מאחר שיצאו מתחת ידיה של סמכות תורנית בלתי מעורערת, הן מבחינת רוחב הידע והן מבחינת עמקות ההבנה, התקבלו פסקיו של רבי עקיבא איגר על כל גדולי דורו, ומבחינה זו היה ל"רבן של כל בני הגולה", וגם רבנים מבוגרים ממנו פנו אליו בשאלות הלכתיות סבוכות, שחייבו מתן חוות דעת מעמיקה של מומחה בעל שיעור קומה. עם הפונים אליו מגדולי דורו נמנים: הרב חיים אוירבך, מחבר הספר "דברי משפט"; הרב יעקב לורברבוים מליסא, מחבר הספרים "נתיבות המשפט" ו"חוות דעת"; הרב מאיר פוזנר, מחבר "בית מאיר"; הרב שלמה זלמן ליפשיץ, ה"חמדת שלמה".
בדור שלאחריו התקבעה התפיסה הרואה בפסיקתו דעה של "פוסק אחרון", הקובעת את ההלכה למעשה, וספר תשובותיו קיבל מעמד של ספר יסוד שאין לנטות מפסקיו, ואף הילה של קדושה. כך מספר רבה של מוסקבה הרב חיים ברלין על יחסו של אביו, "הנצי"ב מוולוז'ין", לספר התשובות של רבי עקיבא איגר:
עריכת התשובות.
מאחר שהוצאתן לאור של תשובותיו החלה עוד בחייו, נשתמרו בידינו הוראותיו, בחלקן טכניות, באשר להדפסת כתביו. הוא נזקק לשאלות הנוגעות באופן כללי לכלל הסוגה הספרותית של ספרות שו"ת, כמו שאלת העריכה מול נאמנות לאיגרות המקור, ושאלת תוארי הכבוד המקובלים, שהיו גדושים לעיתים מזומנות בסופרלטיבים מנופחים.
במכתבו מחודש כסלו תקצ"ג (חורף 1833) לבנו אברהם הוא מורה שלא יעתיקו בכפילות תשובות שכתב לאנשים שונים באותו עניין, אף אם בחלקן ישנן תוספות וחידושים, ולדבריו "אין כדאי להלאות את עיני הקורא בשביל מעט תוספת", ועדיף לערוך את התשובה המרכזית ולהוסיף בתוכה את ההוספות המאוחרות "ואין בזה נזק לשואל, אם אחר תשובתו אליו נתווסף עליה דבר מה".
הוא נזקק גם לשאלת איכות ההדפסה, הנייר, הדיו והגופן, כי לדעתו יש ליפי הדפוס, החיצוני לכאורה, השלכה על אופן התפיסה של הטקסט בידי הקורא. וכך הוא מתבטא בעניין זה באחד ממכתביו, שהודפסו בידי בניו בהקדמתם לספר התשובות: .
באשר לתוארי הכבוד המקובלים הנלווים באיגרות מעין אלו, ומועתקים בדרך כלל ככתבם וכלשונם לספרות השו"ת המודפסת, הוא שולל נחרצות את המנהג, ומעדיף שלא יצוטטו תארים כלל אף לא מועטים:
דפוסי השו"ת.
המהדורה הראשונה של "שאלות ותשובות רבי עקיבא איגר", המכונה "מהדורה קמא", נדפסה בידי בניו בוורשה בשנת תקצ"ה (1835), ואחריה בשטטין (תרכ"ב), ומאז בדפוסי צילום רבים. בשנת תרמ"ט הודפסה בווינה אסופת תשובות נוספת של רע"א, בשם "תשובות רבי עקיבא איגר החדשות", שאף היא זכתה לדפוסי צילום רבים. במשך השנים התפרסמו מעת לעת קובצי תשובות נוספים, ובשנותיה הראשונות של המאה ה-21 יצאו לאור מספר מהדורות המאגדות את כל התשובות שנדפסו עד אותה עת במספר כרכים. במקביל, אוסף התשובות הראשוני, שו"ת רבי עקיבא איגר מהדורה קמא, זכה למספר מהדורות מוערות.
חידושיו לתלמוד וגיליון הש"ס.
נוסף לספרות השו"ת הענפה שהתפרסמה מפרי עטו של רבי עקיבא איגר, התפרסמו בידי מו"לים שונים אוספים מכתביו ומכתבי תלמידיו, העוסקים בפרשנות ובחידושים סביב התלמוד הבבלי בשיטתיות, וסביב סוגיות נבחרות בו, כמו הספר "דרוש וחידוש", שיצא לאור בידי בניו מיד לאחר פטירתו (ורשה תקצ"ט) על מסכתות מסוימות. כמו כן, רבות מתשובותיו ההלכתיות מסתעפות תוך כדי דיון לביאורי סוגיות בתלמוד, ופעמים שעיקר הדיון סובב רק סביב סוגיה תלמודית' אף בלא השלכה מעשית לפסיקת הלכה, כמו עיסוק בהבנת גישתם של תנאים או אמוראים שהיו בעמדת מיעוט ודעתם נדחתה הלכה למעשה. תשובות מעין אלו לוקטו וסודרו במשך הזמן לנוחות הלומדים לפי סדר מסכתות התלמוד. בנוסף, הערות בודדות רבות שלו על סוגיות תלמודיות הופיעו ומופיעות מעת לעת בכתבי עת תורניים שונים.
היות שרבים מקבצי החידושים הללו לא היו סדורים לפי סדר התלמוד, ובשל ריבוי הקבצים שהקשה על הלומד בסוגיה מסוימת לעקוב אחרי כלל חידושיו של רע"א המתייחסים לסוגיה זו, התעורר צורך במפעל שיסדר את כל כתביו המרובים בצורה רציפה לפי סדר דפי התלמוד הבבלי. פרויקט מעין זה נתקל מטבע הדברים בקשיים מרובים והתעכב, עקב בעיות של זכויות יוצרים שהיו נתונות בידי גורמים רבים, ונדרש גם גורם מלווה בעל שיעור קומה תורני שיוכל לקבוע את אופי העבודה.
החל מתחילת שנות ה-80 נדפסו מספר מהדורות של חידושי רבי עקיבא איגר על הש"ס שהלכו לאורו של חזון זה. הוותיקה שבהן היא מהדורת "זכרון יעקב" שנדפסה בשנים תשמ"א-תשמ"ג בארבעה כרכים, וזכתה מאז למהדורות רבות.
מהדורה מורחבת מאוד, המקיפה גם התייחסויות שוליות יחסית של רע"א לסוגיה, החלה יוצאת לאור בשנת תש"ן בעריכת הרב שלמה אריאלי. במהדורה זו הוקדש כרך נפרד לחידושי כל מסכת, ולחלקן אף שני כרכים. פרויקט זה לא הסתיים, אך במסגרתו יצאו לאור חידושי רע"א למרבית המסכתות הנלמדות בישיבות. מהדורה נוספת בסגנון זה של חידושי רע"א לכל התלמוד הבבלי, בשם "תורת רבינו עקיבא איגר" יצאה בעריכת הרב דוד מצגר (מכון המאור, תשס"ה) ובה שישה כרכים.
"גיליון הש"ס".
רבי עקיבא איגר נהג לכתוב מהערותיו הקצרות לתלמוד על שולי גליונות הגמרא בה למד. הוא אף הוסיף ציונים ומראי מקומות לנושאים בעלי עניין הנוגעים להבנת הסוגיה המקומית, או למקומות הסותרים לה. הערותיו הופיעו בדפוס לראשונה בדפוס פראג של התלמוד הבבלי שנדפס בשנים תק"צ–תקצ"ה, בשם "הגהות ומראה מקומות מהג"מ עקיבא איגר אבד"ק פוזנא", ובשנים תקצ"ה–תרי"ד בתוספת מרובה בדפוסי התלמוד של דפוס ראם והורדנה, בשם שנתקבע מאז "גיליון ש"ס וילנא".
הערותיו כתובות בקצרה ובתמצות רב. רבי עקיבא איגר הסביר את מנהגו לכתוב בדיוק נמרץ, בכך ש. כדי להקל על המעיינים נדפס "גיליון הש"ס השלם", ספר ובו הטקסטים המלאים של המקורות אליהם מפנה רע"א בציוניו הקצרים. ישנה אף מהדורה מבוארת של גיליון הש"ס שנדפסה על מסכתות בודדות. רמיזותיו של רע"א בהערותיו אלו נחקרו בידי הרב חיים דוב שעוועל, ואת מחקרו פרסם חלקית בספרו "משנתו של הגאון רבי עקיבא איגר בגיליון הש"ס" על מספר מסכתות מסדר מועד בשנת תשי"ט (1959). הוא המשיך במחקרו על הערותיו של רע"א בכל סדר מועד, סדר נשים וחלק מסדר נזיקין, ופרסם מאמרים בעניין בכתב העת "הדרום". בשנת תשל"ב (1972) נדפס כרך שני של ספרו, ובו קובצו המחקרים על המסכתות המשלימות את סדר מועד.
רוב ההערות שב"גיליון הש"ס" מופיעות בצורה אחרת גם בכתביו האחרים והמפורטים יותר של רע"א, כמו "דרוש וחידוש". ולכן נהוג להשוותן כדי לעמוד על כוונתו המדויקת במקומות בהם קיצר מאד.
גיליון הירושלמי.
בשנת תשמ"א נדפסה בלונדון חוברת קטנה ובה "גיליון הירושלמי" של רבי עקיבא איגר, הגהות שרשם על שולי גיליונות סדר נשים של התלמוד הירושלמי בו למד. קדמו לפרסום זה חיפושים קדחתניים שעשו בעלי "דפוס האלמנה והאחים ראם" בשנת תרע"ג אחרי גיליונות אלו כדי לפרסמם במהדורת התלמוד הירושלמי שבהוצאתם. על פי בקשתם, פנה הרב ד"ר אברהם יצחק בלייכרודה, נינו של רע"א, באמצעות "אגודת משפחת איגר" לכל צאצאי רע"א כדי לאתר את עותק התלמוד הירושלמי שהיה ברשותו. חיפושים אלו עלו בתוהו. באחת מתשובותיו מצטט רע"א קטע מגיליון הירושלמי שלו בסדר נזיקין, אך כרך זה אבד ואין ידוע מה עלה בגורלו.
קושיות רבי עקיבא איגר.
רבי עקיבא איגר ידוע בחריפותו ובקושיותיו הלמדניות בעלות ההיגיון הרב, קושיותיו היו לשם דבר בבתי-המדרש והיוו אתגר מחשבתי לטובי הלומדים. רע"א אף "מקטלג" תוך כדי דיבור את רמת חומרתן של הקושיות: בסגנון כתיבתו מורה הסיומת "וצ"ע" - וצריך עיון, על שאלה חמורה שלא נתיישבה. ואילו הסיומת "וצע"ג" - וצריך עיון גדול, מורה על תמיהה רבתי היוצאת מגדר הרגיל. כאשר הוא מוסיף סיומת כמו "וה' יאיר עיני", השאלה נחשבת כבלתי פתירה.
לאור העיסוק הרב שהתפתח סביב קושיותיו, הופיעו גם ספרים המלקטים קושיות שלו שהונחו בלא מענה. בשנת תשמ"ב הדפיסו צאצאיו מכתב-ידו את הספר "קושיות עצומות" המכיל 1,401 קושיות, שרבות מהן לא הופיעו בכתביו שנדפסו עד אותה עת. ספרי קושיות אלו נכנסו בשלמותם, במידת האפשר, למאספים הנזכרים שנדפסו מתורתו של רע"א על סדר התלמוד.
כבר בשנת תרל"ו, כארבעים שנים בלבד לאחר פרסומם הראשון של ספרי "דרוש וחידוש", נפוצו קושיותיו של רע"א בבתי המדרשות, והיוו כר לחיבור תורני שעיקר עיסוקו בפתרון השאלות. הרב יששכר דוב הלטרכט מלוברנץ הוציא את ספרו "חזות קשות", . בשנת תרנ"ח הדפיס הרב יצחק צבי ארונובסקי בווילנה את ספרו "יד יצחק" כדי . בשנים תרס"ה-תרע"ב יצא לאור בירושלים ספרו של הרב בנימין רבינוביץ' "משנת ר' בנימין" אשר . בשנים תרצ"ד-תרצ"ז הדפיס הרב משה אברהם מוינשטר בברוקלין את ספרו "גנון והציל" וענינו . בשנת תשל"ט יצא בירושלים ספר בשם "חוסן ישועות", בשער הספר טוען המחבר, הרב אברהם זילברמן, כי הוא .
ניסיון נוסף ומתמשך נעשה על ידי הרב שמואל אהרן שזורי שהקדיש בירחונו "קול תורה" מדור קבוע בשם 'אשישו"ת' שיועד לתרץ בשיטתיות את קושיות רע"א בגיליון הש"ס.
הגהות וחידושים על ה"שולחן ערוך".