בתקופה מאוחרת יותר, המלכים חיפשו דרך להשיב את השפעתם, ועשו זאת במתן הטבות מיוחדות לערים מסוימות, והפיכתן ל"ערים מלכותיות חופשיות", שעליהן המלכים הגנו מהאדונים הפאודלים תמורת תמיכת תושבי העיר.
במאה ה-12 הייתה משפחת האצולה שוביץ' ("Šubić") מדלמטיה בעיקר בשלטון, והבאנים של קרואטיה היו בעיקר מבניה. בן שוביץ' אחד מפורסם, היה פבאו שוביץ' בריבירסקי (1272–1312) ("Pavao Šubić Bribirski") שהשתלט על חלקים גדולים מדלמטיה, סלבוניה ובוסניה בעקבות מאבק פנימי נגד משפחות אצולה קרואטיות אחרות. מאוחר יותר, משפחות האצולה האלה אגרו כוח ופיזרו את משפחת שוביץ' בכל רחבי קרואטיה, ומכרו את כל דלמטיה לרפובליקה של ונציה ב-1409.
המלחמות העות'מאניות (1409–1527).
כשהאימפריה העות'מאנית פלשה לאירופה, קרואטיה הייתה שוב בחזית בין מעצמות גדולות בחלק זה של העולם. בעוד שהקרואטים הועילו מאוד לניצחון הנוצרי במצור על בלגראד ב-1456, הם נחלו תבוסה בארצם שלהם ובהדרגתיות איבדו את אדמותיהם לאימפריה העות'מאנית.
האפיפיור ליאו העשירי קרא לקרואטיה "חזית הנצרות" ("Antemurale Christianitatis") ב-1519, מאחר שחיילים קרואטים הועילו מאוד במלחמה נגד הטורקים. ביניהם: הבאן פטאר בריסלאביץ' ("Petar Berislavić") שניצח את הטורקים בבוסניה ב-1513, קפיטאנו של סניה פטאר קרוז'יק ("Senj Petar Kružić") שהגן על מבצר קליס ("Klis") בהצלחה במשך 15 שנה, ניקולה יורישיץ' ("Nikola Jurišić") שניצח צבא טורקי גדול שהיה בדרכו לווינה הגדול בכמה מונים מצבאו שלו ב-1532, והרוזן ניקולה שוביץ' זרינסקי ("Nikola Šubić Zrinski"), שעזר להגן על בודפשט מכיבוש טורקי ב-1542 ונלחם בצבא טורקי שכלל "90,000 חיילים ו-300 תותחים" עם צבא של "אלפיים ושלוש-מאות מהם (הכוחות הקרואטים)" ב-1566.
בשנת 1526 נהרג לאיוש השני, מלך בוהמיה והונגריה בקרב מוהאץ', ועם מותו נכחד בית יגלו (המשפחה ממנה באו מלכי פולין, ליטא, צ'כיה והונגריה).
קרואטיה באימפריה הרומית הקדושה (1527–1806).
לאחר קרב מוהאץ', ב-1527 האצילים הקרואטים (וההונגרים כמובן) היו צריכים לבחור מלך חדש. לאחר שארגנו אספה בצטין ("Cetinski Sabor"), האצילים הקרואטים בחרו בפרדיננד הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ארכידוכס אוסטריה לבית הבסבורג. חלק מהאצילים דווקא העדיפו את יאנוש זאפויה, אשר טען לכתר הונגריה, אך אלו חזרו בדבריהם לאחר מותו בשנת 1540.
שינוי המנהיגות כלל לא היווה פתרון למלחמה בטורקים, ולמעשה, האימפריה העות'מאנית התרחבה במאה ה-16 וכללה כעת את סלבוניה ואת מערב בוסניה. כשסולימאן הראשון, הסולטאן העות'מאני, ראה את המאבק בין מקסימיליאן השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה לבין זיגמונט השני, מלך פולין, הוא ניצל את ההזדמנות ופשט על הונגריה ב-1565 עם צבא של 150,000 חיילים. העות'מאנים התקדמו צפונה בהצלחה רבה, עד 1566, כשהם החליטו לקצר את הדרך לווינה ולעבור ליד מבצר סיגט (סיגטבאר, "Szigetvár") שאותו הם נכשלו לכבוש עשור קודם לכן.
על המבצר הקטן הגן הרוזן ניקולה שוביץ' זרינסקי עם צבא קטן המונה 2,500 חיילים. הם הצליחו להחזיק במבצר במשך חודש, עד שחוסלו בידי הצבא הטורקי. הקרב הזה אפשר לאוסטרים לקנות זמן ולארגן את צבאם לפני שהטורקים יכלו להגיע לווינה.
על-פי הוראות המלך ב-1553 ו-1578, קרואטיה וסלבוניה הוכרזו כ"חזית צבאית" ("Vojna Krajina", גרמנית: "Militärgrenze") אשר נשלט הישר ממפקדת הצבא בווינה. בגלל הקרבה המסוכנת לצבאות העות'מאנים, האזור הפך שומם מאדם, לכן עודדה אוסטריה יישוב סרבי, גרמני, הונגרי, צ'כי, סלובקי ורוסי בחזית, מה שיצר אזור המיושב בידי אנשים ממוצא מגוון.
ההשפעות השליליות של פיאודליזם תפסו תאוצה ב-1573 כשאיכרים בצפון קרואטיה ובסלובניה מרדו באדוניהם הפאודלים מפאת אי-צדק, כמו מיסים מוגזמים והפליית נשים. מאתיה גובץ ("Matija Gubec") היה בין הבולטים ממנהיגי המרד. בינואר 1573 איכרים מרדו ביותר מ-60 אזורים ברחבי קרואטיה וסלובניה, אך המרד דוכא בתחילת פברואר של אותה שנה. מאטיה גובץ ועוד אלפים הוצאו להורג בפומבי, כדי להוות דוגמה לציבור.
ב-1592, נותרו רק חלקים קטנים מקרואטיה שלא נכבשו בידי הטורקים. 16,800 הקמ"ר שנותרו נקראו "שרידי השרידים של הממלכה הקרואטית אשר הייתה גדולה". אך כשהתחילה המאה ה-17, הוחזרו הטריטוריות הכבושות בהדרגה לאימפריה האוסטרית, ובסוף החצי הראשון של המאה סולקו העות'מאנים מהונגריה ומקרואטיה, ואוסטריה ליכדה את האימפריה תחת שלטון מרכזי אחד.
הצבא הקיסרי האוסטרי נחל מספר ניצחונות על הטורקים אך ב-1664, לאופולד הראשון לא הצליח לשמור על ההצלחות שלו בכך שחתם על הסכם שלום, שקבע כי האימפריה העות'מאנית תסכים להפסיק להילחם, בתנאי שלהונגריה וקרואטיה יהיה אסור לקחת בחזרה את השטחים שהטורקים לקחו להם. זה גרם לזעם רב בקרב בני האצולה ההונגרים והקרואטים, שרקמו קשר נגד הקיסר אך לא היה חזקים מספיק לבצע אותה - על אף שניהלו משא ומתן עם הצרפתים והטורקים. מרגלים קיסריים גילו את הקשר וב-30 באפריל 1670 העלו על המוקד מספר אצילים קרואטים והונגרים בוינר נוישטאדט.
קרואטיה תמכה באוסטריה ברוב מלחמותיה בלי קשר לאיחוד. במלחמת הירושה האוסטרית, קרואטיה תמכה במריה תרזה והיא, בתמורה, שינתה את המערכת הניהולית בקרואטיה, את המיסים ואת הפיאודליזם. היא גם נתנה את הנמל העצמאי של רייקה לקרואטיה ב-1776. למרות זאת, היא התעלמה ואף ביטלה את הפרלמנט הקרואטי וב-1779, לקרואטיה היה רק מושב אחד במועצה המושלת בהונגריה, וזה היה שייך לבאן שלה.
עם נפילת הרפובליקה של ונציה ב-1797, נכסיה בים האדריאטי הועברו לצרפת שהעבירה את הזכויות שלה לאוסטריה באותה שנה. שמונה שנים לאחר מכן הם הוחזרו לצרפת, אך הכתר האוסטרי זכה בהם שוב ב-1815. אף על פי שעתה היו חלק מאותה אימפריה, השתייכו דלמטיה ואיסטריה לציסלייטניה בעוד שקרואטיה וסלבוניה היו שייכות להונגריה.
ב-9 בפברואר 1801, חתמו פרנץ השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה ונפוליאון על הסכם לונוויל, שבו אושרה שליטתה של אוסטריה בוונציה, בדלמטיה ובאיסטריה. בשנת 1805 הובסו הכוחות האוסטרים בקרב אוסטרליץ, ובעקבות כך חתמה על חוזה פרסבורג, שבו איבדה את כל נחלותיה באיטליה ובחוף הים האדריאטי. ב-6 באוגוסט 1806 פורקה האימפריה הרומית הקדושה, ופרנץ השני נודע מכאן ולהבא כפרנץ הראשון, קיסר אוסטריה.
קרואטיה באימפריה האוסטרית, האוסטרו-הונגרית, ומלחמת העולם הראשונה (1806–1917).
בקונגרס וינה בשנת 1815 קיבלה אוסטריה בחזרה את ונציה, דלמטיה ואיסטריה, אך בעוד שדלמטיה ואיסטריה היו חלק מהנחלות האוסטריות, קרואטיה הייתה חלק מממלכת הונגריה.
ממשלות אוסטריה והונגריה ניסו במשך השנים לאכלס את קרואטיה: הם כפו את שפותיהם על הקרואטים ויישבו מתיישבים אוסטרים והונגרים בערים הקרואטיות. בתחילת המאה ה-19, הופיעה לראשונה הלאומיות הקרואטית כדי לעמוד מול הגרמאניזציה והמגיאריזציה.
התחייה הלאומית הקרואטית החלה בשנות ה-30 של המאה ה-19, עם "התנועה האילירית" ("Ilirski Pokret"), שכנראה נקראה אחרי ילידי אזור קרואטיה בעבר, האילירים. היא משכה עליה מספר דמויות בעלות השפעה והפיקה התקדמויות חשובות בתרבות ובשפה הקרואטית. מוביל התנועה היה ליודביט גאי ("Ljudevit Gaj"), שהפך את השפה הקרואטית לשפה המרכזית באזור.
בשנת 1840, נערך מפקד אוכלוסין אוסטרי בקרואטיה וסלבוניה, ועל פי המפקד חיו 526,550 תושבים בממלכת קרואטיה, מתוכם 519,426 (98,64%) קרואטים, 3,000 (0,56%) גרמנים, 2,900 (0,55%) סרבים ו-1,3737 (0.19%) יהודים.
בשנות ה-40 של המאה ה-19, התנועה עברה ממטרות תרבותיות להתנגדות לדרישות הפוליטיות ההונגריות. לפי הפקודה המלכותית ב-11 בינואר 1843, שמקורה במטרניך, נאסר השימוש בסמל התנועה בציבור. הדבר האט את התקדמות התנועה, אך היה כבר מאוחר מדי להפסיק את השינויים החברתיים שהתנועה החלה.
במהלך מהפכות 1848 באימפריה האוסטרית, הבאן הקרואטי יוסיף ילצ'יץ' ("Josip Jelačić") שיתף פעולה עם האוסטרים בדיכוי המרד בהונגריה על ידי כך שפלש לתוך הונגריה. בנוסף הצליח הבאן ילצ'יץ' לסלק את הצמיתות מקרואטיה, מה שגרם להקטנת כוחם של בעלי האדמות, לחלוקת האדמות החקלאיות ולצמצום הסיכון לרעב. קרואטים רבים החלו להגר לארצות אמריקה, מגמה שנמשכה במאה השנים הבאות וגרמה ליצירת פזורה קרואטית גדולה.
בשנת 1867 הושגה הפשרה האוסטרו-הונגרית של 1867, ולפיה הפכה קרואטיה לנחלת כתר הונגרית. בשנת 1868 הושגה פשרה בין קרואטיה להונגריה ונחתמה הפשרה ההונגרית-קרואטית, ולפיה אוחדו ממלכות קרואטיה וסלאבוניה לממלכת קרואטיה-סלאבוניה. קרואטיה קיבלה אוטונומיה מסוימת בעניינים מנהליים, חינוכיים, דתיים ומשפטיים, בעוד שהונגריה נשארה אחראית על תחומי החוץ והביטחון.
ב-1881, החזית הצבאית פורקה למספר מחוזות אזרחיים. בסוף המאה ה-19 הקרואטים והסרבים הביעו יותר ויותר רצון לעצמאות, ולייסודה של מדינה סלאבית מאוחדת בבלקן המערבי. אמנם דלמטיה וקרואטיה וסלבוניה השתייכו לחלקים שונים של האימפריה, אך הם עמדו, בין השאר, תחת אותו דגל.
המאבק לעצמאות מהמונרכיה האוסטרו-הונגרית הופסק בפתאומיות במלחמת העולם הראשונה, שהחלה ב-1914. במלחמה הגדולה, בקרואטיה אמנם לא התרחשו קרבות גדולים, אך חייליה השתתפו בקרבות עקובים מדם בחורפים בחזית המזרחית, כשהאבדות מנו אלפים.
קרואטיה היוגוסלבית (1918–1991).