התאונה הגדולה ביותר על סיפון אחת מהאוניות בסדרה התרחשה על סיפון האיווה ב-19 באפריל 1989. פיצוץ בצריח מספר 2 של האוניה גרם למותם של 47 אנשי צוות. המלחים הציפו במהירות את מחסן הנשק וחומרי-הנפץ שבתחתית הצריח, וכך הצליחו כנראה למנוע נזק כבד בהרבה לכל האונייה. בהתחלה העלתה חקירה של הצי תאוריה שלפיה פוצץ אחד מהמלחים המתים מטען חבלה בניסיון להתאבד בעקבות סיום של מערכת יחסים הומוסקסואלית עם מלח אחר על האונייה. אך תאוריה זו נזנחה מאוחר יותר בעקבות גילוי ממצאים חדשים. האמונה הרווחת כעת היא שסיבת הפיצוץ, שמעולם לא נקבעה בוודאות, נגרמה כתוצאה מחשמל סטטי שהצית אבקת שרפה חופשית. מכיוון שהאונייה הוצאה משירות זמן קצר לאחר מכן, לא תוקן הנזק מעולם.
במהלך מלחמת המפרץ נפגעה המיזורי מ-"אש ידידותית" שנורתה מתותח "פלנקס" שהיה ממוקם על סיפון הפריגטה ג'ארט (USS Jarrett). כמה מהכדורים פגעו במבנה העל של האונייה ופצעו מלח אחד. עד היום לא ידוע מה גרם לירי, אולם הסברה הרווחת היא שמוץ ששוגר מהמיזורי הפעיל את המערכת האוטומטית וגרם לה לנסות ולפגוע בו.
חידוש ושדרוג האוניות בתחילת שנות ה-80.
בתחילת שנות ה-80 הוצאו ארבע אוניות הסדרה מצי המילואים והוחזרו לשירות פעיל. הסיבה העיקרית לכך הייתה הופעתן של סיירות המערכה מסדרת קירוב של הצי הסובייטי. מניע נוסף הייתה תוכניתו של רונלד רייגן לצי 600 הספינות שמטרתה הייתה חיזוק משמעותי של הכוח הימי האמריקאי. האוניות מסדרת איווה נחשבו לתשובה הולמת לסיירות המערכה מסדרת קירוב. העלות הכוללת של חידוש ארבע האוניות הייתה 1.7 מיליארד דולר. במהלך המודרניזציה הוסרו רוב נשקי הנ"מ המיושנים של האוניות ובמקומם הותקנו מערכות נשק המיועדות לפגיעה במטרות ימיות ויבשתיות. מכיוון שהספינות לא היו יכולות עוד לפעול כנגד מטוסים וטילים הנורים עליהן, הוחלט בתחילה להתקין טילי ים-אוויר מדגם RIM-7 סי ספארו. אך התקנתם בוטלה מכיוון שלא ניתן היה להציב מסגרת סופגת זעזועים יעילה מספיק, שתוכל לספוג את הזעזוע מירי התותחים הכבדים של האונייה מבלי להרוס את רכיבי המכ"ם של הטילים. בעקבות ביטול ההתקנה נשארו האוניות ללא הגנה כנגד מטוסים, ורק מערכת ה-"פלנקס" סיפקה הגנה מסוימת כנגד טילים ומטוסים בטווח קצר.
חידוש נוסף שהותקן על האוניות היה מכ"ם הקצאת מטרות לטילים, שהותקן על התורן הראשי של האוניות, ואילו התורן שהיה מותקן לפני הארובה השנייה הוסר. מכיוון שכלי הנ"מ הישנים של האוניות הוסרו, הסיפונים הפכו להרבה פחות צפופים. כמו כן, האוניות הצריכו צוות קטן הרבה יותר על מנת להפעילן, בין היתר הודות לאוטומציה של מערכות רבות וכן ביטול תותחי ומקלעי הנ"מ שדרשו אנשי צוות רבים על מנת להפעילם.
את העובדה שהמודרניזציה תרמה רבות ליעילות הקרבית של האוניות והתאימה אותן למציאות המשתנה תדיר של האיומים בים, ניתן לראות בציטוט של אדמירל סרגיי גורשקוב, מפקד הצי הסובייטי באותה התקופה, לאחר שראה תרגיל ימי של נאט"ו שכלל את האיווה:
חימוש.
אוניות המערכה מסדרת איווה היו בין האוניות החמושות ביותר ששירתו בצי האמריקאי. הסוללה הראשית של תותחי ה-16 אינץ' הייתה יכולה לתקוף מטרות בטווח של יותר מ-39 קילומטר עם מגוון רחב של פגזים, החל מפגזים חודרי שריון רגילים, ועד לפגזי נשק גרעיני טקטי. הסוללה המשנית, בעלת קליבר וטווח קטנים הרבה יותר, הייתה יכולה להסב פגיעות חמורות לספינות קטנות ולמטוסים חודרים. האוניות נבנו במקור עם תותחי נ"מ רבים בקוטר 40 מ"מ. תותחים אלו הוחלפו במהלך השנים בטילי ים-אוויר, במערכות לוחמה אלקטרונית וכן במערכות נגד טילים מדגם "פלנקס".
סוללה ראשית.
החימוש העיקרי של האוניות מסדרת איווה הוא תשעה תותחי 16 אינץ' (406 מ"מ)\50-קליבר המותקנים בשלושה צריחים בעלי שלושה תותחים כל אחד: שני צריחים לפני מבנה העל וצריח נוסף מאחוריו. אורכם של התותחים הוא 20 מטר (היחס בין אורך התותח לקוטרו הוא בערך 50, ומכאן הביטוי 50-קליבר). התותח בולט כ-13 מטר מהצריח. כל תותח שוקל בערך 108,000 ק"ג, קרוב למשקלה של מעבורת החלל. התותח יורה פגזים השוקלים בין 850 ל-1200 ק"ג, במהירות לוע מקסימלית של 820 מטר לשנייה, ולטווח של עד 39 ק"מ. כשפגז נורה לטווח המקסימלי הוא שוהה באוויר יותר מדקה וחצי בזמן מעופו.
מעל פני הסיפון בולט רק ראש הצריח. הצריחים משתרעים על פני ארבעה סיפונים (צריחים מספר 1 ו-3) או חמישה סיפונים (צריח מספר 2). החללים התחתונים של הצריחים כוללים חדרים לעיבוד ולטיפול בפגזים ומקומות אחסון לחומר הנפץ ההודף המשמש לירי. תפעול כל צריח דורש צוות של בין 77 ל-110 מלחים. הצריחים אינם מחוברים לאונייה אלא מונחים על גלגלים מיוחדים. לכן, לו הייתה האונייה מתהפכת היו הצריחים נופלים החוצה. (צילומים תת-מימיים של הביסמרק מראים בתי צריח ריקים, שהתפנו בזמן טביעתה).
כל תותח בצריח יכול להתרומם ללא תלות בשני התותחים הנוספים. כמו כן יכול כל תותח לירות באופן עצמאי. האונייה יכולה לירות בכל צירוף אפשרי של תותחים, כולל מטח מכל התותחים בבת אחת. בניגוד למיתוס פופולרי אין הרתע מסיט את האונייה הצידה באופן משמעותי, אפילו בעת ירי של הסוללה כולה. התותחים יכולים להתרומם מזווית של −5° ועד 45°+, במהירות של עד ל-12° בשנייה. הצריחים יכולים להסתובב בערך 300° במהירות של 4° לשנייה. התותחים לעולם אינם יורים ישירות קדימה.
לכל תותח יש מחסן תחמושת של 108 פגזים ובסך הכל האונייה מצוידת ב-972 פגזים.
התותחים הגדולים תוכננו לירות פגזי 16 אינץ' (406 מ"מ) רגילים, אך התקדמות ושיפורים טכנולוגיים הובילו לפיתוח סוגים נוספים של פגזים, לרבות:
סוללה משנית ומערכות נ"מ.
הסוללה המשנית של הספינה כללה תותחים בקוטר 5 אינץ'\38-קליבר בסדרה של צריחים כפולים. בתחילה יועדה הסוללה המשנית להיות חלק ממערכת הנ"מ של האונייה, אך עם הגידול במהירות ובכושר התמרון של המטוסים קטנה יעילות התותחים בתפקיד זה. השימוש בתותחים אלה התרבה שוב לקראת סוף מלחמת העולם השנייה, עם פיתוחם של פגזי 5 אינץ' בעלי מרעום קרבה שהתפוצצו ליד המטרה ולא דרשו פגיעה ישירה בה. עם הזמן, תפקידה של הסוללה המשנית עבר בעיקר להפגזת חוף מטווח קצר וכן להגנה מפני כלי שיט קטנים. עד למודרניזציה בתחילת שנות ה-80 היו מוצבים על האונייה עשרה צריחים כפולים של תותחי ה-5 אינץ', חמישה בכל צד של האונייה. במהלך תהליך המודרניזציה הוסרו מכל צד שני צריחים שנמצאו בירכתי מבנה העל על מנת לפנות מקום לטילים, וכך נשארו על האוניות שישה צריחים בלבד. התותחים הם בעלי טווח אפקטיבי של 14 ק"מ, וקצב הירי שלהם מוגבל על ידי ביצועי הצוות. צוות טוב יכול לשחרר בין 16 ל-23 פגזים בדקה.
התקיפה הבריטית בטרנטו והתקיפה היפנית על פרל הארבור הבהירו שכוח אווירי עומד לשחק תפקיד חשוב במלחמה. האוניות מסדרת איווה תוכננו להיות פלטפורמות נ"מ מטילות אימה. כל אחת מהאוניות נשאה 20 צריחים של תותחי "בופורס" בקוטר 40 מ"מ, ובכל צריח הוצבו ארבעה תותחים. כמו כן הוצבו גם 49 תותחי "אורליקון" 20 מ"מ על כל אונייה. עד סוף מלחמת העולם השנייה הפסיקו תותחי ה-20 מ"מ להיות נשק נ"מ יעיל, מכיוון שכוח העצירה שלהם לא הספיק כנגד המטוסים הכבדים והמהירים יותר שפותחו לקראת סוף המלחמה. הבעיה הייתה חמורה אף יותר בכל הקשור לעצירת מתקפות הקמיקזה. עד לשנת 1950 הוסרו מהאוניות כמעט כל תותחי ה-20 מ"מ. במהלך תהליך המודרניזציה של שנות ה-80 הבין הצי שלא ניתן יהיה לפגוע במטוס קרב סילוני מהיר בעזרת תותחי ה-40 מ"מ. על כן הוסרו מהאוניות כל תותחי ה-40 מ"מ, והמקלעים האחרונים בקוטר 20 מ"מ. במקומם התקין הצי בכל אונייה ארבע מערכות נ"מ מדגם "פלנקס".
טילים.
במהלך תהליך המודרניזציה של שנות ה-80 הותקנו על האוניות שלוש מערכות נשק חשובות. הראשונה היא מערכת ה-"פלנקס". שתי המערכות האחרות הן טילים המסוגלים לפגוע הן במטרות יבשה והן במטרות ימיות.
כל אחת מהאוניות בסדרת איווה צוידה ב-16 טילי שיוט ים-ים מדגם AGM-84 הרפון. צינורות השיגור נמצאים בצמוד לארובה האחורית, בכל צד שלה נמצאים שמונה צינורות - ארבעה בכל פוד. טווח טיל ההרפון הוא 85 מיילים ימיים (157 ק"מ). כדי להגדיל את הטווח והדיוק כנגד מטרות יבשתיות נוספו לאוניות האיווה 32 טילי שיוט ים-חוף מדגם BGM-109 טומהוק, שנמצאים בשמונה משגרי תיבות משוריינות.
במהלך מלחמת המפרץ השתמשו האוניות מיזורי וויסקונסין בטילי הטומהוק באופן נרחב. במהלך המלחמה שימשה הוויסקונסין כמפקדת התקיפה בטילי הטומהוק, ותזמנה את רצף השיגורים שסימנו את תחילתו של מבצע "סופה במדבר". כדי לפנות מקום למערכות הנשק החדשות היה צורך להסיר ארבעה מצריחי התותחים בקוטר 5 אינץ'\38-קליבר של האוניות.
מטוסים וכלי טיס.
כמו רוב אוניות המערכה האחרונות, גם האוניות מסדרת איווה צוידו בכלי טיס למטרות סיור והכוונת תותחים.
המטוסים המוקדמים היו מטוסי ים ששוגרו בעזרת מעוטים שהיו מותקנים על סיפון הירכתיים של האונייה. לאחר השלמת משימתם היו המטוסים נוחתים על פני המים, שטים אל ירכתי האונייה, ומורמים בעזרת עגורן חזרה אל המעוט. בתחילה נשאו האוניות מטוסים מדגם OS2U "קינגפישר" (Kingfisher). מטוסי סיור ימיים אלו היו בעלי חימוש מועט ושימשו אך ורק למטרות תצפית והכוונת תותחים. בדרך כלל נשאו האוניות מסדרת האיווה שלושה מטוסים כל אחת, שניים על המעוטים ועוד אחד על משטח קרוב. בתחילת 1945 הוחלפו מטוסי ה"קינגפישר" במטוסי SC "סי-הוק" (Seahawk).