הכדורגל בגרמניה עבר ארגון מחדש לאחר שהמפלגה הנאצית עלתה לשלטון ב-1933. הליגה פוצלה ל-16 ליגות אזוריות (גאוליגה - Gauliga), כאשר אלופת כל אזור מעפילה לאליפות הארצית. הרטה ברלין מצאה את עצמה בליגת ברלין-ברנדנבורג, וזכתה להצלחה תוך שהיא מסיימת את רוב העונות בחלק העליון של הטבלה, כולל שלוש זכיות באליפות: ב-1935, 1937 ו-1944. עם זאת, הקבוצה לא עשתה חיל באליפות הארצית, ומעולם לא הצליחה לעבור את השלבים המוקדמים.
1945 - 1963: כדורגל בצל המלחמה הקרה.
עם תום מלחמת העולם השנייה, חולקה גרמניה ל-4 אזורי-שליטה, שכל אחד מהם הועבר לשליטת אחת מבעלות הברית, לצורך שיקום. גם העיר ברלין חולקה ל-4 אזורים לפי אותה מתכונת. בשלב מאוחר יותר איחדו ארצות הברית, בריטניה וצרפת את האזורים שבשליטתן, בעוד ברית המועצות המשיכה לשלוט ביד רמה באזור שניתן לה.
בתקופת שלטונן של בעלות הברית, נאסרו בגרמניה רוב סוגי ההתארגנות, ובכלל זה אגודות ספורט. הרטה נוסדה מחדש בסוף 1945 תחת השם אס-גה גזונטברונן (SG Gesundbrunnen), ונטלה חלק באוברליגה-ברלין (ליגת העל של ברלין). בעונה הראשונה שלאחר המלחמה שיחקו באוברליגה-ברלין לא פחות מ-36 קבוצות, אך בעונה שלאחר מכן פוצלה הליגה לשלוש ליגות בנות 12 קבוצות כל אחת, וגזונטברונן (הרטה באחד מגילגוליה) מצאה את עצמה בליגה השלישית - האמטוירליגה-ברלין (ליגת החובבים). ב-1949 אימץ המועדון מחדש את השם הרטה בה-אס-צה, ובמקביל העפילה הקבוצה לליגה הראשונה של העיר.
המתח בין בעלות הברית לברית המועצות והתהוותה של המלחמה הקרה, נתנו אותותיהם גם בכדורגל הגרמני, והברלינאי בפרט. בין השנים 1945 - 1950 נאסר על הרטה לשחק נגד קבוצות ממזרח גרמניה, לאחר שקלטה מספר שחקנים ומאמן שעזבו את קבוצת אס-גה פרידריכשטאדט מדרזדן וערקו למערב. במקביל, קבוצות ממזרח העיר אולצו לעזוב את האוברליגה-ברלין ולהצטרף לליגת העל המזרח גרמנית שנוסדה ב-1950.
אגב, המציאות המיוחדת בעיר והקמתה של חומת ברלין ב-1961, יצרו מצבים אבסורדיים בהם אוהדים של הרטה ממזרח-ברלין מצאו עצמם לפתע מנותקים מקבוצתם, ובלי יכולת לבוא לצפות במשחקיה. היו אוהדים שהצליחו להשיג אישורי מעבר למערב וניצלו זאת כדי ללכת לצפות במשחקים, אך ידוע כי השטאזי, המשטרה החשאית של מזרח גרמניה, הייתה "מסמנת" אוהדים שהעזו לעשות זאת. בכל אופן, אלה היו בודדים: אוהדים רבים לא זכו יותר לראות את קבוצתם בפעולה, שכן לא היו יותר בין החיים כאשר אוחדה העיר מחדש במסגרת איחוד גרמניה ב-1989.
מבחינה ספורטיבית, שנות ה-50 עמדו בסימן יריבות קשה בין הרטה לקבוצת טניס-בורוסיה ברלין. ב-1958 עלתה הצעה לאחד את שני המועדונים, אך היא נדחתה על הסף.
1963 - 1980: קשיים בבונדסליגה.
ב-1963 נוסדה הליגה המקצוענית של גרמניה - הבונדסליגה (הליגה הפדרלית). הרטה, אז האלופה הבלתי מעורערת של הליגה הברלינאית, השתלבה אף היא בליגה הלאומית החדשה. אלא שכבר בעונתה השנייה (1964/1965) הושעתה הרטה מפעילות בבונדסליגה לאחר שנודע כי ניסתה לפתות שחקנים לבוא לשחק בשורותיה תמורת שוחד. שחקנים רבים לא ששו לשחק בעיר המפוצלת, ומכאן הצעד החריג של ראשי הרטה.
האירוע הוביל לכך שעיר הבירה (לשעבר) של מערב גרמניה לא יוצגה בבונדסליגה - מצב שהיה בלתי רצוי מבחינה הנהלת הליגה, שנדרשה אפוא למצוא דרך שתאפשר לנציגה כלשהי של ברלין ליטול בה חלק. הפתרון שנמצא לאחר דיונים ממושכים היה קידום-בזק של קבוצת טסמניה 1900 ברלין, שמליגה נמוכה הוזנקה לליגה הבכירה. אלא שטסמניה 1900 הצנועה לא הייתה מוכנה מבחינה מקצועית למהלך המפתיע ורשמה את העונה הגרועה ביותר של קבוצה כלשהי בבונדסליגה. הדבר סלל את חזרתה של הרטה לליגה הראשונה בעונת 1968/1969, וגם סייע לה לבצר את מעמדה כקבוצה הבכירה של ברלין.
ב-1971 פרצה בבונדסליגה שערורייה, כשנודע כי כמה קבוצות, והרטה ביניהן, ניסו להטות משחקים. במהלך החקירה התברר עוד כי הרטה שקועה בחובות כספיים עצומים (כ-6 מיליון מארק), שאילצו אותה למכור את האצטדיון הביתי שלה. למרות כל זאת, רשמה הקבוצה מספר הצלחות מקצועיות במהלך שנות ה-70: את עונת 1974/1975 היא סיימה במקום השני בבונדסליגה אחרי האלופה בורוסיה מנשנגלדבך; ב-1979 הופיעה בחצי-גמר גביע אופ"א לאחר שניצחה את קבוצת אסביירג בשמינית הגמר ואת קבוצת דוקלה פראג ברבע הגמר; כמו כן הגיעה פעמיים לגמר הגביע הגרמני (ב-1977 וב-1979).
עונת 1979/1980 הייתה מוצלחת הרבה פחות, ובסיומה מצאה עצמה הרטה מתדרדרת לליגה השנייה (הבונדסליגה-2), בה היא עתידה לבלות 13 מתוך 17 העונות הבאות.
1981 - 1997: מדשדשים.
ב-1982 נעשה ניסיון נוסף לאחד את הרטה עם היריבה הוותיקה טניס-בורוסיה, אליהן היו אמורות להצטרף בלאו-וייס 90 ואס-צה שרלוטנבורג, מתוך מטרה לבנות קבוצה חזקה ומובילה בברלין. הקבוצה המאוחדת הייתה אמורה להקרא אף-צה אוטופיה (FC Utopia), אלא שהמהלך לא יצא בסופו של דבר לפועל.
הרטה המשיכה להתדרדר, ובסיום עונת 1986/1987 ירדה לליגה השלישית - האמטויר-אוברליגה-ברלין - שם שיחקה במשך שתי עונות. שתי העפלות לבונדסליגה (ב-1982/1983 וב-) הסתיימו במפח נפש עם ירידה לבונדסליגה-2 בעונה שלאחר מכן.
ב-1994 נקלע שוב המועדון לקשיים כלכליים וחובותיו הגיעו ל-10 מיליון מארק. המשבר נפתר על ידי מכירת נדל"ן שהיה בבעלות המועדון, וכמו כן נמצא ספונסר חדש והוחלפו כל חברי ההנהלה. ב-1997 שבה הרטה לליגה הבכירה. בכך הסתיימה תקופה בת יותר מעשר שנים בה לא הייתה לברלין נציגה בבונדסליגה (בלאו-וייס 90 הייתה הברלינאית האחרונה שזכתה לכבוד). במהלך תקופה זו הייתה כנראה גרמניה המדינה היחידה בעולם שעיר הבירה שלה לא יוצגה בליגה הבכירה.
מאז 1998: ההצלחה מאירה פנים.
למרות ההתאוששות בסוף שנות ה-90 שאיפותיה של הקבוצה עדיין היו צנועות יחסית. ההנהלה ציפתה מן המאמן יורגן רובר להתמקם במרכז הטבלה ולנסות להעפיל לגביע אופ"א. בסיום עונת רשמה הקבוצה את אחד מהישגיה הגדולים ביותר. הרטה ברלין סיימה את העונה במקום השלישי בטבלת הבונדסליגה הגרמנית והצליחה להעפיל לליגת האלופות האירופית. ההצלחה הושגה אודות לשחקנים וותיקים שפרחו לפתע תחת הנהגתו של רובר, דוגמת הקשר האיראני הבינלאומי עלי דאי. הצלחה זו אפשרה למועדון להחתים שחקנים בכירים דוגמת סבסטיאן דייסלר הגרמני ומרסליניו הברזילאי, שעתיד לזכות בתואר שחקן השנה בבונדסליגה ב-2005. במקביל, השקיע המועדון משאבים נכבדים בטיפוח קבוצת הנוער ומחלקות הילדים שלו. ב-2001 ו-2002 זכתה הרטה פעמיים בגביע הליגה.
הקבוצה כמעט ירדה לליגה השנייה בעונת , אך ניצלה. בעונה שלאחר מכן סיימה במקום הרביעי ולא הצליחה להעפיל לליגת האלופות, לאחר מחזור סיום דרמטי בו סיימה רק בתיקו מול הנובר 96 ונאלצה לראות את ורדר ברמן חולפת על פניה. אגב, כמחווה של הכרת תודה, שלחה ורדר ברמן 96 בקבוקי שמפניה להאנובר.
בסיום עונת דורגה הרטה במקום השישי והעפילה לגביע אופ"א לאחר שניצחה את פ.ק. מוסקבה באינטרטוטו. את עונת סיימה הקבוצה במקום העשירי. גם את עונת סיימה הרטה במקום העשירי, אך למרות המיקום הנמוך זכתה הרטה בכרטיס "הקבוצה ההוגנת", המזכה במקום במוקדמות אופ"א, והעפילה לשלב הבתים.
בעונת סיימה הקבוצה במקום הרביעי לאחר שהוליכה את הטבלה במשך מספר מחזורים ונאבקה במשך כל העונה על האליפות.
2009: ירידה לליגת המשנה.
עונת נפתחה עם ניצחון ביתי במחזור הראשון, 0:1 על הנובר 96, אך משם הדרדרה הקבוצה והצליחה להשיג עוד שלוש נקודות בלבד במהלך הסיבוב הראשון ולהתמקם בסיומו במקום האחרון עם שש נקודות. לקראת הסיבוב השני הושאלו לקבוצה לבאן קוביאשווילי, תיאופניס גקאס ורומן הובניק, אך גם אז נכשלה הקבוצה במאמציה לשרוד בליגה הראשונה. במחזור ה-33 נזקקה הרטה ברלין לניצחון על מנת להיות תאורטית בתמונת ההישרדות אך סיימה בתיקו 1:1 במשחק החוץ מול באייר לברקוזן וירידתה לבונדסליגה השנייה הפכה לעובדה מוגמרת.
לקראת עונת השכילה הרטה ברלין, בראשות מנהל הקבוצה מיכאל פריץ, לשמור על רוב שחקני הסגל הבכירים - אדריאן ראמוס, רפאל, לבאן קוביאשווילי, רומן הובניק - וצירפה את שוער וילם II מייקל אארטס, המגן הימני של באיירן מינכן כריסטיאן לל, בלם ארמיניה בילפלד אנדרה מיאטוביץ', המגן השמאלי של ספורטינג ליסבון רוני וחלוץ בורוסיה מנשנגלדבך רוב פרנד.
במהלך עונת הוליכה הרטה ברלין את טבלת הליגה השנייה במרבית העונה וידעה לצאת ממשבר מקצועי שפקד אותה לקראת סיום הסיבוב הראשון. לקראת סיום הסיבוב הראשון החליף החלוץ המרכזי הצעיר בן ה-19 פייר מישל לאסוגה את רוב פרנד בהרכב, הבקיע 13 שערי ליגה ואף זומן במהלך העונה לנבחרת גרמניה עד גיל 21. במחזור ה-31 - שלושה מחזורים לסיום העונה - הבטיחה הקבוצה את חזרתה לליגה הבכירה לאחר ניצחון חוץ על קבוצת דואיסבורג 0:1.
בתום עונת 2011/2012 שבה הקבוצה לבונדסליגה השנייה, והעפילה בתום העונה בחזרה לבונדסליגה הראשונה.
בתום עונת 2021/2022 התמודדה הקבוצה במשחקי הישרדות בליגה הראשונה (שיטת בית-חוץ) ובו ניצחה את המבורג 2–1 בסיכום שני המשחקים והבטיחה הישארות בליגה.
אצטדיון.
החל מ-1904 שיחקה הקבוצה במגרש בשם פלומפה שנמצא ברובע גזונטברונן. ב-1923 נבנה במקום אצטדיון בעל תכולה של כ-35,000 מקומות. עם ההצטרפות לבונדסליגה ב-1963 נטשה הקבוצה את האצטדיון ועברה לשחק באצטדיון האולימפי של ברלין בו היא משחקת עד היום. האצטדיון נבנה לקראת אולימפיאדת ברלין שנערכה ב-1936 בחסות המשטר הנאצי, וכן שימש אתר קבוע לכנסים המוניים של המפלגה הנאצית.