הקלאמת הוא הנהר החשוב ביותר הנשפך לאוקיינוס השקט דרומית לנהר הקולומביה עבור דגים הנודדים מהים לנהר לשם רבייה. דגי הסלמון וטרוטת עין-הקשת הנכנסים אליו עברו התאמה לחומציות ולטמפרטורת המים הגבוהים באופן יוצא דופן יחסית לנהרות אחרים באזור הפסיפיק נורת' ווסט. הדגים המרובים היו מקור מזון עיקרי לתושבים האינדיאנים הילידים, ששכנו באגן במשך לפחות 7,000 שנים. האירופאים הראשונים שנכנסו לאגן הנהר קלאמת היו ציידי פרוות עבור חברת מפרץ הדסון בשנות ה-20 של המאה ה-19. הם הקימו את שביל סיסקיו לאורך הקלאמת והנהר טריניטי לתוך עמק סקרמנטו. בתוך כמה עשורי שנים של התיישבות של האדם הלבן, נדחקו התושבים הילידים לתוך שמורות.
במהלך הימים האחרונים של הבהלה לזהב בקליפורניה פעל מספר הולך וגדל של כורים לאורך הקלאמת ויובליו. ספינות קיטור פעלו למשך זמן קצר על האגמים הגדולים באגן העליון לפני שהוחלפו על ידי מסילות ברזל בשלהי המאה ה-19. במאה ה-19 ובמאה ה-20 הפך האגן העליון לאזור חקלאי עשיר, וסכרים רבים נבנו במטרה לאגור מים להשקיה ולייצר אנרגיה הידרואלקטרית. בשנות ה-60 של המאה ה-20, הייתה כוונה להשתמש במי הנהר על מנת לענות על הביקוש למים במרכז ובדרום קליפורניה, אבל הרעיון לא הבשיל לכדי ביצוע.
מכיוון שהקלאמת מכיל רבים מהקטעים הארוכים ביותר של מי נהר הזורמים בחופשיות בקליפורניה, יחד עם מסלולי מים לבנים מעולים, הוא הפך לנהר פופולרי לנופש. עם זאת, סכרים ומפעלי הטיה באגן העליון גרמו לפגיעה באיכות המים באגן התחתון של הקלאמת. קבוצות להגנת איכות הסביבה ושבטי הילידים הציעו שינויים נרחבים לשימוש במים באגן הקלאמת, בעיקר פירוק של כמה סכרים על הנהר על מנת להרחיב את בית הגידול של הדגים. הם הציגו את חששותיהם במה שהוא כיום "הסכם השיקום של אגן קלאמת" (Klamath Basin Restoration Agreement), תוכנית לניהול המים שנחתמה על ידי הקהיליות המקומיות, הממשלות, קבוצות שבטיות, אנשי איכות הסביבה ודייגים. ההצעה קיבלה את תמיכת מחלקת הפנים של ארצות הברית, אבל טרם אושרה על ידי הקונגרס של ארצות הברית.
מסלול.
מקור הנהר קלאמת הוא אגם קלאמת העליון, הממלא עמק נרחב במדרון המזרחי של הרי הקסקייד הגבוהים הדרומיים. עם זאת, הפלגים המזינים את האגם מתחילים למעלה מ-150 קילומטרים צפונה משם, הרחק עד אגם קרייטר לייק וגבול אורגון-נבדה. הקטע הראשון בן 1.5 קילומטרים מכונה נהר הלינק (Link River - "הנהר המקשר") והוא נשפך בסמוך לעיר קלאמת פולס לאגם יואנה, מאגר מים באורך 29 קילומטרים הסכור על ידי סכר קנו (Keno Dam). המאגר מקושר לנהר לוסט (Lost River - "הנהר האבוד"), נהר הזורם דרומה לקליפורניה, בתעלת הטיה המאפשרת לווסת את כיוון זרימת המים בין שני הנהרות בכל כיוון בהתאם לצורך, כחלק ממיזם ההשקיה קלאמת.
מתחת לסכר קנו הנהר זורם מערבה, חולף על פני קרקעית אגם קלאמת התחתון היבש ברובו. לאחר שהנהר זורם מחוץ למאגר, הוא עובר דרך סכר הידרואלקטרי (John C. Boyle Dam) בטרם הוא חוצה את הגבול בין אורגון לקליפורניה, ואז עובר שלושה סכר הידרואלקטריים נוספים. בהמשך הנהר פונה דרומה בסמוך לעיירה הורנברוק (Hornbrook) בכיוון הר שסטה. מרחק קצר אחר כך הנהר פונה מערבה ומקבל את מימיהם של הנהרות שסטה וסקוט, כשהוא מתחתר לעומק בקצה הקניון דרך הרי קלאמת.
הנתיב דרך הרי הקסקייד הגבוהים, הרי הקסקייד המערביים והרי קלאמת מהווה את עיקר מסלולו של הנהר, החל מהאקלים הצחיח יחסית של המדבר הגבוה בחלקו העליון של אגן הניקוז ועד יער הגשם הממוזג הזוכה לשפע משקעים מהאוקיינוס השקט. מסלול הנהר משפך הנהר סקוט הוא בדרך כלל מערבה לאורך הצד הדרומי של הרי סיסקיו עד שהוא פונה בחדות דרומה בסמוך לעיירה הפי קמפ (Happy Camp). משם הוא זורם דרומה מעל אשדות מים לבנים לתוך היער הלאומי קלאמת והיער הלאומי שישה נהרות, ומקבל את מימיו של הנהר סלמון, ועובר את נקודת היישוב הקטנה אורליאנס (Orleans). הנהר מגיע לנקודה הדרומית ביותר במסלולו בנקודת היישוב הקטנה ויצ'פק, ופונה בחדות צפונה כשהנהר טריניטי נפגש בו. נקודת המפגש עם הנהר טריניטי גם מסמנת את הנקודה שבה הזרם של הנהר קלאמת מאט ככל שהוא מתקרב לגובה פני הים. ביתרת מסלולו הקלאמת זורם בדרך כלל לצפון-מערב דרך שמורת האינדיאנים יורוק, שמורת אינדיאנים של שבט היורוק, עובר דרך העיירה קלאמת (שבה חוצה מעליו גשר של כביש 101) וזורם לים כ-26 קילומטרים דרומית לעיירה קרסנט סיטי. שפך הנהר לאוקיינוס השקט הוא בנקודת היישוב הקטנה רקווה, באזור המשותף לשמורת האינדיאנים יורוק ומערכת הפארקים רדווד.
קטע נהר באורך כ-18 קילומטרים באורגון עד לנקודת החציה לקליפורניה הוכרז כנהר פראי ולאומי. שפך הנהר קלאמת הוכרז כראוי להגנה על ידי מדיניות המפרצים ושפכי הנהרות של קליפורניה.
אגן הניקוז.
הנהר קלאמת מנקז שטח בן 40,790 קמ"ר המכונה אגן קלאמת (Klamath Basin) המשתרע על מרבית שטחו של מחוז קלאמת, וחלקים מהמחוזות לייק וג'קסון בדרום אורגון והמחוזות סיסקיו, דל נורטה, המבולדט, מודק וטריניטי בצפון קליפורניה. בסך הכול 35% משטח אגן הניקוז מצוי באורגון ו-65% בשטח קליפורניה. שטח נרחב זה כולל מגוון גדול של נופים. החלק הצפוני ביותר של אגן הניקוז הוא אזור המדבר הגבוה, המנוקז על ידי הנהרות ויליאמסון וספראג, שניהם זורמים בכיוון כללי לדרום-מערב לתוך אגם קלאמת העליון. האגן האמצעי מאופיין בשטחי ביצות, ערבות עשב נרחבות ובשטחים חקלאיים, וחלקו שוכן תחת שני גופי מים עיקריים: אגם קלאמת העליון ואגם קלאמת התחתון. האגן התחתון הנרחב, המשתרע על יותר ממחצית שטחו של אגן הניקוז, כולל הרים, יערות וקניונים.
כמה אגני ניקוז אחרים בחוף המערבי ואגני ניקוז פנימיים גובלים באגן הניקוז של הנהר קלאמת. בצפון-מערב שוכנים אגני הניקוז של הנהרות רוג ואומפקווה באורגון וסמית בקליפורניה. ממזרח שוכן אגן הרני (Harney Basin), אגן ניקוז סגור וחלק קטן מהאגן הגדול. החלק הדרומי של אגן הניקוז של קלאמת גובל באגן הניקוז של הנהר סקרמנטו ויובליו העיליים, כולל הנהר פיט, ובצד הדרום-מערבי שוכנים אגני הניקוז של הנהרות מד ורדווד קריק. הגבול המערבי של אגן קלאמת העליון נוצר על ידי רכס הקסקייד הגבוה והרי קלאמת, ואחת מהשלוחות הדרומיות ביותר של רכס הקסקייד ורכסי החוף של קליפורניה מכסים את אגן הניקוז הדרום-מערבי. נהר הקלאמת הוא רק אחד משלושה נהרות המתחילים מזרחית לרכס הקסקייד וזורמים לאוקיינוס השקט. שני האחרים הם נהר הקולומביה והנהר פרייזר.
