עם בחירתו הצהיר סֶרֶסו כי מטרותיו העליונות הן סיום האלימות הפוליטית ומיסוד שלטון החוק. הרפורמות כללו חוקים חדשים בדבר הביאס קורפוס, הגנה מכוח צו בית-משפט, הקמת ועדת זכויות-אדם חקיקתית, והקמת נציב תלונות הציבור לענייני הפרת זכויות אדם. בית-המשפט העליון פתח גם הוא בסדרת רפורמות למלחמה בשחיתות בשיפור יעילות מערכת המשפט.
עם תחילת כהונתו של סרסו, הרפה הצבא מרסן השלטון ושב לתפקידו המסורתי של דאגה לביטחון הפנים במדינה ולחימה במיליציות בפרט. השנתיים הראשונות לכהונתו של סרסו התאפיינו ביציבות כלכלית ובירידה ניכרת באלימות פוליטית. שני ניסיונות הפיכה של אנשי צבא אירעו במאי 1988 ובמאי 1989, אך ההנהגה הצבאית תמכה בסדר החוקתי. במקביל נמנעה הממשלה לחקור ולהעמיד לדין מקרים של הפרת זכויות אדם. השנתיים האחרונות לכהונתו התאפיינו בכלכלה כושלת, שביתות, צעדות מחאה וטענות על שחיתות רווחת. אזלת-ידה של הממשלה לנוכח בעיות המדינה - תמותת תינוקות, בערות, שירותי בריאות ושירותים סוציאליים לוקים מאוד וכן אלימות גוברת - כל אלה תרמו לחוסר שביעות רצון כללי.
הנשיא הבא, חורחה אנטוניו סֶרָאנו אליאס, שנבחר לאחר סיבוב הכרעה ב-1991, נאלץ לקיים קואליציה רעועה, כיוון שמפלגתו השיגה 18 מ-116 מושבים בבית הנבחרים. סראנו הגביר את השליטה האזרחית בצבא, תוך שהוא מחליף מספר קצינים בכירים לצורך זה. הוא אף הביא את הצבא לפתוח בשיחות שלום עם מיליציית ה-URNG. צעד לא פופולרי של סראנו היה הכרה בריבונותה של בליז, שעד אז נחשבה להלכה למחוז של גואטמלה. בתקופתו נעצרה הנסיגה בכלכלה הגואטמלית, האינפלציה הצטמצמה והגידול הריאלי גדל.
ב-25 במאי 1993 פיזר סראנו את בית הנבחרים ואת בית המשפט העליון וניסה להגביל את החירויות האזרחיות, כביכול מתוך מטרה ללחום בשחיתות. הפיכה-עצמית כושלת זו נכשלה בשל מחאות עזות של מרבית החברה הגואטמלה, לחץ בינלאומי ואכיפה של הצבא את החלטות בית הדין לחוקה, שפסק נגד ההפיכה. לאור כל זאת סראנו מיהר לברוח מהמדינה ובכך נסתיימה כהונתו. בית הנבחרים מיהר לבחור כמחליפו של סראנו בנציב זכויות האדם רָמִירוֹ דֶה לֶאוֹן קָארפְּיוֹ, וזה הושבע לתפקיד ב-6 ביוני 1993.
דה לאון לא השתייך למפלגה כלשהי, אך נהנה מתמיכה עממית רחבה. הוא פתח במתקפה שאפתנית נגד השחיתות, ומתוך מטרה "לטהר" את השורות בבית הנבחרים ובבית המשפט העליון, דרש את התפטרותם של כל חברי שני גופים אלה. על אף התנגדות ניכרת מצד בית הנבחרים, הביא אותם הלחץ הנשיאותי והציבורי לחתימה על הסכם בין הצדדים בתיווך הכנסייה הקתולית. הסכם זה, שכלל שינויים חוקתיים, נחתם בנובמבר אותה שנה ואושר במשאל עם ב-30 בינואר 1994. באוגוסט 1994 נערכו בחירות לבית הנבחרים כדי להשלים את המושב שנקטע. המפלגות הדומיננטיות במושב החדש של בית הנבחרים היו המפלגתו הפופוליסטית של דיקטטור העבר ריוס מונט (FRG - "החזית הרפובליקנית הגואטמלית") ומפלגת המרכז-ימין PAN ("מפלגת הקידום הלאומית"). מפלגות אלו שמו במרכז המצע שלהם את הלחימה בשחיתות, ואכן בתקופה זו חלה נסיגה ניכרת בשחיתות שאפיינה את בתי הנבחרים הקודמים.
