זמן קצר לאחר ההכרזה בדבר ביטול האוטונומיה הדרומית, צבא השחרור של העם הסודאני (SPLA) נוסד בשנת 1983 בתור קבוצת מורדים, אשר מטרתה הראשונית הייתה לחדש את השלטון האוטונומי בדרום סודאן, וזאת באמצעות מאבק חמוש כנגד השלטון המרכזי בסודאן. התנועה, שהונהגה על ידי ג'ון גראנג, אמנם הייתה מבוססת על תומכים ומתנדבים בדרום סודאן, אך בהצהרותיה הפומביות הכריזה כי היא פועלת לטובת כלל אזרחי סודאן המדוכאים על ידי השלטון המרכזי. בימיה הראשונים, התנועה המשיכה לדגול בקיומה של סודאן המאוחדת, תוך ביקורת על פעילותו של השלטון המרכזי, אשר מדיניותו, וביטול האוטונומיה הדרומית, הובילה בהדרגה ל"התפוררות" לאומית.
1985–1991.
ב-6 באפריל 1985, קצינים בכירים בצבא הסודאני, בראשות הגנרל עבד א-רחמן סוואר א-דהב, הובילו הפיכה צבאית במדינה. בין פעולותיה הראשונות של הממשלה החדשה הייתה השעיית החוקה של 1983, ביטול הצו המכריז על סודאן כמדינה אסלאמית, ופירוק מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של סודאן. בעקבות ההפיכה, השלטון במדינה עבר רשמית לידי מועצה צבאית, שכללה 15 חברים, וזאת עד לקיומן של בחירות חופשיות, כפי שהתחייב הצבא. עם זאת, החלת השריעה כחוק המדינה בכל רחבי סודאן לא בוטלה.
במהלך חודש אפריל 1986, ולאחר שהתקיימו הבחירות כמובטח, המועצה הצבאית, ששלטה בפועל בסודאן בעקבות ההפיכה הצבאית, פינתה את מקומה לממשלה אזרחית שנבחרה בבחירות הכלליות. בראש הממשלה החדשה עמד ראש הממשלה צאדק אל-מהדי ממפלגת האומה. הממשלה התבססה על קואליציה בין מפלגת האומה, מפלגת האיחוד הדמוקרטי, מפלגת החזית האסלאמית הלאומית (NIF) של חסן א-תראבי, ומספר מפלגות קטנות בעלות אוריינטציה דרומית. קואליציה זו עברה מספר שינויים במהלך השנים הבאות, אך ראש הממשלה צאדק אל-מהדי, ומפלגת האומה שבראשה עמד, המשיכו למלא תפקיד מרכזי בממשלה.
בין הסלמה למשא ומתן.
במאי 1986, אל-מהדי וממשלת הקואליציה החלו במשא ומתן לשלום עם צבא השחרור של העם הסודאני (SPLA) בראשותו של ג'ון גראנג. באותה השנה צבא השחרור, יחד עם מספר מפלגות סודאניות, קיים פגישה משותפת באתיופיה, אשר הסתיימה בהכרזת ״סכר הקוקה״. הכרזה זו קראה לביטול החוק השרעי בסודאן, ולמעבר למשטר חוקתי ומתן אוטונומיה לדרום. ב-1988, צבא השחרור של העם ומפלגת האיחוד הסוציאליסטי ניסחו במשותף תוכנית שלום שקראה לביטול ההסכמים הצבאיים עם מצרים ולוב, הקפאה של חוקי השריעה, סיום מצב החירום במדינה, והפסקת אש במלחמת האזרחים. חרף זאת, דווקא במהלך תקופה זו מלחמת האזרחים במדינה התעצמה באופן ניכר, מספר ההרוגים נסק, והכלכלה הלאומית המשיכה להתדרדר, מה שאף הוביל לפרוץ מהומות המוניות בעקבות עליית המחירים של מוצרי היסוד ב-1988, מה שהוביל להתערבות ממשלת סודאן ולביטול עליות המחירים.
