ב-1812 נערכה החקירה היסודית הראשונה על מערכת הנידונים באוסטרליה על ידי ועדה של בית הנבחרים הבריטי בנוגע להגליה, ובה קיבלה מדיניותו הליברלית של מקווארי תמיכה. עם זאת, הוועדה הייתה סבורה שיש להנפיק מעט יותר "כרטיסי שחרור" (Ticket of leave) והתנגדה לכך שלמושל תהיה סמכות חנינה. הוועדה סיכמה שהמושבה צריכה להיות משגשגת ככל האפשר כדי שתספק עבודה לנידונים ותעודד אותם להפוך למתיישבים לאחר סיום ריצוי עונשם.
פיתוח המושבה.
בביקור שערך בהובארט שבטסמניה בנובמבר 1811 קיבל מקווארי פניה על מצבה הרעוע של העיירה והורה למודד הממשלתי ג'יימס מיהאן, להכין מתאר מסודר של הרחובות בעיירה. במהלך זה הונחו היסודות למבנה מרכז העיר של הובארט הקיים עד היום.
מקווארי דאג להנפקת מטבע רשמי לשימוש באוסטרליה. בשנים הראשונות לקיומה של ניו סאות' ויילס היו מטבעות זרים בשימוש שכיח, אך רובם הגיעו למושבה כתוצאה מהמסחר עם ספינות סוחר שפקדו אותה. כדי להבטיח אספקה אמינה של מטבעות למושבה, רכש מקווארי ב-1812 40,000 מטבעות של דולר ספרדי ומסר אותם לאחד הנידונים שנענש על מעשי זיוף כסף בשם ויליאם הנשול כדי שיחורר את החלקים המרכזיים של המטבעות ויטביע מסביבם הטבעה שתאפיין אותם כשייכות לניו סאות' ויילס ותהפוך אותם לחסרות ערך במקומות אחרים. על המטבע החדש הוכרז בעיתון "סידני גזאט ב-10 ביולי 1813, כולל אזהרות על זיוף או הוצאת המטבעות אל מחוץ למושבה עם עונש של שבע שנות עבודה במכרות של ניוקאסל על עבירות אלו.
תום המלחמות הנפוליאוניות ב-1815 הוביל לשטף מחודש הן של נידונים והן של מתיישבים לניו סאות' ויילס, שכן נתיבי השיט נפתחו ושיעורי האבטלה והפשע בבריטניה גברו. מקווארי ניצב בפני גידול מהיר באוכלוסיית המושבה ובפעילות הכלכלית שלה. בעת עזיבתו ב-15 בפברואר 1822 הגיע מספר התושבים הלבנים במושבה לכמעט 37,000 איש.
רפורמטור וחוקר.
הציר המרכזי של מדיניותו של מקווארי הייתה טיפולו בנידונים המשוחררים, שהיו נידונים שריצו את עונשם או שהוענקו להם חנינה או שחרור על תנאי. ב-1810 כבר עלה מספרם של הנידונים המשוחררים במושבה על מספרם של המתיישבים החופשיים, ומקווארי נתן את הטון בהקשר זה כאשר מינה נידונים משוחררים למשרות ממשלתיות, כמו פרנסיס גרינווי שמונה לאדריכל המושבה וויליאם רדפרן שמונה כרופא המושבה. הוא עורר את חמתם של המתיישבים החופשיים כאשר מינה את הנידון המשוחרר אנדרו תומפסון כשופט שלום, וכאשר הזמין נידונים משוחררים למסיבת תה בבית המושל. מנגד, דרש מקווארי מהנידונים לשעבר לתקן את דרכיהם. הוא קבע שעליהם להשתתף באופן קבוע בתפילות בכנסייה, ובמיוחד עודד את עריכתם של טקסי נישואים דתיים.
מקווארי היה נותן החסות הגדול ביותר של מסעות החקר של המושבה עד זמנו. ב-1813 הוא הסמיך את גרגורי בלקסלנד , ויליאם ונטוורת' וויליאם לאוסון לצאת למסע החצייה המוצלח של ההרים הכחולים, שמעבר אליהם הם גילו את המישורים הפנימיים הגדולים. שם הוא הורה על הקמתה של בת'רסט, העיר הראשונה שהוקמה בפנים היבשה של אוסטרליה. הוא מינה את ג'ון אוקסלי כמודד הראשי ושלח אותו למסעות חקר במעלה החוף של ניו סאות' ויילס ואל פנים היבשת כדי לאתר נהרות חדשים ושטחי התיישבות חדשים. אוקסלי גילה את אזורי הנהרות הצפוניים וניו אינגלנד שבניו סאות' ויילס ובשטחים שכיום מהווים את קווינסלנד הוא חקר את האזור בו שוכנת כיום העיר בריזביין.
