בתחילת שנת 1960 מקבל כהן באופן זמני את הפיקוד על שייטת המשחתות שכללה גם את הפריגטות באילת.
פריגטות לסרי לנקה - שתי הפריגטות נקנו על ידי הצי של סרי לנקה והזירה עסקה לארגן את השבתן לכשירות ומסירתן. סרי לנקה דיווחה על הקניה למצרים, ביקשה אישור למעבר במצרי טירן ונענתה בסירוב. באוגוסט 1959 יצאה אח"י מבטח (ק-28) בפיקוד נפתלי רוזן, שהפליגה לדרום הים האדום ונמסרה בלב ים לצי סרי לנקה. קליטת הפריגטה על ידי הצוות מסרי לנקה הייתה בעייתית. הועלתה דרישה שהפריגטה השנייה תועבר על ידי צוות ישראלי ותימסר בנמל היעד. מדובר בהפלגה של כ-3,000 מייל ימי, באזור חדש ולא מוכר.
אח"י מזנק - בנוסף לתפקידו כמפקד השייטת קיבל כהן קיבל על עצמו את משימת העברת אח"י מזנק (ק-32). הפריגטה הוכנה לפלגה וקיבלה צוות מילואים מיוצאי הפריגטות. יצאה ב-7 באפריל 1960, עברה את מצרי טיראן בלא הפרעה מהמצרים. הפריגטה הפליגה לאורך הים האדום בדרכה נכנסה לג'יבוטי והצטיידה בדלק. חצתה את מפרץ עדן והאוקיינוס ההודי. ב-19 באפריל נכנסה לאי מיניקוי כ-400 מיל ימי לפני היעד ושם נעשו הכנות לקראת הכניסה. והגיעה ב-22 באפריל 1960 ליעדה נמל "טרינקומלי". ב-26 באפריל 1960 נערך טקס מסירה רשמי לצי סרי לנקה והפריגטה קיבלה את שמה החדש NAJABAHU.
בעת הטקס נשא כהן את דברי הפרידה מהאניה
כהן והצוות הישראלי זכו לארוח וטיילו במדינה האקזוטית עד שנמצאו מטוסים להחזרתם שבועיים מאוחר יותר.
ב-1 בדצמבר 1960 נפרד כהן משייטת המשחתות וחוזר לפקד על זירת ים סוף.
מהמשחתות לזירת ים סוף.
בשנת 1960 מונה כהן למפקד שייטת המשחתות. משיקולי בריאות משפחתיים היה חשוב לו להימצא באוויר יבש. לבקשתו סיים כהן את הפיקוד על שייטת המשחתות ב-1 בדצמבר 1960 ועבר לתפקיד מפקד אזור ים סוף של חיל הים שמפקדתו בבסיס אילת. בנמל נמצאו אז שלש טרפדות חדשות שהגיעו בתחילת 1957.
לאחר צאת הפריגטות השירות בזירת ים סוף היה יחסית רגוע. הטרפדות נשלחו כל מספר חודשים לסיורים ליליים לדרום מפרץ אילת. קוים מתח מתמיד מול הירדנים שסירת המשטרה שלהם פגעה בדייגים ישראלים והתקרית הייתה זכורה לכולם.
שייטת המשחתות ועלייה בדרגה.
בסוף שנת 1962 מוסר כהן את הפיקוד על זירת ים סוף ליעקב ריטוב ומקבל פיקוד פעם נוספת על שייטת המשחתות. המשחתות מפליגות בים התיכון ומגיעות לטולון בצרפת. ב-10 ביולי 1963 נערך מפגן אש ובמהלכו מקבל כהן את דרגת האל"ם אחרי שנשא דרגת סא"ל משנת 1954. שימש בתפקיד זה שלוש שנים ובתום שנת 1965 מסר את השייטת לאל"ם בנימין תלם.
בכך חשב כהן לסיים את שירותו הפעיל בחיל הים. הוא העריך שמיצה את מכלול הפקידי הפיקוד בחיל הים ותפקידי מטה וניהול לא קסמו לו. אך ההתדרדרות למלחמת ששת הימים זימנה לכהן משימה נוספת.
מלחמת ששת הימים.
אנית המבחן דולפין – בתקופת ההמתנה לפני מלחמת ששת הימים הוחזר כהן מחופשת השחרור וקיבל פיקוד על המבצע של אוניית המבחן. המטרה להעמיד למבחן את הודעת המצרים על סגירת מצרי טיראן לשיט ישראלי. אוניית סוחר ARION שהופעלה בחכירה על ידי צים והייתה בכווית, נקנתה מבעליה בפינלנד ב-100,000 דולר, מחיר כפול משוויה ונשלחה למאסאווה. בסוף מאי 1967 הוטס כהן עם כ-30 אנשי צוות לאסמרה באריתראה וברכב לנמל מאסאווה. האונייה נרשמה בחיפה קיבלה שם חדש DOLPHIN ואות קריאה בינלאומי 4XMT. המטרה מעבר הפגנתי של אניה עם דגל ישראל במצרי טירן שהוכרזו על ידי המצרים כסגורים לשייט. המשמעות הפלגה תחת אש. הצי המצרי נערך עם משחתות וצוללות ללחימה בים האדום והשייט יהיה מסוכן.
אף כי הייתה זו הפלגה אחת קצרה נערך כהן כמפקד האונייה עם פקודות קבע מסודרות הכוללות את ארגון החיים באונייה עמדות ותפקידים לכל הצוות. ב-29 במאי 1967 עולה הצוות על האניה ומתחילות הכנות טכניות. ב-31 במאי בשעות הערב נעשית החלפת דגלים רשמית בנוכחות רב החובל של נמל מאסאווה. לאחר הטקס מוציא רב החובל יורם פרידמן את הדולפין מנמל מאסאווה לעגינה במפרץ. קצין הקשר אברהם אשור מקיים קשר מברקים עם חיל הים ומודיע על מוכנות להפלגה. תנאי החום והלחות במאסאווה היו קשים ביותר. נבנתה בריכה במחסן הקדמי שמולאה במים כדי לאפשר קירור הגוף לצוות.
ב-5 ביוני מגיע סא"ל יוסף יריב עם הנחיה להחליף את כהן שמיועד לטוס לישראל ולפקד על זירת ים סוף. בלילה ההוראה מתבטלת כהן נשאר בדולפין יריב חוזר לישראל. האוניה עוגנת בקרבת אונייה סעודית. כהן מקיים משמרות כל הלילה ומחמש את קצין המשמרת באקדח.
ב-7 ביוני בצהריים מתקבלת ההוראה היציאה מהעגינה במאסאווה לוותה בצפירות של אניות אחרות. ההפלגה לא הייתה חשאית. הארובה הייתה בסמלי צים השם "דולפין" ונמל המרשם "חיפה" היו כתובים בעברית ובאנגלית. סודאן וסעודיה הכריזו מלחמה על ישראל וכהן חשש שיתאנו ל"דולפין" בדרכה.
מפקדת חיל הים לא חששה מפעילות בלב ים ולא ניתנו לכהן הנחיות מיוחדות. מהירות האונייה הייתה 9.5 קשר הופחתה למחצית עקב גלי ים מכיוון מנוגד להפלגה. ב-10 ביוני 1967 קרבה הדולפין למיצרי טירן והוזמנה להיכנס למעגן שארם א-שייח'. כהן שמח להפגש עם מפקד האזור אברהם בוצר שהיה סגנו במשחתת, וקיבל עדכון על הלחימה בסיני. תנאים באניה היו טובים יותר מאשר במעגן הכבוש. אנשי הטרפדות ניזונו במנות קרב. במטבח האניה הוכנה ארוחת סלט טרי. ואנשי הטרפדות הוזמנו למקלחת.
עיתונאים וצלמים באו לפגוש את האוניה ונוצר סיפור גבורה שהביך את כהן אך פרסום היות המיצרים פתוחים וחופש המעבר לאילת היה חשוב לעם ישראל ולעולם כדי שהביטוח הימי יחודש ואניות זרות יוכלו לחזור ולשוט ברגיעה.
באזרחות.
פיקוד בים - בינואר 1966 יצא לחופשת שחרור לקראת פרישה מצה"ל. קיבל היתר מאגף הספנות והנמלים לשרת באניה "כמיקל אנטרפרייז" כרב חובל. החל מ-11 בפברואר 1966 ועד -3 באוקטובר 1966 שירת באניה זאת.
באוקטובר 1966 פנה כהן למועצה להסמכת ימאים וביקש לקבל הסמכה לשירות בצי הסוחר. הוא ציין כי ניסיונו בחיל הים היה מעל 95 חודשים בשירות בכלי שיט. ועוד 9 חודשים באניה "כמיקל אנטרפרייז". לפי ההיתר הזמני שקיבל מאגף הספנות. להשלמת השכלתו עבר קורס לרבי חובלים במכון להכשרה ימית בעכו. באוגוסט 1967 הוסמך כהן כרב חובל בצי הסוחר הישראלי. באוקטובר אותה שנה קיבל גם הסמכה כרב חובל לאניות בדגל ליבריה וכך התאפשר לו לשרת באניות שנשאו דגל זה. תקופה ארוכה יחסית שירת באנית כימיקלים של חברת גדות-ים.
הידרוגרפיה - בתחילת שנת 1971 נענה כהן להזמנתו של ידידו יוחאי בן נון להצטרף לסגל המכון לחקר ימים ואגמים, כמנהל מחלקת מבצעים ימיים והידרוגרפיה. עבר קורסי מחשב לצורך הקמת מחלקת מחשב ניתוח נתונים. למד ביסודיות את התחום וביצע מיפוי ימי: ברפיח, בכנרת, סקר מגנטומטר בים התיכון, וכן עבודות בשיתוף עם המכון הגיאופיזי. ניסיונו כרב חובל הובא לשימוש בתכנון מבצעי המחקר בהם הופעלה ספינת המחקר של המכון "שיקמונה". מתוך הערכה לביצועיו התקבל כחבר באגודת הנביגציה האמריקאית. עמד בקשר עם ג'ון הול מנהל המכון הגיאולוגי לישראל
חזרה לשיט בימים - ב-28 פברואר 1975 סיים את שירותו במכון וחזר לפיקוד בים כרב חובל האניה "א.מ. החלוץ" במאי 1976 הגיע לטריאסט עם מטען תפוזים באניה "א.מ. דרור" שתי האוניות בבעלות חברת התנועה הקיבוצית "תרשיש- סלע". במהלך שירותו ערך ספרון בנושא "בטיחות באניות" אותו העביר לר/ח מרטין אקדיש יו"ר ועדת הבטיחות המרכזית של צי הסוחר הישראלי. מאז המשיך והפליג באוניות שונות וביצע משימות מיוחדות לארצות רחוקות והובלת מטען חשוב. ביניהן גם על האניה "א.מ. רוני רל" בבעלות יצחק (אייק) אהרונוביץ'
בדצמבר 1978 קיבל את האניה HELA בנמל שארם א-שייח' וביצע עימה חודש ימים הפלגות לאילת.
משפחה.
מנחם כהן נישא בשנת 1947 לאביגיל בתו של אדריכל הגנים יעקב ניצן חברתו מילדות. בשנת 1949 נולד לזוג הבן הבכור רן שנעשה מהנדס חשמל ברפאל - מערכות לחימה מתקדמות. הבת עפרה נולדה ב-1951 נעשתה מורה לריקודי חדר. ביולי 1956 נולדה הבת ענולה מוזיקאית מורה לחליל צד.
לימודים קורסים והשכלה.
כהן למד ורכש השכלה מקצועית כל חייו. לדברי חברו יוחאי בן נון:
את בית הספר היסודי סיים כהן באביחיל. אך לא השלים את לימודי התיכון. בגיל 16 עבר לתל אביב ולמד את מלאכת מכונאות רכב במוסך חברת האוטובוסים אגד.
בקיץ שנת 1942 עבר קורס מדריכי שחיה שנערך על ידי המחלקה להכשרה גופנית של הוועד הלאומי והוסמך לכך.
במסגרת הפלמ"ח עבר בשנת 1943 קורס מפקדי סירות. בשנת 1945 עבר את קורס החובלים הראשון של הפלי"ם שנמשך 7 חודשים בבית הספר הימי שליד הטכניון בחיפה.
בסוף שנת 1950 יצא כהן ללימודי הכנה מרוכזת ועבר בהצלחה את בחינות הבגרות.
בתחילת שנת 1957 עבר קורס צניחה במחזור 101. ובסוף אותה שנה עבר קורס פיקוד ומטה שנערך בבה"ד חיל הים.
בשנת 1968 עבר את קורס רבי החובלים של המכון להכשרה ימית במסגרת הסמכתו המלאה לרב החובל.
אחרי מותו.
כהן נפטר בשנת 1981 ממחלת סרטן ריאות. אלוף יוחאי בן-נון סיכם את דרכו של כהן ביום השלושים למותו. מייחס את מנהיגותו של מנחם כהן לתכונות אופי שנבעו מהיותו מורה. כהן הקדיש זמן ללימוד כל דבר חדש ויודע את החומר על בוריו. מעביר את דרישותיו לצוותו בצורה ברורה ביותר. בכל תפקידיו דאג לתת לצוותים הרגשה נוחה את המגיע להם.
את משנת מנהיגותו סיכם בעצמו בכותרת "המשמעת בחיל הים" לקראת כנס שנערך בדצמבר 1965, החודש האחרון של שירותו הסדיר. מפקד שייטת ספינות הטילים אריה רונה השתמש, 15 שנה מאוחר יותר, בפקודות של כהן למשחתות כבסיס לחידוש פקודות הקבע.
פיראמוס
תיסבה
שמעון נתן נטע בידרמן
שמעון נתן נטע בידרמן (הראשון)