סא"ל יצחק שושן, שהיה מפקדה של אח"י אילת ביום טביעתה, פרסם לימים ספר שבו הוא הטיל את האחריות לאסון על גורמים שונים בחיל הים ובכלל זה המודיעין הימי בתחקירים שנעשו לבירור נסיבות התקרית, והאם אפשר היה למנוע את התוצאות הקשות בדרכים מודיעיניות, נמצא ששעות אחדות קודם לטיבוע המשחתת הגיע ליחידת ההאזנה של חיל המודיעין מידע לפיו מתכננים המצרים פעולה התקפית באזור פורט סעיד. עד היום לא הובהר סופית האם מידע זה, שהיה עשוי לשנות את המצב, הועבר מאמ"ן למודיעין חיל הים, אך אין ספק שהוא לא הגיע למפקדה של ה"אילת". סגן הרמטכ"ל, אלוף חיים בר-לב, שמונה לברר היכן אבד המידע החיוני לא הצליח להכריע בין העדויות הסותרות, והסתפק בהמלצה להעמיד לדין משמעתי את קציני אמ"ן המעורבים באירוע, על שלא וידאו שהמידע שבידיהם הגיע לתעודתו.
לבקשתו של מפקד חיל הים שלמה אראל, בדק אל"ם הדר קמחי, שהסתייע בסא"ל חרות צמח, את תפקוד מערכת האלינט שהייתה מותקנת על המשחתת. בדו"ח שכתב ציין שהמערכת - בכינויה "בת קול"- הופעלה במשך הסיורים על ידי טכנאי שסופח לאנייה. המערכת קלטה ביום האירוע אותות שזוהו כשידורים של מכ"ם המותקן על ספינות טילים מצריות מדגם קומאר וכי הטכנאי דיווח על הזיהויים לקצין המשמרת. אך כוננות ההפלגה של האניה לא הוגברה משגרת שיוט לעמדות קרב.
נראה שהתקלה לא הסתכמה רק בהודעות שלא הועברו בצינורות המודיעין בזמן אלא בהערכה כללית שגויה של היכולת האופרטיבית של הטילים שבידי המצרים ושאיפתם לנקום את הטבעת הטרפדות בקרב רומני. הערכת חסר ליכולת ושאיפת הנקם המצרית הציבה את המשחתת בעמדה קדמית, בנחיתות מבצעית.
להטבעתה של אח"י "אילת" הייתה משמעות מודיעינית מיידית: הצלחתו הקטלנית של הטיל "סטיקס" חייבה את המודיעין הימי להשיג במהירות את מֵרב הנתונים הטכניים שלו, כדי לאפשר לחיל הים לפתח אמצעי הטעיה שימנעו פגיעות בכלי השיט הישראלים בקרבות עתידיים.
ההתמודדות עם טילים בידי האויב.
האירוע המכונן של הטבעת אח"י "אילת" חידד את הצורך הדחוף לשפר את מערך המודיעין הימי בשלושה רבדים עיקריים:
באותה תקופה התרחש אירוע נוסף, שבו הוטבע כלי שיט ישראלי. היה זה ספינת הדייג "אורית" שעסקה בדיג מצפון לימת ברדוויל. גם הפעם היו אלה טילי "סטיקס", שנורו מסטי"ל שהיה באזור פורט סעיד. טיבוע הספינה המחיש הערכה טכנית קודמת של מהנדסי חיל הים לפיה הטיל סטיקס מהווה איום גם נגד ספינות קטנות, דהיינו בסדר גודל של ספינות הטילים שנכנסו באותה עת לשירות מבצעי בחיל הים.
מאז טיבוע המשחתת "אילת" וספינת הדייג "אורית", כל אירוע שבו שוגר טיל "סטיקס" העסיק את המודיעין הימי. כך למשל במלחמת הודו-פקיסטן, בשלהי 1971, נורו טילי ים-ים מסוג "סטיקס", שהיו ברשות הצי ההודי, ובמהלך הקרבות ירו ההודים טילי "סטיקס" גם לעבר יעד בחוף – על חוות מכלי דלק באזור קראצ'י ירי שגרם נזק גדול. המודיעין הימי ניתח את הלחימה גם בחזית זו, ובפרסומיו הועלתה גם האפשרות שטילי "סטיקס" ישוגרו לעבר מטרות יבשתיות לאורך חופי המדינה, דבר שבתחילת מלחמת יום הכיפורים הטריד את מפקד חיל הים, שחשש שסטי"לים סוריים יירו טילי ים-ים מאזור צור שבלבנון לעבר אזור חיפה. בסופו של דבר, חיל הים הסורי לא ירה טילים לעבר שטח ישראל, אך חיל הים המצרי ירה טילי "סטיקס" לעבר שארם א-שייח' במלחמת יום הכיפורים.
יזמה ישראלית בחזית המצרית.
במהלך מלחמת ההתשה ביצע חיל הים מבצעים רבים בחזית המצרית. מטבע הדברים המודיעין הימי היה מעורב בשלב ההכנות של כל המבצעים, והדבר הביא להעמקת המחקר המודיעיני בגזרות שבהם התבצעו המבצעים, לשיפור המיומנויות בהכנת תיקי מודיעין למבצעים ולחקירת חופי נחיתה ואף תאי שטח יבשתיים במבצעים שבהם כוחות חיל הים פשטו בחופי אויב. חלק מהמבצעים בוצע בשיתוף עם יחידות צה"ליות אחרות (חיל השריון סיירת מטכ"ל, חטיבת הצנחנים וכדומה), דבר שחייב את העמקת שיתוף הפעולה המודיעיני עם יחידות אלה ואת מיסודו. בין המבצעים הרבים יצוינו:
מעבר מענף למחלקה תוך כדי מלחמת ההתשה.
בעקבות מלחמת ששת הימים ובשל הפעילות האינטנסיבית במהלך מלחמת ההתשה חלו תמורות בפריסת חיל הים, בהיקף הפעילות הימית ובמתכונתה. אלה חייבו היערכות מודיעינית בהיקף רחב יותר ושיתוף פעולה הדוק יותר עם אמ"ן, מודיעין חיל האוויר וקמ"ני הפיקודים. בעקבות השינויים נוצר צורך להגדיל את מצבת כוח האדם בענף המודיעין הימי שבמטה ולהקים קמ"ניות בבסיסים. ענף ים/4 נהפך ב-1969 למחלקת מודיעין ים (מחמ"ן-ים), שבראשה עמד רמחמ"ן. סא"ל ראובן אשכנזי, שעד אז שימש כרע"ן ים/4, הועלה לדרגת אל"ם ונהיה מפקדה הראשון של המחלקה. במחלקה החדשה היו שני ענפים מרכזיים, ענף מחקר וענף איסוף, וכן שני מדורים עצמאיים, מדור ביטחון שדה ומדור אוה"ד (ארגון והדרכה), שהיה אחראי בין היתר על ההוצאה לאור, מעבדת הצילום ומחסן המפות.
ענף מחקר, שהיה המסגרת המובילה, כלל כמה מדורי מחקר שעסקו בחילות הים הערביים וצי הסוחר הערבי, ציים זרים, מדור יעדים וחופים (שבו היו גם חוליית פח"ע – פעילות חבלנית עוינת – וחוליית פענוח תצלומי אוויר), מדור פעילות (שהיה החמ"ל של המודיעין הימי) ומדור מודיעין טכני. מעת לעת אויש גם מדור שניתח וחקר את תורת הלחימה של האויב הימי. ענף איסוף כלל מדורים שתיאמו את צורכי המודיעין הימי מול סוכנויות האיסוף השונות, והייתה לו גם אחריות מטה על הנציגות הימית ביחידת ההאזנה של חיל המודיעין ואחריות מטה על תיאום אלמנטים של איסוף קרבי שהשתלבו בפעילות המבצעית של חיל הים, לרבות חוליית אלינט שהוקמה לאחר הטבעת המשחתת אח"י "אילת". חוליית האלינט התבססה על כוח אדם שהגיע מחיל הים – תחילה מקרב מפעילי מערכת האלינט במשחתות ואחרי כן מקרב מפעילי מערכת האלינט שהותקנה בסט"ילים החדשים.
מחלקת המודיעין הימית המשיכה לשכון במפקדת חיל הים בסטלה מאריס עד שלהי 1972, עת עברה עם כל מפקדת חיל הים מחיפה לקריה בתל אביב.
יזמה מצרית.
לאור חוסר המעש במלחמת ששת הימים שבעקבותיו הודח מפקד חיל הים המצרי גילו המצרים יזמה התקפית בזירה הימית. במהלך התקופה היו כמה פעולות שביצעו המצרים ושעליהן לא הביא המודיעין הימי מידע מוקדם שיאפשר את סיכולן. בין הפעולות הללו יצוינו:
תקיפות תת-מימית בנמל אילת.
בסוף שנת 1969 ותחילת שנת 1970 ביצע קומנדו ימי מצרי חדירות לנמל האזרחי והצבאי באילת תוך גרימת נזק לאניות ישראליות. לאחר התקיפה הראשונה שהגיעה בלא התרעה נערכו באילת להגנה אשר לא צלחה.
קומנדו ימי מצרי ביצע ארבע תקיפות צוללים על אניות שנמצאו אילת. התקיפה הראשונה בוצעה ב-16 בנובמבר 1969 חולית קומנדו ימי מצרי שהגיעה בשחייה וצלילה מעקבה, הדביקה מוקשים לשתי אוניות אזרחיות. 'א/מ הי דרומה' ו'א/מ דליה' צולל מצרי אחד נחנק במהלך הפעולה. המודיעין הימי לא איתר את הפעולה לפני ביצועה.
בתקיפה השלישית שנערכה ב-5 בפברואר 1970, הוצמדו מוקשים לאנית התובלה אח"י בת גלים ולנחתת בת שבע. המוקשים התפוצצו באנית התובלה והיא שקעה במקומה בנמל. אח"י בת שבע הופעלה על ידי צוות חלקי ביצעה החפה מלאה בחוף הצפוני באילת. המוקשים התפוצצו וגרמו לנזק שתוקן מאוחר יותר.
לתקיפה הרביעית בנמל צבאי באילת ניתנה התרעה על ידי המודיעין. בסיס אילת נערך לסכל את התקיפה שהייתה צפויה ליום העצמאות. עבודות ההנצלה הוקפאו ובנמל הצבאי מארב תת-מימי לצוללים מצריים שיבואו מעקבה. יום העצמאות חל בה' באייר באותה שנה 11 במאי המארב הוסר ב-14 במאי 1970. המצרים מתייחסים ליום העצמאות הישראלי בלוח הכללי ב-15 במאי 1970 חדרו הצוללים שוב והציבו מיקוש בקרבת 'אח"י בת גלים' השקועה. צוללן ישראלי שעבד בחילוץ האניה נהרג מהפיצוץ.
סיורי צוללות מצריות בחופי ישראל.
לפי מקורות חיצוניים נערכו במהלך מלחמת ההתשה כ־7 סיורי צוללת של הצי המצרי בקרבת חופי ישראל בים התיכון מבלי שהתגלו.
הפגזת חופי סיני.
בליל 8/9 בנובמבר 1969, הפגיזו שתי משחתות מדגם סקורי דומייאט ונאצר שיצאו מאלכסנדריה, באבטחת שתי ספינות אוסה את עמדות צה"ל בבלוזה ורומאנה. ההפגזה בוצעה לפי התוכנית במלואה אך לא הסבה נזקים. מטוסי חיל האוויר שהוזנקו נגד המשחתות לא הצליחו לפגוע עקב החשיכה והפעלת מיסוך עשן על ידי המשחתות המצריות.
ניסיון מצרי ליירוט ספינות שרבורג.
ב-27 דצמבר 1969 בעת שספינות שרבורג ביצעו את המילוט לארץ נשלחה משחתת מצרית מדגם סקורי ליירט את ספינות שרבורג באזור שבין סיציליה לתוניסיה. המודיעין הימי איתר את יציאת המשחתת והמידע הועבר למפקד ההפלגה אל"ם הדר קמחי. ספינות סער נבנו למהירות גבוהה ממשחתות הסקורי ויכולות לבצע התרחקות מהירה ולהימנע מכניסה לטווח התותחים. חשיבות עליונה הייתה לביצוע התדלוק מאונייה בלב ים בקרבת האי למפדוזה. תגובת קמחי הייתה לשלוח שתי ספינות ראשונות שסיימו לתדלק לדרכן מצפון לכרתים. המשחתת המצרית שיצאה ליירוט קיבלה תקלה בדוודים וחזרה לאלכסנדריה. המודיעין דווח את הדבר לקמחי והמתח המבצעי ירד.
תקיפת דוברה לקידוחי נפט במערב אפריקה.