במדינה יורדים משקעים רבים והלחות גבוהה. בסוף יוני ותחילת יולי יש עונת מונסון, למעט בהוקאידו, כאשר חזית גשם עונתית נמצאת מעל יפן. בסוף הקיץ ותחילת הסתיו טייפונים מתפתחים מהאזורים הטרופיים שליד קו המשווה ומתקדמים מדרום-מערב לצפון-מזרח, תוך שהם נושאים עמם גשם כבד.
ניתן לחלק את המדינה לשישה אזורי אקלים:
טמפרטורה וכמויות משקעים שנתיות ממוצעות ביישובים נבחרים:
טבע.
בעלי חיים.
אוכלוסיית היונקים ביפן דרה ברובה באזורי ההרים המיוערים במדינה. המקוק היפני הוא הפרימט הצפוני ביותר בעולם, למעט האדם, עת תפוצתו מגיעה לקצה הצפוני של האי הונשו. זהו מין אנדמי ליפן, להוציא פרטים אשר הובאו לטקסס, ארצות הברית, בשנות ה-70 של המאה ה-20. עם היונקים האחרים נמנים דובים, חזירי בר, שועלים, איילים, ארנבות וסמורים. יפן ממוקמת על ציר נדידת עופות במזרח אסיה, דבר אשר מביא את מספר מיני העופות הנמצאים ביפן, באופן ארעי או דרך קבע, לכ-600 מינים. ישנו מגוון של זוחלים, לרבות שני מינים ארסיים של נחשים ועוד מיני כרכן שאינם ארסיים לאדם, וכן מיני צבים ולטאות. מבין מיני הדו-חיים האנדמיים ליפן ניתן למנות את סלמנדרת הענק היפנית החיה בקיושו ובחלקים המערביים של הונשו. החרקים ביפן אופייניים לאקלים הלח הממוזג השורר במדינה, אם כי ישנם חרקים שהסתגלו לכל סוגי האקלים ביפן, דוגמת ה-"Tanna japonensis", מין של ציקדה, השוכן מהוקאידו שבצפון ועד איי ריוקיו שבדרום.
יפן עשירה בדגה הודות לזרמי הים החמים והקרים בגופי המים המקיפים אותה, זרם אויאשיו וזרם קורושיו. ניתן למצוא במימי יפן לווייתנים ודולפינים וכן דגי מאכל שונים ומיני סרטנאים. כמו כן, בנהרות ובאגמים במדינה ישנם דגים בשפע, לרבות טרוטה וסלמון.
צמחייה.
האיים הוקאידו והונשו מאופיינים בצמחייה מחטנאית בהרים, עם עצים כגון אורן, אשוח וארז, ובעלת פרחים בגבהים נמוכים יותר, אשר מתאימה לאקלים הממוזג השורר במדינה, עמם נמנים האדר, השדר והאלון. בשיקוקו ובקיושו צמחייה ירוקת-עד, כאשר גם בהונשו צומחים עצי יער גשם ממוזג. חזרן נפוץ בכל "איי הבית". סמל ידוע של יפן הוא סאקורה, עץ נוי דובדבן שפריחתו מסמלת את בוא האביב.
משאבים טבעיים.
ליפן מחצבים ומאגרי גז טבעי ונפט מועטים, דבר אשר מאלץ את המדינה, הצורכת משאבים אלה בצורה נרחבת, לייבא אותם ממדינות אחרות. במדינה ישנם מרבצים של זהב, מגנזיום וכסף, אשר מספיקים לצריכה מקומית, כמו גם פחם, המשמש ברמה מוגבלת להפקת חשמל. קיים צורך בייבוא של עפרת ברזל, נחושת, בוקסיט ואלומיניום, וכן של גז ונפט. מבחינת משאבים מתחום החי והצומח, כאמור, יפן עשירה בדגה ו-65% משטחה מכוסה יערות, אלא שצורכי העץ של המדינה עולים על ההיצע המקומי, ולכן היא מייבאת מוצרי עץ.
פארקים לאומיים ואתרי מורשת עולמית.
ביפן 32 פארקים לאומיים. פארק לאומי ביפן מוגדר ככזה המכיל צורות נוף המייצגות את יפן יחסית למקומות בעלי צורות נוף דומות, וכן המכיל נוף טבעי בולט שיכול להיות מוצג לעולם בגאווה. הפארק הלאומי הגדול ביותר הוא דאיסצוזאן, שבו שלושה רכסי הרי געש ואזורים מיוערים בעצים מחטניים. הפארק המתויר ביותר הוא פוג'י-הקונה-איזו למרגלות הר פוג'י. פארקים בולטים נוספים הם ניקו, בו ממוקמים מקדשי ניקו, ואיסה-שימה, הידוע כערש תעשיית הפנינה המתורבתת. מספר פארקים אף מהווים, או מהווים בחלקם, אתרי מורשת עולמית של אונסק"ו.
נכון לשנת 2015, הכריז ארגון אונסק"ו על 17 אתרי מורשת עולמית ביפן, מתוכם ארבעה הם אתרים טבעיים. האי יקושימה והאזור שירקאמי-סנצ'י היו האתרים הטבעיים הראשונים שהוכרזו ביפן, עת הוכרזו בשנת 1993. יקושימה הוא האי הגשום ביותר ביפן ומשמש בית לכ-1,900 מיני צמחים, בהם עץ הקריפטומריה ושרידי יער ממוזג-חם הייחודי לאזור. האי שוכן דרומית לקיושו. שירקאמי-סנצ'י הוא אזור בצפון הונשו המכיל את שרידיו הבתוליים של יער ממוזג-קריר של עצי אשור. בשנת 2005 הוכרז חצי האי שירטוקו בהוקאידו. חצי אי זה מהווה דוגמה יחידה במינה ליחסי הגומלין בין מערכת אקולוגית יבשתית לימית. זהו גם אתר נדידה למיני עופות רבים שנמצאים בסכנת הכחדה. איי בונין (אוגסווארה), השוכנים כ-1,000 ק"מ דרומית לארבעת איי הבית, הוכרזו בשנת 2011 כאתר מורשת עולמית. איים אלה משקפים מספר רחב של תהליכים אבולוציוניים בהכילם מיני צמחים הקיימים הן בצפון-מערב אסיה והן בדרום-מזרחה, נוסף על המינים האנדמיים.
חלוקה מנהלית.
יפן מחולקת מנהלית ל-47 יחידות מנהליות מסוגים שונים: 43 מחוזות (県, קֶן), אזור פרובינציה (道, דוֹ) – הוקאידו, שני מחוזות עירוניים (府, פוּ) – אוסקה וקיוטו – ואזור מטרופוליני (都, טוֹ) – טוקיו. הגדרות אלה נשמרו בחלקן מטעמים היסטוריים. מקובל לקבץ את 47 היחידות המנהליות לשמונת חבלי הארץ הגאוגרפיים, אף שאין לכך משמעות מנהלית בפועל, אלא לצורך פשטות התיאור. היחידות המנהליות נחלקות בתורן לערים (市 שִׁי) ולנפות (郡, גוּן), הנחלקות לעיירות ולכפרים. מטרופולין טוקיו נחלקת ל-23 רבעים מיוחדים, המהווים כל אחד יחידה מוניציפלית בפני עצמה. בראש כל יחידה מנהלית עומד מושל (知事, צִ'יגִ'י) הנבחר בצורה ישירה. תיקון תקנות ואישור תקציבים מתבצעים על ידי ועדות (議会 גִיקַאי), הנבחרות אחת לארבע שנים. גבולותיהן של היחידות המנהליות, הן בימי קדם והן כיום, עוקבים אחר הגבולות הטבעיים שמתווים ההרים.
אוכלוסייה.
נכון לשנת 2015, נאמדת אוכלוסיית יפן בכ-126,940,000 נפש, דבר המעמיד את צפיפות האוכלוסין בה על 336 נפש לקמ"ר. אולם, מכיוון שאזורים רבים במרכז איי יפן הם הרריים ולא ניתנים ליישוב, צפיפות האוכלוסין ביישובי המדינה גבוהה אף יותר. ריכוזי האוכלוסייה הגדולים ביותר הם סביב הערים טוקיו, אוסקה, נגויה ופוקואוקה.
עמים.
יפן היא מדינה הומוגנית מבחינה אתנית, כאשר למעלה מ-98% מאוכלוסייתה הם יפנים. עם זאת, הגדרת הלאום ביפן חופפת להגדרת האזרחות, ועל כן קיים קושי לסווג את האוכלוסייה במדינה לפי מוצא אתני. הקבוצה האתנית הגדולה ביותר במדינה היא היפנים, או יאמטו, אלא שמינוח זה עבור העם היפני אינו מקובל כיום בשל משמעויות גזעניות הקשורות בו. מיעוטים אתניים בולטים הם אוכלוסיית הריוקיואנים המתגוררת באיי ריוקיו, אם כי קיים ספק אם אכן מדובר בקבוצה אתנית נפרדת, ואוכלוסיית האיינו המתגוררת באי הוקאידו. מיעוטים אתניים נוספים הם צאצאי מהגרים, בעיקר מסין, מקוריאה, מברזיל ומהפיליפינים.
הגירה.
נכון לשנת 2013, עמד מספר התושבים הזרים ביפן על למעלה מ-2 מיליון תושבים, רובם הגדול ממדינות אסיה, ובראשן סין, קוריאה והפיליפינים. כמו כן, ביפן אוכלוסייה גדולה ממוצא ברזילאי. לעומת זאת, מספר האזרחים היפנים השוהים מחוץ ליפן תקופה העולה על שלושה חודשים עומד על 1.25 מיליון, מתוכם מעל 400 אלף מתגוררים דרך קבע מחוץ למדינה. יעד ההגירה הנפוץ ביותר הוא ארצות הברית.
בשנת 2014 עמד מספר המהגרים הפנימיים בתחומי יפן על כ-5 מיליון, כ-4% מסך האוכלוסייה במדינה, כאשר למעלה ממחציתם היגרו בתוך תחומי המחוז, או היחידה המנהלית, שבהם התגוררו. מגמת העיור מאזורי הכפר אל הערים ופרוורי הערים נמשכת מאז שנות ה-50 של המאה ה-20, כאשר מרכזי ההגירה העיקריים הם האזורים המטרופוליניים של טוקיו, אוסקה ונגויה, אולם בשני העשורים האחרונים ניכר כי שיעור ההגירה הפנימית ביפן הולך וקטן. במטרה למתן את ההגירה לאזורים אלה, שגם כך צפיפות האוכלוסין בהם גבוהה מאוד, יזמה הממשלה תוכניות להפניית תעשייה אל מרכזי צמיחה חדשים בערים קטנות יותר בצפון המדינה ובמערבה. בנוסף, הממשלה משקיעה מאמצים בשיפור תנאי החיים באזורים הכפריים, לרבות יצירת מקומות עבודה.
ערים.
נכון לשנת 2015, 93.5% מאוכלוסיית יפן מתגוררת באזורים עירוניים. באופן כללי, ניתן לומר שעיר ביפן היא יישוב עם מעל ל-50,000 תושבים. מעמדו של יישוב כעיר נקבע ברמת המחוז, וערים גדולות במיוחד, עם מעל 500,000 תושבים, מקבלות מן הממשלה מעמד של "עיר בתקנה ממשלתית" (政令指定都市) ומחולקות מנהלית לרבעים בעלי סמכויות מסוימות בתחום השלטון המקומי. יוצאת מכלל זה היא טוקיו.
טוקיו, אשר למעשה מוגדרת מאז 1943 כמטרופולין ומשמשת יחידה מנהלית המקבילה למחוז שתחתיו רשויות מוניציפליות נפרדות, היא בירת יפן והעיר הגדולה ביותר והמאוכלסת ביותר בה, עם למעלה מ-13 מיליון תושבים במחוז. היא מהווה את המרכז השלטוני והכלכלי של המדינה למן המאה ה-19, אז העביר הקיסר מוצוהיטו את הבירה מקיוטו לטוקיו. טוקיו שוכנת בחבל קאנטו שבאי הונשו לחוף האוקיינוס השקט. בתחומה של טוקיו 23 רבעים מיוחדים, שלכל אחד מהם, בשונה מהרבעים של ערים אחרות, שלטון מקומי עצמאי כשל עיר. מספר התושבים המתגוררים ב-23 הרבעים המיוחדים של טוקיו עומד על כ-9 מיליון.
קיוטו, השוכנת בחלקו המרכזי של האי הונשו, בעמק המהווה חלק מאגן יאמאשירו, היא הבירה ההיסטורית של יפן ומרכז התרבות במדינה. קיוטו מפורסמת בזכות היותה שמורה ומסורתית יותר, לעומת ערי יפן המודרניות ממנה. בכך היא מהווה מעין צוהר לתרבות היפנית המסורתית. בעיר מקדשים רבים של בודהיזם ושינטו, גנים, ארמונות ומבנים אדריכליים נוספים בעלי עניין.