בשנות ה-50 היה אורך הרציף בנמל כ-900 מטר והוא כלל 8 מקומות עגינה. למרות שטחו הקטן הצליח הנמל להגדיל את תפוקתו בשנים 1950–1957 ולהקטין את משך השהות הממוצעת של אונייה בנמל מ-7.1 ימים ל-4.5 ימים.
נמל ראשי לארץ ישראל.
בימי המנדט הבריטי שימש הנמל למעצר וגירוש מעפילים שהגיעו לארץ ישראל בהעפלה הבלתי לגאלית. רציף הנמל כונה "רציף הדמעות", בו הוחזקו המעפילים טרם גירושם למאוריציוס או לקפריסין. ביום הקמת מדינת ישראל היה הנמל רקע לאירוע ההיסטורי, כאשר ב-14 במאי 1948, עלה אלן קנינגהם, הנציב העליון הבריטי האחרון, על אוניית הצי וציין את סופו של המנדט הבריטי בארץ ישראל, עם הורדת הדגל הבריטי מבנין המנהלה של הנמל. ב-30 ביוני 1948 נמסר הנמל באופן רשמי לידי עיריית חיפה ודגל ישראל הונף בטקס שסימל את עזיבתו הסופית של הצבא הבריטי את פלשתינה-א"י.
לאחר מלחמת העצמאות שימש נמל חיפה בימי העלייה ההמונית וגם לאחריה, כשער למאות אלפי עולים שהגיעו לישראל דרך הים מכל קצוות העולם. באותן שנים הנמל הופעל על ידי חברה פרטית בשם "שנ"מ - שירותי נמל מאוחדים". ונמל הקישון הסמוך, הופעל על ידי חברת "שירותי נמל הקישון" בה החזיקה בשותפות חברת "גב-ים" ו"שירותי נמל מאוחדים". בתחילת 1967 סירב חיים לסקוב, מנהל רשות הנמלים שנמל חיפה לא נכלל בתחום אחריותה (אלא רק נמל אשדוד), לממן העלאות שכר שהבטיחה חברת "שירותי נמל מאוחדים" לעובדיה, עד שנכנע בלחץ שרי הממשלה. לבסוף בשנת 1968, החליטה הממשלה לחייב את חברת "שירותי נמל מאוחדים" למכור את החזקותיה לרשות הנמלים (כולל נמל הקישון שחדל לפעול כנמל עצמאי). כך שכל נמלי הים של ישראל מאז היו בניהול רשות הנמלים.
נמל חיפה גם זכה לארח את הנשיא המצרי אנואר סאדאת, שהגיע עם היאכטה הנשיאותית שלו לביקור בישראל, זמן קצר לאחר חתימת הסכם השלום בין ישראל למצרים. ברגעים של מלחמה, התמיד נמל חיפה לפעול מסביב לשעון, כדי לאפשר פריקה של מוצרים חיוניים ואמצעי לחימה.
בשנות ה-2000.
ב-30 באוגוסט 2007, בקרבת הנמל התנגשה אוניית הנוסעים סלמיס גלורי ב"שלי", אוניית משא קטנה בבעלות ישראלית ובעלת צוות זר, שהובילה גבס. אוניית המשא טבעה, שניים מאנשי צוותה נספו ואחד עשר הנותרים ניצלו על ידי צוות אוניית הנוסעים וספינות חיל הים.
בשנת 2005, החל נמל חיפה לפעול כגוף עצמאי, במסגרת רפורמת הנמלים, במסגרתה בוצעה הפרדה של רשות הספנות והנמלים לארבע חברות ממשלתיות. חברת נמל חיפה, חברת נמל אשדוד וחברת נמל אילת הן חברות הפעלה, החוכרות את הנמלים ומבצעות את הפעילות הנמלית (חברת נמל אילת הופרטה בשנת 2013) וכן חברת נמלי ישראל, שהיא בעלת הנכסים בכל הנמלים והיא אחראית לפיתוח והתחזוקה של הנמלים.
ב-25 באוקטובר 2010, נחנך חלק חדש בנמל - "מסוף כרמל". מיזם הקמתו של שטח זה, אשר בעצמו אף כונה "נמל הכרמל", כלל את בנייתו של אזור מכולות מודרני, בניית קומפלקס שערים חדיש, הכנסת מערכת מחשוב חדשה לניהול מסוף המכולות והקמת רציף נוסף, הגדול ביותר בנמל. אורכו של הרציף החדש עומד על כ-850 מטרים ורוחבו כ-370 מטרים. יש בו שישה עגורני גשר ו-12 עגורני-שער חשמליים. פתיחת המסוף עתידה להכפיל את היקפי שינוע המכולות בנמל חיפה ולאפשר את הגעתן לנמל של אוניות גדולות יותר. חברת נמלי ישראל החלה בפרויקט הקמת המסוף החדש בשנת 2005 באמצעות קבלנים שונים, כשהקבלן הראשי הייתה חברת "ארנסון" הישראלית והועסקו בו חברות מובילות בתחום ההנדסה הימית מכל העולם. עלותו עמדה על מיליארד ו-800 מיליון ש"ח. בעתיד מתוכננים רציפי הנמל להתרחב בעוד כמה מאות מטרים, עד לשטח נמל הקישון.
בעקבות אירועי מלחמת האזרחים בסוריה וחסימת הצירים מנמלי סוריה ולבנון אל ירדן, הועבר חלק מהיבוא של ירדן ומדינות המפרץ הפרסי דרך נמל חיפה ומשם תובלה יבשתית דרך מעבר נהר הירדן.
נמל המפרץ.
בשנת 2015, זכתה חברת הנמלים הסינית "שנגחאי נמלים בינלאומיים" (SIPG - Shanghai International Port Group) במכרז להפעלת נמל המפרץ החדש שייבנה בחיפה לתקופה של 25 שנה.
ב-1 בספטמבר 2021, לאחר 15 שנים של תכנון ובנייה, נחנך נמל המפרץ בחיפה לפעילות טעינה ופריקה של אוניות מכולות. הנמל, הוא אחד ממיזמי התשתית הגדולים שהוקמו בישראל, והושקעו בו למעלה מ-5.5 מיליארד שקל בתשתית ובציוד הפעלה. הנמל משתרע על שטח של כ-840 דונם בתוך הים, והוא נפתח לפעילות לאחר שש שנות הקמה. פתיחת הרציפים החדשים, שאורכם כ-800 מטרים ובעומק של כ-17.3 מטר מתחת לפני הים, מאפשרת לראשונה לאוניות ענק, באורך של 400 מטר וברוחב של 62 מטר, אשר נושאות 18 אלף מכולות ויותר, לעגון בישראל ולקצר את משך הפריקה והטעינה שלהן. ההערכה היא כי פתיחת נמל המפרץ אמורה להביא לגידול של 1.5 מיליארד שקל בתוצר של חיפה, וליצירה של 5,800 משרות בעיר, בנוסף לתרומה הכלכלית למשק בכלל, וליצירה של אלפי משרות באופן עקיף. בהמשך, יפתח גם נמל הדרום, מה שיוביל לתחרות, לשיפור ולייעול השירות בענף הנמלים בישראל.
הפרטת הנמל.
ב-5 ביולי 2018, הושג סיכום עקרוני בין הממשלה וההסתדרות על הפרטת הנמל. לפי הסיכום יימכר הזיכיון להפעלת הנמל לידי משקיע אסטרטגי למשך 34 שנים. מחלקת ים תופרד מהנמל, תהפוך לחברה בת חדשה של חנ"י, ותיתן שירות גם לנמל החדש. ב-21 בינואר 2020 החליטה ועדת השרים לענייני הפרטה להפריט את כל אחזקות המדינה בחברת נמל חיפה.
ב-14 ביולי 2022 זכתה במכרז להפעלת הנמל השותפות שכוללת את גדות מסופים לכימיקלים (30%) וחברת אדאני ההודית (70%).
אירועים תרבותיים בנמל.
במהלך השנים נערכו מספר אירועים תרבותיים בנמל, בין היתר:
פרויקט חזית הים העירונית.
ביולי 2012 אישרה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה את תוכנית "חזית הים העירונית של חיפה". תוכנית שבמסגרתה יהפוך חלקו המערבי של נמל חיפה לנמל נוסעים בלבד ולצדו יפותח אזור שיכלול בתי קפה, מסעדות, מסחר ומגורים. ביולי 2017 חשף המקומון "כלבו" כי אף על פי שעברו 5 שנים מיום אישורה, היא טרם אושרה על ידי הממשלה. מינהל התכנון, שנמצא באחריותו של שר האוצר משה כחלון המתגורר בחיפה, לא דאג לאישורה של התוכנית, ובכך עיכב את מועדי מימושה מכיוון שבהוראותיה נקבע כי שלושה מתחמים במערב הנמל יפונו תוך חמש שנים מיום אישור התוכנית. לבסוף אישרה הממשלה את התוכנית. ב-2021 בוצעו מודלים פיזיקליים במכון הישראלי לחקר הנדסה ימית בטכניון, המדמה את שטח מפרץ חיפה בקנה מידה של 1:120. מודלים אלה מאפשרים לדמות את תנועת כלי השיט שמיועדות לעגון בשטח נמל הקישון במקום בשטחי העגינה והפריקה שלהם כיום. במאי 2022 חתמו רשות מינהל מקרקעי ישראל, חברת נמלי ישראל ונמל חיפה על הסכם לקידום התוכנית. על פי ההסכם יועברו לרשות מינהל מקרקעי ישראל שטחים למגורים, וחברת נמלי ישראל תקבל שטחים נוספים לאחסנה ולוגיסטיקה.
יעילות.
על פי סקר השוואתי של יעילות נמלים במדינות הOECD תופס נמל חיפה את המקום הרביעי מתוך 40 נמלים שנדגמו בטיפול במכולות ובמקום 33 מתוך 40 בטיפול בגרעינים.
לעומת זאת, המדינה טענה בבג"ץ ליעילות נמוכה של נמלי אשדוד וחיפה, בין השאר לזמני המתנה ארוכים לפריקה ופריקה של 25 מכולות לשעת צוות לעומת קצב של 30–40 מכולות לשעת צוות בנמלים אחרים בעולם. השוואה אחרת, שהתבססה על הוצאות אל מול היקף פעילות טענה ליעילות נמוכה של נמל חיפה.
מסופים ורציפים.
מסוף הכרמל.
מסוף הכרמל, מסוף המכולות הגדול בישראל, נחנך בסוף 2010 ונכנס לפעילות מלאה באמצע 2011. המסוף בעל פוטנציאל שינוע של מיליון TEU (-מכולות) בשנה. עומק המים במסוף הוא 15.5 מטרים ואורכו 700 מטר. במסוף שמונה עגורני גשר (SPP) בעלי יכולת הרמה של שתי מכולות במשקל 35 טון בו-זמנית, וניתן לטפל באמצעותם באוניות מכולה ברוחב של עד 18 מכולות. אורך המסוף מאפשר פריקה/טעינה במקביל של 2 אוניות מכולה מודרניות וגדולות בעלות קיבולת הובלה של 8,000-10,000 TEU. עורף המסוף כולל 5,000 תאים לאחסון מכולות בגובה 5 מכולות לכל תא – כלומר סה"כ מקום ל-25,000 מכולות שמטופלות בלא פחות מ-12 עגורני שער. במסוף הכרמל ערוגת אחסון מכולות חומ"ס (-חומרים מסוכנים), לכוללת משטח אחסון מבטון ומערכת ניקוז מותאמת לאחסון חומ"ס הכוללת מערכת רגשים להתרעה ולזיהוי דליפות חומ"ס. במסגרת תקציב ההשקעות לשנת 2012 אישר דירקטוריון החברה רכישה של עגורן גשר נוסף, שביעי במספר, למסוף הכרמל.
כחלק מהיערכות נמל חיפה לתחרות עם נמל המפרץ החדש ולקראת ההפרטה, באוגוסט 2021, החל תהליך הגבהת 4 מנופי גשר, כך שבסיומו יהיו במסוף הכרמל 6 עגורנים שמתאימים לשינוע מכולה ענקיות שלרוחבן מוצבות 21 שורות של מכולות שנושאות על סיפונן עד 16,000 מכולות. המנוף הראשון שהוגבה הוא מנוף גשר G21, מתוצרת חברת Kocks הגרמנית.
המסוף המזרחי.
מסוף המכולות המזרחי נבנה בעלות של מאה מיליון דולר, על שטח ים של 300 דונם שיובש, והוא נחנך בשנת 1986. אורכם של הרציפים במסוף הוא 660 מטר. המסוף מותאם לאחסון מכולות רגילות, חריגות, מכולות קירור ומכולות חומ"ס ומסוגל לשמש 3 אוניות בגודל של 5,000 TEU במקביל, או ארבע אוניות קטנות יותר. עומק המים ברציף נע בין 11.5 מטר בחלקו הדרומי ל-13.5 מטר בחלקו הצפוני. לאורך קו המים ברציף פרושים עשרה מנופי גשר מסוג "פנמקס" ו"פוסט פמנקס". בשנים 2013–2014 בוצע שיקום נרחב, בשלושה שלבים, של המסוף המזרחי.
הרציף המערבי.