מקורותיה של התנועה מתוארכות ככל הנראה למאות ה-17 וה-18 באימפריה הרוסית. האמונה כי נוכחות האל מצויה בכל אדם הובילה אנשים אלו לכפירה בכמורה ובמימסד הכנסייתי כמתווך לא נחוץ בין האדם לאלוהיו. הם דחו את הממשלה החילונית וכן את הכנסייה הרוסית האורתודוקסית, כשהם מחזיקים באמונה כי התנ"ך הוא המקור העליון של ההתגלות האלוהית. הם האמינו באלוהיותו של ישו, נתנו דגש לפרשנות אישית, ועוררו עליהם אנטגוניזם הן מצד הממשלה והן מצד הכנסייה. בשנת 1734 הוציאה נגדם הממשלה צו בעוון "איקונוקלאזם".
סילבן קולסניקוב (רוסית: Силуан Колесников) היה המנהיג המוכר הראשון של הדוחובורים, ופעל בשנים 1755- 1775. הוא הגיע מהכפר ניקולסקוי שבפלך יקטרינוסלב (היום באוקראינה). היה איש ספר אשר הושפע מרעיונות של מיסטיקנים מערביים כמו קרל פון אקרטשאוזן, ולואיס קלאוד דה סינט-מרטין.
הדוחובורים הראשונים כינו עצמם "אנשי האל" או פשוט "נוצרים". שמם המודרני, בהטייה קלה שפירושה המילולי "נאבקי-רוח" הוצמד להם לראשונה ב-1785/6 על ידי אמברוסיוס, הארכיבישוף של יקטרינוסלב או יורשו ניקפור. כוונת הארכיבישוף הייתה ללעוג להם ככופרים הנאבקים כנגד רוח הקודש, אולם מאוחר יותר, ככל הנראה בתחילת המאה ה-19, אימצו הדוחובורים שם זה, תוך הטיה קלה, כרומזים כי אינם נלחמים כנגד רוח הקודש, אלא למענה. השימוש הרשמי הראשון בשם זה מתועד בצו ממשלתי מ-1799 על הגליה של 90 מבני הכת לפינלנד, בשל תעמולה אנטי מלחמתית .
ב-1802 עודד הצאר אלכסנדר הראשון את יישובם מחדש של מיעוטים דתיים באזור שכונה "שביל החלב סביב נהר מולחינה" באזור מליטופול (כיום בדרום אוקראינה), מתוך מוטיבציה כפולה – יישובו המהיר של חבל הארץ העשיר של החוף הצפוני של הים השחור, ומניעת "הכופרים" מ"זיהום" האוכלוסייה הכללית ברעיונותיהם. דוחובורים רבים, קיבלו את הצעתו של הצאר והיגרו מאזורים שונים של האימפריה לאזור זה, במקביל התיישבו באזור גם מנוניטים שישבו בפרוסיה המערבית.
גלות קווקז.
הצאר ניקולאי, זמן קצר לאחר הכתרתו הוציא צו (6 בפברואר 1826) שמטרתו לאלץ את הדוחובורים להתבולל באמצעות גיוס כפוי, איסור מפגשי הקהילה, ועידוד ההמרה הדתית לכנסייה האורתודוקסית. באוקטובר 1830 פורסם צו נוסף שהכריז כי כל האנשים הכשירים החברים בתנועות מיעוט דתיות המטיפות כנגד הכנסייה הממוסדת מחויבים בגיוס לצבא הרוסי ויישלחו לאזור הקווקז, הבלתי כשירים, כולל הנשים והילדים ייושבו מחדש ביישובים באזור הקווקז. כ-5,000 דוחובורים ייושבו מחדש בגאורגיה באזור נפת אחלכלכי בין השנים 1841–1845. מאוחר יותר ייושבו באזורים נוספים בגיאורגיה. לאחר הכיבוש של העיר קראס, וחתימת חוזה סן סטפנו ב-1878 היגרו מספר דוחובורים מפלך טביליסי לאזור קארס, הנמצא היום בטורקיה.
מנהיג הדוחובורים שהגיעו לאזור הקווקז מאוקראינה ב-1841 היה אילריון קלמייקוב (רוסית: Илларион Калмыков), הוא מת באותה שנה ובנו פטר קלמייקוב ירש אותו. עם מותו של פטר קלמייקוב ב-1864 ירשה את ההנהגה אלמנתו - לוקריה וסיליבנה גובנובה קלמייקובה (רוסית: Лукерья Васильевна Губанова). שושלת קלמייקוב הקימה בכפר גורלובקה את אחת הקהילות הדוחובוריות בגיאורגיה. לוקריה כובדה על ידי השלטונות האזוריים אשר שיתפו פעולה עם הדוחובורים במספר נושאים. מספר הדוחובורים באזור הקווקז הגיע לכ-20,000 בעת מותה בשנת 1886. באותה התקופה הפכו הדוחובורים לצמחונים ונחשפו לרעיונותיו של לב טולסטוי, אותם מצאו קרובים להשקפתם, והושפעו מהם.
תחיה דתית ומשבר.
מותה של לוקריה, שלא היו לה יורשים, לווה במשבר מנהיגותי. היא קיוותה שהמנהיגות תעבור לעוזרה פטר וסילוביץ' ורגין (Peter Vasilevich Verigin), אבל רק חלק מהקהילה קיבל אותו כמנהיג. לעומתם מיעוט הקהילה צידד באחיה של לוקריה מיכאל גובנוב וזקן הכפר אלכסיי זבוקוב. קבוצת מיעוט זו נהנתה מתמיכת החברים המבוגרים שבקהילה ושל השלטונות המקומיים. ב-26 בינואר 1887, בשעת ההתכנסות בה עמדו להכריז על מנהיגותו של וירגין, הגיעה המשטרה ועצרה אותו. הוא נשלח לגלות בת 16 שנים באזור הצפוני של סיביר יחד עם חלק מתומכיו. רוב הדוחובורים המשיכו לראות בו את מנהיגם הרוחני ולשמור איתו על קשר באמצעות מכתבים, ושליחים שנפגשו איתו במקום גלותו באבדורסק, סיביר.
באותה העת הגבירה הממשלה את הלחץ ליישום הרגולציה על הדוחובורים. הדוחובורים התנגדו לרישום לידות וחתונות, לשבועת נאמנות למדינה ולתרומת חיטה לקרנות החירום של המדינה. ב-1887 הרחיבה רוסיה את חובת הגיוס לצבא גם למחוז הקווקז. בעוד אנשי סיעת המיעוט בהנהגה הדוחובורית שיתפו פעולה עם המדינה ועם הגיוס – העמיקה סרבנות הנהגת הרוב לגיוס, וזאת על רקע מעצר מנהיגיהם, וחילופי המכתבים מהגלות, שחיזקו את תחושת צדקת דרכם האמונית. הם קיבלו את הוראותיו של וירגין הגולה, לחדול משימוש בטבק ואלכוהול, חילקו שווה בשווה את רכושם בין חברי הקהילה והחליטו לדבוק בשימוש במחאה פציפיסטית לא אלימה. בשנת 1894 סירבו מרבית הדוחובורים להשבע אמונים כפי שדרש הצאר ניקולאי השני. בהוראת וירגין, התאספו בלילה בין ה-28 ו-29 ביוני (10/11 ביולי לפי הלוח הגרגוריאני) 1895 כדי לשרוף ולהרוס את כלי הנשק שהיו ברשותם, כשהם מלווים שרפה זו במזמורי תהילים ובשירים רוחניים אחרים. קוזאקים מטעם הממשלה נשלחו להכותם ולעצור אותם. הממשלה שיכנה קוזאקים ברבים מכפרי הדוחובורים שנמנו על סיעת הרוב, וכ-4000 דוחובורים הוגלו לכפרים בחלקים אחרים של גיאורגיה. רבים מתו מרעב ומחלות.
הגירה לקנדה.
ההתנגדות הדוחובורית זכתה לחשיפה בינלאומית, ובעקבותיה נמתחה ביקורת רבה על האימפריה הרוסית בשל יחסה למיעוטים הדתיים. ב-1897 הסכימה ממשלת רוסיה לאפשר לדוחובורים לעזוב את המדינה בהתאם למספר תנאים:
חלק מהגולים היגרו תחילה לקפריסין, אולם לא התאקלמו שם בשל קשיי מזג אוויר. יתר הקהילה קיבלה הצעה ליישוב מחדש בקנדה. כ-6,000 מהגרים התיישבו בחצי הראשון של שנת 1899 על אדמות שקיבלו מממשלת קנדה באזור בו נמצאת היום מניטובה וססקצ'ואן. המתיישבים בקפריסין ויתר הקהילה הצטרפו אליהם בהמשך, כ-7,400 אנשים נוספים עד סוף אותה שנה. סך הכל כשליש מקהילת הדוחובורים בקווקז היגרה לקנדה. בהמשך הצטרפו עוד קבוצות קטנות, ובהן 110 מנהיגים אשר ריצו את עונשיהם בבתי הכלא ובסיביר.
קוויקרים וטולסטויאנים כיסו את רוב עלויות ההגירה. הסופר לב טולסטוי תרם את התמלוגים אשר קיבל בעבור היצירות "התחיה", "האב סרגיי" ואחרות לקרן ההגירה. כמו כן, גייס בין חבריו העשירים כספים לטובת העניין. סך הכל גייס הסופר כ-30 אלף רובל, כמחצית מקרן ההגירה. גם האנרכיסט פיוטר קרופוטקין והפרופסור לכלכלה פוליטית ג'יימס מבור מאוניברסיטת טורונטו סייעו למהגרים.
תקנות ההתיישבות של קנדה קבעו כי הממשלה תקצה 160 דונם של שטח, תמורת אגרה של 10$ לכל גבר בעל משפחה שיכול להקים חווה חקלאית באותו שטח בתוך 3 שנים. החיים במשקי-בית של משפחה אחת לא התאימו לאורח חייהם של הדוחובורים. לבסוף נמצא סעיף בתקנות שנועד לאפשר התיישבות של קהילות קומונליות, אשר איפשר לאותן קהילות שלא לגור על השטח המוקצה עצמו, אלא במסגרת כפרית בקרבה של עד 3 מיילים מהשטח. תקנה זו אפשרה את הקמת הקומונות הדוחובוריות. יתרה מזאת, בשנת 1898 תוקנה תקנת הגיוס של קנדה, והעניקה פטור מגיוס לקהילה הדוחובורית. סך הכל קיבלו הדוחובורים כ־773,400 דונם של קרקע להתיישבות.
וירגין שכנע את מאמיניו לשחרר את חיות הבית שלהם "אחיהם לדת", ולמשוך בעצמם את כלי החריש והעגלות שלהם. חלק מהכפרים החדשים קיבלו את שמות הכפרים הדוחובוריים הישנים בקווקז (ספסובקה, גורלובקה, סלבינקה), ואילו אחרים קיבלו שמות רוחניים חדשים כגון אוספניי (דורמציון), טרפניה (סבלנות), בוגומדנויה (מתת אל) ואוסוובוזדנייה (שחרור).
המתיישבים גילו כי החורף באזור ססקוצ'אן קשה מן החורף בקווקז, והתאכזבו מהקושי לגדל ירקות באקלים זה. מספר הנשים היה קטן משמעותית ממספר הגברים. נשות הקהילה עבדו בעיקר בחקלאות, בעוד גברים רבים לקחו עבודות לא חקלאיות, בייחוד בניית מסילות רכבת. הקהילה הורכבה ממספר הגירות בעלות רקע שונה, ואורח חיים קומונלי שלא היה אחיד, וחסרה הייתה מנהיגות עד הגעתו של וירגין בדצמבר 1902. בשנת 1904 נסתיימה סלילת מסילת הרכבת לאזור, ואיתה נסתיימה תקופת הבידוד מהחברה הקנדית.
פוליטיקאים קנדיים ואנשי תקשורת היו חשדנים ביחס לדוחובורים ולסגנון חייהם. סירובם לשלוח את ילדיהם לבתי ספר ותפיסת עולמם הפציפיסטית עוררו אי נחת. השימוש שלהם בצעדות עירום נתקבל באיבה. מגזינים קנדיים הפגינו סקרנות רבה ועניין בייחוד בגופן ובגדיהן של נשות הקהילה. עיתונים פרסמו סיפורים ותמונות המתמקדים בנשות הדוחובורים העובדות בעבודה חקלאית קשה, או מבצעות "עבודת נשים" כשהן לבושות בבגדים המסורתיים, או בעירום חלקי או מלא.
מבחינה כלכלית המשיכו הדוחובורים לקבל סיוע מהקוויקרים. קליפורד סיפטון, שר הפנים רצה מאוד בקליטתם וארגן את הסובסידיות להבאתם.
משבר שבועת האמונים והקרקע.
בשנת 1906 החליטה הממשלה על רישום הקרקעות על פי שם הבעלים הפרטיים, ולא אפשרו את רישום הקרקע על שם הקהילה. הדוחובורים סירבו לרישום זה ואיבדו כשליש מקרקעותיהם (258,880 דונם), אובדן שהעלה התמרמרות גדולה.
משבר נוסף היה כשנדרשו הדוחובורים להתאזרח ולהשבע אמונים לכתר הבריטי, דבר שנגד את עקרונותיהם. משברים אלו פיצלו את הקהילה ל-3: