הצרפתים השקיעו משאבים רבים כדי להטמיע את התרבות הצרפתית ביושבי אלג'יריה, והפיכת בניה למוסלמים-צרפתיים-אלג׳יראיים. כמו כן, צרפת המשיכה לעודד את אזרחיה להגר לאלג'יריה כדי לחזק באזור את הנאמנות למדינה. המיעוט האירופי הנוצרי מנה בשנת 1860 כ-200 אלף תושבים והוא שלט על אוכלוסייה מוסלמית בת 2.5 מיליון תושבים. הצרפתים התיישבו בבירה אלג'יר ובערי החוף אשר קיבלו אט אט צביון אירופאי. ההגירה ההמונית השפיעה רבות על החברה המקומית ותחת השלטון הצרפתי העירוניים החלו לאמץ את סגנון החיים האירופאי. הללו זנחו את התלבושות המסורתיות לטובת הלבוש המערבי והצרפתית הפכה לשפה רווחת בקרב האוכלוסייה הילידה. נבנו אזורי מסחר ורובעי מגורים בסגנון אירופי. הבתים החדשים הוקפו בכנים ופותחו גנים ציבוריים, כיכרות, בתי מלון, מסעדות, בתי קפה, חנויות ותיאטראות. באלג'יר וערי החוף נקראו רחובות רבים בשמות הקשורים להיסטוריה של צרפת. כך גם באלג'יר נבנתה כיכר גדולה בשם "כיכר הרפובליקה", בדומה לכיכר הרפובליקה הידועה, אשר בפריז.
גם לצו שפרסם נפוליאון השלישי בשנת 1865, המאפשר מתן אזרחות למסולמים באלג'יריה, היו דרישות תרבותיות נוקבות. הדרישה הבסיסית ביותר היא הכרה בחוקי המדינה, חוקים שהושפעו מעקרונות הנאורות שהיו זרים ליושבי צפון אפריקה. אך מעבר להכרה בחוקי המדינה, הגשת בקשה לקבלת אזרחות צרפתית, דרשה שהמבקשים ירכשו השכלה צרפתית, יעמדו בדרישות מערכת החינוך הצרפתית ויותר מכל - יסתגלו לתרבות הצרפתית. כלומר, תושבי אלג'יריה נדרשו לעבור שינוי תרבותי מקיף, שרק בסופו יוכלו לקבל אזרחות צרפתית. האזרחות הצרפתית הקנתה מעמד שווה, ובמילים אחרות, כל עוד המוסלמים לא עברו שינוי תרבותי מסוג זה, הם לא זכו לשוויון.
מדיניות השלטון של הטמעת התרבות הצרפתית באלג'יריה, התבססה על הסברה כי החינוך המודרני ימחק את ההבדלים, התרבותיים והגזעיים, בין הצרפתים לאלג'ריאים. את החסר תמלא הקדמה, כלומר, התרבות הצרפתית. למרות זאת שתושבי אלג'יריה לא היו אזרחים צרפתים, אלג'יריה נחשבה כחלק מצרפת עצמה ולא כיתר הקולוניות. אף המוסלמים האלג'יראים המעטים שאימצו את התרבות, הלבוש, ההשכלה והשפה הצרפתית לא זכו לאזרחות צרפתית. הסיבה לכך נעוצה בעובדה שהמעמד האישי-משפחתי עמד בסתירה גמורה לחוק הצרפתי. החוק בצרפת שווה לכל אזרחיה, ללא התחשבות בדת. הוא אוסר על ריבוי נשים ועל גירוש אישה באקט חד-צדדי מצד הבעל. איסורים לא עולים בקנה אחד עם התרבות הצפון אפריקאית והדין האסלאמי. הכפילות הדתית-משפטית לא אפשרה את קיום החוק הצרפתי את האזרחות הצרפתית. אף בני אלג'יר שאימצו את התרבות הצרפתית, המשכילים והמתמערבים, דוברי צרפתית ואמונים על מנהגי החברה בצרפת, אף הם לא יכלו להתאזרח, עד שלא יוותרו על אלה מחוקי האסלאם העומדים בסתירה לחוקי צרפת. בשל כך, אפילו אלג'יראים שאימצו את הצביון הצרפתי, פעמים רבות לא זכות לאזרחות הנכספת.
לאימפריאליזם נלווה גם מניע דתי. לאלג'יריה יצאו מיסיונרים אירופאים רבים אשר ביקשו להטביל לנצרות את יושביה, בעיקר את עובדי האלילים. בנוסף, בתקופת השלטון הצרפתי שימשה הנצרות ככלי להתבוללות. חלק מהמיסיונרים יצאו ביוזמתם והאחרים יצאו בשליחות המדינה. אמנם הנצרות נכנסה לראשונה לאלג'יריה עוד בימי האימפריה הרומית, אך היא התבססה מחדש עם בוא הצרפתים והקמת הדיוקסיה של אלג'יר ב-1838. כמו לעמים רבים בצפון אפריקה, לתושביה הברברים של אלג'יריה הייתה היסטוריה נוצרית טרם הכיבוש הערבי. האסלאם הגיע לאלג'יריה רק עם התרחבות האימפריה המוסלמית בתקופת בית אומיה, ומשכך מפקדים בצבא הצרפתי סברו כי ניתן יהיה להשיב את הברברים "לדתם הקודמת" - הנצרות. כמו כן, הצרפתים סברו שיש להמיר את דתם של בני האוכלוסייה המוסלמית לנצרות כחלק מתהליך המודרניזציה, והם פעלו בדרכים שונות כדי ליישם מטרה זו. כך למשל התקיימה אפליה מעמדית על רקע דתי. חוקים נקבעו כדי לבסס את זכויות האלג'יראים על זהותם הדתית. צו כרמייה משנת 1870 היווה דוגמה לכך, שכן הוא נתן אזרחות מלאה לתושבי אלג'יריה בתנאי שהיו נוצרים או יהודים. רוב תושבי אלג'יריה, אשר היו מוסלמים, לא זכו למעמד זה. למרות זאת, מעטים המוסלמים באלג'יריה אשר המירו את דתם בעקבות צו כרמייה. עם התרחבות האוכלוסייה הנוצרית השתנתה החלוקה המנהלתית במדינה והיא חולקה לארכידיוקסיה של אלג'יר או לאחת משלוש הדיוקסיות האחרות: הדיוקסיה של לאגוואט, הדיוקסיה של אוראן או הדיוקסיה של קונסטנטין. בשיאה, הקהילה הנוצרית באלג'יריה מנתה כמיליון תושבים, רובם קתולים. אף על פי שהנוצרים הם מיעוט דתי באלג'יריה, כנסיות שנבנו במהלך השלטון צרפתי עומדות על תילן עד היום.
מתחילת הכיבוש הצרפתי המוסלמים באלג'יריה נתנו ללחימה נופך דתי. המנהיג המורד המרכזי, האמיר עבד אל קאדר, היה מוסלמי אדוק ביותר. הוא בא ממשפחה דתית מיוחסת וקיבל ייעוץ רוחני ופתוות מהעלמאא׳ של פס. כמו כן, הוא החשיב את הלחימה בצרפת כמלחמת מצווה וניהל אותה בהתאם לחוקי השריעה. בהתאם לכך, הקפיד שגם ההסכמים עליהם חתם מול הצרפתים יעמדו בעקרונות האסלאם. הצרפתים לא קיבלו את התנהלות המשפטית בתחומי המעמד האישי של יושבי אלג'יריה המוסלמים. ההלכות הדתיות-מוסלמיות עמדו בסתירה לרוח המהפכה הצרפתית ובהתאם לכך לחוקי צרפת, אשר מחייבים את כל אזרחיה. כמו כן, עם התרחבות הכיבוש הצרפתי, נסגרו האגודות המוסלמיות.
