אומדן הגודל המרבי של המגלודון הוא נושא שנוי במחלוקת. עם זאת, ישנו קונצנזוס בקרב הקהילה המדעית שמגלודון היה גדול יותר מכריש לווייתני. בשנת 1909 ניסה בשפורד דין לשחזר לראשונה את לסתו של המגלודון. מממדי השחזור של לסת זו, ניתן להסיק כי גודל הכריש היה כ-. מאידך גיסא, גילויי מאובנים חדשים והתקדמות בחקר החולייתנים הביאו להכרה בכך ששיקום הלסת של דין אינו מדויק. הסיבה העיקרית לאי-הדיוק נעוצה בכך שבזמנו של דין הידע על שיני המגלודון היה דל יחסית להיום. כיום, סבורים המומחים שגרסה משופרת של מודל הלסת של בשפורד דין תהווה כ-70 אחוז מהגודל המקורי. כדי לתקן שגיאות כגון אלה, השתמשו המדענים במאובנים חדשים, בידע משופר על האנטומיה של המגלודון ובשיטות מחקר כמותניות להערכת הגודל, המבוססות על קשרים סטטיסטיים בין גודל השן ואורך הגוף של העמלץ הלבן.
השיטה המוצעת על ידי ג'ון ה. רנדל.
בשנת 1973 הציג האיכתיולוג ג'ון ה. רנדל (John E. Randall) נוסחה לאומדן גודל המגלודון באמצעות חישוב הגודל של העמלץ הלבן. נוסחה זו נתונה על ידי החישוב הבא: אורך המגלודון במטרים = [(0.096) × (גובה הזגוגית בשן במ"מ)]. ההיגיון מאחורי הנוסחה הוא, שניתן להעריך את אורך המגלודון על פי גובה הזגוגית (המרחק האנכי של הלהב מבסיס זגוגית השן לקצה הזגוגית). שן המגלודון הגדולה ביותר שנמצאה באותה תקופה הכילה זגוגית בגובה של 120 מ"מ. על פי הנוסחה שלעיל, המסקנה היא שאורכו של הכריש היה כ-. עם זאת, ישנו פגם בשיטה זו, עליו הצביעו שני מומחי הכרישים ריצ'רד הליס (Richard Ellis), וג'ון א. מקוסקר (John E. McCosker) ב-1991: השניים הראו, כי זגוגית השן של הכריש אינה בהכרח גדלה בהתאמה לגידול באורך בעל החיים. תובנה זו הובילה לפיתוח דרכים חדשות ומדויקות יותר לקביעת הגודל של העמלץ הלבן ושל כרישים דומים.
השיטה המוצעת על ידי גוטפריד ועמיתיו.
לאחר מחקר יסודי ודגימות רבות של עמלץ לבן, שלושת המדענים, מיכאל ד. גוטפריד (Michael D. Gottfried), לאונרד ג'. וי קופגנו (Leonard J. V. Compagno) וס. קורטיס בואמן (S. Curtis Bowman), הציעו שיטה שמרנית אבל מדויקת יותר למדידת גודל העמלץ הלבן והמגלודון שפורסם בשנת 1996. השיטה היא: אורך המגלודון במטרים = - (0.22) + (0.096) × [(מקסימום גובה השן במ"מ)]. שן המגלודון הגדולה ביותר שהייתה ברשות הצוות הייתה שן קדמית עליונה שהגיעה לגובה של 168 מ"מ. שן זו התגלתה על ידי לאונרד ג'י. וי. קופנגו בשנת 1993, והיא הניבה תוצאה של . עם זאת, שמועות על שיניים גדולות יותר התגבשו באותה תקופה. הגובה המרבי של שן הנמדדת בשיטה זו היא בקו אנכי מקצה הכתר לתחתית האונות של השורש, במקביל לציר הארוך של השן. במילים אחרות, הגובה המרבי של השן היא גובה השיפוע שלה.
הערכת מסת הגוף.
גוטפריד ועמיתיו הציגו גם שיטה לקביעת מסת הגוף של העמלץ הלבן לאחר שלמדו את אורכו – הם בדקו 175 פרטים בכל שלבי הצמיחה השונים ושיערו את אומדן מסת הגוף של המגלודון. השיטה היא: משקל בק"ג = 3.29E-06[אורך מרבי (במטרים)3.174]. על פי שיטה זו מסת הגוף של מגלודון באורך 15.9 מטר תהיה כ-47 טונות.
השיטה המוצעת על ידי קליפורד ג'רמי.
בשנת 2002, חוקר הכרישים קליפורד ג'רמיה (Clifford Jeremiah) הציע אף הוא שיטה לקביעת גודלו של העמלץ הלבן וכרישים דומים (כלומר מגלודון). השיטה היא: אורך הכריש ברגל = [(רוחב שורש השן הקדמית העליונה בס"מ) x (4.5)]. זה אומר שכל סנטימטר של רוחב שורש השן הקידמית העליונה, מקביל ל-4.5 רגל באורכו של הכריש. ג'רמיה טען כי יש יחס קבוע וישיר בין היקף הלסת של הכריש ובין אורכו, וכי רוחב שורש השן הגדולה ביותר מאפשר להעריך את היקף הלסת. לשן הגדולה ביותר שברשותו של ג'רמיה היה שורש ברוחב של כמעט 12 ס"מ, שהניב תוצאה של אורך.
מקסימום גודל והחלטה.
מהמאובנים הקיימים כיום ניתן להסיק כי המגלודון הממוצע הגיע לאורך של כ-. בשנת 1994, טען הביולוג הימי, פטריק ג'. סצמברי (Patrick J. Schembri), כי המגלודון היה יכול להגיע לאורך מרבי של כ-25 מטר. הערכה המוקדמת ביותר לגודלו של המגלודון לא הביאה שום תוצאות. עם זאת, בשנת 1996, גוטפריד ועמיתיו העריכו כי המגלודון היה באורך של כ- מקסימום. הטכניקה לקביעת משקל הכריש שהוצעה על ידי אותו צוות, העלתה כי מסת הגוף של המגלודון הייתה 47 טונות.
מחקרים מדעיים מבהירים כי המגלודון הוא הכריש הגדול ביותר שחי אי פעם והוא בין הדגים הגדולים ביותר הידועים לבני האדם כיום.
שיניים ומכניקת הלסת.
בשנת 1990, צוות מדענים יפנים, ה. סקין (H. Sekine), ט. יונו (T. Uveno) ואו. סקמוטו (O. Sekamoto), גילו בחפירה ארכאולוגית בסאיטמה, יפן, שרידי מגלודון חלקיים עם סט כמעט מושלם של שיניים. סט כמעט מושלם של שיני מגלודון נמצא גם בלי קריק, קרוליינה הצפונית, ארצות הברית, ושימש בסיס לשחזור הלסת של המגלודון במוזיאון האמריקאי לתולדות הטבע שבניו יורק. סט שיניים זה פתר את התעלומה של קביעת מספר השיניים המדויק בכל שורה במלתעות של המגלודון. לפיכך, שחזורי לסת מאוד מדויקים הפכו לאפשריים. בשנים הבאות נמצאו עוד מערכות שיניים הקשורות למגלודון. בהתבסס על תגליות אלה, שני מדענים, ס. אפלגייט (S. Applegate) ול. אספינוסה (L. Espinosa), פרסמו את נוסחת השיניים (ייצוג של שיניים של חיה לגבי סוגי השיניים והסדר שלהן בתוך הלסת של החיה) של המגלודון בשנת 1996. רוב השחזורים המודרניים של לסת המגלודון מבוססים על נוסחת השיניים הזו.
נוסחת השיניים של המגלודון היא:
כלומר, למגלודון היו ארבעה סוגי שיניים שונים.
למגלודון היו שיניים חזקות במיוחד, והיו לו בסך הכל 276 שיניים אשר פרושות ב-5 שורות.
הפליאונטולוגים מציעים כי רוחב הלסתות של המגלודון היו כ-2 מטר.
עוצמת הנשיכה.
בשנת 2008, צוות של מדענים, בראשם סטיבן וורו (Stephen Wroe), ביצעו ניסוי כדי לקבוע את עוצמת הנשיכה של המגלודון והתוצאות שהתקבלו העלו כי המגלודון היה אחד מבעלי החיים החזקים ביותר בהיסטוריה. מגלודון באורך 15.9 מטר היה מסוגל להפעיל כוח נשיכה של כ-108,514 ניוטון (N) (כ-10.8 טון), ומגלודון באורך 20.3 מטר היה מסוגל להפעיל כוח נשיכה של כ-182,201 ניוטון (18.2 טון).