במהלך נובמבר 1988, ראש הממשלה צאדק אל-מהדי סירב לאשר את עקרונותיה של תוכנית השלום שגובשה על ידי צבא השחרור של העם ומפלגת האיחוד הסוציאליסטי, מה שהוביל לפרישתה של מפלגת האיחוד מהממשלה. הממשלה החדשה שהקים אל-מהדי התבססה על מפלגת האומה, יחד עם מפלגת החזית הלאומית האסלאמית הפונדמנטליסטית (NIF). בפברואר 1989, הצבא הציג לראש הממשלה אל-מהדי אולטימטום: או שיפעל לטובת הסכם שלום מול המורדים, או שיודח מתפקידו. אל-מהדי בחר באפשרות הראשונה, והזמין פעם נוספת את מפלגת האיחוד הסוציאליסטי להצטרף לממשלה, כאשר הממשלה החדשה אישרה את תוכנית השלום של צבא השחרור של העם ומפלגת האיחוד הסוציאליסטי. כמו כן, בשלב זה נקבע תאריך לקיום ועידה חוקתית, במהלך ספטמבר 1989.
ההפיכה הצבאית של 1989.
מצב העניינים השתנה פעם נוספת ב-30 ביוני 1989, בשעה שקצינים בצבא הסודאני, בהנהגת הקולונל עומר חסן אל-באשיר, שנתמך על ידי מפלגת החזית האסלאמית (NIF), ביצע הפיכה צבאית והפיל את ממשלתו של אל-מהדי. בעקבות ההפיכה, אל-באשיר הפך למנהיג הטוטליטרי של סודאן בתור הנשיא, ראש הממשלה, ומפקד הכוחות המזוינים כאחד.
הממשל הצבאי החדש בראשות אל-באשיר אסר על קיומם של איגודים מקצועיים, מפלגות פוליטיות, ומוסדות אחרים בעלי אוריינטציה "שאינה דתית". במקביל, כ-78,000 אנשי צבא, משטרה ומנהל אזרחי ״טוהרו״ על מנת לעצב מחדש את השלטון במדינה.
חוק העונשין של 1991.
במרץ 1991, חוק עונשין חדש, המבוסס על עקרונות השריעה, הנהיג עונשים קשים ברחבי סודאן לאלו המפרים את עקרונות השריעה, לרבות כריתת איברים וסקילה. אף שבאופן רשמי, תושבי האזור הדרומי זכו לפטור מאיסורים ומעונשים אלו, חוק העונשין של 1991 הצביע על האפשרות העתידית של החלת חוקי השריעה באזור דרום סודאן.
ב-1993, הממשלה העבירה את רוב השופטים הלא-מוסלמים שכיהנו בדרום לצפון, והחליפה אותם בשופטים מוסלמים באזור הדרום. במקביל, פעילותה המוגברת של משטרת הסדר הציבורי לאכיפת השריעה בצפון, הביאה למעצרם ולהשתת עונשים חמורים על תושבי הדרום ומיעוטים אחרים, שהתגוררו באזור הצפוני.
המשך המלחמה: 2001-1991.
לקראת סוף שנת 1989, ולאחר שורה של פעילויות צבאיות מוצלחות, צבא השחרור של העם הסודאני החזיק בשטחים נרחבים במחוזות אקווטוריה, בחר אל-ע'זאל, מדינת הנילוס העליון, וכן פעל בחלקים הדרומיים של דרפור, כורדופאן והנילוס הכחול. במקביל, הממשלה הסודאנית שלטה על מרבית הערים הגדולות בדרום, כולל ג'ובה, ואו ומלקאל. הפסקת האש לא רשמית בין הצדדים התמוטטה באוקטובר 1989.
ביולי 1992, מתקפה יזומה מצד כוחות הממשלה השיגה שליטה על מרבית שטח דרום סודאן, ואף הצליחה להשתלט על מטה צבא השחרור של העם הסודאני בטוריט.
הן כוחות הצבא הסדיר, והן כוחות המיליציה הממשלתית הידועים לשמצה (מוכרים גם בשם צבא ההגנה של העם, PDF) נהגו לתקוף ולפשוט בשגרה על כפרים בדרום סודאן ובהרי נובה. ממשלות סודאן נהגו לאורך השנים לעשות שימוש רחב בכוחות חמושים שאינם מהווים חלק מהצבא הרגיל, במעין מלחמת פרוקסי, במיוחד בדרום סודאן ובאזורי הגבול בין הצפון והדרום, לצורך ניהול המלחמה ועל מנת לשמור על מצבת הצבא הסדיר. מיליציות אלו גויסו להלכה באופן מקומי בכל אזור ואזור, אך בפועל הגיוס נעשה עם קשרים סמויים מובהקים לגורמים בממשלה הסודאנית. חלק ניכר מהמיליציות החמושות שפעלו באזור ח'רטום לטובת הממשלה לדוגמה, עשו זאת בהנחיית החזית האסלאמית (NIF), כחלק מטקטיקת "הפרד ומשול".
מחלוקת פנימית בקרב צבא השחרור של העם הסודאני.
באוגוסט 1991, מחלוקת פנימית בקרב המורדים הובילה את יריביו של הקולונל גראנג, מנהיג צבא השחרור של העם הסודאני, להתפצל מהצבא וליצור את מה שכונה "פלג נאסיר של צבא השחרור של העם הסודאני". הניסיון להדיח את גראנג הובל על ידי רייק מכאר ולאם אקול. בנובמבר 1991, פלג נאסיר ביצע את טבח בור, במהלכו נהרגו כ-2,000 אזרחים. בספטמבר 1992 התפצל מצבא השחרור פלג נוסף, בהנהגת ויליאם ניון באני, ובפברואר 1993 התפצל פלג שלישי מהצבא, בהנהגת קרובינו קואנין בול. ב-5 באפריל 1993 הכריזו שלושת הפלגים הפורשים מצבא השחרור במסיבת עיתונאים בניירובי שבקניה, על הקמת קואליציה משותפת, בשם "צבא השחרור המאוחד של העם הסודאני".
התנהלות ממשלת סודאן.
במהלך השנים 1990–1991, הממשלה הסודאנית תמכה בסדאם חוסיין בתקופת מלחמת המפרץ. תמיכה זו הובילה לשינוי לרעה ביחס האמריקאי כלפי השלטון הסודאני. הממשל האמריקאי תחת הנשיא ביל קלינטון הכריז על איסור השקעות של אמריקאים במדינה, ואף העביר כסף לשכנותיה של סודאן על מנת לסייע בהדיפת הכוחות של ממשלת סודאן שנהגו לחצות את הגבול במסגרת הלחימה כנגד המורדים. במקביל, ארצות הברית החלה בקמפיין דיפלומטי על מנת "לבודד" את סודאן, מה שהוביל יותר ויותר מדינות להתייחס אליה כאל מדינה סוררת.
מאז 1993, שכנותיה של סודאן, אריתריאה, אתיופיה, אוגנדה, וקניה, פעלו לקידום יוזמת שלום בסודאן בחסות הרשות הבין-ממשלתית לפיתוח (IGAD), ללא הצלחה. חרף החוסר בהתקדמות ממשית, הרשות יזמה בשנת 1994 את פרסום הצהרת העקרונות (DOP), במטרה להגדיר את המרכיבים החיוניים הדרושים לצורך יישוב הסכסוך בצורה צודקת; ההצהרה התייחסה בין היתר ליחסי דת-מדינה, חלוקת הכוח בין הצפון והדרום, חלוקת המשאבים הטבעיים, וזכותו של הדרום להגדרה עצמית. הממשלה הסודאנית סירבה לחתום על הצהרת העקרונות עד שנת 1997, לאחר שורת הפסדים של כוחות הממשלה בקרבות כנגד צבא השחרור.
התנהלות צבא השחרור של העם הסודאני.
ב-1995, האופוזיציה לממשלה הסודאנית בצפון יצרה קשרים עם גורמים באופוזיציה הדרומית על מנת ליצור קואליציה של מפלגות האופוזיציה, אשר זכתה לשם "הברית הדמוקרטית הלאומית" (NDA). התפתחות זו הובילה ליצירת חזית נוספת במלחמת האזרחים כנגד כוחות הממשלה, הפעם באזור צפון-מזרח סודאן, מה ששינה את אופי הסכסוך המסורתי בין הצפון והדרום לכדי מאבק רחב יותר בין השלטון המרכזי ואזורי הפריפריה. הגורמים המרכזיים בברית הדמוקרטית הלאומית היו צבא השחרור של העם הסודאני, מפלגת האומה ומפלגת האיחוד הדמוקרטי, וזאת יחד עם מספר מפלגות וקבוצות מאורגנות מאזור צפון סודאן.
באותה השנה, אריתריאה, אתיופיה ואוגנדה הגבירו את היקף הסיוע הצבאי לצבא השחרור, עד כדי שליחת כוחות צבא סדיר לתוך סודאן. עם זאת, המעורבות הצבאית האתיופית והאריתראית נחלשה בשעה ששתי המדינות נקלעו לסכסוך גבולות ב-1998, והמעורבות האוגנדית נחלשה בעקבות ההתמקדות האוגנדית בסכסוך ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו.