צמיחת הגודל של המבנים בעיר הבירה הובילה לאדריכלות הנשענת על עמודים שהמרחק ביניהם היה קבוע בהתאם לקן, יחידת מידה יפנית השווה לקצת פחות משני מטרים. הקיסרי הגדיר את התחלת הסגנון האריסטוקרטי שנקרא , והתאפיין במבנים סימטריים שנבנו כזרועות התוחמות גן פנימי. גן זה השתמש ב כדי להשתלב לכאורה עם הנוף הרחב יותר. דוגמה מהותית ששרדה מאדריכלות שינדן-זוקורי היא אולם הפניקס של מקדש שנבנה ב-1053 בעיר אוג'י, הנמצאת דרום-מזרחית לקיוטו. האולם בנוי כמבנה מלבני המוקף בבריכה מלאכותית, עם שני מסדרונות בצורת L משני צידיו, ומסדרון אחורי העובר מעל הבריכה ומתחבר לקרקע מאחור.
בתקופה זו הסגנון האדריכלי של המקדשים הבודהיסטיים החל להשפיע על הסגנון של מקדשי השינטו. במקדשי השינטו החלו לצבוע את העצים, שלפני כן בדרך כלל נבנו ללא גימור, בצבע הצינובר האדום האופייני לבודהיזם. בחלקה המאוחר יותר של תקופת הייאן הייתה בנייה מתועדת ראשונה של בתים עממיים בסגנון , שהתאפיינו בשימוש בחומרים ועבודה מקומיים, ונבנו בעיקר מעץ עם רצפות מאדמה וגגות סכך.
תקופות קאמאקורה ואשיקאגה (מורומאצ'י).
בתקופת קאמאקורה (1185–1333) ובתקופת מורומאצ'י (1336–1573), הייתה התקדמות טכנולוגית באדריכלות היפנית, שפנתה לכיוון שונה במקצת מהאדריכלות הסינית. השינויים נבעו מדרישות מקומיות כמו עמידות לרעידות אדמה, ובניית מחסה מפני גשמים עזים וחום הקיץ. במענה לדרישות, יצרו נגרי אמן את סגנונות האדריכלות היפניים ("בודהה גדול") ו ("סגנון הזן").
תקופת קאמאקורה החלה בהעברת השלטון ביפן מהחצר הקיסרית לשוגונות קאמאקורה, שנוסדה על ידי מינאמוטו נו יוריטומו. ב (1180–1185) נפגעו מבנים מסורתיים רבים בנארה ובקיוטו, כמו טודאי-ג'י ו, שנשרפו בשנת 1180 על ידי טאירה נו שיגירה משבט טאירה. רוב המקדשים נבנו מחדש מאוחר יותר על ידי שוגונות קאמאקורה כדי לאחד ולחזק את שלטון השוגון.
בתקופת קאמאקורה האדריכלות הייתה פחות מפורטת ועשירה מאשר בתקופת הייאן, והתאפיינה בפשטות עקב הקשר שלה לסדר צבאי. מגורי סמוראים נבנו בסגנון בוק-זוקורי שדמה לסגנון השינדן-זוקורי, והבניינים היו מוקפים בחפירים צרים או שוחות. הגנת המבנים הייתה בעדיפות ראשונה, והם נבנו כשהם מקובצים תחת קורת גג אחת ולא סביב גן. גני הבתים מתקופת הייאן הפכו לרוב למגרשי אימונים.
אחרי נפילתה של שוגונות קאמאקורה ב-1333, קמה שוגונות אשיקאגה, שמאוחר יותר קבעה את מושבה במחוז קיוטו במורומאצ'י. קרבת השוגון לחצר הקיסרית הובילה ליריבות בדרגים העליונים של החברה, שגרמה לצריכת מוצרי יוקרה ולניהול אורח חיים ראוותני. בבתים אריסטוקרטיים בוצעו שינויים מסגנון הבוק-זוקורי הפשוט כדי להתאימם לסגנון השינדן-זוקורי הקודם. דוגמה לאדריכלות ראוותנית זו היא המקדש המוזהב קינקאקו-ג'י בקיוטו, המעוטר בלכה ועלי זהב, בניגוד למבנים פשוטים אחרים עם גגות פשוטים. בניסיון לרסן את עושר המעמדות העליונים, הנהיגו אדוני הזן את טקס התה היפני, ונבנו בתי תה (צ'שיצו) בגודל צנוע עם פרטי בניין וחומרים פשוטים. הסגנון קבע אדריכלות למגורים במבנים קלים ואינטימיים יותר, שהתבססו על עמודים דקים וקורות עץ עם פוסומה, מחיצות הזזה פנימיות, ושוג'י, קירות הזזה חיצוניים. מחצלות טטאמי, שבתקופת קאמאקורה הונחו לרוב על הרצפה, עברו בתקופת מורומאצ'י למחצלות בגודל קבוע הצמודות זו לזו, ושטח רצפה טיפוסי של בית תה נקבע לארבע וחצי מחצלות. בתכנון הגן, החליפו עקרונות הזן את המים בחול או חצץ כדי ליצור את הגן היבש מטיפוס קארסנסואי, כפי שמדגים הגן במקדש הזן בקיוטו.
תקופת אזוצ'י-מומויאמה.
בזמן (1467–1477) בתקופת מורומאצ'י, התפתחה אדריכלות הטירות ביפן. בתקופת אזוצ'י-מומויאמה (1568–1600) עברה יפן תהליך של איחוד, לאחר תקופה ארוכה של מלחמת אזרחים. כל שליט הורשה לבנות טירה אחת משלו, והתקופה נקראת על שם טירות השליטים הבולטים של התקופה, שנבנו כסמלים לכוחם: טירת אזוצ'י שנשלטה על ידי אודה נובונאגה, וטירת מומויאמה שנשלטה על ידי טויוטומי הידיושי, ממשיך דרכו של אדונו המנוח נובונאגה, שאיחד את כל יפן תחתיו, וקבע חוק שאסר על כל המעמדות לשאת נשק, מלבד מעמד הסמוראים.
הטירה שנבנתה, בדרך כלל הייתה מורכבת ממגדל הטירה שנקרא "טנשו", "הגנת גן העדן" ביפנית, והיה מוקף בגנים ובבניינים מבוצרים. הכל נבנה בתוך קירות אבן מסיביים והוקף בחפירים עמוקים. חללי הפנים הכהים של הטירות עוטרו לרוב על ידי אמנים, והופרדו זה מזה עם פוסומה, מחיצות הזזה, וביובו, פרגודים מתקפלים.
סגנון השואין-זוקורי, שמקורו בצ'שיצו (בית התה) של תקופת מורומאצ'י, המשיך להיות מעודן. מרפסות מקורות קישרו את הפנים של מבני המגורים לגנים חיצוניים המעובדים היטב. הפוסומה והביובו עוטרו בציורים מדוקדקים, ולעיתים קרובות שימש חדר פנימי עם גומחה (טוקונומה) ומדפים לתצוגה של עבודות אמנות, בדרך כלל עם מגילה תלויה.
טירות מצומוטו, קוממוטו והימג'י, הידועה כטירת האנפה הלבנה, הן דוגמאות מצוינות לטירות התקופה, ואילו בקיוטו היא דוגמה לאדריכלות טירה המשולבת בזו של ארמון קיסרי, כדי ליצור סגנון המתאים יותר להשפעה הסינית של המאות הקודמות.
תקופת אדו.
תקופת אדו, המכונה גם תקופת טוקוגאווה, החלה בשנת 1603 והסתיימה בשנת 1868, עם ביצוע הרסטורציה של מייג'י. בתקופת אדו שלטה ביפן שוגונות טוקוגאווה, שבירתה הייתה אדו, וב-1869 שינה הקיסר מוצוהיטו את שמה לטוקיו כשעבר אליה מקיוטו. התקופה החלה עם כינון השוגונות על ידי טוקוגאווה איאיאסו, והסתיימה בכניעתו של השוגון האחרון טוקוגאווה יושינובו.
שוגונות טוקוגאווה בנתה את , שסביבה נבנו בניינים של ממשל המדינה ובתי מגורים לדאימיו המחוזיים. העיר התפתחה סביב בניינים אלה, שהיו מחוברים ברשת של דרכים ותעלות. בשנת 1700 גדלה האוכלוסייה למיליון תושבים. המחסור במרחב לאדריכלות מגורים גרם לבניית בניינים של שתי קומות, שלעיתים קרובות נבנו על גבי בסיסי אבן מוגבהים.
