ב-3 בינואר 1999, כשלוש שנים לאחר שקיבל לידיו את ניהול גלגלצ, החליט אלדד קובלנץ לבצע שינוי נוסף בלוח המשדרים. רצועת הבוקר הורחבה שוב ושידורי גלגלצ נפתחו מוקדם יותר, בשעה שש בבוקר. התוכנית "מדינה בדרך" צומצמה לשעתיים בלבד, ואת השידורים פתחה תוכנית חדשה, בת שעה אחת, "סטרטר" עם עמרי רונן. רונית כפיר, ששידרה בתחנה כמעט מאז הקמתה, עזבה אותה, ואת תוכניתה "בוקר טוב" קיבלה אורלי מיכאלי. עידו מור עזב את תוכנית "הבחירות" ועבר לשדר בלילה, ואת מקומו תפסה נועה גראס. בשעה ארבע אחר הצהריים שובצה תוכנית חדשה – "אבו ארבע" עם יואב גלזנר, ששילבה במהלך שעתה השנייה את דיווחי התנועה מהמסוק. כן התוכנית "נעים" עם לילך ברנע צומצמה לשעתיים בלבד.
אחד השינויים החשובים ביותר שביצעה גלגלצ בלוח השידורים החדש הוא "גלגלילה", שתי רצועות שידור יומיות, בהן משודרת מוזיקת לילה, שהייתה שונה באופייה משידורי גלגלצ במהלך שאר שעות היום. התוכניות בגלגלילה עסקו בעיקר בעשור האחרון במוזיקה העולמית. הרצועה הראשונה נקראה "90 90 90" עם עידו מור, תוכנית בה שודרו רק שירי שנות ה-90. הרצועה השנייה נקראה "הקצה" עם נדב רביד, תוכנית שהחליפה את "סופרגראס".
שינוי לוח המשדרים 2016.
ב-17 בינואר 2016, כשנה לאחר שקיבל לידיו את ניהול גלגלצ, החליט נדב רביד להשיק את לוח השידורים החדש. שעות השידור של התחנה הוארכו ורצועת הבוקר נפתחה כבר בשעה 5:00 בבוקר. השדרנית הדר מרקס חזרה לשדר בתחנה את התוכנית "מדינה בדרך" בתחילה למשך שעתיים בכל יום ובהמשך הורחבה התוכנית לשלוש שעות. כמו כן עורך דיווחי התנועה הראשי בני כבודי החל להגיש את דיווחי התנועה ובכך הצטרף להגשתה של מרקס. התוכנית "קולות החיילים" (במסגרתה חיילי צה"ל בוחרים את השירים) הוארכה לשעתיים. בשעות הערב נוספה הרצועה "האנשים של המוזיקה" ובה משודרות תוכניות מוזיקה שונות מהקו הקבוע של התחנה שנערכות ומשודרות על ידי מומחי מוזיקה ידועים ומבקרי מוזיקה, את הרצועה פותחת תוכנית בת שעה בלבד המוגשת על ידי יואב קוטנר ואורלי יניב ובהמשך מ-22:00–0:00 מגישים את הרצועה למשך שעתיים מבקרי מוזיקה שונים: נועה ארגוב, מיטל שבח, סער גמזו (החליף את חן אלמליח קבוע), נוי אלוש וקוואמי. בימי רביעי משדר אמן ישראלי ידוע למשך תקופה את המוזיקה שהוא אוהב והשפעותיו. בימי שישי נוספה תוכנית בשם "קבלת שבת" הכוללת בכל שבוע בחירות שירים לקבל איתם את השבת של אומן אחר בהגשת שיר הדס מאיר. בהמשך השנה נוספה גם התוכנית "עשורים" בהגשת ערן אליקים במסגרתה מדי יום מוקדשת שעה לעשור מוזיקלי אחר. בשנת 2020 הרצועה השתנתה וחלק מהשדרנים עזבו את הרצועה וחלק הצטרפו: עידו פורת ואלה גוטמן בימי חמישי, קוואמי עבר לימי שני, קוטנר עבר לימי רביעי ובוטלה תוכניתו עם אורלי. לוח השידורים החדש הביא איתו גם שינוי בשמות התוכניות שהוחלפו בשמות השדרנים על מנת להעמיק את חיבור המאזינים לדמות השדרן, כמו כן מערך הדיגיטל של התחנה ברשתות החברתיות חוזק משמעותית ואף מונתה עורכת דיגיטל ראשית. עם השקת לוח השידורים החדש הושקו גם פינות חדשות בשידור שמטרתן לגוון את לוח השידורים וליצור עניין בהאזנה כגון: "גלגלייב" עם דלית רצ'שטר בימי רביעי בשעה 13:30 הכוללת אירוח אומן באולפן לריאיון קצר וביצוע שיר בשידור חי. "השרשרת" – מדי יום השיר האחרון לפני השעה 18:00 מושמע על פי בחירת המאזינים עם קשר לשיר שהושמע יום קודם לכן באותה השעה כך שנוצרת שרשרת מוזיקלית. "שיר הסירים" - בימי שישי בשעה 10:20 שוחחה לבנת בן-חמו עם אמן ישראלי לקראת השבת והוא סיפר לה על מתכון ייחודי במשפחתו ובחר שיר, המתכון הועלה לעמוד התחנה ברשתות החברתיות. הפינה ירדה בהמשך עם עזיבתה של לבנת את התחנה. מעת לעת התחנה מוסיפה ומשנה פינות בלוח השידורים.
לוח שידורים מיוחד לתקופת הקורונה 2020.
בעקבות התפשטות מגפת הקורונה בשנת 2020, גלגלצ הרחיבה את שעות השידור של שדרני התחנה לשלוש שעות: רצועת הבוקר של גלגלצ שודרה 06:00–09:00 (תחילה על ידי הגר קרני ובהמשך הוחלפה על ידי עילם איסמאילוב), מדינה בדרך שודרה 09:00–12:00, דלית רצ'שטר שידרה 12:00–15:00, ערן אביגל שידר 15:00–18:00, אביה מלכה שידרה 18:00–21:00 (בשבוע הראשון של מתכונת זו עזבה מלכה את התחנה ובהמשך הוחלפה על ידי אחינעם בר) ורצועת הערב שודרה 21:00–00:00 (בהתחלה שידרה את רצועה זו אחינעם בר, בהמשך הוחלפה על ידי רואי שריקי ולשבועות בודדים הוחלף על ידי שיר הדס מאיר) בכל יום חמישי בשעה 14:00 שודרה שעה מעורבבת של עשורים (מכיוון שבמתכונת שידורים זו התכנית לא משודרת), בנוסף גם התוכניות "קולות החיילים" ו"שתיקת הכבישים" לא שודרו בתקופה זו. האנשים של המוזיקה החלו להגיש רצף תוכניות הנקרא "אלבומים לקחת לבידוד" ששודרו בין 00:00–02:00, בו הם המליצו על אלבומים ששווה להכיר ולקחת לבידוד. בין השעות 02:00–06:00 נוגנו בתחנה רק שירים של אמנים ישראלים (מסורת זו נמשכה לאחר הגל הראשון) ובימי שישי בשעות אלו שודרו סטים של תקליטנים ישראלים. בנוסף שודרו תכנים נוספים מיוחדים לימים אלו: רביעי ישראלי (ימי רביעי רק עם מוזיקה ישראלית), קולות הזוגות (יום שלם עם שירים של זוגות שדחו או ביטלו את החתונה שלהם, כל שעה זוג אחר בחר את השירים שהיו אמורים להתנגן בחתונתו), מסיבת מרפסות (כל יום 18:00–19:00) שעה של שירים ולהיטים קצביים והמאזינים בחרו את השיר האחרון בשעה. כמו כן מדי יום רופאים, חיילים, רוקחים ואנשים חשובים נוספים בחרו במדינה בדרך את השירים לכבוד חלקם בהתמודדות עם המגפה, מדי פעם גם מאזיני התחנה יכלו לבחור ולבקש שירים להקדיש שירצו לשמוע והשירים שביקשו שובצו בשידורים. דבר זה התחיל בתאריך 16 במרץ והסתיים בתאריך 10 במאי, בתאריך זה כל התוכניות חזרו לאורך שעתיים מלבד רצועת הבוקר שהתקצרה לשעה, רצועת הערב שהתארכה לשלוש שעות (בהתחלה הוגשה על ידי שיר הדס מאיר ולאחר מכן רואי שריקי החל להגיש את הרצועה). התוכניות "עשורים" ו"קולות החיילים" הוחזרו, "שתיקת הכבישים" לא הוחזרה. מדינה בדרך חזרה לשעותיה הרגילות והחל מהגל השני של הקורונה הוחזרה מסורת "רביעי ישראלי". כמו כן, התחנה חזרה לארח אמנים באולפן חיצוני ובשידורים מוקלטים מראש בעקבות המגבלות (בתוכניות "גלגלייב" עם דלית רצ'שטר ובתוכנית של עידו פורת). נוספה פינה קצרצרה בשם "מוזיקה זה החיים" שבה אנשי תעשיית המוזיקה בהופעות מספרים את סיפור העבודה שלהם ובוחרים שיר שיתנגן בסוף הפינה. המצעד השנתי העברי של אותה שנה הוקדש לתעשיית המוזיקה הישראלית בעקבות המשבר וכלל ביצועים חיים משלל במות ברחבי הארץ. בכל יום שישי בשעה 17:30 נוגן שיר מהופעה חיה של אמן ישראלי כדי לעזור לתעשייה. בין החודשים ינואר למרץ 2021 מדי יום שני התכנית מדינה בדרך עברה לשדר ממתחם שרונה בתל אביב, תוך אירוח אמנים ומתן דגש על סיוע לעולם התרבות באמצעות עמותת פעימת הלב.
