רבי משה הכהן מפראג לא נשאר תקופה ארוכה בקהילה, אולי בשל המריבות והחיכוכים בה, ולאחר שנים ספורות שב למשרתו בפראג שם נפטר בשנת ה'ת"ג. מאז מינוי רבי משה זה התקבל במץ נוהג לפיו רבני הקהילה יובאו רק מקהילות אחרות, ולא ימונו לתפקיד זה מבני הקהילה. נוהג זה, שהיה נהוג בקהילות נוספות, נועד למנוע מצב בו הרב, שהוא גם אב בית דין, נמצא בניגוד עניינים ביחס לכמה מבני קהילתו. נוסף על כך, דרשו השלטונות כי מינויו של רב מחוץ למדינה יקבל אישור מלכותי. על הרבנים הבאים במץ, עד שנת ה'ת"ט, לא ידועים מספיק פרטים. בצמח דוד מצוין כי בשנת ה'שצ"ג התמנה לרבה של מץ רבי ליב, שכיהן קודם לכן כרבה של מגנצא. נוסף על כך נזכרים רבי נתן מפרנקפורט, רבי אפרים גומפריכט ורבי שאול יהודה כרבני מץ בפרק זמן זה. עד תקופה זו, לא היו תחומי פעילות הרב וסמכויותיו מוגדרים כל צרכם. תחילה היו הרבנים גם פרנסי הקהל, והם היו גם הדיינים. בהמשך הופרדו התפקידים, ואט אט קיבל הרב (האב בית דין) את סמכויות השיפוט ופסיקת ההלכה שעד אז עסקו בהם רבנים מקומיים.
בשנת ה'ת"ט התקבל כרב במץ רבי משה ירמיה הכהן (כ"ץ) יליד קרמניץ ורבה של נרול עד גזירות ת"ח ות"ט שבהם נמלט מערבה. הרב הכהן היה תלמיד המהרש"א. בימיו הוגדרו באופן מדויק סמכויותיו של הרב, שכללו את סמכות השיפוט ופסיקת ההלכה וכן את ההכרעה בכל התחומים הדתיים, במץ גופא ובכפרים הסמוכים. באופן חריג לא קיבל מינוי זה אישור מלכותי כנדרש, ובעת ביקורו של לואי הארבעה עשר, מלך צרפת בקהילת מץ בשנת תי"ח והענקת כתבי הזכויות החדשים שלה, המלך קבל על כך וחידש את הדרישה לאישור מלכותי קודם מינוי הרב. הרב מנרול חיבר תפילת הזכרת נשמות מיוחדת להרוגי גזירות ת"ח ות"ט, והיא התקבלה בקהילתו מץ ונאמרה לפני "אב הרחמים" בשווארץ שבת ובשבת חזון. כתבים תורניים נוספים שלו נדפסו בידי בנו, הרופא טוביה כהן. מקובל לסמן את מינויו של הרב מנרול כראשית "תקופת הזוהר של רבנות מץ". כאמור, הקהילה, שהייתה עשירה מחד ומאידך למדנית, הוציאה סכומים רבים כדי להביא אליה רבנים מהגדולים ביותר שניתן היה למצוא באירופה. במשך כמאה וחמישים שנה כמעט כל הרבנים שכיהנו במץ הותירו אחריהם ירושה ספרותית חשובה וזכו לשם בעולם הרבני לדורות, ובכך גם העניקו פרסום לקהילה בעולם התורני. אחריו התמנה רבי יונה תאומים-פרנקל, מחבר הפירוש לתלמוד 'קיקיון דיונה', גם הוא בן פולין שנמלט מזרחה בעקבות הגזירות וכיהן קודם לכן כרב בניקולשבורג. הוא נותר במץ אף שקבל הזמנה לרבנות הקהילה החשובה פוזנא. לאחר שנפטר רבי יונה במחצית שנת ה'תכ"ט (1669), לא מונה מיד רב חדש, ורבי גרשון אשכנזי הגיע למץ רק לאחר שגורש עם שאר יהודי וינה בסוף שנת ה'ת"ל (1670). בתקופה זו, בין שני הרבנים, התרחשה במץ עלילת הדם.
