מה־16 בנובמבר 1830, היום בו מונה יעקב בכרי ל׳ראש האומה היהודית׳, החל תהליך כרסום הדרגתי במעמדה של הנהגת הקהילה ובמערכת המשפט העברי, שעל־פיו התנהלה האוטונומיה הקהילתית. במרץ 1831 צומצם חופש הפעולה של הדיינים. אלה לא הורשו למלא תפקידם. אלא אם כן הוסמכו לכך על ידי המפקד העליון של הצבא הצרפתי, שהיה רשאי לבטל את פסקיהם. ב־10 באוגוסט 1834, לאחר שהוגבלה האוטונומיה השיפוטית של הרבנים לענייני אישות בלבד, שונה הארגון של מערכת השיפוט מן היסוד: המפקד העליון הוסמך להקים, במידת הצורך, בתי דין רבניים בהרכב של דיין אחד או שלושה. הללו הורשו לעסוק אך ורק בענייני נישואין וגיטין וכן באותן עבירות על מצוות הדת שלא טופלו בחוק הצרפתי. בפברואר 1841 הוצא צו חדש, שביטל למעשה את מערכת בתי־הדין הרבניים. על היהודים חל במלואו החוק האזרחי הצרפתי. בנושאים הנוגעים לענייני אישות ודת, התבקשו הרבנים לצרף את חוות־דעתם בכתב, אך הערכאות הצרפתיות היו רשאיות להחליט אם להתייחס לתוכנן אם לאו. מה שמצטייר בעינינו כפגיעה באושיות החברה היהודית, נחשב אז על ידי הצרפתים כיוזמה שבאה לקדם את הקהילה לקראת ״שיקומה״ ושילובה בתוך החברה הצרפתית: שכן הם נמנעו מכל צעד דומה כלפי הערבים, ששמרו על מוסדותיהם ועל חוקיהם הדתיים.
כבר בתחילת הקולוניאליזם הצרפתי על אדמת אלג'יריה, צרפת הנהיגה רפורמות בקהילה היהודית. השינויים שערך הממסד הצרפתי פגעו במוסדות המסורתיים כמו ראשי הקהילה ובתי הדין הרבניים. במקום זאת, היהודים הוכפפו לחוק ולשלטון הצרפתי. בשנת 1858 החל קמפיין לאזרוח יהודי אלג'יריה בנימוק שהיהודים מהווים גורם נאמן לצרפת. כשביקר נפוליאון השלישי באלג'יריה בשנת 1860, הוא קיבל עצומה של 10 אלף יהודים המבקשים אזרחות צרפתית. ואכן בשנת 1870 המדינאי היהודי-הצרפתי אדולף כרמיה פרסם את פקודת כרמיה שאזרחה את יהודי אלג'יריה. מבחינה חברתית השוואת מעמדם של היהודים למעמד הצרפתים סייע בהתפתחות הקהילה. המעמד החדש החליף את מעמד הד'ימיף כלומר בני חסות החייבים במס גולגולת, מגבלות בלבוש ובנשיאת נשק. עם זאת, הללו סבלו מאנטישמיות הן מצד הצרפתים והן מצד המוסלמים. יהודי אלג'יריה נותרו בין הפטיש לסדן. מחד הם כבר אינם דומים לתושבים הערבים, מאידך בעיני אירופאים רבים הם לא נחשבו צרפתים באמת.
חינוך.
לפני כיבוש אלג'יר על ידי צרפת בשנת 1830, התשלום למורים מוסלמים בוצע באמצעות העברת קרקעות אשר נקראו חוּבוּס. הצרפתים השמידו את מוסדות החינוך הקדם-קולוניאליי לאחר שתפסו את האדמות הללו. עצירת המימון הובילה להפסקת התעסוקה של המורים ואת החינוך המסורתי. כדי לתת מענה לבעיה זו החלה הרפובליקה השנייה, בהנהגת נפוליון השלישי, לפתח מערכת חינוך בחסות צרפתית, אשר שאפה לשנות את התרבות והמסורת של האוכלוסייה המוסלמית באלג'יריה. ב-1850 הצרפתים החלו בפתיחת בית ספר פרנקו-ערביים אשר הציעו חינוך דו-לשוני בו שולבו הן הערבית הספרותית והן השפה הצרפתית. לפני הקולוניאליזם, השפות המדוברות באלג'יריה היו בעיקר ערבית וברברית. בשל העבר הקולוניאלי הצרפתי של אלג'יריה, הצרפתית הייתה השפה הזרה הראשונה שנלמדה בבתי ספר באלג'יר. החל מ-1857 השכלה ברמה גבוהה יותר הוצעה לבני הנכבדים והמנהיגים האזוריים במכללות הערביות-צרפתיות באלג'יר ובהמשך גם בקונסטנטין ואוראן. עם זאת, במהלך הרפובליקה השלישית, הממשלה הפריזאית ניסתה להטמיע את האלג'יראים בתרבות הצרפתית. מדיניות זו לא עלתה יפה בקרב תושבי אלג'יריה הצרפתים, ואלה עצרו את המימון לבתי ספר החדשים. אם כן, נמשכה מדיניות החינוך הממלכתית-אליטיסטית וחינוך גבוה הוענק רק למספר מצומצם של תלמידים.
