בינואר 1949 הוחלט על הקמת חטיבת חי"ר סדירה - 16 (למשך תקופה קצרה נקראה החטיבה - 160) על בסיס גדודים מחטיבה 6 (מירושלים), חטיבה 4 (מתל אביב), וכוחות חי"ש במחוזות ירושלים ותל אביב. מישאל שחם מונה כמפקד החטיבה. באפריל 1949 נקבע שחטיבה 16 תהיה חטיבת העתודה למרחב ירושלים. במהלך יוני 1949 התבצע שחרור חיילי החטיבה בשרות חובה והפיכת החטיבה לחטיבת מילואים. מטות החטיבה והגדודים עברו למחנה שנלר. הרמטכ"ל החליט שמפקד חטיבה 16 יהיה גם מפקד המחוז. לקראת סוף חודש יוני נקבע שמישאל שחם יהיה מפקד המחוז. שחם ארגן מחדש את חטיבה 16 (שנקראה חטיבה (מחוז) 16) בתחילת שנות ה-50 של המאה ה-20 על ידי הקמת המבנה של ארבעה גדודי חי"ר (161, 62, 163, 68) וארבעה גדודי חי"מ (953, 954, 962, 963). המבנה החדש הוקם על בסיס חיילים ומפקדים ירושלמיים שהיו בחי"ש, חי"מ, אצ"ל, הפלמ"ח, חטיבת עציוני וחטיבת 'המחוז' שפורקו. מלבד משימות הביטחון השוטף הייתה החטיבה אחראית על "הקו העירוני" ועל יחידת "מצוף", שטיפלה בכל נושאי "הר הצופים" כולל השיירה הדו שבועית שעלתה אליו בשטח שבשליטת ירדן משער מנדלבוים דרך שכונת שייח ג'רח.
בשנת 1953 שחם יזם הקמה של יחידה מיוחדת, שנודעה לימים בשם יחידה 101. הכוונה הייתה שהיחידה תהיה מיומנת ומאומנת לשם ביצוע פעולות מיוחדות מאחרי קווי האויב. ביחידה היו כ-40 לוחמים. בדיונים במסגרת המטכ"ל דחה משה דיין, אז ראש אג"מ, את ההצעה, ולכן פעל שחם לקיום היוזמה במסגרת חטיבה 16. בראש היחידה העמיד את אריאל שרון. אחרי ארבעה חודשים אושרה העברת היחידה לגדוד 890 מהצנחנים. היחידות התמזגו. לפעילות היחידה במסגרת הצנחנים הייתה השפעה מרחיקת לכת על תפקודם ועל תפקוד יחידות נוספות בצבא. נכנסו נורמות של העברת המלחמה לשטח האויב, נחישות, מקצוענות ודבקות במטרה.
חטיבה 6 – חטיבת עציוני וגדוד מוריה הירושלמים פורקו במשך שנת 1949 ותחילת 1950 וחייליהם הירושלמים היו חלק מחטיבת מחוז ירושלים - חטיבה 16. לזכר חטיבת עציוני/חטיבה 6 הוקמה בשנת 2011 אנדרטת "שלהבת עציוני" סמוך לטחנת הרוח במשכנות שאננים. חטיבה 6 הוקמה מחדש בשנת 1955. לפי חטיבה 14 מוצאה משינוי שם חטיבה 6. לפי חטיבה 408 מאז שנת 2010 היא נקבעה כחטיבת המורשת של חטיבת עציוני ממלחמת השחרור, בעת קביעת מורשות החטיבות על ידי הצבא.
חטיבה 16 בין המלחמות.
בין המלחמות היה מטה חטיבת מחוז 16 אחראי לביטחון השוטף במרחב בירושלים ופרוזדור ירושלים ובמיוחד בהר הצופים ובעמדות הקו העירוני. הר הצופים היה בריבונות ישראלית ונחשב אזור מפורז לפי הסכמי שביתת הנשק. הקו העירוני חצה את העיר לאורכה משכונת פאגי בצפון לקיבוץ רמת רחל בדרום. חיילי החטיבה, פרט למטה מצומצם ששכן במחנה שנלר, שירתו במילואים באימונים ובביטחון שוטף באזורים שונים בארץ ובמיוחד בהחזקת הר הצופים ובאיוש הקו העירוני. חלק מהמפקדים בחטיבה החזיקו בביתם נשק אישי ונדרשו בעת חירום לאייש עמדות בקו העירוני. החטיבה גויסה לשירות מילואים לקראת מלחמת סיני בשנת 1956. היא התפרסה בירושלים והפרוזדור בכוננות לאפשרות של התלקחות בחזית המזרחית.
