באמצע המאה ה-11 הצליחה שושלת אל-מוראביטון לאחד את שבטי הצנהג'ה לכוח רב עוצמה, ויצאה למסע כיבושים שבמהלכו השתלטה על מרוקו ואל-אנדלוס. ימי שלטונה של שושלת אל-מוראביטון היו תקופה של ביטחון יחסי עבור היהודים שנמשכה עד אמצע המאה ה-12. מספר יהודים מונו לתפקיד של וזיר, מספר רופאים יהודים עבדו בחצר המלוכה, ומשוררים ואנשי רוח יהודים רבים פעלו בתקופתם. כשהיה צורך להרחיב את גודלו של מסגד קרוויין המפורסם בעיר פאס הבתים היהודים ששכנו קרוב אליו הופקעו, אך בעליהם קיבלו כנראה פיצוי הוגן עבור נכסיהם. מסמכים מגניזת קהיר מלמדים על חלקם הבולט של יהודי מרוקו בסחר עם הודו החל מסוף המאה ה-11. עם זאת, לצד הביטחון היחסי שהיה ליהודים בתקופה זו חלה גם התדרדרות הדרגתית במעמדו של המיעוט היהודי. במכתב של סוחר יהודי מהתקופה הוא כותב ששנאת יהודים נפוצה מאוד בעיר פאס. השליט יוסוף בן תאשפין הטיל על היהודים מס גדול לתשלום וכנראה גם החרים מרכושם. אותו שליט גם אסר על היהודים להתיישב בעיר מרקש שייסד אביו והורה שכל יהודי שייתפס בה בשעות הלילה יומת ורכוש משפחתו יילקח. עם זאת הגבלה זאת כנראה לא הייתה תקפה לבעלי מעמד גבוה; בכתביהם של הרמב"ם והפילוסוף יוסף בן יהודה אבן עקנין מוזכרים הרופאים היהודים המפורסמים אברהם אבן קמניאל ושלמה בן אלמעלם, אשר הוזמנו על ידי עלי בן יוסוף בן תאשפין למרקש על מנת לשרת שם כרופאים ואולי גם כדי לייסד שם בית ספר לרפואה.
אל-מוואחידון.
תקופת המוראביטון השקטה יחסית באה לסיומה עם עליית שושלת אל-מוואחידון ששלטה במגרב ועל חלקים מספרד החל משנת 1146 ועד 1269. קבוצה מוסלמית קנאית זו שאפה להכניס מתחת לכנפי האסלאם את כל בני המיעוטים במגרב, ובעיקר את היהודים. דינם של מי שלא התאסלמו היה מוות ואילו גזר דינם של אלו שאכן התאסלמו היה אפליה כלכלית וחברתית, שכן הכנות של ההתאסלמות שלהם הוטלה בספק, ולכן הם המשיכו להיות נתונים לגזרות והגבלות. על פי "ספר הקבלה" של המלומד היהודי בן התקופה רבי אברהם אבן דאוד, באותן שנים "לא נותר יהודי אחד מאל-מהדיה (אשר בתוניסיה) עד סילווס (אשר בפורטוגל)". אלפי יהודים נהרגו במהלך מסעות הכיבושים של אל-מוואחידון, רבים הקריבו עצמם על קידוש השם, בהם רבי יהודה הכהן אבן סוסאן, רבה של פאס ולפי חלק מהמקורות היה רבו של הרמב"ם. אחרים התאסלמו באמת או למראית עין בלבד, ויהודים רבים ברחו לארצות אחרות. בכתבי הגניזה הקהירית נמצא מכתב של סוחר יהודי בקהיר שמתאר את גלי הפליטים שמגיעים לעיר מהטריטוריות של אל-מוואחידון, וכמו כן את הסבל שעבר על היהודים בצפון אפריקה המערבית. כך למשל המכתב מציין ש-150 יהודים בעיר סיג'ילמסה בחרו למות על קידוש השם, לאחר שהועמדו בפני הבחירה של מוות או התאסלמות.כן הוא מציין את ההתאסלמות בכפייה של דיין סיג'ילמסה רבי יוסף בן עמראן. רבי אברהם אבן עזרא כתב קינה מפורסמת בשם אהה ירד עלי ספרד על האירועים תחת שושלת אל-מוואחידון. בקינתו זו הוא מציין את חורבנן של הקהילות היהודיות בערים השונות של ספרד ומרוקו זו אחר זו.
כתגובה לרדיפות אל-מוואחידון חיבר הרמב"ם את איגרת השמד ליהודי מרוקו ובה הורה עליהם להתאסלם למראית עין ולקבל דת שאינה דתם, רק על מנת להישאר בחיים. בנוסף הרמב"ם ייעץ ליהודים שהתאסלמו למראית עין לנסות להימלט מהאזורים שבהם מתרחשים המאורעות בהקדם כך שיוכלו לחזור לדתם. הרמב"ם עצמו חי בעיר פאס לאורך שנים בודדות, רכש בה את השכלתו הרפואית ופרסם מספר חיבורים חשובים, לאחר מכן הוא היגר ביחד עם משפחתו למצרים.
השושלת המרינית.
רק כאשר עלה לשלטון אבו יוסף יעקוב (1269-1286), מייסד השושלת המרינית ששלטה עד 1465, בוטלו הגזירות שהוטלו על היהודים והקהילות היהודיות במגרב החלו להשתקם מהמאורעות שעברו עליהן. תחת השושלת המרינית היהודים נהנו מיחס משופר מצד השלטון, שראה בהם כמגשרים בינו לבין השושלות השולטות בספרד. היהודים גם לקחו חלק בסחר בזהב לאורך מדבר הסהרה. המרינים פיתחו רבות את מרוקו ובמיוחד את העיר פאס בירתם שבתקופתם אף נהפכה לעיר הגדולה בעולם לתקופה קצרה, ובשגשוג זה לקחו חלק גם יהודים. כך למשל בעיר פאס פעל מתמטיקאי יהודי שנחשב לאחד מגדולי המתמטיקאים בזמנו, וכן מלומדים רבים נוספים. פאס חזרה למעמדה גם כמרכז יהודי חשוב, וכך למשל הפילוסוף ופרשן המקרא הספרדי רבי יוסף אבן כספי מציין בכתביו שהוא שואף להגיע יום מחייו לעיר כדי ללמוד בה ביחד עם החכמים הגדולים שיושבים בה.
עם היחלשותם של המרינים מצב היהודים החל להתדרדר, ובשנת 1437 התרחשו פרעות ביהודי פאס בעקבות התפרצות דתית בעיר. בעקבות טבח זה הסולטן המריני בנה ליהודים רובע מסוגר משלהם באזור פאס אל-ג'דיד, המלאח הראשון במרוקו. על אף שכוונת הסולטן הייתה כנראה להגן על היהודים, העברתם למלאח הרעה את מצבם מבחינה כלכלית וביטחונית. במהלך המרד שהפיל את השושלת המרינית בשנת 1465 נערך טבח גדול ביהדות פאס וכמעט כולה הושמדה. תחילה נערך טבח המוני בכלל יהודי פאס, כך שמקהילה בת אלפי נפשות נותרו שורדים בודדים (6 נשים ו-5 גברים), ולאחר מכן הוצאו להורג הסולטן המריני והוזיר היהודי רב ההשפעה שלו. על פי עדות של סוחר מצרי בן התקופה, עבד אל-באסט, פרעות דומות נערכו באותה שנה כנגד יהודים ברחבי מרוקו. רק עם עלייתה של השושלת הווטאסית (1472-1554) וקליטתם של מגורשי ספרד, יהדות מרוקו הצליחה להשתקם מהמאורעות הקשים.
לאחר גירוש ספרד.
עם גירוש ספרד (1492) וגירוש פורטוגל (1497) הגיע גל הגירה של יהודים מחצי האי האיברי. מסע ההגירה היה רווי סבל עבור המגורשים, אך עד מהרה הם התיישבו בערי הנמל ופנים הארץ במרוקו. היסטוריונים חלוקים בדעתם מהו מספר מגורשי ספרד באופן כללי, וכמה מהם הגיעו לצפון אפריקה בפרט. האומדנים המקובלים לגבי מספר מגורשי ספרד שהגיעו לצפון אפריקה נעים בין 40,000-20,000 אנשים. בעקבות גירוש ספרד התחלקה האוכלוסייה היהודית לשניים: התושבים (אלה אשר התגוררו במשך דורות במרוקו) והמגורשים. שתי הקבוצות היו שונות בשפתן ובמנהגיהן - בין היתר בתפילות, בדיני כשרות הבשר, ובדיני אישות. לעיתים פרצו מחלוקות בין התושבים והמגורשים, בהן מחלוקת חריפה שנמשכה עשרות שנים המכונה פולמוס הנפיחה. אך בהמשך נחלשו גבולות חלוקה זו והקבוצות השתלבו אחת עם השנייה. בשנת 1698 ערך רבי יעקב אבן צור (יעב"ץ) את ספר התקנות של פאס שכלל כ-250 תקנות הלכתיות המכונות תקנות המגורשים. תקנות אלה, אשר הותקנו על ידי רבנים יוצאי ספרד במרוקו בשיתוף עם מנהיגי הקהל וחכמי ההלכה המקומיים ב-200 השנים שלאחר גירוש ספרד, נהפכו במשך הזמן לקודקס ההלכתי של רובה של יהדות מרוקו וגישרו בין המגורשים לתושבים.
המגורשים היו בדרך כלל הגורם הדומיננטי, המשכיל יותר ובעל היוזמה הכלכלית, ושמרו על השימוש בלדינו (חכיתיה) בחלק מקהילותיהם כגון תטואן, טנג'יר, סאוטה ומלייה שהיו לימים בשליטה ספרדית. בין המאה ה-14 למאה ה-16 גדלה אוכלוסיית יהודי מרוקו בצורה משמעותית כתוצאה מהגירת יהודים מחצי האי האיברי, ורוב היהודים התרכזו בערים הגדולות של מרוקו, על אף שחלק קטן מהמגורשים התיישבו גם באזורים כפריים. בעקבות גירוש ספרד הגיעו למרוקו מלומדים יהודים רבים, בהם רבי סעדיה אבן דנאן, רבי שמעון לביא ורבים נוספים.
מרבית מגורשי ספרד הגיעו למרוקו בתקופת השושלת הווטאסית (1472-1554) שהנהיגה מדיניות דומה לזו של האימפריה העות'מאנית במזרח והסכימה לקלוט את היהודים שנמלטו מספרד. בתקופה זו הממלכות הנוצריות של ספרד ופורטוגל החלו לפלוש לשטחה של מרוקו עצמה, ובפרט להשתלט על ערי החוף שלה. כך נוצר מצב שיהודים שגורשו מחצי האי האיברי הגיעו לנמלי מרוקו וסבלו מאלימות מצד פורטוגלים או ספרדים נוצרים גם שם. עם זאת, בהמשך מגורשי ספרד נהנו ממעמדם בתור קבוצת ביניים, ויהודים רבים קיבלו תפקידים דיפולמטים ומסחריים בכירים ולקחו חלק ביחסים המדיניים בין הווטאסים במרוקו לבין הממלכות הנוצריות מאירופה. על פי המתואר בכתבי אירופאים ובכתבי רבנים מהתקופה, ניתן ללמוד שמראשית המאה ה-16 החלה תקופה של פריחה כלכלית של הקהילות היהודיות במרוקו, מה שהתבטא גם בחידוש המלאח של פאס ובהקמת מוסדות לימוד רבים.
מאמצע המאה ה-16 שלטה במרוקו השושלת הסעדית (1554 – 1659), שהצליחה להדוף את פלישותיהם של הממלכות הנוצריות והאימפריה העות'מאנית לתחומי מרוקו. לפי ספר דברי הימים של יהודי פאס, החיילים העות'מאנים התאכזרו במהלך נסיגתם ממרוקו ליהודים שנקלעו לדרכם במחוז סוס הברברי, לקחו שבויים מבניהם ואנסו נשים יהודיות. השושלת הסעדית לעומת זאת התייחסה ליהודים באופן חיובי. בין היהודים שמונו לתפקידים רמי-מעלה בממשל ובדיפלומטיה בזמנם מצוי השגריר היהודי, דון שמואל פאלאג'י, שחתם בשם הסעדים על הסכם עם הולנד, ההסכם הראשון שלהם עם מדינה אירופאית. הסעדים העבירו את עיר הבירה של מרוקו למרקש ובנו בה מלאח ליהודים. לצד הפתיחות כלפי היהודים, שהתבטאה במינוי יהודים לתפקידים בכירים, הכבידה השושלת הסעדית את נטל המס עליהם.
על הקשרים בין יהדות מרוקו לבין יהודי התפוצות האחרות ניתן ללמוד מכך ששאלות הלכתיות הגיעו לרבני מרוקו מרחבי צפון אפריקה ולעיתים גם מאירופה, מקשרי המסחר ביניהן, ובנוסף מהסיוע ההדדי שהקהילות השונות העניקו אחת לשנייה בתקופות שונות ובמיוחד עבור פדיון שבויים. כך למשל, בטקסט רבני המתייחס למאה ה-17 נכתב: