במשך שנים רשם רבי עקיבא איגר את הערותיו על גיליון ספר השולחן ערוך בו למד, הערות אלו כללו: הגהות דפוס, הערות על מקורות ההלכה, קושיות ופלפולים והערות מעשיות. בשנותיו האחרונות מסר רע"א את כרכי השולחן ערוך שלו לבנו בכורו רבי אברהם, כדי להתקינם לדפוס. רע"א חכך בדעתו אם להדפיס את הערותיו כספר בפני עצמו או כנספח על גיליון השולחן ערוך, כשנה לפני מותו הוא מתלבט בעניין במכתבו לבנו תוך שהוא מבקש לקבל את הגרסה הערוכה של ההערות לביקורת בטרם הדפסתה: . כחודש אחר כך הוא מאשר במכתבו כי ההגהות ראויות לדפוס. למעשה התעכבה הדפסת ההגהות יותר מעשרים שנים לאחר מות רע"א, והן נדפסו לראשונה בברלין בשנת תרכ"ב בידי נכדו אברהם משה בלייכרודה. במקביל הדפיס בנו ר' איצק לייב מהדורה נוספת של הגהות אביו לשולחן ערוך ביוהניסבורג , פרוסיה. קיימים גם מספר כתבי יד אחרים של ההגהות. בסוף המאה ה-20 יצאה לאור מהדורה השוואתית של הגהות רע"א לשולחן ערוך הכוללת את הגרסאות השונות.
רבי עקיבא איגר נהג לרשום את הערותיו על גליונות הספרים שבספרייתו, ולכן מלבד הערותיו המודפסות על גיליון התלמוד הבבלי ועל גליונות השולחן הערוך, מצויים בידי אספנים רבים ספרים מספרייתו שנתפזרו במשך השנים, והם מתגלים ונמסרים לדפוס מעת לעת בקבצים תורניים. פעמים שהיו בספרייתו מספר עותקים של ספר אחד והערותיו נרשמו אקראית על העותקים השונים, בשל החשיבות הרבה שמייחסים לכתביו של רע"א בעולם הישיבות, גם הערותיו הכפולות זוכות למהדורות מודפסות אף במקרים בהם הספר עליו נכתבו אינו ספר יסוד כמו שולחן ערוך.
חידושי אגדה ותנ"ך.
רבי עקיבא איגר הניח אחריו פנקס חידושים בענייני אגדה, ובו גם חידושים על פסוקי התנ"ך. הפנקס מוזכר בידי בניו של רע"א, והיה ידוע עד מלחמת העולם השנייה. מאז, ככל הידוע, אבדו עקבותיו.
עם זאת, רבים מחידושיו של רע"א לתנ"ך שרדו בציטוטים בספרים אחרים שלו ובספרי אחרים מתלמידיו וחבריו. בסוף המאה ה-20 ותחילת המאה ה-21 נעשו ניסיונות ללקטם, כמו האסופה "מדרושי וחידושי רבי עקיבא איגר על התורה" הכוללת חידושים גם לשאר הנ"ך, חלקם מכתבי-יד שלא נדפסו ורובם מלוקטים.
בתרבות הישיבתית.
כאמור, רבי עקיבא איגר נחשב לאחד מגדולי הלמדנים התורניים בעת החדשה, ובשל מעמדו זה התקבעו בתרבות עולם הישיבות אמרות כנף ומימרות רבות הסובבות סביב "דמות הגאון" שלו, ומהן ניתן להתרשם גם מעוצמת ההערצה ששוררת כלפיו בעולם זה. כך מצוטט הרב אלחנן וסרמן, מגדולי ראשי הישיבות בליטא לפני השואה:
ראש ישיבה אחר, הרב ראובן גרוזובסקי, חתנו של ראש הישיבה הנודע רבי ברוך בר ליבוביץ, סיפר על חמיו: "...פעם באומרו סברא בשם הגאון רבי עקיבא איגר, ובנו בשמעו את הסברא הסתפק מיד איזה ספק לפי סברא זו, גער בו מורי חמי ולא רצה לשמוע דבריו, על שלא שהה מעט משמחה בשמעו סברא עמוקה מחודשת כזו, ואמר אז כי מי שאינו רוקד משמחה בשמעו סברא כזו אינו אדם".
על המהירות בהן השיב את תשובותיו ההלכתיות, מסופר כי הרב חיים מוולוז'ין אמר: . תשובותיו היו לחלק נחשב בתרבות היהודית של בית המדרש, בשורה אחת עם יצירות למדניות בנות דורן, כמו הספר הלמדני הקלאסי "קצות החושן".
תירוץ קושיה של רבי עקיבא איגר נחשב בעולם הישיבות כבלתי-אפשרי מעצם ההגדרה. כלומר: התירוץ מחשיד את המתרץ כמי שלא הבין את קושייתו של הרב עד תומה. בעולם התורני רווחת הקלישאה המשווה מאמץ רב ליישוב קושיה תלמודית כ"ישיבת שבעה נקיים", מושג הלכתי מהלכות נידה. אמרה המיוחסת לרב אליעזר גורדון ראש ישיבת טלז (1841–1910) שהיה "מגדולי למדני זמנו", קובעת כי בתירוץ קושיה של רבי עקיבא איגר, יש משום סתירת שבעת הימים הנקיים. במקור ההלכתי, במצב זה יש לשוב ולספור מחדש, המסר ברור: אם תירצת קושיה של הרב איגר, הרי שעליך ללמוד שנית את קושייתו ולהעמיק בהבנת כוונתו. רבי דב בריש וידנפלד, "הרב מטשעבין", אמר שאם רבי עקיבא איגר מביא ראייה מגמרא, יש אפשרות לדון על ראייתו, אך אם הוא כותב מסברא (כלומר מדעתו) - אין אפשרות להתווכח על דבריו.
הרב אליעזר יהודה ולדנברג, מספר בשם רבי יחזקאל אברמסקי, כי רבו, רבי חיים הלוי סולובייצ'יק מבריסק "החשיב מימרה של הגאון רבי עקיבא איגר ז"ל כמימרה של אחד מהראשונים". בספר "חזון איש", כותב הרב אברהם ישעיהו קרליץ: "ובכלל, אנן כאצבעתא בקירא לסברא נגד מהרש"ל, הגרע"א וחבריהם, ולמה לנו להגיס לבנו בהוראה בסברות מדומות". כן התבטא: "רבי עקיבא איגר היה יכול להיות בדורו של הרשב"א, אלא שהקב"ה ריחם עלינו ונתן לנו רבי עקיבא איגר בדורנו". כך גם הפליג בשבחו על כך שהוא שולח בתשובותיו לעיין בספרי אחרונים ושו"תים רבים, כלומר שלמרות עיסוקו הקבוע בלימוד תלמוד בעיון, מצא פנאי ללמוד היטב את ספרי האחרונים. החזון איש עודד ללמוד את חידושי רבי עקיבא איגר. פעם אף אמר שלימוד תשובת רבי עקיבא איגר בעניין שחוטי חוץ (מהדורא קמא, סי' קס"ה) מביא יראת שמים.
דמותו התקבעה גם כסמל של צדיק ופרוש, בין בפרמטרים מתנגדיים ובין בפרמטרים חסידיים, והוא נעשה מודל לחיקוי עבור כלל הציבור האורתודוקסי-ישיבתי. כך למשל, בהספדו של הרב יוסף חיים קרא, רבה של ולוצלאווק, על רבי אברהם מטשכנוב, שיבח הספדן את הנפטר: . רבי ירוחם ליבוביץ, משגיחה הנודע של ישיבת מיר בליטא, השתמש ברע"א כסמל מוסכם של אדם שאין לו ולתאוות העולם ולא דבר:
רבי עקיבא איגר נודע כעניו. בהקדמה לתשובות רבי עקיבא איגר, מביאים בני המחבר מכתב לבנו ר' אברהם, ובו הנחיות להדפסת תשובותיו. בין הדברים כותב רבי עקיבא איגר שחלק מהתשובות הם מלומדי ישיבותיו בערים השונות, והוא מזהיר שלא לכנותם בשם "תלמיד" ולא בלשון נוכח (אלא בלשון נסתר המכובדת) "כי אמרתי, מי יודע מי למד יותר ממי". חתנו ה"חתם סופר" התבטא כי אין אנו מבינים מה היא הענווה של משה רבנו, אך לאחר שרואים את חמיו, ניתן רק לשער כמה גדולה הענווה של משה רבנו. הרב שלמה זלמן שפיצר, רבה של וינה וחתנו של החתם סופר, אמר בהספדו על רבו המהר"ם שיק, שבעוד חמיו היה עניו אך הכיר בערכו, רבי עקיבא איגר כלל לא ידע שהוא בעל ערך. מספר סיפורים על ענוותנותו עוסקים בשהותו בוורשה יחד עם רבה של ליסא, רבי יעקב לורברבוים, ה"נתיבות המשפט", לצורך השתתפות באספת רבנים שהייתה בעיר. וכשבמהלך הימים היה משוכנע שהכבוד שבני העיר מכבדים אותו, מיועד ל"נתיבות המשפט" ולא אליו, ומשנוכח לבסוף שמכבדים בעיקר אותו - היה נסער, עד שהרגיעו ה"נתיבות המשפט", שהוא נוחל את הכבוד מפאת שעירו פוזנא חשובה יותר מהעיר ליסא.
השקפותיו.
יחסו למשכילים ולרפורמים.
רבי עקיבא איגר נמנה עם ראשי הרבנים המתנגדים לכל שינוי ותיקון בדת, ולטעמו אין לנטות אף בקוצו של יוד מדברי הראשונים. בתשובתו שנדפסה בקובץ "אלה דברי הברית" כנגד בית-הכנסת הרפורמי הראשון הוא טוען: . רבות מפעולותיו בתחום הרבנות ומינוי רבנים בערי פרוסיה, הונעו מעמדתו המתנגדת לשינוי, ופעמים רבות פעל מתוך מטרה מוצהרת לסכל את בחירתם של רבנים משכיליים.
הסופר אלתר דרויאנוב מספר מפי ההיסטוריון שאול פנחס רבינוביץ (שפ"ר) על מפגשו של רבי עקיבא איגר עם תלמידי בית המדרש לרבנים בוורשה, ודבריו העוקצניים כלפיהם:
למרות האמור, כאשר התאפשרה או נצרכה מודרנה בתוך הגבולות האורתודוקסיים, לא הביע התנגדות. תלמידיו היו הראשונים מקרב הרבנות האורתודוקסית שהכניסו בקהילותיהם את הנוהג לשאת נאומים, דרשות והספדים בשפה הגרמנית, וראו בכך התאמה פרקטית לשפת הדיבור של שומעי לקחם, ולא ספיח של המודרנה. עוד בחייו, בשנת 1821, נשא תלמידו הרב שלמה פלסנר, הספד בגרמנית מודרנית על הרב אברהם טיקטין מברסלאו, ומאז התקבל נוהג זה בהדרגה בקרב הרבנים האורתודוקסים הגרמנים כולם.
יחסו לתנועת החסידות וראשיה.
יחסו של רבי עקיבא איגר לחסידים ולתנועת החסידות היה מתון, אף שהיה נאמן לתפיסת העולם ה'מתנגדית', ששללה את התנועה, ובמקומות וזמנים מסוימים אף החרימה את תומכיה. סימוכין ליחסו זה של רע"א כלפי החסידות, יש המוצאים במכתבו של חתן רע"א, הרב שמואל חיים בירנבוים, לאחיינו רבי יהודה לייב איגר מלובלין, בו הוא מתאר לשאלתו פרטים מהווי החיים בבית חותנו רע"א, נמנו בין היתר הספרים בהם עשה שימוש:
לפני שנת תקס"ה, עוד בהיות רע"א רב במרקיש-פרידלנד, הפיצו החסידים שמועה שהוא נוטה לחסידות או אף הצטרף בפועל לתנועה. הרב שלמה זלמן ליפשיץ ה"חמדת שלמה" הזם שמועה זו במכתבו לבנו. כתגובת-נגד מצדו השני של המתרס נפוצה השמועה כי רבי עקיבא איגר פרסם איגרת חריפה נגד תנועת החסידות והחסידים. האדמו"ר רבי דובער שניאורי, "הרבי האמצעי", מנהיגה של חסידות חב"ד, במכתבו לאחיינו חתנו ויורשו הצמח צדק מלובביץ', מספר על פגישתו עם רע"א בשנת תקפ"ה, ולדבריו רע"א הכחיש את יחוס האיגרת המדוברת אליו.