בכוח המבצע היו קורבטת טילים מדגם סער 5 כספינת פיקוד מפעילת מסוק, ספינות טילים, כלי שיט בט"ש, מסוק ימי וסיור אווירי. משימת הכוח הייתה עצירת תנועת אניות סוחר מנמלי לבנון ואליהם, וכן שיבוש פעילות הדיג בגזרת החוף – תחילה עד ג'וניה ואחר כך עד טריפולי. ההוראות היו לעכב את תנועתם של כלי שיט: לדרוש מכלי שיט היוצאים מהנמלים לחזור לנמל, ומכלי שיט המגיעים מבחוץ – לחזור על עקבותיהם. ההנחיות הורו לגלות גמישות מול כלי שיט מערביים. יאכטות יעצרו, יתושאלו ויעוכבו לזמן מה. פעילות הסגר מנעה תנועת נוסעים ואספקה, וכל פעילות כלי השיט הותנתה בהסכמת ישראל.
נקודת בדיקה לאניות המבקשות כניסה נקבעה בטווח 50 מיל ימי מערבית לביירות. בתדרוך טלפוני בין ראש מדור תכנון רס"ו זיו רום למפקד פלגה 32 סא"ל מאיר בן-צוק לפני היציאה לים, הותוותה הפעלת הסגר בטווחים של 30 מיל ימי מהחוף. לאחר הערכת מצב אצל מפקד חיל הים במגמה להמחיש הסגר ימי ולהפגין נוכחות בולטת מול נמלי לבנון. ראש מספן הים תא"ל נעם פייג בבוקר 13 ביולי הנחה בהמשך לסיכום הערכת המצב של מפקד חיל הים את מפקד הפלגה להתקרב לטווח ראייה מהחוף. ההוראה יצאה ממחלקת מבצעים בצהרי באותו יום:
רשות הספנות והנמלים פרסמה "הודעה לימאים" שלבנון נמצאת תחת מצור ימי (במקור: Naval Blockade) בשטח בין קווי רוחב 33:06 עד 34:38 צפון מקו אורך 34:00 מזרח ועד החוף, וכי מומלץ לכלי שיט להתרחק עד 65 מיל ימי מחוף לבנון. כלי שיט שמגמת פניהם לנמל חיפה נדרשים להדרים עד קו רוחב 32:00 מזרחה ורק בקרבת החוף לעלות צפונה כדי להגיע לחיפה מדרום. כלי שיט היוצאים מנמל חיפה נדרשים להדרים לקו רוחב 32:40 ואז לפנות מערבה.
נוכחות כלי השיט המבצעים את הסגר בקרבת החוף התבררה כטעות. כלי השיט נצפו מהחוף, ותחנות המכ"ם החופיות עקבו אחריהם. ביום ששי בערב בשעה 20:42, פגע טיל מדגם C-802 שנורה מהחוף באח"י חנית, שנמצאה 8.5 מיל ימי מול ביירות. לאחר הפגיעה באח"י חנית, שונה מהותית אופן יישום ההסגר, וכלי השיט המסיירים הורחקו למרחק רב מהחוף.
ב-18 ביולי, הוקל ההסגר הימי. לאורך כל היום פינו אוניות ומסוקים אלפי אזרחים זרים ותיירים מנמל ביירות, אשר לא יכלו לצאת מלבנון בעקבות הפצצות נמל התעופה הבינלאומי עד אותה העת, לאחר שצה"ל הסיר באופן זמני את המצור הימי לספינות הזרות ולכוחות בינלאומיים.
הסגר שהחל ב-13 ביולי נמשך עד 8 בספטמבר 2006, בסך הכל 58 ימים. הושקעו בו כ-5,000 שעות ים. במהלכו נעצרו לתשאול כ-2,000 כלי שיט. 241 כלי שיט צבאיים של מדינות אירופה וכ-190 כלי שיט אזרחיים אושרו לכניסה תוך בקרה. כ-20,000 איש פונו דרך הים וכ-200 משלוחי סיוע הומניטרי הועברו לתושבי לבנון.
עקב ההכרזה על הסגר, נמנעו אניות מלהתקרב ומחירי הביטוח הימי עלו מאוד. שיבוש המסחר תנועת האניות יצר משבר אנרגיה שיבוש באספקת החשמל וניכרו אותות מצוקה באוכלוסייה הלבנונית. הסגר לא פגע באופן ישיר ביכולת הלחימה של חזבאללה לאור העובדה שהארגון לא נזקק להעברת הספקה או אמצעי לחימה בדרך הים.
