נפילת המשטר האפגני קומוניסטי (1992).
לאחר יציאת הכוחות הסובייטים בשנת 1989, המפלגה הדמוקרטית בראשות מוחמד נג'יבולא נאלצה להיאבק בכוחות עצמה כנגד המורדים בשלטונה. בעזרת גיבוי של משלוחי נשק עצומים שקיבלו מברית המועצות הצליחה המפלגה להגיע ליכולות וביצועים שלא הגיעה אליהם מעולם תחת השלטון הסובייטי, והצליחו להחזיק בשליטה על כל הערים המרכזיות באפגניסטן. בשנת 1992 עם נפילת ברית המועצות נפגעה בצורה קשה האספקה, התחיל להיווצר מחסור באוכל, דלק וציוד, דבר שערער את יכולות השליטה של הממשלה והצבא וגרם לפלגנות בתוכו.
כמה ימים לאחר שנג'יבולא איבד את השליטה על המדינה, מפקדי הצבא ומושלים מקומיים הקימו שלטונות מקומיים ברחבי המדינה. מועצות משותפות (שורא) מונו באופן מיידי לממשלת השלטון המקומי. עימותים בין מפקדי צבא הביא במהירות לנפילת הממשלה בקאבול. באמצע חודש ינואר ב-1992, כשלושה שבועות לאחר נפילת השלטון הסובייטי, התגלו חיכוכים בין המפקדים של הברית הצפונית כאשר אחת מן הסיבות הייתה הפחד של מספר מפקדים מהחלפתם באנשים ממוצא פשטוני על ידי הנשיא נג'יבולא. מסעוד שהיה מודע לבעיות הצליח להגיע להסכם פוליטי עם מספר מפקדים אחרים ובכך הקים את הקואליציה של הברית הצפונית אשר הכילה תשעה מחוזות הנמצאים בצפון וצפון-מזרח המדינה. בשל המהומה שהתרחשה בשלטון בקאבול, לא היה שום כוח שימנע מן הברית הצפונית מלכבוש בסיס מרכזי של חיל האוויר (بګرام) הנמצא מספר קילומטרים צפונית לקאבול. ב-18 במרץ 1992 הודיע נג'יבולא על התפטרותו. ב-17 באפריל באותה שנה, נג'יבולא נעצר בשדה התעופה של קאבול בעת שניסה לברוח. הוא מצא מקלט במפקדות המקומיים של האו"ם בקאבול, שם הוא נשאר ללא פגע עד שנת 1996. גנרלים קומוניסטיים בכירים ופקידי ממשל נג'יבוללה פעלו כסמכות מעבר להעברת השלטון לבריתו של אחמד שאה מסעוד. על אף שהוצע לו להנהיג את המדינה על ידי המועצה המקומית בקאבול הוא סירב והורה לכל כוחותיו שנמצאו צפונית לקאבול לאל להיכנס לבירה עד שלא יימצא פתרון פוליטי. יתרה מכך הוא יצא בקריאה לכל מנהיגי המפלגות באפגניסטן לנסות ולהגיע להסכם פוליטי שיהיה מקובל על כל הצדדים והמפלגות.
מלחמת האזרחים האפגנית והמאבק בטליבאן.
הסכם פשאוור והלחימה בחכמתיאר.
בתמיכת האו"ם הסכימו רוב המפלגות האפגניות לכונן ממשלה לאומית שתחליף את הממשלה הקומוניסטית. לממשלה הייתה התנגדות מצד מנהיגים בפשאוור, ובאפריל 1992 התקיימו מגעים עמם. מסעוד תמך בקידום המגעים על מנת ליצור ממשלת קואליציה רחבה שתכלול את כל הפלגים המתנגדים. גולבדין חכמתיאר שאף להנהיג את המדינה והצהיר כי "במדינתנו ממשלת קואליציה אינה אפשרית כי, כך או אחרת, היא תהיה חלשה ולא תהיה מסוגלת לייצב את המצב באפגניסטן".
