ב-29 ביוני 1805, החלה סדרת פרעות קשה במיוחד נגד יהודי אלג'יר, שקיבלה את השם "שבת השחורה". במהלך הפרעות נרצחו על פי הערכות בנות התקופה בין 200 ל-500 יהודים. הפרעות פרצו על רקע סכסוך בין החיילים העות'מאנים (יניצ'רים) שהוצבו בעיר לבין השליט המקומי והיועץ היהודי רב ההשפעה שלו נפתלי בוגנ'אח, ראש משפחת בוג'נאח מיוצאי ליבורנו. נפתלי בוג'נאח נרצח ביריות אקדח יום קודם לתחילת הפרעות, ויום למחרת היניצ'רים בזזו והרסו את בית הכנסת "צרפתי" בעיר ורצחו את 14 היהודים שנמצאו בו. ההתקפה על בית הכנסת נתנה את האות להתקפות על בתי יהודים ברחבי העיר מצד ההמונים, ובתים רבים נבזזו ונשרפו, ויושביהם נהרגו. במיוחד רוקנו מכל דבר ערך מחסני הסחורות של משפחת בוג'נאח. חלק מהמשפחות היהודיות בנות המעמד הגבוה זכו להגנת הקונסולים האירופאים וחייליהם ולכן לא נפגעו.
אלג'יריה הצרפתית.
בשנת 1830 מנו יהודי אלג'יריה 26,000 נפשות, שהתרכזו בעיקר בשלוש ערים: אלג'יר קונסטנטין ואוראן. קהילות קטנות יותר ישבו גם בערי נמל אחרות או ביישובים קטנים בדרום המדינה, בקרבת הסהרה. באותה שנה (1830) פלשה צרפת לאלג'יריה וכבשה את רוב חלקי המדינה, המצב של יהודי צפון אפריקה התאפיין בירידות ועליות. הדבר היה תלוי בשליט הערבי ובמקום. על אף שבמשך אלפי שנים תרמו היהודים רבות לשגשוג ולתרבות במדינות אלו יהודים לא מעטים מילאו תפקידים בכירים בממשל ושימשו כיועצים לשליטים. היהודים היו חשופים בכל עת וסבלו משנאה, הרס, אלימות, אפליה, ורדיפות שנגררו למצב קשה ביותר שכולל רצח המונים, הגבלות של רווחה. וכך החלה תקופת השלטון הצרפתי באלג'יריה שנמשך עד שנת 1961. תוצאה מידית אחת של פלישת צרפת הייתה הנעתם של כאלף יהודים, לערוך עלייה לארץ ישראל, כנראה כתוצאה מחוסר היציבות שנגרמה מהפלישה הצרפתית.
מתחילת התקופה הקולוניאלית הצרפתית באלג'יריה, הנהיגה צרפת רפורמות בקהילה היהודית שהחלישו את המוסדות המסורתיים כגון בתי הדין הרבניים וראש הקהילה (מוקדם) והכפיפו אותם לשלטון ולחוק הצרפתיים. יהודי אלג'יריה נתפסו כגורם ששונה מהאוכלוסייה המוסלמית הילידית, ומשנת 1858 החל קמפיין לאזרוחם של יהודי אלג'יריה כאזרחי צרפת, בתמיכת עיתונים רפובליקניים, בנימוק שהיהודים מהווים גורם נאמן לצרפת ומתווך חשוב בין צרפת לבין האוכלוסייה המוסלמית. בשנת 1860 נשלחה לנפוליאון השלישי עצומה של 10 אלף יהודים המבקשים אזרחות מצרפת, בזמן ביקורו באלג'יריה. בשנת 1870, בהובלת המדינאי הצרפתי אדולף כרמיה, פורסמה פקודת כרמיה אשר העניקה ליהודי אלג'יריה אזרחות צרפתית. אומנם הדבר תרם רבות להתפתחותם של היהודים אך במקביל הגביר באופן משמעותי את האנטישמיות של אנשי המנהל והמתיישבים האירופאים. אלה לא השלימו עם העובדה שילידים- היהודים האלג'יראים הועלו לדרגתם והתקבלו כשווים להם. רגש העליונות והגזענות שלהם וכן החישוב הכלכלי בהפסידם כוח אדם זול, הפכו לשנאה עיוורת כלפי היהודים. היחסים בין היהודים לערבים הידרדרו. היהודי נהיה 'מצורפת'. הוא עדיין לא היה אירופאי אך כבר לא היה 'ערבי'. אזרוחם של יהודי אלג'יריה עורר את זעמם של מתיישבים צרפתים רבים בעלי דעות אנטישמיות, ולהתגברות של פרסומים אנטישמיים והתפרצויות אלימות מצדם כנגד יהודים. יש היסטוריונים הסוברים שזה גם שימש כמניע משמעותי לפריצת התקוממות אלימה של האוכלוסייה המוסלמית כנגד השלטון הצרפתי באותה שנה.
באמצע המאה ה-19 הגיע יעקב יצחק אלטאראס שעמד בראש הקונסיסטורה (גוף של אנשים המתכנס על מנת לקבל החלטות ביצועיות) במרסיי. יעקב בן למשפחה יהודית שמקורה בדמשק. הוא בילה חלק ניכר מחיו בירושלים לפני שהיגר לצרפת והתיישב במרסיי, שם הצליח בעסקיו כבעל ספינות סוחר. במהרה הפך לנשיא לשכת המסחר המקומית ולראש הקונסיסטורה היהודית במרסיי. בשנת 1842 עמד בראש משלחת רשמית שיצאה לאלג'יר במטרה לפתוח במחקר מקיף על מצב יהודי אלג'יר בחסות הצרפתים. אלטאראס היה בקיא בצרפתית ובשפת יהודי ערב ולכן הקשר שלו ליהודי אלג'יר היה מהיר. אלטאראס יצא מנקודת הנחה שכל התפתחות שלו מול יהודי אלג'יר תהיה חייבת לעטות אופי משפטי ושיהיה עליו להתנסח בניסוח משפטי ולכן צירף אליו משפטן צעיר ממחוז קונטה יוסף כהן. המשלחת ביקרה בקהילות רבות וחצתה את אלג'יר מקצה לקצה. היא הכינה דיווח מקיץ הוגש לרשויות הצרפתיות והועבר לממשלת צרפת ולכל הגורמים הנוגעים לענייני אלג'יר וגם לקונסיסטורה של יהודי צרפת. דיווח זה מיקד את תשומת לבם של כל הנמנעים ביהודים באלג'יר. בעקבות כך קבעו ראשי יהדות צרפת כי יש לשוב ולהגדיר את מעמד אחיהם האלג'יראים ולקבוע את צורת ההתארגנות של קהילותיהם. היה מקובל על הכל שהמעמד המשפטי של יהודי צרפת ישמש כדגם. בנסיבות אלה ב-5 בנובמבר 1845 פורסמה הוראה מלכותית שעיקרה עוסק בהקמת קהילות יהודיות מאורגנות באלג'יר הפסקה הראשונה בהוראה קבעה את אופן הפעולה: "באלג'יריה יאורגנו קונסיסטואר אלג'יראי והתארגנויות דומות במחוזים שונים". הכוונה הייתה להביא להיווצרות של יהדות אלג'יראית מאוחדת. הקונסיסטורה האלג'יראית תשב באלג'יר וסמכותה תהיה בכל השטחים שבידי צרפת צפון אפריקה. כך ייחשבו יהודי אלג'יר כחלק מישות מוגדרת. יהודי אלג'יר לא התלהבו מהרעיון. ותיקי קונסטנטין (עיר באלג'יר) זוכרים כי בעירם היה בית כנסת שככל הנראה המשיך להתקיים עד דעיכת הקהילה. זוהי עדות ברורה לכך שבני אלג'יר ביקשו שלא לאבד את זהותם וסירבו להיטמע בתוך ההמון האלג'יראי. הקהילה ביקשה לשמור את ייחודה. הניסיון הצרפתי לכפות מסגרת על יהודי אלג'יר לא זכה לתמיכה גורפת. אף על פי שהיה ברור כי בסופו של דבר הלך הרוחות עומד להשתנות ותצוץ תחושת השייכות לאלג'יר שאין לבלבלה עם נאמנות לאלג'יר. היה זה אחד הפרות הראשונים שקטפה צרפת- הכרה כי קיים ציבור יהודי המגדיר עצמו ברמה האלג'יראית.
ההוראה מ-1845 לא עסקה רק בהיבט גאוגרפי אלא גם דאגה לעתיד של יהודי אלג'יר וקידומם. אחד היעדים הנבחרים היה שיבוץ הילדים היהודים באלג'יר לבתי ספר צרפתיים, שכן ברור כי ההוראה לא דנה כלל בהכשרתם הדתית הספציפית. בתי ספר אחדים פתחו את שעריהם כ"בתי ספר יהודיים" אך חידוש זה לא עורר עד כה עניין בקרב החוקרים ולכן ידוע מעט עליהם. היות שבצרפת עדיין לא חלה הפרדת דת ומדינה, אפשר להניח כי צורה מסוימת ומדוללת למדי של הוראת הדת נכללה בתוכנית הלימודים, אך במינון קטן. מטרת הלימודים הייתה בעיקר קירוב בין הדור הצעיר של יהודי אלג'יר לצרפת.
יוסף כהן, עוזרו של אלטאראס, שעמד בראש המשלחת לאג'יריה בחר להישאר במדינה בתום עבודת המחקר שביצע במסגרת המשלחת. לאחר מכן יצא שוב לצרפת והיה עיתונאי בעל מוניטין. הוא ידע היטב מה מצופה ממנו ומעמיתיו- להקנות ליהודי אלג'יריה מנהגים אשר יקרבו אותם לדגם היהודי הצרפתי. השלטונות התרשמו במהרה מהצלחת המשלחת. ב-16 בספטמבר 1867 חתם נפוליאון השלישי על ציו שלפיו לפי ו זה הקהילות הללו, כל אחת מהן מאורגנת בקונסיסטואר המחוזי יוצגו על ידי הקונסיסטואר המרכזי. צו זה ביטל את זכות הבכורה שהוענקה ב-1845 לקונסיסטואר של אלג'יר והפך אותו לאחד מן השורה. אומנם יהודי אלג'יר לא היו צרפתיים אך מוסדותיהם כן.
באותו צו נאמר כי "הרבנים הראשיים של אלג'יריה ייבחרו מקרב רבני צרפת או רבניים מקומיים שגילם שלושים והם בעלי תעודת הסמכה מתקדמת לרבנות". למעשה היה בכך כדי להבטיח שהרבנות הראשית תישאר בידי רבנים צרפתיים מוסמכים. מפאת חוסר עניין, אמירה זו נחלה כישלון. לא היו רבים שהוכשרו ברבנות ושהיו מוכנים לצאת לאלג'יר. אך לעומת זאת משרות הרבנים הראשיים באלג'יר דאגו לשיתוף פעולה עם השלטון הצרפתי ובכך הבטיחו לעצמם סמכות מסוימת. הממסד הרבני בקהילות המקומיות נותר בידי רבנים ילידי אלג'יר.
השאיפה באותה תקופה הייתה שמתיישבים צרפתיים יגיעו לאלג'יר, אך לא כך היה. הדעה הרווחת הייתה כי מי שכונו 'אירופאים' לא ירצו לבוא לאלג'יר. והאיום הדמוגרפי שיהיה רוב מוסלמי באלג'יר החריף. היות שהאירופאים לא שעו לפניות נעשה ניסיון למלא את הפער על ידי הכשרת האירופאים במקום וכך החל להתגבש רעיון האירוח ההדרגתי של היהודים והמוסלמים של אלג'יר. לא כולם יזכו לקבל, אלא רק אלה שיהיו מוכנים לבקש אזרחות ולמלא את הכרוך בשינוי המעמד האישי. 14 ביולי 1865 יצא צו אשר חל על היהודים ונוסח כך:
כל יהודי אלג'יר שהיו מוכנים לוותר על מעמדם האישי יוכלו לבקש ולקבל אזרחות צרפתית. יהודי אלג'יריה התמודדו עם אפשרות בחירה. היה זה עניין מצפוני טהור. שעורר קושי רב: לשמור על מעמדם האישי כיהודים או לוותר עליו לטובת האזרחות הצרפתית. בתוך חמש שנים החליטו בסך הכל 142 יהודים אלג'יראים לוותר על מעמדם האישי לטובת האזרחות. מספר נמוך שכזה מדבר בעד עצמו. המארשל מקמהון, מושלה הכללי של אלג'יריה באותה תקופה הופתע מאוד. הוא הורה לפשט את ההליכים ההכרחיים ולעשות הכל כדי לקרב את יהודי אלג'יריה לצרפת. חובת הישרות הצבאי ובעיקר ההיבט המקשה במיוחד של שירות מרוחק מהבית, הרחק מתמיכת הקהילה הוא שמנע מיהודים לקבל את האזרחות.