בפברואר 1942 הקימו היפנים ממשל צבאי של מלאיה. טוקוגאווה כיהן בו כיועץ מדיני, לפי המלצת הסולטאן. לאורך שנות הכיבוש היפני, היחסים בין הממשל הצבאי לסולטאן היו למים, וטוקוגאווה ערך תוכנית לאיחוד הסולטאנויות המלזיות, כולל סולטנות פטאני, כשסולטאן אברהים יעמוד בראש האיחוד. עם זאת, אחרי 1943 היפנים נתקלו בקשיים כלכליים ובתבוסות צבאיות במערכת האוקיינוס השקט, עזבו תוכניות אלה והתמקדו בסוגיית החקלאות המקומית. הם המשיכו בסידור הבריטי של מינוי יועצים ממלכתיים בג'והור, והסולטאן התפנה לחיי הפנאי.
בשנים האחרונות של הכיבוש, הסולטאן חש תסכולים מיחס השלטונות היפניים. הם הורו לסולטאנים המלזים לתרום תרומה שנתית של 10,000 דולר למימון מאמץ המלחמה היפני, ונאומי השליטים עברו צנזורה של מחלק התעמולה היפני. הסולטאן ננזף והושפל בפומבי על כך שפעם העז להישען על מקל ההליכה שלו בעומדו בפני קצינים יפנים.
זמן קצר לפני שיפן נכנעה, גורש אבראהים מארמונו באיסטנה בוקיט סרנה ואולץ לעבור לגור בארמון יורש העצר, "איסטאנה פסיר פלאנגי".
איחוד מאליה. המאבק הלאומי המלזי.
ימים ספורים אחרי נחיתת הבריטים ב-5 בספטמבר 1945 בחזרה לסינגפור, התחיל המנהל הצבאי הבריטי לעבוד על התוכנית מלפני המלחמה למרכז את השליטה במדינות המלזיות. קצין משפטן ששירת בעבר בשרות האזרחי המלזי, ה.ס. וילאן, קיבל משימה לראיין את השליטים המלזים. ב-8 בספטמבר הוא התקבל אצל סולטאן אברהים שהתגורר אז באסטאנה פסיר פלאנגי יחד עם אשתו ממוצא יהודי-רומני.
הוא התלונן על תסכוליו בעת הכיבוש היפני והציע את שרותיו למנהל הצבאי הבריטי. הסולטאן ביקש מווילאן את הרשות להציב את דגל בריטניה על מכוניתו בטקס הכניעה שתוכנן ל-12 בספטמבר ובקשתו אושרה.
אחרי סיום הראיונות דו"חותיו של וילאן נמסרו למנהל הצבאי. סר הרולד מקמייקל, נציב עליון לשעבר של ארץ ישראל, הוסמך לתחום על הסכמים רשמיים עם שליטים המלזים בנוגע להקמת איחוד מלאיה. באוקטובר קיבל אברהים את ביקורו של מקמקייל. הוא הסכים מיד להצעת התוכנית, מפני שהשתוקק מאוד לבקר שוב באנגליה בסוף השנה. שליטים מלזים רבים הביעו הסתייגויות עזות לתוכנית, מתוך חשש כי יאבדו סמכויותיהם וכי מדינותיהם היו עלולות ליפול לתחום ההשפעה הפוליטית של תאילנד.
ההסכמים ידועים כ"הסכם מקמייקל" ציינו שלבריטניה נותרה סמכות מנהלית מלאה במדינות המלזיות פרט לתחומים הקשורים למנהגים ולדת. בקרב המלזים קמו מחאות חזקות נגד ההסכמים כשהם היוו עקיפה של הסמכויות המוסריות והרוחניות של השליטים, שהיו חשובות ביותר בעיני העם. עלו גם המתחים בין המלזים למיעוט הסיני והציפייה להתאזרחיות הלא-מלזים נחשבה לבלתי מתקבלת על דעת המלזים. בג'והור היו הפוליטיקאים המקומיים מאוד מתוסכלים מהחלטת הסולטאן לחתום על ההסכמים עם מקמייקל וטענו שהסולטאן הפר את החוקה, שאסרה במפורש על כל השתלטות של מעצמה זרה על ניהול המדינה.
בתחילת פברואר 1946 כמה מתנגדים פוליטיים בראשות אוואנג בן חסן ארגנו אספה נגד החלטת הסולטאן והזמינו גם את און בן ג'אפאר, ששימש אז כראש מחוז בבאטו פאהאט להצטרף.
האספה התקיימה ב-1 בפברואר 1946 במסגד הממלכתי סולטאן אבו בכר. המפגינים דקלמו ססמאות לאומניות וקראו להדחת הסולטאן אברהים מפני שעל ידי חתימת ההסכמים הוא בגד באומה המלזית. הסולטאן קיבל את הידיעות על האספה ב-22 בפברואר בזמן ששהה בGrosvenor House בלונדון. הוא ניגש למשרד המושבות והצהיר שהוא נסוג מתמיכתו בתוכנית. אבל מחווה זאת לא הרגיעה את המתנגדים ואון המשיך לארגן עוד הפגנות גם במדינות המלזיות האחרות כדי למחות נגד הקמת האיחוד המלזי. הם הקימו במאי 1946 את "הארגון הלאומי המאוחד של המלזים" UMNO.
בתחילת ספטמבר 1947 חזר הסולטאן לג'והור והשתתף באסטאנה בסאר במפגש הכללי השני של "הארגון הלאומי המאוחד של המלזים" שבראשו עמד הפוליטיקאי הצעיר חוסיין און, בנו של ג'אפאר און.
למרות שהרבה מהפוליטיקאים הנוכחים עדיין ביקרו את הסולטאן, קיבלו אותו בברכה.
אחרי שבינואר 1946 הקימו הבריטים את הפדרציה של מלאיה ששמרה את סמכויות השליטים, הבקורות נגד הסולטאן שככו.
זמן קצר לפני שעזב לביקור חוזר לאנגליה, הסולטאן העניק תרומה של 5,000 דולר לארגון UMNO מתוך תקווה לשפר את יחסיו איתו ועם און עצמו, אותו מינה לראש ממשלת ג'והור.
מלזיה בדרך לעצמאות 1957-1948.
הקמת הפדרציה של מלאיה לא התקבלה בשמחה על ידי המיעוטים ובראשם הסינים, מפני שתנאי התאזרחותם הורעו. בשנת 1949 הוקם איגוד הסינים המלזים MCA בראשותו של איש העסקים טאן צ'נג לוק, שהעלה תכופות טענות לגבי המגבלות בתחום ההתאזרחות שליוו את הקמת הפדרציה המלזית. כתוצאה מכך עלו המתחים בין המלזים לסינים ואון שמר מרחק מטאן. טאן נתקל בקשיים בלהתקבל אצל הסולטן, שלא היה רגיל למגעים עם אנשי עסקים סינים. אבראהים הרגיש למורת רוחו כי און מזניח את ענייני המדינה לטובת מחויבותו למפלגת UMNO.בתחילת שנת 1950 הסולטן אמר זאת בפניו, ובמאי 1950 העדיף און להתפטר מהתפקיד של "מנטרי בסאר".
הסולטן חש יותר ויותר מתוסכל מרעיון השתלבות מדינתו ג'והור בפדרציה של מלאיה, במיוחד כשהפדרציה העצמאית המתוכננת אחרי השחרור מההתערבות הבריטית תהיה כפופה למהיגותו של טונקו עבדול רחמן. במכתב לעיתו The Straits Times בשנת 1953, תחת הכותרת "Straits Settlement Forever" (הסכם המיצרים לעולמים), הביע הסולטן ספקנות לגבי עתידה של ג'והור כחלק ממלאיה עצמאית, ותמיכה בהמשך שיטת ה"ייעוץ" הבריטי בג'והור. קריאותיו ליציאת ממלכתו מן הפדרציה נתנו השראה לתנועה פלגנית Persatuan Kebangsaan Melayu Johor (PKMJ) והראשה אונגקו עבדוללה בן עומר, קרוב משפחה של הסולטן, ששימש כיועץ ממלכתי. בעת אספה באמצע דצמבר 1955, הביע הסולטן תמיכה פומבית ב-PKMJ ובהתחלת שנת 1956 קיבלה מפלגה זו תמיכה אזרחית רחבה.
מפלגת UMNO הגיבה בעוצמה לנסיבות הקמת PKMJ וקראה למועצה הפועלת של מדינת ג'והור לפקח על נאומיהם הפוליטיים העתידיים של הסולטאן ושל בני משפחתו.UMNO אימצה קו עוין מאוד כלפי מפלגת PKMJ וניסתה באופן פעיל לדכא את פעילותה ולהבאיש את ריחה. תוך זמן קצר יחסית PKMJ איבדה את רוב חבריה לטובת UMNO ובאמצע 1957 אונגקו עבדלה נשאר עם מפלגה של עשרה חברים. בינתיים במרץ 1957 בוועידת השליטים הצהיר טונקו עבדול רחמן כי בכוונתו להציע את בחירתו של סולטאן אברהים כנשיא -יאנג די-פרטואן אגונג - ראשון של מלזיה המאוחדת, אולם אברהים דחה את ההצעה מסיבות גיל ורצונו לפרוש בקרוב.
כעבור 4 חודשים ביולי 1957 פנה אונקו עבדלה פנייה אחרונה לסולטאן אברהים עם בקשה שלא יחתום על חוקת הפדרציה המלזית. הסולטאן, שהתגורר כבר בלונדון, הודיע לאונגקו עבדוללה, כי הסמיך את היורש העצר, טונקו אסמעיל (לימים הסולטאן אסמעיל) להכריע בסוגיה. טונקו אסמעיל לא נענה לבקשה של אונגקו עבדלה ובמפגש השליטים חתם על החוקה החדשה. כתוצא המכך אונגקו עבדוללה פירק מה שנשאר ממפלגתו ימים אחדים לפני הכרזת העצמאות של מלזיה.
ימיו האחרונים.
אברהים בילה את שנתיים האחרונות בחייו בדירתו ב"גרוסוונר האוס" בלונדון. נהג להביט בטלוויזיה, לבקר בהצגות תיאטרון ונהנה מחברת אשתו השישית, מרצלה מנדל, ושל בתו, טונקו מרים.
הוא נפטר ב-8 במאי 1959 בדירתו, כשאשתו עמדה לצד מיטתו בשעותיו האחרונות.
בנו, טונקו אסמעיל, התמנה דמקומו לסולטאן ג'והור. גופת הסולטאן הובלה על אונייה לג'והור בחרו והגיעה לשם בחודש הבא. הוא זכה ללוויה ממלכתית וגופתו הונחה ב־4–6 ביוני באסטאנה בסאר.
ביום מותו היה הסולטאן ששלט למשך התקופה הארוכה ביותר בג'והור:64 שנה.
יחסי חוץ.
סולטאן אברהים בילה את מרבית זמנו באנגליה, תוך כדי מדע תכוף עם משרד המושבות הבריטי בלונדון. יחסיו עם אנגליה עברו עליות וירידות בסוגיות מדיניות ואישיות כאחד, על רקע טיב יחסיו עם הדמויות המובילות במשרד המושבות. החל מאמצע שנות ה-1930 יצר קשק ידידותי אישי עם מלך בריטניה, ותרם תרומה בשווי 500,000 ₤ במזומן ליובל הכסף של ג'ורג' החמישי, סכום ששימש במידה רבה לבניית בסיס הצי סמבוואנג בסינגפור. כעבור שלוש שנים ביקר אברהים בגרמניה, בה פגש את אדולף היטלר, ובכניסתו לצרפת אחר כך נעצר לזמן קצר על ישי משטרת צרפת שחשדה כי הוא מרגל.
אברהים הפך למכר קרוב של טוקוגאווה יושיצ'יקה מאז שהאחרון ביקר בג'והור בשנת 1921. קשר התחזק על רקע היותו של טוקוגאווה דובר מלזית שוטפת ותשוקתם המשותפת לציד טיגריסים. ידידות זאת גרמה לאנשי עסקים יפנים להשקיע במטעי הגומי של ג'והור הלך משנות ה-1920. אברהים ביקר ביפן בשנת 1934 להזמנתו של טוקוגאווה.
נכסיו.
בעת שלטונו נחשב הסולטאן אברהים לאחד העשירים המופלגים של התבל. היה לו שם של פלייבוי, שנהג בין היתר לשנות צבע סוסי המרוצים שלו כדי להציגם כלא ידועים ולשפר א סיכוייו בהרוויח, ונודע כפוקד תכופות את רובע החלומות האדומים של וינה. היה נדיב בתרומותיו. תרם טיגריסים ממאלאיה לגן החיות של אדינבורו וכאמור העניק סכום גדול לחגיגות היובל של ג'ורג' החמישי. היה אנגלופיל ושהה חלק גדול מחייו רחוק ממולדתו ומדינתו, תוך העדפה לחיי תענוגות באירופה. את בניו שלח להתחנך בבריטניה.
לסולטאנה הלן אברהים העניק אוסף תכשיטים יוצא דופן - בין השארף אזמרגד לרגל יום הולדתה ויהלום לרגל יובל חתונתם, אפילו אחרי שהתגרש ממנה. האוסף התכשיטים שלה הפך לאחד המפוארים בעולם.
משפחתו.
סולטאן אברהים היה בנו היחיד של צ'ה ואן אבו בכר, "טמנגונג" של ג'והור, מאשתו ממוצא דני ססיליה קתרינה לאנגה (1939-1848), הידועה כצ'ה פואן בסאר זוביידה.
סולטאן אברהים נשא לפחות ארבע נשים רשמיות שהפכו לסולטנות של ג'והור:
אלו היו: