ההכנות החלו חודש לפני התאריך הקבוע מכיוון שהבמה הייתה צריכה להיבנות בכיכר ציבורית או בשטחי הכנסייה, עם ספסלים לנידונים כדי שיראו אותם לקהל, טריבונה לנציגי השלטון ויציע צופים.. אנשי האינקוויזיציה הכינו מראש גם את הבגדים שלבשו הנידונים, את הצלמים - בובות שייצגו את הנידונים שברחו מהדין או מתו לפני שהאינקוויזיציה הספיקה להענישם והועלו למוקד בטקס של הוצאה להורג סמלית. הכרזות והכדים שהכילו את גזרי הדין. בנוסף, היה צריך לסדר סוככים כדי לספק צל לנוכחים. כל זה היה כרוך בסכום כסף לא מבוטל, ולכן האינקוויזיציה, שלא תמיד יכלה לסמוך על התמיכה הכספית של העיריות שבשטחן נערך הטקס.
בשעה שתיים בצהריים יום קודם לטקס, החלה "תהלוכת הצלב הירוק". לתהלוכה שנוצרה כדי להגיע למקום שבו נחגג האוטו-דה-פה היו חוקים לגבי סדר וחלוקת המשתתפים. האסירים הובלו עם שחר מכלא האינקוויזיציה לקפלה ומשם יצאה התהלוכה כולה. מלווה בדגל האינקוויזיציה מאחוריו התייצבו קרובי המשפחה, הנציבים והנוטריונים של האינקוויזיציה, כמו גם נציגי הכמורה הרגילה והרשות החילונית. מטרת התהלוכה הייתה לשאת את הצלב הירוק ואת דגל האינקוויזיציה למקום בו הייתה אמורה להיערך האוטו-דה-פה למחרת. הצלב היה מכוסה בצעיף שחור ו"קרובי משפחה ונזירות שמרו כל הלילה, מוגנים על ידי מחלקת חיילים". עם עלות השחר ביום האוטו-דה-פה, החלה תהלוכת הצלב הלבן, שנקראה כך מכיוון שבראשה עמד צלב שהכיל באופן סמלי כמה חתיכות עץ שהיו אמורות לשמש במוקד עליו ישרפו הנידונים למוות. מאחורי הצלב הלבן באו אנשי הדת, ואחריהם הצלמים של הנידונים שנמלטו או מתו לפני משפט חלקם הוצאו מקבריהם ועצמותיהם הובאו בארגזים עם ציור של להבות והועלו למוקד בהוצאה להורג טקסית. במרכז התהלוכה צעדו הנידונים נושאים נר בידם, חובשים כובע מחודד ולבושים בסנבניטו המעידים על סוג הפשע בגינו הועמדו לדין וגזר הדין. את התהלוכה סגרו פרשים או משלחת צבאית אחרת ולאחריהם נציגי הקהילות הדתיות בעיר.
כאשר תהלוכת הצלב הלבן הגיעה לכיכר לאתר בו עתיד היה להתקיים האוטו דה פהוהנידונים, האינקוויזיטורים ונציגי השלטונות תפסו את המושבים ששמרו להם הטקס החל בדרשה של שהוקדשה לתפארת האמונה ולגנות הכפירה. האסירים שאינם חוזרים בתשובה נתבקשו לחזור בתשובה לפני שהם ימותו על ידי שריפתם בחיים. עם אלו שבחרו שלא לחזור בתשובה ננקטו אמצעי זהירות מיוחדים כדי שלא תהייה להם אפשרות לפנות למי מהצופים והיה מקובל שהם הובלו כאשר פיהם חסום.
לאחר הדרשה נקראו פסקי הדין וגזר הדין. כל מורשע התייצב לשמוע את החלטת בית הדין של האינקוויזיציה. מי שנדרש להביע חרטה על מעשיו התנער בפומבי מטעויותיו והבטיח לא לבצע אותן שוב. שלב זה הסתיים בשירה של מזמורים דתיים שונים והוקראו תפילות, בשלב האחרון נמסרו הנידונים למוות לידי הרשויות והובלו ממקום האוטו דה פה למקום בו בוצעו ההוצאות להורג האוטו-דה נמשך בדרך כלל מספר שעות ויכול להימשך כל היום.
המספר המדויק של האנשים שהוצאו להורג על ידי האינקוויזיציה אינו ידוע. חואן אנטוניו יורנטה, מזכיר המשרד הקדוש לשעבר, פרסם בשנת 1802 ספר בשם "דברי ימי האינקוויזיציה של ספרד" ובו הוא מצטט את המספרים הבאים המסכמים את פעילות האינקוויזיציה למעט המושבות האמריקניות, סיציליה וסרדיניה: 31,912 נאשמים שהועלו למוקד, 17,696 צלמים (בובות דמויות אדם) שנשרפו במקום נאשמים ו-291,450 שזכו לעונשים קלים יותר של חרטה והתפייסות. מאוחר יותר במאה התשע-עשרה, חוסה אמדור דה לוס ריוס קבע מספרים גבוהים עוד יותר, וקבע שבין השנים 1484 ו-1525 בלבד, 28,540 הוצאו להורג בשריפה, 16,520 צלמים נשרפו ו-303,847 נידונו לעונשים קלים יותר. חוקרים מודרניים מספקים הערכות נמוכות יותר.
סיכום פעילות האינקוויזיציה.
מחקרים היסטוריים מודרניים מגלים מספרים המעידים על היקף פעילות האינקוויזיציה כפי שמשתקפים בטקסי האוטו דה פה, מספרים אלו עדיין נמצאים בתהליך של מחקר ועיבוד ככל שמסמכים נחשפים ואיסוף נתונים גולמיים נמצא בעיבוד על ידי החוקרים. ממצאים של מחקרים אלו מעידים כי מספר המוצאים להורג הסופי היה קטן יותר ממה שהיסטוריונים האמינו פעם, אבל ההשפעה הכוללת הייתה בהחלט הרסנית עבור מיעוטים תרבותיים נרדפים ועבור הציבור בכללותו. לשלטון האימה הייתה מספר תוצאות בלתי נמנעות, עם התגברות הרדיפה הפסיקו האנוסים להתייצב כדי להודות בחטאיהם. במקום זאת, הם מצאו מפלט בעצם האמונות והמנהגים שהם והוריהם הפנו להם את הגב נראה כי היהדות הפעילה, שהייתה קיימת בקרב כמה אנוסים נולדה מחדש בעיקר מהתעוררות התודעה שלהם תחת רדיפה.
מאחר שהאנווסים תפסו מקום משמעותי במינהל של הממלכה, במקצועות החופשיים ובמסחר, לירידה במספרים של אוכלוסייה זו בגין רדיפות והגירה עשוי הייתה השפעה על האזורים בהם ההשתתפות שלהם בחיי הקהילה הייתה משמעותית. בברצלונה על פי מכתב שכתבו פרנסי העיר למלך בשנת 1485, האנוסים שנאלצו לברוח על חייהם וחיו כפליטים בארצות אחרות "עברו למחוזות אחרים עם כל הכסף והסחורה שיש להם בעיר הזאת." בשנת 1510 האנוסים המעטים שנשארו בברצלונה טענו שהם היו פעם קבוצה פורחת של "מעל שישה מאה משפחות, מהן למעלה ממאתיים סוחרים", וכי הם כעת מנתה הקהילה רק חמישים ושבע משפחות, קרוב לחורבן. ואכן חורבן זה העסיק את הרשויות האזרחיות של ספרד באופן פרדוקסאלי הרדיפה של האנוסים גרמה לפגיעה משמעותית יותר בכלכלה המקומית מאשר הגירוש המאוחר והמקיף יותר של הקהילה היהודית. היהודים בגלל מעמדם המיוחד שיחקו תפקיד שולי יחסית במגזרי מפתח בחיים הציבוריים והייתה להם שליטה פחותה משאבים כלכליים.
נתונים אמינים לגבי פעילות האינקוויזיציה והנידונים באוטו דה פה לא קיימים. כמעט כל התיעוד על פעילות האינקוויזיציה בעשורים הראשונים נעלמו, ובתקופות הבאות הרשומות לרוב לא שלמות. למרות כל הפגמים והפערים המסמכים של האינקוויזיציה מהווים את רישומי התביעה המלאים ביותר ששרדו מכל בית דין אירופי של העת החדשה המוקדמת. על פי התיעוד הקיים ניתן לחלק את פעילות בית הדין לחמישה שלבים עיקריים: התקופה של רדיפות אינטנסיביות נגד האנוסים לאחר 1480, עד 1530 לערך לאחריה תקופה של פעילות נמוכה בתחילת המאה השש עשרה.מ 1559–1614 תקופה שלישית היא תקופת הפעילות נגד פרוטסטנטים ואנוסים מוסלמים. תקופה רביעית עד לסוף המאה ה-17 כאשר רוב הנאשמים ורוב הנידונים באוטו דה פה אינם אנוסים יהודים או מוסלמים ותקופה חמישית שחופפת את המאה ה-18 בה האינקוויזיציה לא דנה נאשמים בגין כפירה אלא עבירות אחרות.
חסר מידע מדויק על הנתונים של פעילות האינקוויזיציה ב 50 השנים הראשונות בהן התבססה הפעילות במסגרת ממלכת אראגון אין מידע כמה אנשים נתנו הודאות מרצון בפני אינקוויזיטורים במהלך הראשונות הללו, כמה נכלאו או נידונו לעונשים אחרים או הוצאו להורג. חשוב להבין שרוב אלה "הוצאו להורג" על ידי
האינקוויזיציות הללו לפני 1530 מעולם לא נעצרו חלקם היו כבר לא בחיים או נמלטו מאימת האינקוויזיציה הם הורשעו שלא בפניהם כדי לאפשר את האינקוויזיטורים
להחרים כמה שיותר רכוש מיורשיהם של הקורבנות. המידע מוולנסיה הוא רב אך מהימנותו נמצאת בסימן שאלה. העיר שהייתה הגדולה בספרד בתחילת המאה ה-16 הייתה עדה למספר גדול של טקסי אוטו דה פה והוצאות להורג של יהודים אנוסים. שלושה רבעים מקורבנות האינקוויזיציה בוולנסיה היו סוחרים, חנוונים, ובעלי מלאכה האינקוויזיציה לא הקלה את ידה גם על אנשי רוח וחפצים דוממים בספטמבר 1483 נשרפו בכיכר הקתדראלה של ולנסיה כתבי יד וספרי תנך.
עד שנת 1530 המצוד הגדול אחר אנוסים הגיע לכלל הצלחה וסיכום בתחומי השלטון של הכתר של אראגון. בית הדין של ולנסיה, הוציא להורג שלושה עשר
אנוסים בשנת 1528 באוטו דה פה שזכה להתקיים בנוכחות הקיסר, וחמישה נוספים הוצאו להורג באוטו דה פה אחר בשנת 1531, אבל מסמך מקומי רק ציין ש"היו
מכשפות רבות ומוריסקו (אנוסים מוסלמים) רבים יותר." בית הדין של סרגוסה הוצא להורג עשרים איש בין 1500 ל-1540; רק שישה מהם היו אנוסים, השאר היו שמונה מכשפות, ארבעה קוסמים ושני מוסלמים. בין 1510 ו 1535 שלושה אנוסים ושלושה אשמים נוספים הוצאו להורג על ידי האינקוויזיציה של מיורקה. בית הדין בסיציליה המשיך לטהר את האי מיהודים עד 1535, כאשר הפרלמנט של סיציליה שכנע את המלך שלהם להשעות את הסמכויות של האינקוויזיציה לחמש שנים, ובכך להשבית את פעילותה באי.
אחת ההתקדמות המשמעותיות ביותר במחקר על פעילות האינקוויזיציה במאה העשרים הוא מחקר על ידי האתנוגרף וההיסטוריון גוסטב הנינגסן, והחוקר הספרדי חיימה
קונטררס. בשנת 1972 פרסמו הנינגסן וקונטררס מחקר שבסיסו ניתוח של 50,000 תיקי משפטים של האינקוויזיציה (relaciones de causas) שנאספו מארכיונים שונים ומקיפים פעילות של 21 בתי הדין האזוריים של האינקוויזיציה הספרדית במהלך התקופה שבין 1540–1700. מסווג לפי סוגי פשיעה. המסקנה העיקרית של הניתוח המסמכים והעדויות נמצאת בבסיס המקרים המודרניים והיא שהאינקוויזיציה לא הייתה מנגנון רצחני שאחראי למותם של עשרות אלפי קורבנות במשך רוב ההיסטוריה הפעילה שלה נותר שיעור ההוצאות להורג מתחת ל-2 אחוזים - ממוצע של חמישה אנשים בשנה. עינויים ועונש המוות הוחל רק לעיתים רחוקות - כמעט באופן בלעדי