לקראת הטורניר של 1993 העבירה לשורותיה את קפטן הנבחרת דאז, קרלוס ולדרמה, שאף נבחר באותה שנה לכדורגלן הטוב ביותר בדרום אמריקה. ביחד עם חברו לנבחרת, איבן ולנסיאנו, הובילו השניים את ג'וניור לאליפות השלישית שלה, שהייתה דרמטית במיוחד. היא סיימה במקום הראשון את טורניר האפרטורה והעפילה לפלייאוף. בטורניר הקלאוסורה סיימה במקום השני ובשיקלול השנתי זכתה בנקודת בונוס במקרה של שוויון מול קבוצה אחרת. בבית חצי הגמר של הפלייאוף, שיחקה ג'וניור מול אתלטיקו נסיונל, אונסה קלדס ומיונאריוס והצליחה להעפיל עם נסיונל לבית הגמר שכלל גם את אמריקה קאלי ואינדפנדיינטה מדיין. היא הגיעה למחזור האחרון בידיעה שתיקו ביתי יתן לה את התואר, או שמדיין לא תנצח. בזמן שג'וניור פיגרה מול אמריקה עד הדקה ה-90 ובמשחק המקביל הוליכה מדיין והחגיגות שם החלו, ג'וניור יצאה להתקפה אחרונה בהחלט שבסיומה כבשה את השער המיוחל שנתן את האות לחגיגות האליפות השלישית בתולדותיה. מיגל גררו החלוץ סיים כמלך השערים עם 34 כיבושים.
הקבוצה העפילה לטורניר הקופה ליברטדורס בפעם החמישית בתולדותיה וזה היה הטורניר הטוב ביותר שלה עד כה. היא שובצה בבית 1 יחד עם אינדפנדיינטה מדיין, סרו פורטניו וקלוב אולימפיה, שתיהן מפרגוואי. היא בקושי צלחה את שלב הבתים וסיימה שלישית עם חמש נקודות, אבל זה הספיק כדי להמשיך הלאה. קולו קולו הייתה היריבה הבאה ולאחר שוויון 3-3 בסיכום המשחקים, ניצחה ג'וניור בבעיטות הכרעה 3-4. ברבע הגמר שוב פגשה ג'וניור את אינדפנדיינטה מדיין וניצחה אותה במשחק הראשון באצטדיון אטנאסיו חירארדוט 0-2, כשאת השערים כובשים אוסוולדו מקנסי ורונלד ולדרמה, אחיו של קרלוס. בגומלין בברנקייה המשחק נגמר בתיקו 0-0 וג'וניור הגיעה לחצי הגמר מול ולס סארספילד. ניצחון ביתי של 1-2 במשחק הראשון והפסד בחוץ באותה תוצאה, כאשר איבן ולנסיאנו כובש את כל השערים לזכות ג'וניור, שלחו את הקבוצות לדו-קרב פנדלים, שבסיומו ניצחה ולס 4-5.
שנה מאוחר יותר חזרה ג'וניור לזכות באליפות לאחר שסיימה את הטורניר עם 62 נקודות, שתיים יותר מהסגנית, אמריקה קאלי. זו הייתה זכייתה הרביעית של ג'וניור באליפות קולומביה שהונהגה בידי הקפטן קרלוס ולדרמה והחלוץ איבן ולנסיאנו, שגם סיים כמלך השערים עם 24 כיבושים.
לאחר הפסקה של תשע שנים, חזרה ג'וניור לזכות בתואר בשנת 2004. טורניר האפרטורה לא הסתיים טוב למרות העפלה לפלייאוף, שבו סיימה הקבוצה במקום האחרון כולל תבוה ביתית של 0-4 לאתלטיקו נסיונל. בטורניר הקלאוסורה סיימה ג'וניור במקום השמיני והאחרון שמוביל לפלייאוף ושובצה עם דפורטיבו קאלי, אינדפנדיינטה מדיין ואתלטיקו בוקרמנגה. הקבוצה סיימה ראשונה עם 13 נקודות והעפילה לגמר מול אתלטיקו נסיונל. במשחק הראשון בברנקייה שלטה ג'וניור ללא עוררין וניצחה 0-3, מה שהיה אמור להפוך את הגומלין למשחק לפרוטוקול. למרות זאת, שחקני נסיונל נלחמו מהדקה הראשונה במשחק במדיין וכבר הוליכו 1-5 עד הדקה ה-88, מה שהיה מקנה להם את התואר, אבל שער דרמטי של רולונג צמצם את התוצאה ל-5-2 והישווה את התוצאה הגלובלית ל-5-5. בבעיטות ההכרעה החמיץ חואן קרלוס ראמירס של נסיונל וג'וניור ניצחה 4-5 כדי לזכות באליפות.
