לקראת עונת הגיע לקבוצה המאמן הספרדי אנטוניו לופס הראנס. הייתה זו עונתו השנייה בקבוצה של אחד מסמליה הגדולים, השוער אנטוניו קרבחאל, ואל הסגל חזר מרקוס אאורליו מברצלונה. לאון נאבקה באותה עונה עם גוודלחרה, אותה הוביל מאמנה לשעבר קסוז'ו. על אף שלאון גברה על גוודלחרה פעמיים באותה עונה (1-0 בשני המשחקים), הגיעו הקבוצות למחזור הנעילה כשגוודלחרה מובילה בנקודה את הטבלה, כשתוצאת תיקו תספיק לה לזכייה בתואר. במחזור הסיום הדהימה פואבלה את גוודלחרה עם ניצחון 1-0, במשחק בו החמיצה גוודלחרה פנדל. במפגש המקביל גברה לאון 1-0 על אטלנטה וזכתה באליפות השלישית בתולדותיה, בכיכובו של אורליו שכבש 11 שערים באותה עונה.
לאחר עזיבתו של הראנס לטובת אימון נבחרת מקסיקו, סבלה לאון מירידה ביכולת, ובעונת אף רשמה את עונת השפל שלה מאז הקמתה, כשסיימה שמינית בטבלה. הראנס חזר לקבוצה בעונת , והוביל אותה לרצף הארוך בתולדותיה ללא הפסד, מהמחזור השלישי ועד למחזור ה-21. לאון רשמה שני הפסדים רצופים לקראת סיום העונה, ואפשרה לדפורטיבו אורו להיצמד אליה בצמרת, כשלשתיים מאזן זהה של נקודות. כמו לפני שמונה שנים, שוב נפגשו לאון ואורו למשחק אליפות, שהתקיים הפעם באצטדיון האוניברסיטאי האולימפי במקסיקו סיטי. המשחק נערך כחודשיים לאחר סיום העונה, עקב מסע משחקים של לאון באירופה. במשחק האליפות גברה לאון 4-2 על אורו, וזכתה בפעם הרביעית בתולדותיה באליפות מקסיקו. שנתיים אחר כך, זכתה הקבוצה בגביע מקסיקו השני בתולדותיה.
שנות שפל בליגה הבכירה (1959 - 1986).
מאז זכייתה בגביע ב-1958, עברה הקבוצה כעשור ללא זכייה בתארים. בתחילת 1967 עברה הקבוצה לאצטדיון חדש, אצטדיון לאון שזכה לכינוי "קאמפ נואו". על אף שלא הצליחה לאיים על האליפות באותה עונה, נרשם שיפור ביכולת הקבוצה באותה עונה, שהסתיימה עם זכייה בגביע השלישי בתולדות המועדון, לאחר ניצחון 2-1 בגמר על גוודלחרה, בהובלתו של המאמן הארגנטינאי לואיס גריל.
בעונת , תחת הובלתו של אנטוניו קרבחאל, מי שהיה שוער הקבוצה במשך שנים ארוכות, זכתה לאון בגביע נוסף, רביעי במספר. במשחק הגמר מול זקאטפק, לאחר שוויון 0-0 בתום הארכה, הוכרע המשחק בדו-קרב בעיטות עונשין שהסתיים בתוצאה 10-9 ללאון. בעונה לאחר מכן שמרה הקבוצה של קרבחאל על התואר. שיטת הגביע שונתה באותה עונה לבית גמר, בו סיימה לאון ראשונה והקדימה את פואבלה בדרך לגביע החמישי בתולדותיה.
בעונת הייתה לאון קרובה מאוד לזכייה בתואר. הייתה זו העונה השלישית בה התקיים פלייאוף בסיום העונה הסדירה. לאון נפגשה בגמר הפלייאוף מול קרוס אסול. הקבוצות נפרדו בשוויון 1-1 שגרר משחק חוזר. המשחק החוזר הסתיים גם הוא בשוויון, 0-0 שגרר משחק שלישי. הפעם לאון נוצחה על ידי קרוס אסול 2-1 והחמיצה הזדמנות לזכייה בתואר. בעונת שוב הייתה לאון לסגנית האלופה. בעונה זו, באופן חד פעמי, לא שוחק פלייאוף ושתי המובילות של כל אחד משני הבתים התמודדו בבית גמר. לאון סיימה במקום השני בבית, אחרי דפורטיבו טולוקה.
במהלך העשור הבא התקשתה לאון להגיע להישגים, ולא הצליחה להעפיל לשלב הגמר בפלייאוף האליפות או בגביע. במהלך החצי הראשון של שנות ה-80 הצליחה הקבוצה להעפיל רק פעם אחת לפלייאוף, ובשאר העונות סיימה במרכז הטבלה ומטה.
מירידת ליגה לזכייה באליפות (1986 - 2001).
לאחר שנים קשות ומאבקי תחתית, ירדה הקבוצה לליגת המשנה לראשונה בתולדותיה. תחת שלושה מאמנים שונים, כשלה הקבוצה לשרוד בליגה כשסיימה במקום ה-20 מתוך 21. הקבוצה נחלה עשרים הפסדים בארבעים מחזורי הליגה, ו-12 הניצחונות שהשיגה לא הועילו לה והיא ירדה לליגת המשנה.
לקראת , ובתום שלוש עונות בליגת המשנה, הצליחה לאון לחזור לליגה הבכירה עם המאמן ויקטור מנואל ווצ'טיץ'. עונת החזרה שלה לליגה הסתכמה במקום השלישי (מתוך חמישה) בבית ד', מרחק שתי נקודות בלבד מהמקום בפלייאוף. באותה עונה נבנה מחדש סגל הקבוצה, אליו הצטרף בין היתר טיטה, חלוץ סגל נבחרת ברזיל במונדיאל 1990 ואחד מסמליה של לאון בכל הזמנים.
בעונת , עונה אחת בלבד לאחר חזרתה לליגה הבכירה, זכתה לאון באליפות החמישית בתולדותיה. הייתה זו זכייה ראשונה עבורה בתואר האליפות מזה 36 שנים. לאחר שסיימה שנייה בבית במהלך העונה הסדירה, העפילה לאון לרבע הגמר. בשלב זה, השיגה הקבוצה ניצחון כפול בתוצאה זהה של 1-0 על אוניברסידד נסיונל. בשלב חצי הגמר התקרבה לאון להדחה, לאחר שנוצחה 3-1 בחוץ על ידי קרוס אסול, אך במשחק הגומלין הצליחה הקבוצה לנצח 2-0, שהעניק לה את הכרטיס לגמר בזכות חוק שערי חוץ. בשלב הגמר פגשה לאון את פואבלה. לאחר ששני המשחקים הסתיימו בשוויון 0-0, עבר מפגש הגומלין להכרעה בהארכה. בדקה ה-104 הצליחה לאון לכבוש את השער הראשון, והכפילה את התוצאה כעבור שתי דקות. עם ניצחון 2-0 בסיום, הבטיחה לאון את זכייתה בתואר.
עונה אחר כך הצליחה לאון להעפיל עד לחצי גמר הפלייאוף, אך מאז עברה תקופה חלשה יותר, בה לא הצליחה להגיע כלל לשלב הפלייאוף. תקופה זו נעצרה בטורניר החורף של 1997 (אינביירנו). לאון סיימה עם הדירוג הכללי הטוב ביותר מבין קבוצות הליגה, והדיחה את טורוס נסה ואת קלוב אמריקה בדרכה לגמר הפלייאוף. בשלב הגמר הפסידה לאון 2-1 בסיכום לקרוס אסול, ופספסה את הזכייה באליפות.
גם ההעפלה לגמר לא הצליחה להוציא את הקבוצה לדרך חדשה, ובמהלך העונות הבאות היא סיימה דרך קבע בחלק התחתון של הדירוג, למעט העפלה חד פעמית לפלייאוף מהמקום התשיעי בליגה בטורניר קיץ 2001.
ירידת ליגה ועשור בליגת המשנה (2002 - 2012).
טורניר הקיץ של 2002 היה חלש מאוד עבור לאון. היא סיימה במקום האחרון בטבלה, עם שני ניצחונות בלבד ב-18 מחזורי הליגה. דירוגה הכללי בסיכום עונת היה הגרוע בליגה, והיא נשרה בפעם השנייה בתולדותיה לליגת המשנה.
על אף שהצליחה לזכות בשלושה טורנירים שונים (קלאוסורה 2003, קלאוסורה 2004 וקלאוסורה 2008), לא הצליחה הקבוצה לנצח בפלייאוף העלייה, ונותרה שוב ושוב בליגת המשנה. בשנת 2012, החל מצבה של הקבוצה להשתפר, עם הגעתו של המאמן הארגנטינאי - אורוגוואי, גוסטבו מטוסאס, שהוחתם לקראת טורניר קלאוסורה 2012. מטוסאס הוביל את הקבוצה למאזן נקי מהפסדים בליגה הסדירה, עם עשרה ניצחונות וארבע תוצאות תיקו ב-14 משחקים. לאון שמרה על מאזן נקי מהפסדים גם בפלייאוף, אותו סיימה כאלופת קלאוסורה 2012. בפלייאוף ההעפלה פגשה לאון את קורקמינוס UAT. במשחק הראשון בחוץ הפסידה לאון 2-1, אך ב-12 במאי 2012, במשחק הגומלין, הביסה לאון את יריבתה 5-0 ועלתה לאחר עשור בחזרה לליגה הבכירה.
החזרה לצמרת (2012 - ).
מטוסאס המשיך להוביל את לאון בליגה הבכירה. בעונת הצליחה הקבוצה באפרטורה והגיעה עד לחצי גמר הפלייאוף, אך כשלה בקלאוסורה וסיימה במקום ה-15 בלבד.
למרות הכישלון בטורניר השני של העונה, נותר מטוסאס בתפקידו, וחיזק את הקבוצה במספר שחקנים בכירים, בהם רפאל מארקס שחזר למקסיקו לראשונה מאז 1999 וזכה מיידית בסרט הקפטן, והארגנטינאי הבינלאומי מאורו בוסלי. הקבוצה חזרה להפגין יכולת טובה מאוד וסיימה את הליגה הסדירה במקום השלישי עם שלושה הפסדים בלבד. בשלב הפלייאוף הפגינה הקבוצה יכולת התקפית משופרת. ברבע הגמר היא הדיחה את מונרקס מורליה עם 7-3 בסיכום שני המפגשים, בחצי הגמר הדיחה את סנטוס לגונה עם 5-3 בסיכום שני המפגשים, והגיעה לגמר מול קלוב אמריקה. לאון רשמה ניצחון כפול על יריבתה החזקה, 2-0 ו-3-1, וזכתה באליפות השישית בתולדות המועדון. בזכות הזכייה, היה מארקס למקסיקני הראשון בהיסטוריה שזוכה באליפות בשלוש מדינות שונות (לאחר שזכה עם מונקו בצרפת ועם ברצלונה בספרד).
טורניר אחד אחר כך התקשתה לאון בליגה הסדירה, אך הצליחה להשיג את הכרטיס האחרון לפלייאוף כשסיימה שמינית. ברבע הגמר, מול קרוס אסול, הצליחה הקבוצה להעפיל בזכות חוק שערי חוץ, לאחר שוויון 1-1 בבית ושוויון 2-2 בחוץ. בחצי הגמר הצליחה לאון להשיג ניצחון כפול בתוצאה זהה, 1-0, על דפורטיבו טולוקה שהעניק לה כרטיס לגמר. במשחק הראשון של שלב הגמר מול פצ'וקה נכנעה לאון 3-2, אך בגומלין ניצחה 1-0 והמשחק הלך להארכה, במהלכה כבשה לאון שער נוסף. תוצאת הסיום, 2-0 ללאון, העניקה לה בפעם השנייה ברציפות והשביעית בתולדותיה את תואר האליפות.
לאחר הזכייה בשתי האליפויות הרצופות, הוזמנה הקבוצה לשחק בגביע ז'ואן גאמפר מול ברצלונה, והייתה המקסיקנית הראשונה שמשתתפת בטורניר מאז היווסדו ב-1966. במשחק עצמו הובסה לאון בתוצאה 6-0.
בסוף 2014, לאחר התפטרותו של מטוסאס, התמנה לתפקיד חואן אנטוניו פיצי.
אצטדיון.
בשנת 1967 עברה לאון לשחק באצטדיונה הנוכחי, אצטדיון לאון. האצטדיון, שידוע בכינויו "קאמפ נואו", מכיל 28,759 מקומות ישיבה.
העבודות להקמת האצטדיון החלו ב-18 באוגוסט 1965, והושלמו כשנה וחצי אחר כך. הוא נפתח רשמית ב-1 בפברואר 1967 במשחק ידידות בין סנטוס הברזילאית לריבר פלייט הארגנטינאית, שהסתיים בניצחון 2-1 לסנטוס.
האצטדיון אירח שבעה משחקים במסגרת מונדיאל 1970, בהם ניצחונה של 3-2 בהארכה על . במונדיאל 1986 אירח האצטדיון ארבעה משחקים, בהם ניצחונה של 4-3 על בהארכה במסגרת שמינית הגמר.
יריבויות.
סן סבסטיאן.
היריבות הראשונה והוותיקה ביותר של לאון הייתה מול קבוצת סן סבסטיאן דה לאון, שהחלה לשחק בליגה הבכירה בעונת . היריבות התפתחה מעצם היותן של הקבוצות יריבות עירוניות. היריבות הייתה קצרה במיוחד, לאחר שסן סבסטיאן הפכה ליורדת הראשונה בתולדות ליגת העל המקסיקנית, כשנשרה לליגת המשנה בסיום עונת . שתי הקבוצות לא נפגשו עוד עד להתפרקותה של סן סבסטיאן ב-1959.
גוודלחרה.