המיסיונרים ומגלי הארצות הספרדיים פרנסיסקו אטנסיו דומינגס וסילבסטרה ולס דה אסקלנטה, שעמדו בראש משלחת שחיפשה נתיב מסנטה פה בניו מקסיקו לקליפורניה, תיעדו בדייקנות את מסעם ב-1776. הם הגיעו לאזור מסה ורדה (בספרדית "הר שולחן ירוק"), והם שנתנו לו כינוי זה בהיותו רמה גבוהה מכוסה בעצים, אבל הם לא התקרבו מספיק או שלא צפו בו בזווית הנכונה על מנת לראות את כפרי האבן העתיקים. הם היו האירופאים הראשונים לעבור דרך מרבית רמת קולורדו לתוך יוטה ובחזרה לניו מקסיקו דרך אריזונה.
אזור מסה ורדה היה בשליטת שבט היוט במשך זמן רב, והברית מ-1868 בינם לבין ממשלת ארצות הברית הכירה בבעלות של היוט על כל קולורדו מערבית לקו פרשת המים של אמריקה. לאחר שהחלה התעניינות באדמות במערב קולורדו נחתם ב-1873 הסכם חדש שצמצם מאוד את השטח בבעלות היוט לרצועת אדמה בדרום-מערב קולורדו מהגבול עם ניו מקסיקו ועד 22 קילומטרים צפונה. מרבית אזור מסה ורדה שוכן בתחומי רצועת אדמה זו. היוט נהגו לחרוף בקניונים העמוקים והחמימים ומצאו מחסה שם וברמות הגבוהות של מסה ורדה. משום שהאמינו שמגורי הצוק הם אתרי אבות קדמוניים הם לא התגוררו במגורים העתיקים.
ציידי פרוות מזדמנים ומחפשי זהב ביקרו במסה, כשאחד ממחפשי הזהב, ג'ון מוס (John Moss), פרסם את תצפיותיו ב-1873. שנה אחר-כך הוביל מוס את הצלם הידוע ויליאם הנרי ג'קסון (William Henry Jackson; 1843–1942) דרך קניון מנקוס (Mancos Canyon) בבסיסה של מסה ורדה. שם צילם ג'קסון מגורי צוקים אופייניים ופרסם בפומבי את קיומם. הגאולוג ויליאם הנרי הולמס (William Henry Holmes; 1846–1933) חזר על המסלול של ג'קסון ב-1875. הדוחות של ג'קסון והולמס נכללו בסקר של פרנדיננד ואנדוויר היידן (Ferdinand Vandeveer Hayden; 1829–1887), אחד מארבעת המיזמים שמומנו על ידי הממשל הפדרלי לחקור את המערב האמריקני. אלו ופרסומים נוספים הובילו להצעות לחקור באופן שיטתי את האתרים הארכאולוגיים של דרום-מערב ארצות הברית.
וירג'יניה מקקלארג (Virginia Donaghe McClurg; 1857–1931), עיתונאית מטעם היומון The Daily Graphic שיצא לאור בניו יורק, ביקרה במסה ורדה בשנים 1882 וב-1885 במסגרת חיפושיה אחר היישובים של בני הפואבלו הקדמונים. החבורה שלה גילתה מחדש את "בית הצוק הד" (Echo Cliff House), "בית שלושת השלבים" (Three Tier House) ו"בית המרפסת" (Balcony House) ב-1885. תגליות אלו עוררו בה את השאיפה להגן על המגורים והחפצים שבהם.
משפחת ותריל.
משפחת ותריל (Wetherill), משפחה של מגדלי בקר, התיידדה עם חברים משבט יוט בסמוך לחווה שלהם דרומית-מערבית לעיירה מנקוס. משפחת ותריל קיבלה אישור משבט היוט לרעות את הבקר שלהם ברמות הנמוכות החמימות יותר של שמורת יוט במהלך החורף. אחד מבני היוט בשם אקוויץ (Acowitz) סיפר לבני משפחת ותריל על מגורי צוק מיוחדים במסה ורדה: "עמוק בקניון וסמוך לתחילתו יש בתים רבים של העם העתיק - "הקדמונים". אחד מבתים אלו גבוה, גבוה בין הסלעים גדול מכל האחרים. בני יוט אינם מבקרים שם לעולם, זהו מקום קדוש". ב-18 בדצמבר 1888 גילו ריצ'רד ותריל וצ'ארלי מייסון, אחד הבוקרים שלו, את ארמון הצוק לאחר שזיהו את החורבות מקצה מסה ורדה. ותריל הוא שנתן לחורבות את שמם הנוכחי. ריצ'רד ותריל, בני משפחתו וחברים חקרו את החורבות ואספו חפצים, שאת חלקם הם מכרו ל"אגודה ההיסטורית של קולורדו" (Historical Society of Colorado) ואת רובם הם שמרו. בין האנשים ששהו בחווה של משפחת ותריל וחקרו את מגורי הצוקים היה מטפס ההרים, הצלם והסופר פרדריק צ'פין (Frederick Hastings Chapin; 1852–1890), שביקר באזור בשנים 1889–1890. הוא תיאר את הנוף והחורבות במאמר ב-1890, ומאוחר יותר בספר שיצא לאור ב-1892, "ארצם של שוכני הצוקים" (The Land of the Cliff-Dwellers), שאויר במפות שצוירו ביד ותמונות שצילם בעצמו.
גוסטף נורדנשלד.
ב-1891 התארח גוסטף נורדנשלד (Gustaf Nordenskiöld; 1868–1895), בנו של חוקר הקוטב הצפוני אדולף אריק נורדנשלד, בבית משפחת ותריל. נורדנשלד היה מינרלוג מיומן שהפעיל לראשונה שיטות מדעיות באיסוף חפצים, תיעד אתרים, צילם בצורה נרחבת, ערך שרטוטים של האתרים והשווה בין תצפיותיו לספרות הארכאולוגית של זמנו, כמו גם לידע שנצבר אצל בני משפחת ותריל. הוא אסף חפצים רבים ושלח אותם לשוודיה, ומשם הם הגיעו בסופו של דבר למוזיאון הלאומי של פינלנד. נורדנשלד פרסם ב-1893 את "שוכני הצוקים של מסה ורדה" (The Cliff Dwellers of the Mesa Verde). לאחר שנורדנשלד שלח את האוסף של החפצים שאסף במסה ורדה מחוץ לארצות הברית עורר האירוע חששות בדבר הצורך להגן על מסה ורדה ומשאביה.
פארק לאומי.
ב-1889 הפך פואבלו גודמן פוינט (Goodman Point Pueblo) לאתר הארכאולוגי הפרה קולומביאני הראשון באזור מסה ורדה שקיבל הגנה פדרלית. היה זה האתר הראשון מסוג זה שקיבל הגנה בארצות הברית. וירג'יניה מקקלארג פעלה נמרצות בין 1887 ל-1906 על מנת ליידע את ארצות הברית ומדינות אירופה בדבר החשיבות של ההגנה על החומרים ההיסטוריים והמגורים במסה ורדה. מאמציה כללו גיוס תמיכה מ-250,000 נשים דרך הפדרציה של מועדוני הנשים, כתיבה ופרסום שירים במגזינים פופולריים, מתן הרצאות בארצות הברית ומחוצה לה, והקמת אגודת שוכני הצוקים של קולורדו (Colorado Cliff Dwellers Association). מטרת אגודת שוכני הצוקים של קולורדו הייתה להגן על המשאבים של מגורי הצוקים בקולורדו, להשיב את מרבית החפצים המקוריים ככל הניתן ולחלוק מידע על התושבים שחיו שם. לוסי פיבודי (Lucy Evelyn Peabody; 1865–1934), פעילה עמיתה למען הגנה על מסה ורדה והאתרים הארכאולוגיים הפרהיסטוריים, שהתגוררה בבירה וושינגטון די. סי., נפגשה עם חברים מהקונגרס על מנת לקדם את המטרה.
בסוף המאה ה-19 היה ברור שמסה ורדה זקוקה להגנה מאנשים שנהגו להגיע למסה ורדה ויצרו או מכרו את אוסף החפצים שלהם. בדו"ח למזכיר הפנים של ארצות הברית תיאר האתנולוג של מכון הסמית'סוניאן ג'סי וולטר פיוקס (Jesse Walter Fewkes; 1850–1930) את הוונדליזם בארמון הצוק במסה ורדה:
חפצים רבים ממסה ורדה שוכנים כיום במוזיאונים ובאוספים פרטיים בארצות הברית וברחבי העולם. מבחר מייצג של כלי חרס וחפצים אחרים, למשל, נמצא כיום במוזיאון הבריטי בלונדון. ב-1906 אישר נשיא ארצות הברית תאודור רוזוולט את הקמת הפארק הלאומי מסה ורדה ואת חוק העתיקות. הפארק היה מאמץ "לשמר את הפעילות האנושית" והיה הפארק הראשון שהוקם במטרה להגן על אתר בעל חשיבות תרבותית. הפארק קרוי תוך שימוש במונח הספרדי ל"הר שולחן ירוק" בשל יערות הערער ואורן הפיניון ("Pinus" subsection "Cembroides").
חפירות והגנה.
בין 1908 ל-1922 יוצבו החורבות של בית עץ האשוחית, ארמון הצוק ומקדש השמש. מרבית הפעילויות הראשוניות נעשו בהובלת ג'סי וולטר פיקס. במהלך שנות ה-30 וה40 של המאה ה-20, החל ב-1932 שיחקו עובדי חיל השימור האזרחי תפקיד חשוב במאמצי השימור, סלילת שבילים ודרכים, יצירת מוצגים למוזיאון ובניית מבנים במסה ורדה. מ-1958 עד 1965 כלל המיזם הארכאולוגי ותריל מסה (Wetherill Mesa Archaeological Project) חפירות ארכאולוגיות, ייצוב האתרים וסקרים. החפירה והמחקר של אחד עשר אתרים במסה נחשב כמאמץ הארכאולוגי הגדול ביותר בארצות הברית. המיזם כלל חפירות ב"בית הארוך" (Long House) וב"בית הכד" (Mug House).
ב-1966, כמו בכל האזורים ההיסטוריים בניהול של שירות הפארקים הלאומיים של ארצות הברית, נרשם מסה ורדה במרשם הלאומי של מקומות היסטוריים, וב-1987 נוסף למרשם "הנפה המנהלית של מסה ורדה" (Mesa Verde Administrative District). הוא הוכרז אתר מורשת עולמית ב-1978. במסגרת פרסי הטיולים לעונת 2015 בחר כתב העת Sunset בפארק הלאומי מסה ורדה כ"האטרקציה התרבותית הטובה היותר במערב ארצות הברית".
עימותים עם השבטים המקומיים.
עימותים בין שוחרי איכות הסביבה שאינם מקומיים לבין בני השבטים המקומיים סביב החורבות במסה ורדה החלו אפילו לפני ההקמה הרשמית של הפארק. סכסוכים על בעלות של הקרקע סביב ההריסות הגיעו לידי ביטוי בשנת 1911, כאשר ממשלת ארצות הברית רצתה להרחיב את שטח הפארק על חשבון קרקעות שהיו בבעלות האינדיאנים מבני היוט. בני שבט היוט לא נטו להסכים להחלפת הקרקעות שהוצעה על ידי הממשלה, וציינו כי הקרקע שהממשלה רוצה לקחת מהם היא הקרקע הטובה ביותר שבבעלות השבט. פרידריק אבוט (Frederick Abbott), שעבד עם איש הלשכה לענייני אינדיאנים ג'יימס מקלפלין (James McLaughlin), הכריז שהוא בעל ברית ליוט במשא ומתן. מאוחר יותר טען אבוט כי "הממשלה חזקה יותר מבני היוט", באומרו שכאשר הממשלה מוצאת "חורבות עתיקות על אדמה שהיא רוצה לקחת לצורכי ציבור, יש לה הזכות לקחת אותה ...". כשהבינו כי אין להם אפשרות אחרת הסכימו בני היוט למסור 40 קילומטרים רבועים בצ'פין מסה (Chapin Mesa) בתמורה לכמעט 80 קילומטרים רבועים בהר יוט.
בני היוט המשיכו להיאבק בלשכה לענייני אינדיאנים במטרה למנוע סיפוח של חלקים נוספים מאדמתם לפארק. ב-1935 ניסתה הלשכה להשיב חלק מהקרקעות שניתנו ליוט ב-1911 תמורת השטחים שסופחו לפארק. בנוסף הודה מאוחר יותר ג'סי נוסבאום (Jesse Nusbaum) שניהל את הפארק הלאומי מסה ורדה בשנים 1921–1931 שהקרקע בהר יוט שנמסרה לבני היוט תמורת צ'פין מסה ב-1911 הייתה שייכת לשבט בלאו הכי, כלומר הממשל מסר שטח שמעולם לא היה שייך לו.