יפן במלחמת העולם השנייה הייתה נושא ספרו השני של שילוני Politics and Culture in Wartime Japan, שראה אור בהוצאת קלארנדון שבאוקספורד ותורגם גם ליפנית. עד למחקרו של שילוני תוארה יפן כחלק מהעולם הפשיסטי ביחד עם גרמניה הנאצית ואיטליה. שילוני מראה בספרו שאמנם יפן לא הייתה דמוקרטיה והיא נלחמה לצדן של המדינות הפשיסטיות, אבל המשטר שלה היה שונה לחלוטין מאלה שבגרמניה ואיטליה. השלטונות לא הרגו את מתנגדיהם ולא היו ביפן מחנות ריכוז, אף כי מתנגדי המשטר הוכנסו לבתי סוהר. האינטלקטואלים היפנים התלהבו מהמלחמה, כי הם האמינו שיפן משחררת את אסיה. היפנים ביצעו פשעי מלחמה רבים, אבל לא התפתחה אצלם אידאולוגיה של עליונות גזעית הטוענת כי ישנו עם שצריך להרוג אותו. היפנים טענו שהם משחררים את אסיה בשם אחוות האחים ולא בשם עליונות גזעית. היפנים הצילו יהודים ולכך מוקדש פרק מיוחד בספר. הם האמינו לתאוריה של היטלר שהיהודים שולטים בעולם, אך חשבו שמשום כך עליהם לחבור אל היהודים ולהסתייע בהם. בזמן המלחמה לא היה משטר טוטליטרי ביפן, הפרלמנט המשיך להתקיים, בתי המשפט המשיכו לפעול, מנהיגים התחלפו והיו פוליטיקאים שהתנגדו לממשלה. היה משטר סמכותי חזק, שלא התיר אופוזיציה גלויה, אבל יפן לא הייתה מדינה פשיסטית.
היהודים והיפנים.
זהו תחום מחקרו השלישי של בן-עמי שילוני ושם ספרו שתורגם ליפנית ולבולגרית The Jews and the Japanese: The Successful Outsiders. בנושא זה עסק שילוני בשני מישורים: האחד הוא ההשוואה התרבותית בין היפנים והיהודים והשני הוא הקשרים ביניהם. עד למחקרו איש לא עסק בנושא זה בצורה זאת. שילוני רואה ביפנים וביהודים שני עמים בעלי תודעה עצמית מפותחת המרגישים נבדלים משאר העמים, היו קווי דמיון מסוימים בין הגטו היהודי לבין ההסתגרות היפנית. בשני העמים קיים פרקטיקולריזם ותחושה של דת והיסטוריה שונים. אבל מצד שני, הייתה אצלם תמיד אמביציה חזקה לקלוט את הטוב שבחברות אחרות ולעלות עליהן. זה היה שילוב מיוחד של שמרנות ופתיחות. מכאן מסביר שילוני את ההצטיינות הגדולה של היהודים והיפנים, אבל ככל שהם הצליחו, הם עוררו על עצמם שנאה ועוינות. האנטישמיות פרצה כאשר הגויים חששו שהיהודים מנסים להתחרות בהם ולעלות עליהם, ודבר דומה קרה אצל היפנים. דמיון נוסף שמזהה שילוני הוא ששתי החברות דחו את הנצרות. היהודים דחו את הנצרות כי הדת חשובה להם ואילו היפנים דחו את הנצרות כי הדת אינה חשובה להם. הדבר נראה בעיני המערב הנוצרי כמשהו שטני, איך אלוהים מרשה שכופרים יצליחו? ההסבר שניתן לכך היה שהיהודים מרמים והיפנים מעתיקים ושניהם רוצים לתקוע סכין בגב של החברה המערבית. שילוני מנסה להראות כיצד שני העמים התאוששו מן הטרגדיות שפקדו אותם במלחמת העולם השנייה. היהודים הבינו שהאסון פקד אותם בגלל חולשתם ולכן הקימו את מדינת ישראל, בעוד שהיפנים הבינו זאת באופן הפוך. הם ייחסו את האסון שלהם להסתמכות שלהם על כוח הזרוע ולכן הסיקו כי עליהם לוותר על כוח צבאי ולהתרכז בעסקים ובמסחר.
