באוגוסט 1968 פרסמה הוועדה את מסקנותיה בדו"ח של 196 עמודים שהוגש לכנסת. הוועדה בדקה 342 מקרי היעלמות שהגיעו לידיה. לגבי 316 מהנעלמים נקבע כי נפטרו. לגבי ארבעה ילדים נקבע כי אומצו, ו-22 ילדים הוגדרו כנעדרים. הוועדה המליצה על עריכת חקירה בחו"ל, כדי לבדוק את האפשרות שחלק מהילדים נמסרו לאזרחים זרים. היא עצמה חקרה מקרים בישראל בלבד.
ועדת הבירור לא התפתחה לכדי ועדת חקירה, כפי שקיוו אנשי הוועדה הציבורית. עם זאת, לאחר פרסום מסקנותיה של ועדת בהלול-מינקובסקי סמכה הוועדה הציבורית של יוצאי תימן את ידיה על תוצאות הבדיקה הממשלתית.
דו"ח עמותת "ועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים".
ב-1986 פרסמה הוועדה ציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים דו"ח משלה שקרא להקמת וועדת חקירה ממלכתית. הדו"ח הסתמך בין היתר על מחקרו של דב לויטן מאוניברסיטת בר-אילן, שהעלה טענות על ליקויים בפעולת ועדת בהלול-מינקובסקי. לויטן טען כי שיקול פוליטי מנע הקמת ועדת חקירה ממלכתית. הוועדה לא חקרה את כל התלונות שהוגשו וייתכן שמספר הילדים שנעלמו היה גדול מ-342. עוד אמר כי הוועדה הסבירה שליקויים מנהליים מנעו מסירת מידע מוסמך להורים והזמנה לטקס הקבורה, אבל הסבר כזה אינו מתקבל על הדעת היות שמדובר במאות מקרים. כמו כן לא בוצע אימות של אמינות תעודות פטירה על ידי פתיחה מדגמית של קברים.
בפברואר 1986 קראה ועדת הפנים של הכנסת להקים ועדת חקירה ממלכתית. בעקבות תוכנית טלוויזיה ב"מבט שני", שהוקדשה לילדי תימן, הבטיח ראש הממשלה, שמעון פרס, כי תוקם ועדת חקירה בעניין. ב-3 במרץ 1986 מינה פרס ועדה של פקידי ממשלה כדי שתהווה "צוות מדריך לוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן". לטענת הממשלה "הוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן" סירבה לשתף פעולה עם הוועדה הממשלתית. חברת הכנסת מרים גלזר-תעסה מהליכוד דרשה בשנת 1987 הקמת ועדת חקירה ממלכתית.
ועדת שלגי.
בעקבות העניין הציבורי שעוררו המסקנות, הקימה הממשלה בראשות יצחק שמיר ב-1988 ועדת בירור על פי חוק ועדות חקירה. בראשות ועדה זו, ועדת שלגי, עמד שופט - ד"ר משה שלגי. לוועדה לא הייתה סמכות לברר תלונות על כוונות זדון או לחקור את ההתנהגות של גורמים שונים שטיפלו בנושא בהם גורמי הממסד. את העבודה ליוו דב לויטן ו"הוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים".
בסך הכל קיבלה הוועדה 505 הודעות על נעדרים, מתוכן 204 הודעות על ילדים שגורלם כבר נבדק על ידי ועדת בהלול מינקובסקי ו-301 מקרים שטרם נחקרו. מרבית הילדים הנעדרים נעלמו מבתי חולים ובתי תינוקות. בין הילדים שנעדרו היו מלבד יוצאי תימן גם יוצאי ארצות נוספות, באפריקה, אסיה ואירופה. בשנת 1994 טען חבר הכנסת אריה גמליאל מש"ס בדיון בכנסת, כי במשך 4 שנים הוועדה לא תפקדה, והיא החלה לעבוד באמת רק בשנה האחרונה לעבודתה, וכן נאמר כי השופט שלגי טען בוועדה כי יש לו מחסור בסמכויות ובתקציבים, ואינו יכול לשכור חוקרים.
ועדת שלגי פרסמה את תוצאותיה בסוף שנת 1994. מתוך 204 הודעות שנחקרו על ידי ועדת בהלול-מינקובסקי, נתגלו 34 מקרים שבהם התגלו טעויות בממצאי הוועדה. מתוך 301 הודעות חדשות - ב-14 מקרים נעלמו הנעדרים בעיר עדן בתימן, ולגבי 3 מהם התגלה מידע על פטירתם שם. מתוך שאר 287 ההודעות, ב-222 מקרים הגיעה הוועדה למסקנה שהילדים נפטרו. ל-171 ילדים נמצא תיעוד על הבאתם לקבורה, וביחס ל-51 אחרים לא נמצא תיעוד דומה. לא נמצאו ממצאים כלשהם באשר לגורל 65 מהנעדרים. הוועדה גם בדקה 10,000 תיקי אימוץ בשנים 49–1960, אך לא התגלה בהם מידע חדש. הוועדה נמנעה מפתיחת קברים - בגלל מורכבות הנושא ובגלל חוות דעת מהמכון לרפואה משפטית כי לאחר עשורים רבים לא ניתן לזהות את הטמון בקבר.
יגאל יוסף, אחד החברים בוועדה וראש עיריית ראש העין לשעבר, סירב לחתום על מסקנות הוועדה. בראיון משנת 2016 טען כי "זו הייתה ועדת מריחה, קומבינה, להשתיק את הפרשה, להתעלם. ככה משכו אותנו במשך כל השנים". עוד אמר:
פרשת עוזי משולם.
עוזי משולם היה רב ממוצא תימני שהתגורר ביהוד. בסוף שנות ה-70 החל לעסוק בפרשת היעלמות ילדי תימן. משולם הוביל קו חריף שטען כי אלפי התינוקות שנחשבו למתים נחטפו ונמכרו לארצות הברית לצורך ניסויים בנוסח ד"ר מנגלה. לאורך שנים פעל עם חסידיו כדי להציף את נושא היעלמותם של ילדי "תימן, מזרח ובלקן": הוא אסף עדויות, ארגן כנסים וחילק עלונים.
בפסח 1994 החלה "פרשת חסידי עוזי משולם", ב-22 במרץ התפתח ויכוח קולני בין משולם לנהג מערבל סמוך לביתו ביהוד. הנהג הזמין משטרה, משולם הזעיק כמה מחסידיו ואלו חסמו את הרחוב. למחרת ניסו כוחות משטרה לפתוח את הרחוב חסידיו ביצרו את ביתו בשקי חול ואבנים, תוך שהם מתחמשים בנשק, בתביעה להקים ועדת חקירה ממלכתית. כוחות רבים של משטרה, צלפים ויס"מ כיתרו את הבית במשך 52 יום. ב-10 במאי בשעה 03:00 לפנות בוקר, יצא משולם מביתו לצורך פגישה עם מפכ"ל המשטרה, אסף חפץ. באותה עת פרצו שוטרים אל הבית ו-11 חסידים נעצרו. במהלך ההתבצרות ירו המתבצרים על מסוק משטרתי ולעבר כוחות המשטרה. שלמה אסולין, מחסידיו של משולם, חייל בשירות סדיר שערק מיחידתו, נהרג מירי השוטרים שהשיבו אש לעבר המתבצרים.
חסידי משולם הורשעו בקשירת קשר לביצוע פשע, ניסיון לחבלה בכוונה מחמירה ועוד ונידונו לתקופות מאסר של בין 15 חודשים לחמש שנים. משולם עצמו הורשע במתן הוראה לזרוק בקבוקי תבערה על כוחות המשטרה ובשיבוש הליכי משפט. הוא נידון למאסר של 8 שנים אך זוכה בערעור מאחת העבירות ועונשו הופחת לשש שנים וחצי. בעקבות האירועים הוקמה בינואר 1995 ועדת חקירה ממלכתית.
ועדת קדמי - ועדת החקירה הממלכתית.
בינואר 1995, חודש אחד בלבד לאחר פרסום מסקנות ועדת שלגי, ובעקבות סערה ציבורית שעוררה התבצרותם של הרב עוזי משולם וחסידיו, הוקמה ועדת חקירה ממלכתית ביוזמת שר המשפטים דוד ליבאי. בראש הוועדה עמד שופט בית המשפט העליון יהודה כהן, והיו חברים בה גם אלוף (מיל') דוד מימון והשופטת דליה קובל. השופט כהן פרש מהוועדה בפברואר 1999 ובמקומו מונה שופט בית המשפט העליון יעקב קדמי. הוועדה עסקה לא רק בילדים מתימן, אלא גם בילדים ממדינות אחרות, בפרט ארצות ערב וצפון אפריקה.
הוועדה בדקה במשך כ-7 שנים למעלה מ-850 עדויות, 27 מהן נותרו חסויות. היא פרסמה דו"ח ביניים באוגוסט 1997.
מסקנות הוועדה פורסמו ב-2001, בדו"ח בן 1,828 עמודים שהתחלק לדו"ח ראשי בן 322 עמודים, ועוד שני כרכים של דו"חות אישיים למשפחות. לגבי 733 נעדרים קבעה הוועדה כי הילדים נפטרו, עקב מציאת ראיות מהימנות בדבר מותם. לגבי 56 תינוקות כתבה הוועדה כי היא לא מצאה קצה חוט לגביהם וגורלם "עלום". היא העלתה אפשרות שתינוקות אלה נמסרו לאימוץ על ידי עובדות סוציאליות. הוועדה מתחה ביקורת על מחדלי הסוכנות היהודית במניעת חרושת השמועות על חטיפות ילדים, וקבעה כי הסוכנות יכלה למנוע זאת באמצעות פעולה יזומה. על תוכן הפרוטוקולים הוטל חיסיון בהוראת ממשלה עד שנת 2071.
מסירה מזדמנת לאימוץ ואחריות הממסד.
בעוד הוועדה שוללת מכל וכל חטיפה ממסדית, היא אינה שוללת "מסירה מזדמנת לאימוץ" של 56 ילדים - במקרים שבהם נותק הקשר עם תינוקות שהוחזקו בבתי תינוקות, וכנראה גם במקרה של ילדים שאושפזו והחלימו ומשפחותיהן לא נמצאו. ייתכן שבעקבות כך הם נמסרו לתהליך אימוץ באמצעות העובדת הסוציאלית כתינוקות "נטושים". המסירה לא נרשמה באופן מסודר ולא דווחה לגורם מרכזי כלשהו.
מסירה מזדמנת זו מתיישבת לדברי הוועדה עם עדויות ששמעה מפי מטפלות בדבר ביקורים של משפחות דוברות שפות זרות בבתי התינוקות, התבטאויות של מטפלות בדבר אפשרות של נטילת תינוק לאימוץ מבית תינוקות לעצמן או לאחרים, דבריהם של נהגי אמבולנסים שהחזירו לבתי החולים ולבתי התינוקות תינוקות מאושפזים שהבריאו אבל בני משפחותיהם לא אותרו, דבריהן של עובדות סוציאליות שניסו למצוא סידור לתינוקות שהחלימו ומשפחותיהן לא אותרו, וכן עם נסיבות אימוצן של שלוש בנות המתוארות בדו"ח הוועדה.
הוועדה מתארת מצב שבו הן בתי התינוקות והן בתי החולים הטילו את האחריות לשמירת הקשר עם הילדים על ההורים, כאשר בפועל שמירה על קשר זה הייתה קשה מאוד למשפחות בשל מצבן, חוסר ידיעת השפה ועוד. כאשר הקשר ניתק - כמעט שלא נעשו מאמצים לאתר את ההורים לשם הודעה על פטירה וקבורה או לשם החזרת הילד. הוועדה אינה מפרשת את אי הדיווח למשפחה כרצון לחטוף את הילדים אלא כתולדה של "אזלת יד" מצד גופי הממסד, שבאה לידי ביטוי בשני אופנים: באי-קביעת נוהלי דיווח ומעקב מחייבים בין בתי התינוקות התינוקות שאושפזו לבין המשפחות, ובאי הקמת מוסד מרכזי למעקב אחר גורלם של תינוקות שהוצאו ממסגרת משפחותיהם ולאיתור משפחות שהקשר שלהם לתינוקם ניתק.
ביקורת על הוועדה.
לטענת פרופ' בועז סנג'רו, "עבודת הוועדה לקתה בליקוי היסודי ביותר שוועדת חקירה עלולה ללקות בו - העדר אפיסטמולוגיה של חשד" - הוועדה לא פעלה מתוך נקודת הנחה שיש חשד לחטיפה, והתייחסה בסלחנות קיצונית למחדלים שבוצעו "מתחת לאפה" בשנות פעילותה. דוגמה בולטת היא שהוועדה לא מצאה לנכון לחקור את השמדתם, בסמוך לזמן פעילות הוועדה, של שני ארכיונים חשובים הנוגעים לפרשה, והסתפקה בהסבר כי הארכיונים הושמדו בטעות.
ביקורת נוספת היא שהוועדה התמקדה בבדיקת הטענה של "חטיפה ממסדית", אולם לא בדקה ברצינות אפשרות אחרת, שהיעלמות הילדים לא התבצעה מתוך יוזמה ממסדית אלא על ידי גורמים מקומיים, בחסות העלמת עין ואדישות ממסדית. לדברי סנג'רו הוועדה לא ניסתה לחפש עדויות חדשות כדי לחקור את האמת אלא תפקדה כבית משפט שמסתפק בבחינה של העדויות שמביאים בפניו המתדיינים.