אפשטיין היה אחד מששת הצעירים היהודים המשכילים מרוסיה שנשלחו באלול 1886 מטעם תנועת "חובבי ציון" באודסה לזכרון יעקב, על חשבונו של הברון רוטשילד, כדי שיתמחו בחקלאות ואחר כך יוכלו להדריך מתיישבים חדשים במקום המדריכים הצרפתים (הם לא הבינו את האידאולוגיה הציונית ועל רקע זה היו התנגשויות ביניהם לבין המתיישבים היהודים). את עשרים שנותיו הראשונות בארץ עשה בגליל – בראש פינה, בצפת ובמטולה. שנים אחדות אחרי עלותו ארצה היה מדריך חקלאי ועסק בגינון ובמדידה. לימד את הצעירים שעזרו לו בעבודת הגינון צרפתית, וכתב שבשבילו ההוראה אינה רק אהבה אלא אפילו תאווה. נענה לקריאתו של הרופא ד"ר ישעיהו בלידן (שנשלח לארץ על ידי הברון רוטשילד כדי לשמש רופא בראש פינה, גר בצפת ומשראה את העוני ואת הבורות של יהודי צפת החליט לפתוח להם בית ספר) לנהל בית ספר וגם ללמד בו. בשל מאבק החרדים בירושלים נגד בתי ספר, סבר ד"ר בלידן שאם יפתח בית ספר לבנות תהיה ההתנגדות פחותה – וכך אמנם היה.
ניהול בית הספר לבנות בצפת וגיבוש זהות המחנך.
אפשטיין ניהל במשך חמש שנים (מ-1891) את בית הספר לבנות בצפת. תחילה היו במוסד רק שתי כיתות. קודם למינויו התרשם הד"ר בלידן לא רק מהעושר הלשוני, אלא גם (ואף יותר) מהמבטא הספרדי המשכנע שסיגל לעצמו אפשטיין על אף גילו המבוגר יחסית ללומד שפה (עלה בן 24). אף על פי שהתברר לאפשטיין שבעבודתו החקלאית יהיה שכרו גבוה משכרו בהוראה, הוא החליט לקבל עליו את ההצעה. בזִכרונותיו כתב: "מימיי לא ביקרתי בבית ספר עממי ולא קראתי כלום על חינוך והוראה, תורת הנפש, תורת ההוראה. תורת החינוך ותולדותיו – טרם נולדו בשבילי". אפשטיין חש שעליו להמציא הכול. על יסוד נִסיונו המועט בהוראה פרטית הגיע למסקנה שבהוראה חשוב מאוד להמחיש דברים: "רעיון אחד לא חדל מלהלהיבני. אֲממש את הלימוד, אסביר במיטב יכולתי, עד כי יובן הכול לכול".
אפשטיין היה איתן בדעתו שבבית הספר יש לדבר עברית, אולם הדבר היה לו לאתגר: "כל ספר לימוד בעברית טרם יהיה בארץ – ועל כל פנים לא נזדמן לידי". הוא כפר ב"שיטת התרגום" שנהגה בהוראת לשונות חדשות: "ערבוב השפות עורר בי כעין רגש כיעור, תיעבתי כלאיים", וקבע לו כלל דידקטי: "את השפה הזרה צריך ללמד מתוך הסתכלות בסביבה הטבעית, באופן שבמידה ידועה ישיג הלומד לא רק מילים ואמרים – אלא גם רשמים חדשים ומושגים מחודשים ומבוררים". אפשטיין התחיל ללמד ללא תרגום. את שיעוריו הראשונים ביסס על מושגים שהיה אפשר להמחישם (בית, מכשירי לימוד, גוף האדם, מזון, צמחים, בעלי חיים). העוללים חיקוהו בקַלות ואימצו את הברתו המזרחית. בהדרגה שיפר את שיטת ההוראה. אורחים שבאו מן הארץ ומחו"ל התרשמו מהישגיו ומהמבטא הצח והתקין שהקנה להם, אף יותר מן התוכן. לאפשטיין יצא שם של מורה-אמן. אבל הוא לא רצה להישאר בצפת, אלא השתוקק לחזור לחיי הכפר ועבודת האדמה.
מבית הספר העברי במטולה לאוניברסיטה ולסלוניקי.
בתום חמש שנות ניהולו את המוסד החינוכי הזמינה המושבה מטולה את אפשטיין לבוא ולעבוד בבית הספר העברי שבה. הוא עבר ברצון, ישב במקום שנתיים (עד 1899) ולימד עברית על פי שיטתו, שהמשיך לפתחה ולשכללה.
אפשטיין לימד במטולה ילדים בני שמונה ומעלה, ואילו הקטנים יותר למדו אצל אשתו של אחד המתיישבים, אלישבע בסביץ'. הילדים למדו תנ"ך, דברי ימי ישראל, כתיבת הארץ (גאוגרפיה), דקדוק, חשבון, ידיעת הטבע, קריאה נכונה, כתיבה יפה וערבית. לא רק מורים נהרו לבית הספר בזכות שמו הטוב שרכש לו, אלא גם תלמידים הגיעו לבית הספר במטולה מזכרון יעקב, מראש פינה, מירושלים, מחיפה וממשמר הירדן.
הניב הגלילי.
בבואו להורות בגליל ייחד מחשבה רבה לטיפוח "גאווה אזורית", שהייתה צריכה להתבטא לדידו גם בניב גלילי מיוחד – עברית בעלת צליל שונה מזה שבו דיברו במרכז הארץ. אפשטיין גיבש את הניב בעקבות היכרותו עם הערבית המקומית, ובעיקר עם הניב העברי המיוחד שהשתמר מימי קדם בקרב יהודי דרום לבנון, ואשר הִכִּירוֹ מפי יהודי חצביה. לטענת הבלשן אהרן בר-אדון, אפשטיין ניסה להחיות ניב עתיק של העברית שהיה נהוג בגליל בתקופות קדומות. ייתכן ששאף להפוך את השפה לפונטית ופשוטה יותר.
לדברי מיכל זלמן פוחצ'בסקי, אפשטיין רצה ללמוד ערבית והזמין אליו לצורך כך את ה"כּתיב" (מלמד) של הכפר ג'עוני . בשיעורים שקיבל ממנו, למד את המבטא הערבי הגרוני הנכון, ועל בסיס מבטא זה, פיתח עם הזמן את המבטא העברי שלו.
סימן הזיהוי הבולט ביותר של הניב הגליל היה הגיית בי"ת רפה כדגושה (נהגו להדגיש את התכונה במשפט "שבּעים ושבּעה זבּובּים מסתובּבּים סבּיבּ החלבּ הלבּן"). ההגייה התאפיינה גם בהטעמה מלרעית (בניגוד להטעמה המלעילית, ה"אשכנזית"); הקמץ נבטא כמו פתח, ולא כמו חולם כב"אשכנזית"; האותיות ח, ע, ק, ט, נבטאו כבערבית; ההברה המוטעמת נמשכה משיכה ארוכה, תוך הכפלת תנועתה. הניב הגלילי פשט ממטולה עד מנחמיה, אך לא האריך ימים. כבר ב-1913 הכריז דוד ילין, ממייסדי ועד הלשון, שאין לאפשר קיומה של הגייה שונה בגליל, משום שיש בה כדי "להרוס כל יסוד אחדות המבטא".
מראש פינה לאוניברסיטה, ומשם לסלוניקי.
לאחר שנתיים במטולה העתיק אפשטיין את מגוריו לראש פינה, ושמו יצא בכל הארץ כמחנך דגול. מורים ראו לעצמם זכות וחובה לעבוד תקופת-מה בבית הספר המפורסם בראש פינה תחת שרביטם של אפשטיין או של תלמידו ויורשו וילקומיץ, ותורת החינוך המודרני יצאה מן הגליל ופשטה ביישוב החדש בכל הארץ.
על אף הצלחתו הלא-מבוטלת בארץ והשם שקנה לו בעולם בעקבות מאמריו, שבזכותם הכירו מורים בגדולתו כמחנך וכמורה שפות, החליט אפשטיין שעליו להרחיב את לימודיו. ב-1903 בהיותו קרוב לגיל ארבעים יצא להשתלמות אוניברסיטאית. אשתו וילדיו התלוו אליו בחזרה לעיר לוזאן בשווייץ, ושם למד באוניברסיטה המקומית פסיכולוגיה ופדגוגיה כדי לבחון, להשלים ולתקן את שיטת ההוראה שלו על יסוד המחקר. גם אז ראה לנגד עיניו את הפצת הדיבור העברי.
לאחר שסיים אפשטיין את לימודיו, הזמינוהו ראשי הקהילה היהודית בסלוניקי לנהל את בית הספר "תלמוד תורה הגדול", ובו הוא יישם את חידושיו הפדגוגיים (משנת 1909 ועד 1915). מסלוניקי חזר ללוזאן כדי להשלים את לימודי הדוקטורט.
השיבה ארצה ואחרית דבר.
עם חזרתו לארץ ב-1919, בסוף מלחמת העולם הראשונה, ניהל את בית הספר למורים ולגננות על-שם לוינסקי בתל אביב.
