בליל 5–6 בפברואר 1970 תקף הקומנדו הימי המצרי שוב בנמל אילת. להערכת המודיעין הימי, יצאה חוליית קומנדו ימי מצרי מחקל בסעודיה וחזרה לעקבה בירדן. החוליה המצרית הצמידה מוקשים לשני כלי שיט של חיל הים: אניית העזר 'אח"י בת גלים' טובעה ולנחתת אח"י בת שבע, שהצליחה לבצע החפה בחוף הצפוני, נגרם נזק. המצרים לא רצו לסבך את סעודיה ממנה יצאו ואת ירדן אליה חזרו, וגם כדי להסתיר את צורת הפעולה הודיעו כי נחתו בהרי אילת. צוללי היחידה עסקו בתיקון הנזקים.
בעת מלחמת ההתשה גבר החשש שקומנדו ימי מצרי יחבל בספינות חיל הים גם בנמלי חיפה ואשדוד. כל בוקר נבדקו בצלילה תחתית כל כלי השיט. בתחילה נעשו הצלילות על ידי אנשי מילואים משייטת 13 בהמשך הוחלט להכשיר כעשרה צוללים, מצוות כלי השיט עצמו, שיבצעו את הבדיקות. נוצר צורך בהכשרה כ-200 צוללי מים רדודים בשנה. יחידה 707 עמדה במשימת הכשרת צוללים למים רדודים בכמות הדרושה.
כניסה ללחימה במבצע סרג'נט.
לאור פשיטות קומנדו מצרי מזרחית לתעלה הצליח אלוף פיקוד דרום אריק שרון לשכנע את המטה הכללי לפעול נגד עמדות המצרים לאורך גדת התעלה. מבצע "סרג'נט" הוטל על לוחמי "סיירת שקד" בפיקוד דני רהב וולף ולוחמי יחידה 707 של חיל הים ותוכנן להתבצע בשתי נקודות חצייה מצפון לקנטרה, במרכז מערך מצרי מבוצר, מוקף בתעלות מים ובסבך סוף. על הלוחמים הוטל להשמיד עמדות, ולהרוג חיילים מצריים רבים ככל האפשר. רהב בחר 32 לוחמים והחל לבצע סדרת אימונים מזורזת. ב-13 במרץ 1970 הוקם חפ"ק מול נקודת החצייה ובשעה 15:00 הגיעו לאזורי הצליחה שני כוחות שכל אחד מנה 16 לוחמי "שקד", שישה לוחמי 707 וחוליה מגדוד ההנדסה הימית. בחצות חצו לוחמי יחידה 707 את התעלה בצלילה ועלו על הגדה המצרית. הם העבירו חבל בין שתי הגדות בעזרתו עברו לוחמי "שקד". סרן יואב גולן וסגן דני אנקר פיקדו על שתי החוליות של "שקד".
החצייה נמשכה כשעה והלוחמים נערכו לתנועה לעבר עמדות המצרים. לפתע נפתחה אש מעמדה מצרית שפגעה בשישה משמונה אנשי החוליה, ובהם המ"פ וסגנו. סמל משה באג'יו הסתער על העמדה וחיסל את כל אנשיה. לוחמי 707, שאבטחו את נקודת החצייה, רצו לנקודת ההיתקלות, ירו לעבר עמדות המצרים ופינו את הנפגעים לעבר גדת התעלה לשם הוזעקו סירות החילוץ. בנקודת הצליחה הדרומית נותרו שני לוחמי "שקד" וארבעה לוחמי 707 שהמתינו לכוח של דני אנקר. אנקר לא נתקל במצרים ושב על עקבותיו, כדי לסייע לכוח הצפוני. הוא הסתער על בונקר מצרי ונפצע.
הבעיה הראשונה שעמדה בפני הלוחמים בחציית תעלת סואץ הייתה התמודדות עם הזרם הצפוני החזק. גם כאן הגיעו הצוללים לנקודה צפונית מדי, בשל הזרם העז. מפקד הצוללים ניסה להקים קשר עם מפקד המבצע ומשלא נענה החליט לנוע דרומה על הגדה המצרית כדי לאתר את נקודת החצייה הנכונה. לאחר כמה דקות של הליכה אותרה הנקודה הנכונה. החבל נמתח וכוח הפשיטה של שקד עבר על סירות-הגומי. דקות ספורות לאחר תחילת התנועה צפונה התגלתה חוליית החוד על ידי מארב מצרי.
המצרים, שהסתתרו בעמדה מוגנת היטב פתחו באש מנשק קל, השליכו רימוני יד וירו במטול רקטות RPG. טווח הירי היה קצר וממכת האש הראשונה נהרג אחד הלוחמים. חמישה לוחמים נפצעו ובהם מפקד הפלוגה יואב גולן (לוי) וסגנו. ארבעת לוחמי 707, שאבטחו את נקודת החצייה, רצו במהירות לעבר הכוח הפגוע. לוחמי 707 ירו לעבר עמדות המצרים, פינו את הנפגעים על גבם עד לנקודת החצייה וירו זיקוק אדום לאוויר, שהחפ"ק לא הבין את משמעותו. אחד הלוחמים שחה לעבר הצד הישראלי של התעלה ודיווח לחפ"ק באופן אישי. לאחר שהתבררה חומרת המצב, תוך דקות הגיעו שתי סירות גומי לצד המצרי וחילצו את הנפגעים בשלושה סבבים. בין הלוחמים היה גם סרן דב בר שנמצא בקורס חובלים ונשלח על ידי מפקד חיל הים אברהם בוצר להתרשם מיחידה 707 כאשר טרם ידע שיפקד עליה בעתיד.
חיפוש סביב סירת הדיג 'אורית' שטובעה בטילים מצריים.
ב-13 במאי 1970, בשעה 23:00, טיבעה ספינת אוסה מצרית את ספינת הדיג אורית שעסקה בדיג שגרתי כשמונה מיל צפונה לימת ברדוויל. הספינה טבעה, רב-החובל והמכונאי הראשי נהרגו ושניים ניצלו. לאחר האירוע הובאו לאזור כמה צוללים של 707 ושל שייטת 13 כדי לחלץ את הגוויות. גווייה אחת נמצאה בתוך הספינה הטבועה והשנייה נסחפה לחוף. לצורכי המודיעין הימי, חיפשו הצוללים את שרידי טילי הסטיקס של המצרים, אולם לא היה נתון מדויק על מקום הנפילה וחרף ביצוע סריקה ארוכה לא נמצא דבר.
פגיעה מצרית נוספת בנמל אילת.
ב-15 במאי 1970 חדרו אנשי קומנדו מצריים פעם שלישית לנמל אילת. הגיע מידע מעקבה לפיו ראו את אנשי הקומנדו המצרים עולים על החוף וכי כנראה הוצמדו שוב מוקשים באילת. בסריקות לא נמצאו המטענים והם התפוצצו בשעות הבוקר. צולל אזרח נהרג. סיכום האירועים: ב-05:45 התקבלה הודעה בבסיס אילת שייתכן והיה פיגוע חבלנים באזור אילת. המידע התבסס על כך שחוליית צוללים נראתה יוצאת מהמים בחוף עקבה. עם קבלת ההודעה הוזנקו שתי ספינות סיור קטנות מסוג צרעה, לחסימת דרכי הנסיגה של הצוללים.
ב-06:00 בוצעה בדיקת תחתית שכללה גם את אח"י 'בת-גלים' השקועה אך לא נמצא דבר. ראש חוליית הצוללים באילת היה סגן שמואל שרון, שהודיע לצוללים האזרחיים להימנע מצלילה עד שהמצב יתבהר. ב-07:35 אירע פיצוץ במרחק של 8–10 מ' מהירכתים, בעומק של 15 מ', במרחק 25 מ' מהרציף. בפיצוץ נפגעו הצוללים האזרחיים שעסקו בהצפת 'בת גלים' ואחד מהם נהרג. ב-09:30 אירע פיצוץ שני באותו אזור. ב-17 במאי בוצע סקר באזור על ידי צוללי 707 ונמצא שבמקומות הפיצוץ נוצרו מכתשים בעומק של כ-120 ס"מ, באורך של כ-4 מטר וברוחב כ-2.5 ממטר; נמצאו חלקי לוחות פליז, כנראה ממעטפת המוקשים; לא נמצאו חלקי מנגנונים או ציוד אחר.
ישראל ראתה בחומרה את פעילות החבלה באילת והתגובה ניתנה ב-16 במאי 1970; במבצע קשת אווירי תקפו מטוסים את נמל 'ברניס' בים סוף וטיבעו משחתת סקורי וספינת טילים מדגם אוסה.
מבצע ויקטוריה.
לצורך תגובה חריפה על הצלחות מצריות ממזרח לתעלת סואץ הוחלט לפשוט ולהשתלט על גזרה של שלושה ק"מ ממערב לתעלה בסביבות הק"מ ה-13. הכוח העיקרי היו 130 לוחמי סיירת שקד. כעשרים מלוחמי 707 נבחרו להיות אלה שיתפסו ראש-הגשר, ברוחב של 250 מטרים ובעומק של כ-50 מטרים, כדי לאפשר את העברת כוח הפשיטה העיקרי. בגזרת ראש הגשר היו עמדות מצריות וברור היה כי ההשתלטות על הגזרה תהיה מלווה בקרב קשה.
כוחות נוספים שהוקצו למבצע היו: יחידת מפעילי סירות גומי של חיל ההנדסה, שהוכשרו על ידי מדריכים מיחידה 707, להעברת כוח הפשיטה, שלוש מחלקות שריון ככוח רתק ושתי סוללות ארטילריה, מטוסים ומסוקים לסיוע. ההתראה לביצוע הגיעה ליחידה 707 רק ארבעה ימים לפני מועד הביצוע המתוכנן. נבחרו עשרים לוחמים ובוצעו כמה אימוני צליחה עם שאר הכוחות. בוצע גם אימון לילה בנחל הקישון שכלל ניסוי צלילה ושחייה קבוצתית.
ב-11 ביוני 1970, בשעות הצהרים, התמקמו כל הכוחות על גדת התעלה. ההגעה הייתה חשאית ומדורגת ותצפיות של המצרים לא גילו את הכוח שהתמקם מאחורי סוללות החול, כל כוח ליד שלט שסימן את מיקומו. בשעה 19:00 החל ריכוך של הגזרה על ידי הפצצה של מטוסי חיל האוויר. ההפצצה הייתה המשך ישיר לעשרה ימי הפצצה, אך הפעם כוונה לגזרת הפעולה המתוכננת. ההפצצה, שכללה גם הטלת פצצות נפל"ם, הסתיימה בשעה 20:30 ומייד אחריה פתחו תותחי 105 מ"מ באש כבדה לעבר יעדים באזור החצייה.
תוך כדי ירי הטנקים, ירדו עשרים הלוחמים, בפיקוד שאול סלע, למי התעלה. הם לבשו חליפות צלילה שחורות ונשאו על גבם מכשירי צלילת אוויר. גם כאן הופעלה שיטת העברת הסירות באמצעות חבל. הלוחמים משכו אחריהם חבל ניילון ארוך שחוט טלפון חובר אליו. הם הגיעו לגדה המצרית בסביבות השעה 21:00. חוט הטלפון הקווי היה אחד מלקחי מבצע סרג'נט שבו היו בעיות תקשורת חמורות בין הכוחות משני צדי התעלה. כעת אפשר היה לשוחח בקשר קווי, שגם לא היה חשוף להאזנה. חבל הניילון נקשר ליתד מתכת שננעצה באדמה הבוצית.
בסיום הקרב סייעו לוחמי 707 בהעברת הנפגעים דרך גשר המזרנים ויצאו לשטח לחפש נעדרים. לאחר הגעת כל הכוח לשטח ישראל, וביצוע ספירה קפדנית, קיבלו לוחמי 707 אישור להתפנות, בסירות גומי, עליהן פיקד סרן דב בר, שהוזעק שוב מקורס החובלים כדי לסייע.
איתור שברי מסוק שאבד בים.
ב-8 ביולי 1971 נספו עשרה אנשי צוות כאשר מסוק של חיל האוויר התרסק בים בקרבת חוף פתחת רפיח, באזור צפון סיני. המסוק, ששב ממשימה מבצעית באזור תעלת סואץ, יצא לים בגובה נמוך באזור אל-עריש והחל לפנות צפונה לפני שפגע במים. חיל הים שלח למקום את אנשי שייטת 13 ואת יחידה 707 על ספינת טילים עם סירות גומי וציוד צלילה וחיפוש. נוצרה מעין תחרות בין היחידות. אנשי 707 הופעלו בשיטתיות על ידי שלמה לוי והצולל נדב סלע מצא חלקים מהמסוק. לפעולת החיפוש הייתה חשיפה גבוהה לצמרת צה"ל וסיומה המוצלח העלה את הערכת היחידה.
הכרה כיחידת קומנדו.
לוחמי 707 הפכו ליחידה לוחמת מבלי שאיש תכנן זאת מלכתחילה. גם שמה של היחידה שונה בהתאם. לא עוד יחידת צלילה הגנתית, אלא היחידה לחבלה ימית.