בשנת 1999, בעת כהונת הכנסת הארבע עשרה, אישרה הכנסת את חוק סדרי השלטון והמשפט (ביטול החלת המשפט, השיפוט והמינהל), התשנ"ט-1999 שזכה לכינוי "חוק שריון רמת הגולן", על פיו החלטת ממשלה לוותר על שטחים בריבונות המדינה, ובכלל זה רמת הגולן, תידרש לאישור של רוב מוחלט מחברי הכנסת (61 ח"כים או יותר) ואישור של רוב המשתתפים בהצבעה במשאל עם. בחוק נקבע עוד שהסעיף הנוגע לקיום משאל עם יחול רק כאשר יוסמך על ידי חוק יסוד שיחוקק בנושא ובכך נותר החוק עקר מבחינה זו. ב-22 בנובמבר 2010 אישרה הכנסת תיקון לחוק זה שזכה לכינוי הנוסף "חוק משאל עם", לפיו בטלה הדרישה לעיגון בחוק יסוד.
ב-12 במרץ 2014 אישרה הכנסת את , שלפיו כל נסיגה משטח ריבוני של מדינת ישראל, כולל רמת הגולן, תחייב קיום משאל עם ורוב של 61 חברי כנסת.
ב-25 במרץ 2019 חתם נשיא ארצות הברית, דונלד טראמפ, על צו נשיאותי המכיר בריבונות ישראל על רמת הגולן. מדינות רבות הביעו התנגדות לצעד זה.
סיני.
במלחמת סיני ישראל כבשה את רוב סיני וחבל עזה. ישראל הקימה בסיני וחבל עזה שתי היאחזויות נח"ל (נח"ל תרשיש ונח"ל רפיח), אך בלחץ בינלאומי נאלצה לסגת משם לאחר כמה חודשים.
במלחמת ששת הימים הובס הצבא המצרי וישראל כבשה את כל חצי האי סיני. תעלת סואץ, שגדתה המזרחית עברה לשליטת ישראל, נסגרה. צה"ל הקים מנגנון מנהל אזרחי כדי לנהל את חיי התושבים במקום.
בסיסי הצבא המצרי, כגון בסיס רפידים ובסיס אל עריש, הפכו לבסיסים של צה"ל. בנוסף הקים צה"ל בסיסים חדשים, בהם שדות התעופה עציון, איתם ושדה אופיר. בהר אום חשיבּה שבצפון־מערב סיני הוקם בסיס אום חשיבה, שמוצב פיקוד ומתקן מעקב והתרעה אלקטרוני. לאורך תעלת סואץ הוקמו מעוזים ותעוזים, שנודעו בשם "קו בר-לב". עד 7 באוגוסט 1970 התקיימה משני צדיה של תעלת סואץ מלחמת ההתשה בין ישראל למצרים, שבמהלכה נהרגו 367 ישראלים. מצרים ספגה אלפי הרוגים, ערי התעלה ובתי הזיקוק בעיר סואץ הוחרבו, ומאות אלפי פליטים זרמו לקהיר.
ישראל הקימה מספר יישובים אזרחיים בעיקר לאורך חוף מפרץ אילת ובפתחת רפיח. בסך הכול הוקמו בסיני 19 יישובים שהכילו כ-4,300 איש. היישוב הגדול ביותר היה העיר ימית ששכנה לחוף הים התיכון, דרומית מערבית לרפיח. אזור דרום סיני נקרא מרחב שלמה. מפקדת האזור שכנה באופירה, ליד מפקדת כוחות צה"ל - מפקדת מרש"ל (מרחב שלמה). מפקד האזור, המושל הצבאי, חלש על הגזרה באמצעות מספר "נציגויות", ששכנו בשטח. הנציגויות שהיו בנביעות, דהב, א-טור, אבו רודס וסנטה קתרינה, אוישו בקציני ונגדי ממשל צבאי וכוחות ביטחון שוטף. מפקדי הנציגויות היו בפועל מפקדי הכוחות של צה"ל בשטח. היחידה של הממשל הצבאי נקראה מפקדת אד"ס (אזור דרום סיני) ובראשה עמד קצין בדרגת סא"ל. ליד הממשל הצבאי היה גוף מנהל אזרחי שטיפל בפיתוח משאבים ותשתיות לרווחת התושבים המקומיים. אף למנהל האזרחי היו נציגויות בשטח שדאגו לרווחת האוכלוסייה לצרכיה, לפרויקטים של פיתוח (דרכים, בארות מים, מרפאות, מרכזים מסחריים ועוד) בתיאום עם תיאום הפעולה בשטחים ועם המפקדה הצבאית, יצגו את משרדי הממשלה שונים ועמד בקשר מול ארגוני סעד. הקשר ליחידות צה"ל ומפקדת האזור נעשה באמצעות קצין מנהל אזרחי שהיה מוצב במפקדת האזור. בשנות השלטון הישראלי הוקמו באזור מספר יישובים אזרחיים: אופירה, נביעות, די זהב ושלהבת.
ישראל ניצלה את משאבי הטבע של סיני, ובפרט את שדות הנפט שבמערב סיני, שלניצולם הוקמה החברה הממשלתית "נתיבי נפט". חופי סיני שלאורך מפרץ אילת הפכו לאזור נופש פופולרי בקרב ישראלים.
בשנת 1971 הציע שליח האו"ם, גונאר יארינג, למצרים ולישראל הסכם שלום בתמורה להחזרה של סיני למצרים. מצרים נענתה ליוזמה אך ישראל סרבה לה.
מטוס נוסעים לובי שחדר לסיני ב-21 בפברואר 1973 עקב טעות ניווט, הופל על ידי מטוסי חיל האוויר הישראלי. 108 מנוסעי המטוס נהרגו.
