תזה נוספת שפיתח אייזנשטדט בשנותיו האחרונות, תוך זיקה חזקה לחקר החברה האזרחית, היא ניתוח של המחשבה המדינית המודרנית, בעיקר זו שהתפתחה אחרי מלחמת העולם השנייה.
כאן ציין אייזנשטדט שרובן של תורות אלה בין זו של ג'ון רולס ושל יורגן הברמאס או של הגישות הקומוניטריות, מהוות תרומות חשובות לפילוסופיה של המוסר, אך בה בעת הזניחו את ניתוח המרכיב הפוליטי ואת מרכיב הכוח בזירות הציבוריות השונות כולל הפוליטיות. כתוצאה מכך אין תאוריות אלה מתמודדות עם הבעיות המרכזיות של המערכות האלה, כפי שהן המתפתחות במסגרות תהליכי הגלובליזציה.
חקר החברה הישראלית.
הסוציולוגיה הישראלית.
חלק מרכזי בעבודותיו של אייזנשטדט היה ניתוח החברה הישראלית, ובעיני רבים הוא נחשב כאבי הסוציולוגיה הישראלית. עבודותיו והרצאותיו היוו יסוד למחקר הסוציולוגיה המודרנית של החברה הישראלית. הנדבכים הראשונים למחקרו זה היה הסמינר לחקר הסוציולוגיה של היישוב שנוסד ב-1946 באוניברסיטה העברית ביזמתו ובהנחייתו של מרטין בובר. במסגרת זו חקר אייזנשטדט יחד עם יונינה גרבר-טלמון דפוסי חיים במושבי העובדים. המחקר בוצע בסוף תקופת המנדט ובגלל נסיבות מלחמת העצמאות לא פורסם, אך שימש נקודת מוצא לעבודתה של טלמון על התנועה הקיבוצית.
ב-1952 פרסם אייזנשטדט בעברית את ספרו "קליטת עלייה" (תורגם לאנגלית ב-1954). ספר זה הוא המחקר הסוציולוגי המודרני הראשון בסוציולוגיה הישראלית. המחקר נעשה בשנים 1949–1950 ובחן את גלי העלייה הראשונים למדינה. אייזנשטדט מנה בספר שלושה תנאים הכרחיים להצלחת המהגרים במדינה החדשה: פיזור בין רבדים חברתיים שונים, תעסוקות שונות, והיקלטות של קבוצות עולים שונות בתוך המסגרות הקיימות תוך פיתוח יחסים ראשונים ביניהם בין קבוצות העולים. מחקרים שונים שבוצעו במסגרת מחקר גג זה במחלקה לסוציולוגיה של האוניברסיטה העברית על ידי חבריו ותלמידיו של אייזנשטדט היוו בסיס למחקר סוציולוגי של החברה הישראלית, מחקר שבבוא הזמן התפתח בכיוונים שונים ובהם גם ביקורתיים כלפי עבודותיו וכלפי מחקרים ראשוניים אלה. אייזנשטדט המשיך בעבודות על החברה הישראלית במאמרים שונים ובמספר ספרים בהם הציג מעקב מתמיד אחר תהליכי השינוי ובעיות היסוד של החברה הישראלית בתקופות שונות.
ספרו הראשון, "החברה הישראלית", מבוסס על ההרצאות שנתן באוניברסיטה העברית, והיוו בסיס לניתוח סוציולוגי שלה, ובהן הציג בצורה שוטפת את המערכת המוסדית והאידאולוגית של חברה זו כפי שגובשו בסוף תקופת המנדט ובעיקר ב-15 השנים הראשונות של המדינה, כשהוא מקיף את המערכת המוסדית, את התשתית האידאולוגית ההגמונית, וכן עוסק גם בבעיות קליטת גלי העלייה.
בספר מסווג אייזנשטדט את ישראל כחברת מהגרים-מתיישבים (ולא כחברה קולוניאלית שבה המהגרים מנצלים את כוח העבודה הזול של הילידים בלי להעניק להם זכויות כלל). הוא סובר כי היה מאבק בציונות בין בניית חברה קולוניאלית לבין בניית חברת מתיישבים, אך מאבק זה הוכרע לטובת חברה התיישבותית. עם זאת הוא סובר שבעקבות מלחמת ששת הימים ומלחמת יום הכיפורים גברו מאוד המגמות הקולוניאליות בישראל בעקבות הכיבוש.
