הקטע ה-9 היה הקטע האחרון של השבוע הראשון, לפני הכניסה למחרת ליום המנוחה, 153 קילומטרים מפו ללראנס. במהלך העלייה המדורגת השנייה של הקטע, "Col de la Hourcére", יצא מארק הירשי לבריחת סולו כשנשארו יותר מ-90 קילומטרים לסיום המרוץ. הירשי שמר על יתרונו שלו מהפלוטון שהצטמצם בעלייה הזו. בעלייה המדורגת האחרונה של הקטע, ה-"Col de la Marie Blanque" התפרק אדם ייטס, מוביל המרוץ, בעוד פרימוש רוגליץ', טאדיי פוגאצ'אר, איגן ברנל ומיקל לנדה (בחריין מקלארן) פתחו פער משאר רוכבי הדירוג הכללי וצמצמו את הפער מהירשי ואף תפסו אותו כשנשארו קצת יותר מ-2 קילומטרים לסיום, בספרינט הסיום גבר פוגאצ'אר על רוגליץ' והירשי וניצח את הקטע, כשברנל רביעי ולנדה חמישי. באוקה מולמה (טרק-סגפרדו) הוביל את הדבוקה השנייה על הכביש, של שאר רוכבי הדירוג הכללי, 11 שניות מפוגאצ'אר המנצח. אדם ייטס סיים את הקטע במקום ה-15, 54 שניות אחרי פוגאצ'אר, ואיבד את ההובלה הכללית לפרימוש רוגליץ', בעוד ברנל עלה למקום השני, 21 שניות מרוגליץ', ומרטן למקום השלישי, 28 שניות מרוגליץ'. במהלך הקטע פרשו סטף קרס (לוטו–סודאל) ופאביו ארו (יו. איי.אי. אמירטס) לאחר שאיבד קשר עם הפלוטון עוד בתחילת הקטע.
השבוע השני (קטעים 10–15).
קטע 10.
לאחר תום קטע 9 הרוכבים נכנסו למחרת ליום המנוחה הראשון של המרוץ, בו נערכו להם בעיקר בדיקות קורונה, ומנהל הטור כריסטוף פרודהום נמצא חיובי לנגיף ובעקבות כך נאלץ לעזוב את המרוץ. קטע 10 כלל 168.5 קילומטרים, מאיל ד'ולרון לאיל דה רה והיה בתוואי מישורי והסתיים בספרינט רב משתתפים, בו השיג סם בנט את הניצחון הראשון שלו בטור דה פראנס והשני של קוויק-סטפ במרוץ כשהוא מצטרף לרשימת הרוכבים הפעילים שניצחו קטע בכל גרנד טורס. הוא הקדים את קיילב יואן ופטר סאגאן. במהלך הקטע פרש סם ביולי (מיצ'לטון - סקוט) ודומניקו פוצוביבו (NTT Pro Cycling) פרש לפני תחילת הקטע.
קטע 11.
גם הקטע ה-11 הסתיים בספרינט רב משתתפים, לאחר 167 קילומטרים משאטולאיון-פלאז' עד לפואטייה, זו הייתה גם ההזדמנות האחרונה של המאיצים הכבדים עד לקטע האחרון בשאנז אליזה. בקטע ניצח קיילב יואן, לאחר שהקדים את פטר סאגאן וסם בנט והשיג את הניצחון החמישי שלו בקטע בטור, בפעם השנייה בסך הכל שהוא מזנק למרוץ. מפטר סאגאן נשלל המקום השני והוא הועבר למקום האחרון מהפלוטון לאחר שהתנגח עם ווט ואן ארט וחרג מקו הספרינט שלו, בנוסף על כך גם ספג קנס ואיבד את הנקודות שהרוויח בספרינט הביניים בקטע. בעוד ואן ארט נקנס על התנהגות לא נאותה לאחר שעשה אצבע משולשת לכיוונו של סאגאן וקילל אותו. יון איסאגירה (אסטנה) פרש לאחר שהתרסק וסבל משבר ביד, גם דווידה פורמולו (יו. איי.אי. אמירטס) לא זינק לקטע ופרש מהמרוץ לאחר שבקטע 10 שבר את עצם הבריח ובכל זאת סיים את אותו הקטע. גם גרגור מילברגר (בורה–הנסגרוהה) נטש את המרוץ במהלך הקטע.
קטע 12.
הקטע ה-12 היה הקטע הארוך ביותר במרוץ, 218 קילומטרים משוויניי לסראן. לקראת 40 הקילומטרים האחרונים של השלב התחילו ההתקפות מהפלוטון והתגבשה קבוצת בריחה בנוכחות בולטת של קבוצת סאנווב, כשנשארו 28.2 קילומטרים לסיום התקיף מארק הירשי, שכבר סיים שני בקטע ה-2 ושלישי בקטע ה-9, ויצא לבריחת סולו. הירשי שמר על יתרונו עד הסיום והשיג לקבוצתו ניצחון ראשון בקטע במרוץ השנה, מקדים את פייר רולאן (B&amp;B Hotels - Vital Concept p/b KTM) ב-47 שניות ואת בן קבוצתו סרן קראו אנדרסן שניצח את הספרינט למקום השלישי ב-52 שניות. הפלוטון הגיע 2:30 דקות אחרי הירשי, מובל בידי פטר סאגאן שניצח את הספרינט למקום 13. במהלך הקטע פרש אילנור זאקארין (CCC שסיים כאמור רביעי בקטע ה-8, לאחר שהתרסק באזור הנייטרלי בקטע 11 ובסופו של דבר נאלץ לפרוש במהלך הקטע הזה.
קטע 13.
הקטע ה-13 כלל 191.5 קילומטרים משאטל-גוייון לפווי מארי, בעלייה של פאס דה פיירו, שאורכה 5.4 קילומטרים בשיפוע ממוצע של 7.7%, מלבדיה נכללו בקטע עוד שש עליות מדורגות. כשנשארו עוד 29 קילומטרים לסיום השלב גישר מקסימיליאן שכמן לנילסון פאולס (EF Pro Cycling) שהיה בקדמת המרוץ, כשמאחוריהם נמצאת שאר דבוקת הבריחה. כשנשארו 18.3 קילומטרים לסיום שכמן ניער מעליו את פאולס, אך נתפס בעצמו 1.6 קילומטרים לסיום על ידי שני רוכבים שגם היו חלק מקבוצת הבריחה, דניאל פיליפה מרטינס (EF Pro Cycling) ובן קבוצתו של שכמן, לנארד קאמנה. בסופו של דבר בקילומטר האחרון שכמן נשר, ומרטינס גבר על קאמנה בספרינט הסיום וניצח את הקטע, מביא לקבוצתו את הניצחון הראשון שלה בטור השנה. בתחום הדירוג הכללי, פוגאצ'אר ורוגליץ' הגיעו ראשונים, 6:05 דקות אחרי מרטינס, והרוויחו 13 שניות על ריצ'י פורט ומיקל לנדה, 15 שניות על מיגל אנחל לופס, 38 שניות על איגן ברנל וריגוברטו אוראן, ו-40 על נאירו קינטנה. במהלך הקטע פרש באוקה מולמה (טרק-סגפרדו), שלפני פרישתו דורג במקום ה-12 הכללי, לאחר שהתרסק ביחד עם רוכבים נוספים וסבל משברים בכף היד.
קטע 14.
קטע 14 כלל 194 קילומטרים מקלרמון-פראן לליון, בתוואי גבעי. הקטע כלל 5 עליות מדורגות, כשהשתיים האחרונות, "Cote de la Duchére" ו-"Cote de la Croix-Rousse" היו בקטגוריה 4, ומוקמו כ-10 ו-5 קילומטרים לסיום הקטע. כשנשארו 3.2 קילומטרים התקיף סרן קראו אנדרסן מהפלוטון והמשיך בסולו עד לקו הסיום, כשהוא רושם ניצחון ראשון בקטע בגרנד טור וניצחון שני לסאנווב בטור. הוא הקדים את הפלוטון שהובל בידי לוקה מזגץ (מיצ'לטון - סקוט) וסימונה קונסוני (קופידיס) ב-15 שניות. לפני תחילת הקטע פרש רומן בארדה (AG2R La Mondiale) שבתום קטע 13 דורג במקום ה-11 הכללי, לאחר שגם היה מעורב בהתרסקות עם מולמה ועל פי ההערכות המשיך לרכוב למרות שהיה בחשד לזעזוע מוח, מאוחר יותר גם התברר שסבל מדימום מוחי. עוד רוכב שפרש במהלך הקטע היה בן קבוצתו פייר לאטור.
קטע 15.
הקטע ה-15 כלל 174.5 קילומטרים, מליון לעליית הגרנד קולומבייר. עלייה בקטגוריה HC שאורכה 17.7 קילומטרים בשיפוע ממוצע של 7.1%. מלבד העלייה הזו, נכללו בקטע עוד שתי עליות בקטגוריה 1, "Montée de la Selle de Fromental" ו-"Col de la Biche". כשנשארו לקטע עוד 13 קילומטרים ודבוקת הדירוג הכללי כבר התחילה לטפס את הגראן קולומביה, התפרק איגן ברנל, מנצח הטור ב-2019 שבא להגן על תוארו. עוד רוכב שהתפרק יחד איתו היה קולומביאני נוסף, נאירו קינטנה. בקילומטר האחרון הדבוקה עדיין רכבה יחדיו בתור דבוקה, אך כשנשארו מאות מטרים בודדים ריצ'י פורט, טאדיי פוגאצ'אר ופרימוש רוגליץ' התנתקו מהשאר ופוגאצ'אר גבר על רוגליץ' בספרינט הסיום בין השניים והשיג ניצחון שני בטור, בעוד פורט סיים חמש שניות אחריהם. ברנל חצה את קו הסיום 7:20 דקות אחרי פוגאצ'אר, ואיבד סיכוי מעשי לנצח את הטור, בעוד קינטנה איבד 3:50 דקות וגם גיום מרטן איבד זמן משמעותי, 3:25 דקות. בעקבות כך ריגוברטו אוראן עלה למקום השלישי הכללי, 1:34 דקות מרוגליץ', ופוגאצ'אר צמצם ל-40 שניות. במהלך הקטע פרש סרחיו היגיטה (EF Pro Cycling) לאחר שהתנגש בגלגל האחורי של בוב יונגלס (דקונינק קוויק-סטפ) ונפצע.
השבוע השלישי (קטעים 16–21).
קטע 16.
לאחר תום קטע 15 הרוכבים נכנסו ליום המנוחה השני והאחרון של המרוץ, שגם הוא שימש בעיקר לבדיקות קורונה נוספות, כמו יום המנוחה הראשון. למחרת הגיע קטע 16, 164 קילומטרים מלה טור-דו פין לווילאר-דה-לון. גם זה היה קטע שהלך לקבוצת הבריחה כשלנארד קאמנה (בורה–הנסגרוהה) ניצח אותו ממנה והשיג את הניצחון המקצועני השני בקריירה שלו לאחר הניצחון שלו בקטע החמישי של קריטריום דו דופינה מוקדם יותר העונה, זה גם היה הניצחון הראשון של בורה במרוץ. קאמנה הקדים את ריצ'רד קאראפאס, מנצח הג'ירו ד'איטליה 2019 ב-1:27 דקות ואת אלוף שווייץ, סבסטיאן רייכנבך (Groupama–FDJ) ב-1:56 דקות.
קטע 17.
הקטע ה-17 היה קטע של 177 קילומטרים מגרנובל למריבל, בעלייה של הקול דו לוז, עלייה שאורכה 18.6 קילומטרים בשיפוע ממוצע של 7.7%. מלבד העלייה הזו, בקטע נכללה גם ה-"Col de la Madeleine", עלייה באורך של 15.8 קילומטרים בשיפוע ממוצע של 8.1%. זה גם היה הקטע האחרון שמסתיים בעלייה בטור הזה. במהלך הקטע יצאה קבוצת בריחה מצומצמת שכללה בין היתר גם את קאראפאס, והוא היה השורד האחרון מבריחה לפני שנתפס על ידי דבוקת הדירוג הכללי 2.9 קילומטרים לסיום. מיגל אנחל לופס (אסטנה) ניצח את הקטע, לאחר שהתקיף 2.4 קילומטרים לסיום והמשיך משם לבד עד לקו הסיום, מקדים את רוגליץ' ב-15 שניות ואת פוגאצ'אר ב-30 שניות. לפני תחילת הקטע פרשו ברנל ושטפן קינג (Groupama–FDJ), ינס דבושרה (B&amp;B Hotels Vital-Concept) סיים אחרי מגבלת הזמן וגם הוא פרש מהמרוץ עקב כך. מיקל נייבה (מיצ'לטון - סקוט) פרש במהלך הקטע.
קטע 18.