התקופה החל מסוף המאה ה-15 מאופיינת בהתפשטות התרבות האירופית ועמה הנצרות על פני כדור הארץ. התגליות הגאוגרפיות של הספרדים והפורטוגזים (גילוי יבשת אמריקה, הדרך הימית להודו, הפיליפינים) אפשרו לנזירים מחצי האי האיברי כר פעולה נרחב לפעולות מיסיונריות ו-300 שנה אחר־כך פעלו מיסיונרים פרוטסטנטיים בצורה דומה.
המיסיון הקתולי בתקופה שבין 1500 ל-1950.
את הניסיונות הראשונים לנצר אוכלוסייה מחוץ ליבשת אירופה עשתה פורטוגל. הנסיך אנריקה הספן (1394 – 1460) שלח מסעות מחקר לאורך חופי אפריקה ששיאם היה לאחר מותו, עם גילוי הדרך הימית להודו ב-1498 על ידי ואסקו דה גאמה. אישורים שקיבל מהאפיפיור ב-1454 ו-1456 הנחילו לאנריקה את כל האדמות באפריקה דרומית לחוג הסרטן, שליטה על הבישופים המיסיונרים שבהן וזכויות סחר עִמן, אבל הניסיונות של הפורטוגזים לנצר את האוכלוסייה האפריקאית משני צדי היבשת לא צלחו, הן משום מחסור בכוח-אדם והן משום שבמקביל לניסיון לנצר את האוכלוסייה עסקו הפורטוגזים בסחר עבדים ועוררו עוינות עמוקה כלפיהם.
גילוי יבשת אמריקה על ידי קולומבוס ב-1492, בשליחות ספרד, וגילוי האזור באמריקה הדרומית שכיום מצויה בו ברזיל בידי פדרו קברל ב-1500, בשליחות פורטוגל, איפשר לשתי האומות מסעות כיבוש שהסתיימו בשלטון על שטחים נרחבים ואוכלוסייה פגנית גדולה. בתמורה להתחייבות ספרד ופורטוגל לשגר מיסיונרים לשטחים החדשים ולהקים בהם מוסדות דת נתן האפיפיור אלכסנדר השישי אישור לספרד על הבעלות על כל השטחים מערבית לקו הרוחב 47° מערב (מזרח ברזיל) בבולה Inter caetera. מלכי ספרד ופורטוגל גם קיבלו אישור לשליטה מוחלטת במדרג הכנסייה בשטחים החדשים ("פדרואדו" patronato real, או padroado) שאפקטיבית נטרל את השפעת האפיפיור במקומות אלה. את המיסיונים שהוקמו איישו פרנציסקנים, דומיניקנים, אוגוסטינים ומ-1542 - ישועים.
פעילות המיסיון במושבות ספרד באמריקה הייתה אינטנסיבית ועם זאת נראה כי רוב ההתנצרויות של תושביה האינדיאנים של אמריקה היו תוצאה ישירה של הכיבוש הצבאי וכפיית ההתנצרות בכוח. חוק משנת 1555 (ששונה לאחר מכן), שקבע כי אינדיאנים ומסטיסו (בני תערובת אירופאים-אינדיאנים) לא יוכלו לשמש בכהונה הדתית, עיכב את תהליך התנצרותם של הילידים, משום שהפך אותם תלויים בכמורה האירופית.
המיסיונרים פעלו לדכא את תרבותם המקורית של הילידים, אבל זכו באמונם משום שהגנו על זכויותיהם בפני המתיישבים אירופיים. הללו היו אמורים להדריך את האינדיאנים בכללי האמונה ולהגן עליהם, אבל העדיפו להשתמש בהם ככוח עבודה זול ולעיתים קרובות התייחסו אליהם באכזריות. בין המיסיונרים הבולטים ביותר: חואן דה סומאראגה, הארכיבישוף הראשון של מקסיקו, שניצר את רוב ארצו, ברטולומה דה לאס קסאס (1474 –1566) המכונה "שליח האינדיאנים" ופדרו קלאוור "שליח השחורים".
חלק מפעילותם של המיסיונרים הייתה הקמת כפרים מיוחדים להגנת האינדיאנים (הרדוקסיונס). הדוגמה הבולטת ביותר לתופעה זו הייתה המדינה למחצה שהקימו הישועים בפרגוואי עבור האינדיאנים דוברי הגווראני. בכ-30 כפרים שהופעלו בידי מיסיונים על פי עקרונות שיתופיים קיבלו האינדיאנים הדרכה בנושאי אמונה, הוכשרו לפתח מסחר, וקיבלו הגנה בפני האירופים. בדיעבד נראה כי למרות הכוונות הטובות לא הפכה סביבה זו את האינדיאנים לנוצרים בעלי אמונה איתנה. מדינה למחצה זו פורקה ב-1767, כשגורשו הישועים בהוראת קרלוס השלישי מלך ספרד.
כשקיבלו מדינות דרום אמריקה את עצמאותן במאה ה-19 הייתה הכנסייה הקתולית מבוססת היטב, ואף על פי שהאינדיאנים והמסטיסו עירבו אמונות נוצריות יחד עם מנהגי עבר פגניים, רובם החשיבו עצמם כקתולים. גם במושבה אחרת של הספרדים, הפיליפינים, הצליחו המיסיונרים ורוב האוכלוסייה התנצרה.
מיסיונרים צרפתיים פעלו בצפון אמריקה, שבה היו לצרפת שטחים נרחבים, בעיקר באזורים שהם כיום מזרח קנדה, החל מאמצע המאה ה-16. בניגוד לספרדים שאפו המיסיונרים לא לשנות את אורח החיים של האינדיאנים עד כמה שאפשר, אבל מעט ההצלחות שנחלו מאמצים אלה עלו בתוהו משאיבדה צרפת את מושבותיה לאנגלים במאה ה-18.
למיסיון הקתולי באסיה היו בתחילת התקופה כמה הצלחות, בעיקר בזכות עבודת הישועים. בין הישועים בולט המיסיונר הספרדי פרנסיסקו חאווייר (1506 – 1552). בהסכמת האפיפיור הגיע חאווייר לגואה בהודו שהייתה בשלטון פורטוגל ב-1542. בהודו הוא יסד קהילות נוצריות והקים בית ספר להדרכת כמרים בגואה. ביפן הוא החל מיסיון משגשג עד כדי כך שבשנת 1600 כבר היו כ-300,000 נוצרים ביפן (אם כי ב-1618 הוצאה הנצרות מחוץ לחוק ביפן, וב-1637 הומתו אלפי נוצרים יפנים, וכל הקשרים בין יפן עם המערב נותקו). רק ניסיונותיו להיכנס לסין כשלו, והוא מת באי מול חופי סין כשהוא עדיין מקווה להיכנס לארץ זו. חאווייר נקבר בהודו, וב-1622 הוכרז כקדוש על ידי האפיפיור.
במקום בו נכשל חאווייר, הצליח המיסיונר הישועי האיטלקי מַטֶאוֹ ריצ'י (1552 – 1610). אף על פי שסין הייתה סגורה לזרים הצליח ריצ'י להיכנס אליה ב-1582, וב-1601 להגיע לבירה לאחר שקנה לו שם כמלומד הבקי בספרות הסינית. בעקבותיו באו ישועים נוספים, ובשנת 1692 הכריזו הסינים על הצו לסובלנות דתית. ריצ'י דגל בשילוב פולחן האבות הסיני והערצת קונפוציוס בתוך הכנסייה, שילוב שהקל את ההתנצרות על הסינים שרצו בכך. באופן דומה פעל המיסיונר הישועי האיטלקי רוברטו דה נוֹבּילי (1577 – 1656) בהודו. הוא חי כברהמין והאמין בשילוב מסורות מההינדואיזם בנצרות, והפולחן במרכז במלבר התנהל על פי עקרונות אלה. שיטותיהם הבלתי קונבנציונליות של ריצ'י ונובילי עוררו מחלוקות בתוך הכנסייה, במיוחד מצדם של מיסיונרים פרנציסקנים ודומיניקנים. ב-1715 פרסם האפיפיור קלמנס האחד עשר את הבולה "אקס אילה דיא" (Ex Illa Die – "החל מיום זה") שבה אסר הקתולים בסין להשתתף בטקסים בהם מופגנת הערצה לקונפציוס או לקיים את פולחן האבות. משהתברר לקיסר הסיני כי הקתולים תלויים באפיפיור, הוא החל בשורת צעדים נגדם. ב-1717 הוצא צו נגדם ובו הורה לגרש את המיסיונרים מסין. למרות זאת שב האפיפיור בנדיקטוס הארבעה עשר על הצו ובבולה שפרסם ב-1742 הוא פסל את "הטקסים הסיניים והמלבריים". עם זאת, ב-1800 נותרו עדיין כ-250,000 נוצרים בסין.
בהודו פעלו המיסיונרים בין הקהילות הקיימות של נוצרים בהודו. וב-1599 שולבו הנוצרים בדרום הודו (שהיו נסטוריאנים) בכנסייה הקתולית, אבל ב-1653 התמרדו כ-40% מהנוצרים ועברו לכנסייה הסורית-אורתודוקסית שמאמיניה מכונים "יעקוביטים".
בשל הרצון לפקח על פעולות המיסיון ולתאם בין הגורמים העוסקים בכך הקים האפיפיור גרגוריוס החמישה עשר ב-1622 משרד מיוחד ("קונגרגציה" במינוח של הקוריה הרומאית – החצר הרומית) הקונגרגציה הקדושה למען הפצת האמונה (Sacra Congregatio de Propaganda Fide) או בקיצור ה"פרופגאנדה" (מכאן גם בא מקור המילה הלועזית לתעמולה). משרד זה ניהל ספרייה לצורכי מחקר, הדפיס קטכיזם (מדריך בהִלכות הדת ובתפילות) בשפות שונות, הפעיל בית ספר להדרכת כמרים ומיסיונרים (ה-Collegium urbanum), חילק שטחי השפעה, והנחה פעילות כנסייתית מעבר לים. להקמת משרד זה הייתה גם מטרה סמויה לנסות לעקוף את ה"פדרואדו" (ראו לעיל) על ידי משלוח נציגים אפיפיורים לאזורים בשליטת ספרד ופורטוגל. משרד זה קיים עד היום כאחד מתשע הקונגרגציות (מיניסטריונים) של הותיקן, אם כי שמו שונה ב-1982 להקונגרגציה לבישור לאומות העולם.
"אגודת המיסיונים בנכר של פריז" (Société des Missions-Etrangères הוקמה 1663) שימשה כערוץ מיסיונרי תחליפי של האפיפיור לארצות הלא־נוצריות אחר דיכוי הישועים. המיסיונרים שנשלחו על ידי האגודה להודו, יפן, וייטנאם, קמבודיה, לאוס ותאילנד שאפו לייצר במהירות כמורה חילונית ילידה שאינה קשורה למסדר דתי מסוים.
בסוף המאה ה-18 חלה נסיגה בפעילות המיסיון הקתולי. פירוקו של המסדר הישועי ב-1773, היחלשותן של המעצמות הקולוניאליות ספרד ופורטוגל, יחד עם האווירה האנטי־דתית שליוותה את המהפכה הצרפתית ושלטונו של נפוליאון, שיתקו כמעט כליל את פעילות המיסיון הקתולי.
לאחר מפלתו של נפוליאון החל המיסיון הקתולי להתאושש, ה"פרופגנדה" השתקמה, המסדר הישועי הוקם מחדש והאפיפיור גרגוריוס ה-16 (כיהן 1831 – 1846) יצר עשרות דיוקסיות חדשות, ומינה הגמונים רבים שישמשו כמיסיונרים. אגודות מיסיונריות רבות קמו בארצות אירופה ואף בארצות הברית, בהן "האגודה לקידום הדת" (L'œuvre de la Propagation de la Foi) הפעילה גם כיום, שהוקמה בליון ב-1822 בתגובה לקשיים כספיים אליהם נקלעה "אגודת המיסיונים בנכר של פריז", ומטרתה גיוס כספים למאמצים מיסיונריים קתוליים בכל העולם, ו"האגודה של צפון אמריקה למען מיסיון קתולי בניכר" (Catholic Foreign Missionary Society of North America) שהוקמה בארצות הברית ב-1911. הצלחת המיסיון הקתולי הביאה להתבססות הכנסיות על כוחות מקומיים ולכן צומצמו סמכויות הפרופגנדה במידה ניכרת במהלך המאה ה-20.
המיסיון הפרוטסטנטי 1500 - 1950.
מרטין לותר התחיל ב-1517 את תנועת הרפורמציה, שהתפתחה עם השנים לזרמים השונים של הנצרות הפרוטסטנטית, אך רק כ-275 שנה אחר־כך החלו להופיע מיסיונים פרוטסטנטיים. הסיבות לעיכוב היו השקעת עיקר המאמצים במאבק בקתולים, דחיית הנימוקים התאולוגיים לקיומו של המיסיון האפיפיורי והמחסור במוסדות הנדרשים למיסיון מוצלח, בעיקר מסדרי נזירים.