על פי הערכה אחת, בין 1967 ל-1978 גירשה ישראל כ-1,151 אנשים, כולל שני שבטים שלמים, שנעקרו מאזור בקעת הירדן בדצמבר 1967 ובמאי 1969. על מנת לתת נופך חוקי לאמצעים אלה, אשר עומדים בניגוד לאמנת ז'נבה הרביעית, החילה ישראל את חוק 112 מימי תקנות ההגנה לשעת חרום של ממשלת המנדט הבריטית, שקדמה לאמנת ז'נבה בארבע שנים. היה נוהג לעצור אבות בבתיהם ולקחת אותם למקום מדבר מדרום לים המלח, שם נאלצו, תוך איומי אקדח וירי, לחצות לירדן.
בשנים הראשונות לשלטון ישראל בגדה המערבית גורשו פעילים פוליטיים רבים שהביעו את נאמנותם, כביכול, לירדן. כמו כן, הייתה מגמה לגרש אנשים שהביעו בפומבי התנגדות לשלטון הישראלי בשטחים; בין אלה היו מנהלי בתי-ספר ומפקחים שמחו על צנזורה בספרי לימוד, מורים ותלמידים שארגנו שביתות בבתי־ספר, ועורכי-דין שארגנו שביתות של חבריהם למקצוע.
ב-1986 גורשו כל תושבי סוסיא מבתיהם לאחר ששטח הכפר הוכרז על ידי המינהל האזרחי כגן לאומי שבמרכזו אתר ארכאולוגי התושבים נאלצו להעתיק את מגוריהם לאדמות חקלאיות שבבעלותם, הנמצאות במרחק של כמה מאות מטרים דרומית-מזרחית לכפר המקורי. בדרום הר חברון, הוכרז ב-1981 שטח אש 918, שהשתרע על כ-30 אלף דונם ובו נכלל אזור מסאפר יטא, הכולל 19 כפרים פלסטינים. באוגוסט 1999 קיבלו רוב הכפרים צווי פינוי בשל "מגורים בלתי חוקיים בשטח אש". בנובמבר 1999 פינו כוחות הביטחון יותר מ-700 תושבים, הרסו בתים והחרימו רכוש, והתושבים נותרו חסרי בית. בשנת 2018 אישר בית המשפט העליון הישראלי לפנות את תושבי ח'אן אל-אחמר ליישוב ערב אל-ג'האלין.
בדצמבר 1995 החל משרד הפנים לנקוט במדיניות חדשה לגבי מעמד התושבות של תושבי מזרח ירושלים, השוללת את מעמד התושבות של פלסטינים שמרכז חייהם לא נמצא בירושלים ובגבולות ישראל. לצורך זה, משרד הפנים פירש מחדש את חוק הכניסה לישראל מ-1952. מכ-14,500 פלסטינים ממזרח ירושלים נשללה התושבות כי עזבו את העיר.
הריסות בתים.
על פי חוקי הכיבוש חל איסור על הרס רכוש, למעט מטעמים של צורך צבאי מוחלט. הפרקטיקה של הריסת בתים החלה תוך יומיים מסיום מלחמת ששת הימים, עם הרס שכונת המוגרבים שבעיר העתיקה בירושלים; על חורבותיה יושבת כיום רחבת הכותל המערבי. מסיום המלחמה ועד שנת 2015, על פי הערכה של הוועד הישראלי נגד הריסת בתים, הרסה ישראל 48,488 מבנים, תוך עקירתם של מאות אלפי אנשים.
סיבה שניתנת תדיר להריסות בתים היא "בנייה ללא היתר", שהסיכוי להשיג אותו כמעט אפסי. משנת 2006 ועד 31 באוגוסט 2020 הרסה ישראל בתואנה זאת לפחות 1,602 יחידות דיור של פלסטינים בגדה המערבית, לא כולל במזרח ירושלים, וגרמה ל-6,970 בני אדם לפחות – כולל לפחות 3,501 קטינים – לאבד את בתיהם. משנת 2004 ועד 31 באוגוסט 2020 נהרסו 1,063 יחידות דיור של פלסטינים במזרח ירושלים מסיבות דומות; 3,459 בני אדם איבדו את בתיהם, כולל 1,847 קטינים.
לעיתים ישראל הורסת גם בקתות של רועי צאן, עליהן שולם מס כדין.
מערכת ההיתרים.
החל משנת 1967, כמעט כל היבט בחיי היומיום הפלסטיניים הרגילים הפך כפוף לתקנות צבאיות מקיפות, החל בהרחבות בתים וכלה בנטיעת עצים וייבוא ספרים. הצו הצבאי 101 שלל מתושבי יהודה ושומרון את הזכות להחזיק כל סוג של דבר מודפס שיש בו "משמעות מדינית" – בין אם זה ספרים, פוסטרים, תצלומים ואפילו ציורים מחו"ל (כולל מישראל) – אלא אם כן התקבל לכך אישור מראש מהצבא. בשני העשורים הראשונים נדרשו הפלסטינים להגיש בקשה להיתרים ורישיונות למספר עצום של דברים כמו רישיון נהיגה, טלפון, סימן מסחרי ורישום לידה ותעודת התנהגות טובה לאבטחת מקומות עבודה במקצועות רבים. קבלת אישורים כאלה תוארה כקשה מאוד. מעולם לא הובהרו הקריטריונים המדויקים שיש לעמוד בהם לקבלת היתרים. קיימים 42 סוגי היתרים הנדרשים על ידי הרשויות הישראליות נכון ל-2018.
על פי ארגון Human Rights Watch, ישראל מסרבת פעם אחר פעם להנפיק לפלסטינים היתרים לבניית בתי ספר בגדה המערבית והורסת בתי ספר שנבנו ללא היתרים כאלה. על פי ממצאי הארגון, רשויות הצבא הישראלי הרסו והחרימו מבנים ורכוש של בתי ספר פלסטיניים 12 פעמים בשנים 2016–2018, כשהצבא פוגע שוב ושוב בבתי ספר מסוימים. על פי נתוני האו"ם, ביותר משליש מהקהילות הפלסטיניות השוכנות בשטח C אין בתי ספר יסודיים, ו-10,000 ילדים לומדים באוהלים, בצריפים או במבנים אחרים בהם אין חימום או מיזוג אוויר.
מערכת המשפט.
הסכסוך הישראלי-פלסטיני מאופיין בא-סימטריה משפטית, המגלמת מערכת שיפוטית מפוצלת בגדה המערבית, שבה מוצאו של האדם קובע באיזו מערכת משפט יישפט. עד 1967 אנשים בגדה המערבית חיו תחת מערכת חוקים מאוחדת אחת שהוחלה על ידי מערכת משפט אחת. אך מאז מלחמת ששת הימים המתנחלים בגדה המערבית כפופים לחוק האזרחי הישראלי, בעוד הפלסטינים כפופים לחוק הצבאי של צה"ל.
בשנת 1988, ישראל תיקנה את קוד הביטחון שלה, באופן שלא ניתן יהיה להשתמש בחוק הבינלאומי לפני שופטים בבתי הדין הצבאיים. לאורך עשרות שנות כיבוש, קיבל בג"ץ רק ערעור אחד בלבד כנגד פקודה צבאית, מתוך יותר מ-1,000 פקודות שהוטלו מ-1967 ועד 1990 ומחייבות משפטית בשטחים הכבושים.
לפי נתוני ארגון יש דין, מתוך 1,045 אירועים של פגיעה בפלסטינים בידי ישראלים שסוקרו בין השנים 2005 ל-2014, 91.4% מהחקירות בישראל נסגרו מבלי להגיש כתבי אישום. בניתוח של בצלם על 119 מקרים של מתנחלים שהרגו פלסטינים, התברר כי רק 13 נשלחו למאסר: שישה הורשעו ברצח, רק אחד מהם נידון למאסר עולם, ואילו מתוך שבעה שהורשעו בהריגה, אחד מהם קיבל עונש מאסר בפועל של שבע וחצי שנים על הריגת ילד, והשאר קיבלו עונשים קלים.
דיכוי הפגנות.
