ההגנה במשפט פעלה להרחיב את הנתבעים בטענה כי לקישון היו מזהמים רבים. וכי מי ששלח את הלוחמים לצלול הייתה המדינה. פטר נשיץ עו"ד של חיפה כימיקלים הגיש הודעות צד ג' ורשימת הנתבעים הגיעה לששים. ביום 3 בנובמבר 2013. פרסם השופט שפירא פסק דין מנומק ובו נדחו כל התביעות בפירוט הסיבות לכל אחד מ-50 התובעים. ריכוז החומרים הוא בבוצת הקרקעית ולדייגים לא היה מגע עם הבוצה. מנגד התברר כי התובעים ניהלו אורח חיים שייתכן ופגע בבריאותם. כך עבודה רבה בחשיפה לשמש יוקדת, למנועי דיזל, וכן תופעות של תזונה בלתי בריאה, עישון כבד של סיגריות וחומרים נוספים ושתיית אלכוהול. בהחלט ייתכן כי מציאות עבודה וחיים זו תרמה למחלות בהן לקו חלק מהעוסקים בתחום זה, ובהם התובעים. הציעה לצדדים להגיע לסיכום בנושא הוצאות המשפט אך לא נתקבלה הסכמה.
התובעים שנותרו לא הוכיחו את התשתית העובדתית שנטענה על ידם. חלקם נחשפו בצורה זניחה, חלקם היו דייגים מנמלים אחרים. חלקם לא היו דייגים כלל או שפרשו מהמקצוע לפני שנת 1970.
ביום 5 בינואר 2014 ניתנה החלטה בבית המשפט המחוזי בחיפה תביעת הדייגים נדחתה. הנתבעים דרשו החזר הוצאות משפטיות. התובעים חויבו לשלם למפעלים הנתבעים 4.5 מיליון ₪ הוצאות משפט.
הדייגים שקיוו לפיצוי על בריאותם שהידרדרה חויבו לפצות את הנתבעים. על קבוצה הכוללת 30 תובעים – שהתברר כי פעילותם לא הייתה בנחל הקישון – הוטלו הוצאות בסכום של 137,663 ש"ח כל אחד. על קבוצה המונה 9 תובעים, אשר היה יסוד סביר יותר לתביעתם הוטלו הוצאות בסכום של 50,986 ש"ח כל אחד.
הנתבעים ובראשם חיפה כימיקלים התבקשו על ידי עורכי דין בחיפה ועל ידי שר החקלאות לא לגבות את הצואות המשפטיות שנפסקו לטובתם. בתגובתה הודיעה חברת חיפה כימיקלים כי תסכים למחול את החוב אם הדייגים לא יערערו על הפסיקה ובכך יפסקו תשלומיה לעורכי הדין. הדייגים המשיכו וערערו בפועל לא ממשו הנתבעים את גבית הוצאות המשפט מהדייגים.
אגרות משפטיות - חלק מהם פנו וביקשו לפטור אותם מתשלום אגרות משפט. הנושא נידון בפני השופט רון שפירא בבית המשפט המחוזי בחיפה. שיקוליו היו גודל ההוצאות - שעד אז התקיימו כ-225 ישיבות ונכתבו למעלה מ-23,5000 אלף דפי פרוטוקול ועוד בכמות הזאת עדויות מקצועיות. היו ב-1 בפברואר 2017 דחה בית המשפט את בקשת הדייגים והם חויבו לשלם אגרות למדינה 290,000 ₪ אגרות - 42,000 ₪ לכל אחת משבעת קבוצות התובעים. לדייגים ניתנה ארכה לשקול אם ברצונם להגיש בקשות פרטניות לפטור מהאגרה וקבע כי לא ינקטו הליכי גביה עד 1 באפריל 2017.
תביעת חיילי צה"ל החולים.
קבוצת לוחמים שחלו בסרטן, וקשרו את מחלתם לזיהום בקישון, הגישו בשנת 2000 על ידי עו"ד משה קפלנסקי, תביעת פיצויים על בריאותם שהידרדרה, כנגד ארבעה גורמים מזהמים: חיפה כימיקלים, איגוד ערים אזור יפה (ביוב), עיריית חיפה ובתי זיקוק לנפט. בשנת 2004 הצטרפו לוחמים נוספים בשלוש קבוצות תביעה דומה. התביעות אוחדו לדיון משפטי אחד.
