במשחק קיימות שתי דרכים בסיסיות להתחלת קרב, כאשר השחקן קורא תיגר על מאמן ולהפך, או, כאשר נתקל בפוקימון פראי. תחילה, המסך משתנה לסצנת קרב, כאשר בצד השמאלי מופיע הפוקימון הראשון בקבוצה של השחקן, בצד הימני הפוקימון מולו נלחם, סרגל ה-HP (כמות חיים) לכל אחד, ותפריט אפשרויות. בכל עת, השחקן רשאי להחזיק במקסימום שישה פוקימונים בקבוצתו; הפוקימון הראשון בהרכב נשלח אוטומטית לקרב. בתחילת כל סיבוב, שני הצדדים יכולים לבחור לתקוף, להשתמש בפריט, להחליף את הפוקימון לאחר מהקבוצה, או לנסות לברוח מהקרב (נגד פוקימון פרא). אם שני הצדדים בוחרים לתקוף, הראשון שמשתמש במהלך הוא הפוקימון המהיר יותר, אם כי נוכחות מסוימת של פריטים, יכולות או מתקפות יכולים לשנות זאת. אם אחד הצדדים בוחר באפשרות אחרת, פעולה זו מבוצעת לפני המתקפה של האחר.
כל פוקימון משתמש במהלכיו כדי להפחית את ה-HP של יריבו לאפס, ובשלב זה הפוקימון מתעלף (ひ ん し, faint) ואינו מסוגל להמשיך בקרב. אם הפוקימון של השחקן מנצח, הוא זוכה בנקודות ניסיון; כאשר הצטברו מספיק נקודות, רמת הפוקימון עולה. אם הפוקימון של השחקן מתעלף, השחקן רשאי להשתמש בפוקימון אחר מהשישייה; בקרבות נגד פוקימון פרוע, השחקן יכול לנסות לברוח במקום זאת. אם כל הפוקימונים של השחקן התעלפו, השחקן מפסיד בקרב, מאבד חלק מכספו ונשלח בחזרה למרכז הפוקימונים האחרון בו ביקר.
משחקי הדור השלישי, פוקימון רובי וספיר היו למשחקים הראשונים שהציגו את הקרבות הכפולים (ダ ブ ル バ ト ル, Double Battles), בהם הקבוצות היריבות נלחמות בשני פוקימונים בכל פעם. על אף שהמכניקה הבסיסית נשארת זהה, למהלכים עשויים להיות יעדים שונים, וחלקם משפיעים על הפוקימונים השותפים כמו על היריבים. בנוסף, יכולות מסוימות פועלות רק בקרבות כפולים. מולטי קרבות (マ ル チ バ ト ル, Multi Battles) הוצגו גם הם לראשונה בדור השלישי. משחקי הדור השלישי כללו קרבות כפולים נגד מאמנים אחרים בלבד, אך החל ממשחקי הדור הרביעי, פוקימון יהלום ופנינה, קוימו גם קרבות כפולים עם פוקימונים פראיים בנסיבות שונות.
במשחקי הדור החמישי, פוקימון שחור ולבן הוצגו גם קרבות משולשים וקרבות רוטציה. בקרבות המשולשים (ト リ プ ル バ ト ル, Toripuru Batoru), שתי הקבוצות שולחות שלושה פוקימונים בבת אחת, כאשר שלושתם נלחמים בו זמנית. בקרבות רוטציה (ロ ー テ ー シ ョ ン バ ト ル, Rōtēshon Batoru), שני הצדדים שולחים שלושה פוקימונים בבת אחת, אך משתמשים רק באחד בכל פעם. ניתן להחליף את הפוקימון הנלחם באחד מהשניים האחרים מבלי לבזבז תור.
במשחקי הדור השישי, פוקימון X ו-Y, הוצגו שלוש מכניקות לחימה חדשות. קרבות שמיים (ス カ イ バ ト ル, Sukai Batoru), שבוצעו מול מאממני שמיים (Sky trainers), וניתן השתתף בהם רק עם פוקימון מסוג תעופה (Flying), או כאלו עם יכולת ריחוף (Levitate). קרבות בקבוצת פוקימונים פראיים (群 れ バ ト ル, Mure Batoru, Horde encounters) הם קרבות בהם חמישה פוקימונים פראיים נלחמים יחד מול פוקימון אחד של השחקן, ומעודדים את השימוש במהלכים שפוגעים ביותר ממטרה אחת. הקרבות ההפוכים (さ か さ バ ト ル, Sakasa Batoru, Inverse Battles) דומים לקרבות רגילים, אך ההשפעה של המתקפות לפי סוגן מתהפכת. משמעות הדבר היא שמתקפה שבדרך כלל עושה נזק כפול, תסב כעת רק חצי נזק, ולהפך.
