בשלהי 1790 היו למועדון כבר יותר ממאתיים סניפים ברחבי צרפת, והבסיס בפריז מנה בערך מאתיים צירים באספה המכוננת הלאומית ולמעלה מאלף חברים אחרים. היעקובינים משכו אליהם דמויות אקזוטיות כמו אנכרסיס קלוּץ, תומכי רעיונות רדיקליים ואוניברסליים שהטילו אימה על הימין וחיזקו מאוד את האגף השמאלי, שכוחו היה בהשפעתו על דעת הקהל ולא במאזן בתוך האגודה. ככל שהמלך נתפש בציבור יותר כסרבן וריאקציונר, עקב הגנתו על הכמורה שמיאנה להישבע למדינה וצעדים נוספים, כך צברו הקיצונים כח. ה"טריומווירט" המתמתן, שהחל בגישושים כלפי החצר, גילה שגם השמרנים הקיצוניים באספה מסרבים לשתף עמו פעולה ומעדיפים לתמוך דווקא ברובספייר ובדומיו מתוך חישוב שרדיקליזציה תמוטט את ההסדר החדש כולו ותשים קץ למהפכה. במרוצת 1791, בעוד הטריומווירים לא בוחלים אפילו בשימוש במירבו כמתווך עם הכתר (אם כי הוסיפו לתקוף אותו ואת לה פאייט בפומבי במאמץ לשמר את הלגיטימציה שלהם בתוך המועדון), המפה הפוליטית הקצינה שמאלה ללא הרף. המונים זועמים, שהאשימו את השליט בתמיכה בחשאי באחיו ארטואה שהיגר מחוצה לצרפת וזמם נגד המהפכה, ערכו הפגנות אלימות סביב ארמונות משפחת המלוכה. באזורי הכפר שרפו האיכרים את אחוזות אדוניהם.
בקיץ 1791 הגיע מספר הסניפים היעקוביניים ללמעלה מ-800. ב-20 ביוני נמלט לואי השישה-עשר עם משפחתו מהטווילרי והותיר מכתב רצוף האשמות נגד המועדון, בו תלה את ליבוי כל המתיחות שהסעירה את הממלכה. הטריומווירים ותומכיהם, בחששם מפני התמוטטות, מיהרו לנקות את המלך מכל אשמה וטענו שנחטף. הצביעות והעמדת הפנים קוממו גורמים רדיקליים יותר. ב-16 ביולי, לאחר שבריסו ארגן עצומה להדחת לואי, מצאו הטריומווירים ויתר המרכז היעקוביני את העילה להשתחרר מהשמאל החזק והדומיננטי בתוך המועדון; רובספייר עצמו תקף את היוזמה של בריסו. ברנאב וכמאתיים צירי אספה, כל אלו שהיו ליעקובינים למעט חמישה רדיקלים – רובספייר, פטיון, האב אנרי גרגואר, פרנסואה בוזו ופייר-לואי פריור – עזבו את המנזר היעקוביני והקימו את מועדון הפייאנטים השמרני. הם הכריזו על עצמם כיורשים הלגיטימיים היחידים של הגוף וקראו לסניפים בכל הארץ להצטרף אליהם.
הז'ירונדינים והפילוג עמם.
בתחילה היה נראה שהפייאנטים יצליחו להשתלט על רשת הסניפים שהעניקה ליעקובינים את כוחם: בערך מחצית מה-800 הביעו נכונות כזו או אחרת לחבור אליהם. אבל המגמה התהפכה במהירות. החלחלה שאחזה בקרב רבים מהדיכוי האכזרי בטבח שאן דה מארס, כשהמשמר של לה פאייט קטל חמישים מפגינים נגד המלך ופצע מאות, ומכליאת שמאלנים רבים אחר כך, הותירו את המועדון המקוצץ במנזר היעקוביני בעמדת עליונות מוסרית. התנופה הפייאנטית נבלמה כליל כשהתברר שהמלך איננו מתעתד למלא את החזון שייעדו לו ומוסיף להגן על המהגרים והכמרים הסרבנים. מדיניותם כולה עמדה בסימן התנתקות מההמונים ומדעת הקהל ופנייה לפוליטיקה אליטיסטית, בעוד שהמועדון הישן הוסיף לקיים פגישות פתוחות לציבור. לבסוף, רק עשירית מהסניפים ברחבי הארץ פנו לפייאנטים וגם מקרב אלו החלו לשוב לקראת סוף 1791. האגודה הישנה הצליחה לשמור בעלות על המותג "ידידי החוקה" (אם כי באותה תקופה הוסיפה 'היושבים אצל היעקובינים', כדי להתבדל מהמועדון הגדול הפורש שאימץ את אותו שם). צירים בולטים רבים שכמהו להשפעה החלו אף הם לשוב במהירות.
עתה שוב הותווה קו מפריד בתוך היעקובינים. בריסו, שנבחר כציר לאספה המחוקקת החדשה שכונסה ב-30 בספטמבר לאחר החלת חוקת 1791, עלה במהירות בתוך המועדון מכח נאומיו הכריזמטיים. הוא היה משוכנע (בצדק, במידה רבה) שהמלך בוגד ושמאחורי הקלעים נרקמת פלישה אוסטרית לעזרתו, ועל צרפת להקדים אותה ולהכריז מלחמה. עימות מזוין, לשיטתו, היה מעורר את דעת הקהל, מאחד את העם המפולג והמסוכסך ומוכיח את עוצמתה של אומה חופשית לעולם. הססנותו ועקשותו של לואי סחפה אליו רבים במחוקקת. מולו ניצב רובספייר, שחשש עמוקות ממלחמה והיה בטוח שתסתיים בתבוסה או בעלייתו של לה פאייט כדיקטטור צבאי בתוקף מעמדו שלו ושל תומכיו בכוחות המזוינים; בכל מקרה, הישגי המהפכה היו באים לקצם. שוב, הפער נשען על הבדלים עמוקים: בריסו היה דמוקרט ליברל, עיתונאי אמיד שייצג אוכלוסייה מבוססת. למרות עוינותו לכתר, ברוב המובנים הוא ואנשיו חלקו את החזון של הפייאנטים על רשות מחוקקת חזקה שתבלום הפרזות מצד המלך או מצד רשות מבצעת נבחרת שיהיה לה כח רב מדי. רובספייר ייצג את הפופוליסטים הסמכותנים, שאחזו בפרשנות מופשטת וקנאית לדברי רוסו על הרצון הכללי. בעיניהם, התוכנית של הצד השני הפקירה את השדה הפוליטי לאליטות שהיו להן די הבנה ופנאי להשתתף בו, בעוד שהמוני העם העניים היו נותרים ללא השפעה. הדרך לבטא את רצון האומה באמת הייתה באמצעות מתן זכות בחירה ישירה רחבה שתכונן רשות מבצעת חזקה, שלא תהסס לפעול בשם האינטרסים של הצרפתים כולם, גם נגד האליטות. הראשונים השיתו הכל על הליכים וייצוג פורמלי, האחרונים ביכרו פעולה ישירה על הליך תקין. בריסו ורובספייר היו מסוכסכים עוד קודם, אך שאלת המלחמה הציבה את הניגודים בין מחנותיהם בעוצמה. השניים נשאו סדרה של נאומים זה נגד זה ביעקובינים בדצמבר – מאוחר יותר, טבע רובספייר את השם ז'ירונדינים לסיעת יריבו. ידו של בריסו גברה בציבור ובאסיפה, והמלך מסר אולטימטום לנסיכים-הבוחרים באימפריה הרומית הקדושה שנתנו מחסה למהגרים של ארטואה. בינתיים, לא חדלו עוד ועוד סניפים להצטרף ליעקובינים ברחבי הארץ.
הז'ירונדינים, או הבריסוטינים, צברו תנופה בתחילת 1792. הפייאנטים היו משותקים, וסיעת רובספייר הועמדה בצל ונאלצה לחזות בהתדרדרות למלחמה שיותר מדי צדדים רצו בה. ב-10 במרץ פיטר המלך את מועצתו ומינה שרים בריסוטינים בהכנה לעימות צבאי. אבל לאחר הכרזת המלחמה ב-20 באפריל, עקב חיכוך גדל והולך, הוא פיטר גם את שריו החדשים ב-13 ביוני ועבר שב להישען על הפייאנטים. בריסו ואנשיו נזעמו. ב-20 ביוני, יחד עם הסנקילוטים של פריז וגורמים רדיקליים, ארגנו הפגנת ענק בארמון הטווילרי. היא סימנה היטב את הגבולות בתוך היעקובינים: בריסו, פטיון, פייר ורניו, שר הפנים לשעבר ז'אן מארי רולאן, המרקיז דה קונדורסה ויתר הז'ירונדינים השתתפו בהפגנה, אך לא רובספייר וסיעתו.
חרף הצלחתם לאיים על המלך, הז'ירונדינים נמלאו אימה כשההמונים החלו לתבוע את הדחתו ברצינות, לאחר הפלישה האוסטרית-פרוסית ביולי. מאחורי הקלעים, הם החלו במגעים בהולים עם החצר במאמץ לשמר את לואי, לפחות בינתיים. הפיכת ה-10 באוגוסט 1792, שהפילה את המלוכה בצרפת, לא ניזומה על ידי אף אחת משתי הסיעות במועדון היעקוביני אלא צמחה מלמטה, מפעילי שטח כמו ז'ורז' דנטון שהנהיגו את הסנקילוטים. רובספייר מיהר לכונן ברית עם הקומונה הפריזאית המהפכנית של דנטון ועמיתיו וליצור רוב באספה, בעוד הבריסוטינים היו מהוססים יותר. הם הצטיירו לפתע כסמן המתון; ההפיכה ציינה את סוף עליונותם הפוליטית. אחרי הבחירות לקונבנט בספטמבר התגבש רוב של נציגי היעקובינים הפופוליסטים והרדיקלים מהסוג שיוצג בקומונה. בשל מקומות מושבם בחלק הגבוה של הספסלים כונו "אנשי ההר" (מונטניארדים). לאחר טבח ספטמבר, בו נרצחו יותר מאלף אסירים בגל היסטריה ציבורית, החל בריסו לפרסם טורים נגד מפלגת הרוב החדשה ולהאשימה בברוטליות וצמאון דמים. גם התביעה להוציא להורג את המלך קוממה את הז'ירונדינים, שהעדיפו לפחות להמתין עם עונש מוות עד שזה יאושרר בחוקה חדשה. יחסי הכוחות במועדון הלכו ונטו לרעתו עם התחזקות השמאל הקיצוני, ולאחר שלא ענה על מכתב אזהרה של קאמי דמולן, סולק מן היעקובינים בהצבעת רוב ב-12 באוקטובר 1792. רולאן, מנהיגם השני של הז'ירונדינים, גורש אף הוא חודש לאחר מכן. האגף השמאלי, שרובספייר היה האיש החזק ביותר (אך לא היחיד) בקרבו ושהיווה את לב הקואליציה המונטניארדית, שלט עתה במועדון.
המונטניארדים והנפילה.
לאחר סילוק בריסו ושותפיו, הגיעו היעקובינים לשיא כוחם והשפעתם. ב-21 בספטמבר 1792 שינו את שמם ל"חברת ידידי החירות והשוויון." בשיאם ב-1793 היו להם יותר מ-6,000 סניפים ברחבי צרפת ומחוצה לה ובערך חצי מיליון חברים רשומים. היו להם נציגויות בנחלות הגרמניות הכבושות ואגודות מחתרתיות באירופה; בממלכת מייסור, טיפו שולטן הכריז על עצמו כ"אזרח טיפו" וייסד מועדון יעקוביני יחד עם קצינים צרפתים שסייעו לו במלחמתו בבריטים.
עם השלטת הגישה הפופוליסטית-סמכותנית, קיבל המושג "יעקוביני" את המשמעות שהוא נושא עד היום בשיח הפוליטי הצרפתי: תמיכה במדינה ריכוזית חזקה (עם רשות מחוקקת יחידה ולא מחולקת לשני בתים, בין היתר) וקנאות דוגמטית בהכפפת כל המערכות והחברה לעקרון זה. הז'ירונדינים, במהלך משפט לואי השישה-עשר וגם אחר כך, תבעו התחשבות רבה יותר במחוזות הפרובינציה וביזור סמכויות מהבירה. הדבר גונה על ידי המונטניארדים כ"פדרליזם", חתירה תחת אחדות הרפובליקה החדשה. הצורך לקנות את תמיכת ההמונים דחף אותם באוגוסט לאמץ גם מדיניות כלכלית פופוליסטית והטלת מחירי מקסימום ופיקוח הדוק. במקביל, דיכאו את ה"נזעמים" הפריזאים שהטיפו לכך ביתר שאת וסיכנו אותם משמאל. כמו כן, הוקמה סמכות מרכזית חזקה לניהול המלחמה, "הוועד לשלום הציבור", שנטל לידיו כוחות עצומים וגייס את כל משאבי המדינה למאבק באויב. הועברו חוקים שזירזו את ההליך הפלילי והפכו כמעט כל אדם לחשוד.