בשנת 1998 החליט בורל להתמודד נגד יו"ר מפלגת הפועלים הסוציאליסטית חואקין אלמוניה בבחירות המקדימות הראשונות שהתקיימו במפלגת הפועלים הסוציאליסטית מאז כוננה הרפובליקה הספרדית השנייה, בחירות שעתידות לקבוע את המועמד של המפלגה לראשות הממשלה בבחירות הכלליות של שנת 2000. בורל היה נציג האגף הסוציאליסטי יותר של המפלגה מול הממסד המפלגתי בראשותו של אלמוניה ונתפס כאנדרדוג בהתמודדות. להפתעת רבים ניצח, ברוב של 114,254 מקולות החברים (54.99%) לעומת 92,860 (44.67%) שקיבל אלמוניה. בעקבות הניצחון התפתחה מערכת יחסים מתוחה בין יו"ר המפלגה, אלמוניה למועמד לראשות הממשלה בורל. במאי 1999 נפתחה חקירת הונאה כנגד שני גורמים, שכמה שנים קודם לכן מינה בורל לתפקידים בכירים במשרד האוצר. על אף שלא היה מעורב ישירות בחקירה החליט להתפטר מתפקיד המועמד לראשות הממשלה, זאת משום שלדבריו לא רצה שהפרשה תפגע בסיכויי מפלגתו בבחירות המקומיות והכלליות הקרובות.
מעורבות בפוליטיקה האירופית.
במהלך הכהונה השישית שלו בקורטס חנרלס, נבחר בורל להיות יו"ר הוועדה המשותפת לקונגרס ולסנאט לאיחוד האירופי באוקטובר 1999, במקומו של פדרו סולבס. הוא נבחר פעם נוספת לחבר פרלמנט מטעם ברצלונה בבחירות הכלליות של שנת 2000, והמשיך לכהן כנשיא הוועדה המשותפת לאורך כל הכהונה השביעית שלו בפרלמנט.
בשנת 2004 הציע ראש הממשלה ומנהיג מפלגת הפועלים הסוציאליסטית, חוסה לואיס רודריגס ספאטרו לבורל להוביל את המחנה הסוציאליסטי (בראשות מפלגת הפועלים הסוציאליסטית הספרדית) בבחירות 2004 לפרלמנט האירופי בספרד. מפלגת הפועלים הסוציאליסטית ניצחה בבחירות עם 6.6 מיליון קולות (43.30%), ובכך זכתה ב-25 מושבים בפרלמנט, אם כי שיעור ההצבעה בבחירות אלו היה נמוך יחסית. בורל ישב בפרלמנט האירופי עם מפלגת הסוציאליסטים האירופאים (PES) וייצג שם את המשלחת הספרדית.
ביולי 2004 נבחר בורל לנשיא הפרלמנט האירופי לאחר הסכם שנרקם בין שני הגושים הגדולים בפרלמנט: מפלגת העם האירופית (EPP), מפלגת ימין-מרכז והברית הפרוגרסיבית של סוציאליסטים ודמוקרטים (בה חברה מפלגת הפועלים הסוציאליסטית הספרדית), מפלגת מרכז-שמאל, והפך לספרדי השלישי בתפקיד זה אחרי אנריקה ברון וחוסה מריה חיל-רובלס. בהצבעה לנשיאות הפרלמנט, השיג רוב של 388 קולות מתוך 700 חברי הפרלמנט האירופי. שני המועמדים האחרים היו הליברל הפולני ברוניסלב גרמק (208 קולות) והקומוניסט הצרפתי פרנסיס וורץ (51 קולות). במסגרת העסקה עם הברית הפרוגרסיבית של סוציאליסטים ודמוקרטים (EPP), הוא הוחלף בתפקידו כנשיא הפרלמנט על ידי הפוליטיקאי השמרני הגרמני הנס-גרט פטרינג בחלקה השני של הקדנציה בת 5 השנים (כיהן כנשיא הפרלמנט במשך תקופה של 2.5 שנים ופטרינג 2.5 שנים גם הוא).
בורל סיים את תפקידו כנשיא הפרלמנט ב-2007 ועזב את הפרלמנט בשנת 2009.
לאחר עזיבת הפרלמנט לקח צעד אחורה מהפוליטיקה וכיהן כנשיא המכון האוניברסיטאי האירופי () מינואר 2010 עד 2012 עת נאלץ להתפטר בשל ההאשמות לניגוד אינטרסים הנוגעים לאי דיווח למכון על האינטרסים הכלכליים שלו בחברת האנרגיה "Abengoa".
שר החוץ (2018–2019).
לאחר הצעת אי-אמון מוצלחת שהובילה לנפילת ממשלתו של מריאנו רחוי ב-2018, מונה פדרו סנצ'ס לראש הממשלה החדש. סנצ'ס מינה את בורל לשר החוץ בממשלתו החדשה.
בבחירות 2019 לפרלמנט האירופי בספרד, הוצב בורל בראש רשימת מפלגת הפועלים הסוציאליסטית לפרלמנט. זמן קצר לאחר בחירתו, הוא ויתר על מושבו בפרלמנט האירופי וטען כי "הנסיבות הפוליטיות הנוכחיות" בספרד ובבריסל לא מאפשרות לו להשאיר את תפקיד שר החוץ ללא איוש". ויתור זה בא בזמן שראש הממשלה סנצ'ס שמפלגתו זכתה באפריל אותה השנה בבחירות עדיין מנסה להקים ממשלה.
הוא פרש ממשרד החוץ הספרדי ב-29 בנובמבר 2019 והוחלף בינתיים על ידי שרת ההגנה, מרגריטה רובלס .
הנציג העליון של האיחוד האירופי לענייני חוץ ומדיניות ביטחון.
ב-2 ביולי 2019 הודיע נשיא המועצה האירופית דונלד טוסק כי המועצה האירופית תמנה את ז'וזפ בורל לנציג העליון של האיחוד לענייני חוץ ומדיניות ביטחון.
הוא נכנס לתפקידו ב-1 בדצמבר 2019.
עמדותיו.
יחסו לסכסוך הישראלי-פלסטיני.
ביולי 2005, כשהוא נשיא הפרלמנט האירופי, ביקר בישראל וב-27 ביולי נאם בפני מליאת הכנסת. בנאומו הדגיש תחילה את המחויבות האירופית לקיומה וביטחונה של ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית:" הרשו לי להביע את מחויבותה של אירופה ואחריותה לקיומה של ישראל כמדינה יהודית, דמוקרטית, שתוכל לחיות בביטחון ובשלום עם שכנותיה. שזה יהיה מאוד ברור". בורל התמקד בקשרים החזקים והאמיצים לדבריו בין ישראל לאירופה והביע את תקוותו לעתיד משותף בין השתיים: "אי-אפשר לדמיין לא את אירופה ולא את ישראל בלי הקשרים האמיצים ביניהן. אירופה מודעת לתלות ההדדית הזאת, ורוצה להעניק לה את כל חשיבותה. הדרך היחידה להתגבר על הקשיים הקיימים בין ישראל לאירופה היא להתקדם ביחד לקראת עתיד משותף."
בורל שכאמור התנדב בשנות השישים בקיבוץ גלאון, ביקר פעמים רבות בישראל וכפי שתיאר זאת בנאומו בכנסת: "מאז אותו קיץ של 1969 חזרתי פעמים רבות - כשר בממשלת ספרד, כחבר פרלמנט; וגם כאזרח פשוט, שרצה לראות סוף-סוף את השלום בארץ הזאת."
בורל ידוע כתומך בפתרון שתי המדינות לסכסוך הישראלי-פלסטיני וכתומך בהכרה חד-צדדית במדינה פלסטינית. סוכנות הידיעות הספרדית EEU, דיווחה בספטמבר 2018 כי הוא מוביל את המאמצים להכרה ספרדית במדינה הפלסטינית.
במאמר שפורסם בעיתון הדיגיטלי הספרדי "רפובליקה" במאי 2018, לאחר אירועי "יום הנכבה" בגבול רצועת עזה שהובילו למותם של עשרות פלסטינים, נכתב כי בורל התייחס לאירועים ואמר כי הם: "משקפים את הדה-הומניזציה של הפלסטינים על ידי חלק גדול מהמעמד החברתי והחברה הישראלית".
בפברואר 2020 איים כי סיפוח יישובים ביו"ש "לא יעבור ללא מענה". הוא תכנן לפרסם הצהרה זו בשם כלל המדינות החברות באיחוד האירופי, אך בפועל לפחות שש מדינות התנגדו ליוזמה (אוסטריה, בולגריה, צ'כיה, הונגריה, איטליה ורומניה). מדינות נוספות העלו הסתייגויות, ובורל נאלץ לפרסם את ההודעה בשם עצמו.במאי 2020 על רקע "עסקת המאה" של נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ וכוונות סיפוח בקעת הירדן שנשמעו מצד ממשלת ישראל וראש הממשלה נתניהו, קרא בורל בציוץ שפרסם בטוויטר לישראל להימנע מצעדים חד-צדדיים וכתב בשמו של האיחוד האירופי כי הם: "מוכנים לתמוך בתהליך שלום בין ישראל והפלסטינים ולסייע בתיווך למשא ומתן משמעותי להשגת שלום צודק ומתמשך". עם זאת, הוא הבהיר כי "החוק הבינלאומי הוא אבן יסוד של כל הסדר. לפיכך לא נכיר בשינויים בגבולות 1967, אלא אם כן הסכימו להם הישראלים והפלסטינים. אנו קוראים לישראל להימנע מכל החלטה חד-צדדית שתביא לסיפוח שטח פלסטיני כבוש כלשהו". בהמשך בירך את הממשלה החדשה ואמר כי הוא "מצפה להמשיך לעבוד יחד ברוח הידידות ארוכת השנים הקושרת אותנו".
משרד החוץ של גרמניה הביע תמיכה מלאה בהודעתו של בורל, ומסר כי "אנו מצטרפים בברכות לממשלה החדשה בישראל, ותומכים באופן מלא בהצהרת הנציג העליון של האיחוד לענייני חוץ".
בתגובה לדבריו כינה משרד החוץ הישראלי את מדיניות האיחוד האירופי "דיפלומטיית מגפון", והודיע כי: "מצער כי שוב, ביטחונה של ישראל, שותפה מרכזית של האיחוד, או האיומים שעומדים בפניה, לא הוזכרו בהודעה ולא קיבלו את המרכזיות שראויה להם בהודעה כזו. כפי שאמר שר החוץ אשכנזי בדברי כניסתו לתפקיד אתמול, אנו מצפים לדיאלוג משמעותי עם בעלי בריתנו באירופה. "דיפלומטיית מגפון" אינה תחליף לדיאלוג דיפלומטי אינטימי ולא תקדם את התפקיד שהאיחוד האירופי מבקש למלא".
יחסו לסכסוך איראן-ארצות הברית-ישראל.
בתשובה לשאלה האם ארצות הברית יכולה "לנקום באיראן", אמר: "אנחנו לא ילדים. יש לנו לקוחות פוטנציאליים, אינטרסים ואסטרטגיה ואנחנו נמשיך לעבוד עם איראן. יהיה לנו רע מאוד אם היא תמשיך לפתח נשק גרעיני. איראן רוצה למחוק את ישראל, אין שום דבר חדש בזה. צריך לחיות עם זה".
בראיון שנערך עמו אמר כי: "צריך להתרגל לעובדה שאיראן רוצה להשמיד את ישראל". כשנשאל על הסכם הגרעין, ואם זה היה מת, ענה בורל: "האמריקאים החליטו להרוג אותו, באופן חד-צדדי כמו שהם עושים דברים בלי שום התייעצות קודמת, בלי לדאוג לאינטרסים של האירופים". עוד אמר, כי: "איראן נותרה אובססיבית לממשלת ארצות הברית. עדיין אין להן יחסים דיפלומטיים, וגם טראמפ נסוג מברית הגרעין והטיל סנקציות. אין ספק שאיראן תוכל לשרוד את הסנקציות אם טראמפ לא ייבחר מחדש. אחרת, המשטר יוכל להפעיל מחדש את תוכנית הגרעין לצרכים צבאיים ולהכפיל את התערבויותיו באזור".
באפריל 2020 בורל הצר על כך שארצות הברית מנעה מאיראן הלוואה מקרן המטבע הבינלאומית, זאת בשל המשבר הכלכלי הגדול שפקד את איראן עם התפרצות נגיף הקורונה במדינה והחמרת הסנקציות האמריקאיות על המדינה.
במאי 2020 הצהיר בורל כי ארצות הברית אינה נחשבת כחברה בהסכם הגרעין עם איראן יותר. בהמשך החודש הצהיר המנהיג העליון של איראן עלי חמינאי כי: "ישראל היא "גידול סרטני קטלני במזרח התיכון" וכי "ישראל תיעקר ותחוסל ללא ספק". בתגובה הביע בורל עמדה נחרצת כנגד דבריו של המנהיג העליון: "אני מגנה בכל תוקף את דבריו של חמינאי שקוראים להיאבק בישראל, זה איום על השלום ועל הביטחון העולמי וכי לביטחונה של ישראל חשיבות עליונה והאיחוד האירופי יעמוד לצדה".
יחסו לאיראן.