בתחילת מלחמת האזרחים בסרי לנקה עדיין היו היחסים בין ישראל וסרי לנקה בהשעיה. בשנת 1982 פתחו בני המיעוט הטמילים בהתקוממות אזרחית כנגד הממשלה ובני הרוב הסינהאלזי. באותה השנה קמה לה תנועת מחתרת בדלנית בשם "טיגריסי השחרור של טאמיל אילם" שתבעה להקים מדינה טמילית עצמאית בצפון-מזרח האי. לוב והארגון לשחרור פלסטין הגישו סיוע כלכלי וצבאי למורדים. ב-29 באפריל 1983 פורסמו ידיעות האומרות כי הארגון לשחרור פלסטין מספק כלי נשק ואימונים למחתרת הטמילית בדלנית וב-23 בספטמבר 1984 ידיעות אלו אומתו על ידי מנהיג המורדים בעצמו.
במהלך מלחמת לבנון הראשונה שבה צבא הגנה לישראל טרוריסטים טמילים שהשתייכו לטיגריסי השחרור של טאמיל אילם שהתאמנו במחנות החזית העממית לשחרור פלסטין. כיוון שהיה נדמה כי ממשלת הודו בראשות אינדירה גנדי סיפקה גם כן סיוע לטיגריסי השחרור של טאמיל אילם, חיפשה ממשלת סרי לנקה נשק וסיוע מארצות שונות ולכן החלה לפתוח במגעים עם ישראל. מגעים אלו התקיימו בוושינגטון הבירה. ידיעות רבות על סיוע מישראל ביועצים צבאיים ובנשק שניתן לסרי לנקה פורסמו בעיתונים אחדים בארצות הברית, בממלכה המאוחדת, בהודו, בפקיסטן, בהונג קונג, בארצות ערב ואף בישראל.
חידוש היחסים (1983).
בשנת 1983 נבחר ג'וניוס ג'אייווארדנה לנשיא סרי לנקה. ג'אייווארדנה היה ידיד ותיק של ישראל, בעל אישיות דומיננטית שהתערב במהלכים מדיניים של הממשלה בניגוד לקודמיו בתפקיד שנהגו שלא להתערב בהחלטותיהם של ראשי הממשלה השונים שכיהנו בימי כהונתם. באותה התקופה החל משא ומתן עם ישראל בחשאי. לישראל הוצע לחדש את היחסים באופן חלקי תוך הקמת "מדור אינטרסים" שיפעל בחסות אחת מהשגרירויות של אחת ממדינות העולם המערבי בקולומבו. בסרי לנקה הסכימו לכך, בתנאי ש"מדור האינטרסים" יפעל בחסות שגרירות ארצות הברית בעיר. בראשית שנת 1984 מחלקת המדינה של ארצות הברית הודיעה כי היא מסכימה לתוואי, אם כי הוחלט שה"מדור" לא ישוכן במשכן השגרירות עצמה אלא במשרד נפרד משלו.
ב-1 ביוני 1984 נחתם הסכם בנדון. לראש המדור נתמנה דוד מתני. בתחילת דרכו של ה"מדור" דאג הנשיא ג'אייווארדנה להסתיר את הידיעה על חידוש היחסים הדיפלומטיים עם ישראל מפני שר החוץ שאהול חאמיד המוסלמי, אך לא לאורך זמן. חאמיד לא גילה התנגדות לכך ובצעד מפתיע סייע לנשיא להתגבר על המחלוקת שצעד זה הביא אתו. משרד החוץ של סרי לנקה פרסם הודעה ובה נכתב שהאמריקאים סייעו לסרי לנקה להשיג סיוע מישראל בלחימה נגד הטרור הטמילי. סרי לנקה פנתה בנוסף לישראל למדינות אחרות בבקשת סיוע, אך רק ישראל נענתה לכך.
תגובות מחאה.
