ב-1948 נחקר ואן מארן בידי משטרת הולנד בחשד לשיתוף פעולה עם הנאצים. מיפ חיס ויוהנס קליימן העידו על סקרנותו היתירה ועל אי-המהימנות שלו, כמו גם על מנהגו לפזר מלכודות ברחבי המחסן. חיס אף העידה שהוא טען בפניה פעם שיש לו קשרים בגסטאפו. ואן מארן הודה שחשד כי דבר מה מתרחש בבניין, אולם טען כי כלל לא העלה על דעתו שמסתתרים בו אנשים. את מנהגו לפזר מלכודות הוא תירץ בכך שמתוקף תפקידו כעובד המחסן הוא ניסה ללכוד פורצים שנהגו לפשוט עליו. החוקרים דחו את טענותיו אלו, שכן אילו חשד ואן מארן שמסתובבים בבניין פורצים היה עליו להודיע על כך למעסיקיו, קוגלר או קליימן, ולא לנסות ללוכדם באמצעים ילדותיים כאלו. בנוסף על כך התגלה שוואן מארן עצמו נהג לגנוב מהמחסן כמויות גדולות של סוכר (חברת אופקטה עסקה במסחר בתבלינים) ולמוכרם בשוק השחור. מקובל כיום להאמין שוואן מארן ידע על המסתתרים, אולם לא נמצאו עדויות חותכות לכך שהוא אכן הסגיר אותם. על פי החקירה, ואן מארן לא היה אנטישמי או פרו-נאצי, וגם לא הכיר כלל את אוטו פרנק או איש מהמסתתרים, כך שלא היה לו מניע ברור להלשנה. בנוסף על כך, אילו רצה בכך, הוא יכל להפליל בקלות את שאר המסתירים - בני הזוג חיס, בפ ווסקאול ואביה והם לא נעצרו מעולם. לאורך כל המלחמה הוא ידע על דפי היומן של אנה שהיו מונחים במגירתה של מיפ, אולם לא סיפר על כך לאיש. בהליך משפטי שנעשה ב-1949 זוכה ואן מארן מכל אשמה.
בשנת 1958, בעת שצייד הנאצים שמעון ויזנטל הרצה על יומנה של אנה פרנק בווינה, הוא הופרע על ידי קבוצת פרובוקטורים שטענה כי אנה פרנק היא פיקציה ודרשו כי יימצא הקצין הגרמני שעצר אותה במחבוא כהוכחה לנכונות הסיפור. ויזנטל לקח את ההערה ברצינות, ולאחר שתחקר את השוטרים ההולנדיים שהשתתפו במעצר, הוא עלה על עקבותיו של זילברבאואר. זילברבאואר זכר היטב את פרטי המעצר, אולם טען שלא ידוע לו מי היה המלשין. לטענתו, היחיד שידע את זהותו היה דיטמן, שהתאבד מיד לאחר סיום המלחמה ולקח עמו את הסוד אל הקבר. עם זאת, חקירתו של זילברבאואר גרמה לפתיחה מחדש של תיק ההלשנה, וואן מארן הובא לחקירה מחדש. עם זאת, מיפ חיס חזרה בה מדעתה שהוא היה המלשין, והודתה כי רק התנהגותו הלא-סימפתית של ואן מארן גרמה לה לחשוד בו. גם אוטו פרנק הכחיש זאת (ראו בהמשך) אם כי בפעם אחרת רמז בבירור שהוא היה המלשין. ואן מארן המשיך לטעון לחפותו עד מותו ב-1971.
לנה הרצוג.
ב-1998 התפרסם ספרה הידוע של ההיסטוריונית האוסטרית מליסה מולר "הביוגרפיה של אנה פרנק", בו היא הצביעה על חשודה חדשה - לנה הרצוג (Lena Hartog). הרצוג עבדה כמנקה במחסני הבניין, ובעלה עבד כמחסנאי לצדו של ואן מארן. אין ספק שהיא ידעה על היהודים המסתתרים, שכן היא סיפרה על כך לאשה אחת שבביתה עבדה כמנקה. ייתכן אף שהיא שמעה על כך מבעלה או מוואן מארן. המניע של הרצוג, לטענתה של מולר, היה החשש שאם המשטרה תפשוט על הבניין ותגלה את היהודים, ייעצרו כל העובדים בו, כולל בעלה. העונש על הסתרת יהודים באותה תקופה היה שליחה למחנות עבודה בגרמניה. הרצוג נפטרה ב-1963 ובעלה עוד לפני כן. הם נחקרו רק פעם אחת, וגם אז רק בקשר לוואן מארן, כך שלא ניתן להוכיח תאוריה זו. הראיה היחידה של מולר הייתה טענתם של אוטו פרנק ומיפ חיס כי ידוע להם שהקול ששוחח עם דיטמן בטלפון היה קול של אשה צעירה. עם זאת, האשמתה של הרצוג נדחתה בידי חיס, וגם בידי מרבית ההיסטוריונים העוסקים בנושא.
טוני אהלרס.
תאוריה דרמטית ושנויה במחלוקת הידועה לעיתים בשם "תאוריית הסחיטה", פיתחה קרול אן לי (Carol Ann Lee) - סופרת בריטית שמתגוררת באמסטרדם. בשנת 2000 היא פרסמה ביוגרפיה של אוטו פרנק, בה טענה כי מי שהסגיר את היהודים לידי הנאצים היה אדם בשם טוני אהלרס. אהלרס היה ידוע כאנטישמי אלים, ולפני המלחמה היה מעורב בקטטות רבות בבתי קפה בבעלות יהודית. הוא נודע גם באופן כללי כאדם לא ישר ולא סימפתי, וכמי שמסובך תמיד בחובות. במהלך המלחמה הוא היה חבר המפלגה הנאצית ההולנדית (NSB) של אנטון אדריאן מוסרט, והסגיר יהודים וחברי מחתרת רבים לשלטונות הנאציים. הוא אף השתתף בפשיטות על בתיהם של אזרחים שנתפסו מחזיקים רדיו בניגוד לחוק. ב-1945 הוא נעצר ונכלא בעוון שיתוף פעולה עם הנאצים.
לטענתה של לי, באפריל 1941 נפל לידיו של אהלרס מכתב מאת הולנדי בשם יוליוס ינסן, שתקופה מסוימת עבד אצל אוטו פרנק, אשר בו מעיד ינסן שאוטו פרנק התבטא בגנות המשטר הנאצי. אהלרס, שהיה מסובך בחובות, איים להעביר את המסמך לגסטאפו, וסחט מפרנק כסף כדי שלא יעשה זאת. הסחיטה נמשכה בסכומים קטנים עד שב-1942 ירדה משפחת פרנק למחבוא. אמו של אהלרס התגוררה בסמוך למטה החברה, וייתכן בהחלט שאהלרס התגורר אצלה באותה תקופה. הוא יכול היה אם כן לתצפת על המפעל באין מפריע. ידוע שאחד מהשוטרים ההולנדיים שהשתתפו בפשיטה היה מרטן קויפר, חבר קרוב של אהלרס. אנשים המקורבים לאהלרס העידו ששמעו אותו אומר לאחר המלחמה במפורש שהוא זה שהסגיר את הפרנקים לגרמנים. לי טוענת שהפרשה לא תמה בכך, וטענה שאהלרס המשיך לסחוט את פרנק גם לאחר המלחמה. העילה לסחיטה הייתה, על פי השערתה, העובדה שהחברה של אוטו מכרה בתחילת המלחמה פקטין לוורמאכט. חומר זה סייע בתעשיית הפלדה הגרמנית. לאחר שיומנה של אנה התפרסם ברחבי העולם, ובייחוד לאחר שהועלו מחזה וסרט על בסיסו, לא יכול היה אוטו פרנק להרשות לעצמו ששמו יוכתם עקב סיוע לתעשייה המלחמתית הנאצית. לטענתה של לי, אהלרס סחט מפרנק סכומי ענק שאותם בזבז על מכונית יקרה וטיולים ברחבי העולם. בנו של אהלרס העיד:
התאוריה הוכחשה נמרצות בידי אשתו של אהלרס (שנפטר בשנת 2000), אולם אחיו ובנו טענו שהם מאמינים בה בלב שלם. אווה שלוס, בתה של אלפרידה גרירינגר שאוטו התחתן עמה לאחר המלחמה, ביטלה את תאוריית הסחיטה בטענה ש"אוטו היה זהיר מאוד עם כסף, אני לא מאמינה לרגע שהוא יאפשר לכל אחד לסחוט אותו, אמא ואוטו עשו הכול ביחד, ואין שום דרך שאמא שלי לא תדע על דבר כזה". הספר של לי עורר מחדש את ההתעניינות בנושא, והביא לפתיחת חקירה נוספת בשאלת זהותו של המלשין האלמוני בשנת 2003 על ידי המכון ההולנדי לתיעוד מלחמתי (בהולנדית: Nederlands Instituut voor Oorlogsdocumentatie).
מאמרים שהתפרסמו בעקבות ספרה של לי, שללו את התאוריה מכל וכל, וטענו שהיא נסמכת על ראיות נסיבתיות בלבד. דוד ברנוב (David Barnouw), ראש המכון ההולנדי לתיעוד מלחמתי, פרסם כעבור שנה מחקר מקיף בשם "מי באמת בגד באנה פרנק?" יחד עם עמיתו ג'רלד ואן דר סטרום ( Gerald Van Der Stroom). גם במחקר זה הם לא הצליחו לקבוע חד משמעית את זהותו של המלשין, אולם שללו את אשמתו של אהלרס. לטענתם, לא רק שראיותיה של לי הן נסיבתיות בלבד, היא אף טעתה בכמה מהעובדות. היא התייחסה ברצינות גמורה לעדותו של אהלרס על כך שהוא היה המלשין, בעוד הוא נודע כרברבן כפייתי שאינו יודע להבחין בין מציאות לדמיון. היא גם הגזימה בתיאור אורח החיים הבזבזני שחי כביכול אהלרס באמצעות כספי הסחיטה מפרנק. מחברי המאמר לא התרשמו שאהלרס ניהל רמת חיים יוצאת דופן. הוא נסע פעם אחת ויחידה לצרפת. הצליח לרכוש מכונית קטנה ואף התגורר במשך שנתיים בדירה מרווחת. מה גם שהתגורר באותה דירה שבע שנים לאחר מותו של אוטו פרנק. כלומר, זמן רב לאחר "הסחיטה" כביכול. לטענתם, אכן התקיים קשר בין פרנק לאהלרס, אולם הוא היה פשוט יותר. אהלרס אכן הציל את פרנק על ידי כך שעיכב את מכתבו של ינסן לגסטאפו, וייתכן שאף ביקש על כך תשלום מפרנק. לאחר המלחמה, כאשר אהלרס נעצר, פרנק העיד לטובתו של אהלרס, אולם משך את ידיו ממנו לאחר שנודעו לו מעלליו האמתיים. אין רמזים לסחיטה של ממש.
נלי ווסקאול.
באפריל 2015 יצאה לאור בבלגיה ביוגרפיה של אליזבת "בפ" ווסקאול, מקבוצת הסייענים למשפחת פרנק וחברתה הקרובה של אנה. המחקר נכתב על ידי העיתונאי הפלמי ירואן דה ברוין, בשיתוף עם בנה הצעיר של בפ, יופ ואן וייק ומתבסס על עדויות חדשות של בני משפחת ווסקאול. על פי הספר המלשינה הייתה נלי ווסקאול, אחותה הצעירה של בפ. לא רק בפ הייתה מעורבת בהסתרת היהודים, אלא גם אביה יוהנס. הוא היה זה שבנה את ארון הספרים המפורסם שכיסה את הכניסה למחבוא. שאר משפחת ווסקאול לא ידעה על כך, ויוהנס ובפ הקפידו לא לדבר בבית על הנושא. נלי לעומת זאת, הייתה אנטישמית ופרו-נאצית. היא לא שבעה נחת מהאהדה שהפגינו אביה ואחותה כלפי היהודים, ובאחת הפעמים צעקה עליהם: "לא נותר לכם אלא להצטרף ליהודים". להוכחות הנסיבתיות של מחברי הספר מצטרפת עדותם של אוטו פרנק ומיפ חיס שההלשנה באה בקול של אשה צעירה. בנה של בפ מציין בספר כי אימו חשדה באחותה לאורך כל השנים, אך לא יכלה להביא עצמה לידי חשיפת האמת על כל המשתמע מכך, ונשאה את חשדותיה איתה עד ליום מותה. ידוע גם על תכתובת ענפה בין בפ לאוטו פרנק, שהועלמה בידי בפ, וייתכן שהסיבה לכך הייתה מכתבים שהתייחסו לנלי. האחות נלי נפטרה בשנת 2001 מבלי שחלקה בפרשה ייחקר.
בצד התאוריה אודות הלשנתה של נלי, חשף יופ ואן אייק כי לאחר חזרתו של אוטו פרנק לאמסטרדם הוא לקח איתו את בפ ויחד עברו את כל דירות השכנים של בית המסתור ושאלו האם הם ידעו על המסתתרים. כל השכנים השיבו שידעו. המספר הרב של האנשים באותו מתחם יכול בהחלט להיות הגורם שהוביל בסופו של דבר למעצר.
השוטר ההולנדי.