עם שלושת הכרכים "The Invisibles" שבבעלות היוצרים, מוריסון התחיל את העבודה הגדולה ביותר ואולי החשובה ביותר שלו. "The Invisibles" שילב אזכורים פוליטיים, פופיים ותת-תרבותיים. היצירה הושפעה מהמתח שלפני המילניום, ומכתיבתם של רוברט אנטון וילסון, אליסטר קראולי וויליאם ס. בורוז, והתרגול של מוריסון במה שמכונה "כישוף כאוס" במסגרת "Thee Temple ov Psychick Youth" . בשנת 1998 מוריסון פרסם את קטע הפרוזה "I am a Policeman" באוסף הסיפורים הקצרים של שרה צ'מפיון "דיסקו 2000"; אף על פי שלא נוצר קשר מפורש ל-The Invisibles, ישנם קשרים תימתיים חזקים בין שתי היצירות. בנאום שנשא ב-"DisinfoCon" בשנת 1999 אמר מוריסון כי חלק ניכר מהתכנים ב"Invisibles" זה מידע שנמסר לו על ידי חייזרים שחטפו אותו כאשר בילה בקטמנדו, שאמרו לו להפיץ את המידע הזה לעולם באמצעות ספר קומיקס. מאוחר יותר הוא הבהיר כי לחוויה שהוא תייג כ"חוויית חטיפת חייזרים בקטמנדו" אין שום קשר לחייזרים או לחטיפה, אלא שהייתה חוויה שחווה בקטמנדו שה"Invisibles" הוא ניסיון להסביר. הכותר לא היה להיט מסחרי תחילה (באחד מדפי המכתבים בגליונוצ הראשונים של הקומיקס, מוריסון אף ביקש מקוראיו להשתתף ב"וונקאתון" תוך התמקדות בסמל קסום, "סיגיל", במטרה להגביר את המכירות עם האנרגיה המינית). כאשר הכותר הושק מחדש בכרך שני, הדמויות עברו לאמריקה. הכרך שלישי הופיע עם מספרים סידוריים בספירה לאחור, מה שהצביע על הכוונה לסיים את הסדרה עם תחילת האלף החדש בשנת 2000. בשל איחור הכותר, הגיליון האחרון שלה יצאה לאור רק באפריל 2000.
לסרט ה"מטריקס" משנת 1999 יש אלמנטים רבים אשר יוחסו על ידי המבקרים להשפעתם של יוצרי הסרט מה-"Invisibles" של מוריסון. מוריסון עצמו נדהם מיד מהדמיון לעבודתו כשראה את הסרט לראשונה.
שנות האלפיים.
בשנת 2000 יצא הרומן הגרפי של מוריסון JLA: Earth 2 עם אמנות מאת פרנק קוויטלי. זו הייתה עבודת המיינסטרים האחרונה של מוריסון עבור DC במשך זמן מה, לאחר שעבר למארוול קומיקס. בהיותו במארוול, כתב מוריסון מיני-סדרת מארוול בוי בת שישה חלקים, ואת ארבעת המופלאים: 1234. ביולי 2001 הוא החל לכתוב את הכותר הראשי של האקס-מן, ששמו שונה ל-"New X-Men" למשך הריצה שלו, כאשר קוויטלי סיפק הרבה מהאומנות. שוב, חידושו של מוריסון בצוות גיבורי על גדול התגלה כהצלחה מסחרית, כשהכותר קפץ למספר אחת בטבלת המכירות וביססה את מוריסון כמותג ששמו בכותר יבטיח מכירות. הקשת הלפני אחרונה שלו על אקס-מן "פלאנט אקס" תיארה את הנבל מגנטו שחדר והביס את האקס-מן במסווה של הדמות החדשה "זורן" ופיתח התמכרות לסם המשפר-כוחות "קיק".
בשנת 2002 השיק מוריסון את הפרויקט בבעלות היוצרים הבא שלו בוורטיגו: "The Filth", שציירו כריס ווסטון וגארי ארסקין, מיני סדרה בת 13 חלקים. בשנת 2004 ורטיגו הוציאה לאור שלוש מיני-סדרות של מוריסון. "Seaguy", "WE3", ו-"Vimanarama". מוריסון חזר לליגת הצדק עם הסיפור הראשון בסדרת אנתולוגיה חדשה, "JLA Classified". בשנת 2005 מוריסון כתב את "Seven Soldiers", אשר כלל את הדמויות The Manhattan Guardian, Mister Miracle, Klarion the Witch Boy, Bulleteer, פרנקנשטיין, זטאנה ואת Shining Knight. הסדרה כללה 4 מיני-סדרות מתחברות עם 2 כרכים להתחלה ולסוף, ובסך הכל 30 חוברות.
