ראש הממשלה אז רצה להדגיש ממלכתיות. לפיקוד חיל הים הוסבר כי ג'ו נוביק אמר שיקים אולם בבסיס חיל הים כך שיהיה מוכן בזמן לטקס. המספנה הקימה אולם בגודל של מאה עשרים מטר על שלושים מטר. קונסטרוקציית ברזל יצוקה עם פסי מתכת וגג אזבסט. המשימה הושלמה בדיוק בתשעה ימים מהיום שנוביק אמר "אנחנו נעשה אולם ובן-גוריון יבוא", ואכן ראש הממשלה דוד בן-גוריון הגיע. צוות המספנה עבד 24 שעות סביב השעון, כל אנשי המספנה נרתמו למשימה. כולם ללא יוצא מן הכלל. העיתוי היה בחורף שנת 1950 ובארץ ירד אז שלג. בעת הטקס כל סגל המספנה היו מקוררים כי עבדו בלילות הקרים. לאולם שנבנה במהירות ובו התרחש הטקס קראו צריף "דוד" על שם ראש הממשלה שלכבודו הוקם.
בחוברת "פעמים ח"י למספנת חיל הים", כתוב שג'ו קיבל זריקות. לא ידוע אם זו אמת או רק ביטוי ציורי לצורה שהחזיקה אותו ערני. אבל נוביק עבד 8 ימים ללא הפסקה. הוא דרבן את פקודיו, שגם הם נפלו מעייפות. בטקס עצמו ישב נוביק בשורה הראשונה מול החובלים ונרדם. דוד בן-גוריון, השגיח בכך ושאל לכך השיבו שאר הקצינים ש.
קידום מקצועי.
עם כניסתו של שלמה שמיר לתפקיד מפקד חיל הים, הוא הביא עמו את שלישו הצבאי ברוך אמיר. אמיר היה חסר כל ידע, הבנה והשכלה רלוונטית בכל הקשור לצד הטכני של מספנה ועבודה ימית. למרות זאת מונה אמיר על ידי שמיר כמפקד בינוי והנדסה. דבר זה גרר חיכוך מקצועי עם קצינים מקצועיים וג'ו נוביק התפטר מתפקידו בטריקת דלת. אמיר כשל בתפקידו ונוביק חזר לחיל הים בתפקיד מפקד ההנדסה ומינה את יעקב שפי כמפקדה השני של המספנה אשר כיהן בתפקיד מ-1951 ועד 1957.
בשנת 1951 הקים אדמונד וילהלם ברילנט את מדור בקרת נזקים כמדור עצמאי שנותן שירותים מבצעיים לכלל חיל הים. במסגרת זו טבע את אימוני בקרת נזקים, אימון הצפה ובנה את מתקן האימון הראשון לבקרת נזקים ואימון הצפה. בהמשך יזם ברילנט את הקמת יחידת העבודה התת-ימית שהתפתחה ליחידת ילת"ם, וזאת על פי המודל שהכיר משירותו בצי הבריטי המלכותי במסאוואה, אריתריאה עת החליף הצי המלכותי הבריטי את הצוות של קומנדר אלסברג מהצי האמריקאי. בשנת 1962 יצא ברילנט מטעם חיל הים לצרפת לפיקוח על בניית אניית הדגל של צי הסוחר במספנות "לשנטייה דה ל' אטלנטיק" היא אוניית הנוסעים "שלום" ובמספנות טולון על האוניות "מזל", "קשת" ו"נגה". לימים יתכנן את התדלוק הראשון של ספינות שרבורג על ידי האונייה "לאה" של חברת צים במעבר גיברלטר.
מספנות חיל הים החלו לפעול כגוף מקצועי והחלו לתת שירותי תיקונים לאוניות חיל הים ושירותי תיקונים והספנה לסירות הטורפדו כאשר אלו נמשו על הרציף.
ארגון והכשרה מקצועית.
