באוקטובר 1997, כאשר המשבר הכלכלי הסלים, דבק מאהאטיר בעמדותיו האנטישמיות. בנאום שנשא בעיר קואלה טרנגנו הכריז כי ממשלתו חושדת שליהודים תוכנית זדונית להשמיד את כלכלת מלזיה ואת כלכלות מדינות העולם המוסלמי. מוסדות יהודיים בארצות הברית מחו על דברי מאהאטיר. המועצה היהודית ליחסים קהילתיים (Jewish Community Relations Council) מענה מכתב מחאה אל נציגי מלזיה באו"ם; ומנהיגים יהודיים בניו יורק נועדו עם סגן ראש הממשלה ושר האוצר המלזי אנואר אבראהים שביקר בעיר. אנשי הקהילה היהודית טענו בפני אבראהים כי מאהאטיר נתון להתפרצויות זעם ואינו נועץ באיש, אך איננו אנטישמי באמת. אבראהים לעומת זאת טען שראש ממשלתו אכן מאמין ב"קשר יהודי עלומי" להרס כלכלות מוסלמיות. מסיבה לא ברורה, כנראה כתוצאה מאופטימיות עיוורת, המנהיגים היהודיים עדיין פעלו בשיחה זו לקידום יחסים דיפלומטיים בין מלזיה לישראל.
אבראהים, לצד שגריר מלזיה באו"ם, הסבירו כי ממשלת מלזיה תומכת בזכויות האדם של העם הפלסטיני ומותחת ביקורת על ממשלת נתניהו, ולפיכך אין זה העיתוי הנכון להמשיך בפעולות התקרבות בין המדינות וכי העם המלזי אינו בשל לנורמליזציה עם ישראל. ארגונים יהודיים נוספים גינו את היצרים האנטישמיים שהפגין מאהאטיר, ואליהם הצטרפה גם מחלקת המדינה של ארצות הברית. הקונגרס היהודי העולמי הודיע כי יגיש תלונה נגד מאהאטיר אל ועדת האו"ם לזכויות אדם, ובית הנבחרים של ארצות הברית דן בהחלטה שהציעה לתבוע ממאהאטיר להתנצל על הערותיו או שיתפטר. מאהאטיר דחה את הביקורות. הצעד היחיד שננקט היה שיגור מכתב מלזי רשמי, לא ממאהאטיר עצמו, אל ועדת האו"ם לזכויות האדם ובו הוסבר כי התקשורת עיוותה את דבריו של מאהאטיר ו"שמעולם לא התכוון להעליב יהודים". הקונגרס היהודי העולמי שיבח את המכתב והניח את התקרית על משקעי העבר. מדינת ישראל כעסה על החלטת הקונגרס היהודי העולמי וסברה שאין זו התנצלות מתאימה, בעוד מאהאטיר שמח שהפרשה תמה ומלזיה קיבלה את החיזוק לו הייתה זקוקה בצל המשבר הכלכלי.
היחסים מאז תחילת המאה ה־21.
במהלך חודש פברואר 2003 הצהיר מאהאטיר מוחמד, במסגרת ועידת המדינות הבלתי מזדהות, כי "לא היה מעולם מסע טרור שיטתי מחוץ לאירופה - עד שהאירופאים והיהודים הקימו מדינה יהודית מאדמה פלסטינית". מאוחר יותר באותה השנה, ובעקבות מלחמת עיראק, טען מוחמד כי המטרה האמיתית של המעורבות האמריקאית בעיראק היא להגן על ישראל, ולא להפיל את משטרו הרודני של סדאם חוסיין ולסייע לעם העיראקי, כפי שהצהירה ארצות הברית.
ב-16 באוקטובר 2003, שבועיים לפני שפרש מראשות הממשלה, מאהאטיר שב על משנתו האנטישמית. בוועידה נוספת של המדינות הבלתי-מזדהות בקואלה לומפור טען ש"היהודים שולטים בעולם" ואף שנמתחה עליו ביקורת במדינות שונות, בהן בארצות הברית בידי הנשיא ג'ורג' ווקר בוש, מיאן לחזור בו. הוא זכה לתמיכה מצד שר החוץ של מצרים אחמד מאהר ואישים מוסלמים אחרים ששיבחו אותו על דבריו.
