מועד קובע - בדו"ח ועדת שמגר הייתה התייחסות לשנת 1975 כשנת חיתוך לניתוח הנתונים. ואחרי שנה זו הזיהום היה יותר קשה. לכן נקבע כי לגבי חולים הטוענים שנחשפו למימי הקישון לפני שנת 1975 תבדק כל פנייה לגופה בהתעלם משאלת ההתיישנות.
חולים שלא נכנסו לקריטריונים האלה תבדק טענתם בדרך הרגילה. המדובר אך ורק בחולים במחלה ממארת. חולים במחלות אחרות הרואים קשר בין מחלתם לחשיפה למי הקישון חייבים להוכיח זאת.
אנשים ששירתו ביחידות אחרות וטוענים שחלו עקב חשיפה במימי הקישון. טענתם תיבדק לפי נתוני צה"ל. בכל מקרה מדובר בחשיפה מאורגנת לאורך זמן ולא בחשיפה מקרית או חד פעמית.
הקריטריונים לא פורסמו ברבים ואף לא הגיעו לידיעת פרקליטי המדינה עד סוף שנת 2007 במסגרת הערעור שהגישה דורית אלימלך בשם אחד הנפגעים שבקשתו נדחתה. ולטענת המערער לא היה מסמך הקריטריונים הנחיה מנהלית מחייבת אשר מצמצמת את החלטת שר הביטחון מופז. סיכמה עו"ד אלימלך
הכללת יוצאי אגד הצליחה.
רשימת החשופים שהוגשה לוועדת שמגר כללה אנשי חיל הים בלבד. אגד הצליחה של חיל ההנדסה התבסס, בראשית פעולתו, בחורשת אקליפטוס על שפת נחל הקישון וערך את האימונים בנחל. לאחר שחולים מאגד הצליחה לא הוכרו על ידי קצין התגמולים בנוהל המיוחד. פנתה עו"ד אלימלך בנושא הכללת אנשי אגד הצליחה בנוהל המקל.
עו"ד רחל סטוביצקי השיבה במכתב מיום 28 בינואר 2004,
הכללת שטח נמל חיפה.
במהלך שנת 2004 דחה קצין התגמולים בקשות להכרה מצד נפגעים שצללו בנמל חיפה. אלמנות נפגעים שנפטרו פנו בעתירה כנגד שר הביטחון בה טענו שכבר בכתב המינוי לוועדת שמגר נכלל חלקו המזרחי של הנמל בהגדרת הנחל מה גם שמופיעה בו המילה נחל הקישון וסביבתו הוכנס אזור נמל חיפה בהכללה להגדרה כמימי הקישון. התשובה כי העתירה נמחקה בהסכמה. מאז המשמעות היא כי צלילה בנמל חיפה כמוה כצלילה בנחל הקישון.
ועדת בדיקה.
הפניה הראשונית נעשתה על ידי 107 חולים ובבדיקות ועדת שמגר נוספו עוד 19. כאשר התקבלה ההחלטה הצפיות היו לכ-150 חולים. לאחר שהסתבר למערכת הביטחון כי כמות הפונים גדולה בהרבה. וכי החולים ממשיכים ותובעים בבתי המשפט את המפעלים המזהמים ואלה מצרפים את המדינה לתביעה נוצר מצב המחייב בדיקה.
בחודש יולי 2009 החליט מנכ"ל משרד הביטחון אלוף אהוד שני לבדוק את יישום מסקנות ועדת שמגר (חיל הים). המנכ"ל מינה ועדה בראשות ד"ר עדי שני מומחה למחלות הסרטן. הוועדה ריכזה למעשה רק בנושאים הנוגעים למשרד הביטחון. היינו: בדיקת היחס לחולים שרואים עצמם נפגעים מהזיהום בקישון. הוועדה התכנסה ודנה במשך כמעט שנה וב -1 ביוני 2010 הגישה את מסקנותיה למנכ"ל משרד הביטחון.
על סמך המידע שהצטבר הסכימו חברי הוועדה עם הקביעה המקצועית של ועדת שמגר היינו ש. ועל כן מן הראוי לבדוק כל מקרה לגופו של עניין.
