על פי רנדי הלן פורסונד, הנורווגים שנותרו באי קלנדסו בלטו ביהירותם והם התגרו במלך השוודי על הזמן הרב שעבר עד להגיעו לשם. לאחר ששכבת קרח חדשה קישרה את האי עם היבשה, הגיע אינגה בראש כוח של 3,000 אנשים. למרות שהוא הציע מספר פעמים לנורווגים לשוב לארצם בשלום (יחד עם השלל שלהם), נדחו הצעותיו על הסף. בסופו של דבר תקפו השוודים ושרפו את המבצר. הנורווגים נפוצו לכל עבר והותר להם לשוב למולדתם, לאח שהם הוכו במקלות והם נאלצו להשאיר מאחוריהם את כל השלל שהם אספו ואת רכושם. מתוך כעס על התבוסה המשפילה, תכנן מגנוס לנקום. בשנה שלאחר מכן הוא נכנס שוב לשוודיה וכבש מחדש את אותם אזורים. במהלך המערכה החפוזה הזאת, ארבו הוא ואנשיו לכוחות השוודים ואילצו אותם לשוב לספינותיהם, כשהם סובלים אבדות כבדות. המלחמה נמשכה עד 1100 או 1101.
אריק הראשון, מלך דנמרק, מתוך חשש שהעימות יסלים, החל ליזום שיחות שלום בין שני המלכים. היחסים בין נורווגיה לבין דנמרק החלו להיות מתוחים לאחר פשיטותיו של מגנוס להלנד ב-1096 ואריק חשש שהעימות עלול לגלוש לתחומי ממלכתו. בסופו של דבר הסכימו שלושת המלכים הסקנדינבים לפתוח בשיחות שלום על הגבול ליד נהר גוטה אלב. לאחר שהתקיימה פגישה מוצלחת, הם הסכימו לשמור על הגבולות הקדומים. על ידי כך שנשא לאישה את מרגרטה, בתו של אינגה (שזכתה בכינוי Fredkulla – "נערת השלום"), השיג מגנוס את השליטה על האדמות בזכות אבות. מאחר שהנישואים לא הניבו צאצאים, לא הפך דלסלנד מעולם להיות מחוז נורווגי והוא הושב לשוודיה לאחר מותו של מגנוס.
המסע השני לים האירי ומותו.
ב-1101 או 1102 שם מגנוס שוב את פעמיו לאירלנד, הפעם ככל הנראה עם כוח גדול יותר בהשוואה למסע הראשון. אחד האתגרים הגדולים ביותר שלו הייתה הברית שכרתו מלכי המשנה באיים. המקורות האיריים מציינים שמגנוס הגיע כדי "לקחת את אירלנד", "לפלוש לאירלנד", או "לצור על אירלנד". הוא קיבל תגבורות מאורקני בדרכו לאי מאן, שם הוא הקים בסיס כדי לבדוק את המצב. בין מגנוס לבין מוירכרטך או בריאין, מלך מנסטר והמלך העליון של אירלנד, שנאבק כנגד יריבו, דומנאל או לוכליין התגלעו מתחים. ב-1101 התנסה מגנוס ככל הנראה במצב זה, כאשר פלשו מלחים עלומי שם לאי סקטרי. לאחר הגעתו לאי מאן, מספרים המקורות האירים, שמגנוס הסכים ל"שנת שלום" עם האירים. על פי מקורות נוספים הייתה ברית נישואים בין זיגורד, בנו של מגנוס, לבין בימוניו, בתו של מוירכרטאך, כחלק מהברית שנחתמה בין השניים. ביום החתונה, מינה מגנוס את זיגורד כמלך-שותף והפקיד בידיו את האחריות על האדמות במערב. מוירכרטאך הכיר גם הוא בשלטונו של מגנוס על ממלכת דבלין ועל פינגל.
בערך באותה תקופה, נשא מוירכרטאך לאישה את בתו של ארנולף ממונטגומרי, אחיו של יו ממונטגומרי, שנהרג ב-1098 על ידי מגנוס. הדיווחים במקור הקרוי "הקלף העבש" (Morkinskinna) הנוגעים ל"אביר זר" הקרוי גיפרור, שהופיע בחצרו של מגנוס לפני תחילת המערכה בשוודיה, מובאים, על פי רוזמרי פאוור, כהוכחה לכך שמגנוס קשר קשר עם ולטר גיפרד, רוזן בקינגהאם הראשון (או עם בן משפחתו), במסגרת המרד נגד הנרי הראשון, מלך אנגליה. על פי אורדריקוס ויטליס, השאיר מגנוס בידיו של אזרח עמיד של העיר לינקולן, אוצר שהוחרם על ידי המלך הנרי לאחר מותו של מגנוס. ייתכן שאוצר זה שולם למגנוס על ידי הרוזנים הנורמנים בתמורה לתמיכתו בהם וככל הנראה הוסדר עניין זה על ידי אותו גיפרור שעל פי הסאגות ביקר בחצרו של מגנוס. תשלום זה יכול היה לממן למגנוס את העלות הגבוהה של מסעותיו במערב, שלא זכו לאהדה רבה באותה עת בנורווגיה.
מוירכרטאך היה דיפלומט מיומן, והמשא ומתן על הנדוניות של בנותיו היה חלק ממהלך פוליטי זה. בעוד שלא הייתה בכוונתו לכבד את ההסכמים שלו עם מגנוס (או עם אחרים), הוא היה זקוק לתמיכתו של מגנוס כדי למחוץ את דומנאל. מגנוס ומוירכרטאך חברו יחדיו למשלחות פשיטה משותפות לאחר הסכם השלום, שהופסקו רק במהלך חורף 1102 – 1103. על פי הסאגות העביר מגנוס את החורף בקונכט, אך מאחר שבאופן שגוי תבע מוירכרטאך את קונכט כחלק מממלכתו, תיקנו ההיסטוריונים המודרניים את תיאור המקום בו העביר מגנוס את חורף זה לקינקורה שבמנסטר. לפי רוזמרי פאוור נראה סביר יותר שמגנוס השאיר את הצי שלו ליד דבלין (ב-1102 מוירכרטאך ויתר על השליטה בממלכת דבלין — שאותה כבש ב-1194 ובה המליך את בנו את אחיינו — לטובתו של מגנוס). ככל הנראה כרת מגנוס ברית עם מוירכרטאך במהלך המערכות שלו כנגד דומנל ב-1103, אך בניגוד למקורות הנורדיים, המקורות האיריים לא מתארים את המערכות הללו כמוצלחות. ב-5 באוגוסט 1103, ניסה מוירכרטאך ללא הצלחה להכניע את דומנל בקרב מג קובה. מגנוס לא לקח חלק בקרב זה, אך נתיניו בממלכת דבלין לחמו לצדו של מוירכרטאך. מאחר שמגנוס היה קרוב לתפיסת כס המלכות האירי, מוירכרטאך שאף ככל הנראה לסלק אותו מדרכו. על פי "הקלף העבש" ועל פי מחזור העולם, הסכימו השניים שמוריכרטך יספק למגנוס ולאנשיו את המספוא לבהמותיהם למסע חזרה לנורווגיה. כאשר הוא התמהמה לקיים את התנאי הזה, החל מגנוס לחשוד בכך שהאירים מתכננים התקפה. הוא קיבץ את אנשיו ביום ברתולומאוס הקדוש, 24 באוגוסט 1103, ופלש לארץ. ייתכן שמגנוס ואנשיו ביצעו נחיתה בלתי זהירה כדי לשדוד את הבקר, או ששבטי האולייד שגו לחשוב שבכוונתם לעשות כן. לחלופין, ניתן לחשוב שמוריכרטך הורה לאולייד לספק ציידה לדרך למגנוס, ותחת זאת אלה ארבו לנורווגים.
המקורות הנורדיים מתארים כוח גדול שארב מתוך מקומות מחבוא. הכוחות הנורווגיים הופתעו והם לא היו במערך קרבי. מגנוס ניסה להשליט סדר בצבאו שנקלע לאנדרלמוסיה, הורה לחלק מהכוח לתפוס עמדה בטוחה ולהמטיר חיצים כדי להאט את התקדמותם של האירים. בהתכתשות שהתפתחה, נפגע מגנוס מרומח שחדר דרך שתי ירכיו מעל הברכיים, אך הוא המשיך להילחם, בנסותו להוביל את אנשיו לחניון במקום מישורי. לוחם אירי נושא גרזן תקף אותו והכה אותו במכה קטלנית מתחת לצווארו. כאשר נהגו אנשיו לומר לו שהוא נהג בחוסר זהירות במסעות המלחמה שלו, דווח שהוא הגיב: "מלכים נועדו לכבוד, לא לחיים ארוכים". מגנוס השלישי היה אחרון מלכי נורווגיה שנהרג בקרב מחוץ לגבולות ארצו.
בנוסף לבגידה האפשרות במגנוס מצידו של מוירכרטאך, ייתכן שגם אנשיו שלו בגדו בו, במיוחד חיל המשלוח של האציל תורגרים סינלוב, שנמלט לספינותיו בעיצומו של הקרב. ייתכן שתורגרים ואנשיו קיבלו פקודה מאנשים בעלי השפעה בנורווגיה שחפצו בהרחקתו של מגנוס מכס המלכות. על פי סנורי סטורלוסון, מספרם של האירים שנהרגו בקרב עלה על זה של הנורווגים, וגורלו של מגנוס היה שונה אם תורגרים ואנשיו היו נלחמים כפי שהורו להם. בנו של מגנוס, זיגורד, שב לנורווגיה ללא ארוסתו לאחר תבוסת אביו והשליטה הנורווגית הישירה באזור באה לקיצה. למרות שההשפעה הנורווגית שם המשיכה, לא היה שום מלך נורווגי ששב לשם במשך יותר מ-150 שנים.
קבורתו.
מגנוס נהרג ככל הנראה בקרבת נהר קווילי. על פי "הכרוניקות של מלכי האי מאן והאיים", נקבר מגנוס "ליד כנסיית פטריק הקדוש, במחוז דאון". כ-1.5 ק"מ מדרום לקתדרלה שבאי הסוס, ניצב תל שהיה ידוע כקברו של מגנוס, לאחר זיהויו במפה משנת 1859, שיוחסה לארכאולוג הדני ינס יקוב אסמוסן וורסאה . תיאורו של סנורי סטורלוסון את הקרקע הביצתית והקשה שבו הותקפו מגנוס ואנשיו, מתאים למראה הסביבה של אי הסוס, וכך סביר להניח שזהו מקום הקבורה הנכון. על פי פינבר מקורמיק, אלה שארבו למגנוס לא רצו שהוא ואנשיו יקברו בקבורה נוצרית, ותחת זאת הם קברו אותם בקרבת מקום הריגתם. במרץ 2003 הוקמה במקום אנדרטה לציון 900 שנים למותו של מגנוס.
ירושתו.
את כסאו של מגנוס ירשו בדרכי שלום שלושת בניו: זיגורד, אייסטיין ואולף. לקראת סוף תקופת מלכותו של זיגורד (הוא האריך ימים אחרי אחיו), במהלך סוף שנות העשרים של המאה ה-12, הגיע לנורווגיה ממערב האראלד גילה וטען להיותו בנו של מגנוס השלישי ויורש הממלכה החוקי. זיגורד הכיר בו כאחיו וכיורשו, לאחר שהאראלד צעד ללא פגע על תשעה להבי מחרשה לוהטים (משפט האל) ולאחר מותו של זיגורד ב-1130, הוא הוכרז כמלך לצדו של בנו של זיגורד, מגנוס הרביעי. בהמשך עלו היחסים בין השניים על שירטון וכמה שנים מאוחר יותר הוטל מום במגנוס הרביעי והוא הודח מכס המלכות (מכאן כינויו "העיוור"). זמן קצר לאחר מכן, נרצח האראלד הרביעי על ידי טוען לכתר אחר, זיגורד סלמבה, שגם הוא טען להיותו בנו של מגנוס השלישי וטענתו נדחתה על ידי האראלד הרביעי. לאחר מותו של האראלד, כרת זיגורד סלמבה ברית עם מגנוס העיוור, אך הם הובסו על ידי ראשי השבטים שהיו נאמנים למשפחתו של האראלד בקרב הולמנגרה. מגנוס נהרג בקרב וזיגורד נשבה, עונה והוצא להורג. קרב זה היה תחילתה של תקופה של יותר ממאה שנים שקרויה מלחמת האזרחים הנורווגית.
משפחתו וצאצאיו.
מגנוס השלישי נשא לאישה את מרגרטה פרדקולה, בתו של אינגה הזקן, מלך שוודיה, כחלק מתנאי הסכם השלום שנחתם ב-1101. מנישואים אלו לא נולדו שום צאצאים. שלשת בניו, שירשו אותו על כס המלכות, נולדו לנשים אחרות והיו לו שתי בנות ידועות שנולדו לנשים עלומות שם:
שנים לאחר מותו של מגנוס הופיעו אנשים נוספים שטענו שהם בניו. יחד עם זאת, לא ניתן לוודא את נכונותן של טענות אלו:
אורבנו אורטגה