בעונת הצטרפה לליגה קבוצת מלבורן הארט (כיום מלבורן סיטי), ולראשונה זכתה מלבורן ויקטורי במשחק דרבי עירוני. החל מאותה העונה, העבירה הקבוצה את משחקי הבית שלה לאצטדיון הריבועי של מלבורן. היריבות העירונית הפכה עזה יותר בעקבות עבירה גסה של קפטן ויקטורי, קווין מוסקט, על שחקנה הצעיר של היריבה, אדריאן זאהרה. התיקול ספג גינויים רבים, ויצר עליית דרגה ביריבות בין המועדונים. את העונה הסדירה סיימה מלבורן במקום החמישי, אך הודחה בפתיחת הפלייאוף במפתיע על ידי גולד קוסט יונייטד, משער ניצחון בתוך תוספת הזמן (1-0 בסיום). גם בליגת האלופות כשלה הקבוצה וסיימה אחרונה בשלב הבתים.
בשלבי הסיום של העונה עבר המועדון מתיחת פנים, מקצועית וניהולית כאחד. נשיא המועדון, ג'ף לורד, עזב את תפקידו והוחלף באנתוני די פייטרו. המהלך הוביל לשינוי מקצועי, כאשר ארני מריק, מאמן הקבוצה מעונתה הראשונה, הגיע להסכם עם ההנהלה החדשה על סיום דרכו בקבוצה ב-12 במרץ 2011. למהלך קדמו ביקורות רבות על יכולתה של הקבוצה, שספגה בין היתר תבוסות 4-1 לאדלייד יונייטד יריבתה הגדולה, ו-5-1 לגמבה אוסקה בפתיחת ליגת האלופות. מהמט דוראקוביץ', מאמן הנוער וכדורגלן נבחרת אוסטרליה לשעבר, נבחר להחליף את מריק על הקווים של הקבוצה הבוגרת כמאמן זמני. השינויים במועדון לא פסקו, וחודש בלבד אחר כך פוטר המנהל המקצועי גארי קול מתפקידו, ואחריו שוחרר גם עוזר המאמן ארון הילי. זמן קצר אחר כך פרש גם הקפטן הראשון של המועדון, קווין מוסקט.
ב-21 ביוני 2011, לקראת עונת , התמנה דוראקוביץ' כמאמנה הקבוע של הקבוצה. באותו היום מונה פרנסיס אוואריטפה, כדורגלן נבחרת אוסטרליה לשעבר, לתפקיד המנהל המקצועי של הקבוצה. חברת אינטראלוט היוונית הפסיקה את התמיכה בקבוצה, ובמקומה חתמה מלבורן חוזה חסות עם חברת כוח האדם השווייצרית, אדקו. שבוע קודם לכן, הודיעה החברה על שיתוף פעולה עם ענקית הלבשת הספורט אדידס, כיצרנית המדים החדשה של המועדון. ההחתמה המרשימה ביותר של הקבוצה לקראת העונה הושלמה ב-20 באוגוסט, כאשר בקבוצה הוחתם כדורגלן לידס, ליברפול וגלאטסראיי, הארי קיואל.
על אף ההתחדשות שעבר המועדון בחודשי הקיץ, שכללה, מלבד קיואל, שמונה שחקנים חדשים נוספים ושמונה שחקנים ששוחררו, פתיחת העונה לא בישרה טובות עבור המועדון. מלבורן פתחה עם שני ניצחונות בלבד בעשרת מחזורי הפתיחה, וחמישה חודשים בלבד לאחר מינויו, פוטר המנהל המקצועי אוואריטפה. ב-5 בינואר, לאחר הפסד ליגה שלישי רצוף ובעקבות פתיחת עונה עגומה עם שלושה ניצחונות בלבד ב-14 מחזורים, פוטר דוראקוביץ מתפקידו. קווין מוסקט הוביל את הקבוצה לניצחון במשחק בו שימש כמאמן זמני, ולאחר מכן התמנה ג'ים מגילטון, קשר ומאמן איפסוויץ' טאון לשעבר, לתפקיד המאמן עד לתום העונה. עם זאת, מלבורן סיימה עונה עגומה במקום השמיני, עם שישה ניצחונות בלבד בליגה, ובמרחק שמונה נקודות מפלייאוף האליפות. בעקבות הכישלון, סיים מגילטון את דרכו במועדון.
לקראת עונת התמנה לקבוצה מאמן חדש, אנג'ה פוסטקוגלו, כדורגלן אוסטרליה לשעבר, ולימים מאמן הנבחרת. הקבוצה שוב עשתה שינויים רחבים בסגל, כולל עזיבתו של קיואל שבחר לשוב לאנגליה עקב מחלתה של חמותו. פוסטקוגלו הצליח לשקם את הקבוצה לאחר העונה הקשה, ולהוביל אותה למקום השלישי בטבלה ולסדרת הפלייאוף. במשחק הראשון בפלייאוף רשמה הקבוצה ניצחון דרמטי על פרת' גלורי, לאחר שהשוותה בדקת הסיום בפנדל, והשלימה מהפך בהארכה. היא נעצרה בחצי הגמר, עם הפסד 1-0 לסנטרל קוסט מארינרס, שהמשיכה לזכייה בצ'מפיונשיפ.
עידן קווין מוסקט (2013- ).
מלבורן החלה את ההכנות לעונת תחת המאמן פוסטקוגלו. את הקיץ פתחה החתמתו של מיטש ניקולס מבריזבין רואר, ששב לשתף פעולה עם מאמנו בעבר. לאחר שחרורו של מרקוס פלורס, שתפס את משבצת השחקן חריג השכר ('Marquee') של הקבוצה, חיפשה מלבורן להתחזק בשחקן בעל שם. עם זאת, הקבוצה כשלה להחתים את קפטן יורגוס קראגוניס, וגם האיטלקי הבינלאומי פבריציו מיקולי לא חתם לבסוף בשורות הקבוצה. לאחר הכישלון בהחתמתם, אירחה הקבוצה את אחד מאירועי הספורט הגדולים בתולדות אוסטרליה, כשאירחה את ליברפול האנגלית למשחק ידידות. מעל ל-95 אלף צופים חזו בהפסדה של מלבורן 2-0 לליברפול, שהגיעה עם שחקני הסגל הבכיר ובהם כוכבים כגון סטיבן ג'רארד, לואיס סוארס, קולו טורה ועוד. קוסטה ברברוסס הניו זילנדי חתם בקבוצה זמן קצר לאחר מכן, ואליו הצטרפו ג'יימס טרויסי בהשאלה מאטאלנטה. את משבצת השחקן חריג השכר תפס פבלו קונטררס, הצ'יליאני הבינלאומי שהגיע מאולימפיאקוס. מנגד, מרקו רוחאס, שבתקופתו בקבוצה זכה בתואר כדורגלן השנה באוקיאניה לשנת 2012, שוחרר לשטוטגרט הגרמנית.
מחזורים ספורים בלבד מפתיחת העונה, התבשרה הקבוצה כי המאמן פוסטקוגלו עוזב את משרתו לטובת אימון נבחרת אוסטרליה. שמונה ימים לאחר עזיבתו, מונה קפטן הקבוצה בעבר, קווין מוסקט, לתפקיד המאמן הראשי. בכך, היה לכדורגלן העבר הראשון של הקבוצה שמתמנה לתפקיד המאמן שלה. מוסקט הצליח לנווט את הקבוצה למקום הרביעי בתום העונה הסדירה. עם פתיחת הפלייאוף ניצחה הקבוצה 2-1 דרמטי את סידני, עם שער ניצחון עמוק בתוספת הזמן, אך שוב נעצרה בחצי הגמר, הפעם בעקבות הפסד 1-0 לבריזבין רואר, מחזיקת הצ'מפיונשיפ בתום העונה.
עונת הייתה הראשונה של מלבורן שנפתחת תחת המאמן מוסקט. במסגרת ההכנות לעונה, התחזקה הקבוצה משמעותית עם רכש אירופי איכותי. גולת הכותרת הייתה החתמתו של בסארט ברישה האלבני מבריזבין רואר כשחקן ה-Marquee הזר, כשמקבילו המקומי מארק מיליגן ממשיך כקפטן הקבוצה. בנוסף, הגיעו לקבוצה, בין היתר, דניאל גאורגייבסקי המקדוני ומתייה דלפייר הצרפתי. מלבורן פתחה היטב את העונה, ורשמה הפסד ראשון רק במחזור ה-11, בדרבי מול מלבורן סיטי. עד לסיום העונה שמרה הקבוצה על המקום הראשון בעונה הסדירה, וזכתה באליפות הפרמיירשיפ. הקבוצה הגיעה מוכנה גם לפלייאוף, שם הביסה את מלבורן סיטי 3-0 בדרבי, וגברה באותה התוצאה בגמר על סידני, כדי להשלים דאבל עונתי שלישי בתולדותיה. הקבוצה אף העפילה לגמר הראשון אי פעם של הגביע האוסטרלי, אך הפסידה 4-2 לפרת' גלורי בהארכה.
לאחר קיץ נטול זעזועים משמעותיים, להוציא את עזיבתו של מיליגן הקפטן, ניסתה הקבוצה לשמור על תואריה במקביל להשתתפותה בליגת האלופות האסיאתית. ברישה הוסיף להיות מלך שעריה של הקבוצה ולרשום נתוני כיבוש מרשימים, שסייעו לקבוצתו להתברג לפלייאוף האליפות מהמקום השישי, הנמוך ביותר שמוביל לפלייאוף. בסיבוב הראשון של הפלייאוף התארחה מלבורן אצל בריזבין רואר, והודחה בתום הפסד 2-1 דרמטי במיוחד. לאחר 83 דקות מאופסות, הורחק ג'ייסון גריה ממלבורן בכרטיס צהוב שני. שלוש דקות אחר כך העלה ברישה את האורחים ליתרון 1-0, על אף החיסרון המספרי. אלא שהיתרון החזיק מעמד שתי דקות בלבד, ובדקה ה-88 מצאה המארחת את שער השוויון. שלוש דקות בתוך תוספת הזמן, ושבע דקות בלבד לאחר השער של ברישה, השלימה בריזבין מהפך והדיחה את מלבורן מהמשך הפלייאוף.
באותה העונה השתתפה מלבורן בשלב הבתים של ליגת האלופות האסיאתית, ולראשונה בתולדותיה הצליחה לעבור אותו בהצלחה. על אף שהצליחה לצבור שני ניצחונות בלבד בששת משחקי הבית, המאזן הספיק לה למקום השני, אחרי שנגחאי SIPG, ולכרטיס לשמינית הגמר. בשלב זה פגשה מלבורן את ג'אונבוק יונדאי מוטורס מקוריאה הדרומית. לאחר שוויון 1-1 במשחק הראשון, ניצחו הקוריאנים 2-1 בגומלין והדיחו את מלבורן מהמפעל. על אף חוסר ההצלחה בליגה ובמפעל הביניבשתי, מלבורן לא סיימה את העונה בלי תואר, והצליחה לזכות בגביע האוסטרלי, עם ניצחון 2-0 בגמר על פרת' גלורי.
עונת נפתחה עם שינויים משמעותיים בסגל, ובין היתר השיבה הקבוצה לשורותיה את מרקו רוחאס ואת ג'יימס טרויסי ששיחקו במדיה בעבר. מלבורן רשמה עונה מוצלחת בליגה, אך נכנעה לעונה מוצלחת יותר של סידני, שלא הותירה סיכוי למתחרותיה וספגה הפסד אחד בלבד לאורך כל העונה הסדירה. מלבורן סיימה כסגניתה של סידני, אך בפער משמעותי של 17 נקודות. בפלייאוף העניק ברישה לקבוצתו את הכרטיס לגמר, כשכבש את השער היחיד בניצחון 1-0 על בריזבין רואר. בגמר שוב כבש ברישה ראשון, אך סידני המשיכה את העונה הסדירה המוצלחת שלה, והשיגה את השוויון בדרך להכרעה בפנדלים. רוחאס החמיץ את הפנדל הרביעי של קבוצתו, וסדיני ניצלה זאת לניצחון 4-2 ולזכייה בצ'מפיונשיפ.
אצטדיון הקבוצה.
מלבורן מארחת את מירב משחקיה הביתיים באצטדיון הריבועי במלבורן, הידוע בשם AAMI פארק. את משחקיה המוגדרים כמושכי קהל, כמו משחקי הדרבי או משחקי הפלייאוף, מארחת הקבוצה באצטדיון דוקלנדס הגדול יותר, הידוע בשם אצטדיון אתיחאד. כמו כן, המועדון מעביר משחק ביתי אחד בכל עונה לקרדיניה פארק בעיר השכנה ג'ילונג.
אצטדיון אולימפיק פארק.
אצטדיון הבית הראשון של הקבוצה היה אצטדיון אולימפיק פארק במלבורן. האצטדיון, שבעת היווסדה של הקבוצה חגג חמישים שנים להיווסדו, שימש את הקבוצה בכל משחקי הבית שלה בעונתה הראשונה, עונת . באצטדיון יציעי ישיבה רק בצידו המערבי והמזרחי, בעוד היציעים הדרומיים והצפוניים היו יציעי עמידה בלבד.
בעונת הבכורה שלה השיגה הקבוצה ממוצע קהל של כ-14 אלף אוהדים, שהוא מעל ל-75 אחוזים מהמקומות באצטדיון בן ה-18,500 מושבים. ממוצע הקהל הגבוה, יחד עם האווירה ביציעים, היו לנכס משמעותי עבור הקבוצה והליגה כולה בשנתה הראשונה. זו הייתה אחת הסיבות של מלבורן לעזוב את האצטדיון בתום עונה אחת, ולעבור לאצטדיון דוקלנדס הגדול ממנו משמעותית.