חבלה ימית בבירות - במהלך "מבצע דוד" בנובמבר 1948, חובלה בנמל ביירות ספינה בשם "איגריס", שלפי מידע מודיעיני הייתה אמורה לעבור למצרים לשימושו של חיל הים המצרי. המבצע היה משותף לחיל הים וליחידת המסתערבים "השחר". הלוחם שצלל לבדו לעבר הספינה והצמיד לה את מטען החבלה היה אליהו ריקה, איש יחידת המסתערבים, שאומן למשימתו בחיל הים. ריקה שירת לימים, בחלק משנות ה-50, במודיעין הימי.
ביטחון מידע - כדי להסתיר ככל האפשר את הפעולה כנגד ספינה איטלקית בים הפתוח הוחזק צוות הספינה מספר חודשים במעצר בקיבוץ בית אורן. רב החובל חלה בדלקת ריאות והועבר לבית החולים האיטלקי בחיפה עם מלווה מהצוות. אותו מלווה הקים קשר עם הקונסוליה האיטלקית בחיפה והתפתחה תקרית דיפלומטית מקומית. אנשי הצוות הועברו ב-29 במרץ 1949 לקונסוליה בחיפה ונשלחו לארצם.
פעילות שירותי מודיעין זרים.
המודיעין המצרי - מעט מאוד ידוע על פעילות המודיעין המצרי בזירה הימית. בסיפור המקשת שנשלחה להפגזת נהריה קדם להפגזה ניסיון ליירוט אוניית רכש. המידע שהמקשת קיבלה היה שגוי.
המודיעין הבריטי פעל נמרצות נגד ההעפלה ונגד אניות הרכש. לשם כך הפעיל סוכנים בנמלי הים התיכון ואף בין המעפילים. יעילות המודיעין הבריטי אפשרה לצי המלכותי הבריטי ליירט את מרבית ספינות המעפילים. יעילותו כנגד אניות הרכש הייתה פחותה ומרביתן הצליחו להגיע.
בארצות הברית פעל ה-FBI נגד הברחת אמצעי לחימה. הציוד נשלח לדרום אמריקה לפני שהגיע לישראל. אזרחים אמריקאים שהשתתפו בפעילות ההעפלה והעברת הרכש הועמדו לדין בארצות הברית.
שירותי המודיעין האיטלקי והצרפתי היו מודעים למרבית הפעילות שנעשתה אצלם. בהחלטה בדרג ממשלתי לא מנעו אותה. כאשר יחידת החבלה פעלה כנגד רכש מצרי באדמת איטליה הגיב המודיעין האיטלקי שהפעיל גם במשלחת הישראלית. אחד החבלנים יוסף דרור נעצר והפעילות נגד רכש ערבי באיטליה נעצרה.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני.
בשנים הראשונות לפעילותו התמקד המודיעין הימי בעיקר בחיל הים המצרי, שפעל בשתי זירות (הים התיכון והים האדום) והפעיל מגוון רחב מאוד של כלי שיט ואמצעי לחימה ימיים. כבר בחודש מרץ 1949 פרסם המודיעין הימי סקירה על חילות הים הערביים, שהתמקדה בצי המצרי וקבעה כי "לארצות ערב, פרט למצרים, אין ציי מלחמה ומסחר מפותחים, על אף שכל הארצות האלה גובלות עם ים". ההערכה הרווחת הייתה שמשימתו העיקרית של חיל הים המצרי תהיה הטלת הסגר על חופי ישראל והשמדת חיל הים שלה.
סוריה, שלא הייתה לה מסורת ימית כלל, ואף לא נמלים ראויים לשמם, החלה לפתח את חיל הים שלה רק בראשית שנות החמישים, ואז החל המודיעין הימי לעסוק גם בה. סקירה ראשונה על חיל הים הסורי פורסמה בסוף 1951.
שינוי ארגוני.
