ב־1605 החלה לפעול בפראג משפחת המדפיסים "בק". יעקב בק, המייסד, נפטר ב-1618 ושמונה דורות רצופים נמשכה המלאכה בידי צאצאיו, עד לסוף המאה ה-19. ר' יהונתן אייבשיץ השיג את רישיון המלכות להדפיס את התלמוד בדפוס בק (תפ"ח–תק"א). מבין יתר מדפיסי פראג בתקופה המאוחרת יצוין דפוסו של משה לנדאו.
המאה ה-17.
התקופה 1576–1619, בימי רודולף השני (שהעתיק את בירתו לפראג) ויורשו מתיאס, נחשבת לתור הזהב של קהילת פראג לאור השגשוג החומרי והפריחה הרוחנית שפקדו אותה. הייתה זו שעתם של אדירי-הון ופרנסים מסוגם של מרדכי מייזל, מרדכי צמח כהן ויעקב באסווי פון טרויינברג, ושל מאורות גדולים בתורה ובחכמה דוגמת המהר"ל, ר' שלמה אפרים מלונטשיץ, ר' ישעיה בן אברהם הלוי הורוביץ (השל"ה), הפרשן יום-טוב ליפמן הלר וההיסטוריון דוד גאנז. באותה התקופה ישבו בפראג כ-6,000 יהודים. ב-1648 הצטיינה האוכלוסייה היהודית בהגנת העם מפני השוודים. לאות הוקרה העניק המלך פרדיננד השלישי לקהילה דגל מיוחד המתנוסס עד היום על קיר בית-הכנסת "אלטנוישול"; הציור על הדגל - כובע שוודי בתוך מגן דוד - נעשה לסמלה הרשמי של קהילת פראג.
בתקופת הקונטרה-רפורמציה שלאחר מלחמת שלושים השנים בעת עלייתו של קרל השישי, התחילה הממשלה לפגוע במעמדם של היהודים ובמקורות פרנסתם; אחד הצעדים הקשים ביותר שנקטה היה החוק המתיר נישואין רק לבן הבכור במשפחה יהודית; על האחרים נגזר להישאר רווקים או לעזוב את בוהמיה (1727). יותר מ-3,000 מיהודי פראג נספו במגפה (1680) ובשריפה כעבור תשע שנים נחרבו 300 בתי יהודים ו-11 בתי-כנסת.
השלטונות ביקשו להעביר את הנותרים לכפר ליבן מצפון לעיר והכמורה ניהלה הסתה משלה; המהומה גברה ב-1694 כאשר נערך המשפט סביב שמעון אבלס, נער יהודי בן 12 שלדברי התביעה רצה לעבור לנצרות והומת על-כך בידי אביו; גופת הנער הוטמנה בכנסיית טין המפורסמת שבעיר העתיקה בפראג.
המאה ה-18.
במפנה המאה ה-18 התגורר בפראג רבי יהונתן אייבשיץ שהתמנה לדרשן וראש הישיבה הגדולה של קהילת פראג במקומו של רבי שמעון ריישר שנפטר. בצד ההסתה האנטישמית נרדפו היהודים גם בתחום הכלכלי. האנטישמיות הרשמית החריפה בעלות מריה תרזה על כס המלוכה. עם זאת, באפריל 1741, ארגנו יהודי העיר ובראשם ראש הקהל שמעון וולף פרנקל מצעד לכבוד הולדת בן (יוזף השני) לקיסרית מריה תרזה. חיי יהודי פראג באותה תקופה הונצחו בתחריט מיוחד שהנציח את האירוע.
גירוש פראג (תק"ה-תק"ח, 1744–1748).
ב-1741 היו יהודי פראג שותפים לפעילות ההגנה האזרחית לאורך תקופת המצור הצרפתי על פראג, ומכבי האש של הקהילה היו בכוננות מתמדת. גם בפן הדתי, הורה רבי יהונתן אייבשיץ, מרבני העיר, לקיים משמרות תפילה וצום, והתיר לחלל את השבת בעבודות ההגנה. בסוף נובמבר 1741 גברו הכוחות הצרפתיים על מגיני פראג והעיר נכבשה. הכובשים הטילו מיסים כבדים על הקהילה היהודית. וכאשר התארגנו האוסטרים והטילו מצור על פראג בראשית החורף של 1742 כדי לשחררה מידי הצרפתים, מצאו היהודים את עצמם במיצר, מצד אחד ניסתה מועצת העיר האזרחית לנצל את מצב החירום הכללי כדי לנשל את היהודים משליטתם המסורתית בענף המכולת בעיר, ומצד שני איימו הכובשים הצרפתים לגרש ששת אלפים יהודים מן העיר והכריחו את אנשי הקהילה להשתתף בעבודות הביצורים.
לקראת סוף 1742 (טבת תק"ג) כבשו האוסטרים את פראג, אחרי גל ביזה ראשון ברחובות היהודים, ריסנו מפקדי החילות האוסטרים את פקודיהם והשקט שב על כנו. מריה תרזה ביססה את שלטונה והמשיכה בכיבושיה, ולצורך מימון המלחמה הוטלו שוב מיסים כבדים על הקהילה היהודית.
ערב חגי תשרי של 1744 (ה'תק"ה) התקרבו הפרוסים לפראג, שוב השתתפו היהודים בהגנה האזרחית ובעבודות הביצורים, ותפילות הימים הנוראים בבתי הכנסת בוטלו. במוצאי יום הכיפורים נכבשה פראג בידי הפרוסים, יהודים ספורים נרצחו בכאוס שמיד לאחר הכיבוש, אך עד מהרה ייצבו הפרוסים את המצב בעיר ופעולתם הראשונה בתחום זה הייתה הגנה על האזור היהודי מפרעות וביזה. פעולה זו הביאה להיווצרות שמועות ברחבי פראג בקרב כלל האוכלוסייה, שהיהודים שיתפו פעולה עם הכובשים ולכן זכו להגנתם לאחר הכיבוש. לפני נסיגת הצבא הפרוסי מן העיר ב-26 בנובמבר 1744, כינס מפקד הכוח הפרוסי את מועצת העיר כדי לשכנע את חברי המועצה שהיהודים לא שיתפו פעולה עם שלטונות הכיבוש, מתנגדי היהודים מקרב האוכלוסייה המקומית ראו בכך הוכחה לכך שהיהודים אכן שיתפו פעולה, והקהילה הואשמה בריגול ובגידה. עם כניסת האוסטרים וההונגרים לעיר, עברו על אנשי הקהילה 24 שעות של פרעות, רצח ושוד. עשרים יהודים נהרגו ומאות נפצעו.
בסוף דצמבר הצטוו היהודים בפקודת מריה תרזה לנטוש מיד את פראג עד סוף ינואר 1745, ובהמשך התפרסמה הרחבה לצו זה שדרשה מהיהודים לעזוב את כל מרחבי בוהמיה ומוראביה עד סוף יוני של אותה שנה. העסקן היהודי הווינאי וולף ורטהיימר בנו של רבי שמשון ורטהיימר ניהל מערכה פוליטית רחבת היקף כדי לנסות למנוע את ביצוע צו הגירוש, במקביל פנה רבי יהונתן אייבשיץ שכיהן באותה עת כרבה של מץ ליהודי רומא בניסיון להפעיל את השפעתם בחצר האפיפיור כדי להפעיל לחץ על מריה תרזה שפעלה בנושא זה לפי הבנתם ממניעים דתיים קתוליים. האפיפיור קרא לוותר על הגירוש, שגרירי הולנד, דנמרק ובריטניה פעלו בשם ממשלותיהם כדי לבטל את הגירוש. אך ללא הועיל. תחילה נדחה הגירוש לסוף פברואר, ושוב