אבי שליים, פרופסור ליחסים בינלאומיים באוניברסיטת אוקספורד, והיסטוריון חדש בעצמו, כותב שמחקרו של מוריס על התהוות בעיית הפליטים הפלסטינים ב-1948 היה: "זהיר, קר-רוח ואובייקטיבי ככל שהיה יכול להיות," וש"לידתה של בעיית הפליטים הפלסטינית" "מצטיין במקוריות, למדנות ותרומתו החשובה" למחקר הסוגיה. רבים ממבקריו של מוריס נצמדים לעקרון של "היסטוריה ישנה", הרעיון שישראל נולדה טהורה, דוד שנלחם בגוליית הערבי, כותב שליים. הוא טוען שהרעיונות הללו הם מוטעים בתכלית, ולא נוצרו בידי היסטוריונים אלא בידי המשתתפים במלחמת העצמאות, שכותבים על האירועים בהם לקחו חלק בלי היתרון של גישה לארכיונים ישראלים, שנפתחו לראשונה בראשית שנות השמונים.
קבוצה אחרת של מבקריו של מוריס, במיוחד מזרחנים כמו עמנואל סיוון ואברהם סלע, אולם גם היסטוריונים מהשמאל כמו אילן פפה, טוענים שהוא הסתמך יותר מדי על מקורות ישראלים ובקושי על מקורות ערביים. נורמן פינקלשטיין ונור מצאלחה טוענים שמוריס היה רך מדי עם הישראלים, לעיתים התעלם מהעוצמה של הראיות שעמדו בפניו. אפרים קארש טוען שמוריס עיוות את המקורות, האשמה אותה לא קיבלו היסטוריונים אחרים.
אפרים קארש, פרופסור ללימודי הים התיכון והמזרח התיכון בקינגס קולג', לונדון, כותב שמוריס עסק במה שהוא מכנה "חמישה סוגים של עיוותים". לפי קארש מוריס מתאר בצורה מסולפת מסמכים, משתמש בציטוטים חלקיים, נמנע מהצגת ראיות, מציג טענות שווא, ומשכתב מחדש מסמכים מקוריים... (הוא) מספר על התבטאויות שמעולם לא נאמרו, החלטות שמעולם לא ננקטו, אירועים שמעולם לא קרו...לפעמים הוא לא טורח אפילו לספק הוכחות... הוא מצפה מקוראיו שיסמכו על טענותיו שקיימות סתירות מהותיות בין הדיווחים שפורסמו לבין מה שמשתמע מהמסמכים. הוא מסלף באופן שיטתי הוכחות. למעשה, אין כמעט מסמך שהוא לא מעוות. הדבר מעורר ספקות רציניים לגבי התוקף של כל עבודתו.
יזיד סאייג, פרופסור למזרח התיכון במחלקה ללימודי מלחמה בקינגס קולג' לונדון, כתב על ביקורתו של קארש: "זוהי אינה הפעם הראשונה שאפרים קארש כתב ביקורת מוגזמת שסותרת את ההיסטוריה הרוויזיוניסטית. הוא פשוט לא מה שהוא מתיימר להיות, היסטוריון מיומן (או מדען המדינה/החברה)." תגובתו של קארש הייתה שיש לו תואר ראשון בהיסטוריה של המזרח התיכון בעת החדשה ובשפה וספרות ערבית ודוקטורט במדע המדינה וביחסים בינלאומיים. סאייג מאיץ באנשי אקדמיה לחבר "תגובות הולמות (לקארש) שיבטיחו שכל מלומד עם כבוד עצמי יהיה יותר מדי נבוך אפילו לנסות לכלול את ספריו של קארש בהוראה או במחקר שלו/ה מכיוון שהם אינם יכולים להעמיד פנים עד כמה היסודות שלהם רעועים."
איאן לסטיק, פרופסור למדע המדינה באוניברסיטת פנסילבניה, כותב על התקפותיו של קארש על ההיסטוריונים החדשים ש"על כל פנים נראה שקוראים יתרשמו מעוצמת האמונה הטהורה של קארש בציונות, הם בוודאי יהיו מזועזעים מהרשעות של כתיבתו ויובכו מהטבע הלא-יציב והמרושל של הניתוח שלו. ייתכן שניתן למצוא אצל כמה מההיסטוריונים החדשים טעויות, חוסר עקביות ופרשנות יתר, אולם אף דבר אצלם אינו משתווה לטעויות המגוחכות, הסתירות והעיוותים שניתן למוצאם בקארש: המצאת ההיסטוריה הישראלית:
ההיסטוריונים החדשים.
תגובתו של מוריס למאמרו של קארש היא שאלה "ערבובייה של סילופים, חצאי-אמיתות, ושקרים שמדגימים בבירור את בורותו התהומית גם בנוגע למקורות (הספר שלו מכיל מעל חמישים הערות שוליים אולם הוא מבוסס כמעט בשלמותו על הפניות למקורות משניים ולציטוטים ממקורות משניים, רבים מהם בעלי ערך מפוקפק) וגם לגבי הקונפליקט הציוני-ערבי. הוא אינו ראוי לתשומת לב רצינית או לתשובה."
אניטה שפירא, פרופסור להיסטוריה באוניברסיטת תל אביב, טוענת ש"שלושים אחוז ממראי המקום (של קארש) מתייחסים למעשה לכתביהם של שליים ומוריס, וחמישה עשר אחוזים נוספים מצטטים מקורות ראשוניים, והיתר מסתמכים על מקורות של היסטוריונים מרכזיים..."
במקום אחר מוריס טוען שקארש "מותח ביקורת על נקודות פעוטות בעודו מתעלם לחלוטין ומסתיר מקוראיו, את העובדות העיקריות". מוריס טוען כי "קארש, בעודו טוען שכל היצירה פגומה, עוסק למעשה בארבעה עמודים מ"לידתה". עמודים אלה מנסים להראות שההנהגה הציונית במהלך 38–1937 תמכה ב"פתרון הטרנספר" לבעיה הערבית של המדינה היהודית שעתידה לקום."
שפירא כותבת: "מי שמעז להתנגד או לבקר את הצהרותיהם של מנפצי המיתוסים הללו המחשיבים עצמם כמומחים (ההיסטוריונים החדשים) מושמץ באכזריות."
מהצד האחר מתחו על מוריס ביקורת נורמן פינקלשטיין
ונור מסאלחה.
הם טוענים שמסקנותיו של מוריס הן פרו-ישראליות:
הן פינקלשטיין והן מצאלחה סבורים שהייתה מדיניות של טרנספר.
בתגובה לפינקלשטיין ומצאלחה ענה מוריס ש"ראיתי מספיק חומר, צבאי ואזרחי, על מנת שתהיה לי תמונה מדויקת של מה שקרה". פינקלשטיין ומסאלחה הגיעו למסקנותיהם בשל הטיה פרו-פלסטינית. ובאשר להבדל בין ההתקפה הצבאית לגירוש הם צריכים לקבל את מה שהוא מכנה כהגדרה "הצרה והמחמירה יותר" של גירושים. מוריס סבור שלא הייתה מדיניות של טרנספר.
בני מוריס ביקר בצורה קשה את ספרו של אילן פפה A History of Modern Palestine
במאמר שכתב בניו רפובליק.
מוריס כינה את ספרו של פפה "ממש נוראי". הוא אומר שהוא משעבד את ההיסטוריה לאידאולוגיה פוליטית, ו"מכיל טעויות בכמות ובאיכות שאינן מצויות בהיסטוריוגרפיה רצינית." בתגובה מאשים פפה את מוריס בכך שהוא משתמש בעיקר במקורות ישראלים, ומתעלם ממקורות ערביים אותם הוא אינו יכול לקרוא. פפה כותב שמוריס מחזיק ב"דעות גזעניות לגבי הערבי באופן כללי ולגבי הפלסטינים באופן מיוחד." הוא גם סבור שהיסחפותו של מוריס ימינה מאז שנות השמונים היא בגלל אופורטוניזם פוליטי.
מיכאל פלומבו, מחבר הספר The Palestinian Catastrophe: The 1948 Expulsion of a People from Their Homeland,
סקר את המהדורה הראשונה של ספרו של מוריס על הפליטים הפלסטינים ומבקר את החלטתו של מוריס, שפלומבו חושב שהיא מאפיינת את ההיסטוריונים החדשים באופן כללי, להסתמך בעיקר על מקורות ישראלים רשמיים ש"נבחרו בקפידה", במיוחד תעתיקי רדיו של שידורים ערביים, בעודם מתעלמים ממקורות בלתי רשמיים כמו תעתיקי ה-BBC וה-CIA. רבים מאלה מצביעים על מדיניות של גירוש. הוא אומר שמוריס לא הצליח להוסיף לעבודתו שהתבססה על ארכיונים ישראלים, שרבים מהם עדיין מסווגים, בכך שנמנע מלהשתמש בארכיונים של האומות המאוחדות, של הבריטים של והאמריקאים, שאותם מחשיב פלומבו אובייקטיביים בסוגיות כמו מעשי האכזריות של צה"ל, כמו גם נמנע מלהשתמש בעדויות בעל פה של פלסטינים וישראלים, שניתן לסמוך עליהם אם ניתן לוודא אותם בדרכים אחרות.
