בין השנים 1983 ו-1987 פעל בספרד הארגון GAL שמטרתו הייתה להילחם ב-ETA. ה-GAL רצחו 23 בני אדם (חלקם נחטפו ועונו), רובם היו אנשי ETA, אך היו גם אזרחים תמימים שלא היו קשורים כלל לארגון. תקופת פעילותם נקראה "המלחמה המלוכלכת". לימים (1997) נעצרו חברי GAL, נשפטו ונשלחו למאסר, ביניהם פוליטיקאים בכירים, כולל שר הפנים.
בשנת 1986 נוסד ארגון אזרחי א-פוליטי בשם "המחווה לשלום" (Gesto por la paz). הארגון קיים הפגנות מחאה שקטות ברחבי ספרד בכל פעם שהיו הרוגים, בין אם היו קורבנות של ETA או של GAL.
ב-12 בינואר 1988 חתמו על הסכם אחוריה-אנאה (Ajuria-Enea) כל המפלגות הבסקיות, למעט הרי בטסונה (הזרוע הפוליטית של ETA, הוצאה מחוץ לחוק ב-2002). מטרת ההסכם הייתה לשתף פעולה על מנת לסיים את הפעילות האלימה של ETA.
ב-28 בינואר של אותה שנה הכריז ETA על הפסקת אש למשך 60 יום, הפסקה שהוארכה מספר פעמים. כמו כן התקיים ניסיון למשא ומתן באלג'יר בין ETA שהיה מיוצג על ידי אאוחניו אצ'בסטה (אנצ'ון) לבין ממשלת ספרד (באותה תקופה המפלגה הסוציאליסטית של הפועלים הייתה בשלטון). המשא ומתן נכשל ובחודש מאי של 1988 הסתיימה הפסקת האש.
כדי למנוע התארגנות של אסירי ETA בבתי הכלא בארץ הבסקים החליטה הממשלה לפזר את האסירים בבתי הכלא ברחבי ספרד. הדבר עורר מחאה גדולה, בעיקר בקרב החוגים הלאומניים. החזרת האסירים לארץ הבסקים היא אחת המטרות של ETA.
ב-18 בנובמבר 1990 התפוצצה מכונית תופת ליד ניידת משטרה שהייתה בדרכה לאבטח משחק כדורגל. שישה שוטרים נהרגו.
ב-1991 ETA פוצץ שוב מכונית תופת בתוך בית מגורים של אנשי המשמר האזרחי בעיר ויק בקטלוניה וגרם למותם של 9 אנשים, כולל ילדים.
ב-1992 נעצרו בצרפת כל ראשי ETA, כולל פרנסיסקו מוחיקה גרמנדיה (פקיטו) שהיה אז ראש הארגון. באותה שנה התפרצה בארץ הבסקים תופעה הידועה בשם kale borroka, כלומר "לוחמה ברחוב". היו אלה צעירים רדיקלים תומכי ETA, שעיקר פעילותם הייתה הפגנות אלימות שכללו השלכת בקבוקי תבערה ופגיעה ברכוש (כגון שריפת אוטובוסים). ETA התנער באופן רשמי מפעולות אלה.
ב-1995 הציב ETA דרישות לממשלה הספרדית, שכללו את הזכות להגדרה עצמית של הבסקים, תמורת הפסקה מוחלטת של כל פעילות חבלנית. הממשלה דחתה את הדרישות.
באותה שנה ניסה ETA להתנקש בחייו של מנהיג האופוזיציה הימנית חוסה מריה אסנאר, שלימים הפך לראש ממשלת ספרד. אסנאר יצא ללא פגע מפיצוץ של מטען חבלה ליד מכוניתו, שכן המכונית הייתה משוריינת. כמו כן, לפי דברי כוחות הביטחון הספרדים, נמנע ניסיון התנקשות של ETA בחואן קרלוס הראשון, מלך ספרד.
ב-10 ביולי 1997 חטפו אנשי ETA פוליטיקאי צעיר מהמפלגה השמרנית בשם מיגל אנחל בלנקו, ואיימו לרצוח אותו אם הממשלה הספרדית לא תענה לדרישותיהם. שישה מיליון בני אדם יצאו להפגנות, הן בארץ הבסקים והן בשאר חלקי ספרד, בדרישה לשחרר את החטוף. כעבור יומיים רצחו המחבלים את הצעיר, והדבר גרם לזעזוע עמוק בחברה הספרדית. ברחבי המדינה התקיימו הפגנות המוניות נגד ETA.
ב-18 בספטמבר 1998 הכריז הארגון על הפסקת אש חד צדדית, אך הפוליטיקאים בספרד התייחסו להצהרה בסקפטיות וטענו שמטרת ההפוגה היא שיקום הארגון. אף על פי כן, התקיימו מגעים בין נציגי הממשלה הספרדית של אסנאר לבין ETA. המגעים נכשלו, וב-דצמבר 1999 הסתיימה הפסקת האש כאשר נעצרו שני טנדרים של הארגון, עם כ-1000 קילוגרם חומר נפץ בכל אחד מהם, בדרכם למדריד. ב-21 בינואר 2000 חזר הארגון לפעילות הטרור שלו, כשמכונית תופת התפוצצה במדריד ונהרג קצין צבא ספרדי בשם פדרו אנטוניו בלנקו גרסיה. במהלך אותה שנה רצח הארגון 23 אנשים.
ב-6 בנובמבר 2001 נפצעו 65 אנשים בפיצוץ מכונית תופת במדריד. ב-4 באוגוסט 2002 התפוצץ מטען חבלה סמוך לבניין מגורים של אנשי המשמר האזרחי. כתוצאה מכך נהרגו שני אזרחים, אחת מהם ילדה בת 4. בכל פעולות ETA נהרגו כ-30 ילדים. באותה שנה הוצאה מחוץ לחוק מפלגת הרי בטסונה, שהוגדרה כזרוע הפוליטית של ETA.
ב-30 במאי 2003 נהרגו שני שוטרים בעיירה סנגווסה (נברה) בפיצוץ של מטען חבלה מתחת למכונית שבה ישבו. עד 30 בדצמבר 2006 נחשב הפיגוע לרצח האחרון שביצע הארגון, ולאחר ההכרזה על הפסקת אש סופית (ראו בהמשך) רבים חשבו שזהו אכן הרצח האחרון.
בינואר 2004 הכריז ETA על הפסקת אש בקטלוניה וזאת בשל העובדה שמפלגה בדלנית נטלה חלק בשלטון המקומי.
ב-3 במרץ 2004 נתפסו שני טנדרים נוספים שעשו את דרכם למדריד עם מאות קילוגרמים של חומר נפץ.
ב-11 במרץ 2004, 3 ימים לפני הבחירות הכלליות, הזדעזעה מדריד מסדרת פיגועים ברכבות נוסעים, 191 בני אדם נהרגו וכ-1400 נפצעו. בהתחלה חשבו ש-ETA עומד מאחורי הפיגועים וממשלת אסנאר אף ניסתה לגרום לאזרחי ספרד להאמין שאכן המחבלים הבסקים הם האחראים, וזאת בגלל שפיגועים של אל-קאעידה היו עלולים להוביל להפסד בבחירות של המפלגה השולטת וזאת בגלל מעורבותה במלחמה בעיראק. יומיים לאחר הפיגועים בוצעו מעצרים של מוסלמים קיצונים. שלושה ימים לאחר הפיגועים התקיימו הבחירות, והמפלגה השמרנית אכן הפסידה.
ב-4 באוקטובר 2004 עצרה משטרת צרפת את המנהיגים הבכירים של ETA. כמו כן נתגלה מחסן אמצעי לחימה של הארגון. מאז לא בוצעו פעולות טרור משמעותיות בשל חולשתו של הארגון, וחלק ממנהיגיו הכלואים אף קראו לחדול מכל פעילות אלימה.
בסוף 2005 הציעה הממשלה הסוציאליסטית של ספרד משא ומתן עם ETA, במטרה להביא לסיום סופי של הסכסוך. האופוזיציה הימנית והארגון המייצג את קורבנות הטרור בספרד יצאו בהתנגדות חריפה נגד היוזמה.
ההכרזה על סוף הפעילות האלימה.
לבסוף, לאחר 44 שנות אלימות וטרור, הודיע ב-22 במרץ 2006 אט"א על הפסקת אש סופית לטובת תהליך מדיני, באומרה כי "בסוף התהליך, האזרחים הבסקים יוכלו להישמע ויהיה להם הכוח להחליט על עתידם". בספרד עצמה, דעת הקהל הייתה חלוקה בנוגע להצהרת הארגון ואופן ההתייחסות הראוי אליה. ממשלת ספרד נותרה זהירה, ולא שישה על אפשרות המשא ומתן. ראש ממשלת ספרד חוסה לואיס רודריגס ספאטרו אמר כי הוא מלא תקווה לגבי הפסקת אש תמידית, אולם הוא הדגיש ואמר כי לאחר שנים רבות כל כך של סכסוך וטרור תהליך השלום יהיה ארוך, מייגע וקשה. מנגד, מנהיג האופוזיציה בספרד, מריאנו ראחוי קרא לא לשאת ולתת עם הארגון ואמר כי זהו ניסיון של ה-ETA להשגת מטרותיו הפוליטיות. קולות אחרים אמרו כי ההכרזה על הפסקת אש לבדה אינה מספיקה, וכדי להוכיח את רצינות כוונותיו על הארגון להודיע על התפרקות מוחלטת מנשקו, דבר שלא נעשה. באיחוד האירופי ובמדינות אירופה בכלל נשמעו דעות חיוביות על ההחלטה והובעה תקווה שזהו צעד לקראת סופו של הסכסוך האלים.
