באוגוסט 1943 נקרא מאיסקי למוסקבה ונתמנה לסגנו של שר החוץ של ברית המועצות, ויאצ'סלב מולוטוב. במקומו נתמנה כשגריר בלונדון מקסים ליטבינוב, אף הוא יהודי. היה זה כבר לאחר שגלגל המלחמה החל להתהפך בעקבות הניצחון של הצבא האדום בקרב סטלינגרד בראשית חודש פברואר, ובעת שהתחולל קרב קורסק, שהיה המתקפה האסטרטגית הגרמנית האחרונה שנערכה בחזית המזרחית במלחמת העולם השנייה, כאשר הצבא הגרמני החל לאבד את היוזמה בחזית הסובייטית, והתחילה נסיגתו ההדרגתית מערבה. במסגרת תפקידו החדש הוטל על מאיסקי לעמוד בראש מספר ועדות שתכננו את המהלכים הסובייטיים בתקופה שלאחר סיום המלחמה. ההכנות כללו את פירוק גרמניה מחימוש, חיובה תשלום פיצויים, הענשת פושעי מלחמה נאצים והכנות לתקופה ארוכה של כיבוש סובייטי בגרמניה. עם זאת המליץ מאיסקי על המשך שיתוף הפעולה עם בעלות הברית המערביות. הוא תכנן גם את שיקומה של פולין בגבולות מוגדרים. על פי חזונו יהיו באירופה לאחר המלחמה שני כוחות עיקריים, כוח יבשתי סובייטי וכוח ימי בריטי.
ארבעה חודשים לפי כניעת גרמניה הנאצית התכנסה ביאלטה שבחצי האי קרים, ב-4 בפברואר 1945, ועידת יאלטה. בוועידה השתתפו מנהיגי המעצמות רוזוולט, צ'רציל וסטלין. חודשיים לאחר הניצחון התכנסה בעיר פוטסדאם על אדמת גרמניה הכבושה, ב-17 ביולי, ועידת מנהיגי המעצמות המנצחות, סטלין, הארי טרומן, שבא במקומו של רוזוולט שנפטר ב-12 באפריל 1945, וצ'רצ'יל שהוחלף במהלך הוועידה על ידי קלמנט אטלי, לאחר שהפסיד בבחירות בבריטניה. בשתי הוועידות החלו להתגלות המחלוקות שבין שלוש המעצמות בקשר לחלוקת אזורי ההשפעה באירופה ביניהן, שהביאו לבסוף להיווצרות המלחמה הקרה. מאיסקי השתתף בשתי הוועידות כיועצו הראשי של סטלין. כשהמלחמה הקרה החלה להתגבר סולק מאיסקי, שצידד בשיתוף פעולה עם מעצמות המערב, מתפקידו כסגן שר החוץ.
יחסו ליהדות ולציונות.
איוואן מאיסקי, יחד עם מקסים ליטבינוב וקונסטנטין אומאנסקי, שלושתם יהודים, שהיו מהדיפלומטים הבכירים של ברית המועצות בתקופתם, גילו יחס תומך ביהודים שהצליחו להחלץ מהנאצים בעת המלחמה ובפליטי השואה לאחר סיומה. לשלושתם היה יחס אוהד, אם כי בנסיבות המציאות של השלטון הסובייטי, זהיר למדי, למפעל הציוני בארץ ישראל.
עד שנת 1939 הייתה וילנה, בירת ליטא, תחת שלטון פולני. לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה פלשו הסובייטים לליטא ביוני 1940. בווילנה שתחת השלטון הסובייטי התרכזו כארבעה עשר אלף פליטים יהודים שברחו מפולין, בהם כארבעת אלפים בני ישיבות ורבנים. רבנים מארץ ישראל, בהנהגתו של הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג, פעלו נמרצות להשגת אישורי הגירה לארץ ישראל ("סרטיפיקטים" בלשון התקופה) משלטונות המנדט הבריטי, ולהסכמת שלטונות ברית המועצות ליציאתם מווילנה. לצורך כך יצא הרב הרצוג ללונדון, בלווית הנרייטה סאלד ויהודה לייב מאגנס לפגישה עם השגריר מאיסקי.
