בינתיים, התקפת הגדוד התשיעי על יתר המשלטים התעכבה בשל תנאי הדרך הקשים, ובדרכם פגשו הלוחמים את חיילי 'הקומנדו הצרפתי' הנסוגים. הגדוד תקף מכמה צדדים את המשלטים: הג'יפים תקפו ממזרח את המשלטים ט"ו וט"ז; המשוריינים ממערב, את משלט י"ג; והזחל"מים מצפון את משלט י"ד. המצרים נסוגו, תחילה ממשלט י"ג, אחר כך מי"ד, ולבסוף, לאחר שנסוגו מט"ו, עשו דרכם לביר עסלוג', כחמישה ק"מ צפונה מזרחה. לאחר הכיבוש, נתגלה כי המצרים רצחו את הפצועים מן 'הקומנדו' שנשארו, שלושה במספר, והתעללו בגופותיהם. חלק מחיילי 'הקומנדו' רצחו, כנקמה, שניים מן השבויים המצריים. עד שעה 09:00 נכבשו כל משלטי הת'מילה. אבדות 'הקומנדו' היו תשעה הרוגים ו-23 פצועים, כמחצית מן הכוח התוקף. בבוקר נצפה כוח מצרי העושה דרכו מצד דרום מערב. כוח זה כלל שלוש משאיות נושאות תותח ושתי משאיות הנושאות חיילים. מחלקת משוריינים מן הגדוד התשיעי הציבה מארב ולאחר חילופי אש נסוגו המצרים. משראו המצרים בעסלוג' שהם מנותקים, נטשו את המשלטים שם והם נתפסו על ידי חטיבת 'הנגב' ללא קרב.
מושריפה ויתר מוצבי הכביש.
כוח של חטיבת הנגב, ובו שתי מחלקות ג'יפים של הגדוד התשיעי, ומחלקה רגלית של הגדוד השביעי, המוסעת על גבי קומנדקרים, נע בדרך עוקפת לעבר משלטי מושריפה (משלטים ח' וט'), על מנת לתקוף מכיוון דרום. על הכוח פיקד אלכסנדר ויתקין ('סשה הגדול'). תחילה, בבוקר ה-25 בדצמבר, נסע הכוח מבאר שבע מזרחה, עבר דרך נבטים וכורנוב, ולבסוף פנה מערבה ונע במקביל ומדרום לציר באר שבע-עוג'ה אל-חפיר, דרך צומת ירוחם ושדה בוקר של ימינו. בשל תקלות מכניות הגיעו באיחור ליעדם, ואת הסיור המקדים עשו בלילה. לבסוף הונחו חסימות על הכביש, וכאשר מחלקת הרגלים עלתה על המשלט, לא נתקלה בהתנגדות.
לאחר הקרבות בת'מילה (ר' למעלה), גדוד 9 המשיך לעבר משלט י', שבין הת'מילה למושריפה, במטרה לחבור לבסוף לכוח שבמושריפה. הגדוד בחר בדרך עוקפת, אשר עברה דרך סבייטה (שבטה) ובכיוון התקפה בלתי צפוי, מדרום. הנסיעה נמשכה זמן רב מן המתוכנן, עקב קשיי הדרך ותקלות מכניות, והגדוד הגיע למשלט רק בבוקר ה-27 לחודש. הגדוד נערך על מנת לתקוף בשעות הצהריים, אולם נתברר כי המצרים פינו את המקום.
בבוקר ה-27 בדצמבר, לקראת סיום הקרבות בעוג'ה אל-חפיר, החלו המצרים לנטוש את המוצבים שבין עוג'ה אל-חפיר למושריפה. כוחות חטיבת 'הנגב' הבחינו בשיירה מצרית סמוך למושריפה, העושה דרכה לכיוון עוג'ה אל-חפיר, ופתחו עליה באש. כיוון שכך, ניסו המצרים להגיע לעוג'ה אל-חפיר דרך סבייטה. הגדוד התשיעי של החטיבה, אשר שהה באותו אזור, רדף אחריהם. תחילה המצרים ניסו להתחפר בצידי הדרך, אחר כך נמלכו בדעתם, ופתחו במנוסה, כאשר מספר משוריינים נותרים במאסף במאמץ לעכב את הרדיפה. לבסוף, נטשו את כלי הרכב, כמה עשרות במספר, ונמלטו רגלית. עם סיום הקרבות על הכביש, הצטרפה חטיבת 'הנגב' לכוחות שכבשו את עוג'ה אל-חפיר.
גזרת עוג'ה אל-חפיר.
בלילות שטרם המבצע עברו שיירות של חטיבת הנגב וחטיבה 8 באורות כבויים בלילה לאזור ההיערכות בחולות חלוצה. בנוסף, הוכשרה למעבר הדרך הרומית העתיקה המוליכה אל עוג'ה אל-חפיר. עם זאת, הכשרת אותה דרך נמשכה זמן רב מן המתוכנן. כיוון שכך, בדרכם מחלוצה אל היעד, כוחות חטיבה 8 עזבו את ואדי אלאביץ, עלו על כביש רפיח-עוג'ה ליד באר מילכה, ועברו את קטע הדרך האחרון על הכביש. הכוח התוקף הגיע לעוג'ה אל-חפיר ב-26 בדצמבר, בשעות אחר הצהרים, לאחר הפצצה של חיל האוויר, ולאחר ההתקפות על ת'מילה ומושריפה, וכך אבד גורם ההפתעה. עד הערב, הכוח תקף וכבש את המשלט המערבי ביותר, משלט ג'. עם זאת, התקפת פלוגת זחל"מים של גדוד 89 מצד מזרח נהדפה. המצרים היו ערוכים משני צידי ציר תנועת הכוח התוקף, ולכדו אותו באש צולבת. לכוח התוקף נגרמו אבדות כבדות וביניהן המ"פ, לוחם הלח"י לשעבר יעקב גרנק (דב הבלונדיני).
חסימה על הכביש הצליחה לעצור ולהסיג תגבורת מצרית שהגיעה מכיוון רפיח, וחסימה אחרת הסיגה תגבורת מצרית אשר ניסתה להגיע מכיוון אבו עגילה. ב-27 לחודש, לפנות בוקר, חידשה חטיבה 8 את התקפתה. גדוד הטנקים, 82, תקף את התל (תל ניצנה), וגדוד 89 תקף את הכפר. זו הפעם עלתה ההתקפה יפה, ועד שעות הבוקר המקום נכבש.
'כיס פאלוג'ה' ומבצע 'חיסול'.
המבצע בוצע על ידי חטיבת 'אלכסנדרוני', החל בלילה שבין ה-27 ל-28 בדצמבר 1948, ונמשך ביום המחרת. מטרת המבצע הייתה חיסול 'כיס פאלוג'ה'. המבצע היה אחד הכישלונות הגדולים במלחמת העצמאות ונהרגו בו 90 מחיילי 'אלכסנדרוני'. מכאן ועד להפסקת האש, צה"ל הפגיז והפציץ את ה'כיס', ולשם כך חוזק הכוח הארטילרי שנועד להרעיש את 'הכיס' בקנים נוספים שהועברו ממרכז הארץ, תוך ניצול השקט ביתר הגזרות. אך 'הכיס' החזיק מעמד.
החדירה לסיני.
אום כתף ואבו עגילה.
ב-28 בדצמבר 1948 בשעות הצהרים יצאו כוחות חטיבת הנגב, הגדוד השביעי והגדוד התשיעי, וכן גדוד 82 של חטיבה 8 מעוג'ה אל-חפיר (ניצנה) ועברו את הגבול לעבר סיני. הגדוד הותקף בדרכו בטעות על ידי מטוסים ישראליים. חייל אחד נהרג ואחר נפצע. בשעה 16:30 הגיע הכוח לפאתי אום כתף, עליה הגן גדוד מצרי, ונתקל באש מצרית, אשר השמידה משוריין ישראלי. ניסיון איגוף של הגדוד התשיעי נכשל, כיוון שכלי רכבו שקעו בחול. לפיכך, הוחלט לתקוף בשעות החשיכה, ובעזרת כוח רגלי. כוח זה ערך איגוף משמאל (דרום) בעוד כוחות אחרים מנהלים קרב אש עם המצרים, ומרתקים את תשומת לבם ואת אישם לעברו השני, הצפוני, של המתחם. בשעות הלילה כבשו כוחות חטיבת 'הנגב' את מתחם אום כתף, מוצב שהשתרע לאורך של כ-3.5 ק"מ, במהלך קרב קשה שנמשך במשך לילה שלם, וכלל שורה של הסתערויות על המתחם המצרי. בהתאם לתוכנית שהגה מפקד הגדוד התשיעי של חטיבת 'הנגב' חיים בר-לב, הצליחה פלוגה בפיקוד אברהם אדן, מן הגדוד השביעי בחטיבת 'הנגב' לכבוש את המוצב, לאחר שהפתיעה את מגיניו ותקפה את המוצב מכיוון המצוק שנחשב בלתי עביר. כיבוש המתחם וטיהורו הסתיימו עד לשעה 2:30 ובידי צה"ל נפל שלל רב. אבדות צה"ל היו חמישה הרוגים וחמישה פצועים. המצרים הותירו בשטח שישה הרוגים ושני פצועים. למחרת הגיע הכוח לאבו עגילה שהייתה נטושה.
הפשיטה בכיוון אל עריש.
בשעה 12:30, בצהרי ה-29 לחודש החל הכוח, גדוד 82 של חטיבה 8 וכן הגדוד התשיעי של חטיבת 'הנגב', לנוע לכיוון אל עריש במגמת פשיטה, בעוד רובו של הגדוד השביעי נותר להחזיק באבו עגילה. בשעה 15:00 הגיע הכוח למנחת מטוסים הנמצא כ-15 ק"מ דרומה לאל עריש, ומצא במקום מטוס ספיטפייר מצרי נטוש, מאות פצצות אוויר כמו גם שלל אחר. הגדוד התשיעי, ברובו, נותר במנחת, וגדוד 82 המשיך בדרכו לאל עריש. מספר ק"מ מצפון לשדה התעופה, סמוך לביר לחפן, הגדוד נתקל במערך נ"ט מצרי, משני צידי הדרך, בעוצמה של גדוד, בערך. בהעדיפו מהירות על פני עוצמת אש, גדוד 82 הסתער מיד על אותו מערך, מבלי להמתין לסיוע תותחים, והצליח להתגבר על התנגדות המצרים. כיוון שעד סיום אותו קרב החל לרדת הערב, גדוד 82 נעצר כ-10 ק"מ מדרום לאל עריש. בשל העדר כוח רגלים להחזיק בכיבושיו, וכיוון שהרכב המשוריין סבל משחיקה והיה זקוק לטיפולים ולתיקונים, גדוד 82 חזר למחרת בבוקר לאבו עגילה.
פשיטות נוספות.
ב-30 בדצמבר ביצע כוח של חטיבת 'הנגב', שתי מחלקות ג'יפים של הגדוד התשיעי, ומחלקת חי"ר מוסעת מן הגדוד השביעי, פשיטה על המנחת המצרי בביר חמה, כ-70 ק"מ מערבה מעוג'ה אל-חפיר. על הכוח פיקד אורי בן ארי, סמג"ד 7. על פי התוכנית, אמור היה הכוח להשתלט על המנחת. בטרם פינוי, אמורים היו לנחות במקום טייסים של חיל האוויר ולהעביר לתחום ישראל את המטוסים שימצאו בו במצב טיסה. הכוח הגיע למנחת בשעות האור, ולאחר תצפית על המקום, החליט שאין ביכולתו לבצע את המשימה באור יום. לפיכך, הפושטים נסוגו קמעה, והחליטו להסתתר ולהמתין ללילה. כאשר יצא הכוח לדרכו, נתגלה טרם הגעתו, איבד את יתרון ההפתעה, ספג אש עזה ונהדף.
ב-31 בדצמבר פשטה מחלקה של הגדוד העשירי מחטיבת הראל על ביר חסנה, לא נתקלה בהתנגדות, ושבתה שם כ-200 מצרים. פשיטה אחרת של 'הראל' נערכה באותו יום על קוסיימה. פלוגה מן הגדוד העשירי כבשה את המקום, ותפסה כמה עשרות שבויים מצריים, חלקם נסוגו קודם לכן מביר עסלוג'.
הנסיגה מסיני.
ב-29 בדצמבר 1948 קבלה מועצת הביטחון החלטה המצווה על הפסקת אש מיידית ועל נסיגה לעמדות שהחזיקו בהן הצדדים לפני המבצע.
הבריטים טענו כי בהתאם להסכם האנגלו-מצרי משנת 1936 עליהם להגן על מצרים. הם הציגו לישראל אולטימטום התובע נסיגה לגבול הבינלאומי. מכיוון שלא הייתה להם נציגות דיפלומטית, הועבר האולטימטום דרך וושינגטון. ארצות הברית הצטרפה לאולטימטום והעבירה אזהרה חמורה מהנשיא הארי טרומן.
בן-גוריון הורה לכוחות לסגת. יגאל אלון טס אליו מהחזית וניסה לשכנע אותו לא לסגת כי הצבא המצרי למעשה מכותר, אך ללא הועיל. עד בוקר 2 בינואר 1949 נסוגו כל הכוחות מסיני.
השלב השני של המבצע.
לאחר הנסיגה מסיני המשיכו המצרים בסירובם לדון על שביתת נשק. לפיכך, צה"ל המשיך במבצע.
התוכנית.