היא הייתה ילדה ביישנית והחיים בבית החווה של הוריה הכבידו על נפשה הרגישה. בשל קטנות קומתה ספגה לא אחת קינטורים והקנטות מצד בני משפחתה. אמה סבלה מהתקפי זעם פתאומיים ואחותה דולי, שהייתה מבוגרת ממנה ב-17 שנים, נטלה את תפקיד האם בזמנים הקשים הללו, אך עברה בעצמה התמוטטות נפשית כשברטון הייתה בת שש. בשעה שדולי הייתה מסתגרת בחדרה שבקומה העליונה השגיחה עליה אחותה סאלי. השנים הראשונות של חייה חישלו את רוחה של ברטון והקנו לה את המיומנויות שנדרשו ממנה מאוחר יותר בקריירה שלה כאחות צבאית.
כשמלאו לברטון 8 שנים ניסו הוריה "לרפא" את ביישנותה של בתם ושלחו אותה ללמוד בתנאי פנימייה בבית ספר התיכון 'אוקספורד' שהקים קולונל ריצ'רד סטון, שלימד את בתם בשנות לימודיה הראשונות בבית הספר המקומי שנסגר. הם קיוו כי בתם תוכל להתגבר על ביישנותה דווקא במחיצתם של זרים. היא הייתה אמורה להתגורר בביתו של הקולונל עם ילדיו שלמדו אף הם בבית ספרו של אביהם, אך תקוותם נגוזה במהרה, שכן ביישנותה החמירה. ברטון נכנסה לדיכאון וחדלה לאכול ועקב כך שבה לביתה. בספרה "סיפור ילדותי" כתבה על הימים ההם. היא זכרה את הדיבורים של הוריה על אודות ביישנותה ועל החלטתם לשלוח אותה לבית הספר של קולונל סטון. יומה הראשון במקום נחקק בליבה: "אני זוכרת היטב את ההרפתקה. אבי לקח אותי בכירכרה שלו עם תיק שבו היו ארוזים בגדיי. את פני קידמו בית וחדרי לימוד שנראו גדולים במיוחד, ובאחד החדרים ניצב שולחן גדול שבראשו ישב הקולונל סטון שהיה מעורר יראה. נראה שלמדו בבית הספר כ-150 תלמידים ונראה שהייתי הקטנה שבהם".
בגיל 9 הלך לעולמו בן דודו של אביה, קפטן ג'רמי לרנד (Jeremiah Learned), והותיר אחריו את אשתו סוזן וארבעה ילדים. משפחת ברטון עברה להתגורר בבית אחר, סמוך לבית האלמנה, כדי לסייע לה מקרוב להתמודד עם המציאות החדשה שנכפתה עליה. הבית היה זקוק לשיפוץ וברטון התעקשה לסייע במלאכה. עם תום העבודה חשה ריקנות, אך עד מהרה החלה להתרועע עם בני דודיה. היא רכבה עימם על סוסים והשתתפה בכל הפעילויות "הפרועות" של הבנים. שרה, אמה, סברה כי הגיע העת שבתה תפתח מיומנויות נשיות ולפיכך הזמינה אחת מבנות דודותיה של קלרה כדי שתסייע לה לפתח את נשיותה. תוך זמן קצר הצליחה ברטון לסגל לעצמה מיומנויות חברתיות "ראויות", עם זאת ביישנותה נותרה בעינה.
בגיל 11 נקטעו ימי ילדותה של ברטון באחת, בשעה שאחיה דייוויד נפצע קשה כאשר נפל מגג האסם בעת שניסה לתקנו. במשך שנתיים נעדרה ברטון מלימודיה והקדישה ימים ולילות כדי לטפל באחיה. היא למדה לספק לו את המינון הנכון של התרופות ולמקם על גופו עלוקות שבאמצעותן הקיזה דם מגופו (טיפול שהיה מקובל בעת ההיא). לאחר שאחיה החלים החלה ללמוד פילוסופיה, כימיה ולטינית.
הוריה של ברטון לא אמרו נואש וניסו שוב לסייע לה להתגבר על ביישנותה. הם שכנעו אותה לעסוק בהוראה, בעצתם של האחים פאולר, שהיו פרנולוגים. הם בדקו אותה ומצאו כי קריירה של מורה עשויה "לרפא" את ביישנותה. למרות חששותיה, היא נענתה לבקשתם ובשנת 1839, בגיל 17 בלבד, קיבלה תעודת הוראה. ברטון שאבה סיפוק רב ועניין ממקצוע ההוראה ואט אט ביטחונה העצמי התחזק וביישנותה נעלמה כלא הייתה.
חייה המקצועיים כמורה.
במשך 12 שנים לימדה ברטון בבתי ספר שונים וזכתה לשבחים רבים, בשל יכולתה להטיל משמעת על תלמידיה מבלי להזדקק להטלת עונשים פיזיים, כפי שהיה נהוג באותה עת. וכך כתבה: "כילדה לא ידעתי שהמבחן הטוב ביותר להטלת משמעת הוא היעדרה". היא הצליחה להשליט משמעת על הילדים הקולניים ביותר הודות למיומנויות שסיגלה בעת ששיחקה והשתובבה בילדותה עם אחיה ועם בני דודיה. המשחקים הללו הכשירו אותה להשתלב במשחקים ששיחקו תלמידיה ולהפגין בפניהם יכולת מרשימה (לפחות כמו שלהם) שבעטיה זכתה להערצה ולכבוד מצידם. מאוחר יותר כתבה: "כאשר הם גילו שאני זריזה וחזקה כמוהם, שזריקת הכדור שלי הייתה בטוחה וישרה כמו שלהם, כבודם לא ידע גבולות". בנוסף היו לה כישורים להפעיל את דמיונם של תלמידיה כפי שנהג אביה בילדותה בעת שהפליג בסיפוריו על שירותו הצבאי במלחמות האינדיאנים (1795-1785) תחת פיקודו של אנתוני ווין.
מות אמה.
בשנת 1850, לאחר תריסר שנות הוראה, החליטה ברטון להעשיר את ידיעותיה והחלה ללמוד במכון הליברלי קלינטון בקלינטון שבמדינת ניו יורק. מותה של אמה בחודש יולי 1851 ומצבה הכלכלי הרעוע העיבו על נפשה והיא החליטה לפרוש מהלימודים בתום שנה אחת.
החלום ושברו.
ברטון עברה עם חברה לבורדנטאון שבניו ג'רזי, שבאותה עת לא היו בה בתי ספר ציבוריים. זו הייתה הזדמנות עבור ברטון לממש את חלומה ולפתוח בית ספר ציבורי שהלימודים בו יהיו בחינם. בשנת 1852 נפתח בית הספר בסיוע פרנסי העיר. ביום הלימודים הראשון התייצבו בו, לאכזבתה של ברטון, שישה תלמידים בלבד, אך עד מהרה נפוצו השמועות על כישורי ההוראה שלה ועד תום השנה למדו בבית ספרה למעלה מ-200 תלמידים. בתחילת שנת הלימודים השנייה נרשמו לבית הספר כ-600 תלמידים. ההישג המרשים שכנע את ההנהלה להשקיע סכום של 4,000 דולרים בהקמת מבנה חדש (סכום גדול מאוד באותם הימים, שערכו למעלה מ-100,000 דולרים בכסף עכשווי). עם השלמתו הגיעה הנהלת בית הספר למסקנה כי ראוי שגבר ינהל מוסד בסדר גודל כזה במשכורת גבוהה מזו של קלרה שהורדה לדרגת "העוזרת הנשית". תנאי העבודה החדשים, שעמדו בניגוד מוחלט לתפיסת עולמה, גרמו לה לסבל פיזי ולשברון לב, שהובילו אותה להתפטר מעבודתה ולסיום תקופת עבודתה כמורה.
עבודתה במשרד הפטנטים.
בשנת 1855, במסגרת חיפושיה אחר עבודה, עברה ברטון לוושינגטון הבירה. חבר הקונגרס אלכסנדר דה ויט, שהיה בן דוד רחוק שלה, סייע לה לקבל משרה במשרד הפטנטים האמריקאי. ברטון נפגשה עם רשם הפטנטים, צ'ארלס מייסון, שהתרשם מהמיומנויות שהפגינה בפניו, כאשת שיחה וכבעלת מודעות פוליטית. הוא הציע לה את התפקיד הנחשק שכלל העתקה של בקשות לפטנטים, אזהרות, ותקנות והיא החלה לאייש את המשרה בחודש יולי 1854. זו הייתה הפעם הראשונה שאישה קיבלה משרה משמעותית בממשלה הפדרלית. משכורתה השנתית הייתה 1,400$ והייתה זהה למשכורתם של עמיתיה הגברים. בהיותה אחת מהנשים הבודדות שאחזו במשרה ממשלתית, סבלה ברטון מהטרדות מיניות חוזרות ונשנות מצד עמיתיה לעבודה. הגעתה לשולחנה במשרד, לוותה לא אחת בהערות פוגעניות ובמטחי רוק. לעיתים דרשו ממנה המנהלים שלה לעבוד בחדרון שכור ואפלולי מחוץ למשרד, כדי למנוע את הסחות הדעת שנוכחותה גרמה. שנה לאחר שהחלה את עבודתה, רוברט מקללנד (Robert McClelland) שהיה שר הפנים באותה עת ומהמתנגדים לתעסוקת נשים בממשלה, הוריד אותה לדרגת "מעתיקה" בשכר של 10 סנט עבור כל 100 מילים שהעתיקה.
