כאשר הגיע פ' א' בלייק מ"הוועד הבינלאומי של הצלב האדום" לבקשתו של אגינלדו, אוטיס מנע ממנו לצאת ממנילה. צוותו של אוטיס סיפר לו על כל ההפרות המשפט ההומניטארי הבינלאומי על ידי החיילים הפיליפינים. בלייק מעולם לא חצה את הקווים האמריקניים, אבל אפילו בתוך שטחם ראה כפרים שרופים ו"גופות מושחתות להחריד, עם בטן פתוחה". בלייק המתין לדווח על ממצאיו עד שחזר לסן פרנסיסקו, שם אמר לאחד הכתבים כי "חיילים אמריקנים נחושים להרוג כל פיליפיני באופק".
אסטרטגיית המלחמה הפיליפינית.
האומדנים של הכוחות הפיליפינים נעים בין 80,000 ל-100,000 לוחמים. עם עשרות אלפי אנשים בכוחות עזר. רוב הכוחות היו חמושים רק בסכינים, קשתות וחצים, חניתות וכלי נשק פרימיטיביים אחרים, שהיו נחותים בהרבה מהתותחים וכלי הנשק האחרים של הכוחות האמריקניים.
מערכת חברתית נוקשה למדי הייתה קיימת בפיליפינים בתקופת הקולוניאליזם הספרדי. המטרה שהציבה לעצמה הרפובליקה הפיליפינית הראשונה הייתה לייסד מדינה ריבונית, עצמאית ויציבה, בהנהגת האוליגרכיה המורכבת מחברי המעמד המשכיל (הידועה כמעמד אילוסטרדו). מושלים מקומיים, בעלי קרקעות, אנשי עסקים - אלה ששלטו בפוליטיקה המקומית. המלחמה הייתה בשיאה כאשר מעמד האילוסטראדו והאיכרים היו מאוחדים בהתנגדות לסיפוח ארצות-הברית. לאיכרים, שייצגו את רוב הכוחות הלוחמים, היו אינטרסים שונים ממנהיגיהם וממנהיגי כפריהם. יחד עם הפיצול האתני והגאוגרפי, התאמה בין האינטרסים של אנשים מקבוצות חברתיות שונות הייתה משימה קשה. האתגר של אגוינאלדו והגנרלים שלו היה לשמור על התנגדות ציבורית פיליפינית מאוחדת, מה שהיווה את מרכז הכובד האסטרטגי של המהפכנים.
מרכז הכובד הפיליפיני המבצעי היה היכולת לקיים כוח של 100,000 חיילים לא סדירים. הגנרל הפיליפיני פרנסיסקו מקאבולוס תיאר את מטרת המלחמה של הפיליפינים - "לא להביס את צבא ארצות הברית אלא לגרום להם הפסדים מתמידים ". בשלבים המוקדמים של המלחמה השתמש הצבא המהפכני הפיליפיני בטקטיקה הצבאית הקונבנציונלית של התנגדות חמושה מאורגנת. התקווה הייתה לגרום לנפגעים אמריקניים רבים, שיביאו לתבוסתו הפוליטית של מקינלי על ידי ויליאם ג'נינגס בריאן בבחירות לנשיאות 1900. הם קיוו שבריאן, שהיה בעל דעות אנטי-אימפריאליסטיות חזקות, יסיג את הכוחות האמריקאים מהפיליפינים.
ניצחון הבחירות של מקינלי בשנת 1900 הביא לדמורליזציה עבור המורדים, ושכנע פיליפינים רבים כי ארצות הברית לא תצא מהאיים במהירות. יחד עם שורה של הפסדים קשים בשדה הקרב נגד כוחות אמריקאים, שהיו מצוידים בטכנולוגיה מעולה, אגינלדו השתכנע שצריך לשנות את גישתו. החל ב־14 בספטמבר 1899 קיבל אגינלדו את עצתו של גנרל גרגוריו דל פילר ונתן פקודה לשימוש בלוחמת גרילה במקום בפעולות צבאיות נוספות באי בולאקאן.
מלחמת גרילה.
במשך רוב 1899, המנהיגות המהפכנית ראתה את לוחמת הגרילה, רק כאפשרות טקטית של נסיגה סופית, לא כאמצעי פעולה שמתאים יותר למצבם הירוד. ב־13 בנובמבר 1899 קבע אמיליו אגינלדו כי מלחמת הגרילה תהיה האסטרטגיה. ההחלטה הפכה את הכיבוש האמריקאי של הארכיפלג הפיליפיני לקשה עוד יותר עבורם בשנים הקרובות. בארבעת החודשים הראשונים של מלחמת הגרילה, היו לאמריקנים כמעט 500 נפגעים. הצבא הפיליפיני החל לערוך מארבים ומבצעי דמים. בתחילה נראה היה שהפיליפינים יוכלו להילחם באמריקאים ולכפות עליהם לסגת. הנשיא מקינלי שקל נסיגה כאשר החלו פשיטות הגרילה.
ממשל צבאי.
ב-20 בדצמבר 1900, הגנרל ארתור מקארתור הבן, שהחליף את אלוול אוטיס כמושל הצבאי האמריקני ב-5 במאי, הכריז בפיליפינים ממשל צבאי, תוך הוצאת צו כללי של צבא ארצות הברית. הוא הודיע כי פעולות הגרילה לא יהיו נסבלות ותיאר את הפעולות שינקוט הצבא האמריקאי באנשי הגרילה ובאזרחים. לוחמי גרילה שלא לבשו מדים אלא בגדי איכרים, ועברו ממעמד אזרחי למעמד צבאי, יהיו אחראים למשע הגרילה. כמו כן יפגעו בחברי הוועדות שאספו כספים עבור המהפכניים, וגם אלה ששיתפו לכאורה פעולה עם ארצות הברית, בערים הכבושות, אבל בפועל נתנו סיוע לאנשי הגרילה. לכל אלה יתייחסו כאל "מורדים או בוגדים". מנהיגים פיליפינים שהמשיכו לפעול למען עצמאות פיליפינית גורשו לגואם.
סוף הרפובליקה הפיליפינית הראשונה.
הצבא הפיליפיני המשיך לספוג תבוסות מצבא ארצות הברית החמוש יותר במהלך שלב הלוחמה הקונבנציונלית, ואילץ את אגינלדו לשנות את בסיס הפעילות שלו לאורך כל תקופת המלחמה.
ב - 23 במרץ 1901, הגנרל פרדריק פונסטון וכוחותיו לכדו את אגינלדו בקרב בפלנאן, בעזרתם של כמה פיליפינים [87] [88] שהצטרפו לצד האמריקאים. האמריקנים העמידו פנים שהם שבויים לבושים במדי צבא פיליפיני. כאשר נכנסו פאנסטון ו"שוביו" למחנהו של אגוינאלדו, הם מיד פגעו בשומרים, והשתלטו במהירות ועצרו את אגינלדו.
ב־1 באפריל 1901, בארמון מלאקניאן במנילה, נשבע אגוינאלדו שבועת נאמנות, וקיבל את הסמכות של ארצות-הברית על הפיליפינים, והבטיח את נאמנותו לממשל האמריקני. ב־19 באפריל הוא פרסם כרוז של כניעה פורמלית לארצות הברית, ואמר לחסידיו להניח את נשקם ולהרים ידיים.
תפיסתו של אגינלדו הנחיתה מכה קשה על העניין הפיליפיני, אך לא כפי שהאמריקאים קיוו. הגנרל מיגל מלוואר השתלט על הנהגת הממשלה הפיליפינית או על מה שנותר ממנה. במקור הוא נקט עמדה הגנתית נגד האמריקאים, אבל עכשיו יצא למתקפה כוללת נגד הערים באזור בטנגס. הגנרל ויסנטה לוקבאן שבסמאר וקציני צבא אחרים, המשיכו במלחמה באזוריהם.
לבסוף נכנע מלוואר, יחד עם אשתו החולה וילדיו וכמה מקציניו, ב־16 באפריל 1902. עד סוף החודש נכנעו גם כ-3,000 מאנשיו. עם כניעת מאלוואר, החל מאמץ המלחמה הפיליפיני להידלדל עוד יותר.
סוף רשמי למלחמה.
"החוק הפיליפיני" התקבל ב־1 ביולי 1902 - ואישר את הצו המינהלי הקודם של הנשיא מקינלי, שהקים את "הועדה הפיליפינית השנייה". החוק קבע גם כי תוקם אספה מחוקקת המורכבת מבית התחתון נבחר, האספה הפיליפינית, ובבית העליון המורכב מהוועדה הפיליפינית. החוק גם נתן אפשרות הרחבה להסכם זכויות האדם של ארצות הברית בפיליפינים. ב־2 ביולי שר-המלחמה של ארצות-הברית ביטל את תפקידו של המושל הצבאי. ב-4 ביולי, הנשיא החדש תיאודור רוזוולט, שנבחר לאחר ההתנקשות בנשיא מקינלי, הכריז על חנינה לאלה שהשתתפו בקונפליקט.
ב - 9 באפריל 2002 הכריזה נשיאת פיליפינית גלוריה מקאפאגל ארויו כי מלחמת פיליפינים-אמריקה הסתיימה ב-16 באפריל 1902, עם כניעת הגנרל מיגל מלוואר. היא הכריזה על יום השנה המאה מאותו מועד כחג עבודה לאומי.
נפגעים.
מספרם הכולל של הפיליפינים שמתו במלחמה נתון לוויכוח. מקורות מודרניים מצטטים כמות של 200,000 אזרחים פיליפינים מתים, כאשר רוב התמותה מיוחסת לרעב ולמחלות. הערכות מסוימות מגיעות ל-1,000,000 (מיליון). ב-1908 כתב מנואל אראלנו רמונדו, בגאוגרפיה הכללית של האיים הפיליפינים: "האוכלוסייה ירדה בגלל המלחמות, בחמש השנים שבין 1895 ל-1900, שכן בתחילת ההתקוממות הראשונה נאמדה האוכלוסייה ב-9,000,000, וכעת (1908), תושבי הארכיפלג אינם עולים על 8,000,000 ". ראמל מעריך כי לפחות 16,000 ~ 20,000 חיילים פיליפינים ו-34,000 אזרחים נהרגו, עם עד 200,000 אזרחים, בעיקר ממגפת כולרה. רודולף רומל טוען כי 128,000 פיליפינים נהרגו על ידי ארצות הברית בדמוסייד. מחלקת המדינה של ארצות הברית קובעת שהמלחמה "גרמה למותם של יותר מ-4,200 אמריקנים וליותר מ-20,000 לוחמים פיליפינים", וכי "כ - 200,000 אזרחים פיליפינים מתו מאלימות, מרעב ומחלות".בוב Couttie ציין בשנת 2016 כי הערכות של מקרי מוות של אזרחים נע בין 200,000 ל 3,000,000.
לאחר המלחמה.
סכסוכים לאחר המלחמה.
לאחר סיום השלטון הצבאי ב-4 ביולי 1902, הוקמה משטרת פיליפינים ככוח משטרה רחב ידיים כדי לשמור על חיי היום-יום ולהתמודד עם שרידי תנועת המורדים. השלטונות הפיליפינים נטלו בהדרגה את האחריות לדיכוי פעילות גרילה ושודדים, מידי יחידות צבא ארצות הברית. שרידי קבוצות התנגדות אחרות נותרו פעילים בלחימה צבאית בפיליפינים במשך קרוב לעשור לאחר סיום המלחמה הרשמי. עם תום המלחמה, לעומת זאת, העדיף המושל הכללי טפט להסתמך על משטרת הפיליפינים ולטפל בחשודים כדרך של אכיפת החוק ולא כפעולה צבאית המחייבת את מעורבות הצבא האמריקני. במשך תקופה של מספר שנים, היו ניסיונות התנגדות במקומות שונים באיי הפיליפינים, האחרונה מבין הקבוצות האלה הובסה או נכנעה למשטרת הפיליפינים ב־1911.
ממשלת ארצות הברית חתמה על אמנת קיירם-בייטס עם סולטנות סולו עם פרוץ המלחמה, שאמורה הייתה למנוע התנגדות בחלק זה של הפיליפינים (שכללה חלקים ממינדנאו, ארכיפלג סולו, פאלוואן וסבח). אולם, ארצות הברית, שמעולם לא התכוונה לכבד את האמנה, בגדה בהם, ביטלה את האמנה והחלה ליישב על אדמת מורו, פעולה אשר עוררה את מרד מורו שנמשך עד 1913.
השפעה תרבותית.
השפעת הכנסייה הקתולית צומצמה כאשר ממשלת ארצות הברית החילונית הפרידה את הכנסייה מהמדינה, ורכשה את אדמות הכנסייה, וחילקה אותן מחדש - אחד הניסיונות המוקדמים ביותר לרפורמה אגררית בפיליפינים. גודל השטח הגיעה לכארבע מיליון דונם. הרכישה הושלמה ב-22 בדצמבר 1903. תוכנית חלוקת האדמות נקבעה לפחות בשלושה חוקים. סעיף 10 בחוק הקרקעות הציבורי מגביל רכישות עד למקסימום של 160 דונם עבור אדם או 10240 דונם עבור תאגיד או אגודה. הקרקע הוצעה גם לחקלאים חסרי קרקע, במחירים נמוכים ובתשלומים שנתיים. סעיף 28 לחוק הקרקעות הציבוריות קבע, כי חוזי שכירות עשויים להחתם לתקופה מקסימלית של 25 שנים, הניתנים לחידוש למשך 25 שנים נוספות.