מתאר הרחובות הנוכחי של מרכז העיר סידני מבוסס על תוכנית שאת הכנתה יזם מקווארי. הבניינים היוקרתיים ביותר במושבה נבנו ברחוב מקווארי שבעיר, וכמה מאלה ניצבים בו עד היום. הבניין ששרד כ"בית החולים רום" משמש כיום כפרלמנט של ניו סאות' ויילס . ככל הנראה תוכנן הבניין על ידי מקווארי עצמו, בשיתוף פעולה עם רעייתו. המרפסות המקורות הרחבות של הבניין שאבו את ההשראה לבנייתן מההיכרות של מקווארי עם האדריכלות הקולוניאלית האנגלית בהודו. האורוות שתוכננו בקפידה על ידי מקווארי לבית המושל הם כיום חלק מהמבנה המודרני שבו שוכן הקונסרבטוריון למוזיקה של סידני. שני המבנים הללו נבנו על ידי מקווארי כהתרסה להוראת ממשלת בריטניה לא להקים מבני ציבור יקרים מדי במושבה. ושיקפו את המתחים בין חזונו של מקווארי על סידני כעיר בעלת סגנון אדריכלות ג'ורג'יאני, לבין חזונה של ממשלת בריטניה למושבה כשטח מוזנח עבור הנידונים שעלות הקמתה ואחזקתה תהיה נמוכה ככל האפשר.
רפורמה יסודית נוספת שיזם מקווארי באוגוסט 1820, זמן קצר לפני שובו לאנגליה, הייתה כאשר הוא הורה שכל התנועה במושבה תנוע בצד שמאל של הרחובות.
מקור השם "אוסטרליה" קשור באופן הדוק למקווארי. שם המדינה אוסטרליה, כפי שהוא ידוע כיום, הוצע על ידי חוקר הארצות וקצין הצי מתיו פלינדרס, אך השימוש הרשמי הראשון בו נעשה באיגרת רשמית שנשלחה על ידי מקווארי ב-1817.
מדיניותו של מקווארי, במיוחד תמיכתו בנידונים המשוחררים והקצאת כספי הממשלה לעבודות ציבוריות, עוררה התנגדות הן במושבה והן בלונדון, שם הממשלה ראתה עדיין בניו סאות' ויילס כמושבת עונשין. הכרזתו במכתב לשר המושבות, ש"שמתיישבים חופשיים באופן כללי... הם ללא ספק האנשים הבלתי מרוצים ביותר בארץ" וש"נידונים משוחררים, או אנשים שזכו בחירותם כמשרתים חוזיים, היו במקרים רבים התיאור הטוב ביותר למתיישבים", שימשה במידה רבה נגדו.
על אף התנגדות מצידה של ממשלת בריטניה, עודד מקווארי את הקמתו של הבנק הראשון במושבה ב-1817, "בנק ניו סאות' ויילס" הקיים עד היום.
יחסי האבוריג'ינים והמתיישבים.
יחסו של מקווארי כלפי האבוריג'ינים כלל שיתוף פעולה לצד הטמעה, שגובו בכפייה צבאית. כאשר הוא טיפל בשבטים ידידותיים, הוא פיתח אסטרטגיה לפיה הוא מינה "ראשי שבטים" שיהיו אחראים על כל אחד מהם, ושהיו מזוהים על ידי ענידת טבלת חזה עשויה מנחושת שבה נחרתו שמו של ראש השבט ותוארו. אף על פי שהייתה זו שיטת משא ומתן אירופאית אופיינית, היא לעיתים קרובות לא שיקפה את המעמד האמיתי של זקני השבט. מקווארי גם היה חלוץ התפישה של השבת הקרקעות לשליטת האבוריג'ינים, בתחילה באזורים שסביב לברוקן ביי וג'ורג'ס הד .
ב-1814 ייסד מקווארי את מכון פאראמטה לחינוך ילדי האבוריג'ינים. ילדי האבוריג'ינים למדו בבית הספר, לעיתים בכפייה, וגודלו על פי ערכי החינוך והתרבות האירופאים. אף על פי שהיחס לילדים בבית הספר היה סביר, מצביעים סוציולוגים מודרניים שלימודיהם הכפויים והחינוך האירופאי החברתי שהם ספגו בעקבות כך היו ניסיון מודע לצמצם את ההשפעה של תרבותם בעתיד. היסטוריונים מודרניים זיהו את לקיחתם בכוח של הילדים אל בתי הספר כגורם לפרוץ עימות ישיר בין האבוריג'נים לבין ממשלו של מקווארי, שהחל ב-1814 ונמשך לפחות שנתיים.
היכן שהתעוררה התנגדות של האבוריג'ינים הורה מקווארי על מסעות עונשין. באפריל 1816 הוא כתב ביומנו:
יציאתה של משלחת עונשין הובילה לטבח אפין . מקווארי שלח חיילים לתקיפת העמים האבוריג'ינים גנדנגרה ותארוואל על קרקעותיהם לאורך נהר קטרקט כפעולת תגמול על עימותים אלימים שלהם עם המתיישבים. החיילים עשו שימוש בסוסיהם כדי לדרדר אל מותם מספר בלתי ידוע של גברים, נשים וילדים אל פי תהום בשני מקומות שונים. בטבח גם נהרגו 14 איש שנורו למוות.
שובו לסקוטלנד.
מנהיגי המתיישבים החופשיים התלוננו בלונדון על מדיניותו של מקווארי, וכאמור, שלחה הממשלה ב-1819 את השופט האנגלי, ג'ון ביג אל המושבה ולדווח על התנהלות הממשל בה. ביג הסכים באופן כללי עם טענות המתיישבים, והדוח שהוא הגיש על המושבה הוביל להתפטרותו של מקווארי ב-1821. בכל אופן, הוא היה מושל ניו סאות' ויילס שכיהן בתפקידו בתקופת הכהונה הארוכה ביותר מכל המושלים שכיהנו עד לאמצע המאה ה-20 (לאחר שתפקיד המושל הפך לטקסי) והשלישי באורך תקופת כהונתו מכל מושלי ניו סאות' ויילס לדורותיהם. ביג גם המליץ שלמושל לא תהיה יותר סמכות אוטוקרטית, וב-1824 הוקמה המועצה המחוקקת של ניו סאות' ויילס , הגוף המחוקק הראשון באוסטרליה, כמועצה מייעצת למושל. מקווארי שב לסקוטלנד וניסה להגן על שמו הטוב כנגד ההאשמות שהועלו על ידי ביג.
המוניטין שלו המשיך לעלות לאחר מותו, בעיקר בקרב הנידונים המשוחררים וצאצאיהם, שהיו הרוב של אוכלוסייתה אוסטרליה עד לבהלה לזהב. כיום הוא נחשב על ידי רבים כאחד הנאורים והמתקדים מבין המושלים הראשונים של מושלי ניו סאות' ויילס, ששאף להקים את אוסטרליה כמדינה, ולא כמחנה מאסר.
חיים אישיים.
ב-1793 נשא מקווארי לאישה את ג'יין ג'רוויס, בתו של תומאס ג'רוויס, שהיה השופט הראשי של אנטיגואה ובעל עבדים שם. שלוש שנים לאחר מכן היא נפטרה משחפת. בנובמבר 1807 היא נישא בשנית לדודניתו אליזבת הנרייטה קמפבל . לזוג נולדה בת בשם ג'יין שנפטרה בינקותה ובן בשל לכלן.
לכלן מקווארי נפטר בלונדון ב-1 ביולי 1824 ונטמן באי מל במאוזוליאום שבו טמונים אשתו וילדיו. אחוזת הקבר מתוחזקת על ידי מועצת הנאמנות של אוסטרליה ועל קברו חקוקה הכתובת "אבי אוסטרליה" (The Father of Australia).
הנצחתו.
כמו רבים משמות המקומות באוסטרליה שנקראו על שמו עוד בימי חייו, מונצח מקווארי בשמה של אוניברסיטת מקווארי שבסידני.
פסל בדמותו של מקווארי ניצב בהייד פארק שבמרכז סידני. ליד הפסל חקוקה הכתובת "הוא היה ג'נטלמן מושלם, נוצרי ומחוקק עליון של הלב האנושי". בשל משלחות העונשין ששיגר מקווארי נגד האבוריג'ינים עלתה השאלה אם ראוי שהפסל והכתובת שלצידו ימשיכו להיות מוצבים שם. באוגוסט 2017 רוססו על בסיס הפסל כתובות בגנותו של מקווארי.