שותפו של פרוסט בעונת 1981 היה הצרפתי רנה ארנו. על פי כתב הספורט המוטורי נייג'ל רובאק, כבר מראשית העונה התגלעו סכסוכים בין השניים על רקע היותו של פרוסט מהיר יותר מעמיתו הוותיק ממנו. פרוסט לא סיים את שני המרוצים הראשונים של העונה בשל התנגשויות עם אנדראה דה-צ'זריס במרוץ בלונג ביץ', ארצות הברית ועם זיגפריד שטוהר במרוץ בברזיל. לאחר מכן סיים בין שלושת הראשונים במרוץ בארגנטינה. לאחר ארבעה מרוצים שלא סיים, ניצח פרוסט לראשונה בקריירה במרוץ פורמולה 1, בגרנד-פרי של צרפת כשהוא מקדים בשתי שניות את עמיתו לשעבר בקבוצת מקלארן, ג'ון ווטסון. עבור פרוסט, הניצחון הראשון שינה את האופן בו העריך את עצמו: "קודם, חשבת שאתה יכול לנצח", אמר, "עכשיו אתה יודע שאתה יכול". פרוסט ניצח בשני מרוצים נוספים באותה עונה, וכן עמד לראשונה בקריירה שלו בעמדת הזינוק המובילה, הפול פוזישן, במרוץ של הולנד. הוא סיים את העונה במקום החמישי באליפות הנהגים, שבע נקודות אחרי האלוף, נלסון פיקה.
פרוסט ניצח בשני המרוצים הראשונים של עונת 1982, בגרנד פרי דרום אפריקה ובברזיל. לאחר מכן לא ניצח במרוצים נוספים באותה עונה וסיים ארבעה מרוצים נוספים בטווח הנקודות (ששת המקומות הראשונים). על אף שפרש משבעה מרוצים במהלך העונה, סיים במקום הרביעי באליפות הנהגים, שיפור של מקום אחד מהעונה הקודמת. יחסיו עם בן קבוצתו ארנו הידרדרו עוד לאחר המרוץ בצרפת. פרוסט טען שארנו, שזכה באותו מרוץ, חזר בו מהסכמה שהייתה לפני המרוץ לפיה הוא יתמוך בפרוסט במהלך המרוץ. גם יחסיו של פרוסט עם העיתונות הצרפתית הידרדרו. פרוסט טען ש"כשחתמתי בקבוצת רנו העיתונאים כתבו דברים טובים עליי, אבל בשנת 1982 הם הפכו אותי לאיש הרע. לדעתי, בכל הכנות, עשיתי את הטעות של לנצח! הצרפתים לא באמת אוהבים מנצחים".
ארנו עזב את רנו בעונת המרוצים של 1983 והאמריקאי אדי צ'יבר החליפו כבן הקבוצה של פרוסט. פרוסט זכה בארבעה מרוצים במהלך העונה וסיים שני באליפות הנהגים, שתי נקודות בלבד מאחורי נלסון פיקה. פיקה ביחד עם קבוצת ברבהאם שלטו במרוצי סיום העונה, דבר שעורר בפרוסט תסכול. פרוסט טען שהקבוצה הייתה שמרנית מדי בפיתוח המכונית והדבר גרם לערעור יחסיו עם הנהלת הקבוצה, שהפכה אותו לשעיר לעזאזל על שהפסיד את האליפות באותה עונה. בנוסף, הקהל הצרפתי נטר לפרוסט על הסכסוך עם חביבם ארנו במהלך העונה שעברה, סכסוך אשר גרם לעזיבת ארנו. רנו פיטרו את פרוסט מהקבוצה יומיים בלבד לאחר סיום העונה וה"פרופסור" חתם שוב בקבוצת מקלארן לעונת המרוצים של 1984 והעביר את מגורי משפחתו לשווייץ.
מקלארן: 1984-1989.
הצרפתי הצטרף לקבוצת מקלארן ולעמיתו לקבוצה ניקי לאודה אשר החזיק בשני תוארי אליפות, כשהוא נוהג במכונית המקלארן MP4/2, המונעת במנועי TAG-Porsche. הוא הפסיד את האליפות ללאודה בהפרש של חצי נקודה במרוץ האחרון, אף שזכה בשבעה מרוצים במהלך העונה לעומת חמישה של האוסטרי. הפרש חצי הנקודה נבע מהמרוץ שהופסק במונקו עקב גשם כבד, כשפרוסט מוביל ואיירטון סנה וסטפן בלוף דולקים אחריו. לפיכך, זכה פרוסט רק במחצית מ-9 הנקודות אשר הוקנו לניצחון באותו מרוץ.
