לאחר מלחמת העולם הראשונה, על פי חוזה טריאנון והסכם פריז, צורפו לרומניה מחוזות רבים, צעד שהפך אותה ל"רומניה הגדולה", אך לצירוף מחוזות אלו נלווה תנאי של מתן זכויות למיעוטים. הרומנים צייתו לתנאי תוך התמרמרות רבה בקרב כל שכבות האוכלוסייה, ובמיוחד התמרמרות כנגד מתן זכויות ליהודים. המחוזות שצורפו לרומניה, במיוחד בסרביה ובוקובינה, כללו מספר גדול של יהודים, שנוכחותם בלטה, גם בגלל לבושם, מנהגיהם ושפתם השונים מאלה המקובלים ברומניה. מסע אנטישמי, שהונהג על ידי חוגי אינטליגנציה, קשת רחבה של מפלגות וחוגי כמורה, מצא עידוד במתרחש בגרמניה הנאצית.
הסכם ריבנטרופ–מולוטוב ולאחר מכן תכתיב וינה של גרמניה ואיטליה בנושא הסכסוך של רומניה עם הונגריה על טרנסילבניה ועם בולגריה על דוברוג'ה, הביאו לקריעת חבלים נרחבים מרומניה והעברתם לברית המועצות, להונגריה ולבולגריה. העם הרומני, שעבר טראומה כשנאלץ לוותר על חבלים אלה ללא מלחמה, חיפש שעיר לעזאזל ומצא אותו ביהודים. במהלך נסיגת הצבא הרומני מחבל בסרביה היו תושבים מקומיים, שאינם רומנים, שהפגינו את שמחתם ואף פגעו בחיילים הנסוגים. הדיווחים העדיפו להגדיר את כל אלה כ"יהודים", אף על פי שהיו בהם אוקראינים, רוסים, בעלי השקפות אוהדות לקומוניזם וגם פושעים ששוחררו מבתי הסוהר. סביר להניח שגם חלק מהיהודים, שסבלו מהאנטישמיות הרומנית, שמחו לקראת שינוי השלטון, אך היו גם יהודים שחששו מכך ואפילו עזבו את החבלים האלה, כדי שלא לחיות תחת משטר קומוניסטי.
על רקע זה שלטונות רומניה החליטו לפגוע במעמד האזרחי-משפטי של יהודי רומניה, החקיקה האנטישמית, שהחלה עם החוקים להגדרת היהודים ברומניה וכניסת רומניה למלחמת העולם השנייה לצד גרמניה (בתקווה לזכות מחדש בחבלים האבודים), יצרו מצב נוח לקולות שקראו לסילוק כל היהודים מרומניה. לאחר כיבוש מולדובה נקט אנטונסקו במדיניות של גירושים המוניים של יהודים לחבל טרנסניסטריה, תוך פיזור הבטחות, ש"טיהור" השטחים הכבושים מיהודים, אינו נוגע ליהודי הרגאט (כינוי לשטחי רומניה "הקטנה", מלפני מלחמת העולם הראשונה - "מולדו-וולאכיה").
חקיקה נוספת, שהופנתה כלפי כל היהודים ברומניה, אסרה עליהם להתגורר ולנהל עסקים בחבלים הכפריים. כתוצאה ישירה מכך, יהודים רבים גורשו ממקום מושבם (תוך גזילת רכושם והרס פרנסתם) ונאלצו לעבור אל הערים. כך היה גם באזור יאשי - יהודי הסביבה, שגורשו ממקום מושבם, עברו אל יאשי והגדילו את האוכלוסייה היהודית במקום.
ההכנות לפרעות.
למרות דברי ההרגעה השקריים של אנטונסקו לראשי הקהילה היהודית, שהגירוש לא יפגע ביהודי הרגאט, תכנן אנטונסקו לגרש את כל יהודי רומניה ואף נקט צעדים לשם כך. צעד ראשון לקראת ביצוע תוכניתו ל"פתרון סופי של בעיית היהודים ברומניה" ננקט בהוראה שהופנתה אל הגנרל איליה שטפליה, ראש המטה הכללי, הוראה שדרשה "לזהות את כל היהודונים, לפי מחוזות (במולדובה), לאסור את חופש התנועה שלהם ולהיות מסוגל לעשות בהם כל שיצווה ברגע המתאים". השלב הבא היה סילוק יהודי הכפרים וערי השדה ממקום מושבם ואילוצם להתרכז בערים הגדולות. חלק מיהודים אלה נכלאו במחנה הריכוז טרגו ז'יו.
ב-24 ביוני הופצצה יאשי לראשונה על ידי מטוסי ברית המועצות, ויומיים לאחר מכן הופצצה שוב. אף על פי שבהפצצות אלה נהרגו גם 38 יהודים, האשימו השלטונות את יהודי יאשי באחריות להפצצות הסובייטיות על העיר ובאיתותים למפציצים. ב-27 ביוני נערך כנס של ראשי השלטון המקומי של יאשי ושם נעשו תיאומים אחרונים לקראת הפוגרום.
כדי לתת בידי מגרשי היהודים את האמתלה לשימוש באמצעים חריפים, ב-27 ביוני 1941 שלחה מפקדת הסיגורנצה (משטרת הביטחון הרומנית) למשטרת העיר יאשי הוראה בזו הלשון:
לקראת הפרעות נערכו תיאומי הכנות בין השלטונות הרומנים ובין אנשי הצירות הגרמנית בבוקרשט ומפקד הקורפוס הגרמני ששכן ביאשי. שבוע לפני הפוגרום גויסו בכפייה צעירים יהודים רבים לחפירת בורות גדולים מאוד בבית העלמין היהודי ביאשי. בימים האחרונים הוגברה מאוד ההסתה האנטישמית בעיתונות הרומנית, בתי הנוצרים סומנו בצלב באמצעות צבע או סיד. בעקבות התרעות ושמועות לא ברורות, רבים מאנשי האינטליגנציה המקומית (הרומנית) של יאשי עזבו את העיר.
ביצוע הפרעות.
ב-28 ביוני בערב, בשעה 21:00 הושמעה ביאשי אזעקה. מטוסים גרמנים טסו מעל העיר ואחד מהם ירה רקטה כחולה שהיוותה אות לתחילת המבצע. יחידות צבא, שכללו חיילים בחגור מלא, צעדו ברחובות המרכזיים ומכל מקום נשמעו יריות, כולל יריות מנשק אוטומטי. חיילים ואזרחים רומנים רבים, שחומשו או התחמשו בכוחות עצמם, התחילו להרוג יהודים ולבזוז את רכושם. חיילים שהוכוונו על ידי יחידות של "שירות המודיעין המיוחד" (SSI) נכנסו לבתי יהודים עשירים, שדדו אותם והרגו ביריות משפחות שלמות כולל ילדים קטנים.
רבים מקרב התושבים הרומנים הנוצרים, שהשתייכו לסוגים שונים של האוכלוסייה המקומית, לקחו חלק בפגיעה ביהודים ובביזת רכושם. עם המשתתפים נמנו שכניהם של היהודים, נערים ונערות ואף פנסיונרים ונשים מבוגרות. חלק מהפורעים היו מזוינים בגרזנים ובאלות ובאמצעותם ניפצו ראשי יהודים. רבים אחרים לקחו חלק בחיפוש אחר היהודים שהסתתרו והסגרתם לידי הפורעים. הפורעים חיטטו בכיסי היהודים, הפשיטו בגדים מעליהם ואף בזזו את נעליהם. איש מבין תושבי יאשי הנוצרים לא מחה על המעשים, לא בשעת ביצועם וגם לא לאחר מכן, והמעטים מאוד שניסו לעזור ליהודים עשו זאת בהיחבא.
על פי ההוראות לפינוי כל היהודים מיאשי, היה צורך לרכז אותם בשלב ראשון בחצר בנין ה"קסטורה" (בנין משטרתי גדול עם מרתפי מעצר). בכניסה לחצר נשדדו היהודים בידי שוטרים שחיטטו בכיסיהם ותלשו מהם תכשיטים ושעונים. פקידי העירייה (ששכנה בסמוך לבנין הקסטורה) אף לקחו מהיהודים את הבגדים שלבשו והנעליים שנעלו. בתוך הבניין המשטרתי יהודים הוכו במוטות ובאלות, חלקם הוכו למוות.
כאשר הבינו השלטונות הרומניים שמספר היהודים גדול בהרבה מכפי שחשבו ומשימת הפינוי קשה מדי, שינו את הוראת הפינוי הכללית של היהודים לפינוי כל הגברים היהודים, וניתנה פקודה לשחרר את הנשים ואת הילדים. למרות זאת, לא כל הנשים שוחררו - חלקן נרתע מלהתקרב לשער, שם היו ערמות של גוויות, ואחרות סירבו להיפרד מילדיהן, כפי שניסו להפריד השוטרים לפני שחרורן. הכאת היהודים בבניין הקסטורה נמשכה בידי כחמישים גרמנים מיחידה מיוחדת ובידי השוטרים הרומנים עד השעה 15:00, אז נסגר השער והחל טבח בעזרת מכונות ירייה. הטבח נמשך עד שעה 19:30 בערב. חלק מהיהודים הצליחו לפרוץ את החומות ואת הגדר ונמלטו לרחובות הסמוכים, שם רדפו אחריהם השוטרים המקומיים והחיילים. לפי הערכות מאוחרות בתוך בניין הקסטורה נרצחו כחמשת אלפים יהודים וברחובות הסמוכים עוד כמה אלפי יהודים. מקרה אופייני היה של גברילוביץ' קונסטנטין, נהג בשירות הרכבות, ששהה בעת האירועים במוסך סמוך לבניין הקסטורה. יהודים, שהצליחו לטפס על גדר הקסטורה, ברחו לתוך חצר המוסך, שם היה חייל רומני, שהתעלף עם תחילת היריות. הנהג הרומני לקח את הרובה של החייל המעולף והתחיל לירות ביהודים הנמלטים - לאחר המלחמה נידון על כך ל-15 שנות מאסר.
התייחסות השלטון לחלקו בפרעות הייתה תחת אמתלה של פעילות מדינית "לגיטימית". בדיעבד דווחו פעולות אלו כפעולות עונשין נגד יהודו-קומוניסטים וטייסי הכוחות הסובייטים שהפציצו את הרומנים קודם לכן. קפטרו, ששימש כ"פרפקט" המקומי (תפקיד שלטוני מקומי) ולא היה בסוד ההכנות, דיווח באובייקטיביות על המתרחש וכתב לממונים עליו שלפי הממצאים שנאספו הוכח שהתקריות אורגנו על ידי מי שרוצים להסית את הצבא הרומני, הצבא הגרמני והאוכלוסייה הנוצרית כנגד היהודים במטרה לגרום לרצח המוני.
בישיבות הממשלה הרומנית שהתנהלו באותה תקופה כונו הפרעות של יאשי בשם "משימה לדילול יאשי מיהודיה".
רכבות המוות.
בהתאם להוראת פינוי כל יהודי יאשי, ששונתה לפינוי כל הגברים היהודים מיאשי, הוזמנו רכבות, והיה צורך להעביר את היהודים שנותרו בחיים בחצר הקסטורה אל תחנת הרכבת. בחצר הקסטורה נותרו בחיים 5,000 עד 8,000 יהודים. הם הובלו משם אל תחנת הרכבת, תוך הכאתם בדרך על ידי ההמון וחיפוש נוסף שנעשה בכיסיהם ועל גופם, כדי לשדוד כל מה שנותר. בתחנת הרכבת הצטוו לשכב על הרצפה ולאחר הגעת הרכבת, נדחסו לקרנות שנועדו להובלת כימיקלים או להובלת בהמות. בקרונות מהסוג הראשון לא היו חלונות כלל ובקרונות מהסוג השני היו מעט חלונות עם סורגי ברזל. עובדי הרכבת אטמו את החלונות בלוחות עץ מחוברים במסמרים וזאת תוך כדי ואחרי העמסת היהודים. ליהודים שצופפו בכוח לא היה אוויר לנשימה, אך הניסיונות שנעשו לפרוץ פתח בקרונות הובילו לירי והרג המנסים. כדי לחסוך בקרונות צופפו את היהודים - בתוך קרונות בהם יכלו לעמוד 40 איש נדחסו 120 - 150 יהודים.
הפינוי בוצע בשתי רכבות שיצאו בשעות שונות אל יעדים שונים. הרכבת הראשונה יצאה מיאשי לטרגו פרומוס ב-30 ביוני 1941 בשעה 02:00. היא נסעה מספר קילומטרים, עצרה וחזרה ליאשי ולבסוף עזבה את העיר בשעה 04:00. הרכבת הזאת נועדה להוביל את היהודים למחנה הריכוז טרגו ז'יו, שם נכלאו יהודים שפונו מעיירות השדה, אך משהסתבר שלא היה שם מקום לאלפי יהודים נוספים, שונה יעדה. בשעות הבוקר ובשעות הצהרים נפתחו לזמן קצר מרבית הקרונות (לא כולם) לצורכי אוורור. ברכבת היו כ-50 קרונות ובהם כ-5,000 יהודים וחיילי משמר. רבים מנוסעי הרכבת מתו כתוצאה ישירה של חנק מחוסר חמצן. מי שניסה לברוח נורה. בתחנות הרכבת, דרכן עברה הרכבת, היו ניסיונות מחודשים לשדוד את היהודים על ידי רומנים שלא ידעו שכבר לא נשאר מה לשדוד, ותוך כדי כך נרצחו עוד יהודים.