בין 27 בדצמבר 2008 ל-18 בינואר 2009, צה"ל יצא למבצע צבאי נרחב ברצועת עזה. מטרת המבצע הייתה לפגוע בארגון החמאס ולהביא לצמצום בירי הרקטות מהרצועה על יישובי הנגב. חיל הים קיים סגר על הרצועה באמצעות ספינות השייטת וספינות הבט"ש. הספינות קיימו נוכחות רצופה למניעת הברחות נשק לעזה דרך הים ולמניעת יציאה לפיגועים בישראל בדרך הים. בוצעו הפגזות חוף למטרות נקודתיות עם תותח אוטו מלרה 76 מ"מ.
מערכות הנשק המדויקות השיגו פגיעות טובות. הותקפו משגרי רקטות, בונקרים ובתים שבהם התבצרו מחבלים. הפעילות נעשתה בתיאום ישיר עם כוחות הקרקע שפעלו בגזרה. הספינות פגעו גם בסירות של משטרת חמאס.
מבצע ארבעת המינים.
ב-3 בנובמבר 2009 הוזנקו ספינות השייטת, ליירוט אוניית מכולות "FRANCOP" שנשאה דגל אנטיגואה וברבודה, כ-100 מייל מחופי ישראל. אח"י "אילת" (סער 5), ביצעה נוהל תשאול ודרשה חיפוש. רב החובל, אזרח פולין, אישר לבצע סריקה באניה. צוות בדיקה של שייטת 13 עיין במסמכי המטען שבהם נרשם כי המכולות ממוענות מאיראן לסוריה. נתגלו נשק ותחמושת בכמויות גדולות, שהוסתרו מאחורי שקים של פוליאתילן המיועד לתעשייה אזרחית.
האונייה נעצרה והועברה לנמל אשדוד בלווי אח"י אילת (סער 5) ואח"י תרשיש (סער 4.5). בעת סריקת 300 המכולות שנתפסו, התגלו כמויות גדולות של אמצעי לחימה: כ-2,700 רקטות של 107 ו-122 מ"מ, כ-8,800 פצצות מרגמה בקוטר 81 ו-120 מ”מ, 100 רימונים, כ-556,000 כדורים לרובה קלצ'ניקוב. הושם דגש על כך שכל הפעילות בוצעה בהקפדה על החוק הימי ובהפעלת כוח מינימלית.
חסימת חימוש לעזה.
ישראל הטילה סגר על רצועת עזה על מנת למנוע התחמשות החמאס. במאי 2010 יצא מאיסטנבול משט שכלל שש אניות עם פעילים פרו פלסטיניים, במטרה לפרוץ את הסגר. ישראל עמדה בסירובה לאפשר לאוניות לפרוק בנמל עזה ודרשה את העברתו דרך נמל אשדוד לבדיקה מוקדמת. מארגני המשט סירבו לכך והמשיכו לדרכם. הטלת הסגר הימי על רצועת עזה נעשתה בהתאם לדין הבינלאומי ולהנחיות אמנת סן רמו הנוגעות להטלת מצור ימי.
ב-30 במאי 2010, בפעולה שנקראה "מבצע רוחות שמיים 7", ביצעו ספינות השייטת את עצירת המשט במים בינלאומיים במרחק מחוף עזה. חמש אוניות נענו לדרישה והועברו לנמל אשדוד. לוחמי שייטת 13, שהגיעו בסירות מהירות ובמסוקים, ביצעו את עצירת "מאווי מרמרה" האונייה היחידה שלא נענתה להוראות הסגר. תשעה מהתוקפים החמושים מנוסעי האונייה נהרגו ו-20 נפצעו, מרביתם מארגון IHH ומארגונים אסלמיים טורקיים. עשרה מלוחמי שייטת 13 נפצעו.
מבצע חוק ברזל.
ב-16 במרץ 2011 הגיעו אל המודיעין הימי ידיעות על העברת נשק וחימוש מאיראן המיועד לרצועת עזה באניית הסוחר "VICTORIA" שנשאה דגל ליבריה. שלושה סטי"לים - אח"י "סופה", אח"י "כידון" (סער 4.5) ואח"י להב (סער 5), כשעליה מפקד השייטת אלי שרביט - ועמם כוח השתלטות משייטת 13 הוזנקו לירוט. המפגש עם האונייה נעשה במרחק 200 מיל מחוף ישראל. ההשתלטות נעשתה ללא הפעלת כח והאונייה הובלה לנמל אשדוד.
בחיפוש יסודי במטען התגלו כ-50 טון אמצעי לחימה מסוגים שונים. ממצא מיוחד היו שישה טילי חוף-ים מדגם C-704 עם ביות מכ"ם לטווח 35 ק"מ וכמויות גדולות של פצצות מרגמה. הטיל (סיני במקור), מותקן באיראן על סירות מהירות המיועדות להפעלה בכמות רבה כנגד כלי שיט חמושים.
הצטיידות החמאס ברצועת עזה בנשק מתביית נגד ספינות הייתה מקשה על הפעילות הישראלית ולכידת המטען מנעה זאת. באוגוסט 2011 פרסם החמאס כי ירה טיל מהדגם הזה כנגד ספינה ישראלית. לא הייתה פגיעה ולא היה לכך אישור נוסף.
מבצע עמוד ענן.
ב-14 עד 21 בנובמבר 2012 השתתפו ספינות הטילים יחד עם ספינות הביטחון השוטף במבצע בחסימת רצועת עזה מהים. ספינות השייטת הפגיזו עשרות מטרות בחוף ומפקדות ומבנים של החמאס. המבצע ארך שמונה ימים. הספינות דיווחו על פגיעות טובות.
מבצע חשיפה מלאה.
בפברואר-מרץ 2014 נערך מבצע לירוט אניית נשק בדרום הים האדום. מפקד המבצע בים היה מפקד חיל הים אלוף רם רוטברג. הפעולה נעשתה על ידי אח"י חץ (סער 4.5) ואח"י חנית (סער 5) ששימשה כספינת הפיקוד. לוחמי שייטת 13 שהצטרפו לספינות היוו את צוות ההשתלטות.
אוניית הסוחר "KLOS C" הפליגה מאיראן כאשר בבטנה נשק מתקדם אשר ייעודו היה פגיעה במדינת ישראל. יעד ההפלגה של הספינה היה פורט סודאן, אך היעד הסופי של המטען היה החמאס ברצועת עזה. הכוונה הייתה ליירטה לפני שתפרוק את המטען בפורט סודאן. על תנועת האונייה לא היה מידע מדויק. כלי השיט נדרשו לשהות זמן רב בים. ב-5 במרץ 2014 נעצרה האונייה כ-1,500 ק"מ דרומית לאילת סמוך לגבול דרום סודאן עם אריתראה והובאה לאילת.
בתוך המכולות נמצאו עשרות טילי קרקע-קרקע M302 מתוצרת סוריה ומגוון פצצות מרגמה מסוגים שונים. הנשק שנשאה ב-150 מכולות נפרש על הרציף לתצוגה בפני ראש הממשלה, שר הביטחון ואמצעי תקשורת.
פעילות במבצע צוק איתן.
ב-8 יולי 2014 יצא צה"ל למבצע צבאי ברצועת עזה שנמשך עד 26 באוגוסט 2014. ספינות הטילים פעלו בגזרה בתיאום עם פיקוד הדרום בתקיפת מטרות טרור ברצועה.
ציונים לשבח ופרסים.
מפקד חיל הים דוד בן בעש"ט ציין שלושה לשבח: , קצין הסיור במסוק על כך שגילה כושר מנהיגות, יוזמה ואומץ לב תוך סיכון חייו, חרף פציעתו. קצין המנחת באח"י חנית. , נגד הגשר של אח"י חנית. שלושתם נמצאו
קצין מכונה של אח"י להב, , צוין לשבח על ידי מפקד בסיס חיפה תא"ל יוחאי בן יוסף, על כך ש
ב-2012 זכתה השייטת פעם שנייה בפרס.
בשנת 2019 זכתה השייטת פעם שלישית בפרס הרמטכ"ל.
אות הערכה - ב-2019 זכתה שייטת ספינות הטילים באות הערכה מטעם הרמטכ"ל.
אות הערכה - ב-25 בנובמבר 2021 הוענק לשייטת אות הערכה מטעם הרמטכ"ל.
תעודת הערכה מבצעית מהרמטכ"ל - יוני 2020
צל"ש הרמטכ"ל - יוני 2021
צל"ש מפקד זרוע הים - יולי 2021
אות הערכה מבצעית - דצמבר 2021
טקסים ותרבות.
ספינות השייטת וצוותיהן מקיימות את כל הטקסים הנהוגים בצה"ל וכן טקס ליום הצי לפי קביעת חיל הים. החלפת מפקד השייטת נעשית בטקס בנוכחות כל לוחמי השייטת. מפקד חיל הים פוקד על ההחלפה והמפקדים נושאים את ברכתם. המפקד היוצא מקבל את נס הקצין הבכיר. השלב האחרון והמיוחד לשייטת הוא יציאה לים של כל הספינות הכשירות המסתדרות בטור עורפי וספינה הנושאית את המפקד היוצא עוברת ומקבלת הצדעה ימית מכל אחת מהספינות.
