חברי המפלגה הרפובליקנית תכננו לתמוך בג'פרסון ובבר באופן שווה, כדי לא להציג את מפלגתם כמפלגה מפולגת. אולם 73 האלקטורים הדמוקרטים-רפובליקנים תמכו בבר ובג'פרסון, ללא פיצול. דבר זה גרם לכך שבית הנבחרים נאלץ לשבור את השוויון. הפדרליסטים שלטו בבית הנבחרים ויכלו להכריע את הבחירות. רבים העדיפו את בר במקום ג'פרסון, אולם המילטון, ששנא את בר, תמך בג'פרסון. ג'פרסון ובר לא ניסו להילחם על בית הנבחרים. הודות להמילטון, ג'פרסון נבחר לנשיאות ובר לסגנו. הפדרליסטים האמינו שזה סופה של ארצות הברית. ג'פרסון נכנס לתפקידו וטען שכולם פדרליסטים ורפובליקנים. זאת הייתה הפעם הראשונה בה השלטון עבר בין שתי המפלגות, ללא שפיכות דמים. למרות הכל, לא הייתה מלחמה והממשלה לא נפלה. ג'פרסון החליט להטמיע את הפדרליסטים במפלגתו. אישים כג'ון קווינסי אדמס (בנו של אדמס) ורופוס קינג זכו למשרות דיפלומטיות בכירות, ללא עונש לאופוזיציה.
תקופת כהונתו הראשונה של ג'פרסון הייתה מוצלחת בעיקר בגלל רכישת לואיזיאנה, שרוב הפדרליסטים התנגדו אליה אולם המילטון תמך בה. לפני מותו של המילטון, כמה פדרליסטים ניסו לפתות את ארון בר להעביר את ניו יורק אל קונפדרציה חדשה של מדינות ניו אינגלנד שתפרוש מארצות הברית. המילטון מנע מבר להפוך למושל ניו יורק, וכך פגע בתוכנית. בר לא יכול היה לספוג כישלון שני בגלל המילטון, ואיתגר אותו לדו-קרב ביולי 1804, שהסתיים במותו של המילטון.
הפדרליסטים לא הצליחו למנוע מג'פרסון להיבחר שוב ב-1804, וכעת היו ללא מנהיג חזק לאחר מותו של המילטון. בניו אינגלנד, הפדרליסטים שמרו על כוחם, אולם עד 1812 כוחם ירד בהתמדה, והרפובליקנים השלימו את השתלטותם על המדינה. מנהיגים צעירים ניסו להעתיק אותם, אולם תדמיתם האריסטוקרטית מנעה תמיכה מצד הציבור. בדרום, הפדרליסטים איבדו את כוחם.
הפדרליסטים באופוזיציה.
ממשל ג'פרסון.
הפדרליסטים המשיכו להיות כוח מרכזי בניו אינגלנד וצפון-מזרח המדינה, אולם לא זכו שוב בנשיאות או בבחירות לקונגרס. לאחר מותם של וושינגטון והמילטון ופרישתו של אדמס, לפדרליסטים לא היה מנהיג חזק, פרט לג'ון מרשל, שמונה לבית המשפט העליון. מנהיגים צעירים כדניאל ובסטר הופיעו. המדיניות הפדרליסטית תמכה במפעלים, בנקים, וסחר על פני החקלאות, ולא זכתה לתמיכה במדינות המערביות. הם נתפסו כאריסטוקרטים ומתנגדים לדמוקרטיה. המפלגה זכתה לתמיכה במרילנד, אולם ב-1800 איבדה את כוחה בדרום ועד 1808 נעלמה משם.
מסצ'וסטס וקונטיקט היו מעוזיה של המפלגה, שם היא הייתה מאורגנת.
לאחר 1800, הפדרליסטים השפיעו בעיקר על בית המשפט. מרשל היה השופט העליון בין 1801 ו-1835, ובית המשפט הפך למגן החוקה והלאומיות האמריקנית.
