במהלך שנות ה-60 נעשה שיפוץ ראשון של מגדל השעון והוספת ברזלים מעוצבים על גבי הדלתות והחלונות וצביעתם. מסביב למגדל השעון הוקמו מדרכות והוקמה תאורה. בשנת 2001 לאחר הזנחה ארוכת-שנים של הכיכר החל השיפוץ השני של מגדל השעון בשיפוץ כללי ויסודי והוספה תאורה לילית יחד עם שיפוץ "בית הבאלדיה" הסמוך במטרה להופכו למרכז תרבות ללימודי טורקיה ושגרירות טורקיה בישראל. בשנים 2005– 2006 שופצה הכיכר ותשתיותיה והחלו בשימור ושחזור המבנים סביבה. עבודות השיפוץ והשימור כללו שיפוץ כל החזיתות המקיפות את הכיכר, פיתוח השטח שסביבה והסדרת תנועת כלי הרכב שסביבה על ידי מעגל תנועה. בשנת 2004 הונפק בול של רשות הדואר הנושא איור ותמונה של כיכר השעון.
במאי 2005, נסגרה תחנת המשטרה ההיסטורית בכיכר, ונמכרה במכרז של מינהל מקרקעי ישראל לטובת הקמת מלון.
בשנת 2005, רכשה חברת קיסריה השקעות, שבשליטת איש העסקים אלברט נסימי, מהפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית, את מתחם החנויות ומתחם והשוק היווני בצידו המזרחי של כיכר השעון, תמורת כ-6.65 מיליון דולר. בשנת 2007 שכרה רשת קסטרו מודל חנות במתחם, המתפרסת על 370 מ"ר, ושיפצה אותה. בשנת 2017 שופץ מתחם השוק היווני.
הכיכר משמשת כאתר תיירות, מסעדנות ומלונאות ומעבר ראשי לשוק הפשפשים הנמצא ממזרח לה ולנמל יפו שממערב לה.
תוואי הרחובות.
הכיכר שמשה גם בתור מרכז תחבורתי חשוב ממנה יצאו כמה דרכים חשובות: בקצה הצפוני של הכיכר יצאו שתי דרכים צפונה: "הדרך ההיסטורית יפו-שכם לכיוון צפון-מזרח דרך רחוב נג'יב בוסטורוס (רחוב רזיאל) ומשם המשיכה דרך רחוב דרך שכם שנקרא תחילה נתיב הגמלים ולאחר מכן שונה שמו דרך עלי מוסתקים (רחוב אילת) אחר כך המשיכה אל דרך יפו, ומשם אל דרך פתח תקווה. דרך נוספת יצאה צפונה לאורך "מישור חוף הצפוני" דרך שכונת "מנשייה" ששכנה על חוף הים. מהקצה הדרומי של הכיכר יצאו שתי דרכים דרומה: אחת יצאה מ-"שער ירושלים" בתוך החומה של העיר העתיקה אל "הדרך ההיסטורית יפו-ירושלים" לכיוון דרום-מזרח דרך רחוב עולי ציון (כיום האזור שבו נמצא שוק הפישפשים), משם חצתה את כיכר עיריית יפו בפינת שדרות ירושלים אל דרך בן-צבי (כביש 44). דרך שנייה יצאה דרומה לאורך "מישור חוף הדרומי" - דרך עזה שהובילה לעזה ולאחר מכן נקראה רחוב אל-עג'מי (על שם שכונת עג'מי ששכנה על תוואי הדרך). לאחר קום המדינה שונה שמו לרחוב יפת. מתחת למבנים בכיכר עוברים מעברים מקורים להולכי רגל המובילים אל הרחובות בצדדים.
צומת דרכים מרכזית.
הכיכר שימשה בתחילה לפני הקמת מגדל השעון בתור כיכר הכינוסים והנאומים של שליט יפו שמשרדו גם כן שכן בכיכר ולאחר מכן כל אזור הכיכר שימש בתור נקודת המוצא לארבע דרכים ראשיות שיצאו אל שאר חלקי הארץ צפונה או דרומה. בצמוד למגדל השעון חנו כרכרות שמהם יצאו אל הדרכים הראשיות. מתחת למבני הציבור בכיכר הוקמו "מעברים מקורים עבור הולכי רגל" שמהם יצאו אל הרחובות סביב הכיכר.
כיכר יוסי כרמל (הסוכנות היהודית).
בקצה הצפוני של כיכר השעון נמצאת כיכר נוספת - כיכר יוסי כרמל במפגש הרחובות דוד רזיאל, נחום גולדמן, מרזוק ועזר, ורציף העלייה השנייה. בשנת 2012 במהלך שיפוץ רחוב רזיאל והפיכתו למדרחוב הוקם "מעגל תנועה" והוחלף שמה הקודם של כיכר שנקראה קודם לכן כיכר הסוכנות היהודית .
הצי הקיסרי היפני
הצי הקיסרי היפני היה הצי המלחמתי של האימפריה היפנית מ-1869 עד 1947, אז פורק בהתאם לסעיף 9 של חוקת יפן, השולל שימוש בכוח לפתרון סכסוכים בינלאומיים. שורשיו של הצי הקיסרי היפני באינטראקציה עם עמי יבשת אסיה, שהחלה בימי הביניים המוקדמים והגיעה לשיאה במאה ה-16 ובמאה ה-17, בעת חילופי התרבות עם מעצמות אירופה בתקופת התגליות.
לאחר מאתיים שנות קיפאון, תוצאת מדיניות ההסתגרות שנקטו השוגונים בתקופת אֶדו (1600–1867), פיגר הצי המלחמתי היפני אחרי מדינות המערב. תקופה זו נסתיימה ב-1854, כאשר יפן נאלצה להיפתח למסחר בינלאומי בעקבות התערבות אמריקנית (הסכם קנגוואה). צעד זה הוביל בסופו של דבר לרסטורציה של מייג'י, תקופת מודרניזציה ותיעוש קדחתניים, שלוותה בעלייתו המחודשת של הקיסר לכס השלטון. התפתחויות אלה הפכו ב-1920 את הצי הקיסרי היפני לשלישי בגודלו בעולם ועל סיפה של מלחמת העולם השנייה גם למתקדם ביותר. מסכת הניצחונות של הצי, לעיתים נגד אויבים חזקים ממנו פי כמה, כמו למשל במלחמת סין-יפן ב-1895 ובמלחמת רוסיה–יפן ב-1904-5, הסתיימה בהשמדתו הכמעט מוחלטת במהלך ימיה האחרונים של מלחמת העולם השנייה. הצי הקיסרי היפני פורק באופן רשמי ב-1945.
כיום מחזיקה יפן כוח ימי להגנה עצמית בלבד, והגישה המיליטריסטית שנקטה במחצית השנייה של המאה ה-19 ובמחצית הראשונה של המאה ה-20 נזנחה.
שורשי הצי הקיסרי.
ליפן היסטוריה ארוכה של מעורבות ימית-מלחמתית ביבשת אסיה, שכללה הובלת חיילים בין קוריאה ויפן, ואשר ראשיתה עוד בתחילת תקופת קוֹפוּן במאה ה-3 לפנה"ס, אם לא קודם לכן.
לאחר הניסיון הכושל של קובלאי חאן לפלוש ליפן ב-1281 פעלו הווקאו, הפירטים היפניים, במשנה מרץ בשוד ובביזה של יישובי החוף של הקיסרות הסינית.
במאה ה-16, בתקופת סֶנְגוּקוֹ (תקופת "הארץ במלחמה"), השקיעה יפן מאמצים גדולים בבניית כלי שיט מלחמתיים; השליטים הפיאודלים, שהתחרו ביניהם על בכורת השלטון, בנו ציי ספינות-חופים ענקיים שמנו כמה מאות כלי שיט. באותו זמן לערך החלה יפן לפתח את אחת מאניותיה המשוריינות הראשונות; אוֹדָה נוֹבּוּנַאגָה, דאימיו יפני, החזיק באותה עת בשש אָטָקֶבּוּנוֹת מכוסות-שריון שנבנו ב-1576.
במהלך הפלישות היפניות לקוריאה (1598-1592), ארגן טוֹיוֹטוֹמִי הִידֶיוֹשִי צי של כ-700 אוניות שאויש על ידי 10,000 מלחים לצורך הובלה וסיוע מן הים לצבא-יבשה שמנה כ-160,000 חיילים. מובילות החיילים היו נתונות להתקפותיו של הצי המלחמתי החזק של שושלת צ'וסן הקוריאנית. הצי היפני ספג סדרת מפלות מידי האדמירל הקוריאני יִי סוּן-סִין, שהשתמש באוניות צב. לאחר ארגון מחדש של הצי המלחמתי ניצחו היפנים בכמה קרבות את האדמירלים ווֹן קְיוּן ויי סון-סין של צי שושלת צ'וסן, ואת האדמירלים יִי אֶאוֹק קִי וצ'וֹי הוֹ של צי שושלת מינג הסינית. משך כל המלחמה שלט הצי היפני בנתיב הימי בין היבשת היפנית והחוף הדרומי של קוריאה, ואיפשר העברת אנשים ואספקה.
יפן בנתה את אניות-הים המלחמתיות הגדולות הראשונות שלה בתחילת המאה ה-17, בעקבות הקשרים עם מדינות המערב במהלך "תקופת המסחר עם הברברים הדרומיים" (התקופה הננבאנית). ב-1613 בנה הדאימיו של סֶנְדָאי, בהסכמת ממשל השוגון טוֹקוֹגָווּאָה, את אניית המלחמה היפנית "דָטֶה מָארוּ", גליאון בהדחק של 500 טון, שהוביל את המשלחת היפנית של הָסֶקוּרָה צוּנֶנָאגָה אל אמריקה ומשם אל אירופה. מ-1604 ואילך הוכנסו לשירות על ידי הבאקופו (ממשל השוגון) כ-350 אוניות החותם האדום, חמושות ומצוידות בדרך כלל בטכנולוגיות מערביות, ונועדו בעיקר למסחר עם דרום אסיה.
מ-1640 בחרה יפן לנקוט מדיניות של הסתגרות (סָאקוֹקוּ), אשר אסרה על קשרים עם המערב, רדפה את הנוצרים והטילה איסור על בניית אניות באיום של עונש מוות.
הלימוד של טכניקת בניית האניות המערבית החל בשנות הארבעים של המאה ה-19, לקראת סופה של שוגונות טוקוגאווה. ב-1853 וב-1854 ערך קומודור הצי האמריקני מֶתְ'יוּ פֶּרִי הפגנת כוח עם החדישות שבפריגטות הקיטור המלחמתיות של הצי האמריקני. פרי השיג לבסוף את פתיחתה של יפן למסחר בינלאומי באמצעות הסכם קנגוואה ב-1854. זמן קצר אחר כך, ב-1858, נחתמה "ברית הידידות והמסחר ארצות הברית-יפן", שתנאי שני הצדדים שלה לא היו שווים. הברית התירה לזרים לרכוש זיכיונות ביפן, איפשרה לקבוע בה תחומים אקס-טריטוריאליים והטילה מכסים מינימליים על יבוא סחורות זרות אליה.
משעה שיפן הסכימה לפתוח את שעריה בפני השפעה זרה, החל ממשל שוגונות טוקוגוואה במדיניות פעילה של הטמעת טכנולוגיות ימיות-מלחמתיות מערביות. ב-1855, בסיוע הולנדי, רכשה השוגונה את אניית הקיטור המלחמתית הראשונה שלה, ה"קאנו מארו", אשר שימשה לאימונים, והקימה את בסיס האימונים הימי בנגסאקי. ב-1857 נרכשה אוניית הקיטור המלחמתית הראשונה המונעת במדחף, ה"קאנרין מארו". פרחי קצונה נשלחו ללמוד בבתי ספר ימיים מערביים לשנים מספר, ובהם האדמירל לעתיד אנומוטו טאקיאקי, (אשר למד בהולנד מ-1862 עד 1867). כך החלה המסורת של מפקדים לעתיד המקבלים את חינוכם בארצות חוץ, כמו האדמירלים הֶיהָצִ'ירוֹ טוֹגוֹ ומאוחר יותר אִיסוֹרוֹקוּ יָמָאמוֹטוֹ. ב-1865 שכרה יפן את שירותיו של המהנדס הימי הצרפתי לאונס ורני (Léonce Verny; 1908-1837) כדי לבנות את המספנות המודרניות הראשונות שלה ביוֹקוֹסוּקָה, קָנָגווּאָה ונָגָסָאקִי.
בסוף השוגונה של טוקוגאווה, ב-1867, היו ברשות הצי המלחמתי היפני שמונה אוניות קיטור ממסורת בנייה מערבית, ובראשן אוניית המערכה "קאיו מארו". אוניות אלה הופעלו נגד הכוחות הפרו-קיסריים במלחמת בושין, תחת פיקודו של אדמירל אֶנוֹמוֹטוֹ. שיאו של המאבק היה קרב הָקוֹדָטֶה ב-1869, הקרב הימי המודרני הגדול הראשון של יפן, שהסתיים בתבוסת הכוחות של השוגון האחרון של טוקוגאווה ובהשבת השלטון הקיסרי על כנו.
הקמת הצי הקיסרי היפני (1869).