עין פרת (פארה) הוא מעיין שכבה, שנביעתו היא תוצאה של התחתרות הנחל בשכבות סלע הגיר הקשה של חבורת יהודה. שפיעת המעיין קבועה והשפעת עונות השנה מעטה ביותר. הספיקה היומית הרב שנתית היא כ־1,500 קוב ליום בממוצע. ריכוז כמות גבוהה זו של מים הפך את המעיין לבית גידול ייחודי המרכז מגוון מיני צמחים ובעלי חיים.
החל משנת 1927 סיפק עין פרת מי שתייה לשכונות המזרחיות של ירושלים. השימוש במי המעיין הופסק לאחר חיבור העיר המזרחית לאספקת המים של ירושלים המערבית. לצורך שאיבת המים לעיר נבנה בסמוך למעיין בית משאבות, וסביבו נשתלה חורשת אקליפטוסים לצורכי נופש. כיום נמצאים בבניין המשרדים של רשות הטבע והגנים הלאומיים באתר, שירותים ומרכז שרות למטייל.
מעל המעיין נמצא מנזר פרן (דיר פיראן), מנזר עתיק שנבנה בסוף המאה הרביעית על ידי הנזיר חריטון, שעל פי המסורת קבור במנזר. המנזר נבנה מחדש בסוף המאה התשע עשרה על ידי הכנסייה הרוסית הפרבוסלבית. מסביב למנזר בורות מים, בוסתנים וטרסות חקלאיות, שרידי אכסניה לעולי רגל ומבנים נוספים המעידים על עברו כמקום צליינות מבוקש. זהו אחד מאחרוני המנזרים הפעילים במדבר יהודה.
בגדה הצפונית של הנחל, מול המנזר, הוכשר והוכרז חלק מהמצוק כקיר טיפוס מקצועי, הכולל מסלולים שונים בדרגות קושי שונות. המקום אירח אירועי טיפוס אזוריים גדולים.
בגדה הצפונית מעל שטח הקמפינג המוצל באקליפטוסים, קיימת בריכת בטון, שקולטת אליה מי מעיין. הבריכה שנמצאת לצד שביל המסומן בשחור, מכונה בשם "בריכת תמר" על שם עץ תמר הצומח לידה.
עין מבוע.
המעיין האמצעי, "עין מבוע" (המכונה גם עין פואר), הנובע סמוך לכביש אלון, הוא מעיין פועם בו מתרחשת תופעת פעימה ייחודית שהקנתה לו את שמו - המעיין נובע לסירוגין, ובריכת המעיין מתמלאת ומתרוקנת בתדירות משתנה, בשל תכונת המסלע הקרסטי שבמקום, בעקרון פעולה הדומה לעקרון פעולת סיפון. פעולה זו נובעת מחוק כלים שלובים. מי הנביעה ממשיכים בזרימה בנחל לאורך מספר קילומטרים ויוצרים ברכות קטנות ומפלים.
גם מי מעיין זה, בדומה למי עין פרת, הוזרמו עד מלחמת ששת הימים לירושלים. כיום המים זורמים מבריכת המעיין על גבי אמת בטון מודרנית שנבנתה על תוואי אמת המים הקדומה מימי בית שני. האמה הקדומה עברה על גדתו הדרומית של הנחל והובילה מים לארמונות הורדוס ביריחו ועד היום ניתן לראות את שרידיה לאורכו של הנחל.
בברכות המעיין חיים שוכני מים מסוגים שונים, בהם דגים, סרטנים ואילניתיים. שפיריות רבות מוצאות במקום מרחב מחיה. בשנים האחרונות ניכר שינוי במבנה הצמחייה של עין מבוע, כאשר הקנים מתרבים מאוד סביבותיו ותופסים את מקומם של צמחים אחרים.
במסגרת הפיכת המעיין לשמורת טבע של רשות הטבע והגנים נחשפה רצפה של כנסיית מנזר שהיה צמוד למעיין. שרידי מבנים ומערות בהן התגוררו ככל הנראה הנזירים מפוזרים באזור שסביב המעיין. הכנסייה נחשפה לראשונה ב-1931 בעת הקמת מתקן השאיבה הבריטי במקום. לאחר שנסגרה תחנת השאיבה ננטש המבנה למשך שנים ארוכות. לאחר תחילת ההתיישבות היהודית באזור התמקמה בו מסעדת דגים, שנסגרה בתחילת שנות האלפיים, והמבנה חזר לשיממונו. הוא חודש במסגרת השיפוץ המקיף במעיין ובשרידים הארכאולוגיים, וכיום הוא מכיל חנות נוחות של רשות הטבע והגנים ושירותים. כמו כן הופסקה הזרימה בהמשך אמת המים, והמים נשפכים בכמה מפלים קטנים אל הנחל לא רחוק מהמעיין.
עין קלט.
הנמוך מבין שלושת מעיינות הנחל. המעיין הוא למעשה קבוצת נביעות בתוך בריכה טבעית, כאשר המים אל המעיין מוזרמים אליו במפל טבעי היורד מעין מבוע.
יש הרואים בערוץ עין קלט, המזרחי מבין המעיינות, את "נחל כרית" המוזכר בתנ"ך כנחל אליו נשלח אליהו הנביא לאחר קללת הבצורת ושם התגורר במערה על גדותיו:
על קיר סלע בעין קלט כתובה כתובת בערבית:
אמות המים.
לאורך ערוץ הנחל עוברת אמת מים קדומה מתקופת הורדוס, שהייתה מעבירה מים למבצר קיפרוס, מעל יציאת הנחל מתחום מצוק ההעתקים. שריד מרשים שנותר מהאמה הוא גשר מים גדול מעל אחד מיובלי הנחל, על יד עין קלט. כיום הרוסה אמת המים הזו בחלקה, ומי המעיינות זורמים בערוץ.
אמה נוספת מבטון נבנתה בתקופת הבריטים. חלקה העליון - מעין מבוע לעין קלט - יבש כיום והרוס בחלקו, חלקה התחתון מעין קלט מזרים מים לשדות ליד יריחו.
מנזרים.
בנחל ישנם שרידים של מנזרים מהתקופה הביזנטית בעליליאת א-סיק. כמו כן, פעילים בנחל שני מנזרים עתיקים - האחד הוא מנזר פרן, המנזר הראשון אותו הקים הנזיר חריטון, על יד עין פרת. השני הוא מנזר סנט ג'ורג' (שמו בערבית דיר מר ג'ריס) השייך לכנסייה היוונית-אורתודוקסית, השוכן ליד העיר יריחו בשטח הרשות הפלסטינית.
הנזירים מאמינים, כי בתחום המנזר נמצאת המערה בה התגורר אליהו הנביא, בהגיעו לנחל כרית, ובה ניזון בלחם ומים שהביאו לו העורבים.
קובור בני אסראיל.
בחלקו העליון של הנחל, סמוך לגבע בנימין ובצמוד לכביש 437, נמצא אתר עתיקות המכונה בערבית "קובור בני אסראאיל" (קברי בני ישראל). יש המזהים (שארל קלרמון-גנו, נגה הראובני ואחרים) עם מקום זה את קבר רחל, ומפרשים שהמקום "אפרת" המוזכר בקשר לקבורת רחל מתייחס לעין-פרת.
היסטוריה.
בספר ירמיהו י"ג מוזכר נחל פרת, כמקום בו נצטווה הנביא ירמיהו, שהתגורר בעיר ענתות הסמוכה (באזור עלמון של ימינו), להטמין את חגורתו.
מבצע אטלס.
ב-6 באוקטובר 1944, במבצע משולב של המודיעין הגרמני ומנהיגים פלסטיניים מאזור ירושלים, הוצנחו שני גרמנים ושלושה פלסטיניים, ביניהם חסן סלאמה, בנחל ליד יריחו. ציודם כלל נשק קל, מפות, מכשירי קשר, מנות קרב, 5,000 לירות שטרלינג במטבעות שונים, חומרי נפץ, וע"פ גרסה לא מאומתת כ-10 קופסאות קרטון שהכילו רעל מסיס במים וחזק במיוחד (כל קופסה הכילה רעל בכמות המספיקה להרעלת 25,000 איש). רעל זה נועד להרעיל את מעיינות ראש העין ששימשו את תושבי תל אביב. הצניחה נכשלה, חסן סלאמה שנפצע במהלך הצניחה נע לכיוון ירושלים, ושאר הכוח, שני הגרמנים ועבדול לטיף, התחבאו במערה שבוואדי קלט. נערים בדואים מצאו את אחד משקי הכסף וכן אקדח ותחמושת. השמועה על מטבעות חדשים ביריחו פשטה באזור והייתה הסימן הראשון לקיום המבצע. מפקד מרחב ירושלים במשטרת ארץ ישראל, פאיז ביי אידריסי, הורה על חיפושים נרחבים בוואדי קלט. תוך עשרה ימים נמצאו המתחבאים, והמבצע נכשל לחלוטין.
אירועי טרור בנחל.
בחורף תשכ"ט - 1969, נהרג סא"ל במערה הנמצאת על גדתו הדרומית של הנחל בעת מרדף אחרי מסתננים טרוריסטים. במקום מוצב שלט לזכרו.
בשנות התשעים אירעו בנחל פרת שלושה מקרי רצח של ישראלים על רקע לאומני.
על שמם של ששת הנרצחים הוקם מצפה נוף בשם "מצפה השישה" בין היישובים כפר אדומים ונופי פרת. בעקבות האירועים, יעל ישראל, בתו של חבר הכנסת אורי אריאל, נכנסה לגור בשמורה במבנה מנדטורי, במחאה על מקרי הרצח. היא פונתה בעקבות עתירה לבג"ץ.
זיהום הנחל.
נחל פרת זוהם בעבר באופן קבוע. מתקן טיהור שפכים משותף של רמאללה, אל בירה ופסגות, הנמצא על יד היישוב פסגות, מזרים על בסיס קבוע שפכים ברמת טיהור בינונית לנחל מכמש, יובלו הגדול ביותר של נחל פרת. השפכים מזהמים את המים ואת הקרקע ופוגעים בצמחייה ובבעלי החיים.
מדי פעם, בעת תקלה במתקן הטיהור, מוזרמת כמות גדולה הרבה יותר של שפכים ברמת טיהור נמוכה עד אפסית, מה שמוביל לזיהום לכל אורך נחל מכמש ועד לנחל פרת עצמו. כל תקלה כזו גורמת לזיהום קשה ולפגיעה משמעותית בחי, בצומח, בנוף ובמטיילים המתרחצים, לסגירת המסלול בנחל למטיילים, ומביאה לנזקים בלתי הפיכים או שתיקונם אורך זמן רב. הריק השלטוני בשטחי יהודה ושומרון, והעובדה שהמט"ש הוקם בעזרת תרומה מבנק גרמני ואין גוף שלטוני מקומי שלקח עליו אחריות, מוביל לכך שתיקון המתקן "נופל בין הכיסאות", ולוקח זמן עד שנמצאים תקציבים והביוב מפסיק לזרום. מול המחדל פועלות החברה להגנת הטבע ועמותת ירוק עכשיו מול הרשויות בקריאה לשיפור המצב. להלן רשימה חלקית של אירועים אלו והתגובות להם:
בעלי חיים בנחל פרת.
נחל פרת מהווה בית גידול ייחודי למגוון עשיר של בעלי חיים: עופות, יונקים, מיני דגים וצפרדעים, וכן נחשים, עקרבים ומיני חרקים רבים.
עופות בנחל.
במצוקי הנחל- עופות מדבריים טיפוסיים ודורסי יום ולילה. ביניהם: בז אדום, בז צוקים, רחם, חיוויאי, עקב, עיט סלעים, כוס ולילית המדבר. לאורך הנחל נמצא עופות מגוונים, ביניהם עופות אופייניים לספר המדבר: סלעית לבנת כנף, סלעית שחורת בטן, סלעית מדבר, מדברון, צוקית בודדת, צוקית חכלילית, עורב שחור, עורב קצר-זנב, קאק, טריסטרמית, סיס, סנונית, זנבן, קורא המדבר, חוגלה, שלדג לבן-החזה, שרקרק, דרור הירדן, צופית. בתקופת הנדידה נמצא נחל פרת במסלול נדידת עופות, חסידות לבנות ושחורות, עגורים, ודורסים.
יונקים.
לבעלי החיים הנפוצים בנחל פרת כושר הסתגלות לתנאי המקום המאופיין כמדבר בצל גשם יחד עם מחייה ליד מקורות מים. בין היונקים הנפוצים בנחל: צבי מדבר, שועל מצוי, קרקל, צבוע מפוספס, זאב ערבי, ארנבת, שפן סלע, דרבן.
זוחלים.
זוחלים רבים משתלבים בתנאי הסביבה, ביניהם מיני לטאות וחרדונים, ומגוון נחשים ארסיים כמו אפעה ושרף עין גדי.
הצומח בנחל פרת.
לאורך ערוץ הנחל בולטת צמחית אפיק: קווים רצופים ונמשכים של שיחים ועצים הגדלים לאורך קו זרימת המים.
וכן ריכוז נדיר ויפה של צמחים גאופיטים.
לאורך ערוץ הנחל.
לאורך ערוצי המים נמצא צמחייה הידרופילית משגשגת: טבורית נטויה, דנדנה רפואית, שרך, זקום מצרי, פתילת המדבר (תפוח סדום), בולט בערוץ הוא עץ שיזף מצוי.