יְרִיחו היא עיר השוכנת בבקעת הירדן, כ-10 ק"מ מצפון לים המלח, יריחו היא אחת הערים הקדומות ביותר בעולם- עדויות נמצאו להתיישבות בה החל משנת 9000 לפנה"ס. ביריחו אתרים ארכאולוגיים מתקופות קדומות המרכזי בהם הוא תל א-סולטאן, בו כנראה הייתה העיר הקדומה מימי יהושע בן נון שנחפר על ידי צ'ארלס וורן, זלין וורטצינגר (1907–1909), ג'ון גרסטנג (1930–1936) וקתלין קניון (1952–1958) תל יריחו מתייחד בתקופת ההתיישבות הארוכה בו. התל משמש אתר מפתח לתקופות רבות בארכאולוגיה של ארץ ישראל. בסמוך נחשפו ארמונות החורף מימי בית שני ומהתקופה הביזנטית בארץ ישראל - בתי הכנסת וארמון הישאם.
ירושלים.
ירושלים בכלל ועיר דוד בפרט היו אבן שואבת לארכאולוגים החל מראשית המחקר בארץ ישראל בסוף המאה ה-19. המשלחות הראשונות שחלקן היו טובות במעט מהרפתקנים בעלי חזון ורחוקים מעבודה מדעית מסודרת פגעו קשות באתרים הנחפרים. הרכבת תמונה של העיר ירושלים בתקופות הקדומות נתקלת בבעיות רבות: היעדר מקורות היסטוריים מפורטים, סתירות בין המקורות המעטים שיש והממצאים הדלים בשטחי החפירות, מקשות על יצירת מפה של העיר. בעיות אלו נובעות במידה רבה מאופייה של ירושלים כיישוב שהתקיים באופן רצוף עד להיום, מהשימוש האינטנסיבי שעשו בוני העיר בחומרי בניין שפורקו ממבנים קדומים, ממחצבות שפעלו בירושלים וסביבתה ללא הפסקה תוך פגיעה באתרים קדומים. מחקר מודרני ובעיקר חפירות ארכאולוגיות נתקל בקשיים נוספים של חפירות במתחמים שהם קודש הקודשים של שלוש דתות שונות היושבים על פני עיקר שטחה של ירושלים המקראית ורגישות מדינית הנובעת מהסכסוך הישראלי-פלסטיני ומוקדיו נעוצים בחלקם בעוינות הבין דתית.
עיר דוד.
עיר דוד הוא אתר ארכאולוגי שבו שכנה ירושלים הקדומה החל מראשית ימיה, בתקופת הברונזה התיכונה, והיא המשיכה להיות מיושבת עד לאמצע ימי הביניים. האתר מהווה חלק מגן לאומי "סובב חומות ירושלים". עיר דוד היא ללא ספק האתר בישראל שבו נערכו חפירות על ידי המספר הגדול ביותר של משלחות ארכאולוגיות. הדבר נובע ממקומה של העיר הקדומה בחקר המקרא. בעיר דוד מספר אתרי חפירה, השטחים סומנו עם השנים בצורות שונות על ידי החופרים השונים, אך המחקר העכשווי נוהג להתייחס לאתרים השונים על פי האזורים שהוגדרו בחפירותיו של יגאל שילה. החשובים שבהם - שטח G (קריית השלטון), מבנה האבן הגדול, נקבת חזקיהו ופיר וורן. ממצאים נוספים נחשפו בחפירות שנערכו באתר חניון גבעתי המצוי אף הוא בתחומי עיר דוד, ממול הכניסה הראשית לגן הלאומי וממערבה לו.
הגן הארכאולוגי ירושלים.
הגן הארכאולוגי ירושלים או גן העופל (המכונה גם בהכללה 'חפירות הר הבית' או 'חפירות הכותל'), הוא אתר תיירות המשתרע בצפון העופל בירושלים, למרגלות הכותל הדרומי של הר הבית, וכולל גם את מוזיאון מרכז דוידסון. הגן כולל ממצאים ארכאולוגיים קדומים ומאוחרים, החל מתקופת הברונזה לפני כ-5,000 שנה, ועד ממצאים מהתקופה העות'מאנית לפני כ-90 שנה. חשיבותו העיקרית של הגן היא בשפע המבנים והממצאים המוצגים בו באתרם מימי בית המקדש השני.
מנהרות הכותל.
