באולדרני החלו המחנות לפעול בינואר 1942 ומספר המוחזקים בהם הגיע לכ-6,000 איש. מחנות ברוקום והלגולנד היו מחנות עבודה ל"מתנדבים". מחנה בורקום שימש את הגרמנים לעבודת טכנאים ו"מתנדבים" מארצות שונות באירופה. מחנה הלגולנד שימש את העובדים מארגון טודט ולאלו שעבדו במחנות אלו שולם שכר, שלא כמו העובדים בשני המחנות האחרים, סילט ונורדרני. האסירים במחנה סילט ובמחנה נורדרני היו עובדי כפייה. במחנה סילט הוחזקו עובדי כפייה יהודים. במחנה נורדרני הוחזקו עובדי כפייה מאירופה (בעיקר ממזרח אירופה ומברית המועצות, אך גם ספרדים). ב-1 במרץ 1943 הועברו מחנות נורדרני וסילט לפיקוחו של האופטשטורמפיהרר מהאס אס מקס ליסט, שהפך אותם למחנות ריכוז.
יותר מ-700 מאסירי ארבעת המחנות הללו איבדו את חייהם באולדרני עצמו או בהפלגות ממנו ואליו עד לסגירתם והעברת האסירים לצרפת, בעיקר באמצע שנת 1944. ב-5 ביולי 1944 פגע טורפדו של הצי המלכותי הקנדי בספינה "מינוטאור" שעל סיפונה הפליגו 468 עובדים של ארגון טודט, כולל נשים וילדים, בדרך מאולדרני לסן-מלו. כ-250 מהעובדים נהרגו מההתפוצצות או מטביעה.
בג'רזי, מספר המחנות המדויק לא ידוע. מחנה ויק בגרוויל נחקר ומוערך שמספר העובדים בו הגיע ל-200.
יהודים.
מספר קטן של יהודים ממוצא בריטי ומארצות אחרות חי באיי התעלה במהלך הכיבוש. רובם התפנו ביוני 1940, אך החוק הבריטי לא אפשר לאזרחי מדינות אויב, ללא קשר למוצאם, להיכנס לבריטניה ללא היתר. עם הגעת הגרמנים, נרשמו 18 יהודים מתוך 30–50 יהודים שמוערך שהתגוררו באיים. באוקטובר הוציאו פקידים גרמנים את ההוראה הראשונה נגד היהודים, שעל פיה הונחתה משטרת האי לזהות את היהודים כחלק מתהליך הרישום של האוכלוסייה האזרחית. רשויות האי צייתו להוראה וכרטיסי הרישום סומנו באות J בצבע אדום. בנוסף נערכה רשימה של הרכוש היהודי, כולל רכוש של יהודי האי שכבר התפנו, שנמסרה לגרמנים. היהודים הרשומים באיים, לעיתים קרובות אנגליקנים שהיו להם סבא אחד או שניים ממוצא יהודי, היו נתונים לתשע "ההוראות הקשורות לאמצעים נגד היהודים", כולל סגירת העסקים שלהם (או העברתם ללא יהודים במסגרת תהליך האריזציה), מסירת מכשירי הרדיו שלהם, והסתגרות בבתיהם במשך כל שעות היממה למעט שעה אחת ביום.
אנשי המנהל האזרחי באי התייסרו על השאלה עד כמה הם יוכלו להתנגד להוראות אלו. התהליך התנהל בצורה שונה בשלושת האיים. פקידי ממשל מקומיים עשו מאמצים להקל על הצעדים שננקטו על ידי כוחות הכיבוש הנאצים, ובתוקף כך הם סירבו לאלץ יהודים לשאת את הטלאי הצהוב ורוב בתי העסק היהודים הוחזרו לבעליהם לאחר המלחמה. פקידי הממשל במחלקת הרישום הנפיקו מסמכי שווא לכמה מאלו שנפלו בקטגוריות כיהודים על פי חשדות הגרמנים. הצעדים נגד היהודים לא בוצעו באופן שיטתי. כמה יהודים ידועים חיו בתקופת הכיבוש בפתיחות יחסית, כולל מריאן בלמפייד, רעייתו של האומן אדמונד בלמפייד. שלוש נשים יהודיות ממוצא אוסטרי ופולני, תרז שטיינר, אוגוסט שפיץ ומריאן גרינפלד, נמלטו ממרכז אירופה לגרנזי בשנות ה-30, אך לא עלה בידן לעזוב את גרנזי כחלק מהפינוי ב-1940 בשל מגבלות החוק הבריטי. שנה וחצי לאחר מכן, גילו הגרמנים את נוכחותה של שטיינר. שלוש הנשים גורשו לצרפת באפריל 1942. מאוחר יותר נשלחו לאושוויץ, ושם נרצחו.