עם זאת המליצה להמשיך בנוהל שקראו לו 'מסלול ירוק' לגבי מי שיעמוד בתנאים מצטברים:
הוועדה המליצה שרשימה זו תעודכן מדי פעם עם התקדמות המחקר הרפואי. מי שיעמוד בתנאים המצטברים הללו לא ידרש להוכיח את הקשר הסיבתי אולם תתבצע בדיקה פרטנית של מחלתו, חשיפה לסיכונים בעבודתו שלא במסגרת צה"ל, היסטוריה של מחלות ממאירות במשפחתו ועישון.
מאידך הועלתה טענה כי הוועדה פעלה מבלי לידע את העותרים. בין חבריה היו אנשים המייצגים את משרד הביטחון כנגד הפונים ואלה נהגו בניגוד עניינים. וכי למעשה ביטלה את החלות ועדת שמגר בחוסר סמכות.
ועדת מומחים למעקב.
בחודש מרץ 2012 ביקש אגף השיקום במשרד הביטחון להקים ועדת מומחים כדי לדון בקשר הסיבתי בין חשיפה למי הקישון ובין שש קבוצות מחלות ממאירות: סרטן הערמונית, סרטני העור, סרטן בלוטת התריס, סרטן המעי הגס, סרטן קיבה, סרטן כליות. הוועדה הורכבה מארבעה רופאים מומחים למחלות השונות, היא הגישה את הדו"ח בינואר 2013.
סיכום הוועדה לא מצאה ביסוס מדעי לקשר סיבתי בין חשיפה למי הקישון לבין ששת מחלות הסרטן שבהן נדרשה לבדוק. עם זאת הכירה בכך שתיתכן השפעה מסוימת לחשיפה הסביבתית של מי הקישון על מחלות סרטן למעט סרטן העור שיוחסו לחשיפה לשמש. המליצה להכיר בחולים שהיו בחזקת והמחלה אובחנה אצלם בגילך צעיר באופן החורג במידה נכרת מהממוצע באוכלוסייה. בתנאי ולא היה מעשן כבד.
הועדה הבהירה שהמלצתה אינה סותרת את מסקנתה העיקרית הברורה . וכי הכללים שנקבעו בוועדת שני בנוסף כל מקרה שיעמוד בתנאים ולא יידרש לבחינת קשר סיבתי במסלול הרגיל יעמוד לבדיקה פרטנית של נתוניו כמפורט בדו"ח ועדת שני, בכל הנוגע לגורמי סיכון רלוונטיים שמחוץ לשירות הצבאי ומשקלם.
הודעת השר ברק.
שר הביטחון אהוד ברק הודיע לתקשורת ביום 12 ביולי 2010, בהודעתו התעלם ברק מכך שסיכום ועדת שני כולל שינויים מהותיים מסיכום ועדת שמגר וכי החלטתו היא בניגוד החלטת קודמו בתפקיד שאול מופז שקיבל את מסקנת היו"ר שמגר.
שלושה ימים מאוחר יותר הוציא עוזר ראש מטה שר הביטחון אליה אשל מכתב המבהיר שהתמיכה היא במסקנות ועדת שני ולא הזכיר את ועדת שמגר (חיל הים). והיועץ המשפטי לשר הביטחון אחז בן ארי הבהיר למעשה המצב הוא שלאחר החלטת ברק המסלול המיוחד שיוחד לתביעות קישון, אינו קיים. כל אחד מהתובעים, נדרש להוכיח קשר סיבתי.
בדיקות סקר תקופתיות.
בשנת 2005 החלה קופת החולים "מכבי" לבצע בעבור צה"ל בדיקות מעקב אחר 1,400 חיילים שנחשפו למי הקישון במהלך שירותם. במסגרת המעקב נרשמים נתונים בדבר כל מחלה ממאירה, כרונית או אחרת. משנת 2010 הועברו הבדיקות לרשת מרכזים רפואיים של חברת רפואה פרטית מדיטון המזמינה ומבצעת מבדקים לאוכלוסיית החשופים. הבדיקות נעשות בחמשת סניפי החברה מלון מרידיאן בחיפה, מלון הילטון תל אביב, מלון מצודת דוד בירושלים, סניף בשד' קוגל בחולון וסניף בקניון הנגב בבאר שבע.
טיפולים בגרמניה.
בשנים 2001-2003 יצאו קבוצת נפגעים עם יובל תמיר למרכז רפואי הנמצא בבאד אבלינג, בוואריה, בראשות פרופ' דאווס. המטפל בסרטן בשיטה היפר-טרמית - חימום הגוף בעזרת מנורות תת-אדומות. התאוריה שעם החום הגוף מצליח לאתר את גורמי הסרטן ולסלק אותם. המשתתפים בבדיקה היו נחושים להבריא. מה שהוגדר על ידי פרופ' דאווס כאלמנט חשוב בתהליך הריפוי, מחלתם של חלק מהמטופלים נעצרה וחלקם לא הבריאו. ההוצאה לטיפול הייתה גבוהה וכוסתה על ידי משרד הביטחון.
מומחים של חיל הרפואה חקרו את הנושא והגיעו למסקנה שאין בטיפול יתרון. לדעתם אף יש בו סיכון לתפקדו איברים פנימיים בגוף והמליצו שלא לעשות זאת. לא הייתה לכך המשכיות.
תביעות משפטיות.
תובענה ייצוגית של מועדון החתירה.
מועדון החתירה בחיפה מאורגן כעמותה רשומה, ממוקם באזור מוצא הנחל לים הנקי יותר אך עיקר פעילות החתירה הייתה נעשית אל תוך הנחל עצמו. לאחר הפרסומים והגברת המודעות בציבור לנזקים הפוטנציאליים ממי הנחל המזוהמים. נוכחו אנשי המועדון כי חותרים צעירים הפסיקו להצטרף אליו. בשנת 2001 נציג המועדון משרד עו"ד אפרים גלסברג מחיפה הגיש תובענה ייצוגית לבית משפט השלום בחיפה. כנגד 4 חברות שנראו כמזהמים העיקריים חיפה כימיקלים, 'גדות תעשיות ביוכימיה', דשנים וחומרים כימיים ו'פז שמנים וכימיקלים'. על הפרת 'החוק למניעת מפגעים סביבתיים' (תביעות אזרחיות), התשנ"ב 1992 הנתבעים נדרשו: לתקן את המעוות, להקטין את הנזק ולפעול להשבת המצב לקדמותו.
עורכי הדין של הנתבעים טענו שאין לעמותת מועדון החתירה זכות לתבוע ודרשו הסרה על הסף. במקביל הגישו הנתבעים המקוריים הודעת צד גימל ל-24 מפעלים, רשויות והמדינה עצמה. בכך נעשו אלה נתבעים נוספים. השופט שקל וערך מאזן נוחיות כלכלית. הפסקת הזיהום משמעותה הפסקת הייצור והנזק הכלכלי הצפוי מכך היה גדול. ב-29 במרץ 2007 נדחתה התביעה על ידי השופט יעקב וגנר.
המועדון הגיש ערעור לבית המשפט המחוזי בחיפה. בדין ישבו השופט גדעון גינת השופטת שושנה שטמר והשופט ד"ר עדי זרנקין.
ב-24 בספטמבר 2008 החליט בית המשפט המחוזי בהליכי הערעור. בית המשפט מתח ביקורת על התנהלות הנתבעים ובאופן חריג חייב אותם בתשלום הוצאות משפט למועדון השיט.
עמותת דייגי המכמורת.
בשנת 2001 הגישה עמותת דייגי המכמורת בקישון עתירה מנהלית (ת.א 278/01) כנגד חיפה כימיקלים ובמסגרתה ניתן על ידי בית המשפט המחוזי צו מניעה האוסר על חיפה כימיקלים להזרים מעבר לקבוע בהיתר ההזרמה, ובמקביל בית המשפט הורה לרשות נחל הקישון להגביר את תדירות הדיגומים בסופי השבוע (החלטה מיום 21.11.01).
תביעת הדייגים החולים.
כחודש יוני 2000 פורסם בידיעות אחרונות מאמר נוסף על דייגים שעבדו בקישון ומתו מסרטן הדייגים ראו את ההתנהלות מול לוחמי השייטת והסיקו מסקנות הנוגעות לעצמם. החל משנת 2001 ועד שנת 2005 הוגשו שבע תביעות קבוצתיות סך הכל חמישים תובעים נגד המפעלים המזהמים וחיפה כימיקלים בראשם התביעות רוכזו יחד ונידונו בבת משפט בחיפה בפני השופט רון שפירא. במשך הזמן נשרו חלק מהתובעים.