בספר זה, כמו כבר במחקרים הראשונים על קליטת עלייה, הודגשו המגמות המנוגדות, והסתירות אשר התפתחו בחברה זו, במיוחד בין המגמות הכוחניות והבירוקרטיות שהתפתח בתוכה, לבין האתוס החלוצי וההשתתפות והוולונטריה, מגמות אשר בלטו בעיקר ביחסים בין העולים (במיוחד בין יוצאי ארצות ערב לבין הוותיקים), אך גם בין הוותיקים לבין הדור הצעיר שלהם עצמם. אייזנשטדט הדגיש ניגודים אלה במבוא למהדורה החדשה של הספר שיצאה ב-1973, ומאוחר יותר ובצורה מפורשת יותר, בספרו "החברה הישראלית ותמורותיה" שיצא ב-1989.
המגמות שהוזכרו לעיל הוגדרו על-ידו בעשור השני למדינה כ'דפוס של קונסרבטיביות (שמרנות) דינמית'. לטענתו זו הייתה חברה דינמית מבחינה דמוגרפית, כלכלית וארגונית, אך דינמיות המגובשת בדפוסים שהיו קיימים כמו בקיבוצים, במושבים ובמושבות, במערכות כמו זו של ההסתדרות ובמערכות ארגוניות וכלכליות כלל-ארציות כולל ביישובים העירוניים. אף שכל אלה משתנות תדיר והופכות לשמרניות בעיקר, גם אם לא רק, על ידי השכבות האשכנזיות המבוססות שהיו קשורות למערכות הפוליטיות העיקריות, המגבירות כתוצאה מזה את עמדות הכוח שלהם בתוכן ואת הריחוק מסקטורים אחרים בחברה.
התוצאות העיקריות של תהליכים אלה היו הגדלת הפערים הכלכליים הפוליטיים בין הקבוצות והמגזרים השונים בחברה בישראל, האטרופיזציה של התהליך הפוליטי, החלשה של ההשתתפות הפוליטית העצמאית של סקטורים שונים, הביורוקרטיזציה והאוליגרכיזציה הגוברת של מסגרות אלה, והתפתחותה של ה'בעיה העדתית' כבעיה מרכזית של החברה הישראלית.
כל אלה היוו ביטויים של מיצוי עוצמת החזון החלוצי הציוני ההגמוני בעיקר של תנועת העבודה, לא מתוך כישלון אלא מתוך הצלחה ניכרת, אך ההצלחה המלווה בהתגבשות של ניגודים פנימיים. תהליך זה מתרחש תוך שההנהגה מציגה את עצמה כנושאת החזון המהפכני ומצדיקה את הלגיטימציה שלה בלשון חלוצית, שוויונית ומשתפת, אך למעשה מפתחת פרקטיות המנוגדות להנחות אלה, וכשלכל אלה מתלווה מצב שבו הדפוסים המוסדיים הקיימים אינם מסוגלים עוד לספק תשובות יצירתיות לבעיות ושעלו בתקופה זו בעיקר כאשר כל המגמות הללו משתלבות עם שאלת בינוי הזהות הקולקטיבית של החברה הישראלית, אשר עלתה ביתר שאת אחרי מלחמת ששת הימים, ועם חילוקי הדעות בתוך החברה בעניין פתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני.
לדעתו של אייזנשטדט המהפך הפוליטי שהתרחש ב-1977 סימן את המפנה בתהליכי גיבוש והדינמיקה של החברה בישראל. היו אלה הבחירות לכנסת התשיעית שבעקבותיהן הליכוד עלה לשלטון, ובכך סיים את ההגמוניה של תנועת העבודה, הגמוניה שראשיתה בשלהי שנות ה-30 של המאה ה-20.
את הסיבות המיידיות למהפך זה ראה אייזנשטדט לא במרד של "שכבות המצוקה", אלא בסתימת דרכן של קבוצות אקטיביות, הן קבוצות מבין יוצאי ארצות ערב שעברו לתמוך בליכוד והן בתוך הדור הצעיר של הוותיקים אשר תמכו בד"ש, וראו שדרכם אל המרכזים הפוליטיים של החברה הישראלית חסומה. ברקע פעל גם ההלם ממלחמת יום הכיפורים, לאחר האופוריה שלאחר מלחמת ששת הימים, שהחליש את הלגיטימציה של ההנהגה הקיימת. השילוב בין תהליכים ומגמות אלו פתח באופן מחודש את מערכות הזהות הקולקטיבית של החברה הישראלית; ובה בעת שינה גם את יחסה של ישראל לסביבה הבינלאומית: אל ארצות ערב ואל הפלסטינים. המהפך הביא לשינוי מהותי בסדר היום החברתי-פוליטי והסיט מהמרכז לשוליים את הדיונים והעיסוק הפוליטי בבעיות של גיבוש דפוסים חברתיים פנים-ישראליים. במקומו הוצב במרכז ההווייה החברתית-קולקטיבית-קיומית הסכסוך עם הפלסטינים, וממנו נגזרו צורות, דפוסים ואופני גיבוש הזהות הקולקטיבית. תהליכים אלה עומדים במרכזם של הספר "תמורות בחברה הישראלית", בספרים, ובמאמרים האחרונים שלו העוסקים בחברה הישראלית.
ממד נוסף שהודגש ופותח בספר זה על החברה הישראלית וכן בזה על הציוויליזציה היהודית הוא הקשר בין התפתחותה של החברה הישראלית לבין הציוויליזציה היהודית והניסיונות ההיסטוריים של הקיבוצים היהודיים. בתקופה זו גם ערך אייזנשטדט יחד עם משה ליסק כנס שכותרתו "האם החזירה הציונות את היהודים להיסטוריה" ביד בן-צבי, שדבריו פורסמו מאוחר יותר בספר.
בעבודותיו השונות מסביר אייזנשטדט מדוע אינו מקבל את התזה שהגברת הסקטוריאליות בחברה הישראלית היוותה כשלעצמה סימן להתפוררות חברתית. לטענתו החברה בישראל הייתה תמיד סקטוריאלית, וההבדל הגדול בין התקופות השונות אינו מתמצה בעלייתם של סקטורים חדשים (העולים מברית המועצות לשעבר ומאתיופיה) ובהתגבשות דפוסים חברתיים בתוך סקטורים קיימים (כמו עליית מפלגת ש"ס בסקטור המזרחי), אלא גם בשינוי היחסים בין הסקטורים וביניהם לבין המסגרות החברתיות הרחבות. המאבק בין סקטורים שונים אינו רק כלכלי או פוליטי, אלא קשור לזיקה למרכז, ולמידת ואופי ההשתתפות בבינוי המרחבים והזירות הכלליות של החברה בישראל. אף שאין ספק שהמסגרות הסקטוריאליות והמגמות הבדלניות הקשורות בהן גברו בשנים האחרונות בחברה הישראלית, אין זה אומר שהסקטורים השונים אינם מפתחים גם אוריינטציות כלפי המסגרות המרכזיות של החברה. אחת המגמות המאפיינות תקופה זו ואת המאבקים אשר התפתחו בתוכה היא החלשה של המסגרות המוסדיות והבסיסים הנורמטיביים שלהן. כאשר בכל אלה מתפתחות מגמות חזקות של קריסה והתפוררות המשתלבות עם הניגודים והמתחים בין הסקטורים השונים ובמסגרות השונות באשר לדפוסי הזהות הקולקטיבית. מתחים וניגודים אלה בכיוונים שונים אף מנוגדים. כיוון אחד, אוניברסלי, המדגיש את זכויות האדם; וכיוון שני, פרטיקולריסטי, המדגיש את ההגמוניה הלאומית והדתית במסגרות שונות, כאשר המאבק ביניהם משתלב בניגוד הפוליטי בעניין פתרון של הסכסוך המדיני בין ישראל והפלסטינים, כשזה הופך להיות המוקד של השיח הפוליטי.
אחת המגמות המאפיינות תקופה זו והקשור במאבקים אשר התפתחו בתקופה זו הוא ההחלשה של המסגרות המוסדיות והבסיסיים הנורמטיביים שלהן, כאשר בכל אלה מתפתחות מגמות חזקות של קריסה והתפוררות, כאשר סכנה זו משתלבת עם הניגודים והמתחים בין הסקטורים השונים.