המירוץ חווה טלטלה לאחר שהנשיא קנדי נרצח בנובמבר 1963, ובמקומו עלה סגן הנשיא לינדון ג'ונסון. גולדווטר החל לקבל דואר שבו נטען שיצר "אווירה של שנאה" והוא החל לשקול מחדש את ריצתו. גולדווטר חשש שהפסד לג'ונסון יפגע בתנועה השמרנית. כדרומי, משך ג'ונסון את הפרוטסטנטים הכפריים שקיווה גולדווטר למשוך מול קנדי, הצפוני והקתולי. התנועות למענו החליטו למלא את תיבות הדואר שלו במכתבי תמיכה. הם חששו מסירוב של גולדווטר לרוץ שיפגע במורל של הפעילים. לאחר סיום תקופת האבל על קנדי, החל גולדווטר לתקוף את הנשיא החדש, וטען שהוביל חוק למתן סיוע זר בערב חג המולד. גולדווטר המשיך להוביל, אולם זכה לתמיכה של 25% בלבד מול שאר הרפובליקנים. מטרתו של גולדווטר הייתה להשיג את המועמדות הרפובליקנית, גם שהיו לו סיכויים מועטים לנצח את הנשיא ג'ונסון, כדי להדיח את האגף המזרחי והליברלי מהשליטה במפלגה.
מעט לאחר ההתנקשות בקנדי, הגדיר ג'ונסון את מטרות ממשלו כהמשך של מדיניות קנדי בנאום מול הקונגרס. נדבך בולט היה העברת חוק זכויות האזרח. גולדווטר תמך בזכויות האזרח, אולם התנגד לחוק בטענה שפגע בריבונות המדינות. התנגדותו לחקיקה ממשלתית בנושא ותמיכתו בזכויות המדינות הובילה לעלייה בתמיכה בו במדינות הדרום, מה שסייע לו בהשגת המועמדות. גולדווטר הוביל בסקרים ורבים תהו אם ינסה להתמודד על הנשיאות או שיחליט להתמודד על עוד כהונה בסנאט. גולדווטר שלח מברק בו טען שיערוך מסיבת עיתונאים בביתו בפיניקס, בה יודיע על תוכניותיו ל-1964.
מסע הבחירות המקדימות.
'בחירה, לא הד'.
ביום שישי, 20 בינואר 1964, במסיבת עיתונאים ממרפסת ביתו בפיניקס, הודיע גולדווטר, שהלך על קביים לאחר ניתוח, על התמודדותו הרשמית לנשיאות מטעם המפלגה הרפובליקנית. בנאומו, הצדיק גולדווטר את מועמדותו בטענה שלא שמע מאף מועמד רפובליקני הצהרה על עמדה פוליטית שתעניק לעם האמריקני בחירה ברורה במערכת הבחירות. הוא הדגיש את הצורך בהגבלת הממשלה אל מול ריכוז העוצמה בוושינגטון, בעידוד האחריות האישית בקרב האזרחים, והתחייב שמועמדותו תהיה ניצחון העקרונות והצגת הזדמנות לבחור. הוא הבטיח "בחירה, לא הד" בבחירות, ומיצב את עצמו לימינו של רוקפלר, שהכריז על מועמדותו חודשיים קודם לכן.
תומכיו התלהבו מכניסתו למירוץ, וחזו שיוכל לקחת את הדרום מהדמוקרטים. יומיים לאחר מכן, הופיע ב"פגוש את העיתונות'", אולם עדיין התאושש מהניתוח. גם תומכיו טענו שהריאיון היה כישלון. גולדווטר קיווה למחוק את הרושם ונסע לניו המפשייר, כדי להתחיל מסע בחירות בן תשעה עשר ימים לפני הבחירות המקדימות ב-10 במרץ. בכל תחנה ביקר את הליברליזם של ג'ונסון ואת הרחבת הממשלה. הוא טען שג'ונסון ניסה למשוך את תומכי הניו דיל בוושינגטון, אולם שניסה להציג את עצמו כשמרן בפני הציבור. הוא טען שג'ונסון היה מחויב להמשך תוכניות ממשל קנדי כנגד רצונו. גולדווטר האשים את הקומוניסטים ברצח קנדי. בסקר מול ג'ונסון, פיגר גולדווטר עם 20% לעומת 75%. כתוצאה מכך הצטמצם הפער בינו לבין רוקפלר.
בסוף ינואר, זכה גולדווטר לביקורות רבות. הוא ביקר את תוכניתו של ג'ונסון לקיצוץ במימון מטוסים מפציצים, בטענה שטילים לטווח-ארוך "אינם אמינים". מזכיר ההגנה, רוברט מקנמארה, טען שגולדווטר פוגע בביטחון הלאומי. הגנרל קרטיס לה מיי תמך בגולדווטר, וכך החלו שימועים בקונגרס בנוגע לטילים. לאחר מכן, התנגד רוקפלר לטענתו של גולדווטר שלא כדאי לארצות הברית להישאר באומות המאוחדות במקרה של צירוף סין הקומוניסטית לארגון. רוקפלר אתגר את גולדווטר לעימות, וגולדווטר טען שהוא דומה יותר לדמוקרט מאשר לרפובליקני. למרות הביקורות, סירב גולדווטר למתן את עמדותיו וביקש להישאר עם האידאולוגיה השמרנית. עם זאת, הסקרים בניו המפשייר חשפו שאיבד שמונה אחוזים בחודשיים האחרונים. הוא עדיין הוביל על רוקפלר עם 54% לעומת 46%.
בתחילת פברואר, נסע גולדווטר למינסוטה. במיניאפוליס, החל לתקוף את מדיניות החוץ של ג'ונסון. הוא טען שהממשל נכשל בווייטנאם ובפנמה, וטען שג'ונסון מבטיח הבטחות כדי לקנות קולות בזמן שהעולם סביבו מתמוטט. לאחר מכן נסע לשיקגו והכריז על תמיכתו בסגר חזק יותר מול קובה. בסן פרנסיסקו טען שלארצות הברית אין מדיניות בנוגע למלחמה הקרה. הוא הציע תוכנית למניעת השתלטות קומוניסטית על המדינה ושמירה על העוצמה של ארצות הברית כדי לעצור את ברית המועצות.
לאחר מכן נסע לארבעה ימים לניו המפשייר, בפעם האחרונה לפני מערכת הבחירות. הוא תהה מדוע משפחת רוקפלר רוצה לעשות עסקים עם מדינות קומוניסטיות, וטען שהיה מפטר את מקנמארה שטען שהטילים לטווח ארוך מדויקים יותר מהפצצות אוויריות.
בחירות מקדימות וועידות מפלגתיות.
בסוף פברואר, החליט גולדווטר להקטין את מאמציו בבחירות בניו המפשייר, בתחושה שכל תוצאה מעל 35% תהיה טובה עבורו בגלל עודף המועמדים. הוא חזה שהבחירות המקדימות בקליפורניה, ב-2 ביוני, יבחנו את כוחו בצורה טובה יותר לקראת הוועידה הלאומית ביולי. הוא נכח בוועידות המפלגתיות באוקלהומה ובקרוליינה הצפונית כדי לנסות להשיג צירים. בקרוליינה הצפונית טען שכדי לנצח בבחירות על הרפובליקנים לנצח בדרום. הוא טען שאף מועמד חוץ ממנו לא מבין את בעיות הדרום ולכן לא מסוגל לנצח בבחירות. הוא השיג עשרים ושניים צירים באוקלהומה אולם לא זכה באף ציר בקרוליינה הצפונית אף על פי שזכה לתמיכת הוועידה. היה ברור שעשרים וששת הצירים של המדינה יתמכו בגולדווטר.
