לאחר צאת אלבומם השני החליטו חברי הלהקה להשתמש בעזרתו של כותב השירים דזמונד צ'יילד (שעזר בין היתר לאירוסמית', קיס, אליס קופר ועוד). בעזרתו נכתבו שלושה מהשירים באלבום השלישי (ביחד עם ג'ון בון ג'ובי וריצ'י סמבורה) שנקרא "Slippery When Wet". האלבום יצא ב-1986 וזכה להצלחה אדירה ונמכר בלמעלה מ-12 מיליון עותקים בארצות הברית ובכ־28 מיליון בעולם כולו. האלבום היה לאלבום הנמכר ביותר בשנת 1987 ע"פ מגזין הבילבורד ושהה 8 שבועות במקום הראשון בארצות הברית. בין להיטיו ניתן למנות את "You Give Love A Bad Name", "Livin' On A Prayer" ו-"Wanted Dead Or Alive". אולם, בסיבוב ההופעות של האלבום, נתקל הסולן ג'ון בון ג'ובי בקשיים ווקאליים: לוח הזמנים העמוס והצלילים הגבוהים גרמו נזק לקולו; בעזרת מאמן קולי הצליח לסיים את סיבוב ההופעות. מאז אירוע זה, נמנעים חברי הלהקה מיצירת שירים חדשים העושים שימוש בצלילים גבוהים.
בשנת 1988 יצא אלבומה הרביעי של להקת בון ג'ובי, "New Jersey". האלבום הוקלט זמן קצר לאחר סיבוב ההופעות של האלבום הקודם וזאת מכיוון שהלהקה רצתה להוכיח שהם לא 'להקה של להיט אחד'. התוצאה הייתה אלבום מוצלח מאוד ואחד המועדפים ביותר על המעריצים. האלבום מתאפיין בשימוש נרחב בסגנונות הפופ והרוק וזכה להצלחה מסחרית עצומה - האלבום מכר כ-18 מיליון עותקים לאורך השנים, ומתוכו יצאו להיטים כגון "Lay Your Hands on Me", "Bad Medicine" ו-"I'll Be There for You". אלבום זה היה לאלבום הרוק הכבד הראשון שחמישה סינגלים מתוכו הגיעו למקומות הראשונים במצעד ה-"Top Ten" של הבילבורד. אף תקליט רוק לא שבר או אפילו השווה שיא זה.
סיבוב ההופעות של האלבום ארך כ-18 חודשים ונודע כ"סיבוב ההופעות המאוחד של ניו ג'רזי" ("The Jersey Syndicate Tour"), ותועד בווידאו שפורסם מאוחר יותר בשם "New Jersey: The Videos" וכן ב-"Access All Areas". במהלך סיבוב ההופעות הופיעו עם בון ג'ובי בכירי המוזיקאים בעולם כגון ג'ימי פייג' מלד זפלין, בריאן מיי מקווין, אלטון ג'ון ועוד. במסגרת סיבוב ההופעות הובילה בון ג'ובי את פסטיבל מוזיקת השלום של מוסקבה (Moscow Music Peace Festival) בשנת 1989. סיבוב ההופעות החדש יצר מתח רב בין חברי הלהקה - הדבר פגע בשגרת חייהם והתקיים זמן קצר לאחר שובם מסיבוב ההופעות של האלבום הקודם. בזמן הסיבוב סיכמו חברי הלהקה שבסיומו ילך כל אחד מחברי הלהקה לדרכו, ואפילו יעזוב במטוס נפרד. באותו זמן הציע ריצ'י סמבורה את עמדת הסולן לבילי רוג'רס, הידוע בעיקר בזכות הלהיט "I'm Blue".
באותה השנה (1989) זכו בון ג'ובי בפרס מפעל חיים בטקס פרסי ה-MTV, פרס עליו גיחכו חברי הלהקה (ומסרו את הפרס לאחד המעריצים כמחאה), מאחר שהתקיימו כלהקה רק שש שנים.
באותו הטקס עלו ג'ון בון ג'ובי וריצ'י סמבורה עם שתי גיטרות אקוסטיות בלבד (דבר שלא היה מקובל באותם ימים) וביצעו שני שירים ("Livin' on a prayer" ו-"wanted dead or alive"). ההתלהבות הייתה כה גדולה ועקב כך נוצרה סדרת האנפלאגד (MTV Unplugged) בערוץ ה-MTV.
שנות התשעים.
לאחר התפרקות הלהקה בפעם הראשונה (בין השנים 1990–1992), פנו חברי הלהקה לדרכים נפרדות בעולם המוזיקה: ב-1990 הקליט ג'ון בון ג'ובי אלבום סולו בשם "Blaze of Glory" שהיה פסקול לסרט "אקדוחנים צעירים 2" (בון ג'ובי אף השתתף בסרט בתפקיד אורח בן פחות מדקה). באלבום התארחו מספר אמנים חשובים כגון אלטון ג'ון, ליטל ריצ'רד וג'ף בק. האלבום זכה למעמד של אלבום פלטינה ומכר כ-5 מיליון עותקים. השיר "Blaze of Glory" שמתוכו זכה בפרס גלובוס הזהב. ב-1991 הוציא ריצ'י סמבורה, בעזרתם של טיקו טורס ודייוויד בריאן, אלבום סולו משלו בשם "Stranger In This Town". דייוויד בריאן אושפז בבית חולים לאחר שנדבק בחיידק דרום אמריקאי ולאחר מכן, באותה שנה הוא הקליט פסקול לסרט האימה "The Netherworld".
בשנת 1992 התאחדה הלהקה מחדש והוציאה את האלבום "Keep the Faith". האלבום הופק על ידי בוב רוק והיו בו טקסטים ולחנים בוגרים יותר מהאלבומים שקדמו לו. האלבום כלל להיטים רבים, בהם "Bed of Roses", "Keep the Faith" ו-"In These Arms". מספר שירים יצאו גם כסינגלים ברחבי העולם, בהם "Dry county", "I Believe" והשיר "I'll Sleep When I'm Dead". אלבום זה היה האלבום הראשון של הלהקה שנחל הצלחה רבה יותר מחוץ לארצות הברית מאשר במדינה, אף על פי שגם בה זכה למעמד של אלבום פלטינה כפול. האלבום מכר למעלה מ-10 מיליון עותקים ברחבי העולם.
ב-1994 הוציאה הלהקה אלבום אוסף בשם "Cross Road" שהכיל גם שני שירים חדשים: הלהיטים "Always" ו-"Someday I'll Be Saturday Night". האלבום היה לתקליט הנמכר ביותר בבריטניה בשנת 1994 ומכר מעל 18.5 מיליון עותקים בעולם. בחמשת השבועות הראשונים ליציאתו מכר התקליט 5 מיליון עותקים. השיר "Always" נכתב במקור לפסקול הסרט "רומיאו בן זונה" (באנגלית: "Romeo Is Bleeding"), אך לאחר שחברי הלהקה צפו בו הוחלט לא להשאיל את השיר לסרט ובמקום זה להוסיף את השיר לאלבומם. "Always" שהה 32 שבועות במצעד 100 הלהיטים של מגזין בילבורד ונחשב לאחד מהשירים המפורסמים ביותר של הלהקה. האלבום כלל גם גרסה מחודשת לשיר "Livin' on a Prayer" בשם "Prayer '94", שהופצה בארצות הברית בלבד.
מאוחר יותר באותה שנה, עזב הבסיסט אלק ג'ון את הלהקה והוחלף על ידי יו מקדונלד, ששימש כבסיסט בהקלטות "Runaway". מראיונות שנערכו באותה תקופה לא היה ברור אם אלק ג'ון פוטר או עזב; ג'ון בון ג'ובי צוטט בטענות כי ג'ון עשה טעויות רבות מדי בהופעות כתוצאה משתיית אלכוהול בזמן ההופעות, אך שאר חברי הלהקה הכחישו זאת. מאוחר יותר הודו שאר חברי הלהקה שכנראה הייתה זו הסיבה העיקרית לעזיבתו.
באלבום שיצא בשנת 1995, "These Days", שינתה הלהקה את גישתה; האלבום היה קודר יותר מהאלבומים הקודמים וכלל מספר שירים שהושפעו מז'אנר ה-R&amp;B. מאלבום זו יצא רק סינגל אחד בארצות הברית, "This Ain't A Love Song". מספר שירים אחרים היו פופולריים יותר באירופה: "Hey God", "Something for the Pain" ו-"Lie to Me". האלבום מכר כ-8 מיליון עותקים ברחבי העולם - הוא קיבל מעמד של אלבום פלטינה בארצות הברית והגיע למקומות גבוהים במצעדים של בריטניה. בעקבות הצלחת האלבום יצאה הלהקה לסיבוב הופעות מוצלח שבסיומו החליטה הלהקה לקחת פסק זמן בפעם השנייה.
בזמן ההפסקה פנו חלק מחברי הלהקה לתחומים חדשים: טורס השקיע בציור בעוד דייוויד בריאן התחיל לכתוב ולהלחין מחזות זמר. ב-1998 הוציא סמבורה את אלבום הסולו השני שלו, שנקרא "Undiscovered Soul". ג'ון בון ג'ובי התחיל להשקיע בקריירת המשחק שלו ושיחק בסרטים "עיר קטנה", "תעביר את זה הלאה" ו-"צוללתU-571". כמ כן הוציא אף הוא אלבום סולו שני, "Destination Anywhere". האלבום קיבל תגובות נלהבות והצליח בעיקר באירופה. סרט קצר שצולם בזמן הקלטות האלבום בשם "Destination Anywhere" התבסס על השירים מהאלבום. בסרט שיחקו ג'ון בון ג'ובי, דמי מור, קווין בייקון ווופי גולדברג.
הלהקה התאחדה מחדש בפעם השנייה ב-1999 והקליטה את השיר "Real Life" עבור הסרט "אד טיוי".
המאה ה-21.
בשנת 2000 הוציאה הלהקה את האלבום "Crush". האלבום זכה להצלחה בארצות הברית וברחבי העולם, בעיקר הודות ללהיט "It's My Life" שנכתב בעזרת המפיק השוודי מקס מרטין. "Crush" הכיל גם את הלהיטים "Say It Isn't So" ו"Thank You for Loving Me" והפך לאלבום המצליח ביותר של הלהקה מאז "Keep the Faith" ומכר כ-8 מיליון עותקים ברחבי העולם. לאחר צאת האלבום, יצאה הלהקה בקיץ למסע הופעות שאמור היה לכלול כ-60 הופעות, אך עקב הביקוש הרב התווסף מספר רב של הופעות והלהקה המשיכה להופיע עד אמצע 2001. בזמן מסע ההופעות הוציאה הלהקה אלבום אוסף של שירים מהופעות חיות מכל הזמנים. האלבום נקרא "One Wild Night: Live 1985-2001".
בסוף שנת 2002 הוציאה הלהקה את האלבום "Bounce". האלבום לא זכה לאותה מידת הצלחה כקודמו אך כלל את הלהיטים "Everyday" ו"Misunderstood". הלהקה יצאה לסיבוב הופעות נוסף בארצות הברית. במהלך המסע ביצעו הופעה באצטדיון הווטרנס בפילדלפיה שהייתה להופעת הפרידה מהאצטדיון בטרם הריסתו.
באוגוסט 2003, עם תום מסע ההופעות של האלבום "Bounce", החלה הלהקה בפרויקט מיוחד של הפקת אלבום של שירים מוכרים של הלהקה בגרסאות אקוסטיות ושקטות: הלהקה עיבדה מחדש והקליטה 12 שירים לאלבום "This Left Feels Right" שיצא בנובמבר 2003. בשנה שלאחר מכן הוציאה הלהקה אלבום בשם "100,000,000 Bon Jovi Fans Can't Be Wrong". שמו של האלבום הושפע משמו של אלבום שהוציא אלביס פרסלי בשם "50,000,000 Elvis Fans Can't Be Wrong". האלבום הורכב מארבעה דיסקים ובהם 38 שירים שהלהקה מעולם לא הוציאה רשמית, 12 שירים נדירים וDVD. האלבום חגג את מכירת 100 מיליון האלבומים של הלהקה ואת עשרים השנים שחלפו מאז הוציאה הלהקה את אלבומה הראשון, בשנת 1984.
בנובמבר 2004 זכתה הלהקה בפרס ב"פרסי המוזיקה של אמריקה" (American Music Awards) ובספטמבר 2005 הוציאה את אלבומה התשיעי, "Have a Nice Day". האלבום זכה להצלחה בכל רחבי העולם, מכר 202,000 עותקים בשבוע הראשון ומעל ל-3.5 מיליון בחצי השנה הראשונה ליציאתו והגיע לראש המצעדים. השיר "Have a nice day" היה הסינגל הראשון מהאלבום ואילו הסינגל השני "Who Says You Can't Go Home" יצא בארצות הברית באביב 2006, אף על פי שברחבי העולם הוא יצא רק אחרי השיר "Welcome to Wherever You Are". השיר "Who Says You Can't Go Home" יצא גם כגרסת דואט של ג'ון בון ג'ובי עם זמרת הקאנטרי ג'ניפר ניטלס מהלהקה "שוגרלנד".