הפוגה פותחת באקספוזיציה, המצייתת בדרך כלל לחוקים מסוימים, מוגדרים מראש. בחלקים הבאים של היצירה יש למלחין חופש רב יותר, אם כי לרוב מצייתים מלחיני הפוגה למבנה סולמות מסוים. כניסות נוספות של המוטיב יופיעו לאורך הפוגה, ויגררו אחריהן חזרה על תפקידי הליווי ("הנושאים המשניים"). כאמור, קטעי מעבר עשויים להפריד בין הכניסות השונות של המוטיב, אך אינם בגדר חובה.
להלן תרשים של מתאר פוגלי טיפוסי, ולאחריו הסבר מפורט של התהליכים המעורבים ביצירתו, כולל דוגמאות.
האקספוזיציה.
האקספוזיציה פותחת בהצגת המוטיב, ללא ליווי, באחד מן הקולות ובסולם הטוניקה. הצגה של הנושא בסולם הטוניקה נקראת גם "דוּקְס". לאחר מכן נכנס קול נוסף ובו הנושא בטרנספוזיציה לסולם הדומיננטה (הסולם על הדרגה החמישית בסולם הטוניקה). קול זה ידוע כ"תשובה". כניסה של הנושא שלא בסולם הטוניקה נקראת "קוֹמֵס". לעיתים התשובה תהיה בטוניקה או בסוב-דומיננטה (הדרגה הרביעית) (לדוגמה: טוקטה ופוגה ברה מינור, רי"ב 565, מאת יוהאן סבסטיאן באך, והפוגטו הפותח את הפרטיטה השנייה בדו מינור, רי"ב 826 מתוך פרטיטות, רי"ב 825-830). לעיתים יש לבצע שינויים קלים בתשובה, כדי להימנע מתווים שאינם שייכים לסולם. כאשר התשובה היא טרנספוזיציה מדויקת של המוטיב לדומיננטה, היא מסווגת כ"תשובה ממשית"; אם היא שונתה בצורה כלשהי, אזי היא "תשובה טונאלית".
תשובה טונאלית נדרשת בדרך כלל כאשר אחד התווים הראשונים בנושא הראשי (או התו הראשון עצמו, כמו בדוגמה למעלה) הוא תו דומיננטה בולט. כדי להימנע מערעור תחושת הסולם ביצירה, התו "מטרונספז" למעלה בקוורטה, לטוניקה - במקום בקווינטה, לסופרטוניקה. תשובות בסוב-דומיננטה מופיעות מאותה סיבה, ונוטות להופיע בנסיבות מיוחדות: 1. כאשר הנושא מתחיל בתווי הסולם 5-4-5 או 5-4-3; 2. כאשר בתוך המוטיב עצמו כלולה מודולציה לדומיננטה, ואז התשובה מתחילה בסוב-דומיננטה ומשם עוברת לטוניקה.
במקביל לתשובה, הקול שבו הובא המוטיב ממשיך ומנגן חומר מוזיקלי חדש. אם החומר משמש גם בהמשך היצירה, מתייחסים אליו כאל נושא משני; אם הוא מופיע רק פעם אחת, הוא נקרא בפשטות "קונטרפונקט חופשי". כל קול מגיב בתורו עם נושא או תשובה, ובהמשך יופיעו עוד נושאים משניים או קונטרפונקטים חופשיים.
כאשר נעשה שימוש בתשובה טונאלית, מקובל שהנושאים והתשובות יופיעו באקספוזיציה לסירוגין, אך בפוגות מסוימות ניתן לראות שינויים בסדר: ראו לדוגמה את הפוגה מס' 1 בדו מז'ור, רי"ב 846, מתוך הפסנתר המושווה, ספר 1, מאת באך, בה הסדר הוא: נושא-תשובה-תשובה-נושא. לעיתים קרובות ניתן לשמוע קודטה קצרה המחברת את הנושא והתשובה, ומאפשרת ליצירה לחזור לטוניקה לאחר תשובה בדומיננטה, או לחלופין לעבור לדומיננטה כדי לאפשר את נגינת התשובה.
התשובה הראשונה חייבת להופיע מיד לאחר הופעתו הראשונה של המוטיב, ולכן הקודטה הראשונה היא לרוב קצרה במיוחד, ובמקרים רבים אינה מופיעה כלל. בדוגמה שלמעלה זה המצב: המוטיב נגמר בתו הרבע סי במול, בפעמה השלישית של התיבה השנייה, אשר מנוגן בהרמוניה עם הסול הפותח של התשובה (בכחול). הקודטות הבאות עשויות להיות ארוכות יותר במידה משמעותית, ולרוב משמשות כדי לפתח את החומר שנשמע עד כה במוטיב, בתשובות או בנושאים המשניים, ואולי אף להציג רעיונות חדשים שישמשו בנושא המשני או בקונטרפונקט החופשי שיבואו לאחר מכן; ובנוסף כדי לעכב את חזרתו של המוטיב בקול אחר, וכתוצאה מכך לחזק את השפעתו, ובנוסף לחזור לטוניקה באמצעות מודולציה.
האקספוזיציה בדרך כלל מסתיימת כאשר כל הקולות השמיעו פעם אחת את המוטיב או תשובה אליו. למרות זאת, בפוגות רבות קיימת כניסה אחת נוספת של המוטיב, הנקראת "כניסה חוזרת", ובה נשמעים כל הקולות בבת אחת. יתר על כן, בפוגות מסוימות נשמרת כניסתו של אחד מהקולות לזמן מאוחר יותר, לדוגמה הפדאל בפוגה לעוגב (ראו: פוגה לעוגב בדו מז'ור מאת באך, רי"ב 547). בעוד הקולות בפוגה יכולים להיכנס בכל סדר שהוא, באך בדרך כלל הכניס את הבס רק אחרי כל שאר הקולות, על מנת ליצור אפקט דרמטי. פתיחה עם המוטיב בבס, על אף שאינה נפוצה, היא פתרון מועדף כאשר פעולות אחרות מייצרות היפוכים "בלתי חוקיים" באקספוזיציה.
הנושאים המשניים.
נושא משני בפוגה חייב לציית לחוקי ההרמוניה והקונטרפונקט. חוקים אלו מתייחסים לתקינותו (או אי-תקינותו) של מרווח מוזיקלי הנוצר בעת נגינת שני תווים (או יותר) בו זמנית. מעצם הופעתו של הנושא המשני מספר פעמים במהלך היצירה, לרוב בשילוב עם המוטיב הראשי, הרי שציות לכללים אלו אינו עניין של מה בכך, שכן לעיתים יופיע הנושא המשני "מעל" למוטיב (דהיינו בקו מלודי גבוה יותר) ולעיתים מתחתיו, ועל פי חוקי הקונטרפונקט, לעיתים צירופי מרווחים יהיו "חוקיים" ויישמעו טוב בכיוון אחד (לדוגמה, כשהקו המשני מעל למוטיב) אך לא יישמעו טוב לאחר היפוך (כשהמשני מתחת למוטיב). לדוגמה, כאשר התו סול נשמע בקול העליון והתו דו בקול התחתון, נוצר מרווח של קווינטה, שהוא קונסוננטי ולכן תקין לחלוטין. אך כאשר הופכים את המרווח (כלומר, דו עובר לקול העליון וסול לקול התחתון), נוצר מרווח של קוורטה, שנחשב לדיסוננטי בהקשר זה, ולכן דורש טיפול מיוחד באמצעות מתח ופתרון הרמוני. בדומה, השימוש בצלילי השהיה 4-3 (קוורטה לטרצה) אינו יעיל בקונטרפונקט הפוך, שכן לאחר ההיפוך המרווחים משתנים ל-5–6 (קווינטה לסקסטה), ומאחר שאלו מרווחים קונסוננטיים, אובד אפקט ההשהיה. מנגד, השהייה של מרווחי 6–7 (ספטימה לסקסטה) היא מוצלחת, כי לאחר ההיפוך היא משתנה למרווחי 2–3 (סקונדה לטרצה), שהיא השהייה מקובלת. המרווחים ה"ידידותיים" להיפוך, הם הטרצה הקונסוננטית (שהיפוכה, הסקסטה, אף היא קונסוננטית) ואוקטבה (שהיפוכה: פרימה). בנוסף, מקובל שימוש זהיר בהשהייה 6–7 שהיפוכה יוצר אפקט דומה.
מסיבות אלו נוטים המלחינים להגביל את עצמם בעת כתיבת נושאים משניים, לכאלה הניתנים להיפוך בשילובם עם הקווים המלודיים האחרים, ובעיקר עם המוטיב הראשי. הדבר דומה לכתיבת תשבץ, שבו המילים המאוזנות משולות לקווים המלודיים (המוטיב הראשי והנושא המשני, למשל), וכללי הקונטרפונקט וההרמוניה מכתיבים את המילים המאונכות.
המעבר (אפיזודה).
לאחר האקספוזיציה יופיע המוטיב פעמים נוספות, לעיתים מיד אחריה (למשל בפוגה מס' 1 בדו מז'ור, רי"ב 846 מהפסנתר המושווה של באך) ולעיתים לאחר קטע מעבר ("אפיזודה"). קטע המעבר משמש תמיד כמוביל למודולציה (מעבר לסולם אחר) לסולם הבא שבו נכנס המוטיב. בדרך כלל הוא מבוסס על אלמנטים מהאקספוזיציה. קטע המעבר מספק גם אתנחתא מסוימת מההיצמדות הנוקשה למוטיב המושמע באקספוזיציה ובכניסות-הביניים (ראו להלן). בעוד שלא כל הפוגות של באך מכילות קטעי מעבר, לרובן יש לפחות אחד המשמש למודולציה, והוא בדרך כלל מקבל דגש רב.
כניסות הביניים.
כניסות נוספות של המוטיב, לאחר האקספוזיציה, נקראות כניסות ביניים. הן מופיעות במקומות שונים לאורך הפוגה, חייבות להכיל את המוטיב או את התשובה לפחות פעם אחת בשלמותם, ועשויות להופיע במקביל לנושאים משניים מן האקספוזיציה, נושאים משניים חדשים, קונטרפונקט חופשי, או שילוב כלשהו של הנ"ל. אין זה מקובל שהמוטיב נכנס לבדו בקול יחיד בכניסות הביניים, כמו באקספוזיציה; לרוב הוא יופיע עם ליווי. כניסות ביניים יהיו בדרך כלל בסולמות שאינם הטוניקה - כפי שנראה בדוגמה שלמטה, לרוב מדובר על סולמות קרובים כמו הדומיננטה והסוב-דומיננטה, אך סדר הופעת הסולמות בפוגות הוא מגוון מאוד. בפוגות של יוהאן סבסטיאן באך (כמו זו המצוטטת בסעיף הבא) כניסת הביניים הראשונה תהיה בדרך כלל במז'ור או המינור היחסי לסולם הכללי של היצירה, והכניסה הבאה תהיה בדומיננטה של הסולם היחסי כאשר המוטיב מצריך תשובה טונאלית.
בחלק מהפוגות נמצאת אקספוזיציה משנית אחת או יותר, אשר דומה לאקספוזיציה הפותחת, אך המוטיב עבר בה שינוי מסוים, לעיתים קרובות היפוך. עם זאת, המונח אקספוזיציה משנית משמש לעיתים כנרדף לכניסת ביניים, ועשוי גם לתאר את האקספוזיציה של מוטיבים חדשים, כגון בפוגה כפולה (ראו להלן). בכל אחת מהכניסות בפוגה המוטיב עשוי לעבור אחד מהשינויים הבאים, או שילוב שלהם: היפוך ראי (הפיכת המרווחים של המוטיב מלמעלה למטה, כמו השתקפות של התווים במראה), היפוך סרטן (שינוי פחות נפוץ שבו המוטיב נשמע מהסוף להתחלה), צמצום או הרחבה (קיצור או הארכת הערכים הריתמיים של המוטיב בפקטור מסוים).
דוגמה של ניתוח פוגה.
המובאה שלהלן, תיבות 7–12 מתוך הפוגה מס' 2 בדו מינור, רי"ב 847, מהספר הראשון של הפסנתר המושווה מאת יוהאן סבסטיאן באך, מדגימה את רוב מאפייני הפוגה שנדונו לעיל. הפוגה היא לכלי מקלדת, בשלושה קולות, עם נושאים משניים רגילים. הקטע מתחיל בכניסה האחרונה של האקספוזיציה: המוטיב (באדום) נשמע בבס, הנושא המשני הראשון (בכחול) בסופרן, והנושא המשני השני (בירוק) בקול האמצעי. לאחר מכן, מופיע קטע מעבר (בשחור) אשר מבצע מודולציה מהטוניקה (דו מינור) למז'ור היחסי (מי במול מז'ור) באמצעות סקוונצות, בצורת קאנון במרווח הקוורטה עם ליווי. ההגעה לסולם מי במול מז'ור מצוינת באמצעות קדנצה אותנטית מושלמת על-פני קו התיבה, מהפעמה האחרונה של התיבה הראשונה לפעמה השנייה של התיבה השנייה בשורה השנייה, ובאמצעות כניסת הביניים הראשונה. כאן באך שינה במקצת את הנושא המשני מס' 2 כדי להתאימו לשינוי הסולם.
כניסות מדומות.
לעיתים עשויות להופיע בפוגה כניסות מדומות של המוטיב, אשר כוללות את התווים הראשונים שלו בלבד. הן יוצרות ציפייה לכניסה "האמיתית" של המוטיב שתבוא מיד לאחר מכן, ובכך מעצימות את האפקט שלה.
סטרטו.