ברמת המודיעין הימי – לא הייתה מודעות לכך שארגון חזבאללה הוא שלוחה איראנית ועל כן הוא אויב שקול בים. בדיעבד ניתן היה להסיק כי בידי חזבאללה נשק איראני מתקדם. בבוקר התקרית העלה סא"ל י' הערכה שיש טילי חוף ים בידי חזבאללה אך זו נדחתה על ידי ראש מחלקת מחקר וראש המודיעין המודיעין הימי כ. ועדת החקירה גילתה מסמך מודיעני שמתריע על כך שחזבאללה השיג טילים ימיים. בחיל הים טענו שהמסמך הזה לא הובא לידיעתם. תא"ל ניר מאור המשיך בתחקיר שבדק את הרמות השונות בחיל הים והגיש מסקנות למפקד חיל הים.
במהלך חקירת האירועים פורסמה התייחסות של הרמטכ"ל על נזיפה ראש המודיעין הימי על התעלמות מהצעה, שהועלתה בפניו בבוקר האירוע, לשקול קביעת הנחת עבודה מטעם המודיעין הימי לפיה הטיל מצוי בידי חזבאללה. בפועל לא הייתה נזיפה כזאת. התנהלות המודיעין הוצגה בפירוט אך לא נמצא מקום למסקנות אישיות כלשהן.
ברמה הפוקדת – במשך השנים מאז מלחמת לבנון הראשונה סבר חיל הים שהאיום מהחוף מסתכם בתותחים ובטילי נגד טנקים בטווח קצר. פיקוד חיל הים שיזם את הסגר הימי ראה בכך פעולת שיטור. קיבל את הערכת המודיעין והנחה להפעיל את הכוחות בטווח ראייה מהחוף. בניגוד לפעולות יוזמה התקפית, הימצאות כלי שיט באותו מקום לאורך זמן עושה אותו למטרה ומעבירה את היוזמה אל האויב.
אלוף דוד בן בעש"ט לא התנער מאחריותו על הפגיעה באח"י חנית: הוא התייחס לכך בתחקירים, יישם במהירות לקחים, ואף ביקר אישית את משפחות ההרוגים. כאשר נודע לו שאביו של אחד ההרוגים, ישראל שטרנשוס, לקה בלבו, הוא בא במיוחד לבקרו בבית החולים בנהריה.
בליל הפגיעה תוכנן מבצע שחייב מפיקוד חיל הים ערנות מלאה בשעות הלילה המאוחרות. בן בעש"ט יצא לביתו להתרענן ולהביא מספר חפצים. אירוע הפגיעה תפס אותו מחוץ למפקדה ועל כך ספג בקורת בתקשורת. בן בעש"ט גאה בכך שצוות אח"י חנית התגבר על השריפה וכי המבצע לתקיפת בסיס היחידה הימית של חזבאללה בוצע על אף הפגיעה באח"י חנית.
קולות לא מעטים דרשו כאילו היה צריך מפקד חיל הים להתפטר והיו גם אחרים שהכירו ביכולתו להכניס את השינויים. אך היות שהכיר בתקלה וידע גם איך להתקדם ולהשתפר המשיך בעבודה.
ברמת הכוח בים – הכוחות בים פעלו תודעתית ללא האיום טילי חוף ים. נעו בקרבת החוף בלא רמת כוננות מתאימה. שאר כלי השיט לא הפגינו מוכנות רבה יותר מאח"י חנית. לא היה מתח ודריכות באזור לחימה מול אויב ימי. נראה שמדיניות ההתחמשות רבת השנים תוך מתן העדיפות למערכות הגנה נגד טילים הביאה להלך רוח ש
במשך השנים חל שינוי משמעותי בצורת התייחסות צוותי ספינות השייטת לאיומים. בעבר, הספינות הופעלו כספינות סער: הרבה ספינות מהירות הנושאות חימוש קטלני ואמצעי הגנה מינימליים, נעות בדיסקרטיות, בגיחות יוזמה התקפית. בזמן המלחמה, תורת ההפעלה של הספינות אופיינה במעט ספינות פיקוד המופעלות ב"שהיה מוקדמת ורצופה", מגלות את מקומן, ומעבירות את היוזמה לאויב. באפיון ספינות הטילים המחודש הושם דגש על מערכות ההגנה כנגד טילים, שהתבטא בהורדת תותח אוטו מלרה 76 מ"מ והרכבת מערכת וולקן פלנקס במקומו. מהירות ההפלגה שהייתה 30 קשר ירדה לפחות מ-20 קשר. כלל השינויים גרמו לשינוי בתפישה העצמית של מפקדי הספינות ממצב של תוקפנות נרדפת לתחושת מוגנות המבוססת על טכנולוגיה (שהייתה עדיפה, בדרך כלל). כדי שתחושת המוגנות לא תהפוך עד כדי שאננות, היה על פיקוד השייטת לשמור את רוח התוקפנות ותחושת האיום המתמיד. באירוע הפגיעה דווקא מפקד השייטת כאשר הבחין במתרחש היה זה שהורה להרחיק את הסיורים מהחוף. ההנחיה שאנשי חזבאללה יראו את הספינות לא נראתה לו ראויה.
ברמת כלי השיט – ספינות הטילים, ו"חנית" בכלל זה, מצוידות במערכות רבות לאיתור, לוחמה אלקטרונית, ומספר מערכות חימוש נגד טילים – הגנה קשה. בגזרת הסיור התקיימה פעילות אווירית מרובה, כך שמטוסים שעברו בקרבת כלי השיט עלולים היו להיות מזוהים כאיום טילים. לכן, לא הופעלו מערכות ההגנה לתגובה אוטומטית. הטיל פגע בספינה בגזרת הירכתיים שאינה נצפית מגשר הספינה. גם אילו פגע בגזרה אחרת, ספק אם הטיל היה נראה בעין. לקח זמן מה עד שהובהר מה הייתה הפגיעה. הספינה נמצאה במשך היום בקרבת החוף, כאשר יש לה תקלה במכשיר אתרעת טילים תוקפים ומערכת הטילים נגד טילים במצב לא מבצעי. צוות הספינה אינו נמצא בעמדות הקרב. מבנה הספינה אינו מאפשר תצפית לכיוון הירכתיים. ריבוי המטוסים הישראלים הכניס את המפעילים לרוויה ולא הייתה ערנות לטיל כשהגיע.
אחריות מפקד הספינה – סא"ל י. היה מפקד מוערך ובעל ניסיון, אשר פיקד על ספינות מדגם סער 4.5 ועל אח"י חנית, ונועד לקבל פיקוד על פלגת סטי"לים. בזמן האירוע, הוא לא היה מודע לכך שטווח הגילוי במכ"ם התרעת טילים מוגבל בגלל תקלה מתמשכת שלא תוקנה, ולא ידע גם שמשדרי מכ"ם הטיל נגד טילים כובו מטעמי חיסכון, שאמצעי החסימה האלקטרונית היו כבויים ונצרות רקטות ההטעיה היו סגורות. למעשה רק מערכת הוולקן פלנקס הייתה מוכנה לירי, אך הטיל הגיע מגזרת הירכתיים שבה המערכת הייתה חסומה.
העיקרון המנחה בחיל הים קובע כי מפקד אחראי על מה שקורה לספינתו, אמור לדעת בכל עת על מצב ספינתו ועליו להרגיל את אנשיו לעדכנו בחריגים. לכן, הוטל בו דופי ונקבע כי לא יקבל את הפיקוד על הפלגה למשך שנה. כל זאת, על אף שניהל את פעולות בקרת הנזקים וכיבוי האש מגובה הלהבות, הביא את הספינה הפגועה בשיוט עצמי לנמל ולאחר כחודש תיקונים דחופים החזיר אותה לשירות מלא בהמשך הסגר וכן בנה גאוות יחידה. גם העובדה שהאירוע כנראה יכול היה לקרות לספינות אחרות בשייטת לא עמדה לזכותו. בכל זאת, המשיך סא"ל י. בשירות בחיל הים בתפקידי מטה, ובשנת 2014 קודם לדרגת אל"ם ופרויקט רכש חשוב נמסר לאחריותו.
ירי מהים אל החוף.
במהלך המלחמה הפגיז חיל הים לפי דרישות פיקוד צפון כנגד מטרות של חזבאללה בחוף לבנון. הירי נעשה מכל סוגי החימוש ברשות החיל. תותחי 76 מספינות הטילים, תותחי טייפון מספינות הבט"ש טילים שונים מכלי השיט ומסירות הלחימה של הקומנדו הימי. יכולת הירי מהים איפשרה פגיעה מדויקת תוך זמן תגובה קצר והגעה לאזורים גאוגרפיים שהיו בעיתיים לארטילריה היבשתית.
תותחי 76 מ"מ – ספינות הטילים אח"י סופה (סער 4.5), אח"י תרשיש (סער 4.5), אח"י חרב (סער 4.5), ואח"י חץ (סער 4.5), שהיו חמושות כל אחת בתותח אוטו מלרה 76 מ"מ יחיד, ירו יחד כ-3000 פגזי 76 מ"מ על אזורי שיגור רקטות, במגמה לשבש את הירי. מספר מקרים של ירי מדויק לסיכול הכנות לירי וכן הפגזת יעדים של חזבאללה מתוך בנק המטרות שהוכן לפני ובעת המלחמה. תוצאות הירי נראו טובות כל היעדים נפגעו.
הפעילות נעשתה מתוך התייחסות לחוף לבנון כאזור איום טילי חוף-ים, וכלי השיט נקטו בפעולות להקטנת הסיכון. בשלב מקדים, כאשר התגבשה הערכה כי אח"י חנית אותרה לפי נתונים שסיפק מכ"ם החוף של צבא לבנון, הושמדו ב-15 ביולי כל תחנות המכ"ם החופיות. הכניסה לטווח הפגזה אל החוף נעשתה לפרקי זמן קצרים, כאשר ספינה אחת מפגיזה והשנייה מאבטחת. מטרת הירי ביום הייתה סיכול וחילוץ בלבד, ואילו משימות שיבוש ותקיפת יעדים בוצעו בלילה.
חימוש מוכוון ומדויק – במהלך המלחמה בוצע ירי על יעדים בחוף לפי תצפית קדמית. בשיטה זו נורו 16 טילים מבצעיים והובחנו 11 פגיעות. מתוכם ב-11 באוגוסט פגע חיל הים במשגרי רקטות סמוך לצור. חיל האוויר הפציץ חוליה של חזבאללה. לפי דובר צה"ל השמידו כוחות צה"ל כ-10 משגרים ביממה האחרונה. חזבאללה הפיץ שקר כאילו פגע באוניית חיל הים, בצה"ל הכחישו.
ירי מספינות הבט"ש – דבורים ודבורות סיירו לאורך חוף לבנון וירו לעבר יעדים שהוגדרו בתיאום עם אוגדה 91. ב-14 ביולי אותו זמן שנפגעה אח"י חנית הופגזו תחנות דלק באזור צידון בתותחי טייפון נורו 60 פגזים והתחנות יצאו מכלל פעולה. המסקנות ירי ספינות הבט"ש שיש צורך במשהו כבד יותר.
מסקנות חיל הים לגבי הירי אל החוף היו: שקיים פער יכולת בחימוש מועט שפגע ביכולת חיל הים לסייע לקרב היבשה. השימוש במערכות נשק יבשתיות שנישאו בספינות הגדיל את האפקטיביות המבצעית. היכולת לפעול מהים באש מדויקת במאפיינים ייחודיים תוך זמן תגובה קצר, זמינות גבוהה, ויכולת הגישה לאזורים גאוגרפיים בעייתיים עבור הארטילריה היבשתית. מכך מסתבר פוטנציאל לצורך באש מהים אל החוף. הלחימה אפשרה ניסיון מבצעי ליכולות הקיימות בחיל הים.
בסיכום הביע הרמטכ"ל דן חלוץ כי הפעולה הארטילרית מהים לא הביאה תפוקה גבוהה בחישובי עלות מול תועלת. עם זאת הרמטכ"ל התרשם לשלילה מכך שמתוך שייטת ספינות הטילים הופעלו רק 4 תותחי 76 מ"מ, והנחה ש
מול מסקנות אלה על הצורך בתותחי 76 מ"מ נוספים בספינות, עמדה הפגיעה באח"י חנית שהמחישה את האיומים וחיזקה את הרצון להתגוננות. החלטה להציב תותח אוטו מלרה 76 מ"מ חייבה להוריד את מערכות הוולקן פלנקס מחרטום הספינות וזה לא נעשה.
פעילות שייטת 13 במלחמה.
שייטת 13 פעלה רבות לכל אורך המלחמה. בקצב פעולות גבוה ומדי פעם גם מספר פעולות במקביל.
בוצעו 7 פשיטות ומארבים בחוף. ששה מבצעי ירי אל מטרות בחוף ו-15 גיחות לאיסוף מודיעין. הפעולה העיקרית הייתה פשיטה לצורך חטיפת פעיל חזבאללה מתוך בית בשכונת מגורים בצפון צור בלילה שבין 4 ל-5 באוגוסט.
בעקבות ירי הטילים על חדרה, ביצעה שייטת 13 פשיטה לילית מוסקת באזור צור. המטרה הייתה לפגוע בחוליה שירתה בלילה הקודם רקטות לראשונה על חדרה. לוחמי השייטת נחתו צפונית לצור, נתקלו באנשי חזבאללה וניהלו עימם קרב יריות.