בליל יום הכיפורים לא היו נותנים לכהן הגדול לישון שמא יראה קרי וייפסל לעבודה. כדי שלא ירדם, היה הכהן הגדול מלמד תורה כל הלילה, ואם לא היה חכם דיו כדי ללמד, היו מלמדים אותו. אם הוא היה מתנמנם, פרחי כהונה צעירים היו מעירים אותו, ואומרים לו לשים את רגליו על הרצפה (בבית המקדש לא נועלים נעליים, ורצפת המקדש הייתה קרה) או שהיו מכים לפניו באצבע צרידה, ומעסיקים אותו בדרכים שונות עד שיגיע תחילת זמן העבודה.
מחצות הלילה ואילך היו תורמים את הדשן - מסלקים מעל המזבח את אפר הקורבנות שהוקרבו מאתמול. יש הסוברים שגם עבודה זו, ככל עבודות יום הכיפורים, הייתה נעשית רק על ידי הכהן הגדול, והסיבה שהיו מקדימים את זמנה של עבודה זו מזמנה הרגיל שהיה סמוך לעלות השחר היא כדי להעסיק את הכהן הגדול בלילה, וכדי שינוח בין עבודה זו לתחילת עבודות היום. לעומת זאת, יש סוברים שהעבודה יכולה להעשות בכהן הדיוט, ולדעתם היו עורכים פיס לקבוע איזה כהן יזכה בעבודה זו.
סדר העבודה.
בגדי הכהן הגדול.
העבודה הייתה נעשית על ידי הכהן הגדול בשני סוגים של בגדים: בגדי זהב, ובגדי לבן. בגדי הזהב היו שמונת הבגדים הרגילים שהכהן הגדול לובש כל השנה בבית המקדש, ואילו בגדי הלבן היו בגדים מיוחדים לעבודת יום הכיפורים הדומים מעט יותר לבגדי יתר הכהנים. את העבודות המיוחדות ליום הכיפורים הכהן הגדול היה עושה בבגדי הלבן, ואת שאר עבודות המקדש השוטפות היה עושה בבגדי הזהב. בכל החלפת בגדים היה הכהן הגדול טובל ומקדש ידיו ורגליו לכבוד כל סט בגדים לפני פשיטתם ולאחר לבישתם, סך הכל היה הכהן הגדול טובל חמש פעמים ביום הכיפורים, ומקדש את ידיו ורגליו עשר פעמים (לפני ואחרי כל טבילה כשהוא לבוש). בשונה מקידוש ידיים ורגליים של כל יום במי הכיור, ביום הכיפורים היו מביאים לכהן הגדול מים מן הכיור בספל זהב מהם היה מקדש ליד מקום הטבילה בבית הפרוה (מלבד הטבילה הראשונה מן החמש שהייתה נעשית ב בכניסה לעזרה כפי שמחויב כל הנכנס לעזרה בכל יום). את העבודה עצמה ניתן לחלק, באופן כרונולוגי, על פי סוג הבגדים שלבש הכהן הגדול בכל שלב.
עבודת התמיד בבגדי זהב.
קצת לאחר עלות השחר, היה יוצא הכהן הגדול לטבול - בצניעות במקווה שהיה על גג שער המים, וטובל בפעם הראשונה. לאחר הטבילה היה לובש את בגדי הזהב, ומקדש ידיו ורגליו. בבגדים אלו הוא היה נכנס למקדש ועושה את כל עבודות היום-יום, הקרבת תמיד של שחר, הקטרת הקטורת, הטבת נרות המנורה והקרבת מנחת החביתין. לאחריהם היה מקריב את קורבנות היום - פר העולה ושבעה כבשים של מוסף.
עבודת היום בבגדי לבן.
הווידוי הראשון.
משסיים עבודות אלה, הלך וטבל (במקווה שהיה על גג לשכת הפרווה) והחליף בגדיו לבגדי לבן. משם פנה אל פר החטאת שהיה עומד בין האולם למזבח ואמר עליו את הווידוי הראשון (עליו ועל משפחתו), שכלל אמירת השם המפורש. בסך הכל הזכיר הכהן הגדול את השם המפורש עשר פעמים במהלך יום הכיפורים. כשהיו הכהנים והעם שבעזרה שומעים את ה"שם" היו כורעים ומשתחווים ונופלים על פניהם ואומרים "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד".
ההגרלה על שני השעירים.
לאחר שהתוודה על הפר, הלך הכהן הגדול אל צדה המזרחי של העזרה, צפונית למזבח, שם המתינו לו שני שעירים. הכהן הגדול שני גורלות בקלפי (ארגז קטן מעץ), והעלה גורל אחד בכל יד. לשעיר אחד העלה גורל "לה'" ולשעיר השני העלה גורל "לעזאזל", ועל פי הכרזת אב בית הדין וסגן הכהן הגדול, הקדיש את השעיר ל"ה'". על שני השעירים קשר לשון של זהורית (חוט אדום) על השעיר לה' - בצוואר, ועל השעיר לעזאזל - בין קרניו.
הווידוי השני על הפר.
משסיים את ההגרלה, שב הכהן הגדול אל הפר והתוודה עליו את פעם נוספת (וידוי על הכהנים). לאחר הווידוי שחט את הפר וקיבל את הדם, ונתן לכהן אחר למרס (לערבב) את הדם כדי שלא יקרוש. משם הלך אל המזבח החיצוני ומילא מחתת זהב בגחלים לצורך הקטרת הקטורת בקודש הקדשים, כמו כן הוציאו לו מחתה מלאה קטורת דקה מן הדקה, והכהן חפן מלא חופניו קטורת ושם בכף.
הקטרת הקטורת בקודש הקדשים.
הכהן היה לוקח את המחתה עם הגחלים ביד ימין, ואת הכף עם הקטורת ביד שמאל, והולך בהיכל לכיוון קודש הקודשים, עד שהגיע אל הפרוכות שהבדילו בין הקודש לקודש הקודשים. הוא עבר את הפרוכת הראשונה מדרום, הלך בין שתי הפרוכות עד לצד צפון ועבר את הפרוכת השנייה.
הכהן היה מניח את המחתה על הרצפה של קודש הקדשים בין בדי הארון. בבית שני, שבו לא היה ארון, היה הכהן הגדול מניח את המחתה על אבן השתייה, במקום בו בעבר היה "בין הבדים". הכהן היה מעביר את כל הקטורת שבכף לתוך ידיו ושם אותה על המחתה, מחכה עד שקודש הקודשים יתמלא עשן ויוצא. לאחר שיצא הכהן הגדול מקודש הקודשים, התפלל תפילה קצרה. וכך הייתה תפילתו של כהן גדול: .
אחר כך יצא הכהן הגדול מההיכל, קיבל את דם הפר ששחט קודם מהכהן ששמר עליו שלא יקרש, וחזר פנימה אל קודש הקודשים להזות את דמו כנגד הארון, פעם אחת למעלה ושבע למטה.
לאחר הזאת דם הפר, הניחו הכהן הגדול על כן בהיכל, שחט את השעיר שעלה עליו גורל של "שם" ונכנס להזות את דמו בקודש הקודשים, באותה צורה - הזאה אחת למעלה ו-7 למטה, כנגד הארון.
לאחר שיצא הכהן הגדול מקודש הקודשים, לקח שוב את דם הפר והזה אותו כנגד הפרוכת המבדילה בין קודש הקודשים להיכל, הזאה אחת למעלה ו-7 למטה, כנגד הפרוכת. לאחר ההזאה מדם הפר, הזה הכהן הגדול בצורה דומה את דם השעיר כנגד הפרוכת. לאחר ההזאות על הפרוכת עירב הכהן את שני הדמים, והזה מהם 4 הזאות על 4 קרנות מזבח הזהב, ועוד 7 הזאות על הצד העליון של מזבח הזהב. שאריות הדם נשפכו לנקב מיוחד בפינה הדרום מערבית של המזבח החיצון.
השלכת השעיר לעזאזל.
לאחר גמר ההזאות בקודש הקודשים ובהיכל, הלך הכהן הגדול אל השעיר המשתלח, שהיה מוכן כנגד שער המזרח, שדרכו יצא אל המדבר, והתוודה עליו וידוי שלישי ואחרון, על חטאי עם ישראל. לאחר הווידוי מסר הכהן הגדול את השעיר ליד האיש שליווה את השעיר למדבר. השליח היה מהלך על גבי גשר מיוחד עד ליציאתו מהעיר, כדי למנוע מ"בבליים" שהיו "מתלשין בשערו, ואומרין לו 'טול וצא, טול וצא'". לפי המסורת נהגו הכהנים לשלחו תמיד ביד כהן, אף שגם ישראל כשר לשילוח השעיר לעזאזל, וכן יש מסורת שמלווה השעיר לעזאזל היה מת בתוך אותה שנה. השעיר לעזאזל ומלווהו יצאו למסע של כ-12 קילומטר למדבר יהודה, עד לצוק שהשעיר הושלך ממנו לעזאזל. מכיוון שהדרך הייתה ארוכה וקשה היו לכל אורך הדרך כ-10 סוכות, שבהן היו מציעים למוליך השעיר לאכול או לשתות, ומלווים אותו מסוכה לסוכה וזאת כדי להרגיעו שבכל רגע יוכל לאכול ולשתות. לפי המסורת, מעולם לא נצרך מלווה השעיר לאכול, וההצעה לשבור את הצום הייתה תאורטית בלבד. משהגיעו לצוק, זרק המלווה את השעיר מאחוריו אל הצוק התלול, והוא התרסק ונעשה איברים איברים לפני שהגיע לחצי ההר.
