המהפכה של לותר הוסיפה עוצמה לתנועות אלה אבל לא יצרה אותם. שני האירועים הרפורמציה הפרוטסטנטית של לותר, ומרד האיכרים של גרמניה היו אירועים נפרדים שהתרחשו באותן שנים - אבל התחוללו באופן בלתי תלוי. עם זאת הדוקטרינה של לותר "הכמורה של כל המאמינים" יכלה להתפרש כאילו הציעה שוויון חברתי גדול מזה שאליו התכוון לותר. לותר התנגד בחריפות למרידות האיכרים. ופרסם עלון בו הוא כינה את המורדים רוצחים ושודדים.
ההיסטוריון רונלד באינטון ראה את המרד כמאבק שהחל כמהפכה שהושפעה מהרטוריקה של לותר כנגד הכנסייה הקתולית, אך למעשה נדחפה מעבר לגבולות הצרים של הדת על ידי בשל גורמים כלכליים בעיקרם.
מאבק מעמדות.
הוגה הדעות הקומוניסטי פרידריך אנגלס פירש את המרד כמקרה בו הפרולטריון המתהווה (הפלבאים) לא הצליח לגבש תודעה מעמדית כמעמד אוטונומי לנוכח הכוח של הנסיכים ונטש את מעמד האיכרים לגורלו.
פרוץ המרד.
במהלך קציר 1524, בסטוילינגן בדרום היער השחור, הרוזנת של לופפן הורתה לצמיתיה לאסוף קונכיות שבלולים על מנת שישמשו לליפוף חוטי תפירה זאת לאחר שורה של ימי קציר מתישים. בתוך ימים ספורים 1,200 איכרים התאספו, ערכו רשימה של דרישות, בחרו במפקדים והניפו את נס המרד. בתוך שבועות ספורים המרד התפשט ברחבי דרום מערב גרמניה. המרד החל ביער השחור ומשם התפשט לאורך נהר הריין אל אגם קונסטנץ, לרמות השוואביות לאורך הדנובה עילית ואל בוואריה וטירול.
המרד מתרחב.
בפברואר 1525, התמרדו 25 כפרים בתחום שליטתה של העיר ממינגן, כשהם דורשים מהמגיסטראטים (מועצת העיר) שיפור במצבם הכלכלי והפוליטי. הם התלוננו על הפיאונאג', ותבעו הקלות על השימוש בקרקע, ביערות ובשטחי הקומונס וכן הקלות בחוקי הכנסייה לגבי תנאי שירותם והתשלום המגיע להם.
מועצת העיר כינסה אספה של האיכרים על מנת לדון בדרישותיהם כשהיא מצפה לרשימה של דרישות ספציפיות וטריוויאליות. אלא שהאיכרים יצאו בהצהרה מפתיעה שחתרה תחת היסודות של יחסי האיכרים-מגיסטראטים. האיכרים שטחו את טענותיהם ומענותיהם במסמך שכלל 12 דרישות מרכזיות. המועצה דחתה את מרבית הדרישות. לדעת רוב ההיסטוריונים מסמך זה הפך לבסיס למסמך 12 המאמרים שסביבו התאגדה הקונפדרציה של איכרי שוואביה עילית ב-20 במרץ 1525.
הגדוד השוואבי שהוצב באזור וכלל כ-200 פרשים וכ-1,000 רגלים לא הצליח להתמודד עם המרד שפרץ במלוא עוזו ובמהלך 1525 המרידות ביער השחור, בבריסגאו, בהגאו, סאנדגאו ואלזס לבדן הצריכו תוספת תגבורת של 3,000 רגלים ו-300 פרשים.
מסמך 12 המאמרים.
ב-6 במרץ 1525, כ-50 נציגים של ההאופנים של איכרי שוואביה עילית התכנסו בממניגן על מנת להסכים על מטרה משותפת במאבקם. יום לאחר דיונים מתישים הכריזו על הקמתה של אגודה נוצרית חדשה הקונפדרציה של איכרי שוואביה עילית. האיכרים התכנסו שוב ב15 וב-20 במרץ בממניגן, ולאחר דיון נוסף אימצו את מסמך 12 המאמרים ואת חוקת הסדר הפדרלי Bundesordnung. סמלם הבונדשו (מגף עם שרוכים) הוטבע על גבי מסמך 12 המאמרים. במשך החודשיים הבאים הודפסו מעל 25,000 עותקים ממסמך זה (בטכנולוגיית הדפוס שהומצאה זה מכבר), שהתפשט במהירות ברחבי גרמניה.
במסמך 12 המאמרים תבעו האיכרים את הזכות של הקהילות לבחור בעצמם את הנציגות הקלריקאלית (אנשי כמורה) ואת השימוש במס שהטילה הכנסייה על האיכרים "המעשר הגדול" שגבה מהאיכרים מעל 10% מהכנסתם (בצורת תבואה וכרמי יין) לצורכי הציבור. כמו כן הם תבעו את ביטולו של מס נוסף "המעשר' הקטן" שהוטל על יבולים נוספים של האיכר. דרישות אחרות כללו את ביטולה של הצמיתות, ביטול עונשי מוות, ביטול ההגבלות על זכויות צייד ודיג, ושימוש חופשי ביערות שדות מרעה ופריבילגיות נוספות שנשללו מהאיכרים על ידי האצולה, הגבלה חוקית על מטלות האיכרים, על מיסים ועל תשלום שכירות. בנוסף לזאת הועלתה דרישה לשים קץ לשיטת המשפט והמנהל השרירותית שהפלתה לרעה את מעמד האיכרים.
מהלך המלחמה.
מרידת קמפטן.
קמפטן אים אלגאו הייתה עיר חשובה באזור שהפך מאוחר יותר לבוואריה בגבול עם ויטנברג ואוסטריה. בראשית המאה ה-8, נזירים קלטים ייסדו במקום מנזר, קמפטן אביי. ב-1213 קיסר האימפריה הרומית הקדושה פרידריך השני העניק לראש המנזר מעמד של דוכס החולש על המחוז בתחום העיר. ב-1289 המלך רודולף מבית הבסבורג הכריז על מעמדה של קמפטן כעיר אימפריאלית חופשית. ב-1525 זכויות הקניין האחרונות של ראשי המנזרים בקמפטן הועמדו למכירה. במהלך מרד האיכרים, האיכרים המסונפים למנזר קמפטן התמרדו כשהם בוזזים את המנזר ופושטים על העיר.
קרב ליפהיים.
ב-4 באפריל 1525 התאספו 5,000 איכרים, ההאופן של ליפהיימר, סמוך לליפהיים כשהם מתכוננים לעלות על העיר אולם. כ-5 גדודים של איכרים כשהם מגובים בתוספת של כ-25 אזרחים מליפהיים תפסו עמדות דרומית לעיר, סיור מודיעיני של הליגה דיווח למפקדי הליגה שהאיכרים חמושים היטב. לפי דיווח זה לרשות האיכרים עמדו תותחים אבק שרפה ופגזים והם מנו בין 3,000 ל-4,000 איש. האיכרים התמקמו בעמדה שולטת על הגדה המזרחית של הדנובה, כאשר משמאלם ניצב היער ומימינם הנהר ואדמות ביצה, מאחוריהם הם הקימו את מבצר המרכבות כשבמרכזו קני ארטילריה קלה ורובים נטעני לוע.
כפי שעשה בעבר בהיתקלויות עם האיכרים מפקד הליגה הטרוצ'ס ניהל עמם משא ומתן בעוד הוא מקדם את חייליו לעמדות אסטרטגיות. בעוד הוא מציב את מרבית חייליו סמוך לליפהיים, העביר יחידות של פרשים מהסן ואולם לאורך הדנובה לאלכינגן. יחידות הפרשים נתקלו בקבוצה מבודדת של כ-1,200 איכרים שרצו להציג את דרישותיהם, הפרשים תקפו את האיכרים שנסוגו בבהלה כשהם מותירים אחריהם 250 שבויים.
באותו זמן המפקד הפסיק את המשא ומתן עם האיכרים, וספג מטח ירי מהעמדה המבוצרת על גדת הדנובה. בתגובה הוא הקצה יחידת פרשים קלה וקבוצה קטנה של רגלים שהובילה כוח צבאי שכלל 1,500 פרשים, 7,000 רגלים ו-18 תותחי שדה כנגד העמדה המבוצרת של האיכרים על גדת הדנובה. כשהאיכרים הבחינו בגודלו של הצבא שעמד מולם הם פתחו בנסיגה. מ-4,000 האיכרים שאיישו את העמדה המבוצרת כ-2,000 הצליחו להיחלץ משדה הקרב ולהגיע לליפהיים כשהם סוחבים איתם את הפצועים בעגלות משא. אחרים ניסו לחצות את הנהר בשחייה וכ-400 מתוכם טבעו שם. יחידות הפרשים של הטרוצ'ס חסמו את נתיבי המילוט של 500 הנותרים. זה היה הקרב המשמעותי הראשון במלחמה.
טבח ויינסברג.
במהלך המרד האיכרים של אודנוואלד שהשתלטו זה מכבר על המנזר הציסטריאני בשוינל, חברו להאופנים מלימפורג והוהנלוהה. האופן גדול של איכרים מעמק נקאר, בהנהגתו של ג'ק רוהרבאך חברו אליהם ויצרו חבורה מורחבת של איכרים, חבורה זו שכונתה "החבורה הזוהרת" צעדה לעבר העיר ויינסברג, בה נכח באותה עת הרוזן של הלפנסטיין, המושל האוסטרי של וירטמברג.
המורדים תקפו ולכדו את הטירה של וויינסברג, שרוב החיילים שהיו אמורים להגן עליה היו באותה עת מוצבים באיטליה. הם שלקחו בשבי את הרוזן יחד עם 70 אצילים נוספים ששהו בטירה, והוציאו אותם להורג בשיטת גאונטלט. שיטה שהייתה פופולרית בקרב חיילי הלנדסקנכט. בשיטה זו הנידונים רצים במסלול בין 2 שורות של לוחמים המכים אותם למוות בכלי נשקם. בזמן ההוצאה להורג הורה רוהרבאך לחלילן ההאופן לנגן מוזיקה.
רבים ממנהיגי האיכרים של ההאופנים האחרים התנגדו בתוקף לפעולותיו של רוהרבאך. הוא סולק מתפקידו והוחלף על ידי אביר, גץ פון ברליכינגן שבסופו של דבר נבחר למפקד העליון של צבא האיכרים. רבים מהאיכרים לא היו מרוצים מהמינוי של האביר שעמד מאחורי דיכוי התקוממות איכרים (מרד קונרד) שהתרחשה 10 שנים לפני פרוץ המרד. בסוף אפריל צעדו חבורות האיכרים הללו לעבר ארמורבאך, כשאליהם מצטרפים איכרים רדיקלים מאודנוואלד כשהם מחפשים את ראשו של ברליכינגן. במהלך מצעדם העלו באש את טירת ויילדנברג כשהם מפרים בכך את אמנת הלחימה עליהם התחייבו האיכרים.
טבח ויינסברג עורר את זעמו של לותר וגרם לו לפרסם מאמר חריף בו הוא מגנה את מעשי הגנבה והרצח של האיכרים ומאשים אותם ב"פשעים שאין כדוגמתם". יתרה מזאת, במאמר זה מפגין לותר את התנגדותו המוחלטת למרד האיכרים אותם הוא מאשים ב"עזות מצח".
הטבח בפרנקנהאוזן.
ב-29 באפריל הפכה מחאת האיכרים בסביבות העיר פרנקנהאוזן למרד גלוי. חלקים רבים באוכלוסייה הצטרפו למרידה. המורדים השתלטו על בית העירייה והסתערו על טירת שוורצבורג. כאשר מינצר הגיע עם 300 לוחמים ממיולהאוזן ב-11 במאי, מס' אלפי איכרים מהמחוזות הסמוכים הצטרפו והקימו מחנות בשדות שתחמו את העיר. הכוח שעמד עכשיו לרשות צבא האיכרים באזור עמד על כ-8,000-10,000 איש. פיליפ הראשון, רוזן הסן וגאורג, דוכס סקסוניה עלו על עקבותיו של מינצר וכיוונו את חיילי הלנדסקנכט שלהם לעבר פרנקנהאוזן. בקרב שהתחולל בסמוך לעיר ב-15 במאי הביסו הכוחות המאוחדים של פיליפ הראשון, רוזן הסן וגאורג, דוכס סקסוניה את צבא האיכרים עליו פיקד תומאס מינצר.
חילות הנסיכים כללו כ-6,000 שכירי חרב, הלנדסקנכט. הללו היו חיילים מנוסים, מצוידים היטב ומאומנים ובעלי מורל גבוה. לאיכרים לעומת זאת היה ציוד לחימה דל אם בכלל למעט 300 הלוחמים של מונצר, הם היו בלתי מאומנים וללא ניסיון בלחימה. חלק מהאיכרים אף התווכחו ביניהם אם להילחם או לנהל משא ומתן עם הנסיכים. ב-14 במאי הדפו כוחות הסחה קטנים של צבא הנסיכים, אך לא הצליחו למנף את הצלחתם, במקום זאת המורדים השיגו הפסקת אש ונסוגו אל מבצר המרכבות.