בשנת 1700 החליף בית בורבון את בית הבסבורג בספרד והחל ברפורמות כלכליות שעודדו את הסחר בסנטו דומינגו. השליטה הקשיחה של הכתר במסחר במושבות הוקלה, והמגבלות שהוטלו בעבר על הסחר בין המושבות ובין עצמן הוקלו אף הן. ה"Flotas" האחרונות יצאו מן האי בשנת 1737. שיטת המונופול של הכתר בנמלים הופסקה סמוך לאחר מכן. באמצע המאה ה-18 גדלה אוכלוסיית האי עקב הגירה מהאיים הקנריים. האזורים הצפוניים שהיו שוממים מאדם יושבו שוב, וסחר העבדים חודש. אוכלוסיית סנטו דומינגו גדלה מ-6,000 נפשות בשנת 1737 ל-125,000 בשנת 1790. מהם כ-40,000 היו בעלי אדמות לבנים, כ-25,000 אפריקנים או מולאטים חופשיים, וכ-60,000 עבדים שחורים. עם זאת, הואיל והיספניולה הייתה אך מושבה אחת מני רבות של ספרד בעולם החדש, נותר השטח הספרדי בהיספניולה באופן יחסי עני ומוזנח, בעוד שהשטח הצרפתי הפך למושבה המשגשגת ביותר בעולם החדש באותה התקופה. הגורם לכך הייתה השקעת תשומת לב רבה במושבה, שהייתה אחד מהנכסים המועטים בידי צרפת, שבהם ניתן היה לגדל מטעים. ב-1795 ויתרה ספרד לטובת צרפת על חלקה בהיספניולה במסגרת הסכם אירופי בין מספר מעצמות, שכונה שלום בזל.
המהפכה בהאיטי והשפעתה.
ב-1791 פרץ מרד העבדים בהאיטי, בהנהגת המהפכן השחור טוסן לוברטיר. ספרד ראתה בחוסר השקט הפוליטי באי הזדמנות להשיב את כולו לידיה, ובברית של נוחות עם יריביה האנגלים, ניסתה ב-1798 לכבוש את האי, אך הובסה בידי לוברטיר. ב-24 בינואר 1801 כבש לוברטיר את סנטו דומינגו, לאחר שביצר את שליטתו המלאה בהאיטי. לוברטיר הכריז על שחרור העבדים, ומינה ועדה לכתיבת חוקה שנכנסה לתוקף ביולי 1801 ולפיה היה האי מאוחד, העבדות נאסרה בכל שטחו, ולוברטיר הוכרז לשליט האי לכל ימי חייו. נפוליון, ששלט בצרפת, ולוברטיר התיימר לפעול בשמו, לא ידע מה יעשה בשליט החדש. בתחילה אישר את פעולותיו, אך לאחר מכן הבין כי הדבר עלול להביא לאובדנו של האי היספניולה כמושבה מביאת רווחים. לבסוף הוחלט לשלוח את גיסו של נפוליון, הגנרל שארל לקלרק בראש משלחת צבאית לאי, שנחתה על אדמתו בינואר 1802.
על אף שצבאו של לקלרק זכה להצלחה התחלתית, ואף הצליח לאסור את לוברטיר ולשלחו באזיקים לצרפת, נמשכה ההתנגדות לצבא הצרפתי בכל עוז במהלך השנים 1802 ו-1803. המנהיג השחור ז'אן-ז'אק דסאלין, קיסר האיטי ועמו המנהיג המולאטי אלכסנדר פטיון, המשיכו במאבק. בשנת 1803 תקפה מחלת הקדחת הצהובה את הצרפתים, והרגה רבים מהם, וביניהם מפקדם לקלרק. מצור ימי בריטי, ואובדן עניין של נפוליון במושבות במערב, בעקבות מכירת לואיזיאנה לארצות הברית חתמו את גורל חיל המשלוח הצרפתי. ב-1 בינואר 1804 הכריז דסאלין על הקמת רפובליקה על כל שטח האי היספניולה. על אף תבוסתם להאיטים, נותר חיל מצב צרפתי בשטח הספרדי לשעבר במזרח האי. העבדות כוננה מחדש, ורבים מן המתיישבים הספרדים הוותיקים שנמלטו בשנות המהפכה ההאיטית שבו אל האי. ב-1805 הכתיר דסאלין את עצמו לקיסר ז'אק הראשון, וניסה לכבוש את שטחה של סנטו דומינגו. הוא נרתע אל מול שייטת צרפתית שהופיעה בנמל העיר. במהלך נסיגתם דרך עמק הסיבאו בזזו ההאיטים את הכפרים והעיירות שעמדו בדרכם, רצחו את תושביהם, והניחו את הבסיס לאיבה העמוקה השוררת מאז בין העמים.
