מאמציהם של פילדרמן ושפרן הופעלו גם כלפי מלכת האם אלנה, ושגרירי שוודיה, שווייץ וטורקיה וגם נציג הצלב האדום. פרט לכך פילדרמן הפעיל את מלוא כישרונו בשיחותיו עם יון אנטונסקו (בעבר חברו לספסל הלימודים) ועם שרים נוספים. פילדרמן שלח לאנטונסקו תזכיר בו הסביר שהטלאי הצהוב לא הונהג בגרמניה ולא באיטליה, אלא רק בארצות כבושות וניגן בכך על רצונו של אנטונסקו להוכיח את עצמאות רומניה, גם כלפי גרמניה. התזכיר הגיע לאנטונסקו באיחור בגלל מחלתו של אנטונסקו. לאחר שאנטונסקו קרא את התזכיר יצאה הזמנה לפילדרמן לבוא אליו ביום ראשון (יום המנוחה ברומניה) למפגש, יחד עם יהודי נוסף, הוריה קלז'אן, בביתו הכפרי של אנטונסקו. פילדרמן ענה שמכוניתו הוחרמה ולא יוכל להשיג תחבורה ביום ראשון ועל כך נענה שמכוניתו של אנטונסקו תבוא לאסוף אותו. היהודי הנוסף, קלז'אן, לא השתייך למנהיגות היהודית, אך אנטונסקו הכיר אותו משום שהיה האדריכל שבנה לו בית לפני המלחמה. בראיון, שנמשך קרוב לשעה, העלה פילדרמן בעיות שונות, שחלקן נענו וחלקן לא, אך חובת ענידת הטלאי הצהוב ברומניה גופא בוטלה. בסיום המפגש ציין אנטונסקו את היחס השונה ליהודי ה"רגאט" (ה"ממלכה" -רומניה בגבולות שלפני מלחמת העולם הראשונה) לעומת יהודי המחוזות שסופחו מאוחר יותר, שהמשיכו לשאת את הטלאי הצהוב.
רצח יהודי בסרביה ובוקובינה והגירושים לטרנסניסטריה.
רצח יהודי בסרביה וצפון בוקובינה החל עוד לפני כניסת רומניה למלחמת העולם השנייה. בהסכם ריבנטרופ–מולוטוב ניתנה יד חופשית לברית המועצות בבסרביה וצפון בוקובינה; במועד שהתאים לסובייטים - לאחר נפילת צרפת, המעצמה הערבה לגבולות רומניה, הגישה ברית המועצות לרומניה אולטימטום בו תבעה יציאת הממשל והצבא הרומני ממחוזות אלה לאלתר. הרומנים, שכוחם נפל בהרבה מכוחה של ברית המועצות, נאלצו לסגת תחת האולטימטום וברית המועצות השתלטה על חבלים אלה. במהלך היציאה החפוזה של הרומנים, הממשל הרומני ציווה על הצבא הרומני להגיש סיוע לרומנים הנמלטים מערבה, אל שטח רומניה, אך לא ליהודים. היהודים בחבלים האלה, הבינו שהם מועברים לשלטון הסובייטי והיו ביניהם כאלה שניסו להתחיל תקופה זו ברגל ימין על ידי הקבלת נציגי השלטון הסובייטי בלחם, מלח ודגלים אדומים - התנהגות זו נתפסה על ידי הרומנים כבגידה והעיתונות הרומנית האשימה את היהודים באובדן החבלים האלה עבור רומניה. חלק מקציני וחיילי רומניה הנסוגים מחבלים אלה החלו לעשות שפטים ביהודים, כנקמה על אובדן החבלים ובלט ביניהם לרעה המיור ולריו קארפ. גם פרעות דורוחוי היו על רקע זה.
לפני כניסת הצבא הרומני לבסרביה ולבוקובינה במלחמת העולם השנייה כבר נקבעה מטרת "טיהור" המחוזות האלה מיהודים. הוראות רבות בנוגע ליהודים ניתנו בעל פה ובנוסף לכך, לפני נפילת המשטר של אנטונסקו הושמדו מסמכים רבים, לכן אין כיום תיעוד על המועד המדויקת ועל הפורום בו התקבלו ההחלטות לביצוע, אך התייחסויות מאוחרות יותר מאשרות שהיה כנראה סיכום בין אנטונסקו ובין היטלר בנוגע ליהודי המחוזות ה"חדשים".
אנטונסקו נתן את ההוראה הבאה: "את כל הרומנים והאוקראינים הפרו-קומוניסטים צריך לשלוח לגדה השנייה של הדניסטר (לכוון נהר הבוג), בעוד ש"כל בני המיעוטים מסוג זה" (כינוי ליהודים) יחוסלו".
רצח היהודים נעשה בשני שלבים: השלב הראשון היה בפרק הזמן שבין יציאת הצבא הסובייטי ועד כניסת הצבא הרומני; בשלב זה - מקומיים, בעיקר באזור" הכפרי, לקחו יוזמה (מסיתים רומנים נשלחו לפני שהגיע הצבא הרומני על ידי אנשי "המשרד השני" של המטכ"ל הרומני), התארגנו בכנופיות שתפסו יהודים, בזזו את רכושם, אנסו את הצעירות והרגו את כולם לבסוף. תועדו מקרים רבים, למשל - כנופייתו של איוון קודלו מבנילה, כנופייתו של המורה ולדימיר רוסו מסדיגורא ועוד. בשלב זה נרצחו עשרות אלפי יהודים.
השלב השני בוצע לאחר השתלטות הצבא הרומני על השטחים האלה. הייתה הוראה שלא בכתב, שהועברה בעל פה בין יחידות הצבא הרומני, להרוג ביהודים ולבזוז רכוש יהודי ללא חשבון ב-24 השעות הראשונות של הכיבוש (לפי השמועה שעברה בין היהודים, בשלושת הימים הראשונים). גם הצבאות הגרמניים שהשתתפו בכיבוש היו תחת פיקודו של אנטונסקו, לכן גם מעשיהם, כמו הפוגרום בבלץ, נופלים תחת אחריות ממשלת רומניה.
ההוראות המיוחדות, שהועברו בעל פה, יצרו בעיות, כי לא כולם היו מוכנים לבצען כלשונן. כדי להתגבר על כך נשלח ביום 29 ביוני מברק דחוף לכל הפרפקטים בבסרביה ובבוקובינה, שבו הצטוו "לירות, להעביד בפרך ולהרעיב את התושבים היהודים בכל שטחן של בסרביה ובוקובינה". בצ'טאטאה אלבה (המצודה הלבנה) קצין מקומי שלא הכיר את ההוראות-שבעל פה דרש הוראות בכתב - קולונל מרצ'ל פטלה נסע לשם במיוחד כדי להעביר את ההוראה, ולמחרת נרצחו שם 3,500 יהודים.
גזירת הגירוש לטרנסניסטריה בוצעה בהחלטיות, ומי שניסו לחזור למקומות מהם גורשו נענשו בחומרה הגדולה ביותר. לדוגמה, בכתב העת הרשמי "בוקובינה", מיום 9 באפריל 1943, פורסמה ידיעה קצרה, בה צוין שבני הזוג היהודים, גלדנר מאיר (Geldner Meyer) וגלדנר רג'ינה (Geldner Regina), שגורשו קודם לטרנסניסטריה, שבו בחשאי לצ'רנאוצי, התגלו והועמדו בפני בית הדין. בית הדין בראשות אלוף-משנה דוידאנו (Davideanu) ובהשתתפות סגן-אלוף ד"ר מונטאנו (Munteanu) ורב-סרן גריגורוביצה (Grigoroviţă) והתובע פוקובסקי פרנצ'יסק (Pocubschi Francisc) שפט אותם ודן אותם לעונש מוות.
ההנהגה היהודית.
עליית אנטונסקו והלגיונרים לשלטון ברומניה נעשתה בעת שהיהדות המקומית הייתה מאורגנת תחת "הפדרציה של איחוד הקהילות היהודיות ברומניה", מוסד שהונהג על ידי דוקטור וילהלם פילדרמן. בראש ההנהגה הדתית עמד הרב הראשי הצעיר אלכסנדר שפרן. לצד פילדרמן ושפרן כיהנו גם יוסף פינקס Josef M. Pincas, נשיא איחוד הקהילות הרומניות הספרדיות והרב הספרדי הראשי של יהודי רומניה, הרב שבתאי דז'אן Sabetay Y. Djaen. ביום 16 בדצמבר 1941 פורקה הפדרציה בכוח הצו המלכותי מס' 3415. פירוק הפדרציה נעשה לפי הצעתו של גוסטב ריכטר, היועץ הגרמני-נאצי לענייני יהודים שנשלח מגרמניה, כדי לסייע בידי אנטונסקו בטיפול ביהודי רומניה.
לאחר פירוק כל מוסדות היהודים הוקם במקומם מרכז היהודים ובראשו הוצב כנשיא ח. סטריטמן (H. Streitman) וכמזכיר כללי דוקטור ננדור גינגולד, יהודי שהמיר את דתו והיה נשוי לנוצרייה, ובדצמבר 1942 החליף גינגולד את סטריטמן בתפקיד הנשיא. ראש מרכז היהודים קיבל את הוראותיו מראדו לקה, מיופה הכוח מטעם שלטונות אנטונסקו בנושא יהודי רומניה.
למרות פירוק הפדרציה, המשיכה ההנהגה הקודמת בראשות פילדרמן לפעול במחתרת במהלך כל תקופת המלחמה. גם אנטונסקו עצמו פנה לפילדרמן, לאחר הדחתו, כדי לנסות להשיג באמצעות השפעתו על היהודים, הישגים ש"היהודים מטעם" לא הצליחו להשיג. כשפילדרמן לא נענה לדרישותיו (גיוס מס נוסף מהיהודים, מס בסכום של 4,000,000,000 לאו) לא היסס אנטונסקו והיגלה את פילדרמן לטרנסניסטריה, למרות היכרותם הקודמת (למדו יחד בבית הספר התיכון) ורק השתדלותה של מלכת האם אלנה הביאה להשבתו של פילדרמן כעבור 3 חודשים.
כאמור פילדרמן עמד בראש הנהגה לא רשמית שזכתה לכינוי "מועצת היהודים" והשתתפו בה גם הרב שפרן, עו"ד מישו בנבנישטי, כנציג התנועה הציונית, פ. פרוימסקו, נציג היהודים הספרדיים ועו"ד ארנולד שוופלברג. בדרך כלל התכנסה המועצה בביתו של הרב שפרן. פילדרמן עודד חלק מהיהודים הקשורים איתו לקבל תפקידים במרכז היהודים, כדי שיוכל לקבל אינפורמציה מבפנים וגם כדי שיוכל להשפיע על מהלכים. לאברהם לייבה זיסו, הוצעה הנהגת מרכז היהודים והוא דחה אותה בבוז באומרו שמדובר ב"בור שופכין" של הנאצים. הוא ביקר בחריפות את העמדה של פילדרמן וראה בכך שחלק מאנשיו קיבלו תפקידים במרכז, שיתוף פעולה מסוים עם האויב.
בתקופת מלחמת העולם השנייה כלאו שלטונות רומניה בני ערובה מבין ראשי הקהילה היהודית, כערובה להתנהגות צייתנית של האוכלוסייה היהודית, באיום מפורש של הוצאתם להורג על כל גילוי אי צייתנות.
לאחר פלישת הוורמכט והצבא הרומני לברית המועצות, ב-22 ביוני 1941, פנה ב-30 ביוני משרד הפנים הרומני אל צבא רומניה ודרש לבצע מעצרים של יהודים עשירים או בעלי השפעה בתוך הקהילה היהודית ולכלוא אותם במחנות ריכוז בעריהם. במסגרת מעצרים אלה נכלאו בערי רומניה יהודים רבים, נשיאי קהילות, רבנים, וביניהם הרב הראשי של העדה הספרדית ברומניה, ד"ר שבתאי ג'אין, ומשמשים בקודש אחרים, אינטלקטואלים ואנשי תרבות, בעלי מקצוע וסוחרים. העצורים, שהיו בני 18 עד 60 נדרשו לכיבוד ותמיכה בחוקים ובצווים שהוציא השלטון ואיימו עליהם בהוצאה להורג על כל מעשה חבלה, ריגול, טרוריזם או פגיעה כלשהי באנשי הצבא הרומנים והגרמנים או על הימלטות ממחנות העבודה שהוקמו.
הניסיון לפתרון הסופי של יהודי רומניה.
בין ממשלת גרמניה הנאצית ובין ממשלת רומניה התנהל משא ומתן לגבי הכללת יהדות רומניה בפתרון הסופי הגרמני. הדיונים היו סודיים. מהצד הגרמני השתתפו 3–4 אנשים, כולל גוסטב ריכטר (המומחה הגרמני לבעיית היהודים שייעץ לרומנים) וקילינגר (הציר הגרמני ברומניה) ומהצד הרומני ידעו על כך רק יון אנטונסקו, מיכאי אנטונסקו וראדו לקה (הממונה הרומני על בעיית היהודים).