שמונת הפרסקאות בין חלונות הטמבורין (נוצרו בין השנים 1552–1554) מתארים סצנות מתוך ספר בראשית לפי הסדר: הפרדת האור מהחושך, בריאת השמש והירח, בריאת הארץ, בריאת אדם, בריאת חוה, בריאת החיות, החטא הקדמון והגירוש מגן עדן. הציורים מראים את ההשפעה החזקה של הפרסקאות שיצר מיכלאנג'לו על תקרת הקפלה הסיסטינית. הסצנות אינן בסדר כרונולוגי. חמשת הפרסקאות הראשונים מקבילים לאלו בקפלה הסיסטינית, אך הפרסקו השישי מוסיף נושא חדש: יצירת הדגים, העופות וחיות הבר. הסצנה השישית של התקרה הסיסטינית מופרדת לשני ציורים בקפלה של קיגי. המחזור של סלביאטי מסתיים בגירוש מגן עדן ושלוש הסצנות מסיפורו של נח, המרכיבות את החלק האחרון ברצף הגדול של מיכלאנג'לו, חסרות.
בסביבות שנת 1602, וינצ'נצו גונזגה, דוכס מנטובה, הזמין את הצייר פייטרו פצ'טי להכין עותקים של פרסקאות "בראשית" והפסיפסים הקוסמולוגיים של הכיפה. הציורים ניתנו במתנה לדוכס מלרה, האיש המשפיע ביותר בחצרו של פליפה השלישי, מלך ספרד והובאו לואיאדוליד בשנת 1603, יחד עם עותקים אחרים של יצירות אמנות איטלקיות מפורסמות, על ידי פטר פאול רובנס, שעבד באותה תקופה עם וינצ'נצו גונזגה. מאוחר יותר קישטו ציורי גלגל המזלות את ההיכל הפלנטרי של פליפה הרביעי, מלך ספרד בארמון "בואן רטירו" שהקים במדריד. שבעה מציורי גלגל המזלות וחמישה פרסקאות "בראשית" מוצגים במוזיאון הפראדו. בשל מיקומם והראות הנמוכה שלהם, ציורי הקיר של סלביאטי זכו תמיד למעט התעלמות, אך העותקים שנשלחו לספרד מוכיחים כי הם זכו באותה תקופה להערכה. עובדה זו מאוששת על ידי המדריך של רומא sacra e moderna משנת 1725.
יצירת המזבח: לידת הבתולה.
ג'ון שירמן הציע כי יצירת המזבח נועדה עבור עליית הבתולה, אך התיאוריה נותרה במחלוקת קשה. זמן קצר לאחר מותו של רפאל נבחר סבסטיאנו דל פיומבו להמשיך בעבודות על היצירה, אך הוא השיג פחות מהצפוי וספג ביקורת קשה מג'ורג'ו וזארי: "הוא עשה שם מעט עבודות, אם כי אנו מגלים שהוא השיג מיורשיו של אגוסטינו ויורשיו הרבה יותר ממה שהיה מגיע לו, גם אם היה מסיים את העבודה לגמרי. מה שהוא לא עשה, הן מאחר שנמאס לו מעמל האמנות, והן מאחר שהוא היה עסוק יותר מדי בחיי נוחות והנאות."
ב-1 באוגוסט 1530 חתם פיליפו סרגארדי, שהיה הממונה על ירושת אגוסטינו קיגי, על חוזה חדש עם סבסטיאנו, עבור ציור יצירת המזבח וציורי הקיר בשלוש השנים הבאות. סבסטיאנו החל במשימה אך לא השלים אותה, הציור הושלם בסופו של דבר בידי פרנצ'סקו סלביאטי בשנת 1554. החלק העליון עם דמות האל האב והמלאכים הוא בעיקר עבודתו של סלביאטי.
האיקונוגרפיה של הציור יוצאת דופן. על פי קוסטנזה ברביירי נוכחותו של אלוהים בחלק העליון משלבת את הנושא המסורתי של לידת ישו עם אמונת העיבור ללא חטא, שעדיין לא הייתה מקובלת בדרך כלל, אך היא קודמה מאוד על ידי האפיפיור סיקסטוס הרביעי ועל ידי אגוסטינו קיגי, שביקש בצוואתו לקיים מיסה חגיגית בקפלה ביום הולדת הבתולה. הנזירים האוגוסטינים של בזיליקת סנטה מריה דל פופולו היו שותפים אף הם לעמדה התאולוגית של עיבור ללא חטא. המלאכים המקיפים את האל האב הם angeli" apteri", מלאכים ללא כנפיים, גברים צעירים המתוארים על פי סגנונו של מיכלאנג'לו. הם מדפדפים בקודקסים של ספרות חוכמה.
בחלק התחתון של הציור, שבע משרתות מכינות את התינוקת שזה עתה נולדה (מרים, אם ישו) לאמבטיה הראשונה שלה. האישה האוחזת בתינוקת דומה למדונה, כנראה במכוון. אנה הקדושה, שזה עתה ילדה את בתה, נחה על המיטה במרכז החדר הקודר שנפתח לעבר חצר. במלבן המואר מאוד של פתח הכניסה, מקבל בעלה יהויקים הקדוש את פניו של גבר. בקצה הרחוק של החצר המונומנטלית נראה פסל קלאסי, המציג כנראה את הסיבילה טיבורטינה , שניבאה את לידתו של ישו לאוגוסטוס. מסגרת הארד המוזהבת המעטרת של הציור נעשתה על ידי פרנקוצ'יו פרנקוצ'י בשנת 1655.
ישו והאישה השומרונית.
תבליט הארד בחזית המזבח הוא "ישו והאישה השומרונית" מאת לורנצטו. התבליט נעשה בראשית שנות ה-20 של המאה ה-16 ונקנה על ידי לורנצו קיגי מיורשי האמן בשנת 1552. לדעתו של אנטוניו פינלי הוא תוכנן במקור עבור קברה של פרנצ'סקה, אשתו של אגוסטינו קיגי. אם זה נכון, זה מסביר את הבחירה הנושאית יוצאת הדופן שמתאימה היטב לקבר של אישה, אך לא מתאימה לקבר של גבר. התבליט הונח על הפירמידה היחידה שהייתה קיימת באותה תקופה: קברו של אגוסטינו קיגי, ומאוחר יותר הועבר לחזית המזבח בידי ברניני, שהציב אותו במסגרת אבן זהובה-צהובה זוהרת.
התבליט מתאר את פגישתם של ישו והאישה השומרונית בבאר יעקב. החלק הרלוונטי מתואר בהבשורה על-פי יוחנן ודבריו של ישו מבהירים מדוע הדימויים הולמים קבר:
לורנצטו בחר לייצג את החלק השני של הפרק. ישו יושב ליד הבאר מתחת לעץ, תלמידיו מציעים לו אוכל שקנו בעיר הסמוכה. משמאל, האישה השומרונית מנחה את תושבי המקום לעבר הבאר לראות את ישו.
פסלי הנביאים.
פסלי ארבעת הנביאים הניצבים בגומחות זהות בארבע פינות הקפלה שייכים לשתי קבוצות מובחנות:
שני הראשונים, יונה ואליהו, נוצרו על ידי לורנצו על פי עיצוביו של רפאל: יונה הנביא שסיפורו הוא, על פי הנצרות, פרה-פיגורציה לתחיית ישו, פוסל על ידי לורנצטו בשנת 1520. פסלו של אליהו, שחי בחסדי אלוהים במדבר, נוצר על ידי לורנצטו אך הושלם על ידי רפאלו דה מונטלופו בסביבות 1523–1524. הם נותרו בבית המלאכה של לורנצטו עד אשר לורנצו קיגי קנה אותם מיורשיו בשנת 1552.
שני האחרונים, דניאל והאריה וחבקוק והמלאך, נוספו על ידי ברניני. הם מבוססים על סיפור בל והתנין, אחד משלושת התוספות לספר דניאל, המתאר את הצלתו של דניאל מרעב בעזרת הופעתו המופלאה של חבקוק בגוב האריות אליו הוא הושלך.
יש תיאוריות שונות לגבי סידור הדמויות בגומחות בתוכניות המקוריות. ג'ון שירמן הניח כי פסלו של יונה תוכנן עבור הגומחה מימין למזבח מכיוון שמקום זה הציע את הזווית הטובה ביותר לצפייה בקומפוזיציה. הוא חשב שפסל אליהו מיועד ככל הנראה לאחת משתי הגומחות ליד הכניסה. לאחר 1552, שני הפסלים הונחו כנראה משני צידי הכניסה. הסידור הנוכחי נוצר על ידי ברניני, שהציב את פסליהם של חבקוק ודניאל באלכסון זה מול זה לאורך חלל הקפלה תוך יצירת קומפוזיציה גדולה יותר שהחייתה את הקפלה כולה.
פירמידות.
שתי פירמידות תואמות מוצבות על קבריהם של אגוסטינו קיגי ואחיו סיגיסמונדו, בשני צידי הקפלה. ​​כל אחד מהם מתואר במדליון. הפירמידות תוכננו ככל הנראה על ידי רפאל אך ביצוען הושאר ללורנצטו שכמעט סיים פירמידה אחת בשנת 1522. באשר לפירמידה השנייה, העדויות אינן חד משמעיות, היא עדיין תועדה כבלתי בנויה ברובה בשנת 1552 כאשר בני משפחת קיגי שילמו את חובם הוותיק כלפי משפחתו של לורנצטו. בנייתה הושלמה רק על ידי פאביו קיגי במאה ה-17, עבור סיגיסמונדו.
בשנת 1996 גילה אנטוניו פינלי במכון המחקר Getty את החוזה המקורי משנת 1552, שהיה ידוע עד אז רק באמצעות תמלול לא מדויק מן המאה ה-19. הוא פירש את הטקסט כהוכחה לכך שפירמידת אגוסטינו תוכננה במקור עבור אשתו פרנצ'סקה, יחד עם תבליט הארד "ישו והאישה השומרונית". תיאוריה זו נתונה במחלוקת, אך הטקסט המתוקן אכן מדבר על ציור נשי שלא בוצע על ידי לורנצטו, רמז לכך שהפירמידה השנייה יועדה עבור אישה, ככל הנראה פרנצ'סקה.
קברים פירמידליים היו המצאה חדשה באותה תקופה, אך פירמידות היו הסמלים המסורתיים של נצח ואלמוות. הקברים של אגוסטינו וסיגיסמונדו קיבלו השראה ממקורות עתיקים כגון קברי הפרעונים ושתי אנדרטאות ההלוויה הרומיות המפורסמות, הפירמידות קסטיוס ורומולוס. כמו כן, בשל צורתם הדקה והמאורכת הם מזכירים גם את האובליסקים המצריים הקדומים בכיכרות העיר.
ברניני פישט את הקברים במהלך שחזור הקפלה: התבליטים על הבסיס הוחלפו בלוחות שיש ירוקים. מדליונים חדשים משיש לבן נחקקו בידי אחד מעוזריו. כתובות הלוויה הורכבו מאותיות ארד נפרדות, במקום לוחות הנחושת שתוכננו במקור.
הקברים כוסו בלוחות שיש מסוג פורטאסנטה, שצבעם האדום והאפור מתייחס לבעירה ולעשן בהלוויות קיסריות רומיות עתיקות. הלוויות אלה נערכו בדרך כלל בשדה מרס שבו שכנה הבזיליקה, ועיט ששוחרר מהמדורה סימן את עליית הנשמה לשמיים. אין זה מקרי כי לוחות האפריז שמשמאל ומימין למזבח מעוטרים בעיטים ממריאים. באופן כללי, זו דוגמה נוספת לדרך בה שולבו סמלים קלאסיים רומיים עם דימויי תחיית המתים הנוצרית.
לונטות.
על הלונטות צוירו ציורי שמן על לוחות עץ בידי הצייר רפאלו ואני. הציורים הוזמנו על ידי פאביו קיגי בשנת 1653. נושאם של ציורים אלה, הזוכים לעיתים קרובות להתעלמות, היה מעט חידתי והוליד פרשנויות שונות. במדריכים הם תוארו לעיתים קרובות כ"דוד ושאול', "אלי ושמואל" או בטעות כ"נביאים". הרמז למשמעותם האמיתית ניתן על ידי תיאור מן הזמן ההוא שלא פורסם: Saggio della Roma Descritta של בנדטו מליני, שנכתב בסביבות שנת 1656. מליני מציין כי הציור מעל קבר סיגיסמונדו מתאר את אבותיה המלכותיים של הבתולה. ואילו האחר, בלוח מעל קברו של אגוסטינו, את אבותיה הכהניים (תוך התייחסות לפרשנות נפוצה לשני אילנות יוחסין שונים של ישו, המופיעים בשתיים מבשורות הברית החדשה).
האבות המלכותיים הם דוד המלך, עם הנבל וראשו של גוליית, ומלך צעיר יותר, ללא ספק שלמה בונה המקדש, כורע ברך ומביט אל השמים. ילד שאוחז בחרב מניח את כף רגלו על הראש הכרות בצד ימין. בצד השני ילד, אולי רחבעם, כורע ברך עם עטרה על ​​ראשו. האבות הכהניים מיוצגים באמצעות כהן גדול יהודי בלבוש מסורתי ועוזריו המציעים יונים וקטורת לאלוהים.