לאחר פרסום ההודעה שיגרה שרת החוץ גולדה מאיר שֶׁדֶר לראש הממשלה בנדרנאיקה ובו נאמר שאין שום סכסוך בין ישראל לציילון, וכי ישראל לא מבינה את התערבות ארצות ערב ביחסים בין שתי המדינות. מאיר קיוותה שממשלת ציילון תסתפק בהודעה שפורסמה ותמנע מהחזרת הציר. דניאל לוין קיבל הוראה לנסוע לקולומבו במטרה לשבת לשיחה עם ראש הממשלה בנדרנאיקה וכן שגרירי ישראל בעולם נתבקשו לשוחח עם עמיתיהם הציילונים. השיחה בין לוין לבין ראש הממשלה בנדרנאיקה ויועציה לא הניבה פרי ואף הפך דבר-מה לגרוע יותר: בציילון החליטו לבטל את האמנתו של צירם באיטליה לישראל והודיעו שלא יקבלו ציר לא-תושב ישראלי בקולומבו. למעשה, המשיך הממונה הישראלי לשבת בקולומבו וציר ישראל בראנגון המשיך להיות ציר לא-תושב שם. מתקופה זו ועד לחידוש היחסים בשנת 2000, לא היה לסרי לנקה ייצוג דיפלומטי כלשהו בישראל.
לאחר פרסום ההצהרה של ראש הממשלה סירימאבו בנדרנאיקה נאמר לממונה הישראלי בקולומבו כי ציילון עדיין תטפח יחסי ידידות בין שתי המדינות למרות הודעתה של בנדרנאיקה. לדוגמה, היו אז עדיין קשרי מסחר שכללו בעיקר יצוא תרופות. מפעם לפעם השתתפו משתלמים ציילונים בקורסים ובסמינרים בישראל. בשנת 1959 השתתפו נציגים מציילון בסמינר להתיישבות ובסמינר לקואופרציה. בחודש מרץ של אותה השנה ביקרה בישראל קבוצה של מורים ציילונים כאורחים של הסתדרות המורים. בשלהי שנת 1964 ובמהלך 1965 נערכו סקרים חקלאיים אחדים על ידי מומחים ישראלים בציילון. בסתיו 1965 ערך מומחה סקר לבדיקת האפשרות להקמת תנועת נוער בציילון. באותה השנה השתלמו בישראל שישה ציילונים וביקרו בה חברי פרלמנט, שופט בבית המשפט העליון של ציילון ואישים אחרים. נוסף על כך, ב-1961 מכרה ישראל לציילון תחמושת ותת-מקלעים מסוג "עוזי", ושנתיים לאחר מכן - מרגמות. באורח מפתיע, בוועידת המדינות הבלתי-מזדהות שהתקיימה בבלגרד מ-1 ועד ל-6 בספטמבר 1961 הצטרפה בנדרנאיקה לעמדתו של ראש ממשלת הודו ג'ווהרלל נהרו שהתנגד למסמך שגינה את ישראל.
ב-1960, מדיניותה של ציילון כלפי ישראל הובהרה בנאום שנשא שר האוצר הציילוני פליקס דיאז בפרלמנט, במהלך ויכוח על יחסי החוץ של ציילון. דיאז אמר שהמדיניות הרשמית והמסורתית של כל ממשלות ציילון לדורותיהן הייתה להימנע מקשירת יחסים הדוקים עם ישראל. אמירה זו התבטאה בביטולי ביקורים רשמיים ובדחיית ביקורי הצירים של שתי המדינות משני הצדדים. סיבה זו הייתה בעיקרה כלכלית - בציילון לא הרשו לעצמם להפסיד את שוק התה עם ארצות ערב. הסיבה השנייה הייתה ככל הנראה עמדתו של ראש ממשלת הודו ג'ווהרלל נהרו בנוגע לישראל. בשיחות שקיים הממונה לורך עם פקידי משרד החוץ הציילוני שמע פעם אחת שממשלת ציילון מסכימה עקרונית להאמנת ציר ישראלי תושב בקולומבו אך שאין השעה כשרה לכך. ההסבר לכך היה שקיים חשש מהותי להרעת היחסים הדיפלומטיים עם המדינות הערביות. אף על פי כן, הציילונים היו מעוניינים בהידוק קשרי הסיוע הטכני בין שתי המדינות.
ימי דאדלי סנאנאיאקה (1965–1970).
