ב-10 במרץ הודיעו השלטונות לראשי הקהילה כי הם משוחררים ממעצרם ומורשים לחזור לביטולה. בהגיעם ברכבת מסופיה לסקופיה, נעצרו שוב בידי שוטרים בולגריים והובלו למחנה המעצר "מונופול". קיריל סטוימנוב (בבולגרית: Кирил Стоименов) שהגיע מסופיה, מונה מטעם הקומיסריון לענייני יהודים למפקד האקציה בביטולה. ב-11 במרץ ביצעו הבולגרים אקציה במקדוניה ועצרו יהודים מסקופיה, ביטולה, שטיפ וערי הסביבה. מקצת מבני הקהילה נמלטו לפני הגירוש לערים ביוון ובאלבניה, חלקם נעצרו בהמשך וגורשו למחנות ההשמדה וחלקם הצטרפו לכוחות הפרטיזנים של טיטו. באקציה שנערכה בביטולה נעצרו 3,351 נפשות, ומהם 1,288 ילדים וקטינים. הם נכלאו במחנה הריכוז מונופול, אשר שכן בתוך מפעל הטבק "מונופול" אשר בסקופיה למשך מספר שבועות בדוחק, בצפיפות ובתת תזונה, תוך התעללות בלתי פוסקת מצד החיילים הבולגרים. מקצת מבני הקהילה הצליחו להימלט. בסך הכל שהו במחנה 7,215 מיהודי מקדוניה. רופאים ובני משפחותיהם ונתינים זרים שוחררו. מעריכים ש-75 מבני הקהילה שוחררו ממחנה מונופול בעיקר על רקע החזקת אזרחות זרה. הנותרים גורשו ב-3 טרנספורטים אשר יצאו מסקופיה ב-22, 25 ומרביתם בטרנספורט האחרון שיצא ב-29 במרץ 1943 אל הכפר מלקיניה גורנה שבפולין הכבושה. הגירוש בוצע באמצעות רכבות משא, כאשר לכל קרון הועלו 60–80 נפשות. מתחנת הרכבת במלקיניה גורנה הועברו ישירות למחנה ההשמדה טרבלינקה הסמוך. 3,013 מיהודי ביטולה נרצחו בטרבלינקה. איש מהמגורשים מקרב קהילת ביטולה לא ניצל.
בוריס וואסקה אלטיפארמאק פעלו להצלת יהודים ועל פעילותם קיבלו הכרה כחסידי אומות העולם.
לאחר השואה והנצחת הקהילה.
ב-9 בספטמבר 1944 התחוללה בבולגריה הפיכה שהובלה על ידי חזית המולדת הבולגרית. המשטר המלוכני הודח ועלתה לשלטון ממשלה פרו-קומוניסטית. אלכסנדר בלב ראש הקומיסריון לענייני יהודים נורה למוות על ידי פרטיזן יהודי. בולגריה הצטרפה לבעלות הברית. ביוזמתו של סגן ראש ממשלת בולגריה טרייצ'ו קוסטוב, הקימה חזית המולדת בית דין מיוחד לשפיטת חברי מנגנון השלטון הקודם ומשתפי הפעולה עם הנאצים. עם זאת, עסק בית הדין בעיקר באלו שרדפו קומוניסטים. רבים מחברי הקומיסריון לענייני יהודים לא הועמדו לדין, זוכו או קיבלו עונשים סמליים. לאחר שמיעת העדויות המקדימות בעניינו של קיריל סטוימנוב מפקד האקציה בביטולה החליט בית הדין המיוחד שאין להעמידו לדין ואין להענישו.
ב-1 בפברואר 1945 הוצאו להורג 180 אנשי צבא ופוליטיקאים, שהורשעו בפשעים נגד העם הבולגרי ובכללם ראשי הממשלה לשעבר בוגדאן פילוב, דוברי בוז'ילוב, איוון בגריאנוב, שר הפנים לשעבר פטר גברובסקי והנסיך קיריל, אחיו של בוריס השלישי ועוצר המלוכה.
ב-1947 התגוררו בביטולה 57 יהודים, רובם עלו לישראל לאחר הקמתה, ומקצתם היגרו לסקופיה. ב-1952 התגוררו בביטולה 2 יהודים בני משפחת אברבנאל. ברטה וד"ר חיים אברבנאל אשר ב-1945 מונה למנהל בית החולים הממשלתי שבעיר. אברבנאל פעל למען שימור בית העלמין והנצחת הקהילה שחרבה בשואה. משפחתו התגוררה בסקופיה. ב-1958 חנך את האנדרטה לזכר יהודי ביטולה שנרצחו בשואה. ב-1963 התחולל רעש אדמה חזק בסקופיה ובו נספו בנו, בתו וחתנו של אברבנאל. נכדתו ששהתה בחופשה בביטולה ניצלה. לאחר רעש האדמה עזבה משפחת אברבנאל את ביטולה, עלתה לישראל והתגוררה בבת-ים. לאחר עלייתם ארצה לא התגוררו עוד יהודים בביטולה.
