הבריטים הבחינו כי קצב שיגור הספינות גובר, מחנות המעצר בלטרון ובעתלית מתמלאים עד אפס מקום ואילו לחצם על מדינות אירופה לעצירת הספינות לא נושא פרי. במסגרת מאבקם במחתרות היישוב (שהתבטא בין היתר ב"שבת השחורה"), הוחלט באוגוסט 1946 על תגובת הרתעה כלפי המעפילים ומארגני ההעפלה: שילוח המעפילים שייתפסו למחנות המעצר בקפריסין באמצעות ספינות גירוש. האוניות הראשונות שנוסעיהן הוגלו לקפריסין היו "יגור" ו"הנרייטה סולד".
זרם הספינות לא פסק מלהגיע לחופי הארץ, אולם ידם של הבריטים הייתה בשנים אלה על העליונה. מרבית הספינות שהגיעו נתפסו, ונוסעיהן הוגלו בסופו של דבר לקפריסין. המעפילים שנתפסו גילו פעמים רבות התנגדות פיזית למעצרם. הם התעמתו עם הכוחות הבריטים, שתוגברו בחיילים ובאמצעי לחימה, ובמקרים מסוימים אף נפתחה לעברם אש חיה. כך קרה עם האונייה "כנסת ישראל", אוניית המעפילים הגדולה עד אז, שיצאה מיוגוסלביה בנובמבר 1946 עם קרוב ל-4,000 מעפילים. כשהגיעה לנמל חיפה מעפיליה נאבקו לבדם מול הבריטים בקרב קשה, שכלל נפגעים ואף זריקת רימוני גז עליהם. לבסוף הם נאלצו להיכנע ולהישלח לקפריסין. היו מקרים בהם אנשי היישוב הוזעקו למקום הורדת המעפילים והתערבבו עמם על מנת למנוע מהבריטים את גרושם. כשהאונייה "שבתאי לוז'ינסקי" התגלתה בחוף ניצנים במרץ 1947, מאות מתושבי הסביבה הוזעקו אל החוף, נפטרו מכל סימן מזהה וכל מי שנשאל לגבי זהותו ענה "אני יהודי מארץ ישראל". הבריטים התקשו בזיהוי המעפילים ולבסוף גורשו לקפריסין 700 איש, ביניהם 170 מבני היישוב, בעוד חלק מהמעפילים שוחררו.
הצבא הבריטי בנה 12 מחנות בארבעה אתרים שנודעו כמחנות המעצר בקפריסין. מחנות בהם הוקמו אוהלים כונו לרוב "מחנות קיץ", וכאלה שכללו צריפי פח כונו "מחנות חורף". התנאים בהם היו קשים: צפיפות רבה, הקצבה מוגבלת של אוכל ומים, הגבלת פעילויות העצורים על ידי שלטונות הצבא ומחסור בתעסוקה. שליחים ארצישראליים ניהלו את המחנות בדומה לקיבוץ, פתחו חוגי הכשרה שונים ואף הקימו בתי ילדים וכפרי נוער. חלק ממכסות הסרטיפיקטים ניתנו לשוהי המחנות על פי קריטריון וותק השהייה.
פרשת "אקסודוס" וסיום ההעפלה.
המבצע הידוע ביותר של ההעפלה הוא הפלגתה של האונייה "אקסודוס" ומאבקם של מעפיליה. ב-1946 רכשו אנשי "המוסד לעלייה ב'" בארצות הברית את אוניית הנופש הישנה "פרזידנט וורפילד" (Presidend Warfield), שיפצו אותה והביאו אותה לאיטליה. האיטלקים עיכבו את האונייה בלחץ הבריטים, אך היא הצליחה לחמוק מהם והגיעה ביולי 1947 לנמל סֵט שבדרום צרפת. יומיים לפני הגעתה לחופי ארץ ישראל קיבלה את שמה החדש "יציאת אירופה תש"ז Exodus-1947". על האנייה הועלו כ־4,500 מעפילים, אך השלטונות הצרפתיים אסרו את יציאתה מן הנמל. בפיקודם של יוסי הראל ואייק אהרונוביץ', חמקה הספינה מהנמל לכיוון ארץ ישראל, בלא להמתין לסירת הניווט. משחתות בריטיות ליוו אותה מיד עם יציאתה מהנמל. במרחק של כ-20 מייל ימי מחופי הארץ, כשלא נעתרה לדרישתם לעצור, נגחו בה משני צידיה על מנת שלא תתקרב לחופי הארץ. קבוצת חיילים בריטים הצליחה לחדור אל האנייה למרות מטר קופסאות השימורים שנזרק עליה מידי המעפילים, והחלה להכות ולירות במגנים המעפילים. קצין ים מתנדב אמריקאי ושני מעפילים נהרגו ורבים נפצעו. האנייה ניזוקה עקב נגיחת המשחתות. לשם הצלת הפצועים הרבים שהיו על הסיפונים, הוחלט להיכנע ולאפשר לרופאים בריטים לטפל בהם. מרגע הכניעה המשיכה האנייה בכוחות עצמה להפליג לנמל חיפה. המעפילים הועברו לשלוש ספינות גירוש: "אושן ויגור" - SS Ocean Vigour (1,494 מעפילים), "אמפייר ריוול" SS Empire Rival ( 1,526 מעפילים) ו"רונימייד פארק" SS Runnymede Park (1,409 מעפילים). אולם מאחר שמחנה המעצר בעתלית ומחנות המעצר בקפריסין, התמלאו ובנוסף על מנת "ללמד לקח" את המעפילים, ממשלת בריטניה החליטה על מדיניות חדשה שנקראה "ריפולמנט" (Refoulement), שמטרתה להחזיר את המעפילים לארצות מוצאם, ובהתייחס למעפילי האקסודוס - החזרתם לצרפת במקום להובילם לקפריסין. המעפילים זעמו, ובהגיעם לנמל פורט-דה-בוק, סירבו לרדת מהאוניות ופתחו בשביתות רעב. הבריטים החליטו להחזירם למחנות העקורים בגרמניה אך המעפילים, בעידודם של אנשי "ההגנה" שהפליגו אתם, סירבו לרדת מהאנייה ושהו בה 24 יום בתנאים קשים. למרות זאת, הם הוחזרו לגרמניה והורדו בכוח בנמל המבורג. המעפילים הועברו למחנה עקורים באזור הבריטי בצפון גרמניה (סמוך לעיר ליבק) ובחודשים שלאחר מכן עלו רבים מהם לארץ, חלקם ברישיון וחלקם במסגרת עלייה ד'.
החשיבות הגדולה של פרשת "אקסודוס" הייתה בסערה התקשורתית שעוררה ברחבי העולם, בייחוד בזכות עקשנותם של המעפילים. את הפרשה סיקרו 200 עיתונאים שנתנו יחס אוהד למעפילים והדגישו את הצורך לפתרון בעיית הפליטים היהודיים ו"בעיית פלשתינה". הבריטים ספגו ביקורת קשה והפסיקו להחזיר את האוניות לארץ מוצאן.
לאחר "אקסודוס" המשיכו לצאת ב-1947 אוניות מעפילים גדולות, בהן "מדינת היהודים" שיצאה מבולגריה עם 2,664 מעפילים עליה ונוגחה על ידי משחתות בריטיות סמוך לחופי תל אביב, נגררה לנמל חיפה ומעפיליה גורשו לקפריסין, ואוניות הפאנים, "פאן יורק" - "קיבוץ גלויות" ו"פאן קרסנט" - "עצמאות", שלאחר ארגון מורכב ומדוקדק הפליגו מבולגריה, נושאות כ-7,500 מעפילים כל אחת. הן הפליגו למרות לחץ בריטי ואמריקאי לעצרן, ולמרות הוראת הסוכנות היהודית לעכב את הפלגתן ערב החלטת האו"ם בשאלת ארץ ישראל. לאחר משא ומתן עם הבריטים בלב ים, הוחלט לא לסכן את המעפילים והספינות נשלחו ישירות לקפריסין.
עם הקמת מדינת ישראל הושלם מבצע ההעפלה, ויהודי אירופה שחפצו להגיע לארץ עלו במסגרת העלייה ההמונית. עוד לפני כן הועלו כ-20,000 צעירים מהמחנות שהיו נחוצים לעזור בקרבות מלחמת העצמאות במה שנקרא בשם "גיוס חוץ לארץ". כניסתם של חלקם נאסרה, אף על פי שמדינת ישראל הייתה כבר עצמאית, בשל האמברגו של האו"ם על כניסת צעירים בגיל גיוס, אלא שלא היה כעת קושי רב להגניבם. בינואר 1949, חצי שנה לאחר הקמת המדינה, הותר לשארית המעפילים שנכלאו בקפריסין להגיע לישראל.
עלייה ד'.
עלייה ד' הוא שם כולל להעפלה בעזרת מסמכים מזויפים או בזהות בדויה, הן בדרך הים והן בדרך היבשה. על פי נתונים רשמיים עלו בעלייה ד' כ-8,500 נפש.
בין העולים בצורה זו היו כאלו שעלו בעזרת תעודות מזויפות או דרכונים שהוחלפה בהם התמונה תוך התחזות לבעל הדרכון. לשם כך אספו המוסדות בארץ ישראל דרכונים מעולים לשעבר שהתאזרחו, שלחו אותם לאירופה שם הוצמדה לדרכון תמונתו של המעפיל שעברה התאמות כך שתיראה מקורית. שמו של האדם היה נשלח לשלטונות המנדט בישראל לשם אימות כי האדם אכן תושב ארצישראלי חוזר, ואז היה יכול לעלות על אנייה ולהפליג באופן "חוקי". לעיתים היו מוסיפים לדרכון גם אישה וילדים וכך עלו יותר נפשות.
היו כאלו שעלו עם תעודות של חיילי בריגדה שנשארו באירופה לצורך מבצע הבריחה, כאלו שבאו כתיירים עם אישורים פיקטיביים, למשל התחזות לחיילים ארץ ישראלים בצבא הבריטי היוצאים לחופשה בארץ ישראל ("מבצע פסח" תש"ו). היו גם כאלו שקיבלו אשרת ביקור תמורת הפקדת פיקדון ערבות, מתוך ידיעה מראש שהפיקדון יחולט כי לא התכוונו לחזור.
הפעילות הבריטית כנגד ההעפלה.
הבריטים לא חסכו מאמצים במלחמתם כנגד ההעפלה. ניתן לחלק את המאמצים למספר תחומים:
התחום הצבאי.
בתחום הצבאי פעלו הבריטים ראשית להשגת מודיעין בדרכים שונות לגבי נמלי היציאה, דרכי ההובלה של הפליטים ודרכי רכישת האספקה והדלק לאוניות. המודיעין הבריטי לאחר מלחמת העולם השנייה היה בין הטובים מסוגו, פריסתו באירופה הייתה טובה וארגונו היה מקצועי ומיומן. לפיכך, הבריטים הצליחו למפות כמעט את כל הפעילות של המוסד לעלייה ב' באירופה.
כתוצאה מהמודיעין הטוב שהיה ברשותם, הפעילו הבריטים כוחות לביצוע סגר ימי על ארץ ישראל, תוך יירוט תנועת אוניות המעפילים. כוחות הסגר הימי הופעלו באמצעות השייטת שכונתה "שייטת פלשתינה - royal navy palestine patrol" בפיקודו של אדמירל אלגרנון ו. ויליס ממקום מושבו במלטה. תחת פקודו היו צי הסיירות מס. 15 וצי המשחתות מס. 3. סה"כ 14 כלי שיט (משחתות וסיירות) שנעו במרחב באגן המזרחי של הים התיכון, מטוסי סיור והפצצה שליוו חלק מהאוניות וספינות סיור קלות של משטרת המנדט הבריטי שפעלו על גבול המים הטריטוריאליים של ארץ ישראל, רדפו אחר אוניות המעפילים, נגחו בהן וחסמו את דרכן לחוף. החל מחודש יולי 1946 במסגרת מאמץ מוגבר לבלימת העפלה לארץ ישראל, הוצבו באופן קבוע בנמל חיפה בין 4–6 משחתות ו-4 אניות מסע צבאיות מדגם ליברטי לגירוש המעפילים לקפריסין ולאירופה בפיקודו של קולונל גרגסון. בנוסף, הופעלו על חופי ארץ ישראל תחנות רדאר לאיתור אוניות הקרבות אל החופים (הידועה שבהן הייתה בסטלה מאריס, שם שכנה מפקדת הכוח הימי בפלשתינה). כוחות שיטור חופים הופעלו על חופי ההורדה על מנת לתפוס את המעפילים ואנשי היישוב שסייעו בהורדתם וכן כוחות צבאיים פעלו למנוע את התפזרות המעפילים בקרב האוכלוסייה האזרחית. בנוסף, הצבא הבריטי טיפל בגרוש המעפילים אל מחנות המעצר בקפריסין.
מבצעים שהפעיל הצבא הבריטי כנגד המעפילים
התחום המדיני והמסחרי.