סידני מצטרפת ליחידת מבצעים מיוחדים של ה-CIA, המנוהלת באופן דומה ל-SD6, ואף מנוהלת בידי ארווין סלואן, שניהל את SD6 בעבר. היחדיה החדשה נקראת APO, יחידה למורשים בלבד (Authorized Personnel Only). חברי APO (שנבחרו כולם בקפידה על ידי סלואן), כוללים את ג'ק בריסטו, מייקל ווהן, מרכוס דיקסון, איש הציוד הטכני – מרשל פלינקמן, ואריק וייס. אף נדיה סאנטוס מצטרפת ל-APO, והיא מפתחת קשרים מיוחדים עם אביה ועם אחותה למחצה, סידני.
במהלך העונה, מתחזה של ארווין סלואן (הקרוי על ידי צוות APO ארווין 'קלואן' – 'הכפיל'), אוסף חפצים הקשורים למטרתו האפוקליפסית של רמבלדי. ארווין סלואן עצמו, בעזרת ארגון הרווחה, אומניפאם) שהקים, מרעיל את מימי השתייה של כארבע מאות מיליון איש ברחבי העולם, מתוך הבנה בכתביו של רמבלדי שבאופן זה הוא יביא להרגעת יצריו של השותה. אולם, מסתבר שלאחר שאדם שותה מן המים המורעלים – ניתן להפוך את התהליך, באמצעותו של 'מכשיר מולר', שהתגלה בעונות הראשונות של הסדרה, ואף אותו הצליח המתחזה של סלואן ליצור.
האחות השלישית לבית דרבקו, ילנה (שנעלמה במשך השנים, והתחזתה למנהלת בית היתומים בו הוחזקה נדיה), בונה בעזרת סלואן, שעורק מה-CIA, את 'מכשיר מולר' הגדול שנוצר עד אז, ומצליחה לגרום לו (בעזרת מוליך מכור גרעיני) 'לרחף' מעל העיירה הרוסית סובוגדה. כתוצאה מכך, נכנסים תושבי העיירה, שהורעלו במים המרגיעים, להתקף עצבים, והם מחסלים אלו את אלו.
מתגלה כי אירינה לא נהרגה על ידי ג'ק, אלא כפילה שלה, ואירינה עוזרת לג'ק להרוס את תוכניותיה של ילנה והיא, ג'ק, סידני, ווהן ונדיה מוצנחים לתוך העיר על מנת להרוס את המכשיר ולהרוג את ילנה. בתוך העיר, הם מגלים את סלואן, הטוען כי ערק מה-CIA על מנת לגלות את תוכניותיה של ילנה, ומציע את שירותיו. כמו כן, הוא מגלה כי מטרתה הסופית של ילנה, היא להביא לכך שהצבא הרוסי יפציץ את 'מכשיר מולר' שבנתה, ובעזרת שדר רדיו, יביא הדבר להשפעתו של 'מכשיר מולר' על כל מי ששתה מן המים ברחבי העולם. ילנה מספיקה להזריק לנדיה מן המים המורעלים, והיא מביאה בכך להתגשמותה של הנבואה בדבר הקרב בין ה"נוסעת" ל"נבחרת". נדיה מפריעה לסידני בניסיונותיה להרוס את 'מכשיר מולר', וסלואן נאלץ לירות בנדיה על מנת להגשים את המשימה.
לאחר השלמת המשימה, נדיה מועברת לבית חולים, שם היא מוחזקת בתרדמת, עד למציאת נוגדן למחלתה. העונה מסתיימת באירוסיהם של ווהן וסידני. בטיול לסנטה ברברה, אותו הבטיח ווהן לסידני בדרכם לסובוגדה, ווהן מתוודה בפני סידני כי זה אינו שמו האמיתי, וכי היכרותם ב-CIA, מן הרגע הראשון בו הגיעה מ-SD6 לא הייתה מקרית. לפני שהוא מספיק להוסיף על כך, מכונית נוספת פוגעת בהם.
עונה חמישית.
בפתיחתה של העונה החמישית, ווהן הפצוע נלקח ממקום התאונה, אולם סידני מצליחה לחמוק מזירת האירוע. סידני מגלה כי ווהן, ששמו האמיתי הוא אנדריי מישל, חשוד כסוכן כפול, וכי ייתכן שהתאונה הייתה למעשה מבצע חילוץ.
לאחר שווהן מצליח לחמוק מידי חוטפיו, הוא מגלה לסידני כי הוא חוקר במשך שנים ארגון הידוע כ"נבואה החמישית", אותו חקר אביו עד שנהרג. במהלך מבצע לכידת ספר השייך לארגון, סידני עונה לשיחת טלפון מרופאה, המבשר לה כי היא בהיריון. במהלך הבריחה מזירת המבצע, מאתר אותם גורדון דין, שהתחזה קודם לכן לחוקר CIA, והוא יורה בווהן פעמים רבות מנשק אוטומטי.
בבית החולים, לאחר שמוציאים את הכדורים מווהן, הוא מדבר עם סידני, והם מחליטים לקרוא לתינוק, אם יתגלה כבת – איזבל. לאחר מכן, ווהן מבקש מסידני לתת לו מעט מים, ולבו מתמוטט. בחזרתם ללוס אנג'לס, נערכת לווהן הלוויה על ידי כל שותפיו ל-CIA.
לאחר ארבעה חודשים, סידני ממשיכה לחקור את מותו של ווהן, תוך שהיא מנסה לאתר את גורדון דין באמצעות רוצחת שכירה עמה עבד ווהן, רנה ריאן. באותה עת, מנסה ארגונו של גורדון דין, 'הצריף', לאתר פריטים של רמבלדי, הקשורים ל"נבואה החמישית". 'הצריף' משמש כארגון סודי, המתחזה ליחידת מבצעים סודית של ה-CIA, בדומה ל-SD6 בעבר.
סוכנים חדשים מובאים ל-APO, על מנת להחליף את ווהן, את אריק וייס – המועבר לוושינגטון הבירה לתפקיד קרוב לנשיא, ואת נדיה, המצויה בתרדמת. ת'ומס גרייס הוא סוכן צעיר, בעל שיטות לא מקובלות לפעולה, המתנגשות לעיתים בשיטותיה של סידני. רייצ'ל גיבסון היא סוכנת של 'הצריף' שמגלה בעזרת סידני ות'ומס את האמת, ומביאה בכך אף להחרבתו של מרכז הפעולה שלהם בפראג.
לאורך העונה, ארווין סלואן מונע בידי הצורך למצוא תרופה לנדיה, וכך הוא מתחבר ל"נבואה החמישית", המביאים אף לשחרורו מהכלא, בו היה מאז אירועי סובוגדה וגילוי האמת מאחורי עבודתו באומניפאם. בתמורה לשחרורו, הוא חוזר לעבוד ב-APO (תחת ניהולו של ג'ק) והוא מעביר מידע מודיעיני ל"נבואה החמישית" ולגורדון דין.
עם סיומה של הסדרה, מצליח סלואן, בעזרת ג'וליאן סארק וקלי פייטון, להשיג את השליטה על התליון ועל ה'אופק', גלגל החיים (אותו הוא מקבל מאירינה דרבקו). על מנת למצוא את קברו של רמבלדי, ולהביא למילוי מטרתו הסופית, הוא חוטף את מרשל ורייצ'ל, המסייעים לו, תוך שהם חושפים את מיקומו.
כך, מתגלה כי מטרתו הסופית של סלואן היא חיי הנצח, עבורם הוא הקריב את חייה של נדיה. אולם, הוא נכלא לנצח בקברו של רמבלדי, על ידי ג'ק הפצוע אנושות, המקריב עצמו כדי לנקום את כל הסבל שגרם סלואן לסידני במשך השנים.
סידני מצליחה לאתר את ה'אופק' בהונג קונג, ומוצאת את אמה. לאחר מאבק ממושך ביניהן, נופלת אירינה למותה. מטרתה הסופית, השמדת וושינגטון ולונדון בטילים גרעיניים, לא יוצאת לבסוף אל הפועל, אף שהביאה להגשמת נבואתו של רמבלדי, בדבר הכוכבים שיפלו מן השמיים, בהפלת לווייני ריגול בכל העולם.
הסדרה מסתיימת בקפיצה מספר שנים קדימה. ווהן וסידני בשלבי פרישה מן ה-CIA, ובמשפחתם ישנו תינוק חדש, הקרוי על שמו של ג'ק. מרכוס דיקסון, מנהל ב-CIA, מבקר בביתם על שפת הים, ואיזבל מגלה כישרונות מיוחדים, בהרכיבה את ה'סמן', מגדל מורכב לבנייה אותו בנתה אף סידני בצעירותה. אמנם, היא מפרקת אותו לאחר מכן, כאות לכך שאין היא ממשיכה בדרכה של אמה, ויוצאת עם משפחתה לטיול על שפת הים.
נושאים הנידונים בסדרה.
העונה הראשונה מתמקדת בעיקר ביחסים בין סידני לאביה, ג'ק, ובין ארווין ואשתו, אמילי, המשמשים לסידני כמשפחה. כמו כן, סובבת העונה הראשונה סביב אמה המתה של סידני, לורה בריסטו.
