ממאפייני הלוחמה האלקטרונית, הנגזר עדכון מתמיד של מערכות הלוחמה האלקטרונית של המטוס ואלו עברו מספר שינויים. מערכות אלה כונו באות ובמספר. ביום הפרישה הראשונה של מטוסי ה-SR-71, המטוס כלל את מערכות ההגנה A2, C2, H ו-M.
מערכת A2 היא מערכת שיבוש לשיבוש איומים אוויריים בתדרי X, המערכת כללה שני סטים של אנטנות קליטה ושידור. מערכת C2 היא מערכת זיהוי מכ"ם שפועלת יחד עם מערכת H בשביל להגן על המטוס מטילי קרקע אוויר (בעיקר מדגמים SA-2 ו-SA-5). זיהוי האיום במערכת C2 היה מפעיל את מערכת H שהיה משמש להתראה לאיומים ספציפיים ובמקרה הצורך לשיבוש הטילים.
מערכת M היא מערכת הטעיה שתפקידה היה לשבור נעילה וזה היה נעשה בשתי שיטות שיבוש: Velocity Gate Pull-Off (VGPO) ו-Range Gate Pull-Off (RGPO).
ביון.
המטוס כלל מגוון רחב חיישנים ומצלמות שיחד יצרו יכולות ביון מתקדמות שבמשימה אחת יכלו לאסוף כמות ניכרת של מידע לצורכי מודיעין שכללו תמונות ומודיעין אותות.
המטוס כלל מבנה אף מודולרי שניתן היה להחליף בקלות לצורך התאמה לדרישות המשימה, שכלל שלושה דגמים: מכ"ם הצופה לצד שיועד למיפוי קרקע וכונה Capability Reconnaissance Radar) CAPRE). מתקן זה יכול היה לייצר תמונות מכ"ם ברזולוציה גבוהה של אזור מטרה בגודל של 16–32 קילומטר בכל כיוון טיסה שנכנס לשימוש ב-1972. מכ"ם מפתח סינתטי מתקדם שכונה Advanced Synthetic Aperture Radar System) ASARS) שהיה שיפור של ה-CAPRE מבחינת רזולוציה ודיוק, ויכול היה גם לשדר בזמן אמת תוצרים לעמדה קרקעית. אך יכולת זאת לא באה לידי ביטוי בזמן השירות של המטוס. האף נכנס לשירות ב-1983. מודול האף האחרון היה מצלמת פס אופטי (Optical Bar Camera - OBC) המצלמה כללה צמצם קבוע שכוון למטרות בעזרת מערכת מראות. הפס האופטי סובב במהלך הטיסה מה שאפשר סריקה של אזור ברוחב של 140 מעלות ואורך של 8 מעלות בסריקה אחת.
המטוס היה יכול לשאת עוד שני סוגי מצלמות בתאי מכשירים לאורך המנשקים בצידי המבנה הקדמי מדגמים HR-308B ו-HR-308C, כאשר מתוכם רק דגם C היה מתכוונן על מטרה מסוימת בהטייה של כ-45 מעלות לצדדים.
המטוס נשא גם מערכת מודיעין אותות פאסיבית (Electromagnetic Reconnaissance System - EMR) שתפקידה היה לזהות ולהתביית על אותות שתוכננו מראש, לסנן ולאפשר הקלטה במערכת הקלטה אנלוגית.
מערכת הקלטה אנלוגית מדגם AR-1700 הקליטה נתונים על סרט מגנטי 14 ערוצי. המערכת הקליטה נתונים במשך 15–30 דקות של נתונים ממערכות ה-EMR והלוחמה האלקטרונית לטובת ניתוח של אותות ממערכות מכ"ם וכדומה.
ציוד בטיחות והצלה.
צוות האוויר במטוס טס בחליפות חלל מדגם S1030 זהובות אשר כללו מספר שכבות. החליפות תוכננו להקנות תנאים אטמוספיריים מיטביים לעבודת הצוות וכן הגנה מתאימה במקרה של הפלטה בתנאי טיסה מהירה. החליפה כללה יכולת איסוף שתן ואף פתח לקש שתייה ומזון, כאשר בכל המצבים הללו היא נותרת אטומה.
כיסא המפלט תמך בחיבורים של החליפה ובמהלך תקלה במערכת הדיחוס של המטוס היה מנפח את החליפה. במהלך נטישה הכיסא היה מושך את הגפיים התחתונות למצב ישיבה ומפליט. לא היה קשר בין תא קדמי ואחורי בהקשר של הפלטה, כל תא היה מפליט עצמאית, אף על פי שהשאיפה היא שהנווט יפליט ראשון.
