לאחר כיבוש יוון על ידי הגרמנים ב-1941 נמצאה יואנינה בשטח הכיבוש האיטלקי. האיטלקים התייחסו אל היהודים בסובלנות והחיים היהודיים נמשכו באין מפריע, בתמורה לכך שהקהילה נדרשה לממן את המאמץ המלחמתי על ידי עבודת כפייה ומיסים כבדים. המצב הורע כאשר פרשה איטליה מהמלחמה בספטמבר 1943 כשאת מקום האיטלקים תפסו הגרמנים. ב-25 במרץ 1944 (יום העצמאות היווני) נצטוו כל יהודי יואנינה להתרכז ליד חוף האגם. נאמר להם שהם מובלים ל"התיישבות מחדש". הם הועלו על משאיות והוסעו לעיר לאריסה ששם הייתה תחנת רכבת. בלריסה שהו היהודים כשבוע ואז הועלו על רכבת עם קרונות בקר והוסעו משך ימים רבים למרחק עד שב-11 באפריל 1944 הם הגיעו לאושוויץ-בירקנאו. עוד באותו יום הוכנסו רובם לתאי הגזים. לאחר המלחמה שרדו כ-150 יהודים. כיום יש ביואנינה קהילה של פחות מ-50 יהודים. קיים בית כנסת אחד ששופץ, הוא סגור רוב ימות השנה ופתוח לתיירים ובימים הנוראים, שם מתקיימות תפילות בנוסח הרומניוטים. בבית הכנסת טבלות שיש ובהן חקוקים שמות הנספים.
קהילת יהודי לאריסה.
עדות להתיישבות יהודים בלאריסה היא מן הקדומות ביוון וסביר להניח שסוחרים יהודים הגיעו לעיר עוד בתקופה ההלניסטית במהלך המאה ה-4 לפנה"ס. בנימין מטודלה שעבר בעיר במהלך המאה ה-12 תיאר קהילה משגשגת בת מאות משפחות. בראשית המאה ה-20 החלה פעילות ציונית בעיר ונפתח סניף של חובבי ציון. בפרוץ מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה 1,175 נפשות.
העיר לאריסה הוחזקה בידי האיטלקים עד לכניעתם לבעלות הברית בספטמבר 1943, זמן בו הגרמנים השתלטו על העיר.
השלטונות דרשו מרב הקהילה יצחק קסוטו את רשימות היהודים בעיר, אך הוא סרב. בגבור רדיפות היהודים הצליחו 900 מיהודי לאריסה להימלט לכפרים מבודדים, או לטורקיה ודרכה עלו לארץ ישראל. האוכלוסייה, הכנסייה והמחתרת היווניות סייעו ליהודים בהמלטות וחלקם אף הסתירו יהודים בבתיהם. ב-24 במרץ 1944 נעצרו 150 יהודים שנותרו בעיר ועוד 75 שהחליטו לחזור אליה ונשלחו למחנה ההשמדה אושוויץ.
לאחר המלחמה חזרו חלק מהיהודים לעיר, אך בהדרגה היגרו לארצות הברית, מדינת ישראל ואתונה. ב-1948 מנתה אוכלוסיית הקהילה 626 נפשות. באמצע שנות ה-90 הוקמה בעיר אנדרטה לזכר קורבנות השואה ובראשית המאה ה-21 היא חוללה מספר פעמים בידי נאו נאצים מקומיים. ב-2008 התגוררה בעיר לאריסה קהילה בת 330 נפשות ולה בית כנסת, בית ספר יסודי יהודי ומוסדות קהילה.
קהילת יהודי וולוס.
ראשוני היהודים שהגיעו לעיר וולוס היו כנראה הרומניוטים, אם כי ישנם מקורות המציינים שיהודים ישבו במקום עוד מתקופת החשמונאים, עניין ההופך את קהילת וולוס לאחת הקהילות העתיקות ביוון. בנימין מטודלה שעבר דרך העיר במאה ה-12, ציין כי במקום מתגוררות 400 משפחות יהודיות. בפרוץ מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה 882 נפשות.
העיר וולוס הייתה חלק מחבל תסליה שנתון היה לשליטת האיטלקים. באוקטובר 1943 לאחר כניעת איטליה, כניסת כוחות גרמניה הנאצית ותחילת רדיפות היהודים ארגן הרב משה שמעון פסח את בני קהילתו ושלחם ליישובים מבודדים. 746 מתוך 882 יהודי העיר נמלטו לכפרי הסביבה ההרריים והוסתרו בידי המקומיים. שאר 136 בני הקהילה נתפסו, נעצרו וב-25 במרץ 1944 שולחו ביחד עם יהודי העיר לאריסה אל מותם במחנות ההשמדה טרבלינקה ואושוויץ. בין הנספים אשתו ושני בניו של רב הקהילה.
דוגמה להצלת יהודים על ידי מקומיים הם בני הזוג מריה ואפוסטולוס ווליוטיס, אשר הצילו את משפחת חכים על ידי הסתרת בני המשפחה בבית אריזה שבבעלותם. הזוג ווליוטיס הוכרו בשנת 2016 כחסידי אומות העולם.
קהילת יהודי רודוס.
יהדות רודוס הייתה קהילה יהודית עתיקה שהתפחתה ברודוס בעיקר מאז גירוש ספרד בשנת 1492. תחת השלטון העות'מאני זכתה הקהילה ליחס טוב עד לכיבוש האיטלקי ב-12 במאי 1912. ערב מלחמת העולם השנייה חיו ברודוס כ-6,000 יהודים. בעקבות השואה הקהילה הצטמצמה וכיום חיים באי כ-40 יהודים.
אחר הנהגת חוקי הגזע באיטליה ועם פרוץ מלחמת העולם השנייה, כ-4,000 מתוך 6,000 יהודי רודוס עזבו אותה. ב-24 ביולי 1944 הגרמנים ריכזו 1,673 מיהודי הקהילה בכיכר המרטירים שברובע היהודי לה ג'ודריה, הובלו לנמל העיר רודוס והועלו על מעבורות משא שהפליגו לכוון נמל פיראוס ממנו הובלו היהודים לחיידרי. בדרך אספו עימן כ-100 מבני קהילת קוס.7 יהודים מתו במהלך המסע מרודוס לנמל פיראוס. ב-1 באוגוסט הגיעו יהודי רודוס וקוס למחנה חיידרי ולאחר מספר שבועות שולחו למחנה ההשמדה אושוויץ, שם נרצחו בני הקהילה להוציא 151 מיהודי רודוס שניצלו. הקונסול הטורקי סלאחטין אולקומן, הצליח להציל 42 יהודים, בטענה שהם אזרחים טורקים או בעלי זיקה לטורקיה. מששת בתי הכנסת שהיו בעיר רק בית הכנסת קהל שלום עומד היום על תילו.
קהילת יהודי קורפו.
לפני המלחמה מנתה הקהילה היהודית באי קורפו 2,000 נפשות. קהילה זו הוכחדה כמעט לחלוטין ושרדו מתוכה כ-200 איש. באפריל 1941 נכבשה קורפו בידי צבא איטליה הפשיסטית. תקופת הכיבוש האיטלקי שנמשכה כשנתיים הייתה תקופה קשה לכלל האוכלוסייה בקורפו, והתאפיינה במחסור וברעב. בעקבות סבלות התקופה ולאחר שהוחרב בית הכנסת של ה"פולייזים" בהפצצות הגרמנים, התאחדו שתי הקהילות "היוונית" ו"האיטלקית". מאז התפללו כל היהודים בבית הכנסת של הגרקים, עד הגירוש הכללי מקורפו. בספטמבר 1943 נכנעה איטליה לבעלות הברית וחיל המצב האיטלקי נסוג מהאי. בעקבות זאת, נכנסו כוחות נאצים אל האי. בתחילה יחידות הצבא הגרמני, הוורמאכט, ואחר כך אנשי האס אס, שתכננו להכחיד את הקהילה היהודית.
ב-9 ביוני 1944 גורשו כ-1,795 מיהודי קורפו על ידי המשטרה היוונית בפקודת השלטון הנאצי. בודדים מהם הצליחו לברוח אל הכפרים ושם הוסתרו על ידי ידידים. מעצרם החל בכינוסם בכיכר העיר קורפו וסגירתם במבצר המוכר בשמו "פרוריו". יהודי קורפו הוצאו באישון לילה מהמבצר ובסירות קטנות ואסדות הועברו לאתונה, ושם נכלאו בבית הסוהר העירוני, חיידרי. יחד עם יהודים ממקומות אחרים ביוון כגון רודוס, הועלו כל היהודים על רכבת סגורה אשר הגיעה אל מחנה ההשמדה אושוויץ-בירקנאו ב-30 ביוני 1944. כשני שלישים מהם, גברים נשים וטף, נשלחו מיד אל תאי הגזים. מעטים, רובם ככולם צעירים, שרדו את אושוויץ ואת צעדות המוות לגרמניה.
לפי אומדן כ-200 מיהודי קורפו הצליחו להתחמק מן הגרוש ולהישאר באי ובסביבתו, או לשרוד את מחנה ההשמדה. רובם הגיעו לארץ ישראל בטרם הקמת המדינה. כיום מתגוררים באי כ-70 יהודים בלבד כ-60 גרים בעיר קורפו עצמה, שריד לקהילה מפוארת. מתוך ארבעה בתי כנסת שהיו באי קורפו רק אחד שרד את המלחמה וכיום הוא מוקד תיירותי נרחב והרבה יהודים באים לבקרו. בית הכנסת פעיל בימי התפילות והרחמים. קהילת קורפו שחרבה, מונצחת בבקעת הקהילות ב'יד ושם' בירושלים, ולזכרה, גם הוקמה מצבה בבית העלמין בחולון.
קהילת יהודי כרתים.
סביר להניח שראשוני היהודים הגיעו לאי כרתים בשלהי המאה ה-3 לפנה"ס ממצרים. בראשית המאה ה-20 נותרה קהילה מאורגנת שבה 647 נפשות בעיר חאניה. ב-אפריל 1941, לאחר כיבוש ממלכת יוון בידי צבא גרמניה הנאצית, האי כרתים נכלל בשטח השליטה הגרמני. בראשית שנת 1944 מנתה הקהילה היהודית 284 נפשות. בסוף חודש מאי נעצרו 276 מיהודי כרתים והועלו יחד עם לוחמי מחתרת יוונים על הספינה "טאנאיס" שעשתה דרכה לנמל פיראוס. התכנון המקורי היה להעביר את בני הקהילה למחנה הריכוז חיידרי ומשם לגרשם לאושוויץ. בדרך לנמל פיראוס טובעה הספינה באמצעות שני טילי טורפדו שנורו ממשחתת בריטית, אשר מפקדיה סברו בטעות שהיא ספינת צי גרמנית. הספינה טבעה תוך כרבע שעה ועימה כל בני הקהילה. שמונת היהודים שלא גורשו ניצלו מהשמדה וחלקם נותרו לגור באי עד סוף שנות ה-60. בימינו מתגוררת משפחה יהודית אחת בעיר חאניה, אשר פועלת לשיקום ותחזוקת בית הכנסת שבעיר.
קהילת יהודי קסטוריה.
קסטוריה היא עיר בצפון יוון, בחבל מערב מקדוניה. יהדות קסטוריה התקיימה מן המאה ה-6 ועד לחורבנה במלחמת העולם השנייה.
העיר קסטוריה נכללה בשטח השליטה האיטלקי. באביב וקיץ 1941 הועברה כל התנובה החקלאית היוונית הטריה והמאוחסנת למחסני הצבא הגרמני ובשל כך, במהלך 1942 שרר רעב ביוון ממנו נפגעו בעיקר בני הקהילה היהודית. בספטמבר 1943 נכנעה איטליה לבעלות הברית והגרמנים השתלטו על השטח.
כשהחלו רדיפות היהודים סייע ראש הכנסייה בקסטוריה המטרופוליט ניקופורוס לבני הקהילה. ניקופורוס הסתיר 40 מבני הקהילה בתוך הקתדרלה בעיר ושכנע משפחות נוספות לפעול כמותו. מקצת מיהודי הקהילה הצליחו להימלט ליישובים הרריים מבודדים בסיוע תושבים מקומיים וחברי המחתרת היוונית ומקצתם הצטרפו למחתרות השונות. ב-24 במרץ 1944 נערכה אקציה בעיר ובמהלכה נעצרו 763 מתוך 900 בני הקהילה היהודית. היהודים רוכזו בבניין "קיאזים ביי" ששימש כבית ספר לבנות וממוקם בסמוך למסגד. במהלך הימים הספורים בהם שהו יהודי הקהילה במעצר, סייעו התושבים המקומיים במזון ואמצעי חימום. החיילים הגרמנים הכו את העצורים, שדדו את רכושם ותועדו מעשי אונס רבים.