בשנת 1978 ג'ון מקיי ורנה לוסון לוו 45 אלף דולר ממשפחה וחברים כדי לפתוח חנות מזון טבעונית צמחונית קטנה בשם SaferWay באוסטין, טקסס (השם הוא זיוף של Safeway). כאשר פונו השניים מפני שאחסנו מוצרי מזון בדירתם, הם החליטו לגור בחנות. מכיוון שזו מיועדת לשימוש מסחרי, לא היה מקלחון, ולכן הם התרחצו באמצעות צינור מים המחובר למדיח הכלים שלהם.
שנתיים אחר כך, מקי ולוסון חברו בשיתוף פעולה עם קרייג ולר ומארק סקיילס כדי למזג את SaferWay עם המכולת הטבעית של קלארקסוויל, והביא לפתיחת הסניף המקורי של הול פודס, שכלל מוצרי בשר. בגובה 10,500 מטר רבוע, ועם צוות של 19 נפשות, החנות הייתה גדולה בהשוואה לחנויות המזון הבריאות הרגילות באותה תקופה.
ביום הזיכרון שלאחר מכן, ב-25 במאי 1981, השיטפון המזיק ביותר מזה 70 שנה הרס את אוסטין. המלאי של הול פודס נהרס, ורוב הציוד נפגע. ההפסד הסתכם בכ-400,000 דולר, ולהול פודס לא היה ביטוח. לקוחות, שכנים וצוות עובדים סייעו לתקן ולנקות את הנזק. יצרנים, ספקים ומשקיעים סייעו להתאוששות החנות, וזו נפתחה מחדש 28 יום לאחר מכן.
התרחבות.
החל משנת 1984, הול פודס מרקט התרחב מאוסטין, תחילה ליוסטון ודאלאס ואחר כך לניו אורלינס עם הרכישה של The Whole Food Co, בשנת 1988. בשנת 1989 החברה התרחבה לחוף המערבי עם חנות בפאלו אלטו, קליפורניה. במהלך פתיחת חנויות חדשות, החברה הובילה צמיחה מהירה על ידי רכישת רשתות מזון טבעיות נוספות לאורך שנות התשעים: Wellspring Grocery שבצפון קרוליינה, לחם וצירקוס במסצ'וסטס ורוד איילנד (שנסגר בשנת 2003), Mrs. Gooch's Natural Foods Markets מלוס אנג'לס, Bread of Life בצפון קליפורניה, Fresh Fields Markets בחוף המזרחי ובמערב התיכון, פלורידה חנויות לחם לחיים, ווינו, וארץ הטבע שבבוסטון. החברה רכשה את חברת קפה אלגרו בשנת 1997. החנות ה-100 של החברה נפתחה בטורנס, קליפורניה בשנת 1999. באפריל 2019 פתחה הול פודס את החנות הגדולה ביותר שלה בדרום מזרח, במרכז אטלנטה. בחנות בת שלוש הקומות יש מסעדת המבורגרים, בית קפה אלגרו ומרפסת גג.
החברה החלה את העשור השלישי שלה עם רכישות נוספות. הראשונה הייתה של "Natural Abilities" בשנת 2000. בשנת 2001 הגיעה הרשת גם למנהטן. מאוחר יותר באותה שנה קן מאייר הפך לנשיא אזור הדרום שהוקם לאחרונה והול פודס רכשה את נכסי שוק האיכרים של הארי, שכלל שלוש חנויות באטלנטה. בשנת 2002 המשיכה החברה בהתרחבותה בצפון אמריקה ופתחה את החנות הראשונה שלה בטורונטו, אונטריו. בהמשך להרחבתה, נרכשה סלקט פיש מסיאטל בשנת 2003. בשנת 2005 פתחה הול פודס את חנות הדגל שלה, באוסטין, טקסס, שגודלה 7,400 מטר רבוע. מטה החברה עבר למשרדים שמעל החנות.
הול פודס פתחה את החנות הראשונה שלה בהוואי בשנת 2008, ובאותה השנה גם פתחה מרכז הפצה דרומי-מזרחי בבראסלון, ג'ורג'יה, וכינתה אותו "מרכז ההפצה הירוק" הראשון עבור החברה.
לצד רכישות חדשות, כמו רכישת שבעה סניפי Dominick's Finer Foods בשיקגו בשנת 2014, מכרה הול פודס גם חנויות לחברות אחרות. לדוגמה, 35 חנויות הנריס מרקט וסאן הארבסט מרקט נמכרו לחברה בת של הסופרמרקט תמורת 166 מיליון דולר בשנת 2007.
הול פודס פתחה את החנות השנייה שלה במערב ניו יורק באמהרסט, פרבר באפלו בספטמבר 2017.
במסגרת קמפיין ההתייעלות, בינואר 2017 דיווחה החברה כי תסגור שלושה מטבחים אזוריים שנותרו באוורט, לנדובר ואטלנטה.
ביוני 2017 רכשה אמזון את הול פודס מרקט בעבור 13.7 מיליארד דולר. אמזון מתכננת לאפשר ללקוחות בעלי חשבון פריים להזמין את מוצרי הול פודס באינטרנט ולהגיע לאסוף אותם בחנות בחינם.
בחודש ינואר 2019, במסגרת התרחבות נוספת לכמה אזורים נגישים, הודיעה אמזון שתרכוש מספר סניפים לשעבר בסירס ובקמארט אשר הגישו בקשה להגנה מפני פשיטת רגל ב-15 באוקטובר 2018. מיקומים פנויים אלה ייהרסו או ישופצו מחדש כסניפים חדשים של הול פודס.
הממלכה המאוחדת וקנדה.
בשנת 2004 נכנסה חברת הול פודס מרקט לממלכה המאוחדת דרך רכישה של שבעה סניפיFresh &amp; Wild. ביוני 2007 פתחה הול פודס את החנות הראשונה בגודל המלא שלה, בסך הכל 7,400 מטרים רבועים, בעלת שלושה מפלסים, באתר חנות הכלבו הוותיקה Barkers ברחוב קנסינגטון, מערב לונדון וכיום החנות הגדולה ביותר שלהם בעולם. בכירי החברה טענו כי בסופו של דבר עשויות להיפתח ארבעים חנויות ברחבי בריטניה. עם זאת, בספטמבר 2008, בעקבות הבעיות הכלכליות של הול פודס, סניפי Fresh &amp; Wild צומצמו לארבע, כולם בלונדון. סניף הדגל של בריסטול נסגר מכיוון שהוא "לא עמד ביעדי הרווחיות". בשנה, עד ל-28 בספטמבר 2008 הפסידה חברת הבת בבריטניה 36 מיליון ליש"ט בגלל חיוב ירידת ערך גדול של 27 מיליון ליש"ט והצלחה מסחרית נמוכה בגלל החשש הגובר למיתון עולמי. עם זאת, בשנת 2011, המכירות העולמיות גדלו בשמונה אחוזים בכל רבעון פיננסי, כאשר החלו הקונים להזמין מהאינטרנט. החנות הסקוטית ראשונה נפתחה ב-16 בנובמבר 2011 בגיפנוק, גלאזגו. הול פודס סגרה את הסניפים בערים גיפנוק וצ'לטנהאם בסוף נובמבר 2017, במסגרת תוכנית רציונליזציה.
הול פודס נכנסה לשוק הקנדי בשנת 2002 בטורונטו. בשנת 2013, הודיעה הול פודס כי היא תפתח בסביבות 40 חנויות נוספות בקנדה לאורך זמן. באותה תקופה היו בקנדה היו פתוחים בקנדה תשעה סניפים. בינואר 2017 היו לחברת הול פודס 467 חנויות שכולן היו בארצות הברית למעט 9 בבריטניה ו-12 בקנדה. בינואר 2017 הודיעה הול פודס כי היא מבטלת תוכניות משנת 2015 ו-2016 לפתוח חנויות בקלגרי ואדמונטון. בין השתים-עשרה ישנם חמישה סניפים באזורים של ונקובר וטורונטו, אחד באוטווה ואחד בויקטוריה שבקולומביה הבריטית.
רכישת ויילד אוטס מרקטס ותלונה בנושא הגבלים עסקיים.
ב-21 בפברואר 2007 הודיעו הול פודס מרקט וויילד אוטס מרקטס על חתימת הסכם מיזוג לפיו הול פודס תרכוש את המניה המשותפת של ויילד אוטס בהצעה למכרז במזומן של 18.50 דולר למניה, או כ-565 מיליון דולר על בסיס מניות מדוללות לחלוטין.
