בשעה שרשימותיה של מוירה מק'טאגרט עוזרות לחיה לסנתז תרופה לווירוס הירושה, וקולוסוס מקריב את חייו לצורך שחרורה, רבים מהמוטאנטים הנגועים בג'נושה נרפאים בין לילה, ובכך מספקים למגנטו שליט ג'נושה צבא כדי להתחיל מלחמת עולם שלישית. מגנטו דורש מממשלות העולם להכיר בו כמנהיגם. הוא חוטף את אקסבייר וצולב אותו לכיכר מגדה על מנת שכולם יראו. אמיליה ווייט, חברה נאמנה בקבוצת "השוליות" של מגנטו ומאהבתו לשעבר של אקסבייר, אינה מסוגלת לצפות באהובה לשעבר נענש בכזו דרך, ומשחררת אותו. משום שקבוצת האקס-מן איננה בנמצא, ג'ין גריי וקבוצת חניכים מספקים הסחת דעת בזמן שוולברין מוציא את קרביו של מגנטו, בטרם אקסבייר יצליח להתערב.
קסנדרה נובה, גאולתו של ג'אגרנוט.
אחותו התאומה והמרשעת של אקסבייר, קסנדרה נובה, פוקדת על זקיפי סנטינל להשמיד את אומת המוטאנטים הריבונית ג'נושה. מגנטו ככל הנראה מת יחד עם שאר התושבים. לאחר מכן, נובה משתלטת על גופו של אקסבייר, ובאמצעותו היא מגלה לעולם אודות המוטציה של אחיה. אקסבייר התכוון לעשות זאת לפני שערך מסע לחלל, אך לא רצה ללכלך את המוניטין שצבר. קבוצת האקס-מן מצליחה להשיב את אקסבייר למצבו הרגיל, אך לילנדרה מבטלת את נישואיה אליו משום שהיא מאמינה שרק אסונות נגרמים לאימפריית השי'אר בגלל מעורבותה עם האקס-מן. בתקופה זו, מוטאנט בשם קסורן מצטרף לקבוצה ובעזרת כוחות הריפוי שלו מרפא את רגליו המשותקות של אקסבייר.
כשהאקס-מן עונים לקריאת מצוקה מאי שומם בסקוטלנד, הם מופתעים למצוא את ג'אגרנוט חסר אונים וללא כל מחסה, משום שכל האי הושמד בידי שותפו לפשע טום קאסידי השחור, שמת. אקסבייר פונה מנטלית אל אחיו החורג ומציע לו מקום באחוזה, וקיין מסכים בלית ברירה. במשך השבועות הבאים, ג'אגרנוט חוזר למוטב ומצטרף לאקס-מן. אקסבייר מגלה שאביו של קיין העדיף את אקסבייר מאשר את בנו, וכי שני הבנים חשבו שמגיעה להם ההתעללות אותה עברו מידי קורט - קיין האמין בכך משום שאביו אהב יותר את בנו של אחר, ואקסבייר הרגיש אשם שהוא מפריע. לכן, זו הסיבה מדוע השניים לא עצרו את קורט בעזרת כוחותיהם.
תאגיד אקס, בגידתו של "קסורן", דיינג'ר.
כעת שכוחותיו של אקסבייר הם נחלת הציבור, הוא נואם בפומבי על הסובלנות כלפי מוטאנטים. הוא גם מייסד את תאגיד אקס, עם סניפים בכל רחבי העולם, שמטרתו לשמור על זכויות המוטאנטים ולעזור להם בעת צרה. בית הספר לילדים מחוננים פותח את שעריו למוטאנטים באשר הם. תלמיד בשם קוונטין קווייר וחברים מכנופייתו גורמים למהומה, וכתוצאה מכך הוא ושניים מחבריו נהרגים. אקסבייר אינו בטוח יותר לגבי תוקף חלומו, ולכן מחליט לסור מתפקידו כמנהל בית הספר ומעביר את התפקיד לג'ין גריי.
קסורן מגלה את עצמו כמגנטו, שלא מת בפשיטתם של הזקיפים הרובוטיים בג'נושה. הוא גורם לשיתוקו של אקסבייר מחדש, חוטף אותו ומשמיד את אחוזת אקס. קסורן/מגנטו מתקיף את העיר ניו יורק, וסייקלופס, פנטומאקס והאחרים מתעמתים מולו. וולברין עורף את ראשו של קסורן/מגנטו, לא לפני שזה האחרון הורג את ג'ין באמצעות שבץ אלקטרומגנטי. עם מותה של ג'ין גריי, אקסבייר מותיר את ניהולה של האחוזה לסייקלופס ואמה פרוסט ונוסע לג'נושה לקבור את קסורן/מגנטו. שם הוא פוגש במגנטו האמיתי, ששרד באופן מסתורי את מתקפתה של נובה. השניים פותרים את חילוקי הדעות ביניהם, מנסים לחדש את החברות, ומנהיגים קבוצת מוטאנטים בשם אקסקליבר הג'נושית כדי לבנות מחדש את אומת ג'נושה ולהשיב את הסדר על כנו.
בחזרה באחוזת אקס, חדר הסכנה בעל המציאות הווירטואלית בו מתאמנים האקס-מן מקבל בינה מלאכותית, ו"היא" קוראת לעצמה בשם "דיינג'ר" (סכנה). היא לובשת צורה אנושית, מתקיפה את האקס-מן ויוצאת להרוג את אקסבייר. בעזרתו של מגנטו, אקסבייר הודף את התקפותיה של דיינג'ר עד אשר האקס-מן מגיעים. דיינג'ר עוזבת, לא לפני שמגלה לקולוסוס שאקסבייר ידע על הבינה המלאכותית מאז ששידרג אותה. אקסבייר מתבייש בעובדה זו ואומר שעד לרגע בו הבין מה מתרחש, הוא לא ראה דרך פעולה אחרת בה עליו לנקוט. קבוצת האקס-מן נגעלת ממעשיו ועוזבת.
