כשהקונגרס התכנס בדצמבר 1849, סטיבנס הצטרף לעוד מתנגדי עבדות בקונגרס. סטיבנס התנגד לפשרת 1850, שקליי ניסח, ובה אמנם גם הצפון וגם הדרום הרוויחו, אולם הפכה רבות מהטריטוריות החדשות למדינות עם עבדות. ביוני, כשהוויכוחים המשיכו, סטיבנס טען שלעולם לא יתפשר על זכויות אדם וזכויות מהחוקה. למרות זאת, החקיקה עברה בקונגרס, כולל חוק העבד הנמלט, אליו סטיבנס התנגד לחלוטין. אמריקנים רבים קיוו שהפשרה תוביל לשלום פנימי, וסטיבנס הזהיר שהיא תוביל למרד, פירוק האיחוד ומלחמת אזרחים.
סטיבנס נבחר מחדש ב-1850, אפילו שהוויגים שתמכו בפשרה כבר התנגדו לו. ב-1851 סטיבנס היה הסניגור של 38 אפרו אמריקנים ועוד שלושה לבנים בבית המשפט העליון שהואשמו בבגידה בעוון התפרעות בפנסילבניה במהלכה נהרג בעל עבדים. השופט זיכה את הנאשמים כיוון שטען שאפילו אם הם אשמים ברצח או בהפרת הסדר הציבורי, הם הואשמו בבגידה ולא בגדו. המקרה פרסם את נושא העבדות והפך את סטיבנס לדמות המזוהה ביותר עם רעיונות ביטול העבדות.
למרות זאת, סטיבנס סבך מבעיות פוליטיות. הוא עזב את הוויגים כיוון שהם לא נטרלו את הפשרה, למרות שתמך בגנרל וינפילד סקוט לנשיאות ב-1852. ההתנגדות כלפיו מנעה ממנו להיבחר מחדש להיות המועמד הוויגי במחוז.
אצל שאינם יודעים דבר והמפלגה הרפובליקנית.
לאחר שעזב את תפקידו, סטיבנס התמקד בעריכת דין. ב-1854, בניסיונו להשיג תמיכה בהתנגדות לעבדות, הוא הצטרף אל המפלגה האמריקנית, שהורכבה מתנועת שאינם יודעים דבר ודגלה בנייטיביזם. על החברים נאסר לדבר על פעילות המפלגה (לכן לא ידעו דבר), וסטיבנס הותקף בגלל שהיה חבר בארגון שהיה דומה לארגון הבונים החופשיים, לו התנגד. ב-1855, סטיבנס הצטרף אל המפלגה הרפובליקנית שנוסדה זה מכבר. וויגים אחרים שהתנגדו לעבדות הצטרפו גם כן, כמו ויליאם סיוארד מניו יורק ואברהם לינקולן מאילינוי.
סטיבנס היה ציר בוועידה הרפובליקנית הלאומית של 1858, ותמך במקליין שוב. הוועידה בחרה בג'ון פרימונט, בו תמך סטיבנס מול המועמד הדמוקרטי (שגר באותו מחוז כמוהו), ג'יימס ביוקנן. פנסילבניה תמכה בביוקנן. סטיבנס חזר לעריכת דין, אבל ב-1858 הנשיא והמפלגה שלו איבדו את האהדה שלהם והמדינה הייתה שסועה בגלל אירועים כפסק דין דרד סקוט נגד סנדפורד. סטיבנס ראה הזדמנות לחזור לקונגרס, ונבחר מחדש, תחת התנגדות קשה מצד הדמוקרטים.
הבחירות ב-1860, משבר הפרישה.
סטיבנס נכנס לקונגרס בדצמבר 1859, כמה ימים לאחר תלייתו של ג'ון בראון, שפשט על מחסן נשק ממשלתי בהארפר'ס פֵרִי, כדי להוביל למרד עבדים. סטיבנס התנגד לפעולותיו האלימות של בראון, אולם מאוחר יותר ראה אותן בחיוב יותר. בית הנבחרים היה משוסע, ולא יכול היה לבחור דובר במשך שמונה שבועות. סטיבנס היה שנוא מאוד: במקרה אחד, חבר קונגרס ממיסיסיפי ניסה לדקור אותו בסכין.
הדמוקרטים לא הצליחו להסכים על מועמד יחיד לנשיאות, והוועידה הרפובליקנית הלאומית ב-1860, שהתרחשה בשיקגו, הייתה קריטית. המועמד שיבחר יכול היה להיות הנשיא. סיוארד ולינקולן ניסו להיות מועמדים. סטיבנס המשיך לתמוך במקליין. בתחילת הסיבוב השני, רוב הצירים מפנסילבניה תמכו בלינקולן, וכך הוא זכה במועמדות. כיוון שהדמוקרטים לא העמידו מועמד במחוז שלו, סטיבנס נבחר מחדש לבית הנבחרים ללא תחרות, והוא תמך בלינקולן. לינקולן זכה לרוב בחבר האלקטורים. התנגדותו של הנשיא להרחבת העבדות גרמה למדינות הדרום להתחיל לדון בפרישה, איום שסטיבנס התעלם ממנו במהלך מסע הבחירות.
הקונגרס התכנס בדצמבר 1860, והמדינות הדרומיות איימו לפרוש. סטיבנס התנגד לכל ניסיון לפייס את הדרומיים, כולל לפשרת קריטנדן. הוא טען שבמקום להציע פיצויים, יעדיף לראות את הממשלה מתפוררת, וטען שצבא ארצות הברית יחסל כל מרד. למרות מחאותיו של סטיבנס, ממשל ביוקנן לא נקט בעמדה כנגד הפורשים, והרשה לרוב המשאבים בדרום ליפול לידי המורדים. רבים, אפילו בתנועה לביטול העבדות, רצו לתת לדרום פשוט לפרוש מהמדינה. סטיבנס סירב לכך, ותמך בהצהרתו של לינקולן בכניסתו לתפקיד ב-4 במרץ 1861, שהצהיר שישתמש בכוח כדי לכבוש רכוש ומקומות ששייכים לממשלה.
מלחמת האזרחים האמריקנית.
עבדות.
כשהמלחמה החלה באפריל, סטיבנס טען שאנשי הקונפדרציה הם מהפכנים שיש לחסל בעזרת הצבא. הוא האמין שהקונפדרציה מרדה בחוקה בהכרזת המלחמה שלה, ושבארצות הברית שלאחר המלחמה, לא תהיה עבדות. סטיבנס התחיל להנהיג את פלג הרפובליקנים הרדיקלים, שהתנגדו לעבדות בחריפות. הוא מונה להיות האחראי לגביית המיסים מטעם בית הנבחרים.
ביולי 1861, סטיבנס הצליח להעביר חוק שאישר החרמת רכוש, כולל עבדים, של מורדים. בנובמבר, הוא ניסה (ללא הצלחה) להעביר חוק שיתן זכויות לכל העבדים. לעומת זאת, הוא הצליח לאסור על עבדות בתוך מחוז קולומביה. במרץ 1862, לצערו של סטיבנס, לינקולן תמך בשחרור הדרגתי של מדינות הגבול מעבדות, ומתן פיצויים לבעלי העבדים מהממשלה.
סטיבנס והרדיקלים זעמו על כך שלינקולן לא אימץ את עמדותיהם. באפריל, הרדיקלים התחילו ללחוץ על לינקולן, אולם לינקולן אמר שהשעה עדיין אינה כשרה לכך. הנשיא שיבח את הרדיקלים, אבל טען שאינו תומך בהם. לינקולן דחה את ההתייחסות לנושא עד אחרי הניצחון בקרב אנטיאטם בספטמבר. סטיבנס הצליח להיבחר מחדש בזכות הכרזתו של לינקולן על שחרור כל העבדים במדינות המורדות. כשהקונגרס התכנס בדצמבר, סטיבנס המשיך לבקר את מדיניותו של לינקולן. הוא התנגד לתוכניותיו של לינקולן ליישב עבדים משוחררים מחוץ לטריטוריות.
כשהקונפדרציה פלשה לצפון באמצע 1863, עד לקרב גטיסברג, כוחות הקונפדרציה ניסו לשלוח כוחות כנגד סטיבנס, שהוברח בידי עובדיו. הם השחיתו את ביתו, כפי שטענו שהצפון עשה בדרום.
סטיבנס ניסה להעביר תיקון לחוקה שימנע עבדות. ההכרזה על ביטול העבדות הייתה אמצעי במהלך המלחמה, ולא הייתה תקפה לכל העבדים, והוא רצה תיקון שיחזיק מעמד. התיקון השלושה עשר לחוקת ארצות הברית אסר על עבדות שלא מעונש על פשע- ועבר בסנאט בקלות. לעומת זאת, בית הנבחרים דחה את התיקון ביוני. סטיבנס חשש שהתיקון לא יעבור והתעכב בניסיון להעביר אותו שוב. לאחר שלינקולן נבחר שוב ב-1864, הוא תמך בחוק, וסטיבנס תיאר את הודעתו לקונגרס כחשובה ביותר שנמסרה לקונגרס בשישים השנים שקדמו לכך. ב-13 בינואר 1865, סטיבנס הצליח להעביר את התיקון בקושי, לאחר שלינקולן הבטיח מינויים פוליטיים. הדמוקרטים האשימו את הרפובליקנים במתן שוחד, אולם סטיבנס טען שהתיקון היה החשוב ביותר במאה התשע-עשרה. התיקון אושר ב-18 בדצמבר 1865. סטיבנס ניסה לגרום לפירוש רחב יותר שלו: במקום רק סיום פורמלי לעבדות, צדק כלכלי.
הקונגרס התווכח על זכויותיהם הכלכליות של העבדים המשוחררים. סטיבנס הצליח להעביר חוק שהקים משרד לשיקום פליטים ועבדים משוחררים, עם אישור (אך ללא מימון) להקמת בתי ספר ומתן ארבעים אייקרים מאדמות שהוחרמו בקונפדרציה לכל משפחה של עבדים משוחררים.
מימון המלחמה.
סטיבנס עבד עם ממשל לינקולן בנוגע לחקיקה למימון המלחמה. בתוך יום ממינויו כאחראי על כך, הוא הוביל הנפקת איגרות חוב ממשלתיות. הוא שילם לחיילים שלינקולן גייס וקיצר את זמן הדיון בחוקים שהציע בבית הנבחרים.
סטיבנס העביר חוק שהוביל לכך שארצות הברית סיפקה כסף מזומן שגובה באשראי שלה, ולא בזהב ובכסף. איגרות החוב לא הצליחו לגייס מספיק כסף למלחמה הארוכה. סטיבנס הוביל חוק שדרש מבנקים להגביל את כמות הכספים שיכלו למשוך מתוכם. המערכת שרדה במשך יובל, עד להקמת הפדרל ריזרב ב-1913.
למרות שהממשלה שילמה על החוב הפנימי בכסף מנייר, הסנאט לא הסכים לשלם את הריבית על החוב הלאומי בשטרות מנייר. ערך הכסף ירד, וסטיבנס לחם בספסרי הזהב. הוא הוביל חוק שאסר על מכירת זהב שעבר ביוני. ערך הנייר צלל עוד יותר. הקונגרס החליט להקל על החוק. סטיבנס לא התפשר אפילו כשערך כסף הנייר עלה לקראת הניצחון. הוא הציע חקיקה שתאפשר תשלום בכסף מנייר.
סטיבנס, כמו רוב אנשי פנסילבניה, תמך במכסי מגן, והם עלו מ-19% ב-1861 ל-48% ב-1865.
זכות ההצבעה לנשים.
סטיבנס פעל יחד עם הסופרג'יסטיות אליזבת קיידי סטנטון וסוזן ב. אנתוני בניסיון לשנות את התיקונים ה- 14 וה- 15 לחוקת ארצות הברית שנתנו זכות הצבעה לגברים שחורים. הוא האמין שזכות ההצבעה צריכה להיות אוניברסלית ועל כן להינתן לגברים ונשים שחורים ולבנים. בשנת 1866 הוא הציג בקונגרס עצומה הקוראת לתת זכות הצבעה אוניברסלית. אולם, ב-1868 אושרו התיקונים שנתנו זכות הצבעה לגברים שחורים בלבד.
תקופת השיקום.
בעיות בשיקום הדרום.
כשהקונגרס התווכח לגבי ארגונה מחדש של ארצות הברית, עדיין לא הוכרע מעמד העבדים המשוחררים ותומכי הקונפדרציה. סטיבנס טען שיש לארגן מחדש את כל הדרום. הרדיקלים טענו שיש להתייחס לדרום כמו אל מחוז כבוש, ללא כל זכות חוקתית. לינקולן טען שרק היחידים מרדו ולא המדינות. סטיבנס לחץ על לינקולן להעביר חוק שדרש מחצי מהמצביעים (לפי מפקד האוכלוסין לפני המלחמה) יצהירו על נאמנות לארצות הברית כדי שהמדינה תיכנס מחדש. לינקולן הטיל על כך וטו, והעדיף הצהרת נאמנות מצד עשרה אחוזים מהתושבים בלבד.