המפגש הראשון של כהן עם שארית הפליטה ששרדו את זוועות השואה בעת שהוא כבן הארץ זכה לחוויות אחרות, עשה עליו רושם חזק ביותר. בסוף ספטמבר 1946 מונה מנחם כמפקד\מלווה הספינה ברכה פולד (אוניית מעפילים) סגנו היה שלום דוליצקי והאלחוטן חיים גולדיס. האניה ביצעה מבצע ההעפלה קודם, כאליהו גולומב (אוניית מעפילים) והייתה מוכרת לבריטים. נעשה ניסיון להסוותה על ידי שינוי צורת התרנים. האונייה לא הייתה מוכנה למזג אוויר סוער ומצבה הטכני היה בכי רע.
האונייה יצאה לים ב-9 באוקטובר 1946 ממעגן בקרבת מטאפונטו עם 508 מעפילים. בים האדריאטי המנוע התקלקל והספינה נעמדה. הרוח התחזקה ונעשתה סערה דרומית מערבית שדחפה את האונייה אל האי היווני ספינצ'ה (Sapientza). אנשי הפלי"ם העלו מפרש והאונייה נעה בכח הרוח. לקראת חצות הלילה נתעצמה הסערה הגלים הכו באונייה והרוח המשיכה וסחפה את האונייה אל החוף. נוצר צורך להוריד את המפרש מה שנעשה תוך חירוף נפש בחיתוך המיתרים. ממש ברגעים האחרונים תוקן המנוע והאונייה יצאה מכלל סכנה. המשיכה בדרכה לאורך החוף היווני עד כרתים, עברה דרומית לרודוס.
על מנת למנוע החרמת ספינות נקבע מפגש מצפון לקפריסין עם האונייה "אלברטינה" שהעבירה אל "ברכה פולד" 300 מעפילים לכמות כוללת של 806 נוסעים. הצוות האיטלקי רב החובל מריו קנדה ושלושה ימאים איטלקיים, חזרו עם "אלברטינה" לאיטליה. תפעול האניה נעשה על ידי כהן אנשי הפלי"ם ושלושת המכונאים האיטלקיים. המנוע פסק מלפעול עוד שמונה פעמים במהלך ההפלגה ותוקן. לקראת חופי הארץ, התגלתה "ברכה פולד" על ידי מטוס בריטי, ואחר כך יורטה על ידי שתי משחתות. ההוראות שקיבל היו לא להתנגד לתפיסת האניה אלא רק לגירוש מהארץ.
ב־20 באוקטובר, הבריטים עלו על הסיפון והשתלטו על הספינה בלב ים. המנוע של "ברכה פולד" הושבת בכוונה להקשות על הבריטים. האונייה נגררה על ידי משחתת ב-22 באוקטובר הוכנסה לנמל חיפה. כהן ואנשי הפלי"ם התערבבו בין המעפילים. במהלך העברה לאוניית הגירוש פרץ עימות אלים.
אדישותו של היישוב העברי כלפי גירוש מעפילים מהארץ הביאה את נתן אלתרמן לכתוב במדורו בעיתון דבר את השיר "ברכה פולד" שנפלה בחודש מרץ 1946, בעת שהיישוב התעורר לאבטח את הגעת האוניית המעפילים וינגייט
קפריסין - מנחם כהן גורש יחד עם מעפילי "ברכה פולד" למחנות המעצר בקפריסין. במחנות הדריך כיתות של חברי "הגנה" מבין המעפילים בנשק קל וקרב פנים אל פנים ואימוני שדאות. לאחר חודשיים במחנות הועבר לארץ ישראל במחזור הראשון שהועבר ארצה לפי מכסת רישיונות העלייה.
פיקוד על אניות מעפילים שאר יישוב.
לאחר מנוחה קצרה יצא כהן שוב לאיטליה הפעם באוניית נוסעים עם ניירות מזויפים. קיבל פיקוד על אניית קיטור קטנה מוסקת בפחם GIAN PAOLO שהוכנה לנשיאת 620 מעפילים. ב-7 באפריל 1947 אספו את המעפילים ממעגן בקרבת גנואה ויצאו לדרך. תוכנית ההפלגה השתנתה תוך כדי ביצוע. המתינו 3 ימים בקרבת האי ספינזה בחוף היווני שם נפגשו עם "אלברטינה" וקיבלו ממנה 150 מעפילים נוספים. תוך כדי הפלגה נולד תינוק בריא וליולדת שלום. כדי להטעות את הבריטים ולהידמות לאנייה טורקית שמה הוחלף ל-GALATA האנייה נצבעה והונף דגל טורקי. מסלול ההפלגה עבר מצפון לכרתים ומשם לפורט סעיד ובנתיב מפורט סעיד כאילו לביירות. כדי להימנע מזהוי הוחזקו המעפילים בשעות האור במחסנים ורק המתעלפים הועלו לסיפון.
