עד יוני 2011, ניתן יהיה לשווק מוצרים לטיפוח הגוף הנמכרים בהול פודס מרקט כאורגניים גם אם היו מכילים רכיבים שאינם רשומים על ידי ה-USDA כמקובלים לשימוש במזון אורגני. אורבאשי רנגן, מדען לבריאות סביבתית ציין כי "מוצרים המיוצרים באמצעות נפט ומרכיבים סינתטיים או כימיים אחרים, האסורים במזון אורגני, ניתן למצוא בין השמפו והקרמים האורגניים המיוצרים על ידי Avalon, Nature's Gate, Jason Natural Cosmetics, Kiss My Face ומותגים אחרים". הסיבה לכך היא שההנחיות הפדרליות המסדירות את תיוג המזון האורגני אינן חלות על קוסמטיקה. החל מיוני 2011, מוצרי טיפוח אישיים שנמכרו בהול פודס נדרשו לעמוד באותם תקני התוכנית האורגנית הלאומית של ה-USDA. למוצר המשווק כ"אורגני" דרוש שיכיל 95 אחוז או יותר רכיבים אורגניים מוסמכים.
במאמר cוול סטריט ג'ורנל באוגוסט 2009, הודה ג'ון מקיי כי החברה שלו איבדה קשר עם שורשי המזון הטבעיים שלה ותנסה להתחבר מחדש לרעיון שבריאות הושפעה מאיכות המזון הנצרך. הוא הצהיר כי החברה תתמקד יותר בחינוך לבריאות בחנויות שלה.
מערכות דירוג.
במאמץ לאפשר ללקוחותיהם שקיפות מלאה ברכישה, הול פודס מרקט פיתחה מספר מערכות דירוג בחנות למחלקות שונות. למחלקת פירות ים קיימת מערכת דירוג קיימות לפירות ים שנתפסים בר ואילו פירות ים מגודלים בחוות חייבים לעמוד בתקני החקלאות שניהם מדורגים על פי מבקרי צד ג'. למחלקת הבשר קיימת מערכת דירוג בשיתוף עם השותפות העולמית לבעלי חיים המבוססת על רווחת בעלי חיים. במחלקת התוצרת יש מערכת דירוג המבוססת על נוהלי חקלאות הכוללים מדדים לסביבה של חווה, שקיפות GMO, בטיחות עובדים ושיטות עבודה. למחלקת המכולת יש מערכת דירוג בקנה מידה אקולוגי עבור מוצרי הניקוי שלה המודדת את השפעתם הסביבתית. כל מערכת קיימת כדי לאפשר ללקוחות לבצע את הבחירות המשכילות ביותר בשוק Whole Foods Market. יש מאמצים ליצור יותר מערכות דירוג במחלקות אחרות.
תיוג מוצרים של GMO.
שוק המזון המלא הודיעה על כוונתה לספק ללקוחותיה תוויות GMO (אורגניזם מהונדס גנטית) עד 2018. מאמצי השקיפות ל-GMO מנהלים את מכלול המחלקות. בעוד המאמצים נמשכים בייצור, הול פודס ממליצה לקנות מזון אורגני או להתייחס ל-"מערכת הדירוג שלהם לייצור אשר מחייבת את המגדלים לחשוף שימוש בזרעי GMO או חומר צמחי". במחלקת מאכלי הים מתוכננות תוכניות להשקת תהליך אימות מוצרים שאינם GMO לדגים מגודלים בחוות. נכון לעכשיו, אין תקנות בהיבט האורגני של מחלקת החקלאות של ארצות הברית אודות מאכלי ים מעובדים.
רכישה.
הול פודס מרקט רוכשת מוצרים למכירה קמעונאית מספקים סיטונאים מקומיים, אזוריים ובינלאומיים. מרבית הרכישות מתרחשות ברמה האזורית והארצית כדי לנהל משא ומתן על הנחות נפח עם ספקים ומפיצים גדולים. קונים אזוריים וקוני חנויות מתמקדים במוצרים מקומיים ובכל המוצרים הייחודיים הנחוצים כדי להבטיח תחושת שוק שכונתי בחנויות. הול פודס טוענת כי החברה מחויבת לקנות מיצרנים מקומיים העומדים בתקני האיכות שלה, תוך שהיא מתמקדת יותר ויותר ברכישתם במסגרת תוכניות הייצור והיצרנים הישירים. באזורים מסוימים ישנם עובדים המכונים "forager" (מזויף), אשר תפקידם הבלעדי הוא להביא מוצרים מקומיים לכל חנות.
