מתחילת 1939 נכנסה המלחמה לשלב חדש, כשהצבא היפני ספג מפלות חסרות תקדים מהסינים בקרב צ'אנגשה ובקרב גואנגשי. הצלחות סיניות אלו עודדו את הצבא הלאומי הסיני לצאת למתקפות רחבות היקף ראשונות נגד הצבא היפני בחורף בסוף 1939 ובתחילת 1940. אך בשל חוסר ניסיונם בניהול מערכות צבאיות מודרניות וכושר הייצור הצבאי הנחות שלהם, הובסו הכוחות הסינים במערכות אלו. כתוצאה מכך, נמנע צ'יאנג קאי-שק מלצאת שוב למערכות רחבות, וזאת בשל מצב צבאותיו שהיו בלתי מאומנים, בלתי מצוידים, ובלתי מאורגנים ברמה הנדרשת לביצוע מוצלח של מערכות צבאיות בהיקף גדול. צ'יאנג גם עמד מול התנגדות גוברת למנהיגותו, הן בקוומינטנג והן ברחבי סין. מיטב לוחמיו המאומנים ומיטב ציודו אבדו עוד בקרב על שאנגחאי ב-1937, והוא היה נתון לעיתים לחסדי הגנרלים שתחת פיקודו, ששמרו על מידה רבה של עצמאות מהממשלה המרכזית של הרפובליקה.
החל מ-1940 נתקלו היפנים בקשיים הולכים וגוברים בשליטה על השטחים הנרחבים שכבשו. הם ניסו לפתור את בעיית השליטה על ידי שימוש באסטרטגיה של יצירת ממשלי בובות, כדוגמת "הממשל הלאומי בננקינג" שבראשו הוצב ואנג ג'ינגוויי, שהיה אחד ממנהיגי הקוומינטנג. אלא שממשלים אלה לא נהנו משיתוף פעולה של העם, והיו, לפיכך, בלתי פופולריים ובלתי יעילים. מאידך, הצליחו היפנים לגייס צבא גדול של משתפי פעולה סיניים שעזר בשמירת השקט בשטחים שכבשו.
ב-1941 החזיקה יפן במרבית שטחה המזרחי של סין, ממנצ'וריה שבצפון ועד לווייטנאם בדרום. הסינים פעלו בעיקר בפעולות גרילה מקומיות שהסבו, במקרים רבים, אבדות קשות לכוחות היפנים. המערכה נכנסה למצב סטטי, כשלאף אחד מהצדדים לא היה מספיק כוח כדי להכריע אותה באופן ברור, כפי שנעשה במערכות שהתנהלו באותה עת בחזית האירופית של מלחמת העולם השנייה.
ההתנגדות הסינית.
שלא כמו יפן, סין לא הייתה מוכנה למלחמה טוטאלית. היה לה כוח תעשייתי-צבאי קטן, לא היו לה יחידות ממוכנות, והיו לה רק מעט כלים משוריינים. עד אמצע שנות ה-30, קיוותה סין שחבר הלאומים ינקוט בצעדים נגד הפעולות המלחמתיות היפניות בשטחה. בנוסף, ממשלת הקוומינטנג הייתה עסוקה במלחמת אזרחים בעצימות נמוכה נגד הקומוניסטים שבסין, או כפי שצ'יאנג קאי שק צוטט: "היפנים הם מחלה של העור, הקומוניסטים הם מחלה של הלב". "החזית המאוחדת" הסינית, שהוסכם עליה לאחר תקרית שיאן, בין מפלגת הקוומינטנג השלטת ובין המפלגה הקומוניסטית הסינית (CCP), לא התממשה באופן אמיתי, וכל צד התכונן לעימות עם הצד השני ברגע שהיפנים יסיימו את הכיבוש ויעזבו את היבשת.
גם במצב מורכב זה, הבין צ'יאנג שכדי להשיג את תמיכת ארצות הברית ומדינות אחרות, חייבת סין להוכיח את כושרה הצבאי-מלחמתי, ושנסיגה חפוזה תרתיע עזרה חיצונית. הוא החליט, לפיכך, לבצע מאמץ צבאי משמעותי בקרב על שאנגחאי באוגוסט 1937. צ'יאנג שלח לקרב את טובי לוחמיו, אלה שאומנו וצוידו בידי הגרמנים, כדי להגן בפני היפנים על העיר הגדולה והמתועשת ביותר בסין. הקרב נמשך כשלושה וחצי חודשים, נהרגו בו רבים משני הצדדים, אך הוא הסתיים בתבוסה סינית, ובנסיגתם לננקינג. למרות התבוסה הצבאית, הוכיח הקרב שסין לא תובס בנקל, שהסינים נחושים להגן על ארצם, ובאופן פרדוקסלי גרם לעידוד מורלי לעם הסיני. הציפייה היפנית ששאנגחאי תיכבש בתוך שלושה ימים וסין כולה בתוך שלושה חודשים, התגלתה כבלתי מציאותית.
החל מ-1938 אמצו הסינים אסטרטגיה של "קניית זמן תמורת שטח". הצבא הסיני נלחם כדי לעכב ככל שניתן את ההתקדמות היפנית ולאפשר לעורף השלטוני והתעשייתי לסגת מערבה לכיוון צ'ונגצ'ינג. כפועל יוצא, פעלו החיילים הסינים בטקטיקה של אדמה חרוכה, כשהם מפוצצים סכרים וגורמים לשיטפונות גדולים, כפי שנעשה לדוגמה בשיטפון של הנהר הצהוב ב-1938. הטקטיקה נשאה פרי, וההתקדמות היפנית המהירה וחסרת ההפרעה החלה להיתקל בקשיים החל מסוף 1938.
החל מנפילת ווהאן ב-25 באוקטובר 1938, המטרה העיקרית של הסינים הייתה להאריך את המלחמה ולעכב אותה ככל שניתן, בציפייה שתיפתח חזית נוספת ליפנים מול ארצות הברית. הגנרל האמריקני ג'וזף סטילוול כינה אסטרטגיה זו "winning by outlasting" (לנצח על ידי הארכת ימים). ה-NRA אימץ את הרעיון שטבע צ'יאנג של "לוחמה מגנטית", שבה הסינים מושכים ו"מפתים" את הכוחות היפנים המתקדמים אל מקומות ספציפיים שבהם הכינו להם הסינים מארבים, תקיפות אגפיות, וכיתור של חלקים מהכוחות היפניים. דוגמה בולטת להפעלה אפקטיבית של טקטיקה זו היא ההגנה המוצלחת על העיר צ'אנגשה בקרבות על העיר ב-1939 ובהמשך גם ב-1941, שבהם ספגו היפנים אבדות כבדות.
בנוסף, ה-CCP, הכוחות הסינים הקומוניסטים, פעלו בשטחי הכיבוש בפעולות גרילה טורדניות, והקשו על שליטת היפנים במרחבים העצומים של שטחי הכיבוש. ב-1940 תקף הצבא האדום הסיני בעשרות פעולות בצפון סין, הרס קווי מסילות רכבת ופוצץ מכרות פחם. פעולות החבלה המתמשכות הללו הביאו את היפנים לנקוט במדיניות "שלושת 'הכול'" (בתרגום לאנגלית "Three Alls"): "להרוג הכול, לשרוף הכול, לבזוז הכול". המלחמה עברה לרמה גבוהה אף יותר של אכזריות שכללה הרג, הרס והשמדה טוטאליים חסרי רחמים.
ב-1941 היו בשליטת יפן מרבית השטחים שבמזרח סין עד קו החוף, אך שלטון הקוומינטנג וצבא ה-NRA שלו המשיכו בהתנגדות עיקשת, כשהקומוניסטים הסינים מחזיקים בשטחי מפתח בשאנשי ופועלים צבאית בעיקר בפעולות גרילה וחבלה. בנוסף, השליטה היפנית בשטחי הכיבוש הוגבלה בעיקר לעורקי התחבורה ולערים הגדולות הכבושות ("נקודות וקווים"), אך לא הייתה להם שליטה ונוכחות משמעותית בשטחים הסיניים העצומים באזורי הכפר ובערים הקטנות, שבהם התרכז חלק ניכר מאוכלוסיית סין. מאזורים אלה יצאו תקיפות גרילה נגד הכוחות היפנים. ניצחון יפני מכריע במצב זה נראה כבלתי ניתן להשגה.
היחסים בין הצבא הסיני הלאומי והקומוניסטים הסינים.
רקע.
לאחר תקרית מוקדן ב-1931, היה שליט מנצ'וריה, ה"מרשל הצעיר" ג'אנג שואליאנג (Zhang Xueliang), נתון לביקורת חריפה מצד דעת הקהל הסינית על אי התנגדותו לפלישה היפנית למנצ'וריה, אף שהממשלה המרכזית של הרפובליקה הסינית הייתה אחראית באופן בלתי ישיר למדיניות אי-התנגדות זו. בהמשך, הטיל צ'יאנג קאי שק על ג'אנג שואליאנג ועל הצבא הצפוני שבפיקודו להילחם בצבא האדום הסיני, צבאה של המפלגה הקומוניסטית הסינית (CCP), בשאאנשי, לאחר מסע הנסיגה הארוך שצעדו הקומוניסטים הסינים בראשות מאו דזה-דונג. בלחימה נהרגו רבים מחיילי הצבא הצפוני, אך צ'יאנג לא הושיט לו עזרה בחיילים ובציוד.
