לפי צורכי הלחימה במצרים ובמחבלים הלכו המשימות והתרבו. בין הפעילויות שנעשו: בדיקת שיפוע חוף תעלת סואץ בצד המצרי לצורך בניית גשר; הפגנת נוכחות בתעלת סואץ שהתבטאה בהשטת סירות גומי שעליהן התנוסס דגל ישראל; הכנת מתקן ואמצעים לחסימת תעלת סואץ והבערתה; כוננות לחילוץ טייסים בימות ובקרבת החופים; העברת כוחות לוחמים מעבר לנהר הירדן; השתתפות במרדפים בבקעת הירדן. באחד המקרים נעלם מחבל שברח מכוחות צה"ל בתוך גב מים. חוליה מהיחידה הוזמנה למקום וסג"ם נדב סלע משה את גופת המחבל.
לאחר כל פעילות כזאת התרחבה קשת המשימות והמבצעים התבצעו על ידי היחידה בעצמה, וכללו מבצע לפיצוץ תעלת הע'ור בירדן תוך חציית נהר הירמוך, השתתפות בפשיטות מעבר לתעלת סואץ – מבצע "סרג'נט" ומבצע ויקטוריה, בדיקת חופי נחיתה וסיוע למבצע רביב, השתתפות בתרגילים צה"ליים ובהכנות להנחתת כוחות שריון בחופי ים סוף, ואבטחת שייט מכליות מאבו רודס לאילת.
בסיסי היחידה.
בשנת 1965 עברה מפקדת בסיס חיפה למערב הנמל והשטח שהיה בעבר של פלגת הטרפדות בשובר הגלים המזרחי עבר לרשות יחידה 707. על שובר הגלים הצטופפו מפקדת היחידה, בית המלאכה, חדר האוכל והמגורים. כיוון שהגשרון הצמוד לשובר הגלים התאים רק לנחתת המכוניות, בנו אנשי היחידה מזח להשקת סירות גומי בכוחות עצמם. הם הזמינו משאיות סלעים ויצקו בטון.
היחידה פעלה ממבנה קטן, בקצה שובר הגלים המזרחי, והגישה אליו דרך הכביש הייתה מפותלת וארוכה. כל נסיעה למפקדת הבסיס דרשה זמן רב, או הפלגה בסירות-גומי או בנחתת. בתחילה המזון הוגש בחדר האוכל של הבסיס במערב הנמל והנסיעה הלוך וחזור בזבזה את רוב הזמן של הפסקת הצהרים. בכוחות היחידה ובסיוע גורמי בינוי נפתחו ביחידה מטבח וחדר אוכל.
לאחר מלחמת יום הכיפורים שהה חלק גדול מהיחידה בבסיס חיל הים שהיה בפנארה במערב האגם המר. חוליה בת כעשרה אנשים הייתה בבסיס חיל הים בשארם א-שייח' גם לאחר שילוב היחידה בשייטת 13 ולמעשה עד לפינוי סיני במסגרת הסכם השלום עם מצרים.
כלי שיט.
היחידה השתמשה בכלי שיט קטנים מסוגים שונים:
באוגוסט 1969 המליץ אל"ם דב שפיר על רכישת סירות גומי גדולות יותר 'זודיאק מארק 5' עם 2 מנועים 40 כ"ס. הסירות נכנסו לשימוש ביחידה 707 ובשייטת 13 בנוסף לסירות 'מארק 3'. כושר הנשיאה הגדול שלהן שימש לצורכי המבצעים המשולבים, להובלת כוחות על ציודם ואמצעי לחימה לטווחים ארוכים ובים קשה.
ציוד וחימוש.
ציוד צלילה.
הספק האמודאי היה מועט ולא עמד בצרכים. ביחידה התאסף ציוד נשימה תת-מימי שכלל: חליפות קשיחות עם קסדת אמודאי, בקבוקי אוויר זוגיים צרפתיים 150 אטמוספירות, וסתי נשימה דו קניים מיסטראל, וסתי נשימה קנה אחד סקובה דייב.
חימוש אישי ויחידתי.
לוחמי היחידה השתמשו בציוד פשיטה ולחימה לפי התקנים שהיו קיימים ביחידות הלחימה בצה"ל. כלי הנשק שהיו בשימוש: תת-מקלע עוזי שנאטם בשקית אטימה מיוחדת לשלב הימי, או רובה סער קלשניקוב שהוכח כנשק עמיד במים ובחול, רימונים שונים שנאטמו במיוחד לפעולה ימית, מטולי RPG-7 כנשק נגד טנקים ועמדות. בנוסף היה ללוחמים ציוד צלילה מלא ומכשירי קשר מסוגים שונים שנאטמו לצלילה.
הכשרה.
ביולי 1963 התקיים ביחידה קורס מדריכי צלילה למים עמוקים שהיה מיועד לאמודאים. בינואר 1964 נערך קורס צלילה הגנתית לאמודאים.
קורס צלילה לאנשי ספינות חיל הים – במקביל להכשרת אנשי היחידה, על מנת להקטין תלות של כלי השיט בגורמים חיצוניים נערך באוקטובר 1963 ובמרץ 1964 קורס צלילה למים רדודים – עד עומק 12 מטר - למועמדים שהגיעו משייטת המשחתות פלגה 914 חוליה 788, אח"י נגה (ק-22), זירת ים סוף ויחידת השיטור הימי. המטרה הייתה להקנות יכולת לעבודות בקרת נזקים קלות, פינוי סתימות, חבלים במדחפים ואיתור חפצים שנפלו לים. הקורס ארך שלושה שבועות.
השתלמות באיטליה – לקבלת ידע לצלילה הגנתית היו שני מקורות: הצי האיטלקי והצי הצרפתי. בספטמבר 1964 יצאה לנאפולי משלחת שכללה שישה צוללים בראשותו של סרן מיכאל הדני. ההשתלמות תרמה דברים טכניים בשיטות החיפוש, מושג יסוד בבטיחות התעסקות עם מוקש ימי. מושגי יסוד בפינוי חוף נחיתה ממכשולים, היכרות עם כלי עבודה חדשים: מכשיר שאיבה להשקעת עוגני בטון ומכשיר טלוויזיה תת-מימי.
השתלמות בצרפת – בחודש יולי 1965 יצאו מיכאל הדני ושני לוחמים להשתלמות קצרה בצי הצרפתי, בסן מנדריאה ליד טולון. מכשירי צלילה מסוג DC55 נמצאו מתאימים יותר מהמכשיר האמריקאי וכן נלמדו שיטות איתור מדויק וסימון מיקום למוקש שהתגלה.
פעילות מבצעית.
במלחמת ששת הימים פעלה היחידה בפיקוד נדב סלע, משום שמפקדה הקבוע, שאול סלע, שהה בקורס מקצועי בסן מנדריאה בצרפת ולא אושרה חזרתו לארץ.
פיצוץ תעלת הע'ור בירדן.
על מנת להשפיע על השלטון הירדני למנוע פעילות מחבלים משטחו, נעשתה ב-22 ביוני 1969 פעולה של חטיבת גולני לשיבוש זרימת המים שנשאבו מהירמוך לצורכי השקיה. בתעלת ההשקיה, שכולה בשטח ירדן, אותרו נקודות תורפה – שני מעבירי המים שמתחתיה. על מנת לוודא הצלחה, נקבע לפוצץ בו זמנית מעברי מים אלה. כדי להגיע אליהם היה צורך לחצות את הירמוך, את התעלה עצמה ולחדור בזחילה אל תוך מעבירי המים שמתחת לתעלה. בביצוע הפעולה השתתפו שבעה לוחמי יחידה 707 בפיקודו של נדב סלע.
כוח מחטיבת גולני חולק לכמה כוחות משנה: חוליה לאבטחת אזור החצייה, כוח של סבלים למטעני החבלה, שלוש חסימות וכוח של חפ"ק מפקד הגדוד. אנשי יחידה 707 פעלו בזוגות: יואל פלג למעביר מים אחד, דב קשת למעביר השני ויהודה גושן עם כוח החסימה הקדמי. נדב סלע עצמו נמצא ב של יואל גונן מפקד גדוד 12 של חטיבת גולני. כתוצאה מהפיצוץ תעלת הע'ור חדלה להעביר מים ולא שוקמה עד לאחר סיום מלחמת ההתשה. הדבר פגע קשות בחקלאות בעמק הירדן המזרחי והיווה גורם לחץ משמעותי על החלטת המלך חוסיין לפעול לסילוק המחבלים מירדן.
משימות היחידה.
פרסום - הפעולה תפסה תשומת לב הציבור וקיבלה פרסום בין היתר במאמר ותמונת שער במעריב בה נראים לוחמי היחידה דובי קשת ויואל פלג מכוסים בוץ ומחייכים.
השתתפות במבצע הנחיתה במפרץ סואץ.
