לאחר עצירת הכוחות הגרמנים במהלך קרב אל-עלמיין הראשון שב פארוק למאבקו עם הממשלה. כאשר פרץ משבר בין נחאס לשר הכספים שלו, מכרם עובייד, אשר היה גם הוא מטעם מפלגת "אל-ופד", מיהר פארוק להתערב במטרה להפיל את המפלגה מהנהגת המדינה. פארוק ניסה להרחיק את עובייד מראש מפלגתו נחאס. לעיתים היה קורא לו להתייעצויות, בהן היה משוחח איתו על נושאים כגון הנפקת דגמי שטרות חדשים, ונהג היה לעשות זאת מאחורי גבו של נחאס. בשנת 1943 תמך המלך פארוק בעובייד בכתיבתו את "הספר השחור" אשר כלל בתוכו פרשיות שחיתות בתוך שורות מפלגת "אל-ופד". בהמשך התאגדו רוב מפלגות הפרלמנט במטרה להפיל את הממשלה הקיימת בראשות "אל-ופד". בהמשך פרץ מחדש מאבק בין המלך לממשלה אודות מינויים ממשלתיים, כאשר נחאס יצא בקמפיין תעמולה שבמסגרתו הוא הופיע כשומר החוקה לעומת המלך תאב הבצע. המצב הפוליטי החריף הגיע לשיאו כאשר ממשלת נחאס הורתה על פיטוריו של מוסטפא אל-מראגי ומנשיאות האוניברסיטה הדתית אל-אזהר. אל-מראגי היה מקורב של המלך פארוק מאז שזה עלה על הכתר ופארוק סירב לאשר את פיטורו מתפקיד הנשיא. בנובמבר 1943, במהלך ועידת קהיר של מנהיגי בעלות הברית, שלחו מספר מפלגות אופוזיציה איגרת בדבר ריבונותה של מצרים להנהגת הועידה, בפעולה שנעשתה בעקיפין לממשלת "אל-ופד". בשנת 1944, בתמיכת כלל האופוזיציה, פורסם "הספר השחור" במהדורה שנייה, אשר במסגרתה נטען שנחאס מכר את ריבונותה של מצרים לבריטניה בתמורה לראשות הממשלה.
נחאס מצידו, במטרה להשיב את תמיכת הסטודנטים, העביר תקציב מורחב לאוניברסיטת אל-אזהר במטרה להשיג קולות בוחרים בהמשך. כאשר הורמה הסכנה הצבאית מעל למצרים, המשלה הבריטית עצרה את תמיכתה בנחאס. בתגובה, המלך פארוק הורה ישירות על פיטורו של נחאס והעביר באוקטובר 1944 את המנדט להרכבת הממשלה בידי אחמד מאהר, יושב ראש המפלגה הסעדית; איחוד של מספר מפלגות אופוזיציה שהתנגדו ל"אל-ופד" ונתמכו בידי המלוכה. הממשלה החדשה שהורכבה בתחילת 1945 החלה להרים את ההגבלות של הממשל הצבאי לנוכח התקרבות המלחמה באירופה לסיומה. בהמשך התמשכו המאבקים הפוליטיים הפנימיים בין המפלגות השלטות עם כי לא היה איום על המלוכה הודות לעובדה ש"אל-ופד" הורדה מהשלטון. מצב פוליטי בלתי יציב וממושך זה אפשר לפארוק להאדיר את סמכויותיו השלטוניות עם התנגדות מועטה יותר. ללא כוח פוליטי יציב לפקח על השימור של החוקה, פארוק, כמו אביו פואד הראשון שקדם לו, יכול היה להמשיך במדיניות ההגדלה של סמכויות המוסד המלוכני על סמך החלשת הסמכויות השלטוניות של הפרלמנט.