העונה השנייה עוסקת ביחסיה המורכבים של סידני עם אמה, המתגלה כאירינה דרבקו, סוכנת ה-KGB שהתחתנה עם ג'ק מתוך מניעים נסתרים.
העונות השלישית והרביעית עוסקות ביחסיהם של ווהן ואשתו, ובמאמציו לשמר את נישואיו, התגלים כנישואיהם של ג'ק ואירינה. כמו כן, מתגלים היחסים הפנימיים בתוך משפחת דרבקו, בין אירינה קטיה וילנה. כמו כן, מתגלים רגשותיו של ווהן כלפי אביו סוכן CIA שנהרג בידי אירינה. בנוסף, מתגלה כי לסלואן הייתה בת, מתוך יחסיו עם אירינה בעת שהייתה נשואה לג'ק.
העונה החמישית עוסקת ביחסי "הדור הבא", בעת שווהן וסידני הם הוריה של איזבל התינוקת, ומתגלה אף יחסו החם של ג'ק כסבא. כמו כן, שותפה אף אירינה דרבקו להולדת נכדתה, משלב ההיריון ועד ללידה.
ראשית, מגלים הצופים על הנבואה הכלולה בעמוד 47, בה מייחס רמבלדי ל"נבחרת" "יכולת לראות סימנים נסתרים, סימנים שהיא תהיה היחידה שתוכל להביא להתקדמות בעבודתי, שלבי אותם בזעם, כעס לוהט. אלא אם כן זה ימנע במחיר של גסות, האשה הזאת תהפוך להיות בעלת כוח עצום שיגרום לחורבן". לאחר מכן, מתגלה כי אף לסלואן עצמו ישנו תפקיד בנבואותיו של רמבלדי, כמו גם לבתו – נדיה, "הנוסעת", אותה הוא מוצא באמצעות אומניפאם, ארגון הרווחה העולמי שהקים. הנבואה על "הנוסעת", קובעת כי "כשסוסים מדממים ירוצו ברחובות ומלאכים ירדו מהשמיים, 'הנבחרת' ו'הנוסעת' יתעמתו, ורק אחת מהן תשרוד", נבואה שהתגשמה בסיומה של העונה הרביעית, בה נראה היה כי באו נבואותיו של רמבלדי לידי חיתום.
אולם, העונה החמישית מגלה כי ישנה "נבואה חמישית" המיוחסת לרמבלדי, בצורתו של ארגון הנושא שם זה, ומוסווה בתוך ארגונים ממשלתיים ברחבי העולם.
אולם, הסדרה מכילה מספר רב של דוגמאות לכך, כדוגמת בגידתה של לורה בריסטו, היא אירינה דרבקו, בבעלה – ג'ק. כן מוצגת בגידתו של סלואן בארגונו – ברית השנים עשר, לאחר שנבחר לאחד מהם. למעשה, ניתן לראות בעונה הראשונה את האמון בין סידני לאביה (הממשיך אף בכל שאר העונות), בעונה השנייה – בין סידני לאמה ולאביה, ובשאר העונות – בין סידני לסלואן, ובין סלואן למערכת המשפט.
בין הארגונים, ניתן למנות את SD6: אחד משנים עשר התאים של ברית השנים עשר, המעסיק את סידני בעונה הראשונה, תוך התחזות ליחידת מבצעים מיוחדים של ה-CIA.
ברית השנים עשר: ארגון מודיעין עולמי חסר רחמים, שנוסד על ידי שנים עשר עריקים, מארגוני מודיעין ברחבי העולם.
K-Directorate: ארגון פרטי הממוקם ברוסיה, ומורכב מיוצאי יחידות מודיעין רוסיות שונות. מוצג לרוב בעונה הראשונה. בין סוכניו – אנה אספינוזה, אויבת של סידני, המופיעה לאורך הסדרה כולה.
האמנה: ארגון טרור המונהג (באופן נסתר) בידי ילנה דרבקו, במטרתה להביא להגשמת נבואותיו של רמבלדי, ומערב סוכני עבר, כמק'נס קול (מן העונה הראשונה) וג'וליאן סארק, וכן סוכנים חדשים, כלורן ריד.
פלגה 915
פלגה 915 היא יחידת ביטחון שוטף הכפופה ישירות לפיקוד זירת ים סוף של חיל הים הישראלי. בסיס הקבע של היחידה היה בשארם א-שייח' וכיום שוכן בבסיס אילת. ביחידה קיימת ספינות בט"ש אחת וכפופה אליה יחידת סנפיר. מפקד הפלגה קצין ים בדרגת רב-סרן.