באפריל 1859 יצאו קבוצות של נוהגי מזחלות מן ה"פוקס" לחיפושים על אי המלך ויליאם. ב-5 במאי מצאה קבוצה בהנהגת לוטננט ויליאם הובסון מסמך, שהשאירו קרוזייה ופיצג'יימס בתוך גלעד. במסמך היו שני מסרים. בראשון, מיום 28 במאי 1847, נאמר כי "ארבוס" ו"טרור" חרפו בתוך הקרח סמוך לחוף הצפון-מערבי של אי המלך ויליאם ולפני כן חרפו באי ביצ'י אחרי שהקיפו את האי קורנווליס. "סר ג'ון פרנקלין מפקד על המשלחת. "הכל כשורה"'," נאמר במסר. המסר השני, שנכתב בשוליים של אותו דף נייר, היה מבשר רעות פי כמה. בתאריך 25 באפריל 1848 דווח בו, כי "ארבוס" ו"טרור" לכודות בקרח זה שנה ומחצה וכי הצוות נטש את האוניות ב-22 באפריל. עשרים וארבעה קצינים ואנשי צוות מתו, בהם פרנקלין, ב-11 ביוני 1847, רק שבועיים אחרי מועד הפתק הראשון. קרוזייה קיבל פיקוד על המשלחת, ו-105 השורדים תכננו לצאת לדרך למחרת היום, דרומה לעבר נהר בק. הפתק הזה מכיל טעויות משמעותיות; בעיקר בולטת השגיאה במועדי מחנה החורף של המשלחת באי ביצ'י, שנמסרו כ-1846–1847 ולא 1845–1846, כפי שהיה במציאות.
משלחת מקלינטוק מצאה גם שלד אדם על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם. בבגדים, שהיו עדיין על השלד, נערך חיפוש ונמצאו אי-אילו מסמכים, כולל תעודת ימאי של מש"ק בכיר הנרי פגלר (נ. 1808), קפטן על אה"מ "טרור". ואולם, הואיל והמדים היו אלה של כלכל הספינה, נראה סביר יותר שהגופה הייתה של תומאס ארמיטאג', כלכל נשקייה על "טרור" ועמית של פגלר, שאת מסמכיו נשא. באתר אחר בקצה המערבי של האי, גילה הובסון סירת הצלה, שהכילה שני שלדים וחפצים ממשלחת פרנקלין. בסירה הייתה כמות גדולה של ציוד נטוש, כולל מגפיים, מטפחות משי, סבון מבושם, ספוגים, נעלי בית, מסרקים והרבה ספרים, בהם עותק של "הכומר מווייקפילד". מקלינטוק גבה גם עדות מאינואיט באשר לסופה המר של המשלחת.
שתי משלחות בין 1860 ל-1869 בהנהגת צ'ארלס פרנסיס הול, שחי בקרב האינואיטים סמוך למפרץ פורבישר על האי באפין ולאחר מכן במפרץ ריפאלס בקנדה גופא, מצאו מפות, קברים וחפצים על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם, אך הול סבר, ששום ניצולים ממשלחת פרנקלין לא יימצאו בקרב האינואיטים. בשנת 1869 לקח אותו אינואיט מקומי אל קבר רדוד על אי המלך ויליאם, שהכיל שרידי שלד שמורים היטב וקרעי בגדים. השרידים הללן נלקחו לאנגליה ונקברו מתחת למצבת פרנקלין בקולג' הימי המלכותי הישן של גריניץ', לונדון. הביולוג הנודע תומאס הנרי האקסלי
בחן את השרידים והגיע למסקנה, שהם שייכים לHTD לה וקונט, לוטננט ב"ארבוס". מבדיקה שנערכה בשנת 2009 עולה, שהיו אלה שרידיו של הארי גודסר, עוזר לרופא ב"ארבוס". אף כי מסקנתו של הול הייתה, שכל צוותו של פרנקלין נספה, הוא סבר שהרשומות הרשמיות של המשלחת עתידות בכל זאת להימצא מתחת לגלעד אבנים. בעזרת מדריכיו אביירבינג וטוקוליטו, צבר הול מאות דפים של עדויות אינואיטים. בחומרים אלה כלולים תיאורי ביקורים של האוניות של פרנקלין, ומפגש עם קבוצה של אנשים לבנים על החוף הדרומי של אי המלך ויליאם סמוך למפרץ וושינגטון. בשנות ה-90' של המאה ה-20 חקר דייוויד ק. וודמן באופן יסודי את העדויות האלה וביסס עליהן את שני ספריו, ravelling the Franklin Mystery (1992)
ו-(Strangers Among Us, (1995, שבהם הוא משחזר את החודשים האחרונים של המשלחת.
התקווה למצוא את המסמכים האבודים הללו הניעה את לוטננט פרדריק שוואטקה מצבא ארצות הברית לארגן משלחת אל האי בין 1878 ל-1880. לאחר שהפליג אל מפרץ האדסון בדו-תורנית "אותן", יצא שוואטקה צפונה, ברגל ועם כלבי מזחלות, עם צוות ובו אינואיטים שסייעו להול. במסעו זה ריאיין אינואיטים, באתרים ידועים או מתקבלים על הדעת של שרידי משלחת פרנקלין, וחרף על אי המלך ויליאם. אף כי נכשל במאמציו למצוא את המסמכים המיוחלים, ציין שוואטקה, בנאום שנשא בסעודה חגיגית שערכה לכבודו החברה הגאוגרפית האמריקאית בשנת 1880, כי משלחתו ביצעה את "מסע המזחלות הארוך ביותר שהתקיים מאז ומעולם, הן במושגי זמן והן במושגי מרחק", למשך 11 חודשים ו-4 ימים ולמרחק 4360 ק"מ, שהייתה זו המשלחת הארקטית הראשונה שבה הסתמך האדם הלבן אך ורק על תזונת האינואיטים, וכי היא הוכיחה "מעבר לכל ספק סביר" את אובדן רשומות פרנקלין. משלחת שוואטקה לא מצאה שום שרידים של המשלחת דרומית למקום שנודע בשם "מפרץ הרעב" על חצי האי אדלייד. מקום זה היה הרחק צפונית ליעד שקבע קרוזייה, נהר בק, וכמה מאות מילין הרחק מן המוצב המערבי הקרוב ביותר, על ימת העבדים הגדולה. וודמן כתב על דיווחי אינואיטים, שבין 1852 ל-1858 נראו קרוזייה וחבר משלחת אחר באזור אגם בייקר, כ-400 ק"מ דרומה, שם מצא פארלי מוואט ב-1948 "גלעד עתיק מאוד, לא במבנה אסקימואי רגיל", שבתוכו היו שבריה של תיבת עץ עם חיבורים מצולבים. וודמן לא הצליח להתחקות על מקור הדיווחים האינואיטים הללו, ובונה הגלעד שמצא מוואט או מקורותיו לא נודעו.
משלחות מודרניות.
חפירות באי המלך ויליאם (1982-1981).
ביוני 1981 החל אוון ביטי, פרופסור לאנתרופולוגיה באוניברסיטת אלברטה, במיזם האנתרופולוגיה הפורנזית של משלחת פרנקלין. הוא וצוות החוקרים ועובדי השדה שלו נסעו מאדמונטון אל אי המלך ויליאם, חוצים בדרכם את החוף המערבי של האי כפי שעשו אנשי פרנקלין 132 שנים לפניהם. מטרת המיזם הייתה למצוא חפצים ושרידי שלדים כדי לבסס באמצעות מדע פורנזי מודרני זהויות וגורמי מוות בקרב 129 האנשים האבודים.
אף כי החוקרים מצאו במסעם ממצאים ארכאולוגיים שהיו שייכים לאירופאים בני המאה ה-19 ושרידי אדם מפורקים, התאכזב ביטי, שקיווה לכמות ממצאים גדולה יותר. בבדיקת עצמות אנשיו של פרנקלין, מצא אזורים מצולקים ומקולפים, המצויים במקרים רבים במקרים של חסך בוויטמין C, הגורם לצפדינה. לאחר שובו לאדמונטון, השווה את ממצאיו עם הערות בנושא הצפדינה של ג'יימס סאוול, ארכאולוג ארקטי, והבחין בדפוסי שלדים המרמזים על קניבליזם. להשגת מידע על מצבם הבריאותי של אנשי המשלחת ועל תזונתם, שלח דגימות עצם למעבדה לבדיקת קרקע וגידולי שדה באלברטה לאנליזה של יסודות קורט והרכיב צוות אחר לביקור באי המלך ויליאם. באנליזה נמצאה רמה בלתי צפויה של 226 חלקים למיליון של עופרת בעצמותיו של איש הצוות, פי עשרה יותר מדגימות הביקורת המדעיות, שנלקחו משלדי אינואיטים מאותו אזור גאוגרפי, 36-26 חלקים למיליון.
