לאחר למעלה מ-11 שנים עקרות מבחינה מדינית, וכושלות מבחינה צבאית בפשיטות שנכשלו בשנים 1954 ו-1955, שמטרתן הייתה מערב גינאה החדשה ותחת ה"איום" של מתן עצמאות למערב גינאה החדשה, על ידי ההולנדים, שתוכנן ל-1 בדצמבר 1961 ולא יצא אל הפועל, הוביל ממשל סוקרנו מערכה צבאית החל מ-19 בדצמבר 1961, באמצעות "3 הפקודות של העם", בראשי תיבות: TRIKORA, להעברת השליטה בטריטוריה לאינדונזיה. סוקרנו היה בור בענייני צבא, ולפני שניהל סוהארטו את הלחימה, ספג צבא אינדונזיה כישלונות ותבוסה. ניסיונות לפלוש לאי החל מ-19 בדצמבר 1961 נכשלו. ב-12 בינואר 1962 נחתו אינדונזים באי ויגאו בצפון מערב, אבל בין ה-14 בינואר ל-18 בינואר 1962 הצליחו ההולנדים להדוף אותם משם. כוח אחר נחת בפאקפאק וביצע מעשי חבלה במה שהוגדר "רכוש חיוני של ההולנדים". לאחר תבוסה מהדהדת במבצע ימי בדרך הים מדרום-מערב בלי סיוע אווירי ב-15 בינואר 1962, במה שנודע בשם קרב ים ארו, נגרם זעזוע בצבא אינדונזיה, מפקד חיל האוויר הועבר מתפקידו, משום ש-3 ספינותיו של יוס סודארסו לא זכו לסיוע אווירי כמתוכנן, אבל לא פוטר אותו מפקד שהודח, כי היה פטריוט. ספינה אחת טובעה עם מפקדה, יוס סודארסו, השנייה עלתה באש על פני המים והשלישית נמלטה. ההולנדים משו 53 נצולים וכמה גופות. הפסקת אש נוצרה בין ב-20 בינואר 1962. סוהארטו שהיה המפקד האסטרטגי של כוחות היבשה בצבא אינדונזיה, ובראשי תיבות: "קוסתראד", קבל את הפיקוד על המבצעים והחל ללמוד את המצב בחזית. ניסיון של רוברט קנדי שטס אל אינדונזיה, לתווך בין אינדונזיה להולנד בפברואר 1962 בניסיון למנוע את חדוש הלחימה, נכשל. ב-26 במרץ הורה סוקרנו לחדש את הלחימה. ב-30 במרץ החל סוהארטו בתקיפותיו. העיר אמבון הפכה לבסיס היציאה של מטוסים, והושג תיאום עם חיל הים בפקודו של אריו סודומו. סוהארטו הטיל למערכה את המאומנים ביותר בחייליו. ב-30 במרס 1962 הותקף האי "גאג" במערב ולא נודעו התוצאות. סוהארטו הבין שניתן להגיע אל האי "איריאן" כפי שקראו האינדונזים לגינאה החדשה, בשעות הלילה. ב-7 במאי כבשו האינדונזים את מפרץ כאימאנא ושדה התעופה שבחופו. בלילה 21 במאי צנחו 220 אינדונזים בתמינאבואן לא הרחק מן החוף המערבי. מטרתם של האינדונזים הייתה לכבוש את שדה התעופה שם. האינדונזים התקדמו 20 מיל מזרחה. בזמן הצניחה בתמינאבואן צנחו 200 צנחנים, ובמקביל נחתו כוחות שבאו מן הים בנמל קטן פאקפאק בחצי אי בחוף המערבי. התיאור האינדונזי של כיבוש תמינאבואן הוא אגדי, המתואר כאן אינו מבוסס עליו. לפי הוויקיפדיה בגרסה האינדונזית הונחתו 81 חיילים בתמינאבואן באמצעות מטוס הרקולס C-130 במשך זמן של "לא יותר מדקה". היום יש במקום אנדרטה לצנחנים. ב-23 במאי כבש הצי האינדונזי את נמל פאקפאק במערב. ב-24 במאי שלט צבא אינדונזיה בשלושה אזורים קטנים במערב ודרום-מערב. ב-31 ביולי, בלחץ ג'ון קנדי נשיא ארצות הברית, נפתח משא ומתן בין הולנד לאינדונזיה. בינתיים המשיכו האינדונזים לתקוף בסדרת צניחות בכמה יעדים בחוף הצפוני של מערב גינאה החדשה בימים 13 ו-14 באוגוסט. בליל 14 באוגוסט צנחו 400–500 אינדונזים ליד הולנדיה ונתקוה מאספקת החשמל שלה. ב-15 באוגוסט 1962 בשעה 12:01 נחתם הסכם בבניין האו"ם בניו יורק, ונכנסה לתוקף הפסקת אש מידית. מספר הרוגי המלחמה משני הצדדים אינו ידוע, חלק מההרוגים האינדונזיים קבורים בבית קברות במראוקה בדרום מערב. הסכימה הולנד במסגרת הסכם ניו יורק להעביר את השליטה בשטח לידי האו"ם, דבר שבוצע ב-1 באוקטובר 1962, לקראת מסירת המושבה למנהל אינדונזי, לפי ההסכם, דבר שבוצע ב-1 במאי 1963.
תוצאת הסכם ניו יורק נחשבת לכניעה כמעט מוחלטת לדרישות אינדונזיה. המלחמה נקראה למפרע בשם "ג'איאויג'איא", שמשמעו במלאית "ניצחון הניצחונות". לאחר מכן לא נזקק סוהארטו ליותר מדי פרסומת כדי להפוך לגבור לאומי. את רוב התהילה נטל סוקרנו לעצמו. בשנת 1979 האשים הולנדי בשם קיס לגרברג בספרו "איריאן ג'איא והאימפריאליזם של ג'קרטה", את ארצות הברית בהפקרת הולנד. שתיהן חברות בברית נאט"ו. הוא טען שארצות הברית מנעה מהולנד שימוש בבסיסי ארצות הברית באוקיינוס השקט. ההולנדים לא יכלו להקיף כחצי מכדור הארץ בלי תדלוק, ובלי סיוע אווירי הפך שדה התעופה הגדול באי ביאק לחסר תועלת עבור ההולנדים וכמוהו שאר שדות התעופה במחוז. המשא ומתן בניו יורק היה לטענתו בכפייה אמריקנית.
כלכלה.
ההיסטוריה הכלכלית של איי הודו המזרחיים ההולנדיים הייתה קשורה קשר הדוק לחוסנה הכלכלי של ארץ האם, הולנד. למרות הגידול המתמיד בהכנסות ממערכת המיסוי, הושפעה קופת האוצר ההולנדית באופן קשה מהעלויות של מלחמת ג'אווה ומלחמת פדרי והאובדן של בלגיה ב-1830 הביא את הולנד אל סף פשיטת רגל. באותה שנה מונה המושל הכללי החדש, יוהנס ואן דן בוש והוטלה עליו המשימה לגרום למושבה לממן את הוצאותיה מתוך משאביה שלה. עם השגת השליטה המלאה על ג'אווה באותה עת, התאפשרה הנהגת מדיניות חקלאית של עיבוד האדמה בשליטה ממשלתית. על פי המדיניות, שנקראה בהולנדית "cultuurstelsel (מערכת עיבוד האדמה)" ובאינדונזית "tanam paksa (נטיעה בכפייה)", נדרשו החקלאים להעביר כסוג של מס, כמויות מוגדרות של יבולים כמו סוכר או קפה. רוב שטחה של ג'אווה הפך לשטח מטעים הולנדי וההכנסות גדלו בהדרגה במהלך המאה ה-19 ושימשו להשקעה בהולנד עצמה ולהצלתה מפשיטת הרגל. בין השנים 1830 – 1870 נלקחו מיליארד גילדן מהמושבה שכיסו בערך רבע מתקציבה השנתי של ממשלת הולנד. מערכת עיבוד הקרקע גרמה בכל מקרה לחקלאים הג'אוונים קשיים רבים ובשנות הארבעים של המאה ה-19 הם סבלו מרעב וממגפות.
דעת קהל ביקורתית בהולנד הובילה לביטול השיטה במסגרת הרפורמות האגרריות שכונו "התקופה הליברלית". אחרי שנת 1850 החל לזרום למושבה הון פרטי הולנדי, במיוחד לטובת כריית בדיל ולנטיעת אחוזות מטעים. מכרות הבדיל של חברת ביליטון שפעלו ליד החופים המזרחיים של סומטרה מומנו על ידי סינדיקציה של יזמים הולנדים, כולל אחיו הצעיר של וילם השלישי, מלך הולנד. פעולות הכרייה החלו ב-1860. ב-1863 קיבל יקוב נינהאוס זיכיון מסולטנות דלי שבמזרח סומטרה להקים אחוזת מטעי טבק גדולה. החל משנת 1870, נפתחו האיים ליוזמה פרטית ואנשי עסקים הולנדים הקימו מטעים גדולים מהם הפיקו רווחים גדולים. בין השנים 1870 – 1885 הוכפל ייצור הסוכר. סוגי גידולים חדשים כמו תה וקינכונה (cinchona, עץ ששימש לייצור כינין), פרחו והחל ייצור הגומי שהוביל לעלייה דרמטית ברווחיהם של ההולנדים. התמורות הללו לא היו מוגבלות רק לג'אווה או רק למגזר החקלאי. הנפט שהופק בסומטרה ובקלימנטן הפך למשאב רב ערך לתיעושה של אירופה. האינטרסים המסחריים של הולנד התרחבו מעבר לג'אווה לאיים נוספים ובהדרגה עברו טריטוריות נוספות לשליטה הולנדית במחצית השנייה של המאה ה-19. בכל אופן, המחסור בקרקעות לגידול אורז, בשילוב עם העלייה החדה בגודל האוכלוסייה, במיוחד בג'אווה, גרם לקשיים מרובים.
