בקונגרס הראשון, שהיה אמור להתכנס ב-4 במרץ 1789 בהיכל הפדרלי בניו יורק, השיג בית הנבחרים את הקוורום הנדרש מעט פחות מחודש אחרי התאריך המיועד, ב-1 באפריל. בסנאט הושג קוורום ב-6 באפריל. הסיבה המרכזית לעיכוב הייתה תנאי מזג האוויר הקשים. למרות העיכובים, בעשורים הראשונים לאחר אימוץ החוקה לא נקבעו כללים נוקשים נגד מחוקקים שלא הופיעו לישיבות הבתים.
הדרישה לקוורום מאפשרת לחברי הבתים לקיים פיליבסטר, כלומר לעכב הצבעות על הצעות חוק, פרקטיקה שמכונה "פיצוץ קוורום" (quorum busting). לפי הכללים שאימץ הסנאט, הנחת המוצא היא שמניין מספק של סנאטורים נוכח תמיד - לכן ישיבות רבות מתקיימות ללא קוורום - אלא אם אחד הסנטורים מציע אחרת במפורש. במקרה כזה מתקיימת בדיקת נוכחות. על פי רוב מציעים סנאטורים שאין מניין מספק כאשר הם מעוניינים לדחות דיון או הצבעה. בעקבות התרבות מקרים של פיצוץ קוורום בחצי השני של המאה ה-19, אימץ הסנאט, בשנת 1877, כללים חדשים שאיפשרו מעצר של חבר שאינו נוכח והבאתו בכוח למליאה. הפעם הראשונה בה נעצר סנאטור והובא למליאה בניגוד לרצונו הייתה בשנת 1988, כאשר שוטרים ממשטרת הקפיטול עצרו את הסנאטור בוב פאקווד בהוראת הסנאט.
סעיף 2: קביעת כללים וענישה.
החלק הראשון של סעיף זה נותן לכל אחד מבתי המחוקקים את הסמכות לקבוע כללים לגבי תהליכי העבודה שלהם עצמם. זוהי סמכות חשובה, שכן לכללים בנוגע לתהליכי העבודה של בתי המחוקקים יש השפעה משמעותית על תוצאותיהם.
דוגמה בולטת היא כלל מספר 22 של הסנאט, שמאפשר סיום של דיון ומעבר להצבעה ברוב של שלוש חמישיות מחברי הסנאט. המשמעות המעשית של הכלל היא שהמיעוט בסנאט יכול לעכב החלטה באמצעות פיליבסטר, שכן גם אם קיים רוב פשוט להצעה כלשהי, מיעוט של 41 חברי סנאט או יותר יכול למנוע מעבר מדיון להצבעה. בשנים 2013 ו-2017 השתמשה מפלגת הרוב בסנאט (הדמוקרטים ב-2013 והרפובליקנים ב-2017) בכלל מספר 20 של הסנאט על מנת למנוע פיליבסטר בהחלטות לגבי אישור מינויים של הנשיא. שימוש זה בכלל 20 מכונה "האופציה הגרעינית" (nuclear option). הכלל מאפשר לכל סנאטור להציע שינוי לכללי הסנאט, כגון הצעה שהחלטה על סיום פיליבסטר תתקבל ברוב פשוט; אם השינוי סותר את הכללים הקיימים הוא נדחה על ידי הנשיא הזמני של הסנאט, אך אז יכול המציע לערער על ההחלטה, והערעור יכול להתקבל ברוב פשוט. ב-2013 השתמשו הדמוקרטים באופציה זו כדי למנוע, ברוב פשוט, פיליבסטר על אישור מינויים של הנשיא (אז ברק אובמה), מלבד מינויים לבית המשפט העליון. ב-2017 השתמשו הדמוקרטים בכלל 22 כדי לעכב את אישור מועמד הנשיא דונלד טראמפ לבית המשפט העליון, ניל גורסץ'. הרפובליקנים השתמשו ב"אופציה הגרעינית" כדי לסיים פיליבסטרים גם במקרה של מינוי שופטים לבית המשפט העליון.
החלק השני של הסעיף מאפשר לכל בית להעניש את חבריו ולסלק חבר בהסכמה של שני שלישים מחברי הבית. התנאי לפיו סילוק מחייב תמיכה של שני שלישים מחברי הבית נוסף לחוקה בעצתו של ג'יימס מדיסון, על מנת למנוע מצב בו חברי הרוב בסנאט יעשו שימוש לרעה בכוח ויסלקו את חברי המיעוט. בפועל, סילוק מהקונגרס הוא הליך נדיר. מאז הקונגרס הראשון רק חמישה מחברי בית הנבחרים ו-15 מחברי הסנאט סולקו. מתוך מקרים אלה, 17 מקרים הם של חברי קונגרס שתמכו בקונפדרציה לאחר פרישת מדינות הדרום מהאיחוד, ומשום כך סולקו בשנים 1861 ו-1862, בזמן מלחמת האזרחים. האדם הראשון שסולק מהקונגרס היה הסנאטור ויליאם בלאונט ב-1797; האחרון שסולק נכון ל-2020 הוא חבר בית הנבחרים מאוהיו, ג'יימס טרפיקנט, בשנת 2002, שהואשם בשוחד, סחיטה והשתמטות ממס. בשני הבתים ניתן להטיל על החברים עונשים קלים יותר, כגון נזיפה, ועונשים אלה נפוצים יותר.
סעיף 3: תיעוד עבודת הקונגרס.
סעיף זה מחייב את כל אחד מהבתים לנהל יומן המתעד את עבודת הבית, אך מאפשר לחברי הבית להימנע מתיעוד במקרים בהם, על פי שיפוטם, נדרשת סודיות. הפרקטיקה של תיעוד עבודת הפרלמנט הייתה מקובלת בפרלמנט האנגלי ומוכרת לכן למנסחי החוקה. עם זאת, הדרישה בחוקה, כפי שהבינו אותה מנסחיה, אינה לתיעוד מלא של הדיונים, אלא רק של פעולות החקיקה הבסיסיות. בשנים הראשונות לאחר הקמת ארצות הברית, יומני בית הנבחרים והסנאט כללו רשימות של הצעות חוק, אך לא את הטקסט שלהן או תמליל של הדיונים. את הטקסט המלא התאמצו עיתונאים לתעד.
סעיף 4: נעילת המושב ואיסור שינוי מקום ההתכנסות.
מנסחי החוקה חששו שאם יוכלו הבתים לנעול (adjourn) את מושבם באופן חד צדדי, הם יעשו שימוש בכוח זה כדי לחבל בעבודת הקונגרס או להשהותה. לפיכך הם הוסיפו את הסעיף הזה, לפיו אף אחד מהבתים לא יכול לצאת לפגרה של יותר משלושה ימים ללא הסכמת הבית השני. מצד שני, עלה החשש שחברי הסנאט יעשו שימוש לרעה בכוח שמקנה להם הסעיף וימנעו מהנציגים בבית הנבחרים לחזור לביתם. הפתרון שמציעה החוקה, בחלק השלישי של הפרק השני לחוקה, הוא שאם שני הבתים לא מצליחים להגיע להסכמה על זמן נעילת הקונגרס, יכול הנשיא לנעול את המושב לפרק הזמן הראוי בעיניו. מאז הקונגרס הראשון, תמיד הצליחו הבתים להגיע להסכמה על זמני נעילת המושב. עם זאת, במקרים רבים יוצאים הבתים להפסקות של יותר משלושה ימים מבלי להינעל רשמית ומבלי לבקש את רשות הבית השני. כדי לעמוד בתנאים של סעיף זה, מקיימים הבתים, כל שלושה ימים, ישיבות "לרושם בלבד" (pro forma), שעורכות מספר דקות.
בנוסף, על פי סעיף זה, לא יכולים חברי הבתים להעביר את מקום מושבם ללא הסכמת הבית השני. גם איסור זה נובע מהחשש של מנסחי החוקה, שחברי בית אחד ינסו לעכב את עבודת הקונגרס על ידי החלטה להתכנס במקום שונה. החוקה (בחלק השמיני של פרק זה) מסמיכה את הקונגרס לקבוע מה יהיה מקום מושבה של הממשלה, ובכלל זה מקום מושבם של בתי המחוקקים, אך היא מאפשרת לבתים לעבור באופן זמני למקום אחר, בהסכמה הדדית, כשמתעורר הצורך בכך. הקונגרס של ארצות הברית העביר את מקום מושבו באופן זמני מפילדלפיה לטרנטון, בזמן התפרצות הקדחת הצהובה בפילדפיה בשנות ה-90 של המאה ה-18. בזמן מלחמת 1812 עזב הקונגרס את מושבו בוושינגטון די. סי. באופן זמני.
חלק שישי: מגבלות, שכר ופריווילגיות של נושאי משרה.
החלק השישי של הפרק הראשון מפרט לגבי הזכויות של חברי בית הנבחרים והסנאט, הפריווילגיות שלהם, והמגבלות שחלות עליהם. חלק זה מבסס את העצמאות של המחוקקים במספר דרכים: הוא מבסס את עצמאותם מהמדינות בקביעתו ששכר המחוקקים יסופק על ידי הממשל הפדרלי; הוא מחזק את עצמאותם מגופי אכיפה וחקירה של הרשות המבצעת על ידי מתן חסינות חלקית; והוא מרחיב את עצמאותם מהרשות המבצעת על ידי קביעת איסורים על כהונה של מחוקקים ברשות זו במקביל לכהונתם כמחוקקים. מנסחי החוקה קיוו שחלק זה יסייע להבנות את התמריצים והמניעים של המחוקקים באופן שהולם את עיקרון הפרדת הרשויות.
סעיף 1: שכר וחסינות חלקית.
החלק הראשון של סעיף 1 קובע שחברי הקונגרס יקבלו שכר, וששכרם ישולם מתוך אוצר הממשל הפדרלי:
מנסחי החוקה היו צריכים להחליט האם חברי בתי המחוקקים הפדרליים יקבלו תמורה כספית עבור שירותם, ואם כן מי ישלם את שכרם וכיצד הוא יקבע. באשר לשאלה הראשונה, חשבו מנסחי החוקה שלמחוקקים שאינם מקבלים שכר יהיה תמריץ חזק יותר לקבל שוחד או להסכים לשחיתות מסוג אחר. הקביעה, אם כן, שהמחוקקים יקבלו שכר נועדה להבטיח שצרכי החיים לא יניעו אותם למסור את עצמאותם בעבור תמורה כספית. שיקול נוסף הוא מניעת מצב שבו רק אזרחים בעלי ממון יהיו יכולים להרשות לעצמם לכהן כמחוקקים, כך שארצות הברית תהפוך בפועל לפלוטוקרטיה. החוקה משתמשת בעניין זה בלשון ציווי ("shall receive a compensation") ובכך מבהירה שעצם התשלום לנציגים (אך לא גובה התשלום) הוא מחייב ולא נתון לשיקול דעת.
באשר לשאלה מי ישלם את שכר המחוקקים, החליטו מנסחי החוקה שהוא ישולם מקופת האוצר של ארצות הברית. גם בנושא זה החלטתם נבעה מהרצון ליצור מבנה של תמריצים שיבטיח את עצמאות המחוקקים. בתקנון הקונפדרציה, שקדם לחוקה, נקבע שהמדינות ישלמו את השכר של נציגיהם בפדרציה, אך הצירים בוועידת החוקה סברו שמצב זה מעודד תלות יתר של המחוקקים במדינות.
באשר לשאלה מי יקבע את שכר המחוקקים, החליטו מנסחי החוקה שהמחוקקים עצמם יכריעו בנושא בחקיקה. הליך החקיקה עצמו מונע מבתי המחוקקים להגיע להחלטה חד צדדית או פרועה, שכן הצעות חוק שעוברות בבית הנבחרים צריכות את אישור הסנאט, והנשיא יכול להטיל וטו על חוקים שעברו בשני הבתים. עם זאת, ההחלטה לתת למחוקקים להכריע בעצמם לגבי גובה השכר עוררה מחלוקת כבר בוועידת החוקה ונותרה במחלוקת מאז. אלברידג' גרי ממסצ'וסטס ואדמונד רנדולף מווירג'יניה סירבו לחתום על הנוסח הסופי של החוקה, בין השאר משום שהחוקה לא סיפקה, לתפיסתם, דרכים מספקות לרגולציה של שכר חברי בתי המחוקקים. זמן קצר לאחר אשרור החוקה ב-1789, הציע הקונגרס 12 תיקונים לחוקה, כאשר על פי אחד מהם כל שינוי בשכר חברי בתי המחוקקים לא ייכנס לתוקף עד לבחירות הבאות לבית הנבחרים. 10 מתוך 12 התיקונים המוצעים אושררו על ידי המדינות באותה שנה והיו למגילת הזכויות של ארצות הברית, אך תיקון מוצע זה לא היה אחד מהם. 202 שנים ו-7 חודשים לאחר הצעת התיקון, ב-5 במאי 1992, הוא התקבל והיה לתיקון ה-27 לחוקת ארצות הברית.
המשפט השני בסעיף 1 לחלק השישי מכונה "פסוקית נאום או דיון" (speech or debate clause), והוא מקנה לחברי שני הבתים חסינות מפני מעצר, למעט במקרה של בגידה, פשע או הפרת השלום הציבורי, וכן חסינות מפני חקירה לגבי דברים שאמרו כחלק מהליך החקיקה: