בעיר התגלו אך ממצאים מעטים של ציידים מתקופת האבן. מתקופת הברונזה נמצאו באזור העיר פגיונות מצור ותכשיטי קברים מארד. על סמך גילויים אלה משערים שהאזור נשאר מיושב עד תקופת הברזל, אך לא העיר עצמה. ממצא ארכאולוגי מרובע גייסט (Geist) בעיר מצביע על הימצאות חרושת ברזל, כנראה מתרבות האלשטאט (Hallstatt) או לה-טנה (La-Tené).
תקופת הקיסרות הרומית.
על התל של הקתדרלה, שאותה ניתן לראות היום, נמצאו עקבות יישוב גרמאני מתקופת הקיסרות הרומית, אך יישוב זה ננטש עד לשנת 300 לספירה.
לפי חיבורי ההיסטוריונים טקיטוס וסטרבו השתייכו בני יישוב זה לשבט הברוקטרים הגרמאנים. הברוקטרים השתתפו בקרבות השבטים הגרמאניים נגד הכיבוש הרומי. נשר הלגיון, אותו כבשו בקרב יער טויטובורג בשנת 9 לספירה, נכבש מהם בחזרה בשנת 15 לספירה, במערכות הנקם של גרמאניקוס נגד הגרמאנים.
יישוב סקסוני.
היסטוריונים מעריכים שמאז המאה השישית שכן באזור מרכז העיר של מינסטר, יישוב סקסוני קטן בשם מימיגרנאפורד (Mimigernaford).
הסקסונים המערביים נקראו וסטפלים (westfalai). אין הוכחות מבוססות למקור השם ומשמעותו.
שם היישוב מימיגרנאפורד נשאר בשימוש עד למאה העשירית.
ימי הביניים.
שחר ימי הביניים.
בשנת 793 שלח קרל הגדול את המיסיונר הפריזי לודגר (Liudger) לייסד מנזר ביישוב מימיגרנאפורד, כחלק מתוכניתו לנצר את הסקסונים. המילה "מנזר" (בלטינית: מונאסטריום) היא כנראה המקור לשם העיר.
בשנת 805 הוכתר לודגר כהגמון מימיגרנאפורד, שמה של מינסטר דאז, וזו הוכתרה כעיר מושבם המקובל של ההגמונים. אז החלה בניית הקתדרלה.
בשנת 900 בערך החלה בעיר התיישבות של סוחרים ובניית בתי חרושת. העיר משכה גם חקלאים, דייגים בזכות שווקיה הרבים.
על רקע גידול האוכלוסייה מימנו הסוחרים את בניית כנסיית למברטוס בשנת 1040. האזכור הראשון של השם מונסטריום (Monasterium), שמה החדש של העיר, הוא משנת 1068. השגשוג הכלכלי נמשך עד שתושבי העיר גירשו את ההגמון, על רקע הסכסוך בין האפיפיור והקיסר על סמכויות אנשי הכמורה. כתוצאה מכך שרף הקיסר לותאר השלישי את העיר כליל ב-1121.
העיר נקראה אז מונסטרה (Monastera). היא נבנתה מחדש ונוסף לה השוק המרכזי, ה"פרינציפאלמארקט", מרכז העיר התוסס של ימינו.
בשנת 1170 הוענק לעיר מעמד רשמי של עיר חופשית. לאחר נפילת היינריך הארי, דוכס סקסוניה בשנת 1180, החלה תקופת הנסיכות ההגמונית בעיר, והיא חולקה למחוזות דתיים שהונהגו על ידי הגמון או על ידי נסיך-הגמון. במקרה האחרון נהנה השליט מעוצמה דתית ומדינית כאחד.
בשנת 1197 נשרפה העיר כליל, ומאז נמנעה מהסוחרים ובעלי בתי החרושת ההתיישבות באזור הקתדרלה. הסוחרים החלו להתיישב באזורה המזרחי של מינסטר - כך נקראה העיר אז, לפי מסמכים משנת 1206. העיר גדלה והפכה למרכז מקומי. חומותיה הורחבו כדי להגן על המתיישבים שלא גרו בקרבת הקתדרלה. תעלה נחפרה לפני החומה, שהייתה ברוחב עשרה מטרים והשתרעה על ארבעה קילומטרים. כדי להגן על החומה ועל עשרת שעריה נבנו שישה מגדלים. כיום ניתן לראות היכן עברה החומה לפי הטיילת התוחמת את מרכז העיר.
בברית ערי הנזה.
באמצע המאה ה-13 גובשו הסכמים לברית סחר בין ערי וסטפאליה. ההסכמים נוצרו עקב אנרכיה ששלטה אז באזור, ובאו להבטיח את הסחר בין הערים. דרך ברית זו קיבלה מינסטר מקום מרכזי באזור. ראיה לכוח השפעתם של סוחרי העיר דאז היא בנייתה מחדש של כנסיית למברטוס בשנת 1375. בשונה מכנסיות אחרות, שנבנו על ידי הדיוקסיה, כנסייה זו הייתה הראשונה שנבנתה על ידי התושבים. לא הרחק מכנסיית למברטוס בנו הסוחרים בניין עירייה מפואר, סמל לכוחם בעיר.
בשנת 1358 הוכרזה מינסטר שותפה רשמית בברית ערי ההנזה. נראה שגם קודם לכך היא הייתה חברה לא-רשמית.
לאחר מותו של ההגמון היינריך השני התקבלו שני מועמדים להחליפו, ולראם פון מרס (Walram von Moers) ואריך פון הויה (Erich von Hoya), בו תמכו רוב אנשי הכמורה בעיר. האפיפיור ניקולאס החמישי, בתמיכת הקיסר פרידריך השלישי, בחר בוולראם, אך פון הויה לא ויתר. בין הכוחות החלו קרבות. תומכי הויה סולקו מהכנסייה, אך ידם נשארה על העליונה. עם הזמן התהפך הגלגל, וכוחותיו של ולראם החלו להתקדם לאיטם. פון הויה הרגיש מחויב לצאת כנגד ועד העיר. פעולה זו גרמה לסילוק מינסטר מברית ערי ההנזה בשנת 1454. באותה שנה נפטר ולראם. ב-1457 הכריז האפיפיור קליקסטוס השלישי על זמרן-צויברוגן כהגמון, ופון הויה פרש עד סוף ימיו.
לאחר 1494 קיבלה העיר את תואר המשנה "עיר נספחת בברית ההנזה" וחשיבותה המסחרית שבה אליה. ב-1993, בחגיגות 1200 לייסוד העיר, נוספו לאבני המדרחוב של העיר, הזלצשטראסה, אבני רחוב מכל ערי ההנזה עם סמלן - סמל לחשיבות העיר בברית.
מינסטר בעת החדשה.
הרפורמציה הפרוטסטנטית.
תושבי העיר עשו מספר ניסיונות להיפטר מממשל ההגמון, ולקבל תואר של עיר חופשית. בשנים הראשונות של המאה ה-16 רק גבר הלחץ מצד התושבים, עם הקרבות בסוף ימי הביניים שלא השביעו את העיר נחת. מצד שני האמינו רבים שסוף העולם קרב, וחיפשו תשובה ונחמה בכנסייה. כאשר 95 התזות של מרטין לותר ראו אור בשנת 1517 נגד שטרי המחילה של הכנסייה, התחילה באימפריה הרומית הקדושה תנועת הרפורמציה הפרוטסטנטית. בסוף שנות העשרים של המאה ה-16 הגיעה התמיכה בתנועה לעיר מינסטר.
ב-1529 החל ברנד רוטמן, כומר צעיר, להטיף ברוח הרפורמציה. הבישוף פרידריך השלישי פון ויד מנע ממנו לשאת דרשות בכנסייה ולבסוף הופנה הטיפול בו לנסיכות ההגמונית; אך רוטמן המשיך להטיף למרות האיסור ופנה במכתבים רבים לבישוף ולוועד העיר, שירשו לו להטיף את תורתו בציבור. לאחר הפגנות ענק בעד חופש הביטוי וחופש הדת, נאלץ ועד העיר להכניס את רוטמן לוועד הגילדות של העיר.
לאחר שהתפטר מתפקידו ההגמון פרידריך השלישי, ולאחר שיורשו נפטר אחרי חודש וחצי בתפקיד, הוכתר פרנץ פון ולדק להיות הבישוף החדש של מינסטר. למרות שהגמון זה היה פתוח לדעותיו של מרטין לותר, היה עליו להישבע להילחם בתנועה עם קבלת תפקידו. בשנת 1532 הטיל פון ולדק סנקציות כלכליות על העיר, לאחר שוועד העיר נכנע לבקשת התושבים להקציב לכל כנסייה בעיר נושא דרשות רפורמי. הואיל וסנקציות אלה לא הועילו, העניק פון ולדק ב-14 בפברואר 1533 חופש דת לעיר.
ברנד רוטמן התרחק עם הזמן מהתורה הלותרנית וחתר לכיוון רדיקלי יותר. רוטמן השתייך לתורה של מלכיור הופמן, אחד ממנהיגי האנבפטיסטים. תנועה זו התנגדה למסורת הקתולית של הטבילה בילדות, והייתה ביקורתית כלפי תורת הסעודה האחרונה, דבר שהביא לריב בוועד העיר ב-7 וב-8 באוגוסט 1533. בספטמבר של אותה שנה סירב הכומר של כנסיית למברטוס להטביל ילדים, והדבר החזיר את אי-השקט לעיר. בתגובה הוציא ועד העיר צו איסור מתיחת ביקורת על טבילת ילדים ועל הסעודה האחרונה, אך מצד שני כתב באותו צו את האותיות VDMIE (ראשי תיבות של Verbum Domini Manet In Eternum, "מילת האדון תישאר לעד" - משפט לותרני מובהק). בזאת הביע הוועד את השתייכותו לתנועה הרפורמיסטית ואת סלידתו מהכנסייה הקתולית, אך את תנועת האנבפטיסטים לא ניתן היה לעצור. בתחילת שנת 1534 התפשטה תורתה בעיר.
האנבפטיסטים.
ב-1534 החלה תקופה עקובה מדם של שלטון האנבפטיסטים בעיר. תנועה רפורמית זו דגלה בעקרון טבילת מבוגרים, מתוך ראיית טבילת תינוקות כפסולה וחסרת משמעות. רוב האנבפטיסטים נשארו בתחומי ההאימפריה הרומית הקדושה וחיו באמונתם בשלווה. גם אחרי שידעו דיכוי מצד ממסד הכנסייה הקתולית נותרו הללו ברובם שומרי חוק. ואולם "הטבולים שנית" הפלמים שהגיעו למינסטר מאזור פלנדריה באו מזרם קיצוני שהאמין בתורתו של מלכיור הופמן (Melchior Hofmann), שהטיף לאחרית הימים ולבניית ירושלים החדשה. בהגיעם לעיר התקבלו "הטבולים שנית" באהדה רבה על ידי רוב תושבי מינסטר המשתייכים לזרם הלותראני, שסלדו משלטון הכנסייה הקתולית. ניסיונו של ההגמון לגרש את המטיפים מהעיר כשל, והוא עצמו נאלץ לעזוב את העיר. ההגמון, פרנץ פון ולדק, כיתר וביצר את העיר והדף את מתקפת הנגד של "הטבולים שנית". לאחר ניצחון האנבפטיסטים בבחירות לוועד העיר בסופו של דבר ועלייתם לשלטון בעיר הם ארגנו שריפת ספרים והשחיתו פסלים ותמונות של קדושים נוצרים. הם ביטלו את הכסף, התירו פוליגמיה ומי שסירב להיטבל, סולק מן העיר - או הוטבל בכוח. האנבפטיסטים ביטלו אמנם את נוהג עינוי הנידונים לפני הוצאתם להורג, אך רבים הוצאו להורג תחת שלטונם.
יאן מאתיס (Jan Matthys), שליט מינסטר ומנהיג "הטבולים שנית", אופה לשעבר, ניבא את אחרית הימים בפסחא של 1534; כשהעולם לא חרב כפי שניבא, הוביל "הנביא" מאתיס מתקפה כנגד כוחות מגיני העיר - ונהרג בה.
את מקומו ירש יאן ואן ליידן (Jan van Leiden), שהתהדר בתואר מלך והכריז על מינסטר כ"מלכות ציון". עדויות מהתקופה מספרות כי מחמת מצוקת הרעב בעת המצור התושבים גירדו את אבן הגיר מהבניינים, ערבבו את הגרד במים ושתו זאת כחלב. למרות הרעב המחמיר בעיר המבוצרת, לא הצליחו הצרים לפרוץ אליה. ב-24 ביוני 1535 כבש צבא ההגמון את העיר, רק לאחר שנגר עם כמה משרתים פתחו אחד משעריה. "הטבולים שנית" עונו ונענשו על ידי הכובשים, כשגופות מנהיגי האנבפטיסטים נתלו בסלסילות ברזל על מגדל הפעמונים של כנסיית למברטוס בעיר, למען "יראו וייראו" (הסלסילות המקוריות תלויות שם עד היום).
תוצאות תקופת האנבפטיסטים.