לאחר רציחתה של סקוט ופציעתו באופן אנוש של קאסטאלדו, הוריד האריס את מעיל הגשם שלו, שלף את רובה הקרבין 9 מ"מ חצי אוטומטי, וכיוון אותו במורד המדרגות המערביות. דניאל רורבאך ושני חבריו, שון גרייבס ולאנס קירקלין, הלכו במעלה המדרגות בדיוק מתחת ליורים. קירקלין דיווח שראה אותם עומדים בראש המדרגות, כאשר הם החלו לירות לכיוונו בפתאומיות. לאחר שנורה בחזהו, נפל רורבאך אחורנית על גרייבס וזה נפצע מחדירת קליע לרגלו. לאחר פציעתם של השניים, היורים הפנו אז את הרובים אל קירקלין, שעמד מולם וירו לעברו.
האריס וקלבולד הסתובבו והחלו לירות דרומה (הלאה מבית הספר) בחמישה תלמידים שגם הם ישבו על חלקת דשא סמוכה למדרגות, ממול לכניסה המערבית של בית הספר. הם ירו במייקל ג'ונסון ופצעו אותו, אך הם לא הצליחו להרוג אותו משום שהוא המשיך לרוץ והצליח לברוח. מארק טיילור נפל על הקרקע, התכווץ והעמיד פני מת על מנת שהיורים ימשיכו בדרכם מבלי להבין שהם הולכו שולל, וכך הוא יוכל להימלט. שלושת התלמידים האחרים נמלטו ללא פגע.
כשהמשיך הירי, שון גרייבס נעמד וצלע במורד המדרגות לתוך הכניסה הצדדית לקפיטריה, שם התמוטט לפני הדלת, זאת במהלך ניסיונו לברוח מהאריס וקלבולד. קלבולד החל לרדת במדרגות בכיוון הקפיטריה. בזמן ירידתו, הוא ירה בלאנס קירקלין פעם נוספת בפניו, והפעם הצליח לפצוע אותו באורח אנוש. דניאל רורבאך החל להתקדם במדרגות לכיוון התחתית. כשראה זאת, הלך אליו קלבולד, ירה בגבו מטווח קרוב והרג אותו.
קלבולד המשיך במורד המדרגות ונכנס לקפיטריה, עבר מעל שון גרייבס הפצוע, ששכב בכניסה לקפיטריה, אנשים משערים כי קלבולד פנה לקפיטריה כדי לראות מדוע מטעני החבלה לא התפוצצו. האריס החל לירות במורד המדרגות במספר תלמידים שישבו ליד הכניסה לקפיטריה, ופצע את אן-מארי הוקהאלטר שניסתה להימלט ללא הצלחה. לאחר מספר שניות עלה קלבולד בחזרה במעלה המדרגות ופגש את האריס בראשן.
השניים ניסו אז לירות בתלמידים שעמדו ליד מגרש הכדורגל במרחק מה משם, אבל לא פגעו באיש. אז זרקו מטעני צינור אל מגרש החניה, הגג וגבעה במזרח, אך אף פצצה לא התפוצצה.
בתוך הקמפוס, המורה פטי נילסון, שראתה את המהומה, הלכה בשקט ובזהירות לעבר הכניסה המערבית עם התלמיד בריאן אנדרסון. היא התכוונה לצאת החוצה ולומר לשני התלמידים "להפסיק עם זה", כיוון שחשבה שהם מבצעים תעלול כלשהו. כשאנדרסון פתח את הדלתות הכפולות הראשונות, האריס וקלבולד ירו דרך החלונות. אנדרסון נפגע משברי זכוכיות ונילסון נפגעה בכתפה מרסיסים, וזו הבינה כי אין המדובר בתעלול אלא באירוע ירי המתרחש בזמן אמת.
נילסון נעמדה במהירות ורצה במורד המסדרון לכיוון הספרייה, שם החלה להזהיר את התלמידים שהיו בפנים מפני האריס וקלבולד ודרשה מהם להתכופף מתחת לשולחנות ולהישאר שקטים על מנת שהיורים לא ימצאו אותם ויהרגו אותם. היא חייגה אל המשטרה והתחבאה בעצמה מתחת לדלפק של הנהלת הספרייה. אנדרסון נשאר מאחור, לכוד בין הדלתות החיצוניות והפנימיות. במקביל, אחד מסגני השריף הגיע לזירה והחל לירות לכיוון האריס וקלבולד, תוך שהוא מסיח דעתם מאנדרסון הפצוע. אנדרסון צלע אל מחוץ לאזור והגיע לתוך הספרייה, שם רץ לתוך חדר צוות פנוי ונשאר בו עד שהתקרית נגמרה.
