בספטמבר אותה שנה התארגנה קבוצה של אנשי צבא זוטרים, בהנהגתו של פולחנסיו בטיסטה שהיה אז בדרגת סמל, וביצעה הפיכה צבאית שכונתה "הפיכת הסמלים". ניסיון לסכל את ההפיכה אירע ב-4 בספטמבר, כשכ-300 אנשי צבא התבצרו בהוטל נסיונל בהוואנה, ואולם אנשיו של בטיסטה הצליחו להשתלט על המלון. כמה מהמתבצרים הוצאו להורג. בטיסטה עצמו לא כיהן כנשיא, אלא כרמטכ"ל, ואולם בפועל שימש כמנהיג המדינה, והנשיאים הרבים שכיהנו לאורך שנות ה-30 סרו למרותו. בתקופה זו דוכא באכזריות כל ניסיון להתנגד למשטרו. בשנת 1940 התמודד בעצמו בבחירות לנשיאות, וניצח.
עוד בטרם בחירתו, נוסחה מחדש החוקה של קובה, והייתה לאחת מן המתקדמות בזמנה בכל הנוגע לזכויות אזרח וזכויות עובדים. בין היתר, נכללו בה הוראות בדבר רפורמות אגרריות, חינוך ציבורי ושכר מינימום.
בטיסטה זכה לתמיכת האמריקאים, שהעדיפו אותו על יריבו באותה העת, ראמון גראו, שהיה בעל נטיות סוציאליסטיות. לבטיסטה היו קשרים ענפים עם ראשי המאפיה, וכמה מראשיה, ובהם מאיר לנסקי ולאקי לוצ'יאנו, העתיקו את מקום מושבם להוואנה. באותן שנים פרחו בתי הקזינו בעיר, והמועדונים ובתי המלון שבעיר שגשגו.
ב-1944 הפסיד בטיסטה בבחירות, ולתפקיד נבחר יריבו, גראו. ב-1948 נבחר לסנאט, אף שבאותה העת חי בדייטונה ביץ' שבפלורידה. ב-1952 התמודד שוב על הנשיאות. הסקרים חזו כי לתפקיד ייבחר רוברטו אגרמונטה מהמפלגה האורתודוקסית, והעניקו את המקום השני לקרלוס הוויה מה-Partido Auténtico. בטיסטה פיגר מאחור. ב-10 במרץ, שלושה חודשים לפני הבחירות המתוכננות, לאחר שנוכח כי סיכוייו להיבחר קטנים, הנהיג בטיסטה הפיכה צבאית נוספת, בעזרתם של גורמים לאומניים בצבא. ארצות הברית הכירה בממשלתו ב-27 במרץ.
זמן קצר לאחר היבחרו, הודיע בטיסטה כי אף שהוא מכיר בחוקה שכוננה ב-1940, כמה מהזכויות המוגנות בה, ובהן זכות השביתה, יוקפאו באופן זמני.
בתקופת כהונתו השנייה, פיתח עוד יותר את תעשיית ההימורים בהוואנה. הוא קבע כמדיניות כי ממשלת קובה תשתתף בהוצאות הקמתם של בתי מלון הכוללים קזינו, אם הושקעו בהם למעלה ממיליון דולר, ביחס של דולר אחד על כל דולר שהושקע. מדיניות זו נשאה פירות, וקובה ידעה בתקופתו שגשוג כלכלי.
המהפכה הקובנית ותוצאותיה.
המהפכה הקובנית.
ב-26 ביולי 1953 תקפו כמאה לוחמי גרילה ממתנגדיו של בטיסטה, בהנהגתם של ראול ופידל קסטרו, את המחנה הצבאי מונקאדה שבסנטיאגו. המתקפה נכשלה, ורוב המשתתפים בה נהרגו או נתפסו. האחים קסטרו נלכדו אף הם ונאסרו. בשנת 1955 החליט בטיסטה לשחרר את כל האסירים הפוליטיים. האחים קסטרו יצאו לגלות במקסיקו, שבה הקימו תנועה בשם "תנועת ה-26 ביולי". לתנועה הצטרפו גולים קובנים נוספים, וכן רופא ארגנטינאי צעיר בעל דעות מרקסיסטיות בשם צ'ה גווארה. פעילי התנועה ערכו אימונים צבאיים, וחיכו לשעת כושר לשוב לקובה.
ב-25 בנובמבר 1956 עלתה קבוצה של 82 מאנשי התנועה על היאכטה "גראנמה", ועשתה את דרכה לכיוון קובה. ב-2 בדצמבר נחתה בחופו של מחוז אוריינטה, ועשתה את דרכה אל הסיירה מאסטרה, רכס הרים מיוער שהיה למעוזם בשנים הבאות. עד 1958 עסק קסטרו בבניית כוחו ובהתקפות גרילה על צבאו של בטיסטה באזור הסיירה מאסטרה. ב-28 ביוני אותה שנה פשטו כ-12 אלף חיילים של בטיסטה על הסיירה מאסטרה, בניסיון לשים קץ לפעילות התנועה. כוחותיו של קסטרו מנו באותה עת כ-300 לוחמים, ובכל זאת הצליחו לבלום את הצבא.
ב-21 באוגוסט יצא קסטרו למתקפת נגד. הכוח בפיקודו של קסטרו נע לכיוון סנטיאגו, בעוד כוחות בפיקודם של גווארה, קמילו סיינפואגוס וויליאם אלכסנדר מורגן נעו מערבה. הכוחות שהתקדמו מערבה צברו בדרכם ניצחונות ותומכים. ב-29 בדצמבר, חסמו כוחותיו של גווארה מסילת ברזל ולכדו בה רכבת עמוסה בחיילים, בתחמושת ובאספקה, בסמוך לסנטה קלרה. בקרב שנמשך שעה וחצי בלבד, הצליחו להשתלט על הרכבת. ב-31 בדצמבר תקפו כוחותיו של גווארה, אליהם חברו כוחותיו של סיינפואגוס, את סנטה קלרה עצמה. לאחר שרשרת הכשלונות של צבא בטיסטה, המוראל של חייליו היה ירוד. עד אחר הצהריים באותו היום נפלה העיר בידי המורדים.
בעקבות ההפסדים הרצופים, הבין בטיסטה כי הגעתם של המורדים להוואנה היא רק עניין של זמן. ב-1 בינואר 1959 נמלט בחשאי לרפובליקה הדומיניקנית, ובכך הגיע הקץ לשלטונו. באותו היום עוד המשיכו קרבות ברחבי המדינה, כאשר כוח בפיקודו של מורגן השתלט על סיינפואגוס. ב-2 בינואר נודע דבר הימלטו של בטיסטה מהמדינה, והצבא בסנטיאגו דה קובה נכנע לכוחותיו של קסטרו שצרו על העיר, ללא קרב. באותו היום הגיעו גווארה וסיינפואגוס להוואנה. קסטרו עצמו הגיע לבירה ב-8 בינואר בסיומו של מסע ניצחון ברחבי המדינה.
המשבר ביחסים עם ארצות הברית וההתקרבות לגוש המזרחי.
ארצות הברית הכירה בשלטון קסטרו כבר ב-7 בינואר, והנשיא אייזנהאואר אף החליף את שגרירו בהוואנה, שהיה מקורב לבטיסטה. התפיסה הרווחת בארצות הברית הייתה שיש להשאיר את קובה בתוך מעגל ההשפעה האמריקני. עם זאת, בתוך חודשים ספורים החלו להישמע בארצות הברית קולות בדבר הצורך בהחלפתו של קסטרו במנהיג נוח יותר לארצות הברית. המועצה לביטחון לאומי וה-CIA גיבשו המלצות בעניין בראשית 1960.
קסטרו עצמו נטר טינה לאמריקנים על תמיכתם בבטיסטה, ושאף לצמצם את תלותה של קובה בארצות הברית, אך העדיף לבסס קודם לכן את שלטונו. באפריל 1959 אף ביקר בוושינגטון ונפגש עם סגן הנשיא, ריצ'רד ניקסון (אייזנהאואר העדיף לשחק גולף).
בפברואר 1960 חתמה קובה על הסכם לרכישת נפט מברית המועצות. בתי הזיקוק, שהיו בבעלות אמריקנית, סירבו לזקק את הנפט, ובתגובה הלאימה אותם קובה, כמו גם רכוש של חברות אמריקניות נוספות, ובהן ITT ויונייטד פרוט קומפני. בהמשך, ביצעה קובה רפורמה אגררית שהגבילה את הבעלות על קרקעות פרטיות. היחסים בין שתי המדינות הידרדרו במהירות. ב-3 בינואר 1961 ניתקה ארצות הברית את יחסיה הדיפלומטיים עם קובה, וב-3 בפברואר 1962 הטילה עליה אמברגו, שנכון לשנת 2009 עדיין עומד בתוקפו.
במקביל להידרדרות היחסים עם ארצות הברית, מצאה לה קובה בת ברית חדשה - ברית המועצות, יריבתה הגדולה של ארצות הברית בעידן המלחמה הקרה. קסטרו, שהמהפכה שהנהיג לא נועדה להפוך את קובה למדינה קומוניסטית, החל לצעוד בכיוון זה. ב-16 באפריל 1961 הכריז כי המהפכה הייתה מהפכה סוציאליסטית, ובנאום לאומה שנשא ב-2 בדצמבר אימץ את הקומוניזם.
עימותים צבאיים עם ארצות הברית.
ב-15 באפריל 1961 הפציצו מטוסים הנושאים סימול קובני מזויף ושהוטסו בידי גולים קובנים, בסיסים של חיל האוויר הקובני. ב-17 באפריל, יומיים לאחר ההפצצה ויום לאחר שקסטרו הכריז כי המהפכה היא סוציאליסטית, נחת גדוד של כ-1,400 גולים, שאומן ומומן בידי ה-CIA, מערבית לסיינפואגוס, במקום המכונה "מפרץ החזירים" (Bahía de Cochinos). האמריקאים קיוו כי נחיתת הגולים תצית התנגדות עממית לקסטרו, שתפיל את משטרו. התנגדות זו לא באה, הפלישה נכשלה, ורוב הגולים שנטלו בה חלק נהרגו או נשבו. במקביל, שתי ספינות אספקה אמריקניות הוטבעו על ידי חיל האוויר הקובני. הנשיא קנדי העדיף שלא להיגרר למלחמה, והורה לצבאו שלא לסייע לגולים הקובנים. ב-19 באפריל נכנעו הגולים סופית. כתוצאה מהפלישה הכושלת, לא רק שקסטרו לא הודח, אלא שמעמדו אף התחזק.
באוקטובר 1962 גילו מטוסי ביון אמריקנים משגרי טילים בשטחה של קובה. בהודעה ששודרה בטלוויזיה, הודיע הנשיא קנדי על הימצאותם של טילים גרעיניים סובייטיים בקובה, וקבע שכל התקפה מצד קובה תיחשב להתקפה מצד ברית המועצות, על כל המשתמע מכך. מיד אחר כך הטיל הצי האמריקני מצור ימי על קובה.
נשיא ברית המועצות, חרושצ'וב, שיגר מסר לקנדי, ולפיו הטילים נועדו למטרה הרתעתית ולא למטרת התקפה, וכי הוא נכון להוציאם מקובה אם ארצות הברית תתחייב שלא לפלוש לקובה. לאחר מכן, הוסיף תנאי נוסף - פינוי בסיסי הטילים האמריקניים בטורקיה. במקביל, ספינות סובייטיות החלו לעשות דרכן לאזור קובה. המתיחות הגיעה לשיאה, ועלה חשש כי תתלקח לכדי מלחמה גרעינית בין המעצמות. בסופו של דבר הודיע קנדי כי הוא מקבל את התנאי הראשון של חרושצ'וב (ובאופן חשאי קיבל גם את התנאי השני). במהלך נובמבר הוצאו הטילים מקובה, וב-20 בנובמבר הוסר המצור הימי.
מדיניות הפנים בעידן קסטרו.
במהלך שנות ה-60, הלאים קסטרו בהדרגה את מרבית הרכוש הפרטי בקובה. צעדים אלה פגעו בבני המעמד הבינוני והגבוה, וכמיליון מהם עזבו את המדינה במהלך תקופת שלטונו. רבים מהם מצאו מקלט בפלורידה.
אחת המטרות הראשונות של קסטרו עם עלייתו לשלטון הייתה ביעור הבערות. הוא הקים את המפעל הלאומי לאוריינות, שנחל הצלחה רבה. בתוך שנה אחת בלבד ירד שיעור האנאלפביתיות בקובה מכ-20% לכ-4% בלבד. במדינה הונהג גם ביטוח בריאות ממלכתי, ומערכת הבריאות במדינה נחשבת טובה גם בקנה מידה מערבי.
עם עלייתו של קסטרו לשלטון נותרה קובה מדינה לא-דמוקרטית. משטרו רדף את מתנגדיו תוך פגיעה חמורה בזכויות אדם, בין היתר באמצעות משפטים ללא הליך הוגן, עינויים והוצאות להורג ללא משפט. ארגוני זכויות אדם כגון אמנסטי ביקרו את הצנזורה ואת היעדרם של חופש העיתונות והתארגנות.
מעורבות בסכסוכים בינלאומיים.
מנהיגי קובה שאפו ליישם את האידיאלים של המהפכה גם במדינות אחרות בעולם. קובה העניקה סיוע בתחומי הצבא, הבריאות והחינוך למדינות שונות בעולם השלישי, למגינת לבה של ארצות הברית, ולעיתים אף שלא על דעתה של ברית המועצות או בניגוד לאינטרסים שלה .
כבר ב-1961 תמכה קובה במחתרת ה-FLN, שפעלה נגד השלטון הצרפתי באלג'יריה. בהמשך,