עד אותו שלב נשלטה בגדאד על ידי השושלת הבויהית, שבה עמדות הכוח נשלטו במקביל על ידי סונים ושיעים. בסוף שנות ה-30 של המאה ה-11 כשלה ההנהגה הבויהית בשמירה על שלטון יציב, במיוחד בשנים בהן המחסור במזון היה גדול יותר, ובכירים סונים הובילו ניסיונות הפיכה כנגד הממשל. גם בשאר שטחי השושלת החלו תסיסות שונות, בראשן מרד במחוזות כורדיים, שם פשטו מיליציות למסעות ביזה ואונס, שהגיעו עד בגדאד עצמה. בעקבות חוסר יכולתו של השלטון הבויהי לשלם לחיילים באופן סדיר נוצר מרד גם בקרב הצבא, במהלכו הציתו חיילים מבני ציבור ובזזו בתים בעיר, וכן לא היה מי שיעצור את הפרעות של מיעוטים כורדיים וערביים בקרבת העיר. במקביל, בעוד העיר מתמודדת עם כאוס פנימי, קרב אל העיר צבא שהובל על ידי ההנהגה הסלג'וקית, וכלל גם נספחים רבים שביקשו להצטרף לכוח. ב-18 בדצמבר 1055 נכנסה ההנהגה הסלג'וקית לבגדאד, בטענה שעליהם לעצור בעיר בדרכם לחג' במכה, אולם בפועל השתלטו הסלג'וקים בהדרגה על העיר, הדיחו את השושלת הבויהית מההנהגה, ובאופן חסר תקדים החלו בשושלת של עם נודד וחסר מורשת ששולט על אחת הערים המרכזיות בעולם האסלאם. גם לאחר תחילת שלטון הסלג'וקים בבגדאד, נותרו בעיות האקלים בעינן ובעקבותיהם גם בעיות המזון, ו-13 השנים הראשונות של השלטון היו רצופות ברעב, אלימות, ביזה של מזון, ומלחמת אזרחים שבמהלכה פרצה מגפה. בכמה שנים ספורות בסוף שנות ה-50 של המאה ה-11 נהרגו, על פי ההערכות, שליש מהתושבים באזור עיראק-איראן-ח'וראסאן. בשנת 1060 החל האקלים באזור להתייצב, מה שהוביל לחידוש שגשוג החקלאות, והיה הרקע לתחילת היציבות השלטונית של הסלג'וקים באימפריה החדשה שכוננו.
בעקבות שרפות קשות שפקדו את הספריות הגדולות של הערים הגדולות באזור, כחלק מגלי המהומות הרבים בשנים אלו, אבדה כמות אדירה של כתבי יד אשר היו חלק מלבו של אחד המרכזים התרבותיים החשובים של התקופה. אובדן זה גרם לשינויים שונים בתוכן ובסגנון הלימוד התרבותי-רוחני באזור, וייתכן - אף על פי שאפשרות זו מצויה במחלוקת - שאובדן זה היה גורם מרכזי בנפילתו של האזור מפסגת התרבות העולמית.
החשיבות של עליית הקונפדרציה הבויהית.
החשיבות הגאופוליטית של השושלת הבויהית.
בשנת 945 נכנס אחמד בן בויה לתוך בגדאד והכפיף את עיראק לתחום שלטונם של הבויהים. בכך צורפה בגדאד, מרכז הח'ליפות, לקונפדרציה הבויהית, ששלטה בזמן זה על חלק גדול מן הרמה האיראנית. אחרי תקופה ארוכה של פירוד שב האזור האיראני והתאחד מבחינה פוליטית עם לב עולם האסלאם. הח'ליפות, שהפסידה את השליטה הממשית בכול הפרובינציות האיראניות לטובת שושלות מקומיות, איבדה את השליטה הישירה גם על מעוז שלטונה בבגדאד. הבויהים שלטו לכאורה בשם הח'ליף, אך למעשה היו השליטים האמיתיים בבגדאד כמו בכול יתר שטחי הקונפדרציה שלהם. הבויהים ראו לנכון להקדיש תשומת לב רבה לא רק לקידום מרכז הח'ליפות, אלא גם לפיתוח כלכלי של המחוזות האיראניים. בנוסף, פעלו הבויהים להשיב את החוק והסדר לתחום שלטונם ואף הגבילו את פעילותן של המיליציות העירוניות, שעלו בכוחן עם שקיעת השלטון המרכזי של הח'ליפות. הבויהים אף השקיעו משאבים רבים בבנייה, בבגדאד, בשיראז ובאיצפהאן.
