תאודרוס שמלך לאחר שנתיים של קרבות רצופים לא נח לרגע. וכדי להשיג את מטרתו הגדולה הוא יצא במסע צבאי לחלקה הדרומי של אתיופיה ההיסטורית. על פי ההיסטוריון בהרו זוודה, אי הסתפקותו של תאודרוס בהבסת אצילי הצפון בלבד, מראה על:"חזונו הרחב" הקמפיינים בוולו ושוואה סימנו את תחילת מעבר המרכז הפוליטי דרומה תהליך שהסתיים עם הכתרת מנליק ב-1889
עצמאות וולו ושוואה היו "איום" לחזונו תוודרוס אתיופיה מאוחדת.
ולכן היה חייב לבצע את הקמפיינים
במרץ 1855 במועד של יום צום יצא תאודרוס בקמפיין צבאי לכיבוש וולו.
הקמפיין היה קשה במיוחד בגלל קואליציה שיצרו 7 קלני הוולו שבדרך כלל היו מסוכסכים ביניהם.
יתר על כן העימות נמשך גם בעונה הגשומה.
עם כיבושה של מקדלה ב-12 בספטמבר 1855, צבא תוודרוס היתגבר על ההיתנגדות של וולו. בתקופה יותר מאוחרת מגדלה תשמש כבירה וכמבצר ראשי עבורו.כדי שלא יעוררו מרידות מנהיגי וולו הראשיים שנשבו, נאסרו על ידי תוודרוס במקדלה.
הניצחון בוולו גם הסיר את האיום של מתקפה מהעורף כאשר תוודרוס המשיך משם להכנעת שוואה.
שוואה בתקופה זו הייתה ממלכה שלווה ועשירה מכיוון שלא הייתה מעורבת במאבקים הממושכים של צפון אתיופיה בתקופת השופטים. באוקטובר 1855 בעונת הגשמים צבא תוודרוס הגיע בהפתעה לגבול שוואה בגלל שצבא תוודרוס הפתיע אותם השוואנים תחת הנגוס (המלך) היילה-מלכות סהלה-סלאסי היו מחולקים, ובקרב בעלה וורק שהתרחש באמצע אוקטובר הם הובסו. סה"כ לקח הקמפיין חמישה חודשים. מנז גדם ואפרתה נפלו לידי תוודרוס וחלקיה הנותרים של שוואה נותרו בהתגוננות בהנהגתו של סייפו סהלה-סלאסי.בקרב ברכת הביס הצבא הקיסרי את הצבא השוואני שהיה בפיקודו של ראס דרגיה סהלה סלאסיב-9 בנובמבר
מלך שוואה היילה מלכות נפטר ממחלה. וכעת מטרת הצבא השוואני השתנתה להגנה על בן המלך מנליק. עם זאת מנליק נפל לידי תוודרוס .עם כניסת תוודרוס לאנקובר בפברואר 1856 קיבל את הסכמת הכמרים והמנהיגים למהלך וזאת לאחר שהבטיח להם לגדלו כילד שלו.
לאחר מכן מינה את היילה מיכאל סהלה סלאסי בתור מושל שוואה .עם זאת הוא סירב לתת לו את התואר נגוס ובמקומו החיה את התואר מרעד-אזמאץ' ,שהיה בשימוש בתקופה שלפני סהלה סלאסי.
עם כיבוש שוואה אוחדה מחדש האימפריה האתיופית שהייתה מחולקת קרוב ל-100 שנה. במחצית 1856 בגמדר, שוואה, גוג'ם, וולו, ותיגראי כבר היו כפופים למרותו. וכך בגיל 47 תוודרוס היה אחרון אצילי תקופת השופטים וראשון קיסרי העת החדשה באתיופיה. בזמן זה עיר הבירה הועברה מגונדר לדברה תבור.
פעולותיו הראשונות כקיסר.
עלייתו של תוודרוס מסמנת את תחילת ההיסטוריה המודרנית של אתיופיה, וזאת בשל הרפורמות שהביא. בשונה מהקיסרים שהיו לפניו רצונו העז למודרניזציה של המדינה, עלייתו לכס המלכות בגיל צעיר. כמו כן המצב שהיה במחוז הולדתו קווארה. קווארה בתקופה זו סבלה מהפשיטות של סודאן השכנה ונאלצה להיתמודד לבדה, מכיוון שהשלטון המרכזי היה אדיש. גם היתפצלות הכמורה לדוקטרינות אזוריות איימה על אחדותה של הכנסייה האתיופית. כמו כן האזורים הכפריים היו סובלים מהמלחמות הבלתי פוסקות של האצולה.מצב המדינה עודד את תוודרוס לקום ולמחוק את תקופת השופטים לפי וולטר פלאודן שהיה הקונסול הבריטי באתיופיה מטרתו של תוודרוס היה החזרת אתיופיה לגדולה שהייתה לה בעבר, וכן שמטרה זו נתנה הרבה מוטיבציה לתוודרוס. שנותיו הראשונות של תוודרוס בשלטון אופיינו בדאגה לעניים, חמלה, וצדק חברתי.
תוודרוס היה הראשון לבנות דרכים במדינה. לפי הכרוניקות ומעדות של אירופאים הוא עבד בבניית הדרכים כדי לשמש דוגמה לאחרים. הוא עבד קשה "מעלות השחר עד השקיעה" כשהוא הופך אבנים בידיו ומיישר. וכשעבד תוודרוס מי שעבד עמו לא היה מעז לאכול או לנוח לפניותוודרוס היה הקיסר הראשון שתקף את סחר העבדיםהוא פרסם צווים שונים למניעת הסחר והיה הקיסר הראשון שהתנגד לסחר עבדים. למשל בקמפיין שהוא עשה בבסו שבגוג'ם נמצאו עבדים בשוק והוא שיחררם לחופשי. כמו כן עבדים שנפלו בשבי בוולו, הוא אסר את מכירתם.
עם זאת הסוחרים היו מוצאים נתיבי הברחה והמסחר הלא חוקי התקיים באזורים הנידחים.
בתחום התרבות, בתקופתו הספרות האמהרית היתפתחה והישתפרה. וברמות הגבוהות של השלטון התנהל באמהריתתוודרוס הוא הקיסר הראשון שהכרוניקה שלו נכתבה באמהריתלפנים היה נהוג לכתוב בגעז. ומעתה ואילך אמהרית נהייתה השפה הלאומית כדי שהתנ"ך יהיה נגיש לאדם הפשוט (שלא יודע געז) ,תוודרוס דאג לתרגום התנ"ך מגעז לאמהרית. כמו כן בימיו נכתב הספר גאוגרפיה הראשון בשפה האמהרית.
תוודרוס גם דאג ללבוש יותר אלגנטי של האריסטוקרטיה. ובאופן כללי עשה מאמץ שהעם יישום את חוקי הדת והתרבות האתיופיים.
בתחום המנהל תוודרוס החל את תהליך איחודה וניהולה של המדינה על ידי שלטון מרכזי, תהליך שהסתיים בימי היילה סלאסי. בשיטה החדשה גובי המיסים והשופטים קיבלו את משכורתם מהשלטון המרכזי, דבר שהחליש את האריסטוקרטיה המחוזית עם זאת הקיסר לא החליף לגמרי את האצולה המחוזית. למשל את כאסה מירצ'ה(יוהנס הרביעי) שהיה צאצאו של הדג'אזמאץ' סבגדיס וולדו הוא מינה למושל תיגראי, ואת היילה מיכאל שהיה צאצאו של סהלה סלאסי הוא מינה למושל שוואה ,כך שנשארו מוקדי כוחות חזקים במחוזות.
במקומות מסוימים מינה את קרוביו, למשל בגוג'ם את ראס אנגדה. בתחילה השיטה הייתה מוצלחת ביותר. משוואה מרעד אזמץ' היילה מיכאל היה בא לבירה מעת לעת. תיגראי הייתה מקור הכנסה עיקרי לקופה הקיסרית (200,000 טאלר מריה תרזה בשנה) ,בגמדר הייתה מספקת רק 50,000 מריה תרזה עם זאת מקצת מן האצולה ניסתה למרוד, ועל כן הקיסר הגיע למסקנה שהוא חייב לבצע רפורמה בצבא הקיסרי.
צבא מודרני.
בגלל חשיבות הצבא בפוליטיקה האתיופית תוודרוס היתמקד בבניית הצבא. תוודרוס היה מודע היטב שהכח הצבאי היה הסולם שבזכותו הוא עלה לכס המלוכה ולא קרבתו לשושלת בשביל לאחד את המדינה ולחזק את צבאה, תוודרוס החל במה שוולטר פלאודן כינה "הרפורמה הגדולה" ,הרפורמה התמקדה בשלושה תחומים צבאיים והם: ארגון, משמעת, וארסנל.
שינויים אלה תרמו לניצחונותיו ולהחלת מרותו. שינויים אלה עזרו לאזרחים לחיות ב"ביטחון יחסי".
