ב-25 במאי 1992 חתם מסעוד הסכם שלום עם חכמתיאר, לפיו התמנה חכמתיאר לראש הממשלה. יחד עם זאת ההסכם נפל מפני שחכמתיאר הואשם במתקפת טילים על מטוסו של הנשיא החדש מוג'דדי. למחרת חודשו הקרבות בין כוחותיהם של בורחנודין רבאני, של מסעוד ושל המנהיג האוזבקי עבד אל-ראשיד דוסטום (התנועה האסלאמית הלאומית של אפגניסטן) לבין כוחות "המפלגה האסלאמית" של חכמתיאר.
בשנים 1992–1996, במה שנקראה מלחמת האזרחים האפגנית (1996-1992) החריבו הפלגים הלוחמים ביניהם את רובה של העיר קאבול והרגו אלפי אנשים, רובם אזרחים. כל הפלגים השתתפו בהרס, אבל מפלגתו של חכמתיאר הייתה אחראית למרבית הנזקים, בגלל מנהגה לכוון את הנשק באופן יזום נגד אזורים מיושבים באזרחים.
יש סבורים כי חכמתיאר הפגיז את קאבול כנקמה על מה שהוא החשיב לשיתוף פעולה של התושבים עם הכיבוש הסובייטי, ומשום דבקותם החלשה בדת.
בריאיון ל"ניו יורק טיימס"הוא הצהיר:"כבר יש מיליון וחצי שאהידים. אנו מוכנים להגיש לא פחות כדי להקים רפובליקה אסלאמית אמיתית"
מתקפותיו נועדו גם להראות שממשלת רבאני-מסעוד אינה מסוגלת להבטיח את הגנת האוכלוסייה. ב-1994 כרת חכמתיאר ברית עם דוסטום ועם חיזב-א-וחדת, מפלגה שיעית של בני חאזארה, כדי להקים את "מועצת התיאום" (שורה-א המהנגי).ביחד הם צרו על קאבול והפגיזו אותה בפגזים ובטילים עד כדי כך שצוותי האו"ם בעיר וחברי ממשלה נאלצו להתפנות. אולם הברית החדשה לא הפיקה מכך תועלת רבה. ביוני 1994 הצליח מסעוד לגרש את חייליו של דוסטום מקאבול.
היחסים עם הטליבאן 2001-1996.
הצבא הפקיסטני תמך בחכמתיאר כל עוד הייתה תקווה בהשכנתה בקאבול של ממשלה בשליטה פשטונית, שתהיה ידידותית לאינטרסים של פקיסטן.
ב-1994 התברר שאין סיכוי שחכמתיאר ישיג זאת ומדיניותו מעוררת התנגדות בקרב מרבית הפשטונים, התחילו הפקיסטנים לפנות לארגון אחר מורכב רובו מפשטונים - הטליבאן.
אחרי שכבשו את קנדהאר בנובמבר 1994, התקדמו הטליבאן במהירות אל עבר קאבול תוך חדירות לעמדות של החיזב-א אסלאמי. יש שמעריכים כי מלחמת האזרחית הארוכה והמתישה תרמה להחלשת המשטר האסלאמי בקאבול והכינה כר פורייה לכיבוש השלטון על ידי הטליבאן, שהוכיחו עצמם כקיצונים עוד יותר.
ב-2 בפברואר 1995 הם כבשו את המחוז מיידן ורדק, ב-10 בפברואר נעו לכיוון מיידאן שאר ולמחרת אל מוחמד אע'ה. חיש מהר נמצא חכמתיאר לכוד בין הטליבאן המתקדמים ולכוחות הממשלה, ורוח אנשיו נפלה. ב-14 בפברואר הוא נאלץ לנטוש את המטה שלו בצ'ראסיאב, שממנו ירה טילים על קאבול ונסוג באי סדר לסורובי.
בנסיבות אלה, מול איום הטליבאן, במאי 1996 סיכמו רבאני וחכמתיאר על הסכם מהיפאר - שבו הוחלט להרכיב סוף-סוף ממשלה משותפת, שבה חכמתיאר ימונה לראש הממשלה. רבאני היה להוט לחזק את הלגיטימיות של ממשלתו בעיני המנהיגים הפשטונים. ההסכם לא רק שלא הועיל מפני שלחכמתיאר חסרה הפופולריות בקרב העם, אך גרם לנזקים: הכעיס את חסידי ג'מיעת-א אסלאם ואת תושבי קאבול שסבלו בארבע השנים האחרונות מהפגזותיו של חכמתיאר. ההסכם לא מצא חן אף בעיני הפקיסטנים ושכנע אותם בחולשת מעמדו של חכמתיאר וכי עליהם להעביר את סיועם לטליבאן.