ערי הבירה של הקונפדרציה הבויהית.
לבויהים היו שלושה מרכזי פעילות. אף על פי שכבשו את בגדאד הייתה זו דווקא פארס, שבירתה שיראז, המחוז החשוב ביותר בקונפדרציה הבויהית. ריי הייתה הבירה של מחוז אל-ג'יבאל ובגדאד בירת עיראק. היו יחידות פוליטיות קטנות נוספות בקונפדרציה הבויהית ולהן מרכזים מקומיים.
החשיבות הדתית של השושלת הבויהית.
בתחילת דרכם זהותם הדתית של הבויהים אינה ברורה לחלוטין. הבויהים היו פרו-עלי, אך לא שיעים זיידים, כפי שיש הטוענים. בהמשך שלטונם גוברת הזדהותם של הבויהים עם הזרם השיעי התרי-עשרי. השתלטותם של הבויהים על בגדאד הביאה לעליית כוחו של הזרם התרי-עשרי בבירת הח'ליפות. כתוצאה מכך הפך בהדרגה הח'ליף העבאסי להיות הסמל של האסלאם הסוני.
אף על פי שרק חלק מהשליטים הבויהים פרשו את חסותם על נציגי השיעה התרי-עשרית, הפכה השושלת כולה מזוהה עם זרם זה, לא רק אצל היסטוריונים בני זמננו, אלא גם על ידי שושלות סוניות יריבות. הע'זנווים והסלג'וקים אחריהם ניצלו את ההזדהות של חלק מהשליטים הבויהים עם השיעה התרי-עשרית, על-מנת לסווג את הבויהים ככופרים ואת עצמם כמגיני האסלאם הסוני. טענה זו הייתה התואנה המרכזית בה השתמשו הסלג'וקים כאשר כבשו את בגדאד מידי הבויהים.
החשיבות התרבותית של השושלת הבויהית.
השושלת הבויהית הייתה עד לקראת סופה במהלכו של תור זהב תרבותי אשר היה באזור עיראק-איראן-ח'וראסאן. הערים המרכזיות שהיו בשליטת השושלת הכילו באותה עת כמה מהספריות החשובות ביותר בעולם, והיו ביתם של המלומדים והמשוררים מהחשובים ביותר בעולם.
במובן התרבותי, עודדו הבויהים את המשך היצירה התרבותית הערבית, אך עם זאת תרמו תרומה לא קטנה גם להתפתחותה של התרבות הפרסית-מוסלמית החדשה בתחום שלטונם. הבויהים סייעו לעליית תרבות זו באיראן ובעיראק גם אם במידה פחותה מתרומתם המקבילה של הסאמאנים בטראנסאוקסאניה ובח'וראסאן. הדומיננטיות הפוליטית של הבויהים והסאמאנים לצד תפקידם בצמיחת התרבות הפרסית החדשה, הביא את המזרחן ולדימיר מינורסקי לכנות את תקופת שלטונם של שתי השושלות בתור "האינטרמצו האיראני", בין השלטון הערבי לכיבוש הטורקי.
התארים שלקחו השליטים הבויהים לעצמם.
אמיר אל-אומרא.
אחמד בן בויה היה הראשון שלקח לעצמו את התואר "אמיר אל-אומרא". משרת האמיר אל-אומרא הייתה קשורה במקורה לפיקוד צבאי, אך עשר שנים לפני כניסת הבויהים לבגדאד, ניתנה משרה זו למחמד אבן ראאק, כאשר בנוסף לפיקוד על הצבא כללה בתוכה גם את סמכויות המנהל האזרחי של הח'ליפות. אבן ראאק, והאמירים אל-אמרא שבאו בעקבותיו רוקנו את הדיואנים המסורתיים מסמכותם והיו השליטים בפועל, אף על פי שמשלו בשמו של הח'ליף. הבויהים המשיכו מסורת בת עשור זו, ולקחו לעצמם את כל הפונקציות המנהלתיות, שהיו פעם בסמכות מנהל הח'ליפות.
הוספת לקב לשמם של השליטים הבויהים.
מלבד תואר האמיר אל-אומרא, נהגו הבויהים להוסיף לשמם לקב המורכב מתארים המצורפים למילה דוולה (המציינת שושלת וגם ממלכה). כינוי מכובד זה ניתן לשליטים הבויהים על ידי הח'ליף. סוג זה של כינויים ניתן כבר למנהיגים שקדמו לבויהים, כגון נאצר אל-דוולה החמדאני, אך בתקופה הבויהית התקבע נוהג זה. השליט האחרון של השושלת הבויהית אף ביקש להוסיף לעצמו לקב המבוסס על תואר המצורף למילה דין, דת, אך במקרה זה סירב הח'ליף להעניק לו לקב זה.
