משראה אשכול כי נראה שמרכז המפלגה יחליט על חידוש החקירה, נקט בצעד דרמטי וב-14 בדצמבר 1964 הודיע על התפטרותו מתפקיד ראש הממשלה, שכן אינו חופשי להחליט כרצונו בעניין ממלכתי, הוא הקמת ועדת חקירה משפטית. ההתפטרות טרפה את קלפיו של בן-גוריון. עתה סירב בן-גוריון להופיע בפני מרכז המפלגה שכן "לא אשחית דבריי על אוזן לא שומעת". שרי מפא"י הבינו כי הם נדרשים לבחור בין עמדתו של בן-גוריון, שהיא בבחינת "יקוב הדין את ההר", לבין עמדתו של אשכול. רובם בחרו באשכול. לאחר הפצרות השרים, ולאחר שנשיא המדינה הטיל על אשכול להרכיב ממשלה, שב אשכול והרכיב את הממשלה, בהרכבה הקודם, בתוך שבוע ימים לאחר התפטרותו.
הרכב הממשלה.
הממשלה מנתה עם כינונה 15 שרים, והייתה בהרכב זהה לממשלת ישראל העשירית, למעט עזיבת ראש הממשלה, דוד בן-גוריון וחזרת זלמן ארן. במהלך כהונת הממשלה עלה מספר השרים ל-16 עם מינויו של עקיבא גוברין לשר.
ארכאולוגיה של ארץ ישראל
ארכאולוגיה של ארץ ישראל הוא תחום מיוחד ומתמחה במדע הארכאולוגיה המתמקד בחקר, ניתוח ותיעוד של ממצאים ומידע הנאסף בחפירות ארכאולוגיות באזור הידוע כארץ ישראל או ארץ הקודש במטרה להבין את מקורות התרבויות והחברות האנושיות שהתקיימו באזור זה בעת העתיקה. ארכאולוגיה של ארץ ישראל מסייעת בהעמקת המחקרים העוסקים בתולדות ארץ ישראל, תולדות עם ישראל אך גם בהבנת שורשי הנצרות.
העניין הרב שעוררה ארץ ישראל כערש התרבות היהודית-נוצרית הביא חוקרים וחופרים, מחלוצי מדע הארכאולוגיה לערוך חפירות באתרים היסטוריים- תנ"כיים בארץ ישראל ותוך כדי כך לגבש את יסודות המחקר ולהניח את היסודות לארכאולוגיה המודרנית. עד לסוף המאה ה-20 נערכו בארץ ישראל מאות חפירות יזומות ואלפי חפירות הצלה והיא האזור הגאוגרפי הנחקר ביותר בעולם.
הגדרות.
ארכאולוגיה של ארץ ישראל מקיפה את תחום הזמן של הפעילות האנושית בארץ ישראל החל מהפרהיסטוריה ועד לסוף ימי הביניים ותחילת עת החדשה, מעצם הגדרה זו מדובר בתחום מחקר כללי המתפצל לתחומי משנה מתמחים על פי תקופות מצומצמות יותר. תחום המשנה העיקרי היא ארכאולוגיה מקראית המתמקדת בתקופות המקבילות לסיפור המקראי: תקופת האבות, כיבוש הארץ והתנחלות השבטים, והממלכה המאוחדת של שאול, דוד ושלמה כדי לשחזר את תולדות עם ישראל והעמים השכנים ביתר דיוק ובמקביל למחקר ביקורת המקרא.
גאוגרפיה.
ארץ ישראל מוגדרת מבחינה גאוגרפית כדרומו של הלבנט, רצועה יבשתית המשתרעת מצפון לדרום לחופו המזרחי של הים התיכון, ברוחב ממוצע של כ-200 ק"מ, ובאורך של כ-667 ק"מ, ומקיף את שטחה של מדינת ישראל, החלק המערבי של ירדן וחלקים מלבנון וסוריה. בפי נוצרים ויהודים מקובל לכנות את ארץ ישראל "ארץ הקודש". כינוי זה קיים כמעט בכל השפות שבהן מדברים נוצרים או יהודים בהתייחס לארץ ישראל.
בהתאם למקום, לזמן ולאקלים הפוליטי-דתי, יש שימנעו משימוש בשם "ארכאולוגיה של ארץ ישראל" ויעדיפו במקום זה שמות חופפים יותר ופחות כגון: ארכאולוגיה של המזרח הקרוב הקדום, ארכאולוגיה של ארץ הקודש, ארכאולוגיה של המרחב הסורי-פלסטיני וכדומה.
היסטוריה של המחקר.
הקשר הרגשי-דתי העמוק של יהודים, נוצרים ומוסלמים לארץ הקודש שמבוסס על הטקסט התנכ"י היה המניע המרכזי לחקר עתיקות ארץ ישראל. עוד בימי קדם נערכו פעולות ראויות לציון, לחשוף ולשמר אתרים בעלי חשיבות. במאה הרביעית יזמה פלוויה יוליה הלנה, אימו של קונסטנטינוס הראשון חפירות בירושלים ובית לחם במטרה לחשוף ממצאים הקשורים לחיו ומותו של ישו, מגמה זו התחזקה בתקופה הצלבנית כאשר אנשי דת נוצרים ואצילים אירופאים חיפשו וזיהו - לעיתים קרובות באופן מוטעה - אתרים מהתנ"ך והברית החדשה בכל רחבי ארץ ישראל.
עידן הנוסעים-חוקרים.
המחקר של ארץ ישראל החל לקרום עור וגידים כאשר אנשי רוח תרו בארץ הקודש ופרסמו ספרי מחקר על טיוליהם. בין הידועים והחשובים בספרים אלו הוא כפתור ופרח, חיבור הלכתי של רבי אשתורי הפרחי שחובר במאה ה-14, בניגוד לנוסעים אחרים שביקרו בארץ ישראל בימי הביניים, אשר תיארו בעיקר את האתרים המיושבים ביהודים ומצויים על "דרך המלך", שוטט ר' אשתורי גם במקומות נידחים, ומכאן חשיבותו המיוחדת כראשון חוקרי ארץ ישראל. הוא מברר את גבולותיה ההיסטוריים של ארץ-ישראל, חלוקתה לשבטים, הטופוגרפיה של ירושלים, במהלך מסעו זיהה 180 מקומות ששמותיהם מוזכרים במקרא במשנה ובתלמוד.
חוקר אחר היה פליקס פברי, נזיר דומיניקני, צליין וכותב ספרי מסעות. עלה לרגל לירושלים פעמיים. פעם ראשונה בשנת 1480 ופעם שנייה בין השנים 1483–1484. פרסם שני ספרי מסעות, האחד הוא דוח קצר יחסית, בגרמנית, של ביקורו הראשון, והשני ספר ארוך ומפורט בלטינית. ספר זה הוא אחד ממדריכי הצליינים המפורטים והמדויקים ביותר שיצאו באותה התקופה.
תקופת האימפריה העות'מאנית.
תחילת המחקר.
קפיצת הדרך הבאה אירעה במהלך התקופה העות'מאנית עם פתיחת האימפריה להשפעות אירופאיות והתגברות זרם המבקרים בארץ הקודש ששאב עידוד מעידן הנאורות, תנועה אינטלקטואלית באירופה, ששמה לעצמה למטרה לבסס מוסר, אסתטיקה וידע הנשענים על רציונליות והנחת יסוד לוגוצנטרית. עם זאת ההתחלה של המחקר הארכאולוגי הייתה בעייתית וחלק מהחופרים חיפשו אוצרות ועושר אישי בעוד האחרים נאבקו בהיעדר כל שיטות מחקר וגרמו נזק לאתרי החפירה.
הסטר לוסי סטנהופ, אשת חברה בריטית, חפרה בשנת 1815 באשקלון במטרה למצוא אוצר. היא הייתה האדם הראשון שנעץ את חפירה באדמת ארץ ישראל כדי לחשוף עתיקות. כאתר החפירה נבחר השטח הסמוך למסגד. החפירה העלתה שרידי עמודים וכותרות וחרסים רבים, להם התייחסה הליידי בביטול. גולת הכותרת של ממצאי החפירה היה פסל שיש גדול, חסר ראש, של גבר עטוי שריון מן התקופה הרומית שנותץ על ידי הסטר. אף על פי שמעין חפירה הייתה כאן, אין היא נחשבת בתולדות הארכאולוגיה של ארץ ישראל ליותר מקוריוז.