התכנית האורגנית הלאומית.
הול פודס היא המכולת הראשונה בארצות הברית שמקיימת עמידה מוסמכת בסטנדרטים של התוכנית הלאומית האורגנית, הכוללת מעקב אחר מוצרים מרגע הגעתם לחנויות ועד להצבתם בעגלת קניות.
אחריות מסחר מלאה.
באפריל 2007 השיקה הול פודס מרקט את אחריות המסחר המלאה, יוזמת רכישה המדגישה אתיקה ואחריות חברתית הנוגעת למוצרים שיובאו מהעולם המתפתח. הקריטריונים כוללים מחירים הוגנים לגידולים, פרקטיקות סביבתיות, שכר ותנאי עבודה טובים יותר לעובדים והתניה שאחוז אחד מהתמורה ממוצרים מוסמכים של כל הסחר הולך לקרן הול פלאנט לתמיכה בתוכניות הלוואות במדינות מתפתחות. מטרת החברה, שפורסמה בשנת 2007, היא להחזיק לפחות כמחצית מהמוצרים המיובאים ממדינות אלה עד שנת 2017.
מאמצים.
הול פודס מרקט בעלת מדיניות של תרומה של לפחות חמישה אחוזים מהרווחים השנתיים שלה למטרות צדקה. חלק מהמנדט הזה מתבצע באמצעות תרומות ברמת החנות הנערכות ב-"ימי 5%" מסוימים לאורך השנה. שאר התרומות מגיעות מפרויקטים ממוקדים שונים של החברה.
מעורבות סביבתית.
במאי 1999 הצטרפה הול פודס מרקט מועצת המפקדות הימית (MSC), ארגון עצמאי עולמי, שאינו למטרות רווח, המקדם דגי בר-קיימא ומנהגי דיג אחראיים ברחבי העולם כדי לסייע בשימור מלאי הדגים לדורות הבאים. החברה החלה לראשונה למכור פירות ים מוסמכים של MSC בשנת 2000, ומבחר הולך וגדל של דגי MSC מוסמכים ממשיך להיות זמין.
הול פודס הוצבה במקום השלישי ברשימת סוכנות ההגנה על הסביבה האמריקאית של "25 השותפות המובילות של הכוח הירוק". החברה קיבלה גם את פרס EPA - "הכוח הירוק" בשנת 2004 ו-2005, ופרס שותף השנה בשנת 2006 ו-2007. דו"ח הסוכנות להגנת הסביבה (EPA) דיווח ב-8 בינואר 2007 על הול פודס מרקט כקונה השנייה בגודלה של הכוח הירוק בפריסה ארצית, וצוין כי כי פעולותיה מסייעות להניע פיתוח מקורות אנרגיה מתחדשים לייצור חשמל. דו"ח ה-EPA הראה כי הול פודס מרקט השתמשה ב-463.1 מיליון קילוואט בשנה, בשימוש של מאה אחוזים נטו במקורות ביומסה, גיאותרמיים, סולאריים וברוח.
הול פודס חתמה על הסכם עם SolarCity להתקנת פאנלים סולאריים עבור 100 חנויות.
אי שימוש בפלסטיק.
בינואר 2008, היה הול פודס מרקט הסופרמרקט הראשון בארצות הברית שהתחייב לבטל לחלוטין שקיות מכולת פלסטיק חד פעמיות כדי לסייע בהגנה על הסביבה ובשימור המשאבים. חנויות רבות משמשות נקודת איסוף עבור קונים על מנת למחזר את שקיות הניילון שלהם.
ביום כדור הארץ, 22 באפריל 2008, הול פודס מרקט ביטלה את השימוש בשקיות מכולת פלסטיק חד פעמיות ברחבי החברה, לטובת שקיות לשימוש חוזר או שקיות נייר המיוצרות מנייר ממוחזר. החברה גם החלה להציע את "התיקים הטובים יותר", תיק מכולת גדול וצבעוני המיוצר בעיקר מבקבוקים ממוחזרים. המעבר ממערכת הנייר / הפלסטיק המסורתיים לשקיות ידידותיות לסביבה וניתנות לשימוש חוזר, ידוע כיוזמה שהחברה מכנה "Bring Your Own Bag" (בעברית: הבא תיק משלך). הקמפיין מכוון לצמצום הזיהום על ידי ביטול שקיות הניילון וצמצום הפסולת על ידי עידוד שימוש חוזר בשקיות רב פעמיות של 5–10 סנט, תלוי בחנות.
