אפרים אלימלך אורבך מצא סמליות בשמו של משה פנחס: "שני השמות מורים על מידותיו. משה על שם שכל מעייניו היו בתורה ופנחס על שם קנאותו, שכן אדם קשה היה ומעולם לא נראה שחוק על פניו". דוד צימרמן פירש את השם באופן דומה: "כל חייו של אדם זה נתונים הם לתלמוד תורת־משה: ואדם זה מהיר־חימה הוא וקנא כפנחס בן אהרון הכהן." באחרית ימיו של ר' שלמה הוסיפו לו המתפללים שדאגו לשלומו את השם "משה", ואף בכך מצא צימרמן סמליות: "עתה נושא ר' שלמה גם אחד משמות ר' משה פנחס: סמל נוסף להזדהות בין שני תלמידי החכמים. אך בו בזמן נרמז לנו, כי בכל זאת נשארת העובדה שהאחד נקרא גם פנחס, סמל הקנאות הדתית, והאחר שלמה, סמל השלום."
זמן התרחשות העלילה.
המספר אינו מציין במפורש את התקופה שבה התרחשה העלילה, אך ניתן ללמוד על כך מסיפורו. בשלב מתקדם של הסיפור מציינת אשתו של ר' שלמה "בן ארבעים ושבע הוא". הסיפור מתחיל ביום כתיבת התנאים לחתונתו של ר' שלמה, שסביר שהתחתן בערך בהיותו בן שמונה עשרה שנה (לקיים: "בן שמונה עשרה לחופה"). עלילת הסיפור משתרעת, אם כן, על פני תקופה של כשלושים שנה ויותר.
בשלב מוקדם של הסיפור שוקלים בני העיר "להביא דרשן מטרנופול, מתלמידיו של יוסיל בנו של טודרוס, הנקרא יוסף פערל". יוסף פערל, מראשי תנועת ההשכלה היהודית בגליציה, חי בשנים 1773–1839, ומכאן סביר שהסיפור התרחש במחצית הראשונה של המאה ה-19.
פער המעמדות.
בין שני תלמידי החכמים מתקיים פער מעמדות, שלו השפעה מהותית על היחסים ביניהם. ר' משה פנחס הוא בן כפר, בנו של טוחן עני, ואילו ר' שלמה הוא בן גדולים שנישא לבת הגביר. מחמת עוניו לא זכה ר' משה פנחס בלימודים מסודרים, ונאלץ להסתפח לתלמידים אחרים. לעומתו, ר' שלמה "בן שש עשרה כבר היה מוסמך להוראה משני גדולי הדור". בלימוד התורה מתבטל, לכאורה, פער המעמדות, משום שבפעילות זו נמדד אדם רק לפי שקדנותו, בקיאותו וחריפותו. ר' משה פנחס מדגיש זאת, באומרו: "התורה אינה ירושה". מתברר שדווקא בתחום זה פער המעמדות בא לידי ביטוי חריף: בוויכוח ההלכתי בין השניים, הובס ר' משה פנחס מחמת עוניו, משום שהשתמש בגרסה לא מוגהת של התלמוד, לעומת הגרסה המוגהת (ומן הסתם היקרה יותר) ששימשה את ר' שלמה. תגובתו של ר' משה פנחס מדגישה את פער המעמדות: "פאני הורוויץ אשריך שכספך וזהבך עמדו לך לקנות לך ספרים מוגהים".
פער המעמדות, שהחל בילדותם של שני תלמידי החכמים, בא לידי ביטוי בשורש הפגיעה של ר' שלמה בר' משה פנחס, שבה לעג ר' שלמה לרווקותו של ר' משה פנחס. מיכל ארבל העירה כי "נישואיו המאוחרים של משה פנחס אינם מובילים לתיקון ולהתפייסות חברתית", ופער המעמדות נמשך גם במהלך חייהם: ר' משה פנחס ומשפחתו חיים בעוני, ואילו ר' שלמה ומשפחתו חיים בעושר מופלג. לקראת סוף ימיו מתואר ר' משה פנחס: "ר' משה פנחס די לו בפת ומלח. לסוף הגיעו ימים שאף פתו ומלחו נעשו דחוקים. וכאן זרעו מבקש לחם ובגד לכסות מערומיהם, ובבית אין לחם ואין שמלה". לעומתו מתואר ר' שלמה לקראת סוף ימיו: "נכנסה מרכבת חורף לעירנו, ועליה אדם מלופף באדרת חורף גדולה של עורות כאחד השרים הגדולים" (הבדלי הלבוש משקפים את פער המעמדות גם במקומות נוספים במהלך הסיפור).
