מר פו לוקח את הילדים לחיות עם דודתם ג'וזפין: אישה שפוחדת וחרדה מאוד מכל סכנה קטנה, ושחיה בבית רעוע על קצו של צוק המשקיף על אגם "עצבות". הדודה מסרבת לדבר על הוריהם של בני בודלר ועל עברה כאישה אמיצה. אולף עוקב אחר הילדים, ומתחזה למלח בשם "קפטן בלוף" שמעמיד פנים שהתאהב בג'וזפין. חרף אזהרות הילדים, ג'וזפין מקבלת בברכה את בואו. מאוחר יותר באותו לילה, הילדים מגלים שג'וזפין קפצה מחלון הספרייה והשאירה פתק המיידע אותם שהקפטן בלוף הוא האחראי עליהם. כאשר מר פו מעביר אותם לידיו של "קפטן בלוף", האחים מגלים שגיאות דקדוק בפתק, משהו שג'וזפין לא הייתה עושה מאחר שהייתה אובססיבית לדקדוק. מר פו לוקח את הילדים למסעדה ומתכונן להשלמת העברתם, אך מאפשר להם לעזוב אחרי שלארי, מלצר שאויים על ידי קפטן בלוף, חושף את האלרגיה של ילדי בודלר למנטה. לאחר שובם לבית, הילדים מפענחים את פתק ההתאבדות של ג'וזפין ומגלים שהיא עדיין חיה, רגעים לפני שסערת הוריקן משליכה את הבית הרעוע מבעד לצוק. הם מצליחים להימלט עם תצלום של הוריהם ושל אנשים נוספים העומדים מול מנסרה ומוצאים את ג'וזפין במערה סמוכה אך נאלצים להתעמת עם אולף שנוטש את ג'וזפין להיאכל על ידי עלוקות המאכלסות את האגם. בשובם לחוף, אולף נמלט לאחר שנחשפה מזימתו למר פו. פו מבריח את היתומים החוצה והם יוצאים למצוא את המנסרה שבתמונת ההורים שלהם.
המנסרה המחפירה.
עם הגעתם אל "מנסרת ריחות־המזל", בני בודלר נאלצים לעבוד בעבודת פרך עבור בעל המנסרה הנקרא "אדוני", שמאשים את הוריהם בכך שהחלו את השרפה שכילתה את העיירה בה ממוקמת המנסרה. במהלך עבודתו נשברים משקפיו של קלאוס והוא מבקר את האופטומוטריסטית ג'ורג'ינה אורוול, שמכניסה אותו למצב היפנוטי. בזמן זה ניתן לראות את ההורים שהופיעו בפרק הראשון, לאחר שהם ברחו משבים והם בדרך חזרה אל ביתם וילדיהם. מאוחר יותר באותו יום, האחים לומדים ששני מבקרים מחכים לראות אותם מאחורי דלת צהובה, וניתן לראות את ההורים מתקרבים אל דלת דומה אל זו שנראית במנסרה. מתוך אמונה שהוריהם עדיין בחיים, השלושה נדהמים למצוא את אורוול והמזכירה שלה "שירלי", שהיא בעצם הרוזן אולף שמסווה את עצמו בתחפושת. האב והאם שהוחזקו בשבי מתבררים כהוריהם של האחים דנקן, קוויגלי ואיזדורה קוואגמייר, ולא כהוריהם של בני בודלר כפי שהצופה חשב. כאשר קלאוס מחבל באחת ממכונות המנסרה, אדוני מאיים לשלוח את ילדי בודלר אל שירלי. אורוול פוקדת על קלאוס לקשור את עוזרו של אדוני, צ'ארלס, אל גזיר עץ ושולחת אותו למסור בעודה מבחינה באולף ובאיש בעל ידי הקרסים. ברגע האחרון, האיש בעל יד הקרסים משחרר מבלי משים את עובדי המנסרה, אורוול נופלת לתוך כבשן ומתה ואולף והאיש בעל יד הקרסים נמלטים. לאחר שהם מגלים שהוריהם מנעו את שריפת עלוביוויל, שלושת יתומי בודלר מתאחדים שוב עם מר פו רק כדי לגלות שהוא קוּדם וכבר אינו אחראי על ביטחונם. פו מעניק לקלאוס את המשקפת השבורה שאולף גנב ממנו לפני שהוא שולח את הילדים לפנימיית "פרופרוק". בינתיים, יתומי קוואגמייר נשלחים אף הם לאותה הפנימייה, לאחר שביתם נהרס ביחד עם אחיהם הצעיר והוריהם בשרפה שהובערה על ידי דמות מסתורית.
