אנטוניו הראשון, שלא שבע נחת מהמלכתו של מלך ספרד על פורטוגל, הכריז על עצמו כמלך פורטוגל וקבע את מושב ממשלתו באחד האיים האזוריים, האי טרסיירה (ilha terceira), בזמן שהשלטון על יתר הממלכה עבר לידי מלך ספרד ההבסבורגית. "מלכותו" של אנטוניו הראשון ממקום מושבו באיים האזורים לא ארכה ימים ובמהרה הוא נכנע לכוחותיו של המלך הספרדי. כך אוחדו כתרי ספרד ופורטוגל תחת ידיו של מלך אחד, ותקופה היסטורית זו זכתה לכינוי "תקופת האיחוד האיברי". בתקופה זו לא חלה כל תמורה בזרועות המבצעות והשופטות ובמוסדות השלטון של ממלכותיו של פליפה השני. לכאורה, כל ממלכה שמרה על אוטונומיה בנושאים אלה. תחת פליפה השני (עבור פורטוגל "פיליפה הראשון") הפכה ספרד לאימפריה הקולוניאלית הגלובלית הגדולה בהיסטוריה, כיוון שלנכסיה הטריטוריאליים רחבי ההיקף של ספרד ביבשת אמריקה נוספו עתה הזירות הפורטוגליות החשובות בברזיל, באפריקה ובאסיה.
ימי מלכותם של פליפה השני ושל פליפה השלישי התנהלו, באופן יחסי, על מי מנוחות, בעיקר מכיוון שספרד המעיטה להתערב בענייניה של פורטוגל, שבה משלו ממשלים פורטוגלים. מלכים אלה אפשרו לחיים בפורטוגל להתנהל ברוגע ובשלווה, וכן כיבדו את מעמדה של פורטוגל כממלכה, ומינו אצילים פורטוגלים למשרות נחשקות וטובות בחצר המלוכה הספרדית, בה בעת שהותירו על כנם החוקים, המטבע והממשל הפורטוגלי. אף הועלתה הצעה להעביר את בירת האימפריה הספרדית לליסבון.
החל מ-1630, כבר בימי מלכותו של פליפה הרביעי, הסתמנה נטייה ספרדית להתערב בענייניה של פורטוגל, כך שגבר אי השקט של הפורטוגלים. האצילים הפורטוגלים חששו מפגיעה במעמדם. ספרד הייתה מעורבת באותה העת במלחמות רבות, לדוגמה, המלחמה נגד ארצות השפלה (מלחמת שמונים השנים) או המלחמה נגד אנגליה. במלחמות אלה קיפדו פורטוגלים רבים את חייהם. בשנים 1634 ו-1637 פרצו בפורטוגל שתי מרידות, אשר בהן לא היה די כדי לערער את שלטון ספרד בפורטוגל. עם זאת, עד שנת 1640, הצטמצמה מאוד עוצמתה הצבאית של ספרד, עקב מלחמתה עם צרפת והמרד שפרץ בקטלוניה באותה השנה.
השבת עצמאות פורטוגל וגיבוש תוכניות לשיקום האימפריה הפורטוגלית.
מה שגדש את הסאה היה כוונתו של הדוכס דה אוליוורס ב-1640 להשתמש בכוחות פורטוגליים נגד הקטלאנים, שהכריזו על עצמם כנתינים של מלך צרפת. הקרדינל רישלייה איתר בליסבון, בתיווך סוכנים מטעמו, יורש פורטוגלי ראוי לכתר פורטוגל - דוכס ברגנסה, נכדה של קתרינה מפורטוגל. מנהיגי הפלגים הפורטוגלים שלחמו למען עצמאות מספרד הנהיגו ב-1 בדצמבר 1640 קנוניה לאומנית, תוך ניצול השפל בפופולריות של מושלת פורטוגל, מרגריטה מסבויה, דוכסית מנטובה, ושל מזכיר המדינה הכפוף לה, מיגל דה ואסקונסלוש. היחיד שקיפח את חייו באותו מרד היה ואסקונסלוש, שהושלך מחלון. באותו היום, הכריזו הפורטוגלים, בנצלם את המרד בקטלוניה, על דוכס ברגנסה כמלך פורטוגל, בשם ז'ואאו הרביעי ובכך באו לקיצם 60 שנות שלטון ספרד בפורטוגל.
פרצה בין פורטוגל וספרד מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי, ניסיון של ספרד להשיב את כתר פורטוגל לחיקה. חיל המשמר של סאוטה לא קיבל על עצמו את מרותו של מלך פורטוגל, שאך לא מכבר הוכתר, ושמר על נאמנותו למלך ספרד, פליפה הרביעי. שררה מתיחות עד לחתימה על הסכם ליסבון (1668), בו הכירה ספרד בריבונותה של פורטוגל. בתמורה הכירה פורטוגל בריבונותה של ספרד במובלעת סאוטה שבמרוקו, כפי שתבעו תושבי המובלעת.
לאחר 1640 מינה הכתר הפורטוגלי מועצה לענייני פורטוגל מעבר לים. תפקידה היה לגבש מדיניות קולוניאלית חדשה ולהתגבר על קשייה הכלכליים של פורטוגל. בהקשר זה, ייעדו את ברזיל, הגדולה והעשירה מבין מושבותיה, לעבור סדרה של רפורמות מנהלתיות וכלכליות, ולהגביר בתחומה את החיפושים אחר זהב ואבנים יקרות. בנוסף, שאף הכתר לחזק את השלטון המרכזי, תוך צמצום סמכויות של מועצות מחוזיות.
בית ברגנסה.
עצמאות.
בשנים 1634–1637 התרחשו בעיר אבורה מספר התקוממויות. ב-1640 פרץ בקטלוניה מרד והדוכס דה אוליווארס, ראש הממשלה הכל-יכול של המלך פליפה הרביעי, תכנן לשגר כוחות פורטוגלים במטרה לשים קץ להתקוממות זו. צרפת, אויבתה הגדולה של ספרד ההבסבורגית, זיהתה כאן הזדמנות להטיל בספרד "מום". הקרדינל רישלייה תמך בדוכס ברגאנסה, כדי שזה יוביל מרד נגד ספרד. כוחות ספרד, מותשים מקרבות אינספור, לא יכלו להשיב את המצב לקדמותו. הדוכסית ממנטואה, נציגת המלך הספרדי בליסבון הורחקה מתפקידה. דוכס ברגנסה הומלך על פורטוגל תחת השם ז'ואאו הרביעי.
הארכיבישוף של בראגה התקומם על ההכתרה, וכך גם מספר אצילים אשר השיאו למלך החדש עצה לוותר על הכתר ולמוסרו למלך ספרד. לאצילים ולאנשי כמורה אלה לא היה רגע של נחת ונשפטו בידי המונרך החדש ללא כל חסד או מחילה. עם המלכתו של ז'ואאו הרביעי, עלתה לכס המלוכה הפורטוגלי שושלת ברגנסה.
ספרד בוששה להגיב על כך, ותגובתה באה רק שנים לאחר מכן. הסיבות לכך היו המלחמה בה הייתה שקועה ספרד בחזית הגרמנית (מלחמת שלושים השנים, ובה בעת מלחמתה עם צרפת, ובנוסף גם ההתקוממויות בקטלוניה, בנאפולי ובסיציליה, וגם הקנוניה באנדלוסיה, מרידות בהם התגלו צבאות ספרד כבלתי כשירים. הייתה זו תקופה קריטית ומורכבת, המוכרת כתקופת "משבר שנת 1640". ב-1644 נערך קרב בעצימות נמוכה במונטיחו. פורטוגל חידשה את בריתה עם אנגליה, ודמויות המפתח שבלטו כשנערך ההסכם החדש היו מלך אנגליה צ'ארלס הראשון, אוליבר קרומוול וצ'ארלס השני, בעלה של קתרינה מברגנסה. פורטוגל מסרה לאנגליה את טנג'יר שבמרוקו ואת בומביי שבהודו. ז'ואאו הרביעי התכוון לכבוש מחדש טריטוריות שהשתייכו בעבר לאימפריה הפורטוגלית. ארצות השפלה הצליחו לכבוש ולהחזיק בציילון ובמלאקה, אך עם זאת הצליחו הפורטוגלים לכבוש מחדש את לואנדה ואת סאו טומה ופרינסיפה, וגם הצליחו לגרש את ההולנדים מברזיל. בגלל אובדן מושבותיה במזרח, הפכו הזהב, הסוכר והיהלומים של ברזיל למקורות ההכנסה העיקריים של פורטוגל. עקב העימות עם ספרד, פעל מלך פורטוגל לחיזוק מוסדות השלטון והמנהל במדינה. לאור גישה חדשה זו, הוקמה ועדת קבע לענייני מלחמה, וכמו כן גם ועדה לענייני משמר הגבולות, תוך סיועה של החברה הכללית למסחר של ברזיל, וכך גם הובטח הנתיב הימי בין המטרופולין בפורטוגל לבין מושבתה החשובה ביותר באותה עת - ברזיל. תחת מלכותו של ז'ואאו הרביעי, שבה פורטוגל להיות מעצמה עולמית ובעלת מעמד רם באירופה.
ב-1656 מת ז'ואאו הרביעי. בנו הבכור, אפונסו השישי, עלה לכס המלוכה. מפאת היותו בן 13, נאלצה אמו, לואיסה דה גוסמן, לשמש בתפקיד עוצרת. ב-1662 החל אפונסו השישי לשמש רשמית כמלך פורטוגל. בשנת 1659, עם תום מלחמתה של ספרד עם צרפת, תקפו הספרדים את פורטוגל, כדי להחזיר את כס מלכות פורטוגל למלכי בית הבסבורג (מלחמת השבת הכתר הפורטוגלי). הספרדים כבשו את אלוואס (Elvas). בתגובה, תקפו כוחות אנגליים ופורטוגלים את חילות ספרד. ב-1665 מת מלך ספרד, פליפה הרביעי, המונרך האחרון מבין מלכי בית הבסבורג שהחזיקו גם בתואר מלך פורטוגל. עקב הפגיעה המשמעותית בכוחות הספרדיים, נאלצו אלה לחתום ולאשרר את הסכם ליסבון, לפיו על ספרד להכיר בעצמאותה של פורטוגל. סאוטה נשארה בידיים ספרדיות. לאחר הניצחון על ספרד צורף לשמו של אפונסו השישי הכינוי "המנצח" (פורטוגלית: "O vitorioso").
אט אט איבד אפונסו השישי את כושר השפעתו על אחיו הצעיר, הנסיך פדרו. בהמשך באו השניים לידי עימות. בקרב העם והן בחצר סברו כי המלך אינו מתאים לכהן בתפקידו.
ב-1667 אילץ פדרו את המלך, בהמלצת יועצי הכתר, לחתום על מסמך בו הועברו לו סמכויות השלטון. בחצר נתגלעה הסתייגות מהמשך כהונתו של אפונסו השישי כמלך. ב-1668 מונה הנסיך פדרו כעוצר. נוסף על כן, אף התארס למלכה. עד יום מותו ב-1683 חי אפונסו השישי כעציר בסינטרה ובאיים האזורים. עם מותו, הומלך תחתיו אחיו בשם פדרו השני.
אבסולוטיזם - העידן הפומבליני.
במרוצת סוף המאה ה-17 והמחצית הראשונה של המאה ה-18 גברה מאוד פעילות הכריה והניצול של משאביה המינרליים של ברזיל, לאחר שנתגלו בה מאגרי זהב ואבנים יקרות עשירים ביותר. המלך ז'ואאו החמישי הפך לאחד המונרכים העשירים באירופה.
בימי מלכותו של ז'וזה הראשון, לאורו של בוקר יום כל הקדושים, ה-1 בנובמבר 1755, הכתה בליסבון רעידת אדמה, שזרעה בעיר חורבן מוחלט ואיימה על יציבות האימפריה ועל עצם קיומה. לאחר שיקומה המהיר של העיר, תחת פיקוחו של המרקיז דה פומבל, נחנכה תקופת מודרניזציה בה בוצעו רפורמות משמעותיות במנהל, בכלכלה ובחינוך, לפי דוגמתן של רפורמות דומות באירופה באותה העת (ראו, לדוגמה, הרפורמות הבורבוניות), תחת הנהגתה של מונרכיה אבסולוטית, כשברקע השפעתו של מעמד האצולה.
המרקיז דה פומבל ניצל את ניסיון ההתנקשות במלך כדי להעניש את משפחות האצולה, על שלא שיתפו עמו פעולה בביצוע הרפורמות. הוא גם גירש את מסדר הישועים מפורטוגל, בהסכמת הוותיקן.
ב-1779 מת המלך, והוריש את כס המלוכה למריה הראשונה, כשלצידה בעלה פדרו השלישי, ואלה הדיחו את המרקיז דה פומבל ואילצו אותו לגלות, עם כל נכסיו, אל מחוץ לבירה.
האימפריה דעכה אט אט. המצור הקונטיננטלי שהטיל נפוליאון על אנגליה כוון גם נגד פורטוגל. היא המשיכה להיחלש תוך כדי השתלשלות המלחמות הנפוליאוניות, כשברקע פלישת נפוליאון לחצי האי האיברי, בריחת משפחת המלוכה לריו דה ז'ניירו בשנת 1807 ואובדן המושבה ברזיל ב-1822 (למן הגעת חצר המלוכה לריו דה ז'ניירו ועד אותה שנה, הפכה ברזיל לממלכה מאוחדת עם פורטוגל ושקולה לה במעמד).
משבר המאה ה-19.