סבב עימותים נוסף החל בסוף ינואר 2007, והגיע לשיאו ב-27 בינואר, במהלכו נהרגו 24 פעילים משני הצדדים בחילופי האש. סבב זה כלל לראשונה פריצות ופוגרומים מתוקשרים על ידי כל צד, במוסדות ציבוריים שמזוהים עם הצד השני. למשל, מנגנוני הביטחון המזוהים עם פת"ח פרצו באופן מתוזמן לאוניברסיטה האסלאמית בעזה, שמזוהה עם חמאס, בטענה שהיא משמשת לצרכים צבאיים. גל שני של האירועים החל ביוזמת חמאס בתחילת פברואר, וכלל שורה של פגיעות בבסיסי מנגנוני הביטחון של פת"ח ברצועה. בסך הכל, נהרגו רק באותו שבוע של עימותים למעלה מ-90 איש, רובם פעילי חמאס או פת"ח, אך ביניהם גם לפחות 20 אזרחים שלא היו מעורבים.
הסכם מכה והקמת ממשלת האחדות.
ב-8 בפברואר הוכרז על סיומם הרשמי של העימותים האלימים, בוועידת פסגה במכה בהשתתפות עבדאללה, מלך ערב הסעודית, אבו מאזן וחאלד משעל. בפגישה הוסכם על הקמת ממשלת אחדות פלסטינית. ממשלת האחדות הושבעה בפועל ב-17 במרץ 2007. בראשותה עמד אסמאעיל הנייה מחמאס והיא כללה נציגים ממרבית המפלגות הפלסטיניות. למרות זאת נמשכו העימותים, ברמת עצימות נמוכה יותר.
במקביל, ב-12 במרץ 2007, נחטף ברצועת עזה כתב ה-BBC אלן ג'ונסטון על ידי חמושים בלתי ידועים, דבר שהביא לעזיבת מרבית הכתבים הזרים. עובדה זו, בצירוף הרס שיטתי של בתי קפה אינטרנט ברצועת עזה על ידי קבוצות אסלאמיות (החמאס, הג'יהאד ואחרים) הביאה להקטנה דרסטית ברמת המידע הזורם מהרצועה החוצה.
כלי תקשורת המזוהים עם פת"ח דיווחו כי זמן קצר לאחר הסכם מכה החל פילוג פנימי קשה בתוך חמאס בין אישים בתנועה שתמכו בהסכם מכה ובמהלך הפיוס (בדגש על אסמאעיל הנייה, שנתפס כמתון יותר משאר אנשי התנועה) לבין בכירים קיצוניים יותר בהנהגת התנועה ובזרוע הצבאית שהתנגדו להסכם מכה והחלו במהלכים להכשלתו. ההסכם (והממשלה שהוקמה בעקבותיו) אף זכו לביקורת מצד פעילי חמאס, לרבות מחמוד א-זהאר שביקר באופן פומבי את קווי היסוד שהסכימה עליהם ממשלת האחדות.
התחדשות העימותים ושיגור הרקטות לשדרות.
החל מ-11 במאי התחדשו העימותים וב-15 במאי 2007 נהרגו בחילופי אש בין פת"ח לחמאס למעלה מ-37 פעילים, רובם אנשי פת"ח. בלילה שבין 15 במאי ל-16 במאי שיגרו פעילי חמאס כ-19 רקטות קסאם לעבר שדרות, כדי לנסות ולהסיט את תשומת הלב מהעימותים הפנימיים. ב-16 במאי שוגרו למעלה מ-25 רקטות קסאם אל עבר שדרות וגרמו לפצועים. ב-19 במאי שוגרו 16 רקטות, וקצב דומה נשמר גם בימים שלאחר מכן. מהתפוצצות הרקטות נהרגו 3 אזרחים ישראלים. בעקבות מטחי הרקטות הכבדים, החליטה הממשלה לשבור את מדיניות ההבלגה ולפעול באמצעות תקיפות אוויריות וסיכולים ממוקדים. חיל האוויר הישראלי תקף מבנים של חמאס שנועדו לייצור רקטות, מכוניות שקשורות לפעילות זו, וחוליות שיגור. לטענת צה"ל, בתקיפות האוויריות נהרגו 40 מחבלים מהחמאס ו-4 מחבלים בכירים מהג'יהאד האסלאמי. בליל 23 במאי-24 במאי עצרו כוחות צה"ל והשב"כ 33 מחבלים בכירים מהחמאס ביהודה ושומרון. לפי דובר צה"ל, מאז 17 במאי שוגרו למעלה מ-200 רקטות אל עבר ישראל.
התגברות העימותים וכיבוש רצועת עזה על ידי החמאס.
החל מתחילת חודש יוני, החלה בהדרגה לדעוך ההסלמה בין חמאס לישראל. במקביל חלה הידרדרות רבה בעימותים הפנימיים בין פת"ח לחמאס ברצועת עזה. במהלך יוני התרבו דיווחים על עימותים מקומיים בין התנועות ברפיח, וב-10 ביוני - בעיר עזה. ב-11 ביוני הביאו הקרבות בין פת"ח לחמאס ל-18 הרוגים (בהם ג'מאל אבו ג'דיאן, עד אז אחד מפעילי השטח הבולטים של פת"ח בצפון הרצועה). ראש הממשלה מטעם חמאס, אסמאעיל הנייה ניצל מניסיון התנקשות, ב-12 ביוני הציב חמאס אולטימטום לכלל פעילי מנגנוני הביטחון, למסור את נשקם ולפנות את המטות המשמשים אותם. במקביל, נהרגו עוד 20 פלסטינים כאשר חמאס כבש מפקדה של הביטחון הלאומי. ב-13 ביוני נהרגו 23 פלסטינים בקרבות, בהם 2 עובדי או"ם, כאשר חמאס כבש את צפון הרצועה. בצהרי 14 ביוני כבש חמאס את מפקדת הביטחון המסכל, אחד ממעוזיו האחרונים של אבו מאזן וכוחות פת"ח ברצועה, ואיים להוציא להורג בכירים בפת"ח. אחר הצהריים ביצעו פעילי חמאס לינץ' בסמיח מדהון, בכיר בגדודי חללי אל-אקצא של הפת"ח ואחר כך ירו בו צרור מטווח קצר. עד הערב השתלט חמאס על רוב רצועת עזה, ציר פילדלפי, וחלק ניכר ממפקדות מנגנוני הביטחון הפלסטינים (כולל "תל אל-אהווה" של המודיעין המסכל ו"הספינה" של המודיעין הכללי). ב-15 ביוני השתלט חמאס גם על ציר פילדלפי ועל מעבר רפיח. ב-16 ביוני בזזו עשרות פלסטינים תומכי חמאס את ביתו של יאסר ערפאת ואת צדו הפלסטיני של מעבר ארז.
בעקבות האירועים צבאו מאות פלסטינים על מעבר ארז בניסיון להימלט לתוך ישראל. ועדות ההתנגדות העממית תקפו בירי את המעבר ובאירוע נהרגו 1–4 פלסטינים ונפצעו למעלה מ-7. ישראל סירבה להכניס את הפלסטינים שצבאו על המעבר לתוך שטחה, למעט מקרים הומניטריים כגון פצועים וחולים שזקוקים לטיפול. בשמאל קראו לתת לפלסטינים לעבור דרך ישראל לשטחי יהודה ושומרון. ב-21 ביוני הועברו 100 פלסטינים למצרים ואילו 300 פעילי פת"ח הועברו לאיו"ש דרך ירדן.
פירוק ממשלת האחדות ותגובת הפת"ח להפיכה.
ביהודה ושומרון, שם ידו של פת"ח עדיין על העליונה, עצרו פעילי פת"ח ומנגנוני הביטחון הנאמנים לאבו מאזן מאות אנשי חמאס, שרפו את הבתים של חלקם ואף רצחו מספר פעילי חמאס.
ב-14 ביוני הכריז אבו מאזן על פירוק ממשלת האחדות הפלסטינית, על פיטורי ראש הממשלה אסמאעיל הנייה ועל מצב חירום כללי. חמאס טען בתגובה שהחלטות אבו מאזן אינן מקובלות. ואילו הקהילה הבינלאומית קיבלה את הממשלה החדשה. במקום הניה מינה אבו מאזן את סלאם פיאד, לשעבר שר האוצר בממשלת האחדות, שנחשב למתון ומקובל על ידי ישראל וארצות הברית. ב-17 ביוני הושבעה הממשלה בראשות פיאד, אף על פי שלא זכתה להכרה בפרלמנט הפלסטיני. במקביל, הוציא אבו מאזן את הזרוע הצבאית של חמאס (הן "גדודי עז-א-דין אל קסאם" והן "הכוח המבצע") מחוץ לחוק.
ההכרעה השנייה.
במהלך השתלטות חמאס על הרצועה, נמנעו כוחות התנועה מעימות עם חלק מגורמי הכוח שהיו מזוהים עם פת"ח, ובפרט חמולת ח'לס, שאחד מראשיה, אחמד ח'לס, היה יריב מר של מוחמד דחלאן ולכן נמנע מלסייע למנגנוני הביטחון בעת ההפיכה.
ב-25 ביולי 2008 אירע פיצוץ ברצועת עזה שבו נהרגו 5 בכירים בחמאס וילדה פלסטינית. חמאס האשים את פת"ח וספציפית את חמולות ח'לס בתקרית, סגר רבים ממוסדות פת"ח שנותרו ברצועה ועצר לתקופה ארוכה עשרות מפעילי הארגון. במקביל, הטיל חמאס מצור על שכונת סג'עיה, ששימשה כמעין מתחם מבוצר של חמולת ח'לס. ב-1 באוגוסט פרץ חמאס למתחם במטרה לעצור מבוקשים מהחמולה וב-2 באוגוסט בערב נמלטו מהרצועה כ-180 אנשים מהחמולה לישראל, דרך מעבר ארז. צה"ל אישר את כניסתם לישראל והעברתם לשטחי יהודה ושומרון ממניעים הומניטריים. כמה מהפעילים נעצרו על ידי ישראל מיד לאחר בריחתם.
שני ימי העימות בין חמולת ח'לס למשטר חמאס ברצועה זכו לכינוי "ההכרעה השנייה", משום שנתפסו על ידי רבים כהשלמה של מהלך ההשתלטות על הרצועה.
תוצאות השתלטות חמאס על הרצועה.
ההשתלטות הביאה להתגברות משמעותית של שיגורי רקטות מרצועת עזה לעבר ישראל, ולהתגברות הניסיונות לביצוע פיגועי חבלה שונים, הן על ידי חמאס והן על ידי ארגוני טרור אחרים. השתלטות חמאס על ציר פילדלפי ויכולתו לפעול בחופשיות (ללא בעיות מבית), הביאה בהדרגה לשדרוג של יכולותיה הצבאיות של התנועה, בין השאר באמצעות חפירת מנהרות הברחה רבות, שהתבטאו גם בשיגור רקטות ליישובים רחוקים יותר מהרצועה.
כמו כן, השתלטות חמאס על הרצועה העמיקה את הבידול בין רצועת עזה ליהודה ושומרון. בעוד שחמאס המשיך לנהל עימות צבאי עם ישראל בעצימות משתנה (שיאם במבצע עופרת יצוקה בשנת 2008–2009, במבצע צוק איתן בשנת 2014 ובמבצע שומר החומות בשנת 2021), הרי שהקמת ממשלת החירום על ידי סלאם פיאד והתנערותו של אבו מאזן מהדיאלוג עם חמאס, הביאו לחידוש התהליך המדיני בין ישראל לרשות הפלסטינית. בנובמבר 2007 נערכה ועידת אנאפוליס, שבעקבותיה סוכם על חידוש הדיונים על הסכם הקבע במקביל ליישום השלב הראשון של מפת הדרכים. תהליך זה הביא לשיתוף פעולה רב יותר בין ישראל לרשות, אך דעך לאחר מבצע עופרת יצוקה ותוצאות הבחירות בישראל, כאשר המגעים המדיניים הפכו לעקיפים, בתיווך ארצות הברית, אולם התיאום הביטחוני נותר יציב ותקין.
בעולם הערבי והאסלאמי נתפסה ההשתלטות כהמשך נוסף למאבק בין המחנה הרדיקלי למחנה המתון. כך, בעוד ירדן, מצרים וערב הסעודית גינו את חמאס לנוכח ההשתלטות על הרצועה, נמנעו איראן וסוריה מלגנות את חמאס ישירות, ואף הביעו לאחר זמן מה תמיכה במשטר שהנהיג ברצועה.
ניסיונות פיוס בין הרשות הפלסטינית לחמאס.
בשנים שלאחר ההשתלטות, רווחו ניסיונות תיווך בין חמאס ופת"ח שיביאו לאיחוד מחודש של הגדה המערבית ורצועת עזה תחת יחידה שלטונית אחת. ניסיונות אלו נתקלו בקשיים לאור חשדנות כבדה בין שני הצדדים ואינטרסים סותרים שנוצרו לאחר מציאות הפילוג בין עזה לגדה המערבית. לאור זאת, בתקשורת הפלסטינית נשמעו טענות כי פת"ח וחמאס מנהלות דיאלוג רק על מנת ליצור לחץ ציבורי זו על זו, ללא כוונה אמיתית להגיע לאחדות לאומית.
במרץ 2008, הניבה יוזמת תיווך תימנית את "הצהרת צנעא", מסמך עליו חתמו בכירים משתי התנועות שקרא "להחזיר את המצב לקדמותו כפי שהיה לפני האירועים בעזה". זמן קצר לאחר מכן, לשכת אבו מאזן התנערה מהמסמך וטענה כי אנשי פת"ח שחתמו על המסמך לא ייצגו את הנשיא. בימים שלאחר מכן טענו דוברי חמאס כי יש לנהל דיאלוג על יסוד המסמך, כאשר דוברי פת"ח קראו שלא לערוך בו שינויים ולבצעו כלשונו.