ב-28 במאי 2003 דנה הכנסת בהצעת חוק התוכנית להבראת כלכלת ישראל (תיקוני חקיקה להשגת יעדי התקציב והמדיניות הכלכלית לשנות הכספים 2003 ו-2004), התשס"ג-2003. הצעת חוק זו, שיזם שר האוצר בנימין נתניהו, כללה תיקוני חקיקה רבים, במתכונת של חוק ההסדרים, במטרה לקצץ בהוצאות המדינה עקב המשבר הכלכלי ששרר בישראל באותה תקופה. הדיון בקריאה השנייה של הצעת החוק נמשך זמן רב, עקב פיליבסטר שערכו סיעות האופוזיציה, וההצבעות נגררו לשעות הלילה. בסופו של דבר אישרה הכנסת את החוק, ודחתה את כל ההסתייגויות שהגישו חברי הכנסת מהאופוזיציה.
זמן קצר לאחר אישור החוק, טען חבר הכנסת יעקב ליצמן כי ראה חבר כנסת מצביע במקומה של חברת הכנסת ענבל גבריאלי, שלא נכחה בהצבעה. ליצמן סירב להגיש תלונה במשטרה או בוועדת האתיקה, ואף לגלות במי מדובר, אך עד מהרה נפוצו שמועות שמדובר ביותר מחבר כנסת אחד שהצביע שלא ממקומו.
החקירה.
בעקבות התפתחויות אלה, הקים יושב ראש הכנסת, רובי ריבלין, ועדת בדיקה שכללה את קצין הכנסת, יצחק שד"ר, ואת היועצת המשפטית לכנסת, אנה שניידר. בבדיקה הושוו צילומי הטלוויזיה מהמליאה עם מערכת ההצבעות האלקטרונית, והממצאים העלו חשד כי חמישה מחברי הכנסת הצביעו פעמיים (יחיאל חזן, מיכאל גורלובסקי, ואסל טאהא, סגן השר יעקב אדרי והשר אברהם פורז), וכי שלושה אחרים הצביעו לא ממקומם (אלי בן-מנחם, מיכאל איתן ואלי אפללו).
חבר הכנסת גורלובסקי הודה, מיוזמתו, כי הצביע גם במקומו של חבר הכנסת גלעד ארדן. ועדת האתיקה החליטה להשעותו מדיוני המליאה והוועדות לתקופה של 4 חודשים וחצי.
במקביל, הורה היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, על פתיחת חקירה משטרתית. חוקרי המשטרה גבו עדויות מחמשת חברי הכנסת החשודים, מיושב ראש הכנסת, ומחבר הכנסת ליצמן. ליצמן סירב בתחילה לגלות מי היה חבר הכנסת שאותו ראה מצביע במקום חברת הכנסת גבריאלי, אך לאחר שנועץ ברבנים, העיד בסופו של דבר בפני החוקרים כי היה זה חבר הכנסת חזן.
שלושה מחברי הכנסת שנחקרו לא הועמדו לדין בסופו של דבר. השר פורז הודה כי הצביע גם במקומו של השר ישראל כץ, אך טען כי עשה זאת בשוגג וכי ביקש מיושב ראש הכנסת לבטל את הצבעתו מיד לאחר שעשה זאת, והיא אכן בוטלה מיידית. חבר הכנסת טאהא נראה במצלמות הטלוויזיה כשהוא רוכן לעבר לחצני ההצבעה של חבר הכנסת ג'מאל זחאלקה, אך לא נקלטה הצבעה כפולה במערכת. היועץ המשפטי לממשלה החליט לסגור את התיק נגדם מחוסר אשמה. לגבי סגן השר אדרי, שנראה כשהוא מצביע גם במקומו של חבר הכנסת אהוד יתום, החליט היועץ המשפטי לממשלה לסגור את התיק מחוסר ראיות מספיקות.
לעומתם, כנגד חבר הכנסת חזן עמדה עדותו של חבר הכנסת ליצמן, ואילו כנגד חבר הכנסת גורלובסקי עמדה הודאתו הוא. ב-3 בדצמבר הודיע היועץ המשפטי לממשלה כי החליט להגיש כתבי אישום נגד השניים, בעבירות של זיוף בכוונה לקבל דבר בנסיבות מחמירות, מרמה והפרת אמונים.
הסרת החסינות.
ב-22 בדצמבר דנה ועדת הכנסת בבקשת היועץ המשפטי לממשלה להסיר את חסינותו של חבר הכנסת חזן. חזן עצמו ביקש מהוועדה שתאשר את הבקשה כדי שיוכל להיאבק על חפותו, אך חברי כנסת טענו כי מאחורי הקלעים פעל חזן לסיכול המהלך. הבקשה להסרת החסינות נדחתה ברוב של 8 מול 7. למחרת דחתה הוועדה גם את הבקשה להסיר את חסינותו של גורלובסקי, ברוב של 11 מול 5.