מנהרות הכותל הן מערך חללים ומחילות תת-קרקעיות מתקופות שונות לאורך תוואי הכותל המערבי, מתחת לבתי הרובע המוסלמי בעיר העתיקה בירושלים. במתחם מבנים מתקופת בית שני, מימי הביניים ומהעת החדשה. ציר הליכה אופקי מחבר את החללים והמחילות, מעניק למבקר חוויה של מסע לאורך ציר הזמן ההיסטורי, ונחשב לאחד מאתרי התיירות הפופולריים בישראל. האתר, כנקודת חיכוך רגישה מבחינה דתית בין אוכלוסייה מוסלמית ויהודית, הביא לא פעם לתסיסה, שהגדולה בהן הייתה מהומות מנהרת הכותל ב-1996. פרויקט חשיפת הכותל המערבי לכל אורכו לאחר מלחמת ששת הימים, במטרה לאפשר לכל יהודי לגשת אל הכותל ללא הפרעה וללא מכשול, היה יוזמה של משרד הדתות.
כוכב הירדן.
כוכב הירדן הוא גן לאומי, אתר ארכיאולגי הממוקם בשולי הגליל התחתון. בשנת 1966 חפר הארכאולוג מאיר בן דב באתר וגילה במקום את שרידיו של מבצר הצלבני שהוא אחד מתוך 2 מבצרים כפולים שנחשפו בממלכת ירושלים ובלבנט הנחשב לאחד מגדולי ההישגים האדריכליים של הצלבנים. במקום נערכו עבודות שימור ואחזקה על ידי רשות הטבע והגנים (אז "רשות הגנים הלאומיים") והוא נפתח לקהל הרחב בשנת 1968.
בית שאן.
בית שאן היא אחת הערים העתיקות בארץ ישראל. ממוקמת על דרך הים שהייתה בין מצרים למסופוטמיה. בשיאה היא הייתה הבירה של ברית עשר הערים (הדקאפוליס) בראשית התקופה הרומית ועיר נוצרית חשובה בתקופה הביזנטית, באותה תקופה העיר נקראה סקיתופוליס. בשנת 1990 החל פרויקט חפירות יזומות מטעם משרד התיירות, רשות הטבע והגנים, קרן קיימת לישראל, עיריית בית שאן ורשות העתיקות. כ-1,500 דונם נחפרו וחשפו את שרידיה של העיר העתיקה שחרבה. במקביל לחפירות נערכו עבודת שימור, שחזור ופיתוח. במקום נחשפו תיאטרון רומי, מקדשים, מרכזי מסחר עתיקים, מרחצאות, פסיפסים ועוד. ביולי 2008 נחנך חיזיון אור-קולי בהשקעה של עשרות מיליוני דולרים, הוא ייחודי מסוגו בארץ ובין הבודדים בעולם.
מצדה.
מצדה היא מבצר עתיק על פסגתו של מצוק מבודד, בשוליו המזרחיים של מדבר יהודה, הצופה לים המלח. מצדה ידועה ביותר בתור מצודתו המלכותית של הורדוס וכמעוזם האחרון של המורדים בתקופת המרד הגדול ברומאים. בשנת 2001 הוכרז האתר על ידי אונסק"ו כאתר מורשת עולמית. האתר נחפר כולו על ידי משלחת ישראלית בראשות יגאל ידין, במהלך שתי עונות חפירה מאוקטובר 1963 עד אפריל 1964 ומדצמבר 1964 עד מרץ 1965. נחשפו ביצורים וארמונות מפוארים ושרידים מתקופת המרד הגדול ובהם מערכת מצור רומאית שנשתמרה בשלמותה.
עבדת.
עבדת הייתה העיר המרכזית על ציר המסחר הנבטי שבין פטרה לנמל עזה המכונה דרך הבשמים. כלל שטחה הבנוי של עבדת משתרע על כ-85 דונם, והיא ניצבת במרכזו של גן לאומי בשטח של 2,100 דונם. במקום פועל מרכז מבקרים, ובאתר עצמו שרידים רבים ומרשימים, הכוללים שכונת מגורים ומגדל תצפית, גת לדריכת ענבים, רחבת מקדשים ובה שרידי כנסיות, מחנה צבאי, מערות מגורים רבות, בית מרחץ שמור היטב וטרסות חקלאיות ששוחזרו בחלקן. בשנת 2005 הוכרזה עבדת כאתר מורשת עולמית על ידי אונסק"ו ביחד עם שבטה, חלוצה וממשית, כחלק מדרך הבשמים.
עכו העתיקה.
עכו היא אחת מערי הנמל העתיקות בעולם, ודברי ימיה המתועדים מתחילים בתקופת הברונזה הקדומה. העיר העתיקה של עכו תחומה על ידי מי הים בצדה הדרום-מזרחי, הדרומי והמערבי, והיא מוקפת בחומה בכל צדדיה. בצדה הצפוני ובצדה המזרחי הפונים אל היבשה, כוללים הביצורים גם חפיר. מאז שנת 1990 התבצעו בעכו עבודות ארכאולוגיות ועבודות שימור נרחבות, על ידי החברה לפיתוח עכו העתיקה, ובשנת 2001 הכריז ארגון אונסק"ו על עכו העתיקה כאתר מורשת עולמית. ייחודה של עכו העתיקה הוא בכך שהיא בנויה משני מפלסים נפרדים - העיר הצלבנית והעיר העות'מאנית. שני המפלסים נפרדים זה מזה על ידי מאות השנים שבהן עמדה עכו בהריסותיה, החל בכיבוש הממלוכי ב-1291 ועד להתחדשותה בתקופה העות'מאנית. העיר הצלבנית כוללת את השרידים מתקופת ממלכת ירושלים, והם ברובם תת-קרקעיים. חלקם נחשפו והם השתמרו בדרך כלל במצב טוב מאוד. אלה כוללים חומות, רובעי מגורים, רחובות פתוחים ומקורים תעלות ניקוז, מעברים תת-קרקעיים ומבני מסחר ומגורים. העיר העות'מאנית הוקמה על שרידיה של העיר הצלבנית, פעמים רבות בחופף למבנים הצלבניים וליסודותיהם, העיר העות'מאנית מתאפיינת בסימטאותיה הצרות והמפותלות, בבתי המגורים ובחאנים שלה.
קומראן.
קוּמְרָאן ממוקמת במישור הצפון-מערבי של ים המלח, סמוך לשפך נחל קומראן. המקום התפרסם במיוחד בשל מגילות מדבר יהודה שנמצאו במקום. מערות קומראן התגלו באקראי בשנת 1946, תגלית זו הובילה לגילוי מעל 700 כתבי יד במקום. לאחר גילוי המגילות נעשו חפירות שבעקבותן נמצאו במקום שרידי יישוב שנבנה על פי הערכות החוקרים בין השנים 130–150 לפני הספירה. רובם של החוקרים משייכים את המקום לכת יהודית, כת מדבר יהודה, שככל הנראה היא כת האיסיים המוזכרת פעמים רבות בכתבי יוסף בן מתתיהו, פילון ופליניוס הזקן, ולכן גם נקראת לעיתים "כת קומראן".
מגילות מדבר יהודה.
מגילות מדבר יהודה, התגלו במערות קומראן שבמדבר יהודה ובאתרים נוספים באזור, בחפירות שנערכו במקום בין השנים 1947–1956. גילוי המגילות נחשב לאחד הממצאים הארכאולוגיים החשובים בארץ ישראל. למגילות חשיבות היסטורית ודתית רבה, מאחר שתקופת כתיבתן משוערת למאה השנייה והראשונה לפני הספירה ולפיכך מלבד קטע בודד של ברכת כהנים מכסף הן המקור המקראי העברי הקדום ביותר שנמצא. אף על פי שחלקים מן הכתוב במגילות ניזוקו ואין אפשרות לשחזרם, רובן נשמרו היטב בשל האקלים היבש השורר באזור ים המלח. רוב המגילות כתובות בעברית, ומיעוטן בארמית וביוונית. החל מאמצע המאה העשרים מוצגות חלק מהמגילות בהיכל הספר שבמוזיאון ישראל בירושלים.
תל גזר.
תל גזר הוא אתר ארכאולוגי וגן לאומי בישראל, השוכן ליד דרך הים הקדומה, בתחום מועצה אזורית גזר, בין לטרון לרמלה, ומזוהה עם העיר הכנענית העתיקה גזר. התל הוא מהחשובים שבתלי ארץ ישראל עברו משתרע על כ־5,000 שנים, מתום העת הנאוליתית עד לימי הצלבנים. הוא נתגלה בשנת 1871, ומאז הפך לאתר של חפירות ארכאולוגיות רבות המהווה מפתח חשוב לחקר אורח החיים של יושבי ארץ ישראל הקדומה. האתר זוהה בידי הארכאולוג הצרפתי שארל קלרמון־גנו בשנת 1871. בשנים 1902–1905 ו־1905–1907 חפר באתר רוברט מקאליסטר, בשנים 1965–1964, חפרו באתר חברי ההיברו יוניון קולג', עם השנים הפך האתר למוקד לחפירות נוספות, האחרונה שבהן היא זאת של אוניברסיטת אנדרוז.
תל דור.