חופשים מכל צורה של רדיפה דתית או אתנית. האינקוויזיציה הפורטוגזית נוסדה ב-1536 לבקשת ז'ואו השלישי, מלך פורטוגל. עוד קודם לכן, ב-1515, ביקש מנואל הראשון, מלך פורטוגל, לכונן אינקוויזיציה, אך נתקל בסירוב מצד האפיפיור. האינקוויזיטור הראשי הראשון היה החשמן אנריקה, לימים אנריקה, מלך פורטוגל. בדומה לאינקוויזיציה הספרדית, עסקה זו הפורטוגזית ברדיפת מומרים שלא נענו לכל דרישותיה של הנצרות הקתולית. בתי דין של האינקוויזיציה הוקמו בליסבון, אבורה וקוימברה. טקס האוטו דה פה הראשון בפורטוגל נערך בליסבון בשנת 1540 אך רדיפת אנוסים התנהלה בקצב איטי ביותר לאחר שהאנוסים שילמו כופר משמעותי לכתר הפורטוגזי על מנת להסיר את רוע הגזירה, בתמורה הם נמלטו מרדיפות משמעותיות ביחס לאינקוויזיציה הספרדית, במהלך 33 השנים הראשונות לקיום הרשמי (1547–1580) של האינקוויזיציה, קצת יותר מ-2,000 אנוסים הובאו למשפט או נענשו במסגרת אוטו דה פה. בשנים 1533, 1535, 1547 ו-1577 הוציא הכתר הפורטוגלי צווי חנינה לאוכלוסיית האנוסים אליהם התייחסו השלטונות כ "נוצרים חדשים" הוכחה לנחיצותם למדינה הפורטוגזית, אך חייהם וארח חייהם נותר תלוי על בלימה ותחת הצל המאיים של האינקוויזיציה.
בשנת - 1580 הפכה פורטוגל לחלק מספרד האינקוויזיציה הגבירה את פעילותה נגד "נוצרים חדשים" וטיפלו בהם בחומרה. יותר מ-200 נידונו למוות ב 50 טקסי אוטו דה פה שנערכו בליסבון, אבורה וקוימברה בין 1581 ו-1600. מצב זה יצר היפוך במגמה תנועת הפליטים בחצי האי האיברי ופליטים ממוצא יהודי, אנוסים שברחו מספרד לפורטוגל ברחו עתה מפורטוגל לספרד בתקווה להימלט מהפח אל הפחת.
בראשית השבע עשרה, עם חזרת האנוסים מפורטוגל לספרד, ועל רקע הצורך הספרדי בכישורים אותם הביאו האנוסים איתם והצורך בהזרמת כספים לכלכלה הספרדית החלו חוגים פוליטיים בספרד להביע עמדה בעד אימוץ גישה סובלנית יותר כלפי קהילת צאצאי האנוסים. צו של האפיפיור מאוגוסט 1604 איפשר ל 400 "נוצרים חדשים" פורטוגזים לקבל חנינה על חטאי העבר תמורת לתשלום של כמעט 2 מיליון דוקטים לפליפה השלישי, מלך ספרד. במהלך השנים שלאחר מכן הגיעו צאצאי האנוסים - כפליטים פורטוגזים רבים לבית המשפט הספרדי להציע את השירותים הפיננסיים שלהם לכתר. אבל כאשר התנאים של החנינה פגו שש שנים מאוחר יותר והרדיפות התחדשו נוצרים חדשים, פליטים מפורטוגל רבים ברחו מספרד. המדיניות של הרדיפה השתנתה בתקופת שלטונו של פליפה הרביעי, מלך ספרד באמצע המאה ה-17, שוב בגלל קשיים כספיים של הכתר הספרדי, האינקוויזיציה העניקה חנינה זמנית או חסינות זמנית מחקירה לצאצאי האנוסים למרות החשד התמידי כי מדובר ב"יהודים נסתרים" (ספרדית :Criptojudaísmo) הקלות אלו אפשרו את השתלבותם המהירה של הפליטים הפורטוגזים בענף הפיננסים והשתתפותם בחוזים עם השלטון בכל רחבי האימפריה הספרדית ועד לשנת 1640 מחצית החוב של הכתר הספרדי היה לבנקאים "נוצרים חדשים" - מצאצי האנוסים. לשומרי המסורת הקתולית בכנסייה היה מצב זה שקול לאיום על האורתודוקסיה, כאשר פורטוגל חזרה להיות ישות עצמאית בשנת 1640 האינקוויזיציה ראתה פתח לחידוש הרדיפות אחר צאצאי האנוסים, משפחות שלמות נתפסו במדריד והוהאו בפני בתי דין של האינקוויזיציה וסדרה חדשה נרחבת של טקסי אוטו דה פה בטולדו וקואנקה הביאה לדין מספר רב של חשודים בקיום המצוות בסתר. עד לסוף המאה ה-17 נעלם כל הדור הראשון של צאצאי האנוסים, אך היהודי האנוס או המומר - המעמד של הנוצרים החדשים נותר בגדר אויב של האינקוויזיציה עד לסוף המאה ה-18
ב-1 באוקטובר 1774, התפרסם בפורטוגל צו שחייב את פסקי הדין של "המשרד הקדוש" - האינקוויזיציה לקבל אישור מלכותי לפני ביצוע, מה שבפועל סיים את פעילות האינקוויזיציה הפורטוגלית. לאחר פרסום צו זה כבר לא אורגנו בפורטוגל טקסי אוטו דה פה.
דירקטוריום אינקוויסיטורום.
הדירקטוריום אינקוויסיטורום (לטינית: Directorium Inquisitorum) הוא ספר הדרכה, ספר נהלים ופרוצדורות המכסים את היקף עבודתה של האינקוויזיציה ולאחר פרסומו במחצית השנייה של המאה ה-14 בפך ל"אורים ותומים" לאינקוויזיציות הספרדית, הפורטוגזית ושאר בתי הדין של הכנסייה הקתולית. הספר הוא פרי עבודתו המתמשכת של הנזיר הדומיניקני ניקולס אימריך , שנכתבה בלטינית ומורכבת מכ-800 עמודים, שאותם חיבר כבר ב-1376. אימריך כתב חיבור מוקדם יותר על כישוף, אולי כבר ב-1359, שאותו עבד מחדש בהרחבה. לתוך הדירקטוריום אינקווסיטורום. בחיבור הספר השתמש אימריך בטקסטים ממשפטים שערכה הכנסייה כנגד נאשמים בכישוף, וטקסטים שנכתבו בעקבות מסע הצלב האלביגנזי מערכה שיזמה הכנסייה הקתולית בין 1209 ל-1229 כדי לשרש את המינות הקתרית.
הנזיר הדומיניקני ניקולס אימריץ' מונה לאינקוויזיטור הכללי של אראגון בשנת 1357 ולאחר מכן בשנת 1362. הוא מצא לעיתים קרובות שחקירותיו חסומות על ידי בית המשפט האזרחי או מוסדות הכנסייה על רקע ההתנגשות בין פעילות האינקוויזיציה ובעיקר העינויים וההוצאות להורג שלכאורה עמדו בסתירה לדוגמה של הכנסייה.
בעת אחת מהגלויות שלו בעת ששהה בחצר האפיפיור של האפיפיור גרגוריוס ה-11 באביניון. שם הוא כתב את ה-Directorium Inquisitorum. ספר זה נערך מחדש עם תוספות משמעותיות על ידי הקנוניסט הספרדי פרנסיס פניה בשנת 1578. הספר תבסס על כתבים קודמים של אינקוויזיטורים ועסק בנושאים בהם עסקה האינקוויזיציה הכנסייתית: הגדרות של סוגים שונים של כפירה, דיון בשאלות של סמכות שיפוט והליך משפט תקין ודיני העונשין הספר שימש כמדריך לאינקוויזיטורים, ונתן עצות מעשיות כיצד לנהל בירורים. אימריך תיאר גם אמצעים להוצאת וידוי שכללו מניפולציה פסיכולוגית פרימיטיבית וכן עינויים מוחלטים. בנוגע לעינויים, אמר אימריך, "Quaestiones sunt fallaces et inefficaces" כלומר, "עינויים הם מטעים ולא יעילים". עם זאת, אימריך היה האינקוויזיטור הראשון שעקף את האיסור של הכנסייה על עינויים של נושא פעמיים. הוא פירש את ההנחיה באופן ליברלי מאוד, והתיר מקרה נפרד של עינויים עבור אישום נפרד של כפירה.
הדירקטוריום אינקוויסיטורום הפך לספר ההליכים ששימש את האינקוויזיציה הספרדית עד למאה השבע-עשרה. הוא יצא במהדורות רבות, כולל הרצה בברצלונה ב-1503 ואחת ברומא ב-1578.
התהליך המשפטי.
כאשר נאספו כל העדויות על ידי חקירת העדים והנאשמים, "חבר מושבעים"(ספרדית: consulta de fe) המורכב מהאינקוויזיטורים של בית הדין, נציג של הבישוף המקומי (ספרדית: el ordinario) ומספר יועצים משפטיים או יועצים תאולוגיים ערכו הצבעה על מנת להכריע בשאלה על אשמת הנאשם ובגזר הדין שיוטל. ההחלטה שנתקבלה נשמרה בסוד על להכרזה במהלך טקס האוטו דה פה עצמו. אם חבר המושבעים לא הצליח להגיע להחלטה והיו חילוקי דעות בין האינקוויזיטורים בנוגע לשאלת האשמה או פסק הדין הנושא הוגש למועצה העליונה של האינקוויזיציה הידועה בשם "סופרמה" (ספרדית: Consejo de la Suprema Inquisición). לדיונים אלו היו ארבע תוצאות אפשריות:
מהלך הטקס.
האינקוויזיציה הספרדית פעלה על פי מערכת ברורה של כללים מוגדרים, שהשתכללו לאורך זמן. ספר ההוראות של האינקוויזיטור הראשי הראשון תומאס דה טורקמדה נכתב בשנת 1485 ובו מופיע סיכום הפילוסופיה והשיטות של האינקוויזיציה בספרד המדריך שימש לספר שהכתיב את דרכי העבודה של בתי הדין המקומיים של האינקוויזיציה. לאור הניסיון שנצבר בשמונים השנים הראשונות של פעילות האינקוויזיציה, מהדורה מתוקנת של הנחיות הופקה על ידי האינקוויזיטור הראשי פרננדו דה ואלדס בשנת 1561. ההוראות חדשות פירטו את כל ההליכים השונים שיש לבצע - החל מהצעדים הראשונים בשימוע באינקוויזיציה, מהגילוי הראשון של כפירה
עד למתן גזר הדין.
היו שני סוגים של טקסי אוטו דה פה: אוטו דה פה ציבורי - "פובליקוס" (público general) אירוע גרנדיוזי שנערך בכיכר העירייה או כיכר העיר המרכזית אליה כל הנכבדים האזרחיים והכנסייתיים הוזמנו. אירוע זה בדרך כלל נקבע ונערך במועד של חגיגי ומשך קהל עצום. משפטים נקראו במהלך היום ואלה שנידונו למוות הוצאו להורג בסוף הטקס. אוטו דה פה "פרטי" "פרטיקיולר" (ידוע גם בשם autillo) טקסי אוטילו, לעומת זאת, היו טקסים מצומצמים מאוד וזולים להפקה, שנערכו לעיתים קרובות בכנסייה בפני קהל קטן, בדרך כלל על מנת לטפל בעבירות קלות בין 1575 ל-1610 בית הדין של טולדו ערך 12 אוטו דה פה פובליקוס בהם נשפטו 386 אשמים בעוד ש-786 תיקים טופלו במסגרת אוטו דה פה פרטי. המגמה לערוך טקסי אוטו דה פה שלא במרחב הציבורי נמשכה אל תוך המאה השבע-עשרה.
האוטו-דה-פה נערכו ביום ראשון או בחג כי על פי הספר "מדריך האינקוויזיטורים" של האינקוויזיטור ניקולס אימריך: "נוח שקהל גדול ישתתף בהוצאה להורג ובייסורים של האשמים, כך שהפחד עשוי להפריד בינם לבין הרע". "זו הצגה שממלאת את הנוכחים באימה ובדימוי מחריד של יום הדין. ובכן, זו התחושה שצריכה להיות השראה". "נוכחות הדיינים, אנשי הכנסייה והשופטים מוסיפה פאר והדר לטקס".