הממשל החל בחיפושים אחרי מחליף לפולואה, ומאמצי האיתור התמקדו בשניים מבין שלושת סגניו, הנרי קונגר פראט ואוסקר ווסטאובר. דומה היה כי פראט הוא המועמד המוביל, מאחר שהיו לו את המיומנויות שנדרשות לתפקיד. ואולם, הוא היה אחראי לרכישת כלי טיס במהלך כהונתו של פולואה, ונתפס כמי שדוחף לעצמאותו של הגיס האווירי, כמו פולואה או בילי מיטשל. בשל כך נבחר לתפקיד ווסטאובר, שנתפס כ"שחקן צוות" ולא כאדם שינסה לקדם את המהלך המחתרתי של מתן אוטונומיה לגיס האווירי.
המתח הגלוי בין אנשי הגיס האווירי, ששאפו לכוח אווירי עצמאי שיוכל להביא לידי ביטוי מלא את הפוטנציאל של הכוח האווירי, לבין אנשי הצי והצבא, עלה לגיס האווירי בשנים 1920–1930 במשרותיהם של שניים ממוביליו הבולטים, מיטשל ופולואה, וכמעט קיפח את שמם הטוב של שני אחרים, של הנרי ארנולד ושל הנרי קונגר פראט. מאבקם של אנשי הכוח האווירי היה מנוגד לכל עיקרון של שליטה אזרחית בכוח הצבאי, ומבחינה זו היה לא מקובל. מבחינה פוליטית גרם המאבק לנזק, מכיוון שהביא לניכור זמני של תומכי הגיס בקונגרס, וגרם נזק גם למאמצי הפיתוח של הגיס בטווח הקצר. בנוסף הביא המאבק לחיזוק ההתנגדות לגיס בקרב המטה הכללי, שהתנגד לגיס מלכתחילה. ואולם, הטעויות שעשו מובילי המאבק וכישלונותיהם סייעו לאנשי הגיס ללמוד כיצד לשפר את טיעוניהם בעד מעמד עצמאי לגיס, והלקח שנלמד סייע להם לשפר את טענתם כי לגיס האווירי יש יכולת לבצע משימות ייחודיות - משימות הפצצה אסטרטגית. מלחמת העולם המתקרבת שינתה תוך כמה שנים את התמונה.
התפתחות תורת הלחימה של הגיס.
במרץ 1928 התריע מפקד להק ההפצצה ה-2 על שרידותם הנמוכה של המפציצים שהיו אז בשירות, מדגמי קיסטון LB-7 ומרטין NBS-1. מפקד הלהק, לוטננט קולונל יו ג'. נר (Hugh J. Knerr) המליץ לאמץ שני סוגים של מפציצים חד כנפיים עשויים ממתכת - דגם אחד להפצצה בשעות היום, בעל טווח קצר, ודגם שני, להפצצה בלילה, בעל טווח ארוך. מדריכי בית הספר הטקטי של הגיס האווירי בלאנגלי צעדו צעד נוסף, והציעו ב-1930 שהסיווג יהיה למפציצים קלים וכבדים, כאשר המפציצים הכבדים יהיו בעלי יכולת לשאת מטען פצצות גדול, בגיחות לילה וגם בגיחות יום.
בינואר 1931 הציע ראש המבצעים הימיים, אדמירל ויליאם וי. פראט, שכל הכוחות האוויריים של הצי, כולל מטוסים בבסיסי יבשה, ישויכו לפעילות נושאות המטוסים של הצי. פראט רצה להשיג הסכמה להצעתו בקרב קציני המטה הבכיר, והגיע להסכמה עם ראש המטה הכללי החדש של הצבא, גנרל דאגלס מקארתור שהגיס האווירי יהיה אחראי על הגנת החופים - תפקיד שבאופן מסורתי היה בידי הצבא, ובעת מלחמה היה תפקיד משני של הצי. ההסכם קבע שהגנת החופים תהיה באחריות הגיס האווירי בתחום שהוא מעבר לטווח תותחי החוף של הצבא. בכך קיווה הצי לסיים מה שנראה ככפילות במשימת הגנת החופים. ההסכם, שהיה אמור להיות תיקון של הצהרת הפעולה המשותפת על הגנת החופים מ-1926, לא זכה לתמיכת המטה המשותף לצי ולצבא, ולא קיבל מעמד רשמי, מעבר להיותו הסכמה בין אישית בין שני ראשי החילות.
למרות זאת, הגיס האווירי ראה בהסכם זה הזדמנות לפתח משימה שהייתה בתחום יכולתו הבלעדית של הגיס, ובמקביל ליצור צורך לפיתוח טכנולוגי של הציוד וכלי הטיס שברשותו. למרות שהצי התכחש להסכם עם פרישתו של פראט ב-1934, הגיס האווירי דבק במשימה וסיפק לעצמו בסיס לפיתוח מפציצים ארוכי טווח ובניית תורת לחימה להפעלתם. בניית תורת לחימה להפצצה אסטרטגית יצרה דחף מחודש לטיעון בדבר נחיצותו של חיל אוויר עצמאי. הפצצה ארוכת טווח או אסטרטגית נועדה להרוס את התשתית התעשייתית של מדינת אויב, ורק לזרוע אוויר עצמאית הייתה יכולה האפשרות לבצע מהלך כזה. הגיס האווירי ראה במהלכי משרד המלחמה ארצות הברית) שמנעו את עצמאותו "הפרעה", אם כי חלק גדול ממהלכי המשרד נבעו גם מקשיים תקציביים. למרות זאת, הגיס האווירי התקדם מאד במהלך שנות ה-30 של המאה ה-20. גובשה תורת לחימה שהעמידה במרכז הפצצות מדויקות על מטרות תעשייתיות על ידי מטוסים אורכי טווח בעלי חימוש הגנתי והתקפי כבד. תורת לחימה זו הושפעה מאד מקבוצה של מדריכים בבית הספר הטקטי של הגיס האווירי. בית הספר פעל בשדה התעופה מקסוול באלבמה, ובמסגרתו התקיים קורס באורך 36 שבועות לקצינים זוטרים וקצינים באמצע הקריירה שלהם. קבוצת המדריכים האמורה, שכונתה "מאפיית המפציצים" (Bomber Mafia), הציגו את תורת הלחימה שבמרכזה המפציץ הכבד, והשפעתם התפשטה לכל שדרות הקצונה של הגיס האווירי; כל המדריכים התקדמו בסולם הדרגות, ושמונה מתוך התשעה הגיעו לדרגת גנרל במהלך המלחמה. לעומתם, המדריכים שלימדו את תורת הלחימה של מטוסי המרדף, בראשם קפטן קלייר שנו (לימים לוטננט גנרל) לא הצליחה ליצור השפעה דומה בשל קשיים טכניים רבים שפגעו שוב ושוב בביצועיהם של מטוסי המרדף. מעבר להשפעתה של "מאפיית המפציצים", תורת הלחימה שהעמידה במרכז את המפציצים באה גם כדי לחזק את האוטונומיה של הגיס האווירי: המטה הכללי של הצבא אכף על הגיס האווירי את כפיפותו לצבא על ידי הגבלת משימתו לסיוע לכוחות הקרקע והגנת על שטחי ארצות הברית. יצירת תורת לחימה שהדגישה הפצצה אסטרטגית יצרה משימה שהתרחקה משליטת הצבא ומהמשימה שהוכתבה לגיס האווירי.
התפתחות המפציצים.
סוגי מפציצים חדשים שהיו בפיתוח עלו בביצועיהם על מטוסי המרדף החדשים, במיוחד בממדי המהירות וגובה הטיסה, ממדים שנחשבו אז כחשובים למניעת יירוט מפציצים על ידי מטוסי אויב. בתרגילים גדולים שנערכו ב-1932 וב-1933 הסתבר שמטוסי המרדף לא הצליחו לטפס לגובה במהירות מספיקה כדי ליירט את אבות הטיפוס מדגמי B-9 ו-B-10. הכישלון היה כה גדול עד שנשקלה האפשרות להפסיק את השימוש במטוסי מרדף.