בעונת המרוצים של 1985 פרוסט היה לצרפתי הראשון שזכה באליפות העולם במרוצי גרנד פרי. הוא זכה בחמישה מתוך שישה עשר מרוצים במהלך העונה. הוא זכה גם במרוץ בסן מרינו, אבל נפסל לאחר שמכוניתו נשקלה לאחר המרוץ ונמצאה קלה מדי על פי התקנות. פרוסט סיים בהפרש של 23 נקודות לפני יריבו הקרוב ביותר, מיקלה אלבורטו. יכולתו של פרוסט בעונה זו הקנתה לו את אות לגיון הכבוד הצרפתי בשנת 1985.
ניקי לאודה פרש בעונת המרוצים של 1986 והוחלף על ידי האלוף של שנת 1982 קקה רוזברג. פרוסט הגן בהצלחה על תוארו, למרות מאבק צמוד עם נלסון פיקה ונייג'ל מנסל האנגלי במכוניות ויליאמס אשר עשו שימוש במנועי הונדה. לקראת סוף המרוץ האחרון של העונה באוסטרליה, פרוסט נראה כעומד לסיים במקום השלישי באליפות, אחרי מנסל ופיקה. בעוד מנסל מוביל הוא סבל מתקר בצמיג והתרסק. קבוצת ויליאמס-הונדה הורתה לנהג השני, נלסון פיקה, להחליף את הצמיגים כאמצעי זהירות, דבר שהעניק לפרוסט את הניצחון במרוץ ובעונה כולה. מרוץ בלתי נשכח נוסף עבור פרוסט באותה עונה היה בגרמניה. במכוניתו של פרוסט אזל הדלק בישורת האחרונה של ההקפה האחרונה ופרוסט, אשר מוקם במקום הרביעי באותו רגע, ניסה לדחוף את המכונית מעבר לקו הגמר כשברקע תשואות הקהל. קו הגמר היה רחוק מדי והוא לא סיים לבסוף, אך מוקם במקום השישי כיוון שהמכונית אשר סיימה במקום השביעי הייתה הקפה שלמה אחריו.
לאחר פרישתו של רוזברג בעונת 1987, זכה סטפן יוהנסון למלא את מקומו הודות לקשריו עם המפרסם של חברת מקלארן, מרלבורו. למרות מכוניתו המיושנת של פרוסט, הוא היווה יריב ראוי לפיקה ומנסל בדרכם לאליפות הנהגים, כשהוא זוכה בשלושה מרוצים במהלך העונה. באותה עונה שבר את שיאו של ג'קי סטיוארט בזכיית מרוצו ה-28 בקריירה. פרוסט מחשיב את המרוץ בברזיל באותה שנה כמרוץ הטוב ביותר שלו בקריירה. מכוניות קבוצת ויליאמס-הונדה שלטו במהלך מקצה הדירוגים ופרוסט זינק מהמקום החמישי. הוא כיוון את מכוניתו בעצמו לקראת המרוץ ובזמן שכולם כיוונו את המכונית לכוח הצמדה מרבי, בשל התחזית הגשומה, הוא בחר בדיוק להפך. באופן זה הצמיגים של המכונית נשחקים פחות בשל נסיעה אטית יותר בסיבובים ומהירה יותר בישורות. פרוסט עצר רק פעם אחת במהלך המרוץ וניצח בהפרש של 40 שניות מהמקום השני. לאחר המרוץ אמר, "כשאתה מנצח במרוץ כזה ההרגשה טובה מאוד. היו פעמים בהן עבדתי קשה להגיע במקום השישי, אבל אתה לא יכול להבחין בזה מבחוץ. בעונת 1980 סיימתי שלוש או ארבע פעמים במקום השביעי. ניסיתי בכל כוחי, אבל כולם התאספו סביב המנצח כשהם חושבים שאני סתם מפגר מאחור. אבל אלה הם המרוצים המוטוריים. כך שלמעשה, אתה יכול לשפוט בספורט הזה רק את הטווח הארוך. ניתן לשפוט קריירה או עונה שלמה, אבל לא מרוץ בודד". פרוסט סיים את עונת 1987 במקום הרביעי, 30 נקודות אחרי האלוף נלסון פיקה.
