רבי עקיבא איגר שקד בעצמו על סדרי התנהלות בית החולים וכתב את תקנון הניהול שלו. בית החולים נתן מענה רפואי למאות מטופלים בשנה בתשלום מוזל, מעוטי יכולת נהנו מטיפול ואשפוז חינם. ברצותו למדר את הנהגת הקהילה היהודית שנחשדה בעיניו כנגועה בהשכלה, דאג רבי עקיבא איגר להבטיח את מימונו השוטף של המוסד מכספי נדיבים ולא מכספי מוסדות הקהילה המקומית. צעד זה קומם כנגדו את ראשי הקהילה, והם פנו אל הרשויות בדרישה לאכוף את הסעיף בחוק שקבע כי כל המוסדות היהודיים הקיימים בעיר צריכים לעמוד תחת שלטון הנהגת הקהילה, הם גם רמזו כי הרב מפיק טובות הנאה אישיות מהמוסד ומנצל את היעדר הפיקוח על כספיו. הרב טען להגנתו כי על פי צוואתו של לאטץ לא ניתן להעמיד את המוסד שנבנה בממונו להנהגת ראשי הקהילה, והזמין את השלטונות לשלוח למוסד מבקר מטעמם. בדיקת המבקר העלתה כי המוסד מנוהל בהתאם לנהלים וכי אין חשש למעילה בכספי הציבור, המבקר סיים את סקירתו בהמלצה לשלטונות לנזוף בראשי הקהילה על הקובלנה הקנטרנית שהגישו. ניסיונות גישור מאוחרים שהציעו ראשי הקהילה ועיקרם חתימת הסכם לשינוי תקנון המוסד לאחר מותו של הרב נדחו. למעשה נשמר התקנון גם לאחר מותו של הרב, וגם לאחר ש"בית לאטץ" שינה את ייעודו והפך לבית אבות קהילתי.
פרשת מינוי ברוך ליפשיץ לרבנות וורניק.
בקיץ תקצ"ג (1833) ניהל רבי עקיבא איגר מאבק עקרוני בנושא שהייתה לו השלכה כלל ארצית בפולין וגרמניה, ובתפוצה היהודית בכלל. ברקע הפרשה עמדה ידידותו רבת השנים של רע"א עם אחת הדמויות המרכזיות בפרשה, ידידות שנמשכה גם לאחריה, על אף חילופי הדברים הקשים שליוו את הפרשה. במהלך חודש סיוון אותה שנה, ניסה הרב ישראל ליפשיץ, מגדולי רבני גרמניה ומחברו של הפירוש הפופולרי על אף עמקותו למשניות "תפארת ישראל", להעביר בקהילת וורניק (ורונקי) את מינויו של בנו ברוך יצחק ליפשיץ כרב העיירה, למרות היותו פנוי וצעיר לימים. רע"א התנגד לעצם מינוים של רווקים לתפקידי רבנות, בהם מתקיים מגע יומיומי עם כל שכבות האוכלוסייה היהודית ללא הבדלי מין, ומקרה זה היה בעייתי עוד יותר, מאחר שהרב ליפשיץ הצעיר היה מילידי העיירה וורניק ומוכר בה היטב. למרות היכרותו המוקדמת והטובה של רע"א עם בני משפחת ליפשיץ, הוא התנגד לרעיון מתוך חשש כי ייווצר בכך תקדים, ובהתחשב במצב הדתי הכללי ששרר באותה עת באירופה, נוצר לדעתו חשש נוסף שתקדים כזה עלול לשרת את מצדדי הרפורמה לתבוע מינויים של צעירים מוכשרים, שאינם מומחים ומנוסים בתחומי פסיקת ההלכה היהודית.
רבי עקיבא איגר הטיל למערכה את כל כובד משקלו הציבורי, במכתבו מג' בתמוז (20 ביוני) פנה לרב ליפשיץ האב, שהיה באותה תקופה רבה של חדז'ייץ', ודורש ממנו להפסיק את מסע השתדלנות ולמשוך את הצעת המועמדות של בנו. בהיעדר כניעה מרצון של הרבנים ליפשיץ, הוא כותב, . תשובתו של הרב ליפשיץ אינה בידינו, אך ממכתב התגובה של רע"א מי"ד בתמוז (1 ביולי) ניתן לעמוד על רוח הדברים, במכתב זה חוזר רע"א על עמדתו ומדגיש כי לא יאפשר לרב ליפשיץ הצעיר להורות בוורניק כלל, גם לא זמנית וגם לא בשאלות פשוטות. יומיים קודם לכן הפנה מכתב אישי לרב ליפשיץ הצעיר, ובפתיחתו שלל ממנו את תואר הרבנות , והורה לו שלא להורות בוורניק אף לא בדברים קלים, ומדגיש כי סידור חופה וקידושין נחשב כהוראת הלכה לעניין זה, ואף הוא אסור עליו.
