עם מותו של ג'אן גסטונה דה מדיצ'י (1737), אחיו של פרדיננד וצאצא אחרון של משפחת מדיצ'י, עברה הווילה לדוכסים הגדולים החדשים של טוסקנה, בית הבסבורג-לורן, שהמשיכו להשתמש בה כמעון קיץ או כנקודת עצירה במהלך מסעותיהם לפראטו או לפיסטויה. עבודות התחזוקה והשיקום התקופתיות הנדרשות התבצעו, גם אם על פי האסטרטגיה הכלכלית של הדוכסים החדשים הם התכוונו לצמצם את הנכסים הכפריים: הם החלו להפסיק להשתמש בכמה וילות (כמו לאפג'י ואמברוג'אנה), כשהם מעבירים את הריהוט מווילות אלו לפאלאצו פיטי ולמגורים האחרים ששרדו. פוג'ו א קאיאנו לא סבלה מגורל זה, ורק רהיטים בודדים מעידים על אותה תקופה, כמו שידות קטנות מעץ יקר עם שיבוץ המתאר תצפיות ונופים. האדריכלים ג'וזפה וג'ובאני בטיסטה רוג'רי דאגו לשיפוץ כללי, כולל חידוש התיאטרון והצבת השעון בחזית.
בתקופת פרדיננד השלישי, הדוכס הגדול של טוסקנה היה הפארק מול הווילה מצויד בכמה מבנים ייחודיים להנאה: "גלגל ענק", נדנדה, "קרוסלה של חמורים" ו"קרוסלה של סוסים", אשר עדיין מוחזקים במחסן.
המאה ה-19.
עם הכיבוש הנפוליאוני נכנסה טוסקנה לתחום ההשפעה הצרפתי, תחילה כממלכת אטרוריה, ואחר כך כחלק מהאימפריה הצרפתית עצמה. הווילה עברה שינויים פנימיים וחיצוניים (במיוחד על ידי פסקוואלה פוצ'יאנטי) ביוזמתה של העוצרת מריה לואיסה, דוכסית לוקה ואחריה על ידי אליסה בונפרטה, אחותו של נפוליאון בונפרטה, שהייתה מ-1804 נסיכת לוקה ופיומבינו ומשנת 1809 הדוכסית הגדולה של טוסקנה. וילה די פוג'ו הפכה לאחת ממקומות המגורים האהובים עליה, ונראה כי רומן לכאורה בינה לבין הכנר המפורסם ניקולו פאגאניני, שערך קונצרטים רבים בתיאטרון הווילה, התרחש ממש כאן. בין היתר הופיעו בתיאטרון גם ג'ובאני פאיזלו, אטיין מאול וגספרה ספונטיני. ציורי הקיר הנאו-קלאסיים של הצייר לואיג'י קטאני מפראטו באולם הכניסה בקומה הראשונה ובשבעה-עשר חדרים של הווילה מתוארכים לתקופה זו, ובביצועם שיתפו פעולה אומנים שונים, תמיד בהנהגת קטאני.
בשנת 1811 תכנן ג'וזפה מנאטי (Giuseppe Manetti) על פי הזמנתה של אליסה בונפרטה גנים אנגלים חדשים, כשהוא מייצר שדרות לא סדירות, אגם קטן, וביתנים נאו-קלאסיים קטנים, כמו מקדש דיאנה. הפרויקט הושלם רק מאוחר יותר ורק בחלקו.
כאשר פירנצה הפכה לעיר בירה, דאג ויטוריו אמנואלה השני, מלך איטליה, חובב סוסים וציד, לסדר מחדש את הווילה: נבנו אורוות חדשות וכמה חדרים בקומת הקרקע עוצבו מחדש, כמו חדר הביליארד בקומת הקרקע או חדר האוכל בפרויקט של האדריכל אנטוניו סיילר. יחד עם ויטוריו הגיעה לפוג'ו גם "רוזינה היפה", או רוזה ורצ'לנה, פשוטת עם מפיימונטה ופילגש המלך ואחר כך אשתו בנישואים מורגנטיים. עדות לסיפורי האהבה שהווילה שימשה כרקע בפעם המי יודע כמה הם חדרי השינה של המלך ואשתו בהתאמה, אותם ניתן לבקר בקומה הראשונה.
בשנת 1828 הוכנו שעוני השמש בצידי הבניין, ואילו פנים הווילה עודכן בריהוט משובח מארמונות המלוכה של מודנה, פיאצ'נצה, פארמה, טורינו, לוקה ובולוניה, אשר מוזגו למורשת הממלכה.
