יש המחלקים את תקופות הפולמוס היהודי-נוצרי לשלוש קטגוריות שונות. ראשית הוויכוח ביחס למקרא, ויכוח זה, אשר נסב סביב אמיתות הנצרות או נכונות היהדות, על בסיס הוכחות מקראיות, התקיים בעיקרו עד המאה ה-12. אמנם גם אחר-כך נסובו דיונים רבים על הפן המקראי, ויכוחים שמתנהלים אף כיום, אך מאותו שלב התווספו לארסנל הוויכוחים תחומים נוספים. בשלהי המאה ה-12 ובמחצית הראשונה של המאה ה-13 חלה התפתחות בתחומי הוויכוח, התפתחות שחלה בעקבות גורמים שונים, שחלק מהם היה שינוי היחס של הכנסייה ליהודים ואף לספרות היהודית. קטגוריה אחרונה היא הוויכוח של היהדות עם הנצרות הפרוטסטנטית לאחר היווצרותה. בתוך שלושה קווים סכמטיים אלו ניתן לראות התפתחויות שונות וניואנסים שונים.
משפט פריז וויכוח ברצלונה כמשל.
דוגמה להתפתחות הפולמוס ולשינוי באופי ומשקל נקודות הוויכוח ניתן למצוא בין משפט פריז (1240 שנת ה' אלפים) לוויכוח ברצלונה - המכונה ויכוח הרמב"ן (1263 שנת ה'כ"ג). אמנם ניתן להצביע על מספר קווי דמיון, כגון היוזמה הנוצרית לוויכוח, הסביבה אוהדת לנצרות שבה נערך הוויכוח וההקשר ביחס לתלמוד.
נקודות השוני.
למרות נקודות הדמיון הרבות ניתן להצביע גם על נקודות שוני לא מעטות וביניהם עצם מטרת הוויכוח: בוויכוח פריז הניסיון הנוצרי היה להוכיח שהתלמוד הוא ספר ובו כפירה באל על פי התפישה הנוצרית, ושיש בו חומר נאצה כלפי ישו והנצרות, ובמוקד הועמד הוויכוח נגד התלמוד. לעומת זאת בוויכוח ברצלונה, הוויכוח היה ניסיון להוכיח שעל היהודים לקבל את ישו כמשיח לפי שיטתם הם, לאור הנאמר בתלמוד, ומתוכו ועל פיו על היהודים לקבל את הנצרות כאמת. הבדל נוסף בין הוויכוחים היה בציפיות הנוצרים מתוצאת הוויכוח: בוויכוח פריז מטרתם הייתה להוביל לשריפת התלמוד כגזר דין במשפט נגד טקסט התלמוד, ולכן מונו שופטים שיחליטו מי מהצדדים צודק. לעומתו, בוויכוח ברצלונה המטרה הייתה המרת דת היהודים אחר שיוכח שישו הוא המשיח. העומדים לדין היו הפעם היהודים עצמם, אשר לכאורה מסלפים את דברי התלמוד או עומדים נגדו. בוויכוח זה לא מונו שופטים שיבחרו באחד הצדדים כצודק, אלא על היהודים היה להתגונן נגד טענות הנוצרים ולהשיב להם ישירות. השוני במטרה ובציפיות התבטא גם בשוני בין התוצאות שאכן אירעו בעקבות הוויכוח: ויכוח פריז גרר פעולה מעשית של שריפת עשרים וארבעה קרונות מלאים בספרי תלמוד (צרפת, 1242, שנת ה'ב'), לעומת ויכוח ברצלונה שלא גרר אחריו כל פעולה מיידית, אף שבעקבותיו נוצרו יצירות דידקטיות יהודיות, והוא מסמל אבן בוחן ונקודת מפנה בתפישה היהודית לוויכוחים מול הנוצרים.
גורמי משפט פריז.
שינויים אלו בין שני הוויכוחים נעוצים בגורמים היסטוריים. כך, הוויכוח הקלאסי בין יהודים לנוצרים נסב תחילה על המקרא. במאה ה-12 התלמוד נודע והוסבר למלומדים הנוצרים. פטרוס ונרביליס הכיר את התלמוד מהקריאה בחיבורו של המומר פטרוס אלפונסי "דיאלוג בין פטרוס המכונה אלפונסי, שנעשה מיהודי לנוצרי, למשה היהודי". מתוך כך ונרביליס חיבר חיבור פולמוסי אלים נגד היהודים. מאה שנים אחר כך, במאה ה-13, רעיונות אלו, בדבר המינות והכפירה הקיימים בתלמוד, הפכו כלי בידי מוסדות מיסיונריים בעלי עוצמה.
