בתקופת שושלת אל-מוואחידון החלו הרדיפות הקשות ביותר בתולדות יהדות צפון אפריקה. היהודים הועמדו בפני בחירה להתאסלם או להיהרג. רבים בחרו "למות על קידוש השם" או שנטבחו במהלך כיבושי אל-מוואחידון, בעוד שיהודים אחרים התאסלמו, חלקם תוך המשך קיום מצוות היהדות בסתר. על פי "ספר הקבלה" לר' אברהם אבן דאוד, בשנות שלטונם של אל-מוואחידון "לא נותר יהודי אחד ממהדיה [בתוניסיה] ועד סילווס [בפורטוגל]". בממצאי גניזת קהיר נמצאו קינות המבכות את חורבן הקהילות היהודיות בערי איפריקיה (תוניסיה של ימינו) תחת אל-מוואחידון.
בימי השושלת החַפצית (1229–1574), חוקי עומר נאכפו בקפדנות אך הרדיפות האלימות נפסקו, והקהילה היהודית בתוניסיה החלה בהשתקמות מהמאורעות בתקופת אל-מוואחידון. זרם ההגירה היהודי כתוצאה מגירוש ספרד גם כן סייע לשקם ולבנות את הקהילה.
קהילת יהודי תוניסיה הורכבה בעבר משלוש קהילות עיקריות - הקהילה היהודית המקומית, שכונתה אל תוו'אנשא, מגורשי ספרד שהגיעו לתוניסיה לאחר הגירושים הגדולים מספרד ופורטוגל ב-1391 וב-1492 וקהילת היהודים הספרדים אשר הגיעו מליבורנו, איטליה במהלך המאה ה-18 וכונו בשם גורנים.
בעת החדשה.
ה"גראנה" – יוצאי ליבורנו בתוניסיה.
בשם גראנה (Grana או Gornim) כונו אלה מיהדות ליבורנו אשר היגרו לתוניסיה במאה ה-18. לעיתים הם כונו גם בשם יהודים פרנקים (Ebrei franchi). הם הקימו בעיר קהילה נפרדת, שבחלק מהזמן פעלה בשיתוף פעולה עם יהודי המקום ובחלק מהזמן פעלה בנפרד מהם. הם לא חויבו לגור בשכונה מיוחדת וללבוש לבוש מיוחד, כפי שנדרש מיהודי המקום. לפי חיבורו של ונטורה דה פרדיסו (Venture di Paradiso) היה לסוחרים יוצאי ליבורנו תחום מיוחד בנמל תוניסיה עם רציפים שלהם ואף המכס היה נותן להם שירות מיוחד. לסוחרים יוצאי ליבורנו היה זיכיון למסחר עם ארצות הלבנט וקשרי מסחר הדוקים עם נמלי אירופה, שהיו חשובים לשליטים המקומיים.
הגעתם של יהודי ליבורנו לתוניסיה סייעה להתחדשות הקהילה כולה ולהיווצרות קשרים קרובים בין הקהילה היהודית בתוניסיה לבין דרום איטליה. הדבר הוביל, בין השאר, לקשרי מסחר מפותחים וכן לזרימה של ספרים רבים בשני הכיוונים וכן לפריחה תרבותית בקרב יהודי תוניסיה. רבנים חשובים רבים פעלו במאות ה-16 עד ה-18, ויצירה הלכתית רבה חוברה בתקופה זאת, בעיקר בכל הקשור לפרשנות של התלמוד. גם משוררים פעלו בתקופה הזו, כולל המשורר פרג'י שוואט שזכה לפרסום בקרב כלל קהילות יהודי צפון אפריקה. החיד"א שביקר בתוניס ב-1773–1774 כתב שהוא פגש בעיר כ-300 תלמידים חכמים ואלה שפגש היו מלומדים ביותר.
במאה ה-18.
המספר הכולל של היהודים בתוניסיה במהלך המאה ה-18 המאוחרת עמד על מספר עשרות אלפים, כנראה סביב 50 אלף. החיים היהודים בתוניסיה התרכזו סביב הבירה תוניס, שם חיו למעלה ממחצית היהודים במדינה. מספר קטן יותר של יהודים חיי גם בערים אחרות, בג'רבה, ספאקס, סוסה, נאבל, מהדיה, אל-כאף, גאבס ועוד. בין הרבנים שפעלו באותה תקופה בתוניסה יש למנות את הרב יעקב פיתוסי המוזכר גם בכתבי החיד"א, הרב נתן בורג׳יל או הרב יוסף זרקא.
