הדו"ח של חיל האוויר טען שהעדים השונים שהובאו על ידי חוקרי העב"מים עירבו למעשה עדויות על מחקרים מדעיים שונים, תאונות טיסה ופעילויות גלויות של חיל האוויר; כל העדויות הללו הוצאו מהקשרן המקורי, התאריך הנכון שלהן עוות ושונה, והן יוחסו, בשגגה או במכוון, לאירועים שאירעו בימים בודדים ביולי 1947. הדיווחים שתיארו לכאורה ניתוחים בגופות של חוצנים נבעו משני מקורות: האחד, מתאונות ממשיות שאירעו בשמי ניו מקסיקו ב-1956 וב-1959. מקור שני לדיווחים אלה היה בניסויים בבובות דמויות אדם, שנועדו לבחינת הנזק הנגרם על ידי תאונות. מה שתואר על ידי העדים כפעילות יוצאת דופן של חיל האוויר באותו זמן הייתה הפעילות סביב הכדורים הפורחים, שילוחם ואיסופם. כך גם הדיווחים על תנועה של כוחות צבאיים שהגיעו במהירות לאתרי "התרסקות" ואספו שברים וגופות לכאורה, היו למעשה יחידות שאספו את הבלונים ואת הבובות דמויות האדם שהיו בהם. חלק מן הממצאים לכאורה של חוקרי העב"מים הוגדרו כתרמיות של מי שהוגדרו כעדים לתקרית.
ביקורות נוספות.
הדו"ח של חיל האוויר היה הבסיס לתגובות ביקורתיות נוספות כלפי ספרים העוסקים ברוזוול, אם כי עוד לפני פרסום הדו"ח היו שהטילו ספק בתאוריות שהועלו באותם ספרים. המבקרים העלו כמה טענות כנגד התאוריה שהוצגה לעיל.
טענה אחת הייתה כי החוקרים ומחברי הספרים השונים טענו כי ראיינו מאות עדים, ואף יותר מכך. ואולם, המבקרים הראו כי בפועל מתוך אותם מאות עדים רק בודדים טענו שראו בעיניהם שרידי חללית או גופות של חוצנים. רוב העדים חזרו למעשה על דבריהם של אחרים; עדות כזו היא עדות שמיעה שאינה קבילה בבית משפט על פי דיני הראיות. כך למשל, מחברי הספר "תקרית רוזוול" טוענים שראיינו 90 עדים, אך בספר מופיעים רק 25 עדים; רק שבעה מתוכם טענו שראו בעיניהם את השרידים, ורק חמישה מתוך השבעה נגעו בשרידים אלה. יתר על כן, אחד מאותם חמישה טען בתוקף שהשרידים אינם ממקור חוצני. טענות דומות מועלות כלפי ספרים אחרים בנושא.
טענה נוספת כלפי העדויות נוגעת לאמינותן. ג'סי מרסל, שהראיון עמו הניע מחדש את העניין בתקרית רוזוול, תואר (כאמור לעיל) כקצין מודיעין ואיש צוות אוויר בחיל האוויר האמריקני בזמן מלחמת העולם השנייה, בעל אלפי שעות טיסה, חמישה עיטורים, הפלת חמישה מטוסי אויב ותואר ראשון בפיזיקה גרעינית. ואולם, בדיקת עברו של מרסל הראתה שלא היה לו כל ניסיון בטיסה, שום רישום על הפלת מטוסי אויב, ושלא היה לו כלל תואר אקדמי. המבקרים העלו ספקות רבים לגבי עדים נוספים.
מבקרי תאוריית נחיתת העב"ם ברוזוול טענו עוד, שכל העדויות ניתנו לפחות 31 שנים לאחר האירוע, חלקן יותר מ-40 שנה לאחריו. המבקרים טוענים שלא ניתן להסתמך על עדויות לאחר זמן רב כל כך, במיוחד כאשר יש חשש שהעדים הושפעו, במודע או שלא במודע, מעדויות אחרות ששמעו. כך נטען, למשל, לגבי מרסל, ששינה את עדותו לאחר שהסתבר לו שאינה אמינה.
המבקרים טוענים כי סיפור רוזוול המתואר בחיבורים השונים מורכב למעשה מעדויות הנוגעות במקרים שונים זה מזה, שאוחדו לסיפור אחד למרות הסתירות הגלויות הנוצרות מאיחוד זה; לטענתם, חסידי העב"מים נוטים לצרף לסיפור אחד כל דבר הרומז לעב"ם, ללא התייחסות לבעייתיות העלולה להיווצר מאיחוד מלאכותי כזה. מבקרי התאוריה האשימו את חוקרי העב"מים בשיקולים תועלתניים, שבגללם יצרו ופיתחו את תאוריית רוזוול, וכך הוליכו שולל את הציבור התמים.
