הצלחתו כמאמן קבוצת המילואים הביאה את קלמנטה בן ה-31 בלבד לתפקיד מאמן אתלטיק בילבאו. הקבוצה, שעונה קודם לכן סיימה במקום התשיעי בליגה, נהנתה משילוב מוצלח בין ותיקים, כמו אנדוני גויקוצ'יאה, וצעירים כמו אנדוני זוביזרטה, והתחברה לכדי קבוצה חזקה ואיכותית שתפסה את מקומה בצמרת. קלמנטה הוביל את בילבאו למקום הרביעי בעונת הבכורה שלו, ועונה אחר כך הוביל אותה לזכייה באליפות ספרד לראשונה מאז 1956, בפער של נקודה מריאל מדריד. עונה אחר כך הוביל קלמנטה את בילבאו לאליפות שנייה ברציפות, הפעם בזכות פער שערים עדיף בשער אחד בלבד מריאל מדריד. באותה עונה התפתחה יריבות קשה בין ברצלונה לבין בילבאו. במהלך העונה התפתח סכסוך בין קלמנטה לבין מאמנה של ברצלונה, ססאר לואיס מנוטי הארגנטינאי. מנוטי תקף את סגנון המשחק שהנחיל קלמנטה, וכינה אותו הגנתי והרסני. קלמנטה ביטל את טענותיו של מנוטי, בכך שכינה אותו רודף שמלות מזדקן. האיבה בין הקבוצות באותה עונה צברה תאוצה כבר במחזור הרביעי של העונה, כשהשתיים נפגשו בקאמפ נואו. בדקה ה-59, במצב של 0–2 לברצלונה, נפצע בצורה חמורה כוכבה הארגנטינאי של ברצלונה, דייגו מראדונה, פציעה שגרמה לו להיעדר כשלושה חודשים מהמגרשים. ברצלונה המשיכה לניצחון של 0–4. מראדונה נקם את הפציעה בסיבוב השני, במסגרת המחזור ה-21, כשכבש צמד בניצחונה של ברצלונה 1–2 על בילבאו. הקבוצות נפגשו בפעם האחרונה לעונה במסגרת גמר הגביע הספרדי. בילבאו גברה 0–1 על ברצלונה והשלימה זכייה בדאבל, והעימות בין הקבוצות הגיע לשיאו, במה שהחל בהצהרות פרובוקטיביות לפני המשחק והסתיים בקטטה שהחל מראדונה עם שריקת הסיום וגררה לתוכה את כל שחקני שתי הקבוצות. עונה אחר כך הסתיים רצף האליפויות של קלמנטה ובילבאו, שסיימה במקום השלישי. במהלך עונת נקלע קלמנטה לסכסוך מתמשך עם כוכב הקבוצה מנואל סראביה. לבסוף החליט המאמן לגרוע את השחקן מהסגל. הנהלת הקבוצה דחקה במאמן לחזור בו מהחלטתו, וסירובו הוביל לסיום דרכו בקבוצה ב-25 בינואר 1986. ההחלטה לא התקבלה בעין יפה בקרב שחקני הקבוצה, וחלקם אף מחה בגלוי כנגד ההחלטה.
לקראת עונת התמנה קלמנטה לתפקיד מאמן אספניול. עונת הבכורה שלו בקבוצה הייתה מוצלחת, כשהוביל את אספניול למקום השלישי בטבלה, הגבוה ביותר של המועדון בכל הזמנים. עונה אחר כך, במקביל לירידה משמעותית ביכולתה בליגה שהובילה אותה למקום ה-15 בסיום העונה, הוביל קלמנטה את אספניול לגמר גביע אופ"א לראשונה בתולדותיה. הקבוצה הדיחה, בין היתר, את בורוסיה מנשנגלדבך, מילאן, אינטר מילאנו וקלאב ברוז', והגיעה למפגש גמר כפול מול באייר לברקוזן. אספניול גברה 0–3 על לברקוזן במשחק הראשון שהתקיים בביתה, ושמרה על שוויון 0-0 במחצית משחק הגומלין שקירב אותה לתואר. אמנם, התעוררות של לברקוזן הובילה אותה לניצחון 0–3, ולניצחון בדו-קרב בעיטות עונשין. קלמנטה לא הצליח למנף את ההצלחה האירופית עונה אחר כך, והקבוצה נקלעה לקרבות תחתית. קלמנטה פוטר מתפקידו במרץ 1989, כחודשיים לסיום העונה, שבסיומה ירדה אספניול לליגת המשנה. פיטוריו הגיעו בעקבות הצהרתו בעיתונות כי הוא מטיל ספק ביכולתם ובתשוקתם של חלק משחקני הקבוצה.
