בשנת 1989, חברת מארוול החלה לפרסם את סדרת חוברות 'אקס-מן המופלאים' פעמיים בחודש, בכך איפשרו לקלרמונט לכתוב מספר עלילות משולבות בין כותרי האקס. אירועי הקרוסאובר " משנת 1990 איחדה מחדש את קבוצת אקס-מן, והיא כללה את סטורם, באנשי, וולברין, פסיילוק ושלושה חברים חדשים:
הקרב האחרון בתקופה התרחש ב", ובו קבוצות האקס-מן, אקס פקטור ובני בריתם נלחמו ביריב ותיק של אקסבייר, מלך הצללים. בשנים 1987–1990, המאייר מארק סילבסטרי אייר את סדרת הכותרים. את מושכות עבודת האיור נטל האמן הצעיר ג'ים לי, שסגנון איורו הפך לפופולרי ביותר מאז.
שנות התשעים.
פצצת מכירות.
עם שובם של האקס-מן למחוז ווסטצ'סטר, ניו יורק, וכן שובו של אקסבייר לכדור הארץ, חברת מארוול עיצבה מחדש את סדרות הכותרים ביקום של האקס-מן. האמן רוב ליפילד הפך את המוטנטים החדשים לקבוצת הסער המיליטנטית אקס פורס, שמונהגת בידי קייבל המסתורי. חברי האקס-מן המקוריים נטשו את קבוצת אקס-פקטור וחזרו לאקס-מן כאשר כמה מהם השתנו מאז ימי הצטרפותם הראשונים - חיה החל לגדל פרווה כחולה וקיבל דוקטרינה בגנטיקה, ואילו אנג'ל הפך למשרתו של הנבל אפוקליפס, צבע עורו השתנה לכחול, כנפיו הפכו למתכתיות והוא היה ידוע בזהותו החדשה ארכאנג'ל כחלק מפרשי אפוקליפס. בינתיים, האבוק, פולאריס ודמויות נוספות הקימו מחדש את אקס-פקטור כקבוצה הנתמכת בידי ממשלת ארצות הברית.
כדי לפנות מקום לקבוצה רחבה יותר של האקס-מן, חברת מארוול החלה בהרצת סדרה נוספת שנקראת בפשטות בשם 'אקס-מן', להבדיל מהסדרה המקורית הנקראת 'אקס-מן המופלאים'. הסדרה נכתבה על ידי כריס קלרמונט ואוירה על ידי ג'ים לי, וכללה את "הקבוצה הכחולה" בראשותו של סייקלופס, שכללה את חיה, פסיילוק, וולברין, רוג וגמביט. במקביל, הכותר המקורי 'אקס-מן המופלאים' כלל את "הקבוצה הזהובה" בראשותה של סטורם, אשר כללה את קולוסוס, אייסמן, ארכאנג'ל, ג'ין גריי ובישופ, מוטאנט עריק מהעתיד. פרופסור אקס, ג'ובילי, באנשי ופורג' נשארו בקבוצה בתפקיד לא לוחמני, ושני האחרונים עזבו את הקבוצה לאחר מכן מסיבות שונות.
עבודת האיור הפופולרית של לי וליפילד והרעש התקשורתי שבהקמתה מחדש של הקבוצה העלו יותר את הפופולריות של כותרי האקס. שני הכותרים, אקס-פורס ואקס-מן, הפכו לסדרת הכותרים הנמכרת ביותר בכל הזמנים. למרות ההצלחה, חיכוך פנימי בין הצוותים היצירתיים גרם לעזיבתו של קלרמונט לאחר שלוש חוברות בתום חמש-עשרה שנות יצירה, ואחריו עזבו את חברת מארוול קומיקס גם לי, ליפילד ומספר אמנים נוספים כמו סילבסטרי ופורטשיו במטרה להקים חברה חדשה בשם אימג' קומיקס. בכנס קומיק-קון של שנת 2009, קלרמונט הודיע כי יחזור לכתיבת "אקס-מן לנצח", סדרה מוגבלת בעלת המשכיות משלה שאינה קשורה להמשכיות המרכזית. הפופולריות של סדרת החוברות המשיכה לנסוק, בעיקר הודות ל, שהחלה בשידור ב-1992. סקוט לובדל נטל את מושכות הכתיבה של הכותר 'אקס-מן המופלאים'. עבודת האיור עברה לאמן ג'ו מדוריארה, שסגנון המאנגה שלו הביא להתעניינות בשוק הקומיקס היפני בתוך ארצות הברית. כותר אקס-מן המשיך בכתיבתו של פביאן ניצ'זה ובאיורו של אנדי קוברט.
הקרוסאוברים של כותרי האקס שגשגו במהירות, והפכו כמעט לאירועים שנתיים בשנות ה-90. אף על פי שהם העלו את המכירות, מעריצים התלוננו שהם נכתבו כתרגיל שיווקי. כמה מהסיפורים העיקריים בשנים אלו היו:
עלילות נוספות מאותה תקופה כללו את הטבח השני בקבוצת המורלוקים; עלייה ברמות הכוח של אייסמן (שמסוגל כעת להפוך את כל גופו לקרח); רציחת משפחתו של קולוסוס ועריקתו לקבוצת "השוליות" של מגנטו; פסיילוק מגלה את מקור שינוי הצורה שלה מדוגמנית בריטית למתנקשת אסייתית; התפתחות מערכת היחסים בין רוג לגמביט; ג'ין גריי נוטשת את שם הקוד "מארוול גירל" לטובת "פניקס"; עזיבתה של רוג וספיגת זכרונותיו של גמביט; סייברטות' כמעט והורג את פסיילוק וארכאנג'ל, והשניים עוזבים את הקבוצה; וולברין משנה צורה לחיה פראית חסרת אינטליגנציה לאחר ששלד האדמנטיום שלו נקרע בידי מגנטו; אייסמן עוזב כדי לטפל באביו הפצוע לאחר שהותקף בידי פעילים שונאי מוטאנטים; וחשיפת סודו של גמביט - הוא זה שאסף עבור מיסטר סיניסטר את חבורת "המשוטטים" הרצחנית.
מספר רב יותר של כותרי אקס יצאו בשנות ה-90, ביניהם הרצת החוברות Generation X המציגה קבוצה של מוטאנטים צעירים ואיש אקס, צאצאם של סקוט סאמרס וג'ין גריי מעידן אפוקליפס. לקראת סוף שנות ה-90 החלה החברה להוציא לאור סדרות המתרכזות בדמויות בודדות כמו גמביט, בישופ, קייבל ודדפול, שכיר חרב סרקסטי ויריב של קבוצת אקס פורס. בשנת 1998 הסתיימו הסדרות אקסקליבר ואקס-פקטור, וזו האחרונה הוחלפה בסדרת יקום מקביל בשם "מוטאנט אקס", המונהגת בידי האבוק.
סוף שנות ה-90 ותחילת שנות ה-2000.
עידן של שינויים.
עם סיום "מבצע אפס סובלנות" בשנת 1997, דמויות ראשיות כמו בישופ, גמביט, ג'ין גריי וסייקלופס הוצאו מקבוצת האקס-מן. במקומם, הכותבים אספו קבוצת אקס-מן חדשה שכללה את וולברין, רוג, חיה, סטורם וכמה דמויות חדשות, ביניהן:
קבוצה זו לא שרדה הרבה, וצמד הכותבים ג'ו קלי וסטיבן ט. סיגל פירקו אותה. לקבוצה המונה את מארו, רוג, סטורם, וולברין הם הוסיפו את שאדוקאט, נייטקרולר, קולוסוס, גמביט ופרופסור אקס. עד מהרה השניים עזבו, ואת מלאכת הכתיבה נטל אלן דייוויס. תקופתו של דייוויס (וקוברט, אשר כתב את 'אקס-מן המופלאים') נחשבה למוצלחת יחסית, וכללה סיפורים כמו "מלחמת מגנטו" ו"", שבסופו דמותו של סייקלופס נהרגה. בתחילת שנת 2000 חזר הכותב הוותיק כריס קלרמונט לכתוב את שתי הסדרות הרצות של אקס-מן. אירועי "הפיכה" (Revolution) איפשרו לקלרמונט ולמאיירים נוספים לעצב מחדש את כותרי האקס. הרצתו השנייה של קלרמונט כללה קבוצת חברים ותיקים הכוללת את וולברין, רוג, קולוסוס, שאדוקאט, פסיילוק ות'אנדרבירד השני - אינדיאני פירוקינטי העונה לשם ניל שאארה. קבוצת 'אקס-מן המופלאים' כללה את גמביט, סטורם, פניקס, חיה וקייבל. קלרמונט גם הציג את דמותה של טסה, חברת הקבוצה שנודעת בשם הקוד סייג'. דמות זו החזיקה בכוחות טלפתיים וביכולת חשיבה אנליטית כמו מחשב. הדמות הייתה חברה במועדון הלפייר האריסטוקרטי, אך התברר כי היא מרגלת מטעם אקסבייר.