קריאה בתורה ושריפת הפר והשעיר.
לאחר שילוח השעיר לעזאזל למדבר, לא היה הכהן הגדול רשאי להמשיך בשום עבודה עד שיגיע השעיר למדבר. כדי להודיע שהגיע השעיר למדבר וניתן להמשיך בעבודות היום, היו מגדלים קטנים בכל סוכה, בהם היו מנופפים בסודרים אלו לאלו, לסימן שהגיע השעיר למדבר.
הכהן הגדול היה קורא בתורה בבימה מוגבהת בעזרת הנשים את פרשיות התורה העוסקות ביום הכיפורים. את פרשת עבודת יום הכיפורים שבפרשת אחרי מות, ואת מצוות היום שבפרשת אמור, היה קורא מתוך ספר תורה. ואת מוספי היום שבפרשת פינחס היה קורא בעל פה כדי שלא להטריח את הציבור בגלילה של הספר. מאחר שקריאת התורה אינה ממש עבודה, היה רשאי הכהן לקרוא גם בבגד לבן משלו.
בו בזמן שהיה הכהן הגדול קורא בתורה, היו נשרפים מחוץ לירושלים הפר והשעיר ל"שם", שדמם הוזה בקודש הקודשים ובהיכל, ככל חטאת פנימית.
הקרבת קורבנות בבגדי זהב.
לאחר הקריאה הכהן הגדול טובל, מחליף לבגדי זהב, מקדש את ידיו ורגליו ומקריב את האיל שלו ואת איל העם ואת אמורי הפר והשעיר הנשרפים.
הוצאת כלי הקטורת בבגדי לבן.
לאחר הקרבת המוספים, הכהן הגדול היה מחליף את בגדי הזהב ששימשו אותו להקרבת קרבנות המוספים לבגדי לבן, בטקס שכלל קידוש ידיים ורגליים מכלי של זהב בעת הפשיטה, טבילה במקווה, ושוב קידוש ידיים ורגליים בעת לבישת בגדי הלבן. בבגדים אלו היה נכנס שוב לקודש הקודשים, כדי להוציא את כף הקטורת ומחתת הגחלים שהכניס שם בשעת הבוקר.
סיום העבודות בבגדי זהב.
לאחר הוצאת המחתה מקודש הקדשים, הכהן הגדול היה מחליף שוב את בגדיו לבגדי זהב, בטקס הכולל קידוש ידיים ורגליים בעת הפשיטה של הבגדים הלבנים, טבילה, ושוב קידוש ידיים ורגליים בעת לבישת בגדי הזהב. כדי לסיים את העבודות השייכות לשעת בין הערביים בבית המקדש, שכללו קורבן תמיד, הקטרת קטורת של בין הערביים והדלקת הנרות. לאחר מכן היה שוב מקדש ידיו ורגליו בעת פשיטת בגדי הזהב ולובש בגדי חול. משם היו מלווים אותו לביתו ושם היה עושה סעודה לאוהביו על שזכה לסיים את עבודות יום הכיפורים בשלום.
עדויות חיצוניות.
לעדות של חז"ל במקורות היהודיים, מתווספת עדות אפשרית של הקונסול הרומי מרקוס (ככל הנראה מרקוס אמביבולוס), ששהה בירושלים בסוף תקופת קיומו של בית שני ונכח בטקסי יום-הכיפורים. העדות מובאת לראשונה בספר "שבט יהודה" מאת שלמה אבן וירגה (1460 - 1554), כהעתק ממכתב שנשלח מירושלים לרומא:
לאחר חורבן הבית.
לאחר חורבן בית המקדש וביטול סדר העבודה, נהגו, החל מימי התלמוד, להזכיר בתפילות יום הכיפורים את סדר העבודה שנהג במקדש, כתחליף לעשייתו בפועל.
אקסיומות מנייה
לאסי שובי הביתה
מוחמד אבוטרייקה
סמל אנגולה