אין לדעת עד כמה היו אירועים אלו ידועים לבאי הקונגרס הציוני הראשון בבזל (1897), שם התקבל הדגל בעל שני פסי התכלת על רקע לבן ובתוכו מגן דוד, ונדחתה הצעתו של בנימין זאב הרצל - דגל עם שבעה כוכבי זהב ורקע לבן כמו החיים החדשים של ישראל (שאז ב-1897 לא הייתה קיימת). את נסיבות היווצרותו של דגל ישראל, שבתחילה היה דגלה של התנועה הציונית, תיאר דוד וולפסון, תוך שהוא מתאר את עצמו כאבי הרעיון של עיצוב הדגל על פי הטלית:
בסוף מלחמת העולם הראשונה, לאחר ששבו יהודי גירוש תל אביב חזרה מכפר סבא ליפו, הגה מנהיג הקהילה ר' מנחם יצחק קליונר את הרעיון להניף דגל על חלונות הבתים אליהם שבו, ושרטט את צורתו של הדגל המוכרת כיום. בשנת 1920 הזמין, באמצעות משפחת האחים שבתאי ומתיתיהו אליהו כמות מסחרית ראשונה מבית חרושת בגרמניה.
השימוש בדגל עד להקמת מדינת ישראל.
בתקופת היישוב שימש הדגל את התנועה הציונית, והונף בגלוי באירועים רשמיים.
במהלך מרד גטו ורשה הניף הארגון הצבאי היהודי את הדגל מעל כיכר מוראנובסקה, כסמל של תקווה והתגרות בכוחות הנאציים, שניסו לדכא את המרד.
חיילי חיל החפרים, מראשוני מתנדבי היישוב לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, אשר רבים מהם נפלו בשבי הנאצי באפריל 1941, הניפו את הדגל מתחת לדגל הבריטי כבר ב-1940, בעת שירותם בגזרת המדבר המערבי. אחראי לכך היה מנהיגם יוסף אלמוגי. עדויות מצולמות רבות לכך נותרו בעזבונות בני משפחות פדויי השבי.
הבריגדה היהודית השתמשה בתג כתף, המזכיר בעיצובו ובצבעיו את הדגל. חיילי הבריגדה נהגו להניף את הדגל לצד הדגל הבריטי, ואף התעמתו עם מפקדיהם הבריטים על רקע זה. הם נהגו להניפו בטקסים רשמיים של הבריגדה. לאחר הגעת הבריגדה היהודית לאיטליה ביקר אצלם משה שרת, ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, ב-3 באפריל 1945, הביא דגל ללוחמים ונשא במעמד הנפת הדגל נאום הידוע כנאום הדגל. החי"ל היה הכוח היחיד והראשון, שלחם במלחמת העולם השנייה בדגל יהודי שהוכר כמייצג את העם היהודי.
בעת הכרזת העצמאות קושט האולם בדגל גדול, שנמתח על הקיר מאחורי הנואמים, ושימש כמרכיב עיצובי בולט, שהדגיש את העצמאות שזה עתה הושגה.
קבלת הדגל כדגל מדינת ישראל.
לאחר הקמת המדינה, היה חשש, שאם ייקבע דגל התנועה הציונית כדגלה של מדינת ישראל, יעורר הדבר בעיות פוליטיות ומשפטיות לחברי התנועה הציונית, שהם אזרחי מדינות אחרות. לפיכך נקבעו תחילה דגלי המדינה להנפה על גבי ספינות - דגל חיל הים ודגל צי הסוחר, ואילו הדיון בדגל הכללי התארך, ונשקלו הצעות שונות לגבי עיצובו.
ועדת הסמל והדגל של מועצת המדינה הזמנית הזמינה הצעות, וקיבלה מספר גדול של רעיונות לעיצוב הדגל. רובן התבססו על דגל התנועה הציונית בשינויים קלים.
תוספות מיוחדות שהוצעו:
בסופו של דבר, הוחלט לאמץ בכל זאת את דגל התנועה הציונית בלא כל שינוי, בעיקר בשל הפופולריות הרבה שהייתה לו בציבור היהודי, וגם כי מדינות וארגונים זרים החלו לזהות אותו כדגל הלאומי של העם היהודי. ההחלטה התקבלה לאחר התכתבות שערך משה שרת עם קהילות יהודיות ציוניות בעולם, במיוחד בארצות הברית, וקבלת אישורן, ואפילו עידודן לכך, שדגל התנועה הציונית העולמית ישמש גם כדגל מדינת ישראל. ההחלטה הסופית לגבי דגל המדינה התקבלה ב-28 באוקטובר 1948. הייתה כוונה לכלול את שבעת כוכבי הזהב של הרצל על סמל המדינה במקום על דגלה, אולם בסופו של דבר נבחר סמל שלא כלל אותם, והשריד היחיד להם הוא בחלק מסמלי ערים בישראל.