מרבית השימוש האנושי באגן הניקוז מוגבל לאגן העליון, למרות האקלים הצחיח למחצה. סכרים נבנו, מי השקיה מוזרמים מהנהרות קלאמת ולוסט, ושפע מי תהום שנשאבים אפשרו להפוך את מרבית אגן קלאמת העליון לאדמה חקלאית. לפני לפחות 11,000 שנים היו אגם קלאמת התחתון ואגם טולי (Tule Lake) מתמזגים בעונת הגשמים ויוצרים ביצת מים מתוקים בשטח של 750 קילומטרים רבועים. ביצה זו, יחד אגם קלאמת העליון בשטח של 260 קילומטרים רבועים, יצרו בית גידול זמני למיליוני עופות נודדים. כל האגמים הללו הם שרידים של אגם מודק, אגם גדול מעידן הקרח האחרון שהשתרע על שטח של כ-2,800 קילומטרים רבועים. אף שכל שטחי הביצות, למעט אגם קלאמת העליון, יובשו לצורכי חקלאות, עדיין עוברים כ-3.7 מיליון עופות נודדים דרך אגן הניקוז מדי שנה.
למרות הספיקה השופעת של הנהר בקליפורניה, הוא לא מספק כמויות משמעותיות של מים להשקיה או לשימוש ביתי בחלקים המרכזיים והדרומיים של המדינה. "מיזם טיוב הקלאמת" (Klamath Reclamation Project) באזור קלאמת פולס מספק מים להשקיה ו"מיזם העמק המרכזי" (Central Valley Project) מטה מים מהנהר טריניטי לשם הספקת מים לעמק סקרמנטו. מי יובלים אחרים של הקלאמת, כולל הלוסט והשסטה מוסטים להשקיה. השימוש במים של הקלאמת התחתון, אחד מהנהרות האחרונים הזורמים בצורה חופשית במדינת קליפורניה, הוא נושא לוויכוח פתוח ארוך שנים בין התומכים בשמירה על הטבע, שבטי אינדיאנים, חברות מים וסוכנויות ממשלתיות.
שיטפונות.
החלק האמצעי והחלק התחתון של נהר הקלאמת מועדים לשיטפונות., ושיטפונות גדולים התחוללו בשנים שבהם היו שיטפונות גדולים בצפון קליפורניה, בייחוד כתוצאה מסופות שנובעות מהתופעה האקלימית המכונה "פיינאפל אקספרס" (Pineapple Express – "אקספרס האננס") המביאות כמויות גדולות של גשמים חמימים לצפון קליפורניה. שיטפונות רציניים התרחשו בנהר הקלאמת בשנים 1926–1927, 1955, 1964, 1997 ו-2005. בחלק מהמקרים הם גרמו לשינוי מסלולו של הנהר. שיטפון חג המולד של 1964 היה הרסני במיוחד, כשגובה המים הגיע ל-17 מטרים, והם הציפו את העיירות קלאמת וקלאמת גלן והרסו את מרבית הגשר של כביש 101 החוצה את הנהר. גשר הכביש נבנה מחדש במיקום אחר, אם כי הכניסות לגשר הישן עומדות עדיין.
השפך של הקלאמת וקטעים סמוכים של הנהר רגישים לגלי צונאמי והיו הרוגים במהלך רעידת האדמה באלסקה (1964) ורעידת האדמה והצונמי בסנדאי (2011).
גאולוגיה.
אגן קלאמת העליון, המוגדר כאזור הניקוז של הנהר קלאמת מעל לסכר איירון גייט (Iron Gate Dam), הוא אזור מעבר ייחודי בין רכס קסקייד במערב ופרובינציית אגן ורכס של צפון האגן הגדול מדרום מזרח. אזור זה משתרע מדרום אגם קלאמת התחתון לתוך אגן הניקוז של הנהר לוסט ואגן אגם קלאמת העליון. התמתחות של קרום כדור הארץ והעתקים של גושים נטויים יצרו טופוגרפיה שלה מאפיינים הדומים לשני האזורים. כמעט כל האגן הוא אזור גראבן עם מאפיינים של אגן ורכס, שנוצרו על ידי התרוממות ושקיעה לאורך כמה העתקים שכיוונם מצפון לדרום.