ב-26 ביוני תקפו המצרים שיירה ישראלית שיצאה לנגב באישור המתווך הרוזן ברנדוט. בכל זאת ממשלת ישראל החליטה שלא לפתוח במערכה חדשה. ב-30 ביוני 1948 הכוחות הבריטים השלימו את פינוי אזור חיפה.
ההפוגה נוצלה, בין היתר, לעריכת טקס השבעה כללי לכל חיילי צה"ל ב-29 ביוני 1948.
פרשת אלטלנה ופירוק יחידות האצ"ל.
בעיצומה של ההפוגה, ב-22 ביוני, התרחשה פרשת 'אלטלנה'. באונייה 'אלטלנה', שנרכשה על ידי האצ"ל בצרפת, הייתה כמות גדולה של נשק וכן כ-900 עולים. לקראת הגעתה לחופי ישראל החל משא ומתן קדחתני בין הממשלה לבין הנהגת האצ"ל בתיווכו של ישראל גלילי. מנהיג האצ"ל, מנחם בגין, ביקש להעביר 20% מהנשק ללוחמי אצ"ל שבירושלים. לעומת זאת, ראש ממשלת ישראל דוד בן-גוריון דרש שכל הנשק יועבר לידי צה"ל. האצ"ל החליט לפרוק את הנשק בחוף כפר ויתקין, וזאת כדי לבצע את הפריקה הרחק מעיניהם של פקחי האו"ם. צה"ל הציג אולטימטום של 10 דקות, ובו דרש לקבל לידיו את כל הנשק, אך מפקדי האצ"ל סירבו וניסו לפרוץ את המצור בכוח. החלו חילופי אש בין הצדדים שבהם נהרגו שישה אנשי אצ"ל ושני חיילי צה"ל. האצ"ל הפסיק את פריקת הנשק, והאונייה, ועליה בגין, עשתה דרכה לחוף תל אביב, שם פרץ עימות נוסף בין צה"ל לאנשי אצ"ל שעזבו את יחידות צה"ל. בתגובה הורה בן-גוריון להפגיז את הספינה והיא עלתה באש. הטיעון הרשמי של בן-גוריון לצעד זה היה הצורך בהקמת צבא ממלכתי, ומניעת היווצרותו של צבא משנה עצמאי במסגרת צה"ל, מדיניות שבה נקט באופן עקבי, לדוגמה עם פירוק הפלמ"ח. בקרב על חוף תל אביב ובכניסות לעיר, שם הציב צה"ל מחסומים, נהרגו עשרה חברי אצ"ל וחייל צה"ל. בעקבות הפרשה פורקו לחלוטין יחידות האצ"ל (פרט לירושלים) ופוזרו בצה"ל. כמו כן נעצרו כ-200 מאנשי אצ"ל (שוחררו ברובם לאחר מספר שבועות), וחלק מבכירי הארגון נעצרו עד סוף אוגוסט. מנחם בגין, שהכריז בתחילה על ביטול ההסכם וביטל את פקודתו לאנשיו להתגייס לצה"ל, חזר בו כעבור מספר ימים וביטל את הוראתו.
קרבות עשרת הימים.
בתחילת חודש יולי, בהתקרב מועד סיום ההפוגה, עשה האו"ם מאמצים רבים למנוע את חידוש הקרבות, אך מאמציו היו לשווא. במשך עשרה ימים, 9 עד 19 ביולי, התנהלה לחימה עזה בכל החזיתות, כשהיוזמה בעיקרה בידי צה"ל. קרבות אלה קיבלו את הכינוי 'קרבות עשרת הימים'.
חזית הצפון.
בצפון הארץ פתח צה"ל במבצע דקל לשחרור הגליל התחתון מידי 'צבא ההצלה'. כוחות אלה פתחו בהתקפה נוספת על סג'רה, אך נהדפו לאחר קרבות קשים מאוד, בהם נשא בעיקר גדוד 12 של 'גולני'. צה"ל כבש את רוב שטח הגליל המערבי והגליל התחתון, כולל שפרעם, ספוריה (ציפורי) והעיר נצרת. לעומת זאת, מבצע ברוש, בו ניסה צה"ל לכבוש את ראש הגשר הסורי במשמר הירדן, לא עלה יפה. צפונה משם, צה"ל השתלט על תל עזזיאת שבסמוך לכפר סאלד, אך בשורה של התקפות, עלה בידי הסורים, בסיכומו של קרב תל עזזיאת (1948), לכבוש חזרה את התל.
בסיבוב קרבות זה זכו העיראקים להצלחה מסוימת כשהדפו מעט את כוחות צה"ל באזור הגלבוע.
חזית המרכז.
ב-9 ביולי פתח צה"ל במבצע דני בהתקפה רבתי בסיוע טנקים ומשוריינים, שמטרתה הייתה להרחיק את הכוחות הערביים מתל אביב ולהקל את הלחץ מעל ירושלים. במסגרת המבצע כבש צה"ל את נמל התעופה לוד, שחרר את בן שמן מהמצור וכבש את לוד ואת רמלה. צפון מערבה משם כבש צה"ל את מג'דל יאבא ואת ראש העין מידי העיראקים והתקרב ללטרון מכיוון מערב. ניסיון נוסף לכבוש את לטרון - נכשל. בגזרת ירושלים פתח צה"ל בהתקפות על עמדות הלגיון הערבי ועל המתנדבים המצריים דרומית מירושלים וכבש את עין כרם. כן הרחיב צה"ל במידה משמעותית את פרוזדור ירושלים, בדרך כלל לנוכח התנגדות קלה. בהתקרב מועד ההפוגה השנייה נערכו התקפות במאמץ לכבוש את העיר העתיקה (מבצע קדם). צה"ל תקף מכיוון הר ציון, אצ"ל ולח"י תקפו מכיוון השער החדש. ההתקפות נהדפו על ידי הכוחות הערביים.
חזית הדרום.
בבוקר 8 ביולי, טרם סיומה הרשמי של ההפוגה הראשונה, החל הצבא המצרי בהתקפה על כפר דרום. לאחר הפגזה ארטילרית נכנס כוח רגלים מצרי למקום וגילה כי היישוב ננטש באותו הלילה. הצבא המצרי פתח בהתקפה, האחרונה בשרשרת הקרבות על בית דראס, ונהדף. מרים במיוחד היו הקרבות על משלט עיבדיס שמצפון לנגבה, ואף בהם נהדפו המצרים. כן התקיף הצבא המצרי את ג'וליס, אך נהדף גם משם. נוסף לזאת המצרים ערכו את ההתקפה החזקה ביותר באותה מלחמה על נגבה. כוחות צה"ל ערכו פשיטה על הכוח המצרי שתקף את קיבוץ נגבה, וסייעו בכך להדיפתו, אולם התקפה על משטרת עיראק סואידן נכשלה. המצרים ניסו לכבוש נקודות יישוב יהודיות, תקפו את בארות יצחק ואת גלאון ונהדפו. צה"ל יצא להתקפות יזומות משלו, כמו מבצע אנ-פאר ומבצע מוות לפולש, כאשר באחרון אף השתלט על קטע מכביש מג'דל-פלוג'ה, אך הדרך לנגב נשארה חסומה.
חיל האוויר.
בחזית האווירית ערך חיל האוויר הישראלי, במהלך עשרת הימים, גיחות רבות, כולל גיחות הפצצה ממפציצים כבדים מסוג B-17 ('מבצר מעופף'), שזה עתה הובאו ארצה. חיל האוויר הישראלי הפציץ אף את בירות ערב קהיר ודמשק ואת אל עריש בתגובה להפצצות חיל האוויר המצרי מטרות אזרחיות בתל אביב שגרמו למאות הרוגים ופצועים.
בשלב זה של הלחימה החלה העליונות האווירית לנטות יותר ויותר לכיוון ישראל.
הזירה הימית.
לאחר קום המדינה הובאו עולים מאירופה וממחנות המעצר בקפריסין, ובנוסף, צורכי החימוש של צה"ל הגיעו באוניות רכש. אף אחת ממספינות הנוסעים או הרכש לא הופרעה על ידי הערבים.
מבצע שודד - בפעולה מתואמת של חבלה ימית בנמל בארי באיטליה נחסם משלוח נשק לסוריה. לאחר שהנשק נמשה והועבר לספינה אחרת היא נתפסה בלב ים והנשק הועבר לצה"ל.
כלי השיט של חיל הים ששוקמו מתוך צי הצללים של אוניות המעפילים חמושות בנשק מינימלי שהוברח ממדינה זרה לא היו יריב ראוי לצי המצרי. עם זאת הצליח חיל הים הישראלי לשמור נתיבי ים פתוחים ולמנוע פגיעה בחופי המדינה. יחידות מהצי המצרי שניסו להפגיז בנהריה, בקיסריה, בתל אביב ובאשקלון הונסו.
על אף החולשה הבסיסית נטל חיל הים חלק במתקפה והפגיז מן הים את נמל צור ומטרות בחוף עזה.
יחידת לוחמים של בסיס חיל הים בחיפה, השתתפה בקרבות כיבוש הכפרים הערביים בחוף הכרמל.
פלוגת נחיתה מחיל הים השתתפה בלחימה הקרקעית, וספגה אבדות כבדות - למעשה אלה היו כמעט כל אבדותיו של חיל הים במלחמה - בעת ניסיון שנכשל לכיבוש הכפר בית עפה, במסגרת מבצע 'מוות לפולש'.
ההפוגה השנייה.
במשך עשרת ימי הקרבות הוסיפה מועצת הביטחון של האו"ם לדרוש את חידוש ההפוגה, עד שנקטה בדרך של איום בסנקציות על הצדדים אם לא יפסיקו את האש. צה"ל לא רצה בהפסקת האש בעוד כוחותיו נמצאים בתנופת ההתקפה ובעמדת יתרון, אולם ממשלת ישראל נאלצה לציית להוראת מועצת הביטחון והערבים נחפזו לציית לה לאור מפלתם בעשרת ימי הקרבות. ב-19 ביולי נפסקו הקרבות מבלי שנקבע מועד לגמר ההפוגה. ב-26 ביולי הושלמה נסיגת הבריטים מארץ ישראל, עם פינוי מחנותיהם באזור רפיח. ימים מספר לאחר תחילת ההפוגה פתח צה"ל במבצע שוטר, שמטרתו הייתה הסרת ה'פקק', שיצרו מספר כפרים ערביים מצפון לזכרון יעקב, בכביש תל אביב-חיפה (כביש 4). בנוסף, בהפוגה זו התחוללו לא מעט קרבות בין צה"ל ל'צבא ההצלה'. לאחר שנכשל בפתיחת הדרך לנגב במבצע גי"ס, צה"ל פעל לחיזוק כוחו הצבאי ועמידותו של הנגב המנותק: במבצע אבק הוחלפה חטיבת 'הנגב' השחוקה בחטיבת 'יפתח' הרעננה יותר, והועברה לנגב כמות גדולה של אספקה. כן נוצלה ההפוגה השנייה להתארגנות חטיבות וחיילות צה"ל ואגפי המטכ"ל, ולגיוס המוני של צעירים מבין הגל הגדול של העולים שהגיעו ארצה עם פתיחת שערי הארץ. גויסו כ-30,000 איש בנוסף לכ-60,000 החיילים שהיו כבר מגויסים בתום ההפוגה הראשונה. כן הונהגו לראשונה במהלך ההפוגה דרגות צה"ל שהוענקו לקציניו ולחייליו. התארגנות משמעותית אחרת, אשר התבצעה באוגוסט, הייתה הקמת דרג ה'חזית', צפון, תיכון, מרכז ודרום, בין המטכ"ל לחטיבות.
בימי ההפוגה השנייה הגיע לישראל הרוזן ברנדוט, המתווך מטעם האו"ם. הוא הציג תוכנית, שכללה בין היתר את החזרת הפליטים הערבים ובינאום ירושלים (כלומר הפיכתה למתחם בשליטה בינלאומית מתמדת). תוכנית ברנדוט נפלה עקב דחייתה על ידי ישראל מחד וסירוב מדינות ערב לפתוח במשא ומתן ישיר לשלום מאידך. ב-2 באוגוסט 1948 הכריז שר הביטחון דוד בן-גוריון על שטח ירושלים וסביבותיה שתחת שליטת צה"ל כ"שטח מוחזק" ומינה את ד"ר דב יוסף למושל הצבאי של ירושלים. ב-17 בספטמבר 1948 נרצח ברנדוט על ידי חוליה של אנשי הלח"י. בתגובה הוציאה הממשלה את פקודת מניעת טרור, וחיסלה את קיומם הנפרד של האצ"ל והלח"י בירושלים.
ימים אחדים לאחר רצח ברנדוט התפרסם הדו"ח שהכין טרם מותו עבור מושב עצרת האו"ם שעמד להתכנס בפריז. הדו"ח הכיר, אמנם, במדינת ישראל כעובדה קיימת אך קרא למסירת הנגב לערבים, להחזרת הפליטים ולבינאום ירושלים. עצרת האו"ם, שהתכנסה בפריז, החליטה שלא לדון בינתיים בשאלת ארץ ישראל, ככל הנראה עקב רצון האמריקאים לדחות את הדיון לחודש נובמבר לאחר הבחירות לנשיאות ארצות הברית.
כיבוש הנגב והגליל.
מבצע יואב.
מהלכים קרקעיים.