בעקבות הקריאה החלו היהודים לצעוד לסודאן, אולם בגלל המצב במדינה מספרם של היהודים שיצאו משני המחוזות העיקריים בהם חיו היה שונה מאוד. במחוז תיגראי ובאזורים בצפון מחוז גונדר שנשלטו על ידי ארגון הווינה לא היה קושי לצאת לסודאן, אולם במרבית מחוז גונדר, שבו חייו רוב היהודים, ושנשלט על ידי הממשלה המצב היה אחרת. בגלל הלחימה של הצבא מול תנועות המורדים בתקופת הטרור האדום הממשל המקומי בראשות המושל, מייג'ור תפרה מלכו, הגביל את חופש התנועה של התושבים והתנה אותה באשרות מעבר שניתנו על ידי אגודות האיכרים. למרות הקשיים הללו הצליחו מספר מוגבל לצאת לסודאן ובתגובה לכך סגר הממשל המקומי את פעילות האגודה לרווחת הפלאשים שפעלה בקרב הקהילה ועודדה יציאה, רדף את עובדיה, סגר את בתי הספר העבריים שהפעילה ואת בתי הכנסת, העביר חוקים שפגעו בחופש הדת, התנכל לבני משפחות היוצאים, עקב אחר משפחות יהודיות ואסר ועינה רבים שסייעו לכך.
היהודים החלו להגיע בהמוניהם למחנות החל מאביב 1980 ונדרשה הקמת מערכת שתטפל בהם. בתחילה גויסו בני הקהילה ששכנו במחנות, פעילים נוצרים ומוסלמים מקרב שאר הפליטים ובהמשך גייסו הסוכנות היהודית והמוסד קבוצה מבני הקהילה בישראל שנשלחו למחנות. הקבוצה כונתה "קומיטי" בפי הפליטים היהודים והייתה אחראית להפצת כסף לפליטים, הפצת מזון, תרופות, איתור של יהודים במחנות וארגון המועמדים לעלייה.
עם התקדמות המבצע מספרם של היהודים במחנות גדל והוחלט לצרף את חיל הים הישראלי במבצעים דרך הים האדום במסגרת מבצע נמל בית, אולם דרך זו ננטשה סופית באפריל 1983. בדומה לכך והחל ממרץ 1982 הופעלה דרך נוספת והיא העלאה על גבי מטוסי תובלה של חיל האוויר הישראלי. מבצעים אלו היו קטנים בהיקפם ומסוכנים וכללו כמות מוגבלת של מאות יהודים. מספרם הגדול של היהודים במחנות הביא לדאגה גם בקרב האגודה האמריקאית למען יהודי אתיופיה שהחלה להתריע על אסון עתידי. זו הפעילה את השדולה שלה בממשל האמריקאי והצליחה לערב את סוכנות הפליטים של ארצות הברית ונציגה, ג'רי וויבר, בשגרירות בסודאן בנושא. החל משלהי 1982 וויבר והשגרירות בשיתוף פעולה עם שגרירות הולנד שהוציאה אשרות כניסה לפליטים למדינתה, בידיעת שירות הביטחון הסודאני, ובמימון ישראל פעלו דרך הוועד הבינלאומי להגירה להוצאת היהודים שמספרם החודשי הממוצע עמד על כ-120. נוסף על מאמצים אלו חידשה האגודה את מבצע אליהו שבמסגרתו הוצאו יהודים מהמחנות, אולם זה הופסק בעקבות פרשת ג'ובה.
הגורמים.
שינויים במחוז גונדר.
במהלך שנת 1982 ובשנה העוקבת החלו להתרחש מספר שינויים משמעותיים באתיופיה שהיו הזרז לנהירה גדולה של יהודים מרחבי מחוז גונדר לכיוון מחנות הפליטים. הגורם המשמעותי ביותר היה המשך המלחמה של הממשלה כנגד ארגון הווינה ומדיניותה שכללה הרעבה של אזורי הלחימה, הפצצת שווקים, הרס יבולים, ומצור כלכלי שבא ללחוץ על האוכלוסייה המקומית שתמכה בהמוניה בארגוני המורדים וזאת במקביל לבצורת שהחלה להופיע במספר אזורים בגבול שבין המחוזות וולו ותגראי. כחלק מהלחימה ארגן הווינה את הכיסים הנותרים של ארגון המורדים היחפה שהובס בטרור האדום בשם התנועה הלאומית הדמוקרטית האמהרית ויחד עמו נערכו פשיטות על מחוזות וולו וגונדר שבתגובה לכך הרחיבה הממשלה את מדיניות ההרעבה לאותם המקומות. עם המשך הלחימה החל הווינה לארגן מבצעים כדי להשתלט על אזורים דרומיים לתגראי שבסופם הצליח להשתלט על אזור סימן ולהופכו לבסיס זמני של המפקדה הראשית. החרפת הלחימה הביאה לנהירה של אוכלוסייה שהייתה באזורי הלחימה וההרעבה לתוך אזורים שלא סבלו מכך, לרבות לתוך מחוז גונדר שבו היה עודף במזון ובגידולים חקלאיים. הנהירה הביאה עמה אוכלוסייה אשר נישלה את היהודים מכפריהם ומאדמותיהם, העלתה באש או השתלטה על בתיהם ובתי הכנסת ובזזה את רכושם לרבות הצאן והבקר. היהודים שנפגעו לא יכלו להגן על עצמם בגלל החוסר בגברים צעירים, שרובם הגדול נטש לסודאן קודם לכן, וזאת בנוסף לחוסר רצונן של הרשויות המקומיות לעזור.
התפשטות הווינה לגונדר הביאה לשליטה בריכוזים יהודים במחוז אשר תרמה ליציאתם לסודאן. שינוי משמעותי שתרם ליציאה היה הדחתו של המושל מלכו וההקלות בהגבלת התנועה על ידי המושל החדש, וסייהו סהלו.
הנהירה הגדולה.
רבים מהיהודים צעדו לסודאן בקבוצות מאורגנות שלרוב הודרכו על ידי אנשי הקומיטי שהחביאו מים, מזון ותרופות בדרכים. אחרים קיבלו ליווי צמוד וחמוש של לוחמי הווינה או רכשו את שירותיהם של מורי דרך נוצרים או מוסלמים ובודדים הצטרפו לקבוצת של נוצרים. הצועדים לקחו עימם רק את מה שהיה צריך למסע ולא יותר. היו שלושה מסלולים עיקריים שעברו דרך גדות הנחלים והנהרות וששימשו את הצועדים: העטברה, האנגרב והתכזה. הצועדים נמענו מלעבור דרך מחסומים צבאיים ונקודות יישוב. החציה לסודאן הייתה בקרבת העיירות מטמה, עבדארפי וחומרה בהתאמה. המסע מגונדר למחנות ארך בין עשרים לשלושים יום והמסלול כלל צעידה מיישוביהם ששכנו באזורי הווינה דגה והדגה שברמה האתיופית שבהם עברו במעברים הררים לכיוון אזור הקולה, השפלה והמדבר, ושבהם שכנו מחלות רבות שתקפו רבים וזאת בנוסף לעונת הגשמים שהחלה ושגרמה לתחלואה גבוהה. במהלך המסע רבים מתו ממחלות, מהכשת נחשים, מחוסר במזון ומים, ומירי של חיילי הממשלה. כמו כן רבים הותקפו על ידי צועדים אחרים ופורעי חוק בתקיפות שכללו אונס נשים וביזת אספקת המזון, המים והתרופות. נוסף על כן חלק מהמדריכים שאינם מבני הקהילה נטשו את הקבוצה, שדדו אותה או הסגירו אותה לצבא ולפורעי חוק וזאת לאחר שקיבלו את תשלומם.
מצב היהודים במחנות.
היהודים מגונדר החלו להגיע למחנות החל ממרץ 1984 והתרכזו בשלושה מחנות עיקריים אום רקובה, טווטוואה וואדי אל חולא וזאת בהתאם למקום חציית הגבול. באום רקובה היהודים התרכזו באזור שבו שכן מרכז הקבלה של הפליטים, שבו התקבלו פליטים חדשים, ובו היו אוהלים ובקתות. באזור הזה היו בנובמבר, ערב המבצע, כ-9 אלף יהודים. מחנה אום רקובה נוהל על ידי הנציבות הסודאנית לפליטים שיוצגה במקום בידי שני אזרחים שוודים ממועצת כנסיות שוודיה, ומועצת כנסיות סודאן אשר היו תלויות באספקה מנציבות האו"ם לפליטים. מחנה ואדי אל חולא נוהל על ידי רופאים קנדים למען פליטים אפריקאים, ובהם היהודי הקנדי הנרי גולד, ששמו דגש על הקהילה. אף היהודים עצמם הפיצו ביניהם את הידיעה כי יש לחפש את ד"ר גולד. ארגון זה גורש באוגוסט על ידי סודאן כאשר עזרתו לפליטים היהודים הייתה ברורה מדי.
אחת מהסיבות העיקריות לתמותה הגבוהה היה החוסר במים לשתייה והחוסר במזון. באזור היהודים באום רקובה לא הייתה כלל אספקת מים עד אוגוסט ולפני כן המים הובאו במכלים על גבי חמורים מאזור אחר במחנה ונאגרו במכלי נפט שהזדהמו והפיצו מחלות מידבקות. בטווטוואה לא הייתה שום אספקת מים ואלו הובאו מהעיר גדריף. בואדי אל חולא הפליטים שתו מים מזוהמים ביותר מנהר התכזה הסמוך עד אשר באוגוסט נחפרה באר. הפצת המזון במחנות נעשתה על ידי מתנדבים והיא נשלטה על ידי הפליטים האתיופים הנוצרים ובפיקוח הנציבות הסודאנית ומתנדבי ארגוני הסיוע. היהודים הופלו בחלוקת המזון שגם כך הייתה מאוד מצומצמת ורבים מהם חיו במשך שבועות ללא מזון. אפשרות נוספת להשיג מזון הייתה בחנויות הסודאניות, וקנייה שכזו הייתה תלויה בכמות הכסף שהפיץ הקומיטי נוסף על החוסר הרב שהיה בחנויות אלו. הפליטים ניסו לשמר את הדת היהודית גם כאשר הוצע להם מזון, ובעיקר בשר, שאינו כשר והעדיפו לרעוב.
מבחינה בריאותית בחלק מהמחנות היו זמנים שבהם לא היה צוות רפואי כלל, בנוסף לציוד הרפואי אשר היה דל מאוד. לעיתים היה סכסוך בין ארגונים שונים על הסמכות במחנה גם כאשר היה חוסר ברופאים וארגון אחר הסכים לשלוח למקום רופא מטעמו. המחלות הנפוצות בקרב הפליטים היו מלריה, שחפת, דלקת קרום המוח, חצבת, דלקת כבד, דיזנטריה וכולרה. הצפיפות הייתה הגורם העיקרי להפצת המחלות. במקור המחנות לא הוכנו לכמות פליטים גדולה והיהודים העדיפו להצטופף בבקתות ובאוהלים כיוון שזו הביאה הרגשה של ביטחון. זאת ועוד, היהודים חשדו ולא ביקשו עזרה חיצונית מאנשים שלא הכירו ושלא היו חלק מקהילתם. הדבר הגיע לידי כך שחשדו בכך שמנסים להרעיל אותם ולהזריק להם גורמי מחלות ורבים נמנעו מלהגיע למרפאה וניסו לטפל במחלות בדרך מסורתית.
היחסים עם הפליטים האתיופים הנוצרים תרמו גם הם למצב שהיה רע במילא. יחסים אלו הובאו מאתיופיה, לרבות היחס ליהודים כבודה ורבים מהם האשימו את היהודים ברעב, במחלות, בקניבליזם ובמוות של נוצרים. הדבר הגיע לכך שנוצרים רבים חששו לבוא למרפאה מפני שהייתה באזור שרבים מהפליטים בו היו יהודים. ומעל הכול היהודים משכו תשומת לב בגלל מבצעי החילוץ החשאיים ורשת הקומיטי.
מנתונים רשמיים של מחנה אום רקובה היהודים מתו בקצב של שמונה ליום. לפי רישומי המחנה בין אפריל לאוגוסט מתו 1,939 איש ש-62% מתוכם היו בני 15 ומטה.
תוכנית הפינוי.
ראשיתה.