עד לשנות ה-50 היו פתחי הכוות מכוסים במכסי עץ שנבנו מחדש לאחר כל הטענה ונהרסו לצורך הפריקה. באוניות צובר מודרניות מוזחות דלתות הכוות ממקומן באמצעים הידראוליים, פעולה שניתנת לעיתים לביצוע על ידי איש צוות יחיד. מכסי הכוות יכולים לזוז קדימה, אחורה, לצדדים, או להתרומם ולהתקפל. מכסי הכוות חייבים להיות אטומים למים, שאם לא כן עלולים לפרוץ מים לספנה ולגרום לטביעת האונייה, כפי שאכן אירע לא פעם בעבר.
תקנות בינלאומיות באשר למכסי הכוות באוניות צובר גובשו לאחר טביעת האונייה MV Derbyshire. ב-Load Line Conference, כנס שנערך בשנת 1966, נקבעו דרישות שלפיהן מכסה הכווה באונייה חייב לעמוד בעומס של 1.74 טון למטר רבוע תחת לחץ מי הים, והדופן החיצונית שלו צריכה להיות בעובי מינימלי של 6 מ"מ. ההתאחדות הבינלאומית של חברות סיווג האוניות החמירו בדרישות התקן לחוזק מכסי הכוות, וקבעו דרישות אחידות (Unified Requirement S21) בשנת 1998. תקן זה מחייב, כי העומס שבו מכסה הכווה חייב לעמוד צריך להיות מחושב על פי שטח פני המכסה, מהירות האונייה ומיקום הכווה ביחס לחרטום.
גוף האונייה.
בתכנון אוניות צובר מושם דגש על קלות בנייתן ויעילות הטענתן ופריקתן. כדי להקל על בניית האונייה, מתוכננות אוניות הצובר כך שפני גוף האונייה חלקות מחרטום עד ירכתיים. אף שחרטום בולבוסי מקל על תנועת הספינה במים, מעדיפים מהנדסי אוניות לבנות לאוניות צובר גדולות חרטום פשוט ואנכי. כיוון שמבנה אוניות צובר הוא פשוט ככל האפשר, הן בדרך כלל איטיות יותר מספינות אחרות, אך על אף איטיותן הן יעילות למדי. אחת הדרכים למדידת יעילות האונייה היא השוואת המעמס המרבי של האונייה למשקלה כשהיא ריקה ממטען. אונייה בקטגוריית הנדימקס יכולה לשאת משקל הגדול פי חמישה ממשקל גופה.
לאוניות צובר ישנו חתך גוף אופייני לאוניות משא: הפינות העליונות והתחתונות של הספנה משמשות למכלי מי נטל, כך גם החלל שבין דפנות התחתית הכפולה. שיפוע המכלים בפינות התחתונות של הספנה מתוכנן גם כדי לייעל את טעינת האונייה. מהנדסי האונייה קובעים את זווית המכל כך שתעלה על זווית השיפוע הטבעי של החומר שאותו צפויה האונייה לשאת.
אף על התחתית הכפולה של האונייה קיימות מגבלות תכנוניות. החלל שבין הדפנות חייב להיות גבוה דיו כדי לאפשר מעבר של צנרת וכבלים, ואף מרווח דיו כדי לאפשר גישה בטוחה של אנשי הצוות לצורך בדיקת תחתית האונייה ואחזקתה. מאידך, קיימים אילוצי תכנון לחסכון במשקל גוף האונייה ולמניעת בניית חללי נפח בלתי מנוצלים.
גוף אוניות צובר בנוי מפלדה עם תכולת פחמן נמוכה (0.16-0.29 אחוז). בתחילת המאה ה-21 החלו חלק מיצרני האוניות להשתמש בפלדה בעלת תכולת פחמן גבוהה יותר, וזאת כדי להקטין את משקל האונייה. חלקים מסוימים באונייה, כמו ציר המדחף, עשויים פלדה יצוקה. בעבר נעשו ניסיונות לבנות אוניות צובר מבטון היצוק לתוך לוחות פלדה.
בעשור הראשון של המאה ה-21 גבר השימוש בדפנות כפולות (ולא רק בתחתית כפולה) בבניית אוניות צובר. עיצוב זה מגדיל את רוחב האונייה. היתרון בבניית דפנות כפולות הוא ביצירת חלל עבור אלמנטים מבניים, צנרת וכבלים. כך אלמנטים אלה אינם תופסים מקום בחלל הספנה. עיצוב כזה מגדיל את נפח הספנה, מפשט את המבנה הפנימי, ומיעל את פעולות הטעינה, הפריקה והניקיון. דפנות כפולות גם מגדילות את נפח תאי מי הנטל, דבר המגביר את יכולת הצוות להגדיל את שוקע האונייה בעת נשיאת מטענים קלים.
עיצוב חדש של אוניות צובר, המכונה "מבנה היברידי" (Hy-Con), מנסה לנצל את יתרונות שתי שיטות הבנייה: דופן כפולה ודופן אחת. במבנה היברידי נבנית האונייה עם דפנות כפולות רק בספנות הקדמית והאחורית, בעוד ששאר הספנות נבנות עם דופן אחת. מבנה זה מגביר את קשיחות ועמידות הספינה באזורים החשובים, ובו בזמן חוסך במשקלה הכולל.
כיוון שבניית אוניות צובר בעלת דפנות כפולות נעשה משיקולים כלכליים ולא משיקולים הנדסיים גרידא, יש הטוענים כי אוניות בעלות דפנות כפולות עוברות בדיקות סקר תקופתי פחות מקיפות ולכן סובלות מתופעות שיתוך הרסניות יותר. למרות ההתנגדויות, נכללו הדפנות הכפולות כדרישת תקן מחייבת באוניות בקטגוריות פנמקס וקייפסייז החל משנת 2005.
בשל אורכן ומשקלן, נמצאות אוניות הצובר בסיכון מתמיד של "שבירת הגב", שבר המתרחש במרכז האונייה, ולכן חוזקה האורכי של האונייה הוא אחד השיקולים ההנדסיים המרכזיים בעת תכנונה ובנייתה. מהנדסים ימיים עושים שימוש ביחס ידוע בין אורך האונייה ועובי הדופן שלה, כדי להתגבר על חולשה מבנית זו.
בטיחות.
בשנות ה-80 וה-90 היו מספר אירועי תאונות של אוניות צובר, ורבות מהן טבעו. בין השנים 1990 - 1997 לבדן, טבעו 99 אוניות צובר. מרבית מקרי הטביעה היו פתאומיים ומהירים, דבר שלא איפשר לצוות האוניות להימלט, וטבעו בהם יותר מ-650 אנשים. אסונות אלה - בתוכם מהווה טביעת האונייה MV Derbyshire בשנת 1980 נקודת ציון מיוחדת - הביאו לקביעת תקנות בטיחות בינלאומיות מחמירות לאוניות צובר במהלך שנות ה-90.
בעיות יציבות.
תזוזת מטען תפזורת בספנה היא אחת מהסכנות הגדולות ביותר ליציבותה של אוניית הצובר. הבעיה חריפה במיוחד במטעני גרעינים הנוטים לשקוע במהלך ההפלגה בים, וליצור חלל בין המטען לבין הדלת הסוגרת את הספנה מלמעלה. כאשר נוצר חלל מעל המטען בתוך הספנה, יכול המטען לנוע במהלך תנודות האונייה על פני הגלים. תנועת המטען עלולה לגרום לאונייה לנטות על צידה, דבר הגורם לתנועת מטען נוסף. פעולת שרשרת מעין זו עלולה להביא להתהפכות האונייה במהירות רבה.
אמנת SOLARS משנת 1960 נועדה לענות לסיכון זה. התקנות קבעו כי יש לבנות באוניות צובר מכלי מי נטל עליונים, שיספקו מענה לסיכון תזוזת המטען על ידי הגבהת מרכז הכובד של האונייה. על פי התקנות גם קיימת חובה ליישר את המטען בספינה בעזרת יעה אופני או דחפור. יישור פני המטען מפחית את שטח הפנים שלו, ובכך אף קטנה סכנת ההתלקחות הספונטנית של מטענים כגון פחם, עפרות מתכת ופסולת ברזל.
סכנה נוספת הנשקפת לאוניית צובר הנושאת מטען יבש, היא ספיגת לחות במטען. כאשר מלט או תפזורת גרגירית מתערבבים במים, הבוץ שנוצר בתחתית הספנה עשוי להפוך לנוזלי, לגרום בכך להחלקת המטען שמעליו ולפגיעה ביציבות המטען והספינה כולה. הדרך למנוע סכנה זו היא על ידי אוורור נאות של המטען וניטור מדוקדק של סימני מים.
כשלים מבניים.
