באפריל 2013 דווח, כי נחתם הסכם חוזי (באנגלית: "Contractual Agreement") בין חברת התקליטים יוניברסל מיוזיק גרופ ובין חברת יוטיוב, המונע את שחזורו או העלתו בשנית של תוכן שנחסם באתר יוטיוב- בעקבות דרישה מיוניברסל מיוזיק גרופ, בשל העובדה שתוכן זה משולל זכויות יוצרים- גם אם יגיש מעלה הסרטון הודעה נגדית (באנגלית: "Counter Notice"), בכפוף לחוק המילניום בדבר ניהול, אכיפה והפרת זכויות יוצרים דיגיטליות (באנגלית: "DMCA Counter Notice"). באופן פשטני, הודעה נגדית היא בקשה משפטית המופנית ליוטיוב (או לכל חברה הקשורה להעלאת תכנים מקוונים), לאחר הודעת הסרה של הסרטון מצד יוטיוב, ומטרתהּ: בקשה מצד מעלה סרטון וידאו מסוים להחזירו לאתר יוטיוב, לאחר שהועלה אליו, ולאחר זמן מה הוסר ממנו- בגין הפרה לכאורה של זכויות יוצרים. מעלה הסרטון יכול להגיש בקשה מסוג זה, רק במקרים בהם הקובץ המועלה הוסר או הושבת בשל טעות, או בשל זיהוי שגוי של התוכן, כגון: פרסום תוכן הקובץ תחת רישיון לשימוש הוגן בו, ולא בנסיבות אחרות כלשהן. אם הסרטון הוסר אך אינו עומד בקריטריונים אלו (כלומר, לא חלה טעות כלשהי או זיהוי שגוי של תוכן הקובץ המועלה, שעודנו מפר זכויות יוצרים), יכול מעלה הסרטון לבקש ביטול תביעה מצד גורמי התביעה שזכויות היוצרים שלהם הופרו, או להמתין עד שההתראה על הפרת זכויות היוצרים תפוג.בהמשך לכך דווח, שחלק מהסכם סודיות זה כלל גם סעיף הסדרת קבצים השנויים במחלוקת- המועלים לאתר יוטיוב; כאשר לא ידוע האם קובץ מסוים, שהועלה לאתר- חוקי (כלומר, שלא הפר זכויות יוצרים) או שאינו חוקי (הפר אותם)- על מעלה הסרטון ליצור קשר בעצמו עם חברת "יוניברסל מיוזיק גרופ". בנובמבר 2015 הכריזה חברת גוגל, חברת האם של יוטיוב, כי היא תסייע לחברת יוטיוב בכיסוי העלויות המשפטיות, באותם מקרים חריגים והשנויים במחלוקת, בהם על פי "אמונתהּ" של גוגל, ייתכן שאכן נעשה שימוש ברישיון לשימוש הוגן מצד מעלה הסרטון- והסרתו מהאתר נעשתה שלא כדין; על כן, תבע מעלה סרטון זה את חברת יוטיוב בגין "הסרת קובץ שלא כדין, למרות היותו בעל רישיון לשימוש הוגן".
אתר יוטיוב נמצא בעיצומו של מהלך להסדרת מתן תמלוגים ליוצרים, מהלך שמסדיר בעיית זכויות יוצרים ביחס לקליפים באתר. בין היתר נחתם ב-2011 הסכם בעניין עם אקו"ם.
זיהוי תכנים ("Content ID").
ביוני 2007, החלה יוטיוב לעשות שימוש נסיוני במערכת, שאמונה על איתור אוטומטי של סרטונים המועלים לאתר- והמפרים זכויות יוצרים. מנכ"ל גוגל, אריק שמידט, ייחס משמעות מכרעת למערכת זו, בהגדירו אותה כחיונית ליישוב תביעות כנגד החברה, דוגמת זו שהוגשה על ידי חברת ויאקום; תביעה מסוג זה האשימה את יוטיוב בהפקת רווחים מתכנים, שלא היה בידה הזכות להפיצם. המערכת, שנודעת בשמה:
"Content ID" (קיצור של המונח האנגלי: "Content Identification", בעברית: "(מערכת ל) זיהוי תכנים"), יוצרת קובץ ID (כלומר, קובץ בעל סיומת: codice_7), המהווה קובץ עזר, הנלווה לכל קובץ שמע, כמו גם לכל קובץ וידאו, שהם בעלי זכויות יוצרים- ומאכסנת קובצי עזר אלו בבסיס נתונים. כאשר סרטון וידאו כלשהו מועלה לאתר על ידי משתמש מסוים, משווה אותו המערכת לסרטון הווידאו בעל זכויות היוצרים, הנמצא זה מכבר בבסיס הנתונים. אם נמצא שאכן הפר קובץ וידאו זה את זכויות היוצרים של הקובץ החוקי, הוא מסומן באמצעות דגל. כאשר סיטואציה זו מתרחשת, נדרש בעל התוכן, שהועלה לאתר- לבחור בין שלוש ברירות שונות:א. חסימת הסרטון, כך שלמעשה הוא הופך בלתי ניתן לצפייה;ב. מעקב אחר סטטיסטיקות הצפייה של הסרטון;ג. הוספת פרסומות לסרטון.יוטיוב מתארת את המערכת לזיהוי תכנים כ"מדויקת ביותר, בכל הקשור במציאת העלאות של סרטוני וידאו נטולי זכויות יוצרים, הנראים דומים או זהים כמעט לחלוטין- לקבצים החוקיים, הנמצאים בבסיס הנתונים. הקבצים החוקיים הם בעלי משך זמן ואיכות גרפית מספקים- על מנת ליצור עבורם קובץ ID יעיל, שיסייע באיתור, ב"לכידה" ובהסרת קבצים בלתי חוקיים אלו- מאתר יוטיוב".מערכת "Content ID" אחראית על מספר עניינים:א. הסדרת תשלום מצד חברת יוטיוב- עבור בעלי זכויות יוצרים, שבחרו לייצר רווחים מסרטונים שנתבעו- בגין הפרת זכויות יוצרים;ב. תשלום מצד חברת יוטיוב, עבור יותר משליש מהצפיות בסרטונים, המקוטלגים כ"מפיקי רווחים- בעקבות צפייה בהם" (באנגלית: "Monetized Views Videos"). במילים אחרות, צפייה בסרטונים אלו מפיקה רווחים עבור בעלי זכויות היוצרים עליהם. הפקת רווחים מצפייה בסרטונים מתרחשת כאשר משתמש מסוים צפה בסרטון כלשהו, הכולל, נוסף על זכויות היוצרים- גם צפייה של המשתמש בפרסומת, המופיעה פעם אחת לפחות- במהלך ההקרנה והצפייה בסרטון זה.
