מחקר המשך מעלה את האפשרות, שמקור העופרת היה בצנרת המים החיים של הספינות ולא בשימורי המזון. ק. ט.ה. פארר טען, כי "אי אפשר לראות איך יכול מישהו להפיק משימורי המזון את כמות העופרת, 3.3 מ"ג ליום במשך שמונה חודשים, שהייתה דרושה להעלאת ה-PBS לרמה של 80 μg/dL שבה מתחילים להופיע סימני הרעלת עופרת באנשים בוגרים וההשערה, לפיה תיתכן "הצפה" של עופרת בעצמות של אנשים מבוגרים על ידי צריכת מזון לאורך תקופה של כמה חודשים, או אפילו שלוש שנים, אינה מתקבלת על הדעת. נוסף לכך, מזון משומר היה נפוץ בשימוש בצי המלכותי בשנים ההן וצריכתו לא הובילה לשום עלייה משמעותית בהרעלת עופרת בכל מקום אחר. לעומת זאת, ואך ורק במשלחת הזאת, הותקנו בספינות מנועים של קטרי קיטור, שהותאמו להנעת עזר, ואלה דרשו כטון של מים חיים לשעה ליצירת הקיטור. סביר מאוד להניח, שלצורך זה הותקנה בספינות מערכת ייחודית לזיקוק מי ים, שבהתחשב בחומרים שהיו בשימוש בזמן ההוא, הייתה מפיקה כמויות גדולות של מים בעלי תכולת עופרת גבוהה מאוד. ויליאם באטרסבי טען, שזה מקור סביר הרבה יותר לרמות הגבוהות של עופרת שהתגלו בגופות חברי המשלחת מאשר המזון המשומר.
סקירה נוספת של הקברים נערכה בשנת 1986. צוות צילום הסריט את הנוהל, כפי שהוצג בסרט התעודה "קבורים בקרח" בסדרת הטלוויזיה "נובה" משנת 1988. בתנאי שדה קשים ביצעו דרק נוטמן, רדיולוג ורופא מאוניברסיטת מינסוטה, וטכנאי רדיולוגיה לארי אנדרסון צילומי רנטגן רבים של אנשי הצוות לפני הנתיחה. ברברה שווגר, מומחית לביגוד ארקטי, ורוג'ר אמי, פתולוג, סייעו בחקירה.
ביטי ואנשי צוותו הבחינו, שעוד מישהו זולתם ניסה להוציא את הארטנל מקברו. במהלך הניסיון, פגע גרזן במכסה העץ של ארונו, ולוחית הארון נעדרה. חקירה שנערכה באדמונטון בהמשך לימדה, שסר אדוארד בלצ'ר, מפקד אחת ממשלחות החילוץ של פרנקלין, הורה על הוצאת גופתו של הארטנל באוקטובר 1852, אבל המאמצים נכשלו בגלל הפֶּרְמָפְרוֹסְט. כעבור חודש, הצליח אדוארד אוגוסטוס אינגלפילד, מפקדה של משלחת חילוץ אחרת, במבצע ההוצאה מן הקבר והסיר את הלוחית מעל הארון.
שלא כקברו של הארטנל, הקבר של טוראי ויליאם בריין נשמר ברובו ללא פגע. כאשר הוצא מקברו, ראה צוות הסקירה סימנים לכך, שקבורתו הייתה חפוזה. זרועותיו, גופו וראשו הונחו בחוסר זהירות בארון, ואחת הגופיות שלו הולבשה במהופך. הארון נראה קטן מדי למידותיו; המכסה דחס את אפו. לוח נחושת גדול, ששמו ושאר פרטים אישיים שלו חקוקים בה, עיטר את מכסה ארונו.
חפירות NgLJ2 1992.
בשנת 1992 זיהה צוות של ארכאולוגים ואנתרופולוגים פורנזיים אתר, שצוין כ-NgLJ2, על חופיו המערביים של אי המלך ויליאם. האתר תאם את התיאור הפיזי של "מקום הסירה" של לאופולד מקלינטוק. חפירות שנערכו במקום חשפו קרוב ל-400 עצמות ושברי עצמות, וחפצים שונים, מחלקי מקטרות חרס עד כפתורים ואביזרי נחושת. בדיקה של עצמות אלה שערכה אן קינלסייד, מדענית הזיהוי הפלילי של המשלחת, גילתה רמות גבוהות של עופרת והרבה סימני-חיתוך "שעלו בקנה אחד עם גרימת בשר". על יסוד משלחת זאת, התקבלה ברבים הסברה, שלפחות קבוצות אחדות מבין אנשי פרנקלין הגיעו לכלל קניבליזם כמוצא אחרון במצוקתם. ב-18 ביוני 2015 סיכם מחקר, שהתקבל לפרסום בכתב העת הבינלאומי לאוסטאוארכאולוגיה, שנוסף לגרימת הבשר מעל העצמות, "35 עצמות נשאו סימני שבירה ומירוק קלחת", שמופיע כאשר קצות העצמות שהתלהטו במים רותחים מתחככים בסיר הבישול שאליו הוכנסו, התרחשות טיפוסית לשלב האחרון של קניבליזם, כשאנשים על סף גוויעה ברעב מחלצים את מח העצמות כדי לנצל כל פירור אחרון של קלוריות וחומרים מזינים שעומד לרשותם.
חיפושים אחר אונייה טרופה (1993-1992).
בשנת 1992 ארגן הביוגרף של פרנקין, דייוויד ק. וודמן, בעזרת המומחה למגנטומטר בראד נלסון, את "Project Ootjoolik" לחיפוש האונייה הטרופה, שנמצאת, לדברי האינואיטים, סמוך לחצי האי אדלייד. הם גייסו לעזרתם את מועצת המחקר הלאומית של קנדה ומטוס סיור של הצבא הקנדי, ומצוידים במגנטומטר רגיש, יצאו לסקור שטח חיפושים רחב ידיים ממערב לגרנט פוינט, מגובה 60 מטר. יותר מ-60 מטרות מגנטיות חזקות זוהו, וחמש מהן נחשבו לבעלות מאפיינים תואמים במיוחד לאלה שיש לצפות להם באוניות של פרנקלין.
ב-1993, ערכו ד"ר ג'ו מקאיניס ווודמן ניסיון לזהות את המטרות הראשונות במעלה מן השנה הקודמת. מטוס שכור נחת על הקרח בשלוש מנקודות הציון, בור נחפר בקרח, ונעשה שימוש בסונאר לסקירת גזרה קטנה להדמיית קרקעית הים. אלא שמחמת תנאי הקרח וניווט לא ודאי, לא ניתן היה לאשר בדיוק את מיקום הבורות, ודבר לא נמצא.
החפירות באי המלך ויליאם (1994–1995).
בשנת 1994 ארגן וודמן והנהיג חיפוש יבשתי באזור שממפרצון ריצ'רד קולינסון עד ויקטורי פוינט (של ימינו) למציאת ה"כספות" הקבורות שהוזכרו בעדות של הצייד האינואיטי בן התקופה. קבוצה של 10 אנשים עשתה עשרה ימים בחיפוש, שמומן על ידי החברה הגאוגרפית המלכותית של קנדה, וצולם על ידי תאגיד השידור הקנדי "המוקד צפון". שום זכר לכספות לא נמצא.
ב-1995 התארגנה משלחת בשיתוף וודמן, ג'ורג' הובסון והרפתקן אמריקאי בשם סטיבן טראפטון - שכל קבוצה בה תכננה חיפוש נפרד. הקבוצה של טראפטון נסעה לאיי קלארנס לבחון סיפורי אינואיטים על "גלעד של איש לבן" שם, אבל לא מצאה דבר. קבוצתו של ד"ר הובסון, בלוויית הארכאולוגית מרגרט ברטולי, חקרה את "מחנה הקיץ" שנמצא כמה קילומטרים דרומית לכף פליקס, שם נמצאו כמה זוטות ממשלחת פרנקלין. וודמן, עם שני מלווים, יצא דרומה ממפרץ וול אל ויקטורי פוינט וחקר את כל אתרי המחנה הסבירים לאורך חוף זה. הוא מצא רק כמה פחיות חלודות באתר מחנה שלא נודע קודם, סמוך לכף מריה לואיזה.
חיפושי אונייה טרופה (2013-1997).
