אחד מתחומי העניין המרכזיים של יונה היא משנתו הפילוסופית-פוליטית של ז'אן-ז'אק רוסו. עיקר עניינו הוא בממד האינטר-סובייקטיבי הכרוך בכינון זהותו של היחיד, ממד שיכול לאיים על האותנטיות שלו ולהופכו לאדם מנוכר לעצמו. יונה מראה כיצד קושר רוסו את צמיחת הניכור העצמי לדפוסים חברתיים מסוימים (בעיקר לחברה הבורגנית), מצד אחד, ואת האותנטיות העצמית והחיים הראויים לדפוסים חברתיים אחרים (בעיקר לחברה אורגנית המונחית על ידי רגש פטריוטי איתן). יונה מתמקד גם במתח הקיים בהגותו של רוסו המציבה אותו בו-בזמן בין מבשריה של הנאורות לבין מבקריה. רוסו, טוען יונה, מספק את אחד הביטויים הרהוטים לתפיסה הרואה בהיסטוריה האנושית תהליך מתמשך של השחתת האדם ומידותיו. כלומר, בניגוד לדעתם של מבשרי הנאורות, רוסו טוען כי אין לראות בהתפתחותה של ההיסטוריה האנושית רצף מתמשך שבו כל עידן עולה על קודמו מבחינת התפתחות המוסרית של האדם. רוסו למעשה, טוען יונה, מספק תיאור חילוני לגירוש האדם מגן עדן, גירוש סופי שאינו מאפשר חזרה וגאולה. גרסה פופולרית לדעתו של יונה בנושא זה ישנה ברשימה "גן העדן האבוד" שכתב.
הדמוקרטיה הישראלית ואתגריה - בין דמוקרטיה ליברלית לרב-תרבותיות.
יונה עוסק בזיקה שבין הדמוקרטיה הליברלית לבין דפוסי המשטר בישראל. לדבריו, האפשרות לבסס את המשטר הפוליטי בישראל על עקרונותיה של הדמוקרטיה הליברלית מחייבים מתן ביטוי לזכויות קולקטיביות למקצת הקבוצות המכוננות את החברה הישראלית. כאן באה לביטוי הזיקה בין תפיסתו הרב-תרבותית של יונה לבין הדיון שהוא עורך בגבולותיה ובמגבלותיה של הדמוקרטיה הליברלית בישראל. הוא פוסע בעקבותיהם של פילוסופים כגון צ'ארלס טיילור, ויל קימליקה, הלורד ביקו פארק ואחרים וטוען שכדי להבטיח שדפוסי המשטר של ישראל אכן יעלו בקנה אחד עם עקרונותיה של הדמוקרטיה הליברלית, יש לתת ביטוי בדפוסים אלה לעיקרון הרב-תרבותי.
החינוך בישראל: קשיים ואתגרים - שוויון הזדמנויות בחינוך בעידן הנאו-ליברלי.
סוגיית שוויון ההזדמנויות בחינוך זוכה לדיון נרחב בפעילותו המחקרית והציבורית של יונה, בעיקר בשנות התשעים המוקדמות. הוא פרסם מאמרים בנושא, חלקם עם יוסי דהאן, שבהם הוא מנתח בעיקר את ההשפעה של תהליכי הביזור וההפרטה של מערכת החינוך על צמיחת הפערים ההישגיים בישראל. הטענה החוזרת במאמריו השונים היא שהשפעתם של תהליכים אלו חמורה במיוחד כאשר בית הספר פועל במציאות חוץ-בית ספרית המאופיינת בפערים סוציו-אקונומיים עמוקים. יונה טוען ששוויון הזדמנויות בחינוך חייב לקשור בין המציאות החוץ בית-ספרית לבין המציאות הפנים בית ספרית. רק שוויון הזדמנויות הנותן ביטוי לכלל ההיבטים הנוגעים לחייו החברתיים, התרבותיים והכלכליים של הילד – דיור, תזונה, בריאות, תחבורה – יכול להבטיח שוויון אמיתי. כלומר, שוויון הזדמנויות בחינוך מתחיל דווקא בהשוואת התנאים החוץ בית ספרית. יונה עמד עם אחרים בחזית המאבק הציבורי נגד הדו"ח של ועדת דברת, שבו ראו תהליכי ביזור והפרטה שיטתיים, החדרתם של מנגנוני שוק למערכת החינוך ופגיעה אנושה בעיקרון של שוויון הזדמנויות בחינוך. כתיבתו של יונה בנושא כוללת את החיבורים: "דוח דברת: על המהפכה הנאו-ליברלית בחינוך"; "דוח דוברת, שוויון הזדמנויות והמציאות בישראל"; "Neo-liberal reforms in Israel's education system: the dialectics of the state" "Israel’s Education System: Equality of Opportunity - from Nation Building to Neo-Liberalism", "Citizenship, Education and Social Conflict".
מכון ון ליר בירושלים: "הפורום לחברה ולתרבות".
במסגרת פעילותו במכון ון ליר בירושלים שימש יונה עם יהודה שנהב, כראש "הפורום לחברה בתרבות". פורום זה כלל קבוצות מחקר שעסקו בהיבטים של החברה הישראלית. בין הספרים שערך במסגרת פעילות זו: "במערבולת הזהויות: דיון ביקורתי בדתיות וחילוניות"; "מחקר ותאוריה בלימודים פוסט-קולוניאליים"; "ופערי אזרחות: הגירה, פריון וזהות בישראל".
גזע, הגזעה וגזענות.
מקצת עבודותיו של יונה עסקו בתופעת הגזענות. הוא ערך עם שנהב את הספר גזענות בישראל, שבו הם דנים בגלגוליו של המושג "גזענות" ובמופעיה המורכבים של הגזענות בחברה הישראלית. כמו אחרים הם מבחינים בין "גזע" (race), המתייחס לקיומה של קטגוריה הנושאת כביכול קטגוריה ביולוגית; לבין "הגזעה" (racialization), המתייחס לאופן שבו מובנית קבוצה חברתית באמצעות מסמנים גזעיים; ו"גזענות" (racism), המשקפת תופעה רווחת של מיון קבוצות אנושיות במדרג אנושי עולה או יורד. יונה ושנהב מקבלים את התפיסה שגזע אינו קיים, כלומר שלא ניתן להבחין בין קבוצות חברתיות באופן המניח אשכול מובחן של מסמנים ביולוגיים שבאמצעותם ניתן לדבר על גזע אנושי מובחן. הם ממקדים את דיוניהם בתהליכים חברתיים שבאמצעותם מקוטלגות קבוצות חברתיות בהגדרות גזעיות, שנוטות על-פי רוב להניח גם מדרג אנושי ביניהם – גזענות. תוך שהם מנהלים דיאלוג עם הספרות התאורטית בתחום, הם מבקשים לעמוד על תהליכי ההגזעה בחברה הישראלית, הגזעה המקיימת זיקה עמוקה עם תופעות של גזענות. המאמרים בספר שערכו השניים מתמקדים בביטויים של תהליכים אלה בחברה הישראלית. מקצת מהמאמרים מלמדים כיצד מסמנים תרבותיים (שפה, מנהגים, לבוש) מחליפים לעיתים מסמנים ביולוגיים (גוון עור ומבנה פזיונומי) אך עדיין ממלאים את התפקיד שאותו ממלאים המסמנים הביולוגיים. כלומר, מתקיימת פרקטיקה שאותה מכנה הפילוסוף והסוציולוג הצרפתי , "גזענות ללא גזע". יונה פרסם מספר מאמרים העוסקים במופעיה של תופעת הגזענות, בשיתוף עם חוקרות וחוקרים אחרים, בכתבי עת בחו"ל.
על הפוליטי באמנות.
בכתיבתו עסק יונה גם בביקורת אמנות. הוא כתב טקסט לקטלוג של עבודת הווידאו-ארט של האמן יצחק בדש - זלה - שהוצגה במוזיאון פתח תקווה (2010) וכן טקסט לקטלוג התערוכה "וואדי סליב: שכבות" שאותה אצר האמן יעקב חפץ ושהתקיימה בגלריה פירמידה בחיפה (2010). מאמרו - "וואדי סליב: מקום לא-מקום" – סיפק ניתוח למתח המאפיין את העבודות המוצגות בתערוכה. יונה עוסק גם בשאלות עקרוניות הנוגעות לזיקה בין פילוסופיה, רב-תרבותיות ואמנות. במאמרו "Locaversalism: הרהורים על אמנות ורב-תרבותיות דינמית", הוא מבקש לקיים דיון שיטתי על אודות הזיקה שבין הלוקלי לאוניברסלי באמנות על מופעיה השונים, ובין רב-תרבותיות בהקשרה הישראלי. טענתו המרכזית היא שערכה האסתטי ואופייה האוניברסלי של עבודת אמנות אינם נרכשים בשל יכולתה להתנתק מתכנים קונקרטיים מהקשרים פוליטיים – מ"המקום"; האמנות נושאת, בבחינת תנאי הכרחי לאפשרות פעולתה, אופי לוקברסאלי, כלומר אופי המאפשר את המבע אוניברסלי רק מתוך הקשרים לוקליים. יונה ערך עם דליה מרקוביץ, גיליון מיוחד של כתב העת בלוק: ארכיטקטורה, מדיה והעיר (2008), שעסק ביחסי הגומלין ההדדיים בין מזרח ומערב בתכנון המרחב האורבני בישראל. במאמר הפתיחה של הגיליון – "הקשר הגורדי: מזרח ומערב בעיצוב פניו של המרחב הישראלי" – כותבים השניים ש"היחס הדואלי של הפרויקט הציוני אל המרחב הילידי, הבא לכלל ביטוי בשלילתו ובאימוצו גם יחד, מייצר זיקות גומלין בלתי-פתורות, ואולי אף בלתי פתירות, בתכנון המרחב ובעיצובו האדריכלי" (עמ' 24). כלומר, חדירתם של מוטיבים של אדריכלות מזרחית לתוך תכנון המרחב ולעיצובו האדריכלי, ולהפך, (כפי שהדבר עולה מהניתוח של המאמרים השונים הכלולים בגיליון) מהווה סממן בלתי-נמנע בפעילות זו, גם כאשר נעשים מאמצים להסוותה ולהכחישה.
פעילות ציבורית.
בשנים 1992 - 1993 עמד עם יוסי דהאן, יצחק שפירא ויעל פישביין בראש צוות החינוך של "הוועדה המיוחדת לפיתוח חברתי", שפעלה במשרד ראש הממשלה יצחק רבין. הצוות שבראשותו ניסח את ההמלצות לשיפור מערכת החינוך. מטרת הצוות הייתה ניסוח המלצות לשיפור מערכת החינוך, והמלצות אלה היו מהגורמים שעמדו בבסיס הגידול בתקציב החינוך בתקופת כהונתו של יצחק רבין כראש ממשלה.
יונה היה ממייסדי הקשת הדמוקרטית המזרחית. נמנה עם מייסדי הפורום לצדק חברתי ולשלום, שפעל בסוף שנות השמונים ובתחילת שנות התשעים, בחסות המרכז הבינלאומי לשלום. הפורום קיים תוכניות הכשרה למנהיגות קהילתית לאוכלוסיות מעורבות: יהודים וערבים, תושבי הערים ועיירות הפיתוח, ותיקים ועולים חדשים. במסגרת פעילותו בפורום שימש יונה, יחד עם ד"ר יוסי דהאן, ראש ועדת ההיגוי האקדמית לתוכניות ההכשרה של הפורום. הוא נמנה עם ראשי יוזמת ז'נבה ופעל בישראל ומחוצה לה להפצת עמדותיה.
יונה הוא חבר הנהלה במרכז אדווה, מכון לחקר החברה הישראלית ולקידום רעיון השוויון והצדק החברתי. בין השנים 2004–2008, כיהן כיו"ר עמותת מעיינות, שאותה יזם וניהל ד"ר מאיר בוזגלו.
יונה היה נציג הציבור בוועדת האתיקה בפרסומות של מועצת הרשות השנייה לטלוויזיה ולרדיו, שפעלה בראשותו של פרופ' אסא כשר ב-2007. יונה חלק על ההמלצות הסופיות שניסחה הוועדה וחיבר דעת מיעוט, שבה הביע את התנגדותו הנחרצת להתרת כל צורה של פרסומת סמויה בשידורי הטלוויזיה.
בקיץ 2011, יונה עמד, יחד עם פרופ' אביה ספיבק, בראש צוות ספיבק-יונה שייעץ למחאת האוהלים, והורכב מוועדות מומחים עצמאיות. עבודת הצוותים גם תועדה בספר "אפשר גם אחרת" בעריכת יונה וספיבק.
פעילות פוליטית.
ב-2012 הצטרף למפלגת העבודה והודיע על כוונתו להתמודד בבחירות המקדימות לרשימת המפלגה לכנסת ה-19. לאחר הבחירות, הוצב במקום ה-20 ברשימת המפלגה הבחירות לכנסת התשע עשרה, אך לא נבחר לכנסת.