באותה תקופה הוחלט כי לוחמי 707 יעברו קורס צניחה, מה ששימש בעיקר להעלאת המורל האישי והיחידתי. במפקדת חיל הים החליטו לאפשר את הקורס כ"סוכרייה" ללוחמים. לאחר זמן קצר שונתה ההתייחסות וקורס הצניחה הפך לחלק רשמי בתוכנית הסמכת הצולל ההגנתי. הדבר התאפשר בעקבות תמיכה של תא"ל רפאל איתן בתפקידו כקצין חי"ר וצנחנים ראשי אשר נוכח באימון לחימה יבשתי של יחידה 707 ברמת הגולן ואישר אותה כיחידת קומנדו קרבית לכל דבר. היחידה הוכרה בצה"ל כיחידה מיוחדת שפועלת בשיתוף עם כוחות היבשה השונים. היחידה השתתפה במבצעים הגדולים נגד ארגוני הטרור בלבנון, הן ככוח מוביל והן כצוותי לחימה אורגניים.
כאשר קיבל אברהם בוצר את הפיקוד על חיל הים, היו בשייטת 13 כ-25 לוחמים. הצרכים גברו על היכולת. לכן החליט לצרף את לוחמי 707 לפעילות המבצעית. לדבריו: .
כנפי התמנון.
ההכרה כיחידת לחימה קיבלה ביטוי ב"אות צולל הגנתי" שאושר לאנשי היחידה לענוד על חזם. מפקד היחידה שאול סלע פנה לאחראי על הסמלים במטה הכללי והציג שיחידת התנדבות לפי פקודות מטכ"ל אנשיה זכאים לסמל מעל הכיס, בגודל מסוים, בדומה ל'כנפי העטלף' או סמל הטייסים. האחראי אישר להגיש הצעה לסמל. האות עוצב על ידי שני לוחמי היחידה, יאיר שביט ונסים פנקס. הסמל מבטא את מקבץ המקצועות המאפיין את היחידה לצלילה הגנתית: מוקש ימי עגול כסמל לפעילות החבלה, שעליו יושב תמנון – יצור תת-מימי חכם ובעל שמונה זרועות, לציון הרבגוניות המקצועית. עוגן בראשו כמו מרבית סמלי חיל הים. הליך אישור הסמל היה ארוך ובמהלכו הלוחמים הוכיחו את עצמם במבצעים רבים.
טקס הענקת "כנפי התמנון" התקיים ב-16 באפריל 1969 והסמל חולק לכל אנשי יחידה 707 בעת סיום קורס צולל הגנתי. בטקס במגרש המסדרים של בסיס חיפה העניק מפקד חיל הים האלוף אברהם בוצר את הסמל למפקד היחידה רס"ן שאול סלע ולמפקד הקודם סרן מיכאל הדני. בהמשך נערכו טקסים בעת סיום מחזור קורס צולל הגנתי.
הגדלת היחידה.
בחודש דצמבר 1969 הוחלט בחיל הים להגדיל את תקני הלוחמים ביחידה במגמה להציב צוללים קבועים בכל בסיסי החיל לביצוע משימות הקשורות בהגנת הנמלים. נקבע כי לבסיסי אשדוד ואילת יידרשו כ-10 עד 12 צוללים לכל בסיס. לבסיס בשארם א-שייח' בין 8 ל-10 צוללים ולבסיס חיפה בין 40 ל-45 צוללים. סה"כ כ-75 צוללים שילקחו מכל יחידות חיל הים, מהם כ-50 חיילי חובה. נקבע לוח זמנים להכשרת עוד 40 צוללים עד אוגוסט 1970 והצבת הלוחמים ביחידות בינואר 1972.
מבצעים בלבנון והרחק מגבולות ישראל.
כוח משני שהורכב מאנשי שייטת 13 בפיקוד סרן חנינא עמישב ביצע פשיטה על עמדות מחבלים קילומטר צפונה יותר.
ב-20 בפברואר 1973 יצאו הכוחות לדרכם. הים היה שקט ונוח ואפילו הצנחנים חשו בטוב. החוף נתפס על ידי לוחמי 707, שנתנו אות לסירות הגומי לרדת לחוף. 14 סירות בפיקודו של דב בר, הנחיתו את הצנחנים. בחוף שני נחתו 11 סירות-גומי בפיקודו של סגן יוסי דר. גם בהחפה זו לא התעוררו בעיות מיוחדות. ההחפה בוצעה באזור של מסופי דלק. באחד מהם בערה אבוקה שאמנם האירה את כל השטח וסיכנה את הלוחמים, אך גם סייעה לאתר במדויק את נקודת ההחפה. לכוח הפושט צורפו שלושה מלוחמי 707 בפיקודו של סגן אמנון אשל, ולכוח השני שלושה לוחמי שייטת 13 בפיקודו של אילן אגוזי.
פעילות הרחק מגבולות ישראל.
לאחר אירוע שבו מחבלים פלסטינים ירו טילים על המכלית "קוראל סי" במצר באב אל-מנדב ביוני 1971, נשלחו לוחמי 707 במכליות בדרכן למסוף הדלק ח'ארג שבאיראן. במצר באב אל-מנדב, עמדו הלוחמים בעמדות קרב עם מקלעי מאג ורקטות RPG.
מפקד היחידה שאול סלע וצוללים נוספים בעלי רקע דומה הופעלו על ידי מערכת הביון לקיים קשר עם יהודים בארצות שלא היו עמן יחסים דיפלומטיים. הפעילות הזאת זכתה לכינוי "קוזה נוסטרה".
אבטחת כלי שיט ישראליים בנמלים מחוץ לישראל - בתקופת מלחמת ההתשה הוכיחו יחידות קומנדו ימי של מצרים את יכולתן בפיגועים תת-מימיים בנמל אילת. היה חשש שיבצעו פעולות חבלה תת-מימיות בנמלים זרים. ישראל קיימה מערכת בדיקות תחתית למניעת חבלה באניות בנמלי המוצא לפני הפלגתן. הבדיקות בוצעו בעיקר על ידי אנשי יחידה 707 במילואים בניהולו של סרן נדב סלע.
מבצע אביב נעורים.
בחודש מרץ 1973 קיבל רס"ן דב בר את הפיקוד משאול סלע והיחידה המשיכה בפעילות מבצעית רצופה.
אחת המשימות הראשונות הייתה השתתפות במבצע אביב נעורים בו הותקפו בו זמנית ארבע מטרות מחבלים בחוף לבנון על ידי כוחות שייטת 13, חטיבת הצנחנים וסיירת מטכ"ל. ב-9 באפריל 1973 הובלו הפושטים למול ביירות על ידי שייטת ספינות הטילים. בלילה ירדו בסירות גומי והונחתו בחוף יבשים ומוכנים לפעולה. פעולת האיסוף לאחר הביצוע נעשתה מבלי שהיות. אנשי יחידה 707 השיטו את כוחות הסיירת לחוף ואספו אותם לאחר הפעולה. דב בר הצטרף לכוח סיירת מטכ"ל בפיקודו של אהוד ברק, ואבשי בן יהודה הצטרף לכוח הצנחנים. בסיכום המבצע זכתה יחידה 707 למחמאות מאהוד ברק ומקצין צנחנים ראשי עמנואל שקד, שסיכם:
בתחקיר הפנימי ביחידה 707 היו הלוחמים ביקורתיים והעלו נושאים הדורשים טיפול. מפקד היחידה רס"ן דב בר סיכם.
מלחמת יום הכיפורים.
בעת המלחמה ירד הכוח העיקרי של יחידה 707 עם ציודו לסיני והתמקם באבו זנימה שבמפרץ סואץ. המטרה עיקרית הייתה השתתפות במבצע הנחתה בצדו המערבי של מפרץ סואץ, אשר לא יצא לפועל.
מבצע יתוש.
בליל ה-9 באוקטובר 1973 נערכה פשיטה בחוף המצרי במפרץ סואץ שכללה מארב כלי רכב ומיקוש בשתי נקודות. הכוח בפיקוד כללי של סא"ל שאול סלע כלל שלוש ספינות דבור, כל אחת גררה סירת גומי אחת, ועל הסיפון סירה נוספת. המארבים בוצעו על ידי כוח מיחידה 707 בפיקודו של סא"ל דב בר וכוח שני משייטת 13 בפיקוד רס"ן גדי שפי. הכוח יצא מבסיס חיל-הים שבאבו זניימה ונע לעבר היעדים בחוף המצרי. הלוחמים ירדו בסירות התקרבו לחוף בשחייה, איתרו את הכביש והטמינו את המוקשים. הלוחמים המתינו ארבע שעות במארבים, אולם שום רכב לא עבר במקום. לקראת הסוף הופעלו המטענים ופוצצו צוקים, כדי לחסום בסלעים את הכביש וכן הופל עמוד חשמל.
ניסיון לחילוץ אנשי מוצב המזח.
