בשנת 1996 הגישו השחקנים תביעה בנושא הגבלים עסקיים, Fraser v. Major League Soccer , בטענה כי מדיניות ה-MLS להחתמת שחקנים באופן מרוכז והגבלת שכר השחקנים באמצעות תקרת שכר הייתה קנוניה לא חוקית של בעלי הקבוצות. בית המשפט קבע כי ה-MLS היא ישות אחת (single entity) ולכן אינה מסוגלת לקשור קשר עם עצמה, וכי תקרת השכר וההגבלות האחרות היו שיטה חוקית עבור הליגה לשמירה על כושר הפירעון והשוויון התחרותי, ולהימנע מהבעיות שפקדו את ה-NASL שלא קיימת עוד.
קשיים התחלתיים.
אחרי עונתה הראשונה, ה-MLS סבלה מירידה במספר הצופים. מספר הצופים הנמוך היה ניכר ביתר שאת לאור העובדה ששמונה מתוך עשר הקבוצות המקוריות שיחקו באצטדיונים אשר היו בבעלות קבוצות פוטבול אמריקאי או שנשכרו על ידן. רוב האצטדיונים הכילו יותר מ-60,000 מושבים.
ה-MLS התנסתה בכמה שינויים בחוקי המשחק בשנותיה הראשונות בניסיון לבצע "אמריקניזציה" של מה שחלק ראו כספורט זר. כמה משינויים אלה הושאלו מה-NASL המקורית, מכדורגל מכללות ומכדורגל בתיכונים. ה-MLS יישמה את השימוש בבעיטות עונשין כדי להכריע משחקים שהסתיימו בתוצאת תיקו. כל קבוצה קיבלה חמישה ניסיונות כאשר הציבו שחקן 35 יארדים (כ-32 מטרים) מהשער כשיש לו חמש שניות לרוץ, לגבור על השוער היריב ולכבוש שער. אם היה צורך בעיטות העונשין נמשכו לסיבובים נוספים אם לא הייתה הכרעה. ניצחון בבעיטות העונשין הקנה נקודה אחת לקבוצה המנצחת (בניגוד לשלוש נקודות המקנה ניצחון רגיל). ה-MLS השתמשה גם בשעון ספירה לאחור, ולא בשעון ספירה סטנדרטי, כאשר השעון הושהה במצבים בהם המשחק לא שוחק על פי שיקול דעתו של השופט. המחציות הסתיימו כשהשעון הגיע ל-0:00, במקום לחכות לשריקת השופט כמקובל במקומות אחרים.
ה-MLS הודתה בסופו של דבר כי שינוי החוקים, ובמיוחד בעיטות העונשין, הניכרו כמה מאוהדי הכדורגל המסורתיים וגם לא הצליחו למשוך אוהדי ספורט אמריקאים חדשים כפי שקיוותה. בעיטות העונשין ושעון הספירה לאחור הופסקו לאחר עונת 1999. ה-MLS המשיכה להתנסות בהכרעת משחקים שהסתיימו בתוצאת תיקו בעונה הסדירה. בשנת 2000, הארכה של 10 דקות בהן יחול חוק שער הזהב החליפה את בעיטות העונשין במשחקי תיקו, אך פתרון זה ננטש אחרי שנת 2003 לאחר שחוק שער הזהב בוטל והוצא מחוקת המשחק.
איכות הליגה הוטלה בספק כאשר נבחרת נבחרת ארצות הברית בכדורגל, שהורכבה ברובה משחקני MLS, הודחה בשלב הראשון של מונדיאל 1998 כשהפסידה לכל היריבות בשלב הבתים וסיימה במקום האחרון.
הליגה החלה לשווק את עצמה על בסיס כישרון השחקנים האמריקאים, הן הוותיקים המנוסים והן הצעירים המוכשרים. כוכבים עולים כמו דאמרקוס ביזלי ולנדון דונובן החלו לפתח לעצמם מוניטין ב-MLS ואחר כך כיכבו גם עבור נבחרת ארצות הברית, ואילו שחקנים ותיקים כמו בריאן מקברייד, אדי פופ, וקלינט מאתיס המשיכו להוכיח את ערכם הן למועדוני ה-MLS והן לנבחרת ארצות הברית.
הבעיות הכספיות המתמשכות של הליגה הביאו לעזיבתו של הנציב, דאגלס לוגן, באוגוסט 1999, כאשר דון גרבר, מנהל בליגת ה-NFL לשעבר, מונה לנציב באותו חודש.
