הטייס הראשי ג'ים קולינס וטייס המשנה גרג קאסין לא טסו מעולם לאנטארקטיקה, אולם שניהם היו טייסים מנוסים וכשירים לטיסה. ב-9 בנובמבר 1979, 19 יום בטרם התאונה, שני הטייסים נכחו בתדרוך שבו נמסרה להם תוכנית הטיסה של הטיסה הקודמת בקו זה. אולם, הקואורדינטות שהוזנו למחשב חברת אייר ניו זילנד היו שונות מאלה שאושרו לתוכנית הטיסה בשנת 1977 על ידי האגף לתעופה אזרחית במשרד התחבורה של ניו זילנד. זאת מבלי שהדבר היה ידוע לטייס הראשי. תוכנית הטיסה המאושרת הייתה לאורך נתיב המוביל מכף האלט משואת רדיו לא-כיוונית במקמרדו, מסלול שחייב טיסה כמעט מעל פסגת הר ארבוס, המתנשא לגובה 3,794 מטר. אולם התדפיס שסופק לטייסים ממחשב חברת אייר ניו זילנד, ואשר נמסר להם בעת התדריך, כלל נתיב דרומי יותר באמצע מצר מקמרדו, כאשר הר ארבוס נמצא כ-43 ק"מ ממזרח לנתיב זה. ברוב הטיסות הקודמות הוכנסו קואורדינטות טיסה אלה למחשב הטיסה מבלי שהטייסים מודעים לכך שאין זה מסלול הטיסה שאושר על ידי משרד התחבורה הניו זילנדי.
הטייס הראשי לסלי סימפסון, אשר פיקד על טיסה 901 ב-14 בנובמבר 1979, היה נוכח אף הוא בתדריך ב-9 בנובמבר, השווה את הקואורדינטות שסופקו לצוות בתדריך עם נקודת ציון של משואת ניווט במערכת TACAN, הנמצאת כשלושה מייל מזרחה לנקודה שסופקה לטייסים לצורך הזנה למחשב הטיסה, והופתע לגלות הפרש גדול בין שתי נקודות הציון. לאחר טיסתו הודיע סימפסון לאחראים על הניווט באייר ניו זילנד על ההפרש בין שתי נקודות הציון. מסיבות שלא התבררו עד תומן, פנייתו של סימפסון גרמה לאחראים על הניווט באייר ניו זילנד לאחד את הקואורדינטות של שתי נקודות הציון במחשבי החברה, כך שהקואורדינטות שצוינו למשואת הרדיו הבלתי כיוונית היו זהות לאלה של משואת ה-TACAN, אף שגם אלה אינן מתאימות למסלול הטיסה שאושר.
השינוי בקואורדינטות בוצע בשעה 01:40 ביממה שבה יצאה טיסה 901 לדרכה האחרונה, ואולם צוות הטיסה לא קיבל הודעה על שינוי זה. בבוקר הטיסה נמסרה לצוות תוכנית טיסה מודפסת והיא שהוזנה למחשב הניווט של המטוס, תוכנית שהייתה שונה מזו שהוצגה לצוות ביום 9 בנובמבר ואף שונה מן המפה שהכין הטייס הראשי קולינס ערב הטיסה. השוני העיקרי בין התוכניות היה בכך שהנתיב המקורי שהוצג לצוות ב-9 בנובמבר עבר לאורך מצר מקמרדו, מרחק בטוח מהר ארבוס, בעוד שבתוכנית הטיסה המודפסת שנמסרה לצוות המטוס בבוקר הטיסה, נתיב המטוס הוא ישירות אל הר ארבוס. כתוצאה מן השינוי בנתיב, טיסה בגובה של מתחת לגובה 4,000 מטר עלולה לסכן את המטוס בהתנגשות בהר. נוסף לכך, התוכנית הממוחשבת שונתה כך שבמברק הנשלח באופן רגיל לפיקוח הטיסה מופיעה רק המילה "מקמרדו" ולא הקואורדינטות המדויקות של נקודת הציון הסופית. בדו"ח ועדת החקירה הממלכתית נקבע כי השימוש בשם נקודת הציון ולא בקואורדינטות נועד להסתיר מרשויות ארצות הברית כי תוכנית הטיסה שונתה, כיוון שאייר ניו זילנד ידעה כי רשות הפיקוח על הטיסה של ארצות הברית תתנגד לשינוי המופיע בנתיב הטיסה החדש.
בעת הגישה למצר מקמרדו יצאו הטייסים מנתיב הטיסה וטסו בתבנית לולאת 8 כדי להנמיך את המטוס מבלי להמשיך בנתיב (ראו שרטוט הנתיב על המפה בדקות הטיסה האחרונות) וזאת כדי לאפשר לנוסעים תצפית טובה יותר על הקרקע. נקבע כי הצוות התעלם, או שלא היה מודע, לגובה הטיסה המינימלי הבטיחותי באזור, של 4,900 מטר מעל פני הים בעת הגישה להר ארבוס וגובה של 1,800 מטר מדרום להר (אף זאת רק בעת שבסיס העננים היה בגובה מינימלי של 2,100 מטר). על יסוד תמונות של נוסעים בטיסות קודמות נקבע כי אף בטיסות אלה חרגו הטייסים מן הגובה הבטוח לטיסה. בתדרוכים קודמים לטיסות אלה נמסר לטייסים כי הם יכולים להנמיך לגובה שיאושר על ידי פיקוח הטיסה של ארצות הברית במקמרדו. כיוון שפקחי הטיסה האמריקנים הניחו כי טיסה 901 תטוס בנתיב זהה לזה של טיסות קודמות, לאורך מצר מקמרדו ובהתאם לנקודות הציון שאושרו לחברת אייר ניו זילנד, פקח הטיסה התיר לטייסים להנמיך לגובה 460 מטר מעל פני הים. המטוס לא אוכן במכשיר הראדאר של תחנת מקמרדו ולצוות היה קושי ביצירת קשר רדיו. אף מכשיר הניווט במטוס, המודד מרחק, לא ננעל על משואת ה-TACAN במקמרדו לפרק זמן יעיל.
הקלטות הקול מן הדקות האחרונות של הטיסה, אשר נמצאו בקופסה השחורה של המטוס לאחר ההתרסקות, הדגימו כי הצוות סבר שהם טסים מעל מצר מקמרדו, במרחק בטוח ממערבית להר ארבוס, תוך שהם צופים במדף הקרח רוס באופק, בעוד במציאות הם טסו הישר לעבר הר ארבוס. אף על פי שרוב הצוות עסק בזיהוי נקודות ציון מחוץ למטוס, הם לא הבחינו כלל בהר הנמצא ממש מולם. כשש דקות לאחר שהשלימו את הנמכת המטוס לגובה שבו תנאי ראות טובים יותר, טיסה 901 התנגשה בהר בגובה של כ-460 מטר מעל פני הים. בתמונות שצילמו נוסעים, שניות בטרם ההתרסקות, מופיעות בבירור נקודות ציון על הקרקע 21 ק"מ משמאל למטוס ו-16 ק"מ מימין למטוס, עובדה שהסירה כל ספק מן ההשערה שהטיסה הייתה בתוך ענן בשעת ההתנגשות.
ההתנגשות בהר.
בטרם ההתנגשות הודיע הטייס קולינס לפיקוח הטיסה במקמרדו כי הוא ינמיך לגובה של כ-610 מטר. עם סיום ההנמכה העביר את המטוס למצב טייס אוטומטי. מחוץ למטוס הייתה שכבת עננים אשר התמזגה בצבעה עם לובן השלג שכיסה את הר הגעש, כך שלא הייתה כל אזהרה ויזואלית לטייסים. התמזגות צבעים זו הטעתה את הטייסים לחשוב כי הם רואים את מדף הקרח רוס, בעוד שבמציאות הם הביטו בהר עצמו. חברת אייר ניו זילנד לא הזהירה את הטייסים מתופעה זו של התמזגות הצבע הלבן של עננים בקרקע, תופעה אופיינית לאזורי הקטבים. כתוצאה מכך, בעוד הטייסים סוברים שהם מעל מצר מקמרדו, הם טסו במפרץ לואיס מול הר ארבוס.
26 שניות בטרם ההתנגשות נשמע מהנדס הטיסה, היחיד בצוות שביצע בעבר טיסה דומה, אומר: "זה לא מוצא חן בעיני." מיד אחר כך, נשמע הטייס הראשי משוחח עם טייס המשנה האם לפנות ימינה או שמאלה. בשעה 12:49 הופעלה אזעקת מערכת ההתראה מפני התקרבות אל הקרקע. אף שקולינס הורה מיד להגביר את כוח המנועים, למטוס לא נותר די זמן כדי לסטות מנתיב ההתנגשות בהר, שש שניות אחר כך התנגש המטוס בצלע ההר והתרסק. כל הנוסעים ואנשי הצוות נהרגו מיד עם ההתנגשות בשעה 12:50.
