ב-25 בפברואר 1943 פורסמו חוקי נירנברג בסלוניקי, על ידי ראש היודנראט והרב המקומי, ד"ר צבי קורץ: על כל היהודים היה לענוד כוכב צהוב ובו המילה "יהודי"; היהודים חויבו לסמן את דירותיהם וחנויותיהם; נאסר עליהם להופיע ברחובות, בכיכרות הציבוריות, או באירועים פומביים לאחר שעות החשיכה, לנסוע בחשמלית, להיות חברים באיגודים מקצועיים ועוד.
הרב קורץ סבר שיש לציית לחוקים הגזע, מתוך תקווה כי אם היהודים יעמדו בהם, לא יאונה להם כל רע, והוא הטיף לכך. הוא אמר לבני הקהילה, כי בגטאות העיר תוקם אוטונומיה מוניציפלית יהודית, ופעל יחד עם ועד הקהילה לכינון אוטונומיה זו. הוא העביר לידי האס דה רשימות של רכוש היהודים וחשבונות הבנק שלהם. כשהגיעה השמועה שהיהודים הולכים להישלח למחנות, החתים את בני הקהילה על התחייבות לשלם חצי מכל נכסיהם ככופר נפש, אך השלטון בברלין סרב.
במרץ 1943 הוטל על הקהילה (שהייתה אוטונומית כביכול, ולה משטרה משלה) למכור את כל הרכוש היהודי ולהפקיד את התמורה בבנקים. כמאה נכבדים יהודים נקבעו כבני-ערובה לביצוע הפקודה. הרב צבי קורץ, עמד בראש הקהילה והקפיד על ציות לגרמנים בכל מחיר.
הגרמנים ריכזו את היהודים בשלושה גטאות צפופים. גטו אחד בשכונת הברון הירש היה צמוד לתחנת הרכבת ונועד לריכוז היהודים לקראת שילוחם. ויסליצני פעל עם צוותו במהירות וביעילות. הם ניהלו תוכנית הטעייה מחוכמת. רכוש היהודים הוחרם, ובמקומו קבלו המחאות בכסף פולני ונאמר להם שהם הולכים להתיישב ליד קרקוב. הגרמנים נעזרו בכוח משטרה יהודי שמנה 250 איש.
ב-14 במרץ כינס הרב קורץ את כל היהודים בבית הכנסת כדי לשלחם לקרקוב. הרב קורץ דרש בפני הנוכחים: "הקהילה הגדולה בקרקוב תדאג לכם, כל אחד מכם ימצא תעסוקה לפי טעמו, כישרונו, ידיעותיו וניסיונו בחיים". ב-15 במרץ 1943 יצא המשלוח הראשון של 2,800 יהודים. בקרונות שיועדו ל-8 סוסים העמיסו מעל מאה איש. הימלר היה מקבל דו"ח על כל משלוח.
עם התגברות השילוחים, גברה התסיסה כנגד קורץ בקרב היהודים הנשארים. לאחר שדיבר בכינוס של היהודים על כך שהברירה היחידה שנותרה היא להתאזר בסבלנות, ולקוות לעתיד טוב יותר בפולין, החל ההמון להתנפל עליו, עד שהשוטרים פינו אותו מהמקום. באפריל 1943, נפגש קורץ עם ראש ממשלת הבובות יואניס ראליס בבקשה להגלות את שארית יהודי סלוניקי לאחד האיים היווניים, ולא לפולין, ללא הועיל. כעונש על בקשתו, נעצר ב-10 באפריל והועבר משני תפקידיו.
המשלוח ה-19 והאחרון יצא מסלוניקי ב-10 באוגוסט 1943 והגיע לאושוויץ ב-18 באוגוסט 1943. עדויות מספרות שיהודי יוון סבלו באושוויץ, יותר מהאחרים, מכיוון ששפתם הייתה שונה, תרבותם שונה ותנאי האקלים שונים.
לפי הערכות בין 3000 ל-5,000 יהודים הצליחו לברוח מסלונקי, ומצאו מקלט זמני באזור הכיבוש האיטלקי. מחקר מטעם המוזיאון היהודי של יוון מצא כי 250 מיהודי העיר הצטרפו לתנועות המחתרת כמו Greek People's Liberation Army, National Liberation Front ויחידות של יוונים בצבא הבריטי.
סה"כ הוגלו מסלוניקי 46,061 יהודים, ואך מעטים מהם שרדו. הקהילה הגדולה הושמדה כמעט לגמרי. רוב הניצולים מהשואה עלו למדינת ישראל לאחר המלחמה בשנים 1945–1948. הקהילה היא קהילה קטנה ומזדקנת. עיריית סלוניקי קבעה את יום ה-27 בינואר כיום זיכרון לשואת יהודי הקהילה. בנוסף, בכיכר מרכזית בעיר הוצבה אנדרטה לזכר 50,000 הקרבנות.
