המקרים היחידים בהם מותר לאדם לפגוע בחירותו, רכושו, או גופו של אדם אחר הם כאשר האחר מסכן את שימורו העצמי, או במצב בו נדרשת עשיית צדק עם אחר שפעל בניגוד לחוק הטבע. כך, מהחובה לשימור עצמי והחובה לשימור המין האנושי לוק גוזר גם חובה להעניש את מי שעובר על חוק הטבע. חובה זו, שדרושה לשם הוצאתו לפועל של חוק הטבע, חלה על כל אחד, בין אם העבירה נעשתה כנגדו או כנגד כל אדם אחר. מחובות אלה נגזרות גם זכויות טבעיות לכל אדם לשמר את עצמו ואת המין האנושי ולשפוט, להעניש ולדרוש פיצויים ממי שפועל בניגוד לחוק הטבע. השוויון במצב הטבעי הוא שוויון בחובות ובזכויות אלה. זהו שוויון פוליטי שנובע מכך שלאף אדם אין זכות יתר שניתנה לו מאלוהים או מהטבע למשול על אחרים. זהו לא שוויון במאפיינים פיזיים, שוויון בכישורים או יכולות או בקניין, אף שהזכות לקניין שהאדם זקוק לו למען שימורו העצמי ושימורם של אחרים, היא גם כן זכות טבעית.
הזכות לשפוט, להעניש ולדרוש פיצויים במצב הטבע נתונה לכל אחד, אך היא לא זכות להעניש באופן שרירותי. לוק קובע שהעונש המתאים, לפי חוק הטבע, הוא מידתי ביחס לחומרת העבירה. היכולת לשפוט ולהעניש במצב הטבע קשורה להנחות היסוד של לוק, שבני האדם במצב הטבע הם רציונליים ושהם יכולים לראות את עצמם כחברים בקהילה של בני אנוש. בני האדם במצב הטבע מסוגלים לזהות את עצמם ואת האחרים כבעלי חובות וזכויות וכאחראים כלפי הקהילה האנושית, גם בהיעדר ממשל מדיני. כאשר תנאים אלה מתקיימים מצב הטבע אינו מצב של מלחמת כל בכל, כפי שטענו תומאס הובס ופילוסופים מלוכנים אחרים, אלא מצב של שלום, רצון טוב, עזרה הדדית ושימור.
אף על פי שמצב הטבע אינו רע בהכרח, הוא כולל אי-נוחויות שעשויות להוליד את מצב המלחמה, שהוא מצב של איבה, רוע, אלימות והרס הדדי. אי הנוחות מתעוררת, ראשית, כיוון שגם בהינתן חוק הטבע אין ערובה לכך שכולם יפעלו על פיו. בני אדם עשויים לחטוא לחובתם כלפי אחרים, לגנוב, להשתמש באלימות, להרוג או לשעבד. בכל מקרה מעין זה האדם שעובר על חוק הטבע מכריז על מצב מלחמה ביחס לאחרים. שנית, במצב הטבע אין "כוח סמכות עלי אדמות, שאפשר לפנות אליו על מנת ישפוט משפט-צדק" ועל כן "רק אני לבדי יכול לשפוט על כך לפי מצפוני". במצב הטבע אין ערובה לכך שבני אדם ששופטים במקרים הנוגעים לעצמם ישפטו באופן מידתי והוגן המקובל על אחרים. יוצא מכך שבנסיבות מסוימות מצב הטבע יכול להפוך למצב של מלחמה. אפשרות זו מובילה בני אדם רציונליים לרצות לכונן קהיליה וממשל מדיני.
