בליל ה-2 ביוני 2021, בשעה האחרונה לפני תום המנדט של לפיד, הודיע לפיד לנשיא ראובן ריבלין שעלה בידו להרכיב ממשלת חילופים עם בנט. על-פי ההודעה, בנט יכהן ראשון כראש הממשלה ולפיד יכהן כראש הממשלה החלופי, והשניים יתחלפו לאחר כשנתיים. עקב ההודעה המשותפת פרצו הפגנות וחלה והקצנה בשיח האלים, אשר הביאה לאזהרה חריגה מצד ראש השב"כ.
ב-7 ביוני, הודיע לכנסת יושב ראש הכנסת, יריב לוין, על כך שעלה בידי יאיר לפיד להרכיב ממשלה. הישיבה בכנסת לכינון הממשלה החדשה התקיימה ב-13 ביוני, שהביאה לסיום 12 שנות כהונה רצופות של בנימין נתניהו כראש ממשלת ישראל. נפתלי בנט הפך לראש הממשלה השני בתולדות המדינה שאינו ממפלגת העבודה לגלגוליה השונים או ממפלגת הליכוד ולפיד מונה לראש ממשלת ישראל החלופי. בנובמבר 2021 הכנסת אישרה את התקציב שהביא שר האוצר אביגדור ליברמן.
התפרקות הממשלה.
ב-6 באפריל 2022 הודיעה חברת הכנסת ויו"ר הקואליציה עידית סילמן מסיעת ימינה על פרישה מהקואליציה, מה שהותיר אותה עם 60 חברי כנסת, ללא רוב בכנסת.
ב-19 במאי 2022 הודיעה חברת הכנסת רינאווי זועבי, ממפלגת מרצ, כי היא פורשת מהקואליציה, ובכך הותירה את הממשלה עם 59 ח"כים בלבד – מיעוט בכנסת. מספר ימים לאחר מכן היא שבה לקואליציה.
ב-13 ביוני 2022 הודיע חבר הכנסת ויו"ר ועדת הכנסת ניר אורבך, מסיעת ימינה על הפסקת תמיכתו בממשלה ועל פרישתו מן הקואליציה עד להצבעה בכנסת לחידוש תוקפן של תקנות יו"ש, בכך הוא הותיר את הממשלה עם 59 חברי כנסת בלבד.
ב-20 ביוני 2022 ראש הממשלה נפתלי בנט וראש הממשלה החלופי יאיר לפיד סיכמו על פיזור הכנסת והקדמת הבחירות לאחר שמוצו הניסיונות לייצב את הקואליציה. ראש ממשלת המעבר יהיה יאיר לפיד.
ב-30 ביוני 2022 החליטה הכנסת על התפזרותה והקדמת הבחירות לכנסת ה-25.
טענות לפגיעה בדמוקרטיה.
משני הצדדים הובעו במהלך המשבר טענות על פגיעה בדמוקרטיה.
במהלך המשבר, היו שטענו שחלק מהתנהלותו של נתניהו ומהמתקפות נגד צוות התביעה וחוקריו פגעו בעקרון שלטון החוק ובמאבק בפשיעה ובשחיתות השלטונית. בשיח הציבורי הוזכרה גם חזקת החפות. כמו כן, נטען שמתקפותיו של נתניהו וסביבתו על גופי תקשורת ועיתונאים, כחלק ממסע הבחירות, פגעו בעקרון חופש העיתונות. נוסף על כך, נטען או הובע חשש שנתניהו ינסה להשפיע על ההליך המשפטי שלו או למנוע את העמדתו לדין. זאת בין היתר על ידי חקיקה (שינוי חוק החסינות או חקיקה כמו חוק ההמלצות בכנסת ה-20), מינוי שר משפטים או קידום פסקת התגברות העוסקת בפסילת חוקים או פעולות מנהליות.
לאורך המשבר, הממשלה פעלה תחת פיקוח מינימלי אם בכלל של ועדות הכנסת, מה שהעלה טענה על פגיעה בעקרון הפרדת הרשויות.
בהיעדר הסכמה ומתוקף הצורך בנקיטת צעדים מהירים לטיפול במגפת הקורונה, פעילות ממשלת המעבר כנגד התפשטות הנגיף החלה ללא פיקוח של הכנסת וללא כינוס ועדות. בתוך כך, כלפי חלק מההחלטות כגון הקפאת פעילות בתי המשפט, הייתה ביקורת מצד האופוזיציה כי המניע לכך הוא פוליטי, בשל פרסומן בשעת לילה מאוחרת, לאחר סגירת גיליונות העיתונים ואי הצגתן בהודעה היומית לציבור של ראש הממשלה. ההוראה עליה חתם שר המשפטים אמיר אוחנה הייתה בת תוקף של 24 שעות וניתנה יומיים לפני פתיחת המשפט בעניינו של נתניהו. ההוראה התקבלה באישור היועץ המשפטי לממשלה. ב-21 במרץ 2020 הוציאה נשיאת בית המשפט העליון אסתר חיות הודעה כי בתי המשפט פועלים במתכונת חירום והצעדים התקבלו גם על דעתה. מצב החירום בבתי המשפט הוארך עד 16 באפריל 2020.
תקנת חירום נוספת בעניין בתי המשפט, נגדה נטען כי מדובר בהחלטה פוליטית הקשורה למשפט בעניינו של נתניהו, הייתה מניעת קיום דיונים בווידאו. בשל משבר הקורונה הוחלט לאפשר דיונים בווידאו רק לנאשמים שכבר נמצאים במעצר, כדי לא להכניס נאשמים חדשים לכלא, בין אם הם נשאים והם מהווים סיכון לכלואים אחרים ולסוהרים ובין אם קיימת התפרצות שטרם התגלתה בבית הכלא. אף לאחר ההחלטה התקיימו דיונים בבית משפט בבאר שבע.
טענות נוספות לפגיעה בדמוקרטיה הושמעו גם כלפי קבלת ההחלטה להיעזר ביכולות השב"כ לאיכון מפרי בידוד, כאשר לוועדת הכנסת שהייתה אמורה לדון בהחלטה הוקצבה שעה בלבד. בעקבות עתירה לבג"ץ, נקבע תוקף לצעדי הממשלה ל-24 במרץ 2020 על מנת לאפשר ארכה להסדרת מנגנוני הפיקוח של הכנסת. ב-22 במרץ ארגון העיתונאים בישראל עתר לבג"ץ כנגד השימוש ביכולות האיכון, במטרה להגן על עבודת העיתונאים וחיסיון המקורות.
בעת שבה המפלגות לא הגיעו להסכמה על כינוס ועדה מסדרת וכן למרות דרישת רוב חברי הכנסת לא התקיימה הצבעה על מינוי קבוע של יושב ראש הכנסת, צעדים שעוררו את "מחאת הדגלים השחורים": שיירת כלי רכב שנסעה לירושלים ב-20 במרץ כחלק ממחאה עוכבה על ידי המשטרה בהוראת מפקד המחוז. במוצאי שבת, 21 במרץ, מספר ארגונים בתוכם דרכנו והתנועה לאיכות השלטון ארגנו מחאת רשת בה נספרו בכלל האמצעים השונים כ-500 אלף צפיות. ב-22 במרץ התקיים דיון בנושא בבג"ץ. ביום שני, 23 במרץ, נערך דיון בכנסת בו הוחלט על הקמת שש ועדות כנסת זמניות, ביניהן ועדת הקורונה, שבראשותה עמד ח"כ עפר שלח. מחאת הדגלים השחורים נמשכה גם בחודשים אפריל ומאי. במקביל, פעלו ארגונים אחרים במהלך המחאה נגד בנימין נתניהו (2020).
התערבות בג"ץ בשלב זה בעבודת הכנסת, עוררה טענות מצד הימין לגבי פגיעה בדמוקרטיה ופגיעה בעקרון הפרדת הרשויות.
ב-20 במרץ הממשלה אישרה פה אחד את התקנות לשעת חירום המגבילות התקהלות אזרחים. לצד המגבלות שהוטלו על תנועת אזרחים שלא לצורך, אחת ההחרגות להגבלות הייתה הפגנה.
ב-2 באפריל מנכ"ל משרד הבריאות, משה בר סימן טוב, אישר תקנות חדשות המגבילות הפגנות לקבוצות של עשרה אנשים, בלי אישור הממשלה, כאשר הוא מצביע על משרד המשפטים כגורם המכריע. לפי ברק רביד, ראש הממשלה נתניהו תמך בחופש ההפגנה.
לפי הדיווחים ב-5 באפריל, בין הנושאים שנותרו במחלוקת הם זכות הוטו לקואליציה ב על פני האופוזיציה, בניגוד לנוהג הקיים, דרישה שעוררה את התנגדות גנץ והייתה בין הגורמים לאי הגעה לפשרה עד מציאת פשרה שסוכמה בין הצדדים.
דרישה נוספת שעלתה במשא ומתן, הייתה פסקת התגברות שתמנע מבג"ץ להתערב במקרה של פסיקה כנגד נתניהו.
ב-13 באפריל, בהפגנה של מחאת הדגלים השחורים מול ביתו של גבי אשכנזי, שוטר קנס מספר פעילים מ"מחאת היחידים" על רקע סירוב לפיזור התקהלות בסכום של 5,000 ש"ח, בניגוד לסעיף המתיר קיום הפגנות.
ניסיונות לפתרון המשבר.
אריה דרעי, יושב ראש סיעת ש"ס הציע לעבור לשיטת בחירות ישירות לראשות הממשלה אך ההצעה לא התקבלה. נשיא מדינת ישראל ראובן ריבלין הציע את 'מתווה הנבצרות' שלפיו תוקם ממשלת אחדות, ונתניהו יעביר את סמכויותיו לגנץ עם פתיחת משפטו אך הצדדים לא הגיעו להסכמה על ההצעה.
ב-13 במרץ 2020 קרא נתניהו להקמת ממשלה הדומה לממשלת ישראל השלוש עשרה, אחריו פרסמו שר הביטחון נפתלי בנט ויו"ר מפלגת גשר אורלי לוי אבקסיס קריאה דומה. לילה לאחר מכן שוחחו נתניהו וגנץ בניסיון להקמת ממשלת חירום.
הנשיא ראובן ריבלין קידם הקמת ממשלת אחדות, לפחות כממשלת חירום זמנית שתתפקד מספר מוגבל של חודשים, ולאחר סיום המשבר "נמשיך מאותה נקודה".
ב-26 במרץ 2020 נבחר בני גנץ לתפקיד יושב ראש הכנסת בתמיכת גוש הימין ובהתנגדות יש עתיד וחלקים מתל"ם, שהגישו בקשה להתפצל מכחול לבן, לאחר שגנץ ואשכנזי הביעו את רצונם להיות שותפים לממשלת אחדות בראשות נתניהו עם הסכם רוטציה.
ב-16 באפריל 2020 הציע חבר הכנסת יאיר לפיד תוכנית להקפיא את המשבר הפוליטי לתקופה של כחצי שנה על מנת לאפשר למדינה להתמודד עם מגפת הקורונה.
באמצע מאי 2020 הוקמה ממשלת ישראל השלושים וחמש שנועדה בין היתר לפתור את המשבר. כך הוארכה פעילות הכנסת עד להתפזרותה ב-23 בדצמבר באותה שנה.
הצעות נוספות שהועלו בציבור היו הוראת שעה שתוביל למינוי ראש ממשלה שאינו חבר כנסת לשנה. הוצעה גם חקיקה שתוביל לבחירות במחוזות בחירה או לכך שראש הרשימה הגדולה יוכרז באופן אוטומטי כראש הממשלה, ללא צורך בהצבעת אמון בכנסת.
ב-19 באפריל 2021, לאחר סבב הבחירות הרביעי הציע אריה דרעי הצעת חוק על פיה יתקיימו על בסיס הכנסת ה-24.
השלכות המשבר.
מאחר שלא הוקמה ממשלה ולא הועבר תקציב 2020, התנהל התקציב על פי חוק לפי התקציב הקודם (2019, אושר בכנסת באפריל 2018) עם קיצוץ רוחבי, מה שהביא לעצירת תקציבים לתחומים רבים כמו פיתוח תשתיות ומערכת הבריאות. כמו כן, לא מונו נציב שב"ס, מפכ"ל משטרה ופרקליט מדינה קבועים במשך זמן רב. החל מאפריל 2021, לא מונה שר המשפטים באופן חריג בשל התנגדות נתניהו, מה שגרר צמצום משמעותי בהיקף הסמכויות של הקבינט המדיני-ביטחוני, ועדת השב"כ וקבינט הקורונה. בנוסף, נתניהו עיכב את מינויים של 35 שגרירים וקונסולים לנציגויות ישראל בעולם. נמנעו גם מינויים אחרים. ב-28 באפריל מונה שר משפטים לאחר עימותים שהדרדרו למשבר חוקתי. בנובמבר 2021 אושר תקציב מדינה חדש.
כמחאה על המשבר הפוליטי קמה מחאת הדגלים השחורים, שקראה לבחור לכנסת יושב ראש חדש, להקים את ועדות הכנסת, ולהכניס תיקונים לחוק שיבטיחו שאדם שמואשם בפלילים לא יוכל להיבחר לראשות הממשלה. הנחיות ההתקהלות עקב משבר הקורונה במידה רבה הפריעו לקיום המחאה, אם כי ההנחיות התירו הפגנות.
חברת דירוג האשראי מודי'ס הזהירה כי המשבר הפוליטי עלול להביא להורדת דירוג האשראי של ישראל.
בתרבות.
על המשבר נעשו תוכניות סאטירה שונות. ב-27 בפברואר 2020 הועלה לערוץ היוטיוב של כאן 11 הסרטון "מה אם ניתקע לנצח בבחירות" שכתב והלחין תמיר בר. כמו כן בתוכנית ארץ נהדרת הוציאו את השיר "גוררים אתכם לעוד בחירות".