תאי טייס ומפעיל מערכות.
מערכת הדיחוס של המטוס שומרת על גובה תא בשני מצבים בהתאם להגדרה של טייס: גובה 2,400 מטר (8,000 רגל), או 7,600 מטר (25,000 רגל). במצב רגיל רום התא בשיוט היה 7,600 מטר מכיוון שכך היה קל יותר לשמור על טמפרטורה קבועה ונוחה בתוך התא.
תא הטייס הקדמי כלל את ממשק השליטה על ההגאים (מוט ההיגוי והדוושות), את המצערות ושלל אמצעי שליטה למערכות החשמל, הידראוליקה, מערכות בקרת טיסה, חרוטי הכונסים ודלתות המעקף ושלל מחוונים לתפעול של המטוס. כמו כן תא הטייס כלל מסך מסלול משימה קטן שהקרין את מסלול הטיסה שהוקלט מראש. תא הטייס כלל פריסקופ המביט אחורה שאפשר לטייס לוודא את קיזוז הגאי הכיוון, שכן הם לא מתואמים וצריך לקזז אותם בנפרד. כמו כן במטוס הותקן מקרן לייזר (PVHD- Peripheral Vision Horizon Display) שהקרין את מצב האופק על גבי לוח המכשירים הקדמי כדי למנוע כניסה לורטיגו.
תא מפעיל המערכות לא כלל את אמצעי הניהוג כלל. במקום זאת הוא כלל מסך מסלול גדול, מסך מצלמה אינפרה אדום, את אמצעי השליטה על מערכות הניווט, מערכות הלוחמה האלקטרונית ומערכות הביון.
היסטוריה מבצעית.
מבצעים במזרח הרחוק.
תחילת פעילותן של טייסות ה-SR-71.
הפיקוד והאחריות על הפעלת מטוסי ה-SR-71 הוטלו על פיקוד האוויר האסטרטגי (Strategic Air Command- SAC), שהיה אחראי על כלל פעולות המודיעין האסטרטגיות. פיקוד זה היה אחראי על הפעלה עולמית של אמצעי מודיעין כפי שהוגדרו על ידי משרד הגנה. לשם כך הוקם במטה ה-SAC "פיקוד סיור אסטרטגי" (Strategic Reconnaissance Command- SRC) שהיה מנתח את דרישות המודיעין ומאפיין את משימות הסיור על פי המטוסים שנבחרו. תפעול המטוס בוצע תחת תוכנית בשם קוד Senior Crown והטייסות שנבחרו להפעיל את ה-SR-71 היו טייסות המודיעין האסטרטגי ה-1 וה-99 (1st SRS, 99th SRS) תחת כנף המודיעין האסטרטגי ה-9 (9th SRW) המוצבת בבסיס חיל האוויר ביל (Beale AFB).
על פי ההחלטה של ה-SRC, מטוסי SR-71 פעלו מבסיס קאדינה שבאוקינאווה, יפן והחליפו את מטוסי ה-A-12. נקודת הפריסה בקאדינה נקראה בהתחלה OL-8 (Operational Location) אך השם שונה לטובת הטעייה מספר פעמים: OL-RK באוקטובר 1970 (RK על שם איי הריוקיו), OL-KA באוקטובר 1971 (KA על שם בסיס קאדינה) ולבסוף השם נקבע ל- Detachment 1 (או Det 1) באוגוסט בשנת 1974 ונקרא כך עד לפרישת המטוס ב-1990. המטוס עצמו קיבל כינוי "האבו" (Habu) מהמקומיים, על שם נחש ארסי המצוי באוקינאווה. הכינוי דבק בפי האנשים המעורבים בתוכנית ה-Senior Crown ואלה מיאנו להשתמש בשם "הציפור השחורה" המוכר יותר.
הפריסה הראשונה לבסיס קאדינה יצאה ב-8 במרץ 1968 בה הצוותים ב-OL-8 החלו להכין את היחידה למוכנות מבצעית שהושגה ב-15 במרץ.
ב-18 במרץ הגיעה הוראה לטיסה המבצעית הראשונה, אך היא בוטלה מאוחר יותר. ב-20 במרץ הגיעה הוראה נוספת והמטוס המריא ב-21 במרץ לגיחת צילום בווייטנאם. במסגרת הגיחה, בוצע יעף מדרום לצפון ויעף שני לאורך קו התפר בין דרום לצפון וייטנאם ממערב למזרח תוך צילום מכ"ם בשביל לזהות את עמדות ארטילריה באזור קה-סאן (Khe Sanh) הנצורה, ושיירות האספקה לעמדות המגיעות מנתיב הו צ'י מין. כל זה בעזרת מצלמת המכ"ם ה-SARS שיכלה לראות דרך צמרות העצים. מפעיל המערכות נאלץ לתכנת את מכ"ם ה-SARS ידנית, בגלל כשל שהופיע עוד בתחילת הגיחה.
בחזרה לבסיס קאדינה נתקל המטוס בעננות כבדה ונאלץ לפנות לשדה צ'י צ'ואן קאנג שבטאיוואן. המטוס התלווה לשני מטוסי תדלוק והשתמש באות קריאה זהה לשניהם בשביל להטעות את שירותי הביון הסיניים. לאחר הנחיתה, חנה ה-SR-71 בין מטוסי התדלוק בניסיון להסתיר אותו, אך בזמן שחלף עד ש-SAC הכינו מקום במוסך שהם החזיקו במקום, התגודדו כ-500 אזרחים טאיוואנים וצפו בסקרנות במטוס בעל הצללית העתידנית. במשימה זאת בעזרת תוצרים ממצלמת ה-SARS הצליחו צוותי המודיעין לזהות את עמדות הארטילריה אשר לא אותרו במשימות קודמות, ולפגוע בהם בעזרת הפצצה מהאוויר במשך כמה ימים אחרי המשימה. שבועיים לאחר המשימה המצור על קה-סאן, שנמשך כ-77 ימים, הוסר. צוות המשימה קיבל עיטור צלב הטיסה המצוין.
בשבועות שלאחר הטיסה המבצעית הראשונה, טיסות הצילום בוטלו על ידי המטה באופן חוזר ונשנה ורק ב-10 במאי הורשתה גיחה לצאת. צוות המטוס הראשי ביטל את הגיחה בגלל תקלה ב-ADS והמטוס המשני שנשא את הצוות שטס בגיחה המבצעית הראשונה יצא לגיחה. יעף הצילום הראשון מעל וייטנאם שעבר מעל וין (Vinh) והאנוי (Hanoi) המטוס תפקד ללא רבב.
בסוף היעף פנה המטוס לתדלוק אווירי מעל תאילנד, האט המטוס וירד מ-75,000 רגל (כ-22,860 מטר) לסביבות ה-26,000 רגל (כ-8,000 מטרים), ברגע שהטייס הוריד את המצערות ממבער המנועים נכבו. בגלל דרישות זרימת האוויר להתנעה באוויר (מהירות 450 KEAS ולחץ בכניסה למדחס של -4 PSI) הצוות צלל במהירות והחל בניסיונות התנעה. לאחר שאלה צלחו המטוס חבר למטוסי התדלוק וחזר לבסיס קאדינה בשלום. תופעת כיבויי המנוע הכפולים במהלך האטה בדרך מווייטנאם לתאילנד החלה להופיע גם בגיחות הבאות, וזיכתה את המטוס בכינוי "מזחלת העופרת" (Lead Slead) במטה ה-SAC, כינוי זה הפך לכינוי חיבה למטוס בפי טייסי המטוס. ב-18 באפריל נתקלה גיחה נוספת של ה-SR-71 בכיבוי מנוע כפול בהאטה והצוות נאלץ לפנות לשדה טאקילי (Takhili) לנחיתת חירום לאחר התנעה באוויר. עשרים שעות לאחר המשימה יצא מטוס לגיחה נוספת על מנת לכסות את השטחים שלא נבדקו בגיחה הראשונה. שוב נתקל הצוות בכיבוי מנועים כפול ולאחר התנעה באוויר המטוס הצליח לתדלק ולחזור לקאדינה. בגיחה זאת צוות המטוס הציע להשאיר את מנועי המטוס בסל"ד גבוה יותר מהרשום בבד"ח במהלך ההאטה כדי למנוע כיבויים נוספים. ההצעה שהתקבלה מאוחר יותר הוכיחה את עצמה כאשר במהלך חודש מאי ירדו תופעות כיבוי המנוע באופן משמעותי.
איום הטילים ואובדן מטוס ראשון.