שפע המטבעות שהוטבעו במקומות שונים בארץ ישראל הוטבעו לרוב על ידי הערים והמדינות שזכו בתקופה הפרסית לאוטונומיה וגם על ידי פחות פרסיים, והם מטיפוס אטי, כלומר חיקוי לדרכמה האתונאית. העיר עזה הייתה הראשונה שהחלה לטבוע מטבעות מטיפוס זה וכאלה היו בדרך כלל גם מטבעות "יהד".
היישוב היהודי.
עם חורבן בית ראשון בידי הבבלים בשנת 586 לפנה"ס, הסתיימה תקופת בית ראשון. בשטחי ממלכת יהודה החרבה נותרו יהודים "מדלת הארץ", שלא הוגלו לבבל ותפסו חלק מהאדמות והערים החרבות. העובדה שמלך בבל הותיר "שארית ליהודה", הביאה לשובם של פליטים יהודים מהארצות שברחו אליהן (במיוחד מואב, עמון ואדום) לארץ יהודה.
ארץ ישראל הייתה נתונה תחת שלטון בבל עד השתלטות האימפריה הפרסית על שטחי האימפריה הבבלית.
אולם המרקם האתני היהודי לא נפגם, אלא הוסיף להתקיים בתקופת הגלות ולאחר מכן בתקופת שיבת ציון, משום שבניגוד למלכי אשור, מלכי בבל לא נהגו להעביר לתחומי הממלכות שהחריבו אוכלוסיות מארצות אחרות, אלא הסתפקו בעקירת אוכלוסייה והעברתה לבבל.
שיבת ציון.
בשנת 538 לפנה"ס פרסם כורש מלך פרס את קריאתו שזכתה לכינוי "הכרזת כורש" שבה, בין השאר, הרשה ליהודים שיצאו לגלות בבל לשוב לארץ ישראל ולהקים בה אוטונומיה יהודית.
זמן מה לאחר מכן התחילה העלייה הראשונה של גולים לארץ ישראל ובראשה עמד ששבצר "הנשיא ליהודה", המכונה גם "פחה". תואר הכבוד "הנשיא ליהודה" היה הגרסה העברית הפנימית למעמדו הרשמי כמושל יהודה ("פחה") מטעם מלך פרס. לאחר תקופה קצרה נתמנה במקומו זרובבל בן שלתיאל, נכדו או נינו של יהויכין מלך יהודה, שהיה גם הוא "פחת יהודה" ועלה באחד הגלים הראשונים של השבים, ואולי אף בגל שבראשו עמד ששבצר, יחד עם הכהן הגדול יהושע בן יהוצדק.
מלכי פרס לאחר כורש נטו חסד ליהודים, נתנו אישור לבניית בית המקדש השני (בנייתו הושלמה בשנת 516 לפנה"ס) ואישור רשמי לכיסוי הוצאותיו מקופת הממלכה, אך כדי לא לחזק סיכוי למרד הרחיקו את בית דוד מהשלטון בארץ יהודה.
בשנת 457 לפנה"ס, בזמן שלטונו של ארתחששתא הראשון, עלה לירושלים עזרא הסופר, בן למשפחת כהנים גדולים המתייחס לבית צדוק. עזרא עלה בראש קבוצה של 1754 שבים וקיבל ממלך פרס כתב סמכות ("נִשְתְּוָן") שחלה על כל היהודים שישבו בנציבות עבר הנהר. אולם דאגתו העיקרית של עזרא לא הייתה נתונה למצבו המדיני של העם ביהודה, אלא ליחסים שבין קהילת שבי ציון שהוא פונה אליה המכונים בפיו "הגולה" או "זרע הקודש", לבין מתנגדיו "עמי הארצות", שאר העם, בני יהודה שלא גלו לבבל ולא עברו את התמורה הרוחנית בגולה.
בשנת 445 לפנה"ס הגיע לירושלים נחמיה, שר המשקים של ארתחששתא הראשון, שקיבל מינוי מטעמו לשמש פחת יהודה. מפעלו הראשון היה בניית חומת ירושלים, לו התנגדו סנבלט פחת שומרון, טוביה העמוני וגשם הערבי, אך למרות זאת מלאכת הבנייה הושלמה. כדי להגדיל את מספר תושבי ירושלים, הוציא נחמיה צו שחייב עשירית מאוכלוסיית יהודה להתיישב בעיר.
במהלך כ-100 שנים מאז מתן הכרזת כורש החל היישוב היהודי בארץ ישראל בצמיחה מחודשת. נעשו מספר עליות מבבל לארץ ישראל והן מתועדות בחלקן בספרים עזרא ונחמיה. בסך הכול עלו לארץ ישראל מבבל כ-50,000 יהודים.
עם חורבן בית ראשון וגלות בבל פסקה העברית לשמש לשון דיבור יחידה ביהודה. בחיי היום יום נזקקו תושבי ארץ ישראל לארמית, שהפכה לכלי מלכד של כלל האוכלוסייה, וגם רבים מבני יהודה לא יכלו עוד להבין את הכתוב בעברית ונזקקו לתרגום לארמית. נחמיה מצר על כך שיהודים נשאו נשים נוכריות והביאו להתבוללות: "בימים ההם ראיתי את היהודים השיבו נשים אשדודיות עמוניות מואביות ובניהם חצי מדבר אשדודית ואינם מכירים לדבר יהודית".
פחוות יהודה.
יהודה הייתה מחולקת למחוזות-משנה, שנקראו פלכים, ובראשם עמדו שרי הפלך. הפלך של ירושלים, למשל, חולק לשניים ובתקופת נחמיה עמדו בראשו "שרי חצי פלך". העובדה ששרי הפלכים היו יהודים מעידה על כך שהניהול המקומי של יהודה היה בידי תושביה. לאוטונומיה של היהודים היו גם מוסדות עצמאיים: משרת הכהן הגדול, שחשיבותו גדלה משבטלה המלוכה, וכן גם גופים נוספים כמו "אספת העם", "החורים והסגנים" (או "חורי היהודים") שהיוו את "מועצת הזקנים", "הכנסת הגדולה" וה"סופרים".
בספרי עזרא ונחמיה מובאות 5 רשימות המספקות מידע על יישובי פחוות יהודה, היא "יהֻד" בשמה הארמי בתקופה הפרסית. שתי הרשימות הראשונות מפרטות את שבי הגולה והן כוללות שמות של יישובים ב-4 אזורים: מדרום לירושלים: בית לחם ונטופה; עמק יריחו: יריחו וסנאה; מצפון לירושלים: נוב, ענתות, עזמות, הרמה, גבע, מכמס, העי, בית אל, גבעון, הכפירה, בארות וקריית יערים (בירות הפלכים לא מוזכרות בהן); השפלה הצפונית-מערבית: לוד, חדיד ואונו. הרשימה השלישית מונה את המשפחות שהתנדבו להתיישב בירושלים. אין בה שמות יישובים באזור יריחו או באזור הסמוך לירושלים מדרום, אולם יש בה יישובים רבים בנגב, מעין מובלעת דרומית מחוץ לתחום הפחווה.
הרשימה הרביעית מפרטת את בוני חומת ירושלים ונמנות בה 5 בירות הפלך: ירושלים, בית הכרם, מצפה, בית צור וקעילה. הרשימה החמישית היא של בני המשוררים.
טביעות חותם ששימשו כטביעות רשמיות של פחוות יהודה, כמו גם קבוצת מטבעות שעליהן הכתובת "יהד", נתגלו בתחום גבולות הפחווה, כפי שהם משתקפים ברשימות המקראיות, כאשר אין אפילו אזור אחד מהחמישה העיקריים שבתחום הפחווה, שלא נמצאו בו טביעות כאלה. טביעות חותם נמצאו גם באזורים בהם היו יישובים שאינם נזכרים באף אחת מהרשימות ובהם עין גדי במזרח.
על פי חלוקת הפחווה ל-5 פלכים בהתאם לשמותיהם ברשימת בוני החומה, מתקבלות יחידות מנהל עם גבולות שאינם טבעיים. בהתאם לכך, ניתן להציע שני פלכים עצמאיים נוספים: פלך יריחו במזרח ופלך לוד במערב, שבירתו היא אולי גזר. לאור הצעה זו, פחוות יהודה הייתה מחולקת ל-6 פלכים, המקבילים לאזורים הגאוגרפיים הטבעיים שלה: פלך ירושלים (ירושלים וסביבותיה), פלך מצפה (אזור נחלת בנימין מצפון לירושלים), פלך בית צור (האזור ההררי שמדרום לירושלים), פלך גזר (השפלה הצפונית-מערבית), פלך קעילה (השפלה הדרומית-מערבית) ופלך יריחו (בקעת יריחו). לאור חלוקה זו, פלך בית הכרם נראה כמיותר, אולם ייתכן שבסביבות ירושלים, בירת הפחווה, חולק השטח לפלכים קטנים יותר.
מלבד היישוב היהודי הרצוף בשטח פחוות יהודה, היו יישובים יהודיים גם באזורים אחרים בארץ ישראל. רמז ליישובים כאלה ניתן למצוא בצו המלכותי שניתן לעזרא מידי ארתחששתא הראשון ובו נאמר שסמכותו של עזרא חלה על היהודים בכל נציבות עבר הנהר, וגם באזכור נחמיה את "היהודים היושבים אצלם" - אצל שכני יהודה. כמו כן, גם מקום מושבו של טוביה ("ארץ טוביה") בעבר הירדן היה מיושב יהודים וספר יהודית, שנכתב בתקופה הפרסית ומשקף את המציאות בה, מעיד גם הוא על ריבוי היישובים היהודים מחוץ ליהודה, ובייחוד בצפון הר-אפרים.
מאידך, היו בפחוות יהודה עצמה גם תושבים לא יהודים. בתקופתו של זרובבל, בדומה לתקופתם של דוד ושלמה, הועסקו אומנים פיניקיים רבים בבניין בית המקדש השני: "וַיִּתְּנוּ-כֶסֶף לַַחֹצְבִים וְלֶחָרָשִׁים, וּמַאֲכָל וּמִשְׁתֶה וָשֶׁמֶן לַצִּדֹנִים וְלַצֹּרִים, לְהָבִיא עֲצֵי אֲרָזִים מִן-הַלְּבָנוֹן אֵל-יָם יָפוֹא". נראה כי בתקופת נחמיה כבר התבססו קהילות פיניקיות מצור וצידון בפחוות יהודה. קהילות אלה עסקו במסחר ולא פעם גרמו בכך לחילול שבת בקרב היהודים: "וְהַצֹּרִים יָשְׁבוּ בָהּ, מְבִיאִים דָּאג וְכָל-מֶכֶר, וּמֹכְרִים בַּשַׁבָּת לִבְנֵי יְהוּדָה וּבִירוּשָׁלָם".
מלבד הפחות הנזכרים לעיל, ידועים שמות נוספים של פחות ביהודה: בגוהי, שר-צבאו (והמושל הכללי) של ארתחששתא השני שנכנס לבית המקדש והטיל על היהודים קנס בצורת מס במשך 7 שנים, הוא ככל הנראה אותו בגוהי שאליו פנו יהודי יב במכתב בשנת 408 לפנה"ס; יחזקיהו, ששמו מופיע במטבעות מסוף התקופה הפרסית; ואלנתן, יהועזר ואחזי, המופיעים בטביעות חותם על גבי כדים ובולות. בין טביעות החותם רווחת גם הטביעה "ירושלם" ונמצא גם מטבע ועליו הכתובת "יוחנן הכוהן" (במטבעות היהודיים מהתקופה הפרסית מופיעות דיוקנאות אדם, תופעה הנעלמת כליל ממטבעות יהודיים מאוחרים יותר), שניהם מסוף התקופה הפרסית. בתקופה זו חלה התמעטות במעמד הפחה והכהן הגדול הפך לראש העדה ונציגה המוכר כלפי המלכות.
בשליטת מלכי פרס זכו היהודים בארץ ישראל לאוטונומיה דתית ופולחנית מלאה, אך "מדינת" יהודה לא שבה לגבולותיה הקודמים של ממלכת יהודה לפני גלות בבל ושטחיה הצטמצמו בצורה משמעותית: שטח פחוות יהודה עמד על כ-1,600 קמ"ר בלבד.
האוכלוסייה הלא יהודית.
פיניקים.
בגליל לא נתגלו ממצאים כתובים מהתקופה הפרסית ואי אפשר לקבוע את זהותה של האוכלוסייה המקומית לפי המקורות הספרותיים. כלי החרס וממצאים אחרים שנתגלו בגליל מחוף הים ועד דן, חצור ובית ירח, זהים ברובם לאלה שנמצאו במישור החוף ושונים מאלה שנמצאו בהרי יהודה ושומרון. ייתכן וניתן להסיק מכך שאוכלוסיית הגליל הייתה מורכבת בתקופה הפרסית ברובה מפיניקים, או לפחות תחת השפעתם התרבותית. שלושת יישובי החוף החשובים של הצפון - אכזיב, עכו ותל שקמונה, ככל הנראה הופרדו מהגליל וייתכן נמסרו לחסות מלכי צור. גם האזור מדרום לעכו ועד הכרמל היה נתון לחסות צור.
ברוב שפכי הנחלים בחוף הים התיכון של ארץ ישראל, מנחל גלים עד נחל הירקון, הוקם בתקופה הפרסית ישוב שהשתמש בשפך כבמעגן וכך גם במפרצים: מפרץ עתלית, דאר, מכמורת, רשפון ויפו.