אחד הדימויים הבולטים של המדינה החופשית היו הידיים הכרותות שהפכו לסמל הבולט של זוועות קונגו. קטיעת ידיים הייתה נפוצה תחת שלטון המדינה החופשית ומקורה בתעשיית הגומי. חיילי הכוח הציבורי נחשדו בחוסר משמעת ונדרשו להוכיח שלא גנבו תחמושת וציוד צבאי למטרות ציד. הנוהג לכרות ידיים מן הגופות בעקבות מסעות ענישה הפך נפוץ, כראייה שלא נעשה שימוש לרעה בציוד צבאי. תצלומים של קורבנות, שצולמו על ידי מיסיונרים היווה אמצעי תעמולה למתנגדי משטרו של לאופולד השני בבלגיה ובבריטניה. בשנת 1896 עיתון גרמני פרסם כי על פי ידיעה בלגית רשמית, 1300 ידיים כרותות הועברו לנציב המחוז, לאון פיביז ביום אחד. בשנת 1899 אחד מקציני המשטר סימון רוי, ניהל שיחה עם מיסיונר אמריקאי על כך שצוותים תחתיו היו אחראים לרצח של מאות קונגולזים. המיסיונר אליס וורת' פאריס תיעד את השיחה ביומנו וציטט את רוי: "כל פעם נשלח רב-טוראי להביא גומי וניתנו לו מחסניות עם כדורים אשר עליו להחזיר אותם ללא שימוש אלא אם כן נתקל בסיטואציה שבה עליו להשתמש בהם אז עליו להביא הוכחה שאכן היה שימוש "מוצדק" בצורה של יד כרותה עבור כל כדור". כמו כן רוי ציין כי בתקופתו השתמשו ב-6000 כדורים כלומר נהרגו 6000 איש. רשימת התיעודים של המיסיונר האמריקאי לא מסתיים כאן. ידוע על קצינים רבים מהכוח הציבורי אשר ניהלו יומנים ותיעדו את הזוועות ומעשי הרצח אשר ביצעו בתקופתם בקונגו.
מלבד איסוף הגומי, האלימות במדינה החופשית התרחשה בעיקר במלחמות ובמרידות. המדינות הממלכתיות (יישויות אתניות בעידן הפרה קולוניאלי), בעיקר ממלכת קי של מסיר, הפדרציה של זאנדי וטריטוריה דוברת סוואהלית במזרח קונגו תחת שלטונו של טיפו-טיפ, אשר כולם היו סוחרי עבדים, שנהב ונחושת, לא הכירו בסמכות חיילי הכוח הציבורי. בשנת 1895 פרצה התקוממות בקרב בני באטלה שבמחוז קאסי, שהפכה למרד בן 4 שנים. הסכסוך היה אלים במיוחד וגרם למספר רב של נפגעים. הרבה מהאלימות שבוצעה בקונגו נגרמה על ידי אפריקאים אחרים. אך היו מספר לבנים אשר גם הם היו ידועים בשיטות סדיסטיות כמו הבאים: לאון רום, ליאון בייביז ורנה דה דרמנטייה אשר שימש השראה לדמותו של קורץ בספר "לב האפלה".
הירידה באוכלוסייה.
הירידה הדרמטית באוכלוסייה של קונגו נבעה משילוב של רצח, רעב, חשיפה למחלות ובנוסף שיעור ילודה נמוך. אף שהנתון לא וודאי בגלל העדר רישומים עקביים, האלימות והרצח היוו רק חלק זעום משיעור הירידה באוכלוסייה. ההיסטוריון יאן ואנסינה העריך כי האלימות הובילה למוות של פחות מחמישה אחוזים מהאוכלוסייה וכי רוב הירידה באוכלוסייה נגרמה בעקבות המחלות הרבות שהגיעו על ידי סוחרים ערבים. מחלות כמו דיזנטריה אמבית באזורים שבהם הדיזנטריה הייתה נפוצה העמידו בסיכון בין 30–60 אחוז מהאוכלוסייה. בנוסף למחלות מין, אבעבועות שחורות ושפעת החזירים שגרמו למותם של כחמישה אחוזים מהאוכלוסייה. יתר על כן, מחלת השינה הייתה המגפה הגדולה ביותר באזורי הקונגו, ובה היו שיעורי התמותה הגדולים ביותר. בשנת 1901 לבדה הוערך כי חצי מיליון קונגולזים מתו ממחלת השינה. יחד עם המחלות, המגיפות, הרעב והירידה בשיעור הילודה שנגרמו כתוצאה מהפרעות אלה, תרמו הזוועות לירידה חדה באוכלוסייה הקונגולזית.
נערכו מספר אומדנים בנוגע לתמותה בקונגו בין השנים 1885–1908. המספר המדויק שנוי במחלוקת ומספר הערכות שונות נעשו. רוג'ר קייסמנט מעריך כי בשנים האלו צנחה האוכלוסייה בכשלושה מיליון בני אדם. אדם הוכשילד מעריך כי הייתה ירידה של כעשרה מיליון בני אדם, איזידור נדיוול מעריך כי הייתה ירידה של כשלושה עשר מיליון מהאוכלוסייה ויאן ואנסינה מעריך שבין השנים 1900–1919 הייתה ירידה של כ-25 אחוז, בעיקר בשל המחלות הרבות שפקדו את האזור.
מאז המפקד הראשון של האוכלוסייה הקונגולזית שנעשה בשנת 1924, יש וויכוח בין היסטוריונים שונים אודות מספרים מדויקים הנוגעים בירידת האוכלוסייה או מספר מקרי המוות. מכיוון שההערכות הן כי מדובר במיליוני אבדות וכי לא נערכו רישומים מסודרים באותה תקופה, לא ניתן להגיע לאומדן מדויק.
העלייה לתודעה הבינלאומית ונפילת ממלכתו הפרטית של לאופולד.
העדות הראשונה על הזוועות שהתרחשו בקונגו הגיעה בשנת 1890. , עו"ד אפרו-אמריקאי ששירת בצבא ארצות הברית במלחמת האזרחים האמריקאית ובנוסף היה שר במדינת האיטי, הגיע לקונגו במטרה לבדוק אפשרויות לתעסוקה של שחורים במדינה, מאחר שחשב שבקונגו שחורים לא יופלו לרעה בגלל גזעם. הוא הסתובב במדינה כחצי שנה ושט בספינת קיטור בשייט בנהר הקונגו. בקונגו נחשף לזוועות שהתרחשו בניגוד לציפיותיו. בחזרתו משם שלח מכתב פתוח למלך לאופולד בו הוא מתאר את הרציחות, הניצול ושאר הזוועות שראה, ובעיקר את העובדה ששום נציג רשמי במדינה אינו דובר סווהילית, שפת המקומיים. העיתון New York Herald הקדיש טור למכתבו של , ועיתונים נוספים באירופה אימצו ופרסמו את האשמותיו. פרסומים אלו גררו מחאות במרכז ומערב אירופה.
היה הראשון שטבע את המונח "פשעים נגד האנושות", אותו מונח שנטבע באופן רשמי בכתבי האישום במשפטי נירנברג, כ-50 שנה לאחר מכן.
לאופולד דחה את האישומים בקלות יתר. הוא טען שבסה"כ הממשל שלו בקונגו מלמד ומחנך את המקומיים למוסר עבודה.
החשיפה הבינלאומית הבאה התרחשה בשנת 1895 במקרה לאחר . סוחר אירי בשם נעצר על סחר בלתי חוקי על ידי , קצין בלגי. לות'ייר שהיה בטוח סוחר בכלי נשק עם תלה את ללא משפט מקדים. הפרשה גרמה למחאה, כעס רב והתנגדות בקרב הציבור הבריטי . זעם זה יעודד בעתיד את ממשלת בריטניה לחקור באופן עצמאי ובלתי תלוי את ואנשיו כלפי הקונגולזים.
עם התרחבות סיפורי הזוועות בעולם והיקפי הייצוא של משאבים מקונגו החלו להגיע עוד ועוד סיפורים לעולם המערבי. ג'וזף קונראד, בריטי שעבד כרב חובל בספינת קיטור בנהר הקונגו, סיפר את אשר ראה בטור לעיתון ב-1899 ואף פרסם את הנובלה "לב המאפליה" ב-1902, שתיארה את באמצעות סיפור עלילתי. נובלה זו נחשבת לאחד הספרים העלילתיים המשמעותיים שנכתבו על הקולוניאליזם.
נקודת המפנה מבחינת התודעה הבינלאומית, הגיעה בתחילת המאה ה-20. היה עיתונאי שהכיר את הסיפורים על המתרחש בקונגו. הוא היה בנמל אנטוורפן בבלגיה שם בדק את הסחורות שמגיעות ויוצאות לקונגו. הוא זיהה שמקונגו מגיעים מוצרים רבים בעלי ערך כמו שנהב , ובתמורה נשלחים לקונגו כלי נשק, שרשראות ברזל וחומרי נפץ. לקח את החשיפה על הנעשה בקונגו כפרויקט חייו והמשיך לפרסם ככל יכולתו על הזוועות. בשנת 1906 פרסם את הספר "הגומי האדום", שהשפיע רבות על דעת הקהל ונקרא על ידי אנשים רבים. כשצבר חשיפה בקרב הקהל, החלו לזרום אליו תמונות, עדויות וסיפורים נוספים מאנשים שהיו בקונגו - קציני משטר לאופולד, עובדי חברות פרטיות ומיסיונרים.
עדויות אלו פורסמו באופן עצמאי במקביל לשליחתם ופרסומם על ידי . הנובליסטים המפורסמים מארק טוויין, ג'וזף קונראד ו, יחד עם הסוציאליסט הבלגי אמיל ונדרוולדה היו בין השותפים המרכזיים של לקמפיין נגד לאופולד. אדגר קניסויוס, דובר סווהילית (השפה המקומית) וקצין באחת מחברות הגומי שפעלו בקונגו, העביר בתיעוד נדיר הקלטה של אישה מקומית שמתארת רציחות וחטיפות לטובת עבדות שהתבצעו בכפרה.
למרות הפרסומים הרבים, לאופולד המשיך לטעון שכל הנעשה בקונגו הוא לטובת המקומיים עבור פיתוח המדינה והכלכלה, והיה מופתע מאוד מהביקורות החריפות שנכתבו נגדו. הוא טען שהסיפורים מתארים מעשי קולוניות אחרות, ואילו בקונגו שוררת הרמוניה.
בשנת 1903, הפרסום הנרחב בעולם המערבי החל לתת אותותיו. ממשלת בריטניה מינתה באופן עצמאי ובלתי תלוי את רוג'ר קייסמנט, שגריר בריטניה בקונגו, לחקור ולחבר דו"ח אודות המתרחש בקונגו. לאחר כשנה, קייסמנט פרסם את הדו"ח ותיאר ב-40 עמודים את הזוועות שהתרחשו שם באמצעות תיעודים וסיפורים. הממשל הבריטי דחף להתכנסות של 14 המעצמות שאישרו בוועידת ברלין את הקמת .
בתגובה ללחץ הציבורי הגובר, הקים לאופולד בשנת 1904 ועדת חקירה פנימית רשמית במטרה לחקור את פעילות אנשיו כלפי הקונגולזים. אך זו כצפוי לא שינה את הדפוס כלפי הקונגולזים, אנשי הקולוניה המשיכו בניצול ושיעבוד האוכלוסייה המקומית לטובת מטרותיהם. באותה שנה, הוקמה . חבריה המרכזיים היו , קייסמנט, והנובליסטים שהוזכרו לעיל. הם סימנו כמטרה להביא לעזיבתם של אנשי לאופולד את אדמת קונגו, ואת הכרזתה כקולוניה בלגית רשמית. הפרסומים והעדויות הרבות, התמונות, ושטף המידע שהגיע מקונגו, חייבו את הבלגים להתערב, ובאופן רשמי הם שלחו לשם נציגים כדי לבדוק את המתרחש. כשהלחץ הציבורי והדיפלומטי גבר, הממשל הבלגי כבר לא יכול היה לעצום עין ממעשי לאופולד בממלכתו הפרטית, ולא הייתה למדינה ברירה אלא להתערב, ולקחת את הקולוניה לידיה.
בשנת 1908, הפכה בלגיה באופן רשמי את לקולוניה רשמית בשם "קונגו הבלגית". למרות הגיבוי הדיפלומטי ודעת הקהל שאפשרו לבלגיה לקחת את הקולוניה ללא תמורה, היא בחרה לרכוש את קונגו מלאופולד תמורת סכומי עתק דאז. 100 מיליון פרנק בלגי שולמו על ידי המדינה לכיסוי חובות, עוד 45.5 מיליון להשלים את תוכניות הבנייה של לאופולד ו50 מיליון פרנק כהוקרת תודה עבור תרומתו של לאופולד בעבור ואזרחיה. לאופולד כדבריו הציג את העסקה כנדבה בעבור העם הבלגי ולא כעסקה כלכלית. לאופולד נחשב אז לאחד האנשים העשירים בעולם, שכן בנוסף להון שקיבל מהממשלה הבלגית, צבר נכסים והון רב במהלך תקופתו כשליט הקולוניה. אלו נצברו כנכסי נדל"ן רבים בריביירה הצרפתית ובלגיה עצמה, שותפויות בחברות ענק שפעלו בקונגו, קרנות וחשבונות סודיים ועוד.
היסטוריוגרפיה והמונח "רצח עם".