במאי 1986, הנשיא ברי נפגע בתאונת דרכים ליד מוגדישו, כאשר המכונית בה נסע התנגשה בחלקו האחורי של אוטובוס כתוצאה מגשם כבד. ברי סבל מפגיעת ראש, צלעות שבורות, והלם, והועבר לטיפול בבית חולים בסעודיה לתקופה של חודש. במהלך תקופה זו, לוטננט גנרל
מוחמד עלי סמטאר, סגן הנשיא, שימש דה-פקטו כראש המדינה למשך מספר חודשים.
על אף שברי הצליח להתאושש בצורה מספקת על מנת להציג פעם נוספת את מועמדותו כמועמד יחיד בבחירות לנשיאות סומליה שהתקיימו ב-23 בדצמבר 1986, לתקופת כהונה נוספת של 7 שנים, הבריאות הרופפת שלו וגילו המתקדם הובילו לספקולציות לגבי מי יירש אותו בשלטון. מועמדים אפשריים שנלקחו בחשבון כללו את החתן שלו, גנרל אחמד סולימאן עבדיל, שהיה באותו זמן שר הפנים, וכן את סגן הנשיא, הגנרל סמטאר.
במהלך תקופה זו, משטרו של ברי הפך פחות ופחות פופולרי בקרב הציבור הסומלי, ככל שיותר סומלים התרעמו על החיים תחת דיקטטורה צבאית. המשטר ספג מהלומה נוספת במהלך שנות ה-80, בשעה שהמלחמה הקרה התקרבה לסיומה, ומעמדה האסטרטגי של סומליה בעיני שתי מעצמות העל איבד מחשיבותו. במקביל, הממשלה הפכה ליותר ויותר טוטליטרית, והפגינה נכונות הולכת וגוברת להשתמש בכוח לצורך השגת מטרותיה.
במהלך תקופה זו, ההתנגדות העממית כלפי המשטר הצבאי במדינה הובילה להקמת מספר רב של תנועות התנגדות, שנתמכו על ידי ממשלת אתיופיה, התפתחות שהובילה בסופו של דבר למלחמת האזרחים הסומלית. בין קבוצות ההתנגדות שצמחו בתקופה זו ניתן למנות את חזית הישועה הדמוקרטית הסומלית (SSDF), הקונגרס הסומלי המאוחד (USC), התנועה הסומלית הלאומית (SNM), והתנועה הסומלית הפטריוטית (SPM).
מלחמת האזרחים הסומלית.
בעקבות ההתדרדרות המתמשכת במצב הפוליטי במדינה, וחוסר הנחת ההולך וגובר של אזרחי סומליה ביחס למשטר הצבאי, משטרו החד-מפלגתי ארוך השנים של ברי קרס בסופו של דבר בשנת 1991. הצבא הלאומי הסומלי התפרק מיוזמתו זמן קצר לאחר מכן, מה שהוביל לעליית כוחן של המליציות החמושות, שהשתלטו על חלק הארי של המדינה, תוך מאבקים בלתי פוסקים ביניהן, כאשר תושבי המדינה נלכדו פעמים רבות בתווך.
בעקבות התדרדרות המצב בסומליה, החלטה מס' 794 של מועצת הביטחון של האו״ם התקבלה פה אחד ב-3 בדצמבר 1992. ההחלטה אישרה את הקמתה של קואליציה של כוחות השלום של האומות המאוחדות, בהנהגת ארצות הברית, מה שהוביל להקמתו של כוח המשימה המאוחד (UNITAF). כוח המשימה נדרש לפעול לצורך ייצוב השטח ומתן אפשרות לקיום פעולות הומניטריות. הכוח נחת בסומליה בשנת 1993, והחל במבצע של שנתיים, אשר מטרתו הייתה לספק סיוע הומניטרי, בעיקר בדרום המדינה.
מבחינת מספר מיליציות אשר תפסו את השלטון במדינה לאחר התמוטטות משטרו של ברי, נוכחותם של חיילי האו"ם נתפסה כאיום על ההגמוניה שלהן בשטח. כתוצאה מכך, התקיימו מספר קרבות מקומיים, בעיקר במוגדישו, בין כוחות מיליציה חמושים וכוחות שמירת שלום של האו״ם. הקרב המפורסם מבין אלו היה הקרב על מוגדישו, ניסיון כושל של חיילי צבא ארצות הברית לעצור מקורבים למנהיג אחת המיליציות במדינה, מוחמד פרח איידיד. בעקבות ההתדרדרות המתמשכת במצב הביטחוני, חיילי האו"ם בסופו של דבר נסוגו לחלוטין מן המדינה ב-3 במרץ 1995, מה שהוביל לעלייה משמעותית במספר ההרוגים והפצועים בהתנגשויות בין המיליציות השונות.
היסטוריה עדכנית.
ממשלת המעבר הלאומית.
לאחר תקופה ארוכה של חוסר יציבות, בשנת 2000 עבד אל-קסים סלד חסן נבחר כנשיא החדש של ממשלת המעבר הלאומית (TNG), ממשל ביניים שנוצר במטרה להוביל את סומליה בדרך להקמת הממשל הרפובליקני השלישי בהיסטוריה של המדינה.
ב-10 באוקטובר 2004, בדיון שנערך במסגרת פרלמנט המעבר הפדרלי (TFP), עבדאללה יוסוף אחמד נבחר כנשיא של ממשלת המעבר הפדרלית (TFG), גוף מנהלי פדרלי זמני אותו הוא סייע להקים מוקדם יותר באותה שנה, לאחר שקיבל 189 קולות של חברי הפרלמנט. אחמד הושבע מספר ימים לאחר מכן, ב-14 באוקטובר 2004.
איחוד בתי הדין האסלאמיים וההתערבות האתיופית.
ב-2006, איחוד בתי הדין האסלאמיים (ICH), ארגון אסלאמי פונדמנטליסטי, השתלט על חלק ניכר מדרום המדינה, ומיד הכריז על הפיכת השריעה לחוק המדינה. בתגובה, ממשלת המעבר הפדרלית ביקשה לחדש את סמכותה באזור, ובסיוע מצד חיילים אתיופים, ובגיבוי האיחוד האפריקאי ותמיכה אווירית על ידי ארצות הברית, הממשלה הצליחה לגרש את הארגון מהשטחים שכבש, ולשקם את שלטונה באזור.
ב-8 בינואר 2007, נשיא ומייסד ממשלת המעבר הפדרלית, עבדאללה יוסוף אחמד, לשעבר קולונל בצבא הסומלי וגיבור מלחמה מעוטר, נכנסו למוגדישו בפעם הראשונה מאז שנבחר לתפקידו. הממשלה עברה לאחר מכן למושבה החדש במתחם וילה סומליה בעיר הבירה, במקום משכנה הזמני הקודם בבאידוא. התפתחות זו סימנה את הפעם הראשונה מאז נפילת משטרו של ברי ב-1991, שהממשלה המרכזית הסומלית שלטה ביותר ממחצית שטחה של סומליה רבתי.
בעקבות תבוסתו לכוחות הממשלה, ארגון בתי הדין האסלאמיים התפצל למספר פלגים שונים. במקביל, מספר ארגונים קיצוניים, כולל א-שבאב, נערכו מחדש כדי להמשיך את המאבק כנגד ממשלת המעבר, ונגד נוכחותו של הצבא האתיופי בסומליה. במהלך השנים 2007 ו-2008, א-שבאב השיג מספר ניצחונות צבאיים, והצליח להשיג שליטה על ערי מפתח ונמלים במרכז ובדרום סומליה. בסוף 2008, אל-שבאב הצליח לכבוש את באידוא, אבל מוגדישו נותרה בידי הממשלה. בחודש ינואר 2009, א-שבאב ושאר המיליציות הצליחו לכפות על החיילים האתיופים בשטח סומליה לסגת, מה שהותיר בשטח רק את כוח הסיוע מטעם ארגון אחדות אפריקה, כוח צבאי לא מאומן ומצויד בצורה דלה, לצדה של ממשלת המעבר.
בשל היעדר מימון, אמברגו נשק שהקשה על הקמתו מחדש של כוח ביטחון לאומי, ואדישות כללית מצד הקהילה הבינלאומית, הנשיא יוסוף נאלץ לפרוס אלפי חיילים מפונטלנד ועד למוגדישו לצורך ניהול המאבק כנגד המורדים בחלק הדרומי של המדינה. ממשלת האזור האוטונומי של פונטלנד נדרשה לסייע במימון פעילות זו, מה שהוריד את גובה הסכום שהממשלה המקומית יכלה להשקיע בכוחות הביטחון של פונטלנד עצמה, והדבר הותיר את השטח חשוף לארגוני טרור ולפעילותם של שודדי ים.
ב-29 בדצמבר 2008, עבדאללה יוסוף אחמד הכריז בפני הפרלמנט בבאידוא על התפטרותו ממשרת נשיא סומליה. בנאומו, ששודר ברדיו הארצי, יוסוף הביע צער על שלא הצליח לסיים את הלחימה במדינה, שנמשכה מזה שבע עשרה שנה, בהתאם למנדט שניתן לממשלתו. הוא גם הפנה אצבע מאשימה כלפי הקהילה הבינלאומית על חוסר נכונותה לתמוך בממשלה הפדרלית, ואמר כי יו"ר הפרלמנט ימלא את מקומו בתפקיד, כתלות באישורה של ממשלת המעבר הפדרלית.
ממשלת הקואליציה.
על מנת לחזק את שליטתה בדרום סומליה, הממשלה הפדרלית כרתה בחודש יוני 2008 ברית עם "החזית לשחרור מחדש של סומליה", מיליציה סונית שנחשבה מתונה יחסית. בתוך חודשים אחדים, ולאחר התפטרותו של הנשיא הקודם, נבחר נשיא חדש, שריף אחמד, מקרב אנשי ״החזית״, ועומר עבדיראשיד עלי שרמקה, בנו של הנשיא הנרצח עבדיראשיד עלי שרמרקה, נבחר כראש הממשלה החדש של המדינה.
בעזרתו של כוח צבאי מצומצם מטעם האיגוד האפריקני, כוחות הממשלה הפדרלית פתחו במתקפה רחבה כנגד המורדים במהלך פברואר 2009, במטרה להשיג שליטה מלאה על מחציתה הדרומית של הארץ. כדי לחזק את שליטתו בדרום סומליה, כרת הממשל המרכזי ברית עם "איחוד בתי הדין האסלאמיים" וחלקים נוספים של הברית לשחרור מחודש של סומליה. כמו כן, א-שבאב. וחזב אל-אסלאם, שתי קבוצות המורדים האסלאמיות המרכזיות, הסתכסכו בינן לבין עצמן באמצע 2009.
בחודש מרץ 2009, בניסיון לפייס את המורדים האסלאמיים, הודיעה ממשלת סומליה כי היא תכפיף מחדש את מערכת המשפט במדינה לחוקי השריעה. אולם העימות המזוין בדרום המדינה ובמרכז המשיך, ובתוך מספר חודשים, ממשלת סומליה, ששלטה בסוף 2008 בכ-70% משטחי דרום-מרכז סומליה, איבדה שליטה על מעל ל-80% מהשטחים המצוים בסכסוך לידי מורדים אסלאמיים.
ב-14 באוקטובר 2010 מונה מוחמד עבדאללה מוחמד לראש ממשלתה החדש של סומליה במקומו של עומר עבדירשיד עלי שארמארק. מוחמד צמצם את גודלה של ממשלת סומליה ל-18 שרים בלבד, לעומת ממשלה בת 39 שרים בעת כהונת קודמו בתפקיד. שר האוצר ושר המסחר והתעשייה היו היחידים מן הממשלה הקודמת אשר המשיכו בתפקידם הממשלתי.
במהלך 50 ימיה הראשונים, ממשלתו החדשה של מוחמד העבירה תשלום לחיילי הממשלה, ויזמה רישום ביומטרי מלא עבור החברים בכוחות הביטחון, בתוך פרק זמן של ארבעה חודשים. הממשלה גם מינתה ועדת חוקה מיוחדת, שכללה עורכי דין, אנשי דת, ומומחים בתחום התרבות הסומלית מכל רחבי המדינה, לצורך ניסוח חוקה חדשה למדינה.
בנוסף, משלחות פדרליות נשלחו לצורך פתרון סכסוכים שונים במספר אזורים במדינה. לדברי ראש הממשלה, ובמטרה להרחיב את השקיפות, שרי הקבינט נדרשו להצהיר על הנכסים העומדים לרשותם, ולחתום על הצהרת קוד אתי.
במטרה לנטר מקרוב יותר את פעילותם של נבחרי הציבור, ולהילחם בשחיתות במדינה, הממשלה הקימה גם ועדת אנטי-שחיתות חדשה, עם הסמכות לנהל חקירות רשמיות. כמו כן, נאסר על חברי הממשלה לנסוע לנסיעות לא הכרחיות לחו"ל, וכל הנסיעות מטעם חברי הממשלה דרשו כעת את הסכמתו של ראש הממשלה.
בגזרת המלחמה, הממשלה החדשה הצליחה להשיג שליטה על כ-60% מבירת המדינה מוגדישו, היכן שכ-80% מהאוכלוסייה בעיר מתגוררת.
ב-19 ביוני 2011, מוחמד עבדאללה מוחמד התפטר מתפקידו כראש הממשלה של סומליה. עבדואלי מוחמד עלי, השר לתכנון ולשיתוף פעולה בין-לאומי לשעבר, מונה לאחר מכן כראש הממשלה החדש.