בשנת 1990 רכשה חברת שיכון עובדים את מלוא הבעלות על חברת "מרכז כלל ירושלים בע"מ" מידי חברת "אזורים" והודיע על תחילת הקמת שלב ב' שיכלול שני בניני משרדים, ולא מלון כפי שתוכנן במקור. פרויקט זה, הפונה לרחוב אגריפס, הושלם לקראת סוף שנות ה-90, ושווק כ"קניון בריאות" עבור מרפאות ועסקי בריאות.
בשנת 1993 נכנסה חברת "שיכון עובדים" לשותפות עם הקבלן מרדכי אביב להקמת השלב השלישי של המרכז. פרויקט זה הוקם בחלקו המזרחי של המתחם, בפועל כפרויקט נפרד לחלוטין בשם "חלון לירושלים", אף על פי שהוא צמוד ועם קיר משותף למרכז כלל. במקום הוקמו שני מגדלי דירות, בני 22 ו-18 קומות מעל מתחם מסחרי. ב-1998 רכשה מכבי שירותי בריאות שתי קומות בפרויקט לטובת הקמת מרפאה. זמן קצר לאחר סיים הבנייה, רכשה חברת מרדכי אביב את כל השטחים המסחריים והמשרדים הפנויים בפרויקט.
בשנת 1994 נסגר קולנוע "כפיר", בשנת 1998 הושכר לטבת הקמת אולם אירועים. וב-2001 מכר אותו משה דדש לארגון נוצרי אוונגליסטי שרצה להקים בו אולם כנסים, אך האולם נותר נטש מאז.
ב-11 ביוני 2003 התפוצץ מחבל מתאבד, סמוך למרכז כלל בתוך אוטובוס מס' 14, רצח 17 אזרחים ופצע עשרות.
ב-23 ביולי 2013 ירה מאבטח למוות באב ובתו בעלי משרד עורכי דין בבניין, עקב סכסוך כספי.
התחדשות מרכז כלל.
מאז 2014 הבניין עובר תהליך התחדשות בהובלת קהילת מוסללה ובשיתוף בעלי העסקים וחברת הניהול של הבניין - "מיקדן". כל שטח הקומה העליונה של המרכז המסחרי הפך למתחם הנקרא ״המרפסת: נווה מדבר עירוני״ שמושך אליו קהלים חדשים, תושבי ירושלים ותיירים. והגג משמש גם כמרחב ציבורי עם גינון.
קהילת מוסללה הגיעה לבניין בעקבות קורס שנערך בתוכנית לימודים של מכללת דוד ילין בירושלים. הסטודנטים התבקשו ליצור בשיתוף פעולה, כאשר שניים מהסטודנטים בחרו ליצור בשיתוף עם בניין כלל. בהמשך עבר כל הקורס אל הבניין, נוצרו יצירות אמנות ראשונות בבניין וחיבור בין אמנים ואנשי העסקים.
בינואר 2020 חנכה משטרת ירושלים תחנת משטרה בבניין, בשם מרכז שירות חרדי (מש"ח), המעניקה שירותי משטרה וקהילה לציבור החרדי בירושלים.
בניין כלל
אדריכלות ימי הביניים
אדריכלות ימי הביניים היא פרק מרכזי בהיסטוריה של אדריכלות המערב הכולל מספר סגנונות אדריכליים ועקרונות של תכנון ערים שאפיינו את הבנייה באירופה מנפילת האימפריה הרומית ועד ניצני הרנסאנס. משהתמוטטה האימפריה הרומית ותרבות אירופה וכלכלתה הלכו והידרדרו אל "חשכת ימי הביניים", גם האדריכלות המפוארת שאפיינה את התקופה הקלאסית ירדה מקרנה. מקצועות אוּמנות שהיו קשורים בתחום הבנייה נשכחו, וכך גם הלכו ונשתכחו מלאכת העיטורים הקלאסיים ושיטות הבנייה, בהן השתמשו היוונים והרומאים. חמש מאות השנים הראשונות של ימי הביניים במרכז אירופה התאפיינו בבנייה מועטה יחסית שכללה, מלבד הבנייה העממית, בעיקר בנייה של טירות ומבצרים. מבני ציבור שונים, כגון כנסיות, נבנו כמבצרים והתאפיינו במסות אבן נטולות עיטורים ובמיעוט פתחים, אשר נתנו מענה לצורך בהגנה. החל מהמאה ה-11 לערך החלה התעוררות באדריכלות, עם התפתחות סגנון הרומנסק ואחריו הסגנון הגותי, שהגיע לשיאו במאה ה-13. בדרום מזרח אירופה ובמזרח הים התיכון התפתחה האדריכלות הביזנטית, בעיקר בימי הביניים המוקדמים. הסגנון הביזנטי היה המשך ישיר של הסגנון הרומי, אך סגנון זה התנוון יחד עם האימפריה הביזנטית במהלך ימי הביניים.
מבחינה אורבאנית, התאפיינה הבנייה בערי ימי הביניים בדפוסים קבועים שנבעו ממבנה החברה הפיאודלית והשלטון ומרוח התקופה, שהשפעת הכנסייה עליה הייתה מכרעת.
סגנונות אדריכליים בימי הביניים.
סגנונות הבנייה בימי הביניים התבססו על האדריכלות הקלאסית אך היו שונים ממנה במידה רבה. כהמשך לאדריכלות הרומית התפתחה האדריכלות הביזנטית באזור מזרח הים התיכון, ובמקביל התפתח סגנון הרומנסק בצרפת ובצפון ומערב אירופה החל מראשית המאה ה-11. סוף ימי הביניים במרכז ובמערב אירופה התאפיינו בסגנון הגותי. שלושת סגנונות אלו היו הסגנונות העיקריים באירופה בתקופה זו, אך היו כמה סגנונות בנייה וזרמים משניים ומקומיים נוספים במסגרת סגנונות עיקריים אלו.
אדריכלות ביזנטית.
האדריכלות הביזנטית התפתחה מתוך האדריכלות הרומית ואפיינה את הבנייה של האימפריה הביזנטית באזור מזרח הים התיכון מן המאה ה-4 ועד שלהי ימי הביניים. חלק נכבד מהאדריכלות הביזנטית נמצא בעיר איסטנבול אשר נקראה בעבר קונסטנטינופול והייתה בירת האימפריה. סגנון זה הוא למעשה הסגנון הראשון, שבו התפתחה תפישה חדשה לאדריכלות הדת הנוצרית; עד אותה תקופה, הכנסיות הנוצריות המוקדמות שנבנו היו וריאנטים של מבנים רומיים ללא חידוש משמעותי. רוב הכנסיות הביזנטיות מאופיינות בצורה של "תוכנית צלב יווני" שמעל מרכז הכנסייה בנויה כיפה על פנדנטיבה.
הדוגמה הטובה ביותר לסגנון זה היא כנסיית אגיה סופיה שבקונסטנטינופול וקיימות דוגמאות רבות נוספות בכל רחבי טורקיה, יוון והלבנט.
רומנסק.
סגנון הרומנסק התקיים במאה ה-11 והמאה ה-12 וניסה להחיות את סגנון הבנייה הרומי, אשר נשתכח במאות השנים שעברו מאז נפילת האימפריה הרומית. הסגנון התאפיין בבנייה מאסיבית מאוד ובקישוטיות מעטה יחסית לסגנונות עתיקים אחרים. בנייה בסגנון הרומנסק מצויה בעיקר באזור צרפת ובמסלול העלייה לרגל לסנטיאגו דה קומפוסטלה שבצפון ספרד.
אדריכלות נורמנית.
האדריכלות הנורמנית הייתה המשך של הרומנסק והכילה אלמנטים אדריכליים שמאוחר יותר יובאו לכדי בשלות באדריכלות הגותית. אדריכלות זו כללה קמרון צלעות ושימוש חלקי בקשת מחודדת. החזיתות הנורמניות השפיעו על חזית בזיליקת סן-דני. האדריכלות הנורמנית התבטאה לצד מבני דת גם בטירות וביצורי אבן.
גותיקה.
האדריכלות הגותית היא סגנון האדריכלות הנפוץ באירופה בשלהי ימי הביניים (החל מסוף המאה ה-12). הגותיקה, יותר מכל סגנון, ייצגה את רוח ימי הביניים - עליונות הכנסייה והדת וחוסר החשיבות של האדם ושל החיים הגשמיים. סגנון הבנייה התאפיין במבנים מפוארים ותמירים, בבנייה אוורירית וקלה לגובה, בחלל פנימי מלא באור מיסטי שניכנס דרך חלונות מזכוכית צבעונית, בריבוי קישוטים, בפרופורציות גבוהות מאוד של בנייה והדגשת הקו האנכי.
הסגנון הגותי החל להתפתח בפריז והתפתח גם לשאר חלקי צרפת, לאנגליה ולמרכז ולמערב אירופה. הסגנון נקרא תחילה "הסגנון הצרפתי" על שם מקורו וכונה "גותי" על ידי איש הרנסאנס ג'ורג'ו וזארי ככינוי מעליב שניסה לתאר את הברבריות של אדריכלות זו. דוגמאות בולטות ל הן קתדרלת נוטרדאם דה פארי, קתדרלת שארטר וקתדרלת ריימס בצרפת; קתדרלת קנטרברי, קתדרלת לינקולן וקתדרלת יורק באנגליה; קתדרלת פרייבורג, בית המקהלה של קתדרלת קלן וקתדרלת אולם בגרמניה; קתדרלת בורגוס וקתדרלת סביליה בספרד.
אדריכלות איסלאמית.
תרבות האסלאם פרחה מאוד בתקופת ימי הביניים האירופיים, ועמה גם האדריכלות האסלאמית. במקביל לאדריכלות באירופה התפתחה בימי הביניים האדריכלות האסלאמית בכל אזור המזרח התיכון, צפון אפריקה, אנדלוסיה (דרום ספרד) ומרכז אסיה. בין המאה ה-7 ועד המאה ה-15 נבנו מיטב המסגדים, המדרסות והארמונות האסלאמיים בין הודו וספרד. לסגנון זה הייתה השפעה מסוימת על האדריכלות באירופה, בעיקר בחוליות המקשרות בין שתי התרבויות - בספרד (אשר נשלטה בחלקה על ידי המורים עד סוף ימי הביניים), וכן בטורקיה ובלבנט.
טירות בימי הביניים.
מבצרים וארמונות מבוצרים החלו להיבנות עוד בעת העתיקה, אך בימי הביניים התפתחה הטירה כמקום מגורים מבוצר עבור האציל הפיאודלי ובתקופה זו נבנו בכל רחבי אירופה אלפי טירות בעלות ביצורים רבים. למעשה, עיקר העיסוק של האדריכלים בימי הביניים, למעט בנייה לצורכי הדת, היה בניית טירות ומבצרים. הטירות נבנו בדרך כלל מחוץ לעיר או בלבו של האזור הכפרי ושימשו את משפחת האצולה, ששלטה באזור בתקופה הפיאודלית. הטירה כללה בתוכה משק שלם ומגורים גם למשרתים שחיו בתחומה ושימשה במידה רבה גם כמבנה השלטון המקומי. כמו הכנסיות, התאפיינו הטירות במספר סגנונות בולטים אך רובן, מטבע הדברים, היו דומות בצורתן בגלל הביצורים. בהשוואה לטירות שנבנו בתקופת הרנסאנס, לדוגמה, טירות ימי הביניים היו גבוהות ותמירות מאוד לעומת הטירות המאוחרות, שהיו אופקיות יותר בצורתן.
התכנון העירוני והתפתחות הערים האירופיות בימי הביניים.
המציאות הפוליטית והחברתית של ימי הביניים ברוב יבשת אירופה הביאה לכך שערים רבות היו מסוגרות בחומה, והיוו ישויות מדיניות עצמאיות. צורת השלטון ומבנה החברה הפיאודלית, יחד עם ריבוי המלחמות בין ערים וממלכות, הובילו להתפתחות מיוחדת של הערים ולחללים עירוניים בעלי מאפיינים דומים. תפישות התכנון העירוניות שהתפתחו במאה ה-16 הובילו לתכנון אחר של שלד עירוני ושינו את מראה הערים ואת אופן השימוש והעיצוב של הרחובות, הכיכרות ושאר חללי העיר הציבוריים.
עיר החומה.