בשנים 1995–1996 יצאה מיני-סדרה בשם "עידן אפוקליפס" (Age of Apocalypse), שלמרות שהתרחשה בארץ-295 יש לה השלכות על היקום הראשי. ליג'יון, בנו של צ'ארלס אקסבייר ומוטאנט טלפתי רב עוצמה, חוזר לעבר כדי להרוג את מגנטו בהאמינו כי מותו יאפשר לאקסבייר לממש את חלומו לדו-קיום בין בני אדם למוטאנטים, אולם הוא מגיע לתקופה בה אקסבייר ומגנטו היו חברים. כאשר אקסבייר מת בניסיון להגן על מגנטו וליג'יון נעלם, הדבר יוצר המשכיות אלטרנטיבית, כאשר היחיד שיודע על שינוי ההיסטוריה הוא בישופ. בגלל הקרבתו של אקסבייר, מגנטו מתחיל להאמין במטרתו לדו-קיום בין בני אדם למוטאנטים. הוא מאגד את חבורת האקס-מן למלחמה נגד אפוקליפס, שהשגיח על הנעשה והחליט לנצל את מותו של אקסבייר לפלישה כוללת על יקום מארוול. במאי 1996 יצא אירוע קרוסאובר נרחב בין כותרי האקס-מן, "", והוא הראשון מבין טרילוגיה שממשיכה ב-2006 ("Onslaught Reborn") ומסתיימת ב-2011 ("Onslaught Unleashed"). אונסלוט הוא יצור על-טבעי שנוצר מתודעתם של אקסבייר ומגנטו, וזורע הרס וחורבן ברחבי יקום מארוול. מטרתו היא בתחילה זהה לזו של מגנטו - להציל את המוטאנטים ולתת להם את השליטה על כדור הארץ, אולם לאחר שנודע לו העתיד לבוא אם המוטאנטים ישלטו (עידן אפוקליפס), הוא מחליט להשמיד את שני הגזעים - בני האדם והמוטאנטים.
הגיבורים נולדים מחדש.
בעקבות מותם לכאורה של האוונג'רס, ארבעת המופלאים ודוקטור דום במלחמה נגד אונסלוט, גיבורי העל נולדו מחדש באירוע הקרוסאובר בן 13 החלקים "גיבורים נולדים מחדש" (Heroes Reborn) משנים 1996–1997. הם הועברו ליקום כיס בידי פרנקלין ריצ'רדס, בנם של ריד ריצ'רדס וסוזן סטורם. סיפורי המקור של הדמויות שוכתבו מחדש.
שנות האלפיים.
בית אם.
באוגוסט 2004 התרחש אירוע קרוסאובר שזיעזע את יקום מארוול והביא להשלכות מרחיקות לכת ולכתיבתם של מספר אירועי המשך. אותו אירוע, "האוונג'רס מתפרקים" (Avengers Dissassembled), בכתיבתו של בריאן מייקל בנדיס, מביא להתקפת אחוזת האוונג'רס ולמותם של איש הנמלה, ויז'ן והוקאיי. מתברר כי וונדה מקסימוף, מכשפת השני, אחראית למתקפות האירעיות. היא מאבדת את שפיות דעתה לאחר שאיבדה את ילדיה. כוחותיה מאפשרים את יצירתם של עיוותי מציאות, ושימוש ממושך בהם גרם לה להאמין שחבורת האוונג'רס לקחה את ילדיה ממנה. האוונג'רס עוצרים את ונדה ביחד עם דוקטור סטריינג', והיא נלקחת על ידי אביה מגנטו. חבורת האוונג'רס מתפרקת בעקבות החוסר התקציבי הנדרש בתיקון הנזקים שנגרמו.
שנה לאחר מכן, באוגוסט 2005, יצאה מיני-סדרה בשם "בית אם" (House of M). אקסבייר אוסף את חבורות האוונג'רס, האקס-מן ושאר גיבורי העל ביקום מארוול כדי להחליט על גורלה של ונדה. מכשפת השני סובלת מהתמוטטות עצבים ומנסה לשנות את מרקם המציאות בניסיון להשיב אליה את ילדיה. במציאות חלופית זו, הידועה כארץ-58163, המוטאנטים שולטים בבני האדם, ומגנטו שולט במוטאנטים. וולברין הוא היחיד מבין גיבורי העל שמבין כי המציאות השתנתה וכי כל אחד מהם קיבל את משאלתו הכמוסה ביותר - מגנטו קיבל את שליטתם של המוטאנטים, ספיידרמן קיבל חיי ידוען חופשי מכל רגשי אשם, וולברין קיבל את זכרונותיו בחזרה. הוא מאיר את עיניהם של שאר גיבורי העל לנוכח האירועים, והם יוצאים למתקפה על בית מגנוס באי ג'נושה (הכולל את מגנטו, אשתו פולאריס, את בנו ובתו פייטרו וונדה מקסימוף ושני ילדיה). במהלך המהומה, מכשפת השני מחליטה על סופם של המוטאנטים ומשנה את המציאות פעם נוספת. העולם חוזר למסלולו, אך מתברר שמספר המוטאנטים צנח דרמטית ממאות מיליונים ל-198 בלבד. בית הספר לצעירים מחוננים של אקסבייר הפך למקלט עבור כל המוטאנטים באשר הם, ומגנטו, אקסבייר, קוויקסילבר ומכשפת השני היו בין אלה שאיבדו את כוחותיהם, אם כי למגנטו ואקסבייר חזרו הכוחות מאוחר יותר. הסיפור הובא במיני סדרה "עשירית" (Decimation) מינואר 2006, ונחשב על ידי גורמים דתיים ביקום מארוול כעונשו של אלוהים לגזע המוטאנטים. רצף אירועים זה הביא גם להחייאתם של גבריאל סאמרס/וולקן (אחיהם של סקוט ואלכס) ושל .
מלחמת אזרחים.
ביולי 2006 החלה המיני-סדרה "מלחמת אזרחים", בה נכנס לתוקפו חוק רישום העל-אנושיים הודות למסע ההרג של הענק הירוק בלאס וגאס שהוביל למותם של חפים מפשע וכן לאירועי "המלחמה הסודית" של שנת 2004, שבה סוכנות S.H.I.E.L.D ויתר גיבורי העל נלחמו נגד פלישתה של לטבריה על אדמת ארצות הברית. חוק רישום העל-אנושיים מביא לחשיפתם של גיבורי העל בפומבי ולהתפלגות הכוחות, כאשר סטיב רוג'רס פורש מחבורת האוונג'רס ומוביל את האוונג'רס הסודיים המחתרתית, שהופכת לפורעת חוק. טוני סטארק, לעומתו, מוביל את חבורת האוונג'רס החדשה שבעד חוק רישום העל-אנושיים. חבורת האקס-מן נותרת נייטרלית, משום אירועי "בית אם" והשלכותיו, שגרמו לטלטלה רצינית בקרבם. הממשלה משתמשת בשירותיה של ת'נדרבולטס, חבורת נבלי על בראשות נורמן אוסבורן, כדי לעצור גיבורי על עריקים. כחלק מהשלכות מלחמת האזרחים של יקום מארוול, סטיב רוג'רס נורה ונהרג לכאורה כאשר הובל למשפט, איירון מן הופך למנהל S.H.I.E.L.D החדש, חבורת ת'נדרבולטס הופכת לסוכנות פדרלית, ותור חוזר לחיים אך מתגלה כשיבוט בשם ראגנארוק.
הפלישה הסודית ועידן הגיבורים.
עד לקראת סוף 2010, אירועי "מלחמת האזרחים" הובילו לפרסומם של מספר כותרי המשך והצגתן של עלילות עוקבות שבעצמן הובילו בסופו של דבר לעידן הגיבורים (Heroic Age). "פלישה סודית" (Secret Invasion) מיוני 2008 הביאה לפלישתו של גזע הסקרול משנה הצורה לכדור הארץ, אשר במשך השנים החליפו מספר גיבורי על ידועים ללא ידיעת הסובבים אותם. לאחר שחברת מארוול שכתבה את אירועי מלחמת קרי-סקרול בפברואר 2007, מספר גיבורי על מתאגדים לחבורת "האילומינטי", ביניהם צ'ארלס אקסבייר, איירון מן, דוקטור סטריינג', מיסטר פנטסטיק, נאמור וחזיז שחור, ומתקיפים בחשאי את גזע הסקרול. הסקרול לוכדים את הגיבורים ומתכננים פלישה מאסיבית לכדור הארץ והטמעתם בקרב יתר גיבורי העל כחברי האילומינטי אותם לכדו. הפלישה גרמה לארגון מחדש של מערך ההגנה של כדור הארץ, ונורמן אוסבורן - שעזר בסיום הפלישה - מקים ארגון משלו, H.A.M.M.E.R. במיני סדרה זו מתה הצרעה, ובעלה הנרי פים נטל את זהותה.
ב"שלטון אפל" (Dark Reign) מדצמבר 2008 נוצר מאזן כוחות שנוטה לכיוונו של נורמן אוסבורן, אשר משתמש במדיה ובדרכי מרמה לתועלתו הפרטית, ואשר ממנף את הצלחתו לצורך החלפת טוני סטארק כמנהל S.H.I.E.L.D והחלפת הארגון אשר מגן על כדור הארץ ב-H.A.M.M.E.R. הוא יוצר מועדון סודי של כמה מנבלי-העל, ביניהם דוקטור דום, אמה פרוסט, לוקי והברדס. המיני-סדרה "מצור" (Siege) מינואר 2010 מתארת את פלישתו של אוסבורן לאסגרד - המרחפת מעל אוקלהומה - לאחר שהוא משכנע את נשיא ארצות הברית שמדובר באיום ביטחוני. הוא משתמש בחבורת האוונג'רס האפלים. כל אותה עת, מצבו הנפשי של אוסבורן מתדרדר והוא נופל לאישיותו הקודמת מהימים בהם היה הגובלין הירוק.
נוסף למיני-סדרות העיקריות של שנות האלפיים, שנת 2005 הביאה לתחילתה של סאגה חדשה ביקום מארוול, וליצירתה של קבוצה חדשה של שומרי הגלקסיה. המיני-סדרות שעסקו בקבוצה זו כללו את "השמדה" מנובמבר 2005 ו"" מאוגוסט 2007, "מלחמת המלכים" ממרץ 2009, "ממלכת המלכים" מינואר 2010 ו"הציווי של תאנוס" מיולי 2010. הסאגה מקבצת יחדיו מספר גיבורי על שאינם ידועים לרוב כמו סטאר לורד, דראקס המשמיד, רוקט ראקון, גאמורה, מרטיר, אדם וורלוק, מייג'ור ויקטורי, ג'ק פלאג, מונדרגון ומנטיס.
האוונג'רס נגד האקס מן.
בעקבות חזרתו של הכוח הקוסמי הנקרא כוח הפניקס, שרוצה להשתלט על הופ סאמרס, סייקלופס מנהיג האקס-מן חשב כי חזרתה של הפניקס תגרום ליצירת דור חדש של מוטאנטים. לעומת זאת, האוונג'רס לא לקחו סיכון וחשבו כי הפניקס הגיעה כדי להשמיד את העולם כמו פעמים קודמות. הקונפליקט גרם למלחמה גדולה שבסופה שאר חברי האקס מן התאחדו עם האוונג'רס כדי להילחם נגד סייקלופס. בסופו של דבר התברר כי סייקלופס צדק אך שילם על כך במאסר בגלל האלימות שנקט בזמן המלחמה.
עידן אולטרון.
אולטרון, יצירתו הרובוטית המרושעת של הנרי פים, קמה חזרה לתחייה חזקה מתמיד והשמידה את כל העולם. כמחצית מתושבי כדור הארץ מתו וכך גם רוב גיבורי-העל. אולטרון הצליח להרוג את תור, הענק הירוק, קפטן אמריקה, איירון מן ושאר גיבורים. כדי למנוע את הטרור שאולטרון גרם, וולברין וסוזן סטורם חזרו לעבר כדי להרוג את הנרי פים עוד לפני שיצר את אולטרון. בחוזרם לזמן ההווה, ההווה החדש היה גרוע יותר מהקודם ובו מורגן לה פיי הצליחה להשתלט על העולם. וולברין חזר פעם נוספת לעבר כדי לעצור את עצמו מלהרוג את פים. הוא אישר לפים לבנות את אולטרון אבל התנה זאת בכך שיתקין לו מנגנון אל-כשל שיוכל להרוג אותו. פים עשה ומחק לעצמו את הזיכרון. שנים רבות אחר כך, אולטרון חוזר חזק מתמיד וזיכרונו של פים שב אליו. הוא הרג את אולטרון לפני שהשמיד את כל החיים על פני כדור הארץ, והכול חזר לקדמותו. אולם, רצף הזמן ביקום נשבר כתוצאה מכך ודברים נוראיים ביקום וביקומים אחרים נגרמו.
אינסופיות.