בשנת (1856) מת הסולטן, מאורע שהביא לריב מר ובלתי נמנע בין יורשיו על השלטון, והשלטון ברחבי הממלכה נחלש באופן משמעותי. במשך תקופה של חמש שנים אבדו לעומן שטחים ומרכזי מסחר ימיים רבים ועורער המצב המדיני באזורי אפריקה המזרחית. לבסוף, הביא צ'ארלס קנינג, רוזן קנינג הראשון, מושל הודו לפשרה בין הניצים והממלכה חולקה בין בנין של סעיד סייד אבן סולטן. בנו סעיד תוואני הוכר כסולטן מוסקט ועומן ואחיו סעיד מאג'יד היה לסולטן זנזיבר ומדינות החסות שלה.
למרבה צערה של עומן הייתה זנזיבר המרכז של הסחר במזרח אפריקה ומשענת הכוח הכלכלית והכספית של כל האימפריה. ההסכם שנחתם גרם לשליט עומן לאבד חלק גדול מהכנסה הכספית של הממלכה. לפיכך, ההסכם שנקרא על שמו של לורד קנינג, כלל תשלום סובסידיה מצד ממשל זנזיבר לממשל של מוסקט ועומן. תשלום זה הפך מהר מאוד למקור ההכנסה היחיד של סולטנות מוסקט והמדינה שקעה בשיתוק כלכלי, השליטים נתקו עצמם מהעולם החיצוני ובמשך כ-120 שנה עד לגילוי הנפט הפכה סולטנות עומן למקום מפגר וחשוך. המדינה התאוששה לאט ממצב זה רק לאחר גילוי הנפט.
בשנת 1868 תפס את השלטון סעיד עזיז בן קייס בן עזאם אל-בוסעיידי. הוא גירש את קרובי משפחתו (בן דודו וגיסו), מכס השלטון, הכריז על עצמו כעל האימאם, אמנם הוא לא נבחר לתפקיד זה אולם מרבית חברי שבט החינאווי הכירו במרותו. הוא כרת ברית עם החליף של אבו דאבי, עמד בפני התערבות סעודית והשתלט על אזור בוראמי. סעיד עזיז בן קייס בן עזאם אל-בוסעיידי הבין את חשיבותו של איחוד שטח החוף עם שבטי פנים הארץ, לפיכך בסס את שליטתו על ידי כריתת ברית עם שבטי הגאפירי של פנים הארץ, אולם שבטים אלו שבו ומרדו כנגדו בשנת 1870. הבריטים ראו בניסיונות אלו סכנה ליציבות הסדר שהם יצרו באזור ולכן תמכו ביריבו טורק שתפס את השלטון בינואר שנת 1871.
באותה עת, השליט המקביל בזנזיבר, סעיד טורקי הבטיח את התמיכה הכלכלית של מקורביו באי כמו כן גם את זו של הבריטים וניצח בשנת 1871 את הכוחות שמרדו נגדו. משנת 1890 עד 1913 הבריטים הפכו את האי למדינת חסות ומינו בו וזירים מטעמם. האי קיבל את עצמאותו בשנת 1963, בשנת 1964 הוא התאחד עם טנגנייקה למדינה אחת -טנזניה.
במשך שנות המאה ה-19 המאוחרות וראשית שנות ה-20 התגבר המתח שבין הסולטן של מוסקט והאימאם של ניזוואה, ששלט על שבטי פנים הארץ. סכסוך זה נפתר באופן זמני על ידי אמנה שנכרתה בין שני הצדדים היריבים בתיווך הבריטים ונקראה אמנת סיד. אמנה זו הבטיחה את שלטון האימאם בחלקי פנים הארץ והכירה בחוקיות הממשל של הסולטן במוסקט. אמנה זו עמדה בתוקפה עד לשנת 1954 שבה התעורר העימות מחדש בשל גילוי הנפט באדמתה של עומן. האימאם ג'אליב בן עלי הוביל מאבק בן חמש שנים כנגד הסולטן, בשנת 1960 בהתערבות של הבריטים והשאה של איראן הוגלה האימאם לערב הסעודית.
בשנת 1964 פתחו בדלנים באזור דופאר, שקראו לעצמם "החזית לשחרור דופאר", במרד כנגד הסולטן של מוסקאט ועומן, המורדים נעזרו במשטר הקומוניסטי בתימן. מנגד, הסולטן נתמך בידי כוחות מאירן ובריטניה. המרד דוכא בשנת 1976 בידי הסולטן קאבוס בן סעיד אאל סעיד.
תנועת מרד בדופאר אורגנה בשנת 1963 על ידי לאומנים ערבים ואישים דתיים שמרניים שהיו מתנגדי השלטון. בשנת 1968 הנהגת המרד עברה לידי כוחות מרקסיסטיים שנתמכו בידי סין וברית המועצות. כאשר עלה קאבוס בן סעיד אאל סעיד לשלטון חלק גדול מהחברים השמרניים באופוזיציה זו עברו לתמוך בו.
במאמצי מדינות האזור להרגיע מרד זה שאיים על יציבות כל מדינות המפרץ, קבלה עומן סכום של 200 מיליון דולר מאבו דאבי וכן סכום של 2.5 ביליון דולר מערב הסעודית. בנוסף ספקו ירדן, בריטניה, מצרים ופקיסטן אימונים צבאיים לחיילי צבא עומן.
לאחר הבסת המורדים השקיע השלטון העומאני, בין השנים 1971–1975, כ-1.8 ביליון דולר לפיתוח האזור. סכום הכסף נועד להרחבת התשתיות, רשת החינוך והבריאות ורשת שירותי הדת. סכום כסף זה היה חריג יחסית לגודל האוכלוסייה באזור שעמדה בשנת 1970 על כ-50,000 איש, לעומת שאר אוכלוסיית המדינה שעלתה על 400,000 איש.
המאה ה-20 עד המאה ה-21.
סעיד בן טימור היה הסולטן ה-13 של השושלת, הוא שלט במדינה משנת 1932 עד להדחתו בשנת 1970. עלייתו לשלטון נעשתה בעזרתם של כוחות קומנדו בריטים, ועומאן קבלה את מלוא עצמאותה בשנת 1951. הסולטן היה שמרני ומרוחק מאוד מעמו ולא השתמש בכספי הנפט לרווחת העם. שמרנות זו הייתה אחד הגורמים למצב התברואתי הגרוע ולתמותה גבוהה של תינוקות, מחלות עיניים, מחלות מין ותת-תזונה שהיו שכיחים במדינה, היו רק שלושה בתי ספר ומספר יודעי קרוא וכתוב היה כ-5% מהאוכלוסייה
בשנת 1970 הדיח אותו בנו קאבוס בן סעיד אאל סעיד ששלט בעומאן עד מותו בינואר 2020. עם עלייתו לשלטון הוא שינה את שם הממלכה לסולטנות של עומאן, השקיע רבות בפיתוח המדינה מבחינה חברתית וכלכלית. עומאן, שהייתה הראשונה מבין מדינות המפרץ הערביות שפורמלית התירה לארצות הברית להשתמש במתקניה הצבאיים.
קבוס בן סעיד יצר איזון בין הכוחות השבטיים של אזורי הארץ השונים, ליצירת ממלכה אחת ומדיניות אדמיניסטרטיבית אחידה. מזמנו קיימת מועצת שרים שמונה 26 איש הכפופים כולם ישירות לסולטן. בשנת 1996 הציג השליט בפני עמו מה שמכונה "מבנה בסיסי של המדינה" שהוא החוקה הראשונה הכתובה של עומאן. בחודש ספטמבר שנת 2000 בחר העם 83 נציגים כולל שתי נשים לאספה הלאומית מתוכם בחר הסולטן 48 לבית המחוקקים העליון
קאבוס פעל בתבונה וחילק אחוז גדול מההכנסה הלאומית כדי להבטיח את צורכי האוכלוסייה וזכה בשל כך לאהדה לא מבוטלת לשלטונו. התוצר הגולמי לנפש ערב עלייתו לשלטון של הסולטן הנוכחי, עמד על 350 דולר לעומת התוצר בשנת 2015 שעמד על יותר מ-25 אלף דולר. שלטונו הוא אבסולוטי על כל מהלכי החיים בסולטנות, והוא משמש כראש הממשלה, שר ההגנה ושר האוצר דבר שקשה על שמירת היציבות הפוליטית בממלכה בלכתו.
קבוס בן סעיד מנהל מדיניות חוץ נייטרלית המשקפת בעת ובעונה אחת את החולשה והעוצמה של הסולטנות החולשת ביחד עם אירן, על נתיב השיט החשוב ביותר – מצר הורמוז. בהתאם לכך, עומאן שומרת על יחסים קרובים ביותר עם איראן הרבה יותר מאשר שאר מדינות המפרץ. באוגוסט 2013, לאחר בחירתו של חסן רוחאני לנשיא, היה הסולטן ראש מדינה הראשון שביקר באיראן. בדצמבר אותה שנה, נחתם מזכר הבנות לפיו עומאן תייבא גז מאירן, החלו מחדש השיחות על הנחת צינור גז בין המדינות והועלתה גם האפשרות של בניית גשר שיחבר שתי המדינות מעל המצר. במרץ 2014 ביקר חסן רוחאני במסקט והיה זה ביקורו הרשמי הראשון במדינה ערבית מאז נכנס לתפקידו.
יחסה של עומאן לישראל שונה בהשוואה לשאר מדינות האזור וגרם לא פעם למתח ביניהן. עומאן תמכה בהסכם השלום בין ישראל למצרים ולא ניתקה את יחסיה עם מצרים. בדצמבר 1994 אירח קאבוס בן סעיד את יצחק רבין במסקט, בירת הסולטנות. היה זה ביקור פומבי ראשון של מנהיג ישראל במדינת מפרץ. לאחר רצח יצחק רבין נשלח נציג בכיר של הסולטנות להשתתף בהלוויה. בשנת 1994 אירחה עומאן את קבוצת העבודה האזורית בנושא מים, שהוקמה לאחר ועידת מדריד (1991) וב-1996 הסכימה לארח נציגות מסחרית ישראלית בתחומה. הופיעו בעיתונות גם דיווחים כי עומאן קבלה סיוע צבאי ממדינת ישראל. אולם עם תחילת האינתיפאדה השנייה סגרה עומאן את הנציגות הישראלית במסקט. עומאן הכריזה פעמים רבות כי היא מוכנה לנורמליזציה מלאה עם ישראל ברגע שייחתם הסכם שלום עם הפלסטינים.
מרבית תושבי הסולטנות שייכים לעדה מוסלמית בשם – האבאדיה, שנחשבת לסובלנית יותר משאר סיעות האסלאם, השיעים שמרביתם ממוצא הודי מהווים רק 5% מהאוכלוסייה.
המיעוטים בעומאן שמשתייכים לסיעות אחרות ולא לאבדיה, זוכים להגנה מלאה בחוקי המדינה. עונשים כבדים מוטלים על כל סוג של גזענות על בסיס דתי או עדתי. שנאה והסתה על רקע כל שהוא נחשבות במדינה לעבירה חמורה, שהעובר עליה עשוי לקבל עד עשר שנות מאסר. גם ויתור על דת האסלאם אינו נחשב במדינה לעבירה, לעומת סעודיה למשל ששם מעשה זה כרוך בעונש.
הסובלנות של השלטון ניכרת גם במעמד הכלכלי, שאינו נפגע מהשתייכות הדתית של הפרט. לכן, בעוד שבסעודיה ובבחריין הרוב הסוני נהנה מרמת חיים טובה יותר מזו של המיעוט השיעי, העדה השיעית בעומאן הוציאה מתוכה אנשי עסקים בולטים
קיומו של מיעוט שיעי מצליח עוזר לעומאן בניצול קשריה עם איראן גם כמנוף כנגד השפעה מול סעודיה שאת כוחה הפוליטי והדתי, עומאן מבקשת לחסום.
מתינות זו בצד שביעות רצון התושבים מהשלטון המדינה, כנראה הביאו לכך שסולטנות עומאן היא ככל הידוע המדינה הערבית היחידה שאיש מאזרחיה לא הצטרף ללחימה בשורות המדינה האסלאמית. במדד הטרור העולמי לשנת 2015, שנערך מטעם המכון הבינלאומי לשלום ולכלכלה, זכתה עומאן לניקוד 0 בתחום איומי הטרור הנשקפים לה.
הימנעות מוחלטת מהתערבות בכל סכסוך חיצוני, היא אחד המאפיינים הבולטים של מדיניות עומאן. בשנת 2015 סירבה סולטנות עומאן להשתתף בפעולות הצבאיות של מדינות המפרץ נגד ההתקוממות השיעית בתימן. עומאן גם לא הצטרפה ל"קואליציה הצבאית האיסלאמית" שהקימה סעודיה בסוף שנת 2015, במטרה להילחם בארגוני הטרור, זאת על אף ששלושים וארבע מדינות אחרות הביעו את נכונותם להיות חברות בקואליציה זו. כמו כך נמנעה עומאן מלהשתתף גם בקואליציה שגיבשה ארצות הברית למלחמה בארגון המדינה האסלאמית אם כי הביעה את תמיכתה בה.