בתקופת כהונתו הארוכה של הרב שלמה אברהם טרייר חל מהפך במאזן הכוחות בקהילה. רוחות חדשות שהתחילו מנשבות עם פרסום כתביו של משה מנדלסון נכנסו לקהילה, ובבחירות של שנת 1838 כבשו המשכילים את השליטה במוסדות הקהילה, כאשר כוחו של הרב טרייר כבר לא עמד לו לעצור את השטף.
הרב טרייר התפטר בשנת 1846, ובשנת 1848 נתמנה רב ליברלי, ליאופולד שטיין, לעמוד בראש הקהילה, ונראה היה שהמסורת המפוארת של הקהילה תאבד בגלי ההשכלה. בשנת 1849 פרשה קבוצה בת אחד עשר חברים מן הקהילה היהודית הגדולה כדי להמשיך ולקיים אורח חיים אורתודוקסי. הקהילה פנתה לחפש לה רב, ובשנת 1851 נתמנה הרב שמשון רפאל הירש לעמוד בראשה.
בעת מינויו של הרש"ר הירש לעמוד בראש הקהילה כבר היה מפורסם בשל הספר 'תשע-עשרה איגרות' (התפרסם בהמשך כ"איגרות צפון") שחיבר תחת שם העט 'בן עוזיאל', ספר שהציג את עקרונות היהדות האורתודוקסית בצורה של חליפת מכתבים בין צעיר יהודי מבולבל לחברו בן הישיבה. לכל אורך שנות הנהגתו המשיך לכתוב ספרים שהתפרסמו מאוד (חורב, המצוות כסמלים, תרגום החומש לגרמנית ופירוש על החומש ועל ספר תהילים), והאדירו את השפעתו הרבה מחוץ לגבולותיה של פרנקפורט.
הקהילה הפורשת, שנקראה 'עדת ישורון', הקפידה על מדיניות נוקשה של הפרדה בינה לבין כל מה שריח רפורמה נודף ממנו, ובמהרה החלה לגדול ואף לגרום לכך שהקהילה הוותיקה בחרה לעצמה שוב רב אורתודוקסי (הרב מרדכי הורוויץ), גם אם כזה שקיבל את קיומם של יסודות ליברליים בקהילה.
הרש"ר הירש ייסד בקהילה מוסדות חינוך אורתודוקסיים נפרדים מאלו של הקהילה הגדולה (ה'פילאנטרופין'), וחתנו ויורשו בקהילה – הרב שלמה זלמן ברויאר – הקים ישיבה גבוהה בשנת 1890. תוכנית הלימודים עקבה אחרי התבנית המזרח-אירופאית, תוך התאמה למציאות המערב אירופאית שחסרה בסיס מתאים ללימוד בישיבה. כדי להתגבר על הפער הכילה הישיבה לימוד בחמש רמות שונות, כאשר עיקר המטרה היה להביא את התלמידים ה'מקומיים' לרמת לימוד ישיבתית. ביטוי להצלחת הישיבה ניתן לראות בכך שעם הקמתה היו כל תלמידיה יוצאי מזרח אירופה, אך שלושים שנים מאוחר יותר שמונים אחוז מן התלמידים היו בני העיר והסביבה.
הרב שלמה ברויאר נפטר בשנת 1926, ולאחר מאבק ירש את כס הרבנות הרב יוסף הורוביץ. את מקומו בראשות הישיבה ירש בנו הרב יוסף ברויאר. בשנת 1933 החלו ישיבות רבות בגרמניה להיסגר, אך הישיבה של קהל עדת ישורון התרחבה והוסיפה בית חינוך לצעירים כמו גם מכון הכשרה לעלייה לארץ ישראל.
הישיבה המשיכה בפעילות עד ליום בו נשרפה, היא ובית הכנסת של הקהילה כמו גם שאר המוסדות היהודיים בעיר, בליל הבדולח.
השואה.
בליל הבדולח נשרפו כל בתי הכנסת, בתי הספר, הישיבה ומוסדות הציבור של הקהילה, והיא חדלה מלהתקיים כקהילה.
מ-1939 ועד ל-30 בספטמבר 1942 נשלחו עשרת אלפים מ-14,460 היהודים שנותרו בעיר לאחר ליל הבדולח (מתוך כ-30,000 יהודים שהיו בה ב-1930) למחנות השמדה. ב-1942 הוכרזה פרנקפורט כיודנריין - "נקייה מיהודים". למרות זאת, גם בתחילת 1943 עוד נשלחו ממנה יהודים למחנות השמדה.
לאחר השואה.
בשנת 2009 היה בעיר בית ספר יהודי אחד ובו כ-540 תלמידים מגן חובה עד כיתה ט'. והתגוררו בעיר כ-10,000 יהודים. מאז תשע"ו (2016) רב העיר הוא הרב אביחי אפל.
רבנות.
הקהילה היהודית בפרנקפורט העמידה מקרבה שורה ארוכה של רבנים בעלי שם, ויותר מזה – בית הדין של הקהילה קנה לו שם כבית דין חשוב שריכז אליו פניות מכל רחבי אירופה, ואף מנהג הקהילה הוכר כמנהג חשוב ובעל מעמד עצמאי, עד כדי כך שקהילות רבות אחרות אימצו אף הן את 'מנהג פרנקפורט'.
הדמות הרבנית המוכרת הראשונה היא ר' שמעון הדרשן, בעל ילקוט שמעוני, מסוף המאה השתים עשרה. באותה תקופה חי בפרנקפורט היהודי זיסקינד וימפפן שהתפרסם על כך ששילם כופר עצום תמורת גופתו של המהר"ם מרוטנברג שמת בכלא בשנת 1293.
רבני הקהילה.
רבני הקהילה הידועים היו:
כנראה מחבר הילקוט שמעוני, ר' אלכסנדר זוסלין (1340) שחיבר את ספר ההלכה "האגודה", רבי יוסלמן (1374) שחיבר תפילה לשעת מיתה על קידוש השם, ר' נתן אפשטיין, ר' אלעזר טריוויס (1530), ר' עקיבא פרנקפורטר (1550), ר' יוסף יוזפא האן נוירלינגן (1637) מחבר ספר 'יוסף אומץ', ר' ישעיה הלוי הורוביץ (1636) מחבר הספר שני לוחות הברית (השל"ה), ר' שמואל הילדסהיים (1616), ר' פתחיה בן יוסף (1622), ר' חיים הכהן (1628) נכד המהר"ל מפראג, ר' שבתי שפטל הלוי הורוביץ (1632) בן השל"ה, ר' מנדל באס (1644), ר' מאיר שיף (1641) (מהר"ם שיף), יליד פרנקפורט ומחבר פירוש על הש"ס, ר' נפתלי כ"ץ בעל "סמיכת חכמים" (ששמו נקשר באיסור בקבלה מעשית, נטען שגרם לשריפת חלק מן הגטו בשנת 1711), ר' שמואל שוטן, ר' ישראל קוסמן, ר' אברהם ברודא (1717), ר' יעקב פופרש שהשתתף בהנהגת המאבק בשבתאות, כר' נפתלי כ"ץ לפניו.
תקופה חדשה נפתחה עם מינוי ר' יעקב יהושע פלק (1741) בעל ה"פני יהושע", שבתקופתו הגיע לפיצוץ מאבק כוחות בין עשירי הקהילה להמוניה. לאחריו ידועים ר' אברהם אביש מליסא (1760), ר' פנחס הורוביץ (1771) בעל ה'הפלאה', שהשתתף בפולמוס על תרגומו של משה מנדלסון לתנ"ך, ר' צבי הירש הלוי הורוביץ, הרב שלמה זלמן טרייר (1758–1846), שהיה קודם בחירתו נציג העיר בסנהדרין של נפוליאון.
נאו-אורתודוקסיה.
קהילת פרנקפורט הייתה ערש תנועת הנאו-אורתודוקסיה, שהיא בתורה אב הטיפוס של התנועה האורתודוקסית-מודרנית.
ראשיתה של התנועה הנאו-אורתודוקסית בבחירת הרש"ר הירש לעמוד בראש הקהילה הפורשת – ה'Israelitische Religionsgesellschaft' (אגודת דת ישראל). הרש"ר הירש נולד בהמבורג בשנת 1808, והתחנך שם אצל הרב יצחק ברנייס, שהקנה לו עניין בפילוסופיה ומדעים כלליים נוסף על סדר הלימוד המקובל. משם המשיך ולמד אצל הרב יעקב עטלינגר. הרב הירש אף בילה שנה באוניברסיטת בון, שם למד תאולוגיה ופילוסופיה. בגיל עשרים ושתיים התמנה לרבנות של מדינת אולדנבורג, ולאחריה שימש כרב באמדן וניקולשבורג. בשנת 1851 הסכים לכהן כרבה של הקהילה הפורשת בפרנקפורט, כחלק ממאבקו בתנועה הרפורמית.
הרב הירש טבע את המושג 'תורה עם דרך ארץ' כמשנה חינוכית, שמשמעותה המעשית הייתה שבנוסף לתוכנית הלימודים המקובלת נלמדו גם מקצועות חול, והלשון הגרמנית נעשתה מקובלת. עצם השימוש בגרמנית בהוראה הוציא מידי המשכילים אחד מכלי הנשק החשובים ביותר.
ראשית פועלו היה ייסוד בית ספר יסודי – ומאוחר יותר תיכון – לקהילה האורתודוקסית. בית הספר התנהל בניצוחו האישי ועל פי תוכנית הלימודים שקבע. אט-אט צברה הקהילה הפורשת עוצמה ותאוצה, ובמהרה התחרתה בהצלחה ואף שינתה את פניה של הקהילה הוותיקה בפרנקפורט.
הרש"ר הירש נפטר בשנת 1888 ואת מקומו בראשות הקהילה ומוסדותיה תפס חתנו, הרב שלמה ברויאר יליד הונגריה. הרב שלמה ברויאר הוסיף למוסדות הקהילה ישיבה גבוהה שנוסדה על פי מתכונת הישיבות המזרח-אירופאיות, תוך הוספת מסגרות מתוגברות לטובת תלמידים מקומיים שלא הגיעו לרמה הנדרשת. במהלך שנות העשרים הוחל בלימוד השפה העברית בחלק מחומר הלימודים בישיבה, ולאחר עליית המפלגה הנאצית לשלטון נפתח בישיבה מסלול הכשרה שכלל בנוסף ללימודים הכלליים גם הכשרה מעשית במלאכה לקראת עלייה לארץ ישראל.
קהילת חב"ד בעיר.
בשנת תשנ"א נשלח הרב שניאור זלמן גורביץ' ע"י הרבי מיליובאוויטש לעיר פרנקפורט, הרב גורביץ' עסק בפעילות עם נוער ומבוגרים במשך כל ימות השנה. בסוף שנת תשס"א הביא הרב גורביץ' את הרב יוסף הבלין שיעזור לו בשליחות הרבה שהייתה במקום וגם עבור התמנות בראשות הישיבה של ישיבת תומכי תמימים בעיר. הישיבה נועדה גם לעזור לשליחות במקום. (לבינתיים מונה הרב הבלין לרב הבית כנסת הקטן של הקהילה).
מדי שנה נערכת הדלקת נרות חנוכה באופרה בעיר עם רבבות אנשים.
בחודש אלול תשס"ז הותקף על ידי ערבי בדקירות סכין תוך קריאות אנטישמיות ונפצע בינוני. הוא הצליח להגיע בכוחות עצמו לבית הרפואה שם נותח. שבוע לאחר התקיפה עצרה משטרת גרמניה את התוקף, ולאחר שהודה במעשה נשפט לשלוש וחצי שנות מאסר.
בשנת תש"ע הצטרף גם הרב משה מנדלסון (שהוא עצמו בוגר הישיבה) למפעל השליחות בעיר בעיקר עבור הפעילות עם הנוער והצעירים.
בשנת תשע"ח הוחלט כי יש לפתוח בית חב"ד בעיר ובסוף שנה זו נפתח הבית חב"ד בעיר וגם הישיבה עברה לשם והרב הבלין מונה כרב הקהילה החב"דית בעיר.
מנהגים.
יהדות פרנקפורט נודעה בשמרנותה בתחום המנהג ונוסח התפילה, והקפידה לשמור על נוסחי תפילה עתיקים, שבמרבית הקהילות השתנו במהלך השנים. כחלק מהקפדה זו, הייתה בפרנקפורט התנגדות לסידורי רדלהיים (של רוו"ה וזליגמן בר) בגלל השינויים שנערכו בהם, לדוגמה הכנסת "בריך שמיה" לסדר התפילה. לתיעוד מנהגי פרנקפורט נכתבו ספרים רבים במהלך הדורות, לדוגמה "יוסף אומץ" של ר' יוסף יוזפא האן נוירלינגן, "נוהג כצאת יוסף" של נכדו ר' יוסף קשמאן, "דברי קהלת" של ר' שלמה זלמן גייגר ועוד. גם כיום, קיימות ברחבי העולם קהילות המקפידות להתנהל על פי "מנהג פרנקפורט".
לקריאה נוספת.
Paul Arnsberg, Hans-Otto Schembs: Die Geschichte der Frankfurter Juden seit der Französischen Revolution. 3 Bände. Eduard Roether *
Verlag, Darmstadt 1983,
חינוך משפטי קליני
רבינא בר אמוציא
רבינא בר אמוציא (שמו השתבש בספרים בצורות שונות), חכם יהודי מתקופת הסבוראים. לפי איגרת רב שרירא גאון, נפטר בחודש אדר ד'רס"ו (506).