באוגוסט אותה שנה נסע ברקינרידג' לאתר המרפא סוויט ספרינגס שבווירג'יניה כדי לטפל במצב בריאותו. הוא ביקר שם קרובי משפחה וידידים, אך התאריכים המדויקים של הביקור לא ידועים. בנקודת זמן כלשהי הוא קיבל טיוטה של החלטות שנכתבו על ידי סגן הנשיא תומאס ג'פרסון שהוקיעו את חוקי הזרים וההסתה שהתקבלו זמן קצר לפני כן. ג'פרסון קיווה לשמור בסוד את דבר היותו מחבר ההחלטות, ועד יומו האחרון יוחסה כתיבתם לברקינרידג'. ב-1814 חשף ג'ון טיילור את העובדה שג'פרסון היה זה שניסח אותם. נכדו של ברקינרידג', ג'ון ברקינרידג', כתב לג'פרסון כדי שיאשר את טענותיו של טיילור. מתוך זהירות שהשנים שחלפו וזיכרונו שבגד בו עלול לגרום לו לא לזכור כראוי את הפרטים, השיב ג'פרסון שהוא, ברקינרידג', וילסון ניקולאס וככל הנראה ג'יימס מדיסון, נפגשו במונטיצ'לו בתאריך שהוא לא היה יכול לזכור, כדי לדון בצורך בהחלטות שיגנו את החוקים. הם החליטו שג'פרסון יכתוב את ההחלטות ושברקינרידג' יגיש אותן לבית המחוקקים של קנטקי עם שובו לשם.
חליפת המכתבים בין ניקולאס לבין ג'פרסון מציגה סדר אחר של האירועים. במכתב מיום 4 באוקטובר 1798 הודיע ניקולאס לג'פרסון שהוא נתן "עותק של ההחלטות ששלחת לי" לברקינרידג', שיציג אותם בקנטקי. במכתב גם צוין שהייתה זו סטייה מהתוכנית המקורית לשלוח את הטיוטה למחוקק בקרוליינה הצפונית כדי שיציג אותה בפני בית המחוקקים שם. ניקולאס חש שאותו מחוקק שהיה אמור לקבל את הטיוטה היה קרוב מדי לג'פרסון, וכך סיכן אותו בחשיפתו ככותב ההחלטות. על פי ניקולאס, ברקינרידג' רצה לדון בטיוטה עם ג'פרסון, אך ניקולאס ייעץ להם לא לקיים את הפגישה, מתוך חשש שזה עלול לסבך את ג'פרסון. מכתב שנשלח לאחר מכן על ידי ג'פרסון אישר את מעשיו של ניקולאס. הריסון מציין שלאחר שברקינרידג' עזב את וירג'יניה, קשריו עם ג'פרסון היו מצומצמים עד בחירתו לסנאט ב-1801. הריסון שקל שלא סביר שג'פרסון שגה בנוגע לפגישה בין השניים בה הם היו אמורים לדון בנושא כה חשוב כמו ההחלטות, והניח שייתכן שג'פרסון נפגש עם ברקינרידג' בנפרד מהפגישה עם ניקולאס כדי לדון בהחלטות ושהפגישה עם ברקינרידג' נשמרה בסוד מניקולאס. בשל חוסר הוודאות בנוגע למעשיו של ברקינרידג' בווירג'יניה ב-1798 מידת השפעתו על נוסח הטיוטה הראשונית של ג'פרסון לא ידועה.
