לאחר תבוסת האנבפטיסטים ידעה העיר תקופת שפל כלכלי וחברתי. הבישוף פון ויידק ביטל את הבחירות לוועד העיר ועוד זכויות רבות אחרות, אך זמן קצר לאחר מכן השיב את הבחירות לוועד על כנן, מאחר שנזקק לתמיכת תושבי העיר. חברי הוועד כיהנו כממשלה בעלת השפעה פוליטית רבה של הנסיכות ההגמונית. הגילדות נבנו מחדש ותמכו בוועד, בביטחון ובמיסוי.
תחת כהונתו של ההגמון יוהאן השני פון הויה ידעה העיר תחייה כלכלית. ממסדים כנסייתיים עסקו בצדקה בעזרת אנשיהם הרבים, ועזרו רבות לשיפור המצב. בנוסף העביר פון הויה בין השנים 1571 ו-1574 רפורמות במשפט ובממשל, שעודדו אף הן את השגשוג. בעיר נטבעו מטבעות זהב וכסף. בנוסף נבנו בניינים ציבוריים רבים לתמיכה בנזקקים. חומת העיר הורחבה כדי להבטיח את המשך השגשוג, דבר שהתגלה כיתרון ביטחוני ניכר כשפרצה מלחמת שלושים השנים בשנת 1618.
בשל הזיכרונות הטריים ממאורעות הדמים של שלטון האנבפטיסטים, נטו זרמי הקתולים והלותראנים למהלכים שקולים ביותר. רק לאחר עליית ארנסט מבוואריה לכס הגמון העיר בשנת 1585, הוא דחף למהלכים שרירותיים יותר ולמרות התנגדות ועד העיר, נתן בידי מסדר הישועים את ניהול הגימנסיה הגדולה של העיר. מטרתו העיקרית של מסדר הישועים שהוקם ב-1534 הייתה להילחם בזרם הרפורמי הלותרני, דרך מוסדות לימוד ברחבי האימפריה הרומית הקדושה. הישועים בנו את כנסיית פטרוס וייסדו מכללה על שם מסדרם. מכללה זו מהווה את הבסיס לאוניברסיטת מינסטר של ימינו. ממסד המסדר ובתי הספר שלו הקנו לו השפעה רבה על תושבי העיר. בשנת 1592 למד כל תושב עשירי בגימנסיה הישועית, כך שהעיר חזרה להיות מובלעת קתולית מובהקת.
שלום וסטפאליה.
מינסטר מילאה תפקיד שולי מאוד במלחמת שלושים השנים. לבד משני ניסיונות של כוחות ההסים לכתר את העיר בשנים 1633 ו-1634, פסחה המלחמה על העיר. ניסיונות ההסים נכשלו בשל שריון חומות העיר במאה הקודמת.
בשל נסיבות אלו ראו השוודים את העיר כמקום נייטרלי לאירוח שיחות השלום. לאחר הסכמת הקיסר פרדיננד השלישי ולאחר שתושבי העיר הביעו את רצונם בכך, הפכה העיר לאזור נייטרלי רשמי בין הכוחות. במינסטר דנו נציגי הכוחות הקתוליים, ובשכנתה אוסנברוק, שהייתה תחת שלטון מלך שוודיה, דן הצד הפרוטסטנטי.
ב-30 בינואר 1648 נחתם הסכם השלום בין הרפובליקה ההולנדית לספרד. הסכם מינסטר הביא לסוף המרד ההולנדי כנגד הספרדים, שנמשך שמונים שנה והיווה את הולדתה של הולנד כמדינה עצמאית. הטקס הרשמי נערך ב-15 במאי 1648 בפרידנסזאל (אולם השלום) בעיריית מינסטר.
הדיונים במינסטר ובאוסנברוק בין הקיסר, חברי הרייכסטאג, השוודים והצרפתים נמשכו זמן רב יותר. ב-18 בפברואר 1649 הסתיימה רשמית מלחמת שלושים השנים עם חתימת ההסכמים והעברתם בין הצדדים.
"אולם השלום" שרד את שיני הזמן ואת הפגזות מלחמת העולם השנייה, והוא פתוח כיום לקהל המבקרים. חוץ מהאח נשאר האולם במצבו המקורי.
העיר נגד הנסיך הגמון.
בזמן שיחות השלום קיבלה העיר עצמאות חלקית, שעליה היא לא הייתה מוכנה לוותר. בשנת 1647 עתר ועד העיר רשמית לקיסר פרדיננד השלישי להעניק לעיר סמכויות עיר חופשית. בערי האימפריה החופשיות לא שלטו נסיכים והן השתייכו ישירות לתחום אחריות הקיסר. העימות בין התושבים לנסיך-הגמון כריסטוף ברנרד פון גאלן, שכונה גם "בישוף התותחים", היה בלתי נמנע.
העימות החזיתי הראשון בין התושבים לנסיך-הגמון היה בשנת 1654, כשניסיונו של זה לעצור את יריבו בבחירות נכשל בהיעדר תמיכת התושבים. ניסיונו של פון גאלן לכבוש את העיר נכשל אף הוא. לבסוף חתמו שני הצדדים על הסכם שהביא לרגיעה זמנית. כבר ב-1657 חזר אי-השקט, כאשר פון גאלן עצר את המשפטן העליון של ועד העיר. הפעם אף המטיר ההגמון פגזים על העיר. רק לאחר התפזרות השמועות שכוחות הולנדים מתקרבים לסיוע ויתר פון גאלן לוועד וחתם על הסכם שני עמו.
אך הבישוף כריסטוף פון גאלן לא התכוון לוותר. לאחר התערבות הקיסר בסוף שנת 1659, שאסר על התושבים לחפש עזרה אצל מדינות אחרות, כיתר פון גאלן את העיר בשלישית. הפעם התארך המצור עד לכניעת הוועד. פון גאלן לא חסך מאמצים להגביר את רעב התושבים: בזמן חג המולד של 1660 הוא דאג להמס את הנהר הקטן העובר בעיר. הדבר גרם לשיטפונות בעיר מוכת הרעב, והתושבים נכנעו סופית לאחר ארבעה חודשים - במרץ 1661. כשידו על העליונה ביטל פון גאלן את הבחירות לוועד, ופיזר את הגילדות של העיר.
מלחמת שבע השנים.
עם פרוץ מלחמת שבע השנים חזר ההרס ופקד את מינסטר שצידדה באותו זמן במריה תרזה, ארכידוכסית אוסטריה ומלכת בוהמיה והונגריה. כך חזרה העיר להיות שדה קרב בין פרוסיה והנובר מצד אחד, ואוסטריה וצרפת מצד שני. שני הצדדים הטילו כל אחד מצור על העיר וכבשו אותה זה מזה. בשנת 1759, כתוצאה מההרס המוחלט של אחד מרובעי העיר מהפגזות כוחות הנובר, החליט שר הנסיך-הגמון פרנץ פון פירסטנברג להרוס את חומות העיר, וכך הייתה מינסטר לעיר פתוחה לכול אך "חסינה" בפני הפגזות.
בשנת 1767, לאור בקשות גוברות של התושבים, הורה הנסיך-הגמון מקסימיליאן פון קניגסאג-רותנפלס על בניית ארמון שנמשכה עד שנת 1787. האדריכל יוהאן שלאון ניהל את הבנייה עד מותו ב-1773. וילהלם ליפן השלים את בניית הארמון. שלאון היה זה שתכנן את הטיילת שהוקמה במקום בו עמדו חומות העיר. בשנים אלו החליט הנסיך-הגמון על בניית אוניברסיטה, שנחנכה ב-16 באפריל 1780, ולימים התפתחה להייתה לאוניברסיטת וילהלם בווסטפאליה. שר הנסיך-הגמון פרנץ פון פירסטנברג נטל חלק גדול במיזם זה.
עם פרוץ המהפכה הצרפתית בסוף המאה ה-18, ברחו המוני פליטים למינסטר, ובהם רוב עצום של אנשי דת קתולים. בשנת 1794 נספרו במינסטר לבדה יותר מאלף פליטים. בעקבות הסכם בזל בין פרוסיה לצרפתים ניצל אזור מינסטר מהתקפות, אך כבר בתחילת המאה ה-19 הגיעו קרבות המהפכה לעיר.
תחת שלטון פרוסיה.
לפי הסכמי הפיצויים בין הצרפתים והפרוסים הועברה העיר ב-1803 לסמכות פרוסיה. לפני אישורם הרשמי של הסכמים אלו פלשו לעיר כוחות הפרוסים עם פרשיהם ההוסרים, והחלו לפרק בלהט את הנסיכות ההגמונית. היינריך פרידריך פום שטיין היה אחראי על תהליך החילון.
כוחותיו של נפוליון בונפרטה כבשו את מינסטר בשנת 1806 והפכו אותה לעיר מחוז, עד שבשנת 1813 נכבשה העיר שוב על ידי הפרוסים ועל ידי כוחות רוסים. קונגרס וינה העביר את השליטה על העיר רשמית וסופית לפרוסיה. מאז ועד 1945 הייתה מינסטר בירתה הרשמית של וסטפאליה.
בשנת 1864 הוציא האפיפיור פיוס התשיעי רשימה של 40 תזות המנוגדות לאמונה הנוצרית, בהן קומוניזם וליברליזם. כל המורים והמרצים שהמשיכו ללמד את התזות הללו במוסדות הקתוליים פוטרו. בין פרוסיה הפרוטסטנטית לכנסייה הקתולית היו קשרים צוננים ביותר. משום שהמרצים והמורים היו גם פקידים פרוסים, ראתה פרוסיה בפיטוריהם פגיעה בתחום אחריותה. כמו כן זעם ביסמרק על כך שבתי ספר קתוליים המשיכו ללמד בשפה הפולנית באזורים הפולניים, למרות האיסור המוחלט על לימוד שפות זרות בבתי ספר גרמניים. סכסוך זה נקרא "קרב התרבויות" (Kulturkampf).
קרב התרבויות הגיע גם לעיר מינסטר הקתולית, שראתה בו הזדמנות למרוד בשליט הפרוסי. התפרעויות התושבים בשנת 1875 הביאו למעצר הבישוף יוהנס ברנהרד ברינקמן , שמצא מקלט בהולנד. ההגמון התקבל בעיר כמנצח בשנת 1884.
התפתחות התעשייה ושילובם של כפרים שכנים במינסטר גרמו לעיר לצמוח ולגדול. בשנת 1885 גרו בעיר 44,060 תושבים, מהם 36,751 קתולים, 6,784 פרוטסטנטים ו-513 יהודים.
בשנת 1899 נפתח בעיר נמל על תעלת דורטמונד-אמס החדשה. בנוסף נחנכה באותה שנה תחנת הרכבת המרכזית של העיר. באזור שבין תחנת הרכבת והנמל צמח אזור תעשייה משגשג. באותן שנים נוספה מערכת טיהור שפכים ראשונה בעיר. עוד נבנו שלושה קווים של רכבת עירונית שאמורים היו להחליף בהדרגה את המרכבות והסוסים.
ב-22 באוגוסט 1907 נחנכה בשנית אוניברסיטת מינסטר, בטקס רשמי בנוכחות הקיסר וילהלם השני שעל שמו נקראה.
מלחמת העולם הראשונה ורפובליקת ויימאר.
מעורבות העיר במלחמת העולם הראשונה הסתכמה בעיקר בגיוס בני העיר לצבא. ידוע שבעיר שלטה אופוריה בשנות המלחמה הראשונות, אך לבסוף פקדו רעב ועוני את העיר. מלבד 100,000 תושבי העיר היה צורך להאכיל גם את 90,000 שבויי המלחמה, משימה בלתי אפשרית.
עליית הנאצים לשלטון.
בתחילת עליית הנאציזם בגרמניה נשארה מינסטר הקתולית סקפטית, כך שבשנים הראשונות היו בה רק חברים מעטים במפלגה הנאצית; אך בשנת 1931 החלו הדברים להשתנות כאשר המפלגה דאגה לארגן אירועי ענק, ששיאם היה בנאומיהם של הרמן גרינג ואוגוסט וילהלם, נסיך פרוסיה, ב-25 באוגוסט 1931. בדרך זו הצליחו הנאצים לחדור למרכז התמונה הפוליטית כמפלגה מן המניין.
לאחר גל התעמולה הנאצית שפקד את מינסטר, אורגן אירוע נאצי ענק שבו השתתפו ראשי המפלגה יוזף גבלס, רוברט ליי, וילהלם פריק וגרגור שטראסר, ואף ראש התנועה הנאצית - אדולף היטלר. במסגרת תעמולת הבחירות לנשיאות הרייך נאם היטלר ב-8 באפריל 1932 מול קהל של 7,000 איש באולם העיר ו-3,000 איש נוספים האזינו לנאומו מבחוץ. נאום היטלר נשא פירות: בעוד שבבחירות לנשיאות שהתקיימו ב-5 במרץ 1933 הצליחו הנאצים לקבל במינסטר את המקום השני, עם 36.1% (מפלגת המרכז הגרמנית המשיכה להוביל עם 41.6%), הרי שבבחירות לרשויות המקומיות שהתקיימו רק כמה ימים מאוחר יותר הצליחו הנאצים לגרוף את מרבית הקולות, 40.2% (מפלגת המרכז הגרמנית הסתפקה ב 30.7%). בבחירות שהתקיימו ב-5 במרץ 1933 קיבלה המפלגה הנאצית 43.9% מכלל הקולות בגרמניה.