במהלך מצב החירום הרגו כוחות הביטחון 6,710 מחברי ה-MNLA ושבו 1,287. 2,702 מלוחמי המחתרת נכנעו מיוזמתם במהלך הלחימה וכ-500 נוספים נכנעו בסיום העימות. 1,345 חיילים ושוטרים מלאים נהרגו בקרבות, בנוסף ל-519 אנשי כוחות חבר העמים הבריטי. 2,478 אזרחים מצאו את מותם, בנוסף ל-810 שהוכרו כנעדרים.
פשעי מלחמה.
עינויים.
במהלך העימות במלאיה, היו מקרים במהלך פעולות קרביות לאיתור מורדים בהם הבריטים כלאו ועינו כפריים שנחשדו בסיוע למורדים. בראיין לפינג ציין שהייתה "התנהגות אכזרית של הכוחות הבריטים, שבאופן שגרתי הכו כפריים סינים כאשר הם סירבו, או ככל הנראה לא היו מוסגלים, לספק מידע" על המורדים. העיתון Scotsman שיבח את הטקטיקות הללו כנוהג ראוי מאחר ש"נאמר לאיכרים תמימים והם האמינו שהמנהיגים הקומוניסטים חסינים מפני פגיעה". כמה אזרחים ועצורים אף נורו, בין בשל ניסיונם להימלט מאפשרות שיאלצו לסייע למורדים, או פשוט בשל סירובם לסייע לכוחות המודיעין הבריטים. טקטיות אלו גרמו ליחסי מתיחות בין האזרחים לבין הכוחות הבריטים במלאיה ולפיכך השיגו את התוצאה ההפוכה ומנעו את המשאב החשוב ביותר בלוחמה במורדים, מודיעין טוב. הכוחות הבריטים לא יכלו לפעמים להבחין בהבדל בין לוחמים פעילים לבין אזרחים בלתי מעורבים כאשר הם ניהלו את הלחימה בג'ונגלים, זאת בשל העובדה שלוחמי הגרילה לבשו בגדים אזרחיים וזכו לתמיכה מהאוכלוסייה האזרחית.
טבח בטאנג קאלי.
בטבח בטאנג קאלי נהרגו 24 כפריים על ידי חיילים מחלקה 7 של פלוגה G של הגדוד השני של המשמר הסקוטי, לאחר שהם הקיפו מטע גומי בסוגאי רימו ליד בטאנג קאלי שבסלנגור בדצמבר 1948. רבות מגופות הקורבנות נמצאו כשהן מושחתות והכפר בטאנג קאלי הועלה באש עד היסוד. כאשר נערך בכפר חיפוש לא נמצאו בו שום כלי נשק. הניצול היחידי מהטבח היה אדם בשם צ'ונג הונג שהיה אז בשנות העשרים לחייו. הוא התעלף והעמיד פני מת. מאוחר יותר היה הטבח למוקד של מאבק שנמשך עשרות שנים בין ממשלת בריטניה לבין משפחות ההרוגים.
עריפות ראשי והטלות מומים.
עריפות ראשים והטלת מומים בחשודים כמורדים על ידי הכוחות הבריטים היו גם הם דרך לזהות לוחמי גרילה מתים כאשר לא היה ניתן להביא את גופותיהם מהג'ונגלים. תצלום של לוחם קומנדו של חיל הנחתים המלכותי שמחזיק בידם שני ראשים של מורדים גרם לשערורייה ציבורית באפריל 1952. בתחילה טען דובר של האדמירליות שהתצלומים מזויפים. אך זמן קצר לאחר מכן אישר שר המושבות אוליבר ליטלטון (לאחר וידוי העניין אצל ג'רלד טמפלר) באוזני חברי הפרלמנט שהתצלומים אכן מקוריים. בשיחות בלתי רשמיות ציינו גורמים במשרד המושבות "שאין ספק שעל פי החוק הבינלאומי מקרה דומה בעת מלחמה היה נחשב לפשע מלחמה". היו גם מקרים של לוחמי גרילה מתים שגופותיהם הוצגו בפומבי לצורך זיהוי וכדי ללכוד קרובי משפחה אבלים.
השימוש במחנות מעצר - "כפרים חדשים".
כחלק מתוכנית בריגס שנרקמה על ידי הגנרל הבריטי סר הרולד בריגס, 500,000 בני אדם, כעשרית מכל אוכלוסיית מלאיה, הועברו בכוח ממקומות מגוריהם. עשרות אלפי בתים נהרסו ואנשים רבים נכלאו במחנות שמורים שכונו "כפרים חדשים" . מטרת צעדים אלו הייתה להטיל ענישה קולקטיבית על כפרים שתושביהם נחשדו בסיוע למורדים וכדי לבודד את האזרחים מפעילות לוחמי הגרילה. בה בשעה שפעילות זו נחשבה כחיונית, בכמה מהמקרים לא ניתן היה להצדיק את מעשי ההרס של הכפרים המעורבים כצורך צבאי. מעשים אלו נאסרו באמנות ז'נבה ובמשפט הבינלאומי המקובל, שציין שאסור שיבוצע הרס רכוש, אלא אם כן המעשה חיוני מבחינת הצרכים הצבאיים.
פשעי מלחמה נוספים.
הכוחות הבריטים נהגו למלכד מאגרי מזון בג'ונגלים, להעלות באש כפרים ולספק בחשאי למורדים רימוני יד וקליעים שהתפוצצו בידיהם של מי שהפעילו אותם. מיוני 1948 ועד אפריל 1950 הוגלו 35,000, כולל אנשים שלא יכלו לעזוב את מלאיה.
ההשוואה עם וייטנאם.
הבדלים.
מצב החירום המלאי ומלחמת וייטנאם זכו להשוואות רבות ונשאלה השאלה על ידי היסטוריונים שונים כיצד הכוחות הבריטים שמנו 35,000 זכו להצלחה במקום בו מעל חצי מיליון חיילים אמריקאים ובעלי בריתם כשלו בשטח קטן יותר. קיימים מספר הבדלים בין שני העימותים:
קווי דמיון.
רבות מהטקטיקות שהאמריקאים השתמשו בהם בווייטנאם היו דומות לאלו שהבריטים עשו בהם שימוש במלאיה.
אייג'נט אורנג'.
במהלך מצב החירום המלאי, הייתה בריטניה המדינה הראשונה שיישמה את השימוש בקוטלי עשבים ובכימיקלים משירי עלים , כדי להשמיד שיחים, יבולי מזון ועצים כדי למנוע מהמורדים מחסה וכחלק מהמערכה למניעת מזון מהמורדים. בכימיקלים 2,4,5-T ו-2,4-D (אייג'נט אורנג') נעשה שימוש כדי לפנות נתיבי אספקה ותקשורת וכדי להשמיד יבולי מזון כחלק מהאסטרטגיה. ב-1952 ה-2,4,5-T, ותערובות של קוטלי עשבים פוזרו לאורך כמה כבישי מפתח. מיוני ועד אוקטובר אותה שנה, רוססו 5 קמ"ר רבועים של שטחי צמחייה בצידי הדרכים ושהיו מקומות אפשריים למארבים. הבריטים דיווחו שניתן היה להחליף את השימוש בקוטלי העשבים ובמשירי העלים באמצעות הסרה פיזית ופעולות הריסוס הופסקו. עם זאת, לאחר שאסטרטגיה זו כשלה, חודש בפברואר 1953 השימוש בכימיקלים לצורך מאבק במורדים בהוראתו של הגנרל ג'רלד טמפלר, כאמצעי להשמדת יבולי מזון שגודל על ידי הכוחות הקומוניסטים בג'ונגלים. מסוקים ומטוסים פיזרו חומצה טריקלוראצטית וטריאוקסאון, יחד עם כדוריות של כלורופניל, אל שדות של גידולים כמו בטטות ותירס. רבים מהחיילים הבריטים שעשו שימוש בכימיקלים הללו, סבלו במשך שנים מהשפעות ביראותיות של החשיפה אליהם. מספר מוערך של 10,000 אזרחים ומורדים במלאיה סבלו גם הם קשות מהשפעות החומרים, אף על פי שהיסטוריונים רבים מסכימים שהמספרים היו גדולים יותר, בהנחה שנעשה שימוש באייג'נט אורנג' בקנה מידה רחב בעימות במלאיה ולא כמו ארצות הברית, ממשלת בריטניה ביצעה מניפולציות במספרים ושמרה על המידע בסודיות רבה מחשש לדעת קהל עולמית שלילית. חישוף השטחים מהצמחייה למשך זמן ארוך השפיע גם על סחיפת הקרקע במלאיה.
