במסגרת הסכמי אוסלו, העבירה ישראל לידי הרשות הפלסטינית את השליטה האזרחית והביטחונית בשטח A, ואת השליטה האזרחית (אך לא הביטחונית) בשטח B. שטחי A ו-B מהווים ביחד 40% משטחי יהודה ושומרון וכוללים 90% מהאוכלוסייה הפלסטינית. שטח C נשאר בשליטה ישראלית מלאה, אזרחית וגם ביטחונית, והוא מהווה 60% משטחי יהודה ושומרון וכולל 10% מהאוכלוסייה הפלסטינית. אזורי השליטה של הרשות הפלסטינית אינם רציפים בשטחם; שטחי A ושטחי B מקוטעים כארכיפלג ל-165 איים המכילים 90% מהאוכלוסייה הפלסטינית, מוקפים בשטחי C. ישראל פועלת צבאית בכל שלושת האזורים.
התנחלויות והפקעת אדמה.
ישראל, הטוענת שהשליטה הישראלית אינה כיבוש, אינה רואה בהתיישבות הישראלית באדמות יהודה ושומרון עבירה על החוק הבינלאומי. יתירה מכך, כיוון שבמהלך הכיבוש הירדני של יהודה ושומרון גורשו היהודים יושבי הארץ, הם מוּכּרים כהחזרת אזרחים שפונו בניגוד לחוק הבינלאומי. לעמדה הישראלית שותפה ארצות הברית שהכריזה על כך בהצהרת פומפאו.
מרבית הקהילה הבינלאומית רואה בהתיישבות ביהודה ושומרון הפרה של החוק הבינלאומי. מועצת הביטחון של האו"ם אישרה בעקביות כי ההתנחלויות בגדה המערבית מהוות "הפרה בוטה של החוק הבינלאומי", בפעם האחרונה בהחלטה 2334, שכן על פי אמנת ז'נבה הרביעית חל איסור על כוח כובש להעביר אזרחים לשטח כבוש.
מנגנוני הפקעת האדמות.
רישום המקרקעין בארץ תחת השלטון העות'מאני היה מצומצם מאוד, בעיקר בשל אי רצון להתחייב בגיוס לצבא העות'מאני; רישום האדמות על שם התושבים הפלסטיניים נמשך בקצב איטי מאוד במהלך המנדט הבריטי והשלטון הירדני, ונעצר בצו צבאי ב-1968, לפי הפרשנות הישראלית לחוק הקרקעות העות'מאני משנת 1858, המסווג אדמות כאלה כ"אדמות מדינה".
על פי החוק הבינלאומי, כוח כובש מחויב להגן על רכוש האוכלוסייה הכבושה אך עם זאת, מותר לכוח הכובש לתפוס חזקה זמנית במקרקעין ובמבנים לצורך שיכון כוחות צבאיים. בהתבסס על כך, ובטענה שהדבר דרוש לצרכים צבאיים, נהגה ישראל בתחילה (עד 1979) להשתלט על רכוש פלסטיני פרטי, על מנת להקים עליו התנחלויות אזרחיות יהודיות, כמו מתתיהו, נווה צוף, רימונים, בית אל, כוכב השחר, אלון שבות, אלעזר, אפרת, הר גילה, מגדל עוז, גיתית, ייט"ב וקריית ארבע. ב-1979 פסק בית המשפט כי השיטה אינה חוקית.
על פי נתוני המנהל האזרחי, 99.76% (כ-674,459 דונם) מסך אדמות המדינה שביהודה ושומרון שהוקצו לשימוש, הוקצו לטובת ההתנחלויות. מנגד, לפלסטינים הוקצו, לכל היותר, 0.24% מהם (כ-1,625 דונם); כאשר 80% מההקצאות לפלסטינים (1,299 דונם) נעשו לצורך הקמת התנחלויות (669 דונם) ולצורך העברה בכפייה של בדואים (630 דונם), כך שלצורכי הפלסטינים עצמם הוקצו לכל היותר 326 דונם.
נוהל נוסף לתפיסת אדמות היה "הצו בדבר נכסים נטושים" מ-1967, שקבע כי נכס שהיה ברשות פלסטיני שיצא מיהודה ושומרון, בין אם לפני מלחמת ששת הימים, במהלכה או אחריה, יועבר לחזקת ממונה מטעם צה"ל, הרשאי לעשות בו כראות עיניו. עם זאת, נכס הוגדר כנטוש גם אם זהות בעליו לא הייתה ידועה; ההתנחלות בית חורון, לדוגמה, הוקמה על אדמות שבעליהן חי בזמן מכירתן בגדה המערבית. ועדת העררים קבעה כי אף על פי שאין כל ספק לבעלותו על האדמות, העסקה למכירתן לא תבוטל מסיבות של תום לב.
