הגרמנים היו מעוניינים להעביר את יהודי רומניה למחנה ההשמדה בבלז'ץ, שם שופצו המתקנים ושוכללו כך שיכלו להמית 1000–1200 איש (מחצית של משלוח יומי מתוכנן) תוך 20–30 דקות. המחנה היה סמוך למסילת ברזל, אך יעילות התהליך הייתה תלויה בכך שהיהודים לא יידעו עד הרגע האחרון מה צפוי להם ויחשבו שהם נשלחים למחנות עבודה. מסיבה זו התנגדו הגרמנים לגירוש האלים של היהודים לטרנסניסטריה, כשמטרתם להרגיע לקראת הפעלת הפתרון הסופי לפי הנוסח שלהם.
גם הרומנים הפרו-נאצים היו מעוניינים לשמור על הסודיות, כדי שהיהודים המבוהלים לא יפנו לפוליטיקאים מהאופוזיציה, שעדיין נהנו מהשפעה מסוימת, וגם כדי למנוע לחצים אפשריים מכיוונן של מדינות זרות ואנשי דת נוצרים. הרומנים גם חיפשו דרכים להפיק רווחים, לכן ראדו לקה הכין תוכנית גירוש שונה במקצת, על פי התוכנית של לקה תותר הגירה לארץ ישראל של 3,000 יהודים בתמורה לתשלום שני מיליוני לאי. לקה הציג את תוכניתו לפני מיכאי אנטונסקו ב-11 בספטמבר 1942.
למרות האינטרס הקריטי לסודיות בשני הצדדים, הסוד דלף והשמועה פשטה על פני כל שטח טרנסילבניה. מקור השמועה היה במאמר שפרסם ריכטר, היועץ הגרמני, בו קרא ליהודים להתכונן לגירוש, שיתחיל בקרוב. ההסכמה, שהושגה בין הרומנים ובין הגרמנים, באה לידי ביטוי במכתב של היינריך מילר בו הודיע למרטין לותר, תת-מזכיר במשרד החוץ הגרמני, שגירוש יהודי רומניה ברכבות עומד להתחיל ב-10 בספטמבר 1942. הנהלת הרכבות ברומניה הצטוותה להכין קרונות למטרה זו וגובשה תוכנית הסעים, אך התעוררו בעיות - כנראה בגלל חבלות מכוונות. התוכנית הוכנה על ידי ראדו לקה, שהעביר למשרד התחבורה הוראות מתאימות ב-24 בספטמבר, ב-10 באוקטובר 1942 חתם יון אנטונסקו על צו להגלייתם של 40,000 יהודים מרומניה; סגנו, מיכאי אנטונסקו (שלא היה קרוב משפחתו), היה נחוש להתחיל בעיר טימישוארה, מחבל באנאט, ואולם ב-11 באוקטובר יון אנטונסקו החליט לדחות את הגירוש למועד שלא נקבע.
הפתרון הסופי לכל יהודי רומניה, על פי יוזמת הנאצים, לא יצא לפועל הודות להתערבותה של אם המלך הרומני המלכה אלנה וכן גורמים נוספים, שהוזעקו לפעול בנושא על ידי וילהלם פילדרמן, המנהיג הלא רשמי של יהדות רומניה ועל ידי הברון המומר והעשיר מאוד, פרנץ נוימן, ששמר על קשרים טובים עם הצמרת הרומנית. הללו לחצו על השלטון הרומני שלא להיענות לדרישות הנאצים ובכך הצילו את חיי שארית הפליטה ברומניה; עם זאת, יש גם הערכות שאי ביצוע התוכנית נבעה מהמפלה בקרב סטלינגרד ומנאום של ריבנטרופ בו הביע נכונות להיענות לתביעות ההונגריות (בניגוד לעמדת הרומנים) בנושא הסדר-הגבולות עם רומניה.
ריכטר המאוכזב כתב ב-11 באוקטובר 1942 מאמר בעיתון Bukarester Tageblatt תחת הכותרת "משרתי היהודים" ובו האשים את נוימן ואת פילדרמן בהכשלת תוכניתו. את המאמר שלח ריכטר לאדולף אייכמן ב-15 בנובמבר 1942, כהסבר לכישלונו בשילוח יהודי רומניה. ב-26 בנובמבר פנו השגריר הגרמני ברומניה, פון קילינגר וגוסטב ריכטר למיכאי אנטונסקו, כדי לקבל הסברים, מדוע אין שילוח של יהודי רומניה. מיכאי אנטונסקו השיב שהשליט, יון אנטונסקו, החליט רק לקחת בחשבון את פתרון גירוש יהודי רומניה לפי התוכנית המסוימת, אך בינתיים דחה את המימוש. לאחר קרב סטלינגרד השיב השלטון הרומני בצורה רשמית לגרמניה, שהפתרון ליהדות רומניה טמון רק בהגירה.
הפסקת גירוש היהודים לטרנסניסטריה.
בין רומניה ובין גרמניה הנאצית ובנות הברית שלה האחרות היו יחסים מורכבים. רומניה תרמה למאמץ המלחמתי הרבה מאוד חיילים, אוצרות דגן, נפט ועוד ובתמורה הייתה אמורה לקבל השבה לגבולותיה של בסרביה ובוקובינה, חימוש צבאה בנשק מודרני ותקוות לשינוי עתידי בתכתיב וינה, כך שצפון טרנסילבניה תשוב לריבונותה. הדברים לא התנהלו לשביעות רצונה של רומניה, צבאה לא קיבל את החימוש המובטח ופיזורו ברחבי רוסיה הגדיל מאוד את החששות מפני התקפה הונגרית או בולגרית, כשהחיילים הרומנים הרחק ממולדתם. גרמניה הנאצית שמחה על היריבות בין רומניה ובין הונגריה וסחטה משתיהן ככל יכולתה. בפגישה בויניצה, בספטמבר 1942, בין מיכאי אנטונסקו, שהיה שליט רומניה בפועל (יון אנטונסקו היה חולה בתקופה זו) ובין היטלר, תבע הראשון שהכוחות הרומניים ירוכזו במקום אחד, נוח יותר מחזית סטלינגרד, תחת פיקוד רומני. מיכאי אנטונסקו דרש תמורת קורבנות רומניה "ערבויות פוליטיות" (ביטוי קוד להשבת צפון טרנסילבניה), השלמת חימוש היחידות הרומניות וערבויות לכך שהונגריה ובולגריה לא ינצלו את הימצאות הצבא הרומני מחוץ לארצו, כדי לתקוף את רומניה. כל דרישות רומניה נדחו והיטלר הסתפק באמירה שהוא ערב אישית לגבולות רומניה. פרט לכך ריבנטרופ תבע את מילוי התחייבות רומניה למסור לידי גרמניה את יהודיה.
הרומנים הגיעו למסקנה שלא קיבלו דבר תמורת מה שנתנו ולא נשאר להם מה לתת, פרט ליהודים, לכן החליטו לא למהר במסירתם לגרמנים. ב-13 באוקטובר 1942 ניתנה הוראה להפסיק את גירושי היהודים מרומניה לטרנסניסטריה. יהודים שכבר נאספו, כדי לשלוח אותם לטרנסניסטריה, לא נשלחו ובהמשך שוחררו.
העלייה.
הגירת היהודים מרומניה הייתה, לפחות תאורטית, אפשרית ונעשתה בעידוד השלטונות, בתקופה שקדמה לקיץ 1941 ובתקופה שלאחר סתיו 1942 ועד אוגוסט 1944. פליטים יהודים שהגיעו ממדינות אירופיות אחרות הורשו לעבור הלאה דרך הנמלים הרומניים, בדרך כלל לכיוון ארץ ישראל. גם יהודי הרגאט, שהיו אזרחים רומנים לפני שנת 1918, הורשו להגר, להבדיל מיתר יהודי רומניה שנשלחו למחנות בטרנסניסטריה. החקיקה האנטישמית, הרומניזציה, הפוגרומים ביאשי, בדורוחוי ובבוקרשט, הגלייתם ורציחתם של יהודי בסרביה, בוקובינה, דרום טרנסילבניה והבאנאט, הכול הועבר כמסר שאינו משתמע לשתי פנים - היהודים אינם רצויים ברומניה ואין להם עתיד במדינה זו.
