יונגלי דאז נסוג מכוחות צ'ינג וביסס את כוחו בגואנגשי. עם זאת, במאי 1648, פנה לי צ'נג-דונג כנגד הצ'ינג, והמרד המקביל של גנרל מינג אחר שערק קודם לכן לשורות צבא צ'ינג בג'יאנגשי עזר ליונגלי להשיב לכוחותיו את רוב דרום סין. הקיסר שׁוּנְגְ'ה זעם על דורגון על כך שסמך במפקדים עריקים לכדי כך שיכלו אלו להפתיע את צבא צ'ינג בצור שכזאת ולהשיב לכוחות מינג שטחים נרחבים. תחייה זו של תקוות הנאמנים לשלטון שושלת מינג הייתה קצרת מועד. צבאות צ'ינג חדשים הצליחו לכבוש את המחוזות המרכזיים של הוגאנג (חוביי וחונאן של ימינו), ג'יאנגשי וגואנגדונג בשנת 1649 וב-1650. הקיסר יונגלי נאלץ לברוח שוב. לבסוף ב-24 בנובמבר 1650, כוחות צ'ינג כבשו את גואנגג'ואו וטבחו את אוכלוסיית העיר והרגו עד כ-70,000 איש.
בתוך כך, באוקטובר 1646 הגיעו צבאות צ'ינג בראשות הוג'ה (אשר תוארו הושב לידו לאחר שקיבל הכרה מאחיו הקיסר שׁוּנְגְ'ה) לסצ'ואן, שם משימתם הייתה להשמיד את ממלכתו של מנהיג השודדים ג'אנג שיאנג-ג'ונג. ג'אנג נהרג בקרב נגד כוחות צ'ינג ליד שיצ'ונג במרכז סצ'ואן ב-1 בפברואר 1647. כמו כן בשלהי שנת 1646, באזור גאנסו ומדבר גובי, כוחות שהורכבו על ידי מנהיג מוסלמי הידוע במקורות סיניים בכינוי 'מיליין' התמרדו נגד שלטון צ'ינג. עד מהרה הצטרף אליו מנהיג מוסלמי נוסף בשם דינג גודונג. בהכרזה רשמית כי הם פועלים להחזיר את שלטון המינג, הם כבשו מספר עיירות בגאנסו, כולל בירת המחוז לנצו. נכונות המורדים הללו לשתף פעולה עם סינים שאינם מוסלמים רימזה להנהגת החצר הקיסרית של צ'ינג כי הם לא רק מונעים על ידי דת. גם 'מיליין' וגם דינג גודונג נפלו בשבי ונהרגו על ידי מנג קיאופנג בשנת 1648, ובשנת 1650 נמחצו המורדים המוסלמים במערכות צבאיות באזור מדבר גובי שגרמו לנפגעים כבדים.
שלטון עצמאי.
טיהור פוליטי.
מותו הבלתי צפוי של דורגון ב-31 בדצמבר 1650 במהלך מסע ציד עורר תקופה של מאבקים פלגיים עזים בתוך חצר הקיסרות של שושלת צ'ינג ופתח את הדרך לרפורמות פוליטיות עמוקות. היה חשד כי במהלך מסע הצייד שבסופו התבשר על מות דורגון הוא למעשה נרצח בהתנקשות פוליטית. מכיוון שתומכיו של דורגון עדיין היו בעלי השפעה בבית המשפט, דורגון הועלה במותו למעמד שווה ערך ביוקרתו לזה של קיסר והועלה לאחר מכן למעמד "הקיסר הצדיק". אולם עוד באמצע ינואר 1651, כמה מראשי הפלג של הבאנרים הלבנים בראשות אובאי, תומכו לשעבר של דורגון, עצרו את אחיו של דורגון אג'יג' מחשש שהוא יכריז על עצמו כעוצר הכתר החדש; לאחר מכן קבעו אובאי ואנשיו את עצמם בתור שרים ראשיים של מספר משרדים והתכוננו להשתלט על הממשלה.
בינתיים, ג'ירגלאנג, שהתרחק מרצון מתואר העוצר שלו בשנת 1647, אסף תמיכה בקרב מנהיגי הבאנרים שגורשו מתפקידם במהלך שלטונו של דורגון. מה שקרא בהמשך היה טיהור פוליטי שהנהיגו ג'ירגלאנג והקיסר שׁוּנְגְ'ה נגד פלג הבאנרים הלבנים במטרה לנטרל את תומכיו של דורגון מכל כוחם וכדי לסבסד את כוחו ואחריותו השלטונית של הקיסר שׁוּנְגְ'ה, שהיה באותה העת כבר בן 12. ב-1 בפברואר הודיע ג'ירגלאנג כי הקיסר שׁוּנְגְ'ה, שעומד להיות בן שלוש עשרה, יקבל כעת סמכות אימפריאלית מלאה ויהפוך לשליט דה פקטו של שושלת צ'ינג. העצומה לחלוקת הכוח בין העוצרים שנחתמה במותו של הואנג טאיג'י בוטלה אפוא רשמית.
ג'ירגלאנג ואנשיו יצאו בהתקפה נגד מתנגדי שלטונו של שׁוּנְגְ'ה. בין סוף פברואר לתחילת מרץ 1651 הקיסר שׁוּנְגְ'ה הוציא תביעה משפטית נגד דורגון המת על כך שסירב לקבל סדרת דרישות והנחיות אימפריאליות שהורה עליהם שׁוּנְגְ'ה עצמו. דורגון נמצא אשם וכל כבודו ותאריו הוסרו אף על פי שכבר היה מת. ג'ירגלאנג המשיך לטהר חברים לשעבר מהקליקה של דורגון ולהעניק דרגות גבוהות ותארים באצולה על מספר גדל והולך של חסידים בשלושת הבאנרים הקיסריים שתמכו בהעלאת סמכותו השלטונית של הקיסר שׁוּנְגְ'ה, כך שעד לשנת 1652 נהרגו כל תומכיו לשעבר של דורגון או הוצאו מהממשלה בפקודת גירוש.
יחסים עם טיבט.
לקראת סוף שנת 1652 ביקר הדלאי לאמה ה-5 בבייג'ינג לאחר מסע שלו מטיבט. שׁוּנְגְ'ה הורה על טקס רשמי לקבלתו של הדלאי לאמה בשערי העיר וניתן לו להשתכן בארמון בתוך העיר האסורה. מעל חודשיים נותר הדלאי לאמה ה-5 בייג'ינג עד אשר החל לנוע בחזרה ללהסה בטיבט במהלך אביב שנת 1653. הקיסר שׁוּנְגְ'ה העניק לדלאי לאמה אוצרות רבים לקראת עזיבתו. הקיסר העניק לו גם תואר מכובד, תעודת מינוי מוזהבת וחותם מוזהב המסמל את סמכות הקיסר. תעודה מוזהבת זאת יצרה תקדים לדלאי לאמה לדורות המאוחרים יותר לקבל את תפקידם באופן רשמי מחצר הקיסרות. להלן נוסח תעודת המינוי המוזהבת שהעניק הקיסר שׁוּנְגְ'ה לדלאי לאמה החמישי:
יחס לישועים.
יוהאן אדם של פון בל (בגרמנית: Johann Adam Schall von Bell) היה מיסיונר ישועי ואסטרונום שהגיע לסין בשנת 1622. הוא הוכשר ברומא, מדינת האפיפיור, במערכת האסטרונומית של גלילאו גליליי, ואנשי החצר הקיסרית בשושלת מינג התרשמו מעליונותה של האסטרונומיה המערבית והעניקו לו משרה רשמית בחצר הקיסרות בבייג'ינג בתרגום ספרים אסטרונומיים מערביים למנדרינית ולביצוע רפורמה בלוח השנה הסיני הישן. בשנת 1644, כאשר כבשו המנצ'ורים את בייג'ינג והסדירו את סמכותה של שושלת צ'ינג, מונה של לראש הוועד הממלכתי לאסטרונומיה. לאחר שריפא חבר החצר הקיסרית ממחלה שהייתה זרה לרופאים המנצ'ורים שנכחו בחצר הקיסרית, החלו המנצ'ורים להכיר גם כן בטכנולוגיה האירופאית ויוהאן אדם של הפך לאחר מכן ליועצו האישי ואיש סודו של הקיסר הצעיר שׁוּנְגְ'ה, שכינה את של בכינוי "מאפא" ("סבא"). הקיסר התיר לשל לבנות את הכנסייה הראשונה בבייג'ינג בשנת 1650 והשתתף בעצמו בהתכנסויות לתפילה נוצרית קתולית ולפולחן מספר פעמים. האינטימיות של שאל עם הקיסר אפשרה לישועים לנהל את עבודת המיסיון שלהם בגלוי, ונאמר כי 500,000 סינים התנצרו לאורך תקופת שלטונו של שׁוּנְגְ'ה. עקב המחלוקת על הטקסים הסיניים, רבים בחצר הקיסרות המנצ'ורית ראו את המיסיונרים כמטרד אך לאורך שלטונו של שׁוּנְגְ'ה הם היו בפועל מוגנים.
המלחמה בשחיתות.
ב-7 באפריל 1651, בקושי חודשיים לאחר שעלה בפועל לסמכויות השלטון, הוציא קיסר שׁוּנְגְ'ה צו שהודיע ​​כי הוא יטהר את השחיתות מן השלטון בחצר הקיסרית ובכלל שושלת צ'ינג. צו זה עורר עימותים פלגיים בקרב החצר הקיסרית, עימותים שמולם נאבק הקיסר עד מותו. אחת הפעולות הראשונות שלו במטרה "לטהר את החצר הקיסרית מן השחיתות" הייתה לפטר את האקדמאי הגדול פנג קוואן, בן האן מצפון סין שהיה בעל תפקיד מרכזי בחצר הקיסרית של שושלת מינג ולאחר כיבוש הבירה בידי צבא הצ'ינג בשנת 1645 הורשה להישאר בתפקידו על ידי הנסיך העוצר דורגון.
קיסר שׁוּנְגְ'ה החליף את פנג בצ'ן מינג-שיה (1601–1654), אקדמאי מדרום סין רב השפעה שהיה בעל קשרים חזקים עם חברות הספרות בג'יאנגנן. אף כי בהמשך בשנת 1651 הודח צ'ן גם הוא באשמת השפעה על רוכלות, אך הוא הוחזר לתפקידו בשנת 1653 כאשר התגלו הטענות נגדו כשקריות ועד מהרה הפך ליועץ אישי צמוד של הריבון. הוא אפילו הותר לו לנסח צווי אימפריה בדיוק כמו שהיה פעם פועל במזכירות השלטון של שושלת מינג. נוסף על כך בשנת 1653, החליט הקיסר שׁוּנְגְ'ה להשיב למקומו את פנג קוואן לאחר שזה בויש בהדחתו, אך במקום לאזן את השפעתם של פקידי צפון ודרום סין בחצר הקיסרית כפי שהתכוון הקיסר, חזרתו של פנג קוואן רק הגבירה את המחלוקת העובדתית בין האקדמאים. בכמה מחלוקות בחצר הקיסרית בשנת 1653 ו-1654, הקימו הדרומיים פלג אחד המתנגד לצפוניים ולמנצ'ורים. באפריל 1654, כאשר צ'ן מינג-שיה שוחח עם השליחות הרשמית הצפונית בראשות נינג וון-וו על תמיכתו בהשבת סגנון הלבוש של חצר הקיסרית מתקופת מינג, נינג הוקיע את צ'ן באופן מיידי לקיסר והאשים אותו בפשעים שונים, לרבות לקיחת הונאות, נפוטיזם, סיעתיות, והתחברות עם פלגים שונים הפועלים להדיח את הקיסר שׁוּנְגְ'ה. צ'ן הוצא להורג בתלייה ב-27 באפריל 1654.
בנובמבר 1657 פרצה שערוריית רמאות גדולה במהלך הבחינות למינוי פקידים לחצר הקיסרית בבייג'ינג. שמונה מועמדים מג'יאנגנן, שהיו גם קרובי משפחה של פקידי בייג'ינג, שיחדו בוחנים בתקווה שידורגו במקום הגבוה ביותר בתחרות. שבעה מפקחי בחינות שנמצאו אשמים בקבלת שוחד הוצאו להורג, וכמה מאות אנשים נידונו לעונשים שנעו בין הדחה מתפקידם לגלות והחרמת רכוש. השערורייה, שהתפשטה במהרה למעגלי הבחינות של נאנג'ינג, חשפה את השחיתות ורוכלות ההשפעה הרווחות בבירוקרטיה הסינית, וכי גורמים רשמיים רבים מהצפון ייחסו לקיומם של מועדוני ספרות דרומיים נחיתות אל מולם, דבר שהביא לקרע במערכת השלטונית הפנימית.
שלטון בסגנון סיני.
בתקופת שלטונו הקצרה, עודד קיסר שׁוּנְגְ'ה את בני ההאן הסינים להשתתף בפעילות ממשלתית והחיה מוסדות רבים בסגנון סיני שבוטלו או נדחקו על ידי המשטר בתקופת דורגון. הוא דן בהיסטוריה, בספרות ובפוליטיקה עם אקדמאים גדולים כמו צ'ן מינג-שיה והקיף את עצמו בפקידים חדשים כמו ואנג שי, צעיר סיני שדיבר במנצ'ורית. הקיסר העריך את האפשרות לבטל את חוק התסרוקת שקבע דורגון, אך לבסוף החליט שלא לשנות את החוק מכיוון שביטולו עלול להחליש את סמכות שושלת צ'ינג והדבר לא בא בחשבות בהתחשב בעובדה שהמלחמה נגד שושלת מינג בדרום סין עוד המשיכה.