עיקר הידיעות על קיום יישוב יהודי במזרחה של אירופה לפני ההגירה המונית מאשכנז באות משטחים שסופחו לליטא במהלך המאות השלוש עשרה והארבע-עשרה, דהיינו מן הנסיכויות הדרום מערביות של רוסיה, שנהיו מאז לחלק אינטגרלי מדוכסות ליטא ומאוחר יותר מהאיחוד הפולני-ליטאי. עם הכיבוש המונגולי במחצית הראשונה של המאה השלוש עשרה מצטמצמות הידיעות על הגעתם של יהודי רוסיה לשטחה של דוכסות גליציה-וולין שסבלה פחות מהפלישה המונגולית. מסוף הכיבוש הליטאי ברוסיה וחלוקת גליציה-וולין בין פולין לליטא באמצע המאה הארבע-עשרה לא נמצא כל אזכור לאוכלוסייה יהודית מקומית ברוסיה הצפון מזרחית "המוסקבאית" לעתיד. מקורות מרוסיה באותה התקופה מזכירים רק יהודים הבאים אליה מן החוץ, לעומת ידיעות רבות יחסית מליטא ומפולין מאותה תקופה. אזכורים של "רוסיא", "רושייא", ו-"רושיאה" במקורות יהודים מאשכנז מן התקופה ההיא מורים כנראה גם הם על רוסיה הליטאית שעדיין הוגדרה 'רוסיה' גם במקורות לועזיים רבים. נוכחות היהודים ברוסיה מתבטאת בעדויות על תפוצה רחבה ומאוזנת, עיסוקים מגוונים וטיפוסיים לתקופה, אזכורים של מבנה קהילתי ותפקידים קהילתיים, פעילות תרבותית ומגעים עם הסביבה הנוכרית המקומית. עדויות היסטוריות לנוכחות יהודים ברוסיה לפני 'העידן הליטאי' אינן רבות אך הן שייכות למקורות מגוונים, למסורות שאינן תלויות זו בזו ואף לתרבויות שונות: מקורות פנימיים (כולם בעברית) על תולדות יהודי רוסיה מהמאות העשירית עד הארבע-עשרה מכילים התכתבות דיפלומטית ועסקית מכזריה וביזנטיון וספרות הלכתית מאשכנז. המקורות הרוסיים עשירים אף הם, וגם הם שייכים לסוגות שונות, ובהן היסטוריוגרפיה (כרוניקות), חקיקה אזרחית וכנסייתית, הגיוגרפיה, קטעי פולמוס אנטי-יהודי המופיעים בסוגים שונים של ספרות כנסייתית, ותרגומים מעברית לסלאבית. על פי הכרוניקות הרוסיות יהודים כוזרים הגיעו לוולדימיר הנסיך של קייב והציעו לרוס' את הדת היהודית. הנסיך שאלם היכן ארצם והם ענו לו בירושלים. הנסיך שפקפק בכך ושאלם "האמנם שם?" נענה כי האל הפיץ את היהודים ברחבי תבל בגלל עוונותיהם. הנסיך לא אהב זאת ואמר "אם כך, כיצד אתם מלמדים אחרים, כאשר האל דחה אתכם והפיצכם? לו אהב אלוהים אותכם ואת תורתכם לא הייתם מפוזרים בארצות הזרים. האם גם לנו אתם מאחלים כדבר הזה?" על פי המחקר, הרשימה על בוא היהודים נכתבה רק אחרי כיבוש ירושלים במסע הצלב הראשון. אחריהם, על פי הכרוניקה בא פילוסוף יווני, קיריליוס הקדוש ובישר לוולדימיר את הבשורה הנוצרית.
