באזורי הממשל האיטלקי שרר רעב, שכן ממשלו הכושל של מוסוליני לא יכול היה לספק מזון לאוכלוסייה, ומאות אלפים נספו. מלחמת גרילה נרחבת נפתחה באזורי הכיבוש, ועד לשחרור בספטמבר 1944 השיגה התנועה הצלחות, ושלטה באזורים נרחבים משטחה של יוון, במיוחד בהרים. חיילים יוונים וספינות הצי היווני שהצליחו להימלט מהכיבוש הנאצי נלחמו לצד הבריטים בצפון אפריקה. תנועות השחרור הלאומיות שקמו ביוון היו מפולגות בין ימין ובין שמאל, דבר שהוביל בהמשך למלחמת האזרחים ביוון. תנועת המחתרת שקמה בשטחי הכיבוש דוכאה באכזריות.
השואה ביוון תחת השלטון הבולגרי.
קהילות היהודים באזור תראקיה ובעיר קומוטיני.
תעוד לקהילה יהודית ספרדית בעיר קומוטיני ששוכנת בצפון מזרח יוון, בחבל מזרח מקדוניה ותראקיה, קיים מראשית המאה ה-16. ב-1928 מנתה הקהילה 1,159 נפשות. בפרוץ מלחמת איטליה–יוון נטשו חלק מבני הקהילה את העיר מחמת הקרבות.
באפריל 1941 נמסר השטח לחזקת ממלכת בולגריה, אשר הייתה בעלת בריתם של הגרמנים. ב-22 בפברואר 1943 נחתם הסכם בין ממשלת בולגריה לגרמנים, אשר השלב הראשון בו היה שילוח 12,000 יהודי תראקיה ומקדוניה הוארדארית אל מחנות ההשמדה.
ב-4 במרץ 1943, נערכה אקציה בעיר קומוטיני (יחד עם עוד מקומות בתרקיה) במסגרתה נעצרו 863 מבני הקהילה היהודית. קומוטיני היה היישוב הראשון בו נערכה האקציה הבולגרית וכל בני הקהילה שהתגוררו בעיר בעת האקציה נעצרו. בשלב ראשון ריכזו השוטרים הבולגרים את היהודים במחסן הטבק המרכזי של העיר שכונה "בניין צ'לבורוב", הפשיטו אותם, ביצעו חיפוש גופני משפיל בכולם, בזזו את רכושם ואת חלקם הכו באגרופים, קתות רובים ושוטים. למחרת היום ב 02:30 לפנות בוקר העמיסו השוטרים הבולגרים את יהודי העיר על רכבות משא פתוחות, אשר עשו דרכן באיטיות במשך שלוש יממות גשומות אל עבר בולגריה.
הרכבות ביצעו חניית ביניים בעיר סימיטלי בבולגריה, רופא יהודי וקבוצת אחיות ניגשו לבדוק את הנוסעים. הרופא, ד"ר קונפינו יוסף תיאר את המראות:
בהגיע הרכבות ליעדן נכלאו בני הקהילה במחסני טבק שהיו ריקים בעונה זו של השנה, מרביתם בעיר דופניצה ומקצתם בעיר בלגואבגרד. כ-20 מבני הקהילה שוחררו בשל היותם בעלי אזרחות נוספת, בעיקר מטורקיה, ספרד ואיטליה. חיילי וקציני הצבא הבולגרי יוצאי מלחמת העולם הראשונה שהתגוררו בקומוטיני, שלחו מכתב תודה לשר הפנים הבולגרי פטר גברובסקי בו ברכו אותו על "טיהור עירם מנגע היהדות".
ב-19 במרץ, הועלו היהודים באכזריות על רכבות משא שנסעו לכוון העיר לום שעל גדת הדנובה והגיעו אליה למחרת היום. בנמל לום הועלו 4,219 יהודי תראקיה ובכלל זה בני קהילת קומוטיני על 4 מעבורות אשר הפליגו לכיוון העיר וינה. עשרות מהמגורשים מתו במהלך הגירוש והפלגת המעבורות. לפי חלק מהגרסאות מעבורת אחת טובעה על ידי הגרמנים ונוסעיה טבעו עימה. נוסעי שלוש המעבורות הנותרות הועלו לרכבות משא לכוון העיר קטוביץ וממנה למחנה טרבלינקה. מרבית יהודי קומוטיני נרצחו ביום הגעתם למחנה טרבלינקה ורק 8 מהם שרדו את המחנה.
קהילת יהודי קוואלה.