אמצעי נוסף בו השתמשה ישראל להפקעת אדמות פלסטיניות פרטיות היה ייעודן לצורכי ציבור. על פי החוק הירדני, כאשר מפקיעים אדמות לצורכי ציבור יש לפרסם תחילה את הכוונה לעשות זאת, לתת זמן לערעור, ולקבל אישור מהמלך. ישראל שינתה זאת בכך שהאצילה את הכוח להפקעה למפקדים צבאיים אזוריים, וביטלה את הדרישה לפרסם את הכוונה להפקיע בעיתון רשמי. ערעורים לא טופלו עוד בבתי משפט מקומיים אלא במערכת בתי המשפט הצבאיים. ההתנחלות מעלה אדומים יושבת על 30,000 דונמים של אדמות פלסטינים שהופקעו באופן זה.
ההתנחלויות גיתית, מכורה ובקעות הוקמו על אדמות הכפר עקרבה, לאחר שהתבואה שגידלו המקומיים במקום רוססה על ידי מטוס בקוטל עשבים, וכך הושמדה.
מעמדן החוקי של ההתנחלויות.
בטרם המשיכה בפרויקט ההתנחלויות, ביקשה הממשלה ייעוץ משפטי ממומחה בנוגע לדין הבינלאומי, תיאודור מירון. במִזכּר הסודי שכתב ציין באופן חד משמעי כי האיסור על התיישבות כזו הוא מוחלט, וכי "התיישבות אזרחית בשטחים המנוהלים נוגדת את ההוראות המפורשות של אמנת ז'נבה הרביעית." מזכר זה מצביע על כך שראש הממשלה לוי אשכול היה מודע לעובדה שקידום ההתנחלויות בגדה המערבית יהיה בלתי-חוקי. ישראל הרשמית טוענת כי יהודה ושומרון איננה שטח כבוש, כיוון שלפני מלחמת ששת הימים היא לא חסתה תחת ריבונות מוכרת של מדינה אחרת; עמדה זו נדחתה בידי גורמים בינלאומיים, כמו גם על ידי בית המשפט העליון, שציין כי תחולת דיני הכיבוש תלויה בקיומה של שליטה צבאית אפקטיבית מחוץ לגבולות המדינה, בלי קשר לקיומה של ריבונות קודמת של מדינה כלשהי על השטח.
בית הדין הבינלאומי לצדק קבע כי ההתנחלויות ישראליות בגדה המערבית הוקמו בניגוד לחוק הבינלאומי בחוות דעת מייעצת משנת 2004. בשנת 1980 סירבה ישראל לחתום על אמנת וינה משנת 1969, המחייבת את החוקים הלאומיים להידחות בפני החוקים הבינלאומיים כאשר השניים מתנגשים, והיא מתעקשת להסדיר את ההתנחלויות במונחים של חוקים משלה, תוך טענה כי כל גופי האו"ם הרלוונטיים השופטים את הנושא הם "אנטי-ציוניים ואנטישמיים".
התיישבות ישראלים בגדה המערבית.
נכון לשנת 2017, עם סיום העשור החמישי, היו בגדה המערבית 237 התנחלויות ישראליות, ובהן כ-580,000 תושבים. למעט ירושלים המזרחית, התיישבו בגדה המערבית 382,916 ישראלים, כש-40% מהם (כ-170,000 איש ב-106 התנחלויות) חיים מחוץ לגושי ההתנחלות הגדולים, בהם חיים 214,000 מתנחלים.