האריס ירה 10 יריות אל עבר השוטר, וזה שלח בקשר הודעה על קוד 33 (שוטר זקוק לסיוע חירום באופן מיידי). כשנתקע הרובה שלו, רץ האריס לתוך בית הספר עם קלבולד. השניים התקדמו במורד המסדרון הצפוני הראשי, תוך כדי ירי לכל עבר וזריקת מטעני צינור. הצמד המשיך לירות אל מחוץ לחלונות אל הכניסה המזרחית לבית הספר. אחרי שהלכו מספר פעמים נוספות דרך המסדרון, יורים בתלמידים בהם נתקלו ללא הצלחה לפוצעם ולהורגם, הם חזרו אחורה לכיוון הכניסה המערבית ופנו אל מסדרון הספרייה.
דקות קודם לכן, פינה המאמן ויליאם "דייב" סאנדרס את הקפיטריה דרך גרם מדרגות שמוביל לקומה השנייה. המדרגות היו מעבר לפינה של מסדרון הספרייה במסדרון הדרומי. סאנדרס ואחד מתלמידיו פנו מעבר לפינה, והלכו במורד מסדרון הספרייה. כאשר ראו השניים את היורים באים מעבר לפינה מהמסדרון הצפוני, הם פנו במהירות בחזרה ורצו בכיוון ההפוך. ישנה טענה לא מאומתת לפיה סאנדרס הלך לכיוון הספרייה כדי לעזור לפנות את התלמידים משם.
היורים באו מעבר לפינה וירו לעברם, פגעו בסאנדרס בחזהו כשהוא הגיע למסדרון המערבי, אך לא הצליחו לפגוע בתלמיד. התלמיד רץ לתוך כיתת המדעים SCI-1 והזהיר את המורה שבפנים. בינתיים, היורים פנו בחזרה במעלה המסדרון הצפוני. סאנדרס קירטע מדמם לאזור כיתות המדע, שם לקח אותו המורה לתוך כיתת המדע הריקה SCI-3. שני תלמידים העניקו לו עזרה ראשונה וניסו ליצור קשר עם כוחות המשטרה שהיו בחוץ, אך מאמציהם כשלו וסאנדרס נפטר בסביבות השעה 15:00 בצהריים.
הירי בספרייה.
בספרייה שהו באותה עת 52 תלמידים, שלושה מעובדי הספרייה וכן המורה פטי נילסון שנמלטה לשם עם תלמידה בריאן אנדרסון. היא הצליחה ליצור קשר טלפוני עם שירותי החירום ותיארה באוזניהם את הירי ואת המתרחש סביבה. בו בזמן, היא סייעה לתלמידים לתפוס מחסה מתחת לשולחנות. לפי רישומי המשטרה שציינו במדויק את זמן הדיווח, שיחתה התקבלה בשעה 11:25:05 בבוקר. היורים נכנסו לספרייה ארבע דקות ועשר שניות מאוחר יותר. בדרכם לשם, זרקו השניים שני מטעני צינור לתוך הקפיטריה מהמדרגות במסדרון המערבי. לאחר ששני המטענים התפוצצו, האריס וקלבולד זרקו מטען נוסף במסדרון הספרייה, שהתפוצץ אף הוא. עם כניסתו, ירה האריס לעבר הקצה הנגדי של דלפק ההנהלה, ופצע את התלמיד אוואן טוד שהסתתר מתחת למכונת צילום. האריס צעק בקול רם: "קומו!", צעקה שנשמעה אף בהקלטת שיחת הטלפון של המשטרה (בשעה 11:29:18).
