הקבוצה הוקמה בשנת 1955 כאיחוד של ארבע קבוצות – הפועל נס ציונה, מכבי נס ציונה, בית"ר נס ציונה וכוכב הדרום, שהיו כולן קבוצות בליגות הנמוכות ולא הצליחו לבסס את מעמדן. בעונתה השנייה בליגה ג', בשנת 1957, הקבוצה עלתה לליגה ב'. בעונת 1962–1963 עלתה מליגה ב' מחוז דרום לליגה א'. שלוש עונות בלבד לאחר שעלתה לליגה א' (ליגת המשנה דאז), העפילה הקבוצה בסיום עונת 1965–1966 (עם המאמן דוד קרמר) לראשונה לליגה הבכירה. בעונת 1966/1968 שיחקה הקבוצה בליגה הבכירה לראשונה בתולדותיה, כשבין שחקניה בלטו: גברי בן שמעון, מנחם איריס, ברוכ׳לה רוזנשטיין, אליעזר צוויג, לחמי, ויעקב שחר. את העונה הקבוצה סיימה במקום האחרון עם 32 נקודות מתוך 60 משחקים, וכן ספגה 123 שערי חובה.
בעונות לאחר מכן הצליחה לשרוד בליגת המשנה, אך בעונת 1970/1971 ירדה הקבוצה לליגה ב' מבית הדרום של ליגה א'. בעונת 1972/1973 עלתה חזרה לליגה א' והצליחה לשרוד 3 עונות, כאשר בעונת 1974/1975 סיימה במקום ה-15 ושרדה רק בזכות ההחלטה על הגדלת הליגה והקפאת היורדות ממנה באותה עונה. עונה לאחר מכן ירדה לליגה השלישית לאחר שהוקמה הליגה הארצית כליגת המשנה החדשה. מעט לאחר מכן התדרדרה הקבוצה עד לליגה הרביעית. בשנות ה-70 המאוחרות ושנות ה-80 בילתה הקבוצה בליגות הנמוכות ולא הצליחה להתרומם, עד שבשנת 1990 הצליחה הקבוצה לחזור לליגה א', וכעבור שנה העפילה לליגה הארצית והשלימה עלייה של שתי ליגות בשתי עונות.
הקבוצה שיחקה בליגה הארצית במשך שמונה עונות, עד עונת 1998/1999, ולאחר מכן הורדה הקבוצה לליגה א' עקב אי יכולתה להעמיד תקציב ראוי לליגה הארצית.
בשנת 2000 הייתה אמורה הקבוצה לנשור לליגה ב' כשסיימה במקום האחרון בליגה א', אך נשארה בכל זאת בליגה עקב התפרקות של קבוצות אחרות. עונה מאוחר יותר (2001) נשרה נס-ציונה לליגה ב', כאשר באותה עונה נוצחה נס-ציונה בכל 23 משחקיה הראשונים, ובמשחקים המעטים שנותרו לה הצליחה הקבוצה לצבור שבע נקודות בלבד. בהמשך התפרקה הקבוצה וחדלה מלהתקיים בשל חובות ואי יכולת להעמיד תקציב.
הקבוצה הוקמה מחדש בעונת 2004/2005 בתמיכת העירייה, כאשר החלה את דרכה בליגה ב', כשקבוצה אחרת מנס ציונה בליגה זו - מכבי בן צבי הפכה את שמה לעירוני נס ציונה (ברישומי ההתאחדות נקראה "מכבי בן צבי/עירוני") בקיץ 2005 שינתה הקבוצה את שמה הרשמי לסקציה נס ציונה. הקבוצה העפילה בתום עונת 2004/2005 לליגה א', והעפילה בתום עונת 2005/2006 מליגה א' אל הליגה הארצית (הליגה השלישית דאז), ובכך השלימה עלייה של שתי ליגות תוך שתי עונות. בסיום עונת 2008/2009, עונת סגירתה של הליגה הארצית, העפילה הקבוצה לליגה הלאומית בניסיונה לטפס במעלה הליגות. לאחר ארבע עונות בליגה הלאומית, בתום עונת 2012/2013 ירדה הקבוצה לליגה א' - הליגה השלישית, שם שיחקה במשך חמש עונות, ובסיום עונת 2017/2018 העפילה בחזרה לליגה הלאומית.
את עונת 2018/2019 בליגה הלאומית, תחת הדרכתו של המאמן עופר טלספפה, התחילה הקבוצה בצורה טובה, ואף הייתה אלופת הסיבוב הראשון עם ניצחונות מרשימים 6–0 על הפועל עכו ו-5–1 על הפועל כפר סבא. בהמשך נחלשה וירדה למקום השישי, עם רצף של שישה הפסדים בשבעה משחקים באמצע העונה, ואת הסיבוב השני סיימה במקום השלישי. כעבור שבעה משחקים עם תום העונה הסדירה וללא הפסד בפלייאוף, עשתה הקבוצה היסטוריה והעפילה לליגת העל לראשונה אחרי 51 שנים (רצף ההיעדרות הארוך ביותר של קבוצה שהייתה בליגה הבכירה ושבה אליה), והשלימה עלייה של שתי ליגות בשתי עונות.
לקראת עונת 2019/2020 מונה עמיר תורג'מן למאמן הקבוצה, והוא פוטר ב-5 בפברואר 2020, לאחר שהקבוצה נחלה חמישה הפסדים רצופים ללא כיבוש שער.
ב-2 ביולי 2020 הפסידה הקבוצה 0–1 לעירוני קריית שמונה, במשחק אשר קבע מי מבניהן תרד, ונשרה לליגה הלאומית, וזאת למרות שרשמה מיקום שיא עבורה בליגה הבכירה, המקום ה-13 בטבלה.
ב-22 באוקטובר 2020 עברה הקבוצה לידיו של איש העסקים רועי אנקווה.
בסיום עונת 2021/2022 העפילה הקבוצה לליגת העל, בפעם השנייה בתוך שנתיים, תחת הדרכתו של המאמן ניר ברקוביץ'.
אצטדיון.
אצטדיון הבית של הקבוצה הוא אצטדיון עירוני נס ציונה (המכונה גם "אצטדיון הפרדס"), ומשמש בין היתר גם לאירוח משחקים רשמיים במסגרת מוקדמות אליפות אירופה לנבחרות נוער ונערים של ישראל. האצטדיון הוקם בשנת 2001 והחליף את המגרש הישן במרכז העיר נס ציונה, בסמוך לקניותר. האצטדיון מכיל כ-3,500 מקומות עם אופציית הרחבה עתידית. האצטדיון אינו מאפשר אירוח משחקי ליגת העל ולא עונה על צורכי מנהלת הליגות שדורשת אצטדיון המכיל כ-5,000 מקומות.
בעונת 2019/2020 שיחקה הקבוצה באצטדיון המושבה בפתח תקווה. בעונת 2022/2023 משחקת הקבוצה באצטדיון הברפלד בראשון לציון.
הישגים.
גביע הטוטו לליגה הלאומית:
גביע הטוטו לליגה הארצית:
מאמני הקבוצה בעבר.
להלן רשימת המאמנים של סקציה נס ציונה מאז הקמת הקבוצה מחדש ב-2004:
אפרים הלוי
אפרים הלוי (נולד ב-2 בדצמבר 1934) הוא איש מודיעין ודיפלומט ישראלי יליד אנגליה, ראש "המוסד" התשיעי, כיהן גם כראש המועצה לביטחון לאומי.
תולדות חייו.
אפרים הלוי נולד בלונדון בשנת 1934 לרבקה ואלעזר. האב אלעזר הוסמך לרבנות, עבד כמורה בתלמוד תורה בלונדון, היה פעיל בתנועה הציונית ומראשי תנועת המזרחי. אפרים הילד דיבר עברית לפני שלמד אנגלית. סבו, הרב אפרים סמונוב (שעל שמו נקרא), היה חתנו של הרב חיים ברלין, וסבתו היא נכדתו של הנצי"ב. הלוי למד ב Grocer's Company School ובאפריל 1948 עלה לארץ ישראל. סיים לימודי מוסמך במשפטים באוניברסיטה העברית בירושלים. בשנת 1955 קיבל פרס על פעילות למען האוניברסיטה. בשנים 1955 עד תחילת 1958 היה נשיא התאחדות הסטודנטים בישראל, בין השנים 1961-1957 ערך את הביטאון "סקירה", שבהוצאת קצין חינוך ראשי ובשנים 1960 עד 1961 שימש כפרשן מדיני בגלי צה"ל.
בשנת 1961 הצטרף ל"מוסד", שירת בתחילה כעוזר מחקר במדור "מחקר אפריקה" בראשות אפרים אילני, שנה אחר כך מונה לראש המדור. במסגרת עבודתו פעל במסווה של עיתונאי אוסטרי לצורך איסוף מודיעין בטנגניקה, ויצר קשר עם סלאח א-דין אל-ביטאר לימים ראש ממשלת סוריה ומישל עפלק ממייסדי מפלגת הבעת'. כמו כן הופעל במסווה לאיסוף מודיעין במהלך פרשת יוסל'ה שוחמכר. ב-1963 מונה לראש מחלקה וב-1967 התמנה לסגן ראש אגף שעיקר פעילותו בזירה הבינלאומית. בשנים 1970 עד 1974 שירת בשגרירות ישראל בארצות הברית, רוב התקופה תחת השגריר יצחק רבין. לאחר שובו מונה לתפקיד סגן ראש אגף שעיקר עיסוקו בזירה הבינלאומית. ב-1976 מונה ליועץ מדיני בשגרירות ישראל בצרפת ובשנים 1979–1980 למד במכללה לביטחון לאומי. ב-1980 מונה לראש אגף "ביצור", אגף מבצעי במוסד שעסק בהגנה על קהילות יהודיות בעולם ובסיוע להעלאת יהודים ממדינות כמו אתיופיה, עיראק, סוריה, לבנון, תימן ואיראן. בשנים 1985 עד 1990 כיהן כראש אגף "תבל", שמופקד על הקשרים המודיעיניים והדיפלומטיים. בתפקיד זה עמד, בין היתר, בראש מאמצי המוסד לאפשר את עלייתם של יהודי אתיופיה במבצע משה. בשנים 1990 עד 1995 שימש בתפקיד המשנה לראש המוסד וראש אגף המטה, תחת שבתי שביט כראש המוסד.
ב-1996 מונה לשגריר ישראל למוסדות האיחוד האירופי בבריסל.
הלוי שימש שליחם המיוחד של שלושה ראשי ממשלה: יצחק שמיר, יצחק רבין ושמעון פרס. לפרסום זכו קשריו ההדוקים עם חוסיין מלך ירדן. השתתף באופן פעיל, בשליחות אישית של רבין, בגיבוש הסכם השלום עם ירדן. לאחר כישלון המבצע לחיסול איש החמאס חאלד משעל בירדן, בשנת 1997, תרם רבות, בשליחות ראש הממשלה בנימין נתניהו, להחזרת אנשי המוסד שנתפסו שם וביישוב המשבר עם חוסיין.
במרץ 1998 מונה לראש "המוסד", בעקבות התפטרותו של דני יתום. במהלך הקדנציה שלו כראש "המוסד" הוציא לפועל מבצעים מיוחדים רבים, אולם במקביל נוצרה יריבות עם משנהו, עמירם לוין.
באוקטובר 2002 מונה ליו"ר המועצה לביטחון לאומי. ביוני 2003 התפטר, לאחר שראש הממשלה אריאל שרון נמנע פעמים אחדות מקבלת המלצותיו.
הלוי עומד בראש מרכז שאשא למחקרים אסטרטגיים הפועל באוניברסיטה העברית בירושלים, למן הקמתו בשנת 2003.
בשנת 2006 יצא לאור ספרו האוטוביוגרפי "אדם בצֵל".
חיים אישיים.
הלוי נשוי להדסה, אב לשניים. בן דודו הוא הפילוסוף סר ישעיה ברלין.
עמדותיו.
בסוף שנת 2009 הביע תמיכה במשא ומתן עם החמאס, בשנת 2011 הביע עמדה שהשגת נשק גרעיני על ידי איראן אינו מהווה יתרון אסטרטגי לאירן על ישראל, אלא מכשול קשה לאיראנים בדומה למה שקרה בקוריאה הצפונית, שעברה בידוד בזירה הבינלאומית.
ב-3 בנובמבר 2011, בכנס מחזור של בוגרי הפנימיות הצבאיות, הביע הלוי את עמדתו שהסכנה הקיומית על ישראל, יותר מהגרעין האיראני, היא ההקצנה החרדית ש"מחשיכה את חיינו", והוסיף: "התחנכתי בבני עקיבא. הכרתי דת ואמונה של מאור פנים". חברי כנסת מחו בחריפות על דבריו, ובעקבות הסערה שקמה מיתן הלוי את דבריו, וכן הסביר שדבריו על "איום קיומי" נובעים מחששותיו לנוכח ההקצנה הדתית והדרת העולים מברית המועצות לשעבר, להם הוא מסייע להוכיח את יהדותם.
באוקטובר 2012 הביע תמיכה במשא ומתן עם איראן. לאחר השלמת הסכם המעצמות על תוכנית הגרעין האיראנית, הביע בו הלוי תמיכה, בנימוק שזוהי הדרך הטובה ביותר למנוע את התגרענותה של איראן.
ס.כ נס-ציונה
נס-ציונה
קונסטרוקטיביזם (תנועה אמנותית)