בשנת 1929 מנה היישוב כמאתיים איש. חוסר התכנון הפיזי של השכונה הקשה על הגנתה. שבועיים לפני שהחלו מאורעות תרפ"ט חשו הפועלים במפעל נשר בתסיסה שמתרחשת בבלד א-שייח'. מיקום המפעל והשכונה בסמיכות לכפר הגדול הפכה אותם לפגיעים במיוחד במקרה של התקפה. על רקע זה התארגנו הפועלים להגנת היישוב. הם הכינו במסגריית בית החרושת מוטות ברזל מחודדים, שנמסרו לאנשי "ההגנה", והוצאו מהמחבוא מספר אקדחים. בשכונה הוכנו מראש ערמות אבנים להתגוננות בעת הצורך. במעבדה הכימית של המפעל נעשה ניסיון לייצר פצצות בתרכובות שונות בקופסאות פח; הניסיון כשל – הקופסאות יצרו רעש גדול אך לא פגעו באיש. אנשי בלד א-שייח' רגמו את תושבי השכונה באבנים וירו לעברה. באחת התקריות הותקפה על ידי התושבים הערבים השכנים קבוצה של בחורות שעסקה בהכשרה בק"מ ה־4.5 על אדמות איזנברג, והן ניצלו רק בזכות מבצע הצלה של תושבי נשר. נקודת ההכשרה נשדדה, נשרפה ונעזבה. התושבים התארגנו גם למשמרות שמירה; ביום עבדו ובלילות התחלקו בשמירה על השכונה ועל המפעל. כאשר יצאו תושבי בלד א-שייח' במתקפה על תושבי נשר, התבצרו תושבי השכונה בשטח בית החרושת, וחלקם יצאו לקראת תושבי בלד א-שייח'. ההתקפה נבלמה, והמאורעות גוועו. בעקבות המאורעות חלה התפתחות בנושא השמירה, הודקו הקשרים עם "ההגנה" בחיפה ואף הוקמה ועדת ביטחון משותפת למפעל וליישוב. במסגרת ההתארגנות שלאחר המאורעות והידוק הקשר עם ההגנה, הגיעו ליישוב שני אנשי "ההגנה" לאמן כיתה נבחרת שאנשיה נועדו להיות מדריכים ומפקדים במקום. במדריכים היו מרדכי נמצא בי ויעקב דורי.
במאורעות תרצ"ו–תרצ"ט.
בשנת 1934 החליט הווקף להקים בית הקברות המוסלמי של חיפה בנשר, בלב השכונה היהודית בנשר, במקום בו היו צריפים של פועלי מפעל נשר; הווקף נתן לשוכני הצריפים שבוע לפנות את השטח. תושבי נשר–יגור פנו לווקף בבקשה שבית הקברות לא ייבנה בלב השכונה, אלא באתר קרוב יותר לחיפה, אך העלו חרס בידם.
באפריל 1936, בעקבות הכרזת המרד הערבי של ערביי ארץ ישראל על ידי חאג' אמין אל-חוסייני ומהומות הדמים שחלו בעקבותיה, נעצרה תנופת הבנייה במשק וירדה צריכת המלט ביישוב. הנהלת בית החרושת נאלצה – לראשונה – לצמצם ולפטר עובדים. הכבשן החדש והחסכוני שבנייתו הסתיימה לא הופעל.
במהלך המאורעות עמד המפעל בפני סכנת סגירה. המצב החדש חייב היערכות חדשה, וכדי לשמור על העובדים ולספק להם עבודה ופרנסה, פנה פולק ליצירת "עבודות יזומות" במפעל כמו הקמת המרפאה ומבני עזר נוספים.
בנשר גבר המתח הביטחוני; התושבים הוטרדו מיחסם העוין של תושבי בלד א-שייח' ממערב ותושבי יאג'ור ממזרח. כפרים אלה, שמספר שנים לפני כן מנו מאות אחדות של תושבים, גדלו פי כמה. בשטח שהשתרע מבלד א-שייח' ועד הק"מ ה־4.5 והכיל גם את חוואסה ישבו אלפי תושבים ערבים. בלב נשר הקים הווקף שורה של חנויות בצמוד לבית הקברות המוסלמי. מפקד ההגנה בנשר, קלמן רדין, פנה לפולק בבקשה להקיף את השכונה בגדר ביטחון. פולק סירב בטענה שמשטרת המנדט כבר תגן על התושבים. לאחר לחץ נוסף פולק נעתר להקציב חומרים ועובדים להקמת גדר. הגדר נבנתה עם עמדות שמירה מתבניות עץ ממולאות בחצץ והותקנה בה תאורת חשמל.
שביתת פועלי מחצבת בית החרושת במאי 1936 הגבירה את המתיחות. פועלי המחצבה, שחלקם היו מבלד א-שייח', נהגו לזרוק אבנים על מכוניות של יהודים שנסעו בכביש חיפה–נצרת שעברו בכפר. המבנה המוגן היחידי בשכונה הצפונית לכביש חיפה–נצרת היה מבנה בית הספר היסודי שהיה מבוטן. אנשי הלגיון הערבי, ששכנו במחנה צבאי בלב השכונה, נהגו לירות מתוך המחנה אל עבר הצריפים ששכנו בקרבת המחנה. במקרה זה נהגו דיירי צריפים אלה לעבור למבנה בית הספר. בכל השנה הועברו בתוך בית הספר שיעורים מטעם "ההגנה", ובסיסי הארונות שימשו כסליק להסתרת כלי נשק.
בשכונת הצריפים שמדרום לכביש חיפה–נצרת, (מתחת לגבעת נשר), לא היו בתי בטון כדוגמת מבנה בית הספר באזור הצפוני. שכונה זו סבלה מהתקפות של תושבי בלד א-שייח', שחצו את ואדי א-טבל (נחל נשר), עלו על הגבעה, וירו לכיוון הצריפים ששכנו בתחתיתה.
ב־26 ביולי 1936 הותקף אוטובוס שהגיע מחיפה מתוך בית הקברות המוסלמי ששכן בשכונה. יריות נורו למרכז שכונת נשר גם מהר הכרמל ומתוך הכפר בלד א-שייח'. בתחילת המאורעות המשיכו העובדים הערבים במחצבת נשר לעבוד, אך לאחר תעמולה של המופתי של חיפה נפסקה העבודה והפועלים הערבים החלו להתנכל לפועלים היהודים.
בגלל מיקום בית הקברות המוסלמי של חיפה בתוך השכונה, ובעקבות תקיפת האוטובוסים שהסיעו את הפועלים למפעל, נענה מיכאל פולק לבקשות לממן את החזקתם של 12 גפירים. השלטונות הבריטיים סיפקו לגפירים רובים ומדים, ובאמצעות נשק זה הצליחה "ההגנה" לאמן את אנשיה לבצע תפקידי שמירה במקום. הדרכים לנשר היו מסוכנות במיוחד בלילה, ופועלים רבים שלא גרו בשכונה נאלצו להישאר ללון במפעל.
ב־12 ביולי 1938 הותקפו ביריות שני כלי רכב שעברו בבלד א-שייח'. אחד מהם, שהסיע פועלים מקריית חיים לבית החרושת בנשר, הצליח להימלט. מכונית שנייה, שהגיעה מנהלל, נתקלה במחסום והותקפה ביריות ובפצצה. שלושת הנוסעים במכונית השיבו אש והצליחו להימלט; המכונית הוצתה על ידי התוקפים.
בליל 13 ביוני 1939 נרצח נהג הקטר מרדכי שכטמן על המסילה שבין בלד א-שייח' לנשר, בעת שהיה עסוק בהעברת הרכבת לפסים אחרים.
1939–1948.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה הופצצה השכונה מדי לילה על ידי כוחות צרפת של וישי ששכנו בסוריה. תושבי השכונה נאלצו לשבת מדי לילה במקלטים. לאחר תקופת מה השתלט הצבא הבריטי על מבנה בית הספר בשכונה, ושיכן בו את חייליו. תלמידי בית הספר למדו בחדרים בבתים פרטיים ובצריף הנוער העובד והלומד.
פרוץ המלחמה שינה את מצבו הכלכלי של המפעל. הצבא הבריטי נזקק לכמויות גדולות והולכות של מלט, ופעילות ייצור המלט חודשה. הקשר עם הספקים בגרמניה נפסק, ועובדי המסגרייה ייצרו את חלקי החילוף. בעקבות הידלדלות מקורות אבן הסיד ממחצבת נשר ליד בית החרושת, החליטה הנהלת המפעל לפתוח את המחצבה ב"חרייבה", ולשם כך השלימה את רכישת השטח (שתוכנן להירכש כבר בשנת 1922). ב־18 בינואר 1942 החלה סלילת הכביש מהמפעל אל פסגת ההר (כביש 7212). סלילת הכביש הסתיימה ב־19 בדצמבר.
קריאת המוסדות הלאומיים להתגייס לצבא הבריטי נענתה על ידי תושבי נשר. ותיקי המפעל ובניהם שנולדו בצריפים התגייסו לצבא או לשירות ההגנה. הנהלת המפעל שילמה לכל פועל בעל משפחה שהתגייס 50% משכרו.
בעקבות המלחמה גדלו הביקושים במשק, ואיתם האמירו המחירים. למרות זאת, נדחתה תביעת פועלי נשר להעלאות שכר ושיפור תנאיהם הסוציאליים. ב־15 במרץ 1945 פרצה שביתה; שביתה זו הייתה מהגדולות במשק, ונמשכה עד 26 במאי 1945. כל ראשי המשק העברי היו מעורבים בניסיון לפתור את הבעיה. השביתה הסתיימה בהישגים לעובדים. ב־1 בינואר 1946 נמכרה החברה לשותפות בבעלות סולל בונה והחברה המרכזית.
בני נשר ששוחררו מהצבא הבריטי חזרו לנשר, והתקבלו לעבודה במפעל כבני דור המשך. תנאי העבודה תחת ההנהלה החדשה השתפרו, ההנהלה הגדילה את תמיכתה במוסדות החינוך של השכונה, והוקם חדר אוכל משופר, ששימש גם כמקום מפגש. עם זאת, בעיית שיכונם של פועלי המפעל עדיין לא נפתרה; הם המשיכו להתגורר בצריפים שהוקמו על ידיהם בשטח שבקרבת בית החרושת. חלק מהפועלים רכשו בתים בקריות הסמוכות, אך רבים ציפו לבניית שכונה חדשה על הגבעה הדרומית (גבעת נשר). שטח אדמה זה נרכש בשנת 1945 על ידי חברת השיכון של ההסתדרות. בהרשמה של העובדים הסכימה הנהלת בית החרושת לתת לכל משתכן הלוואה למימון 25% מהבנייה וכן השתתפות בהוצאות פיתוח השטח. העובד נדרש לממן 25% והיתרה הלוואה מקופת התגמולים ומשכנתא. ב־27 באוקטובר 1947 סוכם הנושא על דעת ההנהלה והעובדים, וב־13 בדצמבר 1948 הונחה אבן הפינה לשכונת גבעת נשר. בשנת 1948 היה מספר הפועלים במפעל יותר מ־800.
מלחמת העצמאות.
בסוף שנת 1947 החל ארגון "ההגנה" בנשר לגייס את חבריו להגנה על קיומו של היישוב. בחטיבת כרמלי הוקם "גדוד 21", ובו "פלוגה 13", שכללה את בני נשר ויגור. מפקדהּ היה חנן זלינגר. אחד הבסיסים של הפלוגה הוקם בנשר; מפקדו היה יוסף גלילי. פועלי בית החרושת החלו לייצר את תת המקלע מסוג "סְטֵן". צבי הילבורן – מוותיקי החרטים בנשר – וחבריו ייצרו "סטנים" בסדרות של שמונה כלים. את כלי הנשק שייצרו החביאו במקומות שונים ביישוב. באותה תקופה הייתה נשר מוקפת מכל צדדיה בגדר ועמדות שמירה מבטון אשר הקיפו את הגדר. בחלק מהעמדות הותקנו סליקים להחבאת כלי נשק.
בערך באותו הזמן, פסקה התחבורה מנשר לחיפה שעברה דרך בלד א-שייח' לחלוטין. אוטובוס בקו מס' 8 של חברת "חבר" דופן בלוחות ברזל עבים מכל צדדיו. מסלול האוטובוס שונה. האוטובוס יצא מנשר ליגור, כפר חסידים, כפר אתא ומשם לצומת הצ'ק פוסט. בצומת נעשה חיפוש נשק על ידי חיילים בריטים; העונש על נשיאת נשק היה מוות בתלייה בבית הסוהר במבצר עכו.