דרשות רבות בחיבור מיוחסות לרבי אליעזר ולחכמים שונים שחלקם מאוחר בהרבה לרבי אליעזר בן הורקנוס. רד"ל, שביקש להגן על התפיסה המסורתית המייחסת את החיבור לרבי אליעזר, טען שרוב השמות שנראים כשמות אמוראים הם בעצם שמות תנאים בעלי שם דומה. הוא ייחס את גיבוש החיבור לבית מדרשו של רבי אליעזר שפעל גם בדורות שאחריו, ואת שמות החכמים המאוחרים הסביר כתוספות מאוחרות שחדרו לחיבור. דעה זו אינה מקובלת במחקר. מאז צונץ מקובל לראות את הייחוסים הללו כפסאודואפיגרפיים. כך למשל בפרק מ"ג מספר החיבור בהרחבה על מעשיהם של ריש לקיש ורעיו ועל חזרתו בתשובה, כשאת דברי השבח על ריש לקיש הוא שם בפיו של התנא בן עזאי שחי שלושה דורות לפניו. דוגמה נוספת: רבי לויטס איש יבנה נזכר פעם אחת ויחידה במשנת אבות ושוב אין הוא נזכר בשום מקור תלמודי, אבל החיבור מצטט מפיו דרשות אחדות שבמקורות קדומים הן מיוחסות לחכמים אחרים.
מקורות החיבור וזיקתו לספרות לא-תלמודית.
החיבור שואב את מסורותיו מן המקורות התלמודיים: משנה ומדרשי אגדה ארץ-ישראליים. אף שהחיבור הוא ארץ-ישראלי, במספר מקומות נראה שאף התלמוד הבבלי שימש לו כמקור. החיבור מרבה להשתמש גם בספרות לא-תלמודית, וזו אחת מהתופעות המייחדות אותו.
זיקתו לספרות החיצונית של ימי בית שני.
החיבור כולל מסורות אגדה המשתלשלות מהספרות החיצונית של ימי בית שני. כך למשל בפרק כ"ב מזהה פדר"א את "בני האלהים" שנזכרו ב עם המלאכים שנפלו מן השמים, כרווח בספרות החיצונית (ספר חנוך א'), ובניגוד לדעת חכמים, שהתנגדו נחרצות לפירוש זה.
זיקתו לספרות האסלאם.
לאגדה על אודות גירוש הגר וישמעאל (פרק ל') יש רקע מוסלמי ברור, כפי שעולה משמות הנשים עאישה (כשם אשתו של מוחמד) ופאטמה (כשם בתו של מוחמד), המיוחסות בידי המחבר לנשותיו של ישמעאל (אגדה זו קיימת גם בתרגום המיוחס ליונתן, וראו להלן). לאגדה זו מקבילות מוסלמיות, והדעה הרווחת שמקורה מוסלמי. לדעת שוסמן, מקור הסיפור יהודי.
זיקתו לתרגום המיוחס ליונתן.
בעשרות רבות של מקבילות קיים דמיון עז, לעיתים עד כדי זהות מילולית, בין פרקי דרבי אליעזר ובין התרגום הארמי לתורה המיוחס ליונתן (תרגום שחובר כנראה בערך באותה תקופה ואזור שבהם חובר פדר"א), ועמד על כך לראשונה צונץ. רד"ל סבור שהתרגום תלוי בחיבורנו ושואב ממנו, וכך סבור גם אביגדור שנאן, אבל לא כל החוקרים מקבלים הכרעה זו.
זיקתו לפיוט.
לחיבור גם זיקה לפיוט הארץ-ישראלי הקדום, הבאה לידי ביטוי הן במסורות משותפות הן בקרבה הלשונית. כך, למשל, המסורת הנזכרת בחיבור (פרק מ"ו) שיש לעמוד על הרגליים ביום כיפור משום שישראל דומים ביום זה למלאכים, קרובה למסורת הפייטנים יניי ורבי אלעזר בירבי קליר. (על הקרבה הלשונית ראו להלן.)
הלכה חיצונית.
