את מרב שנות פעילותו כחוקר הקדיש יוסף דרורי לנושא עברה האסלאמי של ארץ ישראל. בתחום רחב, אך לרוב בלתי מוכר זה כתב ופרסם מאמרים רבים שיש בהם משום חידוש וראייה מקורית.
במה שקשור לתקופה המוסלמית הראשונה ולעידן הכיבושים פרסם מאמר בשם "היכן הייתה המגפה?" ובו הוא קובע כי האתר עמואס, המזוהה במסורת המוסלמית כמקום ריכוזם של הלוחמים שכבשו את ארץ ישראל ובו נספו בכירי הלוחמים במגפה קטלנית, אין לראותו במערב הירדן (סמוך ללטרון של ימינו, בכפר שנשא שם זה ושנתקיים עד מלחמת ששת הימים), כי אם ממזרח לירדן במקום הנושא שם דומה. המיקום המוצע על ידי דרורי תואם את נתיב תנועת הכוחות, מסתייע במיקומם הסמוך של מאהלי שבטים ותיקים, בקברי לוחמים נודעים ובשמו שנשכח במידה מסוימת של המקום (עמתא). מסקנה זו מעלה תמונה אחרת של נתיבי הכיבוש הערבי והצלחותיו (המהוססות, המוגבלות והאטיות) בחדירה לפנים הארץ המיושבת.
לגבי סוף התקופה הערבית המוקדמת פרסם יוסף דרורי לקט של כארבעים קטעים המפוזרים בכמה חיבורים פרי עטו של נוסע ספרדי בשם אבן אלערבי. הספר על אבן אלערבי, המתעד האחרון של התקופה המוסלמית לפני נפילת הארץ לידי הצלבנים, משרטט את דמותו של מלומד משכיל מימי ביניים, מוריו, עמדותיו הרעיוניות, אבחנותיו ותצפיותיו ומעמיד תמונה עשירה ומקורית של אופי החיים בערי הארץ (טבריה, אשקלון, חברון, ירושלים) בסוף המאה האחת-עשרה.
תרומתו של יוסף דרורי לחקר התקופה האיובית, מלבד תרגום איגרת הניצחון של צלאח אלדין, אחרי כיבוש ירושלים הוא התווית דמותם של שני נסיכים מוכרים, אך שלא זכו מעולם למונוגרפיה. הכרת קורותיהם של נסיכים אלה אלמלכ אלאפצ'ל (בנו של צלאח אלדין) ואלנאצר דאוד (בנו של אלמעט'ם עיסא) מאפשרת היכרות עם היבט מכריע של התקופה והשלטון האיובי, שניווט את דרכו בין מרחבים עצומים (מתימן עד מסופוטמיה), לחצים צבאיים ממערב וממזרח, ופיצול פוליטי רב שעיקר את האפשרות לשרוד מול יריבים צבאיים כישרוניים. מנגד, בחצרות השליטים התפתחה תרבות מוסלמית חילונית (שירה, דקדוק, אגרות, היסטוריה) שהוכרה כבעלת יוקרה.
עיקר עניינו המחקרי של יוסף דרורי הוא בהעמקת קווי המתאר של היישוב בארץ ישראל בתקופה הממלוכית שלא נהנתה לפנים מעיון מזרחני נמרץ. פרק פרוגרמטי עוסק בשאלת רישום שלטון הממלוכים בארץ (הישגיהם וכישלונותיהם) ומאמר אחד מתאר את תרומת המקורות הממלוכיים להכרת הארץ. למאמר שנכתב לפני שלושים שנה והוא עדיין רב חשיבות נוספו זה לא מכבר השלמות ועדכונים. המאמרים העיקריים עוסקים בדמותו וברישום מעלליו של נביא הבית של הסולטאן ביברס - תוך ניצול מקורות שומרוניים-, בכיבושה של צפת והפיכתה - בהחלטה מחושבת של ביברס, הכובש, לעיר ראשה בגליל העליון לראשונה בתולדותיה. צפת הממלוכית נבנתה ואוישה על ידי הממלוכים ומשכה אליה מאוחר יותר אף את היישוב היהודי שראה בה עיר קודש. באופן דומה כתב דרורי על ירושלים, מתארה הפיזי, מושליה, צורת הממשל בה והפעילות החינוכית שהונהגה במוסדות הלימוד שלה, שחלקם קיים עד ימינו. במאמר אחר הוא הצביע על תרומת הממלוכים לחברון והפיכתם אותה מאתר המרוכז בלעדית סביב מתחם הקודש, לעיר שיש לה שכונות, תושבים ופרנסות נוספות.
שניים ממאמריו של דרורי בהם הוא עושה שימוש רב במקורות הממלוכיים הענפים, הם על דמויות ארצישראליות נודעות במאה הארבע עשרה, האחד אבן ארסלאן חסיד ובעל מופתים יליד רמלה, שאף ליכד סביבו חבורת מעריצים שהבליטה את עמדותיה בענייני דיומא, והאחר ברהאן אלדין אבן ג'מאעה, שופט ירושלמי שנקרא לכהן בקהיר, אך גילה - באופן יוצא דופן - יכולת עמידה מול לחצי השליטים ולא נעתר לגחמותיהם.
בתחום הממלוכי הרחב פרסם יוסף דרורי מאמרים על נסיך ממלוכי בשם אלנאצר אחמד, שמאן לשלוט מן הבירה בקהיר וטען לזכותו למשול מעיר שדה מדברית, ועל השדרוג בתפקיד הדואדאר, לכאורה, כך נאמר בספרי היעץ, לבלר בשרות משרד האגרות הממשלתי, אך בפועל עוזר בכיר, דיפלומט ויועץ צבאי בשדה הקרב לשליטים הממלוכים המאוחרים.
ניתן לסכם ולראות את יצירתו של יוסף דרורי בנושא תולדות הארץ בתקופה המוסלמית ובתקופה הממלוכית במיוחד בקידום ניכר של ידיעותינו בתחום מבחינה אורבנית וניהולית; הערכת תרומת הערבים והשליטים הממלוכים לערי הארץ ולחיי הרוח שלהן, תוך ניצול מסיבי של מגוון המקורות הכתובים העומדים לרשותנו, העשרתם ומיון מעלתם.
יוסף דרורי נמנה עם עורכי "ספר ירושלים בתקופה הממלוכית".
כנסיית הזיכרון על שם הקייזר וילהלם
כנסיית הזיכרון על שם הקייזר וילהלם (בגרמנית: Kaiser-Wilhelm-Gedächtniskirche - "קייזר וילהלם גדכטניסקירכה") היא כנסייה פרוטסטנטית הנמצאת בכיכר ברייטשייד בין הרחובות קורפירסטנדאם, טאואנצין ורחוב בודפשט ברובע שרלוטנבורג בברלין.
הכנסייה המקורית נבנתה בשנות ה-90 של המאה ה-19. היא ניזוקה קשות בהפצצות מהאוויר בשנת 1943. המבנה הנוכחי נבנה בין השנים 1959–1963 ומורכב מכנסייה, אולם כניסה הצמוד אליה, ומגדל פעמונים נפרד, שאליו צמוד אולם תפילה נוסף. הצריח המופצץ של הכנסייה הישנה נשמר וקומת הקרקע שלו הפכה לאולם זיכרון.
הכנסייה הישנה.
הקייזר וילהלם השני היה זה שבחר את האתר שבו תיבנה הכנסייה. הוא קרא לה על שם סבו הקייזר וילהלם הראשון. בתחרות על עיצוב הכנסייה זכה האדריכל פרנץ שווכטן, יליד קלן, שתכנן את תחנת הרכבת אנהלט ומאוחר יותר הפך לאדריכל המלכותי ולחבר האקדמיה לבנייה. תוכניתו של שווכטן כללה מבנה בסגנון נאו רומנסקי, בדומה לכנסיות מאזור חבל הריין, ובו בין היתר פסיפס קיר בשטח של 2,740 מטר רבוע המתאר את חיי הקייזר. הכנסייה תוכננה בצורה אסימטרית לרחוב, וחלקים ממנה מזכירים את מנזר בון ואת כנסיית מרים הקדושה בגלנהאוזן. הכנסייה עודדה תחייה של הסגנון הנאו-רומנסקי ובניינים רבים בסביבתה נבנו בסגנון דומה, והעניקו לאזור את הכינוי "הפורום הרומאי". דוגמה למבנה כזה היה בית הקפה הרומאני ששכן במקום בו שוכן היום אירופה סנטר, שגם אותו תכנן שווכטן.
הקייזר ראה חשיבות רבה בהקמת כנסיית הזיכרון, התערב בתוכניותיה וביקר באתר הבנייה מספר פעמים. עם זאת, משפחת המלוכה לא השתתפה בעלויות הבנייה, שהגיעו ל-6.8 מיליון מארקים. אבן הפינה של הכנסייה הונחה ב-22 במרץ 1891, יום הולדתו של וילהלם הראשון, והיא נחנכה ב-1 בספטמבר 1895, אף שעבודות הבנייה על אולם הכניסה שלה הסתיימו רק ב-22 בפברואר 1906. לכנסייה היו חמישה מגדלים - הגבוה מביניהם התנשא לגובה 113 מטר והיה המבנה הגובה ביותר בעיר בעת בנייתו. אולם התפילה הכיל 2,000 מושבים. העתק של הכנסייה בקנה מידה של 1:10 נבנה בפרבר של העיר ורניגרודה.
העיצוב הפנימי.
הכנסייה הייתה מעוטרת בקישוטים רבים, בין היתר פסיפסים בעיצובו של האומן הרמן שפר, של המלאך מיכאל נלחם בדרקון, של מלכים חשובים בגרמניה של ימי הביניים ושל תהלוכה של הנסיכים לבית הוהנצולרן ונסיכים מתקופת הרפורמציה. בנוסף אפשר היה למצוא בכנסייה איורים הממחישים את רעיון השליטה בחסד האל (שאפילו בעת יצירתם כבר נחשבו למיושנים), פסלים של הפסל אדולף בריט שהוצבו רק בשנת 1906, וסדרה של תבליטים מתארת סצנות תנכיות, סצנות מחייו של וילהלם הראשון ודמויות סימבוליות המייצגות מלחמה ושלום.
הפעמונים.
בעת שהוצבו חמשת הפעמונים בכנסייה הם היו שניים בגודלם ובמשקלם רק לפעמונים של קתדרלת קלן. נאמר שהם היו מצלצלים בעוצמה כזו עד שהזאבים בגן החיות של ברלין היו מתחילים ליילל באימה. הפעמונים נוצקו מתותחים צרפתיים שנלקחו שלל במלחמת צרפת–פרוסיה ב-1871. כל אחד מהפעמונים נקרא בשם - המלכה לואיזה והקייזר וילהלם הראשון; אוגוסטה; גרמניה; פרידריך; וילהלם השני ואוגוסטה ויקטוריה.
הפצצת הכנסייה.
במלחמת העולם השנייה, במהלך הפצצה של חיל האוויר המלכותי בליל ה-23 בנובמבר 1943 הכנסייה ניזוקה קשות. הגג שמעל חלקה המרכזי התמוטט, כמו גם חלקו העליון של המגדל. חלקים גדולים מהכנסייה הושמדו, ורק חלק ממגדל הפעמון (שגובהו 68 מטרים) נותר עומד. השלטון הנאצי הבטיח לתושבי ברלין לשקם את הכנסייה בתום המלחמה ולבנות אותה מחדש כמבנה גדול יותר ומפואר יותר. עם זאת, בתום המלחמה בעלות הברית המנצחות לא ששו לממש תוכניות אלה, גם בשל המצב הכלכלי הקשה שבו נותרה גרמניה, וגם בשל החשש מגאווה לאומית גרמנית חדשה ששיקום המבנה עלול לעורר. המבנה נותר בהריסותיו, ורק ב-1956 פונו ההריסות מהחלקים שנותרו.
מגדל זה לא שוקם ונותר הרוס כאנדרטה למלחמה. תושבי ברלין מכנים את המגדל "השן החלולה" ("der Hohler Zahn") או "הליפסטיק" (Lippenstift) בשל צורתו.
הכנסייה החדשה.