ב-18 בספטמבר הודיע סומארסוסו איש מפלגת "פסינדו" בשידור רדיו בעיר מאדיון, על אודות יצירת "ממשלת חזית לאומית של נפת מאדיון". אחר כך כנה סומארסוסו את ה"ממשלה" החדשה, בשם "החזית הלאומית המחוזית" FND, ראשי תבות של FRONT NASIONAL DAERAH שאמר סומארסוסו שנוצרה FND כ"התנגדות מול איומים מהממשלה המרכזית."
ב-19 בספטמבר שידר הרדיו הממשלתי האינדונזי אל כל עם אינדונזיה את זעקת סוקרנו: "לבחור: מוסו או סוקרנו - האטא". הסכסוך המזוין ההוא נקרא בזמן ההוא באנגלית בשם Madiun Affairs ובזמן "הסדר החדש" בתקופת סוהארטו נודע כ"מרד PKI". סונגכונו מונה למושל הצבאי של ג'אוא המזרחית. ב-30 בספטמבר הגיעו הכוחות הנאמנים לממשלת סוקרנו אל העיר מדיון ממערב וממזרח, השתלטו עליה ונפגשו במלון MERDEKA (במלאית: "עצמאות"). הנהגת כנופיות השמאל וכמה כוחות שתמכו בה, ניתקו מגע ונמלטו לכמה כיוונים.
ב-31 באוקטובר חוסל מוסו על ידי הצבא. עד סוף נובמבר נהרגו או נלכדו כל כוחות תומכי מוסו. ב-20 בדצמבר הוצאו להורג 11 מנהיגי כנופיות השמאל, כולל אמיר שריפודין האראהאפ לשעבר ראש ממשלת הרפובליקה האינדונזית, במקאם נגאליהאן על פי הוראת גאתות סוברותו. בין המוצאים להורג היו 4 אנשים מבין 5, שהואשמו במעורבות ב"תקרית מאדיון". האיש החמישי שהואשם במעורבות בתקרית מאדיון היה סוטאן שהריר לשעבר ראש ממשלת אינדונזיה, שנחון על ידי סוקרנו שאז היה מיודד עמו.
ההסכמים שהופרו.
מספר סבבי משא ומתן שהתקיימו בין הלאומנים להולנדים הובילו לכריתת שתי בריתות חשובות, הראשונה "לינגגארג'אתי" שנחתמה פעמים, ב-15 בנובמבר 1946 וב-25 במרץ 1947. אולם מחלוקות על היישום שלה, והרבה פרובוקציות הדדיות, הובילו כל פעם לעימות מחודש, כאשר יזם המושל ההולנדי ואן מוק "פעולת משטרה" ב-20 ביולי 1947, לרדיפת מנהיגי האינדונזים. ההסכם השני שבא להפסיק את "פעולת המשטרה" ההולנדית היה "הסכם רנביל" מיום 17 בינואר 1948 שנחתם באניה אמריקנית בשם זה, שעגנה בנמל תאנג'ונג פריוק בג'קרטה. המפה שצורפה להסכם חלקה את האי ג'אווה ל-4 חלקים ממערב למזרח, בשניים מהם אמורה הייתה הולנד לשלוט ובשנים מהם הייתה אמורה אינדונזיה לשלוט, לפי קווי הפסקת האש של אז. המפה נקראה בשם "קו ואן מוק" על שם המושל ההולנדי בג'קרטה. ההסכם היה בלתי ישים בעליל. מה עוד שההולנדים נצלו את המאבק הפנים אינדונזי אחרי תקרית מאדיון, והחלו ב-18 בדצמבר 1948 ב"פעולת משטרה" שנייה. סוקרנו שלח את שאפרודין פראויראנגארא כ"ראש ממשלה" אל סומטרה ב-18 בדצמבר 1948, יום לפני שנפל סוקרנו בשבי עם מחמד האתא, ואגוס סלים, וההולנדים כבשו עד סמוך ל-26 בינואר 1949 את כל ג'אווה, ואת רוב סומטרה, והשלימו השתלטות על 97% משטח אינדונזיה פרט למחוז אצ'ה, שבו נבלמה המתקפה בקרב לאנגסא ב-28 בינואר. אולם מחתרת הגרילה, שהובלה בג'אווה על ידי הרמטכ"ל סודירמאן ועבדול האריס נאסותיון התמידה בהתנגדותה. סוהארטו תרם את חלקו, כאשר בבוקר 1 במרץ 1949 שחרר ב"מתקפה כוללת" כלשון האינדונזים את יוגיאקארתה החל מסביבות השעה 6:00 והחזיק בה 6 שעות לפני שנהדף משם על ידי ההולנדים בדיוק בשעה 12:00 באותו יום. סוהארטו שובח בספר שהזכיר את המתקפה כמי שעמד לכל ארכה בחזית. מחיר המבצע היה 300 חיילים ו 53 שוטרים אינדונזיים שנהרגו, 6 הולנדים שנהרגו ו-14 הולנדים שנפצעו. הסכם נוסף היה בין מחמד רום האינדונזי וואן רויין ההולנדי שנחתם ב-7 במאי 1949. הוא גרר את שחרור סוקרנו ביוגיאקארתה ב-6 ביולי ושוחררו גם שאר הגולים, אולם הלחימה נמשכה תחת לחץ בין לאומי הולך וגובר. כאשר נראתה הפסקת אש באופק, ביקש מפקד אינדונזי בשם סלאמת ריאדי לשפר את עמדותיו בסוראקארתה, ב-7 באוגוסט הוא הצליח לזמן מתקפה מבחוץ על ההולנדים שבעיר, בתאום עם סוהארטו וגאתות סוברותו וכוחותיהם, והללו נפגשו עם כוחותיו שבתוך העיר. האינדונזים טענו שניצחו בקרב הזה מבחינה צבאית כי השיגו את יעדיהם בשטח, נהרגו בו 7 חיילים הולנדיים, 6 חיילים אינדונזיים, ונשבו 3 חיילים הולנדיים, אולם 205 אזרחים אינדונזיים נרצחו בסוראקארתה ביום 11 באוגוסט, על ידי יחידת הכומתות הירוקות של ההולנדים, ומה שקראו האינדונזים בשם ניצחון היה "ניצחון פירוס". מפקד הכומתות הירוקות של ההולנדים היה משנואי נפשם של האינדונזים. הוא היה אחראי לרצח 3,000 מהם גם באי סולאווסי, ולכן היה מבוקש באינדונזיה, אולם זמן קצר לאחר סוף המלחמה הצליחה שגרירות הולנד בעזרת האמריקנים להבריחו מאינדונזיה. הפסקת האש באי ג'אווה הייתה אמורה להיכנס לתוקף בחצות הלילה שבין 10 ל-11 באוגוסט. הקורבן האחרון מבין 6 החיילים האינדונזיים שנהרגו היה סאנתו כאשר הוא וחברו כוסנאן הותקפו על ידי ההולנדים ב-11 באוגוסט בשעה 4 בבוקר. כוסנאן היה הפצוע האחרון מבין חיילי אינדונזיה בקרב הזה. טבח 205 האזרחים היה הפרה נוספת של הפסקת האש מצד ההולנדים. הפסקת האש נוצרה בג'אווה ב-12 באוגוסט ובסומטרה פסקה האש ב-15 באוגוסט. לאחר הפסקת האש חשב מישהו מהמפקדים ההולנדיים ב-24 באוגוסט ליזום "פעולת משטרה" שלישית, כאשר האשים את האינדונזים בהפרת הפסקת האש, אבל המושל ההולנדי האחרון, מחליפו של ואן מוק, הניא אותו מן הרעיון, כאשר ב-23 באוגוסט, התכנסה ועידת השולחן העגול בהאג, בדיוק 4 שנים אחרי שכבשו ההולנדים את סאבאנג ב-23 באוגוסט 1945.
כארתוסווירג'ו ו"דארול אסלאם".
תומכי "דארול אסלאם" התגבשו כבר מאז 1942 בימי הכבוש היפני. כאשר היה סוקרנו בשבי ההולנדים, מאז 19 בדצמבר 1948 עד 6 ביולי 1949 האשימוהו קנאי האסלאם שהוא "נהנה" בבאנגקא, האי בו נכלא, בזמן שהעם האינדונזי ממשיך לסבול.
ב-7 באוגוסט 1949 הכריז סכארמאג'י מאריג'אן כארתוסווירג'ו על הקמת "המדינה המוסלמית האינדונזית" שנקראה גם "דארול אסלאם", מתוך אכזבה מהעובדה שממשלת אינדונזיה אינה ממשלה אסלאמית, חוקיה שאינם חוקי השריעה הם לטענתו "חוקי כפירה", משום שלטענתו השריעה היא החוק התקף היחיד. גם מניע פוליטי ומדיני על רקע הסכם "רנביל" הנזכר למעלה, היה המניע למקום פעולתו הראשון, מחוז ג'אווה המערבית מחוץ לג'קרטה. העילה המידית הייתה אזורית: בהסכם רנביל ויתרה אינדונזיה על השליטה באזור מערב ג'אווה להולנדים. מרד "דארול אסלאם" זה היה הראשון מבין 4 שצצו באינדונזיה מתוך הסתמכות על אותו רעיון, וכארתוסווירג'ו היה עתיד למצוא תומכים חדשים.
