תלמידי חכמים נדדו מפראג למרכזי התורה שבאשכנז וצרפת, ובמחצית הראשונה של המאה ה-12 היו בישיבת רבנו תם שבצרפת ילידי פראג: ר' יצחק ב"ר מרדכי, ר' אליעזר ב"ר יצחק ור' יצחק ב"ר יעקב ("הלבן"), מבעלי התוספות; אלה חזרו לעירם ויסדו בה ישיבות. כך עשו גם בני הדור שלאחר מכן. קשר הדוק במיוחד היה לפראג עם המרכז החשוב שברגנסבורג, ואנשי פראג שימשו, לעיתים, גם בביה"ד שם. חכמי פראג ביקרו ודאגו לקהילות שבפולניה, רוסיה והונגריה, וסייעו להפצת התורה בהן. אחדים מ"זקני ביהם": ר' אברהם בן עזריאל ור' אברהם חלאדיק. אחרים עסקו גם בחקר הלשון העברית ובביאור פיוטים. ר' אברהם היה ראשון לחכמי אשכנז שהגן על דעות הרמב"ם בעניין ייחוד השם, ימות המשיח ועולם הבא, נגד השגות בן-ארצו, ר' משה ב"ר חסדאי מתקו.
ב-1142, בעת המצור על מצודת פראג, נשרפה השכונה היהודית הסמוכה לה, והיהודים עקרו לגדה הימנית של נהר הוולטאווה ויסדו בית כנסת. במאות 11–13 פעלו בפראג גדולי הלכה מפורסמים, ביניהם: ר' יצחק בן משה מוינה, ובספריהם פזורות מילים רבות בצ'כית ("לשון כנען").
המאה ה-13.
מהמאה ה-13 הייתה ישיבתם של היהודים בפראג כרוכה בתנאים משפילים כענידת אות הקלון, הסתגרות בגטו וכדומה, והם הורשו לעסוק רק בהלוואה בריבית. אף על פי כן זכו יהודי פראג, תמורת מיסים גבוהים, בפריווילגיות מיוחדות - בדומה לאלו שניתנו על ידי אוטוקר השני - ואלה עודדו יהודים מגרמניה להתיישב שם. במאה ה-13 התפתח יישוב יהודי חדש בקרבת ה"אלטנוישול", שבניינו הסתיים ב-1270, והוא בית־הכנסת העתיק ביותר באירופה שעודנו עומד על תילו. בית הקברות של הקהילה שנוסד אז, נמכר במאה ה-15, על פי דרישת התושבים, לצורכי מגורים. בין המאות ה-13–16 דיברו יהודי פראג גרמנית. בתקופה זו פעל בפראג ר' יצחק בן משה מוינה בעל "אור זרוע", מגדולי דורו ותלמידם של "זקני ביהם". קשרים הדוקים נתקיימו עם מרכז התורה החדש שקם אז בווינה, ור' יצחק עצמו עבר לעמוד בראש ביה"ד. בסוף מאה זו, ימי גזירת רינדפלייש, ישב בפראג ר' שלמה ב"ר מכיר, מגדולי תלמידי רבי מאיר מרוטנבורג וחכמי אוסטריה השכימו לפתחו. את העיסוק בלשון העברית קיימו סופרי קהילת פראג במאה ה-14: ר' יששכר ותלמידיו ר' מרדכי ור' שמשון בן אליעזר, שדקדקו ביותר בתיקון צורת האותיות; כשעלה ר' שמשון לארץ ישראל החלו הסופרים בה לתקן את עבודתם לפי הוראותיו.
המאה ה-14.
תור הזהב הראשון של העיר היה במאה ה-14 בעת שלטונו של קארל הרביעי. הוא הופך את פראג בתקופה זו למעצמה בינלאומית. היהודים היו חלק חשוב מכלכלת פראג באותן שנים, בזכות הזכויות והחופש אותם הם קיבלו. באותה תקופה נבנה בית הכנסת ה"אלטנוישול". היהודים אף זכו לעיירה קטנה משלהם בעיר (באותה תקופה לא הייתה פראג עיר אחת אלא מספר ערים עצמאיות קטנות). בסוף המאה ה-14 ובתחילת המאה ה-15 היו מאבקי כוח לגבי הזכות על הפיקוח על היהודים וזכות גבית המיסים בין שלטי האצולה לבין שליטי הערים, דבר שגרם לביטולה של החסות שקבלו היהודים. בעקבות כך החלו חטיפות של יהודים לצורך תשלום כופר נפש והתחוללו פוגרומים, ששיאם בשחיטה של גטו פראג בפסח 1389 כשמאות יהודים נרצחו ברחובות העיר ובית הקברות הגדול חולל ומצבותיו נהרסו. על הפוגרום, חוברה קינה על ידי ר' אביגדור בר' יצחק, קינה זו כלולה עד היום במחזור ליום הכיפורים של יהודי פראג.
