בשנת 1984 הוקמה דוכיפת (המנציחה את שמה של סיירת דוכיפת) כיחידה המתמחה בלוחמה נגד טנקים (יחידת נ"ט/יחנ"ט 94). זאת על רקע הצלחה מוכחת של חטיבת נ"ט במילואים שפעלה במבצע שלום הגליל, בלבנון. מפקדה הראשון של היחידה היה ציון ספיר. עם הקמתה, הוקצה ליחידה זמן אימונים רב ואיכותה המקצועית הייתה גבוהה. בעת הקמת היחידה עסקו לוחמיה פחות בביטחון שוטף מאשר לוחמי חיל רגלים פשוטים בצה"ל ומסלול ההכשרה שלהם כלל טירונות חיל רגלים, טירונות יחידה של שבועיים ואימוני המשך מסלול בלוחמה נגד טנקים, בניווט ובאימוני חיל רגלים מתקדמים. פלוגת המסלול האורגנית הראשונה של היחידה (כפלוגת עורב) הייתה מחזור אוגוסט 1986, בפיקודו של סיון יחיאלי. הפלוגה עברה הכשרת חי"ר, ניווטים ועורב. ארז כץ, שלימים פיקד על היחידה, שירת כמפקד צוות בפלוגה.
בזמן הקמתה, ליחידה לא היה תקן של גדוד משום שבאופן רשמי היו בה רק שתי פלוגות לוחמות. זאת אף על פי שבאופן מעשי היה בה סגל קצונה וחוגרים של שלוש פלוגות לוחמות. שתיים מהפלוגות הלוחמות התמחו בלוחמה נגד טנקים ובפלוגה המסייעת היו שתי מחלקות, מחלקת סיור ומרגמות. מבחינה שלישותית נחשבו חיילי הפלוגה המסייעת לחיילי פלוגת המפקדה - חיילי הפלוגה תומכת הלוחמה. פלוגת הטירונים של היחידה לא נחשבה, גם היא, לחלק מהיחידה. רק בשנת 1990, תחת פיקודו של שרון דוידוביץ', כאשר מפקד האוגדה היה עוזי דיין, עניין התקנים הוסדר.
עם הקמת היחידה, חיילי דוכיפת עברו טירונות עם חיילי חטיבת הצנחנים ונחשבו באופן שלישותי לחיילי בסיס ההדרכה של הצנחנים, זאת אף על פי שרק בודדים מהם קיבלו קורס צניחה. עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה, בשנת 1987 קוצצו האימונים באופן חד והיחידה נשלחה לעסוק במשימות שיטור (ביטחון שוטף), בדרך כלל ביהודה ושומרון. היחידה הייתה פרושה בכל רחבי הארץ. מחברון וחלחול, דרך רמאללה וכלה באביבים שעל גבול הצפון. מפקד היחידה, עופר אילות, שלא הצליח לשכנע את מפקדיו בחשיבות זמן האימונים, נהג לכנס מדי פעם את קציניו וחייליו והפגיש אותם עם הקצינים הבכירים כדי לשכנע אותם שדרוש עוד זמן אימונים. אולם המצב לא השתנה. איילות הגיע לעימות קשה עם מפקדיו לאחר שהכריז כי היחידה אינה כשירה מבצעית למלא את משימותיה במלחמה.
היחידה פעלה בהצלחה מרובה באיו"ש ואף זכתה לצל"ש מפקד אוגדה מאת תת-אלוף גבי אופיר, מפקד אוגדת איו"ש, על חלקה בתפיסת מחבלים מבוקשים במבצע מסובך בקסבה של שכם, במהלך אינתיפאדה הראשונה. באותה עת, עיקר פעילות השיטור של הצבא התרחשו ברצועת הביטחון בלבנון, ואיכות הפעילות באיו"ש לא נתפסה כחשובה. על אף הצלחת הגדוד, תחושות קשות בקרב מפקדי היחידה וחייליה הובילו בשנת 1990 למרד - כל הלוחמים שגמרו את הכשרתם וכמה חיילים נוספים חתמו על טופס בקשה להעברה ליחידה אחרת. טענותיהם העיקריות היו שהצבא נהג עמם בחוסר הגינות בכך שהוא אינו מאפשר להם להתאמן במשך אחד עשר חודשים ובכך שהוא לא מאפשר להם לבצע את התפקיד שאליו הם מוינו ושבשבילו הם עברו הכשרה מפרכת.
לאחר המרד הוחלף יצחקי חן, מפקד האוגדה שבמסגרתה פעלה היחידה בעוזי דיין, ואילו אילות עצמו ביקש לסיים את תפקידו והוחלף בשרון דוידוביץ'. אילות טען כי אם יש צורך מבצעי, נכון יהיה לשנות את ייעוד היחידה והגדרתה מיחידת נ"ט ליחידת בט"ש. במצב הנוכחי, בו ייעוד היחידה לא מתממש באימונים ובהשגת כשירות מבצעית למשימותיה במלחמה, הוא אינו יכול להמשיך ולהיות אחראי על היחידה.
בשנת 1992, כאשר אהוד ברק התמנה לרמטכ"ל, הוא הסב את היחידה לגדוד חיל רגלים ממוכן תחת פיקוד חטיבה 401 של חיל השריון. בסוף שנת 2001 נקבעה העיר רמאללה כגזרתה הקבועה. עם הקמת חטיבת כפיר נשמרה גזרתו של הגדוד תחת חטיבת בנימין.
במבצע חומת מגן לחם הגדוד באזור רמאללה והביא ללכידתם של מרואן ברגותי ומבוקשים נוספים. שני מפקדי פלוגות בגדוד: מפקד הפלוגה המסייעת, סרן תומר ציטר, ומפקד פלוגה מהגדוד, סרן כפיר כהן, עוטרו על לחימתם במבצע בצל"ש אלוף.
באפריל 2008 זכה הגדוד בפרס הרמטכ"ל ליחידות מבצעיות.
בשנת 2015 זכה הגדוד פעם נוספת בפרס הרמטכ"ל.
מאז שינוי ייעודה של החטיבה, הגדוד מבצע פעילות ביטחון שוטף הכוללת מבצעים מורכבים בכל הגזרות.
גדוד לביא (96).
גדוד לביא הוקם בסוף שנת 2001 כגדוד חי"ר ייעודי בגזרת דרום הר חברון תחת פיקוד חטיבת יהודה. מחזור הגיוס הראשון של הגדוד היה בנובמבר 2001. בניגוד לחלק מגדודי החטיבה, הגדוד לא היה יחידת חרמ"ש בעברו, והוא הוקם כגדוד בט"ש שהצטרף בהמשך לאגד 900. על אף גזרתו הייעודית שרת הגדוד תקופות ארוכות בגזרת ג'נין, רמאללה והעיר חברון.
בקיץ 2007 נחשפה פרשה במסגרתה חטפו חיילים מהגדוד בפיקוד קצין מונית פלסטינית בדאהרייה, כפתו את נהג המונית, נסעו ברחבי העיירה ולבסוף ירו בעובר אורח לא חמוש ופצעו אותו קשה. לאחר-מכן, במהלך התחקיר הצה"לי, שיקרו החיילים, וסילפו את פרטי הפעולה.
בשנת 2011, זכו לראשונה מחזור נובמבר 2010 של הגדוד ב ודורגו באותה שנה כפלוגה המצטיינת מבין שאר פלוגות החי"ר, בפעם הראשונה מאז הקמת החטיבה.
באפריל 2012 הוענק ללוחם בפלוגה המסייעת בגדוד, סמל גל וינגרטן, צל"ש אלוף מאת מפקד פיקוד המרכז, ניצן אלון, על שגילה אומץ לב, דבקות במשימה וחתירה לניצחון.
באוגוסט 2014 התפרסם כי הגדוד ייסגר וחייליו יפוזרו בין הגדודים האחרים בחטיבה. על בסיס שדרת הפיקוד הגדודית יוקם גדוד חי"ר קל בשם גדוד אריות הירדן, שישלב לוחמים ולוחמות יחד כדוגמת גדוד קרקל, וישובץ תחת חטיבת הבקעה. הליכי הקמת הגדוד החלו בגיוס נובמבר 2014. ב-1 ביולי 2015 התקיים הטקס הרשמי של הקמת גדוד אריות הירדן.
ב-1 יולי 2015 נסגר גדוד לביא וחייליו ומפקדיו פוזרו בגדודים השונים בחטיבה.
סיסמת הגדוד הייתה "ערכים מובילים לוחמים ומפקדים בראש".
גדוד נצח יהודה (97).
גדוד נצח יהודה של חטיבת כפיר, הוא הנח"ל החרדי לשעבר בשמו ושיוכו החדשים. הוקם בינואר 1999 והפך לגדוד מבצעי בשנת 2002. הגדוד עשה פעילות ביטחון שוטף בגזרת חטיבת הבקעה ומשנת 2008 תופס קו בגזרת חטיבת מנשה (ג'נין וטולכרם). הגדוד הוקם על ידי צה"ל בשיתוף עם רבנים ומשרד הביטחון, על מנת לאפשר לבני ישיבות חרדים וחרדים לאומיים לשלב שירות צבאי קרבי עם המשך השמירה על אורח חייהם האדוק. בתחילת שנת 2015 הוחלט שלאחר התרגיל הגדודי אותו הגדוד עבר באותה עת, הגדוד יעבור לראשונה לפעילות בט"ש בגזרת חטיבת בנימין (רמאללה).
