היישובים במנסטר משכו אליהם אלפי מתיישבים חדשים מאנגליה ומוויילס ואף הורחבו בעקבות המדיניות האנגלית החדשה לערי החוף בדרום הפרובינציה - יול, בנדון, קינסייל וקורק. ביישובים חדשים אלו השתתפו גם וולטר ראלי ואדמונד ספנסר. המעמדות האירים הגבוהים לא הצליחו למנוע את שטף היישובים והמתיישבים החדשים שהגיעו לארצם, וזאת מאחר שנאסר עליהם להחזיק בעמדות השפעה ציבוריות בשל דתם הקתולית. גם מהפרלמנט האירי רגליהם נדחקו בשל יצירת מחוזות בחירה חדשים על ידי האנגלים, כאלו שהרוב בהם כלל את המתיישבים החדשים שיובאו למדינה. מהלכיהם הפוליטיים של האירים מול הבריטים עלו בתוהו או שהניבו הצלחות זמניות בלבד.
בנוסף ליישובים המאורגנים, אלפי מתיישבים עצמאיים הגיעו בתקופה זו לאירלנד מבריטניה הגדולה, הולנד וצרפת. חלקם הפכו לאריסים של בעלי אדמות מקומיים או חדשים וחלקם התיישבו בערים הגדולות ועבדו כבנקאים או כלכלנים. ב-1641 חיו באירלנד כ-125,000 מתיישבים פרוטסטנטים, אך אלו עדיין היו למיעוט, ועל כל מתיישב פרוטסטנטי היו כ-15 אירים קתולים. בנוסף למתיישבים הפרוטסטנטים הרבים, גם מתיישבים קתולים הגיעו מאנגליה לאירלנד - בתקופתם של ג'יימס הראשון ואליזבת הראשונה סבלו הקתולים באנגליה מרדיפות יותר מאלו שבאירלנד. חיי הקתולים באנגליה, בה הפכו למיעוט, היו לבלתי נסבלים ורבים מהם העדיפו למצוא מקלט באירלנד, בה הרוב המוחץ היה קתולי. מתיישבים מסוג זה התיישבו בעיקר במחוז קילקני, שם היו לבערך כמחצית מכמות המתיישבים.
מהלכי היישוב היו עתידים להחריף ב-1632, עם מינויו למושל אירלנד של תומאס ונטוורת', שהיה יועצו של צ'ארלס הראשון. צ'ארלס מינה את ונטוורת' לתפקיד על מנת שיגדיל את התפוקה הכלכלית באירלנד ועל מנת שימשיך במהלך נישול האירים מכוחם הפוליטי - שתי מטרות אלו היו אמורות להיות מושגות באמצעות יישובים נוספים. אחד ממהלכיו הראשונים של ונטוורת' היה הפקעת האדמות במחוז ויקלו, שהייתה אמורה להיות תחילתו של יישוב רחב היקף בפרובינציית קונכט. הוא תכנן להפקיע את אדמותיהם של בעלי אדמות בפרובינציה שלא יסכימו להכיר בעליונות הכתר האנגלי ומאלה שיסכימו תכנן להפקיע כמחצית מהשטח שבבעלותם. בעלי האדמות המקומיים נאלצו לקבל את ההסדר החדש של ונטוורת' ואלו שהתנגדו לו - נאסרו. כמו כן, תכנן ונטוורת' לבצע מהלכים דומים בפרובינציית לנסטר. אולם, המהלך יצא אל הפועל במחוזות רוסקומון וסלייגו בקונאכט בלבד בשל פרוץ מלחמת הבישופים בסקוטלנד. המלחמה התפתחה למלחמת שלוש הממלכות באיים הבריטיים בין תומכי הפרלמנט לתומכי המלוכה, וונטוורת' הוצא במהלכה להורג בידי הפרלמנט האנגלי. אף על פי כן, מדיניותו של ונטוורת' וההתפתחויות הפוליטיות היו מספיק חריפות בשביל להוביל בהמשך לפרוץ המרד האירי של 1641.
המרד האירי של 1641.
באוקטובר 1641, לאחר עונת קציר לא מוצלחת ומה שהיה נראה כתחילתו של רעב באירלנד, האקלים הפוליטי במדינה החל להתערער. פלים או'ניל ואצילים אירים נוספים פתחו במרידה כנגד השלטון האנגלי, במסגרתה קיוו לתקן את העוולות החברתיות שנוצרו ולהביע מחאה על היחס האנגלי לבעלי האדמות והאריסים האירים. אולם, משהחלה המרידה, התרעומת והטינה שרחשו האירים באלסטר לשליטיהם האנגלים הביאו למתקפות חסרות הבחנה על אוכלוסיית המתיישבים. היישובים האנגלים הותקפו בכל רחבי האי, אך בייחוד באלסטר. סופרים אנגלים בני התקופה טענו כי מניין ההרוגים הפרוטסטנטים במרידה הגיע לכ-100,000, בסקר תושבים שערך בשנות ה-50 של המאה ה-17, טען ויליאם פטי כי מניין ההרוגים מגיע ל-30,000. אולם, מחקרים מודרניים נוקבים במספרים נמוכים יותר, כ-4,000 הרוגים באופן ישיר ו-12,000 נוספים שנהרגו מסיבות הנובעות מהמרד - מגיפות, רעב ועוני בעקבות הרס היישובים וגירוש המתיישבים.
האירים הקתוליים הקימו ממשל חדש - הקונפדרציה האירית, וזו נלחמה באנגליה במשך 11 שנים בסדרת המלחמות שפרצו בעקבות המרידה - מלחמות הקונפדרציה האירית. במשא ומתן שערכו עם צ'ארלס הראשון, מלך אנגליה, הם דרשו בין היתר את הפסקת היישוב ואת השבת המצב החוקי לקדמותו - הם הסכימו להשבה חלקית בלבד של היישובים שכבר הוקמו. משא ומתן זה עלה בתוהו. במשך מלחמות הקונפדרציה, קרבות קשים נערכו בין הצדדים השונים שנחלקו ביניהם על רקע פוליטי, דתי, אתני ולאומי. הקונפדרציה האירית בוטלה והמרד דוכא לחלוטין ב-1653 על ידי צבאו החדש של אוליבר קרומוול, במה שנודע לימים ככיבוש הקרומווליאני של אירלנד.
אלסטר הושפעה במיוחד מהמרד, המלחמות והכיבוש האנגלי המחודש שהגיע לאחריהן. רבים מאזרחיה איבדו את חייהם ורבים נאלצו לעקור מבתיהם - משני צדי המתרס. מעשי הזוועה שבוצעו במסגרת האירועים הרעו את היחסים שבין הקהילות בפרובינציה - הקהילה האירית המקומית והקהילה המתיישבת, שהייתה לגדולה ביותר באירלנד בשלב הזה. המורכבות ביחסים הביאה לסכסוכים רבים והשפיעה באופן מהותי על עתידה של הפרובינציה - שרידיה עוד נוכחים באקלים הפוליטי בצפון אירלנד כיום. היישובים במנסטר נחרבו לחלוטין במהלך האירועים, בדומה להרס שחוו במלחמת תשע השנים. אולם, הסכסוך היה פחות עיקש מאשר באלסטר מאחר שחלק מהמתיישבים המוקדמים היו קתולים או המירו את דתם מאז המעבר לאירלנד, ועל כן צידדו באוכלוסייה האירית, וחלק מהרוזנים האירים המירו את דתם לנצרות הפרוטסטנטית ועל כן צידדו בשלטון האנגלי.
הפקעת האדמות הקרומווליאנית.
הקונפדרציה האירית תלתה את תקוותיה בניצחונם של הרויאליסטים במלחמת שלוש הממלכות, וזאת על מנת שיוכלו לנצל את נאמנותם לצ'ארלס הראשון, מלך אנגליה ולהגשים את שאיפותיהם הפוליטיות - סובלנות ושוויון דת לאירים הקתוליים, ממשל עצמי וסיום מדיניות היישוב. אולם, נאמני המלוכה וצ'ארלס הראשון הפסידו במלחמה לפרלמנטרים והמלך הוצא להורג. שלטון הפרלמנט והקומונוולת' החדש באנגליה שם לעצמו למטרה לכבוש את אירלנד מחדש, לבסס בה את מרותו ולהעניש את מתנגדיו. ב-1649 אוליבר קרומוול עצמו נחת באירלנד בראש צבאו החדש, החל בסדרת קרבות ומבצעים לכיבוש האי, אותם השלים ב-1652. הפרלמנט האנגלי חוקק חוקי עונשין לתושבי אירלנד הקתולים והרויאליסטים, אשר הביאו להפקעתן של מרב האדמות באי שעוד נותרו בשליטתם.
בעיני קרומוול, היו כל האירים הקתולים אשמים במרד של 1641 - אלו שהרימו את נשקם כנגד כוחות הפרלמנט איבדו את אדמתם כליל, ואלו שלא השתתפו במלחמה איבדו שלושה רבעים משטחם, אך קיבלו בתמורה שטחים בפרובינציית קונאכט. מטרת הפיצוי הייתה לרכז את שארית בעלי האדמות האירים הקתוליים בפריפריה, שם לא יהוו עוד איום צבאי או אזרחי. בעלי האדמות הפרוטסטנטיים, גם אם תמכו ברויאליסטים, יכלו להימנע מהפקעת אדמותיהם באמצעות תשלום קנס לקומונוולת', אך מעמד בעלי האדמות הקתולי נעלם כמעט לחלוטין. האדמות שהוחרמו ברחבי האי הוענקו לתומכי פרלמנט אירים או בעלי אדמות חדשים שהגיעו מאנגליה. במובנים שונים, הפקעת האדמות המאסיבית וגירוש בעלי האדמות לקונאכט בתקופת קרומוול היוו את השלמת תהליך יישוב אירלנד אליו שאפו האנגלים.
מעל ל-12,000 מחייליו של קרומוול קיבלו בעלות על אדמות באירלנד כתחליף למשכורתם, אותה לא היה יכול הקומונוולת' לשלם להם. 7,500 מהם החליטו לשמור על נכסיהם החדשים, אך רבים אחרים מכרו אותה לבעלי אדמות פרוטסטנטים מאחר שהעדיפו שלא להתיישב באירלנד מוכת המלחמות. בסך הכל מוערך שכ-10,000 בעלי אדמות חדשים היגרו לאירלנד במהלך תקופה זו, רובם נדרשו לשמור על נשקם האישי, על מנת שיוכלו לשמש רזרבה צבאית במקרה הצורך. בנוסף, אלפי חיילים סקוטים שהוצבו באלסטר במהלך המלחמה החליטו להשתקע באזור בשוך הקרבות. אם טרם המלחמה היו בבעלות האירים הקתולים כ-60% מאדמות האי, לאחריה נותרו בידם כ-9% בלבד.
חלק מתומכי הפרלמנט טענו כי יש לגרש את האירים כולם ממערב לנהר שאנון ולהחליפם במתיישבים אנגלים. אולם, פעולה כזו הייתה דורשת ממאות אלפי מתיישבים אנגלים לעזוב את מולדתם ולהגר לאירלנד, דבר שהיה בלתי סביר באותה התקופה. בתום תקופת הפקעת האדמות הקרומווליאנית, באלסטר לא נותר אף בעל אדמות אירי וכולם היו פרוטסטנטיים מהאיים הבריטיים. במנסטר ובאלסטר שלטו הפרוסטנטיים ברובן של האדמות, אך בקונאכט רובן נותרו בידי הקתולים. תחת משטר הקומונוולת', כ-12,000 אירים נמכרו לעבוד כמשרתים חוזיים במושבות האנגליות בקריביים ובצפון אמריקה, ו-34,000 אירים נוספים גלו לארצות הקתוליות באירופה - בעיקר ספרד וצרפת.
התיישבויות מאוחרות.
בשלהי המאה ה-17 ניסו האירים הקתולים לבטל את גזירות וחוקי התקופה הקרומווליאנית. ניסיונותיהם צלחו לתקופה קצרה תחת שלטונו של ג'יימס השני במהלך המלחמה הוויליאמית. אולם, היעקוביטים, תומכיו של ג'יימס השני, הפסידו במלחמה וגל נוסף של הפקעת אדמות יצא לפועל לאחריה. במהלך שני העשורים האחרונים של המאה, גל משמעותי של מתיישבים פקד את האי מבריטניה הגדולה, אך בעיקר מסקוטלנד. עשרות אלפי סקוטים נמלטו מהמדינה לאלסטר בעקבות רעב קשה שפקד את אזורי השפלה והסקוטיש בורדרס. הגירה זו הביאה לראשונה למצב שבו רוב תושבי פרובינציה באירלנד הם פרוטסטנטיים.
כ-10,000 הוגנוטים צרפתים פרוטסטנטיים גם היגרו לאירלנד באותה התקופה, בעקבות גירושם מצרפת בעקבות ביטול האדיקט של נאנט. רבים מהם היו חיילים לשעבר שלחמו בצד הוויליאמי (פרוטסטנטי) במלחמה הוויליאמית ורובם התיישבו בדבלין.
השפעות ארוכות-טווח.