ב-27 ביוני 2007, פרסמה ועדת הסחר הפדרלית (FTC) תלונה מנהלית המאתגרת את רכישת הול פודס את ויילד אוטס. על פי התלונה, ה-FTC סבר כי העסקה המוצעת תפר את חוקי ההגבלים העסקיים הפדרליים על ידי ביטול התחרות המהותית בין שני מתחרים קרובים בהפעלת סופרמרקטים טבעיים ואורגניים מובחרים בפריסה ארצית. ה-FTC טען כי אם העסקה הייתה מתבצעת, הול פודס יכולה הייתה להעלות מחירים ולהפחית את האיכות והשירותים. גם הול פודס וגם וייט אוטס הצהירו כי בכוונתם להתנגד נמרצות לתלונה של ה-FTC, ודיון בבית המשפט בנושא נקבע ל-31 ביולי ול-1 באוגוסט 2007. המנכ"ל ג'ון מקיי פתח בלוג נושא כדי להסביר את התנגדותו לעמדת ה-FTC. בלוגים נוספים של מקיי נפתחו כאשר ה-FTC פרסם מאמרים המפרטים הערות דעתניות, תחת שם הבדוי "Rahodeb". העניין הפך לנושא חקירה כאשר הוועדה לניירות ערך ולבורסות (SEC) ציינה כי חוק גילוי הנאות משנת 2000 עשוי להיות מופר. ה-SEC פינה את מקיי מההאשמות ב-25 באפריל 2008.
ב-29 ביולי 2008 ביטל בית המשפט לערעורים למחוז קולומביה את החלטת בית המשפט המחוזי המתירה את המיזוג. בית המשפט לערעורים קבע כי "סופרמרקטים טבעיים ואורגניים מובחרים" ("PNOS"), כמו הול פודס ויילד אוטס, מהווים שוק משני מובהק של כל בעלי החנויות, ובעקבות ראיות שנאספו על ידי ה-FTC, הוכח כי הול פודס תכננה להעלות מחירים לאחר השלמת המיזוג. כחלק מהמאמצים להילחם בפסק הדין, הציגה הול פודס מסמכים פיננסיית, מחקרי שוק ותוכניות אסטרטגיות עתידיות השייכות לניו סיזנס מרקט, מתחרה אזורית הממוקמת באזור פורטלנד. בשנת 2009 הסכימה הול פודס למכור את רשת ויילד אוטס.
2017–הווה: חברת בת של אמזון.
בפברואר 2017, הודיעה הול פודס מרקט אמרה כי תסגור תשע מחנויותיה ותוריד את תחזיותיה הכספיות לשנה, שכן חברת המזון הטבעי נאבקה עם הגברת התחרות והאטת צמיחת המכירות. בסוף אפריל 2017 דיווחה הול פודס על הרבעון השישי ברציפות של מכירות שהצטמצמו, ונודע כי החברה תסגור תשע חנויות: שתיים בקולורדו ובקליפורניה, ואחת בג'ורג'יה, אריזונה, יוטה, ניו מקסיקו ואילינוי. אובדן ההכנסות יוחס לתנועת הולכי הרגל ולסופרמרקטים אחרים המציעים חוויה דומה בעלות נמוכה יותר.
ב-15 ביוני 2017, אמזון הודיעה כי תרכוש את הול פודס מרקט, ותפתח כ-400 חנויות פיזיות לנכסי המסחר האלקטרוני של אמזון. הרכישה הוערכה בסכום של 13.7 מיליארד דולר, וגרמה למחירי המניות של הול פודס לעלות לאחר מכן.
בשנת 2018, הודיעה הול פודס על כוונתה לרכוש מספר סניפים של חנויות הכלבו "סירס" ו-"קמארט" ולשפץ אותם לאחר שסירס אחזקות, שהייתה בבעלותן של שתי הרשתות, הודיעה על פשיטת רגל באוקטובר.
איכות המוצרים.
החברה גם מוכרת מזון ומוצרים אורגניים רבים המאושרים על ידי USDA שמטרתם להיות ידידותיים לסביבה ואחראים לסביבה. החנויות אינן מוכרות כבד אווז או ביצים מתרנגולות המוגבלות בכלובי סוללות עקב חששות לאכזריות בבעלי חיים, כתוצאה מהסברה מוצלחת של קבוצות רווחת בעלי חיים. האתר של הול פודס מרקט מפרט את הקריטריונים של החברה למכירת מזון, תוספי תזונה ומוצרי טיפוח אישיים.