מקינטוש סבר, כי שקלטון עשוי לנסות את מזלו ולצאת לחציית אנטארקטיקה במהלך העונה הראשונה, לכן החליט כי מוטב להניח את שני המצבורים הראשונים ללא דיחוי, האחד ב-79° דרום, סמוך לשונית מינה, סימן דרך בולט על חומת הקרח, והשני עוד הלאה דרומה, בציון הדרך 80° דרום. שני אלה היו לדעתו, הפעולות המינימליות ההכרחיות שיאפשרו לשקלטון ואנשיו לשרוד את חציית חומת הקרח. העיכוב בהגעת "אורורה" לאנטארקטיקה לא השאיר די זמן להתאקלמות, הן לכלבי המזחלות והן לאנשים חסרי הניסיון, ומצב זה הביא לחילוקי דעות בשאלה, איך להמשיך מכאן ואילך. ארנסט ג'ויס, שהיה חוקר אנטארקטיקה המנוסה ביותר, משכמו ומעלה מכל יתר הקבוצה, נטה לגישה זהירה יותר ורצה לדחות את היציאה לדרך בשבוע לפחות. ג'ויס טען, ששקלטון הפקיד אותו כממונה עצמאי על כל הפעילות כרוכה במזחלות, טענה שמקינטוש דחה ולאחר זמן הציג כחסרת בסיס.
לאחר שדעתו של מקינטוש גברה על התנגדותו של ג'ויס, יצאה הקבוצה הראשונה מבין השלוש ב-24 בינואר 1915 למסע חומת הקרח, ושתי האחרות באו בעקבותיה למחרת היום. חילוקי דעות נוספים התגלעו עד מהרה בין ג'ויס למקינטוש בשאלה, לאיזה מרחק דרומה יש לקחת את הכלבים. ג'ויס רצה לקחת אותם עד השונית ולא מעבר לכך, אבל תחושת הדוחק בזמן שקיננה במקינטוש הביאה לכך, שהכלבים המשיכו לנקודת 80° דרום. עוד מכשלה התגלתה כשכשלו הניסיונות לשנע מטעני צידה באמצעות טרקטור ממונע. אומנם, בסופו של דבר הונחו המצבורים בשונית מינה וב-80° דרום, אך המבצע כולו היה משובש בקשיים ותקלות. לא כל הצידה הגיעה אל המצבורים - מתוך 100 ק"ג של מזון ודלק שתוכננו למצבור 80° הונחו רק 61 ק"ג. ניסיונות של מקינטוש לקבוע באמצעות תאודוליט את מיקומו המדויק של המצבור, כדי שיוכלו להשאיר מפות מסומנות ומפורטות במצבור האחרון במאונט הופ, עלו בתוהו בגלל בעיות טכניות. בסופו של דבר סימנו את מיקום המצבור בתלוליות שלג במרחק 800 מטר זו מזו, לאורך שמונה ק"מ משני עברי הנתיב המתוכנן של שקלטון, ממזרח למערב, וכל תלולית שנייה סומנה בדגלון. נוסף לכשל הטרקטור הממונע, גוועו ומתו בדרך חזרה כל עשרת הכלבים שנלקחו למסע. עד שחזרו והתאחדו כל הקבוצות בהאט פוינט, (בסיס "דיסקברי" הישן של סקוט בשולי החומה) ב-25 במרץ היו האנשים עצמם מותשים וסבלו מכוויות קור, והאמון במקינטוש פחת במידה ניכרת. מצב קרח הים במצר מקמרדו לא אפשר את המסע חזרה אל כף אוונס, כך שהקבוצה הייתה תקועה ללא מוצא עד ה-1 ביוני, בתנאים ספרטניים ותלויה בצייד כלבי ים כמקור לבשר טרי ולשומן ששימש כדלק.
לאחר זמן התברר, שהעונה הראשונה הזאת של הנחת מצבורים, על כל התלאות שנלוו אליה, הייתה מיותרת. שקלטון פסק, במכתב ששלח מג'ורג'יה הדרומית ב-5 בדצמבר 1914 (התאריך שבו הפליגה "אנדיורנס" מג'ורג'יה הדרומית אל ים ודל) אל ארנסט פריס מן הדיילי כרוניקל, ש"לא היה לו שום סיכוי לחצות בעונה זו". הודעה על כך הייתה אמורה להגיע למקינטוש, אבל "המברק מעולם לא נשלח".
אובדן "אורורה".
כשיצא מקינטוש ב-25 בינואר להנהיג את קבוצות הנחת המצבורים, הוא הפקיד את "אורורה" בידי הקצין הראשון ג'וזף סטנהאוז. המשימה העיקרית שהוטלה על סטנהאוז הייתה למצוא מעגן חורף, בהתאם להוראותיו של שקלטון שלא לנסות לעגן דרומית ללשון הקרחון, בליטת קרח בחצי הדרך בין כף אוונס להאט פוינט. חיפוש המקום המתאים התגלה כתהליך ארוך והרה סכנות. סטנהאוז שייט במצר במשך שבועות אחדים לפני שהחליט בסופו של דבר לעגון למשך החורף סמוך לבסיס הראשי בחוף כף אוונס. לאחר ביקור סופי בהאט פוינט ב-11 במרץ כדי לאסוף ארבעה אנשים שהקדימו לפרוש מקבוצות הנחת המצבורים, הביא סטנהאוז את "אורורה" לכף אוונס והבטיח את עגינתה שם בעוגנים ובכבלים חזקים, כדי שבהמשך תקפא על עמדה בתוך קרח החוף.
בליל ה-7 במאי פרצה סופה חמורה, שעקרה את "אורורה" מן העוגנים והכבלים ונשאה אותה אל לב ים יחד עם שדה קרח גדול. ניסיונות להתקשר עם קבוצת החוף באלחוט לא צלחו. רתוקה אל הקרח, כשמנועיה מושבתים, נגרפה "אורורה" במסע ארוך צפונה, הרחק מכף אוונס, אל מחוץ למצר מקמרדו, אל תוך ים רוס, ובסופו של דבר אל תוך האוקיינוס הדרומי. עשרה אנשים נותרו מאחור על החוף בבסיס ים רוס. בליל ה-23 במרץ 1916 קיבל האלחוטן אלפרד גודווין מסר מסטנהאוז, שנועד למלך ג'ורג' החמישי. במסר הדחוף הודיע סטנהאוז על מצבה הרעוע של אורורה, שאיבדה את מוט ההיגוי שלה ושסבלה מנזקים נוספים, ועל עשרת אנשי המשלחת, שנותרו על החוף בבסיס כף אוונס, ללא צידה מספקת ועם ביגוד שאיננו עונה על דרישות החורף האנטארקטי. במועד התשדורת נמצאה "אורורה" בקו רוחב 65° דרום ו-155° מזרח. סטנהאוז פנה אל המלך בבקשה, לשלוח מיד אונייה מצוידת כיאות לבסיס כף אוונס במצר מקמרדו. "אורורה" השתחררה לבסוף מן הקרח ב-12 בפברואר 1916 והצליחה להגיע לניו זילנד ב-2 באפריל.
אלתור.
הואיל ומקינטוש התכוון להשתמש ב"אורורה" כמגורים העיקריים לקבוצה, נמצאו רוב חפציהם האישיים של חברי קבוצת החוף, המזון, הציוד והדלק על סיפונה כשנעקרה מכבליה ונסחפה אל הים. אף כי מנות האספקה שנועדו להעברה במזחלות למצבורים של שקלטון הורדו אל החוף, נותרו עשרת האנשים שהיו על החוף "כשרק בגדיהם לעורם". מקינטוש סיכם את המצב: "אין לנו ברירה אלא להשלים עם האפשרות, שניאלץ להישאר כאן, ללא עזרה, למשך שנתיים. איננו יכולים לצפות לחילוץ לפני מועד זה, ועל כן אנו מוכרחים לשמר את מה שיש לנו, לנהוג חיסכון קפדני, ולחפש ולהשמיש כל תחליף שנוכל למצוא." כדבר ראשון, פנו אל המזון והציוד שהשאירו סקוט ושקלטון ממשלחותיהם הקודמות. מצבורי הציוד האלה הניבו חומרים, שיכלו להשמיש ולאלתר לביגוד, הנעלה ושאר ציוד הכרחי, ובמקביל עשו שימוש בבשר ובשומן של כלבי-ים כמקורות נוספים למזון ולדלק. "המתפרה המפורסמת של ג'ויס" יצרה והתאימה בגדים מאוהל קנבס גדול שהשאירה משלחתו של סקוט. ארנסט ויילד רקח אפילו סוג של טבק - "תערובת האט פוינט" - מנסורת, תה, קפה ואי-אילו עשבים מיובשים. באמצעים אלה הצטיידה הקבוצה לקראת מסעות המזחלות שציפו להם בעונה השנייה. ביום האחרון של אוגוסט רשם מקינטוש ביומנו את העבודה שהתבצעה במשך החורף, וסיים במילים: "מחר אנחנו יוצאים להאט פוינט".
העונה השנייה של הנחת מצבורים, 1916-1915.
המסע להר התקווה (מאונט הופ).
העבודה בעונה השנייה תוכננה בשלושה שלבים. ראשית, כל מטעני הציוד שנועדו למצבורים - 1,700 ק"ג בסך הכל - יועברו מכף אוונס להאט פוינט, משם למצבור הבסיס בשונית מינה ולבסוף, תוכנן מסע דרומה לתגבור מצבור 80° ולהנחת מצבורים חדשים ב-81°, 82° ו-83°, ומצבור אחרון בהר התקווה, סמוך למרגלות קרחון בירדמור, ב-'30 83°.
תשעה אנשים, בצוותים של שלושה, נועדו לצאת על גבי המזחלות. השלב הראשון, גרירה על פני קרח הים אל האט פוינט, החל ב-1 בספטמבר 1915, והושלם ללא תקלה עד סוף החודש. בשלב השני, שהיה כרוך בגרירת מזחלות הלוך ושוב בין האט פוינט לשונית מינה, נוצרו בעיות רבות, בגלל מזג אוויר שאינו מסביר פנים, פני שטח קשים למעבר על חומת הקרח, וחילוקי דעות שהתגלעו בין מקינטוש לג'ויס לגבי שיטות העבודה שיש לנקוט. הפעם היה זה מקינטוש, שהעדיף גרירה המסתייעת בכוח שרירי אדם לעומת ג'ויס, שרצה להשתמש בארבעת הכלבים הכשירים - מבין ששת הכלבים ששרדו את החורף, שתי כלבות היו מעוברות ולא יכלו לעבוד. מקינטוש התיר לג'ויס להתקדם בדרכו הוא, כמוביל קבוצה של שישה אנשים עם הכלבים, בעוד שהוא עצמו המשיך לגרור את המזחלות בעצמו עם ויילד וספנסר-סמית. שיטותיו של ג'ויס הוכיחו את עצמן כיעילות יותר במונחי המטענים שהועברו וכשירות האנשים. מצבור הבסיס בשונית מינה הונח במלואו עד ה-28 בדצמבר.
זמן קצר לאחר שהחל המסע למאונט הופ, ב-1 בינואר 1916, נאלצו שלושה אנשים (קופ, ג'ק וגייז) לחזור לכף אוונס בגלל קלקול בפרימוס, שם הצטרפו לסטיבנס. המדען נשאר בבסיס לעסוק במדידות מזג אוויר ולצפות לחזרת הספינה. שאר השישה המשיכו דרומה עם המזחלות, עם ספנסר-סמית שמצבו הבריאותו התדרדר והלך במהירות ומקינטוש, שהתלונן על כאבים בברכו. הם נאבקו להמשיך, הניחו את המצבורים והסתפקו בעצמם באספקה מינימלית, אף כי הקפידו, בהוראתו המפורשת של ג'ויס, להזין היטב את הכלבים: "הכלבים הם תקוותנו היחידה; חיינו תלויים בהם." כאשר הגיעו לקרבת הר התקווה, התמוטט ספנסר-סמית ולא יכול היה להמשיך. השאר הניחו אותו לבדו באוהל קטן ועברו את הקילומטרים הספורים שנותרו עד מאונט הופ, שם הניחו את המצבור האחרון ב-26 בינואר 1916. ארנסט ויילד השאיר מכתב לאחיו פרנק, שהיה, כך חשב, במסע לחציית היבשת מים ודל עם שקלטון.
השיבה.
הקבוצה פנתה לדרך חזרה ב-27 בינואר, ואספה בדרכה את ספנסר-סמית ב-29 בחודש. הוא היה באותה עת חסר-אונים מבחינה גופנית והם נאלצו לשאת אותו על המזחלת. תוך זמן קצר אזלו כוחותיו של מקינטוש, נבצר ממנו להשתתף בגרירה ובקושי יכול היה להשתרך לצד המזחלת. במועד זה עברה הנהגת הקבוצה בפועל לידי ג'ויס וריצ'רדס. ג'ויס תיאר את תלאות הקבוצה: "מעולם לא התנסיתי בתנאים מזעזעים כאלה. זה אחד הקטעים הקשים ביותר של גרירה מאז שיצאנו לדרך... כל שאנו יכולים לעשות הוא להתנהל הלאה במהירות הגדולה ביותר שאנו מסוגלים לה."