במקביל כתב לשוחט העיירה שלא להביא שאלות על כשרות הבהמות והעופות, לפני "הבחור ברוך יצחק" וכן שלא לתת לו לבדוק את סכין השחיטה, או להיבחן בפניו על הלכות שחיטה. במכתבים נוספים לחברי ועד הקהילה בוורניק ולרבני ערי הסביבה, כתב והדגיש שהוא חף מאינטרסים בעניין זה, וכל כוונתו לשם שמים, והוא מבקש מרבני האזור להצטרף עמו לפסק שכל עוד לא עמד הרב החדש למבחן בפני רבני הסביבה והוא בכללם, אינו רשאי להורות ואין לאכול בשר בקהילתו.
לימים נעשה הרב ברוך יצחק ליפשיץ דרשן בהמבורג וחיבר מספר ספרים. חיבורו הבולט הם הערותיו לספר הפרשנות של אביו למשנה "תפארת ישראל", עליהם הוא חתום: אב"י, שפתרונו "אמר ברוך יצחק".
פטירתו.
בשנת ה'תקצ"ב (1832) נפטרה בתו שרל, אשת החת"ם סופר בגיל 44. בשל גילו המבוגר והחשש לבריאותו, דאג חתנו שלא יעודכן בבשורה המרה. לפי נ"מ גלבר, נבחר רבי עקיבא איגר בשנתו האחרונה לרבנות וילנה אך לא נענה להזמנה.
בחודש אלול תקצ"ז (1837) חלה רבי עקיבא איגר את חוליו האחרון, שיפור קל במצבו חל בעשרת ימי תשובה של שנת תקצ"ח והוא הופיע לתפילות יום הכיפורים בציבור. למחרת יום הכיפורים לקה בדלקת ריאות חריפה, ולאחר שלושה ימים, בי"ג בתשרי תקצ"ח נפטר, בעירו פוזנא, בגיל 76. הוא הותיר אחריו חמישה-עשר ילדים, וכמה מילדיו מזיווגו השני היו עדיין רווקים בעת פטירתו. אשתו האחרונה נפטרה שנה לפניו, וילדיהם נותרו יתומים מאב ואם, בצוואתו הועיד סכום מסוים להוצאות נישואיהם.
עם היוודע דבר מותו הוכרז על ידי ההנהגה היהודית המקומית "ביטול מלאכה", הוראה כללית לסגירת חנויות ובתי מלאכה כדי לחלוק כבוד אחרון לאישיות חשובה שהלכה לעולמה. בהלווייתו השתתפו כל בני הקהילה היהודית בפוזנא, ועימם גם בני המעמדות הגבוהים באוכלוסייה העירונית הלא-יהודית, פקידי ממשל והבישוף של פוזנא.
על פי צוואתו ספדו לו רק בחלקת הקבר, ולא בתחילת מסע ההלוויה כמקובל. הצוואה פורסמה ברבים ימים אחדים לאחר פטירתו, ובה אוסר רע"א על תלמידיו להספידו, ומבקש מהם שילמדו לעילוי נשמתו בשנת האבל, ובשנים שלאחריה ביום השנה
הבנים והחתנים המתאבלים. עוד נקבע בצוואה הנוסח המדויק אותו ביקש רע"א לחרוט על גבי מצבתו כדי למנוע כתיבת תוארי כבוד שלא היו לרוחו בחייו. נוסח המצבה על פי הצוואה:
בני הקהילה שחסו על כבוד רבם שזלזל בעצמו לטעמם, קראו לעצמם דרור "לפתוח" את הקיצור ר' ולפרשו: הרב רבנו עקיבא איגר. מצבת קברו המקורית של רבי עקיבא איגר בבית העלמין היהודי בפוזנא, נהרסה בימי מלחמת העולם השנייה, ולאחריה הוצבה במקומו המשוער של קברו, הנמצא היום בעיבורו של רחוב מגורים, מצבת שיש חדשה, עליה מצוטט נוסח המצבה הישנה.