הר הצופים.
במלחמת העצמאות נותק ההר מירושלים העברית מכיוון שהדרך אליו עברה בשכונת שייח' ג'ראח הערבית שהוחזקה על ידי כוחות מקומיים. ההר הפך למובלעת שהתנועה אליה התנהלה בשיירות בלבד. באפריל 1948 הותקפה בידי פורעים ערבים שיירה של עובדי בית החולים הידועה גם כשיירת הדסה בעת שעברה בשכונה הערבית שייח' ג'ראח. הפורעים רצחו 78 מנוסעי השיירה. תנועת השיירות להר הופסקה והושבתה פעילות האוניברסיטה ובית החולים.
ביוני 1948 נקבע הסכם לפירוז הר הצופים. ב־7 ביולי 1948, יום אחד לפני סיומה של ההפוגה הראשונה, נכנס לתוקפו הסכם בין משה דיין מפקד מחוז ירושלים ועבדאללה אל תל מפקד הלגיון הערבי בעיר על פירוזו של הר הצופים, ההסכם הושג בתיווך האו"ם. ההר חולק לשלושה אזורים: המובלעת הישראלית, שכללה את מתחמי האוניברסיטה העברית, בית החולים הדסה הר הצופים, בית הקברות הצבאי הבריטי, והכפר הערבי עיסאוויה כאזור מפורז ישראלי. מדרום לשטח הישראלי נקבע שטח הפקר, ומדרום לו שטח מפורז ירדני, שכלל את מתחם אוגוסטה ויקטוריה. בהסכם נקבע שישראל תחזיק בהר 85 שוטרים, החמושים בנשק קל בלבד, ו־35 אנשי סגל האוניברסיטה ובית החולים. במקביל הוגבל גם מספר השוטרים בשטח המפורז הירדני ל-46 שוטרים.
הסכם זה נשאר בתוקפו עד לסופה של מלחמת העצמאות ואושר מחדש בהסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות שנחתמו עם ירדן ב־3 באפריל 1949. מדי שבועיים או שלושה שבועות הייתה עולה להר הצופים שיירה משוריינת עם שוטרים, דלק ומזון. השיירות שעלו ממעבר מנדלבאום עד להר ובחזרה לוו על ידי חיילי האו"ם. בכל שיירה 60 שוטרים ואזרחים (חלקם סטודנטים כביכול ו'נערי המלך' - הסגל הקבוע) שעלו לתקופה של חודש ימים. בדרך זו הוחלף מחצית הכוח הוותיק ומחציתו נשארה לחפיפה של שבועיים או שלושה עם הכוח שרק עלה בשיירה. בירידה מההר הובילה השיירה ספרים מבית הספרים הלאומי שבהר, אשר הועברו לספריות האוניברסיטה בירושלים העברית. שיירה זו הייתה תחת פיקוח האו"ם.
השוטרים שעלו להר היו חיילי מילואים מיחידות שונות שהוחלפו כל 30 יום. פלוגות מחטיבה 16 עם נספחים היו בין סבב העולים להר. שני הצדדים קיימו את הסדרי הפירוז באופן חלקי. ישראל העלתה להר חיילים במדי שוטרים, הצליחה להבריח להר נשק כבד יותר מהמותר בהסכם, והצליחה לבצר חלק מהמתחם. מאידך הירדנים בנו מוצבים צבאיים בשטחים המפורזים ואף בשטחי ההפקר, השתלטו על חלק של הכפר עיסאוויה. עם זאת, לא הופסקה תנועת השיירה הדו שבועית, אף על פי שעוכבה לעיתים בידי הירדנים. נוסף לכך, הגבולות המדויקים של השטח הישראלי היו שנויים במחלוקת בין הצדדים, מכיוון שמפת הסכם המפקדים, שבה תוחמו שטחי השליטה ואשר אושררה בהסכם שביתת הנשק, אבדה. באוגוסט 1948, עם הפרסום הממשלתי הישראלי על היותה של ירושלים תחת שלטון צבאי ישראלי, פורסמה גם מפת השטחים בשלטון צבאי ושם סומן הר הצופים כשטח קטן בהרבה ממה שסומן אחר כך במפות ישראל.
ב־1954 הוקמה יחידה צבאית ייעודית להחזקת סגל קבע בהר. שם היחידה השתנה במשך השנים ולבסוף בשנת 1959 נקבע השם יחידת מצוף 247. מפקד היחידה כונה 'מלך ההר'. 'נערי המלך' היו חיילים סדירים, בעלי תפקידים שונים. היה למעשה סגל כפול של 'נערי המלך' ול'מלך' היה סגן שגם הוא נקרא ה'מלך'. שני הצוותים התחלפו ביניהם בשהות על ההר. הכוח על ההר מנה כ-120 לוחמים מהם: כ-85 חיילים/שוטרים, סגל של כ-9 חיילים/שוטרים - 'נערי המלך' ומספר אזרחים עובדי צה"ל בתפקידי שירותים. בהר היו 13 מתחמים (עמדות מבוצרות). החיילים היו מבצעים מדי פעם סיורים לשטחים שהיו לא מאוישים שנקראו 'פטרולי ריבונות'. כך ישראל הפגינה ריבונות על השטח השנוי במחלוקת. סביב הסיורים היו תקריות אש שאירעו לעיתים רחוקות במשך התקופה. התקריות קרו למרות הוראות הפתיחה באש שדרשו איפוק מרבי. תקריות קשות אירעו בשנים 1957 וב־1958. ב־1958 נהרגו בהר ארבעה חיילים ישראלים שנתקלו במארב ירדני בגן הבוטני של מתחם האוניברסיטה. באותה תקרית נהרג גם היושב ראש הקנדי של ועדת שביתת הנשק שבא לתווך בין הצדדים. בעקבות התקרית נקבעו הסדרים חדשים בחלק מהנושאים השנויים במחלוקת, כמו הסדרי שליטה בכפר עיסאוויה.
הקו העירוני.
הקו העירוני הוא השם שניתן לקטע של קו שביתת הנשק (הקו הירוק) שחצה את העיר ירושלים בין 1949 ל-1967. הקו, באורך של כשבעה קילומטרים, היווה קו גבול זמני לפי הסכם שביתת הנשק עם ירדן, שחילק את העיר בין מזרחה שנכבש על ידי הלגיון הירדני במלחמה וסופח לירדן, לבין מערבה, שנתפס על ידי צה"ל, צורף לישראל והוכרז כבירת מדינת ישראל. העיר העתיקה נשקה לקו העירוני מצידו המזרחי, ונותרה בשליטה ירדנית. משני צידי הקו פרשו הצדדים ביצורים ומכשולים, ובניינים שונים בעיר לאורך הקו שימשו כעמדות צבאיות. הקו הוחזק על ידי כוח בסדר גודל של פלוגה עם נספחים מקצועיים.
ב-30 בנובמבר 1948, עם שוך קרבות מלחמת העצמאות בירושלים התמוססות ההפוגה השנייה בגזרת הדרום, נפגשו בבית נטוש בשכונת מוסררה, משה דיין, מפקד מחוז ירושלים ועבדאללה א-תל, מפקד הלגיון הירדני בירושלים. על גבי מפה בקנה מידה של 1:20,000 שרטטו שני המפקדים את גבולות הפסקת האש בזירת ירושלים. דיין שרטט בעיפרון שעווה ירוק את קו העמדות שבשליטה ישראלית, ותל התווה בעיפרון אדום את קו העמדות הירדני. השטח בין שני הקווים, יחד עם עובי העפרונות בהם שרטטו השניים את הקווים על המפה, קבע קיומם של שטחי הפקר לאורך הקו. באותה עת נראה היה לצדדים כי מדובר בקו הפסקת אש זמני, ולא ייחסו משמעות מיוחדת לאי-דיוקים שנבעו מעובי העיפרון, סטיות קלות בשרטוט וקטעים לא-רציפים בקו. שני המפקדים המקומיים, הצליחו למצוא הסדר שימנע את חילופי האש ואת תקריות האש הבלתי-פוסקות בעיר בעזרת אנשי האו"ם וחתמו על 'הסכם הפוגה כנה', ששם קץ לחילופי האש וקבע קו הפוגה מוסכם. הצלחת המגעים עודדה את הצדדים ואת אנשי האו"ם להמשיך בשיחות ולנסות להרחיב את תחולתו של ההסכם.
כעבור חודשים אחדים, בעת הדיונים ברודוס באפריל 1949 על הסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות, נמצא כי מפת דיין-תל היא המסמך הרשמי היחיד המציין את הקו בירושלים המחולקת בהסכמת שני הצדדים. כך הפכו אותם קווים בלתי-מדויקים ששורטטו ברישול לקוו שביתת הנשק. הקווים הגסים חצו וביתרו שכונות, רחובות ואף בתים, והיוו מקור לא-אכזב לוויכוחים וסכסוכים בין ישראל לירדן. לאורך הקו החזיקו שני הצדדים עמדות וביצורים, חלקם בבתי מגורים ומוסדות ציבור עירוניים. בשטחי ההפקר הונחו מוקשים.