קבלת האזרחות הצרפתית הטיבה עם יהודי אלג'יריה מבחינות רבות בתחום הכלכלי והפוליטי. באופן הדרגתי הוסרו אפליות שונות שהיו נהוגות כנגד יהודים, ובשנת 1876 הורשו גם להתגייס לצבא הצרפתי. אולם השיפור במעמדם הפוליטי והמשפטי גרם להחמרה בהסתה כנגדם מצד המתיישבים האירופאים, שגברה במיוחד בכל הקשור להשתתפותם בבחירות המקומיות. בערים מסוימות היהודים היוו אחוז ניכר מהאוכלוסייה ויכלו בהצבעתם להטות את תוצאות הבחירות. גורמים אנטישמיים בקרב המתיישבים האירופאים ניצלו זאת כדי להאשים את היהודים בהאשמות שונות כגון מכירת קולותיהם. מספר מפלגות אנטישמיות הובילו קמפיינים אנטי-יהודיים ותעמולה אנטישמית הופצה מעל עיתונים ועלונים. "ליגה אנטי יהודית" הוקמה באלג'יריה, ופרעות אנטישמיות פרצו בתלמסאן (1881, 1883) ובאלג'יר (1884, 1885). אחת הדרישות העיקריות של המתיישבים הרדיקלים הייתה לבטל את פקודת כרמיה ואת אזרחותם של יהודי אלג'יריה, ולבודד את היהודים מהחברה הקולוניאלית. פרשת דרייפוס שהתרחשה בצרפת עודדה אנטישמיות בקרב המתיישבים באלג'יריה עוד יותר מבעבר, וב-1896 מפלגות עם אידאולוגיות אנטישמיות זכו בבחירות בקונסטנטין ואוראן. בשנת 1897 מהומות אנטישמיות נוספות פרצו במוסטגנם ואוראן - הפורעים היו בעיקר ספרדים ומוסלמים מקומיים, אך רבים מהם גויסו על ידי מתיישבים צרפתיים. גם בינואר 1898 נערך פוגרום על רקע אנטישמי נגד יהודים באלג'יריה.
למרות המגמות האנטישמיות שפשטו בקרב המתיישבים הצרפתים, התערו יהודי אלג'יריה לאורך השנים בתרבות הצרפתית ואימצו את הצרפתית כשפת אמם (על פני הערבית היהודית, שפתם המדוברת עד אותה תקופה). היה זה תהליך הדרגתי, וערבית יהודית המשיכה לשמש כשפת יהודי אלג'יריה ושפת חלק מהיצירה התרבותית לצד צרפתית. כך למשל בסוף המאה ה-19 החלה יצירה מודרנית בערבית יהודית באלג'יריה, עם משכילים כגון שלום בכ'אש, יצחק מרעלי ויעקב סופר שפרסמו עיתונות, וספרות יפה מקורית או מתורגמת באלג'יר ואוראן. עם זאת ככל שעברו השנים מעמדה של ערבית יהודית פחת ומעמדה של הצרפתית עלה.
ההתערות בתרבות הצרפתית באה לידי ביטוי גם בתחילתה של יצירת ספרות יפה ושירה בצרפתית בידי משוררים וסופרים יהודים-אלג'יראים. מספר נשים התבלטו בתחום זה בתחילת המאה ה-20, ובהן אליסה ראיס, ברת בנישו-אבולקר ובלאנש בן דהאן.
עם התפתחות מערכת ההשכלה הגבוהה באלג'יריה בהכוונת צרפת בראשית המאה ה-20, נהפכו היהודים לבעלי ייצוג לא-פרופורציונלי בקרב בעלי המקצועות החופשיים; נכון לשנת 1941 היהודים היוו כשני אחוזים מאוכלוסיית אלג'יריה, אך למעלה מ-37 אחוז מהסטודנטים לרפואה, 24 אחוז מהסטודנטים למשפטים, 16 אחוז מהסטודנטים למדעים ו-10 אחוז מהסטודנטים לאמנויות.היהודים תחילה התקשו להתחבר לסביבה, לארץ השולטת ותפיסתה בנוגע לכלכלת המדינה, אך לאחר תקופת הסתגלות הם התחברו אליה והחלו לעבוד בה ולגרום לה לעבוד כרצונם - עם הזמן הם החלו להבין שהם יכולים להגיע גבוה יותר ולכן השתלבו עם הממשלה והשלטונות.
בשנת 1905 הפרידה צרפת בין דת למדינה ויהודי אלג'יר עמדו בפני דילמה. הכפיפות למערכת הקונסיסטואר הצרפתי הותלה עליהם באורח טבעי במרוצת שני הדורות שקדמו לכך מבלי שיהודי אלג'יר נשאלו על דעתם בעניין. אמנם הם לא הביעו התנגדות אך ייתכן כי שתיקתם הוכתבה על ידי רצונם לחמוק ככל האפשר מהתנגשות עם הרשויות הצרפתיות. גורמים מסוימים ברבנות המקומית המכונים 'ילידית' סבלו מכפיפותם לרבנים המעטים שהובאו מצרפת אך נזהרו שלא לצאת חוצץ נגדם. בשלב זה הוצגה בפניהם אפשרות להשתחרר. הדילמה הייתה: האם לנסות ולהשיב את השיטה הקודמת או להישאר נאמנים לשיטת הקונסיסטואר, שפירושו קיום הקהילות המאוחדות במישור המקומי. אף על פי שהשיטה לא נעמה לרוחם, הם החליטו להישאר עם שיטת הקונסיסטואר שתתאים את עצמה לנסיבות החדשות. השיטה כבשה את יהודי אלג'יר והיא נשארה שנים רבות עד שלאט לאט נעלמה.
מובן כי יהדות אלג'יר איבדה במהלך שנות השלטון הצרפתי חלק לא מבוטל מייחודה הדתי. העשורים האחרונים בעיקר נוטים להאשים בעניין זה את יהדות צרפת והרבנים שהגיעו משם. והשאלה הגדולה היא האם מה שהתרחש בתחום זה באלג'יריה היה שונה בעיקרו ממה שהתרחש באירופה
בתקופת מלחמת העולם הראשונה יהודים רבים מאלג'יריה נלחמו בשורות הצבא הצרפתי, ולמעלה מ-2,000 מהם מצאו את מותם בקרב.
בין שתי מלחמות העולם המשיכו להידרדר היחסים שבין היהודים למוסלמים באלג'יריה מסיבות כמו: התבוללות מואצת של היהודים בתרבות הצרפתית והשכחה של השפה הערבית והתחזקות התעמולה הנאצית.
תחילה האוכלוסייה המוסלמית באלג'יריה נמנעה מלהשתתף בתנועה האנטי יהודית וזאת בניגוד לתקוות המסיתים הצרפתים, הימנעות זו הפריכה את הטענה כי המוסלמים שונאים יהודים זאת מכיוון שלפני השתלטות הצרפתים היחסים בין הצדדים היו יחסים קרובים וטובים, חיי שותפות, ללא הבדלי דת. חופש פולחן התאפשר באלג'יר לכל הדתות, יהודים ומוסלמים חיו זה לצד זה. לבסוף הצליחו הצרפתים האלג'יראים להפנות נגד היהודים את התמרמרות המוסלמים שהייתה קיימת נגד השלטון הצרפתי ונגד המתיישבים שניצלו את המוסלמים והביאו אותם למצב כלכלי וחברתי ירוד. קנאתם ביהודים סייעה למוסלמים בקונסטאנטין (עיירה בצפון מזרח אלג'יר) להיכנע להסתה.
דוגמה יפה של יחסים טובים בין יהודים למוסלמים באה לידי ביטוי בפרשת המנהיג הרוחני המוסלמי- השייח טייב אל עוקבי אשר המנהל הצרפתי פעל נגדו. אל עוקבי עשה רבות למען הבנה בין המוסלמים ליהודים. באוקטובר 1936 הוא נאשם בסיוע לרצח המופתי (איש דת מוסלמי) של אלג'יר והוא נעצר. אורגן מסע למען שחרורו בהשתתפותם הפעילה של מנהיגים יהודיים. השייח זוכה מאשמה וכמה חודשים לאחר מכן נוסד באלג'יר "האיחוד של המאמינים המונותיאיסטים" אשר מטרתו היה לטפח ולקרב את היחסים בין הדתות באלג'יר.
באוגוסט 1934 פרצו בעיר קונסטנטין מהומות אנטי-יהודיות קשות, בהן נהרגו עשרות יהודים ועשרות חנויות ובתים יהודים נשרפו ונבזזו. הסיבה המידית לפרוץ הפרעות הייתה האשמה שיהודי העליב את דת האסלאם, אך יש שרואים בהן תוצאה של השפעת התעמולה הפשיסטית על האוכלוסייה המוסלמית במדינה. בעקבות הפרעות נולדו אגודות שונות לדיאלוג בין דתי, שבראשם עמדו אינטלקטואלים יהודים-אלג'יראים כגון הפילוסוף ריימון בנישו ופרופ' אנרי אבולקר, שפעלו לאחות קרעים בין יהודים, מוסלמים ונוצרים באלג'יריה הצרפתית.
יחס השלטון הכובש כלפי הקהילות היהודיות.
באותה תקופה שצרפת שלטה באלג'יריה הממשל זרע פחד ושנאה כלפי קבוצות שונות באוכלוסייה. הייתה רדיפת יהודים על ידי התושבים המקומיים שנמשכה לאורך כל התקופה, השנאה כלפי היהודים והאנטישמיות רק גברה. הדבר הושפע מהיחס כלפיהם באירופה בזמן משפט דרייפוס, והאנטישמיות במזרח אירופה שנקראה "סופות בנגב". (בנוסף, במרץ 1897 החל גל פרעות במחוז מוסטאגנם – יהודים הוכו וחנויותיהם נשדדו ובתי כנסת נהרסו).
כאשר צרפת השתלטה על אלג'יריה, השלטון גרם לשנאה כלפי הקהילות היהודיות ובודד אותם מכלל החברה, מכיוון שהוא העניק להם יחס מועדף; התושבים המקומיים נדחקו לפינה והרגישו פחות מועדפים על השלטון, ולכן התנכלו לאזרחים היהודים ופגעו בהם. העיתונות הצרפתית קראה למיגור השנאה כלפי היהודים והוקיעה את המסיתים לרצח. המשכילים היהודים נטמעו יותר בחברה וקראו לכל הקהילות היהודיות ללכת בדרכם, וכך למלא את חובותיהם כאזרחים צרפתיים קודם לכן ואז להמשיך עם בדלנות הקהילות. יהודי אלג'ריה תמכו בשלטון הצרפתי, הואיל והוא הכיר בקהילות ותמך בהם, ואף נתן להם שוויון זכויות. בעקבות היחס הטוב ליהודים מצד השלטון, השלטון הצרפתי נתן ל-35,000 יהודי אלג'יריה אזרחות צרפתית ב"צו כרמיה".
הקהילות היהודיות התמודדו עם שאלה - האם יש לשאוף לשוויון מדיני ואי אפליה בציבור או להפך, להיבדל מהציבור הרחב ולקבל אוטונומיה חלקית.
ב-21 ביוני 1831 הקהילות היהודיות קיבלו מהממשל הצרפתי הכרה ב"ראש האומה העברית" – הגוף האוטונומי של הקהילות והתבדלו מהציבור הרחב. אך ב-10 באוגוסט 1834 נגרם צמצום האוטונומיה המשפטית של היהודים ובעקבות זאת הצטמצם תחום פעילות בתי הדין הרבניים וסמכותם הייתה רק בנוגע לנישואין וגירושין.
הצו גרם לקהילות היהודיות להתרחק מעט מהדת ומהבדלנות ולהשתלב בחברה הצרפתית כבעלי מעמד גבוה. בנוסף הצו גרם להגברת האנטישמיות מצד התושבים המקומיים, שיאה הגיע ב-1897 שברוב ערי המושבה היה פרעות כנגד היהודים שנגמרו בפגיעה חריפה בחיים וברכוש.
החינוך היהודי בתקופת הקולוניאליזם הצרפתי.