ז'אק אלבלא עמד שראש המשטרה היהודית והיה ידוע באכזריותו. לאחר סיום המלחמה הוא נשפט ל-15 שנות מאסר.
יהודים בעלי אזרחות ספרדית או פורטוגזית.
היטלר רצה שפרנקו (הגנרליסימו הספרדי) יצטרף לצדו במלחמה, לכן הוא לא נגע לרעה ביהודים בעלי הגנה ספרדית, והם היו פטורים מכל הגזרות הנאציות. הם לא נדרשו לשאת טלאי צהוב ולעבור לאזור הגטו. כאשר התברר בהמשך המלחמה שפרנקו אינו מעוניין להצטרף להיטלר, אותרו כ-367 יהודים על פי רשימת הכתובות שהייתה בקונסוליה הספרדית ונשלחו לברגן-בלזן, לשמש כבני ערובה ואמצעי לחץ על פרנקו להצטרף למלחמה. קבוצה זו נשארה מ-30 ביולי 1943 עד ל-2 בפברואר 1944, אז הצליח פרנקו לשחררם ולהעביר אותם ארצה דרך מרוקו ומצרים. הם הגיעו לתל אביב ב-4 בדצמבר 1944. 144 היהודים הנותרים (שלא נתפסו במשלוח הראשון) הצליחו באביב 1943 לברוח ולהסתתר באתונה, בעזרת השתדלותו של הקונסול הכללי של ספרד סבסטיאן רומרו רדיגאלס בפני שלטון הכיבוש האיטלקי. ב-2 באפריל 1944 הם נשלחו לברגן- בלזן והגיעו ב-14 באפריל. מעמדם היה שונה מיתר כלואי המחנה. הם היו פטורים מכל העבודות ונהלו את עצמם בצורה עצמאית על ידי ועד שהיה מקובל על הקבוצה. קבוצה זו שוחררה מעט לפני שחרור המחנה כולו. הגרמנים ניסו להעביר קבוצה זו ברכבת, יחד עם קבוצות מיוחסות אחרות, למחנה טרזיינשטט לפני הגעת הבריטים, אך נתקלו בכוחות אמריקנים ששחררו אותם באזור מגדבורג.
שואת יהודי יוון על ידי הגרמנים לאחר כניעת איטליה.
שאר שטחי יוון היו תחת שלטון איטלקי או חיו באיים שונים. איטליה סרבה לפגוע ביהודים היוונים בשטחה והדבר סייע ליהודים עד ספטמבר 1943. חלק מהיהודים בשטחי הכיבוש הגרמני ברחו לשטחי הכיבוש האיטלקי, לדוגמה כמה אלפי יהודים שברחו מסלוניקי לאתונה. חלקם הצליחו לברוח למדינות אחרות (כמו אלבניה). ב-8 בספטמבר 1943 נכנעו האיטלקים לבעלות הברית וכוחות גרמניה הנאצית השתלטו על אזור הכיבוש האיטלקי ביוון. ב-20 בספטמבר 1943 מונה יירגן שטרופ כאחראי לסיום השמדתם של יהודי יוון.
בסוף מרץ 1944 החל שלב נוסף בשואת יהודי יוון, כאשר כוחות גרמניה הנאצית החלו לרכז יהודים למחנות ריכוז ולבצע משלוחים למחנות השמדה. שלב זה נמשך עד יולי 1944. בשלב זה סייעו בני יוון ואחרים להצלת יהודים במקומות רבים. באוקטובר 1944 נסוג הצבא הגרמני משטחי יוון.
קהילת יהודי אתונה.
לפני מלחמת העולם השנייה חיו באתונה, עיר הבירה, בין 3000 ל־4000 יהודים. אתונה נכללה בשטח הכיבוש האיטלקי ומצבם היה טוב בהרבה ממצב היהודים בשטח הגרמני, אולם הגסטפו הגרמני לא היסס לאסור מנהיגים יהודים ולהחרים את ארכיון הקהילה. הגרמנים תבעו מן האיטלקים למסור לידיהם את השליטה על יהודי העיר אולם האיטלקים סירבו לפגוע ביהודי העיר.
בתקופת הרדיפות בסלוניקי נמלטו לעיר כ-5000 יהודים נוספים, רובם מסלוניקי וחלקם ממקומות אחרים. העקורים הסלונקאים ניסו לספר ליהודי אתונה על המתרחש בסלוניקי אך דבריהם נפלו על אוזניים ערלות - יהודי אתונה הרגישו עצמם כיוונים וחשבו שלא יאונה להם כל רע. ב-8 בספטמבר 1943 נכנעו האיטלקים לבעלות הברית והוורמאכט השתלט על אזור הכיבוש האיטלקי כולל אתונה. שטרופ הורה לבני הקהילה להרשם כדי להשיג מקומות עבודה ותלושי מזון.
לאחר השתלטות הנאצים על אתונה, רב הקהילה, הרב אליהו ברזילי, נקרא אל הפקיד הממונה שעשה ניסיון לאלצו לשתף פעולה ולהקים יודנראט בראשותו. הרב ברזילי סירב, העביר את הידיעה לקהילה על תוכניותיהם של הנאצים, וקרא ליהודים להימלט על נפשם בכל דרך אפשרית כל עוד הדבר מעשי. הרב ברזילי עשה הסכם עם ארגון המחתרת היוונית, חזית השחרור הלאומית, לחלץ כל יהודי שירצה בכך, ולדאוג לכל מחסורו בהרים, מכספי הקהילה שנמסרו למחתרת לשם כך. 3,000 מבני קהילת אתונה הצליחו למצוא מסתור בכפרים מרוחקים, או להשיג תעודות זהות מזויפות ולצאת מהעיר. הרב עצמו נמלט מהעיר בעזרת המחתרת היוונית.
ראש הכנסייה באתונה, הארכיבישוף דמסקינוס פעל בצורה נמרצת, תוך סיכון חייו, וקרא בפומבי להתנגד לגרוש היהודים. קריאתו השפיע על רבים ביוון. אנשים מתוך עיריית אתונה, ביניהם ראש העיר, פאנוס האלדזוס, ומפקד משטרת אתונה אנג'לוס אוורט סייעו ליהודים. אנגלוס אוורט הורה על הנפקת אלפי תעודות זהות חדשות ליהודי העיר תחת שמות נוצריים בהן צוין סעיף הדת של מחזיק התעודה כנוצרי, על כך זכה לתואר חסיד אומות העולם. על מעשים אלו קיבלו כמה וכמה מאנשי אתונה את אות ההוקרה "חסיד אומות העולם". כמו כן יוונים רבים, פשוטי עם ומהאליטה החברתית, החביאו יהודים בדירותיהם או במקומות מסתור בכפרים ובהרים.
בתחילת אוקטובר 1943 ציווה הגנרל שטרופ על יהודי העיר להתייצב בבית הכנסת הגדול. בעקבות דבר זה החלה בריחה המונית לאסיה הקטנה, ומשם לארץ-ישראל.
ב-23 במרץ 1944 הורו הנאצים ליהודי העיר להתקבץ בית כנסת בית שלום, בית הכנסת המרכזי בעיר, לשם חלוקת מצרכים לחג הפסח. מקצת מיהודי העיר הגיעו ונלכדו במקום על ידי הגסטפו. בין 700 ל-1,000 יהודים נשלחו למחנה הריכוז חיידרי ולמחרת היום נאסרו בני משפחותיהם והובלו אף הם למחנה. ב-2 באפריל 1944 גורשו 1,300 העצורים למחנה ההשמדה אושוויץ, אליו הגיעו ב-11 באפריל ונרצחו תוך ימים אחדים.
בניגוד לרוב המקומות באירופה בהם הושמדו היהודים כליל, באתונה וסביבתה ניצלו יהודים רבים. ערב השואה חיו בה 3,500 יהודים, ובתום השואה, היו בה כ-5000 יהודים, כולל עקורים שהיגרו לעיר. בעקבות השואה הפכה אתונה למרכז העיקרי של יהודי יוון במקום סלוניקי. בשנת 2010 נחנכה בעיר אנדרטת אתונה לשואה, לזכר יהודי יוון שנספו בשואה.
קהילת יהודי יואנינה.
התיישבות היהודים ביואנינה, החלה כבר לאחר חורבן בית המקדש השני. הם דברו בניב רומניוטי המכונה יווניטיקה והיה להם נוסח תפילה משלהם. היהודים בעיר, ערב מלחמת העולם השנייה, מנו למעלה מ-2,000 איש ועסקו במלאכות שונות כמסחר ותעשייה זעירה בפרט תעשיית גבינה וכן מעט בעלי מקצועות חופשיים. רובם היו במצב כלכלי קשה והחיים היהודיים התרכזו בשתי שכונות קהילתיות שנוצרו סביב שני בתי הכנסת: הישן, בתוך חומות העיר העתיקה והחדש, מחוץ לחומות.