הנשיא ג'פרסון הטיל חרם על בריטניה ב-1807, ומנע מספינות אמריקניות לסחור עם נמלים זרים. הרעיון היה שהבריטים תלויים באספקה האמריקנית ויתקפלו. במשך חמישה-עשר חודשים, החרם הרס את עסקי היצוא האמריקניים, שהיו באזורי בוסטון וניו יורק, וגרם למיתון בצפון-מזרח המדינה. ההברחות היו נפוצות וג'פרסון החליט לחזק את כוחות המשטרה יותר ממה שהפדרליסטים רצו. הציבור לא תמך בכך, והפדרליסטים התעוררו לחיים. הרפובליקנים בחרו במדיסון כמועמדם לנשיאות ב-1808. הפדרליסטים, שנפגשו בוועידה הלאומית הראשונה אי פעם, שקלו לבחור בג'ורג' קלינטון כמועמדם, אולם לבסוף תמכו בצ'ארלס קוטסוורת' פינקני פעם נוספת. מדיסון הפסיד בניו אינגלנד, פרט לורמונט, אולם ניצח בשאר המדינה והרפובליקנים ניצחו בבחירות לקונגרס. מדיסון ביטל את החרם ופתח את הסחר, כשהוא מתחיל בגישת "המקל והגזר". אם בריטניה וצרפת יסכימו להפסיק להפר את הנייטרליות האמריקנית, הוא טען, ארצות הברית תפסיק לסחור עם המדינה השנייה. נפוליאון גרם למדיסון להאמין שצרפת הסכימה לדרישותיו, ומדיסון פנה כנגד בריטניה, כשמלחמת 1812 החלה.
ממשל מדיסון.
המדינה לחמה במהלך הבחירות ב-1812, והמלחמה הייתה הנושא החשוב. ניו אינגלנד וניו יורק, המעוזים הפדרליסטיים, התנגדו אליה, והמפלגה ניצחה שם בבחירות של 1812 ו-1814. בוועידה הלאומית השנייה שלהם ב-1812, הפדרליסטים, כמפלגה שתמכה בשלום, בחרו בדוויט קלינטון, ראש עיריית ניו יורק, ומתנגד למלחמה, כמועמדם. מדיסון הבטיח מלחמה חסרת פשרות מול בריטניה ושלום מכובד. קלינטון טען שמדיסון היה מנהיג חלש ושהאומה לא הייתה מוכנה למלחמה. ניו אינגלנד וניו יורק עמדו מאחוריו, אולם הוא היה זקוק למדינות הביניים. המפלגות המקומיות השתמשו בשיטות בחירות מתקדמות, כולל ועידות מועמדים ופרסום מצעי בחירות. הטמאני הול בניו יורק סיטי תמך במדיסון. הפדרליסטים הקימו מנגנון פוליטי משל עצמם במדינות הצפון כדי לשנע בוחרים לקלפיות. קלינטון זכה בניו ג'רזי, אולם מדיסון ניצח בפנסילבניה ונבחר מחדש בתמיכה של 59% מהקולות. הפדרליסטים השיגו עוד 14 מושבים בקונגרס.
התנגדות למלחמת 1812.
מלחמת 1812 לא הייתה טובה בעבור האמריקנים במשך השנתיים הראשונות. בריטניה ריכזה את רוב צבאה במלחמה עם נפוליאון בונפרטה, אולם ארצות הברית לא הצליחה לנצח את הצבא הבריטי, ונחסמה בים בידי הצי הבריטי. הבריטים פשטו ושרפו את וושינגטון די. סי. ב-1814 ושלחו כוח צבאי כדי לכבוש את ניו אורלינס.
המלחמה לא הייתה אהודה בניו אינגלנד: הכלכלה שם הייתה תלויה בסחר, והמצור הבריטי איים להשמיד אותה. ב-1814, הצי הבריטי הצליח להדק את המצור.
בדצמבר, הפדרליסטים נפגשו בהרטפורד, ושקלו פרישה מהאיחוד. הם התנגדו לממשלה והציעו תיקונים חוקתיים כדי לפתור את בעיותיהם. הם דרשו עזרה ממשלתית מוושינגטון עקב הסחר שנפגע, ודרשו רוב של שני שלישים בקונגרס לפני שיוכרז חרם, תוכרז מלחמה או יצורפו מדינות חדשות. הפדרליסטים רמזו שאם הדרישות לא יענו, הם יפרשו מארצות הברית ויחתמו על הסכם שלום נפרד עם בריטניה.
אולם עד שהחל המשא ומתן עם בריטניה, המלחמה נגמרה, וניצחונו של אנדרו ג'קסון בקרב ניו אורלינס רומם את המורל האמריקני. נגרם נזק עצום למפלגה הפדרליסטית. היא נחשבה למפלגה בוגדנית ושפלה, ואיבדה את כוחה הפוליטי. מועמדה הנשיאותי האחרון היה רופוס קינג ב-1816, ומועמדה האחרון לסגנות הנשיאות (ריצ'רד סטוקסטון) התמודד ב-1820. לאחר סיום השנאה המפלגתית, האומה נכנסה ל"עידן הרגשות הטובים", כשרק מפלגה אחת התקיימה. לאחר סיום כהונתו של הקונגרס ב-1825, הפדרליסטים חוסלו בדלאוור ובמסצ'וסטס, כשב-1829 הם הצליחו לזכות בראשות עיריית בוסטון. בסוף 1828 המפלגה השתלטה על המועצה המחוקקת של דלאוור, ובסוף 1830, שלטה בסנאט במסצ'וסטס.
פרשנות.
הפדרליסטים היו מחויבים לחירות. הם האמינו שהחירות היא הזכות החשובה באיחוד, שכל האנשים נולדו שווים, שקול העם הוא קדוש כמו קול האל, ושהשפעות מבחוץ עלולות לפגוע באמריקנים. הפדרליסטים קידמו מדיניות שהפכה לבסיס לשמרנות האמריקנית, כולל שלטון החוק תחת החוקה, ממשלה רפובליקנית, חילופי שלטון שלווים בבחירות, עליונות בית המשפט, כלכלה יציבה, דיפלומטיה פעילה והגנת ההון.
במונחים של "שמרנות קלאסית", הפדרליסטים לא היו קשורים לאריסטוקרטיה, המונרכיה או הדת האירופאית. החקלאים אמנם ראו את הפדרליסטים כאריסטוקרטים, אולם הפדרליסטים כהמילטון, מדיסון, מרשל ואדמס שאפו ליצירת רפובליקה בה הערכים שלהם ישגשגו.
הפדרליסטים היו מפלגת אנשי העסקים והשכירים בערים הגדולות שתמכו בממשל מרכזי חזק. המפלגה הייתה קשורה למדיניות המודרניזציה, העיור והתמיכה בבנקאות של אלכסנדר המילטון. מדיניותם כללה מימון החוב הלאומי ותשלום חובות המדינות לאחר מלחמת העצמאות, הקמת בנק לאומי, תמיכה ביצרנים ובפיתוח התעשייתי, ומימון האוצר בעזרת מכסי מגן. בנושאי חוץ, הפדרליסטים התנגדו למהפכה הצרפתית, לחמו מול צרפת, רצו יחסים טובים עם בריטניה ודרשו צבא וצי חזקים. העימותים שלהם מול הרפובליקנים התרחשו בגלל הבדלי סגנון. הפדרליסטים חששו משלטון האספסוף והעדיפו שהאליטה המלומדת תייצג את הציבור הכללי בממשלה הלאומית, ותמכו בכוח לאומי לעומת כוח המדינות. הרפובליקנים התנגדו לבריטניה, לבנקאים, לשכירים ולא רצו ממשל מרכזי חזק. הפדרליסטים, ובעיקר המילטון, התנגדו ל"עם", לצרפתים ולרפובליקנים. לבסוף, האומה שילבה בין שתי הגישות, ויצרה דמוקרטיה ייצוגית עם ממשל מרכזי חזק. בנוסף, בשנות העשרים של המאה התשע-עשרה, המדינה קיבלה את המערכת הדו-מפלגתית, בה שתי מפלגות מציעות את מרכולתן לבוחרים, והמנצחת זוכה ברוב במועצות המחוקקות ובקונגרס, ומקבלת את הנשיאות.
ככל שהזמן עבר, הפדרליסטים איבדו את תמיכתם בקרב הבוחר הממוצע ולא הצליחו לארגן את מפלגתם. הם נחלשו והרפובליקנים התחזקו. הפדרליסטים תמכו בבריטים מסיבות כלכליות ופילוסופיות- לארצות הברית היה יותר סחר עם בריטניה מאשר עם כל מדינה אחרת. הם התנגדו לחרם של ג'פרסון ולהכרזת המלחמה מול בריטניה בידי מדיסון. לאחר האופוריה הפטריוטית של אחרי המלחמה, הפדרליסטים איבדו מכוחם, ורוב חבריהם היו מבוגרים. צעירים מעטים הצטרפו אליהם, והבולט מביניהם היה דניאל ובסטר.
לאחר 1816, הפדרליסטים לא היו חזקים ברמה הלאומית, מלבד ג'ון מרשל ששלט בבית המשפט. הייתה להם תמיכה מקומית בניו אינגלנד, ניו יורק, מזרח פנסילבניה, מרילנד ודלאוור. לאחר קריסת המפלגה במהלך הבחירות של 1824, רוב הפדרליסטים שנשארו (כולל ובסטר) הצטרפו לרפובליקנים לשעבר כמו הנרי קליי ויצרו את המפלגה הרפובליקנית הלאומית, שיחד עם כוחות שהתנגדו לג'קסון יצרה את המפלגה הוויגית ב-1833. פדרליסטים כג'יימס ביוקנן תמכו בג'קסון.