בין ההנחיות החדשות חולים בעלי ריווי חמצן בדם של 93% ומטה מוגדרים כחולים במצב קשה. קריטריונים כמו ריווי חמצן בדם הוגדרו ברמה דומה (אך לא זהה) כבר מחודש מרץ אבל חלק מהרופאים לא הכירו אותם. בעקבות שינוי הקריטריונים עלו טענות על ניפוח מספר החולים הקשים. נטען שבעבר חולים קשים נזקקו ברובם למכונות הנשמה ועם הקריטריונים החדשים מרבית החולים הקשים אינם זקוקים כלל להנשמה. על פי ד"ר מיקי הלברטל, מנכ"ל בית החולים רמב"ם, בעבר 80 אחוז מהחולים הקשים היו מונשמים בעוד שעם הקריטריונים החדשים היחס הוא 36 אחוז.
אחרי גל התחלואה הראשון חל שינוי בהנחיות הטיפול לפיהן יש לדחות הנשמה ככל שניתן. זאת בשל היבטים שליליים בחיבור למכשירי הנשמה על חולים.
לפי פרופ' רונן בן-עמי, מנהל היחידה למחלות זיהומיות באיכילוב, אחוזי התמותה של חולי קורונה מונשמים גבוהים - כשליש מהחולים מתים ולכן הגישה הרווחת היא לטפל במגוון אמצעים, תרופתיים ומכניים, כדי למנוע צורך בהנשמה. כמו כן, ירידה בריווי החמצן בדם היא סימן האזהרה המוקדם ביותר להחמרה במצב החולה, וזו הסיבה לכך שהיא נקבעה על ידי רשויות הבריאות בעולם כקריטריון קובע למחלה קשה. בנוסף טען בן-עמי שאלו חולים שצריכים להיות מאושפזים תחת מעקב וטיפול אינטנסיבי למניעת החמרה במצבם.
פעילות הממשלה.
מדיניות סגר וריחוק חברתי.
עם היוודע דבר המגפה בסין, ישראל נקטה מדיניות שהתירה המשך שגרה למשך זמן רב, תוך הגבלה הדרגתית של הכניסה לישראל והתנועה בתוכה. צעד זה נחשב כצעד קריטי וישראל היא בין המדינות הבודדות שנקטו בו בתחילתה.
המדיניות בתחילת הדרך הסתמכה בעיקר על שיתוף הפעולה של האזרחים. בנתב"ג לא הייתה עמדת בדיקה לנוסעים ולא נמנעה נסיעת נוסעים חוזרים בתחבורה ציבורית. בהדרגה הוחל באכיפת הבידוד באמצעות ביקור פקחים בבתי מבודדים, סיוע המשטרה ודיווח אזרחים ב"מלשינון".
במרץ 2020, בעקבות עלייה מעריכית במספר הנדבקים, הוקשחה מאוד מדיניות הבידוד ומניעת התקהלויות, לצד השקעת מאמץ בהגדלת מספר הבדיקות. בהדרגה הוטלו איסורים על אירועים עם 100 משתתפים, שהוחמר בהמשך למניעת התקהלות של 10 אנשים ולבסוף ל-2 אנשים שאינם בני אותה משפחה. כן נאסר להתרחק ממקום המגורים למעלה ממאה מטר למעט הצטיידות במזון ובתרופות. בערים בהן נמצא שיעור הדבקה גבוה, הוטל הסגר מקומי וכן לקראת פסח נאסרה התנועה בין ערים. בסוף אפריל, ישראל החלה לאפשר פתיחה של עסקים מסוימים ולהקל על חלק מההנחיות. בחגים ומועדים הוחמרו ההנחיות. בתחילת מאי, החלו להיפתח מוסדות החינוך. ההקלות המשיכו במהלך מאי.
בסוף מאי, המנכ"ל היוצא, משה בר סימן טוב, דיווח שזוהתה עלייה בתחלואה - בעיקר בבתי הספר. נאמר שיש להקפיד על ההנחיות ולהימנע משאננות. יש לשוב ולהימנע ממפגשים עם המבוגרים, הנמנים עם קבוצת הסיכון להידבק בנגיף. "אנחנו רוצים לשמור על שגרה כלכלית, אבל חשוב ממנה לשמור על התחלואה", הוסיף המנכ"ל. "אנחנו בחשיבה מאומצת עם משרדי הממשלה כדי לשמור על האיזון הזה". תמך שסיוע כלכלי יאפשר לאנשים לממש את הנחיות משרד הבריאות. למחרת, הוחלט להתרכז בבדיקות נרחבות, הסברה, אכיפה והרתעת עסקים שיפרו את ההנחיות. בהמשך, הוחזרו מגבלות.
אחרי מינויו לממונה הלאומי למאבק בנגיף הקורונה, החל פרופ' רוני גמזו לגבש תוכנית שלא הגיעה לכדי יישום.
בהמשך, הוקלה הכניסה בטיסות למדינה כחלק ממתווה. בסוף 2020 הוטלו 2 סגרים ארציים נוספים וביניהם הקלות. לאחר צמצום הטיסות בתקופת הסגר, הותרה הכניסה לפי מתווה ששונה מספר פעמים. העלייה בתחלואה בקיץ 2021 טופלה באמצעות ריחוק מצומצם יחסית לעבר וצעדים אחרים. בסוף 2021, על רקע התפשטות וריאנט אומיקרון של נגיף הקורונה בעולם, הממשלה הידקה קלות את ההנחיות בשטח במדינה.
החמרות מקומיות.
במהלך המגפה, הוטלו סגרים מקומיים או הגבלות מקומיות. בתחילה, הופעלו בעיקר תקנות שעת חירום (נגיף הקורונה החדש) (אזור מוגבל), כשהראשונה הייתה בני ברק. בהמשך הוחלפו בחוק סמכויות מיוחדות להתמודדות עם נגיף הקורונה החדש. לפי תוכנית הרמזור, ההגבלות היו אמורות להיקבע לפי צבע היישובים.
בידוד.
אחד הקשיים הגדולים בהתמודדות עם הנגיף הוא שתסמיניו וגילויו אינם מתאפשרים בימים הראשונים, ובשל כך נשאיו ממשיכים להדביק אנשים נוספים. התסמינים מופיעים בין ימים אחדים ל־14 יום, ולכל צעד חשוב במניעת התפשטות המגפה הוא בידוד של מי שנחשד שהוא חולה, או מי שחזר ממדינה נגועה.
ב-12 בפברואר 2020 פרסם משרד הבריאות צו, המאפשר כפיית בידוד בבית חולים. צו נוסף כלל הנחיות למעסיקים, בעניינו של עובד שנשלח לבידוד בית.
בנוסף פרסם משרד הבריאות תעודת מחלה גורפת, לכל עובד השוהה בבידוד, כך שיש לראות זאת כהיעדרות מחמת מחלה, ללא צורך בתעודת מחלה אישית.
מלוניות קורונה.
בחודש מרץ 2020, הקים משרד הביטחון "מתקני בידוד חוץ-ביתיים", על מנת למנוע הדבקה בתוך המשפחה בבידוד ביתי. מספר מתקנים עברו הסבה ל"מלוניות בידוד" בסיוע פיקוד העורף: מתקני יחד למען החייל, מלונות ובהם דן פנורמה תל אביב ודן ירושלים.
כוונת משרד הבריאות להכשיר כמתקן לאשפוז חולי קורונה קלים, גם את המרכז הגריאטרי בראשון לציון מלב"ן שנמצא באחריותו, מוסד שמעמדו היה מצוי במחלוקת טרם המשבר, עוררה התנגדות. לאחר שנדחתה עתירה של משפחות מאושפזים לבית הדין המחוזי, ב-21 במרץ 2020 הוגשה עתירה לבג"ץ בנושא זה. באופן דומה, כוונתו לפנות את המרכז המשולב לרפואה גריאטרית שהם ללא מתן הודעה מוקדמת למשפחות נתקל בהתנגדות עזה.
אכיפה ואיכון סלולרי.
מאז החלת מדיניות הבידוד של החולים החשודים, התפרסמו מקרים של הפרת צווי הבידוד. כן התגלו קשיים בביצוע חקירות אפידמיולוגיות הן בשל העומס הגובר הנובע מריבוי המקרים או אי שיתוף פעולה מלא מצד חלק מהנדרשים לבידוד מסיבות שונות.
בשל כך הוחלט להתחיל באכיפת הבידוד על ידי משרד הבריאות בשילוב עם המשטרה. במספר מקרים ביצעה המשטרה מעצר של מפירי בידוד, והוחלט לפתוח תיקים פליליים כנגד מפירי הבידוד ולהפעיל אמצעים טכנולוגיים לאכיפת הבידוד.
ב-16 במרץ 2020 אישרה הממשלה את תקנות שעת חירום (נתוני מיקום), שאפשרו איכון סלולרי של חולה קורונה ושל אדם החייב בבידוד בית עקב חשש שחלה במחלה זו, גם ללא צו בית משפט המורה למסור נתונים אלה. המשטרה רשאית להעביר את המידע למשרד הבריאות. בנוסף אושרו תקנות שעת חירום נוספות שהסמיכו את השב"כ לעשות שימוש ב'כלי' כדי לקבל, לאסוף ולעבד מידע טכנולוגי בנוגע לתקופה של 14 הימים שלפני אבחונו של חולה, לצורך סיוע למשרד הבריאות בביצוע חקירה אפידמיולוגית.
בעקבות דיון ועדת חוץ וביטחון בנושא, הסתבר שהשב"כ גם בוחן את פירוט היסטוריית השיחות. בהמשך, קודם חוק שיחליף את התקנות. האיכון הופסק ביוני. ביולי, אושר חוק שהסמיך את השב"כ לסייע למשרד הבריאות בחקירות אפידמיולוגיות באופן זה.
בהמשך קבעה ועדת השרים שהסתייעות בשב"כ לחקירות אפידמיולוגיות תוגבל למקרים נקודתיים, החל מ-20 בינואר 2021 בכפוף לתנאים.
ב-1 במרץ 2021 קבע בג"ץ, בהרכב של שבעה שופטים, שאיכון שב"כ לגבי כלל האוכלוסייה יופסק ויוגבל רק לחולים שלא משתפים פעולה עם החקירה האפידמיולוגית. בסוף מרץ 2021 החליטה ועדת חוץ וביטחון שיופסק האיכון. בסוף אותה שנה חודשו האיכונים לזמן קצר בעקבות התפשטות וריאנט אומיקרון של נגיף הקורונה.
במהלך המגפה בוצע שימוש גם במערכת שמעבירה מיקום מבודדים במסרונים כחלק מהניסיון להדק את האכיפה.
מדיניות הכניסה והיציאה מישראל.
עוד לפני שהתגלו חולים בישראל, נקטו הרשויות פעולות ראשוניות למניעת כניסת המחלה למדינה על ידי נשאים החוזרים ממדינות נגועות. החוזרים מחוץ לארץ נדרשו להיכנס לבידוד, ומי ששהה בשבועיים האחרונים במדינה נגועה, או היה במגע עם אדם ששהה שם, ופיתח תסמינים של המחלה נדרש להגיע לבית חולים.
תחילה, חלה ההוראה רק על החוזרים מווהאן שבסין, אולם בהדרגה התרחבה למדינות נוספות בהן הייתה כמות גבוהה של נדבקים, וב-9 במרץ 2020 ההוראה כללה את החוזרים מכל המדינות, וצומצמו הטיסות אל מחוץ לישראל.
באמצע אוגוסט הותרה חזרה מחוץ לישראל בלי בידוד על בסיס מנגנון משתנה שהגדיר "מדינות ירוקות" שלא מצריכות בידוד. בדצמבר שבו והוגדרו כל המדינות כאדומות. במהלך 2021 התעדכנו ההנחיות כשאיום בולט היה זני קורונה חדשים אשר נוצרים מתשניות ועשוים לשנות את תכונות הנגיף.
מידע והסברה.
בתחילת המגפה שודרו מדי ערב הודעות לציבור מטעם ראש הממשלה בנימין נתניהו, שרים ואישים נוספים כגון מנכ"ל משרד הבריאות משה בר סימן טוב וסיגל סדצקי. בהמשך נוהג זה צוצמם ואף פסק. ב-20 באפריל 2020, לאחר שבכלל ההודעות לתקשורת נמנע מעיתונאים להציג שאלות לראש הממשלה או שאר בעלי התפקידים, תא הכתבים המדיניים וארגונים נוספים פנו בתלונה למשרד ראש הממשלה בדרישה שיתאפשר להעלות שאלות, תוך התחשבות בהנחיות הבריאות.
בכירי משרד הבריאות הרבו להתראיין מידי ערב על מנת להעביר מסרים לציבור.
פיקוד העורף השיק פורטל חירום לאומי ומוקד טלפוני ייעודי. המשרד לשוויון חברתי הפעיל מוקד מיוחד (8840) עבור מידע לגיל שלישי. גם אתר כל-זכות הנגיש מדריכי זכויות ייעודים למשבר ודף עדכונים על ההקלות הממשלתיות. ארגון נגישות ישראל קרא ב-19 במרץ 2020 להנגיש את השירותים לאנשים עם מוגבלות. ציבורים שונים התריעו בתחילת המגפה על היעדר הסברה בשפות שאינן עברית, כגון ערבית, צרפתית, רוסית ואמהרית.