בעוד שהרוזנים ממשפחת מנספלד-פורדרורט דבקו באמונתם הקתולית, נציגי משפחת מנספלד-הינטרורט תחת גבהרד השביעי (Gebhard VII), ובעיקר אלברכט השביעי (Albrecht VII. von Mansfeld; 1480–1560), שהיה חבר קרוב של לותר, הצטרפו לרעיון הרפורמציה. בשנים 1520–1540 התבצעה הרפורמציה הפרוטסטנטית בכמה צעדים באייסלבן ובמחוז מנספלד. בשנת 1525 הוכנסה התורה הפרוטסטנטית לפולחן הדתי והוקם בית ספר פרוטסטנטי לבנים ליד כנסיית זנקט אנדראס בהנהלתו של , שהיה למבשר בית הספר הלטיני (בית הספר לדקדוק) שהוקם באייסלבן בהתאם לאמנה הלותרנית בשנת 1546.
עם זאת הרוזנים הפרוטסטנטים לא התייחסו לנתינים שלהם בצורה טובה או גרועה מזו שנהגו קרובי משפחתם הקתולית. במלחמת האיכרים הגרמנית (1524–1525), בהן השתתפו כורים מרי נפש רבים מאייסלבן והרסו חלקים גדולים ממחוז מנספלד, דיכא אלברכט השביעי את ההתקוממויות שפרצו בלחימה עקובה מדם וחסרת רחמים. במהלך מלחמת האיכרים נהרסו גם מנזר הבנדיקטינים בהורנבורג הסמוכה ומנזר הלפטה, והנזירות גורשו ממנו.
בשנת 1529 מתו מאות מתושבי אייסלבן במגפת הדבר.
סערת מלחמות הרפורמציה גרמה לעיתים אף לבני משפחת מנספלד להילחם זה בזה. אלברכט השביעי חתם על הפרוטסטנטי בשנת 1530 והצטרף לברית שמלקלדן, קונפדרציה הגנתית של נסיכים פרוטסטנטים שהפסידה בסופו של דבר את המלחמה השמלקלדית על סקסוניה לכוחותיו של קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, אך זכתה להכרה של הלותרניזם כדת רשמית בתוך האימפריה הרומית הקדושה, ושאפשרה לנסיכים לקבוע את הדת הרשמית בארצותיהם.
הרוזן הוייר הרביעי מבית מנספלד-פורדרורט (Grafen Hoyer IV. von Mansfeld-Vorderort), אחד המתנגדים לרפורמציה שהיה בעל השפעה רבה ביותר מת באזור מנספלד בשנת 1540 (קבר בצורת סרקופג בכנסיית זנקט אנדראס). לותר ניסה באופן אישי מספר פעמים ליישב את המחלוקות בין הרוזנים, במיוחד לגבי העיר החדשה. הוא הגיע לעיר בפעם האחרונה בשנת 1546. ב-16 בפברואר חתמו הוא ויוסטוס יונאס (Justus Jonas) על חוזה ההקמה של בית הספר הלטיני הראשון, כיום הגימנסיה על שם מרטין לותר (Martin-Luther-Gymnasium). מרטין לותר הטיף את דרשותיו האחרונות בכנסיית זנקט אנדראס באייסלבן, ומת בעיר ב-18 בפברואר 1546. הבית בו נפטר מרטין לותר מוקדש לזכר האירוע הזה. בשנת 1547 הטיל קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה חרם קיסרי על הרוזן אלברכט השביעי בשל מחויבותו לרפורמציה. עם זאת, הוא בוטל בשנת 1552.
לאחר שלום אאוגסבורג בשנת 1555, המירה רוזנת מנספילד , שהתחנכה במנזר, את דתו של גבהרד טרוכסס פון וולדבורג (Gebhard Truchsess von Waldburg), , שהיה בעל מעמד של נסיך בוחר, לקלוויניזם. נישואיהם והצהרתו על שוויון דתי בכל תחום שלטונו גרמו לסיבוב נוסף של מלחמת דת, . בני הזוג ברחו פעמים רבות דרך מדינות גרמניות שונות לפני שגבהרד ויתר על מינויו בשנת 1588. הוא מת ונקבר בשטרסבורג בשנת 1601, לאחר שכשל בניסיונו להפוך את מעמדו לשושלת של נסיכים בוחרים. אשתו (שלא הייתה יכולה לחזור למנזר) הייתה תחת חסות הדוכסים מווירטמברג (Herrscher von Württemberg) ונפטרה בשנת 1637, ובכך בא לקיצו ענף מיטלורט של המשפחה.
בנייה במאה ה-16.
את המעבר מאדריכלות גותית מאוחרת לסגנון הרנסאנס ניתן לראות בבית העירייה בעיר העתיקה, בבית הינטרורט (1500–1589) ובעיטורים בכנסיית זנקט אנדראס. חלק מיוחד בבניית העיר מחדש היה לברנדינוס בלאנקנברג (Berndinus Blanckenberg בסביבות 1470–1531), שהיה משנת 1507 חבר מועצה, ומשנת 1518 ראש העירייה; מצבת הרנסאנס שלו, שנוצרה על ידי הפסל הנס שלגל בשנת 1540, נמצאת בכנסיית זנקט אנדראס. הסרקופג של הרוזן הוייר השישי (1541) מאת אותו אמן שוכן באותה כנסייה.
לאחר 1530, בגלל המשבר בתעשיית הכרייה של מנספלד, הבנייה כבר לא הייתה אינטנסיבית כמו בשליש הראשון של המאה ה-16, אך בית הקברות קמפוסנטו (Camposanto, באיטלקית "שדה קדוש") הוקם בשנים 1538–1560, ובשנת 1564 נבנו בית הספר הלטיני וכיפת המגדל הרנסאנסית של כנסיית זנקט פטרי-פאולי. ב-1568 נבנה בניין המסחר של קתריננשטיפט (Katharinenstift). בניין העירייה של העיר החדשה (Neustädter Rathaus), כיום "Breiten Weg", הוקם בין השנים 1571–1589, ובשנים 1585–1608 הושלמה כנסיית אנה (Annenkirche).
בשנת 1550 קטלה מגפת דבר נוספת כ-1,500 בני אדם. כורים רבים עזבו את העיר, כך שבשנת 1554 היה צריך לסגור חלק מהפירים. קיצוץ שכר גרם לתסיסה אזרחית ולהשבתת עבודה. בשנת 1562 נשרפה כנסיית קתרינה ולא נבנתה מחדש. בשנת 1567 סגר אוגוסט הראשון, הנסיך הבוחר מסקסוניה בית דפוס באייסלבן שהדפיס קונטרס נגד מטיפיו ואסר את המדפיס. חלוקות הירושה הרבות, ההוצאות המופרזות והמצב הכלכלי הירוד הובילו לפשיטת רגל של רוזנות מנספלד בשנת 1570. הם איבדו את הריבונות על סקסוניה, ששלחה מפקח לאייסלבן. בגלל המחסור בכוח העבודה בענף הכרייה, ההגירה הפכה לעבירה פלילית.
בשנת 1574 סיכמו הרוזנים ששרדו לבית מנספלד: הנס הויר, הנס גאורג, הנס אלברכט וברונו עם הנסיך הבוחר של סקסוניה להחזיר את חובותיה הנרחבים של המשפחה, אך חלק מהנכסים עוקלו בכל מקרה. ענף הינטרורט של בית מנספלד הגיע לקיצו בשנת 1666, אך ענף מנספלד-פורדרורט התמיד עד 1780, אז גם הוא נכחד ואייסלבן סופחה ישירות לנסיך הבוחר של סקסוניה.
המאות ה-17 וה-18.
שרפות, דבר ומלחמת שלושים השנים.
המאה החלה בשנת 1601 עם אסון השרפה החמור ביותר בתולדות העיר. במרכז העיר, האש התפשטה במהירות מתחת לבתים העשויים מעץ שהיו צמודים זה לזה. 253 בנייני מגורים, בית השקילה, מגדלי כנסיית זנקט אנדראס והבתים העירוניים של רוזני מנספלד הושמדו.
לאחר השרפה בעיר ב-1601, שהחריבה בין היתר את הטירה המוקפת חפיר מהרנסאנס, את בית המידות של ענף מיטלורט של הרוזנים לבית מנספילד, את בית הספר לדקדוק, את בית השקילה ובתי עיר רבים, לא יכולה הייתה הרוזנות לממן שיקום כה משמעותי. זה נבע, למשל, מעיקול הנכסים של רוזנות מנספלד בשנת 1570, החלפת הבעלות 1573–1579, כאשר הנסיכים הסקסונים מהלברשטאדט ומגדבורג החליפו ביניהם את הבעלות על אייסלבן עם פרבריה, העול של מלחמת שלושים השנים והפגיעה בכרייה ותלותה בסחר עד שחרור תעשיית הכרייה בשנת 1671 על ידי הנסיך הבוחר של סקסוניה. בנוסף למבנים המנהליים המורכבים הקיימים (הייתה גם הנהלה של הרוזנים עד 1780), כל זה הביא לירידה כלכלית של העיר, שנמשכה עד סוף המאה ה-18 והייתה ניכרת גם בתהליך הבנייה.
