ז'ואאו, נסיך פורטוגל משל בממלכה כעוצר מאז הוכרזה אמו מריה הראשונה, מלכת פורטוגל כבלתי שפוייה בשנת 1792. עם פלישת כוחות נפוליאון, פעל ז'ואאו במהירות להעברת כל בית המלוכה לברזיל. בין ה-25 בנובמבר ל-27 בנובמבר 1807 יצאו כעשרת אלפים עד חמישה עשר אלף בני אדם על סיפונן של אניות פורטוגליות, לכיוון ברזיל, כשעליהן מגינות אוניות מלחמה בריטיות. כל המנגנון הבירוקרטי של הממלכה יצא אל המושבה הרחוקה, ובכללו שרים, יועצים, שופטים, פקידים, קציני צבא וצי ואנשי כמורה. הם לקחו עימם את אוצר הממלכה, את הגנזך, בית דפוס שלם וכן כמה ספריות שהיו עתידות להיות הבסיס של הספרייה הלאומית בריו דה ז'ניירו.
מיד אחר הגיעו לחופי ברזיל, הורה ז'ואאו על פתיחת נמלי הים של ברזיל למדינות ידידותיות (למעשה, כמעט אך ורק בריטניה). בכך בא הקץ למעשה על השיטה הקולוניאליסטית שנמשכה שלוש מאות שנה, ושבה שועבדה ברזיל כמושבה פורטוגלית בלבד. עם הגיעו לריו דה ז'ניירו, ביטל ז'ואאו תקנות שונות שנועדו לחזק את התעשייה המקומית ולהפוך אותה למודרנית יותר.
הכתר הפורטוגלי היה תלוי למעשה בבריטניה, ומשום כך זכתה בריטניה בסדרה של הסכמי סחר בתנאים מוטבים, והסחר בין ברזיל לבריטניה זכה למעשה להעדפה על פני הסחר עם פורטוגל. כמו כן זכתה בריטניה בהסכמים האלה להבטחות מעורפלות מצד פורטוגל לצמצום הסחר בעבדים, שדומות להן ניתנו גם בקונגרס וינה. דום ז'ואאו שלח שתי משלחות צבאיות לבנדה אוריינטל, שהבטיחו את בעלות פורטוגל על האזור, שסופח רשמית ב-1821.
בואה של משפחת המלוכה לריו דה ז'ניירו קידם מאוד את חיי התרבות בעיר. התחילו להופיע עיתונים וספרים, ונפתחו תיאטראות וספריות. אוכלוסיית העיר הוכפלה ל-100,000 איש בזמן שהייתו של ז'ואאו השישי בעיר. רבים מן התושבים החדשים היו מהגרים מארצות אירופאיות שונות. כן התיישבו בברזיל מדענים רבים, בעיקר חוקרי טבע.
ישיבת בית המלוכה בברזיל הביאה גם למתחים רבים, בעיקר בין הפורטוגלים שזה מקרוב באו (במיוחד בשורות הצבא) לבין אלו שנולדו בברזיל. בצפון מזרח ברזיל, בפרנמבוקו, פרץ מרי המוני במרץ 1817, שהקיף שכבות אוכלוסייה רבות, בגלל תחושות קיפוח של תושבי האזור ביחס לריו דה ז'ניירו. המרי הזה קיבל ממדים של הפיכה, כאשר מנהיגיו כבשו את העיר רסיפה והקימו בה ממשלה זמנית והכריזו על הקמת רפובליקה. המרי התפשט בכל מחוזות הספר, אך הכוחות הפורטוגליים השתלטו עליו בחודש מאי, והוציאו להורג את מנהיגיו.
איש לא העלה בתקופה זו בדעתו שברזיל קרובה לעצמאות. המרד בפרנמבוקו דוכא, ובית המלוכה ביקש לאחד את פורטוגל וברזיל לממלכה אחת. עם תום מלחמות נפוליאון ב-1814 בתבוסת נפוליאון, לא הייתה עוד סיבה להישארות בית המלוכה בברזיל. אלא שז'ואאו החליט להישאר ובדצמבר 1815 הכריז על הממלכה המאוחדת של פורטוגל, ברזיל ואלגרבש. עם מותה של אימו המלכה הומלך הנסיך העוצר ז'ואאו על הממלכה הזו, ונקרא המלך ז'ואאו השישי.
הפיכה ליברלית בפורטוגל.
ב-20 במרץ 1816 מתה מריה הראשונה, מלכת פורטוגל, וז'ואאו עלה במקומה לשלטון, אולם רק ב-6 בפברואר 1818 התקיים טקס ההכתרה. מכיוון שז'ואאו לא מיהר לשוב לפורטוגל, שלט בה מפקד הצבא הבריטי ויליאם קאר ברספורד כדיקטטור צבאי. ב-24 באוגוסט 1820 פרצה בפורטוגל המהפכה הליברלית שניצלה את עובדת היעדרותו של ויליאם קאר ברספורד עקב נסיעתו לברזיל, והחלה התקוממות צבאית בעיר פורטו נגד המלוכה האבסולוטית של פורטוגל. התביעה למנות מליאה פרלמנטרית שתנסח חוקה לפורטוגל, התפשטה במהירות וללא גילויי התנגדות לשאר חלקי הארץ, וזאת למרות ניסיון המלוכה לדכא את התנועה, וב-15 בספטמבר הצטרפה גם ליסבון למהפכה. הממשל של ויליאם ברספורד הוחלף על ידי חונטה זמנית שמטרתה הייתה לארגן בחירות לקורטס. בקורטס שהתכנס ב-1 בינואר 1821 נבחרו כחברים נציגים מכל קצוות האימפריה הפורטוגזית.
גם בברזיל נודעו להפיכה בפורטוגל השלכות, ומרידות מקומיות פרצו בבלם ובסלבדור. עתה התבררו המחנות השונים בשאלת חזרתו של המלך לפורטוגל. ה"סיעה הפורטוגלית" ביקשה להחזיר את המלך ולכונן מחדש את המשטר הקולוניאלי והיה בה רוב לילידי פורטוגל. ה"סיעה הברזילאית" הורכבה מבעלי אינטרסים שונים, בעיקר מסחריים, וביקשה להשאיר את בית המלוכה בברזיל.
עצמאות ברזיל.
הפרלמנט הפורטוגזי דרש מז'ואאו השישי לחזור מיד לפורטוגל. לפני חזרתו באפריל 1821, מינה המלך את בנו פדרו כעוצר על ממלכת ברזיל. צעד זה לא נשא חן בעיני חברי הפרלמנט, אשר גרסו שאכיפת הריבונות על שטחי האימפריה צריכה להתבצע משטחי פורטוגל באירופה. בנוסף, נדרש פדרו לחזור לאירופה, על מנת להמשיך בה את תהליך הכשרתו למלוכה. 65 חברי הפרלמנט הברזילאים מחו כנגד דרישה זו ובתגובה נטשו את הפרלמנט בפורטוגל וחזרו לברזיל. ב-7 בספטמבר 1822, הגיעה לידיו של פדרו בברזיל הודעה נוספת בנושא מאת הפרלמנט. הדבר הוביל אותו להכריז על עצמאותה של ברזיל ועל עצמו כקיסר הראשון שלה, באירוע שנודע לימים כזעקת איפירנגה. באותה שנה אושרה בפורטוגל החוקה, שנוסחה ברוחה של החוקה הצרפתית (1791), שקידשה הפרדה בין הזרוע המחוקקת, הזרוע המבצעת והזרוע השופטת, וייחסה למלך תפקיד סמלי בלבד. הגה השלטון עבר לידי פרלמנט חד-אגפי, שחבריו נבחרו בבחירות ישירות, ובידיו השליטה הבלעדית בחקיקה.
בשנת 1825 קיבל ז'ואאו את התואר "קיסר ברזיל", בתמורה להכרתו בעצמאות ברזיל, וב-10 במרץ 1826 מת ז'ואאו השישי בליסבון. בשנת 1990 נתגלו בגופתו שרידי ארסן, מה שמחזק את הטענות שז'ואאו נרצח על ידי מתנגדיו. לאחר מותו החלה בפורטוגל מלחמת ירושת הכתר. ז'ואאו השישי מת בשנת 1826, ופדרו הומלך כמלך פורטוגל פדרו הרביעי. אלא שהוא סירב לעזוב את ברזיל ולשוב לפורטוגל, ואחותו איזבל מריה, נסיכת פורטוגל שלטה בממלכה כעוצרת. הממלכה, שחוקתה משנת 1821 בוטלה עוד בידי ז'ואאו השישי, קיבלה עתה מידי פדרו חוקה חדשה, שנודעה כ"צ'רטה" של שנת 1826. העוצרת איזבל מריה ומקורביה לא ראו בעין יפה את מתן החוקה וניסו למנוע את כניסתה לתוקף.
פדרו, שמלך עתה בשתי ממלכות, לא הצליח לאחד אותן, והניסיון למשול בשתיהן לא עלה יפה. בפורטוגל לא קיבלו בעין יפה מלך היושב בברזיל, ואילו בברזיל הושמעה ביקורת על התעסקותו של פדרו בבעיותיה של פורטוגל. לבסוף היה על פדרו לבחור בין ברזיל לפורטוגל, והוא בחר בראשונה. לאחר חודשיים בלבד כמלכה של פורטוגל ויתר על תוארו הזה במאי 1826.
לפני התפטרותו מן המלוכה הקפיד להסדיר את סוגיית יורשיו. בפורטוגל נועדה להחליפו בתו הבכורה מריה השנייה, ובברזיל, לאחר מותו, אחד מבניו. מכיוון שאחותו איזבל מריה לא עמדה בדרישות תפקיד העוצרות בפורטוגל, החליף אותה באחיו מיגל, שהיה כאמור בגלות בווינה, כעוצר הממלכה במקום בתו הקטינה. הוא תכנן שכאשר מריה תתבגר, ישא אותה מיגל לאישה, כך שיוכלו למלוך ביחד על פורטוגל, ושני הענפים היריבים של בית ברגנסה ישלימו זה עם זה.
בווינה אף נערכה חתונה שלא בנוכחות הצדדים. מריה, הקטינה, אשר הייתה עד אז בחצר אביה בריו דה ז'ניירו, נסעה לווינה, שם הייתה אמורה להשלים את חינוכה בחצר הקיסרית. מיגל, שנשבע בינתיים אמונים לאחיו פדרו ולאחייניתו מריה וכן לחוקת 1826, התייצב נגד משטרה המלוכני החוקתי של מריה השנייה וניסה לכפות משטר אבסולוטי. כתוצאה מכך פרצו בפורטוגל המלחמות הליברליות, בין תומכי מיגל לתומכי מריה. מששמע על כך פדרו, התפטר מתפקידו כמלך ברזיל, המליך את בנו בן ה-5 פדרו בברזיל, ובא לליסבון על מנת לסייע לבתו מריה בתפיסת השלטון.
בזמן שפדרו היה קיסר להלכה, אך לא למעשה, שלטו בשמו שורה של עוצרים ואפוטרופסים, וביניהם המהפכן ז'וזה בוניפסיו דה אנדרדה, שהיה שותפו של פדרו הראשון בהכרזת עצמאותה של ברזיל, והכומר דייגו אנטוניו פייז'ו. את הארץ זעזעה מלחמת אזרחים, שפרצה במדינת ריו גראנדה דו סול, והגיעה עד להכרזת רפובליקה נפרדת בשם "ריו גראנדי". נראה היה כי הפתרון היחיד למצב הוא הענקת מלוא הסמכויות לפדרו הנער. בשנת 1840, בטרם הגיע לבגרות, הכריז עליו הפרלמנט הקיסרי כקיסר בעל סמכויות מלאות. משטר העוצרים בוטל, והקיסר דום פדרו השני הוכתר ברוב עם ב-18 ביולי 1841.
הקיסר הליברלי.
פדרו השני שלט בברזיל במשך 49 שנים תחת הסיסמה "União e Indústria" - "אחדות ותעשייה". בתקופתו ראתה ברזיל את ראשית התיעוש שלה, את הדרכים הסלולות הראשונות, את הרכבות הראשונות, את כבל הטלגרף התת-ימי, ואף את הטלפון. קשריו הטובים באירופה הביאו לברזיל משקיעים, וכן מהגרים רבים מארצות אירופה השונות, ובמיוחד מגרמניה ואיטליה. פדרו השני אהב את החידושים הטכנולוגיים, ושאף להביאם לארצו. בשנת 1876 נסע לתערוכה הגדולה שהתקיימה בפילדלפיה לרגל מלאת מאה שנים לעצמאותה של ארצות הברית. שם פגש באלכסנדר גרהם בל, והיה לברזילאי הראשון אשר דיבר במכשיר הטלפון. בתחילה אמר אל תוך האפרכסת את מילותיו של שייקספיר מהמחזה המלט - "להיות או לא להיות", ואז קרא בקול - "הדבר הזה מדבר!".
בתקופתו הייתה ברזיל מעורבת במספר מלחמות. אל מלחמת הברית המשולשת נכנסה ברזיל לאור החשש ממדיניותו ההרפתקנית והמסוכנת של הרודן מפרגוואי פרנסיסקו סולנו לופז. לופז פתח במלחמה כנגד ברית שכללה את ברזיל, אורוגוואי וארגנטינה, ואף פלש לשטחיה של ברזיל. המלחמה, שנמשכה בין 1865 ל-1870 הסתיימה בניצחון הברית המשולשת ובהשמדת צבאו של לופז.
פדרו השני היה ליברל. הוא נקט בצעדים לסיום העבדות. העבדות בוטלה בשלבים, שכן האלמנטים השמרניים בחברה הברזילאית, בעלי מטעי הקפה והסוכר הגדולים, היו מתומכי העבדות.