בסופה של מלחמת העולם השנייה רוב הכוחות הבריטים במצרים החלו לסגת ממוצביהם כפי שהוסדר בהסכם 1936. לדעת רבים לא הייתה ההתקדמות של הכוחות הבריטים בקצב המצופה. ב-9 בפברואר 1946 החלו מחאות סטודנטים שנעו מאוניברסיטת קהיר לעבר ארמון המלך עם הקריאות "שום משא ומתן [עם בריטניה] ללא פינוי." הסטודנטים התנגשו בכוחות המשטרה במהלך תנועתם לעבר ארמון המלך ועשרות מהם נפצעו במאבק שפרץ עם כוחות המשטרה. בסוף הפינוי הכללי הכוחות הבריטים הנותרים במצרים היו מרוכזים בגדות תעלת סואץ אשר הייתה עורק מסחר קריטי למען בריטניה, עליו המשיכה להגן גם לאחר המלחמה. בסופה של המלחמה, ממשלת הגוש הסעדי בראשות תומך המלוכה, אסמאעיל סידקי, הנהיגה טיהור פוליטי נגד פעילים קומוניסטים במצרים. ביולי 1946, חצי שנה לאחר פריצתן של סדרת שביתות פועלים ממושכות, החלו מעצרים המוניים של חשודים בפעילות קומוניסטים בקהיר, אלכסנדריה, פורט סעיד וסואץ (העיר). טיהור פוליטי זה לא תרם לעצירת השביתות ההמוניות, שבהמשך הגיעו גם לעובדי חשמליות, אשר דרשו יום עבודה בן שבע שעות, הכפלת הסחר בימי חג, ביטוח סוציאלי וזכות למשא ומתן קיבוצי מידי הממשלה. כל הנושאים הציבוריים שעמדו על סדר היום קודם המלחמה והושתקו במהלכה, התעוררו מחדש בסופה בצורת תסיסה אזרחית חריפה ברחבי מצרים. עם סופה של המלחמה עלתה ההתעניינות של רוב האינטלקטואלים ואנשי הציבור בנוגע לצדק חברתי, שוויון כלכלי וחירות פוליטית.
מלחמת העצמאות.
בדצמבר 1946 הוחלף סידקי במחמוד פהמי נוקראשי בתור ראש ממשלה וראש מפלגת הגוש הסעדי. באותו החודש פרצו מחאות מרחיקות לכת בנוגע למעמדה של סודאן. מחאות לאומיות במצרים ומרידות פרו-מצריות בתוך סודאן האנגלו-מצרית הובילו את פארוק לתמוך בשליחת עצומה מידי הממשלה אל מועצת הביטחון של האומות המאוחדות בנוגע למעמדה של סודאן. הממשלה הבריטית התחפרה בעמדתה וסירבה לשנות את מעמדה של סודאן מזה שנקבע בשנת 1936, שבפועל העניק לה סמכות שלטונית על סודאן. המשך דיונים בנוגע למעמדה של סודאן הובילו למבוי סתום. כמו כן, החל משבר נוסף על רקע כלכלי בנוגע לזיכיונות של הממשלה המצרית מגופים מדיניים בריטים אשר גדלו במהלך המלחמה ולא הועברו למצרים בסופה. הממשלה נכחה הצלחה משמעותית מרכזית כאשר הצליח לבלום את התפרצותה של מגפת כולרה בתוך שלושה חודשים בלבד מאז התפרצותה. הניצחון על המגפה הגביר זמנית את האהדה הציבורית למלך פארוק ומנע את התגברות התמיכה העממית באופוזיציה.
