ב-13 בינואר 2019 הבקיע מסי את שערו ה-400 ב-435 הופעות בלה ליגה, בניצחון הביתי 3–0 על אייבר, והפך לשחקן הראשון אי פעם שהגיע להישג זה רק באחת מחמש הליגות הבכירות באירופה. ב-30 בינואר הוא הבקיע את שערו ה-50 בקופה דל ריי בניצחון 6–1 במשחק הגומלין בשלב רבע הגמר, בו הוא גם בישל וסייע לברצלונה להעפיל לחצי הגמר, 6–3 במצטבר. ב-2 בפברואר הבקיע מסי פעמיים בתיקו 2–2 מול ולנסיה כששערו הראשון היה מנקודת העונשין, שערו ה-50 מהנקודה בלה ליגה, והפך לשלישי בתולדות הלה ליגה, לאחר כריסטיאנו רונאלדו והוגו סאנצ'ס שהבקיע 50 פנדלים. ב-23 בפברואר כבש את השלושער ה-50 בקריירה וגם בישל לסוארס, בניצחון החוץ והמהפך 4–2 על סביליה, וכבש את שערו ה-650 בקריירת הבוגרים. ב-17 במרץ הבקיע את השלושער ה-51 ב-4–1 נגד ריאל בטיס.
ב-16 באפריל כבש מסי צמד ב-3–0 מול מנצ'סטר יונייטד, במשחק השני ברבע גמר ליגת האלופות, והעניק לברצלונה 4–0 במצטבר שהעלה אותה לחצי הגמר לראשונה מ-2015. אלה היו גם השערים הראשונים שלו ברבע גמר ליגת האלופות מאז 2013. ב-27 באפריל עלה מסי מהספסל וכבש את השער היחיד ב-1–0 על לבאנטה, וזכה עם ברצלונה באליפות העשירית בקריירה. זו הייתה הופעתו ה-450 בלה ליגה, והאליפות הראשונה שלו כקפטן.
ב-1 במאי כבש מסי צמד בניצחון 3–0 במשחק הראשון בחצי גמר ליגת האלופות נגד ליברפול. שערו השני, בעיטה חופשית מכ-30 מטרים, היה שערו ה-600 בקריירת המועדונים שלו, והיה גם בדיוק 14 שנה לאחר שערו הראשון בברצלונה (ובקריירה). בגומלין, שישה ימים לאחר מכן, הובסה ברצלונה 0–4 באנפילד, והודחה לאחר 3–4 במצטבר.
ב-19 במאי במשחק הליגה האחרון לעונה, כבש מסי צמד ב-2–2 מול אייבר, וזכה בתואר הפיצ'יצ'י השלישי ברציפות עם 36 שערים ב-34 הופעות; עם הזכייה השישית הוא השווה את שיאו של תלמו סארה מ-1953. הוא גם זכה בנעל הזהב האירופית בפעם השישית והשלישית ברציפות. ב-25 במאי הבקיע מסי את שערו האחרון של העונה בהפסד 1–2 לוולנסיה בגמר הגביע הספרדי, והוא סיים את העונה עם 51 שערים ו-19 בישולים ב-50 הופעות בכל המסגרות.
2019/2020 – כדור זהב שישי ועונת השפל של ברצלונה.
בתחילת העונה סבל מסי מפציעה ולא שיחק במשך חודש וחצי. ב-29 באוגוסט זכה בתואר חלוץ העונה של אופ"א וסיים במקום השני בתואר שחקן השנה. מסי חזר לשחק ב-17 בספטמבר במחזור הראשון של ליגת האלופות נגד בורוסיה דורטמונד כשעלה מהספסל. ב-23 בספטמבר בטקס הענקת הפרסים של פיפ"א שהתקיים במילאנו מסי נכלל בקבוצת השנה וזכה בתואר שחקן השנה של פיפ"א. ב-6 באוקטובר כבש את שערו הראשון לעונה נגד סביליה בבעיטה חופשית. במחזור העשירי כבש ובישל פעמיים כל אחד נגד ריאל ואיאדוליד. באותו משחק כבש מסי את שערו ה-50 בקריירה מבעיטה חופשית. במחזור השלושה עשר כבש שלושער נגד סלטה ויגו כששניים מהשלושה הגיעו בבעיטה חופשית. במחזור החמישי של ליגת האלופות נגד בורוסיה דורטמונד ערך מסי את הופעתו ה-700 במדי ברצלונה ונתן תצוגה מרשימה עם שער וצמד בישולים. שערו היה הראשון בקריירה נגד דורטמונד ובכך הפך לשחקן שכבש נגד הכי הרבה קבוצות בליגת האלופות. במחזור החמישה עשר כבש מסי את שער הניצחון בדקות האחרונות של המשחק נגד אתלטיקו מדריד, ויום לאחר מכן זכה בכדור הזהב השישי בקריירה שלו וחלף על פני כריסטיאנו רונאלדו בכמות הזכיות בתואר. במחזור השישה עשר נגד מיורקה הציג את כדור הזהב השישי שלו בפני האוהדים, וסיים את המשחק עם שלושער. מסי הבקיע את השלושער ה-35 שלו בליגה, ובזכות כך הפך לשחקן שכבש הכי הרבה שלושערים בהיסטוריה של הלה ליגה.
בסיום העונה לאחר חזרתה מפגרת הקורונה מסי זכה בתואר מלך השערים של הליגה, עם 25, ובנוסף גם מלך הבישולים של הליגה, עם 21. בכך הוא שבר את השיא של צ'אבי וקבע שיא חדש במספר בישולים לעונה בלה ליגה, וב-5 הליגות הבכירות בצוותא עם תומאס מולר. ברצלונה סיימה במקום השני בלה ליגה והפסידה את האליפות ליריבה המרה ריאל מדריד. ב-8 באוגוסט ברצלונה שיחקה בגומלין שמינית ליגת האלופות נגד נאפולי. מסי סייע לברצלונה לנצח 3–1 (4–2 בסיכום) על ידי כך שכבש שער, שער נוסף שנפסל בחסות ה-VAR, וסחט פנדל שחברו לקבוצה לואיס אלברטו סוארס תרגם לשער. ב-14 באוגוסט נערך רבע גמר ליגת האלופות בין ברצלונה לבאיירן מינכן. ברצלונה ספגה את התבוסה הקשה בתולדותיה, כאשר באיירן מינכן הביסה אותה 2–8. בעקבות ההשפלה, המאמן ורבים מההנהלה פוטרו או התפטרו. בסך כל המסגרות הבקיע מסי 31 שערים ובישל 25 נוספים ב-43 הופעות.
בתאריך 25 באוגוסט 2020 הודיע מסי כי הוא רוצה לעזוב את המועדון של ברצלונה. לאחר משא ומתן כושל בין הצדדים, נאלץ מסי להישאר במועדון שנה נוספת עד לתום החוזה. מסי טען בראיון עימו כי הנשיא הבטיח לו כי יוכל להחליט על עתידו בסוף העונה, אך הפר את מילתו. למרות זאת, מסי הבטיח כי יישאר מחויב לברצלונה עד תום החוזה.
2020/2021 – תואר פיצ'יצ'י שמיני וזכייה בגביע הספרדי.
העונה נפתחה עם מינויו של רונאלד קומאן למאמן ברצלונה. קומאן הודיע למספר שחקנים בכירים כי הם לא בתוכניותיו וכי הם צריכים למצוא לעצמם קבוצה חדשה, ביניהם לואיס סוארז, חברו הטוב ביותר של מסי. מסי לא פתח טוב את העונה, כאשר לא הצליח לכבוש שער שדה בתשעת המשחקים הראשונים של העונה (אם כי כבש מספר פנדלים). ב-20 באוקטובר כבש מסי פנדל בניצחון 5–1 נגד פרנצווארוש ובכך הפך לשחקן הראשון בהיסטוריה שכבש 16 עונות רצופות בליגת האלופות. ב-7 בנובמבר מסי כבש צמד כאשר נכנס כחילוף בתוצאה של 1–1 נגד ריאל בטיס. ב-22 בדצמבר קבע מסי שיא חדש, כאשר כבש נגד ויאדוליד את שערו ה-644 במדי ברצלונה, וכך הפך לשחקן שכבש הכי הרבה שערים עבור קבוצה אחת (שבר את שיאו של פלה בסנטוס). לרגל ההישג, מסי שלח 644 בקבוקי בירה באדוויזר, לכל אחד מהשוערים שהכניע בקריירה בהתאמה.
במהלך גמר הסופר קאפ הספרדי בין ברצלונה לאתלטיקו בילבאו, מסי ראה את הכרטיס האדום הישיר בדקה ה-120, בעקבות חבטה מכוערת ששלח לשחקן היריבה, וייליברה, כשהכדור לא נמצא באזור. בכך, הפרעוש רשם ציון דרך שלילי כשבפעם הראשונה אחרי 753 הופעות במדי הבלאוגרנה, הוא ראה את הכרטיס האדום. עם החזרה מהשעיה לשני משחקים מסי כבש בגביע נגד ראיו ואיקאנו בניצחון 2–1 וב-31 בינואר חזר לשחק בליגה, שוב נגד בילבאו, וכבש בכדור חופשי את שערו ה-650 בברצלונה.
