אקסבייר שורד את היריה, אך נותר בתרדמת. הוא נחטף בידי אקסודוס, טמפו וקארימה שפנדר. אקסודוס מנסה לרפא את אקסבייר, אך זה האחרון נלחם בו טלפתית. נואש, אקסודוס מבקש את עזרתו של מגנטו, שעדיין חסר כוחות. או אז, מגנטו וקארימה מסוגלים לעורר את זכרונותיו של אקסבייר ולהוציאו מהתרדמת בה הוא שרוי, אך אקסבייר מבולבל ואינו זוכר הרבה מהקורות אותו. אקסודוס כמעט והורג את מגנטו בשל ניסיון למנוע התנקשות באקסבייר אשר הסתיים בתוצאות חמורות. אקסבייר גורר את אקסודוס למישור האסטרלי, מה שמעמיד בסכנה את מוחו, שרק עתה התעורר מהתרדמת. הוא מביס את אקסודוס בקרב טלפתי, ואקסודוס מסביר לו מדוע חטף אותו בניסיון לרפאו - אקסודוס רוצה שאקסבייר יוביל את קבוצת השוליות וימצא את משיחת המוטאנטים (שכעת נמצאת בחזקתו של קייבל לצורך הגנתה), כדי לשכנע אותה למטרתם המשותפת. אקסבייר מסרב. אמה פרוסט מגלה באופן טלפתי על הקרב ביניהם, והיא מגלה לסקוט כי אקסבייר חי וקיים. אקסבייר נפרד ממגנטו ומקארימה ומנסה לשקם את זכרונו האבוד על ידי כך שהוא מבקר חברים מעברו. כחלק ממסעו להשבת זכרונותיו, אקסבייר מתעמת עם מיסטר סיניסטר, ובעזרתם של גמביט וסבסטיאן שו מסכל את מזימתו של סיניסטר להשתלט על גופו. הוא חוזר לאחוזת אקס, אך מוצא אותה בחורבות בעקבות האירועים האחרונים. הוא משכנע את סקוט להפגש עמו בחשאי ומנסה להסביר לו על נסיונותיו של סיניסטר להשפיע על מוחותיהם של סקוט ושל ג'ין מאז שהיו ילדים. סקוט כועס עליו משום שאקסבייר מבקש ממנו את אישורו לסרוק את מוחו ולגלות שיירים מהשפעותיו של סיניסטר, ואומר לו כי הזמין בחשאי את אמה לפגישה וביקש ממנה להסתנן למוחו של אקסבייר. בתוך מוחו, אמה מאלצת את אקסבייר לחיות מחדש את כל החלטותיו המוסריות השנויות במחלוקת, שנעשו מטעמים אלטרואיסטים. אקסבייר מבין כי היה שחצן, ושעליו להמשיך בחייו ולהתמודד עם השלכות מעשיו. לפני שהיא מסיימת את הקשר המחשבתי ביניהם, אמה מזכירה לאקסבייר את מילותיה האחרונות של מוירה מק'טאגרט אליו. אקסבייר נותן לסקוט את ברכתו, מעביר אליו את הנהגת הקבוצה ועוזב כדי למצוא את דרכו לשלווה פנימית.
לאחר שעזר לאחיו החורג קיין מארקו לחזור למוטב, אקסבייר מקבל בקשה לעזרה מוולברין בשחרורו של בנו דאקן ממזימתם של חברי מועדון הלפייר. במסעם של השניים לשחרורו של דאקן, אקסבייר ווולברין מגיעים להבנה, ולוגאן אומר לו כי כאשר נתקל בו לראשונה הוא תוכנת להרוג אותו. כתוצאה מכך, אקסבייר שבר טלפתית את מוחו של לוגאן ובנה אותו מחדש, כך שכל התיכנות אותו קיבל נשכח. ניסיונם להציל את דאקן עולה בתוהו, משום ששפיותו של דאקן אבדה.
פלישה סודית, שלטון אפל.
אקסבייר נוכח בפגישתה של קבוצת האילומינטי ובדיונים על הפלישה הקרובה של גזע הסקרול והתחזותם לגיבורי-העל. הוא עוזב משום שהוא אינו יכול לסמוך על האחרים. הוא לא נראה למשך כל אירועי הפלישה, אם כי קבוצת האקס-מן שלו עוזרת להדוף את הכוחות הפולשים בעזרת וירוס ירושה משודרג. במהלך אירועי "שלטון אפל", אקסבייר משכנע את אקסודוס לפרק את קבוצת השוליות. נורמן אוסבורן נפגש עמו למטרה שאיננה ברורה, ולאחר שהאוונג'רס האפלים מגיעים לסן פרנסיסקו ומנחילים משטר צבאי על מהומות אנטי-מוטאנטיות, אקסבייר נראה לצד אוסבורן כאשר הם מגנים בפומבי את פעולותיו של סייקלופס. אולם, מתגלה כי אקסבייר הוא למעשה מיסטיק בתחפושת, אותה שכר אוסבורן כדי להתחזות לאקסבייר לצורך נאומיו הפוליטיים. אקסבייר האמיתי נראה כשהוא כלוא באלקטרז, שם הוא מופשט באיטיות מכוחותיו המנטליים בידי דארק ביסט. מתגלה גם, כי אמה פרוסט ואקסבייר הם טלפתיים ברמת אומגה, כאשר היא מצליחה לגלות את מיקומו. אקסבייר עוזר לאמה לפלוש למוחו של הסנטרי ולהסיר ממנו את השפעתו המזיקה של "הריק" (The Void). אולם, חלקיק מ"הריק" חודר למחשבתה של פרוסט, ואקסבייר אומר לה להישאר במצב היהלום שלה כדי למנוע מהכוח המשחית להשתלט עליה.
אוטופיה, הביאה השנייה.
לאחר אירועי "", אקסבייר מגיע להתגורר באסטרואיד M, אותו סייקלופס העלה ממימי האוקיינוס וקרא לאי בשם "אוטופיה". המועצה הראשית (סייקלופס, אמה פרוסט, וולברין, סטורם, חיה, אייסמן ונאמור) שולחת לכל המוטאנטים באשר הם הזמנה להשתכן על האי, שמהווה מקום מפלט למוטאנטים. בשעה שאקסבייר אינו מבקש לחתור תחת סייקלופס, הוא דואג להחלטותיו כמנהיג. הוא מעוניין לחזור ליבשה ולנקות את שמו, אך היות שאוסבורן הכריז על אוטופיה כמתקן מעצר למוטאנטים, סייקלופס אינו מאשר לו לעזוב ומציין כי יהיה זה יתרון אסטרטגי להשתמש בו כקלף מיקוח אם יהיה צורך. לשם כך, הוא מסתמך על כוחותיהם הטלפתיים של פרוסט, פסיילוק וקוקיות סטפורד כשהם נמצאים בשטח. מגנטו מגיע גם הוא לאי ומצהיר על כוונותיו הטובות, אך אקסבייר אינו מאמין לו ומתקיף אותו טלפתית, מה שמאלץ את סייקלופס לגרום לו לסגת. מאוחר יותר הוא מתנצל בפני מגנטו על כי פעל מתוך פחדיו בשל ההיסטוריה העכורה ביניהם, ומגנטו סולח לו.
במהלך אירועי "", אקסבייר נצפה על האי אוטופיה כשהוא נושא הספד בהלוויה של נייטקרולר, שמת בהגנה על הופ סאמרס. הוא מלא צער על מותו של קורט ומצפה לבואם של קייבל ושל הופ. הוא מנסה לעזור לבנו ליג'יון לשלוט באישיויותיו הרבות ולהילחם ברובוטי הנמרוד הפולשים. בסוף קשת הסיפור, אקסבייר חש כי למרות שהוא מאמין כי הופ הגיעה להציל את גזע המוטאנטים, היא עדיין אשה צעירה ועליה לעבור כברת דרך בטרם תגיע למיצוי הפוטנציאל המלא שבה.
אוונג'רס נגד אקס-מן.
במהלך אירועי "אוונג'רס נגד אקס-מן", אקסבייר ובנו ליג'יון (כמו גם טלפתיים אחרים הנמצאים על האי) חשים בכאב בהתעוררותו המחודשת של כוח הפניקס, כאשר הכוח משנה את סייקלופס, אמה פרוסט, נאמור, קולוסוס ומג'יק ל"חמשת הפניקסים". קפטן אמריקה מנסה לארגן פגישה עם האילומינטי בניסיון לדבר עם נאמור בעקבות השתלטות הפניקס עליו. אקסבייר ממורמר מעצם העובדה כי ארבעת החברים הנותרים מאשימים אותו במהומה שהתחוללה. בשעה שרייצ'ל סאמרס מובילה קבוצת אקס-מן בקרב נגד וולברין והאוונג'רס באינדונזיה, היא מוצאת את הופ, אך מחשבתה נשאבת לתוך המישור האסטרלי, בו היא פוגשת את אקסבייר. היא מגלה כי הוא מעסיק אותה כדי להעניק לאוונג'רס יתרון בקרב, והיא מנהלת נגדו-קרב טלפתי שמהמם את כולם פרט לספיידרוומן ואקסבייר עצמו. אקסבייר מגלה להם כי אינו יכול להילחם בתלמידיו, ולכן הוא מוחק מזכרונותיהם את העובדה כי השתתף בקרב. הוא יוצר קשר טלפתי עם סייקלופס - הנשלט בידי הפניקס - לאחר הקרב בוואקאנדה, ומביע בפניו את אכזבתו הרבה בפעולותיהם האחרונות. אקסבייר מבהיר לו כי אם לא יפסיקו את הטירוף במיידית, הוא ייאלץ לנקוט בפעולה נחרצת כדי להשבית את האקס-מן אחת ולתמיד. הוא חוזר לעזור לאוונג'רס, שנכלאו בידי חמשת הפניקסים בהר געש בסיביר. מגנטו מבקש ממנו עזרה באי אוטופיה, לאחר ששלטונה של אמה פרוסט, תחת השפעת הפניקס, נעשה רודני יותר ויותר. במהלך הקרב באוטופיה, סייקלופס סופג את כוחותיה של פרוסט והופך למארחו היחיד של כוח הפניקס. אקסבייר מנסה לגרום לו לעצור ולהכניס בו הגיון, אך נהרג בידי סייקלופס הזועם.
