הכפר החדש הוקם על אי זעיר, שמאוחר יותר חובר ליבשה וכיום נמצא בתחומי העיר העתיקה של דוברובניק, ויש האומרים כי היה זה חצי אי. המיקום החדש העניק הגנה מסוימת לתושביו, אך בשל כך שלא הייתה בו כמעט אדמה פורייה, והתושבים נאלצו להגיע לעיתים קרובות אל היבשה שמעבר למצר הים, תמורת תשלום מסים לקרואטים שהחלו ליישב את החוף סמוך לגבעת סרג' (Srđ). שני היישובים אוחדו לבסוף במאה ה-12, והמצר שחצץ ביניהם יובש והיה לרחובה הראשי של העיר העתיקה של דוברובניק - "פלאצה" או "סטראדון" (Placa או Stradun).
הסרצנים שמו מצור על העיר במשך 15 חודשים, בין השנים 866 ו-867. המצור נפסק בהתערבותו של הקיסר הביזנטי בזיליוס הראשון, והעיר עברה לחסותה של האימפריה הביזנטית. עם היחלשותה של האימפריה, החלה הרפובליקה של ונציה לראות ברגוזה איום לשליטתה באזור. ניסיונה הראשון של ונציה לכבוש את העיר בשנת 948 כשל. התושבים ייחסו את הצלחתם להגנתו של בלזיוס הקדוש (Sveti Vlaho) שהיה לקדוש הפטרון של העיר ומאז התנוססה דמותו על דגלה.
בשנת 1050 הרחיבה העיר את תחומיה אל נמל גרוז' ועד זאטון, כ-16 ק"מ מצפון לה, וב-1191 זכו סוחריה בזכות לסחור באופן חופשי בכל תחומי האימפריה הביזנטית. זכויות דומות הוענקו להם בסוף המאה ה-12 גם על ידי סרביה ובוסניה והרצגובינה, ואלה מראות על חשיבותה של העיר כמרכז מסחרי. בתקופה זו נזכרה העיר לראשונה בשם דוברובניק.
תחת שלטון ונציה.
ב-1205, לאחר מסע הצלב הרביעי, עברה רגוזה לשליטתה של ונציה. העיר הייתה למקור חשוב לצרכיה המסחריים של ונציה וסחורה שהגיעה מרגוזה לוונציה הייתה פטורה ממכס. ונציה הגנה על רגוזה מפני שכניה ובתמורה הייתה העיר לבסיס העיקרי של התנועה הימית הוונציאנית בדרומו של הים האדריאטי. ב-1272 חוקקה העיר את חוקיה הראשונים ששילבו בין המשפט הרומי ובין מנהגי המקום. שירותים רפואיים הונהגו ב-1301, ובית המרקחת הראשון שנפתח ב-1317 עדיין פעיל. בית אבות הוקם בשנת 1347, בית חולים בתנאי הסגר נפתח על האי לופוד ב-1377, ובית יתומים החל לפעול ב-1432. רגוזה החלה להתפשט ובמאה ה-13 השתלטה על האי לסטובו. ב-1333 קנתה העיר את חצי האי פליישץ (Pelješac) מסרביה, וב-1345 פרשה את שליטתה על האי מלייט. בשנת 1348 פקד המוות השחור את העיר.
תקופת העצמאות.
בשנת 1358 נאלצה ונציה לוותר על כל דרישותיה בדלמטיה בעקבות הסכם זאדר, וב-27 ביוני 1358 נחתם בווישגרד בהונגריה הסכם בין לאיוש הראשון מלך הונגריה והארכיבישוף ג'ובאני סראקה (Giovanni Saraca), ולפיו תוכר ריבונותה של הונגריה בעיר, אך האצולה המקומית תמשיך לשלוט בה אגב התערבות מינימלית. בכך קמה בעצם "הרפובליקה של רגוזה" (Respublica Ragusina, קרואטית Dubrovačka Republika).
חוקת הרפובליקה הייתה מעמדית והאוכלוסייה התפלגה לשלוש קבוצות: האצולה שהחזיקה בכל הסמכויות הממשיות, האזרחים שהורשו לשאת בתפקידים זוטרים, ובעלי המלאכה או הפלבאים שהורחקו מכל שדרות השלטון. נישואים בין-מעמדיים היו אסורים ומשפחות האצולה התחתנו בינן לבין עצמן, כשנישואים בין קרובי משפחה בדרגה שלישית או רביעית היו נפוצים. מבנה המשטר היה דומה לזה הוונציאני. ראש המדינה היה הרקטור (Rettore) בתקופה הוונציאנית, או הדוכס לאחר 1358, והוא התחלף אחת לחודש. לפי מסמך ארכיוני כיהנו, בין 1440 ל-1860, לא פחות מ-4,397 דוכסים. יחד עם 11 ואחר כך שבעת חברי "האספה הקטנה" (Consilium Minus) שנבחרו אחת לשנה, החזיק הרקטור או הדוכס בסמכויות הביצועיות. האספה הגדולה (Consilium Maior) כללה את כל בני האצולה מעל גיל 18, והסנאט (Consilium rogatorum) ובו 45 חברים מכל משפחות האצולה, היה מעין רשות מייעצת. הדוכס, או רקטור, התגורר ועבד בארמון הרקטור בתקופת כהונתו, אך בני משפחתו המשיכו להתגורר במעונם הקבוע.
בשנת 1399 רכשה העיר את השטח שמצפון לה (Primorje - "לאורך החוף") ובתחילת המאה ה-13 התפשטה דרומה אל צאבטט ומעבר לה, והגיעה לשיא שטחה הטריטוריאלי שעמד על כ-1,500 קמ"ר. ב-1418 ביטלה העיר את סחר העבדים, ובמקביל לצעד זה אימצה את דגל הסוחר שלה שנשא את הכיתוב "חירות" (Libertas) בתוך מגן על רקע לבן. ב-1436 נבנתה מערכת לאספקת מים שהזרימה אותם אל העיר ממרחק של 20 ק"מ. ב-1472 שינתה העיר את שפתה הרשמית מלטינית לאיטלקית, אם כי שפות הרחוב היו תחילה דאלמטית, אחריה רגוזית (ניב ונטי עם השפעה טוסקנית), ולבסוף שטוקאבית (Štokavština, ניב מוקדם של סרבו-קרואטית).
תחת החסות העות'מאנית.
ב-1458 חתמה הרפובליקה של רגוזה הסכם עם האימפריה העות'מאנית לפיו תשלם הראשונה מס לסולטאן ואף נקבע כי שליח יביאו ב-1 בנובמבר בכל שנה. מאוחר יותר, ב-1481, באה העיר תחת חסות מלאה של העות'מאנים, אך שמרה על עצמאותה בכל מובן אחר, ובכלל זה הייתה רשאית להתקשר בחוזים עם מדינות זרות ואוניותיה היו רשאיות לשוט תחת דגל הרפובליקה. הכפיפות לעות'מאנים נשאה עימה הקלות מס וזכויות סחר מיוחדות בתחומי האימפריה, והרפובליקה ניהלה את קשרי המסחר של האימפריה בים האדריאטי. לסוחרי רגוזה ניתנה הרשות לשוט בים השחור, זכות שהייתה חסומה בפני סוחרים זרים אחרים, והאימפריה תמכה ברגוזה במחלוקות בינה לבין ונציה. העיר ישבה על ציר המסחר היבשתי שבין פירנצה ובורסה, ובנמל רגוזה הועמסה הסחורה שהגיעה מטורקיה על אוניות על מנת לחצות את האדריאטי, ולהמשיך את דרכה בדרך היבשה עד פירנצה. חשיבותה של העיר לעות'מאנים הייתה רבה ונבעה, בין היתר, מכך שבאמצעותה סחרה האימפריה עם מדינות שעימן הייתה במצב של מלחמה. בתקופה זו הגיעה הרפובליקה לשיא פריחתה.
משקיעת הרפובליקה עד עצמאות קרואטיה.
בסוף המאה ה-15 ובתחילת המאה ה-16 התהדקו יחסי רגוזה וצרפת, אשר העניקה לה לראשונה זכויות סחר. גדודים קרואטים שירתו בצבאו של לואי השלושה עשר מלך צרפת ונקראו "Croates". החיילים הקרואטים נהגו לענוד צעיף צבעוני סביב צווארם, ובשל כך השתרש שמם והיה למילה הצרפתית לעניבה ("Cravate"). עם זאת, עם התגליות הפורטוגזיות, שפתחו דרכי מסחר חדשות, הוסט סחר התבלינים מהים התיכון, והמסחר הימי באזור נקלע למשבר אשר סימן את שקיעתן של הרפובליקה של רגוזה ושל ונציה. מכה קשה ניחתה על העיר ביום 6 באפריל 1667, כאשר רעידת אדמה פקדה אותה וגרמה למותם של יותר מ-5,000 תושבים. רוב מבני הציבור בעיר חרבו, למעט החומות, ארמון הרקטור וארמון ספונצה. כמעט ולא נותר דבר מפאר הרנסאנס של העיר, ואף שנבנתה מחדש בסגנון הבארוק, היא לא שבה עוד למעמדה שלפני האירוע. בשנת 1684 חודש הסכם וישגרד מ-1358, והעיר קיבלה על עצמה את ריבונותו של הקיסר האוסטרי, דבר שפתח בפניה הזדמנויות סחר נוספות בים האדריאטי. בה בעת המשיכה העיר והכירה גם בריבונות העות'מאנים, דבר שהיה מקובל באותה תקופה.
עם היחלשות האימפריה העות'מאנית במחצית השנייה של המאה ה-17, השתלטה ונציה על שטחים מסביב לרגוזה, ואיימה להקיפה ולנתק אותה לחלוטין מדרכי המסחר היבשתיות שיצאו ממנה. ב-1683 הובסו הטורקים בקרב וינה, ובהסכם קרלוביץ מ-26 בינואר 1699 ויתרו על חלקים נרחבים שהיו בשליטתם, כולל דלמטיה. עם זאת, במסגרת ההסכם ועל מנת למנוע מוונציה לנתקה מעורפה הטריטוריאלי, מסרה הרפובליקה מרצונה את השטח הצפוני שהיה בשליטתה לידי הטורקים. פיסת חוף קצרה זו נותרה כמובלעת בשליטת בוסניה והרצגובינה בתוך שטח קרואטיה, והיא הפרוזדור היחיד שלה אל הים. עוד מסרה הרפובליקה לידי הטורקים את החלק הדרומי של שטחה, והשטח שייך עד היום למונטנגרו. במלחמת הירושה האוסטרית ובמלחמת שבע השנים במהלך מאה ה-18, שמרה הרפובליקה של רגוזה על נייטרליות, והיא קיימה נציגויות דיפלומטיות ביותר משמונים ערים ונמלים בעולם.
ב-1806 נכנעה הרפובליקה לצבאות נפוליאון במטרה להינצל מהמצור שהטיל עליה הצי הרוסי-מונטנגרי. העיר ניצלה, אך ב-31 בינואר 1808 ביטל המרשל אוגוסט מרמון (Auguste Marmont) את הרפובליקה, והעיר הייתה לחלק מהפרובינציות הצרפתיות של איליריה, כשמרמון משמש כרקטור העיר. ב-1814 קרב הצבא האוסטרי אל העיר, וביום 27 בינואר החלו הצרפתים לעזוב את רגוזה בדרך הים. תנאי הסכם הכניעה שנחתם בגרוז' אפשרו לצרפתים לעזוב את העיר בטרם נכנסו אליה הכוחות האנגלים והאוסטרים ב-28 בינואר אחר הצהריים. בקונגרס וינה ב-1815 הייתה רגוזה לחלק מממלכת דלמטיה האוסטרית. אצילי העיר נפגשו בפעם האחרונה באופן מסודר בניסיון להחיות את הרפובליקה, אך לשווא, ושלטון אוסטריה נמשך עד לאחר מלחמת העולם הראשונה.
עם הקמתה של ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים ב-1918 שינתה העיר את שמה באופן רשמי לדוברובניק, והשיבה לעצמה את סמל הפסים העתיק של הרפובליקה. הסמל מופיע בדגל קרואטיה בין סמלי חמשת מחוזות קרואטיה ההיסטוריים (שני משמאל, בגווני אדום וכחול). ב-1941 כבשו האיטלקים את העיר ולאחריהם החזיקו בה הגרמנים, ובאוקטובר 1944 היא שוחררה על ידי הפרטיזנים היוגוסלבים. ב-1979 הוכרזה העיר העתיקה של דוברובניק לאתר מורשת עולמית. דוברובניק הייתה לחלק מקרואטיה העצמאית עם הכרזת עצמאותה ב-25 ביוני 1991.
המצור על דוברובניק (1991).