עם כל זאת, חלפו הימים בהם יכלו הקושרים לצפות לאפשרות לפעילות חופשית רק בשל מעמדם בשורות הצבא והממשל. לאחר סטלינגרד הימלר יכול היה להניח בוודאות כי קבוצות של קושרים ינסו לתפוס את השלטון. מזה זמן רב חשד באנשי האבווהר. במרץ 1943 שניים מהם, אוסטר והאנס פון דוהנאני נתפסו בחשד של פעילות אופוזיציונית, אך עדיין לא היו מספיק ראיות להעמידם לדין. במקביל נאסר גם דיטריך בונהופר, והודק המעקב אחר גרדלר.
הגסטאפו חשד בדוהנאני בעקבות מידע שהתקבל כי הוא מסייע להברחת יהודים מגרמניה. המידע התייחס למבצע U-7: תוכנית מוצלחת להצלת ארבעה עשר יהודים גרמנים והולנדים, על ידי הברחתם לחו"ל כמרגלים. התוכנית, שבראשה עמדו פון דוהנני, גנרל אוסטר, אדמירל קנריס והכומר דיטריך בונהפר, הצליחה אמנם- אך הביאה לחשיפתם של הקושרים בשירות הביון. מעצרים שנעשו בסביבתו של דוהנאני הובילו לקבלת מידע על הקשר שבמרכזו עמד אוסטר, ואף על מעורבותם של גרדלר ובק. מידע זה דווח להימלר, בהמלצה כי בנוסף לדוהנאני ואוסטר ייעצר גם קנריס. אך הימלר נמנע מלעצור את קנריס ואנשיו בשלב זה. אוסטר נותר אמנם חופשי, אך הושם במעצר בית ולא יכול היה עוד להביא תועלת כלשהי לקושרים. חלק ניכר מקבוצת הקושרים עמד עתה תחת פיקוח, אך המרכז שהסתמן במטהו של אולבריכט בברלין נותר סמוי מעין הגסטפו.
בינתיים, נחרד העם הגרמני מממדי התבוסה הצבאית בסטלינגרד. תערובת של אבל על מותם של מאות אלפי החיילים הגרמנים, וחרדה מפני הבאות, הייתה לתחושה הרווחת בחברה הגרמנית. עם כל זאת, אמונם המיסטי כמעט של הגרמנים במנהיגם לא הועם, כמו גם אמונתם בכך שביכולתו של היטלר להביא לניצחון הסופי במלחמה. תחושותיה של קבוצת האליטות שממנה באו הקושרים היו שונות לחלוטין. אנשים אלו איבדו זה מכבר את אמונם בפיהרר, וחשו תסכול על כי העם הפשוט אינו רואה את מה שנראה להם ברור ומובן מאליו.
הביטוי היחיד להתנגדות לנאציזם בעקבות סטלינגרד היה הופעתה הספונטנית והבלתי צפויה של קבוצת מתנגדי מלחמה בקרב הסטודנטים, שכינתה עצמה "הוורד הלבן". מרכזה של הקבוצה היה במינכן והיא קיימה קשרים בברלין, המבורג, שטוטגרט ווינה. בינואר 1943 חילקו חברי הקבוצה עלונים כנגד המלחמה וציירו כתובות קיר באוניברסיטת מינכן. בסופו של דבר נתפסו. שלושת מנהיגיהם, כריסטוף פרובסט, האנס שול ואחותו סופי שול הוצאו להורג בעריפה לאחר משפט קצר. מרצה בשם קורט הובר שהואשם בהסתה למעשיהם, ואחרים הקשורים בקבוצה הוצאו להורג גם הם.
המשטר הנאצי ראה התפרצות ספונטנית זו כמדאיגה, שכן אפילו בימים שלפני עליית הנאצים לשלטון היו האוניברסיטאות מעוז אידאולוגי לנאציזם. בה במידה עודדה פעילותם של אנשי הוורד הלבן את קבוצות ההתנגדות האחרות. אך פעילות הקבוצה הייתה אפיזודה מבודדת, ללא ממשיכים. אנשי ה-SPD וה-KPD שבמחתרת המשיכו בפעילות ההישרדות, ודיווחו לאנשיהם בחוץ לארץ על כי ההתמרמרות כנגד השלטון גוברת. דבר מפעילות זו לא הביא לכדי פעולה גלויה, ולו חלוקת עלונים, כפעולה עליה שילמו אנשי הוורד הלבן בחייהם. רוב הגרמנים המשיכו בהערצתו של היטלר, והאשימו בקשייהם את הימלר ואת המנהיגים הנאצים האחרים. משנת 1943 ואילך, התקדמותם של הסובייטים מערבה, אל גבולה של גרמניה ומעבר לו, איחדה את רוב הגרמנים בתחושה של חרדה, שלא הותירה מקום לרגש של התנגדות למשטר.
