בתחילת שנות העשרה וה-20 של המאה ה-20 התפתחה בצד המערבי של עמק הנהר קלאמת העליון תעשיית כריתת עצים, בייחוד סביב אגם קלאמת העליון. שתי חברות רכבות "Great Northern Railway" ו-"Southern Pacific Railroad" בנו במשותף מסילת ברזל לאורך חופו המזרחי של האגם, שעליה העבירה רכבת משא גזעי עצים מהצד הצפוני למנסרה 5 קילומטרים במורד הזרם ממוצא הנהר מהאגם. סכרים רבים נבנו בתקופה זו למנוע את ההצפות העונתיות ואלו אפשרו את פעולות כריתת העצים. ב-1919 נבנה סכר הנהר לינק (Link River Dam), סכר קורות עץ ואדמה, במוצא אגם קלאמת העליון, שהעלה את מפלס מי האגם ב-5 מטרים. ספינות קיטור המשיכו לפעול באגם קלאמת העליון כשהן מובילות משא, דואר ונוסעים עד בערך 1928, בתקופה שחלק גדול מחברות כריתת העצים נסגרו עקב בצורת.
כשתעשיית העץ באגן קלאמת העליון הלכה והצטמצמה הכלכלה עברה באיטיות לחקלאות. "מיזם טיוב הקלאמת" (Klamath Reclamation Project), שקם בתחילת המאה ה-20 ביוזמת לשכת הטיוב של ארצות הברית, כלל בניית שני סכרים על הנהר וסכרים נוספים על רבים מיובליו, כמו גם ניקוז מוחלט של אגם קלאמת התחתון ואגם טולי. לשכת הטיוב לא הייתה המשתמש היחיד בנהר בתקופה זו. בשלהי שנות החמישים של המאה ה-20 בנו שתי חברות חשמל: חברת החשמל הפסיפית (PacifiCorp) וחברת החשמל קליפורניה-אורגון (California-Oregon Power Company, בראשי תיבות COPCO), שלושה סכרים נוספים על הנהר במורד הזרם. עם זאת עוררו סכרים אלו מחלוקת עזה על איכות המים בחלק התחתון של הנהר והתלות של נדידת הסלמון השנתית בה.
מחלוקות סביב הנהר.
הסכרים על הנהר.
הנהר נחשב בית גידול עיקרי לטרוטת עין-הקשת, אלתית גמלונית ואלתית כסופה ("Oncorhynchus kisutch"). בעבר היה הנהר המקור השלישי בגודלו לדגי סלמון בחוף המערבי, אבל כיום יש בנהר חלק קטן מלהקות הדגים ההיסטוריות מאז שנבנו ששת הסכרים בין 1908 ל-1962. על פי חוק המינים בסכנה של ארצות הברית רשומה אלתית כסופה בנהר הקלאמת כמין בסיכון. עם השלמת סכר לואיסטון (Lewiston Dam) וסכר טריניטי (Trinity Dam) ב-1963 נותק למעשה נהר הטרינטי העליון, היובל שתרם את הכמות הגדולה ביותר של מים לנהר הקלאמת, כשרוב המים (כ-90%) הוטו לעבר עמק סקרמנטו. בין 1963 ל-1991, זרמו רק 4.2 מטר מעוקב בשנייה של מים אל הערוץ ראשי מעבר לסכרים. ב-1991 נקבע מינימום זרימה שנתית של הטריניטי ל-420 מיליון מטרים מעוקבים או 13 מטרים מעוקבים בשנייה.
בין שנות ה-20 לשנות ה-60 של המאה ה-20 בנו חברת החשמל קליפורניה אורגון (COPCO) וממשיכת דרכה, חברת החשמל הפסיפית (PacifiCorp), ארבעה סכרים הידרואלקטריים על הערוץ הראשי של הקלאמת תוך חסימת הנתיב לדגי הסלמון ועצירת הסחף שבעבר חידש את מצע החצץ ששימש את הדגים לרבייה. פירוק אפשרי של הסכרים היה נושא שנוי במחלוקת באזור בתחילת המאה ה-21. ב-2004, למרות שתדלנות נמרצת מצד נציגים של שבטי האינדיאנים, של קבוצות לשימור הסביבה ודייגים, לא כלל רישיון ההפעלה של הסכרים למשך 50 שנים שקיבלה חברת החשמל הפסיפית סעיפים כלשהם שיאפשרו לדגי הסלמון לחזור לבתי הגידול בנהר מעבר לסכרים. עם זאת, בינואר 2007 קבע הממשל הפדרלי שחברת החשמל הפסיפית חייבת להתקין סולם דגים בכל אחד מארבעת הסכרים, תיקון שעלול לעלות יותר מ-300 מיליון דולר. חברת החשמל הפסיפית הציעה להוציא 300 מיליון דולר לשדרג את סולם הדגים בסכר JC Boyle והציעה לשנע את הדגים במשאיות מעבר לסכרים "איירון גייט" ו-Copco מספר 1, לאחר שלא קיבלה רישיון לבנות תחנת כוח ביוטה. ביל פרמן (Bill Fehrman) נשיא החברה הגן על פעילות החברה באזור כשהוא מצביע על התועלות שמביאים הסכרים. ב-2012 הוציאה לשכת הטיוב תוכנית מפורטת לפירוק כל הסכרים. בתחילת 2016 הגיעו הצדדים להסכמה על תוכנית לפירוק של ארבעה סכרים הידרואלקטריים: סכר איירון גייט, סכר קופקו מספר אחד ומספר שניים וסכר John C. Boyle, החל בשנת 2020, כמו גם מיזמי שיקום.
זכויות השימוש במים.
כאשר נחתם ההסכם בין שבטי הקלאמת לממשלת ארצות הברית ב-1864 נקבעו גם הזכויות של השבטים למימי הנהר. אף על פי שבין 1950 ל-1970 לא הוכרו השבטים רשמית, הם לא איבדו מעולם את זכויות המים שלהם. ב-2001 כאשר חוואים באגן קלאמת הגישו פעמיים תביעה משפטית כנגד מחלקת הפנים של ממשלת ארצות הברית בדרישה להגדיל את כמות המים להשקיה, אישר בית המשפט את זכויותיהם של השבטים. השימוש במים באגן קלאמת העליון לשם השקיה נעצר זמנית ב-2001 על מנת להגן על הדגים באגם במהלך בצורת חמורה. סגן נשיא ארצות הברית דיק צ'ייני התערב אישית על מנת להבטיח שהחקלאים יקבלו את המים במקום להזרים אותם על מנת לשמר את בית הגידול בנהר. ב-2002 סיפק הממשל הפדרלי תחת גייל נורטון, מזכירת הפנים של ארצות הברית את כל המים לחברות ההשקיה כיוון שהבצורת נמשכה, למרות העובדה שלשבטי האינדיאנים של אזור קלאמת היו זכויות הנובעות מההסכם שנחתם עימם שקדמו להתיישבות של החוואים באזור. נורטון טענה לגישת "השוק החופשי" בכך שאפשרה לחקלאים למכור מים לאינדיאנים שבמורד הזרם. באותה שנה היה בנהר המוות ההמוני הגדול ביותר בהיסטוריה של דגים בנהר. ועדת משאבי הטבע של בית הנבחרים של ארצות הברית חקרה את סגן הנשיא צ'ייני בדבר החשדות שפעל להעביר כמות מים נוספת לחקלאים למטרת רווח פוליטי.
לטענת ביולוגים ממדינת קליפורניה ושירות הדגה וחיות הבר של ארצות הברית גרמו השילוב בין כמות המים הנמוכה בצורה יוצאת דופן יחד עם כמות גדולה של דגים שחזרו לנהר וטמפרטורת מים גבוהה להתפתחות מחלת ריקבון הזימים ולמותם של 33,000 דגי אלתית כסופה בספטמבר 2002, לפני שהספיקו להתרבות. המוות ההמוני היה במורד הזרם משפך נהר הטריניטי, ודגי האלתית של הטריניטי סבלו יותר מאשר אלו של הקלאמת כיוון שמועד הרבייה שלהם היה בשיאו. הדו"ח גם מציין שהאומדן הרשמי של מספר הדגים שמתו, שהיה 34,056, הוא ככל הנראה נמוך כדי מחצית מהמספר האמיתי. ספיקת הנהר קלאמת הנמוכה ביותר, לפני שהחל השימוש במים להשקיה, כפי שנמדדה בתחנת המדידה בקנו (Keno) ב-1908 הייתה 22.7 מטרים מעוקבים בשנייה. במהלך המוות ההמוני של הדגים ב-2002 נמדדה ספיקה של 13.5 מטרים מעוקבים בשנייה. בספטמבר 2001 בזמן שהופסקה זמנית אספקת המים להשקיה הייתה ספיקת המים בנהר 19.5 מטרים מעוקבים בשנייה.
ב-2011 אשרה הסוכנות להגנת הסביבה של ממשלת ארצות הברית תוכנית שהוצעה לראשונה ב-1992 על ידי ממשלת מדינת קליפורניה. התוכנית קוראת לניקוי יסודי של החלק התחתון של הנהר במטרה להגן על האלתית מזרחן, חנקן וירידה בכמות החמצן המומס במים. הדו"ח גם מביע חשש לגבי טמפרטורות המים הגבוהות, פריחת אצות ורמות חמצן נמוכות, אם כי דגים מסוימים הסתגלו לחלק מבעיות אלו. קבוצות לשימור הסביבה, יותר משש סוכנויות ממשלתיות, שבטי אינדיאנים באגן ואחרים עבדו יחד עם הסוכנות להגנת הסביבה להקטין את רמת הזיהום בקלאמת.
הקצבות המים של השבטים עבור דיג המשיכו להיות גורם מרכזי במחלוקת על השימוש במים באגן קלאמת במאה ה-21. ב-2013 נאכפו זכויות המים של השבטים בפעם הראשונה במה שמכונה "הקריאה למים" ('Water Call'). תביעתם של השבטים גרמה להפסקה כמעט מוחלטת של המים להשקיה באגן העליון, למעט מי השקיה שמקורם במי תהום.
פעילות נופש.
רפטינג על מים לבנים ושיט בקיאקים הם פעילויות נופש פופולריות לאורך החלק העליון של נהר הקלאמת מתחת לסכר J.C. Boyle, וגם במורד הנהר בחלקו התחתון סמוך לעיירה הפי קמפ (Happy Camp). בנהר יש קטעים ארוכים, אחד מהם מעל ל-150 קילומטרים, של אשדות בדירוג 3 עד 5. בחלק מהקטעים הצרים. מתחת לנקודת היישוב הקטנה ויצ'פק, הנהר מאט לערוץ רחב ועמוק יותר. כ-21 קילומטרים מנהר מוגדרים פראיים ו-282 קילומטרים מוגדרים כשטחי נופש.
ספורט הדיג גם הוא פופולרי בנהר הקלאמת כשטרוטת עין-הקשת היא הפופולרית ביותר, אם כי גם אלתית גמלונית גם היא מבוקשת מאוד כאשר כמות הדגים מתירה זו. בספר הדרכה על דיג זבובים נכתב שהקלאמת הוא אחד מהנהרות העשירים ביותר בדגי טרוטת עין-הקשת בחוף המערבי של ארצות הברית.
חיפוש אחר זהב הוא פעילות נופש פופולרית לאורך הקלאמת וחלק מיובליו, כולל סלמון וטריניטי. אף ששיטות פשוטות כדוגמת סינון החצץ בתנועה סיבובית בקערה עדיין בשימוש, חלק מהשיטות משתמשות במשאבות יניקה – שיטה שבה הופכים משקעים ומפזרים אותם במטרה למצוא זהב. מחלוקות לגבי שיטה זו, שהמתנגדים לה טוענים כי היא פוגעת באיכות המים (פיזור כספית רעילה שהצטברה בקרקעית הנהר מפעולות כריית הזהב במאה ה-19) ובבית הגידול של הדגים, הסתיימו ב-2016 כאשר נחקק בקליפורניה חוק האוסר לבצע כרייה באמצעות דליית יניקה (suction dredge).
באגן הניקוז של הנהר קלאמת יש מגוון של יערות לאומיים ושמורות חיות הבר – כולל היער הלאומי קלאמת, היער הלאומי שישה נהרות ומקלט חיות הבר הלאומי קלאמת התחתון. היער הלאומי קלאמת שוכן במחוז סיסקיו, כשחלק קטן ממנו שוכן באורגון, והיער הלאומי שישה נהרות שוכן בדרום אזור הניקוז של הנהר קלאמת, מרביתו באגן הניקוז של הנהר טריניטי. שני האחרונים שוכנים באזור אגם קלאמת העליון-אגם קלאמת התחתון. המונומנט הלאומי שכבות הלבה, הכולל מכלול רחב של צינורות ותצורות לבה, גם הוא באזור אגם קלאמת התחתון, דרומית לשרידים של האגם.