טיפול אנושי בבעלי חיים.
בשנת 2002, הארגון אנשים למען יחס מוסרי בבעלי חיים החלו לעתור להול פודס כדי לנקוט צעדים להבטחת שיפור הטיפול בבעלי חיים שנמכרו בחנויות.
הול פודס הקימה את הקרן לחמלת בעלי חיים בינואר 2005, עמותה נפרדת, במטרה לסייע ליצרנים אחרים לפתח את מנהגיהם לגידול בעלי חיים באופן טבעי ואנושי. על פי תקני איכות הבשר של הול פודס ותקני החמלה בעלי חיים, משיכת נוצות מברווזים חיים, חריצת קצות כפות הרגליים, הסרת הבוהן ומצבים נוספים נאסרו לחלוטין בגידול הברווזים להול פודס. כל ברווזים המטופלים בדרך זו, המטופלים באנטיביוטיקה או אנטי-מיקרוביאליים, משובטים, מהונדסים גנטית או שאינם מורשים טיפול רפואי במידת הצורך, יש להסירם ממלאי הול פודס מרקט.
רעלים.
בינואר 2004, בקליפורניה, קבוצת העבודה הסביבתית והמרכז לבריאות הסביבה הציגו הודעה על כוונה להגיש תביעה נגד רעלנים של יצרני סלמון, אליהן הצטרפה הול פודס, שהדגישה את כישלונן של חברות להזהיר את הצרכנים שהדגים הכילו רמות שעלולות להיות מסוכנות של כימיקלים מסרטנים המכונים PCBs.
בפברואר 2006 הגישו בעלי המניות בהול פודס בקשה מהתאגיד לדווח על כימיקלים רעילים שנמצאו במוצריה כדוגמת ביספנול A, שנמצא במוצרים כמו בקבוקי תינוקות וכוסות ילדים. כיום הול פודס כבר לא מוכרת בקבוקי תינוקות וכוסות ילדים המיוצרים עם חומר זה. בעקבות הדאגה לבטיחות ייבוא פירות ים מסין, ב-10 ביולי 2007, דיווח הוושינגטון פוסט כי הול פודס מייבאת כמות קטנה של שרימפס קפואים מסין, המהווה פחות מ-2% ממכירות פירות הים של החברה. דובר הול פודס התייחס לנושא ואמר כי "אנו לא מודאגים מפחות משני האחוזים. זה עסק רגיל עבורנו".
ביקורת ומחלוקות.
הסופר מייקל פולן טען שרשת הסופרמרקט הצליחה היטב בהרחבת השוק האורגני, אך עשתה זאת במחיר המזונות המקומיים, היצרנים האזוריים והמפיצים. חלקים מהדיון התרחשו בפומבי באמצעות סדרת מכתבים בין פולן למנכ"ל שוק הול פודס מרקט, ג'ון מקיי.
הול פודס הודיעה ביוני 2006 כי תפסיק למכור לובסטרים וסרטנים חיים, אך בפברואר 2007 הפך חריג הסניף בפורטלנד, מיין, בגלל יכולתו לעמוד ב"סטנדרטים אנושיים ". הלובסטרים מוחזקים בתאים פרטיים במקום להיערם זה על זה במיכל, ועובדים משתמשים במכשיר שמעניק להם שוק של 110 וולט כדי שלא ירתחו אותם חיים בסיר מים. על ההחלטה הזו נמתחה ביקורת על ידי טרובור קורסון, דייג לובסטרים לשעבר.
רוני קומינס, המנהל הארצי של איגוד הצרכנים האורגניים בארצות הברית, אמר כי "הול פודס מרקט היא כעת קמעונאית בקופסאות גדולות - והיא מודאגת הרבה יותר מתחרות עם הקופסאות הגדולות האחרות מאשר סוגיות של אתיקה וקיימות." באופן דומה, טוענת החוקרת סטייסי מיטשל מפרויקט הכללים החדשים כי השיווק האגרסיבי של התאגיד של האוכל המקומי הוא יותר הייפי מאשר מעשי.
התאגיד זכה גם לביקורת על מדיניותו האגרסיבית לקידום מותגים פנים-אנושיים (למשל, 365) על חשבון מותגים עצמאיים קטנים יותר או מקומיים.