בליל 3 ביולי תקף חיל האוויר מחסן שלטענתו נועד לייצור ולאחסון של אמצעי לחימה ורקטות ומקום מפגש של פעילי גדודי חללי אל אקצה. פלסטינים טענו כי במבנה גם משרד של חמאס ומשרד המשמש לצדקה. במהלך התקיפות נפצעו 4 פלסטינים. בנוסף חיילי צה"ל פרצו למשרדי חמאס ביהודה והשומרון והחרימו מסמכים ותקליטורים. פעילות צה"ל בוצעה בערים בית לחם, שכם, חברון וטולכרם, בניסיון לעקוב אחר מקורות המימון של הארגון.
כלים משוריינים ודחפורים נכנסו בבוקר 3 ביולי לפעילות נקודתית לכמה מאות מטרים בעומק בצפון רצועת עזה, שמטרתה חיפוש אחר מנהרות ומטעני חבלה, ושבמהלכה הרגו הכוחות חמוש פלסטיני. כמה שעות לאחר מכן חיל האוויר שיגר טיל לעבר מחבלים חמושים שניסו לשגר טיל נגד טנקים לעבר חיילים בצפון הרצועה והרג פעיל בזרוע הצבאית של החמאס ופצע חמוש נוסף.
בבוקר הציבו ארגוני הטרור שחטפו את החייל רב-טוראי גלעד שליט אולטימטום לישראל, לפיו היא נדרשת לשחרר עד 4 ביולי בשעה 6:00 בבוקר אסירים פלסטינים. עם זאת, לא צוין במדויק מה יקרה אם הדרישות לא ייענו לשכת ראש הממשלה דחתה באופן רשמי את האולטימטום.
מאוחר בערב נכנסו כוחות גדולים של צה"ל לעומק של קילומטר בצפון רצועת עזה. קרוב לחצות שיגר חיל האוויר טיל לעבר חוליית מחבלים מניחי מטענים שהתקרבו לכוחות בבית חאנון. כתוצאה מהתקיפה נהרג פעיל בגדודי עז א-דין אל קסאם ונפצעו שניים נוספים.
בליל 4 ביולי חיל האוויר שיגר טיל לעבר אוניברסיטה איסלאמית המזוהה עם החמאס, ברצועת עזה. הייתה זו הפעם השנייה בשבוע בה תקף צה"ל את האוניברסיטה.
בלילה הסגירו את עצמם שלושה פעילי גדודי חללי אל אקצה של הפת"ח החשודים כי חטפו והרגו את אליהו אשרי אחרי מצור של 3 שעות שערכו כוחות צה"ל על תחנת המשטרה ברמאללה. כוחות דובדבן ודוכיפת כתרו את המבנה בשיתוף דחפורים וטנקים.
עם פקיעת האולטימטום שהציבו חוטפיו של גלעד שליט, הודיע בבוקר ארגון "צבא האסלאם", אחד משלושת הארגונים שחטפו את החייל, שלא ימסור עוד מידע על גורלו.
בבוקר כוח מיוחד של צה"ל בג'נין הרג את פידא קנדיל, אחד ממפקדי גדודי חללי אל-אקצא בעיר. פלסטיני נוסף נפצע בתקיפה. לפני הצהריים כוחות צה"ל מיחידת אגוז של חטיבת גולני שפעלו במחנה הפליטים ג'נין איתרו ופוצצו שתי מכוניות תופת שהיו אמורות לשמש לביצוע פיגוע בישראל. במקביל לפני הצהריים כוחות צה"ל החלו לסרוק את האזור שסמוך לאזור התעשייה ארז בצפון רצועת עזה בניסיון לאתר מנהרות ומטענים. בערב הנחה שר הביטחון, עמיר פרץ, את צה"ל להגביר את עוצמת הפעילות המבצעית במסגרת מבצע גשמי קיץ ברצועת עזה. זאת בעקבות רקטת קסאם שנחתה לראשונה בבית ספר במרכז אשקלון. שיא המרחק לירי רקטות פלסטיניות על ישראל.
בליל 5 ביולי חיל האוויר תקף בדרום הרצועה מחנה אימונים של החמאס ובצפון הרצועה בית ספר פלסטיני ששימש בלילה כמקום מפגש לפעילי חמאס ואת משרד הפנים הפלסטיני, תקיפה שבה נפצעו שלושה פלסטינים. בבוקר פעיל גדודי חללי אל אקצה של הפת"ח, מחמוד ג'אברי נהרג במהלך פעילות של כוח ימ"מ וגדוד נצח יהודה במחנה הפליטים עין סולטאן ביריחו. המבוקש פתח באש לעבר הכוח, שכיתר את ביתו, וזה השיב באש והרגו. בחיפוש בביתו נמצא תיק עם מטען חבלה. ג'אברי היה מעורב בפיגוע בו נהרג נהג מונית בשנת 2000. בצהריים נער פלסטיני נורה ונפצע אנושות על ידי חיילי צה"ל סמוך למעבר ארז. זאת במהלך חילופי אש בין כוחות צה"ל לאנשי הזרוע הצבאית של החמאס בבית חאנון.
במקביל בבוקר הקבינט המדיני-ביטחוני החליט להעמיק את הפעולה בעזה ולהקים "רצועת ביטחון" בצפון הרצועה.
6 ביולי.
מבצע אלוני הבשן נגד הקסאמים אושר בקבינט המדיני-ביטחוני. כוחות צבא גדולים נכנסו בליל 6 ביולי לשטח רצועת עזה ותפסו אזורי חיץ, לקראת השתלטות על מרחבי השיגור ויצירת "רצועת ביטחון". הכוחות נכנסו לתוך ההתנחלויות ההרוסות ניסנית, דוגית ואלי סיני ולשכונה אל-עטטרה השייכת לבית לאהיא, משם נורו רקטות לעבר ישראל. במהלך הלילה הותקפו כמה מטרות מן האוויר, באחת מהן סמוך לחוף בצפון הרצועה נהרג פעיל חמאס. הותקף המוצב הראשי של המשטרה הימית הפלסטינית בסודנייה, שם נהרגו שוטר פלסטיני ופעיל חמאס. שמונה פלסטינים נפצעו בתקיפה, שאירעה ליד ביתו של נביל שעת'. בנוסף תקף חיל-האוויר חוליית מחבלים בצפון הרצועה, שביקשה להניח מטענים. בבוקר הכוחות התקדמו למרחק של 7 ק"מ בעומק הרצועה במטרה להשתלט על מרחבי השיגור.
בבוקר חיל האוויר שיגר טיל לעבר קבוצת מחבלים חמושים בשכונת פראחין שבח'אן יונס בדרום רצועת עזה. מהירי נהרגו שני פעילים צבאיים בג'יהאד האיסלאמי ו-12 נפצעו. בשכונת אל-עטטרה בבית לאהיא שבצפון רצועת עזה בחילופי אש נהרג אזרח פלסטיני. אחר הצהריים נהרגו לפחות 8 פלסטינים, כמעט כולם מחבלים חמושים, מפגיעה ישירה של פגז טנק ישראלי באזור בית לאהיא ומחנה הפליטים ג'באליה שבצפון רצועת עזה; 20 בני אדם נוספים נפצעו בתקיפה, חלקם כנראה במצב קשה. בנוסף שני פלסטינים נהרגו בחילופי אש עם חיילי צה"ל בחצר בית בבית לאהיא.
בצהריים יהודה (אודי) באסל חייל מחטיבת גולני, נורה בראשו, מירי בשוגג של חייל צה"ל, בבית לאהיא. החייל פונה במצב אנוש במסוק לבית החולים סורוקה בבאר שבע ולאחר זמן קצר מת מפצעיו.
כוח צה"ל פשט בערב על סוכת אבלים במחנה הפליטים בג'נין עקב מידע מודיעיני על הימצאות בכיר בזרוע הצבאית של הפת"ח זכריה זביידי. שמונה פעילים ואורחים בסוכה נפצעו בחילופי האש שהתפתחו במקום. זביידי עצמו הצליח לחמוק מהכוח.
בערב 15 פלסטינים נפצעו מפגיעת פגז צה"ל בבית משפחה בבית לאהיא. לאחר מכן חמישה מחבלים חמושים נהרגו בתקיפת חיל האוויר בצפון הרצועה. שלושה מחבלים חמושים נוספים נפצעו בתקיפה, בהם שניים במצב אנוש. מאוחר יותר נהרג חמוש פלסטיני בתקיפה בג'באליה ושני מחבלים חמושים נוספים נהרגו בבית לאהיא. פעיל חמאס נהרג לאחר שנפגע בחילופי אש עם חיילי צה"ל.
בקרבות 6 ביולי בצפון הרצועה נהרגו בין 20 ל-23 מחבלים פלסטינים, רובם חמושים.
7 - 11 ביולי.
לפנות בוקר ב-7 ביולי חיל האוויר תקף חולית מחבלים באל עטטרה והרג לפחות חמוש אחד ופצע ארבעה. פלסטיני נהרג מאש צה"ל בג'באליה. כמו כן הגיעו לבית החולים שני פלסטינים במצב קשה שנפגעו מאש צה"ל. בצהריים שני פלסטינים נפצעו, בהם אחד קשה מירי טיל של צה"ל בעיירה בית לאהיא. בנוסף הרגו כוחות צה"ל לפחות שני חמושים נוספים, בבית לאהיא. בתקיפה נפצעו ארבעה פלסטינים. בערב פלסטיני נהרג ושניים נפצעו מפגיעת טיל של צה"ל בבית מגורים בבית לאהיא. בפעילות צה"ל בשכם נהרג פלסטיני אחד.
בבוקר 8 ביולי מספר טנקים וכוחות הנדסה נכנסו למרכז הרצועה, והתייצבו סמוך לשכונות סג'עיה וזייתון לחפש מטענים ומנהרות. במהלך הפעילות אותרה חוליית מחבלים חמושים ירו עליהם והרגו לפחות 2. כמה שעות אחר כך נורה ונהרג מחבל נוסף בערב נהרגו בפיצוץ בשכונת סג'עיה בעזה אם, בנה ובתה, צה"ל הכחיש מעורבות בתקרית. בנוסף נפצעו ארבעה פלסטינים, בהם שניים במצב אנוש. באותו יום הפציץ חיל האוויר מנהרה שנחפרה ליד מעבר קרני.
אסמאעיל הנייה, ראש ממשלת הרשות הפלסטינית ואיש תנועת החמאס, פנה לישראל כדי ליישם הפסקת אש דו-צדדית וכמו כן הציע לפעול להחזיר את גלעד שליט בדרכים דיפלומטיות ולא צבאיות. ממשלת ישראל סירבה להפסיק את האש ולהוציא את כוחותיה מרצועת עזה עד שגלעד שליט ישוחרר. גופי שמאל כמו מרצ ותנועת שלום עכשיו קראו לאולמרט לקבל את הפסקת האש שהציע הנייה, אך בממשלה היה קונצנזוס נגד הפסקת המבצע, שכלל גם שרים יוניים כמו יצחק הרצוג ויולי תמיר. גורמים בצה"ל הכריזו כי הם מעוניינים בפעולה יבשתית גדולה ברצועת עזה שתימשך חודשים: "החל מבעוד חודש או חודשיים הפלסטינים יספרו מאות מחבלים הרוגים ומשרדים שיושמדו".
ב-9 ביולי לפחות חמישה פלסטינים נפגעו, בהם ילדה וגבר שנפצע אנושות, סמוך למחנה הפליטים ג'באליה בצפון הרצועה. מוקדם יותר נהרג קופאי במכולת ועוד מספר פלסטינים נפצעו בתקיפה של חיל האוויר ברפיח. ניסיון לשיגור רקטה מהעיר טולכרם נכשל. צה"ל לא התייחס ברצינות לניסיון והגדיר אותו כדרך להשיג עוד תקציבים לארגון הטרור שיזם את הירי.
חיל האוויר תקף בליל 10 ביולי חוליית מחבלים בשכונת סג'עיה שבצפון רצועת עזה שעמדה לשגר רקטות לעבר ישראל. פעיל חמאס נהרג ושניים נפצעו בתקיפה. בבוקר חיל האוויר ירה אל עבר קבוצת חמושים שזוהתה סמוך לגדר המערכת בצפון הרצועה. שלושה חמושים נפגעו, אחד מהם כנראה במצב קשה. בצהריים שני פעילי הג'יהאד האיסלאמי נהרגו בתקיפת חיל האוויר בח'אן יונס. חיל האוויר תקף בערב חמושים בבית חנון ובאזור מעבר קרני והתוצאה - ארבעה פלסטינים נהרגו ועוד 7 נפצעו.
בבוקר 11 ביולי תקף חיל האוויר רכב שהכיל רקטות קסאם בבית חאנון. חמוש אחד נהרג בתקיפה ושניים נפצעו.
ידיעות בעיתוני העולם דיווחו על תחילתו משבר הומניטרי עקב הסגר שישראל הטילה על הרצועה. מתאם הפעולות בשטחים הודיע כי הידיעות מוגזמות וכי תושבי עזה יוכלו לשרוד ללא סוכר. במעברי הגבול שבין רצועת עזה למצרים ממתינים מאז תחילת המשבר מאות אזרחים שכניסתם ויציאתם נאסרו על ידי ישראל. הדבר גרם למוות של ארבעה.
12 ביולי.
בליל 12 ביולי כוחות צה"ל מחטיבת גבעתי, שריון והנדסה קרבית בחיפוי מסוקים של חיל האוויר, נכנסו למרכז הרצועה. הכניסה קיבלה את השם "היזון חוזר" שהוא חלק ממבצע גשמי קיץ. במהלך פעילות צה"ל באזור דיר אל-בלח נהרג שוטר פלסטיני, בחילופי אש ואחר נפצע.