המידע על מקומו של היעד היה כללי, והיה צורך לחפש בין בתים שונים עד שנמצא המבנה הנכון. המשימה הסתיימה בהצלחה חלקית היות שהמבוקש לא נמצא בדירה שצוינה לכח. בחילופי אש שהתפתחו נהרגו ששה אנשי חזבאללה ונפצעו 8 לוחמים, מהם שניים באופן קשה. הרופא ד"ר תמיר שנמצא בכוח, ביצע ניתוח חירום לפצוע הקשה שבדיעבד התברר כמוצלח ביותר. הכוח חזר לאזור החוף והפינוי משם בוצע במסוקים. הפצועים הגיעו למנחת בית החולים רמב"ם והלוחמים לבסיס השייטת.
לאור העובדה שנפגעו עשרה לוחמים במבצע הפשיטה, נמתחה ביקורת נגד ההימנעות מהפעלת חיל האוויר כנגד היעד. בתדרוך לעיתונאים השיב ראש מטה חיל הים כי מחבלי חזבאללה נטמעים בסביבה אזרחית כדי למנוע מישראל להפציץ מהאוויר, ופעולת קומנדו ימי כפי שנעשתה מבררת בדיוק מי הם המחבלים ופוגעת בהם, ובכך נמנעת מפגיעה בבלתי מעורבים הנמצאים בסביבתם. פשיטות נוספות בוצעו במהלך המלחמה באזורי חוף הים במגמה לתפוס אנשי חזבאללה או להטמין מוקשים.
הפעלת חימוש מהים – במשך המלחמה נוצרה דרישה לירי מהים ביזמת אוגדה 91. חלקה של שייטת 13 בא לידי ביטוי ב-7 מקרים של תקיפות השייטת. מבין אלו, בולט במיוחד הלילה שבין 14 ל-15 ביולי, לאחר הפגיעה באח"י חנית, אז הותקף בסיס היחידה הימית של חזבאללה באוזעי על ידי כוח משייטת 13 בסיוע אח"י להב ואח"י רומח (סער 4.5), וכלי שיט של חזבאללה הוטבע בעודו במעגן. כמו כן, מבנה המשמש את היחידה הימית הותקף ב-3 טילי גיל ונפגע קשה.
איסוף מודיעין – נערכו מספר סיורים אלימים איסוף מודיעין בקרבת החוף ומעבר לתקיפה אם מתגלית מטרה תותקף. בתקופה בין 18 ל-30 ביולי נערכו 13 סיורים אלימים במימי דרום לבנון באמצעות שייטת 13.
ניצול היכולת ההתקפית – הפעילות הרבה לא סיפקה את מפקד שייטת 13 שחשב כי ניתן היה לבצע פשיטות נוספות. לאחר סיום תפקידו שלח אל"ם נבו ארז, מכתב לרמטכ"ל דן חלוץ ולבן בעש"ט ובמרכזו טענה כי בן בעש"ט גילה הססנות במהלך המלחמה ומנע את קיומם של מבצעים חיוניים אותם ביקשו לוחמי היחידה לבצע. מפקד החיל הדף את הטענות:
בסיכום הרמטכ"ל דן חלוץ קבע בסיכומו כי שייטת 13 עמדה היטב במשימות שהוטלו עליה.
פעולות נוספות.
ב-14 ביולי הותקפו על ידי חיל האוויר הישראלי יעדים בלבנון. כתוצאה מהפצצת מאגר דלק המשמש תחנת כוח כ-23 ק"מ דרומית לביירות, נשפכו לים התיכון כ-15000 טון דלק, שזיהם את חופי לבנון וסוריה לאורך רצועה בת כ-150 ק"מ.
הביטחון השוטף – במשך תקופת המלחמה המשיך חיל הים בפעולות הביטחון השוטף בשטח המכסה את חופי דרום לבנון, חופי ישראל וחופי האוטונומיה בעזה, ובזירת ים סוף מגבול ירדן עד גבול מצרים. הנדבך הראשי היה מערך השליטה תחנות מכ"ם ומוקדי שליטה פרוש מראש הנקרה ועד זיקים בים התיכון ובגזרת אילת בים האדום. שעות רבות של סיורים ימיים בוצעו על ידי ספינות בט"ש ומדי פעם תגבור על ידי ספינות סער. סיורי אוויר מעל הים נערכו באופן רצוף. המאמץ העיקרי של הביטחון השוטף במשך כל שנת 2006 כולל תקופת המלחמה התרכז לרצועת עזה. לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות נדרש להקפיד לסגירת המעטפת הימית כחלק מהסגירה הכוללת שמטרתה מניעת פיגועים והברחת חמרי לחימה בדרך הים. בגזרה הדרומית הייתה זו שנה ראשונה בה הופעל מוקד שליטה שעבר מארז לזיקים.
התארגנות הגנתית – חיל הים הציב ליד חיפה ספינות טילים הנושאות טילי "ברק" ליירוט רקטות קרקע-קרקע (רק"ק). טילי הברק נועדו במקור להגנה על הסטי"לים מפני טילים ורקטות.
פעולת הצוללות – הצוללות הפעילות הופעלו בסיורים קדמיים במשך כל ימי המלחמה. הן ביצעו איסוף מודיעין, בדקו אזורים נקודתיים לפי הצורך, עקבו אחר סימנים למעורבות הצי הסורי והשתלבו במשימת הסגר הימי.
שליית חלקי מזל"ט – ב-7 באוגוסט חדר מזל"ט של חזבאללה לשטח הארץ, והגיע עד מעל הקריות. המזל"ט הופל בתוך הים, והיה חשש שנשא עמו מטען חומר נפץ במשקל עשרות ק"ג. ילת"ם שלתה את חלקי המזל"ט ונטרלה אותו.
גזרת חוף עזה.
פעילות הלחימה מול גזרת עזה קיבלה את השם מבצע גשמי קיץ. חיל הים החל להשתתף בה ב-26 ביוני, מועד חטיפתו של גלעד שליט. הפעילות מול חוף עזה כללה הטלת סגר על מעגנות רצועת עזה, ירי מהים על ידי ספינות סער ושייטת 13 כנגד יעדי חמאס ברצועת עזה, סיורי איסוף מודיעין על ידי ספינות הבט"ש. מטרת הפעולות היו מניעת , מניעת הברחות אמצעי לחימה וכדי למנוע אפשרות שחמאס יבריחו את החייל החטוף גלעד שליט המצוי בידיהם למצרים בדרך הים. בפעילות הועסקו שלוש ספינות טילים ספינת דבורה ושלדג מפלגה 916 וקבוצת לוחמי שייטת 13 נמשכה עד 22 באוקטובר 2006.
פעילות נמלי הים.
על אף השליטה המוחלטת של ישראל בים בתקופת המלחמה נפלו רקטות באזור מפרץ חיפה והנמל. נוצר שיבוש רב בשינוע כניסה ויציאה של סחורות. אניות סוחר לא נפגעו ולא נגרמה בהלה אך למעשה היה זה מזל בלבד. הממשלה נמנעה מלהכריז מצב חירום אלא מצב מיוחד בעורף מה שאיפשר להפעיל ריתוק משקי לעובדי הנמל. אך למעשה לא הייתה תוכנית פעולה למצב הזה. הפרטת הנמלים יצרה מצב שמנע שיתוף פעולה להעברת אמצעים מהנמל המותקף בחיפה לנמל אשדוד השקט.
נמל חיפה נסגר לחלוטין. מאוחר יותר, הנמל פעל באפן מוגבל לקבלת חומרים חיוניים, תזקיקים וכימיקלים. נוצר מצב שהנמל היה מוכן לקבלת אניות וחברת צים אף העבירה אליו אניות אחדות. אניות גרעינים פקדו את הנמל במהלך המלחמה ופרקו את מטענן לממגורות דגון. חוסר התיאום בין הגורמים הובלט לאחר הפגיעה בבית המלאכה של רכבת ישראל בחיפה, ב-16 ביולי, שבה נספו 8 עובדים: בעקבות הפגיעה, הגבילה הנהלת הרכבת את תנועת הרכבות, ללא הבחנה בין נוסעים ומשא, עד תחנת חוף הכרמל. הגרעינים פוזרו ברחבי הארץ במשאיות.
בנמל אשדוד נמשכה העבודה כבדרך שגרה העומס הרב הודגשה יעילות נמוכה בכל המדדים. משמרות הלילה מצומצמות וסגירה בסופי השבוע. העובדים לא נדרשו להתנהל כראוי למצב מלחמה שלא הוכרז. בתקופת המלחמה עוד האטו את קצב העבודה כאמצעי לחץ במשא ומתן שהתקיים בין העובדים להנהלה באותה עת.
מעורבות בינלאומית.
ארצות הברית לא התערבה בסכסוך, אך בין רוסיה וצרפת התגבשה הסכמה כי התגובות הישראליות אינן מידתיות. בעקבות כך, פרסם מזכ"ל האו"ם קופי אנאן ב-29 באוגוסט הודעה שמרבית הפרות הפסקת האש באות מצד ישראל, וכי המשך הסגר הימי מהווה הפרה ופגיעה בריבונות הלבנונית. ועל כן קרא אנאן להפסיקו.
כוח ימי ואווירי צרפתי נשלח במיוחד לחלץ את אנשיהם מלבנון, במבצע שנקרא Operation Balliste. הכוח, בפיקוד אדמירל קסבייר מאניה, כלל את נושאות המסוקים Mistral ו-Siroco והפריגטות Jean Bart ו-Jean de Vienne. שבוע מאוחר יותר הצטרפו נושאת המסוקים Foudre והפריגטה Cassard, במשימה למנוע הברחת נשק לחזבאללה. בחודש אוקטובר הופיעו בזירה כלי שיט שסייעו לכוח האו"ם בלבנון, ביניהם הפריגטה הצרפתית Courbet.
ממשלת גרמניה שלחה לאזור את אניית הביון Alster ואת הפריגטה Bayeren. ב-26 באוקטובר, בעת שאניית הביון נמצאה 40 מיל מול חופי ישראל, עברו מעליה מטוסי קרב ישראלים, דבר שיצר מתח עם ממשלת גרמניה. שר הביטחון עמיר פרץ התקשר לעמיתו הגרמני פראנץ יוזף יונג, והסדיר את העניין ברוח טובה.
מהצי המלכותי השוודי נשלחה לאזור הפריגטה HSwMS Gavle ושהתה תחת פיקוד האו"ם
פתיחות לתקשורת.
הרמטכ"ל דן חלוץ ודוברת צה"ל מירי רגב הנהיגו פתיחות רבה לתקשורת, כמסקרת אירועי המלחמה במהלך התרחשותה – הרבה מעבר לנהוג במלחמות קודמות. אירוע הפגיעה באח"י חנית, שהוכחש בתחילה על ידי דובר צה"ל, מיקד את תשומת הלב בחיל הים, והוטחה בו ביקורת רבה.
עם התמשכות הלחימה ואיתה ההסגר הימי, החל החיל לקבל משוב חיובי. בנוסף, ביזמת חיל הים הופקו שידורים שהמחישו לצופים בישראל את הלחימה בים. כך, למשל, הצטרפה הכתבת אילנה דיין לאח"י להב בהפלגתה בביצוע ההסגר הימי, ותוכנית 'עובדה' בעריכתה הפגינה יחס חיובי מאוד לחיל הים. בנוסף, ערוץ CNN הצטרף לפעילות שייטת ספינות הטילים בים, והפיק שידורים ארבעה ימים רצופים במהדורות התחנה ברחבי העולם. הכתבה הציגה עמדה חיובית כלפי חיל הים, היא תורגמה ושודרה גם בישראל. זאת ועוד, ערוץ 10 קיים ערב שידורים מיוחד בבסיס אשדוד עם צוותי ספינות הבט"ש וספינות הטילים, בהנחיית צופית גרנט.
החשיפה התקשורתית התבטאה גם בביקורים פומביים של שר הביטחון וראש הממשלה בבסיסי חיל הים וספינותיו: ב-28 ביולי, הצטרף שר הביטחון עמיר פרץ לשיט בספינת בט"ש חדישה מדגם שלדג, ומשם הועבר בסירת שייטת 13 לאח"י אילת (סער 5) בנוכחות צלמי עיתונות. דבריו לצוות נשמעו כצו מדריך: ב-1 באוגוסט, הצטרף ראש הממשלה אהוד אולמרט לסיור של אח"י אילת (סער 5). במהלך ההפלגה, סקר לפניו מפקד החיל את הפעילות הן בגזרת לבנון והן בגזרת רצועת עזה. אולמרט התרשם ממערכות הספינה וצפה בנחיתת טמסוק עטלף על מנחת המסוקים בירכתי הספינה. בסיום אמר ראש הממשלה: הביקור התקיים עם סיקור עיתונאי צמוד שנתן חשיפה חיובית לחיל הים.
גם לאחר ימי הלחימה והסגר, המשיך חיל הים לעמוד בלחץ תקשורתי, שהתבטא בעיקר בביקורת חוזרת ונשנית על השאננות שהביאה לפגיעה באח"י חנית.
מפקד חיל הים.
הרמטכ"ל גבי אשכנזי שנכנס לתפקיד בפברואר 2007 ושר הביטחון אהוד ברק שנכנס לתפקידו ב-18 ביוני 2007, עסקו שניהם בשיקום הצבא לאחר המלחמה והעדיפו שמפקד חיל הים ימשיך בתפקידו שנה נוספת. תקופת הפיקוד על חיל הים שלוש שנים ובדרך כלל מוארכת בשנה נוספת או יותר. הפיקוד מהווה אחריות כבדה ומתח רב במצב רגיל ויותר מכך במצב מלחמה בעצימות גבוהה.