סיפור קרוס-אובר שכולל את ספיידרמן העליון והענק הירוק. חברי הקבוצה מחליטים לנסוע לניו יורק ולבלות את זמנם. חיה עדיין מבולבל מהנשיקה אותה חלק עם ג'ין, במיוחד כשהוא רואה שהיא יוצאת לסרט עם סקוט. הוא מחליט לנסות את מזלו עם נשים לפני שעורו יהפוך לכחול כמו מקבילו העתידי, אך אין לו סיכוי. הוא פוגש בסנטרל פארק בנערה שקוראת ספר של אן סקסטון ומגלה שהיא סטודנטית באוניברסיטת אמפייר ולומדת ביחד עם אותו פרופסור למחקר בקרינת גמא עמו למד, ד"ר דייוויד ג'וד. הם מבקרים במעבדתו, ומתברר שמאז שהענק הירוק נחשף לקרינת גמא, הענף כבר אינו מהווה עניין כבעבר. לפתע, המעבדה מותקפת בידי דוקטור אוקטופוס, וספיידרמן העליון מגיע לעזור לאקס-מן הצעירים להביסו. ספיידרמן העליון מבטיח להם שלא מדובר בדוקטור אוקטופוס האמיתי אלא הוא עצמו, שלכוד בגופו של ספיידרמן. הם מחליטים להיעזר בברוס באנר, היות שדוקטור אוקטופוס נגוע בקרינת גמא. בהמשך מופיעה גרסה צעירה של אבומיניישן, שנחשב למת. בתאוריה, דוקטור אוקטופוס והאבומיניישן עקבו אחר אקס-מן הצעירים מזמן העבר, וספיידרמן העליון חושש שאם מקבילו הצעיר ייהרג הוא יכול ליצור פרדוקס בקו הזמן. הקבוצה טסה עם ספיידרמן העליון ודוקטור אוקטופוס לאחוזת אקס בזמן שחיה נשאר עם הענק כדי לטפל באבומיניישן. הענק משמיד את אבומיניישן, שמתגלה כאנדרואיד מתקדם ביותר, והרובוט שמתגלה כדוקטור אוקטופוס מתפוצץ וכמעט הורג את ספיידרמן העליון ואת האקס-מן. ד"ר ג'וד נוטר טינה לענק על כך שהכתים את ענף המחקר בקרינת גמא, והוא רוצה להשתמש במכשיר הזמן של האקס-מן כדי לחזור לעבר ולהרוג את ברוס באנר. הוא סופג לתוכו קרינת גמא, וספיידרמן העליון והאקס-מן מתקשים להביס אותו. אולם, הדבר מתגלה כהסחת דעת, שכן הענק הירוק מעביר לאחוזת אקס מתקן כליאה אנרגטי שנועד ללכוד את ד"ר ג'וד. ספיידרמן העליון חושב להשתמש במכונת הזמן כדי לשכנע את גרסתו הצעירה להצטרף לקבוצת האוונג'רס במקום להפוך לנבל, אך מבין שבכך לעולם לא יהפוך לספיידרמן העליון ולא יעריך את המעשים הטובים שעשה אם לא יהיה נבל תחילה.
קרב האטום.
הסיפור מביא את הגעתם של האקס-מן מזמן העתיד אל זמן ההווה כדי לאלץ את חמשת האקס-מן המקוריים לחזור לזמנם, שכן הישארותם בזמן ההווה יכול לגרום לתוצאות הרסניות.
השונים מכולם.
בעקבות אירועי "קרב האטום", קיטי פרייד מחליטה לקחת פסק זמן מחובותיה בבית הספר לצעירים מחוננים ע"ש ג'ין גריי כדי לאמן את האקס-מן הצעירים, שהצטרפו לקבוצתו של סייקלופס מזמן ההווה. הם נאבקים בקבוצת המטהרים, שצדים אחר מוטאנטים חדשים, וכתוצאה מכך X-23 מגויסת לקבוצה. היא וסייקלופס הצעיר מתחילים לפתח מערכת יחסים ביניהם.
משפטה של ג'ין גריי.
בסיפור "משפטה של ג'ין גריי", ג'ין הצעירה נחטפת על ידי השי'אר כדי לעמוד למשפט על מעשיה של מקבילתה מהעתיד, שהייתה נגועה בכוח הפניקס. הדבר הוביל את קבוצת האקס-מן לחבור אל קבוצת שומרי הגלקסיה ולהתעמת עם המשמר האימפריאלי של השי'אר. בעת המשפט, השי'אר מראים לג'ין את קורות חייה ואת מותה באמצעות פרץ טלקינטי. כשהאקס-מן ושומרי הגלקסיה מנסים להציל את ג'ין, קבוצת הסטארג'אמרס נחלצת לעזרתם. בדרכם חזרה הביתה מתרחש עימות נוסף עם המשמר האימפריאלי. כל הלחץ שהצטבר בג'ין עקב המידע שנגלה לפניה על חייה ובנוסף על בידי השי'אר מוביל להתפתחות כוח חדש בגופה. היא משתמשת בכוח זה של ספיגת אנרגיה קינטית בשילוב עם הטלפתיה והטלקינזיס שלה כדי להדוף את גלדיאטור ולהשמיד את ספינת המלחמה של השי'אר. בהמשך, סייקלופס הצעיר עוזב עם אביו קורסאייר ועם קבוצת סטארג'אמרס.
אחד נפל.
חיה מזמן ההווה זוכה לביקור מהצופה, אשר מראה לו מספר מציאויות עתידיות אפשריות, לטוב ולרע, שלא יתרחשו מפני שחיה התערב בקו הזמן. בחזרה בבית הספר לצעירים מחוננים ע"ש אקסבייר, X-23 מוטרדת מכך שסייקלופס הצעיר הצטרף לסטארג'אמרס, ועוזבת את שטח בית הספר. היא נדקרת בידי רייז דארקהולם, בנם של וולברין ומיסטיק מזמן העתיד, שנפגש עמה תחת מעטה זהותו של סייקלופס הצעיר. הוא מסתנן אל תוך בית הספר תחת זהותה והורג תלמיד מאגף התלמידים העונה לשם כריסטופר מיוז, אם כי מתברר כי מיוז מסוגל להחלים מפצעיו האנושים. אחוות המוטאנטים מזמן העתיד מתקיפה לפתע את בית הספר. מתברר כי לאחר קרב האטום, רייז שלח הודעה לעצמו מזמן העתיד כדי להזהירו שהם יפסידו בקרב וזקוקים לאסטרטגיה חדשה - להשתמש בקוקיות סטפורד כדי לחסל את הקבוצה ולנטרל את ג'ין. בסיפור מבוא המשתרע על פני העבר הרחוק והעתיד, מוסבר כיצד בעבר מיסטיק הרתה לצ'ארלס אקסבייר כאשר התחזתה למוירה מקטאגרט, ונטשה את התינוק מאחור. אותו תינוק גדל להיות צ'ארלס אקסבייר השני, שהורג בשוגג את אמו המאמצת כאשר כוחותיו מתפרצים לראשונה. הוא פוגש ברייז ומגלה לו ששניהם בניה של מיסטיק ושעליהם לעבוד במשותף.
רייז לא ציפה לכך ש-X-23 החלימה מפצעיה והסתננה חזרה לבית הספר באמצעות הגנתה הטלקינטית של ג'ין. היא דוקרת את אקסבייר השני, ומתברר שאחוות המוטאנטים מהעתיד הייתה נתונה לשליטתו המנטלית כל אותה עת. אקסבייר השני מאלץ את קבוצות האקס-מן להילחם אחת בשנייה, אך אחוות המוטאנטים נאבקת בו, כעת כשהם אינם עוד נתונים לשליטתו. אחרי הקרב, האחווה מסכימה לחזור לזמן העתיד, ואקסבייר השני ורייז נשלח למתקן כליאה מאובטח. אקסבייר השני מופשט מכוחותיו, אך הוא מצליח להזהיר את עצמו מזמן העתיד על תוצאות הקרב.
בחזרה לשגרה, אנג'ל ולורה קיני מוצאים לעצמם זמן משותף ומתחילים במערכת יחסים רומנטית. קיטי וסטאר לורד ממשיכים לנהל מערכת יחסים מרוחקת כשהם משוחחים זה עם זו דרך הולוגרמות. ג'ין גריי ואמה פרוסט מנהלות קרב אימונים טלפתי, אך לבסוף מתחברות והופכות לידידות. האנק ובובי מזמן ההווה מגיעים ביחד עם סטורם לבית הספר ע"ש אקסבייר ומבקשים את נוכחותו של סקוט סאמרס מזמן ההווה להקראת צוואתו של צ'ארס אקסבייר במחוז ווסטצ'סטר, ניו יורק.