אינדונזי שהיה בתפקיד מטעם האינדונזים בזמן הקמת "המדינה המוסלמית האינדונזית" במחוז מערב ג'אוה היה RAA WIRANATAKUSUMA, כ"ראש ממשלת מדינת פאסונדאן" אחד מהגורמים שנועדו להיות חלק מ"ארצות הברית של אינדונזיה", והוא היה הראשון מטעם האינדונזים שנדרש לסכל את המרד. גם ההולנדים שתפו עמו פעולה באזורים שמדרום לג'קרטה.
"דארול אסלאם" הנפיקה ב 4 התגלמויותיה השונות, 10 שטרות כסף כולם נדירים ביותר.
גם הסכם השלחן העגול וביצועו והעצמאות לא מנעו מכארתוסווירג'ו להמשיך למרוד בשם "דארול אסלאם". כנופייתו, "צבא המדינה המוסלמית האינדונזית", ירדה למחתרת.
מחיר המלחמה.
מניין ההרוגים במלחמה היה: 3,500 עד 5,500 חיילים הולנדיים, 45,000 עד 100,000 חיילים אינדונזיים, 100,000 אזרחים אינדונזיים, לפחות 1,297 חיילים יפניים ו-1,200 חיילים בריטיים. 7 מיליון בני אדם איבדו את בתיהם. האיים ג'אווה, סומטרה, מאדורא וסולאווסי ספגו את רב נזקי הלחימה.
סוף המלחמה.
ב-23 באוגוסט החלה ועידת השולחן העגול בהאג שבהולנד. ב-24 באוקטובר הסכימה משלחת אינדונזיה לנטול על עצמה את החוב ההולנדי, חובה של ממשלת "הודו ההולנדית" בסביבות 4.3 מיליארד גילדר הוועידה הניבה הסכם ב-2 בנובמבר, שעקריו היו הפיכת אינדונזיה ל"ארצות הברית של אינדונזיה"כפדרציה המורכבת מ-16 מדינות, שתהיה ב"איחוד" עם הולנד, ותועבר הרבונות עד 30 בדצמבר. בעיית גינאה החדשה ההולנדית המחוז האוקיאני של איי הודו המזרחיים ההולנדיים הייתה אמורה להפתר על פי ההסכם במשא ומתן עד שנה לאחר ביצועו. למרות חוסר שביעות הרצון מצד האינדונזים בעניין החוב ההולנדי ואי מלוי תביעתם בעניין "איריאן המערבית" אישרה אינדונזיה את ההסכם ב-14 בדצמבר, וב-21 בדצמבר אשרו שני בתי הפרלמנט ההולנדי את הסכם. ב-27 בדצמבר 1949, לאחר ארבע שנים של מלחמה לא סדירה וביקורת חריפה שההולנדים ספגו מהאו"ם ומארצות הברית, איימה להפסיק את הזרמת הכספים לממלכה במסגרת תוכנית מרשל. המלכה יוליאנה הכירה בריבונותה של הממשלה האינדונזית הפדרלית. ב-1950 אינדונזיה הפכה לחברה ה-60 באו"ם. רק ב-17 באוגוסט 2005 הכירה ממשלת הולנד ב-1945 כשנת העצמאות של אינדונזיה.
תקופת העצמאות.
זמן קצר לאחר שהמאבקים מול הולנד הסתיימו ב-1949, החלה אינדונזיה לשנות את המבנה הפדרטיבי בן 16 המדינות שיצר הסכם האג. אינדונזיה חולקה ל-8 מחוזות והממשלה הפכה לריכוזית, כאשר רוב האזרחים קבלו צעד זה בברכה, אבל לא כולם.
החוב ההולנדי שהתחייבה אינדונזיה לשלמו והכסף של RIS.
אינדונזיה שילמה בסביבות 4 מיליארד גולדן בשנים 1950–1956 אבל אחרי כן פסקה לשלם ולא שלמה את השארית. בשנת 1957 דאגה אינדונזיה לפצות את עצמה בכך שהלאימה את רכוש הולנד בשטחה, כאשר הסכסוך הבלתי פתור אודות "איריאן המערבית" משמש לה תירוץ לפעולתה.
ממשלת "ארצות הברית של אינדונזיה" הנפיקה שטרות של 1, 5, 10 ו-100 רופיות.
מרד באיי מאלוקו הדרומיים.