המשחק מתחיל בנקודה שבה הסתיים המשחק השני. קרייטוס עולה להר אולימפוס עם גאיה והטיטאנים כדי להביס את זאוס ולסיים בזאת את השלטון של האלים. קרייטוס נלחם נגד צבא אלמתים שנשלח על ידי הרקולס ומותקף על ידי היפוקמפוס - מפלצת של פוסידון שנראית כהכלאה בין סוס לסרטן. קרייטוס מניס אותו ומשוגר מהזרוע של גאיה להר אולימפוס. הוא מגיע לקבר של אל המלחמה הקודם, ארס, שם הוא פוגש את המפלצת בשנית, אותה הוא מביס סופית. קרייטוס מגלה שהמפלצת היא חלק מאווטאר שנוצר על ידי פוסידון, והוא משחרר את פוסידון מהאווטאר ומביס אותו. כאשר פוסידון מת, גופתו מתמוססת למים והים מציף את היבשה. קרייטוס עולה על היד של גאיה אשר מטפסת במעלה האולימפוס. הוא מגיע אל זאוס ואומר לו שהוא לא יראה את סוף היום הזה. זאוס מגיב על ידי ניפוץ היד של גאיה בעזרת קליע ברק עוצמתי.
גאיה נופלת מהאולימפוס, אך נפילתה נבלמת. קרייטוס מחליק ונופל אל העולם התחתון, היישר אל נהר הסטיקס, שם רפאים גוזלים את תמצית החיים והכוחות ממנו בדומה למצב בו קרייטוס העביר את כל כוחותיו ללהב של האולימפוס בתחילת המשחק השני. קרייטוס מגיע לחוף מבטחים ופוגש ברוח הרפאים של אתנה, שמודיעה לו שרק אם יחסל את זאוס יוכל לנוח ולאחר שאיבד את להבי אולימפוס מעניקה לו את "להבי הגלות". מסעו של קרייטוס להרוג את זאוס מוביל אותו בתחילה לממלכתו של האדס במעמקי האדמה, שם הוא נתקל בפריתאוס, מאהבה בן התמותה של פרספונה, שמפציר בו לשחררו בתמורה לקשת שלו. קרייטוס הורג אותו בעזרת קרברוס ולוקח את הקשת שלו שמתגלה כקשת של אפולו, המסוגלת לירות מטחי אש. הוא מגיע אל שלושת השופטים של העולם התחתון, שמודיעים לו שהוא עדיין אינו מוכן להיכנס בשערם. קרייטוס עושה את דרכו לאל הנפחות והאש הפייסטוס, אשר הוגלה מאולימפוס ואומר לו שאין לו סיכוי לנצח את האדס. הפייסטוס מוסיף ומספר לו כיצד הגיע לגיהנום וגם על הלהבה של אולימפוס ועל הכוח החזק שלה. קרייטוס מוצא פסל שדרכו משופד הלהב של האולימפוס. דרך הפסל מופיעה דמות אשר מציגה עצמה כפנדורה. היא מבקשת מקרייטוס שיבוא להצילה. קרייטוס מגיע להאדס שדורש נקמה על כך שקרייטוס חיסל את אחייניתו אתנה, את אחיו פוסידון ואת המלכה שלו, פרספונה. קרייטוס מצליח לחסל את האדס לאחר קרב על ידי שימוש בכלי הנשק שלו, שנקראים "הטופרים של האדס". בעזרתם הוא שואב את נשמתו ובכך הורג אותו. במותו של האדס, עשרות אלפי הנשמות שהיו כלואות בגופו משתחררות ומציפות את העולם התחתון, ונשמות מעונות הצפות בנהר הסטיקס גוררות את גופתו של האדס אל המעמקים.
במסעו למרומי האולימפוס, קרייטוס מגיע לעיר אולימפיה דרך השער של היפריון. הוא פוגש את גאיה, ובזעמו על כך שבגדה בו בקרב באולימפוס, הוא כורת את ידה ושולח אותה אל מותה. הוא נתקל בטיטאן פרסס ובכימרה בדרכו להליוס אל השמש. לאחר שקרייטוס פוגע בכרכרתו של הליוס, פלנקס של זומבים מגינים על הליוס שותת הדם וקרייטוס נעזר בקיקלופ כדי לפלס את דרכו אליו. הליוס מזכיר לקרייטוס את החוב שיש לו על כך שניצל מידי אטלס בזכות קרייטוס, ומבקש שיחוס על חייו בשנית. קרייטוס דורש מהליוס לספר לו על מיקומה של הלהבה של האולימפוס, וזה מספר לקרייטוס שכדי לקבל את כוחה של הלהבה, עליו לצעוד לתוכה. קרייטוס נזכר בדברי הפייסטוס, שהלהבה משמידה את כל מי שיגע בה. הליוס מנסה לסנוור את קרייטוס, אך זה הורג אותו ועורף את ראשו. במותו של הליוס, השמש מתכסה במעטה עבה של עננים, והעולם נופל לאפלה כבדה. קרייטוס הורג את הטיטאן שעזר לו לפצוע את הליוס על ידי דקירת עינו עם הלהב של אולימפוס. הוא מגיע להר אולימפוס שם הוא פוגש את הרמס, הנועל מגפיים המקנים לו מהירות על. הרמס לועג לקרייטוס ומתגרה בו. קרייטוס מגלה לתדהמתו, שלהבת האולימפוס מקיפה את תיבת פנדורה, אותה תיבה שהוא עצמו פתח לפני שנים כדי לחסל את ארס. הוא מגלה את סיפור יצירתה של התיבה, שנוצרה אחרי המלחמה הגדולה בין האלים לטיטאנים כדי לכלוא את כל הרוע שהמלחמה יצרה, לבל ישמידו את העולם. קרייטוס מנהל נגד הרמס מרדף ולבסוף תופס אותו, כורת את רגליו ונועל את מגפיו. במותו של הרמס הופכת גופתו למגפה המורכבת מעשרות חרקים המשתלחים על העולם.
קרייטוס מגיע להרה, אשתו של זאוס, אשר משלחת בו את הרקולס, אחיו החורג. הרקולס שואף לנצח את קרייטוס כדי להיות אל המלחמה החדש, וטוען שקרייטוס הוא "הבן המועדף על זאוס". אחרי קרב ארוך וקשה קרייטוס לבסוף מצליח לחסל אותו על ידי הכאתו נמרצות בפניו עד שכמעט לא נשאר דבר מראשו, ולוקח את כפפות הקרב שלו. קרייטוס עורך מסע לגילוי המפתח הפותח את תיבת פנדורה, עד אשר הוא מגלה שזו שעל שמה נקראה התיבה היא המפתח בעצמה, ורק היא יכולה להכיל את להבת האולימפוס הקטלנית שמקיפה את התיבה. בדרכו חזרה להפייסטוס, קרייטוס פוגש את אשתו אפרודיטה (בנקודה הזאת מגיע מאפיין שקיים בכל המשחקים - מיני משחק של קיום מגע מיני מצונזר). הפייסטוס מבטיח לקרייטוס שיקבל נשק חזק ביותר תמורת אבן אומפאלוס שעליו להשיג עבורו. הוא פותח לקרייטוס שער לטרטרוס, שם נלחם קרייטוס נגד קרונוס הטיטאן. קרונוס זועם על קרייטוס, הן משום שקרייטוס רצח את גאיה, והן מפני שאחרי שקרייטוס לקח את התיבה ממקדש פנדורה, זאוס נמלא פחד, וכלא את קרונוס עם המקדש בטרטרוס. לאחר קרבות ממושכים על גופו של קרונוס, קרונוס בולע את קרייטוס, וזה האחרון בתגובה חותך את בטנו מבפנים ונותן לקרביו לצאת, ודוקר אותו במצחו עם הלהב של האולימפוס. קרייטוס מקבל מהפייסטוס את "השוט של נמסיס". הפייסטוס מנסה לחשמל את קרייטוס למוות בעזרתן אך הוא לא מצליח וקרייטוס הורג אותו בעזרת חשמולו ודקירתו בבית החזה - ומקבל לרשותו את הנשק. לאחר מכן, קרייטוס מגיע לגנים של הרה, אשר מתגרה בו ומתיחה בו את האשמות על המעשים הנוראים שעשה, ועל כך שהוא הורס את העולם והאקולוגיה. היא לועגת לקרייטוס ונעלמת, נותנת לו למצוא את דרכו במבוך הגנים שלה. הוא מוצא אותה בדרכו אל מחוץ למבוך והורג אותה.
קרייטוס מוצא את פנדורה בלבירינת השוכן לעומקה של שרשרת האיזון אותה מחזיקים שלושת השופטים, ואתנה מורה לקרייטוס לשבור את השרשרת כדי להעלות את הלבירינת ושפנדורה תגיע לתיבת פנדורה, הנמצאת במרכזה של להבת אולימפוס. לאחר שקרייטוס משבית את שלושת השופטים האוחזים בשרשרת, השרשרת נשברת והלבירינת מורם. פנדורה מנסה להגיע ללהבת אולימפוס אך זאוס מתערב ומעלף אותה. לאחר קרב קצר בין קרייטוס לזאוס, פנדורה מנסה להקריב את עצמה ללהבה, אך קרייטוס ממאן לעזבה ומושך אותה. אולם, לאחר שזאוס מתגרה בו הוא משחרר אותה ופותח את התיבה. להפתעתו הוא מגלה שהתיבה ריקה והוא שוב נלחם בזאוס. גאיה חוזרת לפתע ומנסה להרוג את שניהם אך הם נופלים לתוך גופה עצום הממדים ונלחמים באזור בו נמצא הלב שלה. בסוף קרב קשה בין השניים, קרייטוס הורג את גאיה בכך שהוא משפד את זאוס דרך ליבה. לאחר מעשה, קרייטוס מוכן לעזוב אך מותקף בידי רוחו של זאוס, שמשמידה את כלי הנשק שלו ומותירה אותו על סף מוות. קרייטוס מאבד הכרה ועורך מסע פנימי בעקבות החיפוש אחר כפרה וסליחה על מעשיו. לאחר שמצא בכוחו הפנימי לסלוח לעצמו, הוא שב להכרה ומכה את זאוס עד מוות.
לאחר מותו של זאוס, אתנה דורשת מקרייטוס להשיב לתיבת פנדורה את מה שהוא כנראה לקח ממנה. הוא אומר לה שהתיבה הייתה ריקה, ואתנה מסרבת להאמין בכך. היא מסבירה לו שכאשר זאוס אטם את הרוע שבעולם (תאוות בצע, פחד ושנאה) בתוך התיבה, היא חזתה את פתיחתה מחדש ולכן הכניסה לתוכה כוח משלה - תקווה. אתנה מבינה שבפעם הראשונה שקרייטוס פתח את תיבת פנדורה כדי להביס את ארס, הרוע שבה ברח והדביק את האלים האולימפיים, בשעה שרגש התקווה דבק בקרייטוס. אתנה דורשת מקרייטוס להחזיר אליה את כוחותיה כדי שהיא תוכל בעזרתם לשקם את העולם. קרייטוס מסרב ומשלים את נקמתו בכך שמשפד עצמו בחרב האולימפוס ומשחרר את התקווה האצורה בו לטובת האנושות. אתנה מלאת הזעם מושכת את החרב מקרייטוס הגוסס ומציינת כי איכזב אותה. בסצנה לאחר כתוביות הסיום, גופתו של קרייטוס נעלמת וניתן לראות שביל דם המוביל לים. גורלו של קרייטוס נותר לא ידוע.
אל המלחמה (משחק לפלייסטיישן 4 ולמחשב האישי).