לעיתים החיבור מציע מסורות שאין מקורן בהלכה ובמסורת הרבנית. להלן דוגמה אחת: החיבור משתמש בדרשותיו כדי לנגח את השלטון החדש – האסלאם – והוא מוצא במקרא רמזים בגנותו של ישמעאל. העובדה שישמעאל נולד לפני שאברהם נימול משמשת בידיו כלי לניגוח, וכך הוא דורש בפרק כ"ט את הכתוב :
בכך מסביר המחבר מדוע נבחר דווקא יצחק להיעקד על המזבח ולא ישמעאל: מכיוון שישמעאל הוא "בן הערלה" (כך מתבטא המחבר במפורש בפרק ל"א על ישמעאל), דהיינו שהוא נולד לאברהם כאשר היה עדיין ערל. אבל ההלכה כאן היא חריגה ביותר ואינה ידועה משום מקום בספרות התלמודית. על פי האמור כאן, איסור ערלת העץ מתבטא בכך שיש לכרות את פירות העץ בשלוש השנים הראשונות; דבר זה אינו מתאים להלכה הרבנית – אבל מסורת זו עולה בקנה אחד עם המסורת המובאת אצל פילון האלכסנדרוני ואצל החכם הקראי יפת בן עלי.
הלכה ומנהג.
בנוסף לדרשות האגדה הרגילות, שהן עיקר מניינו ובניינו של החיבור, מכיל פדר"א גם תכנים אחרים. בין היתר מופיעים בו פרקים העוסקים בענייני אסטרונומיה ובקביעת לוח השנה. פדר"א הוא החיבור העברי המוכר הראשון שמזכיר את מחזור העיבור של שבע פעמים בתשע עשרה שנים. ההלכה והמנהג תופסים בחיבור מקום מרכזי ביותר. מחבר פדר"א נוהג לארוג את סיפורי האגדה שלו מתוך מטרה ברורה לבסס את מנהגי זמנו ומקומו. הוא רגיל לייחס מנהגים שונים לימי המקרא, ומתוך כך הוא מסיק: ולשונות כיוצא באלה. וכך מתאר פדר"א בפרק ט"ז את מעשיו של יצחק ונישואיו עם רבקה:
בסיפור אגדה זה מבקש המחבר לחזק את מנהג מקומו שהיו מוציאים את הבתולים באצבע.
גם מנהג כיסא של אליהו בברית מילה נזכר לראשונה בפרקי דרבי אליעזר (סוף פרק כ"ט):
מנהגים נוספים שמקורם בפרקי דרבי אליעזר והובאו משם לספרות ההלכה: מנהג לעמוד על הרגליים במשך כל יום הכיפורים, הסתכלות בציפורניים בעת ההבדלה, אבלים הולכים לבית הכנסת בשבת, חתן לא יוצא לבדו לשוק, תקיעת שופר באלול.
האגדות בחיבור.
להלן דוגמאות אחדות ממסורותיו של החיבור שמתוכן ניתן לעמוד על דרכו ועל סגנונו המיוחד.
המקרא אינו מספר את קורותיה של דינה בת יעקב לאחר שנאנסה. החיבור משלים את החסר, ובתוך כך הוא גם מבהיר שיוסף לא נשא אישה מבנות מצרים אלא אישה ממשפחתו – אסנת בת דינה. וכך הוא אומר בראש פרק ל"ח:
כך דרכו של החיבור במקומות נוספים לזהות קשר משפחתי בין דמויות שהוזכרו במקרא בהקשרים נפרדים. למשל לפי החיבור, בעלת האוב שהלך אליה שאול הייתה אמו של אבנר בן נר; האישה הצרפית מסיפורי אליהו הייתה אמו של יונה הנביא; האישה השונמית מסיפורי אלישע הייתה אחותה של אבישג השונמית ששירתה את דוד; האיש שנגעו עצמותיו בקבר אלישע וחיה הוא שלוּם בן תקווה בעלה של חולדה הנביאה, והוא גם אביו של חנמאל בן שלוּם בן דודו של ירמיהו הנביא.
אגדה אופיינית נוספת בחיבור מספרת על ביקוריו של אברהם אצל בנו ישמעאל לאחר שנאלץ לגרש אותו במצוות שרה:
גם במקומות נוספים מזהה החיבור שמות לדמויות אנונימיות במקרא. לאמו של אברהם הוא קורא עתריי (בניגוד למה שמוזכר בתלמוד ששמה היה אמתלאי), לאשתו של לוט - עירית, לביתו של לוט - פליטת, ולחכמים שהורו לכותים את "משפט אלוהי הארץ" - רבי דוסתאי ורבי ינאי.
מספר אגדות שמקורן בפרקי דרבי אליעזר התפרסמו במיוחד, על ידי כך שרש"י הביא אותן בפירושו למקרא:
הרמב"ם הקדיש פרק שלם במורה נבוכים (חלק ב', פרק כ"ו) לדון באגדה אחת מפרקי דרבי אליעזר שלדבריו היא המאמר התמוה ביותר שראה בכל הספרות היהודית: "שמים מאי זה מקום נבראו? מאור לבושו שהוא לבוש... הארץ מאי זה מקום נבראת? משלג שתחת כיסא כבודו" (פרק ג'). הרמב"ם התקשה מבחינה פילוסופית להבין מה היה הצורך של המחבר להניח שהעולם נברא מחומר קדום יותר. גם הרמב"ן בפירושו על התורה נדרש להסביר את המדרש הזה.
סגנון ולשון.
סגנונו של החיבור הוא ייחודי. המחבר רגיל להתנסח בסגנון המקרא ובסגנון הפיוט הקלאסי שקדם לו אך במעט. להלן כמה דוגמאות:
בפרק מ"א מתאר החיבור את מעמד הר סיני בסגנון נשגב זה:
להלן דוגמאות לשימושי לשון ייחודיים שאין כמותם ביתר הספרות המדרשית: המונח "ולא עוד אלא" משמש לעיתים קרובות בחיבור בהוראת "דבר אחר" ובהוראת "ויש אומרים", ולא בהוראה הרגילה שלו של תוספת וחידוש על מה שנזכר לפניו. בספרות המדרשית משתמשים במילה "נימים" למיתרי הכינור, ואילו מחבר פדר"א מכנה אותם "נבלים"; כך בפרק י"ט הוא מציין שהכינור שניגן בו דוד היה בעל עשרה "נבלים", והכוונה היא למיתרים.
תפוצת החיבור.
פרקי דרבי אליעזר הוא ממדרשי האגדה הנפוצים ביותר. הוא מצוטט רבות בכתביהם של גאונים וראשונים מכל תפוצות ישראל, זכה לכתבי יד ודפוסים רבים ביותר (ראו להלן) וכמה מנהגים הנפוצים היום מקורם בחיבור זה (ראו לעיל). כבר רבנו תם עמד על חשיבותו של החיבור בענייני מנהג, וראה אותו כאחד מן המקורות הקדומים בני הסמכא ש"הרבה מנהגים בידנו על פיהם".
כתבי יד.
פדר"א בולט בין מדרשי האגדה במספר הרב של כתבי היד שזכה בהם. במכון לתצלומי כתבי יד עבריים בירושלים מקוטלגים למעלה ממאה כתבי יד של החיבור. מהם שלמים ומהם למחצה, לשליש ולרביע. כמו כן שרדו מעט קטעי גניזה. כתבי היד המרובים נבדקו לראשונה בידי לואיס בארת (Lewis M. Barth), והשינויים הרבים בין כתב יד אחד למשנהו גרמו לו לתהות שמא יש לפנינו חיבורים דומים אך לא זהים שנקבצו תחת שם זהה. על פי מחקר פילולוגי של טרייטל, כתבי היד העיקריים של החיבור – שמספרם מסתכם בלמעלה משני תריסרים – מתפלגים עקרונית לשלושה ענפי נוסח, בנוסף לכתבי יד נוספים שזיקתם לענפי הנוסח השונים אינה מובהקת. לחלק ניכר מכתבי היד אין ערך טקסטואלי משום שהועתקו מן הדפוסים השונים ומכתבי יד אחרים.
שני כתבי יד של החיבור סרוקים באתר האינטרנט של לואיס בארת.
מהדורות דפוס.
מאז המצאת הדפוס נדפס החיבור יותר מחמישים פעמים. הוא נדפס לראשונה בקושטא בשנת ה'רע"ד, ולאחריו בוונציה בשנת ה'ש"ד עם תיקונים של חלק מהשיבושים שנפלו בדפוס הראשון. כל הדפוסים האחרים מקורם בדפוס ונציה. הדפוסים הנפוצים בימינו סובלים מצנזורה קשה (גם במהדורה החדשה שיצאה לאור על ידי הוצאת זיכרון אהרן בשנת תשס"ה-תשס"ו נותרו שיבושים שמקורם בצנזורה).
מהדורות מחקריות.
מיכאל היגר פרסם מהדורה בכתב העת "חורב" והיא כוללת חילופי נוסח מכתבי יד אחדים, אך כולם קרובים יחסית לכתב היד שבגוף המהדורה. בכתב היד שעומד ביסוד מהדורה זו נפל שיבוש משמעותי בפרקים ל"ה-ל"ו שנבע מסדר שגוי של דפי כתב היד שממנו הועתק. בפרויקט השו"ת לצד פרקי דרבי אליעזר בנוסח הרווח, מופיע פדר"א של מהדורת היגר. קיימת גם מהדורה אלקטרונית במפעל המילון ההיסטורי של האקדמיה ללשון העברית, המבוססת על כתב יד תימני, כשהשיבושים הגלויים שנפלו בכתב היד מתוקנים בדרך כלל על פי כתבי יד תימניים אחרים.