לקולקטיבים האנרכיסטים היו בעיות רבות. עדיין היו פערים בן קולקטיבים עשירים לעניים. מניעת הבזבוז הקפיטליסטי מזה, ומניעת חוסר היעילות שבקומוניזם הממלכתי מזה, הושגו רק בחלקן. האנרכיסטים גם התקשו ליצור איזון בין הצרכן ליצרן משום שבמקרים רבים לא היו מודעים ועדי העובדים לדרישות הצרכנים. כמו כן, התנהלו דיונים וחיכוכים ממושכים בתוך ועדי העובדים. עם זאת, שירותים כגון מים, גז וחשמל החלו לפעול תחת הנהלה חדשה בתוך שעות לאחר השתלטות העובדים. פועלי התעשייה של קטלוניה היו המקצועיים ביותר בספרד. אחד ההישגים המרשימים באותם ימים ראשונים היה חידוש פעילותה של התחבורה הציבורית בשעה שהרחובות היו עדיין חסומים בעיי חורבות ומתרסים. אחד המשקיפים סיפר ש"5 ימים לאחר שנפסקה הלחימה פעלו בברצלונה 700 חשמליות, במקום 600 החשמליות שהיו בה לפני כן, כולן צבועות בצבעי CNT ואוח"ט, אדום ושחור במלוכסן, על הדפנות". עם זאת, להצלחת התחבורה הקולקטיבית בברצלונה סייעו גורמים שלא עמדו לרשות הענפים האחרים - זרימת מזומנים קבועה, ומיעוט חומרי גלם הדרושים לתפעול. בנוסף, קשיים כלכליים עמדו בפני האנרכיסטים - צניחת שער הפסטה, התייקרות חדה של חומרי גלם, אמברגו סחר לא רשמי בתמיכת הלאומנים, ומניעת אשראי ומטבע חוץ בידי הממשלה.
אחת מנקודות החולשה של האנרכיסטים היו ענייני הכספים. חלק מהקולקטיבים נוהלו בצורה כלכלית נאותה, ובחלק אחר שררה אנדרלמוסיה מוחלטת. אל ההכנסות ממכירות התייחסו כרווח נקי ולא הקצו כספים לרכישת חומרי גלם, ומה שנותר בקופה לאחר תשלום המשכורות נתרם למוסדות צדקה שמאלניים או לקולקטיבים חקלאיים, לרכישת מכונות חדשות. במקומות מסוימים נעשה שימוש בכוח הזרוע על מנת להקים את הקולקטיבים, ובמקומות אחרים האנרכיסטים לא אכפו את הקולקטיביות על כפריים שהתנגדו לכך, אלא המתינו עד שתורגש השפעתו החיובית של התהליך בכפרים אחרים, וקולקטיבים אלו השיגו את התוצאות הטובות ביותר.
ברוב הקולקטיבים האנרכיסטיים בוטל הכסף. בחודשים הראשונים הדבר היקשה על קיומו של סחר חוץ, אך ככל שגברה בעיית המזומנים והמחסור במזון, הספקים העירוניים היו מוכנים לקבל יבולים חקלאיים במקום כסף. בדרך כלל הייתה המשכורת משולמת למשפחות במנות קצובות ולא בכסף מזומן, הואיל וכל אחד היה שווה זכויות בכל, בין שעבד ובין שהיה חולה. הסנקציה היחידה נגד אלו שניצלו את המצב על מנת לא לעבוד, היה הלחץ החברתי. בני האדם היו אמורים לחיות ללא הפחד מהגעה לפת לחם מחד, וללא תמריצים חומריים מאידך. בכמה מן הקולקטיבים של ה-CNT נהגו חברי הוועד לקחת לעצמם פחות מכל השאר, על מנת שלא יואשמו בשחיתות ובניצול מעמדם. הכסף הוחלף ברוב המקרים בשוברים לרכישת מצרכים בחנויות הכפר, שהפכו למרכזי חלוקה. בעלי המקצוע כגון נגרים, סנדלרים, רופאים וספרים סיפקו את שירותיהם ללא תשלום, ובתמורה דאגה הקהילה לקיומם. במקומות רבים הוקמו מפעלי ייצור קטנים, על מנת להציע מגוון רב יותר של מקומות עבודה. במקרים רבים נטו גם בעלי משקים זעירים להצטרף לקולקטיבים למראה היתרונות שבעיבוד הקרקע המשותף. הקומוניסטים תקפו את שיטת הניהול העצמי בטענה שהיא אינה יעילה, אך היבולים גדלו בחמישית לערך בארגון והצטמצמו בקטלוניה, שם היו עדיין רוב האיכרים בעלי משקים קטנים.
אחד מדברי הביקורת שנמתחו על הקולקטיבים, נסב סביב אי יכולתם לספק מזון לחזית בכמויות ובזמנים קבועים, אך אף על פי שהיו מקרים של חוסר יעילות, יצוין עוד שכל המשאיות שהיו ברשותם הוחרמו. מבחינת הייצור ושיפור תנאי חייהם של האיכרים, הקולקטיבים בניהול עצמי נחלו הצלחה. נראה גם שהם עודדו את היווצרותם של יחסי קהילה הרמוניים. אולם, היו גם שיבושים בתקשורת בין הקולקטיבים ומחלוקות לא מעטות. למגינת לבם של האנרכיסטים, אנוכיות הקולקטיבים באה על מקומה של האנוכיות האינדיבידואלית, והם תקפו קשות את ה"נאו-קפיטליזם" הזה.
שיתוף הפעולה על ה-CNT-FAI עם הממשלה.
ב-4 בספטמבר התפטרה ממשלתו של חירל באזור הרפובליקני, וקמה ממשלה חדש בראשותו של לרגו קביירו. לרגו הציע לאנרכיסטים להצטרף לממשלתו אך האנרכיסטים הציעו הצעה נגדית - הקמה של "מועצת הגנה לאומית", שלרגו יהיה נשיאה ויהיה בה 5 חברים מה-CNT, 5 מאוח"ט, 4 רפובליקנים ליברלים, ובלי קומוניסטים. בהצעתה זו, הנהגת ה-CNT, שהייתה אז פחות רדיקלית מן האנרכיסטים שהיו אחראים להקמת הקולקטיבים, הודתה בעצם בצורך בתיאום מרכזי ובשיתוף פעולה במלחמה קונבנציונלית, אך בסופו של דבר לא היו אנרכיסטים שהצטרפו לממשלתו של לרגו.
בנובמבר שב לרגו קביירו וביקש מן האנרכיסטים להצטרף לממשלתו, מאחר שהם היו הכוח הגדול ביותר מבין אלו שלחמו בלאומנים. מנהיגי CNT-FAI שוב ניצבו בפני דילמה בסיסית. מצד אחד, הם האמינו שהמדינה היא מוסד מדכא, ללא קשר למדיניות של מנהיגיה, ומצד שני, הדאיגה אותם מאוד השפעתם של הרוסים והתעצמותם של הקומוניסטים, שהובילו קו שתמך בריכוזיות חזקה ובהתנגדות לניהול-עצמי. מאוחר יותר, הסבירה אחת מהאינטלקטואליות של FAI, פדריקה מונטסני, את החלטתם של האנרכיסטים: "בעת ההיא ראינו רק את המציאות שמולה ניצבנו: הקומוניסטים בממשלה ואנחנו מחוצה לה, האפשרויות הרבות והשונות, וכל הישגינו בסכנה." CNT-FAI קיבלו את תיקי הבריאות, המשפטים, התעשייה והמסחר. שר המשפטים ביטל את שכר הטרחה, והורה על השמדתם של כל התיקים הפליליים.
גם בתחום הצבאי נאלצו האנרכיסטים לבצע מספר פשרות. שיטת המיליציות לא הצליחה להתמודד לבדה מול מכונת המלחמה של הלאומנים, והאנרכיסטים נכנעו ללחץ להפוך את המיליציות ל"צבא עממי". האנרכיסטים דחו לחלוטין את חובת ההצדעה, את צורת הפנייה הפורמלית ואת הקצינים שהגיעו מבחוץ. בעיית ההבדלים בין משכורת הקצינים לבין זו של המיליציונרים נפתרה בדרך כלל בכך שהקצינים תרמו את כל משכורתם מעל לשכר המיליציונר ל"קופת המלחמה" של CNT.
המאבק מול הקומוניסטים.