הקמת "מדור האינטרסים" הובילה לגל של תגובות מחאה. נציגי ארצות ערב בקולומבו תקפו וגינו את הממשלה על צעד זה, המוני מוסלמים הפגינו באלימות במסגד בקולומבו וכמוהם גם בני העדה הטמילית. מפלגות שמאל בסרי לנקה ערכו הפגנות משלהן והיו פצועים והרוגים בכל ההפגנות הללו. בחודש אוגוסט נערך דיון בפרלמנט בסוגיית חידוש היחסים עם ישראל והנשיא ג'אייווארדנה הגן על צעדיו באומרו כי האינטרס הלאומי הוא מעל לכל. גם ראש הממשלה ראנסינגה פרמאדאסה הגן על החלטתו של הנשיא והממשלה להזמין את ישראל לסייע ולעזור במלחמה נגד הטרור הטמילי. ראש הממשלה הסביר שהממשלה הזמינה יועצים ישראלים כדי שיסייעו בהדרכת הכוחות המזוינים של סרי לנקה כיוון שלישראל הידע הטוב ביותר בענייני לחימה בטרור. שר החוץ חאמיד, על אף נטיותיו הפרו-ערביות, הפתיע את האופוזיציה כאשר אמר שהוא הסביר למנהיגים ערבים את ההחלטה לפתוח את מדור האינטרסים בסרי לנקה. הוא אמר שפתיחת המדור אינה מעידה על כינון יחסים דיפלומטיים מחדש והבטיח שלכל זה לא תהיה השפעה על סרי לנקה בעניין הערבי.
חידוש היחסים עם ישראל פגע ביחסי סרי לנקה-ארצות ערב; עיראק החזירה את שגרירה בסרי לנקה לארצו, ואילו כווית וערב הסעודית השעו הלוואות לסרי לנקה למימון מיזם השקיה עצום. נוסף על כך, הסעודים סירבו לקבל את שגרירה החדש של סרי לנקה שהגיע לריאד ב-1984. גם איראן, שהייתה ספקית נפט גדולה לסרי לנקה, החזירה את שגרירה המיועד לארצו. מצרים, שהייתה אז כבר חתומה על הסכם השלום בין ישראל למצרים צמצמה את רכישות התה. מאותה השנה פחת באופן משמעותי מספר הסרי-לנקים שקיבלו אשרות עבודה בנסיכויות המפרץ (איחוד האמירויות הערביות, קטר ובחריין). בעקבות זאת פחתו ההכנסות ממטבע חוץ ששלחו ה-300 אלף הפועלים מסרי לנקה שעבדו באותן הנסיכויות. מטבע החוץ היה המקור השני בגודלו שתרם להעצמת כלכלת סרי לנקה לאחר יצוא התה. בין כה וכה, בחודש ספטמבר 1984 הסתיים תפקידם של המדריכים הישראלים שעבדו בסרי לנקה. ב-28 ביוני 1984 ביצעו מורדים טמילים פיצוץ בבית מלון בקולומבו שבו השתכן הנציג הישראלי דוד מתני, אך הוא לא שהה בעיר בזמן הפיצוץ.
תקרית ליאנאגה.
נוסף על כל הקשיים שהגיעו עם חידוש היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות, אירעה תקרית שהביכה את ממשלת סרי לנקה. בחודש אוגוסט 1984, ביקר המנהל הכללי של משרד הפנים של סרי לנקה, דאגלס ליאנאגה, בישראל. היה זה ביקור ראשון של פקיד סרי לנקי כה בכיר בישראל מאז ניתוק היחסים ב-1970. ליאנאגה נועד עם מנכ"ל משרד החוץ דוד קמחי וביקר במקומות שונים ומרכזיים בישראל. בנוסף דיבר עם עיתונאים על יחסי ישראל-סרי לנקה ועל הסיוע הישראלי ללוחמה בטרור הטמילי, וקרא להדק עוד יותר את היחסים עם ישראל.
המחלוקת שעורר ביקורו בפרלמנט הסרי לנקי וליבוי המחאות הערביות על חידוש היחסים העיבו על ממשלת סרי לנקה, ואירועים אלו גרמו לה להתנער מדבריו ולטעון כי ביקורו בישראל היה "אישי" וללא ידיעתה. בשובו של ליאנאגה לקולומבו הוא נועד לשיחת הבהרה עם הנשיא ג'אייווארדנה. לאחר השיחה הגיש ליאנאגה מכתב התפטרות שבו כתב שאינו רוצה להביך עוד את הממשלה. עניין זה נוצל שוב על ידי ממשלת סרי לנקה, שהדגישה פעם נוספת שהיחסים הדיפלומטיים עם ישראל נשארו מושעים וש"מדור האינטרסים" נפתח למטרה אחת מובהקת - לאפשר קבלת הערכת מודיעין מישראל ללוחמה במיעוט הטמילי הבדלני, הסבר שכבר נדחה בעבר על ידי ארצות ערב.
