מדינות מחויבות על פי אמנת ז'נבה הרביעית למנוע עינויים, כולל סבל נפשי. לדברי ליסה הג'אר וד"ר רחל סטרומזה, מנהלת הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, עינויים היו מאפיין קבוע של שיטות חקירה ישראליות של פלסטינים. דיווחים על עינויים החלו להופיע בשנות ה-70 של המאה העשרים ומתועדים בפירוט על ידי הארגון הלא ממשלתי אל-חאק באמצע שנות השמונים. מונח הסלנג של הצבא, טרטור, קשור למדיניות שהנהיג רפאל איתן, שהורה על חיילי הצבא ומשמר הגבול לעסוק במעצרים חוזרים ונשנים והשפלה של מספר גדול מקרב האוכלוסייה הפלסטינית בשטחים. הכוונה הייתה לאסוף קבוצות אנשים מהפגנות לאומיות של פלסטינים, לאלץ לשיר את ההמנון הלאומי הישראלי, לסטור אחד לשני ולזחול ולנבוח כמו כלבים. המשטרה עצרה גם אלפי פלסטינים מדי שנה באשמות "ביטחוניות", שנעו בין פעילות טרור לקריאת ספרים ממה שישראל ראתה "רשימה שחורה".
היחס לילדים.
על פי עמותת בצלם וקרן החירום הבינלאומית של האומות המאוחדות לילדים, נראה כי טיפול לקוי בילדים פלסטיניים במערכת המעצר הצבאית הישראלית נרחב, שיטתי וממוסד. על פי החוק הבינלאומי, כל הילדים הנמצאים בקשר עם מערכות המשפט מחויבים לקבל יחס של כבוד בכל עת. על פי מחקר משנת 2013 של קרן האו"ם לילדים, שעסק ב-10 שנים של טענות על התעמרות בילדים כחלק מהפרקטיקות הצבאיות של ישראל בגדה המערבית, הראיות ממספר משקיפים חיצוניים מעל עשור מצביעות על כך שילדים פלסטינים שנמצאים במעצר צבאי של ישראל סובלים מיחס אכזרי ומשפיל. האיסור על נהגים כאלה לפי חוק הוא מוחלט ובלתי מותנה, ואפילו שיקולי ביטחון או איומי מלחמה אינם יכולים לעקוף את הכלל.
על פי הסניף השוודי של ארגון "להציל את הילדים", בין 23,600 ל-29,900 ילדים נדרשו לטיפול רפואי לאחר שנפגעו ממכות צה"ל בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה הראשונה, שליש מהם בני 10 ומטה. קטינים (בני 16 ומטה) היוו 35-40% מתוך 130,000 הפלסטינים שסבלו מפציעות קשות מצד חיילים ישראלים בהתקוממות זו. בקרב ילדים בני 15 ומטה שנדרשו לטיפול רפואי, 35% נפצעו מירי ישראלי, 50% ממכות ו-14.5% סבלו מגז מדמיע. מספטמבר 2000 עד דצמבר 2003, 109 ילדים נהרגו על ידי כדור אחד בראשם, 4 באמצעות ירי כדור בצווארם ו-56 מירי לאזור החזה וההלב. 90 נוספים נהרגו באמצעות שניים או שלושה כדורים. בסך הכל באותה תקופה נורו למוות 427 ילדים על ידי כוחות צה"ל ומתנחלים.
צנזורה.
בגדה המערבית הן "תקנות החירום להגנה מ-1945, מס' 88" מימי המנדט הבריטי – הקובעות כי "כל מאמר, תמונה, פרסומת, צו והודעה על פטירה חייבים להיות מוגשים לצנזורה הצבאית", והן "צו מס' 101" של הצבא הישראלי, שתוקן ב"צו 718 (1977)" וב"צו מס' 938 (1981)", ונוגע ב"איסור על הסתה ותעמולה שלילית", היוו את הבסיס לצנזורה של פרסומים בגדה המערבית, שירה והפקות ספרותיות. ברם, לא קיימות בנושא הנחיות ברורות, כך שאפילו יצירות שתורגמו מהעיתונות העברית, או הפקות תיאטרון המותרות בישראל, כמו המלט, הפכו יעד לצנזורה. ביקורת על התנחלויות נאסרה, וכך גם ביטויים לרגשות גאווה לאומיים. אפילו אזכור המילה "פלסטין" נאסר. לפי הצו הצבאי הישראלי 101, נאסר על פלסטינים הכפופים לחוק הצבאי להפגין ולפרסם כל מה שקשור ל"עניין פוליטי".
עיתונים עלולים לאבד את רישיונם, ללא כל סיבה שהיא, על בסיס תקנות החירום משנת 1945 (סעיף 92/2). היתרי נסיעה שהיו מאפשרים לאנשי ציבור פלסטיניים כמו אליאס פריג', ראש עיריית בית לחם, להתראיין בחו"ל, נשללו. כתובות גרפיטי נגד הכיבוש נאסרו, אלא אם כן אושרו על ידי הצבא, והאחריות להן הוטלה על בעלי החומות שנצבעו ואז נקנסו על כתובות הגרפיטי. היה על הפלסטינים לאסור לבסוף בעצמם על הנוהג, לאחר שהפך למקור הכנסות גדול לישראל.
מיסוי.
לפי החוק הבינלאומי אין לכוח כובש זכות להטיל מיסים בנוסף לאלו שהיו קיימים לפני הכיבוש. על פי הצו הצבאי 31 מיום 27 ביוני 1967, ישראל העבירה לידיה את השליטה על מערכת המיסוי הירדנית, תוך שינוי ניכר: לישראלים שעברו להתנחלויות ניתן פטור, מתוקף היותם ממוסים לפי חוקי ישראל, בעוד שעל הפלסטינים הוחלו מדרגות מס שונות.
בשנת 1988 התארגן בעיירה הנוצרית האמידה בית סאחור, שהיו בה כמה מאות עסקים, קמפיין של מרד מיסים. החרם היה מבוסס על עקרון שציינו מנהיגי המורדים האמריקאים באימפריה הבריטית – אין מיסוי ללא ייצוג. בתגובה הוטל על בית סאחור עוצר של 42 יום, שבמהלכם ישראל חסמה משלוחים של מזון לעיירה, ניתקה קווי טלפון, והחרימה מיליוני דולרים במזומן וברכוש בפשיטות על בתים. בתי ספר, חנויות ומרפאות נסגרו. לאחר תשעה חודשים, הקמפיין הסתיים; הוא לא אומץ בשום מקום אחר בגדה המערבית.
החוק הישראלי בהתנחלויות ביהודה ושומרון.
מתוקף מעמדם כשטחים בתפיסה לוחמתית, יהודה ושומרון כפופים לחוק הצבאי, אך על אזרחים ישראלים ועל ההתנחלויות חל החוק הישראלי. הוראות החוק של המשפט האזרחי מוחלות על בסיס אישי, כך שהן חלות על תושבי ישראל ולא על בסיס שטח. להחלת החוק נדרש צו אלוף. יישום החוקים יצר "מובלעות" של החוק הישראלי ביהודה ושומרון, המונחים "משפט המובלעות" או "צדק מבוסס מובלעת" משמשים לתיאור מערכת המשפט במקום.
המשפט הפלילי הישראלי מוחל על תחומי ההתיישבות הישראלית ביהודה ושומרון על בסיס שטח, כאשר בשאר השטח חל הדין הירדני, העות'מאני והבינלאומי. מאז ינואר 2018, כל החוקים המוצעים בכנסת דרושים ייעוץ משפטי כיצד ניתן להחילם על ההתנחלויות.
טרמינולוגיה.
את המונח "משפט המובלעות" טבע במאמר משנת 1987 אמנון רובינשטיין, חוקר ישראלי למשפט חוקתי. לגבי תחולת החוק הישראלי בהתנחלויות ביהודה ושומרון, רובינשטיין ציין כי: בדו"ח משנת 2009 שחיברה וירג'יניה טילי, עבור מועצת המחקר למדעי הרוח בדרום אפריקה, נכתב כי "התוצאה של ההחלה החוץ-טריטוריאלית של חקיקה ישראלית על בסיס אישי, בשילוב עם משפט המובלעות כמתואר לעיל, היא שמתנחל חי במסגרת החוק בגדה המערבית רק באופן חלקי ביותר". הדו"ח ציטט אז את עבודתו של רובינשטיין משנת 1986:
יישום בפועל.
