החקירה הביקורתית של נוסח המקרא החלה במאה ה-17, בשלהי תקופת הרנסאנס. נקודת הציון החשובה המסמלת את ראשית העיסוק הביקורתי בנוסח המקרא היא הבאת החומש השומרוני לאירופה על ידי פייטרו דלה ואלה, שרכש את כתבי היד בדמשק ב-1616. מכאן ואילך, ככל שהלכו הממצאים ונחשפו, נסמכו החוקרים השונים בהשערותיהם על השוואות מקיפות יותר ויותר בין עדי הנוסח השונים. המהדורה הרב-לשונית (פוליגלוטה) הראשונה של המקרא נתפרסמה אמנם כבר על ידי החשמן הספרדי חימנז (Ximenes) בין השנים 1514–1517, אך שתי הפוליגלוטות החשובות ביותר, השלישית והרביעית, התפרסמו בפריז (1629–1645) ובלונדון (1654–1657), והן כללו כבר את הנוסח השומרוני. ראשוני החוקרים מיהרו לעמוד על סטיותיו הרבות מנוסח המסורה והגיעו לכששת אלפים הבדלים, שליש מהם המסכימים דווקא עם תרגום השבעים. הדיונים הראשונים של ביקורת הנוסח הושפעו ממניעים פולמוסיים ותאולוגיים לא פחות ממניעים פילולוגים טהורים. משום כך יובן כיצד באופן מסורתי ניתן מעמד הבכורה דווקא לתרגומים היווניים והלטיניים של המקרא ומאוחר יותר לחומש השומרוני. נוסח המסורה נתפס כנוסח מזויף ששובש במכוון בידי הסנהדרין הקדומה ביבנה שלאחר החורבן. על אף נחיתותו הראשונית, עם התגברותה של תנועת הרפורמציה, שב המקרא העברי וקיבל את מעמד הבכורה, זאת בזכות תהליך המסירה הדקדקני שלו. בהשוואה שערך עזריה מן האדומים בין כתבי יד של נוסח המסורה בסוף המאה ה-16 גילה כמות גדולה של הבדלי גרסה שכמעט כולם זוהו כמשניים, ולעומת זאת עקביות רבה במרבית הפרטים. רק בראשית המאה ה-19 בחן מחדש החוקר הגרמני וילהלם גזניוס בצורה מדוקדקת את החומש השומרוני, קבע כי מדובר בנוסח משני ומתוקן של נוסח המסורה, ובכך דחק את מקומו של נוסח זה למקום צדדי יחסית לרושם שהותיר על מבקרי הנוסח הראשונים.
הראשון שהעז להעלות השערה מקיפה בדבר נוסח המקרא היה רוזנמילר (J.G. Rosenmüller). טענתו הייתה כי יש להתייחס אל מכלול כתבי היד של נוסח המסורה כאל עד אחד שהחל את דרכו מאבטיפוס יחיד קדמון, אם כי לא בהכרח זהה לנוסח "המקורי" של המקרא.
במאה ה-19 ובמאה ה-20 נוצרו שתי האסכולות העיקריות בביקורת הנוסח. אחת, מיסודו של פאול דה לגארד (Paul de Lagarde;1827–1891) טוענת כי בעבר התקיימה מהדורה אחת ויחידה של כל אחד מספרי המקרא, וכי ממהדורה זו התפתחו באופנים שונים יתר הגרסאות הקיימות לפנינו. האסכולה השנייה, המזוהה בעיקר עם מבקרו הגדול של לגארד, פאול קאהלה (1875–1964;Paul Kahle), טוענת כי מעולם לא היה בנמצא טקסט קדמון שכזה. לטענתה, כבר מראשית המסירה הטקסטואלית של המקרא נודעו הספרים השונים במהדורות עממיות מגוונות. בין שתי האסכולות קיימות גם גישות ביניים שונות. השערות אלו ואחרות יוצגו להלן.
גילוי המגילות המקראיות במדבר יהודה בשנת 1947 ופרסומן (שהושלם בשנת 2006) יצר שינויים של ממש במשקל היחסי שניתן לעדי הנוסח השונים - חשיבותם של תרגומי משנה מתרגום השבעים פחתה לעומת עליית קרנם של הנוסחים העבריים של המקרא - החומש השומרוני, המגילות שנמצאו בקומראן ובראש ובראשונה נוסח המסורה. מיתר התרגומים נותר תרגום השבעים לבדו מקור בעל חשיבות גבוהה לביקורת נוסח המקרא. כמו כן, הראו הממצאים ממדבר יהודה על המציאות החומרית העומדת בבסיס מסירת נוסח המקרא ועל תהליכים שהתרחשו במהלכה, תהליכים בעלי השפעה מכרעת על נוסח המקרא. מטבע הדברים, ממצאים אלה מצריכים גם בחינה מחודשת של ההשערות המקיפות השונות באשר להתפתחותו של נוסח המקרא. כפי שנאמר לעיל, מתייחדת ביקורת הנוסח בעת החדשה בשפע היחסי של עדי הנוסח העומדים לרשותה ובתובנות אודות תהליכי המסירה והשיבושים שהתחוללו בתהליכים אלה. קודם שיוצגו הקווים העיקריים בהתפתחות הגישות השונות אל שאלות הנוסח מאז גילוי מגילות מדבר יהודה, נציג סקירה תמציתית של עדי הנוסח העיקריים ואת ההשערות אודות דרכי מסירתם בהיבטי הכתב, הכתיבה, ואופן היווצרותן של גרסאות משניות בתהליך המסירה.
מהדורות ביקורתיות של המקרא.
החומר הרב שאספה ביקורת הנוסח מפוזר בספרים, במאמרים ובקבצים שונים. המהדורה הביקורתית השלמה היחידה של המקרא היא סדרת BH (ביבלייה הבראיקה) ו-BHS (ביבלייה הבראיקה שטוטגרטנזיה) הגרמנית שהתפרסמה לאורך המאה העשרים בכמה מהדורות, הרביעית והשלמה האחרונה שבהן הותקנה בין השנים 1968–1976 ויצאה בכרך אחד בשנת 1977. מהדורה זו מציגה את נוסח המסורה על פי כתב יד לנינגרד, ומתחתיו מבחר חילופי גרסאות והצעות תיקון. מהדורה חמישית של הביבלייה הבראיקה, בשם Biblia Hebraica Quinta (בקיצור: BHQ), אמורה להחליף את BHS; כרך ראשון ממהדורה זו יצא בשנת 2004 ונכון לשנת 2012 ראו אור שישה כרכים ובהם עשרה מכ"ד ספרי התנ"ך. מהדורה זו מיועדת להסתיים בשנת 2020. על מהדורה מקיפה בהרבה עמלים חוקרי מפעל המקרא שבאוניברסיטה העברית בירושלים מאז שנות ה-70 של המאה ה-20. ממהדורה זו יצאו לאור עד כה הכרכים ישעיה, ירמיה ויחזקאל. כרך המחזיק את ספרי תרי עשר מצוי בשלבי הגהה סופיים, וצוות המפעל עוסק עתה בהתקנת המהדורה לספר יהושע.
כתב העת היחיד בעולם המוקדש לשאלות נוסח המקרא ונושאים קרובים, Textus, יוצא גם הוא בהוצאת מפעל המקרא בירושלים מאז שנת 1960 ובו מדור עברי ומדור לועזי. נכון להיום (2017) התפרסמו 26 גיליונות של כתב העת, האחרון שבהם בשנת 2017.
עדי הנוסח העיקריים של המקרא.
עדי נוסח עבריים.
נוסח המסורה ונוסחים 'קדם מסורתיים'.
עדי הנוסח העבריים למקרא משמשים כנקודת הייחוס לכל עיסוק בביקורת הנוסח. בתוכם, מוענק מעמד הבכורה לנוסח המסורה ולטקסטים הקדם מסורתיים. הכינוי "נוסח המסורה" כולל קבוצה שלמה של למעלה מ-6,000 כתבי יד ומקורות אחרים, מרביתם מימי הביניים. גיבוש הנוסח המצוי בכתבי יד אלה הסתיים אמנם סביב המאה העשירית, בעיקר על ידי פעילות משפחת בן-אשר בטבריה, אך שורשיו קדומים הרבה יותר. נוסח מסורה של ממש החל להתגבש בראשית ימי הביניים, אך שורשיו קדומים יותר, כפי שמעידות המגילות הקומראניות הכתובות בכתב העברי העתיק ומשקפות את הנוסח שלימים ייקרא נוסח המסורה. מלבד עדי הנוסח הישירים, משתקף נוסח המסורה גם בכתבי חז"ל, וכן במרבית התרגומים המבוססים עליו כגון הפשיטתא, הוולגטה ועוד. נוסח המסורה נדפס לראשונה בשנת 1488 בסונצ'ינו שליד מילאנו, אך הנוסח הקובע ביותר בעולם היהודי ובעולם המחקר הוא זה של המהדורה השנייה של מקראות גדולות שנדפסה בשנים 1524–1525 בידי יעקב בן חיים אבן אדוניהו בבית הדפוס של דניאל בומברג בוונציה, כפי שהוגהה במשך השנים. רק בדורות האחרונים החלו להתפרסם מהדורות מדעיות שאינן מבוססות בעיקרן על מקראות גדולות; בכללן יש למנות את מהדורת BHS ואת תנ"ך "עדי" המבוססים על כתב-יד לנינגרד, ואת מהדורת קאסוטו, מהדורת ברויאר, ומהדורת מפעל המקרא.
נוסח המסורה כולל בתוכו כמה מרכיבים: אותיות, ניקוד, סימנים וסימונים שונים, טעמים והערות מסורה. הרכיבים נוספו על ידי סופרים, נקדנים ואישים אחרים המכונים באופן כללי "בעלי המסורה".
האותיות.
תשתית האותיות של נוסח המסורה מתועדת כבר במגילות מדבר יהודה, למעלה מאלף שנים לפני פעילותם של בעלי המסורה בטבריה. כל המגילות המקראיות שנמצאו במצדה משקפות אף הן את נוסח המסורה. השוואה בין כמה מהמגילות הללו לבין דפוסים מודרניים של התנ"ך מגלה הבדלים זעירים בלבד.
ניתן להצביע על שלושה שלבים בהתפתחות תשתית האותיות של נוסח המסורה:
אין עדות מכרעת לטובת ההשערה שהתקיים אי פעם אבטיפוס אחד ויחיד של נוסח המסורה. מסייעת להשערה זו האחידות הפנימית הגבוהה של קבוצת עדי נוסח המסורה. אחידות זו ניכרת ברמת הדיוק הגבוהה במרבית ספרי המקרא מחד גיסא, וכן דווקא באופיו המשובש מעט, לעומת עדים אחרים, של ספר שמואל בכל כתבי היד של נוסח המסורה מאידך גיסא. עם זאת, גם בתוך קבוצת נוסח המסורה קיימים הבדלים בתשתית האותיות. חלק מסוים מהבדלי הגרסה מתועדים בנוסח המסורה עצמו - אם בהערות המסורה המעירות על חילופי אותיות בין "מדינחאי" (בעלי מסורה מן המזרח, כלומר בבל) לבין "מערבאי" (בעלי מסורה מן המערב, ארץ ישראל), אם בהערות קרי וכתיב וסבירין, ואם בשינויים זעירים בין כתבי יד ממוצא שונה.
הניקוד והטעמים.
מטרתו של הניקוד היא לקבוע את אופן הגיית הכתוב באמצעות שימוש בסימונים מוסכמים לתנועות השונות, אשר נעדרות מן הכתב העיצורי. בנוסף נועד הניקוד להסיר ספקות אפשריים ולבטל קריאות חלופיות של הכתוב. מערכות הניקוד השונות לא נוצרו לפני המאה ה-6. ראיה לאיחורו של הניקוד היא העובדה כי במגילות מדבר יהודה אין זכר לכל צורת ניקוד, למעט השימוש באימות קריאה. למעשה, משמש הניקוד גם כדרך מסוימת לפרשנות. השוואה לעדי נוסח אחרים מצביעה על מסורות חלופיות לאלו שהיו בידי הנקדנים. כך, בעוד את תשתית האותיות שב, מנקדים בעלי המסורה כך: "וְחָפְרָה הַלְּבָנָה וּבוֹשָׁה הַחַמָּה", פסוקים אלה נקראו על ידי המתרגם של תרגום השבעים כך: "וְחָפְרָה הַלְּבֵנָה וּבוֹשָׁה הַחׁמָה". מלבד דוגמה זו, המשקפת מסורות שונות באשר לכתוב, הלבישו לעיתים הנקדנים פרשנות לא טקסטואלית באמצעות הצמדת ניקוד לא מקובל על תשתית אותיות קשה או חריגה. כך למשל מנוקדת תמיד התיבה "ירושלם" כך: "יְרוּשָׁלִַם", כאילו נכתב "ירושלים".