השופט אלרון הוא מהמחמירים בענישה ומעדיף את שיקול ההרתעה, הגם שהוא מכיר בכך שלא תמיד עונש חמור יותר אכן מרתיע יותר. לגבי בקשת הקלה בענישה משיקולי שיקום, התנגד בדעת מיעוט להקלה בעונש, וקבע: "שיקול השיקום אינו השיקול היחיד שיש להביא במנין השיקולים לצורך גזירת דינו של נאשם. הקלה בעונשו של נאשם בשל שיקולי שיקום מהווה חריג ...". על הקלה בעונש בעקבות סולחה הוא כתב:"מתן גושפנקה ל"סולחות" כמעין "מרכיב משלים" לדרכי הענישה הקבועים בדין, יש בו כדי להוות מעין הפרטה פסולה של ההליך הפלילי. לא זו בלבד שאין במערך ההסכמות בין משפחת העבריין לבין משפחת הקורבן כדי להוות חלופה לדין הפלילי, אלא שהשלמה עם מעגל אלימות הכולל שימוש בנשק חם בטרם הצדדים פועלים ליישוב מחלוקותיהם "בדרכי שלום" חותר תחת יסודות הדין הפלילי. איתותה של מערכת המשפט כי "סולחה" עשויה להביא להקלה משמעותית בעונשו של העבריין מחליש את ההרתעה מפני ביצוע עבירות וחושף את קורבן העבירה ואת משפחתו ללחצים פסולים."
אלרון גם הביע את דעתו נגד ההצעה להרחיב את תחולת האפשרות להטיל עונש מופחת על רוצחים אשר קיים ספק אם הם סובלים מהפרעות נפשיות, וקבע כי על בית המשפט: "לשוות לנגד עיניו את הערך של קדושת חיי אדם, שהופר ונרמס במעשה הרצח, ולנהוג במידה כפולה ומכופלת של זהירות בטרם ישית עונש מופחת על נאשם. לטעמי, קביעתו של עונש מופחת צריכה להישמר אפוא לאותם מצבים חריגים ביותר".
על מגוון רחב של עבירות כתב שיש להחמיר בעונשן. כך לגבי פגיעה בקטינים בתוך המשפחה, לגביה כתב: "הענישה המחמירה בשל עבריינות המין בתוך המשפחה, המבוצעת על ידי דמויות בעלות סמכות בתוך התא המשפחתי, מבטאת סלידה עמוקה מהניצול של המבנה המשפחתי, שבבסיסו הורים ואחים בוגרים לעומת ילדים רכים בשנים התלויים באופן כמעט מוחלט בדמויות המשמעותיות במשפחה". לדבריו, גם "כאשר גורם אחר במשפחה זוכה למעמד דומה [לזה של הורה], ומנצלו לשם פגיעה מינית בבן-בת משפחה, השיקולים שבבסיס הצורך בענישה מחמירה ומרתיעה נותרים בעינם". במקרים נוספים, שהתייחסו לעבירות של שימוש בנשק והריגה בתאונת דרכים, הוביל להחמרה בענישה והביע עמדה ברורה בעד ענישה מחמירה.
במקרה אחר, השופט אלרון דחה ערעור על עונשו של אדם שנהג בשכרות, דרס שני ילדים וניסה להתחמק מאחריותו למותו של אחד מהם ולפציעתו של השני – אשר נגזרו עליו 12 שנות מאסר בפועל. זאת, אף שציין כי מדובר ב"קפיצת מדרגה" ביחס לענישה הנוהגת. בהקשר זה הדגיש:
"מגמת ההחמרה ביחס לתאונות דרכים קטלניות, ובעיקר אלה שנגרמו בשל נהיגה בשכרות או תחת השפעת סמים, היא מוכרת ומתמשכת – אף אם לא תמיד עקבית ... יידע כל מי שבוחר לסכן חיים בדרך זו, קוטל בכך ילדים וקורע משפחות, ולבסוף גם מרהיב עוז בניסיונות לחמוק מן הדין, כי עונשו החמור בוא יבוא; וכשיבוא, ייתכן כי יהיה זה עונש חמור במיוחד, חמור יותר ממה ששיער לעצמו, ואולי אף חמור יותר מזה שהוטל על העבריינים שקדמו לו.".
אלרון אף מביע את סלידתו מעבירות שנעברו גם כשהנושא אינו עומד להחלטתו. באחד המקרים, בו רוצח פנה לבית המשפט בדרישה שיקבע שהוא זכאי לשחרור מוקדם, הביע אלרון, למעלה מן הצורך, את שאט נפשו מחומרת העבירה של הרוצח. בערעורו של הרב עזרא שיינברג, הביע אלרון התנגדות להסדר הטיעון שהושג עמו וכתב: "אני מביע פליאה על הסדר הטיעון העונשי אליו הגיעו הצדדים, אף לאחר שהוצג לנו הנימוק שעמד בבסיס ההגעה להסדר. לגישתי, על אף שהעונש שהוטל על המערער על ידי בית המשפט המחוזי מצוי ברף העליון של טווח הענישה שעליו הסכימו הצדדים במסגרת הסדר הטיעון, עונש זה אינו הולם כלל את חומרת מעשיו."
לצד זאת, לא פעם מדגיש אלרון את כלל אי ההתערבות בפסיקות של הערכאה הדיונית, לפיו יש להתערב בענישה רק כאשר קיימת סטייה ניכרת ממדיניות הענישה הראויה. מטעם זה הוא התנגד, בדעת מיעוט, להחמרה בעונשו של אדם שהורשע בהריגה. כן הביע אלרון את עמדתו בדעת מיעוט, לפיה כלל אי מיצוי העונש בערעור חל גם על פיצוי לנפגע עבירה.
הרפורמה בעבירות ההמתה.
השופט אלרון דן במספר הזדמנויות באופן שבו יש ליישם את תיקון 137 לחוק העונשין, אשר במסגרתו נערכה רפורמה מקיפה בעבירות ההמתה.
באחד המקרים, עמד השופט אלרון ההבחנה בין עבירת "רצח בכוונה תחילה" כנוסחה עובר לתיקון 137 לחוק, עבירת הרצח ה"בסיסית" לפי תיקון 137, ועבירת הרצח בנסיבות מחמירות בשל ביצועה "לאחר תכנון או לאחר הליך ממשי של שקילה וגיבוש החלטה להמית", לפי סעיף סעיף 301א (א)(1) לחוק העונשין, כנוסחו לאחר התיקון. השופט אלרון עמד על כך שנסיבה מחמירה זו נועדה להחליף, באופן רעיוני, את העבירה של "רצח בכוונה תחילה" כנוסחה עובר לתיקון 137 לחוק. לדבריו, חומרתה של עבירה זו בהשוואה לעבירת הרצח הבסיסית, היא בנחישותו של העושה, אשר גמר אומר להמית את הקרבן לאחר שרקם תוכנית להוצאת זממו אל הפועל; או לאחר שכלכל היטב את מעשיו, שקל את תוצאותיהם והתגבר על מעצורים מוסריים ואחרים בדרכו לממש את תוכניתו. לגישתו:
"החומרה המיוחדת הטמונה בעבירה זו, המוצאת ביטוי בעונש החובה הקבוע לצידה, ראוי לה שתביא ליצירת הבחנה בין מקרים שבהם מעשה הרצח בוצע לאחר שהעושה שקל והחליט להמית את הקרבן – אשר ייכנסו לגדרי הסעיף; לבין מקרים שבהם ההחלטה להמית התגבשה באופן ספונטני, ללא הפעלת שיקול דעת של ממש, וללא הכנה הכוללת פעולות מקדימות שביצע העושה קודם לביצוע הרצח – אשר יוותרו מחוצה לו."
זאת, להבדיל מהאופן שבו יושמה עבירת הרצח בכוונה תחילה עבור לחקיקת תיקון 137.
במקרה נוסף, קבע השופט אלרון כי בנסיבות שבהן ירה אדם לעבר הנרצח מספר פעמים, "כאשר מימינו ומשמאלו .. עומדים חוגגים נוספים, ובסמוך לו שאדי אשר נפצע בפועל מהירי – אין כל ספק כי היה מודע לכך שהוא יוצר במעשיו סכנה ממשית לחייהם של אחרים", התקיימה בעניינו הנסיבה המחמירה של "יצירת סכנה ממשית לחייו של אדם אחר נוסף על הקורבן", ועל כן יש להרשיעו בעבירת הרצח בנסיבות מחמירות.
כמו כן, השופט אלרון התייחס בין היתר, לאופן הייחודי שבו יש להחיל את העבירה החדשה שנקבעה בחוק, של המתה בנסיבות של אחריות מופחתת, באופן רטרוספקטיבי; וקבע עבירה זו עשויה לחול במקרים שבהם אדם התקשה מאוד לשלוט בעצמו והמית את הקורבן כתוצאה מהתגרות תכופה מצידו – ולא רק במקרים שבהם פעל מתוך סערת רוח, אבדן עשתונות ואבדן שליטה עצמית, כפי שנקבע עובר לחקיקת תיקון 137 לחוק העונשין. בעניין אחר, קבע השופט אלרון כי יש לבטל את הרשעתו של אדם, שקדמה לתיקון, בעבירת הריגה בגין דריסת שוטר למוות והפקרתו, ותחת זאת להרשיעו בעבירת "המתה בקלות דעת" - אך להותיר את העונש שנגזר עליו על כנו. זאת, שכן "אין חובה להפחית את העונש, אלא יש לבחון את העונש על העבירה ה'חדשה' לפי נסיבות העניין".
משפט מנהלי וחוקתי.
פסיקותיו של השופט אלרון בתחום המשפט המנהלי והחוקתי מבטאות ריסון שיפוטי וזהירות בהתערבות בשיקול הדעת המנהלי וביחסים שבין הרשות המחוקקת והרשות המבצעת. זאת, תוך שהביע מספר פעמים את דעתו כי "את השימוש בעילת הסבירות יש להותיר כמוצא אחרון, במקרים שבהם פועלת הרשות בחוסר סבירות קיצוני – ובפרט כאשר קיים חשש לפגיעה בזכויות אדם כתוצאה מהחלטותיה"; וכי אין להידרש לסבירות שיקול דעת רשויות המנהל כלל במקרים שבהם נמצא כי הן פעלו בחוסר סמכות.
בהרכב המורחב שדן ב"פשרת האוזר", במסגרתה נערך תיקון בחוק יסוד במסגרת הוראת שעה, השופט אלרון הסתייג באופן נחרץ מהעברת ביקורת שיפוטית על חוקי יסוד, ובפרט, מהשימוש בדוקטרינת השימוש לרעה. לדבריו:
"דומה כי המנדט הנתון לבית משפט זה לבחון את ה'צידוק' להחלטות חברי הכנסת מוגבל למדי – אם בכלל. זאת, שכן יש התוהים מדוע ראוי לבכר את דעתם של שופטי בית משפט זה באשר לצידוק לחקיקת חוק-יסוד על פני דעתם של חברי הכנסת.
קושי זה מקבל משנה תוקף לאור החסר החוקתי והחוקי במסגרתו אנו עדיין פועלים. מחד גיסא, אין בחוקי היסוד של המדינה קביעה באשר לאופן שבו הכנסת רשאית להפעיל את סמכויותיה לחוקק חוקי-יסוד. מאידך גיסא, דוקטרינת ה'שימוש לרעה' מעוגנת רק בפסיקת בית משפט זה. לכאורה, דוקטרינה זו מקנה סמכויות נרחבות לבית המשפט, באופן שיש בו כדי להביא להתערבות בשיקול דעת חברי הכנסת אף כאשר אין בהחלטותיהם כדי לערער את ערכי היסוד של שיטת המשטר. בהיעדר נורמה מפורשת המגבילה את סמכויות הכנסת לחוקק חוקי-יסוד, או קובעת כיצד יש להפעילן – הרי שבהמשך פיתוחה של דוקטרינת ה'שימוש לרעה' במסגרת ההלכה הפסוקה יש משום היפוך היוצרות: בית המשפט הוא שמתווה את גבולות סמכות החקיקה, במקום שהמחוקק יתווה את גבולות סמכות השיפוט.
לגישתי, הכרעה כה חשובה צריכה להתקבל על ידי הציבור ונציגיו הנבחרים, תוך ראייה כוללת באשר לתפקידו ומקומו של בית משפט זה להעביר ביקורת שיפוטית על חוקי היסוד".
השופט אלרון מקפיד להדגיש בפסיקותיו כי "בית המשפט הבוחן החלטה מינהלית אינו מחליף את שיקול דעתה של הרשות המינהלית, אשר מופקדת על קבלת ההחלטה בשיקול דעתו שלו, ואינו מתערב בהחלטה אף אם ניתן היה לקבל החלטה טובה יותר". לשיטתו, "תפקידו של בית המשפט מתמצה בבחינת סבירות ההחלטה והליך קבלתה, באופן הבוחן האם נפלו פגמים המצדיקים את ביטולה". בהתאם, השופט אלרון הדגיש את שיקול הדעת הרחב המסור לרשויות התביעה בהחלטה על פתיחה בחקירה פלילית כמו בהחלטה אם להעמיד אדם לדין.