מקור המים, הנובעים במעיין עין אֶלעָאסִי (בערבית عين العاصي תעתיק מדויק: עין אלעאצי. בעברית גם עין עמל), הוא בשטח הצפוני של הרי השומרון ובמזרח הרי הגלבוע. במהלך זרימתם התת-קרקעית מתחממים המים ל-28 מעלות וצוברים את מליחותם הגבוהה יחסית שהיא 1100 מ"ג כלוריד לליטר. מי המעיין, הנובעים בספיקה ממוצעת של 1700 מ"ק בשעה, יוצרים את נחל עמל, הזורם ומתנקז בכיוון מזרח, אל עבר נהר הירדן.
מבנה הגן.
הגן מורכב ממערכת של שתי בריכות מלאכותיות גדולות (עליונה ותחתונה), האוגרות בתוכן את מי המעיין. הבריכות מקושרות זו לזו, ונמצאות בגבהים שונים - מה שמאפשר את המשך זרימת המים לאפיק נחל עמל. אורך הנחל בתחום הגן מגיע לכ-500 מטרים.
המעבר בין גדות הבריכות מתאפשר על ידי מספר גשרים בשטח הגן.
צמחיית הגן הנטועה מושקית במלואה על ידי מי הנחל, אולם בשל היותם מליחים, יש להתאימם במיוחד להשקיה. לפיכך, מוהלים אותם במים מתוקים המגיעים מנחלים סמוכים. הבריכה, אליה נשפכים מי הנחל לפני מהילתם, נוחה לרחצה הודות לחמימות מימיה, ומפל המים שבה תורם להנאת הרוחצים. יחד עם הדשאים והצמחייה שסביבה, מהווה הבריכה מוקד משיכה למבקרים רבים, בכל עונות השנה.
לאורך גדות הנחל שפע של צמחיית נחלים טבעית, דוגמת קנה מצוי, טיון דביק, פטל קדוש, מלוח קיפח, כמו גם נטועה, דוגמת תאנה, חרוב מצוי, תמר וזית.
במימי גן השלושה חיים גם כמה מיני דגים, ובהם אמנון, קרפיון, עגלסת הירדן וקיפון בורי, כמו גם מגוון מינים של חסרי חוליות, בהם סרטן הנחלים ושחריר הנחלים.
היסטוריה.
ראשית ההתיישבות באתר "גן השלושה" של ימינו מתועדת לתקופת הברונזה התיכונה, וניכר כי האתר נושב באופן רצוף לאורך התקופה הישראלית, עת עסקו מרבית תושביו באריגה ובצביעת בדים, ההלניסטית, הרומית, הביזנטית והערבית, בה נעזב. על כך מעידים שלל הממצאים הארכאולוגיים, אשר נחשפו בחפירות שנערכו בתל הקדום (הקרוי תל עמל, כשם הקיבוץ שהוקם לצידו). ממצאים אלו מוצגים כיום ב"מוזיאון לארכאולוגיה אזורית וים-תיכונית", הבנוי על ראש התל.
עד תחילת שנות ה-50 של המאה ה-20 הייתה במקום בריכה טבעית, שמימיה נבעו מעין עמל ויצרו מפל ונוצלו להפעלת טחנת קמח עות'מאנית ישנה.
לפני הקמת המדינה היו האדמות באזור בבעלותם של ערבים אמידים, שהקימו טחנות קמח, הרחיבו והעמיקו את הבריכות ויצרו מפלי מים כדי להניע את אבני הריחיים. אחרי מלחמת השחרור נהרסו הטחנות וכעת נמצאים שרידיהן בשטח גן השלושה. אחת מהן שוקמה. מאבני הטחנות ההרוסות בנה בשנות ה-50 "עולה מתימן שהיה לו מושג בבנייה", כפי שכתוב בדפי ההסבר לתיירים בסחנה, "את הקיר שמעליו נופל המפל ותצלומו מופיע בכל ספר תמונות מישראל".
סביבות הבריכה היו שוממות. הגן הגדול, המקיף אותה היום, הוא תוצאה של טיפול וטיפוח מסור במשך שנים, פרי יוזמתו של צבי בהיר חבר קיבוץ ניר דוד. בהיר, בסיועם של אדריכלי הנוף ליפא יהלום ודן צור (לימים, חתני פרס ישראל באדריכלות), הפכו את הסחנה לאתר נופש גדול ומטופח. כיום מקורו של נחל עמל בנביעה תת-קרקעית, הנמצאת בתחום הגן והוא זורם בכיוון מזרח, אל הירדן. בדרכו הוא עובר דרך קיבוץ ניר דוד.
בעברו חצה נחל זה את בית שאן הרומית – ביזנטית וסיפק את תצרוכת המים העירונית. סכר שנבנה לפני עשרות שנים על הנחל והוציא ממנו אמת מים אל טחנת הקמח, הפך אותו לבריכה ובעקבותיה נבנו עוד מספר בריכות. אמת המים והטחנה המקורית עודן קיימות והטחנה אף כשירה עדיין להפעלה.
הגן נפתח באופן רשמי ביום העצמאות בשנת 1958.
אתרים נוספים בגן.
מוזיאון לארכאולוגיה.
המוזיאון לארכאולוגיה אזורית וים-תיכונית, אשר נוסד בשנת 1963 על התל הקדום במתחם הגן מציג את שלל הממצאים הארכאולוגיים, שנחשפו בחפירות התל, החל מתקופת הברונזה התיכונה ועד לתקופה הערבית וכן בחפירות שנערכו באתרים ארכאולוגיים בסביבה, דוגמת תל כיתן ותל רחוב. פרט לכך מוצגים במוזיאון ממצאים מאזורים שונים ברחבי אגן הים התיכון, לדוגמה, מתקופות: ממלכת פרס, ממלכת מצרים, התרבות האטרוסקית ויוון העתיקה (התרבות המיקנית, התרבות המינואית, התקופה הקלאסית והתקופה ההלניסטית).
בין הממצאים שהתגלו בתל הייתה אמפורה שעליה כתובת בעברית - "לנמשי" (שם אביו של יהוא).
תיאטרון המים.
על גדתה הדרומית של הבריכה השנייה (הבריכה התחתונה) ניתן להבחין בבירור במושבים מדורגים, שנחצבו בדופן המצוק. לדעת החוקרים מדובר בתיאטרון מים (נאומכיה) מהתקופה הרומית. לממצא זה חשיבות רבה, מפני שזהו ממצא יחיד במינו בארץ ישראל.
טחנת הקמח המשוחזרת והעתיקה.
במתחם הגן ניתן להבחין בשתי טחנות קמח, אשר הופעלו באמצעות מים. הראשונה היא טחנת הקמח המשוחזרת, אשר פעלה עד לתחילת המאה ה-20, ואילו השנייה, הבנויה בצורת "ארובה", פעלה עד שלהי המאה ה-19 עד שנזנחה. שתי הטחנות נמצאות בקצה הבריכה השנייה, במרחק מה זו מזו.
אתר שחזור חומה ומגדל.
בסמוך לגן השלושה ממוקמת חוות חיות הכיס - גן גורו, שהוקמה על ידי חברי קיבוץ ניר דוד.
בתרבות הפופולרית.
בשנת 2012 יצא סרטו הדקומנטרי של רן טל "גן עדן" העוסק בגן, במנהליו ובבאיו.
3D Monster Maze
3D Monster Maze (תרגום חופשי לעברית: מבוך תלת-ממדי עם מפלצת) הוא משחק מחשב פותח על ידי מלקולם איוונס בשנת 1981, מיועד לסינקליר ZX81 מורחב זיכרון ל-16KB. המשחק הופץ על ידי J.K. Greye Software בתחילת 1982, ופורסם שנית יותר מאוחר אותה שנה על ידי חברת הזנק של איוונס עצמו, New Generation Software. בעוד התמונה ברזולוציה נמוכה, מורכבת מתווים, זה היה המשחק הראשון בתלת-ממד למחשב ביתי כלשהו.
בית הכנסת בבית אלפא
בית־הכנסת בבית־אלפא הוא אתר ארכאולוגי בישראל, ובו שרידי בית כנסת עתיק מהתקופה הביזנטית בארץ ישראל. האתר התפרסם בזכות הפסיפסים השמורים שבו ונתפש כעדות לקיום חיים יהודיים במשך מאות שנים אחרי חורבן בית שני. המבנה הוכרז כגן לאומי.
בית הכנסת התגלה בסוף 1928 ונחפר בתחילת 1929. ממצאי החפירה פורסמו בסקר בשנת 1932. סקר נוסף נערך בשנת 1962 על ידי רשות העתיקות. בחפירה ובחשיפת רצפת הפסיפס התגלו שרידים של מבנה בית כנסת קדום יותר, כנראה מהמאה ה-5 לספירה, שממנו התגלו שרידי רצפת פסיפס קדומה. הערכת החופרים הייתה כי בית הכנסת המאוחר יותר, מהמאה ה-6 לספירה, נחרב ברעידת אדמה בשנת 749, או אף מוקדם יותר. חלקי המבנה שהתמוטטו ונפלו על רצפת הפסיפס הגנו עליה מבליה.
גילוי, חפירה ושימור.
שרידי בית הכנסת התגלו בשנת 1928 תוך כדי חפירת תעלה להובלת מים לקיבוץ בית אלפא שלרגלי הגלבוע. כיוון שלא נמצאו סימוכין ליישוב יהודי באזור, נקרא בית הכנסת על שם הקיבוץ השכן בית אלפא, ששמו בא לו מחורבת בית אילפא שבקרבת מקום, וכך הוא נקרא עד היום, אף שהוא נמצא בשטח קיבוץ חפציבה. בתחילת 1929 החלה חפירה ארכאולוגית במקום בידי אלעזר ליפא סוקניק מטעם האוניברסיטה העברית. החפירות נמשכו שבעה שבועות, ובסיומן הייתה כוונה לכסות את הפסיפס כדי לשמור עליו. אולם לדרישת הציבור הוקמה סביבו גדר, ואנשי בית אלפא התנדבו לשמור עליו ולאפשר ביקורים. במרץ 1929 נפתחה לקהל בירושלים תערוכה של העתקי הציורים מהפסיפס. באפריל 1929, בתום עונת הגשמים, נהרו לבית אלפא מטיילים רבים לראות את הפסיפס, אך בתחילת מאי כוסה הפסיפס בהוראת הממשלה. בתחילת 1930 הוקם מעל בית הכנסת מבנה במימון ממשלת המנדט, כדי להגן על הפסיפס. המבנה נחנך ונמסר לאחריות האוניברסיטה העברית באיסרו חג שבועות, יוני 1930.
בראשית שנות ה-50 היה מבנה בית הכנסת נעול ומוזנח. כך תיאר את המקום כתב מעריב בשנת 1952:
באוקטובר 1960 נחנך מבנה חדש מעל לפסיפס. סביב המבנה הוקמה חצר עם מדשאות, שירותים ומזנון. באוקטובר 1965, במהלך החגים, נעלם קטע מהפסיפס שמופיע בו שופר.
מבנה בית הכנסת.
בשטח בית הכנסת התגלו עדויות לקיום מבנה קדום יותר, שעל שרידיו נבנה בית הכנסת, כנראה במאה ה-6 לספירה. חלל בית הכנסת נבנה במתכונת של בזיליקה. אורכו 27.7 מטרים ורוחבו 14.2 מטרים, ומבנהו אינו סימטרי לחלוטין. החלל המרכזי חולק לאולמות אורך (ספינות) על ידי עמודים, ובסופו הוקם אפסיס אשר בו, כנראה, הוצב ארון הקודש. חלק משטח בית הכנסת הוקדש למבואה מקדימה או נרתקס אשר אורכו 9.65 מטרים ורוחבו 11.9 מטרים.
פסיפס בית הכנסת.
שטח האולם מכוסה הפסיפס הוא 10.35X5.50 מ' (57 מ"ר). איכות הפסיפס טובה מאוד, אבני הפסיפס רבגוניות מאוד, צפיפותן גבוהה ( 110–150 אבנים בדצמ"ר) ואבני הזכוכית המשובצות בפסיפס אפילו קטנות יותר. תוכנית הפסיפס כללה מערך דימויים פיגורטיבי במרכז החלל, אשר שרד במצב טוב מאוד, ודגמים גאומטריים בחלקים המשניים של המבנה, מהם שרדו חלקים באולם האורך הימיני (צד מזרח) ושרידים מעטים בנרטקס של המבנה. הפסיפס מכיל כתובת, פגומה מעט, המזהה את האמנים, אב ובנו בשם מריאנוס וחנינא. שמות אלו מופיעים גם על גבי רצפת פסיפס בית הכנסת בבית שאן.
החלק המרכזי של רצפת בית הכנסת עוטר, כאמור, בפסיפס נראטיבי גדול ממדים המחולק לשלושה חלקים עיקריים הנתונים במסגרת מעוטרת. מבנה כזה של פסיפסים מופיע גם בבית הכנסת בחוספיה, בחמת טבריה ובנערן.