לקראת הבחירות בניו המפשייר, החל רוקפלר לתקוף את גולדווטר, בטענה שתמך בתוכנית ביטוח לאומי וולונטרית שתחסל את המדינה. גולדווטר הכחיש זאת. הוא ערך מסע בחירות בניו המפשייר עד לבחירות, והשקיע 150,000 דולר בהשוואה ל-250,000 דולר שרוקפלר השקיע. הבוחרים חששו מעמדותיו של גולדווטר בנושא הביטוח הלאומי, קובה, הצבא ותפקיד הממשלה, אולם לא רצו לתמוך בגולדווטר בשל פרשיית גירושיו. כתוצאה מכך הם הצביעו למועמדים אחרים. באופן מפתיע, בבחירות זכה השגריר בדרום וייטנאם, הנרי קבוט לודג' הבן, לאחר שהשיג 35.5% מהקולות כמועמד שלא נרשם, בעודו משרת בתפקידו ולאחר שלא ניהל מסע בחירות. גולדווטר הגיע למקום השני עם 22.3%, ואחריו רוקפלר עם 21%. אף אחד מהם לא השיג צירים כתוצאה מכך. יושב ראש המפלגה בפלורידה טען שהתבוסה נגרמה בגלל פילוג הקולות, שקרה גם במדינה שלו.
לאחר ההפסד בניו המפשייר, התמקד גולדווטר בקליפורניה, בטענה שהוא מתעניין רק במערכת הבחירות שם. הוא נסע לשם כדי לקבל את תמיכת 14,000 חברי המפלגה במדינה, וזכה לתמיכתה ולמתנדבים רבים למטה הבחירות שלו. רוקפלר טען שהקיצוניים השתלטו על המפלגה. בסוף מרץ, נסע גולדווטר לדטרויט והמשיך לבקר את מזכיר ההגנה מקנמארה, כשקרא לו מפסידן. בנו של גולדווטר החל במסע בחירות עבור אביו באורגון לקראת הבחירות המקדימות שם ב-15 במאי.
מועמד מוביל.
בתחילת אפריל, נסע גולדווטר לאורגון כדי לערוך מסע בחירות, והדגיש את חשיבות המדינה בגלל קרבתה אל קליפורניה. במסיבת עיתונאים הכריז על תוכניותיו להשתמש בטלוויזיה כדי להפיץ את מסריו, ותקף את רוקפלר על כך שתייג אותו כקיצוני. הוא סירב להשתמש בגירושין של רוקפלר למטרות פוליטיות, ורוקפלר מיתן את ביקורתו ושיבח את גולדווטר על רצונו לדון בנושאים עם הציבור. שני המועמדים נאמו בוועידה לנשים רפובליקניות שנערכה בוושינגטון בתחילת אפריל. רוקפלר הסתכל על גולדווטר והזהיר מפני ה"קיצוניות" במפלגה, אולם גולדווטר ביקר את ממשל ג'ונסון על מדיניותו מול הקומוניזם, וקרא לרפובליקנים להילחם בדמוקרטים ולא ברפובליקנים אחרים.
לפני הבחירות באילינוי, נסע גולדווטר לשיקגו והכריז שישנה את מדיניות התקשורת במסע הבחירות כדי לא להיחשף יותר מדי לעיתונות, שהאמין שדיווחה עליו בצורה שלילית. הוא השיג 64% מהקולות באילינוי ואת רוב הצירים מתוך ארבעים ושמונה שהוקצו לה, אולם השיג פחות קולות ממה שציפה. הוא ציפה לפחות ל-80%. אולם התוצאה חשפה שיכול היה לנצח גם במדינה צפונית ומאוכלסת, אם כי סקר חשף שרוב הצירים של גולדווטר העדיפו את ניקסון, שעדיין העדיף לא לרוץ. גולדווטר היה בטוח בניצחונו, אולם המשיך להרגיש שניקסון יהיה המכשול האחרון בפניו.
לאחר מכן באפריל, תקצר הנשיא ג'ונסון את נושאי מדיניות החוץ בפני המועמדים המובילים לנשיאות, אולם גולדווטר סירב להיפגש איתו, בטענה שהיה מדובר ב"מחווה פוליטית כלאחר יד". הוא המשיך לבקר את ממשל ג'ונסון על השקעתו בטילים, גם לאחר שוועדה של הסנאט קבעה שהטילים הם אמינים, אם כי קבעה שיש להעלות את התקצוב למטוסים מפציצים. גולדווטר הודיע על תמיכתו בהעלאת כוחות הצבא בצפון וייטנאם ובפגיעה בקווי האספקה לסין.