ב-1774 הצטרף פיליפ לצי הפורטוגזי כקצין בדרגת קפטן, ושירת במלחמתה של פורטוגל נגד ספרד. בעת שירותו בצי הפורטוגזי, פיקד פיליפ על פריגטה בשם "נוסה סניורה דו פילאר". על ספינה זו הוא הוביל כוח צבאי מריו דה ז'ניירו אל קולוניה דל סקרמנטו דרך ריו דה לה פלטה (מול בואנוס איירס) כדי לשחרר את חיל המצב שם. במסע זה הועברה גם קבוצה של נידונים שהוצבו כדי לבצע עבודות בקולוניה. במהלך סערה שבה נתקלה הספינה במסעה, סייעו הנידונים בעבודות הספינה, ובהגיעם לקולוניה המליץ פיליפ שהם יתוגמלו על הצלת הספינה בהפחתת עונשיהם. גרסה מסולפת של סיפור זה מצאה את דרכה לעיתונות האנגלית כאשר ב-1786 מונה פיליפ להוביל את המסע לאוסטרליה. פיליפ היה בעל תפקיד מרכזי בלכידתה של הספינה הספרדית "סן אגוסטין" ב-19 באפריל 1777. הסן אגוסטין הוכנסה לשירות בצי הפורטוגזי בשם "סנטו אגושטינו", ופיליפ הוצב כמפקדה. על הפעולה הזאת דווח בעיתונות האנגלית:
ב-1778 הייתה בריטניה שוב במלחמה, ופיליפ נקרא לשירות פעיל. ב-1779 הוא קיבל את הצבת הפיקוד הראשונה שלו על אה"מ "בסיליסק" (HMS Basilisk). ב-30 בנובמבר 1781 הוא קודם לדרגת פוסט קפטן וקיבל את הפיקוד על אה"מ "אירופה" .
ביולי 1782 בוצעו חילופי גברי בממשלת בריטניה, ותומאס טאונסנד, היה למזכיר הפנים והמזכיר לענייני אמריקה. הוא קיבל על עצמו את האחריות לארגון משלחת נגד אמריקה הספרדית. טאונסנד נועץ בפיליפ בנוגע לארגון המשלחת. תוכניתו של פיליפ הייתה שפלגה של שלוש אוניות קו ופריגטה אחת תבצע פשיטה על בואנוס איירס ועל מונטווידאו, ולאחר מכן תמשיך לחופי צ'ילה, פרו ומקסיקו כדי לבזוז אותם, ובסופו של דבר תחצה את האוקיינוס השקט ותחבור לפלגת הודו המזרחית של הצי המלכותי כדי לתקוף את מנילה. הכוח יצא לדרכו ב-16 בינואר 1783 בפיקודו של קומודור רוברט קינגסמיל. לפיליפ ניתן הפיקוד על אה"מ "אירופה" שהייתה מחומשת ב-64 תותחים. זמן קצר לאחר יציאת הכוח לדרך הושגה הפסקת אש בין בריטניה לבין ספרד. על כך נודע לפיליפ באפריל כאשר הוא עצר לתיקונים בריו דה ז'ניירו. משם הוא כתב לטאונסנד ב-25 באפריל, והביע בפניו את אכזבתו מסיום המלחמה ומכך שנלקחה ממנו ההזדמנות לתהילה.
לאחר שובו לאנגליה דרך הודו באפריל 1784 נותר פיליפ בקשרים הדוקים עם טאונסנד, שאז כבר היה הלורד סידני, ועם תת-מזכיר הפנים, איוון נפין. מאוקטובר 1784 ועד ספטמבר 1786 היה פיליפ כפוף לנפין, שהיה אחראי על השירותים החשאיים הקשורים לצרפת ולספרד, וביצוע פעולות ריגול אודות מאגרי הנשק הימי של הצרפתים בטולון ובנמלים נוספים. היה אז חשש שעד מהרה תמצא בריטניה במצב מלחמה עם המעצמות הללו כתוצאה מהמהפכה הבטאווית בהולנד.
קריירה קולוניאלית.
באותה תקופה, דחפו ונשיא החברה המלכותית, ג'וזף בנקס, ליישובה של המושבה הבריטית בניו סאות' ויילס. קיומה של מושבה בריטית שם היה אמור לסייע לצי הבריטי כבסיס על התקפות על הנחלות הספרדיות בצ'ילה ובפרו, כפי שציינו עמיתיו של בנקס, ג'ון מאטרה, קפטן סר ג'ורג' יאנג וסר ג'ון קול, בהצעות שכתבו בנושא. ממשלת בריטניה קיבלה החלטה ליישב את השטח שכיום מהווה את אוסטרליה ובאוגוסט 1786 נוסדה מושבת מפרץ בוטני. הלורד סידני, כמזכיר הפנים, היה השר האחראי לעניין, ובספטמבר הוא מינה את פיליפ כקומודור הצי שיעביר נידונים לגירוש וחיילים שהיו אמורים להיות המתיישבים במפרץ בוטני. מושבה משנית הייתה אמורה לקום באי נורפוק, על פי המלצתו של סר ג'ון קול, כדי לנצל את היתרונות של האיים בהם גדלו הפשתן הניו זילנדי ועצים.
באוקטובר 1786 מונה פיליפ על ידי הלורד סידני, כמפקד הספינה אה"מ "סיריוס" וכמושל המיועד של ניו סאות' ויילס. פיליפ נתקל בקשיים רבים בהרכבת הצי שהיה אמור לצאת למסע של שמונה חודשים לאוסטרליה. כל הצרכים שמושבה חדשה הייתה אמורה להזדקק להם היה אמור להלקח, שכן לפיליפ לא היה מושג של ממש מה הם יימצאו בהגיעם לשם. התקציב להצטיידות המשלחת היה מצומצם. הצעתו שאנשים בעלי ניסיון בחקלאות, בנייה ומלאכה ייכללו במשלחת נדחתה. רוב 772 הנידונים לגירוש (מתוכם 732 שרדו את המסע) היו מורשעים בעבירות גניבה קלות משכונות העוני של לונדון. לפיליפ התלווה כוח של חיל הנחתים המלכותי וקצינים נוספים שנועדו לנהל את המושבה.
ב-13 במאי 1787 הפליגו 11 הספינות של הצי הראשון לאוסטרליה מפורטסמות'. בין ה-6 באוגוסט וה-4 בספטמבר עצרו הספינות בריו דה ז'ניירו להצטיידות. ספינת הדגל של הצי, אה"מ ספליי הגיעה למפרץ בוטני והקימה שם מחנה ב-18 בינואר 1788. עד מהרה החליט פיליפ שמיקומה של המושבה, שנבחר על פי הצעתו של ג'וזף בנקס, שהתלווה לג'יימס קוק ב-1770, לא מתאים בשל אדמתו הדלה, בשל אפשרויות העגינה הבלתי בטוחות שלו ובשל המחסור בו במקור מים אמין. לאחר כמה סיורים בשטח החליט פיליפ להמשיך לפורט ג'קסון וב-26 בינואר נחתו הנחתים והנידונים במפרצון סידני, שפיליפ קרא לו על שמו של הלורד סידני. יום זה מצוין עד היום כחג הלאומי של אוסטרליה, יום אוסטרליה.
מושל ניו סאות' ויילס.
ב-15 בפברואר, לאחר נחיתת הצי הראשון והקמת היישוב פורט ג'קסון, שלח פיליפ את לוטננט פיליפ גידלי קינג עם שמונה אנשים חופשיים ומספר נידונים להקים את המושבה הבריטית השנייה באוקיינוס השקט באי נורפוק. אחת הסיבות לכך הייתה החשש לאבד את האיים לצרפת וכן להשיג מקור מזון חלופי למושבה הראשית.
ימיה הראשונים של מושבת ניו סאות' ויילס התאפיינו באי-סדרים ובקשיים. בשל האספקה המוגבלת, גידול מזון היה פעולה הכרחית, אך הקרקע סביב ליישוב הייתה דלה, האקלים היה בלתי מוכר, ומעל הכל, למעטים מבין הנידונים היה ידע כלשהו בחקלאות. במשך תקופה ארוכה ניצבה המושבה בפני רעב מוחלט. הנחתים, שהמשמעת בקרבם הייתה לעיתים קרובות ברמה נמוכה, לא היו מעוניינים להשליט משמעת בקרב הנידונים. לפיכך היה על פיליפ למנות משגיחים מקרב הנידונים עצמם כדי שיפקחו על עבודתם של האחרים. היה זה השלב הראשון בתהליך שחרורם של הנידונים שהמשיך ברפורמות של לכלן מקווארי לאחר 1811.
פיליפ גם הראה בדרכים אחרות שהוא הכיר בעובדה שניו סאות' ויילס לא תוכל להתנהל בפשטות כמו מחנה מאסר. הלורד סידני, שלעיתים קרובות נמתחה ביקורת על חוסר יכולתו האינטלקטואלית, קיבל החלטה יסודית אחת בנוגע למושבה שהשפיעה עליה לטובה כבר מן ההתחלה. במקום להקימה כמחנה צבאי, הוא הקים אותה כמושבה עם מנהל אזרחי, עם בתי משפט. שניים מהנידונים, הנרי וסוזנה קייבל, ביקשו לתבוע את דאנקן סינקלייר, מפקד הספינה "אלכסנדר" , על גניבת חפציהם במהלך המסע. לאסירים בבריטניה לא הוענקה כלל הזכות להגיש תביעות משפטיות, וסינקלייר טען שהוא לא יכול להיתבע על ידם. על אף זאת, בית המשפט קיבל את התביעה והורה לסינקלייר לפצות את בני הזוג קייבל על אובדן רכושם.
בהמשך, לאחר שהלורד סידני מינה אותו כמושל ניו סאות' ויילס, ניסח פיליפ מזכר מפורט על תוכניותיו למושבה החדשה. באחת הפסקאות של המזכר הוא כתב: "חוקי הארץ הזאת [אנגליה] יונהגו כמובן בניו סאות' ויילס, ואת אחד מהם הייתי רוצה להכניס לתוקף מרגע שכוחותיו של הוד מלכותו ישתלטו על הארץ: שלא תהייה שום עבדות בארץ החופשית, וכתוצאה מכך לא יהיו עבדים". אף על פי כן, פיליפ האמין במשמעת חמורה. מלקות ותליות היו עניין שבשגרה, אם כי פיליפ נהג לחנון רבים מהנידונים למוות.
פיליפ גם אימץ מדיניות כלפי אנשי עם האאורה האבוריג'נים שחיו סביב למיימי מפרץ סידני. הוא הורה שהיחס אליהם יהיה טוב, ושכל מי שיהרוג את אחד מהאבוריג'ינים ייתלה. הוא התיידד עם אחד מאנשי האאורה בשם בנלונג , ומאוחר יותר הוא לקח אותו עמו לאנגליה. על חוף מנלי אירע מקרה של אי-הבנה ופיליפ נפגע מחץ בכתפו, אך הוא הורה לאנשיו לא להגיב. הוא נקט בכמה צעדים לרכישת אמונם של אנשי האאורה, אף על פי שהם המשיכו להיות מודאגים מנוכחותם של המתיישבים. עד מהרה גרמו מחלות מידבקות, כמו אבעבועות שחורות שנישאו על ידי המתיישבים הלבנים ומחלות מידבקות אחרות, גרמו למקרי מוות רבים בקרב האאורה.
הבעיה העיקרית של פיליפ הייתה הקצינים שלו, ששאפו לקבל שטחי אדמה נרחבים, שאותם לא היה פיליפ מוסמך להעניק. בשל מגפת צפדינה נאלץ פיליפ לשלוח באוקטובר 1788 את ה"סיריוס" לקייפטאון כדי להביא אספקה, ובינתיים הונהג קיצוב במזון, כשעל מקרי גניבת מזון הוטלו עונשי מוות. ביומנו הוא כתב: " תנאי החיים חייבים להתשפר, אחרת אנשי לא יעבדו כה קשה, לפיכך הגעתי למסקנה שאני חייב להעסיק רופאים כדי לרפא את הנידונים".
ביסוס המושבה.
פיליפ עמד על כך שלא יתבצע שום מעשה נקם על המקרה בו פגע בו חץ על ידי האבוריג'ינים שלא גרם למותו. בדצמבר 1790 נפצע הנידון ג'ון מקנטייר פצעי מוות באופן פתאומי במהלך מסע ציד על ידי אבוריג'ינים לא מוכרים ללא שום התגרות. על ערש מותו נשבע מקנטייר שהוא לא עולל לאבוריג'ינים כל רע, אך קצין הנחתים ווטקין טנץ' היה חשדן בנוגע לטענה זו. טנץ' נשלח בראש משימת תגמול אך לא איתר אף אחד מהאבורג'ינים התוקפים. זמן קצר לאחר מכן, מתוך תסכול על העומס שבניהול המושבה, ובשל בריאותו הרופפת, התפטר פיליפ מתפקידו כמושל.