. למהלך זה היו השלכות על שני הצדדים. נשיא הקונפדרציה דייוויס הופתע והתאכזב מן התנועה שלא תואמה מראש, אליה התייחס כ"נסיגה חפוזה." בערך באותו הזמן הצר דייוויס את סמכויותיו של ג'ונסטון על ידי כך שזימן את רוברט אדוארד לי לריצ'מונד על מנת לשמש כיועצו הצבאי, והחל להוציא הוראות ישירות לחלק מן הכוחות שהיו תחת פיקודו של ג'ונסטון. בצד הצפוני הובך מקללן כאשר התברר שכוחו של צבא הדרום היה חלש משמעותית ממה שהעריך. חשוב מכך, נסיגתו של ג'ונסטון אילצה את מקללן לתכנן מחדש את מתקפת האביב שלו, ובמקום לנחות אמפיבית באורבנה , הנקודה המועדפת עליו, הוא בחר בחצי האי וירג'יניה, בין הנהרות ג'יימס ויורק, כזירה שבה יפתח במערכה כנגד ריצ'מונד.
מערכת חצי האי.
באמצע מרץ נחת מקללן עם חייליו בפורט מונרו , בקצה המזרחי של חצי האי וירג'יניה, ובתחילת אפריל החל לנוע באיטיות מערבה, לכיוון יורקטאון . תוכניתו של ג'ונסטון להגנת ריצ'מונד בירת הקונפדרציה הייתה שנויה במחלוקת. ביודעו שצבאו של מקללן כפול משלו, ובהבינו כי צי האיחוד יוכל לתת סיוע מכל אחד משני הנהרות החובקים את חצי האי, ניסה ג'ונסטון לשכנע את דייוויס ולי לרכז את ההגנה בביצורים סביב ריצ'מונד. הוא לא הצליח לשכנעם, ופרש את רוב כוחו לאורך חצי האי. מקללן השתהה ארוכות בהכנות למצור על יורקטאון, אך ג'ונסטון נסוג משם לפני שהחל המצור, נלחם בקרב הגנה עז בוויליאמסבורג (5 במאי), ולאחר מכן סיכל ניסיון איגוף אמפיבי באלת'מס לאנדינג (7 במאי). לקראת סוף מאי הגיע צבא האיחוד עד מרחק של כ-10 קילומטרים מריצ'מונד.
בהבינו שלא יוכל להגן על ריצ'מונד לנצח מפני כוחות הצפון שנהנו מעדיפות בכוח אדם ובארטילריה, במיוחד בתותחי מצור כבדים, החליט ג'ונסטון לעבור למתקפה. הוא זיהה נקודת תורפה בהיערכות כוחותיו של מקללן, אשר היו מפוצלים על ידי נהר צ'יקהומיני שעלה על גדותיו עקב הגשמים, וסחף את רוב הגשרים שחיברו בין הצד הצפוני של החזית לדרומי. ב-31 במאי תקף ג'ונסטון מדרום לנהר בקרב סבן פיינס. תוכניתו הייתה אגרסיבית, אולם מסובכת מכדי שפקודיו יבצעוה כהלכה, והוא לא וידא שהם מבינים את תוכניתו או פיקח עליה מקרוב. הקרב נגמר ללא הכרעה טקטית ברורה, אולם עצר את התקדמותו של מקללן לעבר ריצ'מונד, והתברר בדיעבר כנקודת השיא בפלישתו של מקללן. אירוע משמעותי בקרב היה פציעתו של ג'ונסטון מרסיס פגז ארטילריה שפגע בחזהו וכתפו הימינית. פציעתו הובילה את דייוויס להעביר את הפיקוד לרוברט אדוארד לי האגרסיבי, אשר הוביל את ארמיית צפון וירג'יניה במהלך יתר המלחמה. לי החל לדחוק את מקללן מחצי האי במהלך קרבות שבעת הימים בסוף יוני, והנחיל תבוסה לכוחות הצפון בקרב בול ראן השני באוגוסט, קרב אשר היווה את השיא במערכת צפון וירג'יניה.
מינוי לפיקוד זירת המערב ומערכת ויקסבורג.
