בערב ראש השנה ה'ת"ל (1669) הלך רפאל לוי, מכפרו הקטן בולאי אל העיר הסמוכה מץ כדי לקנות שופר. לאחר מספר ימים התברר שאבד בנו של איכר מגלאטיני, כפר סמוך. הורי הילד התייצבו בפני רשויות מץ והאשימו את לוי בחטיפת בנם. למחרת יום הכיפורים נודעה האשמה לפרנסי הקהל. לוי, שכפרו היה בשטח דוכסות לורן ולא בתחום השיפוט של מץ, היה יכול להימלט מהמשפט, אך הוא בחר להתייצב במץ (תוך מסירות נפש), ביודעו שאם לא יסגיר את עצמו תיגרם סכנה לכל יהודי מץ. בינתיים נמצאה גופת הילד סמוך לגלאטיני, אך התביעה עדין טענה שלוי רצח אותו כדי להביא את גופתו למץ, שתשמש שם למטרות פולחניות (בשונה מעלילת הדם המצויה, כאן הופיעה הטענה בסמוך לחגי תשרי ולא בסמוך לליל הסדר). למרות ראיות שונות שהובאו במהלך המשפט לכך שהילד נטרף בידי זאבים ולוי כלל לא היה שם בעת המעשה, בית המשפט הרשיע אותו. נגזר על לוי עונש מוות בהעלאה על המוקד, אם לא יציל את עצמו בהתנצרות. לוי סירב להתנצר, ועלה על המוקד על קידוש השם. יום מותו כ"ה בטבת נשמר במץ כתענית ציבור קהילתית משך מאות שנים.
הפרלמנט ביקש למנף עלילה זו לגירוש כולל של כל יהודי מץ, ודרש שיוצא להורג גם אחד מפרנסי הקהילה, אך הפרשה התגלגלה אל לואי הארבעה עשר בפריז, שהורה לשלוח את חומרי החקירה אל בית המשפט העליון בפריז לבדיקה. בתום חקירה, הכריע בית המשפט העליון כי לא מדובר ברצח פולחני, טיהר את שמו של לוי לאחר מותו, וביטל את עונש המוות שהוטל על הפרנס. בשל כך דחה המלך את בקשת הפרלמנט העירוני לגרש את היהודים, וקובע שאין לפרלמנט זכות לשלול את כתבי הזכויות שלהם. בעקבות הפרשה הטילו רבני מץ והאזור חרם על הכפר גלאטיני, האוסר על יהודים לדרוך בכפר. יהודי הכפר עזבו, והחרם נשמר עד ראשית המאה ה-21. בינואר 2014 ערך ראש העיירה גלאטיני טקס התנצלות על הפרשה, בנוכחות נציגי הקונסיסטוריה המחוזית וצאצאיו של רפאל לוי, ובו נחשף לוח זיכרון לפרשה, בתקוה להפסקת החרם היהודי על העיירה.
במהפכה הצרפתית ולאחריה.
במהלך המהפכה הצרפתית, נדון באספה המכוננת הלאומית מתן אמנציפציה ואזרחות ליהודי צרפת. בעוד היהודים הפורטוגזים של בורדו ובאיון זכו לאזרחות כבר בראשית 1790, בתמורה לויתור על מוסדות הקהילה שלהם, היהודים האשכנזים, באלזס-לורן (לרבות מץ) ובפריז לא קבלו זכויות אלה מיד. נציגי הקהילות האשכנזיות ניסו לבקש, לצד הענקת זכויות האזרח, שמירה על האוטונומיה הקהילתית שלהם באופנים שונים. רק לאחר שראו כי אפילו בין תומכי האמנציפציה באספה אין לעמדה זו סיכוי להתקבל, נסוגו מעמדה זו וויתרו על האוטונומיה הקהילתית שלהם. בספטמבר 1791 הוענקה סופית אמנציפציה ליהודי אלזס-לורן, ובמהלך חודשי דצמבר 1791–ינואר 1792 נשבעו יהודי מץ, אחד אחד, את השבועה האזרחית. משניתנה להם האזרחות, אימצו אותה יהודי מץ בשמחה. באוקטובר 1792, לאחר ניצחון המהפכנים בתיונוויל הסמוכה, מצאו יהודי מץ הזדמנות להביע את פטריוטיותם החדשה. נערכה חגיגת ניצחון בבית הכנסת, שכללה דרשה של הרב אורי פייבוש כהן ומצעד. בשיא הטקס הושר שיר הלל למהפכה ולערכיה שחובר בידי משה אנסהיים ללחן של המרסייז, המנון המהפכנים החדש. נוסף לעצם ההזדהות עם ערכי המהפכה, השימוש בשפה מקראית-דתית בשיר גם העניק לערכים אלו משמעות יהודית-דתית.
עוד קודם למתן האזרחות, דנה האספה במס השנתי שהקהילה שילמה לדוכס ברנקה מאז 1745, בסך עשרים אלף ליברות, בתמורה להגנת הדוכס על זכות מגוריהם במץ. ביולי 1790 החליטה האספה לבטל את המס בגין הגנה זו, ובכך הסירה עול כבד מעל יהודי מץ. אולם, האספה לא ביטלה את החובות שהצטברו לקהילה עד אז כתוצאה ממס זה, שהגיעו באותה שנה לכדי 440,000 ליברה. חלוקת נטל החוב בין יהודי מץ ויהודי הקהילות האחרות בלורן יצרה סכסוכים שונים בין הקהילות. בסופו של דבר כיסו יהודי מץ את החוב רק ב-1854.
עם זאת, בפועל, לא גרמה המהפכה שינוי קיצוני באורחות חייהם של יהודי מץ. מרבית היהודים המשיכו להתגורר בשכונתם הנפרדת ולעסוק באותם העיסוקים. עד לימי נפוליאון והקמת הקונסיסטוריה עוד המשיכו מוסדות הקהילה לתפקד כפי שהיו קודם לכן כדי לספק את הצרכים הדתיים, על אף שלילת מעמדם החוקי. יהודי מץ גם המשיכו לדבר ביידיש ולצדה צרפתית, כפי שהיה קודם לכן, אם כי אט אט נטתה המטוטלת לטובת הצרפתית. גם האנטישמיות נותרה כשהייתה. למשל, בפברואר 1792 מנעה מועצת העיר רישום יהודים למשמר הלאומי, בשל התנגדות הנוצרים לשרת לצד יהודים. ככלל, המהפכה רק המשיכה את מגמות המודרניזציה שהחלו עוד קודם לכן, ובמידה מסוימת אף האטה אותן, בשל המשבר שנגרם מפירוק המסגרות הקהילתיות ומימי הטרור. מאידך, תרמו המהפכה והתהליכים שבעקבותיה לניתוק מץ מהשתייכותה למרחב קהילות גרמניה, והובילו בסופו של דבר ליצירת יהדות צרפתית נבדלת, שגרמה גם לירידת כוחה של מץ במרחב האירופי הכללי.
בימי שלטון הטרור נפגעה הקהילה קשות, כחלק מרדיפת הדת הכללית. בנובמבר 1793 הופקעו בתי הכנסת מרשות הקהילה, הושמדו רבים מספרי הקודש והפריטים שהיו בהם, והמבנים הוסבו לגידול בעלי חיים. שמירת מצוות בגלוי הפכה עבירה על החוק ועילה להתעללות. גם פעילות בית הדפוס העברי במץ הופסקה, והישיבה נסגרה. נאסרה קבורה בבית הקברות היהודי, והוגשו תביעות כנגד אלמנות שקברו בו את בעליהן. בסופו של דבר נאלצה הקהילה להקים בית קברות יהודי חדש. לקראת פסח ה'תקנ"ד הוציאה מועצת העיר צו שאסר על אכילת מצה. עם סיום הטרור באמצע 1795 הושבו לקהילה בתי הכנסת שלה. לעומת זאת, הישיבה נפתחה מחדש רק בשנת ה'תקע"ט (1818). המשבר הדתי בשנות הטרור הוביל להגירת דור שלם של תלמידי חכמים ובני ישיבה לגרמניה, ובכך גרם לירידה נוספת ברמתה התורנית של הקהילה.
בשנת ה'תקס"ח (1808), לאחר כינוסה של הסנהדרין של פריז, הקים נפוליאון בונפרטה את הקונסיסטוריה המרכזית של יהודי צרפת, ארגון ממשלתי שניהל את הקהילות היהודיות בצרפת. אחת משבע הקונסיסטוריות המחוזיות הוקמה במץ . הקונסיסטוריה הורכבה מחברי הקהילה, שבחרו את הרב שיעמוד בראשה. הרב הראשון היה רבי מאיר שרלוויל. על אף תהליכי המודרניזציה שעברו על הקהילה, בתחום הדתי הייתה הקונסיסטוריה של מץ (לצד זו של קולמר) סמן שמרני ביהדות צרפת של אותה העת, שברובה תמכה ברפורמות דתיות מתונות. ב-1839, יזמה הקונסיסטוריה המרכזית בראשות אדולף כרמיה, ששאפה להנהיג רפורמה דתית מסוימת בקהילות צרפת, הצעת חקיקה שהעניקה לה סמכות בלעדית לקבוע תיקונים בדת ובנוסח התפילה, ללא צורך בהסכמת הקונסיסטוריות המחוזיות והרבנים. במץ קמה לתוכנית התנגדות ציבורית רחבה, ובהובלת רב העיר רבי יהודה מאיר למברט שלחו רבים מבני העיר מכתבי מחאה לשר הדתות כנגד התכנית. ההתנגדות הציבורית הרחבה גרמה לקונסיסטוריה המרכזית לסגת חלקית מתוכניתה, ובהחלטה הסופית נקבע שתיקונים דתיים יהיו באחריות רבה הראשי של הקונסיסטוריה המרכזית, ולא באחריות חברי הקונסיסטוריה שאינם רבנים, וכן צומצמה שליטתם של חברי הקונסיסטוריה על הרבנים. באותן שנים, ביקש גרשון לוי, עם כשלושים מיהודי מץ, להקים מנין לתפילה שיונהגו בו רפורמות חלקיות, כגון ביטול הפיוטים, הוספת תפילה בצרפתית ודרשה לאחר התפילה בעברית, לצד תיקונים אסתטיים של מהלך התפילה כשימוש במקהלה. על אף שתוכניתו לא כללה שינויים קיצוניים שהיו מקובלים אצל הרפורמים בגרמניה כשינוי מבנה בית הכנסת, ביטול ההפרדה בין נשים לגברים או שימוש בעוגב, זכתה תוכניתו לגינוי חריף של הקונסיסטוריה המחוזית במץ ולהתנגדות ציבורית בקהילה, ובסופו של דבר בית תפילה זה לא נפתח מעולם. הרב למברט, רבה של העיר בשנים אלה, היה סמן שמרני בין רבני צרפת, יחד עם רבי זליגמן גודשו, רבה של קולמר, ויחד הם התקיפו כל ניסיון לשינוי דתי כמרד נגד היהדות. שתי קהילות אלה היו גם בין הקהילות העירוניות האחרונות לאמץ את טקס הקונפירמציה החדש שהציעה הקונסיסטוריה המרכזית, והן עשו זאת רק בשנות החמשים של אותה מאה.
בשנת ה'תקפ"ט (1829) החליטה הקונסיסטוריה המרכזית להקים מוסד מרכזי שיכשיר רבנים לקהילות צרפת, בהתאם למגמת הקונסיסטוריה המרכזית להעניק לרבנים אופי מודרני. הוחלט שהמוסד יוקם על בסיס הישיבה שהייתה קיימת במץ, שנפתחה מחדש לאחר סגירתה בימי הטרור. בקיץ ה'תק"ץ (1830) נפתח בבניין ישיבת מץ בית המדרש לרבנים במץ. בהתאם למגמת המייסדים, בית המדרש אמור היה לא להתמקד בלימודי תלמוד כבישיבה המסורתית, אלא ללמד גם מקצועות חול: צרפתית, ספרות, היסטוריה, מתמטיקה ותורת הנאום, וגם תחומים ביהדות שלא היו מקובלים בישיבות המסורתיות כפילוסופיה יהודית ומחשבת ישראל. הוא גם יועד לאזרחי צרפת בלבד, ולא כישיבה שקדמה לו, שמשכה צעירים יהודים מכל רחבי אירופה. בפועל, מהלך זה התבצע רק חלקית, ובביקורות שערכה הקונסיסטוריה התברר שבבית המדרש המשיכו לעסוק בעיקר בלימוד הלכה, ואפילו שפת הלימוד הפכה לצרפתית רק באופן חלקי. בשל כך, ביקשה הקונסיסטוריה המרכזית להעביר את המוסד לפריז, שהקהילה בה הייתה מודרנית הרבה יותר ממץ. הקונסיסטוריה של מץ, שהייתה שמרנית יותר מהמרכזית, התנגדה למהלך, ובניסיון למנוע אותו הוכנסו בשנות החמישים גם לימודי חול לתוכנית הלימודים, וכן לימודי פילוסופיה, תאולוגיה ומקרא. אף על פי כן, בשנת 1859 הורה נפוליאון השלישי על העברת המוסד לפריז. מהלך זה אכן שינה את אופיו של המוסד, שהפך לבית מדרש לרבנים מודרני, וככזה הוא מתפקד עד היום בשם בית המדרש הרבני של צרפת.