בניגוד לעמדתו של ראש הממשלה הראשון דוד בן-גוריון שסבר כי שר המשפטים יוכל להעניק ייעוץ משפטי לממשלה בעצמו וכי רק את התביעה יש להכפיף לפרקליט המדינה, פעל שר המשפטים הראשון פנחס רוזן ליצירת תפקיד היועץ המשפטי לממשלה כתפקיד נפרד משר המשפטים, אך כפוף לו. העימותים על סמכויות היועץ המשפטי ומעמדו החלו כבר בתקופת כהונתו של היועץ הראשון, יעקב שמשון שפירא, אשר שימש במקביל גם בתפקיד מנכ"ל משרד המשפטים. בן-גוריון סירב להיענות לדרישתו להשתתף בישיבות הממשלה, וגם דרישתו לאפשר לו להגיש הצעות חוק ולנאום מעל בימת הכנסת נדחתה. עם זאת, בתקופתו של שפירא ניתנו סמכויות התביעה ליועץ המשפטי לממשלה, בשונה מהתוכנית המקורית שהוצגה לעיל, אך לשר המשפטים נשמרה הזכות לחזור וליטול את הסמכויות האלה.
מינוי הוועדה.
המחלוקת בישיבת הממשלה.
בתקופת כהונתה של ממשלת ישראל העשירית, התגלעו מחלוקות בין שר המשפטים דב יוסף ליועץ המשפטי לממשלה גדעון האוזנר באשר לחלוקת הסמכויות ביניהם, בעיקר בתחום התביעה. המחלוקת הגיעה לשיאה בוויכוח בין השניים בישיבת הממשלה בט"ו בסיון תשכ"ב, (17.06.1962). האוזנר ביקש שהממשלה תשמע את דעותיהם המנוגדות ותקבל החלטה בסוגיה, אך הבהיר כי ההחלטה תחייב את הממשלה ולא אותו עצמו. לעומתו הציע יוסף כי הממשלה תמנה ועדת משפטנים שתחווה את דעתה בנידון. שני הצדדים הציגו את עמדתם: האוזנר סבר כי הוא נהנה מעצמאות בהחלטותיו בתחום הפלילי ואינו כפוף להנחיות שר המשפטים. בנוסף הביע את דעתו כי עמדת היועץ המשפטי לממשלה מדריכה את הממשלה בענייני החוק. לעומתו סבר יוסף כי היועץ המשפטי לממשלה כפוף להנחיות שר המשפטים, הנושא באחריות מיניסטריאלית על החלטותיו ואשר בכוחו ליטול לעצמו את סמכויותיו בכל עת. כמו כן סבר כי אף שיש לפנות ליועץ המשפטי לממשלה בשאלות משפטיות, מבחינה מעשית אין הממשלה חייבת לפעול לפי דעתו. לאחר שהושמעו הדעות השונות, החליטה הממשלה על פי הצעת ראש הממשלה דוד בן-גוריון, שלא להכריע בעניין מיד, ולמנות ועדת משפטנים מיוחדת שתחווה את דעתה בשאלות המשפטיות שבמחלוקת. כן הוחלט שהרכב הוועדה ייקבע במשותף על ידי שר המשפטים והיועץ המשפטי לממשלה.
הוועדה.
שופט בית המשפט העליון שמעון אגרנט מונה לעמוד בראש הוועדה, ולצידו עמיתו מבית המשפט העליון השופט צבי ברנזון ועורך הדין אברהם לוין.
השאלות שהעבירה הממשלה לחוות דעתה של הוועדה היו:
הממשלה צירפה לשאלותיה את פרוטוקול ישיבת הממשלה בה הציגו שר המשפטים והיועץ המשפטי לממשלה את עמדותיהם בנושא. השניים גם העבירו לוועדה תזכירים בהם הוסיפו נימוקים להשקפותיהם השונות וצירפו להן אסמכתאות משפטיות. הוועדה ציינה שהיא הביעה את דעתה בנוגע לדין הקיים ולא הרצוי, וכן שיש לראות בכל הלכה שפסק בית המשפט העליון הנוגעת לאחת משאלות הממשלה, את הפירוש הקובע של החוק עד שלא נקבעה הלכה אחרת.
אימוץ המסקנות ופרשנותן.
בממשלה.
מסקנות הוועדה הובאו בישיבת הממשלה ב-28 באוקטובר 1962. בישיבה נכח היועץ המשפטי לממשלה האוזנר שציין כי "לבו שלם" עם כל המלצות הוועדה. הוא ביקש להדגיש ביחס לשאלת תוקפה של חוות דעתו של היועץ כי וציין כי עמדה כזו היא "מגוחכת". היועץ תמך בהצעת ראש הממשלה שהממשלה תאמץ את המלצות הוועדה. שר המשפטים יוסף הבהיר כי אינו מסכים עם מסקנות הוועדה.
הממשלה החליטה לקבל את חוות דעתה של הוועדה, כפי שניסח ראש הממשלה את מסקנותיה המעשיות, במענה לחמש שאלות:
המחלוקת בדבר "הייעוץ המחייב".
אף שקטעים ממסקנות הוועדה פורסמו בעיתונות על רקע העימות הציבורי בין שר המשפטים ליועץ המשפטי, חוות הדעת של הוועדה, ובפרט החלק שעוסק בתפקיד הלא-פלילי של היועץ, לא זכו לדיון ציבורי ומשפטי בתקופה הסמוכה להגשתה. המחלוקות על פרשנות מסקנות הוועדה פרצו רק עשורים לאחר הגשתן, והן התמקדו דווקא בחלק הלא פלילי של תפקיד היועץ ביחס לתשובתה האחרונה של הוועדה לגבי שאלת תוקפה של חוות דעת היועץ ביחס לממשלה.
ב-1986, על רקע פרשת קו 300 שטרם נחשפה אז לציבור, העביר היועץ המשפטי לממשלה יצחק זמיר הרצאה בה תיאר את סמכותו ותפקידו של היועץ המשפטי לממשלה. את טענתו לפיה הממשלה מחויבת לפעול על פי חוות דעת משפטית של היועץ המשפטי לממשלה, סמך זמיר בין השאר על דו"ח ועדת אגרנט:
עם זאת, בדברים שכתב ב-1993 הכיר זמיר בכך שחוות הדעת של הוועדה כנראה שונה מעמדתו בנושא. כעורכו של "ספר קלינגהופר על המשפט הציבורי", פרסם זמיר לראשונה את הדו"ח במלואו והתייחס למסקנות הוועדה ב"הערת העורך". הוא הגדיר את עמדת הוועדה בשאלת תוקף הייעוץ כ"פושרת" וסבר כי "משמעות הדברים, בהקשר בו נאמרו, אינה ברורה לגמרי." הוא גם תמה על ההבחנה שעשתה הוועדה בין הממשלה לבין יתר הרשויות המנהליות של הרשות המבצעת. לדעתו של זמיר, מכל מקום, חלו בעניין זה התפתחויות כך שסמכותו של היועץ אינה מסויגת עוד כפי שראתה אותה הוועדה.
לעומת זאת, בפסק הדין ב'בג"ץ פנחסי' קבע השופט אהרן ברק כי העמדה שהציג היועץ המשפטי לממשלה בפני בית המשפט, אף שהייתה מנוגדת לעמדתו של ראש הממשלה יצחק רבין, היא 'עמדת ראש הממשלה האמיתית', שכן במקרה של מחלוקת "על היועץ המשפטי לממשלה לייצג לפנינו את ראש הממשלה על-פי תפישתו המשפטית של היועץ המשפטי לממשלה", זאת מכיוון ש"היועץ המשפטי לממשלה הוא הפרשן המוסמך של הדין כלפי הרשות המבצעת ... השקפה זו יונקת חיותה מהמסורת החוקתית שלנו. מסורת זו גובשה בדו"ח ועדת המשפטנים בדבר סמכויות היועץ המשפטי לממשלה (1962)...". קביעה זו ספגה ביקורת מהשופט בדימוס חיים כהן ששימש בעצמו בתפקיד היועץ המשפטי לממשלה, מהשופטת מרים בן פורת ומהיועץ המשפטי לממשלה הראשון שמונה לאחר דו"ח ועדת אגרנט, משה בן זאב. בן פורת ובן זאב ביקרו גם את הסתמכותו של ברק על ועדת אגרנט ושללו אותה. לאחר פרישתו הסביר אהרן ברק כי לדעתו "בדוח ועדת אגרנט הטיפול בהיבט המחייב הוא קצת דו-משמעי או מעומעם, מעורפל." וכי יש לפרש את מסקנת הוועדה בדבר יכולתה של הממשלה לפעול בניגוד לחוות דעתו של היועץ המשפטי לממשלה, כמתייחסים רק למישור האזרחי, אך בתחום המשפט הציבורי דעתו של היועץ מחייבת.
בשאלה האם קביעותיו של ברק במסגרת בג"ץ פנחסי הן הלכה מחייבת או שהן בגדר הערת אגב בלבד, נטושה מחלוקת בין המשפטנים. לפי שופט העליון (ולפני כן היועץ המשפטי לממשלה) מני מזוז, בדעת רוב ,"שאלת העמדה שתוצג בשם המדינה נגזרת מההלכה לפיה היועמ”ש הוא הפרשן המוסמך של החוק עבור הרשות המבצעת, וחוות דעתו המשפטית מחייבת את כל זרועותיה של הרשות המבצעת". עמדה זאת חזרה בכמה פסקי דין. עם זאת, בנובמבר 2018, התירו השופטים ניל הנדל, דוד מינץ ואלכס שטיין לשר המדע אופיר אקוניס לייצג את עצמו בבג"ץ שהוגש נגד החלטתו שלא לאשר מינוי, חרף התנגדות היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט, שהחליט לתמוך בעמדת העותרים והתנגד לייצוג משפטי או עצמאי של עמדת המשיב. זאת באופן חריג.
פרופסור רות גביזון ביקרה את ההסתמכות של מצדדי גישת 'הייעוץ המחייב' על ועדת אגרנט וקבעה כי "עולה מן האמור כי ועדת אגרנט לא זו בלבד שלא נתנה תמיכה לכללים שדובר בהם, אלא אף שללה אותם במפורש". ביקורת דומה מתח גם שר המשפטים לשעבר, פרופסור דניאל פרידמן. גביזון חזרה על עמדתה זו במאמר שכתבה יחד עם ד"ר איתן לבונטין. במאמרם ציינו כי מסקנת הוועדה מנוגדת במספר נקודות לגישת הייעוץ המחייב, גישה הנסמכת על ההנחה כי דבר היועץ הוא החוק, אשר לו מחויבת הממשלה לציית. 1. הוועדה שאלה האם חוות דעתו של היועץ מחייבת אך השיבה רק שהיא "משקפת את החוק הקיים". 2. על גבי זה ציינה הוועדה כי הממשלה רשאית לסטות מעמדת היועץ לפי שיקול דעתה. 3. בשונה מגישת הייעוץ המחייב הגורסת כי חובת לממשלה חובת ציות ליועץ מטעמים של שלטון החוק, הוועדה נימקה את ההסתמכות הרגילה של הממשלה על דעת היועץ בטעמים של "הסדר הטוב במדינה". 4. אפילו לגבי שאר רשויות קבעה הוועדה רק כי מחובתן לראות את עמדת היועץ כ"מדריכה" אך לא קבעה כי היא מחייבת.
גם ועדת שמגר (שכלל גם את רות גביזון) לבחינת אופן מינויו של היועץ המשפטי לממשלה עמדה על ההבחנה של ועדת אגרנט בין סמכותו של היועץ המשפטי לממשלה ביחס לרשויות המנהליות לעומת סמכותו ביחס לממשלה, אשר לה שמורה הזכות לפעול כנגד חוות דעת היועץ. הוועדה ציינה במסקנותיה כי
בהמלצותיה, וועדת שמגר דנה בבעיית הייצוג בבתי המשפט במקרה של מחלוקת בין היועץ המשפטי לממשלה לבין רשות שלטונית. היא הפרידה בין מקרה הלוקה באי חוקיות ברורה וגלויה לבין מקרה, שבו אפשר לפרש את המקרה בדרכים שונות. לדעת הוועדה, אם המקרה נתון לפרשנויות, יהיה ניתן להציג בפני בית המשפט את הפרשנויות שונות. לפי הוועדה במקרים שבהם אין מדובר באי חוקיות ברורה וגלויה מן הנכון שהרשות הממלכתית החולקת על דעתו תהיה מיוצגת בנפרד על ידי משפטן משירות הציבור או מן המגזר הפרטי. הוועדה הדגישה כי עקרון החוקיות והסדר הטוב מחייבים כי מקרים של ייצוג נפרד יהיו נדירים, כדי שלא יפגעו הוודאות המשפטית ואמון הציבור ביועץ המשפטי לממשלה.
בפסק הדין בבג"ץ 'יואל לביא נגד ראש הממשלה' משנת 2008 הזכירה נשיאת בית המשפט העליון דורית ביניש את עמדתן של ועדת אגרנט וועדת שמגר לפיה הסמכות המחייבת של חוות-דעת היועץ חלה ביחס לרשויות המנהליות אך לא ביחס לממשלה. היא ציינה כי עמדה זו שונה מהעמדה שנפסקה בבית המשפט.
לפי פסיקת בית המשפט העליון, כל עוד לא הכריע בית המשפט אחרת "חוות-דעת היועץ המשפטי לממשלה בשאלה משפטית משקפת, מבחינת הממשלה, את המצב המשפטי הקיים והמצוי".
מלון לאונרדו קלאב ים המלח