הדור השני של הדיאבלו VT קופה ורודסטר קיבלו את אותם שדרוגים קוסמטיים ומכניים כמו דגמי ה-SV, כולל הפנסים הקבועים, עיצוב פנים מעוצב מחדש, מנוע המפיק 529 כ"ס ב-394 קילוואט, ומערכת ABS - מעט שונה מהדור הקודם. כל דגמי ה-VT שיוצרו לשוק האמריקאי, קופה ורודסטר כאחד, חלקו את אותה חזית ייחודית ופגוש אחורי אשר נראה בדיאבלו VT רודסטר המקורית, יחד עם צינורות הבלימה האחוריים הצבועים לאורך שהופיעו לראשונה בדיבאלו SE30. שינויים קוסמטיים אלו היו זמינים כאפשרויות ביתר העולם בדגמי הקופה VT.
ייצור מיוחד של תריסר דגמי דיאבלו VT נעשה באופן בלעדי לשוק האמריקאי בשנת 1999 ונקרא מהדורת אלפיני (Alpine). זאת מאחר שדיאבלו עשתה שימוש במערכת הסטריאו מבית אלפיני מאז הקמתה, ייצור מוגבל זה נועד להציג ולחגוג את החיבור בין למבורגיני לאלפיני. מהדורת אלפיני הייתה דיאבלו VT סטנדרטית למדי, ללא שינויים במנוע, וכמה תוספות סיבי פחמן המקשטות חלקים שונים, אבל החדשות הגדולות הייתה מערכת המולטימדיה. מקלט הסטריאו היה המודל היוקרתי CVA-1005, עם מערכת ניווט משולבת, האריזה כללה גם נגן DVD, מחליף תקליטורים עם מקום ל-6 דיסקים והטוויטרים האיכותיים ביותר של אלפיני, דרייברים בינוניים, וסאבוופרים אשר הופעלו על ידי הסמל של "למבורגיני" ומגברי אלפיני. לוגואים של אלפיני עיטרו את משענות הראש במושב, השטיחים, ואת כיסוי המכונית בדגם נדיר זה.
ייצור מיוחד נוסף של תריסר דגמי דיאבלו לשוק האמריקאי הורכב מה-VT רודסטר ונקרא מהדורת MOMO. כמו מהדורת אלפיני, מהדורת מומו שירתה את האינטרס של קונה הרכב בארצות הברית במוצרי יד שנייה משודרגים. למבורגיני, במקום לבזבז כסף כדי לפתח רכיבי רכב מסוימים, הם השתמשו בספקים שמוצריהם יהוו יתרון במכירת הרכב בשוק היד השנייה כמו Alpine ו-MOMO שציידו את הדיאבלו. מהדורת המומו הייתה שוב VT רודסטר סטנדרטית למדי, אבל הכילה ריפוד מיוחד, 4 רתמות מבית MOMO אשר שימשו כחגורת בטיחות, וחישוקי כרום מבית MOMO. כמו מהדורת אלפיני, מהדורת MOMO הייתה גם עם לוגו MOMO רקום במשענות ראש המושב ושטיחי הרצפה.
דגמי הדיאבלו VT רודסטר נהנו מייצור מוגבל של 30 מכוניות לאחר חגיגת שנת 2000, לאחר כניסתה של הדיאבלו VT 6.0. דגם זה, "מילניום רודסטר", היה זמין בשני צבעים, טיטניום מטאלי וצהוב, עם 10 מכוניות אשר יוצאו לארצות הברית, כולן צבועות בטיטניום מטאלי. פרט לספוילר העשוי מסיבי פחמן, עיצוב פנים ייחודי עם שני גוני עור, ודיפרצניאל SV אחורי בעל יחס קצר יותר (הנותן האצה משופרת), למודל זה לא היו סממנים מיוחדים והעיצוב הקודם, ושימש רק כמחווה אחרונה לרודסטר היוצא.
דיאבלו GT.
הדיאבלו SE30 וערכת השדרוג Jota האופציונלית היו די ספורטיביים ובעלי אוריינטציה למרוצים, אבל בלמבורגיני לקחו את הרעיון הזה צעד אחד קדימה בשנת 1999 עם השקת מודל ייצור מוגבל מאוד, דיאבלו GT, שרק 80 דוגמאות יוצרו למכירה. הדיאבלו GT היו דגמים בעלי אוריינטציית מרוצים מוחלטת השונה כמעט לחלוטין מדגמי הדיאבלו המרכזיים. הדיאבלו מדגם זה היו מצוידות בעבודת גוף אגרסיבית אשר שונה באופן אגרסיבי, עיצוב הפנים הופשט לחלוטין, והמנוע הוגדל. עם הבלעדיות הגיע תג מחיר גדול במיוחד של כמעט 300,000$ והמכירה הוגבלה לאירופה בלבד. חלק מדגמי ה-GT יובאו לארצות הברית וייתכן שכמה הוסבו למפרט התואם את חוקי התעבורה האמריקאיים.
הדיאבלו GT הייתה שונה באופן ניכר בצד החיצוני. בזמן שדגמי דיאבלו קודמים היו שונים אחד מהשני, כל דגמי הדיאבלו GT הוצגו עם ספוילר שחור חדש עשוי סיבי פחמן מלפנים עם צינורות קירור גדולים לבלמים ואוורור מרכזי למצנן השמן (המכונית הזו עדיין הכיל פנסי נהיגה, זוג אחד של יחידות עגולות שהוצגו בדיאבלו VT רודסטר). במכסה תא מטען הקדמי, כונס אוויר גדול התווסף, ואילו פתחי הפינה הקטנים על הכנפיים הקדמיות שונו לצינורות בסגנון NACA. הפגושים עצמם התרחבו כדי להתאים למסלול קדמי רחב יותר. בחלק האחורי, הפגוש ופנסים הוסרו לחלוטין והוחלפו במפזר אור עשוי סיבי פחמן שאילץ את פנסי הערפל האחוריים להתחלף בזוג חיצוני של מנורות זנב שהגנו על צמד צינורות פליטה מרכזיים גדולים. מכסה המנוע הכיל צינור אוויר מרכזי גדול ובולט מעל הגג, וספוילר אחורי היה ציוד סטנדרטי.
בצד הפנימי, הדיאבלו GT הכילו יותר לוחות סיבי פחמן בולטים, מושבים מרוץ קדמיים עם 4 רתמות המשמשות כחגורת בטיחות, הגה קטן יותר, מסך LCD אופציונלי מבית אלפיני עבור ניווט GPS ומצלמת רוורס בפגוש הרכב. למרות יומרות המירוץ של הרכב, מיזוג אוויר עדיין הותקן כציוד סטנדרטי וכריות האוויר היו ניתנות להסרה.
בזמן שדגמי דיאבלו קודמים כוונו והותאמו למנוע 5.7 ליטר עם שדרוגי מערכת הצתה והזרקת דלק שונים, לדיאבלו GT היה מנוע חלופי גדול יותר אשר תפס יותר מקום. כאשר תא מנוע ה-V12 הבסיסי נשאר אותו הדבר, המנוע הורחב מ-80 מ"מ ל-84 מ"מ לצורך הרחבת הקיבולת ל-6.0 ליטר. מנוע זה, אשר מאוחר יותר היה בשימוש בדיאבלו 6.0 המשופרת, סיפק 575 כ"ס ב-429 קילוואט בגרסת ה-GT ו-64 קג"מ של מומנט. העברת ההילוכים נותרה זהה עם 5 יחסי ההעברה שהיו בדגמי הדיאבלו הקודמים, אבל יחסי העברה יוכלו להשתנות לפי הקונה. הנעה אחורית הייתה בשימוש על מנת לחסוך במשקל, כרגיל.
דיאבלו VT 6.0 ו-VT 6.0 SE.
לאחר שאאודי השתלטו על למבורגיני מבעליה הקודמים מדרום-מזרח אסיה, וי'פאוור ומייקום, ב-1998, הם רצו ליצור מודרניזציה שתחדד את דיאבלו, תוך כדי שמחליפתה, המורצ'יילאגו, הייתה בפיתוח. אאודי הטילו על לוק דונקרוולקה את המשימה לעצב דיאבלו מעודנת, תרבותית ומודרנית יותר. ה- VT 6.0 שוחררה למכירה בשנת 2000, והייתה לתוצאה של עיצוב ושינויים סגנון משמעותיים מבפנים ומבחוץ.
לא כמו דגמי הדיאבלו הקודמים, שכמעט בכולם נעשה שימוש ב-3 סוגי סגסוגת בחישוקים, ה-VT 6.0 נעשה שימוש באלומיניום יצוק אלומיניום יצוק בגודל בקוטר 18 אינץ' של חברת OZ, ועוצבו עם 5 חורי "חיוג טלפוני", דומה לזה שנראה בדגמים המאוחרים יותר של הקונטאש. בצד הפנימי, עיצוב הפנים היו מעודן יותר באופנה גרמנית טיפוסית; סגנון לוח המחוונים החדש שהוצג במגוון הדיאבלו בשנת 1999 נשמר, אבל צויד בסיבי פחמן בולטים במרכז הקונסולה, מיזוג האוויר שופר, ויישור המושב והדוושה תוקן.
ה-VT 6.0, בהתאם לשמו, השתמש במנוע V12 חדש בנפח 6 ליטר אשר הוצג לראשונה בדיאבלו GT (גרסת מובלטת של מנוע ה-V12 המסורתי בנפח 5.7 ליטר של הדיאבלו). המנוע עדכן את תוכנת ה-ECU שלו, בנוסף התווספו למערכות היניקה והפליטה החדשות, מערכת תזמון שסתומים משתנה ומעודנת עם גלגלי זיזים מעט פחות אגרסיביים מאשר אלו שהיו בשימוש בגרסאות הקודמות. יחידת הכוח הפיקה 575 כ"ס ו-63 קג"מ של מומנט, יותר מכל דיאבלו סטנדרטית שיוצרה קודם לכן.
בגלל ההכנות שנעשו למורצ'יילאגו שתוצג בקרוב, הדיאבלו VT קופה הייתה הגרסה הזמינה היחידה, בלי מודלי רודסטר או SV יותר אשר תוכננו; עם זאת, לקוחות יכולו להזמין במיוחד גרסת הנעה אחורית מיוחדת של ה-VT 6.0 אם הם רצו. בשל הזרם של המשאבים הכספיים ומומחי ההנדסה מאאודי, הדיאבלו VT 6.0 נבנתה באיכות מעולה בהשוואה לשנים הקודמות של המודל, מה שהופך את ה-6.0 VT למעשית ביותר של כל דגמי הדיאבלו.
לפני שהדיאבלו יצאה מייצור, למבורגיני ייצרה בשנת 2001 סדרה מיוחדת של 42 של מהדורה מיוחדת אשר נקראה דיאבלו VT 6.0 SE; יחידת הכוח שלה הפיקה 549 כ"ס. מודל זה היה זמין רק בשני צבעים; זהב מטאלי (Oro Elios) ייצג את הזריחה בעוד שהצבע השני ברונזה/חום ערמוני (Marrone Eklipsis) ייצג את השקיעה. מעט השתנה, התקבלה סעפת יניקה חדשה ממגנזיום, טיפול מיוחד בעור, סמל "למבורגיני" על הקליפרים בבלמים, תוכנת מפת הדרכים מקיפה במערכת הניווט, ועיטורי סיבי פחמן נוספים.
ייצור מכוניות מרוץ מיוחד.
דיאבלו SV-R.
הדיאבלו SV-R נחשפה בז'נבה בשנת 1996, היא הייתה גרסה תחרותית וקלת משקל של הדיאבלו SV והלמבורגיני הראשונה שנבנתה למטרות ספורט מוטורי, כמו שפרוציו למבורגיני מעולם לא רצה לבנות, מכונית מרוץ הניתנת לנהיגה ברחוב, כמו שמייצרת היריבה פרארי. במקום לעמוד בדרישות לכל סדרת מרוצים קיימת, למבורגיני יצרה מרוץ משלה בשם "למבורגיני סופרטרופי" שהתקיימה במשך ארבע שנים, והוחלף מאוחר יותר עם ה"GTR סופרטרופי" בעבור הדיאבלו GTR, וסיבוב הפתיחה שלו הוקדש כמחווה של תמיכה למרוץ 24 השעות של לה מאן בשנת 1996. 28 דגמי הדיאבלו SV-R אשר נכנסו למירוץ, נבנו במשך 4 חודשים על קו ההרכבה של הדיאבלו יחד עם דגמי הדיאבלו SV. כולם סיימו את המירוץ ללא בעיות משמעותיות.