תהליך השלום, כעת בתיווך האו"ם, זכה להתחדשות. הממשל וה-URNG חתמו על שורה של הסכמים בנושא זכויות אדם (מרץ 1994), יישוב מחדש של עקורים (יוני 1994), חשיפת העובדות ההיסטוריות (CEH) (יוני 1994) וזכויות הילידים (מרץ 1995). התקדמות ניכרת הייתה גם בהסכמים חברתיים-כלכליים וחקלאיים.
בנובמבר 1995 נערכו במקביל בחירות לנשיאות, לבית הנבחרים ולעיריות. בבחירות אלה התמודדו כמעט עשרים מפלגות. הבחירות לנשיאות הוכרעו בסבב שני בו גבר בקושי מועמד PAN אלווארוֹ אָרְסוּ (Álvaro Enrique Arzú Irigoyen) על מועמד ה-FRG אלפונסו פּוֹרְטִיוֹ. ניצחונו של ארסוּ בא לו בזכות הפופולריות לה זכה בעיר הבירה בעקבות כהונתו כראש עיריית גואטמלה סיטי. פורטיו לעומתו זכה בכל המחוזות הכפריים למעט פֶּטֶן. בתקופתו של ארסוּ נסתיימו שיחות השלום בחתימה על הסכם שלום בדצמבר 1996, שחתם 36 שנות סכסוך.
אחרי הסכמי השלום.
גם בתקופת כהונתו של ארסוּ נותרה בעיית זכויות האדם בעייתית. אירוע ראוי לציון מתקופה זו היא הירצחו של ההגמון חואן חוסה חרארדי שלושה ימים לאחר שהציג בפומבי דו"ח בחסות הכנסייה הקתולית שעניינו זכויות אדם. אירוע נוסף היה היעלמותו של אפראין בָּאמָקָה וֶלָאסְקֶס, שנודע בכינוי "קומנדאנטה אֶווֶרָארדוׁ". מאוחר יותר נודע כי הוא עוּנָה ונרצח ללא משפט בידי קציני צבא גואטמלה שקיבלו תשלום מה-CIA.
בבחירות שנערכו בסוף 1999 זכו אלפונסו פורטִיוֹ (Alfonso Antonio Portillo Cabrera) ומפלגתו, ה-FRG, ברוב גדול הן בבחירות לנשיאות והן בבחירות לבית הנבחרים. הפעם זכה פורטיו ברוב גם בעיר הבירה כמו גם ביתר המחוזות. על אף ביקורת שקָבלה על קשריו עם הנשיא לשעבר ריוס מונט, שבתקופת כהונתו התבצעו מן הגרועים שבמקרי הטבח במדינה, הרוב הגדול לו זכה איפשר לו לטעון לזכותו לממש את תוכנית הרפורמות שלו. תוכנית הרפורמות השאפתנית שלו כללה בין היתר את חיזוק הקשרים עם ארצות הברית ומדינות האזור, ייסוד בנק מרכזי עצמאי, רפורמות בצבא, המשך תהליך השלום, קידום נושאי זכויות אדם ועוד. ברם, התקדמות הרפורמות האלה בפועל הייתה מועטה מאוד, וכהונתו התאפיינה דווקא בעלייה ברמת הפשע, בשחיתות מוסדית חמורה, ברדיפה אנונימית של פעילי זכויות אדם, עיתונאים, אנשי משפט ועדים במשפטי זכויות אדם, ועוד.
כהונתו של פורטיו הסתיימה בבחירות של סוף 2003 בהן זכה אוסקר בֶּרְשֵׁה (Óscar José Rafael Berger Perdomo), לשעבר ראש-עיריית גואטמלה, שגבר בשני סיבובים על אלווארו קוֹלוֹם וריוס מונט. זה האחרון, שהיה דיקטטור בעבר, זכה להתמודד שוב לאחר שמהומות שיזמה מפלגתו ביולי אילצו את בית-המשפט החוקתי לשנות פסיקה קודמת שפסלה אותו מלהתמודד. המתמודד הנוסף, אָלְווָארוֹ קוֹלוֹם, חזר להתמודד בבחירות של סוף 2007 וניצח בסיבוב השני את הגנרל בדימוס אוֹטוֹ פֶּרֶס מוֹלִינָה, איש המפלגה הפטריוטית. כהונתו של קולום עמדה בסימן כישלונו במלחמה כנגד קרטלי הסמים שהפכו את המדינה לנתיב הברחה. מומחים העריכו כי הקרטלים וכנופיות שולטים בכ-40% משטחה של גואטמלה. שיעור מקרי הרצח במדינה גבוה פי שמונה מזה שבארצות הברית. בשלהי 2011 התמודד מולינה שנית מול איש העסקים מנואל בלדיסון. במהלך קמפיין הבחירות שלו הבטיח מולינה לבלום את הפשע האלים ולהילחם בקרטלי הסמים, כשבין היתר התחייב לגייס כ-10,000 שוטרים חדשים ולהרחיב את נוכחות הכוחות ברחובות כשבכוונתו לפרוש גם כ-2,500 חיילים, על מנת להגביר את הביטחון. בבחירות שהתקיימו ב-7 בנובמבר ניצח מולינה כשקיבל כ-54% מקולות הבוחרים. יריבו, בלדיסון, הסתפק בכ-46%. מולינה היה איש הצבא הראשון ששלט במדינה מאז הושבה אליה הדמוקרטיה ב-1986.
