הקפת גבעת התחמושת בשכונות, ללא בנייה עליה, אפשר את הפיכתה לאתר הנצחה לאחד הקרבות החשובים והבולטים במלחמת ששת הימים. יישוב יהודים בגבעת המבתר החולשת עליה בתצפית ובאש, כמו גם הקמת מגדלי מגורים גבוהים בשכונת רמת אשכול הסמוכה, ביטלו את חשיבותה האסטרטגית של גבעת התחמושת. גבעת המבתר והגבעה הצרפתית, שנבנו במקום המוצבים הירדניים ששלטו על דרך שכם, שולטות כעת על תוואי הדרך.
המכשול העיקרי להקמה מהירה של שכונות יהודיות במזרח ירושלים היה הקושי ברכישת אדמות פרטיות מבעליהן הערבים. חלק מבעלי האדמות דרשו מחירים גבוהים, חלקם סירבו למכור וחלקם לא אותרו. הצורך בבנייה מהירה אילץ את הממשלה להוציא, ב-11 בינואר 1968, צו הפקעה גדול (לשטח של 3,345 דונם), שזכה לגינוי ממועצת הביטחון. חלק מהקרקעות שהופקעו בצו נלקחו מבעלים יהודיים כגון האוניברסיטה העברית, ורבים מהאנשים שאדמתם הופקעה סירבו לקבל פיצויים עבורה. חלק גדול מאדמות גבעת המבתר כלול בשטח ההפקעה הגדולה. עם זאת, במרץ 1968, הודיעה ממשלת ישראל שבמקום יבנו גם 100 יחידות דיור לתושבים הערבים ובתכנון השכונה יועסקו גם מהנדסים ערבים.
בניגוד לגבעת שפירא השכנה, לא השתמשה ממשלת ישראל ביתר שכונות הבריח כדי להוכיח את יכולתה בשטח כנגד מועצת הביטחון. על גבעת שפירא הוקמו אזבסטונים למגורים מיד לאחר הגינוי של מועצת הביטחון (אחדים מהם נשארו שם עד שנות ה-80 ואחר כך שימשו את בית הספר של התנועה הקונסרבטיבית). בשנת 1969 החליטה הממשלה להרשות בגבעת שפירא, על פי חוק הגבהת הבתים, הקמת בניינים בני ארבע קומות עד שש קומות; וזאת כתגובה להצעת "תוכנית רוג'רס", שיזם מזכיר המדינה האמריקני ויליאם רוג'רס, להחזרת נוכחות ירדנית סמלית לעיר. אולם בגבעת המבתר, כמו בכלל השכונות שהוקמו במזרח העיר, המשיכה הבנייה להתנהל על פי אמות מידה אדריכליות ענייניות.
ארכאולוגיה.
בין השנים 1968 לבין 2009 בוצעו בגבעת המבתר כעשר חפירות ארכאולוגיות נקודתיות. בנחל צופים הסמוך לגבעה נמצאו בפיזור רב כלי צור רבים ותיארוכם טרם נקבע, וכן שרידים רבים של מבנים מתקופת בית שני ומהתקופה הרומית-ביזנטית. המבנים היו בורות מים, מבני מגורים, מתקני חקלאות, מבנים לא מזוהים ומחצבות. בשכונת שועפאט הסמוכה נמצאה כנסייה עתיקה חצובה. בנחל צופים היו ככל הנראה יישובים חקלאיים, שסחרו עם ירושלים שבין החומות במשך התקופות. בנחל זה, כמו בכלל סביבתה של סנהדריה, כולל גבעת המבתר, נמצאו מערות קבורה מתקופת בית שני; לדוגמה מערת אם אל-עמִד שבנחל צופים הסמוך.
בגבעת המבתר, בנחלים ובגבעות הסמוכים לה נמצאו קרוב לעשרים מערות קבורה מתקופת בית שני. שתיים מהמפורסמות שבהן הן מערת אבה הכהן (אבה בר כהנא) ומערת שמעון בונה ההיכל (סמון בנא הכלה), המרשימה בגלוסקמאות המעוטרים שבה. במערת אבה הכהן ישנם רחבת כניסה, חדר קבורה מרכזי, מקום להלנת מתים חדשים וכוכים לליקוט עצמותיהם של מתים ותיקים. מערת אבה הכהן מפורסמת בכתובת הארמית המפורטת שנמצאה בה:
הכתובת מעידה כי שם קבר אבה הכהן, ירושלמי שגלה לבבל וחזר ממנה, את מתתיה בן יהודה, יליד ירושלים שעצמותיו הועלו מבבל. ישנה השערה כי מתתיה בן יהודה זה הוא מתתיהו אנטיגונוס השני, אחרון מלכי החשמונאים, שמלך בירושלים כשלוש שנים עד שנישבה והובל לאנטיוכיה שבסוריה, והומת שם בשנת 37 לפני הספירה.
