בה-60 הוסיפה הקבוצה עוד שני תוארי אליפות ב-1960 וב-1966. תואר האליפות האחרון היה תחת שיפוט שנוי במחלוקת במשחקה האחרון של סנטה פה מול אתלטיקו בוקרמנגה, אבל לבסוף האדומים ניצחו 0–1 וזכו בתואר הרביעי. השחקנים שבלטו באותה אליפות היו דליו גמבואה, אלפונסו קניון ועומאר לורנסו דוואני, שסיים כמלך השערים של הליגה עם 31 כיבושים.
ב-1970 התקיים הטורניר הראשון של גביע סימון בוליבר. היה זה טורניר ידידות שארגנה ההתאחדות של ונצואלה והזמינה להשתתף בו קבוצות ממדינות שאותן שחרר סימון בוליבר. סנטה פה הוזמנה לטורניר הראשון ואף זכתה בו. בטורניר השתתפו גם ג'וניור ברנקייה ועוד שתי קבוצות מוונצואלה - דפורטיבו גליסיה ואוניון דפורטיבה קנריאס.
ב-1971 זכתה הקבוצה בתואר האליפות החמישי שלה. סנטה פה פגשה בגמר את אתלטיקו נסיונל ובתום צמד המפגשים התוצאה הייתה 0-0. כדי להכריע אלופה היה צריך משחק שלישי במגרש נייטרלי וקאלי נבחרה לארח אותו. סנטה פה הייתה בשליטה בחצי הראשון ואף עלתה ליתרון של 0–2 מצמד של מיגל אנחל ארסה, אבל נסיונל לא ויתרה והצליחה לאזן את התוצאה. לקראת הסיום נכנס פדרו אלסטה וכבש את שער הניצחון לסנטה פה שחגגה תואר אליפות נוסף.
ארבע שני מאוחר יותר זכתה סנטה פה בתואר האליפות השישי שלה והאחרון לפני בצורת ארוכה מאוד.
37 שנות המתנה.
לאליפות הבאה שלה נאלצה סנה פה לחכות המון זמן - 35 שנים ליתר דיוק. אבל עוד לפני כן, הצליחה הקבוצה לזכות בקופה קולומביה בשנת 1989. הליגה באותה שנה בוטלה אחרי הרצח של השופט, אלברו אורטגה והתואר היחיד שנותר היה הגביע. לגמר הגיעו סנטה פה ואוניון מגדלנה. במשחק הראשון שנערך בסנטה מרטה, הוציאה סנטה פה תיקו 0-0 יקר, שאיפשר לה לזכות בתואר לאחר ניצחון 1-2 בגומלין באצטדיון אל קמפין.
הזכייה הבאה בתואר הגביע הייתה בשנת 2009, כאשר הוחלט להחזיר את המפעל באופן קבוע אחרי שנים רבות של היעדרות. סנטה פה סיימה שנייה בבית שלה אחרי מיונאריוס ופגשה בשמינית הגמר את קוקוטה דפורטיבו. לאחר 5-5 בסיכום המפגשים, ניצחה סנטה פה בדו-קרב הפנדלים. ברבע הגמר פגשה הקבוצה את דפורטיבו פאסטו והפסידה 4-3 בסיכום. אלא שהשיטה של הגביע באותו הזמן איפשרה למספידה שהשיגה את התוצאה הצמודה ביותר להעפיל אף היא לחצי הגמר וכך קרה עם סנטה פה, שניצחה בשלב זה את אתלטיקו נסיונל שוב בדו-קרב פנדלים אחרי 4-4 בסיכום. בגמר פגשה סנטה פה שוב את דפורטיבו פאסטו, רק שהפעם הייתה ידה על העליונה ולאחר 2-2 בסיכום, סנטה פה זכתה בגביע לעיני הקהל הביתי שלה עם ניצחון בפנדלים 4-5.
למרות הזכייה בגביע, האוהדים חיכו לדבר האמיתי, תואר אליפות ראשון מאז 1975. בטורניר האפרטורה של 2012 זה אכן קרה ודווקא תחת אימונו של מאמן צעיר ולא מנוסה, ווילסון גוטיירס. מה שכן היה לסנטה פה זו קבוצה מצוינת שכללה שחקנים בולטים כגון השוער קמילו ורגאס, צמד הבלמים חוליאן קניונס ופרנסיסקו מסה, הקשר השמאלי, לואיס קרלוס אריאס, צמד החלוצים ג'ונתן קופטה והבוליביאני דייגו קבררה, אבל מעל כולם בלט הקפטן הארגנטינאי, עומאר פרס. זו קבוצה שנבנתה לאורך מספר שנים למעט שינויים קטנים מדי שנה ואת התוצאות הם הראו באותו טורניר של 2012. היריבה בגמר הייתה שוב דפורטיבו פאסטו ולאחר 1-1 במשחק הראשון, הכל היה מוכן בעיר הבירה בוגוטה לחגיגה ראשונה אחרי כמעט 37 שנים. את האצטדיון מילאו 37,000 אוהדי סנטה פה שראו את קופטה נותן את היתרון והניצחון לסנטה פה בדקה ה-71 ואת האליפות השביעית בתולדותיה.
