בעניין אחר, קבע השופט אלרון כי במקרים שבהם רשויות האכיפה והחקירה מבקשות לעשות שימוש בתוצרי האזנת הסתר תוך חריגה מהמגבלות שבצו שניתן לצורך כך, לשם תכלית החורגת מהותית מזו שבגינה הותרה ההאזנה מלכתחילה, עליהן לשוב ולפנות לבית המשפט שנתן את הצו בבקשה להסרת מגבלות.
על רקע זה, השופט אלרון מדגיש את החשיבות שבמימוש זכות הטיעון של נחקרים, חשודים ונאשמים בטרם תיפגענה זכויותיהם. בפרט, השופט אלרון סבר בדעת מיעוט כי יש לקיים דיון בבקשות למתן צו חיפוש במחשב – ובטלפון נייד בפרט – בטרם מתן הצו, אלא אם קיים יסוד סביר לחשש כי קיום הדיון יגרום לסיכול החיפוש או שיבוש הליכי חקירה; וכי אף ניתן לערער על החלטה למתן צו חיפוש.
במקרה בו עררים על עיכוב שחרור ממעצר נדחו ללא דיון על ידי בית המשפט המחוזי בתל אביב הורה השופט אלרון לקיים את הדיון בעררים עוד באותו הערב, וביקש להעביר את החלטותיו לנשיא בית משפט המחוזי בתל אביב כדי למנוע הישנות מקרים כאלו. בהחלטתו כתב אלרון כי "דחיית הערר על אתר ומבלי לשמוע את טיעוני בא-כוח המבקש, תוך קיום דיון כנדרש, מהווה פגיעה של ממש בזכותו של המבקש להליך הוגן ולקבלת יומו בפני בית המשפט". במקרה נוסף, הורה השופט אלרון להביא עצור לבדיקה פסיכיאטרית לאלתר, בליל שבת, לאחר שבתי המשפט השלום והמחוזי לא דנו בבקשה לעשות כן בשל כניסת השבת, והורו על מעצרו ללא נוכחות עורך דין.
אלרון גם עמד על זכויות הנאשמים במסגרת ההליך הפלילי עצמו. הוא טען שניתן להעלות טענות נגד סבירות ההחלטה להעמיד אדם לדין, כחלק מדוקטרינת ההגנה מן הצדק. עם זאת, הדגיש השופט אלרון כי התערבות בשיקול דעת רשויות התביעה והאכיפה תיעשה במקרים חריגים וקיצוניים בלבד.
בדומה, נקט השופט אלרון בגישה מרחיבה באשר לסוגי החומרים שיש לראות בהם כ"חומרי חקירה" אותם יש להעמיד לעיונו של נאשם, תוך שהדגיש כי "גישה מרחיבה זו ... מאפשרת לנאשם לממש את זכותו להליך הוגן; עשויה להגביר את האמון בהליך הפלילי ולצמצם חשדנות מצד הנאשם כלפי רשויות התביעה בדבר הסתרת מידע הנחוץ להגנתו; ויש בה כדי לייעל את ההליך הפלילי, שכן היא תמנע בקשות חוזרות ונשנות למסירת חומרים הנחוצים להגנה במהלך ניהול המשפט".
באותו עניין, הדגיש השופט אלרון את חובת ההגינות המוטלת על רשויות החקירה והתביעה, אשר מתוקפה עליהן למסור לנאשם, בין היתר, תמלילים מתוקנים של חקירות ושיחות מוקלטות הנמצאים בידיהם – וזאת לכל אורך ההליך הפלילי בעניינו.
השופט אלרון אף הביע ביקורת על התנהלות הרשויות במקרה נוסף שבו חומרי החקירה לא הועברו במלואם לנאשם, וסבר כי די בכך בכדי להצדיק מתן היתר לחזור בו מהודאתו בביצוע העבירות שיוחסו לו. לשיטתו:"הפגיעה בזכות העיון בחומרי החקירה מהווה פגיעה ממשית ומהותית בזכותו של נאשם להליך הוגן, ובפרט באפשרותו להתגונן מפני האישומים המיוחסים לו. פגיעה שכזו, של אי-העברת חומרי חקירה, יכול שתעלה בנסיבות מסוימות עד כדי חשש לעיוות דין של ממש, אשר יצדיק מתן היתר לנאשם לחזור בו מהודייתו".
במספר מקרים, קבע השופט אלרון כי אין להטיל הוצאות משפט על נאשם בהליך הפלילי אלא במקרים חריגים שבהם נפל פגם בהתנהלותו הדיונית; וכי "אין מקום להטיל הוצאות על נאשם רק בשל כך כי בית המשפט הדן בעניינו לא מצא ממש בטענותיו". זאת, בין היתר "לנוכח האינטרס הציבורי שבמיצוי זכותו של הנאשם להליך הוגן, בחשיבות הרבה הגלומה בהימנעות מהרשעת חפים, ובצורך לאפשר לנאשמים להעלות את טענותיהם בלא מורא שמא עצם עמידתם הלגיטימית על זכותם להליך הוגן תגרור צעדים עונשיים כלפיהם".
באחת מהחלטותיו קבע כי ההסדר הקיים, המאפשר לתביעה להגיש חומר חסוי לצורך ביסוס קיומה של עילת מעצר עד תום ההליכים "אינו חף מקשיים ומעורר חוסר נחת ניכר, שהרי יש בו כדי לפגוע בזכותו הבסיסית של נאשם להתמודד עם הטענות המופנות נגדו, ואף לפגום ביכולתו של הסנגור להעניק לו ייעוץ וייצוג משפטי הולם בהיעדר ידיעה ברורה אודות טיב הראיות החסויות להן טוענת המאשימה".
מעצר עד תום ההליכים.
הקפדה זו על זכויותיהם של נאשמים באה לידי ביטוי גם בפסיקותיו, הנוגעות להחלטותיהם של בתי המשפט להורות על מעצרם של נאשמים עד לתום ההליכים, ולא לשחררם לחלופת מעצר. לשיטתו, "גם כאשר מדובר בעבירה החמורה ביותר בספר החוקים, ובהתקיים עילות למעצרו של הנאשם, מצוות המחוקק היא לבחון אם ניתן להשיג את מטרת המעצר בדרך של שחרור בערובה ותנאי שחרור שפגיעתם בחירותו של הנאשם פחותה". בעניין אחר הדגיש כי "במסגרת מכלול השיקולים שיש לבחון בהחלטה על מעצר עד תום הליכים, יש להתייחס גם להשלכות המעצר על ילדי הנאשם". בהקשר זה קבע באחת מהחלטותיו, שעל אף החשש להימלטותו של אדם שהתבקשה הסגרתו לידי מדינה אחרת, ועל אף החשיבות שבקיום התחייבויותיה הבין-לאומיות של ישראל להסגיר אדם שעתיד לעמוד לדין במדינה אחרת, אין בעצם ההכרזה עליו כ"בר הסגרה" כדי להצדיק את מעצרו מאחורי סורג ובריח – ויש לבחון את האפשרות לשחררו לחלופת מעצר.
עוד הודגש בפסיקותיו, כי אם בית המשפט סבור שקיימת אפשרות עקרונית לשחרור נאשם לחלופת מעצר, עליו להתרשם באופן ישיר ובלתי אמצעי מהמפקחים המוצעים בטרם יחליט שאין מקום לשחררו לחלופת מעצר.
עם זאת, במקרים אחרים הדגיש השופט אלרון, כי אין מנוס ממעצרם של נאשמים עד לתום ההליכים המשפטיים המתנהלים נגדם, בכדי לצמצם את המסוכנות הנשקפת מהם. בפרט, קבע כי:"ריבוי מקרי האלימות הקשה כלפי נשים במסגרת מערכות יחסים, המתדרדרת לעיתים עד כדי רציחתן נפש, מחייבת את בתי המשפט לנקוט משנה זהירות בקבלת החלטות על שחרורם של נאשמים בעבירות אלימות כלפי בנות זוגן לחלופות מעצר, ולשקול היטב האם במכלול נסיבות העניין המובא לפתחם, די בתנאי מעצר מגבילים כדי לאיין את הסכנה הנשקפת מהם לבנות הזוג, אשר חוו כבר על בשרן את נחת זרועם".
בדומה, קבע השופט אלרון כי במקרים שבהם מיוחסת לנאשם עבירות תוך שימוש בנשק חם, אין להסתפק בתסקיר מעצר חיובי בעניינו כדי להצדיק חלופת מעצר.
לצד זאת, השופט אלרון הדגיש כי על בתי המשפט הדנים בבקשות לחילוט רכוש של נאשם, טרם הרשעתו בדין, לאזן בין האינטרס הציבורי שבחילוט הרכוש לבין זכותו לקניין; וכי הימשכות ההליך הפלילי בעניינו עשויה להצדיק עיון מחדש בהחלטות קודמות שבגדרן חולט רכושו של נאשם תוך בחינת חלופות פחות פוגעניות.
השופט אלרון אינו חוסך בביקורת על הימשכותם של הליכים פליליים בבתי המשפט בעוד הנאשם מצוי במעצר, וקרא לא אחת לבתי המשפט להאיץ את הדיונים ולהביא לסיום ההליכים. זאת, תוך שמתח ביקורת על הנטייה לאשר הארכות מעצר מעבר ל-9 חודשים גם כאשר אין הצדקה להיתמשכות ההליך, והבהיר כי בנסיבות מסוימות, היתמשכות ההליך ללא כל התקדמות בו עשויה להצדיק את שחרור הנאשם לחלופת מעצר.
כך, באחד המקרים קבע השופט אלרון כי "מציאות שבה נאשם שוהה במעצר למעלה משנה וחצי בטרם הוחלט כי נסיבותיו מצדיקות את מעצרו עד תום ההליכים, היא כמעט בלתי נתפסת, ויש לעשות ככל הניתן כדי למנוע הישנותה במקרים אחרים". לצורך כך אף קרא ל"שינוי חקיקתי שעל פיו שלוש או ארבע הבקשות הראשונות להארכת מעצרם של נאשמים לפי סעיף 62 לחוק המעצרים תוגשנה לבית המשפט שבו מתנהל תיק המעצר, ותידונה על ידי נשיא בית המשפט", וזאת במטרה להביא "למודעות גדולה יותר ומעורבות הכרחית של נשיאי בתי המשפט באשר להתקדמות תיק המעצר לצד שמיעת התיק העיקרי", ולאפשר "התנהלות מבוקרת, מפוקחת יותר, ובכלל זה ניוד שופטים בתוך בית המשפט לצורך מתן קדימות לתיקים בהם נדרש זמן שיפוטי רב יותר מהמקובל, כאשר ברקע נלקחת בחשבון שהותם של הנאשמים במעצר עד שיוכרע דינם".
במסגרת החלטותיו, הדגיש השופט אלרון כי שחרורו של נאשם לחלופת מעצר בפיקוח, מחייבת השגחה משמעותית מצד המפקחים. במסגרת זאת, אף הורה על חילוט ערבות בסך כולל של 9.5 מיליון ש"ח להבטחת מעצרו של נאשם בביצוע עבירות רצח וניסיון לרצח במסגרת ארגון פשיעה, בתנאי פיקוח אלקטרוני, לאחר שברח ממעצר. בהקשר זה הדגיש אלרון כי "יידעו ויפנימו המתחייבים לפקח על חשוד, נאשם או נידון את מלוא כובד האחריות המוטל על כתפיהם, ויידע כל נאשם השוקל להפר את תנאי שחרורו בערובה כי הוא עתיד לפגוע פגיעה אנושה במבקשי טובתו אשר הסכימו לערוב לו".
הרשעה.
גישתו של אלרון לזכויות נאשמים הביאו אותו ליהיות מרשיע פחות מעמיתיו. בין השאר הוא סבר בדעת מיעוט שיש לזכות את ניסו שחם מהרשעתו בהפרת אמונים, בטענה שהצטברות מעשים שנעשו במצב של ניגוד עניינים, אשר אף אחד מהם אינו חוצה את הרף הפלילי, אינה יכולה לבסס הרשעה בעבירה פלילית של מרמה והפרת אמונים ובמקרה אחר היה בדעת מיעוט שאין להרשיע נאשם באחד האישומים נגדו בהפרת אמונים. במקרה אחר הוא טען בדעת מיעוט שהאיסור על קיבוץ נדבות ברחבת הכותל המערבי אינו חוקי ובהתאם ביקש לבטל את הרשעת אלו שהורשעו על סמך איסור זה.
ענישה.