התיאור והמחקר של ההיסטוריה של ירושלים בתקופת הממלכה המאוחדת ובית ראשון נתקל בקשיים אובייקטיביים של מחסור במקורות ראשוניים, ופרקי זמן ארוכים לוטים בחושך מוחלט, מקורות כתובים לעיתים סותרים אחד את השני ולעיתים קטועים. המחקר הארכאולוגי השופך אור ומשלים את המידע החסר, מוגבל אף הוא בגין אופייה המיוחד של ירושלים כעיר מודרנית הממשיכה בשגרת חיי יום-יום, וסלע מחלוקת דתי - לאומי הנמצא במרכז סכסוך בעל מאפיינים בין דתיים המונע חפירה בשטח העיר העתיקה.
מקורות היסטוריים.
המקור הכתוב העיקרי לתולדות ירושלים הוא המקרא, תיאור תולדות ירושלים עד לכיבושה על ידי דוד המלך מעורפלים ומהימנותם מוטלת בספק, האזכור הראשון בספר בראשית מסופר ב, שמלכי-צדק קיבל את פניו של אברהם בלחם ויין ובירך אותו לאחר שניצח במלחמה את ארבעת מלכי המזרח והציל מהם את שבויי סדום והסביבה ואת לוט בן אחיו.
. סיפור המפגש בין מלכי-צדק לאברהם הוא ככל הנראה מיתוס ישראלי המבקש כפי הנראה לבסס את המסורת של הבטחת הארץ לאבות האומה העברית, ולרמוז על עתיקות קדושתה של ירושלים. מסורות המתארות כיבוש של ירושלים לפני תקופת המלוכה סותרות תיאורים המתארים את ירושלים כעיר יבוסית עצמאית ומאידך . הבדלי הגרסאות נובעים בין היתר ממחלוקת בין שבט יהודה ושבט בנימין על החזקה בירושלים ומוסברים בדוחק על ידי המסורת.
המקרא איננו מוסר פרטים כלשהם בנוגע לירושלים היבוסית וכן בתקופת מלכותם של דוד ושלמה המלך. גם הממצא הארכאולוגי מתקופת המלוכה מועט. המידע המקראי על תולדות ירושלים מימי רחבעם עד חזקיהו מועט ומכיל רסיסי מידע בלבד ומקורות שאינם מקראיים אינם מזכירים כלל את העיר עד לאזכורה במסמכים אשוריים בהקשר למסע סנחריב. המקרא מפרט ומרחיב את סיפור חורבן בית ראשון אך נמנע מלתאר את ירושלים שלאחר החורבן.
מחקר ארכאולוגי.
ירושלים בכלל ועיר דוד בפרט היו אבן שואבת לארכאולוגים החל מראשית המחקר בארץ ישראל בסוף המאה ה-19. המשלחות הראשונות שחלקן היו טובות במעט מהרפתקנים בעלי חזון ורחוקים מעבודה מדעית מסודרת פגעו קשות באתרים הנחפרים. לבד מנזקים פיזיים לשרידים באזורי החפירה שנבעו מחפירות לא שיטתיות ולא מדעיות, נגרם נזק נוסף למחקר כאשר ממצאים הוצאו מהאתר ללא תיעוד דבר שגרם לניתוק מההקשר ההיסטורי. התפיסה ההיסטורית של ירושלים המקראית השתנתה במהלך שנות השישים של המאה ה-20, כאשר נחפרו באופן שיטתי אתרים שונים בעיר העתיקה על ידי קתלין קניון. לאחר מלחמת ששת הימים נחפר הרובע היהודי ואזור מצודת דוד על ידי נחמן אביגד ולאחר מכן על ידי יגאל שילה, אשר אף חפר בעיר דוד בשנים 1978 עד 1985. אזור העופל נחפר על ידי בנימין מזר ולאחר מכן על ידי נכדתו איילת מזר שבקיץ 2005 חשפה את מבנה האבן הגדול בעיר דוד. על סמך התיארוך, המיקום והגודל, מזר העלתה את האפשרות כי המבנה שימש ארמונו של דוד המלך. התגלית זכתה לסקירה תקשורתית רחבה, בין השאר בגלל השערה זו ובגלל בולה שנמצאה באתר הנושאת את השם יהוכל בן שלמיהו, שם של דמות המופיעה בתנ"ך. ארכאולוגים אחרים הגיבו בהתרגשות לגבי הממצא, אך באופן זהיר יותר לגבי ההשערה שמדובר בארמונו של דוד. מזר ממשיכה לחפור את האתר, ובהרצאה באוניברסיטת בר-אילן ב-8 בנובמבר 2007 הצהירה כי משלחתה גילתה "קטעים מן החומה והמגדל הנזכרים בתנ"ך - בספר נחמיה".
משנת 1995 ואילך, (עד היום 2010) חופר רוני רייך ביחד עם אלי שוקרון, חפירה מתמשכת בעיר דוד. חשובה במיוחד החפירה סמוך למעיין הגיחון, שחשפה חלקים בנויים וחצובים חדשים של מערכת המים הכנענית, זו המכונה מערכת פיר וורן. כך יכלו רייך ושוקרון להציע הבנה מחודשת, שונה בתכלית למה שהיה מקובל במחקר ביחס לאתר שהוא הנחפר ביותר בישראל. חפירות אלו חשפו מערכות ביצורים, בתי מגורים, מבני ציבור ומידע רב שאיפשר לשחזר מקטעים מתולדות ירושלים, כך הוכרעה המחלוקת לגבי העיר העליונה הידועה גם בשם הגבעה המערבית והוכח כי היא נכללה בתוך שטח ירושלים עוד לפני המאה ה-8 לפנה"ס, עת נבנתה חומה סביב הגבעה על ידי חזקיהו המלך.
ב-2010, בחפירות ארכאולוגיות ברובד באזור עיר דוד, נחשפה אחת מחומות ירושלים שתוארכה על ידי החוקרים למאה ה-10 לפנה"ס, עם שרידים של הרובע המלכותי של העיר, ממזרח לבניין הממלכתי ישנו קטע מחומה נוספת, שממשיכה את תוואי החומה בקו ישר ומקיף את העופל לכיוון צפון מזרח. החומה שנחשפה מעידה על יכולת שלטונית, ועוצמתה ומאפייני הבנייה הממלכתית שלה מעידים על ביצוע ברמה הנדסית גבוהה. ראש צוות הארכאולוגים באתר, ד"ר אילת מזר, מסכמת: "תוואי החומה, מאפייניה ותיארוכה, עשויים לעלות בקנה אחד עם המסופר במקרא על המלך שלמה שבנה בעזרת הפיניקים, הבנאים המהוללים, את בית המקדש ואת מכלול המבנים של ארמונו החדש והקיף אותם בחומה שכנראה התחברה אל החומה הישנה של עיר דוד".
"הוויכוח החדש".
מחלוקת נוספת בין החוקרים נתגלעה בנושא חשיבות ואופי ירושלים החל מהתקופה הכנענית. מחלוקת זו נסובה סביב העובדה כי בחפירות בירושלים נתגלה ממצא מועט מתקופת הברונזה ומתקופת הברזל וחוקרים העלו את השאלה איך ליישב את דלות הממצאים עם תיאור ירושלים כבירת ממלכת ישראל המאוחדת. מחלוקת זו מהווה חלק מוויכוח מקיף יותר בנוגע לשאלה האם הסיפור המקראי משקף מציאות היסטורית או שהוא יצירה ספרותית חסרת בסיס עובדתי. ספקות אלו לגבי המקרא וירושלים הועלו על ידי חברי סגל הפקולטה לארכאולוגיה באוניברסיטת תל אביב
ובראשם פרופסור ישראל פינקלשטיין, נדב נאמן ודוד אוסישקין שהצהיר, בעוד ההתנגדות לעמדה זו באה בעיקר מהפקולטה לארכאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים ואוניברסיטת בר-אילן הטוענים כי העדרו של ממצא ארכאולוגי אינו יכול כשלעצמו לשמש כבסיס לביטול הסיפור המקראי לא כל שכן באתר בעייתי כמו עיר דוד שעליו פעלו כוחות סחף חזקים והיה חשוף לתהליכי חציבה, בנייה והרס במשך אלפי שנים - תהליכים שמחקו שרידים ועקבות של תקופות קדומות.
פרשנות לממצאים הקיימים.
מחלוקת נוספת בין החוקרים חושפת בעיה חמורה במחקר הארכאולוגי של ירושלים הנובעת מפרסום חלקי של תוצאות החפירות ופרשנות הניתנת לממצאים שנחשפו. השרידים העומדים במרכז המחלוקת הם בעיקר שטח G, והמבנה המדורג בין מרגריט שטיינר העוסקת בעריכה ופרסום תוצאות החפירה של קתלין קניון, וג'יין קהיל העוסקת בעריכה ופרסום תוצאות חפירות יגאל שילה באותו שטח עצמו. המסקנות שונות לחלוטין, שטיינר טוענת כי מערכת הטראסות של שטח G נבנתה לפני המבנה המדורג בעוד קהיל טוענת כי הטראסות הם הבסיס והיסוד למבנה המדורג, על פי שתי הדעות המבנה המדורג עצמו לא היה אלא קיר תמך למבנה מונומנטלי ששימש בימי דוד ושלמה וייתכן והוקם זמן רב לפני כיבוש העיר. מחלוקות נוספות על תיעוד שרידים נוספים כגון חומת הסוגרים שמצפון לשטח G מותירות סימן שאלה בכל הקשור לגודלה של ירושלים בתקופת ההתנחלות (תקופת הברזל א') ומספר תושביה.
גבולות ירושלים בתקופת בית ראשון - הוויכוח בין המרחיבים למצמצמים.
אחת השאלות החשובות בחקר תקופת הבית הראשון הייתה האם נשארה העיר מוגבלת בגבולותיה הצרים של עיר דוד והרחבתו של שלמה להר הבית במשך כל התקופה עד לחורבן הבית הראשון ב-586/7 לפנה"ס או האם העיר התרחבה והתפשטה מעבר לחומותיה בלחץ התנאים האורבניים והטופוגרפיים.
האם שכנה ירושלים של בית ראשון על גבעה אחת או שתיים? יוספוס פלביוס הוא ההיסטוריון היחיד המתאר את הטופוגרפיה של ירושלים ועדותו תקפה לגבי תקופתו: ימי בית שני. הוא מבחין בין העיר העליונה לתחתונה, אך לא ברור מדבריו מתי התחילה העיר להתפשט לכיוון הגבעה הדרום-מערבית והחוקרים היו חלוקים בנושא זה כמאה שנה. כדי להכריע בסוגיה זו צריך להישען על מידע מהימן ממקורות היסטוריים או על חפירות ארכאולוגיות. שני המקורות הללו לא היו ברורים וחד משמעותיים די צרכם. נתהוו שתי אסכולות עיקריות "המרחיבים" ו"המצמצמים" וכל אחת מהן הסתמכה בעיקר על אחד משני קריטריונים: ההיסטורי או הארכאולוגי.
לדעת המרחיבים השתרעה ירושלים בכל תקופת בית ראשון על שתי הגבעות גם יחד. הם הסתמכו בראש ובראשונה על יוספוס פלביוס, המתאר את מהלך החומה הראשונה המקיפה את הגבעה המערבית, אותה ייחס יוספוס לדוד ושלמה. המרחיבים קיבלו דברים אלו כפשוטם. כמו כן ראו המרחיבים גם במקרא רמזים לכך שהיו פרברים מחוץ לתחומי עיר דוד. הכוונה ל"משנֶה" ול"מכתש" הנזכרים במקרא ומתפרשים בדרך כלל כפרברי מגורים חדשים הנמצאים אי שם מחוץ לתחומי העיר הישנים. לעומת המרחיבים, טענו המצמצמים וטענו כי שטח גדול כזה איננו מציאותי לגבי עיר בארץ ישראל בתקופה הישראלית. את החומה הראשונה שיוספוס מזכיר יש לדעתם ליחס לחשמונאים. ייחוס זה מבוסס על קטעי חומות מהתקופה החשמונאית, שנחשפו בחומות המקיפות את הגבעה המערבית ממערב ומדרום. בעיקר הם הסתמכו על נתונים ארכאולוגיים שליליים, כלומר על העובדה כי בגבעה המערבית, בה נערכו חפירות מצומצמות מאוד, לא נמצאו שרידים מתקופת בית ראשון.