בשנת 1957, תחת השפעה סובייטית, הכריז נאצר על תוכנית החומש הראשונה במצרים. כחלק מתוכנית זו נקבע, מטעמי עלות, שכל קטרי הקיטור ברכבת המצרית יוחלפו בקטרי דיזל. בניסיון לעצור את ההשפעה הסובייטית במצרים, הציע הנשיא אייזנהאואר בשנת 1959 מלווה לממשלת מצרים. בחלק ניכר ממלווה זה נרכשו עשרות קטרי דיזל אמריקאים מחברת ג'נרל מוטורס, מן הדגמים G8, G12, G16. במקביל רכשה הרכבת המצרית עשרות קטרים מתוצרת Henschel במזרח גרמניה ומתוצרת Ganz ההונגרית. לצורך הרכבת הפרברית נרכשו ביפן 350 קרונועי דיזל. הרכבת רכשה מאות קרונות נוסעים חדשים, ביניהם לראשונה קרונות ממוזגים וכן אלפי קרונות משא. רכישות גדולות אלה של ציוד נייד נעשו כדי לענות על הביקוש הגובר לשירותי רכבת, ביקוש שבו התקשתה הרכבת לעמוד. בשנת 1963, על פי תוכנית החומש, הפסיקה הרכבת המצרית להשתמש בקטרי קיטור.
מלחמת ששת הימים הביאה למשבר חריף נוסף בפעילותה של הרכבת המצרית. כל נכסיה של הרכבת המצרית בחצי האי סיני אבדו וגשר פירדאן, ששוקם ב-1963, ניזוק פעם נוספת במלחמה. ממזרח לתעלה נותר ציוד נייד רב, שנפל שלל בידי ישראל. בין השאר נתפסו מספר קטרי דיזל אמריקאים מדגמים דומים לאלו שפעלו באותה עת ברכבת ישראל. שמונה מן הקטרים המצרים נכנסו לשירות רכבת ישראל וקיבלו מספור חדש כמקובל בה: 251, 127-130, 161-163. ישראל לא הפעילה את מסילות הרכבת בחצי האי סיני (פרט לרכבות שנשאו שלל לישראל) ורבות מהן נהרסו במהלך הקרבות וחלק מאלה ששרדו, פורקו לצרכים שונים. עם תחילת מלחמת ההתשה, נמצא למסילות שימוש בביצורי קו בר-לב. במהלך מלחמת ההתשה שותקה אף מסילת הרכבת המוליכה מאיסמעיליה לפורט סעיד. רק בשנת 1970, עם הפסקת האש, ניתן היה להתחיל ולשקם את אזור התעלה.
מותו של נאצר, בשנת 1970 ועלייתו של סאדאת לשלטון, הביאו לתנופת פיתוח חדשה לרכבת המצרית. קו הרכבת שבין אלכסנדריה לקהיר חודש ונבנו בו תחנות נוספות. לרכבת אף היה חלק חשוב בהשלמת פרויקט סכר אסואן וכמויות גדולות של בוץ ועפר הובלו בקרונות משא.
1973–2005.
עם תום מלחמת יום כיפור ולאחר שנחתם הסכם הפרדת הכוחות בין ישראל למצרים, הכריז הנשיא סאדאת על "מדיניות הדלת הפתוחה" במצרים, במסגרתה ניתן עידוד ליוזמה חופשית במשק ולהשקעות פרטיות. הרכבת המצרית, אשר סבלה מהזנחה רבה בתשתיותיה ובציוד הנייד שהפעילה, במהלך שנים של מלחמות, התקשתה לענות על הביקוש. החל משנת 1973 החלה הרכבת המצרית לרכוש קטרים חדשים, ביניהם קטרים רבי-עוצמה מתוצרת ג'נרל מוטורס (G26CW). בשנת 1974 היו 280 מיליון נוסעים ברכבת במצרים. בין שנת 1973 לשנת 1980 נרכשו מיצרנים שונים 295 קטרי דיזל חדשים לרכבת. בשנת 1976 נפתח שירות רכבת פרברית לאורך 21 ק"מ באלכסנדריה, שבו נסעו רכבות עירוניות בתדירות של 5–10 דקות, 20 שעות ביממה.
בשנת 1978 נפתחה האקדמיה המצרית למקצועות הרכבת בווארדאן, כ-50 ק"מ מצפון לקהיר. לראשונה, החלה הרכבת המצרית להכשיר את עובדיה בצורה אחידה ובאופן מרוכז. לפני הירצחו של סאדאת, על יסוד סקרים ותוכניות שנערכו עוד באמצע שנות ה-70, נחתם בשנת 1981 הסכם עם חברת אלסטום הצרפתית לבניית הרכבת התחתית בקהיר. בניית הרכבת התחתית החלה כבר באותה שנה, וב-1989 נפתח לתנועה, לכל אורכו, הקו הראשון של הרכבת התחתית בקהיר.
עם הגידול המהיר באוכלוסיית מצרים בשנות ה-90, נאלצה גם הרכבת המצרית להגביר את תדירות הרכבות, דבר שהביא לעליה תלולה במספר תאונות הרכבות ובחומרתן. לאורך שנות ה-90 אירעה כמעט מדי שנה תאונת רכבת שבה נהרגו עשרות נוסעים. תופעה זו המשיכה ואף החמירה בתחילת המאה ה-21.
לאחר הצלחת הקו הראשון של הרכבת התחתית הקהירית, החלה בשנת 1993 בנייתו של הקו השני, אשר תוכנן לאורך 22 ק"מ, רובו במנהרה תת-קרקעית. הקו עובר בין כמה מן האתרים המרכזיים ביותר בקהיר וביניהם האוניברסיטה ובניין האופרה. הקו חוצה את נהר הנילוס במנהרה בעומק 70 מטר מתחת לפני הקרקע. הקו השני מצטלב עם הקו הראשון בשתי תחנות: תחנת סאדאת ותחנת מובארק. הנשיא מובארק חנך את הקו השני בחודש אפריל 1999.
בשנת 2000 הכריזה הרכבת המצרית על תוכנית שאפתנית למודרניזציה של רשת הרכבות במצרים. בין השאר תוכננו קו רכבות מהיר בין אלכסנדריה לאסואן, לרכבות במהירות 300 קמ"ש (תוכנית שבוטלה באוגוסט 2002), חידוש הציוד הנייד, בניית קו תחתית שלישי בקהיר, ועוד. ב-2001 נבנה מחדש גשר פירדאן, הנחשב כגשר המסתובב עשוי הפלדה הגדול ביותר בעולם. בשנת 2005 הפעילה הרכבת הלאומית של מצרים 5,063 ק"מ של מסילות רכבת ברוחב תקני (1,435 מ"מ), הסיעה 800 מיליון נוסעים וכמות הסחורות המשונעות עמדה על כ-12 מיליון טון.
פעילות הרכבת בימינו.
רוב רשת המסילות משתרעת בתחום הדלתה של נהר הנילוס ונפרשת מן העיר קהיר. קיים קו מסילה מערבה לאורך החוף וייתכן שיתחבר בעתיד לרשת המסילות של לוב (כפי שהיה בעת מלחמת העולם השנייה). מקהיר יוצאת גם מסילה ראשית דרומה, לאורך הגדה המערבית של הנילוס, לעיר אסואן שבמצרים העילית. אף שרשת המסילות במדינת ישראל זהה ברוחבה לרשת המסילות המצרית, לא קיים קשר בין שתי הרשתות כפי שהיה לפני קום מדינת ישראל. גשר פירדאן מעל לתעלת סואץ, שיצא משימוש לאחר מלחמת ששת הימים נבנה מחדש בשנת 2001 והמסילה בסיני שוקמה עד לעיירה ביר אל-עבד במערב סיני אך נותרה עוד כברת דרך ארוכה של תוואי מסילה לשיקום בין ביר אל-עבד לאל עריש ומשם לגבול ישראל ועזה. כיום המסילה בסיני שוב מנותקת משאר מצרים מכיוון שבשנת 2015 הורחבה תעלת סואץ באמצעות בניית נתיב ספנות מקביל לתעלה הקיימת אך לא נבנה גשר רכבת נוסף מעל לנתיב החדש בסמוך לגשר פירדאן. באותה עת, שוב הוזנחה המסילה שבין אזור הגשר לביר אל-עבד וגם היא אינה שמישה יותר. כתחליף לגשר, קיימות תוכניות לחפירת מנהרות תחת התעלה, אחת סמוך לאסמאעיליה והשנייה בפורט סעיד. רשת המסילות בסודאן היא ברוחב צר, שאינו תואם לרשת המצרית, והנוסעים לסודאן נאלצים לעבור לרכבת סודאנית לאחר שחוצים במעבורת את הנילוס. אף שרשת מסילות הרכבת במצרים מהווה כלי תחבורה ציבורית מרכזי בתוך המדינה, אין נסיעה ישירה ברכבת ממצרים למדינות שכנות.
רוב קטרי הרכבת במצרים מצוידים במנועי דיזל. בין קהיר לחלואן ובין קהיר להליופוליס, הותקנה רשת חשמל בקטע באורך שישים ושלושה ק"מ מן המסילה, ונעות עליה רכבות חשמליות. הרכבת המצרית מייבאת את הקטרים ממדינות שונות, אולם קרונות הנוסעים והמשא שבשרותה נבנים ומשופצים במפעל מצרי על ידי חברת Société Générale Egyptienne de Matériel de Chemins de Fer (SEMAF).
נכון ל-2013, מפעילה הרכבת המצרית 9,570 ק"מ של מסילה, למעלה מ-700 תחנות (מתוכן 22 הנחשבות כתחנות גדולות והשאר בינוניות וקטנות) ו-885 גשרים ומנהרות. 820 קטרים נמצאים בשירות והם נרכשו ממדינות שונות כגון: גרמניה, קנדה, ספרד וארצות הברית. רשת המסילות, מערכות האיתות והציוד הנייד (קטרים וקרונות) מיושנים וסובלים ממצב תחזוקתי גרוע, רק כ-30% מהקווים בעלי מסילה כפולה ואין קישור מלא בין מערכת המסילות לנמלים, אזורי התעשייה והמספנות. אף על פי שהמסילה נבנתה במקור כדי להוביל מטען, תופסים הנוסעים את עיקר נפח התעבורה ו-500 מיליון איש ו-6 מיליון טון מובלים בממוצע באמצעות הרכבת מדי שנה.
על פי דוחות משרד האוצר המצרי, פועלת בעשור האחרון הרכבת תוך הפסד תפעולי קבוע הנובע בעיקר בשל העובדה שהובלת מטענים, הנחשבת כרווחית יותר מהובלת נוסעים, תופסת רק עשרה אחוז מנפח התעבורה הכולל. בינתיים, תופסת הובלת הנוסעים, ובתוכה כרטיסים מסובסדים עבור אזרחים בעלי הכנסה נמוכה, את תשעים האחוזים הנותרים. הבעיות הפנימיות במצרים שהחלו ב-2011 תרמו גם הן לקשיים בתוכניות לשדרוג מערך הרכבות. באוגוסט 2013 נסגרה הרכבת למשך יותר מחודש בהוראת משרד הפנים המצרי מסיבות ביטחוניות, שהסבה לרכבת הפסדים כבדים נוספים. על אף תוכניות שונות שהחלו כבר ב-2006 להפרטת חלקים מהמערכת, לשיפור הרווחיות התפעולית, מערכת האיתות והטכנולוגיה ובטיחות הנסיעה בתמיכת הבנק העולמי וממשלת איטליה, לא השתנה המצב בצורה משמעותית. בינואר 2013 חתם משרד התחבורה המצרי על הסכם לרכישת 221 קרונות נוסעים חדשים עם אופציה לרכישת 336 קרונות נוספים, והכריז על תוכנית נוספת במסגרתה יינתן תקציב שיתמקד בתחזוקת קטרים ובחלקי חילוף. בנוסף, כלל תקציב מצרים לשנים 2012–2013 תוכניות לתיקון ולשדרוג מסילות ומפגשי כביש-מסילה, רכישת חלקי חילוף ויישום מערכת בטיחות יעילה יותר.
ב-16 בינואר 2015 נחתם חוזה בין הרכבת המצרית לחברת אלסטום לאספקת מערכת איתות וקבלת האחריות לתחזוקה השוטפת של הקו בני סואיף-אסיוט בן 240 הק"מ לתקופה של חמש שנים. בנוסף תספק אלסטום מערכות סימנורים אלקטרוניות אשר יחליפו את מערכות האיתות המכניות הישנות, כאשר השדרוג צפוי להעלות את מספר הרכבות המסוגלות לפעול על הקו ביותר מ-80%.
רכבות נוסעים.
במצרים מכילות בדרך כלל רכבות הנוסעים הממוזגות קרונות מחלקה ראשונה ושנייה, בעוד שרכבות בלתי ממוזגות מכילות קרונות מחלקה שנייה ושלישית. רוב רשת רכבות הנוסעים מקשרת בין האזורים המאוכלסים בצפיפות בדלתת הנילוס לבין הערים קהיר ואלכסנדריה. מחירי כרטיסי הנסיעה ברכבות הפרבריות ובקרונות מחלקה שלישית מסובסדים על ידי הממשלה כדי לאפשר גישה להמוני הנוסעים. על הקווים קהיר-לוקסור-אסואן וקהיר-מרסא מטרוח קיים שירות רכבות-שינה (Sleeping Trains) המאפשר לתיירים לעבור את המרחק הגדול בין ערים אלה בנוחות.
הרכבת התחתית של קהיר.