חלק מהכוונות שעמדו מאחורי מזימת אבק השרפה ב-1605 היו לרצוח את אביה של אליזבת ואת האצולה הפרוטסטנטית, לחטוף את אליזבת בת התשע ולהכתיר אותה כמלכת אנגליה, סקוטלנד ואירלנד, כמלכה קתולית. הקושרים בחרו באליזבת לאחר ששקלו את כל האפשרויות שעמדו בפניהם. הם שיערו שהנסיך הנרי ייהרג יחד עם אביו. צ'ארלס נראה להם חלוש (הוא רק למד ללכת) ומרי הייתה צעירה מדי. מאידך, אליזבת נכחה כבר במעמדים רשמיים והקושרים סברו שהיא תוכל למלא את התפקידים הטקסיים למרות גילה הצעיר יחסית.
הקושרים התכוונו לעורר מרד במידלנדס שיפרוץ בתאום עם הפיצוץ בלונדון ובה בעת להבטיח את עלייתה של אליזבת לשלטון כמלכה בובה. לאחר מכן היא הייתה אמורה להתחנך כמלכה קתולית ובבוא היום להינשא לקתולי. המזימה כשלה כאשר הקושרים נתפשו בעקבות מקרה הלשנה וגאי פוקס נלכד על ידי חיילי המלך לפני שהצליח להצית את מטען הנפץ.
חינוכה.
אליזבת זכתה לקבל חינוך מקיף שהתאים לנסיכה בת זמנה. חינוכה כלל לימודי טבע, גאוגרפיה, תאולוגיה, שפות, כתיבה, היסטוריה, מוזיקה ומחול. היא לא למדה לימודים קלאסיים, שכן אביה האמין ש"ללטינית יש השפעה אומללה על נשים ההופכת אותן לערמומיות". בהיותה בת 12 שלטה אליזבת בכמה שפות, כולל צרפתית שלימים תשמש אותה לתקשורת עם בעלה. היא גם הצטיינה ברכיבה, הייתה לה הבנה עמוקה בדת הפרוטסטנטית והיה לה כישרון בכתיבת מכתבים. היא גם אהבה מאוד לעסוק בקריאה.
נישואין.
מחזרים.
כבתו של מלך שולט הייתה אליזבת כלה מבוקשת מאוד. מחזרים מכל רחבי היבשת באו לבקש את ידה. ביניהם נכללו:
כל אחד מהמחזרים היה בעל מעמד ועוצמה שיכלו להאדיר את גדולתה של אליזבת. כאשר ירש אביה של אליזבת את כתר אנגליה ב-1603, הפכה אנגליה לשחקנית ראשית בבמה האירופאית. שלא כמו אליזבת הראשונה שהייתה חשוכת ילדים, יכול היה ג'יימס הראשון, רק בזכות היותו אב לילדים, להיות שחקן מפתח בפוליטיקה השושלתית של אירופה. לפיכך, לבחירתו של חתנה המיועד של אליזבת לא היה קשר רב עם העדפותיה האישיות והשיקול העיקרי שעמד מול עיניו של ג'יימס הייתה התועלת שתצמח משידוך זה.
רוב המחזרים נדחו במהירות מסיבות שונות. כמה מהם פשוט לא היו ממעמד גבוה מספיק ולא היה להם הרבה מה להציע. גוסטב אדולף משוודיה, שמכל הבחינות נראה מתאים, נדחה על רקע היותה של ארצו במצב מלחמה מול ארצה של אן מדנמרק, אמה של אליזבת. יותר מכך, אנגליה לא הייתה יכולה להתמודד עם מהפכה דתית נוספת ולפיכך השיקול הדתי עמד מעל הכל.
החתן שנבחר בסופו של דבר לאליזבת היה פרידריך החמישי, הנסיך הבוחר מפפאלץ. פרידריך היה ללא ספק ממוצא שושלתי מכובד. בין אבות אבותיו נכללו מלכי אראגון וסיציליה, הנסיכים הבוחרים של הסן-קאסל, דוכסי בראבנט ודוכסי סקסוניה ורוזני בית נסאו. לזוג הצעיר היה גם אב קדמון משותף בדמותו של הנרי השני, מלך אנגליה. פרידריך היה מבכירי הנסיכים של האימפריה הרומית הקדושה ותומך נאמן של האמונה הפרוטסטנטית.
פרידריך החמישי.
פרידריך הגיע לאנגליה ב-16 באוקטובר 1612 ונראה היה שרעיון הנישואין התאים לשני בני הזוג כבר מההתחלה. בני התקופה הבחינו בכך שפרידריך היה מוקסם מחברתה של אליזבת ומהשיחה עמה. הוא גם קשר קשרי ידידות עם אחיה הבכור של אליזבת, הנסיך הנרי, דבר שנתן לו נקודות זכות רבות אצל אליזבת. המלך ג'יימס לא לקח בחשבון את אושרם של בני הזוג, אלא ראה חשיבות רבה בהשגת הרמוניה באנגליה עצמה בפרט ובאירופה בכלל. היחידה שנראה היה שהיא לא מרוצה מהשידוך הייתה המלכה אן. כבתו של מלך, כאחותו של מלך וכרעייתו של מלך, היא שאפה להיות אמה של מלכה. נראה היה שהיא חיבבה את הליכותיו של פרידריך ואת אופיו הנדיב, אך היא פשוט חשה שהוא ממוצא נחות מדי.
ב-6 בנובמבר 1612 מת הנרי פרדריק, נסיך ויילס, אחיה של אליזבת. מותו גבה ממנה מחיר נפשי גבוה ומעמדה כשנייה בתור לכתר הפך אותה לשידוך מבוקש אף יותר. המלכה אן וכל אלו שהיו תמיד תמימי דעים אתה, שתמיד החשיבו את נסיכות פפאלץ כשידוך בלתי מתאים לאליזבת, התחזקו בהתנגדותם. אליזבת עמדה לצדו של פרידריך, שנשא חן בעיני אחיה המנוח ושהיא ראתה בו כג'נטלמן מושלם. מעל הכל, הוא נתפס כמי שיהיה המנהיג העתידי של המחנה הפרוטסטנטי בגרמניה.
הנישואין.
חתונתם של פרידריך ואליזבת נערכה ב-14 בפברואר 1613 בקפלה המלכותית בארמון וייטהול והייתה אירוע רבתי בו נכחו אנשי מלוכה יותר מאי פעם בחצר המלכות האנגלית. הזיווג זכה לפופולריות יוצאת מן הכלל והחתונה הייתה הזדמנות להשתפכות של אהדה ציבורית.
הטקס נחגג באירועים מפוארים בלונדון ובהיידלברג, כולל חגיגות פאר שעלו כמעט 50,000 ליש"ט וכמעט גרמו למלך ג'יימס לפשיטת רגל. בין החוגגים שכתבו על האירוע היה ג'ון דאן שכתב שיר לכבוד נישואיהם של אליזבת ופרידריך. כותב בן התקופה ראה את הנישואין כאירוע יוקרתי שהעלה את מעמדה של אנגליה בגרמניה.
הנסיכה הבוחרת של פפאלץ.
לאחר שהייה של כמעט חודשיים בלונדון להמשך החגיגות, החל הזוג הצעיר במסעם לחצר הנסיכות בהיידלברג. המסע היה רצוף בפגישות עם אנשים, סעודות ומופעי בידור במגוון רחב של מופיעים ובני לוויה. בכל מקום בו עצרו אליזבת ופרידריך, היה מצופה מהם להעניק מתנות. התקציב לכך לא היה כל כך מצוי בידיה, עד שהיא נאלצה לעשות שימוש באחד מתכשיטיה כערבון לקניית המתנות.
הגעתה של אליזבת להיידלברג נתפשה כגולת הכותרת של מדיניות ליצירת מקום מרכזי עבור נסיכות פפאלץ בבמה הפוליטית הבינלאומית ולפיכך ציפו לה שם בכיליון עיניים וקידמו אותה בברכה. בן זוגה הטרי של אליזבת העביר את מקום מושבו לטירת היידלברג ויצר שם "אגף אנגלי" עבור אליזבת, כולל גן חיות וגן איטלקי בסגנון הרנסאנס, סגנון שהיה פופולרי מאוד באנגליה באותה תקופה. הגן, שכונה Hortus Palatinus, תוכנן על ידי מורה לשעבר של אליזבת, סלומון דה קו וכונה על ידי בני התקופה "הפלא השמיני של העולם".
אף על פי שאליזבת ופרידריך נחשבו לזוג מאוהב ורומנטי לכל אורך חיי הנישואין שלהם, החלו לצוץ אז בעיות. לפני שהם עזבו את אנגליה, קיבל המלך ג'יימס מפרידריך הבטחה שלאליזבת תהיה עדיפות על פני אמו של פרידריך ושהוא יתייחס אליה תמיד כאל מלכה. למרות זאת באותה עת חשה אליזבת באי נוחות בחייה בפפלאץ, שכן אמו של פרידריך, לואיזה יוליאנה, לא הסכימה להיות בדרג נמוך יותר לטובת כלתה הצעירה ולפיכך, היחסים בית שתי הנשים מעולם לא היו יותר מידידותיים.
בתקופת שהותם בהיידלברג ילדה אליזבת שלושה ילדים: היינריך פרידריך, שהיה יורש העצר של הנסיכות שנולד ב-1614, קרל, לימים קרל הראשון לודוויג, הנסיך הבוחר מפפאלץ שנולד ב-1617 ואליזבת שנולדה ב-1619.
מלכת בוהמיה.
ב-1619 היה פרידריך לאחד מאלה שהוצע להם כתר ממלכת בוהמיה.
בוהמיה הייתה מדינה שהאצילים שלה בחרו את מלכם. הייתה זו אחת המדינות הפלורליסטיות המוצלחות היחידות. בוהמיה זכתה לתקופה ארוכה של חרות דתית, אך במרץ 1619, עם מותו של המלך מתיאס, נראה היה שהמצב הולך להשתנות. היורש בכוח לבית הבסבורג, הארכידוכס פרדיננד, היה קתולי נלהב, שרדף באכזריות אחר הפרוטסטנטים במלכותו שבשטיריה. בפני אצילי בוהמיה עמדה אפשרות הבחירה בין קבלתו של פרדיננד כמלכם או לעשות את הצעד האולטימטיבי להדחתו. הם בחרו באפשרות השנייה וכאשר מועמדים אחרים לא היו מוכנים לקחת את הסיכון הכרוך בכך, הם פנו לפרידריך, בן זוגה של אליזבת.
אף על פי שהיסס בתחילה, קיבל פרידריך את ההצעה. אליזבת תמכה בו באופן מוחלט והמשפחה עבר להתגורר בפראג, שם התקבל המלך החדש בשמחה רבה. ב-4 בנובמבר 1619 הוכתר פרידריך באופן רשמי ושלושה ימים אחריו הוכתרה אליזבת כמלכת בוהמיה. חודש לאחר ההכתרה נולד בפראג בנם השלישי של אליזבת ופרידריך, הנסיך רופרכט, אירוע שעורר שמחה רבה בקרב תושבי הממלכה. תקופת מלוכתו של פרידריך בבוהמיה החלה ברגל ימין, אך היא ארכה שנה אחת בלבד. כתר בוהמיה היה תמיד עמוד התווך של הפוליטיקה ההבסבורגית, ויורש העצר פרדיננד, כעת קיסר האימפריה הרומית הקדושה, סירב להכיר במצב. מלכותו של פרידריך הסתיימה בתבוסה שהוא נחל מידי פרדיננד בקרב ההר הלבן, ב-8 בנובמבר 1620, אירוע שהצית את מלחמת שלושים השנים.
אליזבת תיזכר בכינוי "מלכת החורף" (בצ'כית: zimní královna) ופרידריך בתור "מלך החורף", בהתייחס למלכותם הקצרה ולעונה שבה התנהל קרב ההר הלבן.
גלות.
מתוך חשש מהגרוע מכל, בעת התבוסה בקרב ההר הלבן, עזבה כבר אליזבת את פראג והמתינה ללידת ילדה החמישי בטירת קוסטרין, כ-80 ק"מ מברלין. שם, ב-6 בינואר 1621 היא ילדה את בנה, מוריץ.
על כל פנים, משמעות תבוסתו הצבאית של פרידריך הייתה שהוא לא יוכל לשוב לפראג וכל המשפחה נאלצה להימלט. הם לא יכלו לשוב לפפאלץ, למרות העזרה שהוגשה להם מאביה של אליזבת, שכן הנסיכות נכבשה על ידי הליגה הקתולית וחיל המשלוח הספרדי. לאחר שקיבלו הזמנה ממאוריץ, נסיך אורנז', הם שמו פעמיהם להאג. הנסיכה אליזבת סטיוארט, שהפכה להיות נסיכה בוחרת, הייתה כעת מלכה בגלות.
אליזבת הגיעה להאג באביב 1621 כשאתה רק גרעין של חצר המלכות שלה והצפייה הייתה שהיא תישאר שם עד ליומה האחרון. עם זאת, הגלות בהאג, אף על פי שהייתה בטוחה ונוחה יחסית, לא הייתה נעימה במיוחד. אף על פי כן, משמעות תחושת האחריות של אליזבת לעמוד לצד בעלה בעת המהומה הפוליטית שהם נקלעו אליה, הייתה שהיא הפכה לשותפה שוות ערך, אם לא חזקה יותר, בחיי הנישואין שלהם.