היקף פעילות הבט"ש בזירת אשדוד גדל, הן במספר הדבורים והן בשעות הים. ב־1995 נוספו 3 דבורים לפלגה. כתוצאה מכך הוקמה באותה שנה מחדש סיירת שלישית ושמה כסיף. גם בתקופה של רגיעה יחסית היו הפרות של הסדרי השיט מצד הפלסטינים. באחד המקרים, בעת שצוות יאכטה ישראלית התכוון לבצע צלילה לאוניה הטבועה "האמיר פארוק", עלה צוות של המשטרה פלסטינית על היאכטה וכפת את אנשיה. הדבר נעשה בניגוד להסכם עם הפלסטינים שהתיר שהיית ספינות ישראליות במימי עזה. דבור שהגיע למקום עצר את המשך ההשתלטות והעברת היאכטה לעזה. לוחמי הפלגה המשיכו במאמץ למנוע הברחות אמל"ח ואנשים לרצועת עזה. הדבורים עצרו ספינות שחרגו מאזורי השיט ואנשי צוותן הובאו לאשדוד לחקירה. באחד המקרים, אף ביצעו לוחמי הדבורים השתלטות על ספינה חשודה, מאחר שהתברר שצוות השתלטות של הקומנדו הימי יגיע רק בחשיכה. הקושי בהעברת אמצעי לחימה בדרך הים גרם לפלסטינים לפנות לפיתוח חלופות אחרות, כגון מנהרות.
המאה ה-21.
עם תחילת האינתיפאדה השנייה החלו לוחמי הפלגה להתמודד עם מציאות חדשה ברצועת עזה ובגבולותיה הדרומיים של מדינת ישראל. לצד ניסיונות כושלים של ארגוני טרור לחדור למדינת ישראל דרך הים או לפגוע בכלי השיט של הפלגה, היו גם ניסיונות שצלחו. במהלך השנים 2004 -2005 היו מספר ניסיונות לפגוע בכלי השיט כגון: סירת נפץ עם שני מחבלים מתאבדים שהתפוצצו בסמוך לדבור במהלך תשאול של אותה סירה חשודה, מה שגרם לפצועים בקרב הלוחמים ופגיעה בגוף הכלי. לאחר הצלחה יחסית זו, היה ניסיון נוסף, הפעם בעזרת רפסודת הצלה שמולכדה בחומרי נפץ והייתה אמורה להתפוצץ בסמוך לכלי המסייר. בסופו של דבר הניסיון לא צלח והרפסודה הושמדה בירי. שני האירועים החריגים הללו לצד ניסיונות הברחת אמצעי לחימה אל רצועת עזה דרך גבולותיה הימיים שסוכלו בהשמדת הסירות המבריחות, הובילו את חיל הים לשנות את אופי היחידה ולהאיץ את תהליך פיתוח כלי בט"ש חדשים שהחל בעשור הקודם. בשיתוף התעשייה הביטחונית הישראלית הואץ תהליך המסירה לחיל הים של דור כלי הבט"ש המודרני שייתן מענה למציאות איתה מתמודדת היחידה הדרומית של חיל הים.
באמצע העשור החל תהליך קליטת כלי הבט"ש חדשים: דבורה סימן שלוש ושלדג. מה שנתן את האפשרות להוציא מן השירות את הדבורים המתיישנים שלא התאימו לקצב התפתחות המציאות הביטחונית. במהלך העשור שינתה את פניה גם יחידת ביטחון הנמלים והוכפפה לפיקוד הפלגה, מה שאפשר שינוי תודעתי אצל לוחמיה לצד שינוי משימות, מיחידה הגנתית שכל תפקידה הוא הגנה על נמלים, ליחידה יוזמת היוצאת למשימות בט"ש מיוחדות. בעקבות כך שונה שמה ליחידת סנפיר.
מבנה ארגוני.
פלגה 916 מחולקת לארבע סיירות: סיירת בזק, סיירת כסיף, סיירת כריש וסיירת טריגון ויחידת אביר הים, האמונה על כלי השייט המופעלים מרחוק. בראש הפלגה עומדים מפקד הפלגה, שהוא קצין ים בדרגת סא"ל שעבר מסלול פיקוד על כלי בט"ש או פיקוד על סטי"ל בשייטת ספינות הטילים, וסגנו שהוא קצין ים בדרגת רס"ן. תחת פיקודם ניצבים מפקדי הסיירות, שהם קציני ים בדרגת סרן או רב־סרן, אשר פיקדו בעבר על אחד מכלי השיט בפלגה וסיימו את הכשרתם בבית הספר לפיקוד ימי מתקדם (פי"מ).
