באותם הימים בהם עסקה ממשלת מלזיה לצד כלי התקשורת במלזיה בביקורו של טונקו עבדאללה בישראל, הודיע מאהאטיר כי ראש ממשלת ישראל יצחק רבין כתב לו מכתב ובו הציע כינון יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות בעקבות ההפשרה ביחסי ישראל-הפלסטינים. מאהאטיר התבצר בעמדתו הנוקשה כלפי ישראל וגרס כי לא יוקמו שום יחסים רשמיים בין ישראל למלזיה כל עוד הבעיות התלויות והעומדות בין ישראל לאש"ף במסגרת הסכסוך הישראלי-פלסטיני לא ייפתרו לצמיתות. לעיתונאים מלזים הוסיף מאהאטיר כי אין הוא שוכנע בכנותה של עמדת ישראל בתהליך השלום הישראלי-פלסטיני, טען כי "ישראל ממשיכה להשפיל את העם הפלסטיני ואינה מתכוונת להשיב לו את ירושלים", ובינתיים אין כל כוונה לבטל את האיסור על קיום מסחר עם ישראל. ב-9 באוקטובר 1994, בעת ביקורו שערך בירדן, הסביר מאהאטיר במסיבת עיתונאים כי מלזיה תכונן עם ישראל קשרים דיפלומטיים רק אחרי שייחתמו הסכמי שלום בין ישראל למדינות ערב, ימולאו תנאיהם של הערבים והצד הערבי יתרצה מיישום ההסכמים, במיוחד בסוגיית מעמדה הבינלאומי של ירושלים. חרף דברים אלה, באותה השנה נוצרו קשרים בלתי-פורמליים בין שגריר ישראל בסינגפור לבין משרד החוץ המלזי.
הפשרה בגישת מלזיה כלפי ישראל.
באותה תקופה של הסכמי אוסלו התגלו סימנים אחדים לשינוי בגישתה של מלזיה במספר מישורי פעילות בעלי חשיבות כלכלית. לראיה, במהלך 1994 קיבל מספר מוגבל של ישראלים רשות להיכנס למלזיה בכנסים בינלאומיים שעסקו במגוון נושאים. ב-24 באוקטובר אותה השנה החליטה ממשלת מלזיה להתיר לתושביה המוסלמים של מלזיה לעלות לרגל אל ירושלים לשם תפילה במסגד אל-אקצא ללא אפשרות לבקר במקומות אחרים בישראל. המבקרים הורשו להיכנס לישראל רק דרך הגבול שלה עם ירדן, ומשך הביקור הוגבל לשבועיים. סגן שר החוץ המלזי מסר הודעה על כך והוסיף כי אין שינוי במדיניות מלזיה כלפי ישראל חרף ניסיונותיה למסד את היחסים הארגון לשחרור פלסטין ולנרמל את יחסיה עם ארצות ערב. כשהתפרסמה ידיעה זו ביקשו נציגים של עדות נוצריות במלזיה הסדר דומה, ושר החוץ המלזי אישר בקשה זו ב-10 בנובמבר. באמצע חודש נובמבר נפגש בסינגפור נשיא איגוד סוכני הנסיעות של מלזיה עם נספחי המסחר והתיירות של ישראל בשגרירות ישראל בסינגפור כדי לברר פרטים בעניין הסדרת תיירות ממלזיה אל ירושלים. החל מ-1 בינואר 1995 עד ל-5 בינואר ביקרה בישראל משלחת של סוכני נסיעות מלזית בראשות נשיא האיגוד. באותה השנה גם נחתם הסכם בין אל על לבין חברת התעופה הלאומית של מלזיה, מלזיה איירליינס.
צעד מעניין נוסף בו נקטה ממשלת מלזיה אירע בשלהי חודש מאי 1995. צוות טלוויזיה ממלזיה ביקר בישראל, וב-18 ביוני אותה שנה שודרה בטלוויזיה המלזית תוכנית שצולמה בישראל וכללה ריאיון עיתונאי עם אישים ישראלים בהם ראש עיריית ירושלים אהוד אולמרט. תוכנית זו שודרה על רקע שירים עבריים. צעד זה אינו חסר-תקדים, שכן עוד בדצמבר 1994 הוענקו אשרות שהייה לשמונה ישראלים שחפצו לבקר במלזיה לשם השתתפות בכנס שעסק בדשנים.
בתחום יחסי המסחר התמונה הייתה מורכבת יותר. ב-17 בספטמבר 1994 החרימו רשויות המכסים של מלזיה מטען בן 24 אלף טון דשנים שיובא למלזיה בחשד שמוצאו בישראל, אשר סחר חוץ עמה היה אסור בתכלית האיסור. אלא שממשלת מלזיה החלה לסבור כי ישנו סוג של חרם נגדי מצד סוחרים יהודים בארצות השונות שאינם מעוניינים למכור סחורה מלזית והדבר גרם לנזקים בכלכלת מלזיה. במחצית חודש ינואר 1996 החל המשרד לענייני סחר בינלאומי של ממשלת מלזיה לבדוק את האפשרות לפיתוח הדרגתי של יחסי מסחר עם מדינת ישראל. ראפידה עזיז , שרת התעשייה והמסחר הבינלאומי, הודיעה על כוונות אלה אך הוסיפה כי מסחר שכזה לא ישליך על התחום המדיני: גם מנכ"ל משרד החוץ של מלזיה הבהיר כי אין זה אומר שממשלתו ששה למסד יחסים דיפלומטיים עם האויב הציוני, ודבק במדיניות האנטי-ישראלית של מאהאטיר. הודעתו זו באה כתגובה להצהרתו של שר האוצר הישראלי אברהם שוחט בניו דלהי שהוא מצפה לכינון יחסים דיפלומטיים רשמיים בין ישראל לאינדונזיה ולמלזיה.
ההפשרה שחלה במישור הכלכלי בין ישראל למלזיה עוררה את התעניינותו של יוסי שניר, מנכ"ל משרד התעשייה והמסחר. לראיה, בגילוי של להיטות מסוימת, דרש שניר הבהרות מגורמים רשמיים במלזיה בדבר החלטה להתיר קיום של שיתוף פעולה כלכלי. הפנייה של שניר בשם משרד התעשייה והמסחר, שבראשו עמד מיכה חריש, נעשתה לאחר שמלזיה מיאנה לספק הסברים רשמיים להחלטתה זו. שניר ביאר שרק אם תתקבלנה התשובות הדרושות ישמיט משרד התעשייה והמסחר את מלזיה מרשימת מדינות האויב שהמסחר עמן אסור, לרבות סחר חוץ. בנוסף, דוברות שגרירות ישראל בסינגפור הודיעה כי ממשלת ישראל מצפה שמלזיה תנקוט בצעדים לקראת נרמול קשריה המסחריים עם ישראל.
מלזיה דבקה באי-רצונה להשיב לפניות מדינת ישראל. עם זאת, במהלך פברואר 1996 ביקר בישראל איש עסקים מלזי שניהל שיחות על עסקים משותפים בין חברות מלזיות לכאלה ישראליות. בשלהי מרץ אותה שנה ביקרה בישראל משלחת של אנשי עסקים ממלזיה וקיימה פגישות עם מנהיגי איגוד לשכות המסחר על דרכי מסחר אפשריות בין שתי המדינות על אף שטרם הוסר החרם הרשמי של מלזיה על סחורות ישראליות. ראש המשלחת המלזית טען כי בידו היתר משרת התעשייה המלזית לבקר בישראל. בראשית חודש מאי התקיים כנס בין-לאומי של רשות הנמלים; בכנס זה לקחה חלק משלחת מלזית בת 16 אנשים שהשתתפותם אושרה בידי ממשלתם. הגעתם של אנשי עסקים מלזים לישראל בזה אחר זה, לצד שינוי מדיניותה של קואלה לומפור בדבר מתן אשרות שהייה לישראלים, ביססו תחושה כללית במשרד החוץ כי ממשלת מלזיה עתידה לחנוך משרד כלכלי בתל אביב-יפו. בחודש יוני הודיע המזכיר הפרלמנטרי של משרד התעשייה המלזי שנבחנת האפשרות לשדר לישראל משלחת מסחר רשמית מטעם קואלה לומפור. שר החוץ המלזי הוסיף לדבריו ואמר כי קשרי מסחר עתידיים בין שתי המדינות תלויים במאמצי ממשלת ישראל החדשה בראשות בנימין נתניהו לחתור לשלום עם הרשות הפלסטינית.