בשנות חייו האחרונות פרש מההוראה והתמסר לשיפור הלשון העברית, כפי שהוא פירש אותו. העברית ספגה השפעות רבות מהשפות הלועזיות שהיו שגורות על לשון העולים, ואפשטיין חשש ש"הרוח העברית" המקורית תימחה מהעברית החדשה. לכן כתב בעיתון היומי דבר טור לשיפור הלשון ולתיקון שגיאות רווחות בעברית השימושית בכתב ובעל פה. הוא בחן משפטים מדברי דפוס והראה, שגם אם אין בהם שגיאות לשון, הם חוטאים ל"רוח העברית". ברל כצנלסון יזם את כינוס הטורים לספר. אפשטיין הספיק להכין את כתב היד, אולם לא זכה לראות את הספר בדפוס. הספר, "הגיוני לשון", ראה אור כארבע שנים לאחר מות אפשטיין.
שיטתו החינוכית.
אפשטיין ייסד שיטה בהוראת העברית שעקרונותיה היו: לימוד טבעי הקרוב לאופן שבו נלמדת שפת אם; שיתוף כל החושים; לימוד על דרך האינדוקציה – מהפרט לכלל; ההוראה מדורגת בהיבטים מגוונים: קל מול כבד, קרוב מול רחוק, מוכר מול בלתי מוכר; התבססות על תחומי העניין של הילד; על קשר קרוב עם הסביבה הטבעית; שילוב שירה ומשחק; שימוש בשפה ככלי לאומי לחידוש ההתיישבות בארץ; כבוד לתלמידים עת חזקה.
עקרונות אלה התפרסמו במאמר "עברית בעברית" בעיתון "השילוח" ב-1898, ופותחו במהלך השנים לשיטת ההוראה המרכזית בתקופת תחיית הלשון העברית. "זרם העובדים", שדגל בחינוך סוציאליסטי-פועלי, פעל לאורה עד לשנות ה-50.
בין תלמידיו נמנה גם משה אטיאש.
תפיסתו הלשונית.
מתוך דבריו של אפשטיין בספרו "הֶגיוני לשון":
את גישתו הלשונית סיכם הבלשן יצחק אבינרי (ההדגשות והניקוד במקור; לעיתים נוסף ניקוד עזר בשל התמורות בכתיב המלא):
על חידושו "תצפית" העיד אבינרי:
אבינרי העיד כי אפשטיין הוא שהִמריצוֹ להוציא לאור "מדריך לשוני עברי". אבינרי ציין כי אפשטיין ניאות לבקשתו לכתוב כעין קול קורא (לשם פרסומו בעיתונים) בדבר תועלתו וחשיבותו של מדריך לשוני, ועשה זאת בשבט תש"ג בירושלים. התוכנית בימים ההם הייתה אמנם מכוונת לספר קטן, והיא עלתה כשנתיים לפני שפתח אבינרי את מדורו השבועי "פִּנת הלשון" (עד אז לא פרסם אלא כמאה מאמרי לשון). מחמת עיכובים שונים לא יצאה התוכנית לפועל, ולכן לא ראה אבינרי צורך לפרסם את דברי הד"ר. משזכה אבינרי להוציא לאור את ספרו, פרסם את דבריו בפתח מדריך הלשון שלו – הידוע בשמו "יד הלשון".
פועלו הציבורי.
אפשטיין עסק בפומבי בשלב מוקדם מאוד (ב-1907) בסוגיית יחסי יהודים וערבים בארץ. במאמר "שאלה נַעֲלָמָה" שהופיע בעיתון "השילוח" ייחד מחשבה מעמיקה לנושא יחסה של הציונות לערבים תושבי הארץ.
במאמר זה באו לידי ביטוי רעיונות שהציג קודם לכן בהרצאה שנתן בפני האגודה "עברייה" לרגל כינוס הקונגרס הציוני בבזל בשנת 1905:
מתוך נקודת ראייה זו ייחס אפשטיין חשיבות רבה לחינוך לידיעת העם השכן ותרבותו:
. הוא הזהיר בהרצאתו לגבי הסכנות האורבות ליישוב היהודי על רקע ההקצנה ביחסים ההדדיים בין היהודים לערבים וסבר כי גישה מתונה וערכית יכולה לעזור לגשר בין הצדדים:
התבטאויות אלה עוררו את ביקורתם של דוברים אחרים מקרב חוגי "הפועל הצעיר" כמו משה סמילנסקי, זאב סמילנסקי ושלמה צמח.
אפשטיין דאג שבבית הספר שניהל במטולה ילמדו גם ערבים, בניהם של העובדים ביישוב.
הוא היה ממייסדי ברית שלום, אולם פרש ממנה.
מקוה
נטילת ידים
פול קלה
קוני למל בקהיר