מלבד פולמוס חזיתי וציוד הלומד באמצעים כנגד התועמלנים הנוצריים, רבים מפירושיו מהווים עימות שקט, כאשר במקומות שבהם הייתה פרשנות כריסטולוגית המנגחת את ישראל, פירש בכור שור בצורה שונה, ובכך השמיט את הקרקע מתחת טענות הנוצרים. כך, לדוגמה, פירש () שהאחים שמכרו את יוסף שילמו לסוחרים כסף כדי שייקחו אותו. פירוש תמוה זה לא יכול להיות מובן אלא על רקע הפרשנות הכריסטולוגית לפרשה זו, שהקניטה את בני ישראל על חטאם במכירת יוסף. לכך מצטרפות פרשנויות אחרות המסנגרות על האבות, כדוגמת הפרשנות על חטא העגל ועוד (ראו לעיל, לימוד זכות על האבות).
מאפיינים נוספים שנמנו לעיל, ובהם נטייתו להנמקה הגיונית של המצוות, להרחקה מהגשמה ולצמצום הנסים, ניתן לקושרם לפולמוס האנטי-נוצרי. גם תקיפתו את הפירושים האלגוריים בפרשות ההלכתיות (ראו להלן, פולמוס נגד המפרשים כנגד חז"ל בהלכה) מצטרפת למגמה האנטי-נוצרית בפירושיו.
עם כל זאת יצוין, כי באשר לצדדים הייחודיים של פירושו, ובעיקר בנוגע לפרשנות הפסיכולוגית והמציאותית, הרי שלהם אין קשר הדוק לפולמוס היהודי-נוצרי.
שבעים פנים לתורה.
מבחינה של פירושיו של בכור שור, עולה כי בדומה לפשטנים אחרים בזמנו ומקומו, הוא מכיר בלגיטימיותם של כמה פירושים מקבילים, ובכמה רבדים שונים. כך, פעמים רבות הוא מביא את פירושו בפשט לצד פירושם של חז"ל, ואף במקומות שהדברים נוגעים לנושאים תאולוגיים מהותיים ולהלכה, כאשר אמר במפורש ש'אין להשיב על דבריהם' ושפירושם הוא 'אמת', לא נמנע מלהציג את פירושו הפשטי (וראו להלן, בפרק על יחסו לדרשות חז"ל). הביטוי "שבעים פנים לתורה" אף מוזכר אצלו במפורש:
ריבוי רבדים מתבטא גם ביחסו לרמזים וגימטריות, שאין הוא מתנזר מהם לחלוטין. כך, למשל, כאשר הביא גימטריה של המילים , חזר ואמר 'ולפי הפשט תיקון לשון בעלמא...'. גימטריה מצויה אצלו גם בחישובו את הקץ (; ).
כיוצא בזה גם בריבוי הסברים ברובד הפשט גופו. עתים הוא אומר זאת גם על שני פירושים שונים שהביא (=ששניהם נכונים; ). פעמים רבות הוא גם אומר בסתם 'וגם יש לפרש', 'אי נמי', וכיוצא בזה, על אף שמכאן אין ראיה מחייבת, שהרי ייתכן שלדעתו רק פירוש אחד הוא הנכון, ואין הוא יודע להכריע ביניהם.
סגנונו.
בכור שור כתב בעברית חיה, המתובלת בלשון תלמודית-ארמית. סגנונו הוא דיאלקטי לעיתים, כדרכם של בעלי התוספות: רווחים אצלו ביטויים כגון "ואם תאמר", "והכי קאמר", "ויש לומר". הוא מרבה לשלב בלשונו חלקי פסוקים ולשונות מקראיים, וכן לבנות לעיתים את פירושו בתוך דברי הפסוק. בכור שור נהג גם לכלול כללים, שיבארו כמה מקומות בכתובים, ואף בזאת קדמו ר"י קרא.
לעיתים כולל פירושו משא ומתן ארוך בסגנון בעלי התוספות, עם קושיות ותירוצים; בעיקר אמור הדבר בנוגע לפירושים הנוגעים לפן ההלכתי.
כן נוהג בכור שור לפעמים להשתמש בדרך ביאור פראפראסטית, המשכתבת פרשה שלמה במילותיו הוא, בלשון בהירה וצחה, כדי לבאר את סדרה ועניינה לדעתו. דוגמה לדבר ניתן למצוא בביאור פיתוי הנחש את האישה בחטא עץ הדעת (); ראו .
מאפיין נוסף של בכור שור, שהיה מקובל בקרב פשטני ימי הביניים, הוא השימוש בלעזים להבהרת דבריו; לעיתים הוא עושה זאת אף בתרגום משפט שלם, או כדי להבהיר פרט בריאליה.
את חותמו כפייטן (ראו להלן) הותיר בכור שור גם על פירושו, כאשר שילב בין הפרשות (בעיקר בחומשים בראשית ושמות) חרוזים אחדים. בחרוזים ישנו לרוב שילוב בין בקשה לגאולת עם ישראל ושאיפה לנקמה בגויים, מוטיב אשר חוזר גם בפיוטיו הרגילים. לא ברור מדוע הפסיק עם חרוזים אלו כמעט כליל בחומשים ויקרא-דברים. יצוין, כי שילוב חרוזים בין הפרשות מצוי גם אצל פרשנים-משוררים נוספים, כדוגמת ראב"ע.
יחסו לדרשות חז"ל.
יחסו של בכור שור לדרשות חז"ל היה מורכב. מחד, העריץ את חז"ל, ואמר עליהם ש"אין להשיב על דברי רבותינו, שאף הם כמלאכים לדעת אשר בארץ" (פירושו על ). פעמים רבות הביא פירושים הנסמכים על דברי חז"ל (ובפרט בפרשות הלכתיות). מאידך, פעמים רבות חלק על פירושם של חז"ל, לרוב באמצעות מטבע הלשון "ועל דרך הפשט". נראה, כי בדומה לפרשני פשט רבים מימי הביניים (ובפרט רשב"ם) ראה מקום לפירושים ברבדים שונים לאותו פסוק. הוא העניק קדימה לפירושי חז"ל, אך לא מחק את פירושו "על דרך הפשט" מפני פירושם. נראה כי נטה לקבל את דברי חז"ל ככל שיכול לתמכם בפשט, אך כאשר לא יכול לעשות זאת הציע את פירושו שלו, "על דרך הפשט".
יחסו לדרשות חז"ל באגדה.
בפרשנות האגדה, לרוב היה בכור שור חופשי יותר לחלוק על פירושי חז"ל. זאת עשה כמיטב מסורתם של ר"י קרא ושל רשב"ם, שהצהירו שעל אף שדבריהם של חז"ל נכונים ואמיתיים בתחום הדרש, הרי שיש מה לחדש בתחום הפשט. כך, ניתן לראות זאת בפסוק "ואני נתתי לך שכם אחד על אחיך, אשר לקחתי מיד האמורי בחרבי ובקשתי". את המילים "בחרבי ובקשתי" פירשו חז"ל "בתפילתי ובבקשתי", או "במצוות ובמעשים טובים", ואילו בכור שור כתב:
עם זאת, גם בתחום זה לא חלק בקלות על חז"ל, מתוקף סמכותם הגדולה בעיניו. כך כתב על האנשים שנגלו לאברהם ():
יחסו לדרשות חז"ל בהלכה.
יחסו של בכור שור לדרשות חז"ל הנוגעות להלכה היה מורכב ועל כן ניתנו תיאורים שונים ליחס זה. בשנת 1896 כתב ד"ר יצחק שלמה פוכס: "לההלכה ישים אך לב בהמקומות שלא תתנגד לביאור הפשוט, ואיננו ירא לנטות ממנה כאשר תעמוד לשטן על דרך פירושיו". אחרים טענו שדרכו הרגילה של בכור שור היא להסתמך על חז"ל, ולהביא להם, עד כמה שיכול, תימוכין בפשט.
פולמוס נגד המפרשים כנגד חז"ל בהלכה.
הריב"ש יצא בחריפות נגד החולקים על פירושי חז"ל בהלכה. למשל, בדין מצוות כיסוי הדם ():
בחריפות דומה יצא נגד הפירוש על הפסוקים "וקשרתם לאות על ידיך... וכתבתם על מזוזות ביתך", שאינם מדברים על תפילין ומזוזה כפירוש חז"ל וכהלכה, אלא על דרך משל, שיהיו דברי התורה כמין קמע ():
שצף-קצף זה כנגד המפרשים את המצווה שלא כחז"ל, קיים גם בפירוש ראב"ע לתורה, בנושא זה. ייתכן שכיוונו לרשב"ם, שפירש () את הפסוקים כמשל, אך לא נראה שעיקר חצי הביקורת של הריב"ש מופנים אליו; שהרי רשב"ם ודאי לא הפקיע למעשה את מצוות תפילין ומזוזות, והיה פרשן תלמודי לא פחות מאשר פשטן מקראי. רשב"ם אף מעלה על נס את הדרשות מעל תפקידו של הפשט, בהקדמתו המתודולוגית המפורסמת בתחילת פרשת וישב. נראה שבימיו של הריב"ש היה זלזול במצוות תפילין ומזוזות באזור צרפת, ייתכן עקב השפעת הפרשנות הנוצרית האלגורית לכתובים, ולכן ראה הריב"ש עצמו מחויב לעמוד בפרץ אל מול תופעה זו; דבר זה משתלב יפה עם היותו מראשי המדברים בפולמוס היהודי-נוצרי.
פירושים של בכור שור עצמו שלא כפי המסורת ההלכתית של חז"ל.
עם זאת, לעיתים חלק במישור הפשט גם על דעת חז"ל (אם כי ייתכן שמצא דעת יחיד בחז"ל כדבריו). כך, לדוגמה, בפרשת עבד עברי, היוצא לחפשי "בשביעית" (), כתב:
פרשנות זו מתייחסת למילה "שביעית" כאילו היא מתייחסת לשנת השמיטה, אשר בה אין עובדים בשדה, ובניגוד לפרשנות המקובלת בחז"ל, שלפיה מדובר בשנה השביעית לעבודתו של העבד. עם זאת, מצינו בכמה מקומות בודדים התייחסות מעין זו ל"שביעית" בהקשר של עבד עברי לשנת השמיטה (ראו התרגום המיוחס ליונתן על , וכן ירושלמי קידושין פ"א ה"ה, שם ניתן אולי למצוא רמז לכך).
גם במקרים שבהם סבר שבמישור הפשט יש מקום לפרשנות אחרת מדברי חז"ל, הרי שלעיתים דחה פרשנות זו, מכוח היותם של חז"ל מעבירים את מסורת הפרשנות האמיתית. כך כתב על הציווי ללוויים לגלח את כל שערם ():
מקרה מעניין הוא בפסוק "ראשית בכורי אדמתך תביא בית ה' אלהיך, לא תבשל גדי בחלב אמו" (), שסופו נדרש על ידי חז"ל כאיסור אכילת בשר בחלב. בכור שור פירש אחרת לגמרי:
פירוש זה מפתיע, בפרט על רקע פירושו של ראב"ע במקום, היוצא נמרצות נגד פירוש כזה, שהיה שגור בפי הקראים. ונראה כי במקום זה לא נמנע בכור שור לפרש אחרת מחז"ל, כיון שישנם עוד מופעים של המצווה, ואם יופקע מקום אחד לטובת הפשט וההקשר, לא יופקע האיסור בכללותו. יצוין שבהמשך לפירוש זה יש פירוש המחזיר את הפסוק לדברי חז"ל, אם כי לא ברור אם הוא משל בכור שור או משל מעתיק מאוחר:
בהמשך שם מופיעים עוד שני משפטים, המסיימים במילה 'הגה"ה'. אך נראה (שלא כמהדיר הפירוש במהדורת מוסד הרב קוק, י' נבו) כי הקטע המצוטט לעיל הוא של בכור שור עצמו, על פי סגנונו, וכן על פי ההקשר ('לפי הפשט' לעומת 'והאמת' – כפי שנהג בנוגע לגילוח הלויים). ואם אכן כך הדברים, הרי ששוב הדגיש את עליונות פירוש חז"ל ('האמת') על 'הפשט'. ואכן, כך שיער גם ש' ברוכי (במאמרו במגדים מ', עמ' 91).
יחסו לפרשנים קודמים.
בכור שור אינו מרבה לציין את מקורותיו, אף כי הוא מזכיר כמה חכמים בחיבורו. מלבד חז"ל, שכאמור, פירושים רבים אצלו נכתבו תוך השפעה של דרשותיהם וביאוריהם (עתים תוך הסכמה ועתים תוך דחייתם מהפשט), נזכרו בשמותם: רש"י (המוזכר אף הוא רבות), ר' יוסף קרא, רשב"ם, ר' עובדיה (הוא ר' עובדיה בר' שמואל הספרדי), ר'שלמה פרחון, ר' יהודה חיוג', מנחם בן סרוק, ר' אברהם בר חייא מברצלונה, ר' אליעזר ממגנצא (הוא ר' אליעזר בן נתן ממגנצא, או ר' אליעזר מבלגנצי). פירושים רבים שלו דומים לפירושי של ראב"ע, אך אין לדעת אם הכיר את פירושיו.
יחסו לתרגום אונקלוס.
בכור שור מביא לא מעט את תרגום אונקלוס, שאותו הוא מביא כסיוע לדעתו או כדי לחלוק עליו. נבו זיהה שיטה בצורות ההבאה השונות של התרגום:
יחסו לפירוש רש"י.