רמי לונץ גרס שמפקדי יחידות בחיל הים הבינו והפנימו את כוונתו של ראש המודיעין הימי, גם מבלי שהוזכרה בלקט המילה "מלחמה".
סא"ל אוריאל מרץ, עוזר רמחמ"ן למחקר באותה עת, שייצג את המודיעין הימי בדיונים השונים שהתנהלו באותו שבוע באמ"ן, היה שותף אף הוא להערכת המצב המחמירה והציג בפני עמיתיו באמ"ן מחקר את מכלול הסימנים המעידים שאותרו בצי המצרי. הערכתו בדבר כוונת המצרים לצאת למלחמה נדחתה, כאמור, על ידי אנשי המחקר באמ"ן בנימוק: ש בדיעבד טוען מרץ, כי באופן אירוני התברר ששלל הידיעות הטובות יותר, כביכול, שלא הופצו למודיעין הימי היו דווקא מחזקות את ההתרעה שנבעה ממהלכי חיל הים המצרי.
באשר ללקט הימי שהופץ בתוך חיל הים בלבד, טוען מרץ שאסור היה לראש המודיעין הימי להשמיט ממנו את המילה מלחמה ובכך להוציא את העוקץ ההתרעתי מהפרסום. זאת ועוד, לטענת מרץ, הלקט צריך היה להיות מופץ גם מחוץ לחיל הים ולו כדי שישמש כחומר למחשבה, או אף כקטליזטור שהיה מעודד את אלה בקהילת המודיעין שהיו להם ספקות באשר לגישת ה"סבירות הנמוכה" [לפרוץ מלחמה], לשקול שוב את הערכתם.
במהלך שאר ימי השבוע שקדם למלחמה המשיכו להצטבר סימנים מעידים נוספים באשר למוכנותו הקרבית של הצי המצרי, ובהם יציאתן של פריגטה ו-2 צוללות מנמל ספאגה שבים האדום לנמל פורט סודאן, פעילות משחתות בדרום הים האדום והערכות משחתת בלוב והערכות ספינות מטל"רים בפורט סעיד. פריסת אנשי קומנדו על ציודם הייעודי במעגנים שונים במפרץ סואץ והכנות לפעילות מבצעית של אנשי צפרדע, גיוס ספינות דיג במפרץ סואץ ובים האדום והגבלות על תנועת ספינות סוחר בגזרה ונקיטת צעדי חירום וכוננות בבסיסי הצי השונים לרבות צביעת פנסי כלי רכב. לכל אלה התווספו משעות אחר הצהריים של 4 באוקטובר ידיעות בדבר פינוי חפוז של משפחות היועצים הסובייטים ממצרים ומסוריה, וכן יציאה של חלק מספינות השייטת הסובייטית ממצרים. התפתחות זאת וממצאי גיחת צילום באזור התעלה שבוצעה ב-4 באוקטובר, הביאו את המטכ"ל להכריז על העלאת הכוננות בצבא הסדיר ב-5 באוקטובר (כוננות "מנעול").
לסיכום, מבחינת חיל הים היה באותו שבוע רצף החלטות שהקנה לו, בהשוואה לשאר זרועות הצבא, יתרון ביום פרוץ הקרבות:
עם זאת, המודיעין הימי לא הצליח עד למועד זה לערער את הביטחון של עמיתיו באמ"ן מחקר ולשכנע שהסימנים בצי המצרי מעידים שפני מצרים למלחמה. אם כי היו כמה קצינים באמ"ן מחקר שגרסו כמו המודיעין הימי שפני הצבא המצרי והסורי למלחמה, כמו מי ששימש כראש המדור המדיני בענף מצרים, אלברט סודאי, שגיבש את עמדתו, בין היתר, על סמך הסימנים המעידים בתחום הימי והעיד על כך בפני ועדת אגרנט.
תרומת המודיעין ללוחמת הסטי"לים.
משפרצה מלחמת יום הכיפורים השיג חיל הים שליטה מלאה בזירה הימית, הן בזכות כניסתן לשירות של ספינות הטילים הישראליות, (ספינות סער), שהיו מצוידות בטילי ים-ים גבריאל, והן בזכות המידע שסיפק המודיעין הימי הן על טילי ה"סטיקס" שהיו בשירות חיל הים המצרי וחיל הים הסורי (מידע שסייע לפתח מערכות הגנה לספינות הישראליות), הן בזכות המידע על שיפורי האמל"ח השונים שביצעו המצרים בכלי השיט שלהם (לרבות בספינות הטילים) והן בזכות המידע על תורת הלחימה של ספינות הטילים של האויב. יתר על כן, בקרבות הימיים השונים שהתנהלו במהלך המלחמה, זכו המפקדים בים לליווי מודיעיני שוטף, בין השאר הודות לשיתוף הפעולה עם יחידת ההאזנה הצה"לית, שהתהדק אחרי אירוע הטבעתה של אח"י "אילת". כל אלה תרמו לכך, שאף לא אחד מ-50 טילי ה"סטיקס" שנורו לעבר ספינות חיל הים במלחמה לא פגע בהן. מאידך הצליח חיל הים להשמיד 7 כלי שיט של חיל הים המצרי ו-7 כלי שיט של חיל הים הסורי בירי טילי גבריאל.
גם בכל הקשור בתורת הלחימה של ספינות הטילים שבשירות מצרים וסוריה דייק המודיעין הימי, וביטא זאת מי שהיה אז מפקד שייטת 3, אל"ם מיכאל ברקאי, שאמר בשובו מהים כי "האויב התנהג כמו במת"ט" (מתקן התרגול הטקטי של חיל הים). הרקע לאמירה זו הוא זה: בשנתיים שקדמו למלחמה חקר המודיעין הימי את תורת הלחימה של חיל הים המצרי ובמיוחד את תורת הפעלת הסטי"לים, נושא שעובד ופורסם בסקירת מודיעין מיוחדת. תוצר מודיעיני זה אפשר, בשנה שקדמה למלחמה, לבצע תרגילים דו-צדדיים של עימות בין כוח אדום וכוח כחול.
חופש השיט הישראלי.
סוגיית חופש השיט לישראל וממנה עמדה במוקד העימות הישראלי-מצרי מאז תחילת שנות החמישים. משכך הנושא העסיק רבות את המודיעין הימי, שהעריך שבכל מערכה בין שתי המדינות יפעלו המצרים על נתיבי השיט לישראל הן בים התיכון והן בים האדום. על סמך הערכה זו תכנן חיל הים להציב בזירת הים האדום ספינות טילים מדגם סער 4, אך בעת פרוץ הקרבות עדיין לא היו סטי"לים ישראלים בזירה הדרומית.
שיט חופשי בים התיכון.
גם בים התיכון איתר המודיעין הימי פעילות משחתות וצוללות על נתיבי השיט במרכז הים התיכון, שקיבלו סיוע בנמלים לובים מה שאפשר למצרים לבצע חסימה במרכז הים התיכון. לאור מידע זה נערך חיל הים בדרכים שונות לאבטח את תנועת אוניות האספקה שהובילו אמל"ח להשלמת המלאים של צה"ל – הצבא וחיל האוויר. יצוין כי 96 אחוזים מהאספקה הצבאית לישראל בימי המלחמה הועברו בדרך הים.
חסימת הים האדום.
ההערכה בדבר ההסגר הימי הצפוי בים האדום קבלה חיזוק נוסף במחצית הראשונה של שנת 1973 כאשר התקבל מידע מהימן בנושא. ואכן, בימים שקדמו לפרוץ המלחמה, איתר המודיעין הימי פריסה של משחתות וצוללות למרכז הים האדום ולמפרץ עדן, וראה בתנועה זו חלק מהסימנים המעידים בצי המצרי. על סמך מידע זה, ובהיעדר סטי"לים בזירה, נערך חיל הים לתת מענה לאיום על השיט באמצעים אחרים.
ההיערכות המצרית לחסימת מצרי באב אל-מנדב יצרה דילמה לחיל הים. חסימת מיצרים בשימוש רב לאומי היא פעולה עוינת ברמה בינלאומית. הודעה למכליות שהייתה גורמת להפסקת השיט הייתה נותנת ניצחון למצרים. כעובדה לא הועברה התרעה למכליות המפליגות בקו. המכלית "סמסון" בדגל ליבריה, של חברת אל-ים הובילה 36 אלף טון מהמפרץ הפרסי לאילת. המכלית עברה את מצרי באב אל מנדב ביום שישי 5 באוקטובר בבוקר. למכלית הייתה באותה עת בעיה עם אחד משני הדוודים, ובשל כך, נעה רק כ-10 קשר, בכשני שלישים ממהירותה הרגילה. בערב, קיבל קברניטה זאב תירוש, מברק ממפקדת חיל הים, המורה לו להתקרב לחוף הסעודי ולהפליג ללא אורות. להוראה לא ניתן הסבר נוסף. בשבת בצהרים נצפתה מהמכלית משחתת מצרית בנתוני תנועה דרומה שלא התקרבה למכלית. נראה שהמצרים שאפו להימנע מפעולה גלויה נגד כלי שיט בדגל נייטרלי והעבירו הטיפול על ידי הצוללת במארב.
