באמצע המאה ה-15, עם הקמת תנועתו האנטי-קתולית של יאן הוס בצ'כיה, החמיר מצבם של היהודים עקב האשמות בכך ששיתפו פעולה עימה. בשנת 1420 הגיעה הקהילה לשעת שפל חמור ביותר, עת יהודי מפרנסי העיר אנס שבאוסטריה עילית הואשם בעלילת שווא של חילול לחם הקודש. עלילה זו גרמה לכך שהקיסר אלברכט החמישי, ארכידוכס אוסטריה פקד לאסור את כל יהודי אוסטריה. 270 יהודים הועלו על המוקד בפומבי והשאר גורשו מאוסטריה בחוסר כל. בכך הייתה אוסטריה הראשונה בין מדינות מרכז אירופה שגירשה את תושביה היהודים. בשנת 1469 בוטל צו הגירוש על ידי הקיסר פרידריך השלישי, שנודע ביחסו הטוב ליהודים ואף כונה "מלך היהודים", עם התרתו ליהודים לשוב ולהתיישב בכל ערי שטיריה וקרינתיה. תחת שלטונו זכו היהודים לתקופת רגיעה קצרה (בשנים 1440–1493).
עליית הקנאות הדתית הישועית.
הרגיעה היחסית לא האריכה ימים, ועם תחילת שלטונו של פרדיננד הראשון ב-1556, שלמרות שהתנגד לרדיפת היהודים, הוא הטיל עליהם מיסים כבדים ופקד עליהם לענוד אות קלון. בין השנים 1564–1619, בתקופת שלטונם של מקסימיליאן השני, רודולף השני ומתיאס, גברה קנאותם של הישועים, ובעקבות זאת החמיר מצב היהודים עוד יותר. לאחר מכן שלט באוסטריה פרדיננד השני, שלמרות שכמו סבו, פרדיננד הראשון, התנגד לרדיפת היהודים, ואף התיר לבנות בית כנסת בווינה, גבה מהיהודים סכומי עתק.
שיא השפל של יהודי אוסטריה הגיע בתקופת שלטונו של לאופולד הראשון, תקופה שבה נרדפו באופן תדיר וגורשו מאזורים שונים, ובהם ב-1670 אף גירוש מווינה, אך שבו לעיר בהדרגה לאחר מספר שנים. על היהודים גם נגזרו גזירות שונות, בהן הותר רק לבן הראשון לשאת אישה, על מנת לעצור את התרבות היהודים. על אף התייחסותו החמורה של לאופולד הראשון ליהודים, שירת בחצרו יהודי החצר שמשון ורטהיימר כיועץ כלכלי.
תנועת השבתאות שקמה באותה עת לא פסחה על יהודי אוסטריה, במיוחד בשל המצב הקשה בו היו שרויים, ורבים מהם עלו לארץ ישראל בעקבות שבתי צבי.
שינוי ביחס כלפי היהודים.
לאחר תקופת הקנאות הדתית שבה סבלו היהודים, הגיעה תקופת סובלנות יחסית, שהייתה קטנה יותר בימי מריה תרזה, ושיאה, שהיה מעין "תור זהב", היה בתקופת שלטונו של הקיסר פרנץ יוזף, שהיה אהוד מאוד על היהודים.
בשנת 1772, בתקופת שלטונה של מריה תרזה, סופח לאוסטריה חבל גליציה כחלק מחלוקת פולין הראשונה. עקב זאת נוספו לאוסטריה יהודים רבים והקיסרית החלה בחקיקה מהירה על מנת להסדיר את זכויותיהם וביטלה את האוטונומיה היהודית על מנת לרכז את השלטון על היהודים בידה. למרות שהקיסרית נודעה בשנאתה ליהודים, עבדו בחצרה יהודים רבים. הקיסרית חייבה את היהודים ללמוד בבתי הספר היסודיים הכלליים, ובנוסף לכך התירה להם ללמוד באוניברסיטאות. בתי ספר יהודיים עוד לא היו קיימים.
לאחר מותה ב-1780 מונה בנה יוזף השני לקיסר והחל בפעילות לשילוב היהודים בחברה הכללית. הקיסר קבע כי עליהם להתגייס לצבא, והקים עבורם בתי ספר ממשלתיים. בשנת 1782 העניק ליהודים את צו הסובלנות, ובו ביטל הגבלות שונות שהיו על היהודים, כגון ההגבלה על היתר למגורים אך ורק במקומות שהוקצו לכך וההגבלה על עבודה במקצועות מסוימים בלבד, הותר להם להקים בתי חרושת, לשכור משרתים נוצריים וללמוד במוסדות להשכלה גבוהה, אך כל זאת בתנאי שעל היהודים תהיה חובה ללמוד בבתי ספר, יהיה עליהם להשתמש בגרמנית בלבד במסמכים רשמיים, ולא בעברית וביידיש, יהיה איסור על גביות מס פנימיות, יצומצמו זכויות המשפט העצמי של הקהילה, ומי שלא יסיים את לימודיו לא יוכל להינשא לפני גיל 25. הקיסר גם דרש מהיהודים להקים בתי ספר יהודיים לילדיהם, אך הם התנגדו משום שהלה אסר עליהם להתארגן בקהילה ולבנות מוסדות ציבור אחרים. בעקבות התנגדויות שונות, הן מהצד היהודי שהתנגד לתנאים הרבים, והן מחלק מהצד הנוצרי שהתנגד לזכויות הרבות, הצו לא בוצע במלואו.
לאחר מותו של יוזף ב-1790 ירש אותו אחיו הצעיר לאופולד השני. לאחר שנתיים עבר השלטון לבנו של לאופולד, פרנץ השני, שהמשיך במגמת שילוב היהודים בחברה הכללית, אך היה מתון יותר מדודו. ב-1812 נפתח בווינה בית ספר של יום ראשון יהודי. בתקופה זו ועד תחילת שלטונו של פרנץ יוזף ב-1848. באותה תקופה חלו על היהודים מספר הגבלות, כמו חיוב ללמוד בבתי ספר נוצרים ולהתפלל בגרמנית.
פריחה תרבותית.
בין השנים 1848–1938, תקופה של 90 שנה, זכו יהודי אוסטריה לפריחה תרבותית גדולה. הפריחה החלה עם תחילת כהונתו של פרנץ יוזף כקיסר האימפריה האוסטרו-הונגרית, והתמוססה בהדרגה לאחר מות הקיסר עד סיפוח אוסטריה לגרמניה הנאצית, תהליך שגרם לתחילת שואת יהודי המדינה.
בשנת 1848 מונה פרנץ יוזף לקיסר אוסטריה, אירוע אשר מציין את תחילתה של תקופת פריחה יהודית גדולה באוסטריה, הנחשבת למעין "תור זהב". הקיסר העניק ליהודים שוויון זכויות, באומרו כי "הזכויות האזרחיות והמדיניות אינן תלויות בדת". הקיסר היה אהוד מאוד על היהודים, הם כינוהו "הקיסר ירום הודו" (הקיר"ה) ואף חיברו עבורו תפילות ושירים שהודפסו בסידורי התפילה. בשנת 1849 ביטל הקיסר את האיסור על היהודים להתארגן בקהילה, ובשנת 1852 נקבע תקנון הקהילה היהודית. ב-1867 קיבלו היהודים שוויון זכויות מלא באופן רשמי. חופש המגורים בבירה, שניתן בשלב זה ליהודים, הביא לגידול מהיר בממדי הקהילה ומקבוצה קטנה יחסית של יהודים "נסבלים" קהילת וינה הגיעה ב-1855 ל-20,000 נפש לפחות והמספר הוכפל כעבור 15 שנים בלבד. מרבית היהודים שהצטרפו לקהילה היו מסורתיים והגיעו מהונגריה ומגליציה.
בשנת 1869 ביקר הקיסר בירושלים והתקבל שם באהדה רבה על ידי האוכלוסייה היהודית. הקיסר הקים קרן למימון הקמת מוסדות יהודים, ואיתה הקים את בית המדרש לרבנים בבודפשט שבהונגריה. ב-1890 נקבע מעמדה הרשמי של הקהילה היהודית בווינה. מספר יהודים גם נבחרו באותה תקופה לפרלמנט האוסטרי.
בתקופתו של פרנץ יוזף וגם לאחריה תרמו היהודים רבות לתרבות האוסטרית. למרות אחוזם הקטן באוכלוסייה, פעלו באוסטריה משכילים יהודים רבים שהיו לגדולי התרבות האוסטרית, ביניהם עורכי דין, עתונאים (ביניהם בנימין זאב הרצל) סופרים, מחזאים, משוררים, רופאים, בנקאים, אנשי עסקים ואומנים יהודים. וינה הפכה למרכז התרבות היהודית באוסטריה ומחוצה לה, והיוותה מרכז חינוך, תרבות וציונות. בנימין זאב הרצל, אבי הציונות, למד באוניברסיטת וינה, והיה עורך הפליטון של העיתון רב ההשפעה "נויה פרייה פרסה". פליקס זאלטן, יהודי אף הוא, ירש את הרצל כעורך המדור.
יהודים השתלבו גם בתעשייה (למשל בית החרושת לגפרורים של אדולף פולק).
בין יהודים נוספים שתרמו לתרבות האוסטרית באופן ניכר ניתן למנות את המלחינים גוסטב מאהלר וארנולד שנברג, הסופרים שטפן צווייג, פליקס זאלטן, ארתור שניצלר, הוגו פון הופמנסתאל (שסבו היה יהודי), קרל קראוס, אליאס קנטי, יוזף רות וויקי באום, את הרופאים זיגמונד פרויד, ויקטור פרנקל ואלפרד אדלר, את הפילוסופים מרטין בובר וקרל פופר ועוד רבים.
הפריחה לא פסחה גם על תחום הספורט: מועדון הספורט היהודי הכח וינה שנוסד ב-1909 הגיע להישגים נכבדים בכדורגל, בשחייה ובאתלטיקה.
יחד עם הפריחה היהודית, התנצרו כמה מן המשכילים, ששאפו להיטמע בתרבות סביבם. שני המייצגים המובהקים של תופעה זו הם קרל קראוס ואוטו ויינינגר. ב-1904 נמנו באוסטריה 1,224,899 תושבים.
בתקופה זו נבחר בווינה ראש עיר אנטישמי, קרל לואגר. הקיסר פרנץ יוזף התנגד בחריפות למינוי, אך לאחר שלואגר נבחר שלוש פעמים רצוף למשרה נאלץ הקיסר לוותר על פי התקנון. בתקופת כהונתו סילק לואגר יהודים ממשרות עירוניות ואסר עליהם לעבוד במפעלים בתחומי וינה, עד מותו ב-1910.
השתלבות היהודים ויחס הקיסר אליהם מובנים בהקשר הכולל של יחסי הכוחות בחברה הרב-לאומית בקיסרות. החל מאמצע המאה ה-19 התגברו הלחצים הלאומיים בקיסרות ההבסבורגית הרב-לאומית: המיעוטים הלאומיים (כמו ההונגרים, הצ'כים והקרואטים) החלו לתבוע עוד ועוד זכויות קולקטיביות; בקרב דוברי הגרמנית התגברה טינה הן כלפי המיעוטים והן כלפי הקיסרות ומוסדותיה, ורבים מהם נשאו עיניהם אל גרמניה המתעצמת והדינמית. בנסיבות אלה בלטו היהודים בנאמנות מוחלטת לקיסרות ובאהדה אישית לקיסר. ורבים מהם התגייסו לצבא האוסטרו-הונגרי במלחמת העולם הראשונה.
בסביבות 1918 גרו כ-250,000 יהודים באוסטריה, שהתפזרו ב-33 יישובים. רובם (201,513) גרו בבירה וינה.
בימי הרפובליקה הראשונה והאוסטרופשיזם (1918–1934 - 1934–1938).
ההיסטוריה של אוסטריה במהלך תקופת הרפובליקה הראשונה נקבעה בשיתוף עם האוכלוסייה היהודית. רבים מראשי המפלגה הסוציאל-דמוקרטית האוסטרית ובמיוחד ראשי תנועת האוסטרומרקסיזם (Austromarxism) היו יהודים אשר התבוללו. בשל העובדה שהמפלגה הסוציאל-דמוקרטית האוסטרית הייתה המפלגה היחידה באוסטריה אשר קיבלה לשורותיה יהודים ואף מינתה יהודים לתפקידים מובילים, למפלגות היהודיות אשר נוסדו בשנת 1918 בווינה, בה 10% מכלל האוכלוסייה הייתה יהודית, לא הצליחו להשיג תמיכה מצד מרבית האוכלוסייה היהודית. בקרב המחוזות בהם האוכלוסייה היהודית הייתה גדולה, אחוז שיעורי ההצבעה היה גבוה במיוחד עבור המפלגה הסוציאל-דמוקרטית האוסטרית מאשר שאר המחוזות.
כמו כן, תרומתה התרבותית של האוכלוסייה היהודית הגיעה לשיאה בתקופה זו. סופרים נודעים רבים, במאי סרטים ותיאטרון רבים (בהם מקס ריינהרדט, פריץ לאנג, פרד זינמן ויורה זויפר), שחקנים (בהם פיטר לורה ופול מוני), מפיקים, אדריכלים, נגנים ומלחינים (בהם פריץ קרייזלר, אריך וולפגנג קורנגולד ומקס שטיינר) היו יהודים-אוסטריים.