אף על פי שקיימים מאות מצבים של שונות גנטית שמובילה ליתרון בספורט, רק השונות הגנטית המקושרת למגדר – נחשבת לפסולה. בעוד גברים עם שונות גנטית שמעניקה להם יתרון ספורטיבי זוכים לשבח ולעידוד, נשים עם שונות גנטית שמעניקה להן יתרון ספורטיבי סופגות חשדנות ונאלצות לוותר על היתרון הטבעי שלהן. למייקל פלפס, שנחשב לשחיין הטוב בעולם, יש מוטת ידיים, אורך רגליים וגמישות מפרקים יוצאים מגדר הרגיל שמעניקים לו, ככל הנראה, יתרון על מתחריו. קיימות השערות לפיהן לפלפס יש תסמונת מרפן (המתבטאת בגפיים ארוכות ובמפרקים גמישים), אולם אף גורם לא שוקל לחייב אותו בבדיקה עקב חשד לתסמונת מרפן ובהתערבות רפואית להסרת היתרון כתנאי להתחרות. בעוד מייקל פלפס נתפס כאדם שנולד לשחות, קסטר סמניה נתפסת כרמאית, זאת משום ששונות גנטית בכרומוזומי אוטוזום מתקבלת כיתרון לגיטימי בעוד שונות גנטית בכרומוזומי מין מתקבלת כיתרון לא הוגן. חוקרים מעריכים כי קיימים 200 כרומוזומי אוטוזום או שונות של רצף DNA שמשפרים ביצועים ספורטיביים. ד"ר ג'ון פוקס טוען כי "צריך רק להסתכל על השונות האדירה בגופים בשני המינים בשביל להבין ש"חוסר הוגנות" קשור יותר לשונות של הגנטיקה האוטוזומלית, ולא לכרומוזומי המין". בקרב ספורטאי סיבולת נמצאה שונות גנטית מיטוכונדרית שמגדילה את היכולות האירוביות שלהם ואת סיבולת לב ריאה שלהם, דבר שמקנה להם כוח בריצות. ספר שפרסם הוועד האולימפי בשנת 2010, מציין לטובה את השונות הגנטית הזו שמעניקה יתרון, ומעודד ילדים עם שונות גנטית זו להשקיע בקריירה ספורטיבית. פעמים רבות, קרוביהם של צעירים עם יתרונות גנטיים מעודדים אותם להתחרות בספורט דווקא משום יתרונות גנטיים אלו. ספורטאי עלית מפיקים תועלת מהמצבים הביולוגיים המיוחדים שלהם, והיפר אנדרוגניות היא רק מצב ביולוגי מיוחד אחד מני רבים, ולכן אתיקנית הספורט, ד"ר סילביה קומפורסי, טוענת כי זה אירוני שהוועד האולימפי משבח את השונות הגנטית ואת יתרונותיה לספורט, אך אינו רואה את חוסר העקביות ברגולציה כלפי שונות גנטית בדמות היפר אנדרוגניות. חוקר הספורט, פרופ' טים לוקאס, טוען כי החברה מכנה גברים בעלי יתרונות ביולוגים יוצאים מגדר הרגיל בשם 'יוסיין בולט'. לדבריו, קסטר סמניה הואשמה ביתרון לא הוגן על אף העובדה שהייתה מרחק של שניות מהשיא העולמי בריצת 800 מטר (ובתקופה שנפסלה מהשתתפות בספורט אפילו לא דורגה ברשימת עשר האצניות המהירות ביותר בעולם), כך שלא ברור לו באיזה אופן נמדד היתרון שלה ואיך הוא בא לידי ביטוי בפועל. לעומתה, בולט שבר שיאי עולם, אך לא עלתה הדרישה לחקור אותו או לפסול אותו, אלא הוא זוכה לשבחים ולכינוי 'האתלט הטוב ביותר בכל הזמנים'. פרופ' לוקאס טוען כי התקדמות בספורט נשענת על הספורטאים הטובים ביותר שהם 'פריקים גנטיים של הטבע'.
יתרון לא הוגן קשור להשפעות חיצוניות הנובעות משימוש בסמים, בטכנולוגיה ובאביזרים אולם היפר אנדרוגניות אינה נובעת מהשפעה חיצונית אלא היא תופעה טבעית. כמו כן, הטענה כי שונות ברמות ההורמונליות בין נשים מהווה הצדקה לפסילה של נשים מלהשתתף בתחרויות עשויה לפתוח פתח להתנגדויות נוספות על בסיס שונות גנטית כמו הבדלי גובה, הבדלים ביכולת נשיאת החמצן וכן הלאה. לנשים עם היפרפלזיה מולדת של האדרנל למשל יש רמות גבוהות יותר של טסטוסטרון מהממוצע, אולם הן גם נמוכות מהממוצע. נשים כאלו נחשבות לפי המדיניות לבעלות יתרון לא הוגן בספורט, אולם גובהן לא מקנה להן למשל יתרון בענף הכדורסל.
המדיניות מפלה נשים ומשמרת בינאריות מגדרית.
בשנת 1992, ארנה ליונגקוויסט טען כי "מי שגדלה כילדה ומסווגת כנקבה, אין להדיר אותה מתחרויות כאישה". אחד העקרונות באמנה האולימפית הוא עיקרון אי האפליה ומתן הזדמנות שווה לכולם, אולם מדיניות זו מפלה ומדירה נשים עם היפר אנדרוגניות ולכן עומדת בסתירה לאמנה האולימפית. ערך ההוגנות הוא אחד הערכים הבסיסיים בספורט, ולכן יש לנהוג בהוגנות כלפי כל הספורטאיות, לרבות ספורטאיות עם רמות טבעיות גבוהות של טסטוסטרון, אולם המדיניות דורשת מנשים שכל חייהן גדלו והוכרו כנשים, להסכים להתערבות רפואית על מנת להתחרות בקטגוריה שכל הגורמים מסכימים שהן אכן שייכות אליה, ומשום שהוועד האולימפי וה-IAAF מכירים בכך שמדובר בנשים, נאסר עליהן להתחרות בקטגוריה של הגברים. ראש הוועדה הרפואית של הוועד האולימפי, ארנה ליונגקוויסט, הודה בשנת 2011 כי מדיניות זו אינה מושלמת. לפי הביקורת, גופי הספורט עברו מרגולציה שעוסקת בהפרדה מגדרית בין גברים לנשים, להפרדה פנים מגדרית בין נשים לבין עצמן, ואישה שנמצאת מחוץ לטווח ההורמונלי הטיפוסי הנקבי – נדרשת לעבור הליך נורמליזציה כדי שתקבל אישור להתחרות. הוועד האולימפי וה-IAAF סימנו את האנדרוגן כהורמון זכרי זאת למרות העובדה שנשים מייצרות אותו באופן טבעי. סימון טווח הורמונלי זכרי ונקבי משמר את החלוקה הבינארית בין המינים אף על פי שקיימות עדויות הולכות וגוברות לגבי המגוון ברצף המיני ובזהויות המגדריות בקרב בני אדם. כמו כן, מדיניות זו לא מפלה רק בין נשים לבין עצמן אלא גם בין נשים לבין גברים משום שהיא תקפה אך ורק לנשים ולא לגברים. גברים אינטרסקסואלים עם תבנית כרומוזומם XXY מייצרים כמויות טסטוסטרון גבוהות יותר מגברים שאינם אינטרסקסואלים, ובאותה המידה ניתן לטעון שיש להם יתרון לא הוגן, אך למרות זאת – המדיניות אינה תקפה לגברים ואינה דורשת מהם לעבור הליך רפואי להורדת רמות הטסטוסטרון בגופם.
בנוסף, המדיניות משמרת תפיסות סטריאוטיפיות לגבי נשיות. גורמים בוועד האולימפי וב-IAAF יכולים להחליט לבצע חקירה על בסיס חשד המבוסס על ממראה חיצוני, כך שנשים שריריות, בעלות מבנה רחב שאינן תואמות את הסטנדרט החברתי של 'נשיות נורמלית'- הן בגדר חשודות פוטנציאליות. הצדקה לחשד המתבססת על מראה חיצוני עשויה לפעול ככלי לשימור נקודת המבט ההגמונית לגבי הנראות המקובלת של נשים. מצב זה מגביר את הלחץ על נשים להפגין הופעה חיצונית הטרונורמטיבית כדי שהנשיות שלהן לא תוטל בספק, וניתן לטעון כי חשד כלפי נשים שריריות הוא מעיין ציד מכשפות מודרני.
הדרישה להתערבות רפואית אינה אתית.
