כישלון הקושרים בשנים 1938 ו-1939 שיקף את חולשותיהם וגם את נקודותיהם החזקות של אנשי כת הקצינים כמנהיגי מרידה כנגד היטלר. חוזקם היה בנאמנות ובסולידריות שחשו זה לזה. במשטר הטוטליטרי, שהעסיק מנגנוני ביטחון שהאזינו לכל שיחה, היו אנשי הצבא משוחחים בחופשיות יחסית מתוך ידיעה ברורה שגם אם בן שיחם אינו שותף לדעתם, לא יסגיר אותם לידי אנשי ה-SS והגסטפו. חולשתם הברורה של הקצינים הייתה צדו השני של אותו המטבע. הנאמנות העיוורת כמעט למדינה, ולעומד בראשה, והחרדה מפני מעשה העשוי להתפרש כ"בוגדני" או "חתרני". הדוגמה הברורה לכך הן התלבטויותיו של הלדר, אשר מעולם לא הצליח להביא עצמו לכדי ביצוע הצעד המכריע. הלדר שנא את היטלר, והאמין כי הנאצים מובילים את גרמניה לאסון. הוא היה מזועזע מהתנהגות ה-SS בשטחי הכיבוש בפולין, אך לא יכול לתת את הפקודה לפתוח בקשר.
ניסיון ההתנקשות של גאורג אלזר.
במפתיע, הגיע ניסיון ההתנקשות הרציני בהיטלר בתקופה זו דווקא מאדם פרטי בשם גאורג אלזר, נגר מהעיר וירטמברג, אשר פעל לבדו, וניסה בנובמבר 1939 לרצוח את היטלר באמצעות פצצה. אלזר היה בעל קשר עקיף ל-KPD לפני עליית הנאצים לשלטון, אך מניעיו המדויקים נותרו בגדר תעלומה. הוא קרא בעיתון כי היטלר ינאם ב-8 בנובמבר ב"בירגרברויקלר", באולם הבירה במינכן שבו נערך הפוטש בבית הבירה בשנת 1923. אלזר גנב חומרי נפץ ממקום עבודתו, בנה פצצת זמן, ובחשאי הטמינה במקום הסמוך למקום בו היה היטלר אמור לנאום.
בלילה שלפני ה-7 בנובמבר כיוון אלזר את פצצתו, וניסה להימלט לשווייץ. באופן מפתיע קיצר היטלר את נאומו, ועזב את המקום כעשר דקות לפני שהתפוצצה פצצתו של אלזר. שמונה אנשים נהרגו, ונראה כי לו היה היטלר נואם באריכות, כדרכו, היה אף הוא נהרג. אלזר נעצר בדרכו אל הגבול, נשלח למחנה הריכוז זקסנהאוזן ולאחר מכן למחנה הריכוז דכאו, שם הוצא להורג מעט לפני סוף המלחמה. ניסיון התנקשות זה הביא להידוק האבטחה על היטלר, והפך את מלאכתם של יתר הקושרים לקשה בהרבה. בהקשר זה ראוי לציון ניסיון דומה שערך, שנה לפני אלזר, מתנקש שווייצרי בשם מוריס באבו שפעל, כפי הנראה ממניעים דתיים קתוליים, והצליח להגיע לסביבתו הקרובה של היטלר כשאקדח בכיסו, אם כי לא הצליח לירות, ונתפס לאחר מכן במקרה.
ההתנגדות הכנסייתית ל"המתות החסד".
פרוץ מלחמת העולם השנייה הביא להתלכדותם של הגרמנים סביב משטרו של היטלר, וההצלחות הראשוניות במלחמה, כיבושה של פולין ולאחריה דנמרק ונורווגיה, בלגיה והולנד ובמיוחד כיבושה של האויבת המרה צרפת בתוך שישה שבועות, הביאו להיעלמותה של האופוזיציה, עד כמה שזו הייתה קיימת. הקושרים בצבא נותרו מבודדים, ותרחישם כי ההתמודדות עם מדינות המערב סופה להוביל לכישלון צבאי הוכח כמופרך בעליל. מצב זה נותר בעינו עד לסוף שנת 1941, כאשר החורף הראשון של מסע המלחמה ברוסיה הביא עמו את כישלונותיו הראשונים של הוורמאכט.
גם בהיותו של היטלר בשיא הפופולריות, היה נושא אחד שבו לא הצליח לסחוף אחריו את העם הגרמני. הייתה זו התוכנית הקרויה "תוכנית T4 - אותנסיה" - מסע רצח המוני של גרמנים שלקו במחלות כרוניות ובמחלות נפש. היטלר נתן את האישור לתחילתו של מסע הרציחות בשנת 1939, ועד שנת 1941 נרצחו כשבעים אלף גרמנים חולים ולוקים בנפשם באמצעות תאי גזים באופן ששימש מאוחר יותר ברציחת היהודים.
מדיניות זו נתקלה בהתנגדות חריפה בחברה הגרמנית, ובמיוחד בקרב הקתולים. למרות נטייתו של האפיפיור למנוע התנגדות פוליטית למשטר בקרב הקתולים, לא ניתן היה עוד להכיל את הזעם על רציחות ההמונים. המצב החמיר כאשר מסע המלחמה במזרח מילא את בתי החולים בפצועים, והשמועה אמרה שגורלם של אלו יהיה כגורל החולים הכרוניים.
בה בעת ניסה הגאולייטר של בוואריה עילית, אדולף וגנר לצאת במסע אנטי כנסייתי, ולהורות על הסרת הצלבים מכל בתי הספר במחוזו. מתקפה זו על קדשי הנצרות הביאה להפגנות גלויות, בפעם הראשונה מאז עליית הנאצים לשלטון. עצומות נחתמו אף על ידי חיילים קתולים המשרתים בחזית המזרח. היטלר שמע על כך והורה לווגנר לחזור בו מפעולתו, אך ההישג הופנם. הקתולים הגרמנים הבינו כי ביכולתם להביא לשינוי בפעולות המשטר. הדבר הוביל לפעולות נוספות כנגד "תוכנית T4 - אותנסיה".
ביולי 1941 הטיף הבישוף של מינסטר בוסטפאליה, קלמנס פון גאלן לצאן מרעיתו בסדרת דרשות, אשר גינו את פעולות המשטר בנוגע להמתת חולים ונכים. הוא אף טרח והעביר עותק מן הדרשות להיטלר, וקרא לכך ש"הפיהרר יגן על העם מפני הגסטפו". ב-3 באוגוסט נשא גאלן דרשה נוספת, ובה גינה את רדיפתם של הנאצים מסדרים דתיים, וסגירתן של כנסיות. פעולתו של גאלן, ושל כמרים נוספים, הביאה לגל של תגובות, ונראה היה כי לראשונה עומד המשטר בפני התקוממות עממית גלויה. בלחץ הנסיבות הורה היטלר על הפסקת התוכנית, אם כי ההשמדה נמשכה באופן חשאי ובהיקף קטן יותר עד לסוף המלחמה.
המשמעות של הצלחת הכנסייה בעצירתה של תוכנית T4.
ההיסטוריון איאן קרשו כותב בספרו המיתוס של היטלר כי היטלר הורה על הפסקת ההמתות במסגרת מדיניות מכוונת של תעמולה, שנועדה להרחיק את ה"פיהרר" מן הצדדים האפלים של המשטר שהיו גלויים לתושבי גרמניה, שייחסו אותם לעוזריו של היטלר, אך לא להיטלר עצמו, שנותר נערץ על התושבים כדמות של אדם אידיאלי, טוב ומיטיב. על פי האגדה שהורה היטלר להפיץ, לא ידע הפיהרר על ההמתות, והפסיקן מיד לכששמע עליהן מדרשתו של הכומר פון גאלן. שמירת "המיתוס" של הפיהרר עושה הטוב נראתה כה חיונית בעיני היטלר, עד שהביאה להפסקתן של ההמתות, על אף שהיטלר ראה אותן כחיוניות מבחינה אידאולוגית. היטלר, שקיבל דו"חות תכופים מן השירות החשאי (האס דה) על דעת הקהל, היה מודאג מאוד מתדמיתו בעיני הציבור הגרמני, וההתמרמרות העממית על המתות "תוכנית T4" הייתה גורם מספיק כדי שיחליט להפסיקן.
