אינייסטה מכונה לעיתים "המהנדס" ו"האדריכל" בשל יכולתו לייצר מצבי הבקעה בעזרת מסירות וצורת המשחק היצירתית שלו. במהלך הקריירה זכה בתארים רבים, ובהם ארבעה טורנירי ליגת האלופות, שמונה אליפויות ספרד, יורו 2008, מונדיאל 2010 ויורו 2012, שבו נבחר על ידי אופ"א לשחקן המצטיין של הטורניר. אינייסטה הוא השחקן היחיד בהיסטוריה של הכדורגל שזכה בתואר הכדורגלן המצטיין בגמר מונדיאל, בגמר יורו, ובגמר ליגת האלופות.
ראשית חייו.
אינייסטה נולד בכפר קטן בשם פואנטלביה, שממוקם במחוז אלבסטה שבקהילה האוטונומית קסטיליה-לה מנצ'ה. בעת ששיחק בטורניר עם קבוצת הנוער של אלבסטה בעיר ברונט משך אינייסטה את תשומת הלב של סקאוטים רבים של מועדוני כדורגל בספרד. הוריו של אינייסטה הכירו את אנריקה אוריזאולה, שהיה מאמן קבוצת הילדים של ברצלונה, והוא שכנע אותם לנסוע ולהתרשם מאקדמיית הכדורגל של ברצלונה. אינייסטה נסע יחד עם הוריו לברצלונה וביקר בלה מאסיה. הנסיעה שכנעה את הוריו לרשום אותו ללימודים באקדמיה. אינייסטה אמר:"לקחתי מאוד קשה את הפרידה מההורים שלי וההישארות לבד בברצלונה. בכיתי "נהרות". הייתי ילד מאוד מופנם".
אינייסטה החל לשחק באקדמיית הכדורגל של ברצלונה בגיל 12. בעונת זכה עם ברצלונה עד גיל 15 בגביע נייקי, שם תפקד בקפטן והבקיע את שער הניצחון בדקה האחרונה של המשחק. אינייסטה נבחר לשחקן המצטיין של הטורניר. הגביע הוענק על ידי אחד מהשחקנים שאינייסטה הכי העריץ, אחד מכוכבי הקבוצה דאז ומאמנו של אינייסטה בעתיד, פפ גווארדיולה. גווארדיולה נתן לאינייסטה הצעיר תמונה שלו חתומה על ידו, ובערך באותו הזמן, גווארדיולה אמר לצ'אבי: "אתה תחליף אותי, אבל הוא (אינייסטה) יחליף את שנינו". כמאמן, גווארדיולה הגשים את התחזית שלו, כאשר זכה עם צ'אבי ואינייסטה בטרבל בעונת .
בגיל 16 הפך אינייסטה לשחקן מפתח בהרכב של ברצלונה אתלטיק. ב-29 באוקטובר 2002 ערך אינייסטה את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת תחת המאמן לואי ואן חאל בניצחון 0:1 של ברצלונה על הקבוצה הבלגית קלאב ברוז' במסגרת ליגת האלופות. בעונת רשם אינייסטה 10 הופעות ליגה, 5 מהן בהרכב הפותח ושער אחד עם ברצלונה הבוגרת, שהגיעה עד למקום השני בליגה הספרדית.
קריירה בברצלונה.
2008 - 2004.
בעונת השתתף אינייסטה ב-37 מתוך 38 משחקי ליגה, יותר מכל שחקן בקבוצה באותה עונה, אך 25 מהם היו כמחליף. באותה עונה שבסופהּ זכתה ברצלונה בליגה הספרדית הבקיע אינייסטה 2 שערים.
עונת הייתה עונה טובה לאינייסטה. כאשר אדמילסון נפצע, תפס אינייסטה את מקומו בהרכב הפותח. מאוחר יותר גם צ'אבי נפצע, ואינייסטה קיבל את המושכות. אינייסטה שיחק בהרכב הפותח ברוב המשחקים והראה יכולת גבוהה מאוד. העונה שלאחריה היוותה המשך מגמת העלייה ביכולתו של אינייסטה. הוא תפס את מקומו של אדמילסון בהרכב, למרות כשירותו, והיה חבר בשלישייה שנקראה "המהנדסים", יחד עם דקו וצ'אבי. בליגת האלופות באותה עונה ערך 11 הופעות, הכוללות החלפה של אדמילסון במחצית בגמר ליגת האלופות נגד ארסנל. תרומתו הרבה של אינייסטה לברצלונה באותה עונה גרפה שבחים רבים מצד מאמנו, פרנק רייקארד.
בעונת זכה אינייסטה לתשואות רבות על נכונותו לשחק בכל עמדה בהרכב של ברצלונה. ב-22 באוגוסט 2006 הרים אינייסטה את גביע ז'ואן גאמפר כקפטן הקבוצה, לאחר ניצחונה של קבוצתו 4:0 על באיירן מינכן הגרמנית. הוא שיחק לראשונה כקיצוני שמאלי בשני משחקי ליגת האלופות נגד לבסקי סופיה כאשר מצא את הרשת פעמיים במשחקים אלו. על אף שבאותה עונה שיחק תחת המאמן פרנק רייקארד, וזאת נחשבת לעונה לא מוצלחת עבור קבוצתו, עד היום זאת נחשבת לאחת מהעונות הטובות בקריירה שלו.
עם עזיבתו של לודוביק ז'ולי בפגרת הקיץ של 2007, אינייסטה עבר ממספר חולצה 24 למספר 8 – המספר המועדף עליו. ב-19 ביולי 2007 דיווח העיתון הספרדי "מארקה" כי אינייסטה צפוי לעבור ליריבה המושבעת של ברצלונה, ריאל מדריד, שהייתה מוכנה לשלם עבורו כ-60 מיליון אירו, שהיה סעיף השחרור שלו. אינייסטה מיהר להכחיש את השמועות ואמר:"אמרו לי את זה ואני מאוד מופתע שאני לא יכול לעשות כלום בקשר לזה. אני רוצה להישאר כאן (בברצלונה). כשאני אומר שאני רוצה לפרוש כאן אז אני אומר את זה מכל הלב ובאמת מתכוון לזה. הכוונות שלי הן מעל הכל". ב-25 בינואר 2008 הוארך חוזהו בברצלונה עד 2014, וסעיף השחרור שלו נעמד על כ-150 מיליון דולר.
לפי מגזין הכדורגל הספרדי "דון בלון", אינייסטה היה ממקום במקום החמישי כשחקן הספרדי הטוב ביותר בליגה הספרדית בעונת ובמקום הרביעי בעונת במערכת הדירוג השנתית של המגזין. הוא גם ממוקם במקום ה-9 יחד עם דוד וייה עם 37 קולות כל אחד בבחירת כדורגלן השנה בעולם בשנת 2008. באותה שנה היו בעשיריה הראשונה עוד 3 מחבריו לקבוצה: ליונל מסי, סמואל אטו וצ'אבי.
2009 - 2008.
בחודש ספטמבר 2008, לאחר עזיבתו של רונאלדיניו למילאן, שהיה קפטן המשנה של הקבוצה, סגל הקבוצה החליט על קפטנים חדשים לקבוצה. קרלס פויול נשאר הקפטן הראשון, צ'אבי הפך לקפטן השני, ויקטור ואלדס הפך לקפטן השלישי ואינייסטה נבחר לקפטן הרביעי. כך, הפכו כל הקפטנים של ברצלונה לתוצרים של מחלקת הנוער. באמצע חודש נובמבר באותה שנה, נפצע אינייסטה וסבל מפציעה ברגל והיה צפוי לחזור כ-6 שבועות לאחר הפציעה. אולם, הוא לא רצה לחזור בכושר חלקי, ולבסוף חזר לשחק רק ב-3 בינואר 2009, כחודשיים אחרי הפציעה, כאשר נכנס כמחליף בדקה ה-65 במשחק נגד מיורקה, וכבר אחרי 10 דקות כבש אינייסטה שער מכריע והשלים קאמבק בקאמפ נואו.
הופעותיו באותה עונה קיבלו שבחים רבים. אינייסטה קיבל תשואות רבות מצד הצוות המקצועי של ברצלונה וגם מצד מאמנים ושחקנים בקבוצות נגדן שיחק אינייסטה. ב-7 בינואר ענד אינייסטה לראשונה את סרט הקפטן, במשחק שמינית גמר גביע המלך נגד אתלטיקו מדריד, בו קבוצתו ניצחה 1–3.
ב-5 בפברואר אותה שנה ערך אינייסטה את הופעתו ה-250 במדי ברצלונה במשחק במסגרת גביע המלך מול מיורקה. אינייסטה נפצע שוב במשחק מול מאלגה, אך חזר למגרשים במשחק הראשון של רבע גמר ליגת האלופות בניצחון הגדול של קבוצתו - 4:0 מול באיירן מינכן. חברו של אינייסטה לקבוצה באותו הזמן, סמואל אטו, אמר על אינייסטה:"הוא השחקן הטוב ביותר בעולם, כל פעם שהוא על המגרש הוא יוצר מופע".
ב-6 במאי 2009 כבש אינייסטה בדקה ה-93 את שער השיווין של ברצלונה נגד צ'לסי בחצי גמר ליגת האלופות, שער שהעלה את קבוצתו לגמר לאחר 0:0 במשחק הבית ו 1:1 במשחק החוץ. ביומן שהוא פרסם בסוף העונה, "Un Any Al Paradis", הוא כתב:"אני לא מחובר לבעיטה הזאת מבחוץ, מקצה הנעל שלי, אלא מבפנים. הבעיטה הזאת הייתה בכל הכוח, מכל הלב".
שער זה שלח את ברצלונה למשחק גמר ליגת האלופות נגד מנצ'סטר יונייטד, אשר נערך בסטאדיו אולימפיקו שברומא. לפני הגמר, מאמן מנצ'סטר יונייטד, אלכס פרגוסון אמר:"אני לא אובססיבי עם מסי, אינייסטה הוא הסכנה, הוא פנטסטי, הוא עושה את עבודת הצוות בדרך של מסירות, התנועה שלו והיכולת ליצור מרחב לא תיאמן... הוא כל כך חשוב עבור ברצלונה".
למרות הפציעה בירך אינייסטה שיחק והיה בעל השפעה רבה במשחק. הוא בישל את השער הראשון לסמואל אטו ולבסוף ברצלונה ניצחה 2:0 וזכתה בפעם השלישית בתולדותיה בליגת האלופות ואינייסטה זכה בפעם השנייה בחיו בתואר היוקרתי. אחרי המשחק, ווין רוני תיאר את אינייסטה כשחקן הטוב בעולם.
מגזין הכדורגל הספרדי "דון בלון" דירג את אינייסטה כשחקן הספרדי הטוב ביותר בליגה הספרדית בעונת . הוא גם דורג כקשר ההתקפי הטוב ביותר בליגה הספרדית באותה עונה. בשנת דורג אינייסטה במקום הרביעי בכדור הזהב, במקום הרביעי בכדורגלן השנה בעולם והוא גם נכנס לנבחרת השנה באירופה.
בעונה זו אינייסטה היה אחד השחקנים שגרפו הכי הרבה שבחים באירופה, ובאותה עונה זכה בטרבל – בליגת האלופות, בלה ליגה ובגביע המלך. בעונה שלאחר מכן השלים אינייסטה 6 תארים קבוצתיים בשנה אחת, כאשר זכה גם בסופר קאפ הספרדי, בסופר קאפ האירופי ובאליפות העולם לקבוצות.
2010 - 2009.
ב-29 בנובמבר 2009 האריך אינייסטה את חוזהו בברצלונה עד 2015, כאשר סעיף השחרור שלו נעמד על 150 מיליון דולר, ומאוחר יותר עלה ל-200 מיליון דולר.
אינייסטה הבקיע את שערו הראשון בעונה זו בניצחון 4:0 מול ראסינג סאנטנדר. עונת השתבשה במידה רבה על ידי פציעות חוזרות ונשנות. הוא החמיץ את אימוני ההכנה לעונה, בגלל קרע שהיה לו בירך. באותה עונה הוא פתח בהרכב רק ב-20 משחקים. אינייסטה לא המשיך את יכולתו מהעונה הקודמת, בעיקר כיוון ששיחק בגמר ליגת האלופות, ובגלל זה הפציעה שלו החמירה. למרות זאת, ברצלונה שוב זכתה בליגה הספרדית עם תוצאת שיא - 99 נקודות. העונה של אינייסטה הסתיימה כחודשיים לפני סוף העונה, בעקבות פציעה חמורה בשוק במהלך אימון.
2011 - 2010.
לאחר שקיבל מנוחה ארוכה ממאמן נבחרת ספרד ויסנטה דל בוסקה אחרי המונדיאל, ב-9 באוגוסט 2010 חזר אינייסטה לברצלונה למשחקי טרום העונה.
במשחק הדרבי נגד אספניול, זכה אינייסטה למחיאות כפיים סוערות מצד אוהדי אספניול וברצלונה כיוון שלאחר שער הניצחון במונדיאל, חשף אינייסטה חולצה עם כיתוב למען דניאל חארקה, שחקן אספניול שנפטר במהלך מחנה אימונים של הקבוצה. ברצלונה ניצחה 5:1 במשחק זה. בריאיון עם אתר ברצלונה סיפר אינייסטה:"עשיתי את זה משום שחשתי שזה נכנס לי מאוד עמוק. זה הראה לכולם שמה שחשוב זה לא הקבוצה או הצבעים, אלא להיות אדם טוב. אני מאוד שמח כי זה היה הרגע החשוב ביותר בקריירה שלי". באותו ראיון גם נשאל אינייסטה לגבי הפציעות שלא נתנו לו מנוח המשך כל העונה שעברה, והוא ענה:"זה היה קשה, אבל אני אתחיל עם רצון יותר מתמיד".