בדצמבר 2005 מינתה הממשלה ועדת בדיקה בראשות השופט בדימוס ורדי זיילר ("ועדת זיילר"), לבירור פעילות המשטרה והפרקליטות בפרשה. בוועדה חברים גם ניצב בדימוס עוזי ברגר, לשעבר ראש אגף חקירות במשטרה, ועו"ד נורית שניט, לשעבר פרקליטת מחוז מרכז.
העיכוב בתיק.
מהשתלשלות האירועים והחשדות, כפי שתוארו לעיל, עולות שתי תשובות אפשריות לשאלה מדוע התעכב הטיפול בתיק. שתי האפשרויות מהדהדות במכתבי האזהרה של ועדת זיילר.
הסיבה: רשלנות.
צחי בן אור סיפר למשטרה מיוזמתו את הפרטים המשמעותיים אודות קשרי פריניאן והמשטרה במטרה לקבל מעמד של עד מדינה ולהימנע ממאסר ארוך באשמת רצח. התנגדות פרקליטת מחוז דרום, יסכה לייבוביץ', לחתימת הסכם עד מדינה עם בן אור, והתנגדותה של פרקליטת המדינה, עדנה ארבל, לעונש של פחות מ-7 שנים, הכשילה את האפשרות שבן אור יפליל את משפחת פריניאן. עם כישלון העסקה, בן אור השתחרר למעצר בית.
במהלך 2002 נורה בן אור באירוע שהתרחש במושב הודיה, כנראה על ידי גורמים הקשורים למשפחת פריניאן. גם אירוע זה לא נחקר. לאחר האירוע הוא העיד פעם נוספת במשטרה, ושוב שוחרר למעצר בית. בן אור הבין שהוא חי על זמן שאול וברח מהארץ, בהפגנה נוספת של רשלנות משטרתית.
עם בריחתו, נראה לפרקליטות ולמשטרה שנסתם הגולל על האפשרות להפליל את האחים פריניאן, והתיק נשכח, אולי אפילו הלך לאיבוד פשוטו כמשמעו. כשהתיק נמצא ב-2003, הוא הועבר למחוז בלי בדיקה נוספת, ונשכח בשנית, שוב מתוך רשלנות.
יורם לוי מונה לפיקוד על ימ"ר דרום, לאחר שעבר תהליך בדיקה, שגם הוא היה מרושל. בין אם לוי היה ראוי לתפקיד או לא, היחידה שבפיקודו לא הייתה מסוגלת להתמודד עם התיק, מכיוון שסבלה מתחלופה תכופה של מפקדים (שלושה מפקדים בתקופת הפרשה), מאי סדרים וממתיחויות פנימיות. רק התעקשות של מפקד הימ"ר לשעבר, נצ"מ אמיר גור, העבירה את התיק ליאחב"ל והחקירה התקדמה.
מרבית המוזהרים בוועדת זיילר דבקים בגרסת הרשלנות, כאשר כל אחד טוען שלא הוא התרשל.
הסיבה: שחיתות.
לפי אפשרות זאת, משפחת פריניאן, שעלולה הייתה להיות הנפגעת העיקרית מחקירת רצח בוחבוט, עשתה כל שביכולתה כדי לעכב את החקירה.
בהתחלה, כך לפי החשד, בן אור הוזמן לבית משפחת פריניאן ושם נורה ונפצע. אירוע זה התרחש לאחר שבן אור כבר דיווח למשטרה על הקשרים האסורים של משפחת פריניאן. ייתכן כי היה מי שיידע את משפחת פריניאן אודות עדותו של בן אור.
בהמשך, התיק עוכב על ידי האחראי על החקירה, נצ"מ יורם לוי, שפעל לטובת משפחת פריניאן, עמה עמד בקשרים פסולים. זהו טיעון בעייתי, כיוון שלוי מונה לתפקידו באמצע החקירה. גרסת השחיתות תטען שמשפחת פריניאן דאגה למינוי זה.
טענה זאת מקבלת חיזוק בשל שני המינויים המפתיעים במהלך הפרשה: מינויו של לוי למפקד הימ"ר על ידי קראדי, ומינויו של קראדי למפכ"ל המשטרה על ידי השר לביטחון פנים, צחי הנגבי. האפשרות שקראדי מינה את לוי לתפקיד הנדרש ובתמורה קיבל את תפקיד המפכ"ל הוצגה באופן פומבי בוועדה דווקא על ידי קראדי עצמו. קראדי ציטט טענה זאת מתוך מכתב, שלטענתו נשלח לוועדת זיילר על ידי נצ"מ בדימוס מאיר גלבוע.
לפי תוכן המכתב, כוחה של משפחת פריניאן להשפיע על השר צחי הנגבי למנות את לוי וקראדי, בא לה מהיותה קבלנית קולות עבור הנגבי במפלגת הליכוד. המכתב טען שהמשפחה ניצלה באופן דומה את קשריה עם עמרי שרון, שהיה חבר כנסת באותה תקופה, ובעל השפעה מכרעת על מינויים בשירות המדינה, בשל היותו בנו של ראש הממשלה, אריאל שרון. יוזכר בהקשר זה כי השר צחי הנגבי נאשם במינויים פוליטיים פסולים, ואילו עמרי שרון הורשע ברישום כוזב במסמכי תאגיד, בעברה על חוק המפלגות ובשבועת שקר, סביב פרשת התרומות לקמפיין של אביו לראשות הליכוד ב-1999.
בדיוני הוועדה, נטו דווקא מוזהרי המשטרה להעלות את האפשרות הקונספירטיבית, ולטעון כי מתנהלת אחריהם רדיפה משוללת יסוד.
על וועדת זיילר היה להכריע אילו מן השלבים בפרשה התנהלו כשורה, אילו נפגעו מרשלנות, ובאילו הייתה מעורבות חיצונית של גורמי פשע ופוליטיקה.
פרשות נלוות.
החקירה בפרשת האחים פריניאן הולידה פרשות נלוות רבות, שעל הוועדה יהיה להכריע את משמעותן.
התיק הכפול.
העדויות בוועדת זיילר גילו כי בימ"ר דרום התנהלו שני תיקי חקירה נפרדים וממודרים זה מזה על רצח בוחבוט.
התיק המקורי, שנפתח עם רצח בוחבוט, נוהל על ידי מפלג תשאול בפיקודו של סנ"צ יורם לוי. התיק לא התקדם כלל, עד שנסגר בנימוק של "עבריין לא ידוע", למרות שהיה ידוע שהרוצח הוא צחי בן אור. לגבי מועד סגירת התיק נמסרו עדויות סותרות. לוי טען כי התיק נסגר לפני שחזר לפקד על הימ"ר בשנת 2003. סנ"צ אהרן זרגרוב, שהחליף את לוי בתפקיד מפקד מפלג תשאול, טען בעדותו השנייה כי סגר את התיק בשל חוסר במודיעין כשלוי כבר פיקד על הימ"ר ובידיעתו.
זרגרוב נהג באופן תמוה כאשר ביקש את אישור סגירת התיק מפרקליטות מחוז מרכז, שכלל לא הכירה את החקירה, ולא מפרקליטות מחוז דרום, שליוותה את החקירה מאז מעצרו הראשון של בן אור.
התיק השני היה חסוי ונוהל על ידי מפלג מודיעין, בפיקוד סנ"צ גדי סיסו. התיק נפתח לאחר שבן אור דיווח על הקשרים בין משפחת פריניאן ובין יורם לוי, שניהל את החקירה המקבילה. התיק הכיל את עדויות בן אור שאמורות היו להבטיח לו להיות עד מדינה. לאחר שהסכם עד המדינה נפל, אי אפשר היה להשתמש במידע שבתיק, כי עלול היה לסכן את בן אור.
נצ"מ אמיר גור, מפקד הימ"ר בשנת 2001, שהחליט על פתיחת התיק החסוי, טען לפני הוועדה שהעביר אותו באופן מסודר אל אהרן זרגרוב, לאחר שגורם הסיכון, יורם לוי, עזב את הימ"ר ועבר לפקד על תחנת אשקלון. עם זאת, בהמשך התיק נעלם, וזרגרוב אף טען בשלב מסוים שלא הכיר את התיק.
לפי העדויות עד כה, נראה כי דווקא יורם לוי היה מי שגילה את התיק החסוי בשנת 2003 (לדבריו בשקית ניילון בעליית גג), ודיווח על כך למפקד המחוז, משה קראדי. קראדי מצידו לא הורה לימ"ר לברר מה קורה בתיק, אלא ביקש להעבירו למחוז. התיק הועבר לסנ"צ גבי דהן, ראש אמ"ן דרום, ונקבר בארכיון. בעקבות גילוי התיק, מינה ניצב אילן פרנקו, ראש אמ"ן במשטרה, ועדה לבחינת ההתנהלות המודיעינית בתיק, אך תוצאות הבדיקה לא ידועות.
התיק הכפול הוא אחד הגורמים המשפיעים ביותר על ההתרחשויות ועל החקירה:
חוסר הבהירות עלה בעדות שמסר קראדי. מצד אחד הוא סיפר שבכניסתו לתפקיד בשנת 2002 שלח קצין לימ"ר לבדוק מה קורה בתיק בוחבוט, כך שהיה מוכר לו. מצד שני סיפר, שהתיק נמצא בשנת 2003, והוא הורה להעבירו למחוז.
