בזלצבורג, אוסטריה, ערב מלחמת העולם השנייה, הנזירות ממנזר נונברג שרות, בעוד מריה ריינר, אחת מהמועמדות להיות נזירה, נמצאת על ההר הסמוך, מתחרטת שעזבה את הגבעות היפות (""The Sound of Music"), שם גדלה. היא מאחרת לחזור למנזר. אם המנזר והנזירות האחרות תוהות מה לעשות איתה ("Maria"). מריה מסבירה מדוע איחרה, מספרת שהיא גדלה על ההר הזה, ומתנצלת ששרה בגן ללא רשות. אם המנזר מצטרפת אליה בשיר ("My Favorite Things"). אם המנזר אומרת לה שעליה לבלות זמן מה מחוץ למנזר, כדי להחליט אם היא מוכנה או לא לחיים כנזירה. היא שולחת אותה לשמש כאומנת של שבעת ילדיו של אלמן, קצין בצי הצוללות האוסטרו-הונגרי, קפטן גאורג פון טראפ.
מריה מגיעה לוילה של קפטן פון טראפ. הוא מסביר לה את תפקידיה ומזמן את הילדים באמצעות משרוקית. הם צועדים, לבושים במדים. הוא מלמד אותה את סימניהם האישיים במשרוקית, אך היא מתנגדת בגלוי לגישה מיליטריסטית זו. כאשר היא נשארת לבדה איתם, היא מצליחה לחדור מבעד לחשדנות שלהם כלפיה, ומלמדת אותם את היסודות של המוזיקה ("Do-Re-Mi").
רולף, שליח צעיר, מגיע לבית על מנת למסור מברק ולאחר מכן נפגש בחשאי עם הבת הבכורה, ליזל, מחוץ לוילה. הוא טוען שהוא יודע מה טוב לה כי הוא מבוגר ממנה בשנה ("Sixteen Going on Seventeen"). הם מתנשקים, והוא בורח, משאיר אותה צווחת משמחה. בינתיים, סוכנת הבית, פראו שמידט, מעניקה למריה בדים על מנת לתפור בגדים חדשים לילדים. מריה מבחינה בליזל חומקת אל תוך הבית מבעד לחלון, רטובה מסופת רעמים פתאומית, ומבטיחה לה שתשמור את סודה. שאר הילדים נבהלים מהסערה, ומריה שרה עבורם שיר על מנת להסיח את דעתם ("The Lonely Goatherd").
קפטן פון טראפ שב כעבור חודש מווינה יחד עם הברונית אלזה שרדר ומקס דטוילר. אלזה משוחחת עם מקס על כך שהקפטן ממאן להתחתן איתה ("How Can Love Survive""). רולף מגיע, מחפש את ליזל, ומברך אותם בברכת "הייל היטלר" בשילוב הצדעה במועל יד. הקפטן מגרש אותו מהמקום, באומרו שהוא אוסטרי, לא גרמני. מריה והילדים מקפצים פנימה, לבושים בבגדים שמריה הכינה מן הווילונות הישנים שבחדרה. מזועזע, הקפטן שולח אותם להחליף בגדים. מריה אומרת לו שהילדים צריכים שהוא יאהב אותם, והוא, בכעס, שולח אותה בחזרה למנזר. בעודה מתנצלת, הם שומעים את הילדים שרים את השיר "צלילי המוזיקה", שאותו לימדה אותם, כקבלת פנים עבור הברונית שרדר. הקפטן מצטרף אל הילדים בשירה, ומחבק אותם. הקפטן משנה את דעתו, וכאשר הוא נותר לבדו עם מריה הוא מבקש ממנה להישאר ומודה לה שהשיבה מוזיקה לביתו. לבד עם מריה, הוא מבקש ממנה להישאר, להודות לה על שהביא מוזיקה בחזרה לביתו. אלזה חושדת בה, עד אשר מריה מסבירה שהיא חוזרת למנזר בספטמבר.
הקפטן עורך מסיבה על מנת להפגיש את אלזה עם מכריו, והאורחים דנים בסיפוחה של אוסטריה לרייך השלישי. קורט מבקש ממריה שתלמד אותו לרקוד את ריקוד הלנדלר, וכאשר אינו מצליח, הקפטן תופס את מקומו על מנת להדגים. הקפטן ומריה רוקדים יחד, עד אשר הם מתקרבים פנים-אל-פנים; מריה מתרחקת ממנו, נבוכה ומבולבלת. בריגיטה משוחחת עם מריה על הנישואים הצפויים בין הקפטן לברונית, ואומרת שהיא חושבת שהם באמת מאוהבים זה בזה. אלזה מבקשת מהקפטן לאפשר לילדים להיפרד מהאורחים בשירה (""So Long, Farewell"). מקס נדהם מכישרונם, ומעוניין שיופיעו בפסטיבל אותו הוא מארגן. האורחים עוברים אל חדר האוכל, ומריה מתחמקת מהדלת הקדמית עם מזוודותיה.