האתר הראשון שנבחר להתנחלות בגדה המערבית היה גוש עציון. הצנזורה הצבאית אסרה לפרסם ידיעות על בנייה אזרחית הכוללת ישיבה במקום, כדי לא לפגוע בטענה שהפקעת האדמות שם הייתה לצרכים צבאיים. בין השנים 1967–1977 הייתה ההתיישבות הישראלית בקנה מידה קטן יחסית; בסוף עידן ממשלת העבודה בשנת 1977, 4,500 ישראלים התבססו בכ-30 התנחלויות בגדה המערבית, וכ-50,000 איש התבססו בהתנחלויות במזרח ירושלים. עם עליית הליכוד לשלטון, בראשות מנחם בגין שהאמין ב"תאולוגיה של ארץ ישראל השלמה", החלה ההרחבה ההדרגתית אך המואצת של פרויקטים אלה. בראייתו של אורן יפתחאל, היה זה שיא הפרויקט האתנוקרטי של ישראל, שבמסגרתו יהודה ושומרון משמשים כ"בסיס הזהות הלאומית היהודית". חל שינוי במיקוד הטריטוריאלי, וההתנחלויות קודמו כעת לצד מרכזי אוכלוסייה פלסטיניים, בלב "אדמות התנ"ך" של יהודה ושומרון. למתנחלים הוענקו תמריצים הכוללים סובסידיות ממשלתיות ומשכנתא לדיור, תמריצי מס, מענקים עסקיים, פרויקטים בתשתיות ולימודים בחינם. הצנזורה הצבאית אסרה על העיתונות הפלסטינית המקומית לדווח חדשות על ההתנחלויות, על הפקעות ועל מהלכים משפטיים לחסימתן.
בשנת 1972 מספר המתנחלים הישראלים באזור C היה 1,200, בשנת 1983 מנו המתיישבים בגדה המערבית 28,400 איש, בשנת 1993 110,000 ובשנת 2010 310,000 (למעט מזרח ירושלים). מהסכמי אוסלו עד שנת 2002 אוכלוסיית המתנחלים הוכפלה. בין השנים 1967–2003, ממשלות ישראל סייעו בהעברתם של כ-230,000 אזרחים יהודים ל-145 התנחלויות בגדה המערבית ועזה ולכ-110 מאחזים. עד שנת 2016 כ-42% מכוח העבודה בהתנחלויות (55,440) מצא עבודה בהתנחלויות אלה. גם לחרדים חלק משמעותי במפעל ההתנחלויות: תוך תשעה חודשים, בשנת 2000, אוכלוסיית ביתר עילית, אשר יושבת על שטח בן 1,500 דונם שהופקע מאדמותיה של נחאלין, גדלה ב-18.3%, ואילו מודיעין עילית, שנבנתה על אדמות הכפרים נעלין, ח'רבת'א בני חרית, סאפא, בילעין ודיר קדיס, גדלה ב-16.3%.
לפני 1967 היו בעמק הירדן בין 200,000 ל-320,000 פלסטינים, אשר יחד עם צפון ים המלח מכסים 30% מיהודה ושומרון והיוו את "עתודת היבשה המשמעותית ביותר" לפלסטינים; כיום, ל-85% משטח זה אסור להם להיכנס. עד שנת 2011 הוקמו 37 התנחלויות בקרב 64,451 הפלסטינים שם (המהווים 29 קהילות), כ-70% מהם גרים באזור A ביריחו. על פי ARIJ, עד שנת 2015 רק 3 מתוך 291 קהילות פלסטיניות באזור C קיבלו אישור בנייה ישראלי (על 5.7 דונם בלבד) וכל בנייה מחוץ לכך הייתה נתונה להריסה. בשנת 2015, לפי חישוביהם, החרימה ישראל 41,509 דונם נוספים, הרסה 482 בתים – ובכך עקרה 2,450 בני אדם, ועקרה 13,000 עצים. פלסטינים ורכושם היו נתונים באותה שנה להתנפלות בכ־898 מקרים שונים. התנחלויות ישראליות היוו 6% מהשטח, ואילו אזורי צבא הוכרזו על מעל 29% ממנו.
רוב החקלאות הישראלית בגדה המערבית נובעת מחוזים עם ההסתדרות הציונית העולמית העוקפים חוזים ישירים עם הממונה בישראל, ורבים מהם ניתנו על אדמות פלסטיניות פרטיות.
היחס לאוכלוסייה הפלסטינית.
ישראל סופגת ביקורת על הפרה תדירה של זכויות האדם של האוכלוסייה הפלסטינית. מתנחלים ואזרחים ישראלים העוברים בגדה המערבית כפופים לחוק אזרחי ישראלי, בעוד פלסטינים המתגוררים באותו תא שטח כפופים למשטר צבאי. מציאות זו, לצד העובדה שפלסטינים בגדה המערבית לא מורשים להצביע בבחירות בישראל, ובכך לבחור בממשלה ששולטת בחייהם, הביאו להשוואות בין מדיניות ישראל למשטר האפרטהייד שהתקיים בדרום אפריקה במאה ה-20.
עקירת אוכלוסייה וגירוש.