כשהיה בן 16, נולד למבקי ילד מחוץ לנישואין מחברתו דאז, אוליב מפהלווה ששמו קוונדה. בשנת 1974 נשא מבקי לאישה בלונדון את זנלה דלמיני.
שנות הגלות.
כשה-ANC הוחרם ב-1962 ולאחר שאביו נעצר על ידי משטר האפרטהייד, מבקי הוגלה מהמדינה בהוראת ה-ANC. ראשית עזב את דרום אפריקה לטובת טנזניה ומשם עבר לבריטניה, בה הוא סיים תואר שני בכלכלה באוניברסיטת סאסקס ב-1966. הוא המשיך להיות פעיל במסגרת הפוליטיקה הסטודנטיאלית ושיחק תפקיד מרכזי בבניית יחידת הסטודנטים של ה-ANC בגלות. הוא עבד במשרד ה-ANC בלונדון יחד עם אוליבר טמבו ויוסוף דאדו ולאחר מכן, ב-1970 נשלח לקבל הכשרה צבאית במוסקבה. ב-1971 הוצב מבקי במטה ה-ANC בגלות בלוסקה שבזמביה, ופעל כעוזר מזכיר המועצה המהפכנית. במשך חמש השנים הבאות, היה מבקי פעיל בבוטסואנה, ובשנים 1973 ו-1974 ניהל מגעים ודיונים עם הממשלה לפתיחת סניף של ה-ANC במדינה. ב-1975 כיהן כנציג ה-ANC בשווייץ ובהמשך עד שנת 1978 היה הנציג בניגריה. עם חזרתו ללוסקה הוצב כמזכיר הפוליטי במשרד של אוליבר טמבו ולאחר מכן קודם לראש אגף המידע. ממשרה זו הוא שיחק תפקיד מרכזי בהפיכת המדיה העולמית נגד משטר האפרטהייד. במהלך שנות ה-80 תיאם מבקי קמפיינים דיפלומטיים כדי לערב כמה שיותר דרום אפריקאים לבנים בפעילויות נגד האפרטהייד. ב-1989 ניהל את ראש מחלקת ה-ANC לעניינים בינלאומיים והיה מעורב במשא ומתן עם הממשלה הקודמת. בשנה זו התאחד מבקי עם אביו, שאותו לא פגש מאז גיל 11. הקשר היחיד ביניהם ב-30 השנים הללו נוצר בעת סיום לימודיו באוניברסיטה סאסקס וביום חתונתו. ב-21 באוגוסט הצליח לשכנע את שלטונות אפריקה לאמץ את הצהרת הארארה, עסקה בחזון למעבר מדינות אפריקה לבעלות שלטון דמוקרטי וקראה לשחרור כל האסירים הפוליטיים ולביטול החרם נגד כל הארגונים הפוליטיים ביבשת. בנוסף, מבקי המשיך את פועלו בגיוס פעילים נגד משטר האפרטהייד ולמען הפיכת הממשלה בדרום אפריקה לדמוקרטית. הוא לחץ על ה-ANC להפסיק במאבק האלים כנגד המשטר, מתוך אמונה שרובים לא יבטיחו להם חופש, אבל משא ומתן כן. ב-5 בדצמבר פנה מבקי לאספה הכללית של האו"ם והודה להם על הפעלת הלחץ על דרום אפריקה לסיים את האפרטהייד בכך שהצהירו שמשטר זה הוא פשע כנגד האנושות.
חזרה לדרום אפריקה.
ב-27 באפריל 1990 חזר בצורה רשמית מבקי לדרום אפריקה מהגלות לאחר ביטול החרם של כל הארגונים הפוליטיים. הוא מגיע למדינה באמצעות מטוסו הפרטי של נשיא זמביה קנת קאונדה. לאחר הבחירות הדמוקרטיות הראשונות בדרום אפריקה באפריל 1994, נלסון מנדלה בחר במבקי לתפקיד סגן הנשיא הראשון של הממשלה הלאומית המאוחדת הראשונה. התנועה הלאומית פרשה מהממשלה ביוני 1996 ומבקי הפך לסגן הנשיא היחיד. בוועידה ה-50 של ה-ANC במפיקנג ב-16 עד 20 באפריל, נבחר מבקי לנשיא החדש של ה-ANC.
כהונתו כנשיא.
מבקי נבחר לנשיא דרום אפריקה ב-14 ביוני 1999 ונכנס לתפקידו כיומיים לאחר מכן. הוא היה בעל השפעה רבה על הפוליטיקה האפריקאית. האמין שאת בעיות היבשת עליהם לפתור בעצמם והיה אחד המייסדים של השותפות החדשה לפיתוח אפריקה (NEPAD) ושל האיחוד האפריקאי (AU). הוא שירת כנשיא ה-AU בין השנים 2000–2003. סייע בתיווך בהסכמי השלום ברואנדה, בבורונדי וברפובליקה הדמוקרטית של קונגו. במהלך כהונתו היה קצב צמיחה גבוה, חצי מיליון משרות נוצרו בכל שנה במשך שמונה שנים והמדינה משכה השקעות זרות. לגבי העוני שלא נפטר טען מבקי, ש"זה בלתי אפשרי לפתור בעיות בנות 350 שנים ב-13 שנה של שלטון דמוקרטי". ממשלתו של מבקי תרמה לייצוב הכלכלה הדרום אפריקאית, ולבנייה מחדש של תשתיות המדינה. בתקופתו גדלו אחוזי המועסקים, מקומות הדיור והובאו מים נקיים לדרום אפריקאים רבים. המדיניות הכלכלית של מבקי היו מכווני-שוק וממוקדים כלפי צמיחה.
בשנת 2005 פיטר מבקי את סגנו, ג'ייקוב זומה, לאחר שהיה מעורב בשחיתות ובפרשת מין, דבר זה השאיר את המדינה ללא יורש ברור לנשיאות. מבקי הואשם בניסיון לשנות את החוקה כך שימשיך לכהונה נוספת ולשמר את כוחו. לאחר טענותיו של שופט בית המשפט העליון בדרום אפריקה כי נעשתה התערבות פוליטית בהעמדתו לדין של זומה עקב הפרשיות שהיה מעורב בהן, התבקש מבקי ב-20 בספטמבר 2008 על ידי ה-ANC להתפטר מהנשיאות והוא הכריז על התפטרותו באופן רשמי ב-28 בספטמבר.
איידס כנושא מרכזי בתקופת כהונתו.
איידס בדרום אפריקה.
מחלת האיידס באפריקה שמדרום לסהרה נפוצה פי שישה יותר מאשר באזורי העולם, כ-20% מהתושבים הבוגרים נשאים הם של נגיף ה-HIV. שני המקרים הראשונים של איידס בדרום אפריקה אובחנו בשנת 1982 ומקרה המוות הראשון שתועד התרחש ב-1985. ההשפעה הגדולה של נגיף האיידס על דרום אפריקה באה לידי ביטוי בשיעורי התמותה במדינה. בשנת 1997 מתו בדרום אפריקה כ-316,559 אנשים, המספרים עלו בצורה משמעותית כך שבשנת 2006 מתו כ-607,184 אנשים. אולם, הנגיף עצמו אינו הסיבה היחידה ולגידול בתמותה אלא בעיקר לגידול באחוזי התמותה בקרב צעירים כאשר בשנת 2006, 41 אחוזים ממקרי המוות יוחסו לקבוצת הגיל שבין 25–49.
השקפת עולמו.
השערורייה הגדולה ביותר שסבבה את מבקי הייתה השקפתו לגבי מחלת האיידס והשיטות למיגורה. מבקי התקדם באיטיות בפעולותיו לעידוד שימוש בתרופות אנטי-רטרו-ויראליות ובמניעת העברת נגיף ה-HIV מאמהות לתינוקיהן.
טיפולו של מבקי במגפת האיידס גרם לביקורות קשות ונחל אכזבה בקרב המאמינים והמצביעים שבבחירתו לנשיא יתגייס למען המלחמה במגפה. מבקי טען וחיזק את הטוענים כי נגיף ה-HIV אינו מוביל לאיידס, הוא התנגד לחלוקת תרופות לחולים ולא אישר הקמת מרכזי טיפול. מבקי סירב במשך שנים להתיר משלוחי תרופות נגד איידס כולל AZT לארצו, אשר בה כ-12% מן האוכלוסייה נגועה ב-HIV. התרופות היו עשויות גם להפחית את הסיכון במעבר המחלה מאם לעובר. מבקי סבר התרופה AZT היא רעילה ומזיקה לבריאות וכי זה יהיה חוסר אחריות מצד הממשלה להתעלם מהאזהרות הרפואיות לגביה. לאורך כל תקופת מניעת התרופות, הוא טען שדעתו מעוגנת בספרות רפואית ובמחקרים מדעיים, דבר שלבסוף התגלה כלא נכון. המאמץ לשפר את הטיפול בחולי האיידס נפגע בגלל גישה דומה של פוליטיקאים נוספים שהיו חלק ממשלו. שרת הבריאות בממשלה, מנטו צ'באללה מיסמנג, למשל, עודדה דיאטת שום, שמן זית ולימון כדי לרפא את המחלה. ואף על פי שמדענים ופוליטיקאים רבים קראו לפיטורה, דבר זה התממש רק כשמבקי עצמו סיים את כהונתו כנשיא. לעומת זאת באוגוסט 2007 פיטרו מבקי ושרת הבריאות את סגנית שרת הבריאות נוזיזווה מדללה רוטלדג' אשר דגלה בהתמקצעות רפואית ובפעילותיה למען מודעות האיידס. אף על פי שרשמית היא פוטרה בגלל שחיתות, התפיסה הרווחת הייתה שדבר זה קרה כיוון שהאמינה בקשר בין איידס ל-HIV.
על פי מחקר שנעשה בנושא, התגלה כי לפי הערכת מומחים, בתקופתו של מבקי כ-330,000 תושבי דרום אפריקה מתו לחינם וכ-35,000 תינוקות נולדו כשהם נשאי HIV כאשר הם יכלו להיות מוגנים מפני הנגיף ולחיות חיים נורמטיביים.
התבטאויותיו בנושא.
ב-3 באפריל 2000 כתב מבקי מכתב שנושאו איידס באפריקה למנהיגי העולם. במכתב זה דיבר מבקי על המחלה והנגיף ובעיקר על הקשר בין נגיף ה-HIV למחלת האיידס עצמה. המכתב עורר תגובות רבות כנגד האמונה של מבקי כי הנגיף אינו הגורם היחיד למחלה וכי העיסוק בקשר ביניהם מיותר. ב-9 ביולי 2000 פתח מבקי את ועידת האיידס הבינלאומית בדרבן, בנאום שלא עסק באיידס אלא בעוני הקיצוני באפריקה. בנאומו, הוא אישר את אמונתו שכשל המערכת החיסונית (איידס) היא בעיה גדולה באפריקה, אך אי אפשר להשליך את המחלה הזו לנגיף אחד בודד.
ב-6 באוגוסט 2001 ערך כתב ה-BBC טים סבסטיאן ריאיון עם מבקי במסגרת תוכנית ראיונות בשם "HARD TALK". במהלכו שאל סבסטיאן את מבקי שאלות נוקבות לגבי המדיניות שלו כלפיי מחלת האיידס הנפוצה כל כך במדינתו ועל התגובות מחוץ ופנים כלפי דעותיו. מבקי שב אחר עמדתו כי הקשר בין הנגיף למחלה הוא חלש ואינו יכול להיות הגורם היחידי להתפרצות המגפה. בנוסף, מבקי נשאל על היעדרותו מכנס שארגן ה-UNAIDS (ארגון האיידס של האו"ם) בניו יורק, וכיצד ייתכן שנשיא המדינה בעלת שיעור החולים הגבוה בעולם לא מגיע לכנס שכזה. תשובתו להיעדרות הייתה שכנס זה נערך במסגרת מיניסטריאלית ושבנוסף, באותו זמן הייתה לו פגישה עם ג'ורג' בוש. הוא טען כי אם היה נוכח בכנס לא היה לו מה לחדש בנוסף לדברים שאמרו נציגיו השרים. הכתב עימת את מבקי עם אמירתו שהבעיה הכי גדולה בדרום אפריקה היא שחיתות וכי הנושא המרכזי במדינה הוא הגזענות. הכתב טען כי הבעיה הכי גדולה שצריכה להיות בטיפול היא מחלת האיידס ובתגובה לכך אמר מבקי כי רוב מקרי המוות במדינתו נגרמים כתוצאה מאלימות ושהממשלה צריכה להגיב קודם כל לכך.
בספטמבר 2001 שלח מבקי מכתב לשרת הבריאות אשר הודלף לעיתונות וחשף את תוכנו. המכתב נועד לכאורה כדי להמעיט בחשיבותו של נושא האיידס במדינה ובהיקפה של הבעיה. המכתב כלל נתונים סטטיסטיים שלקח מבקי מהאינטרנט לגבי אחוזי תמותה מאיידס. הנתון המרכזי שנכלל במכתב היה כי אחוז התמותה מהמחלה הוא 2.2%, נתון שלמעשה היה נכון לשנת 1995. המכתב עורר זעם רב בקרב פוליטיקאים, בהם מנהיג התנועה הדמוקרטית המאוחדת, בנטו הולומיסה, אשר הערותיו האחרונות של מבקי כלפי ה-HIV והאיידס הן הוכחה לכך שלא מגיעה לו להיות המנהיג של דרום אפריקה ושהוא אינו מסוגל לדאוג לצרכים האמיתיים של המדינה.
בשנת 2006 חלה תפנית ביחסה של ממשלת מבקי לאיידס וכתבה טיוטה שבמסגרתה תוכנית לתקיפת המגפה והתחייבה לשפר את הגישה לתרופות האנטי-רטרו-ויראליות.
פעילותו כיום.