אחד מתפקידיה המרכזיים של ועדת הבחירות המרכזית, הוא הסמכות להכריע בשאלה האם מועמד או רשימה מסוימים מנועים מלהשתתף בבחירות, היות שיש במטרותיהם או במעשיהם משום שלילת קיומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית, הסתה לגזענות, או תמיכה במאבק מזוין של מדינת אויב או של ארגון טרור נגד מדינת ישראל, על פי . על הכרעה לפסול מועמד - יש להגיש בקשת אישור לבית המשפט העליון, ואילו על הכרעה שלא לפסול מועמד ועל הכרעה בדבר פסילת או אי פסילת רשימה, ניתן לערער לבית המשפט העליון.
כמו כן, ועדת הבחירות המרכזית היא הממונה לדון בכל קובלנה בעניין הבחירות (למעט תוצאותיהן, ), והיא זו שמפרסמת את תוצאות הבחירות ב"רשומות" ומודיעה על מספר חברי הכנסת בו זכתה כל מפלגה. לאחר חלוקת המנדטים, יושב ראש ועדת הבחירות המרכזית אף חותם על כתבי המינוי של חברי הכנסת הנבחרים.
מועד הקמת ועדת הבחירות המרכזית.
קובע "לביצוע הבחירות תוקם ועדת בחירות מרכזית תוך 60 יום מיום כינוסה של כל כנסת חדשה". כמו כן החוק קובע את רציפות כהונתה של הוועדה: "ועדה יוצאת תכהן עד להקמת ועדה חדשה".
הרכב ועדת הבחירות המרכזית.
יושב ראש וממלא מקום.
יושב ראש הוועדה הוא, על פי "אחד משופטי בית המשפט העליון שייבחר לכך על ידי שופטים אלה". ב-2 בינואר 1996, נתקבל בכנסת תיקון מס' 29 לחוק, ובו נקבע כי על יושב ראש הוועדה להיות שופט בית המשפט העליון שעודנו מכהן כשופט, ועל כן אם הוא פורש מכהונתו, הוא מסיים את תפקידו כיושב ראש הוועדה (כפי שקרה, למשל, במערכת הבחירות לכנסת השבע עשרה, עת פרשה השופטת דליה דורנר מכס השיפוט, היא אף פרשה מכהונתה כיושבת ראש הוועדה, וכן מחליפהּ בתפקיד, השופט יעקב טירקל, פרש מתפקידו כיושב ראש הוועדה עם פרישתו מכס השיפוט).
נוסף לכך קובע כי "בעת בחירת יושב ראש הוועדה המרכזית ייבחר אחד משופטי בית המשפט העליון על ידי שופטים אלה כממלא מקומו של היושב ראש, והוא יכהן זמנית אם נפטר היושב ראש, התפטר או נשיא בית המשפט העליון קבע שנבצר מהיושב ראש למלא תפקידו".
לפי הנוהג משמש כיו"ר ועדת הבחירות המרכזית שופט בית המשפט העליון הוותיק ביותר מלבד המכהן כנשיא בית המשפט העליון, או שופטים המכהנים כחברים בוועדה לבחירת שופטים. הבא אחריו בוותק משמש כממלא מקום יו"ר הוועדה. במקרה שבו יו"ר ועדת הבחירות מתמנה כחבר הוועדה לבחירת שופטים הוא מתפטר מתפקידו וממלא מקומו מתמנה כיו"ר הוועדה.
מטה ועדת הבחירות המרכזית.
לוועדת הבחירות מטה מקצועי של עובדי מדינה, שכפופים ליושב ראש הוועדה ולמנכ״ל הוועדה לפי סעיף 17א לחוק הבחירות.
מנכ״לית הוועדה, החל משנת 2010, היא אורלי עדס.
חברי הנהלת הוועדה, לצידה של המנכ״לית הם:
היועץ המשפטי לוועדה - עו״ד דין ליבנה.
חשבת הוועדה - יעל אליאב.
ראש אגף לוגיסטיקה - יוסי תורן.
סמנכ״ל למינהל ומשאבי אנוש - תמר לשם.
סגני היושב ראש.
קובע "ליושב ראש הוועדה המרכזית יהיו סגנים שייבחרו על ידי הוועדה המרכזית מבין חבריה; מספר הסגנים יהיה ארבעה, אולם ועדת הכנסת רשאית להגדיל מספר זה עד לשמונה; ארבעה מהסגנים יהיו מארבע הסיעות הגדולות שבכנסת, ואם הוגדל מספר הסגנים כאמור, תקבע ועדת הכנסת מאיזו סיעה יהיו הסגנים הנוספים".
ליושב ראש ועדת הבחירות המרכזית לכנסת ה-25 ארבעה סגנים: חה״כ דוד ביטן מסיעת הליכוד, חה״כ איתן גינזבורג מסיעת כחול לבן, גב' אטל הובן מסיעת יש עתיד וחה"כ משה ארבל מסיעת ש"ס.
חברי ועדת הבחירות המרכזית.
ועדת הבחירות המרכזית היא, ברובה, גוף פוליטי (למעט היושב ראש, שהוא שופט), ועל כן ישנו קושי בהענקת סמכויות נרחבות לוועדת הבחירות המרכזית. נוסף על הסגנים, המייצגים את הסיעות הגדולות בכנסת היוצאת, מכהנים בה נציגי כל סיעות הכנסת היוצאת.
המפתח לחלוקת מס' חברי הוועדה נקבע , והוא כדלקמן:
כמו כן קובע כי "לכל חבר הוועדה המרכזית יהיה ממלא מקום קבוע".
על פי מפתח זה, בוועדת הבחירות המרכזית לכנסת השבע עשרה כיהנו, נוסף ליושב ראש ולחמשת סגניו, עוד 30 חברים (ו-35 ממלאי מקום, שכן חמשת סגני היושב ראש הם גם חברים מן המניין בוועדה, ועל כן גם להם יש ממלא מקום).
סיעות שלא יוצגו בכנסת היוצאת.
ועדת הבחירות המרכזית מורכבת רק מסיעות שהיו מיוצגות בכנסת היוצאת. לעניין הסיעות המתמודדות לכנסת, ולא היו חברות בכנסת היוצאת, קובע כי "בישיבות של הוועדה המרכזית, של הוועדות האזוריות ושל ועדות הקלפי רשאים להיות נוכחים, כמשקיפים בלבד, נציג אחד של כל רשימת מועמדים שפורסמה בהתאם לסעיף 65 ואינה מיוצגת באותה ועדה".
הפולמוס סביב האופי הפוליטי של הוועדה.
לכאורה, ישנה הצדקה מסוימת לאופי הפוליטי של הוועדה, ככל שמדובר בפיקוח על הקיום התקין של הבחירות, היות שהייצוג הפוליטי מאפשר לסיעות לפקח מקרוב על טוהר הבחירות. אך מאידך, לא כך הם פני הדברים בהפעלת סמכויות שיפוט שהוועדה מפעילה, ובעיקר הסמכות של הוועדה שלא לאשר השתתפות בבחירות של רשימה או מועמד, מחמת מטרותיהם או מעשיהם (, כפי שהורחב בשנת 2002), היות שהענקת סמכויות שפיטה וביצוע לגוף פוליטי, אינה עולה בקנה אחד עם "עקרון הפרדת הרשויות", המחייב את מסירת סמכות השפיטה לגוף שאינו פוליטי. עמד על כך השופט יואל זוסמן בפסק דין ירדור, באומרו כי מתן שיקול דעת לוועדת הבחירות למנוע השתתפותה של רשימת מועמדים "אינו עולה בקנה אחד עם הרכב הוועדה שהוא גוף המורכב על טהרת עקרונות פוליטיים, לפי מתכונת הכנסת היוצאת, פרט ליושב ראש הוועדה שהוא שופט בית המשפט העליון". [דבריו צוטטו בשני פסקי דין מרכזיים נוספים, אשר עסקו בעניין פסילת רשימות, והם: בן-שלום - בעניין הרשימה המתקדמת לשלום) וטיבי – בעניין פסילתו האישית של ח"כ אחמד טיבי.
בדומה לו כתב השופט מנחם אלון בפס"ד ניימן, בעניין פסילת רשימת כך, כי אין זה רצוי "למסור הסמכות לפסילת רשימה על פי נימוקים של תוכן ומהות לגוף, המורכב ברובו המכריע - פרט ליושב-ראש - מנציגים, המייצגים גופים פוליטיים, וששיקוליהם עשויים להיות אידאולוגיים - פוליטיים".
במערכת הבחירות לכנסת השש עשרה בא לידי ביטוי חמור החשש מפני הכרעות פוליטיות בפסילת רשימות ומועמדים, בכך שכל ההכרעות נתקבלו בוועדה על פי השיוך הפוליטי של חבריה. בית המשפט העליון דחה את החלטות הפסילה על רקע פוליטי שנתקבלו בוועדה.
ביקורת ברוח זו הביאה להעברת הסמכות לדון בערעורים על תוצאות הבחירות מן הכנסת אל בית המשפט. הדבר אירע לאחר הבחירות לכנסת השתים עשרה, בעת שהכנסת דנה בערעורים, והיו מספר חברי כנסת שהעדיפו למשוך ידיהם מלדון בערעורים, היות שקבלת הערעורים עלולה הייתה לגרום לכך שסיעת דגל התורה תאבד את אחד משני המקומות בכנסת אשר זכתה בהם בבחירות. לבסוף, קיבלה הכנסת ב-17 ביולי 1989 תיקון לחוק הבחירות, שתיקן את , וקבע שערעורים על תוצאות הבחירות ידונו בבית המשפט המחוזי בירושלים (כיום - בשבתו כבית משפט לעניינים מינהליים).
מינוי חברי ועדת הבחירות המרכזית.
קובע "כל סיעה תגיש ליושב ראש הכנסת, תוך 50 יום מיום כינוס הכנסת, רשימה של נציגיה בוועדה המרכזית ושל ממלאי מקומם, על שמות משפחותיהם, שמותיהם הפרטיים ומענם". קובע מי אינו כשיר לכהן כחבר הוועדה "שר, סגן שר, עובד מדינה - פרט למורה – וחייל בשירות סדיר לפי חוק שירות ביטחון או בשירות קבע של צבא ההגנה לישראל, לא יהיו חברים, ולא ממלאי מקום של חברים, בוועדה המרכזית".
אם סיעה רוצה לשנות את נציגיה בוועדה – קובע "כל סיעה רשאית להחליף את נציגיה בוועדה המרכזית ובועדה האזורית ואת ממלאי מקומם על ידי מתן הודעה של בא כוחה ליושב ראש הוועדה המרכזית ולשר הפנים".
תחילת עבודתה של ועדת הבחירות המרכזית.
קובע "הודעה על הרכבה של הוועדה המרכזית תינתן בכנסת על ידי יושב ראש הכנסת תוך 14 יום מיום הקמת הוועדה המרכזית ותפורסם על ידי שר הפנים ברשומות תוך 10 ימים מן היום שניתנה בכנסת". ועל פי "יושב ראש הכנסת יזמן את הוועדה המרכזית לישיבתה הראשונה שתתקיים לא יאוחר מהיום ה-15 שלאחר מסירת ההודעה בכנסת על הרכבה של הוועדה".
שינוי בחלוקת המושבים בוועדת הבחירות.
ער לתנועה המתמדת מסיעה לסיעה, לפיצולים הרבים ולאיחודים בין סיעות. בהתאם לכך קובע כי אם "השתנה הרכבה הסיעתי של הכנסת, או שמה של סיעה או מספר חבריה, ואישרה ועדת הכנסת את השינוי, ישתנה בהתאם לכך ההרכב הסיעתי של כל ועדות הבחירות, או שם הסיעה", תוך קביעת כלל ש"לסיעה שנותרה ללא ייצוג בעקבות השינוי יהיה בוועדה המרכזית ובוועדות האזוריות חבר אחד בדעה מייעצת".
ועדות משנה של ועדת הבחירות המרכזית.
כדי להקל על עבודתה של ועדת הבחירות המרכזית, ממנה ועדת הבחירות המרכזית ועדות משנה אשר מרכזות את ענייני הוועדה השוטפים. ההחלטות המתקבלות בוועדות המשנה מובאות לאישורה של ועדת הבחירות המרכזית.
בוועדת הבחירות המרכזית לכנסת השבע עשרה היו חמש ועדות משנה:
ועדת בחירות אזורית.
להבדיל מועדת הבחירות המרכזית, אשר נבחרת מיד עם תחילת כהונת הכנסת, ומכהנת לכל אורך הקדנציה, ועדת הבחירות האזורית נבחרת סמוך למועד הבחירות. קובע "הוועדות האזוריות יתמנו על ידי הוועדה המרכזית לא יאוחר מהיום ה־52 שלפני יום הבחירות". מספר החברים בוועדה זו, והמפתח על פיו הם מתמנים, קבוע בחוק. קובע "מספר חבריה של כל ועדה אזורית והרכבה הסיעתי יהיו כשל הוועדה המרכזית", ו קובע "לחברים של ועדה אזורית יהיו ממלאי מקום, שיתמנו על ידי הוועדה המרכזית בזמן מינוי הוועדה האזורית; מספרם והרכבם הסיעתי של ממלאי המקום יהיו כשל אותה ועדה אזורית".