כעת היו צבאות האיחוד בזירה המערבית יכולים לחדור לעומק שטח הקונפדרציה דרך אחד מהנהרות הגדולים שנשלטו מפדוקה: מיסיסיפי, נהר טנסי, הנשפך לנהר אוהיו (שבעצמו הוא יובל חשוב של נהר המיסיסיפי), וקמברלנד. נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, שלח את מי שנחשב בעיניו כגנרל הטוב ביותר שלו, אלברט סידני ג'ונסטון, להיות המפקד העליון של כוחות הקונפדרציה בגזרה זו. ג'ונסטון פרש את כוחותיו כך שיחסמו את האפשרות להתקדם לאורך המיסיסיפי: הוא ביצר את העיר קולומבוס שבדרום מערב קנטקי, השולטת על הנהר וכך מונעת את התנועה בו. מכיוון שהתנועה במיסיסיפי לא הייתה אפשרית, היה ברור שהפלישה דרומה תתבצע דרך נהרות טנסי וקמברלנד, העוברים, בין השאר, דרך מדינות קנטקי וטנסי; כדי למנוע את התנועה בנהרות אלה הקים צבא הדרום שני מבצרים על הגבול שבין שתי המדינות: פורט הנרי ופורט דונלסון.
ג'ונסטון ידע שכוחו קטן מכדי לבלום את צבא הצפון. ואכן, בתחילת פברואר 1862 הצליח גרנט, בסיוע ספינות תותחים, ללכוד בתוך שבועיים את שני המבצרים האמורים. גרנט התפרסם לראשונה בקרב זה, כאשר ענה לשאלת מפקד הכוחות הדרומיים בפורט דונלסון לגבי הסדר הכניעה במילים . מבחינת צבא הדרום, משמעות הדבר הייתה פריצת קו ההגנה בכל גזרת טנסי. מפקד צבא הדרום, ג'ונסטון, הסיג את כוחותיו: העיר נשוויל פונתה, וגם הכוח שהיה בקולומבוס הוסג דרומה.
ההתכנסות לקראת הקרב.
היעד המרכזי מבחינת צבא הצפון הייתה העיר קורינת' שבצפון מזרח מדינת מיסיסיפי. קורינת' הייתה צומת רכבות מרכזית, ובה עברו קווי הרכבת בין מוביל, אלבמה, שעל חוף מפרץ מקסיקו, לאוהיו, שבצפון, ובין ממפיס, טנסי, לצ'ארלסטון, שבדרום קרוליינה, על חוף האוקיינוס האטלנטי, במזרח. קווי הרכבת הללו, ובמיוחד הקו מזרח-מערב שבין ממפיס לצ'ארלסטון, נחשבו לעמוד השדרה התעבורתי של הקונפדרציה והיו הנתיב היחיד בין האוקיינוס האטלנטי לנהר המיסיסיפי, וניתוקה היה עלול להביא לשבירת אותו עמוד שדרה ולניתוקה של ממפיס, כ-140 ק"מ ממערב לקורינת', מן הקונפדרציה. ניתוח גאוגרפי-טקטי זה היה ברור למפקדי שני הצדדים כאחד. למפקדי הדרום היה ברור שהצלחה אפשרית של הצפון תהיה מובטחת אם יצליח הצפון לרכז את כוחותיו, שהיו רבים במספרם מאלו של הדרום. אחד ממפקדי צבא הדרום, מייג'ור גנרל ברקסטון בראג, שהיה באותה עת מפקד אזור אלבמה ומערב פלורידה, הציע לרכז כל כוח אפשרי בנקודה קריטית אחת, כדי לתקוף את צבא הצפון לפני שיצליח להתארגן. הגנרל פ. ג. ט. בורגארד שנשלח כדי לשמש כסגנו של ג'ונסטון הסכים עם הרעיון, על אף שהמשמעות הייתה ביצוע מהלך מסובך של העברת חיילים מחמישה פיקודים שונים, ברגל, ברכבת ובספינות קיטור, גם ממקומות מרוחקים כמו ניו אורלינס ומוביל, מרחק של יותר מ-500 ק"מ. למרות הסיכון בתוכנית, זו אושרה על ידי נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס. המהלכים לביצועה יצאו לדרך, והנקודה שנבחרה להתכנסות הכוחות הייתה העיר קורינת', במיסיסיפי, שהייתה צומת רכבות חשובה.
היערכות צבא הדרום הסתייעה, בלי ידיעתם, בקשיים ארגוניים ואישיים בצמרת כוחות האיחוד בגזרה. הפיקוד על צבא הצפון היה מחולק בין גנרל הנרי האלק, שפיקד על מחוז (Department) מיסורי, ומייג'ור גנרל דון קרלוס ביואל שפיקד על מחוז אוהיו. האלק דרש להכפיף את ביואל אליו, כדי שיהיה לו כוח מספיק להתמודד עם ג'ונסטון. האלק כעס על גרנט, שהיה תחת פיקודו, מכיוון שהעביר דיוויזיה לפיקודו של ביואל, וכן משום שהגיע אל מפקדתו של ביואל כדי להתייעץ עמו. האלק החליט להעביר את גרנט מתפקידו ולמנות במקומו את סגנו של גרנט, מייג'ור גנרל צ'ארלס פרגוסון סמית'.
סמית' החל בצעדה דרומה מפורט דונלסון, בכיוון קורינת', לאורך נהר טנסי. תוך כדי תנועתו הנחה סמית' את ויליאם שרמן לנוע במורד הנהר ולנתק את מסילת הברזל מממפיס לצ'ארלסטון. תנועתו של שרמן התעכבה בגלל גשמים כבדים, והוא חיפש מקום שבו יוכלו חייליו לחנות באופן זמני, והמקום הראשון שמצא היה מזח בגדתו המערבית של נהר הטנסי, שנקרא "מזח פיטסבורג" (Pittsburg Landing). חייליו של שרמן התקדמו עוד כמה קילומטרים עד שהגיעו לכנסייה קטנה, בשם "כנסיית שילה" (Shiloh Church), שם חנו.
בינתיים הגיעה לוושינגטון הידיעה כי האלק פיטר את גרנט. לינקולן לא אהב את צעדו זה של האלק: פיטוריו של הגנרל שזה עתה הביא לניצחון כה מרשים בפורט דונלסון נראה לו צעד שגוי ולא ברור, והאלק נדרש להגיש תלונה רשמית ולספק הסבר מסודר. האלק חש לאן נושבת הרוח וביטל את פיטוריו של גרנט. האלק עצמו קוּדם לאחר הניצחונות ומונה למפקד כל כוחות הצפון ממערב להרי האפלצ'ים; הוא הורה כעת לגרנט לקבל שוב את הפיקוד ולנוע דרומה. לביואל הורה לנוע ולחבור עם גרנט, והוא עצמו (האלק) יפקד על הכוח המאוחד, שימנה 75,000 חיילים. גרנט נע גם הוא אל מזח פיטסבורג. מטרתו הייתה לקבץ את צבאו ולהקדיש זמן לאימונים והתארגנות. הכוחות שהגיעו נפרסו בשטח לפי תכנון זה, ולא נערכו לקרב עתידי. שרמן אף אמר לגרנט, יומיים לפני המתקפה הדרומית, שאינו חוזה קרב בזמן הקרוב.
הצבאות הלוחמים וסדר הכוחות.
צבא הקבע של ארצות הברית מנה בטרם המלחמה כ-16,000 איש בלבד, ולצורך המלחמה היה על שני הצדדים לגייס צבא גדול בהרבה. שני הצבאות שנפגשו בשדה הקרב בשילה מנו ביחד כ-100,000 איש, כולם מתנדבים. בעת הקרב, שהתנהל כשנה לאחר תחילת המלחמה, עדיין היו רוב החיילים והקצינים חסרי ניסיון קרבי, והמבנה הארגוני של הגייסות הלוחמים טרם התקבע למבנה המסודר יותר, שהיה לו בשלבים המאוחרים יותר של המלחמה. המושג טירונות לא היה מוכר לשני הצדדים, וחלק גדול מהחיילים לא קיבלו אפילו אימון בסיסי לפני שנשלחו לשדה הקרב. ההנחה הייתה שרוב החיילים באו מרקע כפרי, ולפיכך ידעו כיצד לירות ברובה.
מרכיבי הצבא.
בשני הצבאות, צבא האיחוד וצבא הקונפדרציה, היו שלושה מרכיבים עיקריים: חיל הרגלים, הפרשים והארטילריה. בצבא הצפון היוו הרגלים כ-80% מהצבא; 14% היו פרשים ו-6% איישו את סוללות הארטילריה. בצבא הדרום היה חלקה של הארטילריה דומה, אך הפרשים היוו כ-20%. חיל הרגלים היווה את עמוד השדרה של הצבא ואת עיקר יחידותיו. רוב הרגלים בצבא הצפון היו חמושים ברובים, שהיו למעשה מוסקטים חרוקי קנה בעלי טווח יעיל של כ-300 מטרים. לעומתם, רבים מחיילי הדרום היו חמושים ברובים מיושנים, חלקי קדח, חלקם עוד מזמן מלחמת העצמאות של ארצות הברית. המוסקטים חרוקי הקנה היוו התקדמות חשובה לעומת המוסקטים חלקי הקנה שהיו הנשק העיקרי של החיילים במהלך המלחמות הנפוליאוניות, שהסתיימו 46 שנים לפני כן: חייל במלחמות הנפוליאוניות שהיה חמוש במוסקט יכול היה לפגוע במטרה לטווח של שלא יותר מ-100 מטרים, ואילו חיילי הצפון החמושים ברובים היו יכולים לפגוע במטרה בטווח 400 מטרים. להבדל זה הייתה משמעות טקטית רבה, אך היתרון שהוא העניק לצבא האיחוד לא בא לידי ביטוי בקרב שילה עקב תוואי השטח המיוער והטווחים הקצרים שבהם התחולל הקרב. קצב האש של המוסקטים היה 2 - 3 כדורים בדקה, במצב מיטבי. אם היורה היה תחת אש אויב או בתנאי שטח שבהם התקשה לבצע במהירות את תהליך הטעינה, ירד קצב האש בהתאם.
הפרשים היו חמושים בסיף (סייבר), באקדח תופי ובמוסקט מקוצר, קרבין. רובים אלה נחשבו בעלי דיוק וטווח פחותים מזה של המוסקט חרוק הקנה של חיל הרגלים, והפרשים לא נועדו ללוחמה מולם אלא למשימות סיור והשגת מודיעין וכן מיסוך חיל הרגלים ומניעת פרשי האויב מהשגת מודיעין על כוחותיהם שלהם. הפרשים הופעלו לניצול הצלחה מול אויב שהתמוטט ונמצא בנסיגה או חיפוי על נסיגת כוחותיהם שלהם, תקיפת אגפי האויב ופשיטות על כוחות עורפיים ומצבורי אספקה ותחמושת. רגימנט פרשים מתנדבים, כמו הרוב המכריע של הגייסות, שלחמו בקרב שילה, כלל ארבעה עד שישה אסקדרונים, שבכל אחד מהם שתי פלוגות. בכל פלוגה היו כ-80 איש. בשלב זה של הלחימה לא היו הרגימנט מאורגנים במסגרות של בריגדות, ומפקדי הרגימנטים היו כפופים ישירות למפקדי הדיוויזיות.
הארטילריה הייתה מאורגנת בסוללות, שבכל אחת מהן ארבעה עד שישה קנים. קנים אלו היו תותחי שדה בקוטר 4.5 אינץ' (114 מילימטר). סוג אחד של קליע שירו התותחנים היה כדור עגול ומוצק (Round Shot) שהיה יעיל נגד מטרות קשות כמו מבנים וביצורים, אך גם נגד גושים גדולים של חיל רגלים. קליע זה היה יעיל עד לטווח של כ-600 מטרים. סוג אחר היה קליע ייעודי נגד רגלים שנקרא קלע קופסה, והיה למעשה קופסת פח גלילית שמולאה בכדורי עופרת או ברזל. כשנורה הקלע מן התותח התפרקה הקופסה ותכולתה התפזרה לכל עבר תוך גרימת פגיעות רבות בשטח רחב. יעילותו של קלע הקופסה הייתה לטווח הקרוב, כ-250 מטרים ומטרתו הייתה להדוף הסתערות של חיילים ופרשים. רגימנט ארטילריה כלל 12 סוללות. כעיקרון היה רגימנט הארטילריה כפוף ישירות למפקד הדיוויזיה, אך לעיתים קרובות פעל באופן עצמאי מכיוון שהמפקד התמקד בעיקר בהפעלת הרגלים.
בנוסף ליחידות חיל הרגלים, הפרשים והארטילריה שירתו בצבא יחידות נוספות, ובהן יחידות הנדסה ויחידות אחרות.
מבנה וארגון.