כאשר הבין לִי שהצפון אינו מתכוון לתקוף, החליט לסגת חזרה לווירג'יניה. ארמיית הפוטומק החלה במרדף, אך לא היה זה מרדף נלהב. ואולם, במהלך הנסיגה דרומה הזדמנה למִיד הזדמנות פז להשמיד את ארמיית צפון וירג'יניה: כאשר הגיעו הדרומיים אל גדת נהר הפוטומק, הסתבר שהגשמים הרבים גרמו לעליית פני המים, וחציית הנהר הייתה בלתי אפשרית. צבא הדרום נלכד, למעשה, כשגבו אל הנהר, והצפוניים היו יכולים להשמיד את צבאו של לִי. ואולם, מִיד התמהמה, וכאשר ערך סוף סוף את צבאו להתקפה, ירדו פני הנהר והדרומיים צלחו אותו וחמקו. הנשיא אברהם לינקולן זעם על החמצת ההזדמנות, אך ללא הועיל; הצבאות המשיכו בתנועה הלֵאה דרומה, עד שנערכו זה מול זה מול נהר הראפאהנוק.
אבדות.
ההערכות לגבי מספר הנפגעים בקרב נעה בין 46,000 ל-51,000 איש. להלן פירוט מספרי הנפגעים בקרב על פי המחקרים העדכניים, לפי הקורפוסים השונים:
יותר משליש מהקצינים בדרגת בריגדיר גנרל ומעלה בארמיית צפון וירג'יניה נהרגו, נפצעו או נשבו; יותר מ-32% מאנשי הארמייה נפגעו, לעומת כ-28% נפגעים בארמיית הפוטומק. למרות קרבתה של העיירה גטיסברג לאזור הקרב, נהרגה רק אזרחית אחת מכדור תועה שחלף במטבח ביתה.
בשדה הקרב היו מוטלות כ-8,000 גופות. בחום של חודש יולי היה צורך מיידי בקבורה מהירה שלהן. יותר מ-3,000 פגרי סוסים נשרפו בערמות מדרום לעיירה. צחנת הגופות הנרקבות גרמה לזיהום ולתחלואה רבה בקרב תושבי העיירה בשבועות שאחרי הקרב, וקבורה מכובדת ומסודרת של המתים קיבלה עדיפות עליונה בקרב תושבי גטיסברג.
תגובות.
התגובה הראשונית במדינות האיחוד הייתה התלהבות רבה מן הניצחון. היו עיתונים שראו בניצחון מעין קרב ווטרלו שני, ואחרים ראו בניצחון את שבירת קסמו של הגנרל לִי ובגנרל מִיד כגנרל הצפוני שסוף סוף התגלה, השווה ליכולותיו של לִי. ואולם, ההתלהבות הראשונית דעכה כאשר הסתבר שהארמייה של צפון וירג'יניה לא הושמדה, אלא נסוגה, ולפיכך המלחמה תימשך. הנשיא לינקולן התלונן שהניצחון הסופי היה קרוב מאוד, אך נשמט מידיה של ארמיית הפוטומק, והפוליטיקאים הבכירים בוושינגטון רגזו כל כך על מִיד עד שסברו שלמעשה לִי היה המנצח בקרב.
מבחינת הקונפדרציה, התבוסה בקרב הייתה לא רק צבאית, אלא גם פוליטית. תבוסה מוחצת ואף השמדת ארמיית הפוטומק היו מביאים קרוב לוודאי לניצחונן של התנועות בצפון שתמכו בהפסקת המלחמה, ואף להכרה בינלאומית של המעצמות (בריטניה הגדולה וצרפת) בקונפדרציה, הכרה שגם היא הייתה מביאה מצדה לסיום המלחמה. ואכן, במהלך השעות האחרונות של הקרב הגיע סגן נשיא הקונפדרציה, אלכסנדר סטפנס, אל קווי הצפון ליד נורפוק, כשהוא נושא דגל לבן, כדי לסמל שבא למשא ומתן. אף על פי שהמטרות הפורמליות שהוגדרו לסטפנס על ידי ג'פרסון דייוויס נשיא הקונפדרציה היו משא ומתן על חילופי שבויים, היסטוריונים מניחים שנשיא הקונפדרציה וסגנו קיוו שתהיה בכך תחילתו של משא ומתן על הסכם שלום; הם קיוו שסטפנס יגיע לכיוון וושינגטון מדרום בעוד לִי, לאחר ניצחון בגטיסברג, מתקדם לכיוון וושינגטון מצפון מערב. ואולם, הנשיא לינקולן שכבר ידע על הניצחון בקרב סירב לאפשר לסטפנס לעבור. כאשר הגיעו הידיעות על תבוסת הדרום בקרב, החליטו גם המעצמות האירופיות שלא להכיר בקונפדרציה, ולפיכך גם שלא להתערב במלחמה ולא ללחוץ על הצדדים להגיע להסדר.
