תבוסתה של יפן בסוף מלחמת העולם השנייה הותירה את הכלכלה המלאית מנותצת. בין הבעיות שבפניהם היא ניצבה היו אבטלה, שכר נמוך והאמרת מחירי המזון. המפלגה הקומניסטית המלאית החלה לעשות שימוש בכלכלה המתמוטטת ככלי תעמולתי נגד הבריטים. הבריטים לא התייחסו לבעיות הכלכליות היסודיות שכעת היו גרועות יותר במלאיה יותר מאי פעם. אי-שקט תעשייתי התחולל ומספר רב של שביתות התקיימו בשנים 1946–1948. דוגמה אחת לאלו הייתה שביתה כללית של 24 שעות שהמפלגה הקומוניסטית ארגנה ב-29 בינואר 1946. באותה תקופה ניסה השלטון הבריטי לארגן את כלכלת מלאיה, שכן ההכנסות מבדיל ומגומי היו חשובות לבריטים כדי לשקם את כלכלתם שלהם בתקופה שלאחר המלחמה. היחס כלפי מפגינים היה קשוח, ונעשה שימוש במעצרים ובצווי גירוש. המפגינים מצידם היו תוקפניים יותר ויותר. בשנת 1947 לבדה, ארגנו הקומוניסטים כ-300 שביתות.
מיד לאחר תום מלחמת העולם השנייה, ניסו הרשויות הבריטיות להקים את האיחוד המלאי , מדינה בה כל האזרחים, מלאים, סינים והודים, יזכו לזכויות שוות. מהלך זה נדחה על ידי מלאים רבים ועל ידי שליטיהם של מדינות שונות שהיו מוגנות על ידי הבריטים. כתוצאה מכך נסוגו הבריטים מההצעה וסינים רבים ראו בכך בגידה לאחר שהקהילות שלהם נשאו בנטל המאבק בכיבוש היפני.
תקריות ראשונות.
היריות הראשונות במצב החירום המלאי נורו בשעה 8:30 בבוקרו של ה-16 ביוני 1948, במשרד אחוזת אלפיל, 32 ק"מ ממזרח לעיירה סונאי סיפוט שבמדינת פרק. שלושה מנהלים אירופאים של המטע, ארתור ווקר, ג'ון אליסון, ואיאן כריסטיאן, נורו על ידי שלושה צעירים סינים. מתקפה מתוכננת זו הייתה אמורה גם להתבצע נגד אירופאי רביעי באחוזה הסמוכה. מתקפה זו כשלה שכן הקורבן המיועד לא הצליח להגיע לעבודתו בזמן בשל תקלה ברכב השטח שלו. לוחמי מחתרת נוספים נשלחו להורגו, אך עזבו את המקום לאחר שלא איתרו אותו.
יומיים לאחר מכן, ב-18 ביוני, הכריזו הבריטים על צעדי חירום, ראשית בפרק, כתגובה על התקרית בסונגאי סיפוט. צעדי חירום אלו נכנסו לתוקף ביולי בכל רחבי מלאיה. על פי צעדי חירום אלו, רבים מהאיגודים המקצועיים, המפלגה הקומוניסטית וארגוני שמאל נוספים, הוצאו מחוץ לחוק. למשטרה נתנה סמכות לעצור קומוניסטים ואת כל מי שנחשד בסיוע להם.
הקמת ה-MNLA.
בהנהגתו של צ'ין פנג, נסוגו שארית הקומוניסטים המלאים לאזורים הכפריים והקימו את צבא השחרור הלאומי המלאי, אף על פי ששמם תורגם שלא כראוי כ"צבא השחרור של הגזעים המלאים" (Malayan Races Liberation Army - MRLA) או "צבא השחרור העממי המלאי" (Malayan People's Liberation Army - MPLA). פנג היה ותיק המחתרת האנטי-פשיסטית ואיש האיגודים המקצועיים, שלקח חלק חשוב בפעילות המחתרת נגד היפנים, ה-MPAJA במהלך מלחמת העולם השנייה. ה-MNLA החל את מלחמתו לעצמאות המלאית כאשר שם לעצמו למטרה את התעשיות של השלטון הקולוניאלי להפקת המשאבים הטבעיים, בעיקר מכרות הבדיל ומטעי הגומי, שהיו מקור ההכנסה העיקרי של שלטון הכיבוש הבריטי במלאיה. ה-MNLA תקף את התעשיות הללו מתוך תקווה לגרום לבריטים לפשיטת רגל ולזכות בעצמאות באמצעות הפיכת השהות של הבריטים במלאיה ליקרה מדי.
ה-MNLA היה בחלקו הקמה מחדש של הצבא העממי המלאי האנטי-יפני. ב-1942 סייעו להם הבריטים בחשאי ואימנו אותם בשימוש בחומרי נפץ, בכלי נשק ובמכשירי רדיו. כשפורק הצבא העממי המלאי האנטי-יפני בדצמבר 1945, החזירו אנשיו באופן רשמי את כלי הנשק לממשל הבריטי, אף על פי שרבים מהם החביאו בחשאי מאגרי נשק במקומות מסתור בג'ונגלים. לאלו שהסכימו להתפרק מנשקם הוענקו תמריצים כספיים. כ-4,000 מתוכם דחו את המענקים הללו וירדו אל המחתרת.
מלחמת הגרילה.
ה-MNLA עשה בדרך כלל שימוש בטקטיקות של לוחמת גרילה, חבלה במתקנים, תקיפת מטעי גומי והריסת דרכי התחבורה והתשתיות. התמיכה ב-MNLA התבססה בעיקר על כ-500,000 איש מתוך 3.12 מיליון הסינים שחיו אז במלאיה. היחס לסינים אלו היה כאל "פולשים", ורובם חיו כחקלאים בשולי הג'ונגלים, שם היה הבסיס העיקרי של ה-MNLA. מצב דברים זה אפשר ל-MNLA להצטייד במזון והסינים היו למקור למצטרפים חדשים אליהם. לעומת זאת, המלאים האתניים תמכו בהם במספרים נמוכים יותר. ה-MNLA השיג תמיכה מהסינים בשל העובדה שנשללה מהם זכות הבחירה, הם לא היו בעלי קרקעות, ובדרך כלל הם חיו חיי עוני. רשת האספקה של ה-MNLA נקראה "מין יואן" (Min Yuen, "ארגון המונים"). הייתה להם רשת של קשרים בתוך האוכלוסייה הכללית. לצד אספקת חומרי גלם, בעיקר מזון, היה ארגון זה חשוב ל-MNLA כמקור למודיעין.
הבסיסים והמחבואים של ה-MNLA שכנו באזורי הבלתי נגישים של הג'ונגל הטרופי עם תשתיות מוגבלות. רוב אנשי המחתרת היו סינים, אם כי היו כמה מלאים, אינדונזים והודים בקרב חבריה. ה-MNLA התארגן לרגימנטים, אם כי לאלו לא היה מנגנון קבוע וכל אחד מהם איחד את כל הכוחות שפעלו באזור מסוים. ברגימנטים היו גופים פוליטיים, קומיסרים, מדריכים ושירות חשאי. בעת שהותם בבסיסים שמעו הלוחמים שיעורים במרקסיזם-לניניזם וכתבו עלונים שהופצו בקרב האוכלוסייה האזרחית. ה-MNLA הוציא גם הנחיה לאנשיו שעליהם לקבל רשות לכל קשר רומנטי בו היו מעורבות נשים מהאוכלוסייה האזרחית.
בשלבים הראשונים של מצב החירום שאפו לוחמי הגרילה למסד שליטה "בשטחים המשוחררים" שמהם הם מיגרו את כוחות הממשלה, אך לא נחלו הצלחה בכך.
התגובה הבריטית.
בחודשים הראשונים של מצב החירום, שררו תוהו ובהו וניהול לקוי של המשבר בממשלה. בחזית הצבאית, לא ידעו הכוחות הצבאיים כיצד להילחם באויב שנע באופן חופשי בג'ונגלים ונהנה מתמיכתה של האוכלוסייה הסינית הכפרית. בעלי חוות ומכרות בריטים, שספגו את המתקפות הקומוניסטיות, החלו לדבר על חוסר היכולת של הממשלה ועל כך שהם נבגדו על ידי הוייטהול. האסטרטגיה הראשונית של הממשלה הייתה בעיקר לשמור על נכסים כלכליים בעלי חשיבות, כמו המכרות והמטעים. בהמשך, באפריל 1950, נקרא הרולד בריגס, שבתפקידו האחרון היה המפקד הצבאי של בורמה, לשמש כמפקד המבצעים במלאיה. העקרון המרכזי של תוכניתו של בריגס הייתה שהדרך הטובה ביותר לדכא מרד כמו זה שמולו התמודדה הממשלה, הייתה לנתק את המורדים ממקור תמיכתם באוכלוסייה. תוכנית בריגס גם זיהתה את אופיו העוין של הג'ונגל המלאי. חלק חשוב באסטרטגיה היה לשים למטרה את אספקת המזון של ה-MNLA, שבריגס זיהה שהגיעה משלושה מקורות עיקריים: בסיסי ה-MNLA בג'ונגלים שבהם בוראו יערות לצורכי גידולים לאספקת מזון, שבטי ילידים שסיפקו ל-MNLA מזון שלוקט בג'ונגלים, ותומכי ה-MNLA בקהילות שתפסו קרקעות בשולי הג'ונגלים.
תוכנית בריגס הייתה רבת פנים, ובמסגרתה היה היבט אחד שזכה לפרסום: עקירה כפויה ממקומות מגוריהם של כ-500,000 כפריים מלאים, כולל כ-400,000 סינים, מהיישובים בהם הם התגוררו בשולי הג'ונגלים למחנות מאובטחים שנקראו "כפרים חדשים" . כפרים אלו היו ברוב המקרים כאלו שנבנו למטרתם באופן מיוחד והיו מוקפים בגדרות תיל, בעמדות משטרה ובאזורים מוצפים, ומטרתם הייתה לשמור את הכפריים בתוכם ואת המורדים מחוצה להם. בתחילת מצב החירום החזיקו הבריטים 13 גדודי חיל רגלים במלאיה, כולל שבעה גדודי גורקה, שלושה גדודים בריטים, שני גדודים של הרגימנט המלאי המלכותי ורגימנט של הארטילריה המלכותית שחייליו הועסקו כחיילי רגלים. סדר כוחות זה היה קטן מדי כדי להילחם במורדים באופן יעיל, ונדרשה הצבתם של גדודי רגלים נוספים במלאיה. הבריטים שיגרו כוחות מיחידות כמו חיל הנחתים המלכותי ורובאי המלך האפריקנים. מאמץ נוסף הייתה הקמתו מחדש של השירות האווירי המיוחד ב-1950 ככוח שהתמחה במשימות סיור, פשיטות וכלל יחידות לדיכוי מרידות.
מזכיר ההגנה הזמני של מלאיה, סר רוברט גריינג'ר קר תומפסון, שירת בצ'ינדיטים בבורמה במלחמת העולם השנייה. עיקר ניסיונו בלוחמה בג'ונגלים הוכח כרב ערך במהלך אותה תקופה, שכן עלה בידו למסד יחסים אפקטיביים בין הצבא לאזרחים והיה אחד מהאדריכלים העיקריים של הלוחמה נגד המורדים במלאיה.
ב-6 באוקטובר 1951 נרצח הנציב העליון הבריטי במלאיה, סר הנרי גרני, ובדצמבר שלאחר מכן עזב בריגס. באותה עת שבה המפלגה השמרנית בבריטניה בראשותו של וינסטון צ'רצ'יל לשלטון. בינואר 1952 מונה גנרל ג'רלד טמפלר כנציב העליון הבריטי במלאיה. לזכותו ניתן לזקוף את הפיכת המצב לטובתם של הכוחות הבריטים. כמה מיחידות הצבא הבריטי החלו "מערכה בהשגת הלבבות והמוחות" , באמצעות מתן סיוע רפואי ומזון לאוכלוסייה המקומית. באותה עת הופעל לחץ על ה-MNLA באמצעות סיורים בג'ונגלים. לוחמי הגרילה נדחקו עמוק יותר לתוככי הג'ונגלים ונמנעה מהם גישה לאספקה. אנשי ה-MNLA לקחו לעצמם בכפייה מזון משבטי הסקאי וכך הפכו אותם לאויביהם. רבים מלוחמי הגרילה שנפלו בשבי שינו את נאמנותם. לשם ההשוואה, אנשי ה-MNLA מעולם לא שיחררו בריטים שנשבו על ידיהם בחיים.
במהלך השנתיים בהם שימש טמפלר כמפקד הצבאי של מלאיה, "נמחקו שני שלישים מכוחות הגרילה והם איבדו בערך כמחצית מכוחם, מספר התקריות ירד מ-500 לחודש לפחות מ-100 ושיעור אבדות כוחות הצבא והאזרחים ירד מ-200 לפחות מ-40". לטענת היסטוריונים מהזרם השמרני טמפלר שינה את המצב ולצעדיו ולמדיניותו היו חלק חשוב בהצלחת הבריטים בפיקודו. היסטוריונים רוויזיוניסטים קראו תיגר על דעה זו ולעיתים קרובות הביעו את תמיכתם ברעיונותיו של הנרי פרסל, מומחה לענייני סין, שב-1954 טען שטמפלר בסך הכול המשיך מדיניות שהותוותה על ידי קודמיו.
בשיאו, מנה סדר הכוחות של הבריטים ושל שאר הכוחות מחבר העמים הבריטי 40,000 איש, מול כ-7,000 עד 8,000 לוחמי גרילה.
ניהול הפעולות נגד המורדים.