בקרבת חופי ישראל איבדה האונייה את יציבותה, נטתה על צידה ובכך עוררה חשד. ב-21 באפריל בצהריים עקב אחריה מטוס בריטי למחרת הגיעו משחתות בריטיות בליווי צמוד ודרשו לפנות ישר לקפריסין. ב-23 באפריל נצמדו שתי משחתות לאונייה והעלו צוותי נחתים לסיפון. התפתח קרב מול המעפילים. קופסאות ובקבוקים נגד חיילים חמושים בגז וזרנוקי מים. כהן נשאר אחרון בגשר האנייה ספג מכות חזקות ונזרק אל הסיפון. כדי להימנע ממעצר או גירוש, הסתתרו כהן ושני חבריו במחבוא במיכל מים שהוכן לשם כך באונייה. למחרת חולץ על ידי פועלי חברת העוגן לסירה. כהן שספג מהלומות בכל חלקי גופו פרט לראשו הוצא מהנמל על ידי חבריו כאחד הפועלים. מקבל טיפול בקופת החולים באביחיל.
פסק זמן.
שליחות ומעצר וחקירות - לאחר תקופת החלמה קצרה יצא כהן בחודש יוני 1946 בשליחות המוסד לעלייה ב' לצרפת. המגמה הייתה להכין את האונייה יציאת אירופה. היציאה באוניית נוסעים עם ניירות מזויפים אך ערנות המודיעין הבריטי גברה והוא נתפס ביון. שם שהה במעצר יחד עם חברים נוספים, למשך חודשיים, שבסופם הוחזר לבריטים בארץ ישראל. לאחר שבועיים חקירות על ידי הבולשת הבריטית שוחרר בערבות ונאסר עליו לעזוב את הארץ.
לימודי מוזיקה ונישואים - היות שהיה עליו מעקב בריטי קיבל כהן חופשה מהפלמ"ח והחל לתכנן את עתידו בכיוון הוראת המוזיקה. הצטרף ללימודי מוזיקה המדרשה למוזיקה בתל אביב.
עבודות מזדמנות - כהן נישא לחברתו אביגיל אותה הכיר מגיל צעיר כשהגיעה לאביחיל עם אביה אדריכל הגנים יעקב ניצן. לפרנסתו עבד תחילה כמכונאי במוסך של קרוב משפחתו בתל אביב. מאוחר יותר נעשה מאבטח של צוותי חברת החשמל היוצאים לתיקונים בלילות בפרברי תל אביב.
חיל הים.
כהן התגייס לחיל הים עם הקמתו בשנת 1948 קיבל מספר אישי 20342 ומילא תפקידי שיוט, פיקוד, מטה והדרכה. המאפיין את כהן הייתה שאיפתו לפיקוד בים על כן חזר לתפקידים שונים יותר מפעם אחת.
תפקידים ראשונים – היות שעבר את קורס החובלים בפלי"ם בעת גיוס לחיל הים במאי 1948, ל"אח"י התקווה (ק-22)" בדרגת "חובל". מערכת ההנעה של האונייה סבלה מתקלות. ב-26 ביולי 1948 הוחזרה למוסד לעלייה ב' וכהן הועבר לאונית השירות "אח"י דרום אפריקה (ש-29)", בתפקיד סגן המפקד.
עלייה בדרגה - ב-10 דצמבר 1948 הוצב כהן לאח"י אילת (א-16) בתפקיד סגן מפקד והועלה לדרגת "חובל ראשון". באותה עת הוחלף איש הפלי"ם לשעבר זלמן פרח מתפקיד מפקד השייטת הקטנה לאחר תקופה קצרה. הדבר נראה כאילו פוליטי כהן פנה ב-12 בדצמבר בכתב למפקד חיל הים והתמרמר על כך. פניה דומה נעשתה .גם על ידי אנשי פלי"ם נוספים כאברהם דר ואחרים לרמטכ"ל. הרמטכ"ל יעקב דורי, מינה את האלוף דוד שאלתיאל לחקור בעניין ומסקנתו שהעברת זלמן פרח הייתה ראויה ולא נבעה משיקולים זרים.
מפקד חיל הים –שנקרא אז ראש מטה חיל הים – פול שולמן הביא לידיעתו של כהן את המסקנה שההחלפה הייתה ראויה. וכי בדו"ח צוין ש היה בכך איום ברור על יוצאי הפלי"ם ומנחם כהן בתוכם. המכתב של כהן הגיע לראש מטה לא הועבר הלאה ולא פגע בהמשך שירותו בחיל הים. תוך כדי שירותו בא-16 קיבל מינוי נוסף כשופט בית הדין המחוזי חיל הים.
תפקידים קצרים - לאחר תום מלחמת העצמאות, נהייתה תקופת התארגנות של חיל הים. לגבי כהן הדבר התבטא בשורת תפקידים קצרים. ב-1 באפריל 1949 מונה לסגן ראש מחלקת מבצעים וקצין משמרת בפיקוד חיל הים בחיפה.
ביולי 1949 מקבל כהן, כמפקד הנחתת "אח"י גוש עציון (פ-39)", איחולים ממפקד חיל הים שלמה שמיר:
בסוף השנה מקבל כהן את הפיקוד על "אח"י אטיה מורי (ש-45)" המכונה האפור. מפקד הנחתת "אח"י ניצנים (פ-53)",
הפריגטות – כהן נקבע כסגן מפקד אח"י מזנק (ק-32) עם הגעתה ארצה ואחר כך גם מפקדה. ב-1 בספטמבר 1950 התמנה כמפקד אח"י מזנק (ק-32) כולל התמרון הכללי באוקטובר ב-10 בנובמבר 1950 מסר את הפיקוד לאריה ברוש ויצא ללימודי הכנה לבחינות בגרות.
לימודים ומטה - לאחר תקופת הלימודים של תשעה חודשים, הוצב כהן בקיץ 1951 לתפקיד ראש ענף מבצעים במטה חיל הים. בתחילת שנת 1953 הוצב לפיקוד על אח"י מזנק (ק-32) בפעם השנייה. ב-5 בספטמבר 1955 נקבע כממלא מקום מפקד שייטת הפריגטות.
המשחתת אח"י אילת.
ב־1 בינואר 1956 נשלח כהן לאנגליה להשתלמות ולפיקוח על עבודות שיפוץ המשחתות. הכנת הצוות, לימוד והפעלת המערכות. בחודש מרץ 1956 הניף את נס השירות הפעיל על אח"י אילת – כמפקדה.
כהן הפגין מיומנות בתמרון המשחתת בנמלים ובתרגילים בים. המשחתות הגיעו יחד לנמל חיפה ב-20 ביוני 1956. ב-8 ביולי 1956 יצא מפקד השייטת לחופשה וכהן מילא תפקיד מפקד שייטת המשחתות עד 20 ביולי 1956. מהגעתן יצאו המשחתות לתרגולים בים אך מטעמי חיסכון לא בוצעו מטווחי ירי בסוללה העיקרית - תותחי 4.5 אינץ' שלהם.
מלחמת סיני – הפעילות העיקרית של המשחתות במלחמת סיני הייתה קרב תפיסת האבראהים אל-אוול בליל 31 באוקטובר אחרי שזו הפגיזה את העיר חיפה וניסתה להימלט. פיקוד השייטת אל"ם שמואל ינאי נמצא באח"י יפו (ק-42) כהן כמפקד אח"י אילת נמצא במקומו אחרי אוניית הדגל ופתח באש. החיסכון באמוני ירי השפיע לרעה על רמת הדיוק של שתי המשחתות.
לאחר כניעת אבראהים אל-אוול קיבל כהן עם אח"י אילת את המשימה להשתלט על האנייה שנכנעה כדי למנוע הטבעתה על ידי הצוות המצרי. סגן מפקד אח"י אילת רס"ן אברהם בוצר עם צוות השתלטות חמוש ירד בסירת המנוע והשתלט על האניה המצרית. כהן קרב את אח"י אילת לאבראהים אל-אוול והחל בגרירתה לכיוון נמל חיפה. מאוחר יותר הגיעה גוררת מהנמל והמשך הגרירה הועבר אליה. הטיפול באונייה המצרית ובאנשי הצוות המצריים השבויים, נעשה בצורה מקצועית והומנית.
לוחמה נגד צוללות הפלגה האחרונה של כהן כמפקד אח"י אילת הייתה לטולון. בהדרכת קציני הצי הצרפתי נלמד ותורגל נושא הלוחמה נגד צוללות.
פיקוד ומטה.
בסוף שנת 1957 השתתף כהן בקורס פיקוד ומטה לקצינים בכירים בחיל הים. הקורס נערך על ידי אל"ם שלמה אראל בבסיס ההדרכה בבת גלים. בסיום הקורס נשא כהן את דבר החניכים.
ענף אימונים והדרכה – לאחר קורס פיקוד ומטה ממונה כהן בסוף שנת 1957 כראש ענף אימונים והדרכה - ים/5, במפקדת חיל הים.
העברת הפריגטות לסרי לנקה.