ב-13 בפברואר 1943 הכריז שר החוץ הגרמני יואכים פון ריבנטרופ על הסכמה עקרונית לתוכנית. בהוראות משרד החוץ הגרמני ב-2 במרץ 1943 ל-RSHA נאמר כי יש לנקוט בכל האמצעים הדרושים להשבתם של עצורים גרמנים בתמורה להחלפתם בנתיני מדינות אויב מ"הגזע היהודי". בקשת משרד החוץ הייתה שכ-30,000 יהודים ממדינות אויב שונות יישמרו זמינים להצעה זו.
ה-RSHA קיבל את ההצעה ממשרד החוץ, בעיקר כיוון שהימלר כבר הורה בדצמבר 1942:
במרץ 1943 הורה הימלר על הקמת מחנה מיוחד שאליו יועברו יהודים העונים על הקריטריונים הבאים:
ליישום התוכנית, הורה הימלר לראש המשרד הראשי למשק ומינהל של האס אס (SS Wirtschafts Verwaltungshauptamt), גנרל אוסוולד פוהל, למצוא מקום מתאים לשיכון העצירים. באפריל 1943, הגיע פוהל לסיכום עם ראש המחלקה לעצירי מלחמה כי חלק מברגן-בלזן ("stalag 311"), שלא היה מלא, יועבר לידי משרדו. בהתחלה הוגדר המחנה כמחנה ריכוז לאזרחים (Zivilinterniertenlager) וביוני 1943 הוא הוגדר כמחנה מעצר (Aufenthaltslager). הפיקוד על המחנה הופקד בידי אדולף האס .
הפעלתו של ברגן-בלזן: 1943.
באמצע יוני 1943 הגיעו שני טרנספורטים לברגן-בלזן שכללו כ-2,400 יהודים מפולין, חלקם בעלי אישורים מאמריקה הלטינית. אישורים אלו הושגו על ידי מחזיקיהם בדרכים שונות, והייתה בהם הבטחה לקבלת דרכון בהקדם. הם שוכנו במחנה מיוחד "Sonderlager".
באוקטובר הודיעו הגרמנים כי 1,700 יהודים מבעלי האישורים יעלו על רכבת בדרכם לברגאו שליד דרזדן, כאשר היעד האמיתי היה אושוויץ. כאשר הגיעה הרכבת לבירקנאו, הבינו היהודים כי הם מובלים לתאי הגזים; אחת הנשים חטפה נשק מידי חייל גרמני וירתה בו. אחרים הצליחו לפצוע כמה חיילי אס אס גרמנים. בתגובה הוצאו להורג כמה מהם והשאר נשלחו לתאי הגזים. כל יהודי המשלוח נרצחו. בתחילת 1944 נשלחה עוד קבוצה של כ-400 עצירים מברגן-בלזן לאושוויץ. מהמשלוח מפולין נותרו כ-260 יהודים בעלי אזרחות פלשׂתינית והשאר בעלי אזרחות אמריקאית.
משלוח נוסף הגיע באוגוסט 1943 ובו 441 יהודים מסלוניקי, מתוכם 74 מיהודי יוון ו-367 יהודים בעלי אזרחות ספרדית. עם הגעתם הופרדו שתי הקבוצות. לאחר משא ומתן ארוך עם ממשלת ספרד, הועברו יהודי ספרד למחנה בצפון אפריקה; מרבית יהודי הקבוצה הצליחו לעלות לארץ ישראל. קבוצה אחרת שהובאה לברגן-בלזן, שכללה 155 יהודים מספרד ו-19 יהודים מפורטוגל, לא קיבלה היתרי יציאה ונשלחה למחנה נייטרלי, שם נשארה עד לסיום המלחמה.
הגברת המשלוחים למחנה: 1944.
מתחילת 1944 הגיעו לברגן-בלזן משלוחים שונים במסגרת "תוכנית ההחלפה" (Austauschjuden), עבור אלה שהוגדרו "יהודי מועדף", בהם כ-3,670 יהודים מהולנד, בעלי אזרחויות שונות, 200 מיהודי תוניס ומיהודי לוב שהועברו ממחנה פוסולי די קרפי, 200 נשים יהודיות צרפתיות שהיו נשואות לחיילים צרפתים וכמה מאות מיהודי יוגוסלביה.
בסוף אפריל שוחררו 222 יהודים מתוך כ-1,300 יהודים שהיו במחנה והחזיקו בדרכון פלשׂתיני: הם הובאו לאיסטנבול דרך וינה, והגיעו לחיפה ב-10 ביולי. קבוצה נוספת של 301 אסירים בעלי דרכונים לטיניים שוחררה מברגן-בלזן ב-21 בינואר 1945, אך רק 126 מתוכם הצליחו להגיע לשווייץ, השאר הושארו במחנות בדרך.
ב-8 ביולי 1944 הגיעו לברגן-בלזן 1681 יהודים מהונגריה במסגרת עסקת בכר-קסטנר ("סחורה תמורת דם") והם הושמו במחנה משנה "מחנה ההונגרים" (Ungarnlager). באישור הימלר, שוחררה לשווייץ (ב-20 באוגוסט) קבוצה ראשונה של 318 יהודים מרכבת קסטנר, לאחר משא ומתן ארוך, שוחררו לשווייץ ב-6 בדצמבר 1,365 היהודים הנותרים. מלבד קבוצת יהודים זו, יהודים נוספים שהגיעו מהונגריה לא שוחררו.
בברגן-בלזן היו ביולי 1944 כ-4,000 עובדים יהודים, שעבדו בעבודות כפייה שונות במחנה ובסביבתו.
על אף הכפפתו של ברגן-בלזן ל-WVHA, נחשב המחנה למחנה מעצר. בשונה ממחנות ריכוז אחרים כגון אושוויץ ובוכנוואלד, ברגן-בלזן היה מרוחק מאזורי תעשייה, ומרבית האסירים בו הובאו אליו משום שענו על הקריטריונים של הימלר.
בשל ריחוקו מאזורי התעשייה, התייחס ה-WVHA אל המחנה כמחנה מעבר לזמן קצר. על כן, החל ממרץ 1944 נפתח אזור במחנה בשם: "מחנה הבראה" ("Erholungslager"), לצורך קליטת חולים ותשושים ממחנות ריכוז אחרים. למרות קליטת אסירים רבים, מתוכם חולים רבים, לא התבצעו עבודות לתחזוקת התשתיות הסניטריות של המחנה, אך הוא הורחב באמצעות הוספת אוהלים. משלוח החולים הראשון שהגיע ל"מחנה ההבראה" בסוף מרץ 1944 כלל כ-1,000 אסירים ממחנה דורה, אל האסירים לא התלווה ולו רופא אחד. האסירים הוכנסו לאוהל גדול ושהו בו מספר ימים ללא מיטות, ללא מזרנים ושמיכות ואוכל חם. שיעור התמותה בין האסירים בקבוצה היה גבוה במיוחד, מתוך קבוצה זו רק 57 זכו לראות את יום השחרור. לאחר המשלוח הראשון של אסירים חולים, הגיעו עוד קבוצות חולים רבות אל ברגן-בלזן. בדרך כלל הגיעו קבוצות של מאות בודדות, רישומן הושמד לפני השחרור.
בקיץ 1944 נרצחו כ-200 אסירים על ידי הזרקת פנול (חומר חיטוי). ההזרקות התבצעו בפקודת האס אס על ידי אסיר בשם קרל רוט, שנבחר על ידי האס אס כ"אח ראשי". רוט נידון למוות על ידי קבוצת אסירים בספטמבר 1944, וכתוצאה מכך בוצע בו לינץ'. הרופא הראשי של ברגן-בלזן היה ד"ר ז'אגר (קצין אס אס), שדרך טיפולו הסאדיסטית בחולים הייתה כפייה על האסירים לבצע פעילות גופנית מאומצת. פעילות זו כללה ריצות למרחקים ארוכים, ושעות רבות של עמידה תוך כדי ביצוע תרגילי ספורט שונים.
ב-7 באוגוסט 1944 הוקם מחנה הנשים בברגן-בלזן. 12 אוהלים הוקמו לקליטת משלוחי הנשים. המשלוח הראשון הגיע ב-11 באוגוסט, ובימים שלאחריו אלפי נשים נוספות. המשלוחים כללו נשים יהודיות מפולין ומהונגריה שהובאו ממחנות עבודה במזרח עקב התקדמותו המהירה של הצבא האדום. בשל מצב בריאותן הטוב יחסית של נשים אלה נשארו מרביתן במחנה רק זמן קצר; עבורן היה המחנה רק תחנת מעבר אל מחנות עבודה נוספים.
בסוף אוקטובר ותחילת נובמבר הגיע לברגן-בלזן משלוח של כ-3,000 נשים מאושוויץ בירקנאו; נשים חולות שיצאו מאושוויץ. הם הובלו בקרונות בצפיפות קשה, והוכנסו לאוהלים ללא תאורה, שירותים או תנאים היגייניים מינימליים. בין הנשים היו כל היהודיות חברות תזמורת הנשים של בירקנאו (לאחר מות המנצחת, הכנרת אלמה רוזה). ב-7 בדצמבר סופה עקרה מספר אוהלים, והנשים נאלצו לעמוד מספר שעות בקור העז תחת מטר שוטף עד שהוכנסו לאוהל המטבח למשך הלילה. למחרת פונו מספר אוהלים של חולים לצורך שיכונן של הנשים. ב-2 בדצמבר היה מספרם של הכלואים בברגן-בלזן 15,257, מתוכם 8,000 נשים במחנה הנשים; אחת מהם הייתה אנה פרנק ואחותה מרגוט. על פי מספר עדויות, אנה פרנק מצאה את מותה בברגן-בלזן ככל הנראה במרץ 1945, זמן קצר לאחר אחותה מרגוט.
ב-2 בדצמבר הוחלף פיקוד המחנה ובמקום אדולף האס (Haas) מונה יוזף קרמר, מי שהיה עד אז מפקד מחנה אושוויץ-בירקנאו. למן סוף דצמבר 1944 הובאו לברגן-בלזן אלפי אסירים יהודים ממחנות ריכוז שונים. עשרות אלפי יהודים הגיעו תשושים מהמזרח. תנאי המחיה במחנה, שלא היה ערוך לקליטת כמויות עצומות של אסירים, התדרדרו מאוד.
רצח המוני, אסירי צעדות המוות: 1945.
כשנסגר מחנה בירקנאו הובלו עשרות אלפי יהודים ששרדו בסלקציות בדרכים שונות אל מחנות אחדים בתחומי הרייך השלישי. לקראת סיום המלחמה התרבו צעדות המוות והאסירים הובלו מרחקים ארוכים בצעדות שנמשכו ימים רבים בשלג ובקור ללא מזון, מים, ביגוד או נעליים ראויות. רבים מהם מתו בדרך מתשישות, רעב או שנרצחו בירי בדרך על ידי הנאצים. חלקם הגיע באפיסת כוחות לברגן-בלזן.
החל מינואר 1945 התדרדרו תנאי האסירים בברגן-בלזן במהרה, ועשרות אלפי אנשים מתו בו. חלקם גססו באיטיות ימים ושבועות ללא טיפול כלשהו.
בחודש מרץ לבדו מתו בברגן-בלזן 18,168 אסירים.
אסירים נשלחו לברגן-בלזן כמעט עד לשחרורו ב-15 באפריל 1945, וכמות האסירים במחנה עלתה מחודש לחודש במקביל לשיעור התמותה העצום.
בדצמבר 1944 היו במחנה 15,257 אסירים, ב-15 במרץ 1945 45,117 וביום השחרור נספרו בברגן-בלזן כ-60,000 בני אדם.
את ברגן-בלזן עזבו במהלך תקופה זו כמה אלפי אנשים: 105 אזרחים טורקים שוחררו לשוודיה; 3 רכבות עם 7,000 אנשים יצאו לטרזיינשטט, אך רק אחת הרכבות הגיעה ליעדה. שתי הרכבות האחרות נעצרו ואסיריהן שוחררו במהלך אפריל לאחר ימי נסיעה ארוכים בהם הותקפו ללא הרף מן האוויר. אחת מהן היא הרכבת האבודה מברגן בלזן לטרביץ.
במהלך פברואר ומרץ הגיע לברגן-בלזן משלוח גדול של יהודים שפונו מבוכנוואלד, ובו אלפי אסירים חולים.
רק אחוז קטן מהנספים בברגן-בלזן נהרגו בירי. לגרמנים לא היה צורך להרוג אסירים, שכן עשרות אלפים מתו מתשישות או מרעב. מגיפות התפשטו במהירות במחנה, ומתחילת 1945 לא היו בו התקנים סניטריים כלל.
בפברואר עמדה מנת המזון היומית של אסיר על ½ ליטר מים ופרוסת לחם או תפוח אדמה. פעמיים בשבוע היו האסירים מקבלים מנה של מים מעופשים רותחים שנקראה "קפה". בשבועות האחרונים לפני השחרור הופסקה אספקת המזון למחנה כליל.
בחלק מהמחנה כלל לא הייתה אספקת מים, והאסירים נאלצו לשתות ממקורות מים מזוהמים, וכמובן שלא יכלו להתרחץ. בימים האחרונים לפני השחרור הופסקה גם אספקת המים הדלה שהייתה במחנה, עקב ההפצצות. הגרמנים לא נקפו אצבע על מנת לחדש את אספקת המים למחנה הריכוז, אף על פי שלמחנה הגרמני הסמוך חודשה אספקת המים.
מדי יום, לפי דרישתו של קרמר, היו העצורים צריכים לעמוד שעות רבות בחוץ מבלי להתחשב בתנאי מזג האוויר. הגרמנים השומרים הורשו לשבת בזמן זה, משום שהם לא הורשו לעזוב והיה קשה להם לעמוד כל כך הרבה שעות.