בתקופת האינתיפאדה השנייה הפעיל גם חיל ההנדסה הקרבית צלפים, חלקם במסגרת מחלקות הסיור (הנחשבות ליחידות המובחרות של גדודי ההנדסה) ויהל"ם. הצלפים השתמשו בעיקר ברובי רמינגטון M24 ובארט M82A1, אך לעיתים גם ברובים "אקזוטיים" יותר כגון SVD דרגונוב. צלפי מחס"ר גדוד 603 הצטיינו במהלך הקו שתפס הגדוד ברצועת עזה והיו שותפים להישג של המחס"ר שחיסלה למעלה מ-70 מחבלים בשנים 2003–2005. צלפי המחס"ר התאמנו במיוחד בצליפת יום ולילה, ובצליפה תוך שימוש בצייני אינפרא-אדום והציבו מארבים רבים למחבלים. באחד המקרים חיסלו הצלפים חוליית טרור שהטמינה מטעני חבלה באמצעות ירי מדויק ממרחק 600 מטר.
תפקוד מערך הצליפה בצה"ל במלחמת לבנון השנייה נחשב לכישלון. כתוצאה מכך פתח צה"ל בתחקיר מקיף להפקת לקחים וביצוע רפורמות שישפרו את מערך הצליפה, הכשרת הצלפים וניצולם בשטח באופן מיטבי. בשנת 2008, בעקבות תהליך הפקת לקחים הנ"ל, התקבלה בזרוע היבשה החלטה לבצע שורה של שינויים במערך הצליפה של צה"ל.
במבצע עמוד ענן (2012) ומבצע צוק איתן (2014) הוכיחו הצלפים בצה"ל יכולת דיוק גבוהה, כולל צלפים סדירים של חטיבות חיל הרגלים שהראו יכולת דיוק ברמה של יחידות מיוחדות. נכון ל-2017 צלפים סדירים בצבא נחשבים לאיכותיים ברמה עולמית.
ב-2017 רכש צה"ל 800 כוונות טלסקופיות חדשות מדגם לאופולד Mark 6. זוהי כוונת טלסקופית בעלת הגדלה של X3-X18 ולוח שנתות משופר, שהותאמה לדרישות צה"ל. הכוונת נכנסה לכלל מערך הצליפה בצה"ל, כולל החי"ר, הצליפה לרחוק והלוט"ר.
בחודשים מרץ-אוקטובר 2018 הפעיל צה"ל עשרות צלפים כדי לעצור את המהומות האלימות בגבול ישראל-רצועת עזה בהם ניסו אלפי פלסטינים לחבל ולפרוץ בגדר המערכת של רצועת עזה ולחדור לשטח ישראל כדי לבצע פיגועי טרור. הצלפים נטרלו בירי מדויק מאות מחבלים ומתפרעים אלימים, והרגו למעלה מ-205 פלסטינים, מתוכם לפחות 80% זוהו כפעילים בארגוני טרור ובעלי רקע י, רובם מחמאס. הצלפים העידו שהפלסטינים השתמשו בילדים, נשים וזקנים כמגן אנושי ושבמקרים כאלו הם נמנעו מירי לעברם.
ב-12 ביולי 2018 ארגן בית הספר ללוחמה בטרור, קליעה וצליפה אליפות צליפה בינלאומית, שכללה צלפים ממספר צבאות בעולם בהם צלפי יחידות עילית כגון אריות הים (Navy SEALs) ויחידת הריינג'רס של צבא ארצות הברית. בתחרות זכתה יחידת מגלן של צה"ל בבית היחידות המיוחדות, וגדוד 890 של חטיבת הצנחנים בבית גדודי חיל הרגלים ובסיכום הכולל.
מערך הצליפה בצה"ל כיום.
כיום בצה"ל, קיימים צלפים בחיל הרגלים ויחידות מובחרות (בעבר היו גם בחיל ההנדסה הקרבית). סוגי הצלפים בצבא מתחלק לשני סוגים - צלפי חי"ר (הכולל גם תת-סוג של "צלפים לטווח ארוך") וצלפי לוט"ר.