במחצית ה-2 של המאה ה-14 הייתה פראג לא רק מרכז תורני חשוב ליהדות אשכנז, אלא גם מרכז למחשבה עיונית. בראשו עמדו "גדולי עולם, ישישי הדור" ר' אביגדור קרא, ר' יום טוב ליפמן מילהאוזן ור' מנחם ב"ר יעקב שלם. ר' אביגדור קרא עמד בראש ישיבת פראג, שתלמידיה התאספו "מקצות הארץ", ובעת מצוקה דאגו גדולי אוסטריה ואשכנז להגיש לה עזרה. בישיבה הודגש גם לימוד המקרא ור' אביגדור קרא (ובניו) נחשבו, בזמנם, לבעלי סמכא מופלגים בדקדוק עברי. ר' יו"ט ליפמן מילהאוזן הגן על עמו ותורתו נגד התקפות הכנסייה הקתולית ואף יצא להתקפת-נגד. הוא אימץ לו את הפילוסופיה של הרמב"ם, אולם גם בקבלה ראה ענף מקורי במחשבת היהודים. הוא ור' אביגדור קרא נדדו ביישובי היהודים במזרח אירופה, והשפעתם ניכרת שם בדורות הבאים. במאה ה-15 נפוצו כתביו הפילוסופיים של ר' מנחם שלחם בערי פולניה ורוסיה, והדים הגיעו אף מערי איטליה וכרתים.
המאה ה-15.
בסוף המאה ה-15 הותר לנוצרים להלוות בריבית ועל כן פנו יהודי פראג למסחר ולמלאכה, דבר שהביא לתחרות כלכלית ולמתיחות בינם לבין אזרחי העיר. היהודים זכו לתמיכת המלך והאצילים, ואלה סיכלו כמה מזימות של האזרחים להביא לידי גירוש היהודים (1501, 1507, 1517, ועוד). ב-1522 ישבו בפראג כ־600 יהודים וב־1541, כ־1,200. בסוף המאה ה-15 התיישבו יהודים גם ב"עיר החדשה" וב"רובע הקטן", אך בראשית המאה ה-16- נטשו אזורים אלה ופנו להרחבת הרובע היהודי שבעיר העתיקה, שיקמו את ביהכ"נ הישן ובנו את ביכ"נ "פנקס" (נחנך ב-1535).
במחצית המאה ה-15 עמד בראש ישיבת פראג החכם ר' אליהו, ואל ישיבתו "נאספו עדרי חברים מכל תפוצות ישראל". תקנותיו חייבו פעולה משותפת של כל קהילות בוהמיה נגד כל גזירה שתפגע באחת מהן. הוא לא היסס להטיל את מרותו בכוח השלטונות, דבר שעורר התנגדות גם מצד גדולי התורה. בסוף מאה זו פעלו בפראג חכמים מפורסמים כר' פנחס ב"ר יונתן, ר' יעקב פולק ור' יצחק אייזיק מרגליות.
המאה ה-16.
תקופה זו מתוארת כתקופה של פריחת הקהילה. על אף המתיחות ההולכת וגוברת ביחסיהם עם העירונים השתפר מצב היהודים מתחילת המאה ה-16, בעיקר בעזרת תמיכת בית המלוכה והאצולה שנזקקה לשירותיהם הכספיים.
תוך עשרים שנה, עד אמצע המאה, גדלה הקהילה פי שניים, מ-600 ל-1,200 נפש, הרובע היהודי הורחב והוקמו שכונות חדשות.
במחצית הראשונה של המאה ה-16 גדלו מרכזי התורה שבפולניה והאפילו על אלו שבאשכנז ובוהמיה, ותלמידים רבים משם נהרו לפולניה. אז עמד בראש ישיבת פראג ר' אברהם בן אביגדור, שהיה גם אב בית דין פראג, והוא "העמיד תלמידים הרבה והיה בקי בכל שבע החכמות". אחרי פטירתו עמד בראש ישיבת פראג ר' אהרן, קנאי קיצוני, ובין תלמידיה ניטשה מחלוקת עזה בשאלת העיסוק בפילוסופיה של הרמב"ם; ועל כך ע"ע אברהם בן ר' שבתאי הורוביץ. אחדים מן התלמידים הנאורים נדדו לפולניה לישיבתו של ר' משה איסרליש. ב-1512 נוסד בפראג הדפוס העברי הראשון באירופה התיכונה והמזרחית הקשרים עם פולניה נתהדקו ביותר, וגדולי תורה שימשו כרבנים וראשי ישיבות לסירוגין בקהילות פולניה החשובות ובקהילת פראג.
במחצית ה-2 של המאה ה-16 נתגבש מעמדה של פראג בחיי הרוח של יהדות אירופה, ועד לסוף המאה ה-19 הייתה פראג מרכז לרוב התסיסות הרוחניות ביהדות. עובדה זו שיוותה אופי רב-צדדי רבגוני ליהדות פראג, והיא מסימני ההיכר המובהקים שלה. גדול חכמי פראג אז, ר' יהודה ליווא בן בצלאל (המהר"ל), שילב ידיעה מעמיקה ומקוריות מחשבה בכל תחומי היהדות תוך עניין וידיעה במתחדש במדעי הטבע, והניח יסודות לשיטה חדשה בחינוך שקראה ללימוד המקורות על פי סדר התפתחותם, ולצמצום הפלפול. קריאתו זו השפיעה על גדולי-תורה אחרים בפראג ויורשו, ר' שלמה אפרים לונטשיץ תבע בדרשותיו רפורמה חינוכית וחברתית, ומתח ביקורת על רבני הדור. ספרים בתחומי מדע שונים נכתבו בפראג על ידי רבנים מופלגים, ביניהם: ר' דוד בן שלמה גנז בעל הכרוניקה "צמח דוד", שידע היטב את הגילויים החדשים באסטרונומיה ומתמטיקה, ושספרו "נחמד ונעים" (יסניץ, תק"ג) הוא הראשון בעברית המתייחס לקופרניקוס ולגילוייו, ור' יום טוב ליפמן בן נתן הלר שעסק אף הוא באסטרונומיה ומתמטיקה, ובהשפעת רבו, המהר"ל, כתב פירוש יסודי רחב למשנה במגמה להפיץ את לימודה. בדור תלמידי המהר"ל פעלה בפראג משפחת הורוביץ שהמפורסם בבניה היה ר' ישעיה הלוי הורוביץ. בהבדל מכריע מרוב חכמי פראג, לא מילא היחס החיובי לחכמות החיצוניות תפקיד כלשהו בתפיסתו, הבנויה כולה על עולם הקבלה, הדרוש, ההלכה והמוסר. מנהגים רבים שנפוצו באשכנז הוא רשם בספר השל"ה, שהשפיע רבות גם על החסידות. מבין רבני פראג המפורסמים במאה ה-16 יש להזכיר עוד את ר' מרדכי יפה בעל "הלבושים", שנבחר לרבנות פראג ב-1592, ור' אליעזר אשכנזי, בעל "מעשי ה'". הראשון כתב, בין יתר ספריו, גם פירוש לספר "מורה נבוכים" לרמב"ם.
גירוש פראג (שי"ט, 1559).
בלחץ העירונים פרסם פרדיננד הראשון צו גירוש נגד היהודים ב-1541; הם נאלצו לעזוב כעבור שנתיים והורשו לחזור ב-1545. ב-1557 חזר המלך על צו הגירוש; היהודים יצאו לאחר שנתיים, בשנת 1559, וחזרו עם הסתלקות פרדיננד מכס המלכות ב-1562.
ראשית הדפוס העברי בפראג.
ראשית הדפוס העברי בפראג, בתחילת המאה ה-16, הוא הראשון צפונית להרי האלפים. כבר בשנת רע"ב (1512) נדפס בפראג סידור תפילות, ובשנת רפ"ו החל לבלוט מקומו של המדפיס גרשם כהן, כראש למדפיסים שם. הוא וצאצאיו החזיקו באומנותם, ברציפות, עד אמצע המאה ה-17, ועם עוד מדפיסים אחדים, קטנים מהם במימד ובהיקף, עשו את פראג למרכז חשוב ביותר לדפוס העברי באירופה. בשנת רפ"ו הוציא לאור גרשם, יחד עם אחיו גרונים, את "הגדת פראג" המפורסמת. ב-1517 העניק לו המלך פרדיננד מבוהמיה פריוויליגיה, ולאחר מות גרשם (1545), חודשה זו ע"ש משה בנו, ושוב חודשה ב-1598 לנינו גרשם בן בצלאל. מלבד ספרים ליטורגיים רבים, הדפיסו בני המשפחה ספרי הלכה וספרים חשובים בפילוסופיה יהודית ומדעים - ביניהם "תורת העולה" לרמ"א וספר "צמח דוד" לרב דוד גנז – ובכך היו לנושאי דגל של תנועת ההשכלה שפרחה בפראג החל במאה ה-16.