את האליפות השישית שלה השיגה ג'וניור בשנת 2010, כאשר הקבוצה כללה שמות כמו הקפטן ג'יובני הרננדס, פאולו ססאר ארנגו, מרטין ארסואגה, קרלוס באקה ורומן טורס. היא אומנם הודחה בשלב המוקדם של גביע ליברטדורס על ידי ראסינג קלוב מונטבידאו האורוגוואית, אבל בטורניר האפרטורה נראתה הרבה יותר טוב וסיימה שלישית, שתי נקודות פחות מהמוליכה דפורטס טולימה. בחצי הגמר התמודדה מול אינדפנדיינטה מדיין האלופה וניצחה אותה 1-3 במשחק הראשון, מה שהספיק לה להעפיל לגמר למרות הפסד 0-1 בגומלין באצטדיון אטנאסיו חירארדוט. בגמר פגשה את לה אקידד והפסידה במשחק הראשון 0-1 בבוגוטה. בגומלין בבית ג'וניור הוליכה כבר 1-2 כשנותרו דקות מעטות לפני בעיטות ההכרעה, אבל אז הגיע הגול המכריע של באקה שנתן את התואר לכרישים.
התואר השביעי הושג בטורניר הקלאוסורה של 2011. השוער האורוגוואי, סבסטיאן ויירה, הגיע לקבוצה והחלוץ המצטיין שלה, קרלוס באקה, זכה בפעם השנייה בתואר מלך השערים. הקבוצה סיימה במקום הראשון את הליגה הסדירה תחת הדרכתו של המאמן חוסה הרננדס, שהחליף את חורחה לואיס פינטו כאשר האחרון הלך לאמן את נבחרת קוסטה ריקה. ברבע הגמר גברה ג'וניור על בויאקה צ'יקו ובחצי הגמר פגשה את מיונאריוס. אחרי שהפסידה באצטדיון אל קמפין 0-3, ג'וניור חזרה הביתה וגברה על הכחולים באותה תוצאה, מה שהביא לבסוף לבעיטות הכרעה שאותן ניצחה ג'וניור 4-5. בגמר פגשה ג'וניור את אונסה קלדס וניצחה אותה במשחק הראשון בברנקייה 2-3 אחרי שכבר פיגרה 0-2. בגומלין הייתה זו קלדס שניצחה 1-2 ושלחה את שתי הקבוצות להכריע את התואר מהנקודה הלבנה, שם הייתה ג'וניור טובה יותר וזכתה באליפות.
זכייה בקופה קולומביה.
ג'וניור זכתה לראשונה בתולדותיה בגביע הקולומביאני בשנת 2015. לאחר שסיימה ראשונה בבית שלה שכלל את ברנקייה פוטבול קלוב, ריאל קרטחנה ואוניאוטונומה, פגשה ג'וניור בשמינית הגמר את אתלטיקו נסיונל. היא הפסידה במשחק הראשון 0-1 במדיין אבל הצליחה לבצע מהפך ולנצח בבית 0-2. ברבע הגמר פגשה את דפורטס טולימה ולאחר ניצחון ביתי של 1-2, כפתה תיקו 1-1 במשחק הגומלין ששלח אותה לחצי הגמר. היריבה הבאה הייתה אינדפנדיינטה מדיין ושוב ג'וניור פתחה עם ניצחון במשחק הביתי 1-2. בגומלין במדיין הפסידה באותה תוצאה, כאשר את השער לזכותה כובש חרלן בררה ממחצית המגרש. שתי הקבוצות נערכו לבעיטות ההכרעה שבסיומן חגגה ג'וניור עם ניצחון של 4-5. במשחק הגמר פגשה הקבוצה את אינדפנדיינטה סנטה פה וגברה עליה 0-2 בברנקייה משערים של חואן דויד פרס וחורחה אגירה. במשחק הגומלין בבוגוטה לא הצליחו האדומים להפוך את התוצאה וניצחו את ג'וניור רק 0-1. בכך נתנו את הגביע הראשון בהיסטוריה של קבוצת החוף.
