עם התקבעותה של אלג'יר לפרובינציה עות'מאנית הייתה הטורקית לשפה הרשמית במדינה ומעמדה של האליטה היניצ'רית כשכבה שלטת הלך והתחזק. בשנת 1659 במהפכת האגות קיבלו האגות בני השכבה השלטת באלג'יר את הזכות לבחור את הדיי מתוכם. מצב זה הוביל למרחץ דמים במהלכו נרצחו 14 מתוך 15 הנושאים בתואר דיי. בשנת 1711 הדיי סוקלי עלי צ'אוש שכנע את הסולטאן להכיר בילדיו כממשיכיו ובכך הושם קץ לאי היציבות שאחזה באלג'יריה. כתוצאה מהעברת השלטון בירושה ואף שאלג'יר נותרה חלק מן האימפריה העות'מאנית מן הבחינה העקרונית, הלכה למעשה פחתה השפעת השלטון המרכזי בטורקיה על הנעשה במדינה. המעצמות הימיות האירופאיות שלמו מעשר שנדרש על ידי המדינות הפירטיות של צפון אפריקה (אלג'יר, תוניס, טריפולי ומרוקו), כדי למנוע התקפות על אוניותיהן. המלחמות הנפוליאוניות בתחילת המאה ה-19 הסיטו את תשומת הלב של המעצמות הימיות מן המאבק בפיראטיות.
אולם כאשר חזר השלום לשכון באירופה, בשנת 1815, אלג'יר מצאה עצמה במלחמה נגד ספרד, הולנד, פרוסיה, דנמרק, רוסיה ונפולי. אלג'יריה והאזורים הסמוכים לה, אשר כונו בשם המדינות הברבריות, היו אחראיות לתופעת הפירטיות בים התיכון וכן לשיעבוד עבדים נוצרים, פעולות שהביאו עליהן את המלחמה הברברית הראשונה והשנייה נגד ארצות הברית ולבסוף את הכיבוש הצרפתי בשנת 1830.
האלימות האלג'יראית.
כותבים אירופאים הרבו לעסוק ולתאר את האלימות של האלג'יראים ואת רצחנותם של הטורקים יושבי אלג'יר. תיאורים אלו עסקו בראש ובראשונה במר גורלם של השבויים שנמכרו לעבדות בשוקי אלג'יר וצפון אפריקה אך בהמשך עסקו התיאורים גם באלימות אותה הפעילו האלג'יראים כלפי תושביה הערבים והברברים של העוצרות ואף באלימות שהייתה כרוכה במאבקי הכח על מינוי הדיי.
ההיסטוריון טל שובל טוען כי אלימות זו לא הייתה חריגה מאוד ביחס למצב במדינות אחרות באותה העת, מצבם של העבדים הנוצרים היה שפיר ואף טוב לאין ערוך ממצבם של שבויים מוסלמים שנחטפו במעשי שוד ימי, לבסוף טוען שובל כי חלק מן הכותבים האירופאים שעסקו באלימות הכרוכה במאבקי השלטון או באלימות שכבת היניצ'רים כלפי הערבים והברברים כתבו דברים אלו מתוך רצון לנמק את הפלישה הצרפתית (1830) פלישה שלוותה בטבח באנשי האליטה הטורקית.
אלג'יריה הצרפתית.
ב־5 ביולי 1830 השתלטה צרפת על אלג'יר. התנגדותם העיקשת של האוכלוסייה המקומית האטה את הכיבוש והמדינה נכבשה רק בתחילת המאה ה־20. הפולשים הצרפתים הפכו את אלג'יריה לחלק אינטגרלי מארץ האם הצרפתית ועשרות אלפי מתיישבים מצרפת, איטליה, ספרד ופורטוגל התיישבו במדינה. בצרפת קיבלו כל המיעוטים אזרחות צרפתית ויחס של אזרחים עם ייצוג בפרלמנט. היחס לערבים ולברברים (אלג'יראים) היה מפלה. בשנת 1954 פתחה החזית לשחרור לאומי במלחמת גרילה נגד הצרפתים, שהחלה את מלחמת העצמאות של אלג'יריה, אחרי כמעט שמונה שנים של לוחמה בלתי פוסקת הצליחו האלג'יראים לגרש את הצרפתים ב־1962 ממדינתם, עם נסיגת הצבא הצרפתי ברחו רוב המתיישבים חזרה לצרפת.
גבולותיה של אלג'יריה בעידן המודרני נקבעו על ידי השלטון הצרפתי, אשר החל ליישב את אלג'יריה כקולוניה לאחר הפלישה הצרפתית ב-5 ביולי 1830. כדי לעודד את המתיישבים הצרפתיים, רובם חקלאים ואנשי עסקים, חולק צפונה של אלג'יריה למחוזות שהיו לחלק מצרפת גופא, עם נציגים באספה הלאומית הצרפתית. צרפת שלטה על מלוא שטחה של אלג'יריה, אולם הייתה הפרדה בין האוכלוסייה המוסלמית המסורתית באזורים הכפריים, לבין חיי הכלכלה המודרניים באזורי ההתיישבות הצרפתית.
היסטוריונים מייחסים את תחילת התקופה הצרפתית לתקרית דיפלומטית (פרשת בכרי-בוג'נאח) בה הועלב הקונסול הצרפתי באלג'יר על ידי השליט המקומי בשנת 1827. בתגובה, צרפת השתמשה בתקרית כעילה למלחמה. היא הטילה מצור על אלג'יר במשך שלוש שנים ובשנת 1830 פלשה לאלג'יריה וכבשה את אזור החוף. עם הפלישה נאלץ חוסיין דיי, שליט אלג'יריה, לצאת לגלות.
ההשפעה הקולוניאליסטית של צרפת חדרה דרומה בהדרגה. אולם, כבר בראשית הפלישה פרצו מרידות אלג'יראיות בהנהגת עבד אל-קאדר אל-ג'זאירי, אשר עד אשר דוכאו בידי הצרפתים. עד לשנת 1848 השתלטו הצרפתים על כל צפון אלג'יריה והממשלה החדשה של הרפובליקה השנייה הכריזה על השטחים הכבושים כעל חלק בלתי נפרד מצרפת. האזור חולק לשלושה מחוזות שלטוניים אזרחיים: אלג'יר, אוראן וקונסטנטין. עם זאת, חרף דיכוי המרד כנגד הצרפתים, ההתנגדות לשליטה הצרפתית לא נעלמה. באלג'יריה עבד אל-קאדר נחשב לגיבור לאומי וכמניח הבסיס למלחמת העצמאות האלג'יראית במחצית השנייה של המאה ה-20.
על ההשפלה אותה ספגו האלג'יראים, שהיו נתונים מעתה תחת שלטון זר לא מוסלמי, נוספה העובדה כי רבים מהם איבדו את אדמותיהם למתיישבים החדשים. השפעתם של המנהיגים השבטיים המסורתיים נפגעה ומערכת החינוך האלג'יראי המסורתי התפרקה ברובה, כך גם המבנה החברתי המסורתי באלג'יריה. לאורך 132 שנות שלטון צרפתי סבלו האלג'יראים מיחס מתנשא ומבזה של המתיישבים והשלטון הצרפתי. בשלביו הראשונים של השלטון הצרפתי נחשבו בני אלג'יריה המוסלמים והיהודים כבני הלאום הצרפתי, אולם לא כאזרחים צרפתיים.
בשנת 1865 התיר נפוליאון השלישי לבני אלג'יריה להגיש בקשה לקבלת אזרחות צרפתית מלאה. אולם, מעטים ניצלו זכות זו משום שהייתה כרוכה בוויתור מפורש על הזכות לחיות תחת חוקי השריעה בתחום דיני המשפחה, מה שהוביל לסברה כי מדובר בכפירה באסלאם. בשנת 1870, בעקבות צו כרמיה, התאזרחו כל יהודי אלג'יריה, מהלך שעורר את חמתם של המוסלמים במדינה אשר החלו לראות ביהודים כמשתפי פעולה עם השלטון הקולוניאלי הצרפתי. עם זאת, בתקופה זו הייתה באלג'יריה התפתחות בכלכלה, ואף נוצרו מעמדות חברתיים חדשים, שהתפתחו לאור הערכים הצרפתיים של שוויון וחירות פוליטית. מאוחר יותר ערכים אלו היו בבסיס שאיפתה של אלג'יריה לעצמאות.
לאומיות והתנגדות.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה צמח באלג'יריה דור חדש של הנהגה מוסלמית אשר החל להשמיע את קולו במהלך שנות ה-20 וה-30 של המאה ה-20. באותה תקופה החלו מתגבשות קבוצות שונות המתנגדות לשלטון הצרפתי, כאשר הבולטות ביניהן היו החזית לשחרור לאומי (FLN) והתנועה הלאומית האלג'יראית (MNA).
המתיישבים הצרפתים (פייה-נואר) היו בעלי ההשפעה המרבית על השלטון והכלכלה של אלג'יריה. בתקופה הקולוניאליסטית מנעו המתיישבים כל ניסיון לרפורמות כלכליות או חברתיות אשר יקדמו את ילידי אלג'יריה המוסלמים. אולם, החל משנת 1933 ועד לשנת 1936 החלו באלג'יריה משברים חברתיים, פוליטיים וכלכליים באלג'יריה, אשר גרמו לאלג'יראים רבים להשתתף בפעולות מחאה פוליטיות. השלטונות הצרפתיים הגיבו בחקיקת חוקים נוספים לשמירת הסדר הציבורי.
האלג'יראים המוסלמים התגייסו לעזרת צרפת עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, כפי שעשו בעת מלחמת העולם הראשונה. אולם המתיישבים הצרפתים באלג'יריה אהדו ברובם את שלטון וישי אשר שיתף פעולה עם הנאצים. לאחר נפילת שלטון וישי באלג'יריה, בוטלה בהדרגה החקיקה הגזענית מימי וישי, למרות התנגדות מתיישבים צרפתיים קיצוניים.
במרץ 1943 העביר המנהיג המוסלמי פרחת עבאס מנשר לשלטונות צרפת בשם העם האלג'ירי, אשר נחתם בידי 56 מנהיגים אלג'ירים ובינלאומיים. במנשר הייתה דרישה לחוקה אלג'יראית אשר תבטיח שוויון פוליטי וחוקי למוסלמים במדינה. למרות זאת, המנהל הצרפתי יישם בשנת 1944 תוכנית רפורמה אשר הבטיחה אזרחות צרפתית מלאה אך ורק למוסלמים אלג'יראים "ראויים לשבח", כ-60,000 אלף איש בלבד. באפריל 1945 עצרו השלטונות הצרפתיים את המנהיג הלאומני מסלי האדי. ב-1 במאי 1945 התקיימה הפגנה של "מפלגת העם האלג'יראי" (צרפתית Parti du Peuple Algerien) אשר פוזרה באלימות על ידי המשטרה ומספר מפגינים נהרגו.
המתחים בין המוסלמים וההתיישבויות הצרפתיות הגיעו לשיאם ב-8 במאי 1945, יום הניצחון באירופה. במקביל לציון הצרפתים את כניעתה של גרמניה הנאצית התקיים מצעד מוסלמי, שהחל לכבוד סיום המלחמה והפך במהרה להפגנת הקוראת לסילוק הצרפתים מאלג'יריה. האירוע הסתיים בהתנגשות אלימה ובמהומות בין אלג'יראים לחיילים צרפתיים, ובתגובה ערכו הצבא והמשטרה הצרפתית פשיטות אלימות על מוקדי התנגדות ברחבי אלג'יר. לפי דיווחים צרפתיים רשמיים כ-1,500 מוסלמים נהרגו בפעולות הנגד ועל פי הערכות של ממשלת אלג'יריה נהרגו כ-50,000 תושבים. אירועים אלה היו ניצני המרי המזוין כנגד השליטה הצרפתית וכתחילת המהפכה האלג'יראית. לאומנים אלג'יראים הבינו כי לא יזכו בעצמאות בדרכי שלום והחלו למרוד השלטון הצרפתי.
מלחמת העצמאות.
מלחמת העצמאות האלג'יראית (1954–1962) הייתה מלחמה ארוכה ועקובה מדם ומהווה את נקודת המפנה המשמעותית האחרונה בהיסטוריה של אלג'יריה. אף שמלחמת העצמאות התאפיינה לעיתים בפילוגים שבטיים, סופה איחד את העם האלג'יראי והטביע את ערכי העצמאות והסלידה מקולוניאליזם בתודעה הלאומית. שיטותיו האכזריות של הצבא הצרפתי בניסיון לדכא את המרי נותרו נושא מעורר מחלוקת בצרפת עד היום.
בשעות הבוקר המוקדמות של ה-1 בנובמבר 1954, פתחה החזית לשחרור לאומי (בצרפתית: Front de Libération nationale, הידועה כ-FLN) בהתקפות מתואמות בכל אלג'יריה, ובכך ניתן האות לפרוץ מלחמת העצמאות. נקודת ציון משמעותית במלחמה זו הייתה טבח האזרחים סמוך לעיירה פיליפוויל בחודש אוגוסט 1955. בפעולות התגמול שננקטו דיווח הממשל כי הרג 1,273 לוחמי גרילה, על פי גרסת ה-FLN נהרגו בפעולות התגמול כ-12,000 מוסלמים בידי הצבא והמשטרה וכן בידי כנופיות חמושות. לאחר הטבח בפיליפוויל פרצה המלחמה במלוא עוצמתה.