בקיץ של אותה שנה שמה הקבוצה עין על הנבחר מספר 1 בדראפט, אריק לינדרוס, חלוץ שנבחר על ידי קוויבק נורדיקס. הפליירס היו מוכנים להקריב הרבה כדי לקבל את לינדרוס, והעסקה אכן יצאה לפועל - לינדרוס הגיע לפליירס תמורת חמישה שחקנים (ביניהם רון הקסטול), בתוספת הבחירה הראשונה של הפליירס באותה שנה (החלוץ השוודי פטר פורשברג, שהתגלה ככוכב גדול) ובחירת דראפט עתידית נוספת.
לינדרוס ורקי התגלו כשילוב מוצלח. רקי סיים את עונת 1993 עם 123 נקודות - שיא מועדון - ולינדרוס כבש 41 שערים. למרות סיום חזק לעונה הרגילה, שוב החמיצו הפליירס את הפלייאוף. בובי קלארק, שחזר שנה קודם לכן למערכת כסגן נשיא הקבוצה, עזב לקבוצת ההתרחבות פלורידה פנתרס.
ב-1994 עם מאמן חדש - טרי סימפסון - המשיכה התקפת הפליירס להצטיין. רקי צבר 107 נקודות ולינדרוס 97 (מהן 44 שערים). הרוקי השוודי מיקאל רנברג הוסיף 82 נקודות - שיא מועדון עבור רוקי - ולמרות זאת, גם באותה עונה החמיצו הפליירס את העלייה לפלייאוף, זו השנה החמישית ברציפות.
1995 - 2000: עידן אריק לינדרוס.
בובי קלארק חזר להנהלת הקבוצה לקראת עונת 1995 והבין את הצורך של הקבוצה בחיזוק ההגנה שלה על חשבון התפוקה התקפית. קלארק החזיר לקבוצה את השוער רון הקסטול, שחרר מהקבוצה את מרק רקי למרות יכולת ההבקעה שלו והביא במקומו שחקנים קשוחים יותר - המגן אריק דז'ארדן והחלוץ ג'ון לקלייר. קו ההתקפה של לקלייר, לינדרוס ורנברג היה מוכשר וקשוח גם יחד. לינדרוס נבחר ל-MVP של העונה וזכה בגביע הארט, ובצורת הפלייאוף נפסקה כאשר הפליירס עלו לפלייאוף כאלופי הבית האטלנטי ומדורגים 2 בחטיבה המזרחית. את שני הסיבובים הראשונים עברו הפליירס בקלות מול באפלו סייברס וניו יורק ריינג'רס, אך בגמר החטיבה המזרחית נוצחו על ידי ניו ג'רזי דווילס.
ב-1996 עבר לינדרוס את 100 הנקודות בפעם הראשונה, לקלייר כבש 51 שערים, והפליירס שוב זכו באליפות הבית האטלנטי ועלו לפלייאוף - הפעם כמדורגים 1 במזרח. הם עברו בסיבוב הראשון את טמפה ביי לייטנינג, אך הופתעו בשני על ידי פלורידה פנתרס. סדרת הפלייאוף מול הפנתרס הייתה סדרת המשחקים האחרונה של הפליירס ב"ספקטרום" המיתולוגי; את עונת 1997 פתחו הפליירס באולם חדש, "קורסטייטס סנטר" (כיום וולס פארגו סנטר), שנבנה באותו מתחם בו שכן גם ה"ספקטרום" ברחוב ברוד.
העונה הראשונה באולם החדש הייתה מוצלחת למרות פציעה של אריק לינדרוס שבגללה נעדר מ-30 משחקים. ג'ון לקלייר כבש 50 שערים והפליירס עברו בפלייאוף את פיטסבורג פינגווינס, באפלו סייברס וניו יורק ריינג'רס, ועלו לסדרת גמר גביע סטנלי לראשונה מאז 1987, אולם בסדרת הגמר הובסה הקבוצה על ידי דטרויט רד וינגס בלא שניצחה ולו משחק אחד. אמירה של המאמן טרי מארי על חוסר יכולתם של חניכיו לעמוד בלחץ עלתה לו במשרתו, והוא פוטר בסוף העונה.
את מארי החליף בעמדת המאמן וויין קשמן שהיה אחד מכוכבי בוסטון ברואינס של שנות ה-70, אך התחלת לא טובה לעונת 1998 הביאה להחלפתו ברוג'ר נילסון. נילסון היה מאמן חדשן ורב פעלים - בין השאר נודע כמאמן הראשון שהשתמש בוידאו כדי לנתח את יריבותיו לפני משחקים. תוך כדי קריירת האימון שלו הוא קיים מחנות הוקי קרח בכל העולם (כולל מחנה שנתי בישראל).
ג'ון לקלייר הפגין שוב יכולת הבקעה מרשימה עם 51 שערים, אולם הפליירס הפגינו יכולת הגנתית ירודה ונוצחו בסיבוב הראשון של הפלייאוף על ידי באפלו סייברס.
בשתי העונות הבאות נחתה סדרת מכות על הפליירס. לקראת סוף העונה הרגילה של 1999 סבל אריק לינדרוס מפציעה שהעמידה אותו בשלב מסוים בסכנת חיים, והתברר שאחת מריאותיו התמוטטה. לינדרוס שרד, אולם לא שיחק עוד באותה עונה. עם שוער חדש בשער, ג'ון ונביסברוק שהגיע מפלורידה פנתרס, ועם מרק רקי שהוחזר לקבוצה בבהילות כדי למלא את מקומו של לינדרוס, נוצחו הפליירס בסיבוב הראשון בפלייאוף על ידי טורונטו מייפל ליפס.
המכות המשיכו ליפול על הקבוצה כאשר בפגרה שלפני עונת 2000 נהרג דמיטרי טרטישני, שחקן רוסי צעיר שזה עתה סיים את עונת הרוקי שלו, בתאונת שיט. בהמשך אותה עונה אובחן המאמן רוג'ר נילסון כחולה סרטן ונאלץ לפרוש מאימון. אריק לינדרוס ספג באותה עונה שני זעזועי מוח, וסיים בשלב מוקדם את משחקיו באותה עונה. בעקבות טענותיו שהצוות הרפואי של הקבוצה איחר בדיאגנוזה של מצבו, נלקח ממנו תפקיד הקפטן והועבר לאריק דז'ארדן.
למרות הצרות סיימו הפליירס את העונה הרגילה כראשונים בחטיבה המזרחית, עברו את באפלו בסיבוב הראשון ואת פיטסבורג בסיבוב השני, כשאת אחד המשחקים מכריע חלוץ הרכש קית' פרימו, שמילא את מקומו של לינדרוס, בהארכה החמישית.
בגמר החטיבה המזרחית פגשו הפליירס את ניו ג'רזי דווילס ועלו ליתרון 3:1 בסדרה. ניו ג'רזי הישוו את הסדרה ל-3:3 והסדרה עברה למשחק שביעי ומכריע בפילדלפיה. אריק לינדרוס חזר לאחר היעדרות של שלושה חודשים, אולם ספג זעזוע מוח נוסף במשחק השביעי, והדווילס הפכו את הסדרה וניצחו בה 4:3.
2001 - 2004: שנים של שינוי.
בעונת 2001 הגיע הסכסוך בין הנהלת הקבוצה לאריק לינדרוס לשיאו, ולינדרוס לא שיחק כלל בעודו מחכה לעסקה שתשלח אותו לקבוצה אחרת - עסקה שלא קרתה. קרייג רמזי, עוזרו של רוג'ר נילסון שהחליף אותו זמנית נשאר לבסוף כמינוי קבוע, אולם באמצע העונה הוחלף על ידי כוכב העבר של הקבוצה מימי "בריוני רחוב ברוד", ביל בארבר. כוכב הקבוצה המפתיע באותה עונה היה השוער רומן צ'כמאנק, רוקי שהגיע מהליגה הצ'כית, והפליירס נשרו בסיבוב הראשון בפלייאוף. בארבר פוטר בסוף העונה על רקע יחסים עכורים עם שחקניו.
עונה לאחר מכן הצליחו הפליירס סוף סוף להעביר את לינדרוס מהקבוצה לניו יורק ריינג'רס, והשחקנים עליהם הסתמך הקו הראשון של הפליירס היו ג'רמי רניק שהגיע בקיץ מפיניקס קויוטיס, ואדם אוטס שהוחתם במהלך העונה מוושינגטון קפיטלס. הפליירס סיימו במקום הראשון בבית האטלנטי, אולם שוב נשרו בסיבוב הראשון של הפלייאוף מול אוטווה סנטורס.
בעונת 2003, עם מאמן מוכח - קן היצ'קוק שזכה בגביע סטנלי עם דאלאס סטארס ב-1999 - ועם צ'כמאנק ביכולת גבוהה בשער, הגיעו שוב הפליירס לפלייאוף. בסיבוב הראשון הותשו בסדרה של שבעה משחקים מול טורונטו מייפל ליפס, כאשר שלושה מהמשחקים הגיעו לשתי הארכות או יותר, בטרם ניצחו בסדרה ועברו הלאה. בסיבוב השני הודחו שוב על ידי אוטאווה סנטורס, ועם סיום העונה הועבר רומן צ'כמאנק ללוס אנג'לס קינגס.
את מקומו של צ'כמאנק בשער תפס רוברט אסקה, שוער צעיר שהגיע מפיניקס. לאחר שג'רמי רניק וקית' פרימו נפצעו שניהם רכשו הפליירס בבהילות את חלוץ שיקגו בלאקהוקס אלכסיי ז'מנוב. פרימו חזר לקראת הפלייאוף והוביל את הפליירס עד לגמר החטיבה המזרחית על פני ניו ג'רזי וטורונטו, אולם בגמר החטיבתי מול טמפה ביי לייטנינג שוב לא עמד לפליירס כוחם והם הודחו בשבעה משחקים.
2005 - ההווה: עליות ומורדות.
לאחר עונת 2005 שבוטלה הגיעו הפליירס לעונת 2006 עם קבוצה חדשה כמעט לגמרי. כוכבים וותיקים כמו רניק, רקי ולקלייר הועברו לקבוצות אחרות, והפליירס הביאו אליהם את פטר פורשברג, השחקן שבחרו בסיבוב הראשון בדראפט 1992 והיה בין אלה שהועברו לקוויבק נורדיקס עבור אריק לינדרוס בשעתו. פורשברג הפך בינתיים לכוכב על במדי הנורדיקס שהפכו בינתיים לקולורדו אוולאנש. בסופו של דבר התייצבה הקבוצה לעונת 2006 לאחר שהחליפה כשני שלישים מהסגל שלה.
פורשברג, עם וותיקי הקבוצה קית' פרימו וסיימון גניה, הובילו את הפליירס למחצית עונה מצוינת עד הפגרה אליה יצאה הליגה בשל אולימפיאדת החורף בטורינו, איטליה. המחצית השנייה של העונה התאפיינה בפציעות רבות - פרימו ספג זעזוע מוח וסיים מוקדם את העונה, ופורשברג נפצע ברגלו במדי נבחרת שוודיה באולימפיאדה - והפליירס הלכו ודעכו, הגיעו בקושי לפלייאוף ונשרו בסיבוב הראשון.
עונת 2007 הייתה הגרועה ביותר בתולדות הקבוצה. פרימו ודז'ארדן פרשו מפעילות עוד לפני תחילתה, ופורשברג, שירש את תפקיד הקפטן מפרימו, המשיך להיות מוטרד מהפציעה שספג באולימפיאדת טורינו ונעדר לסירוגין. הפליירס סיימו את העונה עם מאזן של 22 ניצחונות לעומת 48 הפסדים ו-12 תיקו.
לאחר העונה הקשה ביצעו הפליירס מהפך בסגל לקראת עונת 2008. פטר פורשברג הועבר לנאשוויל תמורת שחקנים ובחירות דראפט, והקבוצה התחזקה בכל חלקיה עם דגש על יכולות הגנתיות. סגנון הקבוצה הזכיר לרבים את תקופת "בריוני רחוב ברוד" - סגנון קשוח ובלתי מתפשר. הפליירס הגיעו לגמר החטיבה המזרחית לראשונה מאז 2004, אולם נוצחו על ידי יריבתם המושבעת פיטסבורג פינגווינס.
בעונת 2009 גילו הפליירס חוסר יציבות, וממש על סף הפלייאוף בעקבות סדרת הפסדים ירדו למקום החמישי במזרח והחמיצו את יתרון הביתיות בפלייאוף. גם הפעם עמדה פיטסבורג בדרכם, כבר בסיבוב הראשון.
בעונת 2010 התחזקו הפליירס במגן הוותיק כריס פרונגר שהגיע מאנהיים דאקס תמורת מחיר כבד בשחקנים ובחירות דראפט. הקבוצה סבלה ממספר שיא של פציעות ארוכות כשהשיא היה פציעה בתקופות חופפות של שני השוערים הראשונים, בראיין בושה וריי אמרי. לשער נכנס השוער השלישי מייקל לייטון, שהפתיע בסדרת משחקים מצוינים בטרם נפצע גם הוא. לא פחות משבעה שוערים שונים שיחקו במדי הפליירס באותה עונה כתוצאה מהפציעות הרבות.
בסדרת הפלייאוף בסיבוב הראשון מול ניו ג'רזי דווילס הפתיעו הפליירס עם ניצחון בחמישה משחקים, אולם הפציעות המשיכו לרדוף אותם - החלוצים ג'ף קרטר וסיימון גניה סבלו משברים בכפות רגליהם, וחלוץ נוסף, איאן לפרייר, ספג פציעה חמורה בפניו מפגיעת דיסקית ההוקי.