מאה זו ראתה התעוררות נוצרית למלחמה בכפירה. בשנת 1215 האפיפיור אינוצנטיוס השלישי תבע שליטה מלאה בנשמות המאמינים, וכונסה ועידת הלטראנו הרביעית נגד שתי תנועות מינוּת גדולות שפשטו באותם ימים בחברה האירופית ואיימו על שלמותה של הכנסייה: המינות הוולדנזית והמינות הקתרית, ובמסגרתה נקבעו תביעות קיצוניות למיגור הכפירה. דומיניקוס גוזמן (1221-1170) הקים את המסדר הדומיניקני במטרה להילחם במינות האלביגנזית על ידי הפצת השכלה והטפה לנהלים מוסריים קיצוניים, ופרנציסקוס מאסיזי (1226-1181) הקים את המסדר הפרנציסקני, שהטיף נגד השכלה ובעד עוני ושלמות אישית. שני המסדרים יחד נקראו 'מנדיקנטים', קבצנים, אשר נעו בדרכים, הטיפו וגם רכשו השכלה. אמונתם הבלתי מתפשרת באמת המוחלטת של הנצרות לפי דבריהם, ומלחמת החורמה שלהם נגד כל סטיה ממנה, הביאה אל המוקד את השנאה לאמונה היהודית המתנגדת לכאורה לנצרות. המטרה הייתה לקעקע את 'אויבי הכנסייה', ולא להתווכח איתם אידאולוגית, וזו הובילה לוויכוח פריז ולשריפת התלמוד, כאמור בשנת 1242 (ה'ב').
השינויים שחלו.
עם הזמן הנוצרים ביקשו להכיר מקרוב את התלמוד על מנת לנצחם ולהמירם לדת הנוצרית. גישה זו באה לידי ביטוי בבתי הספר לשפות המזרח שהקים ריימונדוס מפנייפורטה בשנת 1250 לערך (לשפות ה"אוריינטליות": עברית וערבית), ובתי ספר דומים, ובניסיונות לנצח את היהודים מתוך תורתם הם, כבספר פגיון האמונה שנכתב בשנת 1278 נגד המוּרים והיהודים בידי ריימונדוס מארטיני. מארטיני, שלמד עברית, פתח בספרו את הדלת בפני נוצרים ששאפו להכיר את הספרות היהודית, ולהוכיח להם מתוכה את האמת הנוצרית.
לפי "פגיון האמונה" היהדות התלמודית עיוותה את הכתוב בתורה והיא איננה ההמשך הנאמן ליהדות המקראית, ולכן יש למגר אותה ולהוביל במהרה את היהודים לקבל על עצמם את האמת הנוצרית. תפישה זו הובילה לוויכוח טורטוסה).
לדעת חוקרים, ויכוח ברצלונה היה משפט ראווה תעמולתי של הנצרות נגד הגישה היהודית על-פי כתביהם. הנוצרים האמינו שמשהיהודים יראו את נכונות טענות הנוצרים הם אולי אף יתנצרו מרצון. זו הסיבה שבויכוח ברצלונה וטורטוסה, הנוצרים לא ראו צורך בשופטים, ולא נגררו תוצאות מעשיות מהוויכוחים.
ויכוחים צדדים.
ישנם הרבה ויכוחים יוצאי דופן שהתרחשו בין סוחרים ובציבור העממי המפורסם שבהם הוא ויכוח מיורקה.
עיקרי הוויכוח.
הוויכוח בין היהודים לנוצרים התמקד במגוון רחב של נושאים, ביניהם עיקרי אמונה וענייני מוסר, וכן נושאים פרטניים של הלכה יהודית מול החוק המקראי או המוסר (כגון נזירות והלוואה בריבית). בכל עניין ונושא התפלמסו היהודים והנוצרים, טיעוניהם השונים נשתמרו בידנו בעזרת הספרות הכתובה וכתבי יד שונים, כשלעיתים דווקא הצד שכנגד שמר את טענות מתנגדיו.
המשיח.
היו שראו בוויכוח על עניין המשיח את המחלוקת המרכזית, ולמעשה היחידה בין היהודים לנוצרים, כשנושא זה היה המרכזי במאה ה-13 בפולמוס בין הדתות.
טענת הנוצרים: משיח כבר בא.
לטענת הנוצרים, על פי כתביהם המשיח - הוא ישו - כבר הגיע, ולפי דעתם הכתוב במקרא - בתורה ובנביאים - מורה על כך שמשיח זה מציל את האנושות כולה, ואין הגאולה בעלת אופי לאומי. עם זה הם הסבירו את הנבואות והמקראות לגבי מאורעות קץ הימים בבואו השני של ישו (תהליך הנקרא "פרוסיה") אז בני האדם יעמדו למשפט, המתים יקומו לתחיה ותקום מלכות שמים עלי אדמות.
