בעת שעיקר הלחימה התרכז בגיזרת חבניה ופלוג'ה, התבצעו פעולות נוספות באזור בצרה, שבו נחתה הדיוויזיה ההודית העשירית, ובאזורים נוספים. עם נחיתתה השתלטה הדיוויזיה על אזור הנמל ואזור שדה התעופה ותחנת הכוח בבצרה. ההתעצמות של הכוח הבריטי בבצרה התרחשה כמעט ללא התנגדות, כאשר כוחות הדיוויזיה העשירית זורמים אל העיר בדרך הים. עם זאת, העיראקים המשיכו להפגין נוכחות חמושה בבצרה ובאזורים הסמוכים לה. במהלך הימים שלאחר מכן השתלטו הבריטים באופן שיטתי על בצרה ועל הערים הסמוכות, כאשר הכוח העיראקי המתגונן, ובמיוחד המשטרה העיראקית, גילה התנגדות מועטה, אך המשיך בלחימה. עם זאת, לא היה ביכולת הכוח לנוע צפונה, לכיוון בגדאד או זירת הלחימה באזור פלוג'ה, שכן הייתה זו עונת השיטפונות, מקומות רבים היו מוצפים, והעיראקים החזיקו בעמדות מפתח על נהר החידקל שהיה בהם כדי למנוע את תנועת הכוח בצורה חופשית. בשלב זה החליף לייטננט ג'נרל אדוארד קינאן את פרייזר כמפקד הדיוויזיה, והפיקוד הכללי על המבצע חזר לפיקוד המזרח התיכון של ויוול. ב-23 במאי נפגשו ויוול, אוקינלק וקינאן בבצרה. לאור ההתפתחויות שחלו באזור חבניה ופלוג'ה נראה היה כי על אף הקשיים הטכניים, מתבקשת עתה תנועה של הכוח העיקרי של הדיוויזיה העשירית לכיוון בגדאד, כאשר הצבא ההודי ימשיך להזרים כוחות לבצרה ויתגבר את הנוכחות לרמה של שתי דיוויזיות.
ב-27 במאי החלו כוחות הדיוויזיה העשירית, בסדר גודל של שתי חטיבות, לנוע צפונה לכיוון בגדאד. ההתקדמות צפונה הייתה איטית, כמצופה, בשל ההצפות המרובות, והרס גשרים אסטרטגיים על ידי העיראקים.
ההתמוטטות העיראקית.
במקביל לעלייתם של כוחות הדיוויזיה העשירית צפונה, החליט הגנרל קלארק להתקדם מפלוג'ה מערבה לבגדאד. לפקודתו עמדו כ-1,200 איש, ו-250 אנשיו של גלאב, וזאת אל מול כוח משוער של כ-20,000 עיראקים בבגדאד, אך הוא החליט לנצל את ההצלחה בקרב פאלוג'ה, ולהמר על כך שהעיראקים אינם יודעים עד כמה קטן וחלש כוחו.
ב-28 במאי, בעוד חיילי הדיוויזיה העשירית עדיין רחוקים מאוד מבגדאד, הגיעו חייליו הראשונים של קלארק למבואות בגדאד. במרחק של 18 קילומטרים מבגדאד ערכו העיראקים ניסיון לבלום את הטור, אך כשלו. הופעת הטנקים הבריטים בפרבריה הצפוניים של בגדאד, ב-29 במאי הביאה להתמוטטות כללית של המוראל של המורדים. ב-29 במאי נמלטו אל-כילאני, המופתי, ואנשיהם. אל-כילאני הגיע לאיראן. הציר הגרמני, פריץ גרובה, נמלט אף הוא למוסול. ניסיון אחרון לבלום את הבריטים בתעלת אל-ושאש, בפרבר אל-ושאש (الوشاش) של בגדאד, התבצע ב-30 במאי ונכשל אף הוא.
בתחילה נפוצו שמועות על כוונתם של הגרמנים ושל אנשי אל-כילאני להמשיך בלחימה גם בצפון עיראק, אך אלו התבררו כשמועות שווא. גרובה עצמו נחשב למטרה חשובה, והבריטים הקימו כוח מיוחד בשם "גוקול" שנקרא על שם מפקדו, מייג'ר גוץ', שמטרתו הייתה לתפוס את גרובה. כוח זה, בסדר גודל של אסקדרון של מכוניות משוריינות ושני תותחים, יצא מבגדאד ב-2 ביוני ורדף אחר גרובה עד העיירה קמישלי שבסוריה, שהייתה אז תחת שלטון צרפת של וישי הנייטרלי להלכה. המרדף היה מרדף שווא. גרובה, אל-כילאני, המופתי וקאוקג'י, הצליחו כולם להימלט, ושבו ונפגשו בברלין משם המשיכו בפעולותיהם.
כיבוש בגדאד והפרהוד.
לאחר המלטותו של אל כילאני, שלט בבגדאד יונס א-סבעאווי שהיה שר בממשלתו של אל-כילאני, ומגדולי האנטישמים בעיראק. הוא מינה עצמו למושל צבאי, ותכנן טבח ביהודים. עם זאת שלטונו ארך רק שעות ספורות, ואת מקומו החליפה "ועדה לביטחון הציבור" בראשות ראש עיריית בגדאד ארשאד אל עומרי מוחאפז. מוחאפז פנה אל השגריר הבריטי קורנווליס בבקשה להיכנע. ב-31 במאי חתמו העיראקים והבריטים על הסכם שביתת נשק שעיקרו הפסקת פעולות האיבה והעמדת הצבא העיראקי המורד תחת שליטה בריטית. העוצר עבד אל-אילה חזר אל העיר כמנצח ב-1 ביוני 1941.
ההמון העיראקי המוסת, והמאוכזב מתוצאות הלחימה בבריטים, מצא קורבן לזעמו ביהודים, וחולל טבח המכונה בשם הפרהוד. אירועי הפרהוד החלו בבוקר 1 ביוני כאשר באל-כרח' (ערבית: الكرخ, אזור מערב בגדאד), בסביבות גשר אל-ח'ר, הותקפה קבוצת יהודים לאחר ששבה משלחת יהודים נכבדים מקבלת הפנים שנערכה לכבוד שובו של העוצר, עבד אל-אילה בארמון הפרחים (ערבית: قصر الزهور, מאוחר יותר נבנה עליו ארמון "אל-סלאם" של סדאם חוסיין).
הפרעות נמשכו כיומיים, בשעה שכוחות הבריטים חנו מחוץ לעיר על גדת החידקל. השגריר הבריטי בעיראק, סר קינאהאן קורנווליס, סירב להפצרות קציני הצבא הבריטי לאשר להם להיכנס לעיר ולהפסיק את הטבח המתחולל הכוחות הבריטיים נכנסו לעיר רק לאחר הפסקת ההתפרעויות על ידי כוחות עיראקיים הנאמנים ליורש העצר. בשעות אחר הצהריים של 2 ביוני 1941 הטילו הבריטים עוצר על העיר וירו על הפורעים שנותרו.
במשך הפרעות נבזזו ונשרפו חנויות, בתי כנסת ניזוקו וחוללו ספרי תורה. הפורעים ביצעו מעשי אונס וריטוש איברים של תינוקות, נשים וזקנים. בפוגרום נרצחו 179 יהודים, 2,118 נפצעו, 242 ילדים היו ליתומים ורכוש רב נבזז. מספר בני האדם שרכושם נבזז הגיע לכ-50,000.
שליחותו של דוד רזיאל.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, נקט האצ"ל בעמדה מתונה כלפי הבריטים. נערכו שיחות בין אישים מן האצ"ל, ערי ז'בוטינסקי ובנימין לובוצקי לבין ברל כצנלסון ואליהו גולומב בדבר שיתוף פעולה בין האצ"ל ובין הנהגת היישוב המאורגן ממנו פרש האצ"ל. במקביל שוחח גולומב עם דוד רזיאל על צירופו של האצ"ל להגנה. הסכמים אלו לא יצאו לפועל, והאצ"ל המשיך לנקוט עמדה עצמאית. גם במסגרת עצמאית זו התגייסו אלפים מאנשיו לצבא הבריטי, וחלה התקרבות ניכרת בין הנהגתו ובין הבריטים. על רקע זה פרשה קבוצת אנשי אצ"ל בראשות יאיר שטרן והקימה את הלח"י, בשנת 1940.
אנשי האצ"ל רצו להטביע את חותמם העצמאי, ואנשי מחלקת שירות הידיעות של האצ"ל, ארגון ביון עצמאי שנודע לימים בשם דלק חיפשו דרכים לפעולה מלחמתית עצמאית. לאחר משא ומתן עם הבריטים, סוכם שלוחמי האצ"ל ישותפו בפעולה בעיראק, ויבצעו מעשי חבלה בעורף האויב. משלחת ובה ארבעה אנשים, מפקד האצ"ל דוד רזיאל שהתעקש לצאת בעצמו לפעולה, מפקד סניף פתח תקווה של האצ"ל, יעקב מרידור, ושני צעירים ממוצא מזרחי, יעקב סיקא אהרוני ויעקב טרזין, שבשל מראם והערבית שדיברו נראו כמתאימים לפעולת ביון בעיראק, נשלחו לפעולה. הובטח להם כי יותר להם להגיע לבגדאד ולהתנקש שם בחיי המופתי. מטרתה הרשמית של הפעולה הייתה פיצוץ מאגרי דלק בסביבות בגדאד.
ב-18 במאי הגיעו הארבעה במטוס לחבניה, ומשם המשיכו בדרכם לפלוג'ה, שנכבשה על ידי הבריטים, והקרבות בה היו עדיין בעיצומם. לאחר שראו כי לא יוכלו להגיע מפלוג'ה לבגדאד ניסו לשוב לחבניה, ובדרכם חזרה הותקפו על ידי מטוס גרמני, ורזיאל נהרג. מרידור נשאר בחבניה עם גופתו של רזיאל, וטרזי ואהרוני יצאו לבגדאד. הם לא ביצעו את מעשה החבלה המתוכנן, אך שבו לאחר חמישה ימים ובידם מודיעין על ההערכות העיראקית, שסייע לשלבים האחרונים של הלחימה בבגדאד. לאחר פעולה זו שבו אנשי האצ"ל לארץ, וגופתו של רזיאל נשארה טמונה בחבניה.
מותו של רזיאל היווה מכה קשה לאצ"ל. מרידור, שתפס את מקומו, התקשה למלא את מקומו, ובסופו של דבר הוחלף במנחם בגין בשנת 1943. שיתוף הפעולה עם הבריטים אף הוא הגיע לסיומו כאשר דחו הבריטים בסוף 1942 את הצעת מרידור להקים כוח של צנחנים וטייסים שיפעל לביצוע מעשי חבלה בעורף הצבא הגרמני באירופה. בתחילת 1943 עבר הארגון משיתוף פעולה עם הבריטים להחלטה עקרונית על פעולה כנגד הבריטים.
תוצאות המלחמה.
היערכות הכוחות הבריטים לאחר הלחימה.
לאחר הלחימה שהה על אדמת עיראק מספר רב של כוחות מצבאות בעלות הברית. ב-18 ביוני קיבל קינאן את הפיקוד על הכוח המאוחד, שכלל את אנשי "כוח חב" שהגיעו מארץ ישראל, ואת מכלול הכוחות שנחתו דרך בצרה בסדר גודל של דיוויזיה ושתי חטיבות.
ביוני אילץ המצב הבינלאומי את הממלכה המאוחדת לצאת למבצע נוסף, המערכה בסוריה ובלבנון. זו החלה בפלישה מתוכננת של אנשי הצבא האוסטרלי ואנשי צבא צרפת החופשית משטח ארץ ישראל ועבר הירדן ליעדים בסוריה ובלבנון. אך לאחר שנראה כי אנשי צבא צרפת של וישי המחזיקים בשטחים אלו מצליחים לעצור את הפלישה, נשלח כוח משמעותי מאנשי כוח חב לשטחי סוריה וסייע להשלים את המבצע בהצלחה. הכוח לחם גם לאחר מכן במסגרת הפלישה הבריטית-סובייטית לאיראן בחודש אוגוסט 1941. כאשר התקדמו הדיוויזיות הנאציות לדרום רוסיה במתקפת הקיץ בשנת 1942 הוגדל כוחו של כוח עיראק לסדר גודל של 10 חטיבות, אך לאחר קרב סטלינגרד קטנה חשיבותו, והוא צומצם בהדרגה עד לסוף המלחמה.
הכוחות הבריטים נותרו בעיראק עד לאחר המלחמה, ועיראק הוגבלה מאוד בפעילותה הצבאית ובמדיניות החוץ שלה. על אף שעיראק הכריזה מלחמה על גרמניה ב-1943 צמצמו מאוד הבריטים את היקף הצבא העיראקי, ופגעו ביכולותיו. ניסיון של ממשלתו של נורי סעיד לארגן משלחת עיראקית ללחימה כנגד הגרמנים כשל, בשל כך שלא נמצאו מתנדבים לכוח זה. ב-15 בינואר 1948 הוסדרו יחסי הממלכה המאוחדת-עיראק בהסכם חדש, שכונה הסכם פורטסמות', בו החזירה לעצמה עיראק חלק מעצמאותה, אך נוכחותם של הבריטים בבסיסיהם בשועיבה ובחבניה הובטחה לתקופה נוספת, והבריטים קיבלו את הזכות להניע את כוחותיהם במעלה המפרץ הפרסי ללא כל אישור מראש של ממשלת עיראק.
האבדות בלחימה.