראשון לציון הפסידה להפועל אילת בחמישה משחקים. בגביע קוראץ' הודחה הקבוצה פעם נוספת בשלב ההצלבה הראשון, הפעם על ידי סטאל בוברי ביטום. זמן קצר לאחר תחילת עונת 1998/1999 התפטר גרשון מאימון הקבוצה, וויינקרנץ שב לקדנציה שלישית במכבי ראשון לציון. בעונה זו שיחקו בה בין השאר ג'מצ'י, מוטי דניאל וג'ו דאוסן, מהשחקנים הבולטים בישראל בשנות ה-90, וכן דיון תומאס ודווין וושינגטון. מכבי ראשון לציון סבלה מבעיות כלכליות באותה תקופה, בעקבותיהן עזב ג'מצ'י את הקבוצה. הקבוצה סיימה את העונה הסדירה במקום ה-9, וכך נותרה מחוץ לפלייאוף. בפעם השלישית ברציפות הודחה בשלב ההצלבה הראשון של גביע קוראץ', בעונה זו על ידי אפולון פטראס.
שנות ה-2000.
לאחר שהפסידה בחמשת המשחקים הראשונים של עונת 1999/2000, התפטר ויינקרנץ והוחלף על ידי חנן קרן. הקבוצה סבלה מבעיות מקצועיות רבות וסיימה את העונה במקום ה-10 ולפני האחרון, והיא נמנעה מירידת ליגה רק בשל הרחבת הליגה שתוכננה לעונה הבאה. בעונה זו המשיך דאוסן לשחק בקבוצה ולהובילה, לצד הזר דיימון פטרסון והישראלי הצעיר אפיק ניסים, שגדל במחלקת הנוער של המועדון ונבחר לתגלית העונה. הקבוצה העפילה לחצי גמר הגביע, שם הפסידה להפועל ירושלים 77:71. כמו כן, הקבוצה לא השתתפה במפעל אירופי לראשונה מזה מספר שנים. רוני בוסאני שב לאמן את הקבוצה בעונת 2000/2001, בה הורחבה הליגה ל-16 קבוצות, שחולקו לשני בתים. ראשון לציון סיימה במקום ה-3 בביתה וכך עברה להשתתף בבית העליון, שם סיימה במקום ה-8 והאחרון. בקבוצה בלטו טים מייסון, שהוביל את קלעי הנקודות בקבוצה, ניסים, גוראן בוסקוביץ', ג'רלד פאדיו ששב לקדנציה שנייה וכן אבי סוכר שגדל במחלקת הנוער של המועדון.
הליגה שבה למתכונת רגילה בעונת 2001/2002, אך ראשון לציון שבה בעצמה להתמודד עם קשיים רבים. בוסני הוחלף באבנר יאור, שהיה מאמן זמני לפני בואו של עדי אזולאי, והקבוצה סיימה את העונה במקום ה-9 מתוך 10 והייתה צריכה לרדת לליגה הלאומית. אף על פי כן, עירוני ראש העין נאלצה לוותר על השתתפותה בליגה עקב קשיים בגיוס תקציב מינימום, וכך נשארה ראשון לציון בליגה. את הקבוצה הוביל רואן בארט, שאף היה מלך הסלים של ליגת העל בכדורסל. לצידו המשיכו לבלוט מייסון וניסים. השלושה עזבו את הקבוצה בסוף העונה, כשלזכות מייסון מעל ל-1,000 נקודות בקבוצה. בעונת 2002/2003, בתום שני סיבובים, חולקו הקבוצות לבית עליון ותחתון, ומכבי ראשון לציון סיימה במקום ה-5 בבית העליון, בשוויון נקודות עם מכבי גבעת שמואל אך עם הפרש סלים נחות, ולפיכך לא השתתפה בפלייאוף על האליפות. לושיוס דייוויס, שהגיע בתחילת העונה והיה סגן מלך הסלים של הליגה, נבחר לחמישיית העונה בליגה. בנוסף לו בלטו הזרים דריל וילסון וג'ון ג'קסון וכן הישראלים גיא גודס ואבישי גורדון.
דייוויס נשאר בקבוצה, אליה צורפו גם השחקן הישראלי גילי מוסינזון והזרים מארק דייוויס, קלי מקארתי וכריס גארנר. הקבוצה סבלה מחוסר יציבות, מקארתי עזב בינואר להפועל ירושלים, ועזולאי הוחלף לקראת סוף עונת 2003/2004 בחנוך מינץ. מכבי ראשון לציון סיימה את העונה במקום ה-10 בלבד. לושיוס דייוויס, שהיה מלך הסלים של הליגה בעונה זו, עזב את הקבוצה בתום שנתיים במועדון, בהן קלע 1,135 נקודות וכך הוא ניצב עם עזיבתו במקום ה-3 בטבלת הקלעים המובילים בהיסטוריית המועדון, ונכון להיום (2021) הוא במקום ה-6. לאחר 12 מחזורים בעונת 2004/2005 פוטר מינץ והוחלף על ידי גיא גודס, שפרש ממשחק במדי ראשון לציון בסוף העונה הקודמת. הקבוצה סיימה את העונה הסדירה במקום ה-8, וכך השתתפה בסדרת פלייאוף מול מובילת הטבלה מכבי תל אביב, בו הפסידה 0–3. יתר על כן, הגיעה הקבוצה לחצי גמר הגביע, בו הובסה על ידי אותה מכבי תל אביב 111:87. באותה עונה בלטו מאליק דיקסון, שהיה מלך הסלים של הליגה, וארווין דאדלי, שהיה מלך הריבאונדים. לצידם היו שחקנים כאנטון הול וקווין שפרד, כשכל הארבעה לא נשארו בקבוצה גם לעונה הבאה.
