הראיות לתאוריות הקשר בדרך כלל לקוחות ממאגרי מידע פתוחים לציבור בגישה של "צירוף חלקי הפאזל השונים". המקורות כוללים דיווחי חדשות על פעילות הממשל, הטרוריסטים וכמות רבה של חומר מצולם. חלק מהביקורת מופנה כלפי גופי התקשורת הגדולים שדיווחו על עובדות מסוימות מבלי לטרוח לברר את הקשר ביניהם. במקרים מסוימים, תומכי תאוריית הקשר מעריכים את הדיווחים המוקדמים של כלי התקשורת שלאחר זמן הוצהרו כלא מדויקים, מוטעים או פשוט נשכחו, כאמינים יותר מהדיווחים המאוחרים.
הטענות בדרך כלל מדברות על ההיתכנות התאורטית וראיות נסיבתיות לנכונות תאוריה מסוימת ולחלופין על חוסר ההיתכנות התאורטית והראיות נגד הגרסה הרשמית. מכיוון שרוב בעלי התאוריות דורשים המשך חקירה בלתי תלויה של האירועים, הטענה המקובלת היא שגרסתם היא רק יותר סבירה מהגרסה הרשמית ולאו דווקא אמת צרופה.
המשך הערך יסקור את מגוון הטענות העיקריות שבדרך כלל מועלות על ידי תומכי תאוריות הקשר השונות בצורה חופפת ולעיתים סותרת.
הטענה המרכזית.
בניגוד לגרסה הרשמית שעל פיה הטרוריסטים הצליחו מעבר לציפיותיהם, תומכי תאוריות הקשר למיניהן מאמינים כי ההתקפות השיגו בדיוק את מטרת המתכנן האמיתי של המתקפה - הממשל האמריקני. בין המניעים העיקריים שהוצעו ניתן למנות את: הגברת הנוכחות הצבאית של ארצות הברית במזרח התיכון (נוכחות, שלטענתם מעניקה לארצות הברית יותר שליטה על מקורות הנפט והגז הטבעי של האזור); הגדלת תקציב הביטחון לצבא ולשירותי המודיעין בעשרות אחוזים; ההגבלות החדשות על זכויות אזרח (המוצגות כהתקפה על חוקת ארצות הברית); ורצון כללי לשלוט על העולם בעזרת כוח צבאי. בראייתם, אירועי ה-11 בספטמבר, היוו הזדמנות פז עבור חלקים מסוימים בשלטון האמריקאי, להשיג מטרות מפתח בנושאי יחסי חוץ, ביטחון ופנים שהוצבו לפני המתקפה.
רבים מצביעים על כתבים של אסטרטגים מהחוג הנאו-קונסרבטיבי, המראים כי אירועי ה-11 בספטמבר היו במקרה הטוב בגדר משאלת לב שלהם ובמקרה הגרוע ברשימת ההצעות האופרטיביות שלהם. המקור שצוטט תדיר בעניין זה הוא מסמך בשם: "הבנייה מחדש של מערך ההגנה האמריקאי" ("Rebuilding America's Defenses") שנכתב במכון המחקר "פרויקט המאה האמריקאית החדשה". המסמך מתאר אסטרטגיה גלובלית, הדומה מאוד, לדעת התומכים, לאסטרטגיית המלחמה בטרור שהוצגה על ידי ממשל בוש לאחר ההתקפות. המשפט המצוטט ביותר הוא "תהליך הטרנספורמציה, אפילו אם יביא לשינוי מהפכני, סביר שיהיה ארוך ביותר, אלא אם כן יקרה איזה שהוא אירוע קטסטרופלי שישמש כזרז כדוגמת פרל הארבור חדש". על בסיס משפט זה, העלו דויד ריי גריפן ואחרים טיעון לפרשנות מסוימת להתקפה היפנית על פרל הארבור ב-1941. לדבריהם, רוזוולט לא רק התגרה ביפנים כדי שיתקיפו, אלא גם איפשר למתקפה להתרחש, וזאת כדי להעניק לגיטימציה לכניסתה של ארצות הברית למלחמת העולם השנייה. התומכים בתאוריות הקשר מאמינים כי אירועי ה-11 בספטמבר מהווים לצורך העניין "פרל הארבור חדשה" (נלל"ב), ויש המוסיפים לטעון כי ההתקפות תוכננו על ידי המרוויחים מתוצאותיהם (עאז"ב).
תקדימי העבר.
כדי לבסס את הטענה שממשלת ארצות הברית תסכים לביים התקפת טרור בשטחה כדי ליזום סכסוך צבאי, תומכי תאוריית הקשר הצביעו על מבצע נורת'וודס כתקדים אפשרי. מטרת התוכנית שהוצגה על ידי משרד ההגנה לממשל קנדי ב-1962 נועדה להביא למצב של תמיכה ציבורית רחבה בפעולה צבאית נגד המשטר הקובני בראשות פידל קסטרו. התוכנית הציעה מגוון של פעולות טרור מבוימות ואמיתיות על אדמות ארצות הברית וקובה, אך נדחתה בסופו של דבר על ידי ממשל קנדי ולא בוצעה.
מידע מוקדם.
תאוריה אחת גורסת כי נציגים בממשל ובמגזר הציבורי ידעו על המתקפה מראש ולא פעלו כדי למנוע אותה. השר לאיכות הסביבה לשעבר בממשלת בריטניה, מייקל מיכר, הציע אפשרות דומה. התאוריה אינה טוענת שמישהו בממשל היה מעורב בהתקפות עצמן, אלא רק שהיה ברשותם מידע מוקדם מספק על מנת למנוע אותן.
מודיעין.
זמן קצר לאחר המתקפה, עו"ד דייוויד שיפרס (David Schippers), שעמד בראש ועדת חקירה שמונתה על ידי בית הנבחרים בהליך הדחת הנשיא ביל קלינטון, הצהיר כי הממשל האמריקני קיבל אזהרה מפורשת ב-1995 על התקפה עתידית על בניין ממשלתי, וכי שלושה סוכני FBI אמרו לו שחשפו תוכנית אפשרית לפיגוע באזור דרום מנהטן.
העיתונאי, קורט וולדון טען כי למעלה משנה לפני ההתקפות, יחידת מודיעין צבאית מסווגת הידועה בשם "Able Danger" זיהתה את מוחמד עטא ועוד שלושה מחוטפי המטוסים לעתיד, כחשודים בחברות בתא של ארגון אל-קאעידה בארצות הברית.
האשמת היהודים בפיגועים.
תאוריית קשר הנפוצה מאוד בעולם המוסלמי, היא שמאחורי הפיגוע עמדו היהודים וישראל. לפי תאוריה זו, ב-11 בספטמבר נעדרו מעבודתם במגדלי התאומים יהודים רבים, שקיבלו התרעה מוקדמת על הצפוי להתרחש. בעיתון המצרי אל-אהראם התפרסמו ראיות רבות למעורבותו לכאורה של המוסד בפיגועים. העדר יהודים שנפגעו בהם, לטענתו של אל-אהראם, מכירה כללית של מניות שבוצעה בידי יהודים יומיים קודם, ההשערה שרק ארגון כמו המוסד, המרושת היטב בארצות הברית, יכול היה לחדור כך את הביטחון האמריקני ועוד. טענות דומות, כולל מניין משוער של היהודים שנעדרו מעבודתם באותו יום וכן מידע על ישראלים שנעצרו בארצות הברית בעקבות הפיגוע, הושמעו בידי מקורות ערביים רבים, חלקם רשמיים.
על פי התאוריה, ישראל קיוותה להרוויח מהסטת זעמה של ארצות הברית לעבר העולם המוסלמי. הוכחה לכך שישראל לא בוחלת בפעילות מסוג כזו מוצאים מעלי התאוריה באירועי העסק הביש. אז ניסתה ישראל לפגע במטרות מערביות במצרים, בתקווה לערער את הקשרים בין מצרים למערב.
בניגוד לתאוריית הקשר, בין ההרוגים היו חמישה אזרחי ישראל וכ-270 עד 400 יהודים. בנוגע להיעדרותם של יהודים רבים מעבודתם ביום הפיגוע, ההסבר לכך הוא בתאריך העברי של אותו היום, כ"ג באלול, שבוע לפני ראש השנה זמן בו יהודים רבים מוסיפים לתפילתם בבוקר את הסליחות.
האמנה הלאומית (לבנון)
האמנה הלאומית (בערבית: الميثاق الوطني, אלמית'אק אלוַטַני) היא הסכם לא כתוב אותו קיבלו מנהיגי העדות בלבנון לאחר משא ומתן בשנת 1943. האמנה הלאומית הסדירה את התנהלותה של המדינה הלבנונית עם קבלת עצמאותה. ההסכם הניח את היסודות ללבנון הרב-עדתית, וממשיך להשפיע על המדינה גם היום.
הרקע להסכם.
