לאחר רדת החשיכה נסוגו רוב חיילי הדרום אל המחנות, ששימשו את הדיוויזיות של שרמן ופרנטיס. הקורפוס בפיקוד פולק הדרים אף יותר, אל עמדות המוצא בהן החזיק לפני תחילת הקרב, כ-6.5 קילומטרים מדרום מערב לפיטסבורג לנדינג. לא יוצב קו הגנה, ומעט מאוד תחמושת הועברה לקו החזית. חיילי הדרום עסקו בעיקר באיתור מזון, מים, ומחסה ללינת לילה.
בורגארד, שלא ידע שבשלב זה כבר היה בנחיתות מספרית, תכנן לחדש את המתקפה של צבאו בבוקר, ולהדוף את גרנט אל נהר הטנסי. להפתעתו, פתחו כוחות צבא הצפון במתקפת נגד מסיבית עם שחר. הארמיות של גרנט וביואל תקפו בנפרד, ולא בצורה מתואמת, ותיאום מתבצע רק ברמת הדיוויזיה. הדיוויזיה של לו ואלאס הייתה הראשונה לתקוף, בקצה הימני של הקו; משמאלה התקדמו שרידי הדיוויזיה של שרמן, משמאלם הדיוויזיה של מקלרננד, ובהמשך שרידי הדיוויזיה של ו.ה.ל. ואלאס (כעת בפיקוד קולונל ג'יימס טאטל). משמאלם תקפו שלוש מהדיוויזיות של ביואל: של נלסון, קריטנדן ומק-קוק. יחידות צבא הדרום התערבבו זו בזו, כתוצאה מהלחימה של היום הקודם, והתקיימה בקרבן מעט מאוד לכידות מעל רמת הבריגדה. חלפו יותר משעתיים עד שהקורפוס של פולק אותר והובא לקו החזית מחניון הלילה שלה. עד השעה 10 בבוקר ייצב בורגארד את קו ההגנה הדרומי, כאשר הקורפוסים שלו נערכו משמאל לימין: בראג, פולק, ברקנריג' והרדי.
באגף השמאלי של צבא הצפון הובילה הדיוויזיה של נלסון את המתקפה, כשבמרחק קצר אחריה נעות הדיוויזיות של קריטנדן ושל מק-קוק. לאחר לחימה קשה הצליחה הדיוויזיה של קריטנדן בשעות הבוקר המאוחרות לכבוש מחדש את אזור "קן הצרעות", אך היא נתקלה, יחד עם הדיוויזיה של נלסון, בהתקפות נגד נחושות של ברקנרידג'. האגף הימני של צבא הצפון התקדם בהתמדה, כשהוא הודף את בראג ופולק לדרום. קריטנדן ומק-קוק חידשו את התקפתם, והכריחו את ברקנרידג' לסגת.
בשעות אחר הצהריים המוקדמות יזם בורגארד סדרה של התקפות נגד מאזור הכנסייה בשילה; מטרת ההתקפות הייתה לשמור על שליטה בצירי התנועה המובילים דרומה, לקורינת'. האגף הימני של צבא הצפון נהדף לאחור באופן זמני. קריטנדן, בשמאל, בסיוע טאטל, הדף את הדרומיים למחנות המקוריים של הדיוויזיה של פרנטיס; נלסון חידש את התקפתו, והחטיבה של קולונל ג'יימס ויץ' הדפה את התקפת הנגד האחרונה של בורגארד, לאחר שגרנט הניע אותה קדימה.
בורגארד הבין שאיבד את היוזמה בקרב. לכוחותיו היו מעט מזון ומעט תחמושת, ועם למעלה מ-10,000 הרוגים, פצועים ונעדרים היה ברור לו שאינו יכול להמשיך בקרב. בורגארד נסוג מכנסיית שילה, בחיפוי 5,000 חייליו של ברקנרידג', ובחיפוין של סוללות תותחים שכוונו לכנסייה ולשלוחה שמדרום לה. חיפוי זה מנע מכוחות הצפון להתקדם הלאה עד השעה 17:00, כאשר כוחות הדרום החלו בנסיגה מסודרת לקורינת'.
חיילי הצפון המותשים לא המשיכו במרדף הרבה מעבר למחנות המקוריים של שרמן ופרנטיס; הדיוויזיה של ואלאס התקדמה מעבר לכנסיית שילה, אך מכיוון שלא קיבלה סיוע מיחידות אחרות לא התקדמה מעבר לכך, ואז בעצם הקרב הסתיים. גרנט החליט שלא ליזום מרדף אחרי כוחות הדרום בשעת האור שנותרה, החלטה שעוררה ויכוח חריף בינו ובין ביואל למשך זמן רב. גרנט ציין את תשישותם של החיילים, אף על פי שחיילי הדרום היו מותשים באותה מידה. חלק מחוסר רצונו של גרנט לפעול ניתן לתלות ביחסי הפיקוד הלא מקובלים שהיו לו עם ביואל. אף על פי שגרנט היה המפקד הבכיר, וטכנית פיקד על שתי הארמיות, ביואל הבהיר היטב במהלך הקרב שהוא פועל באופן עצמאי.
8 באפריל - תקרית "עצים כרותים".
ב-8 באפריל שלח גרנט את שרמן דרומה, לאורך הדרך לקורינת', לסיור אלים שנועד לברר האם צבא הדרום אכן נסוג, או שרק מתארגן מחדש כדי לחדש את המתקפה על צבאו. בארמייה של גרנט היו יחידות פרשים גדולות, שהתאימו יותר למשימה כזו, כמו גם למרדף נמרץ אחרי אויב הנמצא בנסיגה. שרמן צעד דרומה עם שתי חטיבות חיל רגלים מהדיוויזיה שלו, בליווי שני גדודי פרשים. כוח זה חבר לדיוויזיה של בריגדיר גנרל תומאס ג'. ווד, מן הארמייה של ביואל. כעשרה קילומטרים מדרום לפיטסבורג לנדינג התקרב כוחו של שרמן למחנה גדול של צבא הדרום, שכלל בית חולים שדה. על המחנה הגנו 300 פרשים דרומיים, בפיקוד קולונל נייתן בדפורד פורסט, והדרך אליו הייתה חסומה בעצים כרותים, לאורך כ-200 מטרים.
חיילי הצפון התקדמו באיטיות בשל העצים שחסמו את דרכם. פורסט הורה לפרשיו להסתער, והם הפתיעו את כוח החלוץ הצפוני וכמעט הצליחו ללכוד את שרמן. כאשר נתקלו בכוח הצפוני העיקרי החלו הפרשים לסגת, אולם פורסט, שהקדים את חייליו במהלך ההסתערות, מצא עצמו בודד ומוקף בחיילי הצפון, ונורה מטווח קצר מאוד. אף על פי שנפצע קשה הצליח פורסט להימלט ולהיחלץ משדה הקרב, וכעבור מספר חודשים התאושש מפציעתו וחזר לפקד על כוח פרשים. כוחו של שרמן איבד במהלך התקרית, שקיבלה את השם "עצים כרותים", כמאה חיילים, שרובם נשבו בעת הסתערותו של פורסט. לאחר שהשתלטו על המחנה הדרומי ולכדו את בית החולים שהיה בו, נתקלו אנשיו של שרמן במשמר העורפי של ברקנריג'; שרמן הסיק שהאויב נמצא בנסיגה ואינו מתכנן מתקפה נוספת, ונסוג חזרה לבסיסו.
אחרי הקרב.
למרות העובדה ששני הצבאות שלחמו בקרב היו מורכבים ברובם מחיילים וקצינים שהיו חסרי ניסיון קרבי, גילו שני הצדדים נחישות ועקשנות ולחמו היטב. עם זאת, חוסר הניסיון, בצד תנאי השטח הקשים ופגמים בפיקוד הטקטי על הקרב הביאו לכך שהקרב התנהל כאוסף של הסתערויות חזיתיות, ללא תיאום ביניהן, ולאבדות כבדות. ארמיית הטנסי של גרנט ספגה 1,513 הרוגים, 6,601 פצועים ו-2,433 שבויים ונעדרים. סך הכל הנפגעים - 10,944 איש - היוו כ-25% מכלל חיילי הארמייה. לארמיית אוהיו של ביואל היו 2,103 נפגעים מתוך 13,407 חיילים שלה שנטלו חלק בקרב, כ-15%. בצבא הדרום היו לארמיית המיסיסיפי 1,723 הרוגים, 8,012 פצועים ו-959 נעדרים ושבויים, בסך הכל 10,694 נפגעים מתוך 38,733 איש, קרוב ל-28%. גרנט, בזכרונותיו, טען שהנתונים לגבי אבדות צבא הדרום נמוכים ומוטעים, וכי חוליות הקבורה של צבא הצפון קברו בימים שלאחר הקרב כ-4,000 מחללי הדרום.
בימים שלאחר הקרב הושמץ גרנט בעיתוני הברית בשל ביצועיו במהלך הקרב ב-6 באפריל. כתבים, שרובם לא נכחו בקרב אלא היו רחוקים ממקום האירוע, הפיצו את הסיפור שגרנט היה שיכור, והאשימו אותו, שלא בצדק, ששכרותו הובילה לכך שחיילי הצפון לא היו מוכנים לקרב, ושרבים מהם נדקרו בידי חיילי הדרום בתוך אוהליהם בשל חוסר מוכנותם.
למרות הניצחון, נפגעה תדמיתו של גרנט בדעת הקהל של מדינות הצפון. קריאות לפיטוריו של גרנט הציפו את הבית הלבן. הנשיא, אברהם לינקולן, השיב לקריאות אלו באחד ממשפטיו המפורסמים על גרנט: "איני יכול לוותר על האיש הזה. הוא נלחם" (I can't spare this man; he fights). רבים העניקו את האשראי לניצחון לביואל, וראו בו את מי שהשתלט על המצב והוביל אותם לניצחון ב-7 באפריל. שרמן הצטייר כגיבור, שעמידתו ויציבותו תחת אש כבדה ומול כאוס כיפרו על המלנכוליה שלו ועל חוסר מוכנותו לפני הקרב. כיום נתפס תפקודו של גרנט באופן חיובי הרבה יותר, בשל כושר השיפוט הצלול שלו מול המצב הקשה, ויכולתו להבין את תמונת הקרב הגדולה, שהביאו בסופו של דבר לניצחון ביום השני של הקרב.
הקריירה של גרנט נפגעה זמנית לאחר הקרב. הנרי ו. האלק איחד וארגן מחדש את כוחות הצפון, והעביר את גרנט לתפקיד סגן המפקד - תפקיד חסר משמעות. בסוף חודש אפריל ובמהלך מאי התקדמו כוחות הצפון לאיטם, תחת פיקודו הישיר של האלק, וכבשו את קורינת', בעוד כוח אמפיבי שנע על נהר המיסיסיפי השמיד את צי ההגנה הימי של הקונפדרציה ולכד את ממפיס. האלק קודם לתפקיד המפקד העליון של כל צבא הצפון, ועם עזיבתו לוושינגטון הוחזר גרנט לפיקוד. גרנט דחף הלאה דרך המיסיסיפי והטיל מצור על ויקסבורג. לאחר כניעתה של העיר ונפילת פורט הדסון בקיץ 1863, השלימו צבאות הצפון את ביתור הקונפדרציה לשני חלקים. ברקסטון בראג, שקיבל את הפיקוד על הארמייה של המיסיסיפי, קודם לדרגת גנרל, אך נכשל בהתקפה על קנטקי, ונאלץ לסגת לאחר הקרב על פריוויל.
קרב שילה היה ניצחון אסטרטגי חשוב של הצפון, שסיכל את ניסיון הדרום למנוע את המשך הפלישה של צבא האיחוד לשטח מדינות הקונפדרציה לאורך נהר המיסיסיפי, התקדמות שהביאה בסופו של דבר לפיצול הקונפדרציה לשניים. הקרב בן היומיים בשילה היה הקרב העקוב מדם ביותר בהיסטוריה של ארצות הברית עד אז ומספר האבדות בקרב היה גדול מסך ההרוגים בכל מלחמותיה של ארצות הברית עד אז גם יחד. בשבע שנות מלחמת העצמאות של ארצות הברית נהרגו כ-4,435 איש; בקרב שילה נהרגו כ-3,500 איש תוך פחות מ-48 שעות. בין ההרוגים היו גם מפקד צבא הדרום, אלברט סידני ג'ונסטון, וגנרל ו.ה.ל. ואלאס מארמיית הטנסי. בשני הצדדים היה זעזוע עמוק משפיכות הדמים, אך איש לא חזה שעומדות לפניהם עוד שלוש שנים של מלחמה מעין זו ושמונה קרבות אף יותר עקובים מדם. גרנט עצמו הגיע למסקנה שתחזיתו לגבי קרב גדול אחד שיביא לסיום המלחמה לא תתממש; המלחמה עתידה להמשיך, תוך השקעה עצומה של משאבים ומחיר כבד של נפגעים, עד שהקונפדרציה תיכנע או עד שהפילוג ייעשה לעובדה מוגמרת. לקח אישי נוסף שלמד גרנט היה על הצורך הקריטי במוכנות - לקח ששירת אותו היטב בהמשך המלחמה.
גויאש
ריו גראנדה דו סול