לאחר ששפטסברי נפטר בהולנד, התקרב סידני לחלק מתומכיו, ביניהם דוכס מונמות'. מונמות' היה בנו הלא חוקי של צ'ארלס השני, וכשאביו חלה ב-1682, הוא והחוג של שפטסברי שיתפו פעולה בתכנון מרד שלא יצא לפועל. סידני היה סקפטי בתחילה לגבי ניסיון זה ולא רצה לשתף עמם פעולה. עם זאת, לאחר מותו של שפטסברי, אורגנה, ככל הנראה בניגוד לרצונו, פגישה בינו לבין מונמות'. סידני השתכנע שהתמיכה של מונמות' חשובה כיוון שהייתה לו היכולת לגייס חיילים. בנוסף, מונמות' היה פופולרי במיוחד בסקוטלנד, וסידני ראה בתמיכה סקוטית מרכיב חשוב להצלחת מרד במלוכה. מספר פגישות של "מועצת השישה" - סידני, מונמות', ג'ון המפדן, ויליאם ראסל, רוזן אסקס (ארתור קאפל) ולורד הווארד - התקיימו במהלך 1683. באותו זמן, קבוצה אחרת (ואריסטוקרטית פחות) של מתנגדים תכננה - ככל הנראה בנפרד וללא שיתוף פעולה מצד סידני וקבוצתו - מזימה להתנקש במלך וביורש העצר, שלימים נודעה כמזימת בית ריי.
ידיעות על קשרים נגד המלך החלו להגיע לגורמים בבית המלוכה כבר באפריל 1683. ביוני הגיעה לממשל ידיעה על פעילות הקשורה במזימת בית ריי ומספר קושרים נעצרו, ביניהם רוברט ווסט וג'ון ראמזי. ווסט וראמזי סיפקו את המידע שביקשו אנשי המלך, לא רק בקשר לפעילותם, אלא גם לגבי מה ששמעו מאחרים על התוכניות של מועצת השישה. מידע זה איפשר לממשל להוציא צווי מעצר לכל המעורבים. הראשון להיעצר, ב-26 ביוני, היה סידני. הוא הובא למעצר במצודת לונדון. בנוסף נתפסו כל המסמכים שהיו בביתו, כולל הטיוטה של מאמרים על הממשל.
ביולי, לורד הווארד, אחד מששת השותפים למועצה, העיד נגד סידני וראיות נוספות נאספו נגדו. הוא הועמד לדין באשמת בגידה ב-7 בנובמבר וגזר דין מוות ניתן לו ב-26 בנובמבר. במהלך המשפט התביעה התייחסה למאמרים על הממשל כעדות מרשיעה. בעצת עורך דינו, סידני הכחיש שהוא המחבר של המאמרים. הוא מחה גם על חוסר צדק ועל עיוותים טכניים בתהליך המשפטי. עם זאת, הגנתו הייתה באופן כללי חלשה מבחינה משפטית. בנוסף, היות שבתי המשפט בלונדון הפכו במהלך המשבר לכלי פוליטי - תהליך שסידני עצמו קידם - סיכוייו להשיג זיכוי היו נמוכים.
מבחינה ציבורית ומבחינת התדמית של סידני לאחר מותו, הייתה להגנתו הצלחה רבה הרבה יותר. מלכתחילה, המשפט עורר עניין רב בקרב הציבור. קריאותיו בדבר אי הצדק שנעשה לו פורסמו בפומבי ועוררו סערה. כמו כן, בתקופה שבין גזר דינו להוצאתו להורג הוא חיבר את ה"אפולוגיה", שבה הוא תקף את אי הצדק בבית המשפט ואת אי הצדק של המערכת המלוכנית כולה. מילות הפתיחה של האפולוגיה מבהירות כי הוא מוכן למות למען עקרונותיו:
סידני דאג שעותקים של האפולוגיה יגיעו לחבריו, וכעבור ימים ספורים עותקים רבים הופצו בלונדון. לממשלה לא הייתה ברירה אלא לאשר את הפרסום, שזכה לתגובות רבות בכתב. ב-7 בדצמבר 1683 הוא הוצא להורג בעריפת ראש על גבעת המצודה. לפני ההוצאה להורג ניתנה לו ההזדמנות לשאת מילים אחרונות. בפתח הדברים הוא אמר: "אנו חיים בעידן שבו נחשבת האמת לבגידה".
כתביו.
משפטי החצר.
