באטמן וסגן ג'יימס גורדון מתכננים לחסל את ארגוני המאפיה והפשע המאורגן בעיר. הם מתכוונים לעשות זאת על ידי הפללת הבנקים שלהם באמצעות השתלת שטרות מוקרנים רדיואקטיבית במטרה לגלות היכן מאוחסן תזרים המזומנים של אנשי המאפיה ולהביא לידי הפללתם הכוללת. גם באטמן וגם גורדון מתלבטים האם לשתף את התובע המחוזי החדש, הארווי דנט, בתוכניתם לחסל את ארגון המאפיה בעיר, כיוון שיש לו הפוטנציאל להפוך לגיבור החדש של גות'אם, "האביר הלבן", ולהיות גיבור הציבור באופן שבאטמן, מעצם הגדרתו לעולם לא יוכל להיות. ברוס מוצא את הדרך לדבר עם דנט במהלך פגישה בינו לבין רייצ'ל, שיוצאים יחד, ומשתכנע שדנט מאמין בכל ליבו בצדק, ומוכן לעשות הכול כדי להשיגו. ברוס מארגן אירוע התרמה להארווי, בידיעה שהשתתפות באירוע כזה שמאורגן על ידי ברוס תגייס להארווי תמיכה ציבורית נרחבת.
אנשי המאפיה בגות'אם נפגשים כדי לדון בבעיות הרבות שפוגעות בעסקים שלהם, וכיצד יש להגיב לבאטמן, דנט וגורדון. מנהל חשבונות המאפיה הסיני, לאו, מודיע להם שבעקבות ניסיון המשטרה להחרים את כספם הוא החביא את הכסף שלהם וטס להונג קונג. הג'וקר מופיע באופן בלתי צפוי, ומציע לחסל את באטמן בתמורה לחצי מהכסף של המאפיה, הצעה לה המאפיונרים מסרבים. אחד מראשי המאפיה אף מציע פרס על ראשו של הג'וקר, מה שמביא את הג'וקר לרצוח אותו זמן קצר לאחר מכן.
בהונג קונג, באטמן מצליח לחטוף את לאו ושולח אותו למשטרת העיר גות'אם, שם לאו נכנע ומוכן להעיד במשפט פתוח נגד המאפיה. האירוע מאלץ את ראשי המאפיה של גות'אם לשכור את שירותיו של הג'וקר כדי להרוג את באטמן ואת לאו. הג'וקר מציב אולטימטום לגות'אם, ומצהיר שאם באטמן לא יחשוף את זהותו לציבור, אנשים ימותו מדי יום.
דנט ניצל על ידי ברוס כאשר הג'וקר פורץ לאירוע ההתרמה של ויין במטרה לרצוח את דנט, ומאיים על חייה של רייצ'ל לפני שהוא נעצר על ידי באטמן בפעם הראשונה. כשמפכ"ל המשטרה לואב והשופטת סורילו שאחראית על משפטם של אנשי המאפיה נרצחים, מודיע הג'וקר כי הבא בתור הוא ראש העיר. בעת לווייתו של מפכ"ל המשטרה, מזנק גורדון להגן בגופו על ראש העיר וחוטף כדור בחזהו, אולם אינו נפגע מאחר שהוא לובש אפוד מגן. למרות אלה, הוא מביים את מותו. הלחץ הציבורי מוביל את ברוס ויין להחלטה לחשוף את זהותו. לפני שהוא מצליח, דנט מודיע במסיבת עיתונאים כי הוא באטמן, ומובל למאסר.
הג'וקר מנסה לארוב למשאית המשוריינת של המשטרה בה מובל דנט. במהלך ניסיון החיסול הבאטמוביל נהרס מפגיעת רקטה נגד טנקים, ובמהלך נטישת החירום משתחרר אופנוע חמוש הנקרא "באט-פוד". בין הבאטמן לג'וקר מתנהל עימות חזיתי, שבו ידו של הג'וקר על העליונה. רגע לפני שהג'וקר חושף את זהותו של באטמן והורג אותו הוא נעצר בידי גורדון, שביים את מותו קודם לכן כחלק מהתוכנית למשוך את הג'וקר מחוץ למחבואו בניסיון לחסל את הארווי דנט. גורדון מוכרז על ידי ראש העיר כמפכ"ל המשטרה החדש.
מאוחר יותר באותו לילה, דנט ורייצ'ל נעלמים, אולם ידועה רק היעלמותו של דנט. בתחנת המשטרה באטמן חוקר את הג'וקר, תוך שהוא מגלה אורך רוח עד לרגע שנודע לו כי גם רייצ'ל נחטפה, ברגע זה באטמן נשבר ומתחיל להשתמש באלימות קשה כלפי הג'וקר. עוד הוא מגלה שהמלווים של שניהם מטעם המשטרה בעצם עבדו עבור ראש המאפיה מארוני, וקשרו אותם בתוך מחסנים מחווטים בחומרי נפץ בשני צדדים מרוחקים של העיר, מספיק כדי שבאטמן לא יוכל להציל את שניהם. במהלך השיחה הג'וקר חושף בפני באטמן את מחשבותיו הכיאוטיות והאנרכיסטיות על שניהם, שיחה שממשיכה רק מאוחר יותר כשבאטמן לוכד את הג'וקר בשנית. באטמן פונה להציל את רייצ'ל בעוד גורדון והמשטרה פונים להציל את דנט. בעזרת פצצה המוברחת בבן אנוש, הג'וקר מפוצץ את מחלק המשטרה ובורח מהמעצר המשטרתי יחד עם לאו. מעט לאחר מכן נחשפת הבדיחה הזדונית והמרושעת של הג'וקר: הוא גילה לבאטמן את הכתובות אך הוליכו שולל - בעוד באטמן היה בטוח שהוא עומד להציל את רייצ'ל, הוא מגיע למקום בו הארווי לכוד. באטמן מציל בהצלחה את דנט, אך האש מהפיצוץ נאחזת בפניו של דנט הספוגים דלק ומשחיתה את מחציתם. גורדון מגיע למיקום של רייצ'ל מאוחר מדי והיא נהרגת בפיצוץ.
בבית החולים, האבל כתוצאה ממותה של רייצ'ל מביא את דנט למצב של טירוף. הוא מסרב לקחת את תרופות ההרגעה ומבטיח לגורדון שהאחרון ישלם על מותה של רייצ'ל ויצטער על כך.
על ספינת מטען הג'וקר מצית את לאו למוות כאשר הוא יושב על ערימה ענקית של שטרות כסף, ובכך מראה כי כסף זהו לא הדבר שחשוב לו אלא המסר, שהוא הטרור, הכאוס והאנרכיה ומטרתו היא להוכיח שכולם ניתנים להשחתה. בנוסף, הג'וקר משתלט על אנשי המאפיה הנותרים.
מונע מתוך פחד, מחליט קולמן ריס, עורך דין של "תעשיות ויין" שנחשף לזהותו של באטמן, לעלות לתקשורת ולחשוף בפומבי את זהותו של באטמן. כשהג'וקר שומע זאת הדברים לא מוצאים חן בעיניו (מטרתו החדשה, יצירת כאוס לשם כאוס, לא תצלח אם באטמן יהרג כבקשת המאפיה) והוא מציב אולטימטום נוסף לגות'אם: אם קולמן ריס לא מת תוך שעה, הוא מפוצץ בית חולים. ברוס ויין מציל את ריס ברגע האחרון ומודיע לגורדון על קיומם של בוגדים נוספים במשטרה.
הג'וקר מגיע לבית החולים ומשכנע את דנט לצאת ולנקום בכל השוטרים המושחתים והמאפיונרים שאחראים למותה של רייצ'ל, כמו גם באטמן וגורדון, תוך שהוא מפעיל לוחמה פסיכולוגית על דנט ומשכנע אותו שכאוס הוא עניין של גורל - הוגן וחסר פשרות. הג'וקר עוזב ומפוצץ את בית החולים תוך שהוא חוטף אוטובוס מלא בחולים.
לאחר שחס על חייו של הג'וקר, דנט, שהופך לדו-פרצוף (כינוי אותו קיבל מהמשטרה בעקבות אישיותו ההפכפכה), יוצא לנקמת דם בשוטרים המושחתים שלקחו חלק במותה של רייצ'ל, כמו גם באנשי המאפיה ובראשם מארוני, תוך שהוא חורץ את גורלם בשרירותיות על ידי הטלת מטבע. הוא הורג בדרך זו את השוטר ווירץ שחטף אותו ואת מארוני, אך חס על חייה של הבלשית רמירז שחטפה את רייצ'ל ומשתמש בה כדי לנקום בגורדון.
