מרחק קצר לאחר שהנהר עובר במרחק של כ-50 קילומטרים מבויסי בירת איידהו הוא חוצה את הגבול למדינת אורגון, בנקודה קרובה למקום בו הוא נפגש בנהרות אוויהי (Owyhee), בויסי (Boise) ופאייט (Payett). מנקודה זו מתווה הנהר את קו הגבול באורך של כ-320 קילומטרים בין איידהו לאורגון. לקראת קצה קו גבול זה עובר הנהר בקניון הלס (Hells Canyon, "קניון הגיהנום"), הקניון העמוק ביותר באמריקה הצפונית (2,451 מטרים בין הנקודה הגבוהה ביותר לפני הנהר). קניון הלס הוא נקיק תלול ומרהיב עין שהנהר חצב בהרי סלמון ריוור (Salmon River Mountains) וההרים הכחולים (Blue Mountains) של איידהו ואורגון. קניון הלס הוא אחד מהחלקים הטרשיים והבוגדניים ביותר של מסלולו של הנהר סנייק, שהחלוצים האמריקנים בשביל אורגון ומשיטי ספינות הקיטור במאה ה-19 התקשו במעברו. יש מאות אשדות בקניון הלס, שחלקם שכך עקב הקמת שלושת הסכרים של "המיזם ההידרואלקטרי של קניון הלס" (Hells Canyon Hydroelectric Project): הלס קניון, אוקסבואו (Oxbow) ובראונלי (Brownlee). קטע בן כ-50 קילומטרים במורד הנהר מסכר קניון הלס הוכרז כנהר פראי ונופי.
נהר סלמון, היובל הגדול ביותר של נהר הסנייק, פוגש את הסנייק באחד האזורים המבודדים ביותר בכל מסלולו, בערך באמצע הדרך בקניון הלס. מכאן הסנייק פוגש את הגבול בין אורגון לוושינגטון ומהווה את קו הגבול בין איידהו לוושינגטון, כשהוא מקבל את מימיו של הנהר גרנד רונד (Grande Ronde) ממערב לפני שנשפך לתוכו הנהר קלירווטר (Clearwater, "מים זכים") בעיר לואיסטון, העיר הגדולה ביותר במעלה הנהר בחלק שניתן לשוט בו. בחלק שבו הנהר סנייק נפרד מקניון הלס ומתפשט לגבעות פאלוז (Palouse Hills) שבמזרח וושינגטון, הפכו ארבעת הסכרים של מיזם נהר סנייק התחתון את הנהר לסדרה של מאגרי מים. נקודת המפגש בין הנהרות סנייק וקולומביה שקועה מתחת למימיו של אגם ואלולה (Lake Wallula), מאגר מים שנוצר מאחורי סכר מקנארי (McNary Dam). הנהר קולומביה זורם מנקודה זו עוד 523 קילומטרים לפני שהוא נשפך לאוקיינוס השקט, כשהוא חוצב את דרכו ברכס קסקייד בקניון הנהר קולומביה (Columbia River Gorge).
גאולוגיה.
עד לפני 165 מיליון שנים הייתה מרבית מערבה של אמריקה הצפונית חלק מהאוקיינוס השקט. ההפחתה הכמעט מוחלטת של לוח פרלון מתחת ללוח הצפון-אמריקאי שנע מערבה יצרה את הרי הרוקי, שנדחפו כלפי מעלה על ידי המאגמה העולה שנלכדה בין לוח פרלון השוקע ללוח הצפון-אמריקאי. כאשר הלוח הצפון-אמריקאי נע מערבה מעל לנקודה חמה נייחת מתחת לקרום כדור הארץ עיצבו סדרה של קילוחי לבה גדולים והתפרצויות געשיות את מישור הנהר סנייק מערבית לקו פרשת המים של אמריקה, החל מלפני 12 מיליון שנים.
קילוחי לבה גדולים עוד יותר של מתחם הבזלת של הנהר קולומביה (Columbia River Basalt Group), משטח בזלת נרחב במזרח וושינגטון יצרו את רמת קולומביה דרומית-מזרחית לנהר קולומביה ואת הרי פאלוז בחלקו התחתון של הנהר סנייק. פעילות געשית נפרדת יצרה את חלקו הצפון-מערבי של המישור, אזור הרחוק מנתיבה של הנקודה החמה שכיום שוכנת מתחת לפארק הלאומי ילוסטון. בנקודת זמן זו החל להתעצב אגן הניקוז של הנהר סנייק.
מישור הנהר סנייק והפער בין רכס קסקייד ורכס הרי סיירה נבדה יצרו "ערוץ לחות" שהגיע עמוק לתוך היבשת עד למקורותיו של הנהר סנייק. ענני גשם מהאוקיינוס השקט נישאו ברוח דרך ערוץ הלחות מעל ל-1,500 קילומטרים. ענני הגשם נתקלו במחסום בקצה המזרחי של ערוץ הלחות כאשר רכס טיטון התרומם לפני 9 מיליון שנים לאורך העתק התנתקות תשתית (detachment fault) שהשתרע מצפון לדרום דרך מרכז הרי הרוקי,
והציפו את מקורותיו של הנהר סנייק במי גשמים שירדו בתדירות גבוהה. גשמים אלו הזינו את הנהר סנייק, סייעו לו לחצוב את דרכו דרך רכס הטיטון, תוך יצירת קניון הנהר סנייק בוויומינג. לפני כ-6 מיליון שנים החלו להתרומם הרי נהר הסלמון וההרים הכחולים בקצה המרוחק של המישור, וכאשר הנהר חצב את נתיבו דרך ההרים המתרוממים, החל להיווצר קניון הלס. במהלך המיוקן נוצר אגם איידהו וכיסה חלק גדול ממישור הנהר סנייק בין טווין פולס לקניון הלס. סכר הלבה שסכר את האגם נפרץ לבסוף לפני כ-2 מיליון שנים.
לבה שזרמה מהחרוט הגעשי המכונה סידר ביוט (Cedar Butte) בדרום-מזרח איידהו של ימינו חסמה את הנהר סנייק באזור איגל רוק, לפני כ-42,000 שנים, בסמוך לאתר סכר אמריקן פולס של ימינו. מאחורי סכר הלבה נוצר אגם באורך כ-70 קילומטרים, המכונה אגם אמריקן פולס (American Falls Lake). האגם היה יציב ושרד קרוב ל-30,000 שנים. לפני כ-14,500 שנים עלתה ימת בונוויל, ימה גדולה שקדמה לימת המלח הגדולה שנוצרה בעידן הקרח האחרון והתמלאה בשל גשמים מרובים, על גדותיה ונשפכה תוך יצירת שיטפון עצום במורד הנהר פורטנף לתוך נהר הסנייק באירוע המכונה שיטפון בונוויל (Bonneville Flood). שיטפון זה היה בין הראשונים בסדרה של אירועי שיטפון קטסטרופליים בצפון מערב ארצות הברית הידועים בשם הקיבוצי "שיטפונות עידן הקרח". המבול גרם לאגם אמריקן פולס לפרוץ את סכר הלבה הטבעי, שנשחק במהירות וכל שנותר ממנו בסופו של דבר הם מפלי אמריקן (American Falls) שגובהם כ-15 מטרים. מי השיטפון של ימת בונוויל, בערך פי עשרים מהספיקה הנוכחית של נהר הקולומביה או כ-150,000 מטרים מעוקבים מים בשנייה, זרמו במורד הנהר סנייק כשם מותירים אחריהם שברי סלעים ומשקעים לרוחב דרום איידהו. במרחק של קילומטרים משני צדי הנהר סנייק סחפו מי השיטפון את הקרקע וקרצפו את סלע האם הבזלתי שמתחתיו, ובתהליך יצרו את מפלי שושוני, מפלי טווין (Twin Falls, מפלי התאומים), מפלי קריין (Crane Falls, מפלי העגור) ומפלי סוואן (Swan Falls, מפלי הברבור), תוך חציבה והעמקת הקניונים והנקיקים לאורך הדרך. מי שיטפון בונוויל המשיכו דרך קניון הלס. השיטפון הרחיב את קניון הלס, אבל לא העמיק אותו.
