משטרו של יוזף היה שאפתני ובמידה שווה לא ריאליסטי. הוא שאף לכרות ברית עם מלכת רוסיה יקטרינה הגדולה, מה שהוביל למלחמה עם האימפריה העות'מאנית ב-1787, שהייתה אויבתה הגדולה של רוסיה. הביצועים האוסטרים המלחמה היו לא מרשימים בלשון המעטה, והמחיר שהם גבו הוביל להתמרמרות נוספת כלפי הקיסר. לאחר מותו של יוזף ב-1790 רבות מתוכניותיו עלו בתוהו, עם פתיחת המרד בארצות השפלה, בהונגריה וחבל הבלקן.
הסתלקותו של יוזף התקבל בברכה על ידי מרבית האצולה, במיוחד כשהוא הוחלף בידי אחיו הריאלי לאופולד השני, שקודם היה הארכידוכס הפרוטסטנטי של טוסקנה. לאופלד ידע לפתור בעיות והביא לסיומו של מרד הונגריה וארצות השפלה בעזרת הסכם. הוא גם ידע לשמור על שלום עם העות'מאנים והסדיר בעלות ברית עם פרוסיה.
בזמן שלטונו על אוסטריה הלכה גברה המהפכה הצרפתית. אף כי לאופולד היה סימפתי לנאורות, הוא היה גם אחיה של מלכת צרפת, מארי אנטואנט, ובנוסף לכך, ויכוח סיבך את מעמד הזכויות של נסיכי אלזס, המקום שבו ניסתה ממשלת המהפכה הצרפתית להסיר הסכמים שקיבלה על עצמה בהסכמים שונים, דבר אשר סיבך אותו, כאחד מצירי ההסכמים, בעימותים עם הצרפתים. ב-1791 נחתמה הצהרת פפילניץ בין פרידריך וילהלם השני, מלך פרוסיה, פרידריך אוגוסט השלישי, הנסיך הבוחר מסקסוניה ולאופולד, שבה הוצהר כי יהיה על שליטי אירופה לשים עין על מה שקורה בצרפת. הצהרה זו נועדה לעודד את לואי השישה עשר מלך צרפת על מנת למנוע מהם כל צורך לבצע פעולה נגד ארצו, אך זו רק גרמה לשלהוב של הרגשות המהפכנים כלפי הקיסר. על אף שלאופולד עשה את כל מה שיכל כדי להימנע ממלחמה עם הצרפתים, כחודש לאחר מותו במרץ 1792, הכריזו הצרפתים מלחמה על בנו ויורשו חסר הניסיון פרנץ השני.
עידן המהפכה הצרפתית ונפוליאון בונפרטה (1792-1814).
המלחמה עם צרפת, שנמשכה עד 1797 הוכיחה את אי הצלחתה של אוסטריה. לאחר כמה ניצחונות קצרים של האוסטרים על הצרפתים, התהפכו היוצרות וצרפת כבשה את ארצות השפלה האוסטריות מידי אוסטריה בחודשים האחרונים של 1792. לאחר זמן מה הורחק המנהיג האוסטרי פיליפ פון קובנצל, ופרנץ מריה טוגוט מונה במקומו.
באותו הזמן, עליית המהפכה הצרפתית וכיבוש ארצות השפלה בידי צרפת, הובילו למלחמה בין הולנד, בריטניה וספרד לבין צרפת, מלחמה שנודעה כ"מלחמת הקואליציה הראשונה". כמו כן, היו מספר ניצחונות על צרפת שגרמו להחזרת ארצות השפלה. אך ב-1794 התהפכו היוצרות שוב ואוסטריה נדחקה שוב מאדמת ארצות השפלה. בינתיים, המשבר בפולין שוב החריף וגרם לחלוקתה השלישית (1795). מלחמת הקואליציה המשיכה ללכת לא טוב, ואוסטריה נשארה רק עם שתי בעלות ברית, סרדיניה פיימונטה ובריטניה. ב-1796 החליטו הצרפתים לצאת למערכה בגרמניה כדי להכריח את האוסטרים לעשות הסכם שלום, ולהתקיף גם מכיוון איטליה. למרות ההגנה של אוסטריה על ידי הארכידוכס קרל, דוכס טשן אח הקיסר, שנחלה הצלחה בגירוש הצרפתים מגרמניה, הצבא שבא מאיטליה היה מוצלח בצורה מבריקה, תחת הנהגתו של הגנרל הקורסיקאי נפוליאון בונפרטה, כשהוא הוציא את בעלת בריתה של אוסטריה, ממלכת סרדיניה מחוץ למלחמה וגירש את האוסטרים מלומברדיה וכיתר את העיר מאנטובה. לאחר כיבוש העיר בידי נפוליאון בתחילת 1797 הוא התקדם צפונה לכיוון וינה, בעוד שהחלק השני של צבא צרפת חזר שוב לגרמניה, ואוסטריה אולצה להסכם שלום, חוזה קמפו פורמיו, ובו ויתרה אוסטריה על ארצות השפלה ועל לומברדיה, אך קיבלה חלק מהרפובליקה של ונציה שחולקה בינה לבין צרפת כפיצוי מנפוליאון, מבלי להתחשב בכך שוונציה הייתה רפובליקה עצמאית. האוסטרים גם הכירו זמנית בסיפוח הצרפתי של הגדה השנייה של נהר הריין, וגם הסכימו בעקרון שהנסיכים הגרמניים של האזור יפוצו באדמות כנסייה בגדה השנייה של הריין.
