הונשו הוא האי הראשי ביפן והגדול ביותר בארכיפלג היפני, השביעי בגודלו בעולם. באי, שמכונה גם "היבשת", שוכנת בירת יפן, טוקיו, כמו גם מרבית המטרופולינים במדינה. רוב האי הררי מאוד, ומתחוללות בו רעידות אדמה והתפרצויות געשיות רבות. הונשו נחלק לחמישה חבלים גאוגרפיים. טוהוקו הוא החבל הצפוני של האי הונשו, וכמו הוקאידו, גם חבל זה הררי ומיוער. בחבל נמצאים הרי אואו, שרשרת ההרים הארוכה ביותר ביפן הנמשכת לאורך כ-500 ק"מ, וכן נמצא מישור סנדאי. החבל מספק 20% מתפוקת האורז של יפן. דרומית לטוהוקו נמצא חבל קאנטו, שבו מתגוררת כשליש מאוכלוסיית יפן. בקאנטו נמצאת מטרופולין טוקיו, והוא לב המדינה והתרבות היפנית. מערבית לקאנטו נמצא חבל צ'ובו, שבו מתנשאים האלפים היפניים ובו גם נמצא הר הגעש פוג'י, ההר הגבוה ביותר ביפן. בצ'ובו מיוצר רוב התה של יפן וכן מיוצר בו באופן מסורתי משי. חבל קנסאי (קינקי) שוכן מערבית לצ'ובו, ובו שוכנת אוסקה וכן שוכנות ערי הבירה הקדומות של יפן, קיוטו ונארה, שנמצאת בחצי האי קיאי. בחבל זה מיוצרים 45% מהסאקה ביפן. החבל האחרון בהונשו הוא צ'וגוקו בדרום-מערב האי, שבירתו היא הירושימה. לאורך ההיסטוריה היה חבל זה הקצה המקשר בין יפן לאסיה גופא.
שיקוקו הוא האי הקטן ביותר מבין ארבעת איי יפן המרכזיים. הוא פונה בצדו האחד לים הפנימי ובצדו השני לצפון האוקיינוס השקט, ובו הרים נמוכים יחסית בעלי מדרונות תלולים. מערכת הגשרים המחברת את האי עם הונשו מפחיתה מבידודו של האי לעומת האיים הגדולים האחרים. הערים החשובות בו הן קוצ'י, טוקושימה, מצויאמה וטקמאצו.
קיושו הוא האי הדרומי ביותר מבין ארבעת האיים המרכזיים. זהו אי הררי עם הרי געש מרובים, חלקם פעילים. באי מפעלי תעשייה כבדה לצד שטחים חקלאיים לגידול אורז וירקות. עם הערים החשובות בקיושו נמנות פוקואוקה, נגסאקי, קוממוטו, סאגה וקגושימה.
מדרום לקיושו נמצאת קבוצת האיים ריוקיו, המונה 98 איים, כמחציתם מיושבים. האי הגדול ביותר בקבוצה זו הוא האי אוקינאווה, ובירתו היא העיר נהה. השליטה באיי ריוקיו הייתה לא פעם גורם לעימותים בין מדינות מזרח אסיה. בזמן מלחמת העולם השנייה כבשה ארצות הברית את אוקינאווה מידי האימפריה היפנית.
הרים ומישורים.
כ-73% משטחה של יפן הם שטח הררי. שרשרת הרים חוצה את הארכיפלג לאורכו, כאשר בחלק שפונה אל האוקיינוס השקט ישנם הרים גבוהים ותלולים המגיעים לגובה של 1,500 עד 3,000 מ', ואילו בחלק שפונה אל ים יפן ההרים נמוכים יותר ומגיעים לגובה של עד 1,500 מ'.
ההר הגבוה ביותר ביפן הוא הר פוג'י, המתנשא לגובה של 3,776 מטר. זהו הר געש שכבתי השוכן במרכזו של האי הונשו. הוא מוקף בחמישה אגמים, ובשל גובהו הטמפרטורה באזור הפסגה נמוכה מאוד. להר, שידוע בעולם כאחד מסמלי יפן, מקום של קודש בתרבות היפנית, והוא אתר תיירות פופולרי ביותר במדינה. פוג'י הוא הר געש פעיל, והתפרצותו האחרונה אירעה בשנת 1707.
במרכז יפן נפגשות שלוש שרשרות הרים: הרי הידה, הרי קיסו והרי אקאישי, שיחד יוצרות את האלפים היפניים. הפסגה הגבוהה ביותר באלפים היפניים היא זו של הר קיטה, המתנשא לגובה של 3,193 מ'.
מישורי יפן הם מצומצמים בשטחם ורובם נמצאים לאורך החופים. מישורים אלה הם עתירי אדמת סחף, אשר מהווה כר גידול לשדות אורז, והם מיושבים בצפיפות. הגדול שבמישורי יפן הוא מישור קאנטו, שמשתרע על פני כ-13,000 קמ"ר ובו שוכנת מטרופולין טוקיו. מישורים בולטים נוספים הם מישור נובי המקיף את נגויה, מישור קינקי הסמוך לאוסקה ולקיוטו, מישור סנדאי מסביב לסנדאי ומישור אישיקארי בהוקאידו. הנקודה הנמוכה ביותר ביפן היא אגם האצ'ירו בגובה של 4 מ' מתחת לפני הים.
גאולוגיה.
איי יפן נוצרו כתוצאה מתנועת לוחות טקטוניים במשך כמה מאות מיליוני השנים האחרונות, מאמצע תקופת הסילור ועד הפליסטוקן, שנגרמה בשל הפחתה של הלוח הפיליפיני מתחת ללוח האמורי וללוח אוקינאווה בדרום ושל הלוח הפסיפי מתחת ללוח אוחוצק בצפון. הר פוג'י נמצא בנקודת המפגש בין כל הלוחות, שהיא אזור פעיל במיוחד מבחינת סייסמית. בגבול ההפחתה בין הלוח הפסיפי ללוח אוחוצק מצוי שקע יפן, שקע אוקייני שעומקו המקסימלי הוא 9,000 מ' מתחת לפני הים, השביעי בעומקו בעולם.
במקור הייתה יפן צמודה לחוף המזרחי של יבשת אירואסיה. מכיוון שהלוחות שהופחתו היו עמוקים יותר מהלוח האירואסייתי, הם משכו את יפן מזרחה תוך יצירת ים יפן לפני כ-15 מיליון שנים. מצר קוריאה ומצר הטטרים, המפריד בין האי סחלין ליבשת אסיה, נפתחו בשלב מאוחר יותר.
יפן שוכנת בטבעת האש, כינוי לרצועה ארוכה של אזורים המקיפה את האוקיינוס השקט, אשר מתאפיינת בפעילות געשית נמרצת וברעידות אדמה תכופות בגלל תזוזת הלוחות הטקטוניים. רעידות אדמה קלות מתרחשות ביפן לעיתים קרובות ומדי פעם מתרחשות התפרצויות געשיות בהרי הגעש של יפן, דוגמת הר פוג'י או הר סקורג'ימה. רעידות אדמה הרסניות, המלוות לעיתים קרובות בגלי צונאמי (ביטוי שמקורו בשפה היפנית), מתרחשות כמה פעמים במהלך מאה. רעידות האדמה העיקריות האחרונות ביותר היו רעידת האדמה בסנדאי ב-2011, רעידת האדמה בניאיגטה ב-2004 ורעידת האדמה בקובה ב-1995. הפעילות הגעשית מאפשרת את קיומם של מעיינות חמים רבים, שהיפנים נוהגים להפוך למתחמי רחצה ציבוריים הקרויים אונסן.
קרקעות.
למעלה ממחצית הקרקעות ביפן הן קרקעות חומות, אשר נמצאות באזורי ההרים ברחבי המדינה. מתוכן, קרקעות חומות אדמדמות או צהבהבות מצויות בשיפולי ההרים ועל פני גבעות. בחלקים הקרובים לאוקיינוס השקט נפוצות קרקעות אנדוסול (קורובוקו) המהוות כ-17% מהקרקעות במדינה. קרקעות אלה, אשר שמן בא מן השפה היפנית, הן כהות בשל האפר הגעשי הניכר בהן, וניתן למצוא אותן באזורים שטוחים. בקרבת מקורות המים נפוצות קרקעות פלוביות המהוות כ-15%. קרקעות רגוסול המהוות כ-5.5% נמצאות בעיקר בהרים הפונים לים הפנימי. קרקעות פודזול המהוות כ-5% נמצאות בעיקר בקווי הרכס של ההרים הגבוהים בחבל צ'ובו וצפונה ממנו.
מקורות מים.
אוקיינוסים וימים.
יפן היא ארכיפלג המוקף מספר רב של גופי מים, כולם ימים שוליים של האוקיינוס השקט. אורכו של קו החוף היפני הוא 29,751 ק"מ, כאשר גופי המים העיקריים המקיפים את יפן הם: ים אוחוצק, צפון האוקיינוס השקט, ים הפיליפינים, ים סין המזרחי וים יפן. בנוסף, בין שלושת האיים הונשו, שיקוקו וקיושו מפריד הים הפנימי סטו.