המצוקות החברתיות שמהן סבלו הכורים הובילו למצור על ביתו של מנהל המטבעה זיגנהורן ב-8 בפברואר 1621. 1,000 כורים דרשו את הפסקת זיוף המטבעות. בשנת 1626 הייתה מגפת דבר נוספת עם מאות מתים.
בשנת 1628 הגיעה מלחמת שלושים השנים לאייסלבן כשצבאו של אלברכט פון ולנשטיין הגיע לעיר, והיא הוחרבה על ידי שכירי החרב של . כתוצאה מכך גם הכרייה נעצרה. בשנת 1631 חיילים משני הצדדים עברו דרך העיר מספר פעמים, ודרשו מגורים ומזון. כאשר יוהאן גאורג הראשון, הנסיך הבוחר מסקסוניה סיכם על שלום נפרד עם פרדיננד השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה בשנת 1635, נערכו תפילות הודיה בכל הכנסיות. אך כבר בשנת 1636 העיר נבזזה על ידי השוודים. הפשיטות נמשכו עד 1644.
בשנת 1653, הרסה שרפה נוספת בעיר 166 בתים, ובשנת 1681 מתו 900 איש בגלל מגפת דבר נוספת. בית הולדתו של לותר נשרף עד לקומת הקרקע בשרפת העיר בשנת 1689.
שיקום.
בשנת 1671 התיר הנסיך הבוחר של סקסוניה "לשחרר" כרייה באזור מנספלד. זה היה התנאי להמשך הפיתוח והתיעוש של הכרייה. בשנת 1691 נבנה בית השקילה מחדש. בית הולדתו של לותר נבנה מחדש בשנת 1693 וכיום משמש כבית ספר לעניים וכמוזיאון.
ביתה של משפחת האצולה רינק (Rinck) נבנה מחדש לאחר שרפת העיר בשנת 1498 בראשית המאה ה-16 כבית העירוני של ענף פורדרורט, שיכן את משרד הרוזן משנת 1563 ונבנה מחדש ב-1707 לחלוטין לאחר השריפה של 1689. משנת 1716 הנציגות ביצעה גם את המשימות של החלק הפרוסי של מחוז מנספלד, ששוחרר מהעיקול. היא נסגרה בשנת 1780 עקב אובדן הפייף, ומשנת 1789 הייתה מקום מושבו של מושל סקסוניה הנבחר. ב-14 ביולי 1798 הוקם ""בית הספר למכרות של אייסלבן" (Bergschule zu Eisleben) כמוסד לימודי למנהלים הטכניים של המכרות ביוזמת ממשלת נסיכות הבוחר מסקסוניה.
המאה ה-19.
המלחמות הנפוליאוניות.
לאחר תבוסת פרוסיה במלחמה נגד צרפת בקרב ינה-אאורשטדט בשנת 1806, כבשו חיילים צרפתים את העיר, אם כי אייסלבן לא השתייכה לפרוסיה אלא לנסיכות הבוחר מסקסוניה. למרות הכרזות בעיר שהבטיחו "כל נסיכות הבוחר מסקסוניה היא נייטרלית", כל האספקה הוחרמה. הצרפתים שילבו את מחוז מנספלד לשעבר בממלכת וסטפאליה שזה עתה הוקמה תחת ז'רום בונפרטה, אחיו של נפוליאון בונפרטה.
לפיכך בוטלה גם הצמיתות, והוכנס , הפרדת הרשויות, שוויון הזכויות ליהודים, הקודקס האזרחי וניהול ספרי הכנסייה. העיר החדשה שולבה בעיר העתיקה. ביטול התקנות הישנות אפשר לסוחרים יהודים להתיישב בעיר, שחנכו את בית הכנסת הראשון שלהם בסמטת לנגן (Langen Gasse), רחוב לותרשטראסה של ימינו, בשנת 1814.
לאחר תבוסתו של נפוליאון בקרב לייפציג בשנת 1813, הסתיים השלטון הווסטפאלי במנספלד. שלטי האצולה הווסטפאליים הוחלפו על ידי העיטים הפרוסים. אייסלבן השתתפה ב על ידי הקמת גדוד מתנדבים של כורים בפיקודו של קפטן פון ולטהיים (Veltheim; 1785–1839).
רסטורציה.