במהלך מלחמת העולם השנייה הייתה פירנצה תחת שלטון גרמני בין השנים 1943–1944, ולא נכללה בתחומי שלטון ממשלת סאלו. בספטמבר 1943 פלש הצבא הגרמני לצפון איטליה, וכבש גם את פירנצה. הצבא הגרמני החזיק בעיר עד לנובמבר 1944. לאחר הכיבוש, הנאצים החרימו את בית הכנסת הגדול של העיר והסבו אותו לשימושם. יהודי פירנצה עברו תקופה קשה שכללה השפלות והרעה משמעותית בתנאי חייהם, אולם רובם לא נשלחו להשמדה. כ-250 איש מתוכם נשלחו על ידי הכוחות הגרמנים למחנות ההשמדה. רוב המשולחים נספו, ביניהם רב הקהילה, נתן קאסוטו.
בספטמבר 1943 לאחר שנכנעה איטליה לבעלות הברית, גירושי היהודים למחנות היו בפתח. עוד באותו חודש פנו הרב הראשי של קהילת יהודי פירנצה, נתן קאסוטו, רפאל קאנטוני ויהודים נוספים שהיו חברים בדלאסם, לארכיבישוף של העיר, הקרדינל אליה דלה קוסטה, בבקשה לעזרה. דלה קוסטה הסכים לסייע להם והפנה אותם לכומר הדומיניקני צ'יפריאנו ריקוטי (Cipriano Ricotti) במנזר סן מרקו ולכומר לטו קזיני. האקציה הראשונה של הגרמנים נגד יהודי פירנצה הייתה ב-6 בנובמבר 1943, ונמשכה כשלושה ימים. דלה קוסטה שיגר מכתב אשר יועד לכל ראשי המנזרים בפירנצה והסביבה, ובו ביקש שיפתחו שעריהם בפני היהודים. כ-21 מוסדות נוצריים נענו למכתבו של הקרדינל, והצילו את חייהם של כ-220 יהודים, ואולי אף יותר. כך החלה לפעול רשת ההצלה בפירנצה בחסות הכנסייה. רשת זו פעלה הודות לשיתוף פעולה יהודי-נוצרי בין הקרדינל אליה דלה קוסטה, רב הקהילה, נתן קאסוטו ורפאל קנטוני. פעילי הרשת נהגו להחביא יהודים במנזרים ובכנסיות, ולעיתים אף בבתיהם הפרטיים.
ביום שבת, ה-6 בנובמבר 1943, חיילי האס.אס הקיפו את בית הכנסת הגדול בפירנצה ואסרו את היהודים בתוכו. שלושה ימים לאחר מכן, עזבה רכבת הגירוש השנייה את איטליה. רכבת זו כללה לפחות 400 יהודים מפירנצה, סיינה ובולוניה והגיעה אל אושוויץ. איש מהיהודים ברכבת לא שרד. ידועים רק 85 שמות של יהודים אשר היו על הרכבת.
בליל ה-27 בנובמבר 1943, בוצעו שלוש פשיטות אלימות על מקומות מסתור של יהודים. הפשיטה הגדולה ביותר הייתה במנזר הנשים הפרנציסקני דל פיאצה דל קרמין (Carmine). שלושים נשים יהודיות וילדיהם, רובם ממדינות זרות וערים אחרות באיטליה, שהסתתרו שם. אחת מהן, ואנדה אבנעים פצ'יפיצ'י, הייתה אשתו של הרב הראשי של גנואה, ריקרדו פצ'יפיצ'י, שהסתתרה בעיר. פצ'יפיצ'י עצמו חזר לגנואה ונאסר עוד קודם לכן. רק שתי נשים מתוך המנזר הצליחו לברוח ולהינצל. בפשיטה נוספת באותו הערב, תפס כוח של חיילים נאצים ופאשיסטים כ-20 גברים יהודים זרים שהסתתרו במוסד של הכנסייה. בפשיטה השלישית, על המנזר סנט ג'וזף, נתפסו מספר נשים יהודיות. כמה נשים הצליחו להתחמק משום שהתחפשו לנזירות. למחרת התקיימה פגישה סודית של רשת ההצלה, שבה ביקשו חברי הרשת להעניק ליהודים מקומות מסתור חדשים, כסף, מזון ומסמכים מזויפים. איטלקי שהועסק על ידי פליט יהודי פולני אמיד, ששמו מרקו אישצ'יה (ischia) הלשין לאס.אס על קיום הפגישה וכתוצאה מכך, כל חברי הרשת נתפסו ב-28 בנובמבר 1943.
ב-1 בדצמבר 1943, לאחר שכוחות האס.אס. החלו להקים מחנות מעצר, המשטרה האיטלקית החלה לבצע חיפושים בבתים של יהודים, לכדה את אלו שנשארו בבתיהם וחסמה את הגישה לבתים אלו. המעצרים בוצעו על ידי יחידות של המשטרה האיטלקית.
ב-30 בינואר 1944 נשלחה רכבת לאושוויץ ועליה כ-700 איש, 180 מהם ממחוז טוסקנה. מתוך 700 הנוסעים, 97 גברים ו-31 נשים בלבד עברו את הסלקציה באושוויץ. 13 גברים ו-8 נשים מתוכם שרדו את המלחמה, כאשר אנה קאסוטו, אשתו של הרב נתן קאסוטו, הייתה אחת מבין 8 הנשים ששרדו.
פעילות אנשי הכנסייה ברשת ההצלה.
המבצע להצלת היהודים הנרדפים נערך בחסות הקרדינל דלה קוסטה בשיתוף פעולה עם אנשי הכנסייה דון לטו קסיני, צ'יפריאנו ריקוטי, דון ג'וליו פאסיבני, דון ג'ובאני סימיוני, דון אנג'לו דלה טורה, ליאונדילדה פנקני, אם המנזר סנדרה בוסנלי, אמא בנדטה וספיניאני ואחרים.
הקרדינל דלה קוסטה יזם את פעולות ההצלה ועודד את אנשי הדת להשתתף בפעילויות מסוכנות להצלת חיים. הוא מילא תפקיד מכריע בארגון ובהפעלה של רשת ההצלה הנרחבת, גייס מצילים מקרב אנשי הכנסייה, כתב לראשי מנזרים ומנזרים שהפגינו אותם במקלט ליהודים, הקימו מקלט לפליטים בסמינר מינורי די מונטוגי (Minore di Montughi). הוא אף הסתיר יהודים נמלטים בארמונו לתקופות קצרות עד שנשלחו למקומות בטוחים. הישיבות של רשת ההצלה התקיימו כמעט תמיד במשרדי הארכיבישוף. פעולות ההצלה מומנו על ידי ארגון דלאסם. בנוסף כדי לסייע במימון הרשת הוחלט שהכספים יגיעו מהקהילה היהודית ומהכמורה באופן שווה, סכומי הכסף שהעבירה הכנסייה גברו בהדרגה. האנשים אשר פעלו כחלק מרשת ההצלה הקדישו את מלוא מרצם לסיוע והצלת היהודים.
דו"ח שנכתב מיד לאחר המלחמה, מפי האב מנג'לו (Mengehello), תיאר את פעילותה של רשת ההצלה, והוסיף כי הארכיבישוף אסר להטביל יהודים בזמן המלחמה, גם אם הביעו את רצונם לעשות כן. ג'ורג'יו לה פירה תיאר את דלה קוסטה כ"כוח המניע של ההתחייבות של האהבה להציל כל כך הרבה אחים", והאב צ'יפריאנו ריקוטי כתב: "אני לא יודע על ערים אחרות, אבל בפירנצה הוקם ארגון הצלה אמיתי על ידי המשאלה של הקרדינל אליה".
לאחר שנעצרו מרבית הפעילים היהודים של רשת ההצלה. מעתה והלאה, היו אלה אנשי הכנסייה אשר נשאו את מרבית האחריות להמשך פעילותה של רשת ההצלה, אף כי כמה מהכמרים נעצרו גם הם על ידי הגרמנים ואף עונו.
פועלו של רב קהילת יהודי פירנצה, נתן קאסוטו, ברשת ההצלה.
בשנת 1933 קיבל נתן קאסוטו תואר ברפואה ושירת לתקופה כרופא צבאי. לאחר מכן החל קריירה רפואית שכללה הוראה מחקר ופרקטיקה. הוא פרסם מספר מאמרים חשובים ב-1938 זכה במלגה ללמוד בניו יורק במוסד רוקפלר, אך בשל חוקי הגזע שחוקקו בשנה זו, המשטר הפשיסטי לא סיפק לו דרכון לנסיעה לניו יורק לקבלת המלגה שהייתה יכולה להציל את חייו.
האיסור על הריגת חיות למטרות דתיות (איסור השחיטה הכשרה) גרם ליהודים שומרי מצוות לאכילת בשר, נתן קאסוטו קיבל פנייה מארגון סיוע יהודי לגבי האפשרות של אכילת מזון לא כשר לילדים שסובלים מבעיות בריאותיות. הוא חקר את הנושא והשיב שזה מותר אם יש סכנת חיים או סכנה בריאותית במידה ואין תחליף ראוי כמו כן הוסיף שכל מקרה צריך להיבדק על ידי רופא ופסיקה של רב. החובה לציית להוראות האנטישמיות השפיעו על חיי היום יום של הקהילות היהודיות אבל לא גרם ליהודים שומרי מצוות להפסיק לשמור.
בעקבות חוקי הגזע, אסור היה לו ללמד או לעבוד כרופא מחוץ לקהילה היהודית, ולכן למד קאסוטו בנוסף לבית מדרש לרבנים, צעד שהיה לא שכיח ליהודי שהיה משולב בחברה האיטלקית ועבד כרופא. מאחר שלא היה יכול לקדם את הקריירה הרפואית שלו קיבל על עצמו תפקיד של סגן רב במילאנו. ב-1943 מונה לרב הראשי של פירנצה, ועבר חזרה לפירנצה עם אשתו אנה וילדיו. בעקבות שביתת הנשק ב-8 בספטמבר 1943 בין איטליה לבעלות הברית קאסוטו עודד את יהודי פירנצה לברוח ולהסתתר. אחותו חולדה קמפניינו העידה מאוחר יותר במשפט אייכמן ואמרה "אחי הלך מבית לבית להזהיר את היהודים ולעודד אותם להתחבא במנזרים ובכפרים קטנים תחת שמות בדויים". הוא עשה זאת עוד לפני שהנאצים החלו בפעולות אלימות כלפי היהודים, עוד לפני כניסת הגרמנים לאיטליה בתחילת ביצוע הפתרון הסופי האיטליה). מאות יהודים הקשיבו לעצתו וברחו, כך שבזמן שחבורות אלימות של בריונים ופושעים הגיעו לחפש יהודים בבתיהם, הם מצאו מעט מאוד יהודים.
הרב נתן קאסוטו הצליח להתחמק ממאסר בפשיטות שבוצעו בליל ה-27 בנובמבר 1943. אך נתפס למחרת היום. לו היה ממשיך להסתתר, היה ניצל, אך במקום להסתתר הוא בחר להשתתף בפגישה הסודית של רשת ההצלה, שפשטו עליה חיילי האס.אס. בעקבות ההלשנה.
מרקו אישצ'יה הצליח להציב מלכודת גם לאנה קאסוטו, שהסתתרה עם הוריה וילדיה במנזר קונבנטו דלה קלצה (Calza). הוא אמר לה שאם היא תגיע לפיאצה דלה סניורה היא תוכל לקבל מידע על בעלה, היא הגיעה לפגישה עם גיסה ועם רפאל קנטוני ושם חיכו להם הנאצים. במשך חודשיים הנאצים עינו אותם אבל היא הכחישה שהיא אשתו של נתן קאסוטו, כי היא רצתה להציל את הוריה וילדיה. בסופו של דבר בערב שבו קאסוטו נשלח מפירנצה היא גילתה את זהותה בתקווה שתשלח גם אחריו. שניהם נשלחו לכלא סאן ויטורה במילאנו. ב-30 בינואר 1944 הם נשלחו באותה הרכבת לאושוויץ יחד עם 700 איש, 180 מהם מטוסקנה. מתוך ה-700 רק 97 גברים ו-31 נשים עברו את הסלקציה, 13 גברים ו8 נשים שרדו את המלחמה, אנה קאסוטו הייתה אחת מבין 8 הנשים ששרדו.
היא עבדה במחנה עבודה בבירקנאו עד אוקטובר 1944 ובמפעל תחמושת מאוקטובר ועד פברואר 1945 הועברה מספר מחנות. היא חלתה בטיפוס ונשלחה להסגר בטרזיינשטט, ושוחררה על ידי בעלות הברית ב-9 במאי 1945. היא ראתה את בעלה בפעם האחרונה בסלקציה באושוויץ, כאשר גם הוא עבר את הסלקציה ונשלח לאזור הגברים של המחנה. הוא עבד במחנה כרופא, ואף הצליח לקבל הודעה קצרה מאשתו, וכך למד שהיא עדיין בעודה בחיים. בינואר 1945 כשהצבא האדום התקרב לאושוויץ, נתן קאסוטו נשלח בצעדת מוות של 70 קילומטר למחנה גרוס-רוזן. באמצע פברואר נרצח במחנה, אסיר שפגש אותו במחנה אמר לאחר המלחמה " היה לי הכבוד לזכות בחיבתו וחברותו של נתן קאסוטו, בזכותו היו לי שעות של שקט ושלווה באמצע הגיהנום".
לאחר שמסתור במנזר הפך מסוכן מדי הם הוסתרו במשפחות לא יהודיות נפרדות. הבן דניאל גר עם מריו ולינה סאנטריני, דויד אצל אציו ואנה קאלצי (calzi). ההורים של אנה, וילדיה שרדו את המלחמה, כמו פליטים יהודים איטלקים אחרים.
עדויות על רשת ההצלה.