בעבודת הדוקטורט שלה, אלקיים המחישה את התפשטות יצירתו של המשורר רבי ישראל נג'ארה, ענק הרוח של השירה העברית במאות השש עשרה והשבע עשרה, במגוון גדול של סביבות גאוגרפיות, תרבותיות ולשוניות. היא הדגישה את ייחודו, והציעה את קבלת המזמור ככיוון חדש בחקר המיסטיקה היהודית. שופטי הדוקטורט כתבו כי זו "עבודה מרתקת ומאלפת", "עבודת דוקטור יצירתית, מורכבת וייחודית שאינה צועדת בתלם השמרני של המחקר האקדמי היום".
חיבור התיזה של אלקיים המוסמכת בייעוץ חינוכי זכה לציון הצטיינות יתרה מאוניברסיטת ליברפול בבריטניה. בחיבורה מפתחת אלקיים מודל לייעוץ קוגניטיבי-התנהגותי (CBT) בקריאה ובודקת האם אפשר להאריך באמצעותו את משך הקשב והריכוז אצל תלמידים שאובחנו בבעיות קשב וריכוז (ADHD). המודל שהיא בנתה כולל יישום מקורי לטיפול בהסחות דעת על פי עקרונות הגישה הקוגניטיבית וטיפול להארכת משך הקשב בקריאה על פי הגישה ההתנהגותית. מחקרה משלב שני תחומים חיוניים לצמיחה וללמידה: קשב וקריאה. במבוא היא מתארת את ניסיונה המקצועי בשירות הפסיכולוגי ייעוצי ירושלים, שהוביל אותה למחקר, וסוקרת את ספרות המחקר מתחום הפסיכולוגיה הקוגניטיבית וההתנהגותית, האוריינות והקריאה, הקשב והריכוז וליקויי הקשב בקריאה. הפרק השני מתאר את שיטת המחקר המשולב, מחקר כמותני, מבחינת אוכלוסיית 130 ניסיונות הקריאה, ומחקר איכותי בבקשו לתאר ולהבין את התהליך שעבר על הנבדקים. הפרק השלישי מציג את הממצאים בדבר הקשר החיובי בין הטיפול הקוגניטיבי-התנהגותי בקריאה לבין שיפור הקשב והריכוז של קבוצת הניסוי ומתאר את התהליך מנקודת מבטם של הנבדקים ובית הספר: נמצא שההתערבות המוצעת יעילה. חל שיפור בפרמטרים של קשב וקריאה אצל קבוצת הניסוי. הטיפול השפיע לטובה על המוטיבציה האקדמית ועל היחסים הבינאישיים בכיתה, בבית ובעבודה. קבוצת הניסוי עלתה לכיתה י"ב ואצל 60% מתוכה חל שיפור ניכר. הם ניגשו לבחינות הבגרות והגמר. תלמיד אחד אף סיים בהצטיינות את לימודיו. עוצמת השיפור בקרב קבוצת הביקורת הייתה שונה. קבוצת הביקורת נשרה או סולקה מבית הספר בגין התנהגות עבריינית ואלימה וחוסר מוטיבציה אקדמית. הפרק הרביעי דן בממצאים ובפרק החמישי סוכמו מסקנות המחקר ומשמעותו לייעוץ החינוכי וליישום לקובעי מדיניות תוך פירוט מגבלותיו כמחקר חלוץ בגלל אופיו הטיפולי, האורייני והאתנוגרפי.
בתחילת שנות השמונים עברה אלקיים לירושלים ופתחה חוג ספרותי ברחביה בבית של מרים ודוב איתן.
החל משנות השמונים אלקיים נבחרה להופיע בפסטיבלי המשוררים הבינלאומיים ONE WORLD POETRY באמסטרדם בשנת 1983, ב-POETRY INTERNATIONAL ברוטרדם בשנים 1984, 1985, 1986, ובקונגרס הסופרים הבינלאומי בבלגרד ב-1985 כ-Keynote Speaker. הרצאתה - "WRITING: A DIALOGUE WITH THE WORLD The public and the Secret Language of Literature" - פתחה את הקונגרס בשנת 1985, ותורגמה למגוון שפות, ביניהן סינית, רוסית, רומנית, ערבית, צרפתית, ספרדית, סרבית ועברית.
בשנות השמונים התפרסמו מספר ספרי שירה פרי עטה, בהם "ניצת הלימון" שיצא בספרית פיוט לשירה עברית, בהוצאת איכות, בסדרה אחת עם הספר "אור פרא" של יונה וולך ועם הספר "מוזיקה אחרת" של גבריאלה אלישע. ועוד, מתוך שירת הארכיטקט, שמבשר שירה אמונית עברית חדשה, וספר הילדים "כשהנחש והעכבר נפגשו לראשונה", שלאחר עשור נכנס לתוכנית הלימודים התשנ"ד בחינוך לשלום.
בשנת 2007 פרסמה משפחתו של החייל השבוי גלעד שליט ספר בשם "כשהכריש והדג נפגשו לראשונה", על פי טקסט שהביאה להם רותי שחף, מורתו של שליט שהיה תלמידה בכיתה ה', ושעיקרו תרגיל שביצע התלמיד על ספרה של המשוררת, שאותו למד בכיתה. אלקיים הודיעה לציבור, דרך מאמריה באתר התקשורת החופשית בישראל "MYSAY" (אתר התוכן מיסיי), בראיונות ברדיו ובטלוויזיה, ובמכתב לאקו"ם, כי היצירה כשהכריש והדג נפגשו לראשונה שייכת לה, ושפרסום יצירתה תחת שמו של החייל החטוף הוא מעשה פלגיאט המפר את זכויות היוצרים שלה בישראל ומחוצה לה.
בשנות התשעים ערכה אלקיים את ספריית תרמיל המיועדת לחיילים, ואת "מועצת חיילים כותבים" שפעלה בביתה בירושלים. היא ערכה את "המאסף ירושלים", ביטאון אגודת הסופרים בירושלים, את "הבימה למשוררת" של אגודת הסופרים העבריים, וכן את פסטיבל המשוררות הראשון בירושלים, ושירתה נבחרה לייצג את ישראל בפרויקט מחקר של ספרות השוואתית, שמקיף ספרות מודרנית לא-מערבית, ושראה אור במהדורה לאוניברסיטאות של הספרModern Literatures of the Non-Western World: Where the "Waters are Born", בהוצאת Harper Collins College Publication, New York, 1995.
בשנים 2010 פורסמה אלקיים מספר מסות קצרות פרי עטה באתר מיסיי (MYSAY). המסות "ההולילנד של הספרות", "בין פואטיקה לנרטיב", "מירי בן שמחון רצתה להשתגע", ו"כשדרור וצפור רבת יופי נפגשו לראשונה" זכו לכניסות מרובות במיוחד.
סגנונה.
אלקיים מוגדרת על ידי פילוסוף האסתטיקה פרופ' עדי צמח כ"משוררת הדור שאחרי רביקוביץ". חוקר התרבות הישראלית פרופ' סמי שלום שטרית אמר בסוף המאה העשרים ששלי אלקיים היא משוררת "מופלאה. המבשרת את הדור החדש".
חוקר הספרות ההשוואתית פרופ' עמיאל אלקלעי כתב בסוף המאה העשרים שאלקיים מכשירה בתוך הספרות העברית החדשה "תחומים אדירים - הגותיים ולשוניים - להבעה ולביטוי של נשים."
מאמריה.
חינוך מיני מקדם בריאות: ההיבט הנשי, קשר עין ירחון ארגון המורים העל-יסודיים, גיליון 111, ספטמבר 2001. עמ' 21–22.
בפרק הראשון של המאמר אלקיים סוקרת את השיח המיני המצוי. בפרק השני היא מתארת את המצוקה הנפשית, החברתית והמינית של הנוער בישראל ואת ההיבט הנשי ביחס לחינוך המיני. בפרק השלישי והרביעי היא מציעה גישה הוליסטית, מדעית ורוחנית ובפרק החמישי היא מסכמת את היישומים האפשריים של חינוך מיני מקדם בריאות ומציעה השלכות וכיווני עבודה בעבודת הייעוץ החינוכי הנובעים מן הגישה של הימנעות מקיום יחסי מין בהתבגרות כחינוך מקדם בריאות. המאמר תרם למחקר ולשיח המקצועי בישראל את האפשרות של הימנעות מקיום יחסי מין בהתבגרות כחינוך מקדם בריאות. המאמר מבוסס על הרצאתה בכינוס הרביעי של נשים במזרח התיכון בנושא נשים בונות תרבות של שלום (אתונה, 2000).
השושנה המיסטית: רבי ישראל נג'ארה, בתוך: הפיוט כצוהר תרבותי כיוונים חדשים להבנת הפיוט ולהבנייתו התרבותית, מכון ון ליר בירושלים הוצאת הקיבוץ המאוחד תל אביב, תשע"ג, עמ' 151–180.
מאמר חלוץ בחקר התמות הקבליות בפואטיקה של המשורר רבי ישראל נג'ארה. המאמר מנתח את הסמל של השושנה המיסטית כסמל מיסטי בין-דתי בכלל, ובפואטיקה של המשורר רבי ישראל נג'ארה בפרט. המאמר מראה שזמירת ישראל "יערת דבש על לשונך" היא יצירה קבלית שסובבת על ציר הסמל רב הפנים והמראות של השושנה המיסטית, ומצביע על השושנה כמחברת את המיסטיקה של שלוש הדתות. המאמר מתמקד בארבעה מישורי משמעות: בעבודה הקבלית, בעבודת השיר הנג'ארי, במישור האקולוגי ובמישור ההיסטורי, מדגיש את ייחודו של רבי ישראל נג'ארה בפיתוח הקונספט הזוהרי, ומסביר את המלודיה כחלק מן הביצוע של היצירה, כמבטא את השאיפה להפיץ שירה קבלית בעולם, בהיותה בעלת מסר אוניברסלי.
&lt;"Religious Model in Action: Sun Myung Moon and the Middle East Peace Initiative, 2003-2005", Dialogue &amp; Alliance, Vol. 26, No. 2, Issue Theme: Religion and peace in the Middle East, 2012, pp. 104-114
שלי אלקיים חקרה בקבוצת המחקר שחקנים דתיים באזורי סכסוך במכון טרומן לקידום השלום באוניברסיטה העברית את ההיסטוריה והתאולוגיה של כומר סאן מיאנג מון ותנועת האיחוד ובמיוחד את יוזמת MEPI, בין השנים 2003–2005 בתקופת האינתיפאדה השנייה. במאמר היא מסבירה את עיקרי יוזמת השלום במזרח התיכון בתקופת האינתיפאדה השנייה ואת הרקע ההיסטורי והתאולוגי לפעולותיו של מון כשחקן דתי, ומעריכה את יוזמתו כמודל של בניית שלום בינדתית (Interfaith Peacebuilding).
חוקרת דת ותזונה בקרב קהילת הישראלים העבריים בדימונה: "FOOD FOR PEACE" THE VEGA RELIGION OF THE HEBREWS OF JERUSALEM," IDEA, XXVI (2014) Pp. 317-340"
פעילותה להבנה בין-דתית.
אלקיים היא ממייסדי תנועת "המזרח אל השלום" במאי 1983 והדוברת הראשונה של התנועה. ומחלוצות הפעילות להבנה בין-דתית בארץ ובמזרח התיכון.
נבחרת בשנת 1985 לחבר הנאמנים של World Conference for Religion and Peace - WCRP ומוזמנת בשנת 1986 לבייג'ינג, בתוקף תפקידה כראש ארגון צעירי הוועידה העולמית לדת ולשלום WCRP Youth International. יועצת בשנת 1985 לערוץ 4 של הטלוויזיה הבריטית, בסדרה על שלוש הדתות: יהדות, נצרות ואסלאם. מוסמכת בשנת 1986 להקים בארץ את הוועידה הישראלית לדת ולשלום WCRP ISRAEL.
פעילה ב"דרך אברהם" לשלום ולחברות בין יהודים, מוסלמים ונוצרים בישראל. מכהנת כנשיאה הישראלית של התאחדות הנשים הבינלאומית Women Federation for World Peace - WFWP, בעלת מעמד מייעץ בקטגוריה מספר 1 במועצה הכלכלית-חברתית של האו"ם בשנים 1996–2001. כעמיתת מחקר באוניברסיטה העברית במכון טרומן למחקר למען קידום השלום, חוקרת שחקנים ותנועות בין-דתיים גלובליים, וערכה ב-27 באוגוסט 2007 באוניברסיטה העברית בירושלים סימפוזיון מדעי בנושא "מימוש חלום השלום במזרח התיכון", בהשתתפות מרטין לותר קינג ה-3, לצד עמיתים מקבוצת המחקר "שחקנים דתיים באזורי סכסוך".
פעילותה לבניית תרבות של שוויון.