נחמיה מתאר בספרו: "וָאֵצְאָה בְשַׁעַר הַגַּיא לַיְלָה... וָאֱהִי שֹׂבֵר בְּחוֹמֹת יְרוּשָׁלִַם אֲשֶׁר הֵם פְּרוּצִים, וּשְׁעָרֶיהָ אֻכְּלוּ בָאֵשׁ. וָאֶעֱבֹר אֶל שַׁעַר הָעַיִן וְאֶל בְּרֵכַת הַמֶּלֶךְ, וְאֵין מָקוֹם לַבְּהֵמָה לַעֲבֹר תַּחְתָּי". בעקבות כך בנה נחמיה חומה שהקיפה חלקים מעיר דוד.
רק מאוחר יותר, כשהחשמונאים שולטים בירושלים, העיר מתרחבת וגדלה. החשמונאים מחזירים את גבעת עיר דוד להיות חלק מהעיר ירושלים, אך בניגוד לימי בית ראשון בהם עיר דוד הייתה מרכז העיר, בעת ההיא עיר דוד הופכת להיות פרבר עוני של ירושלים, ומלבד בריכת השילוח המפוארת שבתחתית הגבעה ירושלים מתחלקת לעיר העליונה - העיר העתיקה של ימינו, שם מתגוררים העשירים והשכבה העליונה, והעיר התחתונה - גבעת עיר דוד, שם מתגוררים דלת העם הפשוטים והפועלים.
עיר דוד לאחר חורבן בית שני.
ירושלים כולה, ואיתה גם עיר דוד, נהרסה בחורבן בית שני בשנת 70 ולא יושבה מחדש אלא ב-135, כשהקיסר הרומי אדריאנוס הקים במקומה של ירושלים עיר רומית אלילית וקרא לה על שמו, איליה קפיטולינה. נראה כי האזור של עיר דוד נשאר מחוץ לתחומי העיר הרומית.
בתקופה הביזנטית גדל תחומה של העיר והיא התפשטה להר ציון ולעיר דוד. בצפונה של עיר דוד נחשפו מבני מגורים מהתקופה הביזנטית. עיקר השרידים מן התקופה הביזנטית מצויים ממערב לשער הקדום של עיר דוד, הוא "שער הגיא". מבני המגורים של השכבה הביזנטית המאוחרת מצטיינים באיכות בנייתם והם היטיבו להשתמר.
כנסיית השילוח.
כנסיית השילוח: בשנים 1894–1897 נחשפו על ידי בליס ודיקי שרידיה של כנסיית השילוח שנבנתה כנראה באמצע המאה ה-5 לספירה על ידי הקיסרית אאודוקיה.
הכנסייה הוקמה לזכר סיפור הנס של ישו שהחזיר לעיוור את ראייתו בבריכת השילוח כפי שמתואר בבשורה על פי יוחנן ט 1–7:
הכנסייה הוקמה מצפון לברכת השילוח וחלקיה נשתמרו היטב, לעיתים עד לגובה העולה על 2.5 מטר. הכנסייה, שמידותיה 16 מטר ברוחב על 28 מטר באורך, נחלקה לאולם תווך ושתי סיטראות על ידי ארבע אומנות רבועות. הסיטראות רוצפו בפסיפסים מעוטרים בדגמים שרווחו בתקופה הביזנטית. הכניסה לכנסייה הייתה מצפון וירדו אליה דרך אטריום (חצר פנימית) ונרתקס מדורג ממנו עברו לכניסה דרך סטיו. הסטרא הדרומית נפתחה אל ברכת השילוח במעין סטיו פתוח.
הכיבוש הערבי.
ירושלים נכבשה על ידי הערבים ב-638 לספירה. בשלב מוקדם של התקופה הערבית הקדומה התירו השליטים ליהודים, לראשונה זה כמה מאות שנים, להתיישב בירושלים ולהקים בה שכונה יהודית. שכונה זו הייתה כנראה בגבעת עיר דוד, למרות שעל מיקומה המדויק עדיין חלוקות הדעות.
יש מעט מאוד עדויות ארכאולוגיות מהתקופה המוסלמית הקדומה בעיר דוד.
כבר הפאטימים, במאה ה-11, צמצמו את גבולות העיר מדרום, הקימו חומה בתוואי חדש (שנשמר מאז ועד היום), והותירו את עיר דוד מחוץ לגבולות העיר.
במאה התשיעית הקימו יהודים קראים את שכונתם בצד המערבי של המדרון וכינו את שכונתם בשם "צלע האלף" על פי הפסוק בספר יהושע: "צלע האלף והיבוסי היא ירושלים". שכונתם כונתה גם בשם "שכונת בני המזרח". ישובם זה התקיים כמה מאות שנים.
כפר סילואן במאות האחרונות.
בתקופה המוסלמית המאוחרת, לאחר גירוש הצלבנים, התפתח על גבעת עיר דוד ועל הגבעה ממול כפר ערבי, סילואן, ששמו הוא כנראה שיבוש של "שילוח", המעיין הזורם בתחומי עיר דוד. עם יציאת העיר החוצה מהחומות החל מאמצע המאה ה-19, סופח הכפר לתחומי העיר והפך לשכונה.
כאשר עלו ארצה יהודים מתימן בשנת 1882 (עליית "אעלה בתמר"), הם התגוררו בתחילה בירושלים בחוסר כל וללא קורת גג. עסקנים יהודים ריחמו עליהם ורכשו עבורם חלקת אדמה במדרונות הכפר הערבי סילואן על גבי נחל קדרון. בשנת 1884, שוכנו במקום יהודי תימן וזהו היישוב הראשון של התימנים בתקופת העליות. המקום נקרא "כפר השילוח", על-שם המעיין הסמוך. בעלי הקרקעות קיוו כי התושבים התימנים ילמדו את עבודת האדמה ויספקו תוצרת חקלאית לתושבי ירושלים, אך אלו העדיפו לעבוד מחוץ לכפר. מאורעות הדמים, בהם פגעו הערבים ביהודים החל משנת 1920, צמצמו את האוכלוסייה בכפר, ובשנת 1936 (מאורעות תרצ"ו), התנפלו ערבים על הנותרים, פגעו בהם ושדדו את רכושם. התושבים עזבו את המקום סופית.
חידוש הנוכחות היהודית בעיר דוד.
בשנת 1986 קמה עמותת אלע"ד ("אל עיר דוד") במטרה לקדם את הקשר היהודי למקום ובפרט את ההתיישבות היהודית בתחומי עיר דוד. העמותה פועלת לקדם תיירות, חפירות ארכאולוגיות, חינוך ומחקר על ירושלים. כמו כן היא רוכשת קרקעות מתושבי סילוואן, או שוכרת אותן מחברת עמידר, כדי לשכן בהן יהודים.
החל משנת 1997 מפעילה העמותה עבור רשות הטבע והגנים את 'הגן הלאומי עיר דוד', המהווה חלק מ'גן לאומי סובב חומות ירושלים'. היא מנגישה לציבור כמה מבנים בעיר דוד, כמו 'בית הצופה', שהפך לנקודת תצפית ואולם להקרנת חיזיון אורקולי. האתר נחשב לאחד האתרים הפופולריים בירושלים.
העמותה פועלת לחינוך והסברה על אודות ירושלים, ובפרט מפיצה ידע בעניין ירושלים הקדומה. היא שותפה לפרויקט 'מוריה' של חיל החינוך שבמסגרתו מבקרים חיילי צה"ל בעיר דוד ובסביבתה. בשנת 2001 הקימה העמותה את מכון מגלי"ם (המכון הגבוה ללימודי ירושלים) כמכון מחקר והוראה, שמטרתו להעמיק את הידע על אודות ירושלים בתחומי היסטוריה, ארכאולוגיה ותנ"ך. מדי שנה מקיים המכון את 'כנס מחקרי עיר דוד', הכנס הארכאולוגי הגדול בישראל. השטח של החפירות הארכאולוגיות בעיר דוד מנוהל על ידי העמותה, אשר מממנת את רובן. ממצאי החפירות מתפרסמים בכלי התקשורת ובכנס השנתי של מגלי"ם. כתוצאה מפעילות העמותה חלה עלייה חדה במספר המבקרים במקום בשנים האחרונות. בשנת 2008, למשל, ביקרו בגן הלאומי עיר דוד כ-400 אלף איש.
אחת מפעולותיה העיקריות של העמותה היא היישוב היהודי בעיר דוד, כמו גם באגן הקדוש כולו. העמותה רוכשת ושוכרת מיום הקמתה נכסים, קרקעות ובתים בעיר דוד ובאזורים נוספים בכמה דרכים: איתור נכסים בבעלות יהודית ומאבק משפטי במחזיקיהם הנוכחיים; קנייה ושכירת נכסים שהוכרזו נכסי נפקדים על ידי האפוטרופוס מהרשות לפיתוח ומחברת עמידר; וכן שכנוע ערבים תושבי סילואן למכור את בתיהם ליהודים. בשנת 2014 התגוררו בעיר דוד כ-100 משפחות יהודיות המונות כ-500 איש.
החפירות הארכאולוגיות בעיר דוד.
עיר דוד היא האתר שבו נערכו חפירות על ידי המספר הגדול ביותר של משלחות ארכאולוגיות בישראל. הדבר נובע ממקומה של העיר הקדומה בחקר המקרא. אלה המשלחות והחוקרים שחפרו באתר בציון שנות החפירה:
כמו כן נערכו במשך השנים בדיקות מצומצמות במקומות שונים. אלה נערכו בידי:
הממצאים בעיר דוד.
גן לאומי "עיר דוד".
בעיר דוד מספר אתרי חפירה, השטחים סומנו עם השנים בצורות שונות על ידי החופרים השונים, אך כיום נהוג להתייחס לאתרים השונים על פי האזורים שהוגדרו בחפירותיו של יגאל שילה. החשובים שבהם - שטח G (קריית השלטון), מבנה האבן הגדול, נקבת חזקיהו ופיר וורן. שטחי חפירה נוספים אינם מפורטים כאן, אך ניתן לקרוא עליהם ברשימת הקריאה שלהלן.
מבנה האבן הגדול.
בכניסה לגן הלאומי נחשף בשנת 2005 מבנה אבן גדול הקבור תחת נדבכים מתקופת בית שני ומהתקופה הביזנטית. לדעת החופרת אילת מזר הוא נבנה בראשית המאה העשירית לפנה"ס, והיא אף מעלה את ההשערה לפיה שימש המבנה כארמונו של דוד המלך, חוקרים אחרים חלוקים על תארוך זה והם מקדימים אותו למאות ה-13-12 לפנה"ס.
מבנה תמך מדורג גדול ממדים נחשף ממערב למבנה האבן, בתחום שטח G. יש המתארכים אותו לשלהי המאה ה-13 עד תחילת המאה ה-12 לפנה"ס, אחרים משייכים אותו למאה העשירית לפנה"ס, תקופת דוד המלך.
קריית השלטון - שטח G.
על המדרון שמזרחית למבנה האבן הגדול הוקמו מבנים מפוארים בתקופת הבית הראשון, אשר הממצאים שהתגלו בתוכם מעידים על המעמד הגבוה של הדיירים שאכלסו אותם. המבנה הגדול שבהם מכונה "בית אחיאל", משום ששם זה נמצא על גבי שברי חרס שנחשפו באתר. בסמוך לבית התגלתה אסלת אבן שהייתה מותקנת בראש בור ספיגה. האסלה מוצגת כיום מימין למבנה, והיא מעידה על רמת החיים הגבוהה של תושביו. בחפירות שנעשו מתחת לאסלה, הצליחו ארכאולוגים לזהות את סוגי המאכלים שתושבי ירושלים של תקופת בית ראשון אכלו, בין השאר הצליחו לזהות שרידים של עצמות דגים מהנילוס במצרים, דבר המלמד על קשרי מסחר ועל מעמד גבוה.
מימין למבנה, באחד החדרים שנחשפו, התגלתה שכבת אפר עבה ברצפת החדר המכונה משום כך "החדר השרוף", המעידה על חורבן העיר ירושלים על ידי נבוכדנצר בשנת 586 לפני הספירה. באתר התגלו גם ראשי חיצים המעידים על הקרב שהתחולל באזור. סגנון החצים שנמצאו זהה לחיצים אשר נמצאו בלכיש, שם נערך קרב קשה במסעו של סנחריב בשנת 701 לפנה"ס הספירה.
בגבול השטח נחשפה חומה המתוארכת לימי נחמיה, אשר בימיו הצטמצמו תחומי העיר ושטח אתר זה נותר מחוץ לחומה. מדרום לחומה התגלה מגדל חשמונאי מהמאה ה-2 לפנה"ס אשר שימש כחלק מביצורי "החומה הראשונה" כפי שהיא מכונה בכתבי יוסף בן מתתיהו.
החומה.
בדרומו של השטח בולט יסוד של מגדל שנבנה על חורבות מבנים שנהרסו עם חורבן בית המקדש הראשון. לפיכך החומה הזו היא מתקופת בית שני, אותה חומה שיוספוס פלביוס מכנה "החומה הראשונה". העדות הארכאולוגית מצביעה על כך שהחומה נבנתה החל מימי שיבת ציון. היא הוקמה בראש המדרון המזרחי שנותר מעתה מחוץ לתחומי העיר המבוצרת, עובדה שמתיישבת יפה עם המסופר במקרא המתאר את מסע הלילה של נחמיה, אותו הוא ערך עם הגיעו לירושלים.