הוא מבסס את טיעוניו על זמן ההכשרה של קצין בצה"ל, שהוא קצר בהרבה לעומת זמן ההכשרה בצבאות השונים ודל בידע הצבאי ההיסטורי. הוא סבור שקציני צה"ל יודעים רק טקטיקות המבוססות על ניסיון אישי (שבדרך כלל דל בשל מעבר מהיר מתפקיד לתפקיד) ולפיכך פרימיטיבי, ולעומתם ראשי המדינה וראשי מערכת הביטחון הישראלית, שאינם מבינים את הטקטיקות, קובעים מטרות באופן שאינו מבוסס. לכן מטרות אלה הן מניפולציות שלא ניתן לישמן. הוא סבור שקורס הקצינים בצה"ל אינו מכשיר את הצוערים לתפקידי פיקוד, אלא מבצע אינדוקטרינציה פוליטית ומיתולוגית. לדעתו, תרבות התיחקור הצה"לית מבוססת על שקרים לדוגמה הוא מתאר את התחקיר בקיבוץ איילת השחר של מפקדי החטיבות בידי הרמטכ"ל רפאל איתן לאחר מלחמת לבנון הראשונה, שבו הטיח איתן במפקדים "כולכם משקרים חוץ מדורון רובין".
. צה"ל אינו מפיק לקחים והראיה: הליקויים חוזרים ונשנים ממלחמה למלחמה: חוסר יכולת לנהל קרב משולב בין זרועי ובין חילי; העדר מודיעין קרבי; חוסר פיקוד ושליטה בכל הרמות; לוגיסטיקה לקויה; פער בין אימונים לבין המציאות הקרבית ועוד.
לטענתו, רוב ההיסטוריה הרשמית של מלחמות ישראל מורכבת ממיתוסים יותר מאשר מעובדות, ונועדה בעיקר להאדיר את שמם של המפקדים ושל נותני חסותם הפוליטיים ולחפות על ליקויים. על כן צה"ל אינו מסוגל להפיק לקחים, שהרי בשביל להפיק לקחים יש לחשוף ליקויים ולהבין את גורמיהם. לתפיסתו שורש הבעייתיות של צה"ל, היה שהוא הוקם בידי שמאל סוציאליסטי ציוני שהאמין בחזון השלום העולמי ולכן לא טרח להקים צבא מקצועי ראוי אלא הקים מיליציה אזרחית.
בספרו, "עלילת דם בדיר יאסין - הספר השחור", הוא טוען שהאירוע המכונן של היווצרות התודעה הלאומית הפלסטינית. פרשת דיר יאסין, אינו אלא מיתוס שנוצר על ידי השמאל ביישוב במטרה להציג את האצ"ל והלח"י כאלימים ואף סדיסטים, ובכך ליצור דעת קהל שתמנע את שילובו של האצ"ל בצה"ל כיחידה עצמאית, ואת כניסתו של מפקד האצ"ל מנחם בגין לממשלתו הראשונה של בן-גוריון. כשנכשלה התוכנית ויוקרתו של האצ"ל גברה בקרב האזרחים עקב הצלחות יחסיות של האצ"ל אל מול כישלונות ההגנה, נהגתה ובוצעה תוכנית ב', היא פרשת אלטלנה. משנתחוור לבן-גוריון שהעלילה משרתת את ההרתעה הישראלית, במיוחד אל מול ערביי ישראל, המשיך ודבק בה עד מותו.
לתפיסתו של מילשטיין בפרשנותו לציונות האסטרטגית של ז'בוטינסקי, מדינת ישראל צריכה להקים אקדמיה צבאית ללימוד הידע הצבאי הקיים, ובנוסף גוף מחקרי אינטלקטואלי לפיתוח תורת הביטחון, שירכז את טובי המוחות מכלל החברה הישראלית, שיתן פתרונות קונקרטיים למצבים השונים, ויהווה גוף יועץ לממשלה בענייני ביטחון.
עקרון השרידות.
מילשטיין פיתח תאוריה פילוסופית שלפיה "עקרון השרידות" הוא אבן יסוד בהתנהגות האדם.
המניע לכל מופע, לא רק בחיי האדם אלא בכל המצוי ביקום, הוא סיבית מידע (Bit) המכילה פקודה לנטרול איומים. היקום כולו מורכב ממאיימים וממאוימים. ההבדל בין הבלתי אורגני לאורגני ובין החד-תאי לאדם, הוא באורך שרשרת סיביות המידע המכילות מלבד הפקודה לנטרל איומים גם אסטרטגיות וטקטיקות, אלגוריתמים כיצד לעשות זאת. במופעים הפשוטים ביותר, הבלתי אורגניים, פועל אלגוריתם זה באמצעות החוק הראשון של התנועה של ניוטון, הוא חוק האינרציה. אצל בני אדם הוא פועל באמצעות ניסוח מטרות (אסטרטגיות) ודרכים להשגתן (טקטיקות).
בספר "תורת הביטחון הכללית - עקרון השרידות" קובע מילשטיין שעקרון השרידות האנושי טוען כי כל הגופים האנושיים שואפים לשרוד, וכי מדובר בדחף שגדול מכל הדחפים האחרים, ונוכח בכל הדחפים האחרים כמרכיב בסיסי. זהו ניסיון נואש להתגבר על הקץ הוודאי או לפחות לדחותו הנובע מהפחד הקמאי מפני המוות. ולכן הביטחון הוא היסוד האונטולוגי של היש באשר הוא. כל גוף אנושי משקיע אנרגיית שרידות כדי להתמיד את קיומו, בנטרול הנטייה הטבעית לאנטרופיה. המשימה העיקרית של בני האדם, היא צבירת אנרגיה שרידותית, וכל גוף אנושי חותר לצבור כמה שיותר ממנה לימי סגריר. באנרגיית השרידות נכללים אמצעים שבני אדם משתמשים בהם כדי לשרוד כמו אינטליגנציה, טריטוריה, רכוש, מוטיבציה ומאמצים פיזיים. כך שבני אדם עסוקים בעיקר בצבירת אנרגיה שרידותית, שהיא גם בין היתר המניע העיקרי שעומד מאחרי כל הפעילות הכלכלית וצבירת הון קפיטליסטית. לעיתים ניסיון יתר לצבירת אנרגיה הישרדותית עלול לסכן את קיומו של הגוף הצובר או להפחית את כושר השרידות שלו, כמו התעצמות הצבא הסובייטי לאחר מלחמת העולם השנייה, או התעצמות צה"ל לאחר מלחמת ששת הימים, או התעצמותו של הצבא העיראקי ופלישתו לכווית.
כל גוף אנושי מורכב מחלקים רבים. לכל חלק קיום משלו, ולכל חלק יש תהליכי אנטרופיה. אינטרס השרידות של כל חלק חזק יותר מעניינו של החלק בקיום הגוף השלם. האיום החזק והחמור ביותר על כל גוף הוא לא האיום החיצוני אלא דווקא הפנימי, הסתירות בין חלקיו השונים של השלם, בינם לבין עצמם, ובינם לבין השלם. כל גוף ביקום סותר גוף אחר ומאיים עליו, מפני שהוא תופס נתח של חומר או אנרגיה שעשוי להיות זמין לגוף אחר. מיתוס הביטחון מעצים מאוד אויבים חיצוניים, ומתעלם מאויבים פנימיים שהם שכיחים יותר ומסוכנים יותר לשרידות של כל מערכת.
האינטליגנציה שהיא יכולתו הייחודית של ההומו סאפיינס ללמוד כיצד לשפר את יכולות השרידות שלו, התפתחה בתהליך אבולוציוני בשל ערכה השרידותי הגבוה. ככל שהאדם ישקיע באינטליגנציה כך ירבו סיכויו לשרוד. תנאי הכרחי להעצמת האינטליגנציה היא תקשורת ברמה גבוהה. וחיים חברתיים סדירים ושוויוניים הם תנאי הכרחי לקיום תקשורת מילולית אינטליגנטית, ולכן ישות מדינית השומרת על רצף של חיים חברתיים ופועלת בכוח כנגד אויביה, היא תנאי הכרחי לקיומם של יצורים אינטליגנטיים. ושלטון דמוקרטי היא צורת שלטון מיטבית מבחינה אינטליגנטית, כיוון שיש בה תקשורת מילולית אינטליגנטית בין המחליטים, המבצעים והמושפעים מהם, ואין בה אנשים חסיני ביקורת.
את פעולות המדינה קובעים המנהיגים השואפים לשרוד באושר, ומרגישים מאוימים כאשר נשקפת סכנה לשרידותם הפוליטית. כיוון שהם דואגים לשרידותם, לעיתים נוצרת סתירה בין הדאגה לעצמם ולשכבה שממנה באו לבין השרידות של כלל האזרחים. למדינה יש אינטרס שרידותי לטפח בתושביה תחושה של תלות הדדית ולכן היא מטפחת את מוסדות המשפחה, הדת והרגש הלאומי. במושג ריבונות מדינית נכללת היכולות הלגיטימית הבלתי מוגבלת של המדינה לכפות את רצונה על כלל האזרחים, ולכן מקבלי ההחלטות מכוונים את החוקים, התרבות, הערכים החברתיים והאידאולוגיות כך שיתאימו לרצונם לשמר את יכולת הכפייה הלגיטימית והבלתי מוגבלת שלהם. אך על פי רוב אין הם ממשים את יכולת הכפייה מפני שהם חוששים מאובדן הסכמה לאומית. לתפיסת המנהיגים השרידות של המדינה היא ערך עליון, שתצדיק שימוש בכל אמצעי. הצבת שרידותה של המדינה בראש כל האינטרסים השפיעה ותשפיע על המין האנושי יותר מכל גורם אחר.
כדי לשמור על שרידותם הקימו המדינות מערכות ביטחון שמרכיביהן העיקריים הם משטרה, צבא וגופים חשאיים. מערכת הביטחון היא אנרגיית השרידות העיקרית של מערכות פוליטיות. למערכות הביטחון אופי כפול, הם נועדו להבטיח את קיום המדינה, אבל יש להם אינטרס להבטיח את קיומם שלהם, דבר שלעיתים עלול להוות איום על שרידותה של המדינה כמו במקרה של הצבא הסובייטי. כל מלחמה היא אלימות מאורגנת של בני אדם שנועדה לאיים או להגן על מערכת פוליטית. כל מלחמה, פנימית וחיצונית היא למען או נגד סדר חדש. מערכות צבאיות מכיוון שהם מערכות היררכיות סגורות ובלתי דמוקרטיות, רמת התקשורת האינטליגנטית בהן נמוכה, וקשה להגיע בהן לחקר האמת, ולכן במערכות אלו אין תהליך של הפקת לקחים אינטליגנטית, אלא תהליך של "הפקת לקחים דרוויניסטית" של ברירה טבעית.
מילשטיין פרסם תאוריה זו בספרים בהוצאה עצמית והיא לא זכתה להתייחסויות בשיח הפילוסופי האקדמי.
מילשטיין מסיק כי המודל האנתרופולוגי היסודי להבנת התנהגות האדם הוא הקרב, שבו כל צד מתאמץ לנטרל את הצד שכנגד עד כדי השמדתו. כך בתחום הכלכלי, ביחסים בין בני זוג, בקנאת סופרים ועוד.
עלילת דם בדיר-יאסין - הספר השחור.
בספר "עלילת דם בדיר-יאסין - הספר השחור" טוען מילשטיין שלא היה טבח בדיר יאסין. את טענתו גיבה מילשטיין בעדויות ומסמכים.
בספרו הוא מביא את הטענות הבאות:
פיגועים יצאו מהכפר דיר-יאסין. הכפר שימש כבסיס ליחידות חצי סדירות שפעלו נגד ירושלים העברית. לכן לא היה הבדל בין דיר-יאסין לבין כפרים אחרים שהותקפו ונחרבו בערך באותו זמן ותושביהם גורשו על ידי ארגון "ההגנה" וצה"ל בגזרת ירושלים, כמו, הקסטל, קולוניה, סאריס ובית מחסיר. לכן אין יסוד לטענה כי תושבי דיר-יאסין לא פעלו נגד היהודים ולא סיכנו אותם בשום צורה שהיא. לפיכך, הייתה ליהודים עילה לתקוף את הכפר ולגרש ממנו את תושביו.
חיסול הכפר דיר-יאסין נכלל בפקודת מבצע נחשון (1 באפריל 1948) של אגף המבצעים של "ההגנה", שכן פקודה זאת קבעה כי יש לחסל את כל הכפרים החולשים על הדרך לירושלים. ההתקפה על דיר-יאסין תואמה עם מפקדת "ההגנה" בירושלים במסגרת "מבצע נחשון", שנועד להבטיח את התחבורה העברית לירושלים. בפקודת המבצע של "נחשון" נקבע שכוחות "ההגנה" יהרסו כפרים ערביים הסמוכים לכביש לירושלים, המאיימים על התחבורה העברית לעיר. תושבי הכפרים יגורשו בכוח. לא הייתה זו יוזמה של האצ"ל.