האלבום זכה להצלחה נאה הן במכירות, והן בהשמעות רדיופוניות (בגטאות של הזמר המזרחי, דאז, בעיקר ברשת ג'). בראיונות שהעניק לאחר צאת האלבום – סיפר לוי על החזרה למסורת ולחיק הדת, שמלווים בחבישת כיפה, והפסקת הופעות בלילות שבת.
בתחילת שנת 1994 הקליט נתי לוי את "חנות מעולם אחר" (מילים: דודו ברק, לחן: יוני רועה, עיבוד: זוהר זיו) – השיר הופיע באלבום "פיצוץ אטומי", שהכיל שירים של זמרים שונים, אך מעולם לא הופיע על גבי אלבום סולו של לוי.
באותה השנה יצא תקליט אוסף של לוי - "מזמין אותך לרקוד" שמכיל 16 רצועות שכולן לקוחות מאלבומיו הקודמים של לוי, פרט לשיר "בודד ברוח" (מילים: יורם הראל חיימוב לחן: אורי חיימוב, עיבוד: אריה ברקוביץ'), שהוקלט לאלבום "השמים הם הגבול", אך לא נכנס אליו.
בשנת 1996 הוחתם לוי בחברת התקליטים "הליקון" . היה זה מהלך מפתיע ונחשוני לאחר שנים רבות, בה הוחתם זמר מהז'אנר המזרחי/ ים-תיכוני בחברת תקליטים 'ממוסדת'. קדמו לו אז רק ההחתמה של שימי תבורי ואבנר גדסי בחברת סי.בי.אס. בתחילת שנות ה-80.
בספטמבר אותה שנה יצא האלבום הראשון בהפקה והפצה של "הליקון" – "האור קרוב". לראשונה נחשף כישרונו של לוי ככותב וכמלחין, כאשר הוא יוצר את מרבית שירי האלבום. על עיבודי כל השירים וההפקה המוזיקלית הופקד צור בן-זאב. מלבד שיר הנושא ללחן אלג'יראי, בלטו עוד: "סטאלה" ו"באתי עם הליל" (בשניהם מילים ולחן: נתי לוי) החפלאיים, וכן הבלדות: "עוד יום" (מילים ולחן: לאה שבת), "עכשיו את אינך", ו"מנגינה נגמרת" (שני האחרונים נכתבו על הפרידה של לוי מחברתו דאז – גלית). את החזרה לחיק המסורת והדת ייצגו השירים: "לילה בתימן", "שבת היום", ו"אנא סלח".
לאחר ההצלחה הגדולה שהניב שיתוף הפעולה בין אייל גולן ללהקת "אתניקס", התברר כי חברת "הליקון" רצתה לשדך במקור את לוי לחברי להקת "אתניקס: זאב נחמה ותמיר קליסקי, אך השידוך לא יצא לבסוף לפועל.
ביולי 1997 העלו לראשונה האחים נתי וישי לוי מופע משותף שהתקיים בפסטיבל ערד. את המופע הנחה שמעון פרנס, וניגנו בו, בין השאר, רביב בן מנחם בקלידים, מקס מקסים בגיטרה, ואמנון זנדני בתופים.
בשנת 1998 בפרויקט "עבודה עברית" חידש לוי את "סורו מני", בעיבוד והפקה מוזיקלית רוקיים מתמיד של הגיטריסט רוני פיטרסון, בפרויקט מקביל "חברים שרים זוהר", חידש לוי את "פתאום מצאתי בך", שביצע ארגוב באלבומו הראשון, כשהביצוע המקורי בעיבוד שונה בתכלית, היה של בועז שרעבי מאלבומו הראשון מ-1971 ובו נקרא השיר "געגועים", וכן התארח בתוכנית "לילה גוב" וחידש יחד עם גידי גוב את השיר "ערב בא" (עיבוד: עדי רנרט).
רק בקיץ 1999 יצא אלבומו הבא של לוי – "למענך", גם כן בחברת "הליקון", אך הפעם הוחזר לעמדת המפיק המוזיקלי "מעבד הבית" - אריה ברקוביץ'. נתי לוי כתב והלחין כמעט את כל שירי האלבום.
לראשונה - ניתן לנתי לוי קרדיט משותף על העיבודים וההפקה המוזיקלית לצידו של אריה ברקוביץ'. האחרון החזיר את הצליל המזרחי-ערבי-ספרדי המוכר עם שירים כמו: "אולה", "די לה" (בשניהם מילים ולחן: נתי לוי) ו"סימונה" (מילים ולחן: משה נגר). בין השירים השקטים בלטו שיר הנושא, "כל הנרות", והשיר "גם אם הלך". כמו כן נכללו באלבום שני החידושים ל"סורו מני" ו"פתאום מצאתי בך".
האלבום נחל הצלחה יחסית במכירות, במיוחד לעומת קודמו.
2000-2009.
באוגוסט 2000 יצא אלבומו ה-9 במספר, "חובק 13 שנות זמר", שציין 13 שנים לקריירה של לוי.
האלבום הכיל מחרוזות שירים מאלבומיו הקודמים של לוי (בעיקר מ"האור קרוב" ו"למענך") וכן חידושים שלו לשירים של אחרים. בין השירים שחידש: "בואי נערה" (במקור: ג'קי מקייטן), "מטדור" (במקור: משה הלל מ-1974) "סמדר" (במקור: חיים משה מ-1983), סמרה (במקור: רובי חן), 'ילדתי' של זוהר ארגוב מ-1986, "עיניה קראו לי" (במקור: אבנר גדסי 1976) שכונה 'בת כמה', וביצוע לשיר של עמיר בניון – "כשאת עצובה".
האלבום כלל גם שיר מקורי אחד - 'העיניים של המדינה' שכתב והלחין לוי, (עיבוד: קובי אחרק), שיצא כנגד האפשרות לירידה מרמת הגולן תמורת שלום עם סוריה.
בשנה זו, לוי גם כתב והלחין 2 שירים לאלבום הפריצה של ליאור נרקיס - "רק איתך" : "עד סוף ימיי", ו"לפני שאת הולכת".
בשנת 2001, באלבומו המצליח של שלומי שבת – "חברים", חיבר לוי את המילים ביחד עם ירון כהן ל"מתוקה שלי" – דואט שביצע שלומי עם רובי לוי (שהוא גם קרוב משפחה של לוי) והפך ללהיט גדול.
באותה שנה הוא נישא ליעל ועבר להתגורר ביישוב החרדי אלעד.
בשנת 2003 הקליט לוי 2 דואטים עם הזמר פיני חדד, שהפכו ללהיטים גדולים הן ברדיו והן בערוץ המוזיקה החדש, שהחל אז את שידוריו.
הראשון - "ילדה רעה", שהוקלט במקור לאלבומו של חדד. השני – "אוהב אבל מציאותי" שהוקלט במקור לאלבום הדואטים הראשון בסדרת "שניים סוכר".
בתחילת שנת 2004 יצא אלבומו העשירי של נתי לוי – "חסד נעוריי" - שוב בהפקה ובהפצה של חברת התקליטים של אבי גואטה.
גם באלבום הזה בחר לוי בשני מעבדים: דני טלבי, ורמי רבה – כוחות חדשים ועולים בתחום העיבוד וההפקה המוזיקלית.
הסינגל הראשון שיצא מתוך האלבום "סבבה לך" היה, כנראה, ניסיון של לוי ללכת בעקבות האופנה ששלטה דאז בז'אנר, דוגמת "בלבלי אותו" של קובי פרץ, ו"מסובבת אותי" של רון שובל. שיר קצבי נוסף באותה גישה היה "מכשפת אותי". בין הבלדות בלטו שיר הנושא, "היום אני נושא אותך", (שיר חופה וקידושין, כמיטב המסורת הנהוגה בז'אנר הים-תיכוני) ו"אהוב ליבי" (שנכתב לזכרו של האח יגאל, שנהרג בתאונת אופנוע בשנת 1997).
באלבום נכללו גם הלהיטים "ילדה רעה", ו"אוהב אבל מציאותי".
באמצע שנת 2004, כתב לוי לאלבומו של רובי לוי את המילים לשיר הנושא "מת לחבק אותך" .
באותה שנה לוי הקליט עם לידור יוספי את "תחשבי" (מילים ולחן: יאיר תותחני, עיבוד: רובי שמעון), שהופיע באלבומו של האחרון.
בשנת 2005 הקליט עם אהרון ירימי את הדואט "גן עדן פרטי" לאלבום "24 שעות ביממה", מתוך אלבומו של האחרון.
באותה שנה, בפרויקט "שרים נעמי שמר", חידש לוי ביחד עם פיני חדד את "לילה בחוף אכזיב", ושר בשלישייה את "איתך מרגיש לבד" עם פיני חדד ורמי יהודה.
בשנת 2006 הקליט לוי 3 דואטים לאלבום "שניים סוכר 3": "כל מה שביקשתי" עם גילי עידן, "צמא לאהבה", ו"נלמד לסלוח" (בשניהם עיבוד של תמיר צור) עם שותפו הקבוע פיני חדד.
בנובמבר 2006 נישא לוי בשנית לשלומית צור. לזוג נולדה בת בכורה בשם אור.
בסוף שנת 2006 יצא האלבום ה-11, "אהבה של פעם בחיים", שהכיל רובו ככולו דואטים ושיתופי פעולה של לוי עם זמרים אחרים מהז'אנר הים תיכוני, שהוקלטו בין 2003 ל-2006.
למעשה היו באלבום רק שני שירי סולו של לוי – שיר הנושא ו"הגורל שהפריד בינינו".
בנוסף הוקלט לאלבום גם דואט של לוי עם האח ישי – "ללכת ידי ביד" . שיתופי פעולה נוספים באלבום היו עם פיני חדד, לידור יוספי, בר כהן, חיים ישראל, וציון גולן.
בשנת 2008, באלבומו השני של האחיין שיר לוי (בנו של ישי לוי), ביצע עמו את "אתה עוד ילד" .
בנובמבר 2008 יצא הדואט "אוהב אותך" של נתי לוי ולידור יוספי.
בסוף שנת 2008 יצא אלבום שנקרא "נתי לוי וחברים שרים לרבנו". האלבום הכיל 10 שירי אמונה.
נתי לוי שר 3 שירים באלבום: "קשה לי לוותר על אומן", "חשבון נפש/ידענו אבינו" ו"למנצח מזמור לדוד" - מזמור מהתיקון הכללי.
שאר השירים באלבום בוצעו על ידי זמרים אחרים דוגמת איציק קלה, איציק הרוש וגד אלבז.
באותה שנה יצא גם מיני אלבום של לוי: "האורות באומן" שהכיל 6 שירים: "חשבון נפש" שיצא גם באלבום 'שרים לרבנו': "קשה לי לוותר על אומן", "קרוב לאלוקים", "פושקינא", "אש באמונה".
במרץ 2009 יצא הסינגל "אישה של החיים" (מילים ולחן של לוי עצמו, לעיבוד של ציקי זנתי)
ב-20 ביולי 2009 יצא הסינגל "כל מילה" שכתב מוטי דוד, הלחין לוי, ועיבד ניר 'אדוש' ריחני.
ב-23 בנובמבר 2009 יצא דואט נוסף של לוי ופיני חדד: "הכוכבת" - את המילים כתב לוי, ללחן יווני, לעיבוד של אלי קשת.
2010 - 2014.
ב-16 בינואר 2010 יצא "שלום עליכם", עיבוד של נדב ביטון לפיוט הידוע מערב שבת מתוך האלבום "שיר ותפילה", בו זמרים שונים (ביניהם גם יהורם גאון) שרו קטעי תפילה ופיוט.
ב-6 במאי 2010 שחררו הצמד נתי לוי ופיני חדד דואט נוסף - "קוסמת". את המילים כתב יוסי בן דוד ללחן של קיריאקוס פאפדופולוס היווני.
ב-30 ביוני 2010 הוציא את הסינגל "פסגת החיים" - שיר חופה וקידושין שנכתב והולחן על ידי לוי, לעיבוד של ציקי זנתי.
ב-2 במרץ 2011 הוציא לוי את הסינגל המשמעותי ביותר שלו בשנים האחרונות - "נוסע" למילים של אלונה בן עמי, לחן שלו, ועיבוד של ניר 'אדוש' ריחני. הסינגל זכה לתהודה ולשבחים. השיר, שכלל את השורה "אנסה ללדת אותך בלי צירים", מדבר על פרידה כואבת, ולוי חשף בראיון כי גם מערכת נישואיו השנייה באה לקיצה.
ב-31 במאי 2011 הוציא לוי את הסינגל הקצבי "דוגרי" למילים ולחן שלו ועיבוד של ניר 'אדוש' ריחני. לוי צילם גם קליפ לשיר בחולות דימונה, בהם הוקמה תפאורה של אוהלים בסגנון של כפר בדואי. את הקליפ ביים נהוראי חובב ביטון.
ב-15 ביולי 2011, יצא חידושו של לוי ל"שיר חייל" (לעיבוד והפקה מוזיקלית של נדב ביטון), שבוצע במקור על ידי שלמה ארצי באלבומו "דרכים" מתוך הפרויקט "שני צדדים למטבע", בו אומנים מהזמר המזרחי ביצעו חידושים לשירים מתוך הפופ והרוק הישראלי, ולהפך.
ב-2 באפריל 2012 הוציא לוי את הסינגל האחרון לפני צאתו של האלבום - "מזל טוב", למילים ולחן שלו, ועיבוד של ניר 'אדוש' ריחני.