במהלך מלחמת השחרור, ב-26 בפברואר 1948 לפנות בוקר, פוצצה ההגנה שמונה בתים בשכונה, שבעה תושבים נהרגו ועשרות נפצעו. כתגובה, באותו היום התקבצו קבוצה של ערבים תושבי השכונות באזור וביקשו לתקוף את הר הצופים. לוחמי ההגנה ירו עליהם פגזי מרגמות ואש מקלעים, הרגו כעשרים מהם ופצעו עשרות.
לאחר 1948.
ואדי אל-ג'וז התפתחה לצורתה הנוכחית בין 1948 ל-1967. במהלך מלחמת השחרור קלטה השכונה פליטים מהשכונות המערביות של ירושלים שנתפסו על ידי ישראל ומהגרים מכפרי יהודה ושומרון בשל קרבתה לעיר העתיקה. מאחר שהייתה מאוכלסת בדלילות והיה בה שטח פנוי רב. בין הפליטים הירושלמים היו תושבים ערבים משכונת בקעה. עיקר גידול האוכלוסייה בוואדי אל-ג'וז באותן השנים מיוחס להגירה מכפרי הגדה המערבית בשנות החמישים והשישים. במרכז ואדי אל-ג'וז שכנה הזעירה ג'בל אבו ג'יבנה, בה התגוררו 350 תושבים החל משנות התשעים, בעיקר מסביבת סער. הבעלים של 44 הדונם המרכיבים את השכונה הם משפחת אבו ג'יבנה. אבו ג'יבנה התגוררו בשכונת באב א-סילסילה בעיר העתיקה, רכשו את האדמות בוואדי אל-ג'וז בסוף המאה ה-19.
לאחר 1967.
בשנת 1972 השלים משרד השיכון את בנייתו של שיכון בשכונה לטובת האוכלוסייה הערבית. בשנת 1997, הודיע משרד השיכון על תוכנית להקמת כ-100 דירות בשכונה במסגרת כללי פרויקט מחיר למשתכן, אך התוכנית לא יצא לפועל.
בשנת 2004 ביקש ראש עיריית ירושלים אורי לופוליאנסקי לשנות ייעוד מתחם בשכונה, שתוכנן במקור על ידי משרד השיכון והעירייה בעבור אוכלוסייה ערבית, וליישבו ביהודים. לבסוף לא יצא הפרויקט לפועל.
ב-11 ביוני 2010 ביצע שוטר וידוא הריגה בתושב השכונה שלטענתו ניסה לדרוס אותו ואת חבריו. לאחר שיצא התושב מרכבו ונמלט ירו שוטרים לעברו, הוא נפגע ונפל, ולאחר מכן ביצע השוטר וידוא הריגה מטווח קצר.
באוגוסט 2014 נהרג נער פלסטיני מכדור ספוג בהפגנה, אך לא הוגש כתב אישום, לאחר שהמחלקה לחקירת שוטרים סגרה את התיק.
על פי נתוני עיריית ירושלים יש בשכונה כ-15,400 תושבים, נכון לשנת 2014.
כלכלה.
הרחוב הראשי של השכונה משמש מרכז של מוסכים ובתי מלאכה לתיקון מכוניות במזרח העיר. רבים מבני מערב העיר המבקשים תיקון זול למכוניתם שמים פעמיהם למוסכי השכונה, וכן מרבית בעלי הרכב מן המגזר הערבי. בשכונה ממוקם גם השוק הסיטונאי לירקות ופירות של מזרח ירושלים.
תוכניות פיתוח.
בתוכנית המתאר ירושלים 2000, שהוכנה החל מסוף שנות ה-90 של המאה ה-20, אזור ואדי אג'-ג'וז סומן כאחד משלושת מרכזי העסקים הראשיים של ירושלים. על פי התוכנית יפונה אזור המוסכים לאורך הרחוב הראשי של השכונה ובמקומו יתאפשר בינוי אינטנסיבי של בניינים למסחר, משרדים ומלונאות. קידום התוכנית התעכב במשך שנים רבות, רק במרץ 2010, אישרה אותה להפקדה הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה. והיא אושרה להפקדה בוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה רק במאי 2020. על פי התוכנית תוקם קריית ההייטק בוואדי אל ג'וז, שתמותג כ"סיליקון ואדי" של, והיא כוללת פינוי של כ-200 בתי עסק, מרביתם מוסכים. במקומם מבקשת התוכנית לבנות כ-200 אלף מ"ר של שטחי תעסוקה, בדגש על הייטק. זאת לצד 50 אלף מ"ר של שטחי מסחר ועוד 50 אלף מ"ר למלונאות.
מתחם מאמוניה.
בחלקה הצפוני של השכונה שוכן מתחם, ששטחו 28 דונם, המוכנה "מאמוניה" או "מעמוניה" שיועד בתוכנית אב ירושלים 1968 לבניית מבני ציבור לטובת האוכלוסייה הערבית של מזרח ירושלים. במתחם תוכננה הקמתו של בית ספר, מרכז יום לקשיש, ומתנ"ס. בשנת 1985 רכש איל ההון היהודי-אמריקאי ארווינג מוסקוביץ, מידי האפוטרופוס לנכסי נפקדים, את מלון שפרד הממוקם מעל למתחם. מוסקוביץ ופעילי ימין לחצו במשך שנים ארוכות על עיריית ירושלים לא לאשר את תוכניות הבינוי במתחם. מאחר שביקשו לבנות שכונה יהודית בצמוד למתחם. לבסוף שונו התוכניות, במקום בית ספר ומתנ"ס, נפתחה במתחם בשנת 2006, לשכת האוכלוסין של משרד הפנים עבור תושבי מזרח ירושלים ולשכת עבודה.
גוטהילף וגנר
גוטהילף וגנר (בגרמנית: Gotthilf Wagner; 1887 - 22 במרץ 1946) היה גרמני איש תנועת הטמפלרים בארץ ישראל וממנהיגיה ונאצי פעיל. אנשי הפלמ"ח התנקשו בחייו.
ראשית דרכו.
גוטהילף וגנר נולד בעיר שטוטגרט בשנת 1887. הוא היגר לארץ ישראל בהיותו בן שמונה. אביו ייסד מפעל ליציקת מתכת בשכונת הטמפלרים ולהאלה ביפו בשנת 1890, שנקרא בשם "האחים וגנר" - Brüder Wagner. המפעל, ששכן בבניין בן שלוש קומות שבו היה לימים מקומו הראשון של מפעל המעליות נחושתן, הופגז בשנת 1916, בזמן מלחמת העולם הראשונה, בתותחי ספינת מלחמה צרפתית, משום שעבד עבור הצבא הטורקי. בעת כיבוש ארץ ישראל על ידי הצבא הבריטי הוגלו הטמפלרים על ידי הבריטים למצרים ושבו לארץ בשנת 1920. עם שובם ארצה הצטרף וגנר למפעל וניהל אותו יחד עם שני אחיו, אדולף וגאורג.
וגנר, אשתו ושני בניו התגוררו בשכונת הטמפלרים שרונה (כיום הקריה בתל אביב). במרוצת הזמן היה וגנר לראש המועצה של שרונה.
וגנר, אשר היה ידוע כאיש בעל עמדות אנטישמית ובמפעלו ייצר נשק עבור הכנופיות הערביות, הפך לנאצי מוצהר. במרוצת הזמן הפך לנציג המפלגה הנאצית בארץ ישראל. כל עובדי המפעל שלו, 45 במספר, היו חברי המפלגה. וגנר דיבר בכינוסים ובעצרות של הנאצים בארץ ובמסדרי נוער היטלר. לחתונת הכסף של הוריו קיבל מכתב ברכה אישי מהיטלר. המכתב מוסגר ושימש כמעין איקונין לחברי הקהילה.
בימי מלחמת העולם השנייה.
לפני פרוץ מלחמת העולם השנייה עזבו חלק מצעירי הקהילה הטמפלרית את הארץ והתנדבו לצבא הגרמני (בהם שני בניו של וגנר). עם פרוץ המלחמה ראו שלטונות המנדט הבריטי בטמפלרים נתיני אויב, מושבותיהם הוקפו בגדרות תיל ובמגדלי שמירה והפכו למחנות מעצר. עם התקרבות קורפוס אפריקה של הגנרל ארוין רומל מכיוון צפון אפריקה לארץ ישראל, החלו הבריטים בגירושם של חלק מאנשי הקהילה לאוסטרליה.
חלק מן הטמפלרים הוחלפו ביהודים נתיני ארץ ישראל ששהו בפולין בפרוץ המלחמה, ונחשבו לנתינים בריטים שעל דרכוניהם הוטבע הכיתוב "דרכון בריטי". הטמפלרים שנותרו בארץ, אשר וגנר היה אחד מהם, היו כלואים במושבותיהם. לאחר תום המלחמה חיו בארץ אחרוני הטמפלרים, עד אשר בשלבים הראשונים של מלחמת העצמאות, בשבועות האחרונים לשהותם בארץ, שלחו אותם הבריטים לאוסטרליה. וגנר הפך להיות למנהיגם של הטמפלרים שנותרו בארץ ונמנה עם אלה מביניהם שנותרו בארץ לאחר תום מלחמת העולם השנייה.
כנתין מדינת אויב נאלץ וגנר לסגור את מפעל "האחים וגנר" ב-1 באפריל 1940.
בימי המלחמה, בעת שכוחותיו של רומל התקרבו לארץ ישראל, רווחה סברה בקרב הטמפלרים כי אם יכבשו הגרמנים את ארץ ישראל הם ימנו את בנו של וגנר לגאולייטר (Gauleiter; מפקד מחוז) של הארץ.
לאחר תום המלחמה.
לאחר תום מלחמת העולם השנייה שכחו השוטרים והקצינים הבריטים בארץ ישראל עד מהרה את מלחמתם באויב הנאצי. לא חלפה חצי שנה מסיום המלחמה באירופה וכבר חזרו והתיידדו עם אויביהם לשעבר והשתתפו בשמחותיהם של תושבי מושבות הטמפלרים. בעקבות היחס הסלחני, הרבו הגרמנים בתביעות ודרישות, ואף דרשו ששוטרים יהודים לא יישלחו למושבותיהם.
לעצורים ניתנה רשות לצאת ממקומות מעצרם בליווי שוטרים, על מנת לנהל את עסקיהם ואת העבודה בשדותיהם ולהרגיל את היישוב היהודי כי חזרו לחיים נורמליים. לכאורה נועדו המשמרות של המשטרה הבריטית, שליוו את הטמפלרים לעבודתם, להוכיח כי הגרמנים אינם חופשיים ונמצאים תחת משמר אף בשעת עבודתם, אולם למעשה שימשו להם השוטרים הבריטים שומרי ראש, להגן עליהם מפני נקמת היישוב היהודי.
וגנר הפך להיות לדוברם של הגרמנים שנותרו בארץ. השלטון הבריטי נשא ונתן עמו ואף נענה לחלק מתביעותיו החוזרות ונשנות. בשל מעמדו כראש מועצת שרונה וכתעשיין זכה וגנר, בתקופה זו שלאחר סיום המלחמה, למעמד מיוחד. הוא היה אחראי על עבודתם של הטמפלרים הכלואים בשרונה ולתשלום שכרם, הכול בפיקוח ובהשגחה ובליווי משטרתי של הבריטים.
ההתנקשות בחייו.
ביום שישי, 22 במרץ 1946, נסע וגנר בשיירה של שתי מכוניות מהמושבה וילהלמה (כיום בני עטרות) לשרונה כדי לשלם את שכרם של הטמפלרים שעבדו בשרונה. לכל אחת משתי המכוניות נלווה שוטר. וגנר ישב במכונית המובילה. כשחלפה השיירה על פני הכפר הערבי יהודייה (כיום יהוד) הבחינו נוסעי השיירה באופנוע עם סירה שחנה לצד הדרך ולידו עומד גבר. בחלוף השיירה על פני האופנוע, קפץ הגבר לסירה ונהג האופנוע התניע אותו, חלף על פני השיירה ונעלם.
זמן קצר לאחר השעה 9 בבוקר, כאשר השיירה פנתה להיכנס לרחוב לוינסקי בתל אביב, הופיעה לפניה מכונית שאילצה את השיירה להאט. לפתע קפצו שני אנשים אל שני צדי המכונית המובילה של השיירה שבה ישב וגנר. אחד מן השניים דחף את ידו האוחזת באקדח אל פנים המכונית, כדי להימנע מלפגוע ביתר יושבי המכונית, ירה כדור אחד שהיה עקר ואז ירה שוב ופגע בווגנר בראשו. וגנר מת במקום. יתר יושבי המכונית, אחותו של וגנר, מזכירה, גרמני נוסף ושוטר ליווי יהודי לא נפגעו. שני התוקפים ושניים נוספים שהיו בצד הדרך, לא נגעו במעטפה ובה 800 לירות ארץ ישראליות (סכום רב באותם הימים) שווגנר אחז בידו במותו. המכונית שבאמצעותה חסמו התוקפים את דרכה של מכוניתו של וגנר נגנבה על ידי התוקפים, בשעה מוקדמת יותר באותו בוקר, מנהג של חברת מוניות. המכונית נתגלתה בשעה 11:30 בפינת הרחובות יהודה הלוי והמגיד. המשטרה הבריטית לא הצליחה לגלות את מבצעי ההתנקשות.
זמן לא רב לאחר ההתנקשות הופץ בארץ כרוז האומר:
גם קול ישראל, תחנת הרדיו החשאית של ההגנה, הודיעה ליישוב כי הנאצי הידוע וגנר הוצא להורג וכי השלטונות מוזהרים כי "כף רגלו של גרמני לא תדרוך על אדמת ארץ ישראל".