אמו של כריסטיאן הייתה בתם של קרל, נסיך הסן-קאסל, פילדמרשל דני והמושל המלכותי של הדוכסויות שלזוויג והולשטיין ושל רעייתו הנסיכה לואיז, בתו של פרדריק החמישי, מלך דנמרק. דרך אמו, היה כריסטיאן לפיכך נינו של פרדריק החמישי ובן נינו של ג'ורג' השני, מלך בריטניה וצאצא של עוד כמה מלכים, אך לא הייתה לו זכות לתביעת הכתר באף אחת מממלכות אירופה.
בשנות חייו הראשונות חי כריסטיאן עם הוריו ועם אחיו ואחיותיו הרבים בטירת גוטורפ, שם שהתה המשפחה עם חמו וחמותו של הדוכס פרידריך וילהלם. וב-6 ביוני 1825 מונה פרידריך וילהלם להיות דוכס גליקסבורג על ידי גיסו, פרדריק השישי, מלך דנמרק, שכן קו הירושה של בית גליקסבורג נכחד ב-1779. בסופו של דבר הוא שינה את תוארו לדוכס משלזוויג-הולשטיין-זונדרבורג-גליקסבורג וייסד את בית גליקסבורג הזוטר. כתוצאה מכך עברה המשפחה להתגורר בטירת גליקסבורג, שם גודל כריסטיאן יחד עם אחיו ואחיותיו תחת פיקוחו של אביהם.
לאחר מותו בטרם עת של אביו ב-1831 גודל כריסטיאן בדנמרק וחונך באקדמיה הצבאית של קופנהגן.
נישואים.
כבחור צעיר, ביקש כריסטיאן ללא הצלחה את ידה של בת דודתו מדרגה שלישית, המלכה ויקטוריה. אך כאמור נשא לבסוף לאישה את בת דודתו מדרגה שנייה, לואיזה, נסיכת הסן-קאסל (אחייניתו של כריסטיאן השמיני) ב-26 במאי 1842, בארמון אמילאנבורג.
יורש בכוח לכתר.
בשנת 1853, בהסכמתן של המעצמות הגדולות של אירופה, נבחר כריסטיאן על ידי פרדריק השביעי להיות היורש בכוח של הכתר הדני לאור היכחדותו של הענף העיקרי של בית המלוכה, שכן נראה שפרדריק השביעי לא יצליח להעמיד צאצאים. ההצדקה לבחירה זו הייתה נישואיו ללואיזה, נסיכת הסן-קאסל, שכאחייניתו של כריסטיאן השמיני, קדמה לבעלה בסדר הירושה לכתר הדני.
עקרותו של פרדריק השביעי הציגה דילמה קשה ושאלת הירושה של הכתר הדני הייתה בעייתית מאוד. דבקותה של דנמרק בחוק הסאלי וראשית צמיחתה של הלאומיות באזורים דוברי הגרמנית של שלזוויג והולשטיין, גנזו את כל התקוות לפתרון בדרכי שלום. ההצעות לדרכים להשארתן של שתי הדוכסויות יחדיו כחלק מדנמרק, התבררו כבלתי מספקות הן לאינטרסים הדניים והן לאינטרסים הגרמניים. אף על פי שדנמרק אימצה את החוק הסאלי, הוא היה תקף רק לצאצאיו של פרדריק השלישי, שהיה המלך הראשון שקיבל את כתרו בירושה. לפניו היו המלכים נבחרים. קו הירושה האגנאטי של צאצאי פרדריק השלישי היה אמור להיכחד עם מותם של פרדריק השביעי חשוך הילדים ושל דודו, הנסיך פרדיננד, שגם הוא לא העמיד צאצאים. בנקודת זמן זו, חוק הירושה, שחוקק על ידי פדריק השלישי, קבע קו ירושה "סאלי למחצה". עם זאת, היו כמה דרכים לקבוע את זהותו של המלך הבא, מאחר שהוראת החוק לא הייתה ברורה די צורכה אם התובעת לכתר יכולה להיות אישה, אם לאו.
כפי שצפו אומות אירופה, צאצאיה הרבים של הלוויג משאונבורג, החלו להתחרות על כס המלוכה הדני. פרדריק השביעי השתייך לענף הראשי של יורשיה של הלוויג. ב-1863 תבע לעצמו פרידריך השמיני, דוכס שלזוויג-הולשטיין-זונדרבורג-אוגוסטנבורג (מי שלימים יהיה חמיו של וילהלם השני, קיסר גרמניה), את התואר פרידריך השלישי, דוכס שלזוויג-הולשטיין. פרידריך השלישי הפך לסמל תנועת העצמאות הלאומית הגרמנית בשלזוויג-הולשטיין, לאחר שאביו, בתמורה לפיצוי כספי, ויתר על תביעותיו כראשון בתור לרשת את שתי הדוכסויות. לאחר החתימה על פרוטוקול לונדון ב-8 במאי 1852, ששם קץ למלחמת שלזוויג הראשונה, ובהתאם לויתורו של אביו, נמנעה מפרידריך הזכות לרשת את הדוכסיות.
קרובות המשפחה הקרובות ביותר לפרדריק השביעי מהקו הנקבי, היו דודתו מצד אביו, הנסיכה לואיז שרלוט, שנישאה לווילהלם מהסן-קאסל, ובנותיה. עם זאת, הן לא היו יורשות אגנאטיות למשפחה המלכותית, ולפיכך לא היו בעלות זכות ירושה בשלזוויג-הולשטיין.
היורשת הבכירה ביותר בקו הנקבי של צאצאיות פרדריק השלישי, על פי כלל העדפת הבן הבכור, הייתה הנסיכה קרוליין, בתו הבכורה וחשוכת הילדים של פרדריק השישי. יחד עם בת נוספת חשוכת ילדים, וילהמינה, דוכסית גליקסבורג, היורשת הבאה הייתה לואיז, אחותו של פרדריק השישי, שנישאה לדוכס אוגסטנבורג. היורש העיקרי של קו ירושה זה היה אותו פרידריך מאוגוסטנבורג, אך תורו בסדר הירושה היה מגיע רק במקרה של מותן של שתי הנסיכות חשוכות הילדים, שב-1863 היו בחיים.
לבית גליקסבורג היה אינטרס משמעותי לירושת הכתר. כענף זוטר של בית המלוכה, הם גם היו צאצאים של פרדריק השלישי דרך בתו של פרדריק החמישי. בסופו של דבר, לא היה ענף זוטר יותר מהם שהיה זכאי לרשת את דוכסויות שלזוויג הולשטיין. אחריהם היו כריסטיאן עצמו ושלושת אחיו הגדולים. הבכור מביניהם, קרל, היה חשוך ילדים.
הנסיך כריסטיאן היה נכד מאומץ של הזוג המלכותי חשוך הנכדים, המלך פרדריק השישי והמלכה מריה. כמי שהייתה לו היכרות קרובה עם חצר המלכות ומסורותיהם של המלכים הקודמים, היה בן החסות הצעיר בן אחיינה של המלכה מריה וצאצא של בן הדוד מדרגה ראשונה של פרדריק השישי. הוא גודל כדני, חי באזורים דוברי דנית ולא הפך ללאומן גרמני. בכך הוא היה מועמד טוב יחסית מנקודת המבט הדנית. כיורש זוטר, הוא היה זכאי לרשת את השלטון בשלזוויג-הולשטיין, אך לא כראשון בסדר הירושה. כצאצא של פרדריק השלישי, הוא היה זכאי לרשת את כס המלכות הדני, אף על פי שלא היה ראשון בסדר הירושה.
ב-1842 נשא כריסטיאן לאישה את לואיזה, נסיכת הסן-קאסל, בתו של קרוב המשפחה הקרוב ביותר לפרדריק השביעי מהקו הנקבי. אמה של לואיזה, אחיה ואחותה הבכירה ויתרו על זכותם לטובתה של לואיזה ובעלה. אשתו של הנסיך כריסטיאן הייתה כעת היורשת הקרובה ביותר לפרדריק השביעי מהקו הנקבי.
ב-8 במאי 1852 נפתר משבר הירושה הדני עם חתימת פרוטוקול לונדון, שעל פיו נבחר כריסטיאן להיות היורש בכוח לכתר לאחר פרדריק השביעי ודודו. ההחלטה יושמה על ידי חוק הירושה הדני שנחקק ב-31 ביולי 1853, או בשמו המדויק "הצו המלכותי המסדיר את ירושת הכתר על ידי הנסיך כריסטיאן מגליקסבורג", שהגדיר אותו כיורש הכתר לכלל ממלכת דנמרק בעקבות היכחדותו של הקו הזכרי של צאצאי פרדריק השלישי והעניק לו את התואר "נסיך דנמרק".
העלייה למלוכה ומלחמת שלזוויג השנייה.
ב-15 בנובמבר 1863, עם מותו של פרדריק השביעי, ירש כריסטיאן התשיעי את כס המלכות הדני. דנמרק צללה לתוך משבר בנוגע למעמדן של שלזוויג והולשטיין, שתי פרובינציות בדרומה של דנמרק. בנובמבר 1863 תבע פרדריק מאוגוסטנבורג את השלטון בדוכסויות לאחר מותו של פרדריק השביעי. באותו חודש חתם כריסטיאן התשיעי תחת לחץ על חוקה, שהשאירה את שלזוויג תחת שלטון דני. מהלך זה גרם ב-1864 לפרוץ מלחמת שלזוויג השנייה בין דנמרק לבין ברית של גרמניה ואוסטריה. ועידת השלום התפזרה מבלי שהצדדים הצליחו להגיע להסכמה. תוצאות המלחמה היו שליליות מבחינתה של דנמרק והובילו לאיחוד בין שלזוויג לבין פרוסיה ב-1865. באופן דומה, התאחדה הולשטיין עם אוסטריה ב-1865 ועם פרוסיה ב-1866, בעקבות עימות נוסף בין אוסטריה לבין פרוסיה.
לאחר אובדן הדוכסויות, פעל כריסטיאן התשיעי מאחורי גבה של ממשלת דנמרק, קיים מגעים עם הפרוסים והציע להם שכל דנמרק תצטרף לקונפדרציה הגרמנית, בתנאי שדנמרק תוכל להישאר מאוחדת עם שלזוויג והולשטיין. הצעה זו נדחתה על ידי אוטו פון ביסמרק, שחשש שהסכסוך האתני בשלזוויג בין הדנים לבין הגרמנים לא יבוא לידי פתרון. דבר קיומם של המגעים הללו של כריסטיאן התשיעי לא נודע עד שב-2010 פורסם ספר שיצא לאור לאחר שנפתחו הארכיונים המלכותיים על ידי מרגרטה השנייה, מלכת דנמרק.
מלכותו.
התבוסה ב-1864 הטילה צל על מלכותו של כריסטיאן התשיעי למשך שנים רבות ונטען שגישתו לעניינה של דנמרק, ככל הנראה ללא סיבה, הייתה חצויה. חוסר האהדה הציבורית כלפיו הוחמר כאשר הוא שאף ללא הצלחה למנוע את הרחבתו של המשטר הדמוקרטי בכל רחבי דנמרק על ידי זה שהוא תמך בראש הממשלה השמרן והסמכותי יקוב ברנום סקבניוס אסטרופ, ששלטונו בין השנים 1875 – 1894 נתפס על ידי רבים כרודני-למחצה. עם זאת, הוא חתם ב-1874 על הסכם שאפשר לאיסלנד, נחלה דנית, לכונן לעצמה חוקה, אף על פי שדנמרק המשיכה למשול שם. ב-1901, הוא ביקש בחוסר רצון מיוהאן הנריק דונצר להרכיב ממשלה. ממשלת דונצר כללה חברים ממפלגת ונסטר הרפורמיסטית והייתה הממשלה הראשונה בתולדות דנמרק שבה לא הייתה שותפה מפלגת Højre השמרנית, אף על פי שלמפלגה זו לא היה מעולם רוב של המושבים בפרלמנט. הייתה זו תחילתה של המסורת הדנית של דמוקרטיה פרלמנטרית, שמעמדה השתפר במשך שנות מלכותו האחרונות של כריסטיאן התשיעי.
רפורמה נוספת שהתרחשה ב-1866 הייתה כאשר החוקה הדנית תוקנה כך שהבית העליון הדני קיבל סמכות רחבה יותר בהשוואה לבית התחתון. תחום הביטחון הסוציאלי עשה גם הוא צעדי התקדמות במהלך תקופת מלכותו של כריסטיאן. קצבאות הזקנה הונהגו ב-1891 ותשלום דמי האבטלה וקצבאות למשפחות הונהגו ב-1892.
מותו.
המלכה לואיזה מתה ב-29 בספטמבר 1898 בארמון ברנסטורף שלידי קופנהגן. כריסטיאן התשיעי עצמו מת בגיל 87 בארמון אמיליאנבורג שליד קופנהגן לאחר תקופת מלכות שארכה 42 שנים ו-75 ימים. לאחר שארונו הונח בקפלה של ארמון כריסטיאנסבורג, הוא נטמן לצידה של המלכה לואיז בקפלה שנקראה על שמו בקתדרלת רוסקילדה, מקום קבורתם של מלכי דנמרק מאז המאה ה-15. לאחר מותו ירש אותו בנו הבכור שמלך כפרדריק השמיני.
"חמה של אירופה".