ביום שישי, 18 באוקטובר, המצב הסלים וכל הרשת נאלצה להיסגר בעקבות התקפות על תחנות ועובדים. בלילה לאחר הכרזת מצב חירום על ידי הנשיא סבסטיאן פיניירה, השחיתו מפגינים מספר תחנות כשהעלו אותן באש, וחלקן הותקפו שוב למחרת, גם לאחר שהוכרז על עוצר. בתווך, חקר המכון הלאומי לזכויות אדם (INDH) חשדות כי תחנת "בקדאנו" שימשה על ידי המשטרה והצבא כמרכז מעצר ועינויים. האתר נבדק על ידי צוות של נציגים מה-INDH, המשטרה החוקרת (PDI) ונציגי מערכת המשפט. החוקרים לא מצאו כל עדות לעינויים או מעצרים בלתי חוקיים במקום, אך נפתחה חקירה כדי לשלול מצב של אי סדרים.
רשת הרכבת התחתית חזרה לפעול ביום שני 21 באוקטובר, עם זאת, בשל נזקים למספר רב של תחנות לקח לרשת 7 חודשים לחזור לזמינות כמעט מלאה, כשרק ב-25 בספטמבר 2020 עם פתיחתן המחודשת של תחנות "טרינידד" ו"פרוטקטורה דה לה אינפנסיה" בקו 4 חזרה הרשת לפעול בשלמותה. אך רב הקווים חזרו לפעילות חלקית, כבר בשבוע שלאחר מכן כשב-23 באוקטובר חזרו לפעול קווים 3 ו-6, ב-25 באוקטובר קווים 2 ו-5, קו 4 ב־28 לחודש אך קו 4A חזר לפעולה רק ב-25 בנובמבר, כאשר כל הקווים פועלים במתכונת חלקית גם מבחינת מסלול וגם מבחינת לוח זמנים. במקביל ב-23 באוקטובר דווח כי נגרם נזק ל-79 תחנות, כאשר הקווים 4, 4A ו-5 היו אלה עם מספר התחנות הגבוה ביותר שנפגעו. כמו כן דווח כי נמצאו נזקים גם ב-6 רכבות, 5 בקו 4 ואחת בקו 1 - שהוצתה בתחנת סן פבלו. כאשר עלות הנזקים מגל המחאות נאמדה ביותר מ-300 מיליון דולר.
מבנה.
קווים.
קו 1.
קו 1 הוא קו הראשון של הרשת והוא הציר המרכזי שלה, בהיותו היחיד שחוצה את העיר ממזרח למערב. הקו כולל 27 תחנות הפרוסות על פני 20.4 ק"מ והמסלול השלם של הקו המזוהה עם הצבע האדום, אורך כ-30 דקות.
המקטע הראשון של קו 1 באורך 8.2 ק"מ נחנך ב-15 בספטמבר 1975 בין התחנות "סן פבלו" ו"לה מונדה". מאוחר יותר הוא הוארך ב-3.2 ק"מ נוספים מזרחה עד לתחנת "סלבדור", מקטע שנחנך ב-31 במרץ 1977. ההארכה הבאה של הקו באורך 4.5 ק"מ נחנכה ב־22 באוגוסט 1980 מתחנת "סלבדור" עד לתחנת "אסקואלה מיליטר". כשההארכה האחרונה לעת עתה נחנכה ב-7 בינואר 2010 כשהתווספו למסלול שלוש תחנות ו-4 ק"מ שהמשיכו את הקו מתחנת "אסקואלה מיליטר" עד לתחנת "לוס דומיניקוס".
קו 1 עובר בקומונות לו פראדו, סנטיאגו, פרובידנסיה ולאס קונדס. מסלולו ממערב למזרח מתחיל בתחנת "סן פבלו" לכיוון דרום מתחת לפני הקרקע לאורך שדרת נפטונו, ובהמשך פונה מזרחה כשהוא פוגש את כביש 68 המוביל לולפראיסו. לאחר מקטע ראשוני זה שברובו נוסע הקו בתוך תעלה, הוא שב לנסוע מתחת לפני הקרקע בתחילת שדרת ליברטדור ברנרדו או'היגינס השדרה מרכזית של העיר, המכסה חלק גדול מהמרכז ההיסטורי של סנטיאגו שהקו נוסע לכל אורכה. לאחר מכן עובר הקו מתחת השדרות פרובידנסיה, פרובידנסיה נואבה ואפוקינדו, והוא מסתיים בפלאסה לוס דומיניקוס, בקומונת לאס קונדס.
קו 1 הוא קו הרכבת תחתית עם מספר הנוסעים הגדול ביותר, כשבשנת 2018 הוא ריכז כ-38.6% מכלל הנסיעות ברשת ובשנת 2019 לאחר פתיחת קו 3 הוא ריכז כ-37.7% מכלל הנסיעות. הסיבה לכך נעוצה בעובדה שהוא משרת הן את תושבי מערב והן את תושבי מזרח העיר, ובנוסף הוא גם עובר בציר הכלכלי והמסחרי העיקרי של סנטיאגו, שלאורכו ממוקמים ציוני דרך עירוניים רבים וחשובים. כמו, בניין הפרלמנט ארמון לה מונדה פסאו אאומדה שמהווה מרכז מסחרי חשוב, הבניינים המרכזיים של שלוש האוניברסיטאות הגדולות במדינה, מסופי אוטובוסים בינעירוניים שונים ותחנת הרכבת בעיר.
קו 2.
קו 2 של הרכבת התחתית של סנטיאגו חוצה את העיר בציר אורכי מצפון לדרום, ועובר בקומונות סן מיגל, סנטיאגו, רקולטה, ווצ'וראבה ולה סיסטרנה. הוא כולל 22 תחנות הפרוסות לאורך 20.6 ק"מ, והמסלול השלם של הקו המזוהה עם הצבע הצהוב אורך כ-34 דקות.
המקטע הראשון שלו באורך 4.9 ק"מ, בין תחנות לוס ארואס" ו"פרנקלין", נחנך ב-31 במרץ 1978. כשאר הארכה נוספת באורך 4.8 ק"מ מדרום לתחנת "פרנקלין" עד תחנת "לו אובאייה", נחנכה ב-21 בדצמבר 1978. ב-25 ביולי 1986 נחנכה הארכה צפונה ל"סנטה אנה", וב-15 בספטמבר 1987 נפתחה תחנה נוספת מצפון, "פואנטה קאל אי קאנטו". הקו המשיך את הארכתו צפונה לאחר פתיחת מקטעים רצופים בין 2004 ל-2006 עד שהגיע לתחנת "וספוסיו נורטה", כאשר מדרום המקטע האחרון שנפתח היה המקטע בין "לו אובאייה" ל"לה סיסטרנה" שנחנך ב-22 בדצמבר 2004.
מסלולו של קו 2 מתחיל בצפון בתחנת וספוסיו נורטה, בסמוך למפגש בין כביש הטבעת אמריגו וספוצ'י ורקולטה. הוא מתחיל בנתיב תת-קרקעי דרך רקולטה עד סמוך לנהר מפוצ'ו. לאחר חציית הנהר הראשי של העיר, הוא ממשיך לכיוון תחנת "פואנטה קאל אי קאנטו", שנקראה בעבר תחנת מפוצ'ו, ומשם הוא ממשיך במקביל לכביש הראשי בתוך תעלה עד לתחנת "רונדיסוני", שם הוא שב לנתיב תת-קרקעי. לאחר שעבר את תחנת "פרנקלין", נוסע קו 2 מתחת לרחוב המרכזי של דרום העיר הגראן אבנידה עד שהוא מגיע שוב לכביש הטבעת אמריגו וספוצ'י, בתחנת "לה סיסטרנה". באוקטובר 2009 הושקו בקו 2 שירות קווי אקספרס בשעות העומס (אחרי ההצלחה שלהם בקווים 4 ו-5). מערכת זו פועלת בין השעות 6:00 ל-9:00 בבוקר, ושוב בין השעות 18:00 ל-21:00 בערב. במסגרת שירות האקספרס, שירות הרכבות בקו 2 נחלק לשני מסלולים: "המסלול האדום" ו"המסלול הירוק". ישנן 8 תחנות חשובות בהן עוצרת הרכבת במסגרת שני המסלולים: "וספוסיו נורטה", "סאפאדורס", "פואנטה קאל אי קאנטו", "סנטה אנה", "לוס ארואס", "פרנקלין", "לו אובאייה" ו"לה סיסטרנה". אך בנוסף ל-8 התחנות הללו הרכבת במסלול הירוק עוצרת רק בתחנות "איינסטיין", "סרו בלנקו", "טואסקה", "רונדיסוני", "סן מיגל", "דפרטמנטל" ו"אל פארון". ואילו הרכבת במסלול האדום עוצרת בנוסף בתחנות המשותפות רק בתחנות "דורסל", "סמנטריוס", "פטרונאטו", "פארקה אוהיגינס", "אל יאנו", "לו ויאל" ו"סיאודד דל ניניו".
בנובמבר 2014 הודיעה הנשיאה מיצ'ל בצ'לט כי קו 2 יוארך ב-5 ק"מ נוספים וייבנו בו ארבע תחנות חדשות: "לו מרטינס" (Lo Martínez), "אובסרבטוריו" (Observatorio), "ריקלמה" (Riquelme) ו"הוספיטל אל פינו" (Hospital El Pino). גם בשנת 2018 וגם בשנת 2019 (לאחר פתיחת קו 3) היה קו 2 השלישי מבין קווי הרשת מבחינת אחוז השימוש בו מכלל המערכת כשהוא ריכז 16.8% ו-14.6% בהתאמה מכלל הנסיעות.
קו 3.
קו 3 של הרכבת התחתית של סנטיאגו, הוא הקו הצעיר ביותר במערכת והוא נחנך רק ב-22 בינואר 2019. הקו מחבר בין צפון העיר לצפון מזרח העיר בצורה של האות האנגלית L. הוא חוצה את הקומונות אינדפדנסיה, קונצ'אלי, קיליקורה, סנטיאגו, ניוניואה ולה ריינה. והוא כולל 18 תחנות לאורך 22 ק"מ, כשהמסלול השלם של הקו המזוהה עם הצבע החום נמשך כ-25 עד 30 דקות.
המסלול של קו 3 מתחיל בצפון בתחנת "לוס ליברטדורס", בצומת שדרות אינדפנדנסיה והכביש מהיר לוס ליברטדורס, וממשיך משם לאורך שדרת אינדפנדנסיה אחת השדרות המרכזיות בצפון סנטיאגו. שלאורכה ממוקמות התחנות "קרדנל קארו", "ויווסטה", "קונצ'אלי", "פלאסה צ'אקבוקו" ו"הוספיטלס". לאחר מכן, הקו ממשיך בדרכו דרך תחנת "פואנטה קאל אי קאנטו" ומגיע לרחובות בנדרה וסן דייגו, שם ממוקמות התחנות "פלאסה דה ארמאס", "אוניברסידאד דה צ'ילה" ו"פארקה אלמגרו". משם ממשיך מסלולו לאורך שדרת מאטה, בה ממוקמת תחנה בעלת אותו שם, ואז פונה מזרחה לשדרת אירראסבאל, שם ממוקמות התחנות "אירראסאבל", "מונסניור איסגירה", "ניוניואה", "צ'ילה אספניה" ו"וייה פריי""." שתי התחנות האחרונות של הקו "פלאסה אגניה" ו"פרננדו קסטיו ולאסקו" ממוקמות בשדרות אוסדה ופרננדו קסטיו ולאסקו בהתאמה. קו 3 נוסע לכל אורך המסלול שלו מתחת לפני האדמה ובשנתו הראשונה 2019 הוא ריכז 7.9% מהנסיעות במערכת כולה מה שממקם אותו במקום החמישי מתוך שבעת הקווים הפעילים.
קו 3 הוא הקו השני בו נעשה השימוש ברכבות בעלות מערכת טייס אוטומטי, דלתות שמשתלבות עם הרציף ואספקת חשמל עילית. עד שנת 2023 צפויה הארכה של הקו ב-3.8 ק"מ נוספים לאורכם ייבנו 3 תחנות, "פלאסה דה קיליקורה", "לו קרוסאט" ו-"EFE קיליקורה", שבה אמורה להיבנות גם תחנה של הרכבת העתידית מסנטיאגו לבטוקו.
קו 4.
קו 4 הוא הקו הרביעי שנחנך ברשת הרכבת התחתית בסנטיאגו, כאשר הוא נחנך ב-30 בנובמבר 2005. עם זאת, הקטע בין התחנות "גרסיה" ל"ויסנטה ואלדס" כוסה על ידי מערך האוטובוסים של מערכת התחבורה טרנסטאיגו עד שנפתח ב-2 במרץ 2006. קו זה כולל 23 תחנות בסך הכל (כולל תחנת "סן חוסה דה לה אסטרייה" שנחנכה בנובמבר 2009) ואורכו 24.7 קילומטרים, מה שהופך אותו לקו השני באורכו ברשת אחרי קו 5 שעבר אותו ב-2011. (על פי התוכניות בשנת 2025 עם סיום ההארכה המתוכננת שלו הוא ישוב להיות הארוך ביותר). המסלול השלם של קו 4 המזוהה עם הצבע הכחול אורך כ-40 דקות.