באירועי "", מדלין חוזרת, כשברשותה כוחות שהתעוררו מתוכה בידי שדים, והיא נקראת כעת "מלכת הגובלינים". היא לומדת אודות זהותה האמיתית, ועצם העובדה כי היא למעשה שיבוט דוחף אותה לכדי שיגעון. היא מתכוונת להקריב את בנה יחידה כדי להשיג לעצמה יותר כוח ולהנחיל גיהנום על כדור הארץ. בזמן שג'ין מנסה לעצור אותה, מצטרפים אליה שאר חברי קבוצת האקס-מן, ששמחים לגלות כי היא עדיין בחיים, בייחוד וולברין, שמזכיר לג'ין אודות רגשותיה כלפיו. ג'ין ומדלין מתעמתות אחת מול השנייה, ומדלין מנסה להרוג את שתיהן. ג'ין מצליחה לשרוד בזכות שאיבת חלקיק כוח הפניקס השוכן במדלין, מה שמעניק לה חזרה את זכרונותיה של מדלין ושלה מימי "סאגת הפניקס האפלה".
בנו של סקוט נחטף ומודבק בידי אפוקליפס בווירוס טכנו-אורגני, שמתפשט בגופו ומאיים להרוג אותו. בפני סקוט מתגלה אשה מהעתיד הקוראת לעצמה האחות אסקאני, ומציעה כי קיימת בעתיד הטכנולוגיה להציל את נייתן. סקוט מבין כי עליו לשלוח את הילד לעתיד מאשר לצפות במותו בזמן ההווה.
הקבוצה הזהובה.
באירועי "", קבוצת האקס-מן חוברת לאקס פקטור כדי להביס את מלך הצללים. קבוצת אקס פקטור מתפרקת וחמשת חברי האקס-מן המקוריים חוזרים עם אקסבייר לבית ספרו. בעקבות קרב מנהיגות בין סייקלופס לסטורם, קבוצת אקס-מן מתפצלת לשתי קבוצות. ג'ין מצטרפת ל"קבוצה הזהובה", תחת מנהיגותה של סטורם, בזמן שסקוט מנהיג את "הקבוצה הכחולה". ג'ין מפסיקה להשתמש בשם הקוד "מארוול גירל" ומעדיפה להמשיך בשמה המלא. באותה עת, חברת הקבוצה הכחולה פסיילוק מנסה לפתות את סייקלופס בעזרת כוחותיה המנטליים, וחייל מסתורי הנושא את השם קייבל מופיע ומארגן קבוצת מוטאנטים עריקה לה הוא קורא בשם אקס פורס. הקבוצה הזהובה הוזמנה בידי מועדון הלפייר בניסיון לקבור את העבר העכור ביניהם. הדבר מסתיים באסון, כאשר זקיפי הסנטינל של טרבור פיצרוי נשלחים כדי להרוג את חברי קבוצת הליונס של אמה פרוסט, טלפתית המשמשת כמלכה הלבנה של המועדון. גם היא וגם ג'ין נופלות עקב כך לתרדמת. בדרך מסוימת, ג'ין מעבירה את תודעתה לגופה של פרוסט. לאחר שהתעוררה בגופה של פרוסט, ג'ין נלחמה בטרבור פיצרוי וחזרה בסופו של דבר לגופה.
מיסטר סיניסטר חוזר, מתחזה לאפוקליפס ולוקח פיקוד על פרשי אפוקליפס. הוא שולח אותם ללכוד את ג'ין וסקוט ולמסור אותם לרשותו של סטרייף, שיבוט מרושע של קייבל המגיע מהעתיד. סטרייף מענה את השניים, באומרו להם כי הוא בנם נייתן, אשר מחפש נקמה על כך שננטש על ידם. לבסוף, גם הוא וגם קייבל נעלמים לתוך זרם הזמן, וג'ין וסקוט מאמינים כי איבדו אותו בפעם השנייה. בזמן שסקוט נעדר מהקבוצה כדי לבקר את משפחתו באלסקה, סיניסטר מודיע לו כי סטרייף בגד בו ושחרר את וירוס הירושה הקטלני. בטרם סקוט חוזר לאקס-מן, אחותו של קולוסוס, איליאנה, הייתה לאחת מקורבנות הווירוס.
ג'ין מציעה לסקוט נישואים והשניים מתחתנים. בזמן ירח הדבש שלהם, השניים משוגרים באופן מנטלי בידי רייצ'ל סאמרס המבוגרת לזמן העתיד, שם הם מגדלים את בנו של סקוט, נייתן, למשך 12 שנים ומצטרפים לניסיון הפיכה על האימפריה של אפוקליפס בטרם הם חוזרים לגופותיהם בזמן ההווה. ג'ין מאמנת את פסיילוק בשימוש כוחותיה המנטליים וסקוט מציע לקייבל ולקבוצתו אקס פורס מקום באחוזת אקסבייר. בהמשך, כוחותיה הטלפתיים של ג'ין חוזרים, היא שבה ללבוש את תלבושת הפניקס ונוטלת את שם הקוד "פניקס" בעצת בתה רייצ'ל.
אונסלוט, מבצע אפס סובלנות.
לאחר שתודעתם של אקסבייר ומגנטו התמזגו יחדיו ויצרו את אונסלוט, ג'ין פוגשת בישות העוצמתית במישור האסטראלי, שמבטיח לה שיעניק לה מחדש את כוחות הפניקס אם היא תצטרף אליו, אך ג'ין מסרבת. כשג'אגרנוט המפוחד פונה אליה בבקשת עזרה, ג'ין מנסה להסיר את המחסום המנטלי שבמוחו כדי לגלות את זהותו האמיתית של אונסלוט, ונחרדת לגלות שמדובר באקסבייר עצמו. לאחר שאונסלוט מביס את האקס-מן לראשונה, ג'ין שולחת לשאר קבוצות האקס התרעה מנטלית כי הבגידה מגיעה מתוכם. בעקבות הבסתו האולטימטיבית של אונסלוט, מרבית גיבורי-העל נהרגו לכאורה, אקסבייר נותר ללא כוחות ובחר להכלא בעוון פשעיו, וג'ין וסקוט החלו לנהל את בית הספר לצעירים מחוננים ע"ש אקסבייר.
ג'ין מגלה כי המוטאנט הצעיר נייט גריי הוא למעשה בנם מעתיד חלופי, מעין גרסה צעירה של קייבל. כוחות הטלפתיה והטלקינזיס העצומים שלו מאפשרים לו להחזיר לחיים את מדלין פריור בניסיון נואש ליצור קשר עם "אמו". פרויקט ציידי המוטאנטים שנודע בשם "מבצע אפס סובלנות" ואשר נתמך בידי ממשלת ארצות הברית יוצא לפועל, וזקיף-העל באסטיון לוכד את האקס-מן. סוכנות S.H.I.E.L.D סוגרת את פעילותו של הפרויקט, לא לפני שבאסטיון מניח פצצה בחזהו של סייקלופס. ד"ר ססיליה ריס, חברה חדשה בקבוצת האקס-מן, מצילה את חייו. סקוט וג'ין לוקחים פסק זמן מהקבוצה כדי לתת לו זמן להחלים, וסקוט מכנס את חברי קבוצתו המקורית כדי לדון מחדש בחלומו של אקסבייר. ג'ין מתחילה ללבוש את חליפת הפניקס של כפילתה, וסקוט מתחיל לדאוג שמא הפניקס חזרה, אך ג'ין - כמו גם שאר הטלפתים - מאבדת את כוחותיה המנטליים הודות למלחמת המוחות בין פסיילוק למלך הצללים. כעת כששניהם ללא כוחות, הם בוחרים לפרוש זמנית מחיי ההרפתקנות. בזמן היעדרותם, אקסבייר חזר לקבוצת אקס-מן. נייט גריי מגיע לבקר את ג'ין וסקוט, והקשר המשפחתי ביניהם מתהדק.
התריסר, החלפת כוחות.
ג'ין וסקוט חוזרים לאקס-מן לבקשתה של סטורם, שדאגה למצבו הנפשי של אקסבייר. אקסבייר העמיד פנים כאילו הוא מאבד שליטה כדי לחשוף בוגד בקרב הקבוצה. אותו בוגד התגלה כחבר גזע הסקרול משני הצורה, שהתחזה לוולברין, ונחשפה מזימה שנרקחה בין אפוקליפס והסקרול. אפוקליפס ביקש להשיג לעצמו גוף חדש ולקבל כוח קוסמי על ידי איסוף האנרגיה הקולקטיבית של "התריסר" - קבוצת מוטאנטים שנועדה לקבוע את עתידו של גזע המוטאנטים, ואשר כללה את ג'ין גריי, סייקלופס, פרופסור אקס, אייסמן, סטורם, מגנטו, בישופ, פולאריס, סאנפייר, מיקאיל רספוטין, נייט גריי, קייבל והמונולית האנושי. בעוד חבריו לקבוצה נפלו בזה אחר זה, סקוט חסר הכוחות הציל את נייט גריי והתמזג עם אפוקליפס כדי ליצור ישות מרושעת חדשה. ג'ין איתרה את תודעתו של סקוט בתוך אפוקליפס, ומנעה מחברי הקבוצה מלהשמיד אותו, אולם הוא נחשב למת בידי חבריו. רק ג'ין וקייבל סירבו להאמין שסקוט קיפח את חייו, ובתקופה זו קייבל הצטרף לאקס-מן במטרה לכבד את זכרו של אביו.
ג'ין מנסה להתמודד עם מות בעלה, וחוזרת לקבוצת האקס-מן. היא עוזרת לפסיילוק בעקבות מלחמת המוחות, ומחליפה עמה כוחות. כוח הטלקינזיס שלה אבד, אבל הטלפתיה התעצמה. היא החלה לפתח חצים אנרגטיים כשלוחה של כוח הפניקס, ועקב חילופי הכוחות גם נשאה סמל אסטראלי של הפניקס מעל עינה הימנית. בהיעדרו של סקוט, קייבל מאתר את רייצ'ל סאמרס במרחבי הזמן בחיים וללא כוחות הפניקס. הוא מביא אותה עמו לזמן ההווה, והיא מבקשת ממנו לשמור את דבר בואה כסוד מפני האחרים בעוד היא מסתגלת לחייה החדשים. ג'ין וקייבל חוקרים ידיעות בדבר שובו של סייקלופס, ומוצאים אותו במקום הולדתו של אפוקליפס, אקאבה במצרים. ג'ין מגרשת ממוחו את אפוקליפס, וקייבל מנפץ את ישותו. בנוסף, התפתחה בג'ין מוטציה משנית, והטלקינזיס שלה חזר. היא לומדת כי היא מוטאנטית ברמת אומגה.
אקס-מן החדשים, מוות והמיזוג עם הפניקס.
כאשר פרופסור אקס חושף בפני הציבור את עובדת היותו מוטאנט לאחר שהושפע על ידי אחותו המרשעת קסנדרה נובה, אחוזת אקסבייר פותחת את שעריה בפני אוכלוסיית המוטאנטים. אקסבייר עוזב את כדור הארץ ומשאיר את בית הספר לניהולה של ג'ין. סקוט חוזר לאקס-מן, אך החיבור בינו לבין אפוקליפס שינה את אישיותו במידה רבה. כתוצאה מכך, רבים ממערכות היחסים שלו נעשים מתוחים, ביניהם נישואיו לג'ין. אפוקליפס גרם לו לפקפק לא רק בנישואיו אלא גם בחייו באופן כללי. ג'ין נותרה מבולבלת משינוי קיצוני זה, וחיפשה נחמה בזרועותיו של לוגאן, אך זה האחרון אמר לה כי מערכת יחסים בין השניים לא יכולה להתפתח. אחריותה החדשה של ג'ין, כמו גם כוחותיה המשתנים, גרמו לה לרכז את תשומת לבה בדברים אחרים, מה שגרם לסקוט להרגיש מוזנח. במהלך התקפתה הנועזת של קסנדרה נובה על אימפריית השי'אר ועל אחוזת אקס, ג'ין השתמשה במתקן לאיתור מוטאנטים סריברו כדי לפצל את מוחו של אקסבייר בין כל המוטאנטים הקיימים בעולם. המלכודת עבדה, וכשנובה הפעילה את סריברו, אקסבייר שב לגופו. כוח פניקס החל להופיע כאישיות נוספת בתוך ג'ין.
סקוט פונה לעזרתה של הטלפתית אמה פרוסט, שמתחילה להעביר לו סדרת טיפולים מנטלית לאיחוי נשמתו הפגועה. אולם, פרוסט מנצלת את המצב כדי להתקרב אליו, ונוטעת בו סממנים המובילים לרומן טלפתי. כאשר ג'ין גילתה את דבר הרומן, היא אילצה את אמה להודות בדבר רגשותיה האמיתיים. סקוט התעמת עם ג'ין ודרש כי היא תקרא את מחשבתו. ג'ין מגלה שאכן בין השניים לא התרחש כלל מגע פיזי, למרות שאמה הציעה זאת. סקוט, שהרגיש כי איננו יכול לדבר עם אשתו הפגועה והכועסת, עזב את האקס-מן. מיד לאחר מכן, פרוסט נורתה כשהיא במצב היהלום שלה ונופצה בידי אסמה, אחת מקוקיות סטפורד. ג'ין הייתה בתחילה החשודה העיקרית, אך היא זו שאיחדה אותה מחדש ברמה המולקולרית, בעוד היא מדגימה יכולות טלקינזיס עצומות ולאחר שהשיגה מידע רפואי ממוחו של חיה.