אסף מתאר כיצד סמכותו הכריזמטית של הצדיק החליפה את סמכותה של הקהילה המסורתית וכיצד הפך הצדיק לכוח פוליטי ולמקור סמכות עליונה עבור עדת מאמיניו. הצדיק היה מעורב במינויים ובהדחות של כלי קודש שונים (רבנים, שוחטים וכדומה) והתערב בענייניהן של קהילות שהיו תחת השפעתו, גבה כספים ומיסים ממאמיניו, פעל כדי לייצג את האינטרסים של חסידיו אך גם פעל כנציג של כלל ישראל וכשתדלן בפני השלטונות, אסף כספים ופעל למען חסידיו בארץ ישראל ויזם מפעלי בנייה וצדקה שונים.
ר' ישראל מרוז'ין נאסר והועמד לדין בידי המשטרה הצארית בעוון שותפות לרצח שני מלשינים יהודים שפעלו במחוז אושיץ שבפודוליה. לאחר תקופת מאסר ארוכה בכלא בקייב שוחרר הצדיק מחוסר אשמה והושם במעקב. כשנודע לו על תוכניות השלטון לגרשו אל מחוץ לתחום המושב נמלט הרבי מרוסיה ועקר לסדיגורה שבבוקובינה האוסטרית (1841), שם הקים מחדש את חצרו ושיקם את עדתו ומעמדו. אסף מתאר את הדרמה הקשורה במאסרו ובריחתו, בדיונים על דרישת הרוסים להסגירו לידיהם, וכיצד הוכרע גורלו בדרגים הפוליטיים הרמים ביותר ובלשכות הצאר הרוסי והקיסר האוסטרי. הקמתה מחדש של החצר ה'רוסית' באוסטריה, בהקשר גאוגרפי, פוליטי וחברתי שונה לחלוטין, היא דוגמה ליכולת הדינמית של התחדשות והסתגלות המאפיינת את החסידות ומאפשרת לה לפעול בהצלחה בתקופה המודרנית במסגרות מדיניות שונות זו מזו – בין בעריצות הצארית או במונרכיה הקיסרית, בין בדמוקרטיה הסוציאליסטית או הקפיטליסטית – ולנצלן לטובתה. הספר "דרך המלכות" זכה בפרס שזר לחקר תולדות ישראל לשנת תשנ"ז ונדפס בשתי מהדורות.
זיכרונותיו של יחזקאל קוטיק.
זהו ספר הזיכרונות הראשון שנכתב ביידיש מאז זיכרונותיה של גליקל מהמלין. הוא ראה אור לראשונה בוורשה בשני חלקים בשנים 1912–1913 וזכה להוקרה יוצאת דופן. אסף תרגם ספר זה יחד עם אמו, רחל קרונה, והוציאו לאור במהדורה מוערת בהוצאת המכון לחקר התפוצות באוניברסיטת תל אביב ובית שלום עליכם: הכרך הראשון "מה שראיתי" ב-1999 (מהדורה מקוונת נמצאת בפרויקט בן יהודה) (נדפס גם בשנת 2002 באנגלית בהוצאת Wayne State University Press) והכרך השני "נע ונד" ב-2005.
אסף הקדים לספר מבוא מפורט על המחבר, על זיכרונותיו, התקבלותם וערכם ההיסטורי. אסף רואה בזיכרונותיו של קוטיק לא רק סאגה משפחתית בעלת איכויות ספרותיות מרשימות, אלא גם "מסמך תרבותי" השופך אור על עולמם של יהודי מזרח אירופה במאה ה-19. קוטיק, יליד העיירה קאמיניץ ליטובסק שבפלך גרודנו (רוסיה הלבנה), מתאר בפירוט עשיר את חיי משפחתו, שמילאה תפקידי הנהגה בקהילה, על רקע עולמם של הפריצים הפולנים והחוכרים היהודים, של יהודי היישובים הקטנים ("יישובניקעס"), של מאבקי חסידים, מתנגדים ומשכילים, ועל רקע אירועי התקופה (כמו ה"קנטוניסטים" שגויסו בכפייה לצבא הרוסי או מרד הפולנים ברוסים). במאות רבות של הערות לאורך הספר מבאר אסף את המושגים, הספרים, האישים, המקומות, הריאליה, ההיסטוריה ופרטי ההווי הדתי והחברתי הרבים שזרויים בספר. במבוא חשף אסף את קיומו של חלק שלישי של הזיכרונות שנדפס רק בחלקו ואבד כנראה בברלין. כמו כן הוא מביא את ההתכתבות הענפה בין קוטיק לבין מעריצו הגדול, הסופר שלום עליכם, שהתפעל מהחלק הראשון של הזיכרונות ועודד אותו לכתוב את החלק השני (שממנו כבר התאכזב).
הכרך הראשון מסתיים בשנות ה-60 של המאה ה-19 – והוא מתרכז במיוחד באהרן-לייזר סבו רב הפעלים של קוטיק, וכן בתקופת ילדותו, בחרותו נישואיו ומרידתו בחסידות. הכרך השני עוסק בתקופת יציאתו מעול הוריו, בניית משפחה וביסוסו הכלכלי. כרך זה מסתיים בתיאור מזעזע של הפוגרום ביהודי קייב בשנת 1881 שקוטיק היה עד לו. לאחר נדודיו התיישב קוטיק בוורשה והתפרנס מבית קפה שהיה מרכז לסופרים ועיתונאים וכן ליהודים ליטאים שהיגרו לוורשה. קוטיק התפרסם כעסקן ציבור שהקים חברות חסד וסעד חברתי שונות, אך איש לא חשב שיש לו כישרון כתיבה. את זיכרונותיו החל לכתוב בשנת 1912 בעידודו של בנו, אברהם הירש, שהיה פעיל בחוגים סוציאליסטיים. הם זכו להתקבלות חיובית ביותר על ידי סופרים כשלום עליכם, י"ל פרץ ומבקרי ספרות כמו "בעל מחשבות", ופתחו למעשה את ז'אנר כתיבת הזיכרונות בספרות יידיש המודרנית.
ברסלב – ביבליוגרפיה מוערת.
לצד חסידות חב"ד, חסידות ברסלב היא מן הפוריות ביותר מבחינה ספרותית, ובשל כך השפעתה על תולדות החסידות היא רבה וייחודית. עולמו הרוחני של רבי נחמן ובמיוחד סיפורי המעשיות שסיפר, פרסמו את שמה של ברסלב בחוגים רחבים שאינם חסידיים והייתה להם השפעה רבה גם בתחומי הספרות והאמנות. סיפוריו של רבי נחמן תורגמו לגרמנית בידי מרטין בובר בשנת 1906 וכך גם הגיעו לידיעתם של קוראים שלא ידעו עברית או יידיש וגם לקוראים שאינם יהודים. בשנת 1928 הכין גרשום שלום את הביבליוגרפיה הראשונה של ספרי ברסלב בשם "אלה שמות" כמתנה למרטין בובר ביום יובלו והיא מנתה 156 עיולים (פריטים ביבליוגרפיים), בשנת תש"ס, 72 שנים לאחר מכן, פרסם דוד אסף בהוצאת מרכז זלמן שזר ביבליוגרפיה מוערת שכוללת מעל 1,110 עיולים. כל הפריטים מוינו למדורי משנה, נרשמו בדייקנות ותוכנם תומצת. הביבליוגרפיה כוללת את כל הספרים שיצאו על ידי חסידי ברסלב לדורותיהם אך גם את כל מה שנכתב על חסידות ברסלב על ידי חוקרים, סופרים, משוררים ועיתונאים. בין הפרקים שבספר: ספרי ברסלב (כולל אגרות, תקנות, לוחות וכרוזים), דמותו של ר' נחמן וחסידות ברסלב בעיני משכילים, עיונים פרשניים בסיפוריו ובתורותיו, ר' נחמן וארץ ישראל, ר' נתן מנמירוב: תורותיו וכתביו, חסידי ברסלב ברוסיה, בפולין, בברית המועצות, חסידי ברסלב בארץ ישראל, במדינת ישראל ובארצות הברית, חסידות ברסלב בראי הספרות והאמנות, היבטים רפואיים ופסיכולוגיים, היבטים חברתיים פולקלוריים ואנתרופולוגיים. הספר זכה בפרס הספר הביבליוגרפי הטוב ביותר לשנת 2000, מטעם אגודת הספריות היהודיות (AJL). גם לאחר שנדפס הספר המשיך אסף ברישום הביבליוגרפי וקובץ של מעל 400 עדכונים ותוספות זמין בדף הבית שלו באינטרנט.
נאחז בסבך: פרקי משבר ומבוכה בתולדות החסידות.
ספר זה של אסף ראה אור בהוצאת מרכז זלמן שזר בשנת תשס"ו (תרגום לאנגלית ראה אור ב-2010 בהוצאת University Press of New England). הספר דן בפרשיות מביכות ובדמויות ייחודיות, שקיומן גרם חוסר נחת וההיסטוריוגרפיה החסידית ניסתה להתעלם מהן או להסתירן. אסף הקדים לספר מבוא מתודולוגי המתאר את הבעיות ההיסטוריוגרפיות הכרוכות במחקר של פרשיות מביכות ושל מסורות זיכרון שונות המגויסות לעיצוב "סדר יום" רעיוני, דתי או חינוכי. אסף מצביע על הדמיון בין ההיסטוריון לבין הבלש, המבקש להוכיח, לאחר סלקציה וביקורת, כי שום עובדה אינה מקרית ולכל עובדה יש משמעות. הוא מציע קטגוריות פרשניות שאותן הוא מכנה "זיכרון פולמוסי" ו"זיכרון אפולוגטי" ומראה כיצד מסורות הזיכרון השונות "מכירות" אלה את אלה ואף "משוחחות" או "מתפלמסות" במישרין או בעקיפין זו עם זו.
הפרק הראשון, שעורר סערה גדולה בקרב חסידי חב"ד, עוסק בשאלת התנצרותו המסתורית של משה, בנו של מייסד חסידות חב"ד רבי שניאור זלמן מליאדי. משה המיר את דתו בשנת 1820 אך סיפורו המביך הוסתר מפני החסידים ובשל הערפל ההגיוגרפי והאגדות הרבות גם היסטוריונים כמעט שלא עסקו בו. אסף הביא את הגרסאות השונות של הסיפור, בחן את עדויותיהם וסיפוריהם של משכילים, מומרים וחסידים והביא לראשונה תיעוד ארכיוני רוסי הכולל את הרקע לסיפור ההמרה והעתק מתעודת ההטבלה. אסף קבע כי משה סבל מילדותו ממחלת נפש, שהחמירה בעקבות מאסרו בימי מלחמות נפוליאון ברוסיה. נראה שמחלתו היא שהביאה אותו למעשה הקיצוני של ההמרה. משה נפטר כנראה זמן לא רב לאחר התנצרותו. חסידי חב"ד, ובראשם האדמו"ר השישי יוסף יצחק שניאורסון, סירבו להכיר באמת טרגית זו וסיפקו למשה ביוגרפיה חלופית שמכחישה את סיפור ההמרה וגורסת כי משה הסתתר בעילום שם במשך עשרות שנים מפחד השלטון הרוסי.
הפרק השני מגולל את סיפור נפילתו של רבי יעקב יצחק הורוויץ, "החוזה מלובלין", שבחג שמחת תורה תקע"ה (1814) נפל מחלון ביתו, גסס במשך 9 חודשים ונפטר בתשעה באב של אותה שנה (1815). החסידים טענו כי נפילתו הייתה פלאית וניסית, תוצאה ממאבקו במלאכים כדי לקרב את המשיח, ואילו המשכילים גרסו כי החוזה השתכר וכאשר ביקש להטיל את מימיו מבעד לחלון איבד את שיווי משקלו ונפל. אסף, שסקר את מסורות הזיכרון השונות וגלגוליהן, הציע גם אפשרות שלישית: על פי מקור חסידי כבר בנעוריו ניסה החוזה להתאבד. ניתוח ספרותי מדוקדק של מסורת הנפילה חושף רמזים שגם באירוע זה ניסה החוזה לשלוח יד בנפשו.
בפרק השלישי בודק אסף מדוע חסידות ברסלב נרדפה באלימות חסרת תקדים בידי חסידויות אחרות. הוא מתאר בהרחבה את גלי הרדיפות נגד חסידי ברסלב, במיוחד בשנות השישים של המאה ה-19. הסיבה למאבק פנים חסידי זה נובעת לדעתו מהאיום שהציבו חסידי ברסלב בעצם קיומם על אחד מעקרונות היסוד של האורתודוקסיה בכלל והחסידות בפרט, הציות לגדולי הדור. חסידי ברסלב הכירו רק בסמכותו של רבם המת, ר' נחמן מברסלב, ולא בסמכותם של צדיקים או רבנים אחרים.