במערת קבורה אחרת אשר נחפרה על ידי הארכאולוג וסיליוס צפיריס, על גבעת המבתר עצמה, נמצאו ב-1 בספטמבר 1968 כמה שלדים; אחד מהם הוא של אדם שהומת בשנות העשרים לחייו בצליבה בתקופת המרד הגדול. תגלית מקורות רבים מהעת העתיקה בכלל, ובתקופה הרומית בפרט, מספרים על אלפי צליבות של השליטים כצורת ענישה והוצאה להורג של הנתינים. מיעוט הממצאים הארכאולוגיים לכך, הוסבר בנוהג להפקיר את הגופה על הצלב לפגעי מזג האוויר ולאוכלי נבלות. זו אחת התגליות הארכאולוגית היחידות בעולם של שלד אדם צלוב, אם לא היחידה בהן. השלד במערת הקבורה נטמן בארון שעליו נכתב השם יהוחנן בן חגקול. מסמר בודד היה נעוץ בשתי עצמות העקב של השלד. ורגליו שוברו. שרידי עץ זית בלתי מעובד שנמצאו על המסמר מרמזים כי כפי הנראה נצלבה הגופה על עץ זית.
אדריכלות.
מייסדי השכונה חששו מבניית בניינים גבוהים על גבעת המבתר, שבשל גובההּ של הגבעה עצמה יהפכו לדומיננטיים בקו הרקיע של ירושלים ו"יגנבו את ההצגה" למבנים חשובים מהם מבחינה היסטורית ותרבותית. הדרישה לבניית מבנים נמוכים על הגבעה הובילה להקצאתה כאזור בנייה בשיטת "בנה ביתך", שבה אדם קונה מגרש ושוכר אנשי מקצוע לתכנן ולבנות עליו את ביתו. לצד רחוב רמת הגולן שבשכונת רמת אשכול הייתה גבעת המבתר אזור "בנה ביתך" הראשון שהוקצה בירושלים אחרי 1967, אחרי תקופה ארוכה בה לא נבנו בירושלים שכונות בשיטה זו. רוב בתי השכונה נבנו תחילה כקוטג'ים דו-משפחתיים, צמודי קרקע ובמהלך השנים נוספה להם קומת מגורים שנייה.
רחובות השכונה נבנו בהתאם לקווי הגובה המקוריים של הגבעה, ללא עבודות עפר רבות לשינויים. בשכונה ארבעה רחובות, ושמותיהם בעלי זיקה למלחמת ששת הימים: רחוב ששת הימים פרוש בשוליים המזרחיים והצפוניים של גבעת המבתר; רחוב מדבר סיני מטפס אל פסגת הגבעה, בעיקולים, ויורד ממנה; הרחובות מצרי טירן ומפרץ שלמה נמצאים על הפסגה עצמה. תחנת הרכבת הקלה של גבעת המבתר, מצויה מעט מחוץ לשכונה, בצומת של רחוב ששת הימים עם שדרות בר-לב, בסמוך מאוד לנחל צופים.
אוכלוסייה.
עם תכנון השכונה, הוקצו מרבית המגרשים בה עבור בניית בתים פרטיים ודו-משפחתיים צמודי-קרקע. בתים אלה נבנו כאמור בשיטת "בנה ביתך". המגרשים הבודדים שהוקצו עבור בתי דירות רב-קומתיים נמצאים בתפר שבין גבעת המבתר לרמת אשכול, ולא תמיד נחשבים לחלק ממנה. אוכלוסיית השכונה הייתה כה קטנה עד שבמרבית שנות קיומה היו בה רק שני מבני ציבור - בית הכנסת וגן הילדים. תושבי השכונה קיבלו שרותי מסחר מהשכונות הסמוכות, במיוחד רמת אשכול, שהמרכז המסחרי שלה נבנה בכוונה תחילה סמוך לגבולה עם גבעת המבתר כדי לשרת גם אותה. עד לעליה באחוז החרדים שבשכונה, בעשור הראשון של המאה ה-21 ועד להזדקנות שאר האוכלוסייה, למדו מרבית ילדי השכונה בבתי הספר שברמת אשכול. בתפר בין השכונה לבין רמת אשכול ישנם שני מבני ציבור נוספים - גן ילדים נוסף ומעון השוטרים "בית השוטר".