הצרפתים החזיקו מעמד בחציו המזרחי של האי, עד שהתקוממות של התושבים ממוצא ספרדי הביאה לתבוסתם בקרב פאלו אינסנדו ב-7 בנובמבר 1808 ולכניעתם הסופית מספר חודשים לאחר מכן. לאחר מצור קצר נפלה סנטו דומינגו לידי המתמרדים ב-9 ביולי 1809. השלטונות הספרדים גילו עניין מועט במושבה החדשה שנפלה לידיהם. משפחות החוואים הגדולות הפכו לשליטות באזורי דרום-מזרח האי, ולא היו כפופות לשלטון מרכזי כלשהו. ב-30 בנובמבר 1821 הכריז המושל הספרדי חוסה נונייס דה קאסרס, על עצמאותו של מזרח האי, בשם "הרפובליקה של האיטי הספרדית" - "Haiti Español", וביקש לצרפה לפדרציה של רפובליקת קולומביה הגדולה שייסד סימון בוליבר בצפון יבשת דרום אמריקה באותה התקופה. תשעה שבועות לאחר מכן שבו בני האיטי, בראשות ז'אן פייר בואייה, וכבשו את מזרח האי, בהכריזם על איחודו של האי היספניולה תחת שלטון האיטי.
שנות הכיבוש על ידי האיטי.
שליטתה בת עשרים ושתיים השנים של האיטי בשטחו המזרחי של האי היספניולה, זכורה על ידי התושבים כתקופה של משטר צבאי אכזרי, אך המציאות הייתה מורכבת בהרבה. בשנות המלחמה והמהפכה צברה האיטי חוב ענק לגורמי חוץ, ובמיוחד לצרפת, שהיה עליה לשלמו. כלכלת האי נסוגה לכלכלה חקלאית בסיסית, ושיטת הפרמאז' הפאודלית למחצה, שהונהגה על ידי דסאלין, ובה חויב כל אדם כשיר לעבוד במטעים כצמית, נותרה בתוקף על אף רצונו של בואייה להכריתה. כדי לנסות ולשפר את המצב, הנהיג בואייה רפורמה אגררית מקפת, לפי תוכנית שתוכננה ונזנחה עוד בימיה הראשונים של המהפכה. המטעים הגדולים חולקו ליחידות קטנות יותר, ותושבי הכפרים הוצמדו ליחידות חקלאיות קטנות, שלהן ניתנו מכסות ייצור.
כדי ליישם שיטה זו, הופקעו אחוזות רבות במזרח האי, ונעשו מאמצים לכפות את ייצורם של מוצרים הניתנים לייצוא. כן ניסה בואייה לכפות שירות צבאי, להגביל את השימוש בשפה הספרדית ולהכרית מנהגים עתיקי יומין כקרב התרנגולים. מאמצים אלו אך הובילו לביסוסה של זהות דומיניקנית נפרדת מזו של בני האיטי (ב"שפה, גזע, דת ומנהגים"). עם זאת, בתקופה זו נפסקה לחלוטין העבדות שזוהתה עד עתה עם חלקו המזרחי של האי.
חוקתה של האיטי אסרה על תושבים ממוצא אירופי להיות בעלים של מקרקעין, והמשפחות הוותיקות, בעלות האדמות, נושלו בכוח מרכושן. גם רכושה של הכנסייה הקתולית, שבני האיטי ראו בה חלק ממנגנון השיעבוד, הופקע. הממשלה הענייה לא הייתה מסוגלת לספק פרנסה לכוחות הכיבוש ששהו בחלקו המזרחי של האי, ואלו חיו ממה שהצליחו להחרים מהאוכלוסייה, לרוב בכוח. העבדים המשוחררים לא ראו בעין יפה את הניסיונות להכריחם לגדל יבולים לייצוא. בעיר סנטו דומינגו עצמה הראה הכיבוש את פניו האכזריות ביותר, ושם גם צמחה התנועה הלאומית לשחרור.
בין קבלת העצמאות לשלטון טרוחיו - 1844 - 1930.
קבלת העצמאות ושנות העצמאות הראשונות.
