השלטון הספרדי בפיליפינים נפסק במשך תקופה קצרה בעקבות מלחמת שבע השנים בין אנגליה לספרד, לאחר שב-1762, חיילים אנגלים פלשו וכבשו את האיים. בעקבות חתימת הסכם פריז ב-1763 חודש השלטון הספרדי ב-1764. אירועים אלו החלישו מאוד את כוחם של הספרדים באזור, והובילו בסופו של דבר למרד נגדם. בשנים הבאות השילוב של הפיתוחים בפיליפינים ומחוצה להם, שתרם לכניסתם של רעיונות חדשים לאזור, ופתיחת תעלת סואץ ב-1869, שקיצרה את המסע בין אסיה לאירופה, הוביל לדור חדש של פיליפינים ממעמד גבוה שחונכו באירופה.
בין השנים 1887 ל-1891 פרסם חוסה ריזאל, אחד מבני הפיליפינים שלמדו באירופה, את שני ספריו בנוגע לאי הצדק בחברה הספרדית הקולוניאליסטית. ספרים אלו דחפו את הפיליפינים לדרוש ייצוג הולם בחברה, ומאוחר יותר עצמאות, דרישה שנדחתה על ידי בתי המשפט הספרדים. ב-1896 פרצה המהפכה הפיליפינית נגד ספרד. ריזאל הואשם בבגידה והוצא להורג באותה שנה.
ב-1898, התפוצצה ספינה אמריקנית בשעה שעגנה בנמל הוואנה שבקובה. העיתונות והציבור האמריקני האשימו את הספרדים בפיצוץ ומלחמת ארצות הברית–ספרד פרצה. לאחר שהביסו את הצי הספרדי, פנו האמריקנים אל אמיליו אגינלדו, (לשעבר מנהיג במחתרת הפיליפינית שעזב את ארצו לאחר שרצח את המנהיג השני של התנועה בעקבות סכסוכים פנימיים) והזמינו אותו לשוב אל הפיליפינים בתקווה שהוא ינהיג אותם נגד הספרדים. הכוחות האמריקנים, שלוו באנשיו של אגינלדו שלחמו בצידם, השתלטו כמעט על כל האי לוזון. ב-12 ביוני 1898 הכריז אגינלדו על עצמאות והקים את הרפובליקה הפיליפינית הראשונה תחת החוקה הדמוקרטית הראשונה באסיה.
בשלב זה הגיעו כוחות גרמנים אל האיים והודיעו שאם ארצות הברית לא תכריז על הפיליפינים כמושבה הם יעשו זאת. בקרב מנילה כבשה ארצות הברית את העיר מהספרדים. קרב זה סימל את סופו של שיתוף הפעולה בין ארצות הברית לפיליפינים, שכן האמריקאים מנעו מהצבא הפיליפיני להיכנס לעיר, וכבשו אותה בעצמם, תוך פגיעה עמוקה ברגשות הפטריוטים הפיליפינים. ארצות הברית, החליטה לבסוף שאין בכוונתה להחזיר את הפיליפינים לספרד או לתת לגרמניה לכבוש אותם. ב-1898, בהסכם פריז שסיים את המלחמה בין ארצות הברית לספרד, הוחלט כאחד מהתנאים לשלום בין המדינות, שארצות הברית תקנה מספרד את הפיליפינים בתמורה ל-20 מיליון דולר. נציגם של הפיליפינים לא זכה להביע את מחאתו שכן אף אחת מהמדינות לא זיהתה את המורדים הפיליפינים כממשלה חוקית. החלטה זו הובילה לבסוף למלחמת ארצות הברית בפיליפינים.
תחת שלטון ארצות הברית (1898 - 1946).
בתחילה ראו בני הפיליפינים את מערכת היחסים עם ארצות הברית כמערכת הבנויה על מאבק באויב משותף, ספרד. הפיליפינים סיפקו לארצות הברית מידע מודיעיני וסיוע צבאי. לאחר שהתברר לתושבי האיים כי גם לאחר גירושם של הספרדים מאדמת האיים אין ארצות הברית מתכוונת לעזוב את האזור, התערערו היחסים בין הפיליפינים לארצות הברית, גבר המתח המדיני, ולבסוף פרצה מלחמה.
מלחמת ארצות הברית בפיליפינים.
