אירוע חשוב לציון בתקופה הזאת היווה חסימת דרכה של אונייה עמוסה בחמרי נפץ לחוף אילת בתקופת החגים בה החוף מלא נופשים. אף כי למודיעין הימי לא היה מידע עדכני על תנועות האניה וכוונות הפיגוע, המידע הכללי על היותה בבעלות המחבלים, החל את תהליך הזיהוי, שמנע פיגוע רצחני בראש השנה התשל"ט באילת. המודיעין הימי הפיץ למערך הגילוי וליחידות החיל רשימת אניות בשירות המחבלים. אחת מהן הייתה "אגיוס דמטריוס" בדגל קפריסאי. ב-30 ספטמבר 1978 במהלך השבת שלפני ראש השנה זוהתה האניה על ידי תצפיות החוף בעת המעבר במצרי טיראן. האניה העלתה את חשד אנשי מערך הגילוי בזירת ים סוף, היות שנשארה לעמוד ולא התקדמה צפונה.
הנחתת אח"י אשדוד (פ-61) בפיקודו של אבי רוטמן שהייתה בסיור במפרץ אילת נשלחה לבדוק אותה. האניה לא ענתה לקריאות והחשד הפך לאויב ודאי, עצרה רק לאחר יריות לתוך הגשר. הסטי"ל אח"י רשף בפיקוד הרצל שחף הופנה גם הוא לאזור. צוות ההשתלטות נחרד לגלות באניה 10 מחבלים. והתברר שכוונתם הייתה להפעיל מטען חומר נפץ גדול בהשהיה ולהפנות את האניה בהגה אוטומטי לכיוון חוף אילת.
המחבלים הורדו מאניה והיא נעזבה מאוחר יותר הורה מפקד חיל הים להשמידה וירי פגזי תותח מאח"י רשף גרמו להתפוצצות המטען והאניה טבעה.
הפיכת המודיעין הימי ממחלקה למספן.
התשתית האיסופית והמיומנות המחקרית שנבנו מסוף שנות ה-70 הביאו לשיפור יכולת ההתרעה ואפשרו ייזום מבצעים נגד תשתיות המחבלים לאורך חופי לבנון לסיכול פיגועים. המבצעים, שבוצעו בעיקר על ידי לוחמי שייטת 13, חייבו ליווי מודיעיני פרטני ותכיפותם הגדולה הביאה בסופו של דבר להקמתו של ענף מל"ם (מודיעין למבצעים), שליווה מודיעינית את נוהלי הקרב, ואפשר לגורמי המחקר הימי להתמקד במחקר המודיעין – הבסיסי והשוטף.
במחצית השנייה של שנות ה-70, ולאחר עבודת מטה ממושכת ומסודרת שקיים מי שהיה אז רמחמ"ן, אל"ם אלי לוי, מול ראש אמ"ן, האלוף שלמה גזית, ומול מפקד חיל הים באותה עת, האלוף מיכאל ברקאי (יומי), הורחבה מסגרת המודיעין הימי ובשנת 1977 הוא נהפך למספן מודיעין ים. אל"ם אלי לוי, שהיה עד אז ראש מחלקת מודיעין ים נהיה ראש מספן מודיעין ים הראשון. בעת שהגיש את המלצותיו לארגון המספן לא דרש להעמיד בראשו קצין בדרגת תא"ל וזאת כדי לא להראות כמי שדורש דרגה לעצמו. לאחר שנה שבמהלכה פיקד אל"ם לוי על ראשי המחלקות אל"ם משה (מרצ'ל) ברנע, בתפקיד ראש 'מחלקת מחקר', ואל"ם פנחס נוסבאום, בתפקיד ראש 'מחלקת מודיעין למבצעים' הראשון, והמבנה החדש הוכיח את עצמו, שונה התקן ואלי לוי נעשה תת-אלוף,
השינוי במבנה המחלקה והגדלתה השתלב במדיניותו של הרמטכ"ל מוטה גור להרחיב את מסגרות בצה"ל ולחזקן, כחלק מלקחי מלחמת יום הכיפורים. השינוי נבע גם מהאתגרים החדשים שהועמדו בפני המודיעין הימי לאחר מלחמת יום הכיפורים, ובכלל זה התחמשות מאסיבית של ציי העימות וציי הפריפריה ובמיוחד הצטיידותם באמל"ח ימי מערבי מתקדם. סיבה נוספת הייתה התגברות הטרור הימי מאמצע שנות ה-70, ובמיוחד ביצוע פיגועי ראווה בישראל שמבצעיהם הגיעו ליעדם בדרך הים, תוך שימוש באמצעים ובסייענים מתחום הספנות האזרחית, מה שחייב הקצאת כוח אדם שיתמחה בחקר האיום החדש.
