בעקבות האיחוד הפולני-ליטאי ב-1569 והתפשטותה של פולין מזרחה, נוצרו הזדמנויות חדשות למיעוט היהודי לבטא את כישוריהם ויכולותיהם. היישוב היהודי באותה עת מוערך בכ-30,000 נפש.
ב-1567 הוציא המלך היגלוני האחרון זיגמונט השני אוגוסט צו מלכותי המעניק ליהודים רשות לפתוח ישיבה בלובלין.
מעמדם של יהודי פולין הוגדר בפריבילגיות ("כתבי זכות") מטעם השלטון, אשר הכירו בקהל היהודי כנציג בלעדי של הקהילה. הקהל, הנציגות הנבחרת של הקהילה, מנה בעלי אמצעים ותלמידים חכמים ומילא תפקיד חשוב בפיתוח האוטונומיה הדתית והתרבותית של יהודי פולין. בסוף המאה ה-15 הוקמו "ועדים" – ועד ארבע ארצות וועד מדינת ליטא, שהיו מעין קונגרס-על של קהלי הקהילות השונות. תפקידם היה לטפל בנושאים והבעיות המשותפים לכלל הקהילות, ובעיקר להסדיר את חלוקת נטל המסים שהוטלו על היהודים מצד השלטונות. בשנת 1764, משהחל השלטון לגבות מס גולגולת ישירות מכל יהודי, בוטלו הוועדים. באותה השנה נערך מפקד האוכלוסין המודרני הראשון, אז נרשמו בפולין 750,000 יהודים.
בשנת 1572 נבחר המלך אנרי הרביעי, מלך צרפת על ידי האצילים, בהסדר שהמעיט מאוד בכוחו של המלך, ונתן כוח רב לאצולה. זו הייתה התחלת תהליך התחזקות האצולה על חשבון השלטון המרכזי. לכן נוצר פער במעמדם ומצבם של היהודים בחלקי פולין השונים בהתאם ליחס השליט המקומי אליהם.
בשל הפלישות לפולין, שגרמו לאבדות כבדות בנפש ורכוש, ראו שלטונות פולין בעין יפה התיישבות של מהגרים מהמערב, בעיקר גרמניה, יהודים ולא-יהודים. בערי פולין התיישבו גרמנים, שהביאו עימם אל הפולנים מטען של רגשות שליליים כלפי היהודים.
בתקופה זו, פולין נחשבה כמקום נוח ליהודים, שאף פירשו את שמה "פה לין" - במשמע, כאן יוכלו היהודים ללון ולקבל מקלט. אחד מיהודי פולין, הרב שאול וואהל, שהיה בנו של רב העיר ונציה שבאיטליה ואף כיהן בעצמו כראש ישיבה בפולין, שימש כשר ויועץ בכיר למלך פולין במאה ה-16. לפי האגדה הוא אף מונה למלך ללילה אחד, בעת חילופי מלכים, ובמשך כל אותו הלילה ביטל גזירות וחוקים שונים כנגד היהודים.
מרבית יהודי פולין התגוררו בעיירות ("שטעטלעך") ועסקו במסחר ומלאכה. מיעוטם, בעיקר בווהלין וגליציה, התגוררו במפוזר באזורים כפריים, חכרו אחוזות וטחנות, ועסקו בגביית מיסים פיאודליים מן האריסים.
באופן מסורתי עסקו יהודי פולין בכספים, חלפנות והלוואות, אך במאות ה-14 וה-15 כבר חדרו כמעט לכל ענפי המסחר ולרבים מענפי המלאכה. בעקבות כך רבו ההאשמות כנגד היהודים על רקע כלכלי, והם הוצגו כמשתלטים על ענפי המסחר והמלאכה השונים וגוזלים את פרנסתם של הפולנים. בעקבות כך, אולצו יהודי קרקוב ב-1485 לחתום על התחייבות לנטוש את עיסוקם בענפים אלה. גם יהודי הכפרים, חוכרי האחוזות וגובי המיסים, זכו למנה הולכת וגוברת של שנאה.
מאידך, האוטונומיה שניתנה ליהודים בניהול ענייניהם הפנימיים איפשרה פיתוח של חיי תרבות עצמאיים. שפת היומיום בפיהם הייתה יידיש, כאשר העברית משמשת כשפת קודש ותפילה. מרבית יהודי העיירות ידעו קרוא וכתוב, החינוך היה תורני וכלל לימוד בחדרים, ישיבות ובתי מדרש.
