כשלושה רבעים מהייצור בארצות הברית מגיע מאיידהו, בייחוד אזור הנהר סנייק, בעיקר בשל איכות המים והטמפרטורה שלהם באזור זה. גם וושינגטון וקליפורניה מייצרות כמויות משמעותיות של טרוטה מחוות דגים. במזרח ארצות הברית פועלות חוות דגים בפנסילבניה, קרוליינה הצפונית ווירג'יניה המערבית. גידול טרוטת עין-הקשת היא אחת מענפי החקלאות הימית של דגים הגדולים ביותר בארצות הברית. מגדלים את הטרוטה במתקנים שבהם יש זרימת מים קבועה כשמקפידים על זיהום נמוך ומניעה של בריחת הדגים. יבוא של טרוטה מהווה רק כ-15% מכמות הטרוטה הנצרכת שמקורה בחוות, וכמעט כל הגידול המקומי מיועד לצריכה מקומית, מעט מאוד מיוצא. ארצות הברית מייצרת כ-7% מכלל דגי טרוטת עין-הקשת הגדלים בחקלאות ימית בעולם. טרוטת עין-הקשת, בייחוד דגים הגדלים בחוות ובמדגרות חשופים להידבקות בחיידק "Yersinia ruckeri" הגורם למחלה הקרויה באנגלית "Enteric Eedmouth Disease" (מילולית: "מחלת מעיים פה-אדום"). מחקרים רבים נערכו לחקר מחלה זו בהתחשב בהשלכות הכבדות לגידול טרוטת עין-הקשת בחוות. המחלה אינה פוגעת בבני אדם.
שימור.
אוכלוסיות של תת-מינים רבים של טרוטת עין-הקשת, כולל הצורות החיות בים (סטילהד) של "O. m. irideus" (טרוטת עין-הקשת חופית) ו-"O. m. gairdneri" (טרוטת הפס האדום של הנהר קולומביה) פחתו בתחום התפוצה הטבעי שלהם בשל דיג-יתר, אובדן בית הגידול, מחלות, מינים פולשים, זיהום והכלאה עם תת-מינים אחרים. גם כמה מהאוכלוסיות המיובאות, שהיו פעם בריאות, הידלדלו מאותן סיבות. עקב כך, כמה מהאוכלוסיות של טרוטת עין-הקשת, בייחוד המינים החיים בים בתחום התפוצה שלהם, סווגו על ידי גופים של הממשל הפדרלי או של המדינות כמינים הדורשים השגחה מיוחדת או כמצויים בסיכון או מאוימים. טרוטת עין-הקשת, ותת-המינים שלה מאושרים על ידי הסוכנות להגנת הסביבה של ארצות הברית כמינים מציינים (Indicator species) לבדיקת רעילות חמורה של מים מתוקים.
ארגונים ללא כוונת רווח הוקמו במטרה להגן, לשמר ולהחזיר לטבע את האוכלוסיות הטבעיות של טרוטת עין-הקשת והסטילהד. תוך שיתוף פעולה עם אוניברסיטאות שונות, סוכנויות פדרליות או מדינתיות, סוכנויות שבטיות וחברות פרטיות, מממנים ארגונים אלו בדרך כלל פרויקטים להשבת בית הגידול, מניעת אובדן בית הגידול והעלאת המודעות לאיומים על אוכלוסיות הטרוטה הטבעיות. "טראוט אנלימיטד" או בראשי תיבות TU (Trout Unlimited – מילולית "טרוטה בערבון בלתי מוגבל") הוא ארגון ללא כוונת רווח המוקדש לשימור הנחלים והנהרות של המים המתוקים ובתי הגידול הקשורים אליהם במעלה הזרם באמריקה הצפונית עבור הטרוטה, הסלמון, מינים נוספים של בעלי חיים מימיים ובני אדם. מיזם אופייני ל-TU הוא פרויקט מעבר הדגים בסירקל קריק (Circle Creek Fish Passage Project), שבאמצעותו שופרה הגישה לאתרי הרבייה לסטילהד ולמיני סלמוניים אחרים. וילד סלמון סנטר (Wild Salmon Center), קואליציה בינלאומית של מדענים אמריקנים, קנדים ורוסים, מימנה את מיזם סטילהד של קמצ'טקה (Kamchatka Steelhead Project), תוכנית מדעית שנמשכה 20 שנים (2014-1994) במטרה לחקור ולשמר את התנאים הנוכחיים של תת-המין של הסטילהד של קמצ'טקה ("Mikizha"). ארגונים בולטים נוספים המעורבים בשימור טרוטת עין-הקשת כוללים את קליפורניה טראוט (California Trout), שמטרתה להגן על הטרוטה הטבעית וסלמוניים אחרים במימי קליפורניה. חברת הסטילהד של קולומביה הבריטית (Steelhead Society of British Columbia) מקדמת את רווחתם של מיני הסלמוניים בקולומביה הבריטית. ב-1997 הקימו כ-40 איכטיולוגים, ביולוגים וחוקרי טבע מכמה מוסדות אמריקנים ומקסיקנים קבוצה של שיתוף פעולה – "טרוצ'אס מחיקנס" (Truchas Mexicanas – מילולית "טרוטות מקסיקניות") – לחקור את המגוון של הטרוטה המקסיקנית, הנחשבת כתת-מין של "O. mykiss".
הכלאה ואובדן בית הגידול.
טרוטת עין-הקשת, בעיקר דגים של תת-המין של טרוטת עין-הקשת החופי ("O. m. irideus") שגודלו במדגרות והוכנסו למים שבהם שוכנים טרוטות קלארק, הזדווגו עם טרוטה זו וייצרו בן כלאיים פורה המכונה באנגלית Cutbow (הלחם שמות שני המינים). במקרה של תת-המין "O. clarki lewisi" (באנגלית Westslope cutthroat trout), הכלאה עם טרוטת עין-הקשת ועם תת-המין "O. clarki bouvieri" (באנגלית Yellowstone cutthroat trout) עלולה לגרום להכחדה גנומית של "O. clarki lewisi".הכנסת תת-מין זה לתחום התפוצה של טרוטת הפס האדום ("O. m. gairdneri", "O. m. newberrii" או "O. m. stonei") צמצמו עד מאוד את תחום התפוצה של אוכלוסיות טהורות של תת-מינים אלו, והפכו אותם ל"מינים הדורשים השגחה" בתחומי התפוצה שלהם.
בתחומי אזור התפוצה של הטרוטה המוזהבת של הנהר קרן של דרום קליפורניה, דלדלו טרוטות עין-הקשת שגודלו במדגרה והוכנסו לנהר קרן את הטוהר הגנטי של טרוטת עין-הקשת של הנהר קרן ("O. m. gilberti") והטרוטה הזהובה ("O. m. aguabonita") בשל ההכלאה בין תת-המינים. טרוטת בירדסלי ("O. m. irideus" var. "Beardsleei") צורה ייחודית שוכנת אגמים של טרוטת עין-הקשת החופית המבודדת באגם קרסנט (Lake Crescent) במדינת וושינגטון, נמצאת בסיכון עקב אובדן אתרי הרבייה היחידים שלה בנהר ליירה (Lyre River) המתכסים בטין, וגורמים אחרים של פגיעה בבית הגידול.
מינים פולשים ומחלות.
"Myxobolus cerebralis" הוא טפיל של סלמוניים (סלמון, טרוטה וכו') ממחלקת ה-Myxosporea ששייכת למערכת המיקסוזואה (Myxozoa) הגורם למחלת הסחרחרת (Whirling disease) בחוות דגי סלמון וטרוטה וגם באוכלוסיות החיות בטבע. המחלה תוארה לראשונה לפני כמאה שנים אצל טרוטת עין-הקשת בגרמניה, אך תפוצתה התרחבה והתפשטה למרבית אירופה, צפון אסיה, ארצות הברית, דרום אפריקה וארצות נוספות. בשנות ה-80 של המאה ה-20 נתגלה שעל מנת להשלים את מחזור החיים שלו חייב הטפיל לעבור דרך "Tubifex tubifex" (סוג של תולעת טבעתית) השוכנת על קרקעית אגמים.
הטפיל מדביק את הפונדקאים שלו לאחר שהוא יוצר חור בעורם באמצע תיל המשוגר מקפסולה דמוית תא צורב. הוא מתנחל בסחוס ובשלד ומתרבה תוך פגיעה ביכולת השחייה של הדג. הדג שוחה במעגלים (מכאן שם המחלה), מתקשה במציאת מזון ומהווה טרף קל לטורפים.
טפיל זה היה בתחילה פתוגן של טרוטה חומה במרכז אירופה וסלמוניים אחרים בצפון מזרח אסיה, והתפשטות טרוטת עין-הקשת הגדילה מאוד את השפעתו. מכיוון שלטרוטת עין-הקשת אין חסינות מולדת ל-"M. cerebralis" היא פגיעה במיוחד, ויכולה לשחרר כמות כה גדולה של נבגים שאפילו מינים חסינים יותר השוכנים באותו אזור, דוגמת "Salmo trutta", מוצפים בכמות גדולה של טפילים וסובלים מתמותה המגיעה בין 80% ל-90%. במקומות שבהם הטפיל התבסס היטב הוא גרם לצמצום או לחיסול מוחלט של אוכלוסיות דגים.
הטפיל זוהה לראשונה באמריקה הצפונית ב-1956 בפנסילבניה, אבל עד שנות ה-90 של המאה ה-20 נחשבה המחלה כבעיה הניתנת לטיפול, ומשפיעה רק על טרוטת עין-הקשת במדגרות. בסופו של דבר התבסס הטפיל בנחלים של מדינות הרי הרוקי (קולורדו, ויומינג, יוטה, מונטנה, איידהו וניו מקסיקו), שם הזיק לכמה נהרות של דיג חובבים. כמה נחלים במערב ארצות הברית איבדו 90% מהטרוטה שלהם. מחלת הסחרחרת מאיימת על דיג החובבים, שיש לו חשיבות בתעשיית התיירות, רכיב מרכזי בכלכלות של חלק ממדינות מערב ארצות הברית. לדוגמה, ב-2005 הוציאו דייגים חובבים במונטנה כ-196 מיליון דולרים על פעילויות הקשורות במישרין לדיג הטרוטה במדינה. כמה ממיני הסלמוניים ש-"M. cerebralis" מדביק (טרוטת השור, טרוטת קלארק, וטרוטת עין-הקשת החיה בים – סטילהד) כבר מאוימים או מצויות בסיכון, והטפיל יכול להחמיר את הידלדלות האוכלוסייה.
חילזון בוץ ניו זילנדי ("Potamopyrgus antipodarum"), שהיה פעם אנדמי לניו זילנד, התפשט בצורה נרחבת והפך למין פולש באזורים רבים כולל: אוסטרליה, טסמניה, אסיה (יפן), בנהר גרמט עלי בעיראק מאז 2008, אירופה (באנגליה מאז 1859), ואמריקה הצפונית (ארצות הברית וקנדה: תנדר באי (Thunder Bay) באונטריו מאז 2001, קולומביה הבריטית מאז יולי 2007, קרוב לוודאי שלא במתכוון עקב פעילות אנושית. החילזון יכול להגיע לריכוזים גדולים מחצי מיליון למטר רבוע, כשהם מסכנים את שרשרת המזון בכך שהם מביסים את החלזונות המקומיים ואת חרקי המים בתחרות על מזון, וגורמים לצמצום חריף באוכלוסיות המקומיות. יש עדות לכך שדגי אמריקה הצפונית אינם מסוגלים לעכל את הקונכיות הזעירות, אבל הקשות של חילזון הבוץ, ושנוכחותם עלולה לגרום לפגיעה בגדילה של טרוטת עין-הקשת.
חילזון הבוץ נתגלה לראשונה בארצות הברית בנהר סנייק שבאיידהו ב-1987. מאז התפשט החילזון לנהר מדיסון, הנהר פיירהול, ופלגי מים אחרים סביב הפארק הלאומי ילוסטון, ונתגלה בכל רחבי מערב ארצות הברית. הדרך המדויקת שבה עובר החילזון מנתיב מים אחד למשנהו אינה ידועה, אבל סביר שהגיע במים שבו הועברו דגי נוי והתפשט במי הנטל או ציוד נופש נגוע כדוגמת מגפיים להתבוססות במים.
"Didymosphenia geminata", מין של צורניות, המכונה בקיצור דידיימו, הגדל בכמויות בנהרות מים מתוקים שבהם הטמפרטורות נמוכות באופן עקבי. בניו זילנד יכול דידיימו פולש ליצור מרבדים גדולים על קרקעית נהרות ופלגים בשלהי החורף. הוא אינו נחשב מזיק לבריאות לאדם, אבל יכול לפגוע בבתי גידול ומקורות מזון לדגים, כולל טרוטת עין-הקשת, ולגרום לאי נעימות בפעילויות נופש. אף שהמין קיים באופן טבעי באמריקה הצפונית הוא נחשב כאורגניזם המהווה מטרד או מין פולש.