באוקטובר 1996 כונן הבנק המלזי "Public Bank Berhad" קשרים ישירים עם בנק הפועלים במטרה לאפשר לתאגידים מסחריים משתי המדינות לבצע עסקאות פיננסיות במישרין. סגן שר האוצר המלזי הצהיר כי מעתה מותר לאנשי עסקים ישראלים להשקיע במלזיה. על רקע התפתחויות אלה החליטה "המועצה היהודית ליחסים קהילתיים" שבניו יורק למסד קשרים עם גורמים מלזיים במטרה ללחוץ על ממשלת מלזיה לכונן יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות. אפילו נערכו פגישות שונות עם נציגי מלזיה באומות המאוחדות ועם סגן ראש ממשלת מלזיה, אך מאמצים אלה לא הניבו השלכות מעשיות. בשנת 1997 נקטה ממשלת מלזיה בשני צעדים קטנים בתחום הספורט והנוער. מ-3 עד 16 במרץ ביקרה במלזיה קבוצת בני נוער ישראלית ובה 14 תלמידים מבתי ספר תיכון שונים. נמסר שראש הממשלה מאהאטיר עצמו יזם את ההגעה. המשלחת ביקרה בבתי ספר תיכון מלזיים ואף נועדה על שר החינוך, אם כי הביקור לא עורר הד ציבורי.
חזרה לעוינות.
לעומת ההתקדמות שקשרים הלא-דיפלומטיים בין שתי המדינות מאז הסכמי אוסלו, חלה הרעה הדרגתית ביחסים. ביקור של קבוצת קריקט ישראלית, שהתקיים ימים ספורים אחרי משלחת הנוער הישראלית במטרה להשתתף בתחרות קריקט בין-לאומית שהתקיימה במלזיה, עורר הפגנות. מאות מוסלמים חברי תנועת האופוזיציה המוסלמית הפגינו ושרפו את דגל ישראל. גם סטודנטים ממוסדות להשכלה גבוהה חברו להפגנות המוסלמים. להרגעת הרוחות הצהיר שר החוץ המלזי בפרלמנט כי אין למלזיה שום כוונה למסד קשרים דיפלומטיים עם ישראל וכי עמדה זו תישאר בעינה. מעתה ואילך נמוגה ההפשרה ביחס ממשלת מלזיה לישראל; דומה היה כי מלזיה התאכזבה מעליית ממשלת נתניהו שהובילה לנסיגה בתהליך השלום הישראלי-פלסטיני. ראש הממשלה מאהאטיר הגיב בספטמבר 1996 למהומות מנהרת הכותל והאשים את ממשלת נתניהו בנסיגה מתהליך השלום שיזם ראש הממשלה לשעבר רבין: הוא טען שפתיחת מנהרות הכותל הייתה פרובוקציה שפגעה בקדושת מסגד אל-אקצא. שר החוץ של מלזיה שנאם באותם הימים במועצת הביטחון של האומות המאוחדות אמר כי ניסיונות את ישראל להפוך את ירושלים לעיר בירתה אינם חוקיים, וכי ארצו תומכת במאמצי הפלסטינים להגדרה עצמית ולהקמת מדינת פלסטין.
בניגוד להפשרה היחסית בקשרים הבלתי-פורמליים של מלזיה וישראל, שהחלו כאמור בעקבות הסכמי אוסלו והתקדמות תהליך השלום הישראלי-פלסטיני, מאהאטיר מוחמד המשיך לספק התבטאויות אנטישמיות. על ההפשרה ביחסי מלזיה-ישראל אבד הכלח, ככל הנראה לאור הקמת ממשלת ישראל העשרים ושבע בראשותו של בנימין נתניהו שהובילה לנסיגה בתהליך השלום. אחד האירועים המשמעותיים ביותר בהיסטוריה של הכלכלה המלזית היה המשבר הפיננסי באסיה ב-1997, שצמצם את התמ"ג המלזי מ-100.8 מיליארד דולר בשנת 1996 ל-72.2 מיליארד דולר ב-1998; התמ"ג של הכלכלה המלזית לא התאושש לרמות 1996 עד 2003. מאהאטיר היה בטוח שהגורם למשבר הכלכלי היה ג'ורג' סורוס היהודי, ניצול שואה ממוצא הונגרי. סורוס התעסק בעיקר בתחום ההשקעות ושוקי הכספים ובכך צבר הון רב. התעסקותו של סורוס במטבע המלזי, ככל הנראה, השפיעה לרעה על כלכלת מלזיה. הדיווחים בעיתונות המלזית נכתבו בלשון אנטישמית. מאהאטיר נימק את עמדותיו: