האי יושב בתחילה בידי המצרים, האיקרים, הפיניקים והמינואים, ולאחר מכן על ידי האיונים, בהנהגתו של היפוקלאוס מהנילוס.
מסורת מיתולוגית אחרת במיקונוס העתיקה מתייחסת לרצח הענקים בידי הרקולס (על פי סטראבון), ממנו הגיע ככל הנראה הביטוי: "הכל תחת מיקונוס אחת". סטראבון מציין שתושבי מיקונוס היו קרחים, כשסופרים אחרים אף ציינו שהם נותרו חסרי שער מגיל צעיר.
במפרץ פטליה, בחופו הצפוני של האי, על גבעה נמוכה, זוהתה התיישבות מהתקופה הנאוליתית. המבנים העתיקים יותר, תוארכו ל-5000 לפנה"ס. המקום יושב במשך מספר מאות שנים וננטש במהלך האלף החמישי לפנה"ס, בערך באותו הזמן שבו ננטשה ההתיישבות באי סאליאגוס .
מבחינה היסטורית, מיקונוס מוזכרת לעיתים נדירות בלבד. במיקונוס שני מנזרים מרכזיים, האחד ב"אנו מרה" והשני ב"פלאוקסטרו".
המיקונים, שהשתייכו לברית הדלית, שילמו לאתונאים מס, על פי תקנות הברית.
הם סגדו, לצד האלוהויות הפאן הלניות, גם לאלים אולימפיים, במיוחד לדיוניסוס, לפוסידון ולאמה של סמלי , דמטר. לכבודם נערכו פסטיבלים חגיגיים, בהם הוקרבו חזירים, כבשים ואיילים.
על המטבעות של מיקונוס חרוטים גופו המלא של דיוניסוס, או ראשו של פוסידון.
מיקונוס נכבשה, יחד עם איים אחרים, בידי האימפריה הרומית, לאחר מכן הפכה לפרובינציה של ויזנטינון ושמרה על המנהגים ועל הדת האורתודוקסית עד תחילת המאה ה-13, אז נכבשה בידי ונטוס.
האי דלוס, השייך ליחידה האזורית, וממוקם כשלושה ק"מ צפונית מזרחית לאי מיקונוס, מילא תפקיד חשוב מבחינה מדינית, דתית ותרבותית ביוון העתיקה, בשל כך שנחשב למקום לידתם המיתולוגי של האלים אפולו וארטמיס. דלוס המודרני מהווה מוקד משיכה תיירותי בשל עושרו באוצרות ארכאולוגיים, ובשנת 1990 הוכרז כאתר מורשת עולמית.
ימי הביניים, ביזנטיון, שלטון ונציאני.
איסטנבול (קונסטנטינופול) נכבשה בידי הלטינים שהשתתפו במסע הצלב הרביעי, במהלכו נוצרה האימפריה הלטינית. בשנים שלאחר מכן, החלו הצלבנים את כיבוש האיים בים האגאי. האי טינוס ומיקונוס נכבשו בידי האחים אנדראה וג'רמיה (ירמיה) גיזי , שהשתייכו למשפחת האצולה הונציאנית גיזי , והיו אחייניו של הדוג'ה אנריקו דאנדולו.
אנדראה גיזי היה השליט הלטיני הראשון של האי תחת הריבונות של דוכסות הארכיפלג , שהונהגה בידי הדוכס מרקו סנודו . בנו של אנדראה, ברתולומיאו גיזי הראשון , ירש אותו ב-19 במרץ 1277. זמן קצר לפני מותו של אנדראה בשנת 1303, קיבל במתנה את האיים קיאה וסריפוס. איים אלו נכבשו מחדש בידי הוונציאנים מידי האימפריה הביזנטית.
משפחת גיזי שלטה באי במשך כמאתיים שנה, ובני המשפחה הופלו לרעה.
ג'ורג' גיזי הראשון , בנו של ברתולומיאו הראשון, נישא לבתו של גואי מדרמלאיי , ובשל כך קיבל את התואר ברון של חלנדריצה בנסיכות אכאיה (1286-1311). ב-1292, הוא קיבל את הכינוי קסטלן מקלמטה.
בעקבות נישואיו השניים של ג'ורג' גיזי הראשון לאליס דלה קארצ'רי, נולד ברתולומיאו גיזי השני . ברתולומיאו גיזי השני הפך להיות אחד משלושה שליטים ששלטו בממלכת נגרופונטה באי אוויה, והוא ירש אותה מאמו בשנת 1313. מאביו ירש את הריבונות באי טינוס .
במהלך תקופת השלטון של ג'ורג' גיזי הראשון במיקונוס הוצתה מצודת האי בידי האדמירל האראגוני רוג'יירו די לאוריה .
הצאצא האחרון של משפחת גיזי ששלט במיקונוס ובטינוס היה ג'ורג'יו גיזי השלישי , עם מותו ללא צאצאים (1390), האי הועבר לרפובליקה של ונציה. הוונציאנים שלטו במיקונוס עד שנת 1537. בשנה זו הותקף האי בידי ח'יר א-דין ובידי סולטאן האימפריה העות'מאנית סולימאן הראשון. מאז, נפלה מיקונוס לידי הטורקים, בניגוד לטינוס השכנה שנשארה בשליטת הרפובליקה של ונציה למשך כמאתיים שנים נוספות.
שלטון עות'מאני.
מאז תחילת יוון העות'מאנית במהלך התקופה הראשונה, נרדף האי על ידי קבוצה של נוצרים. לאחר שנת 1669, התבצעה גביית מיסים באי באמצעות ועדה, ומונו נציגים ששימשו כשליטים.
על דייריה המפורסמים של מיקונוס נמנים פנאגיוטאקיס ניקוסיוס ואלכסנדרוס מברוקורדאטוס (1669-1709).
טינוס, בניגוד למיקונוס, נשארה למשך מאתיים שנה נוספות בידי הוונציאנים. זה היה האי האגאי האחרון שנכבש על ידי העות'מאנים (1718).
במהלך מרד אורלוב נכבשה מיקונוס בידי הרוסים, והיא הייתה בשליטתם בשנים 1770-1774.
במהלך השלטון העות'מאני, סיפקה מיקונוס לצי העות'מאני ספינת משוטים ואנשי צוות. בזמנים ההם, שכנו באי שודדי ים ונמצאו בו פריבטירים, שהטילו מורא על האיים הסמוכים, ועל ספינות סוחרים שעברו בים האגאי.
במהלך ה"מאבק הקדוש" ניצחה מיקונוס בגבורה עם ספינותיה, שאוחדו עם שאר הצי תחת משפחת טובאזי (משפחה ימית ותיקה מהאי הידרה) והתנגדו לטורקים שוב ושוב, הודות לגיבורה מנטו מברוגנוס. בהנהגתה, גוננו אנשי האי מיקונוס בחירוף נפש על ביתם מפני חילות האויב.
שוב ושוב אדמירל הצי הטורקי ניסה לרדת מהאונייה, אבל תושבי מיקונוס הבריחו את הטורקים, הרגו או פצעו אותם.
ב-1825, הותקפה מיקונוס באכזריות בידי האדמירל האוסטרי פבלוקאס, בתואנה שתושבי מיקונוס ביצעו הפרעות פיראטיות. אולם במציאות פעל פבלוקאס לפי פקודות ממשלתו, שהייתה עוינת והתנגדה למאבק היווני.
היסטוריה מודרנית.
ב-1923, לאחר הקטסטרופה של אסיה הקטנה וחילופי האוכלוסין בין יוון וטורקיה, התיישבו באי משפחות פליטים מאסיה הקטנה , שהעשירו את חיי החברה והתרבות באי, והוסיפו ידע חדש כדוגמת התמחות באריגה. כך הפכה מיקונוס למרכז טקסטיל.
אתרים ארכאולוגיים.
קבר מיקני.
באנגליקה התגלה קבר מיקני מסוף המאה ה-15 לפני הספירה. הקבר הוא עגול, ובעל קוטר של 5.80 מטר. הוא נמצא על ראש גבעה, בסמוך למלון ליטרה. כל חפצי הקבורה והמתנות, כדי חרס, תכשיטים מוזהבים, אבני חותם העשויים מקריסטל - מוצגים במוזיאון הארכאולוגי של מיקונוס.
בית קברות עתיק התגלה באזור של קאטו מילון.
האתר הארכאולוגי "דיבוניה".
באותו הכף התגלו שרידי מגורים שמתוארכים החל מתקופות פרהיסטוריות ונמשכים עד תקופת האימפריה הרומית.
בחצי האי "דימאסטו" שמפריד את מפרץ "קלאפאטי" במיקונוס מחוף "קאלו ליבאדי", יש אינדיקציות של קיום אפשרי של עיר פרהיסטורית נוספת.
במברוספיליה נמצאו כלים רבים וחפצים מהתקופה הנאוליתית.
מתקן קטן על הגבעה, מעל מגדל הפעמון, מתוארך כנראה לתחילת האלף החמישי לפני הספירה.
באנאוולוסה ובפאליוקסטרו קיימים יישובים מהעידן הקיקלדי המוקדם והאמצעי, בהתאמה.
