בינואר 1978 פרסם העיתון "אטלעת" מאמר בו נטען שח'ומייני פועל בשירות המערב להפיל את משטר השאה. המאמר הסתמך על מקורות בסאוואכ. ח'ומייני כונה במאמר "סוכן בריטי" ו"משורר הודי מטורף". סטודנטים כועסים ומנהיגים דתיים מחו נגד הטענות בעיר קום. הצבא נשלח לשם, פיזר את ההפגנות והרג מספר סטודנטים. על פי מנהגי השיעה, ארבעים יום לאחר מותו של אדם עורכים לו אזכרה. במסגדים ברחבי המדינה ערכו אזכרות לסטודנטים ההרוגים. ב-18 בפברואר, קבוצות במספר ערים צעדו לכבוד ההרוגים, וכמחאה על שלטונו של השאה. הפעם, האלימות פרצה בתבריז, ומעל 100 מהמפגינים נהרגו. מעגל דמים זה חזר על עצמו, וב-29 במרץ החל גל מחאות נוסף במדינה. מלונות פאר, אולמות קולנוע שהציגו "סרטים לא-אתיים" וסמלים אחרים של שלטון השאה נהרסו; שוב התערבו כוחות הביטחון, והרגו אזרחים רבים. ב-10 במאי אירועים אלה חזרו שוב.
ההרס מההפגנות, יחד עם האינפלציה הגואה, פגעו עוד בכלכלה האיראנית. כתוצאה מכך, הכריזה הממשלה בקיץ 1978 על צמצום, שהביא לסגירת מפעלי ציבור רבים ולהורדת שכר. אמצעים אלה יצרו אבטלה רחבה ומחאות נוספות, בעיקר בקרב הפועלים העניים בשכונות העוני בטהראן ובערים נוספות. המעמד העובד החל להצטרף לסטודנטים ולמעמד הבינוני במחאותיו כנגד המשטר.
העזבת השאה.
בספטמבר כבר הסתמן חוסר יציבות משמעותי במדינה, כשמהומות ומחאות נעשו לדבר שבשגרה. השאה הנהיג משטר צבאי ואסר על הפגנות כלשהן. ביום שישי, 8 בספטמבר, נערכה הפגנה גדולה בטהראן, והמשטר השתמש בכל שברשותו על מנת להפסיק את המחאות - מסוקים, טנקים ונשק אוטומטי הרגו 88 בני אדם (מקורות שונים מדברים על מאות הרוגים וגם על אלפים). היום זכה לכינוי "יום שישי השחור" והביא לניכור בין השאה לבין רוב שאר העם האיראני, וכן בין השאה לתומכיו בחו"ל. שביתה כללית באוקטובר הביאה להתמוטטות הכלכלה, כאשר רוב התעשיות נסגרו.
המחאות של 1978 הגיעו לשיא בדצמבר, בחודש הקדוש מוחרם, אחד החודשים החשובים ביותר למוסלמים השיעים (ב-10 בחודש מוחרם נרצח נכדו של הנביא מוחמד האימאם השיעי השלישי חוסיין בן עלי בקרב כרבלא). מאות מפגינים נהרגו מדי יום, אך המחאות גברו מיום ליום. ב-12 בדצמבר יצאו מעל שני מיליון איש לרחובות טהראן כדי למחות נגד השאה, בקריאות שונות "מוות לשאה", "מוות לאמריקה", "מוות לישראל". במהלך ההפגנות ההמונים, בעידוד חכמי הדת, הוצתו נגד ישראל והיהודים בעלילות ל"שליטה ישראלית ויהודית באיראן ותמיכה בשאה". בראשית המהפכה יוסף סאנעי אף טען כי אם יהודי יניח אצבע בים, כל הים הופך לטמא. מאוחר יותר ביקש ח'ומייני שלא לפגוע ביהודים אלא רק בישראלים והעביר את המסר דרך גרפיטי ברחובות טהראן.
הצבא החל להתפרק, כאשר החיילים סירבו לירות על המפגינים והחלו לתמוך בהם. כמה חיילים הרגו את מפקדיהם ותפסו בסיסים צבאיים. השאה הסכים לנסח חוקה ולמנות את שאפור בח'תיאר לראש ממשלה, אך רוב האוכלוסייה כבר הוצתה נגד המלוכה והשאה. השאה בעצת שגרירות ארצות הברית, בריטניה וצרפת הפך את ממשלת בח'תיאר למועצת עוצרים ונמלט ב-16 בינואר 1979 מאיראן. ח'ומייני שב לאיראן ב-1 בפברואר 1979, בהזמנתה של המהפכה שכבר הייתה קיימת בשטח.