ההתנגדות הבלתי מאורגנת.
אין לחלוק כי רובו המכריע של העם הגרמני תמך בהיטלר ובמשטרו עד לסיומה של המלחמה. אך מתחת לפני השטח של החברה הגרמנית היו זרמים קלושים של התנגדות, לא תמיד פוליטיים במודע. ההיסטוריון הגרמני דטלף פויקרט קרא לתופעה זו "התנגדות יום יומית". מחקרו התבסס על דו"חות של הגסטפו וה-SD שחקרו את המוראל בקרב ההמונים, ועל הדו"חות ששלחו אנשי ה-SPD למנהיגיהם מחוץ לגרמניה.
פויקרט ואחרים הראו כי המקור העיקרי לתרעומת בקרב העם הגרמני הפשוט היה המצב הכלכלי והשחיתות שפשתה בשורות הבכירים במפלגה הנאצית, וכי הפופולריות של היטלר עצמו לא נפגעה כתוצאה מכך. כלכלת המלחמה הביאה למחסור במוצרי יסוד, והשכר נותר ברמה נמוכה. לאחר 1942 הפכו הפצצות בעלות הברית את החיים לקשים בהרבה. אל מול קשיי קיום יום יומיים אלו עמדה רמת החיים הגבוהה שהפגינו בכירי הנאצים, ובראשם הרמן גרינג. זו עוררה כעס רב בכל חלקי האוכלוסייה.
ההתנגדות המבוססת על רגשות אלו הייתה לרוב "פסיבית" - הימנעות משירות צבאי, הפצת שמועות, מסחר בשוק השחור, והימנעות מצורות שונות של שירות המדינה, או מתרומות למוסדות נאציים, וכיוצא בזה. לעיתים לבשה ההתנגדות צורה אקטיבית יותר, כאזהרת אנשים העתידים להיעצר, או התעלמות מפעולות גלויות של אחרים. בין הפועלים היו אנשי ה-SPD וה-KPD בעלי נוכחות מתמדת, והסיתו לשביתות קצרות אך תכופות. דוגמה לכך ניתן למצוא במעשיו של אוגוסט לנדמסר, פועל מספנות בגרמניה הנאצית, שהתפרסם בדבקותו בקשר עם אשתו היהודיה ובתמונה בה נמנע במפגיע להצדיע במועל יד בטקס השקת ספינת אימונים גרמנית.
צורה נוספת של התנגדות הייתה סיוע ליהודים. באמצע שנת 1942 היה שילוחם של יהודי גרמניה ואוסטריה לגטאות במזרח בעיצומו. כפי שהראו חוקרים לאחרונה, רובם של הגרמנים היה אדיש לגורל היהודים, וחלק ניכר מהם אף תמך בשילוחם לגורל "בלתי ידוע". אך מיעוט מקרבם של הגרמנים סייע ליהודים, אף אל מול איום בעונשים חמורים להם ולמשפחתם.
יש המעריכים כי כאלפיים יהודים הוסתרו על ידי גרמנים בברלין עד לסוף המלחמה. ישנם מקרים רבים מתועדים של גרמנים שסייעו להציל חיי יהודים במגוון של מקומות ונסיבות.
מחאת רוזנשטראסה.
תקרית יוצאת דופן אירעה בפברואר 1943 כאשר 1,800 גברים יהודים הנשואים לנשים שאינן יהודיות נעצרו ועמדו להיות משולחים אל המזרח. הנשים צעדו במחאה ברחוב רוזנשטראסה שבו רוכזו הגברים לפני שילוחם. המצעד נמשך במשמרות במשך שבוע במזג אוויר קשה, בהשתתפות 6,000 אנשים בסך הכל, עד שהימלר הורה על שחרורם של הגברים שנעצרו. חלק מהם, שהיו כבר בדרכם לאושוויץ הובאו בחזרה לברלין. למוחים לא נעשה דבר, ורוב הגברים שנעצרו שרדו את המלחמה. תקרית זו היא יחידה במינה בקורותיו של הרייך השלישי, והיא שבה ומעלה את השאלה העגומה מה היה קורה אילו היו הגרמנים מראים התנגדות רבה יותר לטבח היהודים בשואה.
הנאציזם היה בעל כוח משיכה רב לצעירים הגרמנים. נוער היטלר הביא לגיוסם של כל הנערים למטרות המשטר, ופרט לאזורים כפריים בעלי מורשת קתולית חזקה, הייתה התנועה לרוב בעלת הצלחה באינדוקטרינציה של הנוער. לאחר 1938 החלו להופיע תופעות של התנגדות בקרב הנוער. אנשי הוורד הלבן הם דוגמה מרשימה, אך יוצאת דופן. שכיחה יותר הייתה תופעה של השתמטות שקטה, סירוב לקחת חלק בפעילות הקבוצתית הרשמית, וחיפוש אחר אלטרנטיבה.
קבוצת נוער בשם הפירטים של אדלווייס (Edelweisspiraten) איחדה כמה מבני מעמד הפועלים במספר ערים, וערכה פגישות לא חוקיות לבני נוער. כן היו קיימות קבוצות פוליטיות במוצהר השייכות ל-KPD, וכן "נערי הסווינג" קבוצה של נערים מבני המעמד הבינוני שהתכנסו לשמוע "מוזיקה מנוונת" כסווינג וג'אז. תנועה זו הפכה למעשה לדרך התנגדות למשטר, וחבריה שמרו על קוד לבוש מיוחד. ב-1941 הורה הימלר על מעצרם של כמה מאנשי התנועה, ומשלוחם למחנות ריכוז.
באוקטובר 1944, אל מול התקדמות צבאות המערב לגבולות גרמניה, אירעו הפרות סדר המוניות בעיר קלן, אשר הייתה בהליך של פינוי מתושביה. כנופיות של בני נוער, מקצתם אנשי ה"אדלווייספיראטן", אסירים נמלטים ועובדי כפייה, חברו לאנשי ה-KPD, בפעולות ביזה וחבלה, כמו גם בהתנקשות בחיי אנשי המפלגה הנאצית. הימלר, שחשש מהתפשטות המהומות, הורה על תגובה קשה, ובמשך ימים פעל ה-SS כנגד תושבי קלן. יותר ממאתיים איש נעצרו, וכתריסר הוצאו להורג בתלייה פומבית, ביניהם מנהיג מקומי של ה"אדלווייספיראטן", ברתולומאוס שינק.
לקראת העשרים ביולי.
לקראת אמצע 1943 פנה גלגל המלחמה בבירור כנגד גרמניה. כישלון המתקפה הגרמנית האחרונה במזרח, בקרב קורסק, אירע בו זמנית עם נחיתת בעלות הברית בסיציליה ולאחר מכן הדחתו של בניטו מוסוליני. הקושרים היו בטוחים כי עתה יזכו לתמיכה, ויצליחו להפיל את משטרו של היטלר, ולהקים משטר שיהיה מקובל על מעצמות המערב, עמן יחתמו שלום נפרד, על מנת להביא לבלימת הרוסים במזרח. הנחה זו הייתה שגויה. מאז ועידת קזבלנקה בינואר 1943 היו צ'רצ'יל ורוזוולט מחויבים באופן מוחלט ל"כניעה ללא תנאי" של גרמניה, ואין להניח כי היו מקיימים מגעים לשלום נפרד עם ממשלה גרמנית, תהא זו אשר תהא.
משרד החוץ, שתמיד שימש כחממה ידידותית לקושרים, אפשר לקושרים לקיים מגעים עם מעצמות המערב דרך דיפלומטים בארצות נייטרליות, ובמיוחד בשווייץ. ניסיונות אלו נדחו, לעיתים תוך התעלמות מכוונת. בעלות הברית המערביות סירבו לסייע לקושרים או להכיר בהם. לכך היו כמה סיבות. ראשית, לא ניתן היה לדעת שלא מדובר בפרובוקציה של הימלר. שנית, הקושרים נראו כחבורת ראקציונרים, בני הכת הצבאית, החפצים להציל את עורם לאחר שהציתו את העולם בלהבות. שלישית, רוזוולט וצ'רצ'יל הכירו בכך שברית המועצות נשאה בעיקר הלחימה, ובחשדותיו התמידיים של סטלין כי עסקה מתרקמת מאחורי גבו. בנוסף לכך, שאפו בעלות הברית להביא לתבוסה גרמנית מכרעת בשדה הקרב, על מנת שלא לאפשר אגדה נוספת נוסח "מיתוס הסכין בגב" לפיה נהנתה גרמניה מעליונות צבאית, אך הוכרעה בידי בוגדים מבפנים.