הקשר לרציחתו של קיסר, התגבש על רקע מינויו לדיקטטור לכל ימי חייו ועל רקע ההבנה שבכוונתו להפוך לאוטוקרט, כשהחל פוגע בסמכויות הסנאט ונוהג באופן מזלזל בסנאטורים. ייתכן שהקושרים שאבו עידוד מכך שיחסיו של קיסר עם חלק מן הפלבס והטריבונים עלו על שרטון. קסיוס, שהיה ראש הקושרים, הבין שהוא זקוק לשמו הטוב של ברוטוס כדי לתת לגיטימציה לרצח קיסר. בתחילה היסס ברוטוס להצטרף לקשר, אולם במהרה הצליח קסיוס לשכנעו בכך שקיסר מתכוון להמליך את עצמו למלך ושזו חובתו הפטריוטית, להתקומם כנגד הרודן.
הצטרפותו של ברוטוס לקשר שכנעה מספר נוסף של אנשים ליטול בו חלק. הקושרים הוציאו לפועל את תוכניתם לרצוח את קיסר באידו של מרץ 44 לפנה"ס כיוון שקיסר היה אמור להשתתף בישיבת הסנאט באותו היום. ייתכן שאחת הסיבות למועד שנקבע, הייתה שמועה שקיסר מתכוון להכריז מלחמה על האימפריה הפרתית ולהעביר החלטה שממנה אותו למלך, מכיוון שספרי הסיבילות חזו כביכול שהפרתים יוכלו להיכבש רק על ידי מלך. בזמן שקיסר ישב בסנאט הוא הותקף על ידי קבוצת הקושרים, סווטוניוס מסופר שבתחילה קיסר ניסה להתגונן, אולם כשראה שברוטוס בין תוקפיו כיסה את פניו בטוגה שלו ואמר "הגם אתה, בני?".
מלחמת האזרחים.
לאחר רציחתו של קיסר הקושרים נמלטו לגבעת הקפיטולין, לאחר זמן מה הם ירדו לפורום כדי להסביר את מניעיהם לאזרחי רומא, אולם לא הצליחו לגייס את תמיכתם. למחרת נאם ברוטוס בגבעת קפיטולין לפני הלגיונרים הווטרנים של קיסר, הסבריו והבטחותיו המהוססות להעניק את הקרקעות שהובטחו ללגיונרים על ידי קיסר לא עוררו אף הם את אהדת הצבא. הקושרים הופתעו לגלות ששאיפתם להחזיר את הרפובליקה הישנה על כנה לא דברה לעם הרומאי מלבד לשכבה הדקה של מעמד הנוביליטאס. קיקרו המליץ לברוטוס וקסיוס לכנס את הסנאט לישיבה אולם הם התעלמו מעצתו.
בינתיים מרקוס אנטוניוס שכיהן כקונסול ביחד עם קיסר ובתחילה הסתגר בביתו מפחד הקושרים הבין שאין להם כוונות לפגוע בו וחבר למרקוס אמיליוס לפידוס המגיסטר אקוויטום ובעזרת הכוח הצבאי שזה העמיד לרשותו כינס הוא את הסנאט לישיבה. בישיבת הסנאט, למרות האהדה של המוסד לקושרים, הושגה פשרה עם אנטוניוס לפיה לא תפתח חקירה בעניין הרצח והקושרים לא יובאו לדין ומנגד אושרו צוואתו וחוקיו של קיסר והוחלט לקבור אותו בהלוויה ממלכתית. אנטוניוס ניצל את ההלוויה כדי לשלהב את ההמון, דבר שיחד עם ההוראה בצוואתו של קיסר להעניק כסף לכל אזרח רומי, הוריד לשפל את האהדה לקושרים.
בסופו של דבר הקשר נכשל כתוצאה ממספר גורמים שהחשוב ביותר היה העדר תוכנית פעולה לשלב שלאחר הרצח. הקושרים קיוו שעם סילוקו של קיסר מהבמה המערכת הרפובליקאית הישנה תחזור לחיים מעצמה והפאסיביות שלהם היה מה שנתן לאנשי הסיעה הקיסרית הזדמנות לפעול כנגדם. בנוסף ברוטוס סירב לפעול נגד אנטוניוס לאחר רצח קיסר מתוך אמונה שלאחר הסתלקותו של האחרון אנטוניוס יעבור למחנה התומכים ברפובליקה.
במשך חמשת החודשים שלאחר הרצח ברוטוס נשאר ברומא בחוסר מעש, מכיוון שלא רצה במלחמת אזרחים הוא השקיט את תומכיו הרבים מחוץ לרומא שהתחילו להתגייס למענו. בינתיים אנטוניוס פעל לסילוקם של ברוטוס וקסיוס מאיטליה, באמצעות הסנאט הוא הטיל עליהם את המשימה המשפילה של רכישת אספקת דגנים מאסיה וסיקיליה, ברוטוס בחר שלא לשוב לרומא מחשש לביטחונו. תחילה שהה בסביבת מפרץ נאפולי כדי לעקוב אחרי התגובות ברומא למשחקים לכבוד אפולו שהוא ארגן בעזרתו של טיטוס פומפוניוס אטיקוס, אף על פי שהמשחקים זכו להצלחה מסוימת והראו שהפופולריות של ברוטוס ברומא לא אבדה, אולם נמתחה עליו ביקורת על כך שהמשחקים נערכו בחודש יולי.
ברוטוס וקסיוס פרסמו מכתב פומבי לאנטוניוס שקרא להגיע לפשרה, וכלל הבטחה לעזוב את איטליה ולהימנע מלהתחיל מלחמת אזרחים חדשה, אנטוניוס הגיב באיומים לשימוש בכוח צבאי. לברוטוס לא הייתה ברירה והוא עזב את איטליה ועבר לאתונה, שם מצא אהדה בקרב האוכלוסייה הרומאית של העיר, והחל בהכנותיו למלחמה. הוא החל לצבור כוח בפרובינקיות המזרחיות: הוא שכנע את מושל מוקדון קווינטוס הורטנסיוס הורטלוס לעבור לצידו, ואת מרקוס אפוליוס ואנטיסטיוס וטוס שהיו הקוואיסטורים של אסיה וסוריה להעביר לו את הכספים שברשותם. ברוטוס הצליח להקים כוח צבאי נכבד, כשצרף לפיקודו את הלגיון שחנה במקדוניה ואת הצי ביוון והחל בגיוס חיילים, חלקם היו אף ווטרנים של פומפיוס שהתגוררו ביוון.
בזמן הזה גאיוס אנטוניוס, אחיו של מרקוס אנטוניוס שמונה על ידי הסנאט למושל מוקדון הגיע לאיליריה בכוונה להשתלט על הפרובינקיה שלו, ברוטוס הבין את הסכנה שנשקפת למעמדו מצידו של אנטוניוס ולכן שינע את צבאו ופלש לאילירה, חלק מצבאו של אנטוניוס ערק לצידו ואנטוניוס עצמו הובס במספר קרבות ונפל בשבי. אף על פי שיעצו לו להוציא את אנטוניוס להורג ברוטוס שמר עליו בחיים ונתן לו יחס נאות, ייתכן שעדיין הייתה לו תקווה להגיע להסדר עם אחיו אולם אנטוניוס ניסה לעורר מרד בצבאו של ברוטוס עד שנתפס והוצא להורג. הסנאט אישר את הישגיהם של ברוטוס וקסיוס בדיעבד כשהעניק להם את האימפריום מאיוס, דבר שהעניק להם סמכות שליטה עליונה בפרובינקיות.
ברומא המצב הפוליטי החל להידרדר, הריב בסיעה הקיסרית בין אוקטביוס יורשו של קיסר ובנו המאומץ לבין אנטוניוס הפך למלחמה גלויה, בעזרת כוחות הסנאט אוקטביוס הביס את אנטוניוס בקרב מוטינה כשזה הטיל מצור על דקימוס יוניוס ברוטוס אלבינוס בגאליה קיסאלפינה אולם שני מצביאי הסנאט נהרגו בקרב והפיקוד על הצבא נותר של אוקטבינוס בלבד, שעלה על רומא עם צבאו ואילץ את הסנאט לאשר את מינויו לקונסול. אוקטביוס הכריז על רוצחיו של קיסר כאויבי המולדת ותבע אותם לדין בעוון רצח, והתפייס עם אנטוניוס וביחד עם לפידוס הם הקימו את הטריומווירט השני.
קיקרו הפציר בברוטוס, שהתמודד, באותה עת, עם מותה של אשתו האהובה פורקיה לחזור לרומא, אולם האירועים במזרח תפסו את תשומת לבו.פובליוס קורנליוס דולבלה מהסיעה הקיסרית נחת באסיה, רצח את המושל הרפובליקאי גאיוס טרבוניוס והשתלט על הפרובינקיה. ברוטוס וקסיוס החלו לפעול כנגד דולבלה. ברוטוס תקף חמש קוהורטות של דולבלה בכרסונסס בעוד שקסיוס הביס אותו בשעה שהוא ניסה לפלוש לסוריה.
ברוטוס חצה את ההלספונטוס (כיום הדרדנלים שבטורקיה) והחל לסחוט מהערים בסביבה מנחות של כסף, נשק, אספקה וחיילים וכתוצאה תגבר את כוחותיו בצורה משמעותית; בין השאר הוא קיבל צי בן 250 ספינות מביתיניה. כאשר עיר סירבה לדרישותיו הוא הגיב באכזריות קיצונית, כפי שמלמד גורלה של קסנתוס שהושמדה עד היסוד.
לאחר מכן החל ברוטוס עושה את דרכו חזרה לאירופה ומגייס בדרך את השבטים התראקים לצידו לעיתים בכוח הזרוע. כתוצאה מניצחון שלו על שבט הבאסים הוא הוכרז על ידי חייליו כאימפרטור מה שהגביר את יוקרתו. לאחר החזרת הסדר על קנו בתארקיה ברוטוס חזר לאסיה כדי לתאם את צעדיו עם קסיוס, והם הסכימו על המשך גיוס כוחות חדשים מהערים תחת שליטתם.
בינתיים הטריאומווירט החל בהנעת מכונת המלחמה ליוון לשם חיסולם של הרפובליקאים, דקידוס סקסה ונורבנוס פלקוס נשלחו בראש כוח החלוץ ואילו שהצבא העיקרי הונהג על ידי אוקטביוס ואנטוניוס. ברוטוס וקסיוס חצו את ההלספונטוס והצליחו לגרש את כוח החלוץ של הטריאומווירט. הרפובליקאים התקדמו לתוך מוקדון והקימו את בסיסם לידי העיר פיליפי במיקום נוח להגנה ועם גישה לנמל של ניאפוליס שממנו יכלו להביא אספקה מכיוון שציים שלט בים האגאי.
בקרב פיליפי הצבאות היריבים היו שווים בגודלם, אך לרפובליקאים היה יתרון של אספקה. אנטוניוס הוא שתקף ראשון במטרה להפריד בין שני הצבאות של קסיוס וברוטוס. התקפתו הביאה את ברוטוס לתקוף את אוקטביוס, ואף על פי שהתקפתו חסרה סדר וארגון הוא הצליח לכבוש את מחנה האויב שנמלט. אולם הוא לא ידע על תבוסתו של קסיוס על ידי אנטוניוס, וכן קסיוס לא היה מודע להצלחתו של ברוטוס והניח שגם הוא הובס ולכן בחר להתאבד.
למרות התאבדותו של קסיוס, שברוטוס הספיד אותו כ"אחרון הרומאים", הקרב טרם הוכרע, וברוטוס לקח את הפיקוד על צבאו של קסיוס. תוכניתו של ברוטוס הייתה לדחות את ההתקפה וכך לנצח את האויב שבשלב הזה סבל ממחסור באספקה וממזג האוויר החורפי, אולם קציניו דחקו בו לתקוף ולבסוף ברוטוס נאלץ להיכנע לדרישותיהם. תחילה התקפתו הצליחה, אולם ההצלחה הייתה קצרת מועד ובסופו של הדבר אוקטביוס ואנטוניוס הביסו אותו.
ברוטוס נמלט יחד עם מספר נאמניו משדה הקרב, משהבין שמצבו חסר תקווה העדיף לקחת את חייו. פלוטרכוס מספר שאנטוניוס התייחס לגופתו בכבוד, ארגן את הלווייתו ושלח את אפרו לסרויליה אמו בעוד שלפי סווטוניוס ראשו נערף והונח למרגלותיו של פסל קיסר ברומא.
אישיותו.
אופיו של ברוטוס היה מלא בסתירות; מצד אחד הוא היה עיקש ובעל כריזמה וכן בעל ביטחון עצמי ואמונה בצדקת דרכו, אולם באותה עת הוא היה נאיבי וחסר טאקט עד שאפשר להגיד שלעיתים היה גס רוח.
כישלונו של ברוטוס נבע מחוסר יכולתו להתגמש מבחינה פוליטית, הוא לא הבין שמלחמתו למען החופש - כלומר למען הרפובליקה המסורתית שבה לסנאט יש חופש דיבור, בעלי המשרות מתחלפים כל שנה ואף אדם לא יכול לצבור יותר מדי כוח, קסמה רק לשכבה דקה של הנוביליטאס. המוני העם העדיפו לחיות תחת אוטוקרטים נדיבים כקיסר ואוגוסטוס. אולם למרות כל חסרונותיו אפשר לשבח אותו על מלחמתו למען עקרונותיו.
מורשתו ותדמיתו.