תגובת ממשל בוש למשבר הייתה העברת תוכנית חילוץ כמעט חסרת תקדים. התוכנית כללה העברת מהלך חקיקה בקונגרס (Emergency Economic Stabilization Act of 2008) שיסמיך את הממשל להשקיע 700 מיליארד דולר מכספי הציבור האמריקאי לצורך רכישת משכנתאות בעייתיות מידי הבנקים האמריקאים שנקלעו למצוקה על מנת להציל את הבנקים מפני פשיטת רגל, ולנסות לבלום את המשבר. ב-29 בספטמבר 2008 דחה בית הנבחרים של ארצות הברית את הצעת החוק המקורית של תוכנית החירום, ברוב של 228 מתנגדים מול 205 תומכים. הצעת החוק רוככה, ובסופו של דבר ב-3 באוקטובר 2008 אישר בית הנבחרים גרסה מתוקנת של החוק ברוב של 263 תומכים מול 171 מתנגדים. שעות ספורות לאחר אישור החוק בקונגרס, חתם בוש על החוק, והוא נכנס לתוקף. התומכים בתוכנית החילוץ טענו כי התערבות הממשל בשוק הייתה חיונית על מנת למנוע משבר אמון באשראי, וכי אם הממשל לא היה פועל באופן זה, המשבר הכלכלי עלול היה להחריף לכדי שפל כלכלי. המתנגדים לתוכנית החילוץ מחו על העלות האדירה של התוכנית הפתאומית וההרחבה הגדולה של הגירעון, וטענו בין השאר כי לא נלקחו בחשבון כלל חלופות נוספות.
מומחים רבים הצביעו על המדיניות הרגולטורית הבעייתית לדעתם שהנהיג בוש בתחומי הנדל"ן והסחר בניירות ערך כאחת מהסיבות לפרוץ המשבר. עוד טענו כנגדו שהגידול בגירעון בכהונותיו כנשיא הודות לקיצוצים במיסים ולעלויות הגבוהות של המלחמות במזרח התיכון תרם אף הוא להתפתחות המשבר. אחרים לעומת זאת טענו כנגד זאת שהטלת אחריות פרוץ משבר כלכלי על בוש רק מעצם היותו נשיא מכהן היא שגויה. בפרט נטען שהמדיניות הרגולטורית של בוש נוסחה למעשה כבר תחת הנשיא ביל קלינטון, ושלמעשה בוש דווקא מיתן מדיניות זו.
חינוך, בריאות ורווחה.
כבר החל מהמחצית השנייה של שנת 2001, בחודשים שקדמו לפיגועי 11 בספטמבר, החל בוש לקדם את הרפורמה המרכזית שלו בתחום החינוך (No Child Left Behind Act), שהייתה פרי הבטחתו בבחירות שנערכו כשנה קודם לכן. מטרת הרפורמה הייתה לצמצם את פערי החינוך בין עניים לעשירים ולהגדיל את ההשקעה הלאומית בחינוך. במסגרת הרפורמה הורחב המימון של מערכת החינוך, ובתי ספר שבהם למדו ילדים להורים שנמצאים בעשירוני ההכנסה הנמוכים, אמורים היו לזכות בתקציב ציבורי גבוה יותר. היוזמה זכתה לתמיכה דו-מפלגתית רחבה, ועברה בקונגרס ברוב גדול, וזאת במקביל להתעצמותה של הלחימה באפגניסטן. החוק נכנס לתוקפו בינואר 2002. רבים טענו כי הרפורמה שיזם בוש הייתה מוצלחת במיוחד, כיוון שהייתה מגמה של שיפור בנתוני הביצועים של התלמידים במתמטיקה ובקריאה כפי שהשתקפו במבחני ההערכה הארציים. המבקרים טענו שהתמקדות בהצלחה כמותית ובמבחנים, באה על חשבון מרכיבים חיוניים אחרים הנדרשים לחינוך. החוק נשאר בתוקף לאורך כל תקופת כהונתו של בוש כנשיא וכך גם לאורך רוב תקופת כהונתו של הנשיא ברק אובמה. במהלך שנת 2012 העניק אובמה למדינות שונות פטור מיישום החוק, ולבסוף, בדצמבר 2015, בוטל החוק והוחלף ברפורמה חדשה הנקראת "Every Student Succeeds Act". במקום החוק נוסחו תקנות חדשות שאפשרו לבתי הספר בין השאר, גמישות רבה יותר בקביעת יעדיהם הלימודיים.
בוש החל לקדם במקביל גם רפורמה מקיפה בשוק הבריאות שהייתה רצופה במאבקים ונפרסה על פני חודשים רבים. החוק עבר בקונגרס ברוב קטן ונכנס לתוקפו ב-8 בדצמבר 2003. הרפורמה היוותה את השינוי הגדול ביותר מזה 38 שנים בתוכנית המדיקר, וכללה הגדלה של החברות הפרטיות בשוק הביטוח, וסיוע לאוכלוסיות חלשות בתשלום עבור תרופות.
עם ראשית כהונתו השנייה, ולאחר שהבטיח זאת במערכת הבחירות של שנת 2004, החל בוש לקרוא לרפורמה דומה גם בתחום הביטוח הלאומי, רפורמה שתכלול הפרטה חלקית של המערכת. הצעתו של בוש נתקלה בהתנגדות חריפה בקונגרס. בניסיון להשיג תמיכה יצא בוש למסע שכנוע ארוך ברחבי ארצות, אך סקרים העידו שהתמיכה הציבורית בתוכנית נמוכה. לבסוף החליטה ההנהגה הרפובליקנית בקונגרס לא להעלות את ההצעה לדיון, לאחר שהיה נראה שהיא לא תזכה לרוב. בעקבות הירידה בפופולריות של בוש עקב הטיפול בהוריקן קתרינה, וכן זכייתם של הדמוקרטים בקונגרס ברוב בבחירות האמצע של שנת 2006, ירד לחלוטין הסיכוי להעביר את הרפורמה.
מדע, אנרגיה וסביבה.
אחת הסוגיות שעמדו על הפרק כבר מראשית כהונתו של בוש היה הייתה מימון פדרלי של המחקר בתאי גזע עובריים אנושיים. מחקרים כאלו היו מוגבלים בארצות הברית בהתאם לחוק שעבר בנושא בשנת 1995, בוש תמך בהמשך המדיניות הקיימת בנושא, והתנגד למחקרים מעין אלו. התנגדותו של בוש לעניין הביאה אותו ב-19 ביולי 2006 להשתמש לראשונה בכהונתו בהטלת וטו נשיאותי, על מנת למנוע חקיקה של הקונגרס שנועדה לערוך ליברליזציה בנושא.
בוש הרבה לטעון שארצות הברית "מכורה לנפט" זר, ועל כן עליה להפוך לעצמאית אנרגטית על ידי הרחבת ייצור הנפט המקומי של ארצות הברית. לצורך כך פעל בוש בשלהי כהונתו להסרת האיסור על קידוחי נפט במים הטריטוריאליים של ארצות הברית וקרא לקונגרס להשלים את המהלך. בעניין זה טען בוש כי "הדבר היחיד שעומד בין העם האמריקאי ועתודות נפט עצומות הוא פעולה של הקונגרס האמריקאי (התרת קידוחי נפט)".
חקר החלל.
ב-14 בינואר 2004, זמן לא רב לאחר אסון מעבורת החלל קולומביה, נשא בוש נאום לאומה בעניין מה שהצטייר כדשדוש בתוכנית החלל האמריקאית. בנאום, אשר עד מהרה זכה לכינוי החזון לחקר החלל, סקר בוש את אתגריה של ארצות הברית בתחום. הוא התווה שורה של יעדים מרחיקי לכת בחקר החלל, לרבות השלמת פיתוח פרויקט חללית אוריון וביצוע משימות מאוישות לירח ולמאדים. לימים נודע המתווה כתוכנית קונסטליישן. בשנים הבאות הוגדל תקציבה השנתי של סוכנות החלל האמריקאית ב-5% מדי שנה, עד שב-2008 הגיע לשיא של 18 מיליארד דולר. בהתאם למתווה של בוש, בשנים הבאות עבדו צוותים על גיבוש מסמך מדיניות רשמי לתוכנית החלל האמריקאית בראשית המאה ה-21. עבודה זו הגיעה לסיומה בשלהי שנת 2006, אז הוצגה לציבור "מדיניות החלל הלאומית של ארצות הברית לשנת 2006" (2006 U.S. National Space Policy). בין מטרותיה הרשמיות של התוכנית עומדות "הבטחת חופש הפעילות של ארצות הברית בחלל לשם ההגנה על האינטרסים האמריקניים" ו"הרחבת הנוכחות האנושית במערכת השמש באמצעות אמצעים מאיושים ובלתי מאוישים". בנוסף, הושם דגש על עידוד היזמות הפרטית בחקר החלל, הרחבת שיתוף הפעולה הבינלאומי וקידום ענייני הביטחון הלאומי של ארצות הברית.
איכות הסביבה.
בעוד ממשל ביל קלינטון קידם את אמנת פרוטוקול קיוטו, אמנה הקוראת לצמצום פליטת גזי חממה לאטמוספירה ומלחמה בהתחממות הגלובלית, כבר במרץ 2001 הורה הנשיא בוש להסיר את חתימתה של ארצות הברית מאמנת קיוטו, בטענה שיישום האמנה יהיה יקר מדי וכן בטענה שהאמנה מפלה לרעה את ארצות הברית. בוש טען שהוא איננו מטיל ספק בשאלת ההתחממות הגלובלית והוא מודע לכך שמדובר בבעיה רצינית. עם זאת, הוא טען שבשאלת אחריותו של האדם לתופעה קיימת מחלוקת, כאשר יכול להיות שהדבר נובע באופן טבעי.
במהלך כהונתו הוביל בוש גם מספר מהלכים שזכו לשבחים מפעילי איכות סביבה שונים. בכלל זה אפשר לציין שורה של צווים נשיאותיים שהעביר על מנת להתמודד עם בעיות סביבתיות, הכרזה על איי הוואי הצפוניים מערביים כעל אזור מוגן ובכך הפיכתה לשמורת הטבע הימית הגדולה ביותר בארצות הברית, וקידום השימוש באנרגיות חלופיות.
הוריקן קתרינה.
פחות משנה לאחר שנבחר בוש לנשיא בפעם השנייה, ספגה ארצות הברית את המשבר הפנימי הגדול ביותר שחוותה מאז פיגועי 11 בספטמבר 2001. בשלהי אוגוסט 2005, הכתה סופת הוריקן קתרינה את דרום מזרח ארצות הברית וגרמה לאחד מאסונות הטבע ההרסניים ביותר שפקדו אי פעם את ארצות הברית. ב-27 באוגוסט, יומיים לפני שהגיעה הסופה לשיאה, הכריז הנשיא בוש על מצב חירום בלואיזיאנה, וביום המחרת במיסיסיפי ובאלבמה. בוש הורה להעביר את אזורי האסון הצפויים לטיפולם של המחלקה לביטחון המולדת ושל הסוכנות הפדרלית לניהול מצבי חירום, אך היו כאלה שטענו כי למרות הוראתו של בוש, הגופים הללו לא נקטו פעולות של ממש כדי להתכונן כראוי לאסון הצפוי. בשבועות שקדמו לבואה של הסופה, פונו רוב תושבי העיר ניו אורלינס שבלואיזיאנה, שמלכתחילה סומנה כחוליה החלשה. עם הגיעה של סופת הוריקן קתרינה לאזור ניו אורלינס, קרסה מערכת הסכרים של העיר וכ-80% משטח העיר הוצף. כתוצאה מכך, חוותה העיר נזקים קשים, מעשי שוד וביזה רבים ואובדן של חיי אדם שנאמד במאות הרוגים. מתוך 60,000 אלף תושבים שלא עזבו את העיר לפני בוא הסופה, פינה משמר החופים של ארצות הברית כמחציתם. ב-2 בספטמבר עשרות אלפים מאנשי המשמר הלאומי של ארצות הברית הגיעו לעיר על מנת לסייע בעבודות החילוץ ולהשיב לה את הביטחון והסדר. באותו יום ערך בוש סיורים במקומות שונים בלואיזיאנה, מיסיסיפי ואלבמה.
לפחות 1,833 בני אדם נהרגו בהוריקן הקטלני, ועלות הנזקים הוערכה בכ-108 מיליארד דולר (במונחי 2005). תפקודו של הנשיא בוש באותה עת גרר ביקורת חריפה כלפיו. נטען כנגדו כי מינה אנשים בלתי מוכשרים לסוכנות הפדרלית לניהול מצבי חירום, וכי המלחמה שיזם בעיראק הקשתה על ריכוז המאמצים בטיפול במשבר. כמענה לביקורת, הודיע בוש כבר בעיצומם של האירועים כי הוא נושא באחריות על המחדלים. תפקודו של בוש בכל הקשור להוריקן קתרינה הגביר את מגמת הירידה בפופולריות שלו, והיו מי שטענו כי היה זה נקודת מפנה פוליטית, שממנה לא יכול היה להתאושש עוד.
חוק ומשפט.
ביטחון פנים.