הידוק היחסים.
בהדרגה, החל "מדור האינטרסים" לפעול כנציגות דיפלומטית לכל דבר ועניין, ללא קשר לעובדה שהיה כפוף לשגרירות ארצות הברית בקולומבו. למרות תגובות המחאה ותקרית ליאנאגה, פעילות המדור הלכה והתרחבה - נשכרו עבורו משרדים, נערכו פגישות עם שרי הממשלה ועם פקידים, כאשר אפילו עם הנשיא ג'אייווארדנה התקיימו פגישות אחדות. לסרי לנקה הגיעו מומחים ישראלים בנושאים שונים ועשרות רבות של משתלמים סרי לנקים הגיעו לישראל, נושאי דרכונים ישראליים קיבלו אשרות שהייה ללא קושי, התקיימו קשרי מסחר הדדיים ונקשר קשר טלפוני ישיר בין שתי המדינות. התחום העיקרי שעניין את נשיא סרי לנקה מבחינת היחסים עם ישראל, היה הסיוע הצבאי. ג'אייווארדנה ביקש לשאול מישראל חלקים מאמצעי הלחימה של צה"ל. בראשית שנת 1984 רכשה סרי לנקה ספינות מסוג "דבור" וב-1985 הזמינה ספינה מסוג "דבורה". בעיתונים הופיעו ידיעות על כך שסרי לנקה רכשה בישראל כלי טיס בלתי מאוישים, סוגים שונים של נשק קל וציוד אלקטרוני. בשנת 1987 נרכשו ספינות "דבור" נוספות. ממשלת הודו התנגדה לכל הקשרים הצבאיים הללו.
ביקורים מטעם המדינות.
התקיימו פגישות אחדות בין אישים מישראל וסרי לנקה. בחודש מאי 1985 ביקר בישראל השר לתעשיות כפריות של סרי לנקה. שר החוץ שאהול חאמיד ושר החוץ יצחק שמיר נועדו בחודש ספטמבר בניו יורק. חודש לאחר מכן, באוקטובר, נפגש ראש ממשלת ישראל שמעון פרס עם נשיא סרי לנקה ג'וניוס ג'אייווארדנה בפריז שבצרפת. משלחת מסחר ישראלית בת שלושה חברים ביקרה בקולומבו בחודש מאי 1986 וקיימה פגישות רבות עם פקידי ממשל ועם אנשי עסקים. הביקור המפתיע מכל, לאור הגישה ההססנית הידועה של סרי לנקה היה ביקורו של נשיא מדינת ישראל חיים הרצוג באי שנערך בחודש נובמבר 1986 במסגרת ביקורו בארצות נוספות בתת-היבשת ההודית ובדרום-מזרח אסיה. הביקור נערך למרות מחאותיהן של מדיניות ערביות ומוסלמיות כדוגמת אינדונזיה ופקיסטן וגם מצד הודו. הנשיא הרצוג התקבל בכל גינוני הטקס הרשמיים ובעת הביקור סופר לו שפצועים מסרי לנקה נשלחו לשיקום בבתי חולים בישראל.
ניתוק היחסים (1990).
הנשיא ג'וניוס ג'אייווארדנה אהד ותמך בישראל וסבר בכך שקשרים עמה יועילו לו גם בארצות הברית. הוא רצה להביא את היחסים בין ישראל וסרי לנקה לידי נורמליזציה מלאה, אך היסס לעשות כן מהסיבות הידועות - חשש מפני תגובותיהן של המדינות הערביות והמוסלמיות ושל הודו, השכנה הגדולה, מפני תגובותיהן של מפלגות האופוזיציה השמאליות ובייחוד מהתגובות של הקהילה המוסלמית המקומית רבת ההשפעה. ואמנם, בלחץ המוסלמים ומדינות ערב היחסים והקשרים של ישראל וסרי לנקה נותקו שנית ב-20 באפריל 1990 ומדור האינטרסים נסגר. ניתוק זה קרה בימי כהונתו של הנשיא רנאסינגה פרמאדאסה שנבחר לתפקיד בחודש דצמבר 1988 ונרצח על ידי מחבל מתאבד טמילי ב-1993.
שיתוף פעולה.