באפריל 2016 נעצר הרב ברלנד בידי המשטרה בדרום אפריקה בשיתוף פעולה עם האינטרפול, ובית המשפט המקומי אישר את הסגרתו. ב-19 ביולי 2016 נחת הרב ברלנד בישראל ונעצר. כמה ימים קודם לכן חתמו שלושה רבנים מברסלב, הרב יעקב מאיר שכטר, הרב משה קרמר והרב נתן ליברמנש, על מכתב הקורא להתרחק ממנו ונאמר בו כי הוא "תועה ומתעה בעיקרי ויסודי הדת וההלכה ובפרט בענייני קדושה [...] ומהווה תקלה וסכנה נוראה וחמורה". כעשרה ימים לאחר שהוסגר הוגש נגדו כתב אישום בגין מעשים מגונים בארבע נשים, אחת מהן קטינה, וכן תקיפה בנסיבות מחמירות ופציעה בנסיבות מחמירות של בעלה של אחת המתלוננות. מעצרו הוארך מספר פעמים. ב-17 בנובמבר 2016 הורשע בבית משפט השלום בירושלים במסגרת עסקת טיעון בשתי עבירות מעשה מגונה ובעבירה אחת של תקיפה. במסגרת העסקה נמחקו שתי עבירות נוספות של מעשים מגונים בחסידותיו. ב-22 בנובמבר 2016, גזר עליו בית המשפט 18 חודשי מאסר, בהתאם לעסקת הטיעון.
ביולי 2016 חשף משה נוסבאום הקלטת סתר שבה הודה הרב ברלנד באונס אישה נשואה ואמר: "אני אנסתי אותה והיא מותרת לבעלה בלי שום ספק".
בעת ששהה בכלא תקפו תלמידים של הרב ברלנד את הרב משה קרמר, שחתם נגדו. בעקבות כך פורסם מכתב מחאה חריף נגד התקיפה ונגד הרב ברלנד שעליו חתמו עשרים ושישה רבנים מברסלב חלק מהרבנים אמרו כי חתמו רק נגד הפגיעה ברב משה קרמר ולא נגד הרב ברלנד.
במהלך שהייתו בכלא אובחן כחולה בסרטן המעי הגס. ב-3 באפריל 2017 החליטה ועדת השחרורים על שחרורו למעצר בית במלונית הסמוכה לבית החולים הדסה, בשל מצבו הרפואי. ב-24 במאי 2017 הוא שב לביתו תחת הגבלות וחזר להנהיג את הקהילה ממרכזה בירושלים לאחר שש שנות היעדרות בהן שהה מחוץ לירושלים ובחוץ לארץ.
חלק מחסידיו טוענים כי הטענות נגד הרב ברלנד הן עלילה של עבריינים שנקמו בו לאחר שלא הצליחו לסחוט ממנו כספים. לדבריהם הרב ברלנד הודה במעשים כדי לקבל על עצמו ביזיונות במטרה לבטל גזרות המרחפות על עם ישראל, וכפי שהודה בדברים אחרים שלא עשה, כגון פיגועי 11 בספטמבר. קבוצה אחרת בקרב החסידים סבורה כי הצדיק אינו כפוף למערכת ההלכתית הרגילה ואסור להטיל ספק בצדקתו. חתנו של הרב ברלנד הוציא ספר ברוח זו. תלמיד בולט אחר הוקלט אומר שהרב ברלנד נגע באופן אינטימי בנשים מסיבות רוחניות ולא בשל תאווה. מתנגדיו של הרב ברלנד פרסמו הקלטות שנעשו ככל הנראה בסתר ובהן אומר בנו שאביו הוא פושע, ואשתו של הרב ברלנד, תהילה, מתעמתת עם בעלה ומאשימה אותו בקשרים עם נשים.
מתנגדיו הקימו מערכת תוכן טלפונית שבה מושמעים תכנים נגדו. הרב ברלנד ביקש בדצמבר 2016 צו מניעה להפסקת השידורים, אולם בקשתו נדחתה.
אחת הנפגעות מעבירות המין של ברלנד הגישה נגדו תביעת נזיקין, שהסתיימה בחיובו של ברלנד לפצותה ב-382 אלף ש"ח.
לאחר שחרורו מהכלא.
בפברואר 2018 פורסם פסק דין נגדו מבית דין של רבנים בברסלב, וכן מכתב שעליו חתומים שלושים מרבני ברסלב, ובראשם הרב יעקב מאיר שכטר, בו הם מתנערים מהרב ברלנד וממעשיו וקוראים להתרחק ממנו. על פי המכתב הרב ברלנד "חוטא ומחטיא בחמורות שבחמורות כאחד ומיוחד מבין רשעי הדורות, מהרסי התורה ומחריבי העולם". הרב ברלנד כתב בין היתר בתגובתו שלא אפשרו לו להביע דעתו בפני בית הדין.
לאחר שרוב הרבנים הבולטים ניתקו את הקשרים עם הרב ברלנד בעקבות הפרשה, מנסים אנשיו לשקם קשרים אלה, בין היתר בהתניה כי יצביעו למפלגה שתסייע להם בכך. בינואר 2019 פורסם שהרב ברלנד מגיע עם עשרות מתלמידיו בשעות הלילה לבתי חולים ומנסה לשכנע בני משפחה של חולים שמתו מוות מוחי לשלם לו כעשרים אלף שקלים בתמורה ל"פדיון-נפש" ולברכה, שתגרום לדבריו לכך שהחולה יקום לתחייה.
הרב ברלנד נוהג לנסוע בשיירה, שפעמים רבות נוסעת במהירות מופרזת, בעידודו. בדצמבר 2018 הוגש כתב אישום נגד שלושה מחסידיו לאחר שנהגו ברכבים בשיירתו במהירות מופרזת, וברכב שבו ישב נמדדה מהירות של 244 קמ"ש. במרץ 2019 נגזרו עליהם עונשי מאסר ועבודות שירות.
במרץ 2019 הגיש המפרק של מוסדות שובו בנים, באישור רשם העמותות תביעה על סך חמישים מיליון שקלים נגד אשתו, בנו ונכדו של הרב ברלנד, ונתבעים נוספים. על פי התביעה, כספים של המוסדות הועברו מחוץ לישראל לצורך רכישת נכסים, בפרט באומן.
ביוני 2019 החל לפעול בית דין מיוחד ובו דיינים משלושת בתי הדין החרדיים הבולטים בישראל כדי לפסוק את דינו של הרב ברלנד. הרב ברלנד קיבל את מרות בית הדין. במאי 2020 פסק בית הדין כי "התקבלו עדויות מפורשות וראיות על מעשים שלא יעשו ומהם חמורים ביותר [...] שאינו שומר על דברים שהם מג' חמורות ואביזרייהו, שומר נפשו ירחק ממנו". אב בית הדין, הרב שריאל רוזנברג, תיאר במכתב אישי את העדויות: "על איסור גילוי ערוה ממש היה עד אחד [= נחמן שלום], חוץ מעידי הודאה, חוץ מזה לא היה ספק שהוא נוהג לחבק ולנשק נשים ובתולות ולשלוח ידיו מתחת בגדיהם והיו על כך עדויות שלא הוכחשו כלל". הרב שמעון בעדני הביע תמיכה ברב ברלנד גם לאחר הפסק ואמר לתלמידי הרב ברלנד שרודפים את רבם בשל קנאה בהצלחתו.
בנובמבר 2020 נחשפה אחת המתלוננות נגד הרב ברלנד ותיארה כיצד תקף אותה מינית כאשר הייתה קטינה, וכן את אמה ואת חברותיה.
חשדות פליליים בעניין גביית כספים מחולים.
באוקטובר 2019 חשפה אריאלה שטרנבך בחדשות 13 תחקיר על הרב ברלנד המתועד כשהוא מורה לחולת סרטן להימנע מקבלת טיפולים מצילי חיים תוך הבטחה לריפוי ואריכות ימים תמורת פדיון נפש בסך עשרות אלפי שקלים. החולה, שהעבירה לרשותו של הרב ברלנד למעלה מ-600,000 ש"ח כדי לקבל את ברכתו, מתה זמן קצר לאחר מכן. בעקבות פרסום התחקיר הגיעו עדויות נוספות מקרובי משפחה של חולים שהרב ברלנד הורה להם להימנע מטיפול רפואי וגבה מהם סכומי כסף גבוהים בתמורה לברכה שהייתה אמורה לרפאם. חולים אלו מתו תוך זמן קצר. בעקבות התחקיר חקרה המשטרה כמה ממקורביו ותפסה מסמכים.
ב-9 בפברואר 2020 פשטה המשטרה על ביתו של הרב ברלנד ועצרה אותו, את אשתו וחמישה ממקורביו בחשד לעברות של עושק, מרמה והלבנת הון. חסידיו של הרב ברלנד ניסו להפריע למעצרים ויידו אבנים לעבר השוטרים, ששניים מהם נפצעו קל בראשם. ב-1 במרץ הוגש נגדו כתב אישום באשמת קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, עושק וניסיון עושק וניסיון לשידול חבלה חמורה. ב-5 באפריל הוארך מעצרו עד תום ההליכים בשל מסוכנותו וחשש שיימלט. הסדר טיעון שהחל להתגבש עם ברלנד נדחה בינואר 2021 על ידי היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט.
בינואר 2021 חשפה נופר משה בכאן 11 הקלטה של בתו של ברלנד, אדל רובינשטיין, המתועדת כשהיא מקבלת כסף מקרובה של חולה תמורת פדיון נפש ובהמשך מדווחת לה שדיברה בטלפון עם אביה, והוא ערך פדיון נפש והבטיח שהחולה תתרפא. המשטרה פתחה בחקירת הבת.
בפברואר 2021 הוחלט בשל מצבו הבריאותי לשחררו לחלופת מעצר בית באיזוק אלקטרוני בערבות של 1.2 מיליון ש"ח. נקבע כי עליו לשהות במקום סודי עם שני מפקחים וחברת אבטחה שעליו לממן ונאסרה עליו יצירת קשר ישיר או עקיף עם חסידיו. עם תחילת משפטו הגישו פרקליטי ברלנד בקשה לזיכויו או לחלופין להפסיק את ההליך המשפטי עקב חוות דעת פסיכיאטרית מטעמם לפיה ברלנד אינו כשיר לעמוד לדין בשל מחלה נפשית ואינו מבין את ההליך המשפטי המתנהל נגדו. השופטת הורתה לפסיכיאטר המחוזי לבדוק את כשירותו של ברלנד להעמדה לדין.
באפריל 2021 גילו חסידיו של הרב ברלנד כי הוא שוהה בזכרון יעקב, ובעקבות כך רבים מהם התגודדו במקום והפריעו לשכנים. בעקבות כך הוא הועבר לכלא ניצן ברמלה וכעבור חמישה ימים שוחרר שוב לחלופת מעצר סודית במרכז הארץ. ביוני 2021 הודה ברלנד בהסדר טיעון בעבירות של קבלת דבר במרמה, עושק, ניסיון לאיום, עבירות מס והלבנת הון בהיקף של עשרות מיליוני שקלים, הוא ירצה 18 חודשי מאסר בניכוי חודשי המאסר שכבר ישב בתקופת המעצר. ברלנד שב לכלא ב 28 באוקטובר 2021 על מנת לסיים את ריצוי עונשו שנותר לו.
מעורבות ברצח ניסים שטרית ואבי אדרי.
ב-1 בנובמבר 2021, הרב ברלנד נעצר בחשד למעורבות בפרשת רצח ניסים שטרית ואבי אדרי בחקירה קשר עצמו לרצח, ובהמשך חשף ברלנד למאיר שטרית אחיו של ניסים שטרית שהוא אכן נרצח, והוא יכול לומר עליו קדיש ולשבת שבעה, כמו כן הורה ברלנד לחסידו ברוך שרביט שנעצר גם הוא בחשד לרצח, שישתף פעולה בחקירה ויספר את השתלשלות הרצח והיכן נקבר ניסים שטרית. שרביט הודה, ואף שחזר את הרצח, אך לא הצליח להצביע על מקום הקבר. כחודש לאחר שנעצר הוא שוחרר. לדברי הפרקליטות הוא שלח את חסידיו ברוך שרביט ובנימין זאבי (בנו של רחבעם זאבי) לפגוע בנער ניסים שטרית, אך ברלנד עצמו לא הואשם ברצח בשל שינויים בחוק בין הזמן שבו בוצע הרצח (1986), לבין זמן הגשת האישומים.
עמדותיו.
הרב ברלנד מדגיש את חשיבות האמונה בצדיק וההתחברות המוחלטת לרבי נחמן מברסלב. הוא מעודד טקסי "התקשרות" לרבי נחמן וכן את הביקור בקברו בעיר אומן שבאוקראינה בראש השנה. עוד בתקופת השלטון הסובייטי ארגן הרב ברלנד נסיעות לשם, אחת מהן, ב-1983, תוך שיתוף פעולה עם ח"כ מאיר וילנר. הרב ברלנד מדגיש גם את חשיבות העלייה לקברי צדיקים ובפרט עלייה תוך מסירות נפש לקבר יוסף בשכם. חסידיו נוהגים להסתנן לקבר אף בלי אישור צבאי, ובשל כך נרצח אחד מהם סמוך לקבר. עמדה זו הותקפה על ידי הרב אהרן יהודה לייב שטינמן.