לאחר מכן מתחיל השלב הראשון של הסיפור שבו קאסי קייג' מועלת בדרגה מכיוון שהביסה את שינוק. למקום מגיע ריידן אשר מתכנן פלישה של הכוחות המיוחדים בהנהגת סוניה בלייד ובתה קאסי קייג' אל ממלכת העולם התחתון שנמצאת בשאול, שבה שולטים לו קאנג וקיטאנה שהפכו לאל-מתים מרושעים במשחק הקודם לאחר שקואן צ'י השיב אותם לחיים יחד עם ג'ייד , קונג לאו ולוחמים נוספים. ריידן פותח שער לממלכת העולם התחתון ומשתמש בקמע של שינוק כדי להילחם בצבא של ממלכת העולם התחתון אך זאת רק הסחת הדעת שנועדה להקל על המטרה האמיתית של הפלישה: השמדת הטירה של לו קאנג וקיטאנה שבה נמצא מקור הכוח והחיים של ממלכת העולם התחתון. הכוחות המיוחדים פולשים לטירה אבל לו קאנג מבחין בכוחות המיוחדים ונלחם בהם לצד האל-מתים הנוספים ששהו בטירה, קאבאל , ג'ייד, וקיטאנה. סוניה והחיילים שלה מיקמו פצצות על עמודי התמיכה של הטירה. לאחר מכן העמודים מתפוצצים וההתפוצצות גורמת לכך שהם קורסים ובעקבות הקריסה שלהם התקרה של הטירה קורסת גם כן וסוניה נלכדת בהריסות, אולם היא אומרת לשאר הלוחמים לעזוב אותה ולהשלים את המשימה. לאחר מכן סוניה נהרגת כתוצאה מקריסת התקרה ושאר הלוחמים של ממלכת הארץ, ריידן, והכוחות המיוחדים עוזבים את הטירה לאחר שהיא נהרסה. לאחר שנטשו את המקום קרוניקה, שומרת הזמן, מגיעה לחורבות הטירה ומשיבה אותן על תילן בעזרת כוחותיה.
בשלב השני, קוטאל קאהן, שליט העולם החיצון עומד להוציא להורג בקולוסיאום שלו את קולקטור, שנשאר נאמן לשאו קאהן . אך לפני שקולקטור מוצא להורג קרוניקה מנסה למחוק את ריידן מההיסטוריה, היא אומנם מצליחה להשמיד את הגרסה האפלה של ריידן מההווה אבל הניסיון שלה יוצר שיבוש ברצף המרחב-זמן שגורם לכך שגרסאות העבר של ריידן ושל דמויות נוספות שהיו בעיצומו של טורניר המורטל קומבט השני שהתרחש במשחק האתחול מורטל קומבט , שהוא משחק התשיעי בסדרת מורטל קומבט, משוגרות להווה. גרסאות העבר השתגרו לשני מקומות שונים: גרסאות העבר של ג'אקס, סוניה וג'וני קייג' מופיעות בבסיס הכוחות המיוחדים ובקולוסיאום של קוטאל מופיעה גרסת העבר של ריידן יחד עם גרסאות העבר של לו קאנג, קיטאנה, ג'ייד וקונג לאו. בצד השני של הקולוסיאום מופיעים שאו קאהן, באראקה , סקרלט , ארון בלאק וקיינו . כשהם מופיעים בקולוסיאום פורץ קרב בין תומכיו של קוטאל קאהן לתומכיו של שאו קאהן, שבסופו קוטאל קאהן מביס את שאו קאהן בדו-קרב ושער חול נפתח על ידי קרוניקה וממנו יוצאת ד'בורה ומחלצת מהקולוסיאום את שאו קאהן ונאמניו.
בשלב השלישי גרסאות העבר של לו קאנג וקונג לאו יוצאות להגן על הג'ינסיי ובדרכם הם מגלים שכל נזירי השאולין מתים. הם נאלצים להילחם בסקורפיון הרע מן העבר וגרסה האל-מתית של ג'ייד ולאחר שהם מביסים אותם הם מגיעים אל הג'ינסיי, אך הכפילים האל-מתים שלהם הגיעו לשם לפניהם וכשהם פוגשים אותם הכפילים מספרים להם שריידן אחראי בעקיפין למותם. לו קאנג וקונג לאו מהעבר מביסים את הכפילים שלהם ולאחר מכן מגיעים אל הג'ינסיי ונלחמים שם בטיטאן גיראס, שנוצר על ידי קרוניקה. הם מגלים שאי אפשר להביס את גיראס שכן כל פעם שהוא מת הוא קם לתחייה עוצמתי יותר ולאחר שקונג לאו עורף את ראשו הראש חוזר במהרה למקום. גיראס מקפיא אותם עם כוחות הזמן שלו והולך עם הג'ינסיי.
בשלב הרביעי ריידן בממלכת הארץ מגלה שסקטור הושב על ידי קרוניקה והוא מפעיל שוב את מפעל הסייבר לין קווי. הם שולחים את סאב זירו והאנזו הסאשי לחבל במפעל הלין קווי. השניים מגיעם למפעל ונלחמים בסיירקס ובפרוסט שהפכה לסייבורגית לין קווי בעצמה. לאחר שסיירקס מובס הם מתחילים לתכנת אותו כך שחירותו תשוב אליו אך לפתע נוב סאיבוט מופיע ומתעמת איתם, לאחר שהם מביסים אותו סיירקס חופשי והזיכרון שלו חוזר אליו, סקטור מגיע ונלחם בהם אך מובס. סיירקס מכבה דרכו את המפעל ואת שאר הלין קווי ובכך מקריב גם את עצמו. אך קיינו מתקן את סקטור ואת הלין קווי שכבר נוצרו.
בשלב החמישי ג'ייד וקוטאל קאהן יוצאים למחנה המלחמה של שאו קאהן ושבט הטרקטנים, השבט של באראקה. לאחר שנפתח קרב ביניהם ובין הטרקטנים קוטאל קאהן וחייליו מנצחים וקוטאל מצווה להוציא את הטרקטנים להורג אך ג'ייד מתנגדת ונלחמת בו. לאחר שהיא מביסה אותו, שאו קאהן ובאראקה מגיעים ג'ייד, קוטאל וחייליו נלכדים על ידי שאו קאהן ומובלים לכיוון הקולוסיאום.
בשלב השישי סקטור, קיינו וחיילי הסייבר לין קווי תוקפים את הבסיס של הכוחות המיוחדים ולבסוף סוניה וג'וני מהעבר נחטפים על ידי קיינו.
בשלב השביעי קיטאנה מהעבר כורתת ברית עם שיבה, מלכת השוקאנים, שאם קיטאנה תצליח לשכנע את באראקה להצטרף אליהן, שיבה והשוקאנים יצטרפו אליהם למלחמה בשאו קאהן. קיטאנה, קונג לאו ולו קאנג הולכים אל מחנה המלחמה של שאו קאהן ומצליחים לשחרר את ג'ייד. קיטאנה מסכמת עם באראקה שאמנם קוטאל יישאר הקיסר אך הוא יהיה שותף אשר שווה לקיסר בעמדתו. באראקה מסכים וקיטאנה מובילה לצד באראקה, לו קאנג, קונג לאו, ג'ייד ושיבה את השוקאנים והטרקטנים למתקפה על הקולוסיאום שבו שאו קאהן בדיוק עומד להוציא להורג את קוטאל. השוקאנים והטרקטנים מסתערים וג'ייד משחררת את קוטאל. במהלך הקרב שאו קאהן מטיל מום בגבו של קוטאל קאהן שכתוצאה ממנו קוטל הופך לנכה, אך קיטאנה מגיעה ומביסה את שאו קאהן. קוטאל מכריז על קיטאנה כקיטאנה קאהן, הקיסרית החדשה של ממלכת העולם החיצון.
בשלב השמיני ג'וני וסוניה לכודים במועדון הדרקון השחור וקיינו מהעבר וקיינו מההווה מכריחים אותם להילחם זה בזה. ג'וני אומר לסוניה להכות אותו באמת אחרת קיינו יהרוג את שניהם. למקום מגיעים קאסי קייג' והכוחות המיוחדים ומחלצים את סוניה וג'וני. גיראס מגיע ונלחם בסוניה אך קאסי מפוצצת אותו והם בורחים לפניי שהוא מספיק להחלים. במהלך הקרב קיינו נורה בראש על ידי סוניה ונהרג.
בשלב התשיעי ג'אקס מההווה מגויס על ידי קרוניקה שמבטיחה לו שבעידן החדש שלה, בתו ג'קי לא תיאלץ להילחם ולסכן את חייה. בינתיים ג'אקס מהעבר וג'קי יצאו אל האי של שאנג טסונג כדי למצוא את הכתר של קרוניקה אשר רק איתו היא תוכל ליצור עידן חדש. באי הם נתקלים בקאבאל וג'ייד מההווה ובנוב סאיבוט. הם מביסים את לוחמיה של קרוניקה בזה אחר זה ומשיגים את הכתר. אך כשהם עומדים לעזוב את האי, סטריון, בתה של קרוניקה ואלה בכירה, מגיעה יחד עם ג'אקס מההווה. סטריון מאיימת על ג'אקס שאם הוא לא יתן לה את הכתר היא תהרוג את ג'קי, וג'אקס מעביר את הכתר לסטריון שנעלמת משם יחד עם ג'אקס מההווה.
בשלב העשירי האנזו הסאשי יוצא אל ממלכת העולם התחתון כדי לשכנע את קארון להביא לריידן את הצי שלו, שהוא הצי היחיד שיכול לעבור בים הדם ולהגיע למצודה של קרוניקה. אך כשהאנזו מגיע לבקתה של קארון הוא מוצא את ד'בורה שמענה את קארון ולכן הוא ונלחם בדבורה. אך לאחר שהאנזו מנצח, סקורפיון מהעבר מגיע לפני שהאנזו מספיק להרוג את דבורה. האנזו נלחם בעצמו מן העבר ומנצח. הוא מספר לסקורפיון שהוא בנה מחדש את השיראי ריו ונקם את מותם של בנו ואשתו בכך שהרג את קואן צ'י. אך לפתע ד'בורה דוקרת את האנזו עם להב מורעל ובורחת. האנזו הגוסס אומר לסקורפיון להביא את קארון והצי שלו לריידן ושהדבר שהופך את השיראי ריו החדשים ללוחמים הוא הלב שלהם ולא הדם שלהם. סקורפיון הולך לממלכת הארץ ומגלה שהשיראי ריו אכן הושבו אך ריידן לא סומך על סקורפיון ומענה אותו בעזרת הקמע של שינוק ובכך ריידן מתחיל להיות מושחת, לו קאנג אומר לריידן שעליהם לשקול את זה שסקורפיון אומר את האמת אך ריידן לא מקשיב ולו קאנג מתחיל להילחם בו. באותו רגע ריידן רואה בראשו עשרות פעמים בכל מיני יקומים מקבילים בהם בסופו של דבר קרוניקה מביאה לזה שריידן ולו קאנג ילחמו זה בזה. ריידן מפסיק להילחם בלו קאנג ולפתע קרוניקה מופיעה שם. היא מסבירה לריידן שהיא הייתה בכל ציר זמן אחר ובכולם ריידן ולו קאנג נלחמים לבסוף. היא נעלמת וחוטפת את לו קאנג.
בשלב ה-11 הצי של קארון מפליג ועליו נמצאים: הכוחות המיוחדים ואיתם קאסי קייג', ג'קי וג'אקס מהעבר, נזירי השאולין ואיתם קונג לאו, קיטאנה קאהן ובאראקה עם צבאות השוקאנים והטרקטנים ובנוסף סקורפיון, סאב זירו וריידן. הספינה של קרוניקה נתקלת בצי של קארון. פרוסט, ג'אקס מההווה והסייבר לין קווי נלחמים בצבאות של ריידן. ריידן מספר לג'אקס שקרוניקה היא אמו של שינוק ושבעידן החדש שלה הוא מתוכנן לשלוט בממלכת הארץ ולכן ג'אקס מצטרף לריידן. לאחר מכן ריידן מביס את גיראס ומפיל אותו לים הדם שאין לו תחתית ולכן גיראס יטבע לנצח. פרוסט נלחמת בריידן אך כאשר היא מובסת כל שאר הלין קווי מפסיקים לעבוד. בינתיים הכפיל האל מת של לו קאנג שאב את הנשמה של לו קאנג מהעבר ויצא להילחם בריידן בזמן שלו קאנג הטוב נשאר גוסס במצודה של קרוניקה. ריידן מביס את לו קאנג ובין שהדרך היחידה להציל את לו קאנג ולמנוע את הקרב ביניהם היא לוותר על כוחותיו ולהעביר אותם ללו קאנג. לכן ריידן מסיר את הקללה שקואן צ'י הטיל על לו קאנג ומשתלב עם לו קאנג הטוב. כעת כשלו קאנג הוא בן אלמוות ואל חוקי הזמן פועלים עליו כמו שפעלו על ריידן ולכן יש רק לו קאנג אחד ובתוך ראשו יש את הזיכרונות של הגרסה האל-מתית של לו קאנג בנוסף לאלו שלו כך שלו קאנג יודע כיצד לפלוש למצודה של קרוניקה.