לנוכח כל המשברים הללו, התפרצה המערכת הפוליטית המצרית לנוכח תוכנית החלוקה של המנדט הבריטי בארץ ישראל אשר הובילה לפריצתה של מלחמת העצמאות. במקור היה פארוק אוהד של קהילת יהודי מצרים שרבים מאנשיה היו מקורבים לממשל. לנוכח המאבקים הפנימיים בתוך העולם המוסלמי, נטש פארוק את תמיכתו בקהילה היהודית נוכח מטרתו להפוך לח'ליפה המוסלמי החדש. פארוק פעל בכך לחזק את מעמדה של מצרים על העולם המוסלמי, כאשר ביסס את קהיר בתור מטה הליגה הערבית ועם הזמן נקט עמדה יותר ויותר הנהגתית בכל הנוגע להשפעה על העולם המוסלמי. פארוק ציפה כי התערבות מצרית במלחמת העצמאות לטובת ערביי ארץ ישראל יתרום למעמדו הלאומי בתוך מצרים אך גם הבינלאומי ויאפשר לו להתמנות לח'ליפה של האסלאם. פארוק מיהר להתערב בתוך המלחמה נגד ארגוני הפעילות הציונית בארץ ישראל עוד לפני שאלו הכריזו על הקמתה של מדינת ישראל ב-14 במאי 1948. בפועל, הצבא המצרי לא היה מוכן למלחמה ואחמד עלי אל-מאוואווי, גנרל בצבא המצרי, הזהיר את ראש הממשלה נוקראשי בנוגע לאי המסוגלות של הצבא לצאת למלחמה ממושכת. ב-13 במאי, פארוק הוציא צו רשמי את ראש הממשלה נוקראשי, שהודיע לגנרל אל-מאוואווי כי בתוך 48 שעות על חיל המשלוח המצרי להיות מוכן לפלישה לתוך ארץ ישראל. במטרה להרגיע את מאוואווי, נוקראשי הודיע לו כי המלך פארוק הסדיר ברית עם מנהיגי מדינות ערב שאלו יכריזו יחדיו על מלחמה נגד מדינת ישראל ויפלשו לתוך שטחי ארץ ישראל.
עם כניסתה של מצרים למלחמה הוכרז על מצב חירום צבאי לאומי וראש הממשלה נוקראשי מונה למושל הצבאי של מצרים בפועל. הרשויות השלטוניות במצרים, בהוראתו של המלך פארוק, פירקו את המיליציות של האחים המוסלמים מכוחם והחליפו אותם במוצבים הצבאיים בחיילי הצבא המצרי אשר לא היה מוכן למלחמה. פארוק, דרך קשריו, הצליח להביא את הנהגת מספר מדינות ערב לתוך המלחמה גם כן לצד ערביי ארץ ישראל. בקרב יד מרדכי במאי 1948, כבש הצבא המצרי את הקיבוץ, ופארוק מצא לנכון להגיע אליו ולהצטלם בו. בתגובה לפיזורם מנשק, אנשי האחים המוסלמים התנקשו בחייו של ראש הממשלה נוקראשי בדצמבר 1948. פארוק מינה את הפוליטיקאי אבראהים עבד אל-האדי מהגוש הסעדי בתור ראש הממשלה המצרי החדש. בתגובה להתנקשות בראש הממשלה, פארוק מאחורי הקלעים היה האחראי להתנקשות בחייו של מיידה ומנהיגה של תנועת האחים המוסלמים, חסן אל-בנא, בפברואר 1949. במאי 1949 ניסו אנשי האחים המוסלמים להתנקש בראש הממשלה המכהן, אך ללא הצלחה. במקביל, המערכה בישראל התהפכה נגד הכוחות המצרים ובמהלך מבצע חורב אף החלה פלישה של צבא הגנה לישראל לתוך חצי האי סיני. לאחר שנים של יציבות כלכלית, המלחמה הובילה את מצרים לתוך גירעון כלכלי חריף ויוקרת המלך הושפלה עד עפר. במצב קטלני זה, שהאחים המוסלמים הוציאו מדי יום פיגועי טרור, מפלגת "אל-ופד" והמלוכה, שניהם היו מוכנים לפשרה פוליטית שענתה לצורכו של פארוק להקים ממשלת קואליציה. ביולי 1949 הוקמה ממשלת קואליציה של כל המפלגות הגדולות בראשות חוסיין סירי. לאחר מבצע חורב נכנסה מצרים למשא ומתן להפסקת אש עם ישראל ומעמדה הבינלאומי של מצרים הושפל.
הפיכה והדחה.