. קרסטיין היה נחוש בדעתו להביא את בלנצ'ין לאמריקה. קרסטיין וורבורג ובלנצ'ין, אותו הכיר קרסטיין אישית לראשונה בלונדון בשנת 1933, הקימו את בית הספר לבלט אמריקאי בהרטפורד, קונטיקט באוקטובר באותה שנה. קרסטיין כיהן כיושב ראש בית הספר עד לפרישתו בשנת 1989. בשנת 1934 הסטודיו עבר לקומה הרביעית של בית בשדרת מדיסון ורחוב 59 בניו יורק. אביו של וורבורג הזמין קבוצת תלמידים משיעורי הערב של הסטודיו להופיע במסיבה פרטית.
הם ביצעו שם את ה"סרנאדה", הבלט החשוב הראשון המבוסס על כוריאוגרפיה של בלנצ'ין שהוצג באמריקה. כעבור חודשים אחדים בלבד קרסטיין, ורבורג, בלנצ'ין וולדימיר דימיטרייב ייסדו את "חברת הבלט האמריקאית", ששמה שונה בהמשך ל"להקת הבלט האמריקאית" (American Ballet Ensemble). הלהקה הפכה בשנים 1935–1938 ללהקת הבית של מטרופוליטן אופרה. סידור זה לא השביע את רצונם של בלנצ'ין וקרסטיין מפני שהנהלת האופרה לא איפשרה להם חופש אומנותי.
בשנת 1936 יזמו השניים את הקמתה של להקה נוספת – "קרוואן הבלט" (Ballet Caravan) שנועדה לצאת לסיבובי הופעות. בין היצירות האמריקאיות שהציגה ניתן למנות את Filling Station של ליו כריסטנסן, "בילי הנער" (Billy the Kid) של יוג'ין לורינג לפי ליבריות מאת קרסטיין עצמו.
בעקבותיה קמה "קרוואן הבלט האמריקאי" שערכה, לפני שהתפרקה בשנת 1941, סיור נודע בדרום אמריקה.
מלחמת העולם השנייה.
הקריירה התיאטרלית של קרסטיין הופסקה בעקבות מלחמת העולם השנייה, כאשר ארצות הברית הצטרפה ללחימה בשלהי שנת 1941. קרסטיין התגייס לצבא בפברואר 1943 ועבר טירונות בפורט דיקס, ניו ג'רזי. לאחר מכן נשלח לפורט בלווֹאר, וירג'יניה, לקורס הנדסה קרבית. מיד אחרי גיוסו לצבא התחיל קרסטיין לעבוד על מיזם של איסוף ותיעוד יצירות אמנות של חיילים. מיזם זה היה בסיס לתערוכות שהוצגו בגלריה הלאומית לאמנות, בספריית הקונגרס וב-MoMA, והתפרסמו במגזין "לייף" ובספר שערך קרסטיין וכותרתו "אמנים תחת אש". באותה תקופה הכין קרסטיין תוכניות להקמת "מוזיאון לאומי לאמנות בימי מלחמה", תוכנית שלא יצאה לפועל.
החל משנת 1944 שובץ קרסטיין כשליח, כמתורגמן וכנהג בארמייה השלישית של הגנרל פטון. ביוני 1944 נשלח כמתורגמן למפקדה העליונה של חיל המשלוח של בעלות הברית (SHAEF) בלונדון ובספטמבר הועבר לצרפת ליחידה של הארמייה השלישית שנקראה "מחלקת המונומנטים, האמנויות והארכיונים" (MFAA) ונועדה להציל ולשמר דברי אמנות באירופה. קרסטיין שובץ במסגרת זו הודות להמלצה של דייוויד פינלי, מנהל הגלריה הלאומית לאומנות וסגן יושב ראש ועדת רוברטס שעסקה בהצלת חפצי אמנות באירופה בימי המלחמה. בצרפת כתב קרסטיין שירים המבוססים על חוויותיו שהתפרסמו בשנת 1964 תחת הכותרת "חרוזים של טוראי ראשי" (Rhymes of a Pfc). בינואר 1945 קודם קרסטיין לדרגת טוראי ראשון במסגרת ה־MFAA ועבר עם יחידתו לשטח גרמניה בתור עוזר לקפטן רוברט פוזי, "האחראי על מונומנטים" בארמייה השלישית. בגרמניה עסק קרסטיין באופן אישי במציאת דברי אמנות שהוסתרו בסביבות מינכן ובמכרות המלח באלטאוסזה.
