חוק השיפוט הצבאי עיגן לראשונה את מעמדו של הסנגור הצבאי הראשי כעוזרו של הפרקליט הצבאי הראשי, וכן הרחיב את זכות הייצוג על ידי סנגור צבאי בהליך הפלילי. בשנת 1976 נחקקה הוראת הפיקוד העליון 2.0613 - "הפרקליטות הצבאית", המגדירה את תפקידיה של הפרקליטות הצבאית ומשלימה את הוראות החוק. הוראה זו מעגנת את מעמדו המקצועי והעצמאי של הסנגור הצבאי, וקובעת כי בעת מילוי תפקידו לא יהיה סנגור צבאי נתון למרות מפקדיו, ותעמוד לנגד עיניו טובת הנאשם בלבד. הוראה רלוונטית נוספת מצויה בפקודת הארגון של מפקדת הפרקליט הצבאי הראשי, המגדירה את תפקידיה ועצמאותה של הסנגוריה הצבאית. הוראה זו קובעת כי הסנגוריה הצבאית אינה כפופה מקצועית לפרקליט הצבאי הראשי.
ביטוי נוסף לעיקרון לפיו מחויבותו של הסנגור הצבאי נתונה בראש ובראשונה ללקוחו, מצוי בהוראת מפצ"ר 02.01 - "נוהל טיפול בשאילתות ובפניות מדובר צה"ל". נקודת המוצא בהוראה זו היא שכל ממשק של גורם צבאי עם התקשורת כפוף לאישור הגורם הרלוונטי בפרקליטות הצבאית וכן אישור דובר צה"ל. החריג היחיד לכלל זה, מתייחס לקשר של סנגורים צבאיים עם גורמי תקשורת, וקובע כי סנגור צבאי רשאי לקיים קשר ישיר עם גורמי תקשורת על מנת לשרת את הגנת לקוחו, ללא אישור דובר צה"ל (ובכפוף לאישור הסנגור הצבאי הראשי).
ב-5 בינואר 1997, על רקע מתחים פנימיים ותקריות שאירעו בין הסנגוריה הצבאית לבין הפרקליטות הצבאית ובתי הדין הצבאיים, החליט ראש אכ"א, בהסכמת הפצ"ר והסצ"ר, למנות צוות בדיקה אשר יבחן את כפיפותה, מעמדה וסדרי עבודתה של הסנגוריה הצבאית. בראש הצוות עמדו תא"ל (מיל') צבי ענבר ואל"ם (מיל') יצחק אקסל. הצוות התבקש לבחון את שאלת שיוכה הארגוני של הסנגוריה הצבאית לפרקליטות הצבאית; לבחון את תפקידיה וסמכויותיה של הסנגוריה הצבאית בהתאם לחוק ולפקודות; ולבחון את סדרי העבודה הקיימים בסנגוריה הצבאית וממשקי העבודה שלה עם הפרקליטות הצבאית ובתי הדין הצבאיים. ב-22 ביוני 1997 פרסם הצוות שורה של המלצות, ובראשן הותרת הסנגוריה הצבאית כחלק מהפרקליטות הצבאית, בכפוף לשימור עצמאותה, והעלאת תקן הסצ"ר לדרגת אל"ם. המלצות אלו יושמו בפועל.
ב-12 באוגוסט 2012 מינה הפצ"ר את הוועדה לבחינת היקף הייצוג הניתן מטעם הסנגוריה הצבאית. מטרת הוועדה הייתה לבחון את תחומי העיסוק של הסנגוריה הצבאית וגבולותיהם, כללי האתיקה המחייבים בעבודת הסנגוריה והצורך בהסדרה בדין של תפקידיה ומעמדה. בראש הוועדה עמדה שופטת בית המשפט העליון (בדימוס) דליה דורנר, ולצידה - האלוף (במיל') דן הראל ואל"ם (במיל') משה ינון. הוועדה פרסמה שורת המלצות, שעיקרן עיגון בהוראות הפיקוד של היקף הייצוג והייעוץ הניתנים על ידי הסנגוריה הצבאית בתחומים השונים. הוועדה גם בחנה בשנית את שאלת שיוכה הארגוני של הסנגוריה הצבאית לפרקליטות הצבאית, והמליצה שלא לשנות מן המצב הקיים. מרבית המלצות הוועדה יושמו בפועל.
מבנה הסנגוריה הצבאית.
בראש הסנגוריה הצבאית עומד הסנגור הצבאי הראשי, המשמש כמפקדם של כלל הסנגורים, בשירות סדיר ובשירות מילואים, והמנחה המקצועי שלהם. כמו כן, הסנגור הצבאי הראשי משמש כקצין מטה במפקדת הפצ"ר ושותף לעבודות מטה שיתנהלו בפרקליטות הצבאית הנוגעות לזכויות חיילים, חשודים ונאשמים.
הסנגוריה הצבאית פועלת בארבעה מוקדים:
סנגוריה צבאית ראשית - אחראית על ייצוג קצינים העומדים לדין בבית הדין המיוחד, על ייצוג חיילים בבית הדין הצבאי לערעורים ועל ייצוג בבית המשפט העליון. כמו כן, אחראית על ניהול עבודות מטה ויוזמות מערכתיות הנוגעות לזכויות חיילים, חשודים ונאשמים, וכן עוסקת בהדרכה והסברה על נושאים אלה בקרב חיילים ומפקדים. הסנגוריה הצבאית הראשית שוכנת במחנה הקריה.
שלוש חוליות סנגוריה צבאית פיקודית - החוליות אמונות על ייצוג ומתן ייעוץ לחיילים העומדים לדין בבתי הדין הצבאיים המחוזיים, בבתי הדין הצבאיים לתעבורה ובמקרים המתאימים לחיילים העומדים לדין משמעתי. שלוש החוליות הן: סנגוריה פיקוד דרום וזרוע היבשה, השוכנת במחנה יואב הסמוך למחנה בר-לב; סנגוריה פיקוד צפון וחיל הים, השוכנת במחנה הדר שבחיפה; וסנגוריה מחוזית - פיקוד מרכז, חיל האוויר, פיקוד העורף ויחידות מטכ"ל, השוכנת בבית הירוק שביפו.
כלל הסנגורים הצבאיים עוסקים בייעוץ לחיילים ואנשי קבע הנחקרים במצ"ח או במשטרת ישראל. הייעוץ ניתן על ידי סנגור תורן.
מתוך רצון לשפר את מידת האמון הניתן בסנגורים הצבאיים על ידי לקוחותיהם, נוהגים הסנגורים, למעט הסנגור הצבאי הראשי, לא ללבוש מדים, על אף היותם קצינים בצבא.
ציוני דרך בולטים.
במהלך השנים טיפלה הסנגוריה הצבאית במספר רב של תיקים בעלי חשיבות ציבורית ומשפטית, המהווים אבני-דרך בפועלה של הסנגוריה הצבאית לאורך השנים. להלן תובא סקירה של דוגמאות בולטות לתיקים אלו.
בשנת 1997 הגישה התביעה הצבאית כתב אישום כנגד החיילת אביבית עטייה בעבירות של שימוש בסמים. החיילת יוצגה על ידי סנגור מהסנגוריה הצבאית, אשר פנה לפצ"ר בבקשה לביטול כתב האישום מטעמים של הגנה מן הצדק. הבקשה נדחתה על ידי הפצ"ר. בעקבות זאת, פנה הסנגור ליועץ המשפטי לממשלה, בבקשה כי זה יתערב בהחלטת הפצ"ר ויורה על עיכוב ההליכים המתנהלים נגד החיילת בבית הדין הצבאי, ולחלופין יורה לפצ"ר לבטל את כתב האישום. הבקשה נדחתה, בנימוק שאין בסמכותו של היועץ המשפטי לממשלה להתערב בהליכים המתנהלים בבית דין צבאי. על החלטה זו עתרה הסנגוריה הצבאית לבג"ץ. הייתה זו הפעם הראשונה בה נדרש בית המשפט העליון לשאלת סמכותו של היועץ המשפטי לממשלה להתערב בהליכים המתנהלים בערכאות צבאיות. העתירה אמנם נדחתה, ברוב דעות, אך במישור העקרוני נקבע כי היועץ המשפטי לממשלה רשאי להתערב בהחלטות הפצ"ר שהוא מוצא כי יש בהן עניין מיוחד לציבור או שהשלכותיהן חורגות מתחומי המסגרת הצבאית.
בשנת 1999 הגישה הסנגוריה הצבאית עתירה לבג"ץ ביחס לקיצור תקופות המעצר של חשודים עד להבאתם בפני שופט. בית המשפט העליון קיבל את העתירה, והכריע בדבר קיצור תקופת המעצר ל-48 שעות.
בשנת 2000 הייתה הסנגוריה הצבאית מעורבת בהקמתו של פרויקט גחל"ת - פרויקט שהוקם בעקבות דו"ח הוועדה לבחינת מדיניות הכליאה, ואשר מטרתו החזרת חיילים לשירות תקין, ובתוך כך הפחתת מספר הכלואים ושיפור תנאי הכליאה. מערך גחל"ת פועל בהצלחה (יחסית) עד היום ומסייע לחיילים רבים להמשיך בשירות תקין לאחר כליאתם.
בשנת 2006 ניתן על ידי בית המשפט העליון פסק דין יששכרוב, פסק דין תקדימי בעתירה שהוגשה מטעם הסנגוריה הצבאית בשאלת קבילותה של הודאה שהושגה בהיעדר יידוע כדין בדבר זכות ההיוועצות של חשוד בסנגור. בפסק הדין אימץ בית המשפט העליון דוקטרינה חדשה לפסילת ראיות, וקבע כללים מנחים לפסילת ראיות שהושגו בניגוד לדין. לא ניתן להפריז בחשיבותו של פסק דין עקרוני זה ובהשלכותיו הרחבות על עולם המשפט הפלילי.
בשנת 2006 ניתן פסק דין תקדימי נוסף של בית המשפט העליון, אשר עסק בשאלה האם שתיקתו של נאשם במהלך משפטו עשויה לספק את הדרישה ל"דבר מה נוסף" לחיזוק הודאה שנמסרה בחקירה. בית המשפט העליון קבע כי, ככלל, לא תהווה שתיקת נאשם במשפט את התוספת הראייתית הנדרשת, אלא בהתקיים תנאים חריגים. גם פסק דין זה, שבו הסנגוריה הצבאית ייצגה את המערער, קבע הלכה עקרונית במשפט הפלילי.
בשנת 2007, על רקע הקמתה של ועדת וינוגרד לחקר אירועי מלחמת לבנון השנייה והאירועים שקדמו לה, הגישה הסנגוריה הצבאית עתירה לבג"ץ בה דרשה כי יורה לוועדה לשלוח מכתבי אזהרה לקצינים המיוצגים על ידיה ואשר עלולים להיפגע ממסקנות הוועדה. עוד דרשה הסנגוריה הצבאית כי תינתן לה האפשרות לעיין בחומר הראיות המצוי בפני הוועדה, להעתיקו, לחקור עדים ולהביא עדים מטעמה, וכן להשמיע את טענותיה בפני הוועדה. בתשובתה לעתירה, הודיעה הוועדה כי תשלח הודעות מתאימות למי שעלולים להיפגע ממסקנות הוועדה, ותאפשר להם לדעת את מהות הבדיקה ולהשמיע את טענותיהם טרם פרסום הדו"ח.
בחודש אפריל 2011 נתקבל בכנסת תיקון מס' 63 לחש"ץ, העוסק ברישום פלילי למורשעים במערכת הצבאית. מדובר בתיקון רב חשיבות, ששינה באופן מהותי את השלכות ההרשעה של נאשמים בבתי הדין הצבאיים. התיקון לחוק, אשר הסנגוריה הצבאית פעלה תקופה ארוכה על מנת לקדמו ולנסות להשפיע על תכניו, הפחית משמעותית את היקף החיילים המורשעים המוכתמים ברישום פלילי מכביד וממושך.
במשך מספר שנים פעלה הסנגוריה הצבאית לקיצור תקופת המעצר הראשונית של חיילים ל-24 שעות בלבד, כמקובל במערכת המשפט האזרחית. בשנת 2012 קיבלה הפרקליטות הצבאית את עמדת הסנגוריה, ביחס לתיקי מצ"ח, וכבר בשנת 2013 קוצרה ל-24 שעות תקופת המעצר הראשונית של חיילים העצורים בגין עבירות פליליות הנחקרות על ידי מצ"ח.
בנובמבר 2016 דן בית הדין הצבאי לערעורים בשאלה משפטית עקרונית, והיא האם הסכמתו של נחקר יכולה להוות מקור סמכות לחיפוש במכשיר הטלפון הנייד של הנחקר בבדיקת מעבדה. המערער יוצג על ידי סנגורים מהסנגוריה הצבאית. לאחר שעמד על ההיבטים השונים המבדילים בין חיפוש ידני בטלפון, במעמד החקירה ובנוכחות הנחקר, לבין חיפוש במעבדה שהוא מעמיק יותר ונערך שלא בנוכחות הנחקר, קבע בית הדין הצבאי לערעורים כי הסכמת הנחקר אינה יכולה להוות מקור סמכות לעריכת חיפוש במעבדה. בקשתה של התביעה הצבאית למתן רשות לערער על פסק דינו של בית הדין הצבאי לערעורים, נדחתה על ידי בית המשפט העליון.