נראה שלדעת הרמב"ם, חוסר היכולת להבין את תיאורו של יחזקאל הוא זה אשר גרם לאנשי שיבת ציון לבנות את בית המקדש השני כפי שעשו ולא בצורת המקדש השלישי:
אולם, המלבי"ם מפרש שבוני בית שני הבינו שהרמה הרוחנית של העם בעת שיבת ציון לא הייתה בשלימותה ולכן נמנעו מלבנות את הבית כצורת יחזקאל, בניין שמסמן שלימות רוחנית גבוהה של העם – שלימות שישיגו עם ישראל רק לעתיד לבא.
החצר הפנימית.
היא חצר שלפני הבית (האולם, ההיכל וקודש הקודשים), גודלה מאה על מאה אמה, בה נמצא המזבח החיצון, בבית המקדש הראשון ובשני החצר נקראה העזרה.
החצר החיצונה.
מקיפה את החצר הפנימית, וגודלה חמש מאות על חמש מאות אמה, בשונה מבית שני בה הייתה החצר החיצונה לפני הפנימית (ולא מסביב), בבית שני נקראה החצר עזרת נשים.
האתיקים.
הגר"א מפרש שמדובר בשלושה קירות תמך שהולכים מצפון לדרום על פני כל החצר החיצונה מ"הרצפות" וממשיך לתוך ה"צלעות" שמקיפות את ההיכל וקודש הקודשים.
השערים.
יחזקאל מתאר את שערי העזרות בגודל חמישים אמה על עשרים וחמש. בכל צד אמורים להיות שלושה תאים בגודל שש אמות על שש. בסך הכול, מתוארים שישה שערים כאלו, שלושה לחצר הפנימית ושלושה לחיצונה (לכיוונים מזרח, צפון ודרום). לשיטת הגר"א וסיעתו, התאים לאורך השער, דהיינו תא מול תא שלוש פעמים. לעומת זאת, לשיטת רש"י וסיעתו כל השישה בעובי החומה עצמה, ועוברים מאחד לשני.
לשכת הכהנים בני צדוק.
הנביא יחזקאל מנבא שבבית המקדש יכהנו הכהנים בני צדוק לכל ענייני הקרבת חלב ודם על המזבח. בבית המקדש תהיה לשכה מיוחדת לכהנים בני צדוק בחצר הפנימית של המקדש. שבניגוד לשאר הלשכות (שפתחם יהיה לכיוון דרום), לשכה זו תהיה פתוחה לכיוון צפון. בנוסף, גם שתי לשכות הקרויות "לשכות העשרים" המשמשות בישול ואכילת בשר קודש של הקורבנות ומרכז לבישת בגדי הכהונה של בני צדוק תשמש לצרכיהם של בני צדוק.
פרשנות לתיאור המקדש.
עד לימינו נכתבו פירושים רבים לצורת המקדש השלישי, ונבנו מודלים אדריכליים לכמה מהמרכזיים שבהם. כך ידועה שיטתו של רש"י, של הגר"א, של הרב יום-טוב ליפמן הלר, ושל המלבי"ם – שראה את פירושם של שלשתם וחלק על דעתם באופן משמעותית ושל הרב יוסף הלוי שניצלר. ואילו לאחרונה נתפרסמו פירושם של רבנו חננאל, רבי אליעזר מבלגנצי ורבי משה בן ששת. ובימינו גם שיטתה של סדרת הפרשנות דעת מקרא, שאף לפיה נבנה מודל אדריכלי.
מקומו.
על פי נבואת יחזקאל מקומו של בית המקדש השלישי הוא בהר הבית בירושלים, באותו הר אשר בו נצבו שני בתי המקדש הקודמים; אך עם זאת, לפי מידותיו המתוארות בספר יחזקאל, כדי לאפשר בניין בגודל זה במקום יצטרכו להיעשות שינויים טופולוגיים נרחבים במקום. לפי הפרשנות, העיר ירושלים (מה שנקרא היום בשם ירושלים) בתקופת המקדש השלישי תהיה בדרום המקדש, רחוקה ממנו מ"ה מיל, ואילו המקדש והר הבית יישארו במקומם.
אופן בנייתו.
לדעת חלק מהראשונים בית המקדש השלישי ירד מן השמיים. דעה זו מבוססת על דברי אחת מסוגיות התלמוד, שמוזכר בה אפשרות שבית המקדש ייבנה באופן פתאומי ומהיר, ובניגוד לכללים המקובלים בהלכה. כך למשל כותב רש"י:
גם במקורות אגדיים שונים מתואר המקדש השלישי כנעשה בידי הקב"ה, ויש מהראשונים שלמדו מהם שהכוונה לעשייה בדרך ניסית ופלאית, ולא באמצעות בני אדם.
לעומת זאת, הרמב"ם מתאר את המקדש השלישי כמקדש בנוי בידי אדם. לדעתו, מסכת מידות נכתבה במשנה כדי שבוני המקדש השלישי ידעו כיצד לעשותו. תפיסה זו נסמכת על פשוטם של פסוקי המקרא, וכמה מקורות בדברי חז"ל.
ישנם המשלבים בין שתי דעות אלו, ואומרים שחלקו ירד משמים באופן נסי וחלקו יבנה על ידי המשיח. לפי דעת המהרש"א בחידושי-אגדות על מסכת מגילה, יחברו לבית המקדש השלישי כל בתי הכנסת בעולם, שבאופן נסי יתאספו למקום אחד ויצטרפו לבית המקדש שירד בנוי ומשוכלל מן השמים.
הרמח"ל, בספרו "משכני עליון", אומר שבית המקדש השלישי אמור היה להבנות כעליית מדרגה מיד לאחר הבית הראשון, ואם היינו זוכים, לא היה צורך בחורבן אלא כעין מעבר משן חלב לשן בשר, היו עוברים מבית ראשון שנבנה בספירת החכמה לבית שלישי בספירת הכתר. נראה מדבריו כי הוא מיישב את שתי השיטות באומרו שבית המקדש החיצוני ייבנה בחומר ובית המקדש הפנימי יירד מן השמיים.
לדעת הרב מרדכי אליהו, המקדש ירד מן השמיים, ומשתמע מדבריו שמכיוון שכך העיסוק האנושי בהקמתו מיותר. אך יש שטענו שאין להסתמך על ירידת המקדש משמיים כנימוק המשחרר את בני האדם מן האחריות לבנותו. בעקבות כך סבורים רבנים שונים (בעיקר מרבני הציונות הדתית, כגון הרב שלמה גורן, הרב נחום רבינוביץ', והרב ישראל אריאל ועוד) שאין זו סיבה להמינע מקיום מצוות בנין בית המקדש.
ניסיונות מעשיים להקמת בית המקדש השלישי.
בעת העתיקה.
על פי המסופר במדרש בראשית רבה (פרשה סד, י), שנים מספר לאחר החורבן יזם השלטון הרומי את בניין המקדש מחדש. היהודים החלו באיסוף כסף לצורך הבניין, ומן המדרש משתמע שאף החלה תנועת עליה ארצה. ברם, השומרונים התנגדו לבנייה, ובהשפעתם חזרו בהם הרומאים מיוזמה זו. הדבר גרם להתמרמרות רבה בקרב היהודים, עד כדי מחשבות על מרד. ככל הנראה, מדובר בתקופה בה הקים אדריאנוס קיסר את איליה קפיטולינה כעיר אלילית על חורבות ירושלים, והיה זה אחד המניעים למרד בר כוכבא.
יוזמה משמעותית יותר לבניין המקדש הגה הקיסר הרומי יוליאנוס, במאה הרביעית. הלה הצהיר בפני היהודים (בשנת 362): "אקומם בכל מרץ את היכל האל העליון". הקיסר פנה אל היהודים בקריאה "לחזור למולדתם ולהקים מחדש את המקדש ולחדש את השלטון כדרך אבותיהם". מתועדות תגובות של שמחה בקרב יהודים בעולם לנוכח היוזמה, אבל במקורות היהודיים אין זכר לפרשה, ולפיכך יש משערים שהייתה גם הסתייגות מן הרעיון, מסיבות שונות. הבנייה החלה במימון הממשלה הרומית, וכבר החלו להרוס את יסודות היכל אדריינוס שעמד במקום המקדש. בינתיים יצא יוליאנוס לקרב נגד הפרסים, דבר ששיבש את התקדמות העבודה, ובנוסף לכך פקדה את האזור רעידת אדמה, שגרמה להפסקת הבנייה ב-27 במאי 363. ביוני באותה שנה מת יוליאנוס במלחמתו, ותוכניתו נגנזה באופן סופי.
בימי הביניים.
רבי אשתורי הפרחי (בספר כפתור ופרח, פרק ששי) מספר על יוזמה של אחד מבעלי התוספות, רבי יחיאל מפריז, לחידוש עבודת המקדש . רבי אשתורי הפרחי מעלה את השאלה: "מה נעשה מטומאתנו, ואנא הכהן המיוחס", ומשיב שמותר לחדש את עבודת הקרבנות באופן חלקי גם בטומאה, על פי הכלל שטומאה דחויה בציבור. לא ידוע מה עשה רבי יחיאל מפריז להגשמת רעיונו.
בעת החדשה.
הרב צבי הירש קלישר (1795–1874), ממבשרי הציונות המדינית, כתב ספר בשם "דרישת ציון", ובו הקדיש מקום נרחב לבירור האפשרות לחידוש עבודת המקדש. הוא הציף לראשונה שורה של שאלות מעשיות העלולות להוות מכשול בפני חידוש העבודה, כמו: שאלת ייחוס הכהנים, איתור מקומו המדויק של המזבח, ההיתר להקריב קורבנות בטומאה, ועוד. לדעתו, ניתן לתת מענה לכל השאלות הללו, ולפיכך קרא להתארגן להקרבת הקרבנות, ובשלב ראשון – הקמת מזבח והקרבת קורבן פסח. הוא קיווה להשיג, באמצעות משה מונטיפיורי, רשות מהשלטון העות'מאני להקים מזבח בהר הבית. הרב קלישר ניהל התכתבות ענפה עם רבנים בולטים בדורו, בהם רבי עקיבא איגר והחת"ם סופר. הללו תמכו ברעיון באופן עקרוני, אך העירו על קשיים מעשיים והלכתיים שונים. מנגד, היו אישים כרבי שמשון רפאל הירש, ששללו עקרונית את המגמה לעסוק בפעילות מעשית לגאולת הארץ והקמת מקדש, וטענו כי אין לעסוק בכך באופן מעשי עד ביאת המשיח.
פעילותו של הרב קלישר לא נשאה פירות מעשיים בשעתה, אולם כתביו שימשו כר פורה להתפתחות הדיון ההלכתי בסוגיית חידוש הקורבנות. דיון זה יצר סוגה שלמה בספרות הרבנית, בספרים כדוגמת "עבודה תמה" (שנכתב כתגובה חריפה לרב קלישר, ושלל את מסקנותיו מכל וכל), "עיר הקודש והמקדש" לרב יחיאל מיכל טוקצינסקי, "מקדש מלך" מאת רבה של ירושלים, הרב צבי פסח פרנק, ו"הר הקודש".
בתקופה מאוחרת יותר, החל החפץ חיים לעורר את לומדי התורה בדורו לעסוק בהרחבה בהלכות המקדש, כהכנה לבניין הבית השלישי. לשם כך כתב ספר בשם ליקוטי הלכות, המתמצת את פסקי ההלכה הנובעים מן התלמוד הבבלי בסדר קדשים, במתכונת ספרו של הרי"ף, שהתמקד רק בהלכות הנוהגות בזמן הגלות. החפץ חיים אף יסד ישיבה המיועדת ללימודי המקדש ועבודתו. במקביל, כתב הרב יחיאל מיכל הלוי אפשטיין את ספרו "ערוך השולחן העתיד", המסכם אף הוא את הלכות המקדש. ספרים אלה לא נכתבו על בסיס תוכנית סדורה לגשת לבניין המקדש, אלא מתוך הערכה שזמן הגאולה מתקרב, ויש להתכונן אליה גם מן ההיבט ההלכתי.
בית המקדש היה חלק גם מחזונם המדיני של אישים בציונות החילונית. כך בתיאורו של הרצל את מדינת היהודים:
אף על פי שהרצל היה בעד הקמת בית המקדש השלישי, מדבריו במדינה היהודית העתידית המוצגת באלטנוילד, המגיעים ממזרח יכולים להבחין במסגדים שעל הר הבית. מכאן אפשר להבין מדבריו שלמרות החזון שלו לבית המקדש השלישי, הוא לא יהיה בהר הבית על חשבון מסגדיו, אך למרות הוודאות בספרו שבית המקדש יוקם בירושלים, לא ברור האם בית המקדש יוקם בתוך העיר העתיקה או מחוצה לה.