שנה מאוחר יותר, עם שינויים קלים בסגל כמו הצטרפותם של צמד החלוצים ווילדר מדינה וכריסטיאן מרטינס בורחה, סנטה פה המשיכה להרשים. זה החל עם זכייה בתואר הסופרליגה דווקא על היריבה העירונית, מיונאריוס, כשניצחה במפגש הכפול 1-3, המשיך בקמפיין מרשים בקופה ליברטדורס כשהקבוצה נעצרת רק בחצי הגמר על ידי קלוב אולימפיה כשהיא מפסידה 1-2 בסיכום ונגמר בהפסד בגמר הליגה 0-2 מול אתלטיקו נסיונל, דווקא אחרי שסנטה פה הוציאה 0-0 באצטדיון אטנאסיו חירארדוט אבל הפסידה בביתה.
את האליפות השמינית שלה השיגה סנטה פה ב-2014 בטורניר הפינליססיון, תחת המאמן הארגנטינאי, גוסטבו קוסטס. את הליגה הסדירה סיימה סנטה פה במקום הראשון, שהיה מקנה לה עלייה לגמר במקרה ותסיים את שלב הפלייאוף בשוויון נקודות מול קבוצה אחרת. עוד לפני כן הגיעה סנטה פה לגמר הגביע הקולומביאני, עם טורניר כמעט מושלם שכלל הפסד אחד בלבד, אבל בגמר לא הצליחה לגבור על דפורטס טולימה והפסידה לה 2-3 בסיכום המשחקים. בשלב הבתים של הפלייאוף בליגה, הקבוצה ניצחה במחזור האחרון את אתלטיקו נסיונל במדיין וסיימה עם מספר נקודות זהה לאתלטיקו וילה, אבל עלתה על חשבונה למשחק הגמר מאחר שסיימה במקום גבוה יותר את הליגה הסדירה. במשחק הגמר פגשה סנטה פה אינדפנדיינטה מדיין. המשחק הראשון נערך באצטדיון אטנאסיו חירארדוט ולמרות פיגור של 0-1, סנטה פה הצליחה להתגבר במחצית השנייה על חסרונו של הקפטן פרס שיצא עקב פציעה ולכבוש פעמיים מרגלי ווילסון מורלו ופרנסיסקו מסה. ב-21 בדצמבר שוחק משחק הגומלין באצטדיון אל קמפין שהיה מלא באוהדים שרצו לחגוג את האליפות השמינית ואכן עשו זאת לאחר תיקו 1-1 בסיום.
האליפות התשיעית הגיעה בטורניר הפינליססיון של 2016 וגם הודות להשתתפות של אתלטיקו נסיונל בגביע העולם למועדונים. נסיונל הייתה הקבוצה הטובה ביותר בליגה ואת סנטה פה פגשה בחצי הגמר. במשחק הראשון בבוגוטה עלתה נסיונל עם ההרכב השני, מאחר שההרכב הראשון היה בהכנות לקראת הנסיעה ליפן לגביע העולם למועדונים, וסיימה בתיקו 1-1. בגומלין במדיין גם ההרכב השני לא היה זמין מאחר שכל הסגל המלא של הקבוצה היה צריך לטוס. כך יצא שסנטה פה התמודדה בגומלין מול קבוצת הנוער של נסיונל וניצחה אותה ללא קושי 0-4, כדי להעפיל לגמר. שם פגשה את דפורטס טולימה ולאחר 0-0 במשחק הראשון, ניצחה אותה בגומלין 1-0 וזכתה בתואר.
גם את הסופרליגה של 2017 הצליחה הקבוצה לקחת לאחר ניצחון על אינדפנדיינטה מדיין. המשחק הראשון נערך באצטדיון אטנאסיו חירארדוט והסתיים בתיקו 0-0. במשחק השני באל קמפין, גברה סנטה פה בתוצאה 0-1 וזכתה בפעם השלישית בתואר, הכי הרבה בקולומביה.
הקבוצה הראשונה מקולומביה שזוכה בקופה סודאמריקנה.