בניית , בתים עירוניים, הייתה קיימת מאז תקופת הייאן. בתקופת אדו, הבתים החלו להיות מעודנים. בדרך כלל נבנתה מאציה בחלקות עמוקות וצרות הצמודות לרחוב (רוחב החלקה העיד על עושרו של הבעלים), לעיתים קרובות עם בית מלאכה או חנות בקומת הקרקע. על הגג הונחו רעפים במקום סכך, ולעיתים קרובות כוסה בטיח העץ החשוף של הבניין, כדי להגן עליו מפני אש. מנגד, נבנו מבנים ראוותניים, שהפגינו את עושרם ועוצמתם של האדונים הפיאודליים, כמו הקמייאשיקי (האחוזה העליונה) של הדאימיו , שנבנה במאה ה-17 מחוץ לטירת אדו, או אחוזת אושיטה באוזון, הנמצא ברובע היגאשי במרכז נגויה.
בתקופת אדו התחוללו שריפות הרסניות, ו בשנת 1657 הייתה נקודת מפנה בתכנון העירוני. כשיטה להפחתה בהתפשטות האש, בנתה הממשלה סוללות אבן לפחות בשני מקומות לאורך נהרות בעיר אדו. במהלך הזמן נהרסו הסוללות, והוחלפו במחסני דוזו, ששימשו כמעצורי שרפה לצד אחסון סחורות שנפרקו מהתעלות. הדוזו נבנו ממסגרת מבנית העשויה עץ ועליה ציפוי במספר שכבות של טיח אדמה על הקירות, הדלת והגג. מעל הגג מכוסה האדמה, נבנתה מסגרת עץ לגג הרעפים. יפנים שלמדו עם ההולנדים בתחנת הסחר דג'ימה, צידדו בבנייה באבן ולבנים, אך בנייה זו לא בוצעה בגלל פגיעותה לרעידות אדמה.
מאציה ומחסנים מסוף התקופה התאפיינו בצביעת כיסוי האדמה על הקירות החיצוניים בצבע שחור, שנוצר על ידי הוספת שחור לסיד עם קונכיות כתושות של צדפות. הקווים הנקיים של האדריכלות האזרחית בתקופת אדו השפיעו על סגנון סוקיה של אדריכלות המגורים. ארמון הקיסר בקאטסורה, קיוטו, והווילה הקיסרית שוגאקו-אין בפאתי קיוטו מדגימים סגנון זה, שהתבטא בבנייה בקווים ובעיצוב פשוטים, ועשיית שימוש בעץ במצבו הטבעי.
בסוף התקופה של מדיניות סנקין קוטאי, בוטל החוק שחייב את הדאימיו לשמור על מגוריהם באדו עיר הבירה, מה שגרם לירידה באוכלוסיית אדו ולירידה בהתאם בהכנסות השוגונות.
תקופות מייג'י, טאישו וראשית תקופת שווה.
לקראת סיומה של שוגונות טוקוגאווה, החלה להיראות השפעה של אדריכלות מערבית במבני צבא ומסחר, בעיקר במתקנים ימיים ותעשייתיים. עד שנת 1867 שלטו ביפן השוגונים במשך מאות שנים, והקיסר היה סמל נטול כוח. בשנה זו עלה לשלטון מוצוהיטו בגיל 14, ונקרא מייג'י, "שלטון נאור" ביפנית. בארבע השנים הראשונות החלה רסטורציית מייג'י, אחרי שיפן הייתה בסגר מרצון במשך יותר משתי מאות, שגרם לקפאון כמעט מוחלט בהתקדמות הטכנולוגית. ב-1890 נחקקה חוקת מייג'י (חוקת האימפריה היפנית), שהייתה בתוקף עד כניעת יפן במלחמת העולם השנייה ב-1945. בתקופת מייג'י, שהסתיימה ב-1912 עם מותו של קיסר המייג'י, החלה יפן בתהליך מהיר של התמערבות, שהוביל לצורך בסוגי בניינים חדשים כמו בתי ספר, בנקים ובתי מלון. אדריכלות המייג'י המוקדמת הושפעה מהאדריכלות הקולוניאלית שהייתה ב הסיניים כמו הונג קונג (בריטניה) ומקאו (פורטוגל). בנגסאקי בנה הסוחר הבריטי תומאס בלייק גלובר בית בסגנון מערבי, שבוצע על ידי נגרי אמן יפניים. בהשפעתו צמחה קריירת האדריכל , שתכנן את באוסקה בשנת 1868, בניין לבנים ואבן ארוך ונמוך, עם פורטיקו וגמלון מלבני. בטוקיו תכנן ווטרס את המוזיאון המסחרי, שנחשב לבניין הלבנים הראשון בעיר.