באוקטובר 1833 הרגו לוחמיו של עבד אל־קאדר חייל צרפתי ושבו ארבעה, לאחר שהניחו מארב לכוחותיו של הגנרל לואי אלקסי דמישל . לאחר שהצרפתים השיבו בפעולת נגד מוצלחת, חתמו דמישל ועבד אל־קאדר על הסכם שלום ב־26 בפברואר 1834. הצרפתים זכו בשקט ועבד אל־קאדר זכה להכרה כמנהיג מחוז אוראן וחיזוק מעמדו המקומי, כמו גם להגבלת השליטה הצרפתית לאזור החוף. הצרפתים היו מוכנים להכיר בעבד אל־קאדר כשליט אזורי המערב והפנים, אם יכיר הוא בהם, או לפחות יניח להם, לשלוט בשטחי החוף. עבד אל־קאדר אף הוכר כדיי של מסקרה , עיר מדרום־מזרח לאוראן. הנוסח הערבי של ההסכם נכתב בהתאם להלכה האסלאמית והבטיח את הגנת הדת והמנהגים המוסלמיים. ההסכם היה בבחינת הסכם שלום (צֻלְח), ולא "הוּדְנָה" זמנית. עם זאת להסכם היה חלק סודי שאפשר לעבד אל־קאדר לקבל הכנסות, נשק ותחמושת מהצרפתים.
אולם הסכם השלום לא האריך ימים והשקט לא נמשך לאורך זמן. לאחר שהוחלף הגנרל דמישל בפברואר 1835 קרס הסכם השלום, בין השאר בשל הפרשנות השונה של הנוסחים הצרפתי והערבי. הצרפתים מחד נמשכו לאזור ההינטרלנד והאמיר הברברי מנגד לא השלים עם השלטון הזר. הקרבות מול המורדים משכו את הצבא הצרפתי לעומק שטחי אלג'יריה. במהלך המסעות הצבאיים הצרפתים כבשו עוד שטחים, ביססו את שלטונם והגבירו את ההשתלטות האימפריאלית באלג'יריה. הכיבושים הללו הכשירו את הקרקע להשתקעות עשרות אלפי אזרחים צרפתים על אדמת אלג'יריה. כבר ב־1835 פרצה מלחמה חדשה בה נחלו הצרפתים תבוסות רבות . בנאומיו במסגדים האשים עבד אל־קאדר את הצרפתים בכפירה, במעילה באמונו ובהפרת ההסכם עליו הם חתומים. הלחימה נמשכה עד 1837 ולכל אורכה עבד אל־קאדר המשיך את הסחר עם האויב הצרפתי. במקביל העניש שבטים אשר קיימו עם הצרפתים קשר ישיר ואת הבסיס ההלכתי לענישותיו שאב אל־קאדר מפתוות של העלמאא׳ של פס.
בהסכם תאפְנה אשר נחתם ב-30 במאי 1837, הכירו הצרפתים בשליטת עבד אל־קאדר בשטח כפול מבעבר. כעת, הוא שלט בכל אלג׳יריה הפנימית והמערבית, בחלק מרצועת החוף ובמספר נמלים. במילים אחרות, בעוד שעבד אל־קאדר החזיק בכשני שלישים מאלג'יריה (ובהם המחוזות אוראן, קוליאה, מדיאה, תלמסאן וחלקים מאלג'יר), צרפת החזיקה רק בכמה נמלים ספורים. עם התעצמות הלחימה אלג'יריה משכה יותר ויותר את תשומת לב ההנהגה הצרפתית. בשנת 1839 קרא שוב האמיר עבד אל־קאדר למלחמת קודש (ג'יהאד) נגד הצרפתים. עבד אל־קאדר איגד את השבטים המערביים בין אלג'יר לגבול מרוקו והמריד אותם בשלטון הזר. בשנת 1841 הכריז המלך לואי פיליפ כי "אלג'יריה תישאר צרפתית לעולם", בשעה שמרשל צרפת, תומא רובר בּוּגוֹ , נשלח לדכא את המרידות בהנהגת עבד אל-קאדר. בוגו, שהיה מושל אלג'יריה בין השנים 1841–1847, הצהיר עם בואו שבכוונתו להשיג שליטה מוחלטת באלג'יריה כדי לאפשר התיישבות אזרחית ושימור הכיבוש. הוא פתח במתקפה כוללת על הכוחות של עבד אל־קאדר והעמיד את ממשלת צרפת בפני עובדות מוגמרות. בוג'ו מיגר את כוחו של האמיר ונקט בטקטיקה של "אדמה חרוכה": בקרב סיקאק הוא חיסל שבטים וכפרים שלמים אשר תמכו באמיר הסורר. עבד אל־קאדר ברח לצפון מרוקו ובלחץ צרפת הוסגר על ידי השלטונות המרוקאיים. הוא נאסר בצרפת עד 1852, עבר לאיסטנבול, אך בשנת 1855 השתקע בדמשק עם קבוצת גולים אלג'יראים.
רק בשנת 1848, לאחר 18 שנה של לחימה כמעט בלתי פוסקת, הובסו האלג'יראים בידי צבא שכלל כ-95 אלף חיילים. השטח חולק לשלוש פרובינציות, אוראן במערב, אלג'יר במרכז, וקונסטנטין במזרח. כל פרובינציה זכתה לייצוג ישיר בימיה הקצרים של הרפובליקה השנייה. צרפת הכריזה על צפון אלג'יריה כ"מחוז מעבר לים" וחלק בלתי נפרד ממנה. הכיבוש הצרפתי הוביל לתמורות רבות בקרב התושבים המקומיים והוא נתקל בהתנגדות קשה מצד התושבים הברברים עד 1872. הצרפתים הפקיעו אדמות ורכוש מידי תושבי אלג'יריה כחלק מהליך דיכוי המרידות והטרור באזור. במקביל להפקעת השטחים ונישול זכויות המקומיים, יישבו את אלג'יריה אזרחים צרפתים אשר תמכו בשלטון שבמכורתם. עד 1855 האוכלוסייה האירופית באלג'יריה גדלה מ-94,820 איש ל-155,607 איש אל מול 2,056,298 תושבים ילידים. הצבא הצרפתי החזיק כ-75 אלף קצינים וחיילים על אדמת אלג'יריה אשר זכו להכשרה וניסיון מלחמתי. התארגנויות פוליטיות נאסרו על התושבים הברברים, הוגבלה תנועתם בין האזורים ולא אושר להם להתכנס.
ההגמוניה הצרפתית ניצלה את משאביה של אלג'יריה לרווחת התושבים הצרפתים ולרווחתה של כלכלת צרפת, בין היתר באמצעות פיתוח התעשייה והתוצרת החקלאית. בנוסף, הצרפתים מיגרו את תופעת שודדי הים הברברים, עד חיסולה המוחלט. אך הכלכלה והתעשייה המקומית לא התפתחה במיוחד. גם כחצי יובל לאחר הכיבוש צרפתי, הייצור החקלאי לא זאת בלבד שלא גדל, אלא אף קטן. היצוא מאלג'יריה, עלה מ-10 מיליון פרנק בשנת 1845 ל-42 מיליון פרנק ב-1854 והיבוא ירד מ-100 מיליון פרנק ל-81 מיליון פרנק. כלומר, למרות צמצום הפער, הייבוא של אלג'יריה מצרפת עדיין היה גדול כפליים מאשר הייצוא אליה.
לאחר שעבד אל־קאדר נאסר שררה רגיעה זמנית באלג'יריה. הקיסר נפוליון השלישי היה בעל יחס חיובי לתושבי אלג'יריה. הוא הבטיח לתושביה המוסלמים כי צרפת תדאג למחסורם ותתייחס אליהם באהדה. בנוסף, הוא שינה את מדיניות ההגירה הצרפתית: הוא עצר את מעבר האירופאים לפנים הארץ, הגביל את אזור מגוריהם לאזור החוף והפסיק את מדיניות עידוד ההגירה לאלג'יריה. בנוסף, הוא שחרר את עבד אל-קאדר והעניק לו 150 אלף פרנק. כמה שנים לאחר מכן הוא אף העניק לו את עיטור הצלב הגדול של לגיון הכבוד עם זאת, בשנת 1865 הוא פרסם צו לפיו תושבי אלג'יר הלבנים (כולל היהודים) הם נתיני צרפת, אך לא כלל את התושבים המוסלמים. נפוליון באישורו החל הליך גיוס מוסלמים לשירות צבאי, הותרה הגירתם לצרפת והתאפשר להם לעסוק בשירות המדינה. השינוי החשוב ביותר שערך נפוליאון השלישי באלג'יריה הוא מודרניזציה במערכת רישום המקרקעין. השיטה המסורתית התבססה על בעלות שבטית במקרקעין, והחדשה התבססה על בעלות יחידים, כאשר הבסיס היה ישיבה במקרקעין במשך שלושה דורות. החלפת השיטה המסורתית הביא לנישול של הילידים רבים מאדמותיהם וחלק גדול מהמקרקעין הפך לאדמות ציבור.
במקביל, בניסיון אחרון להביא לליברליזם, נפוליון ניסה לכונן חוקה שתאפשר למוסלמים להשתתף בבחירות לאספה חדשה בפריז. הניסיון קרס עם הדחתו לאחר תבוסת צרפת בקרב סדאן. המבנה הפרלמנטרי החדש של הרפובליקה השלישית לא כלל את הרוב המוסלמי. הוא תגמל את המתיישבים האירופאים על תמיכתם ברפובליקנים והעניק להם ייצוג ישיר באספה ובסנאט. שינוי נוסף במעמדה של אלג׳יר חל ב־1870 כאשר אדולף כרמיה, שר המשפטים של צרפת, פרסם צווים שנועדו להפוך את אלג׳יר לחלק מצרפת.
גזל האדמות על ידי הצרפתים ונישול האוכלוסייה הברברית מאדמתה, הביא לתסיסה בהרי הקביליה בסוף שנות ה-60 של המאה ה-19. בשנת 1871 הללו פתחו במרד בהנהגת מוחמד אל מוקראני וגרמו לאבדות קשות. הצרפתים בתגובה דיכאו את המרד ביד קשה הם גרמו להרג והרס כלכלי בלתי פרופורציונלי לברברים. עם ביסוס המנהל האזרחי באלג'יריה גברו תהליכים של נישול האוכלוסייה הכפרית מאדמותיה, הרס החברה המסורתית וחיסול ההנהגה הדתית. בהליך שיטתי הורחקו התושבים המקומיים מהאזורים החקלאיים ומאזור החוף הפורה ובמקום התיישבו הצרפתים. לאחר המרד של 1871 הוחרמו אדמות שבטיות והואצה התפשטות ההתנחלות לפנים הארץ. במקביל, התרחבו גבולותיו של הממשל האזרחי. עד סוף המאה ה-19 רק כ-8% מאוכלוסייה המוסלמית התיישבו בערים, רובם בקונסטנטין ותלמסן.
בשנת 1881 הונהג רשמית קוד הילידים, המאפשר לפקידים רשמיים להעניש מוסלמים באופן מזורז וללא הליך משפטי. בנוסף, הוא אפשר להטיל על מוסלמים מיסים מיוחדים ועבודת כפייה. בשנת 1909, 70% מכל המיסים הישירים באלג'יריה שולמו על ידי המוסלמים, למרות העוני הכללי שלהם.
תרבות.
מתוך תחושת עליונות אתנוצנטרית של התרבות הצרפתית, השלטון הצרפתי דגל ב"תירבות" תושבי אלג'יריה וראה בקולניאליזם "שליחות מתרבתת". בשלב הראשון, הם ניסו להטמיע את התרבות הצרפתית באלג'יריה וליצור אסימילציה. המבנה הריכוזי של השלטון הצרפתי הועתק גם לאלג'יריה, ומערכת אחידה נתבנתה כמעט בכל האזורים בהם התיישבו הצרפתים. מדיניות האסימילציה דגלה בהפיכה הדרגתית של האלג'יראים לצרפתים. לימים שונתה הגישה הצרפתית והם ופיתחו את רעיון האסוציאציה, המדגיש את הנחלת התרבות הצרפתית, מבלי לאזרח את תושבי המושבה. כך, מחד צרפת לא קלטה את התושבים האלג'יראים לשטחה האירופאי, מאידך היא המשיכה בעקרונות השליחות המתרבתת.
הצרפתים ערערו עד היסוד את התשתית החברתית של האוכלוסייה המקומית במהלך המאבק מול עבד אל־קאדר וממשיכי דרכו. שבטים פוזרו ללא הבחנה וכפרים שלמים הושמדו. בנוסף לכך, בוטלו כל הסמכויות של ההנהגה השבטית המסורתית. כל הנכסים של ההנהגה נושלו ותפקידיה המסורתיים בוטלו, בהם פתרון סכסוכים שבטיים פנימיים וחיצוניים וסמכות הבוררות המשפטית.