עד אמצע שנות ה-70 הכשיר המודיעין הימי את קציניו וחייליו במסגרת קורסים שהתקיימו בבה"ד 15 של חמ"ן, לרבות קורסי קמ"נים ופענוח תצלומי אוויר. החל במחצית השנייה של שנות ה-70, עם הפיכתו של המודיעין הימי ממחלקה למספן, מוסדה הכשרה ייעודית עצמאית של החיילים והקצינים המגיעים לשרת במודיעין הימי. בבה"ד חיל הים מתקיימים מאז קורסים להכשרת חוקרי מודיעין ימי ולהכשרת קציני מודיעין ימי. השלמות מקצועיות נערכות בקורסים ייעודיים של חיל המודיעין (קורסי פענוח, בינה רשתית, מש"קי ביטחון מידע וכדומה). למספן המודיעין מגיעים גם יוצאי יחידות לחימה ימיות, אשר מקבלים את הכשרתם המודיעינית תוך כדי עבודה.
ביטחון מידע - מניעת חשיפה.
מטרה חיונית של המודיעין הימי היא מניעת חשיפה למודיעין אויב. לצורך כך פועל ענף ביטחון מידע שמשימותיו הן:
בשונה מיחידות לחימה יבשתיות הנמצאות בדרך כלל במרחב המאפשר בידוד מגורמים לא רצויים. יחידות הלחימה הימית מתבססות בנמלי בית משותפים לפעילות המסחרית. בזירה הימית מתקיימים אילוצים מיוחדים.
גוף המטה האמון על הביטחון החל את דרכו כ"ביטחון שדה'"- מדור ים 4 ג' ועם התפתחות מספן המודיעין שונה שמו ל"ענף ביטחון מידע".
היסטוריה – דגשים, אירועים ותמורות במהלך השנים.
במהלך השנים היה המודיעין הימי מעורב בפעילותו של חיל הים, הן בהיבט המבצעי והן בהיבט של בניין הכוח. במקביל השתלב המודיעין הימי בעבודת קהילת המודיעין הישראלית. ההתפתחויות בזירה (ובהם שינויים גאופוליטיים, כניסתם לשימוש של איומים חדשים וכדומה) הביאו במהלך השנים לשינוי המשימות שניצבו בפני המודיעין הימי ועוררו צורך להתמודד עם אמצעים חדשים בתנאים שונים. הסקירה שלהלן תציג את האירועים והתמורות שחלו בזירה הימית באזורנו ואת הדגשים המשתנים שהציבה המציאות המשתנה בפני המודיעין הימי. בסקירה נעשה ניסיון להימנע מפירוט היבטים אג"מיים או נתונים טכניים, מידע שאפשר למצוא בערכים אחרים בוויקיפדיה, שאליהם הסקירה מקשרת.
לפני קום המדינה.
את ניצני העיסוק המודיעיני הימי אפשר למצוא כבר בתקופה שקדמה להקמת המדינה. משימות איסוף שביצעו אנשי היחידה הימית של הפלמ"ח (הפלי"ם) שימשו את הצבא במהלך מלחמת העצמאות. אחת הדוגמאות לכך היא סקירת חופי הארץ וריכוז חופי נחיתה אפשריים, שעשו אנשי הפלי"ם כחלק מההיערכות להגעת ספינות המעפילים. במהלך מלחמת העצמאות, כשעלה הצורך לבצע נחיתה ישראלית באזור אשדוד, כדי לאגף את הצבא המצרי, אותרו התיקים הללו במפקדת הגדוד הרביעי של הפלמ"ח ושימשו את מתכנני המבצע.
פלוגת הנמל, שפעלה בנמל חיפה והורכבה ברובה מאנשי הפלי"ם, עסקה אף היא בפעילות מודיעין, אם כי לא בהכרח בהיבט הימי:
כפי שאפשר לראות בדוגמאות שצוינו, לאנשי הפלוגה הימית היה מעט ניסיון בעבודת מודיעין בשטח, אך לא היה להם ניסיון במודיעין ימי וגם לא בעבודת מחקר מודיעינית. נוסף על אנשי הפלי"ם היו גם אחרים, שצברו ניסיון מודיעיני מסוים וניסיון ימי בימים שקדמו להקמת המדינה, בעיקר במהלך מלחמת העולם השנייה, ובכלל זה בשירות הצבא והצי הבריטי.
אנשים אלה היו, בסופו של דבר, חלק מהגרעין שממנו צמח לימים המודיעין הימי של ישראל.
הקמת המודיעין הימי.
ב-17 במרץ 1948 הוקם "השירות הימי" (לימים חיל הים) שבראשו עמד גרשון זק, איש אמונו של דוד בן-גוריון. כעבור כחודש, ב-20 באפריל, הוטלה על שמעון הורן המשימה להקים את המודיעין הימי ולעמוד בראשו. הורן, ששימש עד אז כעורך של אשמורת, שבועון המשמרת הצעירה של מפא"י היה אף הוא איש אמונו של בן-גוריון. הורן סירב תחילה לקבל על עצמו את המשימה וטען באוזני בן-גוריון כי אין לו ניסיון לא בתחום הימי ולא בתחום המודיעיני, אך המינוי נשאר בתוקפו.
בתחילת דרכו היו במודיעין הימי רק אנשים ספורים, חלקם בעלי רקע ימי (יוצאי הפלי"ם), שאחד מהם, אברהם דר, מונה ב-1 באוגוסט 1948 כסגנו של ראש המודיעין הימי, ואחרים בעלי רקע מודיעיני (יוצאי הש"י). בהמשך, במהלך מלחמת השחרור ומיד לאחריה, הצטרפו ליחידה קצינים בעלי רקע ימי ומודיעיני, ובהם צבי קינן, חיים רפאלי וראובן אשכנזי, שלימים אף שימשו כראשי המודיעין הימי. תוך כדי המלחמה ולפני התגבשותו הסופית של המודיעין הימי, סיים שמעון הורן את תפקידו והוחלף על ידי אריה פינס, שהושאל לתפקיד זה ממחלקת המודיעין של צה"ל, וזאת במטרה לשלב את המודיעין הימי במודיעין הצבאי כחלק מהמאמץ שנעשה אז לשלב את חיל הים בצה"ל. לאחר חודשים ספורים עזב גם פינס את חיל הים ורק אז הועמד בראש המודיעין הימי צבי קינן, קצין בעל רקע ימי ומודיעיני כאחד.
בראשיתו פעל המודיעין הימי במסגרת מה שכונה אז "מחלקה" שהייתה כפופה ל"אגף המבצעים" של חיל הים. בהמשך, כאשר נקבעה בצה"ל ההיררכיה של מחלקות, ענפים ומדורים, המוכרת גם כיום, נהפך המודיעין הימי לענף מודיעין שפעל בכפיפות למחלקת המבצעים של חיל הים.
מלחמת העצמאות.
כשפרצה מלחמת העצמאות היה המודיעין הימי בחיתוליו. לא היו ברשותו באותה עת נתונים כלשהם על חילות הים הערביים, ועיקר המידע הושג מהשנתון , שנותן מידע בסיסי על כלי השיט בכל אחד מחילות הים ועל חימושם, אך אינו מאפשר ללמוד על כושרו הקרבי של כלי שיט מסוים, רמת הצוות המפעיל, מקום היערכותו ושגרת פעילותו. מידע אקראי ולא בדוק התקבל גם מאנשים שהיו במדינות ערב ולעיתים גם מפרסומים גלויים. ההתארגנות הראשונית וריכוז המידע הבסיסי נעשו תוך כדי ניהול הקרבות במלחמת העצמאות. בהיעדר אפשרות לאסוף ידיעות על ציי ערב ועל בסיסיהם הוגבלה פעולת המודיעין הימי לאזור החוף הישראלי. ידיעות התקבלו מעשר תצפיות שהוקמו לאורך חופי המדינה במטרה להתריע על נחיתה מכיוון הים, וגם מדיווחי טייסים ומקצין הקישור הימי לאו"ם, זאב הים, שהביאו מידע על כלי שיט צבאיים זרים הפועלים באזור. ידיעות על פעילות חיל הים המצרי (שהיה באותה עת חיל הים הערבי היחיד) התקבלה גם באמצעות מעצרן של סירות דיג מצריות וחקירת דייגיהן, שלעיתים אף נלקחו בשבי. מידע התקבל גם באמצעות תחקור מלחים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים ובאמצעות האזנה. אוניית הדגל של הצי המצרי ("האמיר פארוק") אותרה בסיור אווירי ובפעולה של הקומנדו הימי הוטבעה.
במחלקת המודיעין הימי פעלה באותה עת מסגרת של המודיעין הקרבי בחיל הים (מ.י. 1) שתפקידה:
הפרסום היומי הראשון של המודיעין הימי הופץ ב-20 בדצמבר 1948. כחודש לאחר מכן, ב-17 בינואר 1949, הפיץ ראש מ.י.1 סקירה על חיל הים המצרי.
אנשי המודיעין הימי הפעילו באותם ימים מבצעי איסוף עצמאיים ואף גייסו והפעילו סוכנים ומבועים. אחד הראשונים היה קצין צי בריטי ששירת בקפריסין, שבאמצעותו הושג עותק של ה-Jane's Fighting Ships שכבר הוזכר.
מידע על פעילות אויב.
הפעילות המודיעינית בעת מלחמת העצמאות אופיינה במעט מאוד מידע בצד הישראלי על פעילות האויב וכוונותיו. מעט המידע שהגיע הופק בעזרת דיווחי כלי השיט. פעילות מצרית שחרגה מתחום הגשת הסיוע לכוח המשלוח לא התגלתה.
הפגזות בחוף: ב-2 ביוני תקפו המצרים במקביל את קיסריה על ידי המקשת 101 ואת נהריה על ידי המקשת 102. תקיפת קיסריה גרמה לנזק מועט ולא קיבלה תגובה. תקיפת נהריה לא גרמה נזק ולא התגלתה כלל אלא בתיאורי המצרים שלאחר המלחמה. לציון פעילותן העניק הצי המצרי למקשות שביצעו את ההפגזה את השמות "קיסריה" ו"נהריה".
קרב תל אביב: ב-4 ביוני 1948 הגיע מידע למפקדת חיל הים: . ההערכה הייתה כי מדובר בהנחתת כוח פלישה מצרי באיגוף ימי ללחימה בתל אביב. במחקר מאוחר התבררה כוונת המצרים לחבלה שתביא לסגירת נמל תל אביב. לשם כך ריכזו כוח שכלל את אוניית התובלה אמירה פאוזיה מלווה בשולת המוקשים מס' 104 שגררה שתי נחתות קטנות מלאות בחומר נפץ שיועדו לחדירה ופיצוץ תוך הנמל. הפעולה הייתה אמורה להתבצע במתואם עם תקיפת מטוסי חיל האוויר המצרי. המידע מהתצפיות גרם להפעלת כוחות ים ואוויר. המצרים הסיקו שאיבדו את גורם ההפתעה ואין סיכוי להצלחת החבלה. הכוח המצרי נצטווה לחזור מבלי להשלים את המשימה.
על עצירת האונייה ריכרד בורכרד בדרכה לחיפה ב-31 בדצמבר 1948 נודע לחיל הים ממברק האזעקה ששלחה האניה. במברק דיווחה על שתי אוניות שסירבו להזדהות שעצרו אותה. המידע לא הספיק וכוח השייטת הגדולה הישראלית, שנשלח כנגדן, לא מצאן. המצרים הפתיעו שנית בשעה 02:00 ליל 1 בינואר 1949, החלו בהפגזת נמל תל אביב. היו אלה שתי האניות המצריות נצר ומצר שיורטו בדרך נסיגתן והתפתח קרב ללא תוצאות.
המודיעין כבסיס למבצעים.
השתלטות על נשק אויב - הצלחה רבתי של מערכות המודיעין הישראלי יש לראות בפרשת הלינו. קשרי המוסד לעלייה ב' ומערכת הרכש באירופה הביאו למידע על אונייה בשם 'לינו' בדגל איטלקי, הטוענת ביוגוסלביה נשק צ'כי לסוריה. מידע אפשר את הפגיעה בה כאשר הגיעה לנמל בארי באיטליה. ב-21 באוגוסט 1948 השתלטו הישראלים על אנית הנשק ארג'ירו. וכיוונו אותה בקורס צפוני למפגש עם אניות חיל הים. למודיעין הימי הגיע מידע שקורבטה מצרית תצא ב-25 באוגוסט 1948 לפגוש את ארג'ירו בטווח 150 מיל ימי מאלכסנדריה. אניות חיל הים יצאו ופגשו את ה'ארג'ירו' ב-26 באוגוסט בקרבת כרתים. המבצע שנקרא בתחילה 'שלל 3' קיבל את השם מבצע גור כהוקרה לשאול אביגור, שהחל את מבצעי שלל על שם בנו גור מאירוב שנהרג בקרבות סג'רה ב-12 ביולי 1948. שאול אביגור נחרד לשמוע שאנשי משרד החוץ מציעים לבן-גוריון למסור את הנשק שנתפס לאו"ם ובא אליו במיוחד להניאו מכך.