ערוץ השיט מתוחזק כך שעומקו לפחות 4.3 מטרים ורוחבו 76 מטרים. במקומות שעומק הנהר פחות מ-4.3 מטרים, יש צורך לבצע דליית בוץ מהקרקעית. הדלייה והדלייה החוזרת היא פעילות נמשכת ועומק הערוצים בפועל משתנה במשך הזמן.
בערוץ העמוק במטר וחצי מערוץ מערכת נהר המיסיסיפי יכולות הארבות על הקולומביה והסנייק לשאת ארבות שמשקלן כפול. מוצרי חקלאות מאיידהו ומזרח וושינגטון הם בין הסחורות העיקריות המשונעות על ארבות בנהרות סנייק וקולומביה. דגנים, בעיקר חיטה, מהווים יותר מ-85% מהמשא על גבי ארבות בנהר. ב-1988 נשלחו על הנהר 123 מיליון בושל (4.3 מיליארד ליטרים) של דגנים על ארבות בנהר. לפני שהוקמו הסכרים על נהר סנייק התחתון, הדגנים מהאזור שונעו במשאיות או ברכבת לנמלים על נהר הקולומביה סביב הטרי-סיטיס. מוצרים נוספים הנשלחים על הארבות בנהר סנייק התחתון כוללים אפונה, עדשים, מוצרי יער ונפט.
ביולוגיה.
הקרן העולמית לשימור חיות הבר מחלקת את אגן הניקוז של הנהר סנייק לשני אזורים אקולוגיים של מים מתוקים: האזור האקולוגי של "קולומביה שלא התכסתה בקרחונים" ("Columbia Unglaciated") והאזור האקולוגי "הסנייק העליון" ("Upper Snake"). מפלי שושוני הם הגבול הטבעי בין שני אזורים אקולוגיים אלו, אבל הקרן הציבה את קו הגבול 50 קילומטרים במורד הזרם משם על מנת לכלול את נהר "ביג ווד" (Big Wood River, היובל הראשי של הנהר מלאד (Malad River)) באזור האקולוגי "הסנייק העליון", משום שנהר זה שונה מבחינה ביולוגית משאר הנהרות במורד הסנייק. מפלי שושוני היוו מחסום מוחלט לתנועת דגים במעלה הזרם במשך 30,000 עד 60,000 השנים האחרונות. עקב כך רק 35% ממיני הדגים השוכנים במים מעל המפלים וכ-40% ממיני הדגים בנהר ביג ווד משותפים לפאונה במורד הזרם.
האזור האקולוגי המים המתוקים של הסנייק העליון כולל את מרבית דרום-מזרח איידהו ומתפשט לקטעים קטנים בוויומינג, יוטה ונבדה, כולל בתי גידול של מים מתוקים ראשיים כדוגמת אגם ג'קסון. בהשוואה לחלקו התחתון של נהר הסנייק ויתרת אגן הניקוז של נהר הקולומביה יש באזור האקולוגי של הסנייק העליון רמה גבוהה יותר של אנדמיות, בייחוד בקרב רכיכות של מים מתוקים כדוגמת חלזונות וצדפות. קיימים לפחות 21 מינים של חלזונות וצדפות המעוררים עניין מיוחד, כולל 15 שנראה כי קיימים רק בצברים יחידים. יש 14 מיני דגים באזור הסנייק העליון שאינם מצויים כלל באגן הניקוז של הקולומביה, אבל מצויים באזור האקולוגי של מים מתוקים בונוויל במערב יוטה, חלק מהאגן הגדול, וקשורים לימת בונוויל הפרהיסטורית. מין הדג "Cottus leiopomus" (באנגלית Wood River sculpin) הוא אנדמי לנהר ווד. מין הדג "Cottus greenei" (באנגלית Shoshone sculpin) אנדמי לחלק של נהר הסנייק בין מפלי שושוני ונהר ווד, שני המינים משתייכים למשפחה Cottidae.
מעבר למפלי שושוני מהווה הנהר סנייק משכן לשלושים וחמישה מינים של דגים מקומיים, שמתוכם שנים עשר מצויים גם בנהר קולומביה וארבעה שהם אנדמיים לסנייק: "Percopsis transmontana", דג רליקט המכונה באנגלית sand roller ממשפחת ה-Percopsidae, "Cottus confusus" (באנגלית shorthead sculpin), "Cottus marginatus" (באנגלית maginated sculpin), שניהם ממשפחת Cottidae ו-Oregonichthys crameri (באנגלית Oregon chub). דג זה מצוי גם בנהר אומפקווה ואגני ניקוז סמוכים. בחלקו התחתון של נהר הסנייק יש שבעה מינים של סלמון וטרוטה (הסוג "Oncorhynchus"). יש גם רמת אנדמיות גבוהה של רכיכות, לעיתים קרובות באזור קטן, בייחוד בקניון הלס והאגנים של הנהר קלירווטר, נהר סלמון, ואמצע הנהר סנייק. העושר ברכיכות נמשך לתוך הנהר קולומביה והיובלים כדוגמת הנהר דשוטס.
בעלי חיים.
מלבד בעלי חיים ימיים, מקיים אגן הניקוז של הנהר סנייק בעלי חיים גדולים יותר כמה מספר רב של יונקים, עופות, דו-חיים וזוחלים. בייחוד במקורות הנהר ואזורים הרריים אחרים הפזורים באגן הניקוז: זאב מצוי, דוב גריזלי, גרגרן, פומת ההרים ושונר קנדי הם בעלי חיים נפוצים. נקבע שיש 97 מינים של יונקים בחלק העליון של נהר סנייק, במעלה הזרם מהשפך של הנהר הנריס. אנטילוקפרה אמריקנית וכבש גדול-קרניים נפוצים באזור המנוקז על ידי "הפלגים האבודים של איידהו", כמה נהרות ונחלים גדולים הזורמים דרומה מהרי הרוקי ונעלמים לתוך אקוויפר מישור נהר הסנייק. כ-274 מיני עופות, כמה בסיכון או מאוימים, מצויים באגן הנהר סנייק, כולל: עיטם לבן-ראש, בז נודד, עגור אמריקאי, שכווי לענה גדול ("Centrocercus urophasianus"), קוקייה צהובת-מקור ("Coccyzus americanus"). עבראש איסלנדי ("Bucephala islandica") הוא מין עוף נפוץ לאורך חלקו התחתון של הנהר סנייק.
עשרה מינים של דו-חיים ועשרים מינים של זוחלים חיים בחלקו העליון של הנהר בביצות סביבו ובגדות הנהר. כמה מיני צפרדעים נפוצים באגן "הנהרות האבודים" ובחלק הצפון מזרחי הקיצוני של אגן הניקוז של הנהר סנייק, כולל אסקפיים, צפרדע האחו ("Lithobates pipiens"), קרפדה מערבית ("Anaxyrus boreas"), צפרדע קולומביה מנוקדת ("Rana luteiventris"), סלמנדרה ארוכת בוהן ("Ambystoma macrodactylum") וקרפדות ממשפחת Scaphiopodidae (באנגלית American Spadefoot Toads). עם זאת בחלק האמצעי והתחתון של אגן הנהר סנייק כמה מינים מקומיים נפגעו בצורה קשה משיטות חקלאות ומהמינים הפולשים שהגיעו בעקבותיהן. המינים הזרים כוללים חוגלית אפורה, פסיון מצוי, חוגלת סלעים. מינים זרים נוספים כוללים את צפרדע השור ("Rana catesbeiana"), ציפור הבקר חומת ראש ("Molothrus ater") וזרזיר מצוי, שנמשך לחברת בני האדם ואל הערים והעיירות שהוא בונה.
צמחייה.
אגן הניקוז של הנהר סנייק כולל מגוון של אזורי צמחייה הן בהווה והן בעבר. מרבית אגן הניקוז הייתה מכוסה בעבר בכרי עשב של בתה עשבונית, בעיקר במישור הנהר סנייק וברמת קולומביה בדרום מזרח וושינגטון. אזורי צמחיית גדות, צמחית ביצות וצמחית אזורים מוצפים היו פעם לאורך הנהר סנייק ויובליו. באזורים הגבוהים נשלט הנוף על ידי יערות מחטניים שבהם העץ הנפוץ הוא אורן הזפת. האקלים באגן נע בין צחיח למחצה לאלפיני ומאפשר בית גידול למאות מינים של צמחים. בחלק התחתון של אגן הניקוז, בדרום מזרח וושינגטון, הנהר מוקף באזור המכונה "הפרובינציה האקולוגית של רמת קולומביה" (Columbia Plateau Ecoprovince), שרוב שטחו כיום הם שטחי חקלאות בהשקיה. יתרת אזור הרמה מאופיינת על ידי גבעות נמוכות, אגמים יבשים, ואקלים צחיח, כמעט מדברי.
מקורות הנהר סנייק וההרים הגבוהים במקומות אחרים באגן הניקוז היו מיוערים בעבר בצפיפות. היערות כללו צפצפה, אשוח דאגלס ואשוחית, והשתרעו על פני 20% מאגן הניקוז ההיסטורי. למרגלות ההרים ובאגן הנהרות האבודים, הייתה הלענה ועודנה השיח השולט. בשל בירוא יערות, השתלטה הלענה על כרבע משטח היערות לשעבר, והיערות מכסים כיום כ-15% משטח אגן הניקוז. עם זאת גדל מספרם של עצי האורן המפותל, והם השתלטו על חורשות היסטוריות של מחטניים. בנוסף, יש באגן הנהר סנייק 118 מינים של צמחים נדירים או אנדמיים.
סלמון ודגי ים אחרים המתרבים בנהרות.
נהר הסנייק היה פעם אחד הנהרות החשובים בארצות הברית ביותר המשמשים אתרי הטלה של דגי ים המתרבים בנהרות, דגים החיים רוב ימיהם באוקיינוס ועולים בנהרות עד מקורותיהם על מנת להתרבות.
הנהר קיים אוכלוסיות של אלתית גמלונית, אלתית אדומה ואלתית כסופה ("Oncorhynchus kisutch"), כמו גם טרוטת עין-הקשת, חדקן לבן וצמד פסיפי ("Lampetra tridentata"). ידוע שבטרם נבנו הסכרים על הנהר היו שלושה גלי נדידה מדי שנה של אלתית גמלונית בנהר סנייק, באביב, בקיץ ובסתיו. בסך הכול כ-120,000 דגים. כמות הדגים של האלתית האדומה הגיעה ל-150,000. המחסום ההיסטורי שמנע מעבר של דגים בסנייק היו מפלי שושוני, מפלי מים בנהר באזור מישור הנהר סנייק.
מאז תחילת המאה ה-20 כשנבנה סכר סוואן פולס באמצע הנהר סנייק ממקורותיו ועד קניון הלס, חמישה עשר הסכרים ומאגרי המים על הנהר הציבו בעיה הולכת וגדלה בפני דגי הסלמון הנודדים במעלה הזרם. לנגר העילי שמקורו בקרקעות חקלאיות ונשפך לסנייק הייתה השפעה משמעותית על מידת ההצלחה של דגי הסלמון להתרבות. דגי הסלמון יכולים לשוט בנהר הסנייק עד סכר קניון הלס תוך שימוש במתקני מעבר הדגים בארבעת הסכרים האחרונים שעל נהר הסנייק, מותירים לדגים רק את היובלים גרנד רונד, קלירווטר וסלמון כאתרי רבייה. אגני הניקוז של הנהרות קלירווטר וסלמון שוכנים בהרי קלירווטר במרכז איידהו, אזור שהפיתוח פסח עליו למעט יוצא דופן בולט אחד סכר דוורשק (Dworshak Dam) על המזלג הצפוני של נהר קלירווטר (North Fork Clearwater River). גם אגן הניקוז של הגרנד רונד בצפון מזרח אורגון לא פותח ברובו. ארבעת מאגרי המים שנוצרו על ידי הסכר בקצה נהר הסנייק התחתון: אגם סקאג'וויה (Lake Sacagawea), אגם הרברט וסט (Lake Herbert G. West), אגם בריאן (Lake Bryan) ואגם לואר גרניט (Lower Granite Lake) יצרו אף הם בעיה לדגי הסלמון, כיוון שהזרם באגמים חלש מאוד והדגים לא מצליחים לחוש לאן לשחות על מנת להגיע למקור האגם, ולהמשיך לאתרי הרבייה.