מאז המאה השנייה שררו בנצרות מחלוקות עזות וקשות בשאלות הטריניטולוגיות והכריסטולוגיות: אבות הכנסייה נדרשו להגדיר בשפה ברורה ובהגדרות חד-משמעיות את מהותו וטבעו של האל האחד שהיה גם שלושה, ונצרכו לשם כך להתפלפלויות פילוסופיות ותאולוגיות סבוכות כדי לשלול כל אפשרות לכפירה וטעות. לאחר הוקעת המינים ששללו את השילוש וקביעת האמונה בו כאבן פינה של האורתודוקסיה בוועידת ניקיאה ב-325, התפנו מנהיגי הכנסייה ליחסים בתוך השילוש ובעיקר לכריסטולוגיה. שני הצדדים הראשיים במחלוקת היו האסכולה האלכסנדרונית והאסכולה האנטיוכית: הראשונה חששה כי חידוד הבידול בין האנושי לאלוהי בישו מטשטש את יחסיו של האל עם העולם ואת האפשרות לגאולה; השנייה הודאגה מכך שהדגשת האיחוד בין הטבעים הופכת את האל לנתון לשינוי מידי בריאתו ופוגעת במעמדו הנשגב והבלתי-מושג. לשתיהן היו חסידים קיצוניים שהוקעו ככופרים. אפולינריוס מלאודיקאה הרחיק לכת ביישום ההיגיון האלכסנדרוני כשקבע כי הנואוס של ישו וכל תודעתו היו אלוהיים לגמרי, ואילו נסטוריוס סירב לקרוא למרים הבתולה "יולדת האלוהים", שכן מרחמה יצא רק טבעו האנושי.
כ-15 שנה לאחר ועידת אפסוס, אשר גינתה את הנסטוריאניזם כמינות, החל אוטיכס , נזיר זקן מקונסטנטינופול, שהיה תלמידו של קירילוס האלכסנדרוני, להפיץ את משנתו הכריסטולוגית, במעין ריאקציה אלכסנדרונית לנסטוריוס. אוטיכס הטיף כי לישו היה טבע אחד בלבד לאחר האינקרנציה – ערבוב מאוחד של האנושי והאלוהי שניתן היה להגדיר גם כאלוהי בלבד. הוא טען כי הוא מתבסס על גישתו של קירילוס האלכסנדרוני, אשר נתקבלה על ידי ועידת אפסוס בשנת 431 ואושרה שנתיים מאוחר יותר בכנס פיוס בין קירילוס האלכסנדרוני לאנטיוכי יוחנן מדמשק.
קירילוס האלכסנדרוני גרס שלישו היה 'פיזיס' אחד, שהוא התגלמות המילה האלוהית (לוגוס). ברם, בעוד שקירילוס פירש את 'פיזיס' בתור "אישיות", הרי שרוב הבישופים הבינו מילה זו בתור "טבע". לפיכך, רבים הבינו את אוטיכס כאילו הוא מטיף לגרסה הפוכה של האריאניות: בעוד שאריוס ותומכיו שללו את קיומו של הטבע האלוהי של ישו, הרי שאוטיכס קרא תיגר על קיום טבעו האנושי. אמונתו של קירילוס עצמו (שמת שנתיים לפני תחילת הטפותיו המונופיזיטיות של אוטיכס) לא הוטלה בספק, שכן הסכם האחדות של שנת 432 קבע מפורשות את קיומן של שתי מהויות לישו.
בהתחלה פרשנותו החדשה של אוטיכס לא נתפסה בהכרח כמינות – כך האפיפיור לאו הראשון אמר שאין זו מינות או חתירה תחת הכנסייה אלא אי-הבנה, אך עם התפשטותה של גישת אוטיכס היא החלה מדאיגה יותר ויותר את הממסד הכנסייתי דאז. בשנת 447, במהלך כנס מחוזי בעיר דורילאום, הכריז הבישוף המקומי אוזביוס כי אוטיכס הוא מין וכי יש להדיחו ממעמד הכמורה. לעומתו, פלביאנוס, ארכיבישוף קונסטנטינופול שנכח גם הוא בכנס בדורילאום, התנגד לכך, בין השאר בשל המעמד והמוניטין של אוטיכס, אך לבסוף הסכים, ואוטיכס הוכרז מין באופן רשמי. החלטה זו גררה את התנגדותם של הקיסר תאודוסיוס השני ושל דיוסקורוס הראשון, הפטריארך של אלכסנדריה; זה האחרון כינס כנס משלו, אשר זיכה את אוטיכס מכל אשמה, שכן אוטיכס לטענת דיוסקורוס, חזר בו ממינותו.
ועידת אפסוס השנייה.
באותו הזמן, החליט הקיסר תאודוסיוס ה-2 לכנס ועידה אקומנית על-מנת ללבן את הסוגיה עד תום, והזמין אליה גם את האפיפיור לאו הראשון, אשר נעתר להזמנה ושלח שלושה נציגים (לגאטים, legata) מטעמו. לאו הראשון קיבל לפני הוועידה איגרת מפלביאנוס אודות אוטיכס, על-פיה קבע פלאביאנוס כי אוטיכס הוא אכן מין שיש להענישו. האפיפיור לאו הראשון כתב למשתתפי הוועידה איגרת ובה דרישה מהם שיוקיעו את אוטיכס כמין, אך השאיר להם את הסמכות להכריע בעניין העונש שיושת עליו. ככל הנראה, לאו הראשון לא ידע על חזרתו בתשובה של אוטיכס בפני דיוסקורוס האלכסנדרוני.
ועידת אפסוס השנייה התכנסה ב-8 באוגוסט 449. נכחו בה 130 בישופים ובראשה ישב דיוסקורוס האלכסנדרוני. מכתבו של האפיפיור לא נקרא, והקיסר תאודוסיוס ה-2 הורה שלא לספור את קולותיהם של הבישופים אשר תמכו בהדחתו של אוטיכס שנתיים לפני כן. בעקבות הוראה זו זוכה אוטיכס ברוב מוחץ כשאין לו מתנגדים מבין קולות המצביעים שכן קולותיהם של מתנגדיו מלפני שנתיים לא נספרו בהוראת הקיסר, וכמו כן מתנגדו פלביאנוס, ארכיבישוף קונסטנטינופול הודח והוגלה. בחלק השני של הוועידה, שבו לא נכחו הלגאטים האפיפיוריים אשר חזרו לרומא עם מכתב לאפיפיור מאת פלביאנוס המודח – הודחו עוד מספר בישופים ממתנגדי אוטיכס.
החלטות הוועידה איימו ליצור קרע בין המזרח למערב, שכן היו מנוגדות לחלוטין לרצונו ודעתו של האפיפיור ועל אחת כמה וכמה משום שמכתבו כלל לא נקרא בפני צירי הוועידה והוא ראה בכך כ"מחטף" וכגזילה שנועדה לשרת את רצונם ואמונתם האישית של תומכי אוטיכס (בפרט דיוסקורוס האלכסנדוני שעמד בראש הוועידה, והקיסר תאודוסיוס ה-2). כתוצאה מכך, סירב לאו הראשון להכיר בוועידה כחוקית וקרא לה Latrocinium – ועידת גזלנים. כמו כן דרש לאו הראשון את כינוסה של ועידה חדשה בנושא אוטיכס והמונופיזיטיות, ואילו הקיסר תאודוסיוס ה-2 מצדו סירב לכך ומינה בישופים במחוזות המזרח בלא התייעצות עמו, אלא עם דיוסקורוס האלכסנדוני (אשר הרהיב עוז והחרים את האפיפיור). רק מותו הפתאומי של תאודוסיוס ה-2 שינה את המצב: כאשר הקיסר החדש שעלה, מרקיאנוס, תמך בגישתם של לאו הראשון ופלביאנוס, ולכן נעתר לדרישת האפיפיור לאו הראשון.
מהלך הוועידה בכלקדון והחלטותיה.
הקיסר החדש מרקיאנוס כינס, לבקשת האפיפיור לאו הראשון, ועידה אקומנית חדשה בנושא המחלוקת המונופיזיטית. כמו כן הוא החזיר לתפקידם את הבישופים שהודחו שנתיים לפני כן בוועידת אפסוס השנייה. בהתחלה תוכנן שהוועידה תתקיים בניקיאה, אך ברגע האחרון היא הועברה קרוב יותר לבירה, לעיר כלקדון שעל גדת הבוספורוס, כדי שהקיסר יוכל לפקח עליה ביתר קלות. הוועידה נפתחה ב-8 באוקטובר 451 בניהולו של הלגאט האפיפיורי פסכניוס. בוועידה נכחו כ-500 בישופים, ובהם אוזביוס מדורילאום וגם דיוסקורוס האלכסנדרוני שהחרים את האפיפיור לאו הראשון לאחר ועידת אפסוס השנייה, שנתיים קודם לכן.
במושבה הראשון, הוועידה עסקה בעניינה המרכזי והוא – מינותו של אוטיכס, הלטרוקיניום באפסוס ומשפטו של דיוסקורוס האלכסנדרוני. הקטגור כנגד דיוסקורוס היה אוזביוס מדורילאום, אשר מנה את כל מהלכיו הכוחניים של דיוסקורוס בוועידת אפסוס השנייה ובנוסף הביא עדויות של כמה בישופים מצריים שטענו כי דיוסקורוס הוא אדם אלים ואכזרי. דיוסקורוס בתגובה, סירב להופיע בפני הוועידה והורשע שלא בפניו. הוועידה הדיחה את דיוסקורוס מתפקידו כפטריארך אלכסנדריה, ביטלה את כל תקנותיו, ובנוסף לכך גינתה את אוטיכס ואת הלטרוקיניום של אפסוס. עם זאת, שאר הבישופים שנכחו באפסוס והצביעו בעד אוטיכס ונגד פלביאנוס לא הודחו ולא גונו, שכן הם הביעו חרטה וטענו כי פעלו מתוך פחד מפני דיוסקורוס האלכסנדרוני, ראש הוועידה דאז. כמו כן הוועידה הכריזה אנאתמה (חרם מהדרגה העליונה) על נסטוריוס .
הנושא השני על סדר יומה של הוועידה היה גיבוש אחדות בנושא יסודות האמונה הנוצרית. בעניין זה הסכימו כל הנוכחים כי יש ללכת בשביל הזהב שבין הקיצוניות הנסטוריאנית לבין הקיצוניות המונופיזיטית, וללכת בדרכם של לאו הראשון וקירילוס האלכסנדרוני שנוסחתם התאולוגית הייתה יחסית מאוזנת יותר. עם זאת, לא כל הנוכחים הסכימו לחתום על איגרתו של לאו הראשון לפלביאנוס, ושאר הניסיונות לגבש נוסח אחיד ליסוד האמונה הנוצרית עלו בתוהו. לאור זאת, פסכניוס הלגאט האפיפיורי ומרקיאנוס הקיסר איימו להעביר את הוועידה לאיטליה, דבר שהיה לא-נוח לרוב הנוכחים מבחינה גאוגרפית, שכן הם באו ברובם מהמזרח הקרוב, ותחת איום זה הם הסכימו להוסיף לקרדו משפט שאישר את קביעתו של לאו הראשון, כי לישו יש שתי מהויות בלתי-מתחלפות ובלתי-נפרדות.
מתוך ההגדרה של הוועידה:
כמו כן עסקה הוועידה בנושא הנזורה, וקבעה איסור על נזירים ונזירות להינשא, קבעה כי על הנזירים להיות מופת של אורח חיים נוצרי, ועסקה במערכת יחסי הגומלין בינם לבין הכנסייה ובעלי התפקידים הדתיים בה.
הוועידה ניסחה את הקנון הרביעי המתייחס לנושא הנזורה, בו הוגדרו הנזירים כאנשים חילוניים וחסודים (כלומר לא כמרים) ועליהם להיעזר בשירותי נושאי המשרות הכנסייתיות. הקאנון הרביעי התייחס גם למערכת היחסים בין הבישוף לבין הנזירים החיים בתחומי הדיוקסיה שלו וקבע את סמכותם של הבישופים על הנזירים, קבע כי על הבישוף להעניק לנזירים כסף לקיומם ובתמורה הנזירים כפופים מבחינה דתית לבישוף. בנוסף, הנזירים צריכים לחיות במקום מוגדר ויציאה ממקום זה דורשת אישור הבישוף. נקבע גם כי לבישופים הזכות להתיר או לאסור הקמתם של מנזרים חדשים.
ההחלטות הנוגעות לנזירים ולנזירות באו לביטוי בתקנוני הנזורה שנכתבו בתקופות מאוחרות יותר. ההחלטות בדבר מקומם של הנזירים במדרג הכנסייתי החזיקו מעמד עד הגעתם של קולומבנוס ושאר הנזירים האירים שהיו כוח כנסייתי שלא קיבל את מרותם של בישופים (וגם לא של שליטים סקולרים).
בנוסף לעניינים מרכזיים אלה, הוועידה קבעה עוד 30 החלטות בתחום הטכני יותר, כגון אישור החלטות הוועידות הקודמות, איסור על עיסוק נוסף לבישופים, איסור על כמרים להתגייס לצבא, הגבלת האפשרות להאשים בישוף בפלילים ואיסור על הורדה בדרגה של בישוף.
השלכות הוועידה.