בספרות היוונית-רומית ישנן התייחסויות למנהג המילה של היהודים - שתיים מהן באופן ברור לשלילה: במחצית הראשונה של המאה ה-1 לספירה, הסופר המצרי-יווני אפיון לעג ליהודים על כך שהם מלים את עורלתם.
בתחילת המאה ה-5 לספירה, המשורר והפקיד הרומאי-פגאני הבכיר רוטיליוס נמטיאנוס, גינה את העם היהודי "החותך באופן מחפיר את עטרת איבר המין".
גם בקרב הנוצרים המוקדמים הייתה התנגדות למילה בנימוק שמדובר בחצי סירוס, ובכך שהוא פוגע בכח הגברא ובאטרקטיביות של הגבר הנימול, בעיני הנשים. הילדגרד מבינגן, שחיה במאה ה-12, הציגה את הטבילה לנצרות כעדיפה על המילה, כיוון שהיא מאפשרת לנשים וגברים כאחד למול את כל איברי גופם.
מוטיב בחלק מעלילות הדם על היהודים, שנזכר גם בכתבי כומר אנגלי מהמאה ה-17, היה שהם נוהגים למול את קרבנותיהם הנוצרים. בקומפליציה של כתבים היסטוריים שנערכה באנגליה במאה ה-18, מתועד משפט שנערך בנוריץ' לקבוצת יהודים שהואשמו בחטיפת ילד נוצרי בן חמש ובמילתו, שלאחריה השתעשעו בעורלה, וקראו לילד יהודי. בנוסף לעדותו של הילד, כמרים רבים העידו בשבועה שראו את איבר מינו של הילד כשהוא נפוח וזב דם, ואישה העידה שלאחר החזרתו הביתה, כמה יהודים הזהירו אותה שלא תאכיל את הילד חזיר. עם זאת, המשפט נערך לאחר ארבע שנים, ובינתיים, לפי כתב האישום, עורלת הילד צמחה מחדש. לבית המשפט העניין נראה מוטל בספק, אולם נציגי הכנסייה טענו שמאחר שברית מילה היא עניין דתי, הסמכות לדון לגביו צריכה להיות בידיהם. ההכרעה הועברה לבישוף של נוריץ', שדן ארבע מהנאשמים להוצאה להורג בגרירה אחרי סוס ולתליית גופתם. מהצלבה עם מסמכים אחרים, הוסק שכנראה בהמשך לגזר הדין, תושבי נוריץ' הציתו את בתי היהודים באש.
בשנת 2000 כתב דייוויד גולאהר, היסטוריון המתנגד למילה, ספר על ההיסטוריה של הניתוח, שבו הוא תוהה האם יש אמת בעלילת הדם, ומציג את תיעוד המשפט שנערך בנוריץ' כראיה לכך ש"בהחלט יש אינדיקציות למנהגים ביזאריים".
באמצע המאה ה-19 עלו בגרמניה טענות שהמילה מסכנת את בריאות הציבור, בגלל מנהגי הפריעה והמציצה והפעילות של מוהלים שאינם אנשי רפואה.
בשנות ה-30 של המאה ה-20, ניהלה היבסקציה בברית המועצות תעמולה נגד ברית המילה שתוארה כמנהג ברברי שאינו מתאים לחברה קומוניסטית מתקדמת. בימי הטיהורים הגדולים הוגלו לסיביר חברי מפלגה שמלו את בניהם. החוק בברית המועצות אסר על אנשים שאינם מוכשרים כרופאים לבצע ניתוחים ובכך אסר על מוהלים למול.
התעמולה הנאצית של גבלס הציגה את המילה כהוכחה לאכזריות ולהתבדלות של היהודים, והדר שטירמר אף האשים אותם בשימוש בדם ילדים נוצרים בברית המילה. עם זאת, לא הטילו הנאצים הגבלות על המילה כפי שהטילו על השחיטה הכשרה, אלא נעזרו בה לזיהוי ולבידוד יהודים.
הקמת תנועות בנות זמננו להתנגדות למילה מיוחסת לשנות ה-80 של המאה העשרים. בשנת 1985 הוקם ארגון (national organization of circumcision information resource centers NOCIRC), ארגון ראשון של מתנגדים, שנועד לספק מידע על המילה. בשנת 1989 הוקם ארגון (national organization of restoring men NORM), ארגון של אנשים המצטערים שהם נימולו, ושני ארגונים נוספים הוקמו בשנים 1991-1992. מאז הוקמו ארגונים רבים בעולם. ארגון "רופאים מתנגדים למילה" (Doctors Opposing Circumcision) הוקם ב-1995 על ידי רופא משפחה אמריקאי בשם ג'ון דניסטון משום שהיה מוטרד מהמילה השגרתית של בנים בארצות הברית. הארגון מהווה רשת בינלאומית של רופאים שמטרתה להגן על שלמות איברי המין ועל האוטונומיה של כל הילדים. בישראל התארגנה קבוצה הנקראת "עמותה נגד חיתוכים באיברי המין בתינוקות". עמותה זו הפיצה חומר נגד קיום ברית המילה ובשנת 1998 אף עתרה לבג"ץ נגד שר הבריאות והדתות להורות לבטל את המילה. עתירתם נדחתה.
ב-7 במאי 2012 פסק בית המשפט המחוזי בקלן, גרמניה שמילה לא רפואית לילדים היא "התערבות חמורה ובלתי הפיכה בשלמות הגוף האנושי". פסק הדין ניתן בעקבות הבהלת ילד בן 4 לבית חולים עקב דימום, יומיים לאחר שנימול בידי רופא מוסלמי. בעקבות פסק הדין נחקק חוק המאפשר את המילה. עם זאת, בעקבות הפסיקה הוכרז על ציון יום המודעות הבינלאומי לאוטונומיה גניטלית ב-7 במאי.
באוקטובר 2013 הצהירה האספה הפרלמנטרית של מועצת אירופה, כי היא מודאגת במיוחד מ"הפרות מסוימות של שלמותם הפיזית של ילדים", שהתומכים בהם מציגים אותם כמועילות לילדים חרף "עדויות ברורות להפך מכך" ומנתה ביניהם "מילת זכרים צעירים מסיבות דתיות". המועצה קראה למדינות החברות "להגדיר בבירור את התנאים הרפואיים, הסניטריים והאחרים אותם יש לוודא עבור מנהגים הרווחים בקהילות דתיות מסוימות, כגון מילתם הבלתי מוצדקת מבחינה רפואית של זכרים צעירים". במכתב לנשיא מדינת ישראל, הדגיש מזכ"ל המועצה "שהמועצה הפרלמנטרית של אירופה היא גוף מייעץ אשר לא מייצג את עמדתה הכללית של מועצת אירופה כולה." בעקבות מאמצי שכנוע מצד ארגונים יהודיים, בספטמבר 2015 קיבלה האספה החלטה מתוקנת, שאינה מגדירה את המילה כהפרה של שלמות הילד או כבלתי מוצדקת מבחינה רפואית.
נכון לפברואר 2018 אין איסור על מילת בנים באף מדינה בעולם ובמדינות מסוימות אף מעוגנת בחוק הזכות לקיים מילת בנים, אולם ישנן קבוצות המטיפות לאיסור בחוק על ביצוע מילה בקטינים. כך באיסלנד מקודמת הצעת חוק שלפיה מילה בבנים תיאסר עד גיל ההסכמה בדומה לחוק התקף שם לגבי מילת נשים, וארגון "דנמרק השלמה" מנסה לקדם הצעת חוק דומה בדנמרק.
נימוקים להתנגדות.
נימוקי ההתנגדות למילה כוללים נימוקים כנגד המילה בכלל, נימוקים כנגד ביצוע מילה בקטינים, בהיעדר הסכמה מצד הקטינים, ונימוקים כנגד ביצוע המילה על ידי אנשים שאינם רופאים.
טיעונים מוסריים.
נטען שהעורלה היא רקמה בריאה, רגישה, רבת עצבים ונורמלית הקשורה בהנאה מינית ובהסרתה תיתכן פגיעה בהנאה המינית של הגבר, וכן של האישה המקיימת עמו יחסים.
מצוטטים דברי ישו מהבשורה על פי תומאס, לפיהם אם המילה הייתה מועילה, הבנים היו נולדים נימולים, ותחת זאת המילה האמיתית של הרוח מועילה בכל המובנים. הקוראן אינו מזכיר מילה כלל, ולעומת זאת מציין שהאל יצר את האדם בצורה ההרמונית והרצויה. נטען שמוחמד ומשה לא נימולו, ומצוטט הרמב"ם שכתב: "אין ספק שהמילה מחלישה את כוח הקישוי ולעיתים קרובות ממעיטה את ההנאה, מפני שכאשר מטיפים דם מן האיבר ומסירים את המגן שלו בראשית גדילתו, הוא נחלש בלי ספק".