תלמידים ואנשי צוות שהתחבאו בחדרים החיצוניים לספרייה, סיפרו כי שמעו את אחד היורים מסנן דברים דוגמת "כל מי שחובש כובע לבן או כובע בייסבול, שיקום!" ו"כל הספורטאים לקום! אנחנו נטפל בבחורים שבכובעים הלבנים!" (חבישת כובע בייסבול לבן בקולומביין הייתה מסורת בקרב חברי קבוצות הספורט של התיכון). לאחר ששם לב כי אף אחד לא קם, האריס אמר: "בסדר, אני אתחיל לירות בכל מקרה!". השניים עשו אז את דרכם לכיוון הקצה השני של הספרייה, אל שתי שורות של מחשבים.
אוואן טוד ניצל את הזמן כדי להתחבא בצורה טובה יותר מאחורי דלפק המנהלה. קייל ולאסקז ישב בשורה הצפונית של המחשבים, מכורבל מתחת לשולחן. קלבולד ירה בולאסקז ראשון, פגע בו בראש ובגב, וכך רצח אותו. היורים הניחו את תיקיהם והחלו לטעון מחדש את כלי הנשק. הם הלכו אל החלונות הצופים אל המדרגות החיצוניות, שם היו כמה דקות קודם לכן. כאשר שמו לב שכוחות המשטרה מפנים תלמידים, הם החלו לירות אל מחוץ לחלונות על מנת שההימלטות תיכשל; המשטרה השיבה אש.
לאחר שניות מספר, פנה קלבולד מהחלונות, ירה ברובהו בשולחן קרוב ופצע את פטריק איירלנד, דניאל סטיפלטון ומקיי הול. האריס תפס את רובה הציד שלו, הלך לשורה הדרומית של שולחנות המחשבים, וירה מתחת לשולחן הראשון בשורה מבלי להסתכל מי נמצא מתחתיו. הירייה פגעה בסטיבן קארנאו, שהסתתר מתחת לשולחן, והרגה אותו. לאחר מכן ירה האריס מתחת לשולחן המחשב הבא, ופצע את קאסי רוּגְּסַגֵּר.
דיווחים רשמיים מציינים שהאריס הלך לשולחן הנגדי לשורת המחשבים הדרומית, טפח פעמיים בידו, התכופף, ואמר "פיק-א-בו" (קריאה באנגלית המקבילה ל"קו-קו"), לפני שירה בראשה של קֶסי בֶּרנאל והרג אותה. ההדף מהנשק פגע בפניו, ושבר את אפו. סברה פופולרית היא כי ברנאל הייתה זו שנשאלה "האם את מאמינה באלוהים?". החקירה הרשמית ייחסה הערה זו לא לברנאל כי אם לתלמידה שנורתה אך שרדה, ואלין שנאר. שלושה תלמידים שהיו עדים למותה של ברנאל, לרבות האדם שהתחבא יחד איתה מתחת לשולחן, העידו שחילופי הדברים הללו לא התרחשו. למרות זאת, אחרים שהיו בספרייה טענו שחילופי הדברים כן התרחשו אף על פי שאף אחד מן התלמידים הללו לא ראה זאת במו עיניו אך שמע את הדברים. ייתכן שהם שמעו את חילופי הדברים שלאחר מכן בין קלבולד לואלין שנאר, והוטעו על ידי דיווחי חדשות, שייחסו את האמירה לברנאל. אי-הבנה זו הציתה ויכוח עז האם החקירה הרשמית העריכה כראוי את כל האפשרויות והאם היורים הפנו את השאלה לברנאל או לשנאר.
לאחר מכן פנה האריס אל השולחן הבא, שלידו ישבה התלמידה בְּרי פסקל. פסקל לא התחבאה תחת השולחן כיוון שלא היה מספיק מקום לכך ונאלצה להיות גלויה לעיני היורים ולסכן את חייה. האריס שאל אותה אם היא רוצה למות, וזו הגיבה בתחינה על חייה. עדים דיווחו כי האריס התבלבל כשהשיחה בינו לבין פסקל התרחשה. ייתכן והבלבול נבע מהפצע בפניו, שדימם קשות. בזמן שהאריס החל ללעוג לפסקל, החל פטריק איירלנד להעניק עזרה ראשונה לאחד משני הפצועים שלידו. כשקלבולד הבחין בנעשה, הוא ירה לעברו, ופגע בו פעמיים בראש ופעם אחת בכף הרגל. איירלנד נפל מחוסר הכרה, אבל שרד באורח נס.