על בסיס הטיעון על מצב המלחמה, חלק מהפרשנים של לוק - הבולט שביניהם הוא לאו שטראוס - הגיעו למסקנה שלוק אמנם מתחיל מתאור מצב הטבע כמצב אופטימי, אך מסיים עם תפיסה של אותו המצב כמצב של מלחמת כל בכל, בדומה להובס. פרשנים אחרים הדגישו את החשיבות הפוליטית של ההבחנה שלוק עורך במפורש בין מצב הטבע למצב המלחמה. ראשית, אין הכרח שמצב הטבע יהיה מצב מלחמה. טיעון זה חשוב ללוק כיוון שאם המצב הטבעי לא מוביל בהכרח למצב של מלחמה, בני אדם רציונליים עשויים תחת תנאים מסוימים לרצות למרוד בממשל המדיני גם במחיר של חזרה למצב הטבע. שנית, מצב המלחמה, לפי לוק, מתקיים בכל מקום שבו אדם מנסה, או אומר שינסה, להשתמש בכוח כנגד אדם אחר ללא זכות או סמכות. נובע מכך שגם שלטון (לדוגמה שלטון עריץ שמשעבד את עמו) יכול להיחשב כמצוי במצב מלחמה עם נתיניו או עם הפרלמנט.
חירות ועבדות.
לוק פותח את הפרק הרביעי במסכת השנייה, על העבדות, בהבחנה בין החופש של אדם במצב הטבע לבין החופש של אדם בחברה. במצב הטבע חופש מושלם הוא החופש לעשות כל דבר שמותר על פי חוק הטבע. זהו גם חופש מהמרות של כל סמכות ארצית. במצב המדיני להיות בן חורין משמעו לא להיות כפוף לכוחו של מחוקק כלשהו מלבד זה שכונן בהסכמה ולא להיות כפוף למרות כלשהי מלבד זו שהמחוקק התקין. בשני המקרים, בניגוד לעמדתו של פילמר כפי שלוק מבין אותה, חופש אינו הפקרות או היות אדם חופשי מכוחו של כל חוק חיצוני לו, אלא חופש במסגרת החוק הלגיטימי.
עבדות, על פי לוק, היא מצב בו אדם נתון לכוח שרירותי. לוק מדגיש שעבדות היא לעולם לא לגיטימית. העבד מאבד את היכולת לפעול למען שימורו העצמי, שהיא זכות וחובה שמוקנית לו על פי חוק הטבע. אדם גם לא יכול להסכים לשעבד את עצמו, גם לא באמצעות חוזה. כפי שבהיותו הקניין של אלוהים אדם לא יכול למסור את חייו, כך הוא אינו יכול לשעבד את עצמו, פעולה ששקולה למסירת החיים לאדם אחר. אם אדם משעבד אדם אחר, פעולתו אינה לגיטימית והוא שם עצמו במצב מלחמה עם האדם המשועבד. הטיעון נגד עבדות סותר את הטענה של אריסטו שיש בני אדם שהם עבדים מטבעם, וכן את הטענה של מספר הוגים פוריטנים ושל תומאס הובס, שאדם יכול לשעבד את עצמו באמצעות חוזה.
להוגים המסתמכים על כתבי הקודש כדי להצדיק עבדות, לוק משיב ש"אמנם בקרב בני ישראל, וגם בקרב אומות אחרות, מוצאים אנו שבני אדם מכרו את עצמם; אולם ברור שבני-אדם מכרו עצמם לעבודת פרך בלבד, לא לעבדות". מענה זה מעלה את האפשרות שלוק שלל עבדות, ככל שההגדרה של עבדות כוללת את הזכות לקחת את החיים של העבד, להטיל בו מום, או מרות שאינה מוגבלת בזמן; אך לא שלל צורות מתונות יותר של עבדות, כגון מכירת אדם לעבודת פרך.
לוק מותיר פתח לעבדות לגיטימית במקרה אחד: שעבודם של אנשים שהובסו במסגרת מלחמה צודקת . לאדם או קבוצה שהותקפו באופן לא צודק על ידי צד אחר מותר לשעבד את תוקפיהם, כיוון שהתוקפים העמידו עצמם במצב מלחמה עם המותקפים ואיבדו את זכותם לחיים. שעבוד במקרה זה כמוהו כדחייה של הוצאת התוקפים להורג. ההיתר לשעבד קיים רק עבור המותקפים ורק בהתייחס לאלה שלקחו חלק פעיל בתקיפתם. גם במקרה זה לא ניתן לשעבד את מי שלא לקח חלק פעיל במלחמה לא צודקת, כגון נשים וילדים, העבדות לא יכולה לעבור בירושה ואסור גם לנכס רכוש או קרקע שיכולים לעבור לחפים מפשע בירושה.
בניגוד לעמדה הנחרצת שלוק מביע במסכת השנייה נגד עבדות, הוא סייע לנסח סעיפים בחוקה היסודית הראשונה של פרובינציית קרוליינה, שבהם ניתנת לגיטימציה לעבדות של שחורים באמריקה. סעיף 110 לחוקה קובע כי "לכל אדם חופשי בקרוליינה יהיו כוח וסמכות אבסולוטיים על עבדיו השחורים, תהיה דעתו או דתו אשר תהיה".
קניין פרטי.
פרק 5 במסכת השנייה, על הקניין, נחשב לאחד הטקסטים הפוליטיים החשובים והמשפיעים בעת המודרנית. ברקע לטיעון של לוק היה ויכוח בין שתי תאוריות מקובלות. לפי התאוריה הראשונה, שבה תמך פילמר, מקורו של הרכוש הפרטי הוא בזכות אלוהית שניתנה לאדם הראשון על העולם וזכותם של מלכים ואבות, שניתנה להם מכוח הירושה. לוק דחה את התאוריה הזו, אך הוא דחה גם את התאוריה הנגדית שאותה פילמר ביקר. לפי התאוריה הנגדית, שפיתחו הוגים כגון סמואל פון פופנדורף והוגו גרוטיוס, אלוהים העניק את העולם כולו כרכוש משותף של כל בני האדם, ומקור הקניין הפרטי הוא בהסכמה ראשונית לגבי אופן חלוקתו. כנגד פילמר, לוק אימץ את ההנחה שאלוהים נתן את העולם במצבו הטבעי לכל האנשים במשותף; כנגד פופנדורף הוא טען שקניין פרטי יכול להתקיים במצב הטבע ושהוא קודם להסכמה בין בני אדם ולא מצריך בהכרח הסכמה כזו. התוצאה היא תאוריה לפיה מקור הזכויות על קניין פרטי הוא במצב הטבע וקודם הן לזכותם של שליטים והן לזכויות שמוקנות מכורח הסכמה. תאוריה זו איפשרה ללוק לטעון ששלטון לגיטימי חייב להכיר בזכויות הקניין וכן להצדיק ניכוס של קניין פרטי בעולם החדש, שחלקים ממנו לוק ראה כמצויים עדיין במצב הטבע.
נקודת המוצא של לוק היא בשתי הנחות יסוד לגבי המצב הטבעי. ההנחה הראשונה, כאמור, היא שאלוהים נתן את העולם לכל בני האדם במשותף וזאת כדי שישתמשו בו לנוחיותם ולצורך שימור עצמם בעזרת תבונתם:
ההנחה השנייה היא שקיים מושג קניין ראשוני, והוא הקניין של אדם ביחס לעצמו (his person). מושג קניין רחב זה, המכונה לעיתים שייכות-עצמית או קניין-עצמי (self-ownership), כולל את הבעלות של האדם על גופו, חירותו, וחייו וכן את קניין האדם ביחס לעבודה שהוא עושה באמצעות גופו. מתוך נקודת מוצא זו, לוק מסיק שכאשר אדם משקיע את עבודתו במשאב שנמצא במצב טבעי, כלומר בחזקת כולם, הוא מערב בו את עבודתו שהיא קניינו הפרטי. באופן זה הוא מפקיע את המשאב מהחזקה המשותפת והופך אותו לקניינו הפרטי, וזאת ללא צורך בהסכמה של שאר בני האדם: