ספינות הטילים סייעו בתצפית ובירי לעבר יעדים בחוף בעת תנועת כוחות היבשה צפונה לעבר ביירות. עיקר ההפגזות היו באזור שבין צידון לביירות וכללו מסלולי נחיתה, דרכים, ריכוזי אויב, אמצעים ומחסני תחמושת. החל מ-9 ביוני הוטל סגר ימי על מרחב ביירות ונמנעה כניסה ויציאה של ספינות. סגר זה בוצע על ידי סטי"לים ודבורים. לכל אורך המבצע הוצבו סטי"לים ככוח התערבות מיידי למניעת תקיפה סורית מהים.
האש שכוונה לעבר הספינות מכיוון החוף הייתה דלילה ביותר והופסקה לאחר שתותח חוף 130 מ"מ הושמד על ידי חיל האוויר.
בין מלחמות לבנון, 2006-1983.
מבצע של"ג התרחב למלחמה כוללת ולשהיה ממושכת של צה"ל בלבנון. בכל התקופה ועד לנסיגה הסופית של צה"ל מלבנון בשנת 2000 וגם אחריה, השייטת עסקה בלכידת ספינות שנשאו אמצעי חבלה ונשק לארגוני המחבלים ובסיוע למבצעים יזומים של כוחות מיוחדים וחיל האוויר נגד יעדים בלבנון. משנת 2000, עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, הורחבה הפעילות גם מול חוף רצועת עזה.
התהליכים שחלו בשייטת בשני העשורים שלאחר מלחמת לבנון הראשונה: הצטמצמות ניכרת בכמות יחידות הלחימה יחד עם חידוש הצי ושיפור החימוש ואמצעי לחימה אלקטרונית, המשך פעילות נגד מחבלים בים וביבשה ויצירת שיתוף פעולה עם ציים זרים. כפועל יוצא מירידת כמות כלי השיט הועברה פלגת הסטי"לים שהייתה מבוססת בבסיס אשדוד לבסיס חיפה.
"'נפילת מסוק ימי"' - בשנת 1996 נפל מסוק "דולפין" לים בתאונה במהלך אימון במבואות מפרץ חיפה. שני הטייסים וקצין חיל הים נהרגו. ללא קשר לתאונה זו, הוחלף המסוק שהיה בשירות כעשר שנים במסוק חדש "עטלף".
"'שיתוף פעולה בינלאומי"' - מאמצע שנות ה-80 של המאה ה-20 החל שיתוף פעולה עם ציים זרים. מדי שנה מתקימים תרגילים נרחבים, הכוללים כוחות נוספים, עם צי ארצות הברית. החל מ-1998 הורחבה המסגרת ונכללו בה הצי הטורקי ובהמשך גם ציים נוספים. תרגילים אלה כללו בדרך כלל אימונים בחילוץ והצלה וכן פעילות נגד טרור ימי. האחרון שבהם היה תרגיל גדול של נאט"ו שכונה Cooperative Mako ביוני 2006. התרגיל התקיים בים השחור ברומניה ונטלו בו חלק ציי צרפת, בריטניה, ספרד, בולגריה, רומניה, יוון, טורקיה וישראל.
"'ביקור ביוון וטקס זיכרון"' - באוגוסט 2003 ביקרו הסטי"לים אח"י "אילת" (סער 5), ואח"י "חרב" (סער 4.5 נירית), באי היווני קפלוניה. הביקור נערך לפי הזמנת היוונים, לציון 50 שנה לאירועי רעש האדמה בשנת 1953 שבו נפגע האי קשה והשייטת הגדולה של חיל הים סייעה רבות בפעולות ההצלה. שלטונות האי הביעו תודה לציים שהשתתפו בפעולות ההצלה וביניהם לסיוע חיל הים הישראלי לנפגעי הרעש באיי יוון.
לחימה במחבלים.
בין השנים 1983 ל-2004 לכדה השייטת 28 ספינות ויאכטות ברחבי הים התיכון. בפעולות אלה השתתפו סטי"לים, דבורים, מטוסי שחף וצוותי השתלטות. פעולות בולטות במיוחד היו:
פעילות כנגד החזבאללה.
בשנות ה-90 של המאה ה-20 האיום הפעיל מצפון היה ארגון חזבאללה. צה"ל ביצע מספר מבצעים רחבי היקף כנגד ארגון זה. בתקופה בין 25 ביולי 1993 ועד 31 ביולי 1993 נערך "מבצע דין וחשבון" שמטרתו הייתה תקיפת אזור דרום לבנון ויצירת לחץ על ממשלת לבנון. בלילה הראשון של המבצע הפגיזו ספינות השייטת בסיסים בצפון לבנון ובימים שלאחר מכן הטילו סגר ימי על אזור צור וצידון.
ב-1996 יצא צה"ל למבצע נוסף בלבנון, "מבצע ענבי זעם". המבצע נערך בדרום לבנון בין 11 באפריל ו-27 באפריל בעקבות ירי רקטות קטיושה של ארגון החזבאללה לעבר יישובים בגבול הצפון. הסטי"לים שוב הפגיזו יעדים בחוף, הטילו סגר ימי על חוף לבנון מביירות דרומה וכן הובילו כוחות של הקומנדו הימי למשימותיהם.
בניין הכוח.
ב-1983 הושקה במספנות ישראל ספינת הידרופויל (סנפירית), שתוכננה על ידי חברת גרומן והצטרפה לספינה מאותו דגם שהושק בארצות הברית. התוכנית הקודמת שהייתה להמשך בנייה של עוד 16 ספינות נגנזה. הסיבות לכך היו הגדלת עלויות הבנייה לעומת התחזית ושינוי יסודי בעקרונות בניין הכוח במפקדת חיל הים.
ב-1989 החלו להיקלט בשייטת ספינות מדגם "סער 4.5 נירית". ספינות אלה נבנו במספנות ישראל. החידוש העיקרי בהן היה תורן מחופה וצירוף טילים נגד טילים מסוג "ברק".
במקביל להוצאת הספינות מדגם "סער 2" מהשירות, הוחל ב-1993 להקנות לארבע ספינות מדגם "סער 4" כושר לחימה נגד צוללות. תותח 76 מ"מ בירכתיים הוסר ובמקומו הותקן סונר נגרר. כמו כן נוספו לחימוש הספינה שישה טורפדות נגד צוללות. לסטי"לים אלה טווח פעולה וכמות אמצעי לחימה גדולים יותר מאשר בספינות הנצ"ל הישנות.
בשנים 1994–1995 הגיעו ארצה שלושה סטי"לים מדגם "סער 5" שנבנו בארצות הברית. ספינות אלה גדולות פי 2.8 מהסטי"לים מדגם "סער 4.5 נירית" והיוו קפיצת מדרגה בהתפתחות וביכולת הסטי"לים בחיל הים.
מבצע גשמי קיץ ומלחמת לבנון השנייה (שנת 2006).
באמצע 2006 התרחשו אירועים ביטחוניים רצופים שהביאו את מדינת ישראל למלחמה בשתי חזיתות: ברצועת עזה כנגד החמאס וארגונים אחרים מבצע גשמי קיץ ולחימה בלבנון כנגד החזבאללה שהתפתחה למלחמת לבנון השנייה.
מבצע גשמי קיץ.
לאחר ההתנתקות מרצועת עזה חלה בשנת 2006 הסלמה. החמאס וארגוני מחבלים חידשו והגבירו את ירי רקטות הקסאם על יישובי צפון מערב הנגב. ב-25 ביוני תקפו מחבלים מהחמאס וקבוצות נוספות מוצב צה"ל, נגמ"ש וטנק. בהתקפה נהרגו שני חיילי צה"ל וחייל שלישי נחטף. בתגובה על כך ועל הירי הנמשך של הקסאמים פתח צה"ל בסדרת מבצעים שהראשון בהם נקרא "גשמי קיץ". במסגרת המבצע ירו סטי"לים אש תותחים אל עבר מרחבי שיגור הקסאמים. המבצעים נמשך עד סוף נובמבר 2006.
מלחמת לבנון השנייה.
בעוד מבצע גשמי קיץ מול רצועת עזה נמשך, פתחו כוחות של חזבאללה ב-12 ביולי 2006 באש קטיושות על כל אזור צפון הארץ. תחת פעולת הסחה זו הותקף סיור של צה"ל, שלושה חיילים נהרגו ושני אחרים נחטפו. בתגובה פתח צה"ל ביום שלמחרת במתקפה מהאוויר, הים והיבשה במבצע "שינוי כיוון" אשר התפתח למלחמת לבנון השנייה, שנמשכה עד ל-14 באוגוסט 2006. שייטת הסטי"לים פעלה במלחמה בעיקר בשתי משימות: ירי לעבר יעדים בחוף וסגר ימי.
פגיעה באח"י "חנית" - יומיים לאחר פרוץ הקרבות, ב-14 ביולי 2006, בשעה 20:30, נפגעה אח"י חנית (סער 5), מטיל חוף ים מול חופי ביירות. חזבאללה הצליח להפתיע כשהכין סוללת טילים מדגם C-802 הסיני שסופקו לו מתוצרת איראנית. מידע מודיעיני על קיום האיום בגזרה לא היה ברור ולא הופץ לספינות. מערכות יירוט הטילים האוטומטיות של הספינה לא הופעלו עקב פעילות אינטנסיבית של כלי טיס של חיל האוויר הישראלי באזור.
הטיל פגע במנוף בירכתי הספינה כמטר אחד מעל הסיפון. המנוף ספג את עצמת ההתפוצצות מחוץ למבנה גוף הטיל חדר לסיפון ויצא מהדופן. הנזקים לגוף הספינה קלים אך במקום נוצרה שרפה. ארבעה חיילים, שנמצאו בתא המגורים נשרפו: שני אנשי טייסת 193 מחיל אוויר, איש המודיעין הימי ואיש צוות. יתר אנשי הצוות היו במשמרת, או שנמצאו בחדר מגורי חרטום, שם נערך באותה עת קידוש ליל השבת ולא נפגעו. מפקד הספינה סא"ל יורם ישראלי ואנשי הצוות הצליחו להתגבר על האש, לבצע בקרת נזקים ולמנוע טביעת הספינה. לספינה נגרם נזק כבד, אולם לאחר תיקון במערכת ההיגוי הפליגה בכוחות עצמה לבסיס אשדוד.
סיוע באש מהים - לאחר הפגיעה באח"י חנית זירת הלחימה הימית הוגדרה כאזור מוכה טילים (אמ"ט). לאחר שהתברר שיתוף הפעולה והעברת המידע במטרה מהצבא הלבנוני לחזבאללה ובמטרה להשיג חופש פעלה ימי, תקפו הסטי"לים בירי תחנות מכ"ם בחוף לבנון ושני שדות תעופה של חיל האוויר הלבנוני, בקלעת ובראיק. בנוסף הופגזו מהים מרחבי שיגור רקטות, משגרים מוכנים לפעולה, מחסני אמצעי לחימה, מפקדות חזבאללה, צירי החוף, תחנות וחוות דלק ומכוניות בתנועה על כביש החוף הלבנוני. מידע שהגיע מהמודיעין הימי תורגם לשטחי הפגזה ובתגובה מהירה ביותר בוצעה היערכות והפגזות. עמדות החזבאללה הניידות לאורך כל קו החוף הושמדו. בכך נמנע שיגורן של מאות קטיושות נגד יישובי הצפון ונגד כוחות צה”ל בגזרת לבנון. הספינות ירו כ-3,000 פגזי תותח אוטו מלרה 76 מ"מ לעבר מטרות בחופי לבנון. ההפגזות התאפיינו בדרך כלל בפגיעות טובות.
סגר ימי על לבנון - בסגר הימי על חופי לבנון נטלו חלק סטי"לים, גף סיורי אוויר, דבורות וצוללות. ספינות השייטת קיימו סגר צמוד על חופי לבנון. נמנע מכלי שיט שלא קיבלו אישור מוקדם להיכנס ללבנון או לצאת ממנה. במהלך הסגר תושאלו כ-2,000 כלי שיט. לשבע אניות סוחר אושר להיכנס לנמלים בלבנון כאשר התברר שהביאו ציוד לכוחות או”ם ותרופות. סה”כ עוכבו 42 כלי שיט. נפתח חלון ארעי למספר ימים כדי לאפשר פינוי נתיני מדינות זרות מלבנון. במהלך הסגר בוצעה שהייה ממושכת בים של מרבית ספינות השייטת. תחלופת הספינות נעשתה לשם תספוק מהיר וחזרה לגזרת הפעולה.
כתוצאה מהסגר הימי מחירי הביטוח הימי האמירו באורח ניכר, הדיג פסק ולבנון נקלעה למשבר אנרגיה ששיבש את אספקת החשמל והמסחר. הסגר הימי שהטיל חיל הים נמשך עד 8 בספטמבר 2006 והשפיע על ממשלת לבנון ועל החזבאללה לקבל תנאי הפסקת האש.
תוצאות המלחמה - הסגר הימי פגע קשות בכלכלה הלבנונית. ההפגזות מהים מנעו פגיעות חמורות יותר ברקטות. כל הפעילות הענפה לא קיבלה הכרה בציבור עקב הפגיעה באח"י "חנית". ועדת חקירה שמונתה על ידי מפקד חיל הים בראשות תא"ל (מיל') ניר מאור מצאה כשלים רבים בהכנת הכוח הימי ובהפעלתו. לדברי מפקד חיל הים, דוד בן בעש"ט "התקיים כשל תודעתי".
פעילות אחרי מלחמת לבנון השנייה (2007–2015).
מבצע עופרת יצוקה.