מסלול השירות של חיילי הגדוד שונה מזה של שאר חיילי החטיבה בכך שלאחר שתי שנות השירות הראשונות יוצאים חיילי הגדוד ל"שנת משימה" בה ניתנת להם האפשרות להשלים את לימודי היסוד והבגרות וללמוד בקורסים שונים, זאת על מנת לספק להם נקודת פתיחה טובה ביציאה לשוק העבודה והכנה לחיים האזרחיים. הגדוד נחל הצלחות רבות, והוביל לתפיסתם של לא מעט מבוקשים ולמניעת פעילות חבלנית בגזרתו. במהלך השנים 2013–2014 זכה הגדוד בשישה פרסים שונים, ביניהם פרס הרמטכ"ל (מקום שני בבית הגדודים) ופרס מפקד זרוע היבשה.
בא"ח כפיר.
עם הקמת החטיבה בשנת 2005, הוחלט על הקמת בא"ח (בסיס אימון חטיבתי) בבקעות בצפון בקעת הירדן, עד להקמתו התאמנו חיילי החטיבה במתקן אדם. הבא"ח מורכב משלושה בסיסים: מחנה פלס ומחנה בקעות: בהם נערכים אימון היסוד והאימון המתקדם ובסיס תבץ - מגמת עוז: בו נערך אימון תוך כדי תעסוקה מבצעית, והכנות לקורס מפקדי כיתות (קמ"כ), וקורס קצינים (קק"צ).
הבא"ח נחשב לבא"ח הגדול בצה"ל, בו מוכשרות פלוגות טירונים, ופלוגות אימון מתקדם, ובנוסף להכשרה הרגילה, ניתנת ללוחמים הכשרה בלחימה בטרור, בגרילה, ובלחימה בשטחים אורבנים, בשל התמחותו בתחום הלחימה בטרור הוקם בבא"ח מטווח ייחודי המדמה מצבי ירי שונים.
בנוסף מקודם בבא"ח פרויקט עתידים, במסגרתו מאותרים חיילים מצטיינים עוד בשלב ראשוני, ומוכוונים לתפקידי פיקוד על ידי הכשרה והעשרה נוספים, שהם מקבלים בחודשי הטירונות.
בבסיס ניתנת הכשרה ואימון ללוחמי חטיבת כפיר. בעבר יחידת עוקץ, יחידת הלוט"ר ויחידת נהיגה מבצעית, עברו את הכשרתן הראשונית בבא"ח, אך החל ממחזור נובמבר 2019 העבירו יחידות אלו את הטירונות שלהן לבא"ח צנחנים.
יחידות נוספות.
עד למחזור נובמבר 2019, גיוס לחטיבה היווה גם את שער הכניסה למספר יחידות נוספות, אף שלא היו חלק מהחטיבה עצמה:
נשק ואמצעים.
חיילי חטיבת כפיר חמושים בעיקר ברובה סער קרבין M4A1, לצד רובי M16 ו-CAR-15. על הרובים יש כוונות אופטיות מסוג מאפרו ומארס לרובאים ומפקדים ו-Trijicon ACOG, לאופולד וליאור לקלעים וצלפים. שאר כלי הנשק זהים לשאר כלי הנשק של גדודי החי"ר בצה"ל וכוללים מטול רימונים מדגם M-203, רובי צלפים מדגמים רמינגטון M-24, SR-25, ברק ורוגר 10/22, מטולי רקטות נגד טנקים מדגמי לאו M-72 ומטאדור, מקלע בינוני מאג, מקלע קל נגב, מקלע כבד מדגם M2 בראונינג ומטול רימונים אוטומטי (מקל"ר) סאקו דיפנס Mk-19 בקליבר 40 מ"מ.
מחלקות הסיור בחטיבה מצוידות ברכבי שטח מסוג HMMWV, ואילו מחלקות המרגמות מצוידות במרגמות בקוטר 120 מ"מ.
החטיבה מצוידת בנגמ"שי M-113 בלבד, הנחשבים למיושנים ופגיעים ובעלי מיגון לא מספק.
ציונים לשבח.
הצל"שים מוצגים בסדר הענקתם.
אנדרטת חטיבת כפיר.
אנדרטת חטיבת כפיר נמצאת בעפולה, מצפון לכביש 65 ומול הפארק העירוני של עפולה.