לא ידוע מה טיב הברית שנכרתה בין אנטיוכוס לפיליפוס, אולם נראה שהם קבעו לחלק ביניהם את מצרים. על פי פוליביוס, פיליפוס היה אמור לקבל את מצרים עצמה, וכן את קאריה וסאמוס. בעוד אנטיוכוס יקבל רק את קוילה-סוריה ופיניקיה. אפיאנוס לעומת זאת טוען שפיליפוס היה אמור לקבל את איוניה, האיים הקיקלאדיים וקירנה. הירונימוס, בפירושו ל, טוען שעל פי ההסכם כל אחד היו אמור לקבל את השטחים הסמוכים לממלכתו. כך או כך, פיליפוס היה מעודד מהברית שבמסגרתה הכיר למעשה אנטיוכוס בתביעותיו בבלקן, והוא החל לתקוף את נחלות תלמי ואת בעלות בריתה של רודוס בתראקיה וסביב ים השיש. רודוס ובעלות בריתה פרגמון, קיזיקוס וביזנטיון כינסו ב-202 לפנה"ס צי מלחמתי משותף, ושנה אחר כך ניצחו את פיליפוס בקרב כיוס. חודשים אחדים לאחר מכן ניצח הצי של פיליפוס את הרודים בלאדה.
הכרזת המלחמה הרומית וסיבותיה.
עוד לפני המאורעות הנ"ל התגברו ברומא הקריאות למלחמה חדשה נגד מוקדון. ראש התומכים במלחמה זו היה פובליוס סולפיקיוס גלבה מקסימוס, שהתבלט בזמן המלחמה המוקדונית הראשונה. בשנת 200 לפנה"ס הוא נבחר לתפקיד הקונסול ומוקדון הוכרזה כ"משימה" שלו. עוד באותה שנה שיגרו פרגמון ורודוס משלחת משותפת אל רומא, ולחבריה הובטח שהמצב ביוון ייבדק בכל הרצינות. ביוזמתו של סולפיקיוס, אורגנה משלחת שכללה בין היתר את גאיוס קלאודיוס נרו ופובליוס סמפרוניוס טודיטאנוס, ומטרתה הרשמית הייתה בדיקה לעומק של מצב העניינים בבלקן. בפועל, המשלחת נועדה להבטיח שברגע האמת לא תתארגן קואליציה אנטי-רומית שתילחם לימינה של מוקדון.
חברי המשלחת ביקרו בערי בירה רבות במזרח, ולאחר מכן הגיעו לאתונה, שהייתה תחת שלטונה של מוקדון. הם הגיעו לשם בזמן רגיש ביותר. סכסוך פרץ בין אתונה לבין אקרנאניה מטעמים דתיים, ומוקדון מיהרה להתייצב לימין אקרנאניה, בעוד פרגמון ורודוס התייצבו לימין אתונה והסיתו אותה להכריז מלחמה על מוקדון. האתונאים התגלו עד מהרה כחסרי אונים, ומערכת הביצורים שלהם התגלתה כחלשה ומסורבלת. באחת הפעמים הצליחו המוקדונים לחדור עד המבואות הצפוניים של העיר ולשוב באין מפריע. חברי המשלחת הרומאית שבעיר, שבחנו את המצב לעומק, החליטו שהגיע הזמן להתעורר לפעולה, ושיגרו אולטימטום לפיליפוס:
מעשה זה נחשב במחקר המודרני למחוצף ביותר מצד רומא משתי סיבות: ראשית, לחברי המשלחת לא הייתה כל סמכות להכריז על מלחמה, שכן הדבר טרם הוכרז באספת העם. שנית, רומא מינתה את עצמה, על דעתה בלבד, למגנת היוונים כולם, דבר שלא היה לה שום סמכות לעשות בהתחשב בכך שספק רב אם הייתה לה ברית להגנה צבאית עם אחת ממדינות יוון, על אחת כמה וכמה עם כולן. הלהיטות הרומאית למלחמה חדשה, זמן קצר לאחר סיום המלחמה ההרסנית עם קרתגו, מעלה תמיהות רבות לגבי סיבותיה ומטרותיה של המלחמה. לדעת חלק מהחוקרים המלחמה נבעה ממניעים אימפריאליסטיים של רומא, שרצתה להפוך את עצמה למעצמה החזקה ביותר בים התיכון. עם זאת, גישה זו בעייתית, משום שלאחר המלחמה רומא לקחה לעצמה מעט מאוד. אחרים מנסים להסביר שרומא