בנאומו ב-5 בנובמבר 1798 עודד גררד את האספה הכללית של קנטקי להכריז על השקפתה על חוקי הזרים וההסתה. ברקינרידג' נבחר לוועדה בת שלושה חברים לבצע את המשימה. ההחלטות שהוועדה הגישה ב-10 בנובמבר בפני מליאת האספה נודעו כ"החלטות קנטקי" . שבע ההחלטות הראשונות התקבלו בנוסח המדויק שנכתב על ידי ג'פרסון, אך את שתי ההחלטות האחרונות תיקן ברקינרידג' ומחק את הצעתו של ג'פרסון לבטל את החוקים הבלתי פופולריים. במהלך הדיון במליאת האספה, הכריז ברקינרידג' על צורך בביטול החוקים אם הקונגרס לא יעשה כן לאחר שרוב המדינות יכריזו על התנגדותם אליהם. הפדרליסט ויליאם מוראיי הוביל את ההתנגדות להחלטות בבית הנבחרים, אך הוא היה בודד בהתנגדותו. ג'ון פופ הוביל התנגדות בלתי מוצלחת דומה בסנאט. עם אישור ההחלטות בשני בתי האספה הכללית חתם עליהם גררד.
בתי המחוקקים של המדינות שנשלטו על ידי הפדרליסטים, בעיקר אלו שמצפון לנהר הפוטומק, הוציאו תגובות שליליות להחלטות קנטקי. ניקולאס ניסה לשכנע את ג'פרסון שיש צורך לאמץ סדרה שנייה של החלטות שתאשר את הראשונה, שמא אלו יימצאו בלתי שלמות. ג'פרסון סירב לנסח את ההחלטות הללו, בטענה שיש מספיק אנשים מוכשרים בקנטקי שינסחו אותן ומתוך חשש שהוא ייחשף כמנסח ההחלטות הראשונות. ברקינרידג', שנבחר כיושב ראש בית הנבחרים של קנטקי עם פתיחת המושב של 1799, נטל על עצמו את המשימה, וניסח החלטות שאישרו את העקרונות המקוריים וקראו לביטול החוקים. ההחלטות השניות התקבלו פה אחד. המיעוט הפדרליסטי בסנאט התנגד להם, בעיקר לקריאה לביטול החוקים, אך גם הסנאט אישר אותן ככתבן וכלשונן. ברקינרידג' נודע כמנסח ההחלטות המקוריות והמאבק שלו לקבלתן גרמו לאהדה הציבורית כלפיו בקנטקי לעלות.
חוקת קנטקי של 1799.
חלק מאזרחי קנטקי לא היו מרוצים מלכתחילה מחלקים של חוקת המדינה, והבחירות השנויות במחלוקת למשרת המושל של 1796 הוסיפו לנחישותם של אלו שקראו לכינוסה של ועידה חוקתית שתערוך בה שינויים. קריאה זו עוררה את התנגדותו של ברקינרידג', מתוך חששו משינויים שעלולים היו לסכן את עושרו ואת כוחו. הוא שאל, "מה ההבדל אם ישדוד אותי שודד דרכים ויגזול ממני את סוסי, או אם העבד שלי יילקח ממני על ידי האנשים הקוראים לכינוס הוועידה? ...אם באמצעות ניסיון אחד יעניקו זכויות לעבדים שלנו, אותו עיקרון שיבוא בעקבותיו יאפשר להם בניסיון שני לגזול מאיתנו את הבעלות על הקרקע, שניהם מוחזקים בידינו על פי זכות במידה שווה". הרצון לכינוסה של הוועידה היה כה עז, אפילו במחוז פאייט האריסטוקרטי, עד אשר עמדתו של ברקינרידג' כמעט ועלתה לו במושבו בבית הנבחרים. בבחירות לכהונה נוספת שנערכו במאי 1798 הוא הצליח להבטיח את המשך כהונתו בהפרש של שמונה קולות בלבד. על אף המאמצים של השמרנים כמו ברקינרידג' וניקולאס בסוף 1798, קבעה האספה הכללית מועד לכינוס הוועידה ב-22 ביולי 1799. הנציגים לוועידה נבחרו בבחירות שנערכו במאי 1799, ועד מהרה החלו השמרנים לארגן קבוצות של מועמדים שייצגו את האינטרסים שלהם. בשל הפופולריות שלו שלה הוא זכה בשל חלקו בהבטחת קבלת החלטות קנטקי, נמנה ברקינרידג' על ששת המועמדים השמרנים במחוז פאייט, שכולם נבחרו. מתוך 58 האנשים שהגיעו לפרנקפורט בסוף יולי כנציגים לוועידה, 57 היו בעלי עבדים ו-50 היו בעלי רכוש משמעותי. בפרק הזמן שבין הבחירות לבין כינוס הוועידה, פעלו ברקינרידג' והשופט קיילב ואלאס יחד עם ניקולאס (שלא היה מעוניין להיבחר כנציג לוועידה) לנסח החלטות שברקינרידג' יציג בוועידה בניסיון להטות את הדיונים לכיוון העמדות השמרניות.