הבונים החופשיים.
הנאצים דיכאו את פעילות הבונים החופשיים. ההיכלות של הבונים החופשיים בג'רזי ובגרנזי נתפסו על ידי הגרמנים בינואר 1941 והריהוט והסמלים שלהם הוחרמו ונשלחו לברלין לתצוגה. רשימות חברי הלשכות נבדקו. בהמשך השנה חוקקו בתי המחוקקים בשני הבייליוויקים חוקים להלאמת הרכוש של הבונים החופשיים כדי להגן עליו. בתי המחוקקים סירבו לנקוט בצעדים נגד הבונים החופשיים ואף אחד מחברי המסדר לא נפגע על ידי רשויות החוק. פעילות תנועת הצופים וצבא הישע נאסרו גם הם, אך הם המשיכו לפעול במחתרת.
גירושים ומאסרים.
על פי הוראות מפורשות מהיטלר ב-1942, הודיעו השלטונות הגרמנים שכל תושבי איי התעלה שלא נולדו באיים, בנוסף לאלו ששירתו כקצינים במלחמת העולם הראשונה, יגורשו מהאיים. רוב האנשים הללו הועברו לדרום-מערב גרמניה, למחנות המעצר לאזרחי בעלות הברית V-B בביבראך אן דר ריס ו-VII בלאופן ולוורצאך . פקודת גרוש זו הוצאה מלכתחילה ב-1941, כפעולת תגמול למאסרם של 800 אזרחים גרמנים באיראן. היחס בין האזרחים הגרמנים באיראן לבין המועמדים לגרוש מאיי התעלה היה אמור להיות 20 תושבי האיים על כל אזרח גרמני, אך הפעולה השתהתה ובסופו של דבר בוטלה. החשש ממאסר ומגרוש גרם למעשי התאבדות בכל שלושת האיים. האחות של גרנזי, גלדיס סקילט , שהייתה בחודש החמישי להריונה כאשר גורשה לביבראך, הייתה תושבת האיים הראשונה שילדה בעת מאסרה בגרמניה. מתוך 2,300 מגורשים, איבדו את חייהם 45 עד תום המלחמה.
ההתנגדות.
שיעורם של הפעילים בתנועות ההתנגדות לכיבוש הגרמני בארצות אירופה נע בין 0.6% ל-3% מכלל האוכלוסייה בכל המדינות. שיעור המשתתפים בפעולות ההתנגדות באיי התעלה הגיע לסדר גודל דומה. מתוך 66,000 תושבי האיים בתקופת המלחמה, נשפטו כ-4,000 איש על עבירות שונות (כ-2,600 בג'רזי ו-1,400 בגרנזי), אף על פי שרבים מהם נשפטו על עבירות פליליות רגילות ולא על מעשי התנגדות. 570 אסירים נשלחו לבתי כלא ולמחנות ביבשת, ולפחות 22 תושבי ג'רזי ותשעה תושבי גרנזי מתו במאסרם. כ-200 תושבי ג'רזי סיפקו סיוע חומרי ונפשי לעובדי כפייה שנמלטו מעבודתם, כולל יותר ממאה איש שהיו מעורבים ברשת של בתים בטוחים למתן מחסה לנמלטים.
אף אחד מתושבי האיים לא התגייס ליחידות צבאיות גרמניות, אם כי מספר קטן של בריטים שנקלעו לאיים עם תחילת הכיבוש, הצטרפו לכוחות הגרמנים מכלאם. אדי צ'פמן, בריטי שהיה כלוא בג'רזי בעוון פריצה כאשר פלשו הגרמנים לאיים, הציע לגרמנים לפעול עבורם כמרגל תחת שם הקוד "פריץ". מאוחר יותר הוא היה לסוכן כפול תחת שם הקוד "זיגזג".
ההתנגדות באיי התעלה כללה התנגדות פסיבית, מעשי חבלה קטנים, מתן מקלט וסיוע לעובדי כפייה נמלטים, ופרסום עיתונות מחתרתית שכללה חדשות מה-BBC. מחתרת חמושה לא התקיימה באיי התעלה. רוב האוכלוסייה בגיל גיוס כבר הצטרפה לכוחות המזוינים של בריטניה ושל צרפת עוד בתחילת המלחמה. בשל שטחם הקטן של האיים, ברוב פעילות ההתנגדות היו מעורבים יחידים שסיכנו את חייהם כדי להציל אחרים. ממשלת בריטניה לא עודדה פעילות התנגדות באיים. סימון של האות V על גבי שלטים גרמנים, כהזדהות עם סימן V של צ'רצ'יל, היה נפוץ באיים.
