החל ממחצית המאה ה-19 החלו לפעול מיסיונרים מטעם החברה הלונדונית להפצת הנצרות בקרב היהודים בקרב ביתא ישראל באישור הממשל האתיופי שנתן לפעול בקרב לא-נוצרים. המיסיון עצמו לא הורשה להקים כנסייה נפרדת ונכפה עליו לצרף את המומרים לתוך הכנסייה האתיופית, אולם המומרים תויגו בקרב הנוצרים הוותיקים כ"פרוטסטנטים אנגליים" והורחקו מקהילותיהם.
בשנת 1878 הוצא צו ברו מדה הדורש מהנתינים הלא-נוצרים באתיופיה להיטבל לכנסייה האתיופית. ביתא ישראל הוצאה מן הדרישה, אך רבים מתנצרים מכיוון שהצו מאפשר למתנצרים להשיג רסת (זכות ירושה על אדמה) ובכך לצאת מהסטטוס החברתי של הקהילה. במהלך הזמן הרע (1895-1888, שבע שנים רצופות של בצורת, מלחמות ומגפות ובו נספו בין חצי לשני שלישים מהיהודים) עזבו רבים את כפריהם בחיפוש אחר מזון ומקלט, לכך הם התיישבו בקרב אוכלוסיות לא-יהודיות, המירו את דתם מרצון והתקבלו לכנסייה האתיופית.
במהלך המאה ה-20 החל יעקב פייטלוביץ' בפעילות נגד המיסיון בקרב הקהילה. פייטלוביץ' העביר מסר כפול לקהילה, בעוד שהוא שימש כמיסיונר נגדי הוא יצא כנגד ממנהגי ביתא ישראל, לרבות מנהג הנזירות והקרבת הקורבנות. הפולמוס בדבר מנהגים אלו החליש מאוד את המנהיגות הרוחנית של הקהילה ורבים המרו את דתם. פייטלוביץ' עצמו שלח לבתי ספר יהודים באירופה נערים מביתא ישראל כדי שאלו ישמשו כקונטרה מיסיון וב-1913 נפתח בית ספר בדמביה בהנהלת גטה ירמיהו.
בשנת 1946 ביקר באתיופיה וולף לסלאו ודיווח שאין בקרב ביתא ישראל תודעה יהודית לאומית אלא רק דתית.
ב-1948 חזר המיסיון האנגלי לפעול בקרב הקהילה שבראשו אריק פיין, המיסיון הקים בית ספר ומרכז רפואי. באמצע שנות ה-50 הצליח המיסיון לנצר את הכהן היהודי אסרס יאייך מהכפר ברה שבוגרה שהחל לפעול בעצמו כמיסיונר. הפעולה הזו גרמה לשבר עמוק בתוך קהילת האוריתאווי.
בשנות החמישים פתחה הסוכנות היהודית רשת של בתי ספר לביתא ישראל כקונטרה מיסיון, ורבים מהפלאשמורה ביקשו ללמוד בהם וחלק מהם נענו בחיוב ועזבו את בתי הספר של המיסיון כדי ללמוד בבתי הספר של הסוכנות. בשנות השישים כאשר נפתחו מרפאות ליהודים במימון האגודה לרווחת הפלאשים חלק מהפלאשמורה שבו ליהדות.
ב-1963 נשלח רוג'ר ונמן קוולי מטעם המיסיון ועבד באתיופיה עד לשנת 1978.
באמצע שנות ה-60, לאחר שבקשת ביתא ישראל להגנה קיסרית נדחתה על ידי הקיסר, מנהיגי הקהילה פנו לעזרת יהודי העולם בבקשה לעזרה הומניטרית ולעלייה מידית. חלק ממתנגדי העלייה וההכרה בישראל ראו בחיוב את התנצרותם של כל היהודים שכן אז מדינת ישראל לא תצטרך להתמודד עם עליית הקהילה.
במרץ 1968 דחה בית המשפט העליון עתירה נגד הרבנות הראשית שקבעה כי הפלשים אינם יהודים וסרבה לרשום אותם כיהודים בלא שיתגיירו.
בשנת 1976 נערך מפקד ביתא ישראל ואלו שהשתייכו לפלאשמורה כונו "פלשים שאינם מקיימים מצוות" ומספרם הוערך בין 8 ל-15 אלף.
המיסיון מרכז את פעולותיו בכמנתים היודו-פגאנים.
עלייה.
