ב-9 במרץ 1871 ההפלגה נמשכה. ב-1 באפריל נכנסה ה"ויטיאז" למצר מגלן. שלושה ימים לאחר מכן הם הגיעו לפונטה ארנס שבדרום צ'ילה. אף על פי שהמעבר החד מהאזור הטרופי של ברזיל לקור של פטגוניה פגע בבריאותו, המשיך ניקולאי בחקר הפטגונים ושרטוטם. ב-11 באפריל המשיכה ה״ויטאז״ בדרכה וב-16 באפריל היא נכנסה לאוקיינוס השקט ופנתה צפונה לאורך חופי צ'ילה. בתחילת מאי הגיע הצוות לוולפראיסו, שם המתין המפקד נזימוב במשך חודש להוראות מסנקט פטרבורג. חלקן נגעו לניקולאי, שביקש שהקורבטה תיכנס לאוסטרליה לפני העגינה בגינאה החדשה. כדי לחקור את האינדיאנים, נסע המדען לטלקוואנו , שם רכש מראש הכלא המקומי יותר ממאתיים מסמכי אסירים עם צילומים ותיאור הפשעים: הוא האמין שיוכל לקשר בין האופי לצורת הגולגולת. גם חומרים אלה לא התגלו עד היום.
בסוף מאי התקבל אישור מסנקט פטרבורג להיכנס לגינאה החדשה, אך איסור לבקר באוסטרליה. זה הציב את ניקולאי במצב לא נוח: הוא העביר את הכסף שהתקבל מהחברה הגאוגרפית הרוסית לבנקים בסידני ומלבורן, ובנוסף קיווה לרכוש סחורות עבור סחר חליפין ולהעסיק שני משרתים. כעת נותר לעשות זאת באיי האוקיינוס השקט.
האוניה עזבה את יבשת אמריקה, וב־24 ביוני התקרבה לאי הפסחא. נזימוב ביקר את ז'אן דיטרו-בורנייה, ששכר את האי מממשלת צ'ילה כדי לגדל שם כבשים. לאחר שהתרשם מממדי האסון שפקד את האי מאז 1862 (כמעט כל הגברים הילידים נמכרו לעבדות בפרו, חלק מהשורדים מתו ממגפה, ודיטרו-בורנייה שאף להפוך את האי לאזור מרעה), נזימוב סירב לעגינה וכעבור יומיים המשיך לאי פיטקרן, שבו ניקולאי לא ירד מהאוניה בשל מחלה. הקורבטה הגיעה ב-8 ביולי לאי מנגארווה , ומקלאי החולה ירד אל החוף למשך ארבעה ימים. שם הוא תיקשר עם הילידים, כולל גולים מאי הפסחא, קנה גרזן אבן, תוף ומזבח.
ב-21 ביולי הגיע הצוות לטהיטי וניקולאי שכר בית בפפאטה. על פי יומנו, הוא ביקר את הבישוף הקתולי ז׳וסאן והמלכה פומארה הרביעית , התוודע לחיים במטעים ונכח בקבלת פנים לכבוד המלחים הזרים. אחד המטעים היה שייך לסקוטי בשם ויליאם סטיוארט. ניקולאי חקר את העובדים שהובאו מאיים שונים והתיידד עם סטיוארט. סטיוארט מכר את תוצרתו לאוסטרליה, ולכן יכול היה לספק את המוצרים והסחורות הדרושים תמורת אשראי של סידני. ניקולאי רכש סכינים, מחטים וסבון בסכום כולל של כ-300 דולר. רושם מיוחד עשו על ניקולאי הריקודים הארוטיים. במקביל הוא קיבל לוחית רונגו-רונגו במתנה מהבישוף ז'וסאן, וכנראה קנה אחת נוספת מיליד אי הפסחא שעבר לטהיטי או למנגארווה. הלוחיות נשמרות כעת במוזיאון האנתרופולוגיה והאתנוגרפיה של אקדמיית המדעים הרוסית על שם פטר הגדול.
ב־11 באוגוסט הגיעה ה״ויטיאז״ לאפיה שבאיי סמואה. זו הייתה הנקודה האחרונה בה ניקולאי היה יכול להצטייד באספקה ולהעסיק משרתים. הוא נפגש עם תאודור וובר, הקונסול הגרמני בסמואה. מכתב גלוי של ממשלת גרמניה שהורה לספק לניקולאי שירותים ללא תמורה עשה את הרושם הדרוש, וובר השיג לו שני משרתים: הספן השוודי אולסן וצעיר מהאי ניואה, שכונה ״בוי״. בסמואה התעניין המדען במיוחד במנהגים המיניים של האוכלוסייה המקומית. לאחר עצירות בדרך באיים רוטומה ואירלנד חדשה, ב-19 בספטמבר 1871 הגיעה הספינה לחוף הצפון-מזרחי של גינאה החדשה, ונכנסה למפרץ אצטרולב (Astrolabe Bay).