ב-10 במרץ במשחק נגד פריז סן-ז'רמן בשמינית גמר ליגת האלופות, הבקיע מסי שער לחיבורים ממרחק 30 מטרים, אבל ברצלונה סיימה 2–5 בסיכום שני המשחקים והודחה מהמפעל, ובפעם הראשונה מזה 14 שנים לא הגיעה לרבע הגמר. ב-15 במרץ הבקיע מסי צמד בניצחון 4–1 נגד וסקה ובכך היה לשחקן הראשון בחמש הליגות הבכירות שמגיע ל-20 שערי ליגה לפחות 13 עונות ברציפות. ב-21 במרץ, בניצחון 6–1 נגד ריאל סוסיאדד (בו כבש צמד), ערך מסי את הופעתו ה-768 במדי ברצלונה, ובכך שבר את שיאו של צ'אבי. ב-17 באפריל מסי כבש צמד בניצחון 4–0 את אתלטיק בילבאו בגמר גביע המלך הספרדי, ובכך הגיע ל-30 שערים ב-13 עונות ברציפות, ושבר את שיאו של גרד מילר. גביע המלך היה תוארו ה-35 במועדון, ובכך שבר את שיאו של ראיין גיגס למספר תארים במועדון בודד.
במשחקי הליגה האחרונים הציגה ברצלונה כושר גרוע עם הפסדים בבית לגרנדה וסלטה ויגו. בשני המקרים כבש מסי שער יתרון לפני שהיריבה כבשה שניים. גם במשחק נגד לבאנטה כבש מסי את השער הראשון במשחק לפני שהוא נגמר בתיקו 3–3. ברצלונה סיימה את העונה במקום השלישי, אחרי אתלטיקו מדריד וריאל מדריד, בפעם הראשונה מאז עונת 2007/2008.
מסי סיים את העונה בליגה עם 30 שערים ו-9 בישולים וזכה בתואר הפיצ'יצ'י בפעם השמינית ובפעם החמישית ברציפות, שניהם שיא של כל הזמנים. כמו כן הוא סיים במקום השני בנעל הזהב לאחר רוברט לבנדובסקי שזכה בפרס, עם 60 נקודות. בסך כל המסגרות עמד מאזנו של מסי בעונה זו על 38 שערים ו-12 בישולים ב-47 הופעות.
ב-30 ביוני 2021 תם חוזהו של מסי בברצלונה והוא הפך לשחקן חופשי. לאחר מכן החל משא ומתן על חידוש החוזה בין מסי למועדון. בסופו של דבר המשא ומתן כשל וב-5 באוגוסט 2021 הודיע המועדון שמסי סיים את דרכו בברצלונה.
ב-8 באוגוסט 2021 ערך מסיבת עיתונאים, בה הצהיר כי הוא עשה הכל כדי להישאר בקבוצה, אך היא לא יכלה להכיל את חוזהו בשל מצבה הפיננסי.
פריז סן ז'רמן.
ב-10 באוגוסט 2021, לאחר 21 שנים בהן שיחק בכל הקבוצות של ברצלונה, חתם מסי לשנתיים בקבוצת פריז סן ז'רמן הצרפתית. מסי קיבל את החולצה מספר 30, ולפי הדיווחים צפוי להרוויח 35 מיליון יורו נטו לעונה, לא כולל בונוסים.
2021/2022 – כדור זהב שביעי.
ב-29 באוגוסט 2021 ערך מסי את הופעת הבכורה שלו במועדון, כשהחליף את ניימאר בניצחון 2–0 על סטאד ריימס במסגרת המחזור הרביעי בליגה. ב-15 בספטמבר הוא פתח לראשונה בהרכב, בתיקו 1–1 מול קלאב ברוז' במסגרת שלב הבתים של ליגת האלופות. ארבעה ימים לאחר מכן הוא ערך את הופעת הבכורה שלו באצטדיון הביתי, בניצחון 2–1 על אולימפיק ליון. את שער הבכורה במדי הקבוצה כבש ב-28 בספטמבר 2021 במסגרת המחזור השני בשלב הבתים של ליגת האלופות, כאשר הבקיע את השער השני בניצחון 2–0 על מנצ'סטר סיטי של ז'וזפ גוארדיולה. ב-20 בנובמבר 2021 כבש מסי את שער הבכורה בליגה הצרפתית בניצחון 3–1 על נאנט. ב-28 בנובמבר הוא סיפק שלושה בישולים בפעם החמישית בקריירה, בניצחון 3–1 בחוץ על סנט אטיין. הוא שחזר הישג זה ב-9 באפריל, בניצחון 6–1 בחוץ על קלרמון פוט.
ב-29 בנובמבר 2021 זכה מסי בכדור הזהב השביעי, כשגבר על מועמדים אחרים, כמו רוברט לבנדובסקי וז'ורז'יניו.