המתודיסטים הראשונים הגיבו לאפתיה שהם מצאו, לתחושתם, בכנסייה האנגליקנית. הם נעו ממקום למקום, ומאחר שלא ניתן להם להטיף בתוך הכנסיות, הטיפו את תורתם תחת כיפת השמיים, לעיתים לקהל של מספר אלפים. במקומות בהם הטיפו, הם נודעו לשמצה על דרשותיהם הנלהבות, והואשמו לעיתים קרובות בפנאטיות. בימים ההם חששו חברי הכנסייה הממסדית כי הדוקטרינות החדשות שהפיצו המתודיסטים (כדוגמת הצורך ב"לידה מחדש" לצורך גאולה והפעולה המתמשכת של רוח הקודש על נפשו של המאמין) ישפיעו לרעה על אנשים חלשים. ת'אופיליוס אוונס, ממבקריה הראשונים של התנועה, אפילו כתב כי "זוהי נטייתם הטבעית בהתנהגותם, בקולם, בתנועותיהם, ובהבעותיהם האיומות, להרגיז אנשים". אולם המתודיסטים עמדו בפני ההתקפות הרבות על תנועתם.
אלו שהומרו למתודיזם יצרו קהילה מקומית, וחולקו למעין קבוצות תמיכה קטנות שנפגשו מדי שבוע בדומה ל"מועדון הקדוש" באוקספורד. ב-1745 חולקה בריטניה לשישה מחוזות של הקהילה המתודיסטית; ומדי שנה נסע ג'ון וסלי לקהילות השונות שהקים, עודד את החברים, הטיף, והדגיש את חשיבות המפגשים המתודיסטיים והתפילה המשותפת בכנסייה. עוד מראשיתה של התנועה, הקנו המתודיסטים חשיבות רבה לעבודה התנדבותית, מלבד האמונה. הקהילות דאגו לעניים, אסירים, יתומים ואלמנות. המתודיסטים לא הסתפקו בכך, ושמו דגש על ניסיון לתיקון עוולות החברה, ביניהם ביטול העבדות, שיפור רמת החינוך הציבורי, ורפורמה במערכת בתי הכלא.
עם גדילת הקהילות המתודיסטיות, התרחב גם הפער בין המתודיסטים לכנסייה האנגליקנית, אליה עדיין השתייכו. בהתחלה סירב ג'ון וסלי לפרוש מהכנסייה, אולם ב-1745 שינה את דעתו, אך לא העז להתחיל להסמיך כמרים בעצמו. ב-1784, עם סירובו המתמשך של הבישוף של הכנסייה האנגליקנית להסמיך כמרים מתודיסטיים (רק כמרים מוסמכים רשאים לנהל את טקסי ההטבלה ו"סעודת האדון"), החל וסלי להסמיך כמרים בעצמו, וכך למעשה סימן את הפילוג מהכנסייה האנגליקנית.
מספר המתודיסטים בבריטניה המשיך לגדול, וכדי לנהל בצורה יותר טובה את הכנסייה, כינס ג'ון וסלי כינס לראשונה את ועידת המטיפים המתודיסטיים ב-1784. וסלי הורה להמשיך בנוהל, ולכנס מדי שנה את הוועידות המתודיסטיות, נוהל שאכן נמשך עד היום.
וסלי הושפע מעקרונות הכנסייה המורבית ומהתאולוג הדני יעקובוס ארמיניוס, בעוד שג'ורג' וייטפילד (אחד ממנהיגיה הראשונים של התנועה המתודיסטית) אימץ השקפה קלוויניסטית. בסופו של דבר התפלגה התנועה המתודיסטית, כאשר חסידיו של וייטפילד הפכו למתודיסטים קלוויניסטיים, ומרבית המתודיסטים דבקו בוסלי, ובתאולוגיה הארמינית. הכנסייה התפלגה שוב עם פרישתן של מספר כנסיות מתודיסטיות בתחילת המאה ה-19 (ביניהן, "המתודיסטים הטבעיים" ב-1811 ו"הקונקשן המתודיסטי החדש" ב-1797), אולם ב-1932 התאחדו שלושת הזרמים העיקריים מחדש, ל"כנסייה המתודיסטית בבריטניה".
משלחות לאמריקה.
בשנים המאוחרות של שנות השישים של המאה ה-18 היגרו שני מטיפים לא מקצוענים לאמריקה וייסדו שם קהילות. פיליפ אמבורי החל את עבודתו בניו יורק, זמן קצר לאחר מכן החל סרן וואב מהצבא הבריטי לסייע לו. הוא הקים קהילה בפילדלפיה ונסע לאורך החוף המזרחי במאמציו להקים קהילות נוספות. עד 1770 הגיעו שני מיסיונרים מתודיסטים, ריצ'רד בורדמן וג'וזף פילמור, מהקהילה המתודיסטית בבריטניה. זמן קצר לאחר מכן הגיע גם פרנסיס אסבורי. אסבורי שינה מחדש את שיטות הפולחן בצפון אמריקה, על פי השיטה של וסלי. תקופת שינוי זו אופיינה במתחים פנימיים. המיסיונרים הדיחו את מרבית המטיפים המקומיים והרגיזו מטיפים לא מקצועיים רבים. לאור מלחמת העצמאות האמריקנית וקריאה מוסלי, עזבו כל המסיונרים את אמריקה. עד 1778 הצטמצמו המאמצים המתודיסטים לקהילה אחת בלבד בצפון אמריקה: אסבורי סירב לעזוב, ונשאר בדלאוור במהלך התקופה.
רוברט סטואוברידג' החל בהפצת המתודיזם במרילנד באותה תקופה שבה החל אמבורי את עבודתו בניו יורק. הם לא שיתפו פעולה מאחר שלא ידעו האחד על קיומו של השני. סטואוברידג' הסמיך את עצמו לכמורה וארגן קהילה. הוא חינך עוזרים משפיעים רבים, שהפכו במרוצת הזמן למנהיגים הראשונים של המתודיזם האמריקאי. קהילתו גדלה בכמות חבריה ובשטחה. המיסיונרים הבריטים גילו את קהילתו של סטואוברידג' וסיפחוה לקהילה האמריקאית שבה עבדו. אולם, המטיפים המקומיים המשיכו לעבוד לצד המיסיונרים. בנוסף, הם המשיכו בגיוס מטיפים מקומיים חדשים. המתודיזם בדרום לא היה תלוי במיסיונרים, כמו הקהילות בצפון ארצות הברית.
עד לאותו זמן לא הוסמך לכמורה אף מיסיונר או מטיף אמריקאי למעט סטואוברידג'. לפיכך קיבלו חברי הקהילה המתודיסטית את לחם הקודש (אותו יכול לתת רק כומר מוסמך) מכמרים של כנסיות אחרות. מרבית הכמרים האנגליקנים נמלטו לאנגליה, לניו יורק או לקנדה במהלך מלחמת העצמאות. אי לכך, קבוצה של מטיפים מקומיים הסמיכה את עצמה. מעשה זה גרם לפילוג בין סיעתו של אסבורי לבין המתודיסטים בדרום. אסבורי שכנע את המטיפים הדרומיים לחכות לתגובתו של וסלי למשבר הפולחני; תשובה זו הגיעה ב-1784, כאשר וסלי שלח את הכומר תומאס קוק לאמריקה כדי שיקים כנסייה אמריקנית מתודיסטית נפרדת. המטיפים המקומיים נפגשו יחדיו בסוף דצמבר. תומאס קוק ציווה להסמיך את אסבורי למפקחה הכללי של הכנסייה החדשה, אולם אסבורי פנה לנאספים וקבע כי לא יקבל את המשרה אלא אם כן המטיפים יערכו הצבעה על כך; המטיפים בחרו באסבורי. מרגע זה ואילך נערכה הצבעה בוועידה על מינוי של מפקח כללי בעתיד. מאוחר יותר שכנע תומאס קוק את הנאספים למנות אותו ואת אסבורי למעמד של בישופים, והתואר הוסף לתפקידו של המפקח הכללי. צעד זה גרם למחלוקת רבה: וסלי לא אישר את התואר.
עד הוועידה הכללית של הכנסייה המתודיסטית האפיסקופלית ב-1792 התפרצה המחלוקת לגבי סמכותם של הבישופים. בסופו של דבר תמכו הנציגים מהקהילות השונות בבישוף אסבורי, אולם "המתודיסטים הפשוטים" ו"המתודיסטים הרפובליקנים" פרשו מהכנסייה המתודיסטית האפיסקופלית בתחילת שנות ה-90 של המאה ה-18. שתי הקהילות פעלו בדרום, ופרישתן היוותה מבשר לוויכוחים העתידיים אודות הבישופות עם רפורמיסטים מאוחרים יותר. למרות כל זאת נותר אסבורי הבישוף המוביל בתחילת המתודיזם האמריקני, והוא לא חלק את סמכות המינוי שלו עד שהבישוף מק'קנדי נבחר ב-1808. גישתו הכוחנית של תומאס קוק ניכרה מטיפים אמריקנים רבים. הוא הפך במהרה לבישוף מיסיונרי, ללא השפעה רבה באמריקה.
המתודיזם במדינות השונות.
מתודיזם בבריטניה.
במתודיזם הבריטי לא קיימים בישופים, אם כי העניין נשקל כיום מחדש. לצד זאת מאופיין המתודיזם הבריטי בארגון מרכזי חזק – הקונקשן (Connexion) המחולק למחוזות, שבראשם עומדים יושבי ראש (שיכולים להיות גבר או אישה). לעיתים קרובות תואמים מחוזות מתודיסטיים (מבחינה גאוגרפית) את מחוזות הבישוף ("בישופויות") של הכנסייה האנגליקנית. המחוזות מחולקים לנפות (מחוזות משנה), וכל נפה מנוהלת על ידי כינוס רבעוני, ומנהיגה הוא ה"הכומר המפקח הכללי". ברוב הנפות ישנם פחות כמרים מכנסיות, ומרבית הטקסים מבוצעים על ידי כמרים מקומיים, שאינם מוסמכים, או כמרים בדימוס. המפקח הכללי והכמרים נעזרים בניהול הנפה בכמרים לא מקצועיים, ויחדיו הם מרכיבים את הקבוצה המנהיגה את הנפה.
פילוגים בכנסייה המתודיסטית המקורית הובילו ליצירת מספר קהילות נפרדות, הטוענות כי הן מתודיסטיות. הגדולות שבהן הן כנסיית "המתודיסטים הפשוטים" ו"הנוצרים התנ"כיים". כדי להבדיל את עצמה החלה הכנסייה המתודיסטית המקורית לכנות את העצמה "הכנסייה המתודיסטית של וסלי". שלושת הזרמים העיקריים במתודיזם הבריטי התאחדו ב-1932 והקימו את הכנסייה המתודיסטית של בריטניה.
במהלך שנות השישים ביצעה הכנסייה המתודיסטית מספר מחוות כלפי הכנסייה האנגליקנית כדי להביא לאיחודן. באופן רשמי דחתה הכנסייה האנגליקנית את האיחוד ב-1972 אולם הדו-שיח לגבי שיתוף פעולה בין הכנסיות נמשך, והוביל לחתימת ברית בין שתי הכנסיות ב-2003. בשנות ה-70 החלה הכנסייה המתודיסטית במספר "פרויקטים כלל נוצריים", בשיתוף עם הכנסייה האנגליקנית והכנסייה הרפורמית המאוחדת. הפרויקט כולל חלוקת כנסיות, בתי ספר ולעיתים גם כמרים בין שלוש הכנסיות.
המתודיזם, באופן מסורתי, פופולרי בוויילס ובקורנוול, אזורים הידועים בחוסר קונפורמיזם, וחוסר אמונם בכנסייה האנגליקנית. המועצה המתודיסטית מסייעת בניהולם של מספר בתי ספר בבריטניה, שבהם שמים דגש על השכלה כוללת, וערכים נוצריים.
מתודיזם בארצות הברית.
ההתעוררות המתודיסטית הראשונה חלה בקרב המתיישבים באמריקה ב-1730 וב-1740. למטיף המתודיסט הבריטי ג'ורג' וייטפילד היה תפקיד ראשי בהפצת המתודיזם באמריקה. בנסיעותיו במושבות השונות הטיף וייטפילד בסגנון מרגש ונלהב, וקיבל כל אדם לקהלו.
הסגנון החדש של הדרשות והדרך החופשית יותר להתנהגות דתית הפיחו חיים חדשים בדת באמריקה. האמריקנים החלו להיות מעורבים בלהט וברגש בדתם, במקום לשבת באופן פסיבי ומרוחק ולהקשיב לדיונים אינטלקטואליים. אנשים החלו ללמוד את התנ"ך בביתם, וכך ביזרו את הדרכים בהן אנשים יכלו ללמוד על הנצרות, זאת בדומה לנטייה האינדיבידואליסטית באירופה בתקופת הרפורמציה הפרוטסטנטית.
עם הקמתה של הכנסייה המתודיסטית האפיסקופלית באמריקה בכינוס חג המולד בבולטימור (מרילנד) בשנת 1784 הסמיך קוק (שכבר הוסמך בכנסייה האנגליקנית) את אסבורי לכמורה לתפקיד של "זקן" (תואר דתי של מנהל כנסייה, מורה ומטיף מכובד) ולבישופות, במהלך שלושה ימים עוקבים.