מאיר מקס בינט, איש מודיעין ישראלי, נעצר במצרים במסגרת "העסק הביש" והתאבד בתא המעצר ב-21 בדצמבר 1954. רק כעבור חמש שנים הועברה גופתו לקבורה בישראל. משה מרזוק ושמואל עזר, שהוצאו להורג ב-31 בינואר 1955, נטמנו בבית העלמין היהודי בקהיר, וכעבור 22 שנה, בשנת 1977, הובאו ארונותיהם לקבורה בישראל.
מדיניות חזבאללה וחמאס.
במקרים שבהם נפלו גופות של חיילים ישראלים בידי חזבאללה וחמאס הקפידו ארגונים אלה שלא למסור מידע על גורל החיילים, ובחרו להשאיר עמימות בנושא זה, עמימות שאפשרה להם לדרוש תמורה, בדמות שחרור אסירים, על מסירת מידע. בנסיבות אלה נאלצה ישראל להגיע בכוחות עצמה להחלטה האם בידי ארגוני טרור אלה יש חיילים חיים או הרוגים, וידיעה ודאית הושגה רק כאשר הגופות הוחזרו לישראל בתום משא ומתן על החזרתן.
הדיון בישראל בסוגיית החזקת גופות של מחבלים בא בתגובה למדיניות זו של חזבאללה וחמאס.
מדיניות ממשלת ישראל.
בשנת 2004 הגיש היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז חוות דעת שלפיה אין להחזיק גופות מחבלים בהתבסס על צורך ערטילאי של שמירת "קלפי מיקוח" לצורכי משא-ומתן עתידי; ואולם אין לשלול אפשרות כזו ככל שיש טעמים מיוחדים להחזקת הגופות, ובכללן עסקה קונקרטית לחילופי גופות עם גורמי אויב.
בסוף 2016 החליט הקבינט המדיני-ביטחוני לעדכן את מדיניות ישראל בעניין השבת גופות מחבלים למשפחותיהם. בהחלטה ("מדיניות אחידה בטיפול בגופות מחבלים") נקבעה לראשונה מדיניות ברורה המסדירה את נושא החזקת גופות מחבלים בידי המדינה לצורכי משא-ומתן. מדיניות זו קובעת כי ככלל, גופות מחבלים תוחזרנה למשפחותיהם בתנאים מגבילים שיבטיחו את שמירת הסדר הציבורי. ואולם, לכלל האמור נקבעו שני חריגים, אשר בהתקיימם גופות המחבלים לא תוחזרנה למשפחות אלא תוחזקנה בידי מדינת ישראל בדרך של קבורה ארעית. החריג הראשון עניינו במחבלים אשר משתייכים לארגון חמאס. החריג השני עניינו בגופות של מחבלים אשר ביצעו אירוע טרור המוגדר כ"חריג במיוחד". הקבינט המדיני-ביטחוני סבר כי יש הצדקה להמשיך ולהחזיק דווקא בגופות אלה, משום שהן עשויות להיות בעלות "הקשר סמלי מיוחד", וקיימת אפשרות שהחזקתן תסייע למדינת ישראל בהשגת הסכם לחילופי גופות ושבויים עם גורמי אויב. ההחלטה התקבלה על רקע החזקת חמאס בגופותיהם של החיילים אורון שאול והדר גולדין מאז מבצע צוק איתן שנערך ביולי 2014. בתיקון להחלטה זו נקבע שיש למנוע החזרת
גופות מחבלים, ללא קשר לשיוכן הארגוני, זאת, אם המחבלים רצחו או פצעו אדם, או נשאו אמצעי לחימה (קר או חם).
החלטת הקבינט נקבעה כהחלטת מדיניות כללית, בעוד שביצוע המדיניות הוטל על המפקד הצבאי בהתאם לסמכות שנתונה לו בדין, בתקנה 133(3) לתקנות ההגנה (שעת חירום), להורות על מקום ושעת קבורתם של מתים.
בפברואר 2020 אסף דחפור של צה"ל גופת מחבל שנהרג לאחר שהניח מטען נפץ סמוך לגדר המערכת של רצועת עזה, תוך שצה"ל מונע מהפלסטינים לאסוף את הגופה. שר הביטחון, נפתלי בנט, אמר שהדבר נעשה על-פי הנחייתו, מרצון להגיע לעסקה של חילופי גופות.
פסיקת בג"ץ.
