המחלקה codice_2 מתארת רצפים, בנוסף למידע כגון שם, תיאור ותכונות בצורה של אובייקטים מסוג codice_6. כל אובייקט codice_6 מציין את סוג התכונה ואת מיקומה. סוגי תכונות יכולים להיות 'גן', 'CDS' (אזור מקודד), 'אזור חוזר', 'אלמנט נייד' וכו', ומיקום התכונות ברצף יכול להיות מדויק או משוער.
»&gt; # This script loads an annotated sequence from file and views some of its contents.
»&gt; from Bio import SeqIO
»&gt; seq_record = SeqIO.read('pTC2.gb', 'genbank')
»&gt; seq_record.name
'NC_019375'
»&gt; seq_record.description
'Providencia stuartii plasmid pTC2, complete sequence.'
»&gt; seq_record.features[14]
SeqFeature(FeatureLocation(ExactPosition(4516), ExactPosition(5336), strand=1), type='mobile_element')
»&gt; seq_record.seq
Seq('GGATTGAATATAACCGACGTGACTGTTACATTTAGGTGGCTAAACCCGTCAAGC...GCC', IUPACAmbiguousDNA())
קלט ופלט.
ביופייתון יכול לקרוא ולכתוב למספר פורמטים נפוצים של רצף, כולל פורמט FASTA, פורמט FASTQ, GenBank, Clustal, PHYLIP ו-. בעת קריאת קבצים, מידע תיאורי בקובץ משמש להגרת משתנים במחלקות של ביופייתון, כגון codice_2. זה מאפשר המרת רשומות של פורמט קובץ אחד לאחר.
קובצי רצף גדולים מאוד יכולים לחרוג ממשאבי הזיכרון של המחשב, לכן ביופייתון מספק אפשרויות שונות לגישה לרשומות בקבצים גדולים. ניתן לטעון אותם לזיכרון של מבני נתונים של פייתון, כגון רשימות או מילונים, אשר מספקים גישה מהירה למחיר של שימוש בזיכרון. לחלופין, ניתן לקרוא את הקבצים מהדיסק לפי הצורך, עם ביצועים איטיים יותר אך דרישות זיכרון נמוכות יותר.
»&gt; # This script loads a file containing multiple sequences and saves each one in a different format.
»&gt; from Bio import SeqIO
»&gt; genomes = SeqIO.parse('salmonella.gb', 'genbank')
»&gt; for genome in genomes:
... SeqIO.write(genome, genome.id + '.fasta', 'fasta')
גישה למאגרי מידע מקוונים.
דרך מודל Bio.Entrez משתמשים של ביופייתון יכולים להוריד נתונים ביולוגיים ממאגרי NCBI. כל אחת מהפונקציות המסופקות על ידי מנוע החיפוש של Entrez זמינות באמצעות פונקציות במודול זה, כולל חיפוש והורדת רשומות.
»&gt; # This script downloads genomes from the NCBI Nucleotide database and saves them in a FASTA file.
»&gt; from Bio import Entrez
»&gt; from Bio import SeqIO
»&gt; output_file = open('all_records.fasta', "w")
»&gt; Entrez.email = 'my_email@example.com'
»&gt; records_to_download = ['FO834906.1', 'FO203501.1']
»&gt; for record_id in records_to_download:
... handle = Entrez.efetch(db='nucleotide', id=record_id, rettype='gb')
... seqRecord = SeqIO.read(handle, format='gb')
... handle.close()
... output_file.write(seqRecord.format('fasta'))
תולדות הגזע.
המודול Bio.Phylo מספק כלים לעבודה עם ויזואליזציה של עצים פילוגנטיים. קבצים במגוון פורמטים נתמכים לקריאה וכתיבה, כולל , ו-. מניפולציות נפוצות של עצים וכן מעבר על העץ בשיטות שונות נתמכות דרך האובייקטים codice_9 ו-codice_10. דוגמאות כוללות המרה ואיסוף קובצי עץ, חילוץ תתי קבוצות מעץ, שינוי שורש עץ וניתוח תכונות ענפים כגון אורך או ציון.
ניתן לצייר עצים מושרשים ב-ASCII או להשתמש ב- (ראו איור 1), וניתן להשתמש בספריית ליצירת פריסות לא שורשיות (ראו איור 2).
דיאגרמות גנום.
מודול GenomeDiagram מספק שיטות להמחשת רצפים בתוך ביופייתון. ניתן לצייר רצפים בצורה ליניארית או מעגלית (ראו איור 3), וכן נתמכים פורמטי פלט רבים, כגון PDF ו-PNG. הדיאגרמות נוצרות על ידי יצירת מסלולים ולאחר מכן הוספת מאפייני רצף למסלולים אלה. ניתן לשלוט על התצוגה של הדיארמה הסופית בעזרת לולאה שתרוץ על מאפייני הרצף, ושימוש בתכונות המאפיינים כדי להחליט אם וכיצד הם מתווספים למסלולי הדיאגרמה. ניתן לצייר קישורים צולבים בין מסלולים שונים, אשר מאפשרים השוואת רצפים מרובים בתרשים יחיד.
מבנה מקרומולקולרי.
המודול Bio.PDB יכול לטעון מבנים מולקולריים מקבצי ו-mmCIF, והוא נוסף לביופייתון בשנת 2003. אובייקט מסוג codice_11 מרכזי במודול זה, והוא מארגן מבנה מקרומולקולרי בצורה היררכית: אובייקטים מסוג codice_11 מכילים אובייקטים מסוג codice_13 המכילים אובייקטים מסוג codice_14 המכילים אובייקטים מסוג codice_15 המכילים אובייקטים מסוג codice_16. שאריות ואטומים לא מאורגנים מקבלים מחלקות משלהם, codice_17 ו-codice_18 בהתאמה, המתארות את מיקומיהם הלא-ודאיים.
שימוש ב-Bio.PDB מאפשר לנווט בין רכיבים בודדים בקובץ מבנה מקרומולקולרי, כמו בחינת כל אטום בחלבון. ניתן לבצע ניתוחים כגון מדידת מרחקים או זוויות, השוואת שאריות וחישוב עומק השאריות.
גנטיקה של אוכלוסייה.
מודול ה-Bio.PopGen מוסיף תמיכה ל-Biopython for Genepop, חבילת תוכנה לניתוח סטטיסטי של גנטיקה של אוכלוסייה. דבר זה מאפשר ניתוח של שיווי משקל הארדי-וויינברג, תאחיזה לא שוויונית ותכונות אחרות של תדירות אללים באוכלוסייה.
מודול זה גם יכול לבצע סימולציות גנטיות של אוכלוסיות באמצעות תאוריית ה-"coalescent" בתוכנית fastimcoal2.
עטיפות לכלי שורת פקודה.
רבים מהמודולים של ביופייתון מכילים עטיפות של שורת פקודה לכלים נפוצים, מה שמאפשר להשתמש בכלים אלה מתוך ביופיתון. עטיפות אלה כוללות , , PhyML, ו-SAMtools. משתמשים יכולים לסווג מחלקת עטיפה כללית כדי להוסיף תמיכה לכל כלי שורת פקודה.
אינדוזאורוס
אינדוזאורוס (שם מדעי: Indosaurus; מילולית: לטאה/זוחל הודי) הוא סוג של דינוזאור תרופוד, אשר התקיים במשך הקרטיקון העליון של המאסטריכט לפני 69 עד 66 מיליון שנה בהודו וייתכן שנכחד עם הכחדת הקרטיקון הגדולה שסיימה את עידן הדינוזאורים.
המאובנים של האינדוזאורוס התגלו בתצורות למטה , לצידם של אבליזאורים נוספים כמו האינדוסוכוס, בידי צ'ארלס אלפרד מטלי ליד העיר ג'אבלפור שב מאדהיה פרדש, צפון הודו. הממצאים כוללים ממצא יחיד שכלל עצמות גולגולת קשיחה שהזכירה דינוזאורים טורפים ממשפחת האבליזאוריים כמו הקרנוטאורוס, אך שכמה חוקרים רואים בו קרוב של האלוזאורוס. דינוזאורים אלה חיו בעיקר באמריקה הדרומית ובמעט מקומות נוספים והדבר אולי הוכיח שהיה מעין "גשר יבשתי" קדום בין הודו לאמריקה הדרומית, איתו יכלו דינוזאורים שונים לנדוד משתי היבשות, זאת עד שהודו נפרדה ובהמשך התמזגה עם שאר אסיה.
הסוג תואר ב-1933 בידי החוקרים פרידריך פון הינה וצ'ארלס אלפרד מטלי. שם המין "Indosaurus matleyi" קרוי בהוקרה למטלי. הוא היה דומה במראהו לקרנוטאורוס או למג'ונגזאורוס והגיע למשקל של 700 קילוגרם בקירוב.
צ'ובוטיזאורוס
צ'ובוטיזאורוס (שם מדעי: Chubutisaurus; משמעות השם: "לטאת צ'ובוט") הוא סוג של דינוזאור זאורופוד מענף הטיטאנוזאורים, שחי במשך הקרטיקון התחתון במשך האלביאן.
דינוזאור זה התגלה בתצורת סרו ברקינו שבצ'ובוט, ארגנטינה ומכאן שמו. הוא תואר למדע בידי החוקר חיימה דל קורו ב-1975 והוערך שגילו 110 מיליון שנה. הדינוזאור הכיל מין יחיד - "Chubutisaurus insignis".
הצ'ובוטיזאורוס היה זאורופוד גדול ואורך עצם הירך שלו הגיעה לאורך 168 סנטימטרים. ממדי גופו הגיעו לאורך של 18 מטרים ומשקל של 20 טונות על פי גרגורי ס. פאול בעוד החוקר תומאס ר. הולץ הבן העריך שהגיע לאורך 23 מטרים. הוא היה בעל צוואר ארוך ויכל להגיע בקלות לצמרות עצים גבוהים כמו מיני מחטניים שכיסו את ארגנטינה הקדומה ואותם לעס בעזרת שיניו המרובעות והקשיחות.
לא כל החוקרים רואים בסוג זה טיטאנוזאור אמיתי וחלקם משייכים אותו לקבוצה הגדולה יותר, סומפוספונדילי.
ויה קון דיוס
ויה קון דיוס (Vaya Con Dios) היה הרכב מוזיקלי בלגי.
היסטוריה.
ההרכב נוסד בשנת 1986 על ידי דירק שופס כנגן קונטרבס, דאני קליין (שירה), ווילי למברכט (גיטרות). שופס (נולד ב-1962) ולמברכט (נולד ב-1959) היו חברים ועבדו יחד כצמד אקוסטי. קליין (נולדה ב-1957) פעלה עם למברכט יחד בלהקה בשם ! Arbeid Adelt, שפעילותה דעכה בעקבות מעברו של מרסל ונטיל סולנה, לשמש כמגיש בתחנת mtv europe.
לאחר שהופיעו באופן חד פעמי כשלישייה החליטו לייסד להקה, המבוססת על מוזיקה צוענית, ג'אז ואופרה, ז'אנרים שלא זכו להערכה בבריסל. שם הלהקה Vaya Con Dios בא מלטינית ופירושו - לך עם האל.
הלהקה הוציאה את הסינגל הראשון ב-1987 Just a Friend of Mine שהצליח בצרפת ונמכרו ממנו 300,000 עותקים. הייתה זו נקודת ציון עבור קליין בת ה-34, שניסתה להצליח בתחום השירה מאז גיל 17. סגנון השירה של קליין מגוון מתאפיין בקול עמוק ועוצמתי ומזכיר מוזיקת נשמה ואפילו אופרה.
למברכט עזב את הלהקה לפני שאלבום בכורה הושלם, ולאחר מכן הוחלף על ידי ז'אן מישל גילן. האלבום שהופק עצמאית על ידי שופס וקליין, זכה לביקורות מעורבות בעיקר בשל היותו אקלקטי וקשה לעיכול. על אף זאת הוא התקבל טוב במספר מדינות באירופה.
האלבום השני יצא בשנת 1990 ונקרא Night Owls. גם אלבום זה הופק עצמאית ויצאו ממנו שלושה סינגלים. השיר Nah Neh Nah, שילוב של מוזיקה לטינית וג'אז-רוק, הושמע רבות ב-MTV Europe. גם השיר ?What's a Woman זכה להצלחה רבה.
ב-1991 פרץ עימות בין קליין לשופס שהוביל אותו לעזוב את ההרכב. כמה חודשים לאחר מכן הוא מצא את מותו בגיל 29 כתוצאה משילוב של תרופות, סמים ואלכוהול שנטל.