התנועה לאיכות השלטון עתרה לבג"ץ נגד החלטות ועדת הכנסת. במהלך הדיונים הודיע חזן לבית המשפט כי ייזום דיון מחודש בוועדת הכנסת, וב-26 בינואר 2004 הוסרה חסינותו. העתירה כנגד אי הסרת חסינותו של גורלובסקי נותרה בעינה. עמדת המדינה הייתה כי מאחר שגורלובסקי כבר נענש על ידי ועדת האתיקה, החלטת ועדת הכנסת עומדת במתחם הסבירות, ועל כן אל לו לבג"ץ להתערב בהחלטה זו. ב-23 במרץ 2005 קיבל הרכב מורחב של 7 שופטים את עתירתה של התנועה לאיכות השלטון, בהחלטה שנתקבלה פה אחד. בפסק הדין נפסק כי שיקול הדעת של ועדת הכנסת בדיון על הסרת חסינות מוגבל רק לבחינת שיקוליו של היועץ המשפטי לממשלה, ומאחר שהוועדה שקלה שיקולים אחרים שאינם בסמכותה, החלטתה בטלה. בעקבות פסיקת בג"ץ, התכנסה ועדת הכנסת לדון פעם נוספת בהסרת החסינות, אך גם הפעם דחתה את הבקשה, ברוב של 10 מול 6. התנועה לאיכות השלטון עתרה בשנית לבג"ץ, והיועץ המשפטי לממשלה הודיע כי לא יגן הפעם על החלטת ועדת הכנסת. בינתיים, תוקן חוק החסינות, כך שליועץ המשפטי לממשלה הסמכות להגיש כתב אישום כנגד חבר כנסת, שרשאי בתורו להגיש בעקבות כך בקשה לקבלת חסינות מוועדת הכנסת, ועל כן העתירה התייתרה ונדחתה.
ההליכים הפליליים.
יחיאל חזן.
מרגע שנחשפה הפרשה ובמהלך כל משפטו טען חזן לחפותו. ב-26 באפריל 2006, זמן קצר לאחר שהסתיימה כהונתו של חזן בכנסת, הרשיע אותו בית משפט השלום בירושלים בעבירות בהן הואשם. בית המשפט פסק שגרסתו של ליצמן אמינה מגרסתו של חזן, תוך שהוא מסתמך על כך שבניגוד לעמדתו הנחרצת בבית המשפט, במספר ראיונות בתקשורת לא שלל חזן באופן מוחלט את האפשרות שהצביע במקומה של חברת הכנסת גבריאלי. בית המשפט גם שלל את טענותיו של חזן, לפיהן ייתכן ואירעה תקלה במערכת ההצבעה, שבשלה נרשמה בטעות הצבעתה של גבריאלי, ופסק, על סמך עדויות מומחים, כי תקלה כזו אינה אפשרית.
ב-20 ביוני נגזרו על חזן 4 חודשי מאסר בפועל, שהומרו בעבודות שירות, ועוד שני חודשי מאסר על תנאי. בית המשפט פסק כי "פגיעה במעשה ההצבעה על ידי הטיית תוצאותיה במירמה, היא פגיעה בציפור נפשו של בית המחוקקים, והפרה ממשית של אמון הציבור בו", אך מנגד התחשב בעברו הנקי של חזן, ובמחיר הציבורי הכבד ששילם מאז נחשפה הפרשה.
חזן ערער על פסק הדין לבית המשפט המחוזי. ב-17 בינואר 2007 דחה בית המשפט את ערעורו, ופסק שאין מקום להתערב בפסק דינו של בית משפט השלום, לא לגבי הכרעת הדין ולא לגבי גזר הדין. ב-18 ביוני אותה שנה, דחה בית המשפט העליון את בקשת רשות הערעור שלו על החלטת בית המשפט המחוזי חזן ביקש מבית המשפט העליון לקיים משפט חוזר בהרשעתו, ובקשתו נדחתה.
