האירועים של פרוץ מלחמת העולם עוררו את רובר גמזון, מייסד ה-E.I.F, לפעול לפי המטרה אותה הציב הארגון רגע לפני תחילת המלחמה. המטרה הייתה להוציא את הילדים מהערים הגדולות, להעניק להם חינוך לערכים אנושיים ורוחניים כנגד אנטישמיות וגם חינוך מקצועי-חקלאי שיוכל להבטיח להם קיום בכל מקום אליו יגיעו. מיד לאחר מפגש ראשי התנועה בעיר קלרמון-פארן (Clermont-Farrand), בדרום-מרכז צרפת של וישי, החלו בחיפוש אחר מקומות שיתאימו כדי לפתוח בהם את מרכזי החינוך והחקלאות. הפעולה הארגונית לא הייתה מסובכת במיוחד, שכן כבר לפני כן הייתה תנועת הצופים מאורגנת לפי מחוזות: באזור הסן שוכנו 600-700 ילדים ובני נוער; באזור ליון ומרסיי - 200; באזור המזרח (אלזס-לורן) - 300-400; בצפון אפריקה (אלג'יריה-תוניסיה) - 500-600 ילדים.
רבים ממדריכי תנועות הנוער ומדמויות המפתח שלהן איבדו את חייהם במלחמה, ואילו אלה שהצליחו להישאר בעורף, היו חייבים להתרגל לאורח חיים שונה מזה שידעו לפני כן. צרפת הפכה ממדינה ליברלית ודמוקרטית לאדמת כיבוש, וממשל צבאי גרמני שהושלט בחלקו גם על "האזור החופשי". חברי תנועות הנוער לא יכלו להישאר פסיביים אל מול הדיוויזיות הגרמניות שנכנסו בהמוניהן דרך שער הניצחון לפריז. הם הבינו כי מרגע זה ואילך יש צורך בצורת פעילות חדשה, ובמקרים מסוימים פעילות קיצונית, כולל התנגדות פיזית לגרמנים.
הילדים שנזקקו להמשך לימודיהם במוסדות חינוכיים גרמו לבעיה חריפה אצל מדריכי ה-E.I.F. הם נאלצו לאלתר, ולנסות את כוחם כמורים בעזרת ציוד מאולתר. עד מהרה נתקלו חברי ה-E.I.F במחסור בכיתות, בנוסף למחסור במורים. רוב הילדים היו מפריז, ובשלב מאוחר יותר הגיעו גם מספר ילדים משטראסבורג. לאחר חתימת הסכם שביתת הנשק בין גרמניה הנאצית לצרפת ב-22 ביוני 1940 החלו הילדים ללמוד באופן שגרתי ומסודר. בינתיים הוריהם של הילדים החלו להטיל ספק בצורך בפינוי שבוצע זה מכבר. בשל כך, ההורים קראו להחזיר את ילדיהם לבתיהם. המדריכים ניסו לשכנע את ההורים כי השקט המדומה ששורר עתה בגבולות הוא מטעה בלבד, וכי בעתיד הקרוב יתברר כי אקט הפינוי הוא מוצדק לחלוטין. הספקנות לא ארכה זמן רב, שכן מחודש מאי החלה החזית לנוע במהירות.
התארגנות תנועת הצופים היהודים באזור החופשי.
ברגעים האחרונים לפני פרוץ המלחמה החלה תנועת הצופים היהודים בארגונה לקראת הבאות. התארגנות זו העניקה לצופים יתרון בכך שהחזרה מהמלחמה הייתה "חלקה" יותר, ולא נוצרה הפסקה משמעותית בפעילות התנועה עם חזרת המדריכים מקו החזית. בשל חשש מהפצצות הגרמנים הכינו הצופים היהודים מבעוד מועד מקומות התיישבות באזורים חקלאיים, לצורך המשך פעילות תקינה. הבעיה הכלכלית תהיה פחות קשה באזורים אלה, כך האמינו מדריכי התנועה, מאחר שלפחות מזון היה שם. שובם של המדריכים המגויסים אפשר את הגשמתו של רעיון ההכנה לחיים מקצועיים יצרנים. על פי הצעתו של אדוארד (בולי) סימון, אחד ממדריכיה הבכירים של התנועה, הוקמו בתי מלאכה לעבודות עץ ומתכת, כריכת ספרים ועבודות מחט.