בתחילה נקטו הגרמנים במדיניות של נוכחות בלתי מאיימת כלפי האוכלוסייה האזרחית לצורכי תעמולה לקראת הפלישה שתוכננה לבריטניה. רבים מתושבי האיים צייתו לחוקי הכיבוש כל עוד הם חשו שהגרמנים התנהגו באופן נכון וחוקי. שני אירועים זעזעו במיוחד רבים מתושבי האיים וגרמו להם לנטוש את הגישה הפסיבית הזו: החרמת מכשירי הרדיו, וגרוש חלק ניכר מהאוכלוסייה.
במאי 1942 ניסו שלושה צעירים, פיטר האסל, מוריס גולד ודניס אודריין, להימלט מג'רזי באמצעות סירה. אודריין טבע ואילו האסל וגולד נכלאו בגרמניה, שם מת גולד. בעקבות ניסיון בריחה זה, הוטלו מגבלות על החזקת סירות קטנות ומצלמות (הצעירים נשאו עמם צילומים של ביצורי האי), ומכשירי הרדיו הוחרמו מידי התושבים. 225 תושבי האיים, כמו פיטר קריל , נמלטו מהאיים לבריטניה או לצרפת (150 מג'רזי ו-75 מגרנזי). מספר הנמלטים עלה לאחר הפלישה לנורמנדי, כאשר תנאי החיים באיים הוחמרו, שכן נתיבי האספקה ליבשת נקטעו והשאיפה להצטרף למהלכי השחרור באירופה התגברה.
בשבועות הראשונים שלאחר הכיבוש נאסרה ההאזנה לרדיו של ה-BBC ולאחר מכן (באופן מפתיע, בהתחשב במדיניות הנאצית בשאר שטחי אירופה הכבושה) הותרה לזמן מה לפני שנאסרה שוב. ב-1942 הפך האיסור לדרקוני עוד יותר, כאשר נאסרה כל האזנה לרדיו (כולל אפילו האזנה לשידוריו של ויליאם ג'ויס ברדיו הגרמני), איסור שמניעת הפרתו הובטחה על ידי החרמת מכשירי הרדיו. כשנמנעה מהם הגישה לשידורי ה-BBC, התגברה התרעומת של תושבי האיים כלפי הגרמנים ובהדרגה הם חתרו תחת חוקיהם יותר ויותר. מכשירי רדיו שהוחבאו ורשת הפצת ידיעות מחתרתיות הפכו לשכיחים יותר ויותר. יתר על כן, רבים מתושבי האיים הצליחו להחביא את מכשירי הרדיו שברשותם (או שהחליפו אותם במכשירי רדיו גביש) והמשיכו להאזין לשידורי ה-BBC על אף הסיכון שבהתגלות על ידי הגרמנים או הלשנה על ידי שכנים. החיפושים שהגרמנים ערכו לתפיסת מכשירי רדיו גרמו לניכור רב יותר כלפיהם מצד האוכלוסייה האזרחית.
מחסור במטבעות של ג'רזי (בין השאר בשל לקיחת המטבעות המקומיים על ידי החיילים הגרמנים כמזכרות) הוביל להעברת חוק השטרות של ג'רזי ב-29 באפריל 1941. סדרה של שטרות שעוצבה על ידי אדמונד בלמפייד הוצאה בעריכים של 6 פני, שילינג אחד, 2 שילינגים, 10 שילינגים ופאונד אחד. השטרות של 6 פני עוצבו על ידי בלמפייד באופן שהמילה "שש" (six) בצידו האחורי של השטר תיראה כאשר השטר קופל כסימן V, כסמל להתנגדות. שנה לאחר מכן התבקש בלמפייד לעצב שישה בולי דואר חדשים עבור האי בעריכים של חצי שילינג עד 3 שילינג. כסימן להתנגדות, הוא שילב בעיצוב הבולים בעריך של 3 שילינג את ראשי התיבות GR (Georgius Rex) בסימן קליגרפי משני צידי הספרה 3 כדי להפגין נאמנות למלך ג'ורג' השישי. בלמפייד גם עסק בזיוף חותמות למסמכים עבור אנשים שנמלטו מהאיים.
הגירושים של 1942 עוררו את המסה הראשונה של ההפגנות נגד הכיבוש. אי-החוקיות וחוסר הצדק של הצעדים, בניגוד להתעקשותם הראשונית של הגרמנים לפעול בצורה תקינה ועל פי החוק, עוררו את זעמם של התושבים ועודדו רבים מהם לתמוך תמיכה פסיבית בפעולות ההתנגדות.