המחתרת הפיליפינית פעלה רבות נגד השלטון היפני. המחתרת, שסיעה לצבא ארצות הברית, הייתה כה יעילה שעד לסוף המלחמה יפן שלטה רק על 12 מתוך 48 המחוזות באזור. ב-20 באוקטובר 1944 נחת צבא ארצות הברית בפיקודו של מקארתור במפרץ לייטה, ומשם המשיכו לכיוון מנילה. הקרבות המשיכו עד לכניעת היפנים ב-2 בספטמבר 1945. הפיליפינים סבלו אבדות קשות במלחמה: כחצי מיליון אזרחים חיילים פיליפינים נהרגו והעיר מנילה סבלה נזקים קשים.
הרפובליקה השלישית (1946-1972).
באפריל 1946 נערכו בפעם הראשונה בחירות לנשיאות הרפובליקה השלישית של הפיליפינים בהן נבחר מנואל רוחס וכפי שסוכם, ב-4 ביולי 1946, וויתרה ארצות הברית על שליטתה באזור. עם זאת, נותרו הפיליפינים בעלי תלות בכלכלת ארצות הברית, וחוק המסחר שהועבר באותה שנה כתנאי מקדים לקבלת סיוע, רק חיזק תלות זו. ב-1947 חתמו שתי המדינות על הסכם עזרה צבאית שהקנה לארצות הברית זכות חכירה על כל הבסיסים הצבאים ל-99 השנים הבאות (ב-1967 שונה ההסכם ל-25 שנים). בשנים הבאות החליטה ממשלתו של רוחס לתת חנינה לכל אלו ששיתפו פעולה עם היפנים במלחמת העולם השנייה בתנאי שלא ביצעו פשעים אלימים. באפריל 1948 מת רוחס במפתיע מהתקף לב והנשיאות עברה לסגנו אלפידיו קירינו. קירינו נבחר שנית ב-1949.
מלחמת העולם השנייה השאירה את הפיליפינים במצב עגום, ופעולות הממשלה החדשה רק הקשו על עבודות השיקום. המפלגה הקומוניסטית בפיליפינים הפכה לכוח אלים שפעל נגד הממשלה. המדיניות כלפי המפלגה נעה בין מחוות של שלום לדיכוי אלים. לבסוף שר ההגנה רמון מגסאיסאי החל במסע צבאי שהביס את הקומוניסטים וזכה בתמיכת הציבור. המפלגה התפרקה בסופו של דבר כשב-1954 נכנע המנהיג שלה לרשויות ללא תנאים.
בעזרת תמיכה מארצות הברית, מגסאיסאי הפך לנשיא ב-1953 כשנבחר על מצע שפנה לרגשות העם. הוא הבטיח שינויים בכלכלה וזרז את השיקום על ידי כך שהעביר את עניי הצפון הקתולי לחלקים בדרום שהיו שמורים עד אז למוסלמים. צעד זה הקל על הלחץ בצפון אולם הגביר את המתח הדתי באזור. למרות זאת, מגסאיסאי היה פופולרי מאוד בקרב העם, ומותו המפתיע בהתרסקות מטוס במרץ 1957 פגע קשות במורל הלאומי.
קרלוס גרסיה, ירש את הנשיאות לאחר מותו של מגסאיסאי, וניצח מאוחר יותר בבחירות בנובמבר. הממשל שלו הדגיש את המסר של פיליפינים בראש - שטען שיש לתת לפיליפינים סיכוי לתקן את כלכלת ארצם. גרסיה הצליח לשכנע את ארצות הברית לוותר על חלק גדול מהבנייה הצבאית שלה באזור, אולם הוא איבד מהפופולריות שלו כשהממשלה שלו הואשמה בשחיתות.
בבחירות של 1961, הפסיד גרסיה לדיוסדאדו מקפגל. מקפגל שאף להדק את יחסי הפיליפינים עם מדינות אחרות בסביבה כגון אינדונזיה ומלזיה שנקראה אז מלאיה, והמשא ומתן שלו עם ארצות הברית בנוגע לזכויות על בסיסים באזור יצר בציבור רגשות אנטי-אמריקאים עד לשלב בו החליטה הממשלה לשנות את יום העצמאות הפיליפיני מה-4 ביולי, היום בו עזבה ארצות הברית, ויום העצמאות של ארצות הברית עצמה, ל-12 ביוני, היום בו הכריז אגינלדו על הרפובליקה החופשית ב-1898.
שלטון מרקוס (1965-1986).
מקפגל רץ לבחירות חוזרות ב-1965 אולם הוא הפסיד לחברו לשעבר למפלגה, מנהיג הסנט פרדיננד מרקוס שעבר למפלגה הלאומית. עם מינויו לנשיא, יצר מרקוס פרויקטים ציבורים שאפתניים והעלה את המיסים, דבר שעזר למדינה מבחינה כלכלית בשנות ה-70 של המאה ה-20. הממשל שלו בנה יותר בתי ספר מכל ממשל קודם וסלל יותר כבישים מכל קודמיו ביחד. מרקוס נבחר בפעם השנייה ב-1969 ובכך הפך לנשיא הפיליפיני הראשון שזכה בקדנציה שנייה.
הרשות המחוקקת הפיליפינית הייתה מושחתת וחסרת יכולת, דבר שאפשר למתנגדיו של מרקוס לפגוע ביעילות ביוזמותיו. התקווה לצמיחה נעלמה, והגדילה הכלכלית החלה להאט, דבר שגרר עליה בפשע ובמרי האזרחי. בינתיים המפלגה הקומוניסטית יצרה את צבא העם החדש, והחזית המוסלמית, המשיכה להילחם עבור מדינה מוסלמית חופשית על האי מינדאנו. סכסוך במפלגה הליברלית ב-21 באוגוסט 1971 גרם למרקוס להשעות את זכויות הביאס קורפוס ב-11 בינואר 1972 בעקבות הפגנות ציבוריות.
משטר צבאי.
ב-21 בספטמבר 1972 בתגובה לעלייה בפשיעה ולאיום הקומוניסטי, הכריז מרקוס על משטר צבאי בפיליפינים. תחת חוקי המשטר הצבאי, מרקוס שלל את זכויות האדם ואת חופש העיתונות, סגר את הקונגרס ואת כלי התקשורת והורה על מעצרם של כל המנהיגים והחיילים האויבים, כולל 3 מחברי הסנאט לשעבר. החלטה זו הביאה רבים ממתנגדי המשטר לצאת לגלות, אולם באופן כללי היא התקבלה בברכה על ידי רבים בעם הפיליפיני בגלל המצב האנארכי אליו הייתה קרובה המדינה.
הוועדה לחוקה שהתחילה את פעולתה ב-1970 על מנת להחליף את חוקת המושבה מ-1935 המשיכה את פעולתה, וב-1973 נכנסה לתוקף חוקה חדשה, ושינתה את מוסד השלטון כך שמרקוס יכל להמשיך ולהחזיק בשלטון. מרקוס טען שהמשטר הצבאי היה הכרחי ליצירת סדר יום חברתי ופוליטי חדש. בשנות ה-70, הכלכלה בפיליפינים פרחה, התיירות עלתה והיצור הלאומי שולש. למרות זאת, עם השנים, החל מרקוס להיות נגוע בשחיתות במידה גוברת והולכת.
הרפובליקה הרביעית.
ב-17 בינואר 1981 לכבוד ביקורו של יוחנן פאולוס השני, סיים מרקוס באופן רשמי את המשטר הצבאי. למרות זאת, הוא שמר לעצמו את רוב הסמכיות שהיו עד אז, ואיתן את הסמכויות לעצור ולעכב אנשים כרצונו. בשלב זה השחיתות הנפוטיזם והמרי האזרחי גרמו לירידה בצמיחה הכלכלית.
הבחירות של 1981, שהציבו את מרקוס נגד הגנרל לשעבר אלחו סנטוס בהן ניצח מרקוס ביותר מ-16 מיליון קולות, הוחרמו על ידי מתנגדיו בשל חשד לזיופים והטיות. ב-1983 מנהיג האופוזיציה בניגנו אקינו הבן נרצח בשדה התעופה של מנילה בעת ששב לפיליפינים אחרי תקופה ממושכת בגלות. אירוע זה יצר אי שקט בציבור והתחיל שרשרת של אירועים שכללה לחץ מארצות הברית והובילה בסופו של דבר לבחירתה של קורסון אקינו אלמנתו של בנינו אקינו בבחירות ב-1986.
כצפוי, ועדת הבחירות הרשמית הכריזה על מרקוס כעל המנצח אולם בשל הבדל גדול בין תוצאותיה של הוועדה ואלו שנאספו מסקרים, אקינו ביחד עם תומכיה, ארצות הברית, ומשקיפים מכל העולם דחתה את החלטת הוועדה והפגנה לא אלימה ענקית, שעירבה חיילים ואזרחים כאחד, הכריחה את מרקוס לברוח לגלות והפכה את אקינו לנשיאה ב-25 בפברואר 1986. לאחר לכתו של מרקוס התגלה העושר בו חי, על חשבון עמו העני. במיוחד ניקר את העין אוסף אדיר של אלפי נעליים שאספה אשתו של מרקוס, אימלדה מרקוס.
הרפובליקה החמישית (1986-היום).
עם בחירתה הוסיפה אקינו לחוקה את תיקון החופש - מערך של צוים ותקנות ששינה באופן יסודי את סמכויות הנשיא, וארגן מחדש את הממשלה. תיקון זה נכלל בחוקה חדשה שנכתבה בפברואר 1987. חוקה זו הגבילה את יכולתו של הנשיא להכריז על משטר צבאי, הציעה נתינת אוטונומיה שלטונית לחלק המוסלמי במינדאנו ובלוזון והחזירה את צורת השלטון לשלטונו של נשיא ושני בתי נבחרים. למרות שנעשתה התקדמות בהחזרת הדמוקרטיה וזכויות האדם למדינה, ממשלתה של אקינו עדיין נראתה כחלשה והחזרה לשגרה כלכלית עוכבה על ידי מספר ניסיונות הפיכה שבוצעו על ידי מתנגדים בצבא. הצמיחה הכלכלית גם עוכבה על ידי אסונות טבע שכללו את התפרצותו של הר הגעש פינטובו ב-1991 שהרג 700 אנשים והותיר 200,000 חסרי בית.
ב-1991 הסנט הפיליפיני סירב להסכם שיאפשר לארצות הברית לשמור על הבסיסים הצבאים שלה באיים ובדצמבר 1992 אחרי כמעט 100 שנים עזב צבא ארצות הברית את הפיליפינים. בבחירות ב-1992 אקינו לא התמודדה. פידל רמוס, שר ההגנה בממשל אקינו, שקיבל את תמיכתה התמודד וניצח עם 23.6% מהקולות במרוץ של שבעה משתתפים. בתחילת הקדנציה שלו הכריז רמוס על פיוס לאומי כעדיפות העליונה ועבד על בניית קואליציה בניסיון לתקן את המחלוקות שנוצרו בשנותיה של אקינו. הוא הפך את המפלגה הקומוניסטית לחוקית, והחל בדיונים עם מורדים מהצבא, קומוניסטים ומוסלמים קיצונים בניסיון להביא הפסקה למתקפותיהם כנגד הממשלה. ביוני 1994 חתם רמוס על חנינה לכל המורדים, המשטרה והצבא על פשעים שבוצעו בשעה שנלחמו במתנגדי השלטון. באוקטובר 1995 חתמה הממשלה על הסכם עם קבטמה מורדים, שסיים את המרד בצבא. הסכם שלום עם אחת מהקבצות המוסלמיות הגדולות ביותר נחתם ב-1996 ובכך סיים מאבק של 24 שנים למרות שתת-קבוצה קיצונית של הארגון המשיכה להילחם. ניסיונות מצד רמוס להביא לשינוי בחוק כדי שהוא יוכל לרוץ לקדנציה שנייה גרמו להפגנות בקנה מידה ענקי, ולהבטחתו שלא ינסה להיבחר שוב.
ג'וסף אסטרדה שחקן קולנוע לשעבר ששרת כסגנו של רמוס נבחר במקומו ב-1998. המצע שלו הבטיח לעזור לעניים ולפתח את החקלאות במדינה והוא נהנה מפופולריות עצומה, בייחוד בקרב העניים. בעקבות המשבר הפיננסי באסיה שהחל ב-1997, המצב בכלכלה החמיר, ערך המטבע ירד ורמת האבטלה עלתה. בסופו של דבר המדינה החלימה, אולם זמן ההחלמה היה ארוך יותר מזה של מדינות אחרות באזור. בתוך שנה מבחירתו, הפופולריות של אסטרדה צנחה בעקבות האשמות של שחיתות וכישלונו לנוכח המצב. באוקטובר בשנת 2000, אסטרדה הואשם בקבלת שוחד של מיליוני פסו פיליפיני מהימורים לא חוקיים באזור. הוא הודח מתפקידו על ידי הקונגרס, אולם משפטו בסנט נעצר כשהסנט החליט שלא לבחון את החשבונות הבנקאים שלו. בתגובה להפגנות ברחוב שדרשו את התפטרותו בשילוב עם התפטרות של שרים וחוסר תמיכה מהצבא אסטרדה הודח רשמית מתפקידו ב-20 בינואר 2001.