מאז שנת 1796 שירת סמואל צ'ייס בתור שופט בבית המשפט העליון של ארצות הברית. צ'ייס היה תומך פדרליסטי חריף ביריבות עם הנשיא ג'פרסון. כבר בשנת 1801 הכין ג'ון רנדולף, חבר בית הנבחרים, הליכי הדחה מקדימים לצ'ייס בתמיכתו של ג'פרסון. ב-12 במרץ 1804 בית הנבחרים הכריע את הליך הדחתו של צ'ייס והאשים אותו בקביעת תיקים ומינויים לפי צרכים פוליטיים ואישיים למיניהם. עבור ההדחה של צ'ייס נדרשה הצבעת רוב בסנאט ולא רק בבית הנבחרים. כאשר נדרשה הצבעת הסנאט בעניין, זה חולק בין 25 חברי המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית לעומת תשעה חברי המפלגה הפדרליסטית. כאשר הופיע בפני הסנאט בינואר 1805, צ'ייס טען כי ההאשמות נגדו התבססו על רקע פוליטי ולא על עבירות שחיתות שלטונית שכביכול ביצע. צ'ייס דרש חודש להכין הגנה למשפט ההדחה. מרשל, שצפה בהליך המשפטי, טען כי צ'ייס היה חף מפשע ותרם לשנות את דעתם של חלק מהסנאטורים הדמוקרטים-רפובליקנים אשר לבסוף הצביעו בעדו של צ'ייס שנישאר בתפקידו והמשיך לכהן כשופט עליון עד לפטירתו ב-1811.
בהמשך היה על בית המשפט העליון לנהל תיק שנגע לסגן הנשיא הראשון תחת ג'פרסון, ארון בֶּר. סגן הנשיא לשעבר בֶּר נחשד בכך שפעל כדי להקים מדינה ריבונית בגבול בין ארצות הברית ומלכות המשנה של ספרד החדשה. הטענות נגד סגן הנשיא התבססו בעיקר על קשרים כספיים שאחז בהם עם הרשויות הספרדיות במקסיקו סיטי ועם גורמים פוליטיים וחקלאים ברחבי ארצות הברית. לפי ההגנה, בֶּר קנה קרקעות בגודל 160 קילומטרים רבועים באזור טחאס הספרדית (טקסס המודרנית) עבור צרכים כלכליים. בפברואר 1807 הורה הנשיא ג'פרסון על מעצרו של בֶּר על אף המחסור בעדויות מספקות. לפי החוקה האמריקאית הייתה הגדרה ברורה ומחמירה לבגידה בארצות הברית. מרשל התעקש להקפיד על הגדרה מחמירה זו במהלך המשפט. פעולותיו של בֶּר לא תאמו את ההגדרות המחמירות ובכך הוא זוכה מאשמה.
פלצ'ר נגד פאק.
בשנת 1795 הרשות המחוקקת בג'ורג'יה העניקה 35,000,000 דונמים של קרקעות במערב לגורמים פרטיים עבור יישוב ופיתוח של המערב. אף על פי כן, שנה מאוחר יותר התגלה שההצבעה הייתה נטויה עקב הונאות כספיות ועקב זאת הרשות המחוקקת הטילה ביטול על החקיקה הקודמת שהעניקה את הקרקעות. לאחר מספר שנים רכש ג'ון פאק את חלק מהקרקעות מחברה שלה הובטחו הקרקעות קודם לביטול החקיקה של 1795. בסופו של דבר פאק מכר את הקרקעות לרוברט פלצ'ר. פלצ'ר טבע את פאק בעוון מכירת קרקעות בצורה לא חוקית שכן קניית הקרקעות של פאק עצמו נעשה בצורה לא חוקית. כאשר הגיע התיק המשפטי לבית המשפט העליון, זה האחרון קבע בשנת 1810 כי לרשות המחוקקת בג'ורג'יה לא הייתה הרשות לבטל את חוזה מכירת הקרקעות משנת 1795. הקביעה המשפטית התבססה על סעיף בחוקה שלפיו אין בסמכות הרשויות הארציות לבטל דרך חקיקה חוזי מכירות קודמים. מרשל הרכיב את דעת הרוב במשפט.
מקקלוץ' נגד מרילנד.
בשנת 1816 הקונגרס האמריקאי קבע בעד הקמתו של הבנק הפדרלי הלאומי ארצות הברית (היה זה הבנק הפדרלי השני בתולדות ארצות הברית). בסמכות הבנק היה להעביר את כל העסקיות הכספיות של גורמים בממשל הפדרלי. רוב הקולות שתמכו בהקמת הבנק טענו כי הוא נדרש עבור היציבות הכלכלית של ארצות הברית אך אף על פי כן היו הרבה גורמים אנטי-פדרליסטים שהתנגדו להקמתו. באותה השנה נפתח סניף של הבנק בפילדלפיה ובשנה הבאה עמד להיפתח סניף נוסף בבולטימור, מרילנד. רשויות החקיקה במרילנד קבעו שכל הבנקים במדינה שלא פעלו על סמך צ'ארטר חוקי מהרשויות במרילנד עצמה יצטרכו לשלם מס עבור ממשלת מרילנד. מנהל הסניף הפדרלי בבולטימור, ג'יימס מקקלוץ', התנגד בתוקף לשלם על המס ובתגובה מדינת מרילנד תבעה אותו.
בבית המשפט העליון של מרילנד הגישו מייצגי מרילנד את הטענה כי החוקה לא קבעה דבר בנוגע להקמת בנק ריכוזי בידי הממשל הפדרלי. לפיכך טענת מרילנד הייתה שהחקיקה בקונגרס להקמת הבנק הפדרלי הייתה לא-חוקתית. מרילנד ניצחה בתיק המשפטי ובתגובה מקקלוץ' הגיש ערעור לבית המשפט העליון של ארצות הברית. ב-22 בפברואר 1819 הושמעו הטיעונים מפי שני הצדדים בפני שופטי העליון ומרשל בראשם. החלטת בית המשפט העליון הייתה אחידה לגמרי (מלבד שופט אחד שנמנע) – נקבע כי לממשל הפדרלי ניתנה הסמכות להקים בנק לאומי.
מרשל טען כי הייתה חשיבות כלכלית להקמת הבנק הפדרלי. יתרה על כן, מרשל טען שהעובדה שהחוקה לא טוענת ישירות כי ברשות הממשל הפדרלי להקים בנק ריכוזי לא בהכרח גורמת לכך שאין זה בסמכות הממשל הפדרלי. לחיזוק הקביעה המשפטית הדגיש מרשל את סעיף 1 בחלק השמיני של הפרק הראשון בחוקת ארצות הברית: "לקונגרס תהיה הסמכות; להשית ולגבות מיסים, לשלם חובות ולדאוג לביטחון המשותף ולרווחה המשותפת של ארצות הברית; כל המיסים יוטלו בשווה בכל מדינות ארצות הברית." לפיכך, מרשל קבע שלממשל הפדרלי ישנן סמכויות שלא נרשמו בצורה ישירה בחוקה ולמרות זאת הן תקפות מבחינת החוקה. בהמשך קבע בית המשפט העליון שאין בסמכות מרילנד להטיל מס על הבנק הפדרלי מכיוון שלפי החוקה חקיקות פדרליות בעלות סמכות רבה מחקיקות של הארצות בתוך ארצות הברית.
גיבונס נגד אוגדן.
בשנת 1808 הוענקו לרוברט ליווינגסטון ורוברט פולטון זכויות מיוחדות לשיט בנהרות של מדינת ניו יורק. הזכויות הוענקו מידי הרשות המחוקקת של ניו יורק וכללו למעשה מונופול על שיט בכל גופי המים של מדינת ניו יורק. תומאס גיבונס וארון אוגדן קנו זיכיון מידי ליווינגסטון ופולטון כך שיכלו להשיט ספינות קיטור במי מדינת ניו יורק. שלוש שנים מאוחר יותר התפרקה השותפות של גיבונס ואוגדן אך גיבונס המשיך להשיט ספינות קיטור בבעלותו דרך ניו ג'רזי לניו יורק אף על פי שהזיכיון בוטל עם סיום השותפות. גיבונס טען כי בזכותו להשיט את הספינות מכיוון שהיה בעל רישיון שניתן לו מטעם הקונגרס לכך הודות לחוק רגולציה של מסחר לאורך החוף. אוגדן – שהיה לשעבר מושל ניו ג'רזי – זעם על כך ששותפו לשעבר הרוויח דרך העסק למרות ביטול השותפות.
אוגדן הגיש תביעה בבית המשפט לעניינים משרדיים בניו יורק איפו שתבע את גיבונס ודרש שיפסיק את תפעול הספינות במי ניו יורק. אוגדן טען כי אין בזכותו של גיבונס להשיט את הספינות עקב ביטול הזיכיון עם פירוק השותפות. גיבונס העסיק את עורך הדין ולימים גם הפוליטיקאי דניאל ובסטר להגנתו במשפט. ובסטר טען כי לקונגרס הייתה המילה האחרונה בנוגע לקניין בין מדינות הודות ל"סעיף המסחר" של החוקה (פרק 1, חלק 8, סעיף 3). שני בתי משפט בניו יורק צידדו עם אוגדן ובתגובה גיבונס הגיש עתירה לבית המשפט העליון. שימוע שני האגפים במשפט בפני שופטי העליון התקיים בפברואר 1824. השאלה המרכזית שעמדה במשפט הייתה האם לניו יורק ישנה הסמכות להטיל רגולציה על מסחר בתוך גבולותיה שנשען על מדינות אחרות? ב-2 במרץ 1824 התקבלה החלטה אחידה בין כל השופטים שאין סמכות זאת בידיה של ניו יורק.
בית המשפט העליון צידד בטענתו של ובסטר שהציג את "סעיף המסחר" אשר לפיו החלטת הקונגרס עומדת מעל החלטותיהן של המדינות. במהלך המשפט מרשל העניק פרשון למילה "מסחר" כפי שהופיעה בחוקה וקבע שהיא כוללת גם העברת סחורות במים טריטוריאליים. הקביעה המשפטית למעשה העניקה סמכות עליונה להתערבות הקונגרס הפדרלי בעת מאבק בין שתי מדינות או יותר. התיק המשפטי גיבונס נגד אוגדן היה הראשון מבין סדרת מקרים משפטיים שהועברו להחלטת בית המשפט העליון שהובילו לחיזוק סמכותה של הרשות המחוקקת הפדרלית; הקונגרס, על גבי המדינות בתוך ארצות הברית.
ווסטר נגד ג'ורג'יה.
במהלך שנות העשרים של המאה ה-19 עמדה אומת הצ'רוקי בפני סכנה גוברת מפני מתיישבים אמריקאים לבנים. האומה האינדיאנית הייתה בתוך גבולות דרום קרוליינה, טנסי, ג'ורג'יה, אלבמה וצפון קרוליינה. עם הזמן יותר ויותר מתיישבים אמריקאים אנטי-אינדיאנים היגרו לתוך שטחה של האומה. מושל ג'ורג'יה, ג'ורג' גילמר, לצד רוב חברי הקונגרס המחוקק של ג'ורג'יה, נקטו במדיניות אנטי-אינדיאנית שקראה להעברת אוכלוסין עבור יישוב של אזרחים אמריקאים לבנים בשטחים. בשנת 1827 נרשמה חוקה והוקמה ממשלה עצמאית של אומת הצ'רוקי, שבכך הפכה לריבונית מבחינה חוקתית מארצות הברית. גילמר והרשות המחוקקת של ג'ורג'יה סיפחו את שטחי הצ'רוקי בתוך גבולות ג'ורג'יה, פיזרו את ממשלת הצ'רוקי וגירשו את כל האינדיאנים המקומיים מערבה.
השטחים שסופחו שומשו בעיקר עבור יישוב של בעלי עבדים אמריקאים תושבי ג'ורג'יה. שלוש שנים מאוחר יותר, הקונגרס הפדרלי, בתמיכת הנשיא אנדרו ג'קסון, העביר חקיקה שגירשה את התושבים האינדיאנים מ"חמשת האומות המתורבתות" בדרום ארצות הברית מערבה. האינדיאנים גורשו לעבר אוקלהומה המודרנית, איפה שהובטח להם שיישארו חופשיים מהתערבות אמריקאית. במקביל, מיסיונרים אמריקאים פעלו לצד הצ'רוקי בשביל לשמור על ריבונותה של אומת האינדיאנים מפני חקיקת הקונגרס הפדרלי וחקיקת הקונגרס המדיני של ג'ורג'יה. בתגובה העבירה ג'ורג'יה חקיקה לפיה נאסר על תושבים לבנים לגור לצד אינדיאנים ללא קבלת הרשאה ממשרד המושל.