ביום שישי, 11 בספטמבר 1857, ניגשו שני אנשי מיליציה לעגלות של חבורת בייקר-פנצ'ר כשהם מנופפים בדגל לבן ואליהם הצטרף ג'ון דויל לי שהיה איש קשר עם האינדיאנים וקצין במיליציה. לי סיפר למהגרים המותשים מהקרב שהוא ניהל משא ומתן עם התוקפים בני הפאיוט והם הסכימו להפסקת אש, ולכך שהמהגרים יצאו בשלום תוך הגנה של המורמונים על מנת לשוב לסידר סיטי מרחק של 58 קילומטרים משם בתמורת להעברת כל הבקר, הסוסים והאספקה שאיתם לידי האינדיאנים. המהגרים קיבלו את התנאים והובלו מחוץ למתחם שלהם. הגברים הבוגרים הופרדו מהנשים והילדים. הגברים הוצעדו בזוגות מלווים באנשי מיליציה. כשהאות ניתן, הסתובבו אנשי המיליציה וירו בגברים מחבורת בייקר-פנצ'ר. הנשים והנערים נרצחו על ידי חברי מיליציה נוספים שהסתתרו בשיחים ובנקיקים הקרובים. חברי המיליציה נשבעו לשמור בסוד את האירוע. התוכנית הייתה להאשים את האינדיאנים בטבח. חברי המיליציה הותירו בחיים ילדים קטנים מתוך מחשבה שהם צעירים מדי על מנת שיוכלו להעיד מה אירע. ילדים אלו אומצו על ידי משפחות מורמוניות. שבעה עשר ילדים חולצו אחר-כך על ידי הצבא האמריקני והוחזרו לקרובים בארקנסו. חלק מרכושם של הנרצחים נלקח על ידי האינדיאנים שהיו מעורבים באירוע, אבל מרבית חפצי הערך והבקר נלקחו על ידי המורמונים בדרום יוטה, כולל ג'ון דויל לי. חלק מהבקר נלקח לסולט לייק סיטי ונמכר או נסחר. יתרת הרכוש האישי של בני חבורת בייקר-פנצ'ר נלקח לבית המעשר בסידר סיטי למכירה פומבית למורמונים בני המקום.
חקירות והעמדה לדין.
חקירה ראשונה נערכה על ידי בריגהם יאנג שראיין את ג'ון דויל לי ב-29 בספטמבר 1857. ב-1858 שלח יאנג דו"ח למפקח על ענייני האינדיאנים בממשל הפדרלי (Commissioner of Indian Affairs) ובו הצהיר כי הטבח היה מעשה ידיהם של אינדיאנים. מלחמת יוטה דחתה כל חקירה על ידי הממשל הפדרלי של ארצות הברית עד 1859, כאשר ג'ייקוב פורניי (Jacob Forney) ומייג'ור ג'יימס הנרי קרלטון מצבא ארצות הברית ערכו חקירות. קרלטון מצא במאונטיין מדוז שיער נשים שהסתבך בשיחים ועצמות ילדים עדיין בזרועות אימותיהם. קרלטון אמר אחר כך שהיה זה "מראה שלא יישכח לעולם". לאחר שאספו גולגולות ועצמות של הנרצחים קברו אותם החיילים בפיקודו של קרלטון והקימו על הקבר גל אבנים וצלב.
קרלטון ראיין כמה מתיישבים מורמונים מקומיים ומנהיגים של שבטי הפאיוט, והגיע למסקנה שהייתה מעורבות של מורמונים בטבח. הוא סיכם את ממצאיו בדו"ח במאי 1859, ושלח אותו לעוזר לראש כוח אדם בצבא ארצות הברית. ג'ייקוב פורניי, מפקח ראשי לעניינים אינדיאנים ביוטה, ערך אף הוא חקירה שכללה ביקור באזור בקיץ 1859 וחילץ רבים מילדיהם של קורבנות הטבח שאומצו על ידי משפחות מורמוניות, ואסף אותם במטרה להסיע אותם לקרוביהם בארקנסו. פורניי הגיע למסקנה כי הפאיוט לא פעלו לבדם והטבח לא היה יכול להתרחש בלי השתתפות של המתיישבים הלבנים. בדו"ח ששלח קרלטון לקונגרס של ארצות הברית הוא כינה את הטבח ההמוני "פשע מרושע", והאשים מנהיגים מקומיים ובכירים מהכנסייה בביצוע הטבח.
שופט פדרלי שנשלח לטריטוריה לאחר מלחמת יוטה במרץ 1859, השופט ג'ון קרדלבאו (John Cradlebaugh; 1872-1819), כינס את חבר המושבעים הגדול בפרובו ביוטה בנוגע לטבח, אבל חבר המושבעים דחה כל הכנת כתבי אישום. עם זאת, קרדלבאו ערך סיור באזור מאונטיין מדוז בליווי צבאי. קרדלבאו ניסה לעצור את ג'ון דויל לי, אייזק האייט וג'ון היגבי, אבל הם נמלטו לפני שניתן היה לאתרם. קרדלבאו האשים בפומבי את בריגהם יאנג כמי שהסית לטבח ולכן "שותף לפני ביצוע הפשע". השופט המורמוני המחוזי אליאס סמית אסר את יאנג בתוקף צו טריטוריאלי, ככל הנראה כדרך למנוע את מאסרו ומשפטו במערכת המשפט הפדרלית שהמורמונים חשדו שהיא נגדם. כיוון שבסופו של דבר לא הוכנו כתבי אישום פדרליים יאנג שוחרר.
חקירות נוספות, שנקטעו עקב מלחמת האזרחים האמריקנית, התחדשו שוב ב-1871 כאשר התובעים קיבלו תצהיר מפיליפ קלינגנסמית. קלינגנסמית היה בישוף בכנסייה המורמונית ונפח מסידר סיטי, אבל בהגיע שנות ה-70 של המאה ה-19 הוא עזב את הכנסייה ועקר לנבדה.
במהלך שנות ה-70 של המאה ה-19 הוגשו כתבי אישום כנגד לי, דיים, פיליפ קלינגנסמית ושניים נוספים (אלוט וילדן (Ellott Willden) וג'ורג' אדאיר (George Adair) הבן), והם נאסרו. צווים הוצאו במטרה להביא למעצרם של ארבעה אחרים (האייט, היגבי, ויליאם ק. סטיוארט (William C. Stewart) וסמיואל ג'וקס (Samuel Jukes)) שירדו למחתרת. קלינגנסמית קיבל חנינה מראש בתמורה להסכמתו להעיד. בריגהם יאנג נידה מהכנסייה כמה מהמשתתפים בטבח, כולל האייט ולי ב-1870. הממשל הציע פרס של 500 דולרים בגין לכידתם של האייט, היגבי וסטיוארט, בעוד שהתובעים החליטו בסופו של דבר שלא להגיש כתבי אישום כנגד דיים וילדן ואדאיר.
המשפט הראשון של לי החל ב-23 ביולי 1875, בביוור (Beaver) בפני חבר מושבעים שכלל שמונה מורמונים וארבעה שלא היו מורמונים. משפט זה הוביל לחבר מושבעים תלוי ב-5 באוגוסט 1875. המשפט השני של לי החל ב-13 בספטמבר 1876, בפני חבר מושבעים שכולו מורמוני. התביעה זימנה להעיד את דניאל ולס (Daniel Wells), לבן מוריל (Laban Morrill), ג'ואל וייט (Joel White), סמיואל נייט (Samuel Knight), סמואל מקמרדי (Samuel McMurdy), נפי ג'ונסון (Nephi Johnson) וג'ייקוב המבלין. לי גם הסכים, כנגד דעתו של פרקליטו, שהתביעה תורשה להשתמש בעדויות בשבועה של יאנג וסמית מהמשפט הקודם. לי לא זימן שום עדים להגנתו. הפעם, לי הורשע.
כפי שחוקי טריטוריית יוטה קבעו, בעת קביעת גזר הדין ניתנה ללי האפשרות לבחור בצורת הוצאתו להורג: בתלייה, בעריפת ראש או בירייה. הוא בחר להיירות. לפני שהוצא להורג ב-23 במרץ 1877 (20 שנים אחרי הטבח) טען לי כי הוא משמש שעיר לעזאזל לשותפים האחרים לטבח. בריגהם יאנג הצהיר כי גורלו של לי היה מוצדק, אבל הוא לא כיפר על פשעו.
ביקורת וניתוח של הטבח.
הדו"ח הראשון על האירוע נעשה ב-1859 בידי קרלטון, שצבא ארצות הברית הטיל עליו לחקור את האירוע ולקבור את הגופות החשופות עדיין במאונטיין מדוז. אף על פי שהטבח תואר במידה מסוימת בתקשורת במהלך שנות ה-50 של המאה ה-19. התקופה הראשונה של פרסום בקנה מידה לאומי נרחב על הטבח החלה סביב 1872, אחרי שהחוקרים השיגו את הווידוי של קלינגסמית. ב-1867 הוציא ק.ו. ואייט (C.V. Waite) לאור את הספר "היסטוריה אותנטית של בריגהם יאנג" (An Authentic History Of Brigham Young) ובו תיאור המאורעות. ב-1872 כתב מארק טוויין על הטבח דרך העדשות של דעת הקהל האמריקנית בת זמנו בנספח לספר המסעות Roughing It האוטוביוגרפי למחצה. ב-1873 היה הטבח נושא בולט בספר ההיסטוריה של המורמונים "הקדושים מהרי הרוקי" (The Rocky Mountain Saint), שכתב תומאס סטנהאוס (T. B. H. Stenhouse), מורמוני שעזב את הכנסייה. העיתונים הגדולים כיסו את משפטי לי מקרוב מ-1874 עד 1876, והוצאתו להורג ב-1877 כוסתה בצורה נרחבת.
הטבח טופל בצורה נרחבת בכמה מחקרים היסטוריים, החל בווידוי של לי ב-1877, שביטא את דעתו שג'ורג' סמית נשלח לדרום דקוטה על ידי בריגהם יאנג במטרה ליזום את הטבח. ב-1910 היה הטבח נושא לספרון מאת ג'וזיה גיבס (Josiah F. Gibbs), שגם הוא ייחס ליאנג ולסמית אחריות לטבח. ב-1915 תואר הטבח בספרו של ג'ק לונדון "The Star Rover" מנקודת מבטו של נער צעיר, ג'סי, הבן של קפטן פנצ'ר. עבודת המחקר המקיפה והמפורטת הראשונה שהשתמשה בשיטות היסטוריות מודרניות הייתה "טבח מאונטיין מדוז" (The Mountain Meadows Massacre) ב-1950 על ידי חואניטה ברוקס (Juanita Brooks), חוקרת מורמונית שחיה בסמוך לאזור בדרום יוטה. ברוקס לא מצאה עדות למעורבות ישירה של בריגהם יאנג, אבל האשימה אותו בהפרעה לחקירה ובהסתה שעוררה את ההתקפה.
בתחילה הכחישה הכנסייה המורמונית מעורבות כלשהי של מורמונים, ואז שתקה בנושא. ב-1872 היא נידתה כמה מהמשתתפים בשל חלקם בטבח. מאז, הכנסייה המורמונית גינתה את הטבח והודתה במעורבות של מנהיגים מורמונים מקומיים בו. בספטמבר 2007 פרסמה הכנסייה מאמר בביטאונה המציין 150 שנים מאז שהטרגדיה התרחשה.
הנצחה.
האנדרטה הראשונה שהנציחה את הקורבנות נבנתה שנתיים לאחר הטבח בידי מייג'ור קרלטון והחיילים בפיקודו. האנדרטה הייתה גל אבנים פשוט שהורם מעל קברם של 34 קורבנות ובראשו הוצב צלב מעץ ארז. האנדרטה נתגלתה הרוסה וצבא ארצות הברית הקים אותה מחדש ב-1864. לפי כמה דיווחים האנדרטה נהרסה ב-1861, כאשר משלחת בראשות בריגהם יאנג הגיעה למאונטיין מדוז. וילפורד וודרף (Wilford Woodruff), שאחר-כך התמנה לנשיא הכנסייה, טען שלאחר שקרא את הכתובת החרותה על הצלב: "הנקמה היא שלי, כה אמר האל. אני אשיב כגמולם", הגיב יאנג, "צריך להיות הנקמה היא שלי והשבתי מעט". ב-1932 בנו תושבים מהאזור חומת הנצחה סביב שרידי האנדרטה.
החל ב-1988 תכננה אגודת מאונטיין מדוז (Mountain Meadows Association), שחבריה צאצאים של קורבנות חבורת בייקר-פנצ'ר ומורמונים, אנדרטה חדשה באתר. האנדרטה הושלמה ב-1999 והיא מתוחזקת על ידי מחלקת הפארקים של יוטה.
ב-1955 על מנת להנציח את קורבנות הטבח הוקמה אנדרטה בכיכר העיר של הריסון בארקנסו. מצד אחד של האנדרטה יש מפה וסיכום של הטבח, ובצד השני רשימה של שמות הקורבנות. ב-2005 נבנה בקארולטון (Carrollton) העתק של גל האבנים מ-1859, והוא מתוחזק על ידי "קרן המונומנט של מאונטיין מדוז" (Mountain Meadows Monument Foundation).