הזכייה הראשונה באליפות הגיעה בעונת 1994. שישה ניצחונות בשבעת המרוצים הראשונים של העונה העניקו לו יתרון משמעותי על פני דיימון היל במחצית הראשונה של העונה. בגרנד פרי בריטניה הוזהר לאחר שביצע עקיפה במהלך הקפת ההערכות, אך שומאכר התעלם מהאזהרה וביצע עקיפה נוספת, בעקבותיה הוצא לו דגל שחור והוא הורחק מהמרוץ. הקבוצה טענה כי חוסר תקשורת עם הדיילים במסלול היא שהובילה לאירוע. הטענה לא התקבלה ושומאכר הורחק משני מרוצים נוספים. הוא ניצח בגרנד פרי הבלגי, אך לאחר המרוץ נמצא כי בתחתית הרכב הותקנו מוטות עץ שהגבירו את האווירודינמיות של הרכב והקנו לו יתרון בלתי חוקי. בעקבות כך נפסלה התוצאה שהשיג ונשלל ממנו הניצחון. רצף האירועים אפשר להיל לצמצם את הפער משומאכר עד לכדי נקודה אחת לקראת גרנד פרי אוסטרליה, המרוץ האחרון בעונה. בהקפה ה-36 של המרוץ, בעודו מוביל את המרוץ, פגע רכבו במעקה הבטיחות החיצוני של המסלול. היל ניסה לנצל את ההזדמנות ולבצע עקיפה, אך חזרה של שומאכר למסלול הובילה להתנגשות בין הרכבים. כתוצאה מההתנגשות נאלצו שני הנהגים לפרוש ושומאכר זכה באליפות, זכייה שעוררה ביקורות רבות כלפיו.
במהלך העונה פתחה הפדרציה הבינלאומית לרכב (FIA) בחקירה כנגד בנטון ומקלארן, בחשד שהקבוצות עשו שימוש אסור באמצעי עזר טכנולוגיים. הקבוצות סירבו לשתף פעולה עם החקירה ונקנסו בסכום של 100 אלף דולר כל אחת בשל כך. בסיומה של החקירה נמצאו שורות קוד שאיפשרו לרכב לזנק בצורה טובה יותר, אך לא נמצא הוכחה שאכן נעשה שימוש בטכנולוגיה במרוצים עצמם.
המאבק עם דיימון היל נמשך גם בעונת 1995, במהלכה התנגשו השניים מספר פעמים. שומאכר ניצח בתשעה מרוצים במהלך העונה ובסיומה זכה בפעם השנייה באליפות, בפער של 33 נקודות מהיל. בנוסף, זכה יחד עם ג'וני הרברט, בן קבוצתו באליפות היצרנים. האליפות הראשונה בה זכתה הקבוצה.
1996–2006: פרארי.
אף על פי שנותרה לו שנה נוספת בחוזה עם בנטון, הודיע שומאכר על מעבר לקבוצת פרארי, בה חתם על חוזה לשנתיים תמורת 60 מיליון דולר. בהמשך הצטרפו אליו המעצב רורי בריין והמנהל הטכני רוס בראון שהצטרפו אל ג'ין טוד, שחתם בקבוצה בשנת 1993. שילוב זה יצר את אחת הקבוצות הנחשבות למצליחות ולדומיננטיות בתולדות האליפות.
בעונתו הראשונה בקבוצה ניצח בשלושה מרוצים, אך בעיות מכניות אילצו אותו לפרוש מחמישה מרוצים. את העונה סיים במקום השלישי. לאורך עונת 1997 ניהל קרב צמוד עם ז'אק וילנב על ההובלה. וילנב הוביל את הטבלה לאחר שישה מרוצים. ניצחון בקנדה העלה את שומאכר למקום הראשון. לקראת המרוץ האחרון בעונה עמד הפער בטבלה על נקודה לזכות הגרמני. וילנב זינק מפול פוזישן, כששומאכר מקום אחד מאחור. לאורך מרבית המרוץ הוביל, אך בעיה במערכת הקרור גרמה לו לאיבוד כוח ולהאטה. וילנב ניסה לעקוף ושומאכר התנגש בו במטרה לגרום לשניהם לפרוש מהמרוץ ובכך להבטיח לעצמו זכייה בתואר. כתוצאה מההתנגשות נפגעה מכוניתו, אך וילנב הצליח להמשיך להתחרות, סיים את המרוץ במקום הרביעי וזכה בתואר. בעקבות ההתנגשות המכוונת נענש בשלילת כל הנקודות שצבר במהלך העונה.
מיקה האקינן הפיני מקבוצת מקלארן הפך ליריבו העיקרי על התואר במהלך העונות הבאות. האקינן פתח בצורה טובה את עונת 1998 וניצח את שני המרוצים הראשונים ופתח פער של 16 נקודות. ניצחון בגרנד פרי האיטלקי, כשנותרו עוד שני מרוצים לסיום העונה, הביא לשוויון בנקודות. האקינן ניצח בגרנד פרי לוקסמבורג ופתח מחדש פער של ארבע נקודות. בגרנד פרי יפן, מרוץ סיום העונה, זינק שומאכר מהפול פוזישן, הוביל במרוץ, אך בהקפה ה-32 נאלץ לפרוש עקב תקר בגלגל. האקינן ניצח במרוץ וזכה בתואר.
בעונת 1999 היה שותף לזכייה של הקבוצה באליפות היצרנים. במהלך הגרנד פרי הבריטי איבד את הבלמים בעת כניסה לפנייה במהירות של כ-200 קמ"ש. המכונית התנגשה בקיר הבטיחות וכתוצאה מההתגשות שבר את רגלו. לאחר התאונה נעדר משישה מרוצים ולמעשה איבד את האפשרות להאבק על האליפות.
שומאכר ניצח חמישה מתוך שמונת המרוצים הראשונים של 2000, אך לא הצליח לסיים את שלושת המרוצים הבאים. הדבר איפשר להאקינן לצמצם את הפער לכדי שתי נקודות בלבד. שני ניצחונות רצופים של הפיני העלו אותו למקום הראשון, אך רצף של שלושה ניצחונות החזירו לשומאכר את ההובלה. הניצחון בגרנד פרי היפני הבטיח זכייה באליפות כשנותר עוד מרוץ אחד לסיום העונה. הזכייה השלישית בתואר והראשונה של קבוצת פרארי מאז עונת 1979.
שנה לאחר מכן שב וזכה בתואר האליפות תוך שהוא משווה את שיא הניצחונות לעונה, שעמד על תשעה ניצחונות. הזכייה בתואר הובטחה, כשנותרו עוד ארבעה מרוצים לסיום העונה. את העונה סיים בפער של 58 נקודות מדייוויד קולטהרד, שסיים שני. הניצחון בגרנד פרי הבלגי היה הניצחון ה-52 בקריירה, בכך שבר את שיאו של אלן פרוסט והפך לנהג בעל מספר הניצחונות הרב ביותר בתולדות האליפות.
הזכייה באליפות השלישית ברציפות לוותה במספר אירועים מעוררי מחלוקת. רובנס באריקלו, בן זוגו של שומאכר הוביל לאורך מרבית גרנד פרי אוסטריה. במטרים האחרונים של המרוץ קיבל הוראה מהנהלת הקבוצה להאט ולאפשר לשומאכר לעקוף אותו ולנצח את המרוץ. העלייה לפודיום לוותה בשריקות בוז רועמות מצד הקהל. שומאכר, בניסיון לרצות את הקהל, הזמין את באריקלו לעלות למדרגה העליונה לצידו. בגנרד פרי של ארצות הברית, שהתקיים בספטמבר, היה זה שומאכר שהוביל לאורך מרבית המרוץ ואחריו באריקלו. שומאכר האט במטרה לאפשר סיום צמוד, אך האט יותר מידי ונעקף על ידי בן זוגו שניצח את המרוץ. ניצחון בגרנד פרי גרמניה הבטיח את הזכייה בתואר, כשנותרו עוד שישה מרוצים עד לסיום העונה. בכך השתווה לחואן מנואל פנג'יו כנהג בעל מספר האליפויות הרב ביותר.
בעונת 2003 הקרב על האליפות היה צמוד ונמשך עד למרוץ האחרון. קימי רייקונן, הוביל את האליפות לאחר שלושה מרוצים בפער של 16 נקודות משומאכר. שלושה ניצחונות רצופים סייעו לצמצם את הפער לשתי נקודות. שני ניצחונות וחמישה פודיומים שהשיג חואן פאבלו מונטויה, נהגה של קבוצת ויליאמס, צירפו אותו למאבק האליפות. בסיום הגרנד פרי ההונגרי הוביל שומאכר את האליפות בפער של נקודה אחת לפני מונטויה ושתי נקודות מרייקונן. שינוי בשיטת המדידה של רוחב הצמיגים חייב את מישלן, ספקית הצמיגים של מקלארן ויליאמס לתכנן מחדש את הצמיגים, בעוד פרארי, שעשתה שימוש בצמיגים מתוצרת ברידג'סטון המשיכה להשתמש באותם צמיגים. שומאכר ניצל את ההזדמנות ניצח את שני המרוצים הבאים ונזקק לנקודה אחת במרוץ האחרון על מנת להבטיח את הזכייה. לגרנד פרי היפני זינק מהמקום ה-14, אך הצליח לסיים את המרוץ במקום השמיני ולזכות בפעם הרביעית ברציפות.
האליפות השביעית והאחרונה הושגה בקלות יחסית - הוא ניצח 12 מ-13 המרוצים הראשונים בעונה והבטיח את הזכייה בתואר, כשנותרו עוד ארבעה מרוצים לסיום העונה. באריקלו, שסיים במקום השני סייע לקבוצה לזכות באליפות היצרנים בפעם השישית ברציפות.
לקראת עונת 2005 שונו התקנות ונאסר על החלפת צמיגים במהלך המרוץ. ברידג'סטון, ספקית הצמיגים של פרארי, התקשתה להתאים את הצמיגים לתקנות החדשות. הדבר נתן יתרון לקבוצות שעשו שימוש בצמיגי מישלן. את העונה סיים במקום השלישי, בפער של 71 נקודות מפרננדו אלונסו, שזכה בתואר.
לאורך כל עונת 2006 ניהל שומאכר מאבק צמוד על האליפות עם פרננדו אלונסו, שהוביל לאורך מרבית העונה. צמד ניצחונות באיטליה ובסין העלה אותו לראשות הטבלה לראשונה בעונה, כשנותרו עוד שני מרוצים לסיום העונה. פרישה מוקדמת במהלך הגרנד פרי היפני החזירה לאלונסו את ההובלה ולמרוץ האחרון של העונה בברזיל הגיע שומאכר כשהוא בפיגור של עשר נקודות. האפשרות היחידה של שומאכר לזכות בתואר הייתה לנצח במרוץ ולקוות שאלונסו לא ישיג אפילו נקודה. במקצה הדרוג השיג שומאכר רק את המקום העשירי ואילו אלונסו דורג רביעי. שומאכר פתח מצוין את המרוץ ועלה למקום החמישי, אולם אז בעיה בצמיג הרכב דרדרה אותו למקום האחרון. שומאכר לא הרים ידיים ועקף נהגים רבים עד למקום הרביעי שבו סיים את המרוץ. זה לא הספיק לאליפות אולם הוכיח את הכישרון האדיר של שומאכר. אלונסו סיים במקום השני וזכה באליפות. בסיום אותה עונה החליט שומאכר לפרוש ממרוץ פעיל והפך ליועץ בקבוצת פרארי.
2007–2010: לאחר הפרישה.
מיד לאחר הפרישה מונה ליועץ ועוזר מיוחד לז'אן טוד, שהתמנה למנכ"ל החברה. בין יתר תפקידיו היה מעורב גם בבחירת הנהגים לקבוצה. בנובמבר 2007, אחרי שלא נהג שנה על מכונית פורמולה, השתתף שומאכר בנסיעת מבחן על דגם ה-F2007. בדצמבר אותה שנה השתתף במבחנים שערכה הקבוצה במסלול בחרס.
ביולי 2009, בעקבות פציעתו של פליפה מאסה, נהגה של קבוצת פרארי, בגרנד פרי הונגריה, דווח על ידי דובר הקבוצה כי שומאכר יחזור להתחרות בקבוצה ויימלא את מקומו של מאסה עד להחלמתו וחזרתו למרוצים. שומאכר החל באימונים אינטנסיביים לקראת חזרתו למרוצים, אולם בשל כאבים בצווארו, זכר לתאונת אופנוע שעבר מספר חודשים לפני כן, הוא הודיע שלא יוכל לשוב להתחרות. בדצמבר אותה שנה הודיע שומאכר על שובו למרוצי פורמולה 1 בשנת 2010, בקבוצת מרצדס. הוא חתם על חוזה לשלוש שנים.
2010–2012: מרצדס.