ב-24 בנובמבר 1862 שוחרר ג'וסטון טרם הזמן מבית החולים, ומונה כמפקד פיקוד המערב, הפיקוד העיקרי בזירה המערבית. מינוי זה נתן לו שליטה בארמיית טנסי של גנרל ברקסטון בראג ובפיקוד המיסיסיפי ומזרח לואיזיאנה של לוטננט ג'נרל ג'ון ק' פמברטון. (הכוח המשמעותי הנוסף בזירה היה פיקוד הטרנס-מיסיסיפי, אשר בראשו עמד לוטננט ג'נרל תאופיליוס ה' הולמס , שהיה מוצב בעיקר בארקנסו. ג'ונסטון טען לכל אורך תקופת שירותו כי על כוחותיו של הולמס לשתף פעולה עם פמברטון תחת פיקודו של ג'ונסטון, או לכל הפחות לתגבר את כוחותיו של פמברטון, אולם הוא לא הצליח לשכנע את ממשלת הקונפדרציה לנקוט באף אחד מצעדים אלה.)
הנושא הראשון בו היה על ג'ונסטון לטפל בזירת המערב היה גורלו של ברקסטון בראג. ממשלת הקונפדרציה לא הייתה מרוצה מביצועיו של בראג בקרב נהר סטונס , תחושה אשר הייתה גם נחלת חלק ניכר מפקודיו הבכירים. דייוויס הורה על ג'ונסטון לבקר את בראג ולקבוע האים יש להחליפו. ג'ונסטון הבין שאים ימליץ על החלפת בראג, יהיה הוא עצמו הבחירה הגיונית להחליפו. ג'ונסטון העדיף פיקוד קרבי בשדה על פני מינויו האדמיניסטרטיבי הנוכחי, אולם תחושת הכבוד שלו מנעה ממנו להעדיף את טובתו שלו על חשבון בראג. לאחר שראיין את בראג ומספר מן הכפופים לו, הפיק ג'ונסטון דוח חיובי בעיקרו, וסירב להדיח את מפקד הארמייה. בתגובה, זימן דייוויס את בראג לפגישה בריצ'מונד ומינה את ג'ונסטון למפקד בשדה. אולם, אשתו של בראג חלתה אנושות, והוא לא יכול היה לנסוע. בנוסף לכך, בראשית אפריל נפל ג'ונסטון למשכב עקב סיבוכים מן הפציעה שספג במערכת חצי האי, ותשומת לב ממשלת הקונפדרציה עברה מטנסי למיסיסיפי, שם החל גרנט במערכת ויקסבורג השנייה, מה שהותיר את בראג במקומו כמפקד ארמיית טנסי של הקונפדרציה.
המשבר העיקרי אל מולו ניצב ג'ונסטון היה להגן על שליטת הקונפדרציה בוויקסבורג, מיסיסיפי, אשר אויימה על ידי כוחות האיחוד בפיקודו של מייג'ור ג'נרל יוליסס גרנט. במהלך חורף 1862–1863 ביצע גרנט מספר תמרונים לא מוצלחים מצפון לעיר המבוצרת, אולם באפריל 1863 פתח במערכה שאפתנית שהחלה בתנועת איגוף ממערב לנהר המיסיסיפי ובצליחה של הנהר מדרום מערב לוויקסבורג. הצליחה ומיקומה הפתיעו את ג'ון ק' פמברטון, וכוחות האיחוד ניהלו מספר קרבות מוצלחים תוך כדי התקדמות לצפון מזרח, אל עבר ג'קסון, בירת מדינת מיסיסיפי. ב-9 במאי הורה שר המלחמה של הקונפדרציה לג'ונסטון "לנוע מיידית אל מיסיסיפי ולתפוס פיקוד על הכוחות בשדה." ג'ונסטון הודיע לריצ'מונד שהוא עדיין לא כשיר מבחינה רפואית, אך יציית לפקודה. כאשר הגיע לריצ'מונד ב-13 במאי לאחר מסע מטנסי, גילה כי אל מול העיר התקדמו שני גייסות של האיחוד, וכי רק 6000 חיילים היו זמינים להגנתה. הוא הורה על פינוי העיר תוך כדי קרב נסיגה (קרב ג'קסון, 14 במאי), ונסוג לכיוון צפון. גרנט כבש את העיר ופנה מערבה לעבר ויקסבורג.
ג'ונסטון החל להניע את כוחותיו מערבה על מנת לחבור אל פמברטון כאשר שמע על תבוסתו של זה בקרב צ'מפיון היל (16 במאי) ובקרב נהר ביג בלאק (17 במאי). הניצולים מן הקרב נסוגו אל תוך ביצורי ויקסבורג. ג'ונסטון דחק בפמברטון להימנע מכיתור ולעזוב את העיר על מנת להתאחד עם כוחותיו, שיחד היו רבים משל גרנט, אולם דייוויס הורה לפמברטון להגן על העיר בעדיפות עליונה. גרנט ביצע שתי התקפות חזיתיות אל מול ביצורי העיר שנכשלו שתיהן, ואז פתח במצור. החיילים והאזרחים הנצורים בעיר חיכו לשווא לכוח הקטן של ג'ונסטון שיבוא לעזרם. עד סוף מאי אסף ג'ונסטון כ-24,000 חיילים אך דרש תגבורות נוספות לפני התקפה על גרנט. הוא שקל להורות לבראג לשלוח תגבורות, אך חשש שדילול כוחו יביא לאובדן טנסי. בתקופה זו תוגברה ארמיית הטנסי של גרנט בכ-30,000 חיילים וכוחו הגיע לכ-77,000 חיילים, מה שאיפס למעשה כל סיכוי לפרוץ את המצור על העיר. פמברטון וחיל המצב בוויקסבורג נכנעו ב-4 ביולי 1863. עם נפילת פורט האדסון שבוע אחר כך עברה השליטה על המיסיסיפי לכול אורכו לידי האיחוד, והקונפדרציה בותרה לשניים. נשיא הקונפדרציה דייוויס כתב כי ויקסבורג נפלה "עקב מחסור באספקה מבפנים, וגנרל מבחוץ [ג'ונסטון] שלא רצה להילחם."
היחסים בין ג'ונסטון לדייוויס, שהיו מתוחים מתחילת המלחמה, הפכו מרים עקב חילופי האשמות פומביים על מי נושא באחריות לכישלון בוויקסבורג. דייוויס שקל לפטר את ג'ונסטון, אולם הוא נותר מפקד אהוב על ידי חייליו וקצין פופולרי, והיו לו בני ברית פוליטיים בריצ'מונד, במיוחד הסנטור לואיס ויגפול . במקום זאת צבאו של בראג נותק מפיקודו של ג'ונסטון, מה שהותיר בשליטתו את אלבמה ומיסיסיפי בלבד.
בזמן השלבים האחרונים של המצור על ויקסבורג, החל מייג'ור ג'נרל ויליאם רוזקרנס מן האיחוד במערכת טולהומה, ובתוך עשרה ימים דחק את צבאו של בראג ממרכז טנסי, ולאחר מכן מן העיר האסטרטגית צ'טנוגה. בראג השיג ניצחון משמעותי מול רוזקרנס בקרב צ'יקמוגה (19–20 בספטמבר), אולם הובס בידי גרנט במערכת צ'טנוגה בנובמבר. עקב התבוסה התפטר בראג מפיקוד על ארמיית טנסי ונסע לריצ'מונד לשמש יועץ צבאי לנשיא. דייוויס הציע את הפיקוד לוויליאם הארדי , מפקד הגייס הבכיר, אולם הוא סירב. דייוויס שקל את מינויו של פ.ג.ט. בורגארד, עוד גנרל עימו היו לו יחסים רעועים, ואת רוברט אדוארד לי, אשר סירב לעזוב את וירג'יניה. לי המליץ בתחילה על בורגארד, אולם כאשר ראה את חוסר הנוחות של הנשיא מהצעה זו, שינה את המלצתו לג'ונסטון. לאחר לבטים קשים, ב-27 בדצמבר 1863, מינה דייוויס את ג'ונסטון למפקד ארמיית טנסי, בדאלטון, ג'ורג'יה.
מערכת אטלנטה.
באביב 1864 התקדם מייג'ור ג'נרל ויליאם שרמן מן האיחוד עם קבוצת ארמיות מצ'טנוגה לאטלנטה. אל מול התקדמותו של שרמן ביצע ג'ונסטון סידרה של נסיגות, בדומה לאסטרטגיה שנקט במערכת חצי האי. הוא בנה עמדות הגנה חזקות, רק כדי לראות את שרמן מאגף אותן במומחיות ומכריח אותו לסגת לקו הגנה אחורי יותר בכיוון אטלנטה. ג'ונסטון בחר בשימור צבאו כערך עליון, ולכן נקט בגישה זהירה מאוד. הוא ניהל את צבאו היטב, האט את התקדמות צבא האיחוד, והנחיל יותר אבדות מאשר ספג.