התקופה הפרהיסטורית כוללת את תקופת ג'ומון משנת 14,000 לפני הספירה עד שנת 400 לפני הספירה. אחריה היו תקופת יאיואי מ-300 לפני הספירה עד שנת 400 לספירה ותקופת קופון משנת 250 לספירה עד שנת 538 לספירה.
עקב חוסר תיעוד בכתב, אין מסמכים המתעדים את ההיסטוריה היפנית בכלל ואת האדריכלות היפנית בפרט. בנייה בעץ איננה שורדת, ושרידיה הארכאולוגיים מעטים ובלתי ברורים. עם זאת התגלו שרידי מבנים, שבהם נותרו רק יסודות של עמודי עץ, המעידים על ארגון התכנית של הבניין ובכך מספקים מושג מסוים על צורתו המרחבית. לצד היסודות, התגלו כלי חרס שנוצרו כחיקוי של מבנים, או שצוירו עליהם מבנים. הציורים אינם מדויקים במיוחד, אך מספקים מידע מסוים של צורות המבנים. שרידי קברים מהמאות הראשונות לספירה מעידים על היכולת הארגונית וההנדסית של התרבות היפנית.
הממצאים מגלים שתי צורות בנייה שונות: בית מגורים אחד נבנה כבור רדוד באדמה, והיה מוקף גזעי עצים שסגרו על גג חרוטי. בית מגורים שני היה בנוי מארבעה עד שישה כלונסאות עץ התקועים באדמה, שעליהם רצפת עץ אופקית בגובה של מטר וחצי מעל פני הקרקע, עליה נמצא חלל הבית, ועליו בנוי גג דו שיפועי של קורות עץ עם כיסוי קש על גביהן.
השפעת האדריכלות הסינית.
במאה השישית לספירה נכנסו ליפן הכתב הסיני והתרבות הסינית, שהשפיעו על תרבות ואדריכלות יפן. המשפחה הקיסרית ביפן עודדה את הקשרים התרבותיים, ושלחה יפנים לסין על מנת שילמדו את התרבות הסינית ויביאו אותה עימם ליפן. שושלת טאנג בסין הייתה בודהיסטית, והמנזרים הבודהיסטים בסין היו המקומות שבהם נלמד הידע המקיף על תרבות סין, והועבר בצורה ממוסדת מהמורים לתלמידים. החל מהמאה השביעית לספירה, השפיעו על אדריכלות יפן אורח החיים והתרבות הסיניים, שנקלטו ביפן עם חזרת הסטודנטים היפנים מסין.
אדריכלות בודהיסטית.
במקביל להשפעה הדתית של הבודהיזם על יפן, הדגימו המקדשים הבודהיסטיים בסין את שיטות הבניה והעיצוב הסיניים לסטודנטים היפניים. בתקופה זו כבר הייתה לסין שיטה אדריכלית קבועה לפי עקרונות ההנדסה, שיטת הבנייה, חלוקת המרחב, והעיצוב, והקונספציה הפילוסופית שמאחוריה. התאוריה האדריכלית הסינית כללה את כל הבנייה בסין, וליפן נכנסה התאוריה דרך המקדשים הבודהיסטיים.
מקדשים בודהיסטיים רבים נבנו ביפן מהמאה השישית ואילך, אך רובם לא שרדו. המקדש העתיק ביותר שנותר ביפן הוא הוריו-ג'י בנארה. המקדש נבנה במהלך המאה השביעית, נפגע בשרפה ב-670 ונבנה מחדש בתחילת המאה השמינית. מקדש הוריו-ג'י זכה להגנתה של משפחת המלוכה היפנית, והיווה אבן דרך באימוץ הבודהיזם על ידי הקיסרות היפנית. מעמד הוריו-ג'י דעך החל מ-1868 בעקבות רסטורציית מייג'י ומתן עדיפות לשינטואיזם, אולם ב-1897 הועבר חוק הנוגע לשימור מקדשים עתיקים, שכתוצאה ממנו זכה המקדש לתשומת לב מחודשת בכל הקשור לשימורו. המקדש הנוכחי מורכב משני חלקים: סאי-אין במערב וטו-אין במזרח. החלק המערבי של המקדש כולל את הקונדו (ההיכל) ואת הפגודה החמש-קומתית. באזור טו-אין, הנמצא במרחק 122 מטרים מסאי-אין, שוכן היכל יומדונו (היכל החלומות) המתומן. במתחם יש גם מגורי נזירים, חדרי הרצאות, ספריות וחדרי אוכל.
המראה הנוכחי של הוריו-ג'י אינו מייצג רק את סגנון אסוקה. בעוד שמקדשים יפניים רבים שנבנו בתקופת אסוקה היו מאורגנים בדומה למקדשים קוריאניים וסיניים: השער הראשי (הפגודה), ההיכל הראשי וחדר ההרצאות היו על קו ישר, המתחם החדש של הוריו-ג'י לא נבנה בהתאם לדפוס זה, אלא הקונדו והפגודה שכנו זה ליד זה באותה חצר. מנגד, בהוריו-ג'י יש מאפיינים ייחודיים לתקופת אסוקה, הדומים לעיצובים שנמצאו במערות יונגאנג בסין, ולא נמצאו במקדשים מתקופת נארה. המאפיינים הם עמודי אנטזיס והמעקות, המקושטים בתבניות חוזרות ונשנות של סווסטיקה, אשר מונחים מתחת למבנה בצורת V הפוכה שנועדה לתמיכה. מאפיין נוסף מתקופת אסוקה שנמצא רק ביפן ונמצא בצורתו המקורית בהוריו-ג'י הוא מבנה תומך בצורת ענן.
המבנים בהוריו-ג'י מהווים דוגמה קלאסית לאדריכלות של שושלת טאנג הסינית. בסין נחשב העץ לחומר בנייה איכותי ומועדף, אבל לא תמיד התאפשר להשיגו בקלות, ולעיתים נאלצו הבנאים הסיניים להתפשר על חומרים פשוטים אך זמינים יותר, כמו אדמה נגוחה למשל. ביפן יש חומרי גלם איכותיים מעץ, והוריו-ג'י נבנה מעץ בלבד ובאיכות בנייה גבוהה. כך החזיק המבנה מעמד כ-1,200 שנה, ומהווה דוגמה טובה ליכולת הלימוד של התרבות היפנית.
בינוי ערים.
בהשפעת התרבות הסינית, החליטה המשפחה הקיסרית היפנית לבנות עיר בירה חדשה לפי המודל הסיני. ב-708 הורתה גנמיי, הקיסרית ה-43 של יפן, לאנשי חצרה לבנות את נארה, ונארה נבנתה ב-710 כמו שיאן, עיר הבירה של שושלת טאנג. שיאן בנויה על רשת משבצות ריבועית סביב ציר סימטריה ראשי מדרום לצפון, שעליו היה ממוקם ארמון הקיסר בקצהו הצפוני של הציר. משני צידי הציר ממוקמים מוסדות השלטון והדת, ורבעי המגורים, ונארה נבנתה באופן דומה. נארה הייתה עיר בירה עד 784, כאשר הורה הקיסר על העברת הבירה לעיר קיוטו, שנקראה הייאן-קיו, ונבנתה גם כן לפי דגם העיר הסינית. קיוטו שימשה כבירת הקיסרות מ-794 עד 1868, כאשר הבירה עברה לעיר טוקיו, שנקראה קודם אדו.
אדריכלות דת השינטו.
דת השינטו שונה מהבודהיזם. מקדש איסה המוקדש לאלת השמש אמטראסו בעיר הוא מקדש השינטו החשוב ביפן. מתחם המקדש הוא קומפלקס מקדשים, המרוכזים סביב שני מקדשים עיקריים, נאיקוּ וגֶקוּ. המקדש באיסה נבנה במאה השביעית לספירה, כתגובה לכניסת הבודהיזם ליפן וכניסיון לחזק את דת השינטו העתיקה מול ההתפשטות המהירה והאינטנסיבית של דת הבודהיזם. המקדש באיסה שונה באופן משמעותי מהמקדשים שנבנו בסגנון הבודהיסטי, ומציג את הערכים האסתטיים היפניים ואת הרעיונות האדריכליים של התרבות היפנית הטרום-סינית. הסגנון האדריכלי של מקדש איסה נקרא שינמֵיי-זוּקוּרי. הוא מבוסס על פשטות, ועקרונותיו התפתחו בתקופת קופון.
כדי לשמור על מבנהו המקורי של המקדש תוך כדי חידושו, מפורק מבנה המקדש מדי עשרים שנה ונבנה מחדש באתר סמוך. הבנייה נעשית באופן טבעי, על ידי שימוש בטכניקות נגרות עתיקות, ללא מסמרים או חלקי מתכת, אלא בעץ בלבד. המגרש הריק הסמוך למקדש – מקום עמידתו של המקדש הקודם, ומקום בנייתו של המקדש הבא – נקרא קודנצ'י. השטח מכוסה באבני חצץ לבנות, ונותר ריק מלבד מבנה עץ קטן שנבנה סביב עמוד עץ בגובה שני מטרים שנקרא שין-נו-מיהאשירה (העמוד המרכזי החדש). כשהמקדש נבנה מחדש, הוא נבנה סביב עמוד זה, ואחר כך מסירים את מבנה העץ. לפני סיום הפירוק של המקדש הישן, בונים את מבנה העץ מחדש סביב העמוד הישן, וכן נותרים שני העמודים המרכזיים נסתרים תמיד. בתוך המקדש יש רצפה מוגבהת, ואל הכניסה מוביל גרם מדרגות יחיד. הגג עשוי מקנים מיובשים, על רכס הגג מונחים עשרה בולי עץ, ורכס הגג נתמך על ידי שני עמודים חיצוניים מקדימה ומאחורה. המקדש שנבנה ב-2013, הוא הגרסה ה-62 של המקדש, ומקדש חדש עתיד להיבנות בשנת 2033. במקדש מאוחסן הראי הקדוש, שלפי המסורת ניתן למשפחת המלוכה בידי אלת השמש. הצגת הראי בפומבי אסורה, והמבנה שבו הוא נמצא, מוקף בחומת עץ. לקודש הקודשים יכולים רק הכוהנים ובני המשפחה הקיסרית להיכנס.
מחזורי השפעה.
עם היחלשותה של שושלת טאנג בסין, הפסיק השלטון היפני את המשלחות הרשמיות שנסעו בצורה סדירה לסין במשך תקופת טאנג, וייבאו ליפן את תרבות סין. בתקופת הייאן גיבשה יפן את תרבותה, תוך כדי ניתוק מההשפעה הסינית. התממשו עקרונות העיצוב, שהיו הבסיס של תרבות יפן לפני ההשפעה הסינית, ועיצבו מחדש את הבנייה אחרי ההשפעה העמוקה מסין שגבלה בהטמעה מוחלטת. המבנים הראשונים שהשתנו היו בתי המגורים והגנים, אך גם המקדשים הבודהיסטים, שהיו נושא תרבותי ואדריכלי סיני מובהק, החלו לעבור שינויים איטיים במשך מאות שנים, לכיוון של הפשטה, א-סימטריה, והעדפה לחומרים טבעיים – עץ חשוף וגגות קש – בניגוד לצבעוניות הסינית. ננטשו חומרי בנייה כבדים כמו אבן, טיט וחימר, ונעשתה נפוצה בנייה בקירות עץ פשוטים, רצפות ומחיצות. ארז, עץ מקומי, היה פופולרי בגימור פנים עקב מבנהו המחוספס, ועצי אורן ו נועדו לשימוש מבני. לוחות רעפים ועץ ברוש שנקרא "הינוקי" שימשו לגגות. בתקופה זו נעשה שימוש ב כפתרון יפני לבעיות ניקוז של גגות.
כיוון זה המשיך לאורך תקופה של מאות שנים, אך לא היה יציב, אלא הפגין רגישות לתקופות היסטוריות של פתיחות מחודשת בקשרים עם סין בזמן שושלת סונג ואחר כך בזמן שושלת מינג. מנגד, הייתה תקופה של סגירת שערים בזמן שושלת יואן המונגולית שאיימה לכבוש את יפן, אבל לא הצליחה בכך.
עם כניסת הזן בודהיזם ליפן, בתקופה של פריחת היחסים עם שושלת סונג, קיבלו הרעיונות העתיקים של דת השינטו – הפשטות והקרבה לטבע, בסיס פילוסופי מוגדר. בתקופת קאמאקורה, שהייתה גם תקופת הניתוק משושלת יואן בסין, התגבשה ביפן האמירה האדריכלית הוודאית לכיוון ההפשטה, החומרים הטבעיים והא-סימטריה, ששירתו את האדריכלות היפנית מאות שנים אחרי תקופה זו, תוך כדי המשך התפתחות טבעית של רעיונות ועיצוב.
תקופת הייאן.