נשיות הפכה לסלע מחלוקת בין טרנס-פמיניסטיות לבין פמיניסטיות אחרות. נשים טרנסיות מואשמות תכופות בהגזמה בתכונותיהן הנשיות, אשר לטענת פמיניסטיות אחרות מחזקת ומקבעת סטריאוטיפים מגדריים פוגעניים כלפי כלל הנשים. מקלוסקי, בספרה "Crossing", משיבה לסוגיה זו בכך שעבור נשים טרנסיות רבות הקצנת התכונות ה"נשיות" היא צורך הישרדותי, ועדיפה על פני האפשרות האחרת שהיא להירצח בשל ניראות חריגה מבחינה מגדרית. היא טוענת שלנוכח הסכנה של פשעי שנאה וענישה חברתית נגד נשים טרנסיות, הצגה חד משמעית של מגדר יכולה להגביר את תחושת הבטיחות של נשים טרנסיות. כל חריגה מהנורמה, אפילו מזערית, בסימני הנשיות הנראים לעין, עלולה להיחשב כבלתי הולמת באורח קיצוני. ג'וליה סרנו כתבה בספרה "" שהבעיה היא שבפטריארכיה הנשיות נחשבת לקלת דעת, חלשה ופסיבית, ועל פי וגם פמיניזם גל שני יש למגר תופעה זו, כי היא קיימת רק כדי למשוך ולרצות את תשוקת הגברים ולהשאיר נשים במצב של כפיפות ושעבוד. אך סרנו טוענת שהפמיניסטיות והפעילות הטרנסג'נדריות של ימינו חייבות לפעול לאמץ ולהעצים את הנשיות בכל צורותיה המופלאות, וכי נשיות כזהות וכפרפורמנס היא לגיטימית ושזו הסטיגמה לגביה שצריך למגר.
כמו כן, האשמת נשים טרנסיות בנשיות יתר אינה בהכרח תואמת את המציאות בפועל, מכיוון שייתכן וקיימת דגימה מוטה כהסבר לכך שפמיניסטיות מסוימות מבחינות בביטוי נשי מאוד אצל מספר לא פרופורציונלי של נשים טרנס. אנשים טרנס נתפשים כחריגים במידה מופרכת מנורמות החברה, אשר מניחה כברירת מחדל שכולם סיסג'נדרים. וכך, כאשר אדם נראה כמתאים לנורמות החברתיות, או כמעט מתאים להן, מניחים שאינו טרנסג'נדר. וכאשר רואים מישהו שקשה לסווגו כגבר או אישה, כמעט תמיד אין הצופה מניח שמדובר באדם טרנס. דוגמה לכך היא הדמות "פאט" בתוכנית הטלוויזיה האמריקאית "סאטרדיי נייט לייב. האפקט הקומי מבוסס על סקרנותן של דמויות אחרות לגבי המגדר של פאט. הם שואלים שאלות מנחות, אך מקובלות מבחינה חברתית, שהתשובה עליהן עשויה להוכיח שפט הוא גבר או שהיא אישה. פאט עונה תמיד בלי לעשות זאת. גם לאחר כמה סיבובים של תשאול כזה, הדמויות לעולם אינן מסיקות שפאט הוא/היא טרנס. ההנחה המתמשכת היא שיש זהות מהותית ובינרית שתהיה נכונה, ורק צריך לחשוף אותה. ואלה הם כללי החברה המנומסת: יהיה זה גס רוח להניח שאדם אחר הוא טרנס. כיוון שהחינוך הזה טבוע עמוק (ולא ניתן לקרוא מחשבות של אחרים), לא ניתן להבחין בכל אדם טרנס בו פוגשים. לכן, הרעיון שבאופן כלשהו, נשים טרנס הן נשיות יותר, הוא קביעה בלתי ניתנת להוכחה, ואולי מבוססת על התמקדות יתר בנשים בעלות ניראות פחות קונבנציונלית שהן לאו דווקא רוב מספרי; קביעה שבדרך כלל באה מצד אלה המבקשים להשמיץ נשים טרנס כחסרות השכלה, בלתי משוחררות מכבלי הפטריארכיה, וכעלולות לשמש ככלי בידי תנועות אנטי-פמיניסטיות.
נשיות אצל נשים טרנסג'נדריות זוכה ליותר תשומת לב, וסופגת יותר ענישה, מאותן התנהגויות אצל נשים סיסג'נדריות. מוסר כפול זה חושף שההתנהגות עצמה פחות בעייתית בעיני מבקרים רבים, אלא שהבעיה האמיתית בעיניהם היא קיומם של אנשים טרנס, כלומר – שהנשיות מאומצת על ידי מי שהמבקרות רוצות לראות כגברים ולא כנשים. ג'וליה סרנו טבעה את המונח "טרנסמיזוגיניה" כדי לתאר את הגישות השליליות מסוג זה שהן ספציפיות לנשים טרנסג'נדריות.
פמיניזם רדיקלי וטרנס-פמיניזם.
"אישה מלידה" (womyn born womyn), זו תנועה המאמינה כי מגדר הוא מאפיין הקשור באופן אינהרנטי למין, ואינו ניתן לשינוי, וכי ניתוחים לשינוי מין הם לכן סוג של השחתה גופנית, וצריכים להיות בלתי חוקיים. שילה ג'פריס, פמיניסטית לסבית-רדיקלית ויריבה מובהקת של טרנס-פמיניזם וטרנסג'נדריות בכלל, היא ממובילות תנועה זו. ג'ניס ריימונד, מרי דיילי ואחרות טוענות כי התנועה הפמיניסטית אינה צריכה למקד את האנרגיה שלה בנשים טרנסיות. מתנגדות התנועה כמו קלסי ברין ג'ונס טוענות, כי הדרת נשים טרנס ממרחבים לנשים בלבד שוללת מהן את זכותן לזהות עצמית, ואת חוויות הטרנסמיזוגיניה שלהן. בעשור השני של המאה ה-21 הוטבע המונח TERF (Trans-Exclusionary Radical Feminists), או "פמיניזם רדיקלי מדיר-טרנסיות" כדי לתאר את הפמיניסטיות שמבקשות לבטל את זהותן ולגיטימיותן של נשים טרנסיות, ולהדיר אותן ממרחבים נשיים ומן הפמיניזם בכלל.
בעוד פמיניסטיות רדיקליות רבות ביטאו השקפות אנטי-טרנסיות, לא כולן ביטלו את הטרנסג'נדריוּת לחלוטין. בספרה "שנאת נשים" (Woman Hating), תוקפת אנדריאה דבורקין, סופרת ופעילה פמיניסטית רדיקלית, את הרדיפה והשנאה של אנשים טרנסג'נדרים ודורשת שניתוחים לשינוי מין לאנשים טרנסג'נדרים יסופקו חינם על ידי החברה. דבורקין טוענת כי "לכל האנשים מהקשת הטרנסג'נדרית יש זכות לשרוד בתנאים שמתאימים להם, כלומר כל טרנסקסואל או טרנסקסואלית זכאים לניתוח לשינוי מין, אשר עליו להיות מסופק על ידי החברה, כאחד מתפקידיה".
נשים טרנסג'נדריות מסוימות נטלו חלק בפמיניזם הלסבי ובפמיניזם הרדיקלי של הגל השני. דוגמה בולטת לכך היא סנדי סטון, פמיניסטית לסבית טרנסית, שעבדה כטכנאית סאונד עבור הקולקטיב הלסבי-פמיניסטי "אוליביה רקורדס". ביוני ויולי 1977, כאשר 22 פמיניסטיות מחו על השתתפותה של סטון, אולביה רקורדס הגנה על העסקתה בטענה כי סטון היא "אישה שנוכל להיות עמה ביחסים של נוחות וביטחון" וכי היא "אולי אפילו אשפית ההנדסה, שנשלחה על ידי האלה, שאותה חיפשנו כל כך הרבה זמן".
נשים טרנסג'נדריות, כמו סנדי סטון, קראו תיגר על התפיסה שהייתה מקובלת בפמיניזם הגל השני, של "האישה הביולוגית". סטון התפטרה ב-1978 כאשר גברה המחלוקת על עבודתה כאישה טרנסית עבור הארגון הלסבי-פמיניסטי. הוויכוח נמשך בספרה של ריימונד The Transsexual Empire: The Making of "the She-Male", בו הוקדש פרק שלם לביקורת על "הפמיניסטית הלסבית המובנית באופן טרנסג'נדרי". קבוצות כמו "הארגון הלסבי של טורונטו" הנהיגו מדיניות של "נשים מלידה בלבד". ב-1978, בתגובה לבקשה רשמית להצטרף לארגון על ידי לסבית טרנסג'נדרית, התקבלה החלטה בהצבעה להדיר נשים טרנס. במהלך הדיון הבלתי רשמי, הביעו חברות הארגון את זעמן על כך, שמי שהיה לדעתם "יצור-זכר של שינוי מין העז להזדהות כאישה ולסבית". בתגובתן הציבורית, כתבו חברות הארגון: "קולה של אישה לא נשמע כמעט כקולה של אישה – הוא תמיד היה מסונן דרך קולות של גברים. אז הנה בחור בא ואומר, "אני הולך להיות בחורה עכשיו, ולדבר בשם בחורות." אז אנחנו חשבנו, "לא, אתה לא". אדם לא יכול פשוט להצטרף אל המדוכאים בכפייה".
שילה ג'פריס תיארה את הטרנסג'נדריות "כבעייתית ביותר מנקודת מבט פמיניסטית", ואמרה כי "טרנסקסואליות צריכה להיחשב כהפרת זכויות אדם". ב-2014 פרסמה את הספר "מגדר כואב: ניתוח פמיניסטי של הפוליטיקה של הטרנסג'נדריות".
האימפריה הטרנסקסואלית, ספרה של הפמיניסטית הרדיקלית ג'ניס ריימונד משנת 1979, היה ועודנו מעורר מחלוקת בשל גינוי חד-משמעי של ניתוחים טרנסג'נדריים. ריימונד אומרת: "כל הטרנסקסואליות אונסים את גופן של נשים על ידי צמצום הצורה הנשית האמיתית לכדי חפץ, וניכוס הגוף הזה לעצמם... טרנסקסואליות פשוט כורתים את האמצעים הברורים ביותר לפלישה לתוך נשים, כדי שייראו לא-פולשניים". ניתן לראות השפעה ישירה בכך על הופעת הקולות המוקדמים של התנועה הטרנס-פמיניסטית הכוללים את קייט בורנשטיין וסנדי סטון, שמאמרן "האימפריה מכה שנית" (The Empire Strikes Back) היה תגובה ישירה לכתביה הטרנספוביים של ג'ניס ריימונד. במאה ה-21, ניתן לציין את העבודות הטרנס-פמיניסטיות של קריסטה סקוט-דיקסון וג'וליה סרנו. סרנו היא פעילה טרנסג'נדרית פמיניסטית ביסקסואלית, שמתארת מספר רב של מקרי הדרה של נשים טרנסג'נדריות ממרחבים פמיניסטים, וטוענת כי השוליות של נשים טרנסג'נדריות נובעת לעיתים קרובות מהנחת הנחות מסורתית על מגדר ומיניות. הנחות שווא אלה מדביקות תאוריות, אקטיביזם, ארגונים וקהילות – וגרוע מכך, הן מאפשרות לאנשים למחות בצורה נחרצת על צורות מסוימות של סקסיזם, תוך התעלמות, ואפילו הנצחה של צורות אחרות. סרנו דוגלת בגישה חדשה למאבק בסקסיזם הנמנעת ממכשולים אלה ומציעה דרכים חדשות לחשיבה על מגדר, מיניות וסקסיזם המטפחים את ההכללה ולא את הבלעדיות.
אולי סלע המחלוקת הבולט ביותר בין פמיניסטיות גל-שני וטרנס-פמיניסטיות היה "פסטיבל המוזיקה לנשים של מישיגן", שפעל כארבעים שנה, עד שסגר שעריו ב-2015. בתחילת שנות התשעים, סילק הפסטיבל אישה טרנסג'נדרית, ננסי ברקהולדר. מאז, טען הפסטיבל כי הוא מיועד "לנשים מלידה" בלבד. בכלל זה הן קיבלו גברים טרנסג'נדרים לשורותיהן. הקבוצה האקטיביסטית "קאמפ טרנס" הוקמה כדי למחות על המדיניות הטרנספובית של "אישה מלידה", ולפעול למען קבלה גדולה יותר של אנשים טרנס בקהילה הפמיניסטית. פעילים טרנס וטרנס-פמיניסטיות בולטים שהיו מעורבים בקמפ טרנס כללו את ריקי וילצ'ינס, ג'סיקה חאווייר ולזלי פיינברג. הפסטיבל שקל לאפשר לנשים טרנס לאחר ניתוח להשתתף, אולם על כך נמתחה ביקורת כאפליה מעמדית, משום שנשים טרנס רבות אינן יכול להרשות לעצמם ניתוח גניטלי.