לצד החיילים ואנשי הממשל הצרפתים שלחו גם מורים ומיסיונרים, שלימדו לימודי דת, קרוא וכתוב ובשלב מתקדם אף לימודים כלליים כגון היסטוריה וספרות צרפתית. הצרפתים התפארו כי בכל יום לומדים ילדים ברחבי האימפריה הצרפתית את אותו חומר לימודי, בין אם הם בצרפת עצמה, באלג'יריה או במערב אפריקה. לצרפתים הייתה התערבות עמוקה בחינוך באלג'יריה. לפי הגישה הצרפתית, אלג'יריה הייתה חלק מצרפת, ולכן הצרפתים שאפו באמצעות החינוך לתרבות את האלג'יראים ולהטמיע בהם את התרבות הצרפתית. הגישה הצרפתית הייתה שאלג'יריה פעמים רבות המעמד הסוציואקונומי של תושבי אלג'יריה, נקבע בעקבות בהתאם למידה שבה אימצו את ההשכלה והתרבות הצרפתית. עמדות הכוח באלג'יריה וסמכויות ההנהגה המקומית הוענקו אך ורק למנהיגים חדשים שטופחו על ידי הצרפתים. מנהיגים אלו הגיעו למעמדם רק אם רכשו השכלה צרפתית ונטמעו בתרבות הצרפתית. בהתאם לסברה הצרפתית לפי תרבותם נעלית על התרבות הנחשלת של המקומיים, תוכנית הלימודים שהנהיגו שהצרפתים באלג'יריה הייתה דומה מאוד לזאת שהייתה בצרפת. בבתי הספר שהקימה צרפת המורים היו צרפתים ונלמדו השפה הצרפתית וההיסטוריה הצרפתית - בהתאם לתוכניות הלימודים שהיו נהוגות בצרפת. תוכניות אלה יושמו המערכת החינוך האלג'יריאית מתוך מחשבה מוטל על צרפת לפתח ולקדם את בני המקום ברוח התרבות האירופית המערבית.
נפוליאון השלישי מצא לנכון לקדם את החינוך באלג'יריה. בתקופת שלטונו רוב בתי הספר באלג'יריה התבססו על הקוראן ובשנת 1863 נמנו כ-2,000 בתי ספר מסוג זה. בתקופת נפוליאון הוקם בית ספר של אקול נורמל סופרייר באלג'יר (1865), בית ספר מקצועי בקיבליה (1867) ועד 1870 הוקמו כ-36 בתי ספר פרנקו-ערביים. עם זאת, באותה שנה הודח נפוליאון, הקיסרות השנייה נפלה והוקמה הרפובליקה הצרפתית השלישית.
עד מהרה חלה הידרדרות ביחס לחינוך באלג'יריה. אמנם בזכות הצרפתים נוסדה בשנת 1879 האוניברסיטה הראשונה באלג'יריה - אוניברסיטת אלג'יר, אך מתוך 2,014 סטודנטים, רק כ-92 היו מוסלמים. כמו כן, מספר בתי הספר הפרנקו-ערביים ירד בהתמדה עד שבשנת בשנת 1882 היו רק 16 כאלה שהיו זמינים לתושבים המוסלמים. גם החינוך הקוראני נפגע כאשר הוטל עליו פיקוח של שלטונות צרפת. תפנית כמעט אירעה בין השנים 1881–1882 עם חקיקת "חוקי פרי" . לאחר כינון הרפובליקה השלישית, שר החינוך ז'ול פרי החליט להנחיל תוכנית לימודים אחידה בכל צרפת, כולל אלג'יריה. למדיניות זו הייתה שתי מטרות עיקריות: הראשונה, ערעור החינוך המסורתי והשנייה, לחנך מוסלמים אלג'יראים לתרבות הצרפתית. עם זאת, מדיניות האסימילציה נותרה בגדר פנטזיה. הצרפתים שהתיישבו באלג'יריה התנגדו לתוכנית ושלטו ביד רמה בפוליטיקה האלג'יראית. הם התנגדו להנחלת תוכניות הלימודים הצרפתיות בבתי ספר מוסלמים. בזכות שליטתם בממשל המקומי והשפעה שלהם בבית הנבחרים הצרפתי הם חסמו את המימון לבתי ספר מסוג זה.
קשיים אלה הובילו לכך שבשנת 1890 רק 1.9% מהאוכלוסייה המוסלמית בגיל בית ספר, אכן למדו בבתי ספר פרטיים או ציבוריים. כך גם בין השנים 1884–1914 סיכלו המתיישבים הצרפתים ניסיונות נוספים להרחיב את החינוך היסודי לסגנון צרפתי. הם טענו שיש להעביר למוסלמים הכשרות מקצועיות בסיסיות מאוד, אך למעשה בפועל הם התנגדו גם לכך. עם הזמן ההרשמה המוסלמית לבתי הספר היסודיים הצרפתיים הלכה גברה והגיעה ליותר מ-33,000 בשנת 1908. אף על פי כן, הללו היו רק 4.3% מהאוכלוסייה בשכבת גיל זו והחינוך הדו-לשוני בבתי הספר הפרנקו-ערביים נסגר.
ב-30 בדצמבר 1909 הסתיימה רפורמת ההשכלה הגבוהה באלג'יריה הצרפתית והפקולטות הצרפתיות למדע, ספרות, משפטים רפואה ורוקחות אוחדו תחת אוניברסיטת אלג'יר. האוניברסיטה נחשבה לאחת מ-16 האוניברסיטאות הצרפתיות האזוריות. רוב הסטודנטים הגיעו ממשפחות אירופיות שהתגוררו בצפון אפריקה להם האוניברסיטה אפשרה תוכנית לימודים מלאה עד דוקטורט. היו 30 סטודנטים אלג'יראים מוסלמים בשנת 1914, מתוך כ-500 סטודנטים בכל האוניברסיטה ובשנות ה-30 של המאה ה-20 מספרם עלה למאה. בשנים 1945–1946 היו 360 תלמידים מוסלמים באוניברסיטה, וב-1961, זמן קצר לפני עצמאות אלג'יריה, ייצגו הסטודנטים המוסלמים היוו רק כ-18% מכלל התלמידים באוניברסיטה.
המצב לא השתפר במרוצת הדורות ובשנת 1930 רק 776 תלמידים מוסלמים למדו בבית ספר תיכון. צרפת הצהירה חזור והצהר על "השליחות המתרבתת" שנטלה על עצמה, ועל רצונה להנחיל את השפה ואת החינוך הצרפתיים לאוכלוסייה המקומית. אלא שהחינוך הצרפתי היה מצרך נדיר, שהוענק במשורה לתושבים הלא אירופים. ערב פרוץ מלחמת העולם השנייה היו 81% מהגברים ו-95% מהנשים באוכלוסייה המוסלמית באלג'יריה אנאלפביתים. רוב מוסדות החינוך באלג'יריה התאפיינו בצפיפות, העדר כוח אדם מיומן וברמה אקדמית נמוכה. את עיקר המשאבים ריכזו הצרפתים בהרי הקביליה המאוכלסים ברברים, וזאת בהתאם למדיניות ההעדפה של הברברים על פני הערבים.
בשנת 1944 קיבלו 8% בלבד מבני 7–14 באוכלוסייה המוסלמית האלג'ירית חינוך יסודי מסודר. בשנת 1954 עלה שיעורם ל-15%, ובהם 5,308 תלמידי תיכון בלבד. באותה שנה יותר מ-90 אחוזים מאוכלוסייה זו הייתה אנאלפביתית. בעת מלחמת העצמאות האלג'יראית התייחסו הרשויות הצרפתיות לחוסר החינוך החמור של האלג'יראים. תוכניות של אחת-עשרה שעות לימוד, דוגמת תוכנית קונסטנטין , העלו את ההרשמה למערכת החינוך במאות אלפי סטודנטים, אך אלו העלו חרס בעקבות המלחמה. אף על פי כן, עם קום המדינה האלג'יראית, הממשלות העצמאיות עקבו אחר הכיוון הכללי של התוכניות הצרפתיות ופעלו ליישומן.
מלחמת העולם השנייה.