לאחר הקמת המדינה המשיכה ההסתדרות לקיים את המוסדות הכלכליים והחברתיים הגדולים והמרכזיים ביותר של ישראל לאורך כשלושים שנה. ניהול כלכלי בלתי יעיל ומסורבל, חוסר תחרותיות בשוק חופשי, אי התאמה אידאולוגית לעולם משתנה ומבנה "דו-ראשי" של מעסיק (ובפרט מעסיק שנשלט במשך שנים ארוכות על ידי מפלגת השלטון, מפא"י) שהוא גם איגוד עובדים, הביאו את ההסתדרות ומפעליה למשבר בשנות ה-80. ביטול חברת העובדים, הגוף המעסיק של ההסתדרות, מכירת רבים מנכסיה ומפעליה לידיים פרטיות וריכוז מאמץ בתחום האיגוד המקצועי בשנת 1994, שינו את פניה והפכו אותה להסתדרות העובדים הכללית החדשה.
המבנה הארגוני של ההסתדרות.
לשם מימוש עקרונות אלה הוקם מבנה ארגוני דו-זרועי (זרוע הניהול והבניין של המשק ההסתדרותי מחד, וזרוע הטיפול בפרט והאיגוד המקצועי מאידך). המבנה הארגוני השתנה עם השנים (ראו בפרק ההיסטוריה של הארגון, להלן), אך בכל שנותיה של ההסתדרות היה בעל מבנה עקרוני אחיד.
לכל חברי ההסתדרות הייתה זכות בחירה לוועידה הכללית של ההסתדרות, שהתכנסה בהתאם להחלטות הוועד הפועל ובתדירות נמוכה מאוד. בין 1933 ל-1942 לא הייתה אף וועידת הסתדרות, וכך גם בין 1949 ל-1956 ובין 1960 ל-1966. לוועידה נבחרו צירים לפי שיוך מפלגתי. בשיאה של ההסתדרות, בשנות ה-70, מנתה הוועידה כ-1,000 צירים. בתחילת דרכה היו מיוצגות בוועידה רק המפלגות הסוציאליסטיות, אך עם הזמן הצטרפו אליה כמעט כל המפלגות בקשת הפוליטית הישראלית.
הוועידה בוחרת במועצת ההסתדרות, שהיא הגוף המתמיד העליון של ההסתדרות בין הוועידות. המועצה היא הגוף המחוקק של ההסתדרות, דנה בנושאים עקרוניים ובוחרת בחברי מוסדות הביקורת, בית הדין של ההסתדרות ובית הדין לערעורים. כמו כן בוחרת המועצה בחברי הוועד הפועל, בהתאם להרכב המפלגתי של הוועידה.
הוועד הפועל התכנס בקביעות והיווה את הגוף המרכזי בפעולה השוטפת של ההסתדרות. מתוך הוועד הפועל נבחר גוף ביצועי – הוועדה המרכזת (כעין "ממשלה"), בת 20 חברים. כל חבר בוועדה היה אחראי של תחום פעילות מוגדר (אחד מהשינויים ברפורמה של 1994 והקמת ההסתדרות החדשה היה הפיכת הוועד הפועל ל"בית נבחרי ההסתדרות" והוועדה המרכזת ל"הנהגת ההסתדרות"). הוועד הפועל שלט בכל מוסדות ההסתדרות פרט למוסדות הביקורת ובתי הדין. ראש ההסתדרות, שתוארו הרשמי היה מזכ"ל ההסתדרות, נבחר על ידי הוועד הפועל; למעשה, היה זה יו"ר הסיעה הגדולה ביותר – עד 1994 יו"ר סיעת מפא"י בהסתדרות, או ממשיכי דרכה (המערך בגלגוליו השונים ומפלגת העבודה). מזכ"ל ההסתדרות היה ראש הוועדה המרכזת וראש הוועד הפועל.
במקביל לוועד הפועל, נבחרו נציגי ציבור למועצות פועלים מקומיות, שניהלו ענייני עובדים ברמה המוניציפלית ופעלו מול הרשויות המקומיות, היו אחראים על מועדוני תרבות, פעילות נוער עובד במסגרת המקומית וכדומה; למועצת הפועלות שטיפלה בנושאי עבודת נשים, מעונות לילדי אמהות עובדות (לימים: נעמת); ועידת הפועלים החקלאים והוועידה הציבורית של קופת חולים (שהיוותה למעשה את מועצת המנהלים של הקופה).
בית הוועד הפועל של הסתדרות העובדים הכללית ברחוב ארלוזורוב בתל אביב הוא מקום מושבה של הנהלת הסתדרות העובדים הכללית מאז שנחנך בשנת 1956.
הוועידה הכללית.
הוועידה הכללית נבחרה על ידי חברי ההסתדרות. לכאורה היו חברי ההסתדרות העובדים בארץ ישראל, הן שכירים והן עצמאיים, הן מאוגדים בוועדים והן עצמאיים שהצטרפו באופן יחידני, אולם למעשה, כל חבר בקופת חולים כללית הפך לחבר הסתדרות. כיוון שהחברות בקופת חולים כללית הייתה ברירת מחדל עבור ציבורים גדולים שקופות החולים האחרות לא הסכימו לבטח (עקרות בית, עולים חדשים, גמלאים ואחרים), היו בני אוכלוסיות אלה לחברים בהסתדרות באופן אוטומטי עם חברותם בקופת החולים, בכפוף לתשלום מס אחיד.
הבחירות לוועידה נערכו כרגיל כל ארבע שנים. כל חבר היה בעל זכות הצבעה שווה לוועידה (וכן למועצת הפועלות (נעמת) לחברות ומועצות הפועלים המקומיות). לכל מפלגה חברה בהסתדרות הייתה רשימת מועמדים, ומספר הצירים בוועידה לכל מפלגה נקבע לפי מספר הקולות שקיבלה כל מפלגה בבחירות. לאחר שנבחרו הצירים הם התכנסו במשך מספר ימים (בדרך כלל בתל אביב) ב"מושבים" שבהם בחרו במוסדות השונים, בבעלי התפקידים השונים (לפי משא ומתן בעל אופי מפלגתי) ודנו בנושאים עקרוניים.
הוועד הפועל.
הוועד הפועל ייצג את זרוע ההסתדרות האמונה על הטיפול בפרט והאיגוד המקצועי. הוועד הפועל הורכב ממליאה, שהיוותה את הגוף המחוקק של ההסתדרות ומאגפים.
האגף המרכזי ביותר היה האגף לאיגוד מקצועי, אשר היווה למעשה את זרוע ההסתדרות כאיגוד מקצועי ראשי. תחת האגף לאיגוד מקצועי נוהלו האיגודים המקצועיים והונחו ועדי העובדים במשק הישראלי. האגף פעל בתחומי חקיקה, הנחיות בקשר ליחסי עבודה (ובראשם הנחיות לגבי הסדרים לפתרון סכסוכי עבודה ושביתות), קידום מקצועי, בטיחות וגהות, עבודת נשים ונוער וכדומה.
אגפים אחרים בוועד הפועל טיפלו באגודת הספורט, "הפועל"; בקרנות פנסיה וקופות גמל; בתנועת הנוער "הנוער העובד והלומד"; בתרבות וחינוך (בכללם הוצאת הספרים "עם עובד" ועיתוני "דבר"); בהגנת הצרכן; קשרים בינלאומיים; ייעוץ משפטי לחברי ההסתדרות; קליטת עלייה; מחקר ועוד.
פעילות המימון של הוועד הפועל התבצעה על ידי לשכת המס, אשר גבתה דמי חבר מחברי ההסתדרות ("מס אחיד"), ומס ארגון ממי שאינם חברים בארגון עובדים, אך חל עליהם הסכם קיבוצי או צו הרחבה שבהם נקבע ניכוי זה. פעילות נלווית של לשכת המס הייתה הנפקת תעודת החבר ("הפנקס האדום") לחברים ששילמו את מסיהם.
בנוסף פעלו במסגרת הוועד הפועל מחלקות לניהול העצמי של ההסתדרות ככל גוף עתיר משאבים וכוח אדם.
חברת העובדים.
בכפוף לוועד הפועל (ולהלכה במקביל, כיוון שמזכ"ל ההסתדרות היה ראש שני הגופים כאחד) כיהנה הנהלת הזרוע השנייה של ההסתדרות, זרוע הניהול והבניין של המשק ההסתדרותי – הנהלת חברת העובדים.
חברת העובדים הייתה ארגון הגג של ניהול המשק ההסתדרותי וייצגה למעשה את עקרון הקואופרציה לפיו העובדים, חברי ההסתדרות, הם בעלי המפעלים ואמצעי הייצור בהם הם מועסקים. למעשה הייתה חברת העובדים מעסיק רב-עוצמה שחלש על חלקים גדולים של המשק הישראלי עד שנות השמונים. כמו כן חלשה חברת עובדים על אמצעי המימון של ההסתדרות ובראשם בנק הפועלים.
הגוף המנהל את חברת העובדים היה מזכירות חברת העובדים, אשר התמנתה על ידי הוועד הפועל. המזכירות מנתה 61 חברים ובראשה ישב מזכ"ל ההסתדרות עצמו.
המבנה ההיסטורי של ההסתדרות וכשלונו.
בניגוד לאיגודי עובדים בעולם הייתה ההסתדרות בה-בעת גם מעסיק גדול. הדבר היה חיוני לפי עקרונות ההסתדרות וחזונו של בן-גוריון שראה את ההסתדרות כתשתית למדינה. אולם, בחלוף הזמן הפך מבנה זה לבעייתי. חברת העובדים לא נשלטה ישירות על ידי ציבור הפועלים אלא באמצעות עסקנים פוליטיים נבחרים. בתקופת היישוב, לפני קום המדינה, נאלצו הגופים הכלכליים של חברת העובדים (שכללו הן את סולל בונה וחברות הסתדרותיות אחרות והן את הקיבוצים, המושבים והקואפרטיבים) להתמודד במסגרת שוק שלא הייתה בשליטת ההסתדרות. המשק ההסתדרותי נהנה, בחלקו, מתמיכה (מוגבלת) של התנועה הציונית ומנהלי משק זה היו צריכים לעמוד במבחנים של ניהול בתנאי שוק קשים. מנהל שנכשל - לא היה יכול להמשיך בתפקידו, כי הגוף שבניהולו לא היה יכול להחזיק מעמד. לאחר הקמת המדינה, בשנות שלטון מפא"י, השתנו התנאים והשפעת השלטון על הכלכלה הפכה למכרעת. מפעלי ההסתדרות נהנו מהעדפה פוליטית וכספית של השלטון, והצלחת מנהלי המפעלים הייתה תלויה יותר בקרבתם לשלטון מאשר בכושר הניהול שלהם. העובדים לא חשו שהם שולטים בנעשה בחברת העובדים. בשנים שלאחר התבססותה הראשונית של המדינה נאלצה הנהלת חברת העובדים להתמודד בשוק חופשי שנפתח והלך במרוצת השנים, ובפרט לאחר המהפך הכלכלי של 1977, ולפיכך חייבת הייתה להתייעל, דבר שבא לכאורה בסתירה למחויבויות ההסתדרות כמגנה על תנאי העבודה. בימים של חוסר החלטיות בהנהלת חברת העובדים (כגון בשנים שלפני כהונתו של פנחס לבון ובשנים שקדמו לכהונתו של יעקב לוינסון) שקעה החברה בהפסדים כבדים ובחוסר יעילות שנבע מניהול כושל על ידי עסקנים בלתי מיומנים. מאידך, בשנים בהן ניסו החברות שבשליטת חברת העובדים להתייעל הן התנגשו עם נציגי העובדים, הוועדים והאיגודים המקצועיים, חברי ההסתדרות. במקרה חמור שאירע בראשית שנות התשעים שיסו מנהלי מפעל סולתם, שהיה בשליטת חברת העובדים, כלבים בפועלים שובתים שהונחו על ידי האגף לאיגוד מקצועי של ההסתדרות. היה זה צעד חסר תקדים ביחסי העבודה בישראל.
חיים רמון טען שההסתדרות נכשלה בשל "המבנה הדו-ראשי" וסיכם את דעתו במילים הבאות:
כשלים מבניים נוספים.
ההסתדרות הוקמה כגורם האמור לטפל בכל היבטי חיי הפועל ולא רק בתחום הצר של שוק התעסוקה ולכן נבנו בה מבנים ריכוזיים רבי-עוצמה. ההסתדרות, בניגוד לאיגודי פועלים בעולם, נבנתה "מלמעלה למטה" כלומר לא כארגון היררכי של איגודים מקצועיים ברמה המפעלית-אזורית-ארצית, אלא בראש ובראשונה כארגון פוליטי הנכפה על העובד באמצעות תמיכת המדינה והמעסיקים בהסדר, כיוון שוועד העובדים יונק את כוחו מההסתדרות. מכך עולה שכל עובד מאוגד ולמעשה כל חבר קופת חולים, מימן מדמי החבר ששילם את אחזקתו של מנגנון פקידים עצום.