בית אם.
ונדה מקסימוף, ביתו של מגנטו, נתקפת בהתמוטטות עצבים והורגת כמה מחברי האוונג'רס. מגנטו מביא אותה לאקסבייר ומבקש ממנו שישתמש בכוחותיו הטלפתיים כדי לעזור לה. אקסבייר נעזר בדוקטור סטריינג' ובקסנדרה נובה, אולם אינו מצליח לטפל בה. הוא מארגן פגישה בין האקס-מן לאוונג'רס כדי להחליט על גורלה. אחיה קוויקסילבר מאמין שהם מעוניינים להרוג אותה ומגיע לג'נושה כדי לשכנע את ונדה לתקן את העוולות אותן גרמה בכך שהיא תשתמש בכוחותיה כדי לשנות את מרקם המציאות. הוא מאלץ אותה להראות לו את משאלות ליבה לגבי מגנטו, האקס-מן והאוונג'רס החדשים, והיא משתמשת בכוחותיה כדי להפוך אותן למציאות. הודות למגנטו, עולם חדש זה הוא המקום בו המוטאנטים הם הזן השליט, האנושות היא הזן הנשלט, ומגנטו שולט על כולם ביד רמה. במציאות זו, ההוכחה היחידה לקיומו של אקסבייר היא מצבה חבויה בארמונו של מגנטו, ובה נחרט "הוא מת כדי שג'נושה תחיה".
אחרי שהמוטאנטית ליילה מילר משיבה את זכרונותיהם של כמה מחברי האקס-מן והאוונג'רס, הם עושים את דרכם לג'נושה ומגלים שבקברו של אקסבייר אין כל גופה. לאחר קרב ביניהם לבין בית מגנוס, ונדה משנה את המציאות חזרה, אולם במחיר הפשטת כוחותיהם של רבים מהמוטאנטים. המוטאנטים הופכים לזן בסכנת הכחדה, וכוחותיהם האבודים מצטברים לכדי מסת אנרגיה בשם "הקולקטיב". עם השבת המציאות על כנה, אקסבייר עדיין נעדר והאקס-מן אינם מסוגלים לאתר אותו בעזרת סרברו.
שחרור האנרגיה בסוף אירועי "בית אם" מביא להחזרתו לחיים של וולקן, אחיהם האובד של סייקלופס והאבוק. וולקן מתקיף את האקס-מן. אקסבייר חוזר וכוחותיו מופשטים ממנו, אך הוא מסוגל ללכת. הוא מגלה לקבוצה כי בעבר הוא שחבריה כוללים תלמידים של מוירה מק'טאגרט, וביניהם וולקן. לאחר שוולקן מתקיף את האקס-מן, הוא בורח לחלל ואקסבייר בעקבותיו כדי למנוע ממנו לנקום באימפריית הש'יאר. אקסבייר נזרק לתוך גביש המק'קראן (ממצא עתיק המחבר בין כל המציאויות, שכוח הפניקס הוא המגן עליו) ויכולות הטלפתיה שבות אליו. בהמשך, גם אונסלוט מוחזר לחיים.
האילומינטי.
כשאקסבייר חוזר לכדור הארץ, הוא מתחיל לחפש אחר מוטאנטים אבודים כמו מגנטו. חיפושו מופסק כאשר קבוצת האילומינטי בה הוא נמנה מחליטה לשלוח את הענק הירוק לגלות בחלל בעקבות התפרצויותיו האלימות, שגרמו למותם של 26 איש. החלטתם של חברי האילומינטי בוצעה ללא ידיעתו של אקסבייר, אך הוא מודה בפניו שהיה מסכים לכך אם ישנו סיכוי שברוס באנר יחלים משינוי הצורה לענק. אקסבייר מתכוון להיכנע לענק, אך כאשר הענק הירוק רואה את בית הקברות הגדול שבאחוזת אקס, בו קבורים המוטאנטים שנהרגו לאחר אירועי "בית אם", הוא מבין שהמוטאנטים סבלו מספיק ועוזב את האחוזה.
תסביך משיח.
בשעה שאקסבייר משתמש בסרברה, הוא מאתר מוטאנט כה חזק עד שהוא שורף את המעגלים של סרברה. הוא מבקש מסייקלופס לשלוח צוות שיחקור את מיקומו של המוטאנט. כשהקבוצה חוזרת בידיים ריקות, אקסבייר מתווכח עם סייקלופס על כי לא אמר לו ששלח צוות גם לחקור את הימצאם של חברי "השוליות". או אז, סייקלופס אומר לו שהוא לא צריך את אקסבייר בשביל לנהל את האקס-מן. זאת ועוד, בנוכחות תלמידיו, אקסבייר מפקפק בהחלטתו של סייקלופס לשלוח את קבוצת אקס פורס כדי לרדוף אחר בנו קייבל. הדבר מוביל את סייקלופס להודיע שאקסבייר מהווה הסחת דעת מתמדת ושעליו לעזוב את האחוזה. אקסבייר מקבל הודעה מקייבל, שאיבד את עקבותיה של התינוקת שרק נולדה הודות למעשיו הבוגדניים של בישופ. בישופ בתורו איבד את התינוקת לקבוצת המשוטטים. קייבל אומר לאקסבייר שהוא היחיד שיכול לעזור לו להציל את העתיד. בקרב האחרון, אקסבייר נורה בשוגג בראשו בידי בישופ וגופתו נעלמת. סייקלופס מפרק את קבוצת האקס-מן.