בתחילת 1644, בדיוק כשדורגון ויועציו הרהרו כיצד לצאת במתקפה נגד שושלת מינג, התמרדו האיכרים ברחבי סין נגד שלטון מינג הקורס. מרד איכרים אחד, שהורכב בעיקר מגנבים ובוזזים והונהג בידי לִי דְזְה-צֶ'נְגּ תקדם לעבר בייג'ינג, בירת שושלת מינג. ב־24 באפריל באותה שנה, פרץ צבא המורדים את שערי בייג'ינג וקיסר שושלת מינג, צ'ונְגְגֶ'ן, קיסר סין, התאבד לנוכח כיבוש הבירה ואיבוד התמיכה בשלטונו. חדשות על כיבוש הבירה של שושלת מינג בידי צבא איכרים הגיעו לאוזני החצר הקיסרית של שושלת צ'ינג ודורגון קיבל את ההחלטה לצעוד בראש צבא שושלת צ'ינג לכיבוש בייג'ינג דרך מעבר צר בין החומה הגדולה של סין לים בוהאי. המעבר הונהג בידי מוצב סיני של צבא מינג. מפקד המוצב, ווּ סָאנְגְווֵי, אשר חשש לחייו עקב הכיבוש של הבירה בייג'ינג בידי האיכרים, ערק עם כוחותיו לצבא שושלת צ'ינג בהנהגתו של דורגון. ווּ סָאנְגְווֵי כיוון את צבאו של דורגון לעבר המעבר. כוחותיו של לִי דְזְה-צֶ'נְגּ שנכחו בבירה באותה העת איבדו את סדרם לכדי ביזה ועל כן לא העמידו התנגדות סדירה ובעלת כוח אל מול התקדמותם של כוחות צבא צ'ינג.
כיבוש בייג'ינג.
לאחר שישה שבועות של התעללות בידי כוחות המורדים, אוכלוסיית בייג'ינג שלחה ועדה של זקנים ופקידים מממשל מינג המתפורר במטרה לברך את משחרריהם ב-5 ביוני. הם נבהלו כאשר במקום לפגוש את ווּ סָאנְגְווֵי ואת יורש העצר של מינג, ג'וּ צְהלַאנְג, הקיסר דַּאו המיועד, הם ראו את דורגון המנצ'ורי וצבאה של שושלת צ'ינג, מציג את עצמו כעוצר הקיסר הסיני הראוי לירושת "מנדט השמיים". באמצע המהפך הזה, התיישב דורגון בארמון וויינג, הבניין היחיד בתוך העיר האסורה שנותר שלם פחות או יותר לאחר שלִי דְזְה-צֶ'נְגּ הצית את מתחם הארמון באש ב-3 ביוני, לאחר שבזז את רוב אוצרות המלוכה של שושלת מינג. הכוחות המנצ'ורים הצטוו בהוראתו של הקיסר שׁוּנְגְ'ה לא לבזוז את העיר; משמעתם הפכה את המעבר של העיר לשלטון צ'ינג "חלק להפליא." עם זאת, במקביל לטענתו לבוא לנקום במינג, דורגון הורה להוציא להורג את כל התובעים לכס הקיסרות הסינית (כולל צאצאי הקיסר האחרון של מינג) יחד עם תומכיהם.
ב-7 ביוני, יומיים בלבד לאחר כניסתם לעיר, הוציא דורגון כרוזים מיוחדים לפקידים ברחבי הבירה, והבטיח להם שאם האוכלוסייה המקומית תסכים לגלח את מצחם (בדומה למנצ'ורים), ללבוש חליפות בסגנון מנצ'ורי ולהיכנע לשלטון המנצ'ורי, מקומם החברתי לא יפגע והם לא יפגעו משינוי שלטון זה. הוא נאלץ לבטל את הפקודה הזו כעבור שלושה שבועות לאחר שהתפרצו כמה מרידות איכרים סביב בייג'ינג, ואיימו על שליטת צ'ינג על אזור הבירה. דורגון בירך את הקיסר שׁוּנְגְ'ה בשערי בייג'ינג ב-19 באוקטובר 1644, כאשר זה נכנס בשערי הבירה בטקס רשמי. ב-30 באוקטובר הקיסר שׁוּנְגְ'ה בן השש הקריב קורבן במזבח השמיים. כהני דת קונפוציאנים חדשים נקבעו בידי הקיסר ומינויים הרשמי של הקיסר שׁוּנְגְ'ה ודורגון אושר בתאריך 31 באוקטובר בידי כהנים אלו. טקס ההכתרה הרשמי של פוג'ין נערך ב־8 בנובמבר, במהלכו השווה הקיסר הצעיר את הישגיו של דורגון לאלה של הדוכס ג'ואו, מייסדה הקדום של שושלת ג'ואו האדירה מסוף האלף השני לפנה"ס. במהלך הטקס הועלה התואר הרשמי של דורגון מ"הנסיך העוצר" ל"דוד התומך, הנסיך העוצר". בהמשך השתקן הקיסר הצעיר בתוך העיר האסורה והחל רשמית את שלטונו בתור קיסר סין הראשון דה יורה שהיה ממוצא מנצ'ורי.
ההנהגה המנצ'ורית הייתה מפולגת מבחינה שבטית לכדי שמונה מחנות, ידועים לרוב כשמונת הבאנרים. מנהיגי הבאנרים החלו לעבור לבייג'ינג, ובכך הפכו אותה לבירה המנהלית של שושלת צ'ינג במקום שן-יאנג בצפון-מזרח. בהמשך התבצעה חלוקת אדמות בין האצולה המנצ'ורית וכדי למנוע התנגדות לכך מצד האוכלוסייה הסינית המקומית, דורגון הוריד מיסים על האוכלוסייה העירונית והחל תשתיות בנייה נרחבות למען פיתוח העיר. בשנת 1646, דורגון גם הורה להקים מחדש את הבחינות האזרחיות לבחירת פקידי ממשל שיכהנו במשרות אזרחיות. מכאן ואילך נערכו בחינות באופן קבוע כל שלוש שנים כפי שאירע קודם לכן תחת המינג. בבחינת הקבלה לפקידים הראשונה שהתרחשה תחת שלטון צ'ינג בשנת 1646, נשאלו מועמדים, שרובם תושבי צפון-סין, כיצד ניתן לגרום למנצ'ורים והסינים בני ההאן לעבוד יחד למטרה משותפת. שאלה זאת באה במטרה של הממשל של דורגון להבין את רצון בני ההאן ובכך להתגבר על ההפרדה האתנית.
תחת שלטונו של הקיסר שׁוּנְגְ'ה, מספר עוברי הבחינות הממוצע בכל שנה ביחס האוכלוסייה המטרופולינית של הבירה היה הגבוה ביותר בכל ההיסטוריה של שושלת צ'ינג, עד 1660 כאשר נקבע מס נמך בהרבה לאוכלוסייה המקומית, זאת לאחר שקיסר מינג האחרון, צ'ונְגְגֶ'ן, העלה את המיסים במטרה להעלות את התקציב לצבא, פעולה שבעקיפין רק גרמה למריות איכרים ולגדילת הריחוק בין המשטר של מינג לבין האוכלוסייה האזרחית. כדי לקדם הרמוניה אתנית, בשנת 1648 אפשר צו קיסרי שגיבש דורגון לאזרחים הסינים בני האן להינשא לנשים ממוצא מנצ'ורי, זאת באישור מועצת החכמים המנצ'ורית ובאישור משפחתה של האישה המנצ'ורית. החלטה זאת, שנתמכה בידי הקיסר שׁוּנְגְ'ה הצעיר, נועדה גם היא כדי לחזק את הקשרים בין המנצ'ורים לבני ההאן.
כיבוש סין.
תחת שלטונו של דורגון - שהיסטוריונים רבים כינו אותו "המוח הכובש של צ'ינג" ו"הארכיטקט הראשי של מפעל המנצ'ו הגדול"- הכניע צבא שושלת צ'ינג כמעט את כל סין ודחק את הכוחות הנותרים נאמנים לשושלת מינג דרומה לנאנג'ינג, בירתם הדרומית ולאזור הדלתה נהר היאנגצה. סין הייתה מפולגת בין כוחות הצ'ינג בצפון והמרכז, מינג בדרום, לִי דְזְה-צֶ'נְגּ במערב וקבוצות מורדים רבות מסביב. כמו כן, מוסלמים הנאמנים לשלטון שושלת מינג החלו במרידה נגד צ'ינג בגאנסו. באמצע שנת 1645, לִי דְזְה-צֶ'נְגּ נסג מבירתו הזמנית של שיאן, אשר נכבשה בידי צבאות שושלת צ'ינג ונהרג זמן קצר מאוחר יותר בנסיבות לא ברורות. במותו התפרק מרד האיכרים שהנהיג והשטחים עליהם שלט התחלקו בין כוחות המינג הדרומיים וכוחות צ'ינג. לאחר כיבוש אזור שאנדונג וחנאן רוב המאבק בין המינג לצ'ינג עבר להתרכז על עמק נהר היאנגצה, איפה שהיה על הכוחות המנצ'ורים להתרגל למאבק באקלים לא מוכר. בעוד המנצ'ורים מקורם בערבה האסייתית היו מורגלים להילחם באקלים צחיח ויבש, היה עליהם להסתגל למאבק נגד כוחות מינג באקלים הטרופי של מרכז ודרום סין.
מרידות איכרים לא נפסקות ביחד עם סדרת עריקות מן הצבא המתפרק של כוחות מינג מנעו מכוחות מינג הדרומיים לצאת במתקפת נגד יעילה אל מול המנצ'ורים ולא הצליחו להתקדם מעבר לאזור חוביי. כמה צבאות צ'ינג סחפו דרומה, לקחו את עיר המפתח שוז'ו צפונית לנהר הואי בתחילת מאי 1645 וריכזו כוחותיהם לעבר ליאנגג'ו, העיר הראשית בקו ההגנה הצפוני של כוחות מינג הדרומיים. לאחר שבוע של מצור כוחות מינג המשיכו להילחם על העיר והיה על המנצ'ורים להשתמש בארטילריה במטרה להביס את כוחות מינג המוצבים בעיר. אחיו של דורגון הנסיך דודו הורה אז לבצע טבח וביזה בכל האוכלוסייה העירונית של ליאנגג'ו. כמתוכנן, טבח זה הטיל אימה על ערים אחרות באזור ואלו בתגובה נכנעו לכוחות צ'ינג הקרבים ללא קרב ושפיכות דמים. ואכן, נאנג'ינג נכנעה ללא קטטה ב-16 ביוני לאחר שמגניה האחרונים הבטיחו לדודו כי ייכנעו ללא קרב בתמורה שלא יפגע באוכלוסייה האזרחית. הצ'ינג כבשו עד מהרה את שטחיה הרחבים של קיסרות מינג ברחבי מרכז סין וסבסדו את שליטתם על מרכז סין.
ב-21 ביולי 1645, לאחר שליאנגג'ו והאזור סביבה נכבשה לגמרי והוסדרה חלק מן שושלת צ'ינג, הוציא דורגון צו חריג ביותר שהורה לכל הגברים הסינים לגלח את מצחם ולסדר את שאר שיערם בצמה ארוכה זהה לאלה של המנצ'ורים. העונש על אי-ציות היה מוות. מדיניות זו של כניעה סמלית עזרה למנצ'ורים לסבסד את סמכותם על האוכלוסייה הסינית. עם זאת, עבור פקידי האן ולומדי הספרות, התספורת החדשה הייתה מבישה ומשפילה (מכיוון שהיא הפרה את ההנחיה הקונפוציאנית המשותפת לשמירה על גופם שלם). מכיוון שהיא איחדה את הסינים מכל הרקעים החברתיים להתנגדות נגד שלטון צ'ינג, הפיקוד על חיתוך שיער הפריע מאוד לכיבוש סין בידי שושלת צ'ינג.
האוכלוסייה המתריסה בערים ג'יאדינג וסונג-ג'יאנג נטבחה על ידי גנרל מינג לשעבר שערק לשורות הצ'ינג. העיר ג'יאנגיין החזיקה מעמד נגד כ-10,000 חיילי צ'ינג במשך 83 יום. כאשר נפרצה סופית חומת העיר ב-9 באוקטובר 1645, צבא צ'ינג בראשות עריק מינג ליו ליאנגג'ואו טבח באוכלוסייה כולה והרג בין 74,000 ל-100,000 איש. מעשי טבח אלה סיימו את ההתנגדות המזוינת נגד שלטון צ'ינג באגן היאנגצה התחתון. כמה נאמנים מחויבים לשלטון מינג הפכו לנזירים, בתקווה כי פועלם הדתי יסמל את התנגדותם לשלטון מנצ'ורי זר. לאחר נפילת נאנג'ינג, יצרו שני בני משפחה נוספים בחצר הקיסרות של מינג משטרי מינג דרומיים שונים, ובכך החלו מלחמת ירושה פנימית בתוך שושלת מינג, מה שהפך את סיכוייהם להרים התנגדות אזרחית מוצלחת נגד שלטון צ'ינג אפילו להיות נמוכים מבעבר.
בסוף 1646 התפלגו תומכי מינג הדרומיים לכדי מרידות עממיות נוספות באזור גואנגג'ואו הדרומי. מרד זה, אשר איים על שליטת האימפריה הפורטוגזית במקאו, הוביל לסגירת המסחר בין הפורטוגזים לכוחות מינג. שני משטרי המינג הללו נלחמו זה בזה עד 20 בינואר 1647, כאשר כוח פרשים רטן בשירות שושלת צ'ינג שהובל על ידי לי צ'נג-דונג כבש את גואנגג'ואו, הפיל את כוחותיו של טוען הכתר שוואוו והותיר את מתנגדו, יונגלי, כעת הטוען לכתר מינג הכי חזק.