בשנת 1990 טבעו 20 אוניות צובר ו-94 אנשי צוות אבדו עימן. בשנת 1991 טבעו 24 אוניות צובר ו-154 אנשי צוות טבעו עימן. אבדות אלה מיקדו את תשומת הלב להיבטי הבטיחות של אוניות הצובר ולקחים חשובים נלמדו, בין השאר באופן בנייתן. הלשכה האמריקאית לספנות (אנגלית: American Bureau of Shipping) הגיעה למסקנה כי טביעת האוניות הייתה קשורה ישירות לכשל מבני בספנות, ואילו חברת רישום לוידס הוסיפה כי דפנות הספנות לא עמדו בצירוף הכשלים של שיתוך מקומי, עייפות החומר ותפעול לקוי.
חקירות מקרי התאונה העלו דפוס התרחשויות ברור המביא לטביעת האונייה:
על פי תקנים שקדמו לאסונות הטביעה בשנות ה-90, היה על אוניית הצובר לעמוד בהצפת הספנה הקדמית בלבד מבלי שתטבע. אולם התקן לא נתן מענה לאפשרות שבה שתי הספנות הקדמיות מוצפות. תרחיש שבו שתי הספנות האחוריות מוצפות אינו טוב יותר, מכיוון שבמקרה כזה מוצף גם חדר המכונות במהירות, והאונייה נותרת ללא הנעה, חשופה לכוח הגלים, ולפיכך לסכנת טביעה. אם מוצפות שתי ספנות במרכז האונייה, העומס שנוצר על גוף הספינה עלול לגרום לה להישבר באמצעה.
חקירת מקרי הטביעה חשפה גורמי סיכון נוספים:
בטיחות הצוות.
מאז חודש דצמבר 2004 כל ספינות הצובר בקטגוריות פנמקס וקייפסייז נדרשות לשאת סירות הצלה, שעם ניתוקן הן מגיעות למים בנפילה חופשית. סירות אלו מוצבות בירכתי האונייה מאחורי גשר הפיקוד, ומאפשרות נטישה מהירה של הצוות במצב חירום. אחת הטענות המושמעות נגד השימוש בסירות הצלה בנפילה חופשית, היא כי אנשי הצוות נדרשים למידה מסוימת של כושר ניידות ולכושר גופני, כדי להיכנס לתוך הסירה ולנתקה מן האונייה. דווחו אף מקרי פציעה של אנשי הצוות במהלך נפילת הסירה לים, וזאת במקרים שבהם אנשי הצוות לא נקשרו כיאות בחגורות הבטיחות.
החל מחודש דצמבר 2002 תוקנו אף תקנות בינלאומיות שלפיהן חובה להתקין אזעקות המתריעות על מים גבוהים בספנות. במקרה של הצפה מסוכנת של הספנות, מאפשרת האזעקה לצוות לנטוש את הספינה במהירות רבה יותר. למרות כל התקנות המחמירות שתוקנו, כל חודשיים בממוצע טובעת אוניית צובר אחת על כל צוותה במקום כלשהו במי האוקיינוסים בעולם.
אוניות צובר בצי הסוחר הישראלי.
נכון לשנת 2006 היו בצי הסוחר הישראלי שש אוניות צובר (כולל אוניות ישראליות שהפליגו תחת דגל נוחות), במעמס כולל של 719,000 טון. אולם, נכון לשנת 1979 הפליגו בצי הסוחר 22 אוניות צובר, כל אחת מהן במעמס קטן יחסית, מהן 11 אוניות בדגל ישראל והשאר בדגלי נוחות, ומעמסן הכולל היה 774,600 טון. כושר המעמס של האוניות בצי הסוחר נותר, לפיכך, כמעט ללא שינוי מאז סוף שנות ה-70 של המאה ה-20.
הבחירה באוניות צובר קטנות יותר בשנות ה-70 נעשתה בשל מגבלת השוקע בנמלי ישראל נכון לאותה עת. מאז הועמקו נמל חיפה ונמל אשדוד, וסמוך לתחנות הכוח אורות רבין בחדרה ורוטנברג באשקלון אף נבנו מזחים מיוחדים המתאימים למובלות פחם בגודל קייפסייז.
במהלך השנים אבדו בים שתי אוניות צובר שהפליגו בצי הסוחר הישראלי:
מיץ' מיצ'ל
רציף הרברט סמואל
רחוב הרברט סמואל
טיילת ת&quot;א
טיילת תל-אביב
רש&quot;ב
טיילת תל-אביב יפו
טיילת ת&quot;א יפו
אוניית קירור