חשיפת העובדות ההיסטוריות בדבר רצח העם בבני המאיה בשנות מלחמת האזרחים.
בשנת 1999 הגישה "הועדה לחשיפת העובדות ההיסטוריות" (CEH) בחסות האו"ם, את הדו"ח בדבר פשעי המלחמה ורצח העם שבוצע בתקופת הלחימה, ובעיקר בשנות שליטתו של מונט (1982-1983). הוועדה קבעה כי "האלימות מצד המדינה הייתה מכוונת בראש ובראשונה כנגד המבודדים, העניים, ומעל הכול כנגד בני המאיה". הוועדה קבעה כי בין השנים 1964 – 1994 הצבא ביצע 626 מעשי טבח מתועדים בכפרים. ראיות ספציפיות נמצאו להשמדתם של 42,275 גברים, נשים וילדים מבני המאיה. מתוך אלה 23,671 היו קורבנות של הוצאות שרירותיות להורג, ו-6,159 היו קורבנות של העלמות בכפייה. מבין הקורבנות שניתן היה לזהות בביטחון, 83% הם בני המאיה ו-17% הם לאדינו. הערכת הוועידה היא כי-200,000 בני אדם מצאו את מותם ולמעלה מ-100,000 נשים נאנסו במהלך תקופת הרצח. בשנת 2012 נעצרו הגנרל אפראין ריוס מונט (Efraín Ríos Montt) שהיה נשיא גואטמלה בשנים 1982 – 1983 ואוסקר מֵחִיָה (Oscar Mejia), שליט גואטמלה בשנים 1983 – 1986. מחיה נמצא בלתי כשיר למשפט,ואילו מונט נשפט, הורשע ברצח עם ונידון ל-80 שנות מאסר.
הנשיא פרס מולינה ופרשת 'לה לינֶאָה'.
באפריל 2015, כשלוש שנים לאחר תחילת כהונתו של פרס מולינה ושל סגניתו רוֹקְסַנָה בַּלְדֵטִי (Roxana Baldetti), פרסמה סוכנות האו"ם נגד שחיתות,
CICIG, דו"ח המאשים בשחיתות מספר בכירים בממשל וביניהן גורמים בסביבתה של סגנית הנשיא ובנציבות מס הכנסה. הדו"ח שהוכן בעקבות מעקב בן למעלה משנה וכלל האזנות סתר חשף פרשיה שכונתה La Línea, שבמסגרתה גורמים רשמיים נהגו לקבל שוחד בתמורה להקלות בתשלום מכס.
חשיפת הפרשיה הביאה לגל של מחאות המוניות שאורגנו באמצעות הרשתות החברתיות. המחאות הביאו להתפטרותה המיידית של סגנית הנשיא. ככל שנמשכה הפרשה נחשפו יותר ויותר מקרי שחיתות ועשרות בכירים נאלצו להתפטר, וחלקם נאסרו. שיאה של הפרשה היה ב-21 באוגוסט 2015, כאשר התובעת הכללית הצהירה במסיבת עיתונאים כי יש ראיות ממשיות לכך שהנשיא וסגניתו לשעבר הם אלו שהובילו את התארגנות "לה לינאה". בלדטי נעצרה עוד באותו היום, אך הנשיא עצמו הצהיר, למרות לחץ ציבורי גובר, כי אין בכוונתו להתפטר.
התארגנויות המחאה שנערכו ב-27 באוגוסט כללו תהלוכות וחסימות כבישים ברחבי המדינה. לראשונה כללו ההתארגנויות גם השתתפות משמעותית מקרב האוכלוסייה הכפרית והילידית, שעד אז התמקדה בעיר הבירה. גם התארגנויות אלה, כמו קודמותיהן, התאפיינו במחאה לא אלימה. מאות עסקים ובתי ספר שבתו בתמיכה, ואנשי עסקים מובילים גם הם הצטרפו למחאה, וקראו לבית הנבחרים להסיר את חסינות הנשיא ולהעמיד אותו לדין.