בעקבות העברת היהודים לגטו ובידודם בו, עלה צורך בשמירת קשר עם העולם שבחוץ לשם תיאום עם המחתרת הפולנית ולהשגת ציוד, תרופות ונשק. קשר עם מחתרת ה-ק.ב קיימו חברי ארגון שהיה בידם אישור לעבודה בחלק ה"ארי" של ורשה. כמו כן גייס האצ"י מהנדסים שהחלו עמלים על תכנון מנהרות. האצ"י כרה שתי מנהרות; אחת התחילה ממרתף כנסייה ברחוב לשנו, שפתחה נבנה כבונקר שבו ציוד ופתחי אוויר המסוגל לקיים אנשים. פתחה של המנהרה הנוספת, שעברה תחת רחוב אוקופובה, הגיע אל בית הקברות היהודי.
ביולי 1942 קיימו הנאצים את האקציה הגדולה הראשונה, ובעקבותיה הוקטן משמעותית שטח הגטו. המנהרות שנחפרו נותרו מחוץ לשטחו החדש של הגטו, היכן שלא ישבו עוד תושבים יהודים והסתובבו כוחות שיטור נאציים, לטביים ויהודיים. הגישה אליהן נוטרלה ומנהרת בית הקברות התגלתה. המחלקה הטכנית של הארגון הביאה לחפירת מנהרה שתוביל אל בונקר הכנסייה, במקביל לכריית מנהרה חדשה אל בית נטוש שעברה תחת בניין בית המשפט. מנהרה נוספת, שעברה דרך צינורות ביוב ברובה, נכרתה ברחוב קרמליצקה. גולת הכותרת הייתה בנייתו של הבונקר הראשי תחת מטה הארגון בכיכר מוראנובסקי, ומנהרה שתוליך ממנו אל הצד ה"ארי". אלו אמורים היו לשמש כפתח המילוט בשעות האחרונות של ההכרעה. מנהרה זו נחפרה תחת הכיכר ובנייתה הייתה קשה בשל מכשולים רבים, בהם צינורות מים, אדמה סלעית, והמולת התנועה בכיכר שחייבה חיזוק מסיבי של המנהרה לבל תקרוס. מלאכת החפירה צריכה הייתה להעשות בשקט מוחלט ולכן לא נעשה שימוש במקדחים אלא בחפירה ידנית בלבד. עוד הקשתה העובדה כי פתחה היה צר ואפשר רק לאדם בודד להידחק בה כל פעם. בנייתה הושלמה בתחילת שנת 1943.
הקשריות באצ"י.
באצ"י שירתו נשים שתיפקדו כקשריות, אשר היו נוהגות לצאת מחוץ לגטו במטרה לקיים את הקשר עם המחתרת הפולנית תוך העברה וקבלה של מסרים. לתפקיד נבחרו נשים שחזותן הייתה סלאבית ככל הניתן. תוך סיכון גבוה וחירוף נפש הצליחו הקשריות גם להבריח משפחות וילדים אל מקומות מקלט מחוץ לחומות. הייתה זו לוחמה בקו הראשון. קשריות שהיו מחוץ לגטו בעת פרוץ המרד חזרו אליו דרך המנהרות כדי להילחם מתוך הגטו. אחרות לחמו לצד הפולנים בקרבות מאוחרים יותר. חלקן נשארו בחיים ופעלו שנים רבות למען הכרת סיפורן. סיפור הגבורה של הלוחמים, הלוחמות והקשריות באצ״י מובא בסרט ״ונזכור את כולם?״ המספר את הקרב המרכזי שהתרחש במרד גטו ורשה בכיכר מוראנובסקי, אשר במהלכו הונף דגל הארגון מעל גגות הבתים בידי אותם לוחמים.
לקראת המרד.
נוסף על כריית המנהרות וההברחות עסק הארגון במעקב ואיסוף מודיעין אחר אנשי הגסטאפו בגטו והתנקשות ביהודים אשר שיתפו פעולה עמו. למשל אלה נייבורג שהייתה רופאה וחברה בארגון, ורקמה קשרים עם אנשי גסטפו ומהם השיגה מידע מודיעיני וציוד.
באותו זמן מנה הארגון שתי פלוגות, בהן כ-240 איש, אשר היו מצוידות בנשק וציוד משובח ביחס לתנאי המלחמה והגטו. חילקו אותן לארבע קבוצות האמורות לאייש ארבע עמדות, תחת פיקודם של פאוול פרנקל, לייב רודל, חנוך פדרבוש ומשה וייסשטוק.
