בינואר-אפריל 1877 נשלח סעיד פאשה לכהן כמותסריף (מושל) סנג'ק טולצ'ה בדוברוג'ה. העו'תאמנים היו אז על סף המלחמה עם רוסיה ועם הנסיכות הרומנית. סעיד פאשה התרשם שבירתו טולצ'ה היא "קן של מורדים". יום אחד במרץ 1877 כינס את כל נכבדי העיר וקרא להם צו קיסרי שבו נדרשים לפנות את היישוב תוך 48 שעות על מנת לאפשר לצי העות'מנאי להרוס אותה על ידי הפגזות מן הים. בסופו של דבר אחרי התערבות המעצמות השונות והפטריארך קונטסנטינופול בוטל הצו וסעיד פאשה הודח מתפקידו. מחליפו, פחרי פאשה, שלט בטולצ'ה יום אחד בלבד והסתלק משם בגלל פריצת המלחמה והתקרבות הצבא הרוסי. סעיד פאשה השתתף במלחמה ואף על פי שלא היה לו ניסיון כאיש צבא הועמד בראש קורפוס צבאי ותפקד לא פחות טוב מגנרלים עות'מאנים אחרים, אף גרם לרוסים נזקים .
שר בממשלה.
ב-8 בנובמבר 1876 התמנה לשר האוצר וב-11 בינואר 1878 לשר הפנים בממשלה הקקיונית של חמדי פאשה. בלחץ הווזיר הגדול החדש אהמט ופיק פאשה ב-14 בפבראור 1878 הועבר סעיד פאשה בחזרה למשרד האוצר. בהמשך ב-18 באפריל 1878 עבר לתפקיד יושב ראש הסנאט. אחרי ניסיון ההפיכה הכושל של עלי סואבי (20 במאי 1878) נעשה הסולטאן יותר חשדן כלפי מקורביו וב־5 ביוני 1878, לשביעות רצון הווזיר הגדול אהמט ופיק פאשה, החליט עבדול חמיד לשלוח את מהמט סעיד פאשה כמושל באנקרה. בסופו של דבר הצליח סעיד פאשה להשיג מקום יותר קרוב כמושל (ואלי) של הווילאיט הידאוונדיגר בורסה. כעבור חצי שנה, אחרי שעל בסיס ניסיונו בבורסה, הגיש לסולטאן הצעות לרפורמות בתחום המנהל, הורשה לשוב לאסטנבול. כיהן שוב כשר האוצר החל מ-28 בנובמבר 1878 ואחר כך החל מ 4 בדצמבר 1878 כשר המשפטים בממשלתו של תונוסלו ח'יר א-דין פאשה. התבקש לערוך שינויים במערכת המשפטית ברוח הדרישות בקונגרס ברלין. ב-24 בדצמבר 1878 הציג את החלטותיו בנוגע להסדרת מערכת המשפט, שכללו ארגון מחדש של בתי משפט מרכזיים ואזוריים והקמת פרקליטות לראשונה בתולדות האימפריה.
וזיר גדול- ראש ממשלה.
ב-18 באוקטובר 1879 מינה אותו הסולטאן בתפקיד וזיר גדול, שנקרא הפעם "באש וקיל" - "ראש ממשלה" (baș vekil) ולא "סזדרם" בפרסית שפי שהיה נהוג עד אז. שינוי התואר ציין את השינוי באופי השלטון עם העברת נקודת הכובד אל ארמון השליט. קוצ'וק סעיד כיהן בתפקיד זה, כולל הפסקות קצרות (יוני-ספטמבר 1880, מאי-יולי 1882, נובמבר- דצמבר 1882), למשך שש שנים. יחד עם וזירים ותיקים כמו אחמד ופיק פאשה, אברהים אדהם פאשה, אהמט ג'וודת פאשה ואחרים, תמך בגישתו של עבדול חמיד נגד המורשת של מידהט פאשה ובעד ביטול המשטר החוקתי הראשון וחיזוק השלטון האבסולטי מתוך חשש מפני התפוררות המדינה העות'מאנית.
האימפריה העות'מאנית נועדה בעיני הסולטאן להפוך שוב למדינה שבה, על אף השיווין של התושבים מול החוק, בסיס השלטון היו הנתינים המוסלמים הנאמנים לסולטאן הח'ליפה. הסולטאן שאף לקדם גם את רעיון אחדות כל המוסלמים (פאן-איסלמיזם) ואחדות כל העמים בעלי שורשים טורקיים (פאנטוראניזם).
רפורמות.
במדיניות הפנים שאף קוצ'וק סעיד לשפר את מערכות השלטון - הצבאית, המשפטית, החינוכית, המנהלית והכלכלית.
בשנים 1879–1885 הגיש לסולטאן תזכירים שכללו הצעות שאפתניות בתחום זה שנועדו מתוך עמדה שמרנית לקדם מודרניזציה של מערכות השלטון. הנהיג מבחנים לקבלה לעבודה המערכת הציבורית. לא שלל השתתפותם של בני דתות אחרות במשרדי הממשלה כולל משרד החוץ, אך קרא להגברת מספר הפקידים הממשלתיים המוסלמים.
קידם עצמאותם של בתי המשפט החילוניים כלפי השלטון
בשנת 1880 הציע קוצ'וק סעיד רפורמה של הצבא שדמתה בהיבטים רבים להצעות הקולונל קאכלר שאומצו על ידי הסולטאן בשנת 1882. אולם חלק מהרפורמות האלה נשארו על הנייר.
קוצ'וק סעיד פאשה עודד הקניית השכלה ראויה לאנשי הצבא והמשטרה ותמך בהצעות של הקצין הגרמני קולמר פון דר גולץ לרענון שיטות המיון והשיבוץ בצבא.
בתחום הכלכלי אימץ גישה פרוטקציוניסטית להגנת ענפי החקלאות והמסחר המקומי.
בתחום הפיננסי הגיע בשנת 1881 להסדר חובותיה של האימפריה עם הנושים הזרים והקים את מנהל החוב הציבורי (Administration de la Dette Publique) בשליטת הסולטאן ובפיקוח המעצמות האירופיות. המנהל לחוב הציבורי נועד גם לפעול כמתווך מול חברות זרות המוכנות להשקיע באימפריה. באמצעות צו הסולטאן בחודש מוחרם של שנה המוסלמית 1299 (20 בדצמבר 1881) אחוז גדול מהכנסות האימפריה הועברו למנהל החוב הציבורי לצורך תשלומי החובות לנושים הזרים, בנסיבות פשיטת הרגל בפועל של האימפריה העות'מאנית כתוצאה מהמלחמה עם רוסיה בשנים 1877–1878. הוקם מונופול הטבק. חובות האימפריה הורדו מ-191 ל-106 מיליון פאונד.
הוביל להקמת קמרת המסחר באסטנבול בשנת 1882.התנגד לשחיתות וקידם קביעת אמות מידה ראויות לבחירת הפקידים הציבוריים.
קידם חלוקה מנהלית טריטוריאלית חדשה, לפיה כל וילאיט חולק לשתי ליווה, לארבע קאזה. ול-16 נאחייה.
הגביר את גביית המיסים והשתדל לאזן את התקציבים.
בתחום החינוך הציבורי החילוני העריץ את הדגם הגרמני ושאף להעתקתו למדינתו, אם כי הדבר לא יצא לפועל . .
דאג לפתיחת בתי ספר יסודיים - רישדייה - וחטיבות ביניים - אידאדייה בעיקר עבור תושבי אנטוליה, מאגר המוסלמים שעליו התבסס שלטון הסולטאן. קידם את לימודי התעשייה, החקלאות והצרפתית. .פיתח את בית הספר "מכתב אי-מילקייה" שהפך במהלך השנים לבית הספר למדעי המדינה באיסטנבול (לימים הועבר והפך לאוניברסיטת אנקרה) ובשנת 1883 פתח במסגרתו פנימייה שתארח תלמידים מרחבי האימפריה. סעיד פאשה נמנה עם יוזמי הקמתה של האוניברסיטה באסטנבול שנחנכה בסופו של דבר בשנת 1900. עודד הקמת בתי ספר מקצועיים, הקמתם באסטנבול של בתי ספר למסחר, למשפטים, לאמנויות, לשפות, וכו'.
חשובה במיוחד הייתה הרפורמה במערכת המשפט שערך.
סעיד פאשה יזם הקמת בתי דין לערעורים, סנגוריה ציבורית, הקמת משרדי פרקליטות ומפקדות משטרה בכל בירת וילייט.
ב-27 ביוני 1881 במשפט שנערך בארמון ילדיז הוטל עונש מוות על מידהט פאשה. לבסוף הוא נשלח לגלות ונרצח.
בעיות לאומיות ומדיניות חוץ.
בתאום עם הסולטאן התנגד סעיד קוצ'וק פאשה להתערבויות זרות בענייני המדינה העות'מאנית, אולם נאלץ להתמודד עם נסיגות מרובות בגבולות האימפריה. אחרי שהמונטנגרינים כבשו את הנמל אולצין בשנת 1878 בימי המלחמה בין רוסיה לטורקיה, בשלהי שנת 1880 בוצעה העברת הנמל באופן סופי למונטנגרו אחרי דיכוי התנגדות האלבנים באזור ובלחץ הצי הבריטי.
בשנת 1881 צרפת שלחה כוחות לתוניסיה, חתמה ב-12 במאי 1881 על הסכם בארדו עם הביי של תוניסיה והפכה את הארץ הזאת למושבה צרפתית.
ב-2 במאי 1882 פוטר סעיד פאשה קוצ'וק על ידי הסולטאן אחרי שהתנגד למהלכים של המונרך בנוגע למרד עוראבי פאשה במצרים. אבל הוחזר לראשות הממשלה ב-12 ביולי 1882. בנובמבר 1882 הוחלף שוב, על ידי אהמט טופיק פאשה אבל ב־1 בדצמבר הוחזר לתפקיד וכיהן בו שנתיים נוספות.
לא הצליח לעצור את הכיבוש הבריטי במצרים שהתחיל בימי המרד עוראבי.
ב-1884 ניסה להתפטר ואחרי אי הבנות עם הסולטאן בנוגע למשבר במזרח רומליה פוטר ב-25 בספטמבר 1885.
אחר כך, למשך עשר שנים ניהל סעיד פאשה חיים שלווים ומדי פעם ייעץ לסולטן בסוגיות מדיניות חוץ וחינוך.
נקרא שוב לראשות הממשלה ב 9 ביוני 1895 אחרי התעוררות השאלה הארמנית. מדינות המערב לחצו ליישומן של רפורמות חדשות באימפריה, לרבות צמצום סמכויות המיליציות "חמידייה" שעשו שמות בעת דיכוי הארמנים.
3 ימים אחרי שב-1 באוקטובר 1895 פרצו הפגנות ארמנים באסטנבול לא הצליחה המשטרה לעצור את צעידתם של המפגינים אל "השער העות'מאני" ובסופו של דבר הייתה שפיכות דמים. סעיד פאשה ביקש את פיטורי שר הפנים נזים פאשה, אך הסולטאן לא הסכים לכך ופיטר דווקא אותו ב-3 באוקטובר. הוצעה לו בהמשך משרת יועץ שמושבו בתוך אחד מבתי הפרוטוקול של הסולטאן. ההצעה נראתה לו חשודה, ונוגדת את המקובל ולכן חשש סעיד פאשה לחייו . ב-4 בדצמבר 1895 יחד עם בנו הקטן ביקש מקלט בשגרירות הבריטית. אחרי שקיבל מהסולטאן הבטחה בכתב לחירותו ולביטחונו האישיים עזב את בניין השגרירות וחזר לביתו. בפועל חי אחר כך תקופה של שש שנים וחצי תחת "שמירה" משטרתית כמו במעצר בית.
אחרי מותו של חליל ריפאת פאשה, ב-18 בנובמבר 1901 הסולטאן קרא שוב לסעיד לעמוד בראש הממשלה. המצב הכלכלי לא היה זוהר, ברומליה התעוררו מהומות. המעצמות האירופיות לחצו על הסולטאן שיבצע רפורמות באנטוליה, באלבניה ובמקדוניה קוצ'וק סעיד ראה את סמכויותיו מקוצצות. התלונן שתפקידו צומצם לרמה של "דחליל". היו לו כמה הצלחות בתחום הכלכלי, מה שעורר קנאתם של יריביו, בייחוד הסרסקר ריזה פאשה. סעיד פאשה איים בהתפטרות ובסופו של דבר הסולטאן הדיח אותו ב-14 בינואר 1903. שוב פעם הושם במשטר של פיקוח צמוד.
ימי המונרכיה החוקתית.
בסופו של דבר הצטרף קוצ'וק סעיד פאשה בשנת 1908 לתומכים בהחזרת החוקה לפי דרישות הטורקים הצעירים.
עלה שוב לגדולה בימי מהפכת 1908. ב-22 ביולי 1908 ירש את תפקידו של מחמוד פריד פאשה כווזיר גדול, והיה לוזיר הגדול הראשון במשטר המונרכיה החוקתית המחודש. אולם ב-6 באוגוסט אותה השנה הוחלף מיוזמת הטורקים הצעירים על ידי יריבו הקפריסאי היותר ליברלי, קמיל פאשה
ב-17 בדצמבר 1908 נפתח מחדש גם הבית העליון של הפרלמנט וקוצ'וק סעיד הועמד בראשו.