יהודי קסטוריה הועלו על משאיות והועברו לעיר סלוניקי משם שולחו ברכבות למחנה ההשמדה אושוויץ (בירקנאו) ובו נרצחו מרביתם ימים ספורים לאחר הגעתם. מעריכים שכ-30 מקרב המגורשים ניצלו בתום המלחמה. לאחר תום הכיבוש הנאצי חזר קומץ יהודים לעיר, בשנת 1948 נמנו בעיר 35 יהודים וב-1965 עמד מספרם על 22 נפשות. בראשית המאה ה-21 הוקמה בקסטוריה אנדרטה לזכר קורבנות השואה. בעיר מתגוררת משפחה יהודית אחת. ניצולי הקהילה ובני משפחותיהם החיים בישראל מתכנסים אחת לשנה במושב צור משה, בבית הספר על שם הנדבן היהודי בכר רוסו בן קהילת קסטוריה ומנציחים את זכרה של הקהילה.
קהילת יהודי טריקלה.
ראשוני היהודים בעיר טריקלה בצפון מערב יוון בחבל תסליה, היו הרומניוטים אשר הגיעו אליה במהלך המאה ה-3. בתחילת המלחמה מנתה הקהילה היהודית במקום כ-500 נפשות. טריקלה נכללה באזור השליטה האיטלקי, עד ספטמבר 1943. לאחר המעבר לשלטון גרמני החלו רדיפות היהודים. בתקופה זו הצליחו 450 מיהודי טריקלה להימלט לכפרים מבודדים בהרים, או נמלטו לטורקיה ודרכה לארץ ישראל. האוכלוסייה, הכנסייה והמחתרת היווניות סייעו באופן פעיל בהמלטות והסתרת יהודי הקהילה. ב-25 במרץ 1944 הצליחו הנאצים לעצור 50 יהודים מקהילת טריקלה ולגרשם למחנה ההשמדה אושוויץ, שם נספו כולם. לאחר תום המלחמה היגרו בהדרגה ניצולי טריקלה לארצות הברית, אתונה ומדינת ישראל בה היו שותפים להקמת מושב נווה ימין. ב-1946 מנתה הקהילה 267 נפשות וב-1967 צומצם מספרה לכדי 100 נפשות. בראשית המאה ה-21 התגוררה בעיר קהילה יהודית קטנה בת 50 נפשות ולה בית כנסת אחד. בעיר קיים בית עלמין יהודי אשר חולל בשנת 2000 בידי קבוצת נאו-נאצים יוונים. בית העלמין שוקם, שופץ ומתוחזק בידי בני הקהילה.
קהילת יהודי פלורינה.
בפתיחת מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה היהודית בעיר פלורינה בחבל מערב מקדוניה,400 נפשות. ב-30 באפריל 1943 ריכזו הגרמנים 372 מקרב יהודי הקהילה בחצר בית הספר בעיר והעלו אותם על רכבות שעשו דרכן לסלוניקי. ידוע שמקצת מהיהודים נרצחו או נפטרו עוד בסלוניקי וחלקם הצליחו להימלט. בסלוניקי הועלו בני הקהילה על רכבת, (משלוח מספר 17), שעשתה דרכה אל מחנה ההשמדה אושוויץ אליו הגיעה באמצע מאי. אין תיעוד מדויק לגבי מספר בני הקהילה שהגיעו למחנה ההשמדה אושוויץ, אך ידוע ש-295 מהם נרצחו במחנה ימים ספורים לאחר הגעתם. 28 יהודים שהסתייעו בתושבים מקומיים ואנשי מחתרת, הצליחו להימלט לאזורים ההרריים וניצלו מהגירוש. מקצת מיהודי העיר חזרו אליה לאחר המלחמה וב-1948 נמנו בעיר 64 יהודים, אשר היגרו בהדרגה לאתונה, ישראל, ארגנטינה וארצות הברית. בשנת 1958 התגוררו בעיר 7 יהודים.
בראשית המאה ה-21 לא מתגוררים יהודים בעיר פלורינה ואין כל אזכור או הנצחה לאירועי מלחמת העולם השנייה. את שרידי בית העלמין היהודי ניתן היה לאתר עד אמצע שנות ה-80 ומניחים שהוא נהרס כחלק מפרויקט בינוי או סלילת כבישים מהירים באזור.
קהילת יהודי כלקיס.
היהודים בעיר כלקיס, העיר הראשית של האי אֶבְיָה, נזכרים בספר קדמוניות היהודים של יוספוס פלביוס. לפני פרוץ מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה היהודית בכלקיס כ-325 יהודים, פלישת הגרמנים הובילה רבים מהם לברוח להרים. בעוד חלק הצליח לברוח לארץ ישראל דרך טורקיה ולהינצל, חלק מהם נתפסו ונשלחו בשנת 1944 למחנה ההשמדה אושוויץ. ב-1948 מנתה הקהילה כ-180 יהודים, ובשנת 1959 כ-122 נפש. כיום הקהילה מונה כ-20 משפחות.
יהודים יוונים במחנות ריכוז והשמדה.
מחנה הריכוז חיידרי.
בין ה-2 בספטמבר 1943 עד ה-20 בספטמבר 1944 הפעילו הגרמנים את מחנה הריכוז חיידרי, ששכן בבסיס צבאי בעיירה חיידרי הסמוכה לאתונה. המחנה הופעל על ידי האס אס ובתקופת פעילותו היו עצורים בו 23,000 בני אדם, חלקם יהודים וחלקם שבויי מלחמה וחברי המחתרת היוונית. כ-2,000 בני אדם נרצחו במחנה עצמו ועוד 21,000 גורשו למחנות ההשמדה אושוויץ וברגן-בלזן. בממוצע שהו במחנה בין 2,000 ל-3,000 עצורים ברגע נתון. העינויים הקשים שעברו האסירים וההוצאות להורג זיכו את המחנה בתואר "הבסטיליה של יוון".
ב-28 בנובמבר מונה למפקד המתקן שטורמבאנפיהרר (רב-סרן באס אס) פאול רדומסקי, לאחר שהמחנה הועבר מידי הוורמאכט לידי האס אס. רדומסקי, שנחשב אלים ואכזרי במיוחד אפילו בעיני חבריו לשורות האס אס, כיהן קודם לכן כמפקד מחנה הריכוז סִירֶץ שליד באבי יאר באוקראינה, ונודע גם שם באכזריותו כלפי עצירים: הוא נהג להכותם ואף להוציאם להורג ביריה מאקדחו האישי. תחת פיקודו חולקו האסירים לקבוצות של 100 וביצעו במשמרות עבודות כפייה במחנה, כמו לחפור בורות ולכסותם, ללא תכלית מסוימת מלבד שבירת רוחם.
ראשוני העצורים היהודים הגיעו למחנה חיידרי בדצמבר 1943 והם הושמו בבידוד במרתפו של בלוק מספר 3. בהדרגה יהודים נוספים הגיעו למחנה מרחבי האזור שנתון היה לשליטת האיטלקים וכן מרודוס וכרתים. עיקר היהודים הובאו למחנה בראשית שנת 1944 והוא שימש כמחנה מעבר לקראת גרושם למחנה ההשמדה אושוויץ. ב-23 במרץ 1944 נעצרו חלק מיהודי אתונה. לפי גרסה אחת מדובר ב-300 יהודים ולפי אחרת בין 700 ל-1,000 מבני הקהילה. בהגיעם למחנה הופרדו הנשים מהגברים ונכלאו. למחרת צורפו אליהם בני משפחותיהם. מספר ימים מאוחר יותר הגיעו למחנה 614 יהודים שנעצרו בערים ארטא, פרבזה, אגריניון, יואנינה ופטרס, חלקם בעלי נתינויות זרות. מספר היהודים הכלואים במחנה הגיע לכדי 3,000 נפשות. ב-2 באפריל גורשו 1,300 יהודים מחיידרי למחנה ההשמדה אושוויץ. יהודים בעלי אזרחות טורקית ושווייצרית שוחררו. המגורשים הגיעו לאושוויץ ב-11 באפריל ונרצחו תוך ימים אחדים.
בראשית יוני הועברו למחנה כ-1,850 יהודים מהאיים היוניים, בעיקר מקורפו. ב-23 ביולי 1944 נעצרו 1,673 מיהודי רודוס, הובלו באוניות לפיראוס ממנו הובלו היהודים לחיידרי. בדרך אספו עימן כ-100 מבני קהילת קוס. ב-1 באוגוסט הגיעו יהודי רודוס וקוס למחנה חיידרי ולאחר מספר שבועות שולחו למחנה ההשמדה אושוויץ, שם נרצחו בני הקהילה להוציא כ-150 מיהודי רודוס שניצלו.
ב-1980 נמצא באקראי במחנה ההשמדה אושוויץ, באתר קרמטוריום מספר 3, חלק ממכתב פרידה ביוונית, שהותיר יהודי אלמוני בן העיר אתונה אשר הוצב לתפקיד בזונדרקומנדו ונרצח במחנה:
ב-20 בספטמבר 1944, לאחר שחרורה של יוון מעול הנאצים, שוחררו גם כ-2,000 עצורים שהיו כלואים עדיין במחנה.
יהודי יוון באושוויץ.
יהודי סלוניקי היו קבוצה מלוכדת ומיוחדת באשוויץ. הגוואה שהייתה חלק מתרבותם וכן רגש לכידות תרבותית והיאחזות בשפת הלאדינו והיוונית, העניקו לרבים מהם יכולת השרדות ארוכה במחנה.
בונה, הסמוך לאושוויץ, היה בית החרושת של חברת "אי-ג'י פארבן", ושימש כמחנה עבודה בכפייה לאלפי אסירים מהמחנה. בנו אותו 200 יהודים מסלוניקי שהגיעו לאושוויץ במשלוח השמיני ובתום שנה מיום בנייתו כבר שהו בו כ-3,000 יהודים יוונים. פרימו לוי מספר על יהודי סלוניקי : "לידי עומדת קבוצת יוונים, יהודי סלוניקי הנפלאים והנוראים... היוונים שהשתלטו על המטבחים ועל העבודות בתוך בית החרושת, הם יהודים שאפילו הגרמנים מכבדים, הפולנים יראים מפניהם. זוהי להם השנה השלישית במחנה, ואיש אינו יודע טוב מהם מה טיבו... שרים כל הזמן, רגליהם חובטות באדמה לפי הקצב והם כשיכורים מהזמר". היהודים היוונים נהגו לשיר, אף שהדיבור היה אסור בין האסירים, עודדו הגרמנים את שירתם. חגואל לאון מסלוניקי מעיד כי הם שינו את מילות השירים, והשתמשו בהם כדי להעלות את המוראל וכדי להעביר מסרים זה לזה.
לוי מעיד כי היוונים במחנה היו הגרעין הלאומי המגובש ביותר ואף האנושי ביותר. חלקם הצליחו לשרוד במחנה זמן רב, הודות לתחבולות שלהם ובכוח הליכוד שלהם. הם תרמו מאוד לאופיו של המחנה ולהיווצרות הניב הבינלאומי שהיה בו.
חלק מהנשים היווניות עבדו ב"מחנה קנדה", במיון הבגדים והחפצים של היהודים שהובאו במשלוחים. הנרייטה מולכו מסלוניקי מספרת כי כאשר הן מצאו כסף בין החפצים הם חילקו אותו ביניהן ושילמו לאנשים שהיו להם קשרים חיצוניים.
אהרון רוזה, רוקח מסלוניקי, היה היהודי היחיד שעבד במרפאת האס-אס במחנה, נהג להבריח תרופות ואמצעים רפואיים לחבריו תוך סיכון חייו. כינויו היה "האבא של היוונים". דוקטור ליאון קונקה ששימש כרופא בבית החולים של אושוויץ 3 נהג באופן דומה.
היוונים במחנה תרמו חלק חשוב למרד של אנשי הזונדרקומנדו באשוויץ. זה היה המרד היחיד במחנה. לפי אחת הטענות אחד ממנהיגי המרד היה יוסף (פפו) ברוך, קצין בצבא היווני ביונינה. המרד אמנם נכשל אבל הביא לפיצוצה של משרפה 4, לשליחתם חיים לאש של מפקד הקאפו ושל חייל אס-אס, וכן להריגת חייל נוסף, הוא גילה את הוריו בחדר הגזים והחליט למרוד. יחד עם יוונים נוספים, שבויים רוסים והקאפו קמינסקי, ובעזרת ארבע נשים מבית החרושת לנשק שהגניבו להם דינמיט, תכנן את המרד.
אחד מאסירי הזונדרקומנדו היוונים, המכונה אלכס, המזוהה לרוב בתור אלברטוס אררה (רב חובל בחיל הים היווני, פרטיזן). הצליח לצלם את תמונות הזונדרקומנדו אלו הן ארבע תמונות מטושטשות שצולמו בחשאי באוגוסט 1944 בתוך מחנה הריכוז אושוויץ, התיעוד המצולם היחיד לגבי ההשמדה עצמה בתאי הגזים.
מספר הקורבנות והניצולים.
בסך הכל נרצחו במהלך השואה כ-60,000 מיהודי יוון, כ-80% מהיהודים שהיו בה לפני המלחמה.
מספרם הכולל של הניצולים שנמצאו ביוון מייד לאחר המלחמה נאמד בכ-10,000 איש, רובם התרכזו באתונה, סלוניקי ולריסה. בינואר 1945 נספרו באתונה 4,985 יהודים ובסלוניקי כ-2,000 יהודים. רבים מהניצולים היגרו לאחר מכן לארץ ישראל ומיעוט מהם לארצות הברית, קנדה ואוסטרליה.