שקמונה נושבה בפעם נוספת לאחר הכיבוש הפרסי של ארץ ישראל על ידי הפיניקים מצור, היות שמישור החוף הישראלי חולק בין ממלכת צור וצידון והיישובים באזור חיפה של היום הועברו לשליטת אנשי העיר צור. הפיניקים, שקבעו את מושבתם במקום, עסקו בהפקתו ובעיבודו של צבע הארגמן (את שרידי המתקנים ניתן לראות עד היום מדרום לתל), במסחר ימי ובדייג אשר חיזקו את כלכלת העיר, דבר שהביא להרחבתה של שקמונה למישור שלמרגלות התל ולגידול במספר תושביה. מהתקופה הזאת נחשפו בתל, פרט למתחם בתי הבד, רובע מגורים מתוכנן הכולל רחובות מרוצפים ומערכת לניקוז מי הגשמים. בתוך מבני המגורים נחשפו שלל כלי חרס, תכשיטים וכלי נשק שהמיוחדת מכולם היא חרב ברזל הדומה בצורתה לחרבות הלוחמים הפרסיים המוצגים בתבליט ארמון המלכים בבירת הממלכה - שושן. בתקופה הזו נבנתה על שרידי היישוב הקודם מצודה, שהתקיימה עד סוף התקופה הפרסית, שבין שרידיה התגלה מרתף קנקני יין ומטמון מטבעות כסף וברונזה.
התקופה ההלניסטית והרומית.
היישוב בשקמונה המשיך להתקיים ברציפות (על אף רעידת האדמה החזקה שפקדה את האזור במאה ה-5 לפנה"ס) גם בתקופה ההלניסטית. בשנת 102 לפנה"ס סופחה נפת דור, אשר בתחומה נכללת שקמונה, לממלכת החשמונאים ובמקום נבנתה מצודה נוספת. המצודה נבנתה ככל הנראה בעקבות המצור שהושם על ידי אנטיוכוס השביעי על דור (מקבים א', ט"ו, י'-י"ד). המצודה חרבה ככל הנראה בשנת 132 לפנה"ס וממנה נותרו כיום רק מחסנים, בהם התגלו אמפורות ליין ומטבעות שנשאו את שנת 132 לפנה"ס, ומכאן נבעה ההשערה כי המצודה חרבה בשנה הנזכרת לעיל. עם זאת שקמונה נשארה תחת השלטון החשמונאי עד לשנת 63 לפנה"ס, עת נכבשה בידי הרומאים.
בתקופה הרומית נבנתה המצודה מחדש ואף הורחבה. המצודה שימשה בעת המרד הגדול ובמרד בר-כוכבא כחלק ממערך ההגנה הרומאי בצפון הארץ. לקראת סוף התקופה הרומית ננטשה המצודה ועליה נבנו מבני מגורים. הממצא המשמעותי מאותה התקופה כולל מספר אבני בליסטרה, שנמצאו בתוך אחד המבנים. הממצא מעיר, ככל הנראה, על חורבן העיר שהתרחש לאחר מרד גאלוס בשנת 351 לספירה.
התקופה הביזנטית והכיבוש הערבי.
בראשית התקופה הביזנטית התקיים בתל א-סמכ (פורפיראון) יישוב נוצרי, שהוקם באמצע המאה ה-4 לספירה, והתחזק במאה ה-6 לספירה. בתקופה זו מגיע שטח היישוב לשיאו לכדי 80 דונם במישור שלרגלי התל.
בשטח הכפר/עיירה נבנו, פרט למבני המגורים, מערכת ניקוז וביוב, בתי מלאכה וכנסייה.
ממצאים ארכאולוגיים מהתקופה חשפו רובעי מגורים עם רצפות פסיפס, וילה מפוארת בראש התל, מתקנים תעשייתיים, מבנה של מנזר וכנסייה עם רצפות פסיפס רבות ולוחיות מעוטרות בצלבים מברונזה. סך הכל נחשפו בשקמונה למעלה מ-50 רצפות פסיפס המעוטרות בעיקר בדגמים הנדסיים ודגמי צמחים, כגון עצים ותלתנים ופירות כגון אתרוגים, תפוחים ואשכולות ענבים וכן גביעים. בשני חדרים צמודים לאולם המרכזי של המנזר נמצאו כתובות ביוונית באחת מהן נכתב :, כתובת אחרת הזכירה אדם בשם "אבגניוס" (או אנטוניוס) שזהותו לא ידועה. ברצפת הכנסייה נמצאה כתובת המקום היחיד בו נמצאו בפסיפסים מוטיבים מעולם החי היה בשרידי המנזר, ברצפת הפסיפס הופיעו עיטורים של צמדי שלווים ויונים. ריבוי רצפות הפסיפס ואחדות העיטורים הוביל מספר חוקרים לטעון כי פעלה במקום סדנה לייצור פסיפסים, בדומה לסדנאות שפעלו באותה תקופה ברחבי הארץ, כגון: עזה, ירושלים, ציפורי ובית שאן.
שקמונה חדלה מלהתקיים בשלהי המאה ה-6 לספירה או ראשית המאה ה-7 לספירה, עוד בטרם לכיבוש המוסלמי, מסיבה שאינה ידועה.
שקמונה באזכורים יהודיים ונוצריים.
שקמונה אינה מוזכרת בתנ"ך, והיא מוזכרת לראשונה בכתביו של יוסף בן מתתיהו (קדמוניות היהודים י"ג, 332) שבחר לקרוא לה בשמה היווני "סיקאמינוס". הוא מספר על קורות המלחמה במקום בין תלמי לתירוס מלך מצרים, לבין אלכסנדר ינאי שצר באותה תקופה על עכו. שקמונה נזכרת פעם נוספת בתלמוד הבבלי ובקרב נוסעים נוצריים. ממקורות אלו ניתן להתרשם מהקהילה היהודית הגדולה ששגשגה במקום לצד אוכלוסייה נוצרית.
הנוסע הנוצרי אנטונינוס מפלקנטיה (570-560) מציין את שקמונה "כעיר של יהודים".
החפירות בתל.
החפירות הראשונות בתל ובסביבתו נערכו כבר בשנת 1939 על ידי מחלקת העתיקות של ממשלת המנדט הבריטי. במסגרת חפירות אלו נחשפו קפלה ורצפת פסיפס מהמאה ה-6 לספירה. עונת חפירות נוספת התקיימה בין השנים 1963–1979 על ידי משלחת של מוזיאון חיפה לאמנות עתיקה בראשותו של ד"ר יוסף אלגביש (שאף כתב על כך ), ועל ידי משלחת נוספת שחפרה במקום בשנת 1994.
מלבד הממצאים הארכאולוגיים שנמצאו בתל עצמו, מזרחית לו ואף ממזרח לכביש 2 נחשף בית הקברות של שקמונה, הכולל מערכת של 22 מערכות קבורה חצובות על צלע הכרמל, סמוך למונומנט העוגן המוצב כיום על סלע. 21 מתוכן מתוארכות לתקופה הרומית והביזנטית, בעוד מערכת קבורה אחת מתוארכת לתקופת הברונזה המאוחרת.
רבים מן הממצאים הארכאולוגיים שנתגלו בתל שקמונה, לרבות רצפות פסיפס, מוצגים כיום בתערוכה מיוחדת במוזיאון הימי הלאומי בחיפה.
בשנת 2010 החלו פעולות חירום לשימור ממצאי החפירות הקודמות וכן חפירות מחודשות בתל עצמו ובשטחים שמדרום לתל. משלחת חפירות ושימור מחודשת זו היא מטעם המכון לארכאולוגיה ע"ש זינמן באוניברסיטת חיפה, בראשותו של ד"ר מיכאל איזנברג ובמימון קרן הכט. הפרויקט נעשה במסגרת הרחבת פארק הכט ובמסגרת התוכנית להפוך את התל וסביבתו לגן ארכאולוגי הפתוח לביקור הציבור.
פעולות השימור, בראשותו של משמר בכיר אמיר ג'נאח, מתמקדות בעיקר סביב שטיחי הפסיפסים ואזור הבריכות התעשייתיות שמדרום לתל. הפעילות הארכאולוגית מתמקדת במספר שטחים שכבר נחפרו חלקית בידי אלגביש; ד"ר שי בר מטעם המכון לארכאולוגיה בחיפה מיקד את חפירתו בחתך לאורך פאתו המזרחית של התל ובחלקו הדרומי על מנת ליצור התאמה ורצף בין הסטרטיגרפיה החדשה לזו מחפירותיו של אלגביש, בעיקר של התקופות הברזליות בתל. רצף זה מאפשר הבנה טובה יותר יותר ופרסום מדעי ראשוני אחוד של חפירותיו של אלגביש יחד עם החפירות המחודשות ביישוב. החפירות מחוץ לתל רוכזו בעיקר באזור הכנסייה הדרומית הממוקמת כ 120 מ' דרומית לתל. כאן שומרו שטיחי הפסיפס והחפירה תתרחב צפונה. עונת החפירות האחרונה בתל ובשטח העיירה נערכה בשנת 2013. סיכום החפירות והמחקר החדש ביישוב התפרסם במסגרת גיליון מיוחד של כתב העת מכמנים בשנת 2021. החוקרים תמימי דעים כי אין עד כה זיהוי לאתר בתקופות המקראיות ואילו מן התקופה ההלניסטית ואילך יש לזהותו עם פורפיראון (הדרומית). הזיקה לשקמונה היהודית נפסל ואין לזהות האתר עם יישוב זה שהרי שקמונה ממוקמת במפרץ חיפה בצמוד או ייחד עם היישוב חיפה. העדויות בעלות זיקה נוצרית מהתקופה הביזנטית (הכנסייה הדרומית ושני מנזרים במזרח האתר כנראה) תואמות את הידוע לנו על היישוב הנוצרי.
קבר הלוחם החיקסוסי.
אחד הממצאים הארכאולוגיים הבולטים באתר התגלה במערכת קבורה מתקופת הברונזה התיכונה, כלומר כ-150 שנה לפני ראשית ההתיישבות במקום. הקבר מורכב משני חדרים, חדר כניסה וחדר פנימי. גופת המת הונחה בחדר הפנימי על גבי ספסל, כשפניו פונות אל חדר הכניסה. סביב הנקבר הונחו שלל מנחות קבורה הכוללות צלוחיות, פכיות בושם, לוחיות עצם מגולפות, וכן מספר חרפושיות שעל אחת מהן נכתב בכתב הירוגליפי:
יעקב-הר היה מראשוני מלכי שושלת הפרעונים ה-15, הלא היא השושלת החיקסוסית, וחרפושיות רבות הנושאות את שמו נמצאו ברחבי מצרים וכנען.
כמו כן נמצאו שלל כלי נשק פזורים על הרצפה - שני ראשי חניתות, שני פגיונות וחרמש, שככל הנראה היוו חלק מחגור הלוחם שנתלה על קיר מערת הקבורה. פרט לכך נמצאה גולגולת של סוס, ככל הנראה סוסו של הלוחם. בעקבות בחינת הממצאים הארכאולוגיים שנמצאו לצד הנפטר, הסיקו החוקרים כי מוצאו הוא מקרב השבטים השמיים המערביים, המקורבים בתרבותם לאוכלוסייה האסייתית ששלטה בדלתא של מצרים בתקופת החיקסוס.
חוף שקמונה.
שמורת שמונה היא שמורת טבע ימית השוכנת על יד התל, לאורך חוף הים התיכון בין המכון לחקר ימים ואגמים בצפון לטיילת מגדלי חוף הכרמל בדרום. השמורה היא גם גן לאומי וגובלת בחלקה הדרומי בפארק הכט המלווה את קו החוף ממרחק מסוים. האתר כולל שמורה ימית מוכרזת בשטח של 1,677 דונם לאורך 1.6 ק"מ של חוף, וכן כ-45 דונם ביבשה, כולל שטח מהתל. השמורה הוכרזה ב-26 באוקטובר 2008. שביל הליכה חוצה את השמורה לאורכה והכניסה ברכב אסורה למעט באופניים.
בתקופת המנדט היה החוף שייך למשפחת בוטאג'י, משפחה ערבית נוצרית עשירה ממוצא לבנוני/סלוניקאי שהפעילה במקום חוף רחצה עם מזח ותאי הלבשה, בדומה לחוף שהפעילה משפחת כיאט מדרום לחוף זה.
עמנואל אטקס
עמנואל אֶטְקֶס (Etkes; נולד ב-1939) הוא פרופסור אמריטוס בחוג להיסטוריה של עם ישראל ובבית הספר לחינוך של האוניברסיטה העברית בירושלים וחתן פרס ביאליק לחכמת ישראל לשנת 2010.
ביוגרפיה.
עמנואל אטקס נולד בשנת 1939 בתל אביב למשפחה חילונית, נשלח על ידי הוריו לבית הספר ביל"ו בתל אביב, שם הצטרף לתנועת בני עקיבא. למד בישיבת בני עקיבא כפר הרואה והיה פעיל בתנועת בני עקיבא. במסגרת שירותו בצה"ל יצא לנח"ל עם גרעין של התנועה והיה קומונר בסניף התנועה בתל אביב.
אטקס הוא איש שמאל פעיל ומבטא את דעותיו מעל במות שונות.
לאטקס ארבעה ילדים. אחד מהם הוא דרור אטקס, פעיל מרכזי בשלום עכשיו וביש דין.
פעילות אקדמית.