בשנת 1856 נבחר ג'יימס ביוקנן, שהיה מתומכי העבדות, לנשיא ארצות הברית. ניצחונו בבחירות שם קץ לתפקידה, בשל השקפותיה הליברליות נגד העבדות, שאותן השמיעה ללא מורא. ברטון חזרה למסצ'וסטס, למדה צרפתית ואמנות ותרה אחר עבודה ללא הצלחה. בעקבות בחירתו של אברהם לינקולן לנשיאות חזרה לעבוד במשרד הפטנטים בסתיו 1861, בתקווה שתוכל להשפיע בעתיד על איוש נשים נוספות בשירות הממשלתי.
התגייסותה למלחמת האזרחים האמריקאית.
רקע.
בעקבות פרישתן של שבע מדינות מהאיחוד, החל הדרום להתקיף בשלהי שנת 1860 מבצרים פדרליים, במטרה לערער את סמכותו של הממשל המרכזי. ממשלת קרוליינה הדרומית תבעה את מסירתם של מתקני הצבא הפדרלי המצויים בשטחי המפרץ והעיר. ב-26 בדצמבר 1860 הסיג מייג'ור רוברט אנדרסון, מפקד הכוח הפדרלי במקום, את כוחותיו מפורט מולטרי אל פורט סאמטר שהיה מבוצר יותר. הפגזתה של המצודה פורט סאמטר ב-12 וב-13 באפריל 1861, ששכנה בפתחו של מפרץ צ'ארלסטון, בסמוך לצ'ארלסטון (בירת קרוליינה הדרומית), הובילה לפרוץ מלחמת האזרחים האמריקנית. הקרב הסתיים בכניעת כוחות הקונפדרציה, ללא נפגעים משני הצדדים. לאחר סיומו הורה לינקולן על גיוס של 75,000 חיילים לצבא האיחוד, שגרר פרישה של ארבע מדינות עבדים נוספות מן האיחוד. יריית הפתיחה החלה במהומות שהתרחשו ב-19 באפריל 1861 בבולטימור, שגרמו לשפיכות הדמים הראשונה של מלחמת האזרחים.
טיפולה בחיילים הפצועים.
כאשר היחידות הראשונות של הכוחות הפדרליים נהרו לעיר בשנת 1861 מלחמת האזרחים רק החלה, ותושבי הבירה היו נבוכים ומבולבלים נוכח הכאוס שנוצר בעיר. פצועים מחיל הרגלים של רגימנט מסצ'וסטס העשרים-ואחד (Twenty-first Massachusetts Regiment) הגיעו ברכבת לוושינגטון הבירה רעבים וחסרי כול, כשרק ציודם האישי על גבם וקלרה ברטון חשה כי בעת הזו היא תוכל לשרת את מדינתה טוב יותר אם תסייע לחיילים הפצועים. היא קידמה את פניהם עם אחותה סאלי בתחנת הרכבת והעניקה להם טיפול ראשוני. ברטון זיהתה עד מהרה כי חלק מהחיילים היו תלמידיה בהיותם ילדים וכינתה אותם "בניה".
בעיר לא היו מתקנים לחיילים ורוב חיילי חיל הרגלים של רגימנט מסצ'וסטס שוכנו בבניין הקפיטול. ברטון החלה, בסיוע של קבוצת נשים, לאסוף בגדים, מזון וציוד רפואי מסוחרים מקומיים עבור החיילים שרוב ציודם אבד. בנוסף לתמיכה החומרית היא ניסתה לרומם את רוחם של החיילים הפצועים. היא האזינה לבעיותיהם, התפללה עימם, הקריאה להם טקסטים מתוך ספרים ואף כתבה מכתבים עבור בני משפחותיהם. היא אשפזה את החיילים הפצועים באופן הקשה ביותר בבית אחותה וטיפלה בהם במסירות. מאוחר יותר כתבה על אודות הימים הקשים הללו כי "הדם הפטריוטי של אבותיי להט בתוך עורקיי", עם זאת לא יכלה להסתיר את אי-נוחותה באשר ל"מלחמות הגברים", וכך כתבה: "משכבר הימים נאמר, כי נשים אינן מבינות דבר במלחמה. הייתי מאחלת זאת גם לגברים".