בבחירות שהתקיימו בראשית שנת 1965 הפסידה בנדרנאיקה ולראשות הממשלה נבחר דאדלי סנאנאיאקה שנכנס לתפקידו בחודש מרץ של אותה השנה. בישראל קיוו שעם בחירתו של סנאנאיאקה ייפתח פרק חדש ביחסי ישראל-ציילון, והיחסים בין שתי המדינות יתוקנו. ברם, עד מהרה התברר כי לא חל כל שינוי במדיניותה של ציילון כלפי ישראל - היא המשיכה להזדהות עם מדינות העולם השלישי בכל הנוגע לסכסוך הישראלי-ערבי. בשיחות של אנשי משרד החוץ הישראלי עם נציגים ציילונים נשמעו שוב ושוב הנימוקים המסורתיים ליחסה של ציילון כלפי ישראל. הנימוק הראשון היה חשש מתגובת המיעוט המוסלמי בציילון, והשני היה החשש מההשלכה שתיגרם עקב העמקת יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות על שוק מכירות התה למדינות הערביות (בייחוד לעיראק, שהיו כמעט הקונים היחידים של תה זה).
בחודש ספטמבר 1965 ביקש הממונה הישראלי בקולומבו, נתנאל לורך, את הסכמת ממשלת ציילון להאמנתו כציר תושב, אך פנייתו לא נענתה. הלחץ של ארצות ערב על סרי לנקה שמא תשפר את יחסיה עם ישראל היה מַתמיד ועקבי מתמיד. הלחץ בא לידי ביטוי גם בעמדתה הפרו-ערבית של ציילון באומות המאוחדות ובארגוניו השונים. עקב מלחמת ששת הימים ב-1967 חלה הרעה ביחסי ישראל-סרי לנקה. ההתבטאות של נציגה באו"ם ביחס למלחמה בישראל היה שלילית וחריפה וסרי לנקה תבעה נסיגה מידית של ישראל לקווי 67. עמדתה של ציילון נגד ישראל כה פגעה בישראל עד שב-11 באוקטובר 1969 סבר שר החוץ אבא אבן שיש לנקוט בפעולת נגד כלשהי נגד ציילון. מנכ"ל משרד החוץ גדעון רפאל הציע לפעול לצמצום קניית תה ציילוני בשוקי הממלכה המאוחדת וארצות הברית ולהזיק לסחר הציילוני באמצעות יבואנים חשובים בארצות אלה.
על אף היציבות ביחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות, בקיץ 1965 ביקרו בישראל נשיא הסנאט ויושב ראש הפרלמנט הציילונים. ביקור זה היו הביקור הרשמי הראשון מאז כינון היחסים הדיפלומטיים של אישים ציילונים כלשהם בישראל. ב-1964 נרשמה התפתחות כאשר החלה פעילות הכוללת סיוע חוץ מטעם ישראל עם שיגור משלחת סקר חקלאית. בחודש נובמבר 1965 ביקרה משלחת סקר שנייה. לאחר זאת, פנתה ממשלת ציילון בבקשה לסיוע בעוד כמה תחומים. לדוגמה, ב-1966 ערך צוות ישראלי קידוחים ימיים בשני אזורים שְׁחוּנִים כדי להקים שם שלוש חוות חקלאיות לגידול אורז, הדרים וכותנה. משתלמים ציילונים נשלחו לקורסים בישראל, בהם קציני משטרה בכירים.
סירימאבו בנדרנאיקה: כהונה שנייה 1970–1977.
במהלך הבחירות שנערכו אז בציילון הדגישה בנדרנאיקה במצע מפלגתה את הצורך בהמשך הקשרים ההדוקים עם גוש המדינות הבלתי-מזדהות ועם ארצות ערב, הן בגלל קרבתה האידאולוגית של ציילון למדינות הבלתי מזדהות ולעולם הערבי והן במטרה "לקנות" את קולו של המיעוט המוסלמי בציילון, שהיה בעל חשיבות אלקטורלית. היא הבטיחה למוסלמים שאם תזכה בבחירות ינותקו היחסים הדיפלומטיים עם ישראל לחלוטין. באותה התקופה היו בציילון כמיליון ומאתיים אלף מוסלמים שהיוו כשמונה אחוזים מכלל האוכלוסייה, להם קשרים ענפים עם מדינות העולם הערבי, בעיקר עם עיראק ולוב, ששלחו כספים מרובים למוסדות דת מוסלמים בציילון.
בבחירות אלו, שהתקיימו ב-27 במאי 1970 ניצחה סירימאבו בנדרנאיקה וחזרה לשלטון וכמו בפעם הקודמת קיימה שוב את הבטחתה. בנאום שנשאה בפרלמנט הציילוני ב-14 ביוני של אותה השנה הודיעה על השעיית היחסים הדיפלומטיים עם ישראל, ודרשה שהממונה הישראלי בקולומבו יעזוב את המדינה והצירות תיסגר לאלתר. לעומת זאת, ביקשה בנדרנאיקה שהצוות החקלאי הישראלי יישאר בציילון וימשיך את עבודתו, ברם בקשתה לא התקבלה על דעת משרד החוץ של ישראל.
ניתוק רשמי.
ב-1970 נותקו היחסים באופן רשמי. באותו הנאום שנשאה ב-14 ביוני אמרה בנדרנאיקה כי היחסים הדיפלומטיים וכל הקשרים האחרים בכל המישורים יושעו עד שישראל תפעל לפי החלטה 242 של מועצת הביטחון של האו"ם ועל פי יתר החלטותיה ותיסוג משטחיהן של מצרים, סוריה וירדן או שתגיע לפתרון מדיני כלשהו שיהיה מקובל על כל המדינות הערביות הנוגעות בעניין. למחרת, ב-15 ביוני, פורסמה תגובה מטעם דובר משרד החוץ של ישראל ובה נכתב שהחלטת ממשלת ציילון מראה על משׂוא פָּנִים.
ב­-18 ביוני 1970 שיגר שגריר ישראל באומות המאוחדות למזכ"ל האו"ם איגרת להפצה בקרב נציגי שאר המדינות בעצרת הכללית של האומות המאוחדות, ובה ציטט את חלקים מנאומה של ראשת ממשלת ציילון שנשאה בפרלמנט ימים אחדים לפני כן ביחס לישראל והוקיע את עמדתה של ממשלת ציילון אשר נציגה כיהן באותה העת כיושב ראש הוועדה המיוחדת שהקים האו"ם לחקירת המצב בשטחים הכבושים. חרף זאת, ממשלת ישראל שתפה פעולה עם ממשלת ציילון בתוכניות הפיתוח שלה בשטחים שונים. לאחר השעיית היחסים ביקשה ממשלת ישראל מממשלת שווייץ לייצג אותה בציילון וב-26 באוגוסט הודיע משרד החוץ של שווייץ על נכונותו לעשות כן.
ניתוק הקשרים בין ישראל לציילון לא הביא, באופן די אירוני, לגידול כלשהו בסיוע הטכני או הכלכלי של מדינות ערב לציילון. אדרבא - ציילון (שנקראת מאז 1972 "סרי לנקה") לא ניצלה מעליית מחירי הנפט ב-1973 ועובדה זו הייתה מהלומה קשה עבור ממשלת בנדרנאיקה. היא קיוותה שארצות ערב יעניקו לה תמורה כלשהי עקב ניתוק הקשרים עם ישראל וגילתה שהן לא העניקו לה יחס מיוחד בעת משבר הנפט. למרות זאת, נמשכה מדיניותה העוינת של בנדרנאיקה כלפי ישראל. הדבר מצא את ביטויו בהתקפות קבועות באו"ם, וב-1975 תמכה סרי לנקה בהחלטה 3379 של העצרת הכללית של האו"ם. בנדרנאיקה גילתה מדיניות רדיקלית וקיצונית גם בתחומים נוספים ובבחירות שנערכו ב-1977 הפסידה את ראשות הממשלה.
על אף ניתוק היחסים המשיכו להתקיים מפעם לפעם קשרים מצומצמים בין ישראל וסרי לנקה. לדוגמה, סרי לנקה לא מנעה את השתתפות נציגים ישראלים בפגישות של ארגונים בין-לאומיים בקולומבו ובשנת 1979 אף נערכו בסרי לנקה סמינרים מטעם ההסתדרות הכללית של העובדים בארץ ישראל. לעומת זאת, באותה השנה סירבה הנבחרת הלאומית של סרי לנקה בקריקט לשחק מול ישראל. בחודש אפריל 1982 העניקה ממשלת סרי לנקה למשרד הארגון לשחרור פלסטין בקולומבו מעמד של שגרירות.
היחסים במסגרת מלחמת האזרחים בסרי לנקה.