את הפגישה תיאר לימים הרב הרצוג בפני העיתונאי דוד לזאר. הרב סיפר לעיתונאי כי כדי לקבל את פניו ירד מאיסקי לרחוב ופגישתם החלה ברוח מבדחת, כששאלתו הראשונה של השגריר הייתה: "כבודו בא באווירון ללונדון? אם כן היה כבודו קרוב לשמיים" והרב השיב: "גם הוד מעלתו יכול להיות קרוב לשמיים אם ימלא את משאלתי אשר למענה באתי אליו" ומאיסקי השיב: "אני נציג ממשלה אתאיסטית ואינני מעוניין בכך". השיחה נמשכה ברוח קלה ולפתע אמר מאיסקי: "מצאת חן בעיני, אעשה למענך מה שאוכל". ואז שטח בפניו הרב את עניינם של פליטי ליטא, הרבנים ובחורי הישיבה ומאיסקי הבטיח לפנות מיד לממשלתו ולהמליץ על מתן הרישיון ליציאה עבורם.
במקביל לפעולתו של הרב פנה גם זרח ורהפטיג, שהיה אז פליט בווילנה, בבקשה דומה לשלטונות הסובייטיים של ליטא.
באוגוסט 1940 נתקבלה ממוסקבה תשובה חיובית, המאשרת כי כל פּליט שבידו אשרת כניסה לארץ מסוימת, יקבל גם היתר יציאה דֶרֶך ברית המועצות. כבר בספטמבר החלה יציאת הפליטים ואלפים מהם יצאו מווילנה ומקובנה והגיעו לארץ ישראל, חלקם דרך אודסה וטורקיה, חלקם דרך באקו וטהראן וחלקם דרך ולדיווסטוק ויפן.
גם הנהגת היישוב רקמה קשרים עם מאיסקי. באוקטובר 1941 יזמה ההסתדרות מגבית לרכישת ציוד רפואי לצבא האדום, ואחרי שבועות אחדים נאספו ונשלחו ללונדון עשרת אלפים לירות ארץ ישראליות, סכום עתק באותם הימים. בכסף נרכש ציוד רפואי ונציג ההסתדרות בבריטניה, ברל לוקר, העביר אותו לידיו של מאיסקי.
ראשי הנהגת היישוב שהגיעו ללונדון נועדו עם מאיסקי. עם חיים ויצמן נשיא ההסתדרות הציונית נועד מאיסקי ב-3 בפברואר 1941. ויצמן ביקש את תמיכת ברית המועצות בהקמת מדינה יהודית בארץ ישראל והעלה בפניו את החשש לגורלם של יהודי אירופה תחת הכיבוש הנאצי. עם דוד בן-גוריון נפגש מאיסקי פעמיים, בשנת 1941 ובשנת 1942. מאיסקי אמר לבן-גוריון כי הוא מאמין שהיהודים יקימו מדינה וינצחו במלחמה בזכות שני דברים: הנוער הארץ-ישראלי הנפלא ואנשי-המדע היהודים, המסוגלים לחולל נפלאות. בדצמבר 1942 נפגש מאיסקי עם משה שרתוק (לימים שרת), ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, שדן עמו בבעיית ילדי טהראן, קבוצה של 719 ילדים יתומים מפולין, שנדדו בברית המועצות והגיעו לטהראן, שם חיכו עד שתימצא דרך להעבירם לארץ-ישראל, ובסופו של דבר הגיעו לארץ בפברואר 1943.
בתחילת חודש ספטמבר 1943 הגיע מאיסקי, כסגן שר החוץ, לביקור בארץ ישראל. נלוותה אליו אשתו אגניה (ברוסית: Агния Александровна Майская).
הביקור נערך בתקופה בה לבלבו יחסי היישוב היהודי עם ברית המועצות, לאחר הניצחונות הסובייטיים בקרב על סטלינגרד ובקרב קורסק, כאשר הצבא הגרמני נהדף מערבה. גילויי האהדה לברית המועצות באו לידי ביטוי בהקמת ליגה V שנועדה לסיע לברית המועצות במלחמתה. בכספי התרומות שאספה הליגה נרכשו שלושה אמבולנסים על ציודם, ובאפריל 1943 הם הוסעו בידי נהגים עבריים, בדרך היבשה מארץ ישראל לעבר הירדן ומשם לעיראק ולאיראן. ב-28 באפריל 1943 הגיעו האמבולנסים לטהראן, שם נמסרו לידי אנשי השגרירות הרוסית, שהעבירו אותם לידי הצבא האדום בגבולה של ברית המועצות עם איראן.
