עיתונאים, חוקרים ופעילים ביקרו את הוועדות הציבוריות על כך שנתנו אמון ברישומים של בתי החולים ושל חברה קדישא כראיה לכך שהילדים מתו ונקברו, גם במקרים של סתירה בין רישומים וגם כאשר הרישומים סתרו עדויות של הורי הילדים בפרטים כמו מין הילד.
ממצאי הבדיקה המדגמית בבית העלמין "סגולה".
ועדת בהלול-מינקובסקי וועדת שלגי הגיעו למסקנה כי בבית העלמין סגולה ובבית העלמין בשער מנשה קיימים קברים של ילדים תימנים. עורך הדין רמי צוברי שימש בשנות ה-90 יועץ משפטי בוועדה ציבורית התנדבותית שהוקמה על ידי משפחות הנעדרים. צוברי הוביל מהלך משפטי לפתיחה מדגמית של קברים, בניסיון לבדוק את אמינות רישומי הקבורה של חברה קדישא. הוא פנה לוועדת החקירה הממלכתית ולשר הבריאות אפרים סנה, שדחו את בקשתו. בעקבות זאת פנה צוברי לבג"ץ וב-1996 אישר שר הבריאות צחי הנגבי לפתוח עשרה קברים בבית העלמין סגולה.
לפי דו"ח ועדת החקירה הממלכתית נאמר שחפירת הקברים נעשתה בשלב ראשון ללא מומחים מן המכון הפתולוגי, ובהם נמצאו שרידי גופות בשלושה קברים בלבד. לאחר מכן הורו מומחי המכון הפתולוגי להרחיב את החפירה לצדי הקברים, כדי לבדוק את האפשרות ששרידי עצמות נסחפו הצידה, וכן לסנן את העפר במסננת המיועדת לכך, וזאת משום שעצמות תינוקות מתפוררות במשך השנים. הממצאים נשלחו לבדיקות DNA באנגליה. הבדיקות העלו שבכל אחד מהקברים נמצאה גופה אחת, שגילה המוערך התאים לגיל הילד ששמו על המצבה. רק באחד הקברים נמצאו שרידים שניתן להפיק מהם DNA לצורך הבדיקה, ובמקרה זה התאימו הממצאים לאלה של משפחת התינוק שלפי הרישום נקבר במקום. מאידך, בשנת 2016 אמר צוברי שבעשרת הקברים נמצאו 22 ילדים, ולטענתו הדבר מצביע על כך שרישומי חברה קדישא אינם אמינים.
מאבק ציבורי במאה ה-21.
בשנת 2002 ניסו מספר חברי כנסת (צבי הנדל מ"האיחוד הלאומי", אליעזר זנדברג מ"שינוי" ואריה גמליאל מש"ס) לקדם הצעת חוק בעניין הקמת מאגר דנ"א שיסייע בזיהוי המשפחות הביולוגיות של ילדים שיש חשד שהועברו לאימוץ באופן לא חוקי. הממשלה בראשות אריאל שרון התנגדה ליוזמה זו. שר המשפטים מאיר שטרית טען שהקמת המאגר וחיפוש הקשרים המשפחתיים עלולים להוביל למצבים שבהם לפתע אב יגלה שמי שחשב שהוא בנו הוא למעשה פרי יחסי מין של האם עם גבר אחר. מארי-קלייר קינג, פרופסורית לגנטיקה מאוניברסיטת וושינגטון בסיאטל המתמחה באיתור ילדים חטופים באמצעות בדיקות דנ"א, אומרת שאפשר להימנע ממצבים מביכים אלה. לדוגמה אפשר לבצע את הבדיקה ב"דנ"א מיטוכונדרי" - דנ"א העובר רק מהאם לכל צאצאיה, וכך הבדיקה כלל לא תהיה תלויה בקשר המשפחתי שבין אב המשפחה והילד הנעדר.
מספר עמותות ופעילים פועלים בנושא במאה ה-21: "ארגון ילדי תימן בישראל", שקמה בשנת 1995, עמותת "עמר"ם" ופורום "אחים וקיימים". העמותות פועלות כדי לתעד את סיפורי המשפחות שילדיהן אבדו, וכן פועלות באפיק משפטי וציבורי כדי לאלץ את המדינה לחשוף לציבור את כל החומרים שבידה. הן דורשות גם הקמת מאגר DNA, הכרזה רשמית בדבר הרקע הגזעני של הפרשה והכנסת הנושא לתוכניות הלימוד בבתי הספר התיכוניים.
באמצע 2016 עלה עניין ילדי תימן לדיון בוועדת חוקה חוק ומשפט של הכנסת בשיתוף פעולה עם חברת My Heritage הוקם מאגר גנטי של משפחות ומאומצים.
השר צחי הנגבי, שמונה בשנת 2016 על ידי ראש הממשלה בנימין נתניהו לבדוק את נושא הסרת החיסיון מהפרוטוקולים והמסמכים החסויים בפרשה, אמר זמן קצר לאחר תחילת הבדיקה, כי מאות ילדים נגזלו במזיד. בנובמבר 2016 החליטה הממשלה לקבל את המלצת הנגבי ולהתיר את פרסומם של חומרי ועדת כהן-קדמי, שהיו אמורים להיות חסויים עד שנת 2070. נקבע שכל החומר יפורסם באתר האינטרנט של ארכיון המדינה, למעט פרטים העשויים להביא לזיהוי המאומצים, המאמצים וההורים הביולוגיים, מידע רפואי, מידע בענייני רווחה, מידע שאין בו עניין ציבורי הנוגע לפרשה, או שהפגיעה בפרטיות שבפרסומו עולה על העניין הציבורי שבפרסום ומידע אשר גילויו עלול לפגוע בביטחון המדינה. לגבי נעדרים שהוועדה הגדירה כ"עלומים" - יפורסם המידע המצוי בתיקם כולל מידע רפואי ומידע על רווחה, אלא אם המשפחה סירבה לפרסמו. בעקבות זאת הושק ב-28 בדצמבר אתר אינטרנט ייעודי שהוקם על ידי ארכיון המדינה, ובו נחשפו הפרוטוקולים של ועדות החקירה, אלפי תיקים ומסמכים.
בכנסת הוקמה שדולה למען חקר האמת בפרשה, בראשות ח"כ נורית קורן. בראשית 2017 החליטה מליאת הכנסת על הקמת "הוועדה המיוחדת לפרשת היעלמותם של ילדי תימן, המזרח והבלקן", גם היא בראשות חברת הכנסת קורן. הוועדה עוסקת בין השאר בשמיעת עדויות לגבי הפרשה, ובהכנת חוק פתיחת קבר של קטין יוצא תימן, המזרח או הבלקן לשם זיהוי ועריכת בדיקה גנטית לקשר משפחה (הוראת שעה), התשע"ח-2018, שאושר בפברואר 2018. ביוני 2020 פורסם כי הוגשו 17 בקשות לפתיחת קברים בהתאם לחוק זה, וביחס לכמעט כולן התקבלה החלטה בדלתיים סגורות.
ביוני 2017 ארגנה עמותת עמר"ם בירושלים הפגנה, בדרישה להכיר בהיעלמות הילדים ולטהר את שמו של הרב עוזי משולם. בהפגנה השתתפו כמה אלפים, בהם בני משפחה וחברי כנסת מימין ומשמאל.
קבוצה של 27 קרובי משפחה של 11 מילדי תימן שנלקחו על ידי נציגי הרשויות מידי הוריהם בתקופת עלייתם ארצה וקליטתם בה, בין השנים 1948–1954, ולא ידוע מה עלה בגורלם, הגישה בנובמבר 2018 תביעה נגד מדינת ישראל והסוכנות היהודית, לפיצויים בסכום של כ-2,500,000 ש"ח, בגין הנזק הנפשי שנגרם. הקבוצה הגישה את תביעתה במשותף, בהתאם לתקנה 21 לתקנות סדר הדין האזרחי, התשמ"ד-1984. המדינה והסוכנות התנגדו לתביעה משותפת זו, וטענו שיש לתבוע בגין כל ילד בנפרד. בית המשפט העליון קיבל את עמדת הקבוצה, והורה לדון בתביעה המשותפת.
תאוריות על גורל הילדים ואחריות הממסד.
היו שהעלו טענות כי מדובר בחטיפות ילדים מאורגנות ובמסירתם להורים מאמצים בארץ וחו"ל, תמורת תשלום או במטרה שיגדלו בסביבה חילונית (רוב המשפחות שילדיהן נעלמו היו משפחות שקיימו אורח חיים דתי ואנשים מסורתיים). לטענתם, האמת כוסתה בעזרת הנפקת תעודות פטירה פיקטיביות לילדים הנעלמים ובאמצעות הצגת קברי הילדים, כאשר בפועל המשפחה אינה יודעת כי הקבר מדומה וכי אין גופה הקבורה תחתיו.
לא נמצא ביסוס עובדתי לחטיפה שיטתית ומאורגנת בחסות הממסד, ונמצאו רק מקרים בודדים שהוכח בהם כי הילדים נמסרו לאימוץ. רובם של השותפים לתהליך קליטת העולים דחו את ההאשמות וראו בהן טענות קונספירציה. הקולטים טענו שמדובר ביחס כפוי טובה על עבודתם המסורה בתנאים קשים למען העולים.
הפרשה הותירה תחושות כבדות גם בקרב אישי ציבור. פרופ' אסא כשר כתב:
לעומתו כתב פרופ' רפאל פלק:
לטענת העיתונאי אהוד עין-גיל, הן ועדות החקירה והן כתבות התחקיר של העיתונות לא חשפו ראיות לחטיפה מאורגנת של ילדים במטרה למוסרם לאימוץ. עם זאת כתבות התחקיר גילו מצב אחר שהעיתונאי יגאל משיח כינה אותה "חטיפה אפורה": התנהלות גזענית של אנשי ממסד, שהולידה רשלנות פושעת בטיפול בתינוקות ובילדים. לפי תיאור זה עשרות ואולי מאות ילדים, נותקו מהוריהם ונשלחו לבתי חולים בלי הקפדה על רישום פרטיהם וזהותם, וכשהחלימו לא ידעו למי להחזירם. במקום להשקיע מאמצים לאיתור הוריהם, מסרו אותם לאימוץ. ילדים רבים מתו ונקברו מבלי שנעשה ניסיון לאתר את הוריהם בעוד מועד, כדי לאפשר להם להשתתף בהלוויה, או לפחות להודיע להם על מות הילד ועל מקום קבורתו.
טענה לגבי נתיחת גופות וניסויים רפואיים.
בדיון של ועדת הכנסת המיוחדת בפרשת ילדי תימן, מזרח ובלקן ביוני 2017 הוצגו תמונות ומסמכים מוועדת החקירה הממלכתית על נתיחות בגופות ילדים וניסויים רפואיים, ללא ידיעת הוריהם. על פי המסמכים בוצעו נתיחות של גופות באחוזים גבוהים בתנאים בלתי מקובלים, ובמסגרתן הוצאו איברים רבים. חלקי האיברים והגופות נקברו לאחר כמה שבועות בקבר אחים. חלק מהנאמר בדיון נבדק על ידי המקור ב-2019 והוכח כלא מדויק או שגוי.
לפי פרופ' יחיאל מ' בר-אילן, שחקר את הרפואה באותה תקופה, "אי הבנות רבות אפפו את מוסדות האשפוז ואת המשפט הרפואי של הימים ההם. בדיקות רפואיות מתקדמות שבוצעו לטובת העולים כחוק, פורשו כ"ניסויים בבני אדם" ותוארו בעגה מעליבה".
ועדת החקירה הממלכתית חקרה מקרה בבית החולים לילדים של הדסה בראש העין, שבו החדירו לגופם של ארבעה תינוקות שסבלו מתת-תזונה תמיסות מלחים ופרוטאינים דרך עירוי דם. ע"פ מכתביו של פרופ' קלמן מן מביה"ח הדסה עין כרם, כמויות החומרים היו לפי המקובל לילדים, אלא שהילדים התימניים היו קטנים ואנמיים, והכמויות האלו גרמו למותם.
לפי עדותו של ד״ר מנדל, מנהל בית החולים לילדים של הדסה בראש העין, בדם שנלקח מילדים חולי מלאריה, נעשתה גם בדיקה לגילוי אנמיה חרמשית.
הכרה רשמית ופיצויים.
על רקע תביעה של משפחות, בפברואר 2021 אישרה ממשלת ישראל כי המדינה מביעה צער ומכירה בסבלן של המשפחות. משפחות שוועדות החקירה קבעו שלא ידוע מה עלה בגורל ילדה תקבל פיצוי בגובה 200 אלף שקל. משפחות שוועדות החקירה קבעו שלא קיבלו מידע בזמן אמת על מות ילדיהן - ובכלל זה על עצם המוות, נסיבותיו או מקום הקבורה - יקבלו 150 אלף שקלים כל אחת. מדובר בכ-1,050 ילדים, וסכום הפיצויים מסתכם ב-162 מיליון ש"ח.
כסף קטלני (ספר)
כסף קטלני (באנגלית: Killing Floor), הוא הספר הראשון בסדרת ספרים של הסופר הבריטי לי צ'יילד. הספר יצא לאור ב-1997.
עלילה.