הביקור הראשון בחוף גינאה החדשה.
ב-20 בספטמבר 1871 עגנה הספינה כ־140 מטר מהחוף. עד מהרה הופיעו הפפואנים. הם התקבלו על סיפון הקורבטה בשלווה, אך המפקד נזימוב הורה על ירי הצדעה שהבהיל אותם. הפפואנים השליכו את המתנות ונסוגו בחופזה. ניקולאי ירד לחוף עם אולסון ובוי וסירב לשמירה. הוא ביקר בכפר שכל אוכלוסייתו ברחה לג'ונגל. האמיץ ביותר היה פפואני בשם טוי, שלימים היה המגשר של ניקולאי עם תושבי כפרי החוף. נזימוב הזהיר שלא יוכל לעגון ליותר משבוע. בעזרתו של טוי, ניקולאי מצא לשון יבשה קטנה בשם כף גרגאסי, שם הקימו צריף 7 על 14 רגל, מטבח וסוכה סמוכה בה השתכן וטוי. נזימוב התעקש למקש את הרחבה בגודל 70 × 70 מ', אולם קיים מידע סותר האם אכן נעשה שימוש במוקשים. ניקולאי לקח כאספקה שני קילוגרמים של אורז, שעועית צ'יליאנית, בשר מיובש ופחית שומן מאכל. נזימוב ניסה לשכנע אותו לקחת הקצבה יומית של הצוות - כלומר אספקה יומית של 300 איש, אך ניקולאי סירב לקחת אותה ללא תמורה. ב־27 בספטמבר עזבה האונייה את המפרץ.
החודש הראשון בגינאה החדשה היה מתוח. ניקולאי הגיע למסקנה שביקוריו מטרידים יותר מדי את תושבי האי והסתפק במגעים עם הילידים שביקרו אותו בכף גרגאסי. מכיוון שהוא לא ידע את השפה והמנהגים, העת הראשונה הייתה מוגבלת למחקרים מטאורולוגיים וזואו-בוטניים. כבר ב-11 באוקטובר הוא הוכה בעוויתות ראשונות של קדחת, והתקפים חוזרים ונשנים נמשכו לאורך כל שהותו במפרץ אצטרולב. גם המשרתים חלו ללא הרף, ומצבו של בוי היה רע במיוחד. ניקולאי איבחן בו גידול בבלוטות הלימפה במפשעה וניסה לרפאו. לאחר שגסס מספר שבועות, ב-13 בדצמבר נפטר הנער. אז נזכר ניקולאי בהבטחה שנתן לפרופ׳ הגנבאוור להשיג דוגמה לגרון של אדם שחור כולל הלשון וכל השרירים, והכין כזו למרות המצב המסוכן. בשל חוסר האמון של המקומיים, היה חשש שהמקומיים עלולים לראות את הנער כשגרונו שסוף ולחשוב שהוא נרצח. גופת הנער נקברה בים, כשניקולאי ואולסן נזהרים שלא לעורר תשומת לב.
עם הזמן התקבל ניקולאי בקרב המקומיים. ב-11 בינואר הוא קיבל את ההזמנה הראשונה לכפר בונגו. הוחלפו מתנות, אך הפפואנים עדיין הסתירו את נשיהם וילדיהם מניקולאי. בפברואר 1872 הצליח לרפא את טוי מפציעה קשה לאחר שנפצי בראשו מעץ שנפל. לאחר מכן התקבל בכפר, וטוי הציג בפניו את אשתו וילדיו. ההשקפה כאלו האירופאי הוא רוח רעה כבר התערערה משמעותית. שילובו הסמלי של האתנוגרף בחברה המקומית התרחש ב־2 במרץ בטקס לילי, בו השתתפו גברים משלושה כפרים - גומבו, גורנדו ובונגו. את הטקס האומנותי תיאר ביומנו:. לאחר מכן הוא היה יכול לבצע טיולים ארוכים בבטחה לאורך החוף ואפילו אל ההרים. עם זאת, מחסום השפה יצר קושי רב: בסוף שהותו הראשונה בגינאה החדשה ידע המדען כ-350 מילים בשפת בונגו , אך בסביבה דוברו לפחות 15 שפות. בירור מילים יומיומיות לעיתים לקח ניקולאי חודשים לגלות. את השטחים שנחקרו, חופי מפרץ אצטרולב וחלק מהחוף שממזרח לו עד כף הואון, כינה ניקולאי על שמו "חוף מיקלוחו-מקלאי". זאת ״בזכות האירופאי הראשון שהתיישב שם, חקר את החוף הזה והשיג תוצאות מדעיות״.
ב-19 בדצמבר 1872 נכנס קליפר קיטור רוסי בשם ״אזמרגד״ למפרץ אצטרולב. באותה תקופה ניקולאי נחשב למת, דבר שאף פורסם בעיתון ״ידיעות סנקט פטרבורג״ מ-6 ביולי. מצבו הבריאותי וחוסר היכולת לעבד כראוי חומרים מדעיים הניעו את ניקולאי לעזוב, לפחות זמנית, את גינאה החדשה. לאחר יומיים של פרידות בכפרי החוף, ניקולאי עלה על סיפון ה״אזמרגד״, אשר עם עלות השחר, 24 בדצמבר, הרימה עוגן ופנה לעבר איי מאלוקו.
המשך פעילותו באוקיינוס השקט.
ניקולאי נשאר עד 1882 בדרום מערב האוקיינוס השקט, וביצע מחקרים באיי מאלוקו, מלנזיה, גינאה החדשה ואוסטרליה. באוסטרליה הוא ניהל מאבק פוליטי על מנת לאפשר למקומיים בגינאה החדשה שלטון עצמי ולהגן עליהם מהכובשים הלבנים. בשנת 1881 נודע בסידני כי בכפר קאלו שבחוף הדרום-מזרחי של גינאה החדשה נהרגו כמה מיסיונרים נוצרים. מפקד הצי הבריטי בדרום מערב האוקיינוס השקט, קומודור וילסון, החליט לבצע פעולת תגמול. בין השאר הוא רצה לשרוף את הכפר ולכרות מטעים. ניקולאי התעקש להיות נוכח במסע והצליח להציל את המקומיים מפעולה אלימה.
משפחתו.
סבו, איליה סטפנוביץ׳ מקלוחה, נולד בשנת 1791 והיה פקיד בכיר, אך על פי מסמכים לא היה בעל נדל״ן. בנו הבכור, היה אביו של מושא הערך ונקרא ניקולאי איליץ׳ מקלוחה. הוא נולד ב־24 באוקטובר 1818, התקבל למכון חיל המהנדסים, ולמד בו משנת 1837. בסיום הלימודים קיבל דרגה של מהנדס-סגן ונשלח לבניית תעלה המקשרת את הנהרות מוסקבה ווולגה. בדצמבר 1843 הועלה לדרגת מהנדס-סרן ומונה לסלילת מסילת הרכבת ניקולייב. ב-14 אפריל 1844 התחתן ניקולאי עם יקטרינה סמיונובנה בקר, בתו של קולונל בקר, גיבור המלחמה הפטריוטית של 1812. החתן היה בן 25 והכלה בת 17. הזוג הטרי נסע למקום השירות - הכפר יאזיקובו, תת-מחוז בורוביצ׳י, מחוז נובגורוד. ב־2 ביולי 1845 נולד הבכור לבני הזוג - סרגיי (נפטר בשנת 1895). ב־17 ביולי 1846 נולד בנם השני, ניקולאי. בתם אולגה נולדה ב-1849 (נפטרה ב-1880).
בעת היותו באוסטרליה מיקלוחו-מקלאי הכיר את אשתו לעתיד, מרגרט רוברטסון-קלארק. לזוג נולדו שני ילדים - אלכסנדר וולדימיר.
שם המשפחה הכפול והזהות הלאומית.
לטענת ד. טומרקין, שם המשפחה הכפול ("Miklouho-Maclay") הופיע לראשונה בחתימה לכתבה משנת 1868 בגרמנית; זה היה הפרסום המדעי הראשון של ניקולאי. כבר לאחר פרסום הביוגרפיה שנכתבה על ידי טומרקין, מחקרים של מסמכי ארכיון הראו כי החלק השני של שם המשפחה הופיע ארבע שנים קודם לכן. החוקר בלקוב גילה כי באחת המחברות משנת 1882 הייתה מודבקת פיסת נייר מלבנית חתוכה יפה עם הכיתוב: „"N. Von Maclay Stud. philоs. Heidelberg. 1864"“. נראה שמיקלוחו-מקלאי אימץ את השם הסקוטי כאשר הופיע לראשונה באוניברסיטת היידלברג בשנת 1864, תוך שהוא לא ממש דואג לאזכור השם "מיקלוחה". הוא השתמש גם בשם "N. von Maclay" בפרסומיו המוקדמים. הפרסום הראשון של מיקלוחו-מקלאי בנושא אתנוגרפיה, המאמר "על ה-Rokau-rogo-rogo או לוחיות העץ של רפנואי", חתום בשם זה.
פרננדו בלאונדה
ז'ובנל מואיז