שאהנשאה.
הבויהים אמצו גם את התואר האיראני הקדום "שאהנשאה". תואר זה ניתן לשליט הבויהי, שהיה בעל מעמד הבכורה בקונפדרציה המשפחתית, ולא עבר בירושה מאב לבן. בגדאד לא הייתה העיר המרכזית בקונפדרציה הבויהית, ולפיכך ישב השאהנשאה פעמים רבות בעיר אחרת. תואר השאהנשאה אף אפשר לבויהים לבסס מעין עליונות על השושלות האיראניות האחרות, שפעלו בתוך עולם האסלאם, כגון האספהבאד'ים בטבריסתאן, והשושלות המקומיות בדיילם. אל התואר שאהנשאה לא נלוו סמכויות מעשיות, אך המאבק על היוקרה המגולמת בו, היה אחד מנקודות החיכוך בין בניה השונים של השושלת הבויהית.
סולטאן - התואר שלא היה.
כאהן מדגיש כי השימוש בתואר סולטאן לתיאור השליטים הבויהים הוא אנכרוניזם. התואר סולטאן, שמטרתו הפרדה בין הסמכות הדתית של הח'ליף לסמכות הפוליטית של השליט בפועל, התגבש רק בתקופה הסלג'וקית ולא היה קיים במובן זה בזמן השלטון הבויהי.
היחס אל הח'ליפות בבגדאד.
בזמן עלייתם לשררה חיזרו הבויהים אחר תמיכת הח'ליף. עלי בן בויה הבטיח להעלות מס לח'ליפות, בתמורה להכרת הח'ליף בשלטונו על פרס. הח'ליף נתרצה והעניק לעלי את ההכרה שביקש, אך זה לא העביר את המס שהתחייב אליו. אחרי שהבויהים סיפחו את בגדאד לתחום שלטונם, הפכו הח'ליפים לשליטי בובה. עלי וחסן מונו למשרות של נציבי מחוזות ואילו אחמד, לקח לעצמו את התואר אמיר אל-אומרא, והכפיף את כל מוסדות השלטון העבאסי תחת סמכותו. השליטים הבויהים התירו לח'ליף להמשיך ולהחזיק מזכירים, אך רק להם היה מותר להחזיק בווזיר. הבויהים נהגו להחליף ח'ליפים שהפריעו לתוכניותיהם. שקיעתה ההדרגתית של השושלת הבויהית בבגדאד, הביאה לעלייה מחדש בכוחו של הח'ליף.
הבויהים השתלטו על בגדאד בתקופת שפל של הח'ליפות בכלל ושל בסיסה בבגדאד בפרט. הח'ליף היה שליט רק בשם על שטחי הח'ליפות עוד לפני הפרוטקטוראט הבויהי, וגם השליטה בעיראק נשמטה מידיו בעשור לפני כניסתו של אחמד בן בויה לבגדאד. מאחר שמוקד הכוח הבויהי היה ממוקם בפרס, לא זכתה בגדאד לשוב למעמדה הכלכלי והפוליטי הקודם, וזאת על אף ניסיונם של חלק מהשליטים הבויהים לשקם את עיראק ואת בירת הח'ליפות. למרות זאת, לא מעט מהח'ליפים זכו להעביר את חייהם בנעימים תחת השליטים הבויהים, וזאת כל עוד לא התערבו בפוליטיקה. יתרה מזאת, ריחוקם מהחיים הפוליטיים הביא לגידול משמעותי באורך תקופת שלטונם של הח'ליפים, שפעלו בתקופה הבויהית. גם תחת הסלג'וקים, "מגיני הח'ליפות", לא קיבלו הח'ליפים זכויות פוליטיות משמעותיות ונאלצו להסתגר בארמונותיהם, תוך שהם משמשים במידה רבה רק כסמל של שלטון דתי. שקיעת כוחם של הבויהים בבגדאד, הביאה לעלייה בכוחם של הח'ליפים אל-קאדר ואף יותר מכך בנו אל-קאאם, שמילא תפקיד חשוב בהחלפת השלטון הבויהי בסלג'וקי. התפתחות תפקידם הדתי של הח'ליפים כדוברים של האסלאם הסוני, בתגובה להתגבשות השיעה התרי-עשרית, שחלה באותה תקופה, נבעה במידה רבה מאופי מערכת היחסים בין השליטים הבויהים לבין הח'ליפים,
הצבא של הקונפדרציה הבויהית.