הלכה למעשה דומה המבנה הארגוני של הפלגה במקצת למבנהו של גדוד צה"לי - אך עם כמה הבדלים. הבולט בהבדלים אלו הוא העובדה שהיחידה אינה כפופה ארגונית ליחידה גדולה יותר כגון חטיבה, אלא מהווה יחידה אוטונומית עם משימות ייחודיות לגזרה בה היא פועלת.
ייחודיות זו של פעילות פלגות הבט"ש והתמקצעותן הבלעדית בזירת הדרום אינו מאפשר את החלפתן של הפלגות בכוחות אחרים לצורכי אימון או מנוחה - כנהוג בחטיבות חי"ר ושריון. לפיכך שגרת האימונים של לוחמי הפלגה נערכת במסגרת סיירתית ומוטלת על כתפיו של מפקד הסיירת, שמתפקידו לארוג את אימון חייליו בין משימותיה המבצעיות של הפלגה ובין שיגרת אחזקת הספינות. משמעות הדבר אפוא הוא שכל אימון סיירת ביחידה נערך בתקופות אינטנסיביות וקצרות, כאשר הסיירות שלא מתאמנות מעמיסות על עצמן את נטל ביצוע המשימות המבצעיות של הסיירת המתאמנת כדי לפנות את חייליה לצורך האימון.
בשנת 2006 הוכפפה לפיקוד הפלגה יחידת סנפיר. תחילה הסתכמו משימותיה של היחידה בהגנת מימי חלקו הצבאי של נמל אשדוד- מעל לפני המים ומתחתיהם. כמו כן הייתה מפוקדת היחידה על מלאכת בידוקן של אוניות סוחר הנכנסות למימיה הטריטוריאליים של ישראל בדרכן למעגנות ונמלי דרום גבולה הימי של המדינה. בחלוף השנים ועם התפתחות תורת הלחימה ביחידה החלו לוחמיה לסייע לשאר ספינות הפלגה במשימות סיור מיוחד, אבטחת הגבול הימי הדרומי ובאכיפת הסגר הימי על רצועת עזה. יתרונן של ספינות היחידה על פני כלי הבט"ש העיקריים הפועלים בפלגה בא לידי ביטוי במשימות המחייבות מגע קרוב עם כלי שיט חשודים ובמשימות בטווחים קרובים לחופי אויב - משימות אשר בהן הופך גודלן הקטן של הסירות אותן מפעילים לוחמי היחידה ליתרון.
יעוד הפלגה.
תפקיד פלגה 916 הוא הגנה על מרכז המדינה אך מירב משאביה מופנים אל רצועת עזה. הלכה למעשה חיל הים היא הזרוע היחידה שלא ביצעה התנתקות בשנת 2005 ונשארה ברצועה. על אף שבימי שגרה היחידה אמונה על הביטחון הימי השוטף, אין זה יעודה הבלעדי. היחידה מבצעת פעילות הרתעתית התקפית בים ומהים לאורך כל השנה וכוחותיה לוקחים חלק פעיל בכל פעילות מבצעית במרחב הימי שמטרתה סיכול פעילות ארגוני טרור, פגיעה בתשתיותיהם ובגורמים המסייעים להם. על פעילותה זכתה הפלגה בפרס הרמטכ"ל ליחידות מצטיינות לוחמות בשנת 2008.
אמצעי לחימה.
כלי השיט.
הפלגה מורכבת כיום משלושה סוגים של כלי שיט: דבורה סימן 3, שלדג שהם הכלים החדשים ביותר בחיל הים וצרעות המשמשות את יחידת סנפיר. כלי הבט"ש החדשים תוכננו בתצורת פלטפורמות לחימה בעלות יכולות תמרון, תאוצה, מהירות ועמידה בתנאי ים קשים. כל זאת כדי להשיג יתרון ממשי על כלי שיט קטנים שארגוני טרור מפעילים, וזאת מבלי לאבד את היכולת להתמודד נגד כלי שיט גדולים ואת אופציות התקיפה למרחקים ארוכים. קיים הבדל משמעותי בין פלגה 916 לפלגות אחרות - האיומים הימיים שהתגברו בעשור האחרון וגזרות האחריות של היחידה חייבו את חיל הים לשנות את אופי כלי השיט של הפלגה מספינות סיור לפלטפורמות לחימה רב תכליתיות המסוגלות לשאת יותר אמצעי לחימה, ציוד לוחמה אלקטרונית, ציוד אופטי משוכלל והספקה חיונית ללוחמים המאריכה את זמני השהייה של הספינות בים.