היבטים טריטוריאליים של "משפט המובלעות" מיושמים דרך "ניקוזם" למתנחלים, בשיטה המכונה בלועזית "pipelining" (התקנת צנרת). לפי שיטה זו, דרך הצווים הצבאיים הישראליים, המהווים את עיקר החקיקה ביהודה ושומרון, מוחלים החוקים הישראליים באופן ספציפי לתחומי השיפוט של ההתנחלויות. שיטה זו משמשת כדי לתת למשרדי ממשלת ישראל, כמו משרד החינוך ומשרד הבריאות, סמכות שיפוט על מתקנים ציבוריים, כמו בתי ספר ובתי חולים ביהודה ושומרון.
מערכת משפטית כפולה.
באמצעות מערכת זו, המתנחלים הישראלים כפופים לחלקים גדולים מהחוק הישראלי ואילו הפלסטינים כפופים לשילוב של החוק הצבאי הישראלי וחלק מהחוקים המקומיים המבוססים על החוק הירדני.
חוקים ישראליים החלים על אזרחים ישראלים המתגוררים ביהודה ושומרון הם לרוב בעלי אופי מינהלי וכוללים מיסוי, פיקוח על מוצרים, ביטוח לאומי, חינוך, רווחה, בריאות, עבודה ומעמד אישי, אך אינם כוללים חוקים הנוגעים לטריטוריה עצמה כגון חוקי קרקע ותכנון. לפי פסיקת בית המשפט העליון, חוקי עבודה המיושמים בדרך זו חלים גם על עובדים פלסטינים בהתנחלויות.
מערכת משפטית כפולה זו היא אחד הנימוקים הבולטים בטענות למדיניות אפרטהייד על ידי ישראל.
פעילות פרלמנטרית.
בנובמבר 2014 אושרה הצעה בקבינט המחייבת לבחון את יישום כל החוקים הישראליים החדשים להתנחלויות, אך היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין התנגד לכך. במאי 2016 הושקה היוזמה מחדש על ידי איילת שקד.
בינואר 2018 הסכימה ועדה בכנסת להורות ליועצים משפטיים לדון בהחלה של כל בקשת הצעת חוק חדשה של הכנסת ליישובי יהודה ושומרון במהלך הליך החקיקה. כמה שבועות לאחר מכן, דנה הכנסת לראשונה אי פעם בהחלת החוקים המוצעים על ההתנחלויות ביהודה ושומרון.
פיתוח כלכלי.
השפעה כלכלית ראשונית של השלטון הישראלי.
בתחילת ימי הכיבוש הוצבו מגבלות קשות על השקעות ציבוריות ועל תוכניות פיתוח מקיפות בשטחים. בנקים מסחריים בריטיים וערביים, שפעלו בגדה המערבית, נסגרו זמן קצר לאחר כיבוש השטח. בנק לאומי פתח אז תשעה סניפים, מבלי להחליף בהצלחה את המערכת הקודמת. חקלאים יכלו לקבל הלוואות, אך אנשי עסקים פלסטיניים נמנעו מלקחת אותן כיוון שנגבו עליהן שמונה עד תשעה אחוזים של ריבית, לעומת חמישה אחוזי ריבית בירדן. מערכת הרישוי הישראלית קבעה כי לא ניתן לבנות מפעל תעשייתי ללא קבלת היתר ישראלי מראש, דבר שהיה קשה במיוחד בשל חששות ביטחוניים. בקשתם של יזמים לקבל היתר להקמת מפעל מלט בחברון – נדחתה, גידול מלונים נאסר, ייבוא ענבים ותמרים נאסר, כדי להגן על חקלאים ישראלים, והוטלו מגבלות על כמות המלפפונים והעגבניות שניתן לגדל. לדברי איאן לוסטיק, ישראל מנעה למעשה השקעה בתעשייה ובחקלאות בידי האוכלוסייה המקומית. בשנת 1986 אמר שר הביטחון יצחק רבין: "לא יהיה שום פיתוח יזום בידי ממשלת ישראל, ולא יינתנו אישורים להרחבת חקלאות או תעשייה, העלולה להתחרות עם מדינת ישראל."
חקלאות.