ב-19 ביולי 1940 נפגש גמזון בעיר קלרמון פארן עם ראש הצופים היהודים של שטרסבורג, פרדריק המל ("שמו"), וביחד הם יזמו תוכנית רשמית שאושרה ב-18 באוגוסט על ידי ראשי ה-E.I.F בעיר מואסאק (Moissac). הם החליטו להגדיל את מספר בתי הילדים, ליצור קבוצות צופים בכל ערי האזור הדרומי ולפתוח מרכזים חקלאיים ללימוד מקצועות פרודוקטיביים. המטרות היו להוציא את הצעירים היהודים מהערים, לתת להם הכשרה המדגישה את הערכים ההומאניים והרוחניים של היהדות ולכוון אותם למקצועות פרודוקטיביים.
לבה של תנועת הצופים היהודים החל להתלכד סביב מואסאק - בה הוקם עם הכיבוש הגרמני המרכז המנהלי של מכלול מוסדות לילדים יהודים שאיבדו את הוריהם במהלך המלחמה, ומרכז תנועת ה-E.I.F עצמה. כדי להכשיר מדריכים ארגן ה-E.I.F באמצע ספטמבר 1940 מחנה בוויארוז (Viarose) שחלק ממשתתפיו היו ותיקי התנועה.
פעילות הקמת סניפים התרחבה ביתר שאת ברחבי האזור הדרומי, ולא בכדי. ביולי 1941 הוכרו הצופים היהודים על ידי משטר וישי כארגון לגיטימי המשרת את המטרות המוצהרות של וישי, ובעיקר את אידיאל "השיבה אל הקרקע". ההכרה בחוקיות התנועה לוותה בהזרמת התקציבים לפעילותה באופן סדיר וקבוע. בכל עיר גדולה נפתח מטה תנועה, ובו פעלו קבוצות של חניכים ומדריכים יהודים. אופוריה זו הסתיימה עם פרסום הצווים הגרמנים לביטול התארגנות יהודית והקמת ארגון גג במתכונת של יודנראט יהודי, ה-UGIF. הצופים היהודים הפכו לתנועה בלתי לגאלית אשר פעילותה הייתה אסורה על פי החוק. על אף האיסורים התארגנה הפעילות של הצופים במסווה של פעילות במועדוני נוער. הפעילות התבצעה ברובה על ידי מדריכים ופעילים מתנדבים של הצופים עצמם בשיתוף ובתמיכה של "הג'וינט", ארגון סעד כספי של יהודי ארצות הברית.
העבודה הבלתי לגאלית של תנועת הצופים קדמה לירידתה הרשמית למחתרת עם הקמת קבוצת המחתרת- "השישית". הצופים קיימו פעילויות חברתיות וסיעודיות בקרב ילדי מחנות ההסגר ברחבי צרפת, כשהעיקרי ביניהם הוא מחנה המעצר גירס. פעילות זו הייתה פעילות שגרתית, וניתן היה לראות במחנות נוכחות מתמדת של נערים ונערות לבושי מדים שנתנו תקווה וסייעו בכל דרך אפשרית ליושבי המחנות הצעירים שחיו בתנאים לא תנאים והיו בסכנת חיים מתמדת מדי יום. עם תחילת הגירוש של יושבי המחנות בשנת 1942 למחנה המעבר 'דראנסי' הבינו ראשי הצופים כי יש לפעול בצורה חשאית להברחת יהודים, בעיקר ילדים, אל מחוץ למחנות. דניס סיקירסקי מספרת על אחד הניסיונות לעזור ליהודי המחנה 'לה במיל' באזור העיר מרסיי. למחנה 'לה-מיל' נשלחו אלפים מיהודי האזור אשר היגרו לצרפת לאחר שנת 1936. תנועת הצופים במרסיי הצליחה להגיע עם רופא המחנה להסכמה כי אם ויהיה לתושבי המחנה צורך לקבל טיפולים רפואיים ותרופתיים, אשר ניתן לקבלם רק בעיר, יינתן להם שחרור ליום אחד מהמחנה, והם יישלחו למרסיי לקבלת הטיפול המתאים במרפאה, בה פעלו מתנדבי תנועת הצופים וחברי ארגון הסעד הסוציאלי אוז"ה (O.S.E). כאשר נשלחו היהודים על ידי הרופא למרסיי, הם נפגשו עם הגורמים שהיו אחראיים להסתרתם במרפאה העירונית, והועברו במהרה להסתרה בבתי נוצרים, במוסדות שונים שסייעו לתנועת הנוער בהצלה, במנזרים ובבית מלון מקומי, אשר לבעליו היה הסכם עם התנועה שאפשר לשכן בו לזמן קצר את היהודים המוסתרים. הסתרה זו הייתה לפרק זמן קצר בלבד, שכן לא ניתן היה להשאירם לזמן רב בגבולות העיר מחשש שייתפסו בידי הגסטאפו הגרמני או המיליציה הצרפתית. מאוחר יותר הועברו רוב האנשים לאזורים כפריים, והוסתרו שם בבתי איכרים ומשפחות אחרות. מרבית נותני המחסה הוכרו לאחר המלחמה כחסידי אומות העולם.
"השישית".
תחילת פעילותה של רשת המחתרת 'השישית' (Sixième) הייתה במחציתו של אוגוסט 1942, כאשר רובר גמזון הוזהר על ידי פקיד בכיר במשרד הפנים של וישי מפני פעולות המצוד הצפויות בדרום. לאחר היוודע הדבר הורה גמזון מיד על כוננות כללית בכל סניפי הצופים בדרום מפני מעצרים המוניים של היהודים ברחבי 'האזור החופשי'.
כינויה של רשת מחתרתית זו ניתן לה בשל שיתוף הפעולה בין אנשי ה-E.I.F לבין ארגון ה-אוז'י"ף, שתיפקד למן ההתחלה כ"יודנראט" יהודי בצרפת. בחסותו של ה-אוז'י"ף התאפשרה פעילות ההצלה המחתרתית על ידי הצופים, כאשר המחתרת עצמה נחשבה כאחד מגופיו של היודנראט. למנהיג 'השישית' מונה מארק אגנו (Haguenau), אשר נתפס והוצא להורג על ידי הגסטאפו בעיר גרנובל בפברואר 1944.
לפני הקמת המחלקה 'השישית' ב-UGIF, פעלה במסגרתו 'מחלקת השירות הסוציאלית לנוער', שהייתה מחלקתו החמישית במספר. הן בקרב חברי הצופים והן בקרב עמיתם מה-אוז'י"ף שרר קונצנזוס לגבי החשיבות של עיסוק בפעילות הצלה פיזית של יהודים, ולא רק בעזרה סוציאלית.
מטרות 'השישית' שהוגדרו כבר בימיה הראשונים של רשת המחתרת היו:
שיתוף הפעולה בין תנועת הצופים היהודים לבין תנועות הצופים הצרפתיות - הפרוטסטאנטיות, הקתוליות, והניטראליות, חסרות השתייכות דתית - היה חשוב מאוד. ממשל וישי, שלא נרתע מחיסול כל רשת מחתרתית שפעלה נגד מדיניות הממשל הצרפתי החדש והפיקוד הגרמני, ובוודאי מחיסולה של רשת יהודית, חיפש בעזרת המשטרה הצרפתית ובסיוע המשטרה החשאית הגרמנית, הגסטאפו, אחר רשתות כמו "השישית".
ההסתמכות על מסירותה של תנועת הצופים הצרפתיים הלא יהודים שנתן בה ממשל וישי בנוגע להמשך פעילותה לאחר חלוקת צרפת וכינון הממשלה החדשה אפשר לה לתת סיוע לעמיתיהם היהודים ברשת ההצלה החדשה שהוקמה ללא ידיעת הרשויות. חלק מן הצופים הנוצרים שימשו הארגון ופקידיו.
'השישית' בנתה מערך קשרים מסועף, בעיקר עם שאר הרשתות היהודיות ועם ארגוני המחתרת השונים. לכל אחראי על חוליה היו מקורות משלו, שהיו בלתי תלויים במודיעין המרכזי של הרשת, ולפי הצורך שיתף במידע שהגיע אליו את הרשת כולה.
בינואר 1943 נשלח למשרדי ה-UGIF מכתב נזיפה מטעמו של ראש ממשלת צרפת לואי דרקייה דה פלפואה (Pellepoix). במכתבו הוא תקף את הארגון על כך שלא דאג לפירוקה של תנועת הצופים, שהוצאה מחוץ לחוק, כאשר ממשל וישי הורה לבטל את חוקיותם של כל הארגונים היהודים. דה פלפואה, שנודע בקיצוניותו ובמזגו הקר, הורה כתוצאה מה"מחדל" של ה-UGIF לפרק את המחלקה הרביעית - מחלקת הנוער.