מפעל נוסף - חיפה כימיקלים דרום - שהקמתו הושלמה ב-1994, שוכן באזור התעשייה מישור רותם שמדרום לערד ומזרחית לדימונה, בתחום השיפוט של מועצה אזורית תמר. הפעלת חיפה כימיקלים דרום נעשית באמצעות חברת "נותב ניהול ותפעול בע"מ", חברת בת של קבוצת ברן בע"מ. הקמת המפעל מומנה, בין השאר, ממענקים של מרכז ההשקעות, על אף התנגדות מבקרת המדינה מרים בן-פורת שתחשיבים כלכליים שביצע משרדה העלו שההטבות הללו גרמו הפסד של 40 מיליון דולר למדינה. בעקבות סגירת מפעלה הוותיק של החברה בחיפה הוחלט להרחיב את פעילותה במישור רותם, ולהקים מפעל ליצור אמוניה ומתקנים לייצור דשנים מיוחדים, בהשקעה כוללת של כ־1.2 מיליארד ₪.
המפעל השני של החברה שוכן בלונל (Lunel) שבצרפת. המפעל השלישי שוכן בארצות הברית והמפעל הרביעי שוכן בקנדה.
חברת בת אחרת של חיפה כימיקלים, בשם אלגו מערכות השקיה בע"מ, שתחום פעילותה ייצור מערכות השקיה לחקלאות וציוד נלווה, ושכנה באזור תעשייה קריית נורדאו בנתניה, נמכרה במהלך 2009 לחברות שבבעלות אבי שמש ואוריה פויכטונגר.
לאורך השנים זכתה חיפה כימקלים בפרסים שונים על הצטיינותה. בשנת 1972 זכתה בתואר "יצואן מצטיין", בשנת 1984 ב"ציון מיוחד לשבח" ובשנת 1992 הוענק לה התואר "יצואן מצטיין בכיר" על ידי משרד המסחר והתעשייה בשל היקף היצוא שלה. בשנת 2006 קיבלה את תו הזהב של מכון התקנים הישראלי המוענק לארגונים הנושאים שלושה וארבעה תווי איכות.
קבוצה חיפה עלתה לכותרות בהזדמנויות שונות, בין היתר על רקע הפרטתה השנויה במחלוקת, מפגעי זיהום סביבתי ובטיחות, ויחסי עבודה.
זיהום.
שפכים.
מפעל חיפה כימיקלים הזרים במשך שנים רבות שפכים בכמות גדולה לנחל הקישון. שפכים חומציים של המפעל היו בין הגורמים העיקריים להרס המערכת האקולוגית של נחל הקישון עד לשנת 2001. חיפה כימיקלים הייתה מושא לתביעות משפטיות מצד דייגים בנמל הקישון ומצד צוללנים בנחל בטענות לפגיעות גופניות. בית המשפט דחה תביעות אלו בשל העובדה שלא הוכח קשר סיבתי בין הפגיעה הגופנית לבין החשיפה לחומרים. היקף הפגיעה בנחל פחת לאחר הפעלת מתקן טיפול בשפכים בשנת 2001 כמודגם בטבלה.
בנוסף, מכילים שפכי חיפה כימיקלים כמויות ניכרות של כרום, קדמיום ונחושת.
ב-2003 הורשעה החברה בגין הטלת פסולת לים ונקנסה ב-166 אלף ש"ח. ב-2005 הורשעה החברה על סמך הודאתה, בהזרמה לקישון ומשם לים של חומרים מזהמים מעבר למותר בכמה מועדים במהלך 2001 ו-2002. על החברה הוטל קנס בסך 584 אלף ש"ח, הגבוה ביותר שהוטל עד אז על חברה בישראל בגין זיהום הים.
ב-21 במאי 2006 הוגשה תביעה מטעם עמותת אדם טבע ודין ביחס לאי עמידת חיפה כימיקלים בתנאים להזרמה לקישון. בעקבות כך, ב-21.08.2006 הוגשה תביעה נגדית על ידי חיפה כימיקלים על הוצאת דיבה ושימוש לרעה בהליכים משפטיים. בית המשפט המליץ לצדדים על הליך בוררות שלא צלח.
זיהום אוויר.
מפעל חיפה כימיקלים צפון היה עד סגירתו אחד ממקורות הפליטה המשמעותיים באזור מפרץ חיפה, בייחוד בתחום החומרים האורגניים הנדיפים למעט מתאן כפי שניתן להתרשם מנתוני הדיווח למרשם הפליטות של המשרד להגנת הסביבה:
מפעל חיפה כימיקלים דרום חרג מתקן זיהום האוויר בשנים 2002, 2004 ו-2005, כך למשל נמדדה בשנת 2002 חריגה של פי 3 מהתקן לפליטת חלקיקים ופליטת תחמוצת גפרית SO2 ב-82% מעל התקן המותר. על-פי נתוני אגד ערים לאיכות הסביבה- אזור חיפה, עמדה חיפה כימיקלים צפון בכל הצווים האישיים לשם צמצום פליטת NOx. בנוסף, במפעל מתקן מיוחד לצמצום הפליטה, שעמד בדרישות ואף הוריד את כמות הפליטות מתחת לגבול שנקבע בצווים האישיים. השיטה שמופעלת במפעל הוכרזה כ- BAT) Best Available Technique) על ידי האיחוד האירופי. בשנת 2019 הצטרפה החברה לארגון ה- Global Compact שהוקם על ידי האו"ם, ומעודד עסקים ברחבי העולם לאמץ מדיניות הדוגלת בקיימות סביבתית וחברתית באמצעות יישום 10 עקרונות מרכזיים.
מכל האמוניה.
מכל האמוניה של המפעל הוקם ב-1989. הוא מסוגל לאחסן 12 אלף טונות של אמוניה, והוא מרכז את כל האמוניה המיובאת לישראל. המכל נחשב לסיכון סביבתי חמור, משום שפגיעה בו, עקב פעולה עוינת, תקלה או אסון טבע, עלולה להביא לדליפת אמוניה שתביא, על פי ההערכות, למות אלפים מתושבי האזור. דרך המכל עוברים בשנה כ-120 אלף טונות של אמוניה, 70% מהם משמשים את מפעל "חיפה כימיקלים" ו-30% הנותרים מועברים למפעל "דשנים וחומרים כימיים", בעיקר לצריכה עצמית וכן להפצה לצרכני משנה ברחבי הארץ. כ-80% מכלל האמוניה משמשים לייצור דשנים, והיתר משמשים למטרות תעשייתיות שונות.
בעקבות מלחמת לבנון השנייה מינה המשרד להגנת הסביבה ועדה ציבורית בראשות אלוף (מיל') הרצל שפיר, לבחינת ההיערכות והתגוננות הקשורים בחומרים המסוכנים במפרץ חיפה. הוועדה המליצה לשפר את מיגון המכל ולאסור על כניסת אוניית האמוניה לישראל בזמן מלחמה.
באותן שנים, מדי חודש עגנה בנמל הקישון למשך יממה אונייה ועליה 16,700 טון אמוניה נוזלית, המוזרמת למכל האמוניה. דו"ח שחיברה ועדה מקצועית בראשות פרופ' אהוד קינן קבע כי תאונה או פגיעה מכוונת באנייה עלולים לגבות את חייהם של מאות אלפים.
ב-2011 החל מאבק ציבורי בהובלת עמותת צלול לסגירת המכל. ב-2012 פרסם המשרד להגנת הסביבה את מסקנות דוח אתוס, שהמליצו על הקמת מפעל ליצור אמוניה במישור רותם. באוקטובר 2013 החליטה ממשלת ישראל פה אחד להעביר את המכל לנגב, וביוני 2015 פורסם מכרז למפעל אמוניה חדש במישור רותם שבנגב. בנובמבר 2016, נסגר המכרז להקמת המפעל במישור רותם ללא הצעות. בשנת 2016 פורסם ריאיון עם קצין בכיר בצה״ל, שטען שגם בתרחיש קיצוני, פגיעה במיכל לא תגרום לאסון. בתחקיר שבוצע על ידי התוכנית "המקור" בשנת 2017 נטען כי הטענות בדוח שעליו חתמו 10 פרופסורים והביא לסגירת המכל שבמפרץ חיפה, נופחו מתוך אינטרסים שיווקיים. במסגרת התחקיר העיד פרופסור דן שכטמן, חתן פרס נובל שחתם גם הוא על הדוח, כי כמעט ולא היה מעורב בכתיבתו, והסכים לצרף את שמו רק כדי להעניק לו תוקף.
בפברואר 2017 הוציא בית המשפט לעניינים מקומיים בחיפה צו סגירה למכל לבקשת עיריית חיפה וקבע כי על "חיפה כימיקלים" לרוקן את המכל בתוך עשרה ימים. חיפה כימיקלים ערערה לבית המשפט המחוזי, אשר הוציא צו עיכוב ביצוע לצו הסגירה. בזמן הדיון התקיימה מול בית המשפט הפגנת תושבים בת 3,000 איש, בדרישה להוצאה מיידית של המכל מהעיר, וכן התקיימו שביתות בחיפה ובאזור. ב-1 במרץ החליט בית המשפט לדחות את ערעורה של חיפה כימיקלים, וקבע כי המכל ירוקן כליל עד 1 באפריל. הנהלת חיפה כימיקלים הודיעה שסגירת המכל תוביל לפיטורי 1,500 עובדים. עובדי החברה החלו בהפגנות, שיירות מחאה וחסימת הכניסה לעיר דימונה, יחד עם תושבי העיר, בדרישה מהנהלת החברה ומהממשלה לדאוג לעתידם המקצועי.
ב-13 באפריל החליט בית המשפט העליון להתיר באופן זמני כניסתה של מכלית אמוניה למסוף הכימיקלים במפרץ חיפה על מנת למלא את מלאי האמוניה במכל, בתנאי שכמות האמוניה הכוללת לא תעלה על 11 אלף טונות במכל. ב-28 במאי החליט בית המשפט העליון שמכל האמוניה ירוקן באופן סופי עד ל-31 ביולי 2017. בספטמבר 2017 הושלם ריקון המכל מאמוניה. בדצמבר 2018 הודיעה חיפה כימיקלים שתקים מפעל לייצור אמוניה, שהוא חומר גלם חיוני לפעילותה, באתר הקבוצה שבמישור רותם, כך שלא יהיה צורך ביבוא ושינוע של האמוניה אותה היא מייבאת כיום.
המאבק לטיהור האוויר.
החל משנת 2011 קמות קבוצות שונות בעיר חיפה למען הגנת התושבים מפני זיהומי האוויר. לפני כן בשנות ה-90 של המאה ה-20 הוקמה מפלגת ירוקים, וזכתה במושבים במועצת העיר, ואף בסגנות ראש העיר. פעילות זו לא תמה ואליה הצטרפו עמותות וארגוני סביבה כמו צלול, הקואליציה לבריאות הציבור, מגמה ירוקה, פורום "עזרא" וארגונים נוספים. כמו כן, התפתחו להן התארגנויות פרטיות של אזרחים אשר מרכזים מאבקם ברשת האינטרנט במסגרת קבוצות ודפים ברשת הפייסבוק.
פעילות זו הביאה לדיונים בכנסת ישראל של ועדת הפנים והגנת הסביבה בראשות חבר הכנסת דב חנין, והפגנות שמקבלות תאוצה החל משנת 2014 ברחבי העיר חיפה ובירושלים מול משרדי הממשלה.
באותה עת פנה מבקר המדינה יוסף שפירא אל הוועדה לביקורת המדינה על מנת לקיים דיון דחוף בנושא החומרים המסוכנים במפרץ חיפה.
בשנת 2015 התפרסם מאמר באתר כלכליסט המודיע על תובענה ייצוגית בסך 14 מיליארד שקל: "תושבי חיפה והקריות הגישו תביעה נגד 11 מפעלים במפרץ חיפה ובהם בתי הזיקוק, חיפה כימיקלים, פז כימיקלים, סונול ישראל ונשר מפעלי מלט. בתביעה נדרש פיצוי כספי לכל אחד מתושבי המפרץ שנחשף לזיהום וכן הקמת קרן בהיקף מיליארד שקל לפיקוח והשגחה על המפעלים".
יחסי עבודה.
בשנת 2003 פתחו עובדי המפעל הדרומי בשביתה ודרשו את הזכות להקים ארגון עובדים, תחת ההסתדרות. השביתה הפכה מתוקשרת ולסמל למאבקי עובדים כנגד בעלי ההון. בסופו של המאבק חייב בית המשפט על המפעל להכיר בארגון ההסתדרותי אך באמצעים משפטיים שונים ההחלטה מעולם לא באה לידי מימוש. האירועים אף תועדו בסרט התעודי של אמיר טאוזינגר ואסף סודרי "שביתה". ביוני 2019 נחתם עם עובדי המפעל הדרומי הסכם קיבוצי, שמשפר את תנאי השכר והרווחה שלהם
. במאי 2020 חתמה קבוצת חיפה על הסכם קיבוצי חדש עם עובדי המפעל בישראל לקיצור מספר המשמרות החודשיות, מבלי לפגוע בשכר. במסגרת ההסכם יושם מודל העסקה חדשני, המקצר את ימי העבודה החודשיים לכ- 16 ימים בחודש. ההסכם נועד בין היתר להתמודד עם השלכות מגפת הקורונה ולהפחית סיכוני ההידבקות, על ידי יצירת קפסולות של עובדים וצמצום מפגשים רחבים.