בשנת 2003 כיהן כיו"ר ועדת הבחירות המרכזית לכנסת השש עשרה. במסגרת זו הפסיק שידור מסיבת עיתונאים של ראש הממשלה אריאל שרון, ששודר בשלושת ערוצי הטלוויזיה המרכזיים, בנימוק כי זה בגדר תעמולת בחירות אסורה. במהלך כהונתו החליטה הוועדה שלא לפסול את מועמדותו לכנסת של ברוך מרזל (למרות תמיכתו בהצעה), ולעומת זאת לפסול את אחמד טיבי, עזמי בשארה ובל"ד (למרות התנגדותו להצעות). בסופו של דבר, בית המשפט העליון התיר לכל המועמדים והרשימות הללו להתמודד בבחירות לכנסת.
ב-4 בינואר 2005 מונה למשנה לנשיא בית המשפט העליון, וב-16 בפברואר 2006, עם הגיעו לגיל 70, פרש לגמלאות. במהלך כהונתו לקח חלק בכתיבה של מעל ל-5,000 פסקי דין.
לאחר מינויו של פרופ' דניאל פרידמן לשר המשפטים בפברואר 2007, ובעקבות הצהרותיו על כוונתו לחולל רפורמה שנויה במחלוקת שתצמצם את סמכויותיו של בית המשפט העליון, אמר חשין בריאיון בשידור חי לרשת ב' "אבא שלי היה שופט בית המשפט העליון הראשון. אני הייתי לאחר מכן. הוא הגיע להיות ממלא מקום קבוע לנשיא בית המשפט העליון. אני הייתי משנה לנשיא בית המשפט עליון. זה ביתי. מי שירים יד על ביתי אני אגדע את ידו". בראיון אחר תקף את גישתו של אהרן ברק לזכויות האדם, אך התנצל על כך לאחר פרסום הראיון.
בשנת 2007 קיבל את אות אביר איכות השלטון מטעם התנועה לאיכות השלטון על מלחמתו בשחיתות ועל כך ש"נהג בחומרה בנבחרי ציבור שסרחו והתבטא בפומבי נגד קלקול המידות במגזר הציבורי".
בשנת 2009 יצא לאור לכבודו "ספר מישאל חשין", בעריכת אהרן ברק, יצחק זמיר ויגאל מרזל.
בשנת 2010 קיבל חשין את פרס גורני למשפט ציבורי מטעם העמותה למשפט ציבורי בישראל.
בספטמבר 2015 נפטר חשין בביתו בהרצליה לאחר מאבק ממושך במחלת הסרטן. חשין נקבר בבית הקברות גבעת השלושה.
בנובמבר 2015 יצא לאור הספר "פרש בודד בערבות החוק והמשפט" בעריכתו של אביעד הכהן, ובו לקט אמרות ממשנתו של חשין.
משפחתו.
חשין היה נשוי לרות חשין, מנהלת הקרן לירושלים ובת למשפחת סלומון, ממייסדות חברת טבע. גיסה היה יו"ר טבע, אלי הורביץ. מנישואים אלה נולדו לזוג חשין שלושה ילדים.
בנו שניאור אברהם נהרג ב-18 ביוני 2010 בתאונת פגע וברח, בעת שרכב על אופניו, בהלווייתו של שניאור הזכיר חשין בדברי ההספד את עובדת היותו צאצא של מייסד תנועת חב"ד רבי שניאור זלמן מליאדי ונושא את שמו. על שמו נקרא "בית שניאור" - מרכז פעילות של עמותת אתגרים בפארק הירקון.
בתו הבכורה, אפרת, היא מדריכת איינגאר-יוגה.
בנו הצעיר הוא יואל חשין, איש עסקים ופעיל בתחום השקעות חברתיות.
בנוסף, לחשין בת מחוץ לנישואים, מיכל גולן, שנולדה בשנת 1983 כתוצאה מיחסים עם מתמחה שלו לשעבר, תמר גולן. חשין סירב לפגוש את בתו במשך שנים רבות עד לאחר שיצא לגמלאות (אך שילם מזונותיה לאחר שהוכחה אבהותו).
אחיו הם אמיר חשין, שהיה יועץ ראש עיריית ירושלים טדי קולק לענייני התושבים הערבים בעיר ועדיאל חשין, עורך דין. בן דודו הוא דוד חשין, נשיא בית המשפט המחוזי בירושלים, שכיהן כשופט בפועל בבית המשפט העליון בשנת 2006.
פעילותו השיפוטית.
פעילותו השיפוטית של חשין לא הייתה חד-ממדית, ופסקי הדין שלו מעידים על השקפת עולם מורכבת. הוא התנגד באופן חריף, בדעת מיעוט, להריסת בתי מחבלים כענישה. מצד שני, פנה לפרקליטה ערבייה בדיון על עתירת ארגוני שמאל שניסו להטיל הגבלות על פעילות צה"ל בשטחים: "הדבר הזה מסכן את החיילים. הבן שלי משרת בשטחי A, לא שלך". בדצמבר 2003, כשהביע התנגדות לאיסור גורף על מכירת חזיר, עורר חבר הכנסת החרדי, מאיר פרוש, סערה כאשר כינה אותו בתגובה "חזיר", והוצא מישיבת הכנסת על ידי היו"ר ראובן ריבלין.
בדרך כלל אפשר לציין את חשין כמי שנקט קו ליברלי בענייני כלכלה ובענייני דת ומדינה. גישתו הייתה שיש להצר ככל האפשר את סמכויותיהם של בתי-הדין הדתיים בישראל.
פסילת חוקים.
בפסק דין בנק המזרחי התנגד חשין באופן חריף לרעיון שלפיו חוקי היסוד הם בגדר חוקה, תזה שבה דגל נשיא בית המשפט העליון, אהרן ברק, וכן לטענה שחוקי היסוד נמצאים ברמה "חוקתית" ועליונים על החוקים הרגילים, וטען שאין לכנסת סמכות לכונן חוקה לישראל, ושסמכותה להגביל את עצמה בחקיקה מוגבלת: היא יכולה לדרוש רוב עתידי של 61 חברי כנסת לתיקון חוק או חוק יסוד, ולא יותר, וכן היא יכולה להטיל הגבלות על מהותה של חקיקה עתידית (כפי שנעשה ב וב), אך חקיקה מאוחרת עדיין תוכל לצמצם את היקפה של ההגבלה הזו, כל עוד תעשה זאת במפורש. מהטעם האחרון הוא תמך בסמכות העקרונית לפסול חוקים בגלל סתירה לאחד משני חוקי היסוד הללו, כל עוד לא צוין בהם במפורש שהם תקפים "על אף האמור בחוק היסוד". מנגד, יתר שופטי ההרכב המורחב פסקו שחוקי היסוד אכן עליונים על חוקים רגילים ושלכנסת יש סמכות לכונן חוקה ולחוקק חוקי יסוד חוקתיים ובכך להגביל את עצמה בחקיקה, הן פורמלית (רוב מיוחד, כיתוב מתאים בחוק) והן מהותית (דרישות על אופי החקיקה), ושבית המשפט רשאי לפסול חקיקה שאינה עומדת בתנאים אלה.
בשנת 2006 פסק, בדעת יחיד (מתוך הרכב של 9 שופטים), שיש לקבוע שחוק טל, הדוחה את גיוסם של תלמידי ישיבות, בטל, אך לא מפני סתירה לחוק יסוד, אלא בטענה שהוא סותר את קיומה של ישראל הן כמדינה יהודית (בשל פגיעתו בביטחון) והן כמדינה דמוקרטית (בשל פגיעתו בעקרון השוויון).
חופש הביטוי.
עמדת המיעוט של השופט חשין בכל הנוגע לחופש הביטוי הייתה חריגה בבית המשפט העליון. העמדה הרווחת רואה כל ביטוי כחוסה תחת חופש הביטוי (אף שרמת ההגנה על ביטויים שונים עשויה להיות שונה). לעומת גישה זו, סבר חשין כי קיימים ביטויים שחופש הביטוי אינו חל עליהם. ידועה התבטאותו העוקצנית לפיה "לא כל קרקורים הבוקעים מחדרי בטן זכאים לחסות תחת כנפי חופש הדיבור". כך, קבע בדעת מיעוט בפרשת רשת בתי הספר "קידום", כי הביטוי המסחרי אינו חוסה תחת חופש הביטוי, והצדיק את פסילת התשדיר שנאמר בו "לך תצטיין". בפרשת "ערוץ פלייבוי" העלה את הסברה שלפיה ייתכן שגם הביטוי הפורנוגרפי, אינו חוסה תחת חופש הביטוי, אף שנמנע מלהכריע בשאלה זו. בשני פסקי הדין הללו הביעה השופטת דליה דורנר את דעת הרוב ההפוכה.
הוא התנגד בלשון נרגשת ובציטוטי שירה להקרנת הסדרה "משפט קסטנר", פרי עטו של המחזאי מוטי לרנר, המטילה רבב בדמותה של חנה סנש, הוא גם התנגד להתערבות בהחלטה לפסול את הסרט "אימפריית החושים".
פרשת הוד-חפר.
דוגמה לשיקול דעתו השיפוטי של חשין היא פסיקתו בפרשת הוד-חפר. בדצמבר 2001 פסק חשין שאסור לרבנות הראשית לשלול את תעודת הכשרות ממשחטת "הוד מעולה" (בעמק חפר), רק בשל העובדה שהיא מוכרת בנפרד גם בשר לא כשר. הרבנות החזירה את ההכשר, אך פרסמה כי הכשרות ניתנה בצו בית המשפט, בניגוד לדעתם של הרבנים. עקב כך בוטלו הזמנות מהמשחטה והדיון חזר לבית המשפט. בספטמבר 2002 פסק חשין כי הרבנות הראשית לא צייתה לבג"ץ וביזתה את בית המשפט: "ואולם מהותה (של העתירה), מהות היא של הליך בזיון בית המשפט... כך בראש חוצות ובמופגן, עושה הרבנות הראשית לסיכול ולביטול פסק דין של בית המשפט הגבוה לצדק". חשין אף קרא ליועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, להעמיד לדין את הרבנים שהיו מעורבים בפרשה, וכן קרא לכנסת לבטל את חוק איסור הונאה בכשרות, משום שהרבנות עשתה בו שימוש שלא כהוגן.
עבירות צווארון לבן.
גישתו לעבריינות צווארון לבן הייתה כנראה המחמירה בבית המשפט. הוא הורה על דיון נוסף בזיכויו של שמעון שבס ונקט עמדת מיעוט תקיפה כשהתנגד למינויו של צחי הנגבי לשר לביטחון פנים. בהרכב של שבעה שופטים היה יחיד בדעתו כי יש מקום לבדוק שוב את החלטתו של מני מזוז לסגור את התיק של אריק שרון בפרשת "האי היווני". בראיון הפרישה שלו נימק זאת: "אני יכול רק לומר שכשאדם (גלעד שרון), בשביל לשוטט באינטרנט מקבל 600 אלף דולר והבטחה לעוד שני מיליון, צריך להיות שוטה כדי לחשוב שהוא באמת קיבל את הכסף בשביל העבודה".
חוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה).
במאי 2006 התפרסמה פסיקתו המפורסמת האחרונה של חשין לפני פרישתו. פסק הדין עסק בשאלת חוקתיותו של חוק שאוסר באופן כמעט גורף על איחוד משפחות של בני זוג ערבים-ישראלים עם בני זוגם הערבים מאזורי יהודה, שומרון וחבל עזה. בג"ץ, בהרכב מורחב של 11 שופטים, דחה את הטענה שיש לבטל את החוק בשל היותו בלתי חוקתי. פסק הדין המרכזי בדעת הרוב היה של מישאל חשין. בפסק דין עקרוני ונחרץ, פסק חשין שהזכות לכבוד האדם אינה גוזרת מתוכה חובה חוקתית המוטלת על המדינה להתיר כניסה לישראל לאזרחים זרים שנישאו לאזרחי המדינה, ומדינת ישראל, ככל מדינה בעולם, רשאית להגביל בחוק הגירתם של אזרחים זרים לישראל, בהם בני זוג של אזרחי ישראל.
עבירות סמים.
במספר פסקי דין קרא חשין להחמיר עם עברייני סמים. כך קבע: "המלחמה בסמים היא כמלחמת ישראל בעמלק. אשר על כן גם פעילות 'שולית', כביכול במסחר בסמים ראוי לנו שנילחם בה עד חורמה למען יראו הכל וייראו", וחזר על השוואה זו בפסק דין נוסף: "מלחמת החורמה בעברייני סמים נמשכת והולכת. מלחמה קשה היא, מלחמה ארוכה, והיא כמלחמת ישראל בעמלק". אמירות אלה צוטטו מאות פעמים בגזרי דין והעלו בצורה משמעותית את רף הענישה נגד צרכני סמים, סוחרים ומגדלים.
סגנון הכתיבה.