למרות זאת, התגובה המיידית בדרום הייתה תחושה שההפסד בגטיסברג לא היה אסון אלא הפסד אחד בתוך שורת ניצחונות. התחושה הייתה שהגנרל לִי ניצח בקרבות היום הראשון, 1 ביולי, וביומיים הבאים נלחמו חיילי הדרום באומץ ובגבורה, אך לא הצליחו להדוף את חיילי הצפון מן העמדות החזקות שבהן התגוננו. הדעה בדרום הייתה שהארמייה של צפון וירג'יניה לא נמלטה משדה הקרב, אלא המתינה להתקפה של הצפון ב-4 ביולי, ומשזו לא באה נסוגה בדרך מסודרת; גם מן המצב הקשה שאליו נקלעו חיילי הדרום, כאשר נלכדו מול נהר הפוטומק הגואה, הצליח לִי להיחלץ במומחיות. מעבר לכך, המהלך הצבאי שביצעה ארמיית צפון וירג'יניה מנע מן הצפוניים לפגוע ביבולים במדינת וירג'יניה במשך הקיץ, ולתחושת הדרום מִיד יהיה זהיר ולא יתקוף עד סוף השנה. למרות זאת, היו עיתונים בדרום שמתחו ביקורת חריפה על מנהיגותו של לִי, ועקב זאת הגיש לי ב-8 באוגוסט את התפטרותו לנשיא הקונפדרציה, דייוויס, אך זה דחה אותה מיד.
לאחר המלחמה היו מי שניסו לתלות את אשמת התבוסה בקרב על כמה מפקודיו של לִי. כותבים אלה שייכים בעיקר לתנועה הנקראת "המקרה האבוד של הקונפדרציה" (Lost Cause of the Confederacy). תנועה אינטלקטואלית וספרותית זו, שדובריה היו בעיקר אנשי הדרום, ניסתה ליישב את תבוסת הדרום במלחמה. כותבים אלה הניחו שניסיונה של הקונפדרציה לזכות בעצמאות היה אבוד מראש, וזאת בשל עדיפותו העצומה של האיחוד בכוח אדם, בעוצמה תעשייתית ובמשאבים. יחד עם זאת, הם מנסים להסביר מדוע רוברט אי. לי, שהיה כמעט בלתי מנוצח עד קרב גטיסברג, הובס בקרב זה. לטענתם, בקרב גטיסברג הובס לִי בשל כישלונם של כמה מפקודיו הבולטים: מייג'ור גנרל איוול לא תקף את גבעת בית הקברות ביום הראשון של המלחמה; סטיוארט שגה כאשר הוביל את פרשיו לפשיטה מרוחקת שמנעה מלִי את המודיעין ההכרחי שאלה היו אמורים לספק; ובמיוחד לונגסטריט, שלא תקף ב-2 ביולי מוקדם די הצורך, ולא בעוצמה שבה רצה לִי. על פי הסתכלות זו, קרב גטיסברג היה הזדמנות פז שהוחמצה להביס את הצפון ולהביא לניצחון במלחמה.
הערכה היסטורית: רוברט אִי לִי.
עד לקרב גטיסברג נחשב הגנרל רוברט אִי לִי לגנרל מבריק ובלתי מנוצח. הארמייה של צפון וירג'יניה הצליחה להביס את ארמיית הפוטומק בשורה של קרבות מבריקים, כאשר חיילי הדרום היו בדרך כלל בנחיתות מספרית וסבלו מציוד נחות ובלתי מספיק. בשל כך, היסטוריונים רבים מתלבטים בסיבות שהביאו לכישלונו של לִי בקרב זה. ההסברים מתכנסים בסופו של דיון לארבעה גורמים עיקריים: ביטחון מופרז של לִי באנשיו; כשלים בתפקודם של מפקדי המשנה; בעיות בריאותיות, שמהן סבל לִי במהלך המערכה; ומצביאותו של יריבו, מִיד.