לאחר שניסיונות פיקוח הטיסה במקמרדו ליצור קשר רדיו עם המטוס כשלו, הם הודיעו לחברת אייר ניו זילנד כי הקשר עם המטוס אבד. מיד אחר כך הוצבו בכוננות כוחות חילוץ והצלה של ארצות הברית.
שיוך לאומי של אנשי הצוות והנוסעים.
הייתה זו התאונה הראשונה בתולדות אייר ניו זילנד בה נהרגו נוסעים.
מאמצי חיפוש והצלה.
בשעה 2:00 אחר הצהריים, כשעה לאחר ההתנגשות, הודיע הצי האמריקאי כי החל בהכנות למשימת חיפוש והצלה בה ישתתפו מטוס לוקהיד LC-130 ושני מסוקי בל UH-1N, זאת לאחר שאבד הקשר עם טיסה 901 של אייר ניו זילנד. שעתיים אחר כך נמסר כי הראות באזור התאונה היא למרחק 64 ק"מ וכי שישה כלי טיס מחפשים אחר המטוס.
טיסה 901 הייתה מתוכננת לנחות נחיתת ביניים בקריסטצ'רץ' כחמש שעות לאחר מועד ההתנגשות. כ-50 מנוסעי הטיסה התכוונו לרדת מן הטיסה בנמל תעופה זה. בתחילה נמסר למשפחות שהמתינו בקריסטצ'רץ' כי בדרך כלל הטיסה מאחרת מעט, אולם ככל שחלף הזמן היה ברור כי אירעה תקלה בטיסה.
בשעה 09:00, כחצי שעה לאחר שהיה אוזל הדלק במכלי המטוס, לו היה ממשיך לטוס, הודיעה חברת אייר ניו זילנד לעיתונות כי המטוס ככל הנראה אבד. באותה עת חיפשו צוותי חיפוש והצלה לאורך נתיב הטיסה מבלי שמצאו דבר. רק בשעה 12:55 לאחר חצות הודיעה צוות של מטוס הצי האמריקאי כי זיהה שרידים על צלע הר ארבוס, מבלי שניתן היה לראות ניצולים. בתשע בבוקר, עשרים שעות לאחר ההתנגשות, הצליחו מסוקים עם צוותי הצלה לנחות על צלע ההר. הצוותים אימתו את ההשערה כי מדובר בשרידי טיסה 901 וכי כל הנוסעים ואנשי הצוות נספו. שרידי המטוס היו בגובה 447 מטר מעל פני הים. בין השרידים נמצא זנב המטוס ועליו לוגו חברת התעופה אייר ניו זילנד. חלקים מן המטוס וחלקי גופות הוטסו לניו זילנד לצורך זיהוי. 44 מקורבנות התאונה לא זוהו ונערכה להם הלוויה מאוחדת ב-22 בפברואר 1980.
מאמצי החיפוש נרחבים אחר קורבנות האסון נמשכו עד 9 בדצמבר 1979, בעיקר בלחצה של ממשלת יפן, אשר 24 מאזרחיה היו על הטיסה. להר ארבוס נשלחה משלחת של קציני משטרה וצוות הצלה הררי במטוס תובלה של חיל האוויר הניו זילנדי. זיהוי חלקי הגופות נעשה על ידי צוות מומחים. מאמץ זה הניב הצלחה יוצאת דופן בנסיבות האסון, זיהוי של 83% מקורבנות התאונה, למרות תנאי השטח הקשים והעובדה ששחפים אכלו חלקים מן הקורבנות.
בשנת 2006 העניקה ממשלת ניו זילנד מדליית שירות יוצא דופן לאנשי הצוות הניו זילנדים שעסקו במלאכת האיתור בארבוס. בשנת 2009 הוענקה המדליה אף לכ-40 אמריקנים שסייעו במאמצי האיתור, בטקס שנערך בוושינגטון די. סי..
חקירות התאונה.
אף שטיסה 901 התרסקה באחד מן האזורים המבודדים ביותר על פני כדור הארץ, אתר התאונה הכיל ראיות למכביר. הקופסאות השחורות במטוס, זו המכילה את הקלטת הקול וזו המכילה את רישום נתוני הטיסה, אותרו במצב טוב ופוענחו. קיים תיעוד צילומי נרחב של הטיסה עד לרגע התנגשות, כיוון שרבים מן הנוסעים צילמו במצלמותיהם מבעד לחלונות המטוס וניתן היה לפתח את סרט הצילום מרוב המצלמות שנמצאו.
דו"ח החקירה הרשמי.