1994 - "הקו הרביעי לירושלים" - לצורך התחברות למערכת המים הארצית הוקמה מערכת מים נוספת לירושלים כגיבוי למערכות הקיימות - "הקו הרביעי לירושלים". אורך הקו כ-38 ק"מ, והוא תגבר ושיפר את אמינות אספקת המים לעיר הבירה. לאורכו הוקמו 4 תחנות שאיבה (דניאל, לטרון, הלר ושואבה) ו-4 בריכות מים בעלות כושר קיבול של כ-5,500 מ"ק כל אחת. ב"קו הרביעי" נעשה לראשונה שימוש נרחב במערכות ממוחשבות של תפעול, שליטה ובקרה מרכזיים.
1995 - אספקת מים לממלכת ירדן - במסגרת הסכם השלום שנחתם באוקטובר 1994 בין מדינת ישראל לבין ממלכת ירדן, נכלל נספח מיוחד העוסק בקשרי המים שבין שתי המדינות ובסוגיות אספקת המים. על פי ההסכם סיפקה מדינת ישראל לממלכת ירדן ממעלה סכר דגניה כמות שנתית של 30 מיליון מ"ק, כש-20 מיליון מ"ק נחשבים כ"מים ירדניים": ממלכת ירדן מעבירה אותם לישראל מנהר הירמוך לאיגום בכנרת בחורף, וישראל מחזירה אותם לממלכת הירדנית בקיץ. בשנת 1997 הסכימה מדינת ישראל להוסיף לכמות השנתית המסופקת עוד 25 מיליון מ"ק מים. כיום עומדת הכמות השנתית הכוללת המועברת לממלכת ירדן מ"מקורות" על 50 מיליוני מ"ק. בהתאם להחלטת ממשלה, נערכה "מקורות" להגדלת כמות המים השנתית המסופקת לירדן ב-50%, כלומר ליעד אספקה של 75 מיליון מטר קוב בשנה. ההיערכות כוללת הנחת קו מים חדש בין תחנת דגניה לברֵכת בית זרע שמדרום לכנרת.
1995 - אספקת מים לרשות הפלסטינית - "מקורות" מספקת מים לרשות הפלסטינית, בהתאם ל"הסכם המים" שנחתם בוושינגטון ב-1995. ישראל התחייבה לכ-30 מיליון מטר קוב מים לשנה. לאורך השנים גדלו כמויות המים שסיפקה ישראל באמצעות חברת "מקורות", מעבר לכמות שסוכמה. בשנים האחרונות מספקת "מקורות" למעלה מ-52 מיליון מטר קוב מים בשנה לרשות הפלסטינית (בשטחי יהודה ושומרון) ו-5 מיליון מטר קוב מים נוספים בשנה לרצועת עזה - כמעט פי שניים מהכמות שעליה סוכם. מים אלו מוזרמים מהמערכת הארצית של ישראל ואיכותם היא מהגבוהות בעולם, בהתאם לסטנדרטים הבין-לאומיים.
1997 - פריצת דרך בהתפלת מי ים אילת
התפלת מים.
בשנת 1997 חנכה "מקורות" את מפעל התפלת מי ים בשיטת "אוסמוזה הפוכה" - סבחה ג'. על פי גישה זו מתפיל המפעל תמהיל של מי ים ורכז הנפלט ממתקני ההתפלה של המים המליחים, ובכך מבטיח עלות נמוכה של תהליך ההתפלה בהשוואה למתקנים בעלי גודל דומה בעולם. מתקן סבחה ג' סיפק בשנה הראשונה להפעלתו 8,000 מ"ק מים מותפלים ליממה. בשנת 1998 הוגדל המתקן לתפוקה של 10,000 מ"ק מים מותפלים ליממה. טכנולוגיית ההתפלה "האוסמוזה ההפוכה" יושמה לראשונה בארצות הברית בראשית שנות ה-70. בשנת 1978 הופעל מפעל התפלה ראשון בשיטה זו, שהתפיל מים מליחים שמקורם בקידוחים -סבחה א'. בשנת 1992,נבנה מתקן התפלה נוסף בשיטה זו - סבחה ב'. יכולת הייצור של שני מתקני הסבחה הגיעה ל-36,000 מ"ק מים ביום. לנוכח העובדה שתפוקת מי הקידוחים מוגבלת, נוצר צורך בהפקת מים ממקור נוסף שיספק את צריכת המים באזור. המשאבים הופנו כאמור לעבר התפלת מי ים סוף. באמצעות שלושת מתקני ההתפלה מספקת כיום "מקורות" את מלוא צריכת המים באילת, באיכות טובה, באמינות מרבית ובזמינות גבוהה, ומאפשרים את קיום התיירות המשגשגת בעיר.
2004– אספקת מים מותפלים ממתקן נווה זוהר לאזור ים המלח - "מקורות" הקימה את המתקן להתפלת מים מליחים בצד הצפון מערבי של אזור התעשייה נווה זוהר, כדי לספק מים מותפלים לתושבים באזור ולבתי המלון שלאורך חוף ים המלח. אזור נווה זוהר אינו מקבל מים מהמערכת הארצית אלא מקידוחים מליחים באזור. המים לצורכי שתייה סופקו באמצעות מתקני התפלה קטנים שהותקנו ביישובים ובבתי המלון. המתקן בנווה זוהר נותן מענה לכל הצרכים - הן לחקלאות והן לתיירות. מי הגלם למתקן מקורם בקידוחי תמר, הנקנים ממפעלי ים המלח ומסופקים למתקן באמצעות תחנות שאיבה ומים מקידוחי נחל זוהר של חברת "מקורות". המתקן אוטומטי לחלוטין ומפוקח מחדר הבקרה של חברת "מקורות" בבאר-שבע. מי הגלם להתפלה הם מים מליחים חמים במיוחד – 42 מעלות - המופקים מקידוחים, הסמוכים למתקן ההתפלה. המתקן מתפיל את מי הגלם בשיטת האוסמוזה ההפוכה והמים השפירים המתקבלים לאחר תהליך ההתפלה הם באיכות מעולה. לפני אספקתם עוברים המים תהליך של הכלרה והפלרה.
2004 - הפחתת תכולת בורון במי ים סבחה ג' ורישום פטנט - לצורך שיפור איכות המים המותפלים ולהפחתת תכולת הבורון (יסוד כימי) בהם, שדרגה "מקורות" בשנת 2004 את תהליך ההתפלה במתקן סבחה ג' שבאילת. התהליך המשודרג כולל הוספת אמצעים לסילוק בורון מהמוצר על ידי מערכות משולבות מתקדמות. בשנת 2011 רשמה "מקורות" לראשונה פטנט על שמה-פטנט לסילוק הבורון -ובכך הפכה לבעלת הקניין הרוחני על המידע המקצועי הקשור בתהליך. ל"מקורות" פטנטים רשומים נוספים.
2004 - הקמת מרכז היזמויות הטכנולוגיות WaTech– לנוכח האתגרים הצפויים במשק המים ייסדה ומפעילה החברה את WaTech® - המרכז ליזמות טכנולוגית ולשיתופי פעולה. WaTech® מהווה פלטפורמה לשיתופי פעולה בין קבוצת "מקורות" לבין חברות הזנק, יזמים, אקדמיה ומשקיעים בתחום טכנולוגיות המים בישראל ומחוצה לה. המרכז משמש קרקע לניסויי אלפא ובטא ברמה גלובלית, מספק ניתוח ותמיכה טכנולוגית ומסייע ביצירת שותפויות אסטרטגיות ברחבי העולם.
2006 - הסמכת מעבדות "מקורות" על ידי הרשות הלאומית - מעבדות "מקורות" הוסמכו כ"מעבדות מוכרות" על ידי הרשות הלאומית להסמכת מעבדות, בהתאם לתקנים בין-לאומיים מוכרים ומקובלים. את ההכרה העניק משרד הבריאות לאחר בדיקת המעבדות ונוהלי עבודתן. תהליך הסמכת המעבדות נועד לתת תוקף לאיכות הגבוהה של ביצוע בדיקות המים והשפכים שמבצעת "מקורות" בשש מעבדותיה. מדי שנה נערכות במעבדות כ-260,000 בדיקות מים וכ-71,000 דגימות מים מהשטח.
2007 - חנוכת "מתקן הסינון הארצי" - במסגרת מחויבותה לאיכות מים מיטבית, מבצעת "מקורות" ב"אתר אשכול" שבבקעת בית נטופה טיפולים לשיפור מי הגלם שנשאבים מהכנרת, לפני הזרמתם במערכת הצינורות הסגורה של "המוביל הארצי" למרכז הארץ ולדרומה. בעקבות ההחמרה בתקנות איכות המים בישראל הקימה "מקורות" באתר אשכול את "מפעל הסינון המרכזי" - היחיד מסוגו בישראל והרביעי בגודלו בעולם, העונה על הדרישות המחמירות של משרד הבריאות. "מפעל הסינון המרכזי" מבצע סינון מתקדם המשפר עוד יותר את איכות מי הכנרת המסופקים לתושבי המדינה, תוך התייעלות מרבית. בנוסף מונעת פעילותו של המתקן את הצטברות האצות במאגרים אזוריים ועירוניים, משפרת את האיכות האסתטית של המים שבהם ומפחיתה במידה משמעותית סתימות במערכות השקיה ובקידוחי החדרה. כדי להבטיח תהליך סינון אמין, מהיר ובטוח בעלויות נמוכות ככל האפשר, כולל "מפעל הסינון המרכזי" תהליכי תפעול מתוחכמים, שילוב של טכנולוגיות מתקדמות ביותר ודיסיפלינות הנדסיות רבות. רוב מערך הבקרה של המפעל מופעל באופן אוטומטי וכמות כוח האדם הנדרשת לתפעולו קטנה בהשוואה למתקנים בסדר גודל שכזה. אופן העבודה, האמצעים ומערכות הבקרה ב"מפעל הסינון המרכזי" מבטיחות תפעול יעיל, תוך מזעור הסיכון לעובדים, לתהליך ולסביבה, כמו גם צִמצום משמעותי בכמויות חומרי ההשבחה הנדרשות לתפעול מערכת המים הארצית.
2007 – הקמת חברת הבת "מקורות פיתוח וייזום" - במסגרת תהליך של ייעול ורה-ארגון הפכה "מקורות" לקבוצת חברות. בראש הקבוצה עומדת חברת "מקורות מים" (שעוסק באספקת מים) ותחתיה פועלות שתי חברות בנות:
"שח"מ מקורות ביצוע"- הזרוע הביצועית של הקבוצה, המאחדת את כל יחידות הביצוע המרחביות, יחידת צמ"כ (ציוד מכני כבד) וחברת הבת "שח"מ" (שירותים חשמליים מכניים), שהוקמה בשנת 1961.
"מקורות פיתוח וייזום" היא הזרוע העסקית הבין-לאומית של הקבוצה, אשר יוזמת ומקדמת פרויקטים בתחום המים בישראל ובעולם. החברה, הפעילה בעשרות מדינות, מספקת שירותי ייעוץ, תכנון, בדיקות היתכנות, ניהול פרויקטים, בנייה, תפעול ותחזוקה של מתקנים, הטמעת טכנולוגיות לצורך התייעלות תפעולית, ניהול והפעלה של מתקני טיפול בשפכים, הפעלת מתקני טיפול במים, מערכות מים מוניציפליות, ביטחון מים ועוד. "מקורות פיתוח וייזום" מקדמת פעילות עסקית בקפריסין, אזרבייג'ן, במרכז, מזרח ומערב אירופה, באפריקה, באמריקה הלטינית ובמזרח אסיה.
"מקורות פיתוח וייזום" הייתה אחראית לתכנון, להקמה ולתפעול של מתקן ההתפלה אשדוד, להפקה של 100 מיליון מ"ק בשנה - מהגדולים מסוגו בעולם. המתקן מעולם לא הצליח לספק את כמות המים המותפלים שנדרשה לפי החוזה, ובעקבות קריסה של המודל הפיננסי של מקורות הכריזה המדינה על מחיקת 400 מיליון ש"ח מהחוב של מקורות. תביעות החוב והבוררויות נגד מקורות הגיעו לסכום של כ-1.25 מיליארד שקל. בעקבות ההפסדים הגישה מקורות תביעה של 705 מיליון ש"ח נגד שותפות מנרב-סדיט שהקימה אותו. ביוני 2019 פרסמה מקורות מכרז למכירת המתקן, אחרי נזק כספי שמוערך בכ-600 מיליון שקלים באוקטובר 2021 התפרסם כי חברות ג'נרישן קפיטל ושפיר תרכושנה את המתקן שהוקם בהשקעה של 1.5 מיליארד ש"ח, תמורת 900 מיליון ש"ח.