יחידות ארגוניות הפועלות במשרד.
במסגרת משרד ראש הממשלה פועלים מספר רב של גופים, חלקם משולבים בפעילותו השוטפת וחלקם סוכנויות ביצוע הנמצאות תחת אחריותו המיניסטריאלית. בין הגופים המרכזיים המשולבים בעבודת המשרד:
אגף כלכלה ותשתיות.
אגף כלכלה ותשתיות (לשעבר: האגף הכלכלי) פועל במשרד ראש הממשלה כחלק מהמטה הכלכלי-חברתי הכפוף למנכ"ל משרד ראש הממשלה יחד עם אגף ממשל וחברה ואגף פנים, תכנון ופיתוח. האגף מהווה כלי לביצוע עבודות מטה לאומיות בתחומי מדיניות כלכלית, על-פי הנחיות מנכ"ל המשרד ובהתאם למדיניות ראש הממשלה. בשנת 2012, בעקבות דו"ח הוועדה לבחינת מטה ראש הממשלה ("דו"ח קוצ'יק"), שונה שם האגף ל"אגף כלכלה ותשתיות" כחלק מהקמת המטה הכלכלי-חברתי במשרד ראש הממשלה. כאגף הכלכלי במטה הכלכלי-חברתי, אגף כלכלה ותשתיות מוביל את עבודת המטה בהכנת תקציב המדינה וחוק ההסדרים במקביל ובשיתוף פעולה הדוק עם אגף התקציבים במשרד האוצר. בראש האגף עומד הסמנכ"ל אמיר ברקן.
האגף מספק ייעוץ כלכלי למנכ"ל משרד ראש הממשלה בנושאים המטופלים במטה הכלכלי-חברתי ומוביל את פעילות המטה בתחומי משק וכלכלה, בכלל זה מדיניות מאקרו ותקציב המדינה, מיסוי והכנסות המדינה, תחרותיות ושוק ההון, וכן נושאי שכר ונושאים שקשורים בחשב הכללי. האגף מקדם ומלווה מטעם משרד ראש הממשלה את תחומי התחבורה, התשתיות, האנרגיה, משק המים, שוק הנדל"ן (לרבות היבטים הנוגעים ליישום חוק התכנון והבניה בנושאים אלה), התיירות, התעסוקה התעשייה ומסחר, התקשורת, וכן בהיבטים תקציביים הנוגעים למערכת הביטחון. עובדי ועובדות האגף מכהנים כנציגי ראש הממשלה במוסדות התכנון הארציים: המועצה הארצית לתכנון ובנייה, הוועדה לתשתיות לאומיות (ות"ל), והוועדה הארצית לתכנון ולבנייה של מתחמים מועדפים לדיור (ותמ"ל), ובדריקטוריון מכון התקנים הישראלי.
במסגרת פעילות, לקח האגף חלק במספר מהלכים מרכזיים:
אגף ממשל וחברה.
אגף ממשל וחברה (לשעבר: האגף לתכנון מדיניות) פועל במשרד ראש הממשלה החל משנת 2006 כחלק מהמטה הכלכלי-חברתי הכפוף למנכ"ל משרד ראש הממשלה. האגף מהווה כלי לביצוע עבודות מטה לאומיות בתחומי מדיניות חברתית ולהובלת רפורמות ממשליות, על-פי הנחיות מנכ"ל המשרד ובהתאם למדיניות ראש הממשלה.
ראשיתו של האגף לתכנון מדיניות כאגף חברה ותשתיות במועצה לביטחון לאומי, וביוני 2006 הוכפף האגף למנכ"ל משרד ראש הממשלה. בראשיתו עסק האגף בפיתוח ובהטעמת תרבות תכנון ובקרה בעבודת הממשלה וכן בגיבוש מדיניות הנוגעת לקבוצות חברתיות שונות. בשנת 2012, בעקבות דו"ח הוועדה לבחינת מטה ראש הממשלה ("דו"ח קוצ'יק"), שונה שם האגף ל"ממשל וחברה" כחלק מהקמת המטה הכלכלי-חברתי במשרד ראש הממשלה. במסגרת שינוי זה, הורחבו תחומי פעילותו של האגף כך שיכללו הובלה וקידום של רפורמות לשיפור עבודת הממשלה, חיזוק הממשק שבין האזרח לבין הממשלה והובלת פעילות משרד ראש הממשלה בתחומים חברתיים.
החל מהקמת האגף בשנת 2006 עמד בראשו אהוד פראוור, שכיהן בתפקיד עד לשנת 2018. החל מחודש מרץ 2018 מכהן בתפקיד זה אורן כהן.
בתחום ממשל, פועל האגף לשיפור ולייעול תהליכי עבודת הממשלה. בתחום זה מוביל האגף מספר מהלכים מרכזיים:
בתחום טיוב הרגולציה, מוביל האגף את המהלך הממשלתי להפחתת הנטל הרגולטורי בהתאם להחלטת הממשלה מס' 2118 מיום 22.10.2014:
בתחום חברה, עוסק האגף בקידום נושאים חברתיים המגיעים לשולחנו של ראש הממשלה ומוביל עבודות מטה בשורה של נושאים לאומיים. כמו כן, עוסק האגף בגיבוש ובהפעלת מדיניות לחיזוק שיתופי פעולה בין-מגזריים ולקידום שיתוף הציבור בעבודת הממשלה. בין המהלכים המרכזיים שמוביל האגף בתחומים אלו:
אגף פנים, תכנון ופיתוח.
אגף פנים, תכנון ופיתוח (לשעבר: אגף תיאום, מעקב ובקרה) פועל במשרד ראש הממשלה כחלק מהמטה הכלכלי-חברתי. האגף מהווה כלי לביצוע עבודות מטה לאומיות בתחומי מדיניות פנים ושלטון מקומי, תכנון ודיור ופיתוח כלכלי, על-פי הנחיות מנכ"ל המשרד ובהתאם למדיניות ראש הממשלה.
האגף הוקם כאגף תיאום, מעקב ובקרה בתקופתו של שמעון שבס כמנכ"ל משרד ראש הממשלה. בשנת 2012, בעקבות דו"ח הוועדה לבחינת מטה ראש הממשלה ("דו"ח קוצ'יק"), שונה שם האגף ל"אגף פנים תכנון ופיתוח" והוא הוכפף למטה הכלכלי-חברתי. במסגרת שינוי זה, נקבע כי האגף יעסוק בנושאי מדיניות פנים ובכלל זה שלטון מקומי, מדיניות תכנון, פיתוח והקצאת קרקעות, הגירה, חקלאות בהיבטי פיתוח הכפר, איכות סביבה, ביטחון פנים, היערכות לחירום ושירותי דת.
החל מחודש ינואר 2020 מכהן ליאור פרבר בתפקיד סמנכ"ל פנים תכנון ופיתוח במשרד ראש הממשלה.
אגף פנים, תכנון ופיתוח מוביל את פעילות משרד ראש הממשלה בתחומי מדיניות הפנים ובכלל זה שלטון מקומי, מדיניות תכנון, פיתוח והקצאת קרקעות, הגירה, חקלאות בהיבטי פיתוח הכפר, איכות סביבה, ביטחון פנים, היערכות לחירום ושירותי דת. תחומים נוספים הנמצאים בטיפול האגף הם תחומי המורשת, הקשר עם יהדות התפוצות וכן העלייה והקליטה.  עבודת האגף כוללת עיצוב וקידום מדיניות ראש הממשלה בתחומי הפנים, ומתן מענה לחסמים ואתגרים העולים ממשרדי הממשלה בסוגיות מדיניות, אשר דורשים תכלול ממשלתי רוחבי לפעילות רב-משרדית. פעילות אגף פנים, תכנון ופיתוח מאופיינת בעבודת מטה לגיבוש מדיניות; גיבוש החלטות ממשלה ביצועיות; ניהול של תוכניות העצמה ופיתוח בין משרדיות עתירות תקציב; ניהול משא ומתן מול דרגים בכירים ודרגי ביניים; ניהול תקציבים; ייזום והנעת תהליכים ממשלתיים; הסרת חסמים מערכתיים וכן ייצוג ראש הממשלה בוועדות מקצועיות ופרלמנטריות.
במסגרת פעילות, הוביל האגף מספר מהלכים מרכזיים:
סוכנויות ביצוע הכפופות למשרד.
בין סוכנויות הביצוע הפועלות תחת פיקוח מסוים של המשרד אך באופן עצמאי וכיחידות נפרדות:
חיזוק יכולות הניהול והמטה במשרד.
בשנים האחרונות חל חיזוק הדרגתי במעמדו וביכולות הניהול של משרד ראש הממשלה, והוא נתפס יותר ויותר כגוף המטה המרכזי בממשלה אשר עליו האחריות לממש את אג'נדת ראש הממשלה הנבחר. השינוי בא לידי ביטוי גם בגיוסם של אנשי מקצוע בתחומי המדיניות וההערכה, אשר עובדים בצמוד לאנשי אמונו של ראש הממשלה, וגם בשורה של שינויים מבניים שהוטמעו בפעילות המשרד. בעוד המטה לביטחון לאומי הוקם על ידי בנימין נתניהו בשנת 1999, פעילותו הועברה פיזית לבניין משרד ראש הממשלה בירושלים בשנת 2006 במהלך כהונתו של אהוד אולמרט, וכוח האדם בו הורחב משמעותית. אולמרט, יחד עם רענן דינור כמנכ"ל משרדו, הביאו גם להקמתם של המועצה הלאומית לכלכלה, האגף לממשל וחברה ומערך ההסברה הלאומי וביססו אותם כגופי מטה מרכזיים בתחומי הכלכלה, החברה, הממשל וההסברה. בנוסף, הוגדר מחדש תפקידו של האגף לתיאום, מעקב ובקרה במשרד.
כתוצאה משינויים אלה, החל משרד ראש הממשלה לתכנן ולהוביל בעצמו שורה של מהלכי מדיניות לאומיים, וזאת תוך שיתוף פעולה והפעלה של יתר משרדי הממשלה, המחזיקים בידע המקצועי בתחומים השונים. בין הדוגמאות הבולטות לכך, תוכנית הסיוע לניצולי השואה שאישרה הממשלה בשנת 2008, ההחלטה על שינוי הכללים הפיסקאליים לאורם נקבע תקציב המדינה בשנת 2010, המהלך להטמעת תרבות ותהליכי תכנון, מדידה והערכה בעבודת הממשלה שהחל בשנת 2006, התוכנית הלאומית לחיזוק הצפון בעקבות מלחמת לבנון השנייה, הקמת רשות החירום הלאומית במשרד הביטחון בהחלטת ממשלה משנת 2007, המהלך לביסוס יחסי הממשלה עם ארגוני החברה האזרחית שאושר ב-2008 ומהלכים נוספים. בעוד בעבר הובילו משרדי ממשלה שונים את תהליכי התכנון וההחלטה בנושאים אלה, כיום גופי המטה הפועלים במשרד הם מובילי התהליך, בהתאם להנחיות ראש הממשלה.
בניין משרד ראש הממשלה.
בראשית ימי המדינה שכן משרד ראש הממשלה בתל אביב. בדצמבר 1949, על רקע החלטת האו"ם לבינאום ירושלים, הועבר משרד ראש הממשלה בבהילות לירושלים. נשקלו אפשרויות שונות לשכן את משרד ראש הממשלה, בהן בית טליתא קומי, ונבחרה הצעת הסוכנות היהודית לשכן את משרד ראש הממשלה באגף החדש שהיה אז לקראת סיום הבנייה, בבית המוסדות הלאומיים. באופן זמני, עד סיום הבנייה של האגף החדש, שוכן משרד ראש הממשלה בבניין קרן היסוד. ב-20 בדצמבר 1949 כבר התקיימה ישיבת הממשלה בבית המוסדות הלאומיים. בסוף אוגוסט 1962 עבר המשרד לקריית הממשלה בגבעת רם. במאה ה-21 הוגברה האבטחה סביב בניין זה, והוא מאובטח יותר מאשר יתר המשרדים הממשלתיים.
מנכ"ל משרד ראש הממשלה.
תפקידו של מנכ"ל המשרד היא להוביל את עבודת המטה ומדיניות הפנים המתבצעת שנקבעה על פי ראש הממשלה במכלול הנושאים הכלכליים, החברתיים והאזרחיים. ריכוז עבודת המטה הממשלתית בנושאים אלו, מטעמו של ראש-הממשלה, והוא מוביל ושותף מרכזי בפרויקטים לאומיים גדולים שעל סדר יומה של הממשלה ושל ראש הממשלה.
מנכ"לי המשרד:
ג'נדרקוויר
גֶ'נְדֶרְקְוִויר (מאנגלית: Genderqueer, לרוב ניתן להחלפה עם א-בינארי) הוא מי שזהותו המגדרית אינה רק "גבר" או רק "אישה". הזהות המגדרית הג'נדרקווירית עשויה להיות מורכבת מזהות כגבר וכאישה יחד, בשילובים שונים, או שונה ונפרדת לחלוטין משתיהן. זהות ג'נדרקווירית עשויה אף להשתנות מביטוי מגדרי אחד לאחר (genderfluid).
כיוון שהזהות המגדרית של ג'נדרקווירים לא תואמת למגדר שיוחס להם בלידה (בן או בת), ג'נדרקווירים נחשבים לרוב כחלק מהקשת הטרנסג'נדרית.
אופי הזהות המגדרית.
אנשים המזדהים כג'נדרקוויר עשויים לחשוב על עצמם כאחד או יותר מהדברים הבאים: