ההסכם בוצע ככתבו וכלשונו. ועדת הפיקוח התכנסה ב-21 ביולי, בפיקודו של מייג'ר ג'נרל ג'ון אינגליס קרייסטול (John Inglis Chrystall), קצין בריטי ממוצא ניו זילנדי ששירת במזרח התיכון. דנץ המשיך לפקד על אנשיו שרוכזו באזור טריפולי. הוא אסר עליהם ליצור מגע עם אנשי צרפת החופשית, ואכן רובם הפליגו בחזרה לצרפת. רק 5,668 מתוך 37,736 החיילים הצרפתים בלבאנט הסכימו להצטרף אל צבאו של דה גול. פינויים המסודר של היתר בוצע בשמונה שיירות ימיות שיצאו בין 7 באוגוסט ל-27 בספטמבר 1941.
זמן מה הוחזקו דנץ ו-28 מקציניו במעצר בירושלים עד לשחרור השבויים ששבו מצרפת, אך לאחר שאלו שבו, הורשה דנץ לשוב לצרפת בתחילת ספטמבר 1941. לאחר המלחמה נדון דנץ למוות כמשתף פעולה. דה גול המתיק את עונשו למאסר עולם, וכעבור מספר חודשים, בדצמבר 1945 מת בעודו כלוא.
דה גול, שכבר נכנס ברוב טקס לדמשק ב-23 ביוני, והחל להשליט שם את שלטונו, ראה בהסכם עכו בגידה וישאית, המעבירה את הלבאנט, אדמה צרפתית, לידיה של בריטניה, ללא תמורה ראויה. הוא זעם על הסעיפים לפיהם תקבל בריטניה את הפיקוד על החילות המקומיים, והסעיפים המעבירים לידה את החימוש הצרפתי. ב-21 ביולי החל במגעים עם השר הבריטי לענייני המזרח התיכון, אוליבר ליטלטון. ליטלטון מונה זה עתה לתפקיד, וקבע את מושבו בקהיר. דה גול נפגש עמו ואיים עליו כי בתוך שלושה ימים יורה לגנרל קאטרו לקבל את השליטה האפקטיבית בסוריה ובלבנון, וזאת "מבלי שים לב לשיעור ההתנגדות בה ייתקל מאיזה צד שהוא" בסופו של דבר הגיעו הצדדים להסכם. אדגאר דה לרמינא ומרסיאל ואלן הגיעו להבנות עם הפיקוד הבריטי, לפיהן יועבר החימוש שייתפס בשטח לידי צרפת החופשית, וכך גם הפיקוד על החילות המקומיים. ב-25 ביולי שלח ליטלטון לדה גול איגרת בה הכיר באינטרס הצרפתי בלבאנט, וכי לאחר המלחמה, וגם לאחר עצמאותן של סוריה ולבנון "מן הדין שתהיה לצרפת עמדה מכרעת ועדיפה על פני כל אומות אירופה" דה גול השיב לליטלטון באיגרת ובה מסר כי "אני מקבל בשמחה את ההבהרות שנתת לי, לפיהן אין לבריטניה תביעות בסוריה ובלבנון והיא תכיר במעמדה המיוחד של צרפת, כשהמדינות הללו ישיגו עצמאות בהתאם להתחייבויותיה של 'צרפת החופשית' כלפיהן"
משמעותה המעשית של ההבנה הייתה כי הממשל האזרחי בסוריה ובלבנון יינתן לנציב מטעם צרפת החופשית, הוא קאטרו, אך דה גול הכיר ב"אחדות הפיקוד" והציב את אנשיו תחת פיקוד מזרח התיכון של הבריטים למטרות מבצעיות. כן הכיר בכך שכאשר יעמידו הבריטים דרישות ביטחוניות, על השלטונות האזרחיים הצרפתיים בלבאנט יהיה להיענות להן.
ב-27 ביולי נכנס דה גול לביירות, והתקבל שם על ידי ראש הממשלה, אלפרד נקאש. זמן מה נמשכו עוד הסכסוכים בין אנשי צרפת החופשית, ובין אנשיו של וילסון, שביקשו דריסת רגל בלבאנט, וניסו לספח אליהם יחידות צבא מקומיות. לאחר ישיבות נוספות שהתקיימו בתחילת אוגוסט בין דה גול וליטלטון, הגיעו הצדדים להסכמה, וצרפת החופשית פרשה את שלטונה על הלבאנט הצרפתי.
תוצאות המערכה.
מעמדן של סוריה ולבנון.
לאחר נפילת שלטון וישי, התייצב שלטון אנשי צרפת החופשית בסוריה ובלבנון, בראשותו של הנציב ז'ורז' קאטרו. להלכה, היה השלטון החדש מחויב לעצמאות סוריה ולבנון. ב-27 בספטמבר 1941 הכריז קאטרו על עצמאות סוריה במילים "מעתה נהנית המדינה הסורית מכל הזכויות של מדינה עצמאית וסוברנית. ההגבלות היחידות על זכויות אלו נובעות מצרכי הנהלת המלחמה והשמירה על ביטחון הארץ והשמירה על ביטחון הברית. בו בזמן מחייבת עמדת סוריה כבת בריתה של צרפת החופשית ובריטניה שמדיניותה תהיה מתאימה למדיניות בנות בריתה." בפועל ניסו אנשי צרפת החופשית לשמור על המשטר הקולוניאלי, וזאת תוך לחצים מבפנים ומיתר בעלות הברית לקדם את עצמאות סוריה ולבנון כמובטח.
בתחילה מינה קאטרו ממשלות בסוריה ובלבנון. ממשל זה היה מורכב מאישים מקומיים, אך אלו מונו ולא נבחרו. בשנת 1943 נערכו בחירות בשתי המדינות, על פי חוקותיהן ששבו לתוקף לאחר שהופקעו בשנת 1939. בבחירות נבחר שוכרי אל-קוותלי לנשיא סוריה, ובשארה אל-ח'ורי לנשיא לבנון. שתי המדינות החליטו בסמוך לאחר הבחירות לבטל את זכויות היתר של הצרפתים על פי חוקותיהן. שתי המדינות ניהלו מאבק שהיה לעיתים אלים כנגד ניסיונות צרפת לשמור על מעמדה העדיף בשטחים אלו. בסופו של דבר פינו הצרפתים את חייליהם מסוריה ומלבנון עד 1946. תפיסתם של דה גול וקאטרו לגבי "המעמד העדיף", וראייתם את המאבק הצבאי והמדיני כמאבק בין בריטניה לצרפת על שליטה במושבות (מאבק שנוהל לאחר מכן גם במגרב, בו שהו לאחר מבצע לפיד חיילים אמריקנים ובריטים) הייתה מיושנת, ולא תאמה את התקופה שעתידה הייתה להגיע לאחר המלחמה.
השפעת המערכה על מלחמת העולם השנייה.
המערכה בסוריה ובלבנון הייתה בעלת השפעה מזערית כשלעצמה. מאורעות אחרים באותה התקופה מעמידים אותה בצל - הלחימה העיקשת של רומל במדבר המערבי, שהביאה להחלפתו של ויוול באוקינלק בראשית יולי, בעוד המערכה בסוריה ובלבנון עומדת בעיצומה, ומבצע ברברוסה, הפלישה הגרמנית לברית המועצות, ב-22 ביוני 1941, שהיוותה התפתחות חשובה לאין ערוך.
בראייה זו יש לראות את המערכה בסוריה כחלק מרכזי בשלוש המערכות במזרח התיכון, המלחמה האנגלו-עיראקית שלפניה, והפלישה הבריטית - סובייטית לאיראן שבאה לאחריה. שלוש מערכות אלו, בהן פעלו הבריטים באופן דומה למניעת השתלטות מדינות הציר על מדינות עצמאיות או עצמאיות למחצה, השיגו מספר מטרות חשובות.
האיום המיידי שהביא ללחימה מלכתחילה היה האיום על נתיבי התחבורה בים התיכון ובתעלת סואץ ועל הבסיסים הבריטיים בארץ ישראל, בקפריסין ובשאר מדינות האזור. צ'רצ'יל חזה כי "אם ישלטו הגרמנים על סוריה, יהיו מצרים, אזור התעלה החיוני ובתי הזיקוק בעבדן נתונים במישרים לאיום של התקפה אווירית מתמדת. סכנה תהיה צפויה לקווי התחבורה היבשתיים שלנו בין ארץ ישראל לעיראק. אפשר מאוד שיהיו לדבר הדים פוליטיים במצרים, ומעמדנו הדיפלומטי בטורקיה וברחבי המזרח התיכון יוחלש במידה חמורה". מערכות אלו לא הביאו להסרת האיום, שכן במקביל להם התרחשה הלחימה במדבר המערבי, שם היה בידו של רומל לאיים על התעלה ועל אזור ארץ ישראל, לו היה מצליח להכריע את הארמייה השמינית. איום זה הוסר רק בעקבות קרב אל עלמיין בסוף שנת 1942.
