ב-14 במאי, הוחלט שכל התלמידים יוכלו לחזור למערכת החינוך באופן הדרגתי החל מ-17 במאי. זאת בהתאם להחלטת ראש הממשלה בנימין נתניהו והסכמת משרדי החינוך הבריאות, האוצר והשלטון המקומי. נקבע שמערכת החינוך תיפתח באופן מלא מלבד במוקדי תחלואה. התאפשר ביטול החלוקה לקבוצות (או "קפסולות") בגנים ובכיתות א'-ג'. הלימודים היו בכפוף להנחיות. לא הייתה חובת חזרה ללימודים. כך לפי מנכ"ל משרד החינוך שמואל אבוהב.
אחרי כך, פרסם משרד החינוך את מתווה החזרה ללימודים. במסגרת המתווה, על התלמידים למלא הצהרת בריאות בטרם הכניסה ללימודים, הכיתות יופרדו גם בהפסקות, התלמידים יחויבו לעטות מסכות בכיתות ד' ומעלה, בשיעור עצמו ולהורים אסור יהיה להיכנס לשטח בית הספר ללא אישור, יבוצע חיטוי רב ועוד. בתי הספר יפעלו להעביר את מירב הפעילות למקומות שמאפשרים מרחק של 2 מ' בין תלמיד לתלמיד. לא היה ברור אם הדבר אפשרי. אם תתגלה תחלואה במוסד חינוכי המוסד ייסגר לפעילות בהתאם להנחיות המשרד ומשרד הבריאות.
עיריות שונות הודיעו על חזרה ללימודים. בחינוך החרדי, החזרה ללימודים הייתה בכפוף להחלטת הממשלה ולהחלטת הרבנים. לפי הנתונים מהשבוע שקדם לאמצע מאי, הורים רבים בחינוך החרדי חששו לשלוח את ילדיהם, ושיעור הנוכחות בגני הילדים החרדיים עמד על 20% - לעומת כ-60% בכלל הארץ. לצד זאת, עד אז איפשרו הרבנים את החזרה ללימודים רק לבנים שכבר יודעים קרוא וכתוב.
ב-17 במאי, נפתחו מוסדות לימוד שונים בהתאם למתווה. בסוף מאי, הוחלט כי שנת הלימודים של תלמידי גנים עד ד' תסתיים ב-13 ביולי. למחרת יפעל "בית הספר של החופש הגדול" עד ל-6 באוגוסט. נחתם צו שיאפשר למערכת להשכלה גבוהה לחזור לפעילות בהיקף נרחב יותר, הכולל לימודים פרונטליים וקיום מבחנים במוסדות האקדמיים החל מ-31 במאי. בין התנאים לפתיחה: הגבלת מספר המשתתפים ל-50 ועטיית מסיכות. כך גם לגבי החינוך העל-תיכוני, תנועות הנוער, מערכת החינוך הבלתי פורמלי ובתי הספר במוקדי הסיכון לתחלואה. באוניברסיטת בן-גוריון ובמוסדות מסוימים החליטו שלא יעשו זאת, וימשיכו בלמידה מקוונת. לבסוף, הצו לא מומש ונדחתה הפתיחה.
עקב גילוי חולי קורונה בכמה מוסדות חינוך, חלק מאותם מוסדות נסגרו לפרק זמן וחלק מהתלמידים ומהמורים הלכו לבידוד ביתי. בסוף מאי, החליטו השרים: הלימודים במערכת החינוך יימשכו, למעט במוסדות שבהם התגלתה תחלואה.
מערכת החינוך מאופיינת במספר היבטים: מספר הילדים למשפחה בישראל הוא הגבוה ביותר, בפער, לעומת מדינות המערב ומזרח אסיה; הכיתות צפופות בהרבה; והיכולת לשמור על ריחוק חברתי קשה - בטח בזמן בחזרה מלאה של הכיתות לפעולה, במקום בשיטת הקפסולות. בנוסף, ישראל ייחודית בכך ששיעור המשפחות בהן שני ההורים עובדים גבוה מאוד, מה שמגביר את הלחץ להחזרת מערכת החינוך לפעולה כתנאי להפעלת הכלכלה.
חזרה חלקית ללמידה מהבית.
בסוף מאי ובתחילת יוני, נגלו חולים רבים בבתי ספר שונים. תלמידים מורים נשלחו לבידוד ובתי ספר נסגרו. ב-2 ביוני, בממשלה הוחלט כי לעת עתה בתי הספר ימשיכו בפעילות, אך ברחבי הארץ הודיעו רשתות חינוך ורשויות מקומיות על נקיטת עמדה עצמאית ומעבר למתכונת הכוללת למידה מרחוק. אחרות הודיעו כי מערכת החינוך בעיר תעבור באופן הדרגתי למודל היברידי שישלב למידה מקוונת מהבית עם למידה פיזית בבית הספר, בחטיבות הביניים והתיכונים.
ב-5 ביוני, במשרד החינוך החלו לעודד למידה מרחוק בחטיבות הביניים והתיכונים בכל בית ספר או רשות מקומית שיחליט על כך - תוך שילוב של למידה פיזית בכיתות. באותה תקופה החלה עליה בתחלואה.
סוף שנת התש"פ.
בסוף יוני, היה ויכוח בין משרדי החינוך והאוצר לבין הסתדרות המורים וארגון המורים על מועד סיום הלימודים. ב-19 ביוני, דחה בית הדין הארצי לעבודה את בקשת המדינה להוציא צווי מניעה שימנעו את הפסקת הלימודים. נקבע כי שנת הלימודים תסתיים כפי שדרש ארגון המורים. תלמידי חטיבות הביניים לא יחזרו ללמוד, וגני הילדים ובתי הספר היסודיים יצאו לחופש הגדול ב-1 ביולי. יופעלו בית הספר של החופש הגדול עבור ילדי הגנים ותלמידי כיתות א'-ד' מ-1 ביולי ועד 6 באוגוסט.
ב-23 ביוני, סוכם על סיוע בסך 100 מיליון שקל לסטודנטים נזקקים. הממשלה והתאחדות הסטודנטים והסטודנטיות בישראל סיכמו על הסיוע, הכולל הגדלת תקציב קרן הסיוע בכ-10,000 מלגות. כמו כן, הוחלט על הקמת קרן שבמסגרתה יוענקו מלגות לאלפי סטודנטים בעבור שעות התנדבות לקהילה במסגרת תוכנית "בית הספר של החופש הגדול".
עם היציאה לחופש הגדול, קיבלו מנהלי בתי הספר ממשרד החינוך מסמך הנחיות ממוקד לקראת אפשרויות הלמידה בשנה הבאה בצל המגפה. כמו כן, יהיו צמצום תוכני חובה ושילוב מקצועות.
אחרי החלטת השר זאב אלקין שיבוטלו הבחינות בקמפוס וחילוקי דעות בין השר למל"ג, הודיע ועד ראשי האוניברסיטאות שהחל מ-5 ביולי, כי יבוטלו הבחינות בקמפוסים, ידחו או יתקיימו באותן מקוון. היה ויכוח לגבי החרגת מקרים מיוחדים. האוניברסיטאות ניסו לאלתר פתרונות, וסטודנטים ממעמד כלכלי נמוך נפגעו. בהמשך סוכם שעד 10 אחוז מהבחינות יהיו בקמפוס.
לקראת שנת הלימודים הבאה, משרד החינוך החל להתכונן ללמידה בצל הקורונה. נקבעו מספר מתווים התלויים ברמת התחלואה. בסוף נקבע שגנים וכיתות א'-ב' ילמדו בלי קפסולות. כיתות ג'-ד' ילמדו בכל השבוע בחלוקה לקבוצות. השאר יחולקו לקבוצות או ילמדו מהבית בחלק מהשבוע. חלק מהם ינהיגו למידה במשמרות. בהמשך פורסמה התכנית החינוכית העוסקת בבחינות הבגרות, הגעה לכיתה א' וכדומה. חלק מבתי הספר ומהרשויות יזמו הקמת כיתות במרחבים פתוחים ובמבנים עירוניים.
שנת התשפ"א.
ב-1 בספטמבר החלה שנת הלימודים ברוב היישובים. פתיחה זו היוותה זרז משמעותי בהתפשטות מגפת הקורונה בארץ. בחינוך החרדי החלו כשבועיים קודם. מונה צוות חינוך מיוחד שילווה את כלל מוסדות הלימוד המצויים ביישובים שבהם התלמידים שהו בבתים. הצוות יגבש תוכנית לימודית שתלווה את התלמידים. הוקמו מוקדי סיוע טלפוניים. בתקופת חגי תשרי התלמידים שבו ללמידה מרחוק.
בחלק מהישיבות היו התפרצויות. "ישיבות קטנות", פעלו באישור הממשלה ללא כל מתווה מיוחד, בשעה שמוסדות חינוך רגילים, הפועלים במתכונת זהה, הושבתו. אחרי יום הכיפורים התלמידים יצאו לבין הזמנים.
לקראת פתיחת שנת הלימודים האקדמית, הייתה עלייה של 20%-25% ברישום למכללות ולאוניברסיטאות. לפי המל"ג, העלייה הייתה ניכרת במקצועות הסיעוד, הבריאות, ההייטק והמדעים כמו גם עלייה מפתיעה במדעי הרוח, שבמשך שנים הייתה במגמת ירידה. עם זאת, במועצה חששו מנשירה בשל הלמידה בזום או חזרה לשגרה בהמשך השנה. הממשלה הודיעה על תוכנית לסיוע כלכלי לסטודנטים.
במהלך שחרור הסגר השני, נפתחו מוסדות החינוך בהדרגתיות. הראשונים שהותרו היו הגנים הפנימיות והישיבות. הגנים היו בלי קפסולות והגננות נקראו להבדק. בחינוך החרדי, הורה הרב חיים קניבסקי לקיים לימודים לבנים בניגוד להנחיות. זאת תוך הקפדה על ריחוק חברתי, מספר קטן יחסית של תלמידים בכיתה ותגבור הצוותים החינוכיים. אחרי יותר מחודש, הורה דרך ביתו לפתוח מוסדות חינוך לבנות. לעומתו, דווח שהרב גרשון אדלשטיין, קבע כי יש להסתפק לפי שעה בלמידה מרחוק ולא לפעול בניגוד לחוק. אחרי יותר מחודש, הורה על פתיחה החינוך העצמאי תוך הקפדה על מסכות וריחוק. האדמו"ר מגור, נשיא מועצת חכמי התורה של ש"ס, הרב שלום כהן, רבני חב"ד ואחרים הורו למוסדות שלא לפתוח את שעריהם בהתאם להנחיות.
לפי החוק, שר החינוך יכול להנחות את מנכ״ל המשרד (שגם יכול לפעול באופן עצמאי ללא הנחיית השר) להעביר הוראות שונות בנוגע לניהול בתי הספר בארץ. מנהל בית ספר שאינו עומד בהנחיות מסתכן בהשלכות כמו עמידה לדין משמעתי או גרוע מכך - סנקציות תקציביות על בית הספר, העלולות להגיע גם לעשרות ומאות אלפי שקלים ועד ביטול התקציב למוסד. ניתן לשלול רישיונות של בתי ספר ולסגור אותם לצמיתות בתוך 3 חודשים מרגע ההתראה. החוק מאפשר לשלול רישיונות אם בית הספר מסכן את בטיחותם של התלמידים והמורים, ואפשר להתאים את החוק לתקנות הקורונה. צעדים אלה, יחד עם העלאת הקנסות לא נעשו.
ב-1 בנובמבר, אחרי דיונים רבים, חזרו לבתי הספר בכיתות א'-ד'. אושר ללמד עד 19 תלמידים במרחב הפתוח ולצלם שיעורים שנערכים בכיתות. ב-24 בנובמבר, שבו תלמידי ה'-ו'. אחרי 5 ימים, שבו 3 שכבות מתוך ה-6, רובן מהתיכונים. ב-6 בדצמבר שבו שאר התלמידים. בשכבות ו'-י"ב, הותר רק ביישובים בעלי הדבקה נמוכה.
בתחילת הסגר השלישי, הלימודים המשיכו כסדרם. החל מ-8 בינואר 2021, נסגרו רוב מוסדות החינוך. הוחרגו פנימיות (וישיבות) במסלול הסגור ל-30 יום לפחות, וללא אפשרות לקליטה חזרה לפנימייה לתלמיד שיצא ממנה. לאחר כשבוע, נתגלו הפרות בכמה זרמים מרכזיים בחינוך החרדי. למשל, נפתחו ישיבות קטנות, שאינן בתנאי פנימייה. לפי משרד החינוך, חצי מהנדבקים שאותרו היו בחינוך החרדי.
לאחריו, תחילה שבו ללימודים תלמידים מהשכבות הנמוכות. כעבור שבוע נקבע שישובו תלמידים משכבות נוספות כששכבות ז'-י' נשארו בבית. קיום הלימודים נקבע גם לפי כמות המתחסנים והנדבקים בכל ישוב. ביקורת נמתחה על סדר ההקלות לאחר הסגר. בפורום ה-15 החליטו לאפשר לכיתות ז'-י' לחזור לבתי הספר בניגוד להנחיות ותחת מתווה. ב-7 מרץ שבו גם שכבות ז'-י' ללימודים בכיתה, ונוספו הקלות בלמידה על תיכונית תחת התו הירוק. ב-11 במרץ נקבע שישובו ללימודים רוב התלמידים, פרט ללומדים בערים האדומות. באפריל נרשמו הקלות נוספות. החל מ-18 באפריל, התלמידים שבו ללמידה בלי קפסולות ובכל השבוע. במאי, פורסמה תוכנית ללימודים בחופש הגדול.