החורף והאביב של 1927 עברו על הקבוצה בלא אירועים מיוחדים. חברי הקבוצה הביאו בחשבון, כי יעברו כמה שנים עד שיוכלו לעלות למקום הקבע. זאת לאור המצוקה הכספית של המוסדות, שהכתיבה קצב איטי של התיישבות. בינתיים הקימו באום ג'וני חדר אוכל ושירותים שונים. בשטח המושקה מתחת לאום ג'וני גידלו ירקות ומספוא ובשדות הרחוקים - גידולי פלחה. את הפרות והעגלות החזיקו ברפת של דגניה ב'. עיקר מעייניהם היו ב"נקודה". הם נכנסו למאבק עם רוטנברג, שרצה להזיז אותה לדלהמיה (אזור אשדות יעקב) או לפחות להרחיקה מגדות הירדן. חברי הקבוצה לא ויתרו, ולאחר משא ומתן עיקש השיגו את מבוקשם. הנקודה נשארה במקומה, על גדת הירדן, במקום בו היא נמצאת כיום. במקביל עסקו רבות בתכנון המשק והבניין של יישובם העתידי. נכנסו לפרטים באשר לתפקידו ומיקומו של כל בנין ובנין. הם החליטו לעבור לנקודה רק כאשר תושלם בנייתה, ותהיה ראויה למגורים:
"מכת הגורל" הייתה רעידת האדמה בישראל (1927) שהתרחשה ב-11 ביולי בשעה שלוש אחר הצהריים. רעידה זו, שעוצמתה הייתה 6.5 בסולם ריכטר, גרמה בכל זאת להרס גדול ונפגעים רבים בחלק המזרחי של ארץ ישראל. באום ג'וני הייתה זו שעת מנוחת הצהרים. כולם היו בתוך החושות כאשר אלו החלו להתמוטט. הקריסה הייתה הדרגתית, כולם הספיקו לצאת החוצה ללא פגע, אך תוך כמה דקות הפך היישוב לגל חורבות:
הצעות לעזרה הגיעו במהירות, כולל הצעות לעבור זמנית ליישובים אחרים, אך חברי הקבוצה סירבו לכל פתרון, חוץ ממעבר מהיר לנקודה: .
הקבוצה נשארה במקום ההרוס תחת כיפת השמים, הסתדרה ככל יכלתה והמתינה לסיום הבניין בנקודה. היא לא הורשתה להשתתף בבניין כי המוסדות שלחו לשם כך פועלים מובטלים, שקבלו שכר על עבודתם. ההמתנה הזו הסתיימה גם היא במפתיע בגלל כוח טבע: בתחילת ספטמבר ירד עליהם בלילה גשם פתאומי וחזק. ההפתעה, הנזקים ומפח-הנפש גרמו לתגובה מיידית: מהיום-למחר החל מעבר מהיר של הקבוצה לנקודה, אף על פי שלא היו בה עדין בתי מגורים. המעבר החפוז אילץ אותם בהתחלה לאלתר ולהסתפק במועט, אך כל מחיר היה כדאי להם כי הגיעו אל המקום שיכלו לקרוא לו "בית":
תחנה סופית: בית זרע.
שבע השנים הראשונות 1934-1927
כל הקבוצה שעברה מאום-ג'וני לנקודה נחשבת לחטיבה המייסדת בתולדות בית זרע, גם אם לא כולם הוכשרו במרקנהוף. שמות אנשי הקבוצה מונצחים בלוח זיכרון מאבן בזלת, שהוצב ב-2013 ב"פינת הראשונים". מתוך קבוצת השבעה הגיעו לבית זרע, וחיו בה כל ימיהם, שלושה חברים: שם זיו, צפורה דויטש (כרמל, לאחר נישואיה) ושיינדל כהנא (פורת, לאחר נישואיה).
