במהלך המאה האחת עשרה שמרה הממלכה המאוחדת שמרה על עצמאותה השברירית מפני האימפריות של הביזנטים והסלג'וקים. בתקופת שלטונו של דוד הבנאי (1089–1125) שגשגה הממלכה. דוד הדף את התקפות הסלג'וקים והצליח בעקרו של דבר להשלים את איחוד גאורגיה על ידי כיבוש טביליסי מחדש בשנת 1122. עם נפילת האימפריה הביזנטית ופירוק האימפריה הסלג'וקית, הפכה גאורגיה למדינה בולטת מבין מדינות המזרח הנוצרי ולאימפריה פאן-קווקזית, שהשתרעה בשיאה מצפון הקווקז לצפון איראן ומזרחה לתוך אסיה הקטנה.
למרות מקרים חוזרים ונשנים של סכסוכים בין נציגי השושלת, המשיכה הממלכה לשגשג גם בימיו של דמטרה הראשון (1125–1156), גיאורגי השלישי (1156–1184), ובמיוחד בתקופת בתו תמר המלכה (1184–1213). עם מותו של גיאורגי השלישי נקטע רצף הזכרים השליטים משושלת בגרטיוני והשושלת המשיכה דרך נישואיה של תמר המלכה עם הנסיך האלאני דוד סוסלן שנחשב לנסיך ממוצא הבגרטידים.
נפילה.
פלישות הח'ווארזמים (מאזור הח'ווארזם) בשנת 1225 ושל המונגולים ב-1236 שמה קץ לתור הזהב של גאורגיה. המאבק כנגד השלטון המונגולי יצר דיארכיה, עם ענף צדדי ושאפתני של שושלת בגרטיוני שהחזיק במערב גאורגיה (אימרתי). במשך תקופה קצרה היה איחוד מחדש של גאורגיה בתקופתו של גאורגי החמישי המזהיר (1299–1302, 1314–1346), אולם שמונה התקפות של הכובש הטורקו-מונגולי טימור לנג, שנערכו בין השנים 1386–1403, הנחיתו מכה קשה על הממלכה הגאורגית. כמאה שנה לאחר מכן, פורקה סופית אחדותה של גאורגיה בידי תוקפנותם של איחודי שבטי נוודים טורקיים יריבים: קארה קויונלו ואק קויונלו. ב-1490/91 פוצלה המונרכיה החזקה לשלוש ממלכות עצמאיות כארתלי (מרכז ומזרח גאורגיה), קאחתי (מזרח גאורגיה) ואימרתי (מערב גאורגיה). כל אחת מהממלכות הונהגה בידי ענפים יריבים של שושלת בגרטיוני, וחמש נסיכויות חצי עצמאיות: אודישי -סמגרלו , גוריה, אבחזיה, סוואנתי וסאמצחה שנשלטו על ידי האצילים הפאודליים המקומיים.
במשך שלוש המאות שבאו לאחר מכן, הצליחו השליטים הגאורגיים לשמור על האוטונומיה השברירית של ממלכותיהם תחת ההגמוניה של העות'מאנים, הספווים , האפשארים והקאג'ארים, אם כי לעיתים שימשו יותר כשליטי בובה בידי האימפריות השליטות. כחלק מהתנאים להסמכתם לשליטים נאלצו שליטי גאורגיה להתאסלם ורבים מהם אכן עשו זאת.
הענף האימרתי הסתבך ללא הרף במלחמות אזרחים, ורציפות שליטת השושלת נקטעה לא פעם. השליטים העות'מאנים לא היססו לפלוש לתחומה. באופן דומה כארתלי וקאחתי היו כפופים לשליטיהם הפרסים, שמאמציהם להשמיד את הממלכות הווסליות המורדות, היו לשווא, ושתי הממלכות המזרח גאורגיות שרדו עד לאיחוד מחדש בשנת 1762, תחת שלטונו של ארקלה השני. ארקלה איחד תחת שלטונו את הענפים הקאחתיים והכארתלים, והשריד הגבר האחרון היה בענף הצעיר שלו בבית מוחראני משנת 1658.
המונרכיה האחרונה.
בשנת 1744 העניק נאדיר שאה את המלוכה על ממלכת כארתלי לתאימורז השני והשליטה על ממלכת קאחתי לבנו ארקלה השני, כפרס על נאמנותם. תאימורז וארקלה ניצלו את חוסר היציבות באיראן כתוצאה ממותו של נאדיר שאה בשנת 1747, והכריזו על עצמאותם בפועל. לאחר מותו של תאימורז בשנת 1762, ירש אותו ארקלה כשליט כארתלי ובכך איחד את שתי הממלכות. בכך הפך לשליט הגאורגי הראשון ששלט פוליטית במזרח גאורגיה המאוחד מזה שלוש המאות האחרונות. בערך באותו הזמן עלה כארים חאן זנאד לכס השלטון בפרס. ארקלה השני מיד הציע את צייתנותו לשליט הפרסי החדש אבל בפועל היה מנהיג אוטונומי כל תקופת שלטונה של שושלת זאנד .
ארקלה השני הצליא להביא ליציבות מסוימת בממלכת כראתלי-קאחתי, וביסס הגמוניה פוליטית בעבר הקווקז. בשנת 1783 הוא חתם על חוזה גאורגייבסק שהוא הציב את ממלכתו תחת חסותה של האימפריה הרוסית. יחד עם זאת נכשלה האימפריה הרוסית במתן סיוע בזמן כאשר השליט הפרסי, אע'א מוחמד ח'אן קאג'אר , כבש, בזז והחריב את טביליסי בשנת 1795 במטרה לאלץ את הממלכה הגאורגית לנתק את הקשר שלה עם הרוסים, ובמטרה לבסס מחדש את ההגמוניה הפרסית על האזור.
לאחר מותו של ארקלה השני בשנת 1798, פנה בנו ויורשו גאורגי השנים עשר לקיסר הרוסי פאבל הראשון, וחידש את בקשת ההגנה מרוסיה. בנוסף הוא קרא לו להתערב בסכסוך המריר בין הבנים והנכדים הרבים ארקלה השני. פאבל הציע לשלב את ממלכת כארתלי-קאחתי לתוך האימפריה הרוסית, תוך שמירה המעמד השושלתי ומידה מסוימת של אוטונומיה פנימית, במעמד של כפיפות ישירה לקיסר הרוסי . במקביל בשנת 1799 צעדו חיילי האימפריה הרוסית לטביליסי. ב-18 בדצמבר 1800, חתם פאול על מניפסט המכריז על סיפוח ממלכת כארתלי-קאחתי לאימפריה הרוסית באופן חד-צדדי, כשהמשא ומתן על התנאים היה עדיין בתהליך. הכרזה זו נשמרה בסוד עד למותו של גאורגי השנים עשר ב-28 בדצמבר של אתה שנה. בנו הבכור של גאורגי, דוד , הוכר רשמית כיורש מוחלט על ידי הקיסר פאול ב-18 באפריל 1799, אבל הכתרתו למלך לאחר מות אביב לא הוכרה.
ב-12 בספטמבר 1801 אשרר אלכסנדר הראשון, קיסר רוסיה את החלטת קודמו פאבל, שעל פיה יש להדיח את שושלת בגרטיוני מכס המלוכה. אם כי היו חלוקים בינם לבין עצמם, התנגדו חלק מנסיכי בגרטיוני לסיפוח הרוסי וניסו ליזום מרד. רובם נעצרו בסופו של דבר וגורשו מגאורגיה.
שלטונו של בית אימרתי הגיע לסיומו כעבור פחות מעשור מאוחר יותר. ב-25 באפריל 1804, שוכנע סולומון השני, מלך אימרתי, שהיה בפועל וסאל עותמאני, לחתום על הסכם אֶלַאזַנאוּרִי עם רוסיה, בתנאים דומים לחוזה גאורגייבסק. למרות זאת, ב-20 בפברואר 1810, הדיחו הרוסים את סולומון מכס השלטון. ניסיון המרד שלו כשל והוא נפטר בשנת 1815, בגלות בטרבזון שבטורקיה העות'מאנית. השלטון הרוסי על גאורגיה הוכר בסופו של דבר בהסכמי שלום שונים עם פרס והעות'מאנים, והשטחים הגיאורגיים הנותרים נכבשו על ידי האימפריה הרוסית בהדרגה במהלך המאה ה -19.
בגרטיונים ברוסיה.
הבגרטיונים הפכו למשפחה אריסטוקרטית בולטת באימפריה הרוסית. המפורסם שבהם היה פיוטר בגרטיון, נינו של יֶסֶה מלך כארתלי , שהפך לגנרל רוסי וגיבור המלחמה הפטריוטית של 1812. אחיו - רומן בגרטיוני היה גם הוא גנרל רוסי שהתבלט במלחמת רוסיה–פרס (1826–1828) והיה הראשון שנכנס לירוואן בשנת 1827. רומן היה ידוע גם בכך שפרש את חסותו על האמנויות, הספרות והתיאטרון. תיאטרון הבית שלו בטביליסי נחשב לאחד הטובים ביותר בקווקז. בנו הנסיך פיוטר רומנוביץ' בגרטיון היה מושל אובלסט טבר ולאחר מכן מושל-גנרל הפלכים () הבלטיים. הוא היה גם מהנדס מתכות ידוע בקיאניזציה של זהב ברוסיה. הנסיך דמיטרי בגרטיון היה גנרל רוסי שלחם במלחמת העולם הראשונה במתקפת ברוסילוב ולאחר מכן הצטרף לצבא האדום.
