החטא הקדמון, המלאכים הרעים (שלפי האגדה נפלו משמים והולידו, בזיווג עם בנות הארץ, את הנפילים), חנוך (האדם הראשון שנלקח על ידי האל לשמים כשהוא חי, ולפי הספרות המיסטית של ימי בית שני - הפך למלאך), נח והמבול, מגדל בבל ועוד מיתוסים תופסים מקום של כבוד באפוקליפטיקה. לצדם נמצאים שם, ממש כמו במיתולוגיות של העמים הקדמונים האחרים, כוחות הטבע.
החשוב והמקיף בספרי האפוקליפטיקה הוא ספר חנוך א' (או "ספר חנוך הכושי") שנכתב בימי בית שני ושגיבורו היה מסוגל לדעת את העתידות והנסתרות, ולפיכך הוא גם האיש שנועד לספר על תולדות האנושות מתחילתה ועד סופה, כאשר האור יגבר על החושך, והאל יגלה לצדיקים את "הבחיר" (המשיח). ביום הדין יישפטו הנפילים יחד עם הרוחות הרעות, השדים והמזיקים; עזאזל, המלאך הרע, יימסר לידי רפאל, ובליעל, אדון החושך ואויבו של המשיח, יישפט גם הוא ביום ההוא. גם בני האדם ירגישו בחזון הבלהות הזה: רצח בתוך המשפחה, הפלות, קניבליזם, מלחמות ועוד צרות יהיו מנת חלקם של החוטאים, בעוד הצדיקים יזכו לאושר גדול.
חיבור מיסטי חשוב נוסף מאותה תקופה הוא ספר חנוך הסלאבי, בו מספר חנוך על סודות היצירה של העולמות הנראים והלא נראים שאותם ראה כשעבר בשבעת הרקיעים. בספר זה כבר מקבל חנוך כיסא של כבוד לצד האל.
תפיסות חדשות של חזון אחרית הימים נמצאות בספר עזרא הרביעי. לראשונה נאמר גם כי המשיח לא יחיה לנצח, ואחרי מותו העולם יחזור לדממת הבראשית שקדמה לבריאה. עזרא המסתורי רואה גם את שובם של עשרת השבטים.
אחרון הספרים האפוקליפטיים שמביא תיאורים של העולמות העליונים הוא ספר ברוך היווני (על שם ברוך בן נריה, תלמידו של ירמיהו), העובר דרך שבעת הרקיעים כשהוא מלווה במלאך ופוגש אנשים בדמות חיות.
האיסיים.
האיסיים, הכת היהודית המתבודדת ממדבר יהודה היו, כנראה, הראשונים שלקחו את המיסטיקה היהודית האפוקליפטיקה והפכו אותה לדרך חיים. חלק מסדר יומם היה לימוד כתבי הקודש על דרך הסוד והמשל מתוך הכנה לימות המשיח. אז, כך האמינו, תרד מלכות השמים על הארץ ותתפשט בעולם, ואיתה גם אמונתם. את ספריהם הסודיים שמרו לעצמם, תוך שהם משתמשים במאגיה, בקריסטלים, בעשבי מרפא (אולי מכאן שמם, על משקל "אסיא" = רופא, בארמית) ובשמות המלאכים. ואכן, רבים מהם עסקו בתחומי הרפואה כמו שהייתה מקובלת אז, או בתחום רפואת הנפש. התפילה, שהייתה מאוחר יותר לעיקר חשוב ביהדות הרבנית, הייתה מרכזית גם בחייהם, וכך גם הטבילה שקיבלה נופך מחודש מהקבלה והחסידות.
המיסטיקה בתקופת המשנה והתלמוד.
עם המרד נגד רומא שהתעורר לאחר מותו של הורדוס בתחילת המאה הראשונה צצו כתות משיחיות רבות שהושפעו השפעה מכרעת על ידי הספרות האפוקליפטית. אחת מהן היא של הנצרות, שהיוותה אופוזיציה לוחמת לכהנים הצדוקים בבית המקדש. במקביל, אם כי בהיקף נמוך בהרבה, צומחת המיסטיקה גם בכתביהם של התנאים הראשונים. באותם ימים מעורר יונתן בן עוזיאל, מתלמידי הלל הזקן, מהומה כשהוא מתרגם את ספרי הנביאים לארמית ואגב כך מסגיר כמה מענייני תורת הסוד של הנביאים. בין היתר נטען כי הוא התעמק בחישובי קצין על סמך האמור בספר דניאל. אגדה אחת אומרת כי לאחר שסיים את התרגום "יצתה בת-קול ואמרה: מי הוא שגילה סתרי לבני אדם?"
באותה תקופה, סמוך לחורבן הבית (שנת 70), מייסד תלמיד אחר של הלל, רבן יוחנן בן זכאי ישיבה ביבנה והופך למנהיג הרוחני הבולט, לא רק בתחום ההלכה כי אם גם בכל הנוגע לתורת הסוד. נאמר עליו שעסק ב"תקופות וגימטריאות, שיחת מלאכי השרת ושיחת שדים, שיחת דקלים, משלות שועלים" תוך שהוא מעביר את חוכמת הנסתר לתלמידיו. התוספתא מביאה אף עדות כי בחוגו של בן זכאי היה נהוג לדרוש ב"מעשה מרכבה", שהיה עניין של סוד שנשמר בחוגם של חכמים מסוימים בלבד. עדויות שונות מורות כי סיפור המרכבה נתפס, כבר בראשית תקופת בית שני, כדלת שדרכה ניתן להיכנס להיכל סודותיו של האל.
ספרות ההיכלות והמרכבה.
ספרות זו, כפי שכונתה על שם הדרישה במעשה המרכבה ובהיכלות האל, שאליהם מגיעים באמצעות המרכבה, היא התשתית המיסטית והמאגית הקדומה ביותר אחרי הספרים האפוקליפטיים. היא זו שברבות השנים תצמח ממנה הקבלה - העיונית והמעשית. מעשה הבריאה וחלוקת העולמות העליונים, ניהול העולם ומעשי כשפים, שמות המלאכים ושמותיו השונים של האל - אלה הנושאים העיקריים של תורת הסוד המופיעה בספרות המרכבה.
לדברי גרשם שלום, נראה שתחילתה של ההתעסקות הזו בתורות אזוטריות היא בחוגי הפרושים, מתנגדי הצדוקים, עוד לפני כתיבת הספרים האפוקליפטיים. הוא מכנה זאת "מיסטיקת כס הכבוד", שכן היא מתארת את הופעתו של האל על כס הכבוד שלו ואת עולם כס הכבוד השמיימי. תפיסה זו שאולה, כנראה, מהמיסטיקה ההלניסטית ומהמיסטיקה הנוצרית הקדומה (גנוסטיקה והרמטיקה), המדברת על מושג ה"פלֵירומה" - מכלול הכוחות האלוהיים. היקף העיסוק בספרות המיסטית בבתי המדרש הפרושיים היה קטן ואזוטרי לאין ערוך מהיקף העיסוק בהלכה ואף באגדה, כפי שאפשר לראות מכמות החומר שנשתמר. למעשה, בתחומים רבים הפרושים היו הקבוצה הרציונליסטית ביותר בעם היהודי בסוף ימי בית שני.
המיסטיקה הקדומה מיוצגת בחמישה חיבורים עיקריים, שבכולם היא משולבת במאגיה ובכולם מתואר מסע הנשמה לגן עדן ("ירידה למרכבה") של המיסטיקנים, המכונים "יורדי המרכבה" - היכלות זוטרתי, היכלות רבתי, ספר היכלות, מעשה מרכבה, שיעור קומה.
לדעתו של גרשם שלום, ניזונה התפיסה שמאחורי החיבור באמונה הפרסית שרווחה באותם ימים לגבי האדם הקדמון יליד גן העדן. פרופ' יוסף דן גורס כי המיסטיקה היהודית הקדומה ניזונה משרידי השקפות קדומות ומיתנה אותן. בצורה זו הייתה יכולה לזכות בלגיטימיות כשהיא פועלת בשולי הספרות התלמודית-מדרשית, על מנת שתוכל להמשיך להתפתח בלי לעורר יותר מדי רעש שיסית נגדה את היהדות השמרנית.
כוח האותיות.
בסוף תקופת התנאים (מאה 2–3) נוצר אחד החיבורים הקצרים ביותר (1,600 מילה), ובעלי ההשפעה הגדולה ביותר על הספרות המיסטית היהודית לדורותיה, ספר יצירה. לא ידוע מי כתב אותו (על אף שנוהגים לייחסו לאברהם אבינו) ומתי בדיוק, אבל רבים שואבים כמה ממונחי-היסוד שהספר טבע - עשר הספירות המהוות את יסודות הבריאה, ו-22 אותיות האלפבית העברי. יחד הן מהוות את 32 "נתיבות פליאה וחוכמה", הכוחות המיסטיים שמהם נברא העולם.
