בבחירות באינדיאנה, החל האמפרי באסטרטגיה של שימוש במועמדים מקומיים כשלוחה למסע הבחירות שלו להחלשת יריביו. המושל רוג'ר ברנין תמך בהאמפרי באינדיאנה, והגיע למקום השני לאחר קנדי. הסנאטור סטפן יאנג התמודד עבורו באוהיו וניצח. בכמות הצירים הגדולה ביותר זכה בששת השבועות לאחר 10 במאי, כשמלחמת וייטנאם הפכה לנושא פחות חשוב בגלל ההתקדמות בתהליכי השלום. בסוף מאי השיג 57 צירים מפלורידה, כשהסנאטור ג'ורג' סמתרס ניצח את מקארתי והשיג 46% מהקולות. האמפרי גם השיג צירים מפנסילבניה לאחר השגת תמיכה מראש עיריית פילדלפיה, והשיג צירים מניו יורק, מינסוטה, מונטנה, יוטה, דלאוור וקונטיקט. שאר המועמדים ביקרו את האסטרטגיה, והאשימו את האמפרי בארגון "ועידת בוסים" בניגוד לרצון העם.
כעבור חודש, נרצח רוברט קנדי בלוס אנג'לס, מה שהוביל את האמפרי לחזור לביתו במינסוטה ולחשוב על המשך מסע הבחירות. האמפרי לקח חופשה של שבועיים ממסע הבחירות. הוא נפגש עם הנשיא ג'ונסון למשך שלוש שעות. ההתנקשות הבטיחה להאמפרי את הניצחון. האמפרי טען שלעולם לא רצה לנצח כך. תומכי קנדי רבים עברו לתמוך בהאמפרי, אולם הוא איבד תמיכה כספית מתומכים רפובליקניים שדאגו מתמיכת צירי קנדי, והתמיכה העממית עברה למקארתי. בנאומו בפני 50,000 איש ב-24 ביוני מול אנדרטת לינקולן, זכה לקריאות בוז אף על פי שנחשב לתומך זכויות האזרח. רבים חשבו שמדובר בתגובה אירונית, בהתחשב בכך שעשרים שנה קודם לכן זכה לקריאות בוז בוועידה הדמוקרטית עקב תמיכתו בזכויות האזרח. הוא ניסה להגן על עצמו מול תוקפיו הליברלים, אולם לעיתים קרובות תקפו אותו מפגינים נגד המלחמה. בסוף יוני היה ברור שהאמפרי עומד לנצח, אולם שהיה קרוב מדי לג'ונסון. האמפרי ביקש מג'ונסון רשות לסטות מעמדת הממשל ולהציע תוכנית להפסקת ההפצצות ולהסגת כוחות, וג'ונסון סירב בטענה שהדבר יפגע בתהליך השלום ויסכן חיילים. הוא טען שאם האמפרי יכריז על כך, דם חתנו ששירת בווייטנאם יהיה על ידיו.
ביולי, ביקר האמפרי את מקארתי על כך שהתלונן על המלחמה אולם לא הציע תוכנית שלום. לאחר מכן אתגר מקארתי את האמפרי לסדרת עימותים בנושא וייטנאם. האמפרי הסכים אולם הציע שיהיה רק עימות אחד לפני הוועידה. העימות לא התרחש בגלל פלישת הגוש המזרחי לצ'כוסלובקיה והתעקשות מועמדים אחרים להשתתף בעימות. בסוף החודש, החל האמפרי לשקול למנות את הסנאטור טד קנדי ממסצ'וסטס, אחיו הקטן של רוברט, לעמיתו למירוץ, בתקווה שיוכל להשיג את תמיכת הליברלים ולהקטין את הביקורת על כך שהיה קשור לג'ונסון. קנדי סירב. האמפרי ביקש מלארי או'בריאן, שהיה יושב ראש הוועדה הדמוקרטית הלאומית, לנהל את מסע הבחירות שלו. או'בריאן האמין שהאמפרי לא יוכל לנצח בבחירות אולם הצטרף בגלל תמיכה בהאמפרי. הוא טען שהמירוץ יהיה צמוד במיוחד.
לאחר שסגן הנשיא לשעבר ניקסון השיג את המועמדות הרפובליקנית, ערך האמפרי פגישה פרטית עם 23 תלמידי מכללות במשרדו. הוא שוחח על האקלים הפוליטי בלי לדעת שהיו כתבים בחדר. הוא טען שהנערים משתמשים במלחמה כ"אקספיזם" ומתעלמים מנושאי הפנים. הוא טען שקיבל אלפי מכתבים מנערים על המלחמה אולם שום מכתב על כך שמנע את הפלת תוכנית הסיוע לתלמידים עניים עקב כך ששבר תיקו בסנאט. לאחר שהיה ברור שהאמפרי ייבחר בוועידה, המשיכה המלחמה לפלג את המפלגה והכינה את הקרקע לקרב בשיקגו, והאמפרי קיווה להעביר את הוועידה למיאמי, פלורידה, הצעה שהנשיא ג'ונסון סירב לה.
הוועידה הדמוקרטית הלאומית.
לפני הוועידה, החליט הסנאטור ג'ורג' מקגוורן מדקוטה הדרומית להיכנס למירוץ כיורשו של קנדי. עם תחילת הוועידה, טען האמפרי שהיו לו מספיק צירים כדי לזכות במועמדות, אולם פרשנים פוליטיים פקפקו ביכולתו לשמור עליהם. המשלחת מטקסס הכריזה כעס על ניסיונו של מטה מקארתי לשנות את ההליכים וטענו שיבחרו שוב בג'ונסון. רוב הצירים של האמפרי היו תומכי ג'ונסון ויכלו לעבור אליו. בינתיים, מחוץ לאולם הוועידה, נערכו מחאות, וראש עיריית שיקגו נאלץ לפזר אותן. כ-6,000 חיילים ו-18,000 אנשי המשמר הלאומי הגנו על אתר הוועידה. עימות טלוויזיוני נערך בין האמפרי, מקארתי ומקגוורן. האמפרי קיווה לאחד את המפלגה ודיבר על שלום בווייטנאם, אולם שני המועמדים האחרים זכו לתמיכת הקהל.
האמפרי נבחר למועמד מפלגתו בסיבוב הראשון לאחר עימות בן שעתיים בין הצירים למחרת היום, כשהוא משיג 1759.25 צירים מול 601 למקארתי. מקגוורן השיג 146.5, ובהודעת תמיכתו בהאמפרי הודיע שהוא רוצה שיהיה "אדם בפני עצמו". מקארתי סירב לתמוך בו, אולם בשיחות עם האמפרי טען שלא יכול היה לתמוך בו מיד. האמפרי הצליח להעביר מצע שתמך במלחמת וייטנאם, אף על פי שהתחנן בפני ג'ונסון, ללא הצלחה, לפייס את יוני המפלגה. התוצאות גרמו למחאות לגבור, והובילו לשימוש בגז מדמיע אותו האמפרי יכול היה להריח בחדרו במלון. הוא גם קיבל שישה איומים במוות. היו דמוקרטים שביקרו את פיזור המחאות. בנאומו ניסה האמפרי לאחד את המפלגה והבטיח פוליטיקה חדשה. הוא ביקש מהמועמד הרפובליקני לשעבר נלסון רוקפלר להיות עמיתו למירוץ, אולם הוא סירב. לאחר מכן שקל האמפרי מועמדים אחרים. מושל טקסס ג'ון קונלי הוצע בידי הדמוקרטים הדרומיים, אולם הוא הציע את השגריר בווייטנאם, סיירוס ואנס. או'בריאן ופרד האריס הציעו את עצמם, וגם סרג'נט שרייבר נחשב למועמד. האמפרי בחר בסנאטור ובמושל לשעבר אדמונד מאסקי ממיין. מאסקי היה פעיל בנושאי זכויות אזרח ולמען איגודי העובדים, ולא נחשב לבעל עמדה חזקה בנוגע למלחמה, כך שפייס את הליברלים ולא הדאיג את הדמוקרטים הממסדיים. המועמד הרפובליקני ניקסון בירך את האמפרי על ניצחונו. מסע הבחירות החל.
בחירות כלליות.
כשמערכת הבחירות החלה, המאבק העיקש ביותר היה על מימון. הסקרים חשפו שהאמפרי פיגר אחרי ניקסון, וכך התרומות אליו התמעטו. הנשיא ג'ונסון סירב להשתמש בעוצמתו כדי לסייע לו לגייס כספים. כדי לשמור על עצמו, לווה האמפרי כספים רבים, וחצי מתקציב 11.6 מיליון הדולרים שהשתמש בו הגיע מהלוואות. עובדי המטה שלו החליטו לא להשקיע כספים בפרסומות ברדיו או בטלוויזיה עד לשלושת השבועות האחרונים. בספטמבר, הראה ג'ונסון את תמיכתו בהאמפרי וביקש מדמוקרטים מטקסס לתמוך בסגנו. ג'ונסון לא תמך בו באופן רשמי עד לנאומו ברדיו ב-10 באוקטובר. בינתיים, טען האמפרי בניו יורק שניקסון הוא נץ, ושרצה להילחם בווייטנאם עוד ב-1954. מאוחר יותר בבאפלו, פגש האמפרי במפגינים.
שני המועמדים השתמשו בסגניהם כדי לתקוף את המועמד השני. המועמד הרפובליקני לתפקיד סגן הנשיא, ספירו אגניו, טען שהאמפרי "רך מול קומוניזם" ו"רך מול אינפלציה ורך מול חוק וסדר". הוא השווה בינו לבין ראש ממשלת בריטניה לשעבר, נוויל צ'מברלין. אגניו ביצע כמה טעויות במהלך מסע הבחירות, בניגוד למאסקי שהצליח במסעו. במיזורי, לפני פגישה עם הנשיא לשעבר טרומן, ניסה מאסקי להגן על עמיתו מפני הקשר לממשל ג'ונסון. הוא טען שתחת ההיגיון הזה, על ניקסון להיות אשם בכישלונות ממשלו של דווייט אייזנהאואר. הוא טען שהרפובליקנים התעלמו מנושאים כחידוש עירוני, דיור, וסיוע ממשלתי לחינוך ולמערכות הביוב. מאסקי היה נואם מבריק, והצליח לסובב קהלים עוינים. במקרה אחד ביקר ממוחה נגד המלחמה להצטרף אליו אל הבמה. אף על פי שחיזק במקצת את האמפרי, ניקסון עדיין הוביל בהפרש של 15%, עם 44% לעומת 29% בסקר מ-27 בספטמבר. הדיפלומט ג'ורג' בול התפטר מממשל ג'ונסון כדי לסייע להאמפרי, בתקווה למנוע ניצחון של ניקסון. בסוף ספטמבר, הלכו סיכוייו של האמפרי וקטנו והתקשורת טענה שהרפובליקנים ינצחו. האמפרי הודיע באספה בבוסטון שבלי קשר לתוצאות, הוא רוצה שיזכרו שנלחם על מה שהאמין בו. The comment drew boos from the crowd. האמפרי התיש את עצמו כשטס ממקום למקום, אולם התעורר תמיד כשנאם מול הקהל.