המפלגה הקומוניסטית בספרד (PSUC) הלכה והתחזקה בזמן מלחמת האזרחים בספרד, בעיקר הודות לסיוע מאסיבי מסטלין, מניעת משאבים מבעלי הברית בממשלה, ושיטות דיכוי אכזריות של המשטרה החשאית. הקומוניסטים עשו רבות על מנת לדכא את התנועה האנרכיסטית, להשתלט על ממשלת הרפובליקנים, ולהגביר את הריכוזיות. מאחר שהליברלים והסוציאל-דמוקרטיים לא גיבו את לרגו קביירו, הוא נאלץ לפנות אל ארבעת השרים האנרכיסטים כדי שיסייעו לו לעמוד בפני הקומוניסטים. הרגלם של הקומוניסטים לשמור לכוחותיהם את מיטב כלי הנשק, אמצעי התחבורה, הציוד, מנות המזון, הטיפול הרפואי וגם סיוע אווירי, ארטילרי ומשוריין, העלה את חמתם של האנרכיסטים, וגרם לעוינות גוברת בין המחנות.
כ-80 אנרכיסטים הוצאו להורג בירייה בידי שוטרים קומוניסטים במדריד באביב. האנרכיסטים הגיבו במספר רב של פעולות גמול. בתי סוהר סודיים הוקמו בידי הקומוניסטים, ואליהם נשלחו סוציאליסטים, רפובליקנים ואנרכיסטים, ורבים מהם עונו או נורו למוות. לאחר שחקירה אישרה את עובדת קיומם של בתי הכלא הסודיים, ניצל לרגו קביירו את ההזדמנות לפיזור החונטה להגנה בשליטת הקומוניסטים. למרות זאת, הקומוניסטים המשיכו להטיל את אימתם על כל מי שסירב להתיישר עם הקו הרשמי של המפלגה הקומוניסטית, והאשימו את הקולקטיבים האוטונומיים של האנרכיסטים כ"מסייעים לאויב", וכניסיון בגידה.
האנרכיסטים החלו להטיל ספק בהחלטתם לקחת חלק בממשלה המרכזית, בייחוד לאור העובדה שיחידותיהם לא קיבלו נשק ואספקה שהובטחו להם כשהסכימו להשתלב ב"צבא העממי", והממשלה המרכזית ניסתה לפרק את הקולקטיבים. האנרכיסט הצרפתי, סבסטיאן פור, מתח את הביקורת הנוקבת ביותר על כניסתה של CNT-FAI לממשלה. הוא טען שאם יש לחדול להתנגד לרעיון המדינה בתוקף הנסיבות ומכורח המציאות, משמע שרעיון זה איננו יכול להיות עקרון בר-תוקף.
לתהליך הדמורליזציה בשורות האנרכיסטים נלוו ירידה בכוחם והשפעתם. CNT שמרה על כוחה מלפני המלחמה, אבל רבים מהחברים שהצטרפו אליה בקיץ 1936, עברו לשורות הקומוניסטים, והיא חזרה למנות כמיליון וחצי חברים. המתיחות הגיעה לשיא במאי 1937, בעת קרב שהתנהל בברצלונה בין הקומוניסטים לאנרכיסטים, במהלכו נהרגו 500 איש. לאחר מספר ימים הושגה שביתת נשק, כאשר ידם של הקומוניסטים הייתה על העליונה. נשקם של העובדים האנרכיסטים הוחרם, בעוד לעובדים הקומוניסטים הותר להמשיך ולהיות חמושים. ארגון ה-FAI הוצא אל מחוץ לחוק, והרדיו והעיתונות של ה-CNT היו כפופים לצנזורה חמורה. קבוצה אנרכיסטית מיליטנטית בשם "החברים של דורוטי" ניסתה לעודד את העובדים להמשיך ולהילחם בקומוניסטים, אך קריאתם לא נענתה.
במהלך מלחמת האזרחים, העיתונים הקומוניסטים הפיצו תעמולה שקרית ללא הפסק כנגד האנרכיסטים, כמו גם כנגד כל גורם שעלול להתנגד להם. חוסר האמינות של הדיווחים הללו הגיע לשיאו כאשר אף לא עיתון קומוניסטי אחד דיווח על הקרב בברצלונה, במאי 1937.