בדיקת יחסי לוי – פריניאן ופרשת הפוליגרף.
קשריו של נצ"מ יורם לוי עם משפחת פריניאן נבדקו על ידי המשטרה ומח"ש 3 פעמים. הבדיקות החוזרות ונשנות מעידות על כך שגורמים במשטרה לא הפסיקו לחשוד בלוי. מאידך, החקירות נסגרו ללא ממצאים פליליים ולוי התקדם בתפקידיו. שלוש הבדיקות:
המקור לחשדות שהובילו לחקירות נגד לוי היה נצ"מ אמיר גור, על סמך טענות בן אור. גור הצליח ליצור לעצמו בתקשורת את דימוי "האיש הטוב", לעומת לוי, "האיש הרע". לוי טוען כי גור ניסה להרחיק מעצמו את כישלון החקירה. עם זאת, יוזכר כי גור עזב את החקירה כאשר בן אור היה עצור לקראת הסכם עד מדינה.
פרשת הסוללות הגנובות וקשרים קודמים בין האחים פריניאן והמשטרה.
בפרשה זאת משטרת לכיש פעלה כמתווכת בעולם הפשע, ולא עשתה דבר למציאת הגנבים. לוי טען כי עו"ד חנה מגד מפרקליטות מחוז דרום אישרה את העסקה, ללא תרשומת. מגד טענה כי אינה זוכרת עסקה כזאת, אך נאמנים עליה דבריו של לוי. יוזכר כי מפקד מרחב לכיש באותה תקופה היה משה קראדי.
שמועות על מעורבות פוליטיקאים ופרשת בורובסקי - הנגבי.
מעורבות פוליטיקאים בפרשה נרמזה באופן מצומצם ביותר במהלך הדיונים הפומביים הראשונים בוועדה. רמז כזה ניתן בעדותו של יורם לוי מדצמבר 2005, בה טען שאין לו קשר עם חבר הכנסת עמרי שרון, למרות שלא נשאל על כך. שמועה אחרת אליה התייחסו בוועדה היא שקראדי היה חבר בצוות המצומצם הקרוב לראש הממשלה אריאל שרון (פורום החווה).
באופן חסוי, העלה סנ"צ אפרים ארליך את האפשרות למעורבות השר הנגבי ועמרי שרון במינויים. הוא טען כי שמועות אלה התרוצצו במשטרה.
הביטוי הפומבי המלא לשמועות אלה ניתן על ידי המפכ"ל קראדי בעדותו בוועדה בספטמבר 2006. קראדי ציטט מכתב, שלטענתו נשלח לוועדה על ידי נצ"מ בדימוס מאיר גלבוע, ובו מצוטטים דברים ששמע גלבוע מניצב בדימוס יעקב בורובסקי. לפי דברי בורובסקי, צחי הנגבי, השר לביטחון פנים בשנת 2003, וחבר הכנסת עמרי שרון, דאגו למינוי נצ"מ לוי למפקד הימ"ר, לבקשתם של בני משפחת פריניאן, שהיו קבלני קולות עבורם במפלגת הליכוד. בתמורה לכך שקראדי, אז מפקד המחוז, הסכים למינוי, הוא מונה על ידי צחי הנגבי למפכ"ל המשטרה.
בתגובה לטענות אלה תקף הנגבי במילים "שקרן" ו"מושחת" את בורובסקי, שבעת הדברים כיהן כראש המחלקה למאבק בשחיתות במשרד מבקר המדינה. עם זאת, הנגבי לא איים בהגשת תביעת דיבה נגד בורובסקי. בורובסקי, שהכחיש שאמר את הדברים לגלבוע, איים להגיש נגד הנגבי קובלנה פלילית.
ועדת זיילר תצטרך להחליט האם בסמכותה ובעניינה להתמודד עם טענות אלה.
פרשת זיילר – אילנה דיין – אפרים ארליך.
במרץ 2006 חשף כתב קול ישראל רן בנימיני, כי השופט ורדי זיילר, העומד בראש ועדת החקירה, נפגש בחשאי, ומחוץ לדיוני הוועדה, עם אילנה דיין. במקום אחר נטען כי הדבר נעשה במסגרת "המסלול החשאי" של הוועדה. הפגישה נערכה למרות שטענות תחקיר "עובדה" מאפריל 2005 הופרכו על ידי ועדת הבדיקה של 2005. מסיבה זאת טען לוי כי לוועדה עמדה מוקדמת בעניינו, וטען כי יש לפסול את הוועדה.