אינדפנדיינטה סנטה פה היא הקבוצה הקולומביאנית הראשונה שזכתה גם בקופה סודאמריקנה. לאחר שאתלטיקו נסיונל כשלה פעמיים במשחקי הגמר של 2002 ו-2014, סנטה פה הצליחה להביא את הגביע השני בחשיבותו ביבשת לקולומביה. בשלב המוקדם פגשה סנטה פה את ליגה דה לוחה מאקוודור ולאחר 0-0 במשחק הראשון, ניצחה אותה ללא קושי בדומלין בבוגוטה 0-3. היריבה בסיבוב השני הייתה כבר יותר קשה, נסיונל מאורוגוואי. סנטה פה הצליחה להפתיע במשחק החוץ וניצחה 0-2, אבל דווקא בבית הפסידה 0-1. למזלה זה לא הספיק לאורוגוואים והיא העפילה לשמינית הגמר. אמלק מאקוודור הייתה היריבה בשלב זה ולאחר הפסד חוץ של 2-1, ניצחה סנטה פה בבית 0-1 והעפילה לשלב רבע הגמר בזכות חוק שערי החוץ. ברבע הגמר פגשו האדומים את אינדפנדיינטה מארגנטינה וניצחו במשחק הראשון בחוץ 0-1. המשימה בגומלין לא הייתה פשוטה, אבל סנטה פה עמדה בלחץ, סיימה בתיקו 1-1 והעפילה לשלב חצי הגמר. ספורטיבו לוקניו מפרגוואי הייתה זו שקיוותה לעצור את סנטה פה, אבל גם היא כשלה במשימה. תיקו 1-1 בפרגוואי ותיקו 0-0 בגומלין בקולומביה שוב העלו את סנטה פה כתוצאה משערי חוץ. היכולת שהפגינה סנטה פה בטורניר לא הייתה גבוהה, אבל הקבוצה הצליחה להוציא את התוצאות שלהם הייתה זקוקה. צמד משחקים הפריד בינה לבין הגביע, דווקא מול הורקאן המפתיעה. לאחר צמד משחקים חלשים שהסתיימו שניהם בתיקו 0-0, עברה ההכרעה לדו-קרב פנדלים ושם היה השוער הוותיק של סנטה פה, רובינסון ספאטה כדי להעניק את התואר הנכסף לקולומביאנים עם ניצחון 1-3 בדו-קרב.
בעקבות זכייתה, נקבע כי סנטה פה תשחק בגביע סורוגה בנק, מפגש שמתקיים משנת 2008 על אדמת יפן בין אלופת הליגה היפנית לבין מחזיקת הקופה סודאמריקנה. ב-10 באוגוסט 2016 פגשה סנטה פה את קשימה אנטלרס וניצחה אותה 0-1 משער של הומברטו אוסוריו בוטייו בדקה ה-78. תואר בינלאומי נוסף לקבוצה מבוגוטה.
הסמל.
הסמל הראשוני עוצב על ידי ארנסטו גמבואה ונשיאה הראשון של הקבוצה, גונסאלו רואדה קארו, בהשפעה אנגלית ברורה. הצבעים נלקחו מהדגל של בוגוטה, רק שאת הצהוב החליף לבן. הצלב האדום במרכז הוא הסמל לתקווה (FE בספרדית) ובקצות הזרועות שלו יש עלי פרחים, סמל לשלום. למטה נכתבו ראשי התיבות של שם הקבוצה: C.I.S.F. כמה שנים מאוחר יותר, הסמל הוחלף וזהו בעצם גם הסמל שמשמש עד היום. כיתוב של המילה SANTA FE בלבן על רקע אדום ונקודה אדומה בצד ימין למטה.
יריבויות.
היריבות העיקרית של סנטה פה הוא כמובן עם מיונאריוס, שכן מדובר גם על יריבות עירונית, הדרבי הגדול של בוגוטה. מאחר שגם מדובר בשתיים מבין שלוש הקבוצות היחידות במדינה ששיחקו בליגה הראשונה החל משנת הקמתה, הן גם היו הקבוצות הבולטות והשולטות בכדורגל הקולומביאני עד לסוף שנות ה-70. יריבות נוספת היא עם אתלטיקו נסיונל, הקלאסיקו האדום-ירוק כפי שהוא נקרא. שתי הקבוצות נפגשו שלוש פעמים בגמר הליגה, פעמיים מתוכם ניצחו הירוקים של נסיונל. בעשור השני של המאה ה-21 שתי הקבוצות הללו הן הדומיננטיות בליגה וגם בדרום אמריקה, כאשר שתיהן הופיעו בין 10 הקבוצות הטובות בעולם בשנת 2015 ו-2016 בדירוג שפרסמה הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל.