הפרק "The Puppy Episode" ויציאתה המתוכננת של דג'נרס מהארון עוררו פרסום עצום בתקשורת, עוד לפני שידורו של הפרק. קבוצות ימניות, כמו "איגוד המשפחות האמריקני", לחצו על רשת ABC להוריד את קו העלילה הזה, וחלק ממעניקי החסות של "אלן" איימו שיפסיקו לפרסם בסדרה; שניים מנותני החסות, J. C. Penney וקרייזלר, הודיעו שלא יקנו זמן אוויר לפרסומות במהלך פרק זה. ספונסר אחר, רשת המסעדות Wendy's, החליט שלא לפרסם יותר בתוכנית. למרות ההפסדים הצפויים מצד מפרסמים אלו, רשת ABC דחתה הצעות של שני נותני חסות חדשים, המזוהים בתמיכתם בקהילת הלהט"ב - הקמפיין לזכויות אדם (HCR) ו-Olivia Travel (לשעבר "אוליביה קרוז", חברת נופש לסבית). ג'רי פאלוול, אקטיביסט שמרן, כינה את דג'נרס "מנוונת" (באנגלית: משחק מילים Degenerate/DeGeneres), כינוי עליו הגיבה: "אומרים לי את זה כבר מכיתה ד'". הליגה ההומו-לסבית נגד השמצה ארגנה מסיבות ברחבי ארצות הברית, תחת הכותרת "צאו יחד עם אלן" (במקור: "Come Out With Ellen") ו-HRC יצרו ערכות "Ellen Coming Out House Party" שכללו הזמנות, פוסטרים ומשחק טריוויה של "אלן". HRC תכנן בתחילה לשלוח כ-300 ערכות בלבד, אך בשל הביקוש הרב, הם שלחו בסופו של דבר כ-3,000 ערכות. בברמינגהאם, אלבמה, ערוץ WBMA-LD, ערוץ טלוויזיה מקומי של רשת ABC, היה הראשון שביקש אישור מרשת ABC שלא לשדר את הפרק בשעות הפריים טיים אלא במשבצת שידור מאוחרת יותר. כש-ABC דחתה את הבקשה, הערוץ סירב לשדר את הפרק לחלוטין. Pride Birmingham, ארגון מקומי הפעיל למען זכויות להט"ב, ארגן הקרנה מיוחדת של הפרק, באמצעות שידורי לוויין, ושכר אולם בו 5,000 מקומות ישיבה. בסופו של דבר, כאלף איש השתתפו באירוע הקרנה זה. באבילין, טקסס, פעילים מקומיים הפיצו עצומה בדרישה שערוץ KTXS-TV המקומי לא ישדר את הפרק, אולם לא הצליחו.
הפרק "The Puppy Episode" היה הפרק הנצפה ביותר של הסדרה "אלן", ומשך אליו כ-42 מיליון צופים. הפרק זכה בשני פרסי אמי לבידור בפריים טיים, עבור הכתיבה הטובה ביותר עבור סדרה קומית ועבור העריכה הטובה ביותר של סדרה המצולמת במערך מרובה מצלמות. הפרק זכה בפרס פיבודי ודג'נרס זכתה בפרס התקשורת של הליגה ההומו-לסבית נגד השמצה בשנת 1998.
יציאתה מהארון של אלן מורגן תוארה כ-"רגע הטלוויזיוני ההומואי בעל ההשפעה החיובית הרבה ביותר בטלוויזיה". הליגה ההומו-לסבית נגד השמצה מייחסת ל-"אלן" את פריצת הדרך שאיפשרה יצירתן של תוכניות טלוויזיה נוספות בעלות תכנים להט"בים, כגון "ויל וגרייס", "ישנן בנות" ו-"בטי". פעילים למען זכויות להט"ב סבורים כי תוכניות אלו, המציגים דמויות להט"ביות באופן חיובי, עזרו להפחית את הדעות הקדומות הקיימות בחברה כלפי חברי וחברות הקהילה הגאה. הפרק דורג במקום מספר 46 ברשימת TV Guide של "100 הפרקים הגדולים בכל הזמנים".
גם בבריטניה שידור הפרק גרר תגובה חיובית עצומה, והביא לרייטינג גבוה במיוחד עבור ערוץ 4, הרשת ששידרה את הסדרה. כדי לחגוג את ההצלחה האדירה ואת יציאתה של דג'נרס מהארון, גרהם נורטון, מנחה תוכנית אירוח בערוץ, הטיס את דג'נרס ללונדון, שם נערכה חגיגה לכבודה, בנוכחות בני-משפחתה. ערוץ 4 הקדיש ערב שידורים מיוחד עבור הקהילה הגאה, שנקרא "Coming Out Night", בו השתתפה דג'נרס בעצמה. דג'נרס התרגשה עמוקות מהמחווה, בפרט שקיימת רשת שידור שתמיד תתמוך בה, לא משנה מה.
בעקבות הפרק, התוכנית "אלן" חודשה לעונה נוספת. עם זאת, רשת ABC שידרה את כל פרקי העונה החמישית כאשר הודעת אזהרה קדמה להם. דג'נרס מתחה ביקורת חריפה על ABC על כך שכללה את האזהרות, ואמר בריאיון לאנטרטיינמנט ויקלי ש-"זה היה כמו הקול הזה, כאילו אתה נכנס לאיזה סוג של אזור מוכה קרינה. זה היה מאוד פוגעני, ואתה לא חושב שזה הולך להשפיע על הרייטינג?" דג'נרס הצביעה גם על הצביעות של רשת ABC, תוך שהיא מתייחסת לפרקים מסדרות אחרות של הרשת, "המופע של דרו קארי" ו-"ספין סיטי", בהם נראו שני גברים מתנשקים (הפרק מהתוכנית "המופע של דרו קארי" אף קודם באמצעות הנשיקה). "אין שום אזהרה [על המופע של קארי] משום שמדובר בשני גברים הטרוסקסואלים והם עושים צחוק מהטרוסקסואליות ... [ספין סיטי שודרה ללא אזהרה] מכיוון שאף אחד מהם (השחקנים מייקל ג'יי פוקס ומייקל בוטמן) אינו גיי בחיים האמיתיים". עלילות פרקי הסדרה "אלן", ששודרו אחרי "The Puppy Episode", עסקו ביציאתה מהארון של אלן בפני הוריה ובפני הבוס שלה, התפטרותה ממקום עבודתה בחנות הספרים ומציאת מקומות עבודה חדשים. היו פרקים אשר עסקו בחיפושיה אחר בת-זוג רומנטית, כל זאת בעודה לומדת עוד על הקהילה הלהט"בית. עם זאת, היו שמתחו ביקורת על כמות התוכן הגאה שהיה בסדרה, ואפילו היו מבקרים מתוך הקהילה הגאה עצמה. צ'אז בונו, שאותה העת עבד ב-GLAAD, צוטט כשהוא אומר שהסדרה "כל כך עליזה, שהיא מדירה חלקים גדולים מהחברה שלנו. הרבה מהדברים הם בדיחה פנימית. זה דבר אחד שיש דמות ראשית שהיא להט"בית, אבל זה דבר אחר כאשר כל פרק עוסק בסוגיות הומוסקסואליות ספציפיות". מאוחר יותר טען בונו שדבריו הוצאו מהקשרם. הסדרה "אלן" בוטלה לאחר עונתה החמישית.
עם ביטולה של הסדרה, דג'נרס מיקדה את עבודתה בסטנד-אפ קומדי, התחום בו החלה את דרכה המקצועית. בשנת 2001 היא חזרה לטלוויזיה, בסדרה הקומית של רשת CBS "המופע של אלן" (במקור: "The Ellen Show"), אשר לא האריכה ימים ושודרה במשך עונה אחת בלבד. בסדרה זו, דג'נרס גילמה דמות בשם אלן ריצ'מונד, שהייתה לסבית גלויה כבר מההתחלה. מאז 2003 דג'נרס מנחה את "המופע של אלן דג'נרס", תוכנית אירוח יומית שזוכה להצלחה רבה. הקריירה של לורה דרן, אשר כיכבה בהופעת אורח ב-""The Puppy Episode", נפגעה למשך תקופה לא קצרה בגלל הופעתה בסדרה. בשנת 2007, בראיון בתוכנית האירוח של דג'נרס בה צוין עשור ל-"The Puppy Episode"", אמרה דרן שהיא לא עבדה במשך שנה וחצי רק מפני שגילמה את דמותה של סוזן. עם זאת, דרן אמרה שהיא אסירת תודה על "החוויה וההזדמנות יוצאת הדופן" של להיות חלק מהפרק. "אם כבר מדברים על החוויה שלה", אמרה דג'נרס בתגובה, "זה היה צעד ענק בחיי. אני חושבת שאנשים חשו את הכנות בזה. אני חושבת שזה עזר להרבה אנשים, ואני עדיין שומעת על הורים וילדים שמסוגלים לנהל שיחה כנה באמצעות צפייה בסדרה הזו. בסופו של דבר זה מה שטלוויזיה יכולה להיות: היא יכולה לסייע בהתחלתן של שיחות".
פרשת המניות של נתניהו
פרשת המניות של בנימין נתניהו (נקראת גם פרשת מניות הפלדה או פרשת המניות) היא פרשה שעלתה לכותרות בטענה שבנימין נתניהו קיבל בשנים 2007 עד 2010 טובות הנאה מבן דודו נתן מיליקובסקי על רכישת מניות בחברת Seadrift, ולא דיווח באופן מלא ושלם אודות הנכסים הפיננסיים הללו שלו למבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס. כן הועלו טענות לפיהן נתניהו פעל בניגוד עניינים לטובת מיליקובסקי עת התמנה בשנית לראשות הממשלה.
במסגרת הפרשה, בוצעו בדיקות במשטרה ובפרקליטות בנוגע לחשדות שהועלו, שבסופן הוחלט שלא לפתוח חקירה פלילית כנגד נתניהו בגין היעדר תשתית ראייתית והתיישנות של חלק מהחשדות.
השתלשלות האירועים.
באוגוסט 2007, בעת שכיהן כיו"ר האופוזיציה, רכש נתניהו כ-1% ממניות חברת Seadrift בשווי 600 אלף דולר, דרך חברת ההחזקות NMSD. בשנת 2008 חברת הענק GraphTech התחילה בהליך רכישה של שתי החברות המתחרות Seadrift ו-C/G שבשליטת האחים מיליקובסקי.
ב-31 במרץ 2009 נכנס נתניהו לתפקידו כראש ממשלת ישראל. באותה שנה נתנה ועדת ההיתרים לנתניהו היתר זמני שלא להעביר את המניות שהחזיק בחברה של בני דודיו לנאמנות עיוורת, והוא קיבל הארכה של 30 יום.
בנובמבר 2010, יום אחד לפני חתימת העסקה בה רכשה GraphTech את החברות של האחים מיליקובסקי, מכר נתניהו את מניותיו בחברת Seadrift לחברה אחרת של האחים מיליקובסקי, NMDM, ב-16 מיליון ש"ח, במסגרת עסקת המיזוג שביצעה NMDM עם חברת האלקטרודות GraphTech שנסחרה בבורסה של ניו יורק. בעסקת המיזוג מכרו האחים מיליקובסקי את החזקותיהם בתמורה לכ-700 מיליון דולר, וקיבלו כ-250 מיליון דולר במזומן, 200 מיליון דולר באג"ח ועוד 24 מיליון מניות שהיו שוות ל-11.3% מ-GraphTech.
מהחלטת ועדת ההיתרים לשנת 2010 עולה כי נתניהו לא העביר בשנת 2010 לנאמנות עיוורת את מניותיו בחברת NMDM, שפעלה בתחום תוספי הפלדה.
נתן מיליקובסקי כיהן עד 2013 גם כדירקטור ב-GraphTech.
בתקופת הבחירות לכנסת העשרים ואחת הודיעה פרקליטות המדינה כי החלטה בנוגע לפתיחה בחקירה פלילית נגד ראש הממשלה, בנימין נתניהו, סביב פרשת המניות, לא תתקבל לפני יום הבחירות.
ב-22 במרץ 2019 דווח כי נשקלה בדיקה לפני חקירה פלילית בפרשה. במשרד מבקר המדינה בחנו בקשות והתכתבויות של נתניהו מתקופת המבקר מיכה לינדנשטראוס.
ב-16 באפריל 2019 דווח באמצעי התקשורת כי משטרת ישראל פתחה בבדיקה, כאשר חוקרי יחידה להב 433 גבו עדות מאדם שסיפק מידע והקלטות הקשורות לבני משפחתו של נתן מיליקובסקי. עם זאת, במשטרה מסרו בתגובה לפרסומים כי לא פתחו בבדיקה או בחקירה הנוגעת לפרשת המניות של נתניהו, וציינו כי גביית העדות הייתה בעקבות פניית העד למשטרה.
ב-24 באפריל 2020 פורסם כי בפרקליטות נערכים לאפשרות של פתיחת חקירה בתיק פרשת המניות של ראש הממשלה. כמו כן, דווח שהייתה בדיקה משטרתית שהוקפאה לפני הבחירות. הבדיקה התחדשה אחריהן.
הבדיקה שנערכה במשטרה יחד עם רשויות נוספות כללה פניות לרשויות בחו"ל.
ב-15 באוקטובר 2020, היועמ"ש קיבל את עמדת המשטרה והפרקליטות והודיע שלא יפתח בחקירה פלילית נגד נתניהו בפרשה.