בפברואר 1945 גילו קרסטיין ופוזי ציור קיר של סצנת הבשורה מן המאה ה־14 בכנסיית המנזר (פריורות) בסן מרטן שבמחוז מרת ומוזל שבצרפת (סמוך לגבול לוקסמבורג). הציור, שהיה מכוסה בשכבת טיח במשך מאות שנים,
התחיל להיחשף כתוצאה מההפצצות ומרטיבות.
לאחר מכן, בהונגן שבגרמניה, גילו פוזי וקרסטיין את שמונת הבתים של "מכון הגזע" של ה־Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg (ERR), ארגון בניהולו של אלפרד רוזנברג, שבהוראת היטלר הוטל עליו לשדוד יצירות אמנות בשביל "מוזיאון הפיהרר" שעתיד היה לקום בלינץ, אוסטריה ולחקור "גזעים נחותים" – בעיקר חפצים שהשתייכו ליהודים – וכן חפצי אמנות שהשתייכו לכנסיות ולבונים החופשיים.
בתוך המכון נתגלו ספרי תורה, ארכיונים יהודים וחומרים מוחרמים אחרים, חמרי תעמולה אנטישמית וכו'.
התגלית המפורסמת ביותר של השניים היה המסתור שבמכרה המלח שבאלטאוסזה, אוסטריה. שם, בתוך קילומטרים של מנהרות ומערות, הסתירו אנשי רוזנברג ציורים כמו "המדונה מברוז'" מאת מיכלאנג'לו, "האסטרונום" מאת ורמיר, תמונת המזבח של גנט מאת
יאן ואן אייק ואלפי יצירות אמנות ודברי ערך תרבותי אחרים. היצירות נאספו על ידי אנשי המונומנטים בנקודת איסוף מרכזית במינכן ומשם החוזרו לארצות שמהן נשדדו.
בספטמבר 1945, מועד שחררו מהצבא, פרסם קרסטיין בכתב העת "Town &amp; Country" את המאמר "The Quest for the Golden Lamb" על פעילותו זו בגרמניה.
בחזרה לבלט.
בשנת 1946, עם תום המלחמה, ייסדו קרסטיין ובלנצ'ין את להקת "חברת הבלט" אשר שמה שונה בשנת 1948 ל"ניו יורק סיטי בלט". לאחר שביצעה הלהקה את הבלט "אורפאוס" היא הוזמנה בשנת 1948 על ידי מורטון באום, יו"ר הנהלת אולם התיאטרון "ניו יורק סיטי סנטר", לקבוע שם את מושבה. כיום מקום מושבה של הלהקה הוא "תיאטרון דייוויד ה. קוק" בלינקולן סנטר – המרכז הערוני למוזיקה ולדרמה. האולם עוצב על ידי חברו של קרסטיין מלימודיו בהרווארד, האדריכל פיליפ ג'ונסון. קרסטיין כיהן כמנכ"ל הלהקה מעל 40 שנה, עד שנת 1989. במכתב משנת 1946 כתב קרסטיין שהעילה היחידה שהניעה אותו הייתה לאפשר לבלנצ'ין לעשות ככל העולה על רוחו ובאופן שבו הוא מעוניין לעשות זאת.
חייו הפרטיים וחוג חבריו.
תחומי העניין המגוונים של קרסטיין, שאפתנותו והעניין שגילה בתרבות הגבוהה, בהתבססו על אמצעים עצמאיים, משך אליו חוג רחב של ידידים יצירתיים מתחומי האמנויות השונים. בין חוג מרעיו נמנו יוצרים כמו גלנוויי וסקוט, מונרו ווילר, ג'ורג' פלאט ליינס, ג'רד פרנץ', ברנרד פרלין, פאבל צ'ליצ'ב, קתירין אן פורטר, ברברה הריסון, גרטרוד סטיין, ג'נסן יאו, ג'ונתן טיצ'נור, דונלד וינדהם, ססיל ביטון, ז'אן קוקטו, ו.ה. אודן, ג'ורג' טוקר, מרגרט פרנץ' קרסון, ווקר אוונס, סרגיי אייזנשטיין ואחרים.
קרסטיין ניהל יומנים עוד מימיו במחנה הקיץ בשנת 1919 ועד לשנות ה־1930 המאוחרות. מרטין דוברמן שאב מהם ומהתכתבויות שניהל קרסטיין מקורות ראשוניים לספר הביוגרפיה שכתב עליו בשנת 2007: "העולמות של לינקולן קרסטיין"
קרסטיין היה ידוע במשיכתו לגברים: סטודנטים בהרווארד, ימאים, נערי רחוב. הוא קיים, בין השאר, מפגשים מזדמנים במקלחות ה־YMCA שברחוב 63. קרסטיין ניהל רומנים עם מספר אומנים ויוצרים – וביניהם הרקדן פיט מרטינז, האמן הפלסטי דן מלוני ואוצר האומנות ג'נסן יאו – והיו לו גם מספר אהבות אפלטוניות. לעיתים תכופות הפכו מפגשיו המזדמנים לקשרי ידידות ארוכי ימים.
קרסטיין ניהל קשרים אינטימיים גם עם נשים ובשנת 1941 הוא נשא לאשה את פידלמה קדמוס, ציירת ואחותו של הצייר פול קדמוס שאותו לקח קרסטיין תחת חסותו. נישואיהם ידעו עליות וירידות עד למותה בשנת 1991. כמה ממאהביו של לינקולן התגוררו יחד עם הזוג בביתם ברחוב 19 מזרח ואשתו חיבבה את רובם.
שני בני הזוג לקו בהפרעות נפשיות. פידלמה סבלה במהלך חייה ממשברים נפשיים קשים שגרמו לה להפסיק לצייר, להסתגר ולנתק מגע מן העולם. קרסטיין מצידו התמודד בשנותיו האחרונות עם התלקחויות של הפרעה בעלת מאפיינים דו-קוטביים: מצבים מאניים, דיכאון ופרנויה. קרסטיין אף הרס את הסטודיו של חברו דני מלוני תוך כדי התפרצות זעם. לעיתים נזקק לאשפוזים פסיכיאטריים שארכו כמה שבועות ואף היה צורך לרסנו באמצעות כתונת כפייה.
אף על פי כן, מחלתו לא פגעה באופן במשמעותי ביצירתיות שלו והוא המשיך ליצור עד סוף חייו.
נטייתו הדו-מינית של קרסטיין היה סוד גלוי בחברה הבוהמית הניו יורקית, אולם הוא התייחס לכך בפומבי רק אחרי שנת 1982.
קרסטיין היה הראשון מבין המצנטים שתמכו בפול קדמוס, קנה רבות מתמונותיו ומימן את הוצאות המחיה שלו. קדמוס התקשה בתחילה למכור את ציוריו בגלריות בשל המטען הארוטי של הדמויות הגבריות שצייר.
קרסטיין היה אינטלקטואל מעורב במאבקים החברתיים והפוליטיים שהתרחשו באותה עת:
במרץ 1965 הוא השתתף בצעידה השנייה מסלמה למונטגומרי (אלבמה) למען הזכויות הפוליטיות והאזרחיות של האוכלוסייה האפרו־אמריקאית שהוביל ד"ר מרטין לותר קינג.
מורשתו.
בית הספר לבלט ו"הניו יורק סיטי בלט" שהקים קרסטיין נחשבים עד היום כ"מכה" של לימודי הבלט ומופעי הריקוד האמנותי באמריקה.
המבקר האנגלי קלמנט קריספ העריך כי קרסטיין "היה אחד מאותם הכישרונות הנדירים שנגעו בכל תחומי החיים האמנותיים של זמנם: בלט, קולנוע, ספרות, תיאטרון, ציור, פיסול, צילום – הכל עורר בו עניין".
בשנת 1940 הקים קרסטיין את ארכיון הריקוד במוזיאון לאמנות מודרנית MoMA בניו יורק, ארכיון שהיווה כעבור שנים בסיס לאוסף הריקוד של הספרייה הציבורית של ניו יורק. הוא ייסד גם את כתב העת "Dance Index" והיה עורכו בשנים 1942–1948
ותרם גם לחיי התיאטרון בארצו: בשנת 1955 הוא ייסד את פסטיבל שייקספיר האמריקאי בסטרטפורד, קונטיקט, והפיק את המופע "חלום ליל קיץ" בשנה הראשונה לכינונו.
בשנת 1959 ארגן קרסטיין סיור ברחבי אמריקה עבור מוזיקאים ורקדנים מיפן שהציגו מופעי מוזיקת חצר וריקודי חצר יפניים.
קרסטיין קבע את מושבו של ניו יורק סיטי בלט בבניין התיאטרון הממלכתי הניו יורקי בלינקולן סנטר ודאג למימון הדרוש לשם כך. הבניין עוצב בשנת 1964 על ידי האדריכל פיליפ ג'ונסון. למרות חזות הבניין השמרנית שעוצבה עם מוטיבים ארכיטקטוניים מודרניסטיים, עיצוב הפנים של האולם באדום ובזהוב מזכיר את התפאורות הנוצצות, עתירות הדמיון והפאר של הבלט רוס בפריז.