דוד צימרמן רואה את פער המעמדות כנמצא בשורש העימות שבין שני תלמידי החכמים, באומרו:
ר' שלמה היה מודע לחוסר הצדק שבפער המעמדות: "נזכר ר' שלמה באותם הימים, שהיו שניהם שרויים בעיר אחת, זה יושב בכבודו של עולם וזה חי חיי צער". הוא ניסה לתקן זאת, ודרש "שהשכינה שורה אפילו על עני גדול", ואף "התקין כמה תקנות טובות לעשירים ולעניים".
השנאה.
עלבונו הקשה של ר' משה פנחס הופך לשנאה עזה לר' שלמה. השנאה אינה נובעת רק מהעלבון האישי, הנקודתי, אלא גם מפער המעמדות שבין העולב לנעלב. שמואל ביאלובלוצקי ציין: "ר' שלמה אינו האובייקט של השנאה העיקרית, הוא רק גרם לה שהיא תבוא. ... שנאה זו היא התקוממות הלמדן העממי כנגד הלמדן האריסטוקרט."
גם מיכל ארבל רואה את המחלוקת בהקשר רחב יותר מזה של עלבון אישי:
השנאה משבשת את כל חייו של ר' משה פנחס. עקב שנאתו הוא יוצא לבית הכנסת שבו נושא ר' שלמה את דרשתו הראשונה, וסופו שהוא מסולק בבושת פנים. השנאה גורמת לו לפרוש ממינוי לרב העיר ברגע שנודע לו שהמינוי הוא בהמלצת ר' שלמה. הוא גם מסרב להצעה מפתה להתמנות לדיין, כאשר התנאי לכך הוא הסכמתו למינוי ר' שלמה לרב העיר. בהחלטותיו אלה הוא גוזר על משפחתו חרפת רעב.
ר' משה פנחס יודע שאין זו דרך נכונה, אך הוא ממשיך בה עד מותו (ולכאורה אף לאחר מכן, באומרו: "איני רוצה להיות במחיצתו לא בעולם הזה ולא לעולם הבא"). כאשר אמו שואלת אותו: "טובתך הוא מבקש, למה אתה שונא אותו?", הוא עונה: "שונא אני אותו משום שהוא מביא אותי לידי מדה מגונה זו של שנאה".
אף שנראה ששנאתו של ר' משה פנחס אינה יודעת גבולות, יש לה גבול. כאשר אמו מציעה לו שתיתן את שמו של ר' שלמה לאדם ש"כשהוא מקלל אדם בשמו ובשם אמו עושה הוא אותו עפר ואפר", מזדעזע ר' משה פנחס.
לדברי המספר, שנאתו של ר' משה פנחס נמשכה אף לאחר מותו. כשהרגיש ר' שלמה שסופו קרב הורה: "קברוּ אותי אצל ר' משה פנחס", אך לא כך קרה, והמספר מסביר זאת: "אף יד ר' משה פנחס היה באמצע, שלא עשה שלום עם ר' שלמה ולא רצה בשכנותו". בכך התקיימו דברי ר' משה פנחס לר' שלמה: "איני רוצה להיות במחיצתו לא בעולם הזה ולא לעולם הבא". אך ניתן גם למצוא הסבר אחר ל"נדידת" קברו של ר' שלמה מקברו של ר' משה פנחס; שנאתו הקנאית של תלמיד חכם אחד לתלמיד חכם אחר העבירה אותו על דעתו והעכירה את חייו וחיי כל סביבתו, ועל כך נענש בכך שהורחק מקברו של ר' שלמה, תלמיד חכם צדיק, שהאיר פנים לכולם, כולל לשונאו הגדול.
הקהילה היהודית.
אגב תיאור קורותיהם של שני תלמידי החכמים מספק עגנון תיאור לא מחמיא של הקהילה היהודית שבקרבה חיו השניים.
בתחילת הסיפור מתואר הכבוד שחלקו בני הקהילה לגביר: "באותו היום כתב גביר אחד תנאים לבתו שנתארסה לבן גדולים מעיר אחרת ויצאה כל העיר להקביל את פני החתן שבא עם אביו הגאון, ולא נשתייר אדם אחד בקלויז".
פרק ל"ב מוקדש לתיאור מבקריו של ר' שלמה. תחילתו בתיאור: "ובכן ישב לו הרב ר' שלמה בשלום והנהיג את עדתו במישור. תיקן תקנות הרבה וקיבל כל אדם בסבר פנים יפות. אבל בכל מקום שמצא שמץ של חילול השם לא נשא פנים אפילו לנשואי פנים." על כך ש"לא נשא פנים אפילו לנשואי פנים" קמו לו מבקרים רבים:
הצטרפו כל הנרגנים וכתבו כתב מלשינות נגד ר' שלמה לשרי העיר, אך אלה, "שהכירו את הרב, קרעו את כתב המלשינות וגערו במחרחרי ריב". צעד זה לא עצר את הנרגנים מנרגנותם. נישואיו של ר' פישל לאישה ממשפחת הפייבושים, שהנהיגה את העיר, החמירה את המחלוקת.
אפרים אלימלך אורבך העיר על כך: "בשני עמודים וחצי קיפל עגנון דמותה של קהילה וחברה על כל חולשותיה".
בעת פטירתו של ר' שלמה מתוארת עוצמת השתתפותה של הקהילה באבל: "יצאה כל העיר מנער ועד זקן טף ונשים ללוות את רבינו לבית עולמו. אדם לא הסיק את תנורו, אשה לא בישלה את תבשילה, תינוק לא נשתייר בעריסה, חולה לא שכב על מטתו, אלא הכל יצאו אחר המטה, כשעיניהם זולגות דמעות".
פסקת הסיום.
פסקת הסיום של הסיפור היא מעין התנצלות של המספר:
פסקה זו, שבה עובר המספר לקדמת הבמה, עוררה עניין רב בקרב פרשני הסיפור, שהתקשו לקבל את הדברים כפשוטם.
דוד צימרמן ציין:
אסתר פוקס רואה בדברי המספר התעלמות מהבעייתיות שבסיפור ומציינת:
מיכל ארבל ציינה:
מקורות לשוניים.
גיבורי הסיפור הם תלמידי חכמים, וגם מרבית הסובבים אותם הם יראי שמים ובקיאים בתורה. לפיכך פעמים רבות משובץ דיבורם, וכן דיבורו של המספר, בציטוט פסוקים מהמקרא, מהמשנה ומהתלמוד, לעיתים כלשונם ולעיתים בשינוי קל (זאת בנוסף לאזכור מפורש של הנאמר במקורות אלה, למשל בתיאור בית הכנסת של החייטים). דוגמאות:
ספרות תורנית.
הסיפור עוסק בשני תלמידי חכמים, ומציג בהתאם את הספרות התורנית הממלאת את עולמם, שבה בנוסף לגמרא נכללים (לפי סדר הופעתם בסיפור):
על אלה נוסף ספר בדיוני אחד, "הורה גבר" (על "יורה דעה"), המיוחס לר' גבריאל ריינוש, רבו הבדיוני של ר' משה פנחס. לשמו של ספר בדיוני זה מאפיינים מקובלים של ספר תורני: הצירוף "הורה גבר" נלקח מפסוק בספר איוב: , המילה "גבר" בשם הספר רומזת לשם מחברו, גבריאל, המילה "הורה" רומזת לספר "יורה דעה", שבו עוסק ספר זה.
הקללה שבמאגיה רדומה - מקורותיו של הסיפור ב'מעשה בוך' (בזל, 1602).
אבידב ליפסקר מציין שפרק ג' בסיפור מבוסס על מסורת קדומה של סיפורים על תלמידי חכמים שעסקו בטחינת חיטים וחניכתם הייתה סמוך לריחיים. הידוע בהם הוא הסיפור שב'מגילת אחימעץ' על ר' אהרון מבגדאד שהכניע ארי שטרף את החמור שליד הריחיים בעזרת השבעה מאגית. סיפור זה התגלגל לאשכנז (כנדפס ב'מעשה בוך', סיפור מס' 162 על ר' שמואל החסיד), וממנו הסתעפו כמה סיפורים שבכולם מיוחסות לטוחנים על יד הריחיים סגולות מאגיות. עגנון עושה שימוש במוטיבים מן המסורת הסיפורית הזו כדי לצייר את משה פנחס כמי שהגיע מן המחוזות הפולקלוריים, הכפריים והמאגיים של הקהילה והתיישב במרכז הלמדני-עירוני שלה. הסיפור מביא לידי ביטוי את מאבקה של הלמדנות האליטיסטית במסורת רחוקה וקמאית זו.
הזיקה בין סיפור זה לסיפורם של רבי יוחנן וריש לקיש בתלמוד.