בעקבות הבסתו של סייקלופס אחוז הטירוף, הלוויה נערכת לכבודו של פרופסור אקסבייר, ווולברין נושא הספד לכבודו. כאשר רוג ומכשפת השני מבקרות את קברו של אקסבייר, הן מותקפות בידי חייליו של הגולגולת האדומה, אשר גונבים את גופתו של אקסבייר. הגולגולת האדומה נראה כשהוא מסיר את מוחו של אקסבייר ומתכוון להשתמש בו כדי "לגרום להכחדת הגזע המוטאנטי מעל פני האדמה". לאחר שברחו מכוחותיו, רוג ומכשפת השני מגלות את גופתו המנותחת של אקסבייר. הגולגולת האדומה מגיע ומגלה להן שהוא מיזג את מוחו עם זה של אקסבייר. כאשר מגנטו הרג את הגולגולת, אונסלוט יצא ממוחו והשתלט עליו, כשכך החלה עלילת "".
כוחות ויכולות.
פרופסור אקסבייר הוא מוטאנט בעל יכולות טלפתיות נרחבות, והוא נמנה בין הטלפתים החזקים ביותר ביקום מארוול. הוא מסוגל לדמות את מחשבותיהם של אחרים ולהקרין את מחשבותיו לטווח של עד 400 ק"מ. בעבר, הטלפתיה של אקסבייר כיסתה את העולם כולו, אך מגנטו שינה את השדות האלקטרומגנטיים של כדור הארץ כדי להגביל את טווח הטלפתיה של אקסבייר. בזמן שלא נכח בכדור הארץ, אקסבייר יכול היה לתקשר מנטלית עם גזעים חייזריים שונים בחלל. במאמץ רב הוא מסוגל להרחיב את טווח הטלפתיה שלו. הוא מסוגל ללמוד שפות זרות על ידי קריאת מרכזי השפה שבמוחו של האחר, ובאותו אופן ללמד אחרים. בעבר, אקסבייר אימן קבוצת מוטאנטים באופן מנטלי וגרם להם לחוות חודשים של אימונים, בזמן שעברו מספר שעות בעולם האמיתי.
כוחותיו המנטליים של אקסבייר מאפשרים לו גם לעשות מניפולציות במוחותיהם של אחרים, לעוות את תפיסת עולמם כדי להפוך לרואה ואינו נראה, להקרין אשליות מנטליות, לגרום לאובדן זיכרון חלקי או לאמנזיה כוללת וכן לעורר כאב/שיתוק באחרים המבקשים לפגוע בו. בטווח קרוב, אקסבייר מסוגל לשלוט במספר מוחות לביצוע מטלות פשוטות, אם כי אין הוא יכול לבצע זאת בו זמנית. הוא יכול להשתלט על תפקודיו הפיזיים והחושיים של האחר, כמו למשל ראייה, שמיעה, טעם, ריח, או אפילו כוחות מוטאנטים. תופעת לוואי של הטלפתיה כוללת זיכרון צילומי. אקסבייר אינו יכול לתכנת מוחות של אחרים להאמין במה שהוא רוצה שהם יאמינו, וזאת משום הסברה כי המוח הוא אורגניזם שתמיד יזכור את הצעדים הנדרשים לו להגיע לזמן ההווה ואשר ישכתב את עצמו מחדש אם ייעשה ניסיון לשנות זאת. חרף זאת, תיכנות מוחו של וולברין נמשך מספר שנים למרות שכוחות הריפוי שלו נעלים מאלה של בני אדם רגילים.