בספרו תליינים מרצון בשירות היטלר מראה דניאל יונה גולדהגן כי העובדה שהגרמנים הצליחו, באמצעות מחאה עממית, להפסיק את מסע הרציחות של קרוביהם ב"תוכנית T4", מראה כי ההמתות נתפסו על ידי הגרמנים באופן שלילי, וכי אף במסגרת משטר העריצות הנאצי יכלה מחאה עממית להביא לסיומו של המבצע. מכאן מסיק גולדהגן כי הגרמנים לא תפסו את המתת היהודים בשואה בצורה שלילית, שכן, בדומה לרצח הנכים, גם מעטה הסודיות סביב רצח היהודים היה דק, אך כנגד השמדת היהודים לא באה כל מחאה. גם יוצרי הסרט "אמן", שסיפרו את כישלונו של קורט גרשטיין למנוע את השמדת היהודים על ידי פנייה לכנסייה, שילבו בתחילתו את תיאור המחאה הנוצרית על "תוכנית T4", מתוך מגמה להראות את יכולתה של הכנסייה למנוע תוכניות נאציות מסוג זה, ועל רקע זה להצביע על הכשל המוסרי שלה בחוסר המעש במניעת השמדת היהודים.
מאבק המורדים (1940–1942).
הצלחת המתקפה במערב במאי 1940 הפכה את משימתם של המורדים לבלתי אפשרית כמעט. רוב קציני הצבא היו מאושרים מהניצחון המוחץ, והפחדים מהמאבק הצבאי במערב, שאותם ניסו המורדים לטעת, הוכחו כבלתי מבוססים. אנשי הצבא בחרו לשבח את היטלר על מנהיגותו שהביאה לניצחון שהיווה את הנקמה הראויה זה מכבר על תבוסת 1918 והשפלת ורסאי, תוך שהם מתעלמים מן הצדדים האפלים במשטרו, שהיו ידועים להם היטב. המשימה של שמירת גחלת המרד הוטלה על שכמם של אזרחים, על אף שגרעין קשה של מורדים בשורות הצבא המשיך בתוכניות לחיסולו של היטלר.
קרל פרידריך גרדלר, ראש העיר לייפציג לשעבר, הפך לדמות המרכזית בתנועת הקושרים. עמיתיו לתנועה כללו את הדיפלומט אולריך פון האסל, את שר האוצר הפרוסי יוהנס פופיץ, ואת מנהיג "חוג קרייזאו", הלמוט ג'יימס פון מולטקה, הנושא את שם המשפחה של מנהיגיה הצבאיים של גרמניה ב-1871 וב-1914. "חוג קרייזאו" שנהג להתכנס באחוזתו רחבת הידיים של מולטקה, "קרייזאו", כלל אריסטוקרטים צעירים כדיפלומט אדם פון טרוט צו זולץ, והאריסטוקרט פטר יורק פון וארטנבורג, וכן את הגראף גוטפריד פון ביסמרק-שנהאוזן, שהיה חבר הרייכסטאג מטעם המפלגה הנאצית ואף בעל דרגה בכירה ב-SS. גרדלר אף עמד בקשר עם אנשי ה-SPD, ובראשם יוליוס לבר, ועם קבוצות התנגדות נוצריות, קתוליות ופרוטסטנטיות.
אנשים אלו ראו עצמם כמנהיגי גרמניה שלאחר הנאציזם, אך לא היה להם מושג ברור כיצד להוציא לפועל את תוכניותיהם, פרט לעובדה כי כולם ידעו שלשם כך יהיה צורך במותו של היטלר, צעד שכמה מהם עדיין התלבטו לגביו. תוכניותיהם התקשו להתגבר על הפופולריות העצומה לה זכה היטלר, והם נקלעו לשורה של ויכוחים וטיעונים פילוסופיים, שלא אפשרו להם תכנון תוכניות מעשיות. במשך שנתיים לאחר נפילת צרפת, התרכזה פעולת קבוצות אלו בשיחות ובדיבורים, אם כי אף אלו נשאו עמם תג מחיר כבד אם ייחשפו. אף על פי כן, גם בתקופה זו תכננו אחדים מהקושרים, ביניהם פריץ פון דר שולנבורג והכומר אויגן גרסטנמייר, להתנקש בהיטלר במהלך ביקורו בפריז. הביקור בוטל, ועמו גם ניסיון ההתנקשות.
במרץ 1941 חשף היטלר את תוכניותיו ל"מלחמת השמדה" כנגד ברית המועצות לקבוצה נבחרת של קצינים שהתכנסה בפוזן. בין הקצינים היה הקולונל הנינג פון טרסקו, אחיינו של גנרלפלדמרשל פדור פון בוק, מפקדה של "קבוצת ארמיות מרכז" עליה הוטלה עיקר משימת הלחימה במזרח. טרסקו הוצב למפקדתו של דודו, לקראת מבצע ברברוסה הקרב ובא. שם החל בגיוס אנשי אופוזיציה מקרב מטה קבוצת הארמיות, והפך אותה ללבה של ההתנגדות בשנים אלו.