יש לעשות הבדל ברור בין השפלה למישור החוף הדרומי שכן ישנו שוני בין שני מושגים אלו-אכן, ישנו אזור שהוא "משותף" לשני אזורים אלו אך בעיקרון אזור השפלה הוא יותר מזרחי ובו כבר מתחילות להופיע הגבעות המערביות של שפלת יהודה ואילו מישור החוף הדרומי הוא יותר מערבי ואין בו זכר לגבעות של שפלת יהודה.
קרקע.
פני השטח במישור החוף הדרומי הם גבנוניים, הדבר בולט בעיקר ברכסי הכורכר החוצים את האזור לאורכו. בדרך כלל גובהם לא עולה על 70–80 מטר, חוץ מאזור קריית גת, שבו יש התרוממות עד לגובה של למעלה מ-100 מטרים, ואפילו ל-138 מטרים באזור חוות ניבה. באזור מישור החוף, ניתן להבחין בארבע רצועות המשתרעות ממערב למזרח:
רצועת החולות.
אורכה של רצועת החולות במישור החוף מגיעה לרוחב של 5 - 6 קילומטרים, ונקטעת לחמש יחידות משנה רוחביות על ידי עמקי הסחף שיוצרים ערוצי הנחלים בדרכם אל הים, ההולכים ונעלמים מתחת לשטחי הבנייה של הערים הגדולות:
רצועת רכסי הכורכר.
רכסי הכורכר באזור מצטיינים בפריסתם הרבה, והם יוצרים 3 - 5 רכסים, המקבילים זה לזה, אך בשל המרחק הרב ביניהם והכיסוי החולי קשה לעיתים להבחין בהם, בייחוד בחלקו הדרומי של האזור. הרכס המערבי יוצר, במגעו עם קו המים, חוף, מצוקת וכפים, שנוצלו בתקופות שונות לבניית מעגנים ונמלים, דוגמת אשקלון הימית ויבנה ים, רכס זה מכוסה כמעט לכל אורכיו בחוליות, המגיעות עד חולון בצפון. ממזרח לו משתרע רכס הכורכר, שעליו שוכנת ראשון לציון ונס ציונה, הוא מפוצל ליחידות אורך משניות, ובינו לבין הרכס המערבי והחוליות הוא יוצר את המרזבה. הרכס המזרחי בנוי כשורת גבעות מפוצלות, הנמשכות מרמלה דרך אזור רחובות, לגדרה ודרומה. בשל גובהם הגדול יחסית של גבעות הכורכר, נבנו עליהם יישובים הצופים על מישור החוף והדרכים שמובילות אל הים, במאה ה-20 הוקמו מחצבות כורכר לבניה וסלילת כבישים.
רצועת גבעות החמרה.
תפוצת גבעות החמרה מגיעה לשיאה בצפונו של האזור. הן מהוות גוש רחב משתרע בין נחל שורק בדרום ונחל איילון בצפון. ובו כלולות סביבות היישובים ראשון לציון, רמלה ורחובות. קרקע זאת נפוצה גם בדרום, בעיקר בחלקו המערבי של האזור, ברכסי הכורכום ובחולות.
רצועת אדמות הסחף.
עמקי האורך שיוצרים נחלי האזור בולטים רק בחלקו המערבי, הם מהווים את המרזבה של מישור החוף הדרומי. בניגוד לאבוסים שבאזור השרון, המקבילים לה בהיותם מצויים בין רכסי הכורכר, המרזבה היא רחבה, גבוהה יותר (25–30 מטר מעל פני הים) וניקוזה יעיל וכמעט אינו יוצר שטחי ביצות. לאורכה של המרזבה נמשכים כביש החוף ומסילת הברזל לעזה (בקטע שמדרום ליבנה). קרקעיתה בנויה אדמות סחף שהורבדו על ידיד הנחלים, הבולטות בצבען הכהה.
בחלקו המזרחי של האזור אפשר להבחין בעמקי אורך נוספים, רחבים יותר ומקוטעים. במקביל לעמק האורך המזרחי של השרון (מרזבת השרון) מצוי גם במישור החוף הדרומי עמק אורך, הנמשך מצפון לדרום, בין רכסי הכורכר וגבעות החמרה מזה ושלוחות השפלה מזה. כלפי דרום הוא מתרחב והולך עד לאגן ניקוז של נחל לכיש (בו עובר כביש האורך המזרחי רמלה-קריית גת).
לנחלי מישור החוף הדרומי אופיינית זרימה בערוצים נפרדים עד למרזבה, לרגלי החוליות ורכסי הכורכר המערביים מתלכדים ויוצרים ערוצים נפרדים לערוצים הראשיים ומוסיפים לזרום צפונה לאורך כמה קילומטרים עד שהם פורצים להם דרך מערבה, לעבר הים. כך הם יוצרים, במעבר מן המרזבה אל חוף הים, קשת גדולה, המנתקת את אזורי החולות לגושים בודדים.
מערכת הדרכים באזור הייתה מבוססת לפנים על תוואים טבעיים, כגון דרך חוף הים, שעלתה מעזה צפונה לאורך המרזבה (בקירוב בתוואי מסילת הברזל לוד-חיפה וכביש החוף) "הדרך הדרומית" שעברה לרגלי גבעות השפלה מלוד דרומה, וצירי רוחב שעברו בעמקי הנחלים, כיום נפרצות הדרכים בהתאם לצורכי התעבורה, וכמעט ללא התחשבות בתוואים הטבעיים. בייחוד בולט הדבר בכביש המהיר תל אביב-אשדוד ובדרכי רוחב רבות שנפרצו באזור, בעיקר בצפונו, באזור גבעות החמרה של האזור.
הצומח.
צומח חוף הים.
בקרבת הים נושבות רוחות חזקות, הנושאות עמן רסס מלוח של מי ים. כמות הרסס והשפעתו על הצמחים רבה בקרבת הים, ואילו במרחק של כמה עשרות מטרים מן החוף פוחתת השפעתו. בהתאם לשינוי בעוצמת הרוחות וברסס גדל הצומח ב"חגורות" המקבילות לחוף. לחגורות הקדמיות אופייני צומח חופי מיוחד, העמיד בפני רוחות ורסס מי הים.
רצועת החוף של אזור ההצפה של הים היא מלוחה, וכמעט לא גדלים בה צמחים עילאיים.
חגורת הצומח הראשונה הקרובה לים היא חברת מלחית אשלגנית ולפופית החוף. בעורפה של חברת צמחים זו, ברצועה צרה, שולטת בדרך כלל חברת מד חול דוקרני ולוטוס מכסיף, אם כי הגבולות בין שתי החגורות לא תמיד ברורים.
חגורת הצמחים השלישית מאכלסת את החוליות הקדמיות שלמרגלות מצוק הכורכר. חוליות אלו בנויות לרוב מחול גס ומחצץ כורכרי. לחגורת הצמחים הזאת אופייניים לוטוס מכסיף, חבצלת החוף, צלבית החוף, גלעינון החוף, ידיד החולות המצוי, ועוד. בפסגת המצוק עוצמת הרוח חזקה ביותר, התשתית נעדרת כיסוי חולי והצומח מורכב מבני שיח שרועים.
לחוליות העורפיות, כלומר אותן חוליות המצויות מעבר למחסה המצוק, אופייניות שתי חברות של צומח החולות. החוליות הנעות מאוכלסות בחברת ידיד החולות המצוי. החוליות שנעצרו בידי רכס הכורכר מכוסות בחברת הלענה חד זירעית, המלווה גם בצמחי רותם המדבר, דנתונית החולות, ארכובית ארץ ישראלית, ועוד.
צומח החולות.
בשקעים בין החוליות מופיעים צמחי אגמונית הכדורים, וקנה-סוכר מצרי. מציאותם של צמחים אלו מעידה על מי תהום גבוהים ועל תשתיות של קרקע חריסית. בתי גידול אחרים הם החולות הנודדים, החולות המיוצבים למחצה והחולות המיוצבים, רכסי הכורכר, קרקעות החמרה, קרקעות גרומוסולים, ובתי גידול לחים, כגון נחלים, ביצות ובריכות. כל אחד מבתי גידול אלה מאוכלס על ידי חברות מצחים המיוחדות לו. המשותף למרבית בתי הגידול של מישור החוף היא מציאותן של קרקעות חוליות. כמות המים בקרקעות אלה היא מועטת (3%-10%), והמים מחלחלים בהם לעומק רב. גם כושר ההזנה של קרקעות אלה הוא דל, והן עניות בחנקות. יוצאי דופן הם בתי הגידול שבהם מצויה מתחת לחול שכבה חריסית עוצרת-מים.
התנאים בבתי הגידול החוליים, ובמיוחד בחוליות, דומים מאוד לתנאים השוררים בבתי גידול מדבריים. ואמנם, כתוצאה ממחסור במים וממיעוט החנקות בקרקע, צמחי החולות הם בעלי תכונות קסרומורפיות.
צומח הגרומוסולים.
המישורים האלוביאליים במישור החוף מעובדים ברובם, והצומח הראשוני בהם הושמד כנראה בזמנים ההיסטוריים, וכיום לא נשאר מהם שריד. הקרקע כאן היא חרסיתית, פורייה ובעלת כושר נשיאת מים רב. לעיתים גרוע הניקוז בקרקעות אלה, ואז לקוי גם האוורור. בשל תכולת החרסית הגבוהה תופחת הקרקע לאחר הרטבתה ומתכווצת עם התייבשותה, נוצרים בה סדקים. בסדקים אלה נשפכת קרקע מן האופק העליון אל האופק התחתון, ולפיכך מתערבבת הקרקע והיא חסרת פרופיל ברור.
הצומח של קרקעות אלו כיום הוא צמח סגטלי (צמחי שדות וצמחי באשה) והחברה השולטת בו היא חברת ינבוט השדה וחוח עקוד. זוהי חברה של עשבי באשה, המלווה גידולים חקלאיים, או מצויה בשטחים הנתונים למשטר של עיבוד חקלאי.
החי.
חסרי חוליות.
במישור החוף מינים רבים של פרוקי-רגליים ובפרט חרקים. בקו החוף ישנם סרטנים ורכיכות, בהן חלזונות וצדפות. בשדות שבאזור נמצאים מספר מיני חלזונות בהם דרחול השיח ושבלול השדה.
דו-חיים, מכרסמים וזוחלים.
במישור החוף הדרומי אפשר להבחין בשני אזורים השונים זה מזה. האזור שבצפונו הוא המיושב ביותר בארץ, ואילו האזור שבדרומו דליל והיישוב בו מפוזר. תפוצת בעלי החיים קשורה קשר הדוק במידת אכלוסו של השטח.
ההתיישבות היהודית במישור החוף הדרומי שינתה את פניו לחלוטין. ייבוש הביצות שהיו בו חיסל מקום חיות זה לחלוטין, ויחד עמו נעלמו הצמחים שאפיינו אותו ובעלי חיים רבים, בעיקר דו-חיים, שחיו בו.
פעולות האדם גרמו שינויים מרובים נוספים, שעיקרם הרס מקומות חיות רבים והצטמצמות החי בהם או אף הכחדתם. מצד שני האדם יצר מקומות חיות חדשים (אזורי מגורים עם צמחי נוי, פרדסים ומטעים, ואף ערמות אשפה ומזבלות) שאליהם חדרו בעלי חיים אחרים, המאכלסים אותם כיום בצפיפות.
בדרום מישור החוף חיים נציגים של אזורים זואוגרפיים שונים. החולות הנודדים הן מקום חיות מדברי מתון (גם אלו הנמצאים ליד תל אביב), ורוב החי בו הוא ממוצא מדברי. לצד אלה מצויים שם גם נציגים ערבתיים וגם נציגים של עולם החי הטרופי, הסודנים (שמוצאם מאפריקה), והאוריינטלי (שמוצאם מאסיה), אך אלה מעטים יחסית.
רוב בעלי החיים שמוצאם מדברי חיים בחולות בדרום מישור החוף הדרומי. כאלה הם הישימונית המצויה, הכוח האפור, נחש החולות, ושנונית החולות מן הזוחלים. וגרביל החולות, גרביל החוף, מריון החולות, והירבוע המצוי מן המכרסמים.
לכמה מבעלי החיים של החולות יש מינים ויקאריים (מחליפים) במקומות חיות אחרים, כגון גבעות הכורכר, באבוסים (עמקי אורך בין רכסי הכורכר), במישורי קרקעות הסחף ובאזורי הגבעות. צמד אחד כזה הן שנונית החולות ושנונית השפלה. בחולות מצויה שנונית החולות, לטאה שמקור שמה הוא אצבעות רגליה, המצוידות בקשקשים משוננים (שתפקידם להרחיב את משטח הדריכה של השנונית ולמנוע את שקיעת בחול). במקומות החיות האחרים מחליפה אותה שנונית השפלה, הגדולה ממנה במקצת ואצבעותיה משוננות פחות משלה.
צמד אחר הוא קיפוד החולות והקיפוד המצוי. בחולות חי קיפוד החולות, הבהיר ובעל האוזניים הארוכות,
שהוא בעל חיים מדברי טיפוסי. במקומות החיות האחרים מחליף אותו הקיפוד המצוי, שמוצאו צפוני והוא שוכן בכל אירופה.