היחסים עם הספרדים הלכו והידרדרו. בדצמבר 1598 הגיע שמועה לאוזני התושבים שהקונקיסטאדור חואן דה אונייטה (Juan de Oñate; 1626-1550) מתכוון ליישב את האזור. הם ארבו לקבוצה של אנשי אונייטה ורצחו 11 מהם, כולל אחיינו של אונייטה. הנקמה של הספרדים הייתה אכזרית, הם שרפו את רוב הכפר, הרגו יותר מ-600 איש, שבו לעבדות כ-500 אחרים, וכרתו את בהונות רגלם הימנית של גברים מעל גיל 25. בצד הצפוני של הר השולחן, נושאים עדיין שורת בתים סימנים מהאש שהתחילה מירי תותח במלחמת אקומה זו.
ניצולים מטבח אקומה בנו מחדש את הקהילייה. אונייטה כפה על אקומה ושבטי ילידים אחרים לשלם מיסים ביבולים, כותנה או עבודת כפייה. השלטון הספרדי שלח לאזור מיסיונרים קתוליים. הספרדים שינו את שמות הפואבלו לשמות קדושים נוצריים והחלו לבנות בתוכם כנסיות. הם גם הביאו גידולים חקלאיים חדשים לאקומה, כולל אפרסקים, פלפלים וחיטה. צו ספרדי מלכותי הורה להקים משרדים אזרחיים בכל פואבלו, כולל אקומה, כשמושל מטעם הספרדים שולט במקום. ב-1680 פרץ מרד הפואבלו, כשפואבלו אקומה היה בין המשתתפים במרד. המרד הביא לפואבלו פליטים מפואבלו אחרים. אלו שעזבו לבסוף את אקומה הקימו את פואבלו לגונה.
בני אקומה סבלו מאחוז תמותה גבוה ממגפה של אבעבועות שחורות, כיוון שלא היו מחוסנים באופן טבעי כנגד המחלות המדבקות שהובאו מאירופה. הם גם סבלו מפשיטות של שבטי האפאצ'י, הקומאנצ'י והיוט. לעיתים האקומה הצטרפו לספרדים במלחמה כנגד שבטים נוודים אלו. הנצרות הקתולית נכפתה על בני האקומה, אבל בסתר הם המשיכו לקיים את דתם המסורתית ושילבו אלמנטים משניהם בתערובת סינקרטית. נישואים מחוץ לשבט וקשרים עם בני פואבלו אחרים וכפרים ספרדיים היו נפוצים. קהיליות אלו התערבבו זו בזו ויצרו את התרבות הייחודית המכונה "התרבות של ניו מקסיקו".
מיסיון אסטבן דל ריי.
בין 1629 ל-1641 פיקח האב חואן רמירס (Juan Ramirez) על בניית כנסיית מיסיון אסטבן דל ריי, הקרויה על שם אישטוון הראשון, מלך הונגריה. האקומה נצטוו לבנות את הכנסייה, ושינעו 18,000 טון של טיט, קש, אבן חול ובוץ אל הר השולחן עבור קירות הכנסייה. אורן הזפת שימש כמקור לעץ והובא על ידי חברי הקהילייה מהר טיילור (Mount Taylor), מרחק של מעל ל-60 קילומטרים מהפואבלו. הכנסייה משתרעת על שטח של 560 מטרים רבועים והמזבח שבה מוקף בעמודי עץ בגובה 18 מטרים. העמודים מגולפים ביד בתבניות באדום ולבן המייצגים את האמונה הנוצרית והאמונות של הילידים. האקומה יודעים שאבותיהם בנו מבנה זה והם מתייחסים אליו כאל אוצר תרבותי.
ב-1970 צורף המבנה למרשם הלאומי של מקומות היסטוריים (National Register of Historic Places). ב-2007 הוכרזה כנסיית המיסיון אתר היסטורי של הקרן הלאומית (National Trust Historic Site), האתר הילידי היחיד במעמד זה כפי שנקבע על ידי הקרן הלאומית לשימור היסטורי (National Trust for Historic Preservation), ארגון ללא כוונת רווח.
במאות ה-19 וה-20.
במהלך המאה התשע-עשרה, אף שבני האקומה ניסו לקיים אורח חיים מסורתי, הם גם אימצו היבטים של התרבות והדת הספרדית שדחו פעם. בהגיע שנות ה-80 של המאה ה-19 הביאו הרכבות לגידול במספר המתיישבים האירופאים ושמו קץ לתקופת הבידוד של שבט הפואבלו.
ב-1885 התחתן סלומון ביבו, יהודי שניהל עסקים עם בני שבט האקומה עם אחת מבנות השבט. באותה שנה הוא מונה למושל הפואבלו ושירת בתפקיד שזיכה אותו בכינוי "היהודי שנהיה לראש שבט אינדיאני" במשך ארבע שנים. הוא עזב את הפואבלו עם משפחתו משום שהסתכסך עם בני שבט אחרים על רקע תוכנית הלימודים בבית הספר שהקים וגם בגלל רצונו להקנות לילדיו חינוך יהודי.
בשנות ה-20 של המאה ה-20 התכנסה "מועצת כל הפואבלו האינדיאנים" (All Indian Pueblo Council) בפעם הראשונה מזה יותר מ-300 שנים. בתגובה לרצון בקונגרס של ארצות הברית להפקיע אדמות מידי שבטי הפואבלו העביר הקונגרס את חוק קרקעות הפואבלו ב-1924. למרות הצלחות בשמירה על אדמתם, התקשו בני האקומה לשמור במאה ה-20 על מסורות התרבות שלהם. מיסיונרים פרוטסטנטים הקימו בתי ספר באזור, והלשכה לענייני האינדיאנים הכריחה את ילדי האקומה להצטרף לפנימיות. בהגיע 1922 מרבית הילדים מהקהילייה היו בפנימיות, שבהן הכריחו אותם לדבר אנגלית ולקיים אורח חיים נוצרי. כמה דורות נותקו מתרבותם ומלשונם, תוך השפעות חמורות על משפחותיהם וחברותיהם.
בימינו.
כ-300 מבני טיט בני שתיים או שלוש קומות ניצבים כיום על הר השולחן, כשסולמות חיצוניים משמשים לגישה לקומות העליונות שבהם מתגוררים התושבים. הגישה אל הר השולחן היא בכביש שנחצב בסלע תוך שימוש בחומרי נפץ במהלך שנות ה-50 של המאה ה-20. כ-30 איש מתגוררים דרך קבע על הר השולחן, כשהאוכלוסייה גדלה בסופי שבוע כשבני משפחה באים לבקר וגם תיירים, כ-55,000 בשנה, מגיעים לביקור במשך היום.
אין בפואבלו אקומה חשמל, מים זורמים או ביוב. שמורה מקיפה את הפואבלו על שטח של 1,600 קילומטרים רבועים. חברי השבט חיים בשמורה ומחוץ לה. במפקד האוכלוסין של ארצות הברית משנת 2000 הזדהו 4,989 תושבים כמשתייכים לאקומה.
תרבות.
ממשל והשמורה.
בראש האקומה עומדים שניים: "קסיקה" (cacique), או ראש הפואבלו, וקפטן מלחמה, המשרתים עד מותם. שני האישים שומרים על קשרים הדוקים בין עבודתם לדתם, מייצגים תאוקרטיה של ממשל אקומה. הספרדים אומנם הציבו פקידים על מנת לפקח על הנעשה בפואבלו, אבל האקומה לא התייחסו אליהם ברצינות. צוות הפקידים כלל מושל, שני סגני מושל ומועצה וטיפל בקשר עם החוץ. האקומה גם נהגו להשתתף ב"מועצת כל הפואבלו האינדיאנים" שדיוניה החלו ב-1598 והיא שבה לתפקד במאה ה-20.
כיום האקומה שולטים על שטח של כ-2,000 קילומטרים רבועים מאדמתם ההיסטורית. הנוף הטיפוסי הוא של הרי שולחן, עמקים, גבעות ונחלי אכזב בגובה ממוצע של 2,100 מטרים. כמות המשקעים הממוצעת באזור היא כ-250 מילימטרים גשם בשנה. מאז 1977 הרחיבו האקומה את השטח שבשליטתם באמצעות רכישות. בשמורה רק חברי השבט יכולים להיות בעלי קרקע וכמעט כל חברי השבט חיים על הרכוש. הקסיקה עדיין פעיל בקהילייה, והוא שייך לחמולת אנטלופ. הקסיקה ממנה את חברי מועצת השבט, הצוות והמושל.
ב-2011 סבלו פואבלו אקומה ופואבלו סנטה קלרה משיטפונות. ממשלת ניו מקסיקו תרמה כמיליון דולרים למימון מצב החירום ותיקוני הנזקים עבור הקורבנות, והמושלת סוזאנה מרטינס ביקשה סיוע כספי נוסף מהסוכנות הפדרלית לניהול מצבי חירום.
לוחמה ואמצעי לחימה.
עימותים צבאיים בין בני האקומה לשבטים אחרים היו נפוצים בהיסטוריה, כמו גם לפואבלו האחרים. כלי הנשק בשימוש האקומה כללו: אלות, אבנים, חניתות וחצים. בשלב מאוחר יותר שימשו האקומה ככוח עזר לחילות ספרד ומקסיקו, כשהם לוחמים בפושטים ומגנים על סוחרים בשביל סנטה פה. לאחר המאה ה-19 נחלש האיום של השבטים הפושטים והתרבות הצבאית של האקומה החלה להידרדר. מעמד קפטן המלחמה השתנה לתפקידים אזרחיים ודתיים.
אדריכלות.
בפואבלו אקומה יש על הר השולחן שלוש שורות של בנייני מגורים בני שלוש קומות הפונים דרומה. הבניינים בנויים מלבני טיט כשלאורך הגג היו קורות עץ שכוסו במוטות, סבך שיחים ואז טיח. הגג של קומה אחת שימש רצפה של הקומה הבאה. כל קומה מחוברת לאחרות באמצעות סולמות, ששימשו עזר הגנתי ייחודי, הסולומות היו הדרך היחידה להיכנס לבניינים, כיוון שהעיצוב המסורתי לא כלל דלתות וחלונות. הקומות התחתונות של הבניינים שימשו לאחסון. תנורי אפייה היו מחוץ לבניינים, והמים נשאבו משני בורות מים טבעיים. בפואבלו יש גם כיכר ציבורית ושבעה קיווה מלבניים ששימשו כמרכז הרוחני של הכפר.
אורח חיים.
כ-20 חמולות מטרילינאליות מוכרים על ידי האקומה. מעט מאוד משמעת הופעלה בעת הגידול המסורתי של הילדים. זוגות נשואים היו מונוגמים בדרך כלל וגירושים היו נדירים. פולחני פטירה כללו טקס קצר וקבורה מהירה אחרי המוות, שאחריהם היו ארבעה ימים ולילות של אבלות. הנשים לבשו בגדים מכותנה וסנדלים או מגפי מוקסין גבוהים. הביגוד המסורתי של הגברים כלל קילט מכותנה וסנדלי עור. גם עורות ארנבים ואיילים שימשו כלבוש וכגלימות. במאה ה-17 הביאו הספרדים סוסים לפואבלו. על החינוך היו אחראיים המנהיגים של הקיווה שלימדו על ההתנהגות האנושית, גוף ונשמה, אסטרולוגיה, אתיקה, פסיכולוגיית ילדים, תורת הנאום, היסטוריה, מחול, ומוזיקה.
מאז שנות ה-70 של המאה ה-20 קיבל פואבלו אקומה שליטה על שירותי החינוך, שהיו המפתח לשמירה על אורח החיים המסורתי והמודרני. הם חולקים בית ספר תיכון עם פואבלו לגונה. אלכוהוליזם, שימוש בסמים, ובעיות בריאות אחרים נפוצות בשמורה ובתי חולים של שירות הבריאות האינדיאני ומרפאים ילידים משתפים פעולה במאבק בבעיות הבריאות. השימוש באלכוהול נאסר בפואבלו. את הקהילייה משרת בית החולים אקומה-קנונצ'יטו-לגונה (Acoma-Canoncito-Laguna) השוכן באקומה.
הדת המסורתית של האקומה מדגישה את ההרמוניה בין החיים לטבע. השמש היא נציגה של האל הבורא. הרים מקיפים את הקהילייה, השמש למעלה, והאדמה מלמטה מסייעים לאזן ולהגדיר את עולמם של בני האקומה. פולחני דת מסורתיים יכולים להיות סביב מזג האוויר, כולל הרצון להבטיח שפע גשם. האקומה משתמשים בבובות קאצ'ינה (kachinas) בטקסים. בפואבלו היו קיווה אחד או יותר, ששימשו כתאים דתיים. המנהיג של כל פואבלו שימש כמנהיג הדתי של הקהילייה, או "קסיקה". הקסיקה צפה בשמש והשתמש בה כמדריך לתזמון הטקסים, שחלקם נשמרו בסוד.