לצד ארגוני טרור אסלאמים שונים אשר קנו לעצמם שם בינלאומי במחצית השנייה של המאה ה-20, בלט ארגון אל-קאעידה. את מקורותיו של ארגון טרור זה נהוג לנעוץ במלחמה הסובייטית באפגניסטן לאורך שנות ה-80 של המאה ה-20. במסגרת מלחמה זו פלשה ברית המועצות לאפגניסטן במטרה לבסס במקום משטר קומוניסטי. כנגד פלישה זאת מדינות שונות בגוש המערבי כגון ארצות הברית, בריטניה, ערב הסעודית ופקיסטן העניקו תמיכה כלכלית וצבאית ללוחמים אפגנים אסלאמיסטים אשר זכו במערב לשם לוחמי המוג'אהדין. לוחמים אלו ניהולו מלחמת גרילה מול כוחות ברית המועצות, ובכך שירת הדבר לדידם של גורמים רבים במערב את האינטרסים שלו תחת מאמציו להחליש את ברית המועצות במסגרת המלחמה הקרה. באותן השנים היגר אוסאמה בן לאדן לאפגניסטן, קבע שם את מקומו, ועד מהרה הפך לעומד בראשו של ארגון אל-קאעידה שהיה אחד הארגונים שלחמו בסובייטים. בשנים שלאחר המלחמה באפגניסטן, החל ארגונו של בן לאדן לבסס עצמו כארגון מאומן, מלוכד ומצויד, ובמקביל החל להוציא פעולות טרור נגד מי שהוגדרו כאויבי האסלאם. בשנת 1996, השתלט ארגון הטליבאן על אפגניסטן, והחל ליישם במדינה את חוקי השריעה, ובמקביל לתת מקלט, תמיכה ומרחבי אימונים לארגוני טרור אסלאמיים שונים, בדגש על ארגון אל-קאעידה. ארגון זה, הקים תשתית שלמה באפגניסטן, אשר כללה עשרות בסיסי אימונים.
לאורך שנות ה-90 ארגון אל-קאעידה הוציא לפועל שורה ארוכה של מתקפות טרור איכותיות ואפקטיביות, המיועדות בעיקר כנגד יעדים אמריקניים. כך למשל ב-26 בפברואר 1993, הארגון ביצע ניסיון ראשון למוטט את מגדלי התאומים בניו יורק באמצעות משאית-תופת שהתפוצצה בחניון התת-קרקעי של מגדל מספר 1 במרכז הסחר העולמי. 6 אזרחים נהרגו ויותר מ-1000 נפצעו. לאחר מספר שנות רגיעה, ב-7 באוגוסט 1998, ביצע הארגון פיגוע גדול ממדים בשגרירויות האמריקניות בניירובי, בירת קניה, ובדאר א-סלאם, בירת טנזניה. בפיגועים אלו נרצחו 224 בני אדם לרבות 12 אמריקניים, ונפצעו למעלה מ־4,000.
פרוץ המלחמה בטרור (2001-2002).
פיגועי 11 בספטמבר.
בבוקרו של יום שלישי, ה-11 בספטמבר 2001, תשעה עשר טרוריסטים שהשתייכו לארגון אל-קאעידה חטפו ארבעה מטוסי נוסעים שהמריאו מנמלי תעופה שונים בצפון מזרח ארצות הברית. תחילה, הטיסו החוטפים שניים מהמטוסים, טיסה 175 של יונייטד איירליינס וטיסה 11 של אמריקן איירליינס, לעבר מגדלי התאומים שבמרכז הסחר העולמי שבעיר ניו יורק וריסקו אותם עליהם. 147 נוסעי המטוסים נהרגו, בתוך שעתיים שני המגדלים קרסו ובכך הביאו להרג של 2,192 אזרחים, 343 כבאים ו-71 שוטרים.
כמו כן ריסקו החוטפים את טיסה 77 של אמריקן איירליינס אל תוך בניין הפנטגון בארלינגטון הסמוכה לוושינגטון הבירה, כאשר כתוצאה מכך מוסב נזק משמעותי למבנה ונהרגים כל 59 נוסעי המטוס לצד 70 אזרחים ו-55 אנשי צבא על הקרקע. בנוסף הם תכננו לרסק את המטוס הרביעי, טיסה 93 של יונייטד איירליינס, אל תוך בניין הקפיטול, אך המטוס התרסק לבסוף בשדה פתוח ליד שנקסוויל, פנסילבניה, לאחר מאבק בין נוסעי המטוס לחוטפים, כאשר כל 39 הנוסעים נהרגים. בסיכומו של דבר נהרגו באירועים 2,977 בני אדם, דבר אשר הופך אירועים אלו למתקפת הטרור הגדולה ביותר בהיסטוריה, ולהתקפה הקטלנית ביותר שספגה ארצות הברית על אדמתה מאז המתקפה היפנית על פרל הארבור בדצמבר 1941.
מיד לאחר הפיגועים גורמי ממשל בארצות הברית הצביעו על ארגון אל-קאעידה כחשוד העיקרי באחריות להם, כאשר הם רואים בפיגועים המשך ישיר למתקפות הטרור שהוציא הארגון כנגד מטרות אמריקניות לאורך כל שנות ה-90. בעוד בתחילה מנהיג ארגון אל-קאעידה אוסמה בן-לאדן הכחיש קשר לאירועים, כשלוש שנים מאוחר יותר הוא לקח אחריות מלאה על הפיגועים, כאשר הוא מציין שהעילות שהביאו אותו להוציא אותם לפועל כוללות את התמיכה האמריקנית בישראל, נוכחותם של חיילים אמריקניים על אדמת ערב הסעודית והסנקציות שהטילה ארצות הברית נגד משטרו של סאדם חוסיין בעיראק. יום לאחר הפיגועים, ב-12 בספטמבר, התכנסה מועצת נאט"ו והכריזה שתקיפת ארצות הברית משמעותה תקיפה על כל המדינות החברות בנאט"ו, ועל כן התגובה תהא בהתאם. הצהרה זו גרמה להחלת סעיף 5 באמנת נאט"ו בפעם הראשונה מאז שנכתב במלחמה הקרה. לצד מעורבות של אל-קאעידה רבים בארצות הברית גם הצביעו על סדאם חוסיין כאחראי אפשרי לפיגועים, וכבר בצהריי ה-11 בספטמבר מזכיר ההגנה דונלד ראמספלד הורה לעובדיו לבדוק האם יש ראיות למעורבות עיראקית בתכנון ובביצוע הפיגועים, על מנת לבחון האם עומד צידוק נוח לתקיפת עיראק כתגובה. בפגישה בקמפ דייוויד כארבעה ימים לאחר מכן שלל הנשיא בוש את היוזמה לתקוף את עיראק.
אף על פי שממשל בוש התמהמהה בהצגת אופייה של התגובה הצפויה, הוא הקפיד להבהיר שתגובה צבאית בוא תבוא. יום לאחר הפגישה בקמפ דייוויד, ב-16 בספטמבר, הכריז ג'ורג' ווקר בוש על תחילתה של "מלחמה בטרור", רעיון אותו ניסח בצורה נרחבת בנאומו בפני שני בתי הקונגרס ב-20 בספטמבר אותה השנה. כבר בתחילת נאום זה הכריז בוש: "אנחנו הולכים להביא את אויבינו לצדק, או שאת הצדק נביא לאויבינו. הצדק ייעשה". בהמשך קבע בוש שהראיות קושרות את הפיגועים לארגון אל-קאעידה. האו הוסיף שאף על פי שטרוריסטים המזוהים עם הארגון פרוסים ביותר מ-60 מדינות, עיקר התשתיות ל הארגון נמצאים באפגניסטן, מדינה המצויה תחת שלטון הטליבאן. לאחר שתיאר את ההפרות השיטתיות של זכויות האדם באפגניסטן, בוש טען שמתוקף כך שהטליבאן נותן חסות לארגון אל-קאעידה הוא נושא באחריות לפיגועים, ומיד החל להציב עבורם שורה של דרישות: הסגרת הטרוריסטים באפגניסטן לרבות אוסאמה בן לאדן לארצות הברית, שחרור אזרחים זרים הכלואים באפגניסטן, ופירוק מיידי של ארגוני הטרור במדינה. לסיום הוא הוסיף ש"דרישות אלה אינן פתוחות למשא ומתן", ובהמשך הכריז גם ש"הם (הטליבאן) ימסרו לנו את הטרוריסטים או שהם יחלקו אתם את גורלם". עוד אמר בוש ש"המלחמה שלנו בטרור מתחילה עם אל-קאעידה, אבל היא לא תיגמר שם. היא לא תיגמר עד שכל ארגוני הטרור יעצרו וינוצחו." בוש הוסיף שהמלחמה תהיה ארוכה, תכלול אמצעים מגוונים, ותציב על הכוונת לא רק ארגוני טרור אלא גם מדינות המגבות אותן, היות ש"כל המדינות צריכות לקבל החלטה - או שאתם איתנו או שאתם עם הטרוריסטים". לבסוף קרה לכל מדינות העולם להצטרף למאבקה של ארצות הברית למען שלום העולם וחירותו.
הפלישה לאפגניסטן.
מלחמת אפגניסטן, המכונה על ידי צבא ארצות הברית "מבצע חירות מתמשכת", היא מלחמה שיזמה ארצות הברית בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, שהעלו את אפגניסטן כחשודה העיקרית במתן בסיסים לאוסאמה בן לאדן ולארגון הטרור אל-קאעידה. במסגרתה נכבשה אפגניסטן והופל שלטון הטליבאן שהתקיים בה.
ארצות הברית קיבלה תמיכה וגיבוי בינלאומיים רחבים, ובין היתר הברית הצפון אטלנטית - נאט"ו - הפעילה לראשונה מאז הקמתה את סעיף מספר 5 באמנתה, לפיו תקיפה באחת המדינות החברות בברית משמעה פגיעה בכל המדינות החברות בה. בנוסף לכך, מדינות רבות כדוגמת סין, רוסיה, והודו הציעו שיתוף פעולה מודיעיני (ורוסיה אף שלחה כסיוע כוחות ספצנאז של השירות הפדרלי ללוחמה בסמים), או כדוגמת יפן וקוריאה הדרומית שהציעו שיתוף פעולה צבאי ורפואי. אחד הביטויים לתמיכה ולגיבוי הרחבים ניתן למצוא בקואליציית "ISAF", שהוקם על ידי מועצת הביטחון של האו"ם ב-20 בדצמבר 2001 ומטרתו לשמור על הביטחון והפיתוח של אפגניסטן לאחר מפלת שלטון הטליבאן בה.
לאחר הפלת שלטון הטליבאן וכיבוש הבירה קאבול, הוקם שלטון חדש שהתבסס על הברית הצפונית (איגוד של ארגונים המתנגדים לטליבאן וששלטו באפגניסטן לפני שהארגון השתלט עליה). הקואליציה בראשות ארצות הברית מנסה לייצב את המדינה על ידי ביסוס משטר דמוקרטי בה ועל ידי חיזוק צבאה כדי שיוכל להתמודד עם ארגוני הטרור. בנוסף לכך, הקואליציה עוסקת בפעולות ביטחון שוטף במדינה שכוללות לחימה במעוזי טליבאן החוזרים ומתגבשים במקומות שונים במדינה (הדבר נגרם עקב היעדר צבא חזק שישליט סדר במדינה).
התרחבות הלחימה (2002-2007).
הפלישה לעיראק.
מלחמת עיראק או מלחמת המפרץ השנייה (השם הרשמי בצבא ארצות הברית הוא מבצע חופש לעיראק) הייתה פלישה של חילות קואליציה של מדינות (כוח רב לאומי - עיראק, MNF–I) בראשות ארצות הברית ובריטניה ובדחיפת ג'ורג' בוש, לעיראק, בשנת 2003, כדי להפיל את משטרו של סדאם חוסיין. עיקר הלחימה נמשך שלושה שבועות, החל מה-20 במרץ 2003. ההערכות לגבי מספר הנפגעים בשלב זה נעות סביב עשרת־אלפים אזרחים עיראקים, כמה עשרות אלפים של חיילים עיראקיים, ו-172 מחיילי הכוחות התוקפים. בכמה מובנים, זהו חלקה השני של מלחמת המפרץ שהתרחשה ב-1991. לאחר המלחמה נותרו כוחות הקואליציה בעיראק ונאבקו בכוחות גרילה מקומיים, במאבק שנמשך עד 15 בדצמבר 2011, עת הכריזה ארצות הברית רשמית על סיום מעורבותה הצבאית בעיראק. בתשע שנות לחימה אלה, נמנו 4,500 הרוגים אמריקאים וכ-100,000 הרוגים עיראקים.
מזרח אפריקה.