פלומבו כותב: "התייחסותו של מוריס לתיעוד הייתה בהחלט ראויה לשבח, אם לא היה נוטה לבחור מקורות שתומכים בדעותיו, בעודו נמנע ממקורות שמכילים מידע שאינו תומך בטיעון העיקרי שלו. החלטתו לא להשתמש בעדויות יוצאי הצבא הישראלים היא מצערת, מאחר שכמה מהם דיברו בכנות על מעשי הזוועה הישראלים וגרוש אזרחים בדיר יאסין, לוד-רמלה ויפו."
מוריס משיב שרק עיוור, או אדם שלא טורח לעיין בהערות, לא ישים לב שספריו, כולל על הפליטים, נסמכים על חומר רב מהארכיונים של בריטניה, ארצות הברית והאו"ם.
לפי אבי בקר, בשנים האחרונות חל שינוי בהשקפותיו של מוריס. לטענתו סותר מוריס בספריו האחרונים הוא את טיעוניו שעליהם ביסס את גישתו שבאה לידי ביטוי בספריו המוקדמים, ובפרסומים החדשים הוא משנה את גישתו הקודמת בה ניסה להציג את צה"ל כצבא החזק ביותר במזרח התיכון. על פי בקר גם ביחס לפליטים שינה מוריס את עמדתו ומעשה חלק גדול מהפליטים עזבו ביוזמתם, והאחרים לא גורשו כי אם "הוברחו" בסערת המלחמה ואיומי הג'יהאד כנגד מדינת ישראל. לדברי בקר בספריו האחרונים מגן מוריס על זכותו של דוד בן-גוריון לגרש עוד יותר נוכח הנסיבות הללו.
השקפותיו הפוליטיות.
מבקרים מהימין הישראלי טענו שבספרו הראשון של מוריס טבועה סימפתיה לערבים וסברו שעבודתו מוטה בשל כך. מוריס הגיב שהם כשלו בכך שלא קראו את הספר כלל או לא קראו אותו בניתוק ערכי. הם שיערו שכשהוא תיאר את הפעולות הישראליות כאכזריות, הוא גינה אותן. למעשה, הוא כתב, לא רק שהוא נמנע מלגנות, אלא במקרים רבים הוא תומך בפעולות הישראליות ב-1948.
במאמר מ-2001 כתב כי הלוך מחשבתו "בעניין המשבר כעת במזרח התיכון וגיבוריו השתנה מהותית בשנתיים האחרונות" וכי שאלת הלגיטימיות של מדינת ישראל היא "הסיבה העיקרית ל'המרה'" שעבר.
כותבים ערבים שיבחו את עבודתו, אך תמיד חשו שאינו "לצדם". משנת 2000 ואילך, דעותיו הביקורתיות כלפי התנהלות הערבים גברו לאחר שהפלסטינים דחו את יוזמת השלום של אהוד ברק וביל קלינטון והחלה האינתיפאדה השנייה:
מוריס עדיין מתאר את עצמו כשמאלני בשל תמיכתו ברעיון שתי מדינות לשני עמים, אולם הוא אומר שהדור שלו לא יזכה לראות את השלום:
הוא התייחס בריאיון למעשי הטבח שביצעו לוחמי הצד היהודי במלחמת העצמאות:
בנושא האזרחים הערבים-ישראלים סבור מוריס:
במאמר מ-2001 כינה אותם "פצצת זמן פרו־פלסטינית אירידנטיסטית שקולה הולך וגובר".
מוריס כינה את הסכסוך הישראלי-פלסטיני כחלק מההתנגשות העולמית של הציוויליזציות בין הפונדמנטליזם האסלאמי והעולם המערבי ואומר: הוא הוסיף ואמר:
כשכתב "הארץ" כינה את יציאת הפלסטינים מארץ ישראל ב-1948 "טיהור אתני" השיב מוריס:
והמשיך ואמר:
מוריס כתב ב-IrishTimes "לא הייתה שום "תוכנית" ציונית או מדיניות לגרש את האוכלוסייה הערבית, או של "טיהור אתני" וכי