בזמן שהמילטון עובד בביתו, אלייזה מזכירה לו שהגיע יום הולדתו התשיעי של בנם פיליפ. פיליפ מציג להמילטון קטע ראפ קצר שהוא הכין, ומדהים את אביו. אנג'ליקה מייעצת להמילטון לשכנע את ג'פרסון בנוגע לתוכנית שלו כדי שהקונגרס יקבל אותה. לאחר מכן, אלייזה ואנג'ליקה מנסות לשכנע את המילטון להצטרף אליהן לחופשת הקיץ, אבל המילטון מסרב באומרו שהוא חייב לעבוד על התוכנית שלו לקונגרס, ונשאר בניו יורק בזמן שהמשפחה יוצאת לחופשה בצפון המדינה ("Take A Break").
כשהוא לבדו, מגיעה מריה ריינולדס לבקר את המילטון וטוענת שבעלה מתעלל בה. כשהמילטון מציע לה עזרה, היא מפתה אותו והם מתחילים לנהל רומן. בעלה של מריה, ג'יימס ריינולדס, מגלה על הרומן וסוחט את המילטון. הוא דורש כסף תמורת שתיקתו בנוגע לניהול הרומן. המילטון כועס על מריה אך משלם לריינולדס וממשיך ברומן ("Say No To This").
המילטון מזמין את ג'פרסון ומדיסון לארוחת ערב כדי לדון איתם בתוכנית הכלכלית שלו, והם מגיעים לפשרה שידועה כפשרה של 1790. ג'פרסון ומדיסון מסכימים לתמוך בתוכנית הכלכלית של המילטון בתמורה לתמיכתו בהקמת בירת ארצות הברית על גדות הפוטומק בדרום, אתר שקרוב יותר לביתו של ג'פרסון בווירג'יניה. בר מקנא בהשפעה של המילטון על הממשלה ורוצה שיהיה לו כוח דומה ("The Room Where It Happens"). בר מחליף מפלגות ומנצח את אביה של אלייזה, פיליפ סקיילר, בבחירות לסנאט, מה שתוקע טריז ביחסים בין המילטון ובר ("Schuyler Defeated").
בפגישת קבינט נוספת, ג'פרסון והמילטון מתווכחים האם על ארצות הברית לעזור לצרפת במלחמות המהפכה הצרפתית. בסופו של דבר, וושינגטון מסכים עם העמדה של המילטון שעל ארצות הברית להישאר נייטרלית ("Cabinet Battle #2"). לאחר הפגישה, בר, ג'פרסון ומדיסון תוהים כמה נחמד זה בשביל המילטון שתמיד יש לו את התמיכה של וושינגטון, והם מחפשים דרך לפגוע בתדמיתו של המילטון ("Washington On Your Side").
וושינגטון מספר להמילטון שג'פרסון התפטר מתפקידו בממשלה כדי לרוץ לנשיאות, ושהוא עצמו החליט לא להתמודד שוב על התפקיד. המילטון בהלם, אבל וושינגטון משכנע אותו שהדבר הנכון לעשות הוא להראות לאזרחים שהם יכולים להמשיך גם בלעדיו. הם כותבים יחד את נאום הפרידה של וושינגטון ("One Last Time"). באנגליה, המלך ג'ורג' השלישי מקבל את החדשות בנוגע לכך שוושינגטון לא ירוץ לנשיאות ועל בחירתו של ג'ון אדמס לנשיאות. המלך יוצא מגדרו משמחה, מוכן שארצות הברית תיפול תחת הנהגתו של אדמס הבלתי-מנוסה ("I Know Him").
אדמס והמילטון רבים ומשתלחים זה בזה, מה שגורם להריסת המפלגה הפדרליסטית ("The Adams Administration"). ג'פרסון, מדיסון ובר חושבים שהם גילו שערורייה שיכולה להרוס את המילטון. הם מאמינים שהוא מעל בכספי הממשלה ומאשימים אותו בבגידה. המילטון מודה בפניהם על הרומן עם מריה ריינולדס ומוכיח שהכספים שהם גילו יצאו מכיסו הפרטי כדמי שתיקה. המילטון מתחנן שלא יספרו לאף אחד ("We Know"). אף על פי שאמרו שלא יספרו, המילטון חושש שהם ידווחו על הרומן שלו. הוא נזכר איך כתיבה פתוחה ואמיתית הצילה אותו בעבר ("Hurricane"). הוא מעדיף לפרסם בעצמו את דבר הרומן עם ריינולדס על פני שמועות על מעילה או בגידה במדינה ומפרסם פמפלט עם כל פרטי הפרשה ("The Reynolds Pamphlet"). בעוד שהצליח למנוע שמועות על בגידה פוליטית, המוניטין האישי שלו נהרס. אלייזה המיואשת בוכה ושורפת את כל התכתבויותיה עם המילטון. בכך היא הורסת את הסיכוי של המילטון שההיסטוריונים בעתיד ינקו אותו מאשמה ומונעת מהעולם ידע לגבי האופן בו הגיבה לרומן (“Burn”).
השנים חולפות, ובנו של המילטון, פיליפ, מזמין לדו-קרב את ג'ורג' איקר, בחור צעיר שהכפיש את שמו של המילטון האב. בעצת האב, פיליפ מכוון לשמים מתחילת הדו-קרב בתקווה למנוע שפיכות דמים, אבל כבר כשמגיעים לשבע בספירה לעשר לתחילת הירי, איקר יורה בפיליפ ("Blow Us All Away"). פיליפ נלקח לרופא, שלא מצליח להציל אותו. המילטון ואלייזה מגיעים בנפרד ממש לפני מותו של פיליפ (("Stay Alive (Reprise"). בעקבות מותו של פיליפ, משפחת המילטון עוברת לצפון העיר. המילטון מבקש את סליחתה של אלייזה על מעשיו בעבר, ולבסוף היא סולחת לו ("It's Quiet Uptown").
הבחירות לנשיאות בשנת 1800 מסתיימות בתבוסה של ג'ון אדמס ותיקו בין ג'פרסון ובר. המילטון רואה בבר אדם חסר עקרונות יציבים ונותן את תמיכתו ליריבו, ג'פרסון, שמנצח ונבחר לנשיא. ג'פרסון אומר לבר שהוא אינו מעוניין לשתף איתו פעולה כסגן נשיא ומבטיח שיביא לשינוי החוקה ("The Election Of 1800"). בר הזועם, מתכתב עם המילטון וקורא אותו לדו-קרב ("Your Obedient Servant"). לפני הזריחה בבוקר הקרב, אלייזה רואה שהמילטון עובד, ומבקשת ממנו לחזור למיטה. הוא משיב לה שיש לו פגישה, אך מחמיא לה באהבתו אליה ("Best Of Wives And Best Of Women").
בר והמילטון נוסעים לוויקהאון שבניו ג'רזי בשביל הדו-קרב, ממש ליד המקום שבו פיליפ נורה. כשיריית האקדח נשמעת, המילטון מריץ את חייו בראשו, את מערכות היחסים שלו, ואת מורשתו. הוא מכוון את אקדחו לשמיים ונפגע מירייתו של בר. זמן קצר לאחר מכן הוא מת. בר מקונן על כך שעל אף ניצחונו בדו-קרב, הוא הפסיד בכך שלנצח ייזכר כנבל שהרג את המילטון ("The World Was Wide Enough").
הלהקה מתכנסת לסיום הסיפור. וושינגטון נכנס ומזכיר לקהל שאין לאף אדם שליטה מוחלטת באופן בו ייזכר. ג'פרסון ומדיסון מודים שעל אף המחלוקות בינם לבין המילטון, היו לו הישגים רבים. אלייזה מספרת שהיא נלחמה על שימור המורשת של בעלה במשך חמישים השנים הבאות. היא מתייסרת במחשבה שהיא לא עשתה מספיק ושואלת מי יספר את הסיפור כשהיא תלך לעולמה. וושינגטון מספר שאלייזה הקימה את בית היתומים הפרטי הראשון בעיר ניו יורק ("Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story").
קונספט.
המחזמר מושר ברובו, עם מעט דיאלוג. התלבושות והתפאורה משקפים את התקופה בה העלילה מתרחשת, עם מעילי פראק מקטיפה ומכנסי רכיבה. התפאורה מורכבת מפיגומי עץ כנגד לבנים חשופות, והתאורה החמימה מזכירה אור נרות. אודות גילומם של המילטון, תומאס ג'פרסון, ג'ורג' וושינגטון ועוד דמויות היסטוריות לבנות על ידי שחקנים שחורים והיספנים, מירנדה אמר שלדעתו אין זה מצריך השעיית הספק משמעותית מצד הקהל: "הקאסט שלנו נראה כמו שאמריקה נראית היום, וזה ללא ספק בין-לאומי. זו דרך למשוך אותך לתוך הסיפור ולאפשר לך להשאיר בכניסה כל מטען תרבותי שהגעת איתו". הוא הוסיף: "אנחנו מספרים את סיפורם של גברים לבנים זקנים ומתים, אבל אנחנו משתמשים בשחקנים שאינם לבנים, וזה הופך את הסיפור ליותר נגיש לקהל עכשווי". "המילטון הוא סיפור על אמריקה, והדבר היפה ביותר בו הוא שהוא מסופר על ידי קאסט מגוון עם כאלה סגנונות מוזיקליים מגוונים", אמרה רניי אליס גולדסברי, שמגלמת את אנג'ליקה סקיילר. "יש לנו הזדמנות לקחת מחדש בעלות על היסטוריה שחלק מאיתנו לא בהכרח חושבים ששייכת לנו". מירנדה מתעקש שכל האבות המייסדים יגולמו על ידי שחקנים שאינם לבנים, והוא פתוח לאפשרות שנשים יגלמו את האבות המייסדים.
דיוק היסטורי.
אף על פי שהמילטון מבוסס על אירועים אמיתיים, מירנדה לקח לעצמו קצת חירות אומנותית בסיפור האירועים הללו. לדוגמה, בשיר Farmer Refuted ההתכתבויות של סמואל סיבורי והמילטון קרו לפני מעשיות השיר Aaron Burr, Sir אך בהצגה Farmer Refuted מוצג ארבעה שירים אחריו. לאנג'ליקה באמת היה קשר חזק עם המילטון (לפי התכתבויות בין השניים היכולות להיחשב לעיתים כרומנטיות), אך הקשר הזה מנופח בהצגה. במהלך השיר Satisfied, אנג'ליקה מסבירה מדוע המילטון לא מתאים לה אף על פי שהיא מעוניינת בו. היא מציינת בפרט ש-"אני בחורה בעולם שבו תפקידי היחיד הוא להתחתן עם גבר עשיר. לאבי אין בנים ולכן אני זו שחייבת לטפס בסולם החברתי." במציאות, הלחץ על אנג'ליקה לעשות זאת היה קטן בהרבה. לפיליפ סקיילר היו חמישה עשר ילדים, מתוכם שני בנים ששרדו עד לבגרות, ואנג'ליקה בחרה להתחתן עם ג'ון בארקר צ'רץ' כמה שנים לפני שפגשה את המילטון. מירנדה ציין שהוא בחר לתאר זאת כך עקב האפקט הדרמטי שנוצר במידה שאנג'ליקה פנויה ובכל זאת לא יכולה להנשא לו. כמו כן, במערכה הראשונה, תפקידו של בר בחייו של המילטון גדול יותר מאשר במציאות, והרבה מהאינטראקציות המוקדמות בין השניים הן בדיוניות. לדוגמה, בעוד שבר היה נוכח בקרב על מונמות', הוא לא שימש כסגנו של צ'ארלס לי בדו-קרב שלו מול ג'ון לורנס, כפי שמופיע בשיר Ten Duel Commandments, אלא אוון אדוארדס. כבנוסף, המילטון מעולם לא פנה לבר בבקשה שיעזור בכתיבת כתבי הפדרליסט כפי שמופיע בשיר Non-Stop.
במערכה השנייה ישנם מספר אי דיוקים לגבי שקיעתו של המילטון, ככל הנראה עקב אילוצי זמן וסיפור. על אף שג'ון אדמס והמילטון באמת לא הסתדרו ביניהם, אדמס מעולם לא פיטר את המילטון כפי שמתואר בהצגה. המילטון התפטר מתפקידו כשר האוצר ב-1795, שנתיים לפני שאדמס נבחר לנשיא. בנוסף, ג'פרסון, מדיסון ובר לא פנו להמילטון לגבי הרומן שלו, אלא ג'יימס מונרו ופרדריק מולנברג ב-1792. מונרו היה חבר קרוב של ג'פרסון וחלק איתו את המידע על הרומן של המילטון. העיתונאי ג'יימס קלנדר פרסם את הסיפור על הבגידה ב-1796. המילטון האשים את מונרו, והסכסוך ביניהם כמעט הסתיים בדו-קרב. לבסוף, המילטון פרסם הודאה רשמית ברומן.