לפי הספר, הספירות הן שלבי ההתהוות של היסודות בעולם: רוח, מים, אש. הספירה הראשונה, רוח האלוהים, המייצגת את הבסיס התקשורתי שבין האלוהים לעולם ולנביאיו, מאפשרת את הגיית האותיות. מן הרוח נולד האוויר הרוחני הקדמון (החוכמה הקדמונית), שבאמצעותו חקק האל את 22 האותיות, בהן ברא את התורה, שבה מתגלמת החוכמה העליונה ובאמצעותה מגיעה האלוהות גם לעם הבחירה.
הספירה השלישית, הנובעת מהאוויר, הם המים, שמהם יצר האל את התוהו ובוהו הקוסמי ואת האפילה. הספירה הרביעית היא האש, שממנה ברא האל את כיסא הכבוד ואת מלאכיו ואת האור. המרכיב הרביעי בין היסודות, האדמה, נעדר ממניין ספירות זה, כשה"תירוץ" לכך הוא שהעפר נברא על ידי האל מהשלג (מים). לארבע ספירות אלה אין המשך בכתובים, אך נוספים להן חמשת הממדים: אורך, רוחב, גובה, זמן והמוסר (המוגדר גם כרוחניות וחומריות), או בתפיסה אחרת - ששת הממדים: ארבע רוחות השמיים והכיוונים מעלה ומטה.
ספר יצירה טוען כי לכל אות מאותיות האלפבית משמעות סודית בשלושת תחומי הבריאה: האדם, הכוכבים והזמן. האותיות וצירופיהן הם החלק המחבר את המיסטיקה הקדומה עם האסטרולוגיה ועם המאגיה הקשורה בכוח הטמון באותיות, אותו כוח שבעזרתו יצר האל את העולם. תפיסה זו היא מולידת סיפורו של המהר"ל שיצר את הגולם בכוח האותיות שחרט על הטיט וכוח הלשון (השבעות סודיות) וכן של הקמעות הנושאים צירופי אותיות ושמות מלאכים והאל. "יורדי המרכבה" של אותה תקופה משתמשים בטכניקה המאגית לעלייה האקסטטית על ידי "לבישת השם" - טקס שבו מכשף השבט הקדמון לבש בגד שעליו רקומים שמות האלים.
כשמשה עלה למרום לקבל את לוחות הברית, אומר התלמוד הבבלי, הוא מצא את הקב"ה "קושר כתרים לאותיות" (מקשט את ראשי האותיות בתגים, כפי שמקובל על ידי סופרי הסת"ם), וכשמסר אלוהים את תורתו לישראל, מסר להם את דקדוקיה ואותיותיה. רבי ישמעאל הזהיר את תלמידו, רבי מאיר, כי החסרת אות אחת, או הוספת אות, יכולה לגרום להחרבת העולם כולו. מבחינת חכמי התלמוד, כל אדם צריך לתהות אחר תפקידיהן וכוונותיהן של האותיות אותן חקק אלוהים על כתרו "האיום והנורא", וכן אחר חוכמת צירופן (הגורמת להשפעות מאגיות שונות). מי שנחשב מומחה גדול בתורה זו היה בצלאל בן אורי, אדריכל המשכן, שעל פי התלמוד, "היה יודע לצרף אותיות", וכל המיסטיקנים שמאז השתדלו ומשתדלים למצוא את הסודות הכמוסים בתורה באמצעות אותיותיה.
כמה מספרי המיסטיקה היהודית עסקו בנושא האותיות לעומק, בהם ספר הזוהר, ספר יצירה, ספר אותיות דרבי עקיבא, ספר התמונה, סתרי תורה וספר האות (מאת אברהם אבולעפיה), ספר הקנה, ספר הפליאה, גינת אגוז (מאת יוסף ג'יקטיליה), פרדס רימונים (מאת משה קורדובירו), חלקים מהקבלה המעשית של האר"י, כפי שנמסרו על ידי תלמידו ר' חיים ויטאל, ברית עולם (מאת יצחק אשכנזי), ועוד.
בין השיטות שרווחו בעבודה עם האותיות היו:
ספרי המאגיה.
לספרות ההיכלות והמרכבה קשורים גם כמה חיבורים שעניינם מאגיה יותר מאשר מיסטיקה. ידיעת סודותיו של העולם העליון נתפסת בהם ככוח שבעזרתו ניתן לשלוט על המלאכים. כוח מאגי זה הוא שעומד, עד ימינו, מאחורי הקבלה המעשית. בין אלה:
ספרים מאוחרים יותר העוסקים במאגיה:
שמות האל ושמות קדושים.