בסיום העונה, ג'ייסון וג'נביב חוטפים את לקס וליונל כדי שיגלו להם היכן האבנים נמצאות. ליונל נשבר ומודיע שאחת מהן נמצאת אצל לאנה. ג'נביב מתעמתת עם לאנה, אך איזבל משתלטת על גופה והורגת את ג'נביב בעזרת אבן האוויר. במקביל, לקס וליונל רודפים אחרי ג'ייסון, אך זה האחרון נופל לכאורה אל מותו. ג'ור-אל מצווה על קלארק למצוא את שתי האבנים האחרונות, אחרת סמולוויל תושמד במטר מטאורים שני. עם זאת, בעקבות רצח ג'נביב, אבן האוויר מוכתמת בדם, מעשה שבכל זאת מנחית מטר מטאורים שני על סמולוויל. ג'ונתן ומרתה עומדים לעזוב יחד עם שאר תושבי סמולוויל, אך ג'ייסון (שמתגלה כחי) מחזיק אותם כבני ערובה ומטאור מתרסק על ביתם. קלארק מקבל את האבן האוויר מלאנה, שאומרת לו שתמיד אהבה אותו, ואת אבן המים הוא לוקח מלקס, בעזרתה של קלואי. לאנה מנסה לעזוב את סמולוויל במסוק של לקס, אך המסוק מתרסק ליד חללית שהגיעה עם מטר המטאורים. במערת הקוואצ'י, קלארק מחבר את שלוש האבנים, המתאחדות לקריסטל בצורת יהלום, ומועבר דרך המערה לקוטב הצפוני.
עונה 5.
לאחר שקלארק מגיע לקוטב הצפוני, הוא זורק את הקריסטל לאוויר ובכך יוצר את "מבצר הבדידות", מבנה הבנוי מהדנ"א של קריפטון, שם אמור ג'ור אל להדריך את קלארק במימוש ייעודו. קלואי, שהצליחה לעבור דרך המערה מיד אחריו, קופאת למוות מקור, וקלארק מבקש מג'ור אל שייתן לו להציל אותה, ומבטיח לו בתמורה שישוב עד השקיעה. בסמולוויל, לאנה ניצלת מהתרסקות המסוק, וחוזה בצאתם של שני קריפטוניים שיוצאים מהחללית וטובחים בכל השוטרים בזירת ההתרחשות. קלארק יוצא לעצור אותם, ובכך הוא קוטע את הכשרתו וממרה את פיו של ג'ור אל, שנוטל ממנו את כוחותיו. לקס, שמשוכנע שלקלארק יש כוחות-על, ושולח שלושה פריקי מטאור כדי לבחנו, אך כיוון שכוחותיו של קלארק מושעים על ידי ג'ור-אל, לקס מאמין שהוא טעה. קלארק מתעמת איתו וחברותם מתפוררת. בהמשך, הופכים קלארק ולאנה לזוג, אך זמן קצר לאחר מכן נורה קלארק ומת בבית החולים. זמן קצר לאחר קביעת המוות, ג'ור-אל מחזיר לקלארק את כוחותיו ואת חייו, אך מזהיר אותו שייקח משהו אחר בתמורה.
במהלך העונה, קלואי מתחילה לעבוד ב"דיילי פלאנט", וקלארק פוגש את פרופסור מילטון פיין, מורה להיסטוריה באוניברסיטת קנזס בה הוא לומד. פיין מציל לכאורה את קלארק מקריפטונייט כסוף שהחמיר את הפרנויה שלו, אך מתגלה כמי שיצר בעצמו את הקריפטונייט, וגורם למרתה לגסוס על מנת שקלארק יפנה עורף לג'ור-אל וישחרר את זוד, פושע מלחמה קריפטוני שרצה לקחת את השלטון על קריפטון ממשפחת אל, וגרם בכך למלחמה שהובילה לחורבן הכוכב. קלארק מצליח להביס אותו, אך ללא ידיעתו, לקס מוצא את מילטון פיין בהונדורס כמה חודשים אחר כך, ומבקש ממנו עזרה בפיענוח החללית.
חבר מעברו של ג'ונתן, ג'ק ג'נינגס, מגיע לסמולוויל כדי שג'ונתן יעזור לו לנצח בבחירות לבית הנבחרים של קנזס נגד לקס, ג'נינגס נקלע לפרשיית מין ומבקש מג'ונתן להתמודד במקומו. בליל הבחירות, קלארק מספר ללאנה את סודו ומציע לה נישואים. היא מסכימה, אך בעקבות שרשרת אירועים לא צפויים היא נהרגת. קלארק מבקש מג'ור-אל לחזור אחורה בזמן במטרה למנוע את מותה, ובניסיון הנוסף הוא לא מגלה לה את סודו, אך בהמשך משלם על כך במחיר פרידתה ממנו והתקרבותה ללקס. ג'ונתן מנצח בבחירות, אך ליבו לא עומד בלחץ, והוא נפטר. בעקבות מותו של ג'ונתן, מרתה מתמנה לתפקיד במקומו. לאחר שסם הגורם לאנשים למות ולחזור לחיים מחדש מוזרק לקלארק בטעות, הוא פוגש את ג'ונתן, שמגלה לו שליונל יודע את סודו. במקביל, ליונל מתקרב אל מרתה. קלארק מספר לאמו את דברי אביו, ולאחר מכן מתעמת עם ליונל, וכך מגלה שג'ור-אל משתמש בליונל ככלי קיבול על מנת להעביר לקלארק מסרים בקריפטונית.
מהודעותיו של ג'ור-אל, קלארק מגלה שזוד מגיע. על מנת למנוע ממנו לקבל גוף גשמי, קלארק מבין שהוא מוכרח להרוג את לקס. פיין מפעיל וירוס שמפיל את כל התשתיות ברחבי העולם וגורם לאנשים להתפרע ברחובות. קלארק חוזר לג'ור-אל, וזה מגלה לו שפיין נוצר בידי זוד, והוא ידוע כ"ברייניאק". ג'ור-אל נותן לקלארק פגיון להרוג בעזרתו את לקס, אך קלארק לא מקשיב להוראתו, ודוקר במקום את ברייניאק, ומשחרר בכך את זוד. קלארק מנסה לעצור את זוד, שהשתלט על גופו של לקס, אך זוד כולא אותו באזור הפנטום, מושבת עונשין בין-גלקטית ממנה לא ניתן להימלט.
עונה 6.
קלארק מצליח להימלט מאזור הפנטום ולהביס את גנרל זוד בלי לפגוע בלקס. המטוס של מרת'ה ולויס מתרסק בקוטב הצפוני, ליד מבצר הבדידות, וג'ור אל מציל אותן. כאשר קלארק נמלט מאזור הפנטום משתחררים איתו בטעות פושעים הלכודים שם, ובעקבות כך הוא מקדיש את זמנו ללכידתם.
אוליבר קווין עובר לגור במטרופוליס. הוא מחפש את המקור לכוחות העל שהיו ללקס כאשר זוד שלט בו, ולשם כך חוטף את לקס אך לא מגלה דבר. אוליבר מגלה את כוחותיו של קלארק ומשכנע אותו שכוחותיו נועדו למשהו גדול. בנוסף, במהלך העונה, קלארק משתף פעולה עם גיבורי על נוספים – סייבורג, אקוומן, פלאש והצייד ממאדים.
לקס ולאנה מתקרבים זה לזה ועוברים לגור יחד. לקס מרמה את לאנה וגורם לה להאמין שהיא בהריון, והיא נענית להצעת הנישואין שלו. לאחר החתונה לקס גורם לה להאמין שהיא הפילה את התינוק, אך בדיקה אקראית בבית החולים גורמת לה לגלות את האמת.
בפרק סיום העונה מרתה מתמנה לסנאטורית בוושינגטון ועוזבת את קנזס. לאנה עוזבת את לקס, אך כשנכנסת למכונית היא מתפוצצת, ולקס נעצר באשמת רציחתה. קלארק מנסה להרוג את הפנטום האחרון שנותר ותוך כדי הסכר הסמוך נהרס.
עונה 7.
סכר שנפרץ באגם סמוך משחרר חללית וממנה יוצאת קארה, בת דודו הביולוגית של קלארק שנשלחה לכדור הארץ באותו יום שקאל-אל נשלח, ונשארה רדומה בחללית שלה שנחתה בקרקעית האגם. קלארק מוזהר על ידי הצייד ממאדים שקארה מסוכנת עבורו, ומגלה לו שאביה ואביו היו יריבים. לאחר שקלארק וקארה חולקים חיזיון משותף הם מבינים טוב יותר את עברם וחוזרים לשתף פעולה. בעקבות איבוד זיכרונותיה, היא מתומרנת בידי לקס אך ניצלת ברגע האחרון. לאחר שברייניאק פוגע בלאנה היא מסכימה לשתף איתו פעולה כדי להציל את לאנה, אך נכלאת על ידי ברייניאק באזור הפנטום והוא גונב את זהותה, אך מתגלה לבסוף על ידי קלארק.
לאנה מתגלה חיה בסין. לאחר שלקס מבטיח לה שלא יפגע בה היא חוזרת לסמולוויל ועוברת לגור עם קלארק בחווה. מאחורי גבו של קלארק היא מתכננת נקמה במשפחת לות'ר. בעקבות תאונה לאנה מקבלת את כוחותיו של קלארק והנקמה בלקס הופכת להיות אלימה יותר, עד שקלארק מגלה זאת. ברייניאק פוגע בה על מנת לאלץ את קארה לשתף איתו פעולה. כאשר היא מחלימה היא משאירה לקלארק סרטון פרידה ומבקשת שלא יחפש אותה כיוון שהעולם זקוק לו יותר.
קלארק פוגש ליום אחד את לארה, אמו הביולגית, ואת זור אל, אביה של קארה, ששוחזרו מתוך קריסטל מהחללית של קארה שהכיל את הזכרונות ואת הדנ"א של שניהם. לאחר שהוא מבין את טעותו הוא משמיד את הקריסטל ואותם אך מוענש בידי ג'ור אל ונותר חודש שלם במבצר הבדידות. במקביל הפנטום בן דמותו חי עם לאנה. כאשר קלארק חוזר הוא משמיד את הפנטום אבל יחסיו עם לאנה מתערערים.
לקס רוכש את ה"דיילי פלנט". במקביל, בעקבות התעוררות זיכרונות ילדות הוא לומד יותר על התארגנות "וריטאס" ועל "הנוסע" – חייזר עם כוחות על שנשלח לכדור הארץ. על מנת להגיע למידע אודות הנוסע הוא הורג את ליונל אביו. במהלך חיפושיו אחריו, הוא מצליח להשיג חפץ בעזרתו יוכל לשלוט ב"נוסע". הוא מגיע למבצר הבדידות, מוצא שם את קלארק, מבין שהוא "הנוסע" ובעזרת החפץ שמצא גורם לחורבן של מבצר הבדידות.
עונה 8.
לקס יורד למחתרת, ובינתיים מוכרז כנעדר. טס מרסר מתמנה למנכ"לית "לות'רקורפ", לומדת על קלארק מיומניו האישיים של לקס, מקבלת אותו למשרה ב"דיילי פלנט" ככתב ושותף של לויס, ומגלה את סודו המלא בעצמה. לאחר שהיא מגלה שתומרנה בידי לקס, טס מוכרת את "לות'רקורפ" ל"תעשיות קווין". לקס מנסה להביא למותו של אוליבר קווין אך נכשל, ואוליבר הורג אותו.
לאנה חוזרת לסמולוויל, והאהבה בינה לקלארק חוזרת לפרוח. היא מצליחה להניח את ידה על פיתוח של לות'קורפ - פרומתאוס, חליפה תת-עורית שמעניקה לה כוחות על. עם זאת, החליפה סופחת אליה אבני מטאור והופכת אותם לסלעים רגילים. לקס מתמרן את לאנה וקלארק כך שעל מנת להגן על תושבי מטרופוליס, לאנה תאלץ לספוח כמות גדולה של חומר מטאורי לפני שיתפוצץ. החומר הופך את לאנה לרעילה עבור קלארק והם נאלצים להיפרד לתמיד.
קלארק, שעובד כעת במטרופוליס, מציל אנשים בתכיפות גדולה יותר מבעבר, ושמועה על קיומו של גיבור על מסתורי מתפשטת בעיר. ג'ימי מצלם את קלארק כטשטוש ברגע הצלה במהירות על. קלארק משתכנע שהעולם מחפש גיבור להיאחז בו, ומחליט ליצור לעצמו זהות נוספת שתעניק לעולם תקווה. התמונה מתפרסמת בעמוד הראשי בעיתון, וקלארק מקבל את הכינוי "הטשטוש האדום-כחול" על שם הטשטוש שיוצרים צבעי בגדיו במרוצתו. קלארק מתקשר ללויס בתור הטשטוש והיא מציעה להוות אוזן קשבת עבורו בכל עת שירצה כדי שלא ירגיש בודד. קלארק ממשיך ליצור קשר עם לויס בתור הטשטוש, ובמקביל חלה התפתחות רומנטית במערכת היחסים בין קלארק ללויס.