העבודה על לוחות העלילה שביצע מנזיס ב"חלף עם הרוח" נחשבה לחלוצית בתחום, ללא תקדים בהפקות הוליוודיות גדולות. ההערכה היא שכ-3,000 שרטוטים שונים נוצרו על ידי מנזיס לתכנון עלילת ותפאורת הסרט. עם זאת, מעטים מהשרטוטים ששרדו עד היום תואמים את הסצנות המקבילות בסרט. תרומתו של מנזיס, אם כן, הייתה בעיקר בהכנה המוקדמת לתפאורה, לאורות ולצבעים שבסרט, לשימוש בטכניקולור ולצילומי אפקטים מיוחדים. השקעה מיוחדת נעשתה בתכנון סצנת השריפה באטלנטה, שהייתה מורכבת ביותר לצילום. סצנה זו, שחנכה באופן רשמי את צילומי הסרט, דרשה תכנון רב, וגרסאות רבות של שרטוטים ותסריטים נכתבו בטרם הייתה מוכנה.
עבודתו של מנזיס בסרט זיכתה אותו בשבחים רבים, ובעקבותיה השתמשו סרטים רבים אחרים בטכניקה לתכנון העלילה והתפאורה. עבודתו הקלה אף על הבמאי ג'ורג' קיוקור; מכיוון שעניינו העיקרי היה במשחק יותר מבתחום החזותי, עבודת התפאורנים איפשרה לו להתרכז בשחקנים עצמם. באוקטובר 1939, לאחר תום צילומי הסרט, סיכם סלזניק את עבודתו של מנזיס, באומרו כי "תרומתו לסרט היא, לדעתי, אחת החשובות ביותר מבין כל האנשים שעבדו עליו." על עבודתו בסרט זכה מנזיס בפרס אוסקר מיוחד, בעוד וילר זכה בפרס בקטגוריית עיצוב התפאורה בסרט צבעוני.
עיצוב התלבושות.
את תלבושות הסרט עיצב וולטר פלנקט, ממעצבי התלבושות הבכירים בהוליווד באותה תקופה, ששיתף פעולה עם סלזניק בעבר בסרטים כ"הרפתקאות תום סוייר" ו"ממלכת החיות". לפלנקט היה ניסיון קודם בעיצוב תלבושות תקופתיות, מסרטים כ"נשים קטנות", המתרחש אף הוא על רקע מלחמת האזרחים האמריקנית.
בשנתיים שקדמו לצילומי הסרט שקד פלנקט על מחקר של תלבושות התקופה, ולבסוף עיצב כ-5,500 פרטי לבוש שונים לצורך הסרט. עבודתו של פלנקט הייתה מרובה, מכיוון שעלילת הסרט הצריכה אותו לעצב תלבושות לשלוש תקופות שונות: ימי הזוהר של טרום המלחמה, תקופת הצנע של המלחמה, ותקופת השיקום שלאחריה. על מנת לעזור לשחקניות להיכנס לתפקיד, עמד פלנקט על כך שילבשו מתחת לשמלותיהן תחתוני תחרה. כשהשחקנית אן ראתרפורד תמהה על כך, ואמרה כי אף אחד לא ידע שהם שם, השיב לה סלזניק כי "היא תדע שהם שם".
את כובעיה של סקרלט עיצב הכובען ג'ון פרדריקס, שלא קיבל תשלום על עבודתו. לדבריו, עשה זאת רק למען קידום עסקיו.
הליהוק.
עוד מראשית ימי ההפקה, היה קלארק גייבל מועמד בכיר לגילום תפקידו של רט באטלר. אך גייבל היה תחת חוזה בחברת מטרו גולדווין מאייר, שנוהלה על ידי חמו של סלזניק, לואי ב. מאייר, וסלזניק שקל בתחילה אפשרויות אחרות. אפשרות מועדפת הייתה גרי קופר, אך זה היה חתום גם הוא על חוזה ב-MGM. קופר אף דחה את התפקיד, וצוטט כאומר "חלף עם הרוח עומד להיות הכישלון הגדול ביותר בהיסטוריה של הוליווד. אני שמח שקלארק גייבל ישחק בו, ולא אני". לאחר מכן פנה סלזניק לחברת האחים וורנר, בבקשה להשכרת שירותיו של ארול פלין. האחים וורנר אמנם הציעו עסקת חבילה, שכללה את פלין כרט, את בטי דייוויס כסקרלט ואת אוליביה דה הבילנד כמלאני, אך דייוויס סירבה לשחק לצידו של פלין. בלית ברירה פנה סלזניק לחברת MGM, בבקשה לשכור את שירותיו של גייבל. MGM הציעה עסקה משלה: השאלתו של גייבל ומימון חצי מתקציב הסרט המוערך, ובתמורה קבלת זכויות ההפצה של הסרט וחצי מהכנסותיו. סלזניק נאלץ להסכים.
לגייבל עצמו לא הייתה מילה בעניין. הוא הראה מעט עניין בגילום התפקיד, אך לבסוף נאלץ להסכים, מכיוון שהיה זקוק לכסף עקב הליכי הגירושין שבהם היה שרוי. מאוחר יותר אמר כי "הרגשתי כי לכל קורא יהיה רעיון שונה באשר לאופן בו צריך רט להיות מגולם בסרט, ולא ראיתי דרך לרצות את כולם".
משימה קשה הרבה יותר הייתה בליהוק דמותה של סקרלט. כתעלול שיווקי, הציע סלזניק לשלוח בוחנים לכל רחבי המדינה, בחיפוש אחר שחקנית שתגלם את הדמות. הוא הדגיש כי תינתן עדיפות לשחקנית פחות מוכרת. שלושה מלהקים נשלחו למקומות שונים בארצות הברית, בנוסף לקיוקור עצמו שנסע לדרום המדינה. דיווחיו של מנהל יחסי הציבור של סלזניק הראו את תוצאות החיפוש: הוצאות של 92,000 דולר, ראיון 1,400 נשים לפני מצלמה, 45,000 מטר של סרט שחור-לבן ו-4,000 מטר של סרט צבעוני היו בשימוש בראיונות, והוצאות של 10,000 דולר על מבחני מועמדות באולפן. מכיוון שלא נמצאה שחקנית מתאימה, פנתה ההפקה גם למספר שחקניות יותר מוכרות. נורמה שירר לא הראתה עניין בתפקיד מכיוון שבעלה, אירווינג תלברג, נפטר זמן קצר קודם לכן. קתרין הפבורן דווקא הביעה התעניינות, אך סירבה לעבור מבחן בד, ובכך דחתה את התפקיד. גם לוסיל בול, סוזן הייוארד, פרנסס די ופולט גודארד נשקלו לתפקיד. גודארד הייתה מועמדת בכירה לתפקיד, ואף עברה מבחני בד רבים. לאחר שלא התקבלה, היו ששיערו כי נישואיה השנויים במחלוקת עם צ'ארלי צ'פלין היוו את אחד הגורמים לכך.
בינתיים לוהקו יתר התפקידים. לתפקידו של אשלי היה לסלי הווארד המועמד המועדף של סלזניק, וזאת על אף שגילו, 45, היה כפול מגילו של אשלי בספר. הווארד סירב בתחילה, בטענה כי הוא לא מעוניין לגלם עוד "דמות משנית חסרת חשיבות". הוא הסכים לתפקיד לאחר שסלזניק הציע לו את התפקיד הראשי בסרטו "אינטרמצו", בנוסף לתפקיד של מפיק שותף בסרט.
לתפקידה של מלאני, לאחר שנבחנו מועמדות רבות, הציע קיוקור את התפקיד לג'ואן פונטיין. פונטיין סירבה, אך הציעה במקום את אחותה, אוליביה דה הבילנד. דה הבילנד הרשימה את סלזניק וקיוקור במבחן הבד שלה, אך הייתה חתומה על חוזה אצל ג'ק וורנר מ"האחים וורנר", שסירב לשחררה. רק לאחר התערבות מצד אשתו, הסכים וורנר לשחרר את דה הבילנד לסרט. בתמורה קיבלו האחים וורנר את ג'יימס סטיוארט מחברת MGM.
לאחר שכל יתר השחקנים לוהקו, נותר תפקידה של סקרלט המיותם היחיד. שחקניות רבות נבחנו לתפקיד, ובהן מרים הופקינס, טלולה בנקהד, קלודט קולבר, ג'ואן קרופורד, מרגרט סאליבן, קרול לומברד, ג'ין ארתור, ג'ואן בנט, אן שרידן ורבות אחרות. מכיוון שההפקה לא יכלה להתעכב עוד, החלו צילומי הסרט בדצמבר 1938, בצילום סצנת השריפה באטלנטה, עם כפילים בתפקיד שתי הדמויות הראשיות.
בערב שבו צולמה הסצנה, הגיעה לאולפן ויוויאן לי, מלווה בבעלה לורנס אוליבייה, ובסוכנו מיירון סלזניק - אחיו של דייוויד. לי השקיעה את מספר החודשים הקודמים בניסיונות להתקבל לתפקידה של סקרלט, וניצלה את קשריה על מנת לפגוש את דייוויד או. סלזניק. מיירון הציג אותה כ"סקרלט החדשה", וסלזניק הסכים לבחון אותה. במבחן בד שנערך ללי לצדו של לסלי הווארד, בבימויו של קיוקור, התרשמו סלזניק וקיוקור מאוד ממשחקה. לאחר שני מבחנים נוספים, חתמה לי על חוזה לסרט ב-13 בינואר 1939.
לאחר ליהוקה של לי, הביעו מספר אנשים את מורת רוחם על ליהוקה של שחקנית בריטית לתפקיד. אך הם היו בדעת מיעוט, ובין רוב האנשים הייתה הסכמה כי "עדיף בריטית על פני יאנקית". במקביל למבחני הבד שעברה, עבדה לי גם עם מדריך הגייה, שלימד אותה כיצד לבטא מבטא דרומי.
הבימוי.
הבמאי הראשון שנבחר לבימוי הסרט, זמן קצר לאחר תחילת ההפקה, היה ג'ורג' קיוקור. קיוקור היה מוכר בעיקר כ"במאי של נשים", ובין עבודותיו הקודמות נמנו סרטים כ"נשים קטנות" ו"דייוויד קופרפילד". במשך שנתיים עבד קיוקור על ההכנות לצילומים, ועזר בליהוק ובהדרכת השחקנים.
אך זמן קצר לאחר תחילת הצילומים נגלו חילוקי דעות בין קיוקור לסלזניק. סלזניק לא היה מרוצה מהצילומים הראשוניים, והרגיש כי קיוקור לא הצליח להעביר את אווירת הסרט. בנוסף, טען קלארק גייבל כי קיוקור התעלם ממנו ומתפקידו, והתרכז בעיקר בשחקניות. כשלושה שבועות לאחר תחילת הצילומים, בעקבות ויכוחים על גורמים שונים בהפקת הסרט, פוטר קיוקור מתפקידו. גייבל לא הסתיר את שמחתו, ובעצתו, מינה סלזניק את ויקטור פלמינג כבמאי החדש. פלמינג נחשב אז לאחד הבמאים המובילים בהוליווד, לאחר שסיים את העבודה על "הקוסם מארץ עוץ" מספר חודשים קודם לכן. אך בניגוד לגייבל, הביעו ויוויאן לי ואוליביה דה הבילנד את מורת רוחן מהחלפת הבמאי. במכתב לבעלה לורנס אוליבייה, כתבה לי כי בזאת חוסל סיכויה האחרון להיות מאושרת בסרט. חרף תחנוני השתיים, סירב סלזניק להחזיר את קיוקור לתפקיד. בחודשים שלאחר מכן המשיכו לי ודה הבילנד להיפגש עם קיוקור בסתר בביתו, ולקבל ממנו עצות על משחקן.
מינויו של פלמינג הביא לעיכוב ההפקה עוד יותר, מכיוון שלא היה מרוצה מתסריט הסרט. לאחר כשבועיים, בתום מלאכת שכתוב התסריט, נמשכה ההפקה תחת בימויו של פלמינג. עם פלמינג כבמאי, הייתה האווירה באולפני הצילומים מתוחה למדי. קשיחותו ועצביו הביאו למריבות רבות עם ויוויאן לי, שחשה חוסר ביטחון בתפקידה. יום אחד, בעת צילומי סצנת הסיום, נשברה לי והודיעה כי אינה מסוגלת להמשיך יותר. בתגובה השיב לה פלמינג כי היא "יכולה לדחוף את התסריט הזה לישבן הבריטי המלכותי שלך". הוא עזב את האולפן בכעס, ושב רק כעבור שלושה ימים.
ככל שהתקדמו הצילומים, נהיה פלמינג יותר ויותר עצבני ומתוח. לילה אחד, בשובו הביתה מן האולפן, כמעט עבר תאונת דרכים. יום לאחר מכן אושפז בבית חולים עם התמוטטות עצבים. בתהליך בזק, מינה סלזניק את סם ווד כבמאי המחליף. ווד החל בעבודתו מיד, ובעזרתם של אנשי צוות נוספים, יכלה ההפקה להמשיך באופן חלק. כעבור שבועיים חזר פלמינג לאולפן, אך סלזניק ביקש מווד כי ימשיך בעבודתו. השניים ביימו את יתר הסרט ביחד, כאשר כל במאי הופקד על סצנות נפרדות.