באמצע שנות ה-50 בוצע שינוי ארגוני מקיף במפקדת חיל הים. בין היתר החליפה מחלקת ים את מחלקת מבצעים, וענף מודיעין – בשמו החדש, ענף ים/4 – היה אחד משבעת ענפיה. בענף היו מדור מחקר (ובו חוליות שעסקו בחקר ציי ערב, בחקר נמלים וחופים במדינות ערב, בחקר ציים זרים ובמחקר מודיעין טכני), מדור איסוף (ובכלל זה אלמנטים של איסוף עצמאי ונציגות ביחידת ההאזנה של חיל המודיעין) וביטחון שדה. כמו כן הייתה לענף חוליית שירותים טכניים שעסקה במגוון תחומים ובכללם בניית מודלים של כלי שיט ונמלים והפעלת מעבדת צילום ייעודית.
גיבוש סמכויות ונוהלי עבודה.
עם סיומה של מלחמת העצמאות הוחל למעשה ארגונו וגיבושו של המודיעין הימי במפקדת חיל הים, ששכנה באותם ימים בסטלה מאריס בחיפה. במאי 1949 חיבר צבי קינן נייר עמדה בנושא "ארגון מחלקת מודיעין ימי לימי שלום" ובו הניח למעשה את היסודות למבנה הארגוני של המודיעין הימי ותחומי עיסוקו. בסופה של עבודת המטה הוקם ענף המודיעין הימי, שנקרא ענף ים/4, במסגרת מחלקת ים, וכלל מדורי מחקר, איסוף וביטחון שדה. כמו כן הוקמו חוליית פענוח לתצלומי אוויר, חוליית הידרוגרפיה, ארכיון, מחסן מפות וספרייה, שכללה ספרות מקצועית גלויה על כלי שיט צבאיים, חופים ונמלים.
במקביל גובשו נוהלי העבודה עם גורמי המחקר במחלקת המודיעין של המטה הכללי גובשו נוהלי ההפצה של ידיעות המודיעין ופרסומי המודיעין וסוכמה חלוקת האחריות המחקרית. באותה תקופה נקבעה המתכונת שלפיה המודיעין הימי נושא שני "כובעים": הקמ"ן של מטה חיל הים ויחידותיו, והקמ"ן הימי של אמ"ן.
פעילות איסופית עצמאית.
בשנותיו הראשונות הפעיל המודיעין הימי, בתיאום עם מחלקת החקר של משרד החוץ ומחלקת מודיעין במטכ"ל, פעילות איסופית ייעודית עצמאית בנמלי הארץ ועל גבי אניות סוחר שפקדו את נמלי מדינות ערב והאגן המזרחי של הים התיכון. מי שעמד בתחילת הדרך בראש האיסוף העצמאי של המודיעין הימי היה אביגדור סלוצקי, איש ספנות ממוצא יווני, שהפעיל רשת מודיעים בקרב אנשי ספנות יוונים. זאת ועוד, בתיאום עם אמ"ן נרכשה ספינת סוחר שהובילה מטענים לנמלי סוריה ומצרים ועסקה באיסוף מל"ם בנמלי האויב וסביבתם. מדי פעם צורפו אליה לוחמים משייטת 13 לצורך הכרת הזירה.
בתחום האיסוף גובשו נוהלי העבודה רק ב-1953, ונקבעה חלוקת הסמכויות בין סוכנויות האיסוף השונות ("המוסד", השב"כ ויחידות האיסוף הצה"ליות) לבין אגף המודיעין וענפי המודיעין בחיל האוויר ובחיל הים. עם זאת, ובאופן חריג, במשך כמה שנים לאחר מועד זה המשיך המודיעין הימי להפעיל חוליות איסוף בנמל חיפה ונמל תל אביב (לצורך תחקור ימאים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים).
אחת המשימות שבהן עסק באותה תקופה המודיעין הימי הייתה מעקב אחר הפעילות המצרית שתכליתה הייתה חסימת השיט אל נמל אילת והמגבלות שהטילו המצרים על המעבר בתעלת סואץ של אוניות בדגל ישראל ואוניות זרות המובילות מטענים ישראלים או שפקדו את נמלי ישראל (מה שגרם להכנסתן ל"רשימה שחורה" של אוניות שנאסרה עליהן ההפלגה בתעלת סואץ). במהלך התקופה נשלחו כמה ספינות סוחר, רובן בדגל זר, לבדוק את הפעילות המצרית ולנסות להבין עד כמה נחושים המצרים באיסורים שהטילו וכיצד ניתן לעקוף אותם. לחלק מההפלגות הללו הצטרפו אנשי המודיעין הימי.
ההתמודדות מול המגבלות המצריות על חופש השיט לישראל וממנה הגיעה לשיא בשנת 1954, כאשר האונייה "בת גלים", שהפליגה בדגל ישראל, ניסתה לעבור בתעלת סואץ. המצרים עצרו את האונייה בנמל פורט איברהים, צוות האונייה הואשם ברצח שני דייגים ועונה בכלא המצרי 100 ימים. הקצין הראשון בהפלגה היה רפאל שפינט, ששירת עד אז במודיעין הימי, ושחרורו משירות סדיר הוקדם כדי לאפשר את הפלגתו על ה"בת גלים" כאזרח. סוגיית חופש השיט, ומעצרה של הספינה "בת גלים", היו חלק מההתדרדרות שהובילה בסופו של דבר למלחמת סיני ב-1956.
דוגמה אחרת לפעילות שתכליתה איסוף מודיעין הייתה מבצע שנונית, שנערך ב-1954 ונועד לאתר במצרי טיראן, בין האי סנפיר לחוף הסעודי, מעברים כשירים לשיט. נתיבים כאלה היו אמורים לאפשר מעבר לאילת מחוץ לטווח תותחי החוף המצריים שהיו מוצבים בראס נצראני ושלטו על מצרי טיראן. עם הכוח המבצע נמנה גם פיני נוסבאום, מראשוני המודיעין הימי, שפיתח מאוד את נושא איתור חופי הנחיתה והגישה מהים ליעדי אויב. במהלך כל שנות שירותו במודיעין הימי טיפח נוסבאום גם את הקשר בין המודיעין הימי לסוכנויות האיסוף והתמחה גם בפענוח צילומי קרקע וצילומי אוויר למיפוי תשתיות ציי האויב. לימים היה הראשון לשמש בתפקיד ראש ענף יעדים והראשון לשמש כראש מחלקת מל"ם במודיעין הימי.
מלחמת סיני.
המודיעין הימי סיפק לחיל הים את המידע הדרוש לפעילותו במלחמת סיני, ובין היתר תיק מודיעין לפעילות הימית במפרץ אילת, שנועדה ללוות ולסייע לתנועתה של חטיבה 9 מאילת לשארם א-שייח'.
האירוע החשוב מבחינה מודיעינית היה קשור ביירוטה של המשחתת המצרית אבראהים אל-אוול שהפגיזה את החוף באזור חיפה. ההיבטים המודיעיניים של אירוע זה הם:
אירוע נוסף במהלך המלחמה, שבו הייתה תרומה מודיעינית בזמן אמת, היה המידע על הפריגטה המצרית "ראשיד", שנשלחה לחלץ קצינים ונגדים מצריים שברחו מכוחות צה"ל והתרכזו בחלקו הדרומי של סיני. מהמידע שהתקבל עלה שהספינה מסתתרת בחוף הסעודי בצפון הים האדום ושאין לה מספיק דלק. על סמך המידע הוחל בתכנון השתלטות על הפריגטה המצרית, אך זה לא יצא לפועל בסופו של דבר.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים.
מודרניזציה ושינוי האוריינטציה בציי ערב.
עד מלחמת סיני היו חילות הים הערביים מצוידים בכלי שיט מתוצרת בריטית וצרפתית. באמצע שנות ה-50 חל שינוי באוריינטציה של מצרים וסוריה, שהידקו קשריהן עם ברית המועצות וחתמו עימה על עסקות נשק גדולות, שכללו מטוסים, טנקים, תותחים וגם כלי שיט. חיל הים המצרי (וכעבור זמן מה גם חיל הים הסורי) החל להצטייד בספינות מלחמה סובייטיות, תחילה במשחתות, ובהמשך גם בשולות מוקשים, ספינות טורפדו, נחתות, צוללות וסטי"לים, שהיוו איום חדש בזירה. נוכח תמורות אלה נאלץ המודיעין הימי להיערך הן מבחינה איסופית והן מבחינה מחקרית כדי להשיג, לנתח ולפרסם מידע על כלי השיט החדשים שהגיעו לזירה, על הנשק ומערכות הגילוי שלהם ועל תורות הלחימה הנובעות מהם.
השפעת המדיניות הבין-ערבית על הזירה הימית.