חכמתיאר נכנס ב-26 ביוני לתפקיד ראש הממשלה ומיד הוציא צווים לחומרה בנוגע לדרך החיים של התושבים, כולל לבוש הנשים, בניגוד בולט למדיניות היחסית ליברלית שנהג בה קודם אחמד שאה מסעוד. הטליבאן הגיבו להסכם במבול חוזר של טילים על עיר הבירה. ממשלת רבאני-חכמתיאר שרדה רק חודשים ספורים עד שהטליבאן השתלטו על קאבול בספטמבר 1996. רבים מאנשי חכמתיאר עברו לצד הטליבאן "גם מתוך אהדה אידאולוגית וגם בגלל סולידריות שבטית". השאר גורשו.
בפקיסטן מחנות האימונים של חיזב-א אסלאם נכבשו על ידי הטליבאן ונמסרו לקבוצות "ג'מיעת עולמא-א אסלאם", בתוכן "סיפא-א סחאבה"
חכמתיאר נמלט לאיראן בשנת 1997 ונשאר שם כמעט שש שנים. נודע לו כי תשתית מפלגתו במולדת התערערה. ממשלת איראן לא נתנה בו אמון מכיוון שהוא נחשב בעינה לבלתי צפוי, בלתי אמין והקשר איתו לא נמצא נחוץ מול המתחים בין איראן לטליבאן ולממשלת פקיסטן. על אף הפצרותיו, משמרות המהפכה האיראניים סירבו לסייע לו.
היו שמועות כי אף ניתקו את קווי הטלפון שלו ושמנעו מאורחיו להגיע אל החווילה שלו בצפון טהראן.
פעילותו אחרי פיגועי 11 בספטמבר 2001.
אחרי פיגועי 11 בספטמבר 2001 בארצות הברית, חכמתיאר, שנטען עליו כי שיתף פעולה באופן הדוק, עם ראש אל-קאעידה, אוסאמה בן לאדן בשנות ה-90 המוקדמות, הביע גינויו למסע הצבאי האמריקאי באפגניסטן ומתח בקורת על פקיסטן על תמיכתה בארצות הברית. אחרי הקמת הברית נגד הטליבאן בראשות ארצות הברית ונפילת משטר הטליבאן בהמשך, דחה חכמתיאר את ההסכם שנחתם ב-5 בדצמבר 2001 על הקמת ממשלה אפגנית זמנית. אחרי לחתצים מארצות הברית ושל ממשלת חאמיד כרזאי שהוקמה בקאבול, מצא לנכון המשטר האיטוללות של איראן לסגור את משרדי חיזב-א אסלאמי של אפגניסטן באיראן וגרשו את חכמטיאר. הוא עבר בהמשך בחשאי לשטח אפגניסטן.
ארצות הברית האשימה את חכמתיאר על כי האיץ בלוחמי טליבאן להתארגן מחדש ולהיאבק בכוחות קואליציה אנטי-טליבאן באפגניסטן. הוא הואשם גם כן שהבטיח פרסים לאלו שירצחו חיילים אמריקאים. ממשלת כרזאי הכריזה עליו כפושע מלחמה. הוא נחשד גם בהתנקשות ב-5 בספטמבר 2002 בחיי כרזאי, שבה נהרגו למעלה מתריסר בני אדם. בספטמבר 2002 הושמעה הקלטה שבה קרא חכמתיאר לג'יהאד נגד ארצות הברית. ב-25 בדצמבר 2002 הופצה הידיעה כי שירותי הריגול האמריקאים גילו כי חכמתיאר ניסה להצטרף לאל-קאעידה
עם זאת בסרטון וידאו ב-1 בספטמבר 2003 הכחיש חכמתיאר כי התכוון לכרות ברית עם אל-קאעידה או עם הטליבאן אולם שיבח את ההתקפות על ארצות הברית ועל כוחות הקואליציה באפגניסטן.
ב-19 בפברואר 2003 מחלקת המדינה של ארצות הברית ומשרד האוצר האמריקאי הכריזו את חכמתיאר כ"טרוריסט גלובלי", מה שמאפשר להקפיא את כל הנכסים שהוא מחזיק בארצות הברית או בחברות שבסיסן הוא בארצות הברית. ארצות הברית ביקשה לוועד האו"ם לענייני טרור לרשום את חכמתיאר ברשימת המבוקשים והכריזו כשותף של בן לאדן.
באוקטובר 2003 הכריז חכמתיאר על שביתת נשק עם יריבים מקומיים בג'לאלאבאד ובמחוזות קונאר, לוגאר וסורובי, אך טען כי ימשיך להתנגד לפולשים הזרים.
במאי 2006 בסרטון וידאו ששודר בערוץ אל ג'זירה האשים חכמתיאר את איראן על כי תומכת בארצות הברית בחזית האפגנית, אמר שהוא מוכן להילחם לצד אוסאמה בן לאדן וגינה את התערבות ארצות הברית בסכסוכים בעיראק, אפגניסטן ופלסטינה. בדצמבר 2006 שודר וידאו בפקיסטן, שבו טען חכמתיאר שגורלה של בברית המועצות מחכה גם לארצות הברית. בינואר נמסר בערוץ CNN ש לפני 5 שנים עזרו לוחמיו של חכמתיאר לבן לאדן להימלט מהרי טורה בורה. מידע זה צוטט גם בראיון ששודר ב-GEO TV "עזרנו לבן לאדן ולזווהירי לצאת מן המערות ולהגיע במקום בטוח".
ההתארגנות מחדש - 2008.
במאי 2008 התקבלו ידיעות לפיהן כוחות חיזב-א אסלאמי של חכמתיאר חזרו לזירת הלחימה והיו אחראיות על מספר מתקפות חזקות נגד כוחות הקואליציה ונגד משטר הנשיא כרזאי.
ההתארגנות זו מחדש של קבוצת חכמתיאר קלטה ככל הנראה חברי טליבאן שהרגישו בהלם אחרי מות מפקדם מולה דדוללה. חיזב-א אסלאם טענה לאחריות על הפיגוע נגד הנשיא כרזאי בעת המצעד הצבאי בקאבול ב-27 באפריל 2008, ושבו נהרגו שלושה אזרחים, כולל חבר בפרלמנט האפגני. גם מתקפות אחרות כמו זו ב-2 בינואר 2008 שבה הופל מסוק צבאי אמריקאי עם חיילים במחוז לאע'מאן, הפלת מסוק נוסף במחוז סרובי ב-22 בינואר ופיצוץ מטען נגד רכב משטרה בקאבול במרץ 2008, שבו נהרגו 10 חיילים, יוחסו לאנשי חכמתיאר.
בעוד הוא דרש את נסיגת על הכוחות הזרים, ממשלת רכזאי הציעה מו"ם פתוח עם מתנגדיו והצעות מרומזות להצטרפותם לממשלה. ב-2008 בווח כי חכמתיאר הסתתר במקום לא ידוע בדרום-מזרח אפגניסטן, בסמוך לגבול עם פקיסטן.
כבר מ-2003 נחשב חכמתיאר עדיין לאחד משלושת מנהיגי ההתנגדות המזוינת העיקריים באפגניסטן, לצד מולא עומר וסירג'דין חקאני, מנהיגי הטליבאן.
ב-2014 נפוצו שמועות כי חכמתיאר נע ונד בין אזור בגבול עם פקיסטן לבין צפון-מזרח המדינה.
הסכם הפיוס והחנינה.
בשנת 2014 נבחר באפגניסטן ממשלה נשיא חדש, אשרף גאני אחמדזאי, וממשלה דמוקרטית חדשה. ב-22 בספטמבר 2016 העניקה הממשלה חנינה לגולבדין חכמתיאר כחלק מהסכם פיוס בין חיזב-א אסלאמי לשלטונות. לפי ההסכם היו אמורים להשתחרר חברי הקבוצה האסורים והתאפשרה חזרתו של חכמתיאר לחיים הפוליטיים. ההסכם עורר מחאות מצד פעילים למען זכויות האדם שהתרעמו נגד החנינה שהוענקה ל"תליין מקאבול".
במסגרת ההסכם התחייבה חיזב-א אסלאמי להפסיק את המאבק המזוין, להפסיק את הקשרים עם קבוצות מתנגדים קיצוניות ולכבד את החוקה של אפגניסטן. בתמורה הכירה הממשלה במפלגה והבטיחה לתמוך בהספקת הסנקציות האמריקאיות ושל האו"ם נגדה. לחכמתיאר הובטח תפקיד כבוד בממשלה.
ההסכם קיבל גושפנקא רשמית ב-29 בספטמבר 2016 כשהופיע הנשיא אשרף גאני לצד חכמתיאר בטקס חתימת ההסכם בארמון הנשיאותי בקאבול.
פרשנים פוליטיים סבורים שפקיסטן מעוניינת בהתחזקות כוחו של חכמתיאר כמשקל נגד למדיניות הקשרים הטובים עם הודו המאפיינת בשנות ה-2000 את הממשל בקאבול. המשטר בקאבול ראה בהסכם תקדים לקראת אפשרות של הסכם דומה עם הטליבאן, שהוא הכוח המתנגד החזק ביותר באפגניסטן.
חיים פרטיים.
גולבדין חכמתיאר מדבר שוטף פאשטו, דארי (פרסית), אורדו, אנגלית וערבית.