הגדלת רשימת הנתבעים עו"ד פטר גד נשיץ שייצג את חיפה כימיקלים הרחיב את רשימת הנתבעים בהליך של הודעה לצד שלישי וכלל מפעלים נוספים, קיבוצים, מושבים, רשויות עירוניות, חברות ביטוח ואת מדינת ישראל. הרשימה שנודעה כרשימת נשיץ כללה 50 נתבעים נוספים.
הדיונים נערכו שנים רבות. התובעים שחשבו כי מגיע להם פיצוי בנוסף למה שקיבלו מהמדינה לפי חוק שיקום נכי צה"ל. נוכחו שעליהם לעמוד בחקירות צולבות. מסקנות ועדת שמגר (חיל הים) - שלא היו חד משמעיות - לא היו קבילות בתביעה אזרחית. וכי האמפתיה שגילתה כלפיהם התקשורת והשפיעה בהליכים מול משרד הביטחון משפיעה פחות על בית משפט הדן בתביעה אזרחית.
פרקליטי הנתבעים אספו מידע על כל תובע והציגו כי למרבית הלוחמים התובעים הייתה היסטוריה של חשיפה בשמש ועישון. המדינה שמצאה את עצמה נתבעת אף כי לא ישירות על ידי הלוחמים אלא בעקיפין באמצעות הליך הודעה לצד שלישי. נהייתה מודעות לכך שבתהליך ההכרה בנכות על ידי המדינה יוצרת לנפגע מעמד של תובע פוטנציאלי. מכאן נבעה מוטיבציה להקשות על תהליך ההכרה ולהקטין את כמות התובעים הפוטנציאליים.
פשרה שנדחתה – בחודש יולי 2011 העלה השופט עדי זרנקין הצעת פשרה. במטרה לצמצם הוצאות לשני הצדדים ולחסוך בזמן. הציע השופט כי המפעלים נתבעים ובראשם חיפה כימיקלים ישלמו סכום בין 10 ל-20 מיליון ₪ שיחולקו בין התובעים. צפיות התובעים היו לסכום גבוה יותר והצעת הפשרה נדחתה.
החלטת בית המשפט - ב-17 ביוני 2013 דחה השופט עדי זרנקין בבית המשפט המחוזי בחיפה את תביעות החיילים. בנימוק שלא הוכח הקשר סיבתי משפטי בין הצלילות בנחל ובין המחלות בהן חלו התובעים, או חלק מהם. האמפתיה לתובעים פעלה גם כאן ובשונה מהדייגים הלוחמים לא חויבו לשלם הוצאות משפטיות לנתבעים, ואף לא חויבו באגרות בית המשפט כפי שחויבו הדייגים.
ההחלטה מיום 7 בפברואר 2022: שר הביטחון בני גנץ החליט לאמץ את המלצת ועדת המומחים בראשות רן בשביץ ולהרחיב את ההכרה בנכי צה"ל מקרב הלוחמים שהתאמנו בקישון.
בית המשפט העליון – כבית דין לערעורים.
לוחמים שהוגדרו כחשופים והדייגים שהוטל עליהם תשלום פיצויים ערערו על הפסיקה ועל החיוב בפיצויים לבית המשפט העליון כבית דין לערעורים. הנתבעים בתביעת הצוללים הגישו ערעור שכנגד על כך שלא נפסקו הוצאות משפט לזכותם.
הרכב שכלל את השופטים יצחק עמית, צבי זילברטל ונעם סולברג, דן בכל הערעורים והערעורים שכנגד. ב-24 בספטמבר 2015 דחה בית המשפט העליון, בהחלטה פה אחד, את תביעות הלוחמים והדייגים נגד המפעלים המזהמים. נפסק כי הוצאות משפטיות - בנושא זה שקל בית המשפט את תביעת הנתבעים לקבל הוצאות מהלוחמים כפי שחויבו הדייגים בבית המשפט המחוזי. פסיקתו הייתה: . משכך, הלוחמים לא נדרשו לשלם הוצאות משפטיות לנתבעים, בעוד שהחלטת בית המשפט המחוזי לחיוב הדייגים נשאר בעינה.
קבורה והנצחה.
מסלול המכשולים אותו עוברת משפחת חולה מהחשופים לקישון לא מסתיים עם הגדרתו כנכה צה"ל. כאשר אדם כזה שהוכר הולך לעולמו מהמחלה אינו נקבר בבית קברות צבאי אלא בקבורה אזרחית רגילה. לכך יש חריגים:
ד"ר אריק רוזנטל – הקורבן הצעיר ביותר של נחל הקישון, ביקש להיקבר בטקס צבאי מלא. ובקשתו מולאה חלקית כשנקבר בבית העלמין קריית שאול בטקס אזרחי.
רן אדר -כאשר חש בוגר השייטת רס"ן מיל בעל עיטור העוז רן אדר שיום מותו קרב פנה במכתב לשר הביטחון שאול מופז וביקש להיקבר בבית קברות צבאי. בקשתו אושרה והוא נקבר בבית העלמין קריית שאול.
ככלל לוחמים שהוכרו כחשופים לקישון שנפטרו ממחלתם לאחר השירות הצבאי אינם מוזכרים ביד לחללי חיל הים בגן אלישבע באשדוד וגם לא באתר ההנצחה לחללי שייטת 13 בבסיס היחידה. פעילות בני המשפחה לכלול את יקיריהם במצבות ההנצחה הושבו עד עתה ריקם.
הפורום לישראל ירוקה: בעקבות האובדן, ומתוך הבנה שחלק ניכר מהזיהום והפגיעה בסביבה במדינת ישראל מתבצע על ידי תאגידי ענק ממניעים כלכליים, והיעדר הטיפול והאכיפה האפקטיבית כנגד הפגיעה בסביבה הכוללת השחתה של מרחבים ומשאבים רבים בישראל, הוקמה עמותת 'הפורום לישראל ירוקה' במטרה לתעד, לחשוף ולפעול נגד גורמים עסקיים הפוגעים בסביבה.
מצב הנחל משתפר.
מעגנת שביט מלאה בסירות פרטיות היוצאים ממנה להפלגות בים. לאורך הנחל הוקם פארק ואנשים מגיעים לבקר בו. מועדון החתירה, שהיה מראשוני התובעים לשיפור, ממשיך את פעילותו והחותרים נכנסים לתוך הנחל שהורחב והועמק. באביב 2014 נערכה בו תחרות חתירה ארצית בהשתתפות מועדונים אחרים.
השיפור באיכות מי הקישון הביא לחידוש חיים בו. מיני דגים חזרו לבקר ולהתרבות באזור. הבוצה בקרקעית רעילה ביותר ודגים הגדלים בקישון סופגים לגופם את הרעל. איסור הדיג בנמל הקישון שהוטל עוד בשנות ה-50 נמצא בתוקף וחודש. אך יש דייגים עבריינים הפורשים רשתות בשעות הלילה ומביאים את דגים למכירה. איגוד הדייגים שולל את התופעות הללו הגורמות נזק לענף כולו. פקחי הדיג מדווחים והמשטרה נכנסת לפעולה.
פינוי אל הנחל - ההשקעה והפיקוח לאורך השנים נשאו פרי. שפיכת חומר אל הנחל מוגדרת כהטלה לים ומחייבת אישור המשרד להגנת הסביבה. לחמישה מפעלים יש אישורי הטלה מתחדשים: ל'בתי הזיקוק לנפט', 'כרמל אולפינים', 'חיפה כימיקלים', 'גדות ביוכימיה' ו'דשנים וחומרים כימיים'.
קביעת תקן לצלילות.
על מנת שהפרשה לא תחזור מינה מנכ"ל משרד הביטחון ב-2 באוגוסט 2001, את תא"ל ד"ר גיורא מרטונוביץ' לעמוד בראש ועדה רב תחומית שתקבע תקן לצלילה במים במקומות השונים. וזאת בהתאם להמלצת הביניים של ועדת שמגר בראש הוועדה עמד כנציג משרד הביטחון שהמשיך בתפקידו גם כאשר סיים תפקיד של קצין רפואה ראשי. חברים בוועדה היו זאב פיש- מפקח ארצי לבריאות הסביבה במשרד הבריאות, רני עמיר – ראש אגף ים וחופים, המשרד להגנת הסביבה. פרופ' ברק חרות – מנהל המכון לחקר ימים ואגמים. הפעילות לוותה על ידי היועצים המשפטיים של חיל הרפואה: סא"ל תמיר מוריץ, סא"ל אשר הלפרין וסא"ל תמר תבורי. מזכירת הוועדה הייתה סרן לבנת אדרי-קוסקס. הרכב הוועדה התקבל על דעתו של השופט שמגר.
מולם בצה"ל היה עוזר ראש אג"ם אלוף דן הראל וראש מספן הים בחיל הים אלוף דוד בן בעש"ט. כעזרה מקצועית הוקמה ועדת מומחים מייעצת בראשותו של פרופסור יונה אמיתי וכללה את: ד"ר שלמה אלמוג פרופ' מתי ליפשיץ, ד"ר אשר פרדו ו"ד מריו סקולסקי, מומחים בתחומי חקר הסרטן.