ח'ומייני תופס את השלטון.
המדינה המוסלמית החדשה הוכרזה ב-11 בפברואר 1979. בתחילה הייתה שמחה גדולה באיראן עם עזיבתו של השאה, אך גם חוסר הסכמה רחב לגבי האופי החדש של איראן כמדינה. גם אם ח'ומייני היה הדמות הפוליטית הפופולרית ביותר, היו עשרות קבוצות מהפכניות, כל אחת עם דעה משלה. היו סיעות ליברליות, חילוניות, מרקסיסטיות, אנרכיסטיות, סיעות כורדיות שביקשו עצמאות, וכן מגוון רחב של קבוצות דתיות.
בשנתיים הראשונות התפתחה ממשלה עם שני מרכזי כוח. מהדי באזרגאן נעשה לראש ממשלה, ותנועת החרות שבראשה עמד פעלה ליצור ממשלה ליברלית חילונית. מנגד, אנשי הדת בראשות ח'ומייני יצרו מרכז כוח אחר, מפלגת הרפובליקה האסלאמית. שתי הקבוצות ניסו לשתף פעולה, אך המתח גבר ביניהם. היו אלה אנשי הדת שהצליחו להביא לסדר במדינה, כשהתאים המהפכניים נעשו למועצות מקומיות. קבוצות אלה, שהחל ממאי 1979 נודעו כמשמרות המהפכה, שלטו למעשה ברמה המקומית בכל איראן. הם גם הצליחו להשתלט על בתי הדין ששפטו את אנשיו של השאה ואת הצבא שלו.
ביוני פרסמה תנועת החרות את טיוטת החוקה שלה; היא התייחסה לאיראן כרפובליקה אסלאמית, אך לא נתנה תפקיד רשמי לעולמא או לחוק האיסלאמי. החוקה נשלחה למועצה המחוקקת החדשה, שנשלטה בידי תומכיו של ח'ומייני. המועצה דחתה את החוקה, בהסכימה עם ח'ומייני שעל הממשלה החדשה להיות מבוססת "ב-100% על האסלאם".
נוסחה חוקה חדשה, שיצרה את התפקיד של "מנהיג עליון" עבור ח'ומייני, תפקיד שבאמצעותו הוא יוכל לשלוט בשירותי הצבא והביטחון, ולהטיל וטו על מתמודדים לתפקידים אחרים במדינה. נשיא ייבחר אחת לארבע שנים, אך רק אלו שאושרו על ידי המנהיג העליון (באמצעות מועצת משמרות המהפכה) יוכלו להתמודד. ח'ומייני עצמו נעשה לראש המדינה לכל ימי חייו, כ"מנהיג המהפכה" ולאחר מכן כ"מנהיג רוחני עליון". כאשר חש שאין לו כל סמכויות, ובשל חוסר הסכמתו לכיוון החדש שנוצר, בזרגאן התפטר מראשות הממשלה בנובמבר.
במהלך 1979 נערכו שני משאלי עם. במרץ 1979 על הקמת הרפובליקה האסלאמית וה-2 בדצמבר 1979 על החוקה החדשה .
התנגדות למהפכה.
יחסי המערב והרפובליקה האסלאמית.
ב-16 בינואר 1979 נאלץ השאה, שכבר היה חולה מזה מספר שנים בסרטן קשה שפגע בתפקודו, לעזוב את איראן למצרים. משם עזב למרוקו, ולאחר שהות קצרה באיי בהאמה, הגיע למקסיקו. מחלת הסרטן שהחמירה, אילצה אותו לקבל טיפול רפואי דחוף, שבוצע בארצות הברית, שם שהה השאה תקופה קצרה, בתקופת הנשיא ג'ימי קרטר. כשהגיע השאה לארצות הברית החלו לעלות קריאות רחבות באיראן, שדרשו מארצות הברית להסגיר את השאה לאיראן, כדי לשפוט אותו ולהוציאו להורג. כשארצות הברית לא הסכימה, היא הואשמה על ידי גורמים איראניים בפעילות אנטי-מהפכנית. רגשות אנטי-אמריקניים אלה הגיעו לשיא ב 4 בנובמבר 1979, במשבר בני הערובה, שבו השתלטו סטודנטים איראניים על שגרירות ארצות הברית בטהראן והחזיקו שם בשבי 52 דיפלומטים במשך 444 ימים. בעקבות ההשתלטות על שגרירותה בטהראן, ניתקה ארצות הברית את יחסיה עם איראן. היחסים נשארו מנותקים גם עם סיום המשבר ב־20 בינואר 1981.
באותה תקופה חומייני שיחרר סיסמה "אמריקה לא יכולה לעשות שום דבר נגדנו".
התנגדות במשטרים שכנים.
מנהיגי עיראק, כווית, ערב הסעודית ומדינות המפרץ גם הם לא אהדו את המהפכה האיראנית, מכיוון שבמדינותיהם היו השיעים מיעוט בעל זכויות פחותות (לבד מעיראק ובחריין, שם היו השיעים רוב), והמהפכה הייתה עלולה לגרור מהפכה אף בארצם הם. מנהיגי אותן מדינות ראו את האייתוללה ח'ומייני כקיצוני, בכך שתמך בשינוי המשטר לא רק באיראן אלא גם בארצות השכנות. ב-1980 תקפה עיראק את איראן בניסיון להפסיק את המהפכה בראשיתה. התקפה זו התחילה את מלחמת איראן–עיראק, שתעלה בחייהם של מאות אלפי אנשים. במהלך המלחמה זכתה עיראק לסיוע צרפתי, סובייטי, בריטי אמריקאי ושל מדינות המפרץ העשירות כמו סעודיה וכווית.
התקפת עיראק עזרה לגבש את האומה האיראנית מאחורי המשטר החדש, והמחלוקות הישנות נעזבו לנוכח האיום החיצוני. עבור אלה שהתנגדו למשטר, בעיקר קבוצות שמאלניות וכורדיות, המלחמה נעשתה לתירוץ ליחס קשה, כשהמשטר החדש משתמש בעינויים ובמעצרים בלתי חוקיים, בדיוק כמו השאה.
עיראק לבסוף לא הצליחה לנצח את המהפכה, אולם המהפכה האסלאמית לא התפשטה מעבר לגבולותיה של איראן.
גירוש המשטר הקודם.
עם עלייתו של המשטר השיעי החדש, עשרות מהמשטרה החשאית ותומכים אחרים של השאה שלא הצליחו להימלט מאיראן הוצאו להורג (ובמיוחד על ידי סדגה חלח'אלי, מנהיג השריעה). בנוסף הוצאו להורג מתנגדי משטר חדשים או אנטי-דתיים, וכן נשים ולא-מוסלמים עשירים, פוליטיקאים, משפטנים, בהתאם לצו האסלאם שאוסר זאת. נשים שביקשו לשמר את החירויות להן זכו בתקופת השאה, כמו לצאת בשיער פזור ולהתאפר לרוב היו מדוכאות ולאחר מספר מוגבל של התראות, מושלכות לכלא ומוצאות להורג.
השאה עצמו קיבל מקלט מדיני במצרים תחת אנואר סאדאת. השאה, שכבר היה חולה סרטן, מת בקהיר ב-27 ביוני 1980. בנו רזא כורש עלי פהלווי הומלך תחתיו יומיים לאחר מות אביו על ידי קבוצת תומכיו הגולים.
הכורדים במהפכה.
עד לשנות התשעים לערך התנועות הכורדית באיראן ברובן היו קומוניסטיות או לכל הפחות סוציאליסטיות. בתקופת שושלת פהלווי, נעשו מספר ניסיונות להחלת ריבונות ומדינה כורדית עצמאית במספר מחוזות כורדים שונים באיראן, כולן ללא יוצא מהכלל דוכאו באמצעים אלימים. אזרחים איראנים כורדים שנמצאו משתייכים לאחת מהמפלגות הקומוניסטיות הכורדיות היו נעצרים, ובכלא היו עוברים עינויים קשים על ידי הסאוואכ. לכן כשהחלו המרידות נגד משטר השאה רבים מהכורדים הצטרפו להפגנות, מתוך אמונה כי לאחריה תינתן להם עצמאות מדינית, לאור תמיכתם בהפיכה. עם הצלחת המהפכה ובתומה ניסו מנהיגים כורדים ושנים להשתלב בעמדות מפתח בממשלה ובמוסדות המדינה החדשה, אולם סורבו ומודרו. ניסיונות לבקשת והחלת מדינה ריבונית כורדית בתחומי איראן גם נכשלו ורבים ממנהיגי ופעילי התנועות הכורדיות דוכאו, נרדפו, נכלאו, עונו והוצאו להורג, לאחר המהפכה.
השפעה פוסט-מהפכנית.