הקוראים לא היו מרוצים מהעלילות חסרות התכלית ונבלים נשכחים שיצאו תחת ידו של קלרמונט וב-2001 החליט העורך הראשי ג'ו קסאדה להעבירו לכתוב סדרת-בת חדשה משלו, אקסטרים אקס-מן, בה יכול היה להמשיך את העלילות והנושאים שהחל לפתח קודם לכן בכותרים הראשיים. הקבוצה כללה את סטורם, רוג, פסיילוק, בישופ, גמביט, סייג' ות'אנדרבירד, והיא פעלה אל מחוץ לשטחה של אקס-מן, כדוגמת האוונג'רס מהחוף המערבי של סוף שנות ה-80. באותו זמן, חברת מארוול ביטלה את הסדרות גמביט, בישופ, איש אקס, מוטאנט אקס וג'נריישן אקס בטענה כי ריבוי סדרות בת של הגיבורים המוטאנטים הפך למיותר. את מקומן תפסו הסדרות החדשות נשק אקס, Exiles וסדרה חדשה של "אקס-פורס" בשם "אקס-סטאטיקס". שינויים דרסטיים נוספים כללו את מותן של דמויות ותיקות כמוירה מק'טאגרט וסנאטור רוברט קלי (באירוע הקרוסאובר "סוף החלום" משנת 2000), קולוסוס (באירוע "" של שנת 2001), אפוקליפס ופסיילוק. כמו כן, עברו המסתורי של וולברין החל סוף סוף להיחשף במיני סדרה "Origins".
השנים של מוריסון.
שנת 2001 הביאה עימה שינוי חדש לכותרי האקס. הכותב גראנט מוריסון והמאייר פרנק קויטלי חברו יחדיו להרצה חדשה בשם "אקס-מן החדשים". חברי הקבוצה כללו את פרופסור אקס, סייקלופס, ג'ין גריי, חיה, וולברין ואמה פרוסט, טלפתית אשר הייתה חברה לשעבר במועדון הלפייר. חברי הקבוצה נטשו את תלבושותיהם הצבעוניות לטובת מדים שחורים (בדומה לסרט הקולנוע), ואגף תלמידים חדש התווסף לאחוזת אקס. סדרת החוברות נודעה בקונספטים מדע בדיוניים רב-שכבתיים ואלגוריים, יחד עם טוויסטים עלילתיים לא צפויים כדוגמת הריגתם של מאות מיליוני מוטאנטים באי ג'נושה בידי זקיפי הסנטינל. אחת מהעלילות השנויות במחלוקת של מוריסון הייתה הרומן הטלפתי הסודי בין סקוט סאמרס הנשוי לבין אמה פרוסט מאחורי גבה של ג'ין גריי, בנוסף להצגתה של קסנדרה נובה, אחותו התאומה והמרשעת של אקסבייר, שהייתה אחראית לרצח העם הג'נושי. נוסף על כך, אקסבייר חושף את היותו מוטאנט לעולם, ומייסד תאגיד העוזר למוטאנטים ברחבי העולם. מוריסון גם החזיר את התשוקה האבודה של וולברין לג'ין גריי, וכן חשף פרטים נוספים בסיפור הרקע שלו בנשק אקס.
במקביל, סדרת 'אקס-מן המופלאים' שוכתבה מחדש בידי הכותבים ג'ו קייסי וצ'אק אוסטן. בשעה שסדרת האקס-מן החדשים התרכזה בחמשת החברים אשר תיפקדו כמורים לדור הבא של המוטאנטים, סדרה זו התמקדה בפעולה והרפתקאות, כאשר קבוצה חדשה פעלה בראשותו של ארכאנג'ל וכללה את אייסמן ונייטקרולר וכן חברים חדשים כמו:
אוסטן החזיר את דמויותיהם של האבוק, פולאריס וג'ובילי, אך גם הוא וגם קייסי זכו לביקורת נוקבת בעקבות הדרך בה לקחו את הסדרה. הרפתקאותיהם של חברי הקבוצה נראו כאילו מוחזרו מחדש ולא חידשו כלל. יתר על כן, ביקורת נמתחה על שינוי באופיין של דמויות כנייטקרולר (שהפך לכומר קתולי), פולאריס (שהפכה לטרוריסטית אכזרית ובלתי יציבה) ומערכת יחסים רומנטית שנויה במחלוקת בין ארכאנג'ל לבין האסק, בשל פער הגילאים ביניהם.
בינתיים, שתי דמויות חדשות הוצגו בסדרת "אקסטרים אקס-מן":