לִי עצמו: ביטחון מופרז ובריאות מעורערת.
לִי היה משוכנע במהלך המערכה כולה שרמת המחויבות האישית והנחישות של החיילים שבפיקודו עולה בהרבה על זו של חיילי צבא הצפון, ולכן הם יוכלו לגבור על יריביהם כמעט בכל מצב. אמונתו של לִי נשענה על ניסיונו בקרבות הקודמים שניהלה ארמיית צפון וירג'יניה נגד צבא הצפון, ובפרט בקרב צ'אנסלורזוויל בתחילת מאי, חודשיים לפני קרב גטיסברג. הקרב שהתחולל ביום הראשון של קרב גטיסברג (1 ביולי), במסגרתו נהדפו חיילי הצפון מעמדותיהם מצפון לעיירה גטיסברג אל הגבעות שמדרום לעיירה, אישש, לכאורה, תחושה זו. לִי התעקש גם לא לפגוע במורל של חייליו, ולכן סירב לכל ההצעות - בעיקר של לונגסטריט - לסגת משדה הקרב, ולתקוף את צבא הצפון במקום ובזמן שהוא יבחר. לִי עצמו הודה במשגה זה; במכתב שכתב לנשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, אמר:
מעבר לתחושת הביטחון המופרזת, סבל לִי במהלך הקרב מבעיות בריאותיות. היסטוריונים משערים שלי סבל מתעוקת לב, אנגינה פקטוריס. במכתב לנשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, כתב לִי שמצבו הגופני מנע ממנו לשלוט באופן מלא בשדה הקרב; הוא כתב: .
לִי והגנרלים שלו: מפקדי הקורפוסים.
הפרק המורכב והשנוי ביותר במחלוקת בהערכה ההיסטורית של הקרב הוא הפרק העוסק בתפקודם של הגנרלים של לִי.
חוקרים וכותבים רבים - רבים מהם, כאמור לעיל, מזרם "הסיבה האבודה", תולים את הכישלון בקרב בטעויות ובמשגים של פקודיו של לִי. מאידך, יש התולים את האשמה או את חלקה בלִי עצמו, שלא הנחה אותם כראוי ולא נתן מענה נכון לחסרונותיהם. שניים ממפקדי הקורפוסים שלו, ריצ'רד ס. איוול וא. פ. היל היו חדשים בתפקידם, ולא היו מורגלים עדיין בסגנון הפיקוד של לִי: שניהם היו רגילים לסגנון המפורט והמדויק של תומאס ג'ונתן ג'קסון, שנהרג חודשים ספורים לפני כן, ולא הכירו את פקודותיו של לִי שהיו כלליות בהרבה, והותירו לכל מפקד לבחור את הדרך שבה יבצע אותן.
לִי ויריבו: לִי מול מִיד.
גורם חשוב ומשמעותי בתוצאת הקרב היה יריבו של לִי, מייג'ור גנרל ג'ורג' מִיד. מִיד קיבל את הפיקוד על ארמיית הפוטומק ימים ספורים בלבד לפני הקרב, אך הנהיג אותה ביעילות: הוא פרש את הארמייה בצורה טובה בשדה הקרב; נשען ונעזר בפיקודיו, מפקדי הקורפוסים השונים, כדי לקבל החלטות במקום ובזמן הנכונים; ניצל היטב את יתרונו הטופוגרפי להגנה; הניע את כוחותיו בין הגזרות השונות בזריזות תוך ניצול מוצלח של יתרון הקווים הפנימיים שממנו נהנה; ובניגוד לכמה מקודמיו בתפקיד, לא נרתע ולא איבד את עשתונותיו מול ההתקפות העזות של צבא הקונפדרציה. יתרון נוסף שהיה למִיד היה שחייליו נלחמו על אדמתם שלהם, ולא כפולשים. מנהיגותו העצימה את ביטחונם של החיילים, ומנעה תבוסה.