שפמנון מערות זהוב (שם מדעי: "Clarias cavernicola") הוא מין של דג מערה מהסוג שפמנון שבמשפחת השפמנוניים. הוא חי באפריקה הדרומית, ואזור המחיה שלו מתרכז רק בכמה מערות מוצפות בנמיביה, שהידועה בהן היא מערת נשימת הדרקון. שמפנון המערות הזהוב נמצא בסכנת הכחדה חמורה.
אורכו של השפמנון מגיע ל-16 ס"מ. הוא בעל גוף בצבע זהוב והוא כמעט עיוור לחלוטין אך מתמצא בזכות הזיפים הרגישים שלו. השפמנון מצוי במים בקבוצות הפעילים בלילה וניזונים מחסרי חוליות שהם מוצאים ומשיריים.
ישנם 200-400 פרטים של השפמנון וחלה ירידה באוכלוסייה עקב שינויים אקראיים שונים ועקב שימוש במי האגמים של המערה לצריכה, מה שהוריד את המפלס.
מיקרוביולוגיה קלינית
מיקרוביולוגיה קלינית היא ענף של מדע הרפואה העוסקת במניעה, אבחון וטיפול במחלות זיהומיות. בנוסף לכך,  תחום זה של מדע עוסק במחקרים קליניים יישומיים שונים על אורגניזמים פתוגניים, לשיפור הטיפול והגברת הידע הרפואי. קיימים ארבעה סוגים של מיקרואורגניזמים מחוללי מחלות זיהומיות (פתוגנים): חיידקים, פטריות, טפילים ונגיפים. כמו כן קיים סוג נוסף של הדבקה על ידי חלבון בשם פריון.
מיקרוביולוג קליני חוקר את המאפיינים של הפתוגנים, את מנגנוני ההעברה וההדבקות, ואת מנגנוני הזיהום והצמיחה. באמצעות מידע זה, ניתן להנגיש את הטיפול המתאים. מיקרוביולוגים קליניים משמשים לעיתים קרובות  כיועצים לרופאים, על ידי זיהוי ואפיון הפתוגנים המעורבים וייעוץ לאפשרויות טיפול שונות.
פעילויות אחרות עשויות לכלול זיהוי של סיכון בריאותי פוטנציאלי לקהילה או לניטור התפתחות פוטנציאלית של מחלות מתפרצות חדשות או התפתחות של זנים עמידים לתרופות אנטיביוטיות של פתוגנים, עיסוק הסברה וחינוך במסגרת הקהילה וכן סיוע בפיתוח פרקטיקות רפואיות. הם עשויים לסייע גם במניעה ובקרה של מגיפות והתפרצויות של מחלות.
לא כל המיקרוביולוגים הקליניים חוקרים חיידקים פתוגניים; יש ביניהם העוסקים בחקר זני חיידקים לא-פתוגניים במגמה ללמוד על המאפיינים שלהם, כדי ללמוד על דרכים לפיתוח תרופות אנטיביוטיות חדשות או שיטות טיפול אחרות.
בעוד שאפידמיולוגיה עוסקת בחקר דפוסים, גורמים והשפעות בריאות ומחלות באוכלוסיות, המיקרוביולוג קליני מתמקד בעיקר בנוכחות והצמיחה של זיהומים מיקרוביאליים של יחידים, ההשפעות שלהם על הגוף האנושי, ובשיטות הטיפול בזיהומים אלה.
היסטוריה.
בשנת 1676, הבחין אנטון ואן ליוונהוק בחיידקים ומיקרואורגניזמים אחרים, תוך שימוש במיקרוסקופ בעל עדשה אחת שפיתח.
בשנת 1796, פיתח אדוארד ג'נר שיטה באמצעות תרכיב שנוצר מאבעבועות של בקר והצליח לחסן ילד נגד אבעבועות שחורות. עקרונות זהים משמשים גם כיום לפיתוח חיסונים.
בהמשך, פיתח לואי פסטר בשנת 1857, חיסונים נגד מספר מחלות כגון אנתרקס, ותרכיב נגד כלבת. כמו כן פיתח פסטר את תהליך הפיסטור לשימור מוצרי מזון הקרוי על שמו.
בשנת 1867 פיתח ג'וזף ליסטר, הנחשב כאבי שיטת החיטוי, את טכניקת החיטוי במהלך הניתוח, על ידי עיקור המכשירים באמצעות חומצה קרבוקסילית מדוללת וכן שימוש בחומצה זו לצורך ניקוי וחיטוי פצעים. כתוצאה מכך, שיעור הזיהומים לאחר ניתוחים פחתו מאוד, מה שהפך את הניתוח לבטוח יותר עבור המטופלים.
בין השנים 1876 ל 1884 הצליח רוברט קוך לספק מספר תובנות לגבי מהותן של מחלות זיהומיות. הוא היה אחד המדענים הראשונים שהתמקד על בידודם של חיידקים ופיתח שיטות לתרבית טהורה של חיידקים, מה שהוביל בסופו של דבר לפיתוחה של תאוריית החיידקים (Germ theory), שגרסה של התפרצותה של מחלה מסוימת עלולה להיגרם כתוצאה מנוכחותו של מיקרואורגניזם מסוים. קוך פיתח סדרה של קריטריונים סביב תאוריה זו. קריטריונים אלה ידועים כיום בשם ההשערות (פוסטולציות) של קוך.
ציון דרך משמעותי נוסף בהתפתחות המיקרוביולוגיה הקלינית הייתה פיתוחה של שיטת צביעה הקרויה צביעת גראם. בשנת 1884 פיתח הנס כריסטיאן גראם את שיטה לצביעת חיידקים במגנה להפוך את המבנים התאיים שלהם לגלויים יותר וניתנים להבחנה מבדלת תחת מיקרוסקופ. טכניקה זו מצויה בשימוש נרחב גם כיום.
בשנת 1929 פיתח אלכסנדר פלמינג את השימוש בחומר האנטיביוטי הנפוץ גם כיום: פניצילין.
רצוף DNA, שיטה שפותחה על ידי וולטר גילברט ופרדריק סאנגר בשנת 1977, וגרמה לשינוי מהיר בפיתוחם של חיסונים (תרכיבים), טיפולים רפואיים חדשניים, וכן בשיטות אבחון מעבדתיות חדשות. ניתן למנות ביניהם למשל את הייצור הסינתטי של אינסולין, שהופק ב-1979 באמצעות DNA רקומביננטי המהונדס גנטית הראשון. כמו כן פיתוחו של החיסון כנגד הפטיטיס B, בשנת 1986.
בשנת 1995 חקר ופיצח צוות של המכון המחקר הגנומי - The Institute for Genomic Research (שבינתיים התאחד עם מכון מחקר אחר ליצור את J. Craig Venter Institute ) את הרצף הראשון של הגנום של חיידקי "Haemophilus influenzae". חודשים מספר מאוחר יותר, הושלם הרצוף הראשון של גנום התא האויקריוטי. לפתוח זה נודעת חשיבות רבה לאין שיעור בטכניקות האבחון.
מחוללי מחלות ומעבירי מחלות זיהומיות.
זיהומים עלולים להיגרם על ידי חיידקים, נגיפים, פטריות וטפילים. מחולל מחלה יכול להיות אקסוגני (חיצוני - נרכש ממקור חיצוני; מהסביבה, מבעלי חיים או מאנשים אחרים, למשל כמו במקרה השפעת) או אנדוגני (פנימי - כתוצאה מפעילות פתוגנית של פלורה נורמלית המצויה בגוף, למשל פטריות מסוג "Candida" שעלולות לגרום לקנדידיאזיס).
האתר שדרכו חודר הפתוגן לגוף מכונה פורטל (פתח) החדירה. אלה כוללים את מערכת הנשימה, מערכת העיכול, דרכי המין והשתן, העור, הקרומים הריריים וכו' . פתח החדירה לפתוגן מסוים תלוי בדרך כלל באופן ההעברה שלו מהמאחסן הטבעי שלו למאחסן החדש.
קיימות דרכים שונות שבהן מחלה יכולה להיות מועברת בין אנשים. אלה כוללים:
גם הנגיפים, כמו פתוגנים אחרים, משתמשים בשיטות העברה כלעיל על מנת לחדור לגוף, אך קיים שוני: הנגיפיים חייבים לחדור גם לתאי המאחסן. ברגע שנגיף קיבל גישה לתא המאחסן, בהיותו רובו ככולו בנוי מחומצות גרעין שהם חומר גנטי (RNA או DNA) הוא משתלב בתא, תוך השתלטות על מנגנון השכפול הגנטי של התא. אופן שכפול הנגיפים מגוון מאוד, תלוי בסוג הגנים המעורבים. רוב ה DNA של הנגיפים מורכב בגרעין בעוד שרוב ה RNA הנגיפי מתפתח אך ורק בתוך הציטופלסמה.
