עתה המשיך מאנשטיין במתקפה מזרחה. חרקוב נכבשה מחדש ב-14 במרץ לאחר לוחמת רחוב עקובה מדם, ולאחריה ביילוגרוד. החזית המפוררת והנסוגה של הוורמאכט בדרום המזרח יוצבה, והיוותה איום משמעותי על הסובייטים, שאיפשר מתקפה גרמנית נוספת בקיץ 1943. לאחר התבוסה הקשה בסטלינגרד היה זה שינוי שאין להמעיט בערכו. על הצלחתו זו עוטר מאנשטיין בעלי אלון על צלב הברזל שלו. צבאותיו החלו להתכונן למבצע שכונה "מבצע ציטאדלא" (מבצע מצודה), שמטרתו הייתה להשמיד את המבלט הסובייטי בקורסק שנוצר עת נעה החזית במהלך החורף, והתבסס כשבמרכזו העיר קורסק.
מערכת קורסק.
קרב קורסק (מבצע "ציטאדלא") היה בבסיסו מבצע המבוסס על תנועת מלקחיים. הצבא הגרמני הכה בעוצמה מכיוון צפון ומכיוון דרום בבסיסו של מבלט קורסק, שהיה בו ריכוז גדול של חיילי הצבא האדום, כשבין שני קצות המלקחיים מפרידים כמאה קילומטרים. מאנשטיין הופקד על הזרוע הדרומית, ועל הזרוע הצפונית הופקדו הגנרלים ולטר מודל וגינטר פון קלוגה.
על אף שספגו אבדות קשות, הצליחו אנשיו של מאנשטיין להבקיע את הקו הרוסי ולהתקדם לעבר יעדיהם המתוכננים, אך לא הצליחו להשיגם. מגננה רוסית חזקה עצרה אותם ומנעה את התקדמותם על פי המתוכנן. אל מול כישלונה הטוטאלי של המתקפה הגרמנית על האגף הצפוני של בליטת קורסק, נראה היה כבר לאחר מספר ימים מתחילת המתקפה, כי סגירת תנועת המלקחיים וכיתור הרוסים בקורסק אינם אפשריים. הכוחות הניידים של מאנשטיין לא קיבלו סיוע מספק של כוחות חי"ר, ולא עמדו לרשותו עתודות מבצעיות מספקות שיכלו למלא את האבדות שספגו כוחותיו. בלימת המתקפה הגרמנית על צפון הבליטה איפשרה לפיקוד הסובייטי להפנות את עתודותיו דרומה, וב-12 ביולי הנחיתו כוחות העתודה הסובייטיים מתקפת נגד חזקה על כוחותיו של מאנשטיין באזור פרוחורובקה. יום לאחר מכן הורה היטלר למאנשטיין להפסיק לתקוף, כאשר הוא מנמק זאת, בין היתר, בפלישת בעלות הברית לאיטליה. מאנשטיין מחה וטען שיש לנצל את המהלך עד תומו, שהוא עומד על סף ניצחון, וכי אם יינתן לו זמן נוסף הוא יוכל לנצל את העליונות המקומית שהשיג, לטענתו, על מנת להכות ברוסים בטרם יספיקו להעביר לזירת הקרב את עתודותיהם. נראה כי ראיית המצב של היטלר הייתה נכונה, וכי מאנשטיין פעל בחוסר שיקול דעת. על מנת לזכות בניצחון היה על מאנשטיין להשלים לבדו את כיתור הכוחות הסובייטיים בבליטת קורסק (מכיוון שהזרוע הצפונית של המתקפה הגרמנית נאלצה לסגת לקו ההתחלה של המתקפה), להחזיק בו אל מול מתקפות סובייטיות מבפנים ומבחוץ עד להשמדת הכוחות שבתוך האזור המכותר. העובדה כי הרוסים לא הסתפקו בעצירת מתקפת "ציטאדלא", אלא פתחו במתקפה אדירה שהדפה את הגרמנים מערבה, ולמעשה עצרה רק בברלין, מראה כי משימה זו הייתה, ככל הנראה, מעבר לכוחותיו של מאנשטיין. "ציטאדלא" הייתה היוזמה ההתקפית הגרמנית האחרונה במזרח במלחמת העולם השנייה.
מערכת הדנייפר.
בספטמבר 1943 מצא עצמו מאנשטיין במצב בו היה כעשרה חודשים קודם לכן. במהלך קרב דנייפר הוא ניהל מגננה תוך כדי תנועה על פני חזית רחבה ונסיגה אל מול אויב עדיף מספרית הנמצא בתנופה. כוחותיו של מאנשטיין התפרסו על הגדה המערבית של הדנייפר, ולפי פקודתו של היטלר שמרו על מספר ראשי גשר ממזרח הנהר. כוחות הצבא האדום הצליחו לצלוח את הדנייפר תוך כדי תנועה, ולהקים מספר רב של ראשי גשר בגדה המערבית של הנהר. מאוקטובר 1943 ועד לינואר 1944 עסק מאנשטיין ב"ייצוב" המצב. הסובייטים כבשו את קייב ב-6 בנובמבר, והתקרבו לצומת הדרכים החשובה בז'יטומיר. מאנשטיין ניהל מתקפת נגד מוצלחת באזור ז'יטומיר, תוך שימוש בדיוויזיות האס אס דאס רייך ולייבשטנדרטה, גרם לנסיגת הכוחות הסובייטיים לאחר שספגו אבדות כבדות, אך לא הצליח להשיב לידי הגרמנים את קייב. מתקפות הנגד כילו את העתודות של קבוצת ארמיות דרום בראשה עמד מאנשטיין, שנפרסה על חזית רחבה בהרבה מכפי שהיה ביכולתה להחזיק, חזית שהייתה פרוצה, ובעורפה שוטטו כבר כוחות חלוץ רוסיים, שחברו לפרטיזנים מקומיים.
בשלהי ינואר הצליחו כוחות סובייטיים מהחזיתות של ואטוטין וקונייב לכתר 10 דיוויזיות גרמניות בכיס ליד העיר קורסון. כל נסיונותיו של מאנשטיין לפרוץ את טבעת הכיתור הסובייטית נכשלו וב-17 בפברואר 1944 הושלם חיסול הכוחות הגרמניים שנלכדו בכיס, לאחר שחלק קטן מהם הצליחו להחלץ מהכיתור. באמצע מרץ הצליחו כוחותיו של המרשל איבן קונייב לפצל לשניים את כוחותיו של מאנשטיין, ולתקוע טריז בין ארמיית הפאנצר הרביעית וארמיית הפאנצר הראשונה. במהלך מתקפת הבוץ שניהלה החזית האוקראינית הראשונה בפיקוד קונייב, הצליחו כוחותיו לחצות את נהר הבוג הדרומי ולחדור לשטח רומניה.
פיטורים.
על אף שמבחינה פוליטית היה תמיד נאמן להיטלר, נהג מאנשטיין לעמוד על שלו מול היטלר בכל הנוגע לעניינים צבאיים, מעבר למקובל בין אנשי הצבא במטה הכללי, כגון וילהלם קייטל ואלפרד יודל. מאנשטיין הטיף לגישת הגנה גמישה שתנסה להביא לפריסת הכוחות הרוסיים אל מעבר ליכולתם, ואז להתקיפם מן האגף. פירושה של גישה זו היה מערכת תנועה שיכולה הייתה להביא לנסיגות, ולו זמניות, של מאות קילומטרים, על מנת להביא לכיתור המיוחל של הכוח התוקף. היטלר התעקש על הגנה נייחת ועל מלחמת התשה המבוססת על התשת האויב תוך נסיגה איטית והשמדת כל המתקנים הראויים לשימוש בדרכו של הכוח הנסוג.
מכל מקום, ב-25 במרץ 1944 במהלך נסיגה של וורמאכט במהלך מבצע דנייפר-קרפטי של הצבא האדום איבד היטלר את שארית האמון במפקד הוותיק של צבאותיו. הוא נקרא להתייצב אל מול היטלר, ושם הגן על עמדותיו, תוך שהוא טוען כי לא יימצא מפקד כשיר ממנו לקבוצת הארמיות. כעבור שלושה ימים פוטר מתפקידו, וביחד עמו מפקדים נוספים בגיזרה כאוואלד פון קלייסט והרמן הות. הוא הוחלף בתפקידו על ידי הגנרל ולטר מודל, נאצי ותיק. כניחומים, הוענקו חרבות לעיטור צלב האבירים אותו נשא. מאנשטיין עצמו טען כי פיטוריו היו בשל השפעתם השלילית של הימלר וגרינג על היטלר, וכי מקורן של הפקודות הכושלות אותן חילק היטלר בשלב זה של המלחמה הוא בהימלר ובגרינג.
לאחר פיטוריו עבר טיפול רפואי בבית חולים בוורוצלב בגלל בעיה בעין שממנה סבל, ולאחר מכן פרש לביתו בשלזיה.
ב-1944 מת אחיו של אביו המאמץ, אברהם פון מאנשטיין שהתגייר, והוא הביא אותו לקבורה בטקס נאצי בבית הקברות הנוצרי בווירצבורג.