המאה ה-20 וימינו.
בשנת 1919 תרמה מנהלת בית המלוכה את הווילה למדינה האיטלקית. בית החווה בפוג'ו א קאיאנו-טבולה והאורוות, שביחד עם הווילה היוו קומפלקס מאוחד בעל ערך אדריכלי רב, נמכרו בתקופה הראשונה שלאחר המלחמה, לארגון הסיוע לחיילים משוחררים (Opera Nazionale Combattenti) ולאחר מכן לאנשים פרטיים. הריהוט והטפטים בקומה השנייה נעלמו בתקופה זו.
במהלך מלחמת העולם השנייה הבית שימש כמקום מפלט מההפצצות ליצירות אמנות חשובות מכל רחבי טוסקנה, כמו פסלי לשכת כלי הקודש החדשה של מיכלאנג'לו או המונומנט של ארבעת המורים (Monumento dei Quattro mori) מליבורנו וכו'. בנוסף, כשחזית המלחמה עברה באזור, הווילה סיפקה מחסה לאוכלוסיית העקורים שמצאו מפלט במרתפים הגדולים.
בשנת 1984 היא הפכה למוזיאון לאומי ומאז החל בה מחזור חשוב של שיפוצים בזכות רישום מלאי מ-1911. המשפצים ניסו לשחזר כמה שיותר את פנים הווילה לאותה תקופה, לשחזר את כל החפצים, הריהוט ויצירות האמנות שהתפזרו בין המוזיאונים השונים והמחסנים של המדינה.
סצנות מהסרט דרלינג משנת 1965 שבוים על ידי ג'ון שלזינגר צולמו בווילה ובגנים.
הארגון מחדש של הווילה הסתיים רק בשנת 2007, עם פתיחתה של קומה השנייה לציבור, שם הוקם המוזיאון לטבע דומם, מקום בו מצאו הציורים הגדולים של ברתולומאו בימבי (Bartolomeo Bimbi) משכן הולם, כמו גם יצירות אחרות מווילות של משפחת מדיצ'י וילה די קסטלו, וילה לה טופאיה, וילה מדיצ'י דל'אמברוג'אנה ואחרות.
בליל 6 במרץ 2017 קרס חלק (כ-20 מטר) מקירות הווילה, עקב סערה קשה.
הצעות לעתיד.
פעילותם של חוקרים ומשקמים מתמקדת בשיקום כדי להנגיש לציבור סביבות אחרות של הווילה. ביניהן ניתן למנות את ה"קוצ'ינון" (Cucinone) מהמאה ה-17 וה"קריפטופורטיקו" (Criptoportico) התת-קרקעי המחבר בינו לבין הווילה. סביבה זו היא אחת הדוגמאות השמורות ביותר לאדריכלות המותאמת לצרכים הביתיים של חצר אצולה: היא כוללת מספר חדרים לשימוש בכביסה, וגם גינת ירק עם עשבי תיבול ארומטיים לשימוש במטבחים. יחד עם "אולם הנשפים", שהיה בעבר מגרש משחקים, ניתן היה להשתמש בחדרים אלה לתערוכות מהמאה השמונה-עשרה.
תיאור.
החלק החיצוני.
החלק החיצוני של הווילה שמר על עיצוב הרנסאנס המקורי של סנגאלו, למעט שני גרמי המדרגות המעוגלים המובילים אל המרפסת, שנבנו בראשית המאה התשע-עשרה כדי להחליף את גרמי המדרגות הישרים והניצבים לגוף הווילה, הנראים היטב בתוך הלונטה הידועה של ג'וסטו אוטנס. מי שעיצב אותם בשנת 1807 היה פסקואלה פוצ'יאנטי שתכנן "גרם מדרגות חיצוני עם מעבר נוח לכרכרות מקורות" (כלומר עם אכסדרה מרכזית עמוקה מספיק כדי להיות מסוגלת, בניגוד לפורטיקו שהיה קיים, לאפשר גישה במזג אוויר גרוע לכרכרות מכוסות). גרמי המדרגות נבנו בשנים שלאחר מכן על ידי ג'וזפה קצ'יאלי. גם הגג עבר שינויים, כאשר בשנת 1575 החליף אלפונסו פאריג'י את המרזבים, במקום בו הייתה מרפסת היקפית והוסיף ארובה עם כדים, ועם גג בולט יותר שהגביה בכך את הווילה, ושינה באופן משמעותי את הפרופורציות של הפרויקט הראשוני של סנגאלו. החלונות שונו גם הם, וחולקו לארבעה חלקים עם מעין צלב אבן מרכזי, לפי מודל של שלהי המאה החמש עשרה שהומצא על ידי באצ'ו ד'אניולו. במאה השבע-עשרה נוסף הצריח עם השעון, בקנה אחד עם הגמלון המרכזי המקורי.
גוף הבניין מוקף במרפסת עם אכסדרת עמודים. בחלקו העליון של המדרגות יש לוג'יה שמעליה טימפנון וקמרון חבית מעוטרים בעדינות בתבליט. על הקיר הימני של הלוג'יה יש קישוט פרסקו המתאר את "קורבן לאוקואון" מאת פיליפינו ליפי: לאחר השחזור שהושלם בשנת 2014 מוצג בתוך הווילה.
אפריז.
האפריז בן שלושת הצבעים (לבן, כחול וירוק) שנראה היום על הטימפנון בחזית הראשית של הווילה הוא העתק שנעשה בשנת 1986 על ידי היצרן ריקרד ג'ינורי, בעוד המקור נמצא בחדר בקומה הראשונה של הווילה. אורכה של עבודה זו היא 14.22 מטרים וגובהה 58 סנטימטרים. היוצר ותאריך הביצוע אינם ידועים בוודאות. נוהגים לייחס בעיקר לאנדריאה סנסובינו, בהנחה שהוא נוצר בשלב הבנייה של לורנצו דה מדיצ'י, מכיוון שהוא מתייחס לנושא החזרה ל"תור הזהב", או בביצוע של ג'וליאנו דה סנגאלו או ברטולדו די ג'ובאני. היצירה הוכנה בשני שלבים, שהשני מהם הסתיים בזמנו של לאו העשירי.
הנושא המעודן והסמלי יכול גם לייצג את בחירת הנשמות על פי המיתוס האפלטוני. בכל מקרה ברור טיב הביטוי של האקלים המורכב המקורי, הנוגע לחוג הפילוסופי של לורנצו, דרך סדרה של אלגוריות סמליות, המזכירות את הקלאסיציזם.
פנים הווילה.
פנים הווילה עבר לאורך השנים כמה טרנספורמציות ששינו את המראה המקורי שלו.
קומת הקרקע.
מאחורי גרם המדרגות, מתחת למרפסת המקיפה את הווילה, בה נמצאים ארבעה סרקופגים רומיים, יש גישה לדירות בקומת הקרקע. במאה השש-עשרה אזור זה עדיין נחשב משני לפיאנו נובילה, ולכן שיפור החדרים הללו מתוארך בעיקר למאות שלאחר מכן, למעט המגורים של ביאנקה קאפלו.
אולם הכניסה מטויח בצבע צהוב בהיר ויש בו כמה כתובות על ויטוריו אמנואלה השני, מלך איטליה ועל משאל העם שאיחד את טוסקנה עם ממלכת איטליה המתהווה.
ואז נכנסים ל"תיאטרון הקומדיה" (Teatro delle Comedie) מתחילת 1675, פרי רוחה של מרגריט לואיז ד'אורליאן, הכלה הדחויה של קוזימו השלישי. היא גורשה בפועל לפוג'ו א קאיאנו, ולהקל על חייה כמתבודדת חשבה לבנות תיאטרון, שמוזכר לראשונה בכתובים בשנת 1697. השימוש בתיאטרון נעשה תכוף יותר עם פרדיננדו דה מדיצ'י, נסיך טוסקנה.
בהמשך חדר הביליארד בסגנון סבויה, כאשר הקמרון מעוטר בפרסקו כמו פרגולה שממנה נשקפים הכרובים והקופידונים, ואילו על בד צבוע מוצג הסמל המלכותי של בית סבויה.
המגורים של ביאנקה קאפלו.
מצד ימין יש גישה למגורים של ביאנקה קאפלו, שם ניתן להבין בצורה ברורה יותר מאשר במקומות אחרים את הפן הרנסאנסי של הווילה. ביאנקה קאפלו הייתה אשת אצולה ונציאנית משכילה ומעודנת, שניהלה מערכת יחסים עם הדוכס הגדול פרנצ'סקו הראשון. מערכת יחסים סודית זו שכללה את שליט העיר, שכבר היה נשוי ליוהנה מאוסטריה, ואישה שגם היא הייתה נשואה, הייתה אחת מהשערוריות הגדולות של הרנסאנס ואחד מהסיפורים המרתקים בסאגת בית מדיצ'י. גם אם שני האוהבים עשו הכול כדי שהפרשה לא תיחשף, סיפורם היה נושא לשמועות והכפשות מההתחלה.