הספינה סטרומה יצאה מרומניה עם עולים במועד הרה אסון - ב-6 בדצמבר 1941 הכריזה בריטניה מלחמה נגד רומניה; נוסעי סטרומה יצאו ברכבת מבוקרשט אל קונסטנצה בבוקרו של 7 בדצמבר, המועד בו התקיפו היפנים את פרל הארבור; ב-12 בדצמבר הכריזה רומניה מלחמה על ארצות הברית, היפנים כבשו את האי גואם והצבא הגרמני, ששעט לתוך ברית המועצות, נעצר לראשונה מול מוסקבה. מצב הספינה היה גרוע, המנוע התקלקל ומספר הנוסעים עלה על המותר. בריטניה סירבה לאפשר לנוסעי האניה להגיע לארץ-ישראל וטורקיה לא איפשרה לנוסעי "סטרומה" (פרט לבודדים בעלי ויזה בריטית) לרדת לחוף. לאחר משא ומתן הסכימו הבריטים להתיר לילדים ונערים בספינה בגילאים 11–16 את הכניסה לארץ ישראל (ההנחה הייתה שילדים רכים יותר בשנים יתקשו להיפרד מהוריהם). אך חילוקי דעות על דרך מעברם לארץ עיכבו את ביצוע ההחלטה. בסופו של דבר החליטו הטורקים לגרור את הספינה אל המרחב הימי. כאשר שהתה "סטרומה" במימי הים השחור צוללת סובייטית שיגרה לעברה טורפדו והטביעה את האניה. מכל נוסעיה שרד רק ניצול אחד.
בשנת 1942 יצאו מנמלי רומניה, באישור שלטונות רומניה, עוד שמונה כלי שיט קטנים, שנשאו על סיפונם מספר קטן יותר של עולים. לפני סתיו 1942 היו השלטונות הרומניים מוכנים לאפשר הגירת 3,000 יהודים בלבד תמורת תשלום של שני מיליוני לאי. אחרי מועד זה הציעו שלטונות רומניה לאפשר הגירת 75,000 עד 80,000 יהודים תמורת כמה עשרות מיליארדי לאי. השלטונות הרומניים הטילו על היהודים מס נסיעה של 40,000 לאי לנפש, בנוסף לתשלום ההפלגה שגובהו היה כ-600 דולרים אמריקאיים.
בתקופה שבין מרץ 1941 ובין סתיו 1942 נאסרה ההגירה, משום ששליט רומניה, המרשל יון אנטונסקו, על פי סיכום עם גרמניה הנאצית, התכונן לשלוח את כל יהודי "הרגאט" להשמדה במחנה בלז'ץ בפולין, וכבר החלו בתיאומי לוחות זמנים של רכבות לשם כך. רק לאחר ששינה את טעמו בלחץ אנשי רוח והכנסייה הותרה שוב ההגירה. למרות כל האמור לעיל, בתקופה שבה הותרה העלייה, יצאו מרומניה רק 17 כלי שיט עם 4,500 יהודים. הרומנים לא סייעו, אלא רק נתנו את הסכמתם, תמורת שלמונים. על קציני הים הרומנים נאסר לעבוד עבור היהודים, כלי השיט שהיו ברשות היהודים הוחרמו במסגרת ה"רומניזציה", והוטל איסור על ארגונים יהודים להיות בעלים של כלי שיט. במצב זה, בתקופת מלחמה, הארגונים היהודים יכלו רק לשכור, במחירים מופקעים, כמה כלי שיט זרים במצב ירוד למדי. הספינה Darien II, שהפליגה בפברואר 1941 עם 522 נוסעים, הצליחה להגיע ליעדה. האוניה Milka יצאה מקונסטנצה ב-30 במרץ עם 243 מהגרים, Belacit יצאה ב-4 באפריל עם 120 ילדים יתומים משורדי טרנסניסטריה ו-30 משגיחים, קזבק שיצאה ביום 6 ביולי 1944 עם יותר מ-700 נוסעים. בלילה שבין 3 ובין 4 באוגוסט 1944 יצאו מקונסטנצה הספינות: בולבול, מורינה ומפקורה. הספינה מפקורה, שהובילה יותר משלוש מאות נוסעים, הוטבעה על ידי כלי שיט גרמניים, נוסעים שלא טבעו נקטלו ביריות מקלעים ורק 5 נוסעים ו-6 מלחים ניצלו ונמשו על ידי הספינה בולבול.