בשנת 1529 הגיעו יהודים מהונגריה לעיר קוואלה. בהמשך, היגרו לעיר יהודים ספרדים מסלוניקי ואדירנה וכן יהודים אשכנזים מאזור בולגריה. ב-1940 מנתה הקהילה היהודית בעיר כ-2,200 נפשות,
באפריל 1941, הועבר אזור תראקיה ובכלל זה העיר קוואלה לחזקת ממלכת בולגריה. מיהודי העיר נמנעה אזרחות בולגרית, והוטל על אלכסנדר בלב, ראש הקומיסריון לענייני יהודים, לפתור את "בעיית היהודים". בראשית מרץ מנתה הקהילה היהודית בעיר 1,471 נפשות.
ב-4 במרץ 1943, בשעה 04:00, נערכה אקציה בכל רחבי תראקיה ובכלל זה בעיר קוואלה. בשלב ראשון ריכזו השוטרים הבולגרים את היהודים במחסני טבק בעיר עצמה. לאחר מספר ימים הועמסו בני הקהילה על רכבות משא פתוחות שנסעו במשך שלוש יממות גשומות אל עבר בולגריה. מרבית היהודים רוכזו בעיר בלגואבגרד ומקצתם בעיר דופניצה. ראש העיר קוואלה שיפליאב שלח מכתב תודה לשר הפנים הבולגרי פטר גברובסקי בו כתב: "העיר קוואלה שוחררה מאלפיים פעילים של השוק השחור, מהשודדים הנצחיים של עמנו ואויבינו המושבעים".
לאחר כשבועיים הועלו בני הקהילה על רכבות משא פתוחות שנסעו לכיוון העיר לום שעל גדת הדנובה, תוך שהחיילים הבולגרים מכים בהם בקתות רוביהם ומצליפים בהם בשוטיהם. עובדי הכפייה היהודים בני "בולגריה הישנה", אשר הועסקו בסלילת כבישים ומסילות ברזל לאורך תוואי נסיעת הרכבות, רצו אחר הקרונות והשליכו לעברם מזון ובגדים. בנמל לום הועלו בני הקהילה על ארבע מעבורות אשר הפליגו לכיוון העיר וינה, שאחת מהן כאמור טבעה או טובעה. נוסעי שלוש המעבורות הנותרות הועלו על רכבות משא לכיוון העיר קטוביץ וממנה למחנה ההשמדה טרבלינקה. מעריכים שרק כ-20 מיהודי העיר ניצלו ממוות במחנות ההשמדה.
ב-1948 התגוררו בקוואלה 42 יהודים, ב-1967 נמנו 47, ובשלהי העשור הראשון של המאה ה-21 לא התגוררו יהודים בעיר. בפאתי העיר קיים בית עלמין יהודי אשר מתוחזק על ידי יוצאי הקהילה החיים בישראל ונציגי הקהילה היהודית ביוון. ב-2016 הוצבה בעיר אנדרטה לזכר יהודי העיר שנרצחו בשואה. באפריל 2017 נותצה האנדרטה ונגרם לה נזק רב.
שואת יהודי סלוניקי.
רקע.
הקהילה הגדולה ביותר מכל קהילות יוון הייתה קהילת יהודי העיר סלוניקי. הקהילה הוקמה כבר בימי התקופה ההלניסטית, בשנת 140 לפנה"ס. במחצית השנייה של המאה ה-19 היוו היהודים למעלה ממחצית מתושבי העיר, והקהילה נחשבה לאחת הקהילות החשובות ביותר בין קהילות הבלקן ואף כונתה "ירושלים דבלקן". יהודי העיר פיתחו מאוד את הפעילות הכלכלית בה, ובכלל זה מסחר, תעשייה, בנקאות וכדומה. הנוכחות היהודית בעיר הייתה כה ניכרת עד כי עסקי המסחר בה, לרבות הנמל, הושבתו ממלאכה בשבתות ומועדי ישראל.
הצבא היווני נכנס לסלוניקי ב-1912 והמיעוטים, ובכללם היהודים, הושוו בזכויותיהם עם שאר תושבי יוון. ב-1917 כילתה שרפה גדולה את הרובע היהודי. בזמן מלחמת העולם הראשונה רבים מהיהודים עזבו את העיר הן בשל תוצאות השרפה של 1917 אשר הותירה יהודים רבים חסרי קורת גג, והן בשל הגירת פליטים יווניים רבים מאנטוליה בעקבות הכיבוש הטורקי. בקרב הפליטים הללו התפתחה תנועה אנטישמית פשיסטית, שחבריה פרעו ביהודים בשנות ה־30 הראשונות (פרעות קמפבל) ובנוסף נחתו גזרות על תושבי סלוניקי היהודים, כגון איסור פתיחת עסקים בימי ראשון, הגבלה על לימודי בתי הספר היהודיים ועוד. ב-1935 עדיין ישבו בסלוניקי כ-60,000 יהודים. ובערך כזה היה מספרם ערב פרוץ מלחמת העולם השנייה. בנוסף לקהילה הכללית של יהודים היו רשומים בקונסוליה הספרדית בסלוניקי כ-560 יהודים בעלי אזרחות ספרדית דבר שסייע להם להנצל בהמשך.
גזירות על היהודים.
הגרמנים הנאצים כבשו את סלוניקי ב-9 באפריל 1941. לראש המנהל האזרחי בעיר התמנה מקס מרטן. כעבור יומיים סגר מרטן את העיתון היהודי היחיד בעיר ("מסאג'ירו"). הוחרמו בנייני ציבור, לרבות בית-חולים ע"ש הבארון הירש. על היהודים נאסר לבקר בבתי-קפה ולהחזיק מקלטי רדיו. עם זאת עד יולי 1942 לא הופעלו חוקים מיוחדים נגד היהודים.
ב-17 במאי עצר הגסטפו את הרב הראשי של סלוניקי צבי קורץ שנשלח למחנה ריכוז ליד וינה. ביוני 1941 בזז אלפרד רוזנברג את הארכיב היהודי בעיר, ושלח אלפי מסמכים לפרויקט שלו בפרנקפורט, המכון לחקר השאלה היהודית, במטרה לחקור את היהדות ואת חיי היהודים, כאשר אלה ייכחדו, במסגרת "בית הספר הגבוה לנציונל-סוציאליזם". בסוף ינואר 1942 הוחזר קורץ ממחנה הריכוז, וחזר לכהן כרב בעיר.
בדומה לקהילות עירוניות אחרות ביוון, היהודים בסלוניקי סבלו מרעב בחורף 42–1941. השלטון הנאצי לא ייחס כל חשיבות לכלכלת יוון או לייצור או חלוקת מזון במדינה. על פי הערכות, בתקופה זו מתו מרעב בעיר כ-60 יהודים ביום.
ב-11 ביולי 1942 התרחשה "השבת השחורה" בסלוניקי. בשבת זו נצטוו כל היהודים בגילאי 19–45 להתייצב ב"כיכר החירות" בעיר. תחת איומי נשק, הועמדו כ־9,000 יהודים בשמש הלוהטת והוכרחו לבצע תרגילי התעמלות ולרקוד לקול צחוקם של הגרמנים והקהל היווני. תוך כדי הריקודים הם ספגו מכות אכזריות, ורבים נזקקו לטיפול. לאחר מכן גויסו כ-7,000 מתוכם לעבודות כפייה.
כ-4000–7000 יהודים מסלוניקי נשלחו לסלול כבישים עבור הגרמנים, לאזור מוכה מלאריה. בתוך 10 שבועות מתו 12% מתוכם עקב תשישות ומחלות. קהילות סלוניקי ואתונה הצליחו לגייס 2 מיליארד דראכמות, מתוך סכום של 3.5 דרכמות, שהגרמנים ביקשו ככופר כדי לשחרר את עובדי הכפייה. הגרמנים הסכימו לשחרר את האסירים תמורת סכום זה, אבל דרשו בתמורה מהרשויות גם את שטחו של בית הקברות היהודי בסלוניקי, שהכיל בין 300 ל-500 אלף קברים, לשם פיתוח עירוני. המקום הפך במהירות למחצבה, ושוכנת בו אוניברסיטת סלוניקי ומבנים נוספים.
ב-11 בדצמבר 1942 מונה הרב קורץ למשרת ראש הקהילה (יודנראט), בשל תפקידו הדתי ובשל שליטתו בשפה הגרמנית. בנאום שנשא באותו הזמן בפני עובדי הקהילה, אמר שבגרמניה אין מחסור במזון, וכראיה לדבריו אמר: "מוטב שתסתכלו עלי, האין פני טובים אחרי שחזרתי ממחנה ריכוז בווינה?".
השמדת יהדות סלוניקי.
בינואר 1943 זימן אדולף אייכמן את עוזרו, איש האס דה דיטר ויסליצני, לברלין והטיל עליו את המשימה של חיסול יהודי סלוניקי. ויסליצני בחר בעמיתו אלויס ברונר כעוזרו הבכיר, וב-6 בפברואר 1943 הם הגיעו עם צוות מצומצם לסלוניקי והשתכנו בשתי וילות מהודרות שהוחרמו מיהודים.