בניסיון לשפר את המצב, נשלח זיגמונט איגלה לוורשה, בסיועו של יצחק צוקרמן, מפקד אי"ל, כדי להתלונן במפקדת הארמייה קריובה, אולם הוא לא קיבל מהם הבטחה לבלום את פעילותם העוינת של לוחמי המחתרת נגד הלוחמים היהודים. גם שמחה רותם (קז'יק) קיבל הוראה מיצחק (אנטק) צוקרמן להיפגש עם נציגי ארמייה קריובה באזור וישקוב. זאת במטרה להסדיר את היחס העוין של חברי המחתרת הפולנית לפרטיזנים היהודים ולבטל את ההתנכלויות מצידם כלפי חברי אי"ל. קז'יק הציג עצמו בפגישה עם המפקד המקומי של ארמייה קריובה כחבר של המחתרת בוורשה שפועל 'על דעתם ומטעמם' והסביר שמפקדת ארמייה קריובה מעוניינת בשלומם של חברי אי"ל והוא גם הוכיח אותם על מעשיהם בעבר כלפי חברי אי"ל. קז'יק קיבל את הרושם שהוא הצליח בשליחותו, שכן נציג המחתרת הבטיח שיעשה הכל למען ביטחונם ושלומם של הפרטיזנים חברי אי"ל וביקש מחברי אי"ל להימנע מלהתנכל לאיכרים בסביבה.
העניינים נרגעו לזמן-מה, מה שיצר הרגשת ביטחון לפרטיזנים היהודים, אבל העוינות של חברי ארמייה קריובה לפרטיזנים היהודים לא התפוגגה. כך פלוגת מרדכי גרובאס שיתפה פעולה עם לוחמי הארמייה קריובה בפעולת חבלה ברכבת גרמנית ביולי 1943, אך בשלב מסוים נעלמו עקבותיהם, ויש חשש מבוסס שהם נרצחו בסיום הפעולה על ידי אנשי הארמייה קריובה. הלוחמים היהודים שנרצחו הם: גרובאס מרדכי, ארבוז חיים, טאסנקרויט ברל, זנדמאן אברהם, פוטרליך חגית, קרוטקי ישראל, יוגנהייזר יולק ולבסקי איז'ו. יצחק צוקרמן כתב: "אחת מפלוגותינו חוסלה בידי ארמייה קריובה. הוכחתי זאת למפקדה הצבאית של הארמייה קריובה... היו לי לכך כל הנתונים והמסמכים..."
בשלב מאוחר יותר, מפקד ארמייה קריובה בפולין, תדיאוש בור קומורובסקי, כתב שפרטיזנים יהודים באזור וישקוב הם בחסות ארמייה קריובה. מכתב זה נשלח על ידי יצחק צוקרמן. ייתכן שמכתב זה מנע רצח פרטיזנים יהודים על ידי אנשי ארמייה קריובה, אבל החשיד פרטיזנים יהודים בעיני פרטיזנים סובייטים.
נפילת לוחמים בקרב עם הגרמנים בבית היערן ובמצוד באזור נהר הבוג.
ב-1 בספטמבר 1943 הוטל על קבוצה בת 12 לוחמים, בפיקודו של יאנק שוורצפוס, לפוצץ רכבת גרמנית בתחנת הרכבת אורלא כ-60 ק"מ מוורשה, על הדרך לתחנת הרכבת במלכיניא. "הייתה זו אולי הפעולה הגדולה והנועזת ביותר שביצעה היחידה ע"ש מרדכי אנילביץ, כתוצאה מהפעולה נהרסה רכבת צבאית גרמנית עמוסת תחמושת ונהרגו חיילים גרמנים רבים שהיו בדרכם מזרחה". לאחר ביצוע הפעולה, הסתתרו הלוחמים בביתו של שומר יער פולני ליד הכפר קרבצובינזנא. שוורצפוס שלח שני לוחמים לסייר ולהעריך את תוצאות הפעולה, ובאותה העת אשתו של שומר היער הצליחה להתחמק מהבית ולהזעיק את המשטרה הגרמנית. המשטרה הגיעה, הקיפה את הגורן שבו נמצאו הלוחמים, התפתח קרב בין הלוחמים והמשטרה הגרמנית ובמהלכו נהרגו כל 12 הלוחמים, ובהם יאנק שוורצפוס, גוטה טייכלר ומיכאל רוזנפלד, וכן בתו של שומר היער שהוחזקה על ידם כבת ערובה. על פי מקורות פולניים, לגרמנים היו שני הרוגים ושלושה פצועים באירוע זה.
לאחר כל פעולה של הפרטיזנים, ערכו הגרמנים מצוד על יחידות הפרטיזנים, בסיוע התושבים המקומיים שהלשינו והסגירו אותם. במצוד שערכו הגרמנים על נהר הבוג נפלו לוחמים יהודים נוספים מהיחידה: גוטשטאט ציפורה, יושקביץ' אפרים, ליטמן יוסף, סטולק אברהם, קירשנבוים רחל, רוטמן צבי.
מעבר לוחמים לוורשה ונפילתם בקרב.
דוד נובודבורסקי הבין בסוף יוני/ראשית יולי 1943, שבתנאים של הגברת הלחץ הצבאי הגרמני, מזה ועוינות גלויה של חברי הארמייה קריובה לפרטיזנים היהודים, מזה, לא ניתן לפעול באזור כפרטיזנים. לכן החליט לרכז את שרידי הלוחמים ולארגנם מחדש במקום אחר. ייתכן שרצה ליצור קשר עם יחידות פרטיזניות גדולות ואף להצטרף אליהן, או שרצה להגיע להונגריה שהייתה אז מדינה בטוחה יחסית ליהודים. חברי הקבוצה תעו בדרכם ופגשו אחד מהפולקסדויטשה שחיו באזור שהזעיק את הגרמנים. בקרב נהרגו כל הלוחמים: נובודבורסקי דוד, חברתו שפירשטיין רבקה, דמבינסקא דורקה, קליינוויס חנוך, רומנוביץ' ישראל ושימק שנטל. כאשר נודע לפרטיזנים היהודים ביער וישקוב על מותו של דוד, שהיה ממפקדי המרד בגטו, התגנב לליבם דיכאון וייאוש על כך שהוא נטש את דרך המאבק המשותף וחיפש פתרון אחר לעצמו. "האם חש שאין סיכוי למאבק הפרטיזני?".
כמה לוחמים שחזרו מווישקוב לוורשה, עברו לדירת מסתור ברחוב פרוזנה 14 פינת טוורדה 6. בעקבות הלשנה נתפס המקשר היהודי על ידי הגסטפו, עונה קשות ובכיסו נמצאה רשימה עם כתובות חברים ומקומות מחבוא וכך גילה הגסטאפו את הדירה ברחוב פרוזנה 14. בקרב עם הגרמנים נהרגו איגלה זיגמונט משה, פיינגנבלט יעקב וקאבאנוקי גוטה.
לוחמים אחרים חזרו לוורשה, הסתתרו בה תקופה ממושכת. חלקם השתתפו במרד הפולני בחודשים אוגוסט-ספטמבר 1944 ונפלו במהלכו, וביניהם ארליך אליהו וברלינסקי הירש.
היחידה בסיום המלחמה.
עקב האבדות ועזיבת לוחמים, היחידה התפוררה בהדרגה ומהקבוצה המקורית נותרו 13 לוחמים. אלה המשיכו לבצע פעולות נגד הגרמנים ביערות וישקוב והשאירו כרוזים במקומות שבהם פעלו, שהפעולה בוצעה על ידי "היחידה הפרטיזנית היהודית על שמו של אנילביץ'". אחרים הצטרפו לאחר זמן לפרטיזנים סובייטים, שהתחילו להופיע באזור. כאשר "הצבא האדום" שחרר את האזור באוגוסט 1944, נותרו 15-10 לוחמים יהודים, שקיימו קשר חלקי עם ורשה. הם נחשדו בשיתוף פעולה עם הגרמנים והועמדו למשפט בפני בית דין של ה-נ.ק.וו.ד., אבל למזלם הקצין הרוסי שנשלח לחקור אותם היה יהודי, שהציל אותם וגייס אותם כמתורגמנים בשירות המודיעין הרוסי. בתום המלחמה שרדו 20-10 לוחמים יהודים מהיחידה.
הנצחתם של הלוחמים היהודים.
בבית העלמין אוקופובה בוורשה הוקמה אנדרטה לזכרם של הלוחמים מהיחידה הפרטיזנית ע'ש אנילביץ' שנפלו בבית היערן. האנדרטה כוללת סלע גרניט ועליו נחצבה הכתובת: "פה טמון אפרם של הגיבורים הלוחמים מגטו ורשה, הפרטיזנים של היחידה על שמו של מ. אנילביץ'". על 12 לוחות קטנים חרוטים השמות או הכינויים של הלוחמים: יאנק שוורצפוס ביאלה ["הלבן"], מיכאל רוזנפלד ביאלה ["הלבן"], יואל יונגר, איציק יאנקלביץ', יוזף פפיר, שמוליק יושקוביץ', סטפן, רחל'קה, אדק, טולה רבינוביץ, חיים צירניקה, רות'קה.
הערכת פעילותם של הפרטיזנים היהודים.
ההיסטוריון ישראל גוטמן הסביר את העובדה שהלחימה הפרטיזנית היהודית בפולין הייתה בהיקף מוגבל על ידי הגורמים הבאים: ראשית, יערות דלילים במרכז פולין, יחסית למזרח. שנית, המחתרת הפולנית החזקה, ארמייה קריובה, שפעלה בחסות הממשלה הפולנית הגולה, העדיפה להתרכז בהכנות ללחימה נגד הכובש הנאצי בשלבים הסופיים של הלחימה. לכן היא לא עודדה יהודים לצאת ליערות וברוב המקרים מפקדיה לא היו מוכנים לקבל יהודים אל שורותיהם. אומנם היו חברי ארמייה קריובה שהגנו על יהודים ביערות, אבל האנטישמיות הייתה נפוצה בקרב חברי הארגון והיא התבטאה גם ברצח של יהודים שברחו ליערות. שלישית, התנועה הפרטיזנית בגנרלגוברנמן הייתה דלה בשנים 1943-1942 כאשר מסע הרצח של היהודים בגטאות היה בעיצומו. לכן כאשר גברה התנועה הפרטיזנית באזור לאחר מכן, כבר לא נותרו יהודים במרבית הגטאות.
לדבריו, הקומוניסטים הפולנים היו נוחים יותר ליהודים, שכן הם רצו לפתוח במאבק מיידי נגד הגרמנים, כדי להקל את הלחץ הצבאי הגרמני על "הצבא האדום", והם מצאו ביהודים שותפים טבעיים למהלך כזה. בנוסף, יהודים קיימו קשרים אמיצים עם קומוניסטים ואנשי שמאל פולנים עוד לפני המלחמה. הפעילות הפרטיזנית הקומוניסטית החלה באמצע 1942 והתרחבה באופן משמעותי במהלך 1943. הם היו מוכנים לקלוט אל שורותיהם יהודים, כפי שהיה ביחידה של חברי אי"ל ביערות וישקוב, אבל הקפידו ששיעור היהודים לא יהיה גבוה מדי, כדי שלא יטענו שהם ארגון יהודי. בפועל, ליהודים היה חלק חשוב בגיבוש הכוח הפרטיזני ביוזמת הקומוניסטים, הארמייה לודובה, ויהודים רבים מילאו תפקידי פיקוד במחתרת זו. מתוך כ-25 אלף פולנים שפעלו בשתי המחתרות באזור הגנרלגוברנמן, רק כ-2,000 יהודים זכו להילחם עם נשק ביד. עוד כ-3,000 איש שוטטו ביערות ובכפרים. מנגד, עשרות אלפי יהודים נתפסו, נרצחו או נספו ביערות.