האיום האסטרטגי הנוסף נגע ללחימה בברית המועצות. האפשרות לחבירה ויצירת רצף בין כוחות הציר הלוחמים בברית המועצות ואלו הלוחמים במזרח התיכון הייתה מסוכנת ביותר. היה צורך בתקיעת טריז בין שתי זירות הלחימה, שמצד אחד ימנע את יצירת הרצף, ומצד שני יבטיח את נתיבי האספקה שהפכו לחשובים ביותר, דרך תעלת סואץ, עיראק, איראן ומשם לדרום ברית המועצות. דרך נתיבים אלו הועברה אספקה חיונית ביותר לברית המועצות, והאיום עליהם היווה איום אסטרטגי משמעותי, מעבר לערך הטריטוריאלי של השליטה בסוריה ובלבנון כשלעצמה.
הצלחת המערכה בסוריה מנעה את סכנת הצטרפות טורקיה למדינות הציר. טורקיה הנייטרלית, השוכנת במיקום אסטרטגי בעל ערך רב לשני הצדדים הלוחמים, עמדה בלחץ מתמיד להצטרף למדינות הציר. החזקת בעלות הברית בסוריה יצרה איזון שהיה בין הגורמים שמנעו, בסופו של דבר, את הצטרפות טורקיה לצד מדינות הציר, עד להכרזת המלחמה שלה על גרמניה, בפברואר 1945.
אך החשיבות העיקרית של שלוש המערכות הייתה חשיבות כלכלית. אמנם בתקופה זו לא הגיעה תפוקת הנפט במזרח התיכון לממדים שלאחר המלחמה, וארצות הברית הייתה יצרנית וספקית הנפט העיקרית של בעלות הברית (תפוקת הנפט מן המזרח התיכון עמדה רק על 5% מכלל התפוקה העולמית ב-1941), אך הנפט מן המזרח התיכון היה זול יותר לבריטים, ונמצא כבר במקום בו ניתן להשתמש בו, בעוד על הנפט האמריקני היה צורך לשלם בתנאי אשראי לא נוחים, והיה צורך להובילו בתקופה בה סער הקרב על האטלנטי.
ההיסטוריון רוברט ליימן סיכם את המערכות במילים אלו: "המערכות לא היו גדולות, הן התנהלו בלי קולות תרועה רמים ובמשאבים זעומים במידה מגוחכת בכל אחת מהן... אבל הן היו חיוניות להמשך קיומה של בריטניה."
השפעת המערכה על היישוב היהודי בארץ ישראל.
פעולתן של תשע חוליות הפלמ"ח, על אף שהשתתפו בה לוחמים ספורים, הייתה בעלת חשיבות רבה. עוד בזמן בו התרחשה הפעולה ייחס לה הפיקוד של ההגנה חשיבות עליונה, אך לאחריה היא היוותה את הבסיס למיתוס שהיה בסיס לבניית הפלמ"ח ככוח לוחם.
הצלחת הפעולה היוותה בסיס לשיתוף פעולה עם הבריטים, שנזקקו לכוח ההגנה העברי הסדיר לתוכניות ההגנה על ארץ ישראל. שיתוף פעולה זה היה הן במסגרת תוכניות ההגנה למקרה בו ירצו הגרמנים להפגיש את שתי זרועות המלקחיים - האחת בהתקדמות קורפוס אפריקה של רומל אל ארץ ישראל, והשנייה בתנועת הדיוויזיות הגרמניות למזרח התיכון דרך הקווקז שנראתה אפשרית בקיץ 1942 והן בשיתוף פעולה עם החוליות שפעלו בסוריה ובלבנון, בהם היו עדיין שרידים לממשל וישי. במסגרת זו הוקמה המחלקה הסורית של הפלמ"ח שפעלה פעולות חשאיות בסוריה ובלבנון. לאחר קרב אל עלמיין, בו הוסרה הסכנה, הסתיים שיתוף פעולה זה, והיחסים נעכרו. משנת 1943 ראו הבריטים את הפלמ"ח לא כשותף אסטרטגי במערכה, אלא כתנועת מחתרת העוינת את שלטונם בארץ ישראל.