הפעם האחרונה שבה נראה שאמיל בסאייב היה בעיר טירניאוז (קברדינו-בלקריה) ב-8 ביוני 2006. נערך מבצע מיוחד להריגתו, אך רב-המחבלים הצליח להימלט. מוקדם יותר, ב-10 במרץ, נערך חיפוש אינטנסיבי אחר בסאייב בהרי צ'צ'ניה. רמזאן קדירוב אמר אז ששלושת אלפים אנשים שמכירים היטב את ההרים עוסקים בחיפושים. הוא גם לא פסל כי "בסאייב נעזר בנציגי השירותים המיוחדים של מדינות בודדות כדי להסתתר, אחרת הוא לא יכול היה, בשום פנים ואופן, להימלט מרשויות החוק למשך זמן כה רב".
לטענת שירות הביטחון הרוסי, בסאייב חוסל בליל 10 ביולי 2006 באזור הכפר. אקאז'בו (מחוז נזראן באינגושטיה) כתוצאה מפיצוץ משאית קאמא"ז עם נשק ותחמושת עליה. לפי אחת הגרסאות, המשאית נועדה לפוצץ את בניין משרד הפנים של אינגושטיה. שעות ספורות לאחר גילוי ובדיקת משטרת אינגושטיה את מקום האירוע, מנהל שירות הביטחון הפדרלי ניקולאי פטרושב הודיע רשמית שבסאייב יחד עם חמושים אחרים נהרגו בפשיטה חשאית שתוזמנה כך שתתרחש סמוך לפסגת "G8".
ב-10 ביולי 2006 דיווח ניקולאי פטרושב לנשיא ולדימיר פוטין על השמדת "המחבל מספר 1" הרוסי שאמיל בסאייב. לפי סוכנות הידיעות רוסבאלט, בנוסף לבסאייב, נהרגו עוד 12 חמושים כתוצאה של המבצע. משירות הביטחון נאמר, שיחד עם בסאייב, חוסלו איסא קושטוב, מפקד גזרת אינגושטיה של החזית הקווקזית ושלושה חמושים נוספים (טרחן גאניז'ב, מוסטפא טגירוב וסלמבק אומאדוב), כמו גם בעל האדמה, אליחן צצ'וייב.
בליל 10 ביולי 2006, התפוצצה משאית קאמא"ז באינגושטיה, שבפאתי הכפר אקאז'בו, ליד נזראן. בערב למחרת הוכרז רשמית כי שמיל בסאייב וכמה חמושים אחרים נהרגו יחד. פיצוץ משאית התחמושת אירעה בסביבות שתיים לפנות בוקר. עוצמת הפיצוץ הייתה כה עוצמתית עד שקיר התמוטט בבית הסמוך לזירת האירוע וזכוכית נשברה בבתים רבים בכפר. על פי כמה דיווחים, ההספק הכולל של המטען וחומרי הנפץ שהופצצו יכול להיות עד מאה קילוגרמים בשווה ערך ל-TNT. קשה היה לזהות את הגופות. אך היחידה המיוחדת, שבדקה את האזור, ביצעה וידוא הריגה על גופות המחבלים. ארבעה שותפים למחבלים שישבו בשתי מכוניות VAZ-2114 ורכב VAZ-2109 מתו מהפיצוץ.
דובר האגף האינגושטי של שירות הביטחון, יורי מורביוב, מסר בהודעה לתקשורת שבין המזוהים היה טרחן גאניז'ב, שהיה מעוזריו של דוקו אומרוב. "גאניז'ב היה המתאם בין קבוצות החמושים באינגושטיה", אמר. "הוא השתתף בהתקפה על הרפובליקה ביוני 2004 ובחטיפת חותנו של נשיא אינגושטיה מוראט זיאזיקוב מגומד צ'קחייב." המיליטנט השני שזוהה התגלה כמישהו בשם איסא קושטוב, החשוד בביצוע פשעי שוד, חטיפה, סחר בנשק בלתי חוקי, לקיחת בני ערובה וסחיטה ובשנת 2003 הוכנס לרשימת המבוקשים הפדרלית. "קושטוב היה גם עוזרו של מנהיג התנועה דוקו אומארוב", ציין דובר שירות הביטחון. - "הוא עסק ברכישה, אחסון והפצה של כלי נשק, תחמושת ופצצות."
לדברי יורי מוראביוב, גופותיו של באסייב לא נמצאו בין ארבע הגופות שניתן היה לזהות של החמושים ששרדו - "הכל בער במקום, אפילו מתכת. באופן טבעי, גם מהגופות לא נותר דבר." אבל לאנשי שירות הביטחון יש נתונים מהימנים שקבוצה זו כללה במדויק את "טרוריסט 1". ניתן היה לזהות סופית את גופתו של בסאייב רק כעבור חצי שנה, לאחר בדיקה גנטית מולקולרית.
הבדלנים הצ'צ'נים אישרו את מותו של שמיל בסאייב. באתר המיליטנטים הופיעה הודעה בה אמר אבו עומר, נציג הוועד הצבאי, כי "שמיל ואחינו האחרים הפכו לשהידים על פי רצון אללה." במקביל טוענים הבדלנים כי "לא היה מבצע מיוחד": בסאייב "מת כתוצאה מפיצוץ ספונטני מקרי של משאית עם חומר נפץ". הודעה זו אישרה גם את מותם של שלושה מיליטנטים נוספים.
פרטי המבצע.
כל פרטי המבצע המיוחד ומבצעיו עדיין נשמרו בסוד. המהלך הכללי של המבצע משוחזר על פי מקורות שונים על בסיס הצהרות רשמיות מעטות של נציגי השירותים המיוחדים הרוסיים ועדי ראייה.
בהצהרות הראשונות של שירות הביטחון באינגושטיה נאמר שהתפוצצות המשאית הייתה מקרית. על פי נתוני משרד הפנים של אינגושטיה, בסאייב התכוון לפוצץ את בניין משרד הפנים של אינגושטיה. כפי שנמסר לאיזווסטיה ממשטרת נזראן, כוחות מיוחדים חסמו את המשאית ושתי מכוניות בפאתי הכפר אקאז'בו, שלאחריו אירע פיצוץ. מנהל פ.ס.ב. ניקולאי פטרושב, במהלך ההודעה הרשמית על הריגת בסאייב, לא אמר דבר על פרטי המבצע וציין רק שהתנהלותו "התאפשרה בשל העובדה שנוצר בסיס הכנה מבצעית, בעיקר במדינות בהן הורכב אמצעי לחימה, שהועבר מאוחר יותר למיליטנטים ברוסיה." לאחר הריגתו של בסאייב, הופיעו כמה גרסאות לאירוע בתקשורת. מקורות הקשורים לבדלנים הצ'צ'נים נוטים לטעון שהנפץ טופל בחוסר זהירות. בשנת 2011 שודר בערוץ הראשון הסרט התיעודי "תוכנית קווקז-2: גרורות", שכלל הקלטת שמע של דוקו אומרוב, ובו הצהיר כי בסאייב פוצץ על ידי שירותים ביון גרוזיניים או רוסים. הערוצים הממלכתיים הודיעו כי בסאייב, כמו ג'וחר דודייב, זוהה על ידי אות מהטלפון הנייד שלו והושמד בנעילת טילים ממוקדת.
עם זאת, בשנת 2010 פורסמו תמונות שצולמו על ידי קציני שירות הביטחון הפדרלי במהלך מבצע מיוחד להריגת שמיל בסייב. משאית הקאמא"ז עם לוחיות רישוי אוסטיות נועדה כביכול על ידי חמושים לבצע פיגוע מחוץ לאינגושטיה, כמו תפיסת בית חולים בבודיונובסק או משבר בני הערובה בבסלאן. במטמני המשאית היו 296 רקטות, 19 משגרי רימונים, 16 רובי סער, 2 מקלעים, כ-200 מוקשים, 143 ק"ג חומר נפץ, 93,000 מחסניות תחמושת וכלי נשק אחרים. אם לשפוט על פי הצילומים, חלק מכלי הנשק של בסאייב הגיע מחוץ למדינה - ניתן להבחין בסמל חיל האוויר הסעודי על גבי חבילות הרקטות.
על פי דיווחי כתב העת Itogi, העיתונאי גריגורי סאנין טען שהצליח לראיין סוכן אנונימי שהיה אחד המשתתפים במבצע:"- הכל דווח למנהל (ראש השירות הביטחון הפדרלי של רוסיה, באותה תקופה ניקולאי פטרושב.) וכמעט כל השירותים השתתפו - שירות הביטחון הפדרלי, שירות ביון החוץ, מינהל המודיעין הצבאי ואפילו משרד הפנים בשלב מסוים. באמצעות הסוכנים "הוטען" בסאייב במידע על כך שאחים מאמינים מאיראן מוכנים לשלוח לו משלוח גדול של כלי נשק. אלה היו בעיקר מוקשים, משגרים תוצרת בית ונשק קל, כולל משגר הרימונים AGS-17. מאיראן הועברו כלי הנשק לטורקיה, שם כבר חיכו אנשיו של בסאייב לחבילה. כלי הנשק מטורקיה הגיעו לגאורגיה ורק אז לאינגושטיה. משלוח כלי הנשק נכנס לשטחה של אינגושטיה במשאית קאמא"ז עם לוחיות רישוי אוסטיות."על פי האתר "עין הפלנטה", בסאייב ועוזריו הורדמו בעזרת כדורי שינה במלונית דרכים. ידוע כי בין 26 האנשים שפוטין העניק בקרמלין עיטורים על הריגתו של בסאייב, היו שתי נשים. אולי הם עבדו כמלצריות במלונית, בזמן שהגישו אוכל או שתייה לנהג. הם יכלו לערבב כדורי שינה ובמינון זה, שעל פי השפעתו לא יעורר חשד בקרב המחבלים ויאפשר להם לחטוף את המשאית למשך מספר שעות. קרוב לוודאי שהיה גם רכב דומה, שלכל מקרה עמד כל הזמן מתחת לחלונות. עם זאת, לדברי עיתונאי Itogi, גריגורי סאנין,"... למעשה, הכל היה הרבה יותר פשוט - הנהג, שאגב, קיבל חמשת אלפים דולר עבור העברת המשאית מאוסטיה לאינגושטיה, פשוט נשלח לישון והמכונית הוסעה להאנגר גדול. זה קרה באחד מכפרי הגבול הקטנים באינגושטיה."""
במהלך שנתם של המחבלים נחטפה משאית עם לוחית רישוי B319EU, אזור 15 (צפון אוסטיה) על ידי סוכני שירות הביטחון. המטמונים, בהם הסתירו החמושים נשק, נפתחו, המטען נשלף, נרשם וצולם. העובדה שהתמונות שפורסמו לא צולמו על ידי חמושים מעידות גם על מלאי מפורט של תוכן המשאית, המציין את המספרים הסידוריים של הנשק הקל. לאחר מכן הוחזר הנשק למשאית והקאמא"ז חומשה במטען חבלה. לאחר שהחמושים התעוררו והמשיכו בדרכם, בפאתי הכפר מטען החבלה הופעל. לדברי סאנין, היה צורך במלאי מפורט של כלי הנשק לצורך דיווח לרשויות: "אנחנו, כמו כל השירותים החשאיים, משרד נייר. המשמעות היא כי היה צריך לרשום את כל כלי הנשק, להכניס לפרוטוקול, מכיוון שכספי המדינה שולמו עבורם - כ-300 אלף דולר! אם מסיבה כלשהי האקדח ייפול לידי החמושים, כל המעורבים בתכנון המבצע יעמדו למשפט."
לדברי ראש שירות הביטחון הפדרלי, המבצע להריגת בסאייב "התאפשר בשל העובדה שנוצר בסיס הכנה מבצעית, בעיקר באותן מדינות בהן הורכב כלי נשק, שנשלחו לאחר מכן למיליטנטים ברוסיה."
תגובות.
בנאום ברכה לקציני המודיעין אמר פוטין: "זהו תגמול ראוי עבור השודדים של ילדינו בבסלן, בבודניובסק, על כל פיגועי הטרור שביצעו במוסקבה, באזורים אחרים ברוסיה, כולל אינגושטיה והרפובליקה הצ'צ'נית." נשיא הפדרציה הרוסית הדגיש גם: "אנו מודעים היטב לכך שאיום הטרור עדיין גדול מאוד ואין להחליש את תשומת הלב מאזור זה, יש צורך לחזק ולהגביר את יעילות הפעילות באזור זה." הוא הורה לראש הפ.ס.ב. להכין הצעה להציע להעניק פרסים לאותם קציני מודיעין שהכינו וביצעו את המבצע. נשיא רוסיה ולדימיר פוטין העניק באופן אישי פרסים ל-26 משתתפים במבצע המיוחד להריגת בסאייב בקרמלין, כולל שתי נשים.
"בסאייב מעולם לא היה מוסלמי או מאמין... הוא היה תן, והוא מת כמו תן, וגופתו נאספה לחתיכות." - אמר רמזאן קדירוב. "אף אחד אחר לא עלה בדעתו לומר שהוא ארגן וביצע פיגוע נגד הנשיא קדירוב. ראיתי זאת כחובתי המקודשת לנקום בבסאייב על מות אבי, ושמחה רבה ממלאת אותי על הריגתו ואין בי תחושות חרטה על כך שהמפלצת הזו לא הלכה לעולם הבא בעזרתי." אמר קדירוב וציין שחלם "לחנוק אותו במו ידיו".