שנתיים מאוחר יותר חזרה על הזכייה, כאשר העמידה קבוצה טובה מאוד בראשותם של החלוצים טאופילו גוטיירס ויימי צ'ארה. גם הפעם סיימה ג'וניור ראשונה את הבית שלה. בשמינית הגמר רשמה ניצחון כולל על אונסה קאלדאס 0-4 בסיכום המשחקים וברבע הגמר זה הלך קשה יותר עם 0-0 מול מיונאריוס במשחק הראשון וניצחון ביתי של 0-1 בגומלין. גם בחצי הגמר מול פטריוטס זה הלך קשה כשסיימה בתיקו 1-1 בחוץ וניצחה בגומלין 0-1. בגמר פגשה ג'וניור את אינדפנדיינטה מדיין והצליחה להוציא תיקו 1-1 בחוץ משער של בררה ובבית לגבור עליה 0-2 משערים של בררה וטאו כדי לזכות בפעם השנייה בגביע.
אליפות שמינית וגמר יבשתי ראשון.
הסמסטר השני של שנת 2018 היה מצוין עבור הקבוצה של חוליו קומסניה אבל ההתחלה לא הייתה טובה, לא בליגה ולא בקופה ליברטדורס. ג'וניור הודחה מהמפעל היבשתי הבכיר כבר בשלב הבתים על אף שיכולה הייתה לעלות על חשבון בוקה ג'וניורס, אם רק הייתה מנצחת אותה במגרשה הביתי. המקום השלישי אותו השיגה, שלח את הקבוצה למפעל המשני של היבשת, הקופה סודאמריקנה. בעוד שבליגה החלה ג'וניחור להתייצב, בסודאמריקנה השיגה תוצאות טובות בעיקר בבית, שהספיקו למרות יכולת לא טובה במשחקי החוץ. ככל שהתקדם הסמסטר נראתה הקבוצה יותר ויותר טוב, ולראשונה בתולדותיה הגיעה לגמר יבשתי, כאשר בחצי גמר הסודאמריקנה גברה על אינדפנדיינטה סנטה פה 0-3 בסיכום שני המשחקים. בגמר פגשה את אתלטיקו פרנאאנסה ולאחר 1-1 במשחק הראשון בברנקייה, יצאה הקבוצה לברזיל בתקווה להפתיע. לאחר שבמחצית הובילו המארחים 0-1, הישווה טאופילו גוטיירס את התוצאה ל-1-1 בדקה ה-58 ומאותו רגע רק ג'וניור שלטה במגרש. לרוע מזלה זה לא הספיק לניצחון והמשחק נכנס להארכה, בה החמיץ חרלן בררה הזדמנות גדולה בדקה ה-110 כאשר החמיץ פנדל, והמשחק עבר לשלב ההכרעה בדו-קרב בעיטות הכרעה, שם כשלה ג'וניור ופרנאנסה חגגה תואר יבשתי ראשון בתולדותיה. ג'וניור לא ויתרה ונלחמה על התואר המקומי. היא גברה ברבע הגמר על לה אקידד 0-1 בסיכום שני המשחקים, ניצחה את אגילס דוראדס 3-4 בסיכום שני משחקי חצי הגמר ואז פגשה את אינדפנדיינטה מדיין בגמר הגדול. המשחק הראשון בברנקייה היה בשליטה טוטאלית של ג'וניור ונגמר בתוצאה 1-4. האליפות נראתה בדרך, אבל אינדפנדיינטה מדיין לא ויתרה ובגומלין ניצחה 1-3 והייתה קרובה לבצע מהפך. בסופו של דבר המהפך לא הושלם וג'וניור זכתה באליפות שמינית בתולדותיה.
את שנת 2019 פתחה הקבוצה עם תואר נוסף, הסופרליגה שבו זכתה על חשבונה של דפורטס טולימה. במשחק הראשון שנערך באצטדיון מטרופוליטאנו רוברטו מלנדס, הייתה דווקא טולימה זו שיצאה מנצחת 1-2 מצמד של מרקו פרס, שהצליח להפוך את התוצאה לאחר שלואיס דיאס היקנה את היתרון למקומיים. במשחק הגומלין באצטדיון מנואל מוריו טורו הייתה התוצאה מאופסת וטולימה נראתה בדרך לזכייה, אבל ממש בשניות האחרונות של תוספת הזמן כבש לואיס קרלוס רואיס את השער לזכות ג'וניור שהישווה את התוצאה הכוללת ל-2-2 ושלח את ההכרעה לדו-קרב פנדלים. שם לג'וניור כבר היה את השוער המצוין, סבסטיאן ויירה, שהדף שלוש בעיטות של שחקני טולימה ונתן את הניצחון והתואר לג'וניור.
שמירה על התואר ושבירת שיא שלילי בליברטאדורס.