ימי שבתי צבי השאירו רישום ביהדות פראג; מאוחר יותר השתרשו בפראג השבתאות והפרנקיזם ונראה כי ראשיתם כבר במאה ה-17, בימי שבתי צבי. בראשית המאה ה-18 שימש כרב העיר ר' דוד אופנהיים ור' יהונתן אייבשיץ כראש ישיבה. הדמות המרכזית בתקופה זו הוא ר' יחזקאל לנדא רבה של פראג, שעיקר תורתו מבתי מדרשות שבפולניה. מעמדו הוכר בכל אירופה; בקיאותו וחריפותו עשאוהו לגדול הפוסקים בדורו, ודעתו הייתה מכרעת בכל השאלות המרכזיות של אותו דור. בימיו החלה לפעול בפראג קבוצה בהנהגת יונה והלה, שהפכה את פראג, מאוחר יותר, למרכז פרנקיסטי חשוב. כנגדה התייצב אז ר' אליעזר פלקלס תלמיד ר' יחזקאל לנדא ומרבני פראג, והוא אשר לחם אחר כך גם ברפורמה. בגלל אופייה המיוחד של יהדות פראג נקלטה בה ההשכלה ללא מאבקים בולטים, ואף שהחרים ר' יחזקאל לנדא את תרגום משה מנדלסון לתורה, תמך ר' יחזקאל בהקמת בית־ספר כללי בפראג והתייחס בחיוב להשכלה שימושית. לתנועת החסידות לא היה הד רב בפראג, ואפשר שסיבת הדבר גם בהתנגדות הגדולה של ר' יחזקאל לנדא לתנועה זו. בסוף המאה ה-18 פעלו בפראג בני משפחת ייטלש שרובם היו תלמידי חכמים ומקורבים לר' יחזקאל, ועם זאת - בעלי השכלה הקרובים לחכמת ישראל. בגלל כך נטתה השכלת פראג לכיוון יהודי מסורתי, ואף לאומי, עד לזמנו של ר' שלמה יהודה רפפורט, רבה של פראג, מראשי חכמת ישראל, שראה בהשכלה מנוף לקיום היהדות ול"אהבת האומה". עם זאת נתקיימה, לצד החוגים המסורתיים והמשכיליים-מסורתיים, תנועת התבוללות ניכרת, שגברה עוד יותר לאחר האמנציפציה יחד עם תנועת הרפורמה, שתפסה את מקום הפולחן המסורתי. בשלהי המאה ה-19 וראשית המאה - 20 התבלט בפראג חוג סופרים יהודים שכתבו גרמנית או צ'כית.
המאה ה-19.
בראשית המאה ה-19 פעלו בפראג חסידי יעקב פרנק. במחצית השנייה של המאה שימשו בפראג רבנים נודעים כמו שלמה יהודה רפפורט (1848–1867), הירש מרכוס (1880–1889), נתן ארנפלד (1890–1912). ר' חיים ברודי היה רבה של פראג בשנים 1912–1930.
בשנות ה-40 של המאה ה-19 הותר ליהודים לרכוש קרקעות והמס המיוחד ליהודים בוטל. ב-1848 הוענק ליהודים שוויון-זכויות ותוך עשרים שנה הושלם תהליך האמנציפציה הרשמי. ב-1852 בוטל הגטו בפראג וב-1896 נהרס הרובע היהודי מטעמי תברואה, פרט לאתרים היסטוריים חשובים דוגמת בתי-הכנסת אלטנוישול, פנקס ומייזל, בניין "העירייה היהודית" וכדומה. ב-1848 עוד מנתה קהילת יהודי פראג יותר מ-10,000 נפש והייתה הגדולה באירופה, בסוף המאה מנתה כ-27,300 נפש, אך פיגרה מבחינה מספרית אחרי מרכזים אחרים שגדלו בינתיים. המהומות האנטישמיות בשנת המהפכה גרמו ליציאת רבים מיהודי בוהמיה לאמריקה ולמערב אירופה.
הגירת ההמונים נפסקה אחרי 1867 ואת מקום היוצאים לווינה ולגרמניה תפסו מהגרים מערי-שדה בבוהמיה. בינתיים חדרו היהודים לתעשייה: טקסטיל, הלבשה, עורות ומזון, למסחר קמעונאי וסיטונאי ובקצב הולך וגובר גם למקצועות החופשיים ולפקידות. היו ביניהם בנקאים, תעשיינים וסוחרים שעשו הון תועפות אך מספר העניים בקהילה עדיין היה רב.
השפעת האמנציפציה על קהילת פראג.
עם האמנציפציה נפתח תהליך איטי של חילון והיטמעות בחברה הכללית. האמנציפציה הביאה לחילון ולהתבוללות ובתי כנסת רבים הכניסו רפורמות בפולחן. כן גדל מספר היהודים שזכו לחינוך חילוני ברמות שונות. ב-1852 היו 7.2% מתלמידי האוניברסיטאות יהודים ועשר שנים אחר כך היו 11.2% יהודים. ב-1900–1930 היוו היהודים בפראג כ־5% מאוכלוסיית העיר. בתחילת המאה עוד נסערה הקהילה המסורתית ממעללי הפרנקיסטים ובהמשכה עדיין שימשו ברבנות הראשית חכמים כמו שלמה יהודה רפופורט, מרקוס הירש ודומיהם אבל השפעת הרבנים בציבור היהודי נחלשה; ברבים מבתי-הכנסת הנהיגו תפילה "מתוקנת" בליווי עוגב ומקהלה מעורבת, בשנת 1820, דרש פרץ בר, מורה בפראג, תפילות בשפה הגרמנית, בשנת 1832, פנה אחד מגדולי קהילת פראג אל השלטונות בהצעה להעביר את יום השבת ליום ראשון. בלי לאמץ רשמית את עקרונות הרפורמה בדת. הצעירים נהרו לאוניברסיטאות גרמניות, גברה ההזדהות עם התרבות הגרמנית ועם תנועות ליברליות במיעוט הגרמני בפראג. דוד קוה ייסד את המפלגה הליברלית הגרמנית בבוהמיה וייצג אותה בבית-הנבחרים (1873-1862).
בשנות ה-80 של המאה ה-19 היה בפראג חוג של סופרים יהודיים כותבי גרמנית, שאחדים מהם התפרסמו בעולם כולו. בין אנשי ה"חוג" היו: פרנץ קפקא, מקס ברוד, פרנץ ורפל, אוסקר באום, לודוויג וינדר, ליאו פרוץ, אגון ארווין קיש, אוטו קלפטאר, וילי האס. האמנציפציה התבטאה בהתבוללות בתרבות הגרמנית. אבל בסוף המאה ה-19 התפתחה גם התבוללות בתרבות הצ'כית, שהתחזקה על ידי הגירת יהודים מן האזורים הכפריים ועל ידי התנגדות האוכלוסייה הגרמנית האנטישמית להתבוללות יהודית. עם התחזקות הלאומיות הצ'כית בסוף המאה ה-19 והחרפת העימות בינה לאוכלוסייה הגרמנית, ניכרה היחלשות בהזדהות עם התרבות הגרמנית ועליה מתמדת במספר היהודים שהצהירו על יהדותם במפקדי אוכלוסין. אך כמו בכל בוהמיה התרבה גם בפראג אחוז נשואי התערובת.
המאה ה-20.
לקראת סוף המאה התפתחה גם תנועת הזדהות עם התרבות הצ'כית שגברה עם זרם המהגרים מערי-השדה; על ההתבוללות הצ'כית תעיד העובדה שבשנים 1900–1930 הצהירו יותר ממחצית היהודים בפראג על השתייכות ללאום הצ'כי, לעומת ירידה מתמדת בשיעור המשתייכים ללאום הגרמני. באותה התקופה הכתה שורשים ביהדות פראג התנועה הציונית לזרמיה. תהליך ההתבוללות השתקף גם בריבוי נישואי התערובת ובנטישת הדת. בבוהמיה היה השיעור הגבוה ביותר של זוגות מעורבים ביישובי היהודים באירופה.
כאשר הורחב התחום העירוני של פראג עם הקמת הרפובליקה הצ'כוסלובקית אחרי מלחמת העולם הראשונה נוצרו בפראג שבע קהילות יהודיות - אחת בעיר עצמה, עם מחצית היישוב היהודי לערך, והאחרות בפרברים המסופחים; לימים שיתפו פעולה באיחוד הקהילות, הפעילו מוסדות משותפים, והחשוב בהם היה המוסד לסעד חברתי ב-1935. בפראג רבתי פעלו אגודות וארגונים יהודיים למיניהם, ביניהם חברת "אפיקי יהודה" לקידום מדעי היהדות, החברה ההיסטורית היהודית ומוזיאון יהודי, אגודות סיוע לחולים ולפליטים, מושבי זקנים, מעונות ילדים וכדומה, ארגוני נוער וסטודנטים, ארגוני נשים וספורט ומרכז קהילתי. הופיעו בה שלושה שבועונים ציוניים ואחד צ'כי-מתבולל, ירחונים ורבעונים. בפראג שכנו מרכזי רוב הארגונים היהודיים בצ'כוסלובקיה. בזירה המדינית הגיעו היהודים לעמדות בכירות במפלגות הגרמניות והצ'כיות כאחת; ראש הקהילה אינולד רוזנבאכר היה, בצדו של דוד קוה, מראשי המפלגה הגרמנית הליברלית במאה ה-19, וברונו קאפקא ולודוויג שפיגל ייצגו את יורשתה בין שתי מלחמות העולם; אמיל שטראוס היה מראשי המפלגה הסוציאל-דמוקרטית הגרמנית, אלפרד מייסנר, לב וינטר, ורוברט קליין בלטו במפלגה הסוציאל-דמוקרטית הצ'כית, שני הראשונים בתפקידי שרים.
הציונים, אף שהיו מיעוט בפראג, היו היסוד הפעיל ביותר בציבור היהודי המקומי. איגוד אקדמאי יהודי בשם "בריסיה" (Barissia) נוסד בפראג ב-1903 והיה אחד הארגונים האקדמאיים הראשיים לקידום הציונות בבוהמיה. אגודת הסטודנטים הציונית "בר כוכבא" בהנהגת שמואל הוגו ברגמן הייתה לפני מלחמת העולם הראשונה מוקד לפעילות תרבותית. הציוני ארתור מאהלר נבחר לפרלמנט האוסטרי וביוזמת לודוויק זינגר הוקם ב-1918 הוועד הלאומי היהודי; ב-1929 נבחר לפרלמנט הצ'כוסלובקי ובמותו תפס את מקומו אנג'לו גולדשטיין ויחד עם פרנטישק פרידמן ויעקב רייס, ייצג את הציונים במועצת העיר. בפראג נערכה ועידת-היסוד של "התאחדות" (1920) ובה התכנס הקונגרס הציוני הי"ח (1933).
בשנת 1930 ישבו בפראג כ־35,000 יהודים.
תקופת השואה.
משנת 1935 התחילו להגיע לפראג פליטים מגרמניה הנאצית, וב-1938 גם מאוסטריה, אחרי ה"אנשלוס" ומחבל הסודטים אחרי שסופח לגרמניה. ביום הפלישה הגרמנית - 15 במרץ 1939, היה מספר היהודים בפראג כ־56,000 לערך.
ביולי 1939 הכריז המושל קונסטנטין פון נויראט על פתיחת לשכת ההגירה ליהודים. הלשכה התנהלה למעשה בידי אדולף אייכמן.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה (1 בספטמבר 1939), נאסרו אנשי ציבור והועברו כבני ערובה למחנה בוכנוואלד. התחילה סדרה של הפקעות רכוש, של גזרות על פעולות ציבוריות למיניהן, נישולים ממוסדות חינוך לדרגותיהם, נאסר השימוש בתחבורה ציבורית ובטלפון. הארגונים היהודיים המשיכו בחשאי בפעולות הסבה חינוכית ומקצועית, כהכנה להגירה. עד סוף השנה ארגן המשרד הארץ-ישראלי בפראג, בהנהלת יעקב אדלשטיין, הגירה חוקית ומחתרתית של 19,000 איש בערך. במרץ 1940 הורחבה סמכות לשכת ההגירה על שטח הפרוטקטורט כולו. כדי למנוע גירושים למזרח הציעו מנהיגי הקהילה להקים מוסד יהודי מרכזי בשלטון עצמי. לימים הקימו הגרמנים על סמך ההצעה את מחנה תרזין (טרזיינשטאדט).
קהילת פראג נאלצה להגיש רשימות של מועמדים לגירוש ולערוב להתייצבותם למועד. בתקופה שבין תחילת אוקטובר 1941 עד אמצע מרץ 1945 הובלו ל"מזרח" או לטרזיינשטאדט 46,067 מיהודי פראג. שניים מראשי הקהילה, ה' בון ואמיל קאפקא (בשעתו יו"ר הקהילה) נרצחו במאוטהאוזן בשל ניסיון להאט את קצב הגירושים.
"לשכת נאמנות" שהקימו הנאצים עסקה במכירת הרכוש הגזול והכנסותיה הועמדו לרשות "סיוע החורף" בגרמניה; היא שלטה על 54 מחסנים, ובכלל זה 11 בתי-כנסת (שניצלו בכך מחורבן). לשכת ההגירה ריכזה תשמישי-קדושה מ-153 קהילות בבוהמיה ובמוראביה לשם הקמת "מוזיאון מרכזי לגזע היהודי שהלך לעולמו"; החוקרים היהודים שהועסקו בנושא נשלחו למחנות-המוות על סף השחרור.
לאחר מלחמת העולם השנייה.