היישוב הנאוליתי של פטליה.
החפירה התחילה ב-1995, ולאחר הפסקה של שנתיים היא נמשכת כיום באופן סיסטמטי על ידי האוניברסיטה האגאית. היישוב הנאוליתי ממוקם בפטליה, בפתחו של מפרץ פאנורמוס וצפונית לדרך המובילה לכפר אנו מרה. היישוב היה מכוון לכיוון צפון, לפיכך היה חשוף לרוחות, עובדה שהפכה את המגורים בו לבעיתיים רוב הזמן. עם זאת, קיימים יישובים נאוליתיים הבנויים בכיוון דומה, שהתגלו באיים קיקלאדיים אחרים, כגון קפאלה קאס, סאליאגוס מאנדיפארוס, גרוטה נקסו, במספר אתרים בקיתנוס ובמקומות אחרים.
מתחילת המחקר התחילו להתגלות שרידי מבנים של ישוב פרהיסטורי גדול. בחפירות האחרונות שהתקיימו בין השנים 2002-2003, נחפר רובו של בניין עם קירות בגובה 1.50 מטר, בעל צורה של «μεγάρου» (אולי: מגרון), בעוד שנמצאו מבנים מקומרים (עם קשתות) ושני מבנים עגולים שגובהם 1.80 מטר, שכנראה השתמשו בהם כאסם. בניינים מסוג זה חריגים לתקופה הנאוליתית. למעשה, עבודת השימור שלהם היא חסרת תקדים באזור האגאי. מחקר גיאומורפולוגי הראה שפטליה הייתה אזור מגורים בעל שטח של 7-8 סטרמות , שפרח במהלך התקופה הנאוליתית המאוחרת. כיום, פטליה מפורסמת בשל היישוב הנאוליתי הידוע של סאליאגוס של אנדיפארוס . סדרה של כרונולוגיות רדיו מתארכות את המגורים באזור בין השנים 5100 ועד סביבות 4500 לפני הספירה.
בתוך הבניינים נמצאו שברים של כלי חרס אך גם עשרות כלים שלמים, המציגים מגוון רחב במונחים של איכות פני השטח וצורות הכלים. נראה שבית מלאכה מקומי הכיל אלפי שברים של כדים מקושטים בצבעי לבן ואדום. הכדים נצבעו בצבעים אלו לאחר שרפת המשטח השחור המלוטש של הכלים, מבפנים ומבחוץ.
בנוסף לממצאים של כלי החרס, נמצאו בשפע רב כלים העשויים אובסידיאן, ביניהם בולטים עשרות רבות של ראשי חץ וחניתות באיכות מצוינת, המעידים על מומחיות מיוחדת בציד. ראשי חץ דומים נמצאו בסאליאגוס של אנדיפארוס, אך גם באתר של המערה השחורה,"מאברי ספיליה", שהיא לא רחוקה מפטליה. למרות זאת, הקילופים שנאספו מפני השטח, כמו גם משכבות החפירה, בנוסף לליבות אובסידיאן רבות, מבהירים שהתרחש עיבוד בו במקום של החומר שהגיע ממלוס.
הממצאים כוללים שני פסלוני חרס של נשים, שנמצאו בעומק לא רב מתחת לפני השטח. אחד הפסלונים הוא מסוג סטאטופיגיה , האופייני לתקופה הנאוליתית בכל רחבי יוון. הפסלון השני, שגובהו 0.30 מטר לפחות, הוא יוצא דופן. הוא כולל צוואר ארוך, ראש אובלי, גוף משולש וטבור עמוק, וגם בו יש מאפיין של סטאטופיגיה.
הכמות הקטנה של צדפות ודגים מבהירה שתושבי היישוב היו בעיקרם בעלי אוריינטציה חקלאית, הכוללת עיבוד אדמה, מרעה וציד, ובעלי אוריינטציה פחותה בדיג.
שרידים מהתקופה הנאוליתית אותרו על גבעות, מזרחית לפטליה, אך גם בחלקים אחרים של האי, עניין המראה כי המגורים היו צפופים החל מתקופה מוקדמת מאוד.
גאוגרפיה.
שטח האי עומד על 85.5 קמ"ר. הגובה המקסימלי באי עומד על 341 מטר. אורך קו החוף של האי עומד על 89 קילומטרים. האי ממוקם 150 ק"מ מזרחית לאתונה.
אוכלוסיית היחידה, המרוכזת כמעט כולה באי מיקונוס בלבד, מונה 10,134 נפשות, בהתאם לסקר מפקד אוכלוסין שנערך ב-2011.