בסתיו 1939 יהודים שגורשו מערים שסופחו לרייך השלישי הגיעו לעיר, ומרגע זה יהודי פלונסק הצטוו לענוד על החזה והגב טלאי צהוב ולאחר מכן להוסיף את המילה jude לטלאי. בנוסף היהודים נצטוו לשלם את כל החובות לקופת העירייה באופן מיידי, ונאסר עליהם ללכת ברחוב לאחר השעה שש בערב.
היודנראט בפלונסק.
היודנראט הוקם ב-1 ביולי 1940, הגרמנים הפכו את ועד העזרה ליודנראט ותפקיד גיוס היהודים לעבודות כפייה הועבר להיות תחת אחריותם. יעקב ראמק עמד בראש היודנראט וחברים בה היו בוגאטי, גראבמן, א' מונדלאק, י' קובל וש' שראדזקי. בנוסף ליודנראט הוקם כוח משטרה יהודית בן שישה אנשים. היודנראט גייס מזון ליהודי פלונסק, בנוסף הצליח לדחות את מועד הקמת הגטו ושחרור יהודים ממעצר.
היודנראט הפך להיות יודנראט אזורי של אזור נפת פלונסק, במסגרת היודנראט פעלו לשכת עבודה, ועדה לבריאות וועדת סעד. היהודים הועסקו בעבודות שונות: משק בית, עבודות ניקיון ותחזוקה עירונית, בריית כבול ובעבודות עפר. מפעלים שהופקעו מבעלותם של היהודים שימשו כמקום עבודה להעסקת בעלי מקצוע. עובדי כפייה רבים שולחו למחנות העבודה דלנובקה ולמחנה הנשים שיירפץ.
ראש היודנראט, רמק, הצליח לדחות את מועד הקמת הגטו, דאג למזון ליהודי פלונסק, הצליח להביא לשחרור יהודים ממעצר ובנוסף חיסל יהודים ששימשו כסוכני גסטפו בפלונסק ובוורשה. עסקי הרווח שעשה רמק עם הגרמנים עזרו לפעילות היודנראט, תשלומים נוספים התקבלו משכר עבודות הכפייה שקיבלו העובדים ממעסיקיהם. תשלום נוסף הועבר ליודנראט על ידי עשירי הקהילה, שפדו עצמם מעבודות הכפייה בתמורה לתשלום.
במהלך שנת 1940 הוקדם בידיעת היודנראט קואופטיב להספקת מזון על ידי 12 סוחרים. המזון חולק בתלושים. בשנים 1940–1941 יהודים רבים חזרו לפלונסק, חלקם נמלטו לוורשה בתחילת המלחמה ויהודים נוספים הגיעו מסביבת פלונסק שגורשו ב-1939–1949 לגנרלגוברנמן. בחודשים ספטמבר - דצמבר 1940 חיו בפלונסק סביב 7000 יהודים מתוכם 3,800 פליטים. היודנראט הקים מטבח ציבורי שחילק מזון וארוחות חמות בעיקר לפליטים. בנוסף הוקם בגטו בית ילדים ליתומים בני ארבע עד עשר כ-40 במספר. את בית היתומים ניהלה המורה גרינברג.
גטו פלונסק.
במאי 1941 הוקם בפלונסק גטו סגור המחולק לשני חלקים משני צדדיו של רחוב ראשי שהמעבר נאסר בו על תושבי הגטו ושני החלקים קושרו על ידי רחוב אחד- רחוב קוז'ה. רוכזו בגטו כ-8,000 יהודים מחצית מהם פליטים. הדלתות והחלונות שפונים אל רחוב ורשבסקה נאטמו על ידי קרשים. בכל חדר צופפו שלוש עד ארבע משפחות, ורבים מהם התגוררו באסמים ואורוות והיו כאלה שלנו תחת כיפת השמיים.
מספר אנשי השירות הסדיר גדלו במהלך תקופת הגטו לארבעים. בראש שירות הסדר עמדו לוין, איש דובז'ין, וסגנו, חנן רמק, אחיו של ראש היודנראט. לאנשי השירות היה לבוש מיוחד, הם חבשו בתחילה כובע שהיה מסומן בסרט תכלת, לאחר מכן סופקו להם מדים בצבע כחול כהה. יהודי פלונסק סבלו מהתנכלות של המשטרה הגרמנית בפלונסק, נהגו להגיע לגטו ולהתעלל ביהודים, הנרייק פוך ועוזריו נהגו לשרוף זקנם ופאות של קורבנותיו. ומהמידע שהובא כנראה הרג יהודים במו ידיו.
בסתיו 1941 הוכנסו יהודים מנפת פלונסק ומנפת שיירפץ אל הגטו.
יהודים עסקו במסחר והבריחו מזון לגטו תוך סיכון חייהם. רבים מהמבריחים נרצחו, ביניהם האופה הפולני טדאוש אוסטרובסקי שהבריח כמויות גדולות של קמח.
התנגדות יהודית בפלונסק.
בדצמבר 1941 ובאביב 1942 נועדו נציגי הקומוניסטים בגטו ישראלביץ ושלמה פוקס, לפגישות עם קומוניסטים פולנים.
בגטו התקיימו שלוש פגישות בין נציגי הקבצה בגטו ולבין הקומוניסטים הפולנים. על מפגשים אלו מעיד יאן פטאשינסקי:
למפלגת הפועלים הפולנית (PPR) הצטרפו 30 חברי הקבוצה היהודית הקומוניסטית ובנוסף יצרו קשר עם קומוניסטים יהודים בגטו צ'רווינסק והבריחו תרומות למען שבויים סובייטים לקומוניסטים הפולנים. התארגנה בגטו קבוצת מחתרת של ארמייה לודובה בראשות יעקב פשיגודה. הקשר בין הקומוניסטים היהודים והפולים נעשה דרך מעבדת הצילום של סראואיסקי ב"בית הלבן" - בית שהיה פתוח משני צדדיו הן מצד הגטו והן מהצד ה"ארי" היהודים קיבלו מהפולנים עיתונים בלתי חוקיים והעבירו אל הפולנים בתמורה תרומות לשבויי מלחמה סובייטים.
כאשר חוסל הגטו הצליחו להימלט אנשי מחתרת אחדים והצטרפו ליחידה של ארמייה לודובה. הם נלחמו נגד הגרמנים, וכולם נפלו בקרב או נרצחו על ידי הגסטפו לאחר שנתפסו בדצמבר 1943 עם הקבוצה הלוחמת.
מוסדות הבריאות בגטו פלונסק.
עקב מגפת טיפוס הבהרות שפרצה בגטו הוקם בית חולים אותו ניהל ד"ר אליהו פניגשטיין. בבית החולים היו 40–50 מיטות, בית החולים הוקם בתרומות יהודי פלונסק שתרמו גם את הציוד לבית החולים. בשנת 1941 גויס על ידי רמק ארתור בר מוורשה להקים מרפאה ובית מרקחת בגטו.
בית החולים שימש מרכז רפואי גם ליהודי נובה מיאסטו, סוחוצ'ין, וצ'רווינסק, וד"ר בר נסע לעיירות אלו והביא מהן חולים.
באפריל 1942 תמה מגפת הטיפוס בגטו ובית החולים הפך ל"רגיל" והייתה בו מחלקה פנימית, מחלקה כירורגית ומחלקה לחולי שחפת. ב-1941 הוקם בית מרחץ בגטו וכל היהודים חויבו לרחוץ בו, על כך השגיח מפקח התברואה מטעם הדיונראט.
חיסול גטו פלונסק.
ב-29 באוקטובר 1942 בוצעה אקציה וכ-2,000 יהודים זקנים וחולים גורשו לאושוויץ. רשימת היהודים שנשלחו לאושוויץ הוכנה על ידי היודנרט בעקבות דרישת הגרמנים.
עד 30 בנובמבר 1942 בוצעו שני טרנספורטים נוספים ובהם גורשו עוד 4,000 יהודים מהגטו אל אושוויץ. ב-30 בנובמבר גורשו יהודים מגטו נובה מיאסטו שהגיעו לפלונסק כמה ימים לפני כן. ב-16 בדצמבר 1942 יצא הטרנספורט האחרון לאשוויץ מגטו פלונסק, בהם צעירים, בעלי מקצוע, לרבות רמק ומשפחתו. בנוסף נשלחו 340 ילדים והמחנכת גרינברג מבית הילדים שפעל בגטו. כולם נספו באושוויץ.
באותו היום נרצחו היהודים לזנסקי וקורמן על ידי שמידט, עוזר מפקד המשטרה הגרמנית בפלונסק פוק. לזנסקי וקורמן תיווכו ב-1940–1942 בין שמידט ופוק לבין היודנרט והעבירו לגרמנים את רכוש היהודים השדוד.
יוצאי פלונסק באושוויץ.
הטרנספורט האחרון יצא מפלונסק ב-16 בדצמבר 1942 והגיע למחרת לאושוויץ. הגברים קיבלו את המספרים 83912–84434, היו כ-523 גברים. הנשים קיבלו את המספרים 27306–27562, היו כ-257 נשים. אלו היו גברים שנבחרו מתוך הקרונות האחרונים והם התקבלו למחנה. כ-1200 איש שהיו בקרונות הראשונים, בניהם חברי יודנראט, שוטרים יהודים, אישי ציבור, ילדי בית היתומים ומורתם גרינברג נרצחו בתאי הגז.
אלברט סלומון, חשמלאי במקצועו, הגיע בגירוש האחרון שיצא מפלונסק לאושוויץ, סלומון הועסק כחשמלאי במחנה והוא נשלח מדי פעם אל תאי הגז לתקן את חוטי החשמל שהיו מתוחים לאורך הקירות.
קבוצת יהודים מפלונסק שגרה באחד הבלוקים באושוויץ היה תפקיד להוביל את בגדי המומתים לחיטוי בסאונה, בעקבות כך התאפשר להם לקחת כסף ודברי ערך לשימוש בקניית מזון ועזרה לתושבי הבלוק שלהם שמנו כ-500 איש. חברי הקבוצה תכננו בשנת 1943 ללחום בגרמנים ולנקום ב"קאפו" שהתעלל ביהודים. לשם כך היו בקשר עם קבוצת שבויים סובייטים בראשותו של "החבר דומה."
מרד הזונדרקומנדו.
7 באוקטובר 1944, יום שבת בשעות הבוקר, הודיעו אנשי המחתרת באושוויץ לאסירי הזונדרקומנדו (עובדי כפייה יהודים ששרפו גופותיהם של קרבנות תאי הגזים במשרפות) כי הנהלת המחנה מתכוונת לצמצם את מספר אנשיהם ולחסל 300 איש מקבוצתם.
אותם 300 אנשים אשר האס-אס נקבו בשמם החליטו לצאת במרוד. הם הרגו קאפו גרמני שהפתיע ואיים להסגירם, ובשעות הצהריים פתחו במרד במשרפה מספר 4. זאת מבלי להמתין לביצוע יתר הפעולות שתוכננו - מרד בו זמני בארבעת המשרפות בבירקנאו. כאשר הגיעו אנשי אס-אס לאיסוף היהודים, התנפלו עליהם המורדים בפטישים ובגרזנים. המורדים הצליחו לפוצץ את משרפה מספר 4 והעלו אותה באש. אנשי זונדרקומנדו נוספים שעבדו באותו הזמן במשרפה מספר 2, שמעו את הפיצוץ והשתלטו על הקאפו הגרמני והשליכו אותו חי לתוך הכבשן. בנוסף הם פרקו איש אס-אס מנשקו והשליחו אותו לאש והכו איש אס-אס נוסף למוות, חתכו את גדר התיל שסביב המשרפה וברחו. אנשי האס-אס יצאו בעקבותיהם והרגו אותם. אף אחד לא ניצל מהמרד במשרפה מספר 4. במרד זה נהרגו 451 אנשי זונדרקומנדו ורק בודדים ניצלו. יוצאי פלונסק השתתפו במרד הזונדרקומנדו ונהרגו במרד. ביניהם ההורגים היה מר בורנשטיין ששימש שוטר יהודי בגטו פלונסק.
פלונסק לאחר השואה.
כמעט כל יהודי פלונסק נספו בשואה, היהודים אשר כן הצליחו לשרוד או להימלט לא מנו יותר מעשרות אחדות. חלקם שרדו את המחנות וחלקם מצאו מקומות מסתור אצל פולנים או בברית המועצות. הניצולים ניסו לחזור לביתם אך לא הייתה להם את האפשרות. בתיהם נחרבו יחד עם בתי הכנסת ובתי המדרש. שטח בתי הקברות הפכו לבתי חרושת והבניין היחידי שנשאר הוא בניין הגימנסיה היהודית שהפך לבית ספר פולני. כתוצאה מכך רוב היהודים עזבו את פלונסק עוד בשנים 1946–1954 והיגרו לארץ ישראל או לארצות הברית.
לאחר תום השלטון הקומוניסטי וחידוש היחסים הדיפלומטיים בין פולין למדינת ישראל, עמדו ראשי העיר על החשיבות ההיסטורית של העיר כמקום הולדתו של דוד בן-גוריון. ביוזמת ראש עיריית פלונסק נכרתה ברית ערים תאומות עם המועצה האזורית רמת הנגב (שבתחומה נמצאים קיבוץ שדה בוקר ומדרשת בן-גוריון. בשנת 2004 הוחלט להקים בפלונסק מוזיאון להנצחתו של דוד בן-גוריון, בשיתוף עם מכון בן-גוריון לחקר ישראל והציונות. המוזיאון יוקם בבית עץ, כפי שהיה ביתה של משפחת גרין בפלונסק. האתר והבית נתרמו על ידי העירייה והמכון ייתן לו תמיכה מדעית והיסטורית.