ביוני 1982 הוטס צוות שכלל את ביטי ושלושה סטודנטים (וולט קוואל, דוקטורנט לאנתרופולוגיה באוניברסיטת אלברטה; ארנה קרלסון, סטודנט לארכאולוגיה וגאוגרפיה מאוניברסיטת סימון פרייזר בקולומביה הבריטית; וארזיין טונגיליק, סטודנט אינואיט ועובד שדה) לחוף המערבי של אי המלך ויליאם, שם הלכו בעקבות שהותירו אחריהם מקלינטוק ב-1859 ושוואטקה ב-1878–1879. התגליות שנעשו במשלחת זו כוללות את שרידיהם של בין שישה לארבעה-עשר איש בסביבות "מקום הסירה" של מקלינטוק וחפצים, בהם סוליית מגף שלמה, משובצת יתדות מאולתרות למניעת החלקה.
חפירות ופתיחת קברים באי ביצ'י (1986-1984).
אחרי ששב לאדמונטון בשנת 1982 ושמע על ממצאי רמות העופרת מן המשלחת של 1981, התאמץ ביטי למצוא את הגורם. האפשרויות כללו את הלחמות העופרת ששימשו לחתימת פחי המזון של המשלחת, ציפוי פנימי של ריקוע עופרת במכלי מזון אחרים, צבעי מאכל, מוצרי טבק, כלי אכילה מפיוטר, ונרות בעלי פתילות עופרת. מסקנתו הייתה, שבעיות הרעלת העופרת, בשילוב עם השפעות הצפדינה, יכלו להתגלות כקטלניות לצוותו של פרנקלין. עם זאת, כיון שעופרת בשלד יכולה לשקף חשיפה לאורך שנים ולאו דווקא חשיפה המוגבלת למסע, אפשר לבחון את התאוריה של ביטי רק באמצעות בדיקת זיהוי פלילי ברקמה רכה שהשתמרה, בניגוד לעצם. ביטי החליט לבדוק את הקברים של אנשי הצוות שנקברו על האי ביצ'י.
לאחר קבלת היתר רשמי, ביקר צוותו של ביטי באי ביצ'י באוגוסט 1984 לצורך ביצוע נתיחות בשלושת אנשי הצוות הקבורים שם. הם החלו בחבר הצוות הראשון שמת, מסיק ראשון ג'ון טורינגטון. אחרי שסיימו את נתיחת טורינגטון וכן הוצאה מהקבר ובדיקה קצרה של גופת ג'ון הרטנל, חזר הצוות, עקב קוצר זמן וחשש ממזג האוויר, לאדמונטון עם דגימות רקמה ועצם. אנליזה של יסודות קורט בעצמותיו ושערו של טורינגטון לימדה, שאיש הצוות "היה מועד לסבול בעיות נפשיות וגופניות חמורות עקב הרעלת עופרת". אף כי הנתיחה מצביעה על דלקת ריאות כגורם הסופי למות איש הצוות, הרעלת עופרת נקבעה כגורם תורם.
במהלך המשלחת, ביקר הצוות במקום שנמצא כקילומטר אחד צפונית לאתר הקבר, כדי לבחון שברים של מאות פחי מזון, שהשליכו אנשי פרנקלין. ביטי ציין, שחיבורי הפחים הולחמו באופן גרוע בעופרת, שבאה כנראה במגע ישיר עם המזון. פרסום הממצאים מן המשלחת של 1984 ותמונת טורינגטון, גופה בת 138 שנים שהשתמרה היטב בקפאת-עד (פרמפרוסט) בטונדרה, הוביל לכיסוי תקשורתי רחב-ממדים ולחידוש העניין במשלחת פרנקלין האבודה.