בראשית ימיה של השכונה נמכרו המגרשים בה במחיר זול, מתוך כוונה שתיבנה ותאוכלס במהירות כדי להוות חלק מרצף השכונות היהודיות המחברות את הר הצופים עם העיר המערבית. איכות החיים שהתפתחה בשכונה משכה אליה בהדרגה אוכלוסייה אמידה יותר, שרכשה בתים מתושבים שלא הצליחו לעמוד בעלות אחזקתם.
באמצע שנות השמונים הוקם בשכונה מרכז תנועת המקויה, תנועה יפנית נוצרית חובבת ישראל. בתקופה זו, לאחר שלרבים מבתי השכונה נוספו קומות ואגפים ולאחר שהאוכלוסייה הזדקנה מעט והילדים התבגרו ועזבו את בית ההורים, התרבו הסטודנטים השוכרים חדרים בשכונה. מרבית הסטודנטים לומדים בקמפוס הר הצופים של האוניברסיטה העברית בירושלים הנמצא בקרבת השכונה.
במהלך שנות התשעים החל תהליך "התחרדות" בשכונת רמת אשכול הסמוכה, ובמהלך העשור הראשון של המאה ה-21, החלה גם האוכלוסייה החילונית והדתית-לאומית של גבעת המבתר להתחלף בחרדים בעלי אמצעים. תהליכים אלה היו חלק מתהליך של התפתחות רצף שכונות חרדיות בצפון העיר. נכון לשנת 2010, רוב התושבים ברמת אשכול הם חרדים, ובגבעת המבתר כ-20%. ביצורי המוצב הירדני של גבעת המבתר שוחזרו והוסבו לאנדרטה לשמונה חיילי חטיבת השריון במילואים - חטיבת הראל.
עד לשיקומה הנציחה האנדרטה, בטעות, רק שבעה מהנופלים. הנופל השמיני, , נשמט מהרישומים. הסיבה לכך אינה ברורה. ייתכן שההשמטה נובעת מחוסר הסדר שהיה כאשר גויס למילואים, או בשל הסיבה שהוא נהרג במהלך הניסיון הראשון לכיבוש הגבעה, בניגוד לאחרים שנהרגו בניסיון השני לכיבוש. גופתו של מאיר זוהתה באיחור ובעיכוב, ולא בשטח כמו שאר החללים אלא בבית החולים. בשל הזיהוי המאוחר נקבר מאיר במקום אחר, דבר שהוסיף לבלבול. ישנה סברה על פיה הייתה סיבה להסתיר את מותו - בניגוד לאחרים שנהרגו מאש הירדנים, הוא, ככל הנראה, נהרג מאש שירו בטעות הכוחות הישראלים שהיו בגבעת התחמושת וככל הנראה הופקר כפצוע בשטח. כעבור שנים אחדות הוספו לרשימה גם שמות חללי סיירת דוכיפת שנהרגו במרחק כמה קילומטרים מגבעת המבתר.
בראשית המאה ה-21 הורחב שטח הדרך הסמוכה ונוספו לו שלושה נתיבים של פסי רכבת קלה. על כן הוזזו האנדרטה והבונקר המשוחזר מערבה. בהזדמנות זו פותח מתחם האנדרטה לגן זיכרון ונוספה לו אנדרטה כללית לחללי חטיבת הראל ממלחמת ששת הימים.
אתר הנצחה נוסף בשכונה קיים סמוך לפסגת הגבעה, ברום כ-800 מטר מעל לפני הים. במקום הוקם "מצפה עודד", לזכר סמ"ר עודד אבנר, מפלנ"ט צנחנים, שגדל בשכונה ונהרג בתאונת אימונים בלבנון, ונגלה ממנו מבט ייחודי על העיר ירושלים, הכולל את מרכז העיר, הר הבית וגבעת התחמושת. לפני שנות האלפיים נהגו תושביה להתכנס בערב יום הזיכרון לחללי צה"ל לטקס הזיכרון השכונתי שנערך במצפה זה.
במהלך העשור הראשון של המאה ה-21 הוקמו בשכונה עוד שלושה אתרי זיכרון: ברחבה שממערב לבית הכנסת הוקם מגרש משחקים לזכרו של אדיר זיק שהיה פעיל בולט בבית כנסת זה ושני הצמתים בהם נפגשים הרחובות "מדבר סיני" ו"ששת הימים" נקראו על שם חיילים בני השכונה שנפלו. האחד על שם עומר שליט, שנספה באסון המסוקים והשני על שם נדב אלעד, שנהרג בפעילות מבצעית בחברון.
בתי כנסת בגבעת המבתר.