אחרי מותו של סוויאטופולק פרץ מרד בקייב בשנת 1113. המורדים בזזו את בתיהם של היהודים, שהיו בחסות סוויאטופולק. היהודים התבצרו בבית הכנסת ושלחו שליחים לוולדימיר. ההמון ביקש לבזוז גם את בתיהם של עשירי העיר, את ארמון הנסיכה הלאמנה והמנזרים. הנסיך החדש, וולדימיר-וסילי מונומך (1113–1125) השתלט על העיר ועל פי מקורות אחדים גירש את כל היהודים. נטען כי סיבת המרד הייתה הנשך והריבית של היהודים. הנסיך החדש ערך רפורמה בדיני ההלוואות והקטין את אחוזי הריבית והריבית דריבית. ההתקוממות הייתה נגד המעמד העליון אך הושפעה מאווירת מסע הצלב, כיבוש ארץ ישראל בידי הנוצרים והפרעות שנעשו ביהודים בהונגריה הסמוכה. בסיפור חייו של מייסד מנזר המערות של קייב (המרכז התרבותי החשוב ביותר של רוסיה באותה תקופה) תאודוסיוס נזכרות מחלוקותיו עם יהודים מקומיים. תלמיד חכם המכונה 'משה מקייב' הוזכר כתלמידו של רבנו תם בספר הישר, בשו"ת לרבי מהר"ם מרוטנבורג וכנראה גם בספר השהם בציונו בשם 'משה מרוסיה'. גם 'רבי יצחק מצ'רניגוב', כנראה מתלמידי רבי יהודה החסיד, הוזכר בספר השהם. לעיתים מזהים אותו עם 'יצחק מרוסיה' (Ysaak de Russia) המופיע במקורות אנגליים מאותה תקופה (המתוארכים לשנים 1180–1182). האחרון לא רק מוצאו מרוסיה אלא הוא גם גילה ידע בלשון רוסית מדוברת.
הכנסייה הרוסית והיהדות בתקופת רוס של קייב.
החיבורים הנפוצים ברוסיה במאה ה-11 היו הגרסה הנוקשה "הנזירית" של התרבות הביזנטית. במיוחד היו נפוצים חיבוריהם של אבות הכנסייה ובראשם של יוחנן כריסוסטומוס ושל גרגוריוס תאולוג, שתורותיהם האנטי-יהודית והאנטי-פגנית חוברו בתנאים היסטוריים שונים בתכלית. במקורות לא נאמר דבר על גורל הקהילה היהודית הכוזרית לאחר ההתנצרות, ואזכורם הראשון של היהודים נקשר בפעילותו של אחד מהמייסדים של חיי הנזירות הרוסית הקדומה- ראש מנזר המערות בקייב תאודוסיוס (סוף המאה ה-11). על פי הספר "חיי הקדושים", תאודוסיוס לא נבחר מחכמי הפילוסופים ולא היה נואם, אלא ניהל עם היהודים פולמוס מסוג אחר: לעיתים קרובות בלילות הוא הלך בסתר ליהודים והתווכח עמהם בקשר לישו, הוכיח אותם והאשימם שהם בוגדים מפרי חוק וציפה להירג על קידוש שמו של המשיח.
גירוש היהודים ממדינות מערב אירופה ורדיפתם בגרמניה במאה ה-14, הביאה רבים מהם להתיישב בפולין ומזרחה לה בעקבות הזמנתו של קזימיר הגדול (1330-1370).
רוסיה הצארית.
במאה ה-15 עם התחזקות כוחה של נסיכות מוסקבה והיותה המרכז של רוסיה הצארית, הגיעו לנסיכות מוסקבה סוחרים יהודים, אך אלו סבלו מרדיפות ופגיעות, בעיקר אחרי שהתגלתה בשנות ה-70 של המאה ה-15 "כת המתייהדים" במוסקבה ובנובגורוד. היהודים סבלו מגירושים רבים וצווים קשים הוטלו עליהם. אלו אשר ישבו בשטחי חצי האי קרים וחופי הים השחור, אשר נכבשו מידי טורקיה, לא נפגעו מצווים או גירושים אלו. גם אחרי פרשת המתייהדים, יהודים ובעיקר סוחרים יהודים המשיכו להיכנס לרוסיה לצורכי מסחר. ההסכם משנת 1503 בין מדינת מוסקבה לבין ממלכת פולין-ליטא שעל פיו היו הסוחרים היהודים רשאים להיכנס לרוסיה לצורכי מסחר כאוות נפשם והשלטונות התחייבו להבטיח את שהותם ועזיבתם הבטוחה כובד וחודש עד לימיו של איוון הרביעי (האיום). אפילו וסילי השלישי, שעלה לשלטון בעזרת ארגון "האנטי-מתייהדים" ברוסיה, ארגון שפעל כנגד העברת הירושה להלנה ולבנה דמיטרי, אשר בהם תמכו תומכי ה"מתייהדים", אף הוא לא פעל כנגד כניסת היהודים לרוסיה. ההרעה שחלה בימיו של וסילי השלישי ביחס ליהודים והלחץ הכבד שלא להתיר עוד את כניסתם של יהודים למדינת מוסקבה באו בעיקר מצידה של הכנסייה הרוסית הפרבוסלבית, שראתה עצמה כמעוז האמונה האורתודוקסית המוקף בכופרים מוסלמים וקתולים, הביאה ליחס קשה ליהודים, הגיעה לשיא בשנות העשרים המוקדמות של המאה ה-16.