סידני כתב את "משפטי החצר" (Court Maxims) בשנים 1665–1666, בזמן שהיה בגלות בהולנד. מטרתו הפוליטית בחיבור הייתה לפנות למתנגדי שלטון סטיוארט, כולל פרוטסטנטים אנגלים שאינם אנגליקנים ומתנגדי המשטר האנגלי בהולנד, על מנת ליצור קואליציה שתילחם בצ'ארלס השני ותכונן רפובליקה במקום מונרכיה. החיבור פונה לקהל זה באמצעות טיעונים נגד מלוכנות ואבסולוטיזם ובעד סובלנות דתית, זכויות הפרט, תבונה, רעיון חירות האדם וממשל המבוסס על מידות טובות.
החיבור מאורגן בסגנון של דיאלוגים יוונים בין יונומיוס (Eunomius) הרפובליקני לבין פילליטס (Philalethes; ביוונית: "אוהב האמת"), איש חצר הגון. במשך מספר ערבים, אחרי שעות העבודה, הם נפגשים בגן כדי לדון אל תוך הלילה על טיבן של מונרכיות. פילליטס התמים מבקש להגן על מלוכנות אבסולוטית, אך בדיאלוג מתחוור לו טיבה האמיתי. הוא חושף את האגואיזם של מלכים שפועלים למען העושר של עצמם. הם דנים
על המידות הטובות, שאנשי החצר כבר שכחו את מרכזיותן לפוליטיקה, על האופן בו מלכים משפיטים את האצולה סביבם, ועל אי הצדק שכרוך בשיטת ממשל זו. פילליטס לומד גם על היתרונות של הרפובליקה, הן עבור האנשים שחיים בה והן מבחינת מדיניות חוץ והאינטרסים של הקהיליה. יונומיוס לא פוסל מלוכנות באופן קטגורי. תחת זאת, כדי שמלוכה תהיה לגיטימית עליה לדבוק בשלטון החוק ועל המלך להיות מצוין מבחינת המידות הטובות שלו ולהיות חכם, אמיץ ובעל חוש צדק מפותח באופן יוצא מהכלל. בהיעדר אדם כזה, כל מי שתופס את השלטון בכוח הופך עצמו לאויב המין האנושי. "כל ידידיה של התבונה והצדק מחויבים להרוס מפלצת שכזו, שמלבד צורה של אדם אין לה דבר עם המין האנושי".
החיבור מחולק לחמישה-עשר דיאלוגים. הדיאלוג הראשון הוא מעין הקדמה שמציגה את הדמויות והשאלות בהן החיבור כולו עוסק. כל אחד מארבעה עשר הדיאלוגים הבאים נפתח במשפט (מקסימה) שמייצג כלל על פיו בית המלוכה המושחת פועל. פילליטס מייצג את עמדת חצר המלך, שרוחה מקיאוולסטית. במספר מקומות במהלך הדיון ניקולו מקיאוולי מוזכר באופן ישיר. הכנות של פילליטס חושפת את השחיתות של המונרך. יונמיוס מייצג את העמדה הרפובליקנית של סידני. רוב הדיאלוגים מתקדמים לקראת ההפרכה של המשפט הפותח, הדגמת חוסר הצדק שבו והחורבן שפעולה על פיו תביא לאנגליה ולמלוכה עצמה. משפטים 1–8 עוסקים ביחס המלוכה לעם, לאצולה בעלת המידות הטובות, ולעניינים הקשורים ביחסי דת ומדינה. משפטים 9–13 עוסקים בעיקר בענייני חוץ, וביחס של אנגליה לפילוג הדתי באירופה. הדיאלוג האחרון מסכם את החיבור כולו ומדגים את אי-החוקיות של העריצות המלוכנית:
מאמרים על הממשל.
"מאמרים על הממשל" הוא החיבור הידוע ביותר של סידני. החיבור נכתב בשנים 1680–1683 במהלך משבר ההחרגה. באותה תקופה הודפס לראשונה הספר "פטריארכה" של רוברט פילמר, שנכתב כ-50 שנה קודם לכן, ואשר טען בזכותה של מלוכה אבסולוטית העוברת בירושה מאב לבן, על פי המודל של שלטון האב במשפחה. המלוכנים, תומכיו של צ'ארלס השני השתמשו בפטריארכה כחלק מהפרופגנדה שלהם במהלך המשבר. כמו שתי מסכתות על ממשל מדיני של ג'ון לוק ו-Patriarcha non monarcha של ג'יימס טירל , סידני לקח על עצמו במאמרים על הממשל את המשימה של הפרכת הטיעונים של פילמר אחד לאחד. בתוך כך סידני נתן ביטוי גם לתפיסה הפוליטית שלו, שנשענה במידה מסוימת על המסורת הרפובליקנית הקלאסית והתייחסה לחירות האדם, לתבונה ולמידות הטובות כערכים מרכזיים בממשל לגיטימי.
סידני לא הספיק להשלים את החיבור לפני הוצאתו להורג. במהלך המשפט שלו חלקים מהחיבור הוצגו כעדות מרשיעה נגדו. החיבור פורסם לראשונה לאחר המהפכה המהוללת, בשנת 1698.
סידני ופילמר.
פילמר טען שאלוהים נתן את כל העולם לאדם הראשון כנחלתו הבלעדית, שאדם קיבל את הזכות לשלוט באופן אבסולוטי בכל מה שמצוי בעולם, ושזכות זו עוברת בירושה מאב לבן. השליטים הקיימים בעולם קיבלו זכות זו בירושה, או שהם לקחו אותה בכוח הזרוע. בשני במקרים, לשליטים קיימת זכות לגיטימית, המבוססת על רצון האל, לשלוט באופן אבסולוטי בנחלתם, כפי שלאב המשפחה קיימת הזכות לשלוט באופן אבסולוטי בנחלתו ובמשפחתו.
סידני דוחה לחלוטין את הטיעון של פילמר. הטון של חיבורו הוא מזלזל ומבטל: "לפעמים אני תוהה, כיצד דברים מסוג זה יכלו להיכנס לראשו של אדם". הטיעון של פילמר התבסס על פרשנות של כתבי הקודש, ולכן גם סידני משתמש בכתבי הקודש כדי לקדם את טיעונו. אולם, סידני מפקפק ביכולת להתייחס לתנ"ך כאל תיעוד היסטורי של העברת בעלות על נחלות פוליטיות: "הבריאה מתוארת בכתבי הקודש באופן מדויק; אבל אנו יודעים כה מעט על מה שהתרחש בין סיום הבריאה לבין המבול". פילמר טען שלאחר המבול הזכות על העולם עברה לנוח וממנו לבניו. בתגובה מכחיש סידני שלאחר המבול נותר כוח כלשהו שדומה לכוח של מלכים או נסיכים. בנוסף, טוען סידני שחוקי הירושה הקיימים באנגליה ובכל מקום אחר הם חוקים מקומיים, לא טבעיים או חובקי כל.
סידני שולל גם את הרעיון שזכות האב במשפחה דומה לזכות של מלכים, ושהיא ניתנת להעברה. הוא מסכים אמנם שלאב קיימת זכות על ילדיו, אך זכות זו מוגבלת ולא אבסולטית והיא נתונה רק לאב, במובן המילולי, ולא לאבות מטאפוריים. בכל דור הזכות של אבות על ילדיהם נוצרת מחדש, והיא אינה ניתנת להעברה לאחר, או לירושה מדור לדור.
לפי סידני, בעיה מרכזית בטיעון של פילמר היא המחשבה שאלוהים (והטבע) לא הותירו לאדם כל בחירה באשר לצורת הממשל הראויה. אם היה זה נכון, כל אלה שניסו אי פעם לחשוב על צורת הממשל הראויה לפי עקרונות התבונה, הצדק, והמידה הטובה טעו לחשוב שקיימת בפניהם בחירה כלשהי בעניין זה. עבור סידני, טענה זו היא חסרת שחר. אלוהים יצר את בני האדם חופשיים ותבוניים, כדי שיוכלו לשפוט, בין השאר, מהי צורת הממשל הטובה ביותר עבורם. "בנותנו לכל בני האדם מידה מסוימת של יכולת לשפוט מה טוב עבור עצמם, הוא [אלוהים] נתן לכולם גם את החירות להמציא צורות [ממשל] כאלה שמספקות אותם באופן הטוב ביותר". שימור החירות הוא הדבר החשוב ביותר לבני האדם. השאלה שעומדת בפניהם היא, אם כן, לא איזו צורת ממשל בחר אלוהים בשבילם, אלא מהו הטבע של החירות, מדוע היא בעלת ערך, ומהי צורת הממשל שמגנה על החירות ומקדמת אותה באופן הטוב ביותר.
חירות ועבדות.
על פי סידני חירות משמעה עצמאות מרצונו של אחר, ועבדות היא התלות המוחלטת ברצון של אחר.