עם גודס כמאמן חוותה מכבי ראשון לציון התאוששות מהשנים הקשות שפקדו אותה. הגיעו זרים כעומאר סניד, ראיין סידני, ג'ון גילכרייסט ולי מתיוס וכן הישראלים אור איתן ומורן רוט, שהיו ממוביליה בעונת 2005/2006. ראשון לציון סיימה את העונה הסדירה במקום ה-3. לראשונה בהיסטוריית הליגה הונהגה שיטת "הפיינל פור", ולכן פגשה ראשון לציון את הקבוצה שסיימה במקום השני, הפועל ירושלים. ראשון לציון הפסידה לה בתוצאה 66:65, במשחק שהוכרע בשנייה האחרונה על ידי הוראס ג'נקינס. במשחק על המקום השלישי ניצחה את עירוני נהריה. סניד ואיתן נבחרו לחמישיית העונה, וגודס למאמן העונה. בתום העונה עזבו רבים משחקניה וכן גודס את הקבוצה, ואת תפקיד המאמן תפס גלעד כץ. גביע ווינר הוקם בקיץ 2006, וראשון לציון העפילה לגמר הראשון בתולדותיו, שם הפסידה לעירוני אשקלון 79:73. כמו כן, שבה הקבוצה להשתתף במפעלים אירופיים, כשלקחה חלק ביורוקאפ. הקבוצה הודחה בשלב הבתים עם מאזן 4:2. לאחר 16 מחזורים בעונת 2006/2007, בהם ניצחה הקבוצה רק 5 פעמים, שב עדי אזולאי לאמן את הקבוצה במקומו של כץ. הקבוצה התאוששה קמעה ועלתה למקום ה-8, וכך נמנעה מירידה לליגה הלאומית. בעונה זו הרבו לקלוע לקבוצה שחקנים כג'ארל בלסינגיים, בריאן טולברט ובראיינט מרקסון, כשלצידם שיחקו הישראלים איתי לב וגיא קנטור.
הקבוצה המשיכה להתקשות גם בעונת 2007/2008, ולאחר 12 מחזורים בהם הצליחה לנצח רק 4 פעמים, החליף עופר ברקוביץ' את אזולאי. הקבוצה סיימה את העונה במקום ה-9 ולפני האחרון, ובשל הרחבת הליגה מ-10 ל-12 קבוצות בעונה שלאחר מכן, רק נועלת הטבלה ירדה לליגה השנייה. עומאר סניד שב לקדנציה שנייה אך לא הצליח להרים את הקבוצה, סדריק בנקס הזר ועודד שעשוע הישראלי הצטרפו בתחילת העונה ובלטו לצידו כקלעי הקבוצה, כמו גם בלסינגיים ומרקסון שהמשיכו מהעונה הקודמת ויכולתם דעכה. ב-2008 נבנה היכל הספורט בית מכבי, שהפך לאולם הביתי של הקבוצה ונחנך ב-5 באוקטובר, במשחק מול אולימפיאקוס. בתחילת עונת 2008/2009 אימן את הקבוצה זיו ארז, אך לאחר הפסדים ב-4 משחקי הליגה הראשונים הוא פוטר והוחלף על ידי מיקי דורסמן, שבעצמו עזב את התפקיד לאחר ניצחון בודד ב-4 משחקים. ברקוביץ' שב לאמן את הקבוצה במקום דורסמן, הקבוצה סיימה את העונה במקום ה-11 ולפני האחרון והשתתפה בפלייאוף תחתון על הישארות בליגה, בו גברה בסדרה 0–3 על גבעת שמואל. בעונה זו הובילו את קלעי הקבוצה השחקנים דימרקו ג'ונסון, לארי אובאנון ורוברט קונלי, כשהישראלים הבולטים היו גילי מוסינזון ואבי סוכר, ששניהם שיחקו בתקופה קודמת במועדון, ושעשוע.
העשור השני של המאה ה-21.
לקראת עונת 2009/2010 עברה הקבוצה מספר שינויים במטרה לשפר את מצבה. אפי בירנבוים מונה למאמן הקבוצה וצורפו שחקנים זרים כארון מגי, דארל טאקר ואוגונה אוניקווה, לצד הישראלים אבי בן-שימול ומאיר טפירו, וכמו כן לארי אובאנון המשיך עונה נוספת במועדון. טפירו היה מלך האסיסטים של הליגה, בן-שימול היה במקום השלישי, אך הקבוצה סיימה במקום ה-7 בלבד, והיא פגשה ברבע גמר הפלייאוף את הפועל ירושלים, שגברה עליה בסדרה 1–3. בירנבוים נותר בתפקידו, אך סגל השחקנים עבר רענון פעם נוספת. מבין הבכירים נשארו רק מגי וטאקר, ששוחרר בעצמו במהלך העונה. דוויין מיטשל, איזייה סוואן וריימר מורגן הזרים הגיעו, בנוסף לניצן חנוכי הישראלי. את עונת 2010/2011 סיימה מכבי ראשון לציון במקום ה-5 וכך העפילה לפלייאוף. ברבע גמר הפלייאוף, הצליחה הקבוצה להפוך את יתרון הביתיות, שהיה בידי בני השרון, ואף במשחק 4 חזרה מפיגור דו-ספרתי וניצחה בהארכה. היא עלתה לפיינל פור, שם הובסה על ידי מכבי תל אביב 100:77. במשחק על המקום השלישי הובסה על ידי הפועל ירושלים. מיטשל נבחר לחמישיית העונה.