עם עליית בית רומנוב לשלטון בשנת 1613 חודש הצו האוסר על כניסת יהודים וזרים אחרים לרוסיה. בעקבות המלחמה בין פולין לרוסיה בשנים 1632–1634 הגיעו לרוסיה שבויים רבים, ובכללם יהודים וכתוצאה מכך חתם הצאר מיכאיל פיודורוביץ' רומנוב על צו שהתיר מגורים קבועים ליהודים במדינת מוסקבה בשנת 1634. צו זה צורף להסכם שלום פולנא שנחתם בין רוסיה פולין ונאמר בו בין היתר כי ישוחררו השבויים, ובכללם גם יהודים. בעקבות התקוממות הקוזאקים בשנת 1648 התעצם זרם היהודים שהגיעו לרוסיה בדרכים וסיבות שונות: דרך שטחי הקוזאקים הגיעו לרוסיה סוחרים יהודים-טורקים מחצי האי קרים וכמובן היהודים הפולנים והליטאים שניסו להימלט מפרעות הקוזאקים. במלחמות רוסיה ופולין בשנים 1654–1667 נפגעו מאוד היישובים היהודים באזורי המריבה מהצבאות של הצאר אלכסיי הראשון ואלפי יהודים נהרגו בקרבות אלו. הרב משה ריבקש שהיה עד ראייה תיאר בחיבורו "באר הגולה" את המראות: "גדודי רוססיא והקאזיאקים מיהרו ויפשטו על כל מדינת ליטא, ויכבשו את פאלאצק וויטעבסק, מינסק ויחריבום, והקאזיאקים הרגו ביהודים הרג רב בכל מדרך כף רגלם ואת הפליטה שבו ויבוזו בשנת תי"ד תט"ו".
עם זאת, בעקבות התקוממות הקוזאקים בשנת 1648 ובמיוחד בעקבות מלחמת רוסיה-פולין בשנים 1654–1667, מצאו עצמם יהודים רבים בתחומי רוסיה. רובם יושבו באזור נהר הוולגה, באורל ובסיביר. בחוזה שלום אנדרוסוב בשנת 1667 נקבע בסעיף 11 כי כל השבויים- גם יהודים שלא נטבלו לנצרות הפרבוסלבית וגם משפחותיהם, נשיהם וילדיהם רשאים לחזור לפולין או להישאר ברוסיה כרצונם.
בעת החדשה המוקדמת, לגבי נוכחות יהודים ברוסיה, נהוג להבדיל בין יהודים לבין מומרים. היהודים שהתגוררו ברוסיה דרך קבע היו ככל הנראה בודדים, ואילו המומרים לנצרות מכל הסוגים מתוך היהודים שהתגוררו ברוסיה היו רבים למדי. הפטריארך ניקון התלונן במכתב שכתב לצאר אלכסיי בשנת 1671 על שני נזירים יהודים מומרים שחזרו לפי דבריו ליהדות וגם גררו אחריהם נזירים צעירים. בנוסף, אין לראות את היהודים ברוסיה כמקשה אחת, לאור התרחבותה של רוסיה לכיוון מערבה תוך סיפוח אזורים שאוכלסו בקהילות יהודיות גדולות: בשנת 1654 כבשה רוסיה את אזור סמולנסק, אוקראינה החופשית ואת אוקראינה של הגדה השמאלית של נהר הדנייפר. בשנת 1667 סיפוחים אלו קיבלו הכרה בינלאומית בהסכם השלום אנדרוסוב. יש להבדיל בין רוסיה גופא, לבין שטחים אלו, שתקופות ארוכות היו חלק בלתי נפרד באיחוד הפולני-ליטאי, ולא רק אכלסו יהודים רבים, הרבה יותר ממספר היהודים ברוסיה עצמה, אלא גם תנאי הקיום והכלכלה בהם נותרו, גם בתקופת השלטון הרוסי, בדגם הפולני.
עלילת דם הראשונה פרצה ברוסיה בשנת 1702 בעיירה הורודנה באזור צ'רניגוב. שני יהודים הואשמו ברצח סטודנט באקדמיה בקייב, אשר בטרם נרצח תקף בחומרה את היהודים. לאחר עינויים הודו היהודים דוד ויעקב במעשה ונרצחו בידי ההמון המשתולל, והפונדקאי שמואל מהכפר ז'וקו בייצה נשרף חי עם משפחתו יחד. בשנת 1708 בעיירה סטרודוב במהלך התפרעויות נרצחו 50 יהודים. עלילות דם והתפרעויות אלו הן עדות עקיפה לריבוי היהודים ולשגשוג הכלכלי שלהם באזורים אלו.
האימפריה הרוסית.
תחום המושב.
החל משנת 1773 וכלה בשנים 1793 ו-1795, סיפחה לידיה רוסיה שטחים נרחבים מפולין ותוך כך סיפחה אליה כמיליון יהודים. בכך היא הפכה למדינה עם ריכוז היהודים הגדול בעולם באותה התקופה. הרוסים, שרצו בהתנצרותם של היהודים, הגבלתם והגירתם מרוסיה, הטילו עליהם צווים קשים ומגבלות.
בימי מלוכתה של יקטרינה הגדולה חלו מספר תהליכים הקשורים ליהודי רוסיה, ב-1778 חילקה יקטרינה את רוסיה לחמישים מחוזות, כאשר לכל מחוז נקבע שליט נפרד. חלק מהשינוי הכללי של 1778 היה שיוך התושבים למעמדות. שינוי זה השפיע גם על יהודים שמיעוטם הוכרו כסוחרים הזכאים להרשם בגילדות ויתרתם סווגו כזכאים לגור בערים ומכאן זכאותם, לראשונה במזרח אירופה, לבחור נציגות לעירייה ואף להיבחר. בו בזמן צומצמה האוטונומיה הפנימית של מוסדות הקהילה היהודית, שההצדקה לקיומה הנפרד נעלמה. ב-1782 בהמשך להחלטה כי סוחרים ועירונים חייבים לשבת ביישובים עירוניים ולא ביישובים כפריים, חלו גם על היהודים מגבלות על התיישבות בכפרים אלא אם כן עסקו בחקלאות. ב-1791 בלחץ סוחרים רוסים שחששו מתחרות נקבע ליהודים "תחום המושב" שבו הם הורשו לשבת. מגמה זו המשיכה גם בגזרת הקנטוניסטים של ניקולאי הראשון בשנת 1827, שקבעה גיוס יהודים לצבא הרוסי. המגייסים הורשו גם לחטוף ילדים יהודיים ולהעבירם לתוכניות חינוכיות מיוחדות, שנועדו להרחיקם מהדת היהודים ולקרבם לנצרות.
היו גם שליטים אשר ניסו להתקרב אל לב היהודים: הצאר אלכסנדר השני התיר ליהודים שנחשבו לדעתו ל"מועילים" להתגורר מחוץ לתחום המושב שנקבע וכן הורד מהם חלק מעול המיסים.
תקופת הצאר אלכסנדר הראשון.
עם עלייתו לשלטון נדרש הצאר אלכסנדר הראשון לשאלת מעמדם של היהודים בממלכתו והקים ב-9 בנובמבר 1802 את "הוועדה לשיפור מצבם של היהודים". על בסיס מסקנות הוועדה פרסם הצאר בחודש דצמבר של אותה השנה את תקנת 1804 (תקנת היהודים) המשקפת את ההנחות האלה: היהודים הם יסוד זר האחראי לבעיות הכלכליות והחברתיות במערבה של רוסיה ועל כן יש לתקן את מצבם, תיקון ברוח האבסולוטיזם הנאור. התקנות יועדו להגן על החברה מפני היהודים, על פי תפיסות משכיליות-יצרניות לפיהן עובד האדמה הוא אדם מועיל ויצרני, ולעומתו הסוחר הזעיר והמתווך הם גורם מזיק לכלכלה ויש לרסנו.
חלק ממסקנות הוועדה הייתה הוצאת היהודים מהכפרים לעיירות והגבלתם לתחום המושב, והקמת מושבות יהודיות חקלאיות בחבלים שונים באימפריה הרוסית. כ־6000 משפחות יהודיות של סוחרים זעירים הועברו להתיישבות חקלאית באוקראינה שנכבשה מידי הטורקים. לחלק מהמושבות ניתנו גם שמות עבריים, כגון שדה מנוחה ונהר טוב.
החל משנת 1848 החלו גזירות המלבושים. בעידודם של המשכילים היהודים חתם ניקולאי על צו מלכותי המורה ליהודים להחליף את לבושם המסורתי ללבוש מודרני, בפועל הגזירות נכנסו לתוקפם רק בשנת ה'תרי"א (1850) בתקופת הביניים הטילו השלטונות מיסים על הלובשים לבוש מסורתי (מס הקרובקה). החוק איפשר לרבנים הוותיקים להישאר בלבושם המסורתי, בין היתר נאסר על יהודים לגדל פיאות, ונאסר על נשים נשואות הנוהג החסידי גילוח שיער ראשם.
תקופת הצאר אלכסנדר השני.
לאחר מותו של הצאר ניקולאי הראשון ועלייתו של אלכסנדר השני חל שיפור במצבם של היהודים. כבר בהמלכתו של הצאר החדש בשנת 1855 בוטלו תקנות הגיוס ליהודים, אשר קיבלו הסדרי שירות בצבא כמו יתר האזרחים. לסוחרים בעלי רכוש, אקדמאים, בעלי מלאכה מאומנים, בוגרי בתי ספר מקצועיים וחיילים משוחררים ניתנה הרשות להתיישב בכל מקום ברחבי רוסיה, ויהודים מסוימים היו יכולים אף להיות פקידים בשירות הממשלה, עורכי דין ושופטים. שכבת בעלי ההון היהודים הגיעה עד מהרה לידי משקל ניכר בכלכלה הרוסית: בנקאים וקבלנים לבניית מסילות ברזל, סוחרי יבוא ויצוא וספקי צבא יהודיים החלו לקבל מעמד נכבד. בנוסף למפעלי המלאכה והתעשייה הזעירה שהתרבו מאוד ב"תחום המושב", התרבו התעשיינים היהודים שהקימו מפעלים חשובים וגדולים מחוץ לגבולות "תחום המושב". יהודים שהשתתפו בהקמת מפעלים חדשים ובעלי מלאכה הורשו לעזוב את "תחום המושב" ולשבת בתוך רוסיה.
במרוצת הזמן נוסדו קהילות חדשות ברחבי רוסיה, בייחוד בשתי הערים הגדולות - מוסקבה וסנקט פטרבורג. הקהילות החדשות שנוסדו היו שונות מהקהילות הוותיקות שהיו ב"תחום המושב": היהודים שחיו במוסקבה ובסנקט פטרבורג הרבו להיות בקשר עם הגויים, ואף על פי שהם רצו לשמור על יהדותם, הם לא דקדקו במנהגי היהדות. בני משפחותיהם של יהודי מוסקבה וסנקט פטרבורג למדו באוניברסיטאות ובבתי ספר רוסיים. גם בקהילות שב"תחום המושב" היו יהודים שסטו מהדת היהודית, ורבים מהילדים נשלחו ללמוד בבתי ספר רוסיים, שם קלטו את רוח ההשכלה הרוסית.
בתקופת שלטונו של אלכסנדר השני היו מחלוקות בין המשכילים היהודיים לבין שומרי הדת היהודית, משום שהמשכילים חשבו שכדי לקבל שוויון זכויות יש להשתלב אט אט בחיי החברה. כדי להחיש תהליך זה הם הפיצו את ההשכלה בשפה הרוסית, לעומתם, שומרי המסורת היהודיים הפיצו את ההשכלה בלשון העברית.
במשך שנות ה-70 חלה נסיגה מן הרפורמות לטובת היהודים: התפרסמו דברי הסתה נגד ספקים יהודיים החומסים את הממשלה ופוגעים בצבא, ונשמעו נימות אנטי-יהודיות בעיתונים שהדגישו את הסכנה הנובעת מגידול חלקם של היהודים בהשכלה ובחיי הכלכלה של רוסיה.
תקופת הצאר אלכסנדר השלישי.
במרץ 1881 נרצח אלכסנדר השני על ידי חברי תנועת מחתרת מהפכנית. העיתונות האנטישמית רמזה באופן ברור מאוד שהיהודים הם אלו שרצחו את הצאר, הופצו כרוזים רבים ותועמלנים הטיפו בממשלה להכות את היהודים על שרצחו את "הצאר הגואל", משחרר האיכרים. לאחר שישה שבועות מהרצח, החלו להתעורר פרעות בדרום רוסיה במשך שלוש שנים ופרעות אלה כונו "הסופות הנגב". הגופים שהסיתו לפרעות אלו, שהיו, סביר להניח, בהרשאת השלטון, לא נבלמו על ידי המשטרה או הצבא, אלא המשיכו לגרום לפרעות, שבאו לידי ביטוי בהרס ושוד יותר מאשר רצח. הפרעות גרמו ליהודים לדאוג שוב לעתידו של העם היהודי, והעם החל לחשוב על הגירה, אך הייתה בעיה בקשר למקום היעד. בעקבות פרעות אלה התהוותה תנועה ציונית – תנועת "חיבת ציון" והחלה העלייה הראשונה. בין המתעוררים הראשונים לאחר הפרעות היו המשכילים היהודים, שהפרעות נגעו בהם באופן אישי. הם הבינו שצריך לעלות אל ארץ ישראל.