התנינאים חשופים למוות במידה הרבה ביותר כשהם עוברים (בביצה) ובחודשים הראשונים לחייהם. ככל שהם גדלים הם חשופים פחות ופחות לטורפים - שיעור הטריפה של האבקועים הקטנים גבוה למדי, אולם כשהם בוגרים וכשגודלם מלא, רק טורפים מועטים (בעיקר בני אדם ותנינאים אחרים) מסוגלים לאכול אותם. בראשית חייהם, ביצי התנינאים נתונות תחילה לחסדי מזג האוויר: גשמים חזקים יכולים להביא לירידת הטמפרטורה מתחת לרמה הדרושה להישרדות העוברים או לטביעתם, בעוד שגם היעדר גשם ורמות לחות נמוכות עלולות להביא להתייבשות העוברים ולגוויעתם. במרבית המקרים הקנים נבנים באתרים שעלולים להיפגע מתנאי מזג-אוויר קשים, כמו הצפות וסופות. ביצי תנינאים אחרות נשברות בשל הרגלי קינון רשלניים של הנקבה, או בשל שימוש של צבים בקני תנינאים על מנת להטיל בהם את ביציהם שלהם, ובתוך כך ביצי התנינאים נפגעות ונשברות.
סכנה אחרת שאורבת לביצים ולתנינים הצעירים היא טריפה על ידי בעלי חיים אחרים. טריפת הביצים היא מנהג שנמצא בשגרתן של כל נקבות התנינאים. מגוון בעלי חיים נוהג לטרוף את הביצים, ביניהם ראקון, אופוסומים, בואשיים, חזירים, דובים, לוטרות, שועלים, כלבים, לטאות, קופים וחולדות. במקומות מסוימים, הביצים מהוות חלק ניכר מתזונתם של מינים מסוימים. כך למשל, כוח הנילוס, לטאה הנפוצה ביבשת אפריקה, אחראית לגנבתן של יותר ממחצית מכל הביצים המוטלות ביבשת בעונות קינון אחדות. בנוסף, נמצא שנמלים מהסוג "Crematogaster" מחפשות ביצי תנינים והורגות את העוברים. במספר מדינות באפריקה, בני אדם פוגעים גם הם בביצי התנינאים - אם בשל סגולות רפואיות שמיוחסות להן, ואם לשם אכילתן. לאחר שהתנינאים בוקעים מהביצים ויוצאים לאוויר העולם, הם מהווים מקור מזון גם לבעלי החיים שניזונים מהביצים, וגם לבעלי חיים שחיים בסביבה מימית. כך למשל, תנינאים צעירים נאכלים גם על ידי צפרדעים, נחשים וצבים. חלקם נטרפים גם על ידי דגים ומיני עופות (קורמורנים וחסידות למשל). גורם תמותה נוסף של האבקועים הוא פגמים מולדים, כמו עיוורון, זנבות מסובבים או לא-מפותחים וגידולים ממאירים.
בהגיעם לאורך של מטר אחד, מספר הסיבות הטבעיות לתמותתם של התנינאים יורד באופן משמעותי. רק טורפים מעטים יכולים להורגם ולאוכלם. בעלי החיים היחידים בטבע המסוגלים להרוג תנין יאור בוגר הם היפופוטמים ופילים המתקיפים והורגים תנינים בשל חשש לחיי גוריהם. באמריקה הדרומית יגוארים, אנקונדות ונחשי חנק גדולים אחרים עלולים לתקוף ולצוד קיימנים קטנים ובינוניים למאכל. אך מלבדם אין לתנינאים חשש מטורפי-על אחרים החיים לצדם כדוגמת טיגריסים, נמרים, ואריות ואף תועדו מקרים בהם תנינים טרפו חתולים גדולים שכאלה.
התנינאים והאדם.
ציד, סחר ומוצרים.
מיני התנינאים נוצלו במהלך ההיסטוריה למטרות מגוונות, שהשתנו בהתאם לזמן ולמקום. בעבר הם ניצודו בכמויות מוגבלות בלבד לשם אכילת בשרם, למטרות רפואיות או למטרות דתיות. קבוצות אתניות רבות נהגו לאכול תנינאים בכל מקום שבהם נמצאו. בסין ובדרום-מזרח אסיה נודעה חשיבות רפואית ללוחיות הגביות של התנינאים ולאיבריהם הפנימיים, והם שימשו בייצור בשמים. באזורים אחרים בדרום-מזרח אסיה נעשה שימוש בשיניים ובטופרים של התנינאים כמרכיבים בשיקויים של מכשפים. תושבי גינאה החדשה נהגו לעיתים לקשט את בתיהם בגולגולות תנינאים מקושטות. עם זאת, ציד התנינאים, הסחר בהם ושימושיהם התרחבו רק במאות השנים האחרונות, ובעיקר עם התקדמות המהפכה התעשייתית.