הקרבות פרצו ב-4 בפברואר 1899, לאחר ששני חיילים אמריקאים הרגו שלושה חיילים פיליפינים באחד מפרבריה של העיר מנילה. אירוע זה הצית את מלחמת ארצות הברית בפיליפינים- מלחמה שהייתה יקרה יותר והביאה לאבדות רבות יותר ממלחמתה של ארצות הברית בספרד. כ-126,000 חיילים אמריקאים השתתפו במלחמה ו-4,234 מתוכם איבדו בה את חייהם. מנגד, 16,000 חיילים ובין 250,000 ל-1,000,000 אזרחים פיליפינים מתו בשנתיים אלו. קשה לקבוע מהו המספר המדויק של האזרחים הפיליפינים שמתו כתוצאה מהמלחמה בגלל הרעב והמחלות שהיו תוצאה של המלחמה.
בשדה הקרב הפתוח היה לצבא ארצות הברית יתרון נגד הפיליפינים, שהיו מצוידים בנשק מיושן, והם הפסידו בכל פעם בה התמודדו הצבאות בקרבות מאורגנים. מנגד, גרמו בני הפיליפינים לצבא ארצות הברית אבדות כבדות בלוחמת גרילה. העיר מלולוס ששימשה כמטה המורדים, נכבשה ב-31 במרץ 1899, אולם אגינלדו וממשלתו הצליחו לברוח מהעיר ולבסס את עצמם בעיר סן איסידרו. ביוני נרצח מפקד חשוב בצבא הפיליפינים, ועובדה זו בשילוב עם המורל הנמוך של חייליו הוביל את אגינלדו לשנות את טקטיקת המלחמה שלו. הצבא הסדיר פורק בנובמבר 1899 ואת מקומו תפסו ארגוני גרילה בודדים ללא הנהגה מרכזית. האוכלוסייה האזרחית, שמצאה את עצמה כעת במרכז הקרב בין המורדים והאמריקאים, סבלה קשות.
אגינלדו נתפס לבסוף ב-23 במרץ 1901 והובא למנילה, שם החליט להיכנע ולהישבע אמונים לארצות הברית. כניעתו של אגינלדו, שקרא אף לחייליו להיכנע, סיימה רשמית את המלחמה, אך הקרבות כנגד המורדים המשיכו עד לשנת 1913, בעיקר בדרום המדינה, כנגד המוסלמים.
מושבה אמריקאית.
ארצות הברית הגדירה את משימתה הקולוניאלית כחינוך המקומיים לקראת עצמאות. ממשלה אזרחית בראשותו של ויליאם הווארד טאפט הוקמה ב-1901 והחליפה את הממשל הצבאי שהוקם באיים, בראשות הגנרל ארתור מקארתור הבן, אביו של דאגלס מקארתור. טאפט, שיהיה לימים נשיא ארצות הברית, תיפקד בתור ראש המועצה הפיליפינית, גוף בעל כוח תחיקתי וביצועי מוגבל שחוקק את היסודות למדינה העתידית. חוקים אלו כללו שירות צבאי, מערכת משפטית, חובות אזרח וממשל מקומי. כוח משטרה פיליפיני מיוחד הוקם כדי להילחם באלו שהמשיכו להתנגד לשלטון והחליף באופן הדרגתי את חיילי ארצות הברית. האספה הפיליפינית הנבחרת הראשונה נבחרה ב-1907 והיא הפכה לבית תחתון עם המועצה בהנהגת טאפט כבית עליון.
עם חילופי הנשיאים בארצות הברית השתנתה גם המדיניות כלפי הפיליפינים, ואם בשנים הראשונות של המושבה, נמנעה ארצות הברית מלהעניק לפיליפינים סמכויות רבות מדי, ב-1916, תחת ממשלו של הנשיא וודרו וילסון העביר הקונגרס האמריקאי חוק שהבטיח את עזיבתה של ארצות הברית, ויצר את הסנט הפיליפיני. מבחינה פוליטית, במהלך שנים אלו המפלגה הגדולה ביותר בפיליפינים הייתה המפלגה הלאומית (Nacionalista Party) שבשעה שמצעה קרא לעזיבה מידית של ארצות הברית, ולעצמאות מלאה, מדיניותה בפועל כלפי האמריקאים הייתה מדיניות של תמיכה. הקריאה למתן עצמאות ועזיבת האמריקנים הונהגה על ידי מנואל ל. קזון שעמד בראש הסנאט בין השנים 1916 ל-1935.
שלטון עצמי.
ב-1933 חוקק קונגרס ארצות הברית את חוק הייר-הוז-קאטינג שפרט את לוח הזמנים ליציאת ארצות הברית מהפיליפינים. למרות שוועדה של אנשי הפיליפינים סייעה בניסוח החוק, סירב הסנאט הפיליפיני לקבלו, מפני שהוא השאיר בידי ארצות הברית שליטה על כל הבסיסים הימיים. כעבור שנה אושר החוק, לאחר שעבר שינויים, תחת השם חוק טידינגס-מקדאפי. חוק זה קרא לתקופת מעבר של עשר שנים עד לעצמאות מלאה. במהלך תקופת המעבר, הפיליפינים ישלטו בעצמם אולם ארצות הברית תטפל ביחסי החוץ שלהם והם יצטרכו את אישורה בשביל לחוקק חוקים מסוימים.
ב-1934 נכתבה חוקת הפיליפינים שזכתה לתמיכה רבה מאוד בציבור, וב-14 במאי 1935 התקיימו בחירות לנשיאות בהן זכה מנואל ל. קזון, ראש הסנאט מזה 19 שנים. עם התחלתו של השלטון העצמי נבחרה גם אספת נבחרים חדשה (במקום שתיים כמו שהיה נהוג עד עכשיו) ובפעם הראשונה מאז 1901 נבחר בית משפט עליון שהכיל פיליפינים בלבד. בנוסף במהלך תקופת המעבר, הממשלה הפיליפינית שלחה נציג אחד לקונגרס האמריקאי באופן דומה לפוארטו ריקו כיום.
בשנים הבאות שמה לעצמה הממשלה הפיליפינית החדשה מטרות שאפתניות כגון רפורמה בחינוך ובתעשייה, סלילת כבישים, ישוב האי מינדנאו ושליטה נרחבת יותר על הכלכלה. הממשלה החדשה נאלצה להתמודד עם מספר בעיות ובהן: חוסר ביטחון לגבי רמת המחויבות של ארצות הברית למדינה לאחר סוף תקופת המעבר, בעיות צבאיות ואי שקט חברתי. בשנים 1939–1940 עבדה הממשלה על שינוי החוקה כדי לאפשר לנשיא קזון להמשיך בתפקידו מעבר לתקופת שש השנים, וכדי להחזיר את מערכת שני בתי הנבחרים אותה הם ביטלו שש שנים קודם לכן.
בראש הצבא הפיליפיני בתקופה זו עמד הגנרל דאגלס מקארתור, בנו של כובש הפיליפינים במלחמת ארצות הברית כנגד הפיליפינים, שחש מחויבות לסייע לעם הפיליפיני אותו ראה כמעט כעמו.
הכיבוש היפני והרפובליקה השנייה.
ב-8 בדצמבר 1941, רק 10 שעות לאחר המתקפה על פרל הארבור, פתחה האימפריה היפנית במתקפת פתע כנגד הפיליפינים. לאחר המתקפה האווירית, נחתו חילים יפנים על האי לוזון ומשם החלו במתקפת קרקע. הצבא האמריקאי והפיליפיני, שהונהג על ידי גנרל דאגלס מקארתור, סבל מחוסר בתחמושת ובמזון, ולא היה מוכן לקרב. לאחר קרבות נסיגה קשים, נסוגו האמריקנים והפיליפינים אל חצי האי באטאן, ואל המבצר הסלעי קורג'ידור. ב-2 בינואר 1942, נכבשה מנילה על ידי כוחות יפנים, אולם המאבק על הפיליפינים המשיך עד אפריל בבאטאן ועד מאי בקורג'ידור. 80,000 אסירי המלחמה שנלקחו במלחמה זו, עברו את מצעד המוות של באטאן, בו מצאו כ-10,000 פיליפינים וכ-1,200 אמריקאים את מותם. הנשיא קזון נלקח עם החילים לקורג'ידור, ומשם עבר לארצות הברית בה הקים ממשלת גולה. מקארתור עזב לאוסטרליה, ומשם המשיך במלחמה ביפנים, כשהוא מבטיח לעם הפיליפיני את הבטחתו המפורסמת - "I shall return" - שוב אשוב.
כוחות הצבא היפנים התחילו מיד בארגון מחדש של השלטון, על ידי הקמת ועדה לניהול הפיליפינים. בשלב הראשון הם ארגנו מועצה שדרכה הם הנחו את ענייני המדינה, אולם באוקטובר 1943 הם הכריזו על הפיליפינים כרפובליקה חופשית תחת שלטונו של הנשיא חוסה פלבדור לורל והוקמה הרפובליקה הפיליפינית השנייה. על אף צעדים אלו, התנגד העם הפיליפיני לשלטון היפני, לחם כנגדו במלחמת גרילה, ואף סבל אבדות קשות במעשי טבח אכזריים שביצעו היפנים.