ידועות שלוש או ארבע שיטות ניקוד שונות. עם השנים נזנחו שתי שיטות הניקוד העליון, הבבלית והארץ־ישראלית, ואת מעמד הבכורה קיבל, כמעט בכל עדות ישראל, הניקוד הטברני התחתון. בתוך הניקוד הטברני גופו התקיימו לפחות שתי מסורות משפחתיות, זו של משפחת בן נפתלי וזו של משפחת בן אשר. מסורת בן אשר, המתועדת בכתר ארם צובא, בכתב יד לנינגרד ועוד, היא למעשה המסורת המשתקפת בכל מהדורות המקרא בנות זמננו. בעבר נטען על ידי מבקרי הנוסח כי הניקוד הטברני מייצג צורות מלאכותיות, אך עם השנים הוברר כי לכל היותר מייצג ניקוד זה צורות הגייה מאוחרות אך ודאי לא מומצאות. כיום יש גם הטוענים כי הניקוד הטברני משקף מסורת הגייה שהתקיימה - לא באופן בלעדי אמנם - כבר בימי בית שני.
גם טעמי המקרא, הכוללים סימונים שונים סביב הטקסט, נועדו לציין את היחס התחבירי שבין מילות הפסוק לצד תפקידיהם המוזיקליים וההטעמתיים. טעמי המקרא מביאים לידי ביטוי פרשנות מסוימת, לעיתים עתיקת יומין, בהבנת הטקסט המקראי ורבים מפרשני ימי הביניים נזקקו לטעמי המקרא בדברי פרשנותם לכתובים.
סימנים שונים בטקסט.
מלבד סימני הניקוד והטעמים כולל נוסח המסורה סוגים שונים של סימונים בתוך הטקסט ומסביבו, מרביתם עתיקים.
נוסח שומרון ונוסחים 'קדם שומרוניים'.
מוצא השומרונים לוט בערפל. הם רואים בעצמם את המשכו הלגיטימי היחיד של עם ישראל, ואת היהודים כמי שהתפלגו מהם בתקופת עלי הכהן, במאה ה-11 לפנה"ס. הכרוניקה היהודית בספר מלכים טוענת כי מוצאם של השומרונים הוא מעמים זרים שהוגלו על יד האשורים לאחר חורבן ממלכת שומרון. לעומת שתי הדעות המסורתיות הללו, מזהים מרבית החוקרים את השומרונים כיהודים במוצאם שהתפצלו משאר היהודים במהלך התקופה הפרסית, או במהלך התקופה החשמונאית, לאחר הריסת מקדשם על ידי יוחנן הורקנוס בשנת 128 לפנה"ס.
בדומה לאופן שבו שמרה היהדות הרבנית על נוסח מיוחד משלה לתנ"ך והעבירה אותו באמצעות מנגנון מסורה, עשו זאת גם חברי השומרונים ביחס לחמשת חומשי התורה, ובמידת מה גם ביחס לספר יהושע. הנוסח השומרוני של התורה נמסר בכתב עברי-שומרוני (ולא אשורי) והוא כולל בעיקרו אותיות בלבד, ולצידו מסורת קריאה שבעל פה. במרוצת הדורות פיתחו גם השומרונים סימני ניקוד, אך רק מיעוט כתבי היד עשה בהם שימוש.
נוסחו של החומש השומרוני התגלה לעולם החוץ-שומרוני והחל להיחקר בשנת 1616, עם הבאת כתב יד שומרוני לאירופה. בתחילה נטו החוקרים לייחס קדמות מופלגת לחומש השומרוני בשל היותו כתוב בכתב עברי ולא בכתב אשורי, אך ניתוח פליאוגרפי של הכתב מעלה כי זמנו מהתקופה החשמונאית בלבד. הקולופון בספר אבישע של החומש השומרוני מעיד כי היא נכתבה בימי יהושע בן נון, אך הממצאים מעידים כי זמנה הוא סביב המאה ה-12 לכל המוקדם. כתב היד העתיק ביותר של החומש השומרוני הוא מראשית המאה ה-12, אך ייתכן ויש גם דף בודד מספר בראשית מן המאה ה-9.
השוואת החומש השומרוני לנוסח המסורה מלמדת כי ניתן לזהות בחומש השומרוני שתי שכבות המייחדות אותו. ראשית, החומש השומרוני כולל שכבה דקה אך בולטת של תוספות כיתתיות מאוחרות הנוגעות בעיקר למרכזיותם של שכם והר גריזים (ובכתיב השומרוני: הרגריזים) כנגד כל רמיזה לירושלים. תוספות אלו כוללות החלפה של כל מקום שבו נכתב "המקום אשר יבחר ה'" ב"המקום אשר בחר ה'", וכן דיבר הנוגע לקדושת הר גריזים בעשרת הדיברות, המורכב מההתייחסויות למקום במקומות אחרים בתורה. כמו כן, כוללת השכבה הכיתתית כמות ניכרת של חילופים פונטיים (כגון החלפת האותיות ע-ח) וחילופי כתיב (נטייה לכתיב מלא יותר) הנובעים ממסורת הלשון המיוחדת של העדה השומרונית.
מלבד השכבה הכיתתית, ניתן לזהות גם שכבה נוספת של חילופי גרסה אל מול נוסח המסורה. כפי שנכתב לעיל, עד למאה השנייה לספירה התקיימו בארץ ישראל גופה כמה וכמה נוסחים או מהדורות לכל אחד מספרי המקרא, נוסחים שהיו שונים אלה מאלה בצורה יותר משמעותית מהשינויים הקיימים היום בין מהדורות תנ"ך שונות. כשם שהיהדות הפרושית התבססה על אחד מהנוסחים הללו (הנוסח 'הקדם-מסורתי'), כך בחרה לה העדה השומרונית נוסח אחר עליו התבססה היא. נוסח זה היה שונה מנוסחי הקדם-מסורה עוד קודם לשינויים שערכו בו חברי העדה ועל כן הוא מוגדר כ'נוסח קדם-שומרוני', לא במובן הכיתתי של ההגדרה אלא במובן זה ששימש מאוחר יותר כנוסח שבחרו חברי הכת לקדש.
התופעה הבולטת ביותר המאפיינת את החומש השומרוני ואת הטקסטים הקדם-שומרוניים היא נטייתם לערוך הרמוניזציות בין כתובים שונים. תופעה זו כוללת ניסיון מודע לצמצם סתירות בין כתובים (למשל, התאמות בין סיפורי המדבר בספרי שמות, ויקרא ובמדבר ובין אזכור האירועים על ידי משה בנאומו שבראש ספר דברים), הוספת תיאור ביצועם של צווים, והוספת "מקורות", כגון שימת תלונה בפיהם של בני ישראל ב על פי דבריהם מאוחר יותר ב: "הֲלֹא-זֶה הַדָּבָר אֲשֶׁר דִּבַּרְנוּ אֵלֶיךָ בְמִצְרַיִם לֵאמֹר, חֲדַל מִמֶּנּוּ וְנַעַבְדָה אֶת-מִצְרָיִם, כִּי טוֹב לָנוּ עֲבֹד אֶת-מִצְרַיִם מִמֻּתֵנוּ בַּמִּדְבָּר". מלבד תיקונים תוכניים, ערכה אסכולה זו גם תיקונים לשוניים כגון תיקוני כתיב, החלפת צורות בלתי רגילות בצורות רגילות ("אנחנו" במקום "נחנו" ב) והתאמות דקדוקיות במין ובמספר ("ויהיו אנשים" במקום "ויהי אנשים" ב). שינויים אלה ואחרים נעשו בחלקם כדי לתקן את הטקסט, לשיטתם, דווקא על מנת למנוע פגיעה בקדושתו.
כפי שניתן להבין, הן נוסח שומרון והן הנוסחים הקדם-שומרוניים משקפים נוסחים משניים וכוללים קטעים נוספים וחילופי גרסה שניתן לזהות בבירור כתוספות או כשינויים מאוחרים. עם זאת, במקומות רבים, יכולים נוסחים אלה לשקף גרסאות שוות מעמד או אף עדיפות על נוסח המסורה.
מגילות מדבר יהודה.
בין שנת 1947 לשנת 1965 התגלו באזור ים המלח, ב-11 מערות בחרבת קומראן ובאתרים נוספים סמוך לחוף ים המלח, כמו בנחל מורבעאת, בנחל חבר, בנחל צאלים ועל המצדה (מתחת לרצפת בית הכנסת). קטעים מתוך קרוב לאלף מגילות מקראיות ואחרות, מרביתן כתובות בעברית ומיעוטן בארמית וביוונית. החל משנת 1955 החלו הממצאים להתפרסם באופן מסודר בסדרת DJD, ופרסומם הושלם בשנת 2006. ממצאים אלה הקדימו את מצאי העדויות הטקסטואליות של המקרא בעברית בכאלף שנה וסייעו בביסוס קדמותו של נוסח המסורה, אך גם במתן אמון רב יותר בתרגומים העתיקים כגון תרגום השבעים, בעקבות מציאת ממצאים עבריים התומכים ברבות מגרסאותיו. בנוסף, סייעו המגילות להכרת נוסח המקרא ומנהגי הסופרים בימי בית שני. הטקסטים שנמצאו בקומראן הונחו ככל הנראה על ידי אנשי הכת ששכנה במקום (ייתכן איסיים) במה ששימש אולי כספרייה. על פי ממצאים ארכאולוגיים, המקום היה מיושב למן אמצע המאה ה-2 לפנה"ס ועד שנת 68 לספירה. חלק מהמגילות נכתבו בקומראן עצמה, אך חלקן נכתבו במקומות אחרים והובאו לקומראן, בכללן מגילות שתיארוכן הוא מן המאה ה-3 לפנה"ס. מתוך כל המגילות ושרידיהן ניתן לזהות חלקים של 172 מגילות מקראיות שונות.
מרבית השרידים הם של קטעים קצרים ביותר, אך ישנם גם קטעים ארוכים יותר, והמפורסמת שבהם היא מגילת ישעיהו השלמה. בקומראן נמצאו שרידים כמעט מכל ספרי המקרא; הנפוצים שבהם הם ספרי תהלים, דברים, ישעיהו, בראשית ושמות, שמספר העותקים שלהם מהווה כ-60% מהמספר הכולל של המגילות המקראיות שנמצאו. רוב המגילות כללו ספר אחד, אך ישנן מגילות הכוללות שני ספרים מתוך התורה, ולחלופין - קטעים קצרים יותר מספר שלם, כגון מגילה שכללה את שירת האזינו או קבצים של פרקי תהלים נבחרים. כמעט כל המגילות נכתבו בכתב אשורי, אך נמצאו גם 12 מגילות בכתב העברי הקדום. שלא במקרה, 11 מהן כוללות את ספרי התורה, אך האחרונה, במפתיע, היא של ספר איוב.
לא ניתן להצביע על מאפיינים ייחודיים לכלל המגילות המקראיות שנמצאו בקומראן, הואיל וחלקן לא נכתב כלל על ידי אנשי הכת, אך ניתן להבחין בתוכן בקבוצה מוגדרת של מגילות מקראיות בעלת מאפיינים ייחודיים בהיבטי הכתיב (נטייה לכתיב מלא במיוחד), הלשון (צורות ייחודיות כגון צורת "קטלתמה" לנוכחים או כינויים פרודים מוארכים - הואה, היאה, אתמה וכדומה) ומנהגי הסופרים, באופן השווה למגילות הלא-מקראיות הכיתתיות שנמצאו באתר. מגילות אלו, המוגדרות כמגילות שנכתבו בשיטה "הקומראנית", מתאפיינות גם בגישה חופשית יחסית לעריכת תיקונים ושינויים בטקסט. את כלל המגילות המקראיות שנמצאו בקומראן מחלק עמנואל טוב לחמש קבוצות:
עדויות נוספות.
בנוסף למגילות, קיימים בידינו כמה ממצאים המעידים בעקיפין על נוסח המקרא. בין מקורות אלה ניתן למנות את לוחיות ברכת כהנים, לוחיות מכסף שהתגלו בכתף הינום בירושלים המתוארכות לשנת 600 לפני הספירה בקירוב, ובהן פסוקי ברכת כהנים בנוסח מעט שונה מזה של נוסח המסורה. ממצא נוסף הוא פפירוס נאש מראשית הספירה, שהתגלה במצרים וכולל נוסח אקלקטי של עשרת הדיברות ושל פרשיית שמע ישראל, וכן תפילין ומזוזות שנמצאו במדבר יהודה. מלבד ממצאים אלה ידועים לנו שמותיהם של ספרים ונוסחים רבים שאבדו בעת העתיקה ובימי הביניים כגון "ספר הללי", "ספר בבלי" ועוד.
ספר התורה של סוורוס ותורתו של רבי מאיר.