ב־1986 מטוסי הרגימנט החלו להתנסות בשימוש בטילים מונחי לייזר מדגמים Kh-25ML ו־Kh-29L לתקיפות מטווח ארוך יחסית של 8 קילומטר. הטיל שימש לתקיפה של מערות ומוצבים מבוצרים דוגמת דג'ווארה. במקור הכוונת הטיל התבצעה על ידי מערכת סמן הלייזר Klyon-PS של המטוס המשגר אבל זאת הוכחה כבעייתית בשל בעיות כיול המערכת וכן מפני שהמערכת לא כללה יכולת עקיבה אוטומטית אחר נקודת ההכוונה. בשביל לפצות על זאת בשנת 1987 נכנס לשירות רכב BOMAN שהיה BTR-80 עם צריח שכלל סמן לייזר ממטוס מקורקע לאלתר. לאורך המלחמה שוגרו באופן מבצעי 139 טילי לייזר בהכוונה של המטוס ולרוב על ידי הכוונה של רכב BOMAN. כמו כן בתקופה זאת החלו לטוס משימות לילה, אלה התבצעו על ידי שימוש בפצצות תאורה שמטוס אחד במבנה היה נושא. פצצות התאורה היו צונחות לאט – מואטות בעזרת מצנח קטן. שאחר חברי המבנה היו תוקפים את המטרות המוארות על ידי פצצות או רקטות בצלילות מתונות.
8 מטוסים אבדו במהלך הפעילות בתקופה זאת. 5 מתוכם הופלו על ידי טילי קרקע אוויר מסוגים FIM-43 ו־סטרלה־2M. מספר מטוסים נוספים הורדו מהמצבה בגלל נזקים שנספגו בקרבות. שני טייסים בלתי מנוסים אבדו בתקופה זאת, אחד עקב הפלטה לא מוצלחת והשני אבד בנסיבות לא ברורות בגיחת לילה. הפגיעות של המטוסים לטילי כתף נבעה מקסטות נורים מוגבלות שכללו רק 128 נורים, ובגלל שפנל הבקרה על מערכת פיזור המוץ נורים היה לא נגיש לטייס העסוק בתמרון. בעקבות האבדות הללו משרד התכנון סוחוי הכינו שינוי תצורה שכלל עוד מספר קסטות על גבי בית המנוע שהגדילו את כמות הנורים ל־256 ושינו את מיקום פנל הבקרה בתא המטוס. השינוי התבצע בתנאי שטח כאשר המטוסים הראשונים שעברו שינוי זה נמסרו לשירות בתחילת 1986.
במהלך הסבב של אוקטובר 1986 עד אוקטובר 1987 החלה עלייה משמעותית באבדות וזאת בשל המוג'אהדין החלו להשתמש בטילי כתף מדגם FIM-82A סטינגר שהיו יותר עמידים בפני אמצעי הטעייה וכללו טווח מוגדל. בשל כך מטוסי הרגימנט נאלצו לטוס בגבהים גדולים יותר של בין 7,000 ל־9,000 מטר עם גובה מינימלי של 4,500. כמו כן בוצעו שיפורים באמצעי המיגון כגון התקנת התקנת מסך פלדה החוצץ בין בתי המנוע, שכבות בידוד טרמי חיישני שרפה בבתי המנוע, מוטות היגוי מחוזקים. כל השיפורים הללו נכללו בסדרת הייצור התשיעית וכן במטוסים האחרונים מהסדרה השמינית.
עם זאת, מטוסי הרגימנט ה־378 ביצעו תקיפות נועזות. דוגמה לזאת היא תקיפה בפקיסטן על מחנה אימון של המוג'האדין בסביבת העיר פשאוור שהתבצעה בנובמבר 1986. בתקיפה זאת רביעייה של מטוסי Su-25 טסו במבנה צמוד שבמכ"ם הגילוי וזיהוי הפקיסטני היו נראים כמו כלי טיס בודד ובמהירות 450 קמ"ש האופיינית למטוס תובלה. חברי המבנה אף ביצעו גישה לשדה ג'לאלאבאד בקרבת הגבול. במקום להשלים את הגישה מטוס בודד ביצע הליכה סביב ואז נכנס לריתוק בעוד באותו הזמן שלושת המטוסים הנותרים פנו בגובה נמוך – מתחת לכיסוי המכ"ם לתוך פקיסטן. התקיפה הייתה מוצלחת במיוחד, לא נפתחה אש על המטוסים בעודם תוקפים את המחנה ומטוסי חיל האוויר הפקיסטני לא הספיקו להגיב לפני שמטוסי ה־Su-25 חמקו מתחת לכיסוי המכ"ם חזרה לאפגניסטן.
סך הכול במהלך השתתפותו של ה־Su-25 במלחמת אפגניסטן עד הנסיגה בשנת 1989 המטוסים ביצעו 60,000 גיחות עם ממוצע של שש גיחות ביום. האבדות המבצעיות של המטוס עמדו על סך של 37 מטוסים מתוכם 23 מטוסים שאבדו בפעילות מבצעית איתם אבדו של 12 טייסים. למרות מחקרים מסוימים מציינים שרק מחצית מהטייסים נהרגו ישירות מפעילות אויב והשאר נהרגו עקב טעויות תפעול שונות, כשלים במערכות המטוס ואף ירי דו־צדדי. עוד כ־12 מטוסים אבדו שלא במהלך פעילות מבצעיות, עוד תריסר מטוסים הורדו מהמצבה מנזקי קרב. תשעה מטוסים נוספים אבדו על הקרקע בהפגזות על שדות קאבול וקנדהאר. האבדות של מטוסי הסוחוי Su-25 היוו כ־25 אחוז מכלל האבדות של מטוסי מערך הקרב של חיל האוויר הסובייטי. זאת תודות לפרופיל הטיסה שהיה צמוד לכוחות הקרקע ובגובה נמוך יחסית. כאשר 80 אחוז ממשימות התקיפה של התעופה הטקטית כללו מטוסים שטסו במספרים גדולים ובגבהים רמים תוך הפצצה מאסיבית לזריעת הרס מרבי ולא נקודתי, וכן בניגוד למטוסי ה־Su-25 היו עוזבים את אזור המטרה לאחר יעף אחד.
בשירות הפדרציה הרוסית.
לקראת התפרקות ברית המועצות הכוחות המזוינים הסובייטיים הפעילו כ־570 מטוסי Su-25 מתוכם 96 מטוסים דו מושביים. מטוסים אלו התפצלו בין 10 רגימנטים עצמאיים של תעופת התקיפה (שכללו לרוב 3 טייסות במצבה כוללת של 40 מטוסים חד-מושביים וארבעה עד שישה דו־מושביים) כמו כן המטוס הופעל על ידי שלוש טייסות אימון וכן במספרים בודדים על ידי רגימנט מטוסי אימון ורגימנט גוררי מטרות אוויריים. בנוסף לכל אלה תעופת חיל הים הסובייטי הפעילה שלושה רגימנטים עצמאיים של מטוסי Su-25 וטייסת אימון ומחקר אחת.
התפרקות ברית המועצות הביאה לפיצול הכוחות שלה שכן חלק מיחידותיה עברו – לרוב תוך הסכמים בין רוסיה למדינות ברית המועצות לשעבר – לחילות האוויר הטריים שלהם. לרוב יחידות אלה היו של מטוסי התעופה הטקטית – מטוסי קרב ותקיפה. חלק מהמדינות ירשו מספרים משמעותיים של מטוסי Su-25. חיל האוויר הבלארוסי למשל ירש 81 מטוסי Su-25 חד-מושביים ו־19 דו־מושביים. חיל האוויר האוקראיני ירש 92 מטוסים מכל הסוגים.
עם המצבה המוקטנת של מטוסי Su-25 חיל האוויר הרוסי הטרי גם סבל מבעיות תקציביות קשות שהגבילו את יכולתו לאמן את צוותי האוויר שלו. לרוב הטייסת השלישית בכלל הרגימנטים האוויריים של רוסיה היה מתנוון ומטוסיו היו הופכים למקור חלפים. עם זאת, מטוסים אלו השתתפו במספר עימותים בעיקר באזור הקווקז. בנוסף לכל אלה בשביל לצמצם עלויות אחזקה ואימון הוחלט על הוצאה של מרבית מטוסי הקרב החד מנועיים משירות. בשל כך מטוס ה־Su-25 הפך ממטוס המשלים את יכולות התקיפה של חיל האוויר המספק יכולת סיוע אווירי קרוב למטוס הפצצה הטקטית העיקרי של החיל שאמון על משימות תקיפה אמנעה וכדומה.
חזית אבחזיה.