מאז ועד היום נשמר בדרך כלל המבנה המספני שתואר לעיל, אך במהלך השנים נעשו בו שינויים פנימיים בהתאם למשימות המשתנות של המספן ולשינויים שחלו בזירה, למשל הוספה או הרחבה של מסגרות לטיפול בטרור הימי או הופעת האיום הימי האיראני וכן בשל שינויים טכנולוגיים משמעותיים בזירה הימית.
מלחמת לבנון הראשונה וספיחיה.
תקופת הלחימה.
במלחמת לבנון הראשונה (מבצע "שלום הגליל) לא הייתה לחימה ימית כלשהי, ותרומתו של המודיעין הימי הייתה בעיקר בשלב ההכנות למבצע הנחיתה, שבוצעה לבסוף סמוך לשפך הנהר אל-אוואלי, צפונית לצידון. בסדרת מבצעים מקדימה של שייטת 13 נאסף מידע על חופים פוטנציאלים להנחתת הכוחות. המידע שנאסף נבדק ונותח, ועל פי הממצאים נבחר בסופו של דבר מקום הנחיתה.
במהלך המבצע נערך חיל הים, ובכלל זה גם המודיעין הימי, לאפשרות של התדרדרות הלחימה גם אל מול הצי הסורי, אך בסופו של דבר לא נוצר מגע כלשהו בין חילות הים.
פינוי המחבלים מלבנון לפזורה.
לאחר מלחמת שלום הגליל (מלחמת לבנון הראשונה), פונו ארגוני המחבלים מלבנון (אוגוסט 1982) והם התבססו בכמה מדינות ערביות בים התיכון (בעיקר תוניס, אך גם בסוריה) ובים האדום (בסודאן ובתימן).
זמן קצר לאחר העזיבה המתוקשרת מנמל בירות על סיפון אוניות נוסעים, החלה חזרתם של מחבלים (ובהם ערפאת) ואמל"ח ללבנון, והפעם מתוך כוונה להתבסס בטריפולי ובמרחב צפון לבנון. המודיעין הימי עקב אחרי תנועות אלה, ויזם מבצעים של חיל הים לסיכולן (לדוגמה, האונייה "חנאן", בבעלות פת"ח, שהפליגה מטוניס לנמל טריפולי ועליה מחבלים ואמצעי לחימה, נתפסה על ידי חיל הים באוגוסט 1983). בסופו של דבר השהיה של גורמי פתח בצפון לבנון הייתה קצרת מועד, מאחר שבחודש יוני 1983 פרץ מרד בשורות המחבלים והתפתח עימות צבאי בין תומכי ערפאת למתנגדיו, שנתמכו על ידי הסורים (שבהזדמנות זאת החרימו את ספינות התותחים שהתקבלו מלוב והיו ערוכות בנמל לטקיה).
בדצמבר 1983 התפנו סופית ערפאת ואנשיו מלבנון. במהלך הפינוי יזם המודיעין הימי השתלטות על אחת מהאוניות שהובילה כוחות מלבנון לתימן. על האונייה, ששמה "אנודה", נתפס נשק רב ובכלל זה שני טנקים ומשאיות הנושאות מטולי רקטות. כמו כן נתפסו פעילים שהיו מעורבים בפיגועים.
למרות התפנותם השנייה של המחבלים מלבנון לפזורה הערבית, אותרה חזרתם בטפטוף של עשרות מחבלים מהפזורה דרך קפריסין ללבנון. בין השנים 1984 ו-1991 יורטו באגן המזרחי של הים התיכון כעשרים ספינות, שחלקן היו בבעלות זרה והובילו מחבלים ללבנון וחלקן היו בבעלות המחבלים.
הפזורה הפלסטינית והטרור הימי.
למרות העזיבה המסיבית של המחבלים את לבנון, ומתוך רצון להראות שהמעבר לפזורה לא סתם את הגולל על "שאיפת המאבק המזוין נגד ישראל", ניתנה הנחיה לבצע פיגועים מלבנון בין היתר בטווח הימי. הניסיונות הראשונים, שנערכו ביולי וספטמבר 1984 כשבסיס המוצא היה בלבנון, היו חפוזים והובילו אותם גורמים ללא ניסיון ימי, דבר שהביא לכישלון הפעולות. המודיעין הימי התריע מבעוד מועד על הכוונה לבצע את הפיגועים הללו, ואף זיהה שהמדובר בניסיונות בוסר, שאינם אופייניים לאבו ג'יהאד, ראש הזרוע הצבאית של פת"ח, שבעברו הוביל פיגועי ראווה מורכבים בפן הימי.
ואכן החל במחצית השנייה של 1984, זיהתה המערכת המודיעינית התארגנות בהובלתו של אבו ג'יהאד, להוציא אל הפועל פיגוע ראווה בדרך הים באמצעות אוניית-אם שתצא מצפון אפריקה מתוך אמונה שבשל המרחק מישראל יעלה בידם לשמור על חשאיות המבצע. ככל שהתקדמו ההכנות לפעולה, בתחילת 1985, הצביע המודיעין הימי על ההתארגנות ההולכת ונשלמת באלג'יריה לרבות הערכה לפיה נמל המוצא לפיגוע יהיה נמל ענאבה שבמזרח אלג'יריה. אחת הספינות עליה הצביע המודיעין כמועמדת לשימוש, הייתה האונייה "מונלייט" בבעלות חברת הספנות "דטרקו" של אש"ף ואשר כמה חודשים קודם לכן הייתה מעורבת בניסיון נפל לעבור עם מטען אמל"ח בתעלת סואץ דרומה.
בסופו של דבר העדיפו המחבלים להשתמש באונייה אחרת בשם "אטאבירוס", שהפליגה מנמל ענאבה ב-14 באפריל 1985 כשעליה 21 מחבלים ו-7 אנשי צוות מהכוח הימי, מתוך כוונה לבצע פיגוע ראווה לקראת יום העצמאות ה-37 (1985). חיל הים, שנערך לאור התרעה של המודיעין הימי הטביע אותה ממערב לחופי המדינה דקות ספורות לפני שהחלה לפרוק את סירות הגומי שנועדו להוביל את חוליות הפיגוע לחופינו. האונייה הנוספת ששמה עלה כאמור בהקשר להתארגנות זו (ה"מונלייט"), ועלה חשש שהיא תשמש כספינת אם, הוטבעה בנמל ענאבה (מבצע דרך נץ) ימים ספורים לפני הטבעת "האטאבירוס".
על פיצוח סוגיה מודיעינית זו ובניית תמונת המודיעין המקדימה, העניק ראמ"ן למודיעין הימי ולשניים מקציניו את פרס החשיבה היוצרת על שמו של אל"ם עוזי יאירי. זו הייתה סגירת מעגל מרגשת: בדיוק עשור שנים לאחר נפילתו של יאירי בפיגוע במלון "סבוי", סוכל, בהצלחה מרובה, פיגוע ראווה ימי במאפיינים דומים.
תפיסת ספינת המחבלים אנג'ל - בליל 4 באוגוסט 1988 הצליח המודיעין הימי לממש לכידת ספינת מחבלים בים האדריאטי. הספינה "אנג'ל" שנרכשה ביוון על ידי ארגון הפת"ח בשנת 1983 הייתה לספינה הגדולה והמודרנית ביותר שברשות הארגון. ביולי 1988 נשלחה הספינה לסדרת שיפוצים מקיפה בנמל דוברובניק שביוגוסלביה. המודיעין שעקב אחריה נודע כי היאכטה "אנג'ל" סיימה את השיפוץ והיא מפליגה מיוגוסלביה ללוב, שנשאה עליה קבוצת קציני פת"ח. היא יורטה כ-25 מיל מדרום למפרץ טרנטו באיטליה על ידי ארבע ספינות סער – אח"י יפו (סער 4), אח"י קשת (סער 4.5), אח"י מולדת (סער 4), ואח"י גאולה (סער 4.5 חוחית), בפיקוד המש"ט אל"ם יוסי לוי (קצין). ארבעה קצינים מהכוח הימי של הפתח נעצרו והיאכטה הושטה לחיפה.
סיכול מתקפת סירות נשק בחג שבועות.