פעמים אחדות הוגשו לבג"ץ עתירות בדרישה למסירת גופות המוחזקות בידי המדינה לקרובי ההרוגים, לשם הבאתן לקבורה. הטענה המרכזית בעתירות היא שהחזקת גופות המחבלים בידי מדינת ישראל נעשית בהיעדר סמכות. העותרים טוענים כי אין בדין הישראלי או הבינלאומי הסדר כלשהו אשר מסמיך את המפקד הצבאי להחזיק גופות של מחבלים לצורכי משא-ומתן, בדרך של קבורה ארעית או בכל דרך אחרת. לצד טענה מרכזית זו, העותרים מוסיפים וטוענים כי החזקת גופות המחבלים לצורכי משא-ומתן היא פרקטיקה אשר פוגעת באופן בלתי מידתי בכבודם של המתים ובכבודם של בני משפחותיהם המבקשים להביאם לקבורה, ואשר מהווה ענישה קולקטיבית נגד בני משפחותיהם של המחבלים על לא עוול בכפם.
בדצמבר 2017 פסק השופטים יורם דנציגר וג'ורג' קרא (מול דעת מיעוט של השופט ניל הנדל), כי למדינה אין סמכות להחזיק בגופות מחבלים לצורכי משא ומתן, והקציבו שישה חודשים לחקיקת חוק שיעניק סמכות זו. בפסק דינו ציין השופט דנציגר:
השופט ניל הנדל סבר בדעת מיעוט שלמדינה יש סמכות להחזיק בגופות מחבלים לצורכי משא ומתן על שחרור גופות חיילי צה"ל, בהתאם לתקנות ההגנה המסמיכות את המפקד הצבאי להורות על מקום ואופן קבורתו של כל אדם וכן להורות מי יקבור אותו, משיקולים ביטחוניים. לדעת הנדל החזקת הגופות כאמצעי לשחרור אזרחים וגופות חיילי צה"ל המוחזקים בידי חמאס נחשבת לשיקול ביטחוני. בחוות דעתו הרחיב על חשיבות פדיון השבויים, כולל גופות החיילים.
על פסק הדין נמתחה ביקורת על ידי השרים נפתלי בנט, איילת שקד, יריב לוין ואביגדור ליברמן. הקבינט המדיני-ביטחוני החליט לפעול לפי המלצת היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, ולבקש דיון נוסף בבג"ץ בעניין גופות מחבלים, ועד לתום הדיון לא לקדם את החקיקה שעליה המליץ בג"ץ. ב-29 בדצמבר הגישה המדינה בקשה לדיון נוסף ובקשה לעיכוב ביצוע של פסק הדין.
בדיון הנוסף, בהרכב של שבעה שופטים בראשות הנשיאה אסתר חיות, הוחלט ברוב קולות של ארבעה נגד שלושה שופטים כי "תקנה 133(3) לתקנות ההגנה מסמיכה את המפקד הצבאי להורות על קבורה ארעית של גופות מחבלים או חללי אויב משיקולים של ביטחון המדינה ושלום אזרחיה, תוך שמירה על כבוד המת ומשפחתו, לצורכי משא ומתן להשבת חיילי וחללי צה"ל ואזרחי ישראל המוחזקים בידי ארגוני הטרור".
מקרים של חילופי גופות.
עסקאות חילופי שבויים בין ישראל לארגוני טרור כללו, בנוסף לחילופי שבויים חיים, גם חילופי גופות. בעסקאות מעטות קיבלה ישראל רק גופות. להלן תיאור עסקאות עיקריות.
יוסף פינק ורחמים אלשייך.
ב-17 בפברואר 1986 שני חיילי חטיבת גבעתי, , נשבו בקרב לאחר שמחבלי חזבאללה הניחו מארב לסיור של צה"ל. במרוצת השנים הגיע לישראל מידע לא ברור על גורל החיילים. לאחר חטיפת עבד אל-כרים עובייד ב-1989 נודע מפיו כי שני החיילים כנראה אינם בין החיים. דבר מותם התברר סופית רק ב-19 בספטמבר 1991, בסיוע של שליח מטעם האו"ם. היה זה לאחר שישראל הסכימה במשא ומתן לשחרר 91 מחבלים מכלא אל-חיאם תמורת קבלת ידיעה על גורלם.
לאחר שנים נוספות של משא ומתן, ב-21 ביולי 1996, הוחזרו גופות שני החיילים לישראל, במסגרת עסקה בתיווך גרמני, בה העבירה ישראל לחזבאללה 40 עצירים לבנונים מכלא אל-חיאם (מחצית העצירים שוחררו בתמורה לשחרור 19 אנשי צבא דרום לבנון, שנחטפו על ידי חזבאללה) ואת גופותיהם של 123 מחבלים שבהן החזיקה.
איתמר אליה.
במבצע נוף פראי, שבוצע על ידי יחידת אגוז ב-12 בספטמבר 1997 בדרום לבנון, הובאו לישראל גופותיהם של שני מחבלי חזבאללה שנהרגו בקרב. התברר שאחת הגופות היא של האדי נסראללה, בנו של מזכ"ל חזבאללה, חסן נסראללה, שהיה לוחם בכוח המיוחד של חזבאללה. גופתו, ביחד עם גופות לוחמי חזבאללה אחרות, הוחזרה ללבנון בתמורה לחלקי גופתו של לוחם שייטת 13 איתמר אליה, שנהרג באסון השייטת.
חטופי צה"ל בהר דב.
ב-7 באוקטובר 2000 חטף ארגון חזבאללה שלושה חיילי צה"ל: בני אברהם, עדי אביטן ועומר סואעד, בעת שערכו סיור לאורך גדר המערכת באזור הר דב. ב-29 באוקטובר 2001 הודיע ראש אכ"א, האלוף גיל רגב, כי על סמך המידע שברשות צה"ל החיילים אינם בין החיים. בעקבות הפרסום שלל נסראללה את המידע וטען כי "הכרזת ישראל על החיילים כמתים היא משחק שלא נשתתף בו. שיגידו מה שהם רוצים. הודעתם כי הם ימשיכו עמנו במשא ומתן על בסיס ההנחה שבידינו גופות ולא אנשים חיים היא עניין שלהם".
ב-29 בינואר 2004, לאחר משא ומתן ארוך, בוצעה עסקת חילופי שבויים. בתיווכו של ראש המודיעין הגרמני הוטסו לגרמניה גופות שלושת החיילים ואלחנן טננבוים - ישראלי שנחטף והיה בשבי החזבאללה מ־16 באוקטובר 2000. במקביל שחררה ישראל 400 מחבלים פלסטיניים והטיסה לגרמניה 36 בני לאומים אחרים, רובם לבנונים; בהם מוסטפא דיראני והשיח' עבד אל-כרים עובייד, אשר הוחזקו עד אותה עת כקלפי מיקוח להחזרתו של רון ארד, והטרוריסט הגרמני סטיבן סמירק.
אהוד גולדווסר ואלדד רגב.
ב-12 ביולי 2006, נחטפו חיילי צה"ל אהוד גולדווסר ואלדד רגב, באירוע שהתחיל את מלחמת לבנון השנייה.
כשנתיים לאחר מכן, ב-16 ביולי 2008, נערכה עסקה בין ישראל לחזבאללה, שבה שחררה ישראל את הרוצח סמיר קונטאר, 4 אסירים נוספים וכ-197 גופות של מחבלי חזבאללה שנקברו ארעית בישראל. בתמורה קיבלה ישראל מחזבאללה את הגופות של רגב וגולדווסר, אם כי עד לרגע ביצוע ההסכם עצמו, לא קיבלה ישראל מידע מפורש האם הם חיים או מתים, ולא הייתה ודאות גמורה שהם אינם בחיים.
העסקה המוצעת עוררה ויכוח נוקב בישראל בנוגע למחיר ששולם וזאת לאור העובדה כי חזבאללה, בתמורה, החזיר לישראל גופות ולא חיילים חיים. מחד, נשמעה הדעה כי למרות המחיר ואף על פי שישראל קיבלה גופות, יש לצדד בעסקה וזאת כדי למנוע הישנות מקרה נוסף במתכונת מקרה רון ארד, על פיו חיילים ישראלים 'נעלמים' בשבי ארגוני טרור ללא שיש קשר עמם. מעבר לכך, המצדדים בעסקת החילופים טענו כי זוהי חובתה המוסרית של ישראל לחייליה וישראל צריכה לשלם את המחיר, הגם שאינו שיווני. מאידך נשמעה טענה כי במסגרת העסקה ישראל מאותתת ומשדרת מסר חמור, שעל פיו היא מוכנה לשלם באסירים ורוצחים חיים תמורת גופות של חייליה, תוך שבירת העיקרון של "חיים תמורת חיים ומתים תמורת מתים". שבירת עקרון זה, כך נטען, תשמוט את המוטיבציה של ארגוני הטרור לשמור על חייהם של הישראלים החטופים המוחזקים בידם בהווה או בעתיד.