הסגר נאכף בצורה מלאה ומסודרת. אף כי החיכוך עם כלי שיט זרים יצר פוטנציאל לסיבוך מדיני, אך האופן שבו הוצא ההסגר אל הפועל: ללא פגיעות באזרחים, פתיחת אפשרויות למעבר סיוע הומניטרי והסדרת יציאתם של נתינים זרים העניקה לגיטימציה ואפשרה את הפעלתו לאורך זמן. עם זאת הסגר לא פגע ביכולת הלחימה של חזבאללה שקווי האספקה הצבאית שלו היו בדרך היבשה מסוריה.
סיכום לדעת הרמטכ"ל דן חלוץ הסגר היה אפקטיבי ותימוכין לכך היו כל הפניות והבקשות להסירו. הוא הוסיף כי צורת הפעלת הסגר, כפי שנעשתה אחרי אירוע הפגיעה באח"י חנית זאת הצורה שבה היה צריך לפעול מלכתחילה.
מתקפת טילי חוף ים.
במהלך הסגר הימי, נפגעה אח"י חנית מטיל נגד ספינות מדגם C-802 (טיל סיני המיוצר באיראן). הסגר החל ב-13 ביולי ולמחרת ב-14 במשך היום ביצע כוח בפיקוד סא"ל מאיר בן צוק שכלל את אח"י כידון (סער 4.5), דבורה 814 ואח"י חנית כספינת פיקוד, סגר באזור ביירות. בהתאם להנחיות התקרבה עד כ-6 מיל ימי כדי שתיראה היטב מהחוף.
כאשר מפקד השייטת דני מעוז הגיע לאזור עם אח"י להב ואח"י רומח (סער 4.5) במסגרת משימה אחרת הורה להרחיק את קו הסיור מהחוף. בערב 14 ביולי שייטה הספינה בקורס 280 במרחק 8.5 מיל ימי מחופי ביירות. בהתרחקות מהחוף. בקרבתה נמצאו ספינות טילים אחרות שיישמו את ההסגר הימי. בשעה 20:42 נורו שני טילים ממשגר על משאית מאזור עוזאי בביירות.
פגיעה באח"י חנית – טיל אחד פגע במנוף הנמצא בירכתי הספינה בצד שמאל בגובה מטר אחד מעל הסיפון. הטיל התפוצץ אך המנוף ספג את ההדף והנזק היה יחסית מועט. מהפגיעה במנוף ירד גוף הטיל שיצר חור בסיפון ועבר מהדופן למים. באזור מנחת המסוק פרצה דליקה והתפשטה באזור מגורי הנגדים וחדר הדלק הסילוני.
נזקים וסיוע – מיד עם הפגיעה איבדה אח"י חנית את כושר התמרון ההגאים נתקעו בזויות שונות. מנוע ימני הודמם. שני אנשים שהיו בצד ימין הצליחו להימלט דרך מעבר הסונאר ולהיכנס דרך מבנה המוסך. מפקד הספינה ירד לאזור המנחת וניהל את פעולות כיבוי האש. הורה על עריכת מפקד נוכחות לפי רשימת המפליגים והתברר כי 4 מפליגים נעדרים. הועלתה השערה שאולי נזרקו לים מעצמת הפיצוץ והתחיל חיפוש במים בסביבת האירוע.
מפקד שייטת ספינות הטילים אל"ם דני מעוז התקרב עם אח"י להב ששימשה לו ספינת פיקוד לאח"י חנית במגמה לסייע בבקרת נזקים ולגרור על מנת להתרחק מהחוף. מספר אנשי צוות מאח"י להב עברו לאח"י חנית על מנת לסייע. מאוחר יותר הועבר צינור מים לכיבוי אש מאח"י להב לאח"י חנית. בשעה 02:00 לאחר ניתוח הממצאים באזור הפיצוץ מגיעה המפקדת חיל הים למסקנה כי הספינה נפגעה מטיל C-802.
גופתו של נמצאה בשעה 01:27 במגורי הירכתיים. בשעה 04:20 נמצאו גופות על הסיפון באזור המנוף. לאחר כמה שעות עבודה מאומצת הצליח הצוות לכבות את האש. ב-15 ביולי שעה 04:29 חזרו מנועי הספינה לפעולה ובשעה 06:55 התנתקה אח"י חנית מאח"י להב והפליגה בכוחות עצמה לנמל אשדוד. צוות זק"א וזיהוי פלילי של משטרת ישראל נשלח בספינת דבורה אל אח"י חנית בעודה מול חוף לבנון ועסק בבדיקת הגופות. הן נשלחו למעבדה בישראל ובשעות הצהריים התקבל זיהוי ודאי של שלוש הגופות. החיפושים בים נפסקו והופעל נוהל דיווח למשפחות.
ב-16 באוגוסט, לאחר תיקונים באשדוד ובמספנת חיל הים, חזרה הספינה לכשירות מבצעית, והמשיכה בפעילות הסגר הימי עם אותו צוות ואותו מפקד.
פגיעה באניית סוחר – הטיל השני שנורה על ספינות חיל הים, פגע באניית סוחר מצרית M.V. Moonlight (של רב חובל עבדל-חמיד עבדל-פתח) בדגל נוחות של קמבודיה, שנמצאה 37 מיל ימי מראס ביירות. האנייה, שהובילה מלט מנמל דמיאט במצרים לטרטוס שבסוריה, ניזוקה קשות והחלה לטבוע. 12 אנשי הצוות, מהם אחד פצוע קשה, ירדו לסירות ההצלה ובשעה 23:00 לערך נאספו על ידי אנייה אחרת של אותה חברה M.V. Al-Marawi. האנייה עצמה טבעה בשעה 02:30. אנשי הצוות הועברו לסוריה. 11 מאנשי הצוות הוטסו לקהיר והפצוע קשה נשאר לטיפול בבית חולים.
פרסום עוין – מנהיג חזבאללה נסראללה, הודיע בשידור ישיר על פגיעה בסטי"ל ישראלי. פרטי המקרה עוד לא הובררו וצה"ל דיווח תחילה כי אין נפגעים בסטי"ל, אך לאחר מכן אישר כי ב-14 ביולי שעה 20:30, נפגע הסטי"ל אח"י חנית מול חופי ביירות, בידי טיל נגד ספינות מתוצרת איראנית מדגם C-802 הסיני.
בקורת ותוכחה – ההודעה על פגיעה בספינת טילים ישראלית הכתה בתדהמה את הציבור. בתודעה הציבורית, הפגיעה הזכירה את טיבוע המשחתת אילת, לאור קווי הדמיון בפעולות הדרג הפוקד, ומאידך לאור העובדה שהספינה שנבנתה במיוחד כדי לעמוד במתקפת טילים. לוותיקי חיל הים שזכרו את הדריכות והכוננות המתמדת כנגד טילי אויב, נראה שפשטה בשייטת ספינות הטילים שאננות. התדהמה התחלפה בזעם שהופנה כלפי מפקד חיל הים אלוף דוד בן בעש"ט ונגד מפקד הספינה. בניגוד למסורת השתיקה המאפיינת את מפקדי חיל הים לשעבר, יצא בנימין תלם (מפקד חיל הים במלחמת יום הכיפורים) במאמר בוטה במיוחד.
ירי נוסף – יכולת חזבאללה להפעיל טילי חוף ים C-802 לא חוסלה לחלוטין בתקיפה זאת. ב-31 ביולי התגלו שידורי מכ"ם של טיל C-802 באזור צור. שידורי חזבאללה דיווחו על הטבעת כלי שיט של חיל הים אך מעבר לכך לא אותרה פגיעה.
חקירת האירוע.
המלחמה בעיצומה והלקחים יושמו במהירות: הריסת תחנות המכ"ם החופיות והרחקת פעילות כלי השיט מחוף לבנון. תחקיר מבצעי רגיל לא ניתן היה לבצע. מפקד חיל הים מינה ועדה לתחקיר מבצעי בראשות מפקד בה"ד חיל הים אל"ם אילן שריקי ולאחר יומיים העביר לתא"ל (מיל) ניר מאור בעל ותק פיקודי וניסיון בספינות טילים ובצוללות. צוות התחקיר כלל 4 אל"מים ושלושה סא"לים בנוסף לניר מאור שהעיד על עבודתו והבדיקה דרשה זמן רב בשל היותה הבדיקה נעשתה בשבעה חתכים: התהליך הנוהל המבצעי, תחקירי הספינות שנמצאו במרחב הטקטי, התנהלות המודיעין הימי, מחלקת אמצעי לחימה, כשירות אמצעי ההתגוננות ותפקודם, מחלקת מבצעים ויחידת שליטה ימית ונושא בקרת הנזקים.
לאחר שמונה שבועות של תחקירים, פגישות כתיבה וניתוח החומר הסתמנה התמונה