מחודש ספטמבר ועד תחילתו של המרד בגטו, עסק הארגון בהכנות קדחתניות לקראת הקרב העתידי. הציוד נאגר, הוכן וחולק, העמדות בוצרו ותוספקו. ב-18 עד ה-21 בינואר 1943, חידשו הגרמנים את הגירושים מהגטו. אז יצאו חברי הארגון בחוליות קטנות החמושות בנשק קל (ללא מקלעים חצי כבדים), במקביל לחברי אי"ל, אל סדרת קרבות רחוב ראשונים בגטו בהם נהרגו שישה מלוחמי הארגון.
כל אותה העת האצ"י פעל לצידו של הארגון היהודי הלוחם, אי"ל. היה זה ארגון גדול יותר שאיגד תחתיו תנועות ציוניות סוציאליסטיות בעיקר. המגעים בין הארגונים היו מעטים. ניסיונות לאיחוד ביניהם לא עלו יפה. הסיבה לכך נתונה במחלוקת:
שני הארגונים הסכימו על חלוקה כללית של שטחי הלחימה. האי"ל התכוון כנראה להילחם בהתבססו על יחידות קלות ניידות, ואילו האצ"י, בשל חימוש כבד יותר שהיה ברשותו או בשל ניסיונו הצבאי הרב יותר, הופקד על שטחים פתוחים כמו כיכר מוראנובסקי. האצ"י תכנן לחימה מסודרת מתוך עמדות. המנהרות שחפר היו מיועדות לקיים אספקה וחימוש, ולבסוף גם נתיב יציאה מן הגטו לשם המשך לחימה בשטחי היערות.
המרד.
היה זה ב-18 באפריל 1943, יום לפני ליל הסדר של שנת תש"ג, כשקיבלו ראשי הגטו היהודיים את פקודת הנאצים כי על הגטו מוטל עוצר מלא וכי באמצע הלילה יתחיל מבצע של פינוי הגטו כולו. אחד מהם הצליח לחמוק מהשמירה שהושמה עליהם והעביר את המידע לאחד מאנשי האצ"י. הדבר אימת ידיעה שהעבירה קשרית לפני כן על אקציה סופית של הגטו.
פאוול פרנקל, מפקד האצ"י, העביר מיידית את הידיעה למרדכי אנילביץ', מנהיג האי"ל. כל לוחמי הארגון וצעירים נוספים נטלו נשק ולפי פלוגות התפרסו בעשרות עמדות בגטו. את הילדים והמבוגרים הכניסו אל מרתפים ובונקרים.
עיקר כוחו של האצ"י התרכז בארבע פלוגות בכיכר מוראנובסקי. פאוול פרנקל פיקד על הפלוגה שתפסה את מרכז הכיכר והגנה על המטה הראשי של הארגון. ליאון רודל פיקד על פלוגה מובחרת שתפסה עמדות סביב. פלוגות אלה היו חמושות היטב ברימוני-יד, בבקבוקי מולוטוב, אקדחים, רובים, נשק אוטומטי, מכונות ירייה קטנות ומכונת ירייה כבדה אחת (היחידה בגטו). מרדכי אפלבוים פיקד על פלוגה בת 40 לוחמים שהתמקמה בבניין ברחוב מילא. רודי בינשטוק פיקד על 50 לוחמים ברחוב פרנצישקנסקה שהיו חמושים בעיקר במטעני נפץ וברימוני-יד. דוד ברלינסקי פיקד על 20 לוחמים ברחובות נאלבקי ומילא. מפקדי כוחות במוקדים נוספים היו לייזר סטנביץ', יאן פיקה ורומן ויינשטוק. שמואל לופט היה מפקדן של שלוש פלוגות גדולות וחמושות בשטחי התעשייה מדרום שהיו מנותקות משטח הגטו הגדול (בין הרחובות נובוליפקי ולשנו). לא ידוע כמה אנשים מנה הארגון אז. אולם מספר החברים לא מנה יותר מ-250 על פי הערכה מקסימלית. ייתכן שבמהלך הקרבות הצטרפו ללוחמים עוד אנשים מתושבי הגטו.
בבוקר ה-19 באפריל 1943 נכנסו כוחות אס אס וחיל רגלים אל הגטו. הם נתקלו באש שנפתחה עליהם מעמדות שונות בבתי הגטו. טנק שהוכנס לגטו הוצת וחסם את התנועה. מוביל הכוחות ומפקד כוח האס-אס, פון סמרן-פרנקנג, דיווח כי כוחותיו נסוגים וכי הוא סובל מפצועים והרוגים. האחראי על מבצע חיסול הגטו, גנרל יירגן שטרופ, שחרר אותו מתפקידו ותפס את הפיקוד על המבצע לדיכוי המרד. עם כוח גדול שארגן מחדש נכנס שטרופ אל כיכר מוראנובסקי. שם הופתע להתקל באש כה עזה, עד שנאלץ להביא כוחות תגבור נוספים לאזור.