הקבוצה הגדולה של הנציגים בוועידה, כ-18 איש, היו אריסטוקרטים שדאגו להגן על עושרם ועל מעמדם, כולל באמצעות השימוש ב בבית המחוקקים (שהותירה את המחוקקים חשופים להפחדות), שמירה על מעמדו של משטר העבדות, והגבלת כוחם של ציבור הבוחרים. קבוצה קטנה יותר בהנהגתם של גרין קליי ורוברט ג'ונסון כללה בעיקר את בעלי המטעים שהתנגדו לרוב ההגבלות על סמכות בית המחוקקים, שהם האמינו שהן היו מעל סמכויותיהן של הזרוע המבצעת והזרוע השופטת. קבוצה שלישית, בהובלתו של מי שיכהן לימים כמושל המדינה, ג'ון אדאיר, הסכימה עם הרעיון של עליונות הרשות המחוקקת, אך התנגדה למגבלות על זרועות הממשל האחרות. קבוצת הנציגים הקטנה ביותר, בהובלתו של ג'ון ביילי, הייתה הפופוליסטית ביותר. הסיעה השמרנית תמכה בחיזוק ההגנות שהונהגו קודם לכן על משטר העבדות באמצעות מניעת זכות ההצבעה מעבדים משוחררים ומבני תערובת. כל ההצעות של ברקינרידג', כולל חלוקת המושבים בבית המחוקקים על פי גודל האוכלוסייה, ייסוד משרת סגן המושל, והנהגת הצבעה קולית בבית המחוקקים, התקבלו כולן בוועידה. מנגד, לא עלה בידו לשמור על קיומו של חבר האלקטורים שבחר את המושל ואת הסנאטורים, אך הבחירה הישירה במשרות אלו אוזנה על ידי הסעיף על פיו השריפים של המחוזות והשופטים מונו על ידי המושל באישור הסנאט. הניסיונות לגרום להחלטות שיפוטיות להיות מאושרות על ידי בית המחוקקים נחלו כישלון לאחר שברקינרידג' הגן על מערכת בתי המשפט. הוא גם הוביל את קבלת הסעיפים לחוקה בנוגע להכנסת תיקונים עתידיים בה, לפיהם קבלת התיקונים הייתה קשה, אך לא בלתי אפשרית לחלוטין. בשל תפקידו כמוביל בניסוח החוקה בוועידה, הוא נחשב לאבי החוקה של קנטקי, שאושררה באותה שנה, וכוחו עלה כמנהיג מפלגתו. ב-1800 נבחר ברקינרידג' לכהונה נוספת כיושב ראש בית הנבחרים של קנטקי.
סנאטור.
ב-20 בנובמבר 1800 בחרה האספה הכללית של קנטקי בברקינרידג' כחבר הסנאט של ארצות הברית. בהצבעה תמכו בו 68 חברים מול 13 שתמכו באדאיר. הוא היה אמור להשתתף במושב המיוחד של הקונגרס שהתכנס ב-4 במרץ 1801, אך הזימון למושב נשאר במשרד הדואר של לקסינגטון עד ה-5 במרץ וכתוצאה מכך הוא החמיץ את ההשתתפות במושב כולו. כאשר הוא יצא לוושינגטון די. סי. בהמשך אותה שנה, הוא השאיר את כמה מהתיקים המשפטיים שהיו בטיפולו בידיו של הנרי קליי, עורך דין מתחיל שלימים יכהן כמזכיר המדינה של ארצות הברית.
חוק השיפוט.