מאיסקי ואשתו הגיעו לארץ ישראל דרך מצרים במוצאי שבת, 2 באוקטובר 1943. למחרת בבוקר סיירו בני הזוג בעיר העתיקה בירושלים ומאיסקי פקד את הכותל המערבי. אחר הצהרים נפגש מאיסקי עם הרב הרצוג, ולאחר מכן נפגשו עם מנהיגי היישוב דוד בן-גוריון ואליעזר קפלן. לאחר הפגישה נסעו מאיסקי ואשתו עם בן-גוריון וקפלן לקיבוץ קריית ענבים. בדרך התעניינו במבנה הקיבוץ ובאורח החיים בו. בהגיעם לקיבוץ שוחחו עם חברי הקיבוץ על תולדותיו. בקריית ענבים נפגשו עם גולדה מאיר (אז מאירסון) שהייתה אז מזכירת הוועד הפועל, ההנהגה העליונה של ההסתדרות. אגניה מאיסקי הביעה בפני גולדה תודה על תרומת הסך עשרת אלפים לירות שנאספו על ידי ההסתדרות בשנת 1940 במגבית לרכישת ציוד רפואי לצבא האדום. משם נסעו לקיבוץ מעלה החמישה וביקרו בו בכל ענפי המשק. שכשעמדו לצאת נפרדה אגניה מאיסקי מחברי הקיבוץ ב"שלום" בעברית.
בדרכם חזרה לירושלים התפתחה שיחה של שעה בין מאיסקי לבן-גוריון, קפלן וגולדה. מאיסקי אמר להם כי הוא התרשם עמוקות ממראה עיניו והרבה לשאול על המפעל והציוני ועל התוכניות הציוניות לאחר שתסתיים המלחמה. הוא ביקש מבן-גוריון להמציא לו ספרים בנושא ההתיישבות היהודית בארץ. כן ביקש כי יינתן לו אלבום תמונות מנוף הארץ. בקשתו נענתה ועוד באותו ערב נמסרו לו הספרים והאלבום. בן-גוריון, שדיווח למחרת על המפגש עם מאיסקי בישיבת ההנהלה הציונית, הודה כי הופתע מאוד מן ההתעניינות הרבה שהפגין מאיסקי, שלדברי בן-גוריון גילה יחס רציני לשאלה כיצד תוכל ארץ ישראל לפתור את בעיית היהודים לאחר המלחמה. עם ערב חזרו בני הזוג לירושלים וסיירו בכמה שכונות בה.
לאחר יממה אחת בארץ ישראל שב מאיסקי למוסקבה וערך לקרמלין דו״ח מלא התפעלות על הישגי הקידמה המופלאים שהשיגו היהודים בארץ ישראל והגיש לסטלין מזכר מפורט בדבר היתרונות האסטרטגיים של שיתוף פעולה עם היישוב. מאמציו והעניין שגילה בנושא זה היו בין הגורמים שהביאו בהדרגה לתפנית במדיניות הסובייטית, לתמיכה בעצרת האו"ם בשנת 1947 בתוכנית החלוקה, למתן היתר לפליטי השואה לעלות לארץ ישראל ממדינות מזרח אירופה שבשליטת ברית המועצות ולהכרה במדינת ישראל מיד לאחר הכרזת העצמאות.
סוף דרכו.
לאחר שמאיסקי סולק מתפקיד סגן שר החוץ הוא הצטרף בשנת 1946 לאקדמיה הרוסית למדעים במסגרתה עסק במחקרים היסטוריים וכתב על מלחמת האזרחים בספרד ועל מלחמת העולם השנייה. כמי שהיה צפוי בעצמו, בשל עמדותיו המדיניות המתונות, להיות בין נפגעי הטרור הסטלינסטי לא גינה מאיסקי את הטרור, אך כבר בשנת 1943 החל הנ.ק.ו.ד. לאסוף עליו חומר מפליל. לבסוף בשנת 1953, זמן קצר לפני מותו של סטלין, הוא נעצר, הועמד דין ונדון לשש שנות מאסר בעוון ריגול לטובת הבריטים, כמי שלכאורה גויס לכך על ידי שר החוץ הבריטי אנתוני אידן. בשנת 1955, שנתיים לאחר מותו של סטלין, שוחרר מאיסקי מן המאסר וטוהר מכל האישומים. בשנת 1962 יצאו לאור זכרונותיו בשפה הרוסית, שראו אור בשנת 2015 גם בשפה האנגלית.
בשנת 1966 היה מאיסקי אחד החותמים על עצומה של 25 סופרים, מדענים ואנשי תרבות רוסיים שהופנתה אל שליט ברית המועצות ליאוניד ברז'נייב בה הביעו התנגדות לאפשרות של טיהור שמו של סטלין.
איוואן מאיסקי הלך לעולמו בשנת 1975 בהיותו בן 91 והוא קבור בבית העלמין נובודוויצ'יה במוסקבה.
הארמון המלכותי במדריד
מערבולת אורגון