לסוף מרץ, אך עד סוף פברואר כבר נטשו את פראג כ-14,000 יהודים ועד סוף מרץ עזבו כל מי שיכלו לעזוב, למעט זקנים וחולים שהורשו להישאר בעיר עד החלמתם. עם זאת, גירוש יהודי בוהמיה כולה בוטל, והדבר נזקף לזכות המערכה המדינית שנוהלה בנושא זה. רבים מיהודי פראג מצאו מקלט זמני בכפרי הסביבה, ובשל העובדה שהורשו להיכנס לפראג כדי לחסל את חובותיהם, היו שהאריכו את שהותם בעיר לימים אחדים תוך העלמת עין של השלטון המקומי. בעקבות זאת הוצא ביוני 1746 צו חדש שאוסר על יהודים לשהות ולו באופן זמני בכל המרחב שסביב פראג עד כדי שתי שעות הליכה מן העיר. גם בשלב זה נופקו אישורים זמניים לביקור יהודים בעיר וכ-500 יהודים פקדו את העיר מדי יום. לעזיבת היהודים הייתה השפעה כלכלית שלילית על העיר והחל לחץ ציבורי למתן את הגירוש, טענה אחרת הייתה שאם אין מגרשים את היהודים מכל המדינה, גירוש היהודים מפראג עצמה בלבד יגרום נזק לעיר, כשהמסחר שהוחזק בידי היהודים ימשיך להיות בידיהם בערי הספר שאליהן היגרו. במקביל החלו לדבר בווינה על תוכנית הדרגתית לצמצום מספר היהודים בממלכה במשך שש שנים.
ב-14 ביולי 1748, פרסמה מריה תרזה פקודה זמנית חדשה המשעה את צו הגירוש לעשר שנים ומתירה לכמה מאות משפחות אמידות לשוב לעיר תמורת התחייבות לשלם מיסים גבוהים. החוזרים לעיר שיקמו את הריסות הגטו. כעבור שנים אחדות שוב השתוללה שריפת-ענק ברובע היהודי.
שינוי לטובה חל בימיו של הקיסר יוזף השני (1790-1780) בעל פקודת הסובלנות בשנת 1782. המדיניות החדשה התכוונה לבטל בהדרגה את ההגבלות על חיי היהודים כדי לעשותם יסוד מועיל יותר במשק המדינה; לזאת התלוו צעדים שיטתיים להגברת נוכחות התרבות הגרמנית ברחוב היהודי. היהודים נצטוו לאמץ להם שמות משפחה ולהקים בתי-ספר ללימודי חול, הוטלה עליהם חובת השירות בצבא ונאסר עליהם להשתמש בעברית וביידיש בניהול עסקיהם. לבעלי התעשייה ביניהם הותר להתיישב מחוץ לרובע היהודי. היהודים קוראים את שמו של הרובע היהודי יוספוב, על שמו של השליט יוזף השני כאות תודה על הרפורמות ששיפרו את חייהם באופן ניכר. על אף הרדיפות לא פסקה היצירה הרוחנית בקהילה ועם גדוליה במחצית השנייה של המאה ה-18 נמנו הרבנים שמעון ואליהו שפירא, דוד אופנהיים, וראש הישיבה יחזקאל לאנדאו.הישיבה המפורסמת הגיעה לידי פריחה רבה בימיו של הרב יחזקאל לנדא מחבר הספר הנודע ביהודה, תלמידים מכל הארצות באו לשמוע תורה מפיו..ר' יונתן אייבשיץ שיבח את יהודי פראג בדרשה על כך שהיו מכניסי אורחים.
בסוף המאה ה-18 פרץ סכסוך קשה על ירושת משרת אב בית הדין, בעקבות פטירת הרב יחזקאל לנדא הצדדים הנצים היו הרב שמואל לנדא, בנו של הרב המנוח, והרב ברוך ייטלס.
במחצית השנייה של המאה ה-18 הייתה התעוררות משיחית בקרב יהודי בוהמיה, כשתנועתו של משיח השקר, יעקב פרנק, מספיחי השבתאות, התפשטה בקרב חלקים של האוכלוסייה היהודית.