לעומת הרבנים הראשיים, ראשי הקונסיסטוריה באלג'יר החזיקו בעמדה בדלנית יותר, וטענו כי היהודים משתייכים לקהילה ייחודית ונפרדת. כתוצאה מכך הם ביקשו לשמר את מוסדותיה הקהילתיים המסורתיים של הקהילה היהודית, ובראשם את מערכת החינוך. בהתאם לכך הם התנגדו, החל משנות ה-70 של המאה ה-19, לדרישה הצרפתית לשלב את היהודים בבתי ספר היסודיים הרפובליקניים. התנגדות זו זכתה להצלחה, כפי שמעידה העובדה כי בשנת 1900 רק כרבע מיהודי אלג'יר היו לבוגרי מערכת החינוך הצרפתית. גישתם הבדלנית של ראשי הקונסיסטוריה נתפסה בצורה חיובית על ידי אנשי המנהל הקולוניאלי, היות שהיא אפשרה ליהודים לשמור על קשריהם התרבותיים והכלכליים עם החברה הילידית המוסלמית. כתוצאה מכך יכלו הצרפתים לעשות שימוש בחברי האליטה המסחרית והפוליטית היהודית כמתווכים בינם לבין המוסלמים. שיתוף פעולה זה אפשר גם לראשי הקונסיסטוריה להאיץ באנשי המנהל לפתח את התשתיות החברתיות והטכנולוגיות בתוך השכונות היהודיות באלג'יריה. כך קמו מפעלי הכשרה מקצועית וטכנולוגית שקידמו, באופן הדרגתי, את תהליך האקולטורציה של היהודים בתרבות ובחברה הצרפתית.
אוראן.
ההיסטוריה של קהילת אוראן הייתה בעלת ייחודיות ביחס לקהילות האחרות באלג'יריה, עקב היותה תחת שלטון ספרדי ישיר בשנים 1509–1708. תחת שלטון ספרד עברו היהודים באוראן תהפוכות קשות. בעת הכיבוש הספרדי של העיר בשנת 1509 סבלו היהודים מיד הספרדים ורבים גורשו ונהרגו, אך המשיכה להתקיים קהילה יהודית בעיר על אף שספרד לא התירה ליהודים לגור בחלקים אחרים משטחיה. מספר משפחות יהודיות באוראן אף שימשו בתפקידים דיפלומטיים ומסחריים בכירים בשירות המונרכיה הספרדית. הקיום היהודי באוראן בא לידי הפסקה זמנית בשנת 1669 לאחר שהמלכה הספרדית מריה מאוסטריה החליטה לגרש את כל היהודים מאוראן והסביבה, כפי שגורשו משאר חלקי ספרד. כאלף היהודים שהתגוררו באוראן גורשו ממנה ורבים מהם הרחיקו כפליטים עד ליבורנו באיטליה. הקהילה היהודית באוראן התחדשה רק כ-30 שנה לאחר מכן, בשנת 1708, כאשר הפסידו הספרדים את השליטה באוראן לאימפריה העות'מאנית. הקהילה היהודית החדשה באוראן לאחר 1708 הורכבה מכמה קבוצות שונות שהיגרו לעיר מאזורים שונים. הקבוצה הראשונה של יהודים באוראן היו צאצאי המתיישבים הראשונים שהגיעו לאוראן מייד לאחר 1708, מהערים האלג'יראיות שבקרבתה; מוסטגנם, מסקרה, נדרונה, תלמסאן ולאחר מכן גם מאלג'יר, אוג'דה, דבדו ואזור הריף. קבוצה זאת הייתה קבוצת הרוב בקרב יהודי אוראן. קבוצה שנייה של יהודים באוראן הורכבה ממספר מאות משפחות של יהודים מתטואן שבצפון מרוקו, שהגיעו לאוראן כפליטים לאחר פרוץ המלחמה בין מרוקו לספרד בשנת 1859. קבוצה זאת דברה בשפה "תטואנית", ניב אוראן של לשון חכיתייה, הגרסה הצפון אפריקאית של לדינו. קבוצה שלישית של יהודים באוראן היו מהגרים יהודים מצרפת ומארצות אירופאיות אחרות שהגיעו לאוראן בעיקר לאחר הכיבוש הצרפתי בשנת 1831.
על אף החלוקה הפנימית בקרב יהודי אוראן, עמד בראשות כלל הקהילה מנהיג קהילה אחד שזכה לתואר "מוקדם" (מקביל לנגיד) ולו סייעה מועצה בשם "טובי העיר". באמצע המאה ה-19 פעלו באוראן 17 בתי כנסת. בשנת 1880, בהובלת נשיא הקהילה וגדול עשיריה שמעון קנאווי (שזכה לכינוי "רוטשילד של אוראן") הוקם בית הכנסת הגדול של אוראן שהיה מפואר במיוחד. עקב מספרם הרב של היהודים והשיעור הגבוה שלהם באוכלוסייה התקיימו באוראן חיים יהודיים ערים, ופעלו בה מספר רב של בתי ספר מסורתיים וכן ישיבה גדולה. בעיר התפתחה עיתונות יהודית ערה מסוף המאה ה-19 החל בפרסומו של כתב העת היהודי הראשון "הנוער העברי" בשפות עברית וצרפתית. עיתונים משמעותיים אחרים שפורסמו בסוף המאה ה-19 הם העיתונים "מגיד מישרים" ו"שומר ישראל", שיצאו לאור בשפה ערבית יהודית.
בשנת 1831, כאשר נכנסו הצרפתים לאוראן, היו היהודים רוב גדול מאוכלוסיית העיר. לפי מפקד שערכו הצרפתים, חיו אז באוראן כ-2,800 יהודים לעומת כאלף מוסלמים ונוצרים. עד אמצע המאה ה-19 היו באוראן כ-5,000 יהודים בעקבות הגעת הפליטים מקרב יהודי תטואן ומהגרים מערים אחרות. בית הספר הצרפתי הראשון נפתח בשנת 1849, והחל תהליך של אימוץ הדרגתי של השפה והתרבות הצרפתיים שנהפכו לרבות הימים נחלת כלל יהודי אוראן. כמו כן בתהליך הדרגתי, עם השיפור בחינוך המודרני, נטשו רבים מיהודי אוראן מקצועות מסורתיים כגון חייטים, צורפים וסנדלרים לטובת מקצועות חופשיים.
לעיתים הקהילה היהודית באוראן סבלה מהתפרצויות אנטישמיות של המתיישבים הצרפתים והאירופאים בעיר, במיוחד לקראת סוף המאה ה-19. במהלך מלחמת העולם השנייה יהודי אוראן סבלו מהגבלות שונות ומשלילת אזרחותם הצרפתית כמו שאר יהודי אלג'יריה, ובשנת 1942 גם העניקה הקהילה מחסה ל-150 יהודים מלוב שגורשו על ידי השלטון הפשיסטי האיטלקי.
בשנות ה-50 מנתה הקהילה היהודית באוראן כ-30,000 נפשות. מצבה הביטחוני החל התדרדר עקב מלחמת העצמאות של אלג'יריה והחלה הגירה לצרפת וישראל. מרבית הקהילה היגרה לצרפת בשנת 1962 במהלך נסיגת צרפת מאלג'יריה. מספר מאות היהודים שנותרו בעיר לאחר עצמאות אלג'יריה סבלו מהגבלות ומפגיעות שונות בביטחונם, ובתהליך הדרגתי גם הם לבסוף עזבו. בשנת 1994 החרימה ממשלת אלג'יריה את בית הכנסת הגדול של אוראן והפכה אותו למסגד.
קונסטנטין.
הקהילה היהודית בקונסטנטין במזרח אלג'יריה הייתה מהעתיקות בצפון אפריקה, ועל פי המסורת המקומית ראשיתה היא עוד בתקופת בית ראשון. בעת העתיקה כונתה קונסטנטין "סירטה" והייתה עיר הבירה של הממלכה העתיקה נומידיה, עד שנכבשה ונכנסה תחת שליטתה של האימפריה הרומית. לאורך הדורות הייתה העיר מרכז רוחני חשוב. במהלך רדיפות אל-מוואחידון נהרסה הקהילה היהודית בעיר, אך שוקמה לאחר מכן באמצעות הגעתם של פליטי פרעות קנ"א מספרד שביניהם הגיעו גם מספר מלומדים חשובים. בתקופה הצרפתית גדלה הקהילה היהודית בקונסטנטין מכ-1000 נפשות בשנת 1830 לקרוב ל-30,000 נפשות בשנות החמישים. הקהילה חוותה את תהליכי השינוי שקהילות אחרות באלג'יריה עברו בתחומי החינוך ואימוץ התרבות הצרפתית, אך לצד הפתיחות למודרנה נותרה קהילה מסורתית. על רקע זה התחילה פעילות ציונית בעיר בשלב מוקדם ביותר. בן העיר אדוארד אטאלי הקים בה אגודה ציונית בסוף המאה ה-19 והיה ביחד עם יהודי נוסף יליד קונסטנטין (ד"ר אז'ן ואלנסין) בין משתתפי הקונגרס הציוני הראשון בבזל.