לואי פליסיאן דֶה-סוֹסִי היה ארכאולוג צרפתי בן המאה ה-19 הידוע בזכות חפירותיו באתרים שונים בירושלים, לרבות קברי המלכים, סקר ראשון של מצדה ושירטט מפה של מצדה והמחנות הרומים הסמוכים. דה סוסי ניסה את כוחו במציאת לוחות הברית בהר נבו, וסקר את שרידי ארמון משפחת בני טוביה בעראק אל-אמיר בירדן. עושר הפרטים המופיעים בספרו הותיר ספקנות רבה בלב הקוראים, שסירבו להאמין לממצאיו, עד כדי כך שהצלם אוגוסט זלצמן בילה שישה חודשים בארץ ישראל על מנת לצלם את השרידים שתיאר דה סוסי. היה זה יישום חדיש לזמנו של אמנות הצילום לצרכים ארכאולוגיים.
אדוארד רובינסון, מחשובי חוקרי ארץ ישראל במאה ה-19 בשנים 1838 ו-1852 יצא לשני מסעות מחקר ממושכים בארץ ישראל, בניסיון לאתר ולזהות אתרים מקראיים. רובינסון חשף את מסתריה של נקבת השילוח הקדומה בעיר דוד, וקדם בכך לצ'ארלס וורן. בשנת 1838 גילה את קשת רובינסון, הקרויה על שמו. במסעו הראשון, בסיור בנגב בשנת 1838, גילה את חשיבותה הארכאולוגית של באר אברהם בבאר שבע. הוא המשיך דרומה והגיע עד חורבות ניצנה, אותן זיהה בטעות כעבדת העתיקה. אף שטעה בזיהויו הותיר רובינסון תיאור מפורט וראשוני של עתיקות ניצנה על כל חלקיה, כולל האקרופוליס ועליו מצודה ושתי כנסיות עתיקות. רובינסון זיהה מקומות רבים בארץ ישראל, המוזכרים בתנ"ך ובברית החדשה, ביניהם גם כפרים ערבים שהוקמו על חורבות יישובים ישראלים קדומים.
בחסות הקרן לחקר ארץ ישראל.
ב-12 במאי 1865 התכנסה קבוצה של אנשי האקדמיה והכנסייה בחדר "ירושלים" שבאוניברסיטת אוקספורד, והחליטו להקים את הקרן לחקר ארץ ישראל. מושב היסוד התקיים ב-22 ביוני של אותה שנה, והוכרזו מטרות הקרן: חקירת ארץ־ישראל מדעית מעמיקה של ארץ ישראל ובעיקר חקירה היסטורית וארכאולוגית. גולת הכותרת של פעילות הקרן הייתה מפעל המיפוי הגדול שלה, בה מופתה כל ארץ ישראל שממערב לנהר הירדן, מנהר הליטני שבצפון ועד נחל באר שבע שבדרום.
המשלחת הראשונה
צ'ארלס וילסון שהיה מחלוצי מחקר ארץ ישראל המודרני ומראשי הקרן לחקר ארץ ישראל. יצא באוקטובר 1864, לירושלים בראש הצוות ההנדסי הבריטי לצורך מיפוי העיר ירושלים. משימה זו הושלמה ב-1865, כאשר הוציא לאור את המפה המודרנית הראשונה של העיר, אשר הצטיינה בדיוקה הרב. במהלך המיפוי התחיל וילסון לעסוק בחפירות ארכאולוגיות. הוא היה הראשון לרשום ולתעד באופן מדעי ומדויק ממצאים סביב להר הבית. ב-22 בנובמבר 1865 יצא וילסון למשימתו השנייה במסגרת הקרן לחקר ארץ ישראל מטרת המשימה הייתה למפות את האזור שממזרח להר הלבנון. הסקר כלל התחקות הידרוגרפית אחר מקורותיו של הנהר הירדן וחפירות ארכאולוגיות באתרים הקשורים לנצרות, כגון בכפר נחום.
המשלחת השניה
בפברואר 1867, נשלח צ'ארלס וורן לארץ ישראל על ידי הקרן הבריטית לחקר ארץ־ישראל לחקור את ארץ ישראל וירושלים. בעיר דוד, וורן גילה פיר המתחבר לנקבת חזקיהו, הנקרא על שמו פיר וורן. ממצאיו שבסביבות הר הבית כללו את שער וורן ואת 'אולם החשמונאים' השייכים למתחם מנהרות הכותל, ומיפוי בורות המים אשר בהר הבית. ממצאיו פורסמו באיחור רב, כאשר פורסם סקר ארץ-ישראל המערבית ב-1884, ובו כרך שנכתב בשיתוף על ידי וורן וקלוד קונדר, המסכם את מחקריו של וורן בירושלים, יחד עם מחקריו של צ'ארלס וילסון שקדם לו בשנתיים, וחוקרים שונים שבאו לאחריו.
פלינדרס פיטרי.