תאוריה זו מעלה את השאלה מה ניתן לומר על איכויות במושאים עצמם. לעניין זה, לוק מבחין בין איכויות ראשוניות (Primary qualities) לבין איכויות משניות (Secondary qualities). לוק מספק מספר ניסוחים להבחנה הזו והמשמעות המדויקת שלה נתונה לפרשנות. לפי ניסוח אחד ניתן לומר על איכויות ראשוניות שהן נמצאות במושאים עצמם, שהן בלתי נפרדות מהמושאים, שהן בלתי משתנות ובלתי תלויות בשכל האדם. כדי להסביר את ההגדרה הזו לוק מבקש שנדמיין גרגר חיטה שנחצה שוב ושוב לחלקיקים הולכים וקטנים עד שהחלקיקים אינם ניתנים יותר לחישה. לחלקיק החיטה הקטנטן יהיו אותן איכויות ראשוניות שמצאנו בגרגר הגדול, כגון קשיות, צורה, תנועה או מנוחה, גודל ומספר. מנגד, איכויות משניות אינן שום דבר במושאים עצמם מלבד הכוח ליצור תחושות באדם דרך האיכויות הראשוניות. הן תלויות באיכויות הראשוניות המהוות את המקור שלהן ובאדם שחש בהם. הדוגמאות של לוק הן צבע, טעם, חום או קור, קול וכדומה - איכויות שההופעה שלהן תלויה גם באופן שבו השכל או איברי החישה מפרשים אותן. לדוגמה, הוא אומר שייתכן ששני בני אדם ירטיבו את ידיהם באותם המים, אך אחד מהם ירגיש שהמים חמים והשני ירגיש שהמים קרים; האיכויות הראשוניות של המים (תנועה, לדוגמה) הן זהות, אך הכוח שלהן ליצור אידיאה של חום או של קור משתנה מאדם לאדם. לוק אומר שאידיאות של איכויות ראשוניות הן דמויות (Resemblances) של האיכויות הראשוניות עצמן, והדפוסים שלהן קיימים באמת באובייקטים החיצוניים לנו, בעוד שאידיאות שנוצרות כתוצאה מאיכויות משניות אינן דמויות שלהן. המשמעות של טענה זו ומידת המחויבות של לוק למשתמע ממנה אינה מוסכמת על פרשניו.
בנוסף לאיכויות ראשוניות ומשניות, לוק כותב גם על סוג נוסף של איכויות (המכונות לעיתים בספרות איכויות שלישוניות, אף שלוק אינו משתמש בביטוי זה). איכויות השייכות לסוג שלישי הן כוחות של גופים מסוימים המאפשרים להם לשנות את האיכויות של גופים אחרים. כך למשל אש יכולה לשנות את הצבע של חומרים מסוימים.
התאוריה של לוק לגבי הקשר בין איכויות לאידיאות נשענת בחלקה על התאוריה המדעית בת תקופתו, לפיה עולם החומר כולו מורכב מחלקיקים קטנים (Corpuscles). תאוריה זו, המכונה התאוריה הקורפוסקולרית (Corpuscularianism), דומה לגישות אטומיסטיות בפילוסופיה היוונית. בויל, דקארט, גסנדי וניוטון, אישים שהשפיעו על ההגות של לוק, האמינו בגישה זו. לפי התאוריה, אנחנו חשים באובייקט חיצוני כאשר אותם חלקיקים קטנים נעים מהאובייקט אל איברי החישה שלנו ויוצרים תנועה בגופנו שמגיעה בסופו של דבר אל המוח. כשלוק כתב שאיכויות ראשוניות יוצרות אידיאות בשכלנו הוא דמיין תהליך מעין זה שמתואר בתאוריה, ובמספר מקומות הוא מתייחס לתאוריה זו באופן מפורש. עם זאת, התשובה לשאלה האם התאוריה הקורפוסקלרית היא הכרחית ובסיסית עבור תורת ההכרה של לוק אינה מוסכמת על כל פרשניו. ראשית, אימוץ תאוריה פיזיקלית כבסיס לתאוריה אפיסטמולוגית חותר תחת המטרה המוצהרת של לוק לספק תאוריה מינימלית של יסודות ההכרה, אשר קודמים ואינם תלויים בממצאי המדע. שנית, לוק עצמו מתייחס לתאוריה הקורפוסקלרית כהיפותזה ולא כעובדה מוגמרת. בחלק מהמקומות שבהם הוא מתייחס במפורש לגישה הוא מקדים ואומר שמדובר בסטייה מהנושא המרכזי שלו. הערות אלה מובילות חלק מהפרשנים של לוק להבין את התאוריה הקורפוסקולרית כדוגמה או השערה ולא כבסיס הכרחי לתורת ההכרה של לוק. שלישית, בעוד שאימוץ התאוריה הקורפוסקלרית מרמז על הבנה מכניסטית של העולם, לוק מאמץ מכניזם באופן מוגבל ומפרט לגבי בעיות שונות שהתפיסה המכניסטית אינה יכולה להסביר.
אידאות פשוטות ומורכבות.
לוק פיתח טקסונומיה של אידיאות המובחנות על ידי פרמטרים שונים. הסיווג המרכזי הוא בין אידיאות פשוטות (Simple ideas) לאידיאות מורכבות (Complex ideas). אידיאות פשוטות נוצרות באופן פסיבי דרך הניסיון, כאשר אנחנו נפגשים עם מושאים. למשל, חישה של קוביית קרח יכולה ליצור אצלנו את האידיאות "קר" ו"קשה". לא ניתן ליצור, להרוס, להעלים, לשנות, או לפרק אידיאה פשוטה לאידיאות אחרות. אידיאות פשוטות יכולות להיווצר גם כתוצאה מניסיון בעיון פנימי. כך למשל, לוק מחשיב את האידיאות "תפיסה" ו"רצון" לאידיאות פשוטות. הן יכולות להיווצר גם בשילוב של חישה ועיון פנימי, כמו במקרה של כאב והנאה.
אידיאות מורכבות, מנגד, נוצרות משילוב, הפשטה או חיבור של אידיאות פשוטות. למשל, האידיאות "אדם", "סוס", "זהב", "מים" וכדומה הן אידיאות מורכבות, גם אם חווינו אותן במציאות, כיוון שהן מכילות בתוכן מספר אידיאות אחרות. השכל יכול ליצור אידיאות מורכבות באופן אקטיבי, כמו שקורה למשל כשאנחנו מדמיינים דבר שלא ראינו.
לוק מחלק אידיאות מורכבות למספר סוגים: אידיאות של עצמים (Substances), כגון אדם; של אופנים (Modes), כגון משולש, רצח, הודיה ויופי; ושל יחסים (Relations) כמו זהה, שונה, דומה, גורם ל-, וגדול מ-. לוק מפתח את הדיון בנוגע לאידיאות מורכבות מסוימות שהוא רואה כחשובות לעיסוק בשאלות פילוסופיות שחורגות מאפיסטמולוגיה גרידא. כך למשל, הדיון על האידיאה "זהות" משמש את לוק לדיון מורחב על המשמעות של זהות אישית, במהלכו הוא דוחה את הטענות לפיהן זהות אישית היא זהות של האורגניזם או זהות של הנפש לאורך זמן ומקום, וטוען כי משמעותה הנכונה היא זהות של התודעה. לטיעון זה הייתה השפעה נרחבת על הפילוסופיה המודרנית של מושג הזהות והפילוסופיה של העצמי (Self).
פרשנים של לוק חלוקים בדעתם לגבי השאלה באיזו מידה ואופן האידיאות מייצגות את המושאים במציאות. כאמור, הדברים היחידים שזמינים ישירות לתפיסה של האדם הן האידיאות. מצב זה מעלה את האפשרות שהאידיאות מהוות "מסך" בינינו לבין המציאות, כפי שטען תומאס ריד. אם לוקחים את הטענה הזו לקצה הלוגי שלה, ייתכן שאנחנו לא יכולים להגיד שום דבר אמיתי על העולם החיצוני ואף ייתכן שלא קיים שום דבר מחוץ לשכל. הפילוסוף בן זמנו של לוק, אדוארד סטילינגפליט, טען שאם התאוריה של לוק נכונה הרי שכאשר לוק סוגד לאלוהים הוא למעשה סוגד לאידיאות של עצמו. ג'ורג' ברקלי טען שמשמעות התאוריה של לוק היא שאין לנו אפשרות להשוות בין האידיאות שבשכלנו לבין המושאים במציאות, אלא רק בין אידיאות לאידיאות אחרות. לוק רצה להימנע מספקנות רדיקלית מעין זו. אולם, השאלות כיצד בדיוק לוק ניסה להתגבר על הבעיות האלה ובאיזו מידה הוא מצליח להתגבר עליהן הן נושא לוויכוח בין הפרשנים של לוק. לגבי אידיאות פשוטות, כיוון שהשכל אינו יכול ליצור אותן, לוק טוען שהן לעולם לא בידיון או דמיון, אלא תוצר טבעי ורגיל של דברים שפועלים עלינו והן מייצגות דברים במציאות. דבר זה נכון גם לגבי אידיאות פשוטות של איכויות משניות. האידיאה "לבן" שנוצרת כשאנחנו חוזים בכדור שלג אינה דמות (Resemblance) של משהו שנמצא בכדור השלג, אבל היא תואמת לתכונות שקיימות באמת בכדור השלג. לפי חלק מהפרשנים של לוק הצהרות אלה מורות על כך שהתאוריה שלו היא גרסה של ריאליזם פילוסופי, אבל גם בין אלה שמקבלים את הטענה הזו יש הבדלים משמעותיים.
ספר שלישי: על המילים.
הדיון על טבעה ושימושיה של השפה בספר השלישי של המסה הוא תוספת מאוחרת לתורת ההכרה של לוק, ובמקור הוא תכנן לעבור ישירות מהדיון על טבען של האידיאות לדיון על הידע ומגבלותיו. בכל הטיוטות של המסה שנשמרו, כולל זו של 1685, השימוש בשפה אינו מופיע כנושא מרכזי. על פי עדותו של לוק עצמו, הוא הבין בסופו של דבר שעל מנת לכתוב על הידע ומגבלותיו יש להבין ראשית את הקשר בין האידיאות לבין המילים שמשמשות להוראתן.
לפי לוק, הסימון או ההוראה (Signification) המיידי והראשוני של מילים אינו מורה על דבר מלבד האידיאות בשכלו של הדובר. בפתח החלק השלישי של המסה לוק קובע שאלוהים יצר את האדם כיצור חברתי, ולכן תכנן אותו כך שיוכל להשתמש בשפה לצורך תקשורת בין בני האדם, כך שאדם יוכל לחלוק את מחשבותיו ולתעד אותן בזיכרונו. היכולת להשתמש בקול לצורך שפה התפתחה באופן טבעי. אולם הקביעה שמילה מסוימת משמשת להוראה על אידיאה מסוימת ולא אחרת היא רצונית ושרירותית. אין קשר טבעי בין מילים לבין מה שהן אמורות לייצג, שכן אם היה קשר כזה הייתה רק שפה טבעית אחת. השימוש במילים הוא וולונטרי ושרירותי, אך במובלע הוא מבוסס על הסכמה בין המשתמשים בשפה.
שאלת הקשר בין מילים לבין דברים שקיימים במציאות מעוררת שאלות דומות לשאלת הקשר בין אידיאות לבין איכויות. ג'ון סטיוארט מיל ביקר את ההגדרה של לוק, כיוון שלתפיסתו כאשר אדם אומר "השמש היא הגורם ליום" הוא אינו מתכוון לומר "האידיאה של השמש בשכלי גורמת לאידיאה של היום בשכלי". עם זאת, מרבית הפרשנים היום סבורים שעבור לוק, לפחות כאשר מדובר במילים שמסמנות אידיאות פשוטות ואידיאות מורכבות של עצמים, קיים למילים שימוש אמצעי (לא מיידי) ומשני והוא ההוראה על דברים (רפרנטים) שקיימים באופן עצמאי במציאות או, לכל הפחות, שבני האדם מניחים שיש להם קיום כזה.
לוק הכיר בכך שיש מילים (מיליות) שאינן משמשות לתיאור אידיאות, אלא לחיוב ושלילה, קישור בין אידיאות, בין הגדים ובין משפטים. מילים אלה מורות על היחס בין האידיאות בשכל הדובר.