הנגיד בעצם היווה כמעין ראש הקהילה. הנגיד היה ממונה על ידי הסולטאן/המושל במרוקו, והוא היה שולט על כל יהודי העיר או האזור. היהודים שמונו היו עשירים הקרובים לשלטון (הם כונו גם "שיך אליהוד" או "קאיד").
בתחילת בואם של מגורשים ספרד למרוקו סירבו ה"תושבים" לנגיד מהמגורשים ולכן באותו זמן מונו שני נגידים. מאוחר יותר הנגידים היו רק מהמגורשים. בשלב מסוים מינויו של הנגיד בוצע בבחירות, בעלי זכות הבחירה היו ראשי המשפחות. היו מקרים בהם נגיד קנה את משרתו וצעד זה גרר עימותים רבים. תפקיד הנגיד היה לייצג את האינטרסים של בני הקהילה מול השלטונות על פי שיקול דעתו, תוך התייעצות עם בני הקהילה ולאכוף את ההגבלות החלות על חברי הקהילה, על הוראות הממשל, ועל התנהגות נאותה של חברי הקהילה. בין תפקידיו הוא נדרש להיות האחראי למס הגולגולת; למנות גבאים לגביית מיסים; הוא היה רשאי לבקש מחברי הקהילה סיוע בשליחותו הציבורית; אם כחלק מתפקידו יגרם לו נזק כלשהו- הקהילה מחויבת לפצות אותו; להעניש עבריינים ועוד. משך הכהונה של הנגיד לא היה קבוע. הקהילה הייתה רשאית לפטר את הנגיד ולמנות אחד אחר אם לא הייתה מרוצה מתפקודו.
תפקידי הקהילה.
על הקהילה הוטלו תפקידים שונים: תשלום מס גולגולת, תשלום מיסים שרירותיים, תשורות לסולטאן ומשפחתו, תשלום לשומרי השער, תיקון החומות, פינוי אשפה, התקנת צינורות, דאגה לנזקקים (אלמנות, תלמידים חכמים, יתומים, חולים, עניים).
במכנאס היה נהוג כי כל בונה חנות חדשה ייתן רבע או שליש ממנה לקהילה, ובעת הצורך הקהילה תאלץ למכור חלק זה. כמו כן, אישר בית הדין למכור חנויות של הקהילה לאנשים פרטיים כדי לעמוד במיסים המוטלים על הקהילה. לפי תקנה בפאס, אין למכור אדמות קודש אף אם הקהילה זקוקה לכך, אלא אם יקנו קרקע אחרת- שממנה ירוויחו יותר. היה מותר למשכן את אדמת הקודש לשנה. אחד ממקורות ההכנסה היו מיסים שהוטלו על עבריינים, אך עיקר ההכנסות היו מיסים והיטלים על מוצרים. סביב נושא זה חלו מחלוקות וויכוחים רבים.
מיסים.
החובה לשלם מיסים בקהילה, לפי הדין, חלה לאחר 12 חודשים של מגורים במקום או אם אדם קונה דירה במקום. בכל מקום פעלו בדרך שונה נגד המתחמקים מהמיסים. היו מקומות בהם בית הדין שפט אותם ונתן עונה לפי המנהגים, והיו מקומות בהם היו מוכרים את כל נכסיו של הפושע. היו יהודים שניצלו את קשרם עם הממשל כדי להתחמק מתשלום המיסים ודבר זה פגע בקהילה. הקהילה ניצבה במצב לא נעים כאשר אדם היה פטור מתשלום מיסים, ולרוב ציפו ממנו שישתתף בתשלום המיסים מתוך סולידריות לקהילה. המיסים הוטלו על רכוש העושה פירות, והבעיתיות הייתה במה גובה המס על נכס שאינו עושה פירות- כמו זהב טמון באדמה מזומנים או תכשיטים. הכלל היה שאדם משלם את מיסיו במקום מגוריו ולא ממקום עבודתו, ושאין אדם המשלם מיסים בשתי מקומות. נוצרה בעיה כאשר סוחרים היו מגיעים לעיר אחרת באופן זמני. נקבע כי אם אדם ישכון באופן זמני בזמן ההערכה- יהיה חייב לשלם על זמן הימצאותו בעיר. פליטים שברחו ממקום אחד לאחר היו פטורים ממסים, אך אחרי שנה היו חייבים בהוצאות השמירה.
בדרך כלל חכמים היו פטורים מהשתתפות במיסים והיטלים של הקהילה. אולם בעיקר בשעות קשות, צצה הדרישה לכך שגם החכמים בעלי הממון והרכוש ישלמו מיסים, אך לפי הדין החכם לא פטור בשל עניותו אלא בשביל תורתו. הנושא חזר הרבה פעמים ועורר מחלוקות וויכוחים רבים. עוד בעיה הייתה- מי נחשב לחכם? ההגדרה ניתנה בכמה תשובות של חכמי פאס ואחרים:
בתי הכנסת.
בתי הכנסת היוו מקום חשוב מאוד בקהילה היהודית. מלבד תפילות ועליות לתורה, שימש בית הכנסת גם כמקום לישיבת תלמידים חכמים, חלוקת צדקה, בית הדין, שימש כמקום לסופרי סת"ם לכתוב את כתביהם, להתכנסויות של הנהגת הקהילה, מקום בו החליטו על תקנות, חוקים וחרמות. כדי לעקוף את האיסור של בניית בתי כנסת חדשים, בתי הכנסת היו בדרך כלל בבעלות פרטית בתוך דירה. לעיתים בתי הכנסת היו בבעלות שני שותפים, לרוב קרויים על שם מייסדיהם. כמו כן, היו קהילות אשר לא כללו בתי כנסת של יחידים, וכל בתי הכנסת היו של כלל הקהילה. למשל קהילת צפרו, שהייתה מושפעת מקהילת פאס הגדולה, אימצה לעצמה את הסכמת חכמי פאס "שאין רשות לשום יחיד להוסיף בית הכנסת אם לא שימסרנה לקהל."לא תמיד הייתה עזרת נשים בבתי הכנסת, והנשים היו עומדות מחוץ לבית הכנסת, עונות אמן ושולחות נשיקות לעבר ספר התורה.
בית הדין.
רב הקהילה תפקד כדיין. לרוב הוסמכו הדיינים על ידי חכמים ותיקים שהכירו את יכולותיהם. כאשר הבן היה ראוי לכך, היה יורש את מקום האב. את החכם (רב הקהילה\דיין) היו בוחרים "טובי העיר" והנגיד. בנוסף היו בוחרים עוד שני חכמים, ושלושת אלה היוו את בית הדין. בית הדין היה קובע את תנאי משרתו, שכרו, תפקידיו וסמכויותיו בענייני הקהילה ובתי הכנסת. שחוט הקהילה מונה על ידי הדיין. לבית הדין המקומי היה מעמד כמו לבית הדין הגדול. היו גם ערים שקיבלו על עצמן את בית הדין בעיר סמוכה מכיוון ששם היו חכמים גדולים יותר. הענישה- על מעשה בלתי מוסרי, בעיקר אם פגע בכלל הקהילה- הוטל מאסר, קנס, מלקות או חרם. חרם משמעו שלא יימנה בעשרה במניין, לא יימולו בניו בעשרה, לא יעסקו בקבורתו.
חינוך.
בקרב הקהילה היהודית במרוקו, התקיימו מערכת חינוך חילונית ומערכת חינוך דתית. החינוך החילוני כלל את מערכת החינוך של כל ישראל חברים (כי"ח) - ארגון חינוכי פילנתרופי שהוקם על ידי יהודים צרפתים ב-1860 וששם לו למטרה לסייע מבחינה חינוכית ליהודי צפון אפריקה וארצות האסלאם. מערכת החינוך של כי"ח ביקשה לאפשר לתלמידים יהודים להשתלב בתוך סביבת חייהם, תוך הקניית השכלה אוניברסלית וחינוך למסורת היהודית. במרוקו, הקימה כי"ח בתי ספר ברוח מודרנית ובאמצעותם קיוו להשיג אמנציפציה בנוסח מערב-אירופאי ליהודי מרוקו. בבית הספר למדו התלמידים שפות זרות וקיבלו הכשרה מקצועית והשכלה כללית. הכיוון החינוכי לא היה יהודי ולא ציוני, אלא יותר תרבותי, מודרני. הכיתות היו פתוחות לבני כל הדתות. ניתן לראות בדיווחים השנתיים של כי"ח כי בשנת 1873 למדו בבית הספר כשלושה ספרדים. שנה לאחר מכן, למדו בבית הספר כשני נוצרים. בשנת 1881 למדו בבית הספר כשישה נוצרים וכשני מוסלמים. עם השנים, מספרי התלמידים המוסלמים והנוצרים גדלו אך לעומת מאות, התלמידים היהודים ועם הזמן אלפי התלמידים היהודיים, שלמדו בבית הספר - שיעור התלמידים ה"זרים" נחשב מזערי, ובעיקר מספר התלמידים המוסלמים (דבר שניתן להסביר על רקע כך שמספר המוסלמים ששלחו ילדיהם לבית הספר היה זעום בפני עצמו באותה עת).
בתי הספר שהשתייכו למערכת החינוך החילונית שכרו מורים ללימודי קודש, אך הקצו לנושא זה שעות לימוד מועטות ביחס לאלה שהוקצו ללימודים כלליים, ולא בכל בתי הספר הייתה הקפדה על קיום שיעורים אלה.
החינוך הדתי במרוקו התקיים בעיקר בחדרים מסורתיים, שנקראו "כותאב". עם החלתו של החינוך החילוני, יותר ויותר יהודים עזבו את החינוך הדתי, וכך מספרם של חדרים אלו הלך ופחת, אך הם לא התבטלו כליל. הלימודים בחדרים אלו החלו מגיל 5, וכללו לימוד של קריאת האותיות והתנועות, מילים, פסוקים, פרשות ותרגומן לערבית יהודית, טעמי המקרא והתפילה. שיטת הלימוד התבססה על שינון במקהלה: הילדים אומנו לחזור ולשנן את הפסוקים. כמו כן, מורי ה"כותאב" נהגו להדביק על הלוח פסוק מהתנ"ך, ולהורות לתלמידים את קריאתו, כתיבתו ומשמעותו. שיטת הלימוד לא עודדה יזמה ויצירתיות. לא בכל החדרים לימדו חשבון או מקצועות הומניים. באופן כללי, ניתן לקבוע כי מטרת החינוך המסורתי-דתי הייתה להכין את הילדים לקיום מצוות והשתתפות פעילה בחיי בית הכנסת והקהילה וכן חיבור למסורת היהודית. הדגש היה על לימוד התפילה וקריאת התורה בלבד.
מספר הלומדים בחדרים במאה ה-19 ובראשית המאה ה-20 אינו ידוע במדויק, אך ברור כי החינוך המסורתי לא הקיף את כל הילדים בקהילה אלא מעטים בלבד. החל משנות ה-20 של המאה ה-20 חלה רפורמה בחינוך המסורתי, וקמו אגודות במטרה לחדשו ולהתאימו למציאות של אותם הימים.
מבחינת ישיבות, הילדים למדו בדרך כלל בישיבת 'צלא' עד גילאי 12–13. העניים הפסיקו בגיל צעיר יותר, והאמידים ובניהם של החכמים המשיכו ללמוד בישיבות עד ליום חתונתם. שיטת הלימוד הייתה לפי המסורת הספרדית, וחתרה לידיעת ההלכה ולימוד התלמוד. סדר היום בישיבות התחלק כך שבבוקר נהגו ללמוד גמרא עם רש"י ותוספות, ואחר הצהריים למדו רמב"ם ו'טור' עם 'בית יוסף'. בישיבות לא למדו דקדוק.
התאסלמות בכפייה ומרצון.
לפי דת האסלאם, חל איסור לכפות על אחרים להתאסלם. עם זאת, היו תקופות מסוימות שבמהלכן כפו על היהודים התאסלמות. תהליך ההתאסלמות התרחש בבודדים וכן בקבוצות וחל על גברים, נשים, ילדים ואף על כולם כאחד. חלק מן המתאסלמים בכפייה חזרו ליהדות לאחר תקופה, ויש גם שלא חזרו ליהדות אך שמרו על מוצאם היהודי. לדוגמה, ניתן למצוא בפאס מוסלמים שהם צאצאיהם של יהודים שנכפו להתאסלם.
נוסף על כפייה מוסלמית, היו יהודים שהחליטו להתאסלם ממניעים פוליטיים או אישיים-כלכליים, כגון הרצון להימנע מתשלום מס גולגולת (מס מיוחד ששילמו היהודים והנוצרים תושבי המדינה המוסלמית לחסותו של השליט המוסלמי ששמר על שלומם וביטחונם), רצון לזכות בשמיטת חובות (יהודי שהסתבך בחוב למוסלמי יכול היה להתאסלם וכך להשתחרר מהעול), רצון להגיע לעמדה מקצועית או פוליטית שיהודי אינו יכול להגיע אליה, וכן צורך להתחמק מסכסוכים במשפחה או בקהילה.
רבנים ראשיים.