ב-1996 לאחר שנפרדה בולגריה מהמשטר הקומוניסטי ביטל בית המשפט העליון הבולגרי בהחלטה השנויה במחלוקת נוקבת, את הרשעותיו של בית הדין המיוחד מ-1945 בטענת אי סדרים בהליך המשפטי, וכך, לצד נרדפי הקומוניסטים, זוכו גם פושעי מלחמה כגון בוגדאן פילוב ופטר גברובסקי.
באותה השנה חוקקה ממשלת מקדוניה חוק שעסק ברכוש שהולאם בתקופת מלחמת העולם השנייה וחלק מסעיפיו התייחסו לרכוש יהודי. ב-2002 הקימה ממשלת מקדוניה קרן פיצויים ליהודי מקדוניה וכן קרן להנצחת יהודי מקדוניה, שאחת ממטרותיה היא שיקום ושימור בית העלמין היהודי בעיר.
בשנה זו גם חנכה הקרן הקיימת את יער בולגריה הממוקם סמוך ליער חרובית, ובו הוצבה אנדרטה לכבודו של בוריס השלישי, מלך בולגריה ורעייתו ג'ובאנה על פועלם להצלת יהודי בולגריה. הנושא עורר מחלוקת קשה בין משפחות הנספים בשואה מקרב יהודי תראקיה ומקדוניה לבין חלק מיוצאי "בולגריה הישנה". ב-1999 הוקם ועד ציבורי עימו נמנו נסים יושע ואורציון ישי שפעל להסרת האנדרטה. ב-2000 הוקמה ועדה בראשות השופט משה בייסקי ובה היו חברים אריה לובה אליאב ופרופסור דליה עופר אשר המליצה להסיר את האנדרטה. האנדרטה הוסרה ובמקומה הוקם גלעד לזכר 11,343 יהודי תראקיה ומקדוניה שהובלו למחנות ההשמדה ולכבוד העם הבולגרי. משפחות בני הקהילה נטעו ביער הקדושים 3,013 עצים לזכר הנרצחים בטרבלינקה.
ב-28 במרץ 2008 ביקר בישראל נשיא בולגריה גאורגי פרבאנוב ובטקס במשכן הנשיא הצהיר:
בינואר 2018 נקרא בית החולים הממשלתי בביטולה על שמו של ד"ר חיים אברבנאל. בית החולים נבנה ב-1948 בשטח בו שכנה השכונה היהודית בעיר. בטקס ממלכתי שנערך בנוכחות ראשת עיריית ביטולה, סגן שר הבריאות המקדוני, שגריר ישראל במקדוניה דן אוריין ונכדתו של ד"ר אברבנאל, צוינה התרומה של הקהילה היהודית לעיר לאורך השנים, חשיבות הנצחתה ושימור זיכרון גורלה הטרגי.
בחודש מרץ 2018 נערכו בביטולה מספר אירועים לציון יום השנה ה-75 לגירוש הקהילה לטרבלינקה. ב-9 במרץ התקיימה בעיר ארוחת שבת חגיגית לראשונה מזה 75 שנים, כולל תפילות שירים וריקודים בהשתתפות 200 בני נוער מישראל יהודים וערבים ולהקת "צעירי דרום השרון" בהדרכתו של טל סונדק. למחרת התקיים האקאתון מורשת יהודית שנקרא "ביטלון" ובו השתתפו למעלה מ-100 צעירים מקדוניים חלקם אנשי היי טק, וצוותי שופטים ממקדוניה ומישראל. הקבוצה הזוכה תכננה מוזיאון וירטואלי מקוון. ב-11 במרץ התקיים בביטולה מצעד החיים בהשתתפות 6,000 משתתפים מהארץ ומהעולם ועימם נמנו סגן שר הביטחון אלי בן דהן, חבר הכנסת זוהיר בהלול, ראשת עיריית ביטולה ותושבים מקומיים רבים. המצעד הסתיים בתחנת הרכבת ממנה שולחו יהודי ביטולה למחנה המעצר "מונופול" בסקופיה. משלחת מישראל ובה בני משפחות יוצאי מונסטיר ועימן בני נוער רבים ותושבי ביטולה, קיימה טקס בבית העלמין היהודי העובר שיקום. למחרת נערך מצעד דומה בסקופיה ואליו הצטרפו ראש ממשלת מקדוניה זוראן זאאב, ראש ממשלת בולגריה בויקו בוריסוב ושר החוץ הפולני.
דמוגרפיה.
ב-1544 לאחר התבססות מגורשי ספרד ופורטוגל בעיר מתועדת קהילה של 300 נפשות.
ב-1591 הגיע למונסטיר לורנצו ברנרדו שגריר הרפובליקה של ונציה לאימפריה העות'מאנית ונמסר לו שבעיר גרות 200 משפחות יהודיות.
לפני השרפה הגדולה של 1863 תועדו בעיר 3,000 יהודים, וב-1895 נמנו 6,500. בראשית המאה ה-20 הגיעה הקהילה לשיא גודלה. להערכת ז'מילה קולונומוס מנתה לפחות 10,000 נפשות ולפי הערכות נוספות כ-11,000 נפשות. חוסר היציבות האזורי שהחל במרד אילינדן, נמשך במלחמת הבלקן הראשונה והשנייה ועד לחורבן העיר במלחמת העולם הראשונה, הוביל להגירה המונית מהעיר ולקיטון משמעותי במספר בני הקהילה. ב-1919 התגוררו בביטולה 3,500 יהודים וב-1921 2,640. בפרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בעיר 3,246 יהודים. בראשית אפריל 1941, לאחר הכיבוש הגרמני התגוררו בביטולה 3,351 יהודים. כאמור, הקהילה חרבה בשואה. ב-1945 התגוררו בביטולה 57 יהודים. חלקם היגרו לסקופיה וחלקם עלו לישראל לאחר הקמתה. ב-1952 התגוררו בעיר 2 יהודים, ד"ר חיים אברבנאל מנהל בית החולים הממשלתי ורעייתו.
הגירת יהודי ביטולה.
ראשית ההגירה של בני הקהילה הייתה לארץ ישראל והיא החלה בשלהי המאה ה-18 וראשית ה-19. התהליך גבר לאחר השריפות הקשות שפקדו את העיר ב-1835, 1863 ו-1897. במפקד מונטיפיורי שנערך ב-1839 תועדו 13 משפחות שהיגרו ממונסטיר והתגוררו בירושלים. בהמשך הגיעו משפחות נוספות, חלקן בסיוע כספי של אנשי הברון הירש.
תהליך קריסת האימפריה העות'מאנית הוביל למלחמות אזוריות, פגיעה בביטחון האישי והכלכלי ופגיעה בתשתיות ובתושבי ביטולה. ב-1908 התחוללה מהפכת הטורקים הצעירים אשר תפסו את השלטון באימפריה והנהיגו גיוס חובה בקרב נתיני האימפריה ובכלל זאת בקרב הקהילות היהודיות, והעניין הוביל להגירת יהודים אל מחוץ לשטחי האימפריה. תוצאותיהן ההרסניות של מלחמות הבלקן ומלחמת העולם הראשונה האיצו את המגמה. החל משלהי העשור הראשון של המאה ה-20 החלה תנועת הגירה משמעותית של בני הקהילה. רובם היגרו לארץ ישראל, ארצות הברית, יוון וצ'ילה ומקצתם לאלבניה ולצרפת. מתקופת מרד אילינדן ועד לאחר מלחמת הבלקן השנייה, היגרו למעלה מ-3,000 יהודים ממונסטיר.
ב-1925 נמנו בירושלים 529 תושבים ב-171 בתי אב שעלו ממונסטיר והתיישבו בעיר. 315 התגוררו בעיר העתיקה ורובם בשכונות חצר, 62 בשכונת שמאעה, 37 בימין משה, 18 במשכנות ישראל ו-13 בג'ורת אל-ענב ובאהל משה. בני הקהילה הקימו בעיר שני בתי כנסת: יגל יעקב ב-1888 שמיקומו הועתק בהמשך מהעיר העתיקה לשכונת מקור ברוך, ובית הכנסת "אהבת חסד" ב-1893.
בראשית המאה ה-20 החלה הגירת יהודים לעיר טמוקו שבצ'ילה. ב-1916 הוקם מרכז קהילתי ומועדון נוער. ב-1919 הצטרפה הקהילה לקונגרס הקהילות היהודיות בצ'ילה. ב-1929 נמנו בעיר 203 יהודים יוצאי ביטולה ובעיר הוקם בית כנסת לקהילה. הרב שבתאי ג'אין מונה לנשיא כבוד של הקהילה. ב-1930 הגיע לעיר גל מהגרים נוסף מביטולה, והקהילה שהייתה במצב כלכלי קשה התקשתה לקלוט אותם. במועד זה מנתה הקהילה 300 משפחות.