לפי ראובן קשאני קיימים באפגניסטן מספר רב של שבטים מוסלמים הטוענים כי הם צאצאים לעשרת השבטים, וזאת על פי מסורת המועברת בעל-פה דורי דורות. תוך הסתמכות על שמות שבטים מוסלמים הדומים לשבטי ישראל, כמו: הרבני- ראובן; ג'אגי-גד; שינוורי-שמעון; אפרידי- אפרים; ג'משידי- מנשה; סהי- מבני יוסף. שבטי הפתנים טוענים כי הם מבני ישראל וצאצאי הפיתון טוענים כי הם חלק משבט בנימין. המלך האפגני האחרון, מוחמד זאהיר שאה, שהודח ממלכותו וחי בגלות, סיפר על היסטוריה זו ליהודי אפגניסטן טרם יציאתו לגלות וציין כי הוא משתייך לשבטי הפתנים. שבטים אפגנים מוסלמים אלו שמרו במשך הדורות על כמה מעיקרי תורת משה; לא עבדו בצהרי שישי, אפו לחם, הדליקו נרות ונחו בשבת ולא ביום אחר, קיימו ברית מילה, אכלו בשר משחיטה עצמית, לא אכלו בשר גמלים, לבשו טליתות, לא גילחו את זקנם ושמרו על מסורת שבטית ומשפחתית.
ימי הביניים.
בתקופת ימי הביניים היו מרכזים יהודים בערים קאבול, באלך, נישאפור , מרב, הראת וגזאני וכנראה בערים נוספות. קהילות אלו כנראה שגשגו, אך הפלישות המונגוליות במאה ה-13 פגעו בהן קשות ומחקו קהילות שלמות.
בלך.
בלך הייתה מרכז עירוני חשוב של העולם המוסלמי המזרחי בימי הביניים. הכרונקאי אל-מקריזי (1364-1442) כתב שההתיישבות של היהודים באזור באלך החלה בימיו של מלך אשור סנחריב (705–681 לפנה"ס) עקב המדיניות שלו לפזר עמים כבושים באזורים שונים של האימפריה שלו. בכתביו של הגאוגרף הערבי אבן ח'ורדאדבה מוזכרים ה"רדאנייה"- קבוצת סוחרים יהודים ממדינות שונות במאה ה-9 שסחרו באזור. הגאוגרף המוסלמי אל-מוקדסי בן המאה ה-10 כתב שיש בעיר קהילה יהודית גדולה. בקרב יהודי באלך פעלו כנראה מספר זרמים כיתתיים במאה ה-10, שסעדיה גאון התייחס אליהם כ"אנשים המכנים עצמם יהודים". אחד מהם היה חיוי הבלכי, שכתב חיבור מעורר-מחלוקת במאה ה-9 שבו העלה כ-200 תהיות ושאלות ביקורתיות לגבי המקרא והאופן שבו אלוהים מוצג בו. החיבור עצמו לא שרד עד ימינו, אך ידוע עליו מתוך כתביהם של אישים כגון סעדיה גאון (שחיבר מאמר כנגד החיבור של חיוי הבלכי) ואברהם אבן עזרא.
עקב עלייתו של ג'ינגיס חאן במזרח והפלישות המונגוליות שהטילו חורבן רב על מרכז ומערב אסיה כולן, נהרסה באלך כליל על ידי צבאות המונגולים. העיר הצליחה להשתקם במהרה ולפרוח שוב, אך היא נהרסה בשנית על ידי השליט טימור לנג. הקהילה היהודית של באלך לא שרדה את המאורעות הקשים שפקדו את העיר, ועד המאה ה-17 כבר לא נותרו בה יהודים. בשלב מסוים ההתיישבות היהודית בעיר התחדשה, ובסוף במאה ה-19 כותב מטייל הארצות אפרים ניימרק שיש בעיר כ-40 משפחות יהודיות ולהן בית כנסת גדול וישן. קהילה זאת הורכבה כנראה ממתיישבים יוצאי בוכרה, ודברה בדיאלקט בוכרית. מבחינה תעסוקתית ליהודי באלך היו מספר עיסוקים עיקריים בתקופה זו - חלק קטן יחסית מהיהודים עסק בחקלאות או היה בעל כרמים, חלק עשו פרנסתם מהשכרת אדמות למוסלמים, הרוב עסקו במסחר בעיירות הקרובות או בחנויות בבאלך עצמה, ואחרים עסקו במסחר של כותנה.
בשנות ה-30 של המאה ה-20 הממשלה האפגנית, בהשפעת סוכנים רבים של גרמניה הנאצית שפעלו במדינה, גירשה את היהודים מבאלך והרסה את בית הכנסת היהודי בעיר וכמאה בתים פרטיים.
קאבול.
קאבול מוזכרת כאחת הערים בהן היו קהילות יהודיות משמעותיות באפגניסטן. קאבול הוקמה כתחנת עצירה מרכזית בנתיב הסוחרים בין מרכז אסיה ואיראן להודו. הגאוגרף מוחמד אל-אדריסי (1100-1165) מציין שבתקופתו קיימת קהילה יהודית כה גדולה בקאבול עד שיש ל"כופרים היהודים" רובע משל עצמם. בדומה לקהילות האחרות באזור, הקהילה כנראה עברה חורבן כתוצאה מהכיבושים המונגולים ומתלאות נוספות בתקופה שאחריהם. במאות ה-17 וה-18 מספר היהודים בעיר היה קטן יחסית. בימיו של אחמד שאה דוראני (1747–1773) הגיעו לעיר כ-250 יהודים ממשהד שבאיראן. מטיילים מאוחרים יותר במאה ה-19 מצאו בעיר מספר עשרות משפחות. באמצע המאה ה-19 המשפחות היהודיות המעטות שחיו בקאבול גורשו ממנה והגיעו לסמרקנד לאחר שרכושם הוחרם על ידי שאה עבד רחמאן ח'אן.
בתחילת המאה ה-20 יהודים מהעיר הראת חזרו לשבת בקאבול. בשנות ה-20 של המאה ה-20 אלפי יהודים ברחו משטחי אוזבקיסטן הסובייטית עקב תוכנית נא"פ ("המדיניות הכלכלית החדשה") שהופעלה בה וחוללה משברים קשים באוכלוסייה המקומית. רובם התיישבו בעיר קאבול והשתלבו בהצלחה בעסקים ובמסחר בעיר, מה שעורר את זעמם של הסוחרים השיעים, הינדואים וסונים של העיר. לכך הצטרפה ההשפעה הנאצית הגוברת בשנים אלה, שלבסוף הביאה לפריצת מהומות אנטי-יהודיות בקאבול בהן נפצעו עשרות יהודים. בתקופה זאת ובמהלך מלחמת העולם השנייה יהודים רבים פוטרו מתפקידים ממשלתיים ואיסורים ומגבלות שונות הוטלו על חייהם. היהודים שישבו בקאבול שכנו ברובע נפרד בשם "מאהל אל-יהודייה" ועליו בוצע סגר לילי כך שבכל לילה לא הורשו היהודים לצאת ולהיכנס אל הרובע עד עלות השחר. היו בעיר שני בתי כנסת יהודים, אחד למשפחות שהגיעו אליה מבוכרה ושני למשפחות שהגיעו מהראט. לאורך שנות ה-50 כמעט כל יהודי העיר עלו לישראל.
מרב.
מרב מוזכרת כבר בתלמוד הבבלי () בסיפור מסע של אחד האמוראים (שמואל בר ביסנא). היהודים במקום מוזכרים ברשמים מוסלמים מסוף המאה ה-7 ותחילת המאה ה-8, במיוחד יהודי בשם "עקיבא" אשר היה גובה המיסים הראשי בעיר. לאחר שהוא מיעט לגבות מיסים מהיהודים ולא-מוסלמים אחרים, שהיו רוב בעיר, ולכאורה גבה יותר מהמוסלמים, הוא פוטר מתפקידו על ידי הממשל. מספר כרוניקאים מוסלמים מימי הביניים כתבו שעזרא הסופר התנ"כי הוא שייסד את הקהילה היהודית במרב. ייתכן שזאת המסורת שהקהילה היהודית שהתקיימה בעיר החזיקה בשנות קיומה.
במהלך הפלישה המונגולית מרב העתיקה ששגשגה עד אותה עת ומנתה כ-200,000 תושבים הוחרבה, וכך גם הקהילה היהודית שהתגוררה בה. מהעיר נותרו רק שרידים ארכאולוגים.
גור.
