לאחר שהפך לותרני, הורה הדוכס אולריך על פירוק כל המנזרים בשטחי וירטמברג בשנת 1534 והחרים את נכסיהם. מנזר מאולברון היה היוצא מן הכלל היחיד לצו זה, שכן הוא נועד לארח נזירים שגורשו ממנזרים אחרים. בשנת 1536 הועבר אב המנזר של מאולברון למנזר פאירי, ובשנה שלאחר מכן הוא החל בהליכים משפטיים להשבה של מנזר מאולברון למסדר הציסטרציאני. בעקבות תבוסת הנסיכים הפרוטסטנטים במלחמה השמלקלדית, החליטה הדיאטה הקיסרית של האימפריה הרומית הקדושה לטובת הציסטרציאנים בצו המכונה הסדר המעבר של אאוגסבורג משנת 1548. לאחר 1555, השיב שלום אאוגסבורג את הרגיעה הדתית באימפריה, אולם כריסטוף, דוכס וירטמברג הצליח לבצע רפורמה מלאה של הדוכסות. בעקבות תוכנית שהקים היועץ , תאולוג לותרני, פירק כריסטוף את מנזר מאולברון לצמיתות בשנת 1556. אחזקות המנזר אורגנו כמחוז מנזר (קלוסטראמט) ובראשו היה עתה אב מנזר פרוטסטנטי. אב המנזר הפרוטסטנטי הראשון של מאולברון היה ולנטין ואניוס (Valentin Vannius), נזיר לשעבר ממאולברון, שנכנס לתפקידו בשנת 1558. מאוחר יותר הצטרפו למנזר מנהלים חילוניים שהקימו מרכז מנהלי במתחם המנזר. מרכז זה, העיירה מאולברון, הפך למחוז מנהלי רשמי (אובראמט) במאה ה-18. הוא קודם עוד יותר במאה ה-19 והיה אחד המרכזים המנהליים העיקריים של ממלכת וירטמברג.
במהלך מלחמת תשע השנים היה מנזר מאולברון חלק מהרשת ההגנתית של קווי אפינגן (Eppinger Linien), שנבנתה בין השנים 1695 עד 1697 על ידי לודוויג וילהלם, מרקיז באדן-באדן. מאפיית המנזר סיפקה אוכל לעובדים בזמן שעמלו על הביצורים.
סמינר פרוטסטנטי.
הדוכס כריסטוף הקים סמינר פרוטסטנטי בשטח מנזר מאולברון בשנת 1556. שני כנסים לותרניים נערכו במאולברון בשנים 1564 ו-1576.
הנצחה.
מנזר מאולברון נוסף לרשימת אתרי המורשת העולמית של אונסק"ו בשנת 1993.
אזור "גן העדן" והלווטוריום (ראו בהמשך) מופיעים על מטבע בערך 2 אירו שהוטבע בגרמניה בשנת 2013. 30 מיליון מטבעות אלה הוטבעו בברלין, מינכן, שטוטגרט, קרלסרוהה והמבורג.
מנזר מאולברון הוא חלק ממסלול מנזרי צפון היער השחור יחד עם מנזר אלפירסבאך (Kloster Alpirsbach), מנזר הירסאו (Kloster Hirsau) ומנזר ראוטין (Kloster Reuthin).
במנזר מבקרים בממוצע 235,000 איש מדי שנה.
שטחי המנזר ואדריכלות.
מנזר מאולברון נבנה בסגנון רומנסקי, שאז היה מקובל בשוואביה. מוטיבים מ"סגנון מנזר הירסאו" הם עמודים אחידים והמסגרות המלבניות סביב הקשתות הרומנסקיות. לקראת סוף המאה ה-12 הושפעה האדריכלות של הציסטרציאנים מהאדריכלות הגותית, שדרשה פחות אבן מהסגנון הרומנסקי, והמסדר החל להפיץ אותה מצפון-מזרח צרפת. אדריכל אנונימי שהוכשר בפריז הקים בגרמניה את הדוגמה הראשונה של אדריכלות גותית בגרמניה בנרתקס של מנזר מאולברון, החלק הדרומי של הקלויסטר שלו, ואת הרפקטוריום של הנזירים. הגותיקה המאוחרת הגיעה למאולברון מסוף המאה ה-13 ועד אמצע המאה ה-14, ושוב בעידן של סוף המאה ה-19.
אף על פי שמעט מאוד מהבנייה מהמאה ה-12 השתמר, כמו השער ודלתותיו המקוריות, המנזר בכללותו שרד בעיקר בגלל דוכסי וירטמברג. ההיסטוריה האדריכלית של המתחם עדיין לא לגמרי מובנת.
