מספר הסברים הוצעו כגורמים לאפקט פלין, רובם גורמים סביבתיים: העלייה הממוצעת במספר שנות הלימוד בבית הספר, עלייה באיכות הלימודים, התנסות נרחבת יותר במבחנים, תזונה טובה יותר, סביבה טכנולוגית יותר ואופן חשיבה מדעי. גורמים תורשתיים, כגון און כלאיים כתוצאה מהגירה והתערבות בין אוכלוסיות שונות הוצעו אף הם, אך קשה מאוד לקבלם בהתחשב במהירות העלייה בציונים תוך שניים עד שלושה דורות בלבד.
בשנת 2018 פורסם מחקר במתגייסים גברים בנורווגיה, שבו ניתוח הנתונים נעשה בחלקו בתוך משפחות לאורך כמה דורות. ניתוח זה הדגים שגם העלייה בציונים וגם הירידה בשנים מאוחרות יותר (אפקט פלין "הפוך") נגרמו על ידי גורמים סביבתיים, ולא כתוצאה מהגירה או מאון כלאיים.
אין סתירה בין מרבית הגורמים הסביבתיים שהוצעו, ובין חלקם אף יש קשר, ולפיכך ייתכן מאוד שיש מספר גורמים לאפקט פלין. בנוסף מעורר אפקט פלין תמיהות וספקות לגבי עצם השימוש במנת המשכל למדידת אינטליגנציה.
תזונה.
תושבי המדינות המתועשות כיום גבוהים בממוצע במספר סנטימטרים מן הגובה הממוצע באוכלוסייה לפני כמאה שנה, בעיקר תודות לתזונה טובה יותר ולבריאות משופרת בתקופת הילדות. הפסיכולוג וחוקר האינטליגנציה הבריטי ריצ'רד לין הציע שתזונה משופרת מסבירה גם את אפקט פלין. נתונים שונים מראים שהתזונה הגדילה לא רק את קומתם הממוצעת של אנשים אלא גם את היקף הגולגולת שלהם, וייתכן שאף את גודל מוחם, מה שעשוי להתבטא באינטליגנציה משופרת. גם כיום ישנו באוכלוסייה מתאם מובהק סטטיסטית בין גודל המוח למנת המשכל, אף כי זהו מתאם חלש (כלומר, ישנם יוצאי דופן רבים בעלי מוח קטן ומנת משכל גבוהה, או מוח גדול ומנת משכל נמוכה).
הקושי בהסבר התזונה הוא שנמצאו מעט ראיות טובות לתמוך בו. למשל, ניתן היה לצפות שאירועים ידועים של רעב המוני במדינות רבות, אשר גרמו לתת תזונה נרחבת בדור שלם של ילדים, יובילו לירידה במנת המשכל הממוצעת באותו דור, אך ירידות כאלו לא נמצאו. לדוגמה, מנת המשכל הממוצעת אצל חיילים הולנדים, שנבחנו בעת גיוסם בגיל 18 במבחן הצורות של רייבן, עלתה ב-20 נקודות משנת 1952 ועד שנת 1982, קצב מהיר ביותר של 6.7 נקודות לעשור, ללא כל השפעה נראית לעין כתוצאה מן הרעב בהולנד בחורף 1944–1945, שהתרחש בילדות של חלקם. הפסיכולוג הגרמני-אמריקאי אולריק נייסר כתב במאמרו משנת 1997 כי "בסך הכל, העדות המקשרת תזונה לאינטליגנציה היא רופפת בשלב זה". פלין עצמו וחוקרים נוספים סבורים שבמדינות המפותחות, תזונה משופרת קרוב לוודאי הייתה גורם באפקט פלין לפני שנות ה-50, אך לא מאז. אם תזונה הייתה גורם מכריע, ניתן לצפות שהשיפור בציון הממוצע באוכלוסייה יהיה בעיקרו תוצאת שיפור בציונים הנמוכים אצל הסובלים מתת-תזונה, ולכן יתרכז בעיקר בחלקה התחתון של התפלגות הציונים. בפועל, השיפור אכן התרכז בציונים נמוכים בדנמרק, בנורווגיה ובספרד, אך לא בצרפת, בהולנד ובארצות הברית. בנורווגיה, השיפור בגובה הממוצע של האוכלוסייה התרכז דווקא בחלק העליון של התפלגות הגבהים, תוצאה שגם היא מקשה על הסבר התזונה.
השכלה.
לפי הצעה זו, העלייה במנת המשכל נגרמה כתוצאה מן העלייה לאורך המאה ה-20 במספר שנות הלימוד בבית הספר וההשתפרות ברמת ההשכלה והלימודים. במחקרים רבים נמצא שלימודים בבית ספר גורמים בממוצע לעלייה במנת המשכל, בהשוואה לילדים באותו גיל שאינם לומדים בבית ספר. לפי הצעה זו האנשים בימינו אינם בהכרח אינטליגנטים יותר מן האנשים של ראשית המאה ה-20, אך בממוצע הם משכילים יותר. מספר מחקרים שונים מצאו מתאם חיובי בין שיעור העלייה במדינות שונות לבין התוצר המקומי הגולמי לנפש באותן מדינות, ופירשו אותו כמצביע על תרומה אפשרית של עושר וחינוך טוב יותר לאפקט.
ישנם מספר קשיים בהצעה זו כהסבר לאפקט פלין: פילוח תוצאות מבחני מנת-משכל לפי מספר שנות הלימוד הראה שאפקט פלין מתקיים אפילו בין ילדים שלמדו אותו מספר שנים. אפקט פלין במבחנים המודדים יכולות הצפויות להיות מושפעות מהשכלה, כגון ידע אישי, אוצר מילים ויכולת אריתמטית, הוא דווקא בעל עלייה איטית לאורך השנים, בעוד שאפקט פלין המהיר ביותר נמדד במבחנים המודדים חשיבה מופשטת. מיזמים ללימודים מוקדמים ולהעשרה סביבתית לילדים בשכונות מגורים עניות ובמדינות נחשלות מבחינה חינוכית לא תמיד הצליחו להעלות באופן ניכר את התוצאות במבחני מנת-משכל.
התנסות במבחנים.
הצעה זו יכולה להחשב כחלק מהצעת ההשכלה, אך היא ממוקדת יותר. בעשרות השנים האחרונות מתנסים ילדים יותר ויותר במבחנים במהלך לימודיהם, גם בכיתות הנמוכות, וחלק ממבחנים אלו דומים מאוד למבחני מנת משכל ולמבחנים קוגניטיביים אחרים. לפי הצעה זו אנשים בימינו אינם בהכרח אינטליגנטים יותר, אך הם מתורגלים יותר במבחנים קוגניטיביים.
גם בהצעה זו ישנם מספר קשיים: ילדים הנבחנים פעם שנייה באותו סוג של מבחן מנת-משכל אכן משפרים את הציון שלהם בכ-6 נקודות בממוצע, ואולם בחינה שלישית ורביעית אינן מביאות בדרך-כלל להשתפרות נוספת, מה שמעלה ספק לגבי מידת השיפור שניתן להשיג באמצעות התנסות במבחנים. כמו כן, פלין העיר שההשתפרות במנת המשכל באפקט פלין סדירה ועקבית לאורך השנים, בעוד שמידת השימוש במבחנים במערכות חינוך שונות במדינות שונות ובזמנים שונים השתנתה תכופות.
חשיבה מדעית.
להצעת פלין עצמו, אפקט פלין הוא תוצאת שימוש נרחב יותר ויותר באוכלוסייה באופן חשיבה מדעי. הצעה זו מסתמכת בעיקר על כך שאפקט פלין בעל קצב ההשתפרות המהיר ביותר לאורך השנים התגלה במבחנים לחשיבה מופשטת, דוגמת מבחן הצורות של רייבן, ולעומת זאת אפקט פלין איטי יחסית במבחנים המודדים ידע כללי, אוצר מילים ויכולת אריתמטית.
פלין ציין בייחוד שלושה מאפיינים של חשיבה לוגית: הכללה, הפשטה, ושימוש במצבים היפותטיים, שלדעתו נפוצו בציבור יותר ויותר בעשרות השנים האחרונות במדינות המתועשות, בהשפעתם של המדע, ההשכלה והטכנולוגיה. לפי הצעה זו, אנשים לפני מאה שנה לא היו בהכרח פחות אינטליגנטים, אך נטו פחות לערוך היסקים לוגיים ומדעיים. בכך שואב פלין השראה ממחקריו של הפסיכולוג הסובייטי אלכסנדר לוריא בתושבים כפריים באזורים נחשלים באוזבקיסטן, אשר למרות יכולתם לענות על שאלות מורכבות למדי ולהשתתף בדיונים הדורשים ידע ואינטליגנציה, הפגינו חוסר-רצון מפתיע להסתמך על הכללות מופשטות והיסקים היפותטיים. למשל, לוריא תיעד תשובות אלו על שאלות בסיסיות בלוגיקה:
פלין מוסיף שבמאת השנים האחרונות גדל מאוד אחוז האנשים באוכלוסייה המתפרנסים ממקצועות הדורשים חשיבה מופשטת וביצועים קוגניטיביים גבוהים, כגון טכנאות ותכנות מחשבים, ואפילו מקצועות מסורתיים כגון חקלאות, שפעם עסקו בהם בעיקר פועלים מעוטי השכלה, דורשים כיום חשיבה מדעית-טכנולוגית ויכולת קוגניטיבית גבוהה יותר ויותר. פלין גם תיעד שינוי באופי מבחני מנת המשכל עצמם, וטוען שבעשרות השנים האחרונות הם מדגישים יותר ויותר יכולת הכללה והפשטה על חשבון ידע כללי.
פלין קישר בין אפקט פלין לבין ההתפשטות של עמדות דמוקרטיות, הומניסטיות וליברליות בציבור במאת השנים האחרונות, שכן לדעתו עמדות כאלו דורשות הסתמכות על חשיבה מופשטת והיפותטית. הוגה דעות נוסף התומך בהסבר זה הוא הפסיכולוג הקנדי סטיבן פינקר, אשר בספרו המלאכים הטובים של טבענו אף הציע שאפקט פלין הוא אחת הסיבות לירידה ברמת פשע אלים ומלחמה בין מדינות בעשרות השנים האחרונות. לדעת פינקר, האלימות פוחתת כתוצאה מיכולתם של אנשים לחשוב על העימותים שהם מעורבים בהם באופן רציונלי, מופשט ואובייקטיבי יותר.
און כלאיים.
בניגוד להסברים סביבתיים כמו תזונה וחינוך, הסברים תורשתיים וגנטיים לאפקט פלין נראים ברובם בלתי-סבירים ביותר, מכיוון שהציונים השתפרו משמעותית תוך שלושה דורות בלבד, זמן קצר מאוד לשינויים אבולוציונים. הסבר תורשתי אחד שהוצע הוא און כלאיים, אשר אפשרי גם תוך דורות מועטים מכיוון שהוא תוצאת הגירה נרחבת ונישואי תערובת בין אוכלוסיות אדם ממקומות ומקבוצות אתניות שונות במאות השנים האחרונות. און כלאיים עשוי להתבטא בבריאות משופרת ובביצועים משופרים בתחומים רבים, כתוצאה מן ההטרוזיגוטיות של צאצאי הכלאת אוכלוסיות שונות מבחינה גנטית. מתאם חיובי בין הטרוזיגוטיות גדולה יותר למנת משכל גבוהה יותר אכן הודגם במספר מחקרים. ואולם סימולציות שנערכו הראו שאפילו אם און כלאיים אכן שיפר את מנת המשכל, תרומתו לכלל אפקט פלין הנצפה הייתה קטנה מאוד.
השלכות למחקר האינטליגנציה.
לאפקט פלין עשויות להיות השלכות על שאלות מרכזיות ושנויות במחלוקת במחקר האינטליגנציה, ובמיוחד: