השיחות הבילטראליות על תיקון הסכם הביטחון משנת 1952 החלו ב-1959, והאמנה החדשה לשיתוף פעולה הדדי וביטחון נחתמה בוושינגטון ב-19 בינואר 1960. כאשר נמסרה האמנה לדיאט לאישור ב -5 בפברואר, היא הפכה לנושא של ויכוח מר על יחסי יפן וארצות הברית, והזדמנות לאלימות במאמץ כללי של האופוזיציה השמאלנית למנוע את מעברה. היא אושרה לבסוף על ידי בית הנבחרים ב -20 במאי. סגני המפלגה הסוציאל-דמוקרטית היפנית החרימו את הפגישה בבית התחתון וניסו למנוע מסגני המפלגה הליברלית-דמוקרטית היפנית להיכנס לחדר; הם הוצאו בכוח על ידי המשטרה, בעקבות ההפגנות וההתפרעויות המסיביות של הסטודנטים ושל האיגודים המקצועיים. ההתפרצויות הללו מנעו ביקור מתוזמן ביפן על ידי הנשיא דווייט ד. אייזנהאואר וזירזו את התפטרות ראש הממשלה נובוסוקה קישי, אך לא לפני שהאמנה הועברה כברירת מחדל ב-19 ביוני. כאשר בית היועצים של יפן לא הצביע בנושא, נדרשו שלושים יום לאחר אישור בית נמוך יותר.
על פי האמנה, שני הצדדים התחייבו לסייע זה לזה במקרה של התקפה מזוינת על שטחים תחת הממשל היפני.(עם זאת, הבינו שיפן אינה יכולה לבוא להגנת ארצות הברית משום שאסור על פי חוק לשלוח כוחות חמושים לחו"ל (סעיף 9). בפרט, החוקה אוסרת על החזקת "היבשה, הים וחיל האוויר". היא מבטאת גם את ויתורם של היפנים על "האיום או השימוש בכוח כאמצעי ליישוב סכסוכים בינלאומיים". בהתאם לכך, היפנים מתקשים לשלוח את כוחות ההגנה העצמית שלהם לחו"ל, אפילו למטרות שמירה על השלום). היקף האמנה החדשה לא כללה את איי ריוקיו, אך נקודה מצורפת הבהיר כי במקרה של התקפה מזוינת על האיים, שתי הממשלות יתייעצו וינקטו פעולה מתאימה. בניגוד להסכם הביטחון משנת 1952, נקבעה האמנה החדשה לתקופת כהונה של עשר שנים, ולאחר מכן ניתן היה לבטל אותה בהודעה שנתית של אחד הצדדים. האמנה כללה הוראות כלליות על המשך הפיתוח של שיתוף פעולה בינלאומי ועל שיפור שיתוף הפעולה הכלכלי בעתיד.
שתי המדינות עבדו מקרוב על מנת לקיים את הבטחת ארצות הברית, לפי סעיף 3 של החוזה, להחזיר את כל השטחים היפנים שנרכשו על ידי ארצות הברית במלחמה. ביוני 1968, החזירה ארצות הברית את איי בונין (כולל איוו ג'ימה) לשליטת הממשל היפני. ב-1969, סוגיית ההחזרה של אוקינאווה וקשרי הביטחון של יפן עם ארצות הברית הפכו למוקד של קמפיינים פוליטיים מפלגתיים. המצב נרגע במידה ניכרת כאשר ראש הממשלה סאטו איסקו ביקר בוושינגטון בנובמבר 1969, ובהודעה משותפת שנחתמה על ידו ועל יד הנשיא ריצ'רד ניקסון, נודע על הסכם ארצות הברית להחזיר את אוקינאווה ליפן ב -1972. ביוני 1971, לאחר שמונה עשר חודשים של משא ומתן, חתמו שתי המדינות על הסכם בדבר החזרת אוקינאווה ליפן ב -1972.
ההסכמה המוצקה של הממשלה היפנית והמתנדבת על הסכם הביטחון ויישוב שאלת החזרה של אוקינאווה פירושה ששתי סוגיות פוליטיות מרכזיות ביחסי יפן-ארצות הברית נפתרו, אך התעוררו בעיות חדשות. ביולי 1971 הופתעה הממשלה היפנית מהכרזתו הדרמטית של ניקסון על ביקורו הקרוב ברפובליקה העממית של סין. יפנים רבים נדהמו מכישלונה של ארצות-הברית להתייעץ מראש עם יפן לפני שיבצע שינוי יסודי במדיניות החוץ. בחודש שלאחר מכן הופתעה הממשלה לגלות כי ללא התייעצות מוקדמת הטילה ארצות הברית היטל של 10% על היבוא, החלטה שתעכב את הייצוא של יפן לארצות הברית. היחסים בין טוקיו לוושינגטון היו מתוחים עוד יותר מהמשבר המוניטרי, שעסק בהערכת היין היפני בדצמבר 1971.
אירועים אלה של 1971 סימנו את תחילתו של שלב חדש ביחסים, תקופה של הסתגלות למצב העולמי המשתנה, שלא היה נטול תקופות של מתיחות הן בתחום המדיני והן בתחום הכלכלי, אם כי הקשר הבסיסי נותר קרוב. הסוגיות הפוליטיות בין שתי המדינות היו בעיקרן ביטחוניות ונובעות ממאמציה של ארצות הברית לגרום ליפן לתרום יותר להגנתה ולביטחון האזורי. הסוגיות הכלכליות נבעו מהרחבת הסחר וגירעון התשלומים עם יפן, שהחלו ב-1965, כאשר יפן הפכה את חוסר האיזון שלה בסחר עם ארצות הברית, ובפעם הראשונה השיגה ייצוא עודף.
הוצאות צבאיות כבדות במלחמת קוריאה (1950 - 533) ומלחמת וייטנאם (1965 - 1973) סיפקו תמריץ גדול לכלכלת יפן.
1970: מלחמת וייטנאם ומשבר המזרח התיכון.
נסיגת ארצות הברית מווייטנאם ב-1975 וסיומה של מלחמת וייטנאם הביאו לכך ששאלת תפקידה של יפן בביטחון מזרח אסיה ותרומתה להגנה עצמית הפכה לנושאים מרכזיים בדיאלוג בין שתי המדינות. חוסר שביעות הרצון של ארצות הברית ממאמצי ההגנה היפניים החל להתגבש ב -1975 כאשר שר ההגנה ג'יימס שלזינגר הציג בפומבי סטיגמות יפניות. ממשלת יפן, המוגבלת על ידי המגבלות החוקתיות ודעת הקהל הפציפיסטית, הגיבה באיטיות ללחצים להתעצמות מהירה יותר של כוחות ההגנה העצמית שלה (SDF). זהיא הגדילה בהתמדה את הוצאותיה התקציביות עבור הכוחות האלה, והראתה על נכונותה לשאת יותר ממחיר השמירה על הבסיסים הצבאיים של ארצות הברית ביפן. בשנת 1976 הקימו ארצות הברית ויפן רשמית ועדת משנה לשיתוף פעולה ביטחוני, במסגרת ועדה ביטחונית דו-צדדית שנקבעה לפי אמנת הביטחון משנת 1960. ועדת משנה זו, הכינה הנחיות חדשות לשיתוף פעולה ביטחוני ביפן וארצות הברית, שבמסגרתן נערכו מתכננים צבאיים של שתי המדינות וניהלה דיונים הקשורים לפעולה צבאית משותפת במקרה של התקפה מזוינת על יפן.
בחזית הכלכלית, ביקשה יפן להקל על החיכוכים המסחריים בכך שהסכימה לסידורי שיווק מסודרים, אשר הגבילה את היצוא על מוצרים שהזרמתם לארצות הברית יוצרת בעיות פוליטיות. ב-1977 נחתם הסכם שיווק מסודר המגביל את היצוא הטלוויזיוני היפני לארצות הברית, בעקבות דפוס מוקדם יותר של בעיית הטקסטיל. הייצוא של פלדה לארצות הברית צומצם אף הוא, אך הבעיות נמשכו, שכן סכסוכים התלקחו מעל ההגבלות של ארצות הברית על פיתוח יפני של מתקני עיבוד חוזר של דלק גרעיני, הגבלות יפניות על יבוא חקלאי מסוים, כגון בשר ותפוזים וליברליזציה של השקעות הון רכש ממשלתי בתוך יפן.
תחת הלחץ האמריקאי פעלה יפן לקראת אסטרטגיה ביטחונית מקיפה עם שיתוף פעולה הדוק יותר עם ארצות הברית על בסיס גומלין ואוטונומי יותר. מדיניות זו הועמדה לדין בנובמבר 1979, כאשר איראנים רדיקלים השתלטו על שגרירות ארצות הברית בטהראן, ונטלו בה 60 שבויים. יפן הגיבה בגינוי הפעולה כהפרה של החוק הבינלאומי. בד בבד, חברות מסחר יפניות וחברות נפט רכשו, לפי הדיווחים, נפט איראני שהפך לזמין כאשר ארצות הברית אסרה על ייבוא נפט מאיראן.
257/5000
פעולה זו הביאה ביקורת חריפה מצד ארצות הברית על "חוסר הרגישות" של ממשלת יפן לאפשר את רכישת הנפט והובילה להתנצלות יפנית ולהסכמה להשתתף בסנקציות נגד איראן, בשיתוף עם בעלות בריתה של ארצות הברית.
בעקבות אירוע זה, ממשלת יפן הקדישה תשומת לב רבה יותר לתמיכה במדיניות הבינלאומית של ארצות הברית שנועדה לשמור על היציבות ולקדם את השגשוג. יפן הייתה מהירה ויעילה בהכרזה על סנקציות נגד ברית המועצות בעקבות הפלישה הסובייטית לאפגניסטן בדצמבר 1979. בשנת 1981, בתגובה לבקשות ארצות הברית, היא קיבלה אחריות גדולה יותר להגנה על הים סביב יפן, התחייבה תמיכה גדולה יותר לכוחות ארצות הברית ביפן, והתעקשה בהתעצמות מתמדת של ה- SDF.
שנות השמונים: עלייתם של הבזים.
שלב חדש איכותי של שיתוף פעולה בין יפן וארצות הברית בענייני העולם הגיע בסוף 1982 עם בחירתו של ראש הממשלה יסוהירו נקסונה. פקידי ממשל של רונלד רייגן עבדו בשיתוף פעולה הדוק עם עמיתיהם היפנים כדי לפתח מערכת יחסים אישית בין שני המנהיגים על בסיס תפיסת הביטחון המשותפת והבינלאומית שלהם. הנשיא רייגן וראש הממשלה נהנו ממערכת יחסים קרובה במיוחד. נקאסון הרגיע את מנהיגי ארצות-הברית על נחישותה של יפן נגד האיום הסובייטי, מדיניות מתואמת היטב עם ארצות-הברית לעבר נקודות צרות אסיאתיות כמו חצי האי הקוריאני ודרום-מזרח אסיה, ועבדה בשיתוף פעולה עם ארצות הברית בפיתוח המדיניות הסינית. ממשלת יפן קידמה בברכה את עליית כוחות ארצות הברית ביפן ובמערב האוקיינוס השקט, המשיכה בהתעצמות מתמדת של ה-SDF, ומיקמה את יפן בחוזקה בצד ארצות הברית כנגד האיום של התרחבות בינלאומית סובייטית. יפן המשיכה לשתף פעולה באופן הדוק עם מדיניות ארצות הברית באזורים אלה בעקבות כהונתו של נקסונה, אם כי שערוריית ההנהגה הפוליטית ביפן בשלהי שנות השמונים הקשתה על הנשיא החדש, ג'ורג' הרברט ווקר בוש, להקים את אותו סוג של קשרים אישיים הדוקים שסימנו את שנות רייגן.