היפר אנדרוגניות אינה מסכנת בהכרח את הפרט, אולם המדיניות מחייבת התערבות רפואית אף על פי שאין לכך הצדקה רפואי, לכן הדרישה מנשים בריאות לעבור טיפולים רפואיים רק עבור זכאותן להתחרות וללא שום צורך רפואי, מעלה שאלות וקשיים אתיים הקשורים להוגנות, זכויות אדם, כבוד האדם והזכות לפרטיות. בשנת 2012, במהלך בדיקה שגרתית לאיתור סמים בקרב ספורטאיות, התגלו ארבע ספורטאיות עלית עם מצב 5-ARD (מחסור ב-5 אלפא רדוקטאז) המתבטא ברמות טסטוסטרון שנמצאות בטווח הטיפוסי הזכרי. בדיקה שלהן העלתה כי יש להן כרומוזום XY, אשכים תקינים ומאפיינים נקביים וזכריים גם יחד. כדי שיורשה להן להתחרות, הן נאלצו לעבור טיפול רפואי שכלל ניתוח קליטורידיקטומיה חלקית, ניתוח גונדקטומיה וטיפול הורמונלי. לאחר שנה, גופי הספורט התירו להן להתחרות. טיפול הורמונלי להורדת רמות הטסטוסטרון או ניתוח לכריתת אשכים כרוכים בסיכונים לתחלואה ולבעיות רפואיות. הסרת גונדות מתפקדות עלולה להוביל לאוסטאופורוזיס אלא אם המטופלת מקפידה על משטר קפדני של טיפול הורמונלי. טיפול הורמונלי נחשב לטיפול רפואי אגרסיבי עם פוטנציאל להשפעות לוואי כגון צמא מוגזם, הרעלת כבד, כאבי ראש, עמידות לאינסולין, עייפות וחוסר איזון אלקטרוליטי. בנוסף, עלויות הטיפולים מוטלות על הספורטאית עצמה ולא על גופי הספורט, וספורטאיות שמגיעות מרקע סוציו-אקונומי נמוך לא יכולות לממן טיפולים אלו ונאלצות לפרוש מקריירת הספורט.
כמו כן, ייתכן כי הדרישה לעבור טיפול רפואי עומדת בסתירה לאתוס תחרויות הספורט לפיו יש להוציא מגופו הטבעי של האדם את המיטב.
תגובת הוועד האולימפי וה-IAAF לביקורת.
בשנת 2013, הוועד האולימפי וה-IAAF פרסמו תגובה לביקורות שהועלו נגד המדיניות. לפי תגובת גופי ספורט אלו לביקורת, הוועד האולימפי וה-IAAF מבססים את המדיניות על עקרון ההוגנות המהווה נימוק גם להפרדה המגדרית. לנשים המתחרות בספורט עלית יש את הזכות לסיכוי הוגן לנצח על בסיס הכישרונות וההתמדה שלהן. אחת הדרכים להבטיח סיכוי הוגן היא הפרדה מגדרית. הפער בין נשים לגברים קטן, אולם עדיין נותר פער בספורט עלית, ומעט מאוד נשים מדורגות ברשימת 100 הספורטאים הטובים ביותר ברוב ענפי הספורט. שיאי העולם של גברים בענפי ספורט המבוססים על גובה וכוח הם טובים יותר משיאי עולם של נשים המבוססים על גובה וכוח ב-10% אחוזים. היתרון של גברים על פני נשים נובע ככל הנראה מרמות טסטוסטרון גבוהות יותר. ישנן נשים שמייצרות טסטוסטרון ברמות גבוהות ומטרת המדיניות לשילוב נשים עם היפר אנדרוגניות היא להגן על נשים ועל עקרון המשחק ההוגן.
מאפיינים גופניים כמו גובה עשויים להעניק יתרון בספורט. מין הוא אחד הגורמים המכריעים ביתרון ספורטיבי. בשני המינים, השרירים והכוח נבנים באמצעות תוכנית אימונים מאומצת, אולם הגורם המכריע בתוצאות אימונים אלו הוא רמות הטסטוסטרון. בתנאי מנוחה, אין חפיפה בין רמות הטסטוסטרון בין גברים לנשים. טווח רמות הטסטוסטרון הטיפוסי של גברים הוא בין 10–35 ננומיל לליטר דם, וטווח רמות הטסטוסטרון הטיפוסי של נשים הוא בין 2.00-0.35 ננומיל לליטר דם. טסטוסטרון משפיע על מסת השריר, על רקמת העצם, על יצירת תאי דם חדשים ועל מערכת החיסון. כל ההשפעות האלו עשויות להועיל לביצועים הספורטיביים.