גל חדש של מתח אתני שטף את המדינה בשנת 1990. אחת הסיבות העיקריות הייתה ההאטה הכלכלית ומחסור במזון. במהלך השנה סבלה המדינה ממזג אוויר גרוע ויבש וממחירים נמוכים יותר לקפה, מצרך יצוא גדול של המדינה. בעיות אלה תרמו ליצירת אקלים פוליטי מסוכן ביותר. מתח זה הוחמר על ידי הבטחות צרפתיות לעמי מרכז אפריקה לעזור להם לבנות דמוקרטיה. רבים מהרואנדים שמעו קריאה זו, והחלה הקמתה של תנועה דמוקרטית, רובם סטודנטים, אשר חבריה מחו באופן אקטיבי בקיץ 1990 כנגד מדיניות הממשלה המקומית אשר לא באמת איפשרה לדמוקרטיה להתקיים במדינה.
במקביל, החלה התסיסה בתוך הקהילה האתנית הטוצית. אותם טוטים שגורשו מהמדינה לפני יותר משלושים שנה והיו במחנות פליטים במדינות שכנות התאספו בקבוצה מאורגנת – החזית הפטריוטית הרואנדית (RPF). ההוטו ראה באנשים אלה נציגים של האצולה המושחתת, שגורשו בצדק מהארץ. הם ציינו כי צאצאי הטוטים האלה כבר לא יודעים דבר על רואנדה ולא דיברו צרפתית אלא אנגלית. אולם הטוטים הגולים דרשו הכרה בזכויותיהם, כולל הזכות לחזור למולדתם. הם החלו להפעיל לחץ על ממשלת רואנדה ובסופו של דבר אילצו את ממשלתו של ז'ובנל הביארימנה לעשות ויתורים. על ה-RPF פיקד האלוף פרד רוויג'ימה, שקודם לתפקיד סגן שר הביטחון באוגנדה השכנה. עם זאת, שנאת זרים הולכת וגוברת הביאה להחמרת החקיקה האוסרת כעת על כל אזרחי אוגנדה, כולל פליטי רואנדה, להחזיק אדמות במדינה.
הייברימאנה נאלץ להקים ועדה לאומית שתחקור את "מושג הדמוקרטיה" ותתחיל לעבוד על הקמת "אמנה פוליטית לאומית" שתפייס בין ההוטו לטוטסי. ברגע קריטי זה במשא ומתן, המצב יצא מכלל שליטה. בשלב זה, ה-RPF כבר לא היה מוכן לחכות שממשלת רואנדה תמלא את הבטחותיה והחלו בפרעות.
ה-RPF הוקם בדצמבר 1987 כממשיך דרכו של הברית לאחדות הלאומית ברואנדה. הארגון החדש שם לו למטרה להקל על החזרת כל פליטי רואנדה לרואנדה, בכוח אם יהיה בכך צורך, ולקבוע אחדות לאומית ודמוקרטיה במדינה. ה-RPF כלל בעיקר את הדור השני של הטוטוסים הגולים ומונה יותר מארבעת אלפים אנשי צבא שהוכשרו היטב בצבא אוגנדה ובעלי ניסיון קרבי.
המלחמה.
פלישת 1990.
בשעה 2:30 לפנות בוקר ב-1 באוקטובר 1990 כחמישים ממורדי RPF פלשו לאוגנדה ורואנדה והרגו איש מכס שהוצב בגבול. אחריהם הגיעו כמה מאות מורדים נוספים, לבושים במדי צבא אוגנדה ובנשק הכולל מקלעים ומשגרי רימונים. דרישות ה-RPF כללו סיום של הפרדה אתנית ומערכת זהות, כמו גם רפורמות פוליטיות וכלכליות אחרות, המייצגות את RPF כארגון דמוקרטי המבקש להפיל את המשטר המושחת. נשיא אוגנדה, יוורי מוסווני, ונשיא רואנדה, הביארימנה, שהו באותה עת בניו יורק בפסגה העולמית לילדים. תפקידה של אוגנדה בסכסוך הועמד מיד בספק. סביר להניח שיוורי מוסווני ידע על תוכניות ה-RPF, אך לא תמך בהן בגלוי. ליוורי מוסווני היו מספר מניעים שלא להתערב, כולל עניין ביציבות במערב אוגנדה וההזדמנות לחזק את העמדה במשא ומתן עתידי עם הפליטים. מאוחר יותר החליט מוסווני החליט לעזור למפלגת RPF רק לאחר שזכה לשמור על יציבות במדינתו.
בימים הראשונים של הלחימה, ה-RPF זכה להצלחה משמעותית, והתקדם 60 ק"מ בדרום המדינה. צבא ממשלת רואנדה היה עדיף מבחינה מספרית וגם קיבל סיוע מכלי הרכב המשוריינים והמסוקים הצרפתיים, אך ה-RPF נהנה מאלמנט ההפתעה. הצלחותיו של החזית נקלעו מעט לקשיים עקב מותו של המפקד פרד רוויג'ימה ביום השלישי למתקפה. סביר להניח שרוויג'ימה נהרג על ידי הכפוף לו, הגנרל פיטר ביינגאנה, אם כי לאחר מכן טען ה-RPF כי הוא נהרג מכדור תועה.
המתקפה נעצרה לאחר שצרפת וזאיר התערבו בסכסוך. זאיר שלחה כמה מאות חיילים מהדיוויזיה הנשיאותית המיוחדת להילחם לצד ממשלת רואנדה. גם צרפת שלחה מספר פלוגות המורכבות מ-125 צנחנים שהגיעו מהרפובליקה המרכז-אפריקאית על מנת לתמוך בממשלה. בהמשך הצטרפו אליהם יחידות נוספות. צרפת, שחתמה על ברית הגנה עם הביארימנה בשנת 1975, התעקשה כי יש להשתמש בכוחותיה אך ורק להגנה על אזרחי צרפת, אך למעשה הצנחנים נשלחו לחסום את התקדמות ה-RPF לבירה קיגאלי. צרפת סיפקה גם לממשלת רואנדה ארטילריה, מרגמות וציוד צבאי אחר, וכן סיוע כלכלית. בתחילה גם בלגיה תמכה בממשלה, אך קיצצה את הסיוע הצבאי זמן קצר לאחר פרוץ הלחימה, וציטטה את החקיקה המקומית האוסרת על השתתפותם של חיילים בלגים במלחמות אזרחים. לעומת זאת, צרפת חיזקה את מעמדה באזור ובכך החליפה את בלגיה כנותנת החסות הזרה העיקרית של רואנדה.
ב-7 באוקטובר 1990 פתחו כוחות הממשלה במתקפה נגדית. ה-RPF לא היה מוכן למלחמה ארוכה ונאלץ להתחיל בנסיגה. מייג'ור פול קגאמה, שהיה בעבר בארצות הברית לצורך הכשרה פיקודית, חזר לארץ על מנת להשתלט על כוחות המורדים. עם זאת, ב-23 באוקטובר נעצרו שני מפקדי ה-RPF, מייג'ור פיטר ביינגאנה (המפקד בפועל) וכריס בוננזי, סלים סאלח, אחיו של נשיא אוגנדה, בגין רצח רוויגמי והובא לאוגנדה לחקירה ולבית המשפט. המורדים הפכו מיואשים ובסוף החודש הוסעו חזרה לפארק הלאומי אקאגרה בצפון מזרח המדינה.
ב-4 באוקטובר בלילה, פתחה ממשלת רואנדה במתקפה מדומה על קיגאלי עם ירי ופיצוצים. מתקפה זו נועדה להפחיד את האוכלוסייה, לגייס תמיכה במלחמה ולעודד חיפוש אחר מרגלים ובוגדים אפשריים בקרב אזרחים. יותר מ-10,000 איש נעצרו. הניקוי האתני החל בארץ. על פי עדי ראייה, ב-10 באוקטובר ביצע רב-סרן אלואיס נטבאקוזה טיהור כזה בכפר בגימה. עשרה ימים לאחר הפלישה קראו גורמים מקומיים לאוכלוסייה להרוג את הטוטוסים המקומיים ולשרוף את בתיהם. לפחות 488 אזרחים נהרגו תוך 48 שעות.
ההתארגנות מחדש של ה-RPF.
עם הגעתו לארץ החל פול קגאמה לארגן מחדש את כוחות RPF שירדו לכמות של פחות מ-2,000 חיילים. הוחלט לפתח תוכניות למלחמה מפלגתית בצפון הארץ. יוורי מוסווני נתן הוראה ל-RPF לסגת חזרה לאוגנדה תוך לילה אחד. במהלך החזרה הכפויה, פול קגאמה וחייליו התפרסו מחדש מערבה אל הרי וירונגה, שם כוחות הממשלה לא יכולים לתקוף אותם. ה-RPF שהה חודשיים בהרים, שם התאמן וחיזק את כוחו. עם זאת, תנאי החיים היו קשים מאוד, וחלק מחברי הצבא מתו בגלל הטמפרטורות הנמוכות בשטחים הפתוחים בהרים.
הזמן בהרי וירונגה הושקע בארגון מחדש של הצבא ובנייה מחדש של ההנהגה שסבלה הרבה במהלך הלחימה. אלכסיס קניארנגווה, הוטו ובעל בריתו לשעבר של הביארימנה, מונה לראש ה-RPF. עם זאת, הטוטסים המשיכו להוות את רוב הנהגת החזית. מאוגנדה, בורונדי, טנזניה, זאיר ואפילו מארצות הברית ואירופה הגיעו מתגייסים חדשים. בתחילת 1991 צבא RPF גדל ל-5,000 חיילים, עד 1992 הוא כבר מנה 12,000, ובמהלך המתקפה, בשנת 1994 הוא הגיע ל-25,000 חיילים.
בנוסף לגיוס מתגייסים חדשים, ה-RPF גייס כספים להמשך המאבק. טוטסים רבים ברחבי העולם תרמו להגדלת המימון עבור ה-RPF. מורדים התחדשו, קנו נשק בשוק הבינלאומי וקיבלו אספקה מצבא אוגנדה המחתרתי.
מלחמת גרילה.
בינואר 1991 חזר פול קגאמה למלחמה. הצעד הראשון היה ההשתלטות הבלתי צפויה על העיר רוהנגרי ב-23 בינואר 1991. רוהנגרי לא רק שהייתה קרובה להרי וירונגה, אלא נתפסה גם כמעוז השלטון של הביארימנה. ה-RPF כבש את העיר עקב ההפתעה והחזיק אותה יום אחד לפני שנסוג בחזרה אל ההרים. במהלך הכיבוש שדדו המורדים כלי נשק וציוד מצבא רואנדה והסתערו על כלא רוהנגרי, ושחררו אסירים פוליטיים רבים. ההתקפה יצרה אווירה של פחד ברואנדה ומצב חירום הוכרז במדינה.
לאחר פעולה זו, ה-RPF החל לנהל מלחמת גרילה קלאסית. התכתשויות קלות ניקזו את שני הצדדים. RPF החלו לשדר תוכניות מאוגנדה לרואנדה מתחנת רדיו משלה בשם Radio Mukhabura. רדיו זה הפך לכלי תעמולה רב עוצמה שהאשים את הביארימנה ברצח עם. במהלך השנים הבאות היו ניסיונות רבים להגיע להסכמה על הפסקת אש, אך הם לא הביאו דבר, והלחימה נמשכה עד 13 ביולי 1992, אז נחתם בעיר ארושה שבטנזניה על הסכם הפסקת אש.
הסכמי ארושה.
המלחמה נמשכה כמעט שנתיים וחצי, עד אשר נחתם הסכם הפסקת אש ב-12 ביולי 1992 בעיר ארושה, טנזניה, הידוע כ"הסכמי ארושה", הסכם אשר קבע את לוח הזמנים למשא ומתן ואישר הצבת קבוצת משקיפים צבאיים בחסות ארגון האחדות האפריקאית במדינה. הפסקת האש נכנסה לתוקף ב-31 ביולי 1992, והמשא ומתן הפוליטי החל ב-30 בספטמבר 1992.
במהלך החודשים הבאים נמשך המשא ומתן, שלא הביא הצלחה רצינית בשטח. לבסוף, בעקבות דיווחים על טבח הטוטסי ב-8 בפברואר 1993, ה-RPF פתח במתקפה גדולה נוספת. התקפה זו אילצה את כוחות הממשלה לסגת, ואפשרה ל-RPF לכבוש במהירות את רוהנגרי ואז לפנות דרומה ולהתחיל להתקדם לעבר הבירה. הדבר גרם לפאניקה בפריז, ששלחה מיד כמה מאות חיילים צרפתים לרואנדה יחד עם כמות גדולה של תחמושת. הגעת הכוחות הצרפתים לקיגאלי שינתה בצורה רצינית את המצב הצבאי ואילצה את ה-RPF לנטוש את הבירה בסערה. ב-20 בפברואר עצרו המורדים 30 ק"מ צפונית לקיגאלי והכריזו על הפסקת אש חד צדדית, ולאחר מכן הם משכו את חייליהם לעמדותיהם המקוריות למשך מספר חודשים. עד אז, למעלה מ-1.5 מיליון אזרחים, בעיקר משבט הוטו, ברחו מבתיהם.
הסכם השלום השברירי נמשך עד 7 באפריל 1994. עם זאת, המתח בחברה לא פחת. פלישת הטוטסי לא נתפסה כדרך להשיג שוויון, אלא כניסיון של הטוטסים לחזור לשלטון. ההוטו התגייס סביב הנשיא. הביארימנה עצמו הגיב על ידי הצגת תוכנית רצח עם שהופנתה נגד כל הטוטסים והוטואים שיש להם אינטרסים משותפים כלפיהם.
פעולות צבאיות במהלך רצח העם.