גפן לא התגייס לצה"ל. סוגיית אי גיוסו לצבא עוררה הדים רבים בתקשורת, בפוליטיקה ובציבור. במהלך השנים, גפן מסר מספר גרסאות שונות לגבי אי גיוסו לצה"ל. מול התקשורת הישראלית, גפן נוהג להציג גרסה לפיה לא התגייס לצבא משום שקיבל פטור רפואי בגין בעיית עקמת בגבו. אולם, מכתב ממנהל הגיוס, שנחשף בשנת 1996 בעיתון ידיעות אחרונות, מציג את הגרסה של צה"ל לפיה גפן אמנם קיבל פטור רפואי, אך פטור זה היה זמני בלבד, ולאחר שהפטור הזמני פקע, גפן נמצא כשיר לשירות ביטחון, אולם אז גפן איים (בעל פה ובכתב) שהוא יתאבד אם הצבא יגייס אותו, ורק לאחר מכן צה"ל העניק לו פטור קבע משירות ביטחון.
הוועדה הרפואית הראשונה, שמצאה את גפן בלתי כשיר לשירות באופן זמני, נערכה ב-14 באוקטובר 1990, לפני שגפן החל בקריירה המוזיקלית שלו, ואז ביקש גפן להתנדב לצבא כזמר שיקים להקה משלו, וסורב. הוועדה הרפואית השנייה, שמצאה את גפן כשיר לשירות, נערכה ב-27 בפברואר 1992, לאחר שגפן חתם על חוזה הקלטות בחברת הד ארצי ושלושה חודשים לפני צאת אלבומו הראשון, ואז גפן איים להתאבד אם יגוייס. ב-19 באפריל 1993, קיבל גפן פטור קבע משירות צבאי. עורך דינו של גפן, רון מיור, הסביר שגפן יצא לקרב מול צה"ל - וניצח.
השתלשלות אירועים.
בשנת 1985, כשגפן היה בן 12, אביו, יהונתן גפן, כתב עליו: "הוא נגד כל המלחמות. כבר בגיל 10 הוא מצהיר שלעולם לא יתגייס, ושום צבא לא יראה אותו, ואין ספק שהוא הסרבן הנמוך ביותר בעולם".
ב-28 בפברואר 1992, מוסף 7 לילות, של העיתון ידיעות אחרונות, פרסם כתבת שער על גפן בן ה-18 וחצי, לקראת צאת אלבומו הראשון. בתמונת השער, גפן הופיע בערום כשגיטרה מסתירה את אזור חלציו, קסדה צבאית על ראשו, ועל חזהו כתוב "טוב למות בעד עצמנו" (כפרפרזה לאמרת הכנף טוב למות בעד ארצנו). המראיין, יובל ניב, כתב על גפן "כמתנגד מושבע למסגרות ולפקודות, השתמט משירות צבאי. ההורים שתקו. היה גם חיוך קל". בהמשך הוסיף ניב: "האקט המרדני ביותר שלו עד כה הוא, כמובן, ההשתמטות מצה"ל, או בניסוח אלגנטי יותר: דחיית שירות למועד בלתי ידוע מסיבות רפואיות. הנימוקים הם אידאולוגיים". גפן הסביר בכתבה את מניעיו לכך שלא התגייס לצבא: "החלטתי שאם אני אלך לצבא, אני לא אראה דברים אחרים. רוב האנשים הולכים לצבא כי הם מבולבלים. הצבא שולח את המכתבים שלו לילדים צעירים. הוא אומר להם 'בואו אלינו' והם הולכים. אם הצבא היה שולח את המכתבים האלה לחבר'ה בני 22, מי היה הולך? מכל האנשים שאני מכיר, אף אחד לא אומר שהצבא עשה לו טוב. נוח להיות בצבא. לא צריך לדאוג למחיה, לשכר דירה. יש לי חבר בצבא. שאלתי אותו מה הוא עושה שם. הוא אמר: לא יודע. אני רוצה לא לדעת שלוש שנים. בצבא אין אתגר, אין ריגושים. זה כלום. מה שאתה עושה, עשו לפניך ויעשו אחריך. אני יכול לתרום לחברה במוזיקה שלי". הכתב ניב הקשה על גפן כשאמר לו שהמכתבים שגפן מתייחס אליהם הם למעשה צווי גיוס הנשלחים למועמדים לשירות ביטחון מתוקף חוק מדינה שגפן עצמו נמנה עם אזרחיה. על כך גפן השיב: "בגלל שסאדיסט אחד מוציא חוק, אני לא חייב להיות כפוף לו. די, משעמם לדבר על הצבא". דבריו של גפן עוררו סערה, ובמאי 1992 גפן התראיין שוב לכתב יובל ניב ואמר: "עשיתי טעות כשפירטתי את האידיאלים שלי באוזני הציבור. במדינה יש צבא ומישהו צריך לשרת בו. בעצם לא ממש השתמטתי מצה"ל. רציתי להתגייס אבל שוחררתי כי יש לי בעיות בגב". ניב שאל את גפן אם הוא שיקר, ועל כך גפן השיב: "לא שיקרתי, אלא טעיתי בכך שקשרתי את הבעיות הרפואיות שלי עם האידיאלים שלי שאותם לא הייתי צריך לפרט. אסור היה לי לדבר ככה. זה היה דאווין אידיוטי". עוד סיפר גפן לניב שהוא ספג תגובות זועמות מהציבור, שהגיעו כמעט לכדי אלימות. באותו החודש, התראיין גפן לעיתון מעריב לנוער ובמסגרת הריאיון טען שהוא בדחיית שירות. באותה השנה, התארח בתוכנית 'שישי אישי' בהנחיית מיקי חיימוביץ' ובה אמר: "אני הלכתי לצבא, לא קיבלו אותי בגלל פרופיל רפואי כי יש לי ניתוח שעשו לי בגב".
ביולי 1993, גפן אמר בראיון לידיעות אחרונות: "בצבא שומעים המון את אביב גפן, ולמרות שניסו להציג אותי כמשתמט משירות צבאי, הצלחתי להיות אהוב בצה"ל. הבינו ששוחררתי בגלל בריאות, והאנטי שלי הוא לא נגד חיילים, אלא נגד הממסד". באותו החודש אמר בראיון לחדשות: "לא התקבלתי לצבא מסיבות בריאות, אבל תמיד אהיה נגד הממסד הזה שנקרא צבא, למרות שהחברים הכי טובים שלי משרתים שם. ואני שר לכל אלה שאין להם את הגב הרחב של הטייסים עם משקפי שמש והביצים הגדולות. אני רוצה שהצבא יכיר בזה שלא כולם כאלה, ושיש אנשים שלא יכולים לעשות צבא". בספטמבר 1993, פורסמה ידיעה בעיתון לפיה במהלך הופעתו בגן העצמאות בירושלים, הסביר גפן לנוער מדוע לא כדאי לו להתגייס לצבא. באותו החודש, גפן הופיע במופע 'רוק-ירוק' בחסות עיריית רעננה, ובמהלך המופע הושלכו לעברו ביצים ועגבניות, וצעקו לעברו "תתגייס לצה"ל!". בנובמבר 1993, התפרסמה בידיעות אחרונות כתבה על גפן שעסקה באלימות שמופנית כלפיו מצד הקהל. לפי הכתבת, גפי אמיר, ביוני 1993, גפן הופיע במועדון 'החממה' הסמוך לרעננה ואמר שהצבא זה דבר רע ושהוא מבין את מי שלא מתגייס. הקהל בתגובה קרא לעברו קריאות בוז וזרק עליו תפוזים. עוד נכתב בכתבה שנגני להקת התעויוט, המלווים אותו, אמרו לו שזה לא בסדר שהוא מדבר הרבה בהופעותיו נגד הצבא. בראיון שהעניק בשנת 1994 בערוץ הראשון לקראת צאת אלבומו השלישי טען שרצה להתגייס לצבא אך משום שסבל מבעיות גב, צה"ל שחרר אותו מסיבות רפואיות. למרות זאת, הוא ניסה להתנדב ללהקה צבאית אך בקשתו נדחתה. באוגוסט 1994, סיפר גפן שהוא ניגש לאודישנים של צה"ל שנערכו בבית הצנחן, והציע להקים להקה משלו בצה"ל ולשיר במסגרתה, אך נאמר לו שהוא זייפן ושאין לו חוש מוזיקלי.
