לאחר תבוסתו של הצבא היווני במלחמת יוון–טורקיה ב-1922 תפסה קבוצת מהפכנים בראשותו של ניקולאוס פלסטירס את השלטון והגלתה שוב את המלך. בנו של קונסטנטינוס ירש אותו והוכתר בתור גאורגיוס השני, מלך היוונים. אנדראס, ששירת כמפקד הגיס השני של הצבא היווני במהלך המלחמה, נעצר, נשפט ונידון לגלות. משפטו של אנדראס היה חלק מ"משפט השישה", מאסר, הרשעה בדבר בגידה והוצאה להורג של שישה קצינים בצבא, ממתנגדי וניזלוס, שהואשמו בהיותם האחראים למפלה הצבאית במלחמת יוון-טורקיה, שמחקה את כל שאיפותיה הטריטוריאליות של יוון באסיה הקטנה. אנדראס, אליס וילדיהם עזבו את יוון על ספינת קרב של הצי הבריטי והתיישבו בצרפת, שם גיסתם, מארי, נסיכת בונפרטה, השאילה להם בית בפאתי פריז.
גלות שנייה, מחלה ודת.
למשפחתה של אליס לא היו אמצעים כלכליים עם גירושם מיוון, והם הסתמכו על תמיכה כלכלית של בית המלוכה הבריטי ושל הנסיכה מארי בונפרטה. בצרפת עזרה אליס לפעילויות צדקה עבור פליטים יווניים והתקרבה מאוד אל הדת. בהזמנת כריסטופר, נסיך יוון, ורעייתו האמריקאית, ביקרו אליס ומשפחתה בארצות הברית ב-1923. הזוג המלכותי השתתף בסדרת טקסים דתיים שנערכו לכבודם ולכבוד המלוכה היוונית בכלל, שעיקרם נערכו בארצות הברית ובקוויבק בקנדה.
במרץ 1924 נפלה המלוכה היוונית, בעקבות הדחתו של גאורגיוס השני הוכרזה הקמתה של הרפובליקה ההלנית השנייה. אנדראס העלה את חמת אפה של הממשלה הרפובליקנית באתונה כאשר השכיר אחוזה מטעמו עבור אחיה הצעיר של אליס, לואי מאונטבאטן.
אליס פתחה חנות מלאכה של חפצים יקרי ערך מיוון ברובע השמיני של פריז ושלחה את עיקר ההכנסות למשפחות של פליטים יוונים מאסיה הקטנה. אליס, שתמכה ברסטורציה של המלוכה, עקבה אחר ההתפתחויות הפוליטיות ביוון עצמה, וב-1926 נערכו בחירות פרלמנטריות ביוון והמפלגה העממית הפרו-מלוכנית החדשה השיגה 60 מושבים (מתוך 286) בפרלמנט. אליס פעלה לקדם את הבחירה של בעלה לנשיא יוון ודרך כך השבת המלוכה. אליס גם תרגמה לאנגלית את ספר הזיכרונות של אנדראס מתקופת שירותו הצבאי ופרסמה את הספר ב-1930 תחת הכותרת "לעבר אסון".
ב-20 באוקטובר 1928 הצטרפה לכנסייה היוונית-אורתודוקסית ומעט לאחר מכן החלה לטעון שהיא מקבלת מסרים מאלוהים ושיש לה כוחות ריפוי. אף שכלפי חוץ נדמה היה כי אליס ואנדראס נהנים מזוגיות יציבה, במהלך שנות ה-20 של המאה ה-20 קיימו שניהם יחסים רומנטיים מחוץ לנישואים. העוול ואי-השקט הנפשי בעקבות המשבר בחיי הנישואים שלה השפיעו על אליס בפנייתה לעבר האמונה. באותה העת החלה לטעון כי היא מדברת עם רוחות וכי עברו עליה חזיונות שמיימים. הנסיכה מארי נפוליאון, שהייתה תלמידה של זיגמונד פרויד, המליצה למשפחה לקחת את אליס לטיפול פסיכיאטרי ברפובליקת ויימאר.
בברלין טופלה אצל ד"ר ארנסט סימל, נוירולוג ופסיכואנליטיקאי. לאחר שמונה שבועות של טיפול ממושך החליטה אליס לעזוב את הקליניקה באמצע הטיפול ושבה למשפחתה בצרפת. כאשר המשיכו החזיונות שלה החליט בעלה כי יש לאשפז אותה גם נגד רצונה. היא אושפזה בכפייה בקליניקה של ד"ר לודוויג בינסוואנגר (שהיה מקורב בתורתו הטיפולים לקרל גוסטב יונג), בקרויצלינגן, ואובחנה כסובלת מסכיזופרניה פרנואידית. מרבית שנות ה-30 עברו עליה באשפוז פסיכיאטרי, במהלכן התרחקו היא ובעלה זו מזה.
בשנים 1930–1931 נישאו כל ארבע בנותיה לנסיכים גרמניים, אך היא לא השתתפה באף אחת מחתונותיהן, ובשנת 1936 עבר הנסיך פיליפ לגור בבריטניה אצל דודיו, לואי מאונטבאטן וג'ורג' מאונטבאטן, וסבתו ויקטוריה. בהיות אליס אומללה בקרויצלינגן, הסכימה אמה ויקטוריה, נסיכת הסן, להעביר אותה למרפאה טיפולית אחרת. בעצת אלנה, נסיכת מונטנגרו ומלכת איטליה, הועברה ב-1932 לבית הבראה במילאנו, שם השתפרה בריאותה הנפשית, אך מכיוון שעדיין הרגישה נבגדת, החליטה לנתק את קשריה עם כל משפחתה מלבד אמה.
שיבה ליוון ומלחמת העולם השנייה.
התאוששות ושיבה ליוון.
בינואר 1933 עברה לכפר דייגים לחופי הים הליגורי בפרברי ג'נובה. במשך ארבע שנים עברה בסדרת טיולים בין ג'נובה, טורינו, בזל, מיינץ וסביבות קלן בחבל הריין. בנובמבר 1936 עברה הנסיכה לגור עם משפחתו של ריינהולד מרקוויץ, עורך דין לשעבר וחבר המפלגה הסוציאל-דמוקרטית של גרמניה שאיתו התיידדה. בהדרגה התחברה אליס מחדש עם בני משפחתה והקשר עמם חודש. בתחילת 1937 פגשה לראשונה מזה שנים רבות את בתה ססיליה ובנה פיליפ בארוחת צהריים בבון. במהלך השנה נפגשה עם שאר ילדיה ורבים מבני משפחה.
ב-1937 נהרגה בתה ססיליה בתאונת מטוס יחד עם בעלה ושני בניה בעת שהייתה הרה. אליס השתתפה בלוויה, שם פגשה לראשונה מזה שש שנים את בעלה אנדראס. לאחר ההלוויה חידשה לגמרי את הקשר עם בני משפחתה. היא עברה בין מספר מקומות מגורים עד נובמבר 1938, אז חזרה לבדה לאתונה, לאחר השבת מלכות גאורגיוס השני תחת הרודנות של ראש הממשלה יואניס מטאקסס, על מנת לעזור לנזקקים. אליס ניסתה לבסס מחדש את אחריותה האימהית לנסיך פיליפ הצעיר ולהחזיר אותו ליוון, אולם אחיה לואי כבר הכיר לנסיך את זוגתו לעתיד, אליזבת, והוביל אותו לקראת עתיד צבאי בבריטניה.
באתונה התגוררה אליס בדירה קטנה לא הרחק ממוזיאון בנאקי. אנדראס לא שילם לה כספים ובמשך שנים חיה הנסיכה מקצבה שהעניקה לה גיסתה, אדווינה אשלי. מרוצה ממצבה החדש, עדיין נאבקה להתרגל לדרישות חייה כאשת אצולה בחצר מלוכה.
כיבוש יוון והצלת יהודים בשואה.
במהלך מלחמת העולם השנייה הייתה אליס צריכה להתמודד עם העובדה שבנותיה היו בצד הגרמני בעוד שבנה שירת בצי הבריטי. כמו ב-1914, המלחמה פילגה את המשפחה. בעוד שיוון הכריזה על נייטרליות, פיליפ הלך בעקבות משפחת מאונטבאטן והצטרף לצי המלכותי הבריטי. ארבעת חתניה של אליס מצידם התגייסו לשורות הוורמאכט. אליס הצליחה לשמור על קשר עם בנותיה באמצעות שגריר גרמניה הנאצית באתונה, שהיה לא אחר מאשר בן דודה, הנסיך ויקטור ארבך-שנברג. בין אוקטובר לנובמבר 1939 שב אנדראס ליוון. בקיץ 1940 ביקרה את בנותיה בשווייץ הנייטרלית.
באוקטובר 1940 פרצה מלחמת איטליה–יוון בעקבות התוקפנות האיטלקית, ועם התערבות גרמנית החלה המערכה על יוון. יוון כולה נכבשה והוטל עליה כיבוש צבאי מר עם ממשלת בובות חסרת סמכות. בעקבות הניצול של יוון, משאביה ותושביה, פרץ הרעב הגדול, שהרג בסביבות עשרה אחוזים מכלל האוכלוסייה לאורכה של המלחמה. אליס וגיסתה, אלנה התגוררו באתונה בעוד שרוב שאר משפחת המלוכה היוונית חייתה בגלות בדרום אפריקה. על אף הכיבוש, אליס המשיכה לקבל קצבת פנסיה ממשפחת מאונטבאטן. ביולי 1941 אליס עזבה את דירתה הקטנה ועזרה בהכנת מנות אוכל בחינם לאזרחים מורעבים באתונה. היא גם ארגנה שרתי בריאות ברחבי העיר ולקחה יתומים רבים תחת חסותה. אליס עבדה עבור הצלב האדום השוודי והשווייצרי, עזרה לארגן בתי תמחוי ובתי יתומים עבור האוכלוסייה הענייה ואף טסה לשוודיה על מנת להביא משם ציוד רפואי תחת מסווה של ביקור אצל אחותה, לואיז, שהייתה נשואה לנסיך הכתר השוודי.
במהלך החורף הראשון של הכיבוש, אליס ירדה במשקלה ב-26 קילוגרם לנוכח המחסור באוכל. הכוחות הגרמניים הכובשים ביוון הניחו שאליס היא פרו-גרמנית, שכן אחד מחתניה, כריסטוף, נסיך הסן, היה חבר במפלגה הנאצית ובוואפן אס אס, בעוד שחתן שני, ברטולד, מרקיז באדן לחם בצבא הגרמני ונפצע בצרפת ב-1940. למרות קשרים משפחתיים אלו, כאשר ביקר אותה קצין גרמני ושאל אותה אם הוא יכול לעשות משהו בשבילה, היא ענתה לו כי הוא יכול להוציא את חייליו ממדינתה. אליס זועזעה ממחזות שואת יהודי יוון.
בתקופת הכיבוש הנאצי חיו באתונה אלפי יהודים שחיפשו מחסה מהגסטפו, שגירש 60,000 מתוך 75,000 יהודי יוון למחנות ההשמדה. באותה התקופה החביאה אליס את האלמנה היהודייה רחל כהן יחד עם שניים מחמשת ילדיה. בעלה של רחל, חיימקי כהן, שירת את המלך גאורגיוס הראשון בשנת 1913, ובתמורה הבטיח לו המלך כל עזרה שיצטרך. אליס כיבדה את ההבטחה של חמיה והצילה את משפחת כהן מידי הנאצים.
בינואר 1944 חזרה אליס לגרמניה הנאצית כדי לטפל בבתה סופיה, שזה עתה התאלמנה ושעמדה אז ללדת בת. בדאגה רבה לגבי בתה הצעירה (שגיסתה וגיסה נעצרו זה עתה בהוראת היטלר), נשארה הנסיכה היוונית בפרידריכסהאפן עד אפריל 1944, אז שבה לאתונה. עוד ב-1944, כששוחררה יוון מידי הגרמנים, ביקר את אליס ראש הממשלה לעתיד של בריטניה, הרולד מקמילן, שדיווח כי היא חיה בתנאים צנועים ואף מוזנחים. לאחר מכן, התעקש עם הנסיכה לברר אם היא צריכה משהו ובסופו של דבר הוא זיהה ש"יש לה מספיק לחם" אבל אין לה שום אוכל מלבד כך, "לא סוכר, תה, קפה, אורז או קופסאות שימורים". כאשר שלח מקמילן אוכל לנסיכה, פרצו אנשי סגל המעון בבכי, כי בני הבית גוועו ברעב ולא אכלו בשר במשך חודשים רבים.
למרות עזיבתם של הגרמנים, המלך גאורגיוס השני ומשפחתו לא הורשו לחזור ליוון. בתקופת הכיבוש התפתחה המפלגה הקומוניסטית במידה ניכרת במדינה ורבים בה ובקרב תומכיה רצו להכריז על הקמת רפובליקה. לאחר השחרור לחמו מהפכנים קומוניסטים בבריטים על השליטה באתונה במסגרת אירועי דצמבר. במהלך קרבות אלו קיבלה אליס את ההודעה על מותו של בעלה במונקו, אותו לא ראתה מאז שנת 1939 בשל המלחמה. למרות התנגדותם של הבריטים, המשיכה אליס להסתובב ברחובות העיר ולחלק אוכל לנזקקים גם בזמן הקרבות.