בשיחה שנערכה במהלך הביקור עם ראש ממשלת מלאיה הבהיר רחמן שקשירת קשרים עם ישראל תיתן נשק בידי מפלגת האופוזיציה המוסלמית-רדיקלית וכתוצאה מכך יערער ויחליש את כוחה של הממשלה. לא נראו סיכויים לכינון יחסים דיפלומטיים עם ישראל, אם כי גילויי רצון טוב מטעם רחמן ואישים מלאיים אחרים עוררו תקווה במשרד החוץ בירושלים שממשלת מלאיה לא תדחה ניסיונות התקרבות שונים שונים מצד ישראל העשויים להכשיר את הקרקע לכינון יחסים בעתיד. במסגרת רעיון אחר שהועלה בשיחה הוצע לפתוח קונסוליה בסינגפור הסמוכה שתטפל בענייני מלאיה השונים.
לקראת הקמת מלזיה.
ב-2 בדצמבר 1960 פרסם העיתון "מלאי מייל" (Malay Mail) כתבה ובה סוקר דיון שנערך בפרלמנט יום קודם לכן. מפלגת האופוזיציה המוסלמית העלתה לסדר היום הצעה בפרלמנט בקואלה לומפור הקוראת לביטול ההכרה לכאורה בישראל. הטונקו עבדול רחמן השיב כי אין כל הצדקה חוקתית לביטול ההכרה המלאית בישראל וכי מלאיה לא תכרות ברית עם ארצות ערב. אין למלאיה כל קשר עם ארצות ערב מלבד קשרי דת, ורחמן זכר לטובה את תמיכתה של ישראל בקבלת מלאיה לאומות המאוחדות. הוא הצביע על כך שישנן מדינות מוסלמיות אחרות שלא מקיימות את החרם הערבי ומקיימות יחסים דיפלומטיים עם ישראל, כדוגמת ניגריה. רחמן הוסיף ואמר שממשלתו הוכיחה את אהדתו לארצות ערב בכך שסירבה, על אף בקשות חוזרות ונשנות, לכינון יחסים דיפלומטיים או מסחריים עלם ישראל.
ב-3 באפריל 1961 בושש ראש הממשלה רחמן בנמל התעופה הבינלאומי של קהיר (ששכן אז בשטחי הרפובליקה הערבית המאוחדת) בדרכו חזרה לארצו מוועידת ראשי ממשלות חבר העמים הבריטי . רחמן נתקבל על ידי מוחמד פאוזי, איש אמונו של גמאל עבד אל נאצר ולאחר מכן קיים פגישות עם עיתונאים. במהלך שיחותיו עם העיתונאים נשאל על יחסי ארצו עם ישראל, והלה הכחיש שמועות כאילו יש בדעת ממשלתו לכונן יחסים עם ישראל והדגיש כי אין שום יחסים עם ישראל מצד ארצו אף לא במישור הכלכלי. מועצת הליגה הערבית, שדיוניה הגיעו לידי גמר במסגרת ועידת פסגה שנערכה ב-1 באפריל דנה בין היתר בהכרת מלאיה בישראל ובסירובו של עבדול רחמן לחזור בו. בעיתון אל-חיאת פורסמו החלטות המועצה ב-2 באפריל. בעיתון נכתב כי המועצה קיבלה החלטות סודיות לגבי קשריה של מלאיה עם ישראל וכי ארצות ערב נתבקשו לעקוב אחר קשרים אלה. לתשומת לב ראויה העובדה כי ראש הממשלה רחמן נמנע להתייחס לעצם הכרת מדינתו בישראל והסתפק בציון אי-קיום יחסים עם ישראל מצד ארצו.
בנובמבר 1961 שוב ביקר רחמן בלונדון. ב-25 בנובמבר נועד אתו שגרירה של ישראל בממלכה המאוחדת, ארתור לוריא. לוריא הביע את אכזבת ישראל מכך שממשלת מלאיה נמנעת מלכונן יחסים דיפלומטיים תקינים עם ארצו והציע להתחיל מערכת יחסים בילטרליים בין שתי המדינות במינוי נציג בדרג דיפלומטי נמוך יותר, קונסולרי. רחמן השיב כי נרשמו בקואלה לומפור תגובות פנימיות חריפות מצד קבוצות פאן-ערביות ברורות רק על הכרת ארצו במדינת ישראל. גם ארצות ערב, ובראשן מצרים, הפעילו לחץ בלתי פוסק על מלאיה בל תקיים קשרים עם ישראל. רחמן רצה לקיים עם ישראל קשרים יחסים נורמליים, אך מלאיה לא תוכל לעמוד בלחץ וההסתה נגדה לכשיכונו יחסי ישראל–מלאיה. עם זאת, רחמן קידם ברצון טוב פיתוח יחסי מסחר, והציע לפתוח קונסוליה בסינגפור, שכן לב הפעילות המסחרית והתעשייתית של מלאיה נמצא שם. רחמן התעניין במצב ערביי ישראל והציע לשגר משלחת ערבית-מוסלמית מישראל לביקור במדינות אסיה.
חודשים אחדים אחרי פגישת לוריא-רחמן, ב-25 ביוני 1962, דיווחה שגרירות ישראל בלונדון כי לפי משרד החוץ וחבר העמים של הממלכה המאוחדת, ממשלת מלאיה מתנגדת לפתיחת קונסוליה ישראל בסינגפור. באותה התקופה כבר החלו ההכנות לקראת הקמת מלזיה, ובכללה סינגפור העצמאית. עוד קודם לכן נפתח בסינגפור משרד של חברה ישראלית בשם אסטרקו, שהיו לה סניפים במדינות נוספות באסיה. בראשית 1963 החליטה אסטרקו לפתוח שלוחה בקואלה לומפור. במרץ אותה השנה העניק משרד החוץ של מלאיה היתר לפתיחת סניף זה, שנקרא "אינטראסיה". ב-16 בספטמבר 1963 הוכרזה הקמת פדרציית מלזיה. שרת החוץ הישראלית, גולדה מאיר, כתבה מברק ברכה לראש הממשלה רחמן.
היחסים בראשית שנותיה של פדרציית מלזיה.
מגעים לא-רשמיים בין ישראל למלזיה.
ב-26 ביוני 1963 שלח משה יגר מכתב ללים קי סיונג (Lim Kee Siong), ידיד קרוב של ראש הממשלה רחמן ועסקן כדורגל. במכתב הודיע יגר לעמיתו כי מכרו יצחק לוי יוצא לקואלה לומפור על מנת לפתוח שם סניף של חברת מסחר ישראלית בשם "אסטרקו". לוי יצא לקואלה לומפור באוגוסט אותה שנה. בראשית 1964, פחות משנה לאחר פתיחת הסניף, הגיעה חברת אסטרקו למסקנה כי אין כל הצדקה כלכלית להחזקת הסניף בקואלה לומפור ושסניף החברה בסינגפור יוכל לנהל גם את קשרי המסחר של ישראל עם מלזיה. מנהל חברת אסטרקו הודיע על כך ליעקב שמעוני, ראש מחלקת אסיה במשרד החוץ הישראלי. בעקבות החלטת אסטרקו לסגור את סניפה בקואלה לומפור, התעוררה השאלה הם כדאי לשמור, באופן כלשהו, על הנוכחות הישראלית בקואלה לומפור תוך שיגור אחד מעובדי משרד החוץ כמנהל סניף "אינטראסיה" שינסה לקדם כינון יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות. אותו עובד שנשלח לשיחות דיפלומטית במלזיה היה משה יגר.
בשלהי מאי 1964 הגיע אל ישראל לים קי סיונג במסגרת ביקור שנערך לרגל גביע אסיה בכדורגל 1964 שהתקיים אז בארץ. יגר שלח מכתב לסיונג בו נכתב שבכוונתו לצאת אל מלזיה. ב-1 ביוני נועד סיונג עם שרת החוץ גולדה מאיר. ביוזמתו, אמר לה סיונג כי העם המלזי ובראשו ראש הממשלה רחמן רוחשים ידידות לישראל, אך בלחץ הנסיבות - כלומר לחץ הערבים והמאבק עם אינדונזיה שהתנגדה לכינון פדרציית מלזיה - האפשרות לכונן עם ישראל יחסים דיפלומטיים אינה על הפרק. מאיר השיבה שבארץ רוחשים ידידות הן למלזיה והן לאינדונזיה, ובעוד טיבו והתנהגותו של סוקרנו ידועים במשרד החוץ, אין הצדקה או הסברים להתנהגותו של ראש הממשלה רחמן, הידוע כ"בעל עקרונות ואיש אמיץ". הן לערבים והן לסוקרנו אין הזכות להתערב במדיניות החוץ של מלזיה ואין להניח שרחמן יאפשר התערבות שכזו.
במהלך השיחה בת 50 הדקות, אישר סיונג כי רחמן אכן לא סובל התערבות שכזו. מאיר המשיכה ואמרה שהיות מלזיה מדינה מוסלמית אינה מצדיקה היעדר יחסים דיפלומטיים עם ישראל, והביאה כנימוק לטענה את יחסי ישראל–ניגריה, יחסי ישראל–צ'אד ומדינות מוסלמיות אחרות באפריקה. היא ביקשה מסיונג למסור לרחמן שישראל מעוניינת לקיים עם מדינתו יחסים דיפלומטיים גלויים ורשמיים, אך אם ממשלתו תראה בכך קושי, ישראל נכונה לפיתוח אטי של היחסים וכינונם בהדרגה. היא הזמינה את ממשלת מלזיה לנצל בינתיים את אפשרויות ההשתלמות והקורסים השונים שנערכו באותה העת בישראל. כאשר סיונג סיפר למאיר על פעולות הפיתוח החקלאי הננקטים במלזיה, הציעה לו מאיר חתימת הסכמים בדבר חילופי משתלמים ומומחים בין שתי המדינות, והלה הבטיח להעביר את הדברים הלאה לראש ממשלתו. לפי הצעת מאיר, תוכניות הקורסים של המרכז לשיתוף פעולה בינלאומי נשלחו לכתובתו הפרטית של סיונג במטרה שיעבירן למשרד הממשלתי המתאים. כמו כן, מאיר הזמינה את סיונג לבקר בחבל לכיש, אך סיונג מיאן בטענה שאין לו מספיק זמן ועליו לשוב למולדתו מיד לאחר תום הטורניר.
ב-18 ביולי 1964 נפגש מנכ"ל משרד החוץ של מלזיה, זיתון אבראהים, עם יחיאל אילסר, שגריר ישראל בבנגקוק. השניים הכירו זה מכבר, ואבראהים סיפר לאילסר שהאהדה כלפי ישראל במלזיה נוסקת, אך קיימת לה התנגדות לא-מבוטלת. אבראהים הוסיף שרחמן נוטה להסכים לכינון יחסים דיפלומטיים בין ישראל למלזיה אך עליו להתחשב בהתנגדות לכינון יחסים אלו, אשר נובעת מהסכסוך הישראלי-ערבי. אבראהים טען גם כי ההתנהגות קיימת לא רק במפלגות האופוזיציה הדתיות אלא גם במפלגתו של רחמן. אבראהים אמר, בדומה לבכירים מלזים אחרים, כי המצב בו דרושה למלזיה כל התמיכה האפשרית של מדינות ערב והעולם המוסלמי במסגרת העימות עם אינדונזיה , מחייב זהירות כפולה בכל הנוגע לקשרים בין ישראל ומלזיה.
בראשית אוגוסט 1964 הרצה טונקו עבדול רחמן בפני המועצה ליחסי חוץ בניו יורק. במהלך ההרצאה, נשאל רחמן על ידי אחד מהמאזינים לדבריו על אודות יחסי ישראל–מלזיה. רחמן השיב שמלזיה נתונה במאבק עיקש עם אינדונזיה המוסלמית ולכן מדינתו אינה יכולה לחשוף עצמה לביקורות ולחתרנות שיבואו כתגובה בלתי נמנעת על התקרבות דיפלומטית לישראל. רחמן אמר בנוסף שמלזיה עצמה היא מדינה מוסלמית שקשורה קשר תרבותי הדוק עם מדינות מוסלמיות אחרות, ועליה להפגין סולידריות חברתית עם המתנגדות לישראל. חרף היעדר יחסים דיפלומטיים, היחס של מלזיה לישראל בתקופת רחמן היה ידידותי יחסית והוא הפגין מאמצים מיוחדים כדי להבהיר זאת לנציגי ישראל במדינות שונות. על רקע ידיעות אלו, נשלח משה יגר באופן בלתי-רשמי למלזיה במטרה לקדם יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות.
שליחותו של משה יגר במלזיה.