השושלת המלכותית החדשה לבית בורבון ירשה אימפריה שיכולות השליטה, ההגנה והפקת הרווח ממנה בידי המטרופולין, קרי ספרד, מרכז האימפריה, לא היו משביעות רצון כבעבר. הדבר נבע מסיבות רבות, שחוקרים שונים מדגישים היבטים שונים שלהן. קבוצה אחת של חוקרים תולה את חוסר היעילות בנחשלות כלכלית. על אף העושר הרב שהגיע לספרד מנחלותיה שביבשת אמריקה, ובעיקר ממכרות הכסף במקסיקו ובפוטוסי שבבוליביה, לא התקיימה בספרד תעשייה, המסים לא נגבו ביעילות ורווחי הכתר נפגעו. יתר על כן, המטבע היה לא יציב ורמת האבטלה הייתה גבוהה. חוקרים אחרים דוחים את טענת הנחשלות ומצביעים על כך שחלקים גדולים יותר מההון המופק באמריקות לא הגיעו לספרד הן משום שהושקעו בקולוניות עצמן, והן משום שעברו בסחר בלתי חוקי למדינות אחרות, בעיקר באמצעות האנגלים, הצרפתים וההולנדים שחדרו לקאריביים. מבחינה פוליטית נהנתה האליטה המקומית במושבות מכוח רב ובמובנים רבים, שליטתה של ספרד באימפריה הייתה חלשה ביותר. קבוצות שונות, כגון הכנסייה, הצבא, גילדות הסוחרים והאצולה, נהנו מזכויות מיוחדות שפטרו אותן מחובות מסוימים, דבר שפגע ביכולת השליטה של הכתר. בנוסף, מלכי ספרד הושפעו מהנאורות שהפכה מרכזית באירופה, ובעיקר בצרפת באותה התקופה, ושאפו לעצב את האימפריה לפי עקרונותיה. לאור כל אלו השיקו המלכים הבורבוניים סדרת רפורמות פוליטיות, כלכליות, חברתיות ודתיות, שהיו קשורות באופן הדוק זו בזו.
תחילה מוקדו הרפורמות בספרד עצמה, אולם מלחמת שבע השנים (1756–1763) והתפשטותן של בריטניה ופורטוגל מערבה, לעבר טריטוריות ספרדיות, כמו גם קשיי מימון המלחמה, הביאו להפניית תשומת לבו של קרלוס השלישי, שמלך בספרד בין השנים 1759 ו- 1788, לנחלותיו בעולם החדש, דבר שהביא לכך שמרבית הרפורמות המשמעותיות התבצעו בזמן שלטונו. הרפורמות הבורבוניות היוו חלק משמעותי ממאמצי המודרניזציה שלו על פי הדגם הצרפתי, ברוח הנאורות ובכוח המונרכיה האבסולוטית, שהביאו לתיוג תקופת שלטונו כדספוטיזם נאור. הצלחתו מיוחסת לניסיונו הקודם שרכש בתפקידי ניהול ושלטון בטריטוריות האיטלקיות של הכתר הספרדי (דוכס פארמה בין השנים 1732 ו-1735 ומלך שתי הסיציליות בין 1735 ל-1759), ולבחירתו את יועציו על פי יכולותיהם ועל פי שותפותם לרפורמה הליברלית, ולא על פי מעמדם החברתי.
רפורמות כלכליות.
חלק מהרפורמות כוונו להגדלת רווחי הכתר באופן כללי, ולכיסוי עלויות מלחמות שונות שספרד השתתפה בהן במרוצת המאה ה-18, בפרט. אחת הרפורמות החשובות הייתה בתחום המיסוי: טרם השקת הרפורמות היו קיימים מיסים שונים על מוצרים שונים, ולפי שיטות חישוב שונות: לפי נפח, לפי משקל, ועוד. הרפורמה במיסוי שהושקה בשנים 1765–1766 קבעה מס אחד בלבד, שחושב על פי ערך המוצר (ad valorem), ועמד, בדרך כלל, על כ-6 - 7 אחוזים. דרך נוספת להגדלת רווחי המיסוי הייתה מיסוי כפול: סחורות מוסו הן כאשר עזבו את ספרד והן כאשר הגיעו לאמריקות, ולהפך. למרות שיטה זו, ירד שיעור המס הכולל משמעותית, אולם הגברת יעילות הגבייה הכבידה את הנטל על מי שהצליחו להתחמק ממנו בעבר.
הפיצוי על הורדת שיעור המס נעשה בצורה של גידול משמעותי מהיקף הסחר הפנים אימפריאלי. במהלך המאה ה-18 דעכה שיטת ציי האינדיאס (flota), שבמסגרתה התבצע הסחר בין נמל אחד בלבד בספרד (סביליה, ומאוחר יותר קדיס) אחת לכמה חודשים, עם נמלי יעד ספורים בלבד באמריקות (וראקרוס (Veracruz) במלכות המשנה של ספרד החדשה, קרטחנה (Cartagena de Indias), פורטובלו (Portobelo) ונומברה דה דיוס (Nombre de Dios) במלכות המשנה של פרו, כיום במקסיקו, קולומביה ופנמה, בהתאמה). שיטה זו הונהגה הן מתוך כוונת שליטה ופיקוח על הסחר והן לשם ביטחון הספינות במימי האוקיינוס האטלנטי, אולם היא דעכה כתוצאה מפיראטיות, מתקופות שיתוק ארוכות כתוצאה ממלחמות שונות ומחוסר גמישות כלכלית שהביא לסחר מוגבל מדי. במהלך שנות ה-40 של המאה ה-18 הופסקה שיטת הציים לאמריקות במרבית שטחי האימפריה, וספינות החלו להגיע ישירות לחופה המערבי של אמריקה הדרומית, על ידי מעבר במצר מגלן, מבלי להזדקק לתיווך במצר פנמה.
בהדרגה החל סחר ישיר בין ספרד ובין חלקים באמריקות: בשנת 1765 החל סחר ישיר בין ספרד והקריביים; בשנת 1770 נוספו גם אזור חצי האי יוקטן וקמפצ'ה; וב-1778 של המאה ה-18, הוכרז סחר חופשי ברחבי האימפריה כולה (להוציא מקסיקו וונצואלה - על כך בהמשך). יתר על כך, בשנת 1774 אושר לקולוניות באמריקות לסחור אלו עם אלו. הרפורמות אישרו את הסחר מ-13 נמלים בספרד לכל הנמלים החשובים באמריקות, וספינות יחידות הורשו לסחור ללא כל תלות בציים, שבוטלו, כאמור. כדי לשפר את השליטה באמריקות וכן את המסחר, החל משנות ה-60 של המאה ה-18 החלו לנוע ספינות דואר מהירות (Packet ship) באופן קבוע בין ספרד ומושבותיה אשר מעבר לים. הסחר החופשי לא נועד לשבור את המרקנטיליזם ברחבי האימפריה, אלא דווקא לחזק אותו.
היבט נוסף של הסחר החופשי היה החלשת כוחן של גילדות הסוחרים בנמלים שהיו המורשים היחידים. הסחר החופשי נעשה רק במסגרת האימפריה, כלומר בני עמים אחרים לא הורשו להשתתף בו ללא אישור מיוחד. לשיטה החדשה התנגדו מי שהרוויחו מזו הישנה: גילדות הסוחרים (בספרדית: consulado) בערי הנמל המורשות הוותיקות. כוחן של גילדות אלו היה מספיק כדי לשמר את המונופול על הסחר בין קדיס לווראקרוס עד 1789.
הדרישה הגוברת באירופה למוצרים מאמריקה, שכעת היה קל יותר לספקה הודות להקלות הסחר - מחד, והגידול באוכלוסיית אמריקה הספרדית - מאידך, הביאו לצמיחה כלכלית באמריקות. בין השנים 1782 ו-1796 עמד ממוצע היצוא השנתי מהקולוניות האמריקאיות על 400% מזה של שנת 1778, לפני הרפורמה בסחר החופשי. תפוקת המכרות הוכפלה ברבע האחרון של המאה ה-18. בעשור שבין 1779 ו-1789 גדלה התפוקה החקלאית בכ-40%. ייצוא העורות מאזור הריו דה לה פלטה האמיר מכ־150,000 יחידות לשנה לפני 1778 לכדי 1.4 מיליון יחידות לשנה אחרי 1783.
המדינה פתחה בפרויקט של סבסוד תעשייה, בעיקר בתחום הטקסטיל בקטלוניה החל משנות ה-80 של המאה ה-18, על מנת לעודד את התפתחותה. בו בזמן פותחה תעשייה חדשה, שהתבססה על חומרי גלם מיובאים מהאמריקות. דרך נוספת לעודד את התעשייה והכלכלה, ובאותה העת את האינטגרציה הפנימית בספרד, הייתה שיפור תשתיות ודרכי תחבורה בספרד. בנוסף, פיתח הכתר את מכרות הצינובר אשר באלמדן (Almadén) בספרד, שהיוו את המקור האירופי היחיד באותה התקופה לכספית. אותה הכספית נשלחה למכרות הכסף שבסקטקס, במלכות המשנה של מקסיקו החדשה, כדי להגביר את הייצור באמצעות טכנולוגיה חדשה שהוכנסה לשימוש.
באיחור רב לאחר הקמת חברות סחר הפועלות על בסיס של צ'רטר מטעם מדינות קולוניאליות אחרות, כגון חברת הודו המזרחית ההולנדית, למשל, הקימה ספרד חברות סחר אחדות. תחילה הוקמה חברת הונדורס (1714), אחריה חברת גיפוסקונה המלכותית של קראקס (La Real Compañía Guipuzcoana de Caracas) (1728) ולבסוף חברת הוואנה (1740). חברת הוואנה הייתה המשגשגת מבין השלוש, אך חברת ונצואלה הייתה הידועה מביניהן. החברה קיבלה את המונופול על הסחר עם אזור קראקס (ונצואלה דהיום) בתמורה להחייאת חבל ארץ זה, פיתוחו ויישובו. אחת ממטרות החברה הייתה לפתח גידול חקלאי חדש - קקאו, לייצור שוקולד. בו בזמן נועדה הפקדת חבל הארץ בידי החברה למנוע סחר בלתי חוקי של האליטות המקומיות עם איים קריביים שונים, בניגוד לחוקי הסחר האימפריאליים. כעבור כמה שנים, בתחילת שנות ה-50, צבר המוצר תאוצה והגידול החדש שגשג. גידול נוסף אשר שגשג במקום היה הטבק, שהיה למונופול מלכותי מניב רווחים.
אולם, תקופת השגשוג בסחר נקטעה עם מעורבותה של ספרד במלחמות הנפוליאוניות החל מאמצע שנות ה-90 של המאה ה-18. מנקודת מבטן של המושבות הביאה הפסקת הסחר לשגשוג מסוג אחר, שכן ספרד נאלצה להתיר למושבותיה לסחור עם כוחות נייטרליים. בו בזמן עמדה ספרד בסירובה להתיר סחר חופשי כולל, דבר שהוביל למרמור בקרב האליטה.
רפורמות פוליטיות ומנהלתיות.
אחד הצעדים הראשונים שננקטו במסגרת הרפורמות הבורבוניות היה ביטולם של פרלמנטים אזוריים ואיחוד מערכות החוקים השונות לחוק אחד. בספרד של תחילת המאה ה-18 היו נהוגות מערכות חוק שונות לפי חלוקה אזורית מחד, ולפי מעמד חברתי, או השתייכות לקבוצות חברתיות מסוימות, מאידך. איחוד מערכות החוק היה כרוך ישירות בהחלשת מוקדי כוח פוליטיים מתחרים לשלטון המרכזי. כך, למשל, הוחלש כוחן של הקבילדוס, המועצות העירוניות שמסורתית היו בעל זכויות רבות ברמת הממשל המקומי ואף היוו ערכאה ראשונה בתחומים שונים של החוק, על ידי ביטול נוהג מכירת המשרות, הגברת הביורוקרטיזציה, חיובן לדווח ישירות לכתר על מעשיהן והשמתן תחת פיקוח וביקורת.
לראשונה בספרד הוקם קבינט מסודר של שרים בעלי תחומי אחריות מוגדרים. בין המשרדים שהוקמו היה המשרד שתחום אחריותו היה האמריקות. למשרד זה הוכפפה גם מועצת האינדיאס (Consejo de Indias), המוסד שניהל את הקולוניות באמריקות. רפורמה במוסד זה הביאה למינוי ביורוקרטים בעלי ניסיון מעשי בקולוניות למועצה. אף על פי כן נחלש כוחה של המועצה ונסוג בפני כוחו של השר.
בהתאם לרעיונות ההשכלה, שאף הכתר לקבל את החלטותיו בהתבסס על מידע. לשם כך שיגר הכתר מבקרים שונים לאמריקות, כדי לעמוד על המצב בקולוניות מהיבטים שונים. כמו כן, בין השנים 1778 ו-1782 נערך מפקד אוכלוסין מלא ומקיף ברחבי האימפריה. הרשומות ששרדו ממפקד זה מהוות כיום מקור מידע ראשון במעלה להיסטוריונים אודות התקופה.