מאחר שכל המועדונים באנגליה לא הורשו להשתתף בתחרויות אירופה לאחר אסון הייזל, שנות ה-90 היו תקופה קשה לאברטון, שכבר לא יכלה להצליח באירופה, ודעכה בגלל בעיות כלכליות, שגרמו להצלות מהירידה במחזורים האחרונים. ב-1992 הייתה אברטון מהמועדונים המייסדים של הליגה הבכירה הנוכחית באנגליה, הפרמייר ליג. בתחילת 1994 מינה המועדון את גו'אי רויל למאמן הקבוצה והיא החלה להשתפר. בעונת 1994/1995 זכתה הקבוצה בגביע ה-FA החמישי שלה, ובעונת 1995/1996 סיימה במקום השישי בפרמייר ליג. בהמשך התדרדרה הקבוצה וסיימה במקום ה-15, ורויל התפטר מתפקידו, והוחלף באופן זמני על ידי דייב ווטסון. הווארד קנדל מונה למאמן הקבוצה בפעם השלישית ב-1997, אך מינוי זה הוכח כלא מוצלח כשאברטון סיימה במקום ה-17, והצליחה להינצל מירידה בזכות עודף הפרש שערים על בולטון וונדררס שירדה במקומה. מאמן העבר של הגלאזגו ריינג'רס, וולטר סמית', מונה במקומו בקיץ 1998, אך הקבוצה סיימה בחלק התחתון של הטבלה בשלוש העונות הבאות, אולם לא הייתה בסכנת ירידה בשנים אלה. לאחר מכן מצבה של הקבוצה התדרדר והיא נקלעה לסכנת ירידה ממשית, ובמקום סמית' מונה דייוויד מויס שהצליח להציל אותה מירידה.
מאז מינויו של מויס למאמן הקבוצה במרץ 2002, השתפר המועדון באופן ניכר ולמרות מחסור בכסף סיים את עונת 2002/2003 במקום השביעי, כשכמעט העפיל לגביע אופ"א. אך בעונה לאחר מכן הם סיימו במקום ה-4 מהסוף, מקום אחד לפני הירידה לליגה השנייה, עם מספר הנקודות הנמוך ביותר בתולדות המועדון.
במועדון צמח כוכב הכדורגל האנגלי, שחקן נבחרת אנגליה, ויין רוני. באחד המשחקים הראשונים שלו, באוקטובר 2002, הבקיע רוני שער ניצחון בדקה האחרונה נגד אלופת הליגה ארסנל, והנחיל לקבוצה הלונדונית הפסד ראשון מזה כמעט שנה. רוני הבקיע רבות במשחקי נבחרת אנגליה, ובמשחקו הראשון, נגד אוסטרליה בפברואר 2003, היה השחקן הצעיר ביותר בנבחרת בכל הזמנים. לאחר הופעה מרשימה ביורו 2004 הצהיר רוני "פעם כחול, תמיד כחול", אך ב-27 באוגוסט 2004 הוא ביקש לעבור לקבוצה גדולה יותר. 4 ימים לאחר מכן הוא חתם במנצ'סטר יונייטד, תמורת 23 מיליון ליש"ט.
אברטון התחילה את עונת 2004/2005 בצורה טובה, לאחר שסומנה כמועמדת לירידה על ידי התקשורת. לאחר הפסד 1–4 במשחק הפתיחה לאלופה ארסנל, הקבוצה השתפרה רבות וניצחה לראשונה בדרבי נגד ליברפול מאז 1999. בסופו של דבר הקבוצה סיימה את העונה במקום הרביעי, שהוביל אותם לשלב המוקדמות השלישי של ליגת האלופות, בו הפסידו 2–4 (בסיכום שני משחקים) לויאריאל הספרדית. ההפסד היה שנוי במחלוקת לאחר שהשופט, פיירלואיג'י קולינה האיטלקי, פסל גול שנראה כחוקי, שהיה מביא למצב של 3-3 בזמן שאברטון שלטה במשחק. אך בסופו של דבר דייגו פורלאן הבקיע עוד שער לטובת ויאריאל והבטיח את ניצחונה.
בסוף שנת 2004, המועדון הציע לשתף עם ליברפול את האצטדיון החדש המתוכנן בסטנלי פארק. ליברפול רצתה בעלות על המועדון, בעוד שאברטון רצתה לחלק את הבעלות חצי-חצי בין שני המועדונים. בסופו של דבר, הוכרז ב-11 בינואר 2005 על הזנחת רעיון שיתוף האצטדיון.
