שמואל, אביו של קורט נפטר ב-1937. בצוואתו השאיר את כל רכושו לאשתו, אמם של קורט ואחיו, אך האם לא הייתה מעוניינת בניהול החברה. זאת, אף על פי שהייתה מסוגלת לכך - במהלך השנים, לפני ואחרי מלחמת העולם הראשונה, היא מלאה בחברה תפקידי מפתח ניהוליים. האם החליטה לתת את החברה לקורט, ואת בית הקולנוע מול הפראטר של וינה, שאביו של קורט רכש ב-1930, והפעיל בשנותיו האחרונות, לאחיו הצעיר. למזלם חלוקת הרכוש טרם יצאה לפועל. בשנת 1938 סיפחה גרמניה הנאצית את אוסטריה במה שידוע כהאנשלוס. חוקי גזע שונים נכנסו מיד לתוקף, ולו היו קורט ואחיו הבעלים של המפעל והקולנוע, כנראה היו מאבדים את רכושם, בהיותם יהודים למחצה בעיני החוק הנאצי. אמם, שהייתה ממוצא ארי, יכלה בשל כך להמשיך להחזיק בבעלות על הנכסים. קורט, שהיה מנהל החברה ובעליה, היה למראית עין עובד שכיר בחברה. האנשלוס שם גם קץ לשוק מכונות החישוב, והמפעל היה על סף סגירה, עד שהגיעו נציגים של הוורמאכט והתעניינו באפשרות לייצר במפעל מכשור צבאי, מדי טווח לטנקי הפאנצר והפנתר. קורט עיין בתוכניות, והחליט שיש תיכון טוב יותר. נציגי הוורמאכט דרשו מספר מדי טווח לדוגמה, וקורט ייצר אותם עבורם לפי התיכון המשופר שלו. הנציגים היו מרוצים, והמפעל עבר באופן מלא לייצור צבאי. הרצשטרק כבר רשם מספר פטנטים על המכונה שבסופו של דבר הפכה לקורטה, וגם אחרי האנשלוס המשיך להמציא פתרונות. אף על פי שלא ידוע על עוד אב-טיפוסים שיוצרו בתקופה זו, קורט המשיך לרשום פטנטים על השכלולים שהמציא, כמו גם על השכלולים שהמציא למד הטווח לטנקים.
מעצר, בוכנוואלד, שחרור, וויימאר.
המפעל הקטן המשיך לפעול בניהולו של קורט, עד שב-1943, נעצרו שני עובדים בחברה שהאזינו לשידורי רדיו מאנגליה, ותיעתקו והפיצו אותם. הרצשטרק ניסה להתערב בגסטאפו למען העובדים. איש הגסטאפו גער ב"חצי יהודי" שמעז לנסות לפעול לטובת הנאשמים, שאחד מהם כבר הוצא להורג. קורט הוזמן "לתת עדות אופי במשפט", ולאחר זמן קצר נעצר בעצמו. הוא הואשם ב"עזרה ליהודים, וקשרים אינטימיים עם אישה ארית", ונשלח, דרך בתי מעצר ובתי סוהר בצ'כוסלובקיה, למחנה הריכוז בוכנוואלד. בתחילה הוא הועסק בעבודות בחוץ, בחודש נובמבר בחולצה דקה ומכנסי אסיר, עם נעלי עץ לרגליו, והיה קרוב למות. דיווחי הצבא אודות דיוק הייצור של חברת ובפרט אודות כישוריו הטכניים של הרצשטרק הובילו את הנאצים להתייחס אליו כאל "עבד מושכל", ולאחר זמן מה הוא זומן למפקד אס אס שהציע לו לעבוד באחד המפעלים שהיו מסונפים למחנה הריכוז, כדרך להציל את חייו. הוא החל לעבוד במפעל הנשק Gutloff-Werke, יחד עם אסירים אחרים מהמחנה.
בזכות כישוריו הטכניים ויכולת הניהול שלו, מונה הרצשטרק לתפקיד "משגיח". בתפקיד זה הוא היה אחראי על היעילות של המפעל, למשל כדי לוודא שחלק שדורש רמת דיוק מסוימת ייוצר במכונה הפשוטה והזולה ביותר שמסוגלת לייצר ברמת הדיוק הדרושה, ולא במכונה יקרה ומשוכללת שמסוגלת לייצר חלקים מורכבים יותר או ברמת דיוק גבוהה יותר. במסגרת עבודתו כמשגיח הצליח הרצשטרק להציל כחצי תריסר אנשים: משלחת של האסירים ("קומראדים", בלשונו של הרצשטרק) הגיעה אליו וביקשה ממנו למצוא עבודה במפעל עבור אסיר מסוים, בידיעה שללא עבודה כזו האסיר ימות תוך זמן קצר. כיוון שלא הייתה לאסיר הזה כל הכשרה טכנית, המציא הרצשטרק מחלקת "בקרת איכות" - הוא הושיב את האסיר, ומאוחר יותר עוד ועוד אסירים כמוהו, במסדרון, נתן לו מיקרומטר, ומינה אותו לתפקיד אבטחת איכות. בין השאר הציל הרצשטרק אזרח של לוקסמבורג, מה שהעניק לו מאוחר יותר אזרחות כבוד של המדינה.
