בעונת המרוצים של 1991, מנסל עזב את פרארי בשל מערכת יחסים לא יציבה עם פרוסט והצטרף לקבוצתו הקודמת, ויליאמס. מחליפו של מנסל בקבוצת פרארי היה הצרפתי ז'אן אלזי, אשר הרשים בשתי העונות הקודמות במסגרת קבוצת טירל. באותה עונה פרארי לא העמידה מכונית אשר תהווה יריבה ראויה ופרוסט לא זכה באף מרוץ באותה עונה, כשהוא מגיע לבימת המנצחים (מקומות 1–3) בחמישה מרוצים בלבד. את התסכול פרק פרוסט על הקבוצה בביקורת פומבית, ולבסוף פוטר עוד בטרם הסתיימה העונה, לקראת מרוץ אוסטרליה. פרוסט הוחלף על ידי האיטלקי ג'יאני מורבידלי.
ויליאמס: 1993.
פרוסט לקח לעצמו שנת שבתון בעונת 1992, עונה אשר נשלטה על ידי נייג'ל מנסל בויליאמס-רנו. לאחר ששמע שפרוסט יצטרף אליו בעונה הבאה, עזב מנסל את הסבב והצטרף למרוצי האינדי. לפיכך העמידה ויליאמס קבוצה חדשה לגמרי, כאשר הטירון דיימון היל הצטרף לפרוסט כמחליפו של ריקארדו פטרזה, אשר בתורו עזב לקבוצת בנטון.
פרוסט זכה בעונה זו בתואר האליפות בפעם הרביעית בקושי רב כשמתחרו העיקרי הוא איירטון סנה, אשר נהג במכונית נחותה יחסית. מעט לפני המרוץ של פורטוגל באוקטובר 1993, אלן פרוסט הודיע שלא יגן על תוארו ושבחר לפרוש כנהג המוצלח ביותר בתולדות מרוצי הגרנד-פרי – שיא שהחזיק מעמד למשך כמעט עשור. על דוכן המנצחים במרוץ באוסטרליה פרוסט וסנה התחבקו, ודומה היה שסנה, ללא תחרות מהאלוף הפורש, החליט שאין עוד מקום לעוינות ביניהם. פרוסט הופתע מהמחווה. הישגיו חסרי התקדים של פרוסט העניקו לו חברות במסדר האימפריה הבריטית, תואר המוענק לבעלי נתינות זרה (זרה לבריטניה).
הגרמני מיכאל שומאכר שבר את שיאו של פרוסט שעמד על 51 ניצחונות, במהלך עונת המרוצים של 2001. עם זאת, הצרפתי עדיין מחזיק בשיא הזינוקים למרוץ במכוניות מונעות במנוע מוגדש טורבו (126) ובמספר הניצחונות המרבי במדינת הבית של הנהג (צרפת במקרה של פרוסט) – 6.
היריבות עם איירטון סנה.
הקרבות בין איירטון סנה לבין פרוסט עמדו במוקד תשומת הלב. היריבות החלה בעונת 1988 כשסנה היה שותפו לקבוצת מקלארן. האירוע המשמעותי ביותר היה במרוץ בפורטוגל, כשסנה מנע מפרוסט לקחת את ההובלה על ידי חסימת דרכו צמוד לקיר אזור הטיפולים (הפיטס). פרוסט הצליח לדחוק את סנה החוצה, כשהוא לוקח את הצד הפנימי של הפנייה ואת ההובלה. פרוסט לא היה שבע רצון מהמהלך של סנה. היריבות התחזקה לאחר המרוץ בסן מרינו בשנת 1989, כששני הנהגים הסכימו לא לחסום האחד את דרכו של השני בדרך לפניה הראשונה. בתחילה, סנה נטל את ההובלה ופרוסט ויתר לו על הפניה הראשונה. תאונה של גרהרד ברגר בהקפה הרביעית גרמה להפסקת המרוץ. כשחודש המרוץ, היה זה פרוסט שהוביל לקראת הפניה הראשונה, אלא שהפעם סנה לא ויתר והשתחל אל הפנייה הראשונה תוך הפרת ההסכם בין השניים. הדבר גרם לפרוסט לזעום על יריבו. היריבות הגיעה לשיאה במרוץ ביפן באותה עונה, מרוץ אשר הכריע את גורל האליפות. שתי המכוניות התנגשו בפניית השיקיין כשפרוסט מנסה לחסום ניסיון עקיפה של סנה. סנה חזר למרוץ תוך חיתוך של פניית השיקיין והמעשה גרם לפסילתו. פרוסט הודה לאחר מכן שבכוונה לא איפשר לסנה לעקוף, למרות היותו במצב טוב יותר בחלק הפנימי של הפנייה.
בעונת 1990 התנגשו השניים שוב. סנה הוביל על פרוסט, שעבר לקבוצת פרארי, באליפות הנהגים. פרוסט הגיע שני במוקדמות למרוץ סיום העונה ביפן כשסנה מנצח במרוץ עצמו. לפני המרוץ התלונן סנה שהצד שלו בזינוק מלוכלך, ולכן תהיה לו פחות אחיזה מאשר לפרוסט, והדבר יקשה על הזינוק שלו. הערעור של הברזילאי לא התקבל. בתחילת המרוץ, פרוסט אכן זינק טוב יותר מסנה, אבל בבלימה לקראת הפניה הראשונה של המרוץ השניים התנגשו וכתוצאה מהתאונה פרשו מהמרוץ וסנה זכה באליפות. שנה לאחר מכן הודה סנה שהמהלך היה מכוון, כנקמה על מהלך דומה שעשה פרוסט בפניית השיקיין באותו מרוץ בעונה הקודמת.
אחרי שחזר פרוסט להתחרות בעונת 1993, המשיכו סנה והוא את היריבות ביניהם. פרוסט נזקק לליווי משטרתי למסלול המרוצים אינטרלגוס לקראת המרוץ בברזיל באותה שנה בשל עוינות האוהדים הברזילאים ואהדתם לבן ארצם סנה. השניים המשיכו את הקרבות שלהם על המסלול במרוץ בסילברסטון, אנגליה באותה עונה, כשסנה הגן באגרסיביות על מיקומו נגד מכונית הויליאמס של פרוסט.
ב-1 במאי 1994 נהרג סנה במהלך המרוץ בסן מרינו. פרוסט היה בין נושאי הארון בהלווייתו. ארבע שנים לאחר מותו של סנה, בשיחה עם נייג'ל רובאק, אמר פרוסט ש"תמיד סירב לדבר עליו". כשסנה מת, אמר פרוסט, "מת גם חלק ממני", כיוון שהקריירות שלהם היו כרוכות זו בזו.
סנה הרגיש באופן דומה כשפרוסט פרש בתום עונת 1993, כשהודה בפני ידיד קרוב שלו שרק לאחר הפרישה של פרוסט הוא מבין כמה מהמוטיבציה שלו במרוצים הגיעה מתוך היריבות עם אלן פרוסט. במרוצו האחרון של פרוסט בפורמולה 1, באוסטרליה ב-1993, סנה משך את פרוסט אליו לעמדת המקום הראשון על דוכן המנצחים לחיבוק. יומיים בלבד לפני מותו, בעודו מצלם הקפה במסלול אימולה עבור הערוץ הצרפתי TF1, בירך סנה את פרוסט, שעבד באותה תקופה בערוץ: . פרוסט אמר שהתרגש מהמחווה.
קסדה.
אלן פרוסט השתמש בקסדה אשר עוצבה בשלושת צבעי הדגל הצרפתי: כחול, אדום ולבן. שמו היה כתוב בצד הקסדה. בתחילת הקריירה, הקסדה הייתה לבנה ברובה עם כחול באזור המשקף. בשנות הקריירה שלו ברנו הוא השתמש יותר בצבע הכחול, בעיקר בחלק האחורי של הקסדה (רנו אופיינה על ידי הצבע הכחול באותו הזמן בענף הפורמולה 1). פרוסט שמר על העיצוב בעונתו הבאה במקלארן כשהשוני העיקרי היה הוספת הלוגו של הקבוצה החדשה. במעבר לפרארי החליף את הצבעים בסביבות המשקף לכחול. במעבר לויליאמס לא שינה פרוסט דבר, מלבד השינוי ההכרחי בסמלי הלוגו של המפרסמים.
לאחר הפרישה מנהיגה בפורמולה 1.
בשנים 1994 ו-1995 עבד פרוסט כפרשן בערוץ הטלוויזיה הצרפתי TF1 ובמקביל
עבד עבור רנו כאיש יחסי ציבור .
לאחר מכן פרוסט חזר לקבוצתו הישנה מקלארן, כיועץ טכני. הוא גם השתתף במרוצי אופניים בצרפת וסיים במקום ה-12 בקטגוריה שבה השתתף ובמקום ה-42 בכלל בין 5,000 משתתפים.
קבוצת הגרנד פרי של פרוסט.
במהלך עונת 1989 לאור היחסים הרעועים עם חברו לקבוצת מקלארן, איירטון סנה, פרוסט החל לשקול הקמת קבוצה משלו. פרוסט וג'ון ברנרד, מעצב ראשי לשעבר במקלארן, כמעט והקימו קבוצה ב-1990, אך חוסר יכולתם להשיג תומכים גרם לפרוסט לעבור לפרארי ולגניזת הרעיון. לאחר שפוטר מפרארי לא מצא פרוסט קבוצה לעונת 1992. פרוסט נכנס למשא ומתן עם גי ליג'ייה, בעליה של קבוצת ליג'ייה אבל לבסוף לא הגיעו השניים להסכמה ופרוסט הצטרף לקבוצת ויליאמס לקראת עונת 1993. ב-1995, כשפרוסט עבד עבור רנו, חזו רבים את הקמת קבוצת רנו-פרוסט. רנו סירבה לבקשת פרוסט לספק מנועים לקבוצתו, דבר שהזים את התחזית הזו.
ב-13 בפברואר 1997 רכש פרוסט את קבוצת ליג'ייה מפלאביו בריאטורה ושינה את שמה ל"פרוסט גרנד-פרי". יום לאחר הרכישה סיכם פרוסט על חוזה לשלוש שנים עם יצרן המכוניות פיג'ו עבור אספקת מנועים עבור העונות 1998 עד 2000. לעונה הראשונה של הקבוצה שמר פרוסט אחד מהנהגים של קבוצת ליג'ייה, אוליביה פאניס, אשר זכה במרוץ הגרנד פרי בסן מרינו בעונת 1996. כשותפו לקבוצה הוחתם היפני שינג'י נקאנו. הקבוצה התחרתה עם מנוע של הונדה-מוגן אשר ליג'ייה השתמשו בהם בעונה החולפת. ההתחלה נראתה מבטיחה והקבוצה אספה שתי נקודות כבר במרוץ הבכורה שלה כאשר פאניס סיים במקום החמישי. הקבוצה צברה 13 נקודות נוספות לפני שפאניס שבר את רגלו במרוץ בקנדה. הוא הוחלף על ידי יארנו טרולי מקבוצת מינארדי. מאותו רגע דברים רק הידרדרו כשהקבוצה זוכה רק בחמש נקודות במהלך תקופת ההחלמה של פאניס. בסיום העונה עמדה הקבוצה במקום השישי עם 21 נקודות.
פרוסט הפך למנהל הקבוצה בתחילת עונת 1998. לאור ההסכם עם פיג'ו לאספקת מנועים לקבוצה, עברו הונדה-מוגן לספק מנועים לקבוצת ג'ורדן. קבוצתו של פרוסט זכתה בנקודה בודדת במהלך העונה בזכות סיומו של יארנו טרולי במקום השישי במרוץ בבלגיה.
עונת 1999 בפורמולה 1 הייתה קריטית עבור קבוצת פרוסט. פרוסט שכר את ג'ון ברנארד כיועץ טכני. החברה של ברנארד סייעה לעיצוב המכונית החדשה של הקבוצה. פאניס וטרולי הסכימו להמשיך בקבוצה לעונה נוספת. לבסוף המכונית לא נתגלתה כמכשול משמעותי כמו המנועים של פיג'ו, אשר היו כבדים ולא אמינים.
עונתה האחרונה של פיג'ו כספקית המנועים של הקבוצה הראתה סימנים לאופטימיות, כשפרוסט שכר את שותפו לקבוצת פרארי ז'אן אלזי כנהג ראשי ואת הגרמני ניק היידפלד, שזכה בעונת 1999 בפורמולה 3000 כשותפו. העונה הייתה קטסטרופלית והמנהל הטכני אלן ג'נקינס פוטר כבר במהלך העונה. פרוסט בנה מחדש את הקבוצה עם מנהל ראשי ומנהל טכני חדשים.
בעונה לאחר מכן, עונת 2001, נראה היה שהקבוצה נעה בכיוון הנכון כשפרארי הסכימו לספק מנועים לקבוצה. אך המימון אזל ונפסק, ופרוסט עזב את הקבוצה עם חובות של כ־30 מיליון דולר.
בימים שלאחר מפלתה של הקבוצה ועזיבתו של פרוסט, ניכר כי הייתה הסכמה כוללת כי המניע העיקרי למפלה היה הרצון של פרוסט לשלוט בכל האלמנטים של הקבוצה, למרות חוסר הניסיון שלו בעניינים כלכליים וטכניים.
התקופה שלאחר קבוצת פרוסט.
את שנת 2002 בילה פרוסט עם משפחתו והשתתף בשמונה מרוצי אופניים, כשהוא מסיים במקום השלישי במרוץ "גראניט – מון-לוזר". הצרפתי השתתף בגביע אנדרוס בו נערכים מרוצים על הקרח וסיים במקום השני באליפות לאחר איוון מולר. פרוסט גם התמנה ל"שגריר" עבור יונירויאל, משרה אשר החזיק עד ה-11 במאי 2006.