כל המערכות היו לא ממוחשבות. שליטה ובקרה של בניית תמונת הקרב הטקטית הייתה ידנית על גבי שולחן סימון (שולחן מי"ק - מרכז ידיעות קרב) בקנה המידה 1:144,000. המשמעויות היו חוסר דיוק בעיבוד נתוני הגילוי ומעבר זמן רב, לעיתים יותר מ-15 דקות, עד להגעה לתמונה טקטית יותר נכונה לקבלת החלטות. חיישנים ומערכות עזר פעלו באי דיוקים, כגון במד המהירות ובמדידות במכ"ם בטווחים ארוכים. לכל ספינה היו אי הדיוקים משלה. כתוצאה מכך זיהוי אויב, הפרדה בין אויב, נייטרלי וכוחותינו היווה תהליך ארוך ואירעו טעויות בזיהוי, בעיקר בתחילת שלב הגילוי של קרב.
לא היו מערכות סימולציה ברמת הספינה פרט למערכת הנשק בירי טילים סימולטיבי. בבסיס ההדרכה הותקן סימולטור טקטי מתקדם רק משנת 1971 וזאת לתרגול מפקדים וקצינים בלבד שנקרא מתקן התרגול הטקטי ("מת"ט"). בבסיס ההדרכה היו אף מתקני תרגול מאוד ישנים בנושא לוחמה נגד צוללות ובקרת נזקים (שריפות והצפות).
תיקוף מערכות הלחימה אמנם בוצע לרוב המערכות, כגון ירי מבצעי של תותחים וטילים של כל ספינה והכרזתה כמבצעית על ידי הנפת נס שרות פעיל. לעומת זאת לא ניתן היה לבצע זאת למערכות ההגנה נגד טילים (נט"ל). המשמעות הייתה שאמנם היה ביטחון במערכות, אך לא הייתה וודאות שהן יעבדו כמצופה בזמן קרב כאשר יש צורך בהתגוננות נגד טיל שנורה על הספינה.
הכנות בשייטת ספינות הטילים.
אף כי המודיעין הימי הודיע למפקד חיל הים בתחילת השבוע על מלחמה בפתח לא נעשו הכנות כלשהן בשייטת עד יום שישי 5 באוקטובר. המנטליות ותצורת הספינות בשייטת היו של לחימה במחבלים. עם זאת, במהלך כל שנת 1973 בוצעו באופן שוטף תרגולות קרב בלוחמת טילים ותותחים כנגד סטי"לי אויב בים ובמת"ט והספינות היו ברמה מבצעית גבוהה.
במהלך שנת 1972 ו-1973, עקב הגברת סיורי ביטחון שוטף (בט"ש) למניעת חדירת מחבלים דרך הים, הספינות עברו שינוי תצורה בעיקר בחימוש חליפי שתואם לחימה בכלי שיט קטנים ובטווחים קצרים של מאות מטרים. בספינות הסער 2 החליפו את מוצב הטילים המצטודד האחורי בתותח 40 מ"מ. בספינות סער 3 הוחלף מוצב הטילים המצטודד הקדמי בתותח אורליקון 20 מ"מ. חלק מהספינות צוידו בזרקור קסנון עוצמתי.
בליל 4–5 באוקטובר נערך תרגיל "קשתית" שהיה תרגול חילי נרחב של הגנת חופי מדינת ישראל לפי "פקודת סלע" מפני תקיפת ספינות טילים וכלל מטוסי פנטום מקדונל דאגלס F-4 לסיוע לכוח המגן ואף לביום של טילי סטיקס (טיסה נמוכה מאוד עם אורות נחיתה דולקים). בתום התרגיל במקום ביצוע תחקיר ניתנה פקודה להתחמש, לתדלק באופן מלא ולבצע את כל ההכנות האחרות הנדרשות לקראת פרוץ מלחמה.
מגבלות הבטיחות היו חמורות. בזמן ביצוע חימוש הספינות, אסור היה לחמש בו זמנית טילים ותחמושת אחרת, כולל רקטות ההטעיה עם מוץ לטווח רחוק (אבשלום) ולהגנה בטווח קצר (אמנון). חימוש בטילים נוספים בוצע בשש הספינות מדגם סער 3 תוך הורדת תותח ה-20 מ"מ, החזרת משגר מצטודד לירי טילים, בדיקת תקינות המערכת וכן מירעום הטילים וכן בדיקה על ידי מעבדה ניידת בודדת ("בדיקת קרון"). תהליך ארוך שהיה אמור להתבצע בטור ולא במקביל וכן כל ספינה לחוד. הדבר האריך מאוד את משך זמן המעבר וגלש לשעות אחר הצהריים של יום הכיפורים לספינות שתוכננו לתקיפת סוריה.
מפאת לחץ הזמן לא בוצעו נוהלי קרב, לא רועננו פקודות מבצע ותדרוכים לא בוצעו במלואם. הוזכרו עיקרי ההיערכויות וכן בוצעו תדריכים מקצועיים. סרן דוד הרפזי תדרך ביצוע הפגזת חוף, שנראה בעיקר ישים לגזרת סוריה. סרן דני מלמד תדרך ביצוע ניווט מדויק בזמן אמת ותוך כדי הפלגה בקרבת חוף ובמהירות גבוהה. בכל הספינות הוכנו מפות הסימון המסווגות, שכללו את מערכי הגנת החוף של גזרת מצרים וסוריה. בוצע שינון נוהלי התגוננות נגד טיל (נט"ל), בנוסף לטעינת רקטות ההטעיה מסוג "אבשלום" ואמנון.
מיום שישי בבוקר בוצעו השלמות כוח אדם וגיוס מילואים. הופעלו מינויי חירום כגון קציני גשר בכירים מקרב קצינים ותיקים שנמצאו בלימודים או בהדרכה. במקצועות קריטיים כגון אלחוטן וטכנאים בוצע גיוס מילואים. היו אף השלמות מקורסים של בה"ד חיל הים. צורפו נספחים שונים ביניהם אנשי מודיעין ואף צלמים.
אח"י מזנק נקבעה כספינת פיקוד בסמוך ליציאה לים לא מתוך תכנון מוקדם. למפקד השייטת הייתה הכרות קודמת עם הספינה מהיותו מפקדה כשהיה מפל"ג טרם מינויו. החפ"ק של מפקד השייטת התמקמה במדור ה (גילוי צוללות - חדר הסונר) שלא תוכנן להיות מאויש ושנמצא בין מדור ה (מרכז ידיעות קרב - הכולל את מערכת הנשק, שולחן סימון מטרות, מכ"ם החיפוש, מערכות הקשר והלוחמה האלקטרונית) למגורי החרטום.
היערכות ותנועה לחופי סוריה.
על פי החלטת מפקד חיל הים בוצעה היערכות ראשונית טרם פריצת המלחמה. בבוקר יום הכיפורים בסביבות 10:00 הוחל בפריסת יחידות חיל הים: שתי ספינות אח"י קשת מדגם סער 4 ואח"י אילת מדגם סער 2 בפיקוד מפל"ג סער 4 אלי רהב נשלחו להתרעה נגד מטוסים מול דרום המדינה. שתי ספינות, אח"י מבטח בפיקוד דני מלמד, עם מפל"ג 31 מיכה לצרוס ואח"י רשף בפיקוד מיכה רם, נשלחו צפונה, לאזור מצפון לראש הנקרה להתרעה נגד מטוסים וכן למניעת הגעת סטי"לים סוריים לאזור צור לביצוע ירי טילים על אזור מפרץ חיפה.
עד פרוץ הקרבות בשעה 1400 ואף מעבר לכך המשיך חיל הים בחימוש ובהכשרת כל הספינות. כוח משימה בן שש ספינות נשלח לאזור צפון סיני מצפון לאגם ברדוויל ולבסיס דפנה. כוח נוסף יועד לתקיפת כלי שיט אויב בגזרת סוריה. בעקבות הטלת ההסגר הימי לקח מפקד חיל הים בנימין תלם יזמה התקפית והורה על ביצוע סיור אלים באזור לטקיה להשמדת כלי שיט ובכך להבטיח נתיבי שיט פתוחים לישראל.
בשעה 15:43, כשעתיים לאחר פרוץ מלחמת יום הכיפורים, יצאו שלושה סטי"לים, אח"י מזנק, אח"י חנית ואח"י געש, בפיקוד מפקד השייטת מיכאל ברקאי, מנמל חיפה ונעו תחילה מערבה אל מחוץ לטווחי גילוי עין מהר כרמל ולאחר מכן צפונה במהירות גבוהה של 30 קשר במטרה לחבור לכוח של מפל"ג 31 לצרוס שכלל את אח"י מבטח ואח"י רשף, שהיו בסיור מצפון לראש הנקרה. לאחר חבירה נע כל הכוח צפונה בפריסה רחבה לכיוון חוף לבנון ובהמשך החוף הסורי.
פעילות סורית באזור טרטוס.
