רופא פרש מן ההוראה באוניברסיטה העברית בשנת 2000 בדרגת פרופסור מן המניין. שימש פעמיים כראש החוג למקרא וכן שימש יועץ אקדמי מטעם האוניברסיטה העברית לבית הספר להשתלמות מורים בתל אביב.
בין השנים תש"ם–תשמ"ו ערך את סדרת המחקרים "עיונים במקרא ובתקופתו", כרכים א'–ד'. בין השנים תשנ"ה–תשס"ט ערך את כתב העת "טקסטוס", מחקרי מפעל המקרא של האוניברסיטה העברית, כרכים י"ח–כ"ד.
בשנת 1954 נשא לאישה את אסתר קֶסְלֶר. נולדו להם ארבעה ילדים ונכדים ונינים.
מחקריו.
תחום ההתמחות של אלכסנדר רופא הוא משולש: תולדות נוסח המקרא, תולדות הספרות המקראית ותולדות אמונת ישראל בתקופת המקרא. במחקריו הוא שואף לאינטגרציה של שלושת התחומים הללו, משום שכל אחד מהם נבנה מתובנות שהושגו בתחומים האחרים.
מקורה של אמונת המלאכים בישראל.
ספרו הראשון האמונה במלאכים בישראל (עבודת הדוקטור) מנסה לברר עד כמה האמונה במלאכים היא ניסיון 'לתרגם' מסורות פוליתאיסטיות עתיקות אל מושגיה של אמונה באל אחד. כך למשל האל הכנעני רשף, שעדיין נזכר בשירות מקראיות, הפך לשליח של ה' ונקרא 'מלאך המשחית'; והאל 'ביתאל', הנזכר גם מחוץ לישראל, ממשיך להתגלות במקום בית-אל, אך נקרא מכאן אילך 'מלאך' סתם. זהו כנראה אחד מפניה של 'תורת המלאכים' העתיקה בישראל, בתקופת בית ראשון. שרידים של אמונה פוליתאיסטית כזו ניכרים, למשל, בתרגום השבעים ל ול ו-. אך סופרים מאוחרים "תרגמו" את האלים למלאכים. המוצא הפוליתאיסטי של האמונה במלאכים מסביר את ההתנגדות לאמונה זו, התנגדות המתבטאת בעיקר בהשתקה ומאפיינת את שתי האסכולות הגדולות בספרות התורה ובספרי נביאים – האסכולה המשנה-תורתית והאסכולה הכוהנית. מהן קיבלו אחרונים בימי בית שני – קהלת והצדוקים. בד בבד צמחה בימיהם תורת מלאכים מפותחת אצל החוגים האפוקליפטיים.
נוסח המקרא.
הנושא אמונת ישראל ונוסח המקרא המשיך להעסיק את א' רופא, ובמשך השנים הקדיש לכך מאמרים לא מעטים. השאלה היא, כיצד השפיעו התמורות באמונת ישראל בימי בית ראשון ובית שני על מסירת נוסח המקרא. זוהי שאלה שכבר העסיקה חוקרים בעמנו בדורות הקודמים, כגון אברהם גייגר ויצחק אריה זליגמן, והיא מהווה כר נרחב לחקירה. בין הנושאים שרופא כתב עליהם ייזכרו:
היבט אחר בביקורת נוסח המקרא הוא בקו התפר בין ביקורת הנוסח לתולדות הספרות המקראית. רופא הטעים ששני תחומים אלה תלויים זה בזה. כך, בסוף הראה ששיקולים ספרותיים-סגנוניים מטים את הכף לטובת הנוסח הקצר המשתקף בתפילין מקומראן; ב שיקולים פרשניים והיבטים של ביקורת גבוהה (היא הביקורת המנסה לזהות ולתארך את החיבורים השונים שבמקרא) לימדו מכבר שתרגום השבעים עדיף על נוסח המסורה; ולעומת זאת ב הטעים רופא שנוסח המסורה עיקר ואילו כתב היד מקומראן דילג בטעות על פס' 10-7. גם זה נלמד מן הביקורת הגבוהה הישנה שזיהתה נכונה את האסכולה ההיסטורית "האלוהיסטית" שפעלה בספר שופטים הקדום.
בחקירתו את נוסח המקרא, מחזיק רופא בעמדה שבביקורת הנוסח אין כללים נוקשים, שכוחם יפה תמיד. כך, לדעת רופא, אסור להיתפס לכלל של "הגרסה הקצרה היא העדיפה" כאילו הוא תקף בכל מקום. הסופרים האחרונים, מעתיקי ספרי המקרא, היו מתוחכמים דיים. אמנם לפעמים גיבבו על הכתוב תוספות, אבל פעמים אחרות קיצרו את ההרצאה שלפניהם מטעמים ספרותיים או אידאולוגיים. אכן, בסיפור דוד וגלית () יש שיקולים מצד תולדות הספרות ותולדות הלשון להעדיף את הנוסח הארוך של נוסח המסורה על הנוסח הקצר המשתקף מתרגום השבעים. בספר ירמיה המצב מורכב יותר: יש מקרים שהנוסח הקצר, שהיה המצע של תרגום השבעים, קרוב יותר למקור, אך במקרים רבים הנוסח הקצר הוא תוצאה של פעולות עיבוד של המסרנים, על פי תפיסותיהם הספרותיות וההיסטוריות והשקפותיהם התאולוגיות. בסוגיה זו חלק רופא על עמדותיו של עמיתו עמנואל טוב.
חקר האמונות והדעות הביא את רופא לזהות את היסודות המדרשיים המשניים בעדי הנוסח של המקרא. אלה ניכרים בגלוסותֱ קצרות שבהן טיפל: בכתב יד מקומראן, בנוסח המסורה, בתרגום השבעים. אולם מלבדם הראה רופא שלפעמים העיבוד המדרשי מקיף יותר ומגמותיו - ההלכתיות, האגדיות והפרשניות - מתפרסות על ספר שלם. זהו המקרה של כתב היד מקומראן המכונה 4QSama. רופא זיהה את היסודות המדרשיים השונים בכתב יד זה והטעים שהצטברותם היתרה מוציאה אותו מחזקתו כ"ספר שמואל", ונכון יותר לראות בו "מדרש שמואל". בכך חלק על פרנק קרוס ותלמידיו מאסכולת הארוורד.
השערת התעודות.
השערת התעודות וחיבורם של ספרי התורה. כאשר חקר את האמונה במלאכים, טען רופא כי אין מקום לערער על קיומן של האסכולות הגדולות שבתורה – ספר דברים וספר כוהנים. ואולם במה שנוגע לחומר הסיפורי המרובה צריך להשתחרר מן השבלונה המחלקת אותו כולו בין ארבע תעודות. דוגמה מאלפת מצויה בספר בלעם ( – ). לאחר עיון ממושך הסיק רופא, שהסיפור לא נוצר על ידי הרכבתן יחדיו של שתי תעודות, ס"י ו-ס"א (J, E) האגדה על בלעם צמחה צמיחה אורגאנית והדרגתית; ראשיתה ב"נאומים" שבפרק כ"ד, ואילו הנדבך האחרון שבה הוא סיפור "המלאך, בלעם והאתון", המבקש לבזות את הנביא הנכרי שלא ראה את שראתה בהמתו.
כן הדבר לגבי "סיפור אירוסי רבקה" (). בחקירה מפורטת הוכיח רופא, שאין זה מיצירתו של ס"י, (J) אלא הוא תעודה עצמאית. זוהי פרדיגמה, סיפור מופת, מתקופה מאוחרת, הבא ללמד לקח לעדת שבי-ציון. (על סיפורים כאלה עיינו עוד להלן.)
ספרות הנביאים.
סיפורי הנביאים: הסיפורת הנבואית במקרא – סוגיה ותולדותיה: בספר זה סיכם רופא בעשרה פרקים שמונה-עשרה שנה של עיון, בין השנים תשכ"ד ותשמ"ב. זהו ניסיון ראשון במחקר המקרא להקיף את כלל הסיפורים על הנביאים, להבחין בהם סוגים שונים (כגון לגנדה, ביוגרפיה, היסטוריוגרפיה, פרבולה), לתאר את מוצאו ואת התפתחותו של כל סוג ואת שעת היווצרם של הסוגים הללו. הלגנדה, למשל, נוצרה בקרב מעריציו של אלישע, בסוף המאה השמינית לפסה"נ; הפרבולה נוצרה כאשר תלמידי הנביאים החלו להתווכח על טיב שליחותו של הנביא ועל תכונותיו של דבר ה' שבפיו. קרוב לוודאי ששעת הופעתה הייתה בתחילת בית-שני. פסגת היצירה הספרותית על הנביאים היא האפופיה על אליהו ומלחמת ה' בבעל; בשלביה האחרונים תיארה הסיפורת הנבואית את גיבוריה כעדי אמונה (מרטירים), המלמדים לעולם כולו שה' הוא אלוהי אמת.
הוויכוח התאולוגי על מהות הנבואה. תכונותיו של דבר ה' העסיקו רבות את תלמידי הנביאים במאות השישית והחמישית לפסה"נ. האם דבר ה' מתקיים תמיד? השאלה עלתה בתוספת על חוק הנביא (), בעריכה המשנה-תורתית של ספר מלכים, וכנגדם בספר יונה, בעריכה המשנה-תורתית של ספר ירמיה, בעיבודים של ספר יחזקאל (). שני נביאים בתקופה זו, ישעיהו השני וישעיהו השלישי, נקטו בשאלת טיבו של דבר ה' עמדות מנוגדות. זיהוין של עמדות אלה הביא את רופא למסקנה שיש לתקן את החלוקה המקובלת במחקר בין דבריהם של שני הנביאים הללו, ויש לתחום אותם כדלקמן: ישעיהו השני – פרקים מ'-נ"ג, ישעיהו השלישי – פרקים נ"ד-ס"ו. בכיוון זה כבר הורה, בסוף המאה התשע-עשרה, החוקר ההולנדי אברהם קינן.
ספר דברים.
ספרו מבוא לספר דברים צמח מן ההוראה באוניברסיטה העברית. תחילתו הייתה ברשימות שנכתבו עבור הסטודנטים בשנת תשל"ד, אחרי מלחמת יום כיפור, משום שגם המורה גם התלמידים נעדרו הרבה מן הכיתות. מבוא זה מנסה לברר את תוכני ספר דברים ואת מבנהו, באשר הוא כולל בעיקרו שתי בריתות: ברית חורב (ד' 44 –כ"ח 68 + ל' 1 - 10) והברית בארץ מואב (כ"ח 69 – ל' 20). לזו האחרונה יש דמיון צורני לבריתות המדיניות, בעיקר החיתיות, מן האלף השני לפסה"נ. אולם החקירה של רופא איננה השוואתית בעיקרה, אלא היסטורית-פנימית. סתירות, כפילויות והבדלי סגנון מאפשרים לחשוף את הרבדים השונים שבספר, למן 'חומר המורשה' שהיה לפני המחברים, דרך שלבי החקיקה השונים, לפני הרפורמה של יאשיהו ובזמנה, ועד התוספות וההשלמות הפרשניות האחרונות, בימי בית שני. המבוא מאשש את המסקנה, שכבר עלתה במחקר, כי מוצאה הראשון של האסכולה המשנה-תורתית הוא במרכז הפולחני העתיק שנתקיים בשכם.
ספרו: "מבוא לספרות המקרא".