ב-1838 ייסדו שלושה תושבי מזרח האי, בנים למשפחות ממוצא אירופי, אגודת סתרים בשם "לה טריניטריה". חואן-פאבלו דוארטה, ראמון מטיאס מייה ופרנסיסקו דל רוסריו סנצ'ס התכוונו לחבור לתנועות מהאיטי שהתנגדו לשלטונו של שליט האיטי, בואייה, ולהכריז על עצמאות מזרח האי. ב-1843 נרצח בואייה והוחלף בידי שארל ריבייר-אראר. אראר כלא או גירש את החברים המובילים בטריניטריה. במקביל לאנשי הטריניטריה פעל בּוּאֶנָאוֶונְטוּרָה בָּאֵס על מנת לתאם עם הצרפתים את הפיכתה של סנטו דומינגו לפרוטקטורט. אנשי הטריניטריה, שהמגעים התגלו להם, ושאפו להקדים את באס, הכריזו ב-27 בפברואר 1844 על עצמאות מהאיטי. אל הטריניטריה חבר פדרו סנטנה, חוואי עשיר מאל סייבו שלרשותו עמד צבא פרטי של צמיתים עניים מהסוג המכונה בספרדית "peón".
משהגיעה הידיעה על הכרזת עצמאותה של הרפובליקה הדומיניקנית לאוזני הנשיא אראר, הוא הגיב מיד. צבאו של אראר, שכלל 25,000 חיילים, החל לצעוד לכיוון סנטו דומינגו ב-10 במרץ 1844, אך הובס בתוך ימים ספורים בידי צבאה של הרפובליקה החדשה, וגורש משטחה.
שנות העצמאות הראשונות.
חוקתה הראשונה של הרפובליקה הדומיניקנית התקבלה ב-6 בנובמבר 1844. החוקה אימצה משטר נשיאותי, והייתה באופן עקרוני מסמך ליברלי, אלמלא כללה את סעיף 210 שאותו כפה פדרו סנטנה בכוח על האספה המכוננת, ולפיו כל עוד נמשכת מלחמתה של הרפובליקה לעצמאות, נבחר סנטנה לדיקטטור. סמכויות אלו שניתנו לסנטנה אמנם סייעו לו לנצח במלחמה, אך גם שימשו אותו ככלי לרדיפת אויביו הפוליטיים, להגלייתם או להוצאתם להורג. במהלך העשור הראשון לעצמאות הרפובליקה ניסתה האיטי לפלוש לשטחה של הרפובליקה הדומיניקנית חמש פעמים: בשנים 1844, 1845, 1849, 1853 ו-1855 עד 1856. על אף שכל המתקפות הללו נהדפו, השתמש סנטנה באיום התמידי מצד האיטי כאמתלה להמשך שלטונו הדיקטטורי.
מערכת הדרכים ברפובליקה הייתה משובשת, והדבר הביא לכך שהאזורים השונים במדינה התפתחו בצורה נפרדת. בדרום התאפיינה הכלכלה בחוואות בקר, במיוחד באזורי הערבות שבדרום-מזרח המדינה, וכן בגידול עץ המהוגני, ומסחר בסוגי עץ נוספים. אזור זה שמר על אופי פאודלי כמעט. היחידה הבסיסית הייתה ה"אסיינדה" (hacienda), האחוזה. פרט לבעלי האחוזה הייתה רמת החיים של רוב התושבים בסיסית בלבד. בעמק סיבאו התרכזו האדמות העשירות ביותר במדינה, והחקלאים במקום נהנו מגידול טבק מובחר, שיוצא למדינות אירופה ובמיוחד לגרמניה. גידול הטבק דרש פחות שטח אדמה מחוואות הבקר, והמגדלים היו בעיקר חוואים בעלי חוות קטנות, שהעבירו את תוצריהם לנמלי סן פליפה דה פוארטו פלאטה וסן פרננדו דה מונטה קריסטי.
חוואי עמק הסיבאו יכולים היו להרוויח מן העצמאות, ולייצא את תוצרתם המבוקשת לאירופה ולעולם כולו. סנטנה הכריח חוואים אלו למכור לו את תוצרתם במטבע מקומי חסר ערך. לאחר מכן ייצא סנטנה את התוצרת למדינות החוץ עבור מטבע אירופי קשה, שהגיע לרוב לכיסו הפרטי. מנהג זה של נשיאי הרפובליקה הביא לחוסר יציבות שלטונית ולחילופי שלטון תכופים, שהעלו לשלטון, במהלך השנים הבאות, את הנשיאים מנואל חימנס ובואנאוונטורה באס, עד לשובו של סנטנה לנשיאות, לאחר שנה של מלחמת אזרחים, ב-7 ביולי 1857.
הסיפוח לספרד ומלחמת השבת העצמאות.