על פי מרכז יד ושם, במחנה נרצחו 600 אלף איש, מהם 25 אלף יהודים. מידע זה נשנה במקורות יהודים שונים, וברוב המוסדות לחקר השואה בכלל. כך ישנן למשל הערכותיהם של יאשה רמאנו (800,000 קורבנות, מתוכם 25,000 יהודים), מנחם שלח וישראל גוטמן ב"אנציקלופדיה של השואה" ("כ-600,000 נפש") ומנחם שלח ויוסף לווינגר בספר "תולדות השואה: יוגוסלביה" (בין 500,000 ל-700,000), מרכז שמעון ויזנטל ועוד. רק על פי האומדן של מוזיאון השואה האמריקני המספרים שונים:
"מחקר נוסף על קורבנות משטר האוסטאשה בקרואטיה במלחמת העולם השנייה נדרש על מנת לאפשר להיסטוריונים ולדמוגרפים להעריך בדיוק רב יותר את מספרם של אלו שהושמדו תחת שלטון מדינת קרואטיה העצמאית. עקב השקפות שונות וחוסר בתיעוד, מספר הקורבנות הסרבים בקרואטיה משתנה במידה נרחבת, בין 25,000 ללמעלה ממיליון. המספר המוערך של סרבים שנרצחו ביאסנובאץ נע בין 25,000 ל-700,000. הערכות המהימנות ביותר מעמידות את מספר הסרבים שנרצחו על ידי האוסטאשה בין 330,000 ל-390,000, עם 45,000 עד 52,000 סרבים שנרצחו ביאסנובאץ. הגרמנים ומשטר האוסטאשה רצחו כ-32,000 יהודים מקרואטיה בין 1941 ל-1945. המספר המדויק של היהודים שנרצחו ביאסנובאץ אינו ידוע, אך הערכות נעות בין 8,000 ל-20,000 קורבנות. מספרים אלו אינם כוללים יהודים אשר הועברו על ידי הרשויות של משטר האוסטאשה לידי הגרמנים לגירוש לאושוויץ ולמחנות אחרים. סטטיסטיקות על הקורבנות הצוענים קשות להערכה, מאחר שאין ההערכות קבועות של מספרם בקרואטיה ובבוסניה-הרצגובינה לפני המלחמה. הערכות הנראות נכונות יותר משערות שמספר הקורבנות הצוענים הוא כ-26,000, מתוכם 8,000 עד 15,000 הושמדו ביאסנובאץ. ישנן רק הערכות בלתי מדויקות של מספר הקרואטים שנרצחו על ידי האוסטאשה. קבוצה זו כללה מתנגדים פוליטיים ודתיים למשטר, הן קתולים והן בני המיעוט המוסלמי. מאמינים כי בין 5,000 ל-12,000 קרואטים מתו ביאסנובאץ".
מקורות יוגוסלביים.
דו"ח ועדת-החקר הממלכתית של קרואטיה תחת ממשלת טיטו, והמתוארך ל-15 בנובמבר 1945, ציין שבין 500 ל-600 אלף בני אדם נרצחו ביאסנובאץ. מספרים אלו נתמכו באופן רשמי כשיוגוסלביה התקיימה עצמאית. המספרים צוטטו על ידי ישראל גוטמן באנציקלופדיה של השואה, על ידי מרכז שמעון ויזנטל ועוד אחרים. רוב החומר המובא בדו"ח מוחזק אמין לדידם של רוב החוקרים. בכתב-האישום של דינקו שאקיץ' נאמר כי הדו"ח הוא חלק מרכזי בחקר קורות המחנה. החומר המצוי בעדויות הניצולים כמעט תמיד תואם את האמור בדו"ח. בביקורה של ועדה לחפירת קברי-האחים ולזיהוי פלילי, נמצאו כ-350,000 גופות, ואחד מחברי הוועדה ציין כי הערכה של 700,000 נרצחים, ואף 800,000, יכולה להיחשב ריאלית.
מקורות תיעודיים.
בעיה עיקרית המתעוררת בנוגע לקביעת מספר ההרוגים ביאסנובאץ, הוא מיעוט החומר ההיסטורי שבנמצא, והמגמתיות שלו. מקורות אוסטאשיים מדברים על קורבנות רבים; וייקוסלאב לובוריץ' הכריז כי "בשנה אחת בלבד לקיומו של יאסנובאץ שחטנו יותר אנשים מכל שיכלה האימפריה העות'מאנית של הטורקים לעשות משך כל שהותה באירופה".
