ברקע למינוי הוועידה בת חמישה החברים היו היריבות בין המונטניארדים לז'ירונדינים, עלייתם של חוגים קיצוניים כגון האברטיסטים, החזית מול מעצמות אירופה המלוכניות, והמתיחות הפוליטית בתוך צרפת עצמה. אי שקט זה הגיע לנקודת רתיחה עם ההתקוממות של ה-31 במאי 1793 והמרי שהחל בעקבותיה בחלקים שונים של צרפת. מאז אוגוסט 1792 הקומונה של פריז הייתה מרכז הכובד של הכוחות הרדיקליים יותר בזירה הפוליטית הצרפתית, ובכללם המונטניארדים. כשהאירועים החלו לצאת מכלל שליטה לקראת סוף מאי 1793, הקומונה שאפה להשיג שליטה מחודשת. ב-26 במאי רובספייר ומארה, הצטרפו לקריאות להתקוממות מול הוועידה הלאומית ולמעצרם של הז'ירונדינים. בין ה-31 במאי וה-2 ביוני הקומונה השתלטה על הוועידה הלאומית באמצעות כוחו של המשמר הלאומי והכריחה את חבריה להצביע על מעצרם של 29 צירים ז'ירונדינים. לאחר אירועים אלה הז'ירונדינים למעשה הובסו והמונטניארדים קיבלו את השליטה על הוועידה הלאומית ועל הוועד לשלום הציבור.
באווירה זו חברי הוועדה של חמשת הנציגים נדרשו לפעול במהירות ולספק חוקה שתייצב את השלטון ותקנה לו לגיטימציה. בתוך מספר ימים, החמישה הציעו טיוטת חוקה חדשה שנסמכה בחלקה על הצעתו של סן-ז'וסט. הטיוטה אושרה על ידי הוועד לשלום הציבור כולו, וב-10 ביוני ההצעה הוצגה לאישור הוועידה הלאומית. ב-26 ביוני הוועידה הלאומית הצביעה להעברת הטיוטה לאישור במשאל עם שלאחריו, אם תתקבל החוקה החדשה, הוועידה הלאומית תתפזר. ההצעה אושרה במשאל העם ברוב של 1,801,918 מצביעים בעד מול 11,610 מצביעים נגד. החוקה החדשה אומצה רשמית ב-10 באוגוסט, אך יום לאחר מכן רובספייר הודיע שהמצב הביטחוני אינו מאפשר את קיומן של הבחירות הכלליות הנדרשות על פי החוקה והשעה אותה למעשה.
קריירה צבאית ושלטון הטרור.
אם סן-ז'וסט הצטער על כך שהחוקה שהוא סייע לנסח הושעתה מייד עם כניסתה לתוקף, הוא לא נתן לצער הזה ביטוי פומבי. האירועים שהובילו לניסוח החפוז של החוקה הציבו אותו בסופו של דבר במוסדות שהיוו את מרכז הכוח הרדיקלי, המהפכני. תשומת הלב של סן-ז'וסט וחבריו הופנתה, מצד אחד, למלחמה נגד המעצמות המלוכניות, שבחודשי הקיץ של 1793 הגיעו להצלחות בלתי מבוטלות מול הצבא הצרפתי. באוגוסט של אותה שנה הכריז לזאר קרנו, שר ההגנה וחבר בוועד לשלום הציבור, על גיוס של כלל האוכלוסייה והמשאבים בצרפת לטובת המלחמה. מצד שני, תשומת הלב של חברי הוועד הופנתה גם כלפי פנים בניסיון לדכא ביטויי מרי נגד הכוחות המהפכניים. מרידות מעין אלה החלו ב-6 וב-7 ביוני במספר ערים מרכזיות בצרפת (למשל בבורדו, מרסיי, נים, סומיר, מחוז ונדה וטולוז). העיר השנייה בגודלה, ליון, הייתה תחת שליטתם של מורדים, ועד אמצע אוקטובר של אותה שנה הממשל המהפכני ניהל מולה מלחמה שכללה מצור, הפצצות והרס. על רקע ההתפתחויות האלה הוועד לשלום הציבור הפך, מצד אחד, למעין קבינט בעל סמכות בענייני מלחמה, ומצד שני למרכז ההחלטות הקשורות בטרור או במצוד אחר מתנגדים ובוגדים. עיסוקיו של סן-ז'וסט נגעו גם הם בעיקר בשני תחומים אלה.