לדעתם על המשיח להיות ממהות אלוהית ולא אדם מן המניין, ורק כך הוא יוכל לגאול את האדם מכבלי החטא.
הנבואות, לדעתם, התקיימו כולם כבר בימי ישו, ועל ידו. ובחזיונות בספר דניאל נרשם זמן הגעתו של המשיח ארבע-מאות ותשעים שנה מיום החיזיון, וזו יכלה להתפרש לטעמם, רק על ימי ישו.
וטענתם העיקרית הייתה שכל הטענות הללו למעשה מוסכמות כבר על ידי התלמוד וניתן להוכיח את נכונותן מתוכו. למשל במסכת סנהדרין רשום שרבי הילל הסכים שמשיח כבר הגיע והנבואות עליו כבר התקיימו בימי המלך חזקיה.
היהודים: אמונה במשיח שטרם הגיע - מעוגן בתלמוד במדרשים ובעיקרי האמונה.
לטענת היהודים, אמנם יש מקורות יהודיים שכפרו בביאת המשיח כנאמר בשם רבי הילל, אולם גישה זו לא התקבלה כגישה המרכזית ביהדות. לטענתם במקורות היהודיים יש התייחסות ברורה לגישה ההפוכה, המצפה להגעת המשיח בהמשך - למשל ישנו ויכוח בתלמוד בין הסבורים שהמשיח לא יביא עמו סדר עולם חדש, אלא חידוש עצמאות מדינית של עם ישראל בארצו. ולעומת גישה זו יש אחרים שדיברו על גאולה במושגים אפוקליפטיים, ואף שהאל עצמו יעשה את הגאולה.
משיח עוד לא בא.
אמנם בימי הביניים הופיעה האמונה בביאת המשיח כאחד מעיקרי היהדות, וכך כתב למשל הרמב"ם. כמאתיים שנה מאוחר יותר הרדב"ז ראה בזה דבר מוסכם וברור לכל, וגם רבי יוסף אלבו שהיה אחד ממשתתפי ויכוח טורטוסה, ומראשוני מתעדי וקובעי העקרונות היסודיים (עיקרי האמונה) של היהדות, רשם את האמונה הזו בבוא המשיח כאחד מעיקרי היהדות.
לפיכך נצמדו היהודים לאמונה שאכן יש מושג נבואי ותלמודי הנקרא המשיח, אך בשונה מטענות הנוצרים, הוא יהיה בן אדם רגיל, בשר ודם, מזרעו של דוד (לטעמם, שלא כמו ישו), והוא עדיין לא בא.
הרמב"ן הביא נבואות שעדיין לא התגשמו כמו ביטול המלחמות בעולם. הרמב"ם בסוף ספרו ההלכתי מתפלמס עם הדתות, ומציין את ערי המקלט שטרם התקיימו: 'ומעולם לא היה דבר זה, ולא צוה הקב"ה לתוהו' (כלומר: הדברים לא נכתבו סתם)
השילוש.
היהודים: אמונה בשילוש בכל דרך שהיא מנוגדת להוראות התורה.
היהדות לא קיבלה את תפיסת השילוש הקדוש של הנוצרים בשום גרסה שלה, אפילו המעודנת ביותר. חכמי ישראל טענו שהרעיון של שילוש בכל אופן שהוא, אף רוחני, שולל מכל וכול את אמונת הייחוד, והתפיסה שאלוהים אחד ואין זולתו.
הרמב"ן התמודד עם תפיסה זו בוויכוח ברצלונה בשנת 1263 וטען שהיותו של האל חכם, בעל רצון, וחזק, אינו מפריד את האל לשלוש מהויות או ישויות שונות. לדעתו זו טעות תאולוגית של הנוצרים, כי חכמת האל אינה מאפיין מקרי ולא נפרדת ממנו, אלא הוא עם חכמתו, עם חפצו ועם יכולתו, כולם דבר אחד ומהות אחת. יתרה מזו, טען הרמב"ן, גם אם נתאר אותם כמאפיינים, אין כאן שלוש אלוהויות, אלא אל אחד בעל שלושה מאפיינים.
בהמשך הביא טענה על דרך השלילה וטען שאפשר לתאר את האמונה באלוהים כריבוע או כמחומש ולאו דווקא כשילוש, מכיוון שאפשר להוסיף לו את עצמותו או חיותו כעצמים נוספים, עם השלושה שכבר נמנו. (כתבי רמב"ן חלק א', הוויכוח)