מתחם לאס ג'ל (Laas Geel) בפאתי הרגייסה שבצפון מערב סומליה מתוארך לסביבות שנת 3,000 לפנה"ס, וכולל יצירות אמנות סלע המתארות חיות בר ופרות מעוטרות.ציורי מערות נמצאו באזור דהאמבלין (Dhambalin) הצפוני, אשר כוללים את אחד מהתיאורים הידועים הקדומים ביותר של צייד על סוס. אמנות הסלע באזור מתאפיינת בסגנון אתיופי-ערבי ייחודי, המתוארך לסביבות השנים 3,000-1,000 לפנה"ס. בנוסף, בין העיירות לאס חורי (Las Khorey) ואל איו (El Ayo) שבצפון סומליה נמצא קארינהגן (Karinhegane), אתר ארכאולוגי הכולל ציורי מערות רבים של בעלי חיים אמתיים ומיתיים. לכל ציור יש כתובת מתחתיו, אשר לפי אומדן משוערך, מקורם בסביבות המאה ה-5 לפנה"ס.
היסטוריה עתיקה.
ארץ פונט.
פירמידות עתיקות, אחוזות קבר, ערים הרוסות וקירות אבן שנמצאו בסומליה מהווים כולם עדות לתרבות עתיקה ומתוחכמת ששגשגה בעבר בחצי האי הסומלי. ממצאי חפירות ארכאולוגיות ומחקרים שנערכו בסומליה מדגימים כי תרבות זו קיימה קשרי מסחר ענפים עם מצרים העתיקה ועם יוון המיקנית החל מהאלף השני לפנה"ס. ממצאים אלו תומכים בהשערה לפיה סומליה, או השטחים הסמוכים אליה, היו בעבר מקום מושבה של ארץ פונט. תושבי ארץ פונט נהגו לסחור במור, תבלינים, זהב, שנהב, בקר קצר קרניים, לבונה ועוד, עם המצרים הקדמונים, הפיניקים, הבבלים, ההודים, הסינים והרומאים דרך נמלי מסחר מפותחים. משלחת מצרית עתיקה שנשלחה לארץ פונט על ידי מלכת מצרים מהשושלת ה-18, המלכה חתשפסות, תועדה על גבי תבליטי המקדש בדיר אל-בחרי, בתקופת שלטונם בארץ פונט של המלך פארהו והמלכה אטי.
היסטוריה ימית עתיקה.
תושבי סומליה העתיקה בייתו את הגמל בשלב מסוים בין האלף השלישי והשני לפנה"ס. משם המגמה התפשטה למצרים העתיקה וליתר צפון אפריקה. במהלך התקופה הקלאסית, ערי המדינה השונות בסומליה הקימו נתיבי מסחר משגשגים עם סוחרים תושבי פיניקיה, מצרים התלמיית, יוון, האימפריה הפרתית, שיבא, הממלכה הנבטית והאימפריה הרומית. במהלך תקופה זו הם השתמשו בכלי שיט סומלי עתיק המכונה בדן (beden) לצורך העברת מטענים.
לאחר הכיבוש הרומי של הממלכה הנבטית, הרומאים הציבו נוכחות של צי ימי במצרי עדן על מנת להפחית את אירועי שוד הים. בתקופה זו, סוחרים סומלים וערבים אסרו על הספינות ההודיות לסחור בערי הנמל החופשיות של חצי האי ערב, על מנת להגן על האינטרסים של הסוחרים הסומלים והערבים, ולהבטיח את רווחיהם מהמסחר בקו ים סוף–הים התיכון. עם זאת, סוחרים הודים המשיכו לסחור בערי הנמל של סומליה, מסחר אשר התנהל בצורה חופשית, ללא הפרעות מצד הרומאים.
במשך מאות שנים, הסוחרים ההודים הביאו כמויות גדולות של קינמון מסרי לנקה ומאינדונזיה לסומליה ולחצי האי ערב. נטען כי עובדה זו הייתה הסוד השמור ביותר בקרב הסוחרים הסומלים והערבים במסגרת המסחר שלהם עם העולם הרומאי והיווני, שכן הרומאים והיוונים האמינו שהמקור של הקינמון עצמו היה באזור סומליה, אבל במציאות, המוצר המבוקש הובא לסומליה על גבי ספינות הודיות. באמצעות הסכמים משותפים בין סוחרים סומלים לבין סוחרי המפרץ הערבי, קינמון מתוצרת הודית/סינית שווק במחירים גבוהים בהרבה לצפון אפריקה, המזרח הקרוב ואירופה, מה שהפך את הסחר בקינמון לתחום רווחי מאוד, במיוחד עבור הסוחרים הסומלים ששיגרו כמויות גדולות לאורך נתיבי הים והיבשה הקדומים.
ימי הביניים.
האסלאם הגיע לראשונה לחופי צפון סומליה מחצי האי ערב זמן קצר לאחר ההג'רה. בסוף המאה ה-9 לספירה, אחמד אל-יעקובי כתב כי במהלך תקופה זו, המוסלמים חיו לאורך החלק הצפוני של החוף הסומלי.
סולטנות מוגדישו הוקמה במהלך המאה ה-10 לספירה על ידי פח'ר א-דין. לאחר פטירתו, יורשיו תפסו את מקומו, כאשר בהדרגה סולטנות מוגדישו יצרה קשרים הדוקים עם סולטנות עג'וראן. במשך שנים רבות, מוגדישו הייתה העיר הבולטת ביותר במה שכונה בילאד אל-ברבר (בערבית: بلاد البربر; "ארץ הברברים"; המונח הערבי בימי הביניים לחוף הסומלי). בעקבות ביקורו במוגדישו, ההיסטוריון הסורי יאקות אל-חמווי כתב כי העיר מאוכלסת על ידי "ברברים", אבותיהם של הסומלים המודרניים.
סולטנות ורסנגאלי הייתה ממלכה ששלטה בחלק הצפוני-מזרחי, וגם בחלקים מסוימים של דרום-מזרח סומליה. היא הייתה אחת מהסולטנויות הגדולות בשטחן שהוקמו אי פעם בשטח סומליה, ובשיא כוחה כללה את אזור סנאאג, כמו גם חלקים ממחוז בארי שבצפון מזרח הארץ, שטח שלאורך ההיסטוריה כונה מאח'ר או חוף מאח'ר. הסולטנות נוסדה בסוף המאה ה-13 בצפון סומליה על ידי קבוצה של סומלים מהענף הוורסנגאלי של שבט הדארוד, ונשלטה על ידי צאצאיו של גראד עבדולאהי.
סולטנות יפאט הייתה סולטנות במערבה של שאווה, אשר שכנה לחוף ים סוף. יפאט מוזכרת לראשונה במאה ה-13, כאשר בשנת 1285 סולטנות יפאט המוסלמית, בהנהגת הסולטאן עומר וולאשמה (או בנו עלי, לפי מקור אחר), כבשה את ממלכת שאווה הנוצרית.
כיבוש שאווה הצית יריבות מרה של כ-50 שנה בין האימפריה האתיופית, בהנהגת השושלת הסולומונית הנוצרית, ובין סולטנות יפאט המוסלמית, יריבות אשר גררה מספר מלחמות הרסניות בין השתיים. הלחימה המתמשכת בין שתי האימפריות הסתיימה בשנת 1332, בתקופת שלטונו של עמדה ציון הראשון, קיסר אתיופיה (1344-1314), כאשר האימפריה האתיופית כבשה את מלוא שטחה של סולטנות יפאט, וסיפחה אותה כמחוז באימפריה האתיופית. במהלך שנת 1403 או 1415 (תחת שלטון הקיסר דווית הראשון, או הקיסר יסחק הראשון, בהתאמה), השושלת הסולומונית פתחה במתקפה גם כנגד סולטנות עאדל המוסלמית, אשר סייעה לסולטנות יפאט במלחמות כנגדה. הקיסר הסולומוני בסופו של דבר הצליח ללכוד את המלך סעאד א-דין השני מקרב שושלת וולאשמה, והוציא אותו להורג. לאחר המלחמה, המלך המנצח חיבר שיר המפאר את ניצחונו, שמכיל את התיעוד הכתוב הראשון של המילה "סומלי". משפחתו של סעאד א-דין השני זכתה למקלט בטוח בחצרו של מלך תימן, שם התארגנו בניו של המלך לשעבר ותכננו את נקמתם בסולומונים.
הבן הבכור, סבר א-דין, בנה עיר בירה חדשה ממזרח לזילה, בשם דקר, והחל להתייחס לעצמו כסולטן החדש של עאדל. הוא המשיך את המלחמה נגד האימפריה האתיופית. אף שצבאו של א-דין היה קטן יותר מהצבא הסולומוני, ולאחר שורה ארוכה של קרבות, שבחלקם ניצח ובחלקם נחל תבוסה, א-דין הצליח בסופו של דבר לגרש את הצבא הסולומוני משטח סולטנות עאדל. א-דין מת מוות טבעי, אך המלחמה לא הסתיימה עם מותו, שכן אחיו מנצור א-דין המשיך בלחימה והוביל פלישה לשטחם של הסולומונים. בסופו של דבר, על פי אל-מקריזי, בשנת 1413 הסולטן מנצור הצליח להביס את הצבא הסולומוני, והרג את הקיסר האתיופי תוודרוס הראשון. לאחר מכן מנצור המשיך להתקדם להרי מוקה, שם נתקל בכוח צבאי שמנה כ-30,000 חיילים סולומונים. חיילי הסולטנות הקיפו את החיילים הסולומונים והטילו עליהם מצור שנמשך חודשיים, שהסתיים רק עם ההכרזה על הפסקת אש, על פי תנאיו של הסולטן מנצור א-דין.
בהמשך הלחימה, כוחות הסולטנות עמדו בפני משבר בשעה שהסולטן מנצור ואחיו מוחמד נתפסו באחד הקרבות על ידי הכוחות הסולומונים. מנצור הוחלף בשלטון באופן מיידי על ידי האח הצעיר של המשפחה, ג'מאל א-דין השני. כסולטן, ג'מאל ארגן מחדש את הצבא, והביס את הצבא הסולומוני בייל, יידיה וג'אז'ה. הקיסר יסחק הראשון הגיב על ידי איסוף צבא גדול ופלישה לערים יידיה וג'אז'ה, אבל הפלישה נהדפה על ידי חייליו של ג'מאל. בעקבות הצלחה זו, ג'מאל הוביל מתקפה מוצלחת נוספת נגד הכוחות הסולומונים, והנחיל להם אבדות כבדות, באמצעות מה שהיה על פי הדיווחים הכוח הצבאי הגדול ביותר שסולטנות עאדל גייסה אי פעם. כתוצאה מכך, הקיסר יסחק נאלץ לסגת לכיוון הנילוס הכחול במהלך חמשת החודשים הבאים, בשעה שכוחותיו של ג'מאל א-דין רדפו אחריו, תוך ביזה נרחבת, אף שבתקופה זו לא התפתח עימות ישיר בין שני הכוחות.
לאחר שחזר לביתו, שלח ג'מאל את אחיו אחמד עם הלוחם הנוצרי ותיק הקרבות חארב ג'אוש לתקוף בהצלחה את מחוז דאוארו. למרות הפסדי העבר נגד ג'מאל, הקיסר יסחק עדיין הוביל את כוחותיו כנגד הצבא העאדלי. בתקופה זו הסולטאן ג'מאל המשיך להתקדם הלאה לכיוון מרכז חבש. עם זאת, ולאחר ששמע על תוכניתו של יסחק לשלוח כוחות צבא גדולים על מנת לתקוף שלושה אזורים שונים של עאדל (כולל הבירה), ג'מאל חזר לעאדל, שם נלחם בכוחות סולומון בהרג'אי, כאשר לדברי אל-מקריזי, הקיסר יסחק עצמו נהרג בקרב.
לאחר מותו של יריבו העיקרי, הסולטאן הצעיר ג'מאל א-דין השני התגלה כמי שהתעלה על אחיו ואבותיו בזירת המלחמה, והפך לשליט המוצלח ביותר של סולטנות עאדל עד אז. עם זאת, כעבור שנים ספורות בלבד ג'מאל נרצח על ידי חברים, או בני דודים לא נאמנים, בסביבות שנת 1432 או 1433, והוחלף על ידי אחיו באדלאי בן סעד א-דין.
הסולטאן באדלאי המשיך את מסעות המלחמה של אחיו הצעיר, והוביל מספר משלחות מוצלחות כנגד האימפריה האתיופית. הוא השתלט מחדש על ממלכת באלי והחל בהכנות למתקפה עדאלית גדולה לכיוון הרמה האתיופית. באדלאי הצליח לאסוף מימון כספי למלחמה הצבאית כנגד הנוצרים מצד ממלכות מוסלמיות סובבות, ביניהן גם ממלכת מוגדישו. עם זאת, תוכניות שאפתניות אלו עלו בתוהו כאשר באדלאי מת במהלך הפלישה לדאוארו. הוא הוחלף על ידי בנו, מוחמד אבן באדלאי, ששלח שליחים לסולטן הממלוכי במצרים לצורך קבלת תמיכה וכלי נשק למלחמה המתמשכת כנגד האימפריה האתיופית. עם זאת, בסופו של דבר הסולטן מוחמד והשליט הסולומוני באדה מריאם הסכימו על הפסקת אש, ובמהלך העשורים הבאים, שתי המדינות למודות המלחמה נהנו מתקופה חסרת תקדים של שלום ויציבות.
ראשית התקופה המודרנית.