באפריל 1990 החלה ה-AAEJ במבצע העברה של ביתא ישראל מאזור היישוב היהודי בצפון-מערב אתיופיה לבירה אדיס אבבה, מבצע שרוקן סופית את היישוב היהודי. עם התרוקנות היישוב היהודי החלו פלאשמורה רבים להגיע לבירה. הסוכנויות הישראליות ראו באפשרות נטישת הפלאשמורה את כפריהם בהמוניהם כתרחיש שאסור שיקרה ואלו החלו לדרוש מהם לחזור. הפלאשמורה עצמם לא קיבלו את דרישת הסוכנות ונשארו בבירה. כהני ביתא ישראל ראו את הגעת הפלאשמורה בחיוב והשיבו ליהדות כ-2,000 מהם עד שהסוכנות היהודית אסרה זאת עליהם. אותם אלו ששבו ליהדות עלו לישראל יחד עם האוריתאווי.
בזמן מבצע שלמה ערכו הגורמים הישראליים באתיופיה שיחות עם הראשון לציון מרדכי אליהו והרב עובדיה יוסף ושר הפנים אריה דרעי שאישרו את יהדותם. שיחות נוספות נערכו עם מפקדי המבצע אהוד ברק ואמנון ליפקין-שחק וכן גם עם אריאל שרון ששוחחו עם ראש הממשלה יצחק שמיר ולחצו לכלול את הפלאשמורה. בשיחות אלו נוצר קשר עם הפקידים הישראליים באתיופיה שהשיבו כי לא ניתן לכלול את הפלאשמורה מחוסר רשימת עולים מסודרת. בליל שבת קיבל ליפקין-שחק הודעה ממשרד ראש הממשלה שיש לכלול גם את הפלאשמורה במבצע ולאחר זמן קצר קיבל הודעה שבה נאמר "קודם את היהודים ואת השאר לאחר מכאן". בעקבות זאת פנו הגורמים הישראלים לנקוג' כדי שתיקח על עצמה את הטיפול בפלאשמורה.
עם סיום השתלטות צבא אתיופיה על קבוצת המורדים יחאפה בצפון-מערב אתיופיה וסיום מלחמת האזרחים, החלו יהודי האזור, לרבות יהודי קווארה וכן אלפים מהפלאשמורה לנהור לאדיס אבבה כדי לעלות לישראל.
החלטה 2948.
ב-16 בפברואר 2003 קיבלה ממשלת ישראל את החלטה 2948 בדבר עליית הפלאשמורה. בהחלטה נאמר שמשרד הפנים והרבנות הראשית יערכו רישום מפורט של כל הממתינים במחנות ואלו שהם צאצאי אמהות יהודיות יוכלו לעלות לישראל על פי חוק הכניסה. בדצמבר אותה השנה הגיעה לאתיופיה משלחת של הסוכנות היהודית בראשות גיורא רום שהמליצה על הכנת הרישום המפורט ובפברואר 2004 הורה משרד הפנים להתחיל ברישום. במאי הסתיימה הכנת הרשימה ופקידי משרד הפנים החלו בהנפקת אישורי כניסה. ב-17 בנובמבר 2004 החליטה ועדת השרים לעניין שארית יהודי אתיופיה להקים צוות של הרבנות הראשית, כהני ביתא ישראל ומשרד הפנים שיעברו על הרשימה ויוודאו כי אכן הרשומים זכאים לעלות.
בשנת 2009 החלה התעוררות של קהילות הפלאשמורה במדינת תיגראי שעד אז זכתה להתעלמות. הפלאשמורה מתגראי יחד עם קרובי משפחתם בישראל פנו לרבנות ולממשלת ישראל ואלו שלחו נציג לאזור כדי לבדוק את זכאותם לעלייה.
בחודש נובמבר 2010 החליטה ממשלת ישראל להעלות את 7846 בני הפלאשמורה שהמתינו להעלאתם בגונדר, והכריזה כי בזה תסתיים ההעלאה המאורגנת.
ב-29 באוקטובר 2012 יצא לדרך מבצע "כנפי יונה" להעלאת בני הפלאשמורה שלא מצד שושלתם האמהית. המבצע הסתיים באוקטובר 2013 ובמסגרתו הועלו כחמשת אלפים נפש ממחנה הממתינים בגונדר. סגירת העלייה הובילה ליצירת מטה המאבק להעלאת יהודי אתיופיה שקיימה ביום סגירת העלייה הפגנה של כ-700 ישראלים בני הפלאשמורה אשר להם משפחה מדרגה ראשונה באתיופיה ולטענתם הם יהודים.