כאמור, כיום עיקר ההדרכה בנושאי צליפה נעשית בבית הספר לקליעה וצליפה צבאית שבמתקן אדם. צלפי החי"ר (בעיקר צנחנים, גבעתי וגולני) בצה"ל נחשבים למקצועיים יותר יחסית לעבר ובעלי יכולת דיוק גבוהה, אך סובלים מחוסר ניסיון מבצעי (שכן הם משרתים רק 3 שנים שירות סדיר, בניגוד לצלפים אחרים בעולם שמשרתים בתפקיד בקבע שנים רבות). עם זאת, נמתחה ביקורת על חוסר ידע בהפעלת צלפים יעילה על ידי המג"דים של גדודי חיל הרגלים וכן על מחסור באימוני צליפה סדירים בתדירות גבוהה.
רובי הצלפים התקניים של צלפי החי"ר הם הרמינגטון M24 - רובה בריחי לצליפה צבאית כללית בטווחים של 100–800 מטר, SR-25 Mk 11 - רובה חצי-אוטומטי לצליפת לש"ב בטווחים של עד 500 מטר, ברק 338 - רובה בריחי לצליפה צבאית בטווחים ארוכים של 1200 מטר, ובארט M82A1 - רובה חצי-אוטומטי כבד המשמש בעיקר כרובה נגד חומרים ולסילוק פצצות בחיל ההנדסה הקרבית.
צלפי יחידות מובחרות ומיוחדות בצה"ל משתמשים גם ברובי צלפים אחרים בהם מאוזר 86SR, PGM Ultima Ratio, SVD דרגונוב, PSG-1, מקמילן TAC-338, מקמילן TAC-50, SR-25 Mk 11 ובארט MRAD. רובים אלה נחשבים לרובים איכותיים ומדויקים ביותר ובעלי ניסיון מבצעי מוכח. כמעט כל יחידה מיוחדת בצה"ל כוללת גם צלפים, לרבות סיירת מטכ"ל, שייטת 13, יחידת שלדג ויחידת דובדבן. צלפי היחידות המובחרות נחשבים לצלפים מקצועיים וטובים מאוד, וצלפי היחידות של סיירת מטכ"ל, שייטת 13 ושלדג נחשבים כצלפים ברמה עולמית עם מוניטין בינלאומי.
הצלפים בצה"ל משתמשים בתחמושת ייעודית לצליפה, כגון כדורים מדגם M118LR האמריקאי או תחמושת צליפה תואמת של IMI, ולעיתים גם בתחמושת Match Grade האיכותית ביותר, כאשר נדרשת צליפה כירורגית. ברוב הרובים ניתן להשתמש גם בתחמושת רגילה אך היא פחות מדויקת. תחמושת הצליפה של IMI, כגון ה-7.62x51 mm Long Range Match 175-Grain, נחשבת לאיכותית ומדויקת: יכולת הקביצה של רובה רמינגטון M24 עם תחמושת זו בירי לטווח הוא פיזור של , דיוק השקול לחצי דקת קשת (0.5 MOA), הנחשב מצוין לצליפה צבאית (וגם לצליפת לוט"ר). בנוסף מצוידים הצלפים במגוון עזרים טקטיים הכוללים כוונות טלסקופיות מדגמים שונים (כגון "נמרוד" או "ליאופולד X10" ו"ליאופולד סימן 6 X3-X18" ליום ו"ליטון אקילה X6" ללילה), אמצעי ראיית לילה, משקפת, ערכה מטאורלוגית, חצובות ודורגל, משתיק קול, חליפות הסוואה, רשת הסוואה ועוד.
בשנים האחרונות מארגן בית הספר לקליעה וצליפה צבאית תחרות צליפה שנתית בין כלל היחידות הקרביות של צה"ל, משמר הגבול ומשטרת ישראל. בתחרות מתבצע ירי במתארים שונים, והיחידות מחולקות לבתים (גדודי חיל הרגלים, גדודי סיור, יחידות מובחרות ויחידות עילית).
סוגי צלפים בצה"ל.
כיום מקובל להבחין בצה"ל בין:
הצליפה במשטרת ישראל.
משטרת ישראל ומשמר הגבול מפעילות גם הן צלפים. בעבר צלפי המשטרה היו חמושים ברובי רמינגטון 700P, רובי M-14 ורובי M-16 שהותאמו לצליפה, אך מאז שנות ה-90 של המאה ה-20 הם חמושים ברובי צלפים ייעודיים בעלי דיוק גבוה. כיום רק היחידות המיוחדות של המשטרה ומג"ב מפעילות צלפים, הבולטות שבהן הן הימ"מ (היחידה המיוחדת ללוחמה בטרור) והימ"ס (יחידות המסתערבים).
במשך עשרות שנים הפעיל המשמר האזרחי יחידה של צלפים מתנדבים. הללו השתמשו ברובים שונים, החל מ-M1 קרבין ומאוזר K98 משופרים עם כוונת טלסקופית וכלה ברמינגטון 700P ורמינגטון 700 BDL. ב-20 באוגוסט 2007 נסגרה יחידת צלפי המשא"ז האחרונה בחיפה. באוקטובר 2000 הפעילה המשטרה צלפים, שירו גם אש חייה לעבר מתפרעים ערביים במהלך אירועי אוקטובר 2000. ירי זה היה שנוי במחלוקת.
הצליפה בימ"מ.
הימ"מ (היחידה המיוחדת ללוחמה בטרור של משטרת ישראל ומשמר הגבול) מפעילה יחידת צלפים הנחשבת, בעיני רבים מאנשי המקצוע, לאחת היחידות הטובות בעולם. הם חמושים ברובי צלפים מדויקים ביותר (בעלי דיוק של 0.5 דקת קשת ומטה) ובאמצעי עזר טקטיים מתקדמים, כגון כוונות טלסקופיות, אמצעי ראיית לילה, משתיקי קול, חצובות, חליפות הסוואה ועוד רבים בעלי סיווג גבוה. צלפי הימ"מ מאומנים בכל סוגי הצליפה ומבצעים מגוון רחב של תפקידים ומשימות: צליפת לוט"ר (לוחמה בטרור), סיכולים ממוקדים, ניטרול חמושים מסוכנים בתרחישי קיצון, תמיכה ביחידות הפריצה בעת פעולות השתלטות, חיפוי על כוחות אחרים בשטח, מבצעי משטרה מיוחדים, מארבים בשטחים פתוחים, תצפיות ואיסוף מודיעין קרבי ומודיעין משטרתי בזמן אמת. חלק גדול מפעילותם המבצעית משותפת עם שירות הביטחון הכללי תחת מעטה כבד של סיווג.
צלפי הימ"מ נטלו חלק מרכזי בפעולת ההשתלטות והחילוץ באוטובוס האמהות ב-1988 כאשר חיסלו שניים מתוך שלושת המחבלים בירי מדויק. צלפי הימ"מ פעלו במספר מקרים בשנות ה-90 של המאה ה-20 והרגו בירי מדויק חמושים מסוכנים. בתקופת האינתיפאדה השנייה צלפי הימ"מ היוו מרכיב חשוב מאוד בפעילות הלוחמה בטרור ורשמו לזכותם חיסולים רבים, בעיקר של מחבלים שהתבצרו בבתים וירו על לוחמי הפריצה. ב-2005 הרג צלף ימ"מ את סעיד ציאם, בכיר בחמאס, בירי מרחוק שלטענת הפלסטינים בוצע ממגדל שמירה בנווה דקלים. גם אחרי דעיכת האינתיפאדה פעלו צלפי הימ"מ נגד מחבלים פלסטינים ונטרלו מחבלים שתקפו את לוחמי יחידת הפריצה בעת ניסיונות מעצר. ב-20 באוקטובר 2015 סיכלו צלפי הימ"מ בירי רחוק ממארב חוליית צלפי טרור של חמאס, שהייתה חמושה ברובה צלפים כבד מדגם שטייר HS .50.
אחד מצלפי הימ"מ המפורסמים ביותר הוא רב-נגד פסקל אברהמי, בעל עיטור האומץ ושני עיטור המופת, שנהרג במתקפת הטרור בדרום ישראל (2011).
רובי הצלפים של הימ"מ.
בתחילת דרכו השתמש הימ"מ במגוון רובי צלפים, בהם רמינגטון מודל 700, שטייר SSG 69 וגליל צלפים. בשנות ה-90 של המאה ה-20 הצטייד הימ"מ ברובים נוספים וחדשים יותר הנחשבים למדויקים מאוד, בהם רובי PGM בקליברים שונים (PGM Ultima Ratio המדויק, PGM 338 ו-PGM Hécate II הכבד). בחלק מהרובים השתמשו גם צלפי היחידות המובחרות והמיוחדות של צה"ל, איתם הימ"מ משתף פעולה באימונים ובפעילות מבצעית.