כמו כן הוחלט כי לשם הגברת האכיפה יש לפעול להזרמת השפכים במתכונת של היתרי הזרמה לים בלבד. החל מ 1999 הוצאו היתרים לשפיכת פסולת מכוח החוק על ידי וועדה בין-משרדית כקבוע בחוק והשפכים הוזרמו על פי מתכונת זו במקום הצו לתיקון המעוות.
רשות נחל הקישון.
ב-1994 הקים יוסי שריד, שכיהן בתפקיד השר להגנת הסביבה תאגיד 'רשות נחל הקישון'. הפועל מכוח 'חוק רשויות נחלים ומעיינות', תשכ"ה 1965 ובהתאם ל'צו רשויות נחלים ומעיינות', התשנ"ה -1994. חברי רשות נחל הקישון היו נציגים מ: משרדי ממשלה, רשויות מקומיות, מפעלים, בעלי מקרקעין וגופים ציבוריים נוספים. הרשות החלה לפעול להקמת מסד נתונים במקביל לפעילות להפסקת או הקטנת רמות הזיהום בנחל באמצעות הליכי אכיפה פיקוח וניטור מוסדרים. במקביל הכין התאגיד תוכנית האב לשיקום הנחל.
בשנת 1997, לאור ממצאים חמורים של ערכי חומציות בנחל, הוציא משרד החינוך צו הפסקת כל פעילות חינוכית מטעמו בנחל הקישון.
החל משנת 1998 מפיקה 'רשות נחל הקישון' דו"ח שנתי מסכם בו פורטה פעילות הרשות לאורך השנה וממצאי הניטורים ואנליזות איכות המים ורמת הזיהום במדדים השונים. וייחוסם למזהמים העיקריים: דשנים, גדות תעשיות ביוכימיה, גדיב תעשיות פטרוכימיה, כרמל אולפינים, בתי זיקוק, חיפה כימיקלים.
הצעה לפינוי השפכים לים.
בדו"ח בלשה ילון משנת 1975 ובתוכניות אחרות נקבע כי יעשה ריכוז השפכים למיכל אגירה ומשם בצינור לתוך הים. מועד השלמת הצינור נקבע ל-31 בדצמבר שנת 2003. החברות במפרץ הסכימו לכך ואף החלו בבניית הצינור. אך ארגוני איכות הסביבה כולל ארגון גרינפיס העולמי הביעו התנגדות. ישראל אשררה עוד בשנת 1978 את מחויבותה לאמנת ברצלונה - שמור על איכות מי הים התיכון. והשרה יהודית נאות הורתה לחפש חלופה לצינור השפכים לים.
נמל הקישון.
נמל הקישון הוקם בשנות החמישים מזרחית לבריכת תחנת הכוח של חברת החשמל, במוצא הנחל אל הים. בתחילה תוכנן לעשותו אזור סחר חופשי אך שנות השישים צורף מנהלית לנמל חיפה. עם השנים התפתח וכלל רציף מטענים מסוף כימיקלים של חברת גדות, רציף כימיקלים, רציפי מספנות ישראל ובריכת המבדוק. בשנות התשעים נבנה רציף מטענים חדש.
בין מסוף הכימיקלים של 'גדות' לבריכת ההשקטה של חברת החשמל, נבנה בתחילת שנות השישים מעגן סירות של 'שייטי כרמל', האגודות הימיות ומועדון החתירה. אשר הוצאו ממקומם הקודם במערב נמל חיפה.
מעגן הדיג - שטח מוצא נחל הקישון לים נמצא בבעלות רשות הנמלים. בסוף שנות החמישים נבנה על ידי משרד החקלאות רציף לעגינת ספינות הדיג. במקום עגנו דרך קבע כ-40 כלי שיט ובחוף נבנו בתי מלאכה ומחסני קירור. נוכחות הדייגים במוצא הנחל השפעה מועטת על הזיהום.
מספנות ישראל שנבנו בצד הצפון מזרחי של הנמל הייתה השפעה על הזיהום. אוניות שמיועדות לעלות להספנה מנקות מכל הנוזלים המיותרים שלהם. כלי שיט שנבנו עבור חיל הים עגנו ליד הרציפים תקופה ארוכה להשלמת הבניה. כל אותה עת נערכו במקום בדיקות תחתית על ידי צוללים מצוותי כלי השיט ומקבוצת צוללי מילואים.
מסוף גדות ורציף הכימיקלים תפעול אוניות הכימיקלים בדרך כלל תקין אך מדי פעם קורות דליפות, שטיפות ניקוי, תקלות צנרת וכימקלים זרמו למי הנמל.
רציפי הנמל – האוניות בנמל גרמו מדי פעם לזיהומים במי השיפוליים ושאריות מטען. בתקופת מלחמת ההתשה ועד סוף שנות השמונים, נערכו בדיקות תחתית לאוניות כימיקלים שנחשבו בעלות סיכון גבוה במקשר גדות וברציף הכימיקלים. הבדיקות נערכו על ידי יחידה 707 וקבוצת צוללי מילואים שהוקמה לשם כך.
צנרת בתי הזיקוק - בתי הזיקוק לנפט הנמצאים מזרחית לנמל הקישון, מעבירים מוצרי נפט למיכלים ולרציף הדלק בנמל חיפה. הצינורות מושקעים מתחת למים וחוצים את מוצא הנחל בקטע שבין בריכת הנמל למעגנת שביט. לעיתים רחוקות קורה שאחד הצינורות נפרץ ודלק מגיע למימי הנמל. לשמירה על הצינורות מופעלת מערכת הגנה קתודית אקטיבית. השדה החשמלי מבטיח את שלמות הצינורות על חשבון מתקני מתכת אחרים בסביבה.
בנית מרינה שביט.
בתחילת שנות התשעים נוצר ביקוש למעגנת סירות מפרש פרטיות בחיפה. השטח שהוקצה לכך בקרבת ראש הכרמל לים היה קשה לביצוע. הדרישה הופנתה להקצות שטח במערב הנמל היכן שהייתה פעילות אגודות ימיות לפני קום המדינה.
כאשר נכנס שורש לרר לניהול רשות הנמלים. קיבל את הצעתו של יגאל שץ שהיה מנהל נמל הדיג בקישון לבנית מעגנה מול רציף הדיג. לאחר שהתייעץ עם ידידו יהודה רותם מניסיונו כמנהל צים וכדייג. תוכנית עסקית רב שנתית הראתה שהבניה תשתלם תוך כעשרים שנה. התנאי היה שהניהול הכללי יחזור לרשות הנמלים. נחתם חוזה בין משרד החקלאות לרשות הנמלים ובו נשמרו כל הזכויות והחובות של הדייגים במעגן. יהודה רותם נקבע כמנהל הפרויקט ויגאל שץ נעשה מנהל המעגנה מטעם רשות הנמלים. בשנת 1996 החלה רשות הנמלים בבניה.
בפרויקט בניית המעגנה שיקום המעגן הדיג הפעילה רשות הנמלים חברות קבלניות שונות חברת 'מעגן' בנתה את קיר השיגומים הצפוני והמזרחי. חברת 'מרטר' בנתה רציפים בגדה דרומית ורציפים צפים. חברת 'סולל בונה' ביצעה עבודות פיתוח בעורף הרציפים. חברת 'אוקיאנה' עסקה בחפירה ימית שאיבה ישירה לבריכות שהקימה 'רשות ניקוז ונחלים קישון' בעורף המעגן.
בשנת 1999 נסתיימה הבניה המעגנה נקראת על שם משה שביט איש קיבוץ נווה ים שהיה מנהל אגף הדייג בשנים 1953- 1963 והלך לעולמו במאי 1984.
במעגנה יש רציפי עגינה לכ-250 כלי שיט קטנים. כל המקומות מלאים ויש רשימה ארוכה של ספינות ממתינות למקום שיתפנה.
נזקים למבנים ימיים ותביעות.
ב של רציפי הנמל נוצר עיכול מתכת עד כדי חורים. נראה שהחורים נגרמו מהחומציות והחומרים במי הנחל במשולב עם ההגנה קתודית ששומרת על צינורות הדלק של בתי הזיקוק.
ברציף נמל הדיג התגלתה התופעה בשנת 1990 נעשו בהם תיקוני טלאים. ובשנת 1993 נבנה הרציף מחדש עם שיגומי פלדה צבועים. עלות התיקון כוסתה על ידי משרד החקלאות.
ברציף הכימיקלים בנמל הקישון נאכלו לוחות השיגומים החול יצא ובאספלט ליד קצה הרציף נוצר בור ורכב שקע בו. בשנת 1991 ביצעה רשות הנמלים תיקון.
ברציף המספנות אותה בעיה נוצרה ברציף המספנות וגם שם היה צורך להחליף שיגומים.
תביעות משפטיות.
אדם טבע ודין: בשנת 1994 פתחו מספר חברות דייג בקובלנה פלילית כנגד מפעל חיפה כימיקלים בגין גרימת זיהום הים וזיהום המים, וטענו כי הזיהום והחומציות השוררת בנחל גורמות לקורוזיה ונזקים לספינותיהם. עמותת אדם טבע ודין לקחה את ניהול הקובלנה תחת חסותה כחלק מהמטרות הכלליות של העמותה בשמירה וקידום ערכי הסביבה בישראל. בשנת 1996 הושג הסכם פשרה, במסגרתו התחייבה חיפה כימיקלים להציג תוכניות לטיפול בשפכים לפי לוחות זמנים מוגדרים, וליישמן. בגין הנזקים שנגרמו לכלי השייט, נקבעו לחברות הדייג סכומי שיפוי של כ-25,000 ₪ לכל אחת (כ-150,000 ₪ סה"כ), וכן נקבע כי חיפה כימיקלים תשלם לעמותת אדם טבע ודין הוצאות משפט בסך של 475,000$ .
הפער הגדול בין סכומי הפיצויים שנפסקו לטובת המשתתפים בקובלנה נובע מכך שהסכום הפיצויים כולל תשלום עבור ניטור המשך הפעילות בקישון אותו תבצע עמותת אדם טבע ודין.
כרמלית ושחף: מפעילי ספינת התיור 'כרמלית' והדוברת העגינה 'שחף' הגישו באמצעות משרד עו"ד גלסברג תביעה לבית המשפט בחיפה על נזק לכלי השיט.נזק לספינות דיג: ב-6 בספטמבר 2001 הגיש משרד עו"ד גלסברג מחיפה תביעה אזרחית בשם 68 בעלי סירות דיג העוגנות בנמל הדיג בקישון על נזקי גוף לכלי השיט. הדיון בשתי התביעות אוחד, הדיונים התמשכו במשך כשש שנים והסתיימו בשנת 2006 במתן פיצוי בהסכמה.
עמותת דייגי המכמורת: בשנת 2001 הגישה עמותת דייגי המכמורת בקישון עתירה מנהלית נגד חיפה כימיקלים. בית המשפט המחוזי נתן צו מניעה לאיסור על חיפה כימיקלים להזרים מעבר לקבוע בהיתר ההזרמה, ובמקביל הורה לרשות נחל הקישון להגביר את תדירות הדיגומים בסופי השבוע.
נזק למבדוק: חברת מספנות ישראל מכרה בשנת 2005 לחברה טורקית את אזור המבדוק בנמל (אזור בנמל לבדיקה ולתיקון כלי שיט). בטורקיה התגלו נזקי קורוזיה שחייבו התאמות ותיקונים. החברה הטורקית תבעה פיצוי ממספנות ישראל וזו תבעה את חיפה כימיקלים. התביעה נסגרה בפשרה דיסקרטית והצדדים הסכמו שלא לפרסם פרטים על ההסדר.
פינוי הבוצה מהנחל ומהנמל.
בין השנים 1982–1984 בוצעה רבה בנמל הקישון. חברת הרקולס-סנפיר הפעילה מחפר כפות שהובא במיוחד מהולנד. נעשתה העמקה עד ל-15 מטר מהכניסה לנמל רחבת התמרון ובאזור המבדוקים של מספנות ישראל. החומר החפור הובל בדוברת הטלה עם קרקעית נפתחת והוטל במרחק כ-3 מיל מפתח הנמל.
באזור נמל הדיג נחפר באמצעות מחפרים יבשתיים שהוצבו על דוברה. החומר הוטל לים באותה שיטה.
במשך שנים רבות הוטלו חומרים שנאספו מחפירה תחזוקתית של נמלי חיפה הקישון ומעגן הדיג, במפרץ חיפה. הדבר גרם להרס אזורי המחיה של הדגים והדיג במפרץ כמעט נעלם.
בשיטפונות חורף 1991/2 החסימות בנחל גרמו להצפה רבתי באזור הקריות בשנת 1992. 'רשות ניקוז ונחלים קישון' עשתה עבודת דוברת חפירה שאבה כמות גדולה של בוצה אשר לא טופלה. פינוי הבוצה מהנחל לבריכת שיקוע מדרום לו.
בעת בניית מעגנת הסירות מדרום לנמל הדיג שנעשתה על ידי רשות הנמלים והרכבות הוטל חלק מהחומר לאותן בריכות שיקוע על גדת הנחל ומרביתו שימש לביסוס פארק הקישון.
בקרה - מאז שנת 1995 מבצע המשרד הגנת הסביבה בקרה באמצעות הוועדה למן היתרים. חומרי חפירה ממעגן הדיג ונמל הקישון, מוגדרים כמזוהמים, ומוטלים באתר "אלפא". האתר נמצא בנ"צ 32̊ 56'N ; 34̊ 36'E בערך 290 19 מייל מראש כרמל בעומק של 1,300 מטר.