בתקופת איוון הרביעי (האיום) (1533-1584), השתנתה המדיניות לרעת היהודים באופן מעשי וניכר. לא רק שיהודים לא הורשו להתגורר דרך קבע ברוסיה בתקופתו, אלא הם גם לא הורשו להיכנס אליה אף לשהייה זמנית לצורכי מסחר. בשנת 1545 נשרפו סחורותיהם של סוחרים יהודים מליטא, בעיקר מברסט, שהגיעו למוסקבה. המלך הפולני זיגמונט אוגוסט השני כתב לצאר הרוסי בעניין זה וטען שקודם לכן סוחרים יהודים ונוצרים כאחד נהגו להיכנס לתחומי רוסיה והוא ביקש לכבד את ההסכמים הישנים; ואולם איוון האיום ענה לו שהיהודים שנכנסו לרוסיה הטו את העם הרוסי מהאמונה הנוצרית, הביאו סמים מרעילים לרוסיה ועל כן הוא ביקש שהמלך הפולני לא יכתוב לו עוד בעניין הסוחרים היהודים. איוואן האיום כבש את פולוצק ב-1563 והטביע 300 יהודים מקומיים שסירבו להיטבל לנצרות בנהר הדווינה. נסיכות מוסקבה הייתה אנטישמית במוצהר והייתה אזור עוין ביותר ליהודים. בין הגורמים הפנימיים ברוסיה לתפנית ביחס ליהודים היו התחזקות הקסנופוביה בכלל, הפניית הגב לאירופה והניסיון לבנות קיסרות אורתודוקסית (לאחר שהאימפריה הביזנטית נפלה). בנוסף, בתקופה זו הייתה מקובלת המדיניות של סגירת גבולות, שהגבילה כניסתם של סוחרים זרים. נוסף על הסיבות הפנימיות, חשובה העובדה במאה ה-16 הציבור היהודי באיחוד הפולני-ליטאי הפך לא רק ליישוב היהודי הגדול בעולם, אלא גם הקולוניזציה של שטחיה המזרחיים של הנסיכות הגיע לשיאה. בקולוניזציה לקחו חלק מכריע היהודים, בני בריתם של המגנטים, ובעקבותיה התחיל בתקופה זו התהליך של תזוזה מסיבית של היהודים מהאזורים המערביים של פולין-ליטא והתרכזותם באזורים המזרחיים. מגמות אלו החלו ליצור לחץ עצום על גבולה המערבי של רוסיה, והכנסתם של היהודים נתפסה כסיוע לקולוניזציה פולנית ולהשתלטותם של הפולנים על אזורי המריבה בין רוסיה לפולין.
לאחר מות איוון האיום ב-1584 התרופפה האכיפה על האיסור על כניסת יהודים לרוסיה במסגרת השינוי הכללי ביחס לזרים ובמיוחד במדיניות כלפי סוחרים זרים שחלה בתקופה זו. בעיקר נכנסו יהודים רבים לרוסיה בתקופת הצרות. את הדרישה לחידוש האיסור על כניסת סוחרים יהודים לרוסיה שמופיעה בחוזה בין ההטמן ז'ולקייבסקי לבין הבויארים הרוסים בשנת 1610 בעניין בחירתו של ולדיסלב הרביעי לשליט על רוסיה, יש להבין על רקע הכניסה המסיבית של יהודים לרוסיה בתקופת הצרות.
במאה ה-16 הונח הבסיס להתיישבות היהודית באוקראינה, בפודוליה ובבלארוס, שנגרם כתוצאה מעידוד ההגירה היהודית על ידי השלטון הפולני. פרעות ת"ח ות"ט פגעו קשות בקהילות היהודיות באוקראינה וסביבותיה ורובן הושמדו.