כוח הנשיכה של המגלודון, בגודל הנשיכה המקסימלי המשוער, הוא מעל 28 פעמים גדול יותר מהדנקליאוסטיוס שלו יש כוח נשיכה של 5.3 קילוניוטון, פי 10 יותר גדול מהעמלץ הלבן שלו יש כוח נשיכה של 18 קילוניוטון, מעל 5 פעמים יותר גדול מהטירנוזאור רקס שלו יש כוח נשיכה של 31 קילוניוטון וגם יותר גדול מזה של הפליוזאורוס, שלו יש כוח נשיכה של 160 קילוניוטון.
בנוסף, וורו ועמיתיו ציינו כי כרישים מבצעים פעולות נוספות בזמן האכילה, דבר אשר מגביר את עוצמת הנשיכה המופעלת על ידי הגולגולת. לכן הכוחות שהורגשו על ידי הטרף היו חזקים יותר מהכוחות שנמדדו על ידי הניסוי. את עוצמת הנשיכה יוצאת הדופן של המגלודון יש לקחת בחשבון בהקשר של גודלו הרב של הטורף וראיות ממאובנים המראים כי הוא היה טורף של חיות ימיות גדולות.
תפקוד השיניים.
השיניים החזקות של המגלודון היו חדות, דבר המשפר את חיתוך בשר הטרף. שורשי השיניים גדולים באופן משמעותי ביחס לגובה השן ולכן יש להן יתרון מכני גדול. שיניים עם תכונות אלו הם לא רק כלי חיתוך טוב, אלא גם מותאמות לתפיסת טרף חזק ורק לעיתים רחוקות נסדקות אפילו בעת חיתוך עצמות הטרף.
אנטומיה של השלד.
מלבד אומדן אורך המגלודון, גוטפריד ועמיתיו ניסו גם לקבוע את גודל כל השלד.
מבנה הלסת.
כדי להפעיל את השיניים הענקיות הללו, הלסתות של המגלודון היו צריכות להיות גדולות יותר, חזקות יותר ומפותחות יותר מאלו של העמלץ הלבן, ששיניו דקות יותר משיניו של המגלודון.
גולגולת סחוסית.
לגולגולת הסחוסית ("Chondrocranium") של המגלדון היה מראה מוצק וחסון יותר מזו של העמלץ הלבן, שאפשר לה להפעיל את המלתעות המסיביות ומלאות השיניים ביעילות.
סנפירים.
סנפירי המגלודון היו, באופן יחסי, גדולים יותר ועבים יותר מסנפירי העמלץ הלבן, סנפירים בגודל כזה היו דבר הכרחי לכריש בגודל ענק כמו המגלודון כיוון שהם עזרו לכוח ההתנעה ושליטה על תנועותיו.
שלד צירי.
באמצעות בדיקה יסודית של החוליה שהשתמרה מבלגיה, מתברר כי למגלודון היה מספר גדול יותר של חוליות, יותר מאשר לכל סוג גדול ומוכר של כרישים. רק אצל העמלץ הלבן מספר החוליות מתקרב לזה של המגלודון, דבר המעיד על הקרבה האנטומית בין שני המינים הללו.
השלד המלא.
על בסיס המאפיינים שהוזכרו למעלה, הצליחו גוטפריד ועמיתיו, בסופו של דבר, לשחזר שלד שלם של מגלודון, אשר הוצג במוזיאון הקלברט הימי, על האי סולמונוס, מרילנד, ארצות הברית. השלד המשוחזר של המגלודון הוא באורך 11.5 מטר. הצוות הדגיש כי שינויים קטנים בתכונות השלד של המגלודון הם אונטוגנים בטבע בהשוואה לזה של העמלץ הלבן, כפי שקורה אצל עמלץ לבן שגדל. בנוסף, שרידי המאובנים של המגלודון מאשרים כי היה בעל שלד כבד כשהיה בחיים.
שיקולי פלאואקולוגים.
יחסים עם קורבנות.