אחרי שהתגורר ביפן למשך מספר חודשים, חזר סופית לגור בפריז, קרוב לבית ילדותו. חזרתו לצרפת סימנה את תחילתה של "התקופה ההוליוודית השלישית" של ז'ירו, על אף שלא היה בהוליווד או אפילו בארצות הברית באותו זמן. באותה תקופה הוא החל לעבוד באופן קבוע בחברת "האחים וורנר" ויצר אנימציה ועיצוב לדמויות שונות. הסרט המוכר ביותר בו עבד כאנימטור היה "Space Jam" מ-1996. הסרט התייחד בכך שהוא שילב תמונות חיות עם אנימציה, מה שיצר מצד אחד סרט ייחודי ומעניין אך מהצד השני עבודה קשה מאוד. עם זאת, הצלחתו של הסרט הובילה אותו להפקות אמריקאיות נוספות, זאת בזמן שהוא בכלל עובד מביתו שבצרפת. בשנת 1997 עבד כאמן קונספט באפוס המדע הבדיוני של לוק בסון "האלמנט החמישי", אשר היה בעל חשיבות אישית רבה עבור ז'ירו משום שפירושו היה לעבוד בצמוד לחברו הטוב ז'אן קלוד מז'יר. עבודתם המשותפת על הסרט היוותה עבור ז'ירו מעין השלמת מעגל לסרט הקולנוע שניסו ליצור בשנת 1957 יחד. בשנת 2005 יצא סרט תיעודי אודות הפרויקט, ובו ניכרה הידידות האיתנה בין השניים. באותו המזן, ביתו הבכורה של ז'ירו, הלן, עבדה על האנימציה גם כן, וזאת אף על פי שלא זכתה לקרדיט על כך. אף על פי כן, ז'ירו הצהיר בגאווה כי "היא שיתפה פעולה בצורה מסורה מאוד. היא התחילה עם שחר, וחזרה הביתה רק בערב, לאחר שכל הצוות כבר הפסיק לעבוד".
בשנת 2005 יצא לאקרנים הסרט הסרט הסיני "Thru the Moebius Strip", המבוסס על סיפור חייו של ז'ירו, אשר שימש גם כמעצב ומפיק שותף יחד עם ידידו הוותיק ארני וונג. בשנת 2012, שנת מותו, השתתף ז'ירו כאמן קונספט בסרט אנימציה משנת 2012 "Strange Frame", מה שהפך לעבודתו האחרונה בתחום הקולנוע.
עיבודים לסרטים.
רבות מיצירותיו של ז'ירו עובדו למדיום הקולנועי, בשנת 2002 ערוץ הטלוויזיה המקובל France 2 יצר סדרה קצרה שכללה ארבעה-עשר פרקים מונפשים באורך של כארבע דקות, המבוססות על דמותו המכוננת של ז'ירו, אשר ביצע בסדרה גם את האנימציה, הכתיבה וההפקה. ביתו הצעירה נאוסיקה אף דיבבה כמה דמויות בשלושה מהפרקים יחד עם אביה.
בשנת 2004 עובדה סדרת הקומיקס המפורסמת של ז'ירו "אוכמניות" לטלוויזיה על ידי הבמאי יאן קונן, והסדרה המצולמת זכתה לשם "L'expérience secrète" כשמו של אחד מן הספרים. שני ניסיונות קודמים להביא את אוכמניות למסך הגדול בשנות השמונים נפלו; באחד מהניסיונות הוחתם השחקן מרטין קוב לגלם את סגן אוכמניות ואפילו, כפי שהתברר כעבור עשרות שנים, נסע לאירופה כדי לצלם כמה סצנות בתפקיד זה במטרה לגייס משקיעים פוטנציאליים. משוכנע שהפרויקט היה בר-קיימא, קוב התאכזב לגלות שהפרויקט קרס מפאת חוסר מימון.
בשנת 2010 ז'ירו עיבד בעצמו לאנימציה את הרומן הגרפי "La planète encore" ("הכוכב הדומם") - מה שזיכה אותו בפרס אייזנר בשנת 1991 לסרט האנימציה הקצר הטוב ביותר. "מוביוס הפקות" שימשה כחברת ההפקה, ואשתו השנייה של ז'ירו, איזבל, הייתה שותפה מרכזית ביצירה. ז'ירו אף היה אחד משני הבמאים של הסרט הקצר, והוא הוקרן בבכורה בתערוכת "Mœbius transe forme" בפריז.
שנות חייו המאוחרות.
בסוף קיץ 1989 חזר ז'ירו לצרפת, באופן סופי כפי שיתברר בעתיד, אם כי בתחילה לא זו הייתה כוונתו. לפני כן משפחתו חזרה למדינה עוד לפניו, מכיוון שילדיו רצו להתחיל את לימודיהם במכללה קרוב לבית ילדותם, בפרוורי פריז. אשתו קלודין ליוותה אותם ויחד הם שיקמו את ביתם הישן והפריזאי. ז'ירו באותו הזמן שהה במדינות שונות, בעיקר ארצות הברית, צרפת ויפן, במסגרת עבודתו, ולא השקיע זמן מספיק באשתו וילדיו. אורך חייו הנדודי הוביל למשבר בנישואיו עם קלודין, ובסופו של דבר השניים עברו לחיות בנפרד עם שובו של ז'ירו לצרפת באופן תמידי. הפרידה בין השניים אמנם פגעה בילדיהם, אך היא הובילה את שניהם ל"חופש עצום" ו"כנות ללא דרישות או תסכול" על פי דבריו של ז'ירו.
בפברואר 1984 פגש לראשונה באיזבל צ'מפבל בכנס אמנות באיטליה, והחל לפתח איתה קשר ידידותי בשנת 1987. בשנת 1989, לאחר שנפרדו ז'ירו וקלודין, בנו צ'מפבל וז'ירו מערכת יחסים רומנטית זה עם זה, ולשניים נולד הבן רפאל. הזוג לא התחתן משום שחוקית ז'ירו היה עדיין נשוי לאשתו הראשונה, ורק בשנת 1994 התגרשו השניים באופן חוקי. נישואיהם הסתיימו ללא איבה או מרירות, בהסכמה של שני בני הזוג. על פי ז'ירו, "פשוט הבנו שאנחנו רוצים דברים שונים". קלודין זכתה לקרדיט על תרומותיה בספרי "אוכמניות" הרלוונטיים ואף רואיינה לסרט דוקומנטרי אודות הקומיקס משנת 1994. ז'ירו ואיזבל נישאו ב-13 במאי 1995, והביאו יחד את בתם השנייה, נאוסיקה. איזבל היוותה השראה עצומה על ז'ירו, ולאחר נישואיהם הגדיר את חייו לשני חלקים - החלק שלפני איזבל והחלק שאחרי איזבל. הוא אף תיאר אותה כ"מפתח לכל עיצוב גדול שלי". אחותה של איזבל (גיסתו של זירו), קלייר, הפכה לצבעית העיקרית של עבודותיו מנישואיהם ועד מותו בשנת 2012.
השינויים בחייו האישיים השפיעו גם על חייו העסקיים, כאשר חברת הקומיקס שלו ושל קלודין, "Giraud Starwatcher Graphics", פשטה את הרגל בעקבות המשבר ביחסיהם, במקביל למגמת ירידה תלולה ברכישת עבודותיו בארצות הברית. בשנת 1989 מכר ז'ירו את מניותיו בחברת 'Les Humanoïdes Associés' אשר הייתה המוציאה לאור העיקרית של "מטאל אירלאן", ובכך ניתק רשמית את קשרי בעלות שלו למגזין. בשנת 1990, יחד עם בת זוגו לשעבר קלודין, הוא הקים את העסק המשפחתי האמיתי הראשון שלו ללא השתתפות חיצונית, בשם Stardom, ודרכו החל לפרסם קומיקס בספטמבר אותה שנה. מלבד היותו של העסק הוצאה לאור, הוא שימש גם כגלריית אמנות עבור "מוביוס",אך גם עבור אמנים אורחים.
בשנת 1997 שונה שמו של העסק ל-"Moebius Production", כלומר "הפקת מוביוס" ולא הפקות, אף על פי שביצע מספר כאלה במסגרת העסק. בהמשך נטשה קלודין את החברה, בעיקר בשל נישואי ז'ירו-איזבל, ואשתו השנייה של ז'ירו לקחה פיקוד על הניהול וההפקה. עם זאת, הבעלות הייתה עדיין משותפת בין איזבל, ז'ירו וקלודין. גם לאחר מותו של ז'ירו המשיכה איזבל לנהל את העסק ולערוך תערוכות בגלריה, ובשנת 2017 הצטרפו לניהול גם אחותה קלייר וילדיה עם ז'ירו, רפאל ונאוסיקה.
במקביל לעבודתו של ז'ירו על אחד מספרי 'אוכמניות' האחרונים, "OK Corral", שיצא בשנת 2005, הוא התחיל לעבוד על סדרת המשך לקומיקס המיתולוגי שלו, 'Incal', שנקראה "Après l'Incal" ואותה כתב חודורובסקי. עם זאת, כאשר שרטט את קווי העיפרון לספר הראשון בסדרה המתוכננת,"Le nouveau rêve", הוא נתקל ב"יותר מדי דברים שמושכים אותי, יותר מדי רצונות אמנותיים". ההתחבטות בנושא הקו האמנותי שעליו לבחור מנע ממנו "להתמסר לציור כיאה לאיש מקצוע במובן המסורתי". אחרי עבודה קשה ורבה הצליח ז'ירו לצייר ספר אחד באורך של 58 עמודים, אך סירב להמשיך גם לספרים הבאים. למרות הניסיונות לשכנע אותו אחרת, לבסוף נאלץ חודורובסקי להמשיך את הסדרה עם אמן אחר. להחלטה הזאת של ז'ירו הייתה השפעה רבת משמעות על המשך הקריירה שלו, שכן לאחר שסיים את "OK Corral" החליט להפסיק לצייר באופן מסחרי לזמן רב.
למרות החלטתו להפסיק את הציור המסחרי, הוא כן המשיך לעבוד על הפרויקט הגדול שלו באותו זמן - הקומיקס האוטוביוגרפי "Inside Mœbius" (על אף הכותרת האנגלית הטקסט היה בצרפתית - תרגום אנגלי יצא בשנת 2018), אותו יצר בין השנים 2000 ל-2010. הספרים, שחולקו ל-6 כרכים שאורכם למעלה מ-700 עמודים, הכילו פנטזיה אוטוביוגרפית מאויירת, שחלקה הקטן מבוסס על חייו של ז'ירו ואילו רובה מכילה פנטזיה דמיונית, בה מככבת דמותו הקרטונית של ז'ירו. בקומיקס הוא מופיע בצורה קריקטורית לצד דמותו הצעירה מן העבר, ומוצג גם כיוצר וגם כדמות הכלואה בתוך סיפורי העבר שלו, יחד עם דמויות ותיקות כדוגמת סגן אוכמניות, ארזך, מייג'ור גרוברט ואחרים.
בשנים האחרונות לחייו החליט ז'ירו להחיות את דמותו של אזרך דרך סדרת הרפתקאות חדשה ומסעירה; הכרך הראשון (והאחרון בדיעבד) של הטרילוגיה המתוכננת הופיע לראשונה בצרפת בשנת 2010, ונקרא "Arzak l'arpenteur". במקביל לעבודתו על הספר הוא החליט ליצור שני סיפורים נוספים לקומיקס המצליח השני שפרסם לראשונה ב'מטאל אירלאן' (לצד ארזך), "Airtight Garag", אשר נשאו את השמות "Le chasseur déprime" ו-"Major". בשנת 2011 הוציא את ספר האמנות "La faune de Mars", אשר פורסם במהדורה מוגבלת של 1,000 עותקים בלבד על ידי ההוצאה לאור של אשתו, Mœbius Production. בשלב זה היה ז'ירו במצב בריאותי כושל מאוד, ונאלץ להשתמש במשטח רישום דיגיטלי עבור איוריו בשל ראייתו הנחלשת.
מותו.