כשמדינות הדרום החלו לפרוש לאחר היבחרו של אברהם לינקולן לנשיאות ב-1860, הייז לא תמך במיוחד ברעיון של מלחמת אזרחים לצורך שלמות האיחוד. הוא סבר ששני הצדדים שונים מדי, ושעדיף לתת לדרום לפרוש לדרכו. אף על פי שאוהיו תמכה בלינקולן ב-1860, הבוחרים בסינסינטי דחו את המפלגה הרפובליקנית. רוב תושבי המקום היו מהדרום, והם תמכו בדמוקרטים, שהדיחו את הייז מתפקיד פרקליט העיר.
הייז חזר לעריכת דין פרטית לפני המלחמה. לאחר שהקונפדרציה ירתה על פורט סאמטר, החליט הייז להצטרף לצבא המתנדבים. המושל מינה כמה קצינים להנהיג את גדוד חיל הרגלים, והייז קודם לדרגת מייג'ור. בנוסף, בגדוד נכח הטוראי ויליאם מקינלי.
לאחר חודש של אימונים, יצאו הייז והגדוד אל וירג'יניה המערבית ביולי 1861. הם לא היו מעורבים בקרבות עד ספטמבר, כשנתקלו בכוח של הקונפדרציה והסיגו אותו מאזור וירג'יניה המערבית. בנובמבר, קודם הייז לדרגת לוטננט קולונל והוביל את חייליו עמוק אל וירג'יניה המערבית. לאחר עצירה בחורף, המשיך הגדוד להתקדם באביב, והייז תקף את הכוחות המורדים ונפצע בברכו. בספטמבר, נקרא לשמש כתגבורת בקרב בול ראן השני. הייז וחייליו לא הגיעו בזמן לקרב, אולם הצטרפו אל ארמיית הפוטומק שעמדה לעצור את צבאו של הגנרל רוברט אדוארד לי מלהיכנס אל מרילנד. הגדוד של הייז היה הגדוד המוביל בקרב סאות' מאונטיין ב-14 בספטמבר. הייז הסתער כנגד הכוחות המורדים ונורה בידו השמאלית. ממחטה נקשרה מעל הפצע כדי לעצור את הדימום והוא המשיך להילחם. הוא ציווה על אנשיו לתקוף, אולם הגדוד שלו נסוג והוא היה בין שני הצדדים.
אנשיו של הייז החזירו אותו אל העורף והוא נלקח אל בית החולים. הגדוד המשיך לתקוף בקרב אנטיאטם, אולם הייז לא היה פעיל במהלך המערכה. באוקטובר, קודם לדרגת קולונל ופיקד על הבריגדה הראשונה
כבריגדיר גנרל.
ארמיית שננדואה.
המחלקה שהתה בחורף ובאביב קרוב לצ'ארלסטון, ללא מגע עם האויב. הייז לא לחם עד ליולי 1863, כשלחם מול חיל הפרשים של הקונפדרציה. את הסתיו השקיע בעידוד הגדוד שלו להמשיך להתנדב בצבא. ב-1864, אורגן מחדש מבנה הפיקוד בדרום מערב וירג'יניה, ומחלקתו של הייז הועברה אל ארמיית וירג'יניה המערבית בפיקודו של ג'ורג' קרוק. הם השמידו את מכרות המלח והעופרת של הקונפדרציה. ב-9 במאי, נלחמו מול כוחות הקונפדרציה וגרמו להם לסגת. לאחר מכן, השמידו את קווי האספקה של הקונפדרציה והסיגו שוב את האויב.
הייז והבריגדה שלו עברו אל עמק שננדואה לקראת הקרבות שנערכו בו. חייליו של קרוק התחברו אל ארמיית שננדואה של האיחוד ונלחמו מול כוחות הקונפדרציה. הם כבשו את לקסינגטון ב-11 ביוני. הם המשיכו לכבוש חלקים מוירג'יניה, אולם לבסוף נאלצו לחזור אל וירג'יניה המערבית. הייז רצה שקרוק יתפוס פיקוד על הארמייה, אולם לפני שהצבא יכול היה לנסות שוב לכבוש את וירג'יניה, הם נאלצו לחזור צפונה ולמנוע פשיטה על מרילנד. הצבא הותקף בידי חיילי קונפדרציה ב-24 ביולי, והייז נפגע מכדור בכתפו. הצבא נסוג אל מרילנד ואורגן מחדש. באוגוסט, נסוג צבא הקונפדרציה אל העמק. חייליו של הייז הדפו התקפה של צבא הקונפדרציה וגרמו לצבא לסגת דרומה. לאחר סדרת ניצחונות, במהלכם נקע הייז את קרסולו, משך הייז את תשומת לבו של יוליסס סימפסון גרנט.
הייז קודם לדרגת בריגדיר גנרל באוקטובר 1864 ולדרגת מייג'ור גנרל לשם כבוד. באותו הזמן נולד בנו, ג'ורג' קרוק הייז. הצבא שוב נבלם בחורף, ובאביב 1865 נגמרה המלחמה כשלי נכנע בפני גרנט. הייז ביקר בוושינגטון די. סי. וצפה בתהלוכת הניצחון של צבא האיחוד במאי, ולאחר מכן חזר לביתו.
פוליטיקה לאחר המלחמה.
חבר קונגרס.
כששירת בארמיית שננדואה ב-1864, נבחר הייז בידי הרפובליקנים להתמודד על מושב בבית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מחוזו. הייז סירב לנהל מסע בחירות בטענה שבמצב המלחמה, מגיע לכל קצין שינטוש את עמדתו כדי לנסות ולהיבחר שיערפו את ראשו. הייז כתב מכתבים שהסבירו את עמדותיו בנושאים פוליטיים ונבחר.
כשהקונגרס התכנס בדצמבר 1865, הושבע הייז כחלק מרוב רפובליקני גדול. הוא היה מזוהה עם המתונים במפלגה, אולם היה מוכן לתמוך ברדיקלים למען האחדות המפלגתית. הנושא המרכזי היה העברת התיקון ה-14 לחוקת ארצות הברית, בו הייז תמך, ושעבר בשני בתי הקונגרס ביוני 1866. הייז תמך בעמדות הרפובליקניות לגבי תקופת השיקום: שיש להחזיר את הדרום לאיחוד, אולם רק לצד הגנה על העבדים המשוחררים והשחורים בדרום. הנשיא אנדרו ג'ונסון, שמונה לתפקידו לאחר הירצחו של לינקולן, רצה לצרף את המדינות הפורשות במהירות, ללא כל ערובה שיעבירו חוקים להגנת זכויות האזרח של העבדים המשוחררים. הוא רצה גם להעניק חנינה לסגל המוביל של הקונפדרציה. הייז, והרפובליקנים בקונגרס, סירבו. הם העבירו חוק זכויות אזרח ב-1866.
הייז נבחר מחדש ב-1866, ותמך בחוק הקביעות במשרה, שהבטיח שג'ונסון לא יוכל לפטר עובדי ממשלה ללא אישור הסנאט. הוא ניסה להעביר רפורמה בשירות הציבורי, אולם לא הצליח להשיג תמיכה רחבה בנושא. הייז המשיך לתמוך ברפובליקנים בקונגרס בחוקי השיקום, אולם התפטר ביולי 1867 כדי לנסות להיבחר לתפקיד מושל אוהיו.
מושל אוהיו.
כחבר קונגרס אהוד וקצין בצבא, נחשב הייז למועמד רפובליקני מצוין בבחירות של 1867. הוא היה מתון יותר מהרפובליקנים, אף על פי שהסכים לתיקון לחוקת אוהיו שיאפשר לגברים השחורים באזור להצביע. יריבו התנגד לתיקון לחלוטין. השניים נאמו בכל רחבי המדינה בנושא, אולם התיקון לא עבר והדמוקרטים השיגו רוב במועצה המחוקקת. נראה היה שהייז הפסיד, אולם הוא זכה ברוב של 2,983 קולות מתוך 484,603.
כמושל רפובליקני עם מועצה מחוקקת דמוקרטית, הייז לא היה מושל חזק, בעיקר מפני שלמושל אוהיו לא הייתה זכות וטו. למרות זאת, הוא הקים בית ספר לחירשים ובית ספר לבנות. הוא תמך במשפט ההדחה של אנדרו ג'ונסון ותמך בהרשעתו, שנפלה בסנאט על חודו של קול. הייז התמודד על כהונה שנייה ב-1869, ושוב תמך בשוויון זכויות לשחורים באוהיו. את יריבו, ג'ורג' פנדלטון, הציג כגזען שתמך בקונפדרציה. הייז נבחר מחדש ברוב גדול, והרפובליקנים השתלטו על המועצה המחוקקת, ואפשרו לאוהיו לאשרר את התיקון ה-15 לחוקת ארצות הברית, שהבטיח זכות הצבעה לגברים שחורים. עם המועצה הרפובליקנית, הרחיב הייז את זכויות ההצבעה של השחורים והקים את הקולג' לחקלאות ומכונות, שהפך בעתיד לאוניברסיטת המדינה של אוהיו. הוא הציע הורדת מיסים ורפורמה במערכת בתי הכלא. הייז החליט לפרוש מהפוליטיקה ב-1872 ולא ניסה להתמודד שוב.
חיים פרטיים וחזרה לפוליטיקה.
כשהייז התכונן לעזוב את תפקידו, פנו אליו כמה תומכי רפורמה בבקשה שינסה להיבחר אל הסנאט של ארצות הברית מול ג'ון שרמן. הייז סירב להתמודד מול רפובליקני אחר ובחר לפרוש. הוא רצה לבלות עם ילדיו. הוא תמך בהרחבת מסילות הרכבת אל עיר מגוריו, וגם ניהל נדל"ן. הייז קיווה למינוי לקבינט, אולם לצערו קיבל רק מינוי כסגן אוצר בסינסינטי, מינוי לו סירב. הוא הסכים לנסות להיבחר שוב לבית הנבחרים אולם הפסיד למועמד הדמוקרטי ב-1872. ב-1873, נולד לו וללוסי בן נוסף, מנינג פורס הייז. באותה שנה, פגע המשבר הפיננסי של 1873 בעסקים ברחבי המדינה, כולל בזה של הייז.
הייז קיווה לשלם את חובותיו ולא לחזור לפוליטיקה, אולם כשהסניף המקומי של המפלגה בחר בו כמועמד לתפקיד המושל ב-1875, הוא הסכים. מסע הבחירות התמקד בחששם של הפרוטסטנטים מאפשרות של מתן כספים מהמדינה לבתי ספר קתוליים. הייז התנגד לכך, ואף על פי שלא היה אנטי-קתולי ידוע, הוא אפשר למתנגדים לקתוליות לקחת חלק במסע הבחירות שלו. הייז נבחר ברוב של 5,544 קולות, והיה האדם הראשון שנבחר לכהונה שלישית כמושל אוהיו. הוא הקטין את החוב הלאומי, הקים מחדש את המועצה לענייני צדקה, וביטל חוק שאפשר מינוי של כמרים קתוליים למשרות בבתי ספר ובתי כלא.
בחירות 1876.
מועמדותו והבחירות הכלליות.
עם פרישתו של הנשיא יוליסס סימפסון גרנט לאחר שתי כהונות, נאלצו הרפובליקנים לבחור מועמד חדש לבחירות של 1876. הצלחתו של הייז באוהיו חיזקה את מעמדו במפלגה הרפובליקנית, והוא נחשב למועמד מוביל יחד עם ג'יימס בליין ממיין, הסנאטור אוליבר מורטון מאינדיאנה והסנאטור רוסקו קונקלינג מניו יורק. למרות כוחם של המועמדים האחרים, תמכה המשלחת מאוהיו בהייז, והסנאטור ג'ון שרמן פעל למענו. ביוני 1876, הוועידה התכנסה ובליין היה המועמד המועדף. הייז לא ציפה להיבחר, אולם ניסה להיות מועמד פשרה. הוא הגיע למקום החמישי בסיבוב הראשון, מאחורי בליין, מורטון, מזכיר האוצר בנג'מין בריסטו וקונקלינג. בליין הוביל במספר הצירים אולם לא השיג רוב. הצירים חיפשו מועמד אחר ובחרו בהייז בסיבוב השביעי. הוועידה בחרה בויליאם א. וילר מניו יורק כסגנו, אף על פי שהייז טען שלא הכיר אותו. הייז הסכים עם מצע המפלגה, שתמך בשוויון זכויות לכל (כולל הנשים), המשך תקופת השיקום, איסור מימון ציבורי לבתי ספר דתיים, ותמיכה בכסף יציב. הייז קיבל את תמיכת העיתונות, וגם הדמוקרטים הודו שהיה אדם כן. במכתב פומבי עם קבלת המועמדות הבטיח לתמוך ברפורמה בשירות הציבורי ולכהן רק כהונה אחת.