עם הקמת חיל הים היו הזרועות הטכניות מאוגדות תחת שלוש מפקדות שונות:
המבנה של חיל-הים הוגדר מפקדת החיל החלה להתגבש והייתה בנויה באופן הבא:
מבנה המטה התבסס על שלושה גופים טכניים כאשר לכל אחד הייתה האפסנאות שלו, ההנדסה שלו, האמצעים שלו וההדרכה שלו, לא היה מבנה מאוחד והייתה כפילות. ב 1951 אוחדו כל הגורמים הללו תחת גוף טכני אחד הוא מספנות חיל הים. בית המלאכה לאלקטרוניקה, בית המלאכה לנשק ובית המלאכה של טורפדו, כולם עברו לפיקוד המספנה. כל האנשים הטכניים במטה, נהיו ראשי אגפים במפקדת קצין הנדסה, מונו ראש ענף תותחנות, ראש ענף אלקטרוניקה והתבטלה הפונקציה של קצין תותחנות וקצין אלקטרוניקה וקצין בינוי. אלא שבמחלקת מבצעים בחיל-הים, בדיוק כמו במחלקת הנדסה, היו ענף תותחנות, ענף אלקטרוניקה וענף מבצעים, ובוטלו הפונקציות של קציני חיל מקצועיים.
לדוגמה תותחנות עד שנת 1951 בראשות סגן-אלוף סופר מבת-גלים (שהיה ביחידת הגנת הנמל הבום דיפנס במלחמת העולם). האלקטרוניקה היו היכן שהיו יותר מאוחר המחסנים של חיל-הים, ביחס"ן, מחסני ציוד, מפקד בית המלאכה היה הקצין צבי רוזנר, הוא אחר כך עבר למספנה לתיקון, ב-1951 והתקדם לדרגת סא"ל.
בשנת 1951–1952 מטה חיל הים אורגן בפעם הראשונה כמטה מקצועי כבציים זרים:
כמהנדס ראשי של חיל הים מונה סא"ל שטוייר שרטון.
מאידך החלו מאבקי כוח בין מספנות ישראל ומספנת חיל הים. מספנות ישראל תבעו את עבודות מספנת חיל הים לעצמן וניסו לשלול את הצורך בגופי מקצוע דומים במספנת חיל הים, כדוגמה עקב לחץ של מספנות ישראל נסגרה נגריית חיל הים. נוצר קושי של תיאום ומרחק דבר שגרר בעיות מבצעיות. כדוגמה בניית כלי שיט נפיצים לשייטת 13 על בסיס אפוקסי. עקב כך הוקמה נגרית חיל הים מחדש ומספנת חיל הים הפכה לגוף עצמאי ובלתי תלוי בגופים אזרחיים. בנוסף לכך עמדה המספנה בוויכוחי בטיחות מול מהנדס נמל חיפה מר פנט. עיקר הוויכוח היה בנושא הספנת ספינות טורפדו שהונעו על ידי דלק מטוסים בעל אוקטן גבוה. לבסוף בדיון בנוכחות מהנדס נמל חיפה, ברילנט כנציג חיל הים ומכבי אש חיפה אושרה הספנה ותהליכי שיפוץ טרפדות במספנה ליד שער 4.
כחלק ממדיניותו של דוד בן-גוריון לפירוק הפלמ"ח וכן כחלק מגישתו של הרמטכ"ל יגאל ידין למנוע גרעינים של אנשי פלמ"ח ושל זרועותיו נשלחו מספר יוצאי פלי"ם ללימודי הנדסה ימית ב-MIT לאחר מלחמת העצמאות. היו אלו אריה קפלן ("קיפי"), אברהם זכאי, שמואל ינאי ("סמק") ויוחאי בן-נון. קצינים אלו חזרו ארצה בתקופה של 54–1953. אברהם זכאי נהיה קצין הנדסה. אריה קפלן שלמד מנהל עסקים היה לראש מחלקת משק בין 1953–1956.
הדור השני שנשלח ללימודים היו יהושע שניידמסר-להב ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי, יוסף (יוסק'ה) רום (רומנובסקי), יוסף (יוסק'ה) יקיר ואמנון סלעי איש פלי"ם בוגר קורס חובלים א. הלימודים היו בטכניון.
יוסף יקיר היה מטעם חיל-הים, מפקח על שתי אניות הגל-נוע הראשונות של צי הסוחר של חברת 'סומרפיין', ה"נילי וה"דן", מפני שהן נבנו כבר בהתאמה להובלת טנקים. הוא כרב-סרן של חיל-הים, כ-Marine Engineer ו-Naval Architect הושאל מחיל הים לפקח ולתאם את תכנון האוניות האלה, שיתאימו לחיל-הים בזמן חירום להובלת טנקים. לימים יפקח אמנון סלעי מטעם חיל הים על תכנון התדלוק השני של ספינות שרבורג על ידי ה"דן" של חברת צים (כאשר התכנון בוצע על ידי מחלקת RO-RO ואנשי צים בחברת צים) באזור למפדוזה וכן יהגה את רעיון ספינת הדבור שתוכננה על ידי האמריקאים על בסיס ספינה אזרחית מתוצרת מספנת סוויפטשיפס (SWIFSHIPS), ספינה אזרחית להובלת נוסעים ומטען למגדלי הקידוח במפרץ מקסיקו, וזאת לפי המלצת רב-סרן לי מנזי מן הצי האמריקאי. לספינות אלו יש קווי גוף טובים מאוד לים גלי, ניסוי גלים ודו"ח נערך על ידי פרופ' מרשל טולין, מדען מפורסם בהידרודינמיקה מארצות הברית, כאשר הסידור הכללי שלה כלל גשר בחרטום, תא להובלת נוסעים במרכז וסיפון למטען בירכתיים. ה"דבור" הראשון הגיע לארץ בסוף הקיץ של 1970, ונולד דגם ראשון בעולם של ספינות ה"דבור", שהיה קונצפט תכן מקורי ישראלי על בסיס גוף ספינה אמריקאי ושינויים בגשר שבו הוסף גשר פתוח, מגורי צוות והצבת כלי נשק כדי לתת כיסוי אש מקסימלי. אמנון סלעי עבר לעבוד במב"ת. מפעל רמת"א (רכיבים ומערכות תעשייה אווירית) בבאר שבע החל בבניית שלוש ספינות בעלות גוף אלומיניום. התעשייה האווירית החלה להתעניין בתחום ייצורן של ספינות קלות עוד לפני מלחמת יום כיפור בעקבות דרישת חיל הים לספינות משופרות. המפעל זכה במכרז משרד הביטחון לייצור הספינות לפי תכנון אמריקני. הוקם קו ייצור ועובדים נשלחו לארצות הברית להשתלמות להכרת תחום הייצור הימי. החלו בייצור הדבור בארץ. הספינה הראשונה נמסרה לחיל הים ב-1975. לאחר מכן פותחה הדבורה על בסיס הדבור שיכלה לשאת זוג טילי גבריאל והייתה לספינת הטילים הקטנה בעולם. בהמשך פותחה השפירית שיכלה לפעול גם במים רדודים.כל אלו היו פרי שיתוף פעולה פורה עם מהנדסי חיל הים והמספנה.
יוסף יקיר השתחרר מהצבא והקים מפעל ובנה אזרחית את הכלים הסודיים ביותר של שייטת 13. הוא היה מעורב טכנית עם שייטת 13 מתקופת עבודתו בחיל-הים, ועבר אחר כך ליצור ציוד עבור "שייטת 13" שהיה יותר מתוחכם והביאו מאיטליה. יוסף יקיר הקים את מפעל "אימקו תעשיות בע"מ" בתל-חנן בשנת 1974, מפעל זה הוא קבלן ראשי של חברת רפא"ל בחיווט כיפת ברזל.
יוסק'ה רום היה הראשון שנסע והתמחה בשיפוץ צוללות. הוא עשה את השיפוץ הראשון הגדול של צוללת בישראל ועל כך קיבלו במספנה את פרס קפלן. יוסק'ה רום היה זה שהכניס את שיטות השיפוץ ואת המחשוב.
במחזור השלישי בשנת 1957 נשלחו קצינים ללימודים בטכניון, בהם יעקב שפי. לאחר סיום לימודים בטכניון נשלח לאנגליה ולהולנד להשלמה בצד הלוגיסטי-הימי. לוגיסטיקה של נשק וציוד בכלל. שפי חזר לארץ ב-1961. מחליפו של שפי כמפקד המספנה היה סא"ל יוסף בן שמואל שפיקד על המספנה מ-1957 עד 1961. עם חזרת הקצינים מן המחזור השני ללימודים נתמנה יהושע להב שניידמסר בשנת 1961 כמפקד המספנה. יוסף בן שמואל השתחרר ועבר לחברת צים.
אחד האלמנטים הנוספים שהמספנה שירתה הייתה שייטת 13. הקשר הראשון שנוצר היה כששייטת 13 התחילה להיכנס לחיל-הים, זה התרחש בתקופה הרבה יותר מאוחרת, כשיוחאי בן-נון עשה הסבת חובלים ועבר למשחתות. אנשי שייטת 13 התחילו להשתלב במפקדת חיל-הים בתור קצינים בכירים. רק אז נפתחה שייטת 13 לכל חיל-הים. תהליך זה היה בסוף שנות החמישים והיה איחוד כולל של כלל הגופים הטכניים תחת המספנה.