שם החצר מנציח את (איסבל בהגיה הספרדית) שנולדה בארמון אלפחריה והפכה למלכת פורטוגל בשנת 1282. בריכת ההשתקפות המקורית בדרום השתמרה ואילו זו שבחזית הצפונית, מהמאה ה-14, כוסתה ברצפת עץ. השיקום ניסה להעניק לחצר את הדרה המקורי, ולשם כך הוסדר ריצוף לוחות שיש במסדרונות המקיפים את גן עצי התפוז והפרחים.
הארקדה שמשערים שהשקיפה לכיוון הפורטיקו הדרומי שוקמה על ידי שכפול הקשתות המקוריות השמורות במוזיאון הלאומי לארכאולוגיה (מדריד) ובמוזיאון סרגוסה. הם מייצגים העזה וחדשנות ביחס לדגמי הח'ליפות של הקשתות בצד הצפוני, בשל המרחק.
לדברי כריסטיאן אוורט (Christian Ewert), שחקר את קשתות האלחפריה במשך חמש עשרה שנים, ככל שהאזורים קשורים יותר לאזורים האציליים (אולם הזהב והמסגד), כך יש לקישוטים של הארקדות יותר כבוד למסורת קורדובה ממנה הם שאבו השראה.
הארמון של פדרו הרביעי, מלך אראגון.
לאחר כיבוש סרגוסה על ידי אלפונסו הראשון, מלך אראגון המכונה "הלוחם" בשנת 1118, הפכה האלחפריה לארמון למלכי אראגון ולכנסייה, ולא שונתה באופן מהותי עד המאה ה-14 עם הגעתו של פדרו הרביעי, מלך אראגון המכונה גם "פדרו חובב הטקסים".
מלך זה הרחיב את מבני הארמון בשנת 1336 והורה לבנות את כנסיית סן מרטין בחצר הכניסה למצודה. על פי התיעוד מתקופה זו שימש ארמון האלחפריה כנקודת המוצא של המסלול שהוביל לקתדרלת סלבדור דה סרגוסה, שם הוכתרו מלכי אראגון בחגיגיות ונשבעו לקיים את .
כנסיית סן מרטין.
כנסיית סן מרטין מנצלת את המרחב שבפינה הצפונית-מערבית של החומה, עד כדי כך שאחד ממגדליה שימש כחדר תשמישי הקדושה. הכנסייה העניקה את שמה לחצר שממנה יש את הגישה למתחם הארמון המורי.
המבנה בסגנון גותי-מודחאר מורכב משתי ספינות המחולקות לשלושה חלקים כל אחת, במקור מכוונות למזרח ונתמכות על ידי שני עמודים שאליהם צמודים חצאי עמודים המחוברים במרכז פני העמוד.
הקמרונות של ספינות אלו, הם קמרונות צלעות פשוטים, נתמכים על קשתות מעוצבות, כשהקשתות האלכסוניות עגולות למחצה. על פינות הקמרונות יש קישוט בצורת פרח ועליו שלט האצולה של ממלכת אראגון. מהקישוטים, נשמרו רק שברי הציפוי הציורי וכמה קשתות מורכבות בהשראה ישירה מהארמון המוסלמי.
מבחוץ, בולטת חזית שער הלבנים בסגנון מודחאר, שנבנה בתקופת המכונה "האנושי". השער נפתח לחלק האחורי של הספינה הדרומית. שער זה בנוי בתוך סדרת קשתות שטוחות שקועות, המכוסות על ידי קשת מחודדת אחרת בעלת ממדים גדולים יותר. אלפיס כפול ממסגר את שתיהן מעוטר במוטיבים מהסוג המכונה "Jaqués taqueado" היוצרים צורות של מעוינים. בספנדרלים ישנם שני מדליונים בצורת אליפסה עם פינות שבתוכם שלטי האצולה של ממלכת אראגון. בטימפנון שבין הקשתות יש רצועה ובה מקבץ של קשתות מורכבות עיוורות, המתייחסות שוב לסדרת הקשתות בארמון של שושלת בנו הוד. רצועה זו מופסקת במרכזה על ידי תיבה הכוללת תבליט ששולב לאחרונה.
הכנסייה שופצה במאה ה-18 כשלפניה נוספה ספינה שכיסתה את השער בסגנון מודחאר. העמודים והקירות שופצו וטויחו בסגנון הנאו-קלאסי. שינוי זה בוטל במהלך השיפוצים שביצע פרנסיסקו אייניגס, אם כי מהתיעוד הצילומי הקיים, ידוע שהיה מגדל צר שמופיע כעת בגימור עם שינות בהשראת המבנה של כנסיית מודחאר, בעוד שבמאה ה-18 הוא הסתיים בצריח בולבוסי מוזר.
ארמון מודחאר.
זה אינו ארמון עצמאי, אלא הרחבה של הארמון המוסלמי שעדיין היה בשימוש. פדרו הרביעי, מלך אראגון ניסה להוסיף לאלחפריה חדרים גדולים יותר, חדרי אוכל וחדרי שינה, מכיוון שחדרי השינה של הארמון המורי היו קטנים מדי לטעמו של המלך "חובב הטקסים".
חדרים חדשים אלה מקובצים בגזרה הצפונית של הארמון האנדלוסי, ברמות גובה שונות. מבנה מודחאר חדש זה כיבד בדבקות את הבנייה שהייתה קיימת, הן בתוכנית והן בגובה, והוא מורכב משלושה אולמות גדולים שתוכניתם מלבנית, המקורים על ידי תקרות עץ ייחודיות בסגנון מודחאר המכונות בספרדית "אלחרפס" (aljarfes).
עוד מתקופה זו קיימת הארקדה המערבית עם קשתות מחודדות של חצר סנטה איסבל, המשולבת בקשתות עם אונות, וחדר שינה קטן עם תוכנית מרובעת המקורה בכיפת עץ מתומנת ודלת כניסה מעניינת בתוך קשת מחודדת המוקפת באלפיס מעודן, שהספנדרל שלו מעוטר בערבסקות. דלת זו מובילה ללוג'יה משולשת של קשתות חצי מעוגלות. חדר השינה ממוקם במבנה מעל המסגד.
ארמון המלכים הקתוליים.
בשנים האחרונות של המאה ה-15 הורו המלכים הקתוליים לבנות ארמון לשימוש מלכותי באגף הצפוני של המתחם המורי, תוך קביעת תצורה של קומה שנייה על גבי זו של הארמון הקיים. בניית הקומה השנייה כללה הריסה של החלקים העליונים של חדרי הארמון המורי, שם הוכנסו הקורות התומכות בארמון החדש.
העבודות מתוארכות בין השנים 1488 ל-1495, ובנאים ממוצא מורי השתתפו בהן, כמו פראיג (Faraig) ומאומה דה גלי (Mahoma de Gali). כפי שקרה בשיפוצים שביצע פדרו הרביעי שמרו הבנאים ממוצא מוסלמי (יוסף ומואמט בייטו (Yucef y Mohamat Bellito)), על מסורת האלריפה (alarife, בנאי מומחה בסגנון מודחאר) של ה (אנוסים מוסלמיים) בשיפוץ של האלחפריה.
הגישה אל הארמון היא במעלה גרם המדרגות האצילי, מבנה מונומנטלי המורכב משני חלקים רחבים עם יסריות גאומטריות, המוארים על ידי חלונות עם תחרת חלונות של עלים וגבעולים בסגנון גותי והשפעות מודחאר, שהושלמו בפיתוחים על קצות הקשתות.
התקרה גרנדיוזית, כמו בשאר חדרי הארמון, מעוטרת בציורים בטמפרה עם מוטיבים איקונוגרפיים הקשורים למלכים הקתולים: בחלק המרכזי מוצג שלט האצולה במרכז התקרה, ובפינות העול והחצים מפינות שלט האצולה, המתחלפים עם ריבועי קישוט גרייזי של גרוטסקות ונברשות, קישוט האופייני לרנסאנס.
