בפרק שפותח את החצי השני של העונה, מרדית' מותקפת על ידי מאושפז שטיפלה בו ונפצעת קשה. היא מאבדת את השמיעה באופן זמני אך מחלימה מפציעותיה עם הזמן וחוזרת לבריאות מלאה. לאחר זמן ממושך של ויכוחים בין ג'קסון לאפריל, השניים מתגרשים. אך מתברר שאפריל נכנסה להיריון לפני הגירושים, מבלי לספר לאף אחד מלבד מאריזונה ואלכס. אפריל דורשת מאריזונה שלא תספר לג'קסון בשום פנים ואופן, אך אריזונה מספרת לו רגע לפני שאפריל מתכוונת לספר לו. לאחר שקת'רין מגלה זאת, היא מציעה לג'קסון לתבוע את אפריל ולקבל משמורת מלאה על הילד, אך ג'קסון מסרב ומנסה להשלים עם אפריל. מרדית' מגלה שניית'ן היה בעלה של אחותו של אואן, מייגן שנעלמה כאשר עלתה על מסוק שלא שב. אמיליה ואואן מפתחים קשר ובסוף העונה מתחתנים.
קאלי מתאהבת בפני, פני זכתה בשנה התמחות בפרויקט רפואי נחשב בניו יורק ומציעה לקאלי לבוא איתה. קאלי מסכימה ומדברת עם אריזונה על המעבר, קאלי מבקשת שסופיה תבוא איתה אך אריזונה מתנגדת מאחר שסופיה לא תראה אותה. אריזונה וקאלי הולכות למשפט שבסופו אריזונה זוכה במשמורת מלאה על סופיה. בן, בעלה של ביילי, יילד בניתוח קיסרי אישה בהיריון כאשר לא היו רופאים בכירים שיטפלו בה, וכתוצאה מכך האישה והיילוד מתו. הוא הושעה מההתמחות לתקופה של שישה חודשים, אך לאחר ארבעה חודשים, אפריל יולדת בבית ובן נאלץ ליילד אותה. בלידה מתברר כי התינוקת זקוקה לניתוח קיסרי, ובן מבצע אותו בהצלחה בבית, ובכך הציל את אפריל ובתה. לאחר תקופה ארוכה שג'ו מסרבת להתחתן עם אלכס, הוא נפרד ממנה בכעס. ג'ו משתכרת, וכתוצאה מכך מספרת למתמחה דה לוקה שהיא נשואה וברחה מבעלה שהכה אותה. דה לוקה מחזיר אותה הביתה והשניים בטעות נפלו על המיטה, ואלכס שבדיוק הגיע, רואה ומכה את דה לוקה. ניית'ן ומרדית' מתאהבים אך ביום החתונה של אמיליה מגי אומרת למרדית' שהיא אוהבת את נייתן גם.
עונה 13.
שידור עונה 13 החל ב-22 בספטמבר 2016 בארצות הברית, וב-26 בספטמבר 2016 בישראל. העונה נפתחת מסיומה של העונה הקודמת. מרדית', שגילתה שמגי אוהבת את ריגס גם כן, מנסה להתחמק ממנו במשך החתונה של אמיליה ואואן וגם לאחריה, ומסבירה לו שיש בעיה, מבלי לספר מהי. אחרי שריגס הפעיל עליה לחץ רב, היא משקרת ואומרת שהיא לא מרגישה אליו מה שהוא מרגיש אליה. דה לוקה מגיע לבית החולים כשהוא פצוע קשה מהמכות של אלכס. כל צוות הרופאים סקרן, מלבד מרדית' שיודעת שזהו אלכס. אלכס מבקש ממנה לא להסגיר אותו, אך בסופו של דבר היא מלשינה עליו כמה רגעים אחרי שהוא מסגיר את עצמו למשטרה. אלכס נשלח למעצר - דבר העלול לפגוע בקריירתו ורישיון הרפואה שלו. ג'ו ניגשת לחדרו של דה לוקה ומבקשת ממנו שלא יספר את סודה, הוא כועס עליה אך מבטיח לה שלא יספר. ג'ו רוצה לעזוב את בית החולים, אך בעזרת ריצ'רד היא משתכנעת ונשארת. בפרק השני של העונה נפתח המשפט נגד אלכס- הוא מואשם בתקיפה מדרגה שנייה, ועלול להיכנס לכלא.
