לאחר מכן המשיך קלבולד ללכת לכיוון קבוצה נוספת של שולחנות ומצא את אייזיאה שולס, מתיו קצ'טר וקרייג סקוט, אחיה הצעיר של רייצ'ל סקוט שהייתה הנרצחת הראשונה באירוע, מתחבאים מתחת לאחד השולחנות. שלושתם היו ספורטאים אהודים בבית הספר. קלבולד ניסה למשוך את שולס אל מעל לשולחן, אך לא הצליח. הוא קרא להאריס, שעזב את פסקל והצטרף אליו. קלבולד והאריס לעגו לשולס למשך מספר שניות. האריס התכופף אז, ירה בו בחזה מטווח קרוב ורצח אותו. קלבולד התכופף גם כן ופתח באש, פגע ורצח את קצ'טר. באורח יוצא דופן, קרייג סקוט נשאר שלם ולא פצוע, על ידי כך ששכב בשלוליות דמם של חבריו וגאל בהם את גופו, וכך העמיד פני מת. האריס הסתובב וזרק מטען מאולתר לכיוון השולחן שלידו היו הול, סטיפלטון ואיירלנד. הול זרק את המטען בחזרה והוא התפוצץ דרומה יותר (הרחק מהיורים).
קלבולד המשיך לירות בצנצנת תצוגה ליד הדלת, פנה וירה בשולחן הקרוב ביותר אליו ופצע את מארק קינטגן. הוא פנה אז לשולחן לשמאלו (מזרח) וירה אליו, פוצע את התלמידות ליסה קרוּץ וואלין שנאר באותו קליע. קלבולד התקרב אז לשולחן תחתיו התחבאה לורן טאונסנד וירה לעברה. בשלב זה לא היה ברור אם טאוסנד מתה או שהיא עדיין בחיים אבל מדממת למוות. האריס הלך בינתיים מעבר לשולחן נוסף שם התחבאו שתי בנות, התכופף מתחת לשולחן, הסתכל בהן, והפטיר לעברן בלעג את המילה "פתטי".
השניים הלכו אז אל שולחן ריק והחלו לטעון מחדש את כלי נשקם. ואלין שנאר, שהייתה פצועה קשה, החלה אז לבכות, "אוי, תעזור לי אלוהים!". קלבולד חזר אליה לאחר ששמע את המילה "אלוהים", ושאל אותה אם היא מאמינה באלוהים. היא גמגמה בתשובתה, אומרת לו "לא" ואז "כן", מנסה לתת את התשובה ה"נכונה", ככל הנראה על מנת לגרום לקלבולד לחוס על חייה. הוא שאל אותה מדוע, והיא אמרה שהיא מאמינה באלוהים בגלל האמונות של משפחתה. בשל כך, הוא לעג לשנאר והלך. תקרית זו הייתה הגורם לוויכוח לגבי קסי ברנאל כיוון שהיו כאלה שהאמינו כי עדי הראייה, שהמשיכו לתמוך בטענת ברנאל, ייחסו בטעות את ההערות של שנאר וקלבולד לברנאל עקב דמיון אפשרי בקול ובמראה. האמונה הרווחת הייתה שקלבולד הוא זה ששאל "האם את מאמינה באלוהים?", אך עד היום לא ברור אם התלמידה שנשאלה הייתה ברנאל או שנאר.
האריס נע אז לעבר שולחן נוסף וירה פעמיים מתחתיו, פוצע את ניקול נולן ואת ג'ון טומלין. כשטומלין ניסה לזחול החוצה ולברוח בשקט, קלבולד בא מסביב לפינת השולחן ובעט בגופו. האריס לעג לניסיון הבריחה שלו, וכאשר טומלין שאל אותו "זה כבר לא מספיק לכם?" קלבולד הגיב לו ב"מספיק? עוד לא סיימנו" וקלבולד ירה בו פעם נוספת ורצח אותו. האריס הלך בחזרה לצד השני של השולחן, שם שכבה לורן טאונסנד לאחר שנורתה. מאחוריה, קלי פלמינג, בדומה לברי פסקל, ישבה ליד השולחן במקום מתחתיו. האריס ירה בה ברובה שלו, פגע בה בגב, וגרם למותה. הוא המשיך לירות בשולחן מאחוריה, פגע בטאונסנד וקרוּץ בשנית, ופצע את ג'ינה פארק. נתיחה שלאחר המוות שבוצעה בגופתה של טאוסנד גילתה כי היא נהרגה כבר בירייה הראשונה בגופה, לאחר שוואלין שנאר וליסה קרוץ נורו ונפצעו, כך שהירייה הנוספת בטאוסנד לא הרגה אותה אלא הוסיפה לפציעתה הברוטאלית של גופתה.
ב-11:37 בבוקר, נעו היורים למרכז הספרייה ושם המשיכו לטעון את כלי הנשק שלהם ליד שולחן שבאמצע החדר. קלבולד שם לב לתלמיד שהיה קרוב ופניו היו מוכרות לו, וביקש ממנו להזדהות. להפתעתו של קלבולד, היה זה ג'ון סָאבַאג', מכרו. סאבאג' שאל אותו מה הם עושים, וקלבולד השיב, "או, רק הורגים אנשים". סאבאג' המבוהל שאל אם הם הולכים להרוג אותו. עקב הקשרים והיחסים הטובים בין השניים, קלבולד השתהה וביקש ממנו לעזוב את הספרייה. סאבאג' נס מיידית והצליח לברוח דרך הכניסה הראשית של הספרייה.
לאחר שסאבאג' הלך, פנה האריס וירה ברובה הקרבין שלו בשולחן שהיה בדיוק בכיוון צפון לעמדותיהם, פגע בפניו של דניאל מאוזר מטווח קרוב, ורצח אותו. שני היורים נעו אז דרומה מהמקום שבו היו, ירו באקראי מתחת לשולחן נוסף, וכך פצעו באורח אנוש את ג'ניפר דויל ואוסטין יוּבנקס, ורצחו את קוֹרי דה-פּוּטֶר. דה-פוטר, הקורבן האחרון של הטבח, קיבל משמעות חשובה במהלך הסיפור ונחשב למי ששמר על חבריו רגועים במהלך כל ההתרחשות.
בנקודה זו, שמעו מספר עדים את האריס וקלבולד מעירים על כך שכבר אינם מוצאים ריגוש בלירות בקורבנותיהם. קלבולד צוטט כאומר "אולי אנחנו צריכים להתחיל לדקור אנשים, עשוי להיות יותר כיף", משמע שהיורים התייאשו מלרצוח באמצעות יריות והחליטו להחליף את הרובים בסכינים.
האריס וקלבולד החלו להתרחק מהשולחן וללכת לכיוון הדלפק הראשי של הספרייה. בזמן ההליכה, זרק האריס בקבוק תבערה לכיוון הקצה הדרום-מערבי של הספרייה, אך הבקבוק לא התפוצץ. הוא הגיע אל מעבר לצד המזרחי של הדלפק וקלבולד הצטרף אליו ממערב. הם נפגשו ליד המקום שאליו הגיע אוואן טוד לאחר הירי אל מכונת הצילום. היורים צחקו על טוד ושקלו להרוג אותו, אבל לבסוף הלכו משם.
קלבולד פנה אז וירה ירייה לתוך חדר צוות ספרייה פתוח, ופגע בטלוויזיה קטנה. קלבולד הטיח כיסא על מסוף המחשב שהיה על דלפק הספרייה, בדיוק מעל המדף שמתחתיו התחבאה פטי נילסון. השניים הלכו אז אל מחוץ לספרייה, בשעה 11:42 בבוקר, מסיימים את הטבח האלים והברוטאלי.
כמעט מיד לאחר שהיורים עזבו את הספרייה ב-11:42 בבוקר, 34 תלמידים ו-10 פצועים התפנו מהחדר דרך הדלת הצפונית, שהובילה החוצה אל דרך צדדית הסמוכה לכניסה המערבית, שם החלה מהומה. פטריק איירלנד שאיבד את הכרתו, וליסה קרוץ שאיבדה יכולת לזוז, נשארו בבניין. פטי נילסון רצה אל החדר שאליו ירה קלבולד קודם, והצטרפה אל בריאן אנדרסון ושלושה חברי צוות ספרייה שכבר היו בפנים. הם נעלו את עצמם בפנים ונשארו שם עד ששוחררו בסביבות השעה 15:30 בצהריים על ידי כוחות חילוץ.
התאבדות היורים.
ברגע שהיו שוב בקומה העליונה, הלכו האריס וקלבולד מסביב למסדרונות הצפוני והדרומי של בית הספר ללא כל כיוון, יורים ללא מטרה. הם הלכו דרך המסדרון הדרומי, מעבר לאזור לימודי החברה, ולתוך משרד ראשי, לפני שהמשיכו בחזרה למסדרון הצפוני. הם הסתכלו מספר פעמים דרך החלונות הקטנים בדלתות הכיתות ואפילו יצרו קשר עין עם תלמידים, אבל לא ניסו להיכנס לכיתות.
לאחר שעזבו את המשרד הראשי, הלכו השניים לעבר הכניסה לשירותים והחלו ללעוג לתלמידים שבפנים, אומרים דברים כגון "אנחנו יודעים שאתם בפנים" ו"בוא נהרוג את כל מי שנמצא כאן", אך לא מימשו את איומיהם. בשעה 11:55 בבוקר, חזרו השניים לקפיטריה ונכנסו למטבח לזמן קצר, רק כדי לחזור בחזרה במעלה המדרגות, ולתוך המסדרון הדרומי, בשעה 11:58 בבוקר.
בשעה 12:05 בצהריים נכנסו היורים לספרייה שוב, אך היא הייתה ריקה מתלמידים חיים מלבד פטריק איירלנד שהיה מחוסר הכרה וליסה קרוּץ שהעמידה פני מתה. לא ידוע בדיוק מה עשו השניים לאחר שעזבו את הקפיטריה ועד שנכנסו שוב לספרייה. ברגע שהיו בפנים, הם ניסו לירות אל מחוץ לחלונות לעבר שוטרים, ללא הצלחה. לאחר מכן הלכו לעבר השולחן והמקום שבו שכבו מתיו קצ'טר ואייזיאה שולס שנרצחו, ושם התאבדו מסיבה לא ברורה. לדעת רבים, האריס וקלבולד התאבדו כארבעים וחמש דקות לאחר שהתחילו בטבח.
סיום הירי והטבח.
בשעה 14:38 בצהריים, שב פטריק איירלנד להכרתו, זחל אל החלונות וניסה לצאת החוצה. הוא נלקח אל מחוץ לבית הספר דרך חלונות הספרייה על ידי אנשי ה-SWAT, בתמונות ששודרו בכל רחבי העולם. ליסה קרוּץ נשארה פצועה בספרייה עד שהמשטרה נכנסה לזירה בשעה 15:25. היא הוצאה מהספרייה, ביחד עם גברת פטי נילסון, בריאן אנדרסון ושלושת חברי צוות הספרייה.
עד הצהריים, התמקמו צוותי הימ"מ מחוץ לבית הספר ואמבולנסים החלו לפנות את הפצועים לבתי החולים המקומיים. בינתיים, משפחות של תלמידים ואנשי צוות בבית הספר התבקשו להתאסף בבית הספר היסודי ליווד הסמוך על מנת להמתין לקבלת מידע.
בערך בשעה 12:20 בצהריים, הגיעה קריאה לתחמושת נוספת לשוטרים עבור מקרה של קרב יריות. אולם, הרוצחים הפסיקו לירות מספר דקות לפני כן. צוותי ימ"מ החלו לבדוק ביסודיות כל חדר בבית הספר, וכן שולחנות ותיקי גב, עד 12:45. הרשויות דיווחו על מציאת מטעני צינור בשעה 13:00, וצוותי ימ"מ התחילו לשחרר תלמידים בשעה 14:30. כל התלמידים, המורים ועובדי בית הספר, נלקחו ממנו, נחקרו, והוצע להם טיפול רפואי באזורי חניה קטנים, לפני שהוסעו באוטובוסים לפגוש את משפחותיהם בבית הספר היסודי ליווד. פקידים של המחוז מצאו גופות בספרייה בשעה 15:30.
בשעה 16:00 אחר הצהריים, ביצע השריף הערכה ראשונית לפיה 25 תלמידים ומורים שנהרגו. הערכתו הייתה גבוהה ב-10 מהמספר האמיתי, אך קרובה יותר לספירה הכוללת של התלמידים הפצועים. הוא גם ציין ששוטרים מחפשים את גופותיהם של הרוצחים בספרייה. בשעה 16:30 הוכרז בית הספר כבטוח, אולם בשעה 17:30 אחר הצהריים שוטרים נקראו חזרה כאשר נמצאו פצצות נוספות במגרש החניה ועל הגג. בשעה 18:15, מצאו גורמים רשמיים פצצה נוספת במכונית במגרש החניה. מכאן השריף החליט לסמן את כל בית הספר כזירת פשע. 13 מההרוגים, כולל היורים, עדיין היו בתוך בית הספר באותו הזמן. בשעה 22:45 בלילה, התפוצצה הפצצה במכונית, בעת ששוטר ניסה לפרק אותה. לא היו נפגעים, אולם המכונית ניזוקה.
קורבנות הטבח.
בסך הכול נרצחו 13 תלמידים ומורה אחד, ו-24 תלמידים אחרים נפצעו כתוצאה ישירה של הטבח; שלושה נוספים נפצעו באופן בלתי ישיר כשניסו לברוח מבית הספר.
תוצאות הטבח בטווח הזמן המיידי.