לא הכל קיבלו את העצמאות של אינדונזיה המאוחדת כמות שהיא: ב-25 באפריל 1950 הכריז כריסטיאן רוברט סטיבן סואומוכיל התובע הראשי ב"מדינת אינדונזיה המזרחית" שנקראה : NEGARA INDONESIA TIMUR, ראשי תבות NIT, על הקמת "רפובליקת מאלוקו הדרומית", REPUBLIK MALUKU SELATAN בראשי תבות RMS. ב-25 באפריל הוא היה שר החוץ שלה, וב-3 במאי 1950 היה לנשיאה. תומכיו וחיילי צבא המורדים היו חיילי KNIL לשעבר, שנותרו נאמנים להולנד, ועדיין לא שחררו רשמית משירותה, אף על פי שחיו באינדונזיה העצמאית. סיבת פריצת המרד הייתה כנראה דתית: הוא היה נוצרי, כמו מחצית תושבי איי מאלוקו, וסואומוכיל הנהיג את המרד, אף על פי שנולד באי ג'אווה כאשר תומכי המרד התנגדו להיות חלק מרפובליקה שנשלטת על ידי שלטון שבסיסו ג'אואני ואסלאמי. הלחימה התנהלה בעיקר באיים סראם, אמבון ובורו ועד נובמבר 1950 הצליחה ממשלת אינדונזיה לדכא את מרבית המורדים. גם בשנת 1951 היו חיילי KNIL לשעבר תושבי מאלוקו באופן רשמי לא משוחררים מחובת שרותם את ההולנדים. ממשלת הולנד העבירה בסביבות 12,500 בני אדם להולנד, ושיכנה אותם במחנות, אבל לא נותר עבורם מקום לשוב אליו במאלוקו. סואומוכיל עצמו המשיך להילחם גם במשך שנים לאחר מכן: הלחימה באי סראם נמשכה עד דצמבר 1963. סואומוכיל נלכד ובאפריל 1964 הועמד למשפט ונידון למוות. גזר הדין בוצע על ידי כיתת-יורים ב-12 באפריל 1966. בשנת 1966 הוקמה בהולנד ממשלה גולה עבור "רפובליקת מאלוקו הדרומית", אשר קיימת עד היום. בשנים 1970 עד 1978 ביצעו תומכיה סדרת פעולות טרור בהולנד. בשנת 1978 הגיעה ועדת חקירה שהקימו ההולנדים למסקנה כי מעולם לא הבטיחה הולנד עצמאות נפרדת מזו של אינדונזיה, לאיי מאלוקו הדרומיים. בשנת 1989 קלטה אינדונזיה 300 מגולי מאלוקו שחיו בהולנד שבקשו לשוב לאיי מאלוקו כדי "למות תחת עץ הדקל שלי". סוהארטו ראה בקליטתם מעשה חסד. אספני בולים נתקלים מדי פעם בבולים משולשים הנושאים את ראשי התבות RMS בשם REPUBLIK MALUKU SELATAN. "רפובליקת מאלוקו הדרומית" הדפיסה "חותמת משנה" REPUBLIK MALUKU SELATAN על שטרות ישנים של איי הודו המזרחיים ההולנדיים.
קליטת מהגרים ששבו אל אינדונזיה מסורינאם באי סומטרה.
בשנת 1953 הוביל סאליכין הארג'ו קבוצה של 300 משפחות, 1200 בני אדם, בעברם מתוך 32,965 מהגרי-עבודה מהאי ג'אווה לסורינאם מהשנים 1890 עד 1939, לשוב אל אינדונזיה, מסורינאם שהייתה תחת שלטון הולנדי. הם בקשו להתגורר בג'אווה או במחוז למפונג הדרומי ביותר בסומטרה. ממשלת אינדונזיה אשרה להם להקים ישוב חדש: תונגאר, הנקרא גם "דסא לינכין בארו", צפונה-מזרחה מהעיר פאדאנג, במחוז מערב סומטרה. השבים נטמעו מהר בין אנשי מינאנגקבאו הגרים שם, נפוצו נשואין בין השבים לוותיקים, אף על פי ש-1,200 השבים היו ברובם נוצרים ואנשי מינאנגקבאו ברובם מוסלמים.
בשנת 1954 שבו 8684 אינדונזים מסורינאם אל אינדונזיה.
דאוד באוראוה ומרד "דארול אסלאם" באצ'ה.
דאוד באוראוה היה מושל מטעם סוקרנו באצ'ה בשנים 1945 עד 1953. הוא היה בעל השכלה אסלאמית והתאכזב מן העובדה ששילוב אצ'ה כחלק ממחוז "צפון סומטרה" ספח אל המחוז גם מעוט נוצרי נכר מבין אנשי הבאטאק, בסביבות אגם טובה. ב-20 בספטמבר 1953 הוא הוביל מרד נגד ממשלת אינדונזיה, בהכריזו על עצמו כחלק מה"המדינה האסלאמית האינדונזית" (NEGARA ISLAM INDONESIA) או בשמה האחר "דארול אסלאם".זאת הייתה ההתפרצות השנייה מבין 4 של מרידות "דארול אסלאם" באינדונזיה. בשנת 1959 הצליחה ממשלת אינדונזיה לעשות שלום עם רוב המורדים באצ'ה בהבטיחה בשנת 1959 מעמד של מחוז מיוחד באצ'ה שבו תהיה השריעה האסלאמית מערכת חוקים מוכרת, אבל צבאה נאלץ לרדוף כמה ממנהיגי המורדים עד 1962 או 1963. דאוד באוראוה יצא ממחבואו רק לאחר שהובטחה לו חנינה.
PRRI - "הממשלה המהפכנית של הרפובליקה האינדונזית".
הרקע.
קצינים מסוימים בצבא אינדונזיה לא אהבו את העובדה שהבחירות הכלליות שנערכו שם בשני שלבים ב-29 בספטמבר 1955 וב-15 בדצמבר 1955, לא שנו את המצב הבסיסי באינדונזיה: סוקרנו נותר נשיא ובמג'לס ישבו שפע מפלגות, ולדעת אותם קצינים, המצב הכלכלי האומלל של מרבית העם האינדונזי נבע מכך שהממשלה המרכזית השקיעה יותר מדי באי ג'אווה ופחות מדי במה שזרים קראו בשם: "האיים החצוניים" זולת האי ג'אווה. קציני צבא אלה החלו להבריח קופרה ומוצרים אחרים כדי לשפר את מצבם הכלכלי. אחרי ההברחות באו דרישות לאוטונומיה רחבה יותר במובן הכלכלי והפוליטי. אחרי שלא נענו הדרישות, החלו קצינים להשתלט על השלטון המקומי בסדרה של הפיכות ללא שפיכות דמים, ולהקים מערכות שלטון חלופיות. באי סומטרה נכללו המורדים ב-3 מערכות:
חשוב להזכיר שאמר המושל רוסלאן, שמסר את השלטון לאחמד חוסין: "למועצת הבאנתנג בפרט ועם סומטרה המרכזית בכלל, אין רצון לבנות מדינה בתוך מדינה, מפני שהיחסים בין הממשל האזורי והממשלה המרכזית של הרפובליקה האינדונזית, לבטח ישובו לתקנם כאשר יש ממשלה שיכולה להעלים כל תחושות מבוכה, מתח וחוסר שביעות רצון שמאיימים על הביטחון של המדינה האינדונזית והעם."
האולטימטום.
5 ימים לפני 15 בפברואר 1958 הציב אחמד חוסין אולטימטום לממשלה המרכזית בשלוש דרישות:
הוצב האולטימטום לנשיא סוקרנו למשך 5 כפול 24 שעות, ונדחה על ידי הממשלה המרכזית, מה עוד שפוטרו אחמד חוסין וחבריו מכוחות היבשה של צבא אינדונזיה. ב-15 בפברואר פרסם אחמד חוסין בעיר פאדאנג את יסוד "הממשלה המהפכנית של הרפובליקה האינדונזית", או PRRI (במאלאית/אינדונזית: Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia).
ממשלת PRRI - אתגריה וכשלונה.
ממשלת PRRI הורכבה מ-11 או 12 שרים ובראשה עמד שאפרודין פראויראנגארא. במטרה להראות שהיא אחראית גם לתקינות המסחר, ממשלת PRRI הנפיקה סדרת 7 שטרות כסף. הבעיה שהייתה לממשלת PRRI מראש הייתה שבין קצינים שתמכו בה היו חלקם שלא חשבו להקצין עד כדי כך שתקום באינדונזיה ממשלה שנייה, שתפריד בפועל את סומטרה משאר המדינה, והמחלוקת הייתה גם מצד קצינים ב"מועצת (ה)גארודא" הנזכרת למעלה ואפילו בתוך "מועצת (ה)באנתנג" שעמד בראשה אחמד חוסין. כל זאת לפני שיוזכר שהממשלה המרכזית של אינדונזיה, שסבלה את המרדנות במשך שנה קודם ליסוד ממשלת PRRI, החלה להגיב באמצעות הצבא הנאמן לה, וגם להפציץ תשתיות בסומטרה. התברר שאף על פי שמספר משרי ממשלת PRRI היו קציני צבא לפני שפוטרו, הקצינים הנאמנים לממשלה המרכזית, כמו אחמד יאני שהיה אז קולונל ועבדול האריס נאסותיון היו יותר מנוסים מהם. ב-12 במרץ 1958 נחל צבא אינדונזיה ניצחון מהיר בפקאנבארו שם מנע מתומכי PRRI לפוצץ מתקני הפקת נפט. עד מאי 1958 היה יתרון צבא אינדונזיה נכר בהצלחה באי סומטרה. ערכה הממשלה המרכזית 4 מבצעים צבאיים, בפקודם של אחמד יאני ואיבנו סותווו. צרותיה של ממשלת PPRI נחשפו גם כאשר נתפש נשק אמריקאי בידי הצבא הנאמן לממשלה המרכזית. צבא אינדונזיה הורגל קודם לכן בציוד צבאי סובייטי. כאשר התרחבה הלחימה גם לאיים נוספים כמו סולאווסי ומאלוקו והמורדים התקראו בשם חדש: פרמסטה ונחשפה לעין כל מעורבות ה-CIA בתמיכה במורדים, עם לכידת אלאן לורנס פופ, ב-18 במאי 1958, ואחריה שבה ארצות הברית לתמוך בממשלת סוקרנו. קבוצות קטנות של חילים תומכי PRRI החלו להיכנע באפריל 1961. רוב תומכי PRRI נכנעו במאי, אחמד חוסין נכנע ב-29 במאי, ואחרון הנכנעים היה נציר, ב-28 בספטמבר 1961.
תוצאות מרד PRRI.
הנזק החמור ביותר שנגרם לחלקם של תושבי סומטרה נפל על שבט מינאנגקאבאו. הדבר התבטא בהגירה המונית מביניהם אל ג'קרטה. לפני מרד PRRI הוערך מספר בני מינאנגקאבאו בעיר הבירה האינדונזית במאה אלף. בשנת 1971 נאמד מספרם של בני מינאנגקאבאו בעיר בחצי מיליון. האינדונזים טוענים שמקור ההגירה היה פסיכולוגי. המהגרים לא רצו להראות כ"מורדים", באשר מרכזם העירוני פאדאנג שמש כמושב ממשלת PRRI. זאת אחרי שבזמן השלטון ההולנדי העזו בני מינאנגקאבאו להילחם בהולנדים במלחמת פאדרי. המעורבים במרד PRRI שנותרו בחיים עד היום מתמידים לסרב שיתייחסו אליהם כאל מורדים.
מרד PRRI גם שינה את התנהגותו של סוקרנו וגורל ממשלתו. סוקרנו השיב בשנת 1959 את חוקת 1945 לתקפה אבל חדל מביזור הסמכויות שיש בה כמו התפקידים סגן נשיא וראש ממשלה. כאשר הקים סוקרנו את ממשלת ה"דמוקרטיה המודרכת" בשנת 1959 הייתה זאת מורכבת מצייתנים אומרי הן שבראשה עמד סובאנדריו.
מרד PRRI היה מהגורמים לעובדה שהעדיפה אינדונזיה לקנות נשק סובייטי גם בשנת 1962 בעסקה בזמן מבצע תריכורא.
חוקה חדשה.
תפקידו של האסלאם באינדונזיה הפך לנושא שנוי במחלוקת. סוקרנו הגן על הרעיון של מדינה חילונית שתהיה מבוססת על פאנצ'אסילא, בעוד שמספר קבוצות מוסלמיות העדיפו מדינה אסלאמית או חוקה שתכלול תנאי מקדים שמוסלמים יהיו כפופים לחוקי השריעה.
המרד במאלוקו היה אחד מן הגורמים לכך שב-17 באוגוסט 1950 נתנה חוקה חדשה באינדונזיה חוקה חדשה שתהווה בסיס למערכת פרלמנטרית של ממשלה שבה הרשות המבצעת נבחרת על ידי ואחראית כלפי הפרלמנט האינדונזי. המושבים בפרלמנט חולקו בין מפלגות פוליטיות רבות לפני ואחרי הבחירות הראשונות שהתקיימו ברחבי המדינה ב-1955, והיה קשה להקים קואליציה יציבה שתתמוך בממשלה.