בשנת 2001 מונה לקצין אג"ם של פיקוד המרכז. כקצין האג"ם הפיקודי דחף, עם קצינים נוספים, לפעול נגד מקורות הטרור הפלסטיני באינתיפאדה השנייה, בקסבות ובמחנות הפליטים, למרות היותם מרחבים אורבניים צפופים ומסובכים ללחימה, וזאת למרות היסוסי הפיקוד הבכיר של צה"ל. בתפקיד זה היה שותף לתכנון מבצע חומת מגן ומאדריכליו ומי שהעניק למבצע את שמו. כמו כן היה ממתכנני גדר ההפרדה בקו התפר ("מבצע דרך אחרת").
בשנת 2003 מונה למפקד בה"ד 1. בתקופה זו עברו לבה"ד 1 כלל הכשרות הקצונה בצה"ל למעט הכשרות חובלים וטייסים. הוביל את "השילוב הראוי", פקודות המפרטות את הנהלים בשילוב גברים ונשים באותה יחידה. הירש החליט כי נשים וגברים יוכשרו לקצונה יחד בבה"ד 1 באותם צוותים תוך שמופרדים רק המגורים. כחלק מהחלטה זו הביא לסגירת בה"ד 12 כבסיס להכשרת קצונת נשים. בתקופה זו זכה בית הספר בשני פרסי רמטכ"ל. בתקופתו כמפקד בה"ד 1 פעל להעמקת הידע בתחומי מורשת ישראל ויהדות ויזם את הקמתו של בית הכנסת הגדול בבה"ד 1.
מלחמת לבנון השנייה.
באפריל 2005 מונה למפקד עוצבת הגליל וקודם לדרגת תת-אלוף.
בתקופה שקדמה למלחמת לבנון השנייה פעל נגד האיום מצד חזבאללה לחטוף חיילים ויזם תפיסה מבצעית חדשה לאיום החטיפה. בתקופת פיקודו על עוצבת הגליל אירעו מספר ימי לחימה בהם הצליחה האוגדה שבפיקודו למנוע ארבעה ניסיונות חטיפה, ובהם ניסיון החטיפה בע'ג'ר (2005), שהתפתח ליום קרב עם ארגון חזבאללה. זאת לאחר שכוח צנחנים מגדוד 202 נערך בכפר ע'ג'ר בהתאם לאיום, ביצע הונאה טקטית והרג ארבעה מחבלים מהכוח המיוחד של החזבאללה שניסו לחטוף חיילים.
חטיפת החיילים אהוד גולדווסר ואלדד רגב, שהובילה לפרוץ מלחמת לבנון השנייה, התרחשה בגזרה (המערבית) שהייתה באחריותו של הירש. בעיצומה של המלחמה גברה הביקורת על הירש לאחר שערוץ 10 שידר כתבה שבה הופיע מפקד חטיבה 7 אמנון אשל, ששירת תחת פיקודו, ובה מתח ביקורת על תפקודו של הירש. הירש ספג ביקורת גם על כך שאמר שכוחות צה"ל שולטים על בינת ג'בייל, ערב הקרב הקשה בעיירה שבו נהרגו שמונה מחיילי חטיבת גולני. במהלך המלחמה כבשה אוגדתו את אזור מרון א-ראס ובהמשך לחמה בבינת ג'בייל, כבשה את ג'בל עמל ופעלה באזור החוף (ראס ביאדה) דרומית לצור ובאזור העיר תבנין.
זמן קצר לאחר המלחמה החליט הרמטכ"ל דן חלוץ על מינויו של הירש לראש החטיבה האסטרטגית באגף התכנון. אך ערב פרסום תחקיר ועדת אלמוג, בראשות אלוף במיל' דורון אלמוג, החליט הירש בדצמבר 2006 להתפטר מתפקידו. אלמוג המליץ להדיח את הירש מתפקידו בעקבות אירוע החטיפה, והאשימו שלא נערך כראוי לאפשרות החטיפה.
מסקנתם העיקרית של חברי ועדת אלמוג הייתה כי ניתן היה למנוע את חטיפתם של רס"ל (מיל') אהוד גולדווסר וסמ"ר (מיל') אלדד רגב, כיוון שהאוגדה והכוחות שפעלו בגזרה היו אמורים להיות יותר ערניים ועם התייחסות מבצעית שונה לחלוטין ממה שהתרחש בפועל, עקב נחיתותו הטופוגרפית של הציר שבו נחטפו. בדומה למסקנות התחקיר המוקדם שערך תא"ל אבי אשכנזי (חברו של הירש למחזור בפנימייה הצבאית), הצביעו גם חברי ועדת אלמוג על כשלים בתפקוד עוצבת הגליל ומפקדים בכירים בה תוך שהם קובעים שהחטיפה נבעה מתוך כשל מקצועי ומנהיגותי חריף ביותר ברמת האוגדה והעומד בראשה. לטענת הירש, מסקנות אלה לא התקבלו על ידי צוות אלופים בראשות הרמטכ"ל שביצעו לו שימוע וקבעו כי בדו"ח ועדת אלמוג "לא ניתן ביטוי של ממש לאותם אילוצים קשים ששררו בגזרה". לדבריו, מסמך סיכום השימוע מסווג כסודי ביותר.
חברי ועדת וינוגרד קבעו כי עם זאת הוועדה קבעה כי . בעניין תפקוד האוגדה בקרב בינת ג'בייל קבעה הוועדה כי . הוועדה מתחה ביקורת גם על ניסוח הפקודות של הירש "שפתו של מפקד האוגדה הייתה יצירתית. היו שתיארו אותה כפיוטית" אך מקוריות זו הקשתה על פקודים של הירש לתרגם את דבריו לשפה צבאית-מבצעית, כדוגמה לניסוחים מעורפלים הביאה הוועדה את הדרך בה תיאר את הרעיון המבצעי האוגדתי: וכן לעומת זאת לאחר המלחמה קבעה ועדה בראשות האלוף מאיר כליפי כי פקודותיו של הירש נכתבו והועברו על פי הנדרש.
בהרצאה שנשא הירש בנובמבר 2007 אמר: "במלחמת לבנון השנייה ולאחריה, הדרג הצבאי הבכיר הסתתר מאחורי דרג הלוחמים בשדה, נטש אותם, הפקיר מפקדים לבדם ולא לקח על עצמו כל אחריות", והוסיף: "גם אירוע החטיפה לא נחקר כראוי. התחקיר היה חסר ומוטעה, חיפש ראשים ולא התמודד עם המציאות המסובכת". במהלך השנים הצטרפו להגנתו של הירש גם יושב ראש ועדת וינוגרד, ד"ר אליהו וינוגרד, שופט בית המשפט העליון בדימוס, מישאל חשין והתנועה למען איכות השלטון בישראל. בינואר 2014 פנה השופט וינוגרד לרמטכ"ל בני גנץ, וטען שהמצפון מייסר אותו וביקש לתקן את העוול שנעשה לתא"ל גל הירש, עוול שוועדת וינוגרד לא הצליחה לתקנו.
בהרצאה שנשא הירש ביוני 2016 באוניברסיטת בר-אילן, במלאת עשר שנים למלחמת לבנון השנייה, אמר: "הדבר הקשה ביותר שיש לי לומר, קשור דווקא לערכים ואתיקה של מנהיגים בצבא ובממשלה. אני מציע לכם כמפקד עתיד, שכשתצטרכו לבחור איך לנהוג במלחמה, אל תלכלכו, אל תשמיצו, אל תלכו רכיל, אל תפיצו שמועות אלא בואו לעזור כי ערכים קובעים את התוצאה.
נתקלתי בהשמצות תוך כדי קרבות, תקשורת בתוך החפ"קים כאילו זו תוכנית ריאליטי, מפקדים שדיברו עם התקשורת והדליפו. זה לא צריך היה לקרות! במלחמה היו לנו המון בעיות לוגיסטיות, מבצעיות וארגוניות, אך היו הרבה בעיות של העדר קוליגליות ואחוות לוחמים, ואת זה הרבה יותר קשה לתקן. אני לא נתתי שיפגעו באף מח"ט שלי, אף מג"ד ואף מ"פ, גיבוי הוא קריטי בעיני.
בבחירה בין להילחם לאחור בסכינים בגב, בהשמצות ובבעיות הערכיות לבין להילחם קדימה באויב בחרתי להילחם באויב ולהפקיר את הגב שלי, אני ממליץ גם לכם לנהוג כך!
לוחמי צה"ל לא נפלו לשווא, עשר שנות שקט הושגו על ידי אחיי הלוחמים המתים והחיים. אני מאוד גאה בלוחמים שלי, החיים והמתים, הם שהביאו עשור של שקט לצפון".
חזרה לשירות פעיל.
בפברואר 2012 נקרא לחזור לתפקיד מבצעי-פיקודי בצה"ל, ומונה לסגן המפקד (מיל') במפקדת העומק החדשה שהקים הרמטכ"ל, רא"ל בני גנץ. באוגוסט 2015 סיים הירש את תפקידו כסגן מפקד מפקדת העומק לאחר שלוש וחצי שנות שירות. בטקס ההחלפה נאם הרמטכ"ל רא"ל גדי איזנקוט ובדבריו שיבח את תפקודו של הירש במלחמת לבנון השנייה, אמר כי תושבי הצפון חבים לו תשע שנות שקט וכי לאחר ששקע האבק וההיסטריה הציבורית שלאחר המלחמה ניתן לראות היטב את ביצועיה של עוצבת הגליל תחת פיקודו של הירש במלחמה, ביצועים שהביאו שקט לצפון. הרמטכ"ל ציין גם כי לא נחוצות חוות דעת של שופטים, פועלו של גל הירש ידוע ומוערך מאוד בצה"ל.
שרות מילואים.
בין תפקידיו במילואים משמש הירש גם כמרצה בקורסי פיקוד בצה"ל.
לאחר שירותו בצה"ל.
לאחר סיום שירותו בצה"ל בשנת 2006 הקים את חברת "דיפנסיב שילד אחזקות", המתמחה בייזום פרויקטים, באינטגרציה בין ידע וטכנולוגיה ומספקת שירותי ייעוץ ותכנון אסטרטגי וביטחוני לממשלות ולחברות גדולות.
החברה סיפקה שירותים לצבא גאורגיה לפני המלחמה עם רוסיה שנערכה ב-2008, וכן לשירות המודיעין של קזחסטן.
בשנת 2013 הגישה חברת "דיפנסיב שילד" תביעה נגד חברת התרופות "טבע", בדרישה לקבל דמי תיווך בסך 19 מיליון ש"ח, בגין תרומתו של הירש לרכישת חברת "ספאלון" בידי "טבע". כעבור כשנתיים ביטלה "דיפנסיב שילד" את תביעתה.
מועמדותו לתפקיד מפכ"ל המשטרה והחקירות נגדו.
ב-25 באוגוסט 2015 פורסם שהשר לביטחון הפנים, גלעד ארדן, החליט להציע לממשלה למנות את הירש למפכ"ל המשטרה. ההודעה עוררה התנגדות מצד בכירי משטרה לשעבר ומצד הורים שכולים של חללי מלחמת לבנון השנייה. גם היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, הורה לארדן להמתין עם המינוי עד שיסיים את בדיקותיו על הירש, והוסיף שהבדיקה "תימשך זמן רב". ב-23 בספטמבר הודיע השר ארדן על הסרת מועמדותו של הירש לתפקיד. החשדות נגד הירש נגעו לשוחד וטוהר המידות בשני תיקים: מכרז פינוי הנפלים בראשון לציון וחשד לקבלת שוחד בגאורגיה.
באפריל 2016 פורסם כי הירש נחקר באזהרה בפרשת מכרז פינוי הנפלים בראשון לציון, בחשד לביצוע עבירות של טוהר המידות. ב-7 באוקטובר 2018 הודיעה הפרקליטות על סגירת החקירה בעניין זה מחוסר אשמה.
באוקטובר 2015 התראיין נשיא גאורגיה לערוץ 2, ואמר ש"גל הירש נקי מכל חשד באשר לִפעילותו בגאורגיה ושמדובר בעניין פוליטי פנימי של ישראל בלבד". ב-3 במאי 2016 נחקר באזהרה בחשד שהחברה שבבעלותו זכתה במרמה בחוזים באפריל 2016 פורסם שבית משפט בלונדון סירב להסגיר את קזרשווילי לגאורגיה בטענה שההאשמות הן ממניעים פוליטיים והן מעידות על "רדיפה פוליטית מתמשכת", כך שלא היה שוחד בין הירש לגאורגים. באוגוסט 2017 התפרסם כי בגאורגיה הסתיים משפטו של שר ההגנה דוד קזרשווילי בזיכוי. ב-5 באוגוסט 2019 פרסמו משטרת ישראל ורשות המיסים את עמדתן כי יש להגיש נגד הירש ועודד שכנאי כתבי אישום בגין עבירות מס. החקירה בנוגע לחשד מתן שוחד לשר ההגנה הגאורגי, נסגרה מחוסר ראיות.
בפברואר 2018 פורסמה טענתו של רח"ט המודיעין לשעבר במשטרת ישראל, תנ"צ גיא ניר, כי מינויו של הירש למפכ"ל סוכל על ידי בכירי המשטרה "באופן הגובל בפלילים". בקלטות שהעביר ניר ליועץ המשפטי לממשלה, באוגוסט 2018, עולה כי ראשי המשטרה ביקשו לסכל את מינויו של הירש. נציב תלונות הציבור, השופט בדימוס דוד רוזן, חקר את סיכול המינוי והתנהלות החקירה, ולא מצא דופי בהתנהלות המשטרה והפרקליטות. הוא הסיק כי החקירות התארכו עקב מורכבותן ולא בשל הזנחה. לדברי הירש רוזן לא שמע את עמדתו וטיעוניו טרם פרסום מסקנותיו.