במאה ה-18 סוחרים יהודים, צרפתים ואנגלים היו בתחרות עיקשת בתחום המסחר והיצוא והיבוא מתוניסיה, ולעיתים קרובות יהודים נאלצו לשלם מכס ומיסים גבוהים יותר. למרות זאת הקונסול הצרפתי בתוניס התלונן על ההצלחה שהיהודים זוכים לה בסחר והטיל עליהם מספר רב של הגבלות בכל הנוגע למסחר עם צרפת או עם סוחרים צרפתיים, ואסר על כל סיוע לסוחרים יהודים מתוניסיה. מאמציו נכשלו והיהודים עדיין הובילו את המסחר; על פי נתוני הקונסול בין השנים 1755–1764 היהודים היו אחראים ליבוא בשווי 6.5 מיליון מטבע מקומי בעוד שסוחרים צרפתים היו אחראים ליבוא בשווי 2.1 מיליון בלבד.
למרות ההצלחה בתחום המסחר, היהודים סבלו לפחות משתי פגיעות חמורות בביטחון הקהילה במהלך מאה ה-18. בשנת 1752 צבאו של עלי ביי (1735–1756) חזר מקרב נגד כוחות מורדים שהובלו על ידי בנו, והחיילים בזזו את בתי היהודים והנוצרים בעיר תוניס במשך ממספר ימים. רבי נהוראי ג'רמון כתב שהיהודים לא נותרו עם דבר לאחר השוד, וגם רוב כתביו וספריו שלו הושמדו במהלך הפרעות. את השרידים מכתביו הוא אסף ופרסם בספר תחת השם "יתר הבז".
הפגיעה המשמעותית ביותר בביטחון היהודים במהלך המאה ה-18 באה עם כיבוש תוניס על ידי אלג'יריה. הצבא האלג'ירי טבח באלפים מתושבי העיר, מתוכם יהודים רבים, רכוש רב נבזז ונהרס והיו מקרי אונס של נשים. יהודים רבים נמלטו מתוניס לערים אחרות. בין ההרוגים בטבח כלולה כנראה גם המשוררת היהודייה פריחא בת יוסף ומשפחתה הייתה בין הפליטים שברחו מהעיר.
במאה ה-19.
ב-1808 פורעים בזזו חלק גדול מהרכוש של היהודים והנוצרים, אך השליט חמודה ביי (1782–1813) שנחשב לשליט שנהג בהוגנות עם היהודים, הורה לתפוס אותם ולהחזיר ליהודים את רכושם. מהומות כאלה היו שכיחות יחסית, ב-1811 שוב החלו מהומות כנגד השליט שדוכאו במהרה, אך שוב היהודים היו הנפגעים הראשונים.
עדות על מצב היהודים בתחילת המאה ה-19 מופיע בכתביו של הקונסול האמריקאי בתוניסיה באותה תקופה, מרדכי מנואל נח, שהיה יהודי בעצמו. הוא מתאר אמביוולנטיות גדולה במצב היהודים. מצד אחד הם דומיננטיים מאוד בסחר הבינלאומי מתוניסיה, אך מצד שני הוא כותב שבתור מיעוט חסר הגנה, אין להם ברירה אלא להשיג את הצלחתם דרך רמייה. הוא מציין כי היהודים מקורבים מאוד לשלטון וכי לא ראה את הביי או הווזירים ללא מספר יהודים ברי-השפעה מסביבם, אך מצד שני הם נתפשים ברחוב כ"מטרה קלה" וכמיעוט שאפשר להתעמר בו; "ליהודי בברבריה אין חברים, אך העושר שלו רוכש עבורו הגנה וסובלנות". הקונסול תיאר גם את פגישתו עם נשים יהודיות תוניסאיות בנות למשפחות עשירות. הוא משבח את הנימוסין, נדיבות, נאמנות ויראת שמיים של נשים יהודיות באופן כללי. המחנך והסופר היהודי התוניסאי שלום פלאח מתאר מציאות דומה בכתביו בסוף המאה ה-19; לדבריו התופעה שיהודי עובר ברחוב ומוכה על ידי עוברי אורח מוסלמים לא הייתה נדירה, והוא עצמו סבל ממנה לא פעם.
ישראל יוסף בנימין כתב שהיו כ-16 אלף יהודים בעיר תוניס בעת ביקורו בשנת 1853. הוא כותב שהיו בה 800 מלומדים רבניים ו-12 דיינים; 3 גורנים ו-9 מקומיים. כמו כן הוא מציין שיש למקומיים בעיר 3 בתי כנסת גדולים ו-50 בתי כנסת קטנים ולגורנים בית כנסת גדול אחד ועוד 2 קטנים. החינוך לילדים בתוניסיה נערך באופן מסורתי על ידי רבנים בבתי הכנסת, בצורה המקבילה ל"חדר" אצל יהודי מזרח אירופה. אולם מתקופה זאת החלו לפעול גם מספר בתי ספר יהודים מודרניים בעיר תוניס, הגדול שבהם עם יותר מ-200 תלמידים.
בשנת 1855 עלה לשלטון בתוניסיה מוחמד ביי שניסה לערוך רפורמה ליברלית למען המיעוטים, ובהם היהודים, ובמהלך זה הוריד מעליהם את עול תואר ה"דימי" ואת תשלום מס הגולגולת שחויבו לשלם. כתוצאה מרפורמה זו בשנת 1864 פרץ מרד קשה כנגד דרכו הליברלית של ביי והוא נאלץ להחזיר את המצב לקדמותו. כחלק מהמרד הגדול שהתרחש נפגעו יהודים רבים, נפגע רכוש בהיקף נרחב ובתי כנסת רבים נפגעו. המאורעות נמשכו עוד מספר שנים ובשנת 1869 הם אף פרצו בעיר הבירה תוניס. ביי מינה שר כספים יהודי, נסים שמאמה.
לאון מישל, מטייל צרפתי לא-יהודי שביקר בתוניס באמצע המאה ה-19 מציין בהפתעה שעל אף שמצבם הכלכלי והחברתי של היהודים השתפר, עדיין הם שואפים לחזור לארץ ישראל. ההיסטוריון חיים זאב הירשברג מציין שההערכה שמצבם החברתי של היהודים השתפר בשנים אלו אינה בהכרח נכונה; בשנת 1868 בין 17–18 יהודים נרצחו בתוניס. הקונסולים הזרים כתבו על כך תזכיר, אך הרשויות המקומיות לא הביאו את הרוצחים למשפט ולא נערכה חקירה.
החל משנת 1864 הגבירו המעצמות האירופיות, כגון אנגליה וצרפת, את מעורבותם בתוניסיה ופעלו במקרים שבהם הותקפו יהודים. כך למשל, בשנת 1875 נרצח יהודי על ידי מוסלמי בן מעמד גבוה. היהודים מחו על כך מול מבנה קונסוליית צרפת, והקונסול הבריטי הלך ומחה על כך בפני השליט התוניסאי. בעקבות הלחץ שהופעל עליו הביי הורה לתפוס את הרוצח ולהוציא אותו להורג. במקרה אחר, בלחץ חברת כל ישראל חברים (כי"ח) ונציגי ממשלת צרפת, הורה הביי להפסיק להשתמש בעונש של מלקות כנגד יהודים.
בתקופה זאת הוקמו בתוניסיה בתי הספר היהודיים הראשונים של חברת כי"ח בראשות דוד קאזס. לאורך השנים בתי ספר אלו תפסו את מקומם של בתי הספר המסורתיים ושירתו את מרבית יהודי תוניסיה.
המעורבות האירופאית המשיכה והתגברה עד שבשנת 1881 כוחות צרפתיים פלשו לתוניסיה וכבשו אותה. תקופת השלטון הצרפתי בדרך כלל הובילה לשיפור לטובה במצב היהודים והעניקה להם הגנה ואפשרויות כלכליות.
החל מהמאה ה-19 התפתחה ספרות ועיתונות יהודית מודרנית ענפה בתוניסיה, בעברית, ערבית יהודית וצרפתית. בהשפעת רעיונות ההשכלה אישים כגון אליעזר פרחי, שלום פלאח, יעקב שמלה, צמח הלוי, יעקב הכהן, מסעוד מעארך ונוספים, בני הדור הראשון של סופרים ועיתונאים מודרניים בסוף המאה ה-19, יצרו ספרות ועיתונות עשירה, בעיקר בערבית יהודית, שפרחו ביתר שאת בתחילת המאה ה-20. בני הדור השני של סופרים ועיתונאים, בהם רפאל לוי, ויטליס דנון, ז'ק ויקטור לוי, סזאר בן-עטר, פליקס אלוש דניאל חג'אג', מכלוף נג'אר ונוספים, שפעלו במחצית הראשונה של המאה ה-20, שיקפו את התמורות התרבותיות שעברו על יהודי תוניסיה תחת הפרוטקטורט הצרפתי ויצרו ברובם בצרפתית ורק מיעוטם בערבית יהודית. סופרים ועיתונאים בני הדור השלישי, שהמפורסם שבהם הוא אלבר ממי, יצרו בצרפתית באופן כמעט בלעדי.
במאה ה-20.