בחודש אוקטובר של שנת 1891 (מֵייג'י 24) התרחשה רעידת אדמה חזקה, אשר פגעה בפרובינציות מינוֹ ואוֹוַארי, הממוקמות במישור נוֹבּי. רעידת אדמה זו פגעה קשות בצריח הדרום-מערבי, בצריח הטאמוֹן ובמבנים אחרים במבצר נגויה. בנייה מחדש ותיקונים שלו באו לאחר רעידת אדמה זו, אך לא הכל שוקם. ב-1893 (מֵייג'י 26), המבצר הועבר לידי המשרד הממשלתי למחלקת משק הבית הקיסרי. בחודש יוני של אותה שנה, שונה שמו של המבצר ל"ארמון המבודד של נגויה", או בשמו השני: "הוילה המלכותית של נגויה", והוא יועד למגורים מלכותיים רשמיים. במאי 20, שנת 1906 (מֵייג'י 39), המבצר נפתח ליום אחד עבור הקהל הרחב, לכבוד חגיגות בנייתם של 5000 מיילים של מסילת הרכבת הלאומית. במרץ 1910 (מֵייג'י 43), דולפיני ברונזה שהובאו מטירת אֶדוֹ - נוספו לגגות המצודה המשנית ולצריחי הפינה. בפברואר 1911 (מֵייג'י 44), השער הקודם של מבצר אֶדוֹ- שער האסוּאיקֶה - הועבר למבצר נגויה והותקן שם, על חורבות שער נישי-נוֹ-מארוּ-אֶנוֹקי, אשר כיום משמש כשער הכניסה הראשי למבצר עבור מבקרים ותיירים. ב-1923 (טַאישוֹ 12), תוקן הצריח הדרום-מערבי.
ב-11 בדצמבר 1930 (שוֹוָה 5), הבעלות על הטירה הועברה מהמשרד הממשלתי למחלקת משק הבית הקיסרי לעיר נגויה, בבטלה במעשה זה את היות המבצר וילה מלכותית. באותו חודש, 24 מבנים בשטח המבצר הפכו ראויים להיכלל ברשימת האוצרות הלאומיים. ב-11 בפברואר, שנת 1931 (שוֹוָה 6), נפתחה הטירה לביקורים תיירותיים לציבור הרחב. במהלך העשור שלאחר מכן, חווה המבצר פעילויות שימור והפך למושא לחקר ולחפירות ארכאולוגיות. כמו כן, תועד המבצר ונחקר באופן מדעי. במאי 1932 (שוֹוָה 7), בוצעו בשטח הטירה סקירה, בחינה ומדידה. ביולי אותה שנה, עץ אגוז המוסקט היפני בארמון נישי-נוֹ-מארוּ קובע כמונומנט לאומי. בחודש דצמבר של אותה שנה, המבצר ביסס את מעמדו כאתר היסטורי. בשנת 1936 (שוֹוָה 11), בית התה של סארוּמֶן הוכר כאוצר לאומי. בחודש יוני של שנת 1942 (שוֹוָה 17), חלק מציורי ארמון הוֹן-מארוּ הוכרו כאוצרות לאומיים. רוב דלתות ההזזה והציורים של הארמון אוחסנו במקום נסתר, כיוון שבמלחמת העולם השנייה, אדמות יפן היו תחת איום מתמיד.
במהלך מלחמת העולם השנייה שימש המבצר כמקום מושבה של מפקדת הצבא היפני במחוז טוֹקַאי, וכמשרד מנהלי של מחנה השבויים בנגויה. הפצצות נגויה, אשר בוצעו על ידי חיל האוויר של צבא ארצות הברית כחלק מכלל ההפצצות על יפן, גרמו את ההרס הרב ביותר למבצר אי פעם, לאורך כל שנות קיומו. בינואר 1945 (שוֹוָה 20), חרב בהפצצה בית התה של סארוּמֶן. ב-14 במאי של אותה שנה, המצודה הראשית, המצודה המשנית, דולפיני הזהב, ארמון הוֹן-מארוּ, הצריח הצפון-מזרחי ומבנים אחרים במבצר נהרסו לחלוטין בהפצצה. בחודש יוני של אותה שנה, כמה מן הציורים בארמון הוֹן-מארוּ אשר שרדו את ההפצצות הועברו למשמרת במקדש הַאי-הוֹ, הנמצא בעיר טוֹיוֹטָה הם הוחזרו למבצר נגויה רק לאחר תום המלחמה, במאי 1946 (שוֹוָה 21).