חוקרים שונים העלו כי בחינה נוספת של התאוריות השונות לגבי ההתרסקות מראה שייתכן וחלק מן העדויות מצביעות על התרסקות כלי טיס קונבנציונליים; באזור רוזוול התרסקו ארבעה כאלו בשנים 1948–1950. ייתכן שסיפורים על גופות חוצנים נגעו למעשה לחילוץ גופות אנושיות, או לבובות מבחן ריסוק, כפי שטען חיל האוויר.
המחלוקת סביב צילומי מסיבת העיתונאים.
ראיה חשובה לכאורה להתרסקות העב"ם ולמאמצי ההסתרה של השלטונות נמצאה, לטענת חוקרי עב"מים, בתמונה שצולמה ב-8 ביולי 1947. בתמונה זו נראה הגנרל רוג'ר ראמיי (Roger Ramey) וראש המטה שלו, קולונל תומאס דובואה (Thomas Dubose), כשהם אוחזים בידיהם שרידים של מה שהוגדר על ידם כשרידי בלון לחיזוי מזג האוויר. ראמיי, קצין בכיר בחיל האוויר השמיני, הציג בפני העיתונאים שרידים אלה כהכחשה להודעה המוקדמת יותר על מציאת "צלחת מעופפת", כביכול.
בתמונה ניתן לראות שהגנרל מחזיק בידו פיסת נייר. חוקרי עב"מים טוענים שפיסת נייר זו היא מברק ובו נאמר שנמצאו גופות ו"צלחת" (disc). בעזרת הגדלת הצילום ניתן לקרוא, לטענת חוקרים אלה, משפטי מפתח המצביעים על תוכנו של המברק ומאמתים את עובדת ההתרסקות: בהגדלת הצילום נראים לכאורה המשפטים "A 'DISK' IS NEXT NEW FIND" ("החפץ החדש שנמצא הוא צלחת - Disc..."), "THE VICTIMS OF THE WRECK YOU FORWARDED TO THE..." ("קורבנות ההתרסקות שהעברת אל..."), ועוד; אלו המשפטים שניתן לשחזר בקלות יחסית, לדברי החוקרים. לטענתם, ניתן לקרוא גם משפטים נוספים המראים על תכנון מערכת הטיוח וההסתרה של חיל האוויר. ראיה זו נראית בעיני חוקרי העב"מים כראיה ניצחת, "אקדח מעשן".
ואולם, גם ראיה לכאורה זו סובלת מקשיים רבים. חוקרים שונים הראו שפענוח הטקסט המצולם בעייתי ביותר, וקריאתו מושפעת מעמדותיו המוקדמות של מפענח הטקסט. קושי נוסף בקבלת הראיה נובע מכך שהפענוח המוצע על ידי תומכי תאוריית התרסקות העב"ם אינו דומה כלל למברקים צבאיים סטנדרטיים, ואין בו שום רמז להיותו מידע מסווג; לו היה כזה, טוענים המבקרים, בוודאי לא היה גנרל ראמיי אוחז בו מול עשרות עיתונאים וצלמים.
דוגמה נוספת לוויכוחים הרבים סביב התאוריה על רוזוול היא הדיון על אמיתותם של המסמכים שכונו "מג'סטיק 12". התומכים במהימנותם של מסמכים אלה הביאו ראיות שונות לכך; מנגד, ה-FBI, שנדרש לבדוק מי הדליף את המסמך (שאמור להיות סודי ביותר) קבע בדו"ח מיוחד שאין טעם בחקירה, לאחר שהוכח שהמסמכים מזויפים.
ויכוח בתוך קהילת חוקרי העב"מים.
במקביל לספקות הרבים שהחלו להתעורר על ידי מבקרים מחוץ לקהילת חוקרי העב"מים, החלו להתעורר גם ויכוחים בתוך הקהילה. שניים מן החוקרים החשובים של תקרית רוזוול היו, כאמור, קווין ד. רנדל ודונלד ר. שמידט. שניהם זכו להכרה כחוקרים המובילים בנושא זה, יחד עם סטנטון פרידמן. ואולם, עם פרסום הדו"ח של חיל האוויר עלו ממנו טענות לגבי ספרם של רנדל ושמידט, שהאשימו את השניים במחקר רשלני. כך למשל, רנדל ושמידט ציינו שמות של אחד עשר חיילים וקצינים ששירתו בבסיס רוזוול, ושלכאורה נמחקו מהרשומות הצבאיות כדי להסתיר את עדותם להבאת השרידים והגופות לבסיס. ואולם, בדיקת חיל האוויר הראתה ששמונה מן השמות שהועלו נמצאו ללא קושי ברשומות, ואילו שלושת השמות האחרים היו שמות נפוצים. בדומה, רנדל ושמידט טענו כי חמש אחיות שהיו עדות לניתוחים שנעשו בגופות החוצנים הועלמו על ידי שלטונות חיל האוויר ושמותיהן נמחקו מן הרשומות; גם במקרה זה הצליח עיתונאי של כתב העת OMNI למצוא את האחיות הנעדרות ללא כל קושי. רנדל טען להגנתו כי שמידט הוא זה שעשה את המחקר הרשלני.
הפער ביניהם עוד הלך וגדל: שמידט טען כי הוא בעל תארי בוגר ומוסמך מאוניברסיטאות שונות, וכי הוא לקראת קבלת דוקטור בקרימינולוגיה. ואולם, הסתבר כי לא היו לו כלל תארים אקדמיים. בתגובה טען רנדל כי הוא ניתק את הקשר עם שמידט בשל שקריו.
חוקרי עב"מים מצאו קשיים נוספים. דו"ח חיל האוויר התעלם מפרנק קאופמן, עד חשוב בספרם של רנדל ושמידט "האמת על התרסקות העב"ם ברוזוול" מ-1994. ואולם, לאחר מותו של קאופמן הסתבר כי המסמכים שהציג היו מזויפים וכי ניפח את חלקו האמיתי בתקרית. רנדל וחוקר נוסף, מארק רודייר (Rodeigher) הפריכו את אמינותו של קאופמן במאמרים שפרסמו ב-2002.
חוקרי עב"מים לא היססו לחשוף עדויות בעיתיות. רנדל ציין כי גלן דניס, שהעיד כי ראה גופות חוצנים מובאות לבסיס רוזוול, הוא אחד העדים הפחות אמינים בחקירת המקרה, קרל פּפלוק (Karl Pflock), אחד מחוקרי העב"מים הבולטים, בדק את הרישומים של בית החולים ואימת שאף אחת מהאחיות שהוקצו לבסיס הצבאי לא הועברה לבריטניה והוא הגיע למסקנה כי האחות שעליה דיבר דניס לא הייתה קיימת מעולם. בתגובה טען פרידמן כי פפלוק הוא סוכן דיסאינפורמציה.
השקפות מאוחרות לגבי התקרית.
פרסום הדו"ח של חיל האוויר האמריקני והספקות הרבים שהועלו במקביל ובעקבותיו הביאו לשינוי אצל כמה מחוקרי העב"מים, שהחלו לראות במה שקרה ב-1947 אירוע שאינו קשור בתופעות הקשורות לחוצנים. בינואר 1997 הכריז קארל פּפלוק, כי על סמך המחקר שעשה, ומחקרים נוספים שעשו אחרים, הוא הגיע למסקנה שב-1947 לא התרסק ברוזוול כלי טיס חוצני. השרידים שמצא ברייזל, על פי פפלוק, הם שרידים ארציים, כנראה מפרויקט מוגול הסודי. פפלוק הסתמך גם על פרסום דיוניהם של בכירי חיל האוויר האמריקני, כאמור.
חוקר חשוב נוסף שהביע את שינוי עמדתו היה ויליאם ל. מוּר, מחבר הספר "תקרית רוזוול" (יחד עם צ'ארלס ברליץ), שהיה כזכור הספר הראשון שהתפרסם בנושא. ב-1997 כתב מור כי .
מנגד, החוקר סטנטון ט. פרידמן שהיה, כאמור לעיל, מי שראיין את ג'סי מרסל בסוף שנות ה-70 ונותר ממובילי חקירת האירוע, עדיין עומד על דעתו שמסמכי "מג'סטיק 12" הם אמיתיים, ושהתאוריה לגבי רוזוול שתוארה לעיל היא אכן מה שקרה באמת בתחילת יולי 1947 מצפון לעיר רוזוול. פרידמן הציג את טענותיו בספרו "סודי ביותר/מג'יק: מבצע מג'סטיק 12 וטיוח העב"מים של ממשלת ארצות הברית" שיצא לאור בשנת 2003.