במאות ה-16 וה-17 הגיעה סולטנות מטאראם לשיאה, וקוטגדה (Kotagade) כיום מחוז בדרום-מזרח יוגיאקרטה, הוקמה ושימשה כבירת הסולטנות בשנים 1587–1613. לאחר מכן בתקופת שלטונו של הסולטן אגונג האניוקרוקוסומה (1613–1645) הפכה סולטנות מטאראם לממלכה הגדולה ביותר בג'אווה, והשפעתה הורחבה לכל מרכז ומזרח ג'אווה ואף לחלקים נרחבים במערב ג'אווה. בירת הסולטנות החליפה מיקום שלוש פעמים, פעם אחת לעיר ששמה קרטה, פעם שנייה לעיר ששמה פלרד, שתיהן ממוקמות בנפת בנטול שבמחוז יוגיקרטה של היום, ולבסוף עברה הבירה לסורהקרטה שבמרכז ג'אווה.
הקמת סולטנות יוגיאקרטה (1745–1800).
בשנת 1745 פרצה מלחמה בסולטנות מטאראם בין פאקובוונו השני, השליט האחרון של סורהקרטה, לבין אחיו הצעיר ויורש העצר לכס המלוכה, האמנגקובוונו הראשון שעוד כונה באותה תקופה הנסיך סוג'ונו מנגקובומי ולימים הפך לסולטנה הראשון של יוגיאקרטה כשייסד את בית המלוכה האמנגקובוונו , בית המלוכה ששולט ביוגיאקרטה עד היום. המלחמה נמשכה ארבע שנים והעילה למלחמה הייתה הסכמתו של פאקובוונו השני לשיתוף פעולה עם חברת הודו המזרחית ההולנדית, תוך שהוא מוסר לידי ההולנדים חלק משטח מטאראם. אחיו הצעיר הנסיך מנגקובומי, התנגד להסכם, מתוך דאגה שמא יהפוך העם לעבדים תחת השלטון ההולנדי. במהלך המלחמה הביס הנסיך מנגקובומי את כוחותיו של פאקובוונו והכריז על ריבונותה של סולטנות יוגיאקרטה, תוך שהוא כובש את החלקים הדרומיים של סולטנות מטאראם לשעבר.
בתחילת 1755 פאקובוונו השני מת ממחלה, וב-13 בפברואר של אותה שנה, נחתמה אמנת גיאנתי (באינדונזית: "Perjanjian Gianti") בין הנסיך מנגקובומי לבין חברת הודו המזרחית ההולנדית ובני בריתו של פאקובוונו השני, שהייתה האישור הסופי להקמת סולטנות יוגיאקרטה, ובית האמנגקובוונו ששולט ביוגיאקרטה עד היום. ב-7 באוקטובר 1756 עברו הסולטאן האמנגקובוונו הראשון ובני ומשפחתו באופן רשמי לארמון יוגיאקרטה, שהוא מקום מושבו של הסולטן המכהן עד ימינו. אירועים אלה סימנו את סופה של סולטנות מטאראם, והולידו את היריבות בין סולטנות יוגיאקרטה לסולטנות סורהקרטה.
סולטנות יוגיאקרטה תחת השלטון הקולוניאלי (1800–1945).
1800–1825.
ראשית המאה ה-19 כללה מספר אירועים חשובים שראשיתם בפשיטת הרגל של חברת הודו המזרחית ההולנדית ופירוקה, במקביל הולנד הפסידה לכוחתיו של נפוליאון בונפרטה בערך באותה תקופה, וטריטוריות שהיו בשליטת הולנד עברו תהפוכות כשב-14 בינואר 1808, הפך הרמן וילם דנדלס למושל הכללי של הודו המזרחית ההולנדית בשליטת צרפת. דנדלס ביצע שינויים מהותיים שהפכו את כל הממלכות שבמושבות חברת הודו המזרחית ההולנדית לשעבר לכפופות לממלכת הולנד, ודרש מסולטן יוגיקרטה לקבל על עצמו את מלך הולנד, הסולטן סונדורו האמנגקובוונו השני סירב לתנאים שהציבו בפניו ההולנדים וכתוצאה מכך ב-1810 הגיע דנדלס עם 3,300 חיילים, הגלה אותו ומינה את בנו סורוג'ו האמנגקובוונו השלישי תחתיו וחייב אותו לחתום על התנאים בתחילת 1811. אולם לא היה צורך ביישום התנאים עקב הגעה של כוחות בריטים ונסיגה הולנדית, האמנגקובוונו השני ניצל זאת כדי לחזור לכס הסולטנות, וחזר להציג קו תקיף כנגד הכובשים הזרים.
שמועות על תוכניותיו ביוגיאקרטה להתססת מרד גרמו לאי נוחות בקרב השלטונות הקולוניאליים. וב־20 ביוני 1812 כוח בריטי בן 1,200 חיילים בהובלתו של סטמפורד רפלס יצא לתקוף את עיר המלוכה. הג'אוונים שהופתעו מההתקפה, נכנעו בקלות, ויוגיאקרטה נפלה ביום אחד, העיר נהרסה וארמונה נבזז והאירוע הותיר את הסולטנות חסרת כוח והשפעה. האמנגקובוונו השני נלכד והוגלה לפננג ובנו מונה שוב לסולטן תחתיו. בתקופתו הבריטים שינו מהיסוד את סולטנות יוגיאקרטה, כשקרעו ממנה שטחים רבים. בנובמבר 1814 נפטר האמנגקובוונו השלישי ובמקומו מונה בנו איבנו ג'ארוט האמנגקובוונו הרביעי שהיה רק בן 10, ועל כן מונה לו אפוטרופוס, דודו הנסיך נוטוסוקומו עד שיגיע לבגרות. בשנת 1820, בהגיעו לגיל 16, הועברו לידיו מלוא הסמכויות, אך לאחר 3 שנים בלבד בתפקיד הוא נפטר. בשנת 1823 מונה תחתיו בנו, גטהוט מנול האמנגקובוונו החמישי, בגיל 3 בלבד. עקב גילו הצעיר של הסולטן החדש הוקם חבר נאמנים שהורכב מאימו, סבתו ודודו שניהל את ענייניה המשפטיים והכספיים של הסולטנות בעוד העניינים המנהליים הופקדו בידי פאטיה דנורג'ו השלישי, תחת פיקוח הולנדי.
1825–1855.
החיים ביוגיאקרטה ובג'אווה תחת השלטון הקולוניאליסטי הגיעו לנקודת רתיחה ב-1825 כאשר השילוב של מיסים שהוטלו על הקהילה, הופעת מגפת הכולרה ויבולים שנחשבו אומללים, במקביל ליחסם של גורמים הולנדים רבים שפגעו בגאוות הארמון על ידי שילוב מנהגים ואורח חיים אירופי, גרמו לפרוץ המלחמה הגדולה ביותר שחוותה הממשלה הקולוניאלית, המלחמה הונהגה בידי הנסיך דיפונגורו וכונתה מלחמת ג'אווה , כיוון שהיא כללה לא רק את סולטנות יוגיאקרטה אלא רבים מאוכלוסיית דוברי הג'אוונית באי. ב-1826 עם רוח גבית של מלחמת ג'אווה שב מהגלות אבי סבו של הסולטן האמנגקובוונו החמישי - האמנגקובוונו השני וקיבל לידיו את סמכויות הסולטנות אולם את המלחמה כל העת המשיך להנהיג הנסיך דיפונגורו. ב-1828 נפטר האמנגקובוונו השני והסמכויות שבו לנינו וחבר הנאמנים שלו. המלחמה גבתה מחיר כבד מההולנדים שנאלצו לשלוח עוד ועוד כוחות, עד שבמרץ 1830 הצליחו ההולנדים להכניע את דיפונגרו והגלו אותו, והסדר שב על כנו. ב-1836 עת מלאו להאמנגקובוונו החמישי 16 שנים הוא קיבל את מלוא הסמכויות בסולטנות. והמשיך לשלוט ביציבות יחסית עד שנפטר ב-1855 אך כיוון שנפטר ללא בן עבר השלטון לאחיו מוסטוג'ו האמנגקובוונו השישי.
1855–1945.
8 שנים לפני שעלה לשלטון בשנת 1847 נשא לאישה האמנגקובוונו השישי את בתו של פאקובוונו השמיני סולטן סורהקרטה, מה שהביא לקיצו של סכסוך בן 100 שנים ביו שתי הסולטנויות היריבות, מדיניות זו של הרחבת השלום עם העמים השכנים המשיכה כשנשא לאישה גם את בתו של מלך ברוניי. מול ההולנדים המשיך האמנגקובוונו השישי את מדיניות המלחמה הפסיבית שניהל אחיו אף על פי שטרם עלייתו לשלטון התנגד למדיניות זאת ודרש לנהוג בתקיפות בכובש הזר. בשנת 1867 פקדה את יוגיאקרטה רעידת אדמה בעוצמה של 6.8 בסולם ריכטר שגרמה למותם של 500 איש, להרס של 327 מבנים, ולנזק רב לארמון. הרעידה הייתה כה טראומתית שהסולטן ביקש מיועציו לא להזכיר אותה ועל כן היא נעדרת מיצירתם של משוררי החצר ומופיעה רק בדברי זכרונות. ב-1877 נפטר האמנגקובוונו השישי, אשתו הראשונה לא ילדה לו בנים על כן השלטון עבר לבנו מאשתו השנייה מורטג'ו האמנגקובוונו השביעי, בתקופתו ידעה יוגיאקרטה צמיחה גדולה כאשר התיעוש הגיע לאי, 17 מפעלי סוכר הוקמו כמו גם מסילות רכבת וכבישים, המודרניזציה החלה לתת את אותותיה והאוניברסיטאות החלו לפרוח. היחסים עם ההולנדים היו לא רעים בימיו של האמנגקובוונו השביעי והוא אפילו שלח את בנו ללמוד בהולנד. התפתחות נוספת שמיוחסת לתקופת האמנגקובוונו השביעי היא יציאת האומניות אל מחוץ לארמון בעיקר אומניות הריקוד והמחול המסורתיים, בתי ספר בתחום החלו להיפתח בעיר ופתחו את שעריהם לבני מעמדות שלא נמנו עם סביבת הארמון. בנוסף הלך הרוח ששרר בתקופת האמנגקובוונו השביעי נתן לגיטיצמציה להקמת ארגונים חברתיים, דתיים ופוליטיים, שהיוו התשתית להקמת המדינה האינדונזית בהמשך. בתחילת המאה ה-20 התערבותה של הולנד בנעשה ביוגיאקרטה התגברה והצרה את צעדי הסולטן ולמעשה רוקנה מתוכן את הסולטנות, ב-1921 נפטר האמנגקובוונו השביעי והשלטון עבר לבנו הרביעי סוג'אדי האמנגקובוונו השמיני לאחר ששלושת בניו הראשונים נפטרו. האמנגקובוונו השמיני שעלה לכס הסולטן בשלב שבו מעמדה והשפעתה של הסולטנות ירדו באופן דרסטי השתדל להמשיך את רוחו של אביו כשתמך בהשקעה בתשתיות של חינוך ואומנות, ושלח את גם הוא את בנו ללמוד בהולנד, כמו כן הוא תמך בפיתוח התשתיות ומערכת הבריאות ביוגיאקרטה. ב-1939 הוא נפטר ולאחר מותו מונה בנו דורוג'אטון האמנגקובוונו התשיעי לסולטן. עלייתו לשלטון של האמנגקובוונו התשיעי לא עברה בצורה חלקה, וכללה משא ומתן ארוך עם ההולנדים על תנאי האוטונומיה של הסולטנות שהגיע לסיומו רק במרץ 1940. בשנת 1942 פלשה האימפריה היפנית לאיי הודו המזרחיים ההולנדיים ותפסה את השלטון בג'אווה, העימות בין היפנים להולנדים הצמיח תנועות לאומיות באינדונזיה ובעיקר בג'אווה מה שהוביל למלחמת העצמאות של אינדונזיה שהחלה ב-1945.
עידן הרפובליקה של אינדונזיה (1945–הווה).
ב-17 באוגוסט 1945 הכריז סוקרנו על עצמאותה של הרפובליקה האינדונזית, הסולטן האמנגקובוונו התשיעי שלח מייד מכתב לסוקארנו ובו הביע את תמיכתו במדינה שזה עתה נולדה באינדונזיה והכריז על סולטנות יוגיאקרטה כחלק מהרפובליקה האינדונזית. סולטנת סורהקרטה עשתה כך גם כן, ושתי הממלכות הג'אווניות קיבלו בהתאם סטטוסים מיוחסים כ"מחוזות מיוחדים" ברפובליקה האינדונזית. עם זאת, בגלל התקוממות בסורהקרטה, איבדה סולטנות סורקרטה את מעמדה המינהלי המיוחד בשנת 1946 והוכפפה למחוז מרכז ג'אווה.