סטיבנס תמך בלינקולן ב-1864, מטעם מפלגת האיחוד הלאומי, שהייתה קואליציה של רפובליקנים ודמוקרטים שתמכו במלחמה. הוא העדיף לתמוך בסגנו של לינקולן, האניבל המלין, לעוד קדנציה, אבל המשלחת שלו תמכה דווקא במועמד של לינקולן, המושל הצבאי של טנסי, אנדרו ג'ונסון, שהיה דמוקרט שתמך במלחמה והיה סנאטור ומושל. סטיבנס כעס על ג'ונסון, כיוון שראה בטנסי מורדים. הוא תמך ברפובליקנים, שנבחרו שוב, וגם הוא נבחר לעוד קדנציה בבית הנבחרים. בינואר 1865, סטיבנס נדהם לגלות שלינקולן ניסה לשאת ולתת עם מנהיגי הקונפדרציה, וטען שעל האומה לתמוך בגנרל בנג'מין באטלר, שהיה המושל הצבאי בדרום.
שיקום נשיאותי.
סטיבנס לחץ על לינקולן לבצע לחץ צבאי על הדרום, אבל לינקולן התנגד לכך. לאחר מכן נרצח לינקולן בידי ג'ון וילקס בות'. סטיבנס לא נכח בהלוויה של לינקולן עקב מחלה, למרות שטענו שהוא נמנע מכך במכוון.
במאי, אנדרו ג'ונסון התחיל בתוכנית השיקום הנשיאותי: הכרה בממשלת וירג'יניה, קריאה לדרום לארגן מחדש אסיפות חוקתיות, הכרזה על חנינה לדרומיים רבים, והרחבת כמויות החנינה שהעניק. ג'ונסון לא לחץ על המדינות להגן על זכויות העבדים המשוחררים והתנגד לרפורמה בקרקעות. סטיבנס ואחרים זעמו על הפגיעה בעבדים המשוחררים. הם דרשו זכות הצבעה כללית ורפורמה בקרקעות.
סטיבנס כתב לג'ונסון שמדיניותו תוביל לאסון, וניסה לקבוע פגישה מיוחדת של הקונגרס. הקונגרס התכנס בדצמבר, וסטיבנס טען שיש למנוע מנציגים דרומיים לשבת בו, ושאסור לקבל מדינות מהדרום אל האיחוד עד שתבוצע רפורמה גזעית.
בספטמבר, סטיבנס טען בנאום שעל הממשלה להחרים רכוש של 70,000 בעלי קרקעות מהדרום, ולתת אותם לעבדים ולנאמנים לאיחוד. הוא הזהיר שתוכנית הנשיא תגרום לשליחת המורדים לקונגרס תבטל את התיקונים מתקופת המלחמה.
בסוף 1865, רק לבנים הצביעו בבחירות בדרום, ומורדים רבים לשעבר נבחרו. האלימות כנגד אפרו-אמריקנים הייתה נפוצה וזכתה להתעלמות הרשויות, ובנוסף השחורים לא זכו לזכויות האזרח שהובטחו להם. הצפון ראה זאת כבגידה, והתחיל לפעול כנגד ג'ונסון.
שיקום הקונגרס.
סטיבנס כבר היה בן שבעים וחולה. הוא התנייד בכיסא מיוחד לכל מקום. בדצמבר 1865, הוא מנע מהסנאט ומבית הנבחרים לקבל את הדרום. סטיבנס העביר חוקים כדי להבטיח את החירות של העבדים המשוחררים. הוא פתח בחקירות רבות כנגד אלימות כלפי שחורים ואנשי איחוד בדרום, וכנגד ה"ציקלונאים" (Carpetbaggers), שהיו אנשי הצפון שעברו לדרום בתקופת השיקום. סטיבנס הכריז שעל הממשלה להגן על תומכיה מפני הברברים בדרום.
כך הועבר התיקון הארבעה עשר לחוקת ארצות הברית. החוק אישר לקונגרס לאכוף זכויות אזרח, ואסר על אפליה במתן זכות בחירה. אולם התיקון נוסח מחדש לפני שעבר. סטיבנס תמך בחוק בכל זאת.
סטיבנס ניסה להרחיב את סמכויות המשרד לעבדים משוחררים, ולתת הגנה לפליטים. ג'ונסון ביטל את החוק, בטענה שהוא אינו חוקתי, ויקר- הקונגרס לא רכש קרקעות, הקים בתי ספר או נתן עזרה פיננסית. הקונגרס לא הצליח לבטל את הוטו בפברואר, אולם חמישה חודשים לאחר מכן, חוק דומה עבר.
הקונגרס ביטל את הוטו של ג'ונסון על חוק זכויות האזרח, שהעניק אזרחות ושוויון משפטי לאפרו אמריקנים, ומנע אפליה נגדם. ג'ונסון האשים את הרדיקלים בניסיון להשמיד את הממשלה.
לאחר פיזור הקונגרס, סטיבנס ניסה להיבחר שוב. ג'ונסון ניסה להשיג תמיכה מצד הציבור, אולם רבים ראו בכך מעשה לא מכובד. סטיבנס הציג אלימות בממפיס ובניו אורלינס כהצדקה ליד קשה כלפי הדרום. סטיבנס זכה לתמיכה עצומה: הרפובליקנים השיגו רוב של שני שלישים בשני הבתים לאחר הבחירות.
שיקום רדיקלי.
בינואר 1867, סטיבנס הגיש חוק שחילק את הדרום לחמישה מחוזות, כל אחד מהם בפיקודו של גנרל בעל סמכויות, שיפקחו על מתן זכות ההצבעה לכל הציבור מלבד לאלו שלא נשבעו אמונים מחדש- רוב הדרומים הלבנים. המדינות נאלצו לכתוב חוקות חדשות (שהקונגרס יאשר) ולבחור נציגים. רק אם מדינה אישרה את התיקון הארבעה-עשר לחוקה היא תוכל לשלוח נציג לקונגרס. המערכת חיזקה קואליציות רפובליקניות של עבדים משוחררים, "צקלונאים" ודרומיים שהיו מוכנים לשתף פעולה (וכונו "Scalawags") ברוב המדינות בדרום. המדינות אישרו את התיקון הארבעה-עשר, שהפך לחלק מהחוקה באמצע 1868.
סטיבנס הציג חוק שמנע מהנשיא ג'ונסון לפטר אנשים שקיבלו את אישור הסנאט ללא הסכמה. הבעיה הייתה שהתיקון הגן על פיטורי בעלי מקצוע שהנשיא מינה אותם, ואילו הרדיקלים רצו להגן על אנשים שמונו בתקופת לינקולן, ובעיקר על מזכיר המלחמה הרדיקלי אדווין סטנטון.
סטיבנס הציג חוק שנועד להעניק זכות הצבעה לאפרו-אמריקנים במחוז קולומביה. הסנאט אישר זאת ב-1867, והוא הצליח לעבור את הוטו של ג'ונסון. הקונגרס הוריד את כמות החיילים, וסטיבנס הציע לפתוח שתי מחלקות לאפרו-אמריקנים. בנוסף, הוא הצליח לעגן בחוק את השמורות האינדיאניות. הוא תמך בהרחבת מסילות הרכבת, ואישר לממשלה לרכוש ברזל מתוצרת אמריקנית כדי לבנות את המסילות. למרות שהגן על התעשיינים עם מכסי המגן הגבוהים, הוא גם ניסה (ללא הצלחה) להעביר חוק של יום עבודה בן 8 שעות במחוז קולומביה. סטיבנס גם ניסה ללא הצלחה להעלות את משכורת העובדים הממשלתיים.
ניסיון להדיח את הנשיא.
הקונגרס החדש, שהתכנס ב-4 במרץ 1867, לא התנגד לג'ונסון כפי שסטיבנס קיווה. הוא יצא לפגרה עד יולי, למרות שוועדת השיפוט ערכה שימוע בנוגע לנושא הדחת הנשיא. סטיבנס תמך בכך, אולם אחרים התלהבו פחות כשהתברר שהנשיא הזמני של הסנאט של ארצות הברית, בנג'מין ווייד, יהיה המחליף שלו. ווייד היה רדיקלי ותמך בחלוקה מחדש של ההון. נאום שלו בקנזס הרשים אפילו את קרל מרקס, שהזכיר אותו במהדורה הראשונה של הקפיטל. ווייד גם תמך במתן זכות הצבעה לנשים. לכן היססו בהדחת ג'ונסון. סטיבנס התנגד לנשיא קשות, והוא לחץ על ההדחה. למרות זאת, הוא עבד עם הממשל כשהיה זקוק לכך: הוא השיג תמיכה לרכישת אלסקה וביקש מסיוארד, מזכיר המדינה, למצוא עוד טריטוריות להתרחבות.
רוב הקבינט תמך בג'ונסון, אבל סטנטון, מזכיר המלחמה, התנגד, ויחד עם יוליסס סימפסון גרנט, גנרל הצבא, הם חתרו תחת ג'ונסון. ג'ונסון ציית לחוקים שהקונגרס העביר, למרות הוטו שלו, אולם לעיתים פירש אותם לא כפי שהתכוונו לכך. סטנטון סירב להתפטר לבקשת ג'ונסון, וג'ונסון השעה אותו. גרנט הפך למזכיר המלחמה הזמני. הרפובליקנים התמקדו בבחירות של אותה השנה במתן זכות הצבעה לשחורים, אבל הדמוקרטים התנגדו לכך. שום מושב בקונגרס לא היה בסיכון, אולם הבוחרים באוהיו דחו במשאל עם את רעיון זכות ההצבעה לשחורים ונתנו לדמוקרטים רוב במועצה המחוקקת.
הקונגרס נפגש שוב בדצמבר, ולמרות שהוועדה תמכה ברוב זעום בהדחת ג'ונסון, בית הנבחרים דחה זאת. ב-13 בינואר 1868, הסנאט ביטל את ההשעיה של סטנטון. גרנט התפטר, וסטנטון חזר לתפקידו. ב-21 בפברואר, הנשיא פיטר את סטנטון ומינה במקומו את הגנרל לורנזו תומאס. סטנטון התבצר במשרדו, וסטיבנס הקים מהומה בקונגרס. הוא טען שיש להדיח מיד את הנשיא. הוא דרש לקיים ב-24 בפברואר עוד דיון בנוגע להדחה, למרות שבריאותו לא נתנה לו לגמור את נאומו. הוא האשים את ג'ונסון בניסיון להשתלט על הממשלה, ובהתעלמות מרצון העם. הוא אמר שההדחה היא אכן עניין פוליטי, אבל ששהיא כדי לשחרר את השחורים. הבית תמך בהדחת הנשיא, ברוב של 126 לעומת 47.
סטיבנס הוביל את המשלחת של חברי בית הנבחרים שנשלחו להודיע לסנאט על ההדחה, למרות שנאלצו לסחוב אותו אל הדלתות. סטיבנס האשים את ג'ונסון בכמה אישומים, כולל זלזול בסמכות הקונגרס (כיוון שהיה משולל נציגים דרומיים) וטען שג'ונסון ניסה להפר את חוקי השיקום. סטיבנס היה חולה מכדי להופיע בסנאט ב-3 במרץ, אבל הגיע לשם כעבור עשרה ימים, חולה ועייף.
סטיבנס לא השתתף יותר מדי בענייני ההדחה. הוא דיבר רק פעמיים לפני שסגר את הדיון ב-27 באפריל. הוא טען שיש להדיח את הנשיא כיוון שבעוד שנשבע לקיים את החוקים, הוא לא ציית לחוק ופיטר את מזכיר המלחמה שלו, ללא אישור הסנאט.
רוב הרדיקלים היו בטוחים שג'ונסון יודח. סטיבנס לא היה בטוח מכך כיוון שהשופט סלמון צ'ייס (מזכיר האוצר בתקופת לינקולן) העדיף את ההגנה בדיון. ב-11 במאי, הסנאט נפגש באופן סודי, והסנאטורים נאמו בנוגע לכוונת הצבעותיהם. הדמוקרטים התנגדו להדחה, אבל גם מספר גדול של רפובליקנים דרשו זיכוי מחלק או מכל הסעיפים. הדרך היחידה להשיג רוב של שני שלישים הייתה בעזרת ההאשמה של סטיבנס, של הפרת החוק. הסנאטור מקנזס, שעמדתו לא הייתה ידועה, תמך בזיכוי, וכך הנשיא לא יכול היה להיות מורשע. 35 תמכו בהדחת ג'ונסון לעומת 19, קול אחד פחות מהנדרש כדי להדיח את ג'ונסון. הרפובליקנים דחו את הדיון בעשרה ימים, וסחבו את סטיבנס על הכיסא שלו מהסנאט, תוך שהוא צועק שהמדינה עברה לידי השטן.
מותו.
הרפובליקנים נפגשו בשיקגו ותמכו בגרנט לנשיאות. סטיבנס לא היה שם, והזדעזע לגלות שנושא זכות ההצבעה לשחורים ירד מהמצע, כשההשפעה הרדיקלית על המפלגה התחילה להיחלש. הסנאט התכנס שוב ושוב היה חסר קול אחד להדחת ג'ונסון. סטיבנס לא ויתר על העניין, והציע עוד כמה ניסיונות הדחה שלא התקבלו. הוא רצה לחלק את טקסס לכמה חלקים כדי לקבל עוד אלקטורים רפובליקנים שיוכלו להדיח את ג'ונסון. גם חוק זה נדחה, אבל אנשים התפעלו מכך שסטיבנס, במצבו, המשיך לרדוף את הנשיא. הם טענו שרק השנאה מונעת ממנו למות.