תוכן שנוי במחלוקת.
יוטיוב ניצבה לא אחת בפני ביקורות, בכל הקשור לטיפול בתכנים פוגעניים, המופיעים בחלק מסרטוניה. העלאת סרטוני וידאו המכילים דברי השמצה, תוכן פורנוגרפי והמעודדים התנהגות פלילית או עבריינית- אסורה על פי הקווים המנחים וה"אני מאמין" של קהילת יוטיוב. יוטיוב מסתמכת על משתמשי האתר, כדי שיסייעו לה לסמן, באמצעות דגל, תכנים של סרטוני וידאו מסוימים- כלא הולמים או פוגעניים; לאחר סימון שכזה מצד משתמש מסוים- יוכלו עובדי החברה לראות את הסרטונים המסומנים, ויוכלו לקבוע האם סרטון שכזה אכן מפר את הקווים המנחים ואת מדיניות האתר. תוכן שנוי במחלוקת כולל, בין היתר, סרטונים העוסקים בהכחשת השואה ואסון הילסבורו, שהתרחש ב-1989, במהלכו נמחצו למוות 96 אוהדי קבוצת הכדורגל ליברפול. ביולי 2008, הצהירה הועדה לעניינים דיגיטליים, תרבותיים, תקשורתיים וספורטיביים של בית הנבחרים הבריטי, כי "לא התרשמה" ממערכת ה"שיטור" והאכיפה של הסרטונים באתר יוטיוב, וטענה כי "בדיקות יזומות של תכנים חייבות להיות נוהל מקובל- עבור אתרים המארחים תכנים, הנוצרים על ידי גולשי ומשתמשי אתרים אלו". תגובתהּ של יוטיוב כלפי טענה זו הייתה:
באוקטובר 2010, דחק ביוטיוב חבר הקונגרס האמריקאי לשעבר, אנתוני וינר- להסיר מהאתר סרטונים של האימאם אנוואר אל-אוולקי. בעקבות מהלך זה של וינר, הסירה יוטיוב בנובמבר 2010 מספר סרטונים של אל-אוולקי, בהצהירה כי הפרו את הקווים המנחים של האתר ואת מדיניותו. בדצמבר 2010, הוסיפה יוטיוב את האפשרות לסמן סרטונים המכילים תוכן הקשור לטרור, כדוגמת סרטונים המעודדים פעילות טרוריסטית או מסיתים לביצוע מעשים כאלו, נאומים מחרחרי שנאה של אנשי טרור, הסתה לטרוריזם על רקע דתי, לאומני, חברתי, גזעני וכיוצא בזה. גילויי מתן ה"אור הירוק" לטרור עשוי להתבצע בכל אמצעי שהוא: ישיר (דוגמאות: סרטון תעמולה, הטפה ועוד) או עקיף (דוגמאות: שירי נאצה, העלאת השקפות מתסיסות, שאינן עומדות בקנה אחד עם המציאות, כלומר: סרטונים המציגים את המציאות באופן שאינו אובייקטי או המסלפים אותה; סתירת עובדות היסטוריות שהוכחו מחקרית כנכונות ועוד).
על פי דיווחים שונים אודות "פריזמה"- תוכנית הביון האלקטרוני רחבת ההקף מטעם הסוכנות לביטחון לאומי של ארצות הברית, שהתפרסמו בכלי התקשורת ביוני 2013, עולה כי מספר חברות בעלות זיקה לענף הטכנולוגיה- זוהו ככאלו שנטלו בה חלק. על אותן חברות נמנתה גם חברת יוטיוב. על פי המידע שדלף לתקשורת בעניין זה, דווח כי יוטיוב הצטרפה לתוכנית זו ב-2010.