בצהרי אותו יום קרה אירוע סמלי ויוצא דופן. אל גג הבית מספר 7 בכיכר מוראנובסקי, היכן ששכן מטה האצ"י, עלו נער בשם יאצק אייזנר וחברתו האלינה, והניפו עליו שני דגלים: הדגל הפולני האדום-לבן, ולצדו דגל כחול-לבן, דגלו של הארגון הצבאי היהודי. דגלים אלה נראו היטב ברחובות הגטו וברחבי ורשה. עדויות מספרות כי קריאות שמחה פרצו אצל הפולנים למראה הדגלים, בשמעם את היריות והפיצוצים ובראותם את הדגלים מתנוססים מעל לכיכר; כך ידעו כי היהודים היו הראשונים שבפומבי הניפו את נס המרד נגד הגרמנים וכי הצליחו להחזיק בכיכר מורנובסקי. במשך ארבעה ימים ניצבו על הבית דגלי המרד. רק לאחר קרבות רבים הצליחו הגרמנים להשתלט על הבית ולהוריד את הדגל ממנו.
בכל הגטו לחמו אנשי שני הארגונים בחירוף נפש. הכוחות בשטחי התעשייה הצליחו להחזיק מעמד ואילצו את הגרמנים להזעיק תגבורות מספר פעמים.
אחרי ה-20 באפריל החלו הגרמנים להצית את בתי הגטו. ב-24 וב-25 לחודש הוצת הגטו כליל ולהבות עצומות אחזו את כל חלקיו. ב-24 יצאה קבוצה של לוחמי הארגון מכיכר מוראנובסקה, דרך מנהרה, החוצה מן הגטו אל יער מיכאלין הסמוך. שם נתקלו באש הגרמנים ונערך בין הצדדים קרב יריות ארוך. לוחמי הארגון הצליחו להגיע אל בניין ברחוב גז'יבובסקה שבוורשה הארית. אך הותקפו גם כאן, כפי הנראה על ידי פולנים.
בשיאה של התופת, בימים ה-27 ו-28 לחודש, התרחש הקרב העז ביותר של האצ"י, בכיכר מורנובסקי. במיוחד מבניין מספר 2 בכיכר, אש הקלעים בכוחות הגרמניים הייתה מדויקת ולפרקים בלמה את התקפתם.
הכיכר נפלה לבסוף, אך ניצולים מקרב הלוחמים המשיכו לפגוע בסיורים שעברו ברחובות. ב-6 במאי נהרג ליאון רודל בקרב מחוץ לגטו. ב-11 במאי נהרגו שאר הלוחמים ששרדו, וכפי הנראה בהם מפקדם פאוול פרנקל. ההתנגדות בגטו תמה סופית ב-16 במאי 1943. קומץ ניצולים התחבא במקומות שונים עד ששוחרר הגטו.
הדרת פועלו של אצ"י בתיעוד ובזיכרון.
מבין חברי האצ"י רק שמונה לוחמים וקשריות ספורות נותרו בחיים אחרי המרד כדי למסור את עדויותיהם. ממפקדי הארגון לא שרד אף אדם. עובדה זו, בנוסף למידור הגבוה בין התאים והמחלקות, הקשו על איסוף המידע אודות הארגון. רובו נשען על עדויות השורדים, קשריות אחדות (בהן: עמילקה קוסובר וז'וטה הרטמן פלה פינקלשטיין), חברי המחתרת הפולנית (בהם איוונסקי), מעט מסמכים מארכיון רינגלבלום, ואף עדויות של שטרופ.
ראיה למחיקה של הרוויזיוניסטים מזכר המרד מופיעה כבר בסוף 1943. בשני מכתבים של היסטוריון הגטו, עמנואל רינגלבלום, כאשר הסתתר בוורשה. ב-13 בדצמבר 1943 כתב רינגלבלום לאדולף ברמן (מראשי מפלגת פועלי ציון שמאל): "קיבלתי את רשימת החברים של הפירמה [אי"ל]. יש לי מידע ביוגרפי על קבוצות שלמות של אנשים", ובה בעת שאל: "מדוע אין שום מידע על אצ"י?... הרי זכר שלהם צריך להישאר, אפילו אם הם לא סימפתיים בעינינו". המכתב השני מ-23 בדצמבר 1943: "אשר לרוויזיוניסטים, אין לי שום מידע... אני יודע רק שני שמות: רודאלסקי ופרנקלובסקי. האחרון (ברונטי) היה מנהל הפירמה. צריך למצוא אותם, או את אחד מעמיתיהם".