דן דידיו, סגן נשיא המערכת של DC Comics, התרשם מהרעיונות של מוריסון להחיות מחדש את הדמויות הזוטרות של DC. במתן לו את התואר הבלתי רשמי "revamp guy", דידיו ביקש ממנו לסייע במיון היקום של DC בעקבות המשבר האינסופי. מוריסון היה לאחד הכותבים ב-"52", סדרת קומיקס שבועית בת שנה שהחלה במאי 2006 והסתיימה במאי 2007.
החל מנובמבר 2005 פרסמה DC את All-Star Superman, קשת סיפור בת 12 גיליונות מאת מוריסון ופרנק קוויטלי. הסדרה מציגה סופרמן "איקוני" מחוץ לרציפות המתאימה לקוראים חדשים. אולסטאר סופרמן זכה בפרס אייזנר לסדרה החדשה הטובה ביותר בשנת 2006, בפרס הסדרה הממשיכה הטובה ביותר לאייזנר בשנת 2007 ובמספר פרסי איגל בבריטניה. היא זכתה בשלושה פרסי הארווי בשנת 2008 ובפרס אייזנר לסדרה הממשיכה הטובה ביותר בשנת 2009. באותה שנה עבדו מוריסון וקוויטלי על אלבומו "Intensive Care" של כוכב הפופ רובי ויליאמס, וסיפקו עיצובים מורכבים של כרטיסי טארוט לאריזת ועטיפת התקליטור.
בשנת 2006 מוריסון נבחר כמס' 2 מבין כותבי הקומיקס אהובים בכל הזמנים על ידי האתר Comic Book Resources. באותה שנה החל מוריסון לכתוב את באטמן לדי.סי עם גיליון מס' 655 בו הציג מחדש את דמותו של דמיאן וויין ובכך סימן את תחילתה של ריצה בת שבע שנים על הדמות על פני מספר כותרים. הוא כתב את ההשקה המחודשת של "The Authority" ו-".WildC.A.T.S". עם האמנות של ג'ין הא וג'ים לי בהתאמה לחותם Wildstorm של די.סי. אולם ".WildC.A.T.S" בוטלה לאחר גיליון אחד, ו-"The Authority" הופסקה לאחר שתיים. התזמון של "The Authority" התנגש עם הריצה על "52" ומוריסון לא היה מרוצה מהביקורות: "ואז ראיתי את הביקורות לגיליון הראשון ופשוט חשבתי 'לעזאזל עם זה'." בסופו של דבר הכרך זכה להמשך ללא מעורבותו של מוריסון בכתיבתו של קית' גיפן "The Authority: The Lost Year".
בקומיק-קון, סן דייגו בשנת 2007 הודיעה חברת DC כי מוריסון יכתוב את המשבר האחרון, מיני-סדרה בת שבע גליונות המיועדת לצאת לאור בשנת 2008 עם אמנות מאת ג'יי.גי. ג'ונס. מוריסון הודיע כי בשנת 2008 יפורסם את ההמשך ל-"Seaguy" משנת 2004 בשם "Seaguy 2: The Slaves of Mickey Eye".
במאי 2008 הוא יצר "צוות סופר יאנג".
בקומיקס קון בניו יורק ב-2008 הודיע מוריסון כי הוא יעבוד עם וירג'ין קומיקס כדי לייצר "פרקי רשת" (סיפורי אנימציה קצרים) המבוססים על המהאבאראטה ; זה לא יהיה עיבוד ישיר אלא, "כמו שהביטלס לקחו מוזיקה הודית וניסו ליצור צלילים פסיכדלים... אני מנסה להמיר את סגנון סיפור הסיפורים ההודי לסגנון מערבי עבור אנשים שגדלו עם סרטים, קומיקס ומשחקי וידאו." באוגוסט 2009 השיקו מוריסון ופרנק קוויטלי את סדרת "באטמן ורובין".
העשור השני של המאה ה-21.
באטמן מס' 700 (אוגוסט 2010) ראה את חזרתו של מוריסון לכותר ושיתוף פעולה עם צוות אמנות שהורכב מטוני דניאל, פרנק קוויטלי, אנדי קוברט ודייוויד פינץ'. הסיפורים הנפרדים קשורים זה לזה כדי להמחיש כי מורשתו של באטמן אינה נגמרת, ותשרוד גם בעתיד. בסן דייגו קומיק-קון 2010 הוכרז כי גרנט מוריסון יעזוב את "באטמן ורובין" עם גיליון מס' 16 וישיק סדרה חדשה שכותרתה "Batman Incorporated" עם צוות אמנים מתחלף החל מיאניק פקט. ספר באטמן המכוון יותר לסיפורי קבוצות בהשראת סדרת האנימציה "Batman: The Brave and the Bold", סדרה זו התבססה על עבודתו של מוריסון החל מ"באטמן ובנו" והמשבר האחרון, כאשר ברוס וויין יצר זיכיון באטמן בינלאומי בכל רחבי העולם. הסדרה סבלה מתזמון פרסום איטי והסתיימה לאחר שמונה גליונות בזמן שהיקום של DC אותחל מחדש בשנת 2011; כדי לגשר על הפער שוחרר ספר בגרסה מהודרת שהציג שני גליונות יחד עם תקציר של הסיפור עד כה. באמצע 2012 הושק כרך שני של הקומיקס עם כריס ברנהאם על האמנות, שמתוכנן ל-12 גליונות. מוריסון עזב את כותר באטמן ב-2013. הוא הרג את הדמות של דמיאן וויין ב-"Batman Incorporated" מס' 8 (אפריל 2013) והגיליון האחרון שלו היה מס' 13 (ספטמבר 2013).
מוריסון חזר לעבודה על יצירות בבעלות היוצרים בשנת 2010 עם סדרת ורטיגו בת שמונה הגיליונות "ג'ו הברברי", שהושקה בינואר עם האמן שון מרפי. במקור הסדרה תוכננה לשש גליונות, מוריסון הרגיש שהסיפור ירוויח משני גליונות נוספים. הסיפור מספר על ג'ו, ילד צעיר סוכרתי שמתחיל להזות עולם פנטזיה המאוכלס בצעצועיו ובדמויות פנטזיה אחרות כשהוא מפסיק ליטול את התרופות שלו.
בעקבות סגירתה של וירג'ין קומיקס, ההוצאות Dynamite Entertainment ו-Liquid Comics הודיעו על שיתוף פעולה לפרסום כריכה קשה של תסריטים מאוירים של פרויקט האנימציה של גרנט מוריסון על המאהבהרטה, בשם "18 ימים""," עם איורים של האמן מוקש סינג, שיצא באוגוסט 2010.
מוריסון הוא מושא הסרט התיעודי באורך מלא שכותרתו "Grant Morrison: Talking with Gods". הסרט הדוקומנטרי מציג ראיונות נרחבים עם מוריסון וכן מספר אמני קומיקס, עורכים ואנשי מקצוע שעבדו איתו בצמוד. "Talking with Gods" הופק על ידי ארגון Sequart ויצא בשנת 2010 בקומיק קון בסן דייגו.
מוריסון הופיע בווידאוקליפ של My Chemical Romance "(Na Na Na (Na Na Na Na Na Na Na Na Na" ו-"Sing" מתוך אלבומם "Danger Days:" "Lives of the Fabulous" "Killjoys" משנת 2010, כנבל הקונספט של "Korse".
ביוני 2011, כחלק מההתחדשות המסיבית של DC Comics בכל קו גיבורי העל שלהם, הוכרז כי מוריסון היה הכותב בסדרת ה - "Action Comics" מספר 1 החדשה, יחד עם האמן ראגז מוראלס, וסימן את חזרתו של מוריסון לדמותו של סופרמן לאחר סיום אולסטאר סופרמן.
ביולי 2011 יצא לאור הניתוח של מוריסון על גיבורי העל, "Supergods: Our World in the Age of the Superhero", על ידי רנדום האוס בארצות הברית וג'ונתן קייפ בבריטניה.
מוריסון מונה לחבר מסדר האימפריה הבריטית (MBE) ב-2012 עבור שירותו ליצירה קולנועית וספרותית.