תירוש קברניט "סמסון" לא ידע על המצב המתוח ולא תודרך לדווח על תנועת כלי שיט המצריים בקרבתו. ביום המחרת, 7 באוקטובר, בשעה 11:20, בהיותה מול נמל ג'ידה בסעודיה, ארבה למכלית צוללת מצרית שנייה שתקפה את ה"סמסון" בשלושה טילי טורפדו. כך יצא שהטורפדות שכוונו למכלית עברו לפני החרטום ולא פגעו. רב החובל זאב תירוש, שהיה בגשר באותה עת, כשראה את הטורפדות, יישם את מה שזכר מתיאורי הקרבות באוקיינוס האטלנטי במלחמת העולם השנייה בספר "הים האכזר", התרחק מהצוללת לכיוון צפון-מערב ונקט בתמרוני התחמקות. שלושה טורפדות נוספים שנורו מהצוללת עברו מאחורי ירכתי המכלית ולא פגעו.
תירוש דיווח במברק למפקדת חיל הים. בתשובה הועברה אליו הוראה שלא לדבר על הנושא עם גורמים נוספים. התקיפה נשמרה בסודיות ולא נידונה בתחקירי המלחמה. המצרים בסיפוריהם תיארו תקיפה והטבעה של אוניית קירור אך לא הזכירו את ההתקפה הכושלת על המכלית. קשר השתיקה נוצר היות שהמצרים שואפים להסתיר תקיפת כלי שיט נייטרלי בים הפתוח ללא התרעה. מעשה שהוא בניגוד לכללי המלחמה. והישראלים נמנעים מלהזכיר את התקיפה כדי לא להפחיד אניות בדגל נייטרלי מלשוט לישראל וממנה.
בהערכת מצב מודיעינית מבצעית, עוכבו מכליות אחרות שהיו בדרכן לאילת, באוקיינוס ההודי ולאחר מספר ימים קיבלו הוראה להפליג סביב אפריקה. הארכת ההפלגה בימים רבים.
מיקוש ימי במפרץ סואץ.
בחודשים שקדמו למלחמת יום הכיפורים התקבל מידע מהימן לפיו המצרים מתכננים לבצע מיקוש ימי בים האדום. ואכן, בליל 6–7 באוקטובר אותרה פעילות ימית מצרית באזור מצרי יובל, בפתחו הדרומי של מפרץ סואץ, שבמהלכה הייתה אינדיקציה לביצוע מיקוש ימי כלשהו. עובדה זו דווחה ופורסמה בסיכום המודיעין הימי של אותה יממה. תעלת סואץ הייתה חסומה והנפט המופק על ידי המצרים בצפון המפרץ היה מועבר במיצרי יובל על כן המידע על מיקוש אפשרי נשלל על ידי מפקד חיל הים.
נראה שהמודיעין הימי לא קיים בעניין זה הערכת מצב מודיעינית מעמיקה, הן ביחס למידע שהתקבל לפני המלחמה והן ביחס למידע שהתקבל במהלכה. מידע זה הובן על ידי גורמי המודיעין ככוונה לביצוע מיקוש במצרי באב אל-מנדב. חוסר היגיון מבחינת המצרים, שפגעו קשות בכלכלתם כדי למנוע מישראל את הגישה לבארות הנפט, דומה לחוסר ההיגיון בחסימת נתיב המים בתעלת סואץ שגרם נזק רב לכלכלת מצרים ואף לא טרדה קלה לישראל.
השיט במפרץ סואץ רובו ככולו העברת דלק מבארות הנפט במפרץ לנמל אילת הופסק בפרוץ המלחמה. על כן האימות לגבי עצם ביצוע המיקוש הימי ומיקומו (מיצרי יובל ומדרום למעגן א-טור) התחוור רק כאשר חודש השיט עם תום הקרבות. כאשר נפגעו שתי מכליות: "סיריס" (26 באוקטובר במצרי יובל), נפגעה בעת שהייתה בדרכה מאילת לאבו רודס ואילו "סירניה" (10 בנובמבר מדרום לא-טור) בעת שהייתה בדרכה מאבו רודס לאילת.