טווח בתי הגידול ביוסמיטי נע מחורשה עבותה למרגלות ההרים למרחבים של סלעים אלפיניים, ובסך הכל מתקיימים ביוסמיטי 250 מינים של בעלי חוליות הכוללים דגים, דו-חיים, זוחלים, עופות ויונקים. מגוון עשיר זה נובע בעיקר מבתי הגידול ביוסמיטי שכמעט לא נפגעו, בהשוואה לסביבות טבעיות מחוץ לפארק שנפגעו או נהרסו כתוצאה מפעילות האדם.
רוב בתי הגידול הסמוכים לגבול המערבי של הפארק נשלט על ידי יערות מחטניים מעורבים של מיני האורן (אורן הזפת, אורן הסוכר), ארזים, קלוצדרוס מפושק, אשוח לבן ואשוח דאגלס, וקבוצות של עצי סקוויה ענקית המופרדות זו מזו על ידי אזורים של עצי אלון. בבתי הגידול הללו נמצא מגוון גדול של מינים טבעיים, בין השאר בזכות האקלים המתון בגבהים הנמוכים, אך גם בזכות השילוב בין סוגי בתי הגידול למיני הצמחים. מיני בעלי החיים המתקיימים בבתי גידול אלה הם בעיקר דוב שחור אמריקני, שונר מצוי, שועל אפור מצוי, אייל פרדי שחור-זנב, חומט גילברט ("Plestiodon gilberti") ממשפחת החומטיים, ציפור השיר מהמין "Certhia americana" (באנגלית Brown Creeper), לילית מנוקדת ומינים רבים של עטלפים. עצים מתים בפארק הם בעלי חשיבות לאוכלוסיית העטלפים כיוון שהם משמשים אתרי קינון חשובים.
היערות המחטניים באזורים גבוהים הופכים בהדרגה לאזורי גידול של אשוח אדום ומספר מינים של אורן. בבתי גידול אלה יש בדרך כלל מספר קטן יותר של מיני בעלי חיים, בעיקר בגלל מורכבותם והגובה הרב שבו הם נמצאים. המינים הנפוצים באזורים הללו הם בעיקר מין הסנאי הזהוב "Spermophilus lateralis" (אנגלית Golden-mantled ground squirrel) וסנאי דאגלס ("Tamiasciurus douglasii"), דלק קליפורני, עורבני שטלר, קיכלי חלוד זנב ונץ גדול. הזוחלים אינם נפוצים, אך המינים שכן נמצאים הם הנחש "Charina bottae" (באנגלית Rubber boa) והקשקשאים לטאה דוקרנית מערבית ("Sceloporus occidentalis") וקמטן האליגטור ("Elgaria coerulea").
באזורים גבוהים עוד יותר מתאפיינים העצים בגובה נמוך יותר, והם מפוזרים יותר בגלל סלעי הגרניט הפזורים בשטח. בין העצים הללו ניתן למנות את אורן מפותל, אורן לבן-קליפה וצוגה הררית ממשפחת האורניים, הגדלים עד קו העצים. האקלים בבתי הגידול הללו הוא קשה, ועונת הצמיחה קצרה מאוד. אולם, מינים כגון פיקה, מרמיטה זהובת-בטן, ארנבת הערבה ("Lepus townsendii") והעורב קיק אגוזים אמריקאי הסתגלו לתנאי המחיה באזורים אלה. כמו כן, בתי הגידול האלפיניים חסרי העצים מועדפים על ידי התת-מין "נבדה" של כבש גדול-קרניים. אוכלוסייה קטנה של תת-מין זה הובאה מחדש לאזור מעבר טיוגה – האזור היחיד ביוסמיטי שבו מתקיימת אוכלוסייה יציבה של הכבש.
הערבות בגבהים השונים הן בית גידול מוגן וחשוב עבור חיי הטבע ביוסמיטי. בעלי חיים מגיעים אליהן על מנת למצוא מזון באזורי הדשא הירוקים, ולהשתמש במים העומדים והזורמים הנמצאים בערבות רבות. בתגובה לכך נמשכים גם הטורפים לאזורים הללו. בעלי חיים רבים נוטים להעדיף את אזור המגע בין הערבה ליער כיוון שקרבתם של האזורים הפתוחים נוחה לחיפוש אחר מזון, והיער מספק הגנה מטורפים. מינים שתלויים בערבות באופן מהותי הם לילית אפורה, ציפור השיר טירן ערבות ("Empidonax traillii", באנגלית willow flycatcher) ממשפחת הטירניים, קרפדת יוסמיטי והמכרסם בונה הררי.
בתוך גבולות הפארק תועדו למעלה מ-130 מיני צמחים לא-מקומיים. הצמחים הללו הובאו לתוך יוסמיטי במהלך הגירת המתיישבים האירו-אמריקנים המוקדמים בשלהי שנות ה-50 של המאה ה-19. מפגעים טבעיים ומעשה ידי האדם, כגון שריפות ותהליכי בנייה, תרמו לעלייה המהירה בתפוצת הצמחים הלא-מקומיים. חלק מהמינים הללו פולשים באגרסיביות ו"מסלקים" את קהילות הצמחים הטבעיות. כתוצאה מכך מושפעים משאבי הפארק לרעה, כיוון שהצמחים הלא-מקומיים עשויים לגרום לשינויים משמעותיים במערכות האקולוגיות של הפארק באמצעות שינוי קהילות הצמחים המקומיות והתהליכים שעליהם הן מסתמכות. חלק מהצמחים הלא-מקומיים גורמים לעלייה בתדירות השריפות האזור, או מגדילים את זמינות החנקן בקרקע כך שצמחים לא-מקומיים נוספים יוכלו לשגשג בה. צמחים לא-מקומיים רבים יכולים להצמיח שורשים ארוכים, המסייעים להם בתחרות עם הצמחים המקומיים על משאבי המים. מאז שנות ה-40 הוגדרו כמה מיני צמחים ביוסמיטי כרעילים ומזיקים, ואחרים הוגדרו כאגרסיביים ודורשי בקרה.
נושאים בטיפול הסגל.
למרות העושר והאיכות של בתי הגידול ביוסמיטי נכחדו שלושה מינים במהלך ההיסטוריה של הפארק, ו-37 מינים נוספים הוכרזו על ידי רשויות קליפורניה או הרשויות הפדרליות כמינים במעמד מיוחד. האיומים החמורים ביותר על חיי הטבע והמערכות האקולוגיות ביוסמיטי הם נזקי שריפות, מינים לא מקומיים שהוחדרו לסביבה הטבעית, זיהום אוויר, הרס בתי גידול ושינויי אקלים. ברמה בסיסית יותר השפיעו גורמים שונים – כגון מוות בתאונות דרכים וזמינות גבוהה של מזון לבני-אדם – על חלק מהמינים.
הדובים השחורים ביוסמיטי התפרסמו בעבר כאשר פרצו למכוניות חונות על מנת לגנוב מזון. נטייתם של הדובים לנבור בפחי האשפה שבפארק הייתה אטרקציה תיירותית במשך מספר שנים. תדירות הולכת וגוברת של מפגשים בין דובים לבני אדם והנזק הגדול לרכוש הובילו לקמפיין נמרץ, במטרה להפסיק את תלותם של הדובים במזון האנושי ואת יצירת הקשר עם בני-אדם או עם רכושם. הפחים הפתוחים לאוויר נסגרו; כל כלי הקיבול לאשפה הוחלפו בכלים חסיני-דובים; כל אתרי המחנאות צוידו בארונות מזון שהדובים לא יכולים לפתוח, כך שהתיירים יוכלו להשאיר מזון ברכבים ללא חשש שהדובים בעלי הכוח הרב יוכלו להגיע אליו בקלות. כיוון שנהרגו דובים שהראו נטיות אגרסיביות כלפי אנשים, השתמשה הנהלת הפארק באמצעים שונים, כגון ירי כדורי גומי, על מנת לגרום לדובים להירתע מבני-האדם. מדי שנה נלכדים כ-30 דובים, אוזנם מסומנת ונלקחת מהם דגימת DNA על מנת שניתן יהיה לזהות את הדוב שגרם לנזק.
זיהום שכבת האוזון גרם לנזק רקמתי בעצי הסקוויה הענקית שבפארק. נזקים אלה הופכים את העצים פגיעים יותר להדבקה בחרקים ומחלות. כיוון שהאצטרובלים שלהם צריכים קרקע שנחרכה באש על מנת לנבוט, פגעו מאמצי דיכוי האש בעבר ביכולת הרבייה של העצים. המדיניות הנוכחית של הנהלת הפארק היא להבעיר שריפות מתוכננות מתוך תקווה שבכך יינתן פתרון לבעיה.
היסטוריה.
מלחמות האינדיאנים.
אינדיאנים משבטי הפאיוט והסיירה מיווק התגוררו באזור במשך עשרות שנים לפני הגעת החוקרים הלבנים הראשונים. קבוצת אינדיאנים בשם אהוואהניצ'י התגוררה בעמק יוסמיטי כאשר הזרים נכנסו אליו בפעם הראשונה.
במהלך הבהלה לזהב בקליפורניה באמצע המאה ה-19 גדל מספר האנשים הלבנים שעברו דרך יוסמיטי באופן משמעותי. מייג'ור ג'ים סאבאג' מצבא ארצות הברית הוביל את גדוד מריפוסה דרך עמק יוסמיטי בשנת 1851, כחלק ממרדף אחרי 200 אינדיאנים בהנהגתו של צ'יף טנאיה במסגרת מלחמות מריפוסה. העדויות מגדוד זה הן הראשונות הנוגעות לכניסה הראשונה של האדם הלבן לעמק. ליחידתו של סאבאג' סופח דוקטור לאפאייט באנל, שבתקופה מאוחרת יותר כתב על רשמיו מהעמק בספר The Discovery of the Yosemite (גילוי יוסמיטי). באנל נחשב לזה שהעניק לעמק את שמו לאור ראיונותיו עם צ'יף טנאיה. באנל כתב שהצ'יף היה זה שייסד את מושבת פאייוט של אה-ואה-ני. המיווקים (ורוב המתיישבים הלבנים) החשיבו את בני אהוואהניצ'י לאלימים בגלל המחלוקות הטריטוריאליות התכופות שפרצו ביניהם, ומשמעותה של המילה המיווקית "yohhe'meti" היא "הם רוצחים". התכתובת והמאמרים שנכתבו על ידי חיילי הגדוד סייעו בהפיכתו של העמק והאזור שמסביבו לאתר פופולרי.
טנאיה ויתר האהוואהניצ'ים נלכדו בסופו של דבר, והכפר שלהם נשרף; הם הועברו לשמורה הסמוכה לפרזנו שבקליפורניה. חלקם הורשו לחזור לעמק בתקופה מאוחרת יותר, אך הסתבכו בצרות כאשר תקפו קבוצה של שמונה כורי זהב באביב 1852. הם נאלצו להימלט מהעמק ולמצוא מקלט בקרב שבט מונו הסמוך; לאחר שגנבו מספר סוסים ממארחיהם, הם נרדפו וחוסלו על ידי בני המונו. מאחורי מוזיאון יוסמיטי ובאזור מרכז המבקרים עמק יוסמיטי נמצא העתק משוחזר של כפר אהוואהניצ'י.
התיירים הראשונים.
התיירים הראשונים שהגיעו לעמק היו היזם ג'יימס מייסון הצ'ינגס, האמן תומאס איירס ושני אנשים נוספים. הצ'ינגס כתב מאמרים וספרים על המסע הזה ועל מסעות מאוחרים יותר באזור, ושרטוטיו של איירס הפכו לתיאור המדויק הראשון של כמה מהמאפיינים הבולטים של יוסמיטי. הצלם צ'ארלס לינדר ויד צילם את התמונה הראשונה של העמק ב-1859. אחד הצלמים שפעלו באזור לאחר מכן היה אנסל אדמס.
ואוונה הייתה אתר חנייה אינדיאני באזור שבו נמצא כיום החלק הדרום-מערבי של הפארק. המתיישב גאלן קלארק גילה את חורשת הסקוויה הענקית בוואוונה בשנת 1857. לאחר מכן נבנו כמה בקתות ודרכים פשוטות באזור. מלון ואוונה נבנה ב-1879 על מנת לשרת את התיירים המבקרים בחורשה. ככל שגדל נפח התיירות, כך גדל גם מספר השבילים והמלונות.
יוסמיטי גרנט.
אזרחים בעלי השפעה כגון הסנאטור ג'ון קונס וגאלן קלארק היו מודאגים מבעלי האינטרסים המסחריים, ופעלו למען הכרזה על האזור כשטח מוגן. החוק להקמת פארק הועבר בשני בתי הקונגרס, ונחתם על ידי הנשיא אברהם לינקולן ב-30 ביוני 1864, וכך נוצר יוסמיטי גרנט. הייתה זו הפעם הראשונה שבה קרקע של פארק הוקצתה לשימור ושימוש ציבורי על ידי הממשל הפדרלי, והיא היוותה תקדים שלפיו הוקם ב-1872 הפארק הלאומי הראשון – ילוסטון. עמק יוסמיטי וחורשת מריפוסה נמסרו לקליפורניה כפארק מדינתי, ושנתיים לאחר מכן מונה חבר מנהלים לטפל בקרקעות.