ניסיון של קפטן פטימורה האינדונזי, ששירת את הבריטים ושוחרר לפני נסיגתם, למרוד בהולנדים באיי התבלינים בשנים 1816–1817 נכשל לאחר מלחמה. הוא נעצר ב-11 בנובמבר 1817 ונתלה עם חבריו מול מבצר באמבון ב-16 בדצמבר 1817. שנים רבות לאחר מותו הכריזה עליו ממשלת אינדונזיה העצמאית כעל גיבור לאומי על פי חוק. זכרו הונצח על שטר כסף, ובשמם של אוניברסיטת פטימורה ושדה התעופה פטימורה, שניהם בעיר אמבון.
הסכם 1824 ותוצאותיו.
במסגרת הסכם שנחתם בין בריטניה להולנד ב-1824 הסכימה בריטניה לפנות את נחלותיה שמדרום לסינגפור שהיו בנגקולו בסומטרה ועוד מקום שמקומו אינו ברור, בתמורה לאזור מלאקה בחצי האי המלאי שנשלטה בידי ההולנדים. ההסכם בוצע ב-1825. הגבולות שנקבעו אז בין השטחים ההולנדים לבין השטחים הבריטים נותרו עד היום הגבולות בין אינדונזיה לבין מלזיה, במצר מלאקה.
מאז ייסודה של חברת הודו המזרחית ההולנדית במאה ה-17, הרחבת תחומי המושבה הייתה אינטרס עסקי. תקופת שלטונו של המושל הכללי יוהנס ואן דן בוס בשנים 1830–1835 עמדה בסימן של העדפת הרווחיות העסקית כמדיניות רשמית ותשומת הלב נתנה בעיקר לג'אווה, לסומטרה ולבנגקא. אף על פי כן, החל משנת 1840 לערך, תנועת ההתפשטות הלאומית ההולנדית הובילה סדרה של מלחמות להרחיב ולייצב את השליטה בנחלות באיים נוספים. המניעים למהלכים אלו כללו את הרצון להגן על אזורים שכבר היו בשליטה הולנדית, רצונם של פקידים רשמיים לזכות בתהילה ובקידום וביסוס התביעות ההולנדיות בכל רחבי הארכיפלג כדי למנוע את מעורבותן של מעצמות אירופאיות אחרות בתקופת האימפריאליזם המודרני. ניצולם של המשאבים האינדונזיים חרגה מעבר לתחום של ג'אווה ורוב רובם של האיים האחרים עבר לשליטה ישירה של ממשלת הולנד או להשפעתה.
במלחמת פדרי, שהתנהלה בשנים 1821–1838, הכניעו ההולנדים את עם המיננגקבאו שבסומטרה ובמלחמת ג'אווה, שהתנהלה בשנים 1825–1830, שמה קץ להתנגדות ג'אוונית משמעותית. מלחמת בנג'רמסין, שהתנהלה בשנים 1859–1863 בדרום-מזרח קלימנטן, הסתיימה בתבוסתו של הסולטן. לאחר כישלונן של משלחות כיבוש להשיג את השליטה בבאלי בשנים 1846 ו-1848, הצליחו ההולנדים להשיג את השליטה על צפון האי ב-1849. המערכה הצבאית הממושכת ביותר הייתה מלחמת אצ'ה, שהחלה בפלישה ההולנדית לאי ב-1873, נתקלה בהתנגדותם של לוחמי גרילה מקומיים, והסתיימה בכניעתם של המקומיים ב-1918. מהומות המשיכו להתפרץ הן בג'אווה והן בסומטרה בהמשך המאה ה-19. עם זאת, ב-1894 עבר האי לומבוק לשליטה הולנדית וההתנגדות של עם הבטאק בצפון סומטרה נפסקה ב-1895, לאחר 23 שנות מלחמה מאז 1872. לקראת סוף המאה ה-19 השתנה מאזן הכוחות הצבאי עם התרחבות הפער הטכנולוגי בין הולנד התעשייתית לבין המדינות העצמאיות המקומיות הקדם-תעשייתיות. המפקדים הצבאיים והפוליטיקאים ההולנדים האמינו שחובתם המוסרית היא לשחרר את העמים הילידיים האינדונזים מעולם של השליטים המקומיים שנחשבו מדכאים, נחשלים וחסרי כבוד כלפי החוק הבינלאומי.
אף על פי שפרצו מרידות של האינדונזים, התרחב השלטון הקולוניאלי הישיר בכל שטחי האיים בעשור הראשון של המאה ה-20 והשליטה נלקחה מידיהם של אחרוני השליטים המקומיים. דרום-מערב סולאווסי נכבש בשנים 1905–1906, באלי נכבש ב-1906 וב-1908, כפי שנכבשו הממלכות העצמאיות האחרונות במאלוקו, בסומטרה, בקלימנטן ובאיי סונדה. שליטים נוספים, כמו הסולטנים של טידורה במאלוקו, ובעל ה"ארמון הצהוב" בסומבאווה בסר וסולטאני "בימה" במזרח האי סומבאווה, שתפו פעולה עם הולנד ובכך חסכו מעצמם את הכיבוש הצבאי ההולנדי והתאפשר להם לנהל משא ומתן לתנאים טובים יותר תחת השלטון הקולוניאלי. כמוהם עשו סולטאני יוגיאקרטה אחרי כניעתו של דיפונגורו בשנת 1830. ב-1886 קיבל סולטאן דלי בעיר מדן את שלטונם של ההולנדים, ובתמורה הם בנו לו ארמון בעיר, "איסטנה מאימון". ב-1920 עבר חצי האי ראש הציפור שבמערב גינאה החדשה לשליטה הולנדית בפועל, אחרי שנתבע האזור על ידי ההולנדים מאז שנת 1828. שלב אחרון זה בהשתלטות ההולנדית על חלק זה של העולם קבע את גבולותיה של אינדונזיה של ימינו.
הסכמי הגבול בגינאה החדשה, קלימנטן, סבאטיק וטימור.
הגבול בין טימור המזרחית בשלטון פורטוגל לחלק שהיה בשלטון הולנד נקבע לראשונה ב-1859, אך נותר בעייתי גם ב-1914 ונקבע סופית ב-1915.
הגבול בין החכירה הבריטית בצפון בורנאו לבין שטחי שלטון הולנד באי קלימנטן נקבע בשנת 1891 על קו פרשת המים ברכס הרים ומגיע עד החוף בקו רוחב צפוני 4 מעלות ו-10 דקות, ומשם הוא חוצה את האי סבאטיק בסביבות 4 מעלות ו- 11 דקות. קו הגבול הימי ממשיך עד ליגה אחת ממזרח לסבאטיק והמשכו בלתי תחום עד היום, גם הגבול בין סראוואק שהייתה אז עצמאית לשטחי שלטון הולנד עמד על קו פרשת המים בהמשך אותו רכס המגיע עד צפון בורנאו.
הגבול המזרחי של גינאה החדשה ההולנדית נקבע תחילה, בשנת 1885, על קו האורך 141 מזרח לרוחב כל האי, בין השטח ההולנדי במערב לשטח הגרמני אז בצפון-מזרח, ושטחה של פפואה הבריטית בדרום-מזרח. בשנת 1895 נתגלה שנהר "פליי" עובר בגזרה של כ-80 ק"מ עד כ-6 דקות ממערב לקו זה לפני שהוא פונה שוב מזרחה משם. מכיוון שהבריטים רצו זכות שיט בכל הנהר, הם פנו אל ההולנדים בבקשה לשנות את ההסכם. לפי הסכם מתוקן מ-16 במאי 1895 הגבול הבריטי נמשך מערבה לאורך כל עיקול הנהר, וההולנדים פוצו בכך שקו הגבול מדרום לעיקול הנהר הוזז מזרחה לקו אורך 141 מעלות, דקה אחת ו-10 שניות מזרח עד לחופו הדרומי של האי גינאה החדשה, וניתנה לכלי השיט ההולנדיים זכות הפלגה מעיקול הנהר בגבול במורד הנהר בתחום פפואה גינאה החדשה של היום עד לשפכו. הגבולות מצפון לנהר עם שטחי שלטון בריטניה וגרמניה נותרו כמו שהיו ב-1885. בפועל, נאלצה הולנד לעמול כדי למנוע מהגרמנים להפר את ההסכם משנת 1885 בגלל הרגל הגרמנים לעשות כרצונם בסביבות המקום שנקרא היום "מפרץ יוס סודארסו" בתוך מערב גינאה החדשה, לצורך זה ייסדו שם ההולנדים את העיר "הולנדיה" (ג'איאפורה המודרנית) ב-7 במרץ 1910, וייעדו אותה להיות מרכז שלטוני אזורי.
מלחמת העולם השנייה והעצמאות.
ב-15 במאי 1940 נכנעה הולנד לגרמניה הנאצית. המשפחה המלכותית נמלטה לגלות בבריטניה. גרמניה ויפן היו בעלות ברית. ב-27 בספטמבר 1940 חתמו גרמניה, הונגריה, איטליה ויפן על הסכם שהתווה את תחומי ההשפעה שלהם. איי הודו המזרחיים ההולנדיים נכללו בתחום ההשפעה של היפנים.
הולנד, בריטניה וארצות הברית ניסו להגן על המושבה מפני היפנים כאשר אלה האחרונים התקדמו דרומה במסעות כיבושיהם בסוף שנת 1941 מתוך כוונה להשיג שליטה על הנפט ההולנדי. ב-11 בדצמבר 1941 החלו היפנים לכבוש באמצעות צנחנים שדות תעופה במושבה, גם אלה המרוחקים זה מזה הותקפו לעיתים בו-זמנית. ב-10 בינואר 1942, במהלך קרב איי הודו המזרחיים, פלשו הכוחות היפנים לאיי הודו המזרחיים ההולנדיים כחלק מהמערכה באסיה ובאוקיינוס השקט. מטעי הגומי ושדות הנפט של המושבה נחשבו כחיוניים למאמץ המלחמתי היפני. עד מהרה הוכנעו כוחות בעלות הברית על ידי היפנים, וב-8 במרץ 1942 נכנע צבא איי הודו המזרחיים ההולנדיים המלכותי בג'אווה. הכיבוש באי ג'אווה הושלם ב-10 במרץ 1942, ועד אוגוסט 1942 השלימו היפנים את כיבושה של כל המושבה כמעט. האזור היחיד שלא נפל בידיהם היה אזור מראוקה במערב גינאה החדשה.
כשהם שואבים עידוד מתעמולת המלחמה היפנית ומתנועת ההתעוררות הלאומית האינדונזית, קידמו רוב עמי המושבה בברכה את הכובשים היפנים כמשחררים מעול האימפריה הקולוניאלית ההולנדית, אך רגשות אלו השתנו עד מהרה כאשר התברר ששלטון הכיבוש היפני היה יותר מדכא והרסני בהשוואה לממשל הקולוניאלי ההולנדי. הכיבוש היפני הוביל לנפילתו הסופית של הממשל הקולוניאלי ההולנדי באיים, שכן היפנים חיסלו ככל יכולתם את רוב רובו של מבנה הממשל ההולנדי והחליפו אותו בממשל מטעמם. אף על פי שעמדות השלטון העיקריות הוחזקו על ידי היפנים, משמעות מעצרם של כל האזרחים ההולנדים תושבי המושבה הייתה שתפקידי ממשל ומנהל רבים עברו לידי התושבים המקומיים. בניגוד לגישת הדיכוי של הלאומיות האינדונזית על ידי ההולנדים, התירו היפנים למנהיגים מקומיים ליצור קשרי שלטון עם ההמונים ומהלך זה היווה כר להכשרת הדור הצעיר של המנהיגים.
על פי דיווח של האו"ם, מתו באינדונזיה ארבעה מיליון איש כתוצאה מפעולות משטר הכיבוש היפני. לאחר כניעת היפנים באוגוסט 1945, הכריזו המנהיגים הלאומיים, סוקרנו ומוחמד האתא, ביום ששי 17 באוגוסט 1945, על עצמאותה של אינדונזיה. לאחר מכן התנהל מאבק שנמשך ארבע וחצי שנים בו ניסו ההולנדים לחדש את ימיה של המושבה. אף על פי שכוחות הצבא ההולנדי הצליחו להשיג שליטה על רוב שטחה של אינדונזיה, פרצה מלחמת גרילה ורוב האינדונזים ובסופו של דבר רוב דעת הקהל העולמית העדיפו שאינדונזיה תקבל את עצמאותה. ב-27 בדצמבר 1949 הכירה הולנד באופן רשמי בריבונותה של אינדונזיה על שטחי האיים שבאסיה, למעט גינאה החדשה ההולנדית (מערב גינאה החדשה) שבאוקיאניה.
מבצע תריכורא.