בנובמבר 2015 החליטה הממשלה שחרף ההחלטה הקודמת, יועלו לישראל תוך חמש שנים "בני קהילות" "יוצאי זרע ישראל" שעזבו את כפרם והצטרפו לקהילות הממתינים עד תחילת 2010, והכריזה כי בזה תסתיים ההעלאה המאורגנת. הובטח כי כולם יגיעו ארצה עד סוף 2020. עד 2017 עלו 1,300 מהם. על רקע מחאה ציבורית, הממשלה אישרה באוקטובר 2018 את הבאתם לארץ של כ-1,000 איש מתוך 8,000 שהמתינו לעלייה בגונדר ובאדיס אבבה. על פי הצעת ההחלטה שהגישו ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר האוצר משה כחלון, תאושר עלייתם לישראל של בני הקהילה שהוכיחו כי הם מזרע ישראל מצד אביהם ומעוניינים להתגייר, ושילדיהם כבר נמצאים בארץ והגישו בקשה להעלותם. הוקצה תקציב של 184 מיליון שקלים. בתחילת ספטמבר 2020, אישרה הממשלה הקצאה של 370 מיליון שקל לצורך העלאה לישראל וקליטה של 2,000 בני הפלאשמורה מתוך קהילת הממתינים. מבצע העלייה אושר בהחלטת ממשלה באוקטובר והחל בסוף נובמבר 2020. גם לאחר המבצע הנוכחי 7,000 ממתינים לעלייה יישארו באתיופיה. המבצע תם במרץ 2021 והועלו 2,000 עולים.
בישראל והפולמוס בדבר עלייתם.
ביתא ישראל.
הליקה כהנת אורי בן ברוך מגדולי כהני ביתא ישראל פסק כי יש להשיבם ליהדות וכמהו גם הליקה כהנת הדנה טקויה פסק כי הפלאשמורה הם יהודים לכל דבר.
עם סיום מבצע שלמה פנו כהני ביתא ישראל לממשלת ישראל בדבר הפלאשמורה ודרשו לשלוח משלחת כהנים לבדיקת העניין. הרבנות אינה מכירה בסמכות כהני ביתא ישראל. חלק מהפלאשמורה מוכרים כיהודים מבחינת הרבנות, בעוד הכהנים מתנגדים לעלייתם. כך למשל טען הרב יצחק זגיה כי "ישראל מעלה אזרחים אתיופים נוצרים רבים שמתחזים לפלאשמורה, למרות שאין להם שום זיקה לעם היהודי".
דעות בעניין העלייה.
הרב הראשי לישראל שלמה משה עמאר פסק בהסכמת הרב עובדיה יוסף "כי אין להטיל ספק ביהדותם של אנשי הפלאשמורה" ושיש להחיל על הפלאשמורה את חוק השבות, דבר שממשלת ישראל מתנגדת לו. הרב שלמה עמאר כתב בעניין: "בעניין עלייתם של הזוגות המעורבים צריך לקבוע כללים את מי להעלות ואת מי לא. כן צריך לברר היטב הטענה הנשמעת מפי רבים מאלה המטפלים בקליטת הפלאשים, הטוענים כי העסקנים אומרים בכל פעם שזו הקבוצה האחרונה, ואחר כך מכינים עוד קבוצה גדולה יותר וחוזר חלילה, וחוששים שמא יש בזה חס וחלילה דבר רמאות".
בקרב שתדלנים יהודים למען העלייה מאתיופיה הובעו דעות מעורבות בנוגע לעליית הפלאשמורה. פרופ' הווארד לנהוף ונתן שפירו, לשעבר נשיאי האגודה האמריקאית למען יהודי אתיופיה, הציעו לאפשר עלייה מאתיופיה רק למועמדים הזכאים לכך על פי חוק השבות, ולמקד את מאמצי הסיוע בקהילת העולים לישראל. לדבריהם, אלה שהמירו את דתם במרוצת המאה ה-20 רצו לשפר את מצבם הכלכלי, החברתי או החינוכי, מבלי שנכפה עליהם לעשות זאת. מנגד צידדה ברברה גורדון, מייסדת ומנכ"ל הועידה הצפון-אמריקאית למען יהדות אתיופיה, בזירוז העלייה מאתיופיה של כלל הפלאשמורה, עמדה שאותה ייחסה בין היתר גם לאלי ויזל, לארוין קוטלר, לאלן דרשוביץ ולמנהיגי הזרמים האורתודוקסיים, הקונסרבטיביים והרפורמיים ביהדות ארצות הברית.
התנגדות.
ההתנגדות לעליית הפלאשמורה מגיעה בעיקרה מגורמים שאינם דתיים ומעלים שוב ושוב את שאלת יהדותם.
על פי טענת ויקטור בריילובסקי, ח"כ לשעבר מטעם מפלגת שינוי והח"כית ממפלגת העבודה קולט אביטל תמיכתם של אנשי הדת בעליית הפלאשמורה היא רצונם לזכות בכוח אלקטוראלי אשר עשוי לחזק את מפלגת ש"ס.