לאחר קבלת החלטת החלוקה באו"ם בכ"ט בנובמבר 1947 גברו התקריות בין היהודים והערבים ומספר הנפגעים והפצועים עלה ועמו העומס על בתי החולים. קרבות מלחמת העצמאות החלו, אך הבריטים היו עדיין בארץ ובתי החולים הממשלתיים שירתו בעיקר את האוכלוסייה הערבית. בית החולים עצמו התרוקן ממרבית עובדיו בתחילת 1948 וגם קהל יהודי לא הגיע לקבל שירות.
בין השנים 1948–1970 ניהל את המכון הפתלוגי הפרופ' ברוך (בלה) גלי שהיה הפתולוג הראשון בחיפה.
שלהי תקופת המנדט הבריטי ומלחמת העצמאות.
במהלך ההכנות ליציאתם מארץ ישראל החליטו שלטונות המנדט הבריטי להעביר את בית החולים לרשות עיריית חיפה. לאחר הפסד הערבים בקרב על חיפה והחלטתם להתפנות מהעיר במקום להיכנע, נותר בית החולים נטוש וריק.
ד"ר חמזה, שהיה סגן מנהל בית החולים, קיבל את רשותו של ד"ר ניסנבאום, הנציג הרפואי של העירייה, ליטול אמבולנס עד הגבול הלבנוני לאחר שהבטיח להחזירו לבית החולים. מאוחר יותר התברר כי האמבולנס היה מלא בציוד רפואי ובתרופות ומעולם לא הוחזר. הנזק הכספי היה ניכר ובבית החולים חסרו תרופות, חומרי חבישה, ציוד ומכשירי ניתוח. 10 ימים לאחר צאתם של הבריטים נכנסו לבית החולים צוותי בית החולים רוטשילד של עיריית חיפה, ולאחר כשבועיים ב-15 במאי, נמסר בית החולים באופן רשמי לידי גזבר עיריית חיפה, מרדכי בודוך, ששימש כמנהל בית החולים למשך יום אחד.
בית החולים הופעל על ידי עיריית חיפה בעיצומה של מלחמת העצמאות וקלט את פצועי "ההגנה" וצה"ל מחזית הצפון, במיוחד את הפצועים קשה שבית חולים 10 הצבאי, ששכן אותה עת בבית החולים האיטלקי, לא היה מסוגל לטפל בהם. במקביל נקלטו בבית החולים גם אזרחים, לאור הגידול באוכלוסיית האזרחים עם בוא העולים החדשים שהשתחררו ממחנות המעצר בקפריסין.
כבר באמצע ההפוגה הראשונה, ביוני 1948, שיגרו בכירי הרופאים בחיפה, בעיקר מבית החולים רוטשילד אך גם מבית החולים כרמל ומקופת חולים, מכתב לשר העלייה והבריאות בו קראו להפוך את בית החולים העירוני לבית חולים מרכזי לכל הצפון שיהיו בו כל המחלקות הקליניות וכל המעבדות והמכונים לעבודה רפואית משוכללת.
העירייה קיבלה על עצמה את הפעלת בית החולים עד 1 באוגוסט 1948, כאשר הממשלה קיבלה על עצמה לממן חצי מהעלויות. מנהל בית החולים, ד"ר ברנרד נוימן, וראש עיריית חיפה, שבתי לוי, פנו לשר העלייה והבריאות בבקשה למימון פעילות בית החולים. לאור זאת הוסכם באוגוסט 1948 על העברת בית החולים לידי ממשלת ישראל. העברת האחריות לידי הממשלה נבעה מצרכי המלחמה, כך הסבירו לנציגי העירייה, ובדעת הממשלה להקצות 200 מיטות נוספות לצבא לשם טיפול בפצועי עיניים, פציעות אורתופדיות ונפגעי כוויות, ועוד 100 מיטות למחלות מידבקות ועוד מיטות פנימיות ואחרות לרווחת תושבי חיפה. נציגי העירייה חשבו שעם שוך הקרבות וסיום המלחמה יחזור בית החולים לרשות העירייה, אך שר הבריאות, משה שפירא, לא הסכים עמם. שפירא טען שממשלת ישראל מעולם לא התחייבה להחזיר את בית החולים לעירייה וכי בית החולים היה מאז ומתמיד רכוש ממשלתי, מאז היווסדו בימי המנדט הבריטי. לגבי העברת בית החולים בידי שלטונות המנדט הבריטי לידי עיריית חיפה, טען שפירא שההעברה בטלה.
בית החולים עבר לידי הממשלה ב-1 באוגוסט 1948 ובאופן רשמי ב-1 בינואר 1949. באותם ימים שקד ד"ר חיים שיבר על הקמתו וארגונו של חיל הרפואה. קצב התארגנותו של בית החולים לא היה לרוחו והוא גייס את ד"ר רפאל גז'בין, שהיה סגן מנהל בית החולים "הדסה" בתל אביב, לנהל את בית החולים עם מעברו לידי ממשלת ישראל. ד"ר גז'בין היה עתיר ניסיון. הוא סיים שירותו בצבא הבריטי בדרגת אלוף-משנה, ניהל את בית החולים הצבאי בקנטרה והיה אחראי למערך אשפוז הפצועים בעת הפגזות במלחמת העצמאות.
תקופת דור המייסדים לאחר הקמת מדינת ישראל.
צעדים ראשונים ושינוי שמו של בית החולים.
מראשית הפעלתו על ידי עיריית חיפה היו בבית החולים 300 מיטות ובשנים 1949–1950 גדלה הצפיפות כשמספר המיטות עלה ל-400. בית החולים תפקד ברמה ירודה לעומת המצב בימי המנדט הבריטי. מעבר לצפיפות הרבה, התקציב היה נמוך יותר ולא נתן מענה לכל הצרכים הגדלים, היה מחסור חמור בציוד רפואי ובכוח אדם מנוסה, ונעדרה מסורת של תחזוקה וניקיון שאפיינו את המשטר הבריטי. בית הספר לאחיות, שמחזורו השני נפתח ב-1949, סייע להתגבר על המחסור באחיות ובתפעולו השגרתי של בית החולים. בית הספר נוהל בקפדנות על ידי עלזה ילין, על פי המסורת הבריטית הקפדנית. התלמידות ניקו את החדרים על ציודם, רחצו את החולים, סידרו את המיטות, שטפו כלים וסירים, עיקרו מזרקים, טיפלו בחולים, הוזעקו בלילות למלא מקום אחיות חסרות ובלעדיהן לא ניתן היה לקיים את המוסד. הן נהנו מלימודים, מגורים וכלכלה חינם ועל כן לא קיבלו תמורה עבור עבודתן מעבר ללירה אחת לחודש דמי קיום (לשם השוואה, שכרה של פועלת ניקיון היה 34 לירות ישראליות לחודש).
כחלק מגדילתו של בית החולים בשנים אלו נבנו בו ארבעה בתי ילדים, שהיו חלק מהתפתחות מואצת בתחום אשפוז הילדים עם הקמת מדינת ישראל עקב קליטת העלייה ההמונית שעמה התמודדה המדינה. בין השאר נשלחו לשם חולים רבים ממחנות העולים. על אף התנאים הקשים האווירה באותם הימים הייתה משפחתית. מרבית הרופאים גרו בצריפים בשטח בית החולים - כל רופא קיבל חדר בצריף גם אם היה אב לילד אחד. השירותים והמקלחות היו משותפים. כל משפחות הרופאים חגגו את החגים בצוותא והאווירה הייתה חמה ומשפחתית. בכל שבוע התקיים בגן של בית החולים קונצרט ובו הושמעה מוזיקה קלאסית מעל גבי תקליטים באוזני הרופאים, האחיות והתלמידות. בתקופה זו החלו להגיע ראשוני הסטאז'רים שסיימו לימודיהם באוניברסיטה העברית בירושלים, ובואם הביא גם לשינוי כלפי השפה העברית בבית החולים. בגיליונות החולים מאותן שנים ניתן לצפות בסיכומי הרופאים בבליל שפות - רוסית, גרמנית, פולנית, אנגלית ועברית. ד"ר גז'בין הנהיג את חובת הרישום בשפה העברית ובבית החולים התקיימו שיעורים בעברית לכל הרופאים יוצאי הגלויות השונות.
בראשית 1952 החליט שר הבריאות יוסף בורג, באישור דוד בן-גוריון, שבתי החולים הממשלתיים יקראו על שם גדולי הרפואה בתולדות עם ישראל. כך קיבל בית החולים בחיפה את שמו של הרמב"ם. בתחילה הציע בורג לקרוא לבית החולים "מיימונידס", כשמם של מספר בתי חולים בעולם המערבי הנקראים על שמו של הרמב"ם. אולם ד"ר גז'בין סיפר על כך לד"ר פאר, כירורג בבית החולים וזה עמד על כך שהשם יהיה עברי והאיץ בגז'בין למהר ולהשיג את אישורו של שר הבריאות לשם רמב"ם, שכן עוד ב-1934, כאשר חגגו בתל אביב את יובל הרמב"ם, הציע א"ז בן ישי לקרוא לבית החולים ההולך ומוקם בתל אביב (לימים בית החולים איכילוב) על שמו של הרמב"ם ומועצת עיריית תל אביב קיבלה את הצעתו. בן-ישי ביקש על כן לשמור את השם עבור בית החולים התל אביבי, אך בורג לא ויתר, אימץ את התיקון של פאר ובית החולים בחיפה זכה להיקרא על שמו של הרמב"ם.
פתיחת מחלקות חדשות.
כבר בשנים הראשונות לקום המדינה נאלץ רמב"ם להתמודד עם מוכנותו לאירועים רבי נפגעים וכבר אז החל להתגבש מעמדו המיוחד במערך הצבאי בפיקוד הצפון. אמנם מלחמת סיני התרחשה בסיני, ופצועיה לא טופלו בבית החולים, אך בית החולים התמודד עם היערכות לקליטת נפגעים רבים. המשחתת המצרית "אבראהים אל-אוול" הפגיזה את מפרץ חיפה ורמב"ם התנסה לראשונה בפינוי: כל החולים פונו למשך 48 שעות, אך בדיעבד לא היה בכך צורך - לא היו נפגעים. עם תום ימי החירום, כאשר כל מיטות בית החולים היו ריקות, נוצלה ההזדמנות לערוך ארגון חדש במחלקות בית החולים וייעודן. בית החולים שכן עדיין בבנייניו המקוריים מימי המנדט הבריטי והמוצא היחיד להרחבתו היה צמצום מספר המיטות בתחום אחד ופיתוח תחומים חדשים. התקופה הייתה תום מגפת שיתוק הילדים ותחילת מתן החיסון נגד נגיף הפוליו ועל כן נסגרו כ-40 מיטות במחלקת הילדים כדי לפנות מקום למחלקות חדשות.
במקום שהתפנה בעקבות סגירת מיטות האשפוז, נפתחו המחלקות לאורולוגיה בניהולו של ד"ר דן לוין, אורתופדיה בניהולו של ד"ר אויגן שטיינר, כירורגיה פלסטית בניהולו של ד"ר ברנרד הירשוביץ (ולימים נוספה לה יחידת כוויות) נוירולוגיה בניהול ד"ר קרל מאיר ומחלקת עור בניהול ד"ר סלים חיים. כמו כן נפתחו המחלקות לכירורגיית כלי דם, תחום שפותח על ידי ד"ר אלפרד שרמק, כירורגיית ילדים אשר תחילה נוהלה על ידי ד"ר מתתיהו (מתי) זלצר (לימים מייסד ומנהל טיפול נמרץ ילודים). גם מחלקה לפסיכיאטריה נפתחה בניהולו של ד"ר זיגפריד פליגלמן ו-20 מיטות הוקצו למחלקה חדשה ויחידה בכל צפון הארץ באותו הזמן - המחלקה לנוירוכירורגיה בניהולו של ד"ר עלי פייזר.
בתחומים אחרים נפתחו מרפאות מקצועיות ליד מחלקות האשפוז, נפתח מכון ה-EEG, המכון לאודיומטריה, המכון לתפקודי ריאות (באמצעות מכשור מודרני שהובא מארצות הברית על ידי ד"ר אהרון ולירו), הוחל בניתוחי פה ולסת על ידי ד"ר דוד גוטמן ונפתח המערך הקרדיולוגי על ידי פרופ' אגון ריס. תוך זמן קצר נפתחו מרפאות מקצועיות לכל מחלקות בית החולים והיה בכך אות המבשר תחילת תקופה חדשה, התייעלות, ירידה במספר ימי האשפוז מזה והישענות על הרפואה האמבולטורית מזה. את מכון הרנטגן ייסד וניהל ד"ר יוליוס מונק.