בשנת 1997, הרכיבה חברת הסרטים הקנדית אקו-נובה את משלחת "פרנקלין 150", במטרה להשתמש בסונאר לחקור עוד מן המטרות המגנטיות העיקריות שנמצאו ב-1982. הארכאולוג הבכיר במשלחת היה רובר גרנייה, שנעזר במרגרט ברטולי, ווודמן פעל שוב כהיסטוריון המשלחת ומתאם החיפוש. המבצעים התנהלו משוברת הקרח "סר וילפריד לורייה" של משמר החופים הקנדי. כ-40 קמ"ר נסקרו, ללא תוצאות, סמוך לאי קרקוול. כשקבוצות נפרדות מצאו שרידי חפצים של המשלחת, בעיקר ריקוע נחושת וכמה פריטים קטנים, על חופי האיונים מצפון לאי או'ריילי, הועתק החיפוש לאזור זה, אבל מזג אוויר גרוע מנע עבודת חיפוש משמעותית לפני תום המשלחת. סרט תעודה, "אוקיינוסים של תעלומה: חיפוש הצי האבוד", הופק על ידי חברת אקו-נובה על משלחת זו.
וודמן גייס שלוש משלחות להמשיך במיפוי המגנטומטר של אתרי הטביעה המוצעים, משלחת במימון פרטי ב-2001, ומשלחות איריות-קנדיות לחיפוש פרנקלין בשנים 2002 ו-2004. משלחות אלה עשו שימוש במגנטומטרים נגררי-מזחלות בעבודה על קרח הים והשלימו את הסקר שלא הסתיים באזור החיפושים הצפוני (האי קרקוול) מ-2001, ובכל האזור הדרומי של האי או'ריילי (2002 ו-2004). כל המטרות המגנטיות בעדיפות גבוהה זוהו על ידי סונאר דרך הקרח כגאולוגיות במקורן. ב-2002 ו-2004, נמצאו חפצים קטנים של משלחת פרנקלין, ואתרי אוהלים טיפוסיים של חוקרי ארצות, על איון קטן צפונית-מזרחית לאי או'ריילי, תוך כדי חיפושים על החוף.
משלחת מצר ויקטוריה (2014).
ב-1 בספטמבר 2014 ערך צוות קנדי חיפוש רחב יותר, תחת דגלה של "משלחת מצר ויקטוריה" ומצא שני פריטים על האי האט במפרץ המלכה מוד, סמוך לאי המלך ויליאם של נונאווט. הממצאים היו חפץ עץ, אולי שסתום לחור בסיפון, פתח צינור הברזל שדרכו נועד להשתלשל כבל הספינה למטה, אל תוך תא השלשלת שמתחת לסיפון; וחלק של מנוף להשקת סירה ועליו חותמות של שני חצים רחבים של הצי המלכותי.
ב-9 בספטמבר 2014 הודיעה המשלחת על איתור אחת משתי הספינות של פרנקלין ב-7 בספטמבר. האונייה נשמרה במצב מעולה, והסונאר זיהה אפילו את קורות הסיפון. האונייה שקועה בקרקעית הקטע המזרחי של מפרץ המלכה מוד, מערבית לאי או'ריילי. ב-1 באוקטובר אישר ראש ממשלת קנדה סטיבן הרפר בבית הנבחרים הקנדי, שהאונייה הטרופה היא אכן אה"מ "ארבוס".
משלחת הקרן לחיפושים ארקטיים (2016).
ב-12 בספטמבר 2016 יצאה הודעה, לפיה מצאה המשלחת של קרן החיפושים הארקטיים את האונייה הטרופה טרור דרומית לאי המלך ויליאם במפרץ טרור, הנמצא ב-. האונייה הייתה שלמה ללא פגע.
מסקנות מדעיות.
סקרי השטח, החפירות והוצאת הגופות של FEFAP התמשכו לאורך יותר מ-10 שנים. תוצאות המחקר הזה מן החפצים ומשרידי האדם שהתגלו באי המלך ויליאם ובאי ביצ'י הוכיחו, שצוות האי ביצ'י מת, קרוב לוודאי, מדלקת ריאות ואולי משחפת, שרמזים להן נמצאו בראיה למחלת פוט, שנמצאה אצל בריין. בדיקות רעלנים הצביעו על הרעלת עופרת כגורם תורם סביר. סימני חיתוך בלהב שנמצאו על עצמות כמה מחברי הצוות התקבלו כאותות לקניבליזם.
מן הראיות עלה, ששילוב של קור, רעב וחולי - צפדינה, דלקת ריאות ושחפת - שהוחרף עוד יותר מחמת הרעלת עופרת, קטל את כל האנשים במשלחת פרנקלין.