בשנת 1992 חוקק החוק הראשון שאסר על אפליה מחמת נטייה מינית. היה זה חוק שוויון הזדמנויות בעבודה, אשר אוסר על אפלייתם של הומואים ולסביות במקומות העבודה, לרבות בקבלה לעבודה, בקידום בפיטורין, ובמתן זכויות במסגרת העבודה. (ראו הפרק זכויות במסגרת העבודה).
בשנת 2000 חוקקה הכנסת את חוק איסור הפליה במוצרים, בשירותים ובכניסה למקומות בידור ולמקומות ציבוריים. בחוק זה נאסרה אפליה מחמת מין ונטייה מינית באספקת מוצרים ושירותים ציבוריים, בכניסה למקומות ציבוריים ובמתן שירות במקום ציבורי.
הכנסת אישרה בשנת 2004 תיקון לחוק זכויות החולה, שנועד לאסור על כל מטפל ועל כל מוסד רפואי להפלות מטופלים מחמת נטייתם המינית. בנוסף, אישרה הכנסת תיקון לחוק העונשין אשר מכפיל את הענישה לגבי פשעי שנאה המבוצעים כנגד להט"בים.
ב-14 בספטמבר 2010 קיבל בג"ץ את ערעורו של הבית הפתוח בירושלים, וקבע כי על העירייה לתקצב את הארגון, וכן לשלם לו הפרשים עבור תמיכה שלא התקבלה בחמש השנים שקדמו לפסק הדין. על פי הפסיקה, עולה חשד כי הקריטריונים שקבעה עיריית ירושלים לחלוקת כספי תמיכה נקבעו במכוון כדי לשלול תמיכה כזאת מן הבית הפתוח. בפסק הדין כתב השופט יצחק עמית:
מערכת הביטחון הישראלית.
שירות צבאי.
צה"ל אינו מפלה על רקע נטייה מינית. כל התפקידים בצה"ל לרבות תפקידי לחימה ופיקוד ותפקידים בעלי סיווג ביטחוני רגיש פתוחים בפני הומוסקסואלים ולסביות. נטייה מינית אינה מהווה עוד פרמטר בקביעת סיווגו הביטחוני של אדם. צה"ל מכיר בבני זוג מאותו המין ובכלל זה באלמנים ואלמנות של בן זוג מאותו המין. פקודות צה"ל אוסרות על הטרדה על רקע נטייה מינית. כמו כן צה"ל מתיר לחיילים להשתתף באופן פרטי במצעדי הגאווה.
ב-2001 הוציאה עמותת "המועצה הפוליטית לזכויות הגייז בישראל" דו"ח הסוקר את נושא המאבק ההומו-לסבי בישראל בתחומים שונים. בפרק שיוחד לצה"ל, דרשה המועצה התנצלות על היחס המפלה בו נהג הצבא בהומואים ולסביות עד לשנת 1993, אז התקבלה הוראה האוסרת על אפליה בגיוס לצה"ל ובשירותם של הומואים: "על צה"ל לפרסם הודעת התנצלות חד משמעית הקובעת כי רדיפתם של הומואים ולסביות במסגרת המדיניות שנקבעה בצה"ל היא בבחינת מעשה פסול מוסרית וללא כל הצדקה ואחיזה במציאות", נכתב בדו"ח.
מגבלות על שירות צבאי.
באוגוסט 1983 פנתה יו"ר האגודה לזכויות האזרח, ד"ר רות גביזון לראש אכ"א בצה"ל בעקבות פרסום בעיתון על כך שחוזהו של קצין הותר בעקבות תלונה של אשתו על נטיותיו ההומוסקסואליות. ראש אכ"א, תא"ל עמוס ירון, השיב באוקטובר 1983 כי נטיות הומוסקסואליות אינן מונעות מחייל שירות צבאי.
חודש לפני תשובת ראש אכ"א, בספטמבר 1983, נכנסה לפקודות מטכ"ל הוראת קבע שכותרתה "שירות הומוסקסואלים בצה"ל". הפקודה קבעה כי שיבוצם של חיילים הומוסקסואלים מוגבל בגין נטייתם המינית משום שזו עלולה להוות סיכון ביטחוני (בדומה ל"בהלת הלבנדר" בארצות הברית). בחוברת ההנחיות הבסיסית למאבחנות הפסיכוטכניות בצה"ל אופיינה ההומוסקסואליות כסטייה מינית, וכרכה בינה לבין נשיות ובעיות בבריאות הנפש. המאבחנות הונחו כי כאשר עולה חשד לנטיות הומוסקסואליות, יש לבחון את התאמת המועמד לשרת ביחידת שדה.
הוראות הקבע של שנת 1983 קבעו עוד כי כל מפקד יחידה שנודע לו כי חייל ביחידתו הוא הומוסקסואל – נקרא להפנותו למרכז בריאות הנפש ובמקביל לדווח לגורמי ביטחון השדה הנוגעים בדבר. אלו יכלו להחליט אחת משלוש החלטות: לשחרר את החייל, לקבוע הגבלות על שיבוצו או לערוך תחקיר ביטחוני מקיף בהתאם לתפקיד שאליו הוא מיועד. הפקודה קבעה עוד כי חייל הומוסקסואל לא ישרת בתפקידי "סוד מועדף", בקהיליית המודיעין ובתפקידי הצפנה והסתרה, וכי חייל שהועלה "חשד סביר" כי הוא בעל נטייה הומוסקסואלית יימצא בפיקוח ביטחוני כל תקופת שירותו הסדיר בצה"ל.
ביטול המגבלות והשוואת זכויות.
ב-1993 הופיע עוזי אבן, קצין בכיר בצה"ל ופרופסור לכימיה, בפני הכנסת וסיפר על קשייו בצבא; בין השאר, בוטל הסיווג הביטחוני שלו והוא סולק מתפקידו משנתגלה כי הוא הומוסקסואל. בעקבות דבריו, פעלו ראש הממשלה, יצחק רבין, והרמטכ"ל, אהוד ברק, לביטול כל המגבלות שהיו הקיימות על שירות הומוסקסואלים בצבא. ב-1996, אחרי מאבק ציבורי ארוך, הוכר אדיר שטיינר באופן רשמי כאלמן צה"ל, על כל הזכויות וההטבות המשתמעות מכך. שטיינר היה בן זוגו של אלוף-משנה דורון מייזל, שנפטר מסרטן בעת שירותו.
בשנת 1998 בוטלה כליל הוראת הקבע מ-1983 ומאז אין בצה"ל כלל פקודות הנוגעות במישרין להומוסקסואלים ואין אפליה רשמית על רקע נטייה מינית. עם זאת, עדיין קיימים מקרים של הומופוביה בצה"ל בדרגות שונות, ברמה הפרטנית וברמת האקלים החברתי.
בשנת 2004 פרסם הרמטכ"ל משה יעלון פקודת יום המחדדת את הצו המוסרי של צה"ל בנושא שמירת כבוד האדם:בפברואר 2021 ראש המטה הכללי ה-22 של צה"ל (רמטכ"ל), אביב כוכבי התייחס לסוגיה באומרו במהלך טקס סיום קורס קצינים כי, "כל פגיעה על רקע מיני, בדיבור או במעשה, היא פגיעה בכבוד האדם ומהווה מעשה חמור. המדיניות שקבענו בנושא היא 'אפס סובלנות' ונפעל בחומרה נוכח כל חריגה. צה"ל הוא צבא העם, המקבל בשעריו אנשים מכל חלקי העם ומכבד כל אדם ללא קשר או תלות בדת, עדה, רקע, מין או נטייה מינית".
ישראל מוגדרת נכון לשנת 2021, כאחת מ-22 המדינות היחידות בעולם אשר מגייסות טרנסג'נדרים לשירותן הצבאי וכמדינה היחידה שעושה זאת ביבשת אסיה.
משטרה.
אפרת טילמה היא פעילה זכויות להט"ב טרנסג'נדרית, אשר מוגדרת מראשונות הנשים הטרנסיות בישראל, חברת ועד בעמותת מעברים והאישה הטרנסית המוצהרת הראשונה המתנדבת כשוטרת במשטרת ישראל אשר בתפקידה החלה בשנת 2011 כאשר התנדבה במחוז תל אביב. כבת דור הוותיקות סבלה לא אחת מאפליה על רקע היותה טרנסית ועל כן הסתירה עובדה זו מחבריה ומפקדיה במשטרה.בשנים 2010–2012 קרו מספר תקריות טרנספוביות בהן שוטרים התייחסו לנשים טרנסיות העובדות בזנות באופן משפיל ופנו אליהן בלשון זכר. מתיחות זו, בשילוב ידידה טרנסית שהתאבדה, הובילו את טילמה לצאת מהארון ולהפוך לשגרירה של הקהילה הטרנסית במשטרה. כיום, היא מרצה בפני שוטרים על הקהילה הטרנסית ואף זכתה על פעילותה במדליית המחוז, אשר העניק לה מפקד המחוז ניצב משה (צ'יקו) אדרי במאי 2017. טילמה אף נפגשה עם נשיא המדינה, ראובן ריבלין, במסגרת ערב הוקרה לחברי הקהילה הלהט"בית המשרתים בכוחות הביטחון. במרץ 2019 טילמה נבחרה ליקירת העיר תל אביב-יפו לשנת 2019 והיא האישה הטרנסית הראשונה הזוכה לקבל את תואר הכבוד.
אמיר אוחנה אשר הפך לימים לחבר הכנסת מטעם הליכוד וכיהן כשר ההומוסקסואל המוצהר הראשון בתולדות ישראל בתפקידו כשר לביטחון הפנים והמשפטים, את שירותו הצבאי עשה בחיל המשטרה הצבאית. לאחר שירות ברצועת עזה, בכוח שנועד לאבטח את צירי התנועה ברצועה וכחוקר תאונות דרכים בפיקוד הדרום, נשלח לקורס קצינים. על רקע גל הטרור ב-1995 שובץ כמפקד מחסום קרני. בהמשך שובץ כקצין חקירות תאונות דרכים פיקודי של פיקוד הדרום, כמפקד קורס חוקרי תאונות דרכים, ומפקד בסיס המשטרה הצבאית אילת והערבה. לקראת סיום שירות הקבע שירת כקצין חקירות בכיר במצ"ח ב"ש ומצ"ח דן, והוא רב-סרן במילואים. לאחר שחרורו מצה"ל שירת בשנים 2000–2006 בשירות הביטחון הכללי.
בית סוהר.
ב-2006 התראיין מפקד מחוז מרכז בשב"ס תת-גונדר אלי גביזון, שהודיע שזכות ההתייחדות ניתנת גם לאסירים הומוסקסואליים, אך מדובר בסוגיה היפותטית כיוון שלדבריו מעולם לא הוגשה בקשה שכזו בכלא איילון.
ב-2012 עלתה לסדר היום הציבורי פרשיית ההתייחדות של האסיר ההומוסקסואל זוהר חנקישייב. שירות בתי הסוהר סירב לבקשתו להתייחד עם בן זוגו, בנימוק שעל פי פקודות שב"ס הזכאות להתייחדות מותנית בין היתר באחד מן השלושה: נישואי הזוג, הוכחה להיותם ידועים בציבור או קיום ביקורים לתקופה של שנתיים בין כותלי הכלא; ובמקרה זה האסיר ובן זוגו אינם עומדים בקריטריונים להתייחדות, בלי קשר לזהותם המינית.
מערכת החינוך.
ב-1995 שר החינוך אמנון רובינשטיין הורה להפיק חוברת הדרכה של משרד החינוך על נטייה הומוסקסואלית, ליועצים חינוכיים ומחנכים.
ב-1997, שר החינוך זבולון המר (מפד"ל), השר הממונה על הטלוויזיה החינוכית, מנע שידור פרק בתוכנית האירוח לנוער "קלפים פתוחים" שעסק בזהות מינית ובנטייה מינית. רק לאחר בג"ץ קלפים פתוחים שודר הפרק בסופו של דבר.
ב-18 במרץ 2014, הכנסת התשע עשרה אישרה חוק האוסר את אפלייתה של הקהילה הגאה במערכת החינוך.
טיפולי המרה.
לטיפול המרה יש השפעה שלילית על חייהם של אנשי להט"ב, והם עלולים להוביל לדימוי עצמי נמוך, לדיכאון ולמחשבות אובדניות. בטיפולים אלה נכללים בדרך כלל טיפולים בנזעי חשמל, סירוס כימי מאולץ, גירוש שדים, מתן תרופות המניעות בחילה, ובמיוחד טיפול בשיחות אישיות.
באוקטובר 2014 פרסם משרד הבריאות הודעה בה הודיע כי הוא רואה בטיפול המרה "יצירת רשמים כוזבים מהכרה מדעית אף על פי שאין הוכחות מדעיות לכך שהוא בכלל מצליח. הוא עלול לגרום נזק לאדם". המשרד הקים ועדת תלונות שתחקור טענות בנושא טיפול המרה על ידי אנשי מקצוע בתחום בריאות הנפש. על פי דיווחי חודש פברואר 2017, אף אחת מ-20 התלונות שהוגשו לא טופלה על ידי הוועדה. הוועדה אמורה להתכנס מדי חודש. מספר חברי כנסת, יעל גרמן ואיל בן ראובן, כינו את הוועדה כ-"לא מתפקדת".
בפברואר 2016 דחתה הכנסת הצעת חוק שהגישה שרת הבריאות לשעבר יעל גרמן, אשר הייתה אוסרת על טיפול המרה בישראל עבור קטינים. הצעת החוק נדחתה (37–45).