דלת הכניסה הראשית לחדר הכס שקועה בתוך קשת בת שלוש אונות, עם טימפנון בן חמש אונות, שבמרכזו מוצג שלט האצולה של המלכים הקתולים, בו מופיעים שלטי האצולה של ממלכות קסטיליה, לאון, אראגון, סיציליה וגרנדה, הנתמכים על ידי שני אריות. שאר שטח הקישוט מסתיים בעיטור צמחוני עדין, המופיע שוב בכותרות הרציפה של המשקופים. החזית כולה מעובדת בטיח מוקשה, שהוא החומר השולט ביותר הנראה בתוך של האלחפריה, מכיוון שאומני מודחאר מנציחים את החומרים והטכניקות הנפוצים באסלאם.
באותו קיר שני חלונות גדולים עם קשת מורכבת משולשת עם סריג בקצה הקשת, בזכותם מואר החלל הפנימי של חדרי המלוכה.
לאחר מעבר הגלריה, עוברים כמה חדרים הקודמים לחדר הכס הגדול, המכונים "חדרי המדרגות האבודות". מדובר בשלושה חדרים קטנים עם תוכנית מרובעת המחוברים זה לזה על ידי חלונות גדולים ופתוחים עם עבודות סריג המשקיפים על חצר סן מרטין, וששימשו חדרי המתנה למי שהיה אמור להתקבל על ידי המלכים. בימינו אפשר לראות רק שניים, שכן השלישי נסגר כשהוחלפה כיפת המסגד. הגג שלו הועבר לחדר הסמוך לחדר הכס.
אחד האלמנטים החשובים ביותר בחדרים אלה הם רצפותיהם, שהיו במקור מרובעים ואריחי קרמיקה משושים (בספרדית alfardones) צבעונים מזוגגים. הם נוצרו בסדנת הקרמיקה של מואל (Loza de Muel) שבסמוך לסרגוסה בסוף המאה ה-15. מהשברים שנשמרו שוחזרה הרצפה לחלוטין בקרמיקה המחקה את צורת הריצוף הישן ואת סידורו, אם כי לא את איכות ההשתקפויות המזוגגות.
המרכיב הנוסף הבולט הוא התקרות בסגנון המלכים הקתוליים. תקרות אלו מציגות רשתות גאומטריות מעץ מגולפות מאוחר יותר, צבועות ומוזהבות בעלי זהב, שבין העיצובים מופיעים המוטיבים הידועים של שלטי האצולה של המלכים הקתוליים: העול, החצים והקשר הגורדי יחד עם המוטו הקלאסי "טנטו מונטה" (Tanto monta, לבטל את הקשר הגורדי), חתכו אותו וגם התירו אותו, על פי האנקדוטה הידועה המיוחסת לאלכסנדר הגדול, כמו גם מספר רב של גילופי עלים המסתיימים בתליון דמוי אצטרובל.
חדר הכס.
התקרה המכסה את חדר הכס מפוארת. מידותיה 20 מטרים אורך על 8 מטרים רוחב, והיא נתמכת על ידי קורות היוצרות כוכבים בני שמונה פינות בצמתים, ושלושים שקעים מרובעים גדולים ועמוקים. בתוך שקעים אלה, יש מתומן עם שושנה מרכזית עם עלים מסולסלים המסתיים בנטיף דמוי אצטרובל של אורן המסמל פוריות ואלמוות. החלוקה של התקרה משוקפת ברצפה, המשחזרת את שלושים השקעים עם המתומן.
מתחת לתקרה המפוארת ישנה גלריה של קשתות שטוחות וכל המבנה הזה נתמך על ידי מסד ובו מגולפים צמחים ובעלי חיים (ענפים, ענבים, דרקונים מכונפים, בעלי חיים פנטסטיים ...), ועל האפריז העוטף את כל ההיקף בחדר יש קליגרפיה גותית בלטינית:
התקופה הקדם מודרנית, והמודרנית.
בתחילת 1486 שימש אזור חצר סן מרטין כבית הדין של האינקוויזיציה הספרדית ומשרדים סביב החצר הוקמו כדי לשכן את העובדים של מוסד זה. זה כנראה מקור השימוש במגדל הטרובדור ככלא.