במהלך שנת 1969 הועלה רעיון של פשיטה משוריינת על החוף המצרי של מפרץ סואץ. לשם כך היה צורך למצוא חופים מתאימים להנחתה ופינוי. בדיקות חוף זכו לשם 'מבצעי בלש' יצאו מבסיס חיל הים שהיה בראס סודר ונעשו על ידי יחידה 707 בסירות גומי מובלות על ברטרמים של ראס סודר. מפקד המבצע היה שאול סלע ומפקד הברטרמים רס"ן אמנון בן ציון. כל גיחה וחזרה היו קשות, משום שהים היה גלי. נחישות הלוחמים הביאה את המידע הדרוש. מבצע רביב בוצע ב-9 בספטמבר 1969 לאחר חשיכה. שלוש הנחתות באורך 36 מטר נחתו בחוף ההעמסה בראס סודר. לוחמי 707 בדקו שהחוף מתאים לנחיתה ולהעמסת הכוח, ואחר כך סימנו את המיקום המדויק בפנסים אדומים וירוקים. הלוחמים היו אחראים גם למשות מהמים חיילים שיתקשו ללכת בהם וכלי-נשק שישקעו במים.
שאול סלע קבע אישית את מקום הנחיתה המדויק על סלעי שונית אלמוגים והלוחמים מיקמו את סימוני אורות הנחיתה. תוך כדי הגישה לחוף נראו לפתע אורות של רכב על הכביש נע במקביל לחוף הנחיתה. הלוחמים בחוף השתטחו במקומם והנחתות עצרו. שאול סלע החליט לא לפגוע ברכב המצרי ולתת לו לעבור, מבלי שהנוסעים בו יידעו מה מתרחש. בשעה 03:22 הדליק לוחם 707 את אורות הנחיתה וכרבע שעה לאחר מכן נחתו שלוש הנחתות. הכוח הפושט ירד מהנחתות והחל לנוע על כביש החוף המצרי. הנחתות נתקו מהחוף ונעו באמצע המפרץ, בהמתנה להוראה לשוב לחוף כדי לפנות את הכוח. עם סיום פריקת הכוח היבשתי הטמינו לוחמי 707 מערך מוקשים על כביש החוף. הכוח הפושט, אליו צורפו לוחמי 707 ושייטת 13, נע דרומה באור יום תוך שהוא משמיד כל מה שנקרה בדרכו: עמדות-משמר, מחנות קטנים וכלי-רכב. המצרים בכל הדרגים היו מופתעים לחלוטין.
בשעה 11:00 החליט הרמטכ"ל לסיים את המבצע ולפנות את כוח הפשיטה באור יום במקום להמתין לחשיכה. לוחמי 707 שצורפו לכוח הפושט נשלחו למצוא אתר מתאים להעמסת הכוחות, וגם הפעם, על שונית אלמוגים. החוף שאותר היה מעט צפונה ממיקום הכוח הפושט ששב לאחור. בשעה 12:00 הגיעו הנחתות לאזור וחברו בקשר עם הכוח היבשתי. לוחמי 707 סימנו את המיקום המדויק. החוף היה סלעי ומוקף שוניות. נשבה רוח צפונית חזקה, בניצב לחוף הנחיתה. ניתן היה להעמיס ולפנות נחתות זו אחר זו אך לא במקביל. העמסת הנחתת התנהלה במהירות אך המשקל הרב, והחיכוך עם הסלעים לא אפשר לנחתת להינתק מהחוף. לוחמי 707 כיוונו נגמ"ש לעבר דלת הנחתת שדחף את הספינה למים. שתי הנחתות אחריה פינו בהצלחה את כל הכוח לנמל אבו זנימה בצד המזרחי.
פעילות לאחר חבלות קומנדו ימי מצרי במלחמת ההתשה.
בליל 15–16 בנובמבר 1969 פשט כוח קומנדו ימי מצרי, שיצא מחקל שבסעודיה, על הנמל האזרחי של אילת. נפגעה האניות א/מ "היי דרומה", שפעלה על קו אילת שארם-א-שייח והובילה מטענים ונוסעים חיילים ואזרחים. ב"היי דרומה" נבקע חור גדול וכדי למנוע את שקיעתה בנמל היא נגררה מייד לחוף הצפוני של אילת והועלתה על החוף. בסופו של דבר התברר כי הנזקים אינם גדולים. מאחר שהאנייה עמדה על החול היה צורך לעשות חלק מתיקוני האטימה בצלילה אל תוך תחתית האניה. צוללי היחידה עבדו כשבועיים וביצעו תיקון והאנייה שבה להפליג.
האנייה השנייה שנפגעה הייתה א/מ "דליה" של חברת צים - אניית סוחר שפעלה באזור אפריקה ואסיה. נבקעו בה שלושה חורים גדולים, שהיו למעשה במכלים אטומים. לפיכך, היא לא טבעה ונותרה על מקומה.