בחלק ההררי של אפגניסטן נמצאת גור. על קיומה של קהילה משגשגת בימי הביניים בעיר זו ניתן ללמוד מממצאים שנתגלו ב-1946, הכוללים בית קברות יהודי עתיק בקרבת העיר. המצבות הראשונות הן מהמאה ה-8 והאחרונות הן מהמאה ה-13. סוף הקבורה במקום באה בגלל הפלישות של המונגולים אשר הטילו חורבן על הקהילה היהודית באזור. על המצבות כתב עברי והתוכן נכתב בעברית, ארמית ופרסית יהודית. על פי התוכן והעיצוב של המצבות ניתן ללמוד שמספר מהיהודים הקבורים בהם היו בעלי תפקידים בכירים ביותר בבירוקרטיה המלכותית של זמנם, וניתן להסיק מכך שהקהילה היהודית באזור שגשגה. ההיסטוריון הפרסי אל-ג'וזג'אני בן המאה ה-13 מציין שבימיו של הח'ליף הארון אל-רשיד (786 - 809) יהודים מגור שימשו כמתווכחים במאבקים השבטיים של ח'וראסאן.
עקב החורבן שנגרם על ידי הפלישות המונגוליות, לא נותרו שרידים מקהילה יהודית זאת למעט המצבות בבית הקברות העתיק והתייחסויות קצרות בכתבים חיצוניים.
גזאני.
גזאני (במקור: גזאנה או ע'זאנה) הייתה בימי הביניים עיר הבירה המשגשגת של השושלת הע'זנווית. מספר מקורות מוסלמים מציינים שבמאות ה-10 וה-11 יהודים חיו בעיר ושימשו כמתווכים מסחריים של השליט מחמוד מע'זנה. מקור מהתקופה מציין שיהודי בשם יצחק, שהיה כנראה אחראי על מכרות באזור גזאני, העביר כסף בשמו של השליט למשורר הפרסי המפורסם נזאמי.
מספר מלומדים יהודים מימי הביניים זיהו בין גזאני לבין "גּוֹזָן" שמסופר עליה בספר ישעיהו פרק ל"ז פסוק י"ב, וזיהו אותה כעיר שבה נמצאים עשרת השבטים. בין מי שערכו את זיהוי זה כלולים סעדיה גאון, משה אבן עזרא והמטייל בנימין מטודלה. על בסיס סברה זאת אבן עזרא ומטודלה דיווחו, כנראה על בסיס שמועות, שבגזאני שוכנים עשרות אלפי יהודים בזמנם, אך אמינות דיווחים אלה מוטלת בספק.
הראט.
הראט היא עיר במערב אפגניסטן. בה הייתה קהילה גדולה ומשגשגת. במשך תקופה ארוכה למדי נשאה בתואר של הקהילה הגדולה מכל קהילות אפגניסטן. היהודים בהראט היו קרובים מאוד לבני יהדות איראן בגלל קרבתם הגאוגרפית אליהם. במאה ה-18 פעל בעיר הפילוסוף והמשורר ר' סימן טוב מלמד. בשנת 1840 הגיעו אליה כ-200 משפחות מהעיר משהד שבאיראן לאחר שנאלצו להתאסלם שם בהוראת השלטון השיעי, ובהראט הסונית חזרו ליהדותם. כבר מתחילת המאה ה-20 החלה עלייה לארץ ישראל של מאות מבני הקהילה, שהתיישבו בעיקר בשכונת הבוכרים בירושלים. גל נוסף של עולים מהראט הגיעו לארץ ישראל בשנות ה-30. לאחר קום מדינת ישראל עלו אליה כאלפיים יהודים מהראט. מארבעת בתי כנסת של הקהילה, שנתגלו מחדש בשנת 1978, וביניהם בית הכנסת יו או, הועלה לירושלים ארון הקודש שנשתמר במצב הטוב ביותר, כזיכרון מקהילה גדולה זו.
העת החדשה.
מהמאה ה-16 ואילך, אפגניסטן ופרס נחלקו לשני זרמים מוסלמים שונים המנוגדים זה לזה. אפגניסטן ומרכז אסיה נותרו סוניות בעוד פרס עברה לשיעה. האסלאם השיעי גילה לרוב פחות סובלנות כלפי היהודים, ולכן מתקופה זאת ועד המאה ה-20 הייתה אפגניסטן מקום מקלט עבור יהודי פרס, שזכו ליחס קשה מהשושלות השיעיות השונות, וסבלו מרדיפות ומניסיונות לכפות עליהם את האסלאם.