בעונת 2008/2009 המועדון הגיע לגמר הגביע והפסיד לקבוצת צ'לסי. כמו כן, השתתפה הקבוצה בגביע אופ"א, שם הודחה בסיבוב הראשון על ידי סטנדרד לייז'.
בסוף עונת 2012/2013 עזב המאמן דייוויד מויס את תפקידו לאחר 11 שנים ומונה למנג'ר מנצ'סטר יונייטד.
הוא הוחלף על ידי רוברטו מרטינז, שהוביל את הקבוצה לעונה הטובה ביותר של בפרמייר ליג, אשר הובילה את אברטון למקום ה -5 בליגת העל בעונה הראשונה שלו, תוך השגת 72 נקודות.
עונה לאחר, עונת 2014/2015 הוא הוביל את אברטון ל 16 האחרונות של בליגת אירופית, שם הם הובסו על ידי דינמו קייב, אך בליגה סיימה אברטון במקום ה-11, והגיעה לחצי הגמר של גביע הליגה וגביע ה- FA.
בעונת 2015/2016, לאחר מספר משחקים גרועים ברצף מרטינז פוטר לאחר המשחק הלפני אחרון של העונה, כאשר אברטון במקום ה -12.
בעונת 2016/2017 מונה למשרת המאמן בחוזה לשלוש שנים רונלד קומאן, בעונה הראשונה שלו הוביל את הקבוצה למקום ה-7.
לאחר פתיחת עונה חלשה ולאחר שהקבוצה ירדה מתחת לקו האדום למרות מסע רכש שכלל את החזרת ויין רוני, פוטר קומאן ב-23 באוקטובר 2017.
את עונת 2020/2021 פתחה אברטון בסערה כאשר ניצחה את כל ארבעת משחקיה הראשונים, לראשונה מאז 1938. חלוצה, דומיניק קלוורט-ליואין, נבחר לשחקן חודש ספטמבר 2020, ומאמנה, קרלו אנצ'לוטי, למאמן אותו חודש. לבסוף, סיימה אברטון את העונה במקום העשירי בלבד.
לאחר עזיבת אנצ'לוטי בסיום עונת 2020/2021 מונה רפאל בניטס למחליפו, והפך למאמן השני שמאמן גם את אברטון וגם את יריבתה העירונית ליברפול. הוא פוטר מתפקידו בינואר 2022 לאחר שהקבוצה רשמה 9 הפסדים ב-13 משחקים, והוא הוחלף על ידי פרנק למפארד שהצליח רק במעט לשפר את תוצאות הקבוצה, והקבוצה הצליחה להבטיח הישארות בליגה רק מחזור אחד לפני סיום העונה, לאחר שניצחה 2–3 את קריסטל פאלאס.
מגרש.
אברטון שיחקה במקור בפינה הדרום-מזרחית של סטנלי פארק. בשנת 1882 נתרם למועדון שטח בדרך המנזר למשך שנתיים, לפני שהמועדון עבר לאנפילד בשנת 1884. המגרש שימש כביתה של אברטון עד לשנת 1892, אך ויכוח בנוגע לשכירות הוביל את אברטון לעזוב את המגרש, וכך הוקמה קבוצה חדשה בשם ליברפול, שנשארה באנפילד בעוד שאברטון עברה לגודיסון פארק, שם היא משחקת עד היום. מאז קיימת יריבות עזה בין אברטון לליברפול (דרבי המרסיסייד), אף על פי שהיא לא נחשבת ליריבות כה קשה כמו בדרבים אחרים בליגה האנגלית.
סמל.
בסוף עונת 1937/1938 רצה מזכיר המועדון תאו קלי, לימים מאמן הקבוצה הראשון לאחר מלחמת העולם השנייה, לעצב עניבה למועדון. הוסכם שהצבע יהיה כחול, אך הוטלה על קלי המשימה לעצב סמל שיוצג על העניבה.
לאחר ארבעה חודשים החליט קלי לצייר על הסמל את המגדלור של אברטון, שהיה מקושר לאזור מאז הקמתו בשנת 1787. הוא שימש בהתחלה כבית מעצר לפושעים, והוא עדיין עומד היום באברטון. בנוסף למגדלור יש בסמל שני זרי דפנה, אחד בכל צד, שסימלו את המנצחים בתקופות עתיקות. הסמל מלווה במוטו המועדון, "ניל סאטיס, ניסי אופטימום" שפירושו "רק הכי טוב הוא טוב מספיק". הראשונים שלבשו את העניבות הם תאו קלי ויו"ר אברטון, במשחק הראשון בעונת 1938/1939.
שנים רבות המועדון לא השתמש בשום סמל על חולצות המשחק. בעונות 1922 עד 1930 נכתבו על החולצות האותיות "EFC". בשנת 1930 חזרו החולצות להיות כחולות חלקות עד לעונת 1973, בה הופיע כיתוב "EFC" מודגש. הסמל, שעוצב על ידי קלי, הופיע לראשונה על החולצות בשנת 1980 ונשאר מאז, כשהוא עובר שינוי הדרגתי מתמיד.
אוהדים והיריבות מול ליברפול.
רוב האוהדים של אברטון מגיעים מהאזור הצפון מערבי של אנגליה, ובעיקר ממרזיסייד, צ'שייר, מערב לנקשייר, וחלקים ממערב מנצ'סטר רבתי, וכמות מצומצמת יותר של אוהדים מגיעה מצפון ויילס ואירלנד. בתוך העיר ליברפול אוהדי הקבוצה לא מוגדרים לאזור גאוגרפי מסוים והחלוקה היא יחסית רנדומלית בין אוהדי היריבה העירונית ליברפול לאוהדי אברטון. לקבוצה גם אוהדים ממדינות רבות אחרות בעולם כמו צפון אמריקה, סינגפור, אינדונזיה, לבנון, מלזיה, תאילנד, הודו ואוסטרליה. למועדון האוהדים הרשמי של הקבוצה קוראים "FOREVERTON."
היריבות הגדולה ביותר של הקבוצה היא זו עם שכנתה העירונית, ליברפול, והמשחקים בין השתיים מכונים "הדרבי של ליברפול" או "דרבי המרזיסייד". המפגש נחשב לאחד המפגשים החמים בכדורגל האנגלי ואחד הידועים בכדורגל העולמי, כשהמשחקים הללו משוחקים לרוב מול יציעים מלאים, וכרטיס למשחק זה עלול להאמיר לסכומים גבוהים פי כמה ממחיר של כרטיס למשחקי עונה מול יריבות אחרות.
שתי הקבוצות נפגשו ב-227 מפגשים שונים מאז הקמתם ועד דצמבר 2016, כאשר המפגשים כוללים משחקים בליגה, בגביע האנגלי ובגביע הליגה האנגלית. בין השתיים, מובילה ליברפול עם מאזן ניצחונות של 90 לעומת 66 לאברטון. מספר תוצאות התיקו עומד על 71.
שיאן ההופעות במרזיסייד דרבי הוא נוויל סאות'הול (אברטון) מלך השערים של משחקי הדרבי בין השתיים הוא איאן ראש הוולשי ששיחק בליברפול עם 25 שערי דרבי. מן הצד השני ישנו דיקסי דין מאברטון עם 19 שערים.
צבעים וכינויים.
במהלך העשורים הראשונים להקמתה השתמשה אברטון בצבעים ובכינויים שונים. הקבוצה שיחקה במקור עם פסים כחולים-לבנים, והוחלט במהרה שהחולצה תהיה בצבע שחור כדי לחסוך בהוצאות וכדי להיראות יותר מקצועיים. מפני שהחולצה הייתה כהה מדי הוסף לה צבע אדום. במהלך אותה תקופה, אברטון נקראה "האשמורת השחורה", על שם פלוגה צבאית מפורסמת.
כאשר עבר המועדון לגודיסון פארק, שינתה הקבוצה את צבע החולצות לוורוד ואת צבע המכנסיים לכחול, ובתוך מעט זמן עברה לחולצות אדומות עם עיטור כחול ולמכנסיים כחולים כהים. התלבושת של היום, חולצות כחולות עם מכנסיים לבנים, שימשה לראשונה את הקבוצה בעונת 1901/1902, ובשל צבע החולצה מכונה המועדון "הכחולים". סגנון המשחק האטרקטיבי הוביל את סטיב בלומר לקרוא לקבוצה "מדעית", ובשנת 1928 הקבוצה כונתה "בית הספר למדע".
הכינוי המפורסם ביותר של הקבוצה הוא "הטופי" או "אנשי הטופי". יש לכינוי מספר הסברים, המפורסם בהם הוא שהיה עסק ליד האצטדיון בגודיסון פארק, שנקרא "חנות הטופי של אמא נובלט". העסק מכר ממתקים, בין השאר את המנטה של אברטון בימי משחקים. בשל כך ילדת טופי מטעם החנות הלכה מסביב למגרש לפני תחילת המשחק וחילקה את סוכריית המנטה חינם לקהל.