עם זאת, המשיכה אותה הנהגה לשלוט בערבים ולהגבילם באמצעים ביטחוניים אזרחיים. כך אפשר לראות בהצעה לסדר היום של אמיל חביבי ממק"י, שקבע כבר בנובמבר 1963 שאין בהקלות האחרונות משום הקלות אמת, וכלשונו: "ההר הוליד עכבר".
סברי ג'ריס תיאר את הבלבול, המבוכה וההשפלה שהייתה מנת חלקם של הערבים תחת שלטון הממשל הצבאי, ובמיוחד את משטר הרישיונות ואת נשק ההגליה שהופעל בעיקר מסיבות פוליטיות. אנשים הוגלו למקומות הרחוקים מבתיהם מבלי שהיו להם מקורות מחיה, והם הצטוו להתייצב מספר פעמים ביום בתחנות משטרה רחוקות.
יוסף ושיץ כותב גם הוא "מלבד האזרחים ה"רגילים" ישנם סוגים רבים של ערבים פחותי זכויות: אלפי פליטים עירוניים וכפריים שאין מרשים להם לחזור למקומותיהם".
חוקי הממשל הצבאי היו מכוונים רק כלפי התושבים הערבים של המדינה כפי שאפשר לקרוא ב"צווי סגירת שטחים והיתרי תנועה שבתוקף", 1.8.1962, אמ"י, 11 / 313 /ל. אף על פי שהממשלה הכריזה תמיד שהממשל הצבאי הוא חלק מזרועות הצבא, למעשה קבלו מפקדיו את ההנחיות שלהם מ"הוועדה המרכזית לביטחון" שבה היו חברים יועץ ראש הממשלה לענייני ערבים, מפקד הלשכה לתפקידים מיוחדים במשטרה (לת"ם) ומפקד היחידה הערבית בשב"כ. אנשי הממשל ניהלו תיקי מידע רבים על אזרחים ערבים.
המאבק נגד הממשל הצבאי.
ככל שחלפו השנים, גברה הביקורת על הממשל הצבאי בקרב חלקים בציבור היהודי. סאטירות, שירים וקריקטורות הציגו את מורת רוח חלק מהציבור מהממשל.
רבים מהמתנגדים לממשל הצבאי חשבו גם הם, כי הערבים בישראל מהווים איום ביטחוני פוטנציאלי, אך בניגוד למצדדי הממשל, טענו המתנגדים כי דווקא עצם קיומו של הממשל מחריף את הניכור בין הצדדים, בשל העובדה שהוא זורע שנאה ותלישות מהמדינה. כמו כן, רבים ניסחו את התנגדותם הפרגמטית לממשל תוך כדי הדגשת ערכי הדמוקרטיה והליברליזם שמדינת ישראל מחויבת אליהם.
כך חשבו אישי ציבור מקצוות שונות של הקשת הפוליטית כגון מנחם בגין מימין, יעקב חזן משמאל, פנחס רוזן הליברל, חיים משה שפירא מהמחנה הדתי, משה דיין איש הצבא ומשה שרת איש משרד החוץ. לדעת כל מחנה המתנגדים היה סיכוי סביר לשילובם של הערבים בחברה הישראלית ולכן היה ברור להם שהממשל הצבאי לא מאפשר חזון זה.
הן הביקורת הציבורית והן הביקורות בישיבות הכנסת הלכו והחריפו כאשר התברר יותר ויותר, שהאזרחים הערבים של מדינת ישראל ככלל, אינם מהווים סיכון ביטחוני ואילו רשויות הממשל מנצלות את כוחן לא לצורכי ביטחון. בעקבות ביקורות אלו מינתה הממשלה בודקים וועדות שחבריהן היו אנשי ביטחון בפועל או בדימוס. כל הבדיקות הללו הגיעו למסקנה בדבר הצורך בקיומו של המשטר הצבאי.
תאופיק זיאד שהיה מרותק בשנות החמישים לעירו נצרת, שלח מכתב מחאה לראשי רשויות יהודים וערבים בו הוא מזהיר שצעד זה עלול לבסוף להתנקם גם באזרחים יהודים.
יגאל אלון חשב שהממשל הצבאי הוא מעשה אנטי דמוקרטי ואנטי חינוכי כיון שהוא משריש דעות קדומות כנגד ערבים ומגביר את טינת הערבים לשלטון היהודי. אמנון לין שהיה בשנת 1965 יושב ראש המחלקה הערבית של מפא"י נתן תוקף לטענה שהממשל היווה מכשיר פוליטי בידי מפא"י. יוחנן בדר, שהיה מבכירי הח"כים של תנועת חרות, כתב על כך במאמרו הנוקב "בכנות כלפי הערבי אזרח ישראל", חרות, 22.5.1959. מנחם בגין טען בישיבת הכנסת מיום טז באדר א' תשכ"ב, 20 בפברואר 1962:
ועדות הבדיקה הראשונות: 1949 – 1952.
פיזור הסמכויות בין משרד המיעוטים והמחלקות לענייני ערבים שהיו קיימות במשרדי ממשלה שונים, גרמו למבוכות ואי בהירויות רבות שעליהן התלונן כבר אלימלך אבנר בשנת 1948. שר המיעוטים אף הוא טען שקיימת עמימות בפירוט הסמכויות בין הגופים האחראיים על הממשל.
במרץ 1949 מינה שר הביטחון ועדה לבירור בעיות הממשל הצבאי ועתידו. יושב ראש הוועדה היה אלימלך אבנר, מפקד הממשל הצבאי, וחבריה היו רב-סרן מיכאל הנגבי שהיה המושל הצבאי של הנגב ויהושע פלמון ממשרד החוץ. למזכיר הוועדה מונה היועץ המשפטי של הממשל הצבאי סרן ח. מירון הוועדה המליצה להמשיך את קיומו של הממשל הצבאי בגליל, למעט אזורים המאוכלסים ביהודים, בנגב וברצועה לאורך גבול ירדן. היא המליצה לבטל את הממשל בערים יפו, רמלה, לוד ועכו. בן-גוריון קיבל החלטה זו פרט לעכו שבה נשאר הממשל. שאר ההמלצות בקשו להגדיל את מספר בתי הספר והכשרת המורים וכן להדק את הפיקוח "על ידי פעולות סריקה, בדיקות תעודות, פיקוח על העוצר ועוד".
בשנת 1950 הוגש סיכום המלצותיו של שאול אביגור, שנתבקש גם הוא לבדוק את הנושא. מכתב ההמלצות שהוגש באפריל שנה זו, הופנה לראש הממשלה דוד בן-גוריון, לרמטכ"ל יגאל ידין ולסגנו מרדכי מקלף. גם שאול אביגור קבע שקיום הממשל הצבאי חיוני ביותר והאחריות עליו צריכה להיות בידי אחראי במשרד ראש הממשלה הכפוף ישירות אליו ולא בידי הצבא. אולם בניגוד להמלצות אלו נשאר הממשל צבאי בידי הצבא וכפוף לרמטכ"ל.
בשנת 1951 הוקמה ועדה נוספת שזכתה לשם "הועדה לבירור שאלת הערבים בישראל". בראש הוועדה עמד שוב יהושוע פלמון גם ועדה זו קבעה שיש להמשיך את קיומו של הממשל הצבאי והוסיפה עוד שהמושל הצבאי בכל אזור הוא נציג הממשלה לכל דבר ועניין. בשנת 1952 הטיל בן-גוריון על פנחס לבון שהיה באותה עת שר בלי תיק, לברר שוב את בעיית הממשל. לבון קבע שהממשל לא עמד בתפקידיו באשר לצורכי ביטחון בשטחי תורפה וכן לא יכול היה בעזרת המנגנון המצומצם שעמד לרשותו לתת שירות יעיל לצורכי התושבים הערבים. לבון לא המליץ לבטל את הממשל הצבאי, אולם גם המלצותיו האחרות לייעול השלטון לא התקבלו.
במשך כל תקופת שלטונו חזר בן-גוריון על שלושה עיקרים שבגללם יש צורך להשאיר את המשטר הצבאי.
ועדת רטנר.
ב-6 בדצמבר שנת 1955 מינתה הממשלה, על פי סעיף 51 בקווי היסוד של הממשלה, ועדה אזרחית בראשותו של פרופ' יוחנן רטנר שהיה יושב ראש הוועדה ואליו חברו דניאל אוסטר, ראש עיריית ירושלים לשעבר והעו"ד החיפאי יעקב סלומון. במשך שני חודשי פעולתה בינואר ובפברואר, שמעה הוועדה את עדויותיהם של 39 עדים יהודים ו50 עדים ערבים וגם סיירה בשלושת אזורי הממשל הצבאי.
הפרוטוקולים שכוללים את העדויות של התושבים הערבים, נמצאים בתיק הממשל הצבאי במרכז המידע בגבעת חביבה. אין בתיק זה עדויות של יהודים.
כמעט כל העדים הערבים שהופיעו לפני הוועדה הדגישו שסיבת העוינות שחשים ערביי ישראל למדינה, נובעת מפעולות הממשל הצבאי. רוסתום בסתוני ויוסף ח'מיס שניהם חברי כנסת מטעם מפ"ם טענו שבכל שנות שלטונו לא הצליח הממשל לעצור ריגול הברחות והסתננות של ערבים ובנוסף האשימו את הממשל שהוא מתפקד כמכשיר חשוב לגיוס קולות למען מפלגת השלטון. עו"ד אליאס כוסא האשים את הממשל בכוונה להשפיל ולדכא את הערבים.
הדו"ח הסופי של ועדת רטנר נמצא בגנזך המדינה בירושלים. כל הפרוטוקולים המפורטים של דיוני הוועדה עדיין מוגדרים סודיים אף על פי שעברו מאז ועד עתה, שנת 2017, שישים שנים. החומר המלא של ועדת רטנר נמצא בארכיון צהל בגבעתיים, אולם השב"כ עדיין לא מתיר לראות חומר זה.
ב-24 בפברואר 1956 הגישה הוועדה את מסקנותיה:
ועדת רטנר המליצה על המשך השלטון הצבאי על ערביי ישראל, וכן קבעה שאין אפשרות לצמצם את הממשל כיוון שכבר צומצם במידה מקסימלית.
ועדת רוזן.
בסוף שנת 1959 מינה בן-גוריון ועדת שרים נוספת בראשות פנחס רוזן וחבריה היו יוסף בורג שר הדתות, מרדכי בנטוב שר הפיתוח, קדיש לוז שר החקלאות ובכור-שלום שטרית שר המשטרה. מזכיר הוועדה היה אורי לובראני ששרת בלשכת היועץ לעניינים ערבים במשרד ראש הממשלה. בשנת 1959 התפטר השר יוסף בורג מהוועדה עקב פרישת מפלגתו מהקואליציה והשר ישראל בר יהודה החליפו.
ועדת רוזן קראה את הדו"ח שפרסמה הוועדה הקודמת, ועדת רטנר, ערכה גם היא סיורים באזורים שבהם שלט הממשל הצבאי ושמעה עדויות של מספר מצומצם יותר של עדים. העדים שהופיעו בפניה היו: אל"ם משאל שחם, ראש אג"ם-ממשל צבאי במטכ"ל; אל"ם יהושפט הרכבי, ראש אגף מודיעין במטכ"ל; א. הלפרין (איסר הראל) ראש השב"כ; סא"ל יהושע ורבין, המושל הצבאי של אזור הצפון; סא"ל ז. מרט, המושל הצבאי של אזור התיכון; סא"ל פנחס עמיר, המושל הצבאי של אזור הנגב; ח"כ פארס חמדאן; ח"כ מסעד קסיס; ח"כ יוסף ח'מיס; ש. לנדמן, מנהל מחלקת המיעוטים במשרד הפנים, וחברי משלחת איגוד יהודי-ערבי למען שלום ושוויון זכויות
כדי לקצר את זמן חקירותיה הזמינה הוועדה, רק אחד עשר עדים שהיו לפי הגדרתה, "נציגים מובהקים של האוכלוסייה הערבית ונציגי מפלגות וגופים ציבוריים. שאר העדים, שביקשו להופיע בפני הוועדה נתבקשו להגיש לה את תמצית טענותיהם בכתב.
דבריהם של נציגי הממשל הצבאי, משאל שחם ואיסר הראל צוטטו בהרחבה בדו"ח הוועדה. משאל שחם הסביר לוועדה שפעולות הממשל מבוססות על שני תפקידים: "ביטחון שוטף" שעוסק במניעת הסתננויות וסיוע למסתננים, שמירת שטחי האימונים כשטח סגור בפני הערבים, מניעת התארגנויות עוינות ופיקוח על תנועת התושבים הערבים. תפקיד "הביטחון המצטבר" עוסק במניעת תפיסתן של קרקעות שתוכננו ליישוב יהודי וסיכול הקמתם מחדש של כפרים שננטשו על ידי הערבים במלחמת העצמאות. כמו כן הסביר משאל שחם את חשיבותו של הממשל הצבאי כגורם מתאם בין פעילויות משרדי הממשלה השונים לבין האוכלוסייה הערבית.