ב-12 בדצמבר 1936 החליט ג'אנג, המאוכזב מאי תמיכת צ'יאנג, לקשור קשר עם ה-CCP וחטף את צ'יאנג קאי שק בתקרית שיאן, כדי לכפות את סיום הקונפליקט בין הקוומינטנג והקומוניסטים. כדי להבטיח את שחרורו הבטוח של צ'יאנג, אולץ הקוומינטנג להסכים לסיום זמני של מלחמת האזרחים הסינית וליצירת "חזית מאוחדת" בין מפלגת הקוומינטנג וצבא ה-CCP הקומוניסטי, נגד יפן ב-24 בדצמבר 1936. שיתוף הפעולה הועיל לכוחות הקומוניסטים המכותרים, והם הסכימו להקים את הצבא הרביעי החדש ואת צבא הדרך השמינית, שהיו, להלכה, תחת פיקוד הצבא המהפכני הלאומי שבראשות צ'יאנג.
במהלך המלחמה.
הצבא האדום של המפלגה הקומוניסטית, ה-CCP, נלחם יחד עם כוחות הקוומינטנג בקרב על טאיאיואן, ושיתוף הפעולה ביניהם הגיע לשיא ב-1938, בקרב על ווהאן.
אלא שלמרות הכיבושים והניצחונות הצבאיים היפניים בכל מזרח סין, כולל בעמק היאנגצה שבמרכז סין, אי אפשר היה להסתיר את חוסר האמון בין הלאומיים והקומוניסטים. כתוצאה ממאמצי הקומוניסטים להגביר את כוחם הצבאי על ידי גיוס והפעלה של כוחות גרילה נגד היפנים, כולל הענשה ותקיפה של סינים שסירבו להצהיר נאמנות למפלגה הקומוניסטית הסינית, החלה הברית הרופפת בין שני הכוחות הסיניים להתפורר בסוף 1938. לדוגמה, הצבא הקומוניסטי בפיקודו של הא לונג תקף והשמיד גדוד של צבא הרפובליקה בפיקוד ג'אנג יִין ווּ בחביי ביוני 1939. החל מ-1940 כבר התקיימו עימותים גלויים רבים בין הלאומיים והקומוניסטים בשטחים שנכבשו בידי היפנים אך השליטה היפנית בהם הייתה רופפת, עימותים שהגיעו לשיא בקרב הצבא הרביעי החדש בינואר 1941.
בהמשך, התפרקה לחלוטין "החזית המאוחדת השנייה", והכוחות הקומוניסטים הסיניים החלו לבנות אזורי השפעה קומוניסטית בכל מקום שניתנה להם הזדמנות לכך, בעיקר על ידי העדפת החקלאים העניים באזורים הכפריים, וזאת באמצעות הקמת ארגונים כפריים גדולים, וביצוע רפורמות בשיטת המיסוי על הקרקעות ובאופן רכישת הבעלות עליהן. הלאומיים ניסו לנטרל את התפשטות ההשפעה הקומוניסטית על ידי חסימה והטלת מצור על השטחים שנשלטו בידי הקומוניסטים, ובמקביל נלחמו ככל יכולתם ביפנים.
מעורבות המעצמות הזרות עד פרל הארבור.
לאחר פרוץ המלחמה ב-1937, נרתעו מרבית המעצמות ממתן עזרה לסין, מכיוון שהעריכו שסין תפסיד במלחמה בסופו של דבר. המעצמות לא רצו להתעמת עם היפנים, וחששו שכל תמיכה שיתנו לקוומינטנג תדרדר את יחסיהם עם יפן, שלגלגה על הקוומינטנג ודיברה על כיבוש סין בתוך שלושה חודשים. למרות זאת, גרמניה וברית המועצות העבירו תמיכה צבאית וכלכלית לסין לפני כניסת ארצות הברית למלחמה ופרוץ הלחימה בחזית הפאסיפית של מלחמת העולם השנייה. עיקר התמיכה בסין לאחר פתיחת החזית הפאסיפית הגיע מארצות הברית ומשאר בעלות הברית המערביות.
התמיכה הגרמנית בסין עד פרוץ מלחמת העולם השנייה.