העימות הראשון שבו מטוסי ה־Su-25 הוצבו בחזית היה בין גאורגיה למחוזי הבדלנות – אבחזיה, אוסטיה ואג'ריה. בעימות זה הרוסים בעזרת הבדלנים פלשו לגאורגיה. במהלך המלחמה שהתפתחה שכונתה חזית אבחזיה, חיל האוויר פרס בשדה גודאותה שבאוזבקיסטן בספטמבר 1992 גף של ארבעה מטוסי Su-25 ושני מטוסי Su-25UB שהיו שייכים לרגימנט אימון התקיפה האווירית ה־186. הגף טס עד אפריל 1993 וביצע 231 גיחות מבצעיות, מתוכן 170 גיחות תקיפה וסיוע אווירי קרוב ו־61 גיחות צילום.
גף של תשעה מטוסי Su-25 ומטוס Su-25UB בודד שהיו שייכים לרגימנט מטוסי האימון ה־802 הוצבו באותו השדה במרץ 1993. לאחר היתקלות המטוסים הללו עם מטוסי Su-25 גאורגים, המטוסים הרוסים החלו לשאת טילי אוויר-אוויר. המטוסים טסו עד ספטמבר 1993, עם תום המעורבות הרוסית שנעשתה בחשאי ואז חזרו לרוסיה.
הפעילות נגד פעילים מוסלמים בטג'יקיסטן.
טג'יקיסטן סבלה מפעולות חבלה ממיליטנטים מוסלמים שנתמכו על ידי ארגונים באפגניסטן. ארגונים אלו פתחו במתקפה רחבה באמצע שנת 1993 ורק בגלל התערבות רוסית המתקפה נבלמה. לאחר מכן הצבא הרוסי החל לשמור על גבול טג'יקיסטן–אפגניסטן. מטוסי Su-25 השתתפו בפעילות זאת החל מיולי 1993 וגם לאחר חתימה על שביתת הנשק ב־1997 המטוסים פעילים בזירה גם היום. עיקר הפעילות של המטוס הייתה במשימות נגד-מרדנות (Counter Insurgency – COIN) שמאפייניה הם תקיפות נקודתיות, זיהוי ותקיפה של מטרות מזדמנות. שני מטוסים אבדו בפעילות זאת, אבל אבדות אלה שויכו לתאונות שלא במשימות מבצעיות.
מלחמת צ'צ'ניה הראשונה.
שדות התעופה בצ'צ'ניה הטרייה שכללו מטוסי L-29 ו־L-39C הופצצו על ידי מטוסי התקיפה הרוסיים, ביניהם גם מטוסי Su-25 עוד לפני תחילת הפלישה ב־1 בדצמבר 1994. שלושה רגימנטים של דיוויזיית מטוסי התקיפה ה־1 — הרגימנט ה־368, ה־461 וה־16. בנוסף גף מרגימנט מטוסי התקיפה ה־899 גם הוצב בזירה. בתחילת המבצע המטוסים התמקדו בסיוע אווירי קרוב, אבל לאחר כיבוש גרוזני ומעבר הפעילות לאזורים ההרריים עיקר הפעילות הפכה לתקיפות מתוכננות ותקיפת מטרות מזדמנות.
מטוסי ה־Su-25 השתמשו בחימוש טיפש (לא מונחה) זאת בעיקר בגלל שמערכת ציין ומדידת מרחק הלייזר התקשתה לבצע מדידות יעילות באזורים הרריים. זאת בנוסף לחוסר באימון גרמה ליעילות מוגבלת של כלי הטיס, לאש דו־צדדי. כמו כן המטוסים הוגבלו לטיסות יום ובתנאי מזג אוויר טובים. מטוסי ה־Su-25 טסו בגבהים נמוכים ולכן היו חשופים לאש מקלעים ונשק קל.
סך הכול בין אוקטובר 1994 לספטמבר 1996 מטוסי ה־Su-25 שמנו בין 40 ל־50 מטוסים בתקופה זאת, טסו למעלה 7,000 גיחות ומעט מעל 7,000 שעות מבצעיות. מתוכן 5,828 גיחות ו־5,756 שעות לזכות שלושת הרגימנטים של דיוויזיית התקיפה האווירית ה־1. 3,000 תקיפות מתוכננות בוצעו על ידי הכוח, 1,115 משימות סיוע קרוב, 1,284 משימות סיור ותקיפה של מטרות מזדמנות וכ־500 משימות צילום. הנזקים למטוסים בתקופה זאת התאפיינו בעיקר באש ממקלעים כבדים ונשק קל. ארבעה מטוסים אבדו במהלך המלחמה — שניים מאש תותחי נ"מ, אחד מאש מקלע כבד ואחד מפגיעה של טיל כתף. חמישה טייסים נהרגו — שני מקרים בהם הופל מטוס דו מושבי וצוותו נהרג.
מלחמת צ'צ'ניה השנייה.