אבל השלום לא נמשך לזמן רב, וכעבור זמן קצר צצו מחלוקות בין האוסטרים והצרפתים, והאוסטרים הפרו את הסכם השלום. אוסטריה הצטרפה לרוסיה, בריטניה ונאפולי למלחמת הקואליציה השנייה ב-1799. הגם שבתחילה הכוח האוסטרי-רוסי נחל הצלחה בגירוש הצרפתים מאיטליה, הרוסים פרשו לאחר קרב ציריך ב-1799 שבו הרוסים האשימו את האוסטרים בחולשתם, והאוסטרים שוב הותקפו על ידי בונפרטה, שהיה כבר קונסול ראשון של צרפת, והסיג אותם מאיטליה, ולאחר מכן מגרמניה בקרב הוהנלינדן. ההפסד הזה הכריח את התפטרות בית טוגוט, ואת אוסטריה, שהונהגה עתה בידי לודוויג קובנצל לעשות שלום בלונביל שבצרפת בתחילת 1801. המאפיינים של אוסטריה היו באותו זמן חולשה מופתעת, אבל עכשיו הדרך לארגון מחדש של האימפריה הצרפתית בגבולה. עם דוח המינוי ב-1803 ארגן מחדש לחלוטין את האימפריה הרומית הקדושה, שקיבלה כמעט את כל הערים החופשיות ואדמות הכנסייה, ודוכסי אוסטריה, שבאופן מסורתי היו תמיד קיסרי האימפריה, פוטרו מהמשרה.
עם מינויו העצמי של נפוליאון בונפרטה לקיסר הצרפתים, הכריז על עצמו פרנץ השני כ"קיסר אוסטריה" בנוסף לתוארו כקיסר האימפריה הרומית הקדושה, ונקרא מעתה פרנץ הראשון קיסר אוסטריה. לאחר זמן קצר, המשיך נפוליאון בתככיו באיטליה, וסיפח לעצמו את ג'נובה ואת פארמה, וזה הוביל שוב למלחמה, מלחמת הקואליציה השלישית, שבה רוסיה, אוסטריה, בריטניה ושוודיה לחמו נגד נפוליאון. המלחמה החלה כשהכוח האוסטרי פלש לבוואריה, בעלת ברית של צרפת, אך סולק משם בידי נפוליאון בקרב אולם, ולאחר מכן הובסה שוב תבוסה מכרעת יחד עם רוסיה בקרב אוסטרליץ. בחוזה פרסבורג אולצה אוסטריה למסור שטח רב: את דלמטיה לצרפת, את ונציה לממלכה האיטלקית של נפוליאון ואת טירול לבוואריה.
המלחמה גרמה לפירוק האימפריה הרומית הקדושה עתיקת היומין. מדינות הלוויין של נפוליאון במערב ודרום גרמניה נורשו מידי האימפריה לידי הקונפדרציה של הריין, וכמה ימים מאוחר יותר הכריז פרנץ השני על ויתור על כתר קיסרות האימפריה הרומית הקדושה, ובכך הקיץ הקץ באופן רשמי על האימפריה הוותיקה הזו.
אוסטריה, שבה הכתיב את הטון המדינאי יוהאן פיליפ שטדיון, ניסתה לשמור על שלום עם צרפת, אך קריסתו של בית בורבון הספרדי הטרידה את ההבסבורגים מאוד, והם יצאו נואשות למלחמה ב-1809, בלי אף בעלת ברית אירופאית. הניסיונות של שטדיון לחולל מרד בגרמניה הסתיימו בלא הצלחה, והרוסים כיבדו את בעלות בריתם עם צרפת, וכך אוסטריה הותקפה שוב. במלחמה הזאת היה הקרב הראשון שבו הובס נפוליאון, בקרב אספרן אסלינג, על ידי הארכידוכס קרל. התוצאות של הסכם שנברון לאחר המלחמה היו אכזריות כלפי אוסטריה: היא איבדה את זלצבורג לבוואריה, כמה מהשטחים הפולניים שלה לרוסיה ואת טריטוריות הירושה שלה (שכללו את רוב קרינתיה ושטיריה) לנפוליאון.