בעיר פעלו רבנים חשובים כגון ר' סידי פרג' חלימי שהיה רבה הראשי במשך עשורים ארוכים ור' יוסף גנאסיא, שהיה גם משורר, מתרגם והוגה דעות שחיבר למעלה מ-137 חיבורים בתחומים שונים של הלכה, פילוסופיה, בלשנות, היסטוריה יהודית וקבלה. בעידוד ר' יוסף גנאסיא הפעילה חברת כל ישראל חברים מספר בתי ספר בעיר, שבשונה מבתי הספר הצרפתיים סיפקו גם חינוך יהודי לצד החינוך הצרפתי-מודרני.
בשנת 1934 סבלו יהודי קונסטנטין מפרעות קשות מצד האוכלוסייה המוסלמית המקומית. 25 יהודים נהרגו, כולל שתי משפחות שלמות, ולמעלה מ-200 חנויות בבעלות יהודית נבזזו וניזוקו. העילה המידית לפרעות הייתה האשמת יהודי בכך שהעליב את האסלאם, אך הן באו על רקע נסיבות שונות כגון תעמולה פאשיסטית אנטי-יהודית גוברת שנשלחה לאזור, תעמולה פאן-ערבית גוברת והתנגדות האוכלוסייה המקומית לצרפת. לאחר הפרעות דרשה הקהילה מהרשויות הצרפתיים להעמיד לדין את האחראים למאורעות, ומנגד האוכלוסייה המוסלמית פתחה בחרם שנמשך מספר חודשים על חנויות וסוחרים יהודיים. היהודים סבלו מגלי התנכלויות נוספים גם במהלך שלהי שנות ה-50. ביחד עם שאר הקהילות היהודיות במדינה היגרו יהודי קונסטנטין מאלג'יריה לקראת קבלת עצמאותה. עקב קשריה הקרובים של קהילת קונסטנטין לישראל והפעילות הציונית הענפה והמוקדמת בעיר שיעור גבוה יחסית מיהודי קונסטנטין בחרו לעלות לישראל על פני הגירה לצרפת.
מקרב בני העיר יצאו אישים חשובים בתחומים שונים כגון ספורט, מוזיקה ומדעים. ביניהם ניתן למנות את אלפרד נקש, אלוף השחייה ששרד את אושוויץ, אלפונס חלימי, מי שהיה אלוף העולם באגרוף במשקל קל בשנות ה-50, רמונד לריס וחתנו אנריקו מסיאס, מוזיקאים יהודים-אלג'יראים מפורסמים, קלוד כהן-טנוג'י, חתן פרס נובל לפיזיקה לשנת 1994, ועוד.
אלג'יר.
עדויות ראשונות להתיישבות יהודית בעיר אלג'יר מופיעות החל מסוף המאה ה-14. הקהילה התפתחה בעקבות פרעות קנ"א בספרד והגעת המוני פליטים יהודים לעיר, ביניהם המלומדים הגדולים ר' שמעון בן צמח דוראן (הרשב"ץ) ור' יצחק בן ר' ששת (הריב"ש). עקב הגעתם של מלומדים אלה לעיר היא נהפכה למרכז רוחני חשוב של המגרב, כולל ספרד ושאר קהילות צפון אפריקה. מקרב צאצאיו של הרשב"ץ, בני משפחת דוראן, יצאו מספר רבנים חשובים שהיו בין מנהיגי קהילת אלג'יר לאורך הדורות, בין החשובים שבהם היה ר' שלמה בן שמעון דוראן (1400-1467), שהיה גם פילוסוף ורופא ועסק בכתיבתו גם במדעים שונים. בהנהגתם של מלומדים אלה, באלג'יר פעל בית דין רבני שלפסיקותיו היו השפעה מכרעת גם על הקהילות הסובבות את העיר. בשנת 1492 עקב גירוש ספרד הגיע גל נוסף של פליטים מספרד לאלג'יר. האסטרונום וההיסטוריון ר' אברהם זכות בספרו "ספר יוחסין" כותב לשבח היחס הנדיב שהעניקו יהודים מאלג'יר לאחיהם הפליטים מספרד, ומתאר אותם כ"קהילה קטנה בכמות אך גדולה באיכות".