מר גולד שותל בתא הכלא של מרי מרגרט מפתח בעזרתו היא יכולה לברוח. הוא מקווה שהיא תברח מהעיר וכך, כאשר לא תופיע למשפט, היא לא תוכל לחזור. אמה יוצאת לחפש את מרי מרגרט הנמלטת, שנחטפת בינתיים על ידי ג'פרסון, אדם עם אובססיה לכובעים שזוכר את חייו הקודמים לפני הקללה. אמה מחלצת את מרי מרגרט והן חוזרות לתחנת המשטרה לפני שהמשפט מתחיל. בדרך אל המשפט אמה מגלה את קת'רין בחיים וכך מתגלה שמרי מרגרט לא רצחה אותה והיא יוצאת לחופשי. למרות זאת, מרי מרגרט מסרבת לסלוח לדייוויד על שלא תמך בה והאמין לה בזמן שהייתה חשודה ברצח אשתו, והוא מתכנן לעזוב את סטוריברוק. מרי מרגרט ממשיכה בחייה ולאחר שהקללה נשברת על ידי אמה, היא מוצאת את דייוויד והשניים מתנשקים.
עונה 2.
לאחר הסרת הקללה מרי מרגרט ודייוויד מאתרים את חבריהם ופוגשים לראשונה את בתם, כאשר הם זוכרים מי הם. ביחד הם הולכים למצוא את רג'ינה ולכלוא אותה אך תוכניותיו של מר גולד מסכנות את רג'ינה ומרי מרגרט, דייוויד ואמה מחפשים דרך להגן עליה. לבסוף הם מחליטים לשלוח את הרוח שרודפת אחרי רג'ינה דרך שער המעבר של ג'פרסון אל ארצם, שלא קיימת יותר אחרי הקללה, אך הרוח מושכת אחריה את אמה ומרי מרגרט קופצת אחריה. השתיים מתעוררות ביער המכושף ונלקחות על ידי אורורה ומולאן אל מקום המחסה של מי שנשאר ביער המכושף אחרי הקללה. כאשר הן נכלאות הן פוגשות את קורה, אמה של רג'ינה, ולאחר מכן גם את לנסלוט, חבר ותיק של מרי מרגרט. השתיים יוצאות עם מולאן ואורורה לעבר הטירה של שלגיה והנסיך כדי למצוא את הארון דרכו עברה אמה בילדותה, בתקווה שיצליח להחזיר אותן לסטוריברוק. כאשר הן מגיעות לטירה הן פוגשות את קורה, שמנסה לגנוב את הארון ולהשתמש בו כדי למצוא את בתה בסטוריברוק. אמה שורפת את הארון כדי שקורה לא תוכל להשתמש בו ולשתיים לא נשארת דרך לחזור הביתה. כאשר הן חוזרות למקום המחסה הן מגלות שקורה עקרה את הלבבות של כל האנשים שהיו שם ונותר רק ניצול אחד. בהמשך הניצול האחרון מספר להן, לאחר שהן מאיימות עליו, שהוא קפטן הוק והוא עוזר לקורה להגיע לארצם על מנת לנקום בעוץ לי גוץ לי שלקח לו את ידו.
הוק מספר להן על קיומו של מצפן מכושף, אותו עליהן להשיג כדי שיוכלו לחזור לביתן. הוק ואמה עולים על שיח האפונים כדי למצוא את המצפן בארץ הענקים ומרי מרגרט נשארת למטה עם אורורה ומולאן. מרי מרגרט עוזרת לאורורה להתגבר על הסיוטים שתוקפים אותה לאחר קללת השינה שהוטלה עליה והן מחכות שאמה תחזור. לאחר חזרתה של אמה הן בורחות ומקימות מחנה. אורורה מתעוררת מסיוט ומספרת להן שבחלומה היא פגשה ילד ששמו הנרי. אמה ומרי מרגרט מבינות שאורורה יכולה ליצור קשר עם הנרי, מאחר שגם עליו הוטלה קללת שינה, והן מנצלות את הקשר כדי להיעזר ברג'ינה ובמר גולד כדי להביס את קורה. באחד הימים, בזמן שאורורה ישנה ודיברה עם הנרי במטרה לקבל ממנו הוראת להבסת קורה, הן מותקפות ואורורה נחטפת ומובאת לקורה. מרי מרגרט ואמה מחכות להוראות חדשות אך מאחר שחיבורן היחיד עם הנרי נחטף על ידי קורה הן נאלצות לגרום למרי מרגרט לישון שינה עמוקה שתגרום לה להגיע אל השאול, לשם הנשמה מגיעה בזמן קללת שינה, ולפגוש את הנרי. לאחר שמרי מרגרט נרדמת ומגיעה לשאול היא פוגשת את דייוויד, שהטיל על עצמו קללת שינה כדי לפגוש אותה. הוא מספר להן שעליהן ללכת לתא הכלא של עוץ לי גוץ לי ולמצוא שם דיו מיוחד שיכול לשתק את קורה.
לאחר שהן מתחילות לעשות את דרכן הן פוגשות את אורורה שמספרת להן שהיא ברחה מקורה. הן מגיעות לתא הכלא של עוץ לי גוץ לי וננעלות שם על ידי אורורה, שנשלטת על ידי קורה המחזיקה בליבה. לאחר שקורה והוק מתכוננים למעבר לסטוריברוק, אמה ומרי מרגרט מגלות מגילת קלף עליה רשם עוץ לי גוץ לי את שמה של אמה מאות פעמים. מרי מרגרט נזכרת שבילדותה צפתה בקורה עושה קסמים ומצליחה לשחרר אותן משם באמצעות הדיו שעל הדף. הן משאירות מאחור את אורורה, שמפחדת שתזיק להן עקב כך שליבה אינה אצלה, והן יוצאות עם מולאן לעצור את קורה שהשיגה את המצפן ואת האפר מהארון ומוכנה לצאת לדרך. הן מצליחות להשיג בחזרה את ליבה של אורורה ולוקחות מקורה את המצפן והאפר מהארון והן יוצאות לדרכן חזרה לסטוריברוק. השתיים מגיעות לסטוריברוק ומרי מרגרט ניגשת להעיר את דייוויד. הוא מתעורר והם הולכים לחגוג את חזרתן.
אמה עוזבת את העיירה עם גולד והנרי במטרה למצוא את בלפייר, בנו של גולד, ומרי מרגרט נשארת בעיירה עם דייוויד. בזמן הזה מרי מרגרט ודייוויד מגלים שקורה מצאה דרך להגיע לסטוריברוק והיא הביאה איתה ענק. הענק משתחרר, מתחיל להרוס את העיירה ומנסה לנקום בדייוויד אחרי מה שאחיו התאום עשה לו ולחבריו הענקים. לבסוף מרי מרגרט ודייוויד מסבירים לאנטון הענק שהוא מתבלבל בין דייוויד לבין אחיו התאום, הוא מתכווץ לגודל של אדם ומצטרף לגמדים בניסיון לגדל אפוני קסם שיוכלו לפתוח שער חזרה ליער המכושף. במקביל, אמה מתקשרת למרי מרגרט ודייוויד ומספרת להם שבנו של גולד הוא אביו של הנרי. כאשר אמה חוזרת לעיירה ביחד עם בלפייר, ששינה את שמו לניל, הנרי וגולד הפצוע והגוסס, גולד מבקש ממרי מרגרט להשתמש בנר דו צדדי שיכול לקחת חיים של אדם אחד ולהציל אדם אחר. הוא מבקש ממנה להשתמש בו על קורה, שחברה לרג'ינה ומנסה להפוך לאפלה ולהשתלט על סטוריברוק, והיא מסרבת. בהמשך, לאחר שרג'ינה וקורה חדרו לחנות של גולד בה הוא נמצא, למרות ההגנות והכשפים שאמה הטילה, מרי מרגרט יוצאת לעבר הכספת של רג'ינה במטרה לקלל את ליבה של קורה ולהרוג אותה. לאחר שהיא מקללת את הלב, היא משכנעת את רג'ינה להכניס אותו חזרה לקורה בטענה שהיא לא יכולה לאהוב אותה באמת ללא הלב. כאשר היא מתחרטת על מעשיה קורה כבר מתה ורג'ינה רוצה לנקום בה.
גולד מגן על מרי מרגרט אך היא לא יכולה לסבול את תחושת החרטה ויוצאת לביתה של רג'ינה כדי לבקש ממנה להרוג אותה. רג'ינה עוקרת את ליבה ומגלה שהוא החל להשחיר עקב המעשה של מרי מרגרט. היא מכניסה את ליבה חזרה לגופה ומשחררת אותה כדי שרגשותיה ימשיכו להעציב אותה וליבה ימשיך להשחיר. בינתיים מגיעה לעיירה תמרה, ארוסתו של ניל, וביחד עם גרג, מבקר שהגיעה לעיירה, הם מנסים להשמיד את סטוריברוק. מרי מרגרט עוזרת לדייוויד, אמה וניל לעצור את גרג ותמרה. הם מצילים את רג'ינה שנחטפה על ידיהם ומגלים שהם גנבו ממנה מנגנון השמדה שיכול לאתחל את הקללה ולגרום לכולם להיעלם כאילו שהקללה לא קרתה מעולם. רג'ינה ואמה מצליחות לנטרל את המנגנון שהופעל על ידי גרג ותמרה אך ברגע האחרון הנרי נחטף על ידי תמרה וגרג ונלקח אל ארץ לעולם לא. מרי מרגרט יוצאת ביחד עם אמה, דייוויד, רג'ינה, הוק ומר גולד אל ארץ לעולם לא בעזרת אחד האפונים שהצליחו לגדל והם מנסים להציל את הנרי.
עונה 3.
בארץ לעולם לא.
בדרכם אל ארץ לעולם לא הם מותקפים בידי חבורה של בנות ים. רג'ינה חוטפת אחת מבנות הים ומנסה להכריח אותה לעזור להם. מרי מרגרט מנסה לפנות אליה ולדבר איתה אך רג'ינה הורגת אותה ומתפתח ריב בין מרי מרגרט לרג'ינה. בסופו של דבר הריב שלהן ביחד עם ריב של הוק ודייוויד גורם לסערה גדולה שנפסקת כאשר אמה גורמת להם להפסיק לריב. הם ממשיכים בדרכם ומגיעים לחוף. הם נכנסים אל תוך היער עד שהם מחליטים לבנות מחנה. לאחר פגישה של אמה עם פיטר פן הם מבינים שכדי להמשיך במסעם הם חייבים לגרום לאמה לקבל את מי שהיא. לאחר קרב עם הילדים האבודים במהלכו מרי מרגרט כמעט נפגעת מאחד החצים הם חוזרים למחנה ולאחר שיחה של מרי מרגרט עם אמה, אמה מקבלת את מי שהיא - יתומה וילדה אבודה. הגיבורים נעזרים במפה שאמה חשפה וממשיכים במסעם. הם מגלים שניל נמצא על האי ומנסים למצוא אותו. הם מגיעים למערת ההד, בה כל אחד מהם חושף את הסוד הגדול ביותר שלו. מרי מרגרט מספרת שהיא עצובה על כך שפספסה את הילדות של אמה ומצטערת שלא גידלה אותה ולכן היא רוצה להביא עוד ילד כאשר יחזרו לסטוריברוק. דייוויד מספר לה שהוא נפגע מאחד החצים הרעילים של הילדים האבודים ושתה ממעיין מיוחד באי כדי להירפא אך כעת הוא לא יכול לעזוב יותר את האי והיא תאלץ להמשיך בלעדיו. לאחר שהם יוצאים מהמערה מרי מרגרט כועסת על דייוויד ופגועה מכך שלא סיפר לה והסתיר את זה ממנה. היא אומרת לו שהיא תישאר איתו באי בכל מצב.
לאחר שהם מתאחדים עם גולד, שעזב אותם בתחילת הדרך, הוא מבטיח להם שיכין תרופה לדייוויד כשיחזרו לסטוריברוק ושהוא יוכל להמשיך לחיות אך לשם כך יאלצו להביא עוד מים מן המעיין הקסום. החבורה מתפצלת ומרי מרגרט ודייוויד הולכים למעיין כדי לקחת משם מים נוספים. כאשר הם חוזרים הם מגלים שהנרי בסכנת חיים ושפיטר פן לקחת את ליבו. הם נשארים עם הילדים האבודים והאחרים יוצאים להציל את הנרי. הם חוזרים עם הלב של הנרי והגיבורים יוצאים חזרה לסטוריברוק. כאשר הם חוזרים מר גולד מכין לדייוויד את התרופה ובכך מאפשר לו להמשיך לחיות בסטוריברוק והגיבורים מגלים שפיטר פן עדיין חופשי. פיטר פן מטיל עליהם את הקללה האפלה שאמורה לגרום להם לשכוח מי הם ולהפוך לעבדים שלו. גולד הורג את פיטר פן, ובלית ברירה גם את עצמו, ומציל אותם ממנו ורג'ינה מצליחה למנוע את הקללה אך כתוצאה מכך על הגיבורים לחזור אל היער המכושף בעוד אמה והנרי ישכחו מהם ויישארו שם. מרי מרגרט נאלצת להיפרד מבתה בפעם השנייה בתקווה שיום אחד יפגשו שוב והם חוזרים אל היער המכושף.
ביער המכושף.