שם הנקודה עצמה עבר כמה גלגולים: כאמור, לפני בוא המייסדים היא נקראה "כפר גון", ועם בואם יעדו לה המוסדות את השם "כפר נתן". אבל קבוצת מרקנהוף באה עם שם משלה, מימי ראשיתה בגרמניה, "בית זרע", שם שהציע גרשם שלום לחניכיו-ידידיו בקבוצה. כאשר התברר כי המוסדות מתנגדים לשם זה, היא יצאה למאבק עליו. תמיכה לא צפויה באה לה מצד שניים מגדולי הדור, ביאליק ועגנון, ששמע המחלוקת הגיע אליהם. הם התערבו לטובת "בית זרע", בהצביעם על השורשיות של הביטוי ועל שכיחותו במקורות היהודיים. בהשפעתם התקבל השם, ונקבע סופית
מאורעות תרפ"ט: בתקופה זו היו בעמק הירדן שני יישובים ערביים צמח ועוּבֵּדִיָה. בכל אחד מהם היו מאות תושבים. לצידם היו ארבעה יישובים יהודיים: דגניה א', דגניה ב', קבוצת כנרת (שישבה עדין בחוות כנרת) ובית-זרע. בכל ישוב היו בין 45 ל-70 איש. כשפרצו מהומות 1929 מיהרו קיבוצי העמק להתארגן לקראת בוא הרעה. בנוסף לנחיתות המספרית אף אחד מהם גם לא היה ערוך להגנה יישובית. בבית-זרע, למשל, היו רק 4 רובים בלתי לגליים, במצב לא תקין. נציגי היישובים החליטו, אם כן, לצופף שורות: יצאה הוראה לרכז בלילות את האוכלוסייה הלא-לוחמת בשני יישובים - דגניה ב' וקבוצת כנרת - ולהשאיר בשני האחרים רק קבוצת בחורים לשמירה. וכך, במשך כל חודש אוגוסט 1929, לפני השקיעה, נסעו רוב תושבי בית-זרע בעגלות לדגניה ב', העבירו שם את הלילה וחזרו בבוקר. בקיבוץ נשארו לשמירת הלילה 14 בחורים תופסי נשק. בסופו של דבר עברו המאורעות בעמק בשקט יחסי, פרט להתנכלויות ספורדיות, בעיקר הצתות. הנזקים שספגה בית זרע היו תבואות ומכונת דיש שהועלו באש בדלהמיה. עם זאת חל שיבוש קשה בשגרת העבודה לחודש אחד לפחות, בעיצומה של עונת הדיש. לאחר שחזר השקט הוסקו בעמק מסקנות, והתארגנה הגנה אזורית ויישובית. בבית-זרע נפרשה גדר תיל סביב הקיבוץ, הוקמו בו עמדות הגנה ולפי תפיסת הביטחון של התקופה תוכנן גם בניין מרכזי, אשר ישמש כמפלט אחרון בשעת חירום.בנוסף, הגיעו מדריכים מטעם ההגנה להדריך את תושבי העמק בירי ובלחימה הגנתית.
בשבע השנים הראשונות השקיעה הקבוצה מאמצים בהתבססות כלכלית וחברתית, אך זכתה להצלחה חלקית בלבד. בעיות יסוד, שמהן סבלה ברובע אל נצרא, שבו להציק לה בגרסה חדשה:
א. מצוקה כספית: בסוף שנות ה-20 הפכה הסוכנות היהודית לגוף האחראי על ההתיישבות, אך, כאמור, הכספים שעמדו לרשותה הצטמצמו מאוד. נציגי בית זרע, כמו עמיתיהם מההתיישבות העובדת, התרוצצו בין המשרדים בירושלים כדי להשיג את התקציב שהובטח להם, אך כמעט לא השיגו דבר. להפך, שהותם בירושלים הייתה לנטל על הקיבוץ העני. התקציב ההתיישבותי, שעליו התבססה תוכנית ההשקעות המשקית, הגיע לקיבוץ טיפין טיפין, בדרך כלל לא בכסף מזומן אלא ב"ניירות ערך", שלא היו להם מהלכים בשוק. בצוק העיתים נאלץ נציג הקיבוץ לעלות שוב ושוב לצפת, ו"להתבזות בפגישה עם מלווים-בריבית מהסוג הגרוע ביותר". מוצרים נחוצים, כמו נפט וסיגריות, נקנו שם במחירים מופקעים. במשך 8 השנים הראשונות צבר הקיבוץ חוב כלפי ההלוואות המוסדיות שקיבל בסך 16,250 לירות
ב. מצוקת קרקעות: שוב, כמו בפרשת רוב אל נצרא, לא כל האדמות שהובטחו לקבוצה אכן ניתנו לה. יותר מכך, בית-זרע, מלכתחילה, לא קיבלה את המכסה הקרקעית שלה ונאלצה להיאבק עליה. חלוקת הקרקעות בעמק הירדן הייתה פרשה ארוכה וסבוכה שנמשכה עד שנות ה-50. במאבקי החלוקה, שהתנהלו בגלוי ובסתר, הייתה ידה של בית זרע על התחתונה. החלקות שהשיגה היו בחמש פינות שונות של העמק. תשבץ לא מוצלח שהיה כרוך בבזבוז גדול: פחת של קרקע בשל פריצת דרכים רבות, קשיי ארגון, תחבורה ועוד.
