מימון התגורר במחנה הפליטים, שם עסק באימון האנשים לקראת ההפלגה הצפויה. מאחר שאיטליה נשלטה על ידי הבריטים, היה עליהם להסתיר את פעילותם, ואת הפעלת המחנה על החוף הסבירו כחופשה ונופש על שפת הים לפליטים היהודים. לאחר תיקון כל התקלות והקלקולים באונייה, עלו עליה כ-660 אנשים, והמסע ארצה החל. האונייה שנקראה "שבתאי לוז'ינסקי" הפליגה מנמל מטפונטו שבדרום איטליה ב-4 במרץ 1947, ובמקביל, על מנת להקל על צפיפות הנוסעים בימים הראשונים, הפליגו באונייה נוספת (אלברטינה) 173 מעפילים נוספים. כעבור חמישה ימים הועלו נוסעי "אלברטינה" על סיפון "שבתאי לוז'ינסקי", ואז שהו עליה 823 נפש. הבריטים פיטרלו במשחתות ובמטוסים לאורך חופי הארץ, ומימון העריך כי הגעה מדרום, מכיוון מצרים, יכולה להפתיע אותם. ואכן, בארבע לפנות בוקר ב-12 במרץ, הגיעה האונייה לחוף ניצנים. הים היה גלי ולא ניתן היה להוריד את האנשים אל החוף בסירות. מימון העלה את האונייה לחוף, מרחק של כמאה מטרים מהיבשה, אנשי הפלי"ם ניצבו בשתי שורות מהחוף ועד לאונייה, והעבירו את העולים החגורים בחגורות הצלה אל החוף. לפני שהספיקו כולם להגיע לחוף, האונייה התגלתה על ידי משחתת בריטית, וחלק מהעולים נתפסו ונשלחו לקפריסין. המעפילים ובני היישוב שהגיעו לקלוט אותם הזדהו כולם בפני הבריטים כ"יהודי מארץ ישראל", מאות מעפילים וישראלים גורשו לפמגוסטה שבקפריסין. בעקבות האירוע פרסם נתן אלתרמן את השיר 'קומזיץ בקפריסין' המבטא את לעגו למלחמה שניהלו הבריטים בהעפלה. גם השיר 'שושנה שושנה' של חיים חפר, נכתב על אונייה זו, ששמה הלועזי היה 'סוזנה'. האונייה עצמה נשארה תקועה בחוף ניצנים, עד שהגלים כילו אותה.
פיקוד על אוניית המעפילים "שיבת ציון".
מעט לאחר מכן פגש מימון במקרה בחיפה את ראש המוסד לעלייה ב', וזה אמר לו כי אוניית נוסעים יוונית נמצאת כעת בנמל חיפה, וזו הזדמנות לשלוח אותו לאירופה, לקבל אוניית מעפילים נוספת. מימון הפליג למרסיי, צרפת, ומונה למפקדה של אוניית עץ קטנה, ששהתה בנמל בהכנות.
ב-16 ביולי 1947 עזבה 'שיבת ציון' את מרסיי והפליגה לאלג'יר. שם עלו לאונייה 411 אנשים, מתוכם כ-120 ילדים ותינוקות. הבריטים, שידעו על צאתה של האונייה ממרסיי, חיפשו אחריה במצר שבין איטליה לסיציליה ובכף בון בתוניסיה, בעזרת מטוסים ומשחתות. האונייה זוהתה על ידי מטוס סיור בריטי, וקיבלה ליווי צמוד של משחתות בריטיות עד חיפה. בגלל הכמות הגדולה של ילדים ותינוקות, הוחלט לא להתנגד לבריטים, וכולם הועברו לאוניית גירוש ונלקחו לקפריסין.
בקפריסין עזר מימון בחפירת מנהרה לבריחה מהמחנה, ששימשה מאוחר יותר לבריחת אנשי ה'הגנה' מהמחנה. הם היו מגיעים לחוף, ושם היו נאספים בספינות דיג שנשלחו מהארץ. לאחר חודש, נקרא לחזור לארץ.
פיקוד על אוניית המעפילים "האומות המאוחדות".
בסוף שנת 1947 נקרא מימון לנסוע לאירופה כדי לפקד על אונייה נוספת. הוא הגיע לאיטליה, וקיבל פיקוד על אוניית המעפילים "האומות המאוחדות". בשלהי דצמבר 1947, לאחר שהושלמה הכנתה להפלגה, עלו לאונייה 537 מעפילים. הספינה הפליגה ב-24 בדצמבר, בהתאם לנתוניה ועל מנת להקשות על הגילוי, הפליגה הספינה סמוך לקו החוף, היא שטה דרך מיצר מסינה שבין איטליה לסיציליה, מצפון לאי כרתים, על פני החוף הדרומי של קפריסין עד לחוף הסורי, ומשם הדרימה אל חופי הארץ. בעת שהספינה התקרבה לחופי הארץ פקדו עליה אנשי המוסד לעלייה ב' להגיע לחוף נהריה, אך בהמשך שינו את דעתם והורו לה להגיע לחוף תל אביב מכיוון מצרים – דבר שהיה מחייב להאריך את מסעה בכ-480 קילומטר. מימון החליט שלא לקיים את ההוראה החדשה אלא להמשיך לחוף נהריה מחשש שהארכת ההפלגה תגדיל את הסיכון לאיתור הספינה על ידי מטוסים וספינות בריטיים, וכן משום שלא רצה להחמיץ את ההזדמנות להנחית את המעפילים בחוף ב-1 בינואר, יום ראשית השנה החדשה, מועד שבו היה סיכוי שהבריטים בחוף יהיו פחות עירניים. מימון העלה את האונייה על שרטון בקרבת החוף, ותושבי נהריה העבירו את העולים אל החוף בסירות. בכך נעשה מימון למפקד האונייה היחיד שפרץ את המצור הבריטי פעמיים.
לקראת מלחמת העצמאות, העדיף מימון להישאר בארץ ולהצטרף לפעילות הפלי"ם בארץ. הם העבירו בספינות דיג נשק מתל אביב לחיפה, עבור לוחמי קיבוץ משמר העמק שהותקפו, העבירו נשק ומכשירי אלחוט למחנות בקפריסין וכן החזירו לארץ את אנשי ההגנה שברחו מהמחנות בקפריסין.
שירות חיל הים.
ב-17 במרץ 1948 הוקם בהגנה "השירות הימי", ומימון מונה בו לקצין תחבורה ימית. משימתו הראשונה- יצירת קשר והעברת אספקה, מזון ונשק לנהריה הנצורה. לקראת מבצע "בן עמי" וכיבוש עכו, היה אחראי על גיוס של ספינות דיג להעברת כוחות צבא לנהריה, כדי להפתיע ולכבוש את עכו מצפון. לאחר שהנחיתו את הכוחות בנהריה, העבירו הספינות נשים וילדים מנהריה וקיבוצי האזור, לחיפה.
'התקווה'.
לאחר כיבוש חיפה החלו בחיל הים להסב את אוניות המעפילים שהיו בעברן אוניות מלחמה- לספינות קרב של חיל הים. מימון מונה למפקד ורב החובל של אחת מהאוניות הללו- 'התקווה'.
ב-11 ביוני הוכרזה ההפוגה הראשונה, באותו יום הגיעה אוניית מלחמה מצרית, האמירה פאוזיה, אל מול נמל תל אביב. אוניות חיל הים- התקווה, ווג'ווד ואילת- יצאו לקראתה על מנת להזהירה לקיים את הפסקת האש. מאחר שבתקווה לא היו תותחים, התקינו אנשי הצוות את התורן כאילו היה תותח. מצוידים בנשק שכזה, התקרבו האוניות אל האונייה המצרית וזו נכנעה מיד.
האונייה 'התקווה' לא התאימה מבחינה טכנית לשירות בחיל הים, והיא שוחררה מהחיל והוחזרה למוסד לעלייה ב'. מימון קיבל פיקוד על אונייה אחרת- ה'הגנה'.
מפקד אח"י הגנה.
ב-18 ביולי 1948 קיבל מימון את הפיקוד על אח"י הגנה, אונייה שהוכנסה זה עתה לשירות פעיל.
ב-26 באוגוסט השתלטו אח"י ווג'ווד ואח"י הגנה על האונייה 'ארג'רו', במסגרת מבצע "גור". הנשק שהיה על האונייה הועמס על הקורבטות וצוות האונייה נאסר. ה'ארג'רו' טובעה בנגיחה, וקורבטות חיל הים פנו לנמל חיפה. ב-30 באוגוסט נחתו האוניות בחיפה והנשק שנשאו נפרק בנמל. בכך הגיע לידי סיום מוצלח מבצע 'שודד', שהחל בשלהי חודש מרץ באותה שנה, באיטליה.
ב-19 באוקטובר במהלך מבצע יואב לכיבוש הנגב, נשלחה השייטת הגדולה (אח"י ווג'ווד, אח"י הגנה, אח"י נוגה) לחבל במאמצי המצרים להעביר נשק, לוחמים ואספקה לאל־מג'דל. האוניות הגיעו למקום וניהלו קרב תותחים עם המצרים במשך שעות. על אף הפגיעות המעטות, הייתה זו הפעם הראשונה שאוניות חיל הים פגעו באוניית מצריות. הוזמן סיוע אוויר התקפי אשר לא בא לידי ביטוי מחוסר קשר. לקרב הצטרפו מטוסי ספיטפייר מצריים שהתקיפו את אניות הכח הישראלי. אחד מהמטוסים נפגע מאש נגד מטוסים שנורתה מאח"י הגנה, המטוס התפוצץ ונפל למים. בעת ההתפוצצות ניתזו רסיסים שפגעו באנשי צוות האונייה, אחד מאנשי הצוות נהרג וארבעה נפצעו. במהלך חודש אוקטובר תקפה השייטת את הכוחות המצריים עוד פעמים אחדות.
ב-22 באוקטובר תקפה השייטת באמצעות סירות נפץ את ספינת הדגל המצרית, "אל-אמיר פארוק", וגרמה לטיבועה. במבצע זה פגעו הלוחמים גם בשולת מוקשים מצרית שליוותה את "האמיר פארוק". 3 סירות עמוסות חומר נפץ הושטו למרחק קצר מכלי השייט המצריים, ומעט לפני המפגש (והפיצוץ) קפצו לוחמי הקומנדו מהסירות ונאספו על ידי סירת איסוף, עליה פיקד מימון. טיבועה של "אל-אמיר פארוק" היה מכה קשה לצי המצרי שאיבד חמש מאות מלחים, בהם קצינים ובני אצולה המקורבים למשפחת המלוכה המצרית. לאחר אובדן "אל-אמיר פארוק" לא ניסה הצי המצרי לחדור למים הטריטוריאליים של ישראל.
הוצאת האלטלנה.
לאחר סיום המלחמה, קיבל האלוף שלמה שמיר, מפקד חיל הים, הוראה מבן-גוריון לשלוף את האונייה "אלטלנה" מחוף הים מול תל אביב, שם נשארה, כדי שלא תהפוך לאתר עליה לרגל לאנשי האצ"ל. האלוף שמיר מינה את מימון לרב חובל של ספינה גוררת, והטיל עליו את המשימה. לאחר מספר ניסיונות שלא צלחו, הציע לשמיר דרך אחרת לקשירת האונייה השקועה, שמיר ניסה פעם נוספת לחלץ את האונייה לפי עצתם של מומחים אמריקאים, אך כאשר גם הניסיון האחרון לא צלח, הסכים לנסות את השיטה של מימון. הגוררת נקשרה ל'אלטלנה' מצידה השני, ו"שלפה" אותה בקלות, לאחר מכן נגררה הספינה אל לב הים ושם הוטבעה.
באותם ימים נערך כנס במלאת שבע שנים להקמת הפלמ"ח. בן-גוריון אסר על קציני הצבא להשתתף בכנס, אך מימון וקצינים נוספים החליטו להשתתף בו למרות זאת. כעונש, הוטל על מפקד חיל הים לשפוט את הקצינים ולנזוף בהם. מימון נענש והושאר כמפקד הגוררת, ולא הוחזר ל'הגנה', בשיחה עם מפקד חיל הים, הביע תרעומת על ההחלטה, וזה מינה אותו למדריך ימי, ומאוחר יותר לראש מחלקת מבצעים במטה חיל הים.
מפקד השייטת הגדולה.
בסוף שנת 1950 מונה האלוף מרדכי לימון למפקד חיל הים, והוא מינה את מימון למפקד השייטת הגדולה, בנוסף לתפקידו כמפקד אח"י מבטח (ק-28). בשנת 1953 השתחרר מימון מצה"ל בדרגת סגן אלוף.
מבצע סיני.
במבצע סיני נקרא מימון למילואים קיבל את הפיקוד על הפריגטה אח"י מזנק (ק-32). בתפקיד זה השתתף בליל 30 - 31 באוקטובר 1956 בקרב מול המשחתת המצרית "אבראהים אל-אוול", אשר נשלחה להפגיז את נמל חיפה. אח"י מזנק, שייטה יחד עם אח"י יפו, אח"י אילת אך בעת שהרימה למהירות מרבית כדי לירט את המשחתת המצרית התפוצצו צינורות קיטור באחד הדוודים והיא לא הגיעה לטווח ירי. פצועים מהשריפה פונו בטרפדת לנמל חיפה.