בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, רשות התעופה הפדרלית סגרה את המרחב האווירי של ארצות הברית וטיסות רבות הופנו מארצות הברית לקנדה במבצע שכונה "סרט צהוב" , מתוכן נחתו 19 טיסות בנמל התעופה הבינלאומי טורונטו-פירסון. קלרקסון שיבחה את המבצע ואמרה כי "קהילות ברחבי המדינה פתחו את בתיהן ואת לבם לנוסעי מטוסים שהופנו לקנדה", וב -14 בספטמבר 2001 ניהלה את טקס ההנצחה בגבעת הפרלמנט לקורבנות הפיגועים, בו השתתפו למעלה מ-100 אלף איש - המשמר הגדול ביותר שנראה אי פעם בבירת קנדה. בעצת הקבינט של קנדה שלחה אז קלרקסון חיילים קנדים לסיוע במלחמת אפגניסטן (2001–2014), ובמסגרת תפקידה כמייצגת המלכה כמפקדת העליונה של צבא קנדה, ביקרה ב-2002 את הכוחות הקנדיים המשרתים בזירה באפגניסטן. המסע הזה לאפגניסטן, ושאר מסעות צבאיים שערכה מחוץ לקנדה במהלך כהונתה (ביקור חיילים קנדים בקוסובו, בילוי חג המולד עם אנשי הכוחות הקנדיים על משחתת קנדית, ושוב לאפגניסטן כדי לבלות את יום השנה החדשה עם חיילים קנדים) זכו לשבחים על היותה המושל הראשון מאז 1945 (בערך) שלקח ברצינות את חובותיו הקשורות בתוארו כמפקד העליון של הכוחות הקנדיים שזכה בהגברת הגאווה של הכוחות הקנדיים.
כללי.
קלרקסון לקחה תפקיד פרואקטיבי להגדלת מעמדו של המשרד המושל הכללי, נסיעה נרחבת מחוץ לגבולות קנדה ואירוח אירועים, כנסים ופורומים מפוארים. עם זאת, בקרב הציבור התעוררה ביקורת על הדרך בה משרד המושל הכללי משתמש בתקציבו; במהלך כהונתה, ההוצאות על אחזקת אחוזת רידו גדלו ב-200%.
תפקיד המושל הכללי היה בסיס למחלוקות פוליטיות מאז הקמתו - בעיקר בשל התקציבים הנדרשים לקיום משרה זו. בתקופת כהונתה של קלרקסון, תקציב המושל הכללי הכפיל עצמו והגיע ל-41 מיליון דולרים קנדיים בשל עלויות שיפוץ טירת רידו ומרכז המבקרים של לה סטיאדל. כמו כן ביקורה של המושלת הכללית ברוסיה, בפינלנד ובאיסלנד בשנת 2003 (ביקור שארך 19 יום) עורר ביקורת רבה בשל העלויות שהגיעו ל-5 מיליון דולרים קנדיים. ועדה פרלמנטרית שהתכנסה בשנת 2004 לדון בתקציבי המושל הכללי החליטה על קיצוץ נרחב בתקציבים.
מאותו רגע ואילך התנהלו קלרקסון ומשרדה בקפדנות. בנובמבר 2004 הוכרז כי התקציב של קלרקסון יופחת ב-10%, אף על פי שהפרלמנט הקנדי עצמו אישר את התקציב שלה מדי שנה. לאחר מכן, במרץ 2005, היא שוב התמודדה עם שאלות על הוצאות חריגות לאחר שדווח כי יעצו לה על ידי ראש הממשלה פול מרטין לערוך ביקורים רשמיים בספרד, הולנד ורוסיה כדי להשתתף בהלוויה הממלכתית של קורבנות פיגועי 11 במרץ 2004 במדריד, יום השנה ה-60 לשחרור הולנד ולהשתתף בחגיגות יום הניצחון באירופה במוסקבה בהתאמה. קלרקסון חיכתה עד פחות משבועיים לאחר תום זמנה כמושלת הכללית, בטרם ביקרה בפומבי את ז'אן קרטיין ואת הקבינט בראשותו על כך שלא הגן על משרדה.
בינואר 2005, קלרקסון הייתה נתונה שוב במחלוקת זאת לאחר שהיא לא יכלה להשתתף באזכרה של סגן מושל אלברטה, לואיס הול. אחוזת רידו פרסמה הצהרה כי המושלת הכללית הייתה באותה עת מחוץ לקנדה במטרה לייצג את המלוכה הקנדית בטקס ההשבעה של נשיא אוקראינה ויקטור יושצ'נקו. עם זאת, ההשבעה נדחתה, וקלרקסון יכלה לחזור לקנדה ולהשתתף בטקס האזכרה. כשדווח על כך מאוחר יותר על ידי העיתון  "Toronto Sun" כי היא תחכה בפריז שבצרפת, עד שהנשיא המיועד ישבע אמונים מחדש במקום לחזור להשתתף באזכרתו של הול.
כהונה נוספת.
ללא קשר למחלוקות על תפקודה כמושלת הכללית, קלרקסון התבקשה והסכימה להישאר בשירות הכתר הקנדי לשנה נוספת מעבר לתקופה המסורתית (אך לא רשמית) שאורכה כחמש שנים. אף על פי שההחלטה נתקלה ברגשות מעורבים ברחבי קנדה, ראש הממשלה פול מרטין ייעץ למלכה לשמור על קלרקסון במקומה כדי לספק יציבות, בעוד המדינה ניצבת בפני קשיים חוקתיים פוטנציאליים הנובעים מממשלת מיעוט; היו ספקולציות בסוף 2004 ששאלו האם קלרקסון תצטרך להיות מעורבת ישירות בפוליטיקה הקנדית במקרה שהממשלה בראשותו של פול מרטין תאבד את אמון בית הנבחרים של קנדה, מה שישאיר את המושלת הכללית להחליט אם לבקש ממנהיג האופוזיציה סטיבן הרפר, להקים ממשלה, או לכונן בחירות כלליות. בסופו של דבר, הנסיבות לא חייבו את מעורבותה האישית של קלרקסון.
זמן קצר לאחר מכן, ב-8 ביולי 2005, קלרקסון אושפזה בבית החולים בטורונטו כדי להשתיל קוצב לב. היא התאוששה במהירות, וחזרה לתפקידה באותו חודש. כדי לחגוג את יום השנה ה-50 למינויו של מושל הכללי של קנדה הראשון שנולד בקנדה, העבירה קלרקסון את מסדר קנדה ממקומו הטיפוסי באחוזת רידו למקומות שונים ברחבי קנדה. ב-15 בספטמבר 2005 הכריזה קלרקסון על יצירת מדליית הצפון של המושל הכללי, שתוענק מדי שנה לאזרח אשר מעשיו והישגיו תרמו לפיתוח קנדה הצפונית.
במהלך ימיה האחרונים בתפקיד, הפופולריות של קלרקסון באה לידי ביטוי בטקס פרידה גדול שנערך לה מהכוחות הקנדיים; הראשון שנשלח אי פעם למושל הכללי. באופן דומה, בבוקר ה-26 בספטמבר 2005, קלרקסון השתתפה במסיבה בפרלמנט של קנדה, שבה הודו לה חברי הפרלמנט על עבודתה והציגו לה את דגל המושל הכללי של קנדה אשר הוטס מעל מגדל השלום כאשר קלרקסון נכחה בפרלמנט. לאחר מכן, בעקבות המסורת, נטעו קלרקסון ובעלה שני עצים טקסיים (אלונים לבנים) כדי לסמן את סוף כהונתה של קלרקסון, ולמחרת הסתיים זמנה של קלרקסון כנציגת המלוכה הקנדית כאשר יורשתה, מיקאל ז'אן, נשבעה אמונים לתפקיד מושל קנדה. עם זאת, קלרקסון עוררה מחלוקת נוספת כאשר החליטה, בהסכמתה של ז'אן להשתתף בהשבעתה, וזו הייתה הפעם הראשונה מזה מאה שנים שהמושל הכללי השתתף בהשבעת יורשו.
מורשת.
קלרקסון נתפסה כמי שהביאה רוח חדשה לתפקיד המושל הכללי, וזכתה לשבחים בשנות כהונתה הראשונות כמושלת כללית מודרנית יותר שהביאה תשומת לב ציבורית מוגברת לתפקיד. מיקאל ז'אן, מחליפתה, הגדירה את קלרקסון כמי ש"החדירה למשרה אנרגיה חדשה", "קידמה אמנים ואת הישגיהם ברחבי קנדה", ו"מי שעבדה עבודה קרובה עם קהילות קדומות". קלרקסון זכתה לשבחים נוספים על מסירותה לכוחות הקנדיים. קלרקסון ובעלה נסעו גם הם בקנדה ופגשה יותר קנדים מכל מושל אחר בהיסטוריה של קנדה, ובניגוד לדמויות רבות אחרות של קנדה, קלרקסון כתבה את רוב נאומיה לבדה. עובדה זו צוינה על היותה אינטלקטואלית ונגישה בו זמנית.
כהונתה של קלרקסון זכתה אף היא לתשומת לב מיוחדת. בחדר העבודה של המושל מוצגים כל הספרים שזכו בפרס הספרות של המושל הכללי. עד שנת 2005 כללה הספרייה רק כ-25% מהספרים זוכי הפרס, אולם ביוזמת המושלת הכללית קלרקסון נאספו יתרת הספרים, וכיום הספרייה היא הספרייה היחידה המחזיקה את כל הספרים הזוכים.
עם סיכום כהונתה של קלרקסון, גילו כי נסיעותיה המוגברות לחו"ל משכו לקלרקסון תשומת לב שלילית עקב העלויות הרבות שהיו כרוכות בהן.
קלרקסון יזמה ותרמה את גביע האליפות של קנדה בהוקי קרח לנשים, המקבילה הנשית לגביע סטנלי. הגביע, שהוענק לאלופת קנדה בהוקי קרח נשים בין 2009 ל-2019, נקרא על שמה - "גביע קלרקסון". בהיעדר מסגרת מקצוענית בכירה לנשים מאז 2019, הגביע לא מוענק מאז.
לאחר כהונתה כמושלת הכללית.
לאחר שעזבה רשמית את אחוזת רידו, קלרקסון ובעלה, ג'ון רלסטון סול רכשו בית חדש בטורונטו, עליו קיבלו בעלות בסוף ספטמבר 2005. אחר כך עבדה קלרקסון לקראת ייסוד המכון לאזרחות קנדית, וחתמה על הסכם הוצאה לאור עם ספרי פינגווין כאשר היא מפרסמת את זיכרונותיה בשני ספרים. הראשון, "Heart Matters" פורסם בספטמבר 2006, מה שגרם לקלרקסון להפוך למושל הכללי של קנדה השלישי להוציא לאור אוטוביוגרפיה.
במחצית הראשונה של הספר, קלרקסון תיארה את ילדותה באוטווה ואת הקריירה שלה ב-CBC, במחצית השנייה כתבה על כהונתה כמושלת הכללית, שם כתבה את השקפותיה החיוביות על ז'אן קרטיין ודעות שליליות על פול מרטין. הספר נתקל בביקורות מעורבות, ודעתה, לפי הספר הייתה כי יש במקום שהמלכה תמנה את המושל הכללי בהמלצת ראש הממשלה, בית הנבחרים של קנדה צריך לבחור את המושל הכללי. במהלך ראיון באוקטובר 2006 ל-CBC Newsworld עם דון ניומן, דיברה קלרקסון על השקפותיה לגבי אופי תפקידו של המושל הכללי של קנדה, וציינה כי בעוד המלכה נשארת פופולרית בקרב הקנדים, המושל הכללי הוא כעת נציג ישיר של "הכתר", ולא של המלוכה, מה שעושה את המשנה למלך ראש המדינה בפועל.
ב-7 בפברואר 2007 מונתה קלרקסון על ידי אליזבת השנייה, מלכת קנדה לקולונל הראשי של רגימנט חיל הרגלים הקל של הנסיכה פטריסיה, להחליף את הרוזנת מאונטבאטן מבורמה. קלרקסון אמרה כי התפקיד "מכובד מאוד" ושהיא גאה לקבל תפקיד זה. הטקס מינויה התקיים ב-17 במרץ במטה הרגימנט שבאדמונטון.
קלרקסון חברה בכנסיית מריה מגדלנה שחברה בשיתוף האנגליקני. היא אנגליקנית אדוקה, כמו כל משפחתה. דודה הוא כומר בכנסייה האנגליקנית בהונג קונג. קלרקסון בחרה ללמוד בטריניטי קולג' שבאוניברסיטת טורונטו בגלל האסוציאציות האנגליקניות שלה, ובעוד היא מתיידדת עם סטודנט בשם מייקל פירס, שהיה מאוחר יותר ארכיבישוף ופרימט של הכנסייה האנגליקנית של קנדה. ידידות זו נשמרה במשך השנים, ופירס ניהל את נישואיה של קלרקסון לסול, כיהן בהשבעתה כמושלת הכללית, וניהל את ההלוויות של שני הוריה.