צו צבאי מס' 101 אסר על התקהלות של יותר מעשרה אנשים במקום "בו מושמע נאום על נושא מדיני או היכול להתפרש כמדיני או כדי לדון על נושא כזה" ללא היתר מפקד צבאי. בחודש מאי 2010 הצבא הישראלי פרסם את צו צבאי מס' 1651, המוכר גם בשם "חוק העונשין", שנועד להחליף עשרים צווים מרכזיים שהוצאו בין השנים 1967–2005. הצו גם מתייחס לצווים אחרים ומתבסס עליהם, ובכלל זה צו צבאי מס' 101 וכן תקנות ההגנה. הצו מגדיר כעבירות פליליות "הסתה ותמיכה בארגון עוין", למשל באמצעות ניסיון "בין בעל פה ובין באופן אחר, להשפיע על דעת הקהל באזור באופן העלול לפגוע בשלום הציבור או בסדר הציבורי", עבירה שדינה עשר שנות מאסר. התרחשות תדירה היא שהצבא מכריז לפתע על מיקומה של ההפגנה "שטח צבאי סגור" ומעמיד לדין מכוח צו צבאי מס' 1651, בגין מעורבות בהפגנה, פלסטינים שאינם עוזבים את המקום מייד. בין התאריכים 1 ביולי 2014 ו-30 ביוני 2019, הועמדו לדין 4,590 פלסטינים בגין "הפרת הוראה בדבר סגירת שטח". במהלך תקופה זו, בתי משפט צבאיים הרשיעו 4,519 אנשים בעבירה זו.
הטכניקות הישראליות לפיזור הפגנות משתנות בהתאם למוצא האתני של המפגינים. בקרב מתנחלים יהודים השיטות הנהוגות באופן כללי הן גישות השיטור הנהוגות במדינות המערב. לעומת זאת, אצל פלסטינים מאומצות טקטיקות צבאיות. הפגנות אלו טופלו בגז שגורם לפריחה; רימוני גז מדמיע; ירי בכדורי מתכת מצופים גומי, שגרם לעשרות הרוגים; שימוש בתחמושת חיה; שטיפת מפגינים בתרסיס בואש; מכונות לזריקת חצץ; מכשירים המניבים גלי קול רועשים; רימוני הלם; סילוני מים; גז פלפל המכיל קפסאיצין; וירי ספוגים, כדורי פיינטבול וכדורי דום-דום, שהשימוש בהם נאסר באמנת האג משנת 1899.
האינתיפאדה השנייה התלקחה לעימות צבאי רחב היקף הכולל פיגועי התאבדות כאשר, על פי מעריב, נורו 700,000 כדורי תחמושת לעבר המוני מפגינים בגדה המערבית, כמו גם 300,000 כדורי תחמושת ברצועת עזה, והרגו 118 פלסטינים, כולל 33 בני נוער.
מאסרים ומעצרים מנהליים.
מספר הפלסטינים שנעצרו על ידי ישראל בין השנים 1967–2005 הגיע ל-650,000, אחד מכל שלושה מכל הפלסטינים בשני העשורים הראשונים בלבד. מערכת בתי המשפט הצבאית, הנחשבת למרכז המוסדי של הכיבוש, מתייחסת לפלסטינים כאל "אזרחים זרים" ומונהגת על ידי שופטים ישראלים-יהודים. המערכת נשענת על החוק הבריטי המנדטורי, שהפנייתו כלפי יהודים בתקופת המנדט הביאה למחאה נמרצת של היישוב. מאפייני המעצר כוללים מאסר ממושך של חשודים ללא תקשורת, עיכוב גישה לעורך דין ושימוש בשיטות תחקור כפייתיות להשגת הודאה באשמה.
במשך השנים הכניסה ישראל אלפי פלסטינים למעצר מנהלי, המבוסס על ראיות שלא נחשפות בפני העציר. תייסיר ערורי, פרופסור לפיזיקה מאוניברסיטת ביר זית, נעצר ב-22 באפריל 1974 והיה במאסר עד 18 בינואר 1978, לאחר 45 חודשים ללא משפט או אישומים. הוא שוחרר בעקבות קמפיין בינלאומי, ולאחר שהוכר על ידי אמנסטי אינטרנשיונל כאסיר מצפון; לבסוף הוא גורש מיהודה ושומרון ב-1989. ב-2018 ציין ארגון אמנסטי אינטרנשיונל כי "מאות פלסטינים, כולל ילדים, מנהיגי חברה אזרחית ועובדים לא ממשלתיים היו במעצר מינהלי באופן קבוע", והכיר בחלקם, כמו ח'אלדה ג'ראר ואחמד קטאמש, כאסירי מצפון.
עינויים.