עומק המחלוקת בין תומכי לותר לתומכי צווינגלי הפך לפילוג סופי כשהקיסר קרל החמישי ביקש מהם להציג את עמדותיהם החלוקות בדיאט (המועצה המחוקקת) של אוגסבורג, 1530. פיליפ מלנכתון, שהיה הטוען הראשי בשם התאולוגים של ויטנברג, הוציא מנשר שכונה הכרזת אוגסבורג. התאולוגים של ויטנברג דחו את בקשת אנשי שטרסבורג לנסח את המנשר ללא הפיסקה השנויה במחלוקת בנוגע לאויכריסטה על מנת להציג עמדה מאוחדת לפני הקיסר. בתגובה לעמדה הבדלנית והבלתי מתפשרת של מלנכתון, בוצר הוציא מנשר ובו הכרזה חדשה, המכונה טטרה פוליטאה, הכרזת ארבע הערים, שכונתה כך על שם ארבע הערים שאימצו אותה. המנשר של מלנכתון עמד בבסיסה, אך הסעיף הנוגע לאויכריסטה שונה. לטענת סמואל אילס, פילוסוף אמריקאי של הדתות בן המאה ה-19, נוסח הטטרה פוליטינה בנוגע לאויכריסטה היה: "בסקרמנט זה גופו האמיתי ודמו האמיתי ניתנים באמיתותם לאכילה ולשתייה כמזון לנשמותיהם" כשהניסוח המעורפל במילים "באמיתותם" שיכול להתפרש כאמת פיזית או כאמת מטאפורית, נועד להוות לשון מאזניים ונוסח מאחד לשתי הסיעות.
קרל החמישי, מצידו, לא השתכנע מריבוי הגרסאות, ודרש מכל הרפורמיסטים להתיישר לפי האמונה הקתולית, אחרת הוא יכפה זאת בכוח באמצעות צבאו. סכנה מרחפת זו גרמה למלנכתון להיפגש עם בוצר ולגבש עקרונות מוסכמים, אותם שלחו לשטרסבורג, שהעבירו את המסר לבזל לציריך,  ולויטנברג (בהם ישבו צווינגלי ולותר). לותר נפגש עם בוצר בקובורג, וחרף זאת שלא גילה גמישות כלפי הצעותיו של בוצר, התרכך והפציר בו למצוא נוסחה מאחדת שתאחד את הרפורמטורים כולם. בוצר נפגש לאחר מכן עם צווינגלי, שלא הסכים ולא התנגד להצעתו.
כפי שקורה לעיתים קרובות למי שנוטלים על עצמם את משימת התיווך והשכנת השלום, גם בוצר שילם מחיר על ניסיונותיו למצוא את לשון המאזניים ולשמור על יחסים טובים עם שתי הסיעות הניצות. צווינגלי, שקשרי בוצר עם לותר היו בעיניו לצנינים, הודיע לו ב-1531 שהקשר הידידותי ביניהם בא אל קיצו. בעקבות זאת, ב-1532 בוצר המליץ באקט שהפתיע רבים, בוועידת  העיר אולם, לקבל את המתווה של מלנכתון בהכרזת אוגסבורג, ולא את המתווה שלו עצמו עליו עמל רבות, הטטרה פוליטינה. צעד זה הפתיע את הערים השווייצריות. לותר, מצידו, המשיך לתקוף את בוצר ולהתפלמס עם רעיונותיו. אך אף על פי שנפל בין הכיסאות וספג תקיפות משתי הסיעות, התמיד בוצר בניסיונו לייצר מתווה אמצעי וטען שמשימתו לבקש אהבה ושלום ללא קשר ליחס שמופנה כלפיו. ב-1533 ערך מסע בערים הדרום גרמניות ובאלו השווייצריות על מנת לייצר ברית פרוטסטנטית. אך ערי שווייץ לא בטחו בו עוד ולא הצטרפו לברית.
תהליך הרפורמציה בשטרסבורג (1529–1534).
בעוד הקרע בין ערי דרום גרמניה לערי שווייץ מעמיק, כשניסיונו הכושל של בוצר ליישב את המחלוקת בין לותר לצווינגלי פוגע במעמדו ובאמון בו, בשטרסבורג הרפורמציה נוחלת הצלחה. ב-1529 שטרסבורג הייתה עיר פרוטסטנטית באופן גלוי ומוצהר וקיום טקס המיסה נאסר בשטחה. ב-1530 העיר הצטרפה לברית הערים השווייצריות ובמקביל הוסרו כל הצלמים פסלים וטקסי המזבח מהכנסיות. בוצר עצמו תחילה גילה גישה פשרנית כלפי הצלמים הפסלים ושרידי הקדושים, בטענה שעצם הימצאותם מקובלת כל עוד לא מייחסים להם קדושה וכוחות מאגיים. לבסוף שוכנע שיש להסירם מכל וכל, והורה למועצת העיר לדרוש מאזרחיה להסיר כל צלם אייקונה ושריד קדושים מביתם ומהכנסיות.
כעת דאגתו העיקרית של בוצר הייתה להדק את המשמעת ולמנוע מדרשנים עם חזיונות מיסטיים ואפוקליפטיים, ושאר גורמים שניצלו את תקופת השבר בכנסייה כדי לנסות לייסד כתות ודתות חדשות, לזרוע בלבול ואנרכיה בעיר, שהפכה למקלט לפליטים רבים שחיפשו מקום סובלני לחיות בו. עיקר דרשותיו כוונו כעת להמונים כשהוא מוקיע את האנאבפטיסטים, ואת הכתות הספירטואליות האחרות שצצו בעיר. בוצר עודד תקיפות שלהם כדי למזער את השפעתם ולפקח על הנוהים אחריהם.
פעילות לאיחוד העולם הפרוטסטנטי (1534–1538).
ב-1534 בוצר כבר היה דמות מפתח ברפורמציה הגרמנית. הוא ביקש כל העת ליזום ניסוח דוקטרינה שתהווה טיוטה מוסכמת על כל התאולוגים הנוגעים למחלוקת. בוצר ניהל מגעים חיוביים עם פיליפ מלנכתון, ואף הצליח להגיע להתקדמות ולניסוח 10 תזות שהתאולוגים בוויטנברג הסכימו לקבל. בין השנים 155–1536 לותר יזם ניסוחים שזכו לאישור זהיר מהיינריך בולינגר, ממשיכו של צווינגלי, ולהצהרת הלפטיק הראשונה שעוררה בבוצר תקוות לפתרון המחלוקת רבת השנים.
ההתכנסות עם לותר החולה התרחשה ב-1536, והייתה סוערת. לבסוף לאחר דקדוקי דקדוקים בנוגע לשאלה מה מקבלים הלא-ראויים והלא-מאמינים בטקס האויכריסטה. הגיעו הצדדים לניסוח מוסכם, הקונקורדאט של ויטנברג. שטרסבורג מיהרה לאמץ את המסמך, אך השווייצרים התנגדו לפני ניסוחו הסופי, ובוצר הציע לכנס סינוד בשווייץ שבה יכריעו בדבר, אך בהצבעה על כך ההחלטה נפלה על חודה של עיר אחת. נוסח הקונקורדאט מעולם לא הוכרע בשווייץ.
לאחר הכישלון בשווייץ הזמין בוצר את ז'אן קלווין, מי שיהיה הרפורמטור בז'נבה, להנהיג קהילת פליטים מצרפת שהתאספו בשטרסבורג. בוצר וקלווין חלקו השקפה דתית דומה, ורחשה ביניהם ידידות. המחקר חלוק בסוגיה עד כמה השפיע בוצר על הדוקטרינה של קלווין, אך רוב הרפורמות שהנהיג קלווין בז'נבה מאוחר יותר, גובשו בתקופה ששהה בשטרסבורג.
ייעוץ לפיליפ מהסן ויחסו ליהודים.
פיליפ שליט הסן המכונה גם פיליפ הנדיב ( Philipp I., genannt der Großmütige aus dem Haus Hessen) שתקנות להסדרת נושא היהודים בשטחו פקעו ב-1538, התייעץ עם בוצר בנוגע לתקנות חדשות שיסדירו את עניינם של היהודים היושבים בתחומו. מניעיו היו כלכליים ולא תאולוגיים, והוא היה מעוניין להעניק ליהודים זכויות על מנת למשוך אותם לשטחו. פיליפ ניסח טיוטה סובלנית ביחסה ליהודים, והגיש אותה לבוצר. בוצר שלל את הנוסח הסובלני של המנשר, והציע שיהודים יהיו מופקעים מכל שטחי התעסוקה, למעט מלאכות המספקות מינימום של קיום. חיבורו ,Judenratschlag מלא בעוינות ובסטראוטיפים שליליים כלפי יהודים. התקנות שפיליפ מהסן תיקן לבסוף כללו כמה תקנות נוקשות ושליליות כלפי יהודים, (למשל כלפי יהודי הנושא לא יהודייה), אך לא בתחום התעסוקתי כפי שהמליץ בוצר. בסופו של דבר התקנות היו מתונות בהרבה מהמלצותיו של בוצר, מה שמלמד על יחסי הכוחות בין השלטון החילוני לתאולוגים הדתיים באותה תקופה. בעקבות ההחמרה בתקנות כלפי היהודים, המאפשרות הפעלת כוח שרירותית כלפיהם, עזבו יהודים רבים את הסן.
פרשה אחרת מספקת עוד זווית ראייה על דמותו המורכבת של מרטין בוצר. כאשר פיליפ מהסן פנה לבוצר על מנת לקבל הכשר לנשיאת אישה שנייה על פני אשתו הראשונה (ביגמיה), בוצר נקט משנה זהירות, בהכירו את פרשת הנרי השמיני ונשותיו באנגליה שנים ספורות לפני כן. כאמור, כוחם של השליטים החילוניים בתקופה זו היה רב יותר משל התאולוגים ואנשי הכמורה, שכן כוחה האבסולוטי של הסמכות הרוחנית נפגע מאוד בעקבות משבר הרפורמציה והמחלוקות הדוקטרינריות העמוקות. בוצר הבין את התייעצותו של פיליפ כבקשה לחותמת גומי. הוא התיר לפיליפ לשאת אישה שנייה בתנאי שנישואין אלה ישמרו בסוד. בהתייעצות עם לותר ומלנכתון תמכו אלה בעצתו זו של בוצר. כאשר נפוצו שמועות על הביגמיה באישורו של בוצר, האחרון הורה לפיליפ להכחיש הן את עניין הביגמיה והן את האישור שקיבל מבוצר על כך. מקרה זה מחזק את ההנחה שבוצר היה איש פרגמטיסט יותר מאשר איש עקרונות.
שאיפה לאיחוד כלל נוצרי.
בקולקוויום בלייפציג התדיינו מלנכתון ובוצר עם גאורג ויצל, לותרני לשעבר שחזר לקתוליות, לגבי ההנהגה הדתית בסקסוניה. בעוד בוצר מגיע לעקרונות מוסכמים עם ויצל, מלנכתון ראה בכך ויתור מופלג לקתוליות, וביקורת עזה נמתחה על בוצר. אך בוצר עמד על שלו להגיע להסכמה רחבה ולבסיס אמונה כלל נוצרי משותף, ואכן ויצל ובוצר הגיעו להסכמה רחבה יחסית, וזאת מבלי שבוצר נסוג מסוגיות כמו המיסה ומעמד האפיפיור. שאיפה אויקומנית זו עוררה עליו ביקורת נוקבת בחוגי הפרוטסטנטים, שראו בכך חוסר עמידה על עקרונות הרפורמציה.
בהסכם פרנקפורט, 1539, הגיע הקיסר קרל החמישי למסמך עקרונות מוסכם עם ראשי הליגה השמלקלדית.  בוצר היה מלא תקווה לממש את חזונו ולשכנע את הקתולים לקבל על עצמם את עקרון הסולה פידה, אמונה בלבד, כעקרון בסיס משותף ומחייב לכל שאר הדיונים. תחת פסידונים פרסם קריאות לאחדות והקמת כנסייה מאוחדת. במשך זמן ממושך ועל פני התוועדויות שחלקן חשאיות, עשה בוצר כל מאמץ להביא את כל הצדדים להגיע להסכם המגשר על המחלוקות הדוקטרינריות באמצעות ההסכמה על עקרון הסולה פידה. אך המגיסטריום, כלומר לשכת האפיפיור, הבינו את משמעות עקרון הסולה פידה- הסמכות המכריעה היא בכתבי הקודש, מה שמפקיע את האוטוריטה מידיו של האפיפיור. בוצר, על מנת להגיע להסכם, היה נכון להגיע לויתורים בסוגיות שנתפסו בעיניו פחות קרדינליות, כמו הסוגיה התאוסופית של הטרנס סובסטנציה (מהות הלחם והיין) בטקס האויכריסטה (סעודת האדון). במגעים חשאיים נכתב הספר של וורמס ובו הסכמת נציגי הצדדים להגיע לויתורים. בוצר הקפיד לשמור על פרטי הספר בסוד, אך תוכן הספר של וורמס דלף לשני ראשי הסיעות המתבצרות: ללותר ולאפיפיור. הראשון זועזע מהוויתורים שבוצר הסכין להם בנוגע לסוגיית הטרנס סובסטנציה, הכה חשובה בעיניו, ואילו האפיפיור זועזע מכך שנציגיו הלכו שולל בסוגיית הסולה פידה, המפקיעה את סמכותו של האפיפיור כערכאה העליונה. הן לותר והן האפיפיור פוצצו את ההסכם, וזו הייתה תבוסה נוראה שהעיבה על מעמדו של בוצר.