בתקשורת הפלסטינית נטען מספר פעמים, כי שני הפסים מרמזים על שאיפתה של מדינת ישראל לכבוש את השטחים שמהנילוס ועד הפרת.
חוק הדגל.
מעמדם המשפטי והמדיני של דגל מדינת ישראל וסמלהּ על פי החוק, נקבע בחוק הדגל והסמל, תש"ט-1949, שהתקבל ביום 24 במאי 1949.
החוק קובע את דגל המדינה, סמל המדינה והמנון המדינה. החוק אוסר על שימוש בדגל למטרות מסחריות, פרט לייצור דגלים ומכירתם, ולמקרים בהם התקבלה רשותו של שר הפנים. החוק קובע מקומות, שבהם יש חובה להניף את הדגל (כמשרדי ממשלה), וכן קובע איסור פלילי על פגיעה בכבודו של דגל המדינה. כללי השימוש הנאות בדגל הלאומי דומים בדרך כלל לכללים הנהוגים במדינות אחרות, אך שונים מהם בכמה היבטים מהותיים. בארצות הברית, שריפתו או ביזויו של הדגל הלאומי בידי אזרחים נחשבים כביטוי קיצוני, אך מוגן במסגרת עקרון חופש הביטוי. החוק הישראלי אינו מאפשר מעשים דומים. עם זאת, התקנות לגבי השימוש בדגל בידי גורמים רשמיים מחמירות יותר מאשר בישראל. בארצות הברית קובע החוק, למשל, כי אסור לדגלנים רשמיים להניח את הדגל על הרצפה, וכי גורמים רשמיים צריכים לדאוג לקבורת דגל שנתבלה באדמה. בישראל אינן נהוגות החמרות כאלה, למעט פקודת מטכ"ל לגנוז דגל שהתבלה, החלה על חיילים. בבריטניה, נוהגים אזרחים להשתמש בדגל הלאומי (ה"יוניון ג'ק") לעיטור חפצים שונים, ואפילו שקיות במרכולים או בגדים תחתונים. בישראל, שימוש כזה בדגל אינו מקובל.
החוק בישראל קובע את בכירותו של הדגל בהנפתו עם דגלי מוסדות וארגונים, כך שיש להניף את דגל המדינה ראשון ולהורידו מן התורן אחרון. בעת הנפת דגל המדינה עם דגלי מדינות אחרות, יש להתייחס אל כל הדגלים באופן שווה.
על פי תיקון לחוק משנת 1997, שהוסף ביוזמת חברת הכנסת לימור לבנת, יש להניף את הדגל על הבניין הראשי או בחזית הבניין הראשי בכל בתי הספר ומוסדות החינוך המוכרים על ידי משרד החינוך, לרבות מוסדות מוכרים אך בלתי רשמיים. עם זאת, החוק אינו מחייב את הנפת הדגל במוסדות המוכרים על ידי משרד הדתות, כך שמוסדות החינוך החרדיים רשאים להימנע מהנפת הדגל.
תקנות הדגל והסמל (השימוש בדגל המדינה), תשי"ג–1953, שהתקבלו ב-16 באפריל 1953, קובעות פרטים טכניים רבים לגבי הצורה בה יונף הדגל, ודרכי השימוש הראויות בו.
בנוסף להנפת הדגל, נהוגה גם תלייתו במאונך לכל גובהו של בניין. במצב כזה נוהגים לעיתים קרובות למתוח את הדגל הרבה מעבר לפרופורציות הקבועות בחוק, ויש הנוהגים במצב זה לסובב את המגן דוד כך שקודקודיו ימשיכו להצביע מעלה ומטה (במקום לעבר הפסים הכחולים). נוהג זה שנוי במחלוקת: לקראת יום העצמאות 2008 חילק בנק הפועלים דגלי ישראל (תוצרת סין) בהם מגן דוד עם קודקודים מופנים מעלה ומטה. ערוץ 7 ומבקרים אחרים טענו כי מדובר בהפרה של חוק הדגל.
בדצמבר 2010 אישרה הכנסת תיקון לחוק הדגל, הסמל והמנון המדינה, אשר מחייב מוסדות המתוקצבים באופן מלא או חלקי על ידי המדינה לרכוש דגלי לאום רק מתוצרת ישראל.
היחס לדגל.
חלק ניכר מתושבי המדינה היהודים רואה בדגל את הביטוי הלאומי לעצמאות העם, ואת סמלו. כך, למשל, אחד הביטויים החזותיים החזקים להחלת הריבונות על שטחי המדינה במהלך מלחמת העצמאות היה הנפת דגל הדיו באילת.
על מוסדות עירוניים מקובל להניף את דגל המדינה ביחד עם דגל הרשות המקומית. כשבוע לפני יום העצמאות נוהגות הרשויות המקומיות לעטר את עמודי התאורה בדגלי המדינה ובדגלי הרשות המקומית. בהתאם לסמכות שניתנה לו בחוק יום העצמאות, תש"ט-1949, קבע ראש הממשלה, דוד בן-גוריון כי "ביום העצמאות יונף דגל המדינה על כל בנין ממשלתי או ציבורי ועל כל בית פרטי". הוראה זו אינה נאכפת, אולם רשויות המדינה מעודדות את האזרחים לנהוג כך. כמו כן התגבש בסוף המאה העשרים מנהג לתלות את הדגל על מכוניות פרטיות ביום העצמאות.
ביום ירושלים רבבות אנשים, רובם מזוהים עם הציבור הדתי לאומי, בני הציונות הדתית, עורכים את ריקוד דגלים: צעדה עם דגלי ישראל ברחבי ירושלים והעיר העתיקה אל עבר הכותל המערבי לציון שחרור ירושלים במלחמת ששת הימים.
במהלך השנים נעשו כמה מחוות הקשורות לדגל, לרוב כביטוי לעמידה איתנה. כך, למשל, נעטף בניין תיאטרון "הבימה" בתל אביב בדגל ישראל ענק, במהלך מלחמת המפרץ הראשונה, שבה נורו טילים על תל אביב. עזאם עזאם, שנכלא במצרים באשמת ריגול נעטף בדגל ישראל בעת ששב מכלאו בשנת 2004.
בנוסף לכך אימצו אזרחים ישראלים מנהגים המקובלים במדינות אחרות לגבי דגל הלאום. למשל, הגולש גל פרידמן התעטף בדגל בעת שזכה במדליית הזהב באולימפיאדת אתונה 2004. התעטפות בדגלי לאום היא מנהג רווח בקרב ספורטאים המייצגים מדינות בתחרויות רשמיות. האסטרונאוט אילן רמון לקח עמו לחלל את דגל מדינת ישראל, ביחד עם חפצים רבי משמעות אחרים כציור של ילד שנספה בשואה, מכתב מאת רון ארד, גביע לקידוש וספר תורה קטן. דגל ישראל מופיע גם לצד שמו של רמון על לוח זיכרון להנצחת חללי אסון מעבורת החלל קולומביה, אשר הותקן על הרובר ספיריט שנחת על מאדים בשנת 2004, כמו גם על לוח מיוחד שהורכב על הגשושית בראשית. גם מנהג זה, לקחת את דגל הלאום וחפצים משמעותיים אחרים, רווח בקרב אסטרונאוטים ממדינות שונות בעת מסעות לחלל.
הביטוי "כחול לבן" כצבעי הדגל, מסמל את תוצרת מדינת ישראל, ונכנס ללשון הדיבור בביטויים כגון "קנה כחול לבן".
בימי המחאה כנגד תוכנית ההתנתקות השתמשו שני הצדדים בדגל ישראל לביטוי התנגדותם או תמיכתם בתוכנית. "הסרטים הכתומים" שליוו את מחנה מתנגדי התוכנית, הוצמדו בתחילה לדגל, ולאחר מכן הופיעו "דגלים כתומים" בתבנית הדגל, אך בצבע הכתום. תומכי התוכנית ביטאו את תמיכתם באמצעות הצגת סרטים כחולים, או כחולים לבנים, באופן שנועד להזכיר את דגל ישראל.
בסמוך ליום העצמאות ה-60 של מדינת ישראל (2008) נפרש דגל ישראל בגודל 100 על 200 מטרים למרגלות הרי אדום באילת. זהו אחד הדגלים הגדולים ביותר בעולם כיום (מאי 2016), הדגל הגדול ביותר בעולם הוא דגל רומניה בעיירה קלינצ'ני.