למפקד המחנה נודע על המחשבון הקטן שהרצשטרק מתכנן, אולי בגלל הפטנטים שרשם. המפקד עודד את קורט להמשיך לעבוד על המחשבון שלו. לדברי המפקד, הוא תכנן לתת את המחשבון לפיהרר אחרי הניצחון, והמפקד אמר להרצשטרק "אם המחשבון שלך יעבוד, וניתן אות במתנה לפיהרר, הרי שלבטח הוא יהפוך אותך לארי". בעקבות העידוד המשיך הרצשטרק לעבוד על תכנון המחשבון שלו, אם כי היה צריך לעשות עבודה זו בזמנו הפנוי - אחרי סיום יום העבודה, אפילו אחרי כיבוי האורות, וביום ראשון.
באוגוסט 1944 הפציצו בעלות הברית את המפעל המסונף לבוכנוואלד. מאות אסירים נהרגו, ופעילות המפעל הושבתה. הפועלים שנותרו הועברו לאתר ייצור חליפי, במכרות מלח כמה עשרות קילומטרים מבוכנוואלד, שם הועסקו בייצור רכיבים עבור תוכנית הטילים הגרמנית של V1 ואחר כך V2, בפנמונדה (Peenemünde). ב-1945 הפועלים האסירים הוצאו מהמפעל ונשלחו בחזרה לבוכנוואלד ברגל. בעודם צועדים למחנה, הם פגשו אסירים אחרים שהובלו מן המחנה ליעד לא ידוע, בצעדות מוות. יום או יומיים אחר כך המחנה שוחרר בידי כוחות הכיבוש האמריקאים. כמה ימים אחרי השחרור הלך קורט ברגל לעיירה ויימאר הסמוכה. הוא איתר בעיר את מי שהיה הסוכן של מפעל מכונות החישוב שלו, ובעזרתו יצר קשר עם סניף של מפעל ריינמטאל (Rheinmetallwerk), בעיר זמרדה (Sömmerda) שנמצאת כ-30 קילומטר מצפון מערב לוויימאר. הרצשטרק הגיע להסכם שטיבו לא לגמרי ברור עם הנהלת המפעל, והחל לעבוד במפעל בתפקיד ניהולי, ובמקביל נעזר באנשי המקצוע ובציוד במפעל כדי לייצר אבטיפוסים לפי השרטוטים שהכין בבוכנוואלד, אותם הספיק לסיים זמן קצר לפני השחרור. השרטוטים היו מדויקים, מפורטים וברורים מספיק, כך שתוך שמונה שבועות הצליח הרצשטרק לייצר שלושה מחשבונים פועלים.
חזרה לאוסטריה.
ביולי 1945 נחתם הסכם פוטסדאם, ולפיו ויימאר שייכת לחלק שנמצא תחת שליטת ברית המועצות (ומאוחר יותר, גרמניה המזרחית). הסובייטים (בדומה למדינות המערב), אספו אנשים עם כישורים טכניים, ושלחו אותם לעמקי ברית המועצות. לקראת דצמבר 1945 קורט חש שיש סיכוי סביר שגם הוא עלול להישלח לברית המועצות, והחליט שהוא לא מעוניין בכך. הוא פירק את שלושת האבטיפוסים שיוצרו לחלקים, וארז אותם בקופסה כדי שאם יישאל עליהם יוכל לומר שאלו צעצועים, כדי להימנע מבעיות אפשריות, ונמלט. יחד עם אנשים נוספים שחששו גם הם להישלח לברית המועצות, ובעזרת ידידים ומכרים הצליח להגיע לפראג. הוא חיפש קשר עם מספר צ'כים שהיו אסירים בבוכנוואלד יחד עמו, ומצא שאחד מהאנשים הללו הוא כעת סגן ראש העיר. אדם זה עזר לו, נתן לו כסף צ'כי, וסייע לו להגיע עד גבול אוסטריה. הוא חצה את הגבול ברגל, כשכל העת הוא חושש מהיתקלות בחיילים של הצבא האדום. בצד האוסטרי של הגבול הוא מצא ששירות הרכבות הרגיל לנוסעים למעשה לא פועל, אך למזלו הצליח ליצור קשר עם מכרים נוספים, לקוחות לשעבר של החברה. אחד מהם היה סוחר פחם שעזר לו לעלות על רכבת משא שהובילה פחם לווינה, ובדצמבר 1945 פגש שוב את אמו ואחיו שנשארו בווינה.
המפעל היה במצב אנוש, ואמו רצתה שהוא ישתף את אחיו בהמצאה. קורט חש שיש לו זכות מלאה על ההמצאה עליה עבד בצל הגרדומים, וסירב בכל תוקף לשתף בהמצאתו את אמו ואחיו. הוא העריך שכדי להתחיל לייצר את המצאתו תידרש השקעה של כמה מיליונים, ובתקופה שאחרי המלחמה גיוס השקעה כזו היה מפוקפק, אפילו לאדם עם מוניטין. הרצשטרק ניסה לברר במשרד המסחר האוסטרי אפשרויות לקבל סיוע או הלוואה כדי לפתח את המצאתו, אך בתקופה שאחרי המלחמה העדיפויות היו לפרויקטים חיוניים יותר מאשר מכונות חישוב. הוא יצר קשרים עם אנשים שונים, כדי לברר אפשרויות לארגן מימון, בין השאר עם משפחתו של הכנר והמלחין האוסטרי פריץ קרייזלר שהיה ידיד המשפחה ונמלט לארצות הברית ב-1939. הרצשטרק התכתב עמו, וקרייזלר אמר שינסה ליצור קשר עם חברת רמינגטון האמריקאית, או חברות נוספות בתחום מכונות החישוב. קורט המשיך גם לנסות ליצור קשרים עם מכרים ותעשיינים בשווייץ, וכן עם משרד התעשייה האוסטרי, אך המצב בווינה היה קשה, והרצשטרק החליט למעשה להגר ולנסות לממש את פרי המצאתו בארץ אחרת, כשהמועמדות העיקריות היו ארצות הברית ושווייץ. חברה שווייצרית שפעלה גם בתחום מכונות החישוב גילתה עניין בהמצאה.
ליכטנשטיין, קונטינה, קורטה.
קורט ניסה לגייס מימון או לפחות תמיכה גם ממשלת אוסטריה. משרד התעשייה האוסטרי לא סיפק סיוע, אך נציגים של המשרד קישרו את הרצשטרק לנציגים של נסיך ליכטנשטיין, שהביעו עניין בהמצאה. נסיך ליכטנשטיין חיפש תעשייה לארצו, ונציגיו זימנו את קורט לארמון המלכותי של ליכטנשטיין בווינה. שם פגש קורט את הנסיך, והנסיך הציע לו לפתוח מפעל בארצו. קורט הסכים, אך ביקש מעט זמן לפני שיגיש תוכנית עסקית מפורטת, כדי שיוכל להתעדכן במחירי מכונות וציוד, המשכורות המקובלות לבעלי מקצוע וכן הלאה. הוא בישר לתעשיין השווייצרי עמו היה בקשר (Ernst Jost), על השינוי בתוכניותיו, וזה, אף על פי שהיה מאוכזב מכך שלא יוכל לייצר את המכונה, עדיין היה מוכן לסייע להרצשטרק להתעדכן במצב התעשייה. לאחר סיור בשווייץ בתחילת 1946 כדי ללמוד על מצב התעשייה, ועלויות ציוד ועבודה, הגיש הרצשטרק תוכנית עסקית, בהערכת עלות המפעל בין 3 ל-4 מיליוני פרנקים שווייצריים (שהיו המטבע בשימוש ליכטנשטיין), ותקופת הקמה של 3 עד 4 שנים. קורט עבר לליכטנשטיין, והעבודה על המפעל החלה בתחילת 1946. הוא ייסד מפעל חדש בשם "קונטינה", רכש מכונות וציוד, וגייס עובדים. מכונות החישוב הראשונות יוצרו לקראת סוף 1948 (סמוך מאוד להולדת בתו), וב-1949 כבר פעל קו ייצור תעשייתי של מחשבון הקורטה. המחשבון היה מבוסס על המכונה כפי שתיארו השרטוטים מבוכנוואלד, והיה למעשה כמעט זהה לאבות הטיפוס מ-1945, שכבר הכילו את כל המרכיבים העיקריים, בתוספת מספר שכלולים ושיפורים נוספים.