הוועדה קובעת כי בדיונים הרבים במטכ"ל, דיונים אסטרטגיים כמעט ולא התקיימו, ורובם היו דיונים טקטיים שמתאימים לרמה הפיקודית. ואף גרמו לערבוב בין הדרג האסטרטגי-מערכתי של המטכ"ל לבין הדרג המבצעי של פיקוד צפון (עמ' 304).
על פיקוד צפון אמרה הוועדה כי "ככלל, אנחנו נאלצים לקבוע כי, למרות היבטים רבים של עבודה מקצועית ומסודרת, ולמרות מסירות רבה של המפקדים והלוחמים, לא ביצעו היחידות שלחמו במסגרת הפיקוד את עיקר המשימות שהוטלו עליהן" (עמ' 306).
לגבי תפיסת ההפעלה החדשה שלא הוטמעה כהלכה בצבא, הוועדה סברה שהייתה לה תרומה מסוימת לכשלים, במיוחד בשפה הגבוהה שלה שהייתה עמומה, מבלבלת ולא מובנת, "והמליצה לנקות ממנה יסודות שיכלו לתרום לתוצאה חמורה זו". עם שהיא משבחת את הצבא על כך שהוא לא שוקט על שמריו, ומנסה לעדכן את עצמו לאיומים החדשים (עמ' 322–324).
מסקנות בהקשר הצבאי.
הוועדה ציינה שאת המסקנות בהקשר הצבא היא רואה כחלק חשוב ביותר בדו"ח, והיא מתריעה מאי עשייה להגשמת הדו"ח והמשכה במסלול המוכר, או מנסיגה למצב שהיה קיים מבלי לתקן דבר. והיא מציינת שהיא התמקדה במסקנות מערכתיות (עמ' 393–394).
לאחר שקלול כל ההצלחות הדרמטיות, בעיקר של אגף המודיעין ושל חיל האוויר הישראלי, לאור נתוני הפתיחה של המלחמה, הוועדה מעריכה את תוצאות המלחמה כ"החמצה חמורה" (עמ' 394), כיוון ששלום בר קיימא ויציב, לפי תפיסת הוועדה תלוי בכך "שישראל תהיה חזקה ותוכר ככזו על ידי שכנותיה" (עמ' 395).
חלק מליקויי תוצאות המלחמה מן הבחינה הצבאית נבעו מההגבלות שהוטלו על צה"ל על ידי הדרג המדיני, וקשורים לכך שצה"ל לא התמקד בתפקידו העיקרי ועסק בתפקידים נוספים כמו שיטור ואבטחה ביו"ש, וליווי תוכנית ההתנתקות בקיץ 2005 (עמ' 395).
הוועדה סוברת כי "בתשתיתו צה"ל הוא צבא חזק ואיכותי, וכי עוצמותיו התגלו גם במלחמת לבנון השנייה. וכי בין צה"ל לבין השדרה המרכזית של החברה הישראלית יש יחסים של אמון" (עמ' 396).
הוועדה איננה שותפה לתפיסת המלחמה כתבוסה. "יחד עם זאת, כאשר הצבא החזק במזרח התיכון יוצא להילחם בחזבאללה ולא ניצח אותו בבירור - היו לדבר השלכות שליליות מרחיקות לכת על מעמדה של ישראל". הוועדה ציינה כי "ישראל יצאה למלחמה, בלי להיות נכונה לשלם את מחיר המלחמה", במיוחד כאשר יצאה למערכה ממושכת כנגד אויב נחוש, מיומן ומתוחכם (עמ' 397).
הוועדה ביקרה את חוסר ההשכלה הצבאית וחוסר התפיסה האסטרטגית של מפקדי צה"ל וכתבה כי "אין שום דבר חינני וראוי בנטייה האנטי-אינטלקטואלית של חלק מהפיקוד הבכיר של צה"ל. נטייה כזו אינה מעודדת חשיבת עומק ותפיסה אסטרטגית הכרחיות. ועלולה גם לגרום לרצון של תיקון שטחי באמצעות מעין-אינטלקטואליות, שטיבה מפוקפק ומזיק" (עמ' 397–398).
הוועדה מצאה כשל עיקרי במידת השמירה והמימוש של ערכי צה"ל. נורמות שהצבא עצמו היה אמור להטמיע וללכת לאורן - לא נשמרו, כנראה בשל חלחול של בעיות תרבותיות של החברה הישראלית בכללותה. והיא מעירה כי אם ערכי צה"ל היו נשמרים, תוצאות המלחמה היו אחרות, אף עם הכשלים האסטרטגיים והכשלים של הדרג המדיני. היא מעירה כי קיומו של כשל כזה, נשרה שדורש שידוד מערכות אמיתי. (עמ' 399–400).
בראש ערכי צה"ל שנפגמו הוועדה מציינת "דבקות במשימה, ולחימה עד חירוף נפש על מנת להשיגה". תוך שהיא מפרטת מקרים של הפסקת לחימה בשל פצועים, סובלנות יתירה של דרגי פיקוד גבוהים לעיכובים בביצוע פקודות, ואישור של מפקדים בכירים לדחות משימות בשל סיבות שבמאמץ ניתן היה להתגבר עליהן. לשחיקה בערך זה הוועדה סוברת שהייתה אחריות מסוימת לדרג הפיקוד הבכיר, בפקודות מבלבלות, במטרות לא בהירות, בחסר במודיעין שדה, בנהלים שהיו במגבלות בט"ש, בצורת הלחימה שהייתה באופן של פשיטות מוגבלות בזמן ועוד (עמ' 400–401).
תרומה משמעותית לליקויים ולכשלים שגרמו אף לנפגעים, היא חוסר משמעת מבצעית שכוללת מעבר לציות לפקודות, גם להקפדה על נהלים ודרכי פעולה וכללי קרב. הוועדה מציינת שורה של מקרים בולטים של חוסר משמעת מבצעית, בהם: אירוע החטיפה, אירוע האח"י "חנית", ההפרות הרבות בכל הדרגים של הוראות ביטחון מידע, וריכוזם של חיילים בדבל בתוך בתים (עמ' 402). היא קראה לפיקוד הצבא למצוא דרכים לאכוף את המשמעת. (עמ' 398). בנוסף, הוועדה מצאה כי חלק מהמפקדים לא הקפידו על דוגמה אישית (עמ' 403–404).
בעניין המוכנות הוועדה מצאה כי צה"ל לא היה מוכן כראוי למלחמה בלבנון, ואף לא היה מודע לעומק חוסר ההכנה שלו. הוועדה מציינת היבטים רבים של חוסר המוכנות הזו. החל מתוכניות אופרטיביות דרך בחוסר באימונים והכשרות וכלה בחוסר של ציוד (עמ' 405). הוועדה מציינת כי לא הייתה לפיקוד צפון תוכנית אופרטיבית מלאה מתוקפת ועדכנית ללחימה בלבנון, ואחת מהסיבות לאי פיתוח תוכנית כזו הייתה הרתיעה מכניסה קרקעית ללבנון (עמ' 406).
תפיסת ההפעלה החדשה שלא הוטמעה כהלכה גרמה לבלבול וחוסר בהירות רב. ההדגשה בתפיסת ההפעלה החדשה של מאפייני עימות מוגבל בעצימות נמוכה, והדגשת השימוש באש מנגד, תרמו לתחושה כי הפתרון יהיה אווירי בלבד. השפה ה"גבוהה" והחדשנית של תפיסת ההפעלה בנושאים יסודיים גרמה לבלבול וערפול של פקודות (407–408).
הוועדה מצאה תרבות ארגונית לקויה בצה"ל: אי הפעלה מסודרת ורציפה של מוצב הפיקוד העליון (עמ' 408). אי בהירות בפקודות שנבע מחילוקי דעות שלא נפתרו בין מפקדים ובין המטכ"ל לבין הפיקוד. חוסר האמון בין המטכ"ל ובין הפיקוד הגיע לרמות גבוהות, שהשפיעו על היעילות של ניהול המלחמה. חוסר התמודדות בצה"ל עם העובדה שהדרג המדיני, מנע ממנו להשתמש במרכיב חיוני של תוכנית הפעולה הצבאית המקורית לזירת לבנון (עמ' 411).
המלצות בהקשר הצבאי.
הוועדה קבעה כי מצאה בעיקר בכוחות היבשה על כל דרגותיו, נטייה חזקה לאלתור, ולזלזול בחשיבותה של היערכות מוקפדת ומוקדמת. וראתה "בחומרה מיוחדת בחולשה שמצאנו בצה"ל כמערכת ידע לומדת. הימנעות ממושכת מתהליכים מסודרים של הפקת לקחים העצימה במידה רבה את הליקויים". עוד גינתה את תרבות "המצגות" השטחית, שאין מאחריהן כל מסמכים רציניים. עוד היא מציינת כי "הופתעה לגלות חולשה משמעותית בחשיבה עמוקה ובתכנון אסטרטגי רב-ממדי, מעמיק ומתוחכם, הנדרש בזירות מורכבות ובתנאים של תמורה מהירה ואי-וודאות". עוד ציינה ברמיזה מאוד משמעותית. כי "במלחמה צבא חייב לשאוף לניצחון. אם ידוע מראש שאין נכונות או אפשרות להגיע לניצחון כזה - ראוי להימנע מלכתחילה מיציאה למלחמה, או אף למהלכים העלולים להתדרדר אליה" (עמ' 415–416).
הוועדה הטילה אחריות מיוחדת לפתחו של צה"ל בקביעתה, כי "מלחמת לבנון יצרה שבר בין צה״ל ובין החברה בישראל. לתיקונו של השבר הזה לא יהיה די בחזרה על האמיתות בדבר החיוניות של צה"ל לקיומה ולביטחונה של ישראל ושל תושביה. צה"ל צריך לשדר לחברה בישראל כי הוא מבין את גדול המשימה וכי הוא מקבל על עצמו את האחריות לכך שתפקודו יהיה מיטבי." (עמ' 427).
הוועדה קבעה שש עשרה המלצות עיקריות ואלו כותרותיהן:
בנוסף קבעה הוועדה כי בנסיבות דוגמת מלחמת לבנון השנייה הרמטכ"ל צריך להציג לממשלה מספר חלופות להכרעתה, וכי שרי ממשלה צריכים להבין את מלוא משמעות הצבעתם.
המלצות בדיני מלחמה.
הוועדה ציינה כי קיבלה פניות מאת פרטים ומאת ארגונים שונים בנושאי משפט בינלאומי ודיני המלחמה בסוגיות רבות ושונות. הוועדה בחנה התנהלות ישראל לאור המשפט הבינלאומי. ודנה בהטמעת המשפט הבינלאומי בצה"ל וייעוץ משפטי בעת הלחימה. לאור הממצאים החיוביים שגילתה בשטח ביחס לנורמות הצה"ליות לגבי המשפט הבינלאומי, החליטה לא להיכנס לעובי הקורה מטעמים שונים שהיא מפרטת אותם. עם זאת היא קבעה כי ראוי ונכון שמדינת ישראל תקיים בדיקה הולמת בכל מקרה שנשמעות טענות, שלכאורה יש בהן ממש, על חריגות מכללי המשפט הבינלאומי או כללי המשפט הישראלי. (עמ' 484)בחלק הזה קבעה הוועדה חמש המלצות:
המלצות מערכתיות.
הוועדה הקדישה תשומת לב מיוחדת לנושא ביטחון המידע וקבעה, שבניגוד גמור לחזבאללה, מדינת ישראל נוהגת באופן חסר אחריות במידע החסוי והרגיש ביותר שלה (שם עמ' 473). "החשש המוצדק מהדלפות היה נימוק חשוב בצמצום דיונים בהחלטות מדיניות-ביטחוניות בפורומים ממשלתיים ופוליטיים והימנעות מהצגת מידע. להימנעות כזו היו השלכות מרחיקות לכת על איכות הדיונים" (עמ' 584).
הוועדה גם התייחסה לחטיפות כאיום אסטרטגי, לאור רגישותה של ישראל נושא, וקבעה "שחובת הממשלה לעסוק בנושא זה ברמה עקרונית ולאמץ אסטרטגיה כוללת, שתשמש כבסיס לפעולות הן בהקשר המאמץ לצמצם מימוש חטיפות והן בפעולות במקרה שלמרות מאמצים אלה מומש איום כזה" (עמ' 501–508).
בחלק זה קבעה הוועדה ארבע עשרה המלצות:
תגובות על הדו"ח הסופי.
פרסום הדו"ח הסופי לווה בקריאות של ארגוני מילואימניקים, משפחות שכולות ומפלגות האופוזיציה מימין ומשמאל להתפטרות ראש הממשלה אולמרט ושר הביטחון ברק. עם זאת, עד להקראת הדו"ח התרכזו ארגוני המחאה בעיקר ב-60 השעות האחרונות של המלחמה ובתקיפת אולמרט על כך שהמהלך הקרקעי היה לצרכים פוליטיים. לאחר הקראת הדו"ח, אשר קבע דווקא כי ההחלטה התקבלה באופן ענייני ואף ציין כי אישור המהלך היה "כמעט הכרחי", נאלצו הארגונים לזנוח קו זה.