במסגרת הדיונים על ההצעה לתיקון החוק קיבלה ועדת בן זאב תזכיר מלשכת המבקרים הפנימיים שבו הובעה עמדת הלשכה כי שאלת דרכי ההגנה על עובדי ציבור, החושפים מעשי שחיתות, עולה ביתר שאת ככל שמדובר במבקרים פנימיים. הוועדה לענייני ביקורת המדינה הציעה בשנת 1989 למלא את החסר בהוראה מפורשת, בעקבות זאת נחקק בשנת 1990 סעיף 45א(2) לחוק מבקר המדינה אשר מעניק הגנה למבקרים הפנימיים.
הייחודיות של הסמכות שניתנה לנציב תלונות הציבור היא במתן צו הגנה - לא הצבעה על ליקוי והדרך לתיקונו אלא צו מחייב כמו צו שניתן על ידי בית משפט. עם פתיחת הבירור בתלונות לפי בודקת הנציבות האם התלונה ממלאת לכאורה אחר תנאי הסעיף 45א(1) או (2) לחוק. אם יש צורך לבדיקת הדברים לעומקם אך יש חשש שבינתיים יפגע הממונה פגיעה קשה במתלונן, מוסמך הנציב לתת צו הגנה זמני על זכויות המתלונן בתקופה שעד סיום הבירור. לעיתים, בעקבות פנייה לפתיחה בבירור פונה הנציבות ומבקשת עיכוב ההליכים הננקטים נגד המתלונן.
הליך גישור בין הצדדים.
הנציבות החליטה בשנים האחרונות כי אחת הדרכים האפקטיביות לטפל בתלונות מן הציבור על רשויות השלטון היא באמצעות הליך הגישור. ההליך מתקיים ללא עלות כספית, בהובלת עובדים של הנציבות אשר עברו הכשרה ייעודית. המטרה היא לסייע לצדדים ליישב את המחלוקת ביניהם במהירות וביעילות.
דין וחשבון שנתי לציבור.
בכל שנה מוציאה הנציבות דו"ח שנתי המסכם את פעילות הנציבות באותה שנה, תוך הבאת תלונות מרכזיות ותוצאת בירורן וטיפולן. בשנת 2016 הוגשו 11,827 תלונות, ירידה של 21% לעומת שנת 2015. מתוך סך התלונות שבירורן הסתיים ושהתקבלה לגביהן החלטה לגופו של עניין (14,438 במספר), נמצאו 29.1% מוצדקות.
כלל אי־קבילות - חומר שאינו ראיה.
סעיף 30 לחוק מבקר המדינה קובע כי "דו"חות, חוות דעת או כל מסמך אחר שהוציא או הכין המבקר במילוי תפקידיו לא ישמשו ראיה בכל הליך משפטי או משמעתי;
הודעה שנתקבלה אגב מילוי תפקידיו של המבקר לא תשמש ראיה בהליך משפטי או משמעתי, חוץ ממשפט פלילי בשל מסירת עדות בשבועה או בהן צדק, שהושגה מכוח הסמכויות האמורות בסעיף 26".
כלל אי הקבילות של תוצרי ביקורות המדינה חוקק לראשונה בישראל בשנת 1971 כאשר מבקר המדינה התחיל למלא באופן רשמי את התפקיד של נציב תלונות הציבור. לפני חקיקת הכלל דו"חות של מבקר המדינה שימשו לעיתים כראיות בבתי הדין למשמעת וכראיות בבתי המשפט. דוגמאות לכך: ע"א 104/62 שרגא לנגלייב נגד משה מלמד ואח' (1962); ת.פ. י-ם 476.63 י.מ. נ' בבלר, פסקים (מחוזיים) (ׁ14.9.1964).
כלל אי הקבילות עלה לראשונה בדיונים של ועדת סלמון אשר הוקמה באנגליה. לאחר מספר דיונים החליטה הוועדה לא לאמץ את כלל אי הקבילות לתוך החקיקה האנגלית. בישראל לעומת זאת הוחלט לאמץ את הכלל על בסיס דיוני הוועדה. הכלל הוכנס לראשונה לחוק ועדות חקירה ולאחר מכן לחוק מבקר המדינה. על פי דברי ההסבר להצעת חוק מבקר המדינה מטרת כלל אי הקבילות היא "לאפשר למבקר המדינה לאסוף מידע באופן חופשי, ולנותן המידע למסרו באופן חופשי ללא חשש שהדבר ישמש ראיה משפטית".
על אף חשיבות כלל אי הקבילות קיימים שיקולים כנגדו, כגון: הראיות מסייעות לבתי המשפט לברר את העובדות שעל בסיסן מתקבלות ההכרעות, כאשר לא ניתן לקבל את תוצרי הביקורת כראיות זמן שיפוטי יקר עשוי להתבזבז בירור עובדתי חוזר בעניינים שכבר נבדקו על ידי מוסד בלתי תלוי אחר. במקרים שלא מיישמים את המלצות הנציבות לעיתים הדרך היחידה לקבל סעד היא לפנות לבית המשפט, אי השימוש בתוצרי הנציבות פוגע ביעילות.
נציבות תלונות הציבור לא מפרסמת נתונים בדבר ההצבעות שאינן מיושמות בפרק זמן סביר על ידי הגופים המבוקרים. בשנים האחרונות פורסם רק מקרה אחד שבו הנציבות הביעה אי נחת בגין אי יישום מלא של הצבעתה בנושא הסדרת סוגיית שכרם של שופטים בדימוס המכהנים בבתי דין מנהליים ובוועדות ערר (דוח 42 לשנת 2015).
בפסיקות בתי המשפט נקבע כי דו"ח של מבקר המדינה אינו קביל כראיה ואין להתיר שימוש ראייתי ישיר בדוחות (ע"ע (ארצי) 283/07 יוסי משה - רשות העתיקות מוזיאון רוקפלר) אין להגישם כנספחים לתצהיר (ע"ע (ארצי) 191/08 רפאל יהושע - רשות השידור) ואין לצטט חלקים ממהם במסגרת התצהיר (ע"ע (ארצי) 11017-02-15 אגודה שיתופית של עובדי התעשייה האווירית לניהול קופות גמל בע"מ – גיל פלדבוי). יחד עם זאת, בפסיקה נקבע חריג לפיו ניתן להשתמש בדו"ח כ"ראיה עקיפה". כך נקבע בר"ע (ארצי) 37196-11-17 טלי צרפתי – מעיינות זיו בע"מ כי ניתן להתיר שימוש כראיה בדו"חות המבקר, כראיה לעצם עריכתם, היוזמה לעריכתם, מועד עריכתם והתייחסותם של הגורמים השונים הקשורים לביקורת.
בפרשת משה דובר על צו שנותן המבקר בכובעו כנציב תלונות הציבור, דהינו צו הגנה שניתן לחושף שחיתות ולא דו"ח ביקורת:
"... מותר להציג את הצו כראיה לעצם העובדה שניתן צו ולתוכנו האופרטיבי של הצו בלבד. זאת, להבדיל מהצגת הצו כראייה לאמיתות תוכנו של הצו". "אולם, על השימוש הראייתי העקיף, כאמור, חלה הגבלה מפורשת וברורה והיא - שבהבאת המסמכים לידיעת הצדדים ובית הדין, לא תהא כל חריגה מגבולות האיסור שבסעיף 30 לחוק, ובכפוף לכך שלא ייחצה קו הגבול והגדר שמעמיד אותו איסור. קרי, השימוש הראייתי העקיף במסמכים אינו מכשיר הגשתם כראיה, בעת הבירור העובדתי של ההליך המשפטי גופו, או כנספחים לכתבי הטענות." עוד נקבע בפסק דין משה, כי "הגשת הצו לצורך שימוש ראייתי עקיף בצו אינה מכשירה עשיית שימוש ראייתי ישיר אחר בצו. גם הגשת הצו כראיה אינה מכשירה עשיית שימוש בצו לשם הוכחת הטענה בדבר חשיפת מעשי שחיתות על ידי העובד, או הוכחת הטענה בדבר קשר סיבתי בין התנכלות ופיטורים לבין דיווח על מעשי שחיתות".
מלבד מדינת ישראל לא ידוע על מדינה נוספות בה קיים בחוק סעיף אי-קבילות שלא מאפשר לקבל דוחות ביקורות מדינה כראיות בבתי המשפט. כמו כן, במדינות בודדות בעולם קיים סעיף אי קבילות אשר לא מאפשר לקבל את תוצרי האומבודסמן (נציב תלונות הציבור) כראיות בבית המשפט, רוב המדינות משאירות את שיקול הדעת לבית המשפט לקבוע אם יש לקבל ראיה מסוימת ואיזה משקל לתת לה במארג הראיות.
לדוגמה כללי הראיות בפרובינציה אונטריו בקנדה קובעים אם תוצרי הביקורת של האומבודסמן יתקבלו כראיות בהליך משפטי ספציפי. אדם יצטרך לקבל ייעוץ משפטי בשביל לקבוע אם תוצרי האומבודסמן יוכלו לשמש כראיה בהליך משפטי מסוים. למשל, במקרה שבו הממשלה ביקשה מבית המשפט העליון של אונטריו להוציא מהמסכת הראייתית דו"ח של האומבודסמן – בית המשפט קבע שיש להוציא את הדו"ח בנסיבות הספציפיות ("Johnson v Ontario", 2016 ONSC 5314).
במקרים אחרים בית המשפט כן נעזר והסתמך על דו"ח של האומבודסמן כראיה. למשל, בית המשפט קיבל ערעור על פסק דין שבו הורשע אדם מכיוון שבית משפט קמא לא התחשב בדו"ח של האומבודסמן שהוגש לו והיה רלוונטי להגנה ("R. v. Gravesande", 2015 ONCA 774). במקרה אחר שבו הוגשה תובענה ייצוגית כנגד הלוטו הממשלתי בטענה שלא הגן על צרכני הלוטו בפני הונאות, החליט בית המשפט לדחות את התביעה, בין השאר, לאחר שהתבסס על דו"ח של האומבודסמן ועל המעקב שביצע לתיקון הליקויים ("Loveless v. Ontario Lottery and Gaming" Corporation, 2011 ONSC 4744).
עידן זכויות האדם ומוסד האומבודסמן.
אנו חיים כיום ב"עידן זכויות האדם". נושא כיבוד זכויות האדם והאזרח, קידומן וההגנה עליהן הפך לחלק בלתי נפרד מכל פעילות שלטונית ולמרכיב מרכזי בתורת המשפט ובתורת המדינה. עידן זכויות האדם החל לאחר מלחמת העולם השנייה, כלקח משואת העם היהודי ומרמיסת זכויות האדם בתקופת המלחמה ולפניה. לאחר המלחמה נכרתו אמנות בין-לאומיות רבות הנוגעות לזכויות האדם ולשמירה עליהן, ובראשן ההכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם משנת 1948. כן נכרתו אמנות בדבר זכויות אזרחיות ומדיניות, בדבר זכויות כלכליות, חברתיות ותרבותיות, בדבר זכויות הילד ועוד. זכויות האדם הפכו כיום לחלק בלתי נפרד מהמשטר הדמוקרטי ועוגנו בחוקות של מדינות רבות, שראו בשמירה עליהן עיקרון נורמטיבי עליון ומחייב. נשיא בית המשפט העליון לשעבר פרופ' אהרן ברק ציין כי "זכויות האדם הן רכיב מרכזי של הדמוקרטיה המודרנית... הן היהלום בכתרה של הדמוקרטיה. דמוקרטיה בלי זכויות אדם כמוה ככלי ללא תוכן".
עם זאת, יש להדגיש כי הדמוקרטיה מבוססת על תפיסה, ולפיה החיים בחברה אנושית מחייבים איזון מתמיד בין זכותו של הפרט, ובין זכויותיהם של פרטים אחרים וטובת הכלל, וכי זכויות האדם הן יחסיות. אין לאדם זכות לעשות ככל העולה על רוחו, וכמו כן הוא אינו זכאי לדרוש מהמדינה להגשים את זכויותיו במלואן. כשם שלא ניתן לקיים דמוקרטיה ללא הגנה על זכויות האדם, כך לא ניתן לקיים דמוקרטיה ללא פגיעה כלשהי בזכויות אלה.