קלמנס ונצל פון מטרניך, שר החוץ החדש של אוסטריה, שאף להקים באוסטריה מדיניות פרו-צרפתית: בתו של הקיסר, מריה לואיזה, נישאה לנפוליאון לאחר שגירש את אשתו ג'וז'פין, ואוסטריה תרמה צבא לפלישה הצרפתית לרוסיה ב-1812. לאחר התבוסה הרת-האסון של נפוליאון ברוסיה בסוף אותה שנה, עברו הפרוסים לצידה של רוסיה, וקלמנט גם כן שינה אט אט את מדיניותו הפרו-צרפתית. בתחילה הוא ניסה לגרום לשלום בין צרפת לאויבותיה האירופאיות, אך לאחר שהיה נראה כי נפוליאון אינו מעוניין בפשרה, הצטרפה אוסטריה לבעלות ברית אחרות והכריזה מלחמה על צרפת באוגוסט 1813. ההתערבות של אוסטריה הייתה נחרצת: נפוליאון הובס בקרב לייפציג באוקטובר באותה שנה, וכוחו נסג לתוך צרפת עצמה. בתחילת 1814 הכוח של בעלות הברית פלש לתוך צרפת. בתחילה מטרניך לא היה בטוח אם הוא רוצה את נפוליאון על כס המלוכה, שבנו היה הנכד של הקיסר האוסטרי, או חזרה של בית בורבון, אך לבסוף הוא בחר באפשרות השנייה. נפוליאון פרש ב-3 באפריל 1814, והוחלף בידי לואי השמונה עשר, שזמן קצר לאחר מכן נשא ונתן הסכם שלום בפריז עם בעלות הברית המנצחות.
המאה התשע עשרה.
בין 1815 ו-1848 תחת הנהגתו של מטרניך נכנסה אוסטריה לתקופה של ריאקציה פוליטית, צנזורה ושלטון ברזל (התקופה נקראת בגרמנית תקופת "Biedermaier" או "Vormärz"). אך עלייתם של הלאומיות והליברליזם גרמה לאביב העמים. מטרניך והקיסר פרדיננד הראשון שלקה בשכלו אולצו להתפטר והוחלפו על ידי האחיין הצעיר פרנץ יוזף. הנטייה של חברות האימפריה האוסטרית לפרוש דוכאה בידי הצבא. חוקה נחקקה במרץ 1848, אך הייתה בעלת השפעה מעשית קטנה. אחת הפעולות של המהפכנים הייתה שחרור כל האיכרים באוסטריה. פעולה זו תרמה לתיעוש, והמונים נהרו למרכזים התעשייתיים בשטחי האימפריה (מרכזים תעשייתיים היו בבוהמיה, אוסטריה עילית, וינה ובשטיריה). מהפכנים חברתיים הביאו להחרפת העימותים בערים בעלות מגוון אתני, מה שגרם לעלייה של הלאומיות.
בשנת 1859 בעקבות התבוסות של אוסטריה בקרבות סולפרינו ומאגנטה נגד הכוחות המאוחדים של צרפת וסרדיניה גרמו להפסד של לומברדיה וטוסקנה לממלכת סרדיניה, ששאפה להקים מדינה מאוחדת איטלקית לאומית (ראה איחוד איטליה).
ההפסד של אוסטריה בקרב קניגרץ במלחמת שבעת השבועות נגד פרוסיה גרמה להרחקה של אוסטריה מגרמניה. חולשת השלטון בענייני החוץ גרמה לפרנץ יוזף אפילו לרפורמות פנימיות. על מנת לפייס את הלאומיות שעלתה בהונגריה, עשה פרנץ יוזף פשרה עם האצולה ההונגרית ולפיה יהיה להונגריה חלק בשליטה על האימפריה, וכך נוצרה האימפריה האוסטרו הונגרית. ב-1867, לשני התחומים קיסלייטניה וטרנסלייטניה בהונגריה נהיו בעלות משטר פנימי שונה, אך בעלי אותו מושל ואותו צבא.
ב-1878 כבשה אוסטריה הונגריה את בוסניה והרצגובינה, שנפרדה מהאימפריה העות'מאנית הרדומה כשנוצרו מדינות חדשות בבלקן. השטח סופח לאוסטריה ב-1907 והושם תחת הנהגה משותפת של אוסטריה והונגריה.