מגי מציעה לריגס לצאת לדייט, אך מרדית מבקשת ממנו שיסרב לה בנימוס, והוא עושה זאת. אפריל מתמודדת עם ההורמונים של אחרי הלידה של הארייט, ולא מפסיקה לבכות כאשר היא הולכת הביתה לפניה. ג'קסון מציע לה שהיא והארייט יעברו לגור איתו, עד שתחלים, אך היא מסרבת- מפני שזו הצעה שלו, ולאחר מכן עוברת לגור עם ג'קסון. דה-לוקה חוזר לעבודה, וג'ו ממשיכה להתייסר. אמיליה ואואן עורכים חנוכת בית- ואמיליה מזמינה את ריגס מבלי שאואן ידע על כך. היא מנסה להשלים ביניהם, אך לא מצליחה, ומבטיחה לאואן שלא תנסה שוב. אמיליה מנסה להיכנס להיריון, אך לאחר שלא מצליחה, היא מגלה שהיא לא רוצה ילדים ומספרת על כך לאואן. אואן מתייסר ומתלבט מה לעשות. ג'ו מספרת לאלכס שהיא נשואה, ובעקבות זה הוא שוקל להסכים לעסקת טיעון - להיכנס לכלא לשנתיים ולבטל את המשפט. הוא רוצה להסגיר את עצמו, אבל דה-לוקה מבטל את ההאשמות נגדו ולא מוכן להגיד לו למה. לאחר כמה פרקים מבינים כי דה לוקה מחבב את ג׳ו ודואג לה ולכן ביטל את ההאשמות. במהלך העונה מגיעה לבית החולים דוקטור אלייזה מיניק, שבמקור הייתה אמורה לנהל יחד עם ריצ׳רד את תוכנית ההתמחות אך אמרה לביילי שהיא לא עובדת בצוות, וביילי בחרה להוציא את ריצ׳רד מתפקיד מנהל תוכנית ההתמחות ולהכניס את אלייזה, מה שגורם להתנגדות חריפה של צוות הרופאים, ואף גורם להשעייתה של מרדית, שחוזרת לעבוד אחרי שריצ׳רד מבקש ממנה להיכנע ולחזור, כדי לא להרוס לעצמה את הקריירה. באותו הזמן מתחיל להתפתח קשר רומנטי בין אלייזה לאריזונה. בינתיים, אמיליה עוברת לגור אצל סטפני ולאחר מכן אצל מרדית. בפרק 16, ג׳קסון ואפריל נוסעים לבית חולים של אייברי במונטנה כדי לטפל בנערה הזקוקה להשתלת גרון, ושם אפריל מגלה שהסיבה היחידה שהוא נסע היא כדי לפגוש את אבא שלו. אפריל משכנעת את ג'קסון להפגש עם אביו. הוא מוצא אותו, ומגלה שלא אכפת לו ממנו. לאחר השתלת הגרון החדשנית ג'קסון ואפריל מתקרבים ולבסוף גם מתנשקים. בסוף הפרק ג'קסון אומר לאביו את מה שהוא מרגיש והולך. מרדית וניתן נוסעים לכנס בטיסה ביחד כאשר במהלך הטיסה יש סופת רעמים ויש פצועים במטוס כך שמרדית וניתן דואגים לשלומם ומצילים את חייהם. לאחר מכן מתפתח הרומן של מרדית ונייתן כאשר מרדית לא יודעת איך לספר למגי על המצב ומגי מגלה זאת לבד. מגי כועסת על מרדית אך מבינה בסוף והן משלימות. בפרק לפני האחרון לעונה מגיעים 2 פצועים מתאונת דרכים, גבר ואישה וכולם מניחים כי הם זוג. לאחר מכן מגלים כי הוא למעשה תקף אותה וניסה לאנוס אותה ברכבה לכן היא נסעה אל מעבר לצוק בו הייתה מכוניתה. לאחר הניתוח שלה, היא מספרת ובית החולים עובר למצב של נעילה. סטפני מטפלת בתוקף ולא יודעת שהוא כזה. התוקף מאיים עליה עם סכין כדי שתוציא אותו מבית החולים. לאחר שהם מבינים כי האבטחה רודפת אחריו, הם יורדים במדרגות החירום ונתקעים במעבדה בשל הנעילה בבית החולים, לאחר שמנסים להתחמק מרופאים שעוברים שם. במעבדה הם פוגשים ילדה קטנה ששוטטה בבית החולים (כאשר היא עשתה זאת למעשה כל הפרק). סטפני מגנה על הילדה והתוקף מתעצבן כי בית החולים נעול והוא לא יכול לברוח. הוא שואל אותה איך הדלתות יפתחו והיא עונה לו שבעזרת שרפה. הוא מנסה להדליק מגבת בעזרת חומר חיטוי ומצית וסטפני שופכת עליו את כל חומר החיטוי והוא נדלק מהגיצים שעפים מהמגבת. סטפני רואה שהוא נשכב על הרצפה ליד מיכל הגז תוך כדי שהוא נשרף. היא אומרת לילדה שתיצמד לקיר והיא יוצאת מהחדר בשביל להזיז אותו מהמיכל. שניות לפני שהיא מגיעה אליו המיכל מתפוצץ ועולה באש. סטפני שרדה את הפיצוץ אבל סובלת מכוויות קשות. רגלה של הילדה נפצעה בעקבות מכשיר רפואי שנפל עליה. סטפני מצליחה להציל את רגלה של הילדה והן יוצאות לחדר המדרגות. הן עולות לגג אבל לא יכולות לפתוח את הדלת בלי הכרטיס של סטפני. סטפני מוצאת אותו בין העשן והן יוצאות לגג, שם הילדה מתמוטטת. ג’קסון מחפש את סטפני בכל מקום כאשר הוא מורה לאלייזה לדווח למשטרה, והיא, מפני שמפנה מטופלים שכחה להודיע על היעדרה של סטפני. בסופו של דבר בן וורן מראה למשטרה היכן ראה את סטפני פעם אחרונה, ומשם הם רואים עקבות של דם ומצליחים להגיע לגג ולחלץ את סטפני והילדה. ביילי מפטרת את אלייזה כיוון שלא דיווחה על סטפני כנעדרת, וביקרה את הרופאים על כך ששמו בעדיפות עליונה לחפש את סטפני והילדה שהיו נעדרות שתיהן במהלך הפינוי. באותו הבוקר הצבא מודיע לאואן שמצאו את אחותו ואמיליה מלווה אותו לראותה. היא מספרת על כך למרדית' ומרדית' מספרת לנייתן. כאשר הוא שואל אותה אם לא אכפת לה שהוא ילך אליה, היא אומרת לו ״אם זה היה דרק, מזמן לא הייתי פה״. הוא רץ בהתרגשות לחפש אותה. בסוף הפרק סטפני מודיעה על התפטרותה מבית החולים.
עונה 14.
שידורי העונה התחילו ב-28 בספטמבר 2017 בארצות הברית, וב-2 באוקטובר 2017 בישראל. בתחילת העונה. מייגן האנט מגיעה לבית החולים, ונייתן חוזר להיות בן זוגה. טדי חוזרת לסיאטל ומתנשקת עם אואן. נייתן מציע למייגן נישואין אך מרדית נכנסת באמצע לא בכוונה להפריע, כדי להודיע על הניתוח של מייגן וקוטעת אותו. לאחר מכן מייגן נפרדת מנייתן כי היא משוכנעת שהוא עדיין מאוהב במרדית. אמיליה מגלה שיש לה גידול במוח.
אלכס מספר לג'ו על כך שהוא מצא את בעלה והיא שואלת אותו אם הוא עשה לו משהו וכשהיא מבינה שהוא לא עשה לו כלום היא מנשקת את אלכס. השניים חוזרים להיות ביחד.