במקביל לתקריות האנטישמיות מצדו של מאהאטיר, נמשכו סימני ההפשרה בתחומי הספורט והעסקים שצצו בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20. בפברואר 2000 השתתפו שתי נבחרות מישראל, אחת של גברים והשנייה של נשים, בטורניר טניס שולחן במלזיה. מפלגת האופוזיציה המוסלמית הזהירה את הממשלה בקואלה לומפור מפני תוצאות שלא יהיו לשביעות רצונה, וגרסה כי ישראל אינה מדינה לגיטימית. שר הספורט והנוער של מלזיה הישאמודין חוסיין הגיב באומרו שאל למלזיה להחרים אף מדינה אם ברצונה לארח אירועי ספורט בין-לאומיים, במיוחד לאור העובדה שרצתה לארח את משחקי אסיה ב-2006. הוא שב והבטיח כי עמדת ממשלתו כלפי ישראל, שלטענתו מדכאת את הפלסטינים, נותרה בעינה.
בחודש מרץ 2012, במסגרת כינוס מנהיגי מדינות לשעבר אשר התקיים בקוריאה הדרומית, בו השתתף ראש ממשלת ישראל לשעבר אהוד אולמרט, הביע ראש ממשלת מלזיה לשעבר, עבדאללה אחמד בדאווי, תמיכה בכינונם של יחסים דיפלומטיים רשמיים בין שתי המדינות. עם זאת, בחודש אוגוסט של אותה השנה, מנעה ישראל משר החוץ של מלזיה להיכנס לישראל, לשם קיום פגישה עם שר החוץ הפלסטיני. ב-22 בינואר 2013, במקביל ליום הבחירות לכנסת התשע עשרה, ביקר ראש ממשלת מלזיה נג'יב רזאק ברצועת עזה ונועד עם פוליטיקאים מחמאס, סייר באתרים שניזוקו בקרבות מבצע עמוד ענן וביקר בבית ספר הממומן בידי ממשלתו. במהלך צוק איתן נעצר איש חמאס שעבר קורס צניחה במלזיה. נג'יב רזאק המשיך את המגמה של החרמת ספורטאים ישראלים, ובדצמבר 2015 הכריז איגוד השייט הישראלי הודיע כי לא ישלח את אלופי העולם, נוי דריהן ויואב עומר, לתחרות שתיערך במלזיה משלא קיבלו השניים אשרות שהייה. בעקבות זאת הודיע איגוד השיט הבינלאומי על עיצומים נגד מלזיה.
לאחר נאום ירושלים של נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ בדצמבר 2017, הגיב שר ההגנה של מלזיה כי מדובר בסטירה לעולם המוסלמי, וכי צבאו מוכן לפעול אם יידרש. באפריל 2017 חוסל בקואלה לומפור המהנדס פאדי אל-בטש מהג'יהאד האסלאמי הפלסטיני. בדצמבר 2018, במהלך אירוע שהתקיים בבנגקוק, מתח מאהאטיר מוחמד ביקורת על החלטתו של סקוט מוריסון, ראש ממשלת אוסטרליה, להכיר במערב ירושלים כעיר הבירה של ישראל. כחדש לאחר מכן, בראשית ינואר 2019, אישר שר החוץ של מלזיה כי ארצו תאסור על כניסת ספורטאים ישראלים לאליפות השחייה הפאראלימפית שתתקיים בשטחה. בעקבות זאת החליט הוועד הפאראלימפי הבינלאומי לשלול ממלזיה את הזכות לארח את התחרות (תחרות מקדימה למשחקים הפאראלימפיים בטוקיו 2020) שנקבעה להיערך בקוצ'ינג ביולי אותה שנה.
בשנת 2016 פורסמו ב"גלובס" נתונים על אודות התיירות הנכנסת לישראל, לפיהם צמחה בשנה זו התיירות המלזית אל ישראל ב-35%, לעומת 2015. בשנת 2018 חלה עלייה נוספת בתיירות המלזית אל ישראל, ולפי נתוני רשות האוכלוסין וההגירה ביקרו בישראל כ-14,000 אזרחי מלזיה בשנת 2018 – 4,000 יותר מ-2017. לעומת זאת, התיירות הישראלית אל מלזיה זניחה; ניתן להיכנס למלזיה באמצעות דרכון ישראלי למטרות עסקיות גרידא, בתנאי שהמבקר הישראלי הוזמן בידי גורם מקומי.
בפברואר 2018 ביקרה במלזיה משלחת דיפלומטית בת שלושה ישראלים (סגן שגריר ישראל באומות המאוחדות דוד רוט; חבר הכנסת לשעבר אופיר פינס-פז; ופרופסור ערן רזין) במסגרת כנס בן 20 אלף משתתפים של תוכנית היישוב האנושי של האומות המאוחדות . מלזיה אפשרה את השתתפות המשלחת הישראלית בעל כורכה לאחר שמשרד החוץ הפעיל לחץ דיפלומטי רב שהגיע עד ללשכתו של מזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש.
עם חתימת הסכמי אברהם פרסם שר החוץ המלאי, הישאמודין חוסיין, הצהרות נייטרליות, אולם הדגישו כי אין בכוונתם לנרמל את היחסים עם ישראל, מחמת הסכסוך הישראלי-פלסטיני. בפברואר 2020 התפטר מאהאטיר מוחמד בן ה-94 מתפקידו כראש ממשלת מלזיה, אך לא חל שינוי במדיניות מלזיה כלפי ישראל גם במהלך שלטונו של מחליפו, מוהידין יאסין. במאי 2021, בשיא מבצע שומר החומות, מוהידין גינה את ישראל וטען שהיא מבצעת פשעי מלחמה נגד העם הפלסטיני, ובכך שוחררה הצהרת גינוי משותפת למלזיה ולשכנותיה ברוניי ואינדונזיה נגד מדינת ישראל. בנאום טלוויזיוני מיוחד על רקע המבצע, מוהידין הציג את עמדתו ביחס לסכסוך הישראלי-פלסטיני והביע תמיכה בפתרון שתי המדינות תוך חזרה לגבולות 1967 "כשירושלים היא בירת פלסטין".
יחסי מסחר.
בשנת 1971, היקף היבוא השנתי של מלזיה מישראל נאמד בסכום של כמיליון דולר, בעוד שהיצוא המלזי השנתי לישראל נאמד בסכום של כ-2 מיליון דולר. עם זאת, בעקבות מלחמת יום הכיפורים בשנת 1973, ובנוסף לחרם הדיפלומטי על ישראל, מלזיה הוציאה בשנת 1974 איסור בלתי רשמי על קיום יחסי מסחר כלשהם עם מדינת ישראל, וזאת חרף הצהרה מלזית משנת 1998 לפיה לא קיים איסור רשמי שכזה. חרף האיסור, ולפי נתונים רשמיים, הסחר בין שתי המדינות המשיך להתקיים במידה חלקית דרך מדינות צד שלישי, כדוגמת סינגפור ותאילנד.
בינואר 1996, החל יוסי שניר, מנכ"ל משרד התעשייה והמסחר, לדרוש הבהרות מממשלת מלזיה על משמעות החלטתה להתיר קיום יחסים כלכליים עם ישראל. הפנייה שלו נעשתה משום שהממשלה המלזית נמנעה מלנמק את החלטתה. שניר הסביר שרק אם תתקבלנה הבהרות רשמיות שתשבענה את דעת משרד התמ"ס, תימחק מלזיה מרשימת מדינות האויב שנאסר לייבא מהן סחורות. גם דוברות שגרירות ישראל בסינגפור הודיעה כי בירושלים ישנה ציפייה שמלזיה תנקוט צעדים לנרמול קשריה המסחריים ואף הדיפלומטיים עם ישראל.
בין השנים 2000–2001, היצוא למלזיה מהמפעל הישראלי של חברת אינטל בלבד, אשר ממוקם בקריית גת, נאמד בסכום של כ-650 מיליון דולר.
נתונים אשר פורסמו על ידי הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה מראים כי היקף הסחר שבין ישראל ומלזיה עבר תנודות ניכרות בין השנים 2008–2011. בשנת 2008, סך היצוא ישראלי למלזיה נאמד בסכום של כ-30.2 מיליון דולר, בעוד שסך היבוא ממלזיה לישראל באותן השנים נאמד בסכום של כ-100.6 מיליון דולר. בשנת 2009, סך היצוא ישראלי למלזיה נאמד בסכום של כ-116.8 מיליון דולר, בעוד שסך היבוא ממלזיה לישראל באותן השנים נאמד בסכום של כ-68.5 מיליון דולר. בשנת 2010, סך היצוא ישראלי למלזיה נאמד בסכום של כ-798 מיליון דולר, בעוד שסך היבוא ממלזיה לישראל באותן השנים נאמד בסכום של כ-85 מיליון דולר. ובשנת 2011, סך היצוא ישראלי למלזיה נאמד בסכום של כ-716.4 מיליון דולר, בעוד שסך היבוא ממלזיה לישראל באותן השנים נאמד בסכום של כ-93.6 מיליון דולר.