ב-24 באפריל 1992 חתמו המנהיגים בפשאוור על הסכם פשאוור וכיננו את המדינה האיסלאמית של אפגניסטן, אשר זכתה להכרה באספה הכללית של האו"ם. בעקבות ההסכם מונה מסעוד להיות שר ההגנה, ואילו ראשות הממשלה ניתנה לחכמתיאר. חכמתיאר סירב לחתום על ההסכם. חוץ מחכמתיאר ומפלגתו, חיזב אל-אסלאם, שהתנגדו להסכם, כל יתר המנהיגים האפגנים תמכו בו. אף שהוצע לו להיות ראש הממשלה מספר פעמים, סירב חכמתיאר לקבל את הסכם השלום ושיתוף הפעולה, וכוחותיו התקיפו את קאבול, בירתה של המדינה האסלאמית האפגנית. חכמתיאר נהנה מתמיכתה של פקיסטן, אשר העניקה לו סיוע כספי, מבצעי וצבאי, ושאפה להקים ממשלה אוהדת בראשותו באפגניסטן.
מספר רב של סוכנים איראנים נשלחו כדי לסייע למפלגת חיזב א-ווחדת השיעית, ואיראן ניסתה למקסם את ההשפעה הפוליטית והצבאית של המפלגה. סעודיה לעומת זאת ניסתה לחזק את מפלגת "האיחוד האסלאמי" הווהאבית. זוועות ופשעי מלחמה בוצעו על ידי אינדיבידואלים ומיליציות שונות, בעוד שקאבול נהפכה לעיר שנמצאת באנרכיה בעקבות מלחמת האזרחים המדממת. לפי דו"ח של משמר זכויות האדם, הפסקות אש שהושגו לעיתים על ידי נציגי המיליציות השונות או בתיווך של הצלב האדום, קרסו בדרך כלל תוך מספר ימים.
המיליציות והכוחות המרכזיים שהיו מעורבים באותה תקופה בלחימה בקאבול ובצפון ומזרח אפגניסטן היו המפלגה האסלאמית ("חיזב א-אסלאמי") של גולבדין חכמתיאר שקיבלה סיוע מפקיסטן, "חיזב א-ווחדת" בראשות עבדול מזארי שקיבלה סיוע מאיראן, "אתיחאד א-אסלאמי" (האיחוד האסלאמי) בראשות עבדול רסול סיאף שקיבלה סיוע מסעודיה, ו"גונבּיש א-מילי" בראשות עבדול ראשיד דוסטום שקיבלה סיוע מאוזבקיסטן. שני ארגונים גם נלחמו בשם ממשלת אפגניסטן, כחלק מכוחות הביטחון האפגנים שהונהגו על ידי שר ההגנה אחמד שאה מסעוד. ארגונים אלו היו התנועה האסלאמית ("חרכּאת א-אסלאמי") בראשות חוסיין אנווארי והארגון "שורא א-נזאר".
בתקופה זו, הן המיליציות שהוזכרו לעיל והן כוחות הממשלה האפגנית לא היה יד במה שקרה בדרום אפגניסטן. דרום אפגניסטן הייתה תחת שלטונו הרופף של גוּל אע'א שיראזי, שלא הצליח לספק יציבות לאזור. העיר קנדהר הדרומית הייתה במצב של אנרכיה, קרועה בין שבטים פשטונים יריבים שנלחמו אחד בשני. בשנת 1994 הטליבאן, שבסיס התומכים שלה היה מבתי הספר האסלאמיים שחינכו פליטים אפגנים בפקיסטן, החלה להתפתח ככוח פוליטי-דתי שעיקר פעילותו הראשונית הייתה כנגד גוּל אע'א שיראזי ששלט על דרום אפגניסטן באופן רודני. המולא מוחמד עומאר החל את תנועתו עם פחות מ-50 תלמידי מדרסה חמושים בעירו קנדהר. פקיסטן העבירה באופן גובר את תמיכתה לטליבאן לאחר שהמיליציה הקודמת שבה היא תמכה, זו של גולבדין חכמתיאר, הפגינה את חולשתה ואת אי יכולתה להשתלט בהצלחה על קאבול. חוקרים רבים, כולל אמין סייקל, מתארים את הטליבאן כארגון שהתפתח לשלוחה של פקיסטן שפעל למימוש האינטרסים שלה באזור, דבר שהטליבאן מכחיש. בשנת 1994 הטליבאן השתלט על מספר מחוזות בדרום ומרכז אפגניסטן.
מצור הטליבאן על קאבול (1995-1996).