המנזר היה מוגן על ידי חומת אבן, גשר מתרומם וחמישה מגדלים. הכניסה למתחם היא עדיין דרך בית השער בפינה הדרומית-מערבית, אם כי הגשר כבר אינו קיים. הבניין מקורות העץ מאחורי בית השער נבנה בסביבות 1600, והגג הנוכחי הוא בארוקי, נבנה בשנת 1751. ממש מאחורי בית השער נמצא בית מרקחת, במקור פונדק הבנוי גם הוא בסגנון הבארוק. צמוד לבית המרקחת הישן שוכן ה-Frühmesserhaus (בית הבוקר המוקדם), מקום מגוריו של הנזיר האחראי על מיסת בוקר מוקדמת לאורחי המנזר. פנים המבנה מחולק לאח גדול ופתוח ולאולם הכניסה. לבית המרקחת הישן מצורף גם מהמאה ה-19, כיום מוזיאון, הניצב על גבי קפלה שנבנתה בסביבות שנת 1480. הבסיס לבית המקהלה של הקפלה הזו עדיין קיים מאחורי בית הכרכרות, כמו גם שרידי שער בסגנון רומנסקי שנהרס בשנת 1813. צינור העופרת במקום מעיד על כך שבעבר הייתה באר מים באזור. ממזרח לשער נמצא ה-Fruchtkasten ("קופסת פירות"), היום אולם קונצרטים. הוא נבנה במאה ה-13 ואז נבנה מחדש והוגדל לחלוטין בשנת 1580 לאחסון ושימוש בציוד לייצור יין.
מצפון לשער נמצאים בנייני המנהל והכלכלה של המנזר. לאורך הקיר המערבי של המנזר נמצא מה שהיה בעבר בית המלאכה של יצרן גלגלי המרכבות. מזרחית לנפחייה נמצאים בניין האורוות ומגורי הסייסים לשעבר, בית העירייה של מאולברון מראשית המאה ה-19. הבניין הוסב בשנת 1600 מהמראה הגותי המקורי שלו למבנה בסגנון הרנסאנס הנוכחי. צפונית לבניין העירייה נמצא הברקסטן (Haberkasten), ששימש כאסם, ובצמוד אליו נמצא מקום עבודתו ומעונו של האופה הראשי של המנזר. לבסוף, ישנם שלושה בנייני קורות עץ. הראשון הוא מבנה ההסעדה (Speisemeisterei), ליד המנסרה, והשלישי הוא בורסריום (Bursarium, מַעֲנָק), שנבנה בשנת 1742 כמשרד בית הקברות אך שימש כתחנת משטרה ומשרדי נוטריון החל משנת 2019. הבניין האמצעי, שנבנה בשנת 1550, היה מגורי המשרתים וכיום הוא מסעדה איטלקית.
בשנת 1588, בנה לודוויג השלישי, דוכס וירטמברג ארמון נופש מעל מרתף הבניין הקודם, ככל הנראה בית אב המנזר. במהלך קיומו של מחוז מנזר מאולברון היה ארמון הנופש של לודוויג השלישי המשרד המנהלי שלו. בקרבת מקום נמצאים חורבות פפרינדהאוס (Pfründhaus, "בית המוטבים"), שם התגוררו תורמים שרכשו קצבה לכל החיים מהמנזר. המבנה הוקם בשנת 1430 ושימש כבית מגורים לעניים (Armenhaus) במאה ה-19 עד שנהרס בשריפה בינואר 1892. בפינה הדרומית-מזרחית של המתחם נמצא הפאוסטורם (Faustturm), המגדל בו התגורר לכאורה בעת ששהה במנזר בשנת 1516.
על מנת להפעיל את המנזרים שלהם הורשה המסדר הציסטרציאני להחזיק ברכוש כמו גופי מים, כרמים ויערות. בראשית המאה ה-12 הקיפו את מנזר מאולברון 17 חוות של המנזר (Grangie), שהופעלו על ידי האחים החילוניים.
בגנים סביב המנזר, בקלויסטר שלו וממזרח לכנסייה, גידלו פירות וצמחי מרפא.
המנזר.