כלי נשק.
לוחמי הפלגה מפעילים שלל אמצעי לחימה מסווגים ובנוסף כלי נשק קלים: רוס"ר M-16, מקלע מאג, מקלע M2 בראונינג וכלה בתותח מדגם טייפון 25 מ"מ מיוצב. נוסף על כך הלוחמים מפעילים מערכות שליטה ובקרה ייעודיות לחיל הים, אמצעי לחימה אלקטרוניים, אמצעים אלקטרו-אופטיים ומערכות נשק מסווגות המקנות לכלי השיט יכולת פגיעה מדויקת בשלל מטרות בטווחים רחוקים.
תהליך הכשרת לוחמים.
הלוחמים בפלגה מתחלקים לשניים, לוחמי כלי בט"ש, המהווים את עיקר הכוח ולוחמי סנפיר.
לוחמי כלי בט"ש מגיעים לספינות לאחר מיוני טרום גיוס. בגמר הטירונות הימית, הלוחם עובר קורס בבה"ד חיל הים בהתאם למקצוע הנבחר לו, ימאי או מכונאי, קורס זה מקנה את הכלים הבסיסיים לצורך קליטה יעילה ומהירה בספינות. בסוף מסלול ההכשרה נערך טקס הענקת דרגת רב־טוראי. לאחר הגעת החיילים לפלגה מתבצעת החלוקה על פי הסיירות השונות ובהתאם לכך הצבה בספינות שיהוו גם בית וגם פלטפורמת הלחימה שעליה ישרתו, הכשרת הלוחמים לקרב מתחילה למעשה רק עם הגעת החיילים לספינות אליהן צוותו, מסלול ההכשרה הבסיסי אורך כ-שנה ושלושה חודשים ומסתיים עם קבלת סיכת הלוחם, לאחר מכן הלוחם מוסמך על העמדות השונות בספינה תחילה בתחום הנשק ולאחר מכן בתחום גילוי ניווט וקשר או בתחום המכונה. על תהליך ההכשרה אמונים הלוחמים הוותיקים שמעבירים את הידע שלהם ללוחמים הצעירים, ומבחני ההסמכה מבוצעים לרוב על ידי הצוות הפיקודי של הספינה ( מפקד הספינה, סגן מפקד הספינה והצ'יף). הלוחמים הבולטים יוכשרו לתפקידים פיקודיים על כלי הבט"ש. מכונאים יצטרפו לסגל הספינות לתפקיד המנוען הראשי (צ'יף), ואילו ימאים ישמשו כסגני מפקדי כלי בט"ש. כמו כן, בכול ספינה יוכשר אחד מאנשי הצוות הזוטר כחובש ימי. הכשרות מתקדמות אלו מתבצעות, לכול המוקדם, לאחר צבירת ניסיון ימי של שנה בכלי הבט"ש, וביצוען מוטל על בה"ד חיל הים. משך ההכשרה לכל אחד מן התפקידים הוא ארבעה חודשים ולאחר מכן ישנו זמן חפיפה נוסף של כחודש.
יחידת סנפיר משלימה את ספינות הפלגה במשימות מיוחדות הדורשות הפעלת כלי שיט במתארים אחרים. על כן הכשרת לוחמיה שונה במקצת: במסגרת "הכשרת הלוחם" עוברים חיילי היחידה קורסי הכשרה ייעודיים: קורס טכנאי קשר אלקטרוני תת-ימי, קורסי גילוי, זיהוי ושליית מוקשים, קורס לוט"ר וקורסי לחימה אחרים. המסלול כולו משולב בנים ובנות. תהליך "הכשרת הלוחם" ביחידה כולל בנוסף לעיל, תפעול אמצעי לחימה של היחידה, מטווחים ימיים בתרחישי פח"ע, התמחות בצלילה הגנתית ותפעול סירות הכולל - סירות גומי והסמכות בסירות הליבה של היחידה, ה"צרעות". בסוף מסלול ההכשרה, מקבלים הלוחמים את סיכת "לוחם סנפיר". למתאימים, לאחר פרק זמן של שנה וחצי ביחידה ניתנת האפשרות להתחיל במיונים והכשרות לקראת קורס מתקדם בבה"ד חיל הים המסמיך לוחמים לתפקיד מפקדי "צרעות".