הנחתת אח"י רמת רחל (פ-51) התבססה במערב נמל חיפה ושימשה את שייטת 13 כאונייה לאימוני סירות נפץ. באחת ההפלגות תחת פיקודו של הדר קמחי סגן מפקד השייטת הופעלה לאיתור שברי האוניה האמיר פארוק בעומק הים מול זיקים. החיפוש נעשה בשיטת הדייגים עם משקולת נגררת ומצוף סימון. והשברים התגלו לאחר סריקה קצרה.
ב-11 בדצמבר 1955 נערך מבצע כנרת – שכונה גם "מבצע עלי זית" בחוף הצפון מזרחי של אגם הכנרת. כח צנחנים וגבעתי מובלים בנחתות מכוניות פשטו על המוצבים סוריים שירו והטרידו את הדייגים ויישובי הסביבה. התוצאה 54 הרוגים ו-30 שבויים סוריים. לצה"ל 6 הרוגים ו-13 פצועים.
מלחמת סיני.
במבצע קדש תוכנן מבצע נחיתה בחוף אל עריש אך המצרים קיפלו את יחידותיהם מסיני ולא היה בכך צורך. שלוש נחתות מכוניות, נשלחו מאילת לשארם-א-שייח' ועליהן טנקי AMX-13. נחתות מכוניות נוספות הונחתו בחוף עזה וסיני ועסקו בפינוי והעברת שלל לאוניות סוחר שעגנו מול החוף. ואחרים סייעו בחילוץ מטוס מיג-15 מצרי שנחת בימת ברדוויל שבצפון סיני.
למרות הסיוע המוצלח שנתנו בנחתות במלחמת סיני, הלקח הצה"לי היה שניתן להסתדר בלעדיהן. בדצמבר 1956 הציג מפקד חיל הים שמואל טנקוס למטה הכללי את התקציב הדרוש לקיום כושר נחיתה משמעותי. התקציב לא אושר. נאמר במפורש שאין צורך בכושר נחיתה. בפברואר שנת 1957 הועבר מפקד השייטת יהודה בן-צור לבסיס אילת. כלי השיט הגדולים נמכרו או הוטבעו ורק נחתות המכוניות נשארו. חלקם באחסנה במגרש בחיפה וחלקם כספינות משמר בפלגה 788 בכנרת.
התחדשות והיערכות 1962 - 1978.
בניית נחתות במספנות ישראל.
בעוד שתחום ההשקעה בכלי שיט לנחיתה נמצא בין המטה הכללי ובין חיל הים, לא הוקצו לו מקורות מימון. עם הקמת מספנות ישראל ראה המנהל הראשון ישראל ליברטובסקי הזדמנות להכניס את המספנות לבניית כלי שיט מלחמתיים. הכלים נבנו לפי תוכניות אנשי המספנות. בתחילה 30 מטר שהוארכו ל-36 מ', וסדרה שנייה של 60 מ'. את המימון בסך 80 אלף ש"ח הצליח ליברטובסקי לקבל ישירות ממשרד האוצר. נבנו הנחתות הבאות:
הנחתת האחרונה השתתפה במלחמת ששת הימים אף כי טרם נמסרה רשמית. בתקופת ההמתנה אוישה ומפקדה היה רס"ן שמואל שבח. לאחר שהוברר כי הנחיתה התבטלה הוחזרה למספנות ישראל לסיום העבודה וההתקנות.
מלחמת ששת הימים.
במלחמת ששת הימים תוכננה הנחתה של חטיבת צנחנים בצפון סיני. תוכנית המבצע הייתה העמסת הכוח היבשתי - חטיבה 55 בפיקוד מרדכי גור - על הנחתות בנמל אשדוד, יציאה בליווי כוח האבטחה בנתיב קרוב אך מעבר לטווח ראייה מחוף רצועת עזה, הורדת כוח ראש החוף בסירות גומי מהטרפדות, סימון החוף וביצוע הנחיתה. בהמשך התכנון הוכנסה תוכנית לתקיפת נמל פורט סעיד בסירות נפץ במקביל לנחיתה, אם על ידי מארב מחוץ לנמל או פריצה לנמל עצמו. מבצע הנחיתה בוטל ב-5 ביוני ובוטלה גם פעולת סירות הנפץ על נמל פורט סעיד. באילת השתתפו הנחתות בהונאה שהופעלה על הפיקוד המצרי. מטרת ההונאה בזירה הימית הייתה למשוך כלי שיט מזירת הים התיכון החיונית, לזירת הים האדום שהוערכה כמשנית. על בסיס אילת הוטל לביים הכנות להנחתת כוחות במפרץ אילת.
מול תצפיות מודיעין שקיימו המצרים בעקבה נערכו מ-28 במאי מדי יום הצגות חוזרות, של כלי נחיתה המגיעים במשאיות ויורדים למים, וכן העמסת טנק AMX13 לנחתות המכוניות. בלילה הונחתו הטנקים בחוף הדרומי והועברו לצפון המפרץ. גם הנחתות הועלו לחוף והוסתרו בוואדי מאחורי הבסיס.
עם פרוץ המלחמה ליוו כלי הנחיתה במפרץ אילת את חטיבה 9 בדרכה דרומה סיפקו מים ואף הנחיתו טנקים במפרץ שארם א-שייח'.
העברה לאילת.
שלוש נחתות תוצרת מספנות ישראל נמצאו בנמל אשדוד להעברה לאילת בדרך היבשה. עם פתיחת המלחמה, לאחר ביטול מבצע הנחיתה ביום השני של המלחמה, החל מבצע העברתם בדרך היבשה לאילת. הנחתות נחתכו במספנות ישראל לשני חלקים באורך 15 מטר כל אחד והועברו ברכבת לאשדוד ובמשאיות לאילת שם חוברו מחדש והפליגו לשארם א-שייח'. המבצע הלוגיסטי בוצע על ידי חיל הים ומספנות ישראל.
מלחמת ההתשה.
במלחמת ההתשה הנחיתו שלוש נחתות 36 המטרים כוח משוריין בצד המצרי של מפרץ סואץ במבצע רביב, שבמהלכו הושמדו כוחות מצריים רבים.
בהמשך, נרכשה "בת-שבע" מעבורת באורך מאה מטרים, ששימשה קודם לכן להעברת מכוניות ושלוש נחתות "שקמה", ששירתו במלחמת העולם השנייה.
על אחי אשדוד (פ-61) הורכב מנוף חזק במשימה לאפשר פריקה של נגמ"שים אמפיביים שלל BTR. לצורך הסתרת היכולת ההתקפית נמסר שמשימת המנוף היא להרמת סירות ברטרם אל הסיפון.
פיצוץ וחבלה בבת שבע.
ב-21 בינואר 1970, בעת שאח"י בת שבע הנחיתה משאית ציוד שלל ממבצע רודוס, בחוף נמל אילת הופעל מוקש שהיה חמוש ונגרמה התפוצצות של מטען התחמושת במשאית. התוצאה 24 הרוגים ופצועים רבים.
בטרם הושלמו התיקונים מהפיצוץ ביצע הקומנדו הימי המצרי ב-4 בפברואר פעולת חבלה בנמל הצבאי באילת. הודבקו מוקשי עלוקה לתחתיות הנחתת אח"י בת שבע ואנית התובלה אח"י בת גלים. אח"י בת גלים שקעה בנמל. תושייה של קצין האג"ם של הבסיס אילת רס"ן חיים רענן מפקד פלגת הנחתות בתפקידו הקודם. רענן הפעיל את הצוות התורן עם סגן המפקד רוני ביליג שהריץ את הנחתת לחוף הצפוני הרדוד באילת והשכיב אותה במקביל לחוף. שני מוקשים שהתפוצצו גרמו נזק אך הנחתת שכבר ישבה על החוף לא טבעה.
מלחמת יום הכיפורים.
בגזרה הסורית.
שלוש הנחתות 60 מטר שנמצאו בים התיכון השפיעו על הגזרה הסורית בעצם נוכחותם. הפעילות הרצופה של ספינות סער מול הנמלים הסורים יצרה אצלם מסקנה שמתוכננת נחיתה. הסורים התרשמו ממבצע רביב וחששו מפשיטה משוריינת בחופיהם. לשם כך הקימו פיקוד יבשתי להגנת החוף. חטיבה משוריינת הוצבה באזור טרטוס וחטיבה שנייה בקרבת לטקיה. באוקטובר 1972 ביצע חיל הים הסורי תרגיל מקיף שנושאו היה בלימת ניסיון ישראלי לבצע החפת כוחות על החוף הסורי. בתרגיל נכחו שר ההגנה והרמטכ"ל. הכח המשוריין הסורי שנשאר בגזרת החוף לא השתתף בקרבות בחזית רמת הגולן וחיל הים הישראלי זכה לתשבחות משר הביטחון משה דיין, על תקיפות ספינות הטילים שהצליחו לחמם את הגזרה.
זירת הים התיכון בגזרה המצרית.
ב-16 באוקטובר 1973 הובילה נחתת את לוחמי שייטת 13 עם חזירים לתקיפת נמל פורט סעיד - מבצע ליידי. המבצע בוצע בהצלחה פגעו בכלי שיט בתוך הנמל. שני לוחמים עם חזיר לא שבו מהפעולה ונחשבים נעדרים.
ב-21 באוקטובר הובילה נחתת עשרות סירות גומי לחוף סיני מערבית לבסיס דפנה במגמה שיסיעו את כח הפשיטה אל מוצבי התותחים מזרחית לפורט סעיד. המבצע בוטל.
הכנות למבצע הנחתה בזירת ים סוף.
זירת ים סוף של חיל הים נערכה למשימת הנחתת כח חטיבתי במפרץ סואץ. מגמת המבצע הייתה להגיע לעורפם של המערכים העיקריים המצרים ובכך להוציאם מאיזון. שם הקוד היה "מבצע אור ירוק" של אוגדה משימתית 440 בפיקודו של אלוף מנחם מרון. ההכנות למבצע הגיעו לשיאן בחודש אוגוסט 1973 בו התקיים תרגיל גדול "מדקדק" בחוף רס א-טנטור במפרץ אילת.
בתקופת המלחמה התארגן במפרץ שארם א-שייח' כוח נחיתה שכלל גדוד צנחנים בפיקוד עמוס ירון ושני גדודי טנקים. כלי השיט להעברת הכוחות היו אח"י בת שבע, שתי נחתות מסדרת שיקמה: אח"י אופיר ואח"י שבא ושלוש הנחתות מסדרת 36 מטר.
חטיבת הצנחנים 35 הועברה בהטסה לחופי מפרץ סואץ: ראס סודאר אבו זנימה ואבו רודיס. חטיבת טנקים 274 בפיקוד אל"ם יואל גונן ויחידה 88 - דב לבן בפיקוד רס"ן יוסף יודלביץ. על החלק הימי של המבצע פיקד מפקד זירת ים סוף, אל"ם זאב אלמוג.
הכוחות הועמסו לכלי השיט לקראת יציאה. לאחר המתנה של יומיים בוטל המבצע מחשש להסתבכות והצורך בכוחות לזירות הלחימה העיקריות.
שינויי היערכות לאחר המלחמה.
העברת נחתות 36 מ' לים התיכון.
בשנת 1974 בוצע שינוי היערכות בכלי השיט המיועדים לנחיתה. בחודש מאי 1974 הועברה אח"י שיקמונה (פ-55) בדרך היבשה מאילת לאשדוד. את ההעברה ביצעה חברת תעבורה שהסתייעה במנופים של סולל בונה. כל זאת בפיקוח מהנדס חיל הים יעקב יבין.
לצורך ההורדה למים בנמל אשדוד נעשה שימוש בשני מנופים כבדים בחוף ובמנוף צף דוד. נדרשה מיומנות רבה ותיאום לחלוקת המשקל בין שלושת המנופים. הובלת אח"י שיקמונה (פ-55) הוכתרה בהצלחה. העגלה שהתפנתה הוחזרה לאילת. בעת העברת אח"י עצין גבר (פ-51) קרסה הזרוע של המנוף הצף והנחתת נפגעה. היא נשלחה למבדוק בחיפה ותוקנה. העברת הנחתת השלישית אח"י קיסריה (פ-53) נדחתה. היא נשארה באילת והועברה רק בנובמבר 1974.
העברת נחתות 60 מ' לים האדום.
בהערכת מצב שנעשתה אחרי מלחמת יום הכיפורים נתנה עדיפות לזירת הים האדום. בחודש אפריל 1974 עברו ספינות סער סביב אפריקה והגיעו לאילת מבצע מוניטין.
שלוש הנחתות מדגם 60 מ' שנמצאו בים התיכון נבנו לתנועה בקרבת החוף ולמצב ים נוח. כדי להימנע מהים הגבוה העשוי להתפתח באוקיינוס, הוגשה הצעה להעבירן בשני חלקים על גבי עגלה בדרך היבשה. למרות זאת קיבל מפקד חיל הים בנימין תלם החלטה להעבירן גם אותן בדרך הים. הנחתות הוכנו להפלגה ארוכה. גג המחסן הושלם ונבנתה מחיצה אטומה כ-6 מ' מהחרטום. את ההכנות ארגן מייק אלדר מפקד הפלגה.