במקביל להעלאת רעיון ההתנתקות, המשיך קו קשוח ולוחמני כנגד הטרור, והורה, בין היתר, על חיסולם של מנהיגי החמאס, אחמד יאסין ואחריו עבד אל-עזיז רנטיסי, וכן יזם את מבצע קשת בענן ומבצע ימי תשובה. מנגד הסכים לשחרור מחבלים שנוי במחלוקת במסגרת פרשת טננבוים.
קידום תוכנית ההתנתקות.
ביולי 2004 הורה שרון לטליה ששון, לשעבר בכירה בפרקליטות המדינה, להגיש לו חוות-דעת בנושא "המאחזים הבלתי מורשים באזורי יהודה שומרון ועזה". הדו"ח עורר תמיהות מכיוונים שונים. בפרקליטות תמהו מדוע הדו"ח הוטל על אדם פרטי ולא על הפרקליטות, ובתקשורת הובעה תמיהה על ששון, מדוע אין בדו"ח מילת ביקורת כנגד שרון, שהיה אחראי בעצמו במידה רבה למאחזים.
עם מותו של יאסר ערפאת בנובמבר 2004 עמד שרון על דעתו שתוכנית ההתנתקות תבוצע ולא שלל הידברות עם ההנהגה הפלסטינית החדשה.
בדצמבר 2004 פיטר את שרי מפלגת שינוי לאחר שהתנגדו לתקציב, וכעבור זמן קצר צירף לממשלתו את מפלגת העבודה בהנהגת שמעון פרס. העובדה שהממשלה החדשה, שמטרתה העיקרית הייתה ביצוע ההתנתקות, אושרה ברוב דחוק בהתנגדות חברי כנסת מהליכוד ורק בזכות הימנעות ח"כים מהמפלגות הערביות, העידה עד כמה השתנו עמדותיו המדיניות של שרון, לעומת הימים שבהם נחשב לאחד מגדולי תומכיה של ארץ ישראל השלמה. חוגי הימין, אשר בעבר העריצו את שרון, זעמו עליו ואף עלה החשש שמישהו ינסה להתנקש בחייו. ב-19 ביולי 2005 אף נערך נגדו טקס פולסא דנורא, בבית הקברות בראש פינה – דבר שגונה בידי חברי כנסת ורבנים.
לאחר יישומה של תוכנית ההתנתקות שאושרה בכנסת (16 בפברואר) ובממשלה (20 בפברואר) ואושררה בידי בג"ץ, פוליטיקאים מהימין כמו עוזי לנדאו ואפי איתם התבטאו נגדו בחריפות רבה, וקראו לרכז כוחות על מנת להדיח אותו מהפוליטיקה. בנימין נתניהו התפטר מהממשלה וניסה להקדים את הבחירות במפלגה, כאשר הוא מנהיג את קבוצת ה"מורדים" בליכוד, אבל נחל כישלון כאשר בוועידת מרכז הליכוד – אריאל שרון גבר עליו ברוב של 52%.
החשדות בשחיתות.
בפרשת האי היווני אשר התפרסמה במרץ 2001, הועלה חשד, כי איש העסקים דוד אפל העביר כספי שוחד לשרון, במסווה של העסקת גלעד – בנו של שרון בשכר גבוה מאוד. היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז קבע ביוני 2004, כי אין ראיות התומכות בהאשמות "אפילו במקורב".
בפרשת סיריל קרן הועלה חשד, ששרון קיבל כסף – לכיסוי הבחירות הפנימיות לראשות הליכוד – מאיש העסקים האוסטרי מרטין שלאף, וזאת במסווה של הלוואה מסיריל קרן – ידידו של שרון ממלחמת העצמאות. התיק נגד גלעד שרון בפרשה זו נסגר בשנת 2013.
פרשה נוספת שנקשרה למשפחת שרון היא קבלה של כספים נוספים שלא כדין למימון הבחירות הפנימיות. נגד עמרי – בנו של אריאל שרון – הוגש כתב אישום באשמת רישום כוזב במסמכי תאגיד (חברת "אננקס מחקרים", ששימשה כחברת קש להעברת כספים), עדות שקר והפרת חוק מימון מפלגות. האשמות אלו מתייחסות לתקופה שבה כיהן כמנהל מסע הבחירות של אביו בליכוד. ב-15 בנובמבר 2005 הודה עמרי במסגרת עסקת טיעון ונדון לשבעה חודשי מאסר. הודאה זו הסירה חשדות לעברות שביצע אריאל שרון. שרון ספג ביקורת ציבורית כמי שהקריב את בנו על מנת למלט את עצמו מהחקירות ומהחשדות המשפטיים.
הקמת מפלגת קדימה.
בשל המתיחות בין שרון לבין מפלגת הליכוד, בה היו שהתנגדו לדרכו, פרש שרון ב-21 בנובמבר 2005 מהמפלגה ובמעמד של ראש ממשלה מכהן יצר מפלגה חדשה – מפלגת קדימה. המפלגה הוקמה במידה רבה סביב שרון הפופולרי, שזכה לתמיכה רבה בציבור. בימים שלאחר ההודעה פורסמו מספר סקרים שחזו כי המפלגה החדשה בראשותו תזכה במעל ל-30 מנדטים. עד אמצע דצמבר סמוך לאירוע המוחי והתמוטטותו של שרון ניבאו הסקרים כי המפלגה החדשה תזכה בקרוב ל-40 מנדטים.
למפלגה החדשה הצטרפו במהרה חברי הכנסת ואישים פוליטיים רבים, בעיקר ממפלגות הליכוד והעבודה. מהליכוד פרשו בתחילה 13 חברי כנסת ושרים, בהם אהוד אולמרט וציפי לבני. דוד טל מסיעת עם אחד גם כן הצטרף. לאחר זמן קצר הצטרפו שאול מופז וצחי הנגבי מהליכוד, וממפלגת העבודה שמעון פרס, שהפסיד בבחירות לראשות מפלגת העבודה לעמיר פרץ, יחד עם חיים רמון ודליה איציק. במקביל, רבים מראשי הערים והמועצות בארץ הביעו תמיכה בשרון ובמפלגת קדימה.
שקיעתו בתרדמת ופטירתו.
בשעות הערב של 18 בדצמבר 2005, לקה שרון באירוע מוחי קל כאשר ההשערה הייתה שהגורם לשבץ הוא תסחיף לב. בבדיקת MRI נמצאו מיקרו־דימומים ישנים, שהיוו סיכון מסוים בשילוב עם גילו במתן תרופה נוגדת קרישה (קלקסן). בעקבות זאת היה אמור לעבור צנתור לב ונטל תרופות מדללות דם.
ב-4 בינואר 2006, ערב צנתור מתוכנן, עבר שרון אירוע מוחי שני וחמור, בשל דימום מוחי. עקב נבצרותו הועברו סמכויותיו כראש הממשלה לממלא מקומו, אהוד אולמרט. לאחר טיפול החירום שניתן לשרון, הוא שקע בתרדמת. במאי 2006 הועבר שרון למרכז הרפואי שיבא. הוא נפטר ב-11 בינואר 2014, בגיל 85. בעולם הערבי קיבלו את מותו בשמחה מופגנת לאיד, תוך הוקעת דמותו.
הלווייתו והנצחתו.
ב-12 בינואר 2014, למחרת פטירתו, הובא ארונו של שרון לירושלים והוצב ברחבת משכן הכנסת. במשך היום עברו על פני הארון אלפי אזרחים.
להלוויה הגיעו נציגים של 16 מדינות, ובראשם סגן נשיא ארצות הברית ג'ו ביידן, נציג הקוורטט, ראש ממשלת בריטניה לשעבר טוני בלייר, ראש ממשלת צ'כיה ייז'י רוסנוק ויושב ראש הדומה של רוסיה סרגיי נרישקין.
עקב קרבת אתר הקבורה לרצועת עזה והחשש מירי רקטות משם לעבר משתתפי האירוע, נערכו צה"ל ומשטרת ישראל בהיערכות מיוחדת לשם אבטחת באי ההלוויה.
במספר ערים בישראל נקראו רחובות על שמו, בהן אשקלון, גבעתיים, אור יהודה ונתיבות. על שמו גם נקראים פארק אריאל שרון ועיר הבה"דים.
במרץ 2021 שודרה סדרת דוקו בת שלושה פרקים בשם "שרון", העוסקת בחייו של שרון. הסדרה הופקה על ידי כאן 11.
האנשים שסבבו את שרון.
משפחתו.
אמו של שרון הורישה לו את כל רכושה. בצוואתה רשמה כי אין לראות בכך ביטוי של חוסר אהבה כלפי בתה הנוספת ואחותו של שרון, יהודית (דיתה; 1926–2013), שהתגוררה עם משפחתה בארצות הברית. אף על פי כן נעדרה האחות מהלווייתה של אמה וניתקה את קשריה עם אחיה בעקבות נישולה מהצוואה.
אשתו הראשונה של שרון, מרגלית לבית צימרמן, לה נישא ב-1954 הייתה אחות פסיכיאטרית, ונהרגה בתאונת דרכים ב-2 במאי 1962, בעת שנסעה במכוניתה לעבודתה בירושלים. בנם הבכור, גור, נהרג כשהיה בן 11 (ב-4 באוקטובר 1967) מפליטת כדור שירה חברו, בעת ששיחקו ברובה ישן ששרון קישט בו את ביתו. שרון שכר את שירותיו של עו"ד שמואל תמיר על-מנת שיוכיח שבנו אינו אשם בפליטת הכדור.
אשתו השנייה, לילי שרון (נולדה ב-1937), הייתה אחותה של אשתו הראשונה ונישאה לשרון ב-1963, כשנה לאחר מות אחותה. הזוג התגורר בחוות שקמים שבצפון הנגב, בין שדרות לקיבוץ רוחמה. ללילי ולאריאל שרון נולדו הבנים עמרי וגלעד. בשנות ה-80, אימצו בני הזוג שרון למשפחתם את רוני סחייק. הם ראו בו בן מאומץ והוא ראה בהם הורים, אם כי לא השלימו את הליך האימוץ באופן פורמלי. סחייק היה הראשון שבישר בקצרה לתקשורת על מותו של שרון, עוד קודם להודעה הרשמית.
לילי שרון נפטרה מסרטן הריאה ב-25 במרץ 2000, כשנה קודם לבחירתו של שרון לראש ממשלה. לפני מותה ביקשה לילי להיקבר בגבעת הכלניות, גבעה קטנה הצופה על האזור ועל חוות שקמים, ושם נקברה. בסמוך אליה, על הגבעה, נטמן שרון עם מותו ב-2014. אזור הקבר פתוח לציבור.
בחוות שקמים מוסיף להתגורר בנו של שרון, גלעד.
צוותו הקרוב בתפקיד ו"פורום החווה".
עם כניסתו לתפקיד ראש הממשלה מינה שרון את מקורבו, אורי שני שהיה מנכ"ל הליכוד, לתפקיד ראש לשכת ראש הממשלה. למזכיר הממשלה מונה גדעון סער שכיהן בתפקיד תקופה קצרה בשלהי ממשלת נתניהו הראשונה.
מנכ"ל משרד ראש הממשלה היה רפי פלד שפרש אחרי פחות מחודשיים בתפקיד, את מקומו תפס אביגדור יצחקי.
את תפקיד המזכיר הצבאי של ראש הממשלה המשיך למלא תא"ל גדי איזנקוט, שהיה מזכירו הצבאי של אהוד ברק, לאחר מספר חודשים החליף אותו בתפקיד האלוף משה קפלינסקי. קפלינסקי מונה באוגוסט 2002 לאלוף פיקוד המרכז ואת מקומו תפס האלוף יואב גלנט.
באפריל 2002 פרש במפתיע אורי שני מלשכת ראש הממשלה, שרון מינה מיידית את דב וייסגלס לתפקיד.
שרון המשיך לכהונתו השנייה כראש הממשלה עם אותו הצוות שליווה אותו בממשלה הראשונה, למעט גדעון סער שפרש לאחר שנבחר לכהן כחבר הכנסת ויו"ר הקואליציה. ישראל מימון, שנבחר לשמש כיועץ המשפטי של משרד ראש הממשלה, מונה למזכיר הממשלה במקומו.
במאי 2004 החליף אילן כהן את יצחקי כמנכ"ל משרד ראש הממשלה ובספטמבר 2005 נכנס האלוף גדי שמני לתפקיד המזכיר הצבאי.
בנוסף לבעלי התפקידים הפורמליים נהג שרון להתייעץ גם בקבוצה של יועצים חיצוניים שליוותה אותו בהחלטות פוליטיות ובמערכות הבחירות שניהל. הקבוצה, שכונתה "פורום החווה" הורכבה מיועצים, בהם ראובן אדלר, אייל ארד, ליאור חורב, אורי שני, עו"ד יורם ראב"ד, קלמן גייר, בניו של שרון עמרי וגלעד ומחלק מבעלי התפקידים בלשכת ראש הממשלה כמו ישראל מימון, אילן כהן, ארנון פרלמן ואסי שריב.
מורשת שרון.
מורשת קרבית.
שרון הנחיל לצה"ל את מורשת הקרב ליחידות חיל הרגלים והיחידות המובחרות שמקובלות עד ימינו.
מורשת הקרב שצמחה ביחידה 101 ובגדודי הצנחנים הייתה : "רוח קרב", "דבקות במשימה","אחרי! - המפקד בראש הכח","אין משאירים פצוע בשטח" ו"הסתערות מול אש".
כותב ההיסטוריון ד"ר אורי מילשטיין:
כותבים ד"ר אריה גילאי וסא"ל (מיל') דוד בן עוזיאל באתר הצנחנים: