רכיב חוזר נוסף הוא עניין ה"שם", המופיע קצרות במילים "אַנְשֵׁי הַשֵּׁם" החותמות את הפרשיה. השאיפה לעשות "שם" לעצמם בקרב בני-אדם, נזכרת במספר מקרים בפרקים הסובבים: קין מנציח את עצמו "וַיִּקְרָא שֵׁם הָעִיר כְּשֵׁם בְּנוֹ חֲנוֹךְ", בוני מגדל בבל מכריזים "וְנַעֲשֶׂה לָּנוּ שֵׁם" ולבסוף שם בן נח עצמו כנראה קשור לכך אף הוא. קליינס הצביע על כך שמוטיב ה"שם" מופיע בהקשר שלילי אצל בני-אדם, אולי מכיוון שהאל הוא היחיד שזכאי בדין ליומרה לעשיית שם לעצמו ("אָז הוּחַל לִקְרֹא בְּשֵׁם יְהוָה") והוא גם היחיד שרשאי לגדל את שמו של אחד מברואיו ("וַאֲגַדְּלָה שְׁמֶךָ" הנאמר לאברהם בפרק י"ב). זיקה נוספת לחלק אחר ב"היסטוריה הקדמונית" היא הדמיון הלשוני לחטא עץ הדעת בבראשית ג' ו': "וַתֵּרֶא הָאִשָּׁה כִּי טוֹב הָעֵץ... וַתִּקַּח מִפִּרְיוֹ" מקביל להפליא ל"ויראו בני האלהים את בנות האדם כי טבת הנה וייקחו להם". בשני המקרים מדובר בהפרה של הסדר הראוי מתוך תאווה; במקרה הראשון, חוה מתאווה לפרי, ובמקרה השני, צאצאיותיה הנשים מעוררות את תאוותם של בני האלוהים. בשניהם יש גם קישור למוות ולאלמוות, עץ החיים מזה וקיצור חיי האדם וצאצאי הזיווגים מזה.
המבול מתרחש מיד לאחר מעשה בני האלוהים, והפרשנות המסורתית הניחה בדרך כלל שקיים קשר סיבתי בינו לזיווג. גם אם הצבת שתי האפיזודות זו לצד זו בטקסט הסופי של בראשית יוצרת זיקה שניונית קלושה, אין ביניהן שום קישור ישיר: תגובת האל "לא ידון רוחי באדם" היא סולילוקוויה שאינה מופנית לאף אחת מן הדמויות האחרות, ומהווה מין הרהור מופשט. היא איננה מזכירה חטא כלשהו אלא מנומקת בכך שהאדם הוא בשר, ובני האלוהים לא נענשים כלל בפרק. כמו כן, אף אחת מן הדמויות במעשה בני האלוהים איננה נזכרת בסיפור המבול הבא לאחר מכן. הטקסט לא מצביע ישירות על ביצוע חטא כלשהו או על גינוי למגע בין בני האלוהים לבנות האדם, וגם תגובת הבורא ב"לא ידון" לא מכילה שום רכיב המצביע בהכרח על היותה עונש במקום מעשה נייטרלי סתם.
ניתוח ביקורתי.
האפיזודה מצויה בסופו של "סֵפֶר תּוֹלְדֹת אָדָם" המתחיל בפרק ה' פסוק א', שהוא אחד מאחד-עשר ספרי התולדות הדומים המרכיבים את בראשית ובו מתוארת השתלשלות הדורות מאדם ועד לידת נח. אף על פי שמעשה בני האלוהים חותם את "תולדות אדם", ניתוחים פילולוגיים של הטקסט מצביעים על היותו חטיבה נפרדת, ועמדה זו היא המקובלת במחקר. ארבע הקבוצות הנזכרות בו אינן מופיעות לא קודם ולא אחר-כך, וגם הפתיח "ו... כי" זהה לפתיח של הפרשיה הבאה, ה' ה'-ח', ומצביע אם כן על כך שמדובר בפרק העומד בפני עצמו. בתוך ארבעת הפסוקים עצמם, מילות קישור כמו "ויאמר" ו"גם אחרי כן" מעידות על הרצף הפנימי של החטיבה ועל היותה יחידה אחת. על אף זאת, ישנו מספר משמעותי של דעות הרואות במעשה בני האלוהים לא סיפור עצמאי אלא קטע בלבד מטקסט אחדותי, הכולל את כל בראשית ו' א'-ח'.
ישנן כמה גישות בסיסיות בביקורת המקרא להתהוות ולתפקיד של בראשית ו' א'-ד'. ה"קלאסית", שהופיעה כבר בשלהי המאה ה-19, רואה בו מיתוס קדום על נישואי אלים לבנות-אדם שעוקצו ניטל בהוספת פסוק ג' (בו אלוהים מקצר את חיי האדם, והגיבורים/נפילים בכלל זה) על ידי העורך; גישה זו מתארכת את שלושת הפסוקים מלבד ג' למקור היהוויסטי, לפני התוספות הכהניות, ורואה בהם רכיב קדום מאוד. גישה נוספת מאחרת את הפסוקים ומתארת אותם כתוספת חדשה יותר לטקסט היהוויסטי או הכהני. ניתוח זה מסתמך על כך שהפסוקים מכילים ללא ספק רכיבים כהניים ויהוויסטים גם יחד, כמו ההתייחסות ל"בשר" ול"רוח" המוזכרת על ידי המקור הכהני אף במקומות אחרים לצד "אדמה" ו"החל" שמופיעות בטקסט היהוויסטי, אך אי-אפשר לחלק את הפרק בין שכבות אלו והן מעורבבות לכל אורכו. מקור הטקסט הסופי, בניתוח זה, הוא בעריכה המאוחרת שגיבשה את בראשית, כנראה במאה החמישית לפני הספירה; זוהי ההשקפה הנפוצה ביותר. גישה שלישית, שזכתה לתמיכה ברבים מהמחקרים האחרונים, היא הצבעה על המקבילות בין מעשה בני האלוהים לרכיבים בספר חנוך א', בעיקר סיפור שמחזי בפרקים ו'-י"א שם, וקביעה כי שתי היצירות הכתובות משקפות נרטיב אחד. בניתוח זה, בראשית ו' א'-ד' היא תוספת מאוחרת מאוד שהועלתה על הכתב ממש בזמן חיבור חנוך א', כלומר במאה השלישית או השנייה לפני הספירה. רוב החוקרים דוחים גישה אחרונה זו ורואים בספר חנוך הרחבה על בראשית ולא מקבילה שלו.
הקונצנזוס המחקרי הגורף לגבי מהותם של "בני האלוהים" הוא שמדובר באזכור, אחד מני רבים אם כי ייחודי בהיקף פירוטו, לפנתיאון הפוליתאיסטי או "מועצת האלים" של המזרח הקדום, שנשתמר במקרא מן המיתולוגיה הכנענית ומיתולוגיות מקומיות אחרות שמהוות רובד יסוד בסיפוריו. הביטוי "בני אל[ם]" מופיע מספר פעמים בכתבי אוגרית במובן של אלוהויות המשתתפות במועצה האלוהית; בסיפור אתרחסיס המסופוטמי משתף האל אנליל את "בניו" במועצה שהוא עורך; ובכתובת אזתוד מוזכרת "כל דר בנ אלמ", כלומר מועצת כל בני האלים. מועצה זו מכונה "פח'ר" בכתבים אוגריתיים, פיניקיים, ארמיים ובבליים, ומקבילתה המקראית נזכרת בפסוקים כמו "אֱלֹהִים, נִצָּב בַּעֲדַת-אֵל: בְּקֶרֶב אֱלֹהִים יִשְׁפֹּט" בתהלים פ"ב או ב" הָבוּ לַיהוָה בְּנֵי אֵלִים הָבוּ לַיהוָה כָּבוֹד וָעֹז" בתהלים כ"ט. הרעיון של מועצה מרובת-אלוהיות עבר התפתחויות רבות בתוך הטקסט התנ"כי, מאזכורים מפורשים למדי ועד לכתיבה פולמוסית ומגמדת נגדו – בתהלים פ"ב, בקטע המזכיר את קיצור החיים בבראשית ו' ג', מכריז הכתוב "אֲנִי-אָמַרְתִּי, אֱלֹהִים אַתֶּם וּבְנֵי עֶלְיוֹן כֻּלְּכֶם: אָכֵן כְּאָדָם תְּמוּתוּן וּכְאַחַד הַשָּׂרִים תִּפֹּלוּ" – וכלה בצנזור גמור, כמו החלפת הפסוק בדברים ל"ב מ"ג, "הרנינו שמים עמו / וישתחוו לו כל בני אלהים" המופיע במגילות מדבר יהודה ובתרגום השבעים, בנוסח המסורה "הרנינו גוים עמו". אלו שיקפו את המעבר ההדרגתי מפוליתיאיזם להנותאיזם ולבסוף למונותאיזם, כשדורות של רפורמטורים התאמצו לסגל את הטקסט, ששיקף מסורות שהיו נפוצות באוכלוסייה סביבם ושאי-אפשר היה למחוק כליל, לאידאולוגיות הדתיות המשתנות. חוקרים רבים הסבירו את אופיו הקצר והקטוע של מעשה בני האלוהים בכך, שלא היה אלא גרסה מקוצרת ומעובדת בכבדות של נרטיב ארוך ועשיר יותר. יאפ דדנס סבר שאזכורם של בני האלוהים בו' א'-ד' איננו חורג, בסופו של דבר, ממגמת ההתייחסות לפוליתאיזם המצויה בכל התנ"ך: המקרא כלל לא מנסה להתווכח עם שאלת קיומם של אלוהויות אחרות, אלא רק מציג את יהוה כנעלה ואדיר מכולם. כמו בסיפורים אחרים, גם במקרה זה מודגשת בבירור עליונותו של יהוה בכך שהוא משית על צאצאי בני האלוהים את קיצור חייהם.
לנושא הזיווג בין אלים לבנות-אדם יש מקבילות בספרות המזרח הקדום: על גילגמש נאמר שהיה שני שלישים אל ושליש בן-תמותה, והאל העליון אל הזדווג עם אישה והוליד את שחר ושלם. עם זאת, מקרה של קבוצה אלוהית שלמה המולידה גזע על-אנושי חדש איננה קיימת בשום מסורת מקומית ידועה. אך ישנם סיפורים דומים מאוד ב, בייחוד ב"תאוגוניה" וב"קטלוג הנשים" של הסיודוס, בו הטיטאנים ודמויות אחרות מולידים שורה של יצורים שונים, כמו הקיקלופים. דמיון זה הביא מספר חוקרים לטעון כי מעשה בני האלוהים הוא פולמוס נגדי או הד רחוק לסיפורים שעורכי המקרא, והאוכלוסייה שבתוכה חיו, היו מודעים להם מתוך היחשפות לסוחרים יוונים.
שאלת התפקוד של בראשית ו' א'-ד', בין אם כיחידה הניצבת בהקשרה בתוך הספר או כפרק חריג שהוסף בעריכה שרירותית, זכתה לתשובות רבות. הצעה אחת שהעלו מספר מבקרים היא שמדובר באטיולוגיה שתפקידה העיקרי הוא להסביר את מוצאם של הענקים והנפילים, שהיו דמויות מוכרות היטב לקהל אליו כיוון המחבר את סיפורו, כפי שמעידים הפסוקים, אך שהמסורות הקשורות בהם אבדו מאז. בעבר נטען כי מדובר אולי בפולמוס נגד פולחן קדשות פוליתאיסטי שנהג בסביבתו של המחבר, אך טענה זו נזנחה לאחר שהוכח שפולחנים אלו היו בעיקרם בדיה ספרותית.
פתרון שהוצע על ידי רון הנדל, ואומץ על ידי דייוויד קליינס ואחרים, היה קישור בין מעשה בני האלוהים למבול מזה ולמיתוס אתרחסיס מזה. הנדל ותומכיו סברו שהפרק חריג בכך שבעוד שבכל שאר ההיסטוריה הקדמונית היות האנושות בת-תמותה היא מובנת מאליה ונתונה מסיפור הבריאה, אמירתו של אלוהים "לא ידון רוחי באדם לעולם" משמעה שקודם לכן רוח זו, במובן של חיים, כן התקיימה באדם "לעולם", כלומר הוא היה בן-אלמוות. בהצעתו של הנדל, זהו הד לתפישה השומרית-בבלית על כך שבעבר הרחוק, האלים לא ידעו כיצד להמית את האדם והיה עליהם להביא מבול לשם כך, כמבוטא בסיפור אתרחסיס. מעשה בני האלוהים מהווה לפיכך אטיולוגיה של עצם המוות, ובמקורו לא היה נפרד מסיפור המבול ושניהם ביחד היוו מעין עיבוד של אתרחסיס או שאבו ממסורת דומה; אך היהוויסט הפריד בין שתי הפרשיות (ממצא המעיד על כך, לפי הנדל, הוא הדמיון הרב בין פסוקים א' וה' בפרק ו', שמקורו בכפילות) כך שסיבת המבול היא שחיתותם המוסרית של בני-האדם. ניתוח זה גם מסביר את המילה "שגם" כנובעת מהשורש האכדי שמשמעותו "רעש", ורואה אותה כעוד שריד למיתוס הקדום. גישתו של הנדל ספגה ביקורת רבה, משום שההחרגה הגמורה של הטקסט מהקשרו בהיסטוריה הקדמונית הוצגה כמאולצת מדי, בגלל ההסכמה הרחבה שאין קשר מובנה למבול וגם משום שבמעשה אתרחסיס אין שום אזכור למגע מיני בין האלים לבני-האדם.