בכל זאת, למרות המצוקה הקרקעית, כאשר עלה קיבוץ אפיקים להתיישבות ב-1932 והוחלט, כי ארבעת קיבוצי העמק יתרמו לו 1,000 דונם לקיומו, בית זרע תרמה את הרבע שלה - 250 דונם - כנדרש.
ג. מצוקת מים: אף על פי שהקבוצה נאבקה על מיקום סמוך לירדן, שאיבת המים ממנו התגלתה כבעייתית מאוד. בתחילה, באין כל מיכשור, העלו את המים בחביות עם פרדות - תזכורת לימי רוב אל נצרא - וחיכו לתקציב מהמוסדות. כשראו שהכסף אינו מגיע בנו בעצמם מוטור ומשאבה. כך הובטחה אספקת המים לקיבוץ - גם אם לוותה בתקלות תכופות - אך לא סודרה השקיית השדות. זו בוצעה באופן פרימיטיבי על ידי החברים שחפרו תעלות, בדומה לשכניהם הערבים. לא הייתה תוכנית השקיה והחברים עסקו בלי הרף בכיוון זרם המים אד הוק, לפי הצורך, ובתחזוקת התעלות.
בתחילת שנות ה-30 כאשר אישרו המוסדות 300 דונם לבית-זרע לגידולי שלחין, צורפו לאישור תוכנית-גידולים ודרישה לתוכנית-השקייה מקצועית. הבעיה היתה, שחסרו בארץ באותו זמן הידע והניסיון בתוכניות השקיה. ידוע היה בכל ההתיישבות, כי כל המומחים שעסקו בנושא זה השאירו אחריהם מערכות השקיה כושלות או בלתי גמורות. הגיע המצב לידי כך, שהסוכנות החליטה להביא מומחי השקיה מחוץ לארץ. הידיעה על כך הגיעה לבית זרע ועוררה דאגה רבה. ברור היה לחברים, שהמלצות המומחים יבוצעו "מעל ראשם", ולהם לא תהיה כל מילה בעניין. לאיש מאנשי הקיבוץ לא היה ידע בנושא ההשקיה, אך הם החליטו לעשות מעשה: הוקם במהירות צוות, שעשה לילות כימים בלימוד החומר הדרוש. תוך כדי קריאת ספרים ומאמרים נעשו גם בדיקות מעשיות. בין השאר, הוגשו תוכניות למומחים פרטיים, וההערכות שלהם עומתו זו מול זו. במהירות בלתי רגילה רכש הצוות התמקצעות בנושא. חבר אחד התחזה למומחה והשתתף בדיונים עם המומחים מחו"ל. גם שאר אנשי הצוות הופיעו בפני המוסדות כמבינים בנושא ההשקיה. איש לא ידע, שהם אוטודידקטים חרוצים, ולא אנשי מקצוע.
הקמת האקוודוקט: המאמצים נשאו פרי, ולבסוף אושרה לבית זרע תוכנית-השקייה שכללה מתקן לשאיבת מים מהירדן, למרגלות הקיבוץ, ומערכת צינורות. התכנית נועדה להשקיית 300 דונם ולאספקת 270 ממ"ק לשעה. התקציב אושר, הציוד הוזמן, ותוך זמן קצר הכל היה מוכן להתחלה. ברגע האחרון ממש, כאשר הצינורות לפרויקט כבר הגיעו לנמל חיפה, חל מפנה מפתיע: שמחה בלאס, אז מהנדס בתחילת דרכו, הופיע בבית זרע, והצליח לשכנע את אנשיה ביתרונות של תוכניתו החלופית. בלאס בדק ומצא נקודה בירדן, סמוך לאום ג'וני, החולשת על שדות הסביבה, שניתן להזרים ממנה מים בכח-הכבידה בלבד לכל האזור המערבי של נגב כנרות. לכן הציע להוליך את המים באקוודוקט (אמת-מים) ובתעלות פתוחות, ולא בצינורות, כמתוכנן. הצעתו כללה את בית זרע וגם את דגניה ב', ובכל זאת הוזילה את מחיר המים עד כדי שליש ממחירם בתוכנית המקורית. שיקול זה הכריע. התכנית הקודמת נעצרה, הצינורות נשארו בחיפה, ותוכניתו של בלאס יצאה לפועל. האקוודוקט נחנך ב-1932 ושינה את פני החקלאות בעמק הירדן. לבית-זרע אישרו המוסדות מכסה של 500 ממ"ק לשעה, והיא הצליחה להגדילה תוך זמן קצר ל-700 ממ"ק.
המצב החברתי והאיחוד עם "קיבוץ ליטא".