שאריות המבצר ששרדו את המלחמה, אשר הוגדרו לפני תחילתה כ"אוצרות לאומיים", בכללם הצריחים: הדרום-מערבי, הדרום-מזרחי, והצפון-מערבי; שער אוֹמוֹטֶה-ני-נוֹ-מוֹן; כמה מציורי ארמון הוֹן-מארוּ - כל אלו הוגדרו מחדש כנכסי צאן ברזל תרבותיים בידי הממשלה הלאומית היפנית. בשנת 1953, פורק הצריח הדרום-מזרחי לצורך תיקונו. גן הני-נוֹ-מארוּ הוכר כגן נוי. ביוני 1955 (שוֹוָה 30), רוב ציורי ארמון הוֹן-מארוּ הוכרו כנכסי צאן ברזל תרבותיים לאומיים, ושנה לאחר מכן- גם ציורי התקרה של הארמון. בשנת 1957 (שוֹוָה 32), החלה בנייה מחדש של מצודות המבצר. דולפיני הזהב של "הדור השני" ניצקו במִטבעת אוֹסַקָה והובלו למבצר. ב-3 באוקטובר 1959, בנייתם המחודשת של שתי מצודות המבצר - הראשית והמשנית - הושלמה, והמבנים נפתחו לקהל הרחב. בעשורים שלאחר מכן, ידע המבצר עבודות שיפוץ ותיקון נוספות. בחודש מרץ של שנת 1964 (שוֹוָה 39), הצריח הצפון-מערבי פורק לצורך תיקונים. בשנת 1967 (שוֹוָה 42) הני-נוֹ-מוֹן של שער הברזל המערבי פורק לצורך תיקונים. בשנת 1972 (שוֹוָה 47), חומות האבן בצד המערבי של שער הברזל המזרחי, השייכות לארמון "ני-נוֹ-מארוּ" - פורקו. הני-נוֹ-מוֹן, העשוי עץ, פורק, ומאוחר יותר נבנה מחדש בחלק של שער הני-נוֹ-מוֹן המזרחי של ארמון הוֹן-מארוּ.
המאה ה-21 ותוכניות עתידיות.
כהכנה עבור תערוכת 2005 Expo, נתווספו לוחות בשפה האנגלית עבור מרבית המיצגים, וסרט תלת-ממד המציג את ציורי ארמון הוֹן-מארוּ נוצר עבור המבקרים הרבים, אשר היו צפויים, על פי התחזיות, לבקר במקום. בנייה מחדש של ארמון הוֹן-מארוֻּ ההרוס החלה בשנת 2009. ראש העיר נגויה, טאקאשי קאווַמוּרָה, הכריז בשנת 2009, שעבודות השחזור תהוונה העתק מקורי ומדויק לחלוטין של מבנה המצודות הראשיות, אשר נהרסו במהלך מלחמת העולם השנייה, ומצודות אלו תבנינה מעץ, אשר ממנו היו בנויות לפני המלחמה. תקציב עבודות השחזור של המצודות הוערך במיליארדי יֶנים.
פריסה גאוגרפית של המבצר ואלמנטים ארכיטקטוניים.
מכלול מבני המבצר מורכב מחמש חומות היקפיות, אשר נחצות על ידי חפיר חיצוני ופנימי. כל חומה הקפית כזו מוגנת באמצעות קירות שבראשם צריחים, הממוקמים באופן אסטרטגי בכל אחת מארבע פינות המבצר. אופן הגישה והמעבר מחומה הקפית אחת למשנתה - נשלטו באמצעות שערים ממוגנים, אשר הגישה אליהם התאפשרה באמצעות גשרים. המבצר ואופן בנייתו הם דוגמה טובה ומובהקת לסוג זה של מבנים, הבנויים על קרקע שטוחה.
החומה ההקפית של ארמון הוֹן-מארוּ נמצאת במרכזו של המתחם, המכיל את המצודות הראשית והמשנית, נוסף על הארמון. החומה ההקפית של המצודה החיצונית פונה לכיוון מזרח, המצודה המערבית פונה לכיוון מערב, "המצודה הנכבדת" פונה לכיוון צפון-מערב, והמצודה השלישית - לכיוונים הכלליים של מזרח ודרום. פארק מֵיי-ג'וֹ של ימינו אלה, נחשב במקורו חלק מאדמות המבצר, ולא יחידה נפרדת ממנו, והוא פנה לכיוון צפון; במקורו נבנה כגן נוי, והכיל אגם גדול.
החומה ההקפית החיצונית יותר של הסאן-נוֹ-מארוּ נחצתה על ידי שני חפירים, והקיפה את החומות ההקפיות של המבצר הפנימי ממזרח ומדרום. מקדשים שונים ווילות, נוסף על מבנים מנהליים, נבנו בשטחו של הסאן-נוֹ-מארוּ: בצידו המזרחי, תשתיות האבן הנרחבות של שערו המזרחי- עודן נראות לעין; בחלקה הפנימי של החומה ההקפית נבנו שני מקדשי שינטוֹ: מקדש טוֹשוֹ-גוּ ומקדש טֶנוֹשָה, שבו שכנה, על פי אמונתה של דת זו, ה"אלוהות השומרת" של המבצר. לשני מקדשים אלו היה תפקיד משמעותי בקיום מצוות דת השינטוֹ. טקסים ופסטיבלים נערכו לכבודן של ה"רוחות הקדושות".
שני המקדשים הועתקו ממקומם בסוף המאה ה-19, במהלך תקופת מֵייג'י. אף לא אחד נוסף ממבני העץ המקוריים של הסאן-נוֹ-מארוּ, מלבד שני מקדשים אלו, שרד. למרות זאת, האזור עודנו משמש כמרכז המנהלי של העיר נגויה ומחוז אַייצ'י, וכולל את בניין עיריית נגויה, המשרד הממשלתי של מחוז אַייצ'י ומבנים ומשרדים מנהלתיים נוספים הממוקמים שם. כבישים כגון סוֹטוֹבּוֹרי-דוֹרי (כביש החפיר החיצוני) ואזור מארוּ-נוֹ-אוּצ'י- תחילתם במבצר.
מבצר נגויה כולל מספר לא מבוטל של אלמנטים ארכיטקטוניים, המשותפים לכלל המבצרים בכל רחבי יפן.
נישי-נוֹ-מארוּ - המצודה המערבית.
השער הראשי: שער נישי-נוֹ-מארוּ-אֶנוֹקידָה.
שער נישי-נוֹ-מארוּ-אֶנוֹקידָה משמש כיום ככניסה הראשית למבצר נגויה. השער המקורי חרב בהפצצות על המבצר ושוחזר יחד עם המצודה הראשית, ב-1959.
עץ אגוז המוסקט.
עץ אגוז מוסקט עתיק מתנשא סמוך לשער נישי-נוֹ-מארוּ-אֵנוֹקידָה, ונוטה לכיוון צפון. גובהו עומד על כששה-עשר מטרים, כאשר שורשיו הם בעלי אחיזה איתנה בקרקע, ועומקם מגיע לכשמונה מטרים. עץ עתיק זה קיים כבר למעלה משש מאות שנים, כאשר ישנן עדויות על כך, עת המבצר המקורי נבנה. עץ זה מהווה מונומנט טבעי יחיד בנגויה, המוכר על ידי ממשלת יפן. העץ הצליח להשתקם, אף על פי שניזוק, יחד עם כל המבצר בהפצצות. ישנה אגדה אורבנית, לפיה טוֹקוּגַאווה יוֹשינָאוֹ, הפיאודל הראשון בפרובינציית אוֹוַארי, עיטר את מגש ארוחת הצהריים שלו עם אגוזי מוסקט אשר לוקטו מהעץ, לפני לכתו לקרב באוסקה, וכן במועד מאוחר יותר, בחגיגות השנה החדשה.
השער הקדמי הראשון.
השער הקדמי הראשון חרב במהלך מלחמת העולם השנייה. ככלל, השער הקדמי הראשון, יחד עם השער הקדמי השני, יצרו תבנית חומות ריבועית, וכללו גם שער צדדי קטן יותר, אשר גגו היה משולש ומכוסה רעפים. קטע החומה הנמצא מתחת לחלקו הקדמי של השער, צופה רעפי עץ, והשער עצמו צופה ברזל. המבצר נבנה כך, שבמקרה של מתקפה עליו, סלעים יכלו להיזרק מהקומה השנייה שלו, באמצעות מכונה להשלכת סלעים אשר הייתה מוצבת שם. הדלת הניצבת בקדמת השער הקטן יותר- בוצרה באמצעות סורגים שהורכבו עליה.
חפיר אוֹטֶה אוּמָה-דאשי.
חפיר אוֹטֶה-אוּמָה-דאשי (חפיר השער הקדמי של המבצר) שימש בעברו חומת הגנה, המקדימה את השער הקדמי השני, בחלקה הקדמי של חומת המבצר. חפיר זה שימש בעבר כאמצעי הגנה על השער הקדמי השני, ועל הנישי-נוֹ-מארוּ. בעקבות ההחלטה להכיר במבצר כנכס צאן ברזל מלכותי, מולא החפיר ונסתם, בין השנים 1893 ו-1930, זאת, כיוון שהחפיר שיבש את התנועה במקום. כיום, עם הפיכתו של מבצר נגויה ליעד תיירותי, החפיר מרוקן וניתן לצעוד בו.
ארמון הוֹן-מארוּ.