בהמשך, מבינים הצוות ומפקדיו כי יש ארגון בשם ריטנהאוס המעוניין לשלוט בעולם ומנסה לממש את שאיפותיו אלו בעזרת המסע בזמן.
לאור גילוי זה מצטרף ה"פושע" פלין וממציא המכונה קונור לצוות ויחד מנסים להדביק את צעדיהם של ריטנהאוס.
עלילה.
עונה 1.
פרק 1 - פילוט
מיד לאחר שאוסף גוף ממשלתי את הפרופסור להיסטוריה לוסי פרסטון, המהנדס רופוס קרלין והחייל ואייט לוגן, הם מתחילים במרדף אחר גנב מכונת הזמן, פלין לשנת 1937, שם מונע פלין את האסון של ההינדנבורג במהלך הנחיתה כדי לפוצץ אותה בטיסתה חזרה לאירופה, כאשר היא נושאת בתוכה אמריקנים חשובים להכתרת המלך ג'ורג' השישי והמלכה אליזבת שלא היו בתוכה בטרם המריאה חזרה לגרמניה הנאצית. לוסי מפתחת תאוריה כי פלין רוצה להרוס את ארצות הברית "בעריסה". לוסי, ואייט ורופוס חוטפים את ההינדנבורג ומכריחים אותה לנחות; כתוצאה מכך, כל נוסעי ספינת האוויר שורדים. במהלך עימות עם לוסי וואייט, פלין יורה והורג את העיתונאית קייט דראמונד. לוסי וואייט התיידדו עם מי שהיה אמור למות בהתרסקות המקורית. פלין מגלה ללוסי שיש לו יומן שנכתב בכתב ידה, שהגיע אליו מן העתיד;
הוא מציע לה לשאול הסוכנת כריסטופר על "ריטנהאוס".
בהווה, הסוכנת כריסטופר מכחישה שידעה על ריטנהאוס ורופוס נותן בחוסר רצון לקונור הקלטה קולית מן המשימה. לוסי מגלה כי בעקבות שינוי ההיסטוריה, אמה הנכה היא עכשיו בריאה, אבל אחותה הצעירה איימי לא קיימת ולוסי עצמה מאורסת.
פרק 2 - ההתנקשות בלינקולן
פלין נוסע ל-14 באפריל 1865, תאריך ההתנקשות בנשיא ארצות הברית, אברהם לינקולן. הוא עובד עם ג'ון וילקס בות', מתוך כוונה להבטיח את הצלחת ההתנקשויות המתוכננות בסגן הנשיא אנדרו ג'ונסון, מזכיר המדינה ויליאם סיוארד והגנרל יוליסס סימפסון גרנט. לוסי פוגשת את רוברט טוד לינקולן; פלין, מתוסכל עם סירובו של בות' להשתמש בנשק מודרני, לוקח את מקומו ואת רציחת לינקולן על עצמו, אבל לוסי מצילה את גרנט בעוד רופוס וואייט מצילים את ג'ונסון וסיוארד, בהתאמה.
בהווה, לוסי לומדת שהוריה מעולם לא נפגשו כי אביה התחתן עם נכדתו של נוסע הינדנבורג שהיה אמור למות באסון המקורי, משמעות הדבר הוא שהאיש שגידל אותה מעולם לא היה אביה הביולוגי. רופוס מסרב לעשות הקלטות נוספות עבור קונור, אבל קונור מאלץ אותו להמשיך כמחויבות על כך שהוא מימן את לימודיו האקדמיים; בהמשך מגלה קונור כי הצוות מודע לקיומם של ריטנהאוס. לוסי מגיעה הביתה, באיחור למסיבת האירוסין שלה, שם היא מתעמתת עם אמה על זהות אביה אך נקטעת על ידי ברכה מארוסה, שאותו היא כלל לא מכירה.
פרק 3 - עיר אטומית
הסוכנת כריסטופר מצווה על וואייט לחסל את אנתוני, שותפו (בלית ברירה) של פלין ועמיתו לשעבר של רופוס. הם חוזרים לשנת 1962 ללאס וגאס, ליד העיר נעשים ניסויים בפצצות אטום, פלין משתמש בצילומים אינטימיים כדי לסחוט את פילגשו של ג'ון פ. קנדי, ג'ודית קמפבל, כדי שתעזור לו לגנוב ליבת פלוטוניום, שכן מערכת היחסים שלה עם הגנרל מאפשרת לה גישה למתקן הגרעין המאובטח. רופוס מגלה שאנתוני משתף פעולה עם פלין ושמטרתם היא להרוס את ריטנהאוס. אנתוני לכאורה ויתר על הליבה לרופוס, ורופוס מונע מוואייט להרוג את עמיתו לשעבר. הצוות מגלה שהליבה שניתנה לרופוס היא דמה בעוד פלין בורח בהצלחה עם האמיתית. וואייט מארגן מברק שימסר לאשתו בעוד חמישים שנה, בניסיון להציל את חייה בשנת 2012.
עם שובם להווה, וויאט מגלה שאשתו עדיין מתה והוא מגבה את ההגנה של רופוס על אנתוני; לוסי אומרת לארוסה, נח, שהיא צריכה לעבור לאמה כדי להבין מה היא רוצה לעשות. בינתיים במדבר האגן הגדול בנבדה, פלין ואנתוני חופרים במקום בו החביאו לפני חמישים שנה את ליבת הפלוטוניום ומוציאים אותה לטובת שימוש בה כמקור אנרגיה למכונת הזמן שלהם.
פרק 4 - מסיבה בטירת וארלר
ג'ייה מאתרת את פלין על ידי מעקב אחר השימוש שלו ברשת החשמל לטובת הטענת ספינת האם אבל פלין נמלט לפני שמגיעים אליו. הוא מגיע לגרמניה של שנת 1944, הצוות חושב שפלין מתכוון לתת את הנשק הגרעיני שלו לנאצים, אבל הוא בעצם מתכנן לחטוף את מדען הטילים ורנר פון בראון ולקחת אותו איתו לברית המועצות. בעזרתו של הסופר איאן פלמינג, הצוות עוצר את העברתו של פון בראון. וואייט עוזר ללוסי למצוא "משהו להיאבק עליו" כדי להתגבר על פחדיה במהלך עבודת השטח, בעוד איאן ורופוס דנים בנושא האמון בין המרגלים. לפני חזרתם להווה מתעמת רופוס עם פון בראון הטוען כי שיקולים מוסריים מעכבים חדשנות ויש לוותר עליהם.
בהווה, הצוות מגלה כי ההרפתקה שלהם היוותה השראה לספרי ג'יימס בונד. לוסי דורשת מהסוכנת כריסטופר ומקונור לעזור לה להחזיר את איימי כתנאי להמשך שיתוף הפעולה שלה. רופוס טוען כי אנתוני משתמש בפלוטוניום כדי ליצור סוללה קבועה עבור מכונת הזמן ולא לנשק. רופוס מסרב להמשיך בריגול על חבריו לקבוצה, אבל איש מריטנהאוס מאיים על משפחתו של רופוס אם לא ישתף פעולה.
פרק 5 - קרב אלמו
פלין נוסע ל-2 במרץ 1836 ומשכנע את נשיא מקסיקו, אנטוניו לופז שבסנטה אנה, לתקוף את מבצר אלאמו שלושה ימים לפני מה שהיה אמור להיות בהיסטוריה. לוסי, וואייט ורופוס נוסעים בעקבותיו ומגיעים למבצר אלאמו, אבל פלין הורג בטעות את ויליאם ב. טראוויס, ומונע ממנו לסיים את המכתב ההיסטורי "ניצחון או מוות". מה שעושה את המצב גרוע יותר הוא הצבא המקסיקני שמנופף בדגל האדום לא לקחת שבויים במצור שלהם. פלין נסער כי ציר הזמן משתנה, על ציר הזמן המקורי, סנטה אנה מתיר לנשים וילדים לעזוב את האלאמו לפני התקיפה. וואייט ורופוס חופרים מעבר תת-קרקעי לאמת המים, ואילו לוסי מסיימת את מכתבו של טראוויס ומפקידה אותו לג'ון ויליאם סמית, שברח עם הנשים והילדים בזמן שג'יימס בואי ודייווי קרוקט נלחמים נגד המקסיקנים הפולשים. וואייט אומר שהוא נשאר במבצר ולא חוזר להווה מאחר שבכל מקרה הוא יוחלף, אבל לוסי ורופוס משכנעים אותו לחזור איתם.
בהווה, המכתב של לוסי, אם כי שונה במידה ניכרת מהמקור של טראוויס, משמר את ציר הזמן על ידי תמיכה בהקמת מדינת טקסס. לוסי מתיישבת עם אמה, שכותבת את שמו של אביה הביולוגי ונותנת לה.
פרק 6 - פרשת ווטרגייט
הצוות עוקב אחר פלין שנוסע לתחילת פרשת ווטרגייט בשנת 1972 כדי למנוע ממנו למצוא את הקלטת שנעלמה בקלטות ווטרגייט, אבל פלין עוצר אותם ומגלה שכבר יש לו את הקלטת. הוא מפעיל את ההקלטה שם שומעים את ריצ'רד ניקסון מדבר על ריטנהאוס ועל "דוק" (דוקטור או מסמך באנגלית). פלין מנסה לסחוט את לוסי ורופוס כדי שימצאו את ה"דוק" שניקסון הזכיר על מנת להציל את חייו של וואייט. רופוס הוכרח ליצור קשר בשנת 1972 עם סוכן ריטנהאוס ולעדכן אותו בהתפתחויות; איש הקשר שלו מצווה עליו "להרוס את הדוק". פלין מגלה לוואייט כי ריטנהאוס מימנו את "מייסון תעשיות" וכאשר פלין ניסה לדווח זאת לממונים עליו ב-NSA ריטנהאוס רצחו את אשתו ובתו ולכן הוא מעוניין להרוס אותם. באמצעות מידע המתקבל מהסוכן "גרון עמוק" לוסי ורופוס מובלים לבית בטוח של צבא השחרור השחור ומגלים כי "דוק" הוא חבר לשעבר בריטנהאוס שמכיר את רשימת כל האנשים בארגון. לוסי ורופוס מצליחים גם להציל את וויאט וגם לעזור לדוק להימלט.
בהווה, לוסי מתכוונת לבקר את אביה הביולוגי, בנג'מין קאהיל (שמתגלה כסוכן ריטנהאוס המאיים על רופוס), אבל היא עוזבת בלי להציג את עצמה ובלי לדעת מיהו קאהיל.
פרק 7 - נטישה
הצוות עוקב אחר פלין לשנת 1754, תחילתה של מלחמת הצרפתים והאינדיאנים. חייליו של פלין מחבלים בסירת ההצלה ותוקעים את השלישייה בעבר. ללא אמצעים טכנולוגיים כדי לתקן את מכונת הזמן שלהם רופוס טומן הודעה בבקבוק עבור ג'ייה ומייסון בתקווה שאלו יגלו אותו בעוד מעל ל-250 שנה. השלישייה נתפסים על ידי שבט "Shawnee". מנהיגת השבט מחליטה כי לוסי וויאט יוצאו להורג, אבל בוחרת לחוס על חייו של רופוס. לאחר שרופוס משכנע את המנהיגה לתת לחבריו לקבוצה ללכת, השלישייה ממשיך לכפר הסמוך שם רופוס אוסף פריטים לתקן את סירה. מייסון וג'ייה חופרים במקום שנקבע ומוצאים את הבקבוק, אבל המסר דהוי ולא קריא. ג'ייה מצליחה להסיק את ההודעה מתוך כמה מילים שנשארו ועוזרת לסירת ההצלה לנווט בחזרה לאחר שרופוס מבצע בה את התיקונים הנדרשים. ג'ייה מגלה את רגשותיה האמיתיים לרופוס, בעוד הסוכנת כריסטופר שחושדת מבקשת שמייסון יהיה תחת פיקוח. השלישייה מתקנים את היחסים המתוחים ביניהם וואייט משכנע את לוסי לבחור את דרכה, במקום לתת לה לקבוע את גורלה בידי פלין.
פרק 8 - המירוץ לחלל
פלין וצוותו נוסעים ל-20 ביולי 1969, כדי לחדור למרכז החלל המאויש ביוסטון ולשבש את המשימה של אפולו 11. זמן קצר לאחר מכן, רופוס מתעמת עם אנתוני על מעורבותו, אבל אנתוני בורח כאשר ביוסטון מאבדים תקשורת עם אפולו 11. רופוס מגלה באמצעות מחשב מקומי כי אנתוני הכניס וירוס לתוך המחשב המרכזי. הטכנולוגיה של שנות ה-60 אינה מסוגלת להתמודד עם הווירוס, רופוס ולוסי פונים לקבל עזרה מהמתמטיקאית קתרין ג'ונסון, שמכניסה אותם למערכת ה-Mainframe. בדיוק כשהם מוחקים את הווירוס, הם מתמודדים עם אנתוני ועוד אחד מאנשיו של פלין. בינתיים, פלין פוגש את אחת ממזכירות נאס"א מריה תומפקין ובנה גבריאל בפארק ובוח כשראה את וויאט. וואייט מסביר למריה כי פלין הוא מרגל רוסי, אבל פלין מתגנב לתוך הבית שלה מזריק לגבריאל זריקה של אפינפרין וכך מצלי את בנה שהיה אמור למות.
בחזרה בהווה, הצוות מגלה באמצעות קובץ סודי כי מריה הייתה אמו של פלין וגבריאל היה אחיו למחצה ופלין הציל אותו.
פרק 9 - המסע האחרון של בוני וקלייד