בדצמבר 1961, העבירה ממשלת קאסם חוק שהגביל את זיכיונות חברת הנפט העיראקית שהייתה בבעלות בריטית-עיראקית אך ורק לאזורים בהם הופק הנפט, והפקיע 99.5% מהזיכיונות. נציגים אמריקניים נבהלו מההפקעה ומהטלת הווטו של הסובייטים על החלטת האו"ם שדרשה לצרף את כווית לאו"ם, והאמינו שהיה קשר בין הדברים. הסברה הייתה שאם חברת הנפט תפסיק להפיק נפט, ישתלט קאסם על כווית ועל הפקת הנפט במזרח התיכון, או שיצטרף לרוסים. באותו הזמן, נפוצו שמועות על הפיכה נגד ממשלת קאסם שתחזיר את עיראק לנייטרליות. ב-30 בדצמבר, שלח היועץ לביטחון לאומי מקג'ורג' באנדי טלגרמה לנשיא מהשגריר האמריקני בעיראק, שטען שארצות הברית בסכנה להיכנס למצב בעייתי בכווית. באנדי ביקש מקנדי ללחוץ על מחלקת המדינה לשקול אמצעים לפתרון המצב בעיראק, ולשתף פעולה עם הבריטים למען הנפט באזור.
באפריל 1962, פרסמה מחלקת המדינה הנחיות חדשות לגבי עיראק שנועדו להעלות את ההשפעה האמריקנית במדינה. באותה התקופה, הנחה קנדי את ה-CIA להתחיל להתכונן להפיכה צבאית נגד קאסם. ב-2 ביוני, ציווה שר החוץ העיראקי על השגריר האמריקני לעזוב את המדינה, והודיע על החזרת השגריר מוושינגטון בתגובה לקבלת כתב האמנה של השגריר הכוויתי החדש בארצות הברית. למרות האזהרות של עיראק בנושא, האמריקנים נדהמו מהמהלכים העיראקיים. קנדי לא קיבל אזהרות בנוגע למשבר שייווצר אם יקבל את השגריר הכוויתי. בסוף 1962, סדרת תבוסות מצד המורדים הכורדים פגעו במורל של הצבא העיראקי ובתמיכה בקאסם. בין ספטמבר 1962 לפברואר 1963, האשים קאסם את ארצות הברית בהצלחות הכורדים, אולם מחלקת המדינה סירבה להגיב להאשמות מתוך חשש לפגוע בנוכחות שעוד נותרה לה באזור. ב-5 בפברואר 1963, הודיע מזכיר המדינה ראסק את שגריר ארצות הברית בעיראק שמחלקת המדינה שוקלת להפסיק להימנע מלהגיב לקאסם. ב-7 בפברואר, התברר לבאנדי שעיראק הייתה מקום שימושי ביותר לאיסוף מודיעין על הסובייטים ועל פעולותיהם בקרב המדינות הבלתי מזדהות. ה-CIA גילה על פרויקט טילי קרקע-אוויר משותף בין העיראקים לסובייטים. המודיעין החשוב הוביל לחוסר רצון להכעיס את קאסם.
לאחר שהגיעו להסכם סודי עם ברזאני כדי לפעול נגד קאסם בינואר, ביצעה מפלגת הבעת' האנטי קומוניסטית והאנטי אימפריאליסטית הפיכה אלימה והוציאה את קאסם להורג ב-8 בפברואר 1963. היו שמועות שה-CIA היה מעורב בהפיכה, אולם מסמכים שפורסמו חשפו שלא הייתה מעורבות האמריקנית, אם כי ה-CIA ביקש למצוא מחליף לקאסם בתוך הצבא העיראקי ויידע את ארצות הברית על ניסיונות של הבעת' לבצע הפיכה ביולי ובדצמבר 1962, ניסיונות שבוטלו. אף על פי שה-CIA עקב מקרוב אחרי תכנוני ההפיכה של הבעת' מאז 1961, הכחיש ה-CIA כל מעורבות בנושא. סגנו של קאסם עבד א-סלאם עארף (שלא היה מהבעת') מונה לנשיא, תפקיד טקסי בעיקרו, ואילו הגנרל ממפלגת הבעת', אחמד חסן אל-בכר, מונה לראשות הממשלה. המנהיג החזק ביותר של הממשלה החדשה היה מזכיר מפלגת הבעת', עלי סלאח אל-סעדי, ששלט בצבא וארגן טבח של מאות - אולי אלפי - חשודים בקומוניזם ומתנגדים פוליטיים מיד לאחר ההפיכה. ממשל קנדי הסתכל על המשטר החדש בעיראק באופטימיות זהירה. אולם הנציגים האמריקנים חששו שעימות מחודש עם הכורדים יפגע בהישרדות הממשלה העיראקית. ברזאני שחרר 1,500 