בשנת 1973 ניסתה מצרים להחזיר את שליטתה בסיני במלחמת יום הכיפורים. כוחות מצריים תקפו את צה"ל והצליחו להשתלט על הגדה המזרחית של תעלת סואץ. ישראל בתגובה כיתרה חלק מהכוחות הללו וכבשה חלקים מהגדה המערבית של התעלה. כחלק מהסכמי הפרדת הכוחות, ישראל הסיגה את כוחותיה אל מעבר לקו התעלה ואפשרה את פתיחתה המחודשת של תעלת סואץ.
בשנת 1975 נחתם בין ישראל למצרים הסכם הביניים, אשר אשרר את מחויבות שתי המדינות להמשך הפסקת האש ולפתרון הסכסוך בדרכי שלום. כמו כן, נקבע כי ישראל תיסוג מרצועה ברוחב 30–40 קילומטרים ממזרח לקו הקודם. רצועה זו כללה את מעברי המיתלה והגידי במערב סיני. המצרים התקדמו אל הקו הישראלי הקודם, כ-10 קילומטרים מזרחה. השטח ממנו נסוגה ישראל הפך לאזור חיץ בפיקוח כוחות האו"ם. כן נסוגה ישראל מרצועה צרה וארוכה לאורך מפרץ סואץ, שכללה את מרבית שדות הנפט הישראלים בסיני, כולל אבו רודס (והיישוב "שלהבת" שהיה ממוקם שם) ובליים. רצועה זו הפכה לשטח מצרי אזרחי מפורז, ונקבעו הסדרי שימוש משותף של ישראל ומצרים בכביש המקביל למפרץ.
במהלך שנות השליטה הישראלית בסיני לא היו עימותים משמעותיים בין צה"ל לאוכלוסייה המקומית.
המאבק על סיני הגיע לסיומו עם חתימת הסכם השלום בין ישראל למצרים בשנת 1979. במסגרתו הסכימה ישראל להעביר את השליטה בכל סיני לידי המצרים. ישראל נסוגה מסיני במספר שלבים, שהסתיימו בשנת 1982. נסיגתה של ישראל לוותה בהריסתם של בסיסי צה"ל ושל היישובים הישראלים, בהם העיר ימית.
רצועת עזה.
ממלחמת העצמאות ועד למלחמת ששת הימים הייתה רצועת עזה נתונה לשלטון מצרי (למעט תקופה קצרה של שלטון ישראלי בעקבות מלחמת סיני). במלחמת ששת הימים כבשה ישראל את הרצועה, והקימה בה התנחלויות, בעיקר בגוש קטיף, ששכן בין ח'אן יונס ורפיח לבין הים וכלל 21 יישובים. בין היישובים חודש גם כפר דרום שהיה ברצועה עוד לפני מלחמת העצמאות וישראל יצאה ממנו בהסכמי שביתת הנשק בתום המלחמה וכן כפר בדואי של משתפי פעולה שנקרא "דהנייה".
בהסכמי אוסלו הועברה השליטה ביישובים הפלסטינים שברצועת עזה לידי הרשות הפלסטינית, אם כי הריבונות נותרה בידי צה"ל. גם לאחר ההסכמים נותרה בידי ישראל השליטה על היישובים הישראליים ברצועה, הדרכים המובילות אליהם משטח ישראל, ציר פילדלפי (רצועה צרה לאורך הגבול בין רצועת עזה לבין מצרים) ומעבר הגבול עם מצרים ברפיח.
שליטת ישראל ברצועת עזה לוותה בעימות מתמיד בין צה"ל והמתנחלים לבין האוכלוסייה המקומית, שכלל מעשי טרור רבים של האוכלוסייה המקומית נגד צה"ל והמתנחלים, ופעילות נרחבת של צה"ל והשב"כ לבלימת מעשי טרור אלה. בין השאר הוקמה למטרה זו יחידת רימון. תקופות בולטות של התקוממות זו היו האינתיפאדה הראשונה והאינתיפאדה השנייה.
בספטמבר 2005, במסגרת תוכנית ההתנתקות של ממשלת ישראל, נסוגו כוחות צה"ל מכל שטחי הרצועה (מלבד חדירות זמניות לשטח ופיקוח ושליטה אווירית מתמדת), פונו ממנה כל אזרחי ישראל, נהרסו ההתנחלויות ובסיסי צה"ל, בוטל הממשל הצבאי שהוחל בה, ונסגר הגבול בינה לבין מדינת ישראל.
מ-12 בספטמבר 2005 ועד יוני 2007 נמצאו השטח ותושביו בשליטה בלעדית של הרשות הפלסטינית, מלבד פעולות צבאיות של ישראל למניעת טרור, אך בלא התערבות של מדינות זרות, אף על-פי שהרשות הפלסטינית אינה מוכרת כמדינה עצמאית.
מיוני 2007, בעקבות השתלטות של ארגון החמאס על רצועת עזה במהלך עימות חמאס-פת"ח ברצועת עזה, והתנערותו מההסכמים שעליהם חתמה הרשות הפלסטינית עם ישראל ועם מצרים, הטילה ישראל סגר על רצועת עזה. לפני הטלת הסגר שימרה ישראל שליטה על המרחב הימי והאווירי של הרצועה, ואולם מדיניות הסגר הקשיחה את תנאי המעבר של אנשים ובעיקר של סחורות לתוכה וממנה. לאורך תקופת הסגר, וכן לפניה, אפשרה ישראל אספקת חשמל לעזה והכנסת מזון ותרופות.
דרום לבנון.