במקביל לזרימת מי השיטפונות בונוויל בנהר הסנייק התחוללו באותה תקופה, אבל הרחק צפונה שיטפונות מיזולה (Missoula Floods). שיטפונות מיזולה, שהתחוללו כארבעים פעמים בתקופה שמלפני 15,000 שנים ועד לפני 13,000 שנים נגרמו מהאגם הקרחוני של מיזולה בנהר קלארק פורק (Clark Fork) שנחסם שוב ושוב על ידי סכרי קרח ופרץ אותם מחדש. מימי האגם שטפו את מרבית מזרח וושינגטון בנחשולים עצומים, גדולים בהרבה משיטפון ימת בונוויל, ויצרו, בין השאר, את התופעה הגאולוגית הייחודית הקרויה הרמות המחורצות. שיטפונות אלו נאגרו מאחורי רכס קסקייד כאגמים נרחבים ונשפכו מעל הקצה הצפוני של אגן הניקוז של הנהר סנייק וחצבו קניונים עמוקים בהרי פאלוז. קניון נהר פאלוז היה הקניון הגדול ביותר מבין הקניונים הרבים שנחצבו בהרי פאלוז, ולא היה יכול להיות כה גדול כיום אלמלא שיטפונות מיזולה. שיטפונות ימת בונוויל ושיטפונות מיזולה סייעו בהעמקת ובהרחבת קניון נהר הקולומביה, מפער מים ענק המאפשר לנהרות קולומביה וסנייק גישה ישירה לאוקיינוס השקט דרך רכס קסקייד.
לכמויות הגדולות של משקעים שהשקיעו שיטפונות ימת בונוויל במישור הנהר סנייק הייתה השפעה מתמשכת על חלקו האמצעי של הנהר סנייק. המוליכות ההידראולית הגבוהה של הסלעים במישור שרובם בזלתיים הובילה ליצירת אקוויפר מישור נהר הסנייק (Snake River Plain Aquifer), אחד מהאקוויפרים הפוריים ביותר באמריקה הצפונית. נהרות ונחלים רבים הזורמים מצידו הצפוני של המישור שוקעים לתוך האקוויפר במקום לזרום לנהר סנייק, קבוצה של אגני ניקוז המכונים הפלגים האבודים של איידהו (lost streams of Idaho).
האקוויפר מסוגל להכיל 120 מיליארד מטרים מעוקבים של מים כשהוא משתרע על שטח של 26,000 קילומטרים מרובעים בעובי של 400 מטרים.
בחלק מהמקומות המים נספגים בקרקע בקצב של קרוב ל-17 מטרים מעוקבים בשנייה. מרבית המים שנהר הסנייק מאבד כשהוא חוצה את המישור חוזרים לנהר בקצה המערבי של המישור באמצעות נביעות ממעיינות ארטיזיים רבים.
אגן הניקוז.
הנהר סנייק נמצא במקום ה-13 ברשימת הנהרות הארוכים ביותר בארצות הברית. שטח אגן הניקוז שלו נמצא במקום ה-10 בין נהרות אמריקה הצפונית ומשתרע על שטח 280,000 קילומטרים מרובעים בחלקים משש ממדינות ארצות הברית: ויומינג, איידהו, נבדה, יוטה, אורגון ווושינגטון, כשהשטח הגדול ביותר באיידהו. מרבית אגן הניקוז משתרעת בין הרי הרוקי במזרח ורמת קולומביה בצפון-מערב. כיובל הגדול ביותר של נהר הקולומביה מהווה אגן הניקוז של הנהר סנייק כ-41% משטח אגן הניקוז של הנהר קולומביה. הספיקה הממוצעת של הסנייק בשפך מהווה 31% מהזרם של הקולומביה בנקודה זו. מעל לנקודת המפגש, הסנייק ארוך במקצת מהקולומביה, 1,735 קילומטרים בהשוואה ל-1,493 קילומטרים, ואגן הניקוז גדול במקצת (בכ-4%) מאגן הניקוז של נהר הקולומביה מעל לנקודת המפגש.