בספטמבר 1920 נערכה בירושלים פגישה של האגודות, אליה הוזמנו נציגים מהמרכזים העירוניים האחרים בארץ, ובה נבחר מוסא כאזם אל-חוסייני לנשיא הארגון ולצדו ועד כלל-ארצי. בנוסף, פורסמה קריאה לכינוס נכבדי המוסלמים והנוצרים בארץ, שזכתה להיענות חיובית. היה זה היסוד לכינוס הוועידה הפלסטינית השלישית. עם ועידה זו הפכו האגודות המוסלמיות-נוצריות למסגרת הארגונית העיקרית של התנועה הלאומית הפלסטינית.
הקונגרס השלישי התכנס בחיפה בין ה-13 ל-19 בדצמבר 1920. נכחו בו 37 צירים (17 מהם מחיפה), ודיוניו נמשכו שישה ימים. נעשה מאמץ להפוך אותו למפגן אחדות בין המוסלמים והנוצרים, ולשם כך סלימאן את-תאג'י אל-פארוקי, העאלם המוסלמי מרמלה, בולוס שחאדה, יווני-אורתודוקסי מרמאללה, והכוהן בסיליס, ראש העדה הקתולית, נשאו זה אחר זה דרשות בשבח האחדות הן ביום שישי במסגד של חיפה והן ביום ראשון בכנסייה.
מזכירי הוועידה השלישית היו אחמד אל-אמאם (מוסלמי) וודיע אל-בוסתאני (מארוני), שניהם מחיפה. לנשיא הקונגרס נבחר מוסא כאזם אל-חוסייני.
החלטות הקונגרס היו:
כדי לבצע את ההחלטות הללו, נבחר גוף בן תשעה חברים. בתחילה הוא כונה "ועד מרכזי", אולם מהר מאוד נודע בכינוי "הוועד הפועל של הוועידה הערבית הפלסטינית". בראשו עמד מוסא כאזם אל-חוסייני וסגנו היה עארף א-דג'אני. הוא הוקם כאחת מהחלטות הקונגרס והיה למוסד הפוליטי העליון של הפלסטינים וייצג אותם אל מול שלטונות המנדט הבריטי. אל-חוסייני נבחר לכהן כיושב הראש שלו עד יום מותו.
בוועידה השלישית לא היה אף אזכור לתביעה לאחדות עם סוריה או לשם התואר "סוריה הדרומית".
ב-18 בדצמבר שלחה הוועידה השלישית הודעה אל הנציב העליון. הייתה זו הפעם הראשונה שבה העלו הפלסטינים את דרישותיהם על בסיס "החוזה האנגלי-ערבי" מ-1915 (התכתבות חוסיין-מקמהון), בו לכאורה הובטחה לערבים עצמאות בשטח הכולל גם את ארץ ישראל. טענתם זו לא נזכרה בכל העצומות ומכתבי המחאה שהגישו עד אותה עת לשלטונות הבריטים מנובמבר 1918, אולם החל מוועידה זו, היא חזרה ונשנתה בכל פניותיהם אל העולם. בדו"ח שהעבירה אל הנציב העליון, הביעה הוועידה את מחאתה על כך "שבריטניה לקחה על עצמה את הסמכות לחוקק חוקים, וזאת בהיעדר מועצה מחוקקת של נציגים נבחרים ולפני קבלת החלטת חבר הלאומים"; על כך שבריטניה הכירה בהסתדרות הציונית כארגון רשמי; על כך שבריטניה מכניסה "מהגרים ציוניים", משתמשת בעברית כשפה רשמית, ועוברת בשתיקה על קיומו של דגל ציוני; על כך שבריטניה מינתה מועצה מייעצת "כדי ליצור את הרושם, כי יש בפלסטין מועצה מחוקקת, המייצגת את האוכלוסייה"; ועל "הימצאותם של מנהיגים ציוניים בעמדות הבכירות [של המינהל הבריטי], למרות שפלסטין זו היא הארץ המקודשת לשני העולמות - הנוצרי והאסלאמי - ואין להעביר את ענייניה לידיים שאינן מוסלמיות או נוצריות".
לאחר התכנסות הקונגרס, הטילה ממשלת המנדט ספק בהיותו נציג אמיתי של האוכלוסייה הפלסטינית. בסוף דצמבר השיב על כך אל-חוסייני: "צירי הוועידה המתכנסת בחיפה חלקם נבחרו על ידי האגודות המוסלמיות-נוצריות והאגודות והמועדונים האחרים, שנתכוננו בצורה המסודרת ואשר ייצגו את כל התושבים לפני הוועדה האמריקנית והממשלה המרכזית בכל העניינים; חלקם האחר נבחרו על ידי נכבדי הארץ ונשואי־פניה, שיח'י השכונות והכפרים ונציגי העדות השונות... על יסוד זה יתברר להוד־מעלתו הנציב העליון כי הוועידה נבחרה על ידי העם, כי היא מייצגת את הרוב המוחלט של העם הפלסטיני, המוסלמי והנוצרי, וכי היא מאגדת בתוכה את נכבדי הארץ ונשואי פניה, אשר ייצגוה בכל עת וזמן".
הקונגרס הרביעי, ירושלים 1921.
הקונגרס הרביעי נתכנס לישיבתו הראשונה בירושלים ב-29 במאי 1921. כמו בוועידה השלישית, גם בוועידה הרביעית לא היה זכר ל"סוריה הדרומית". מוסא כאזם אל-חוסייני דאג שנושא מאורעות תרפ"א בתחילת אותו חודש לא ידון במליאה. הוועידה דנה בבחירת משלחת לניהול משא ומתן עם בריטניה בשם "העם הערבי של פלסטין".
ב-2 ביוני הוחלט להרכיב את המשלחת באמצעות בחירות. נבחרו ששה חברים: מוסא כאזם אל-חוסייני (50 קולות), תופיק חמאד (48), אמין אל-תמימי (45), מועין אל-מאדי (41), פואד סעד (מנהיג העדה היוונית-קתולית בחיפה, 31) ואבראהים שמאס (אורתודוקסי מירושלים, 29). כמזכירי המשלחת נבחרו רוחי עבד אל-האדי ושבלי אל-ג'מל (פרוטסטנטי מירושלים), אולם בסופו של דבר סעד ועבד אל-האדי לא יצאו. ב-19 ביולי יצאה המשלחת ללונדון ובדרך נפגשה ברומא עם האפיפיור בנדיקטוס החמישה עשר. באוגוסט החלה לקיים בלונדון פגישות ולהחליף אגרות עם ראשי משרד המושבות, אולם לא הוכרה רשמית כמייצגת את האוכלוסייה הערבית בארץ ישראל. באותו חודש נפגשה שלוש פעמים עם שר המושבות, וינסטון צ'רצ'יל, אך לא הצליחה להפגש כמתוכנן עם צירי חבר הלאומים בז'נבה.
חברי המשלחת סירבו בתוקף להיפגש עם חיים ויצמן ונציגי ההסתדרות הציונית, אך הסכימו להיפגש עם פנחס רוטנברג, מתוך הנחה שהוא מייצג את המתונים ביישוב היהודי בארץ ישראל. ב-30 באוגוסט נפגש איתו שמאס ואל-מאדי. לאחר הפגישה שלח רוטנברג מכתב סיכום לראש המשלחת, אל-חוסייני, וביקש ממנו לתמוך בהקמת מפעל החשמל שלו, על בסיס ההבהרות שעלו בפגישה, אלא שב-17 בספטמבר התקבלה תגובתו הרשמית של חוסייני, בה נאמר: "בני עמנו לא יראו כחוקי כל זיכיון, אם לא יובא קודם־לכן לאישור כל האוכלוסייה של פלשתינה... דבר לא גורם לנו אושר כה רב, כמו מפעלים התורמים לרווחתה ולעושרה של פלשתינה, אך אנו משוכנעים כי ראוי לתת לנו הזדמנות ליטול על עצמנו מפעלי פיתוח אלה".
הנציב העליון הרברט סמואל הבטיח לקונגרס כי בריטניה לעולם לא תכפה מדיניות בניגוד לאינטרסים הכלכליים, הדתיים או הפוליטיים של הערבים.
ביולי 1922 סיימה המשלחת הפלסטינית הראשונה ללונדון את פעילותה בכישלון. בסוף אותו חודש אושר המנדט הבריטי על ארץ ישראל בחבר הלאומים. כתב הסמכות של המשלחת הצריך אישור מוקדם של הוועידה לכל הסדר שהמשלחת עשויה הייתה להגיע אליו. הצורך הזה החליש את המתונים, שחששו שיוקעו על ידי הקיצוניים בפני הוועידה כבוגדים. לדברי יהושע פורת, כתב הסמכות הזה העיד על חוסר אמון הדדי בין הציבור ומנהיגיו והיה אופייני למידה הקטנה של האינטגרציה שהאוכלוסייה הפלסטינית נמצאה בה באותה תקופה.
הקונגרס החמישי, שכם 1922.
התוכנית המקורית הייתה לכנס את הוועידה החמישית ב-20 ביולי 1922 ביפו, אולם המועד נדחה בשל האיחור שבשיבת המשלחת הפלסטינית מאירופה.
טרם כינוס הקונגרס נערכו פעולות לגיוס כספים והעלאת מודעות כגון שביתה כללית בין ה-21 ל-22 ביולי ומכירת בולים ועליהם איור של כיפת הסלע וכנסיית הקבר והסיסמה "פלסטין לערבים" בערבית ובאנגלית.
ראשי הוועד הפועל הערבי לא רצו בהשתתפות הנשאשיבים ותומכיהם בוועידות, וכשניסה "המועדון הספרותי" להשתתף בוועידה החמישית, מנע זאת ממנו הוועד הפועל, ונציג המועדון, ד"ר עזת טנוס, לא נתקבל אליה.
הקונגרס החמישי נפתח בשכם ב-22 באוגוסט 1922. נשיא הקונגרס ומנהיג המשלחת לאירופה, מוסא כאזם אל-חוסייני, גינה את התסיסה האנטי-בריטית וכל שימוש באלימות, מתוך אמונה שהערבים יכולים להשיג הישגים באמצעות דיפלומטיה.
בוועידה נתקבלו 18 החלטות. ההחלטות כללו:
הכח שדחף להחרמת הבחירות למועצה המחוקקת היו החוגים הצעירים המיליטנטיים. בוועידה הוצעו אמצעים שונים למימוש ההחרמה ושלושה מהם נתגלו אחר כך כיעילים מאד: על המשלחות ללונדון ולחיג'אז הוטל לנהל ברחבי הארץ תעמולה נגד הבחירות; נקבע כי יש להדריך את האימאמים במסגדים, שיתאימו את דרשות יום השישי שלהם לנושא; וכי יש לדרוש מהמוח'תארים של הכפרים התחייבויות בכתב שכפריהם לא ישתתפו בבחירות.
בשנת 1921 חל גידול עצום ברכישת קרקעות על ידי יהודים, מה שהביא מספר צירים להעלות את הנושא לדיון בוועידה, אולם לא נתקבלה שום החלטה, מלבד מינוי ועדה שתבחן את שאלת העברת קרקעות ליהודים.
הוועידה החמישית הייתה בעלת אופי קיצוני יותר מזה של קודמתה. צירי הוועידה נשבעו "להמשיך במאמצים למען עצמאות" ולא להסכים "לבית הלאומי היהודי ולהגירה היהודית". בנוסח השבועה הוגדרו משתתפי הוועידה כ"צירי העם הערבי הפלסטיני".
הקונגרס השישי, יפו 1923.
סיסמת הקונגרס השישי, שהתכנס ביפו בין ה-16 ל-23 ביוני 1923 הייתה "אין מיסוי ללא ייצוג" אך הקריאה למרד מיסים שנדונה בו, לא הוכרעה ולא התקבלה כהחלטה. הקונגרס החליט לשלוח משלחת נוספת ללונדון. למרות ניסיונות חוזרים, לא הצליח הוועד הפועל הערבי לכנס ועידה שביעית במשך מספר שנים. גרמו לכך חוסר התוצאות של המשא ומתן הערבי-בריטי בשנים 1921–1923; התנהלות הממשל הארץ-ישראלי שנכנסה לשגרה, בהשתתפותו ובהסכמתו השקטה של רוב הקהל הערבי, על אף התנגדות מנהיגיו; המאבקים הקשים בין תומכי הקו המתון לבין הקיצוניים ובין סיעות ההמג'ליסיון והמעארדיון, שהקשו על גיבוש אחדות על-מפלגתית וממשלו התקיף של הנציב הרברט פלומר, שתגמל שקט והעניש בחומרה מפירי סדר.
הקונגרס השביעי, ירושלים 1928.
לאחר הפסקה בת 5 שנים התכנס ב-20 ביוני 1928 הקונגרס השביעי והאחרון, באולם בית הספר רודת אל-מעארף בירושלים. השתתפו בו 227 צירים, ביניהם רק 28 ייצגו את ירושלים וכפריה.
בעקבות הסדר מוקדם בין תומכי הוועד הפועל והמועצה המוסלמית העליונה לבין האופוזיציה, נקבעו הצירים בכל מקום במשא ומתן מוקדם בין הנכבדים המקומיים של שני המחנות, כך שיהיה שוויון מספרי בין שני הצדדים. ועידה זו הייתה הייצוגית ביותר מבין כל הוועידות.