ההרפתקה האולטימטיבית.
בזמן שצוות המורים של בית הספר לצעירים מחוננים עוזב למחוז ווסטצ'סטר להקראת צוואתו של צ'ארס אקסבייר, התלמידים בוחנים את סרברו, המתקן שמאתר מוטאנטים. הם מבחינים בכך שהתגלה מוטאנט חדש בטקסס, ומחליטים לחקור את הנושא. מתגלה כי מדובר במוטאנטית בעלת כוחות השתגרות חדשים, אשר מרוב פאניקה משתגרת ללא שליטה ממקום למקום. היא משגרת אותם בטעות ליקום אולטימייט מארוול. ג'ין גריי נפגשת עם ספיידרמן של אותו יקום, אייסמן מגיע למאורתו של איש החפרפרת, ואנג'ל ו-X-23 נפגשים עם בנו של וולברין והאולטימייט אקס-מן. כולם חוברים יחדיו כדי להציל את חיה מידיו של דוקטור דום של יקום אולטימייט. לבסוף, הם מאתרים את אותה מוטאנטית בעלת כוחות ההשתגרות וחוזרים לעולמם, לא לפני שג'ין חולקת עם מיילס מוראלס נשיקה.
בחזרה ביקום מארוול הרגיל, סייקלופס הצעיר חוזר כששומרי הגלקסיה מבקשים את עזרתם באיתור האגדית. סייקלופס, אייסמן וגרוט מקבלים כוחות על-אנושיים מהמערבולת, והם מחזירים אותה לחזקתה של קפטן מארוול. אנג'ל מקבל מוטות כנפיים בעלות כוחות קוסמיים.
האוטופיות.
אמה פרוסט לוקחת את ג'ין הצעירה למדריפור כדי לאמן את כוחותיה. היא נוטלת ממנה את כוחות הטלפתיה שלה ומאלצת אותה להילחם נגד בלוב באמצעות עורמתה והטלקינזיס שלה בלבד. סוכנות הביון S.H.I.E.L.D מבקשת מהקבוצה לחקור תקרית באי המוטאנטים , לחופי סן פרנסיסקו. הם מגלים שמספר מוטאנטים מבקשים להקים התיישבות חדשה שם, וביניהם בום-בום, קארמה ואליקסיר. לאחר ששני הצדדים לא מסוגלים ליישב את המחלוקת, הם נלחמים זה בזה עד אשר ג'ין משלבת מוחות עם קארמה ומגלה את הקשיים שאותה קבוצה עברה מאז שסייקלופס הרג את אקסבייר. האקס-מן מודיעים לסוכנות S.H.I.E.L.D שהמוטאנטים נמלטו, אך משגרים אותם בסתר לבית הספר החדש ע"ש אקסבייר.
רוחותיו של סייקלופס.
האקס-מן הצעירים מחליטים לקחת זמן נופש לעצמם ולמצוא את עצמם בעולם ומצטרפים אליהם אויה, קיד אפוקליפס ופיקלס השדון. קיטי פרייד עזבה את הקבוצה ו-X-23 נטלה את זהותו של וולברין. אחרי , גם סייקלופס הצעיר מחליט לקחת זמן לעצמו. הוא רודף אחר קבוצת מוטאנטים עריקה הקוראת לעצמה "רוחותיו של סייקלופס", ואשר חבריה עוטים מסיכות של סייקלופס ומבקשים להפיץ את הבשורה שלו, אולם למעשה מדובר בחבורת בריונים שמבקשים לנצל את ההמולה סביב מותו כדי לגנוב. הוא מוצא אותם, אך גורם למעצרו שלו ושל מנהיג החבורה. האקס-מן הצעירים מגיעים לשחררו, אך מתעמתת עם קבוצת הבריונים שמגיעה אף היא לשחרר את מנהיגה. בהמשך, הקבוצה משתמשת במתקן סרברו נייד כדי לאתר מוטאנטים חדשים והתקפות אלימות, והדבר מוביל אותם לפריז.
מלחמות אפוקליפס.