מול התקשורת הבינלאומית, גפן הציג גרסה שונה באשר לאי גיוסו לצה"ל. באפריל 1993, גפן התראיין לעיתון האמריקאי הניו יורק טיימס. בכתבה נכתב: "גפן, שלדבריו קיבל פטור פסיכיאטרי מהשירות הצבאי, השתמש בדעותיו האנטי-צבאיות כדי להפוך למוזיקאי הישראלי הראשון שבונה קריירה על איקונוקלאזם מוחלט". באוגוסט 1995, התפרסמה כתבה על גפן בעיתון הצרפתי ליברסיון. בכתבה נכתב שגפן סירב לשרת בצה"ל, ואף איים להתאבד אם יכריחו אותו להתגייס. בנובמבר 1995, בראיון שהעניק לסאנדיי טיימס הבריטי, אמר גפן שהוא יוצא נגד הצבא, אינו מוכן ליטול חיי אדם, אינו ציוני ואינו מתרשם מטריטוריות כל כך. ב-11 בדצמבר 1995, בתקופה בה גפן ניסה לפרוץ בקריירה בינלאומית, התפרסמה עליו כתבה במגזין ניוזוויק האמריקאי. הכתבה פתחה במשפט: "ליצחק רבין היו הרבה חברים לקרב, אבל אף אחד מהם לא ממש כמו אביב גפן. אף אחד מהם לא התחמק משירות צבאי על ידי כך שנשבע להתאבד אם יגוייס לצבא". בהמשך הכתבה הופיעה התייחסות נוספת לנושא לפיה גפן איים להתאבד אם יאלצו אותו להתגייס לצבא אולם נטען כי סבל מבעיות גב חמורות שבכל מקרה מנעו את גיוסו. ב-14 בנובמבר 1996, כתבה על גפן במגזין רולינג סטון האמריקאי ציינה כי גפן מתהדר בכך שהוא נמנע משירות צבאי. באותה השנה, גפן הציג גרסה נוספת לפיה סרב לשרת בצבא מטעמים פציפיסטיים. בשנה זו, התארח ב-MTV, ובמסגרת הראיון נשאל איך איש הצבא, יצחק רבין, הזמין את גפן לעצרת כן לשלום, לא לאלימות אף על פי שגפן לא שירת בצה"ל. על כך גפן השיב: "בישראל, חייבים לשרת בצבא, אבל אני סירבתי כי אני לא מאמין במלחמות וברובים". בדצמבר 1996, גפן התראיין לעיתון הבריטי The Mail on Sunday . בכתבה זו נכתב: "גפן סירב להתגייס לצבא. לגפן נקבע פרופיל 21 בגין אי התאמה מסיבות נפשיות". ביוני 1997, התראיין גפן לעיתון הבריטי האובזרבר, ובכתבה נכתב שגפן לועג בגאווה לצה"ל. ביולי 1997, במסגרת ראיון שהעניק גפן לעיתון הבריטי אינדפנדנט, הכתב תיאר את גפן כמי שסירב להתגייס לצבא, הוקע על ידי נשיא המדינה ונאלץ להימלט מישראל למען ביטחונו האישי. באותה השנה, פורסמה כתבה נוספת על גפן במגזין בילבורד האמריקאי, לפיה גפן סירב להתגייס לצה"ל ואין הוא מתנצל על כך. עוד נטען כי גפן שוחרר מצה"ל עקב חוסר התאמה מטעמים נפשיים. בשנת 2004, לרגל צאת אלבום הבכורה של הרכבו בלאקפילד, העניק גפן ראיון למגזין הבריטי 'סטודיו M' בו אמר: "סירבתי לשרת בצבא, וזה היה מאוד קשה מכיוון שדודי (משה דיין) היה שר הביטחון". באוקטובר 2007, התפרסמה על גפן כתבה במגזין המוזיקה הבריטי Q בה נכתב שגפן איים להתאבד אם יכריחו אותו להתגייס לצבא.
בפברואר 1996, עוזי אהרון, סגן ראש עיריית אור יהודה, ביקש מוועדת אירועי יום העצמאות של אור יהודה שלא לאשר את הופעתו של גפן ביום העצמאות בעירו משום שלא שרת בצה"ל, אולם ראש העיר, תמיר שאבי, לא קיבל את עמדתו. לבסוף, גפן לא הופיע באירועי יום העצמאות בעיר, אולם שאבי טען כי הדבר נבע משיקולים כלכליים.