לאחר שחלפה מחצית מתקופת כהונת הכנסת, ומשהיה זכאי על פי חוק למימון מפלגות במקרה שיתפלג מהסיעה, הגיש שרוני
ב-28 באפריל 2008 לוועדת הכנסת יחד עם חבריו לסיעה, אלחנן גלזר ושרה מרום שלו בקשה להתפלג מהסיעה ולהקים סיעה עצמאית בשם "צדק לגמלאים". מספר שעות לאחר הגשת הבקשה, חזר בו גלזר, וזאת לאחר שהוצע לו תפקיד סגן השר לענייני גמלאים. .
ב-3 במאי שינו גלזר ומרום-שלו את החלטתם, ויום לאחר מכן כינסו השלושה מסיבת עיתונאים משותפת עם גאידמק ובה הודיעו על הקמת סיעה חדשה בכנסת בשם "צדק לגמלאים". ב-19 במאי, עם תום פגרת החורף של הכנסת, התקיים דיון בוועדת הכנסת בסופו אמורה הייתה להתקיים הצבעה על אישור התפלגות הסיעה. במהלך הדיון הושמעה ביקורת מצד חברי כנסת רבים וכן מצד היועצת המשפטית לכנסת, נורית אלשטיין, באשר לחוקיות ההסכם בין הפורשים לגאידמק. בתום הדיון החליט שרוני למשוך את בקשתו לאישור ההתפלגות, ולהעמידה להצבעה במועד אחר לאחר תיקון סעיפי ההסכם, לאחר שהסתמן רוב בקרב חברי הוועדה נגד אישור ההתפלגות. לאחר תיקון ההסכם הוגשה הבקשה בשנית ובהצבעה שנערכה בוועדה ב-28 במאי נדחתה הבקשה. .
לבסוף, ולאחר שבוטל ההסכם עם גאידמק, אישרה ועדת הכנסת ב-2 ביוני את התפלגות הסיעה ואת הקמת סיעת "צדק לזקן". הסיעה לא הצטרפה לקואליציה, וזו מנתה 64 חברי כנסת בלבד. ב-30 ביוני אישרה ועדת הכנסת את איחוד סיעת צדק לזקן עם "מפלגת צומת", שנבחרה לכנסת ב-1999, וזאת על מנת שהסיעה תהיה זכאית למימון מפלגות על פי חוק.
ב-15 באוקטובר, בעת נסיונותיה של ציפי לבני להקים ממשלה חדשה בראשותה, הודיעו ראשי שתי הסיעות על איחוד מחודש. חבר הכנסת גלזר הודיע כי לא ישוב עימם למפלגת האם. ב-27 באוקטובר אישרה ועדת הכנסת את בקשת האיחוד של צדק לזקן עם סיעת גיל ואת בקשתו של גלזר להקים סיעת יחיד בשם "הדרך הטובה".
חקירות ראש הממשלה.
במאי 2008 נחקר אולמרט בפרשה שבה נחשד בקבלת כספים שלא כדין, בסכום של מאות אלפי דולרים, בעת שכיהן כראש עיריית ירושלים וכשר התמ"ת, מאיש העסקים והנדבן משה טלנסקי . אולמרט הכחיש את החשדות נגדו.
בסוף חודש מאי העיד טלנסקי עדות מוקדמת בבית המשפט. יום לאחר מכן כינס שר הביטחון ברק מסיבת עיתונאים בכנסת ובה קרא לאולמרט "לנתק עצמו מהניהול השוטף של הממשלה". ברק לא הציב אולטימטום, אך הבהיר כי אם קדימה לא תפעל להחלפת אולמרט בהקדם, תפעל מפלגתו להקדמת הבחירות. עוד באותו היום הגישו חברי הכנסת איתן כבל, אופיר פינס, שלי יחימוביץ' ודני יתום הצעת חוק לפיזור הכנסת, המצטרפת לזו שהציע סילבן שלום. במקביל הודיעה מועצת חכמי התורה, בנשיאותו של הרב עובדיה יוסף כי תתמוך בהצעת החוק לפיזור הכנסת אם לא תעננה דרישות ש"ס באשר להעלאת קצבאות הילדים.
ב-22 ביוני, ימים ספורים לפני הצבעה בקריאה טרומית על הצעת החוק לפיזור הכנסת, העביר אולמרט מסר לשרי מפלגת העבודה לפיו אם יתמכו בחוק - יפטר אותם מהממשלה. בחלוף יומיים, שעות לפני ההצבעה הושג הסכם בין קדימה לעבודה לפיו העבודה תמשוך את הצעתה לפיזור הכנסת ואילו קדימה תתחייב לקיים בחירות מקדימות לבחירת יושב ראש המפלגה עד ל-25 בספטמבר. חודש לאחר מכן קבעה מועצת קדימה כי הבחירות המקדימות יערכו באמצע חודש ספטמבר.
היחסים העכורים בין שתי הסיעות הבכירות בקואליציה נמשך גם שבועות לאחר מכן. במסגרת סבב מינויים הובא לאישור המליאה מינויו של אלי אפללו לשר, וזאת לאחר ששעות קודם לכן דחתה ועדת הכנסת את מינויו של אבישי ברוורמן מסיעת עבודה-מימד לראשות ועדת הכספים. בהצבעה במליאה, אותה ביקשו חברי האופוזיציה לראות כהצבעת אמון, הצביעו חברי סיעת עבודה-מימד, כולל שריה, נגד מינויו של אפללו לשר ובעצם הביעו אי-אמון בממשלה. המינוי אושר לבסוף ברוב דחוק, בתמיכת סיעות אופוזיציה.
לאחר הצבעה נוספת הוחלט למנות בכל זאת את אבישי ברוורמן ליו"ר ועדת הכספים. בעקבות ההחלטה, הייתה זו ש"ס שהודיעה כי היא איננה כפופה למשמעת הקואליציונית. ב-21 ביולי נעדרו חברי הסיעה מהצבעה על הצעות אי אמון. לראשונה בכנסת זו התקבלו שלוש הצעות אי אמון בממשלה. לפי החוק, יש צורך ברוב של 61 חברי כנסת על מנת להפיל את הממשלה. משלא הושג הרוב הדרוש - הממשלה לא נפלה. שבוע לאחר מכן המשיכה הקואליציה לנחול מפלות, כשהאופוזיציה הצליחה להעביר בקריאה ראשונה חוקים בעלות תקציבית גבוהה. ראש הממשלה אולמרט צוטט כאומר "זה נורא, ככה אי אפשר לנהל מדינה." עוד באותו ערב הודיע אולמרט במסיבת עיתונאים שכינס במעונו בירושלים כי אינו מתכוון להתמודד בבחירות לראשות מפלגת השלטון, בהן אמור להיבחר חבר המפלגה שירכיב את הממשלה הבאה:
הניסיון להקמת ממשלה חדשה.
התפטרות אולמרט ובחירת יו"ר קדימה.
בבחירות לראשות מפלגת קדימה, שהתקיימו באמצע חודש ספטמבר 2008, התמודדו שרת החוץ ציפי לבני, שר הפנים מאיר שטרית, שר התחבורה שאול מופז והשר לביטחון פנים אבי דיכטר.
שבועות לפני הבחירות הציגו הסקרים הפרש ניכר לטובת ציפי לבני. מדגמי הטלוויזיה בליל הבחירות הצביעו על ניצחון של לבני בהפרש ניכר (48%, כ-11% יותר ממופז). במהלך הלילה, עם הגעת קולות האמת, הצטמצמו הפערים ולבסוף ניצחה לבני בפער של 431 קולות בלבד (43.1% לעומת 42% למופז). במסיבת עיתונאים שכינס למחרת יום הבחירות הודיע מופז כי ברצונו לקחת פסק-זמן מהפוליטיקה.
ב-21 בספטמבר הגיש אולמרט את התפטרותו במשכן נשיאי ישראל לנשיא המדינה שמעון פרס וממשלתו הפכה לממשלת מעבר. הנשיא צריך היה להטיל על אחד מחברי הכנסת להרכיב את הממשלה הבאה. לפיכך, מיד לאחר הגשת מכתב ההתפטרות החל סבב פגישות המלצה בין הנשיא לנציגי הסיעות בכנסת. נציגי סיעות קדימה, הגמלאים ומרצ המליצו על יושבת ראש קדימה הנבחרת ציפי לבני, נציגי סיעת הליכוד המליצו על יושב ראש האופוזיציה בנימין נתניהו, ונציגי סיעת עבודה-מימד המליצו על יושב ראש מפלגת העבודה אהוד ברק, זאת אף על פי שהחוק קובע כי ראש הממשלה יוכל להיות רק מי שמכהן כחבר כנסת. הסיעות הערביות, יהדות התורה וסיעת צדק לזקן נמנעו מלהמליץ על מועמד , ונציגי סיעות הימין, האיחוד הלאומי-מפד"ל וישראל ביתנו לא המליצו על חבר כנסת מסוים וטענו בפני הנשיא שיש ללכת לבחירות. ב-22 בספטמבר הטיל הנשיא על לבני להרכיב את הממשלה הבאה לאחר שקיבלה את מספר הקולות הרב ביותר מבין המועמדים המומלצים (לבני 38, ברק 19, נתניהו 12). ללבני ניתנו 28 ימים להרכבת הממשלה , אך מכיוון שבתום 28 ימים לא הצליחה לבני להרכיב ממשלה, העניק לה הנשיא ארבעה עשר ימים נוספים להשלמת המלאכה.
חתימת ההסכם עם מפלגת העבודה.
עוד בטרם קיבל הנשיא את ההחלטה להטיל את מלאכת הרכבת הממשלה על לבני, נפגשו ברק ולבני והחלו במשא ומתן לא רשמי. ברק דרש מלבני בפגישתם הראשונה להתחייב כי תקים ממשלה עד הבחירות הבאות לכנסת בשנת 2010 כתנאי להצטרפות מפלגתו לקואליציה. דרישות העבודה היו העלאת תקרת ההוצאה של התקציב מ-1.7 ל-2.5 מיליארד שקלים, צעדים משמעותיים שיאפשרו לבלום את יוזמות שר המשפטים דניאל פרידמן, וכן הקמת "ממשלה דו ראשית", כלומר מעורבות ברק בכל החלטה מהותית שתקבל הממשלה, מקביעת סדר היום של הקבינט ועד ניהול המשא ומתן מול סוריה כולל זכות וטו בנושאים מסוימים.
ב-13 באוקטובר, ערב חג הסוכות, לאחר כשלושה שבועות של משא ומתן, חתמו נציגי קדימה והעבודה על ההסכם הקואליציוני בראשי תיבות. בתחום המדיני, ברק ויתר על דרישתו להוביל את השיחות עם סוריה.
לפי ההסכם, המשא ומתן מול הרשות הפלסטינית וסוריה יתבצע בשיתוף פעולה בין קדימה והעבודה, וברק יהיה השותף הבכיר בהן. באשר לסדרי העבודה בממשלה ובקבינט המדיני-ביטחוני, כל היוזמות בהם ייעשו לפי הסכמה מוקדמת, ואם לא תושג הסכמה, תדחינה היוזמות בשבועיים. ברק לא השיג את דרישתו ל"ממשלת אחדות ללא רוטציה", ולפי ההסכם ישא בתואר "סגן ראש הממשלה והבכיר מבין שרי הממשלה". בנושא ביטול יוזמות שר המשפטים פרידמן, ההסכם מקנה למפלגת העבודה זכות וטו על יוזמות חקיקה ותקנות הקשורות למערכת המשפט, אך לא מזכה אותה בשר נוסף בוועדה למינוי שופטים. לדברי ברק, הוא נסוג מדרישתו לפרוץ את מסגרת התקציב עקב המשבר הכלכלי שפרץ. עם זאת, לפי דרישת המפלגה, שכר הלימוד באוניברסיטאות יוקפא ותקציבים יועברו לגמלאים, לפי דרישת סיעת צדק לזקן.
בנושאים מסוימים קבע ברק תקדימים. לפי ההסכם, ברק יזכה לעליונות על שאר שרי העבודה: בסמכותו לדרוש מראש הממשלה לפטר או למנות שרים ממפלגתו. תקדים נוסף הוא התחייבות קדימה לפעול למען שינוי החוק, כך שגם מי שאינו חבר כנסת יוכל לכהן כיושב ראש האופוזיציה.
כישלון המשא ומתן וההחלטה על קיום בחירות.
לאחר חתימת ההסכם עם מפלגת העבודה בראשי תיבות התפנתה לבני לנהל משא ומתן עם יתר סיעות הכנסת. ש"ס דרשה במשא ומתן להגדיל את קצבאות הילדים. הצדדים קיימו מספר פגישות בהן לא הגיעו להסכמה על התקציב שיוקצה לקצבאות ועל חלוקתו על פני השנים. לאחר שנציגי ש"ס דחו את הצעת קדימה להגדיל את קצבאות הילדים בסכום של כ-800 מיליון ש"ח, הציבה לבני אולטימטום והודיעה כי אם לא תצליח להרכיב ממשלה בתוך שלושה ימים, היא תודיע לנשיא כי לא הצליחה להרכיב ממשלה ותבקש ממנו לקיים בחירות בתוך 90 יום. במקביל, העבירה לבני הצעה ברוח דומה לחברי דגל התורה (פלג בסיעת יהדות התורה בראשות אברהם רביץ).