מוצב המזח שהיה בפתחה הדרומי של תעלת סואץ, נשאר בידי צה"ל כאשר הוא מוקף על ידי כוחות מצריים שחצו את התעלה. במקום היו 42 איש, מחציתם פצועים וחלקם הרוגים. ניסיונות חילוץ יבשתי לא צלחו. המטכ"ל פנה לחיל הים לבצע חילוץ על ידי שייטת 13. יחידת שייטת 13 שנמצאה בשארם א-שייח' יועדה לביצוע תקיפת כלי שיט מצריים בערדקה. מפקד חיל הים החליט להטיל את המשימה על דב בר ויחידה 707.
ב-11 באוקטובר 1973 נקרא דב בר, שהיה באבו זנימה, להגיע לשארם א-שייח' ואלוף בוצר הטיל עליו , אך לא פירט מהי. נמסר לו כי כוח היחידה קיבל הוראה והוא מועבר לראס סודר. בר הוטס והורד בשדה התעופה שהיה ריק מאדם. לאחר המתנה הגיע מסוק ואתו אל"ם חיים בנימיני מפיקוד דרום ורס"ן חנינא עמישב קצין האג"מ של שייטת 13, שמסרו לבר את משימת החילוץ ממוצב המזח. בנימיני הציג מפות ותדרך, ומסר שהמוצב יקבל את ההודעה על החילוץ ברגע האחרון.
דב בר, שהכיר היטב את מוצב המזח מתקופת ההכנות לפשיטה על האי גרין, לא היה שלם עם המשימה. שני חופי המפרץ היו בידי המצרים ובר לא ראה דרך להגיע ליעד בהסתר מתצפיות המצרים מכל הכיוונים. בר התקשר פעמיים למפקד חיל הים האלוף בנימין תלם ואמר לו שהמשמעות . תשובת תלם הייתה .
יחידת חיל הים בראס סודר פונתה יומיים קודם בהוראת פיקוד דרום מחשש שתיפול בידי המצרים. הקשר עם מפקד חיל הים נעשה מהחפ"ק של אל"ם עוזי יאירי, מפקד חטיבת הצנחנים. יאירי שמע את הדברים והבין את ההתלבטות ואמר לדב בר . עמי אילון, שהגיע לראס סודר עם זוג דבורים, שוחח עם דב בר על חוסר הסיכוי להצלחה. תשובתו של דב בר הייתה ! איילון הבטיח לעקוב ולסייע בהכוונה ובכל מה שיהיה ביכולתו.
הכוח, שכלל 18 לוחמים בשש סירות גומי בפיקודו של דב בר, יצא בליל ה-11 באוקטובר מראס סודר, וזוג דבורים בפיקוד עמי אילון הפליגו בליווי מרחוק.
הים היה חלק והירח מלא. הכוח התגלה למצרים במכ"ם כבר במחצית הדרך. נפתחה אש מדויקת מסוללת תותחי 130 מ"מ בראס מחג'רה בצדו המערבי של מפרץ סואץ. לאחר כשעה של ניסיונות התחמקות מנפילות קרובות ופציעה של אחד הלוחמים, הודיע בר לחפ"ק הפיקוד כי לא ניתן להמשיך והכוח נאלץ לסגת. חיילי צה"ל הנצורים במוצב המזח נכנעו ונפלו בשבי.
בראיון שנתן דב בר שנים מאוחר יותר, אמר:
אבטחת גשרי הצליחה בסואץ.
יחידות הצליחה של חיל ההנדסה פעלו במשימות צליחת הסער והקימו יחידות משלהן שכללו סירות גומי ודוברות מושטות מסוגים שונים. אנשי יחידה 707 שיתפו פעולה עם לוחמי חיל ההנדסה וסייעו להם בהדרכה ובידע. הגשר היה ממוקם כ-200 מטר מצפון לאגמים. צה"ל הצליח לחצות לצד המצרי בעזרת הכלים האמפיביים שעמדו לרשותו ובעזרת דוברות עליהן הועמסו טנקים. בשלב הקמת הגשר על התעלה התעורר חשש שהמצרים ישלחו צוללים או ישיטו מטענים צפים, כדי לפוצץ את הגשר. לוחמי 707 הגיעו לאזור מצוידים בציוד צלילה מלא, במאות מטענים נגד צוללים ובסירות גומי. בשעת הגעת הצוללים לשטח החלה הפגזה כבדה של קטיושות, תותחים ומרגמות.
עם סיום המהלך הראשון היו בצד המצרי כ-30 טנקים ללא גב לוגיסטי. פיקוד דרום פנה לחיל הים וביקש לוחמים כדי לאבטח את הצד הישראלי של המעבר, שמהר מאוד זכה לשם חצר מוות.