הג'וקר מודיע לציבור שכל מי שישאר בעיר עד רדת הלילה יהיה נתון למרותו. היות שהגשרים והמנהרות של העיר סגורים לנוכח התרעה על פיצוץ בידי הג'וקר, תושבים מתחילים להתפנות במעבורות. הג'וקר ממלכד שתי מעבורות, כאשר מעבורת אחת מלאה באסירים שפונו בניסיון למנוע מהג'וקר לשחרר אותם והשנייה באזרחים, ומודיע לאנשים שעל שתי המעבורות שהדרך היחידה שבה האנשים יוכלו להציל את עצמם תהיה לפוצץ את המעבורת הנגדית באמצעות שלט שנמצא בכל אחת מהמעבורות, שאם לא כן, הג'וקר יפוצץ את שתיהן בחצות. הג'וקר בטוח שגות'אם תחשוף את הצד האפל שלה, בכך שתחסל את עצמה (ראו גם: דילמת האסיר). בינתיים, באטמן מוצא את הג'וקר ובני הערובה שחטף. כאשר הוא מגלה שהג'וקר הסווה את בני הערובה כאנשיו, הוא נאלץ לתקוף הן את יחידת ה-SWAT של גורדון והן את אנשיו של הג'וקר במטרה להציל את בני הערובה האמיתיים.
תוכניתו של הג'וקר לפוצץ את שתי המעבורות נכשלת אחרי שנוסעי שתי המעבורות מחליטים שלא לפוצץ אחד את השני. באטמן מוצא את הג'וקר ולוכד אותו אחרי מאבק עיקש, אך מסרב להביא למותו (זאת בדומה לסרט הקודם שבו סירב להרוג את ראס-אל-גול אך ידע שלא מוטלת עליו החובה להצילו. מוטיב זה בא להראות שבאטמן אינו ניתן להשחתה, גם כאשר מדובר בגדולי הפושעים). הג'וקר מודה כי הבאטמן באמת בלתי ניתן להשחתה, והיות שהוא משלים אותו, שניהם ככל הנראה ישחקו במשחק "החתול והעכבר" לנצח, באטמן משיב לו שהעיר הוכיחה לו שהיא מוכנה להאמין בטוב והג'וקר נמצא לבד בטירופו, הג'וקר עונה בתגובה שדנט, האביר הלבן של ג'ותאם, הוא הקלף הסודי שלו וכאשר באטמן שואל אותו מה הוא עשה, הג'וקר עונה שהטריף על הארווי את דעתו וכעת הארווי יאכזב את העיר ויגרום לשבירת רוחה: "טירוף, כפי שאתה יודע, הוא כמו כוח המשיכה, כל מה שצריך הוא דחיפה קטנה..." וצוחק בטירופו על אשר יחידת הSWAT מגיעה אליו למרות תבוסתו הגדולה.
לעומתו, הארווי דנט לא היה חסין בפני השחתה, וכעת הג'וקר שחרר את דו-פרצוף מתוך כוונה שישמיד את גות'אם בטירופו. כשהוא משאיר את הג'וקר ליחידת ה-SWAT, באטמן יוצא לחפש את דנט. בין שרידי הבניין בהם נהרגה רייצ'ל, באטמן מוצא את דנט אשר מחזיק במשפחתו של גורדון באיומי אקדח, ומאיים להרוג אותם לנגד עיניו של גורדון. דנט מכריע את גורלם של באטמן, שלו עצמו ושל בנו של גורדון בשלוש הטלות מטבע. בהתאם לתוצאות, הוא יורה בבאטמן בבטנו וחס על חיי עצמו. לפני שדנט מכריע בגורל הילד, באטמן מעיף אותו דרך צידו של הבניין. בנו של גורדון ניצל אך באטמן ודנט נפלו ודנט נהרג. דנט נמצא כשהוא מוטל על האדמה, כשחצי פניו המושחתות נראה לעין. באטמן וגורדון מבינים שאם האמת תתגלה לגבי דנט והרציחות שביצע, המורל הציבורי ייהרס ללא תקנה וכל מה שדנט ניסה להשיג יהיה לשווא. העיר זקוקה לגיבור אמיתי, ותושביה אינם מוכנים לקבל את הבאטמן כמושיעם. באטמן הופך את צד פניו של דנט לצד שאינו מושחת, ומשכנע את גורדון לשמר את שמו של דנט ולשקר לכל העיר, על ידי האשמת באטמן בכל הרציחות. גורדון משמיד את אות העטלף והמרדף אחרי באטמן מתחיל. באטמן הופך מגיבור לניצוד. אך כאשר מפציר בנו של גורדון באביו ש"באטמן לא עשה שום דבר רע", גורדון אומר לבנו: "כי הוא הגיבור שמגיע לגות'אם, אבל לא האחד שהיא צריכה עכשיו... אז אנחנו נצוד אותו... כי הוא יכול לעמוד בזה... כי הוא לא גיבור... הוא השומר הדומם, מגן עירנו, האביר האפל". סצנה זו מהווה את הרמז לסרט ההמשך והאחרון בטרילוגיה, "עלייתו של האביר האפל".
פילוסופיה.