כיוון שהנשיא ג'ונסון פרש מיד לפני הבחירות בוויסקונסין, ניצח מקארתי בקלות למרות שלא התמודד מול יריבו החדש, רוברט קנדי, שלא יכול היה להתמודד עקב איחור בתאריך הגשת המועמדות. הסקרים חשפו שמקארתי הרוויח יותר מכולם בגלל פרישתו של ג'ונסון, ושיש לו 22% תמיכה, עלייה של 11%, בפיגור של שני אחוזים בלבד מאחורי האמפרי, שעוד לא נכנס למירוץ, ושל 15% מאחורי קנדי. הוא נסע לפנסילבניה מאוחר יותר באותו החודש, כדי להתכונן לקראת מערכת הבחירות בסוף אפריל. הוא שוחח בנושא פרשת פואבלו, וטען שארצות הברית צריכה להיות מוכנה לשלם כופר לפעמים, אם שולחים ספינות לחופי מדינות שלא מכבדות את החוק הבינלאומי. הוא הבהיר שהוא לא חושב שיש לשלם את הכופר, והסכים עם המשא ומתן שניהל הנשיא ג'ונסון בנושא. הוא השווה בין עצמו ובין קנדי, וטען שהוא ותיק יותר בנושאי זכויות האזרח. ב-23 באפריל, ניצח מקארתי בבחירות בפנסילבניה, כשהוא מנצח את קנדי, שאמנם לא התמודד אולם שמו נרשם בידי תומכיו.
כעבור חודש, ניצל מקארתי את הידרדרותו של קנדי בסקרים, ועקף אותו בהפרש של שני אחוזים, כשהוא במקום השני מאחורי האמפרי. הסקרים טענו שמקארתי הוא בעל סיכויים טובים יותר לנצח את ריצ'רד ניקסון בבחירות, כשהוא מוביל עליו עם 40% לעומת 37%. במהלך מסע בחירות באינדיאנה, ביקר מקארתי את שני יריביו. הוא טען שיש שלושה סוגים של אחדות לאומית: גישתו של האמפרי של ניהול דברים ללא הבחנה, גישתו של קנדי לשלב בין אינטרסים שונים, וגישתו שלו, לקרוא לכולם להיות אחראיים עד כמה שיוכלו, שהוא טען שהייתה הגישה המתאימה ל-1968. מקארתי הפסיד באינדיאנה אולם קיבל 27% מהקולות לעומת 42% לקנדי. כעבור ארבעה ימים, ניצח בסקר של טיים מגזין. הסקר בחן מיליון סטודנטים מ-1,200 אוניברסיטאות לגבי העדפותיהם הפוליטיות, כשקנדי במקום השני. מקארתי טען בנוגע לתוצאות שהוא יודע את חולשות יריביו. למחרת היום ניצח קנדי את מקארתי בנברסקה אולם מקארתי לא עצר. הוא אמר שיתמודד מול קנדי באורגון, קליפורניה ודקוטה הדרומית. בסוף החודש ניצח את קנדי באורגון בהפרש של 45% לעומת 39%. הניצחון אפשר לתקשורת לטעון שמקארתי עדיין במירוץ, והוא הפנה את תשומת לבו למערכות הבחירות בדקוטה הדרומית ובקליפורניה כעבור חודש.
הידרדרות.
מקארתי וקנדי השקיעו מאמצים בקליפורניה בתחילת יוני, והאחרון הכריז שיפרוש מהמירוץ אם יפסיד. שני המועמדים הופיעו בטלוויזיה, ומקארתי ביקר את ההופעות בגלל סירובו של קנדי להתעמת איתו. ב-5 ביוני, נורה רוברט קנדי בלוס אנג'לס לאחר שניצח בקליפורניה ובדקוטה הדרומית. מקארתי ביטל מיד את תוכניותיו לערוך מסע בחירות והתבצר בחדר המלון שלו תחת שמירה כבדה. קנדי מת למחרת היום, וצירים רבים שלו עברו לתמוך בהאמפרי בעוד שדעת הציבור עברה למקארתי. מקארתי הוכה בצער מהאירוע, ושקל לפרוש מהמירוץ. לאחר הלוויה של קנדי, נפגש מקארתי עם ג'ונסון והאמפרי כדי לדון בעתיד המפלגה. כבר מאוחר יותר באותו החודש היה ברור שלמקארתי אין סיכוי ושהאמפרי ייבחר.
לאחר סיום הבחירות המקדימות, השקיע מקארתי את יולי בניסיון לפתות צירים לא מחויבים ובהבהרת עמדותיו. הוא המשיך להתנגד למלחמה, וטען שייסע לפריז כדי לדון בשלום עם צפון וייטנאם. רבים טענו שהביקור יהיה טעות, ושאסור להכניס פוליטיקה מפלגתית לדיונים. לאחר מכן תמך בג'ון גלן ובעמדת הוועדה הדמוקרטית שלו לבקרה על נשקים. מקארתי טען שיש לפתח מערכת בה נשק יימכר רק למתאימים. מצד שני, טען שמכירת אקדחים צריכה להיות בסמכות המדינות. כעבור שבוע, הציע תוכנית למלחמה ברעב, שתסייע למיליוני אמריקנים גוועים, בטענה שזאת הדאגה הראשונה של המדינה. מחלקת החקלאות התנגדה לעמדתו. כעבור שישה ימים, הגיע מקארתי לג'ורג'יה, וניסה לגייס לעצמו עוד צירים כדי להתמודד מול סגן הנשיא האמפרי. למחרת היום, ביקר בפיטסבורג ונכח באספה שקיווה שתעזור לו להשיג את הצירים מפנסילבניה ואת קולות השחורים. מקארתי אתגר את האמפרי לסדרת עימותים בנושאים מסוימים, והאמפרי הסכים לעימות אחד לפני הוועידה. בסיום החודש, לקראת הוועידה הדמוקרטית, ניסה מקארתי לשנות כמה חוקים בוועידה, והתמקד בעיקר בעובדה שכל מדינה נאלצה להצביע כגוש אחד, מה שחיזק את מנהיגי המפלגה. השיטה נועדה לפצות על הובלתו של האמפרי במספר הצירים, והשתמש בה דוייט אייזנהאואר ב-1952 מול רוברט טאפט.
הוועידה הדמוקרטית הלאומית.
תוכניתו של מקארתי להשיג עוד צירים נפגעה כשהסנאטור ג'ורג' מקגוורן מדקוטה הדרומית נכנס למירוץ כיורשו של קנדי, מה שפילג את מתנגדי האמפרי. בינתיים, האשים מטה מקארתי שיושב ראש הוועידה תומך בהאמפרי. הם ביקשו את התפטרותו אולם הוא סירב וטען שהוא מתייחס לכולם בצורה שווה. לקראת הוועידה, נראה היה שהאמפרי מוביל מבחינת הצירים על מקארתי, כשמקגוורן הרחק מאחור. אולם צירים רבים עדיין לא החליטו, ושלושת המתמודדים נלחמו. בינתיים, ברחובות שיקגו, גאו המחאות נגד המלחמה כש-6,000 חיילים ו-18,000 אנשי המשמר הלאומי הגנו על בניין הוועידה. האמפרי נבחר בסיבוב הראשון, למרות העובדה שמקארתי היה זה שהשיג את רוב הקולות בבחירות המקדימות. המהומות התחזקו, ותומכי מקארתי דרשו ממנו להתמודד מול ניקסון, האמפרי וג'ורג' וולאס בבחירות. מקארתי הכריז שלא יתמודד ופרשף אם כי גם לא הכריז על תמיכתו בהאמפרי. עם סיום מסע הבחירות שלו, הכריז מקארתי שהוא התכוון להוכיח שתושבי המדינה יכולים לבחור בחירה נכונה, אולם הפוליטיקאים חששו מכך.
אחרית דבר.
סירובו של מקארתי לתמוך בהאמפרי גווע באוקטובר, כשהמועמד לשעבר החל להציב תנאים למועמד הדמוקרטי. הוא דרש שינוי בגישה לגבי מלחמת וייטנאם, שינוי מערכת הגיוס, ורפורמה בבחירות המקדימות. האמפרי שוחח עם מקארתי בטלפון, וטען שיהיה מוכן להסכים לכך, אולם שהוא משתמש "בדעות שלו" כמועמד. בסוף אוקטובר, הכריז מקארתי שיתמוך בהאמפרי, אולם לא הצהיר עוד הצהרות. ניקסון ניצח בבחירות, ומקארתי קיבל 20,721 קולות בקליפורניה ו-2,751 באריזונה, בה היה מועמדה של "המפלגה החדשה" שהתנגדה למלחמה.
לאחר הסנאט.
הבחירות ב-1972.
מקארתי חזר לפוליטיקה בניסיונו להיבחר כמועמד בבחירות של 1972, אולם לא הצליח בבחירות בניו המפשייר ובוויסקונסין ולכן פרש.
אילינוי הייתה המדינה היחידה בה התמודד מקארתי באופן פעיל. הוא השיג 38% לעומת 59% לאדמונד מאסקי. התקשורת התעלמה מההישג.
הבחירות ב-1976.
לאחר 1972, עזב את המפלגה הדמוקרטית ורץ כמועמד עצמאי בבחירות של 1976. הוא נקט בעמדה ליברטריאנית בנושא זכויות האזרח, הבטיח ליצור תעסוקה מלאה ולקצר את שבוע העבודה, תמך בפירוק מנשק גרעיני, תקף את שירות הכנסות הפנים, והכריז את מי ימנה אל הקבינט אם ייבחר. הוא בעיקר לחם נגד חוקים במערכת הבחירות שהגבילו את מספר המועמדים וביקש מהבוחרים לסרב למערכת הדו מפלגתית.
המאבקים המשפטיים שלו במהלך הבחירות, ותנועה תומכת חזקה, אפשרו לו להתמודד בשלושים מדינות והקלו על הרשמת מועמדים שלישיים בבחירות הבאות. הוא נחשב למועמד עצמאי. בקליפורניה ובוויומינג, למרות העובדה שלא נרשם, בוחריו כתבו את שמו על פתקי ההצבעה. במדינות רבות לא היה לו עמית למרוץ, אולם היו לה חמישה עשר מועמדים שונים במדינות בהן נדרש לכך. שמונה מתוכם היו נשים.
מקארתי השיג 740,460 קולות, מעט פחות מאחוז, וסיים במקום השלישי. לשיא הצלחתו הגיע באורגון, שם קיבל 40,207 קולות ו-3.90%.
עוד פעילויות.
מקארתי התנגד לחוקי מימון מסע הבחירות מתקופת ווטרגייט, והיה לתובע בתיק בו בית המשפט העליון של ארצות הברית טען שסעיפים מסוימים מחוקי מימון מסע הבחירות הן בלתי חוקתיים. מקארתי ואחרים, ביניהם המפלגה הרפובליקנית של מיסיסיפי והמפלגה הליברטריאנית הצליחו להוביל לביטול המגבלות על תקציב בבחירות ומימון ציבורי.
ב-1980, לאחר כישלונו של ג'ימי קרטר כנשיא (הוא טען שקרטר היה הנשיא הגרוע ביותר שהיה למדינה), הופיע בתשדיר עבור מועמדה של המפלגה הליברטריאנית, אד קלארק. לבסוף תמך ברונלד רייגן, אחד מהדמוקרטים הרבים שעשו זאת.
מסעי בחירות אחרונים.
ב-1982, ניסה מקארתי להיבחר לסנאט במינסוטה אולם הפסיד למארק דייטון בבחירות המקדימות במפלגה הדמוקרטית, כשדייטון משיג 69% לעומת 24%.
בבחירות של 1988, כמה מפלגות שמאל בחרו בו כמועמדם. הוא תמך בפרוטקציוניזם, ביוזמת ההגנה האסטרטגית ובביטול המערכת הדו מפלגתית. הוא השיג 30,905 קולות.
ב-1992, הוא חזר למפלגה הדמוקרטית והתמודד בבחירות בניו המפשייר לקראת הבחירות של 1992, אולם לא נכח בעימות הטלוויזיוני הראשון. הוא ומועמדים אחרים מחו על כך וניסו להיכלל בעימותים, דבר שלא עלה בידם. מקארתי, בניגוד לשאר, היה דמות מוכרת. הוא השיג 108,679 קולות.
הוצאה לאור.
לאחר שעזב את הסנאט ב-1971, הפך לעורך בכיר של מגזין.
מקארתי כתב שירה בשנות השישים, ועליית מעמדו הפוליטי הובילה לעניין גובר בכתביו. "אם מישהו מכם הוא משורר בסתר, הדרך הטובה ביותר לפרוץ היא לרוץ לנשיאות", כתב ב-1968. בנוסף פרסם אוסף שירים.(.)
חייו האישיים.
למקארתי ולאשתו, אביגיל, היו חמישה ילדים, כריסטופר ג'וזף מקארתי (30 באפריל 1946 – 30 באפריל 1946), אלינור מקארתי האוול (נולדה ב-30 באוקטובר 1947), מרי אביגיל מקארתי (29 באפריל 1949 – 28 ביולי 1990), מייקל בנט מקארתיי (נולד ב-5 באפריל 1952) ומרגרט אליס מקארת (נולד ב-17 ביולי 1956).
ב-1969, עזב מקארתי את אשתו לאחר עשרים וארבע שנות נישואין אולם לא התגרש ממנה. הוא היה מעורב ברומן עם כתבת CBS מריה מקלאפין (29 בדצמבר 1929 - 14 בספטמבר 1998) עד למותה.
מותו ומורשתו.