בעקבות שליטת מכבי תל אביב בליגה שהתבטא בזכייה בכל אליפויות הליגה מאז עונת 1970 למעט עונת 1993 היו טענות על חוסר התחרות בליגה, ובשנת נאם אפי בירנבוים נאום שכונה "שתיקת הכבשים", בו הוא מחה על השליטה של מכבי תל אביב, וטען שיש להנהיג תקרת שכר בליגה, כמו שמקובל בליגת ה-NBA. בעקבות כך היו עצומות של אוהדים הקוראות לתקרת שכר שעליהן חתמו גם שחקנים ומאמני כדורסל. עוד נטען שחוסר התחרותיות פוגע בעניין הציבורי של הליגה. השיא היה כאשר קבוצת הפועל תל אביב חגגה את האליפות מעצם עלייתה לסדרת משחקי גמר הפלייאוף וסיומה כמקום 2 בעונה, כמחאה על חוסר הספורטיביות. שנה לאחר מכן, בשנת , שיטת המשחקים שונתה לשיטת פיינל פור, על מנת לנסות וליצור תחרות. בשיטה זו האליפות מוכרעת במשחק אחד בלבד, ולא בסדרת משחקי גמר המקובלת ברוב העולם. השיטה התקבלה פה אחד כאשר מכבי תל אביב הסירה את התנגדותה. עוד נקבע, שמשחקי הפיינל פור ייערכו בהיכל יד אליהו ללא קשר למיקום הסופי של הקבוצות.
השיטה הצליחה חלקית להכרעת אלופה מכבי תל אביב הפסידה חמש אליפויות בשיטה הזו אך גרם לטענות מצד מכבי שקבוצה שעובדת קשה כל העונה ומסיימת במקום הראשון בליגה בעונה הסדירה בסוף בגלל משחק אחד לא טוב שלה היא עלולה להפסיד את האליפות וככה יוצא שלא הקבוצה הטובה בליגה באמת זוכה באליפות לקראת עונת 2020/21 הוחלט לבטל את שיטת הפיינל פור ולחזור לסדרות.
2011–2013: שינויים בשיטה.
ביוני 2011 דירקטוריון מנהלת ליגת העל בכדורסל החליט כי אחרי שני סיבובים של ליגה סדירה, הליגה תתפצל לשני בתים, עליון ותחתון, ואחריהם ישוחקו סדרות רבע הגמר. המנצחות ישחקו בפיינל-פור.
במהלך עונת שוחקו רק שני סיבובים, כאשר הסיבוב השלישי יבוטל. לאחר שני הסיבובים הראשונים, חולקו הקבוצות בליגה לשני בתים: בית עליון שיורכב משש קבוצות ובית תחתון שיורכב מחמש קבוצות. לאחר החלוקה יקיימו כל אחד מהבתים סבב נוסף.
לאחר הסבב השלישי, שתי הקבוצות שיגמרו ראשונות בבית התחתון (מקומות 7–8) ישחקו ברבע גמר הפלייאוף נגד שתי הראשונות מהבית העליון (מקומות 1–2) בהתאמה. כמו כן, ישחקו הקבוצות 3–6 ו-4–5, בשיטת הטוב מחמישה משחקים. ארבע המנצחות ברבע הגמר יעלו לפיינל פור, שיתקיים בהיכל יד אליהו. שלוש הקבוצות האחרונות בבית התחתון (מקומות 9–11), ישחקו סיבוב אחד ביניהן. ב-19 בפברואר 2013 נקבע תקדים, כאשר הוחלט שגמר הליגה ישוחק, לאחר 7 שנים, בהיכל רוממה שבחיפה ולא בהיכל יד אליהו. שיטת הפיינל פור בליגה הישראלית בוטלה זמנית החל מעונת (עד לעונת , בה חזרו לשיטה),
2013–2015: ביטול הפיינל פור.
העונה הסדירה חולקה לשלושה סיבובים, אשר במהלך שני הסיבובים הראשונים שיחקה כל קבוצה פעמיים נגד כל אחת מהקבוצות האחרות, פעם בבית ופעם בחוץ. בסיבוב השלישי שיחקה כל קבוצה פעם אחת נגד כל אחת מהקבוצות, והביתיות נקבעת לפי המיקום בתום שני הסיבובים הראשונים.
בסיום העונה הסדירה שיחקו 8 הקבוצות הראשונות בשלב ה"פלייאוף" בשיטת הטוב מ-5, וארבע המנצחות שיחקו בפיינל פור. ארבע הקבוצות הראשונות מתוך ה-8 שיחקו בפלייאוף היו בעלות יתרון הביתיות: 3 משחקים מתוך החמישה נערכו בביתן, לעומת שניים בלבד לקבוצות שמוקמו במקומות 5–8 בליגה הסדירה.
משחקי שלב הפלייאוף
במקום שיטת הפיינל פור, חצאי הגמר מוכרעים בסדרה של הטוב מחמישה משחקים. האלופה הוכרעה ב-2012/2013 במשחק אחד, ובשתי העונות שלאחר מכן הוכרע הגמר בשני משחקים - בית וחוץ.
2015–2020: חזרה לפיינל פור.
במרץ 2015 הוחלט בדירקטוריון מנהלת הליגה לחזור לשיטת הפיינל-פור מעונת עם תנאי המגדיר כי במקרה שיוחלט לאפשר לשתי קבוצות להשתתף ביורוליג (לרוב מדובר באלופה או סגניתה) ידונו שוב בשיטת הגמר. כמו כן הוחלט שהפיינל-פור יתקיים בהיכלים הגדולים בישראל - פיס ארנה בירושלים או היכל מנורה מבטחים בתל אביב, לפי בחירתה של הקבוצה שסיימה את הליגה הסדירה במקום הראשון.
2020-היום: חזרה לסדרות.
החל מעונת 2020/2021, אחרי שני סיבובים של 22–26 מחזורים (בהתאם לכמות הקבוצות בליגה), הקבוצות שסיימו במקומות 1–6 יתחרו ביניהן סיבוב אחד במסגרת הבית העליון, והקבוצות שסיימו במקומות 7–12 ישחקו סיבוב אחד במסגרת הבית התחתון. 2 הראשונות בבית התחתון יעלו לסדרות רבע הגמר, ושתי האחרונות ירדו לליגה הלאומית. בפלייאוף, סדרות רבע הגמר יתקיימו בשיטת הטוב מחמישה משחקים, ואילו חצי הגמר והגמר בשיטת הטוב משלושה.
הקבוצות.
הרכב הליגה.
מספר הקבוצות בליגה אינו קבוע ונע בין 10 ל-16 בהתאם להחלטת מנהלת הליגה. החל מעונת משחקות בליגה 12 קבוצות.
מנהלת ליגת העל מגבילה את הכניסה לליגת העל ולא מאפשרת בהכרח למעפילות מהליגה הלאומית לעלות אליה. התנאים לעלייה מורכבים בעיקר מגודל ואיכות האולם הביתי של הקבוצה. תנאי נוסף הוא גיוס תקציב של לא פחות ממיליון דולר בעונה. קבוצה שלא מקיימת את התנאים הללו לא יכולה לשחק בליגת העל ובמקום מובילות הליגה הלאומית שלא מקיימות את התנאים, נשארות הקבוצות שסיימו את ליגת העל במקומות האחרונים והיו צריכות לרדת.
חוקי שחקנים והשבתת הליגה.
חוקי הזרים.
עד סוף שנות ה-70 הותר רק לשחקנים בעלי אזרחות ישראלית להשתתף במשחקי הליגה.
בשנת 1979 הותר לראשונה לקבוצות לשתף שחקן אחד בעל נתינות זרה במשחקיהן, כמעט בלי יוצא מן הכלל שחקן אמריקאי.
בקיץ 1984 פרץ סכסוך בין הקבוצות לגבי הגדלת מספר הזרים. מרכז מכבי דרש הוספת זר ומעבר לשני זרים, מרכז הפועל רצה להישאר עם אחד. אחרי איומי פרישה של קבוצות מכבי, שתכננו להקים ליגה חדשה, בסופו של דבר הוסכם שבעונה שלאחר מכן אכן יותר שיתוף שני זרים.
מצב זה נשאר עד עונת 1999, בה הותר שיתוף של שלושה זרים-שניים מתוכם ללא הגבלה של מדינה ושלישי בעל אזרחות ממדינות אירופה, שכונה שחקן בוסמן. כעבור שנתיים הותר שיתוף שחקן בוסמן נוסף.
לפני עונת 2006 הוחלט לאמץ את "החוק הרוסי", שם נוסה לראשונה-החתמת שחקנים זרים ללא הגבלת מספר או נתינות, בתנאי שעד שלושה מהם יימצאו בו זמנית על המגרש. ביוני 2011 הוחלט על ביטול החוק הרוסי ונקבע כי כל קבוצה תוכל לרשום עד שמונה זרים בסגל, אך רק ארבעה מהם יוכלו להירשם בטופס המשחק, לצידם של לפחות שישה ישראלים.
ביוני 2012 הוחלט שבעונת 2012/2013 יוכלו קבוצות הליגה לבחור אם לשחק עם 4 זרים או עם 5 זרים ו"החוק הרוסי". עוד הוחלט כי מעונת 2013/2014 לא תהיה בחירה והליגה תשוחק על פי "החוק הרוסי" כאשר כל קבוצה יכולה לרשום 5 זרים למשחק.
אולם במרץ 2013, לקראת סוף עונת המשחקים 2012/2013, החליט ארגון שחקני הכדורסל בישראל לפתוח בשביתת שחקנים במטרה להפחית את מספר הזרים. בעקבות השביתה הגיעו הקבוצות וארגון השחקנים להסכם שלפיו במשך חמש עונות החל מ-2013/14 יונהג החוק הרוסי וכל קבוצה תוכל לרשום למשחק 5 זרים כאשר קבוצות שירשמו 4 זרים למשחק למשך כל העונה יתוגמלו כספית. סכום כספי נוסף יחולק בין קבוצות שבהן צברו השחקנים הישראלים יותר דקות משחק.
בעונת 2017/2018 הופסקה עונת הכדורסל במחזור ה-32 עקב שביתת שחקני הכדורסל הישראלים במחאה על נושאים שונים, ביניהם כוונת מנהלת הליגה לבטל את החוק הרוסי. השביתה הסתיימה תוך מספר ימים, והליגה המשיכה במסלולה עם הסכם שנחתם לטווח קצר.
בסוף עונת 2018/2019, כחלק ממתווה שרעבי, הוחלט להפסיק את החוק הרוסי, ושכל קבוצה תשחק עם לפחות ישראלי אחד בחמישייה ותוכל לרשום מקסימום 5 זרים למשחק.
חוקי המתאזרחים.
הסיבה לחוק המתאזרחים הוא בעיקר "החוק הרוסי". בכל רגע נתון היו חייבים להיות לפחות 2 ישראלים על המגרש, מה שגרם לצורך במספר שחקנים ישראלים גדול המתאימים לליגת העל.
עם הזמן מספר המתאזרחים ששיחקו בישראל בעקבות החוק הרוסי הלך וגדל, ובעקבות כך מעמד השחקנים שגדלו בישראל ירד.
בקיץ 2019, כחלק ממתווה שרעבי, הוחלט שהחל מעונת 2021/2022 כל קבוצה לא-תוכל לרשום יותר מ-2 מתאזרחים "חדשים" (ותק של לפחות 4 שנים בישראל). ללא כל הגבלה על מתאזרחים ותיקים. רישום שלישי והלאה של מתאזרח "חדש", יבוא על חשבון מכסת שחקן זר.
בקיץ 2021, החליט בית הדין של איגוד הכדורסל על קיצור זמן הותק הנדרש כדי להיקרא מתאזרח ותיק לשנתיים ועל הורדת הקנס בחצי על רישום מתאזרחים חדשים החל מהמתאזרח השני בקבוצה. בנוסף, הוחלט כי האיגוד יצטרך לגבש מתווה חדש בתוך חצי שנה.
חוקי הצעירים.
במסגרת ההסכם שנחתם בין מנהלת הליגה לבין ארגון השחקנים, התקבל חוק נוסף, שזכה לשם "חוק הצעירים". במסגרת החוק כל קבוצה חייבת לרשום לכל משחק שלה בליגת העל לפחות שני שחקנים ישראלים מתחת לגיל 22, ועוד שחקן ישראלי אחד לפחות מתחת לגיל 25. חוק זה, יחד עם החוק הרוסי, אמנם עורר עליו מחלוקת עזה, גם מצד יו"ר איגוד השחקנים ניר אלון וגם מצד מספר קבוצות, אך המשיך להתקיים עם שינויים קלים עד עונת 2019/2020.
בנוסף, קיים חוק הכרטיס הכפול שמאפשר לשחקנים צעירים מליגת העל לשחק במקביל בקבוצה מליגה נמוכה יותר, ובכך להרוויח דקות וניסיון משחק.
החל מעונת 2020/2021, כחלק ממתווה שרעבי, על כל קבוצה לרשום למשחק לפחות 4 שחקנים בוגרי מחלקות נוער בישראל (Home Grown Player) במקביל לחוק הכרטיס הכפול.
חסויות.
הליגה נקראת "ליגת וינר בכדורסל", או בקיצור "ליגת וינר סל", בעקבות הסכם החסות של המועצה להסדר ההימורים בספורט עם מנהלת ליגת העל. בשנים 2010–2012 נחתם הסכם חסות בין מנהלת ליגת העל למפעל הפיס ושם הליגה היה "ליגת לוטו".
זכויות שידור.
משחקי ליגת העל משודרים בערוץ הספורט שרכש את זכויות השידור.
בעונת שודר המשחק המרכזי של ליגת העל בשיטת ה-HD בערוץ "5SPORT HD".