מסע הצלב השביעי הביא עם סיומו לעליית הממלוכים לשלטון, ולאחר התייצבות שלטונם במצרים פנה הסולטאן החדש ביברס לקצץ אט-אט במה שנותר מממלכת ירושלים הצלבנית. הממשל הממלוכי החדש השתלט על המזרח התיכון, מחק את פיצולי העבר, מורשת השושלת האיובית, איחד את חצרות האמירים העצמאיים והביא לאיחוד כוחות האסלאם בדומה לצלאח א-דין. בניית מנגנון אדמיניסטרטיבי אזרחי ומנגנון צבאי יעיל איפשר לממלוכים לממש כוח זה למטרות האסטרטגיות של הסולטנות. ב-1263 כבש ביברס את הר תבור ונצרת. ב-1265 את קיסריה וארסוף וב-1266 את מצודת צפת - מגדולי המבצרים הצלבניים בארץ ישראל. לאחר כיבוש ערי הנמל קבע ביברס עקרון ממלוכי חשוב - הוא הרס את המצודות לחלוטין ובאבניהן מילא את הנמל והוציא אותו מכלל שימוש, כך נמנעה הגשת סיוע ימי לצלבנים והמסחר הימי בין אירופה למזרח נותב אל ערי הנמל של מצרים במקום לנמלי ארץ-ישראל.
מותו של ביברס ב-1277, קטע את שרשרת מסעות המלחמה שהפכה את ממלכת הצלבנים לקבוצה של איים הנלחמים על חייהם. יורשו קלאון כבש את טריפולי וסימן את עכו - בירת הממלכה הצלבנית המפוררת כמטרתו הבאה על אף שביתת נשק שנכרתה לתקופה של עשר שנים. האסלאם לא היה יכול ולא רצה לקבל קיום ישויות מדיניות נוצריות עצמאיות בתוך הסולטנות המצרית איסלאמית. מלחמות הקודש בצלבנים יצרו הוויה והכרה של קדושה טריטוריאלית לארץ ישראל ועצם קיום ערים צלבניות נתפס כקיום טמא בגרון הישות המוסלמית. החשש מפלישה נוצרית - מסע צלב חדש שינצל את ערי החוף כראשי גשר היה מוטיב קבוע במדיניות הסולטנות הממלוכית. שרידי הממלכה הצלבנית עברו תהליך מקביל של התפוררות פנימית, וניתוק מחבל הטבור של אירופה. שליטי אירופה הגיעו למסקנה כי ממלכת ירושלים איננה חיונית ובעיות פנימיות העסיקו אותם עד שגורלה של ממלכת ירושלים נתקל באדישות. כך - בעת שממלכת ירושלים נלחמה על חייה סחרו הקומונות האיטלקיות עם מצרים וספקו לה חומרי גלם חיוניים לכושר לחימתה כגון עבדים, עצים וכיוצא בכך. כוחה של מדינת הצלבנים נשען בעת גסיסתה על המסדרים והקומונות וכך הפכה מדינת הצלבנים ללא יותר משורה של תחנות סחר על חוף הים התיכון ללא הינטרלנד העשוי להצדיק ולממן את קיומה. בתוך הטריטוריה שנותרה בשליטת הנוצרים בארץ הקודש נערכו קרבות של ממש בין הקומונות האיטלקיות ובין המסדרים הצבאיים הגדולים, ההוספיטלרים ומסדר אבירי היכל שלמה, שנהלו קרבות רחוב בעיקר ברחובות עכו. במקביל התנהלו ויכוחים ועימותים בשאלה מי הוא מלך ירושלים, סופם של דיונים בשאלה זו הותיר את ממלכת ירושלים ללא מנהיג בשעותיה הקשות ביותר.
בית ליזיניאן.
עם מותו של אנרי הראשון מלך קפריסין - ששימש כמחזיק כתר פיקטיבי עבור מלך פיקטיבי שמינה עוצר בן משפחת איבלין לשלוט בירושלים, עלה לכיסא המלוכה הקטין הוגו השני, מלך קפריסין ואת השלטון באי ניהלה למעשה הנסיכה פלזאנס מקפריסין בעוד ממלכת ירושלים ממשיכה להיות בשליטת מועצת האצילים המקומית בשליטת משפחת איבלין. על התקופה האחרונה לקיום המדינה אמר פרופסור יהושע פראוור כי "אינה אלא גסיסה ממושכת וחסרת תוחלת"
בשנת 1261 מתה פלזאנס והחזקה על כתר ירושלים עברה לאיזבל דה ליזיניאן ועם מותה בשנת 1264 החזיק בתואר הריק בנה הוגו השני, מלך קפריסין עד למותו בשנת 1267. בשנת 1268 נהרג קונרדין ושושלת המלכים הפיקטיביים של ירושלים נעלמה. בכל תקופה זו שלטו בארץ אצילי סיעת הברונים המקומיים בתהליך ששלל ממלכת ירושלים שלטון מרכזי ואיפשר אנרכיה מוחלטת בחסות החוק, הצדדים הניצים על הכתר עצמו החזיקו בתואר שהוגדר על ידי היסטוריון של התקופה "שאין בידו כוח ולא פיקוד ואין הוא אלא צל".
הוגו השלישי, מלך קפריסין ניצל את ההזדמנות ההיסטורית ואיחד את כתר ממלכת ירושלים עם כתר קפריסין. באותה שנה נפלה אנטיוכיה בידי ביברס ובא הקץ על נסיכות אנטיוכיה הצלבנית במרחץ דמים איום והוגו השלישי הגיע להסכם על ביברס על שביתת נשק עבור העיר עכו. ביום 24 בספטמבר 1269 נערכה הכתרתו של הוגו השלישי כמלך ירושלים בקתדרלה של העיר צור. שנה לאחר מכן הופיע דמות חדשה בפוליטיקה של ממלכת ירושלים ומסעי הצלב שארל הראשון, מלך נאפולי וסיציליה שבתור מחריב בית המלכות של פרידריך השני ראה עצמו כטוען לכתר ממלכת ירושלים.
בשנת 1271 כבש ביברס את המבצר הצלבני האדיר של קראק דה שבלייה - הגדול במזרח התיכון באפריל ובחודש יוני כבש את המבצר הטבטוני מונפורט והותיר את ממלכת ירושלים עם מספר מבצרים על חוף הים והעיר עכו. כך אחזה בצלבנים רוח של יאוש, המסדרים הצבאיים שהיו היחידים בעלי אמצעים להגן על הממלכה נמנעו מיוזמה צבאית, ובעת הופעת צבא מוסלמי מול מצודות וערים מעדיפים הנוצרים להציל את נפשם באופן זמני ולעבור לעיר נוצרית אחרת ולקבל הסכם כניעה המוצע להם. כך נחתמים הסכמים של שביתות נשק שאין למוסלמים כל כוונה לקיימם ואין לנוצרים כל יכולת לאכפם. יוצא דופן היה ההסכם שנחתם באפריל 1272 בקיסריה בין ביברס והוגו השלישי מלך ירושלים למשך 10 שנים שבדרך פלא אכן כובד ונתן לממלכת ירושלים תקופת חסד של שקט יחסי.
שארל מאנז'ו מלך ירושלים.
ב-1 במאי 1274 כינס האפיפיור גרגוריוס העשירי את מועצת הכנסייה השנייה של ליון, שבה הכריז על מסע צלב חדש, ועל גיוס אמצעים למימונו בצורת מיסים שיוטלו על כל המאמינים ברחבי אירופה (18 במאי של אותה שנה). הוא קיבל הבטחה מקיסר האימפריה הביזנטית כי יעשה ככל שביכולתו לסייע להצלחת משימה זו. ב-1275, פיליפ השלישי מלך צרפת, ודודו, שארל מאנז'ו, הכריזו על השתתפותם במסע הצלב. כחלק מההכנות למסע הצלב מכרה מריה מאנטיוכיה את זכויותיה לשארל הראשון מאנז'ו תמורת 4000 ליברות של טור ושארל קיבל בברכת האפיפיור את התואר מלך ירושלים - אף על פי שתואר זה כבר היה בידי הוגו השלישי מקפריסין שניסה לשנות את רוע הגזירה - ללא הצלחה. בשנת 1276 מת גריגוריוס העשירי ועימו התפוגגות תוכנית מסע הצלב והתקווה האחרונה להצלת ממלכת ירושלים. באותה שנה, בסערה של רוחות ותככים עזב איג השלישי את עכו מינה בה עוצר ממשפחת איבלין וכתב איגרות לאפיפיור ולמלכי אירופה בהן הוא מתלונן על האנרכיה השוררת בעכו ומבקש את עזרתם בהצלת ממלכת ירושלים.
בקיץ 1277 הגיע לעכו נציב מטעם שארל מאנז'ו, תפס את השלטון בעיר ואת מצודת העיר ולרגע נראה היה כי הפלגים הנוצריים, הקומונות האיטלקיות והמסדרים הצבאיים הצליחו להתאחד ולשכוח לרגע את סכסוכיהם. ביולי 1277 נפטר ביברס ובסוף שנת 1279 עלה לשלטון הסולטאן קלאון שמיד נאלץ להתמודד עם פלישה מונגולית שנעצרה בניצחון ממלוכי דחוק בקרב באזור חומס בשנת 1281. הממלוכים והצלבנים חתמו על הסכם שביתת נשק חדש מפורט ומדוקדק שכולל את השטחים עליהם חל ההסכם כמו גם התחייבות לשלומם של סוחרים, ספינות סוחר ולאיכרים וסעיפים משפילים במיוחד המחייבים את הצלבנים להודיע לממלוכים על כל מסע צלב מתוכנן.
התמונה הפוליטת השתנתה - שוב באופן בלתי צפוי עם ההתקוממות נגד הצרפתים בסיציליה שהחלה בפלרמו ב-29 במרץ 1282 ונודעה בשם "ערבית סיציליאנית" שהפילה את ממלכתו של שארל הראשון. אירועים אלו עירערו את מעמדו של שארל בעכו והחזירו לכיסא המלוכה הירושלמי את אנרי השני, מלך קפריסין שבהסכמת אצילי הממלכה הוכתר כמלך ירושלים ביום 15 באוגוסט 1285 - ההכתרה האחרונה של מלך צלבני בארץ הקודש. על ההכתרה העיבה מלחמה מחודשת של הקומונות הימיות שסחפו את שרידי הממלכה למערבולת חדשה של אלימות. ביום 17 במרץ 1289 הופיע צבא ממלוכי לפני חומות העיר טריפולי לאחר לחימה עיקשת החלו הציים של הקומונות לברוח מהעיר וביום 26 באפריל נפלה העיר, הממלוכים ערכו טבח בתושביה והרסו אותה עד היסוד. אנרי השני, מלך קפריסין הנושא גם בתואר הריק מלך ירושלים חתם עם הסולטאן את הסכם שביתת הנשק האחרון. העילה להתקפה הסופית ניתנה לסולטאן בתקרית שאירעה במהלך 1290 ובמהלכה ערכו עולי רגל נוצרים מאירופה פרעות בסוחרים מוסלמים, שהביאו מוצרי מזון לשוק בתוך העיר עכו. שלטונות העיר עכו סירבו להסגיר את הפורעים הנוצרים לידי נציגי הסולטאן וכך נתנו לקלאון עילה להכריז מלחמה שתופנה כנגד עכו.
כיבוש עכו.
בחודש מרץ 1291 החלו גדודים מוסלמים להאסף במישור עכו תחת פיקודו של הסולטאן הממלוכי החדש ח'ליל בן קלאון. המחנה הממלוכי שנאסף מול חומות העיר עכו היה מהגדולים שנאספו מול עכו בפרט ובימי הביניים בכלל. .