קיזי מובאת לבקתה חשוכה, שם היא נאנסת שוב ושוב על ידי מאסה טום לי. כתוצאה, היא יולדת את בנה, שנקרא על ידי מאסה טום בשם ג'ורג'. מאסה לי מתפרנס מקרבות תרנגולים, וג'ורג', כשהוא גדל, מטפל בתרנגולים, ולכן נצמד לו הכינוי "צ'יקן ג'ורג'". צ'יקן ג'ורג' מרוויח את אמונו של מאסה טום כי הוא מתגלה כבעל כישרון גדול עם התרנגולים ובקרבות. הוא גם מתגלה כנהנתן רודף שמלות, הידוע בסימני ההיכר שלו – כובע באולר וצעיף ירוק – ובלשונו החלקלקה. אך כשהוא פוגש את מטילדה, כל זה משתנה. מטילדה היא נוצרייה אדוקה, בתו של איש דת, והיא לא משתפת פעולה עם משחקיו. הוא לא מוכן לוותר עליה, מבטיח להתיישר לאורח חייה, והם נישאים ומביאים הרבה ילדים.
צ'יקן ג'ורג' לא באמת מוותר על השתייה, הימורים ונשים, אך כעבור מספר שנים מבין שעליו לחשוב על העתיד. השניים מתחילים לחסוך כסף כדי לרכוש את חירות משפחתם, אותה הבטיח להם מאסה טום עבור סכום מתאים. גם בנם, טום, מסייע. טום הוא נפח מוערך, שמרוויח כסף לעצמו בעבודות אצל בעלי מטע באזור. אך התוכנית מתקלקלת כשצ'יקן ג'ורג' ומאסה טום מאבדים את כל ממונם בקרב תרנגולים גדול. מאסה טום שולח את צ'יקן ג'ורג' לאנגליה למשך שלוש שנים כדי להרוויח עבורו מספיק כסף לשלם את חובותיו, ומבטיח לו שישחרר את משפחתו עם שובו.
סיפורו של טום.
אך מאסה טום, הנמצא בקשיים כלכליים, מוכר את רוב בני המשפחה – חוץ מסבתא קיזי – לסוחר עבדים, המוכר אותם בתורו למשפחת מארי, במחוז מרוחק בצפון קרולינה. הזוג מארי הם אנשים אדיבים המתייחסים לעבדים שלהם יחסית טוב. טום מקים נפחיה מצליחה ומתחתן עם אישה בשם איירין. נולדים להם ילדים. בינתיים, צ'יקן ג'ורג' חוזר מאנגליה ומגלה שמשפחתו איננה. הוא מקבל את חירותו ממאסה טום. בנוסף, ג'ורג' נאלץ לצאת מהמדינה בגלל חוקים האוסרים על עבדים משוחררים לחיות בה.
בתקופה זו, מתחילה מלחמת האזרחים האמריקאית. טום נאלץ להפעיל את הנפחיה שלו בשירות הקונפדרציה. כשהצפון מנצח במלחמה והעבדים משוחררים, בני המשפחה נשארים כאריסים לעבוד את אדמת מטע מארי. אך כג'ורג' חוזר, הוא מספר להם על מקום שמצא בטנסי, שמחפש מתיישבים.
הדור הבא.
המשפחה עוברת להנינג, טנסי, ושם חווים מידה של עוינות מצד התושבים הלבנים, אך בכל זאת מצליחים, יחד עם מתיישבים שחורים נוספים, לבסס את עצמם שם – לבנות בתים, לפתוח עסקים, ולייצר קהילה. בתו של טום, סינתיה, נישאת לאיש עסקים בשם ויל, ובתם ברתה – הראשונה במשפחה ללמוד באוניברסיטה – פוגשת שם את סיימון היילי, שנהיה לימים פרופסור לחקלאות, ונישאת לו. לברתה וסיימון נולד בן בשם אלכס – הוא הסופר מחבר הספר.
חיפוש השורשים
היילי מספר בחלק זה שהסיפור בספר מבוסס על מסורת שבעל פה שנמסרה מקונטה קינטה לקיזי, וכך מדור לדור עד אליו. הוא  שמע סיפורים רבים מפי סבתו, והתעורר בו הרצון לחקור את שורשיו יותר לעומק.
הוא התחיל לחפור ברשומות מנהל האוכלוסין של צפון קרולינה, ומצא את רשימותיו של אב-סבתו הנפח, טום מארי. אחר כך, הוא חקר את המילים במנדינקה שהועברו מדור לדור, וגילה את פירושיהן וכן את  המקורות האפריקאיים שלהם בגמביה. הוא אז נסע לגמביה, שם גילה את דבר קיום הגריוט – מספרי סיפורים ושומרי המסורת בעל פה של האזור. הוא מבקש מגריוט אחד לספר לו על ג'ופור ומשפחת קינטה אשר חיה שם. הגריוט, קבה קנג'י פופאנה, מספר לו שמקורות שבט קינטה הם במאלי העתיקה, משם היגרו חבריה למאוריטניה, וכעבור זמן התיישבו בגמביה. הגריוט שטח באוזניו אילנות יוחסין, וכעבור זמן מה הגיע גם לקונטה קינטה.
היילי החל לחקור את תנועות הצבא הבריטי באזור בשנות ה-1760, ומצא שאכן נשלחו חיילים ב-1767 לאזור זה של נהר גמביה. הוא גילה בחברת הביטוח לוידס מלונדון שספינת הסחר Lord Ligonier הפליג מגמביה לאנפוליס, וששם נמכרו העבדים במכירה פומבית, על פי הודעות בעיתונים המקומיים. הוא סיים את מחקרו בבדיקת ספרי רישום הבעלות של מחוז ספוטסילבניה, ומצא שטר העברת בעלות על עבד בשם טובי וכאלף דונם מג'ון ואן ואלר לידיו של ויליאם ואלר.
ביקורת וקבלה.
הספר יצא באוקטובר 1976 אחרי הרבה פרסום, והיה להצלחה מיידית, כשהוא מתחיל במקום 5 ברשימת רבי המכר של הניו יורק טיימס, וזוכה לתשבחות נלהבות מן המבקרים. עד אמצע נובמבר, כבר הגיע "שורשים" למקום מספר 1 ברשימה, ונשאר שם למשך 22 שבועות, לפני שנפל למקום השלישי במאי 1977. הוא נשאר ברשימה סך הכל 46 שבועות.
העיבוד הטלוויזיוני שודר בינואר 1977, ותרם למכירות הספר. גם סדרת הטלוויזיה נחשבה להצלחה גדולה, וביחד, שתי הגרסאות לסיפורו של היילי הציתו גל עניין בגנאלוגיה וחקר מורשת משפחתית.
היילי זכה בפרס פוליצר מיוחד ב-1977 עבור הספר"." סדרת הטלוויזיה גם זכתה בפרסים רבים, כולל תשעה פרסי אמי ופרס פיבודי.
פלגיאט.
באביב 1977, היילי הואשם בגנבה ספרותית בשתי תביעות נפרדות מצד הרולד קורלנדר ומרגרט אלכסנדר ווקר. קורלנדר, אנתרופולוג, טען כי "שורשים" הועתק במידה רבה מן הרומן שלו "The African" (1967). ווקר טענה כי היילי גנב מהרומן ההיסטורי פרי עטה על תקופת מלחמת האזרחים, "Jubilee" (1966). בשני המקרים, ההליכים סוכמו לקראת סוף 1978. בתביעה של קורלנדר, הגיעו הצדדים לפשרה על סך $650,000, והכרה מצד היילי שקטעים מסוימים בספרו הועתקו מ-"The African". התביעה של ווקר נדחתה על ידי בית המשפט, בקביעה שבהשוואה בין הספרים "לא נמצאו קווי דמיון רלוונטיים בין העבודות".
דיוק היסטורי.
היילי קרא לספר "faction" (בדיוני חלקית ועובדתי חלקית), והכיר בכך שהדיאלוגים בספר בדיוניים. עם זאת, הוא טען כי עקב אחר שושלת המשפחה שלו עד לקונטה קינטה, אפריקאי שנחטף מן הכפר ג'ופור במה שהיום גמביה, ושתיאוריו של חיי העבדים והאדונים  בווירג'יניה וצפון קרולינה מבוססים על עובדות אשר הוא אישר דרך מסמכים היסטוריים. בפרק הסיום של "שורשים" כתב היילי:
עם זאת, היו מספר היסטוריונים וגניאלוגים שאמרו שהיילי לא הסתמך על ראיות עובדתיות במידה שהוא כתב בספרו, וטענו כי ישנן שגיאות רציניות בהיסטוריה המשפחתית שהיילי תיאר, וכן בתיאורים ההיסטוריים שלו של התקופה שלפני מלחמת האזרחים.
מארק אוטוויי.