לקראת עונת החל קלמנטה לאמן את אתלטיקו מדריד, אך משלא הצליח לקרוא תיגר על התואר, סיים את דרכו בקבוצה ב-27 בפברואר 1990, לאחר 27 משחקים בלבד. בזמן פיטוריו הייתה אתלטיקו במקום השני בליגה, והיא סיימה את העונה רק במקום הרביעי.
קדנציה שנייה בבילבאו ובאספניול.
לקראת עונת , חזר קלמנטה לקדנציה שנייה בבילבאו. במהלך הקדנציה הוא שבר את שיא המשחקים למאמן בקבוצה. אמנם, קלמנטה לא הצליח לשחזר את הישגי הקדנציה הראשונה, והקבוצה נקלעה לחלק התחתון של הטבלה, מה שגרר את פיטוריו לאחר 26 מחזורים בלבד.
קלמנטה חזר למגרשים בינואר 1992, לאחר 19 מחזורים בעונת , לקדנציה שנייה באספניול. הקבוצה הייתה שקועה בקרבות תחתית, וצברה עד אז שני ניצחונות ליגה בלבד. קלמנטה הוביל את הקבוצה לשני ניצחונות כבר בשני משחקי הליגה הראשונים שלו בתפקיד, ובסך הכל עד לסיום העונה הוביל אותה לעשרה ניצחונות ושישה הפסדים בלבד ב-20 משחקים על הקווים. אספניול ניצלה מירידה במרחק נוח של חמש נקודות מהקו האדום.
נבחרת ספרד.
בקיץ 1992 מונה קלמנטה לתפקיד מאמן נבחרת ספרד, שכשלה קודם לכן להעפיל לטורניר יורו 1992. הבכורה שלו כמאמן ספרד הייתה ב-9 בספטמבר, בניצחון 0–1 משחק ידידות מול . משימתו הראשונה כמאמן הנבחרת הייתה העפלה ממוקדמות מונדיאל 1994. תקופתו הראשונה הייתה מלווה במחוקות רבות. בחודשיים הראשונים לתפקידו סיימה הקבוצה שלוש פעמים בשוויון 0-0 במסגרת מוקדמות המונדיאל, ובמקביל הוא החל בתהליך של שינוי בסגל הנבחרת. עד לקלמנטה היוותה "חמישיית העייט", שחקני הבית של ריאל מדריד וביניהם אמיליו בוטרגניו, רפאל מרטין ואסקס ומיצ'ל, להתבססות על שחקני ברצלונה של יוהאן קרויף. שני ניצחונות רצופים של 0–5 במוקדמות המונדיאל, על נבחרות ו, הורידו את גובה הלהבות, וספרד העפילה מהמקום הראשון לטורניר מונדיאל 1994 בארצות הברית.
בטורניר המונדיאל, צלחה ספרד את שלב הבתים ללא הפסד, ורשמה ניצחון 0–3 מרשים בשמינית הגמר מול . ספרד סיימה את דרכה בטורניר בשלב רבע הגמר מול . רוברטו באג'ו כבש את שער הניצחון שתי דקות לסיום, ובתוספת הזמן מרפק של מאורו טאסוטי לפניו של לואיס אנריקה, שהיה צריך לזכות את ספרד בפנדל, לא נשרק על ידי השופט.
ספרד צלחה את מוקדמות יורו 1996 עם מאזן נקי מהפסדים והעפילה מהמקום הראשון בבית. בטורניר יורו 1996 באנגליה צלחה ספרד את שלב הבתים, שוב ללא הפסד, ושוב הודחה בשלב רבע הגמר, הפעם לאחר הפסד ל המארחת בדו-קרב בעיטות עונשין, שסיים את דרכה בטורניר.
ספרד סיימה טורניר מוקדמות נוסף ללא הפסד, כשהעפילה מהמקום הראשון במאזן של שמונה ניצחונות מעשרה משחקים ממוקדמות מונדיאל 1998. לאחר טורניר המוקדמות, ב-28 בינואר 1998, נוצחה ספרד על ידי במשחק ידידות משער של זינדין זידאן. הפסד זה קטע רצף של 31 משחקים ללא הפסד, שהחל ב-7 בספטמבר 1994 עם ניצחון על במוקדמות היורו ונמשך שלוש וחצי שנים. רצף זה היה הארוך ביותר של ספרד בהיסטוריה עד אז. במונדיאל 1998 בצרפת הופתעה ספרד עם הפסד ל בתוצאה 2–3 במשחק הראשון, וכשלה לנצח את במשחק השני, עם תיקו 0-0 בלבד. ספרד אמנם גברה 1–6 מרשים על במשחק האחרון, אך ניצחון של פרגוואי על ניגריה סיים את דרכה בטורניר באופן מפתיע כבר לאחר שלב הבתים.
קלמנטה אמנם נותר בתפקידו לאחר הטורניר, אך לא החזיק בו מעמד זמן רב. ב-5 בספטמבר 1998, עם פתיחת מוקדמות יורו 2000, נוצחה ספרד 2–3 בקפריסין, ובעקבות ההפסד פוטר קלמנטה מתפקידו. הוא הדריך את נבחרת ספרד במשך 62 משחקים, ורשם מאזן נאה של 36 ניצחונות לעומת שישה הפסדים בלבד.
חזרה לליגה הספרדית.
זמן קצר לאחר פיטוריו מהנבחרת, חזר קלמנטה לליגה הספרדית. הוא מונה למאמנה של ריאל בטיס שבעה מחזורים לאחר פתיחת עונת , כשהקבוצה הייתה במקום האחרון בליגה. הוא הוביל אותה בסיום העונה למקום ה-11 במרכז הטבלה והרחק מקרבות הירידה, וסיים את דרכו בקבוצה בסיום העונה. מקרה כמעט זהה קרה לו עונה אחר כך, כשהתמנה למאמנה של ריאל סוסיאדד לאחר תשעה מחזורים מפתיחת העונה, והוביל אותה בסיום העונה למקום ה-13. הפעם חוזהו חודש והוא פתח עם הקבוצה את עונת . קלמנטה פוטר מתפקידו שישה מחזורים לאחר פתיחת העונה, בהם השיג ניצחון אחד בלבד. זמן קצר לאחר פיטוריו התמנה בפעם היחידה בקריירה למאמן קבוצה שאינה ספרדית, כשחל לאמן את אולימפיק מרסיי הצרפתית. הקבוצה הייתה שקועה בחלק התחתון של הטבלה, וקלמנטה פוטר מתפקידו לאחר חמישה חודשים בלבד, עוד בטרם סיום העונה.
לאחר שפתח את עונת ללא קבוצה, נקרא קלמנטה להציל את טנריפה מירידה, 12 מחזורים לסיום העונה. הוא הצליח להשיג ניצחון במשחק הראשון שלו בתפקיד, אך ההמשך היה מוצלח פחות והוא לא הצליח להשאיר את הקבוצה בליגה. בסיום העונה סיים קלמנטה את תפקידו בקבוצה.
קדנציה שלישית בבילבאו ובאספניול.
לאחר ששוב פתח את העונה ללא קבוצה, הצטרף קלמנטה לקדנציה שלישית באספניול לאחר 14 מחזורים בעונת . הוא היה המאמן השלישי של הקבוצה באותה עונה, אך הצליח לשנות את מצבה ולהשאיר אותה בליגה הבכירה, מרחק שבע נקודות מהקו האדום. חוזהו חודש לעונה נוספת, אך הוא פוטר עשרה מחזורים מפתיחתה כשהוא מותיר את הקבוצה במקום האחרון. יורשו, לואיס פרננדז, הציל בסופו של דבר את הקבוצה מירידת ליגה.
קלמנטה נותר ללא קבוצה עד לסיום אותה העונה. הוא לא אימן כלל במהלך כל עונת , ועשרה מחזורים לתוך עונת חזר למגרשים כשהתמנה בפעם השלישית לתפקיד מאמן בילבאו. הקבוצה הייתה אז במקום האחרון בליגה, וקלמנטה הוביל אותה עד למקום ה-12 ולהישארות בליגה בפער של שש נקודות מהקו האדום. הצלת הקבוצה זיכתה אותו בחוזה לעונה הבאה, אך הוא פוטר עוד בטרם התחילה מכיוון שהעביר ביקורת על מדיניות הרכש של הבעלים.
נבחרות לאומיות והליגה הספרדית.
ב-21 ביולי 2006 התמנה קלמנטה לתפקיד מאמן נבחרת סרביה. מטרתו הראשונה הייתה טורניר מוקדמות יורו 2008, שהחל חודשיים לאחר מינויו. הוא החל את דרכו בנבחרת בניצחון 1–3 על במשחק ידידות, בו החל בתהליך של חילופי דורות בנבחרת. פתיחת דרכו במוקדמות היורו הייתה מוצלחת, וכללה שלושה ניצחונות ביתיים ותיקו אחד בחוץ. אמנם, אז חלה ירידה ביכולתה של הנבחרת. בעשרה המשחקים הנותרים במוקדמות היא צברה שלושה ניצחונות נוספים בלבד, וסיימה במקום השלישי בבית, אחרי ו. בעקבות הכישלון להעפיל, פוטר קלמנטה מתפקידו ב-6 בדצמבר 2007.