מנגנוני הדבקה, התרבות ונוכחות רציפה של נגיף בתאי המאחסן, קריטיים להישרדותו. לדוגמה, במחלות מסוימות כמו במחלת החצבת, משתמש הנגיף באסטרטגיה של התפשטות בסדרה של מאחסנים. בצורות זיהום נגיפי אלה, מטופלת המחלה לעיתים קרובות על ידי הגוף עצמו באמצעות התגובה החיסונית, ולכן הנגיף "נדרש" לחדור למאחסנים חדשים לפני שהוא נהרס על ידי מערכת החיסון של המאחסן או מות המאחסן. לעומת זאת, קיימים פתוגנים נגיפיים כגון נגיף לויקמיה של חתולים, הנגיפים מסוגלים לעמוד בפני התגובה החיסונית, וכן מסוגלים להגיע לטווח אחסון ארוך בפרט מאחסן מסוים, תוך שמירת יכולתו להדביק מאחסנים עוקבים נוספים.
המיקרוביולוג הקליני.
מיקרוביולוג קליני הוא מיקרוביולוג בהשכלתו האקדמית, העוסק באבחון וזיהוי מיקרואורגניזמים פתוגניים, חוקר את המאפיינים שלהם לרבות עמידות לאנטיביוטיקה, ומציע דרכים לטיפול בחולים שנדבקו בהם. מקרה מיוחד הוא רופא בעל השכלה רפואית - רופא עם מומחיות במיקרוביולוגיה קלינית שיכול להשתלב במעבדה רפואית בכל אחד מן הדירוגים כלהלן 2–4.
מיקרוביולוג קליני במעבדה רפואית בישראל יהיה בעל הכרה במעמד כעובד מעבד רפואית מטעם משרד הבריאות, בדרך כלל בעל השכלה אקדמית בתחומי מדעי המעבדה הרפואית, מדעי החיים, מיקרוביולוגיה, רפואה, או תחומים אקדמיים רלוונטיים משיקים לפי תקנות בריאות העם מעבדות רפואיות, או בעל השכלה על תיכונית בתחום מעבדה רפואית במקרה של עובד מעבדה רפואית מוסמך.
לגבי מיקרוביולוג קליני כמו כל שאר מקצועות המעבדה קיים בישראל דירוג לפי השכלה, ותק ומומחיות:
תחומי העיסוק של המיקרוביולוגיה הקלינית.
תחת התחום הרחב של מיקרוביולוגיה קלינית מצויים ארבע תתי תחומים עיקריים, לפי סוגי מחוללי המחלות - הפתוגנים:
בדיקות אבחון.
אבחון של מחלה זיהומית קלה, עשוי להתבסס על סממנים קליניים; כגון מחלות במערכת העיכול, דלקות בעור. לביצוע מושכל של אבחון סוג הפתוגן - מחולל המחלה, יש לקחת בחשבון גורמים אפידמיולוגיים, כגון של הסבירות שהחולה נחשף לפתוגן החשוד וכן את שכיחות נוכחות זן הפתוגן הספציפי בקהילה.
אבחון של מחלות זיהומיות נעשה כמעט תמיד תוך בחינת ההיסטוריה רפואית של המטופל, תוך ביצוע בדיקה גופנית. אבחון מפורט יותר מערב טכניקות לזיהוי מיקרואורגניזמים המעורבים כמו של תרביות מיקרוביאליות, מיקרוסקופייה, בדיקות ביוכימיות ואבחון גנוטיפי (genotyping). בטכניקות אחרות פחות נפוצות (כגון צילומי רנטגן, סריקות CT, סריקות PET או NMR) משמשים כדי ליצירת הדמיות פנימיות של חריגות במבנה הרקמות כתוצאה מצמיחת הפתוגן.
תרביות מיקרוביולוגיות.
תרביות מיקרוביולוגיות הן השיטה העיקרית לבידוד מחוללי מחלות זיהומיות לבדיקות של דגימות רקמה או נוזל במעבדה. הדגימות נבדקות לנוכחות של פתוגן ספציפי למחלה, אשר נקבעת על ידי צמיחה בררנית או דיפרנציאלית במדיום צמיחה סלקטיבי.
3 סוגים עיקריים של מדיה משמשים לבדיקה הם:
תרביות דם.
מטרת לקיחת התרבית היא כדי לקבוע האם לחולה יש פתוגנים (מחוללי מחלות) בדם. חשוב שההליך יתבצע באופן סטרילי עד כמה שניתן, למניעת תמונת מצב שגויה בדם והתרבית תצביע לכאורה על נוכחות פתוגנים שגויה.