ההתקפה המתוקשרת ביותר על אמינות גרסתו של היילי להיסטוריה באה מצד עיתונאי בריטי בשם מארק אוטוויי. בשיא ההתלהבות מ"שורשים", נהרו לגמביה אפריקאים-אמריקאים בחיפוש אחר שורשיהם, והכפר ג'ופור הפך ליעד תיירותי. ממשלת גמביה הכריזה על הכפר כעל אתר מורשת, ומרוב שהציפו אותו המבקרים, הגבילה את זמן השהות המותר בו. הממשלה החלה לתכנן פיתוח בכפר לתמיכת התיירות, בתקווה שתביא לשגשוג כלכלי באזור הסובל מעוני גדול. אוטוויי כתב שהוא נדהם לגלות שעצם קיומו של קונטה קינטה מוטל בספק, ושפרטים אחרים לגבי ההיסטוריה של ג'ופור לא דווחו כהלכה. הוא ציין גם שבכל חילופי הדברים שלו עם המקומיים, כולל גריוטים, לא היו בסיפוריהם פרטים על אנשים שחיו יותר ממאה שנים קודם לכן, חוץ מאשר אדם אחד ששמו היה שגור בפי כולם – קונטה קינטה.
אפריקה.
הסימוכין היחידים להיסטוריה המשפחתית באפריקה באה מהגריוט קבה קנגה פופאנה בג'ופור. אך הסתבר שפופאנה לא היה גריוט אמיתי, וראש הארכיון הלאומי של גמביה אפילו כתב מכתב להיילי בו הביע ספקות לגבי אמינותו של פופאנה. כשחזר על הסיפור שוב ושוב, הוא שינה פרטים מרכזיים עליהם הסתמך היילי בזיהוי תרחישי התקופה.
דונלד רייט, היסטוריון של סחר העבדים במערב אפריקה, כתב שהגריוטים בגמביה אינם יכולים לספק מידע מפורט על אנשים שחיו לפני אמצע המאה ה-19; עם זאת, כולם שמעו על קונטה קינטה. הוא הסיק שככל הנראה, היילי סיפר את הסיפור שלו לכל כך הרבה אנשים, שההיסטוריה המשפחתית שלו הוטמעה לתוך הנרטיבים המסורתיים של גמביה. כלומר, שהיילי יצר מקרה של דיווח מעגלי, שבו המילים שלו חזרו אליו ואישרו לו את אמונתו לגביהן.
בספר, ג'ופור תואר ככפר שרק שמע שמועות על פולשים לבנים בשנת 1767, בעוד שבמציאות ג'ופור נמצאת במרחק של רק כשלושה קילומטרים מג'יימס איילנד, מרכז מסחר גדול שהוקם על ידי הבריטים ב-1661. מלך בארה התיר לבריטים לבנות מבצר שם בתנאי שאף אחד מנתיניו לא ישועבד ללא רשותו.  היילי הודה שהוא בחר בשנת 1767 כתאריך שבו "הגיעו חיילי המלך" כדי להתאים למחקר שביצע בארצות הברית.
וירג'יניה וצפון קרולינה.
ההיסטוריון גרי. מילס והגנאלוגית אליזבת שואן מילס, אשר מתמחים בהיסטור דרומית ואפרו-אמריקאית, עקבו אחר מחקרו של היילי ברשומות האוכלוסין, ספרי בעלות, וצוואות. הם הגיעו למסקנה:
העבד טובי היה כבר בבעלות משפחת ואלר בשנת 1762, חמש שנים לפני שספינת העבדים "Lord Ligonier "לכאורה הביאה את קונטה קינטה לאנאפוליס. היילי חיפש רשומות לגביו רק אחרי שנת 1767, ובכך חטא בהטיית אישור. לדבריהם, לא היו לד"ר ואלר לא מטע ולא טבחית בשם בל, מכיוון שהיה נכה וחי אצל אחיו ג'ון. כנראה גם שטובי נפטר לפני שנת 1782, שמונה שנים לפני שבתו קיזי כביכול נולדה. "מיסי" אן לא יכלה להיות חברת ילדות של קיזי, מכיוון שאן מארי הייתה כבר אישה בוגרת ונשואה בפרק הזמן הרלוונטי. למעשה, אין שום תיעוד שקיזי אי פעם הייתה בבעלותם של האחרים ואלר.
התיעוד הבא שבדקו השניים אחרי שטר הבעלות של טובי ואלר היה רישום האוכלוסין של משק ביתו של טום מארי משנת 1870. זאת אומרת, יש פער של למעלה מ-90 שנים בנרטיב שמסתמך רק על המסורת שבעל פה של משפחת היילי. השניים חקרו את ההיסטוריה שבעל פה ולא מצאו שום ראיות לגבי תוכנה בתיעוד ההיסטורי.