אחרי השואה, הופנו הזרקורים של התנועה הציונית בארץ ישראל אל יהדות צפון אפריקה ובמיוחד אל יהדות מרוקו, שהייתה הגדולה מבין הקהילות באזור. בשנת 1948 הקהילה היהודית מנתה כ-265,000 בני אדם. קום המדינה עורר התרגשות רבה בקרב היהודים במרוקו, ולצד זאת בשנים אלה החמיר מצבם של היהודים בשל התגברות הטרור במדינה כחלק מהמאבק הלאומי המרוקאי. העיתונות הלאומית המרוקאית הייתה שופר מרכזי להסתה כנגד יהודים. המאורעות הקשים ביותר בתקופה זאת היו פרעות אוג'דה וג'ראדה שהתרחשו ביומיים 7–8 ביוני 1948 ובמהלכם נהרגו 42 יהודים, כולל נשים, ילדים ורב הקהילה של ג'ראדה. הפרעות הגבירו את קצב העלייה ואת חששם של היהודים לגבי עתידם במרוקו, ובין השנים 1948 ל-1956, כשמרוקו עדיין הייתה בשלטון צרפתי, עלו לישראל כ-85,000 יהודים.
בשנת 1956, עם חזרתו של מוחמד החמישי, ובהמשך עם הכרזתה של מרוקו כמדינה עצמאית, עמדה שאלה לגבי עתידם של היהודים במרוקו - האם ישתלבו במרוקו העצמאית או האם יעלו לישראל. מאותה שנה (1956) הרשויות המרוקאיות אסרו עלייה של יהודים ממרוקו לישראל, והחלה תקופה של "עלייה בלתי לגאלית" באמצעות המחתרת היהודית במרוקו. כ-30,000 יהודים עלו ממרוקו לישראל בתקופת העלייה הבלתי חוקית, בין השנים 1956–1961. מסלול העלייה בדרך כלל היה יציאה בספינות ממרוקו לעבר צרפת וספרד, ומשם המשך השיט לישראל. בשנת 1961 התרחשה טרגדיה גדולה כאשר אחת הספינות שהובילו עולים ממרוקו לישראל טבעה בלב הים התיכון. בעקבות טביעתה של ספינת אגוז ומותם של 44 המעפילים היהודים ממרוקו שנמצאו עליה, לחץ בינלאומי הופעל על מרוקו והמגבלות שהוטלו על העלייה לישראל נחלשו. בנוסף מותו של מוחמד החמישי ועלייתו לשלטון של חסן השני תרמה גם היא להסרת חלק מהמגבלות על העלייה, שכן המלך החדש רצה להתקרב למערב וידע שאחרי אסון ספינת אגוז הוא יצטרך להגמיש את המדיניות כלפי עלייה יהודית.
בין השנים 1961–1964 החלה תקופת העלייה השלישית שכונתה "עלייה ג'" או "מבצע יכין", בתקופה זו 80,000 יהודים נוספים עלו ממרוקו לישראל. במהלך עלייה ג' הרשויות המרוקאיות עצמו בדרך כלל עין ולא נאבקו במאמצי העלייה של היהודים, שיעד ההגירה הרשמי שלהם היה לרוב אירופה, גם אם בהמשך עלו לישראל.
בשנת 1967 בעקבות מלחמת ששת הימים והאיומים שהתגברו על הקהילה היהודית במרוקו, החל הגל האחרון של עלייה ממרוקו, כאשר חלק מהם עלו לישראל ישירות וחלק אחר לאחר שהיית פרק זמן מסוים בארצות אירופה. מספר העולים ממרוקו מתחילת שנות ה-70 עד תחילת שנות האלפיים עומד על כ-15 אלף. גל עלייה אחרון זה של יהודים ילידי מרוקו התאפיין ברמת השכלה ורקע סוציו-אקונומי גבוה של העולים, וכך למשל החל משנת 1972 שיעור האקדמאים בקרב עולים ילידי מרוקו עלה על שיעור האקדמאים בקרב יהודים ילידי ישראל.
בסך הכל החל מ-1948 עזבו את מרוקו למעלה מ-90 אחוז מהיהודים שחיו בה, ורובם עלו למדינת ישראל. אחרים היגרו לארצות שונות כגון צרפת, קנדה וארצות הברית. למעט ישראל המדינה אליה עזב החלק הגדול ביותר של יהודים ממרוקו הייתה צרפת, שבה גל ההגירה הגדול עזר לשקם את הקהילה היהודית במדינה שנפגעה קשות במהלך מלחמת העולם השנייה. יהודי מרוקו בצרפת זכו בדרך כלל להצלחה, ומתוכם יצאו אנשי עסקים מצליחים רבים, סופרים, אנשי רוח, שני זוכי פרס נובל בפיזיקה ועוד.
לאורך שנות קיומה של מדינת ישראל, עלו ארצה ממרוקו קרוב לרבע מיליון יהודים וזהו המספר הגדול ביותר של עולים שהגיע לישראל ממדינה מוסלמית. העלייה ממרוקו לישראל, לצד הצלחה, נתקלה בקשיים שונים בקליטה של העולים בארץ. דעות קדומות ויחס מפלֵה הביאו להתעוררות מחאה ציבורית, שהביאה בהמשך לשינוי המפה הפוליטית בישראל (המהפך של 1977).
בעיה נוספת עבור רבים מבין שומרי המסורת מקרב העולים ממרוקו היא שהרבנות הראשית בישראל בתקופת העלייה, וכן בשנים לאחר מכן בהובלת הרב עובדיה יוסף, דרשה מהם להפסיק את מנהגיהם ולנהוג כמנהגי ארץ ישראל. כתגובה לכך יצאו כמה ספרים המשמרים את הלכותיהם ומנהגיהם בני מאות השנים של יהדות מרוקו, מהם: ספר "נתיבות המערב" לרבי אליהו ביטון רב אזורי מרום הגליל, ספר "דברי שלום ואמת" לרבי שלמה טולידאנו, וסדרת ספרי "עטרת אבות" של מכון מורשת אבות.
תרבות יהודי מרוקו.
יהודי מרוקו הם בעלי תרבות עשירה בת מאות שנים המבוססת על יצירה תרבותית עשירה של ספרות, שירה ופיוט, מוזיקה ולשונות ייחודיים. במורשת יהדות מרוקו משולבת מורשת יהדות ספרד של ימי הביניים בזכות הקשרים בין הקהילות לפני גירוש ספרד של 1492, ועובדת הגעתם של רבים מיהודי ספרד למרוקו לאחר הגירוש.
בשנת 1997 נפתח בעיר קזבלנקה במרוקו מוזיאון יהודי מרוקו שהיה הראשון בעולם המוקדש לעדה זו.
שפה.
היהודים במרוקו הושפעו לאורך ההיסטוריה שלהם מתרבויות צפון אפריקאיות ואירופאיות שונות, והדבר בא לידי ביטוי בשפות שהיו נפוצות בקרבם. השפה הנפוצה ביותר בקרב יהודי מרוקו הייתה מרוקאית יהודית ("מוגרבית"). לשון זו שונה במעט מהערבית המרוקאית בעיקר באוצר המילים שלה, המאופיין בשאילה מעברית, צרפתית, ספרדית, ערבית מדוברת וברברית והיא נכתבה באותיות עבריות. נעשים מאמצים שונים בקרב יוצאי העדה בישראל לשמר את השפה. באופן דומה מספר אלפי יהודים, בעיקר באזורים הכפריים והשבטיים של מרוקו, דברו בניב יהודי של תַשֶלְחִית. שפה נפוצה אחרת בקרב יהדות מרוקו, בעיקר בקרב קהילות הצפון, הייתה החכיתיה, ניב של לדינו, ששילבה את הספרדית הארכאית שדברו מגורשי ספרד ביחד עם עברית, ערבית-מרוקאית ושפות נוספות. החכיתיה עברה תהליך של רה-היספניזציה ואימוץ המאפיינים של הספרדית המודרנית החל מהמאה ה-19 עקב המפגש המחודש של קהילות צפון מרוקו עם ספרד, וצורתה המקורית השתמרה בעיקר הודות לפועלו המחקרי של פרופ' יוסף בן עוליאל (1858–1937) מטנג'יר. בעת המודרנית עם פלישת המעצמות הקולוניאליות לאזור צפון אפריקה, רבים מיהודי מרוקו אימצו שפות מערב אירופאיות מודרניות, בפרט צרפתית וספרדית, וחלק ניכר מבני העדה דוברים שפות אלו עד היום.
לאורך ההיסטוריה היהודית במרוקו השפה העברית שמרה על מעמדה כשפת הקודש שבה נכתבה הספרות ההלכתית וחלק ניכר מהיצירה התרבותית. מראשית המאה ה-20 החל תהליך של הוראת העברית גם כשפת דיבור יום-יומית. כך למשל כתב שמעון דיבון, שגריר ישראל בצרפת בראשית שנות ה-50, במהלך ביקורו במרוקו:
ספרות.
לאורך הדורות כותבים יהודים במרוקו הוציאו לאור שלל רחב ומגוון של ספרים בנושאי הפילוסופיה, בלשנות, מדעים ודת. לפי ההיסטוריון ברנרד לואיס:
יהדות מרוקו במאה ה-10 הייתה ערש הבלשנות העברית, שהמשיכה להתפתח במאות ה-11 וה-12 בקרב יהדות ספרד. בין גדולי העוסקים בתחום הבלשנות ניתן למנות את דונש בן לברט, יהודה חיוג', יהודה אבן קריש ודוד בן אברהם אלפאסי. מלומדים יהודים אלה בני המאה העשירית הציבו את היסודות הראשונים לחקר הלשון העברית וללימודים המשווים של הלשונות השמיות.
לפי חלק מהדעות, פעל בפאס הרי"ף - רבי יצחק אלפאסי. הוא היה אחד מגדולי הפוסקים בתקופת הראשונים, וספרו הלכות רב אלפס הוא אחד משלושת המקורות העיקריים של השולחן ערוך (עם הרא"ש והרמב"ם). מלומד חשוב נוסף שפעל בעיר פאס במהלך ימי הביניים הוא יוסף בן יהודה אבן עקנין, מחבר של מספר רב של ספרים בתחומי הרפואה, פילוסופיה, ופרשנות המקרא והתלמוד. הרמב"ם חיבר כמה מיצירותיו החשובות ביותר, כולל פירוש המשנה, בעודו במרוקו. תלמידו של הרמב"ם יוסף בן יהודה אבן שמעון מסאוטה במרוקו היה פילוסוף, מתמטיקאי ואסטרונום ולו הרמב"ם הקדיש את החיבור מורה נבוכים. מקובל חשוב שפעל במרוקו במאה ה-13 היה יהודה בן ניסים אבן מלכה שפרסם מספר ספרים העוסקים בקבלה ופילוסופיה.
בין מגורשי ספרד שהגיעו למרוקו הגיעו גם מלומדים יהודים רבים. רבי סעדיה אבן דנאן היה בלשן, משורר, היסטוריון ופוסק מהחשובים בדורו. רבי שמעון לביא היה פילוסוף ומקובל חשוב, שידוע עבור פרשנותו לקבלה. בסוף המאה ה-17 פעל אחד הרבנים החשובים בתולדות מרוקו חיים אבן עטר הידוע בשמו "אור החיים", שחיבר ספרים נרחבים העוסקים בפרשנות מקרא והלכה. מלומדים חשובים נוספים שפעלו במאה ה-17 היו ישראל יעקב חגיז ואברהם אזולאי מחבריהם של ספרים רבים העוסקים בפרשנות, הלכה וקבלה. במאה ה-18 פעלו במרוקו בין השאר רבי יעקב אבן צור (יעב"ץ), פוסק חשוב ומחברן של אנתולוגיות שירה, וכליפא בן מלכא מחברם של ספרים בתחום ההלכה והבלשנות. בין חשובי הסופרים של העת החדשה ניתן למנות את רפאל משה אלבז, מחברם של למעלה מ-20 ספרים רחבי היקף בנושאים מגוונים מהלכה ופילוסופיה להיסטוריה ומדע, וסופרים חשובים נוספים כגון רפאל בירדוגו, יוסף בן נאים, רפאל אנקווה ורבים אחרים.
שירה.
צפון אפריקה שימשה מרכז נכבד לשירה ולפיוט לאורך ההיסטוריה. אלפי פיוטים ושירים חוברו בקרב יהודי מרוקו החל מהמאה העשירית ועד ימינו, רבים מהם השתמרו בכתבי יד. רבים מהפיוטים והשירים העתיקים השתמרו בצורה חלקית, כך שמחבריהם נותרו אנונימיים וידועים רק בשמם הפרטי. משרידי פיוטים מהמאה העשירית והאחת עשרה ניתן ללמוד כי בצפון אפריקה נכתבו פיוטים בסגנון הפיוט הארץ-ישראלי הקדום, למשל פיוטיו של רבי יהודה אבן קוריש, ר' אדונים בר נסים הלוי ור' אלעזר בן אהרן פאסי.