יחד עם זאת, קיימים אף חסרונות לשילוב התפקידים: ביקורת המדינה במדינת ישראל היא רחבה מאוד יחסית למדינות אחרות בעולם, ולכן אין למבקר אפשרות אמיתית למלא ברמה הנדרשת גם את תפקידו כנציב תלונות הציבור. בעקבות כך הכנסת מאפשרת לו למנות את מנהל נציבות תלונות הציבור, אך מיקומו של מנהל הנציבות בעץ הארגוני של המשרד, לצד המנהל הכללי, יוצר בעייתיות מכיוון שמנהל הנציבות אינו יכול לפנות באופן ישיר ליחידות המנהל ולבקש מהן שיפעלו לצורכי הנציבות – כך נפגעת סמכותו הבסיסית לנהל את הנציבות ולממש את האחריותיות שלו מול הכנסת. כמו כן, עובדי הנציבות מהווים בערך 20% מתקני המשרד לעומת 80% של עובדי הביקורת - הנציבות היא יחידה אחת מול חמש חטיבות ביקורת - יחסי הכוחות בתוך המשרד גורמים לכך שהנציבות נדחקת הצידה מול הביקורת וכך עלולים להיפגע אזרחי ישראל כאשר לא יוקצו עבורם המשאבים הנדרשים לבירור תלונותיהם.
זאת ועוד, השילוב עלול לפגוע ביכולת של הנציב לפתור בעיות כפי שפותרים אומבודסמנים אחרים ברחבי העולם, מכיוון שהגופים המבוקרים עלולים לתפוס לעיתים את פניית הנציב כניסיון לאתר ליקויים על מנת לפרסמם, שזו עבודת הביקורת, במקרה כזה עלולה הרשות להתבצר בעמדותיה מכיוון שתחוש מותקפת. בכך עלול השילוב לסכל את אחת הסגולות החשובות של האומבודסמן לפתור בעיות בצורה אפקטיבית וממוקדת. בנוסף לכך יש הסבורים שיש להעניק לנציבות סמכות מפורשת ליזום ביקורות בנושאים הקשורים לציבור כפי שיש לאומבודסמנים דומים ברחבי העולם, מה שהיא איננה מבצעת כיום מכיוון שזה נתפס במשרד המבקר כתפקיד הביקורת, זאת על מנת לאפשר בדיקה שעשויה להסיר מהשורש ליקויים מהם סובלים האזרחים, אלו יוכלו למנוע את התלונה הבאה.
לאור כל האמור יש הסבורים שיש להפריד את הנציבות ממשרד מבקר המדינה ובכך להעניק לה עצמאות.
הביקורת הפומבית הבולטת ביותר כנגד השילוב הייתה של המנהל של נציבות תלונות הציבור עו"ד הלל שמגר, שבראיון בשנת 2017 אמר:
מי רשאי להגיש תלונה ועל מה ניתן להתלונן.
לפי , כל אדם רשאי להגיש תלונה לנציבות על הגופים שנמצאים תחת ביקורת של מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, גם אם הוא אינו אזרח ישראל, ואפילו לא תושב ישראל. תיירים, מהגרי עבודה, תושבי אזור יהודה ושומרון ולמעשה כל מי שסבור שהוא נפגע מאחד מהגופים הנילונים הנתונים לביקורת. הפנייה לנציבות אינה כרוכה בתשלום אגרה כלשהי. הפונה נדרש לציין בה את שמו ואת מענו, שכן הנציבות אינה מבררת תלונות שהוגשו בעילום שם. המתלונן יכול להגיש תלונה גם באמצעות עורך דין. אפשר להגיש תלונה גם בשמו של אדם אחר, בתנאי שהמתלונן קיבל, להנחת דעתו של הנציב, את הסכמתו של אותו אדם להגיש תלונה בעניינו. חברי הכנסת רשאים להתלונן גם על מעשה שפגע בזולת.
ככלל, הנציבות מבררת תלונה אם עניינה הוא מעשה או מחדל הפוגעים במישרין במתלונן או מונעים ממנו במישרין טובת הנאה, ואם המעשה או המחדל היו בניגוד לחוק או נעשו בחוסר סמכות, או שאינם עולים בקנה אחד עם סדרי מינהל תקין, או שיש בהם משום נוקשות יתרה או אי-צדק בולט.