כבר בסוף המאה ה-18 ציין ג'ון ג'יימס אודובון כי עורם של האליגטורים האמריקנים משמש לייצור שקי-אוכף, מגפיים ונעליים. למרות זאת, המדובר היה בשוק קטן, והתנינאים ניצודו לשם הספורט או בשל כך שנחשבו למזיקים, ולא למטרות רווח כלכלי. המצב השתנה במלחמת האזרחים האמריקנית (1861–1865). במהלך הזמן הביקוש לעורות התנינאים עלה וירד בהתאם לאופנה, וכך גם שימושיהם. הם שימשו לסירוגין להכנת תיקים, חגורות, כריכות ספרים וריפודי כיסאות. באפריקה של המאה ה-19 נעשה שימוש מועט בלבד בעורות התנינאים, ובמקום זאת נעשה שימוש בקנה-מידה קטן בשומנם לייצור נרות ובאיברים אחרים שלהם - לרפואה.
באזור מגורם של בני הזולו באפריקה נחשבו התנינאים למזיקים. ב-1913 הוצעו באזור עשרה שילינג עבור כל תנין מת ו-2.5 פני עבור כל ביצה. בשנים הבאות הושמדו אלפי ביצים ותנינאים רבים נורו. הירידה המתמדת בגודל אוכלוסיות התנינאים באזור הביאה לכך שב-1969 נכנסה לתוקפה אמנה שמטרתה הגנה על התנינאים באזור. בהודו, התנינאים ניצודו בעיקר למטרות ספורט, וקיימים רק תיעודים בודדים לציד מסחרי. בפיליפינים ציידים מסחריים מקומיים הביאו להיכחדותן של אוכלוסיות מקומיות מבודדות של התנין הפיליפיני. בפיליפינים ובגינאה החדשה שיטת הציד הנפוצה הייתה כניסה למקורות המים הנגישים ושם - ירייה במיני התנינאים הרצויים. כשאוכלוסיות התנינאים הידלדלו, הציידים שילמו למקומיים שיצודו את התנינאים באזורים הלא-נגישים אליהם לא יכלו להגיע סירות מנוע. בדרום אמריקה החל הציד המסחרי בסוף שנות ה-50 של המאה ה-20, והמין המועדף שם הוא הקיימן השחור. בכל האזורים האלו, התנינאים ניצודים, ותוצריהם מעובדים במקום או במדינות היעד - לרוב המדינות המפותחות בהן הביקוש למוצרי התנינאים, ובעיקר לעורות התנינאים, גבוה יותר.
גם כיום, החלק המבוקש ביותר בגוף התנינאים הוא עורם, אך גם בשרם ושיניהם מבוקשים, אם כי במידה פחותה. נתונים של האומות המאוחדות שפורסמו ב-2004 מלמדים כי הסחר בתנינאים מבוצע בקנה-מידה של מאות אלפי תנינאים - כאשר היצואניות הגדולות ביותר (בהפרש ניכר) הן קולומביה וארצות הברית. קולומביה אחראית על ייצוא למעלה מחצי מיליון קיימנים ממושקפים בשנה, וארצות הברית אחראית על ייצוא שנתי של כ-150,000–350,000 אליגטורים אמריקניים. גם תניני היאור נסחרים בהיקף של כ-150,000 פרטים בשנה. עוד עולה מהדו"ח כי היבואניות העיקריות של האליגטורים האמריקניים הן צרפת, איטליה, סינגפור וגרמניה. היבואנית העיקרית של הקיימנים הממושקפים היא סינגפור, אף שנמסר בדו"ח כי חלק גדול מהסחורה המיובאת מיוצאת לסין ולקוריאה. מיני תנינאים אחרים נסחרים בהיקף קטן משמעותית מהיקף הסחר של שני המינים הללו - בין עשרות בודדות לכמה עשרות אלפים.
בשבי האדם.
הצורה הנפוצה ביותר של גידול תנינאים בשבי היא חוות תנינאים. החוות הראשונות הוקמו בתחילת המאה ה-20, והן היו דומות באופיין לפארקים זואולוגיים שמתמחים בהצגת תנינאים. בחוות אלו לא הושם כל דגש על הרבעתם, והכנסתן העיקרית הגיעה מתיירות. בתחילת שנות ה-60 של המאה ה-20 אוכלוסיות מיני התנינאים שהיו נחוצים לתעשיית העורות הידלדלו, וכך הוקמו חוות תנינאים שמטרתן היא להרביע את התנינאים ולנצל אותם. הכנסתן של החוות האלו מגיעה, באופן טבעי, ממכירת העורות. חוות אחרות מחזיקות בתנינאים לצורכי שימור (הקמת גרעיני רבייה של מינים שנמצאים בסכנת הכחדה והשבתם לסביבתם הטבעית) או לצרכים חינוכיים. הכנסתן העיקרית של חוות אלו מגיעה ממימון ממשלתי או מארגוני שימור שונים.
קיימים שני סוגים של חוות תנינאים. חוות מהסוג הראשון (Farms) מוקמות בעזרת מאגר יסודי של תנינאים שנלקחו, במצב הרצוי, מאזורים שונים המבודדים זה מזה. עם זאת, על מנת לרענן את המגוון הגנטי של תנינאי החווה, מדי תקופה מובאים לחווה תנינאים חדשים. חוות מהסוג השני (Ranches) מתבססות על לקיחתם של ביצים ותנינאים צעירים מהטבע. שיעורי הרבייה של התנינאים בשבייה גבוהים - ופרטים שנתפסים בבר ומובאים לחווה מתרבים בדרך-כלל כל שנה. בקיומן של החוות נעוצים כמה יתרונות: מתן מענה לביקוש בעורות תנינאים, תוך צמצום משמעותי של מספר התנינאים הנלקחים מסביבתם הטבעית; מניעת הכחדתם של מספר מינים; ולבסוף - הגישה הנוחה לתנינאים שבחוות סייעה לחקר התנהגותם בשבייה והשלכתה של האחרונה, במידה מסוימת, על התנהגותם בבר ועל תפקידם האקולוגי.
תנינאים מוחזקים גם בגני חיות, הן בגני חיות כלליים והן בגני חיות המתמקדים בתנינאים, בהם התנינים משמשים אטרקציה תיירותית. אחד מהם מציע לצלול בגליל זכוכית משוריינת אל תוך אקווריום ענק בו מוחזק תנין ים באורך של למעלה מ-5 מטר ולצפות בהאכלתו מתוך המים. בישראל ידועות חוות התנינים בחמת גדר וחוות קרוקולוקו בערבה.
שימור.
ציד התנינאים והסחר בהם הגיעו לשיאם באמצע המאה ה-20. לפי הערכות, בתקופה זו נסחרו בין חמישה לעשרה מיליון עורות בשנה. רובו המוחלט של הסחר באותה עת היה חוקי, בשל העובדה שהיו חוקים בודדים בלבד שהסדירו את הציד והסחר בזוחלים האלו. הסחר התמקד בכל פעם במין (או בקבוצת מינים) אחר. כאשר האוכלוסיות של אותו המין הידלדלו - הסחר עבר להתמקד במין אחר. יחד עם ציד מקומי כתוצאה מתדמית של מזיקים, מינים רבים הגיעו למצב של סכנת הכחדה. הידלדלות האוכלוסיות הביאה למחסור מורגש בעורות, מה שהביא לתחיקת חוקים ולהתקנת תקנות שהגנו על אוכלוסיות הבר של התנינאים.
כך, בין 1959 ל-1970 מספר מדינות אפריקניות הגנו במידה משתנה על תנין היאור, על התנין צר-החרטום ועל התנין הגמדי. ב-1967 נאסר על ציד מסחרי של תנינאים. ב-1968 קולומביה אסרה על ציד ומכירה של מספר מינים, וב-1969 ארצות הברית סיפקה לראשונה הגנה פדרלית על האליגטור האמריקני. עם זאת, מידת האכיפה של חוקי ההגנה על התנינאים לא הייתה גבוהה ואחידה בכל המדינות. ההתקדמות הבאה בשימור התנינאים הגיעה עם החתימה על אמנת וושינגטון לחיות מוגנות (CITES) ב-1973.