בשלב מסוים, באחד הלילות שבהם הקליטו באופן מחתרתי, נתפסו ג'ון וקוואי על חם. למחרת בבוקר דיק ג'יימס ובנו סטיבן (שהוכשר לתפקיד מנהל החברה) דרשו מקוואי לדעת מה התרחש. קוואי המבוהל מסר את שמות כל המוזיקאים שהקליטו בלילות, וג'יימס הביע כוונה לפטר את כל המעורבים. בניסיון להסיח את דעתו, קוואי שלף טייפים של הדמואים שהקליט עם ג'ון בלילות, ואמר לו שהוא יכול לפטרו, אבל קודם שיקשיב להם. ככל שהתקדם בהאזנה, ג'יימס התרכך. לבסוף ביקש מקוואי להפגיש אותו עם הזמר ששמע בהקלטות. ג'יימס ובנו הציעו לצמד חוזה, ובתחילת נובמבר 1967 חתמו ג'ון וטופין, כצמד כותבי שירים, על חוזה עם "DJM". בהמשך דרשה החברה מג'ון (אז רג' דוויט) לאמץ שם במה. ג'ון לא התנגד – לימים טען שמאז ומתמיד לא אהב את השם "רג'".
ג'ון עדיין היה חבר ב"בלוזולוג'י" באופן רשמי והופיע איתה פה ושם, אך החליט סופית לעזוב אותה לאחר שבאלדרי החל להופיע עם הלהקה במופעי קברט, שהיו שנואים על ג'ון באופן מיוחד. בדצמבר 1967, לאחר הופעה מתסכלת בסקוטלנד, הוא הודיע לבאלדרי שהוא עוזב את הלהקה. הוא המשיך לחפש שם במה, ובטיסה חזרה מסקוטלנד חווה מה שתיאר לימים כרגע של הארה: בתחילה ביקש רשות לשאול את שמו של סקסופוניסט הלהקה אלטון דין, אך לאחר שזה הביע הסתייגות, השתמש רק בשמו הפרטי, ולקח את השם "ג'ון" מג'ון באלדרי. מעתה היה ל"אלטון ג'ון". לימים סיפר שבשבילו, שכילד הרגיש לא בנוח עם עצמו ועם מראהו החיצוני, להקרא רג' היה "סוג של כמו סיוט כשהייתי צעיר. לא יכולתי לחכות להיות מישהו אחר". עוד סיפר ש"ממילא לא הייתי שלם עם השם רג'. [...שינוי השם היה] פסיכולוגית, דחיפה גדולה בשבילי"
ג'ון ניגן כמה חודשים בסוף 1967 כקלידן מחליף בלהקה , בזמן שהקלידן שלהם החלים ממחלה. ג'ון התיידד במיוחד עם שניים מהמייסדים, דרק שולמן ואחיו ריי, והשניים סיפרו לו על כוונתם להקים להקה חדשה, שתקרא לימים "ג'נטל ג'ייאנט". הם שקלו לאייש אותו לתפקיד הקלידן, אך לאחר שהקשיבו לו מבצע שניים משיריו, החליטו שסגנונו אינו מתאים ללהקה שתכננו להקים.
כשנחתם החוזה בין "DJM" לג'ון וטופין, הציפיות של דיק ג'יימס מהצמד היו כתיבת מוזיקת (שירים נעימים להאזנה קלה) למכירה למבצעים אחרים. כך נהגו ג'ון וטופין במשך כשנתיים, ונחלו אכזבה אחרי אכזבה כשמבצעים מעטים בלבד הביעו עניין בשירים שכתבו: הבולט שבהם (באותה תקופה) היה השחקן אדוארד וודוורד, שרכש את שירם "The Tide Will Turn For Rebecca" עבור אלבומו "This Man Alone". מבצעים נוספים מעטים הקליטו משיריהם, בהם רוג'ר קוק ולולו. בנוסף לכתיבת שירים, חלקו של ג'ון בחוזה כלל עבודה באולפן. הוא ניגן כנגן אולפן עבור מוזיקאים אחרים והקליט עבורם דמואים. בין השאר ניגן – מבלי לקבל קרדיט – בלהיטם של "ההוליס" , ושר כזמר רקע בלהיטיו של טום ג'ונס "Delilah" ו־"Daughter of Darkness". הוא גם הקליט גרסאות כיסוי ללהיטי התקופה, שנכללו בתקליטי אוסף שנמכרו בזול בסופרמרקטים (גרסאות הכיסוי שהקליט יצאו לימים באלבום אוסף מיוחד). לאחר חתימת החוזה, עבר טופין לגור בביתו של ג'ון, וחזר לביתו שבלינקולנשייר בסופי שבוע. ג'ון וטופין ישבו בחדרים נפרדים כשעבדו, דבר שאפיין את שיתוף הפעולה ביניהם לכל אורך הקריירה המשותפת. בסדר הפוך מהמקובל אצל צמדי כותבי שירים, בדרך כלל ג'ון היה מקבל מטופין שירים ואז מלחין להם מוזיקה. ג'ון גילה יכולת להלחין גם כשהשירים לא צייתו למבנה המקובל של בית־פזמון והיו בעלי שורות באורך לא שווה. סינגל הבכורה של ג'ון, "I've Been Loving You" , יצא לאור ב־1 במרץ 1968. דיק ג'יימס הציע שיר של ג'ון, "I Can’t Go on Living Without You", עבור תחרות הזמר של האירוויזיון לשנת 1969. הזמרת לולו נבחרה לייצג את בריטניה, וצריך היה לבחור לה שיר. נערך אירוע קדם טלוויזיוני, והצופים הצביעו באמצעות גלויות: כמה שירים בוצעו, בהם השיר של ג'ון, שהגיע למקום האחרון (השיר שנבחר היה "Boom Bang-a-Bang", שזכה באירוויזיון במשותף עם מדינות נוספות).
12 מהשירים שהקליטו ג'ון וטופין (בתחילה באופן מחתרתי, ואחר כך תחת חוזה) נצברו לאלבום שתוכנן לצאת בשם "Regimental Sgt. Zippo". מרבית החומר היה מוכן במרץ–אפריל 1968, ובמאי האלבום כבר היה מוכן להוצאה, אך לבסוף נגנז (האלבום יצא ב־2021). סטיב בראון, חבר ועובד ב"אולפני DJM", האזין לחומר ולא התרשם. הוא יעץ לג'ון להפסיק לנסות לכתוב להיטים מסחריים לאחרים ולהתחיל להתרכז בכתיבה על פי טעמו שלו. ג'ון וטופין שמעו לעצתו והחלו לכתוב שירים יותר מורכבים, ובאופן חופשי יותר מבעבר. ב־28 באוקטובר 1968 השתתף ג'ון במבחן בד לשידור הרדיו הראשון שלו. חברי הפאנל ב־BBC היו חלוקים בדעותיהם, אך ג'ון עבר (אף על פי שסבל מכאב ראש חזק במהלך המבחן), וההקלטה שודרה ב־3 בנובמבר בתוכניתו של הנרי סטיוארט. אחד מהשירים שג'ון ביצע במבחן היה . דיק ג'יימס התנגד בתחילה להוציא את השיר לאור, משום שחרג מוזיקלית מהחזון המסחרי שלו לגבי ג'ון וטופין, אך לאחר השידור ב־BBC הוא הסיר את התנגדותו, ובינואר 1969 השיר יצא כסינגל השני של ג'ון, בהפקתו של סטיב בראון (שהפיק גם את אלבום הבכורה של ג'ון). הסינגל זכה אומנם להשמעות רדיו, אך לא הצליח במכירות. חברי ההרכב האמריקאי (שהסולן שלהם התיידד עם ג'ון כשהופיעו בבריטניה) הקליטו את השיר וכללו אותו באלבומם השני, (1969). ב־16 במאי של שנה זאת יצא הסינגל השלישי של ג'ון, "It's Me That You Need" . הוא הצליח ביפן (שנתיים לאחר צאתו) ובאיטליה (בגרסת כיסוי איטלקית) בלבד. באותה השנה, השתתף ג'ון בנגינת פסנתר בסינגל היחיד שהוציא ההרכב קצר הימים "Argosy", "Mr. Boyd". חברים נוספים בהרכב היו קיילב קוואי ונייג'ל אולסון. הזמר היה רוג'ר הודג'סון.
קיילב קוואי הקים באותה השנה, יחד עם עוד מוזיקאי אולפן מ־"DJM", הרכב בשם , וג'ון ביקש ממנו להופיע איתם כדי "לנסות" את שיריו. ג'ון הופיע עם חברי ההרכב עד הקמת להקת הופעות משלו באפריל 1970.
ביוני 1969 יצא אלבום הבכורה של ג'ון, "Empty Sky". האלבום קיבל ביקורות לא רעות, אך לא זכה להצלחה מסחרית. מרבית השירים באלבום היו בעלי אופי ג'אזי. מן האלבום בלט במיוחד השיר "Skyline Pigeon", שזכה להשמעות רדיו רבות ותואר לימים על ידי ג'ון במילים "אחד השירים המשמעותיים הראשונים שאני וברני כתבנו". ב־1972 הקליט ג'ון שוב את השיר בגרסת פסנתר, ומאז ביצע אותו בהופעות מדי פעם לאורך הקריירה שלו.
ג'ון היה מיועד להשתתף כזמר מוביל באלבומה השני של להקת קינג קרימזון "In the Wake of Poseidon", אך השתתפותו בוטלה לאחר שמייסד הלהקה רוברט פריפ החליט שסגנונו אינו מתאים לה.
1970–1975: שנות השיא.