פאפיואנו מונה לקפטן הקבוצה, ובעונת 1976/1977 הפכה א.א.ק. לקבוצה היוונית הראשונה שהעפילה לחצי גמר גביע אופ"א, לאחר שהדיחה את דינמו מוסקבה, דרבי קאונטי, הכוכב האדום בלגרד וקווינס פארק ריינג'רס. בחצי הגמר הפסידה הקבוצה ליובנטוס, שזכתה בגביע אופ"א בתום העונה. באותה תקופה צורף לקבוצה החלוץ תומאס מארבוס מפאניוניוס, מלך שערי הליגה היוונית בכל הזמנים, ויחד עם באייביץ' יצר חוליית התקפה חזקה. מארבוס היה מלך שערי הליגה פעמיים ברציפות כאשר זכתה הקבוצה בדאבל ב-1978 ובאליפות נוספת ב-1979.
שנות ה-80 וה-90.
עם נשיא חדש, מיקאליס ארקאדיס, ותחת הדרכתו של המאמן הלמוט סנקוביץ', זכתה א.א.ק. בגביע היווני בשנת 1983, לאחר ניצחון 2–0 על פאוק סלוניקי במשחק הגמר שהתקיים באצטדיון האולימפי החדש באתונה, משערים של מארבוס והקפטן ואנגליס ולאצ'וס.
א.א.ק. גם המשיכה להיאבק על האליפות, שהגיעה בסופו של דבר בשנת 1989. תחת הדרכתו של שחקנה לשעבר דושאן באייביץ', לאחר ניצחון 1–0 על אולימפיאקוס במשחק המכריע של העונה שנערך באצטדיון האולימפי. טאקיס קראגיוזופולוס הבקיע את שער הניצחון והוביל את הקבוצה לאליפות ראשונה בעשור זה. בתחילת העונה הבאה זכתה הקבוצה גם בסופרקאפ, לאחר שניצחה בפנדלים את פנאתינאיקוס.
בעקבות הזכייה באליפות בנתה א.א.ק. את אחת הקבוצות הטובות ביותר בהיסטוריה שלה, בהנהגתו של סטליוס מנולאס ובכיכובם של טוני סאבבסקי, דניאל באטיסטה, ואיוס קאראגיאניס, ואסיליס דימיטריאדיס, גיורגוס סאווידיס, אלכוס אלכסנדריס ורפיק סבנדזוביץ'. ב-1990 זכתה הקבוצה בגביע הליגה היחיד ששוחק ביוון, לאחר שניצחה את 3–2 אולימפיאקוס במשחק הגמר, ולאחר מכן זכתה בשלוש אליפויות רצופות (1991, 1992, 1993).
בעונת 1994/1995 הפכה א.א.ק. לקבוצה היוונית הראשונה שהעפילה לשלב הבתים של ליגת האלופות, לאחר שהדיחה בסיבוב המוקדם את גלאזגו ריינג'רס. א.א.ק. הוגרלה לבית שכלל גם את אייאקס ומילאן, שתי הקבוצה שהגיעו בסופו של דבר לגמר בתום העונה, וסיימה במקום האחרון בבית אחרי קזינו זלצבורג שסיימה במקום השלישי.
ב-1996 זכתה א.א.ק. בגביע העשירי שלה, לאחר שניצחה 7–1 את אפולון סמירניס במשחק הגמר. בסוף השנה מונה למאמן פטרוס ראבוסיס, שחקן העבר של הקבוצה, והוביל את הקבוצה לזכייה שנייה בסופר קאפ לאחר ניצחון על פנאתינייקוס בפנדלים. כמו כן הוא הוביל את הקבוצה לגביע שני ברציפות בשנת 1997, שוב בזכות ניצחון בפנדלים על פנאתינייקוס. הקבוצה החתימה שחקנים מוכשרים כגון דמיס ניקולאידיס, קריסטוס קוסטיס, ואסיליוס ציארטאס, קריסטוס מאלדניס, אנדראס זיקוס ומיקאליס קאסאפיס, והגיעה פעמיים ברציפות לרבע גמר גביע אירופה למחזיקות גביע. בעונת 1996/1997 הדיחה בשמינית הגמר את אולימפיה ליובליאנה והודחה על ידי פריז סן-ז'רמן, ובעונת 1997/1998 הדיחה את שטורם גראץ והודחה על ידי לוקומוטיב מוסקבה.
בשנת 1999 ארגן נשיא המועדון לשעבר, דימיטריס מליסאנידיס, משחק ידידות נגד פרטיזן בלגרד בבלגרד, במחווה של סולידריות ומחאה נגד הפגזות נאט"ו בסרביה, ושחקני ואנשי הקבוצה הפרו את האמברגו הבינלאומי ונסעו לבלגרד. המשחק הסתיים בתיקו 1–1 לאחר 60 דקות, מכיוון שהאוהדים הסרבים פרצו למגרש להודות לשחקנים.
במאה ה-21.
בשנת 2000 זכתה א.א.ק. בגביע ה-12 תחת הדרכתו של המאמן ג'יאניס פאתיקאקיס, לאחר ניצחון 3–0 על איוניקוס במשחק הגמר משערים של דמיס ניקולאידיס, מילן פטקוב וקריסטוס מאלדניס. ניקולאידיס קיבל מאוחר יותר את פרס המשחק ההוגן של פיפ"א מכיוון שדיווח לשופט ששער שכבש הובקע ביד, וגרם לפסילתו. בעונת סיימה א.א.ק. במקום השני כאשר רק הפרש שערים טוב יותר העניק את האליפות לאולימפיאקוס, אך בגמר הגביע ניצחה א.א.ק. 3–0 את אולימפיאקוס וזכתה בגביע ה-13 של המועדון.
בקיץ 2002 מונה שוב דושאן באייביץ' למאמן הקבוצה, ותחתיו הגיעה הקבוצה לשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2002/2003, לאחר שהדיחה את אפואל ניקוסיה. בשלב הבתים הוציאה הקבוצה תיקו בכל ששת המשחקים, מול רומא, ריאל מדריד וראסינג גנק, סיימה במקום השלישי בבית עם שש נקודות והמשיכה לגביע אופ"א, שם הדיחה את מכבי חיפה אך בשמינית הגמר הודחה על ידי מאלגה. בעונת 2003/2004 הגיעה שוב לשלב הבתים של ליגת האלופות והוגרלה לבית שכלל את מונקו, דפורטיבו לה קורוניה ופ.ס.וו. איינדהובן, וסיימה במקום האחרון בבית. לקבוצה הצטרפו ניקולאס לימפרופולוס ויואניס אוקאס, ואצטדיונה הביתי של הקבוצה נסגר לאחר שנפגע ברעידת אדמה שפקדה את אתונה ב-1999. הקפטן ניקולאידיס שוחרר עקב בעיות כלכליות, ובאייביץ' נאלץ להתפטר בשנת 2004 לאחר שהאוהדים מחו נגדו. הקבוצה הגיעה למצב של פשיטת רגל, והפסידה את כל כוכבי יורו 2004 לקבוצות אירופאיות אחרות.
בשנת 2004 עמד דמיס ניקולאידיס בראשה של קבוצת אנשי עסקים שרכשה את המועדון והפך לנשיא המועדון. ובעזרת האוהדים החל לייצב את המצבה הכלכלי של הקבוצה והצליח לבטל את החובות מול הנושים הרבים. לאר מכן החל ניקולאידיס בהחזרת השחקנים שכיכבו בקבוצה בעבר, ומינה את שחקנה לשעבר של הקבוצה, איליה איביץ' למנהל הטכני ואת פרננדו סנטוש למאמן. כתוצאה מכך מכרה הקבוצה כמות שיא של מנויים, למעלה מ-17,000 אלף. בעונת הגיעה הקבוצה לגמר הגביע, בו הפסידה 0–3 לאולימפיאקוס, וסיימה את העונה במקום השני בליגה. בעונת 2006/2007, תחת הדרכתו של המאמן הספרדי לורנס סרה פרר, הגיעה הקבוצה לשלב הבתים של ליגת האלופות לאחר שהדיחה את הארטס, והוגרלה לבית שכלל את מילאן, ליל ואנדרלכט. א.א.ק. צברה 8 נקודות, סיימה במקום השלישי והמשיכה לגביע אופ"א, שם הודחה על ידי פריז סן-ז'רמן.
לקראת עונת החתימה הקבוצה את הכוכב הברזילאי ריבאלדו מאולימפיאקוס, והודחה במוקדמות ליגת האלופות על ידי סביליה. בגביע אופ"א עברה את שלב הבתים והודחה על ידי חטאפה בשלב 32 האחרונות. בליגה סיימה במקום השני בפעם השנייה ברציפות, ובנובמבר 2008 מונה דושאן באייביץ' למאמן הקבוצה בפעם השלישית. בתום עונת הגיעה הקבוצה לגמר הגביע היווני, בו הפסידה לאוליפיאקוס 14–15 בפנדלים. בעונת 2010/2011 הגיעה הקבוצה לראשונה לשלב הבתים של הליגה האירופית, וסיימה במקום השלישי בבית. במהלך העונה הוחלף המאמן באייביץ' במנואל חימנז, ובסופה זכתה הקבוצה בגביע היווני לאחר ניצחון 3–0 על אטרומיטוס במשחק הגמר.
בסיום עונת ירדה א.א.ק. אתונה לליגת המשנה לראשונה בתולדותיה, לאחר שסיימה במקום הלפני אחרון בטבלה, ובנוסף שלוש נקודות הורדו ממאזנה בעקבות התפרעות אוהדים במשחק מול פנאתינייקוס. בעקבות מצב המועדון החליטה ההנהלה לא להתמודד בליגה מקצוענית בעונה הבאה ולרדת מרצון לליגה השלישית, על מנת לבנות את הקבוצה מחדש. בעונת סיימה במקום הראשון בליגה השלישית ללא הפסד, ובעונת סיימה במקום הראשון בליגה השנייה ללא הפסד, וחזרה לליגה הבכירה.
בעונת סיימה הקבוצה במקום השלישי בליגה, וזכתה בגביע לאחר ניצחון 2–1 על אולימפיאקוס במשחק הגמר. ובעונת 2016/2017 הודחה במוקדמות הליגה האירופית על ידי סנט אטיין. בעונת 2017/2018 הודחה במוקדמות ליגת האלופות על ידי צסק"א מוסקבה ולאחר מכן העפילה לשלב 32 האחרונות בליגה האירופית והודחה על ידי דינמו קייב. בתום העונה זכתה באליפות ה-12 בתולדותיה, 24 שנים אחרי האליפות הקודמת, והייתה קרובה לזכייה בדאבל אך בגמר הגביע הפסידה 0–2 לפאוק סלוניקי.
בעונת 2018/2019 העפילה הקבוצה לשלב הבתים בליגת האלופות, אך סיימה במקום האחרון בבית שכלל את באיירן מינכן, אייאקס ובנפיקה, לאחר שהפסידה בכל ששת משחקיה. בליגה סיימה הקבוצה את העונה במקום השלישי בטבלה, ובגמר הגביע הפסידה בפעם השנייה ברציפות לפאוק סלוניקי שזכתה בדאבל.
בעונת 2019/2020 מונה מאסימו קאררה האיטלקי למאמן הקבוצה, שהוליך אותה לסגנות הליגה היוונית ולגמר הגביע היווני בכדורגל.
סמל וצבעים.
סמלה של א.א.ק. הוא עיט דו ראשי על רקע צהוב. הסמל נוצר על ידי הפליטים היוונים מקונסטנטינופול שהגיעו לאתונה בחילופי האוכלוסין ההמוניים בעקבות מלחמת יוון–טורקיה והקימו את המועדון ב-1924. הסמל והצבעים נבחרו כתזכורת למולדת האבודה. העיט הדו-ראשי מופיע בסמל הכנסייה היוונית-אורתודוקסית שבסיסה בקונסטנטינופול, והוא מסמל עבור הפליטים את האימפריה הביזנטית.
התלבושת של א.א.ק. היא ביגוד צהוב במשחקים, וביגוד שחור בנסיעות. בליגה היוונית אין תלבושות חוץ מיוחדות, אלא אם יש התנגשות בין הצבעים, וגם אז קבוצת הבית היא זו שמשנה את הביגוד. לא.א.ק. יש שלושה סטים, כאשר השלישי הוא סט ביגוד כחול למקרה שהיא מארחת קבוצה עם תלבושת צהובה.
אצטדיון.
אצטדיון ניקוס גומאס שימש כמגרשה הביתי של א.א.ק. אתונה משנת 1930 ועד הריסתו בשנת 2003.
לאחר הריסת האצטדיון עברה הקבוצה לשחק באצטדיון האולימפי שקרוי על שם ספירידון לואיס, ובו 70,000 מקומות. האצטדיון, שממוקם בפרבר מארוסי שבצפון אתונה, נחשב לאחד ממתחמי תחרויות האתלטיקה באירופה. האצטדיון עוצב בשנת 1979 ונחנך בשנת 1982.
בשנת 2007 נחתם חוזה בין ממשלת יוון לבין א.א.ק. על בניית אצטדיון בין 50,000 מקומות בפרבר אנו ליוסיה ושיקרא "היכל א.א.ק", אך התוכנית בוטלה לאחר פשיטת הרגל של המועדון.
לאחר שהקבוצה נרכשה מחדש בשנת 2013 החלה בניית האצטדיון החדש במיקום בו שכן אצטדיון ניקוס גומאס בפרבר נאה פילדלפיה. האצטדיון ייקרא אצטדיון איה סופיה, יכיל 31,800 וצפוי להיחנך בשנת 2019.
אוהדים ויריבות.