הבורים המשיכו בינתיים בחיפושיהם אחר קרקע וחרות, כשלבסוף התיישבו והקימו רפובליקות עצמאיות בטרנסוואל ובמדינת אורנג' החופשית. רעיון הקמת רפובליקה בראשות נשיא היה מרכזי בחשיבתם, וביטא את עצמאותם הן מן הכתר הבריטי והן מכל שלטון אירופי אחר. לזמן מה נראה כי רפובליקות אלה יתפתחו לכדי מדינות יציבות, אף על פי שיושבו בדלילות בידי איכרים עצמאיים, עם חקלאות מינימלית וללא תעשייה; אך ב-1869 נמצאו יהלומים ליד קימברלי, והתמונה השתנתה לחלוטין. היהלומים נמצאו בקרקע שהן טרנסוואל והן מדינת אורנג' החופשית טענו לבעלות עליה, ובריטניה הזדרזה לפתור את הסכסוך בכך שסיפחה את האזור לעצמה.
התרעומת המתמשכת של הבורים כנגד הבריטים הפכה למרד כולל בטרנסוואל, והמלחמה האנגלו-בורית הראשונה, שהבורים קראו לה "מלחמת העצמאות", פרצה ב-1880. היא הסתיימה תוך זמן קצר בניצחון מזהיר לבורים ב"קרב גבעת מג'ובה" בתחילת 1881. הרפובליקה זכתה שוב בעצמאות כ"הרפובליקה הדרום אפריקנית" (Zuid-Afrikaansche Republiek), או ZAR. פול קרוגר, ממנהיגי המרד, היה לנשיא ה-ZAR ב-1883. בינתיים המשיכו הבריטים, שראו את הפסדם במג'ובה כטעות יחידה ומקרית, בנסיונותיהם לאחד בפדרציה את המושבות הדרום אפריקניות הבריטיות עם הרפובליקות הבוריות. הם ראו זאת כדרך הטובה ביותר להגיע לשלום עם הבורים, וכן כצורה לקדם את האינטרסים האסטרטגיים הרחבים שלהם באזור.
ב-1879 השתלטו הבריטים על זולולנד. ב-1886 נתגלה זהב באגן ויטווטרסראנד שבטרנסוואל, דבר שזירז את תהליך הפדרציה והנחית מכה נוספת על הבורים. העיר יוהנסבורג קמה, ואוכלוסייתה צמחה במהירות עם נחשולי ההגירה של בהלת הזהב לכדי 100,000 באמצע שנות ה-90 של המאה ה-19. טרנסוואל מצאה עצמה מארחת רבבות "אייטלנדרים" (נכרים באפריקאנס), שחורים ולבנים, כשהבורים נדחקים לשוליים. במיוחד הוטרדו הבורים מן המספר הגדול של העובדים השחורים, אותם ראו כגוזלים את מקורות תעסוקתם.
העושר הגדול של המכרות היה פיתוי קורץ מדי לאימפריאליסטים הבריטים. ב-1895 פשטה מיליציה של עריקים בראשות קפטן ד"ר לינדר סטאר ג'מיסון על טרנסוואל, כשכוונתם לעורר התקוממות של "אייטלנדרים" בריטים בוויטווטרסראנד ולייסד שם אדמיניסטרציה בריטית. המהלך, שבהיסטוריה נודע כ"פשיטת ג'מיסון", נכשל, אבל לקרוגר, מנהיג הבורים, היה ברור שמאחורי ג'מיסון עומדת הממשלה הבריטית של מושבת הכף, ושהרפובליקה הבורית בסכנה. תגובתו הייתה לכרות ברית עם בת בריתו הטבעית - מדינת אורנג' החופשית.
המתח הגיע לשיאו ב-1899, כשהבריטים תבעו הענקת זכות בחירה ל-60,000 בריטים תושבי טרנסוואל, "זרים" כהגדרת הבורים, שנמנעה מהם זכות הבחירה. קרוגר סירב, ודרש מצידו כי החיילים הבריטים יצאו מטריטוריית ה-ZAR. משסרבו הבריטים, הכריז קרוגר מלחמה. מלחמת הבורים השנייה הייתה ארוכה יותר מקודמתה, והבורים מצאו מולם צבא בריטי מתוגבר וגדול יותר מזה שעמדו מולו בעבר. ביוני 1900 נכנעה העיר הבורית הגדולה האחרונה, פרטוריה, לצבא הבריטי. ההתנגדות של הבורים נמשכה שנתיים נוספות תוך שימוש בטקטיקות גרילה, שנענו מצד הבריטים בטקטיקת אדמה חרוכה. רבבות בורים נשבו בידי הבריטים, הגברים נשלחו למחנות שבויים מעבר לים בעוד הנשים והילדים נכלאו במחנות ריכוז. עד 1902 מתו 26,000 אזרחים בורים כתוצאה ממחלות והזנחה במחנות אלה. ב-31 במאי 1902 הגיע שלום קר עם החתימה על "הסכם פרייניגינג". תנאי ההסכם היו כי רפובליקות הבורים מכירות בריבונות הבריטית, ואילו הבריטים הבטיחו כי יבנו מחדש וישקמו את השטחים שתחת שלטונם.
איחוד, עצמאות וגזענות.
שיקום.
בשנים שלאחר המלחמה התמקדו הבריטים בבנייה מחדש של המדינה, בראש ובראשונה שיקום תעשיית המכרות. עד 1907 כבר ייצרו מכרות ויטווטרסראנד כמעט שליש מתפוקת הזהב העולמית. אולם, השלום שהביא ההסכם היה שביר, ושני הצדדים הסתייגו ממנו. האפריקאנרים מצאו עצמם במעמד הנחות של איכרים עניים, בארץ בה תעשיית מכרות והון זר עשו אותם ללא רלוונטיים. במיוחד התרעמו על הניסיונות הבריטיים, שלא צלחו, להמיר את דתם לאנגליקניות ולכפות עליהם את האנגלית כשפה רשמית בבתי הספר ובמקומות העבודה. בסופו של דבר, זה היה אחד הזרזים דווקא להכרזת שפת האפריקאנס כ"פולקסטאל" (שפת העם), ולהפיכתה לסמל של הלאומיות האפריקאנרית שהתעוררה.
לשחורים ולצבעונים כלל לא התייחסו כאזרחים. הוטלו עליהם מסים כבדים, משכורותיהם קוצצו, והשלטון הבריטי עודד הגירה של אלפי סינים על מנת למנוע כל התנגדות. תרעומתם של השחורים התבטאה במרד במבתה ב-1906, שבו 4000 מבני הזולו נהרגו לאחר שמחו כנגד המיסוי הכבד. בינתיים התקדמו הבריטים עם תוכניותיהם לאיחוד. לאחר מספר שנים של משא ומתן, נחתם חוק האיחוד של 1910, שאיחד את הארצות: מושבת הכף, נאטאל, טרנסוואל ומדינת אורנג' החופשית - ל"איחוד דרום אפריקה". על פי החוק, האיחוד עדיין היה טריטוריה בריטית, עם אוטונומיה לאפריקאנרים. הנציבות הגבוהה הבריטית לטריטוריות של בסותולנד (כיום לסוטו), בצ'ואנאלנד (כיום בוטסואנה), סוואזילנד ורודזיה (כיום זימבבואה) נשלטו על ידי הבריטים ישירות מבריטניה.
האנגלית וההולנדית היו לשפות הרשמיות במדינה המאוחדת (אפריקאנס לא הוכרה כשפה רשמית עד ל-1925). למרות קמפיין מסיבי של השחורים והצבעונים, זכות הבחירה נותרה כפי שהייתה ברפובליקות ובמושבות לפני האיחוד, ורק לבנים יכלו להיבחר לפרלמנט.
טרום אפרטהייד.
הממשלה הראשונה של האיחוד החדש הונהגה בידי ראש הממשלה הגנרל לואי בותה, עם הגנרל יאן סמאטס כסגנו. מפלגתם, "המפלגה הדרום אפריקנית" (SAP), אחזה במדיניות פרו-בריטית שקראה לאחדות בין אפריקאנרים (בורים) לבריטים במדינה תחת כנפי חבר העמים הבריטי. אפריקאנרים רדיקליים יותר התפצלו תחת הנהגתו של הגנרל בארי הרצוג, ויצרו את המפלגה הלאומית (NP) ב-1914. ה-NP תמך בלאומנות אפריקאנרית ובהתפתחות נפרדת לשתי הקבוצות הלבנות, וקרא לעצמאות מבריטניה.
הפוליטיקה באיחוד החדש התעלמה מקיומם של השחורים, אף על פי שהם היוו 75% מהאוכלוסייה. תחת חוק האיחוד, לא הוכרו כבעלי זכות בחירה באזורי טראנסוואל ומדינת אורנג' החופשית (הרפובליקות הבוריות לשעבר), ובמושבת הכף (הבריטית לשעבר) ניתנה להם זכות הבחירה רק אם היו בעלי רכוש. בתוך זמן קצר הועברו חוקי דיכוי רבים, שמנעו מעובדים שחורים את זכות השביתה, שמרו על תעסוקה הדורשת מיומנות עבור הלבנים, וסגרו את הצבא בפני שחורים. ב-1939 הועבר חוק קרקעות הילידים, שהעביר 8% מהקרקע של דרום אפריקה לשחורים. ללבנים, שהיוו 20% בלבד מהאוכלוסייה, ניתנה 90% מהקרקע. לאפריקנים שחורים היה אסור לקנות, לשכור, או אפילו להיות אריסים מחוץ לאזור המוגדר להם. אלפי פולשים גורשו מחוות והוכרחו להיכנס לשמורות הצפופות והעניות, או לערים. אלה שנותרו הדרדרו למעמד של עובדים חסרי קרקע.
התנגדות שחורה וצבעונית החלה להתגבש, ודמויות הנהגה שקמו הניחו את היסודות לקבוצות הפוליטיות העל-שבטיות החדשות. עורך דין בוגר אוניברסיטת קולומביה, פיקסלי קא איסאקה סם, כינס נציגים מהשבטים האפריקנים השונים ויצר ארגון לאומי מאוחד שביטא את האינטרסים של השחורים, ואשר ביקש להבטיח כי יהיה להם קול משמעותי באיחוד החדש. כך נולד "הקונגרס הלאומי הדרום אפריקאי", שנודע מ-1923 כקונגרס הלאומי האפריקני (ANC). במקביל, פעל מהטמה גאנדי בקרב האוכלוסיות ההודיות בנאטאל ובטראנסוואל כדי להאבק כנגד הכרסום המתמיד בזכויותיהן.
המיתון העולמי לאחר מלחמת העולם הראשונה גרם ללחץ על בעלי המכרות, והם ניסו להוזיל עלויות על ידי גיוס עובדים שחורים מיומנים למחצה בשכר נמוך משמעותית. עובדי המכרות הלבנים ראו זאת כאיום וב-1922 התמרדו במרד ראנד, שנתמך על ידי המפלגה הקומוניסטית החדשה של דרום אפריקה תחת הסיסמה "עובדי העולם, התאחדו והלחמו למען דרום אפריקה לבנה". סמאטס דיכא את המרד ביד חזקה.
ב-1924 עלה לשלטון ה-NP בהנהגת הרצוג, בממשלת קואליציה עם מפלגת הלייבור, והלאומנות האפריקאנרית קיבלה זריקת עידוד. שפת האפריקאנס, שקודם לכן נחשבה כדיאלקט נחות של ההולנדית, החליפה את ההולנדית כשפה הרשמית של האיחוד, וה"איום השחור" (swart gevaar) נעשה לנושא המרכזי של בחירות 1929. באמצע שנות ה-30 איחד הרצוג בין ה-NP לבין ה-SAP המתון יותר של יאן סמאטס ויצר את מפלגת האיחוד; קואליציה זו התפרקה בתחילת מלחמת העולם השנייה, כשסמאטס אחז במושכות ובמהלך שעורר ויכוחים רבים הוביל את דרום אפריקה למלחמה לצד בעלות הברית, בניגוד לדעתו של הרצוג ושאר לאומנים אפריקאנרים שראו עצמם כבני ברית טבעיים של מדינות הציר וכיריבים מושבעים של הבריטים. התקוות להתמתנות הלאומנות האפריקאנרית נמוגו כאשר דניאל פרנסואה מאלאן הוביל את המפלגה הלאומית המטוהרת למעמד מרכזי בפוליטיקה האפריקאנרית. ה"אפריקאנר ברודרבונד", אחווה אפריקאנרית סודית שנוסדה ב-1918 כדי להגן על התרבות האפריקאנרית, נעשתה לכוח משפיע ביותר מאחורי ה-NP וארגונים אחרים שקראו לקדם את ה"פולק" ("העם") האפריקאנרי.
334,000 איש, שני שלישים מהם לבנים והיתר שחורים וצבעונים, התנדבו לשרת בצבא דרום אפריקה במלחמת העולם השנייה ונלחמו במסגרת בעלות הברית. תרומתם הייתה בעיקר במערכה בצפון אפריקה ובמערכה באיטליה. כוחות דרום אפריקניים גם השתתפו לצד כוחות בריטיים בשיחרור האי מדגסקר במזרח אפריקה משילטון צרפת של וישי. כ-9,000 חיילים דרום אפריקניים נפלו בקרבות המלחמה.