בלמסדה ומלחמת האזרחים של 1891.
בשנת 1886 נבחר חוסה מנואל בלמסדה לנשיאות. בנצלו את ההכנסות הגבוהות מהמכרות בצפון החלה ממשלתו של בלמסדה בפרויקט מודרניזציה רחב היקף של הכלכלה, החינוך, בריאות הציבור ובניית תשתיות, כגון הנחת פסי רכבת וגשרים. על אף מאמציו של בלמסדה לאחד את הליברלים מאחוריו התרחבו הקרעים בקרב הליברלים והפריעו למידת המשילות של הממשלה. נוסף על המתנגדים מבית קמו כנגד השלטון מנהיגי השמרנים, האריסטוקרטיה ונציגי חברות הכרייה הגדולות.
התנגדות גדולה לבלמסדה התעוררה כאשר סירב הקונגרס לאשר את תקציב שנת 1891. עם תחילת השנה, ב-1 בינואר 1891, הכריז הנשיא על פיזור הקונגרס עד לחודש מרץ של אותה השנה. בו ביום החשיב הקונגרס את הצו הנשיאותי כבלתי חוקי והכריז על הדחתו. הצי נשמע לפרלמנט ואילו הצבא נשאר נאמן לנשיא, ובין שני הצדדים פרצה מלחמת האזרחים הצ'יליאנית של שנת 1891.
ב-12 באפריל הוקם ממשל מקביל לזה הנשיאותי באיקיקה בהנהגת רמון בארוס לוקו (והאדמירל חורחה מונט. עד מהרה הביסו כוחות הקונגרס את אלו הנשיאותיים בצפון המדינה ובאוגוסט עלה בכוחות תומכי הקונגרס להיכנס לסנטיאגו הבירה. בלמסדה מצא מקלט בשגרירות ארגנטינה ונטל את חייו בידו ב-19 בספטמבר, יום לאחר סיום כהונתו. בכך באה על סיומה מלחמת האזרחים, שהותירה אחריה כ־10,000 הרוגים. עם ניצחון הקונגרס עלו כוחות חדשים בפוליטיקה הצ'יליאנית, וכך גם כוחו של הקונגרס, ובכך באה אל סופה הרפובליקה הליברלית.
הרפובליקה הפרלמנטרית (1891 - 1925).
סופה של הרפובליקה הליברלית במלחמת האזרחים סימן את עלייתה של מערכת פוליטית חדשה המוכרת בשם "הרפובליקה הפרלמנטרית", בה הייתה ידם של האוליגרכים על העליונה, שכבה חברתית שהורכבה מבעלי הקרקעות הגדולים, הבורגנות החדשה שעלתה בעקבות התפתחות המכרות והבנקאות והאריסטוקרטיה הוותיקה. על אף שהמשטר לא הפך פרלמנטרי כשלעצמו, הפך הקונגרס הלאומי לדומיננטי בתהליך הפוליטי בעוד שהנשיאות הפכה לסמלית, ללא סמכות וכפופה למרבית הפרלמנטים, ומכיוון שכך נעדר מוסד הנשיאות את היכולת לבצע רפורמות שונות להן הייתה צ'ילה זקוקה. כנפי הממשלה קוצצו שוב ושוב בידי הפרלמנט וכך לא נותר לשרים רבים אלא להתפטר ממשרתם, ובכך יצרו תחלופה שלא אפשרה ממשל יעיל. כך, למשל, היו בממשלתו של חרמן רייסקו 17 קבינטים ו- 73 שרים במהלך תקופה בת 5 שנים.
במהלך שנים אלו המשיכה צ'ילה להתפתח הודות להפקת המינרלים בצפון המדינה. הונח קו הרכבת הטראנס-אנדינית וכן נחנך המוזיאון הלאומי לאומנויות יפות לציון 100 שנות עצמאות. הכלכלה הלאומית הייתה חזקה דיה על מנת להתגבר על הרסנותה של רעידת אדמה רבת עוצמה אשר החריבה את נמל ולפראיסו ב-16 באוגוסט 1906.
בזירה הבינלאומית ובסיוע של גישור בריטי, נפתרו מחלוקות הגבול עם ארגנטינה באזור דרום הרי האנדים שנבעו מהגישה הצ'יליאנית של יישום עיקרון של חלוקת המים (divortium aquarum), שלא עלתה בקנה אחד עם עקרון החלוקה לפי פסגות גבוהות בו תמכה ארגנטינה. באותה העת, במאי 1915, חתמו צילה, ארגנטינה וברזיל על הסכם ABC (המהווה את ראשי תיבות שמות המדינות באלפבית לועזי) לכינון מנגנונים של שיתוף פעולה ותיווך בין שלוש המדינות ובו בזמן לפעול נגד השפעתה הגוברת של ארצות הברית של אמריקה באזור. במלחמת העולם הראשונה שהתחוללה באותה העת נשארה צ'ילה נייטרלית.
במהלך שני העשורים הראשונים של המאה ה-20 החלו הצ'יליאנים להפגין את חוסר שביעות רצונם מהמצב הקיים. תהליך העיור המואץ אילץ את האיכרים המהגרים להסתפק ברמת מחיה נמוכה ביותר ובתנאי היגיינה ירודים. התמותה בצ'ילה בשנת 1895 הייתה של 31%, 30,000 איש נפטרו ממחלת אבעבועות שחורות בשנת 1909 ו- 18,000 נוספים מטיפוס הבהרות. 68% מהאוכלוסייה היו אנאלפביתים. תנאי העבודה, הן בעיר והן בתעשיית המכרות, היו מחפירים וכ־1,000 איש נהרגו כל שנה בתאונות עבודה. אולם המנהיגות הפוליטית של המדינה המעיטה בערכן של בעיות אלו. לאור התעלמות זו, החל מראשית המאה ה-20, החלה "השאלה החברתית" להפוך ברורה ודחופה בעקבות שביתות העובדים הראשונות שתבעו תנאים בסיסיים לכוח העבודה. באותו עשור החלו לעבור הרפורמות הראשונות בתחום העבודה, כגון מנוחת יום ראשון שהושגה בשנת 1907. רבות ממחאות אלו הסתיימו באופן טרגי לאחר דיכוי צבאי כנגד העובדים, שהמקרה המפורסם שבהם הוא טבח סנטה מריה דה איקיקה. יצירתם של איגודים מקצועיים, הן כאלו של עזרה הדדית והן כאלו מטעם מפלגת העבודה הסוציאליסטית בשנת 1912 אפשרו את התפתחותה של תנועת עובדים ברמה הלאומית. המחאות התעצמו מיום ליום ורמת האלימות בהן גאתה, והבהירו את חוסר היכולת של האליטה להתמודד עם הבעיות שהתעוררו בחברה התעשייתית החדשה.
בשנת 1920 עלה בכוחו של האיחוד בין הכוחות העממיים והמעמד הבינוני ליטול את מוסרות השלטון מידי האוליגרכיה, וארתורו אלסנדרי נבחר לנשיאות. אלסנדרי הביא לקונגרס חוקים מתקדמים למדי מבחינה חברתית, אולם בסנאט נתקלו החוקים בהתנגדות. חוסר שביעות הרצון שנבע מדחיית הרפורמות בא לידי ביטוי בצחצוח החרבות של 1924, אירוע בו השמיעו קציני צבא צעירים קול צחצוח חרבות באחד ממושבי הקונגרס בעת דיון על משכורות הנציגים, במטרה להפריע לדיון, דבר שהתפרש כאיום בהפיכה צבאית. במצב זה אישר הקונגרס במהירות את החקיקה החברתית בהנחה שאנשי הצבא ישובו לתפקידיהם הרגילים, אולם לא כך היה. אלסנדרי חש כי סמכותו נעקפה, הציע לקונגרס את התפטרותו ומצא מקלט בשגרירות ארצות הברית. הקונגרס לא אישר את ההתפטרות ובמקום זאת אישר לנשיא להיעדר מהמדינה לתקופה בת 6 חודשים. ב-10 בספטמבר 1924 עזב אלסנדרי את צ'ילה בדרכו לאיטליה.
לאחר ההפיכה הצבאית של ספטמבר 1924 עבר השלטון לידי אנשי הצבא שהקימו חונטה צבאית שלא הצליחה לשלוט במצב שנוצר. ב-11 בספטמבר הורתה החונטה על פיזור הקונגרס הלאומי, לאחר 93 שנים של פעולה ללא הפרעה. ב-23 בינואר 1925 הוקמה חונטה חדשה בראשותו של הקאודיו הצבאי החדש קרלוס איבנייס דל קמפו. אלסנדרי החליט לערוך שינויים משמעותיים במערכת הפוליטית, הקים את הבנק המרכזי של צ'ילה וערך משאל עם לאישורה של חוקה חדשה, שנחקקה ב-18 בספטמבר באותה שנה. החוקה השיבה לנשיא הרפובליקה את סמכויותיו, חתמה את הגולל על שלטון הפרלמנט וכוננה משטר נשיאותי.
הרפובליקה הנשיאותית (1925 - 1973).
משבר וחוסר יציבות (1925 - 1938).
עם המעבר לשיטה של דמוקרטיה נשיאותית פרץ משבר פוליטי במהלכו התפטרה הממשלה כולה, להוציא את איבנייס, שהוביל, בסופו של דבר, גם להתפטרותו של אלסנדרי. ב-1927, לאחר תקופת ביניים קצרה התמנה סגן הנשיא איבנייס, מתוקף תפקידו, לנשיא הרפובליקה. במהלך כהונתו של איבנייס הוקמה חברת התעופה הלאומית, לאן צ'ילה, וכן הזרוע הביטחונית הקרביניירוס של צ'ילה. בנוסף קידם איבנייס את קודקס חוקי העבודה וב-1929 הסדיר את סכסוך הגבול עם פרו. בתחילה נהנה איבנייס מתמיכה עממית נרחבת, אולם בחלוף החודשים החל לנקוט באמצעים סמכותניים ביותר. מאות פוליטיקאים, בהם אלסנדרי, יצאו לגלות, על העיתונות הוטלו הגבלות, ואילו איבנייס היה זה שמינה את חברי הקונגרס, שקיבל את הכינוי "קונגרס טרמל".
עם קריסת הבורסה לניירות ערך בניו יורק באוקטובר 1929 ותחילתו של השפל הגדול, נקלע גם משטרו של איבנייס למשבר כלכלי חסר תקדים ברמה הלאומית. הלוואות מארצות הברית של אמריקה שילשו את חובה החיצוני של צ'ילה, וקריסת מכרות המלחת בצפון פגעו ביכולת החזר החוב. בכך הפכה צ'ילה לאחת המדינות שהושפעו ביותר מהמשבר העולמי. בשנת 1931 התפטר איבנייס לאור המשבר את התפטרותו ובבחירות שנערכו באוקטובר ניצח נשיא הסנאט חואן אסטבן מונטרו. התקוממות השייטת של צ'ילה בראשית ספטמבר 1931 הייתה הראשונה בסדרת התקוממויות אין התמודד מונטרו עד שעלה בידי המתקוממים להפיל את הממשלה ביוני 1932 בהפיכה צבאית. המורדים הכריזו על הקמתה של הרפובליקה הסוציאליסטית של צ'ילה, אולם זו התקיימה במהלך 12 ימים בלבד עד שפורקה בהפיכה פנימית. לאחר כמה חודשים ומספר נשיאים זמניים נבחר ארתורו אלסנדרי לנשיא הרפובליקה.
תקופת כהונתו השנייה של אלסנדרי התאפיינה בשיקום כלכלת המדינה והמערכת הפוליטית. הוא הצליח בהרחקת הצבא מהפוליטיקה ואילו בזירה הפוליטית עלו כוחות חדשים. משמאל צברה המפלגה הרדיקלית כך גם המפלגה הסוציאליסטית של צ'ילה והמפלגה הקומוניסטית של צ'ילה שהוקמו בשנות ה-20 וה-30. מימין קמה המפלגה הנציונאל סוציאליסטית של צ'ילה שאימצה את האידאולוגיה הפשיסטית שגאתה באירופה. בסופו של תהליך הדרגתי פרשו הרדיקלים מהממשלה והפער בינה ובין השמאל העמיק ואף החריף לכדי אלימות פוליטית קיצונית, כגון טבח רנקיל בו נטבחו כ־200 פועלים ואיכרים. בפברואר 1936 הכריז אלסנדרי על מצב חירום של מדינה במצור וסגר את שערי הקונגרס. בו בזמן פתחו הפועלים בשביתה תחת חסותו של איחוד הפועלים של צ'ילה שנוסד זמן קצר קודם לכן. על אף האירועים הסוערים הצליחה הממשלה לבלום את ההידרדרות הכלכלית. החקלאות התאוששה, מכרות המלחה פעלו ומכרות הנחושת החלו לתפוס את מקומם, תעשיית מחליפי ייבוא ייצרה כ-70% מצרכי המדינה, וקנייה מושכלת של איגרות חוב במחירים נמוכים הפחיתה את החוב החיצוני. השגשוג אפשר את בנייתם של פרויקטים לאומיים, כגון האצטדיון הלאומי של צ'ילה והפרבר האזרחי של סנטיאגו.