ים יפן, הנמצא ממערב למדינה, היה לאורך ההיסטוריה למכשול טבעי שסיכל פעמים רבות ניסיונות פלישה ליפן מכיוון אסיה, במיוחד של המונגולים. הים מוקף כמעט כולו ביבשה, ומחובר לאוקיינוס על ידי חמישה מצרי ים, שכולם, למעט אחד, גובלים בארכיפלג היפני. המצרים סביב ים יפן הם רדודים, ועומקם הוא מסדר גודל של 100 מ' או פחות.
מצרים ומפרצים.
האוקיינוסים והימים המקיפים את יפן יוצרים מצרים ומפרצים רבים. כאמור, ארבעה מצרים הגובלים בארכיפלג היפני מחברים בין ים יפן לשאר הימים. מצר לה פרוז מחבר את הים עם ים אוחוצק ומפריד בין האי סחלין הרוסי להוקאידו. מצר צוגרו מחבר אותו עם האוקיינוס השקט ומפריד בין הוקאידו להונשו. מצר קנמון מחבר אותו עם הים הפנימי ומפריד בין הונשו לקיושו. מצר קוריאה מחבר אותו עם ים סין המזרחי ומפריד בין יפן לקוריאה. מצר זה מחולק לשניים על ידי האי צושימה, שיוצר את מצר צושימה (התעלה המזרחית) ואת התעלה המערבית.
שלושה מהמפרצים החשובים ביפן נמצאים בצד הפונה לאוקיינוס השקט הצפוני. מפרץ טוקיו מוקף על ידי חצי האי בוסו וחצי האי מיורה, וסביבו שוכנים מטרופולין טוקיו והעיר יוקוהמה. מפרץ איסה, שלחופו שוכנת העיר נגויה, מחובר למפרץ מיקאווה, כשפתחם המשותף יוצא אל האוקיינוס השקט. מפרץ אוסקה הוא שלוחה של הים הפנימי והוא מתוחם על ידי חבל קנסאי והאי אוואג'י. לחופו שוכנות הערים אוסקה וקובה. המפרצים הבולטים שיוצר ים יפן הם מפרץ וקאסה ומפרץ טויאמה.
נהרות ואגמים.
הנהרות ביפן קצרים באורכם ותלולים בשיפועם. משום כך קיים קושי להשיט במעלותיהם סירות. עוד בשל תלילות השיפוע, זרימת המים בנהרות מהירה והם מהווים מקור לאנרגיה הידרואלקטרית. ספיקת המים בנהרות משתנה עם עונות השנה, ובחורף הם עולים על גדותיהם. לצורך כך הוסטו חלק מהנהרות וננקטו אמצעים למזעור נזקי ההצפות. הנהר הארוך ביותר ביפן הוא נהר שינאנו הזורם במרכז האי הונשו לאורך 367 ק"מ ונשפך לים יפן. נהרות בולטים נוספים הם נהר טונה שזורם במישור קאנטו, נהר קיסו, שהוא הנהר הראשי מבין שלושת נהרות קיסו, ונהר אישיקארי בהוקאידו.
האגמים ביפן הם מקור חשוב לדגי מים מתוקים. האגם הגדול ביותר ביפן הוא אגם ביווה, צפונית-מזרחית לקיוטו, ששטחו 670 קמ"ר ועומקו המרבי 104 מ'. האגם השני בגודלו הוא אגם קסומיגאורה במרכז הונשו. אגם קוסשארו הוא אגם קלדרה בהוקאידו שמימיו חומציים ולא חיים בו דגים.
אקלים.
ביפן שורר אקלים ממוזג עם ארבע עונות מובחנות, כאשר בצפון המדינה האקלים הוא אקלים ממוזג יבשתי ואילו בדרומה הוא אקלים סובטרופי גשום. שני גורמים עיקריים משפיעים על אקלימה של יפן: מיקומה סמוך ליבשת אסיה, המביא לרוחות עונתיות מהיבשת לאוקיינוס בחורף ולהפך בקיץ, והזרמים באוקיינוס השקט, כמו זרם קורושיו, שמימיו מחממים את הצד הפונה לאוקיינוס השקט ומקיימים את שוניות האלמוגים שלה, השוניות הצפוניות ביותר בעולם. בשל זיהום רוב השוניות האלה גוססות כיום.