ניצול עושרה של המושבה תרם לתיעושה של הולנד, בה בשעה שהניח את היסודות גם לתיעושה של אינדונזיה. ההולנדים הנהיגו את גידולם של קפה, תה, קקאו, טבק וגומי ושטחים נרחבים בג'אווה הפכו למטעים שעובדו על ידי האיכרים המקומיים, היבול בהם נאסף על ידי מתווכים סינים ונמכר בשווקים מעבר לים על ידי סוחרים אירופאים. בסוף המאה ה-19 הייתה הצמיחה הכלכלית מבוססת על ביקוש עולמי גדול לתה, קפה וקינכונה. הממשלה השקיעה ממון רב ברשת הרכבות (240 ק"מ ב-1873 ו-1930 ק"מ ב-1900) וכן בקווי טלגרף ויזמים פתחו בנקים, חנויות ועיתונים. המושבה סיפקה את רוב הביקוש העולמי לכינין ולנייר, מעל שליש מהביקוש לגומי, רבע מהביקוש לקקאו וחמישית מהביקוש לתה, סוכר, קפה ונפט. הרווחים שהולנד הפיקה מהמושבה הפכו את הולנד לאחת המעצמות הקולוניאליות המשמעותיות בעולם. בזכות פעילותה של חברת הספנות Koninklijke Paketvaart-Maatschappij הועברו הסחורות להולנד ישירות מבטאוויה ולא דרך סינגפור, וכך התרכזה פעילות כלכלית רבה בג'אווה.
המיתון הכלכלי העולמי של סוף שנות השמונים ותחילת שנות התשעים של המאה ה-19 עמד בסימן של ירידת מחירי הסחורות שבהם הייתה תלויה כלכלת המושבה. עיתונאים ופקידי ציבור צפו שרוב אוכלוסיית האיים תעמוד בפני מצב לא טוב יותר מאשר היה בתקופה בה הונהגה שיטת עיבוד האדמה הכפויה ואלפים סבלו חרפת רעב. בהמשך חזרו מחירי הסחורות לרמתם הקודמת, המשק העולמי התאושש מהמיתון ועלתה רמת ההשקעות במושבה. הסחר בסוכר, בבדיל, בקופרה ובקפה, שעליהם התבססה כלכלת המושבה, פרח וענפי הגומי, הטבק, התה והנפט הפכו לענפי יצוא עיקריים. רפורמה פוליטית הגבירה את רמת האוטונומיה של הממשל הקולוניאלי המקומי במקום ממשל ישיר מהולנד וכן בוצע תהליך של ביזור ליחידות ממשל מקומיות קטנות.
בסוף שנות התשעים של המאה ה-19 התאוששה הכלכלה העולמית. השקעות זרות, במיוחד של בריטים, זכו לעידוד. בראשית המאה ה-20 הסתכמו ההשקעות הזרות במושבה בכ-750 מיליון גילדן, בעיקר בג'אווה. באותה תקופה נתנו ההולנדים עדיפות לשדרוג תשתיות הכבישים והנמלים והמטרה הייתה להפוך את הכלכלה למודרנית, לסייע למסחר ולהאיץ את הפעילות הצבאית. עד שנת 1950 בנו ושיפצו מהנדסים הולנדים דרכים, כולל 12,000 ק"מ של כבישי אספלט, 41,000 ק"מ של דרכים סלולות ו-16,000 ק"מ של דרכי עפר. בנוסף לכך נסללו 7,500 ק"מ של מסילות, נבנו גשרים, מערכות השקיה שכיסו שדות אורז בשטח של 14,000 קמ"ר, נבנו כמה נמלים ו-140 מערכות ציבוריות למי שתייה.
מערכות המטבעות של איי הודו המזרחיים ההולנדיים.
מטבעות הכבוש היפני.