ב-1935 ישבו בסלוניקי כ-60,000 יהודים, ובערך כזה היה מספרם ערב פרוץ מלחמת העולם השנייה.
מלחמת העולם השנייה ושואת יהודי סלוניקי.
הגרמנים נכנסו לסלוניקי ב-9 באפריל 1941. יומיים לאחר כניסתם הם סגרו את כל העיתונים בבעלות יהודית, אך עד יולי 1942 לא הופעלו חוקים מיוחדים נגד היהודים. ב-11 ביולי 1942 הצטוו כל היהודים בגילים 19–45, להתייצב בכיכר החירות בעיר. 9,000 יהודים עמדו בשמש הלוהטת והוכרחו לבצע תרגילי התעמלות ולרקוד לקול צחוקם של הגרמנים והקהל היווני. תוך כדי הריקודים הם ספגו מכות אכזריות, ורבים נזקקו לטיפול.
בקיץ 1941 החרימו הגרמנים אלפי ספרים, כתבי יד וחפצי יודאיקה עתיקים שהיו בסלוניקי. חוקי הגזע הונהגו רשמית ביוון בשלבים הראשונים של הכיבוש הגרמני ומצבם של יהודי סלוניקי הלך והחמיר.
בקיץ 1942 נשלחו כ-7,000 גברים לעבודות כפייה, ייבוש שטחים נגועים במלריה; תוך עשרה שבועות מתו 12% מהם. בתום משא ומתן שוחררו היהודים מעבודות כפייה תמורת כופר עצום. הפקעות של רכוש יהודי נמשכו, ובדצמבר 1942 הוחרב בית העלמין הישן וכחצי מיליון המצבות היהודיות ממנו נלקחו לעבודות סלילה ובנייה ברחבי העיר. ספריות עתיקות נשדדו והועברו למכון מחקר בפרנקפורט.
לאחר כיבוש יוון על ידי גרמניה הנאצית ב-1941, היה הקונסול הכללי של סלוניקי פריץ שנברג מעורב באופן פעיל בגטואיזציה ובגירוש יהודי סלוניקי למחנה ההשמדה אושוויץ. הוא דיווח למשרד החוץ ב-15 במרץ 1943 על הגירוש הראשון של היהודים מסלוניקי ותמך בהצעה לגירוש יהודים מקומיים בעלי אזרחויות זרות.
בינואר 1943 זימן אייכמן את עוזרו דיטר ויסליצני לברלין והטיל עליו את משימת חיסול יהודי סלוניקי. ויסליצני בחר בעמיתו אלויס ברונר כעוזרו הבכיר, וב-6 בפברואר 1943 הם הגיעו עם צוות מצומצם לסלוניקי והשתכנו בשתי וילות מהודרות שהוחרמו מיהודים. ב-25 בפברואר 1943 פורסמו חוקי הגזע בסלוניקי: על כל היהודים היה לענוד כוכב צהוב ובו המילה "יהודי"; היהודים חויבו לסמן את דירותיהם וחנויותיהם, נאסר עליהם להופיע ברחובות, בכיכרות הציבוריות, או באירועים פומביים לאחר שעות החשיכה, לנסוע בחשמלית, להיות חברים באיגודים מקצועיים ועוד.
בתחילת פברואר 1943 באו לסלוניקי הנאצים דיטר ויסליצני ואלויס ברונר וכעבור יומיים הונהגה חובת ענידת הטלאי הצהוב וסימון בתי עסק יהודיים. נאסר על היהודים לצאת בלילות, להשתמש בטלפון או בכלי תחבורה כלשהם. במרץ הוטל על הקהילה (שהייתה אוטונומית כביכול, והייתה לה משטרה משלה) למכור את כל הרכוש היהודי ולהפקיד את התמורה בבנקים; כמאה נכבדים יהודים נקבעו כבני ערובה לביצוע הפקודה. בראש הקהילה כבר עמד אז הרב צבי קורץ, והוא הקפיד על ציות לגרמנים בכל מחיר.
הגרמנים ריכזו את היהודים בשלושה גטאות צפופים. גטו אחד בשכונת הברון הירש היה צמוד לתחנת הרכבת ונועד לריכוז היהודים לקראת שילוחם. ויסליצני פעל עם צוותו במהירות וביעילות. הם ניהלו תוכנית הטעיה מחוכמת. רכוש היהודים הוחרם, ובמקומו קיבלו המחאות בכסף פולני ונאמר להם שהם הולכים להתיישב ליד קרקוב. הגרמנים נעזרו בכוח משטרה יהודי שמנה 250 איש.
ב-15 במרץ 1943 יצא המשלוח הראשון של 2,800 יהודים. בקרונות שיועדו ל-8 סוסים העמיסו מעל מאה איש. הימלר היה מקבל דו"ח על כל משלוח. המשלוח ה-19 והאחרון יצא מסלוניקי ב-10 באוגוסט 1943 והגיע לאושוויץ ב-18 באוגוסט 1943. עדויות מספרות שיהודי יוון סבלו באושוויץ, יותר מהאחרים, מכיוון ששפתם הייתה שונה, תרבותם שונה ותנאי האקלים שונים. סה"כ שולחו מסלוניקי 46,061 יהודים, ורק מעטים מהם שרדו. אחרי המלחמה התרכזו בסלוניקי כאלפיים יהודים משארית הפליטה, רובם מערי השדה.
הקהילה הגדולה הושמדה כמעט כליל, ורוב הניצולים מהשואה עלו למדינת ישראל לאחר המלחמה בשנים 1945–1948. הקהילה כיום היא קהילה קטנה ומזדקנת.
ב-1971 נותרו בעיר כ-1,500 יהודים ושני בתי כנסת, שהיו בשימוש בשבתות ובמועדי ישראל. חינוך יהודי ניתן על ידי מורים מישראל והתקיים במקום מועדון נוער וספורט של "מכבי".
בשנת 1997 התגוררו בסלוניקי 1,000 יהודים. ביוון כולה נמנו באותה שנה 5,000 יהודים. עיריית סלוניקי קבעה את יום ה-27 בינואר כיום זיכרון לשואת יהודי הקהילה. בנוסף, בכיכר מרכזית בעיר הוצבה אנדרטה לזכר 50,000 הקרבנות. בשנת 2017 ראש העיר יאניס בוטאריס יזם הקמת מוזיאון השואה בעיר.
יהודים בעלי נתינות זרה.
מאז גירוש ספרד (1492) השתכנו יהודים באגן הים התיכון, בין היתר בסלוניקי, שם הם הוסיפו לדבר לאדינו. בסוף המאה ה-19 חשה ספרד בהתמוטטות האימפריה העות'ומנית, ורצתה לנצל את המצב כדי לפתח את מסחר החוץ שלה. לצורך כך אותרו קהילות דוברות ספרדית באזור. בנוסף לכך פרצה מלחמה בין ספרד למרוקו בשנת 1912. כדי ליצור קשרים עם האוכלוסייה המקומית עלה רעיון לתת חסינות ספרדית לכול האזרחים דוברי הלאדינו במרוקו, ובנוסף לכך לדוברי הלאדינו במקומות אחרים, כגון סלוניקי. בדצמבר 1924 החליט הפרלמנט הספרדי להעניק אזרחות מלאה לכל בעלי החסינות הספרדית. מעטים מיהודי סלוניקי ניצלו זכות זו. ערב מלחמת העולם השנייה היו רשומים בקונסוליה הספרדית בסלוניקי רק כ-560 יהודים בעלי אזרחות ספרדית.
היטלר רצה שפרנקו (הגנרליסימו הספרדי) יצטרף לצדו במלחמה, לכן הוא לא נגע לרעה ביהודים אלו, והם היו פטורים מכל הגזרות הנאציות. הם לא נדרשו לשאת טלאי צהוב ולעבור לאזור הגטו. כאשר התברר בהמשך המלחמה שפרנקו אינו מעוניין להצטרף להיטלר, אותרו כ-367 יהודים על פי רשימת הכתובות שהייתה בקונסוליה הספרדית ונשלחו לברגן-בלזן, לשמש כבני ערובה ואמצעי לחץ על פרנקו להצטרף למלחמה. קבוצה זו נשארה מ-30 ביולי 1943 עד ל-2 בפברואר 1944, אז הצליח פרנקו לשחררם ולהעביר אותם ארצה דרך מרוקו ומצרים. הם הגיעו לתל אביב ב-4 בדצמבר 1944.
144 היהודים הנותרים (שלא נתפסו במשלוח הראשון) הצליחו באביב 1943 לברוח ולהסתתר באתונה, בעזרת השתדלותו של הקונסול הכללי של ספרד סבסטיאן רומרו רדיגאלס בפני שלטון הכיבוש האיטלקי. ב-2 באפריל 1944 הם נשלחו לברגן- בלזן והגיעו ב-14 באפריל. מעמדם היה שונה מיתר כלואי המחנה. הם היו פטורים מכל העבודות ונהלו את עצמם בצורה עצמאית על ידי ועד שהיה מקובל על הקבוצה. קבוצה זו שוחררה מעט לפני שחרור המחנה כולו. הגרמנים ניסו להעביר קבוצה זו ברכבת, יחד עם קבוצות מיוחסות אחרות, למחנה טרזיינשטט לפני הגעת הבריטים, אך נתקלו בכוחות אמריקנים ששחררו אותם באזור מגדבורג.
תרבות הלאדינו.
שפת הלאדינו שהביאו עמם יהודי ספרד פרחה בעיר זו מבחינה שירית ותרבותית. בין המאות ה-16 וה-18 הייתה העיר למרכז של תורה ותרבות יהודית. בין רבני העיר ניתן למנות את רבי יוסף טאיטאצאק (1488 - 1545). רבי יעקב בן חביב ורבי שמואל בן משה די מדינה (1506 - 1589) והרב רפאל אשר קובו שפעל במאה התשע עשרה. הללו פיתחו ספרות שו"ת והדפוס שהוקם בעיר עסק בהוצאת ספרי הלכה וספרים שונים שהופצו ברחבי העולם היהודי. במאה התשע עשרה היו בסלוניקי כמאה בתי מדרש וכשלושים בתי כנסת היסטוריים, בהם בית כנסת בית אל. כולם מפוזרים בשכונות ולפי קהלים כמו קהל אראגון, קהל קשטיליה, קהל סיציליא. חברת כל ישראל חברים פתחה בה בתי ספר והופיעו עיתונים יהודיים בלאדינו וביניהם 'לה איפוקה' ו'איל טיימפו'.
השכלה ומוסדות חינוך.
יהודי סלוניקי הקפידו לחנך את בניהם לפי תורת משה, חינוך שכלל לימוד השפה העברית, שיעורי תורה וגמרא ודרכי מוסר. תלמידי חכמים הפכו במרוצת הזמן לרבנים וראשי ישיבות חלקם הפכו להיות רבנים ראשיים וראשי הקהילה.
בתי ספר 'תלמוד תורה'.
מוסדות חינוך שלימדו על פי מסורת ישראל היו קיימים בסלוניקי מזה מאות שנים. בסוף המאה ה-19 למדו במוסד החינוך המרכזי של תלמוד תורה כ-1200 תלמידים.
ב-1880 ניהל את המוסד יעקב אוטולנגי שהוזמן לצורך התפקיד מליבורנו שבאיטליה.
בשנת 1896 הקים ר' יעקב קוב'ו בית מדרש לרבנים בשם 'בית יוסף' על שם הפילנתרופ יוסף שושן. מבית מדרש זה יצאו רבנים ומורים אשר לימדו את מסורת ישראל בקהילות שונות ברחבי הבלקן.
השכלה מודרנית.
לפי תיעוד מכתבי דר' מואיז (משה) אלאטיני היה ב-1856 בית ספר מודרני בסלוניקי, בבית הספר נלמדו השפה העברית ושפות אירופאיות שונות, בעיקר איטלקית וצרפתית, מדעים כלליים ומקצועות שונים. ב-1864 הוקם בסלוניקי בית ספר איטלקי שרוב תלמידיו היו יהודים. לאחריו נוסדו בתי ספר שונים על-ידי המסדר הקתולי, בית ספר מודרני על-ידי ר' יהודה נחמה ואשר שלם ובית ספר אנגלי שנוסד על-ידי הכומר פיטר גרוסבי ובכולם היו רוב התלמידים יהודים.
מוסדות אליאנס (כל ישראל חברים).
יסודה של חברת אליאנס בפריס ב-1860 הובילה ליסוד בית ספר של אליאנס בסלוניקי בשנת 1876 בברכת הרב הראשי גאטינייו. בבית הספר של אליאנס נלמדו לימודים ברוח ההשכלה החילונית והמודרנית של המייסדים. בית הספר הוקם בזכות פעילותם הפילנתרופית של דר' מואיז (משה) אלאטיני, שאול מודיאנו וחיים קוב'ו. בסוף המאה ה-19 למדו בבית ספר של אליאנס, 210 תלמידים וכ-150 תלמידות מקצתם תלמידים טורקים מוסלמים וכמה מבני הדונמה.
בתחילת המאה ה-20 נוסדו בתי ספר נוספים של אליאנס כמו גם גני ילדים, בהם למדו אלפי תלמידים, מרביתם יהודים.
החינוך בתחילת המאה ה-20.
בתחילת המאה ה-20 היו בסלוניקי בתי ספר רבים הן של 'תלמוד תורה' והן בתי ספר כלליים של 'אליאנס' וחברות אחרות.
על החינוך בסלוניקי בשנים אלו העיד סופר עברי-רוסי, משה אייזנשטאדט:
הנצחה וזיכרון.
בשכונת הדר יוסף שבתל אביב, ישנו רחוב הקרוי על שמה של קהילת סלוניקי.
משטר נשיאותי