בשנת 1580 הוקם ועד ארבע הארצות אשר פעל עד ל-1764, מנהיגיו שעמדו בראשו וענפי המשנה שלו - ועדי הגלילות השונים, שימשו כמוסד המרכזי העליון של יהדות פולין.
בשנת 1764 החליט השלטון הפולני על הפסקת גביית המיסים על ידי הוועד וגביית המיסים מהיהודים באופן ישיר כפי שנגבו המיסים מכלל האוכלוסייה ובכך הגיע תפקידו המסורתי של הוועד לידי סיום. כל עוד היה ועד ארבע הארצות קיים, היה נהוג מס ישיר, שכונה "סכומות". המחלוקת הקשורה לגבייתו הייתה גדולה, ובמקרים רבים דנו תקנות הקהל בסכומים שיש לשלם ובדרך לגבותם. לצורך גביית המס ניסו בעלי הרכוש להצהיר שהכנסתם זעומה ושאין ביכולתם לשלם את המס. כחלק מהתערערות השלטון העצמי התקשו הקהילות בגביית המס, ולכן החלו לגבות מיסים עקיפים, אשר הוטלו על מחזור עסקים או רכישת מוצרים. המס העקיף נקרא קראפקי או קורופקי. המס הוטל על בשר משחיטה כשרה (ועל עצם השחיטה), על נרות ועל שאר השירותים שנתנה הקהילה ליהודים ושלא הייתה אפשרות לרכוש אותם מחוץ למסגרת הקהילה. מס הקורופקי הוטל לצד או במקום מס הסכומות, תלוי בקהילה ובתקופה. היו החלטות רבות לגבי השימוש בכספים אלו, בהחלטות הקהל של מינסק, תקכ"ה, נאמר "ועל כן החליטו להקדיש מכספי הקורופקא (מכס הבשר) סך 200 זהובים בכל שנה לקניית ספרים לבית המדרש.".
במאה ה-17.
במאה ה-17 פרץ משבר בחיי יהדות פולין, בשל סיבות תרבותיות וכלכליות. מבחינה תרבותית, היהודים היו מיעוט שונה וזר, והם נרדפו בהתמדה ובעקביות על ידי הכנסייה. מפעם לפעם חויבו יהודים להיכנס לכנסיות על מנת לשמוע הטפות, הכנסייה תבעה לעצמה זכות שיפוט על יהודים (זכות שלא הייתה לה בימי הביניים בפולין) וכמרים עמדו בראש עלילות הדם וההסתה נגד יהודים. ובנוסף, הם ירדו ממעמד היזמים והחדשנים עקב תמורות המודרנה בטכנולוגיה ובכלכלה שלא היה להם חלק בהן, כגון טכנולוגיות (בניית אוניות שיכלו להפליג בים הצפוני) עם סיבות פוליטיות (החלשות השלטון המרכזי שגרמה לחוסר ביטחון בדרכים) גרמו להסטת נתיבי הסחר מפולין. וכך קופחה פרנסתם של יהודים שעסקו במסחר; ולכך התווספה העובדה שנוצרים שקופחה פרנסתם השתלטו על תחומים ועסקים של יהודים וגרמו לגל נוסף של אובדן מקומות פרנסה. אחד הפתרונות שמצאו יהודים לאובדן מקורות הפרנסה המסורתיים היה ייבוא ומכירת מוצרים מוגמרים ממקומות אחרים, אולם בכך העלו את חמתם של בעלי המלאכה המקומיים שאיבדו את קהל לקוחותיהם.
במקביל, גידול מספרם של היהודים מחד וצמצום מקורות הפרנסה הביאו לתחרות גדולה בין היהודים לבין עצמם על מקורות פרנסה. תחרות זו גרמה לכך שעקרון המערופיא לא נשמר.
ביטחון הקהילות היהודיות היה תכופות רעוע, בעיקר באזורי גליציה בדרום-מזרח המדינה. מרידות תכופות של הקוזאקים והאיכרים האוקראינים כנגד השלטון ונטל המיסים הובילו תמיד לגל פרעות כנגד היהודים, שהצטיירו בעיניהם כנציגי השלטון השנוא מתוקף עיסוקם בכספים, הפעלת קרקעות חכורות, הפעלת בתי מרזח וטחנות קמח, וגביית מס.
מהבולטים באירועים אלה היה מרד הקוזאקים והאיכרים נגד השלטון הפולני בשנים 1648–1649 בראשות בוגדן חמלניצקי. מרד זה לווה בסדרת פוגרומים יוצאת דופן בהיקפה ואכזריותה, שנודעו כגזרות ת"ח ת"ט או כ"פרעות חמלניצקי", בהם נחרבו כשליש מהקהילות היהודיות בפולין ואוקראינה. בפרעות נרצחו, על פי ההערכות, מעל 100,000 יהודים, נאנסו עשרות אלפי נשים ונערות, נבזז והושמד רכוש רב, הן פרטי והן קהילתי (כולל ספרי תורה וחפצי קודש). יהודים אשר נתפשו על ידי ההאטמנים נמכרו לעבדות בשוקי העבדים שניהלו הטטרים באזור השפך של נהר קמה אל הוולגה. חיבורו של המלומד היהודי נתן נטע האנובר, "יוון המצולה" הוא אולי המקור החשוב ביותר לידיעותינו על פרעות 1648.
בשנת ה'תי"ד (1654) כרת חמילניצקי ברית עם הצאר אלכסיי הראשון לבית רומנוב, ויחד עם הרוסים שתבעו לעצמם חלק מפולין חזר וכבש קהילות רבות בשטחי בלארוס, ליטא ופולין, ובהן מוהילב, וילנה ולובלין. בקהילות אלו התרכזו אז גם פליטים רבים מערים אחרות. יהודי וילנה הספיקו ברובם לברוח, אך כל רכושם עלה באש שדלקה בבתי העיר במשך 17 יום, ואילו יהודי לובלין הוסגרו על ידי תושבי העיר הגויים, ונהרגו בה כאלפיים נפש.
גזרות ת"ח ת"ט השפיעו על התקבלותה של השבתאות ביהדות פולין בשנות השישים של המאה ה-17, עד להתרסקותה של התנועה היא הפיחה תקווה אצל רבים; היסטוריונים מסבירים, כי עקב המשבר הרוחני שנגרם בשל פרעות, הרס הקהילות והסבל הרב, הייתה ציפייה גדולה לגאולה והשבתאות מילאה צורך זה.
בתקופת השלטון העות'מאני בפודוליה (1699-1672), איבדו רבני פולין את השליטה הרוחנית על המחוז ורבני האימפריה העות'מאנית לא הגיעו למחוז ולכן התנקזו לכאן שבתאים, שחלקם חיו בגלוי כשבתאים וחלקם חיו בהסתר.
במאה ה-18.
התפוררות המשטר הכלכלי גרמה ליהודים למצוא לעצמם פרנסות חלופיות. התחזקות מעמד בעלי האחוזת - הפריצים והמאגנאטים פתחה מקור פרנסה חדש - חכירת אחוזות ועסקים מניבים באחוזות. חסותו של הפריץ על היהודי "שלו" הבטיחה לאותו יהודי הגנת מה מפני לחציהם של אנשי הכנסייה ומפני עוינותם של האיכרים, שנבעה לרוב מכך שהיהודי היה גובה המיסים. הפריצים היו קתולים ברובם ואילו האיכרים וההיידמקים פרבוסלבים. הפריצים שזילזלו באיכרים הפרבוסלבים מצאו בני ברית ביהודים, שאמנם דתם הייתה שונה אבל לא היו שותפים למרידות הקוזאקים וההיידמקים. בשלוש מרידות היידמקים (ב-1734, ב-1750 וב-1768) נפגעו קהילות שונות.
יהודים הבטיחו לפריצים דמי חכירה וקיבלו בתמורה את ניהול ההכנסות מאחוזות ומהמצוי בשטחים שבשליטת האציל כמו בתי מרזח, טחנות קמח ויערות לכריתה. יהודים שלא עמדו בהבטחותיהם הכספיות לפריץ היו עלולים להיענש ואכן נענשו לעיתים קרובות. חוסר היכולת לעמוד בתשלומים נבע בין היתר בגלל התחרות שהייתה בין חוכרים יהודים לבין עצמם במטרה לזכות בחכירה. סיבות נוספות היו חובות אבודים שלא הצליחו לגבות ואצל אלו שחכרו בתי מרזח היו נזקים שגרמו לקוחות שיכורים, נזקים שלעיתים לא היה בידי חוכר בית המרזח אמצעים לשקמם.
בניהול עסקים אלו הביאו היהודים לביטוי את כישוריהם המסחריים כמו ידיעת קרוא וכתוב, יכולת ניהול כספים, וכן קשרים קהילתיים.
על מנת לתפקד כחוכרים נאלצו רוב החוכרים לעזוב את קהילותיהם העירוניות ולעבור יחד עם משפחותיהם לגור במרחב הכפרי.
חלוקת פולין הביאה לקיצוץ במספר החוכרים ולתהליך חזרה מהכפר אל העיר.
פולין חולקה בין פרוסיה, האימפריה הרוסית ואוסטריה.