על המגרש, הגל המוקדם של השחקנים הבינלאומיים שהצטרפו ל-MLS בראשית דרכה פרשו או שעברו למועדונים במקומות אחרים בעולם. לקראת מונדיאל 2002 חל שינוי הדרגתי בפילוסופיה של הליגה לעבר פיתוח כישרונות אמריקאים, מהלך שיוביל בסופו של דבר להצלחה לכדורגל האמריקאי.
ה-MLS הפסידה כ-250 מיליון דולר בחמש שנותיה הראשונות, והפסידה יותר מ-350 מיליון דולר בין שנת הקמתה לשנת 2004. מצבה הכלכלי הירוד של הליגה ומספר הצופים היורד אילצו את ה-MLS לקצץ בהוצאות כדי להפחית את ההפסדים התפעוליים. לפני עונת 2001, בעלי ה-MLS הסכימו להקפיא את תקציבי הקבוצות ולהימנע מהחתמת שחקנים יקרים חדשים. גם בפגרת החורף בין עונות 2000 ל-2001 נשמעו דיווחים כי ה-MLS שוקלת לקצץ את הליגה מ-12 קבוצות בחזרה ל-10 קבוצות. בסוף 2001, לאחר הירידה במספר צופים וגדילת ההפסדים, בכירי הליגה תכננו לפרק את הליגה, אך בסוף הצליחו להשיג מימון חדש מהבעלים למאר האנט, פיליפ אנשוץ ומשפחת קראפט שלקחו על עצמם קבוצות נוספות.
ה-MLS הודיעה בסופו של דבר בינואר 2002 כי היא החליטה לפרק את שתי הקבוצות מפלורידה, טמפה ביי מוטיני ומיאמי פיוז'ן. הצמצום הותיר את הליגה עם 10 קבוצות, אותו מספר כמו שהיה כשהליגה נוסדה. כמו כן, הליגה התארגנה מחדש בחזרה לחלוקה למחוז מזרחי ומערבי בלבד, לאחר שתי עונות עם מחוז שלישי, המחוז המרכזי.
עד שנת 2002 נראה כי ה-MLS הייתה במצב גרוע. ההתכווצות צמצמה את מספר הקבוצות מ-12 ל-10, הליגה הפסידה כסף בכל שנה, מספר בעלים עזבו והשאירו רק שלושה בעלים בלבד בליגה, כאשר בעלים אחד, פיל אנשוץ, החזיק בבעלותו שש קבוצות מתוך העשר. ורק לקבוצה אחת היה אצטדיון ייעודי לכדורגל משלה.
למרות הבעיות הכספיות, ה-MLS הצליחה להשיג כמה הישגים שיבססו את התחייה מחדש של הליגה. בחסותו של גרבר, נבנה אצטדיון קולומבוס קרו בשנת 1999 שהפך לאצטדיון הייעודי לכדורגל הראשון של ה-MLS. מאז החלה מגמה בקרב רוב קבוצות ה-MLS לבנות אצטדיונים משלהם במקום לשכור אצטדיוני פוטבול אמריקאי. ובשנת 2000, הליגה זכתה בתביעה בנושא הגבלים עסקיים שהשחקנים הגישו בשנת 1996. בית המשפט קבע כי המדיניות של ה-MLS להחתמת שחקנים באופן מרוכז והגבלת שכר השחקנים באמצעות תקרת שכר והגבלות אחרות היו שיטות חוקיות כדי שהליגה תשמור על כושר הפירעון ועל שוויון התחרותית.
תחייה.
מונדיאל 2002, בו עלתה ארצות הברית במפתיע לרבע הגמר לאחר ניצחונות נגד פורטוגל ומקסיקו, תרם במקביל לתחייה מחדש בכדורגל האמריקאי וב-MLS. משחק גביע MLS 2002, שנערך ארבעה חודשים לאחר גמר מונדיאל 2002, קבע שיא חדש עם 61,316 צופים באצטדיון ג'ילט שצפו בלוס אנג'לס גלאקסי זוכה באליפות הראשונה בתולדותיה. אירוע זה היה בעל מספר הצופים הגבוה ביותר בגמר גביע ה-MLS (שיא שהחזיק עד שנת 2018), והשני בגובהו בהיסטורית הכדורגל האמריקאי המקומי בכל הזמנים, אחרי משחק האליפות של ליגת הכדורגל הצפון-אמריקאית בשנת 1978, שם נכחו כמעט 75,000 צופים באצטדיון ג'איינטס.