במשחקי הדור השביעי, פוקימון שמש וירח, מוצג סוג קרב חדש, קרב SOS. בקרבות אלה עשוי הפוקימון היריב לקרוא לבעלי ברית לסייע לו, מה שהופך את הקרב לשניים מול השחקן.
במשחקי הדור השביעי, פוקימון חרב ומגן, מוצגים לראשנה קרבות מקס רייד, בהם השחקן נלחם לצד שלושה בוטים או שחקנים אחרים מול פוקימון דיינמקס או ג'ייגנטמקס (מוגדל). אם השחקן מפסיד, ניתן להילחם נגד הפוקימון שוב. אם הפוקימון מובס או נתפס, השחקן זוכה בסוכריות exp, רייר קנדי, מתקפות שניתן ללמד באופן חד פעמי (TR) וסוכריות דיינמקס, מה שהופך את הפוקימון לחזק יותר בזמן דיינמקס.
סוגי פוקימונים.
סוג פוקימון (タ イ プ, taipu) הוא תכונה אלמנטרית הקובעת את נקודות החוזק והחולשה של כל פוקימון ומהלכיו. פוקימונים סופגים נזק כפול ממתקפות מסוגים שהם חלשים להם, ומחצית נזק ממהלכים של סוגים שהם חזקים מולם. התאמות מסוג זה מקזזות זו בזו במערכות יחסים בסגנון אבן נייר ומספריים, כדוגמת סוג על-חושי שחזק על סוג לחימה; סוג לחימה שחזק על סוג אופל; סוג אופל שחזק על סוג על-חושי. ישנם סוגי פוקימונים שמעניקים חסינות מלאה לסוגי מתקפות מסוימות; למשל, סוגי רוח עמידים לחלוטין מול מתקפות מסוג רגיל או לחימה, ולא סופגים מהם נזק. יכולות מסוימות של פוקימונים עשויות לשנות את האינטראקציות הללו, כדוגמת Levitate (ריחוף) שהופך את הפוקימון לחסין מפני מתקפות מסוג אדמה.
במשחקים הראשונים, אדום, ירוק, כחול וצהוב, ישנם בסך הכל 15 סוגי פוקימונים: רגיל, אש, מים, עשב, חשמל, קרח, לחימה, רעל, אדמה, מעופף, על-חושי, חרק, אבן, רוח ודרקון. סוגי האופל והמתכת נוספו במשחקי הדור השני, זהב וכסף, וסוג הפיה נוסף במשחקי הדור השישי, X ו- Y. לסוגים מסוימים יש מאפיינים מיוחדים שאינם קשורים לטבלת החוזקות; לדוגמה, סוגים חשמליים חסינים מפני שיתוק (paralyzed).
במשחקים פוקימון קולוסיאום ו-XD הוצג סוג מהלך ייחודי המכונה Shadow, אך הוא אינו מופיע מחוץ למשחקים אלה. פוקימון צל יכול להיחשב מסוג זה, אך הם עדיין שומרים על סוגם הרגיל. בפוקימון XD, מהלכי Shadow הם יעילים במיוחד כנגד פוקימונים שאינם צל ולא יעילים במיוחד כנגד פוקימוני צל.
מהלכי פוקימונים.
כמו דמויות במשחקי וידאו רבים, פוקימון יכול ללמוד מגוון רחב של מהלכים (技, waza). מהלכים אלה עלולים לגרום נזק ליריב, לרפא את המשתמש במהלך או לבצע פעולות שמשפיעות בדרך כלשהי על הקרב. הנזק מהמהלכים נקבע על ידי הסטטיסטיקה השונה שיש לפוקימון מסוים. לכל מהלך יש סוג (type), כוח (威力, Iryoku), דיוק (accuracy) ומספר נקודות כוח (PP). המהלכים שפוקימון אחד עשוי ללמוד שונים מאחרים בהתאם למין הפוקימון; גם פוקימונים שמתפתחים מאחרים לא בהכרח לומדים את כל אותם מהלכים שקודמיהם לומדים. כל פוקימון יכול לדעת בסך הכל ארבעה מהלכים בכל קרב. ניתן ללמוד מהלכים כאשר הפוקימון עולה רמה, או בשימוש ב-TM וב-HMs. ישנן דמויות במשחק שמלמדות מהלכים לפוקימונים לבחירתו של השחקן.
כל מהלך מסווג כאחד מ-18 סוגי הפוקימונים. האפקטיביות של המהלך תלויה במידת החולשה או החוזקה של סוג הפוקימון היריב לסוג המהלך. ביטויים הקשורים להיבט זה הם "סופר אפקטיבי" (כאשר הנזק הוא כפול), "לא יעיל במיוחד" (כאשר נעשה מחצית מהנזק) ו"לא משפיע על [שם הפוקימון היריב]" (כאשר המתקפה לא משפיעה כלל על הפוקימון היריב). המהלכים יכולים להיות מוגדרים כפיזיים או כמיוחדים; לפני משחקי הדור הרביעי, יהלום ופנינה, מעמדם של המהלכים היה תלוי בסוג ולא בכל מהלך בפני עצמו. ישנם גם מהלכי "סטטוס", אשר אינם גורמים נזק, אם כי לעיתים קרובות גורמים לשינויים במצב הפוקימונים המגנים או המתקיפים. מהלכים הגורמים לנזק מסירים מספר מסוים של נקודות בריאות (HP) מהפוקימון היריב בהתבסס על סוג המהלך ויעדו ועל פי הסטטיסטיקה של שני הפוקימונים. הנזק יכול להיות מושפע גם מפריטים המוחזקים על ידי פוקימון, או על ידי יכולותיהם.
דיוק.
לכל מהלך יש דיוק (命中, Meichū), הקובע את הסיכוי לפגוע בפוקימון היעד בהנחה שלא יבוצעו שינויים לרמת הדיוק של הפוקימון המשתמש או לכוח ההתחמקות של המטרה. למהלכים חזקים מאוד יש לעיתים קרובות דיוק מתחת לממוצע. מהלכים עם דיוק סטנדרטי של 100% רגישים לשינויים ברמת הדיוק וההתחמקות, אך ישנם מספר מהלכים שעוקפים זאת, ותמיד פוגעים בפוקימון היריב.
נקודות כוח.
ה-PP (נקודות כוח) של מהלך מציין כמה פעמים פוקימון רשאי להשתמש במהלך זה. בדומה לדיוק, מהלך רב עוצמה בדרך כלל בעל מספר נמוך של PP. ברגע שפוקימון משתמש בכל ה-PP למהלך מסוים, הוא כבר לא יכול להשתמש במהלך הזה. אם פוקימון ממשתמש בכל ה-PP עבור כל המהלכים שלו, הוא נוקט בצעד שנקרא Struggle, אשר פוגע גם במשתמש וגם במטרה. ניתן לשחזר את ה-PP של מהלכים באמצעות פריטים מסוימים (למשל "PP Up") או באמצעות ביקור במרכז פוקימון.
מצבים פיזיים.
למהלכים רבים יש השפעות מעבר לגרימת נזק. אפקט משני נפוץ הוא סיכוי לשנות את מצבו הפיזי של היריב (状態 異常, jōtai ijō, status effect). המצבים הפיזיים הקיימים הם שיתוק (ま ひ, Mahi, paralysis), שמאט את הפוקימון ולעיתים מונע ממנו לתקוף, הישרפות (や け ど, Yakedo, burn), שמורידה מנקודות הבריאות של הפוקימון בכל סיבוב, קיפאון (こ お り, Kōri, freeze), שמונעת לחלוטין מהפוקימון לתקוף, רעל (ど く, Doku), poison) שמוריד מנקודות הבריאות של הפוקימון בכל סיבוב, ושינה/תרדמת (ね む り, Nemuri, sleep), שמונעת מהפוקימון לתקוף. כל אחד מהם משפיע לרעה על ביצועי הפוקימון בקרב. למספר מהלכים ישנן תופעות לוואי שליליות עבור המשתמש, כדוגמת אילוץ השחקן להמתין סיבוב לפני או אחרי השימוש, או גרימת נזק מהדף המתקפה (recoil). מספר מהלכים, כמו Splash, לא משפיעים כלל, מלבד השימוש בהם כמהלכי Z.
מהלך Z.
אחת לקרב, אם פוקימון מחזיק בקריסטל Z, אובייקט רב עוצמה המתקבל מהשלמת אתגרי אי, הוא רשאי להשתמש בגרסה משודרגת של אחד המהלכים שלו, המכונה מהלך Z. מהלכים אלו מבוססים על המהלכים הרגילים, ונוטים להיות בעלי כוח הרבה יותר גבוה מהרגיל.
מהלכי Z הופיעו לראשונה במשחקי הדור השביעי, פוקימון שמש וירח, ונכון לשנת 2021, אינם זמינים לשימוש במשחקים אחרים של הזיכיון.
שימוש במהלכים מחוץ לקרב.