לטענת הסורים הכוח הישראלי התגלה בתנועה צפונה. לא היה ברור לסורים מה גודלו ומה משימתו. הם ביצעו הערכת זמן ומרחב והוציאו כוחות לים בהתאם. לא ידוע מתי וכיצד הסורים גילו את כוחותינו.
לפני הגעת הכוח הישראלי לאזור לטקיה התרחש כמעט קרב באזור טרטוס. בשעה 20:30 לערך, כשהכוח הישראלי היה דרומית מערבית לנמל טרטוס התגלה מכ"ם סטי"ל סורי באזור מבואות הנמל. מפקד השייטת דיווח למפקדת חיל הים וביקש סיוע אווירי כמוגדר בתורת הקרב, אך נענה שאין באפשרות חיל האוויר להקצות סיוע כזה. בוצעה הערכת מצב על פי כל הנתונים שהיו בידי הכוח ולא היה ברור באם הסטי"ל הסורי הוא בתוך הנמל או מחוצה לו. מפקד השייטת החליט להפליג מזרחה עם "מזנק" ולהתקרב לחוף להבהרת תמונת הקרב. שאר ארבע הספינות נשארו מאחור, ממערב לטרטוס ובפריסה רחבה. לא התגלו מטרות כלשהן ולכן החליט מפקד השייטת להמשיך עם הכוח צפונה לאזור שממערב ללטקיה ואז להתפצל לשני כוחות תוך ביצוע הטעיות שיגרמו לסורים להוציא כוחות לים. במידת הצורך החליט שתבוצע גם הפגזת חוף.
הסורים החליטו על הוצאת כוחות נוספים לים. בשעה 21:00 יצאו שלושה סטי"לים סורים מנמלי מינט-אל-ביידה ולטקיה בהפלגה דרומה בגירוד חוף לכיוון טרטוס. יציאת הכוח לא התגלתה על ידי הכוח הישראלי. בדיעבד לא ברור באם כוונת הסורים הייתה ביצוע מארב לכח הישראלי, או העברת הכוח לאזור טרטוס בעקבות הפעילות של הכח הישראלי באזור לפני כן. דיווח גילוי מכ"ם הסטי"ל באזור טרטוס והזמנת הסיוע האווירי על ידי מפקד השייטת בוצעו בתקשורת ת"ג גלויה עם מפקדת חיל הים וניתן להניח שמערך המודיעין הסורי גילה וזיהה התקשרויות אלו.
קרב לטקיה.
בסביבות 22:00 דרש הרמטכ"ל רב-אלוף דוד אלעזר ממפקד חיל הים לעדכנו לגבי תוכניותיו המבצעיות. בסביבות 22:40 הגיע ראש מספן הים, תא"ל צבי תירוש, למוצב הפיקוד העליון ועידכן את הרמטכ"ל שכוח סטי"לים נמצא מול לטקיה ואיתר סטי"לים סורים. אלעזר ביקש להחזיר את הסטי"לים אך לבסוף אישר את הפעולה.
בתנועה צפונה עבר הכוח הישראלי כ-15 מייל מזרחית לכוח רוסי של שני כלי שיט שהיו מוארים באופן בולט. לא היה זיהוי מדויק של סוגי כלי השיט הרוסים שהתגלו. עקב הפעילות הקודמת באזור טרטוס ניתן להניח שהכוח הישראלי התגלה ואף זוהה על ידי הכוח הרוסי. אין מידע על כך שכוח רוסי זה העביר מידע בזמן אמת ישירות לצי הסורי או ליועצים רוסים בסוריה.
בשעה 22:28, בטווח 40 מייל מהחוף הסורי, גילתה אח"י מזנק מטרה קטנה בטווח 12,000 יארד צפונית מערבית לה. תוך כדי התקרבות וירי אזהרה זוהתה המטרה כטרפדת סורית מדגם K-123 שסיירה בגזרת ראס-אל-בסיט וכף אנדריאס. "מזנק" פתחה באש בטווח 3,500 יארד. בהמשך גם "רשף" פתחה באש ובירי מדויק משני תותחי 76 מ"מ מטווח של כ-11 ק"מ תוך שימוש במחשב ירי דיגיטלי. הטרפדת נפגעה אך המשיכה במנוסה לכיוון החוף. מפקד השייטת הורה לאח"י חנית להישאר להטביעה.
שאר הסטי"לים המשיכו בתנועה לעבר החוף הסורי. מפקד הטרפדת הסורית, סגן עלי יחיא, הספיק להזהיר את מפקדתו שהוא מותקף על ידי שלוש ספינות. הכוחות הסוריים נערכו להגעת הספינות הישראליות.