בתקופה זו נוצרו זרמים פילוסופיים חדשים. האדריכלות הגותית החליפה את האדריכלות הרומנסקית הכבדה. כמו כן, פרחו בתקופה זו ממלכות רבות במערבה של היבשת ובמזרחה וערי המדינה האיטלקיות הגיעו לשיא כוחן. גילוין מחדש של עבודותיו של אריסטו ופילוסופים יוונים עתיקים נוספים, הובילו את תומאס אקווינס ואינטלקטואלים אחרים לפתח את פילוסופיית הסכולסטיקה.
שינויים נוספים ביבשת התרחשו עם חלוקתו מחדש של הכוח באירופה. ויליאם הראשון דוכס נורמנדי פלש לאנגליה בשנת 1066. הכיבוש הנורמני היה אירוע רב חשיבות בהיסטוריה של אנגליה, הכיבוש קרב את אנגליה אל היבשת האירופית עם הכרתה של האריסטוקרטיה הנורמנית, דבר שהקטין את ההשפעה הסקנדינבית על האי. ואילו במזרחה של יבשת התפרקה רוס של קייב לעשרות נסיכויות גדולות וקטנות. כוחן של הנסיכויות המסוכסכות לא עמד להן נגד הפלישה המונגולית שהתרחשה במאה ה-13 והן נכבשו לתקופה ארוכה.
פילוג הכנסייה הנוצרית בין הכנסיות הנוצריות המזרחיות למערביות הוצת בשנת 1054 בידי האפיפיור לאו התשיעי, שעמד על דעתו לקבל את הסמכות על שלוש מחמש הערים שהרכיבו את הפנטארכיה בעולם העתיק, אנטיוכיה, ירושלים ואלכסנדריה. מאז אמצע המאה ה-8, הצטמקו גבולותיה של הקיסרות הביזנטית נוכח התפשטותם של המוסלמים. אנטיוכיה שנלקחה בכוח הזרוע חזרה לחיקה של הקיסרות בשנת 1045. עליית כוחם של יורשי הקיסרות הרומית במערבה של אירופה, הביאה לתביעה על הזכויות והחובות של שני המושבים שאבדו, באפריקה (אלכסנדריה) ובאסיה (ירושלים).
מסעות הצלב הם סדרה של מסעות מלחמה שהתנהלו בהנהגתה ובתמיכתה של הכנסייה הקתולית, כמעט כל הממלכות הקתוליות השתתפו במסעי הצלב, אך מרבית המשתתפים באו מצרפת ומהקיסרות הרומית הקדושה. מסעות הצלב הראשונים כוונו להחזרת השליטה הנוצרית על ארץ הקודש והתנהלו לאורך תקופה של כמעט 200 שנה, בין השנים 1095–1291. בסדרה של מסעי הצלב הצפוניים ביססו הפאודלים המערב אירופיים מספר ישויות מדיניות בצפון מזרחה של היבשת ואילו בדרום מערבה יצאו מספר מסעי צלב נגד הכיבוש המורי בחצי האי האיברי. מסעי הצלב נמשכו עד המאה ה-16 וכוונו גם נגד ההוסיטים, פולשים מונגולים וטורקים. לפעמים נוצלו מסעי הצלב לשם ישוב מחלוקת פנימית כמו שקרה בעת מסע הצלב האלביגנזי.
למסעות הצלב היו השגים מרחיקי לכת בכלכלה, מדיניות והשפעות חברתיות, שכמה מהם החזיקו עד זמננו. בגלל העימותים בין הממלכות הנוצריות והכוחות המדיניים השונים, חלק ממסעות הצלב סטו ממטרתם המקורית, כמו מסע הצלב הרביעי ששיאו היה ביזתה של קונסטנטינופול. בסופו של דבר ההישגים הטריטוריאליים של מסעי הצלב השונים לא החזיקו מעמד ומדינות אלה התפרקו או נכבשו. יוצאת מהכלל היא ספרד שבה תנועת הרקונקיסטה החזירה את השליטה הנוצרית בכל חצי האי האיברי.
ההגמוניה של הכנסייה הקתולית באירופה פתחה את הדלת להשלטת השקפת עולמה הדתית על היבשת. לצורך כך הוקמה האינקוויזיציה שהחלה את פועלה במאה ה-12. האינקוויזיטורים תרו ברחבי היבשת ורדפו כופרים ונוצרים שהטיפו לעבודת האל בצורה שונה מההטפה הקתולית. השלטון החילוני שיתף פעולה עם מעשים אלה ואוטו דה פה היה למחזה נפוץ למדי ביבשת. מלבד רדיפת הכופרים והמינות הנוצרית, רדפה האינקוויזציה גם את היהודים. משפטי ראווה גדולים נערכו ברחבי היבשת ולעיתים הסתיימו אלה בהוצאות להורג. האינקוויזיציה המשיכה את קיומה בצורות שונות עד המאה ה-19, עת בוטלו שרידיה האחרונים בספרד על ידי נפוליון.
מלבד רדיפות ממוסדות של הכנסייה על ידי האינקוויזיציה נערכו פוגרומים רבים נגד יהודים. חלקם נערכו על ידי המוני העם כחלק מהשתתפותם במסעי הצלב. גזירות תתנ"ו הן אחת הדוגמאות הבולטות לאירועים אלה. הרדיפה נעשתה מטעמים אנטישמיים מובהקים. לפעמים, שלטונות המדינה שיתפו פעולה עם הפורעים ואף גירשו כליל את היהודים מארצם.
פלישת המונגולים לאירופה.
הפלישה המונגולית הראשונה למזרחה של אירופה התרחשה בשנת 1223. כוחות ג'ינגיס חאן קבלו פקודה לנוע לכיוון קייב ובקרב על נהר קלקה בשנת 1223 הובסו הרוסים, אך המונגולים חזרו כלעומת שבאו.
בשנת 1237 המונגולים החלו במערכה חדשה, הפעם עם כוונות ברורות להשתלט על השטח הכבוש. במהלך מספר שנים כל הנסיכויות הרוסיות נכבשו וזאת למרות ההתנגדות העזה. העיר ולדימיר נהרסה ולא שבה למעמדה הבכיר לעולם. קייב נכבשה בשנת 1242. התוצאה העיקרית של הפלישה הייתה התפרקות סופית של רוס של קייב.
המונגולים לא שלטו במישרין ברוסים, אלא מינו שליטי בובה רוסים מקרב משפחות הנסיכים ששלטו לפני הכיבוש ברוסיה. נסיכים אלה הגיעו לחאן אורדת הזהב לקבלת אישור לתפקיד הנסיך. עד המאה ה-14 נסיך ולדימיר היה אחראי להעברת מיסים שנתיים לחאן מכל הנסיכויות הרוסיות. בקרב קוליקובו הכוחות הרוסים בהנהגת דמיטרי דונסקוי, נסיכי מוסקבה הצליחו להביס את הכוחות של אורדת הזהב והבכורה עברה באופן סופי למוסקבה. תהליך שחרור הנסיכויות הרוסיות משליטת אורדת הזהב היה ארוך והסתיים רק בשנת 1480 לאחר ההתקוממות הגדולה על נהר האוגרה.
גם מרכזה של אירופה סבלה מפלישות מונגוליות. פלישות המונגולים לפולין התרחשו ב-3 גלים - בשנת 1241 במסגרת המשך של המערכה נגד רוס של קייב, בשנים 1259–1260 ובשנים 1287–1288. על אף שחלק גדול מערי פולין, כולל קרקוב נכבשו המונגולים לא הצליחו להשתלט על המדינה ופולין שמרה על העצמאות.
בשנת 1241 המונגולים המשיכו גם להונגריה ולקרואטיה. מבחינת המונגולים המערכה הצבאית הייתה מוצלחת מאוד. הם כבשו רוב ערי הונגריה והגיעו עד לים האדריאטי. אומנם מסיבות שונות הם חזרו מזרחה. פלישות מאוחרות יותר, במהלך סוף של המאה ה-13 היו מוצלחות הרבה פחות והצבא המונגולי ספג תבוסות בפולין ובהונגריה.
שלהי ימי הביניים.
בתחילת המאה ה-14, מאות שנים של שגשוג ופריחה מחודשת באירופה, הגיעו לעצירה. עידן הקרח הקטן היה בין הסיבות החשובות לסדרה של מגפות ורעב שפגעו קשות באוכלוסייה, הרעב הגדול שהתרחש בין השנים 1315–1317 ומגפת המוות השחור, הכו ללא רחם באוכלוסייה, שהצטמצמה בין 25% ל-50%. יחד עם הפגיעה באוכלוסייה הגיע חוסר שקט חברתי. לחוסר השקט תרמה גם התארכותה של מלחמת מאה השנים (1337-1453) שהתחוללה בין אנגליה לצרפת. וכדי להוסיף לריבוי הבעיות של התקופה, אחידותה של הכנסייה הקתולית התנפצה בידי הקרע המערבי בו התפצלה הכנסייה עקב בחירת שני האפיפיורים (ובשלב מסוים אף מונה אפיפיור שלישי). במשותף, נקראים לפעמים אירועים אלה כ"משבר של שלהי ימי הביניים". מכלול סיבות אלו שבשו את האפקטיביות של השיטה הפאודלית וגרמו לשקיעתה.
למרות משברים אלה, המאה ה-14 ראתה התקדמות גדולה בתחומי האמנות והמדע. התעניינות מחודשת של המלומדים בכתבים יווניים ורומאים הובילה בסופו של תהליך ארוך לתחילתו של הרנסאנס באיטליה. הזמינות והמבחר של כתבים יוונים התעצמה לאחר נפילתה של קונסטנטינופול לידי האימפריה העות'מאנית, כאשר רבים מהמלומדים הביזנטיים נאלצו לחפש מקלט במערבה של אירופה, ובמיוחד באיטליה. הופעת הדפוס באירופה הקלה בהפצתה של המילה הכתובה.
לקראת סוף ימי הביניים, החל עידן התגליות. התרחבותה של האימפריה העות'מאנית וכיבושה של קונסטנטינופול קטעו את המסחר של אירופה עם המזרח. האירופאים הוכרחו אפוא למצוא דרכי מסחר חלופיות, ניסיון שהחל במיפוי חופי יבשת אפריקה בידי פורטוגל. בשנת 1492 התקיים מסעו הראשון של כריסטופר קולומבוס ליבשת אמריקה, בשליחות המלכים הקתולים של ספרד. ואסקו דה גאמה יצא בשליחות מלך פורטוגל מנואל הראשון למסע הפלגה סביב אפריקה להודו בשנת 1498. לאחר מסע זה, נבנה כוחה של האימפריה הימית של פורטוגל באוקיינוס ההודי. תגליות אלה עתידות היו לחזק את כוחה של יבשת אירופה ואת חוסנה הכלכלי.
השינויים ביבשת אירופה שבאו בעקבות עידן התגליות, הביאו חוקרים רבים לכלל מסקנה כי אירועים אלה הובילו לסיומם של ימי הביניים, ותחילתה של התקופה המודרנית.
ראשית אירופה המודרנית.
ראשית התקופה המודרנית מתפרסת בין סופם של ימי הביניים למהפכה התעשייתית, בין אמצע המאה ה-15 ועד לשליש האחרון של המאה ה-18 לערך, או כפי שחוקרים אחרים מבכרים מגילויו של העולם החדש בשנת 1492 ועד למהפכה הצרפתית בשנת 1789. תקופה זו מאופיינת בעליית חשיבותו של המדע ובהתקדמות טכנולוגית מהירה, מדיניות אזרחית חילונית ומדינות לאום. הכלכלה הקפיטליסטית החלה לעלות, תחילה בכמה ערים בצפון איטליה כמו ג'נובה וונציה. ראשית התקופה המודרנית הציגה גם את עלייתה של שיטה כלכלית נוספת - המרקנטיליזם. ככלל, ראשית התקופה המודרנית מציגה הצטמצמות ואחר העלמות המשטר הפאודלי והצמיתות מרוב חלקי היבשת וירידה בכוחה של הכנסייה הקתולית.
הרנסאנס.
הרנסאנס היא תנועה תרבותית, שמקורה ככל הנראה בעיר פירנצה, שנתנה את שמה לתקופה היסטורית שנמשכה מהמאה ה-14 ועד למאה ה-17, הדעה הרווחת היא כי התנועה החלה בעיר פירנצה בשלהי ימי הביניים, ולאחר מכן התפשטה לכל רחבי יבשת אירופה. כתנועה תרבותית היא כללה התעוררות של למידה המבוססת על מקורות קלאסיים, פיתוח הפרספקטיבה הקווית בציור, ורפורמה הדרגתית אך רחבת היקף בחינוך. על אף שבתקופת הרנסאנס התרחשו מהפכות אינטלקטואליות רבות, כמו גם תהפוכות חברתיות ומדיניות, הרנסאנס אולי ידוע ביותר עקב ההתפתחות האמנותית שהתרחשה בו ותרומתם של אנשי אשכולות כמו: לאונרדו דה וינצ'י ומיכלאנג'לו שהיו המקור למונח "איש הרנסאנס".