בסוף שנת 1856 נפתח קו הרכבת לתנועה לכל אורכו והמסע מאלכסנדריה לקהיר, בקרונות הנגררים בקטרי קיטור מתוצרת סטיבנסון, ארך שש שעות. בכאפר עיישה נאלצו הנוסעים לרדת מהרכבת ולהמתין עד שהרכבת חצתה את הנילוס על גבי מעבורת לכאפר אל-זיאט בגדה הנגדית ורק אז עלו אליה מחדש. בשנת 1858 נבנה גשר רכבת סב על צירו, שעליו חצתה הרכבת את הנהר. בשנת 1856 אישר מוחמד סעיד פאשה את המשך סלילת המסילה מקהיר לסואץ, מרחק 144 ק"מ נוספים. קטע זה נפתח לתנועה באוקטובר 1858 ובכך הושלם הנתיב המסילתי מן הים התיכון לים האדום, כעשור בטרם נפתחה לתנועה תעלת סואץ.
מסילות הרכבת במצרים המשיכו להתפתח בקצב מהיר ובשנת 1860 נעו על מסילותיה 56 קטרי קיטור, רובם מתוצרת בריטית. באותה תקופה נבנו אף מסילות רכבת נוספות לאזורים כפריים, כדי להקל על העברת יבול הכותנה למנפטות, שינוע שנעשה עד אותה עת בעיקר על גבי דוברות ששטו על נהר הנילוס. בשנת 1861 כבר היו 413 ק"מ מסילות במצרים. פרוץ מלחמת האזרחים האמריקנית תרם אף הוא להמשך התפתחות רשת המסילות במצרים: עליית הביקוש למוצרי בד כותנה הביאה לעליה חדה במחירי הכותנה, מוצר החקלאות העיקרי במצרים באותם הזמנים ולצורך להביא את רשת המסילות קרוב ככל האפשר לשדות הכותנה בדלתה של הנילוס. בשנות ה-60 של המאה ה-19 נקנו על ידי הרכבת המצרית כ-200 קטרים ולמעלה מ-2,000 קרונות.
1898–1918.
רשת הרכבות המצרית המשיכה לגדול עד לסוף המאה ה-19 באופן הדרגתי. לקראת סוף המאה נסעו ברכבת המצרית למעלה ממיליון נוסעים בשנה והיא שינעה למעלה מ-300 אלף טון סחורות. בשנת 1898 נפתח קו מסילת הרכבת לעיר אסואן בדרומו של עמק הנילוס. רוב הרכבות במצרים, להוציא מספר קווים שנתנו בזיכיון לחברות קטנות יותר, הופעלו על ידי חברת הרכבת הממשלתית המצרית (Egyptian Government Railways) אשר מנהליה הכלליים היו בריטים וטורקים לסירוגין. בשנת 1905, לאחר שהשליטה ברכבת הועברה לידי המשרד לעבודות ציבוריות, שונה שמה של הרכבת ל"רכבת מצרים" (Egyptian State Railways). עוד קודם לכן, רכשה החברה בשנת 1902 את קו מסילת הרכבת שבין אסמאעיליה לפורט סעיד, קו שנבנה עשור שנים קודם לכן על ידי חברת תעלת סואץ.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה הייתה קהיר אחת משלוש הערים המרכזיות באימפריה הבריטית, לצד לונדון וניו דלהי. מצרים הייתה לנקודת כינוס מרכזית לכוחות הצבא הבריטי בשתי מערכות גדולות, האחת בדרדנלים והשנייה בארץ ישראל. הרכבת המצרית גויסה, רובה ככולה, למאמץ המלחמתי וציוד נייד נוסף הובא מבריטניה לחיזוק מערך הרכבת המצרי. כאשר החלו הכוחות הבריטיים להתקדם מזרחה בחצי האי סיני, בשלהי 1916, נסללה מסילת רכבת לאורך החוף הצפוני של חצי האי. המסילה יצאה מן העיר קנטרה, על גדת תעלת סואץ, ונסללה בהתאם להתקדמותו של חיל המשלוח המצרי והגיעה בתחילת 1917 עד לעיר רפיח לאחר שזו נכבשה. במקביל למסילה הונח גם צינור מים לסיפוק צורכי הכוחות. רכבות, שיצאו מקהיר לעבר קו החזית, חצו בתחילה את תעלת סואץ על גבי דוברות, עד אשר נבנה בתוך חמישה חודשים גשר זמני בפירדאן, אשר הושלם ביולי 1918. חלק מהגשר סב על ציר, כדי לאפשר מעבר בטוח של ספינות בתעלה, אך הוא פורק לאחר המלחמה. לאחר כיבוש דרומה של ארץ ישראל בראשית 1917, חוברה מסילה זו אל המסילה המזרחית, שנסללה על ידי הכוחות הטורקיים בכיוון ההפוך, והתחברה בעצמה אל מסילת ירושלים, מסילת השומרון, מסילת העמק וממנה למסילת חיג'אז. המסילות הטורקיות היו ברוחב צר, והיה צורך בהתאמת המסילה או הציוד לרוחב המסילה הטורקית (סלילת פס שלישי או שימוש בציוד שלל טורקי). בעקבות הנחת רשת מסילות בארץ ישראל על ידי הבריטים, גויסו כמה מן הקטרים ששרתו ברכבת המצרית והועברו לרכבת פלשתינה (Palestine Railways).
1919–1952.
במהלך המהומות הנרחבות שפרצו ברחבי מצרים בשנת 1919, בהן דרשו ההמונים עצמאות, נפגעה באופן קשה תנועת הרכבות במדינה. מסילות רכבת ראשיות נותקו, עמודי טלגרף נהרסו ותנועת הנוסעים ירדה באופן חד. הכנסות הרכבת המצרית בשנת 1919 ירדו ל-585,995 ליש"ט, בהשוואה ל-949,075 שנה קודם לכן. בשנת 1921, בעקבות מהומות 1919, ובעקבות עליה חדה בפשיעה ברכבת, החליט משרד הפנים, בשיתוף עם הרכבת המצרית, להקים את משטרת הרכבת. בעקבות הכרזת בריטניה על הענקת עצמאות למצרים, ב-28 בפברואר 1922, עברה גם הרכבת שינויים מהותיים. מצרים וסודאן, אשר היוו עד לאותה עת יחידה מנהלית אחת, הופרדו וסודאן הפכה לקולוניה בריטית. בשנת 1924 הופרד גם המינהל של הרכבת המצרית מהמנהל של הרכבת הסודאנית והוקמה חברת הרכבות הסודאנית. ב-10 באפריל 1924 מונה לראשונה מנהל כללי מצרי - עבד אל-חמיד סולימאן - לרכבת המצרית, לאחר שנוהלה מאז היווסדה בידי מנהלים אנגלים וטורקים. סולימאן שם דגש על העברת השליטה על הרכבת המצרית לידי ידיים מצריות ופיתח תוכניות הכשרה נרחבות לעובדי רכבת מצרים לתפקידים שהוחזקו עד אותה עת בידי אנשי מקצוע אנגלים. סולימאן קבע לראשונה שהשפה הרשמית ברכבת המצרית תהיה ערבית, לאחר שעד לאותה עת היו השפות הרשמיות אנגלית וטורקית.
לאחר הכרזת העצמאות שבה הרכבת המצרית והמשיכה לצמוח. תחנת הרכבת המרכזית של קהיר עברה שיפוץ נרחב במחצית שנות ה-20 של המאה העשרים ובשנת 1927 נפתחה תחנת מיסר, תחנה ראשית חדשה באלכסנדריה. קווי הרכבת ללוקסור ולאסואן, אשר נהרסו במהומות, שוקמו ובשנת 1926 החל שירות של קרונות שינה על קו זה לטובת תעשיית התיירות שהחלה מתאוששת. בשנת 1929, על סף השפל הגדול, נעו על מסילות מצרים כ-650 קטרי קיטור, אשר גררו כ-1,700 קרונות נוסעים וכ-16,000 קרונות משא. בסוף שנות ה-20 החלה הרכבת המצרית להפעיל קרונועים בקווים הפרבריים בקהיר ובאלכסנדריה. תחילה היו הקרונועים מונעים במנוע קיטור, אולם החל משנת 1935 נרכשו קרונועים מונעים בדיזל מתוצרת Ganz. בשנת 1933, כאות הכרה להתפתחות רשת המסילות המצרית, נבחרה קהיר לארח את קונגרס הרכבת הבינלאומי ה-12, ולכבודו נפתח באותה שנה מוזיאון הרכבת המצרי בקהיר.
בשנת 1940, בעיצומה של מלחמת העולם השנייה ולאור התעצמות הצבא האיטלקי בלוב, החל הצבא הבריטי במאמץ להאריך את המסילה היוצאת מאלכסנדריה מערבה לעבר הגבול עם לוב. במקביל, לאור העובדה כי תעלת סואץ לא הצליחה לעמוד בנפחי תנועת הסחורות לצורך המאמץ המלחמתי, הוכפלה המסילה בת 110 ק"מ היוצאת מפורט תאופיק לעבר אסמאעיליה. בשנת 1941 נסללה מאל שאט מסילה מקבילה על הגדה המזרחית של התעלה אשר חוברה אל המסילה היוצאת צפונה מקנטרה לארץ ישראל. מסילה זו הושלמה ונפתחה לתנועה ב-1 ביולי 1942. העבודה על המסילה הפונה מערבה, ללוב, נמשכה בשנת 1942, אז חדרה המסילה לשטח לוב ובחודש יוני הגיעה לנקודה המרוחקת רק 60 ק"מ מעיר הנמל טוברוק. כל זאת בטרם החלה נסיגת הבריטים מפני כוחותיו של רומל.
ב-7 באוגוסט 1942 הושלם גשר פירדאן מעל תעלת סואץ, כשהוא יוצר חיבור קבוע בין רשת המסילות במצרים לזו שמצפון לתעלת סואץ, לראשונה מאז מלחמת העולם הראשונה. הגשר נבנה כדי להקל על מעבר סחורות ונוסעים צפונה, לעבר ארץ ישראל, מבלי שיהיה צורך להעביר את הקרונות על גבי דוברות. הגשר ניזוק בעקבות פגיעה מספינה חולפת ופורק ב-1947. ב-15 באוגוסט 1942 יצאה לראשונה מקהיר רכבת נוסעים שנסעה ישירות עד חיפה. באותה שנה, בניסיון לחסוך בעלויות תפעול, שודרגו כל קטרי הקיטור ברכבת המצרית והחלו לפעול על מזוט, במקום פחם. בשנת 1944 הסיעה הרכבת המצרית 58 מיליון נוסעים. בשנת 1941 כבר החלה הרכבת המצרית להפעיל קטרים בעלי מנוע דיזל.
השנים שלאחר תום מלחמת העולם השנייה היו שנות שפל ברכבת המצרית, שפל שהתבטא בירידת במספר הנוסעים, בנפחי הסחורות ששונעו ובמספר הקרונות בשירות הרכבת. אחד הגורמים לשפל זה נבע ממכירה בשוק האזרחי של אלפי משאיות מעודפי הציוד הצבאי. בשנת 1948 הייתה עליה זמנית בנפחי תנועת הרכבות בחצי האי סיני, עם יציאת הבריטים מארץ ישראל והתעצמות הצבא המצרי לקראת חודש מאי. עם פרוץ מלחמת העצמאות נותקה מסילת הרכבת מלוד לקנטרה ומאז נפסקה התנועה בקו זה.
1952–1973.
ב-23 ביולי 1952 תפסו הקצינים החופשיים את השלטון מידי המלך פארוק הראשון. שנה אחר כך הכריז גנרל נגיב על הפיכת מצרים לרפובליקה. שינוי זה הביא גם לשינוי שמה של "רכבות מדינת מצרים" ל"רכבת הרפובליקה המצרית" (Egyptian Republic Railways), או בשמה המקוצר "הרכבת המצרית". המשטר החדש, אשר פתח בצעדים נרחבים להלאמת חברות פרטיות במשק המצרי, ביטל אף זיכיונות שניתנו לחברות רכבת פרטיות במספר מוגבל של קווים מצרים. כך למשל, בוטל זיכיונה של חברת הרכבת הקלה של הדלתה המצרית. נכסיהן של רוב החברות האלה הועברו לניהולה של הרכבת המצרית. המשטר החדש ביטל את משרד המפקח הכללי של הרכבת, שישב בלונדון עוד מימי השלטון הבריטי, ואיחד את המדים והדרגות של משטרת הרכבות עם אלה של המשטרה הכללית במצרים.
בשנת 1956 הוקמה המסילה החשמלית הראשונה במצרים, לאורך 25 ק"מ, בין קהיר ובין הפרבר המתפתח חילואן. שיטת האיתות במסילה זו, לראשונה במצרים, הייתה בסימנורים. מלחמת סיני, בחודש נובמבר 1956, פגעה קשות במסילות המצריות בחצי האי סיני וגם גשר פירדאן, שהוקם מחדש ב-1952 וחיבר את גדות תעלת סואץ, נפגע קשות בקרבות. מספר קרונות וקטרים מצריים שנותרו בסיני ונפלו שלל, הוכנסו לשימוש ברכבת ישראל.