לקראת בחירות 1943 בלבנון, החליטו הצרפתים לערוך בחירות לפרלמנט, התקנה בחוקה שקבעה כי שליש מצירי הפרלמנט נקבעים על ידי הנשיא בוטלה, ולכן נוצר צורך בחלוקה מחודשת של המושבים. הצרפתים החליטו לחלק את הפרלמנט בין 55 המושבים ל-30 מחוקקים נוצרים, ו-25 שאינם, (יחס של 6:5) בהתבסס על מפקד האוכלוסין של 1932 שתוצאותיו הראו כי הנוצרים הם בעלי רוב זעיר במדינה: 54.7%; ולעומתם קיים מיעוט גדול של 45.3% המורכב ממוסלמים ומדרוזים (יחס של כ-6:5).
בבחירות שנערכו באוגוסט-ספטמבר 1943, זכו נציגים שתמכו בלבנון עצמאית לרוב גדול בפרלמנט. הממשלה אשר קמה בהנהגת ראש הממשלה, ריאד א-סולח המוסלמי, והנשיא, בשארה אל-ח'ורי הנוצרי, על סמך אישור הפרלמנט, מיהרה להודיע על כוונה להסיר את כל הסעיפים בחוקה שקושרים את לבנון למנדט הצרפתי. כצפוי, צרפת התנגדה חריפות לצעד זה, אך הדבר לא מנע מן הממשלה החדשה להודיע בנובמבר 1943 על שינוי סעיפי החוקה הכובלים. ב-10 בנובמבר 1943 בא-כוחה של צרפת בלבנון, גנרל ז'אן הלה, עצר את הנשיא, ראש הממשלה ושרים רבים. הצרפתים הודיעו כי כל השינויים החוקתיים בטלים ואף לא חוקיים. הצרפתים גם מינו מחדש את אמיל אדה, הנשיא לשעבר ותומכם, לנשיאות. השרים שוחררו זמן קצר לאחר מכן ב-22 בנובמבר בעקבות לחץ בינלאומי על צרפת.
כתוצאה ממעצרים אלו, בשאיפה לשחרר את לבנון מהמנדט הצרפתי, התכנסו בקיץ 1943 ראש הממשלה, ריאד א-סולח הסוני והנשיא, בשארה אל-ח'ורי המארוני ומספר חברי פרלמנט, בניסיון לגבש אמנה חברתית, שתסדיר את התנהלות המערכת הפוליטית הלבנונית.
בעייתיות האמנה.
הסעיף האחרון היה אחד מסלעי המחלוקת הבין עדתית - שביטויה האלים ביותר הוא מלחמת האזרחים בלבנון. הבעייתיות בסעיף הייתה כי חלוקת המושבים נקבעה על פי מפקד אוכלוסין שנערך ב-1932, ומאז שנה זו, חלו שינויים משמעותיים בדמוגרפיה הלבנונית. בשנות מלחמת האזרחים בלבנון, הנוצרים החזיקו במשרה הביצועית החשובה ביותר - הנשיאות, וברוב מושבי המחוקקים (54 מתוך 99), אולם הם היוו רק שליש מהאוכלוסייה. שני השלישים הנותרים היו בעיקר מוסלמים, ומאז 1932 השיעים הפכו לעדה הגדולה ביותר.
המחנה הרדיקלי במלחמה דרש את עדכון האמנה הלאומית או את ביטולה באופן מוחלט (כך שהרוב הדמוגרפי שלהם יבוטא גם ברשות המחוקקת), ואילו המחנה השמרני, שהורכב במרביתו מנוצרים, ביקש לשמר את הסטטוס קוו (שהיה מוטה לטובתם).
יש גם הטוענים, כי בחלוקה מלאכותית של העמדות הפוליטיות במדינה, האמנה מנעה אינטגרציה בין-עדתית בלבנון, וכתוצאה מכך פרצו עימותים אלימים פעם אחר פעם בין העדות (מלחמות האזרחים והמתיחות בשנות ה-70 המוקדמות).
הסכם טאיף שנחתם בתום 15 שנות לחימה עדתית, ניסה לתקן את היחס הזה, וכעת הפרלמנט הלבנוני מחולק באופן שווה בין שתי הקהילות הדתיות. כמו כן, הוא העביר כמה מסמכויותיו הרבות של הנשיא (המארוני) לקבינט המחולק באופן שווה בין שתי הדתות. הדעה הרווחת בלבנון היא שלכשייושמו סעיפי הסכם טאיף בנוגע להקמת סנאט (דבר המחייב את בחירת הפרלמנט הלבנוני על מפתח שאינו מבוסס על קהילות דתיות), מושבי הסנאט יחולקו ביחס של 1:1 בקרב הנוצרים והמוסלמים ויו"ר הסנאט תמיד יהיה דרוזי, בהתאם לעקרונות האמנה הלאומית.