נסיבות הפרשה הצטרפו לתחושה קשה ששררה בקרב העולים, שעל רקע פרשות קודמות כפרשת מקוב ותימני כנרת, יחס הממסד למועמדי העלייה במחנה חאשד בעדן והחינוך האחיד במעברות שהוליד כפייה אנטי-דתית לא הייתה משוללת יסוד, בנוגע ליחס מפלה על בסיס עדתי, וגזעני מצד הממסד והחברה. צווים להתייצבות בלשכת הגיוס, שנשלחו לבתי ההורים כעבור 16–17 שנים, כאשר הגיעו הילדים לכאורה לגיל 18, העלו שוב את העניין לסדר היום הציבורי והוצגו כהוכחה כי הילדים עודם בחיים. בעקבות הלחץ הציבורי החליטה ממשלת ישראל ב-1967, על הקמת ועדת חקירה פרלמנטרית, ועדת בהלול-מינקובסקי. לאחר ביקורות קשות על תפקוד ועדה זו, הוקמה בשנות ה-80 ועדת שלגי, שגם היא ספגה ביקורת ציבורית קשה. ב-1995 הוקמה ועדת חקירה ממלכתית בראשות יהודה כהן, שבהמשך הוחלף בידי יעקב קדמי. הוועדה פרסמה את מסקנותיה ב-2001. כל הוועדות קבעו, כי רובם המכריע של הילדים אכן נפטרו. נגד הוועדות נטען שהן אימצו בקלות רבה מדי מסמכים ועדויות על פטירת הילדים.
342 תלונות על ילדים שנעלמו הוצגו בוועדת בהלול-מינקובסקי. ועדת שלגי דנה ב-505 מקרי היעלמות ( 301 תלונות נוספו ל-342 התלונות שהונחו בפני ועדת החקירה הראשונה) ובפני ועדת קדמי, הוצגו כ-800 מקרי היעלמות (כ-450 תלונות נוספו ל-505 התלונות שהונחו בפני ועדת החקירה השנייה). לפי ועדת קדמי, כשני שלישים מהילדים שנעלמו היו ממוצא תימני, רובם של שליש הילדים הנותר היו יהודים שעלו ממדינות במזרח התיכון, וכ-30 ילדים שנעלמו היו ממוצא אירופאי או אמריקאי. בשנים מאוחרות יותר התגלו מקרים נוספים של ילדים ממוצא אשכנזי שנעלמו.
שלוש תאוריות מרכזיות נשמעו בעניין גורל הילדים. האחת היא חטיפה ממסדית שאורגנה "מגבוה", כדי לספק ילדים לזוגות אשכנזים אזרחי ישראל או תושבי חוץ. בשנות ה-90 עמדה תאוריה זו בבסיסה של פרשת עוזי משולם, שתלמידיו טענו כי הילדים הנעדרים הועברו לחו"ל לשם ניסויים. סברה זו נבדקה על ידי ועדת קדמי ונפסלה. תאוריה שנייה גורסת כי אכן היו מקרים של אימוצים בלתי חוקיים ללא ידיעת ההורים, אבל אין מדובר בתוכנית ממסדית אלא בתופעה שנוהלה בערוצים מקבילים, בחסות העלמת עין ואדישות ממסדית, ומתוך אווירה תרבותית שראתה באימוצים כאלה סיוע לילד שהגיע ממשפחה נחשלת. לפי תאוריה שלישית לא היו דברים מעולם ורוב הילדים מתו, למעט מקרים בודדים שנבעו מטעויות אנוש ובלבול, שנבעו מהנסיבות שתוארו לעיל. כך הסיקו שלוש ועדות החקירה. ועדת החקירה הממלכתית מצאה 69 מקרים שבהם לא נמצאו ראיות לכך שהילדים נפטרו ולגביהם היא מעלה אפשרות של "מסירה מזדמנת לאימוץ".
בפברואר 2021 החליטה ממשלת ישראל להביע צער על האירועים ולהקצות פיצויים בסך של 150–200 אלף ש"ח למשפחות של 1,050 הילדים שוועדות החקירה קבעו כי נסיבות פטירתם לא נמסרו למשפחות בזמן אמת או שמקום קבורתם לא אותר.
ראשית הפרשה: עולי תימן בעלייה ההמונית.
העלייה ההמונית בשנותיה הראשונות של מדינת ישראל הקיפה מאות אלפי יהודים מרחבי העולם, שהגיעו בפרק זמן קצר יחסית. מדינת ישראל הייתה עדיין בחיתוליה, בשלהי מלחמת העצמאות ובעיצומה של תקופת הצנע, ולא הייתה בארץ תשתית מוכנה לקליטת מספר כה גדול של עולים. היה מחסור חמור במקומות מגורים ובשירותי בריאות. רוב העולים נשלחו לגור במעברות ובמגורים זמניים אחרים, במרכזי קליטה וביישובים רחוקים.
מצוקה במחנות המעבר ומצבם הבריאותי של העולים.
במסגרת העלייה ההמונית עלו כ-50,000 יהודים מתימן במבצע "על כנפי נשרים", שהגיע לשיאו בחודשי יוני-ספטמבר 1949. בשלבים מוקדמים של המבצע היו ניסיונות להאט את קצב העלייה בגלל מצבם הבריאותי הגרוע של העולים וחשש מפני קשיים בקליטתם בישראל הענייה, אולם שינויים פוליטיים בתימן והתקבצות הפליטים אילצו את הממשלה ואת הג'וינט לארגן מבצע הצלה ועליה בהול. כבר בשלב הראשון של המבצע שהחל בדצמבר 1948 הגיעו ממחנה חאשד לישראל בין 700 ל-950 יתומים, מהורה אחד או משניהם.
מחנה המעבר "חאשד" הוקם בתימן בחופזה ונועד להכיל עד 1,000 איש, אולם בחודש ספטמבר 1949 היו בו מעל 13,000 פליטים. על הטיפול הרפואי הופקד רופא אחד בלבד שהסתייע בשתי אחיות. המצב במחנה היה קשה והתמותה בקרב העולים התשושים הייתה גבוהה. אחת האחיות העידה: "באו כל כך הרבה חולים שהקרקע כולה הייתה מכוסה בגופותיהם. היה עליך להלך ביניהם בזהירות רבה, ובחשכה, למרות הזהירות שבה הייתי הולכת ביניהם, כשאני מאירה את דרכי במנורת הגז, הייתי דורכת על הגופות." תושבי המחנות סבלו ממחסור במזון, במים זורמים ותרופות, וכן מתנאי סניטציה קשים. המחנות עמדו בפני קריסה והוחלט להעלות את העולים לארץ ישראל מהר ככל שניתן.
קשה במיוחד היה מצבם הבריאותי של תינוקות, ילדים וזקנים. לפי ד"ר שטרנברג רבים מהילדים נראו כשלדים ומשקלם של ילדים בני שנה היה 4–5 ק"ג, "עור ועצמות ופני זקנים". בן-גוריון כתב ביומנו בעניין ""ילדים מתים כזבובים... עלינו להציל אותם. אמנם גם פה התמותה רבה, אבל פה יש טיפול יותר יעיל ויותר נאמן". לפי ד"ר דב לויטן, 40% מהילדים בני השנה שעלו מתימן לישראל נפטרו, משום שבתימן לא הכירו את הרפואה המודרנית, וכן בשל תנאי המחיה הקשים של העולים - מסע העלייה המפרך, התנאים הקשים במחנות המעבר והתנאים במחנות בישראל בתקופת המחסור ששררה אז. לכך יש לצרף את היחס המתנשא של צוותי הרפואה שקלטו אותם, שראו אותם כפרימיטיביים. "מחד, ניסו לטפל בילדים ולרפא אותם. מאידך, כשהילד מת לא הודיעו להורים שלו. הם לא נכחו בקבורה ולא ניסחו תעודות פטירה".
חלק מהילדים הגיעו לבית החולים דג'אני ביפו ישירות משדה התעופה בלוד. הם היו במצב קשה של תת-תזונה ותחלואה, וללא רישומים. רבים מהם מתו ונקברו בחלקה של ילדי תימן בבית העלמין בחולון.
קליטת העולים במחנות בישראל.
רובם הגדול של עולי תימן שמרו על אורח חיים דתי. לאחר שהגיעו לישראל הם שוכנו בשלושה מחנות מרכזיים, ששימשו קודם לכן מחנות של הצבא הבריטי- ראש העין, בית ליד (פרדסיה), ועין שמר. חלק מן העולים שהה זמן קצר במחנה המעבר בעתלית. אורח החיים במחנות העולים היה דומה לזה של חיילים במחנה צבאי. בד בבד עם הקמת המחנות, גויס והוכשר צוות מנהלי שיטפל באלפי העולים. מחנות אלה נסגרו לאחר כשנה וחצי, בשלהי שנת 1950, ושוכניהם הועברו למעברות, שבהן חיו ההורים והילדים יחד. דבר זה השפיע על דפוסי היעלמות של תינוקות שהיו שונים מעט בתקופת המחנות ובתקופת המעברות. עולים שוכנו גם במחנות העולים שער העלייה (בחיפה) ובבאר יעקב.
לטענת יצחק מעוז, מנהל מחנה ראש העין מאז היווסדו, עומס העבודה והבלבול במחנות היה קשה ביותר. בכל לילה הגיעו כ-700–800 עולים והעובדים במחנה עבדו כ-20 שעות ביממה בניסיון לקלוט אותם באמצעים דלים. בעיה מיוחדת הייתה רישום שמות תושבי המחנה. לרוב העולים היו שמות דומים, כך שצירוף של שני שמות בלבד כמו "זכריה אברהם" לא היה מספיק, והיה צורך להשתמש בשם שלישי. לדבריו, כל תינוק שהובא למחנה הוכנס קודם כל לבית התינוקות, שם נרשם בשם שנמסר למטפלת על ידי הורי התינוק ומדבקה עם שמו הוצמדה לידו הימנית. הרופא במקום החליט אם תינוק חולה צריך להישלח לבית החולים.
בתי תינוקות ובתי חולים לטיפול בילדים.
התחלואה בקרב תינוקות וילדים במחנות ותנאי הטיפול בילדים מהווים חלק מרכזי בפרשה. בסמוך למחנות פעלו בתי חולים מקומיים לטיפול בעולים שפעלו בתנאים קשים.
ד"ר ג'ורג מנדל, מי שהיה אז רופא צעיר שעלה מדרום אפריקה, תיאר את התנאים הקשים בבית החולים הזמני במחנה ראש העין. לדבריו, ילדים ותינוקות היו במצב של התייבשות או תת-תזונה ורבים חלו במלריה, טיפוס הבטן, שחפת ומחלות נוספות. בהמשך חלו ילדים גם עקב תנאי התברואה הירודים.
ההורים גרו באוהלים ובמבנים זמניים. בשל מצבם הבריאותי של התינוקות ותנאי המגורים במחנות, הוחלט להקים בהם בתי תינוקות שבהם שוכנו עד 50 תינוקות בחדר אחד. הדבר הגביר את סיכויי ההידבקות. בין הסגל של בתי התינוקות (שרובו מקרב יוצאי אירופה) לבין המשפחות, היו קשיי תקשורת שהותירו משקעים. היו מקרים של היעדרות הורים בגלל הנסיבות הקשות של אותה תקופה, והדבר עשוי היה ליצור תחושה אצל המטפלות שהמשפחה נטשה את התינוק ושיש למצוא לו סידור חלופי.
במקרה של מחסור במקום, או במקרים קשים, הועברו התינוקות, כמו חולים אחרים, לבתי חולים אחרים. במחנה בית ליד ובמחנה עין שמר הוקמו בתי חולים שתופעלו על ידי "השירות הרפואי לעולה" של הסוכנות (שר"ל), וילדים פונו בדרך כלל לבתי החולים הממשלתי בחיפה (כיום רמב"ם) ולבית החולים העמק בעפולה. במחנה בראש העין הופעל בית חולים מקומי כשלוחה של בית החולים הדסה בירושלים, ובמקרה הצורך הועברו תינוקות לבתי החולים הממשלתיים תל השומר וסרפנד (אסף הרופא כיום), וכן לבית החולים דג'ני ביפו (כיום וולפסון). חולים במחלות מידבקות, לרבות אסכרה, ודפטריה שיתוק ילדים ושחפת, הועברו לבתי חולים ממשלתיים בפרדס כץ ובדיר עמר (איתנים). העברה לאשפוז בבתי החולים הממשלתיים נעשתה על פי החלטת הסגל בבית התינוקות או בית החולים המקומי, ואשפוז התינוק התברר להורים בדרך כלל רק בדיעבד כשלא נמצא התינוק בבית התינוקות. לדברי מנדל, לעיתים קרובות היה צורך דחוף להעביר תינוק, ולא ניתן היה לחכות להורים, בשל קושי לטפל בו או חשש להדבקת ילדים נוספים. לדבריו: "השיטה למצוא הורים לא הייתה משוכללת. היה איזה רמקול במשרד של הסוכנות והיו צועקים את השם של אב. לדוגמה: יחיא יחיא, או אברהם יחיא! הייה ממש בלאגן שלם. והיו שמות דומים."
היעלמות ילדים שנשלחו לבתי תינוקות ולבתי חולים.