במרכז מתחם המנזר נמצא המנזר, שם גרו והתפללו הנזירים והחילונים. במנזר הייתה חלוקה קפדנית בין שתי הקבוצות. זה היה כך אפילו בכנסייה, המחולקת לחלקים עבור הראשונים והשניים על ידי קיר בית המקהלה. ישנם שתי , מעוטרות בקרפדות, לטאות וגולגולות ומספר יצירות מימי הביניים משני צידי קיר בית המקהלה. מול קיר זה בצד החילוני יש דמות גדולה של ישו הצלוב, שגולפה בסביבות 1473 מגוש אבן יחיד. בסוף נמצא העוגב, שהותקן על ידי גרהרד גרנצינג (Gerhard Grenzing) בשנת 2013. בבית המקהלה המדונה והילד של מאולברון (Maulbronner Madonna), שנוצרה מתישהו בין השנים 1307 עד 1317. במקום המקודש למטה יש סט של דוכני מקהלה ל-92 נזירים וכיסא אב המנזר מהמאה ה-15. הם גולפו על ידי אומן לא ידוע, אולי האנס מולטשר (Hans Multscher), שכיסה אותם בסצנות תנכיות ויצורים מיתולוגיים. ציורי הקיר בתוך הכנסייה מתארים את סגידת שלושת האמגושים, והכניסה של מייסד מנזר מאולברון ולטר פון לומרסהיים למנזר כאח חילוני. כמו כן נוכחים שלטי האצולה של האצילים שתרמו לבניית המנזר. קפלות התורמים והקמרון הגותי המקומר, שהחליפו את גג העץ השטוח המקורי, נוספו עם שיפוץ הכנסייה בסוף המאה ה-15. המזבח, ככל הנראה מתוצרת דרום גרמניה, מתאר את הפסיון של ישו היה פעם מוזהב וצבוע. החלקים שנותרו הוצבו מאז 1978 על גבי לוח אבן בקפלה.
הנרתקס של הכנסייה הוא הדוגמה העתיקה ביותר בגרמניה לאדריכלות הגותית, הוא מכונה "גן העדן" (Paradies) ונבנה בסביבות 1220. השער אל כנסיית החילונים מכיל את הדלתות המתוארכות העתיקות ביותר בגרמניה, מעוצבות מעץ אשוח משנת 1178. הדלת הייתה מעוטרת עם ברזל יצוק וקלף שהיה מודבק על הדלת ונצבע באדום. מצפון לכנסיית המנזר נמצא הקלויסטר, שחלקו הדרומי נבנה על ידי בית המלאכה של האומן של "גן העדן" בין השנים 1210 עד 1220. האחים החילונים היו יכולים להיכנס או לעזוב את הקלויסטר ממסדרון בצדו המערבי. הוא מוביל למדרגות למעונותיהם, ולרפקטוריום בקומת הקרקע. הקמרונות הצולבים נתמכים על ידי שבעה עמודים דקים כפולים שהותקנו בשנת 1869. ממול למסדרון אל הקלויסטר מהרפקטוריום של החילונים, נמצא חדר האחסון (Cellarium), כיום יש בו תצוגה של כלי העבודה של סתתי האבן.
בצד הצפוני של הקלויסטר נמצא הלווטוריום, שם שטפו הנזירים את ידיהם לפני הארוחות או השתמשו בו להיטהרות של כל הגוף. מרבית חלקי המזרקה שבפנים מתוארכים לשנת 1878; רק קערת הבסיס מקורית. חמשת החלונות הגותיים התווספו בין השנים 1340 עד 1350 ומבנה קורות העץ מעל הלוואטריום נבנה בסביבות 1611 בסגנון דומה לזה של היינריך שיקהרדט (Heinrich Schickhardt). הקמרונות של הלוואטריום צוירו בתיאור המיתוס המכונן של מאולברון. מול בית המזרקה נמצא הרפקטוריום של הנזירים, שם אכלו האחים את ארוחותיהם והאזינו לקריאת הביבליה. ייתכן שבניין זה נבנה גם על ידי האומן של גן העדן, כפי שמעידים האלמנטים הגותיים המוקדמים של פנים הבניין. צלעות הקמרונות נצבעו באדום במאה ה-16. המטבח שסיפק אוכל לשני הרפקטוריומים ממוקם ביניהם, אך הוא אורגן כך שהרחיק עשן וריחות משאר המנזר.
אף על פי שהמסדר הציסטרציאני אסר על חדרים מחוממים, יש במאולברון (חדר מחומם) שחומם באמצעות הדלקת אש בתא שתקרתו מקומרת מתחת לקלפקטוריום. עשן הוזרם החוצה והחום עלה אל הקלפקטוריום דרך 20 החורים ברצפתו. זה היה החדר היחיד המחומם במנזר.