נרשמה ירידה משמעותית במספר הנסיעות ברכבת ואלו נעים בין 80 ל-100 אלף נסיעות ביום - כ-30–35 אחוזים ממספר הנסיעות היומי טרם המגפה, אז המספר היה כ-270 אלף נוסעים ביום. בסגר השלישי היה כ-60 אלף.
לאחר הסגר השלישי בוצעו הקלות הדרגתיות ובסוף אפריל 2021 הוסרה הגבלת התפוסה בתחבורה הציבורית פרט לרכבת. בהמשך גם המגבלה ברכבת הוסרה.
בתחילת 2022, היו שיבושים בשל עליה חדה בהדבקה.
שאלות הלכתיות.
בנוסף לדיון על היחס להנחיות בהתחלה ודילמות שהיו, עלו שאלות הלכתיות שונות.
הבידוד שנכפה על האוכלוסייה כולה ובייחוד על קשישים גרם לשאלות בדבר ההתמודדות הנפשית של אלה עם הריחוק מבני המשפחה, בייחוד בליל הסדר. רבנים יוצאי מרוקו פרסמו שניתן להשתמש באפליקציית זום בליל הסדר תוך הסתמכות על הקלות בחשמל בתנאים מסוימים ביום טוב, כדי לאפשר לאוכלוסייה המבוגרת השתתפות משפחתית, ולו גם מרחוק. פסק זה ספג ביקורת מצד רוב העולם הרבני וכן הרבניים הראשיים לישראל שפסקו שהדבר מותר רק במצב של פיקוח נפש.
בנוסף, פורסמה פסיקה על ידי חלק מהרבנים – בעיקר אשכנזים – כי מותר לקיים תפילות במניין במספר מרפסות אף שהמתפללים לא נמצאים באותה רשות, וכן יוכלו לברך בקריאת התורה אף מתפללים שלא נמצאים ליד ספר התורה, או שהקורא יברך את כל ברכות התורה. הרבנים הורו כי מי שהתפלל ביחידות ולא שמע קריאת התורה - ישלים מתוך חומש. עקב המצב רוב הרבנים התירו לשמוע מוזיקה שקטה אף בספירת העומר כל עוד היא לא מביאה לידי שמחה וריקוד.
שאלות נוספות נסבו סביב העובדה כי בשל תנאי הסגר, לאורך כמה שבתות לא קראו קריאת התורה בשבת באף קהילה ועלתה השאלה האם כשיחזרו לקרוא בתורה יהיה צורך להשלים את קריאת התורה שהפסידו, או לראות בזה מצב של אונס שבו הציבור פטור מהשלמת הקריאה. גם עלתה שאלה האם יש לשלם לבעלי מקצוע במקרה שתקנות הבריאות אוסרות עליהם לעמוד בחוזה שנחתם עימם, כגון מפעילות של משפחתונים שנסגרו במסגרת ההוראות. השאלה נסבה סביב משמעותו המשפטית-הלכתית של 'כוח עליון', ונפסק שיש לשלם חצי ממה שהובטח, והפיצוי של המדינה הוא פיצוי לבעל המקצוע ולא ללקוח. בימים שלפני פסח עלתה שאלת טבילת הכלים החדשים בשל סגירתם של המקוואות.
הרב הראשי דוד לאו פסק כי ניתן לקיים טקס גירושין כאשר האישה לבושה בכפפות ואין בכך חציצה.
פוליטיקה ועבודת השלטון.
מצב פוליטי ומחאות.
משבר הקורונה בישראל החל בעת הקיפאון הפוליטי אשר נמשך למעלה משנה, במהלכו הצדדים הפוליטיים לא הגיעו לכדי הכרעה והקמת ממשלה. בתחילת מרץ היו בחירות לכנסת בצל המגפה. הממשלה שכיהנה עד 17 במאי הייתה ממשלת ישראל השלושים וארבע.
בשל חוסר ההסכמה ומתוקף הצורך בנקיטת צעדים מהירים לטיפול במגפה, פעילות ממשלת המעבר כנגד התפשטות הנגיף החלה ללא פיקוח של הכנסת וללא כינוס ועדות. בתוך כך, כלפי חלק מההחלטות כגון הקפאת פעילות בתי המשפט, הייתה ביקורת מצד האופוזיציה כי המניע לכך הוא פוליטי, בשל פרסומן בשעת לילה מאוחרת, לאחר סגירת גליונות העיתונים ואי הצגתן בהודעה היומית לציבור של ראש הממשלה. ההוראה עליה חתם שר המשפטים אמיר אוחנה הייתה בת תוקף של 24 שעות וניתנה יומיים לפני פתיחת המשפט בעניינו של נתניהו. ההוראה התקבלה באישור היועץ המשפטי לממשלה. החלטה קבועה בשיתוף הנהלת בתי המשפט צפויה להתקבל גם כן. ב-21 במרץ הוציאה נשיאת בית המשפט העליון אסתר חיות הודעה כי בתי המשפט פועלים במתכונת חירום והצעדים התקבלו גם על דעתה. נדחה גם דיון במשפט נתניהו במהלך הסגר השלישי.
טענות דומות הושמעו גם כלפי קבלת ההחלטה להיעזר ביכולות השב"כ לאיכון מפרי בידוד, כאשר לוועדה בכנסת שהייתה אמורה לדון בהחלטה הוקצבה שעה בלבד. בעקבות עתירה לבג"ץ, צעדי הממשלה עשויים להתבטל ביום שלישי, 24 במרץ, אם לא יוסדרו מנגנוני הפיקוח של הכנסת. ב-22 במרץ ארגון העיתונאים בישראל עתר לבג"ץ כנגד השימוש ביכולות האיכון, במטרה להגן על עבודת העיתונאים וחיסיון המקורות.
המפלגות לא הגיעו להסכמה על כינוס ועדה מסדרת וכן למרות דרישת רוב חברי הכנסת לא התקיימה הצבעה על מינוי קבוע של יושב ראש הכנסת, צעדים שעוררו מחאה. שיירת כלי רכב שנסעה לירושלים ב-20 במרץ כחלק ממחאה עוכבה על ידי המשטרה בהוראת מפקד המחוז. במוצאי שבת, 21 במרץ, מספר ארגונים בתוכם דרכנו והתנועה לאיכות השלטון ארגנו מחאת רשת בה נספרו בכלל האמצעים השונים כ-500 אלף צפיות. ב-22 במרץ התקיים דיון בנושא בבג"ץ. ביום שני, 23 במרץ, נערך דיון בכנסת בו הוחלט על הקמת שש ועדות כנסת זמניות, ביניהן ועדת הקורונה, שבראשותה עמד ח"כ עפר שלח.
ב-20 במרץ הממשלה אישרה פה אחד את התקנות לשעת חירום המגבילות התקהלות אזרחים. לצד המגבלות שהוטלו על תנועת אזרחים שלא לצורך, אחת ההחרגות להגבלות הייתה הפגנה. לקראת סוף מרץ, עקב החמרת מצב החירום, התמנה גנץ ליושב ראש הכנסת והסכים להקמת ממשלת אחדות ורוטציה כאשר נתניהו ראשון. ב-20 באפריל, נחתם ההסכם הקואליציוני בין הליכוד וכחול לבן. ב-17 במאי, הושבעה ממשלת ישראל השלושים וחמש והיו חילופי תפקידים. בסוף דצמבר פוזרה הכנסת.
ב-2 באפריל אישר מנכ"ל משרד הבריאות, בר סימן טוב, תקנות חדשות המגבילות הפגנות לקבוצות של עשרה אנשים, בלי אישור הממשלה, כאשר הוא מצביע על משרד המשפטים כגורם המכריע. הכתב ברק רביד פרסם כי ראש הממשלה נתניהו תמך בהחופש ההפגנה. בספטמבר, נתניהו התנגד. אושרו הגבלות במהלך הסגר השני.
המשבר הכלכלי בעקבות המגפה והמשבר הפוליטי בישראל הובילו או הגבירו את המחאה נגד ממשלת ישראל השלושים וחמש וקודמתה, שכללה מחאות נגד מגבלות התנועה ובעיקר נגד המדיניות הכלכלית של הממשלה. בין המחאות נמנו הפגנת גולשים בחוף זבולון (הרצליה), הפגנת המקררים הריקים למען סיוע כלכלי בכיכר הבימה בתל אביב, הפגנות האחד במאי בתל אביב, ירושלים, חיפה ונצרת, הפגנה של התנועה למען איכות השלטון בישראל, הפגנת העצמאים בכיכר רבין (בה השתתפו בין השאר מסעדנים, גננות, אמנים, רקדנים, מצילים בבריכות ומאמני כושר), ומחאת ארגון המורים. בהמשך, היו הפגנות של ציבורים נוספים, ביניהם המתמחים בבתי החולים שהפגינו בדרישה לקיצור התורנויות. כמו כן, הייתה שביתת ומחאת עובדים סוציאליים. אנשי חלק מהמחאות התאחדו להפגנה גדולה ביולי.
בידוד והסגר של בעלי תפקידים.
עקב הנחיות המגבילות את ההתקהלות ל-10 אנשים בחלל סגור אחד, השבעת הכנסת העשרים ושלוש התנהלה במתכונת שונה מהרגיל. בסוף אפריל, הוחלט שמליאת הכנסת תחולק ל-3 מפלסים כך שכל חברי הכנסת יוכלו לשהות במליאה ולהצביע. דיוני הוועדה המסדרת למינוי חברים לשתי ועדות זמניות (ענייני כספים וחוץ וביטחון) התנהלו בשני חדרים נפרדים תחת מגבלת ההתקהלות, באמצעות ועידת וידאו. ישיבת הממשלה התקיימה טלפונית. במאי, הותקנו מחיצות זכוכית בין כיסאות חברי הכנסת בוועדות השונות.
מספר חברי כנסת, ביניהם יועז הנדל, צחי הנגבי ובצלאל סמוטריץ', נחשדו כנושאים את הנגיף. חרף הוראות משרד הבריאות, ח"כ הנגבי הגיע למשכן הכנסת במקום להימצא בבידוד. כמה מחברי הכנסת, כמו רם בן ברק נכנסו לבידוד בתוך הכנסת והשתתפו בהצבעות מרחוק. ב-30 במרץ נכנס ראש הממשלה בנימין נתניהו לבידוד יחד עם צוותו הקרוב עקב חשיפה ליועצת שלו לענייני חרדים שנמצאה חולה בנגיף קורונה. לאחר בדיקה שעברו הוא וצוותו הם נמצאו שליליים לנגיף ויצאו מן הבידוד ב-1 באפריל.
יום אחרי ראש הממשלה, נכנסו הרמטכ"ל אביב כוכבי, מפקד פיקוד העורף תמיר ידעי וראש אגף המבצעים אהרון חליוה לבידוד לאחר שהתברר כי בדיון שבו השתתפו עשרה ימים קודם לכן היה חולה קורונה. האדם שאובחן הוא קצין מילואים בדרגת סרן, שמשמש נציג פיקוד העורף בבני ברק. ב-2 באפריל דווח כי שר הבריאות יעקב ליצמן ורעייתו אובחנו כחולים בנגיף קורונה. מסיבה זו צמרת המדינה, בתוכם ראש הממשלה, ראש המוסד, מנכ"ל משרד הבריאות ובכירי משרד הבריאות נאלצו להיכנס לבידוד. ביוני, נדבק ח"כ מהרשימה המשותפת, סאמי אבו שחאדה. בעקבות זאת, נשלחו לבידוד ארבעה חברי כנסת נוספים מרשימתו וצומצמה זמנית פעילות הכנסת. בהמשך בודדו אישים נוספים עקב שהיה ליד חולה.
הפרת הנחיות מצד פוליטיקאים.
כנגד מספר בכירים במערכת הפוליטית דווח שפעלו בניגוד להנחיות משרד הבריאות למניעת ביקורים: נשיא המדינה ראובן ריבלין, ראש הממשלה נתניהו, השר ליצמן, השר יואב גלנט, חבר הכנסת ניר ברקת וחבר הכנסת אביגדור ליברמן שאירחו בליל הסדר את בני משפחתם. הנשיא ריבלין פרסם לאחר מכן מכתב התנצלות.
עבודת המגזר הציבורי.
ב-16 במרץ הודיע ראש הממשלה בנימין נתניהו על מעבר המגזר הציבורי למתכונת מצומצמת. הוחלט כי עובדי המגזר הציבורי שידרשו שלא להגיע לעבודתם יצאו לחופשה בתשלום. בתחילת מאי החל תהליך חזרה של רבים מעובדי המגזר הציבורי לעבודתם, אם כי עדיין לא הגיע המגזר הציבורי לתפוסה מלאה. גם בסגר השני ובסגר השלישי חזר המגזר למתכונת יותר מצומצמת.
בתי המשפט.
בסגר הראשון, שר המשפטים אמיר אוחנה הכריז כי בשל מצב החירום המיוחד, הוא מחיל את תקנות 3 עד 5 לתקנות בתי המשפט במצב חירום עד לאחר פסח בתאריך 16 באפריל, ורק דיונים מיוחדים ייתקיימו. ב-9 באפריל, פורסם שהתקנות הוארכו עד 10 במאי. בעקבות ההנחיות נדחה מועד תחילת משפטו של ראש הממשלה נתניהו שיועד להתקיים ב-17 במרץ ל-24 במאי.
בנוסף, הוציאו הודעה על קיום דיונים מרחוק באמצעות אמצעים טכנולוגיים המאפשרים העברת קול ותמונה מרחוק עבור חלק מסוגי הדיונים.
פעילותם הותאמה לתקופה. בשאר הסגרים שהוטלו לא הוחל מצב חירום.
שירות בתי הסוהר.