במנזר, מריה אומרת לאם המנזר שהיא מוכנה לנדור את נדריה, אבל אם המנזר מבינה שמריה רק בורחת מרגשותיה. היא אומרת לה שעליה להיפגש שוב עם הקפטן על מנת לברר אם הם אוהבים אחד את השני, ושולחת אותה לחפש אחר החיים שאותם היא אמורה לחיות ("Climb Ev'ry Mountain").
מערכה שנייה.
מקס מלמד את הילדים איך לשיר על הבמה. הקפטן מספר להם שהוא ביקש מאלזה להינשא לו. הם מנסים ללא הצלחה לעודד את עצמם באמצעות שירה ("My Favorite Things"), עד אשר הם שומעים את קולה של מריה, חוזרת לביתם. מריה מגלה שהקפטן מתכנן חתונה, והיא מודיעה לו שתישאר רק עד שיארגן אומנת אחרת במקומה. מקס ואלזה מתווכחים עם הקפטן על הסיפוח הקרב של אוסטריה, מנסים לשכנע אותו שזה בלתי נמנע ("No Way to Stop It"). כאשר הוא מסרב להתפשר, אלזה מבטלת את האירוסין. לאחר עזיבתה, הקפטן ומריה נשארים לבד והם מודים סוף סוף באהבתם זה לזה ולבסוף מתחתנים ("Maria").
במהלך ירח הדבש, מקס מכין את הילדים להופעתם בפסטיבל קאלצברג. הר זלר, הגאולייטר, תובע לדעת מדוע הם אינם מניפים את דגל הרייך השלישי, משהושלם סיפוחה של אוסטריה. הקפטן ומריה חוזרים מוקדם מירח הדבש שלהם לפני הפסטיבל. נוכח ההתפתחויות, הוא מסרב לאפשר לילדים לשיר. מקס טוען כי הילדים ישירו למען אוסטריה, אבל הקפטן מציין כי ארצו כבר לא קיימת. מריה וליזל עורכות שיחה בנושא אהבה רומנטית, ומריה צופה שתוך מספר שנים ליזל עצמה תהיה נשואה גם כן ("Sixteen Going on Seventeen"). רולף מגיע עם מברק המורה על הצבתו של הקפטן בתפקיד בכיר בצי הגרמני, וליזל כועסת כשהיא מגלה שרולף פועל בשירות הנאצים. הקפטן מתייעץ עם מריה והם מחליטים שהם חייבים לברוח בסתר מאוסטריה. האדמירל הגרמני פון שרייבר מגיע לברר מדוע קפטן פון טראפ לא השיב על המברק שנשלח אליו, מסביר כי הצי הגרמני מעריך אותו מאוד ומורה לו להתייצב באופן מיידי בברמרהאפן לקחת פיקוד. מריה אומרת שהוא לא יכול לעזוב מיד, משום שכולם אמורים לשיר בפסטיבל; האדמירל מסכים להמתין.
בקונצרט, אחרי שהילדים שרים יחד "Do-Re-Mi"", מקס מוציא גיטרה ומזמין לבמה את הקפטן, ששר את השיר "Edelweiss" כשיר פרידה ממולדתו, תוך שימוש באדלווייס, הפרח הלאומי של אוסטריה, כסמל להצהיר על נאמנותו למדינה. מקס מודיע לקהל שמשפחת פון טראפ תעלה לבמה להדרן, וכי זו תהיה ההזדמנות האחרונה שלהם לשיר יחד, שכן משמר כבוד ממתין ללוות את הקפטן אל פיקודו החדש. בעוד השופטים דנים אודות חלוקת הפרסים של הפסטיבל, בני המשפחה מבצעים יחד את השיר ""So Long, Farewell". מקס מתחיל להכריז על הזוכים בפסטיבל, שעולים על הבמה לקבל את פרסיהם. כאשר הוא מכריז שבפרס הראשון זכתה משפחת פון טראפ - הם לא עולים לבמה, והנאצים מתחילים לחפש אחריהם. המשפחה מסתתרת במנזר, והאחות מרגרטה אומרת להם שהגבולות נסגרו. רולף מוצא אותם, ומזעיק את המפקד שלו, אך כאשר הוא רואה את ליזל, הוא מחליט לומר למפקדו שלא מצא אף אחד. לאחר עזיבתם של הנאצים, משפחת פון טראפ בורחת דרך הרי האלפים, בעוד הנזירות שרות "Climb Ev'ry Mountain"".
הפקות.
הפקת ברודוויי המקורית.
'צלילי המוזיקה' הוצג לראשונה בברודוויי בתיאטרון לנט-פונטאן ב-16 בנובמבר 1959, משם עבר לתיאטרון מארק הלינגר ב-6 בנובמבר 1962; ההפקה הסתיימה ב-15 ביוני 1963, לאחר 1,443 הופעות. הבמאי היה וינסנט ג'יי דונהיו, והכוריאוגרף היה ג'ו לייטון. צוות השחקנים המקורי כלל את מרי מרטין (בגיל 46) בתפקיד מריה, תיאודור ביקל בתפקיד קפטן גאורג פון טראפ, פטרישיה ניואי בתפקיד אם המנזר, קורט קסנר בתפקיד מקס דטוילר, מריון מארלו בתפקיד אלזה שרדר, בריאן דייוויס בתפקיד רולף ולורי פיטרס בתפקיד ליזל. זמרות הסופרן פטרישיה ברוקס וג'ון קארד היו חברות האנסמבל בהפקה המקורית. המחזמר זכה בפרס טוני למחזמר הטוב ביותר בשנת 1960, ביחד עם המחזמר "פיורלו!". כמו כן, המחזמר זכה בפרסי טוני בקטגוריות השחקנית הראשית הטובה ביותר במחזמר (מרי מרטין), השחקנית הטובה ביותר במחזמר (פטריסיה נואי), עיצוב תפאורה הטוב ביותר (אוליבר סמית'), וניצוח וניהול מוזיקלי הטוב ביותר (פרדריק דבונץ'). תיאודור ביקל וקורט קסנר היו מועמדים לפרס על משחק, ווינסנט דונהיו היה מועמד לפרס על הבימוי. כל שבעת הילדים היו מועמדים יחדיו לפרס בקטגוריית השחקנית הטובה ביותר במחזמר, על אף ששניים מהילדים היו בנים.
מרתה רייט החליפה את מרטין בתפקיד של מריה בברודוויי באוקטובר 1961; לאחר מכן נכנסו לתפקיד זה גם קארן גנטס ביולי 1962, ג'ני קרסון באוגוסט 1962 וננסי דוסו בספטמבר 1962. ג'ון ווייט, שבסופו של דבר התחתן עמיתתו לורי פיטרס (שגילמה את ליזל), נכנס לתפקיד של רולף. בהפקת סיבוב ההופעות של המחזמר ברחבי ארצות הברית וקנדה כיכבו פלורנס הנדרסון (מריה) וביאטריס קרבס (אם המנזר). סיבוב ההופעות החל בתיאטרון גרביירה ריביירה שבדטרויט ב-27 בפברואר 1961, והסתיים ב-23 בנובמבר 1963, במרכז אוקיף, טורונטו. את הנדרסון החליפה ביוני 1962 ברברה מייסטר. תיאודור ביקל לא היה מרוצה לשחק את תפקיד הקפטן, בגלל השירה המוגבלת של התפקיד, והוא לא אהב לגלם את התפקיד הזה שוב ושוב. באוטוביוגרפיה שלו הוא כותב: "הבטחתי לעצמי אז שאם אני יכול להרשות לעצמי את זה, לא אעשה את זה עוד פעם". אלבום שירי המחזמר בביצוע צוות השחקנים המקורי של ברודוויי מכר שלושה מיליון עותקים.
הפקת וסט אנד המקורית.
המחזמר הועלה לראשונה בוסט אנד של לונדון בתיאטרון הפאלאס ב-18 במאי 1961, ורץ 2,385 פעמים. הפקה זו בוימה על ידי ג'רום וייט שעשה שימוש בכוריאוגרפיה של ההפקה המקורית של ניו יורק, בפיקוחו של ג'ו לייטון; כן עשה שימוש בעיצוב התפאורה של אותה הפקה מקורית מאת אוליבר סמית'. צוות השחקנים כלל את ז'אן ביילס בתפקיד מריה (שלימים הוחלפה בסוניה ריס), רוג'ר דן בתפקיד קפטן פון טראפ, קונסטנס שאקלוק בתפקיד אם המנזר, יוניס גייסון בתפקיד אלזה שריידר, הרולד קסקט בתפקיד מקס דטוילר, ברברה בראון בתפקיד ליזל, ניקולס בנט בתפקיד רולף ואוליב גילברט בתפקיד האחות מרגרטה.
המחזמר בישראל.