בנובמבר 1903 הפליגה "סקוטיה" אל בואנוס איירס לצורך תיקונים וחידוש האספקה. כששהה בארגנטינה, ניהל ברוס משא ומתן להשגת הסכם עם הממשלה, לפיו ייעשה "בית אומונד" לתחנה קבועה לחיזוי אוויר, בפיקוח ארנטינאי. האתר, ששמו שונה לבסיס אורקדס, פועל מאז בקביעות ומספק את התחזית המטאורולוגית הארוכה ביותר בהיסטוריה של אנטארקטיקה. בינואר 1904 חזרה "סקוטיה" דרומה, לחקור את ים ודל. ב-6 במרץ נצפתה יבשה חדשה, חלק מן הגבול המזרחי של הים; ברוס כינה אותו ארץ קואטס, על שם התומכים העיקריים במשלחת. ב-14 במרץ, ב-74°, '01 דרום, כשהייתה בסכנת כליאה בקרח, פנתה "סקוטיה" צפונה. המסע הארוך חזרה לסקוטלנד, דרך קייפ טאון, הושלם ב-21 ביולי 1904.
המשלחת הזאת צברה אוסף גדול של דגימות מן החי, יבשתי וימי, ומן הצומח, וביצעה תצפיות הידרוגרפיות, מגנטיות ומטאורולוגיות מקיפות. מאה שנה לאחר מכן הוכרה עבודת המשלחת כזו "שהניחה את היסוד למחקרים מודרניים של שינויי אקלים" ושעבודתה הנסיונית גילתה את חשיבותו המכרעת של חלק זה של כדור הארץ לאקלים העולמי. לדברי האוקיינוגרף טוני רייס, השלימה משלחת זו תוכנית מקיפה יותר מכל משלחת אנטארקטית אחרת בתקופתה. בזמנו, מכל מקום, קבלת הפנים שציפתה לה בבריטניה לא עוררה הדים רבים; אף כי עבודתו של ברוס זכתה לשבחים רבים בחלקים מן הקהילה המדעית, היה עליו להיאבק לגיוס כספים לפרסום תוצאות מחקריו המדעיים, והוא האשים את מרקהם בחסרון ההכרה הלאומית.
השנים שלאחר המשלחת.
מעבדה סקוטית לאוקיינוגרפיה.
אוסף הדגימות של ברוס, תוצאה של למעלה מעשור של מסעות ארקטיים ואנטארקטיים, היה זקוק למשכן קבע. ברוס עצמו היה זקוק לבסיס שבו יוכל להכין לפרסום את הדוח"ות המפורטים של מסע ה"סקוטיה". הוא מצא מקום ברחוב ניקולסון, אדינבורו, שם ייסד מעבדה ומוזיאון, שאותם כינה המעבדה הסקוטית לאוקיינוגרפיה, בשאיפה להביאם במשך הזמן למעמד של מכון סקוטי לאומי לאוקיינוגרפיה. המוסד נחנך באופן רשמי על ידי הנסיך אלברט ממונקו בשנת 1906.
ברוס ייחס חשיבות עליונה למחקר אוקיינוגרפי, כפי שאפשר להיווכח בדבריו הבאים:
ויליאם ספירס ברוס
בבניין זה אחסן ברוב את הציוד המטאורולוגי והאוקיינוגרפי שלו, לקראת משלחות עתידיות. שם גם נפגש עם חוקרים-עמיתים, בהם ננסן, שקלטון ואמונדסן. משימתו העיקרית הייתה, מכל מקום, לנהל מאחורי הקלעים את הדוחו"ת המדעים של המשלחת הסקוטית הלאומית לאנטארקטיקה. דוחו"ת אלה התפרסמו, במחיר ניכר ולאחר עיכובים רבים, בין 1907 ל-1920, פרט לכרך אחד - יומנו של ברוס עצמו - שלא יצא לאור עד 1992, כשהתגלה מחדש. ברוס ניהל תכתובת רחבת-היקף עם מומחים, בהם ג'וזף דלטון הוקר, שיצא לאנטארקטיקה עם ג'יימס קלארק רוס בשנים 1843-1839, ושלו הקדיש ברוס את ספרו הקצר "חקר הקטבים".
בשנת 1914 החלו דיונים לקראת מציאת בתי קבע, הן לאוסף של ברוס והן, לאחר מותו אותה שנה של האוקיינוגרף סר ג'ון מאריי, לדגימות ולספרייה של משלחת צ'לנג'ר. ברוס הציע הקמת מרכז חדש כיד זיכרון למאריי. ההצעה התקבלה פה אחד, אבל פרוץ מלחמת העולם הראשונה מנע את הגשמת התוכנית, שלא עלתה שוב. המעבדה האוקיינוגרפית הסקוטית המשיכה להתקיים עד 1919, אז נאלץ ברוס, שבריאותו התערערה, לסגור אותה. את תוכנה חילק בין המוזיאון הלאומי של סקוטלנד, החברה הגאוגרפית המלכותית של סקוטלנד, ואוניברסיטת אדינבורו.
עוד תוכניות אנטארקטיות.
ב-17 במרץ 1910 הציג ברוס לחברה הגאוגרפית המלכותית של סקוטלנד הצעות למשלחת סקוטית חדשה לאנטארקטיקה. תוכניתו כללה קבוצה שתישאר לחרוף בארץ קואטס או סמוך אליה, כשהספינה תמשיך בדרכה עם קבוצה אחרת אל ים רוס, בצדה השני של היבשת. במהלך העונה השנייה תחצה קבוצת ארץ קואטס את היבשת ברגל, דרך הקוטב הדרומי, ואילו קבוצת ים רוס תמשיך דרומה, לפגוש את אנשי הקבוצה הראשונה ולסייע להם בדרכם חזרה. כמו כן תבצע המשלחת עבודה מדעית, אוקיינוגרפית ואחרת. ברוס העריך, שהעלות הכוללת תהיה בסביבות 50,000 ליש"ט (לפי שער המטבע לאותה שנה).
החברה הגאוגרפית הסקוטית תמכה בתוכניות אלה, וכך גם החברה המלכותית של אדינבורו, אוניברסיטת אדינבורו ועוד ארגונים סקוטיים. ואולם, העיתוי היה גרוע; החברה הגאוגרפית המלכותית בלונדון הייתה עסוקה מעל לראש במשלחת טרה נובה של קפטן סקוט ולא גילתה עניין בתוכניות של ברוס. שום נותן-חסות פרטי עשיר לא הציע את תמיכתו, ופניות חוזרות ונשנות אל הממשלה לתמיכה כספית העלו חרס. ברוס חשד, שגם הפעם, כבעבר, היה זה מרקהם, עדיין רב-השפעה על אף שנותיו המתקדמות, שחתר תחת מאמציו. לאחר שהשלים לבסוף עם העובדה, שהיוזמה שלו אינה עתידה לצאת לפועל, העניק ברוחב לב תמיכה וייעוץ לארנסט שקלטון, שהודיע ב-1913 על תוכניותיו, הדומות לאלה של ברוס, למשלחת הטראנס-אנטארקטית האימפריאלית. לא זו בלבד, ששלקטון קיבל 10,000 מן הממשלה, אלא שהוא אף גייס סכומים נכבדים ממקורות פרטיים, כולל 24,000 ליש"ט מן התעשיין הסקוטי ג'יימס קי קיירד מדאנדי. שקלטון גמל לקיירד על תרומתו הנדיבה בקריאת סירת ההצלה הגדולה בין השלוש, שהיו על ספינת המשלחת אנדיורנס על שמו. בסירה זו הפליגו שקלטון וחמישה מחברי המשלחת מאי הפיל אל ג'ורג'יה הדרומית כדי להזעיק עזרה.
המשלחת של שקלטון הייתה הרפתקה רבתי, אך נכשלה כישלון חרוץ במטרתה העיקרית - לחצות את יבשת אנטארקטיקה מקצה אל קצה. ועדת הסיוע של שקלטון לא התייעצה עם ברוס כשהיה הכרח לחלץ את המשלחת ב-1916. "אני משער שאותי," כתב, "כמי שיושב צפונית לטוויד, הם חושבים למת".
סינדיקט שפיצברגן הסקוטי.
בביקוריו בשפיצברגן עם הנסיך אלברט בשנים 1898 ו-1899, איתר ברוס נוכחות פחם, גבס ואולי גם נפט במקום. בעונות הקיץ של 1906 ו-1907 ליוה שוב את הנסיך לארכיפלג, במטרה עיקרית למדוד ולמפות את אי צוק הנסיך צ'ארלס, אי שבו לא ביקרו במסעות הקודמים. כאן מצא ברוס עוד מרבצי פחם, וכן סימני ברזל. על יסוד ממצאים אלה, הקים ברוס ב-1909 חברה לחיפושי מחצבים, "סינדיקט שפיצברגן הסקוטי". כמו כן אסף ברוס על האי דגימות צמחים, סלעים וציפורים.
בזמן ההוא, נחשבה שפיצברגן על פי החוק הבינלאומי לטרה נוליוס - שטח שאיננו שייך לאיש והחלת ריבונות עליו להשגת זכויות כרייה והוצאה כרוכה רק ברישום תביעה. הסינדיקט שלח ברוס רשם תביעת חזקה על צוק הנסיך צ'ארלס ועל איי בארנטסויה ואדגייה, בין שאר אזורים. סכום של 4,000 ליש"ט (מתוך סכום יעד של 6,000 ליש"ט) נאסף כדמי מנוי למימון עלויות משלחת לחיפוש מחצבים בקיץ 1909, באונייה חכורה עם צוות מדעי מלא. התוצאות, מכל מקום, היו "מאכזבות" והמסע כילה כמעט את כל משאבי הסינדיקט.
ברוס ביקר עוד פעמיים בשפיצברגן, ב-1912 וב-1914, אבל פרוץ מלחמת העולם הראשונה מנע התפתחויות מיידיות. עם זאת, בראשית 1919 הוחלף הסינדיקט הקודם בחברה גדולה יותר במימון משופר. ברוס תלה עכשיו את עיקר תקוותיו בגילוי נפט, אבל משלחות מדעיות ב-1919 ו-1920 לא הצליחו לספק ראיות לקיומו שם, אף כי מרבצי פחם ועפרת ברזל בכמויות ניכרות התגלו עכשיו. לאחר זאת היה ברוס חולה מכדי להמשיך במעורבותו. החברה החדשה בזבזה את רוב הונה על גיחות החיפושים הללו, ואם כי המשיכה להתקיים, בבעלויות שונות, עד 1952, אין כל תיעוד לכרייה רווחית. נכסיה והחזקותיה נרכשו לבסוף על ידי תאגיד מתחרה.
המשך חייו.
המדליה שלא הוענקה.
במרוצת חייו קיבל ברוס פרסים רבים: מדליית הזהב של החברה המלכותית הגאוגרפית של סקוטלנד בשנת 1904; מדליית הפטרון של החברה הגאוגרפית המלכותית בשנת 1910; פרס ומדליית ניל של החברה המלכותית של אדינבורו בשנת 1913, ומדליית ליווינגסטון של החברה הגאוגרפית האמריקאית בשנת 1920. כמו כן קיבל תואר דוקטור למשפטים לשם כבוד מאוניברסיטת אברדין. לעומת זאת, נשלל ממנו הכבוד של מדליית הקוטב, שאותה מעניק המלך בהמלצת החברה הגאוגרפית המלכותית. אף כי המדליה ניתנה לחברי כל משלחת אנטארקטית שיצאה מטעם בריטניה או חבר העמים הבריטי בראשית המאה ה-20, המשלחת הסקוטית הלאומית לאנטארקטיקה הייתה היוצאת מן הכלל; חבריה לא קיבלו את המדליה.
ברוס ומקורביו האשימו את מרקהם בהתעלמות זו. העניין עלה לדיון, פעם אחר פעם, עם כל מי שנחשב לבעל השפעה. רוברט רודמוס-בראון, רושם קורותיו של מסע ה"סקוטיה" ובהמשך הביוגרף הראשון של ברוס, כתב במכתב משנת 1913 אל נשיא החברה הגאוגרפית המלכותית של סקוטלנד, כי ההזנחה הזאת היא "עלבון לסקוטלנד ולפועלם של הסקוטים". ברוס כתב במרץ 1915 לנשיא החברה המלכותית של אדינבורו, שאישר בתשובתו, כי "למרקהם יש לא מעט לתת עליו את הדין". אחרי מות מרקהם ב-19016, שלח ברוס מכתב ארוך אל חבר הפרלמנט שלו, צ'ארלס פרייס, ובו פירט את זדון הלב של מרקהם כלפיו וכלפי המשלחת הסקוטית, וסיים בקריאה מעומק הלב, בשמו ובשם חבריו: "רוברטסון נוטה למות ללא הסרט הלבן, המגיע לו בדין! הקצין הראשון מת! המכונאי הראשי מת! כולם אנשים טובים וראויים לא פחות מכל מי ששירת אי פעם באיזו שהיא משלחת לקוטב, ואף על פי כן, הם לא קיבלו את הסרט הלבן." שום פעולה לא ננקטה בעקבות הקריאה הזו, הנוגעת ללב.
שום אות הוקרה לא ניתן קרוב למאה שנים לאחר מכן, כשהעניין הועלה בפרלמנט הסקוטי. ב-4 בנובמבר 2002 העביר חבר הפרלמנט הסקוטי מייקל ראסל הצעה לוועדה בנוגע ליובל המאה למשלחת הסקוטית הלאומית לאנטארקטיקה, שאותה סיכם: "מן הראוי שהוועדה המייעצת למדליית הקוטב תמליץ על הענקה לאחר המוות של מדליית הקוטב לד"ר ויליאם ספירס ברוס, כהכרה במעמדו כאחת מדמויות המפתח בחקר הקטבים המדעי בראשית המאה ה-20".
שנים אחרונות.