תקרית נוספת שליוותה את משפטו של חזן אירעה בנובמבר 2005. חזן צולם כשהוא נכנס למחסן שבו אוחסנו חלקים ממערכת ההצבעה שבה השתמשו בליל ההצבעות הכפולות. מאוחר יותר התברר כי 4 ממערכות ההצבעה נעלמו. חזן מסר מספר גרסאות לנסיבות הימצאותו במחסן. בתחילה טען כי סגן מזכיר הכנסת אישר לו להיכנס למחסן, כדי שיוכל לבדוק את מערכות ההצבעה לצורכי משפטו, וכי הניח את המערכות בפינת המחסן, ולכן לא נמצאו. מאוחר יותר טען כי כלל לא היה במחסן. לאחר שהתברר לו כי מצלמות האבטחה תיעדו אותו נכנס למחסן, הודיע כי לקח רק את ה"פאנל" של מערכות ההצבעה, אך את ה"מוח" השאיר במחסן. לבסוף, החזיר חזן את המערכות ליושב ראש הכנסת. בעקבות אירועים אלה, נפתחה נגד חזן חקירה נוספת, בחשד לשיבוש הליכי משפט. ב-28 בדצמבר המליצה המשטרה על הגשת כתב אישום, אך היועץ המשפטי לכנסת החליט לסגור את התיק מחוסר עניין לציבור.
מיכאל גורלובסקי.
בשל התמשכות הליכי הסרת החסינות, החל משפטו של גורלובסקי מאוחר יותר. כתב האישום נגדו הוגש ב-30 באפריל 2006, ימים ספורים לאחר הכרעת הדין במשפטו של חזן וזמן קצר לאחר שחדל מלכהן כחבר הכנסת.
במסגרת עסקת טיעון, הודה גורלובסקי בעבירה של הפרת אמונים, ויתר סעיפי האישום (זיוף בכוונה לקבל דבר בנסיבות מחמירות ומרמה) נמחקו.
כאשר ניתן פסק הדין, ב-12 בינואר 2007, היווה גזר דינו של חזן נקודת מוצא לקביעת עונשו של גורלובסקי. בית המשפט פסק כי יש מקום להקל עם גורלובסקי, בהשוואה לחזן, משום שבניגוד אליו הודה באשמתו ונטל אחריות למעשיו ומשום שכבר נענש על ידי ועדת האתיקה. בית המשפט גזר עליו שני חודשי עבודות שירות בפועל ועוד שניים על תנאי.
השלכות הפרשה.
הכנסת ה-16 סבלה מתדמית ירודה, ופרשת ההצבעות הכפולות הייתה לאחד מסממניה. לא רק על עצם הפרשה נמתחה ביקורת, אלא גם על האירועים שנלוו לה - ההחלטה שלא להסיר את חסינותו של חבר הכנסת גורלובסקי, השתלשלות העניינים בעקבות פסיקת בג"ץ בעניין ולקיחת פאנל מערכת ההצבעה על ידי חבר הכנסת חזן.
חברי הכנסת היו ערים לביקורת, ופעלו במספר מישורים למזעור הנזקים, הן במישור הנורמטיבי - באמצעות הקמת ועדה להכנת כללי אתיקה לחברי הכנסת ותיקון חוק החסינות והן במישור הטכני - באמצעות החלפת מערכת ההצבעה.
חברי הכנסת חזן וגורלובסקי לא הצליחו להתברג במקומות ריאליים בבחירות המקדימות שנערכו במרכז הליכוד לקראת הבחירות לכנסת ה-17 ונותרו מחוץ לכנסת.
הקמת ועדה להכנת כללי אתיקה לחברי הכנסת.
זמן קצר לאחר חשיפת הפרשה, ב-6 ביולי 2003, החליט יושב ראש הכנסת ריבלין על הקמת ועדה להכנת כללי אתיקה לחברי הכנסת, וב-24 באוגוסט מינה את חבריה, בראשות השופט בדימוס יצחק זמיר. הוועדה הגישה את המלצותיה בראשית 2007, וועדת הכנסת דנה ביישומן הן בכנסת ה-17 והן בכנסת ה-18.
תיקון חוק החסינות.
ב-25 ביולי 2005 תיקנה הכנסת את חוק חסינות חברי הכנסת, זכויותיהם וחובותיהם, לפי הצעת ועדת הכנסת. עד לאישורו של התיקון, היה על היועץ המשפטי לממשלה לפנות לוועדת הכנסת בבקשה להסיר את חסינותו של חבר הכנסת, לשם הגשת כתב אישום. התיקון הפך, למעשה, את נטל ההוכחה. כיום, רשאי היועץ המשפטי לממשלה להגיש את כתב האישום ולחבר הכנסת הנאשם ניתנים 30 ימים שבהם הוא רשאי לבקש מוועדת הכנסת להעניק לו חסינות.
החוק החדש גם מפרט את רשימת העילות שבהתקיימן רשאי חבר הכנסת לפנות לוועדת הכנסת:
החלפת מערכת ההצבעה.
ב-22 ביולי החליטה ועדת הכנסת על החלפת מערכת ההצבעות במערכת ביומטרית, המופעלת באמצעות טביעת אצבע.
תוקפו של חוק התוכנית להבראת כלכלת ישראל.