שבויים כמחווה של רצון טוב, אולם שר החוץ העיראקי הודיע ב-3 במרץ שהממשלה לא מוכנה לשקול צעדים מעבר למתן אוטונומיה תרבותית ותכננה להשתמש במתנגדים לברזאני ובשבטים הערביים באזור כדי לפגוע בכורדים. ב-4 במאי הזהירו האמריקנים את עיראק ולחצו עליהם להציע הצעות לכורדים. ב-22 במאי הודיעו העיראקים שלא יסבלו את ההתנגדות הכורדית לעיראק. הקרבות החלו שוב ב-10 ביוני, כשממשלת עיראק - ששלחה 45,000 חיילים אל כורדיסטן- עצרה חברים במשלחת הכורדית והכריזה על שלטון צבאי בצפון עיראק. בינתיים, פעלה ברית המועצות כדי לפגוע בממשלת הבעת', והפסיקה משלוחים צבאיים לעיראק במאי, בעודה משכנעת את מונגוליה ללחוץ באו"ם להאשים את עיראק ברצח עם בין יולי בספטמבר, ומעודדת הפיכה קומוניסטית כושלת ב-3 ביולי. ממשל קנדי הגיב בדרישה מבעלות בריתה הערביות של ארצות הברית להתנגד להאשמות באו"ם ולשלוח נשק בשווי 55 מיליון דולרים לעיראק.
ממשלת הבעת' קרסה בנובמבר 1963, בגלל שאלת האיחוד עם סוריה (בה פלג מתחרה של מפלגת הבעת' תפס שליטה במרץ), ופעולותיו הקיצוניות של הצבא העיראקי. הנשיא עארף, בתמיכת הצבא, פיטר את תומכי הבעת' מהממשלה וציווה להפסיק את פעולות הצבא. ב-5 בינואר 1964, אף על פי שאל-בכר תמך בעארף, הוא פוטר מתפקידו כסגן הנשיא. ב-21 בנובמבר 1963, הכריע ממשל קנדי שכיוון שעארף נותר ראש המדינה העיראקית, ימשיכו היחסים הדיפלומטיים עם עיראק.
היחסים בין עיראק לבין ממשל ג'ונסון.
תחת נשיאותו של עבד א-סלאם עארף, היחסים בין ארצות הברית לבין עיראק היו הקרובים ביותר מאז ההפיכה ב-1958. בעקבות התבוסה הערבית במלחמת ששת הימים ב-1967, נפלה ממשלתו המתונה של עארף. ב-10 ביוני 1967, עזב שגריר ארצות הברית בבגדאד את עיראק ונסגרה שגרירות ארצות הברית בבגדאד. לאחר מכן, דיפלומטים אמריקאים זוטרים, עבדו בשגרירות בלגיה בבגדאד. לאחר זמן קצר, הופסקו לחלוטין היחסים הדיפלומטים בין שתי המדינות ועד 1972, התקיימו מעט מאוד מגעים בין גורמים אמריקאים לגורמים עיראקים. ביוני 1968, העבירה השגרירות הבלגית לפקידים עיראקים מסר ממחלקת המדינה, לפיה ארצות הברית מוכנה לנרמל את היחסים עם עיראק בתמורה לפיצוי עיראקי על הנזק שנגרם לקונסוליה והשגרירות האמריקאית בעיראק, וקץ לחרם העיראקי על סחורות אמריקאיות שהחל לאחר הניצחון הישראלי במלחמת ששת הימים.
הפעולות האיראניות נגד עיראק והסכם מרץ.
כאשר עיראק הוציאה להורג בפומבי 9 יהודים עיראקים בסוף ינואר 1969, ממשל ניקסון ביקש לעכב את ההוצאות להורג על ידי שכנוע בעלות הברית של ארצות הברית. לאחר ההוצאות להורג, ארצות הברית גינתה בחריפות את המהלך ושגרירה באו"ם פנה למועצת הביטחון של האו"ם. לאחר שבריטניה נסוגה מהמפרץ הפרסי, ניסה הנשיא ניקסון לבנות דומיננטיות איראנית עם השאה האיראני, מוחמד רזא שאה פהלווי. השאה ראה במפלגה הבעת' העיראקית "חבורה של בריונים רוצחים". בעקבות פעולותיה הפרובוקטיביות של איראן בינואר 1969, ביקש השאה להעניש את איראן ואולי אף לזכות בריבונות איראנית חלקית על נתיב המים של שאט אל-ערבי, שעליו העניקה אמנת 1937, ריבונות עיראקית כמעט מוחלטת. בתחילת מרץ הנחה השאה את בעלי בריתו הכורדים לתקוף את מתקני חברת הנפט העיראקית סביב כרכוכ ומוסול וגרם לעיראק נזק של מיליוני דולרים.
פעולותיו התוקפניות של השאה, הביאו את עיראק לחתור לסיום המלחמה עם הכורדים. בסוף 1969, נשלח סאדאם חוסיין לנהל משא ומתן עם הכורדים בשם ממשלת עיראק. ההודעה על המשא ומתן הרגיזה את השאה שביצע בינואר 1970, ניסיון הפיכה כושלת נגד עיראק. במרץ אותה שנה, ההסכם בין הכורדים לממשלת עיראק, אשר כונה "הסכם מרץ", נחתם, דבר אשר אפשר הקמת אוטונומיה כורדית.
היו טוענים למעורבות אמריקנית בניסיון ההפיכה הכושלת בינואר 1970, אשר היה מורכב גם ממפלגות אופוזיציה בעיראק. בתגובה להאשמות, הכחישה ארצות הברית את מעורבותה.
1972 – 1975.
לאחר "הסכם מרץ", ניסו גורמים איראנים וישראלים לשכנע את הנשיא ניקסון שההסכם נועד לאפשר לסובייטים לשחרר את הצבא העיראקי על מנת לתקוף את איראן וישראל. בסוף 1971, יחסי עיראק-ברית המועצות השתפרו במהירות וברית המועצות סיפקה סיוע צבאי של כ-750 מיליון דולרים לצבא עיראק. ארצות הברית מצדה סיפקה סיוע של כ-20 מיליון דולרים לכורדים.
מלחמת איראן–עיראק.
לאחר הסכם השלום בין מצרים לישראל שהובילה ארצות הברית, עיראק הובילה את ההצעה בליגה הערבית לגרש את מצרים, אך הדאגה למהפכה אסלאמית באיראן ולפלישה הסובייטית לאפגניסטן הובילה את עיראק לבחון מחדש את יחסיה עם ארצות הברית. דבר זה, הוביל לחמימות ביחסים בין ארצות הברית לעיראק.
כאשר ארצות הברית הובילה ב-1984 אמברגו על איראן, עיראק הובילה מהלכים לסיום המלחמה בינה לבין איראן, דבר שהוביל את ארצות הברית שלא לעשות אמברגו כנגדה ובנובמבר אותה שנה, ארצות הברית חידשה את יחסיה עם עיראק לאחר 17 שנים.
ב-1986, היחסים נהיו מתוחים כאשר התגלה שארצות הברית מכרה נשק בחשאי לאיראן ב-1985 ו-1986 ומשבר נוסף אירע ב-1987, כאשר טייס עיראקי הפציץ ספינה של חיל הים האמריקאי במפרץ הפרסי שחשב בטעות שהוא מעורב במסחר עם איראן. במהלך כל המלחמה, עיראק האמינה בעמדה כי ארצות הברית חושבת כי המלחמה מתקיימת רק בגלל העקשנות האיראנית.
מלחמת המפרץ.
ב-25 ביולי 1990, לאור המתיחות בין עיראק לכווית, נפגש סאדאם חוסיין עם שגריר ארצות הברית בבגדאד, במגעים האחרונים בין שתי המדינות לפני הפלישה העיראקית לכווית ב-2 באוגוסט 1990.
את הקואליציה הצבאית נגד עיראק לשחרור כווית הובילה ארצות הברית. בעקבות המלחמה, היחסים בין שתי המדינות הופסקו בפעם השנייה.
הפלישה האמריקאית לעיראק.
ב-2001, הוביל ממשל בוש בקונגרס את הרעיון לפלוש לעיראק מתוך סכנה כי סאדאם חוסיין מפתח נשק להשמדה המונית .
ב-20 במרץ 2003, פלשה ארצות הברית עם הממלכה המאוחדת ובעלי ברית נוספים לעיראק וביולי אותה שנה נפל סאדאם חוסיין וארצות הברית הקימה ממשל חדש בעיראק. לאחר הקמת המשטר החדש הפרו-מערבי בעיראק, חידשה ארצות הברית את יחסיה עם עיראק. והקימה את מערכת המבנים שיועדו ל-שגרירות ארצות הברית בבגדאד באזור הירוק.