בתחום הארגון הוא הקים צבא לאומי מאוחד במקום הצבאות האזוריים מימי תקופת השופטים. החיילים שבאו מהמחוזות השונים אורגנו בהיררכיה מאוחדת על ידי הקיסר. דרגות הפיקוד הצבאי האתיופי ,"עסר אלקה"(מפקד ה-10) ,"חמסה אלקה"(מפקד ה-50) ודומיהם שנמצאות בשימוש עד ימינו, נוצרו בתקופה זו. הקיסר הפחית את כמות חיילי המשמר הקיסרי, ובכך הפחית בעיות לוגיסטיות וסירבול.ומעתה לחיילים ניתן משכורת, ונאסרה ביזת החקלאים בחוק. לפנים חיילי הצבאות הפאודלים היו מחייבים את החקלאים לתת אוכל ומיטה.מעשים אלה נאסרו בתוקף על ידי הנגוסה נגסת. בתקופה זו החיילים היו מקבלים את משכורתם מהקיסר, וכל חייל שגזל מחקלאי, היה נענש בחומרה רבה.
הנגוסה נגסת ניסה להקנות משמעת ברזל לצבא. לדוגמה, במסע הצבאי לוולו, חיילים שנכנסו לקרבות בלי פקודה, קיבלו עונש מוות בלי רחמנותלפי בהרו זוודה צעדים אלה לא הוכחו כיעילות, אלא היו מחזקים את "מעגל האלימות".
רוב ארסנל הנשק של תוודרוס נפל לידיו כשלל מלחמה לאחר ניצחונותיו.יותר מאוחר הנגוסה נגסת ניסה ניסה לייבא טכנולוגיה מאירופה ולייצר נשק על אדמת אתיופיה. לשם כך הוא ריכז את המסיונרים האירופים בגפת ובדברה תבור כדי שייצרו נשק, ובסמוך להם הקים בית ספר כדי שהתלמידים המקומיים ילמדו מהם את תהליך יצור הנשק.
התיעוד האמין הראשון של ארסנל הנשק, שנוצר מקדלה, היה בתקופת שלטונו של תוודרוס. היו לו 15 תותחים, 7 מרגמות, 11,063 רובים, 875 אקדחים, 481 כידונים ובנוסף תחמושת
התנגדות לשלטונו ודיפלומטיה.
הרפורמה הקשה של הכנסייה.
כדי לאפשר את יישום הרפורמות היה צריך בסיס פיננסי יציב ובאותה תקופה הכנסייה האתיופית הייתה המוסד הכי עשיר במדינה. בתחילת שלטונו יחסיו עם הכנסייה והאבונה היו טובים וזאת בגלל התמיכה הקיסרית בגישת התווחדו. כמו האיחוד הפוליטי כך הוא רצה גם שהכנסייה תהיה מאוחדת.
בזמנו תוודרוס היה נוצרי אדוק שהקפיד על המונוגמיה, התנגד לפילוג הכנסייה, ואף אמר "בלי כריסטוס אני כלום". מהסיבות האלה היחסים בהתחלה היו טובים, עם זאת הם השתבשו וזאת על רקע הפקעת אדמות הכנסייה. בשנת 1860 הסתיים כבר תהליך הפקעת הקרקעות מהכנסייה ומסירתן לחקלאים. זה למעשה היה ביצוע של הכתוב בספר הנבואי "פוכרה אייסוס" וחיקוי המעשה של תוודרוס הראשון. בשנה זו גם הוגבל מספר הקייסים המשרתים בכנסייה ל-2 ומספר הדיאקונים ל-3 בלבד. הקיסר אפילו חשב לבטל כליל את משרת הדיאקון בכנסיות.
כנסיות רבות השתמשו בכח אדם רב ממה שהיו צריכים ומכיוון שאין מיסוי על הכנסייה היה הפסד רב לקופה הקיסרית ולזה תוודרוס היתנגד בתקיפות.
עם זאת הכנסייה לא ישבה בחיבוק ידיים. עד מאסרו של אבונה סלאמה ב-1864 הכנסייה בראשותו התנגדה לקיסר. הטיעון המרכזי של הכנסייה נגד הקיסר היה אזכור היותו של תוודרוס "מלך לא חוקי" אלא "חוטף".
המורדים.
עם התגברות המירכוז של השלטון המרכזי, האצולה המחוזית שכוחה הצטמצם החלה למרוד. בגוג'ם תדלה גוואלו, בוולקיית טיסו גובזה, בשוואה סהלה סלאסי ובזבך, ובוולו הדג'אזמץ' ליבן אמדה מרדו בקיסר. צבא לסתה בראשות ווגשום גובזה אפילו הצליח להשתלט לתקופה קצרה על גונדר, בסמיין ובווגרה גם יצאו במרד.