הליגה הרוסית הבכירה - במתכונתה הנוכחית - הוקמה בשנת 1992 עם התפרקותה של ברית המועצות. מבין הקבוצות שהיו בליגה הסובייטית הבכירה בעונת 1991 נשארו שש קבוצות בפרמייר ליג הרוסי: ספרטק מוסקבה, צסק"א מוסקבה, לוקומוטיב מוסקבה, אלניה ולדיקווקז, טורפדו מוסקבה ודינמו מוסקבה. בהקמת הליגה הרוסית הבכירה צורפו עוד 14 קבוצות רוסיות מליגות סובייטיות נמוכות יותר. בתחילה כללה הליגה הרוסית הבכירה 20 קבוצות בעונת 1992, אך בגלל ריבוי המשחקים הוחלט לחלק את הליגה לשני חלקים נפרדים. בעונה שלאחר מכן, עונת 1993 כבר היו בליגה 18 קבוצות בלבד ובעונה שלאחר מכן רק 16 קבוצות, מספר הקבוצות כיום. נעשה ניסיון להעלאת מספר הקבוצות בליגה ל-18 בעונות 1996 ו-1997 אך לבסוף הוחלט להשאיר את מספר הקבוצות בליגה על 16 בלבד.
עם הקמת הליגה, שלטה ספרטק מוסקבה בתארים החשובים וזכתה ב-9 מתוך עשר האליפויות הראשונות כאשר רק אלניה ולדיקווקז הצליחה לשבור את רצף הניצחונות של ספרטק מוסקבה בזכייה באליפות 1995 ועד כה ספרטק-אלניה ולדיקווקז היא אלופת רוסיה היחידה שנשרה לליגת המשנה. ב-1996 נערכו משחקי השלמה על מנת להכריע מי האלופה בשל שוויון נקודות בסיום העונה, ספרטק מוסקבה התמודדה על המקום הראשון מול אלניה ולדיקווקז וניצחה לבסוף 2:1.
תחילת המאה ה-21.
בשנת 2001 האחריות לניהול ליגת העל הועברה לארגון בשם "ליגת העל הרוסית בכדורגל", ארגון אשר קיבל זיכיון לניהול מפעל זה, כמו גם לניהול המסחרי והכלכלי של ליגת הכדורגל הבכירה, מידי ההתאחדות לכדורגל.
בתחילת שנות האלפיים ניכרה עלייה אצל הקבוצות לוקומוטיב מוסקבה וצסק"א מוסקבה שהתחלקו על האליפויות בין השנים 2002–2006 (ב-2002 נערכו שוב משחקי השלמה לליגה מאחר שצסק"א מוסקבה ולוקומוטיב מוסקבה חלקו את המקום הראשון. במשחק המכריע על המקום הראשון ניצחה לוקומוטיב 0:1 - מאמן צסק"א היה ואלרי גזאייב, שאימן גם את אלניה ולדיקווקז ב-1996). בעונת 2007 זניט סנקט פטרבורג היה המועדון השני שזכה באליפות ושאיננו ממוסקבה והיה המועדון הראשון בתולדות המדינה שזכה באליפות בסיוע מאמן זר, היה זה ההולנדי דיק אדבוקאט שאימן את הקבוצה. ב-2010 כשהקבוצה זכתה שוב באליפות הליגה, היא שוב עשתה זאת בסיוע מאמן זר - הפעם לוצ'יאנו ספאלטי האיטלקי. בשנים 2008–2009 זכתה באליפות רובין קאזאן, כשבשתי הפעמים היא זכתה באליפות בסיוע המאמן הטורקמני שלה גורבן ברדייב.
בשנים 2010–2018.
בעונת 2010 לראשונה בתולדות הליגה נשרה קבוצה מהליגה הבכירה בעקבות קשיים כלכליים ולא בשל יכולותיה הספורטיביות, הייתה זו קבוצת מוסקבה, שפינתה את מקומה לאלניה ולדיקווקז שסיימה שלישית בליגת המשנה בעונת 2009. שנה לאחר מכן, ב-2011, המצב חזר על עצמו עם סאטורן שהודחה מהליגה בשל קשיים פיננסיים ופינתה את מקומה לקרסנודר, שסיימה חמישית בעונת 2010 כשהקבוצות שסיימו במקום השלישי והרביעי (וולגה ניז'ני נובגורוד, קאמאז נברז'ני צ'לני בהתאמה) סירבו להעפיל לליגה הבכירה.
בעונת 2011/2012 לראשונה בתולדות הליגה הרוסית, נערכו המשחקים בשיטה המקבילה לליגות האירופאיות. אם עד אז שוחקה הליגה ממארס ועד נובמבר, החל משנת 2011, נערכים המשחקים החל מאביב 2011 ועד אביב 2012, במטרה להתאים את הליגה לתקנים אירופאיים, מהלך שהוביל נשיא ההתאחדות הרוסית לכדורגל, סרגיי פורסנקו. הליגה נפתחה עם 14 קבוצות בלבד, במקום 16, זאת כיוון שסאטורן ואמקאר פרם לא מצאו ספונסר לפני פרסום לוח המשחקים לעונת 2011/12, שתי הקבוצות הללו נקלעו למשבר כספי עם תום עונת 2010 וסאטורן נשרה לליגת המשנה. בשל כך, הוחלט לצרף לליגת העל קבוצה מהליגה הרוסית הראשונה, קרסנודאר, שסיימה את עונת 2010 במקום החמישי (קבוצות שסיימו במקום השלישי והרביעי סירבו לעלות לליגת העל). הליגה משוחקת עם 44 מחזורים, עם שתי הפסקות פגרה באמצע. בסיומה של העונה הסדירה (שכוללת 30 מחזורים) מפוצלת הליגה לשתיים ונערכים משחקי הכרעה בשיטת פלייאוף, כשמנגד משחקות קבוצות תחתית הליגה במאבק על ההישארות בליגה, זאת מבלי להתחשב במיקומן בטבלת האליפות עד לסיום המחזור האחרון בעונה הסדירה.
שלוש קבוצות רוסיות בליגה הבכירה מעולם לא הודחו מהליגה הבכירה, וכולן ממוסקבה: לוקומוטיב מוסקבה, ספרטק מוסקבה וצסק"א מוסקבה. לעומת זאת, הקבוצות שהודחו הכי הרבה הן קובאן קרסנודר (5 פעמים) ושיניק ירוסלבל (4 פעמים) כאשר קובאן מעולם לא שיחקה בליגה הבכירה יותר מפעמיים רצופות.
בעונת 2016/17, 3 קבוצות בלבד ייצגו את העיר מוסקבה (ספרטק, לוקומוטיב וצסק"א): המספר הנמוך ביותר של קבוצות מוסקבאיות בתולדות הליגה.
רפורמה ומיתוג מחדש.
לקראת עונת 2018/2019 הוחלט לערוך מיתוג מחדש, שבמסגרתו תוכנן להציג לוגו חדש ושם חדש: הפרמייר-ליג הרוסי (ברוסית: Российская Премьер-Лига). כחלק מהרפורמה בליגה אליפות רוסיה בכדורגל לנוער צפויה עברה שינוי כשלצדה הוקמה ליגת הכדורגל לנוער, המהווה לטורניר העל של שחקני האקדמיה של הקבוצות.
הלוגו החדש של הליגה הוצג ביולי 2018 יחד עם חתימת חוזה זכויות שידור עם ערוץ Match TV. במסגרת דיונים על הרפורמה הוצע להשית תקנים חדשים עבור קבוצות ליגת העל, במסגרתן תקבע תקרת מינימום לתקציב ומספר מושבים מינימלי אפשרי עבור מגרשי ליגת העל.
ביוני 2019 הוחלט כי החל מעונת 2019/2020 מנהלת הליגה מעניקה 10 פרסים אישיים: מצטיין המשחק, מצטיין החודש, מאמן החודש, שער החודש, כדורגלן העונה, מאמן העונה, שער העונה, מלך השערים של העונה, שוער העונה, הכדורגלן הצעיר של העונה. בדצמבר 2019 נשיא הליגה הודיע שנבחנות אפשרויות להוספת שלב פלייאוף לליגה והוספת כמות המשחקים בליגה. בנוסף, הליגה תנהל משא ומתן מול הרשויות המקומיות ומנהלי הקבוצות לשדרג את כלל האצטדיונים ולדאוג להוספת גג לאצטדיונים.
במרץ 2020, בעקבות התפרצות נגיף הקורונה ברוסיה, הליגה הופסקה לראשונה בתולדותיה, במחזור 22 (8 מחזורים לסיום העונה) וחודשה בהמשך ביוני 2020. עם זאת, הדבר גרם לכך שעונת 2020/2021 החלה באיחור של חודש וחצי מהמתוכנן. במאי 2020 בישיבת התאחדות הכדורגל הרוסית הועלתה הצעה לשינוי שם הליגה, כמו גם לשינוי שם ליגת המשנה והליגה השנייה, כמהלך שנועד למשוך קהל לליגות הכדורגל, בין ההצעות הנידונות הן הליגה הבכירה, הליגה הלאומית או ליגת רוסיה. הצעות לרפורמה בליגה עלו ביתר שאת בנובמבר 2020, בין היתר הוצע להפחית את מספר הקבוצות ל־12 משתתפות, כאשר אחרי שלושה מחזורים במפעלים האירופיים, ארבעת המועדונים הרוסיים שהשתתפו לא הצליחו להשיג ניצחון, מה שמשפיע על מיקומה של רוסיה בדירוג אופ"א ועל מספר הקבוצות שמשתתפות בתחרויות האירופיות בעונות הבאות. נשקלות אפשרויות לצמצם את קבוצות הפרמייר ליג ל־14 או 12 מועדונים, כשהעונה תשוחק בשלושה סבבים החל מעונת 2021/2022. בינואר 2021 נבחנה אופציה בה יצומצם מספר המשתתפות ל־12 קבוצות וישונה מבנה הטורניר שיכלול 2 שלבים: הקבוצות עורכות עונה סדירה בשני מחזורים עם 22 משחקים. בחלק השני של העונה הקבוצות מחולקות ל־2 בתים של 6 קבוצות ומשחקות גם בשני מחזורים (עוד 10 ימי משחק). בבית הראשון ייקבע זהות הקבוצות שישתתפו במפעלים האירופיים, בבית השני ייאבקו קבוצות התחתית על מקום בליגה. נבחנת גם אפשרות להוספת טורניר פלייאוף בחלק השני של העונה, כאשר הקבוצות שסיימו במקומות 1 עד 8 תשתתפנה בטורניר על האליפות בעוד 4 הקבוצות מתחתית הטבלה (הקבוצות ממקומות 9 עד 12 בשלב הראשון של העונה הסדירה) מתחברות עם 4 הקבוצות המובילות מהליגה הלאומית כדי להיאבק על הזכות להשתתף בעונת שלאחר מכן. מנסחי הרפורמה מאמינים כי צמצום מספר ימי המשחק ל־27 יאפשר לשחק רק בתנאי מזג אוויר טובים ורק בסופי שבוע, כאשר לטורניר פלייאוף יהיה ערך מסחרי מיוחד. הצעה לרפורמה דומה הוצגה גם ביולי 2021, בצעד שנועד להגביר את התחרותיות בטורניר ואת הכדאיות הכלכלית שלו.
לקראת עונת 2022/2023 מנהלת הליגה הניחה מספר הצעות עיקריות לשינוי בליגה, כמו ביטול המגבלה על שחקנים זרים; הצגת דרישות איכות חדשות לזרים; שחקני בית ייקבעו בהתאם לדרישות אופ"א; המשכורות חייבות להיות לא יותר מ-85% מתקציב המועדון. בנוסף לביטול המגבלה, הליגה ביקשה להציג אמצעים להפחתת הסיכונים להגעה מסיבית של זרים באיכות נמוכה. מוצע להציג דרישות איכות. מערכת כזו תכלול מערכת הערכה שכוללת הן את הפרמטרים האישיים של השחקן (מספר המשחקים ששיחק, אחוז הזמן במגרש) וההישגים הספורטיביים של נבחרתו והמועדון. עבור מדדים אלה, השחקן יקבל נקודות, המסוכמות ומובאות בחשבון בדירוג הסופי. אם הזר לא יצבור מספיק נקודות, ועדה מיוחדת תשקול את מועמדותו. נוסף לזה מוצע להציב תקרת שכר ועלויות. המועדונים יהיו מחויבים להוכיח כי סכום ההוצאות וההעברות האישיות בסוף 2021 לא עלה על 85% מתקציבם ובסוף 2024 - 70% מסכום ההכנסות התפעוליות וההכנסות מהעברות. מנהלת הליגה הציעה גם כי מתוך 25 הספורטאים, לפחות שמונה חייבים להיות שחקנים מקומיים. ביניהם צריכים להיות ארבעה בוגרי האקדמיה של המועדון וארבעה שחקנים רוסיים (אלה שבגיל 16 עד 21 בילו לפחות שלוש שנים בכל מועדון בליגה).
השלכות הפלישה הרוסית לאוקראינה הביאו לכך שרוסיה הורחקה ממפעלי הכדורגל של אופ"א ונידונה הצעה להגדלת מספר המשתתפות בליגה ל־18, כאשר צפוי שינוי משמעותי במבנה הליגה לקראת עונת 2022/2023, לרבות אפשרות הכנסת טורניר חדש כדי למלא ימי משחק. בעונת 2022/23, 5 קבוצות ייצגו את העיר מוסקבה (ספרטק, לוקומוטיב, דינמו, טורפדו וצסק"א): המספר הגבוה ביותר של קבוצות מוסקבאיות בתולדות הליגה.
שחקנים זרים.