מקורות גרמניים-נאציים העריכו גם הם את המספר הכולל של יהודים, סרבים ואחרים שנרצחו ב-NDH. כך ניתן למצוא 400,000 סרבים (אלכסנדר לר), 350,000 (לותר רנדוליק), 600-700,000 בין 1943 למרץ 1944 (ארנסט פריק), 700,000 (מאזנבאך). אדמונד גלאייזה פון-הורטזנאו דיווח כי "מחנות הריכוז האוסטאשיים הם פסגת האימה האנושית... הגרוע מכל הוא יאסנובאץ, אליו אין נותנים לאף בן-תמותה רגיל להציץ".
הרמן נויבאכר מסכם את החישובים: "על שליש להיהפך לקתולים, על שליש לעזוב, ושליש מועדים למוות! נקודה אחרונה זו התקיימה כשמנהיגי אוסטאשה בכירים ציינו, כי שהם שחטו מיליון סרבים (נשים, טף וזקנים בכלל זה) הייתה זו, לעניות דעתי, הערכה רברבנית ומוגזמת. על-סמך דיווחים שהגיעו אלי, שמספר הקורבנות האומללים שנשחטו קרוב יותר לשלושת-רבעי מיליון או יותר." ארתור הפנר כתב: "הקונספט של יאסנובאץ צריך להיתפס כמתחם של שלושה מחנות קרובים, ועוד חמישה מחנות משנה "מיוחדים". בלי משים לתעמולה, יאסנובאץ הוא ממחנות הריכוז הנוראים ביותר ויש להשוותו אך ורק ל"תופת" של דאנטה."
הערכותיהם של האיטלקים הפשיסטיים היו דומות לאלה של הגרמנים. גם שליחי הוותיקן נתנו דעתם לממדי ההשמדה, ואפילו הקרדינל הצרפתי אז'ן טיסראן, שהיה אנטי-נאצי מובהק וקִיים קשרים עם הרשויות שהיו מעורבות בהמרת-הדת של הסרבים, דיווח ב-1942 על מותם של לפחות 350,000 סרבים. הארכיבישוף של בריסל, גודפריד דניאלס, אישר זאת ואמר שלפחות חצי מיליון איש מתו ב-NDH.
הפרטיזנים וממשלת יוגוסלביה ביצעו גם הם הערכות מספריות דומות, ואספת הקהילות היהודיות של יוגוסלביה העריכה ב-1952 כי "כ-500-600,000 איש מתו ביאסנובאץ, מהם לפחות 20,000 היו יהודים" מזכיר הקהילה, אלכסנדר ארנון, העיד במשפט אייכמן כי ביאסנובאץ מתו כ-500,000 איש. במקום אחר אמר, בהתכוונו בבירור ליאסנובאץ, כי במחנה אחד נרצחו מאות אלפי סרבים.
אומדני הקורבנות במחנה.
בשנות השמונים הערכות עצמאיות נעשו על ידי ולדימיר זראיביץ' הקרואטי ובוגוליוב קוצוביץ' הסרבי. זריאביץ' חישב כי ביוגוסלביה כולה מתו רק מיליון איש (בניגוד ל-1,700,000 כמקובל בטרם נפילת יוגוסלביה, או 1,350,000 ב"תולדות השואה: יוגוסלביה"), ומתוך זה כי רק 300,000 מתו בקרואטיה העצמאית, ו- 70,000 ביאסנובאץ (זריאביץ' העלה את המספר ל-80,000) בדרך כלל עם תחום שגיאה של עד 30%. קוצוביץ' סתר את שתי הטענות האחרונות של זריאביץ' וטען כי לא ניתן להסיק את מספר ההרוגים ביאסנובאץ מתוך חישוב סטטיסטי של כל קורבנות יוגוסלביה. זריאביץ' הוסיף וטען כי רוב הקורבנות למעשה לא מתו ביאסנובאץ אלא מחוצה לו, והוסיף רשימות שמיות לסימוכין אי-בזה. עם זאת, הואשמו הערכות אלו בניפוח בשל צמיחת הלאומיות ברפובליקות היוגוסלביות. זריאביץ' הואשם אף בהכחשת השואה (בעיקר כי השתמש בספריו של פרניו טוג'מן כמקור היסטורי), ואפילו קוצוביץ' הביע ספק בדייקנות חישוביו של חברו. השיטות הסטטיסטיות שבהן השתמשו נחשבות ללא מדויקות ולבלתי-מהימנות. כך, למשל, כל טעות של עשירית האחוז תגרום לסטייה של כ-50,000, וגם טווח סטיית התקן הוא גדול. נטען, כי זריאביץ' וקוצוביץ' חישבו את אחוז הגדילה של כל האוכלוסייה יחדיו; בעוד שסרבים, קרואטים, בוסנים וכדומה, צריכים להיכנס לחישוב כל אחד לגופו וכן בנפרד, בין סרבים בסרביה לסרבים בקרואטיה וכדומה. לפי חישוביהם, מספרי הקורבנות ומספרי התושבים הצועניים והיהודים של יוגוסלביה סוטים מן המקובל.
ניתן גם להביע מספר שיקולים המצביעים על מספר קורבנות רב, גדול מ-100,000. ראשית, בתור מחנה שהתקיימה בו השמדה שיטתית, על מספר הקורבנות במחנה להיות רב מאוד (מחנות-ההשמדה הקטנים ביותר, בלז'ץ וחלמנו, גבו 128,000 ו-300,000 נפש. שניהם קטנו מיאסנובאץ בגודל ומשך קיום). שנית, המחנה היה מחנה שבו הושמדו לא רק יהודים או צוענים, אלא גם סרבים, סלובנים ועוד, ולפיכך מספר המתים בו צריך להיות רב. גם ההגדרה ליהודים, סרבים וצוענים הייתה רחבה, ומתנגדי משטר לא היו רק קרואטים אלא מוסלמים ועוד מגוון רב. שלישית, כמחנה ריכוז וכמחנה מוות, יאסנובאץ התקיים משך זמן רב מאוד ועל פני שטח גדול ובו אתרים רבים ששימשו לקבורת המונים או רצח; יש צורך לכלול בחשבון את מחנה סטארה גרדישקה, סיסאק, ג'אקובו, גוספיץ' ועוד מחנות רבים. מלבד כל זה, אלמלא היו גופות ואסירים רבים, הרי לא היה צורך בהקמת משרפות – אשר כאמור הוקמו כבר בפברואר 1942, ומה גם שכבשני המפעל שימשו לפני כן לצורך זה ולא עמדו בנדרש. והוא הדין בתאי-הגז, שהיה צורך בהם על אף שהייתה משאית גז בשימוש, וכן לגבי עניינים נוספים.
מניין מקרי המוות המוזכרים בעדויות ובמידע תיעודי מהימן, מגיעים לכדי 300,000 לערך.
לסיכום, מספר הקורבנות האמין ביותר נע בין 200,000 ל-500,000.
רשימות שמיות של קורבנות המחנה.
מפעל ההנצחה של יאסנובאץ מחזיק ברשימה של 59,589 שמות של קורבנות יאסנובאץ שאספו הרשויות היוגוסלביות ב-1964. על פי המסמכים שפורסמו, 50,092 בני אדם איבדו את חייהם ביאסנובאץ, מהם רק 9,587 בסטארה גראדישקה. ההערכה הנוכחית היא, שהללו מהווים חלק ממספר הרוגים השואף ל-100,000. לפי המנהל הקודם, סימו בראדר, יש לפחות 356,000 קורבנות. ההנהלה הנוכחית של אתר-ההנצחה הואשמה בטשטוש האמת על המחנה, היות שהם הסירו מהתצוגה מוצגים כמו פטישים וסכינים שהיו אופייניים כל כך למחנה. אפילו נשיא קרואטיה סטיפן מסיץ' הביע בפני אפרים זורוף, כשביקר אותו במרכז שמעון ויזנטל, ביקורת כלפי התצוגה.
קיימות מספר רשימות חלקיות נוספות ממקורות אחרים: רשימה של 60,000 שמות של אנטון מילטיץ', רשימות של מוזיאונים בוסניים על 49,000 קורבנות, רשימה של 2,400 נספים מתקופותו של דינקו שאקיץ' בלבד, ורשימה של קורבנות מוסלמים במחנה. דראגויה לוקאייץ' שיחזר את שמותיהם של כ-20,000 ילדים שמתו במחנה. מוזיאון השואה של בלגרד מחזיק ברשימה של 80,022 קורבנות (רובם מיאסנובאץ): בסביבות 52,000 סרבים, 16,000 יהודים, 12,000 קרואטים וכ-10,000 צוענים. מנהל המוזיאון הקודם, מילאן בולאייץ', מאמין שהיו 700,000 קורבנות, והמרכז לחקר-יאסנובאץ מאמין שמספר הקורבנות נע בין 300,000 ל-700,000. האומדנים של מספר המתים יוצאים גם הם מנקודת הנחה שבמקרים בהם משפחות שלמות הושמדו, איש לא נותר כדי להוסיף את שמותיהם לרשימות. בנוסף, לעיתים אנשים שמצוינים ברשימות נהרגו במקומות אחרים, או שהם שרדו אך לא נשמע מהם, או שיש לעיתים אף כפילויות ברשימות.
פינוי המחנה בידי האוסטאשה.