יהודי היישוב הישן של ירושלים ניהלו חיי מסחר ושיתוף עם ערביי ליפתא ואף נהגו לרדת למעין ליפתא לשאוב "מים שלנו" לאפיית מצות יד מהודרות לחג הפסח, אתרוגי הכפר היו נמכרים ליהודי העיר לקראת סוכות. ערביי ליפתא האמידים היו בעליהם של שטחי אדמה נרחבים בעיר המערבית של ירושלים, והם מכרו אדמות אלו לטובת הקמתן של שכונות יהודיות חדשות שנבנו במאה ה־19 מחוץ לחומות, למשל, שכונת "מאה שערים".
מלחמת העצמאות.
תוכנית החלוקה של האו"ם מ־1947 קבעה כי ליפתא והכפר שייח' באדר הסמוך לו יהיו חלק מהאזור הבינלאומי של ירושלים.
הכפר ליפתא והשכונות הערביות הסמוכות היו הראשונים שהחלו להתרוקן עם פרוץ האירועים האלימים.
ב־4 דצמבר 1947 קיבלו תושבי הכפר הוראה מהוועד הערבי העליון לפנות את הנשים והילדים, ובכפר הוצבו אנשי הנג'אדה. הכפר שימש כבסיס לצליפות לעבר השכונות היהודיות הסמוכות: קריית משה, גבעת שאול ורוממה.
בסוף דצמבר 1947 הרגו אנשי ההגנה בעל תחנת דלק ערבי בשכונת רוממה שנחשד כי מסר ידיעות ללוחמים הערבים על מועד יציאתן של שיירות יהודיות לתל אביב. למחרת זרקו אנשי קולוניה, כפרו של בעל תחנת הדלק, רימון לעבר אוטובוס יהודי. משלב זה החל גל של התנגשויות אלימות בין היהודים לערבים באזור, שכלל צליפות הדדיות ותקיפות של השכונות הערביות שבוצעו על ידי אנשי ההגנה, האצ"ל והלח"י.
לפי גרסה פלסטינית, תושבי ליפתא פונו מהכפר רק בינואר 1948, לאחר ששבעה תושבים נהרגו ובתים אחדים בכפר שהפך לבסיס לאנשי הנג'אדה פוצצו על ידי ההגנה, האצ"ל והלח"י (עזרא יכין השתתף בפעולת לח"י שבה פוצצו 3 בתים בליפתא עילית). אולם תושבי ליפתא חזרו לכפר בהוראת הוועד הערבי העליון ובינואר פונו אחרוני התושבים, שעברו לרמאללה וחלקם גם לדיר יאסין.
לאחר היציאה מהמחתרת ולקראת קום המדינה, התארגנו אנשי לח"י בירושלים לקראת הבאות. מכיוון שירושלים לא הייתה אמורה להיות חלק ממדינת ישראל, סניף לח"י שם שמר על עצמאותו, אף על פי שפעל על פי רוב בתיאום עם "ההגנה". המעבר מתנועת מחתרת לגוף צבאי יותר במהותו הביא עימו צורך בארגון בקנה מידה חדש והצריך גם מחנות. שלושה מחנות לח"י שכאלו היו בירושלים.
המחנה הראשון הוקם על אדמת הכפר ליפתא, עוד לפני הקמת המדינה. מאוחר יותר הוא נקרא מחנה "אלדד", על שם כינויו של יוסף יגן שנפל בקרב בדיר יאסין. במחנה זה התכוננו להתקפה על העיר העתיקה והוכשרו בו לוחמים לקראת המשך הלחימה בירושלים. לאחר שהוקמו מחנות נוספים, שוכנו בו אנשי מחלקת "ציון" הדתית.
בפברואר 1948 היו כבר כל כפרי האזור ריקים מתושביהם. בתקופה זו יושבו בליפתא באופן זמני פליטים יהודים, בעיקר משכונת שמואל הנביא . לאחר הסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות נותרו כשני שלישים מאדמות הכפר מצדו הישראלי של קו הגבול, והן צורפו לתחום שיפוטה של עיריית ירושלים.
ממלכת ירדן הקימה על חלק מאדמות הכפר שנכבשו על ידה במהלך המלחמה מתחמים צבאיים (גבעת התחמושת, גבעת המבתר), ושיכנה חלק משמעותי מפליטי הכפר בבתי יהודים שגורשו על ידה מהרובע היהודי בעיר העתיקה של ירושלים.
לאחר מלחמת העצמאות.
ב־12 באפריל 1949 התקיימה ישיבה במדור לטיפול בעולה של הסוכנות היהודית, במהלכה הוחלט על מסירת מוסררה וליפתא למחלקת הקליטה לטובת יישוב עולים חדשים.
ב־14 בנובמבר אותה שנה, הגיעו לכפר 100 המתיישבים הראשונים ושוכנו בבתים הנטושים, המדור לטיפול בעולה סיפק להם ציוד ראשוני למגורים שכלל מיטות, מזרנים ושמיכות. ב־16 בדצמבר פורסמה בעיתון מעריב כתבה נרגשת תחת הכותרת: "הגאולה יכולה להתחיל במי נפתוח - שוב מתנוצצים אורות בליפתא", אך בכותרת המשנה כבר מתחילים להופיע רמזים ראשונים לקשיי המחיה במקום: "עוד קן מרצחים אחד הפך למקום ישוב - אידיליה תנ"כית ליד הבאר וחבלי קליטה". בנובמבר 1949 סופח שטח הכפר לירושלים.
בחודש מרץ 1950 כבר התגוררו ביישוב החדש כ־80 משפחות שמנו כ־300 איש לערך. הכוונה הסופית באותה עת הייתה להגיע ליעד של 100 משפחות.
תנאי המחיה היו קשים מאוד. מצבם של הבתים הנטושים היה בכי רע. המקום לא היה מחובר למערכת של מים, חשמל, וסניטציה. בנוסף לכך, גם הגישה אל הכפר הייתה קשה, כיוון שכביש היורד אל הכפר לא היה ותחבורה ציבורית הגיעה רק אל הרחובות הראשיים במעלה הכניסה לעיר. מכולת לא הייתה במקום ובתחילה גם לא מרפאה, או טיפת חלב לתינוקות.
נציגות מטעם התושבים בראשותו של אהרון כתריאלי, מתושבי המקום, החלה לשלוח מכתבים למשרדי ממשל שונים. לעירייה, לסוכנות היהודית, לקק"ל ולמשרדי הממשלה. בין המשרדים והאגפים השונים נזרקה האחריות מאחד לשני. ביטוי לזריקת אחריות זו ניתן למצוא במכתב מ־17 באוקטובר 1950 שנשלח על ידי הרופא הראשי בלשכת הבריאות המחוזית אל המפקח על נכסי הנפקדים ושם נכתב:
שנה לאחר מכן, ב־28 באוקטובר 1951 שלח שלמה זלמן שרגאי, ראש העירייה מכתב למנהל מחלקת הקליטה של הסוכנות היהודית, בו טען כי:
מצבה של השכונה המשיך להיות בכי רע, וכל הגורמים האמונים על טיפול במקום זה וביושביו, בהם מחלקת הקליטה של הסוכנות היהודית, המפקח על נכסי הנפקדים, הרופא הראשי בלשכת הבריאות המחוזית, משטרת ישראל, רשות הפיתוח, קק"ל, עיריית ירושלים ומשרדי ממשלה שונים, היו מודעים למצב ומעורבים בחליפות מכתבים אודות הטיפול במקום.
תקווה לתפנית במגמה ניתן היה לראות ב־17 במרץ 1952, אז פנה סגן ראש העיר אל מחלקת הקליטה של הסוכנות היהודית במכתב ודיווח להם כי מקום מגוריהן של ארבע משפחות מליפתא נמצא במצב מסוכן ועל כן הוא מבקש למצוא להן דיור חלופי.
אולם מצבן של רוב המשפחות, נשאר כשהיה, לאחר התלבטות בנוגע לשביתה של תושבי המקום והאפשרות לחסום את כביש ירושלים תל אביב העובר בסמוך לכפר, החליטו בהצבעת הרוב כי זו אינה דרכם והם ימשיכו לפעול דרך הערוצים המקובלים של השלטון.
בנובמבר אותה שנה, שלח ועד הכפר בשם התושבים התימנים מכתב אל ראש הממשלה, דוד בן-גוריון, בו פנו אליו בקריאה נואשת:
מוסדות בריאות, חינוך ודת.
