ההעפלה מהמזרח נמשכה עד הקמת מדינת ישראל, ובמסגרתה הגיעו בין 5,000 ל-7,500 עולים. המבצע סימן את הציונות והעלייה לארץ ישראל כפתרון למצוקת היהודים בארצות האסלאם, דבר שהתבטא בעליות הגדולות לאחר הקמת המדינה.
ההעפלה בשנים 1945–1948.
לאחר מלחמת העולם השנייה גאתה ההעפלה, תחת ניהול "המוסד לעלייה ב'". עד 1948 הובאו 84,000 מעפילים. מרבית ניצולי השואה רצו לעזוב את ארצותיהם הקודמות ורבים מהם התרכזו במחנות עקורים שהקימו למענם בעלות הברית בגרמניה, אוסטריה ואיטליה, וחלקם אף שוכנו בתוך מחנות הריכוז ששוחררו. לפחות 250,000 פליטים שכנו במחנות אלה. הג'וינט, תנועות הנוער וכן שליחי המוסד לעלייה ב' ו"ההגנה" פעלו במחנות העקורים והפעילו שם מסגרות לימוד והכשרה לעבודה, עלייה והתאקלמות לקראת העלייה לארץ ישראל. חלק ניכר מן היהודים שאפו להגיע לארץ ישראל ולהוות חלק מהיישוב היהודי המתפתח, בראותם כי אף מדינה לא רוצה בהם ובמדינות מזרח אירופה (כמו בפולין) הם נתקלו בתקריות אנטישמיות שגבו גם קורבנות בנפש. אולם, מפלגת הלייבור שעלתה לשלטון בבריטניה ב-1945, אכזבה את היהודים כשאימצה, בראשות שר החוץ ארנסט בווין, את מדיניות הספר הלבן של קודמתה והגבילה את העלייה ל-18,000 רישיונות בשנה בלבד. העלייה לארץ הפכה צורך חיוני בשביל היישוב היהודי ומשנעצרה - החליטו מוסדות היישוב לזרז את שליחת הספינות.
מעתה ואילך, "המוסד לעלייה ב'" היה הגוף היחידי שנשא בנטל ההעפלה. בסיום המלחמה העתיק שאול אביגור את מטה 'המוסד' לפריז ומשם הוא הפעיל את כל הגופים שעסקו בהעפלה, לרבות המטה בארץ, שהיה אחראי לקליטת המעפילים בחופי הארץ ושיגור הפעילים לאירופה. המוסד שיגר את פעיליו ליוון, דרום-איטליה וצרפת, יוגוסלביה ורומניה, ונעזר בשלבים הראשונים גם החיילים הארצישראליים בצבא הבריטי, שעסקו בין היתר באיתור יהודים, הקמת נקודות הכשרה בשבילם והעברת שליחי "ההגנה" אליהם. פעולות אלה החלו עוד בסוף 1943, כשהתארגנה באיטליה קבוצה מפלוגת ההובלה 462 שנקראה "החבורה" אשר העמידה לרשות 'המוסד' ציוד שימושי, כגון דלק ומזון ש"נלקחו" ממחסני הצבא הבריטי, וסייעה בארגון הספינות הראשונות שלאחר המלחמה.
ספינות המעפילים שהובאו בשנת 1945 היו קטנות - הראשונה 'דלין' הכילה 37 מעפילים והשמינית 'חנה סנש' 252. מספרים אלה, במצטבר, לא חרגו, או שלא חרגו בהרבה, ממכסת רישיונות העלייה שהקצו הבריטים. בעקבות הלחץ הגובר, החל "המוסד לעלייה ב'" לרכוש אוניות גדולות יותר וההעפלה נמשכה בקצב מוגבר, על אף שמרבית הספינות נתפסו ונוסעיהן מילאו את מחנות המעצר בארץ. מחנה מעצר מרכזי היה מחנה עתלית, בו יכלו לשהות בו זמנית עד 3,000 איש ב-86 צריפי עץ. כאשר המחנה התמלא הועמדו לרשות העצורים אוהלים צבאיים. למרות גדרות התיל שהזכירו לרבים את המחנות בשואה, תנאי המחיה של המעפילים היו סבירים. הם שהו במחנות תקופות שונות (בממוצע כשמונה חודשים) בציפייה למכסות הסרטיפיקטים. באוקטובר 1945 שחרר כוח פלמ"ח בפיקודו של נחום שריג במבצע צבאי נועז 208 עצירים מעתלית, שהבריטים איימו לגרש מהארץ. המעפילים ששוחררו טיפסו בהר הכרמל לעבר בית אורן. כוחות בריטיים שניסו לעוצרם נתקלו בתושבי חיפה שהוזעקו למקום והתערבבו בין הבורחים והקשו על הבריטים לזהותם. חלק מהם הצליחו להגיע לקיבוץ יגור ולהיטמע בין התושבים.
הבריחה ממזרח אירופה.
בשלהי מלחמת העולם השנייה, התארגנו בפולין אנשי מחתרת ופרטיזנים יהודים והקימו את תנועת הבריחה, שעם הזמן נהפכה למעין זרוע של ארגון "ההגנה". התנועה נועדה להעביר יהודים ממזרח אירופה בארצות שתחת הכיבוש הסובייטי (כמו פולין וצ'כיה) למרכזה ולדרומה על מנת שיוכלו להעלותם לארץ ישראל. הפעילות העיקרית של ההעפלה התרכזה באזורי הכיבוש האמריקניים באירופה, שם היה נוח יותר לפעול באופן בלתי לגאלי, ולכן היה צורך לרכז את היהודים באזורים אלה על מנת שיוכלו להעלותם לארץ ישראל. כיוון שהבאת העולים לארץ ישראל הייתה צריכה להיעשות דרך נמלי הים התיכון, נבחרו איטליה וצרפת להיות הארצות המרכזיות לפעילות הבריחה.
העברת היהודים לאיטליה הצריכה יעילות, תושייה רבה ומעבר בדרכים קשות, בין היתר בהרי האלפים, תכונות שבלטו בקרב אנשי "הבריחה" ואנשי ה"הגנה" שפיקדו על קבוצות הבורחים. הם נעזרו בסייענים מקומיים רבים, תמורת תשלום (למבריחים) ובמתן שוחד (לשומרי הגבולות). באיטליה ובאזורי הכיבוש האמריקאי בגרמניה התארגנו מחנות–קיבוצים ומשם הוסעו המעפילים למקומות המעגן של ספינות המעפילים. השלטונות נטו להעלים עין מפעילות זו, אולם השפעתה של ממשלת בריטניה על הממשל האיטלקי הייתה רבה וגרמה לקשיים רבים למארגני ההעפלה. עם ראשי ההעפלה באיטליה נמנו יהודה ארזי ועדה סרני, שבין פעולותיהם הרבות רכשו את האוניה "אנצו סירני", שהוסבה מאוניית משא לאוניית מעפילים והגיעה לחופי ארץ ישראל בינואר 1946.
קשייהם של המארגנים ושל המעפילים.
בעקבות התנאים שלאחר המלחמה, באנדרלמוסיה הגדולה ששררה באירופה, היה קל יותר לאלתר מבצעים ואף חלק מהמדינות והמוסדות באירופה נטו לסייע להעפלה, אך היו בעיות רבות בריכוז וארגון המעפילים, בדאגה למזון וציוד בשבילם, הבאת הספינות, ארגון חיי האנשים בהן, הערמה על השלטונות הימיים בארצות המוצא ובראש ובראשונה ההפלגה והכניסה בחשאי לארץ ישראל, תוך התחמקות מספינות המשחית הבריטיות. היו גם קשיים כספיים רבים. כך למשל, לא נמצאו בעלי ספינות רבים שהסכימו לסכן אותן בהשכרתן למטרות העפלה. "המוסד לעלייה ב'" החל לרכוש ספינות בעצמו אך נתקל בקשיים בשל בעיות מימון ופיקוח הדוק של הממשלות על המספנות. הוא גם התקשה לגייס ימאים זרים שיסכימו להסתכן בהפלגה, גם בעבור כסף רב. רבי החובלים הזרים שנשכרו למשימה הסתכנו בהעמדה לדין על ידי הבריטים, דבר שהקשה על מילוי תפקידם. מפקדי הספינות והמלווים היו בעיקר אנשי הפלי"ם- היחידה הימית של הפלמ"ח. הספינות עצמן היו צריכות לעבור הסבה משמעותית כיוון שלא נועדו להסיע נוסעים - על כל פנים, לא במספרים בהן הועמסו - וגם בכך עסקו שליחי ההעפלה באירופה. היה צריך גם לדאוג לרשת קשר תקינה עמן (בכך עסקה יחידת "הגדעונים").
הספינות הועמסו בהרבה יותר אנשים מקיבולתן הרגילה, ותנאי המגורים בהן היו קשים מאוד: ההפלגות נמשכו ימים ארוכים והמעפילים סבלו מצפיפות, תנאים סניטרים גרועים ומחסור מתמיד במזון. המארגנים לא תמיד יכלו לצפות מראש כמה זמן תימשך ההפלגה ולכן לפעמים לא היה ציוד מספיק לכל משך השהות על האונייה. המעפילים לא הורשו לעלות לסיפון במשך היום ולשאוף אוויר מהחשש להתגלות והיו דחוסים בבטן האוניה. רבים מהם שלא היו מורגלים בנסיעות בים נפגעו ממחלות, והיה חשש להתפשטות מחלות זיהומיות. השליחים ניסו לארגן את החיים על האוניות וניהלו באמצעות אנשי תנועות הנוער פעילויות תרבותיות וחברתיות, כמו חוגי למידה והכשרה. למרות כל הקשיים, ככלל ניתן לומר שהמעפילים קיבלו בהבנה את המצב והיו נחושים בדעתם להגיע לארץ ישראל. במקרים רבים, אם וכאשר נתפסו הספינות, פתחו המעפילים בשביתה ואף במאבק פיזי כנגד הבריטים שניסו להורידם בכוח. מאבקם התפרסם במיוחד בפרשת לה ספציה ופרשת האונייה "אקסודוס".
מדיניות היד הקשה ופרשת "לה ספציה".
הבריטים ניסו לעצור את ההעפלה בכל מחיר והחלו להחריף את צעדיהם. הם החליטו לנקוט ביד קשה כנגד המעפילים, הן לצורכי הרתעה, על מנת שהמעפילים יחששו לבוא, והן לצרכים מדיניים. הממשל הבריטי שאף למדיניות שתהיה מקובלת על הממשל האמריקאי אשר תלותם בו הלכה וגברה. מצד שני, לא רצו הבריטים לעורר את זעם ארצות ערב, אליהן ניסו להתקרב בחששם לסכנת חדירה סובייטית לאזור המזרח התיכון.
למדיניות היד הקשה של הבריטים כנגד ההעפלה היו מגבלות. כך למשל, בפרשת לה ספציה. בנמל האיטלקי לה ספציה התארגנה באפריל 1946 אוניית מעפילים, אולם יום לפני ההפלגה היא נתגלתה על ידי קצינים איטלקים, שחשדו תחילה כי היא מבריחה פושעי מלחמה פשיסטים, ודיווחו עליה לשלטונות. הבריטים החלו ללחוץ על השלטונות האיטלקים למנוע את הפלגת הספינה. ראש "המוסד לעלייה ב'" באיטליה, יהודה ארזי, העלה בינתיים את המעפילים על האונייה, החל לגייס את דעת הקהל בעולם באמצעות העיתונות הבינלאומית והכריז על שביתת רעב של המעפילים. למרות מצבם הקשה, הכריזו המעפילים כי יפסיקו את השביתה רק כשתותר להם העלייה לארץ. היישוב בארץ נסער וראשי היישוב הצטרפו לשביתת הרעב. הדיווחים התקשורתיים בעולם, שהביעו הזדהות עם המעפילים, העלו על סדר היום את בעיית הפליטים היהודים והעמידו במבוכה רבה את הבריטים. החל דין ודברים בין יושב ראש מפלגת הלייבור, הארולד לאסקי, לבין ארזי. בעקבות זאת, הסתיימה שביתת הרעב וחלק מהנוסעים הועברו לאוניית מעפילים נוספת שנתפסה בינתיים בנמל כשהיא ריקה. שתי האוניות קיבלו מעתה שמות עבריים: האחת "דב הוז" והשנייה "אליהו גולומב". לבסוף הבריטים נכנעו, והסכימו לאפשר לנוסעי שתי האוניות להיכנס לארץ על חשבון מכסת הסרטיפיקטים לאותה שנה.
לאחר פרשת "לה ספציה" גבר זרם האוניות, אולם הבריטים הגבירו את השמירה בלב ים, הסתייעו במודיעין מעולה ובכוח ימי מוגבר והצליחו לתפוס את מרבית הספינות, כשהם ממלאים בכך את מחנות המעצר בארץ. כך למשל נתפסה האונייה "וג'ווד" ביוני 1946 כשעל סיפונה 1,257 מעפילים, ואילו לאונייה "ביריה" שנקלעה למצוקה בלב ים, סירבו הבריטים לתת סיוע אף על פי שאיתרו את קריאות המצוקה שהגיעו ממנה, והיא נעזבה לנפשה. לאחר שהאונייה הגיעה בקושי רב לנמל חיפה, שוכנו מעפיליה על אונייה אחרת בנמל עקב חוסר מקום במחנות המעצר. הם שוחררו בהדרגה במסגרת מכסות העלייה.
הגירושים לקפריסין.