בנו של פאמאנאהאן, פאנמבאהאן סנאפאטי אינגאלאגה, ירש את מקומו של אביו בשנת 1584 בקירוב. תחת שלטונו הממלכה גדלה באמצעות מלחמות צבאיות רגילות נגד השכנים ממאטאראם. לדוגמה, זמן קצר לאחר עלייתו לשלטון הוא כבש את פאג'אנג, ששליטיה היו הפטרונים של אביו.
משטרו של פאנמבאהאן סדה אינג קראפייאק (1601 – 1613), בנו של סנאפאטי, אופיין בעיקר במלחמות נוספות, ובייחוד זאת שהתנהלה נגד סוראבאיה החזקה, שהייתה כוח חשוב במזרח ג'אווה. הקשר הראשון בין מאטאראם וחברת הודו המזרחית ההולנדית היה בזמן שלטונו של קראפייאק. הפעילות ההולנדית באזור באותה התקופה הוגבלה לסחר מאזורי חוף מצומצמים, כך שהקשר שלהם עם ממלכת מאטאראם שהייתה בפנים הארץ היה מוגבל, על אף שכן הייתה ביניהן ברית נגד סוראבאיה ב-1613. קראפייאק מת באותה שנה.
את מקומו של קראפייאק ירש בנו, שתעודות עתיקות מג'אווה מכנות אותו רק בשם סולטאן אגונג (במאלאית : "הסולטאן העליון"). אגונג היה אחראי היה אחראי להתפשטות הגדולה ולממצאים ההיסטוריים של מאטאראם ששרדו עד היום, וזאת בעקבות מסעי כיבוש צבאיים נרחבים שהוא ניהל במהלך שנות שלטונו (1613 – 1646).
לאחר מספר שנים של מלחמה, הצליח אגונג לכבוש את סוראבאיה לבסוף. העיר נכבשה לא באמצעות מתקפה צבאית ישירה, אלא בעקבות המצויר היבשתי והימי שאגונג הטיל עליה, מה שגרם לה להיכנע כתוצאה מהרעב. כאשר סוראבאיה הפכה לחלק מהאימפריה, ממלכת מאטאראם כללה את כל מרכז ומזרח ג'אווה, והאי מאדורה; האזורים היחידים שנשארו מחוץ לשליטתו של אגונג היו באנטן במערב האי והיישובים ההולנדיים בבאטאביה. במהלך שנות ה-20 וה-30 של המאה ה-17 הוא ניסה פעמים רבות לגרש את ההולנדים מבאטאביה, אולם הצבא שלו היה שווה בעוצמתו לכוחות היריבים, והוא נאלץ לחלוק בשליטה על ג'אווה.
ב-1645 החל אגונג לבנות את אימוג'ירי, ארמון הקבורה שלו, במרחק של כ-15 קילומטרים דרומית ליוגיאקארטה. אימוגירי נותרה מקום הקבורה של רוב משפחת המלוכה של יוגיאקארטה וסוראקארטה עד ימינו. אגונג מת באביב 1646, כאשר הוא הבין שהמצב שבו הוא בלתי מנוצח לא קיים עוד בעקבות הפסדיו להולנדים, אולם למרות זאת הוא הותיר אחריו אימפריה ששלטה ברוב ג'אווה ובאיים שכנים.
ברגע שבנו של אגונג, סוסוהונאן אמאנגקוראט ה-1, ירש את הכתר, הוא ניסה לייצב לטווח הארוך את מאטאראם, ורצח מנהיגים מקומיים מובילים שלא היו מספיק נאמנים לו. בנוסף, הוא סגר מספר נמלי ים על מנת שתהיה לו שליטה יותר הדוקה על הסחר עם ההולנדים.
