על מנת לעמוד בסעיף (d)303 של חוק המים הנקיים (Clean Water Act) הפדרלי חייבת הסוכנות להגנת הסביבה (EPA) של ארצות הברית או נציגיה במדינות השונות להכין רשימה של כל מקורות המים בכל מדינה שאינם עומדים בקריטריון של איכות מים מאושרת. על מנת לעמוד בקריטריון קבעו מחלקת הסביבה של אורגון (DEQ) ואחרים את המכסה המקסימלית ליום של מזהמים החודרים לנחלים ולמקורות מי השטח האחרים באמצעות המדד TMDL, ראשי תיבות של Total Maximum Daily Load – "סך כל כמות יומית מקסימלית". רשימת המזהמים על פי סעיף (d)303 של אורגון לשנים 6–2004 ציינה כי חלקים באגן הניקוז של הנהר רוג לא עמדו בתקנים של טמפרטורה, חיידקים, חמצן מומס, משקעים, pH, עשבים שוטים ואצות. כל פלגי המים שצוינו ברשימה היו באורגון, בחלק של קליפורניה באגן הניקוז לא נרשם אף פלג מים שאינו עונה על התקן בשנת 2008.
ה-EPA אישרה את ה-TMDL לגבי טמפרטורה לשלושה מיובלי הנהר רוג: אפר סקר קריק (Upper Sucker Creek) ב-1999, לואר סקר קריק (Lower Sucker Creek) ב-2002 ולובסטר קריק (Lobster Creek) ב-2002. היא אישרה את תקני ה-TMDL לטמפרטורה, משקעים וקריטריונים ביולוגיים לאגן הנהר אפלגייט ב-2004, ו-TMDL לטמפרטורה, משקעים, קוליפורמים צואתיים ו-Escherichia coli ("E. coli") לאגן הנחל בר קריק ב-2007. ב-1992 היא אישרה את כמות ה-pH, עשבים, אצות וחמצן מומס לאגן בר קריק. בדצמבר 2008 קבעה מחלקת הסביבה של אורגון שני מדדי TMDL לאגן הנהר רוג (למעט יובלים שלהם היו מדדים משלהם), טמפרטורה שנועדה להגן על הסלמון והטרוטה מטמפרטורות גבוהות מדי, ומדד צואתי שנועד להגן על אנשים המשתמשים במים לנופש.
מחלקת הסביבה של אורגון אוגרת מידע על איכות המים באגן רוג מאמצע שנות ה-80 של המאה ה-20 והשתמשה בו לקביעת ציון של אינדקס איכות המים של אורגון (OWQI, ראשי תיבות של Oregon Water Quality Index). מטרת האינדקס לתת הערכה על איכות המים למטרות נופש. המדד OWQI יכול לנוע בין 10 (גרוע) ל-100 (אידיאלי). מתוך שמונה מאתרי אגן רוג שנדגמו במהלך השנים 1997–2006, חמישה קיבלו ציון טוב, אחד מעולה, ושניים: ליטל ביוט קריק (Little Butte Creek) ובר קריק, באזור המאוכלס ביותר של הנהר רוג, קיבלו ציון גרוע. בנהר רוג עצמו נעו הציונים מ-92 בקילומטר ה-222 מהשפך, ירדו ל-85 בקילומטר ה-188, אבל השתפרו ל-97 בקילומטר ה-17. לשם השוואה מדד OWQI הממוצע לנהר וילאמט במרכז העיר פורטלנד, העיר הגדולה במדינה, היה 74 בין 1986 ל-1995.
צמחייה ובעלי חיים.
רוב שטחו של אגן הניקוז של הנהר רוג הוא באזור האקולוגי של הרי קלאמת, אם כי חלק מהאגן העליון הוא בתחומי האזור האקולוגי של רכס הקסקייד, וחלק מהאגן התחתון הוא בתחומי האזור האקולוגי של רכס החוף. רוב הנוף באגן הנהר נשלט על ידי יערות מחטניים ממוזגים. מקומות מסוימים באגן העליון, בקסקייד הגבוהים ובקסקייד המערביים "מזוהים כמכילים עושר רב מאוד של מינים של צמחים ועלי חיים". מיני העצים הנפוצים הם קלוצדרוס מפושק ("Calocedrus decurrens"), אשוח לבן ("Abies concolor") ואשוח מפואר ("Abies magnifica").
רחוק יותר במורד הנהר גדלים בחלקים מהאגן מגוון של מחטניים, עצים רחבי עלים ירוקי עד, עצים נשירים ושיחים. באזורים מיושבים יוותר החליפו מטעים, שדות ושדות מרעה את מרבית הצמחייה המקורית, אם כי שרידים של סוואנה של אלונים, צמחיית ערבה, ושלוליות עונתיות שורדים ברמה הגעשית המכונה "סלע השולחן" (Table Rock) צפונית למדפורד. יערות אלונים, סוואנות עשב, אורן הזפת ("Pinus ponderosa") ואשוח דאגלס ("Pseudotsuga menziesii") משגשגים למרגלות ההרים היבשים יחסית מזרחית למדפורד. בשטחים למרגלות ההרים של עמק אילינוי גדלים אשוח דאגלס, מיני קטלב ("Arbutus") וקלוצדרוס מפושק. חלקים מאגן הניקוז של הנהר אילינוי כוללים צמחייה דלילה של אורן ג'פרי ("Pinus jeffreyi"), אלונים ומיני ציאנותוס ("Ceanothus") הגדלים בקרקע סרפנטינית. אזור קלאמת-סיסקיו בצפון קליפורניה ודרום-מערב אורגון כולל חלקים מהאגן הדרום-מערבי של אגן רוג והוא בין ארבעת היערות המחטניים הממוזגים המגוונים ביותר בעולם. הוא כולל כ-3,500 מינים צמחים שונים. אזור קלאמת-סיסקיו הוא בין שבעת האזורים שנקבעו על ידי האיגוד הבינלאומי לשימור הטבע ומשאבי הטבע כבעלי חשיבות בוטנית גלובלית באמריקה הצפונית והוגש להכרה כאתר מורשת עולמית ושמורה ביוספרית.
חלקו התחתון של נהר הרוג עובר דרך רכס החוף של דרום אורגון, שבו היערות כוללים אשוח דאגלס, צוגה מערבית ("Tsuga heterophylla"), ברושית לאוסון ("Chamaecyparis lawsoniana") ארז אדום מערבי ("Thuja plicata") ובגבהים נמוכים יותר אשוחית סיטקה. יערות החוף משתרעים מקולומביה הבריטית בצפון ועד אורגון (והרוג) בדרום הם "בין הפוריים ביותר בעולם". אזור החוף, במקומות שלא השתנו עקב פעילות האדם, שופעים בשרכים, חזזיות, טחבים ועשבים, כמו גם מחטניים.
נהר הרוג מכיל "בית גידול באיכות יוצאת מהכלל עבור סלמוניים והוא אחד ממדגי סלמון המעולים ביותר במערב. עם זאת, מרבית המינים מצויים פחות בשפע ממה שהיו בעבר". סלמוניים שוכנים בנהר הרוג דרומית לאגם לוסט קריק וכוללים אלתית כסופה ("Oncorhynchus kisutch"), אלתית גמלונית של אביב וסתיו וטרוטת עין-הקשת של קיץ וחורף. דגי מים מתוקים מקוריים נוספים המצויים באגן הנהר כוללים טרוטת קלארק ("Oncorhynchus clarkii"), צמד פסיפי ("Lampetra tridentata"), חדקן ירוק ("Acipenser medirostris"), חדקן לבן ("Acipenser transmontanus"), דגים ממשפחת Catostomidae, המין "Rhinichthys osculus" ודגים מעל-משפחת Cottoidea. דגי מים שהובאו על ידי האדם כוללים את הסוג "Richardsonius", בס גדול- לוע ("Micropterus salmoides"), בס קטן-לוע ("Micropterus dolomieu"), "Pomoxis" שחור, כחול-זים ("Lepomis macrochirus"), שפמנונאים דוגמת "Ameiurus nebulosus", אוקונוס צהוב ("Perca flavescens"), קרפיון, דג זהב ("Carassius auratus"), המין "Alosa sapidissima", מין מהסוג "Ptychocheilus", וכמה מינים של טרוטה. אלתית הכסף באגן הניקוז משתייכת ליחידת אבולוציה חשובה (Evolutionarily Significant Unit) ששרות המדגה הימי הלאומי של ארצות הברית הוסיף לרשימת המינים המאוימים ב-1997, ומצב שימור זה אושר מחדש ב-2005. ב-2005 רשמה מדינת אורגון את האלתית הגמלונית של האביב ברוג כמצויה בסיכון פוטנציאלי.
עצים ושיחים הגדלים בפשט הנהר לאורך נהר הרוג כוללים ערבות, אלנוס מאדים ("Alnus rubra"), אלנוס מעוין ("Alnus rhombifolia"), צפצפת בלזם מערבית ("Populus trichocarpa") ומילה רחבת עלים ("Fraxinus latifolia").
בין מיני בעלי החיים הנפוצים לאורך הנהר: דוב שחור אמריקני, לוטרה צפון-אמריקנית, אייל פרדי שחור-זנב, עיטם לבן-ראש, שלך, ברנטה קנדית, אנפה כחולה גדולה ואמודאי אמריקני.
פעילות נופש.
שיט.
הספר: "נעלי התעמלות ספוגות במים: מדריך החותר לנהרות אורגון" ("Soggy Sneakers: A Paddler's Guide to Oregon's Rivers") מונה כמה מסלולי מים לבנים בדרגות קושי שונות לאורך חלקו העליון, המרכזי והתחתון של נהר הרוג ויובליו. המסלול הארוך ביותר, בערוץ הראשי של הנהר במורד הנהר מגרנטס פאס הוא "אחד ממסלולי המים הלבנים הידועים ביותר בארצות הברית". המסלול בן 56 הקילומטרים פופולרי בקרב שייטי קיאקים ורפטינג, וכולל כמה אשדות ברמה 3+ שביניהם קטעי נהר רגועים יותר ובריכות עמוקות. כל המסלול הוא בחלק הנהר שנכלל בחוק הנהרות הפראיים והנופיים.
הקטע הפראי בחלקו התחתון של נהר הרוג משתרע לאורך 54 קילומטרים בין גרייב קריק (Grave Creek) ווטסון קריק (Watson Creek). על מנת להגן על הנהר משימוש יתר מוגבל מספר כלי השיט (מסחריים ושאינם מסחריים) הרשאים לעבור קטע זה ל-120 ביום בלבד. על מנת להיכנס לקטע זה מחויבים שייטים לבקש רישיון לשימוש מיוחד המוקצה בתהליך בחירה אקראי, ולקבל אותו במרכז המבקרים סמולין (Smullin Visitor Center), כ-30 קילומטרים מערבית ל-כביש בין-מדינתי 5 על כביש מרלין-גליס, בתחנת רנד של שומרי היערות (Rand Ranger Station). חלקים אחרים בנהר פתוחים לסירות סילון. חברה בגולד ביץ' מציעה סיורי ספינות סילון מסחריים במעלה הנהר למרחק של עד 167 קילומטרים הלוך ושוב. חברה אחרת מציעה סיורים בספינות סילון בקטע הלגייט (Hellgate, מילולית "שער הגיהנום") שבמורד הנהר מגרנטס פאס.
סיורים רגליים.
שביל רוג העליון (Upper Rogue River Trail) המוגדר כשביל נופש לאומי (National Recreation Trail) עוקב מקרוב אחרי הנהר במרחק של 64 קילומטרים ממקורותיו בפארק הלאומי קרייטר לייק ועד לגבול היער הלאומי הנהר רוג – סיסקיו ביישוב ההררי פרוספקט. נקודות בולטות לאורך השביל כוללות קניון נהר שנחצב דרך הפומיס שהושקע בהתפרצות הר מזאמה לפני כ-8,000 שנים, נקיק רוג (Rogue Gorge), שקירותיו לבה שחורה, וגשר טבעי, אתר שבו הנהר זורם דרך צינור לבה באורך 76 מטרים. בין פרוול בנד (Farewell Bend) והגשר הטבעי עובר השביל דרך המחוז ההיסטורי יוניון קריק (Union Creek Historic District), אתר שבו מבני נופש מתחילת המאה ה-20 ותחנת שומרי יער לשעבר הרשומים במרשם הלאומי של מקומות היסטוריים.