לאחר אובדן האליפות בעונת השתתפה הקבוצה, תחת שרביטו של המאמן הצעיר רוני לוי שקודם מאימון קבוצת הנוער לזו הבוגרת, במוקדמות גביע אופ"א, וגם בקמפיין זה נאלצה לארח את משחקי הבית שלה מחוץ לישראל. לאחר צמד ניצחונות מול קוומברן טאון מויילס בתוצאה זהה, 3–0, שיחקה חיפה פעמיים מול פובליקום מסלובניה. חיפה הגיעה למשחק הגומלין עם יתרון 2–1 ונקלעה לפיגור 0–2 שמשמעותו הדחה מהמפעל, אולם שער של ג'ובאני רוסו ושער נוסף של עידן טל שהגיע כחיזוק באמצע העונה הקודמת קבעו שחיפה היא שתעפיל לשלב הבא ותפגוש את ולנסיה הספרדית.
במשחק הראשון שנערך ב-6 בנובמבר 2003 באצטדיון המסטאייה שמרה חיפה על שער נקי למרות לחץ כבד של ההתקפה הספרדית, וזאת הודות ליכולת יוצאת דופן שהפגין ניר דוידוביץ'. השוער, ששב בסוף העונה הקודמת מפציעה שהשביתה אותו לעונה שלמה ומנעה ממנו השתתפות בליגת האלופות, זכה לעדנה כשבחלק מעיתוני הספורט בישראל הוענק לו ציון 10 על ביצועיו במשחק ובתקשורת הספורט הספרדית זכה לכינוי "התמנון" שדבק בו עד סוף הקריירה. במשחק הגומלין הובסה מכבי חיפה בתוצאה 0–4 והודחה. בליגת העל הצטיין דוידוביץ' וזכה בתואר כדורגלן העונה כשהוביל את קבוצתו לאליפות שמינית במספר ולמוקדמות ליגת האלופות בעונת .
בקמפיין המוקדמות בעונה זו, חיפה הוגרלה לשחק כבר בשלב המוקדמות השלישי המוביל לשלב הבתים בזכות הניקוד שצברה בדירוג אופ"א בעונות הקודמות ושבה לארח את משחקיה על אדמת ישראל, אך נאלצה לנדוד לאצטדיון רמת גן מפני שאצטדיונה הביתי לא אושר לאירוח משחקים במסגרת זו. לקראת צמד המשחקים מול רוזנבורג הנורווגית שימר לוי חלקים מסגל הקבוצה שהובילו אותה לליגת האלופות שנתיים קודם לכן, הקפטן אריק בנדו, הקשר הקרואטי רוסו, הקשרים באדיר, זנדברג וטל והחלוץ יניב קטן, וחיזק את הקבוצה בצמד המגנים אורי אוזן ונג'ואן גרייב, ששב לקדנציה שנייה בקבוצה. לצורך חיזוק ההתקפה נרכשו הקשר הברזילאי גוסטבו בוקולי ממכבי אחי נצרת והחלוץ הארגנטינאי רוברטו קולאוטי מבוקה ג'וניורס. למשחק הגומלין ברמת גן הגיעה חיפה לאחר הפסד מזערי בתוצאה 1–2 ואף על פי שנותרה ב-10 שחקנים כבר מהדקה ה-25, עלתה ליתרון 2–0 במחצית הראשונה. חיפה הייתה כפסע מהעפלה שנייה לליגת האלופות, אך לאחר שתי הפסקות חשמל שהותירו את האצטדיון בעלטה איבדה את המומנטום ובתוספת הזמן ספגה שער מכדור חופשי שכפה הארכה. בחצי השעה שנותרה למשחק לא יכלה חיפה לרוזנבורג, ספגה שני שערים והודחה לגביע אופ"א לשלב המוקדמות האחרון לפני שלב הבתים. חיפה הוגרלה לשחק מול דניפרו דניפרופטרובסק מאוקראינה ולאחר 1–0 במשחק שנערך באצטדיון בלומפילד הפסידה חיפה על אדמת אוקראינה בתוצאה 0–2 והודחה מההמשך ההשתתפות במפעלים האירופיים באותה עונה. בזירה המקומית זכתה חיפה באליפות שנייה ברציפות וזכתה בהזדמנות נוספת לנסות להעפיל לליגת האלופות.
בסיבוב המוקדמות השני לעונת הוגרלה חיפה לשחק מול מאלמה השוודית, כשהמנצחת תעפיל לשלב המוקדמות השלישי, האחרון לפני שלב הבתים. במשחק החוץ הובילה חיפה בתוצאה 2–1 במחצית והפסידה לבסוף 2–3 אך שערי החוץ העניקו לה רוח גבית לקראת משחק הגומלין בבלומפילד. במשחק שנערך ב-3 באוגוסט 2005 לעיני אצטדיון מלא ב-15 אלף אוהדי חיפה, עלתה חיפה ליתרון ראשון משער של קולאוטי, אך בחלוף 10 דקות השוו השוודים את התוצאה לאחר שהשוער דוידוביץ' השמיט כדור פשוט שהוגבה לעברו. שדרן המשחק מאיר איינשטיין הופתע מהטעות ובתארו את המהלך אמר "אוי דוידוביץ'", ציטוט שהוזכר בפעמים נוספות שבהן ביצע השוער שגיאה משמעותית בהמשך קריירת המשחק שלו. חיפה שבה ועלתה ליתרון משער של חלוץ הרכש שלומי ארבייטמן שחגג את השער בהסרת חולצת המשחק מעל גופו וספג כרטיס צהוב. 10 דקות מאוחר יותר נגע ארבייטמן בכדור בידו, הורחק והותיר את חיפה ב-10 שחקנים. בדקה ה-89 כבשה מאלמה שער שוויון ששינה באחת את זהות העולה לשלב הבא. עבור חיפה הייתה זו השנה השנייה ברציפות שבה היא מודחת משלב המוקדמות בעקבות שער בדקות הסיום.
בליגת העל זכתה קבוצתו של רוני לוי באליפות שלישית ברציפות ובשלב המוקדמות השלישי לעונת הוגרלה לשחק מול ליברפול שמפגש איתה באותו שלב נמנע חמש שנים קודם לכן בשל "פרשת הפקס". הקבוצה חוותה במהלך ההכנות בקיץ חילופי דורות משמעותיים: לג'ובאני רוסו שעזב שנה קודם לכן למכבי תל אביב, הצטרפו קפטן הקבוצה הוותיק אריק בנדו שעזב לבית"ר ירושלים שנרכשה על ידי ארקדי גאידמק יחד עם הקשרים המצטיינים מיכאל זנדברג ועידן טל, אך יניב קטן שב לשורותיה לאחר חצי עונה בווסטהאם יונייטד. המשחק הראשון בין הקבוצות נערך באנפילד, ובדומה לתרחיש במשחק מול מנצ'סטר יונייטד באולד טראפורד שלוש שנים קודם לכן, שוב הייתה זו חיפה שעלתה ראשונה ליתרון מול אחת הקבוצות החזקות באנגליה לאחר שער מרגלי גוסטבו בוקולי אך קרייג בלאמי השווה כעבור ארבע דקות. חיפה שוב כשלה בדקות הסיום וספגה שער מרגליי מארק גונסאלס. את משחק הגומלין שוב נאלצה חיפה לארח מחוץ לישראל בשל מלחמת לבנון השנייה. במשחק שנערך בקייב בירת אוקראינה סיימה חיפה את המשחק בתיקו 1-1 (כיבוש של רוברטו קולאוטי לאחר בישול של שאבייר אנדרסון) ונשרה לשלב המוקדמות האחרון לפני שלב הבתים בגביע אופ"א.
הגעה לשמינית גמר גביע אופ"א.
ניצחון בסיכום שני מפגשים על ליטקס לובץ' הבולגרית הקנה לחיפה את הכרטיס לשלב הבתים של גביע אופ"א לראשונה בתולדותיה. בכך הייתה חיפה, יחד עם הפועל תל אביב שהעפילה אף היא, לקבוצה הישראלית השנייה המעפילה לשלב זה שהונהג במפעל לראשונה בעונת , אחרי מכבי פתח תקווה, והראשונה שצוברת נקודות בשלב זה. הקבוצה, ששובצה בדרג החמישי הנמוך ביותר, הוגרלה לבית א' עם אוקזר הצרפתית, גלאזגו ריינג'רס סקוטית, פרטיזן בלגרד הסרבית וליבורנו האיטלקית וקיבלה היתר לשוב ולארח את משחקיה בישראל. חיפה ניצחה את אוקזר ופרטיזן בלגרד 3–1 ו-1–0 בהתאמה והפסידה לריינג'רס 0–2. שער שוויון בדקה ה-90 נגד ליבורנו מיקם את חיפה במקום השני בבית בתום חמישה מחזורים והעניק לה כרטיס לשלב 32 האחרונות שבו הוגרלה לשחק מול צסק"א מוסקבה.
את משחקיה מול הקבוצה הרוסית סיימה חיפה בתיקו מאופס במשחק שנערך ברוסיה וניצחה 1–0 במשחק הגומלין שנערך בבלומפילד שהעניק לה כרטיס לשלב שמינית הגמר, השלב המתקדם ביותר אליו הגיעה אי פעם במפעל זה. בשלב זה הורגלה חיפה לשחק מול זוכת גביע המלך הספרדי, אספניול. למשחק הגומלין באצטדיון המונז'ואיק הגיעה חיפה לאחר תיקו 0–0 בבלומפילד. לאחר מחצית מאופסת, כבשה אספניול שלושה שערים תוך שמונה דקות ועד הסיום הוסיפה שער אחד שמשמעותו העפלה של אספניול לשלב רבע הגמר והדחה של חיפה.
העפלה שנייה לליגת האלופות.
בעונת שוב לא הצליחה חיפה לחלק את כוחותיה בחוכמה ולנהל קמפיין מוצלח הן בזירה המקומית בליגת העל והן במסגרת הבינלאומית ואיבדה את האליפות לבית"ר ירושלים המחוזקת בשחקני העבר של חיפה. ההגמוניה עברה לקבוצה מבירת ישראל שזכתה באליפות גם בעונת , ואילו חיפה, שסיימה את שתי העונות במקום החמישי, הסתפקה בצמד מפגשים מול גלוריה ביסטריצה מרומניה שבהם עלתה בהרכבים משניים, ובסופם הודחה לאחר דו-קרב בעיטות הכרעה.
תואר האליפות שב לחיפה רק בעונת תחת הדרכתו של אלישע לוי שביסס את סגל קבוצתו בעיקר על שחקנים צעירים יחסית דוגמת בירם כיאל, מוחמד גדיר, שלומי ארבייטמן, אייל גולסה וליאור רפאלוב לצד שחקנים מעט ותיקים יותר כדקל קינן והזרים ג'ון קולמה, טמבינקוסי פאנטיני ופיטר מסיללה.
לקראת ההתמודדות במוקדמות ליגת האלופות בעונת החליפה חיפה את הבלם ליאוניד קרופניק בז'ורז'ה טיישיירה הפורטוגלי ואת החלוץ פאנטיני בולדימיר דבאלישווילי הגיאורגי. חיפה, שעקב היעדרה מהמפעלים האירופיים איבדה נקודות דירוג, שובצה לשלב הראשון של המוקדמות והיה עליה לעבור שלוש קבוצות על מנת להעפיל לשלב הבתים של ליגת האלופות.
בשלב הראשון הוגרלה חיפה לשחק מול גלנטורן שאותה ניצחה 6–0 בקריית אליעזר ו-4–0 בחוץ, והעפילה לשלב הבא מול אקטובה מקזחסטן, קבוצה נטולת מסורת בזירה האירופית אך בעלת הישגים רבים בעשור זה בליגה המקומית. המשחק הראשון בין השתיים התקיים בקזחסטן והסתיים בתיקו מאופס. במשחק הגומלין שנערך שבוע לאחר מכן בקריית אליעזר עלתה אקטובה ליתרון בן שלושה שערים כבר לאחר רבע שעה מפתיחת המשחק. מאמן חיפה אמר לאחר המשחק כי לא האמין שקבוצתו תוכל להשיב בשערים משלה, לנצח במשחק ולהעפיל לשלב הבא, אך חיפה הבקיעה שני שערים עד המחצית ובמחצית השנייה חתמה את תוצאת המשחק 4–3 לאחר שני שערים נוספים מרגלי דבאלישווילי. לימים, בחר ערוץ הספורט במשחק לאחד מחמשת המשחקים הבלתי נשכחים של מכבי חיפה בקריית אליעזר. בשלב הבא פגשה חיפה את רד בול זלצבורג האוסטרית לצמד מפגשים שיקבע את זהות העולה לשלב הבתים. במשחק הראשון שנערך על הדשא הסינתטי ברד בול ארנה הוליכה חיפה במחצית הראשונה, אך במחצית השנייה ספגה שער שוויון מרגלי אלכסנדר ציקלר. דקות ספורות לפני סיום המשחק כבש שלומי ארבייטמן שער ניצחון שהגדיל משמעותית את סיכוייה של חיפה להעפיל לשלב הבתים. אצטדיון רמת גן, שבו ידעה חיפה אכזבות בשנים הקודמות, האיר לה פנים ובגומלין שנערך בו כעבור שבוע היא ניצחה 3–0 והעפילה בפעם השנייה בתולדותיה לליגת האלופות והייתה לקבוצה הישראלית הראשונה שעושה זאת.