פאנופניק קבל את משרת המנצח הראשי של הפילהרמונית של קרקוב. הוא שיחזר חלק מן המוזיקה שלו שאבדה, החל ב"פתיחה הטראגית", שעוד חיה בזיכרונו. הצלחתו עודדה אותו להמשיך בשחזור השלישייה לפסנתר ו"שירי איכרים פולנים". הסימפוניה הראשונה שלו, לעומת זאת, התגלתה כמשימה קשה יותר ופאנופניק המאוכזב החליט להתרכז מכאן ואילך בחיבור יצירות חדשות.
כמנהל המוזיקלי הממונה של הפילהרמונית של ורשה, שנחשבה מאז ומתמיד לתזמורת הראשונה במעלה של פולין, ניגש פאנופניק למשימה לגייס נגנים ולמצוא שיכון קבוע לתזמורת. כאשר נתקל בקשיים ביורוקרטיים במשימת השיקום (למשל, העדר מקומות מגורים זמינים לנגנים), התפטר במחאה. בזמן זה גם קיבל הזמנות לנצח מחוץ לגבולות פולין, ביניהן כמנצח אורח לתזמורת הפילהרמונית של ברלין. הוא הונחה לכלול את "הפתיחה הטראגית" שלו בתוכנית, כתזכורת לגרמניה לפעולותיה בוורשה, זמן לא רב קודם.
בערך בתקופה זו החל שוב להלחין וחיבר את "מעגל הקווינטות" לפסנתר (יצירה שיצאה לאור כ"שנים-עשר אטיודים מיניאטוריים"). ה"נוקטורן לתזמורת" שלו נכתב בהשפעת השילוב של נהר התמזה ושמי הלילה בביקור בלונדון. השימוש שעשה ביצירה זו ברבעי טונים היווה פריצת דרך, הן לפאנופניק והן למוזיקה הפולנית. פאנופניק חיבר גם את "סינפוניה רוסטיקה", שלה החליט לתת שם במקום המספור "סימפוניה מס' 1" מתוך רגשותיו אל שתי יצירותיו האבודות בסוגה זו.
פאנופניק התמנה לסגן-נשיא של "איגוד המלחינים הסוציאליסטים" החדש (ZKP—Związek Kompozytorów Polskich בפולנית), משרה שהסכים לקבל בהמרצת עמיתיו. ואולם בתפקידו זה מצא עצמו מתומרן לעמדות, שלא תמך בהן, בוועידות שטבען היה יותר פוליטי ממוזיקלי. באחת הוועידות הללו פגש את זולטאן קודאי, שביטא בשיחה בארבע עיניים אותה תחושת חוסר ישע אמנותי, שפיעמה בפאנופניק. הוא הכיר גם מלחינים כמו אלאן בוש האנגלי, שהביע אהדה למטרות הסוציאליזם הסטליניסטי ומלחינים אחרים מן השמאל הפוליטי הקיצוני, כמו בנימין פרנקל.
להוסיף על מצוקתו של פאנופניק, בתקופה שלאחר המלחמה גברה והלכה מעורבותה של הממשלה באמנויות. כתולדת אירועים בברית המועצות, בעיקר צוי ז'דאנוב בשנת 1948, נגזר שמלחינים יהיו נאמנים ל"ריאליזם הסובייטי" וכי יצירות מוזיקליות, ככל יצירות האמנות, ישקפו את "מציאות החיים הסוציאליסטיים". בשנים הבאות נתן פאנופניק ביטוי להרהוריו בנושא טבעו המעורפל של הריאליזם הסובייטי שהיה, לפי בדיחה פולנית מאותם ימים, "כמו יתוש: כולם ידעו שיש לו עוקץ, אבל אף אחד לא ראה אותו."
באקלים זה השתדל פאנופניק, שלא היה חבר במפלגה הקומוניסטית, לדבוק בשביל הזהב בכך שחיבר יצירות המבוססות על מוזיקה פולנית היסטורית; לצורך זה כתב את "סוויטה פולנית עתיקה".
תחילה, ייחדו את הנוקטורן שלו לביקורת. אחר כל הכריז גנרל ולודז'ימייז' סוקורסקי, שר התרבות, שה"סינפוניה רוסטיקה" של פאנופניק "חדלה להתקיים": פאנופניק תיאר לאחר זמן את הסימפוניה כ"יצירה תמימה בפירוש" ובייחוד חרה לו, שאחד מחברי הוועדה שהחליטה ע החרמת היצירה ישב קודם בוועדה, שהעניקה לאותה יצירה פרס ראשון בתחרות שופן. בשעה שיצירותיו הוחרמו בארץ מולדתו כפורמליסטיות, בארצות חוץ העלו את שמו על נס כייצוא תרבותי, הן כמלחין והן כמנצח. הרשויות העניקו לו את תואר הכבוד הרם ביותר שלהן, "תקן עבודה ממדרגה ראשונה".
