באותן שנים הועסקה על ידי רשות הנמלים אוניית מחפר רוסית 'ירבנסקי' שאספה אליה כמויות גדולות של החומר החפור הפליגה והטילה אותו באתר אלפא.
אתר אלפא שימש גם כאתר להטלת בוצה של מפעל חיפה כימיקלים. ההטלה שם נפסקה בשנת 1998 לאחר שהמפעל מצא פתרון יבשתי לטיפול בשפכים התעשייתיים. לאחר הטיפול השפכים מוזרמים לנחל הקישון לפי היתר הטלה מתחדש.
משנת 2006 הועסקה אוניית מחפר הולנדית Amazon בפינוי הבוצה מנמל הקישון ונמל הכרמל בבניה. הצוות ההולנדי ביצע את החפירה בתלבושת מגן. דגימה מהבוצה נשלחה לבדיקת מעבדה בהולנד ונמצאה מסוכנת.
בשנים 2013 – 2014 בוצעה חפירה נרחבת במעגן הדיג וכ-40,000 מ"ק חומרי חפירה הוטלו באתר אלפא. כמות גדולה של פסולת: רשתות, כבלים, גרוטאות וכו' הועברה לאתר פינוי יבשתי.
במקביל, באותן שנים חפרה 'רשות ניקוז ונחלים קישון' את ערוץ הנחל מדרום לבתי זיקוק לנפט עד לפני מעגנת שביט. במקום עבד מחפר קנדי והבוצה הועברה בצינור לטיפול באתר סמוך למכון הטיהור של חיפה. האדמה המטופלת יועדה להרחבת פארק נחל הקישון.
נזקי בריאות.
בשנת 2000 פורסמה כתבה בעניין הנזק הבריאותי הנובע מהמצב במי הקישון, לאור תלונות לוחמי שייטת 13 על תחלואה רבה ובגיל צעיר, כשהמשותף להם הוא צלילה בעבר במי הנהר, במהלך שירותם הצבאי.
עוד באותו יום החליט קצין רפואה ראשי אל"ם גיורא מרטונוביץ' להפסיק את הצלילות בכל הנמלים. הוקמה ועדת בדיקה, במטרה לבדוק האם מי נחל הקישון והשפעות הסביבה הם שגרמו למחלות הקשות. בוועדה השתתפו ראש ענף בריאות הצבא - סא"ל ד"ר שלמה משה פרופ' פרום, מומחה לרפואה תעסוקתית - פרופסור יוסף ריבק, רשם הסרטן הלאומי במשרד הבריאות - ד"ר מיכה ברחנא, וכן מומחית לרפואה תעסוקתית -ד"ר יהודית שחם. הוועדה קבעה ביום 15 במאי 2000 כי אין קשר סיבתי בין התחלואה לצלילות בקישון.
קבוצת יוצאי שייטת 13 שאורגנה על ידי יובל תמיר לא הסכימה עם מסקנות הבדיקה הצה"לית והגישה ביום 18 ביוני 2000 עתירה לבית המשפט העליון במטרה לבטל את מינויה של ועדת הבדיקה הפנימית, ולמנות תחתיה ועדת חקירה חיצונית ובלתי תלויה. העותרים תבעו להכירם כנכי צה"ל, לממן את הוצאותיהם הרפואיות ולפצות את משפחות הצוללים שנפטרו.
ועדת שמגר.
בתגובה לתביעת לוחמי המילואים בבג"ץ לקיים ועדת חקירה חוץ-צבאית, הציע היועץ המשפטי לממשלה לשר הביטחון לקיים את הדרישה בלא צורך בהחלטת בג"ץ ולאחר משא ומתן בין הצדדים הושגה הסכמה, וזו לשונה:
הרמטכ"ל שאול מופז מינה את שופט העליון (בדימ') מאיר שמגר כיו"ר הוועדה, וחבריה היו פרופסור מאיר וילצ'יק - כימאי ומומחה לחומרים מסוכנים, וד"ר גדי רנרט - מנהל המחלקה האפידמיולוגית בבית החולים כרמל. משימת הוועדה, כהגדרתה, הייתה לבחון ארבע סוגיות:
בנוסף, הוסמכה הוועדה בכתב המינוי גם לקבוע עובדות, להמליץ המלצות ולהסיק מסקנות.
ועדת שמגר עסקה בחקירה משך שלוש שנים, קיימה 27 ישיבות, שמעה 103 עדים, קיבלה 619 מוצגים, סיירה בשטח הקישון והורתה על קיום בדיקות רפואיות ללוחמים.
חלק ראשון - המלצות להתנהגות בנחל הקישון.
ביום 3 ביולי 2001 הגישה הוועדה לרמטכ"ל את חלקו הראשון של הדו"ח. פרק י"ד לחלק זה כלל שורת המלצות ומסקנות, הנוגעות להתנהגות בנחל ובקרבתו וביניהן: איסור צלילה במי הקישון ובנמל חיפה, הפסקת הזרמה של שפכים לסוגיהם, המשך מבדקי בריאות לקבוצות הסיכון, הקמת מנגנון התקשרות בין חיל הים לבין גורמים אזרחיים העוסקים בניטור ובדיקה של איכות מים, ועוד.
להלן פירוט ההמלצות:
ועדת מעקב ממשלתית - בהחלטת הממשלה מ-24 בפברואר 2002 אימצה הממשלה את החלק הראשון בדוח ועדת- שמגר, לגבי הפעילות הצבאית האזרחית בקישון. בהחלטת הממשלה נקבע כי השר 18 להגנת הסביבה יכונן בהשתתפות נציגי משרדי ממשלה עיריית חיפה ורשות נחל קישון.
מומחים מהאקדמיה ומרשות נחל קישון בודקים תדיר את איכות המים באזור. ממצאי הניטור מוגשים לוועדה הבין-משרדית למעקב אחר יישום מסקנות ועדת-שמגר.
חשופים שהוזמנו לבדיקות.
חיל הים מסר לוועדה רשימה הכוללת האנשים שהיו חשופים למימי הקישון במידה כלשהי בעת שירותם.
הרשימה כללה:
למופיעים ברשימה נשלח בינואר 2001 מכתב ממפקד חיל הים אלוף ידידיה יערי המזמין להיבדק. השופט שמגר לא הספק במכתבו של מפקד חיל הים ובחודש פברואר 2001 הוציא גם הוא מכתב הזמנה. להזמנות נענו כ־3000 איש. הבדיקות נעשו בארבעה בתי חולים: סורוקה בבאר שבע, בילינסון בפתח תקווה, שערי צדק בירושלים וכרמל בחיפה, תחת פיקוחו של ד"ר רנרט. במהלך הבדיקות נמצאו 19 אנשים שהתגלו בגופם תופעות סרטניות בנוסף ל-107 התובעים הראשונים.
לאחר סיום הבדיקות הרפואיות שנערכו לאוכלוסיית החשופים, ולאחר עריכת סטטיסטיקה מדעית של תוצאותיהן של בדיקות אלה. התגלעה מחלוקת בין יו"ר הוועדה, כב' הנשיא (בדימוס) שמגר, לבין שני חברי הוועדה האחרים, פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט, בכל הנוגע לשאלת הקשר בין השהות במים המזוהמים לבין התחלואה בסרטן. המחלוקת הייתה ששני חברי הוועדה המדענים, פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט, בחנו את נושא הקשר בין השהות במים, לבין התחלואה, על פי אמות מידה מדעיות מקובלות, הדורשות מובהקות סטטיסטית. מסקנותיהם של שני חברי הוועדה פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט הן שמבחינה מדעית לא הוכח שזיהום הקישון גרם לתחלואה עודפת בעלת מובהקות סטטיסטית, זאת בין היתר בשל מיעוט יחסי של מספר מקרי הסרטן שאובחנו.
המלצת חברי הוועדה פרופ' וילצ'יק וד"ר רנרט: :
השופט מאיר שמגר בחן את הסוגיה על פי אמות מידה משפטיות, ולא מדעיות. הסביר בחוות דעתו ציין כי על פי אמות מידה אלה, אין צורך להשתכנע בקיומו של קשר ברמה של מובהקות סטטיסטית. די לו למשפטן, להבדיל מהמדען, בהטיית מאזן ההסתברויות לטובת האפשרות שקיים קשר בין השהיה במים לבין התחלואה כדי לקבוע, משפטית, קיומו של קשר כזה. השופט שמגר סקר בחוות דעתו את כל המבחנים המשפטיים המקובלים לקביעתו של קשר סיבתי, סקר את דיני הנזיקין ואת דיני השיקום הרלוונטיים ואת חוות דעת המומחים שקיבלה הוועדה, והגיע למסקנה שקיים קשר סיבתי משפטי והגיוני בין השהיה במים המזוהמים לבין התחלואה בסרטן. לפיכך, קבע כב' הנשיא (בדימוס) שמגר כי יש להכיר בכל הלוחמים שנחשפו למים המזוהמים, ללא קשר לתקופה או למידת החשיפה, כדין.
חלק שני - מסקנות להכרה בחשופים.
חלקו השני של הדו"ח, המסכם את עבודת הוועדה, ניתן בסוף חודש מרץ 2003. מסקנת יו"ר הוועדה: המחלוקת בין חברי הוועדה הצטמצמה לנושא זה בלבד. בכל יתר הנושאים הייתה הסכמה, כפי שפורטו בחלקו הראשון של הדו"ח. מסקנתם של חברי הוועדה כי מי הקישון ונמל חיפה מכילים חומרים מסרטנים בכמויות גדולות נותרה בעינה, והם המשיכו להחזיק בעמדתם כי אין לצלול במי הקישון ובנמל חיפה.
הוועדה לא מצאה קשר ישיר בין תחלואת החיילים שצללו בקישון במסגרת שירותם לזיהום בנחל, אולם גם לא שללה את אפשרות קיומו של קשר כזה, לנוכח התחלואה הגבוהה בקרב החיילים שצללו בקישון לעומת האוכלוסייה הכללית וחיילים שצללו במקומות אחרים. הוועדה המליצה להכיר לפנים משורת הדין בחיילים שחלו כמי שחלו במהלך שירותם הצבאי ובעקבותיו, ולהמשיך לטפל בהם במימון מערכת הביטחון. בהתחשב בחשיפה של הצוללים למי הקישון המליצה הוועדה על מעקב אחר אוכלוסיית החשופים שיכלול פעולות סקר כגון בדיקות רופא, בדיקות מעבדה ושימור המידע.
עוד המליצה הוועדה משרדי הביטחון והמשפטים יבדקו את ההצעה לתקן את חוק הנכים וחוק משפחות חיילים שנספו במערכה, ,כדי שתיכלל בהם הוראה בקשר לתביעות של חיילים שחלו בסרטן בזמן שירותם ועקב פעילותם הצבאית.
לגבי האחריות של הגורמים הצבאיים השונים לתחלואה, מסקנת הוועדה הייתה שהיו גורמים רבים אך פעלו בתום לב אך לא קבעה אחריות פרטנית.
החלטת שר הביטחון ומימושה.
בישיבת הממשלה באפריל 2003 הצהיר שר הביטחון שאול מופז כי למערכת הביטחון ומפקדי הצבא יש אחריות ללוחמים ולבריאותם שניזוקה עקב פעילות אימונים ולחימה. וכי לאחר שנועץ ברמטכ"ל ובמנכ"ל משרד הביטחון החליט לאמץ את ממצאי דו"ח ועדת שמגר כי החיילים שצללו במי הקישון עקב שירותם וחלו במחלת הסרטן יהיו זכאים לזכויות לפי חוק הנכים (תגמולים ושיקום) או חוק משפחות חיילים שנספו במערכה (תגמולים ושיקום).
נוהלי הטיפול - במשרד הביטחון הוקמה 'מנהלת הקישון' שתפקידו לבחון נפגעים ולאשר את זכאותם לפי חוק נכי צה"ל או חוק המשפחות השכולות. לאחר שהוברר כי אין רישום מדויק לגבי מי מתי ואיפה נערכו הצלילות בקישון. הוציא היועץ המשפטי למערכת הביטחון, גב רחל סטוביצקי, ב-18 בספטמבר 2003, נוהל וקריטריונים להכרת קצין התגמולים בחולים שנחשפו למי הקישון כנכי צה"ל.
החולים זומנו לוועדות רפואיות, לקביעת אחוזי נכות בגין נכותם, על-פי תקנות הנכים (מבחנים לקביעת דרגות נכות) התש"ל-1969, משפחות לוחמים שהלכו לעולמם הוכרו מכח חוק משפחות חיילים שנספו במערכה תש"י- 1950, ההכרה נעשתה ללא כל אבחנה למועד ולמשך חשיפתם למים המזוהמים, לאופי היחידה בה שרתו בצה"ל, או לסוג הסרטן בו לקו.
כך משך שנים, הוכרו חיילים ששרתו בחיל הים: צוללנים, חובלים, צוללי קורס מים רדודים, חיילים מחיל ההנדסה, מחיל רגלים, חיילים שנחשפו למי הקישון חיילים שנחשפו למי נמל חיפה, חיילים שנחשפו בשנות החמישים, השישים, השבעים, והשמונים. חיילים שחלו במחלת סרטן הריאות, סרטן העור, סרטן הקיבה, סרטן הלימפומה, סרטן הבטן, סרטן הערמונית, סרטן הראש, סרטן בלוטת התריס ועוד.