בגרטיונים היום.
רוב בני משפחת בגרטיוני עזבו את גאורגיה לאחר שהצבא האדום השתלט על טביליסי בשנת 1921.
ענף מוחראני.
בעוד שבגרטיון-מוחראנלי היה הענף השושלתי של הבן הצעיר של ענף השושלת ששלט בממלכת כארתלי, הם הפכו לענף בכיר ביותר מבחינה גנאלוגית במשפחת בגרטיוני בתחילת המאה ה-20. יחד עם זאת איבד הענף הבכיר את השליטה על כארתלי בשנת 1724, תוך שמירה על נסיכות מוחראני עד שסופחה לאימפריה הרוסית יחד עם ממלכת כארתלי-קאחתי בשנת 1801.
לאונידה בגרטיון-מוחראני מבית מוחראני, נישאה לולדימיר קירילוביץ', הנסיך הגדול של רוסיה והפכה לאמו של אחת מהטוענות למורשת רומנוב - מריה ולדימירובנה, הנסיכה הגדולה של רוסיה.
ארקלה בגרטיון-מוחראני , מהענף הבכיר של השושלת, הכריז על עצמו כראש בית המלוכה של גאורגיה בשנת 1942, בהיעדר עדות לכך שהבגרטיונים מהענף הקאחתי (ששלטו עד שנת 1801), עדיין שרדו מעבר למסך הברזל. הוא ייסד בגולה (ברלין) את "איחוד הגאורגיים המסורתיים" . אשתו השנייה מריה אנטונייטה פסקוויני, ביתו של אוגו, רוזן קוסטאפיוריטה, ילדה לו בן ויורש - ז'ורז'ה בגרטיון-מוחראני , אבל נפטרה בעת הלידה בפברואר 1944. ב-1946 התחתן שנית עם הנסיכה מריה דה לאס מרסדס נכדתו של אלפונסו השנים עשר, מלך ספרד וביתו של דון פרדיננד, נסיך בוואריה, אשר ויתר על זכויות לכתר ממלכת בוואריה כדי להפוך לאינפנטה בספרד.
החל משנות התשעים של המאה העשרים החלו בכירים מצאצאי בגרטיון-מוחראני לשוב למולדתם, מספרד לגאורגיה, ולסיים דורות של גלות. בנו הבכור של ארקלה בגרטיון-מוחראני, ז'ורז'ה בגרטיון-מוחראני , הוכר רשמית על ידי הממשלה ומנהיגי הכנסייה הגאורגית, כשהביא את עצמותיהם של אבותיו לקתדרלת סווטיצחובלי במצחתה בשנת 1995. בשנת 2005 הוא התיישב בטביליסי עד למותו בשנת 2008. בנו הבכור ארקלה (נולד ב-1972) שב לגאורגיה בשנת 1999, אבל למרות שאומץ כטוען לכתר עתידי על ידי מונרכיסטים גאורגיים מסוימים, חזר לספרד ודחה את טענתו לכתר. אחיו הצעיר דוד קבע את מושבו בטביליסי, קיבל אזרחות גאורגית, תבע את תוארי משפחת מוחראני והפך לראש מועצת המשפחה. מוחראני היה הענף הפטרילינארי הבכיר ביותר, שמוצאו הוא ישירות מקונסטנטין השני מלך גאורגיה .
המוצא של שושלת בגרטיד
שושלת בגרטיד - הבגרטונים מארמניה והבגרטיוני מגאורגיה, היו ממשפחות שושלות המלוכה העתיקות ביותר בקווקז, ולמעשה בכל אירופה, שהחלו משושלות של נסיכים והגיעו למעמד מלכותי בשתי המדינות במאה ה-9.
מקורם של הבגרטידים שנוי במחלוקת. הסברה המקובלת ביותר גורסת כי לשתי המשפחות יש אותם שורשים, שהתחילו בארמניה והסתעפו מאוחר יותר לגאורגיה. השושלת הארמנית הראשית נכחדה במאה ה-12. ענף גאורגי קטן של השושלת ממשיך להקרא עד היום "בית האצולה של גאורגיה".