מקרב מתנגדי המילה, יש גברים שפונים לניתוח שחזור עורלה, בין היתר במטרה לשחזר את תחושת השלמות, להשיב את השליטה על גופם ולשפר את ההנאה המינית.
קיים ויכוח בספרות המקצועית על טיעון ההנאה המינית, ומחקרים שונים העלו מסקנות סותרות.
נטען שמילת קטינים מפירה את עקרונות האתיקה הרפואית, שהיא מפירה את זכויות האדם ופוגעת בזכות היילוד לאוטונומיה על גופו, ושמילה מפירה את לפיו אין פוגעים בחייו, בגופו, או בכבודו של אדם באשר הוא אדם.
במסגרת זאת, ישנם בין המתנגדים למילת קטינים הטוענים גם לקיום עדיפות רפואית למילה הנעשית מבחירה בגיל מבוגר, תוך הדגשה שהסיכונים הכרוכים בהרדמה מלאה הנדרשת לצורך מילה של מבוגר, הם קטנים כיום, ושישנם אורולוגים הטוענים שהניתוח מדויק בהרבה ומניב תוצאות קוסמטיות טובות יותר כאשר הוא מבוצע במבוגרים.
השוואה למילת נשים.
נטען שמילת נשים אסורה על פי חוק במרבית המדינות המערביות, ונתפסת כהשחתת איבר המין הנשי. יש הטוענים כי גם ניתוח מילה הוא בבחינת השחתת איבר מין פסולה, ומנגד רבים מזדעזעים נוכח ההשוואה בין שני הניתוחים. ישנם סוגים שונים של מילת נשים והדבר משפיע על מידת הדמיון למילת גברים. ההשוואה מסתמכת בעיקר על הגרסה של מילת נשים בה מוסרת רק עורלת הדגדגן, רקמה שקטנה יותר מעורלת הפין אך ייתכן שממלאת תפקיד מקביל.
מבחינה אתית, יש הטוענים לאפליה מגדרית ולאפליה תרבותית בהתייחסות השונה לחיתוך איברי המין הנשיים או הזכריים במסגרת מילה. מקור האפליה התרבותית בכך שהתרת מילת בנים מטיבה עם תרבויות מערביות על פני תרבויות אחרות שכן היא מתייחסת בסובלנות לניתוח מילה בבנים משום שזה נהוג בתרבויות מערביות ואינה מקבלת מילת נשים (גם כאשר ההתערבות הכירורגית מינימלית) שאינה מקובלת בתרבויות אלה. מקור האפליה המגדרית בכך שהיא מטיבה עם הנשים ומספקת להן הגנה מוחלטת בהשוואה לבנים.
טיעונים רפואיים.
יש הטוענים שהניתוח אינו אתי ונמצא בקונפליקט עם שבועת הרופאים לפיה מתחייב הרופא לא לגרום נזק לחולה. כמו כן, הביצוע של מילה למטרת רפואה מונעת נוגד את עקרונות הרפואה המונעת שלפיהן יש צורך לספק עדויות ישירות וברורות לכך שביצוע הפעולה הרפואית יימנע את התולדה ומצדיקות אותה. לניתוח מילה עדויות רפואיות ברורות במחקר, אולם לטענת המתנגדים על פי רוב לא ניתן להצדיק את הפעולה הכירורגית הפולשנית כדי למנוע בעיות רפואיות קלות שניתן לטפל בהן לרוב בהתערבות רפואית שמרנית יותר. מחקר בדנמרק הראה ששכיחות ניתוחי העורלה שכוללים כריתה מלאה שלה לצורך טיפול בבעיה רפואית ומתבצעים עד גיל 18 הוא כ-1 למאתיים קטינים, ולפיכך טוענים המתנגדים שהטיעון שלמילה יתרון רפואי מניעתי חסר שחר.
סיכונים רפואיים.
נטען שמילה היא פעולה העלולה לסכן פעוטות בריאים, המתבצעת שלא לצורך רפואי. הביואתיקנית, מרגרט סאמרוויל טוענת שטכנית, המילה מהווה עבירה פלילית של תקיפה.