הושפעה יותר מדי מהתרבות היוונית, ומנהיגיה העריצו את היוונים וחפצו להגן עליהם מפני המוקדונים המדכאים. עם זאת, ממהלכי הרומאים לאורך כל המלחמה ניתן לראות שההגנה על היוונים הייתה אך תירוץ למלחמה. יש הסוברים שרומא רצתה לנקום בפיליפוס על התוקפנות שגילה במלחמה המוקדונית הראשונה, אולם ישראל שצמן סבור שגישה זו פשטנית למדי. שצמן נוטה לאמץ את הגישה על פיה צעדיה של רומא היו למעשה פעולת מנע הגנתית. לדעת שצמן, רומא לא ראתה במוקדון כשלעצמה אויב מסוכן, אולם חששה שברית בין מוקדון לבין האימפריה הסלאוקית עלולה לסכן באופן חמור את האינטרסים של רומא. כמו כן, מלך מוקדון היה מחרחר ריב, וברור לחלוטין שלא יסתפק במה שהשיג עד כה. עם זאת, שצמן מודה שגם הסבר זה "אינו נקי לחלוטין מקשיים". אריק ס. גרואן אף סבור שרומא כלל לא רצתה להילחם בפיליפוס, אלא רק לבלום אותו. לדעת גרואן, המשלחת הרומית ליוון לא נועדה באמת להכריז מלחמה, אלא רק להרתיע את פיליפוס ולהבהיר ליוונים כי הם יכולים לסמוך על רומא.
כך או כך, פיליפוס התעלם במופגן מהדרישה הרומית החצופה, וברומא סולפיקיוס מיהר להעלות הצעה בפני אספת הקנטוריות להכריז מלחמה על המוקדונים "על שום העוולות שעוללו לבני הברית של העם הרומי, ומעשי המלחמה שביצעו נגדם". ההצעה נפסלה. העם הרומי היה עייף מהמלחמה הארוכה נגד קרתגו, והפלבס לא חפצו להתחיל במלחמה חדשה. טריבון הפלבס קווינטוס באיביוס אף תקף בגלוי את סולפיקיוס וטען שרומא אינה נותנת לבניה אף רגע אחד של מנוחה. עם זאת, סולפיקיוס הצליח להוציא את העוקץ מהביקורת של באיביוס על ידי כך שהצהיר כי למלחמה החדשה לא יגויסו חיילים ותיקים אלא בהתנדבות, וכי הגיוס יחול בעיקר על טירונים. ההצעה הועלתה שוב ללא הכנות מקדימות, והפעם זכתה לאישור. בינתיים, הרחיב פיליפוס את תחומי שלטונו בתראקיה על חשבון תלמי. באבידוס הוא נפגש עם נציג של המשלחת הרומית (שעזבה את אתונה וכעת שהתה ברודוס), שהוסיף עוד שני סעיפים לאולטימטום הקודם: הסתלקות מתחומי השלטון של תלמי והענקת פיצויים הולמים לרודוס. פיליפוס ניסה להתווכח, אולם במהרה גילה שהרומאים ובעלי בריתם מחפשים מלחמה ותביעותיהם הן אמתלות בלבד. בהמשך הגיעה משלחת רשמית מאתונה אל רומא בבקשת עזרה. כעת נעלמו הספקות האחרונים, ועוד בטרם חזרה המשלחת מיוון, הכריזו הרומאים מלחמה.
מהלך המלחמה.
קרב אאורדאיה.
בתוקף סנאטוס קונסולטום, הפליג סולפיקיוס בראשית הסתיו מברונדיסיום, ונחת צפונה לאפולוניה. הכוח שלו כלל שני לגיונות וכן חיל עזר, בסה"כ 25,000 איש. פיליפוס יכל אז לגייס לכל היותר 30,000 מוקדונים ותסלים. בנוסף על כך, פיליפוס נאלץ לקיים את שלטונו ביוון ובו זמנית להגן על מוקדון, מה שפיצל את צבאו והחליש אותו במידה ניכרת. מה גם שהצי המוקדוני לא יכל להשתוות לצי הרומי, ופיליפוס לא סמך על בעלות בריתו היווניות, שהבינו כולן מי המעצמה המובילה כעת. תוכניתו של פיליפוס הייתה איפה להשהות את המלחמה ככל האפשר, ולהתיש את האויב בהרבה קרבות קטנים עד שזה יאות לחתום על הסכם שלום.
סולפיקיוס תכנן להמתין עד שיפתח בפעולות האיבה, אולם בינתיים הגיעה אליו משלחת מאתונה שביקשה עזרה דחופה. סולפיקיוס שלח עשר ספינות ו-1,000 חיילים לעזרת האתונאים. פיליפוס, ששמע על התקדמותו, החל לגייס במהירות בעלי ברית, וכמוהו נהג סולפיקיוס. באביב של שנת 199 לפנה"ס פתח סולפיקיוס במסע מזרחה והגיע עד לינקסטיס הסמוכה למוקדון. למרות שכעת ארצו הייתה זו שאוימה, פיליפוס החליט להימנע מקרב מכריע עם הרומאים, והניח שהמחסור באספקה יאלץ אותם לסגת חזרה ליוון בסופו של דבר. ואכן, לקראת סוף הקיץ החליט סולפיקיוס לסיים את הפשיטה, אולם כדי לשמור על כבודו רצה לסגת מדרך אחרת ולא מאותה דרך שבה הגיע. פיליפוס מיהר לחסום את המעברים באזור אאורדאיה (כיום באניצה), אולם מאמציו התגלו כלא מספקים. החיילים המוקדונים היו מחולקים ליחידות פלנקס שהתקשו לתמרן בשטח ההררי. סולפיקיוס שיגר קדימה את חיל הרגלים הכבד שלו, שהסתדר במערך טסטודו שמנע מהמוקדונים לתקף אותו. שאר הכוח הרומי איגף את המוקדונים מאחור והם נסוגו בבהלה.
הניצחון הרומי היה שלם, והכוח הרומי נמצא כעת במרחק מסוכן של מאה ק"מ מבירת מוקדון פלה. אולם סולפיקיוס, נאמן להחלטתו הקודמת, החליט לסיים את הפשיטה על מוקדון. הוא נע דרומה אל חבל אוריסטיס, וכבש את העיר קיליטרון (כיום קאסטוריה), שהייתה עיר מבוצרת שהוגנה בחומות ובאגם שהקיף אותה מכל צד, אולם נכנעה מיד כשראתה את הרומאים מתקרבים.
קרב אאוס.
הניצחון הרומי באאורדאיה שכנע את הליגה האיטולית להצטרף למלחמה לצד רומא. האיטולים פשטו על תסליה, שנשלטה בידי מוקדון, אולם פיליפוס הדף בהצלחה את פלישתם. מצבו של פיליפוס היה קשה. הוא לא עשה מאמצים ללכוד את הרומאים שוב, משום שפלישת שבט הדארדאנים ריתקה אותו אל גבולו הצפוני. למערכה נגדם הוא נאלץ להפריש חלק גדול מחיל הרגלים הקל שלו, וכן את חלק הארי של חיל הפרשים המוקדוני. כמפקד חזית זו הוא מינה את אתנגוראס. במקביל, כבשו הרומאים את צפון האי אובויה, שממנו ניתן היה לחלוש על מפרץ פאגאסאי.
פיליפוס החליט שממלכתו גדולה מדי ולא יציבה, וכי הוא אינו מסוגל להגן על כולה מפני הרומאים. הוא צמצם את מאחזיו בתראקיה ובפלופונסוס, ואת ליסימכיה נטש כליל. את החורף הוא ניצל כדי לאמן ולהכין את צבאו. בינתיים, פג האימפריום של סולפיקיוס, ואת מקומו כמצביא בזירה תפס הקונסול החדש, פובליוס ויליוס טפולוס. עם בוא האביב של שנת 198 לפנה"ס, הלך ויליוס בעקבות קודמו והנהיג פלישה למוקדון. הפעם, הוא בחר לפלוש דרך מעלה הנהר אאוס. פיליפוס קיבל מידע על כך מבעוד מועד, ומיהר לחסום את המעברים. ויליוס לא מיהר לתקוף, ובינתיים פגה שנת כהונתו והוא הוחלף במצביא חדש, צעיר ונמרץ מקודמיו בשם טיטוס קווינקטיוס פלמינינוס.