בעונת 1999/2000 המשיך מעמדו של צ'אבי בקבוצה הראשונה להתבסס. הוא עדיין היה חלק מקבוצת המילואים, במדיה ערך 4 הופעות והבקיע שער בודד בליגה השלישית בתחילת העונה, אך בהמשך השתתף רק עם הקבוצה הבוגרת. ז'וזפ גוארדיולה, קפטן ואחד מקשריה של ברצלונה, נפצע במהלך העונה, מה שהגדיל את כמות ההזדמנויות בהן זכה צ'אבי. צ'אבי הבקיע לראשונה בגביע המלך במשחק מול קלוב דפורטיבו אלמריה ב-12 בינואר 2000, והוא השתתף עם הקבוצה בהגעתה לחצי הגמר, בו הודחה על ידי אתלטיקו מדריד. בנוסף, הבקיע צ'אבי שער בכורה בליגת האלופות, בשלב הבתים השני, במשחק בו ניצחה ברצלונה את הרטה ברלין 3-1 ב-15 במרץ 2000. ברצלונה הגיעה עד חצי הגמר, בו הפסידה לוולנסיה, כשצ'אבי משתתף רק במשחק הגומלין. בליגה, בה ערך צ'אבי 24 הופעות, הגיעה הקבוצה למקום השני. ואן חאל פוטר בסוף העונה.
השנים הקשות של הקבוצה.
בעונת 2000/2001 קודם צ'אבי באופן רשמי לסגל הקבוצה הראשונה, והוא קיבל את החולצה מספר 16. עונה זו הייתה קשה עבור ברצלונה, אותה אימן לורנס סרה פרר. הקבוצה הודחה מליגת האלופות בשלב הבתים ועברה לגביע אופ"א, בו הגיעה עד לחצי הגמר. בגביע הודחה ברצלונה על ידי סלטה ויגו בחצי הגמר. בליגה, לאחר הפסד 1–3 לאוסאסונה ב-22 באפריל 2001 וכשהקבוצה במקום ה-5 בלבד, פוטר סרה פרר והוחלף על ידי קרלס רשאק. ברצלונה סיימה את הליגה במקום ה-4. ב-20 משחקי ליגה בהם שותף צ'אבי באותה עונה, הוא הבקיע פעמיים, בניצחונות על אספניול בדרבי של ברצלונה ועל ריאל סוסיאדד. כמו כן, בקלאסיקו נגד ריאל מדריד ב-21 באוקטובר 2000, בישל צ'אבי בבעיטה חופשית שער ללואיס אנריקה, וברצלונה ניצחה 0–2.
עם עזיבתם של גוארדיאולה לאיטליה ושל איבן דה לה פנייה בקיץ 2001, הפך צ'אבי באופן מוחלט לקשר המוביל של הקבוצה, והוא קיבל את חולצה מספר 6 שלבש דה לה פנייה. בעונת 2001/2002 השתמש רשאק בצ'אבי באופן קבוע בהרכב, לרוב כקשר אחורי ולפעמים כקשר מרכזי, והוא הופיע 35 פעמים במשחקי ליגה. צ'אבי הורחק לראשונה בקריירה שלו בכרטיס אדום במשחק מול ויאריאל ב-16 בדצמבר 2001. באותה עונה הבקיע צ'אבי 4 שערים, אחד מהם היה הראשון שהבקיע בקלאסיקו מול ריאל מדריד, שנערך ב-16 במרץ 2002 והסתיים בתיקו 1-1, והשני בניצחון 0–2 בדרבי מול אספניול ב-5 במאי. ברצלונה הגיעה בליגה למקום ה-4 בלבד פעם נוספת, בגביע הודחה כבר בסיבוב הראשון על ידי פיגרס, ובליגת האלופות הדיחה ריאל מדריד את ברצלונה בחצי הגמר.
לואי ואן חאל חזר לאמן את הקבוצה לקראת עונת 2002/2003, אך עונה זו הייתה אף מורכבת יותר מקודמתה עבור ברצלונה. ברצלונה הודחה עונה שנייה ברציפות כבר בסיבוב הראשון של גביע המלך, על ידי נובלדה שמהליגה השלישית. ואן חאל פוטר מתפקידו לאחר הפסד 0–2 לסלטה ויגו במחזור ה-19, כשהקבוצה במקום ה-12. רדומיר אנטיץ' מונה להחליפו בתפקיד המאמן. שניהם שיתפו את צ'אבי ברוב משחקי הקבוצה. צ'אבי שיחק ב-29 משחקי ליגה בהם הבקיע שני שערים, נגד אלאבס ואספניול. בליגת האלופות הגיעה ברצלונה לרבע הגמר, בו פגשה את יובנטוס. המשחק הראשון נערך בטורינו והסתיים בתיקו 1-1. בגומלין בקאמפ נואו כבש פאבל נדבד ראשון לזכות יובנטוס, וצ'אבי הבקיע את שער השוויון, שהביא את המשחק להארכה. בהארכה הבקיע מרסלו זלאייטה לזכות יובנטוס והביא להדחתה של ברצלונה. בליגה הצליחה ברצלונה להתאושש מהמשבר שפקד אותה במהלך העונה והיא סיימה את הליגה במקום ה-6.
תחת רייקארד.
בקיץ 2003 מונה פרנק רייקארד ההולנדי לתפקיד מאמן הקבוצה, וכן צורף הכוכב הברזילאי רונאלדיניו. עמם זכתה הקבוצה ליציבות גדולה יותר והגיעה להישגים. רייקארד תפקד את צ'אבי יותר בעמדת הקשר המרכזי ופחות בעמדת הקשר האחורי שם הרבו להציב את צ'אבי מאמניו הקודמים. בשל כך שסיימה במקום ה-6 בעונה הקודמת השתתפה ברצלונה מתחילת העונה בגביע אופ"א, בו הגיעה לשמינית הגמר. צ'אבי כבש במפעל זה שער בודד, מול פאניוניוס היוונית ב-6 בנובמבר. בליגה, על אף שהייתה במקום ה-7 בסוף הסיבוב הראשון, התרוממה ברצלונה בסיבוב השני והודות למספר רב של ניצחונות סיימה את העונה במקום ה-2. צ'אבי הבקיע 4 שערי ליגה ב-36 הופעות. הרביעי שבהם היה שער ניצחון מבישול של רונאלדיניו, בקלאסיקו מול ריאל מדריד שנערך בסנטיאגו ברנבאו ב-25 באפריל 2004, ניצחון שסימל את עלייתה של ברצלונה וחזרתה לקדמת הכדורגל הספרדי.
לקראת עונת 2004/2005 עזבו הקפטנים של הקבוצה לואיס אנריקה ופיליפ קוקו. לתפקיד הקפטן מונה הבלם קרלס פויול, וצ'אבי מונה לסגנו. בעונה זו שלטה והובילה ברצלונה את הליגה כבר מהמחזורים הראשונים, והיא זכתה באליפות ראשונה מזה 6 שנים עם 84 נקודות. צ'אבי הופיע ב-36 משחקי ליגה פעם נוספת, והבקיע 3 שערים, אחד מהם שער ניצחון בדקה ה-85 נגד אלבסטה ב-11 בדצמבר 2004. ברצלונה סיימה את שלב הבתים של ליגת האלופות במקום השני, מאחורי מילאן, ובשמינית הגמר הוגרלה לשחק מול צ'לסי. במשחק הראשון בקאמפ נואו ניצחה ברצלונה 1–2, אך בגומלין הפסידה 2–4 והודחה מהטורניר. צ'אבי השתתף בכל שמונת משחקיה של הקבוצה בליגת האלופות באותה עונה.
עונת 2005/2006 החלה עם זכייה בסופר קאפ הספרדי הודות לניצחון בתוצאה המצטברת 2–4 על ריאל בטיס. ב-2 בדצמבר 2005, במהלך אימון, קרע צ'אבי את אחת מהרצועות בברך השמאלית, ופציעה זו השביתה אותו ממשחק במשך 5 חודשים. חזרתו למשחק הייתה ב-29 באפריל 2006, כשנכנס כמחליף בניצחון ברצלונה 0–1 על קדיס. ברצלונה זכתה באותה עונה באליפות שנייה ברציפות. בליגת האלופות זכתה ברצלונה לאחר שגברה במשחק הגמר 2-1 על ארסנל. צ'אבי לא שותף במשחק הגמר ונשאר על ספסל הקבוצה במשך כל 90 הדקות. בסך הכול באותה עונה השתתף צ'אבי ב-16 משחקי ליגה וב-4 בליגת האלופות, בהם לא הצליח לכבוש שער.
גם עונת 2006/2007 נפתחה עם זכייה בסופר קאפ הספרדי, הפעם הודות לניצחונות 0–1 בחוץ ו-0–3 בגומלין בבית על אספניול. צ'אבי כבש את השער הראשון במשחק הגומלין. צ'אבי שב להיות שחקן משמעותי בהרכב הקבוצה והוא הופיע ברוב המוחלט של משחקיה. בדצמבר 2006 הפסידה ברצלונה בגמר אליפות העולם לקבוצות לאינטרנסיונל. במשך רוב העונה הובילה ברצלונה את הליגה הספרדית, אך בשל תוצאות תיקו במחזור ה-34 מול ריאל בטיס ובמחזור ה-37 מול אספניול, שמטה את ההובלה לריאל מדריד שזכתה באליפות על חשבונה. צ'אבי הבקיע 3 שערים בליגה, אחד מהם בבעיטה חופשית ב-7 בינואר 2007, שער שהשווה את התוצאה מול חטאפה ומנע מברצלונה הפסד. בגביע המלך הבקיע פעמיים, מול ריאל סרגוסה ואותה חטאפה, במשחק הראשון של חצי הגמר בו ניצחה ברצלונה 2–5. אולם, במשחק הגומלין הפסידה ברצלונה 0–4 והודחה בזעזוע רב. בליגת האלופות הגיעה ברצלונה לשמינית הגמר, והיא הודחה על ידי ליברפול בתוצאה 2-2 בשל חוק שערי חוץ.
בעונה הבאה ריאל מדריד הובילה את טבלת הליגה כבר החל מהמחזור השני, וברצלונה ניסתה ללא הצלחה להדביק את הפער בנקודות. ב-3 בפברואר 2008, הייתה לברצלונה הזדמנות לצמק את הפער מ-9 ל-6 נקודות במשחק מול אוסאסונה הודות להפסד של מדריד. צ'אבי נכנס כמחליף בדקה ה-80 כשהתוצאה הייתה 0-0, וכעבור 7 דקות הבקיע את שער הניצחון. ב-27 בפברואר הבקיע צ'אבי את שערה היחיד של ברצלונה בתיקו 1-1 עם ולנסיה בחצי גמר גביע המלך, אך במשחק הגומלין הפסידה ברצלונה 2–3 והודחה מהטורניר. בגומלין שמינית גמר ליגת האלופות, ב-4 במרץ, הבקיע צ'אבי את השער היחיד בניצחון ברצלונה 0–1 על סלטיק, וברצלונה עברה לרבע הגמר הודות לניצחון 2–3 במשחק הראשון. ברצלונה הגיעה לחצי הגמר בליגת האלופות, שם גברה עליה מנצ'סטר יונייטד בתוצאה מצטברת 0–1. יכולתה של ברצלונה בליגה הייתה דלה והיא אף ירדה למקום ה-3, מתחת לוויאריאל. ריאל מדריד הוכתרה כאלופה עוד לפני הקלאסיקו שנערך ב-7 במאי. במשחק זה הביסה ריאל מדריד את ברצלונה בתוצאה 1–4, וצ'אבי הורחק בכרטיס צהוב שני בדקה ה-88. מבחינת הבקעת שערים הייתה זו אחת הפוריות בקריירה של צ'אבי, עם 9 שערים ב-54 הופעות בכל המסגרות - 7 בליגה, ושערים בודדים בליגת האלופות ובגביע.
תחת גוארדיולה.
רייקארד עזב את תפקיד המאמן והוחלף על ידי קפטן ברצלונה בתחילת דרכו של צ'אבי בקבוצה הבוגרת, ז'וזפ גוארדיולה. עונתו הראשונה של גוארדיולה בתפקיד, עונת 2008/2009, הייתה העונה המוצלחת ביותר של צ'אבי הן ברמה האישית והן ברמה הקבוצתית - ברצלונה הייתה הראשונה בהיסטוריית הכדורגל הספרדי שזוכה בטרבל - זכייה באליפות, בגביע ובליגת האלופות. גוארדיולה הציב את צ'אבי לצדו של אנדרס אינייסטה בקישור הקבוצה, והפך את שניהם למרכז הכובד של סגנון המשחק של ברצלונה. בעונה זו היה לצ'אבי מספר רב של בישולים לחבריו לקבוצה - 20 בישולים בליגה, 4 מהם במשחק הקלאסיקו השני של העונה, בו הביסה ברצלונה את יריבתה ריאל מדריד 6-2, ועוד 6 בליגת האלופות, האחרון שבהם לליונל מסי בניצחון הקבוצה במשחק הגמר מול מנצ'סטר יונייטד, שנגמר בתוצאה 0–2 לברצלונה. אופ"א בחרו בצ'אבי כשחקן המצטיין של משחק הגמר וכן כשחקן הקישור המצטיין של העונה באירופה. לצד השערים שבישל, הבקיע צ'אבי גם 10 שערים ב-54 הופעות בכל המסגרות - 6 בליגה, ביניהם צמד לרשתה של מאלגה ב-1 בנובמבר 2008, 3 בליגת האלופות, כולם בשלב הבתים, ואחד בגביע, בבעיטה חופשית במשחק הגמר מול אתלטיק בילבאו, בו ניצחה ברצלונה 1–4 וזכתה בתואר. במהלך העונה, בדצמבר 2008, האריך צ'אבי את חוזהו בברצלונה עד סוף עונת 2013/2014, עם סעיף שחרור של 80 מיליון אירו ושכר שמוערך על ידי התקשורת ב-7.5 מיליון אירו בשנה.