לואיס השקיף על עולם הנצרות ועולם האסלאם כתרבויות הנתונות בהתנגשות נצחית מאז הופעת האסלאם במאה ה-7. במסתו "שורשי הזעם המוסלמי" טען כי המאבק בין המערב לאסלאם עלה מדרגה. לפי מקור אחד, המסה שלו (ובהרצאת ג'פרסון שלו משנת 1990, שעליה התבססה המסה), הציגה לראשונה את המונח "התנגשות הציביליזציות" בפני צפון אמריקה. יש הזוקפים לזכות המסה הזו את המונח "התנגשות הציביליזציות", שזכה לפרסום רב בשל הספר בעל אותו שם שכתב סמואל הנטינגטון (הנטינגטון הסכים על כך שלואיס השתמש בביטוי קודם לכן); אולם, מקור אחר מצביע על כך שלואיס השתמש לראשונה בביטוי "התנגשות הציביליזציות" בוועידה בוושינגטון שנערכה ב-1957, שם מתועד הדבר.
ב-1988 קרא לואיס בעיתון הלונדוני "אל-קודס אל-ערבי" הצהרת מלחמה על ארצות הברית מאת אוסאמה בן לאדן, אדם עליו מעולם לא שמע לפני כן, אף על פי שהוא יזם התקפות הטרור באפריקה ובמזרח התיכון. במסה פרי עטו, "רישיון להרוג", הצביע לואיס על כך ששפתו של בין-לאדן מביעה "אידאולוגיה של ג'יהאד" והתריע על כך שבין-לאדן יהיה סכנה למערב. מסה זו פורסמה אחרי שממשל קלינטון וקהילת המודיעין האמריקאית החלו לנהל מצוד אחרי בין-לאדן בסודאן ובאפגניסטן.
בשנת 2008, נשאל על מעורבות אמריקאית עתידית במזרח התיכון. "זהו כנראה הדבר הקשה ביותר לצפות, תפקידה של ארצות הברית בעתיד באזור", השיב לואיס בזהירות. "באופן כללי, סביר יותר שארצות הברית לא תהיה בעמדה מרכזית באזור מאשר שתיטול עמדה שכזו".
לגישתו, המוסלמים עלולים להדרדר לעריצות פנאטית, אשר תהיה הרסנית עבורם ואיום על שאר העולם. או שהם יצליחו לפתח מותג דמוקרטי משלהם.
ספרים ומאמרים.
"ארץ של מכשפים".
הספר (במקור: "Land of Enchanters") הוא אסופת סיפורים מצרים בערבית ובמצרית עתיקה. לואיס תרגם את הסיפורים מערבית וערך את הספר.
"הערבים בהיסטוריה".
זהו ספר פופולרי, שזכה לתפוצה רחבה. לואיס סוקר בצורה מקיפה את ההיסטוריה של עמי ערב, מהתקופה שקדמה לאסלאם ועד לימינו. הדגש בספר אינו על ההיסטוריה של הערבים, אלא הוא מתמקד במקומם של הערבים בהיסטוריה של העולם. הספר, מספריו הראשונים, ראה אור לראשונה ב-1950 וזכה למספר מהדורות, האחרונה שבהן ב-2002, עת שכתב את הספר. לואיס כתב מאמר שבו תיאר את תהליך הכתיבה המחודש של הספר. הספר תורגם לעברית ויצא בשתי מהדורות, האחרונה בהן בהוצאת דביר ב-1995, בתרגומו ובעריכתו המדעית של יהושע פרנקל. תורגם גם לערבית.
הערות ומסמכים מהארכיבים הטורקיים.
ספר זה (במקור: "Notes and Documents from the Turkish Archives") הוא פרסומו הראשון של לואיס שהוא תוצר עבודתו על הארכיב הטורקי, ועוסק בעיקר בהיסטוריה של ארץ-ישראל תחת השלטון העות'מאני.
"אוכלוסייה והכנסות בערי ארץ ישראל במאה ה-16".
הספר (במקור: "Population and Revenue in the Towns of Palestine in the Sixteenth Century") נכתב ביחד עם פרופסור אמנון כהן וראה אור ב-1978 בהוצאת אוניברסיטת פרינסטון. השניים השתמשו לצורך ספרם במפקדי האוכלוסין שערכו העות'מאנים בפרובינציות השונות שכבשו. כהן ולואיס בדקו את מפקדי שש הערים העיקריות של ארץ ישראל: ירושלים, חברון, שכם, עזה, רמלה וצפת. מפקדים אלה נערכו מדי 10–15 שנה, והיה ניתן להבין מתוכם את המפה הדמוגרפית – לא רק תמונה סטטית אלא תמונה דינמית: כיצד גדלה או קטנה האוכלוסייה בארץ ישראל.
"צמיחתה של טורקיה המודרנית".
ספר זה, שראה אור לראשונה בשנת 1961, פורס את ההיסטוריה של טורקיה המודרנית, החל מדעיכתה והתמוטטותה של האימפריה העות'מאנית עד לימים אלה. הספר תורגם לערבית ולטורקית ונמכר בארצות ערב.
הספר תורגם לעברית בידי משה זינגר ורבקה גוטליב ופורסם בשלוש מהדורות בהוצאת מאגנס, האחרונה שבהן בשנת תשנ"א.
"היסטוריונים של המזרח התיכון".
הספר (במקור: "Historians of the Middle East") מתאר איך ההיסטוריה נראתה בעיני ההיסטוריונים של המזרח התיכון.
"החשישים: כת קיצונית באסלאם".
בספר מתחקה לואיס אחר הכת האסלאמית הסודית בת ימי הביניים הקרויה החשישיים, שהשתמשה במתנקשים על מנת להשיג מטרות פוליטיות, צבאיות ודתיות. הכת נחשבת לכופרת באסלאם. הספר יצא לאור במהדורה מעודכנת.
הספר יצא לאור במהדורות רבות ותורגם לערבית, פרסית וטורקית. לעברית תורגם בידי משה אילן, בעריכתו המדעית של מאיר בר-אשר, והופיע בהוצאת מאגנס בשנת תש"ס 2000.
"הגילוי המוסלמי של אירופה".
הספר (במקור: "The Muslim Discovery of Europe") מתאר איך המוסלמים ראו את אירופה ומה הם ידעו עליה.
"היהודים בעולם האסלאם".
הספר מספק סקירה מקיפה על ההיסטוריה של מצב היהודים החיים בעולם האסלאם (לעומת ליהודים בעולם הנצרות). הפרק הראשון, "אסלאם ודתות אחרות", מתאר כיצד רואה העולם האסלאמי את האחר. הספר תורגם לעברית בידי מרים שקד וראה אור בהוצאת מרכז זלמן שזר בשנת 1996.
"האסלאם והמערב".
הספר "האסלאם והמערב" עוסק ביחסים שבין האסלאם לתרבויות המערביות. הוא נחלק לשלושה חלקים: החלק הראשון מטפל בהיסטוריה של יחסי הגומלין בין אירופה לעולם האסלאמי. החלק השני עוסק בתפישות שהתגבשו בחברות הללו כתוצאה מהמגעים האלה. החלק השלישי הוא החלק האחרון ועוסק בתגובות המוסלמיות למערב בתקופות השונות.
הפרק "שאלת האוריינטליזם" חוקר את משמעות המונח "אוריינטליזם". המחבר מראה שהשימוש במונח זה היה רווח עד לפני זמן לא רב על מנת לציין שתי משמעויות: ענף במחקר או אסכולה בציור; אולם לואיס טוען שכעת היא קיבלה משמעות חדשה, "של התייחסות לא-אוהדת או עוינת לעמי המזרח"
היות שהגענו לנקודה שבה גישות רבות שאלו את המונח "אוריינטליזם", טוען לואיס שהמזרחנים (שכונו "אוריינטליסטים") ויתרו על המושג באופן רשמי בקונגרס הבינלאומי ה-29 של המזרחנים ב-1973. לואיס מקונן שאף על פי שהשימוש במונח הושב לתחייה, הוא הוסב לשימוש פולמוסני.
הפרק סוקר בקצרה את עליית המגמה האנטי-אוריינטליסטית, שלה מגוון מקורות שמשתרעים ממזרחנים, ללאומנים ערבים ועד לתאורטיקנים מרקסיסטים, ולבסוף הוא מגיע לאדוארד סעיד, הפרשן העיקרי של זרם זה בארצות הברית. חלק ניכר מיתר הפרק מוקדש לביקורת על ספרו של סעיד "אוריינטליזם" (1978). לואיס סבור שהצלחת ספרו של סעיד נבעה מעמדתו האנטי-מערבית, ושימושו ב"רעיונות, ובשפה של זרמים ספרותיים, פילוסופיים ותאוריות פוליטיות אופנתיים בני זמננו". ובכך שהוא פישט יתר על המידה רעיונות מורכבים. הפרק חותם בסקירה קצרה של ביקורת נגד מגמה זו מצידם של הוגים ערבים כמו הפילוסוף המצרי פואד זקאנה.
"מוזאיקה של המזרח התיכון".
ספר זה (במקור: "A Middle East Mosaic") הוא אסופה ממגוון רחב של מקורות שלואיס תרגם לאנגלית.
"משבר האסלאם: ממלחמה מקודשת לטרור רצחני".
ראשיתו של הספר במאמר שפרסם לואיס ב"ניו יורקר" בנובמבר 2001.
המחבר סובר כי העולם האסלאמי נתון במאבק פנימי לגבי דרך הטובה ביותר שיש להתייחס לבעיות שבהן נתונות רבות מהחברות שלו ולבסוף לפתור אותן: כלומר, העוני הפושה, פער סוציו-אקונומי קיצוני בין המעמדות השונים בחברה, ריבוי משטרים עריצים וחוסר היכולת להדביק את השווקים המתעוררים. המשבר נוגע לבחירה שהעולם האסלאמי עומד בפניה, בין שני פתרונות מנוגדים ומוחלטים. המחבר סבור כי המשבר מגיע לשיאו בצורת התפשטות הנשק הגרעיני במזרח התיכון.
אל מול אלו בתוך עולם האסלאם הטוענים שהפתרונות לבעיות הללו יבואו בדמות התרחבות הכלכלה החופשית והחופש הפוליטי ניצבות תנועות אסלאמיות פונדמנטליסטיות, שהבולטת שבהן היא הווהאביה, שמטילה את האחריות לכל החוליים על כל מה שמודרני ועל ההשפעה המערבית על העולם האסלאמי ודוגלת בדחייה בלתי-מסויגת של כל מה שמערבי. התנגדות זו כוללת אלימות נגד ארצות ואינטרסים מערביים, ובמיוחד ההתנגדות לשליטים המוסלמיים ה"כופרים" שמאמצים דרכים "מערביות". הפונדמנטליסטים מחפשים ליצור חברות אשר יהיו מבוססות על המשפט האסלאמי ועל מנהגי המסורת. המחבר מתריע שהפתרון לעימות בין ההשפעות המערביות להשפעות האנטי-מערביות בתוך העולם האסלאמי יקבע אם העולם האסלאמי יקנה לו שביתה לצד ארצות אחרות בקהילה הגלובלית או ייסוג לאחור בעודו נתון במאבק חריף עם המדינות הלא-מוסלמיות.
הספר תורגם לעברית בידי מנשה ארבל וראה אור בעברית בהוצאת דביר בשנת התשס"ו 2006.
"מוזיקה של תוף רחוק".
ספר זה (במקור: "Music of a Distant Drum") הוא אסופת שירים שלואיס תרגם לאנגלית מערבית, פרסית, טורקית ועברית.
"מה השתבש?".
הספר "מה השתבש?" (2002) הוא ספר עיון קצר, המיועד לקהל הרחב, שנכתב מעט לפני פיגועי 11 בספטמבר. הוא תורגם לשפות רבות, בהן עברית, וזכה להצלחה מסחרית.
הספר מפרט רבים מכשלי הבאת המודרניזציה לעולם האסלאמי, ובסיומו מעלה בקצרה סיבות אפשריות לשיבוש שחל בעולם המוסלמי.
"מבבל לדרגומן".
הספר "מבבל לדרגומן" (במקור: "From Babel to Dragomans") ראה לאור בשנת 2004 והוא מכיל סדרת מאמרים ונאומים שראו אור מעל במות מקצועיות שונות במהלך ארבעת העשורים הקודמים ונושאיהם הם המזרח התיכון ועולם האסלאם.
"שורשי הזעם המוסלמי".