לאחר פטירת רבי גרשון בשנת ה'תנ"ג (1693), הובא בשנת ה'תנ"ה לכהן במץ רבי גבריאל אסקלס, תלמידו של רבי שמואל קאיידנובר, שקודם לכן היה דיין וראש ישיבה בכמה ערים, בהן קרקוב ופראג. בתקופת כהונתו, ואולי אף בעידודו תרם אחד מעשירי מץ בניין גדול שישמש את הישיבה בעיר (שכונתה 'הקלויז'). בנוסף תרם סכום גדול להחזקת הישיבה. בזכות תרומה זו גדלה הישיבה הקטנה שהייתה בעיר עד אז, ולמדו בה תלמידים רבים. בשנת ה'תס"ו נסע רבי גבריאל לווינה לרגל חתונת בנו עם בתו של רבי שמשון ורטהיימר. מראש הסכימו פרנסי הקהילה שישאר בווינה במשך שנה, אך בפועל הוא נשאר שם כשלוש שנים. לאחר שראו בני מץ כי הרב לא חזר, ואף לא ענה למכתבים שבקשו ממנו לחזור, ביקשו חלקם למנות רב חדש במקומו כי , ומאידך חלק אחר סבר כי יש להמתין עד שישוב הרב. בחשוון ה'תס"ט שלחו בני מץ כתב רבנות לרבי אברהם ברודא. מששמע רבי גבריאל על כתב הרבנות, מיהר וחזר למץ עוד טרם הגעת ר"א ברודא, אך למרות תמיכתם של חלקים בקהילה ומחלוקת גדולה שפרצה, לא ניתן היה לסגת מכתב הרבנות שנשלח, ובסוף אותה שנה הגיע לעיר רבי אברהם ברודא, שהתקבל בכבוד גדול. רבי גבריאל, שראה שלא ישוב לרבנותו, עזב את מץ והתקבל כרב בניקולשבורג. רבי אברהם ברודא, ששימש קודם לכן ראש ישיבה בפראג, עסק גם במץ בלימוד תורה לתלמידים בישיבה הגדולה שנפתחה בימי קודמו. חלק מתלמידיו בפראג (בהם רבי נתנאל וייל) עקרו למץ יחד איתו וחיזקו את הישיבה במץ. אף על פי שהיה במץ שנים ספורות בלבד, הספיק להעמיד בה תלמידים הרבה. עקב מאבקים שהיו לו עם גורמים בקהילה שסירבו לקבל את מרותו וסמכותו בתחום המשפט האזרחי, ועירערו עליה בפני הערכאות העירוניות, בחר לעזוב את מץ ולקבל את רבנות פרנקפורט כשזו הוצעה לו בשנת ה'תע"ג.
המחלוקות הרבות שליוו את כהונתם של הרבנים האחרונים הקשו על מציאת רב חדש למץ, ורק לאחר מספר שנים הגיע לקהילה רבי יעקב ריישר, שקודם לכן היה רב בוורמייזא. הרב ריישר כיהן במץ עד פטירתו בשנת ה'תצ"ג, והתפרסם כאחד מחשובי פוסקי ההלכה בדורו. לאחר פטירתו הוצע למנות את רבי יהונתן אייבשיץ, אך אלמנת הרב ריישר התנגדה למינויו, ובשל כך מונה לתפקיד רבי יעקב יהושע פלק, מחבר הספר "פני יהושע", ספר בסיס בין חידושי האחרונים על התלמוד. בשנת ה'תק"א (1741) עזב רבי יהושע את מץ לטובת רבנות פרנקפורט, אך בינתיים נרצחה אלמנת הרב ריישר בידי שודד, ומשכך הוצע שנית והתקבל מינויו של הרב אייבשיץ, שהגיע לעיר לקראת פסח ה'תק"ב. הרב אייבשיץ, שהיה מגדולי הדור, תיקן תקנות במץ ומלבד תפקידיו הרבניים הרגילים כישיבה בדין, פסיקת הלכה והוראה בישיבה עסק גם בקבלה וחילק קמיעות. מאוחר יותר, לאחר שעזב את מץ לטובת רבנות קהילות אה"ו, היו קמיעות אלה חלק מהפולמוס שהתעורר בשל החשד לשבתאותו, פולמוס שהיו מעורבים בו גם ה'פני יהושע', קודמו ברבנות מץ, וגם רבי שמואל הילמן, יורשו.
רבי שמואל הילמן, עד אז רבה של מנהיים הגיע לעיר לאחר עזיבת הרב אייבשיץ ובהמלצתו. הוא יזם את הקמת בית הדפוס העברי במץ, שהדפיס את חידושי התורה של רבני מץ מן העבר, וכן ספרים אחרים כמסכתות מן התלמוד, ספרי שו"ת, סידורים ומחזורים. בית הדפוס הגביר עוד יותר את פרסומה של מץ בעולם היהודי. מאידך, בדור זה כבר התחילה להסתמן דעיכה בגדולתה התורנית של העיר, ובכתב הרבנות מצפים הפרנסים מהרב הילמן שיוכל "להחזיר העטרה ליושנה". גם בכתב הרבנות של מחליפו, רבי אריה לייב בעל 'שאגת אריה', שהיה מפורסם כאחד מגדולי הדור וכיהן ברבנויות שונות בליטא ופולין, דרשו הפרנסים שיכהן לפחות שתים עשרה שנה, אולי משום החשש שכבר לא יוכלו למצוא מחליף ראוי. ה'שאגת אריה' כיהן במץ כעשרים שנה, תקופתו אכן הייתה תקופת פריחה למץ ברמה התורנית, וישיבתו נודעה בכל אירופה. בחג השבועות הראשון לכהונתו, עוד לפני שהתקבל האישור המלכותי לכהונתו, דרש הרב לומר את הפיוט "אקדמות" לפני תחילת קריאת התורה, כדעת הט"ז, ובשונה מהמנהג הישן שהיה נהוג במץ לאומרו באמצעה, וכפי שפסק רבי יעקב ריישר. הש"ץ סרב, והרב ביקש לעזוב את העיר. הוא ניאות להישאר עקב בקשת הפרנסים, שלא יכלו למשוך את הבקשה שהגישו לאישור מלכותי על מינוי הרב. עם זאת, פסק הרב להתפלל בבית הכנסת הגדול עד סוף ימיו, מלבד בשבתות בהן היה מחויב על פי תנאי הרבנות לשאת דרשה.
לאחר פטירת ה'שאגת אריה' ירדה קרנה של רבנות מץ. רבי צבי הירש לוין, שהתפקיד הוצע לו, דחה את ההצעה, ומץ נותרה בלא רב רשמי. מונו ממלאי מקום מקרב דייני בית הדין בני הקהילה, ובסופו של דבר מונה רבי אורי פייבוש כהן, אחד הדיינים, לרב. לאחר פטירתו הובא מגרמניה רבי אשר ליאון, אך תוך חצי שנה הוא הוחלף ברבי מאיר שרלוויל, שוב אחד מדייני הקהילה. משהוקמה הקונסיסטוריה המחוזית הפכה משרת רב הקהילה לרבה של הקונסיסטוריה. משרה זו הוצעה לרבי אשר מוולרשטיין, בנו של ה'שאגת אריה', אך הוא דחה את ההצעה והרב שרלוויל המשיך בתפקידו. לאחר פטירתו מונה לתפקיד דיין נוסף, הרב גוגנהיים. בניגוד לרבנים שכיהנו בתקופות קודמות, רבנים אלה לא היו מן השורה הראשונה של רבני אירופה. לאחר פטירת הרב גוגנהיים לא מונה רב, ורבי אהרן ווירמש, בעל 'מאורי אור' וגם אחד מחברי הסנהדרין של פריז, שימש כממלא מקום. רק לאחר פטירת הרב הבא, רבי נתנאל וידרסהיים, מונה רבי אהרן ווירמש לרב העיר. הרב ווירמש היה היחיד מרבנים אלה שהיה תלמיד חכם גדול ובעל שם. על אף שהתגורר במץ מרבית ימיו ואף שימש בה ראש ישיבה ומורה הוראה לאחר פטירת ה'שאגת אריה', הוא לא מונה עד אז למשרת הרב והעדיפו על פניו מועמדים אחרים, גם אם ידיעתם בתורה הייתה פחותה יותר, משום שלא היה בקיא בצרפתית. עובדה זו מעידה על שינוי בהעדפותיהם של פרנסי הקהילה ובציפיותיהם מהרב.
הרב ווירמש היה אמנם רב שמרן מן הדור הישן, אך מגמתו, לבקר את המנהגים הרווחים, גרמה לדמותו להתחבב על המשכילים. הוא תבע לזקק את המנהג ממנהגים שאינם תואמים את מקורות חז"ל כמו התלמודים או הזוהר, ובכלל זה מנהגים קבליים שמקורם אינו בזוהר אלא בדברי האר"י. נוסף על כך, הוא התנגד לחדירת מנהגי פולין, כפי שהשתקפו בפסיקת הרמ"א, לאזור אשכנז (גרמניה ומערב אירופה) ועמד על שמירת מנהגי אשכנז. גישה ביקורתית זו שמה אותו כגשר בין העולם הרבני הישן, שבו היה נטוע, לבין התקופה החדשה שבאה בעקבות המהפכה. גישה ביקורתית זו כלפי מנהגי פולין ומנהגי האר"י, ותדמיתו החיובית בקרב המשכילים והרפורמיסטים, גרמה לעיתים לתיוגו שלא בצדק כרפורמי.
הפסקת הנוהג שלא למנות רבנים מבני הקהילה אלא רק מבחוץ מלמדת על העובדה שהרב כבר לא מתפקד כדיין ולכן אין חשש מקרבתו לאנשי הקהילה.
הרב ווירמש היה האחרון ברבניה המפורסמים של מץ. מתקופה זו ואילך לא נודעו רבני מץ כגדולים בתורה באופן מיוחד, והם היו בעלי אופי מקומי בלבד.