על אף ציוויו של רבי עקיבא איגר שלא יספידוהו לאחר מותו, מחשש כי בדורות הבאים יתפרש הדבר כזלזול והתעלמות, פרסם אחד מתלמידיו שיר-מספד בשם "אבל יחיד", לדבריו נשמרים כך דברי רבו כלשונם אף אם לא כמשמעותם הפשוטה. בקטע מחורז מתוך המבוא לשיר הוא מצדיק את מעשה ההספד, מתוך הדברים עולה צליל ההלם והאלם ברחוב היהודי עם פטירתו של רע"א:
ספרוני הספד נוספים נדפסו ונפוצו לאחר פטירתו, ובהם:
בשם הקהילה הוכרז עם סתימת הגולל, על בנו הרב שלמה איגר, שהיה עד אז רבה של קאליש, כממלא מקומו ברבנות העיר פוזנא.
צאצאיו.
רבים מצאצאיו של רבי עקיבא איגר התפרסמו בכל תחומי העולם היהודי ואף מחוצה לו, ביניהם יש למנות את:
מלבד אלו, התפרסמו צאצאים רבים של רבי עקיבא איגר מצאצאי בתו שרל אשת החתם סופר, על הנודעים שבהם ראו בערך משפחת סופר.
אגודת משפחת איגר.
בשנת 1913 הוקמה באירופה "אגודת משפחת איגר" שאיגדה תחתיה את צאצאיה המרובים של המשפחה, בוועידתה הראשונה השתתפו כ-250 איש. האגודה קיימה כינוסים מעת לעת ופרסמה חוזרים תקופתיים, רבים מהם השתמרו באוסף אברהם יצחק בליכרודה בספרייה הלאומית בירושלים. בשנת 1990 פרסמה האגודה את המקבץ "אגודת משפחת איגר 1913–1990". ביבליוגרפיה מסודרת של כתבי רבני משפחת איגר, ו-36 אילנות יוחסין מפורטים של ענפי המשפחה השונים, החל מרבי עקיבא איגר הראשון מהלברשטט. מהדורה מעודכנת ראתה אור לקראת מפגש האגודה בשנת 1993.
במקבץ פורסם תקנון האגודה, מן הפרק המפרט את מטרות האגודה, ניתן לעמוד על עושר הסגנונות התרבותיים של בני המשפחה ועל הדאגה לקיים קשרי משפחה שיגשרו על פערי התרבות לאורו של אבי המשפחה רבי עקיבא איגר. בין היתר נמנות: להכיר את החלקים המגוונים של המשפחה ולגשר ביניהם ברוח הומנית־יהודית של ר' עקיבא איגר, לשם הגברת הכיבוד ההדדי. לפרסם ביבליוגרפיה מפורטת של כתבי רע"א ושל כתבים שנכתבו עליו. לאסוף ולקבץ סיפורים ואגדות אודות רע"א. לקיים חוגי לימוד על נושא מתורתו ביום השנה לפטירתו, בהתאם לצוואתו.
יצירתו.
יצירתו של רבי עקיבא איגר נוגעת בכל תחומי העניין התורניים בתחום התורה שבעל-פה ומהווה חלק מחומר הלימוד הקלאסי בישיבות. חשיבותו כפוסק ניכרת בתשובותיו בהלכה, אשר משמשות כמקור חשוב לפוסקים בדורות שאחריו. הוא הרבה מאוד לכתוב, וכמה מהביוגרפים שלו העירו שלא היה ניתן להבחין באותיות בודדות היוצאות מקולמוסו בשל קצב הכתיבה המהיר מאוד שלו. רוב יצירתו התפרסמה לאחר מותו, תחילה על ידי צאצאיו, ובהמשך בידי גורמים שונים מהם מו"לים מסחריים. עם התקבלותה של תורת רע"א והפיכתה לנכס צאן ברזל בבית המדרש, החלו יוצאות מהדורות מורחבות ומוערות של כתביו, מהן מחולקות מחדש לפי נושאים.
תשובותיו ההלכתיות.
רבי עקיבא איגר השאיר אחריו תשובות הלכתיות רחבות בנושאים רבים. ספרים המאגדים בתוכם מתשובותיו ההלכתיות החלו נדפסים כבר בחייו בשם "תשובות רבי עקיבא איגר", והם מהווים אבני יסוד בספרות השו"ת של תקופת האחרונים.