הנציבות מקבלת תלונות בנושאים רבים ומגוונים, וייחודה הוא בכך שהיא מאפשרת למתלוננים לפנות אליה לא רק בנוגע לפגיעה בזכויות חוקתיות, כספיות וחברתיות, אלא גם בנושאים שאינם מתאימים בדרך כלל לבירור בבתי המשפט: אי-קבלת מענה לפנייה, התנהגות לא נאותה של עובד ציבור, שרירות לב וכדומה.
הגופים שניתן להגיש עליהם תלונה.
ב נקבע על אילו גופים ניתן להתלונן בנציבות. בסעיף זה נקבע כי כל הגופים העומדים לביקורת מבקר המדינה לפי סעיפים 9(1)-9(6) לחוק הם גופים נילונים. הכוונה היא לכל משרדי הממשלה ויחידות הסמך שלהם; לכל הרשויות המקומיות, איגודי הערים ותאגידי המים והביוב; לכל החברות הממשלתיות או גופים אחרים שהממשלה משתתפת בהנהלתם; למפעלים או מוסדות של המדינה, כגון המוסד לביטוח לאומי, משטרת ישראל, צה"ל ורשות מקרקעי ישראל; ולגופים אחרים שהועמדו לביקורת על פי חוק, על פי החלטת הכנסת או על פי הסכם בינם ובין הממשלה. הגשת תלונה על גופים שבניהולם שותף אחד הגופים המצוינים לעיל או שאחד הגופים המצוינים לעיל מעניק להם תמיכות, אפשרית רק אם הנציב או הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת החליטו על כך.
אם התקבלה תלונה הנוגעת לפעולותיהם של גופים שהנציבות אינה מוסמכת לברר תלונות עליהם, מודיעה הנציבות למתלונן כי היא אינה מוסמכת לברר את תלונתו ומפנה אותו, במידת האפשר, לגוף שייתכן שיוכל לסייע לו.
אופן בירור התלונה.
במידה שהתלונה עומדת בתנאים הקבועים בחוק מבקר המדינה, והנציב סובר כי הנציבות היא הגוף המתאים לטיפול בתלונה, היא נבדקת. בתחילה מבקשת הנציבות תגובה מהגוף שעליו הוגשה התלונה. הנציב רשאי לדרוש מכל אדם להגיב לשאלותיו והוא אינו כפוף להוראות שבסדר דין או בדיני הראיות. מתלונן שתלונתו נמצאה מוצדקת על ידי הנציב, יקבל הודעה על כך. במקביל פונה הנציב לגוף הנילון, מציג את הבעיה, את דרך הפתרון ואת המועד האחרון לפתרון הבעיה. על הגוף הנילון להודיע לנציב על הצעדים שננקטו לתיקון הבעיה בתוך מסגרת הזמן שנקבעה.
לאחר שהוגשה תלונה פותחת הנציבות בבירורה, אלא אם כן נמצא שהיא אינה עומדת בתנאים לבירור תלונה שנקבעו בחוק מבקר המדינה, אן שהנציבות אינה מוסמכת לבררה או שהיא קנטרנית או טרדנית, או שהנציבות סבורה שהיא אינה הגוף המתאים לבירור התלונה. הנציבות מוסמכת לברר תלונות בכל דרך שתיראה לה, והיא אינה כפופה להוראות שבסדר הדין או בדיני ראיות. ואולם השלב הראשון של הבירור יהיה תמיד הבאת התלונה לידיעת הגוף הנילון, ואם מדובר בתלונה על עובד בגוף - גם לידיעת הממונה עליו, כדי שיוכלו להגיב על הטענות שעלו בתלונה.
לצורך קבלת החלטה לגבי תלונה רשאית הנציבות לקיים בירור עם כל אדם, אם תמצא שיש תועלת בדבר, וכן לדרוש מכל אדם או גוף להשיב על שאלותיה ולמסור לה כל מסמך או ידיעה שלדעתה יש בהם כדי לסייע בבירור תלונה וקבלת החלטה בעניינה.
בשנים האחרונות מקיימת הנציבות הליך של גישור לגבי תלונות שנמצאות מתאימות לכך. הטיפול בתלונות בדרך זו יעיל בעיקר כאשר יש בין שני הצדדים יחסים מתמשכים, בסכסוכים שמעורבים בהם כמה גופים נילונים, וכאשר התלונה היא על התנהגות עובד ציבור.
הנציבות רשאית להפסיק בירור של תלונה אם נוכחה לדעת שהתקיימה אחת העילות המצדיקות זאת, ובכלל זה אם העניין שעליו נסבה התלונה בא על תיקונו, או אם המתלונן ביטל את תלונתו או לא השיב לפניית הנציבות אליו.
אם מצאה הנציבות בתום הבירור כי התלונה מוצדקת, היא מודיעה על כך למתלונן ולנילון ומציינת את הנימוקים לכך. הנציב יכול להצביע בהודעתו לנילון על הצורך בתיקון הליקוי, על דרך התיקון ועל המועד לכך. על הנילון להודיע לנציבות על הצעדים שנקט לתיקון הליקוי.
אם בתום הבירור נמצא כי התלונה אינה מוצדקת, מודיעה על כך הנציבות למתלונן ולנילון ומציינת את הנימוקים לכך. לא ניתן לערער לפני בית המשפט על החלטותיו של הנציב בעניין תלונה.
אין בהחלטותיו ובממצאיו של הנציב בעניין תלונה כלשהי כדי להעניק למתלונן או לכל אדם אחר זכות או סעד בבית משפט שלא היו להם לפני כן או למנוע מהם להשתמש בזכות אחרת השמורה להם או לבקש סעד אחר שהם זכאים לו.
סוגי תלונות שלא יבוררוּּ.
חוק מבקר המדינה קובע אילו נושאים לא יבוררו, ומיהם הגופים ונושאי התפקידים שלא יבוררו תלונות בעניינם. לפי החוק, לא יבוררו תלונות על נשיא המדינה, על הכנסת וועדותיה ועל חבר כנסת; כמו כן לא יבוררו תלונות על הממשלה וועדותיה ועל שר בפעולתו כחבר ממשלה, להבדיל מפעולתו כממונה על משרד או על תחום פעולה, וכן על נגיד בנק ישראל, למעט על פעולתו כממונה על הבנק. נוסף על כך לא יבוררו תלונות על פעולות שיפוטיות או מעין שיפוטיות, ותלונות בנושאים התלויים ועומדים בבית המשפט או בבית הדין ובנושאים שבית המשפט או בית הדין הכריעו בעניינם.
הנציבות אינה מוסמכת לברר תלונות של חיילים, שוטרים וסוהרים בעניינים הנוגעים לסדרי השירות, לתנאי השירות או למשמעת. תלונות של עובדים במוסדות שירות המדינה ושל עובדים בגופים נילונים אחרים בעניינים הנוגעים לשירותם באותם גופים לא יבוררו, אלא אם כן התלונה נסבה על חריגה מהוראות החוק, מהתקנות, מתקנון שירות המדינה, מהסכמים קיבוציים או מהסדרים כלליים דומים. עם זאת, בסעיפים 45א - 45ג לחוק מבקר המדינה נקבע כי יש לנציב סמכות לברר תלונה של עובד בגוף נילון על פגיעה בו בעקבות חשיפת מעשי שחיתות.
הנציבות לא תברר תלונה בנושא שהתקבלה בעניינו החלטה שאפשר, או היה אפשר, על פי דין להגיש עליה השגה, ערר או ערעור, וכן תלונה שהוגשה יותר משנה לאחר שבוצע המעשה שעליו היא נסבה או יותר משנה לאחר שנודע המעשה למתלונן, לפי המאוחר מביניהם, אלא אם כן יש סיבה מיוחדת המצדיקה את הבירור.
בירור תלונות של חושפי שחיתות ומתן צו הגנה מחייב.
חוק מבקר המדינה תוקן בשנת 1981 (תיקון מס' 11) ונוספו לו סעיפים 45א–45ה המעניקים לנציב תלונות הציבור סמכויות נרחבות לצורך הגנה על עובדי ציבור שחשפו מעשי שחיתות. היוזמה להגן על עובדי ציבור תחילתה בהצעת חוק פרטית שהגיש חבר הכנסת אמנון רובינשטיין בשנת 1979 כשהרקע לכך היה חוק שנחקק בארצות הברית בשנת 1978 שנועד להגן על המתריעים בשער וכונה THE WHISTLE BLOWERS. ועדה שמונתה בפברואר 1980 גיבשה עמדתה והמליצה על הסדר חקיקתי שיעניק הגנה, במקרים הראויים, לעובדי ציבור שיסייעו לחשיפת שחיתות. הכוונה להעניק אמצעי הגנה מהיר, יעיל וזול לעובד ציבור שנפגע או שעומדים לפגוע בו בכל דרך שהיא במעמדו או במילוי תפקידו הציבורי בתגובה לכך שחשף או גרם לחשיפת מעשי שחיתות.