מאז תחילת הכיבוש, הציבה ישראל מכשולים על סקטור החקלאות הפלסטיני, שהגבילו את כושר הפיריון והגידול שלו. בנוסף על הגבלות על מים והפקעת קרקעות, אסרה ישראל על השקעות הון בתשתיות פיזיות והגבילה את הפיתוח של מערכות תמיכה, כמו שיווק ואשראי, כמו גם מערכות תמיכה אזוריות. ישראל נקבה בספציפיות והגבילה בקשיחות אלו יבולים מותר לחקלאים פלסטיניים לגדל, היכן ובאיזו דרך הם יכולים לשווק אותם, וכן הלאה. מדיניות ישראל הובילה לירידה בחלקה של החקלאות בתוצר של יהודה ושומרון – חלקם של העובדים החקלאיים בשוק העבודה, מ-1969 עד 1985, ירד מ-46% עד 27%; התפוקה החקלאית, משנת 1993 עד 1995, ירדה ב-40.12%. לאחר 1967 הוטלו מגבלות על סוגי עצי הפרי שניתן לנטוע והירקות שניתן לגדל, ואפילו ייבוא טרקטור נדרש להיתר ישראלי. ההקצאה המגבילה של מים לחקלאות הפלסטינית נותרה קבועה ועומדת על 84 מיליון קוב לשנה מאז 1967. על פי הסכמי אוסלו היה על ישראל לספק 70–80 מיליון קוב נוספים, אך לאחר שני עשורים סופקה כמות של רק כמחצית מההיצע הנוסף.
כלכלת המרעה הייתה אבן יסוד בכלכלה הפלסטינית. מתוך 2,180 קמ"ר של שטחי מרעה בגדה המערבית, ישראל הותירה בשנים הראשונות של המאה ה-21 רק 225 קמ"ר למרעה. באזורים מסוימים, כמו בדרום הר חברון, הופצו באדמות רועים בדואים פלסטיניים כדורי רעל שהרגו את עדריהם. בשטח C קיימים כמעט 500,000 דונם של אדמות חקלאיות, שהגישה הפלסטינית אליהם מוגבלת מאוד ואילו 187,000 מעובדים או תפוסים על ידי התנחלויות ישראליות. אם 326,400 דונם היו זמינים לשימוש פלסטיני, העריך הבנק העולמי, היה הדבר מוסיף 1,068 מיליארד דולר ליכולות הייצור הפלסטיניות. ניתן היה לנצל עוד 1,000,000 דונם למרעה או לייעור, אם ישראל הייתה מסירה את מגבלותיה. הבנק העולמי מעריך כי אם החקלאות הפלסטינית הייתה מקבלת גישה למקורות מים טובים יותר, היא הייתה מרוויחה מגידול בתפוקה החקלאית כמיליארד דולר בשנה. מתוך 708,000 דונם של קרקעות להשקיה בגדה המערבית רק 247,000 דונם מוקצים למטרה זו, נזק שחושב ב-2009 כקרוב ל-480 מיליון דולר בשנה, כ-10% מהתמ"ג. על פי הערכה אחת, עומדת ההשפעה העקיפה של אובדן בגין תעסוקה פוטנציאלית בתחום על קרוב ל-10,000 משרות. הבנק העולמי ציין שרק 35 אחוז מהאדמות הפלסטיניות המושקות מושקות בפועל, מה שעולה למשק 110,000 משרות ו-10% מהתמ"ג.
עץ הזית, מלבד חשיבותו הכלכלית, הוא סמל הלאום הפלסטיני, ושאיפתו לעצמאות. 15% מהשטחים – 45% מהאדמה החקלאית בהם – מכוסים במטעי זיתים, שמהווים משאב מרכזי, והמסיק שלהם בסתיו, שאורך כחודשיים, הוא תקופה בעלת חשיבות סוציו-אקונומית משמעותית למשפחות ברוב הכפרים בגדה המערבית. מסיק הזיתים מהווה בסביבות 40% (נכון ל-2009) מהתפוקה החקלאית בגדה המערבית. עקירת עצי זית על ידי סוכנויות המדינה או המתנחלים היא אירוע יומיומי בגדה המערבית. בניתוח אחד בשנת 2006 התברר כי מבין כל התלונות על הסגת גבול בידי מתנחלים והרס עצי זית פלסטיניים, 4% בלבד מהם הובילו אי פעם לדין. גורמים רשמיים בישראל רואים בעיבוד מטעי זיתים "אחת מטכניקות הבעלות הטובות ביותר". פקיד ישראלי אחד השווה עצי זית פלסטיניים לילדים פלסטיניים: הם נראים נאיביים אך כמה שנים לאחר מכן הם הופכים לפצצות מתקתקות.
במטרה להגביר את הביטחון להתנחלויות, ולהגדיל את הראות במערכת הכבישים הפנימית שלה בגדה המערבית, המשרתת את פרויקט ההתנחלויות, הוחרבו על ידי ישראל מטעים ברחבי יהודה ושומרון. בניית מחסום ההפרדה, שהוקם בעיקר על אדמות יהודה ושומרון, הובילה לעקירת עשרות אלפי עצי זית. בכפר אחד בלבד, קפין, המסלול של החומה הוביל לעקירתם של 12,000 עצי זית, ניתק את התושבים ממטעיהם, והשאיר 100,000 עצים בצד הישראלי במרחב התפר, אליהם התושבים יכולים לגשת רק פעם בשנה. לצד מעשי המדינה, מתנחלים גנבו, עקרו, קצצו ושרפו מטעי זיתים פלסטינים מקומיים, לרוב כחלק מפעולות תג מחיר.
מים.
בעקבות מלחמת ששת הימים ביטלה ישראל את זכויות המים הפלסטיניות בגדה המערבית, ועם הצו הצבאי 92 מאוגוסט 1967 העבירה את מלוא הסמכויות לניהול המים לרשויות הצבאיות. מקור מ-1996 ציין כי אף פלסטיני לא קיבל היתר לקדוח באר מאז מלחמת ששת הימים. אותו מקור ציין כי עד אותה שנה מקורם של שליש מהמים המתוקים של ישראל ו-50% ממי השתייה שלה היו מיהודה ושומרון. על פי ארגון Human Rights Watch, החרמת מימי יהודה ושומרון בידי ישראל מפרה את תקנות האג משנת 1907, האוסרות על כוח כובש להפקיע את משאבי השטח הכבוש לטובתו.
פלסטינים מחו כי כלכלתם וחקלאותם נפגעים קשות מדלדול מי הכפרים לטובת אספקת מים להתנחלויות. כחלק ממדיניותה, ישראל הטילה הגבלות על משתמשי המים הפלסטיניים ביהודה ושומרון. ההתנחלויות צרכו פי 8 עד 10 ממה שהותר לפלסטינים, והיו הבדלים גדולים בעלויות המים: ההתנחלויות שילמו חצי ש"ח למ"ק, בעוד שהכפרים הפלסטיניים שילמו 1.8 ש"ח למ"ק; ובזמן שהאספקה להתנחלויות הייתה יומית, האספקה לפלסטינים הוגבלה ליום או יומיים בשבוע.
בשנת 2013, ההערכה הייתה כי לפלסטינים בגדה המערבית סופקו בממוצע 70 ליטר לנפש ביום, לעומת 280–300 ליטר למתנחלים יהודים. לפעמים הניגודיות בולטת יותר: 20 ליטרים שסופקו לאדם ביום באל-חדידייה, לעומת 431 ליטר לאדם ביום הנצרכים בהתנחלות השכנה רועי, השואבת את מימיה מבאר הקדוחה באדמת אל-חדידייה.
ההתנחלויות הישראליות דחפו גם להשתלטות על מעיינות רבים השייכים לכפרים הפלסטיניים למטרות שימוש עצמי, תוך שהן מנכסות את חלקן ליצירת פארקים סמוכים המתאימים לתיירות. למקומות אלה נאסרת גישה לפלסטינים.
פסולת.
ישראל אשררה את אמנת בזל הבינלאומית ב-14 בדצמבר 1994, לפיה כל העברת פסולת חייבת להתבצע תוך מודעות לסכנות הנשקפות לאוכלוסיות מוחלשות. האמנה אוסרת על יצירת "אזורי הקרבה סביבתיים". ישראל, כך נטען, משתמשת בגדה המערבית כאזור "הקרבה" להצבת 15 מתקני טיפול בפסולת, הנמצאים שם תחת כללים פחות מחמירים מאלה הנדרשים בישראל מכיוון שמערכת משפט שונה התמסדה בנוגע לנושא החומרים המסוכנים שעלולים להזיק לאנשים המקומיים ולאיכות הסביבה. רשויות הצבא אינן מפרסמות את פרטי הפעולות הללו. חומרים אלה כוללים דברים כמו בוצת שפכים, פסולת רפואית זיהומית, שמנים משומשים, ממיסים, מתכות, פסולת אלקטרונית וסוללות.
בתוך ישראל חלים חוקים סביבתיים מחמירים. מתוך 121 התנחלויות שנחקרו בשנת 2007, 81 היו עם מתקני שפכים, רבים מהם נתונים לפירוק, כשנוזל ביוב זורם לנחלים המשפיעים על הכפרים הפלסטיניים הסמוכים. ישראל בנתה ארבעה מפעלים לפסולת פלסטינית בשנות השבעים: נכון ל-2007, רק אחד תיפקד, והיעדר תשתיות נאותות שהשאירו את מרבית הביוב הפלסטיני ללא טיפול הוסבר בבעיות תקציביות ישראליות. מזבלה ליד פארעה אל-ג'יפתליק שבנפת יריחו, שנבנתה על רכוש פלסטיני נפקד ללא תכנון או ניתוח השפעה על הסביבה, מיועדת לשימוש בפסולת, של 1,000 טון ליום, המיוצרת על ידי התנחלויות ויישובים בישראל בלבד. הפלסטינים מוגבלים לשלוש מזבלות, ובקשות להקמת מזבלות נוספות נדחו אלא אם כן נטען שניתן יהיה להשתמש באתרים אלו גם להטלת אשפה של ההתנחלויות. גם אם ניתן היתר ללא הסכם זה, פסולת מתנחלים בליווי צבאי עדיין מושלכת לשם.
משאבים.
על פי אמנות האג (סעיף 55), מעצמה כובשת רשאית להפיק ערך כלשהו ממשאבי השטח הכבוש אך לא לרוקן את נכסיו: השימוש בנכס אמור להועיל לאנשי האוכלוסייה הכבושה. על פי הסכמי אוסלו, יש להעביר זכויות כרייה לרשות הפלסטינית.
ישראל נתנה זיכיון להפעלת 11 מחצבות. הבנק העולמי מעריך כי ניתן לפתוח 275 מחצבות בשטח C, וכי המגבלות הישראליות עולות לכלכלה הפלסטינית 241 מיליון דולר בשנה. הפלסטינים גם לא מקבלים זיכיונות להפיק מינרלים מים המלח, כמו ברום, שכ-75% מהייצור העולמי שלו מגיע מאזור זה, ואילו חברות ישראליות כמו AHAVA עושות זאת ומייצאות את תוצריהן לאיחוד האירופי. מגבלות אלו עולות לכלכלה הפלסטינית על פי הערכות 642 מיליון דולר.
תקשורת.
במסגרת הסכמי אוסלו, ישראל הסכימה כי לשטחים הפלסטיניים יש זכות לבנות ולהפעיל רשת תקשורת עצמאית. בשנת 2016 ניתוח הבנק העולמי הגיע למסקנה כי הוראות הסכם זה לא יושמו, והיו לכך השפעות מזיקות ניכרות על הפיתוח הכלכלי הפלסטיני. עברו 8 שנים עד שישראל נענתה לבקשה להקצות לפלסטינים תדרים לשירותי 3G, והתדרים שניתנו היו מוגבלים, כך שנוצר צוואר בקבוק שהותיר את המתחרים הישראלים עם יתרון שוק ברור. התחרותיות של מפעילת הסלולר המקומית וַטַנִייה מובייל נפגעה מהגבלות ועיכובים ישראליים, והמפעילים הישראלים הבלתי חוקיים בגדה המערבית, שכבר תמכו בשירותי 4G במועד זה, נשארו עם יתרון לא הוגן על חברות פלסטיניות. ישראל מטילה שלושה חסמים נוספים שפוגעים בתחרותיות הפלסטינית: מגבלות על יבוא ציוד לחברות טלקום ותקשוב, מגבלות על תנועה לשיפור הפיתוח והתחזוקה של תשתיות באזור C, ולבסוף, הגישה של התקשורת הפלסטינית לקישורים בינלאומיים חייבת לעבור דרך חברות שרשומות בישראל. משנת 2008 עד 2016, מסכם הניתוח של הבנק העולמי, ההתקדמות במשא ומתן על פתרונות לבעיות אלה הייתה "קלושה מאוד".
עסקים.