החלק השני של הספר עוסק בקשרים בין שני העמים: היהודים הראשונים שהגיעו ליפן, כיצד היפנים שמעו על היהודים לראשונה ואיך הם ראו האחד את השני. במלחמת רוסיה–יפן של 1905-1904 הממשלה הרוסית גייסה הרבה יהודים לצבא. בצבא הרוסי מחצית מהרופאים היו יהודים, יהודים רבים נפלו בקרב ורבים הצטיינו בו כמו יוסף טרומפלדור. שילוני מראה כי למרות זאת הלב היהודי היה בצדה של יפן. מחבר התקווה נפתלי הרץ אימבר פרסם קובצי שירה בעברית וביידיש ובהם שירי הלל ליפן. גם שלום עליכם ועיתון הצפירה שיבחו את יפן.
שילוני מראה כיצד היהודים סייעו ליפנים לנצח במלחמת רוסיה–יפן. היפנים נתקלו בבעיה קשה של מחסור בכסף. לצורך כך טקהאשי, סגן נגיד הבנק המרכזי של יפן, יצא ללונדון לגייס הלוואות. שם הוא פגש את יעקב שיף, מנהל בנק גדול בארצות הברית. שיף, שכעס על הפוגרומים ברוסיה, הילווה כסף לממשלת יפן ושכנע בנקים אחרים להלוות גם הם. לאחר המלחמה הוזמן שיף ליפן לקבל מידי הקיסר את האות הכי גבוה שהיה קיים בשביל זרים.
במחנות השבויים הפרידו היפנים בין הרוסים לבין אחרים כמו היהודים, כדוגמת טרומפלדור, שקיבלו תנאים מועדפים מכיוון שהיפנים רצו לעורר מרידות נגד שלטון הצאר ברוסיה. בשנות ה-20 הגיעו ליפן מוזיקאים יהודים שונים. איינשטיין הגיע ב-1923 ליפן וזכה שם לכבוד גדול מאוד. מצד שני החלה ביפן גם אנטישמיות. לא פעם אותם אנשים שהתלהבו מהיהודים התלהבו דווקא מסיפורים אנטישמיים. האנטישמיות ביפן מופצת לא פעם על ידי יפנים המאמינים לסיפורים על שליטת היהודים בעולם.
קיסרי יפן.
קיסרי יפן הם תחום מחקרו השלישי של בן-עמי שילוני, בו הוא עוסק עד עצם היום הזה. הקיסר היפני נחשב קדוש כצאצא של אלת השמש. הקיסר הנוכחי נחשב ל-125 במספר בשושלת שמעולם לא התחלפה, למרות שהקיסרים הראשונים הם אגדיים, אך השושלת הנוכחית קיימת לפחות מהמאה ה-6 לספירה. מצד שני, הקיסר היפני חסר כוח, שולטים בשמו. הקיסר הירוהיטו היה בן בריתו של היטלר ולמרות שיפן הובסה באופן מוחלט, הוא נותר על כס החרצית עוד 44 שנים לאחר המלחמה. הקיסרים היו משכילים מאוד, הירוהיטו היה חוקר של יצורים ימיים וגם הקיסר הנוכחי הוא מדען.
בעקבות הכנס שנערך לכבודו של שילוני עומד לראות אור הספר על הקיסרים ביפן המודרנית (Emperors of Modern Japan) בעריכתו. שילוני כתב בספר הזה את ההקדמה ושני מאמרים. מאמר אחד עוסק בביקורת של חוגי הימין הקיצוני על הקיסר מכיוון שהוא לא מספיק לאומי ומסורתי לטעמם, יותר מדי דמוקרטי, פרו-מערבי ואנטי-מסורתי. עד כה ידוע היה שהשמאל ביקורתי כלפי הקיסר, אך שילוני מראה כי בעוד שהשמאל ביקורתי כלפי מוסד הקיסרות, הרי הימין ביקורתי כלפי הקיסר עצמו. במאמר השני בספר בוחן שילוני את יחס הקיסרים לדת הנוצרית. מצד אחד, הקיסרים הם כוהנים של אלת השמש בדת השינטו. מצד שני הקיסרים היפניים בתקופה המודרנית גילו עניין גדול בנצרות ונוצרים הגיעו לעמדות מפתח בארמון הקיסר. לאחר תבוסת יפן במלחמת העולם השנייה, בזמן משטר הכיבוש האמריקאי, סבר הגנרל דוגלאס מקארתור, ראש שלטונות הכיבוש ביפן, שכדי שהקומוניזם לא ישתלט על יפן, יש לנצר אותה. הוא ניסה לנצר את בני המשפחה הקיסרית. תחילה הם גילו עניין בכך, שרו שירים נוצריים ולמדו תנ"ך ובשנים 1948-1946 היה נדמה שהם עומדים להתנצר, אולם הדבר לא קרה.
חינוכה של אשת הקיסר הנוכחית הוא קתולי ועד היום יש השפעה נוצרית מסוימת בארמון הקיסר.
ספרו של שילוני ביפנית "כלכלת הקיסר" מראה שקיומו של מוסד הקיסרות העניק יתרונות כלכליים ליפן. הוא העניק לה יציבות רגשית בזמן של שינויים גדולים. חברות שעוברות שינויים גדולים עלולות להתפורר, הקיסר אמנם לא שלט, אבל היה לעמו מעין עוגן.
חידת הקיסרים.
ספרו: Enigma of the Emperors: Sacred Subservience in Japanese History ראה אור באנגלית בשנת 2005, שנתיים לפני כן יצא בתרגום ליפנית, שמו ביפנית הוא "הקיסר כדמות אם". יפן היא המדינה היחידה בעולם בה יש כיום קיסר. הספר הזה מתמודד עם השאלה איך אותה שושלת קיסרית מלכה כל כך הרבה זמן. ההסבר המקובל לפיו היה זה מכיוון שהקיסר היה קדוש, אינו עומד לדעת שילוני במבחן המציאות. כי קדושים היו גם הקיסרים הסינים, הפרעונים במצרים העתיקה, הקיסרים הרומיים. הסיבה שמביא שילוני היא שבעוד שבמקומות אחרים לקיסרים היה כוח ולכן סילקו אותם כשהתחלף השלטון, הרי ביפן הקיסר נתן גושפנקא והכוח שלו היה סמלי ולכן לא היה צריך לסלקו כשהתחלף השלטון.
שילוני מבחין בין שני סוגי שלטון: שלטון אבהי – צבאי וסמכותי, כמו בסין, ושלטון אימהי - המעורר אהבה וחובה כלפיו, אבל אינו שולט בכוח הזרוע. מכאן שם הספר ביפנית:"הקיסר כדמות אם".
שילוני חולק על השימוש הנוכחי בתואר קיסר, יפן אחרי 1945 נקראת מדינת יפן ולא קיסרות. לקיסר היפני תארים רבים בשפה היפנית, המקובל כיום הוא טנו Tennō, שפירושו 'מלך השמים'. אבל כבר 150 שנה קוראים לו באנגלית emperor ובעברית קיסר ובחוקים שתורגמו לאנגלית הוא מכונה קיסר. משמעות המילה קיסר היא שליט על, מלך המלכים, אך במקרה של הקיסר ביפן אין מלכים מתחתיו.
לדעת שילוני העם היפני אינו יודע כיום כיצד להתייחס לקיסר. לפי החוקה שהתקבלה ב-1947 הקיסר הוא סמל. הצעירים כיום כלל אינם מתעניינים בקיסר, בניגוד למצב שהיה קיים לפני המלחמה. שילוני סבור שצריך להעניק לקיסר משמעות. דת השינטו היא דת שסוגדת לטבע, שילוני הציע שהקיסר היפני יהיה סמל לא רק של העם היפני, אלא גם סמל של השמירה על הסביבה והדבר לדעתו ייתן לקיסר משמעות חדשה.