בינתיים כבר יצאה המשלחת הצבאית השנייה לכיוון קאנודוס. היא מנתה כ-620 חיילים וקצינים, שתי מכונות ירייה ובראשה עמד המייג'ור בריטו. מעצמת הכוח נכנסה המשלחת ומפקדיה לאופוריה, עד כדי כך שהשאירו שני שלישים מהאספקה בעיר מונטה סנטו (ההר הקדוש), משום שלא ראו בה צורך. ב-18 בינואר 1897 נפגשו שני הצדדים בדרך העולה לקאנודוס. החיילים הופתעו ממארב בידי הז'גונסוס שהצליחו להפיל רבים. הז'גונסוס בראשותו של פאג'או התנפלו על החיילים ללא מורא, כאשר הם מתים בהמוניהם. הקרב הפך לקרב פנים מול פנים ובתום 5 שעות נסוגו הז'גונסוס בחזרה לקאנודוס. מייג'ור בריטו החליט לחנות באגם קרוב כדי לנוח לפני ההתקפה המכריעה למחרת. בינתיים הוחלט בקאנודוס שלא לחכות. בקריאה נואשת התייצבו כל הכשירים, כשהם נושאים עימם כלי קודש ופסלוני קדושים. אלפי אנשים, על פי תיאור החיילים, התנפלו על מחנה הצבא, ובסוף היום כבר לא הייתה ברירה לבריטו אלא לסגת. הוא השאיר אחריו 10 הרוגים ויותר מ-70 פצועים. במהלך הימלטותם הותקפו החיילים ממארבים בדרך אותם הנהיג פאג'או. בקרב מגני קאנודוס נרשמו מאות הרוגים, דבר שלא פגע במאומה בשמחת הניצחון. האגם שבו נערך הקרב קיבל את השם "אגם הדמים".
המשלחת הצבאית השלישית.
בסלבדור התארגנה במהירות משלחת שלישית. הרוחות שם סערו בעיתונות הרפובליקנית נכתב שקאנודוס היא מזימה של המלוכנים להפיל את הרפובליקה. גם כלפי המושל נשלחו חצי ביקורת ובעיתון המפלגה הרפובליקנית המתקדמת הוא נקרא בוגד, וקושר קשר. נציגי הרפובליקנים נשלחו לריו דה ז'ניירו כדי לבקש את התערבותו של נשיא ברזיל. הצבא הפדרלי שלח לסלבדור את מוריירה סזאר לקחת את הפיקוד על המשלחת החדשה. סזאר, יליד סאו פאולו, בוגר מלחמת פרגוואי קנה את עולמו כמדכא המרידה הפדרלית בין השנים 1893–1895. הוא היה ידוע באכזריותו הרבה לאויביו וכן בעונשים הכבדים שהטיל על חייליו. ב-7 בפברואר 1897 יצא סזאר בראש כוח של 1,300 חיילים ושישה תותחים, מקיימאדאס. בדרך למונטי סנטו נתקף סזאר בהתקף אפילפסיה מה שעיכב את המשלחת. בדרך מקומבה לקאנודוס זינבו הז'גונסוס בטור תוך שהם נמנעים מקרב ישיר. הדבר עורר דמורליזציה בקרב החיילים, ופגם בקצב צעידתם. לבסוף בתחילת מרץ הגיע הצבא לקאנודוס. סזאר פקד על התקפה מידית, בתחילה על ידי הפגזת תותחים ואחר כך על ידי הסתערות פרשים. בתי הבוץ של קאנודוס, והסמטאות הצרות והמאובקות, היוו מכשול עבור החיילים המסתערים. עתה כבר לא ניתן היה לשמור על הסדר בשורות הצבא. סזאר בניסיון להגביר את המוטיבציה הסתער לעבר קאנודוס, אך מיד נורה ונפל. זה היה האות למנוסת חייליו שעזבו את כלי נשקם ונמלטו בצורה בלתי מאורגנת. הקצינים, למרות פקודותיו של סזאר הגוסס, החליטו על נסיגה כללית. עם תחילת הנסיגה תקפו הז'גונסוס וגרמו למנוסה כללית תוך כדי הפקרת פצועים ומרבית הארטילריה שנפלה לידי הז'גונסוס. גופתו של מוריירה סזאר, גיבור הצבא הרפובליקני, נותרה מאחור לחסדי הז'גונסוס. בסיכום הכללי נהרגו כ-120 חיילים וקצינים, ובנוסף נספרו כ-220 פצועים.
המשלחת הצבאית הרביעית וחיסולה של קאנודוס.
בראש המשלחת הועמד הגנרל ארתור אוסקר, גם הוא גיבור המרידה הפדרלית. כנקודת כינוס נבחר היישוב מונטי סנטו, שהצבא השתלט עליו והפך אותו למחנה צבאי. שני כוחות גדולים יצאו לאזור. האחד מקיימאדס כ-3,400 חיילים ו-12 תותחים. השני יצא מסרז'יפה וכלל 2,340 גברים ועוד 500 נשים. גיוס חיילים מקרב תושבי ברזיל, לא היה משימה קלה. צעירים רבים התחבאו, כדי לא להילקח בכוח. לבסוף הוחלט על גיוס של אסירים, שנשלחו היישר מבית הכלא למונטי סנטו. בגלל גודלו של הצבא שרר בו אי סדר, שהתבטא בעריקות וכן בסדרה של התנגשויות בין פלוגות ממדינות שונות, שנגמרו לא פעם בהרוגים. בדרך למונטי סנטו הותקפו טורי החיילים ממארבי ז'גונסוס שנקטו, בפיקודו של פאג'או, בטקטיקה של מלחמת גרילה. מלבד זאת הופעל לחץ פוליטי על הגנרל אוסקר להתחיל במתקפה לאחר שעברו כבר כמעט שלושה חודשים של התארגנות.
מהעבר השני, תושבי הסרטאו המשיכו לזרום בהמוניהם לקאנודוס, כמעט עד לתחילת המצור. הז'גונסוס לא ישבו בקאנודוס והמתינו למתקפה, אלא פשטו ברחבי הסרטאו כיחידים או בקבוצות קטנות, כשהם תוקפים יישובים ובייחוד שיירות ורכבות אספקה. פעולות אלו הצליחו וגרמו למחסור גדול לכוחות הצבא שישבו במונטי סנטו. מכיוון שלא היו יכולים להתמודד עם הצבא, בקרב קלאסי של פנים אל פנים, השקיעו הז'גונסוס את כל מרצם במארבים על הדרך, שבין מונטי סנטו ואזור הקרבות. הז'גונסוס חיפשו בעיקר את הקצינים, אותם זיהו על פי מדיהם וכן את הסוסים, שהיו כוח ההובלה של אותם ימים. אלו היו הגורמים העיקריים לכך שהמלחמה נמשכה עד אוקטובר.
ב-25 ביוני החלה הפגזת קאנודוס על ידי התותחים הכבדים שהביא הצבא. יומיים אחר כך כבר הייתה קרובה המשלחת לתבוסה, כשאחד הטורים הותקף בידי ז'גונסוס שכמעט והצליחו להביסו. הטור השני הפסיק להפגיז ובא לעזרתו דבר שהביא לייצוב כוחות הצבא אך גרם לנסיגה חלקית. יומיים מאוחר יותר התפוצץ התותח הגדול והמשוכלל ביותר של צבא ברזיל כשהוא גורם למות מפעיליו. שלושה ימים אחר כך נכשלה פעולת התאבדות שנועדה לפוצץ את כל כוח הארטילריה הצבאי. ב-14 ביולי, יום הבסטיליה ניתנה הוראת תקיפה. תחילה נערכה הפגזה כבדה ולאחר מכן ניתנה הפקודה לכל הכוחות לנוע קדימה לעבר קאנודוס. 3,400 חיילים השתתפו בהתקפה שנמשכה מספר שעות ללא הפוגה. החיילים הצליחו אמנם לחצות את הנהר ולכבוש חלק קטן מבתי הפריפריה של קאנודוס אך כל זאת במחיר כבד. 914 הרוגים נספרו בקרב הצבא ועוד מספר רב של פצועים. ההתקפה נכשלה הודות לעמידתם האיתנה של הז'גונסוס למרות האש הכבדה.
הגנרל אוסקר שלח מסר דחוף לריו דה ז'ניירו, ובו ביקש תגבורת של 5,000 חיילים, וכן אספקה ותרופות לחייליו. המורל בקרב חייליו היה נמוך ביותר, וכ-2,000 חיילים כבר נהרגו, וזאת בלי להחשיב את הפצועים הרבים, ששכבו במונטי סנטו, בלי לקבל טיפול נאות. קצינים ותיקים שהשתתפו גם במלחמת פרגוואי, טענו שלעולם לא ראו קרבות כאלה, והיו המומים מכוח התנגדותם של תושבי קאנודוס. אף על פי שלמרות העדר נתונים ברור היה, שקאנודוס איבדה עד עתה אלפי אנשים, לא נראו תושביה עוזבים או מראים סימני חולשה.
בקרב ראשי הצבא התקבלה החלטה להחזיק במקומות האסטרטגיים מסביב לקאנודוס בכל מחיר ולהמשיך את המצור עד להרעבתה. ב-30 באוגוסט הגיע לאזור שר המלחמה הברזילאי, המרשל ביטנקורט, ואתו כוח רענן של 3,000 לוחמים. ב-6 בספטמבר נרשם הישג לצבא שהצליח בעזרת ארטילריה כבדה להפיל את שני המגדלים של הכנסייה החדשה, שהיוו נקודת הגנה חשובה לז'גונסוס. להפלת המגדלים הייתה גם משמעות מורלית משום שמדי יום בשעה 18:00 הפעמון שבראשם ניגן את הקריאה לאווה מריה ונשמע היטב גם אצל החיילים. למחרת כבש הצבא את החווה הישנה, שהייתה המקום האסטרטגי החשוב ביותר להפצצת קאנודוס. עם כיבוש זה נחסמה למעשה הגישה לקאנודוס, וכן הגישה של תושביה אל מקור המים העיקרי שלה.
מה שהכריע לבסוף את המערכה היה מותו של קונסילירו ב-22 בספטמבר בגיל 67. מותו נבע כנראה מדיזנטריה, והוסתר על ידי מקורביו במשך ימים מספר. בישיבה שנערכה לאחר מותו נשמעו קריאות בעד בריחה ובעד מלחמה עד מוות, אך נושא הכניעה לא עלה בשום אופן. האחים וילנובה עזבו את קאנודוס בעוד שמרסיאנו דה סרז'יפה קיבל עליו את הפיקוד תוך שהוא מצהיר: "לאחר שקונסילירו מת גם אני רוצה למות".
ב-1 באוקטובר, בעקבות לחץ של הגנרל אוסקר החלה ההתקפה המכרעת. לאחר הפגזה של כ-90 פגזים, שגבו קורבנות רבים, החלה הפלישה לקאנודוס מכל עבריה. ששת אלפים איש השתתפו במתקפה, אולם למרות חוסר הפרופורציה בכוחות ספג הצבא אבדות רבות. למחרת, בפעם הראשונה מאז שהחלה המערכה, הונף דגל לבן מבין ההריסות. אדם בשם אנטוניו ביאטיניו הסגיר עצמו, וביקש מגנרל אוסקר להסיג את כוחותיו לאחור, ולאפשר לתושבי קאנודוס לעזוב את המקום ולחזור לכפריהם בשלום. הוא סיפר כי זה שלושה ימים שלא ישן, הסתתר בחפירות, אוכל לא בא לפיו ושכמעט כולם מתים. אוסקר סירב להצעה ושלח את ביאטיניו חזרה עם מסר שכדאי לכולם להיכנע, וללא תנאים. הצעה זו התקבלה על ידי כ-600–1000 איש, רובם זקנים, נשים וטף אולם רבים אחרים בחרו להמשיך בהגנה על קאנודוס. מאוחר יותר התברר שאוסקר לא עמד בהבטחתו, וביאטיניו הוצא להורג ביחד עם עשרות ז'גונסוס.
בצהריי ה-5 באוקטובר עדיין המשיכו ארבעת תושבי קאנודוס האחרונים להילחם. הם הוקפו בידי מאות חיילים, אולם זה לא מנע מהם להילחם עד הכדור האחרון. כיבוש קאנודוס הותיר בעיה אחרת אצל ראשי הצבא –האסירים. בימים האחרונים של הקרבות הסגירו עצמם או נתפסו מאות ז'גונסוס. מכיוון שלא היה מקום לאחסנם, ולא רצו לשחררם לחופשי, נתקבלה החלטה על חיסול מהיר ויעיל שלהם. החיסול התבצע תחילה ביריות, אולם לאחר מכן עברו החיילים לשיטת חיתוך הגרון. האסירים לא נקברו והושלכו בצדי הדרכים. בכל אזור קאנודוס יצאו חיילים לציד ז'גונסוס, עד שכמעט והכחידו אותם. גם מצבם של הנשים והילדים לא היה טוב ביותר. מקצוע חדש התפתח באזור, תוך שיתוף פעולה עם הצבא, - סחר בילדים. הילדים נותרו לאחר נפילת קאנודוס ללא זהות ונקראו פשוט ז'גונסוס קטנים. בין אם היו יתומים ובין אם לא הם הובלו לסלבדור וכן לדרום ברזיל ושם נמכרו כמו עבדים.