1933 הייתה שנת מפנה בהתקדמות הטכנולוגיה התעופתית: לראשונה נכנסו לשימוש מטוסים שכל גופם בנוי ממתכת, "בין לילה" כדברי אחד מההיסטוריונים, במידה רבה בשל הופעתו של מדחף בעל פסיעה משתנה שניתן להפעלה סדרתית בכלי טיס. השילוב של מדחף בעל פסיעה משתנה ותכנון של מטוסים במשקל מיטבי איפשר את הכפלת מהירותם של המטוסים והטווח שלהם, ללא הפחתה במשקלם או צורך בהגדלת עוצמת מנועיהם. המטוסים הראשונים שהדגימו את היתרונות הללו היו מטוס התובלה האזרחי דאגלס DC-1 והמפציץ מרטין B-10.
ה-B-10 התאפיין בחידושים שהפכו לסטנדרט בינלאומי בעשור שלאחר מכן: מטוס חד כנפי בנוי כולו ממתכת, בעל כנף נמוכה, תא טייס בעל חופה סגורה, צריחי מקלעים מסתובבים, כני נסע מתקפלים, תא פצצות, מדפים וחיפויים אווירודינמיים מלאים למנועים. יתרונותיו של ה-B-10 נראו במלואם בעת מחדל הדואר ב-1934, כאשר פעילותם של המטוסים מדגם זה הייתה אחת מנקודות האור הבודדות בתפקוד הגיס האווירי.
הפיתוח המוצלח של ה-B-10 והזמנות של יותר מ-150 מטוסים מדגם זה ומתת הדגם שלו, B-12, הביאו לכך שההגמוניה של המפציץ בגיס האווירי נמשכה. בעקבות ההצלחה נבחנה ההיתכנות למפציץ בעל 4 מנועים במשקל 3 טון, שהיה אמור להיות בעל הסימול XB-15. בחינת ההיתכנות הראתה כי המנועים שהיו קיימים באותה עת לא היו בעלי כוח מספיק למפציץ בגודל כזה, אך חברת בואינג פיתחה את התכנון ל-XB-15 ויצרה על בסיסו את דגם 299, שטס לראשונה ב-1935. דגם 299 היה אב הטיפוס של אחד מהמטוסים המוצלחים ביותר של בואינג, המפציץ B-17 מבצר מעופף. עד 1935 כבר היו לגיס האווירי שני פרויקטים בשלבי פיתוח, שניהם של מפציצים כבדים: פרויקט A למפציץ בעל טווח של 8,000 ק"מ, ופרויקט D שהיה אמור להיות בעל טווח של 16,000 ק"מ. ביוני 1936 ביקש הגיס האווירי אישור לרכוש 11 מטוסים מדגם B-15 ו-50 מטוסים מדגם B-17 לצורך תגבור כוחות ההגנה של ארצות הברית בבסיסים בקווי ההגנה הרחוקים, בהוואי, אלסקה ובפנמה. הבקשה נדחתה מכיוון שהפיקוד העליו סבר שאין צורך אסטרטגי במטוסים בעלי יכולות כאלה.
התנגדות המטה הכללי.
הצבא והצי היו מודעים לתנועה המתמשכת בתוך הגיס האווירי ששאפה ליצירת חיל אוויר עצמאי, ופעלו יחד כדי למנוע זאת. ב-11 בספטמבר 1935 פרסם המטה המשולב (Joint Board, הגוף שהיה קיים באותם ימים, לפני הקמת המטות המשולבים) "הצהרת פעילות משותפת". ההצהרה, שפורסמה לבקשת הצי ובהסכמתו המלאה של הגנרל דאגלס מקארתור, אז ראש המטה של צבא ארצות הברית, קבעה שוב כי תפקידו של הגיס האווירי הוא מצומצם בלבד, ומטרתו להוות חיל עזר לצבא בכל משימותיו, כולל הגנת חופים. הצו פורסם במטרה להחזיר את הגיס האווירי, שהחל לעלות לגדולה, למקומו המקורי. ואולם, חסידי המפציצים פירשו את הפקודה באורח שונה, והסיקו ממנה שתחום סמכויותיו של הגיס כולל גם סיורים אורכי טווח, תקיפת ציי אויב בדרכם לחופי ארצות הברית, תגבור בסיסים מרוחקים ותקיפת בסיסים אוויריים של האויב, הכל במסגרת הגדרת תפקידו של הגיס האווירי כאחראי על מניעת התקפה אווירית על ארצות הברית.