בליפתא, פעלו מרפאה, סניף טיפת חלב, בית ספר ואף חמישה בתי כנסת בנוסחים שונים אשר שימשו את משפחות העולים החדשים מתימן ומכורדיסטן. בשנת 1957, פנו נציגי התושבים יוצאי כורדיסטן אל משרד הדתות בבקשה לסייע להם בקבלת ספר תורה לבית הכנסת 'ליפתא התחתונה', כיוון שספר התורה שהיה ברשותם עד אותה עת, שייך לבית הכנסת של התימנים ונלקח בהשאלה. על מכתב זה חתומים 21 ראשי משפחות של מתפללים בבית הכנסת אשר נכון לשנת 2016 עוד מתפקד כבית כנסת פעיל, בעיקר בשבתות. שמות המשפחה המסומנים בהדגשה במסמך, הם של תושבים שהם או ילדיהם עדיין חיים בליפתא.
פינוי בשנות השבעים ופעילות לאחר הפינוי.
תושבי ליפתא העולים סבלו מעוני ומתנאי דיור ותשתית ירודים שעוררו זעזוע אצל המבקרים השונים במקום.
בשנת 1968 פנו סטודנטים מבית הספר 'בצלאל' לאומנות אל ראש העיר, טדי קולק, בבקשה למנוע את הרס המקום.
בליפתא שכנו כ־300 משפחות יהודיות. 285 משפחות פונו בין השנים 1971–1969 תמורת פיצוי ודיור חלופי בירושלים.
בשנות ה־70 פעל במקום בית ספר תיכון בשם בית הספר ליפתא, השוכן כיום ברחוב רחל אמנו בעיר.
על אף שבמפות הישראליות הרשמיות מצוין המקום כ"מי נפתוח", הוא מוכר בשם "ליפתא" בקרב תושבי האזור.
על האדמות החקלאיות של הכפר נבנו בהמשך שכונות העיר ירושלים - רוממה עילית, קריית בעלז, קריית צאנז, סנהדריה המורחבת ואזור התעשייה בהר חוצבים. שאר האדמות שהיו בזמנו מעובדות על ידי אנשי הכפר נכבשו על ידי ישראל ב־1967 מידי ירדן, ועליהן הוקמו השכונות רמת אשכול, גבעת המבתר ורמות אלון. הפליטים שהשתכנו ברובע היהודי פונו, תוך מתן פיצויים, וחלקם התיישבו באבו דיס.
בשטח הבנוי של הכפר מצויים כיום שרידי מסגד, בית קברות, בריכת אגירה, טרסות ובוסתנים. 55 מתוך כ־410 מבני הכפר נותרו על תילם ולא יושבו, חוץ ממבנה אחד ששופץ ונפתח כמכון גמילה מסמים . עם השנים המבנים הנותרים ניזוקו באופן חמור בשל פלישות של חסרי בית, שוד אבנים, פיצוץ יזום של תקרות הבתים על ידי מינהל מקרקעי ישראל, ואימוני צה"ל בשטח. בתי הכפר הנטושים ניבטים מכביש 1 בכניסה לירושלים.
במשך השנים מצאו מקלט בכפר בני־נוער במצוקה וחסרי־בית אחרים, המשתקעים בבתיו, לרוב לתקופות קצרות. ב־1984 נחשפה במקום חבורה של קיצונים דתיים (שכונתה "כנופיית ליפתא") אשר תכננה לפוצץ את המסגדים שעל הר הבית ונעצרה רגע לפני שהצליחה להוציא לפועל את כוונתה.
באמצע שנות השמונים הוכרז המקום כשמורת טבע עירונית, וכיום הוא משמש כאתר טבע לתושבי ירושלים. בתי־ספר מקיימים במקום ימי־שדה וטועמים מהחיים בכפר הערבי שלפני 1948. במקום ניתן ללמוד על חקלאות הררית, מעיינות, ארכיטקטורה מסורתית והצמחייה במקום. הבריכה המנקזת את הנקבה והמעיין משמשת כמקווה לתושבים המתגוררים בסמוך. במעלה הכפר נמצא מעון לנוער הנגמל מסמים.
במאה ה-21.
בתי הכפר שימשו כאתר־הסרטה לכמה סרטים, בהם "מישהו לרוץ איתו", וכן סרטי סטודנטים כגון "ג'וניור" (פסטיבל ירושלים 2006).
מאז שנת 2006 פועלת באחד מבתי הכפר הישיבה התיכונית "ישיבת לך לך", המונה כ־15 תלמידים, ופועלת במתכונת של "למידה חווייתית" עם דגש על נושאי ידיעת הארץ.
ב־2017, לאחר פינוי התושבים האחרונים, הוכרזה ליפתא כשמורת טבע לאומית.
סקר ליפתא.