באמריקות נאכפו חוקים שנועדו למנוע את שליטת האליטות הקריאוליות בשלטון המקומי באמצעות איסור על פקידי ממשל וקציני צבא לשאת את בנות האליטה המקומית. בעוד שבמקומות מסוימים ברחבי האימפריה, כגון בבואנוס איירס, בירת מלכות המשנה של ריו דה לה פלטה, נאכפו צעדים אלו בקפדנות ואכן הביאו להפרדה המבוקשת, במקומות אחרים, בעיקר בפריפריה האימפריאלית, כגון בצ'ילה, אכיפה חלקית ביותר הביאה להמשך ניכוסה של הבירוקרטיה בידי האליטה המקומית. דרך נוספת לחיזוק הגוף המנהלי הייתה יצירת מסלול קידום ברור ומקצועי, שאמור היה לספק משכורות נאותות, על מנת להקטין את תלות המנהלנים באליטה המקומית ובכלכלתה.
הכתר הבין כי אין די בחלוקת שטחי האימפריה העצומים באמריקות לשתי מלכויות משנה בלבד, כדי להבטיח שלטון אפקטיבי. ב-1717 נוצרה מלכות המשנה של גרנדה החדשה לחופה הקריבי של אמריקה הדרומית, שחשיבותה נבעה מהנוכחות הבריטית המתחזקת בקריביים. מלכות המשנה נכשלה ופורקה, אך הוקמה בשנית בשנת 1739. ב-1776 הוקמה מלכות משנה נוספת, היא מלכות המשנה של ריו דה לה פלטה בדרום האימפריה. בין לבין הוקמו יחידות מנהליות עצמאיות קטנות יותר, קפיטניה חנרל, בגואטמלה ובקובה. בראש היחידות המנהליות מונו כעת, לרוב, אנשי צבא אשר הוכיחו את צייתנותם ויעילותם.
החלוקה המנהלית החדשה של האימפריה אכן שיפרה את השליטה, אך לא במידה מספקת. משום כך הועתקה מצרפת שיטת האינטנדנסיה, שאמורה הייתה ליצור אחידות ולאכוף משמעת ברמה המקומית, לפקח על הוצאת כספים, על מוכנות הצבא, על פיתוח תעשייה ומסחר, ועוד. בראש יחידות מנהליות אלו, אשר פעלו במקביל לאלו הקיימות, עמדו אינטנדנטס, שדיווחו ישירות למלך על עניינים פיננסיים, ולמשנה למלך בתחומים אחרים, כגון דת, שיפוט ומנהל. האינטנדנסיה הראשונה כוננה בקובה בשנת 1764, ועד לשנת 1790 יושמה בכל רחבי האימפריה: 17 במלכות המשנה של ספרד החדשה, ו-18 נוספות בדרום אמריקה הספרדית.
ברמה המקומית ננקטו צעדים לשיפור ההיגיינה ביישובים השונים, לאכוף אחידות בבנייה, להשליט סדר ציבורי, להקים כוחות שיטור ולהגביר את הפיקוח על החיים העירוניים בכלל.
רפורמות צבאיות.
במידה מסוימת היו הרפורמות הצבאיות, שנועדו להבטיח את שליטתה של ספרד במושבותיה מעבר לים, החשובות ביותר, שכן לו הייתה מאבדת ספרד את מושבותיה, לא היה כל טעם ברפורמות האחרות. המלחמות בין המעצמות באמריקות המחישו לספרד את הצורך בקיומו של צבא סדיר קבוע, המורכב מספרדים (פנינסולרים וקריאולים כאחד), ואשר יונהג בידי קצינים אירופיים שיבטיחו את נאמנות הצבא לכתר. אולם, מימון צבא שכזה היה מעבר לכוחותיה הפיננסיים של ספרד. מעת לעת נשלח צבא סדיר למקומות חיכוך לתקופות קצובות, כגון צבא בן כ-40,000 ספרדים שנשלח למלכות המשנה של ריו דה לה פלטה בזמן הקמתה ובמשך שנתיים הבטיח את גבולות מלכות המשנה אל מול הפורטוגזים שבברזיל. צבא סדיר אחר הוצב לאורך גבולה הדרומי של צ'ילה, על מנת להתמודד עם השבטים הארוקאנים. עם זאת, בשגרה בכל רחבי האימפריה המשיכו המיליציות המקומיות להיות אלו שסיפקו את ההגנה השוטפת.
גם הרכבו של הצבא לא עלה בקנה אחד עם שאיפות הבורבונים, שכן בני האליטה הקולוניאלית מצאו את דרכם אל מחוץ לשורות המיליציה ואילו בני המעמדות הנמוכים, שברובם המכריע לא היו ספרדים, היו מוכנים להתגייס בתמורה למשכורת ולמוביליות חברתית. ספרדים רבים היו פטורים משירות צבאי, בתוקף זכויות יתר קיבוציות שהיו זכאים להם, כגון אנשי כנסייה, בני אצולה, פקידי הבירוקרטיה ובעלי אחוזות גדולות. אחרים בני האליטה נהגו להמיר את שירותם בתשלום לאדם אחר שישרת במקומם. גם בקרב המעמדות הנמוכים היו רבים שהתחמקו מהשירות הצבאי במיליציה מסיבות שונות. אחד החששות הנפוצים היה השארת נשות המשפחה לבדן בזמן תקופת השירות הפעיל. חיילי המיליציה של מקסיקו סיטי, למשל, נשלחו לתקופה של כחודש תמים להגנה על חופה המזרחי של מקסיקו ועל נמל וראקרוס. המוניטין המפוקפק של הנמל כמקור למחלות גם הוא לא סייע למשיכת מתנדבים. הקושי בגיוס המיליציה הוביל את הכתר למצוא דרכים לאלץ כניסה למיליציה, למשל על ידי שליחת פושעים פליליים לשנות שירות במיליציה במסגרת ריצוי עונשם. צעדים כגון אלו פגעו עוד יותר במוטיבציה של אנשים חופשיים לשרת במיליציה מרצונם החופשי.
משום כך הקימה ספרד יחידות צבאיות שהורכבו מבני הקולוניות, והרחיבה את המיליציה. שדרת הקצונה של צבאות אלו הורכבה ברובה מקריאולים. על מנת לספק צורך זה יושמה רפורמה נוספת שהתירה קבלת קריאולים, ובעיקר בני קצינים צבאיים בעצמם, לבתי הספר לקצינים בספרד ואישור שיבתם לשירות בקולוניות. לבוגרי בתי ספר אלו היה תפקיד חשוב במלחמות העצמאות ברחבי היבשת בתחילת המאה ה-19, כאשר רבים מהם, כגון חוסה דה סן מרטין וחוסה מיגל קררה בצ'ילה הובילו את תנועת השחרור מספרד. פתיחת תפקידי הקצונה לקריאולים התקבלה בשמחה בקולוניות, שכן השירות הצבאי הקנה יוקרה ואפשר התקדמות בסולם החברתי והכלכלי.
בתחום הימי פנתה ספרד לשיקום הצי הקרבי שלה, בד בבד עם שיקום צי הסוחר. לאחר תבוסת ספרד וצרפת לבריטניה במלחמת שבע השנים איבדה ספרד את פלורידה, מאחז אסטרטגי לשליטה בים הקריבי והאיום הבריטי לאורך החופים הקריביים גבר. כתוצאה מכך פתחה ספרד בפרויקט שיקום, חיזוק ובניית מבצרים רבים באזור זה. הפיקוד על הציים השונים אוחד בשנת 1714 תחת משרד הצבא והצי, והחל פרויקט נרחב של יצירת תקנים משותפים בספינות, במבצעים ובמנהל. הצי הספרדי היה לשלישי בחשיבותו בעולם, אחרי האנגלי והצרפתי. הצי הספרדי השתתף בהצלחה במלחמת הירושה הפולנית (1733–1738), במלחמת אוזנו של ג'נקינס (1739–1748), ובמלחמת העצמאות של ארצות הברית (1775–1783). נוסף על כך המשיך הצי לשאת במטלותיו השוטפות, כגון שמירת ביטחון החופים, ליווי שיירות, ומלחמה בשודדי הים הקאריביים ובפריבטירים.
רפורמות חברתיות.
בתחום החברתי ננקטו מספר צעדים שונים שהמשותף להם היה הניסיון ליצור חברה צייתנית, מסודרת וממושמעת יותר, שהגבולות האתניים בין המעמדות השונים בה הם ברורים יותר. צו מלכותי משנת 1776 (הורחב לאמריקות בשנת 1778) הורה על רפורמה בהליך הנישואים (Pragmática sanción para evitar el abuso de contrear matrimonies des iguales). זו התנתה את קיום הנישואים, שעד לאותו זמן היו סקרמנט שהתנאי היחידי לו היה הסכמת בני הזוג, בהסכמת ההורים משני הצדדים. התנגדות ההורים יכלה להיעשות על בסיס טענה ל"אי שוויון" בין בני הזוג העתידיים. אי שוויון שכזה יכול היה להיות על בסיס של מוניטין חברתי, הון כלכלי, מוצא אתני וכדומה. בני הזוג שנמנע מהם להינשא יכלו לתבוע את הוריהם בבית דין אזרחי (הליך שנקרא disenso), ולעיתים זכו בקרב המשפטי והותר להם להינשא. בשלב מאוחר יותר הוחמר החוק והתנגדות ההורים לא נדרשה להיות מנומקת כלל. כמרים שהפרו את החוק והשיאו זוגות חרף התנגדות ההורים הועמדו לדין בבית דין אזרחי ולראשונה בחוק הספרדי יכלו הורים לנשל את צאצאיהם מצוואתם אם המרו את פיהם ונישאו ללא הסכמתם. צעד זה הביא לניכור מצד צעירים שנישואיהם נמנעו מהם. חוק זה, בדומה לחוקים קולוניאליים רבים, נשאר שנים רבות בספר החוקים של הרפובליקות הלטינו אמריקניות הצעירות. כך, למשל, הוא היה שריר וקיים בארגנטינה עד לשנת 1870.
מגזרים שונים בחברה הספרדית המסורתית נהנו מפוארוס (fueros), מערכות משפט, ולעיתים גם ערכאות שיפוט נפרדות. במסגרת הרפורמות שאף הכתר להחליש את מוקדי כוח אלו וביטל את הפוארוס המסורתיים (להוציא את אלו של הצבא). כך גם חלה ירידה משמעותית בהענקת תוארי אצולה ומיורזגו (mayorazgo: הזכות להוריש את כל הרכוש לבן הבכור, במקום לחלקו בין כל הצאצאים כמתחייב בחוק, ובכך לשמר את העוצמה הכלכלית המשפחתית לאורך דורות) באמריקות.
בשנת 1783 נעשה ניסיון למסד את הצוענים ולהטמיעם באוכלוסייה הספרדית. בתמורה לזניחת סממניהם האתניים (לבושם, שפתם ומנהגיהם) נקבע כי מעמדם האזרחי שווה, כי אין לתייגם עוד כ"צוענים" על מנת להפלותם, כי ילדיהם יזכו לחינוך מגיל צעיר, כי הם ייהנו מחופש העיסוק והתנועה וכי מי שינסו להגביל את התערותם בחברה ייענשו.
רפורמות נוספות יצרו בתי עניים מחד, והגברת האכיפה בידי כוחות השיטור העירוניים מאידך, על מנת להרחיק את העניים ובני המעמדות הנמוכים מרחובות העיר; ביטול קרבות שוורים כחלק מהחגיגות הממומנות בידי הכתר; והקמת תיאטראות ועידוד הביקור בהם כחלופה לפעילות פנאי תרבותית.
רפורמות דתיות.
הכנסייה התנגדה לרפורמות הבורבוניות, ששאבו מתנועת ההשכלה הספרדית ומעליית הרציונליזם הצרפתי. יתר על כן, הכנסייה הקתולית הייתה אחד מבעלי העוצמה המתחרים לכתר באמריקות, ועל כן הייתה גם היא יעד לרפורמות הבורבוניות.