למרות זכייתו של פיקה באליפות הנהגים ושל ויליאמס באליפות היצרנים, הונדה החליטו לספק את המנועים שלהם לקבוצת מקלארן ולא לויליאמס בעונת 1988. מקלארן-הונדה שלטו באותה עונה, כשהם זוכים ב-15 מתוך 16 המרוצים של העונה. פרוסט ניצח בשבעה מרוצים ועקף את בן קבוצתו החדש, איירטון סנה, ב-11 נקודות, אף שסנה זכה במרוץ אחד יותר. לרוע מזלו של פרוסט, לפי חוקי האליפות באותה עונה רק 11 תוצאות המרוצים הטובים ביותר של כל נהג נחשבו לצורך האליפות ולכן זכה סנה באליפות בהפרש של שלוש נקודות בלבד. עונה זו היוותה את יריית הפתיחה לאחת היריבויות המפורסמות ביותר בפורמולה 1 ולהישגים ומחלוקות חסרי תקדים בין שני חברי הקבוצה.
מקלארן המשיכה לשלוט גם בעונת המרוצים של 1989 בעוד היריבות בין פרוסט לסנה מובילה אותם למסלול התנגשות. מה שהחל כהערכה הדדית הפך להיות שנאה יוקדת, כשהצרפתי מאשים את בן קבוצתו הברזילאי שהוא "נוהג באופן מסוכן" ושהוא זוכה ליחס רב יותר מקבוצת מקלארן-הונדה. היריבות הקשה ביניהם במהלך העונה הסתיימה באופן שרבים צפו וחששו ממנו. במרוץ ביפן, בסיום ההקפה ה-46, סנה ניסה לעקוף בפנית השיקיין. פרוסט פנה לתוך הנתיב של עמיתו לקבוצה. שתי המכוניות ננעלו זו בזו והחליקו מחוץ לפניה ואל מסלול המילוט ופרוסט, שהאמין שהאליפות אבדה, יצא ממכוניתו. המרשלים שחררו את מכוניתו של סנה על ידי דחיפתו לאחור לכיוון המסלול, דבר שהעמיד את המכונית ונהגה בסכנה, ולכן הם דחפו אותה שוב. באמצעות דחיפה זו הניע סנה את מכוניתו וחזר למרוץ. מכוניתו אמנם הייתה פגועה בחרטום, אבל בשלב זה היה רק חמש שניות אחרי מוביל המרוץ, אלסנדרו נאניני. בהקפה ה-50 חתך סנה את נאניני בפניית השיקן, לקח את ההובלה וניצח במרוץ. למרות זאת, היה זה נאניני שעמד בראש דוכן המנצחים. שופטי המרוץ פסלו את סנה על כך שפספס את השיקיין. ערעורה של מקלארן נפסל ובנוסף פסק בית הדין על סנה קנס של 100,000 דולר והשעיה של שישה חודשים על תנאי. לכן זכה פרוסט בתואר השלישי שלו, אך אמנם בנסיבות מפוקפקות. לאחר עונת 1989 עזב את קבוצת מקלארן לטובת קבוצת פרארי היריבה.
פרארי: 1990–1991.
אלן פרוסט החליף את גרהרד ברגר בפרארי כשותפו של הבריטי נייג'ל מנסל בעונת המרוצים של 1990. פרוסט זכה בחמישה מרוצים עבור פרארי באותה עונה: המרוץ בברזיל, מקסיקו, צרפת, אנגליה וספרד. ראוי לציון המרוץ במקסיקו בו זכה פרוסט לאחר שזינק מהמקום ה-13. הן במקסיקו והן בספרד הוביל פרוסט את פרארי לניצחון במקומות הראשון והשני כששותפו הבריטי מאחוריו. האליפות הגיעה להכרעה במרוץ הסיום ביפן כאשר פרוסט מפגר אחרי עמיתו לשעבר לקבוצת מקלארן, איירטון סנה, שהוביל בתשע נקודות. כמו בעונה הקודמת, התנגשות הכריעה את ההתמודדות וכפי שסנה הודה מאוחר יותר, הוא התנגש בכוונה בפרוסט כדי להבטיח לעצמו את האליפות. "מה שהוא עשה היה מגעיל", אמר פרוסט, "הוא אדם ללא ערכים". פרוסט סיים את העונה 7 נקודות מאחורי סנה בטבלת אליפות הנהגים. קבוצתו פרארי, גם כן סיימה שנייה כאשר מקלארן זכתה באליפות היצרנים.