במאות ה-4-5 היה אזור דאקיה נתון לפלישות תכופות של עמים נודדים. עמם נמנו הוויזיגותים, ההונים, האווארים, הסלאבים, הבולגרים, הפצ'נגים והקומנים. בקרב הוויזיגותים שהתנצרו עלתה השפעת הכפירה האריאנית שהתנגדה לנצרות ה"אורתודוקסית" ואף רדפה אותה.
ידוע על תאופיל, "בישוף של גותיה", ממוצא גותי, שפעל מצפון לדנובה, במחצית הראשונה של המאה ה-4. זיקתו במקור הייתה לקונסטנטינופול ובמשך הזמן בחר בכפירה האריאנית . הוא היה מורו של אולפילס, מתרגם כתבי הקודש לגותית.
פרט לתאופיל ייתכן שפעלו גם מצפון לדנובה "חוראפיסקופים" - "בישופים של כפרים" וממלאי מקום נוודים ("פריאודאוטס") שפעילותם נזקקה לאישורם של בישופים של אפרכיות או של בישופים "פריחורטים" (מיסיונרים).
אחת הדמויות הנוצריות החשובות שהוצאו להורג בגלל דתם באזור היה סאווה הגותי. הוא היה בן למשפחה גותית שהתיישבה באזור בוזאו שברומניה של ימינו, והוא הוכרז במאה ה-20 לקדוש מעונה של הכנסייה האורתודוקסית הרומנית. הוא עבר עינויים קשים וטוּבַּע למוות בנחל בוזאו בימי המלך אתאנריק בשנת 372.
הבישוף גרונטיוס של טומיס השתתף ב-381 בוועידה האקומנית הראשונה בקונסטנטינופול ותרם להפצת הנצרות והתפתחות הנזירות הנוצרית בדוברוג'ה.
פעלו אחריו בחבל דוברוג'ה הבישוף תאוטימוס, ששמו מוזכר על ידי הירונימוס הקדוש, סוזומנוס ואחרים.
בתחילת המאה ה-5 פעל שם גם גרמנוס האדוק, שמת ברומא. באזור זה נולד הקדוש יוחנן קסיאנוס שמת במסיליה (מרסיי של ימינו).
גם יוחנן קסיאנוס וגרמנוס הוכרו בשנות ה-90 של המאה ה-20 כקדושים של הכנסייה האורתודודקסית הרומנית.
הבישופים המקומיים בדוברוג'ה הוסמכו על ידי הבישופים מקונסטנטינופול. למשל, הבישוף תאוטימוס של טומיס הוסמך על ידי הקדוש יוחנן כריסוסטומוס. שפת הכנסייה גם במזרח הייתה עדיין הלטינית עד למאה ה-7, כשהוחלפה על ידי היוונית.
מדרום לדנובה (הפרובינקיה הרומית שנקראה באותה תקופה "דאקיה") נוצרים דוברי לטינית וסלאבים קיבלו שרות דתי בחסות הארכיבישופים מסירמיום, שהיו בפיקוחו של הבישוף מרומא - האפיפיור. אחרי חורבנה של סירמיום על ידי ההונים, עברה הארכיבישופות לסלוניקי. אחרי שנת 733 ארכיבישופות זו הפכה לבת חסות של הפטריארכיה בקונסטנטינופול.
התקופה הביזנטית 1300-451.
דמות כנסייתית נוספת שנולדה בדוברוג'ה וטבעה את חותמה בתולדות הנצרות היה דיוניסיוס אקסיגואוס שהמציא את שיטת ספירת השנים החל מלידתו של ישו, שהתקבלו בלוחות השנה של הנוצרים.
פלישות האווארים והסלאבים הרסו את הבישופות העתיקה של טומיס. ייתכן כי במקומה קם בצפון דוברוג'ה, אולי בדינגטיה - גרוואן, מרכז נוצרי חדש. שבו נתגלו כאמור כנסייה וחפצי פולחן נוצרי.
תגליות ארכאולוגיות מעידות על המשך חיי הדת הנוצרית גם בסוף המחצית הראשונה של האלף הראשון ובאמצעו נמצאו שש כנסיות קטנות בנויות בסלע ביישוב בסאראב (Basarabi) שבמחוז קונסטנצה. ייתכן מאוד כי מדובר ביישוב מנזרי מן המאות 9-11, ולפי היסטוריונים אחדים - אולי אפילו מן המאה 4-12. יסודות של שתי כנסיות בצפון דוברוג'ה, אחת בניקוליצל (המאות 12-10), אחרת בגרוואן, דינוגטיה לשעבר, יוחסו לאותה תקופה. מסביב לשרידים בגרוואן נמצאו שרידי ציורים, חפצי פולחן נוצרי וקטעי פעמון שהוא העתיק ביותרשנמצא בשטח רומניה. צלבים ותבניות לייצור צלבים נמצאו באזורים שונים של רומניה, גם מעבר לנהר פרוט. יסודות כנסיות נמצאו גם בכפר דָבָּקָה (Dăbâca), כ-30 ק"מ צפונית-מערבית מקלוז' (המאות 11-10), ואחרים, מתחת לכנסיות קתוליות מאוחרות יותר באלבה יוליה ובפרז'מר במחוז בראשוב.
הקשר הבולגרי. הסלאבית הכנסייתית כשפה ליטורגית.
אחרי שנת 814 בעיקר מדרום לדנובה התחוללו רדיפות נגד הנוצרים מצד הסלאבים שעדיין היו פגנים.
אחרי התנצרות הצאר הבולגרי הראשון, בוריס, ב-864, במגע עם הכנסייה הבולגרית שהתארגנה בתמיכת הביזנטים, קרמה עור וגידים גם מצפון לדנובה כנסייה מסודרת וממושמעת יותר, בעלת צביון מזרחי, "אורתודוקסי". בדת ובמסורת שלה נשמרו גם אמונות ומנהגים בעלי אופי פגני עתיק.
במאות 11-14 מדרום לדנובה התקיימה כבר קודם לכן בישופות של ולאכים שאזור השפעתה כלל שטחים השייכים בימינו לבולגריה ולסרביה. בשנים 1186-1185 קמה בווליקו טרנובו שבבולגריה ארכיבישופות ולאכית-בולגרית במסגרת הקיסרות הוולאכית-בולגרית שבירתה בטרנובו.
הוולאכים, מדרום לדנובה, נקשרו מבחינה דתית למיטרופוליה של אוחריד, אחר כך לארכיבישופים של טרנובו ובשנים 1234-1393 לפטריארכיה בטרנובו.
ככל הנראה תחת שלטון הקיסרות הבולגרית שהתפשטה גם מצפון לדנובה, השפה הסלאבית הכנסייתית, הידועה גם כשפה הסלבונית הפכה לשפת הפולחן של הנצרות הרומנית מן המאה ה-10 ועד למאה ה-17.
ההשפעה היוונית והבולגרית על הנצרות באזור בולטת במונחים הרומנים לתפקידים ולהייררכיה הכנסייתית: mitropolit, (מטרופוליט, vlădică (בישוף - מ"וודליקה"- אדון, הסלבי), popă (כומר - מ"פאפאס" היווני, "פופ" הסלאבי), diacon דיאקון מיוונית, stareț (אב מנזר - מסלאבית - זקן), duhovnic (כומר מוודה - מסלאבית) וכו', גם מונחים הקשורים לעבודת הקודש - utrenie, (ערְבית) vecernie (שחרית), post (צום), blagoslovenie (ברכה) spovedanie (וידוי), prohod (תפילות הלווייה), sfeștanie (הקידוש הקטן של המים), nedeie (חגיגה עממית - מ"נדליה" - יום ראשון) וכו', הם ממקור סלאבי. מונחים הקשורים לבית התפילה (schit - מנזר קטן מבודד - מילה יוונית), strana ספסלים בכנסייה או חדר הזמרים בכנסייה), clopot (פעמון), hram (חג הפטרון של כנסייה) ומונחים תאולוגיים - Maica Preacistă (האם הטהורה), duh (רוח), rai (גן עדן), iad (גיהנום), ושמות רבים של חגים הם מרביתם ממקור סלאבי.
בטרנסילבניה במאות 11-14. ההגמוניה הרומית-קתולית.
כיבוש טרנסילבניה על ידי ההונגרים במאות 13-11 הביא להתחזקות הנצרות הרומית-קתולית שבשנת 1054 נפרדה מזו האורתודוקסית המזרחית. ברחבי טרנסילבניה קמו בישופויות קתוליות, כמו זו של מוריסנה (צ'נאד) (1038).
הנצרות האורתודוקסית שרדה, עם זאת. ב-1205 ציין האפיפיור אינוקנטיוס השלישי באיגרת אל הארכיבישוף ההונגרי של קאלוצ'ה את קיומה של בישופות אורתודוקסית "על אחוזות בני הקניאז באליה" - ייתכן בחבל ביהור או אולי באזור הונדוארה.
במאות 14-11 שרדו עדיין כמה מנזרים אורתודוקסים במוריסנה (בתחילת המאה -11), במסשן, בכפר מואיגרד-במחוז סלאז', בהודוש במחוז אראד, כמה כנסיות בנויות בסלע באזור סלאז' ובקאילה צ'יבולוי (קניון צ'יבו), במחוז אלבה.
בשנת 1204 הודיע המלך ההונגרי אימרה לאפיפיור אינוקנטיוס השלישי שכמה מהכנסיות היווניות בממלכתו מטות ליפול בגלל הזנחה של הבישופים והנזירים עצמם.
בטרנסילבניה בנו הרומנים המקומיים כנסיות רבות מאבן, כמה מהן במחוז הונדאורה, כמו כנסיית דנסוש - ששוקמה במאה ה-13, כנסיות בסטריי-סנג'ורג'יו (מאה ה-12) עם ציורי קיר מהשנים 1314-1313, סטריי, סנטמריה אורליה, צ'טאטיה קולצולוי, גוראסאדה (מאה ה-13), אוסטרוב, סנפ, נוקשוארה, שטיאנה, לסניק, קריסצ'ור, ריביצה, מנזר פריסלופ (כולן מן המאה ה-14) ובחלקי טרנסילבניה אחרים - מנזר ראמץ - במחוז אלבה (מאה ה-14), זלאטנה ולופשה, כנסיית ניקולאיה הקדוש בסקיי ברשובולוי (מאה ה-15), ואד ופליאש במחוז קלוז' ורבות אחרות. כנסיות רומניות פעלו גם בחבל באנאט - בבזדין, פרטוש, ליפובה, סמלאק, סנג'ורג'ה, סרדישטיה מיקה, ואראדיה, מסיץ', ווילוביצה, קובין, זלאטיצה, קוסיץ', באזיאש, צ'יקלובה, אוגרדנה וקה, כולן מן המאות 14-15. בביהור קנזים רומנים הקימו את מנזר וייבוז (מאה 14-12), את הכנסיות סגישטה, רמטיה, טיליאגד (מאות 14-15). בחבל מרמרוש ידוע על מנזר מיכאיל הקדוש בפרי, שבשנת 1391 עמד בחסות הפטריארכיה בקונסטנטינופול, כנסיות קוחיה, יאוד, ביסריקה אלבה, אפשה דה מיז'לוק, סאראסאו, ברסאנה וכו' (במאות 15-14). בכנסיות ומנזרים אלה שירתו פרוטופופים, כמרים ואגומנים.
מלכי הונגריה רדפו מדי פעם את הכנסייה האורתודוקסית הרומנית בממלכתם, למשל לאיוש הגדול ב-1366 וזיגיסמונד מלוקסמבורג ב-1428.
בוולאכיה, דוברוג'ה ומולדובה במאות 13-11.מיטרופוליית אונגרו-ולאכיה.
במאות 13-14 פעלו בדרום שטח רומניה של ימינו שתי אפרכיות בחסות הפטריארך מקונסטנטינופול. אחת מהן הייתה המיטרופוליה בוויצ'ינה, ייתכן איסקצ'ה של ימינו (בעבר הרחוק - נוביודינום), על הגדה הימנית של הדנובה. אולי זאת הייתה המשך לבישופות שפעלה פעם בגרוואן. המיטרופוליה בוויצ'ינה הייתה מופעלת על ידי יוונים.
מוסד זה המעיט את פעילותו עקב פשיטות הטטרים. המיטרופוליט האחרון מוויצ'ינה, יאקינטוס, הועבר על ידי שליט ולאכיה, ניקולאיה אלכסנדרו לכס המטירופוליה של אונגרו-ולאכיה, באישור הפטריארכיה בקונסטנטינופול.
אפרכיה שנייה בחסות ביזנטית הוקמה בסוורין בשנת 1370.
איגרת של האפיפיור גרגוריוס התשיעי מ-14 בנובמבר 1234 הזכירה "פסאודו-בישופים לפי פולחן היוונים" באזור עקומת הקרפטים, לא רחוק מהבישופות הקתולית הקומנית שקמה במולדובה. בלה הרביעי, מלך הונגריה בדיפלומה שהעניק ב-2 ביוני 1247 לאבירי המסדר של יוחנן הקדוש הזכיר את הישויות המדיניות של הוויבודים ליטובוי בחבל אולטניה, של סנסלאו על נהר ארג'ש, ושל יואן ופרקש בגדה הימנית של נהר אולט. התעודה הזכירה גם את קיומם של ארכיבישופים ובישופים שפעלו באזורים אלה, קרוב לוודאי ממוצא רומני.
במולדובה פעלו בימי הביניים המוקדמים כמרים אורתודוקסים בכירים באזורים שצוינו תחת השמות "ארץ הבולוחובנים", ה"ברלדניקים" ו"הברודניקים". בישוף בשם "קיריל הרומני" מוזכר בפשמישל בפולין.