באמצע שנות ה-70 של המאה ה-17 חוסר שביעות הרצון מהמלך הפך למרד של ממש, שהתחיל בשולי הממלכה והתקדם פנימה. ראדן טרונאג'איה, נסיך ממאדורה, הוביל כוח של לוחמים ממאקאסאר שכבשו את ביתו של המלך במאטאראם באמצע 1677. המלך נמלט לחוף הצפוני עם בנו הבכור, המלך לעתיד אמאנגקוראט ה-2, והשאיר את בנו הצעיר יותר פאנגראן פוגר במאטאראם. ככל הנראה הוא היה מעוניין יותר ברווחים ובנקמה מאשר בניהול האימפריה, המורד טרונאג'איה בזז את ביתו של המלך וחזר למזרח ג'אווה, לאחר שהשאיר את פוגר כשליט חסר כוח.
אמאנגקוראט ה-1 מת זמן קצר לאחר גירושו, מה שהפך את אמאנגקוראט ה-2 למלך ב-1677. גם הוא היה חסר אונים, וברח מבלי שלקח איתו צבא או אוצר כדי לבנות צבא. בניסיון להשיג מחדש את הממלכה שלו, הוא ויתר במספר עניינים להולנדים, שיצאו למלחמה כדי להשיב אותו לכיסאו. עבור ההולנדים, יציבותה של אימפריית מאטאראם שתהיה בעלת חוב כלפיהם יעזור להבטיח את המשך הסחר המקומי שלהם בתנאים מועדפים. הם היו מוכנים לעשות שימוש בצבא שלהם על מנת לשמור על שלמות הממלכה. הכוחות ההולנדיים כבשו קודם את טרונאג'איה, ואז כפו על פוגר להכיר בריבונות של אחיו הבכור, אמאנגקוראט ה-2.
התקופה הקולוניאלית.
החל מהמאה ה-16 החלו להגיע לאזור קבוצות של אירופאים – פורטוגלים, ספרדים, הולנדים ובריטים – שחיפשו דרך לשלוט על סחר התבלינים באתרי המוצא שלו (הודו ואיי מלוקו שבאינדונזיה). משמעות הדבר הייתה שהיה צורך למצוא דרך לאסיה שתעקוף את ונציה שעל חוף הים התיכון שהייתה בשליטה של המוסלמים שניצלו זאת ויצרו מונופול על סחר התבלינים. סיבה נוספת לרצון לשלוט בסחר התבלינים היה מחירם הגבוה, וכיוון שהם היו מבוקשים מאוד על מנת לתבל ולשמר באמצעותם אוכל, כמו גם כחומרי עזר בהכנת תרופות ושיקויים.
הגעת האירופאים לדרום-מזרח אסיה נחשבת לרוב כנקודת מפנה בהיסטוריה של האזור. מספר מלומדים אחרים חולקים על השקפה זו, וטוענים שההשפעה האירופאית במהלך ראשית המאה ה-16 והמאה ה-17 הייתה מצומצמת הן מבחינת האזור והן מבחינת עומק ההשפעה. טענה זו מתבססת בעיקר על כך שאירופה לא הייתה האזור הכי מתקדם או הדינמי של העולם בראשית המאה ה-15. בתקופה זו הכוח העולמי העולה היה האסלאם; ב-1453, לדוגמה, הטורקים העות'מאנים כבשו את קונסטנטינופול, בעוד שהאסלאם המשיך להתפשט באינדונזיה ובפיליפינים. ההשפעה האירופאית, ובייחוד ההולנדית, לא תגרום לשינויים מרחיקי לכת באינדונזיה עד המאה ה-18 והמאה ה-19.
הפורטוגלים.
למרות הנאמר לעיל, האירופאים ביצעו מספר התקדמויות טכנולוגיות; יכולתם של הפורטוגלים בניווט, בניית ספינות וכלי נשק אפשרה להם לערוך מסעות מחקר למרחקים ארוכים. הם צצו לראשונה באינדונזיה בשנת 1505. משלחת המחקר שהגיעה אל מלאקה בשנת 1509, הסתבכה בקרב והותירה שם שבויים. מלאקה נכבשה ב-1511, הפורטוגלים הגיעו לאינדונזיה על מנת לשלוט במקורות של התבלינים יקרי הערך ועל מנת להגביר את הפעילות המיסיונרית של הכנסייה הקתולית. מאלוקו הורכבה ממגוון אזורים מנהליים וממלכות באותה תקופה שנלחמו לעיתים תכופות אחת עם השנייה אבל הצליחו לשמור על קשרי סחר פנימיים ובינלאומיים. הן באמצעות כיבושים צבאיים וכריתת בריתות עם שליטים מקומיים, הפורטוגלים ייסדו עמדות סחר, מבצרים, ומיסיונים במזרח אינדונזיה כולל באיים טרנאטה, אמבון, וסולור. אולם, שיא הפעילות המיסיונרית של הפורטוגלים היה בשלהי המאה ה-16, לאחר שהם הפסיקו את מסע הכיבושים בארכיפלג ולאחר שהם הסיטו את האינטרסים שלהם אל יפן, מקאו וסין. כמו כן, גורם נוסף היה העניין בסחר הסוכר בברזיל וסחר העבדים באוקיינוס האטלנטי.
הנוכחות הפורטוגלית באינדונזיה הצטמצמה לסולור, פלורס וטימור בנוסה טנגארה של ימינו, בעקבות תבוסתם ב-1575 בטרנאטה על ידי הטרנאטיאנים המקומיים, הכיבושים ההולנדים באמבון, מלוקו ובאנדה, וכישלון כללי בשמירת השליטה על הסחר באזור. כאשר משווים זאת לרצון הפורטוגלי המקורי לשלוט בסחר האסייתי, ההשפעה שלהם על התרבות האינדונזית הייתה קטנה: חוברו מספר בלדות לגיטרה, נכנסו לשימוש מספר מילים שתיארו את תפקידה של הפורטוגזית לצד המאלאית כשפה המדוברת בארכיפלג, וכן מספר שמות משפחה שנעשו נפוצים באזור.
התוצאה המשמעותית ביותר של הגעת הפורטוגלים לאזור הייתה ההפרעה והפרת הארגון של רשת הסחר, בעיקר בגלל כיבוש מלאקה. תוצאה חשוב נוספת הייתה "שתילת" הנצרות באינדונזיה. במזרח אינדונזיה ישנן קהילות נוצריות שקיימות עד היום, ודבר זה תרם לתחושה של אינטרס משותף עם האירופאים, ובייחוד בקרב האמבונזים.
הספרדים באיי מאלוקו ובאי סיאו ומאבקיהם עם פורטוגזים והולנדים.
פרדיננד מגלן, שהיה פורטוגזי במוצאו, הפליג בשרות ספרד להקיף את כדור הארץ בשיט בשנת 1519, ואף על פי שנהרג בפיליפינים ב-27 באפריל 1521 הגיעו הנותרות מספינותיו אל טידורה וג'אילולו הלמהרה וקנו שם טון צפורן, תבלין שהיה אז בעל ערך עצום וקשרו בריתות עם הסולטאנים שם. המטען שהגיע אל ספרד, סייע למלך הספרדי להשיב לעצמו את הוצאות המסע שמימן, החל מ-1522. ספרד המשיכה להאבק בפורטוגל בשטח איי מאלוקו גם ב-1522, 1527 ו-1528. חוזה סרגוסה משנת 1529 זיכה את פורטוגל באיי מאלוקו ולכן שלמה פורטוגל לספרד על פי החוזה 350,000 דוקאטים מזהב כדי שתוותר ספרד על זכויותיה המסחריות במאלוקו. אלא שלא היה די בזה כדי לסלק את הספרדים משם. חייליהם שהו ברצף בשנים 1527–1534 ושוב ב-1544–1545 במאלוקו מתוך מחשבה לסחור עם האיים שלא כבשה פורטוגל. בשנת 1545 נכנעו אנשיו של הספרדי וילאלובוס לפורטוגלים.