החיבור מכונה בכתבי יד ואצל חכמי ימי הביניים "פרקי (או: פרקים) דרבי אליעזר", או "פרקי רבי אליעזר" וכדומה, ולעיתים "פרקי דרבי אליעזר הגדול", אבל גם "ברייתא דרבי אליעזר". חכמי ימי הביניים ייחסו את החיבור לתנא רבי אליעזר בן הורקנוס, אך בעקבות יום-טוב ליפמן צונץ מקובל במחקר שפרקי דרבי אליעזר הוא חיבור פסאודואפיגרפי מאוחר בהרבה.
שני הפרקים הראשונים של החיבור מוקדשים לסיפור התקרבותו לתורה של רבי אליעזר בן הורקנוס, והסיפור משמש כמעין הקדמה לחיבור וכרקע על אודות המחבר. פרקים אלה שאובים מאבות דרבי נתן נוסח ב' פרק י"ג, ושאלת מקוריותם בפרקי דרבי אליעזר שנויה במחלוקת בין החוקרים. חוקרים רבים משערים כי פרקים אלה הם הוספה מאוחרת ואינם מקוריים בחיבור. השערה זו מתבססת על כך שברשימת ספרים מן הגניזה הקהירית ישנה עדות על כתב יד שבו החיבור מתחיל בפרק ג'. בנוסף, באחד מכתבי היד נמצאת כותרת החיבור רק בפרק ג'. על פי השערה זו אין כל עדות פנימית בחיבור עצמו על ייחוסו לרבי אליעזר דווקא, ושם החיבור "פרקי דרבי אליעזר" נקבע משום שהוא החכם הראשון המוזכר בו בראש פרק ג': "רבי אליעזר בן הורקנוס פתח...", וכפי המקובל לקרוא את שמות החיבורים על שם החכם הראשון המוזכר בהם. אליעזר טרייטל חולק על כך, ולדעתו אין להוציא את הפרקים מחזקתם, וזאת משני נימוקים: פרקים אלה מופיעים בכל כתבי היד השלמים של החיבור הקיימים; לשון הפרקים שונה במקצת ממקורו באבות דרבי נתן בצורה המתאימה ללשונו המיוחדת של פרקי דרבי אליעזר.
זמן החיבור ומקומו.
הראשון שביסס את איחורו של החיבור לראשונה הוא צונץ ובעקבותיו הדעה המקובלת במחקר היא שהחיבור נכתב במאה השמינית בערך. צונץ מתארך את הספר לבין תחילת המאה השמינית לאמצע המאה השמינית. הראיות שצונץ מביא לחסם התחתון הן: המחבר מרבה להתייחס בדרשותיו לישמעאל ולמלכות בני ישמעאל, ולגנות את שלטונם. השם ישמעאל נדרש בראש פרק ל"ב כך: . בסוף פרק ל' בא בחיבור החזון אפוקליפטי הבא:
לדברי צונץ, ה"בניין בהיכל" הוא כיפת הסלע שנבנתה בהר הבית בסוף המאה השביעית ופסילת "סלע מלכות" מתייחסת לטביעת מטבעות מוסלמיות, שאף היא אירעה בסוף אותה מאה, כמו כן ישנו דמיון רב לספרות הגאונים, ישנו דמיון מופלג לתרגום הירושלמי וכן אמרות משיחיות הקובעות את השנה בה מצפים לגאולה כשנת 729. מכך יש ללמוד שהחיבור לא נכתב לפני סוף המאה השביעית. פירקוי בן באבוי, שפעל בסוף המאה השמינית או בראשית המאה התשיעית, מצטט מפדר"א, ומכאן שאין החיבור מאוחר למאה התשיעית.
אשר למקום החיבור, ההתייחסות הרבה לשלטונו של ישמעאל מלמדת שהוא נתחבר באחת מארצות האסלאם – ככל הנראה בארץ ישראל או בסביבתה. דבר זה עולה גם מכך שהחיבור (בפרק ח') מדגיש ביותר את זכותם הבלעדית של חכמי ארץ ישראל לקבוע את לוח השנה, ולדבריו אפילו רועי צאן ובקר והדיוטות בארץ ישראל עדיפים על צדיקים ונביאים שבחוצה לארץ, ורק לתושבי ארץ ישראל הזכות לקבוע את לוח השנה. כמו כן מוזכרים בו מנהגים ארץ-ישראליים שונים. כך, למשל, המנהג להוציא את הבתולים באצבע שנזכר בחיבור בפרק ט"ז (מצוטט בהמשך) מוזכר במפורש בספרות החילוקים כמנהג ארץ-ישראלי.
מבנה החיבור.
מקובל במחקר שפרקי דרבי אליעזר הוא פרי יצירתו של יוצר יחיד, ובכך הוא שונה ממדרשי האגדה האחרים שקדמו לו (ובכלל מחיבורי חז"ל הקלאסיים), שאין להם מחבר יחיד והם מוגדרים כיצירה קיבוצית. החיבור כולל חמישים וארבעה פרקים (או חמישים ושניים פרקים על פי חלוקה שונה מעט של הפרקים, כך למשל במהדורת היגר ובכתבי יד אחרים) שבהם דורש המחבר את פרשות התורה החל מימי הבריאה ועד קורות ישראל במדבר. בתוך כך משלב המחבר גם דרשות ופרקים שלמים על פרשות שונות מספרי הנביאים והכתובים.
שאלת שלמות החיבור.
החיבור כפי שהוא בידינו היום הוא בעל מבנה חסר, והשאלה אם כך נכתב או שמא במשך הדורות אבדו ממנו פרקים שנויה במחלוקת בין החוקרים. צונץ היה הראשון שחשף את הבעייתיות של מבנה החיבור: ראשית, הוא מצא שהטקסט (בדפוסים הרגילים, שהיו לפניו) מסתיים במקום בלתי אפשרי – באמצע עניין ממש. בנוסף על כך הוא הצביע על שני קווים מבריחים, דהיינו, מעין שני יסודות שעליהם מבסס המחבר את פרקי החיבור השונים, שהם חסרים בסופם:
רד"ל חיזק את השערת צונץ ובהקדמה לפירושו הביא למעלה מתריסר ציטוטים מפדר"א בכתבי חכמי ימי הביניים, שאינם נמצאים בחיבור הקיים כיום – ומכאן הוא למד שבעבר היה החיבור שלם ומלא יותר, והיו בו פרקים נוספים. לדעת רד"ל, שבעת פרקי רבי אליעזר שצורפו למדרש סדר אליהו מקורם בחיבור זה. הוא מבסס את הצעתו על דבריהם של בעל הרוקח (רבי אלעזר מוורמייזא) ושל בעל ילקוט שמעוני, שמצטטים משבעה פרקים אלו תוך כדי שהם מכנים אותם לעיתים "פר"א" (פרקי רבי אליעזר).
תפיסה זו של צונץ ושל רד"ל, שלפיה אבדו מהחיבור המקורי פרקים וחלקים במהלך הדורות, נפוצה ביותר במחקר. טרייטל חולק על כך, ולדעתו החיבור כפי שהוא כיום יצא כך מתחת ידי המחבר, ומעולם לא היו בו פרקים נוספים. לטענתו, בדיקה מקיפה של כל כתבי היד של פרקי דרבי אליעזר והתחקות אחר סגנונו המיוחד של החיבור מערערת את השערת צונץ ורד"ל, ובדיקה מדוקדקת של הציטוטים שרד"ל מסתמך עליהם מעלה כי רובם ככולם אינם ציטוטים מפרקי דרבי אליעזר. טענת צונץ שהחיבור נקטע באמצע עניין מתבססת על מהדורת דפוס משובשת, שנדפסה על פי כתב יד שהיה חסר בסופו קטע גדול שמצוי בכל שאר כתבי היד השלמים, ושם באה הדרשה במלואה וכן דרשות נוספות.
אשר לטענת צונץ בדבר ה"קווים המבריחים" הקטועים, מצביע טרייטל על כך שחסרות שתי חתימות ברכות גם באמצע – ברכת הסליחה וברכת הגאולה – ושלפיכך סביר יותר להניח שלא עלה בידי המחבר עצמו להשלים את יצירתו. ראיה נוספת לעניין זה היא ברכת "על הגרים גרי הצדק" הארץ-ישראלית הנמצאת כבר בפרק י' (והיא ברכה שאמורה הייתה להיות הרבה לאחר הברכה המופיעה אחרונה בחיבור), שכשלעצמו נראה תלוש מההקשר הכללי, מה שמעלה אפשרות שהמחבר תכנן חיבור ארוך יותר וכבר הכין את הפרק הזה מראש, אך שמשלא עלה בידו להשלים את תוכניתו המקורית, סיפח את הפרק למקום שנראה לו ההולם ביותר.
לדעת טרייטל אפשר למצוא לטענה שהחיבור חסר מראשיתו רמז בדרשה החותמת את החיבור:
להשערת טרייטל, סיום החיבור בדרשה זו אינו מקרי, אלא בכך מבקש המחבר לרמוז לקורא שלא עלה בידו לסיימו והחיבור תם ולא נשלם.
הסוגה הספרותית.
פרקי דרבי אליעזר שונה מן הספרות המדרשית הקלאסית: אין בו דרשות על כל פסוק ופסוק (כמו שיש למשל בבראשית רבה ובשיר השירים רבה) והוא גם אינו ערוך על פי פרשות ועניינים נבחרים (כמו ויקרא רבה או פסיקתא דרב כהנא למשל). אף על פי שנתחבר בידי אדם אחד אין הוא עשוי מקשה אחת ויש בו סגנונות שונים, ולפיכך החוקרים אינם תמימי דעים בשאלה לאיזה סוגה יש לשייך את החיבור. יוסף היינימן ואחרים נוטים לראות את פדר"א כקרוב לסוגה המכונה "מקרא משוכתב" (סוגה שלהּ שייכים כמה מהספרים החיצוניים, כגון ספר היובלים, וכן ספר הישר המאוחר), שכן היסוד הזה של שכתוב סיפורי מקרא בהרחבות דרשניות, בקיצורים ובשינויי סדר, בולט בחיבור ביותר. רינה דרורי חולקת על היינימן, ולדעתה לפנינו מדרש חכמים רגיל. היא מבליטה את דרכו של החיבור לייחס דרשות רבות לחכמים שונים ואת שימושו המרובה במונח המדרשי "שנאמר", המופיע בו פעמים רבות. רחל אדלמן מציעה לראות את החיבור כ"מדרש סיפורי".
החיבור ופרקיו - מבט כללי.
פרקי דרבי אליעזר אינו בעל מבנה אחיד ומסודר. החיבור נפתח בשני פרקים המספרים את תולדותיו של רבי אליעזר בן הורקנוס. בפרק ג' באות דרשות אודות ימי הבריאה, ומכאן ואילך הוא משכתב פרשות מספרי בראשית ושמות. שני הפרקים האחרונים (נ"ג-נ"ד) הם חטיבה שעוסקת בענייני לשון הרע – "הלשנה", בטרמינולוגיה הייחודית של החיבור; חטיבה זו מסתיימת בדרשות על ההלשנה של בני ישראל בסיפור נחש הנחושת, והדרשה האחרונה כוללת את משל הפועלים הזריזים והפועלים העצלים.
החיבור משכתב ומרחיב את ספרי בראשית ושמות בעיקר, פעם באריכות ופעם בקצרה, אבל אין הוא דורש את כל ספר בראשית, והוא גם אינו צמוד תמיד לסדר המקרא. מדי פעם עורך המחבר את דרשותיו על פי חטיבות נושא, ועובר גם לדרוש פרשות שונות מן הנביאים ומן הכתובים. לדוגמה, המחבר מקדיש את עשרים הפרקים הראשונים לדרשות על פרשת בראשית, ובאמצע פרק כ"ב הוא עובר לפרשת נח. אבל בתוך כך הוא משלב פרק שלם לסיפור קורותיו של יונה במעי הדג (פרק י'); ושני פרקים שלמים (ט"ז-י"ז) הם חטיבה שעניינה גמילות חסדים לחתנים ולאבלים. בהמשך, כשבא המחבר לספר את תולדות אברהם אין הוא הולך על פי סדר המקרא אלא מעדיף לסדר את קורות אברהם על פי מסורת "עשרת הניסיונות" שנתנסה בהם אברהם. הפרקים האחרונים של ספר בראשית (יהודה ותמר, התוודעות יוסף לאחיו ועוד) אינם נזכרים בחיבור כלל, ומאידך גיסא המחבר משלב בחיבורו את מגילת אסתר בהרחבה רבה (פרק נ').
שמות החכמים בחיבור.