בשנת 1919 הושלמה בניית בית החולים והוא פתח את שעריו, כאשר הוא מנוהל על ידי צוות של רופאים איטלקים ובראשם דוקטור מנצילי. אחיות בית החולים היו נזירות ממסדר איטלקי על שם הקדוש קוטולגנו.
במהלך פעולתו זכה בית החולים להערכה רבה על יעילותו ושירותיו המודרניים, גם ממטופליו תושבי ירושלים וגם ממבקרים מחוץ לארץ.
במקביל לפעולתו של בית החולים כמוסד רפואי הוא שימש כמוקד לתושבי ירושלים ממוצא איטלקי. בימי ראשון ובחגים קתוליים התאספו חברי הקהילה בכנסיית בית החולים לתפילות מסורתיות ולהתכנסות חברתית, במקום המזכיר יותר מכל מקום אחר בירושלים את איטליה.
מפקדת חיל האוויר המלכותי.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה הפכה איטליה למדינת אויב בארץ ישראל, ובית החולים הוחרם כרכוש אויב על ידי ממשלת המנדט הבריטי, והועבר לשימוש המפקדה הירושלמית של חיל האוויר המלכותי. במקום הוקמו משרדים ובצמוד אכסניה לחיילי היחידה ובית חולים צבאי.
במגרש שמאחורי הבניין, במקום בו בנוי בניין לב רם, הוקמו מגרשי טניס לשימוש מפקדת חיל האוויר.
על תקופה זו מספר אהרון חבר:
עם הידרדרות המצב הביטחוני בירושלים ומשאנשי ממשלת המנדט הפכו מטרות לפעילות של המחתרות היהודיות והערביות, הוקם אזור ביטחון במרכז ירושלים (בווינגרד), ומתחם בית החולים הוקף בגדרות תיל, בכביש הגישה הוצבו "שיני דרקון" - מחסומי בטון בצורת קונוס, ועמדות שמירה הוקמו בסמוך לכניסות. למרות אמצעי האבטחה תקפו אנשי האצ"ל בשנת 1947 את המועדון של חיל האוויר המלכותי ששכן בבית החולים.
הבריטים הידקו את אמצעי הביטחון והאזור הוכרז לאזור סגור, ורק תושבי השכונה קיבלו אישורי מעבר מיוחדים על מנת שיוכלו לבוא ולצאת מביתם. בחודש מאי 1948 החלו הבריטים בהכנות ליציאה מהארץ ופינוי מאחזיהם במרכז העיר. בית החולים שהיה עמדה שולטת מעולה על צירי תנועה מרכזים נתפס על ידי לוחמים יהודים שנכנסו לבניין מהחלונות האחוריים, בזמן שהבריטים יצאו מהכניסה המרכזית ובעוד קבוצה מכובדת של ערבים חיכו בכניסה לצאתם של הבריטים על מנת שיוכלו להיכנס ראשונים כשיצאו, ללא ידיעתם שהלוחמים היהודים כבר בתוך הבניין וכבר תלו את הדגל שלהם. יהודה לפידות מספר על ההשתלטות על בית החולים במסגרת מבצע קלשון:
מלחמת העצמאות עד 1961.
במלחמת העצמאות, שימש הבניין כעמדה קדמית ונקודת תצפית לכוחות צה"ל בקרבות בשטח העירוני של ירושלים. בית החולים עמד על קו החזית העירוני, והופגז בידי הלגיון הערבי. כתוצאה מהלחימה נגרמו נזקים קשים לגג הכנסייה, ולמגדל ששימש כעמדת תצפית. בהסכם שביתת הנשק עם ירדן נקבע כי בית החולים האיטלקי יהיה בשטח ישראלי.
עם תום הלחימה הוחזר בית החולים לבעליו, הנזירות האיטלקיות ממסדר קוטולנגו, שהשתמשו במבנה בית החולים והכנסייה למגורים ופולחן.
משהוברר היקף הנזק הכבד שנגרם למבנה בקרבות דרשו נציגי ממשלת איטליה ממדינת ישראל לתקן את הנזקים, אך נתקלו בסירוב ישראלי בטענה כי נזקים אלו נגרמו מן ההפגזות הירדניות. לאחר משא ומתן ממושך החליטו האיטלקים בשנת 1963 למכור את בית החולים והמגרש עליו הוא עומד לממשלת ישראל.
משרד החינוך והתרבות.
בשנת 1963 הועבר המבנה לידי משרד החינוך והתרבות, זאת לאחר שהמשרדים הראשיים השתכנו בבניין סמוך ברחוב שבטי ישראל 34 (בית מחניים) עוד קודם לכן. בבניין ששימש בעבר כבית חולים פועלות מחלקות שונות של משרד החינוך, והכנסייה משמשת כחדר ישיבות. זבולון המר שהיה שר החינוך בשנת 1977 התקין במשקוף הכניסה הראשית מזוזה גדולה. בספרו "רחוב הנביאים שכונת החבשים ושכונת מוסררה - סיפורו של מקום" רואה האדריכל דוד קרויאנקר אקט זה כסמל למתח והמאבק בין הדתות בירושלים בכלל, ואזור רחוב הנביאים בפרט.
בחלוף השנים נגרמו לבניין נזקים והוא סבל מבלאי ותחזוקה לקויה, ונוצר צורך דחוף בתיקון ובשחזור גגות הרעפים המקוריים, תיקון הקמרונות המקוריים, החלפת החלונות ושחזור ריצפת השיש. בשנת 2004 החלה תוכנית שיפוצים מקיפה של המבנה וחלליו הפנימיים.
כיתת יורים
כיתת יורים היא שיטה לביצוע הוצאה להורג המקובלת בעיקר בזמן מלחמה. כיתת יורים מורכבת מקבוצה של אנשים, בדרך כלל חיילים, להם ניתנת פקודה לירות בו-זמנית באדם שהורשע בדין. אף אדם בודד מכיתת היורים לא יכול להציל את חיי הנידון למוות בכך שלא יירה ובכך קטן, לכאורה, התמריץ המוסרי להפרת הפקודה.
הוצאות להורג על ידי כיתת יורים מתבצעות בדרך כלל תוך שימוש בקליעים בעלי קוטר גבוה כדי לגרום למוות מהיר. הנידון למוות יכול להיות ישוב או עומד, אך הוא בדרך כלל כפות. נהוג לשים ברדס על ראשו של הנידון למוות, או לפחות לכסות את עיניו.
כיתת יורים משמשת לרוב להוצאה להורג של מרגלים. שיטה זו נחשבת לשיטה מכובדת יחסית, ועל כן לא נוהגים להשתמש בה כנגד פושעי מלחמה, אותם נוהגים לתלות. עם זאת, מדינות כמו פולין, רוסיה ונורווגיה השתמשו בכיתות יורים כדי להוציא להורג פושעי מלחמה לאחר מלחמת העולם השנייה.
כיתת יורים נחשבת לעונש הכבד ביותר שיכול להטיל בית דין צבאי על עבירות כמו פחדנות, עריקה או מרד. כדוגמה, טוראי אדי סלוביק שהוצא להורג על ידי כיתת יורים בשנת 1945 היה החייל הראשון שהוצא להורג בצבא ארצות הברית מאז מלחמת האזרחים האמריקנית. בזמן מלחמת העצמאות הוצא להורג ב-30 ביוני 1948 סרן מאיר טוביאנסקי באשמת ריגול, שהתבררה אחר כך כמופרכת. לעיתים משמשת כיתת יורים כדי לבצע גזרי דין מוות שהוטלו על חיילים עבור פשעים רגילים כמו רצח או אונס. בצרפת הוצא להורג המהנדס הצבאי ז'אן-מארי באסטיאן-ת'ירי על ידי כיתת יורים באשמת מעורבות בניסיון להתנקש בחייו של נשיא צרפת שארל דה גול.
לעיתים כיתת יורים משמשת להוצאה להורג בשל פשעים פוליטיים. מנהיג רומניה ניקולאה צ'אושסקו הוצא להורג על ידי כיתת יורים ב-25 בדצמבר 1989.
כדור סרק.
"כדור הסרק" (Blank cartridge), הוא נוהג מקובל בו אחד מחברי כיתת היורים, מבלי לדעת שזה הוא, מקבל רובה ובו כדור סרק במקום כדור חי. תאוריה שמצדיקה נוהג זה גורסת שכל אחד מהחברים בכיתת היורים יכול לקוות כי הוא זה שלא יתרום להרג, מה שאמור להקטין את הרתיעה מפני הירי ובכך להפוך את ההוצאה להורג לאמינה יותר. קלעים מנוסים אמנם אמורים להיות מסוגלים להבחין בין ירי כדור חי לכדור סרק לפי הרתע (כדור סרק גורם לרתע נמוך בהרבה), אך ישנו מניע פסיכולוגי משמעותי לא לשים לב לעוצמת הרתע. השימוש ברובה אחד בו כדורי סרק משמש גם כהגנה משפטית על חברי כיתת היורים אם יועמדו לדין על כך בעתיד, שכן לא ניתן להוכיח מי תרם למות המוצא להורג ומי לא.
הוצאות להורג במדינות שונות.
ישראל.
מאיר טוביאנסקי הורשע על לא עוול בכפו, בבגידה ובריגול, בזמן מלחמת העצמאות. בעת שהדיון התנהל, הוכנה כיתת יורים בת 6 חיילים שנלקחו מחטיבת "הראל", שהתאמנה באזור. אלו הובאו לבית הדו-קומתי שנותר על תילו עד היום בקיבוץ הראל — והנושא את השם "בית הקשתות" — בלי שידעו לשם מה הובאו לשם. לאחר שעה קלה הגיעו החוקרים/השופטים לבית זה וכפתו את טוביאנסקי. קשרו אותו בעיניו. הוא הוצב עם פניו אל הקיר, וכיתת היורים נצטוותה לירות בראשו. כיתת היורים הרגה את טוביאנסקי בו במקום. ליד הקיר נחפר בור, לתוכו הושלכה גופתו של טוביאנסקי וכוסתה בעפר.
בהתאם לסעיף 493(א) לחוק השיפוט הצבאי, תשט"ו-1955 עונש מוות שהוטל לפי חוק השיפוט הצבאי יבוצע ביריה. בפועל, מזה שנים ארוכות לא מבוצע בפועל עונש מוות בישראל, גם לא לפי חוק השיפוט הצבאי. לפיכך, בפועל אין כיתת יורים בישראל, אף שהדבר אפשרי לפי הדין.
ארצות הברית.
במספר קטן של מדינות בארצות הברית קיימת ענישת הוצאה להורג, אך גם באותן מדינות נחשבת שיטת ההוצאה להורג בפני כיתת יורים כארכאית ואכזרית, השייכת לתקופת המערב הפרוע. השיטה יצאה מחוץ לחוק במדינות השונות, כאשר האחרונה שבהן הייתה יוטה, בה קבע הסנאט בסולט לייק סיטי בשנת 2004 כי הזריקה הקטלנית תהיה השיטה החוקית היחידה להוצאה להורג. יוטה היא המדינה האחרונה בארצות הברית שעדיין מאפשרת הוצאה להורג בפני כיתת יורים לאסירים, שביקשו זאת לפני כניסת החוק לתוקפו. מדובר בכ-160 אסירים הממתינים לענשם כיום.
בחריין.
בבחריין, זוהי שיטת ההוצאה להורג היחידה. שלושה אנשים הוצאו להורג בידי כיתת יורים במדינה מאז שנת 1996. שיטת ההוצאה מתבצעת כך שהנידון מושב על כיסא ומסביבו בדים על מנת לספוג את הדם. אדם אחד מבצע את הירי, אך עדיין הוצאה זו נחשבת כהוצאה בידי כיתת יורים. בנוסף, על גוף הנידון מסומנת מטרת ירי. בנובמבר 2006, אישה בבחריין הוצאה להורג בשיטה זו, אך הכדור החטיא את המטרה ובמקום להרוג אותה מיידית - גרם לה לדמם למוות.
קנדה.
בזמן מלחמת העולם הראשונה, הוציאה קנדה כ-25 חיילים להורג בידי כיתת יורים בגין פשעי מלחמה. בזמן מלחמת העולם השנייה הורשע חייל ברצח, והוצא מאוחר יותר להורג בידי כיתת יורים באיטליה, בשנת 1945.
פינלנד.
9,700 אזרחים פינים הוצאו להורג בידי כיתות יורים בתקופת מלחמת האזרחים הפינית וגם בתקופה שלאחריה. רוב ההוצאות בוצעו ללא אישורים וכנגד החוק. למעשה, בוצעו רק כ-250 הוצאות חוקיות להורג בידי כיתות יורים.
בזמן מלחמת העולם השנייה, הוצאו להורג כ-500 אנשים, כמחציתם מרגלים. רוב ההאשמות בגינן הוצאו להורג היו האשמות בגידה. רוב ההוצאות בוצעו בידי הצבא, אך במקרה של מרגלים, רוב ההוצאות להורג בוצעו בידי המשטרה הצבאית המקומית.
ב-1949, הוצאה להורג הוצאה אל מחוץ לחוק בזמני שלום, ובשנת 1972 לכל הפשעים.
אינדונזיה.
שיטת הוצאה להורג זו נפוצה מאוד באינדונזיה. ביוני 2008, שני מבריחי סמים ניגרים הוצאו להורג על ידי הממשלה.
מקסיקו.