המאבק המשפטי עם אקו"ם.
בשנת 1998 פקע הסכם התמלוגים של גל"צ וגלגלצ עם אקו"ם, והופסקו התשלומים. בספטמבר 2000 פתח אקו"ם במאבק משפטי נגד התחנות. ב-12 בינואר 2003 נכנס לתוקף צו מניעה לשידור מוזיקה בתחנות, ולראשונה שודרו בגלגלצ תוכניות דיבורים והעלו מאזינים לשידור. תוך יממה הושג הסכם בין הצדדים.
תוכניות.
אחד אחד.
התחנה עורכת מצעד שבועי המדורג על ידי המאזינים, שבוחרים עשרה שירים מתוך ארבעים דרך אתר האינטרנט של התחנה. המצעד כולל שירים ישראלים ובינלאומיים במקביל. המצעד מכונה "אחד אחד" כיוון שבתוכנית מושמעים פעם שיר עברי ופעם שיר לועזי.
עד לשנת 2011 שודר המצעד בימי חמישי במשך שלוש שעות – בין 13:00 ל-16:00 – וכלל 30 שירים – 15 ישראליים ו-15 לועזיים. עד לשנת 2010 הגיש את המצעד עומרי רונן, אז החליפה אותו הדר מרקס. בשנת 2011 פרשה מרקס מהתחנה, ונעמי רביע החליפה אותה בהגשת המצעד, אז קוצר המצעד לשעתיים והוא כולל 20 שירים בלבד. כיום המצעד משודר בימי חמישי במשך שעתיים בין 12:00–14:00 בהגשת דלית רצ'סטר, לפני המצעד משודרת התוכנית קולות החיילים בין השעות 10:00–12:00 בהגשת מתן לוי. נוסף לשידור השירים שדורגו במצעד, במהלך התוכנית משובצות גם פינות בשם "היה היה" בה משמיעים שירים שכיכבו במצעדים בשנים קודמות, "מסביב לעולם" בה משמיעים שירים המדורגים במצעדים בארצות שונות בחו"ל, ו"ישראלי/בינלאומי חדש" בה מושמע שיר חדש שייכנס לפלייליסט בשבוע שלאחר מכן בהשמעת בכורה בתחנה.
המצעד השנתי.
בנוסף למצעדים השבועיים, גלגלצ עורכת גם מצעדים שנתיים, המסכמים את שנת המוזיקה החולפת. בערב ראש השנה מתקיים מצעד עברי שנתי בו מדורגים שירים עבריים. ובסוף השנה האזרחית מתקיים מצעד בינלאומי שנתי. ב-31 בדצמבר 2009 אף שודר בתחנה, לאורך 10 שעות שידור, מצעד העשור של הלהיטים הגדולים בעשור הראשון של המאה ה-21. באוגוסט 2019 שודרו מצעדי העשור מחדש כאשר ניתנה למאזינים לבחור מחדש את השירים המועדפים עליהם. המצעד הראשון הוקדש לשירי שנות ה-70, לאחר מכן שירי שנות ה-80 ושנות ה-90.
הבחירות.
תוכנית הבחירות שודרה מ-1996 עד 2011 בימי השבוע אחר הצהריים. בתוכנית שודרו שירים שנבחרו על ידי המאזינים באמצעות אתר גלגלצ ועמוד התוכנית בפייסבוק.
בעבר הנחה את התוכנית עמרי רונן, באותה תקופה התקיימה בתוכנית פינה בשם "מלחמת העולמות": בתחילת התוכנית נבחרים שני זמרים שבאים מעולמות תרבותיים שונים והקהל מצביע ב-SMS או באתר גלגלצ, ובסוף התוכנית משודרים שלושה שירים בביצוע האמן הנבחר.