מאנשטיין לא לקח חלק בקשר העשרים ביולי לרציחתו של היטלר, בו לקחו חלק רבים מאנשי המטה הכללי. לטענתו, נוצר עמו קשר באמצעות אחד הקושרים, הנינג פון טרסקו, עוד בשנת 1943, אך על אף שהסכים כי יש מקום לשינוי בהנהגת גרמניה, ראה עצמו קשור בשבועת הנאמנות להיטלר, אותה נשבעו כל חיילי גרמניה החל בשנת 1938. לקושרים סירב במשפט - "Preussische Feldmarschälle meutern nicht" - פילדמרשלים פרוסים אינם מורדים. אף על פי שלא הצטרף למורדים, לא מעל באמונם, ולא גילה לאיש על הניסיונות ליצור עמו קשר.
בינואר 1945 נמלט עם משפחתו מביתם שבשלזיה למערב גרמניה. הוא נכנע לפילדמרשל ברנרד לו מונטגומרי ונעצר ב-23 באוגוסט 1945.
לאחר המלחמה.
משפטו של מאנשטיין.
מאנשטיין נעצר על ידי הבריטים. בזמן משפטי נירנברג בשנת 1946 הוא שימש כעד במשפטם של פושעי המלחמה העיקריים. הוא העיד מטעם ההגנה, אל מול האישומים כנגד המטה הכללי של כוחות היבשה, וכנגד ה-OKW (במסגרת המערכת המשפטית בנירנברג הוגשו כתבי אישום כנגד הארגונים). שני הארגונים זוכו מכל אשמה.
ברית המועצות חפצה בהסגרתו לידיה על מנת להעמידו לדין על פשעי מלחמה בשטחה. המוניטין שיצאו לו בשדה הקרב, כמו גם אווירת המלחמה הקרה, והעובדה כי אישים כברנרד לו מונטגומרי ולידל הארט דיברו בשבחו, מנעו את הסגרתו. הוא הועמד לדין בפני בית דין צבאי בריטי שהתכנס בהמבורג באוגוסט 1949.
הגנתו התבססה על כך שלא ידע כי פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות מתבצעים בשטח בו פעל כחייל, וכי לא אכף את פקודת הקומיסר שהייתה הבסיס לאחד מפשעי המלחמה העיקריים של הוורמאכט, השמדתם של שבויים שנחשדו כי הם פעילים קומוניסטים. בנירנברג הוא העיד כי קיבל את הפקודה, אך לא העביר אותה לחייליו.
עם כל זאת, מאנשטיין הוציא לחייליו פקודה כתובה ב-20 בנובמבר 1941, שהיוותה גרסה מעובדת לפקודה דומה שהוציא מפקדה הידוע לשמצה של הארמייה השישית באותו הזמן, ולטר פון רייכנאו, והשוותה "יהודים" ו"פרטיזנים" תוך קריאה לשימוש באמצעים מחמירים כנגדם. באותו הזמן היללו היטלר ורונדשטט את פקודתו של רייכנאו, ועודדו את המפקדים בשטח להוציא לחייליהם פקודות ברוח זו. פון מאנשטיין הוציא ביזמתו פקודה זו:
בפקודה נאמר לחייליו של פון מאנשטיין להתקיים מאוכל שיוחרם מהאוכלוסייה המקומית. אחד מן האישומים נגדו נגע להרעבת האוכלוסייה על מנת להאכיל את חייליו.
הפקודה כללה גם פסקה שקבעה כי "צעדים חמורים יינקטו כנגד פעולה שרירותית המונעת מאינטרס עצמי, כנגד אכזריות וחוסר משמעת, וכנגד הפרת כללי הכבוד של החייל", וכי "יש לכבד מנהגים דתיים, במיוחד את אלו של המוסלמים הטאטארים."
הפקודה הוצגה למאנשטיין בעת עדותו בנירנברג, שם הודה כי חתם עליה, אך טען כי אינו זוכר את פרטיה. במשפטו בהמבורג הייתה הפקודה הראייה המרכזית.
מאנשטיין זוכה ממרבית סעיפי האישום, אך נמצא אשם בשני סעיפים, ו"אחראי" לשבעה אחרים, במיוחד בכל הנוגע למדיניות "אדמה חרוכה" שננקטה בעת הנסיגות, ובשל הימנעותו מעצירת הטבח באוכלוסייה האזרחית. ב-19 בדצמבר 1949 הוא נדון לשמונה עשרה שנות מאסר. לאחר מכן הומתק עונשו לשתים עשרה שנים, וב-6 במאי 1953, לאחר כשלוש שנים וחצי, שוחרר מאנשטיין בגלל "סיבות רפואיות".