עונה 2.
פרקים 9–18 (10 פרקים). העונה השנייה מהווה עיבוד לספרים "הפנימייה המחמירה", "המעלית המזויפת", "הכפר הנתעב", "המרפאה המסוכנת" ו"הקרנבל צמא הדם". העונה עלתה במלואה ב-30 במרץ 2018.
הפנימייה המחמירה.
ילדי בודלר נשלחים לפנימיית פרופרוק, מוסד אכזרי המנוהל על ידי סגן המנהל נירון: כנר ילדותי, אגואיסטי וחסר כל כישרון. הילדים גם מוטרדים על ידי תלמידה יהירה ומפונקת בשם כרמליטה ספטס, שלא חודלת להציק להם ולקרוא להם בשמות גנאי ללא כל סיבה. הדברים היחידים החיוביים שהם מוצאים במקום הם הספרנית הידידותית, אוליביה קאליבן, ושניים משלישיית ילדי קווגמאייר: דנקן ואיזדורה, שנשלחו לפנימייה לאחר שניצלו משרפה מסתורית. בהפסקת הצהריים, קלאוס ואיזדורה מגלים שהם מחזיקים שני חצאים מאותה משקפת מסתורית. הידידים החדשים מבינים שהם חייבים לאתר ספר כדי למצוא את התשובות שהם מחפשים. ספר זה נקרא "ההיסטוריה של ארגונים חשאיים" והוא ספר שז'קלין, מזכירתו של מר פו שנראית עוזרת לילדי בודלר במספר מקרים, שלחה ללארי המלצר כדי לתת לילדים אך הוא איבד אותו. בינתיים, הרוזן אולף והלהקה שלו נמצאים מחוץ לשטח של בית הספר, ולא מצליחים להיכנס בשערו, בגלל מחשב שהוצב על ידי נירון במטרה לזהות את הרוזן. בעזרתה של כרמליטה, אולף מצליח להיכנס, נועל את לארי במקפיא ומחפש עצמו למורה הספורט החדש של הפנימייה, ג'נגיס. אולף בתחפושת משכנע את נירון לתת לו את ילדי בודלר כחלק מתוכנית אימונים החדשה, ומרגע זה והלאה בני בודלר מוכרחים לרוץ ברוב שעות היום. הדבר מקשה מאוד על השלושה, שמהם מצופה להצליח בלימודיהם על אף העובדה שהם מותשים וכמעט לא ישנים. בשל הציונים הנמוכים שלהם, נירון מאיים לגרש את הבודלרים אם יכשלו במבחן מקיף שיתרחש מול כל בית הספר, אבל בגלל שהם חייבים עדיין לרוץ בערב תחת עיניו של אולף, הם יודעים שהם ייכשלו. הקוואגמיירים מציעים לעזור בכך שיתחפשו לבודלרים וירוצו במקומם, בזמן שאלו ילמדו לקראת המבחן. זהותם מתגלה, ובזמן שהם בורחים מאולף הם מתחבאים בספרייה, מוצאים עותק של הספר על ארגונים חשאיים וקוראים בו עד שהם נתפסים על ידי להקתו של הרוזן. למחרת, בנוכחותו של מר פו, ילדי בודלר עוברים בהצלחה את הבחינה, ודרכה חושפים את זהותו של אולף. אולף ולהקתו בורחים עם הקווגאמיירים החטופים, המנסים לצעוק את ראשי התיבות "V.F.D.", שהם ראשית תיבות שמו של ארגון חשאי מסתורי שקשור לשרפות בבתיהם, לילדי בודלר. לארי ניצל בעזרת אחיו של למוני: ז'אק סניקט, בעוד שהספרנית מוצאת את הספר על ארגונים סודיים וקוראת אותו.
המעלית המזויפת.
בעוד שמצוד עירוני אחר הרוזן אולף נמצא בעיצומו, מר פו לוקח את הבודלרים אל הפנטהאוז של ג'רום סקוולור העשיר, חבר ותיק של הוריהם, אשר נשוי כעת ליועצת פיננסית בשם אזמה. כשג'רום ואזמה מציגים את עצמם, הבודלרים מופתעים לראות שאולף כבר נמצא שם במסווה של אדם זר אופנתי בשם גונתר. ילדי בודלר משערים כי אולף מנסה להרוג את ג'רום כדי שיוכל להתחתן עם אזמה ולהיות אפוטרופוסם החוקי. הם מחפשים בפנטהאוז את הקווגאמיירים החטופים ללא הועיל, אבל קלאוס חושד במעלית נוספת שרק נדמה שהיא משרתת את הפנטהאוז. אוליביה מנסה לשכנע את מר פו בתוכנית של אולף, ומראה לו את הספר על הארגונים החשאיים אך ללא הועיל. ז'קלין מציעה לז'אק שיגייס את אוליביה לארגונם. אזמה מציעה לבודלרים, לג'רום ולגונתר לאכול את ארוחת הצהריים במסעדה בשם קפה סלמונלה שמגישה רק סלמון, בה פועל לארי המלצר כדי להאריך את ביקורם ובכך לספק לז'אק ולאוליביה זמן לחפש את הקוואגמיירים. במהלך הארוחה קלאוס מעלה את ההשערה שהקוואגמיירים נמצאים במעלית ולכן הבודלרים מתגנבים בחזרה אל הפנטהאוז, שם הם לומדים שפיר המעלית ריק. עם מצנח מאולתר מחפצים של אזמה, הם יורדים למעלית ומוצאים את הקווגאמיירים נעולים בכלוב בתחתיתו. לבודלרים אין כלים לשחרר את הקווגאמיירים, אבל הקוואגמיירים מביאים לבודלרים את המשקפת ומספרים להם על חלק מתפקידיה, המאפשרים לבודלרים לחזור לראש הפיר באמצעות המצנח שלהם ככדור פורח. הם מוצאים את אזמה עם ג'רום מעולף על הרצפה, אז הם מנסים להזהיר את אזמה על התוכנית של אולף, אך לומדים מאוחר מדי כי היא משתפת פעולה בתוכנית של אולף וכי הם מתכננים להבריח את הקווגאמיירים מחוץ לעיר כפריט במכירה הפומבית הקרובה שלהם; אזמה דוחפת אותם במורד המעלית שבה הם נתפסים ברשת באמצע הדרך למטה. סאני עוזרת להם לברוח, והם מוצאים מעבר סודי תת-קרקעי שמוביל להריסות ביתם. אזמה ואולף מתחילים במכירה הפומבית, כאשר לארי, הבודלרים, מר פו ואשתו, ז'קלין ועוד מתכנסים להתחיל מלחמה על ההצעה בתיבה שכותרתה "V.F.D.", בה הם מאמינים שהקווגאמיירים מוחבאים. למרות שהבודלרים זוכים במכירה הפומבית, הם מגלים שהיא מכילה רק מפיות מפוארות מאוד (Very Fancy Doilies). לאחר מכן זהותו של אולף מתגלה, והוא הלהקה שלו נמלטים עם פסל הרינג אדום בו נמצאים הקווגאמיירים. הבודלרים מבקשים מג'רום לעזור במעקב אחר אולף, אבל הוא ביישן מכדי לעזור להם, ומוותר על להיות האפוטרופוס שלהם. פו אומר לילדים שהוא מצא אפוטרופוס אחר הממוקם בכפר בעורף הארץ בשם "V.F.D.". בפרק זה מגלה אזמה כי הוריהם של הבודלרים גרמו לה עוול נוראי כאשר גנבו ממנה כמה כלי סוכר, וזו הסיבה לשנאתה העזה לילדים.
הכפר הנתעב.