באוקטובר של אותה שנה סן-ז'וסט נשא נאום תחת הכותרת "דוח על ההכרח להכריז על ממשלה מהפכנית עד שיתכונן שלום". בנאום הוא קבע כי:
הטענה הכללית אותה סן-ז'וסט ביקש להסביר ב"דוח" היא שעל הממשלה להישאר "מהפכנית" - כלומר, ממשלת חירום שאינה נבחרת ופועלת על פי החוקה - כל עוד השלום לא הושג. במילים אחרות, הוא ביקש לקבע את המצב הנוכחי בו החוקה מושעית. בנוסף, הוא ביקש להעביר לוועד לשלום הציבור סמכויות נוספות בניהול המלחמה הפנימית והחיצונית. דבריו של סן-ז'וסט על הצורך ברדיפת בוגדים והאופן בו הרחיב את ההגדרה של התנגדות לריבון ולרפובליקה, שיקפו את השינויים בגישה של חברי הוועד לשלום הציבור ואת התהליך של התגברות שלטון הטרור. למעשה, בנאומו הוא נתן לגיטימציה ל"חוק החשודים" שעבר ב-17 בספטמבר והרחיב באופן משמעותי את ההגדרה של החשודים כ"אויבי החירות".
מפקד בחזית באלזס.
מספר ימים אחרי הנאום ויום לאחר שראשה של המלכה לשעבר מארי אנטואנט נערף, הוחלט לשלוח את סן-ז'וסט יחד עם פיליפ לה-באס לחזית באלזס כמפקד בעל סמכות "מיוחדת". השם שיצא לסן-ז'וסט בקרב החיילים והמפקדים הוא של מפקד ללא חת, קפדן ונחוש. מטרתו העיקרית הייתה לא רק לחזק את המאמצים המלחמתיים והלוגיסטיים, אלא ליצור אווירה של משמעת שתבטיח צייתנות הן של הכוחות הלוחמים והן של הנוכחות האזרחית. באשר לכוחות הצבאיים, זמן קצר אחרי הגעתו לאלזס, סן-ז'וסט הגיע למסקנה שחוסר במשמעת בקרב המפקדים באזור מהווה דוגמה רעה לחיילים ויוצר חוסר סדר ומשמעת כללי. הוא החליט על טיהור בקרב מפקדי הצבא. רבים מהמפקדים נעצרו באשמת בגידה או תחת האישום שהם אריסטוקרטים. מספר מפקדים נשפטו והוצאו להורג והצאו פקודות שחייבו את המפקדים הנותרים להישאר כל הזמן יחד עם פקודיהם. סן-ז'וסט דאג גם לצרכים הלוגיסטיים והחומריים של הכוחות בסביבה ולצורך סיפוקם קבע הוראות שחייבו את אזרחי האזור - במיוחד אזרחי העיר שטרסבורג - לספק מזון, סוסים, מוצרי ביגוד, ואמצעים אחרים לכוחות הצבא. לצורך הפיקוח על ההוצאה לפועל של שטף הפקודות סן-ז'וסט ולה-באס הקימו בית משפט צבאי בעל סמכויות נרחבות.
באשר לאוכלוסייה האזרחית באלזס, מבחינת הממשל המהפכני בצרפת היא היוותה מקרה מיוחד כיוון שמרבית התושבים היו דוברי גרמנית והנאמנות שלהם לא הייתה ברורה. האלזסים היו חלק מצרפת במשך זמן רב לפני המהפכה, אבל המשטר הישן לא שאף להחיל עליהם אחידות תרבותית ואיפשר את המשך קיומם של קשרים פוליטיים, תרבותיים וכלכליים עם אזורים דוברי גרמנית מחוץ למדינה. בתחילת המהפכה רבים מתושבי אלזס, שרצו להיפטר מעולם של בעלי אדמות, מילאו תפקיד פעיל בקידומה. אולם ההתלהבות היחסית בתחילת המהפכה הפכה לרגשות מעורבים בהמשכה, ובדומה לאזורים אחרים בצרפת, במקביל להמשך שיתוף הפעולה עם הממשל המהפכני היו באזור גם כוחות אנטי-מהפכניים. על רקע זה, ובהינתן שצרפת הייתה במלחמה עם פרוסיה ואוסטריה, סן-ז'וסט היה חשדן כלפי האוכלוסייה דוברת הגרמנית. בסוף אוקטובר נתפס באזור מכתב, כנראה מזויף, בו נכתבו פרטים על קשר של מתנגדי המהפכה לקחת שליטה על שטרסבורג. בין אם סן-ז'וסט האמין שהמכתב אמיתי או סבר שהוא מזויף, התגובה שלו ל"קשר" הייתה נחרצת. הוא הורה על חיפוש של זרים בכל בית בעיר ופיזר את מנהלת המחוז ואת העירייה של שטרסבורג. למרות הפעולות האלה, סן-ז'וסט שאף להישאר ביחסים של שיתוף פעולה עם אזרחי שטרסבורג. מי שהוביל את הקנאות המהפכנית בשטרסבורג היה ראש העיר המהפכן, יולוגיוס שניידר, שניצל היעדרות קצרה של סן-ז'וסט ולה-באס באמצע נובמבר כדי לארגן מפגן מהפכני נגד מוסדות דתיים בעיר. עם שובו, סן-ז'וסט יצא כנגד שניידר ודרש ממנו הסבר פומבי למעשיו. מאוחר יותר, סן-ז'וסט ולה-באס החליטו לשפוט ולשלוח את שניידר לפריז על מנת לקבל עונש מוות באשמה שהוא אריסטוקרט.
נשיא הוועידה הלאומית.
ב-19 בפברואר 1794 סן-ז'וסט נבחר לנשיא של הוועידה הלאומית. הבחירה של סן-ז'וסט התאפשרה אחרי שהאויבים של המונטניארדים, הז'ירונדיסטים, הובסו והוצאו מכל מוקדי הכוח, אך החשש מפני "אויבים מבפנים" המשיך להטריד את מנוחתם של אנשי הוועד לשלום הציבור. מצד אחד, הם חששו מפלג "מתון" שעשוי היה להתגבש סביב הנהגתו של ז'ורז' דנטון. דנטון עמד בראש הוועד לשלום הציבור מהקמתו ועד לאביב 1793, אך ביולי של אותה השנה, התקיימו בחירות מחודשות לוועד ודנטון מצא את עצמו מחוץ לארגון שבראשו הוא עמד עד אז. אחרי היעדרות קצרה באוקטובר 1793, דנטון חזר לפריז והחל להוביל, יחד עם קאמי דמולן, התנגדות מתונה לטרור הפוליטי ולרפורמות האנטי-נוצריות ברפובליקה (הטרור הדתי, או "כת ההיגיון"). מצד שני, העיתונאי ז'אק רנה אֶבֵּר הוביל קו שמאלי קיצוני שתבע את המשך הטרור נגד החשודים בהתנגדות למהפכה ונגד גילויים פומביים של הדת הנוצרית. לאחר תבוסת הז'ירונדיסטים, האברטיסטים החלו לתקוף גם את רובספייר וחבריו המונטניארדים, שלדידם לא היו קיצונים מספיק.
כנשיא הוועידה סן-ז'וסט הוביל קו של התנגדות אלימה כלפי שני הפלגים האלה. ההתנגדות לאברטיסטים לא נבעה מהתנגדות עקרונית לרעיון הטרור, שהפך בינתיים לעיקרון רשמי של רובספייר ותומכיו, אלא מחשש לאובדן שליטה. ב-13 במרץ סן-ז'וסט טען בפני הוועידה שאבר ותומכיו זוממים כנגד הרפובליקה. באותו היום אבר ורבים אחרים נעצרו. ב-21 במרץ משפטם החל, וב-24 במרץ הם נמצאו אשמים והוצאו להורג בגיליוטינה. ב-30 במרץ דנטון ודמולן נעצרו יחד עם רבים מתומכיהם. הם נמצאו אשמים בפשעים כנגד הרפובליקה והוצאו להורג ב-5 באפריל. ב-15 באפריל סן-ז'וסט נשא נאום נוסף מול הוועידה, בו הוא קרא לריכוז הכוח המשטרתי תחת פיקוד הוועד לשלום הציבור.
ימיו האחרונים ומותו.
בחצי השנה הראשונה של 1794, במקביל לפעולותיו בוועידה, סן-ז'וסט המשיך לצאת למשימות פיקוד בחזית הצפונית. הבולטת מבין המשימות האלה היא זו שמילא בקרב פלורוס, ב-26 ביוני, שם סן-ז'וסט מילא תפקיד בהדיפת הכוחות האוסטרים ויצירת מומנטום מחודש לצבא הצרפתי. תפקידו כמפקד העלה את קרנו כאישיות בכירה בפוליטיקה המהפכנית, אך כשסן-ז'וסט חזר מהחזית, האווירה הפוליטית בפריז הייתה כבר שונה והתנגדות חדשה לשלטון של רובספייר החלה להתגבש.