בשנת 2003 ה-MLS הגבילה את הקבוצות לשלושה חילופים למשחק. הליגה איפשרה בעבר ארבעה חילופים, כשהחילוף הרביעי מיועד להחלפת שוער בלבד, אך שינתה את החוק לאחר שמאמן המטרוסטארס בוב בראדלי השתמש בפרצה זו כדי להכניס שחקן שדה כמחליף רביעי. לבסוף הליגה אימצה את חוקי המשחק של ועידת התאחדות הכדורגל הבינלאומית במלואם בשנת 2005.
MLS משכה תשומת לב בינלאומית בשנת 2004 עם הופעת הבכורה של פרדי אדו בן ה-14 במדי די. סי. יונייטד, שנכנס לליגה בקול תרועה רמה והוכרז כאחד הכישרונות המובילים בתולדות הכדורגל האמריקאי.
ה-MLS עברה מעבר משמעותי בשנים שקדמו למונדיאל 2006. לאחר ששווקה את עצמה בכישרונותיהם של שחקנים אמריקאים, הליגה ראתה כמה מכוכבי הבית הגדולים שלה עוזבים לליגות בכירות יותר באירופה. טים הווארד, שוער המטרוסטארס, נמכר למנצ'סטר יונייטד תמורת 4 מיליון דולר באחת מהעסקות הרווחיות ביותר בתולדות הליגה אז בזמנו. דאמרקוס ביזלי משיקגו פייר עזב לפ.ס.וו. איינדהובן, ואילו לנדון דונובן, שהושאל מבאייר לברקוזן, הוחזר לגרמניה. שהותו של דונובן בגרמניה הייתה קצרה, ולפני תחילת עונת 2005 של ה-MLS הוא נמכר בחזרה ל-MLS ושיחק בלוס אנג'לס גלאקסי.
שחקנים אמריקאים רבים יותר, אף על פי שלא היו חלק מהנבחרת האמריקאית, השפיעו משמעותית ב-MLS. בשנת 2005 ג'ייסון קרייס מקבוצת ההרחבה ריאל סולט לייק הפך לשחקן הראשון שכבש 100 שערי MLS בקריירה. בשנת 2005 הוקמה גם ליגת המילואים של ה-MLS, כאשר כל קבוצת מילואים שיחקה 12 משחקים, והעניקה זמן משחק יקר לפיתוח שחקני ספסל מסגלי הקבוצות ב-MLS. ליגת המילואים פורקה יותר מאוחר בשנת 2014.
חלק מתוכנית הייצוב הכספי של הליגה כללה העברת הקבוצות מאצטדיוני פוטבול אמריקאי הגדולים, לאצטדיונים ייעודיים לכדורגל. משנת 2003 ועד שנת 2008 פיקחה הליגה על הקמתם של שישה אצטדיונים ייעודיים לכדורגל נוספים, שמומנו ברובם על ידי בעלים כמו למאר האנט ופיל אנשוץ, כך שעד סוף 2008, רוב הקבוצות שיחקו כעת באצטדיונים ייעודיים לכדורגל.
בעידן זה ה-MLS גם התרחבה לראשונה מאז ההתכווצות בשנת 2001. ריאל סולט לייק וצ'יבאס ארצות הברית החלו לשחק בשנת 2005, כאשר צ'יבאס הפכה למועדון השני בלוס אנג'לס, כשהיא חולקת את הום דיפו סנטר עם הגלקסי. צ'יבאס ארצות הברית גם הפכה לקבוצה הראשונה ב-MLS שקשורה ישירות למועדון זר, מועדון האם גוודלחרה. בשנת 2006 הבעלים, השחקנים וכמה מן המאמנים של סן חוזה ארת'קווייקס עברו לטקסס כדי להפוך ליוסטון דינמו, לאחר שלא הצליחו לבנות אצטדיון ייעודי לכדורגל בסן חוזה. יוסטון הפכה לקבוצת הרחבה חדשה, והשאירה את ההיסטוריה שלה מאחור לקבוצת בעלות חדשה בסן חוזה שהוקמה מחדש בשנת 2007 (בדומה למקרה של הקליבלנד בראונס).
חוק השחקן המיועד.
עונת 2007 הייתה נקודת מפנה עבור ה-MLS במספר דרכים. הליגה התרחבה בפעם הראשונה מעבר לגבולות ארצות הברית כשטורונטו הצטרפה לליגה כקבוצת הרחבה עם אצטדיון מלא ואלפי ברשימת ההמתנה לכרטיסים, סטן קרונקי רכש את קולורדו ראפידס עם תוכנית לבנות אצטדיון ייעודי לכדורגל, ודייוויד בקהאם הצטרף ל-MLS כשחקן המיועד הראשון של הליגה מה שגרם לקהל למלא את האצטדיונים.