לאחר שהמדינה האסלאמית הצליחה לייצב את החזקתה בעיר הבירה היא החלה לנקוט בצעדים להשבת החוק והסדר. בשנת 1995 הצליחה הממשלה האפגנית בראשות אחמד שאה מסעוד לנצח בקרב על קאבול את שלוש המיליציות האחרות (המפלגה האסלאמית, חיזב א-ווחדת, וגונבּיש א-מילי), וכתוצאה מכך ממשלת המעבר ניסתה להתחיל בתהליך כלל ארצי שיכלול פיוס לאומי בין הפלגים השונים שנלחמו במלחמת האזרחים. מסעוד הוביל מהלך כללי ארצי במטרה להוביל לגיבוש דמוקרטיה ובסופו של דבר לקיום בחירות דמוקרטיות. המועמד המועדף על מסעוד כנשיא היה ד"ר מוחמד יוסוף, שכיהן כראש הממשלה תחת המלך מוחמד זאהיר שאה. במהלך של מסעוד לקידום בחירות דמוקרטיות הפגיש 15 נציגים ממחוזות שונים, ובפגישה שנייה נועדו כבר נציגים מ-25 מחוזות.
מסעוד הזמין גם את הטליבאן להצטרף לתהליך הפיוס הלאומי. מסעוד נפגש בניגוד לעצת גורמי הביטחון עם מנהיגי טליבאן במידאן שאר, טריטוריה שבשליטת הטליבאן. הטליבאן סירב להצטרף לתהליך הפיוס שיוביל לבחירות כלליות.
פקיסטן שבתחילה תמכה בחכמתיאר, החלה לתמוך בטליבאן לאחר שנראה היה שחכמתיאר לא יגיע לשלטון. בתחילת 1995 הפגיז הארגון את הבירה קאבול. הטליבאן שנהנה מניצחונות ראשונים ב-1994, ספג סדרת הפסדים. בפברואר 1995 נעשתה המתקפה הראשונה נגד עיר חשובה הראט, שהייתה נתונה לשלטונו של אסמעיל חאן שהיה בן ברית של המדינה האסלאמית האפגנית. הטליבאן הובס בקרב לאחר שמסועד שלח כוחות סיוע מקאבול לעזרת כוחותיו של חאן. מולה עומאר גיבש את הטליבאן מחדש וצייד את הכוחות, בסיועה של פקיסטן שהגבירה את התמיכה בארגון הן בציוד והן במתנדבים ובתמיכה כספית של ערב הסעודית. הודות לסיוע זה ולגיוסם של 25,000 לוחמים לטליבאן הצליח הטליבאן במתקפת פתע לכבוש את הראט שממערב לקאבול בספטמבר 1995. הטליבאן ערך בשנית מצור במשך כמעט שנה על קאבול והפגיז את הבירה, אך שוב לא הצליח לכבוש את העיר.
מסעוד ורבאני המשיכו בתהליך הפיוס ובפברואר 1996 הגיעו להסכמה של הפלגים השונים, מלבד הטליבאן, על הקמת ועדה לבחירת נשיא זמני. גם בחלק מהאזורים הפשטונים בשליטת הטליבאן היו מנהיגים שתמכו בתהליך הפיוס עם הממשלה האסלאמית, אך מולה עומאר ותומכיו רצו להרחיב את המלחמה ולפעול במהירות לפני שהממשלה תספיק ליישם את ההבנות בין הפלגים. הטליבאן עברו לפעול בג'לאלאבאד שממזרח לקאבול, שהייתה נתונה לשליטת מועצת השורא הפשטונית באזור. הטליבאן נהנה מסיוע חיצוני, כשתומכים זרים ובפרט ערב הסעודית, שחדו חלק מהמנהיגים המקומיים, ופקיסטן סייעה ביועצים צבאיים מצבאה ומאות לוחמי טליבאן הגיעו משטחה לכיוון ג'לאלאבאד. לאחר כיבושה של ג'לאלאבאד הייתה קאבול מוקפת ממזרח, בנוסף לכוחות הטליבאן שנמצאו ממערב לאחר ניצחונם על אסמעיל חאן בהראט. לאור הצלחותיהם של הטליבאן הורה מסעוד על נסיגה מקאבול ב-26 בספטמבר 1996 לכיוון צפון, וביום למחרת כבש הטליבאן את העיר והכריז על הקמת האמירות האסלאמית של אפגניסטן. כוחותיו של מסעוד נסגו לצפון מזרח אפגניסטן והמשיכו לפעול משם כמדינה האסלאמית של אפגניסטן.
המאבק בטליבאן והחזית המאוחדת.