לאחר תום מצב החירום המלאי ב-1960, בחנה ארצות הברית את התקדים הבריטי והחליטה שהשימוש בכימיקלים הוא אמצעי חוקי על פי דיני המלחמה. מזכיר המדינה של ארצות הברית, דין ראסק, המליץ בפני הנשיא ג'ון פיצג'רלד קנדי לפעול על פי התקדים של השימוש בקוטלי העשבים כפי שנעשה על ידי הבריטים במלאיה.
תקיפות אוויריות.
כמו חיל האוויר של ארצות הברית בווייטנאם, נעשה שימוש בהפצצות שטיח במלאיה על ידי חיל האוויר המלכותי במשך כל מצב החירום. בריטניה ביצעה 4,500 תקיפות אוויריות בחמש השנים הראשונות של העימות. רמת המיפוי הייתה גרועה, דרכי התקשורת היו לקויות, המטאורולוגיה הייתה לא הייתה לטובתם של הטייסים ושדות התעופה היו בצמצום. נעשה שימוש בטכניקת גישוש סביב לעמדות האויב (סוג של "הפגנת כוח"), והפצצתם של נתיבי מילוט אפשריים הייתה אף היא בשימוש לעיתים. ההיסטוריון רוברט ג'קסון אמר: במהלך שנת 1956, הוטלו כמעט 250 טונות של פצצות על מיקום משוער של אחד מבסיסי המורדים, אך החוסר במיקומים מדויקים הפך את השפעת ההפצצות לכמעט אפסית. הבסיס הופצץ שוב בראשית מאי 1957, אז הוטלו יותר מ-40 טונות נוספים, אך בשל מידע בלתי מדויק, הוטלו פצצות אלו במרחק של כ-250 מטרים מהיעד. ב-15 במאי אותה שנה הוטלו כ-30 טונות נוספים". "התקפה זו הייתה מוצלחת", מציין ג'קסון, "ארבעה טרוריסטים נהרגו". ג'קסון אף ציין שפצצות ממורעמות במשקל 500 ליברה (1.1 טון) הוטלו החל מאוגוסט 1948 והשטח בו כל אחת מהן פגעו ביעילות היה כ-1,400 מטר רבוע. כלי נשק יעיל נוסף היו פצצות נפיצות של 20 ליברה (9 ק"ג), קודמותיהם של פצצות המצרר. "מאחר שמפציצי הסנדרלנד יכלו לשאת מטען של 190 פצצות כאלה, השפעתם על מוראל הטרוריסטים היה משמעותי", ציין ג'קסון. "לרוע המזל, השימוש בפצצות אלו לא היה במספרים גדולים, על אף הפוטנציאל המעולה שלהן כנשק הטרדה". באחת ההזדמנויות הטיל מפציץ לינקולן "את הפצצות במרחק של שני ק"מ מהמטרה, הרג 12 אזרחים ופצע 26 נוספים". הבריטים דיווחו שככלל ההפצצות בג'ונגלים היו בזבוז של מאמץ בשל חוסר הדיוק של מיקום המטרות וחוסר האפשרות לוודא אם המטרות היו עוינות אם לאו. במשך כל 12 שנות מצב החירום, נהרגו בין 670 ל-995 בלתי מעורבים בהפצצות מטוסי חיל האוויר המלכותי.
תוכניות טרנספר.