בשנת 1950 יצא פאנופניק לביקור ברוסיה כחבר במשלחת פולנית ללימוד שיטות ההוראה הסובייטיות. הוא פגש את דמיטרי שוסטקוביץ', שעמו התרועע בוועידות קודמות, ואת אראם חאצ'טוריאן. בשיחות עם מלחינים פחותים במעלה, דחקו בפאנופניק לספר על מה הוא עובד. כיוון שחש בצורך להגיד משהו מקובל, הזכיר כלאחר יד, שיש לו רעיון ל"סימפוניית שלום". הרעיון התקבל בהתלהבות, ובשובו לפולין הוקצבה לו תקופת שהיה במקום שקט, כדי שיוכל לסיים את היצירה (פאנופניק פירש זאת כפקודה להשלים אותה). הוא כתב יצירה בת שלושה פרקים, המסתיימת במוזיקה למילים של חברו, המשורר יארוסלב איוושקייביץ'. פאנופניק קיווה להחדיר את תפיסתו הוא של מושג השלום ליצירה, ולא את האידאולוגיה הסובייטית. היצירה לא נחלה הצלחה.
כאשר כתב את סימפוניית השלום, הרשים אותו יופייה של אישה אירית שפגש, ששמה מרי אליזבת או'מאהוני, שכונתה "סקרלט" בשל דמיונה (הן במראה והן באופי) לסקרלט אוהארה, גיבורת הרומן של מרגרט מיטשל, חלף עם הרוח. הגברת הייתה אומנם בירח דבש עם בעלה השלישי, אך זה לא מנע ממנה לקיים פרשיית אהבים עם פאנופניק. פאנופניק גילה עד מהרה שהיא חולת אפילפסיה, אך על אף ספיקותיו, נישאו השניים בשנת 1951 ועד מהרה נולדה להם בת, אונה. עכשיו היה על פאנופניק לפרנס משפחה צעירה והוא התמסר בכל מאודו לעבודתו היוצרת ביחידה לקולנוע. בשביל אחד הסרטים פנה שוב למוזיקה הפולנית העתיקה, ובמשך הזמן עיבד את הפרטיטורה הזו ליצירה הקונצרטנטית, "קונצ'רטו אין מודו אנטיקו".
בשנת 1952 חיבר פאנופניק "פתיחה הרואית", שהתבססה על רעיון שהגה בשנת 1939 בהשראת מאבקה של פולין נגד הדיכוי הנאצי. הוא הגיש את היצירה הזו (בלי לגלות את משמעותה האמיתית) לתחרות המוזיקה הקדם-אולימפית של 1952 בהלסינקי, והיא זכתה. במולדתו, לעומת זאת, הוקיעו גם יצירה זו כ"פורמליסטית".
באביב 1953 ניצח פאנופניק על התזמורת הקאמרית של הפילהרמונית של ורשה בסיור בסין, שם פגש את ראש הממשלה צ'ו אן לי ואף, בחטף, את היו"ר מאו. בעודו בסיור הזה, שמע שאונה טבעה כשסקרלט קיבלה התקף אפילפסיה בשעה שרחצה אותה. זמן מה לאחר שובו לוורשה התבקש לכתוב מכתב, שהממשלה תוכל לשלוח למוזיקאים מערביים, כביכול בשם פאנופניק, כדי להפיק מהם ביטויי הזדהות עם "תנועת השלום" הפולנית. פאנופניק תיאר זאת שהוראה, למעשה, לרגל למען מוסקבה וכאחרון בשורה של "הקש האחרון". בשנת 1954 לא ראה עוד פאנופניק אפשרות ליישב את שאיפתו הפטריוטית להישאר מלחין פולני בפולין עם הבוז שרחש לתביעות המוזיקליות והפוליטיות של הממשלה. הוא החליט להגר לבריטניה כדי לשפוך אור על תנאי העבודה, שנכפו על המלחינים הפולניים.
סקרלט, שאביה חי בבריטניה, השיגה על נקלה רשות לנסוע ללונדון ובהיותה שם ביקשה בחשאי את עזרתם של חברים מן הפזורה הפולנית. ברנרד ג'ייקובסון תיאר את אירועי בריחתו של פאנופניק מפולין כלקוחים היישר מתוך רומן של לה קארה. עלילת הבריחה כללה את מזימת החברים להשיג הזמנה לפאנופניק לנצח בשווייץ ככיסוי, הזמנה שפאנופניק צריך היה לקבל ללא התלהבות יתרה כשתגיע, הגילוי מצד אנשי הצירות בדבר בריחתו הצפויה והתגייסותם הבהולה להביאו לשגרירות הפולנית, מנוסתו הטרופה בניסיון להתנער מאנשי המשטרה החשאית, שעקבו אחרי המונית שבה דהר באישון לילה ברחובותיה של ציריך, ובסופו של דבר טיסתו ללונדון, שם קיבל בהגיעו מקלט מדיני. עריקתו זכתה לכותרות בינלאומיות. הממשלה הפולנית הוקיעה אותו כבוגד, הטילה איסור גורף על השמעת המוזיקה שלו ועל כל אזכור של הישגיו כמנצח. לפני שעזב את פולין הוכר פאנופניק, הן מצד הרשויות והן מצד עמיתיו, כמלחין והמנצח הראשון במעלה של פולין; עם הסתלקותו היה לאל-איש, וכך נשאר עד 1977.
חיים במערב.
מאחר שעזב את פולין ללא כסף או רכוש, התקשה פאנופניק לקיים את עצמו ואת אשתו בהכנסות מהופעותיו כמנצח. הוא קיבל תמיכה כספית ממלחינים אחרים, ביניהם רייף וון ויליאמס וארתור בנג'מין; מחווה זו של סולידריות מקצועית חיזקה את פאנופניק לא פחות מן הכסף עצמו. ידידו הוותיק, הפסנתרן ויטולד מלקוצ'ינסקי עזר גם הוא במציאת פטרון עשיר לפאנופניק. סקרלט פרסמה ספר על חיי פאנופניק בפולין ועל בריחתו משם, אבל ההשערות ואי-הדיוקים שבו הציקו לפאנופניק. בני הזוג התרחקו בהדרגה: סקרלט נכספה לחברה וריגושים מתמידים ואילו פאנופניק היה זקוק לשקט ושלווה כדי להלחין.
פאנופניק ביקר בארצות הברית כדי להיות נוכח בביצוע "סימפוניית השלום" שלו בניצוח לאופולד סטוקובסקי. הביצוע הניע את פאנופניק לפסול את היצירה לביצוע, כיוון שראה בה תוצר שנכתב בכפייה. בשובו לאנגליה השליך את הפרק הכוראלי ואת השאר עיצב מחדש כ"סינפוניה אלגאיקה". גם יצירה זו בוצעה בניצוח סטוקובסקי וזכתה להצלחה ניכרת.
פאנופניק נתקל בקשיים מתסכלים בבואו לקבל אישור כניסה לארצות הברית. סגל השגרירות בלונדון נמנע, בהשפעת המקארתיזם, מהגשת עזרה והתייחס אליו בחשדנות: להפתעתו, התבקש פאנופניק לתת את טביעות אצבעותיו, וכן נשאל בגלוי, לא אחת, אם היה אי פעם חבר במפלגה הקומוניסטית הפולנית. האירוניה שבמצב זה, לאחר עריקתו הפומבית למערב זמן לא רב קודם, לא נעלמה מעיני פאנופניק.
למשך שנתיים, מ-1957 עד 1959, הוקל במעט מצבו הכספי של פאנופניק כאשר התמנה למנצח ראשי של התזמורת הסימפונית של ברמינגהאם. התזמורת הייתה מעוניינת להחזיק בו, אך ההכנה לחמישים קונצרטים בשנה מנעה את פאנופניק מלהקדיש זמן להלחנה.
בשנת 1959 התאהב פאנופניק בווינסום וורד, אך בשנת 1960 אובחן אצלה סרטן ופאנופניק שקע שוב בייאוש. בתקופה זו מילא הזמנה לקונצ'רטו לפסנתר והזמנה אחרת ל"סינפוניה סאקרה". הוא פגש גם את קמילה ג'סל, אז בת עשרים, שעבדה כעוזרת אישית בארצות הברית. חבר הפרלמנט הבריטי ניל מארטן (שהיה האחראי מטעם משרד החוץ הבריטי לטיפול בעריקתו של פאנופניק) הציע, שג'סל תעזור לפאנופניק בתכתובת שלו. פאנופניק הסכים והיא גילתה תוך זמן קצר, שהוא לא השיב למכתבים, שהציעו לו התקשרויות ניצוח והתעניינו בהזמנת יצירות. עבודתה פינתה לפאנופניק זמן לעסוק בהלחנה. בשנת 1963 הגיש פאנופניק את סינפוניה סקארה שלו, שאך זה הושלמה, לתחרות בינלאומית יוקרתית במונקו, ליצירה התזמורתית המצטיינת. היצירה זכתה בפרס ראשון.