- הניצחון בקרבות הטילים ב נעשה נכס מורשת מכונן בשייטת בפרט ובחיל הים בכלל. ב-23 בספטמבר 1974 התקיים בבה"ד חיל הים טקס הענקת "אות המלחמה" שהוצמד בסרט לדגל השייטת. האות נמסר למפקדים בכירים בסדיר ובמילואים. בנוסף לאות קיבל כל אחד את הספר "ימים עלי ימים".
יום השייטת - בשנים הראשונות נחגג יום השייטת בדצמבר לציון מילוט ספינות שרבורג. לאחר מלחמת יום הכיפורים הועבר לאוקטובר לציון הניצחון בקרבות הטילים.
חשיפה - ספינות סער ופעילות שייטת ספינות הטילים מקבלות ביטוי במוזיאון ההעפלה וחיל הים בחיפה.
דן אלמגור חיבר שיר בשם "'אנשי הסטי"ל"', אשר הולחן והושר בערב "חיפה מצדיעה לחיל הים", לרגל 60 שנות אימוץ שנערך ב-1 במאי 2014 אך לא זכה לפרסום.
יוסי גמזו מילים ואפי נצר לחן, כתבו את "'שיר הסטי"לים"' שנעשה המנון השייטת.
הנצחת חללי השייטת.
מהקמת השייטת עד שנת 2016 כולל אבדו לשייטת 27 חללים. מתוכם 4 נהרגו מפעולת האויב. אחד נהרג מתקלה באימונים. שלושה מנפילת מסוק לים במהלך טיסת אימונים לילית. ארבעה נהרגו בתאונות דרכים. שישה נפטרו ממחלה. אחד נרצח מחוץ ליחידה ושישה נפטרו בנסיבות טרגיות. כל האנשים שהלכו לעולמם מוגדרים כחללי צה"ל.
פיקוד חיל הים בכלל ופיקוד השייטת בפרט מקדישים תשומת לב רבה לקשר עם המשפחות השכולות ולהנצחת זכר החללים. מפגש שנתי נקבע לחודש אוקטובר בכל שנה שבו מגיעות המשפחות לבסיס השייטת ונפגשות עם צוותי הספינות ומפקדיהן.
כיווני התפתחות.
שאיפה לעליונות טכנולוגית.
השאיפה לעדיפות טכנולוגית על האויב נותרה בעינה. המגמה שמערכי החימוש וההתגוננות של יחידת הלחימה הבודדת יאפשרו לפגוע בכלי השיט של האויב ולהימנע מפגיעה מקבלת חשיבות רבה. בניגוד לאיום היחיד כמעט של טילי הסטיקס שהיה בעבר, ליחידות הלחימה של האויב בעימותים אפשריים בעתיד חימוש מגוון. כלי שיט ומטוסים בעימות עתידי נושאים חימוש מתקדם מתוצרת רוסיה, סין, צרפת או ארצות הברית. ההתבססות על חימוש מתוצרת ישראל נותנת תקווה שהעליונות הטכנולוגית תישמר.
קיצוץ במספר יחידות הלחימה.
כמות כלי השיט בשייטת היה במשך השנים תוצאה של מגמות סותרות במערכת הביטחון. במלחמת יום הכיפורים כללה השייטת 14 יחידות לחימה. היה זה רק קצת מעל המסה הקריטית שאפשרה היערכות אופרטיבית בשתי גזרות בים התיכון. באותה עת היו עוד ארבע ספינות סער 4 בבנייה עבור זירת הים האדום. לאחר המלחמה היה ברור כי יש צורך ב-18 יחידות לחימה על מנת להתמודד עם המשימות בים התיכון.
הצהרת הכוונות של מפקד חיל הים יוחאי בן-נון בתחילת שנות הששים של המאה העשרים כי התקיימה רק עשרים שנה מאוחר יותר, במחצית הראשונה של שנות השמונים: בתקופה זו הגיעה השייטת לשיא כוחה עם 26 יחידות לחימה. 24 מהן מדגמי ספינות הסער 2 3 ו-4 ועוד שתי סנפיריות נושאות טילים מדגם זיוונית.
ב-1985 החל תהליך הדרגתי של הוצאת ספינות מהשירות ורק במקום חלק מהם נבנו ספינות חדשות. הדעה שרווחה במטה הכללי הייתה שיש להקטין את חיל הים. עקב אילוצים תקציביים חיל הים הוציא מהשירות בשנת 2015 את שתי ספינות הטילים האחרונות מדגם סער 4, אח"י עצמאות ואח"י ניצחון. לאחר השבתת הספינות מבוסס כושר לוחמת השטח של חיל הים על 11 יחידות לחימה.
הקטנת מהירות הספינות.