ב-22 במאי 2006 הכריז ספטרו בכנס של מפלגתו בארץ הבסקים שיתחיל במשא ומתן עם אט"א "בחודש הקרוב", אך נושא העצמאות לארץ הבסקים לא יעלה לדיון ("לא נשלם מחיר פוליטי"). מפלגת האופוזיציה פארטידו פופולאר (המפלגה העממית) הכריזה בתגובה שלא תתמוך בממשלה.
לבסוף, ב-29 ביוני, הודיע ראש ממשלת ספרד חוסה לואיס רודריגס ספאטרו כי ממשלתו תפתח בשיחות שלום עם ה-ETA, אך הוסיף ואמר כי לא יסכים לשלם מחיר כבד תמורת השלום, וכן שקיום המגעים תלוי בהימנעות המחתרת ממעשי טרור נוספים.
שבירת הפסקת האש.
למרות הכרזה על הפסקת האש, לא הביע הארגון נכונות להתפרק מנשקו, ואף ביצע שוד של נשק בצרפת וניסויים עם חומרי נפץ. מצד שני, ממשלת ספרד לא הביעה נכונות להענות לדרישת הארגון בנוגע להעברת האסירים הבסקיים לבתי כלא בארץ הבסקים. אחד מהאסירים שאמור היה להשתחרר לאחר שריצה את עונשו, הועמד לדין על איומים שפרסם בעיתון בסקי ונידון למאסר ממושך, ורבים ראו בזה התנכלות.
באוקטובר 2006 פרסם אט"א הודעה שבה הוא מאשים את ממשלות צרפת וספרד בכך ש"ההתקפות על ארץ הבסקים נמשכות" ואיים לסיים את הפסקת האש, אך לא הכריז על כך באופן רשמי. האיום התממש ב-30 בדצמבר 2006 כאשר מכונית תופת גדולה התפוצצה בנמל תעופה במדריד וגרמה ל-2 הרוגים, כ-20 פצועים באורח קל ונזק חמור לטרמינל ולמאות כלי רכב. המחבלים התריעו על מכונית התופת באמצעות שיחת טלפון לשירותי החירום הבסקיים. הייתה זו הפעם הראשונה ש-ETA ביצע פיגוע אחרי הכרזה על הפסקת אש וללא הכרזה על סיומה. היה זה גם הפיגוע הקטלני הראשון אחרי התקופה הארוכה ביותר אי פעם שבמהלכה לא היו הרוגים.
בתגובה לפיגוע הקטלני הודיע חוסה לואיס רודריגס ספאטרו שתהליך השלום קרס והטיל את האחריות על ETA. עם זאת, הוא הדגיש שהוא נחוש בדעתו להגיע לשלום ולסיום הטרור בספרד.
ב-5 ביוני 2007 ETA פרסם הצהרה על סיום הפסקת האש והאשים בכך את הממשלה הספרדית ואת ראש ממשלת ספרד בפרט. לטענתו של הארגון, ספאטרו לא הביע נכונות להגיע להסדר והמשיך עם המדיניות התוקפנית ה"פאשיסטית". כמו כן האשים ETA את מפלגת השמאל הרפובליקנית "השמאל המאוחד" (Izquierda Unida), שהיא המפלגה השלישית בגודלה בספרד, בכך שהיא "התפתתה" לתמוך בספאטרו ובגדה בעקרונות שלה. בתגובה הטילה הממשלה את מלוא האחריות על ETA והזכירה שהפסקת האש הסתיימה עוד בדצמבר 2006, עם הפיגוע הרצחני במדריד, ועל כן ההצהרה החדשה של ETA אינה אלא לעג.
לאחר סיום הפסקת האש.
מאז ההצהרה על סיום הפסקת האש נרצחו בידי ETA עוד מספר בני אדם, 2 מהם (אנשי הגוארדיה סיביל) נרצחו בשטח צרפת ב-2007. הייתה זו הפעם הראשונה מאז 1976 שהארגון ביצע מעשה רצח בצרפת, שכן מדינה זו נחשבה למקום מקלט עבור הטרוריסטים והם בדרך כלל נמנעו מלבצע בה פעולות אלימות.
בשנת 2010 הארגון נחל מספר מפלות. בתחילת ינואר 2010 נלכדו בשתי פעולות שונות ארבעה פעילים של הארגון, שהיו מבוקשים בידי ממשלת ספרד.