אף על פי שנפוליאון השלישי אפשר בשנת 1865 לתושבי אלג'יריה המוסלמים לקבל אזרחות צרפתית, על המבקשים היה לקבל את מלוא הסמכות המשפטית הצרפתית, לרבות חוקים המשפיעים על נישואין ועל ירושה, ובכך לדחות את סמכות בתי הדין הדתיים. למעשה, פירוש הדבר שמוסלמי שהתאזרח נאלץ לוותר על כמה מערכי הדת שלו כדי להפוך לאזרח צרפתי. מצב זה עורר תרעומת מצד המוסלמים, שהרי הדרך היחידה שלהם לקבל שוויון פוליטי נתפסה ככפירה באסלאם. למרות יתרונותיה הרבים, רוב מוחלט מקרב המוסלמים ויתר על האזרחות הצרפתית, ובחר לשמור על התרבות המקומית. בהתאם לכך, עד שנת 1871 פחות ממאתיים מוסלמים ביקשו אזרחות צרפתית. אמנם הרפובליקה השנייה אפשרה את הקמה מחדש של מוסדות המדרסה כדי להכשיר שופטים אסלאמים, אך ניתנה להם סמכות לדון בדיני אישות בלבד. מצב זה הוביל לאי שוויון מעמדי ומשפטי, בו תושבי אלג'יריה משוללי זכויות ובתי הדין שלהם מוגבלים בסמכותם. בתוך כך, הצרפתים החלו לפגוע במוסדות הדת המוסלמיים, מתוך תחושת עליונות תרבותית על תושבי אלג'יריה המוסלמים.
הצרפתיים פגעו גם במנהיגים הדתיים המקומיים וצמצמו את סמכויותיהם ואת סמכויות בתי הדין השרעיים. עשרות מסגדים נסגרו על ידי שלטונות צרפת ולעיתים אלו אף הוסבו לכנסיות. נכסי הווקף הופקעו מידי העולמא וניהולם הועבר לפקידים צרפתים, אשר לא פעם חילקו אותם בין המתיישבים האירופאיים. פגיעת השלטון הצרפתי באסלאם הייתה אחת הסיבות להתעוררות הלאומית באלג'יריה ובדומה, גם במדינות נוספות בצפון אפריקה. הצרפתים לא כיבדו את האופן שבו הדת האופן שבו החברה באלג'יר הדגישה את מרכזיות הדת בקביעת זהותה והתנהלותה. הפגיעות במוסדות האסלאם העלו את חמתם של המוסלמים הרבה יותר מאשר הדיכוי הפוליטי והכלכלי ומוסלמים רבים הפגינו את כעסם על הסלידה שהפגינו הצרפתים כלפי דתם.
על פי החוק הצרפתי, המוסלמים לא יכלו לקיים פגישות ציבוריות, לשאת נשק או לעזוב את בתיהם או כפריהם ללא אישור. אדמת נאמנויות הצדקה האסלאמית (habus) נחשבה רכוש הממשלה והוחרם. חלק גדול מרשת בתי הספר הקוראניים המסורתיים והזאואיות - שנחשדו בחשד כמרכזי התנגדות פוטנציאליים - התמוטטו, ושיעור האוריינות נפל. עם זאת, הופעתו של החוקר הדתי והרפורמיסט עבד אל-חמיד בן-באדיס תלך לשנות את המגמות הללו. החל משנות ה -90 הוא הטיף נגד המראבים המסורתיים והכתות הקדושות, האמינו בבובות וודו, וקרא לחשיבות החינוך הערבי והאסלאמי; תלמידיו הקימו רשת ענפה של בתי ספר, ובמהרה הביאו את הכתות הקדושות לחרפה נרחבת, מה שהפך את האסלאם האלג'יראי ליותר אורתודוקסי. בעוד שבאסלאם, חברה מוסלמית הכפופה לשליטים לא מוסלמים מקובלת (ראה הקוראן), ההפליה נגד האסלאם הובילה אותה להיות מרכיב חזק בתנועת ההתנגדות לצרפתים במלחמת העצמאות באלג'יריה. לוחמי העצמאות נקראו "מג'אהדין" - אנשי הג'יהאד - ונופליו נקראים צ'והאדה, קדושים מעונים, למרות הסוציאליזם המוצהר של המהפכה; אפילו במהלך המהפכה, עשה ה- FLN מאמצים סמלי להטיל עקרונות אסלאמיים, כגון איסור על יין וזנות.
חופש הדת והפולחן הובטח כבר בהסכם הכניעה מאלג'יר. עם זאת חיי הדת של היהודים באלג'יריה הושפע רבות מהתערבות השלטון הצרפתי במדינה.