המשטר הקרואטי הלאומני-קתולי, שבראשו מפלגת האוסטאשה, חתר ליצירת מדינה טהורה, ללא יהודים וללא סרבים אורתודוקסים. הבוסנים המוסלמים התקבלו כשווי זכויות במעמד של קרואטים בני הדת המוסלמית, אך לגבי הסרבים החליטו אנשי האוסטאשה להביא לכך ששליש ימירו דתם לקתוליות, שליש יגורש, והשליש האחרון יושמד, כמו היהודים והצוענים. בהתאם לדוקטרינה זו הובילו השלטונות הקרואטיים, יחד עם כמרים מהמסדר הפרנציסקני, למעשי דיכוי המלווים בשפיכות דמים מרובה נגד היהודים והסרבים, בנוסף להמרות דת כפויות. חלק מהאוכלוסייה המוסלמית של בוסניה קיבל את המשטר החדש ואף השתתף במעשי הדיכוי.
נגד המשטר קמו, מתוך האוכלוסייה היוגוסלבית, שתי תנועות התנגדות שנקטו במלחמת גרילה: הצ'טניקים בהנהגתו של קולונל דראגוליוב מיכאילוביץ' והפרטיזנים בהנהגתו של טיטו.
הצ'טניקים היו לאומנים סרבים, שחלקם לפחות, חתרו למדינה סרבית גדולה וכך נמנע צירופם של לא סרבים לשורותיהם. מנהיג הצ'טניקים היה קצין בדרגת קולונל בצבא יוגוסלביה ומטרתם כארגון הייתה להשיב את המצב שקדם לפלישה הגרמנית. הצ'טניקים ביצעו מעשי זוועה כנגד יריביהם מהאוסטשה ומבין הבוסנים המוסלמים. במהלך המלחמה ארצות הברית, בריטניה וצרפת ראו בהם בני ברית, אך לקראת סוף המלחמה הועברה ההכרה לפרטיזנים של טיטו. בשלבים מסוימים, במיוחד לקראת סוף המלחמה, שיתפו הצ'טניקים פעולה עם הצבא הגרמני נגד הפרטיזנים.
הפרטיזנים, בהנהגת הקומוניסט הקרואטי, טיטו, ראו מטרה לעצמם לשחרר את יוגוסלביה וליצור מדינה סוציאליסטית עם אידאולוגיה המאחדת את בני הלאומים השונים. בשורות הפרטיזנים לחמו קודם כל הקומוניסטים בני כל עמי יוגוסלביה, יהודים יוגוסלבים רבים ורבדים הולכים ומתרחבים מהאוכלוסייה שלא היו מרוצים מהשלטון. הפרטיזנים התרכזו בבוסניה, אזור הררי ומיוער שהתאים למלחמת גרילה, והצליחו להשתלט על מרחבים גדולים. בשנת 1942, בעיר ביחאץ', בצפון מזרח בוסניה והרצגובינה (באזור המוסלמי), נערכה הוועידה הראשונה של "המועצה האנטיפשיסטית לשחרור יוגוסלביה" (ארגון גג של הפרטיזנים), ועידה שבמהלכה נקבעו עקרונות המשטר העתידי ביוגוסלביה: דמוקרטיה, מתן זכויות לקבוצות האתניות השונות, כיבוד הרכוש הפרטי והזכות ליזמות כלכלית.
הבוסנים המוסלמים ששיתפו פעולה עם המדינה הקרואטית הפשיסטית, התגייסו למלחמה בקבוצות ההתנגדות ובשנת 1943 יצרו דיוויזיה במסגרת הצבא הנאצי בשם הדיוויזיה ההררית אס אס ה-13, שנלחמה נגד הפרטיזנים ומאוחר יותר נלחמה גם בחוף נורמנדי בצד הגרמני בעת פלישת בעלות הברית לצרפת. חאג' אמין אל-חוסייני, המופתי הירושלמי, היה בין התועמלנים העיקריים שקראו לבוסנים המוסלמיים להתגייס לצד הגרמנים. ההצלחה עם גיוס הדיוויזיה חאנדיאר הביאה את הגרמנים ליצירת דיוויזיה נוספת, דיוויזיה הררית מס' 23, קאמא אס אס. בדיוויזיות אלה שרתו בעיקר בוסנים מוסלמים תחת פיקוד גרמני, אך בעקבות לחץ קרואטי הוחלט שלפחות 10% מהחיילים יהיו קרואטים קתולים והדיוויזיות יקראו ה"דיוויזיה הקרואטית מס' 1" ו"הדיוויזיה הקרואטית מס' 2".
בכינוס השני של הפרטיזנים, בנובמבר 1943, בעיר יאיצה שבמרכז בוסניה, הוכרזה המועצה כרשות המבצעת העליונה של יוגוסלביה, טיטו הוכרז כראש ממשלה והוצהר על פיטורי הממשלה הגולה שישבה בלונדון. המועצה הכריזה על יוגוסלביה כרפובליקה פדרלית המורכבת מהרפובליקות סרביה, קרואטיה, מונטנגרו, בוסניה והרצגובינה, מקדוניה וסלובניה. יום ההצהרה, 29 בנובמבר, היה לחג הלאומי של יוגוסלביה בתקופה הקומוניסטית.
במהלך שנת 1943 הצליחו הפרטיזנים להשיג ניצחונות משמעותיים במאבקם בצ'טניקים בהרצגובינה וגם חמקו מהכיתור הגרמני והשתלטו על חלקים מהחוף האדריאטי. בהמשך המלחמה בוצעו פשעי מלחמה רבים, כמו הפשעים שבוצעו במחנה יאסנובאץ על ידי הקרואטים, אך גם הצ'טניקים והפרטיזנים פגעו באוכלוסיות לא לוחמות. בשנת 1945, לאחר שכל שטח יוגוסלביה שוחרר מהגרמנים, טיטו עלה באופן רשמי לשלטון והוכרזה המדינה הפדרטיבית בעלת האוריינטציה הסוציאליסטית שהונהגה על ידי המפלגה הקומוניסטית.
התקופה הקומוניסטית.
עם הקמת הפדרציה היוגוסלבית אחרי מלחמת העולם השנייה, הוכרזה הרפובליקה של בוסניה והרצגובינה כחלק ממנה וגבולותיה נקבעו לפי גבולות התקופה העות'מאנית. בשנות החמישים של המאה ה-20 בוצע שינוי גבולות, כדי ליצור מוצא לים האדריאטי בנמל נאום.
המדיניות של יוגוסלביה הקומוניסטית התבססה על כלכלה ריכוזית בסגנון סטליניסטי (גם לאחר הקרע עם סטלין בשנת 1948) וקולקטיביזציה כפויה. במקביל דיכא המשטר את שרידי הצ'טניקים והאוסטאשה שנותרו בשטח. נסיבות אלה, בארץ שכלכלתה נפגעה קשה במהלך המלחמה, הביאו לאי שביעות רצון גדולה אצל התושבים, שבאה לידי ביטוי בהתקוממויות, שכולן דוכאו. ההתקוממות הבולטת ביותר הייתה מרד קאזין בשנת 1950, כשכפריים בוסנים מוסלמים וסרבים התקיפו את המוסדות הניהוליים המקומיים והרסו את משכן הקואופרציה החקלאית.
ריבוי התקריות מסוג זה במהלך השנים 1949 - 1951, תקריות שבין משתתפיהן היו גם פרטיזנים לשעבר ואפילו מאלה שהצטרפו כבר בשנת 1941 ולכן נשאו את התואר היוקרתי "ראשוני הלוחמים", הביאו את השלטונות לשינוי מדיניות. הוחלט לעצור את הקולקטיביזציה ולהתיר בעלות פרטית על הקרקע בגבולות מסוימים. הלטיפונדיות הגדולות של האריסטוקרטיה המוסלמית חוסלו וכך גם כל שרידי המחויבויות הפאודליות של האיכרים.
בהיות בוסניה והרצגובינה בין הרפובליקות היוגוסלביות העניות ביותר, קיבלה העדפה בתהליך התיעוש שהובילה ההנהגה הקומוניסטית. מרבצי פחם מקומיים וריחוק בוסניה מגבולות יוגוסלביה (שעלולים להיות מותקפים) היו בין השיקולים למיקום תעשיית הנשק היוגוסלבית בבוסניה והרצגובינה. התיעוש הביא לגידול האוכלוסייה העירונית והתפתחות גדולה של הערים. המדיניות היוגוסלבית האנטילאומנית ואנתידתית הביאה לרגיעה ביחסי העמים והדתות שחיו בשטח הרפובליקה וריבוי נישואים מעורבים.
בשנת 1971 הוכרו תושביה המוסלמים של בוסניה והרצגובינה כ"עם מוסלמי". הם רצו הכרה כ"עם בוסני", אך זאת נמנעה מהם כדי לא להרגיז את הסרבים והקרואטים. הסרבים והקרואטים של בוסניה והרצגובינה הוכרו, לצד ה"עם המוסלמי" כ"עמים מייסדים" של הרפובליקה. חלוקת התפקידים השלטוניים בתוך הרפובליקה נעשתה תוך ניסיון לשמור על האיזון בין העמים והדתות השונים, בדומה לחלוקת השלטון בלבנון.
החל משנת 1969 החלה ליברליזציה במתן הדרכונים ובוסנים יצאו לעבוד במערב אירופה ובמרכזה, וכתוצאה מכך החלה זרימת הון מבחוץ אל בוסניה והרצגובינה. המצב הכלכלי הטוב יחסית, שהתבסס בין היתר על הלוואות פיתוח שלקחה יוגוסלביה במערב, השתנה לאחר מותו של טיטו בתחילת שנות ה-80. על רקע המשבר הכלכלי שנבע מהצורך להתמודד עם חובות החוץ הכבדים פרצו שביתות רבות בתעשייה. המתחים בין העמים ובין הדתות, שדוכאו ביד ברזל בתקופתו של טיטו, החלו לרחוש מחדש והשלטון התקשה להתמודד איתם.
אליה איזטבגוביץ', מי שעתיד להיות הנשיא הראשון של בוסניה והרצגובינה העצמאית, פרסם את ההצהרה האיסלאמית, יצירה מטאפורית המבטאת את השאיפה ליצירת מדינה מוסלמית ולתיקון פנימי של העדה המוסלמית. השלטונות העמידו אותו למשפט בשנת 1983 באשמת תעמולה עוינת ואיזטבגוביץ' נדון ל-16 שנות מאסר, אך קיבל חנינה לאחר זמן מה.
הפרישה מיוגוסלביה ומלחמת בוסניה.
בשונה מיתר המדינות הקומוניסטיות במזרח אירופה, אפשרה יוגוסלביה בשנת 1990 בחירות רב מפלגתיות ברמת הרפובליקות השונות. בבוסניה והרצגובינה המפלגות קמו לפי קווי המתאר של העמים שהרכיבו את אוכלוסיית הרפובליקה. אליה איזטבגוביץ' ואיופ גאניצ'י ייסדו את מפלגת הפעולה הדמוקרטית (SDA) שייצגה את המוסלמים, הסרבים התארגנו במסגרת המפלגה הדמוקרטית הסרבית (SDS) בהנהגתו של ראדובאן קאראג'יץ' והקרואטית יצרו פלג בוסני של הקהילה הדמוקרטית הקרואטית (HDZ). לאחר הבחירות הוקמה נשיאות עם רוטציה בראשותו של אליה איזטבגוביץ'.
בשנת 1991, לאחר הכרזת העצמאות של סלובניה ושל קרואטיה, החלו המלחמות בין מרכיביה האתניים של יוגוסלביה לשעבר, ובאותו קיץ חדל השלטון הפדרלי מלפעול. בוסניה והרצגובינה חיפשה דרך להימנע ממעורבות במלחמה והנשיא איזטבגוביץ' ניהל משא ומתן עם שלטונות בלגרד על השתלבות בוסניה והרצגובינה במדינה פדרטיבית שתיווצר לאחר פרישת יתר הרפובליקות מן השלטון המרכזי. לא היו תוצאות למשא ומתן, אך בחודש מרץ 1991, בעיר קאראגאורגבו, נפגשו סלובודן מילושביץ' מסרביה ופרניו טוג'מן מקרואטיה ודנו וסיכמו את חלוקת בוסניה והרצגובינה. זמן רב הוכחש הסכם זה, אבל קיומו אושר בעדותו של ראש הממשלה הקרואטי, אנטה מארקוביץ', בהאג.
באוקטובר 1991 הכריזה בוסניה והרצגובינה על ריבונותה. משאל עם, שנערך לאשרור, הוחרם על ידי הסרבים והשתתפו בו רק המוסלמים והקרואטים. ב-5 באפריל 1992 הכריזה בוסניה והרצגובינה על עצמאותה, למחרת כבר זכתה בהכרה ויומיים לאחר מכן, ביום 7 באפריל, הודיעו הסרבים על עצמאות מדינתם, רפובליקה סרפסקה.
הסכם דייטון.
הסכם וושינגטון סיים את המלחמה בין הקרואטים והמוסלמים של בוסניה והרצגובינה והפך אותם לבני ברית במאבקם נגד הסרבים של בוסניה והרצגובינה. מעורבות גורמי חוץ אירופים ואמריקאים הכריעו את הכף במלחמת בוסניה ואילצו את הצדדים לשבת ולנהל משא ומתן לסיום המלחמה. הדיונים נערכו בבסיס צבאי אמריקאי בשם דייטון וההסכם שהושג נושא את שמו.
עבד אל-מלכ בן מרואן
אלחכים באמר אללה
מנינגיומה
מנינגיומה (Meningeom) היא גידול בקרומי המוח או בחוט השדרה.