בליל ה-30 ביוני נלקחו גופות הנרצחים ברכבת מסרייבו, ולאחר מכן הועמסו על הדרדנוט "וירבוס יוניטיס" שהביאה אותן לטריאסטה. מטריאסטה הובאו הגופות לווינה ברכבת מיוחדת. הלוויה התקיימה ב-3 ביולי. השלטונות האוסטריים ביקשו משליטי מדינות זרות לא לבוא, ולשלוח את שגריריהם בלבד. היחיד שהוזמן היה קיסר גרמניה, אולם הוא הודיע שהתקף לומבגו מונע ממנו לבוא. הסיבה האמיתית הייתה שהמודיעין הגרמני קיבל הודעה על פיה מתכננים לרצוח גם אותו. בלוויה נכחה רק המשפחה הקיסרית הקרובה ביותר, והיא נשאה אופי שקט מאופק. שגריר רוסיה דיווח שההמונים צפו בסקרנות יותר מאשר בעצב, ושגם אז הפראטר המשיך לפעול כרגיל. גם במותם לא נמלטו בני הזוג מכללי החצר הנוקשים; ארונו של פרנץ פרדיננד היה גדול באופן ניכר מארונה של סופיה, והוצב על כן גבוה יותר. לקציני צבא נאסר להצדיע כאשר עברו על פניהם המרכבות שנשאו את הארונות. פרנץ פרדיננד ידע שלסופיה לא יינתן להיקבר בקריפטה הקיסרית בווינה לצדו, ולפיכך שניהם ביקשו לפני מותם להיקבר באחת המצודות האהובות עליהם בעיר ארסטטן בדרום אוסטריה.
שר הטקס האוסטרי, הנסיך ממונטנובו, אשר היה אויב מושבע של פרנץ פרדיננד וסופיה, דאג גם להשפלת שלושת היתומים שלהם. הוא דאג שייאסר עליהם להשתתף בלוויה, ואף ניסה לאלץ אותם לשלם את העלות שלה מכספי הירושה שלהם. הילדים הועברו להשגחתה של סבתם החורגת הארכידוכסית מריה תרזה. נדלקו צ'ברינוביץ' שלח להם מכתב מכלאו, ובו ביקש מהם את סליחתם על שסייע לגזול מהם את אביהם ואת אמם. הבן הגדול, הדוכס מקסימיליאן בן ה-12, כתב לו חזרה: "כנוצרי חייב אני לסלוח, ומשום כך הנני סולח לך ולחבריך". אחותו הגדולה, הנסיכה סופיה, חתמה על המכתב, אולם האח השלישי, הנסיך ארנסט, סירב לחתום.
משפט סרייבו.
ב-12 באוקטובר נפתח בסרייבו משפטם של 25 מהמעורבים בקשירת הקשר. המשפט היה הוגן, ולנאשמים ניתנה הגנה חוקית מלאה. ההאשמה שבה הואשמו הייתה קשירת קשר כנגד אוסטרו-הונגריה בסיוע גורמים רשמיים סרביים. העונש המרבי על קשירת קשר לצורך בגידה היה מוות. עם זאת, רבים מהנאשמים נחשבו לקטינים על פי החוק האוסטרו-הונגרי, שלא אפשר להוציא להורג פחות מגיל 20. עונש המאסר המרבי על פי החוק היה 20 שנה. לפיכך, פרינציפ, גרבז', צ'ברינוביץ', פופוביץ' וצ'וברילוביץ' לא ניסו להכחיש את חלקם ברצח, אלא ניסו להפיל את כל האשמה על כתפיהם ולצמצם את אחריותם של גורמים סרבים למאורע. פרינציפ טען: "אני לאומני יוגוסלבי ואני מאמין באיחוד של כל הסלאבים הדרומיים בכל צורה שהיא של מדינה שתהיה חופשית מאוסטריה". כאשר נשאל לאחר מכן כיצד התכוון להגשים את מטרתו, השיב: "באמצעות טרור". לעומת זאת, חלק מהנאשמים המבוגרים יותר שהסתכנו בעונש מוות, ניסו לצמצם את חלקם בקשר ולטעון שהם או משפחותיהם קיבלו איומים שאילצו אותם לשתף פעולה.
המשפט הסתיים ב-23 באוקטובר, וגזר הדין ניתן ב-28 באוקטובר. בית המשפט דחה את עדויותיהם של חלק מהקושרים, על פיהן לסרביה לא היה קשר לרצח, וקבע על סמך עדויות אחרות שנגבו ועל סמך דבריהם של הקושרים האחרים כי חוגים צבאיים רשמיים בסרביה שיתפו פעולה עם הרצח. תשעה מהנאשמים שוחררו, ביניהם איכרים בוסנים שפרינציפ הודה שאיים עליהם. מרבית הקושרים לא חויבו בעונש מוות כיוון שנחשבו לקטינים. בית המשפט שמע טענות על פיהן למעשה פרינציפ בן 20, בשל חוסר ודאות מסוימת בתאריך הלידה המדויק שלו, אך הגיע למסקנה שבעת הרצח הוא היה בן 19. להלן גזרי הדין:
חמישה חויבו בגזר דין מוות, אולם בהמלצת שר האוצר ושר המשפטים העניק הקיסר פרנץ יוזף חנינה לשניים מהם. שלושת האחרים הוצאו להורג ב-3 בפברואר 1915. פרינציפ וצ'ברינוביץ' מתו בכלא משחפת, אשר ממנה סבלו עוד קודם לכן, ושהחמירה בשל תנאי המאסר.
תוצאות הרצח.
אשמת סרביה.
מיד לאחר הרצח, הודיעו שגרירי סרביה בצרפת וברוסיה שארצם התריעה בפני האוסטרים על ניסיון ההתנקשות, ובדיעבד הודו בכך שהיא ידעה עליו. ממשלת סרביה הכחישה מיד את הודעת השגרירים, וראש הממשלה ניקולה פאשיץ' בעצמו ביטל את דבריהם בריאיון לכתבים זרים. עם זאת, כפי שצוין לעיל, נראה שפאשיץ' עצמו ידע דבר מה על תוכנית ההתנקשות. שר החינוך הסרבי ליובה יובאנוביץ' (Ljuba Jovanović) העיד ב-1924 כי פאשיץ' דיבר במהלך ישיבת פרלמנט בסוף מאי או בתחילת יוני על מזימה לרצוח את יורש העצר. יש המפקפקים בכך, ומכיוון שהישיבות לא תועדו בכתב לא ניתן לדעת אם אכן כך היה. ב-18 ביוני קיבל שגריר סרביה בווינה, יובאן יובאנוביץ' (Jovan Jovanović), מברק מעורפל המורה לו להזהיר את האוסטרים בדבר תוכניות להתנקש בחיי יורש העצר. ככל הנראה פאשיץ' הורה לו לעשות כן כדי למנוע מהאוסטרים סיבה נוספת לתרעומת כנגד ארצו.
על פי עדותו של הנספח הצבאי הסרבי, קולונל לזנין, יובאנוביץ' נפגש ב-21 ביוני עם שר האוצר האוסטרו-הונגרי ריטר פון בילנסקי, והדגיש באופן כללי את הסיכון שדעת הקהל בבוסניה לא תאהב את הביקור ולדבר עלולות להיות השלכות קטלניות על היחסים בין אוסטרו-הונגריה וסרביה. על פי עדותו של לזנין, יובאנוביץ' חזר מהפגישה תחת הרושם שבילנסקי לא התייחס כראוי לדבריו ופטר אותו במילים: "נקווה ששום דבר לא יקרה". יובאנוביץ' עצמו מסר גרסה אחרת, על פיה האזהרה כולה הייתה פרי יוזמתו האישית, ולא באה כהוראה מבלגרד. על פי עדותו הוא אמר לבילנסקי: "זה [הביקור] ייצור התמרמרות רבה. כמה צעירים סרביים עשויים לטעון כדור חי באקדחיהם ולירות בהם. לכן מוטב שהארכידוכס פרנץ פרדיננד לא יגיע לסרייבו ביום זה." גרסתו של יובאנוביץ' השתנתה מספר פעמים לאורך השנים, ואף פעם לא חפפה את גרסתו של לזנין. בילנסקי עצמו סירב להתייחס לפגישה שנערכה, אולם ראש מחלקת העיתונות שלו אישר שאכן נערכה פגישה בינו לבין השגריר והיא כללה אזהרה מעורפלת. יודגש שבילנסקי ופרנץ פרדיננד היו אויבים מושבעים, וייתכן שבכוונה תחילה לא ייחס בילנסקי חשיבות לאזהרות.
התגובה האוסטרו-הונגרית.
למרות זאת, ועדת החקירה אוסטרו-הונגרית לא הצליחה להגיע לראיות משמעותיות, פרט לעובדה שהנשק שבו צוידו הרוצחים הגיע בוודאות מסרביה. אחד מחברי הוועדה, פרידריך פון ויזנר, ציין במפורש: "אין שום דבר המציין שהממשלה הסרבית ידעה על המזימה". עם זאת, דעת הקהל ברחבי האימפריה ואף בשאר העולם, הייתה שסרביה אשמה, ובעיני החוגים המיליטנטיים בחצר הקיסר בווינה, הייתה זו הזדמנות שלא תחזור על עצמה לצאת למלחמה בסרביה ולהחזיר אותה למצב של מדינת לוויין של האימפריה. הדמות הבולטת ביותר בחוגים אלו, היה הרמטכ"ל קונרד פון הצנדורף. במהלך 17 החודשים שקדמו לרצח, הוא פנה אל ממשלתו 26 פעמים בדרישה לצאת למלחמה נגד סרביה. לאחר הרצח הוא פנה שוב אל הקיסר בדרישה לנצל את ההזדמנות לצאת למלחמה. הוא נתמך בדרישתו זו בידי שר החוץ לאופולד פון ברכטולד, הגנרל אלכסנדר פון קרובטין, ואוסקר פוטיורק אשר ביקש לפצות על כישלונו באבטחת יורש העצר. הבעיה היחידה הייתה שהאימפריה הרוסית הייתה בעלת ברית קרובה של סרביה, וראתה בעצמה את מגינת העמים הסלאבים. עם זאת, לאוסטריה הייתה ברית עם הקיסרות הגרמנית ועם ממלכת איטליה. הצנדורף קיווה שאם תפרוץ מלחמה עם רוסיה, גרמניה תישא בעול הלחימה.
למרבה האירוניה, אף על פי שפרנץ פרדיננד תיעב את הסרבים (אותם כינה "החזירים האלה"), הרי שהוא היה מתנגד חריף לעמדותיו של הצנדורף. הוא כתב פעם לברכטולד: "אל תתן לקונרד לשכנע אותך - לעולם לא! אין לתת בדל של תמיכה לנביחות שלו באוזני הקיסר! הוא כמובן לא רוצה להחמיץ כל הזדמנות למלחמה, כל הזדמנות לצאת לקרב פזיז כדי לכבוש את סרביה ואלוהים יודע איזה עוד מקום". ההיסטוריונית מרגרט מקמילן טוענת שאם הייתה מתעוררת סיבה אחרת לצאת למלחמה, פרנץ פרדיננד היה היחיד שהייתה לו די השפעה בחצר הקיסר כדי למנוע אותה. בניגוד למדינאים ואנשי צבא אוסטרו-הונגרים אחרים, הוא הבין שבעיית המיעוטים באימפריה לא תיפתר מעצמה, והגה רעיון, אולי בלתי אפשרי לביצוע, להפיכת המונרכיה הכפולה האוסטרית-הונגרית, למונרכיה משולשת אשר בה יינתן מקום שווה גם לסלאבים. אם כי דווקא עמדותיו אלו, הפכו אותו למסוכן בעיני הפאן-סלאבים בסרביה ובבוסניה, כיוון שיישום התוכנית שלו היה שולל את התירוץ להקמת אימפריה סלאבית עצמאית.
גם בקרב המיליטריסטים פרצו חילוקי דעות. ברכטולד דרש לצאת מיד למלחמה כנגד סרביה, אולם נתקל בהתנגדותו של ראש ממשלת הונגריה הרוזן טיסה, ובהתנגדותו של הצנדורף, אשר טען שהצבא לא יהיה מוכן למלחמה לפני אמצע אוגוסט. הצנדורף הציע במקום זה לשלוח אולטימטום לסרביה ולהכריז על גיוס מיידי. ברכטולד נרתע מפני הכרזת גיוס ללא מלחמה, ובמקום זה החליט לשלוח לברלין את אחד מעוזריו, הרוזן יוזף הויוס, כדי לברר האם גרמניה תתמוך בהחלטתה של אוסטריה לצאת למלחמה. הוא ידע כי אם התשובה תהיה חיובית, לטיסה לא יהיו תירוצים רבים לסרב. בינתיים, נפגש הצנדורף עם הקיסר כדי לברר סופית את עמדתו בנושא. הצנדורף שאל: "אם התשובה תוכיח, שגרמניה ניצבת לצידנו, הנצא למלחמה על סרביה?" הקיסר השיב בפשטות "אז כן". ב-5 ביולי הגיע הויוס לברלין ונפגש עם קיסר גרמניה, אשר הודיע לו שעל אוסטריה להחליט בעצמה מה ברצונה לעשות, אולם גרמניה תגבה אותה בכל צעד. מנהיגי גרמניה כלל לא טרחו לברר מה בדיוק מתכננים האוסטרים לעשות, ולמעשה צמרת ההנהגה הגרמנית (כולל הקיסר הקנצלר והרמטכ"ל), הייתה מפוזרת באותה עת באתרי נופש ברחבי המדינה. לימים כינו היסטוריונים את ההבטחה הגרמנית "הצ'ק הפתוח".
פרוץ מלחמת העולם הראשונה.