בשנת 1995, כחלק מהסכם הביניים (אוסלו II), הועברו חלק מסמכויות המנהל האזרחי לרשות הפלסטינית. תפקידי המושלים הצבאיים של המנהל האזרחי בכל נפה בוטלו. כיוון שבידי ישראל נותרו סמכויות אזרחיות וביטחוניות רבות, היה צורך בתיאום של הרשויות הפלסטיניות עם אלו הישראליות, ולכן הקימו מדינת ישראל והרשות הפלסטינית את מפקדות התיאום והקישור (מת"ק). עם פרוץ האינתיפאדה השנייה חדלו משרדי המת"ק לעסוק בתיאום ובשיתוף פעולה בין הרשויות הישראליות והפלסטיניות כמעט לגמרי, ועבודתם התמקדה בטיפול בבקשות להיתרי מעבר בין חלקים של איו"ש ובין איו"ש לישראל. בניגוד לעבר, פונים בשנים האחרונות פלסטינים רבים ישירות למשרדי המת"ק הישראליים, מבלי להזדקק לשירותיהם של מקביליהם הפלסטיניים.
בספטמבר 2005, עם השלמת תוכנית ההתנתקות, בוטל המנהל האזרחי ברצועת עזה.
במהלך שנת 2005 הוקמה מפקדת תיאום וקישור גם באזור עוטף ירושלים, סמוך למעלה אדומים, כדי לתת מענה לסוגיות מרקם החיים שנפגע עקב בנייתה של גדר ההפרדה.
מועצת התכנון העליונה.
כל הסמכויות התכנוניות ביהודה ושומרון מרוכזות בידי ועדת תכנון אחת והיא מועצת התכנון העליונה (המקבילה לוועדות הארצית והמחוזית בתוך הקו הירוק), השוכנת במטה המנהל האזרחי הסמוך לבית אל.
בשנת 1966, כשנה לפני תחילת מלחמת ששת הימים, חוקק חוק ירדני הקרוי "חוק תכנון ערים, כפרים ובניינים מס' 79", אשר הסדיר את נושא התכנון והבנייה בגדה המערבית, שהייתה בידי ירדן. חוק זה החליף את החוק הירדני הקודם, "חוק לתכנון ערים, כפרים ובנינים מס' 31" משנת 1955 שהחליף בזמנו את החקיקה המנדטורית הבריטית. החוק, משנת 1966, קבע בין היתר, את הרכב רשויות התכנון ואת סמכויותיהן, התווה את תהליך תכנונן ואישורן של תוכניות פיתוח ואת תהליך הוצאת רישיונות בניה, וכן הגדיר את הליכי הערעור על החלטות רשויות התכנון ואת הצעדים שיינקטו במקרה של עבירות על החוק.
בשנת 1971 הוציא הצבא צו ובו הוא נותן למועצת התכנון העליונה בין השאר את הסמכויות "לתקן, לבטל או להתלות תקפם של כל תוכנית או רישיון" ו-"לפטור כל אדם מחובת רישיון שנדרש על פי החוק".
הצו אשר הוציא צה"ל ב-1971 ביטל את הוועדות המחוזיות. כל הסמכויות רוכזו בידי מועצת התכנון העליונה הנמצאת במנהל האזרחי בבית אל. בראש מועצת התכנון העליונה, לפי חוק התכנון והבנייה הירדני, עומד שר הפנים הירדני. מפקד האזור מינה את קצין המטה לענייני פנים של המנהל האזרחי ליו"ר מועצת התכנון העליונה. הנהלים הייחודיים הפכו את חברי ועדת התכנון העליונה והעומד בראשה, קצינים ואזרחים עובדי צה"ל בדרג בינוני, לכל-יכולים בתחום. הסמכות שניתנה בידם רבה יותר מסמכותו של שר הפנים בכל הנוגע לתוכניות מתאר בתחומי הקו הירוק.
בנוסף, עובדי מועצת התכנון העליונה משמשים בתפקידים שונים גם בלשכת התכנון המרכזית של המנהל האזרחי. לשכת התכנון המרכזית אחראית על התכנון הפיזי של המקרקעין באזור יהודה ושומרון ברמות של התכנון האזורי, המתארי-מקומי והמפורט, ביישובים הישראליים והפלסטיניים ובמרחב הפתוח שביניהם. עד הסכמי אוסלו בכל האזור ואחריהם בשטחי "C" בלבד. במשך כ-25 שנה (בין השנים 1988 ל-2013) שימש אדריכל שלמה מושקוביץ בתפקיד הכפול של מנהל לשכת התכנון המרכזית במינהל האזרחי ויו"ר מועצת התכנון העליונה (כולל ועדת המשנה להתיישבות). החל משנת 2013, עומד האדריכלית נטליה אברבוך בראש לשכת התכנון המרכזית, ובתפקיד יו"ר מועצת התכנון העליונה.
ועדת המשנה להתיישבות.
ועדת המשנה להתיישבות של מועצת התכנון העליונה, הוקמה בשנת 1979 כדי לטפל בתכנון ההתנחלויות בכל אזור יהודה ושומרון. סמכויות הוועדה נרחבות וכוללות:
בנפרד מועדת המשנה להתיישבות, ועדות המשנה לתכנון מקומי בכל נפה, מיועדת לתוכניות של פלסטינים תושבי יהודה ושומרון. אך מאז 1995, ועדות התכנון המקומי בשטחי "C" אינם פעילות והפלסטינים מקדמים תוכניות ובקשות להיתר בניה בוועדת המשנה לתכנון ורישוי. בשנת 2011, עתרה לבג"ץ מועצת הכפר דיראת-רעפיה, בבקשה כי יורה לשר הביטחון, למפקד הצבאי, לראש המנהל האזרחי ולמועצת התכנון העליונה להחזיר על כנן את ועדות התכנון המחוזיות אך עתירה זו נדחתה.
ועדת המשנה לתכנון ורישוי.
הוועדה עוסקת בכל נושאי התכנון המקומי שבשטחי C ולא בתחום ההתיישבות, ואמונה על אישורי בניה, תוכניות מתאר, ותוכניות מפורטת במגזר הפלסטיני בתחום שטחי C. בראש הוועדה עומד שמואל קלימי המנהל את תחום התכנון של המגזר הפלסטיני ביהודה ושומרון.
מדובר בוועדה תכנונית ייחודית בישראל, בעלת סמכויות תכנון נרחבות באזור יהודה ושומרון. הוועדה מתפקדת כוועדה: מקומית, מחוזית וארצית גם יחד.
בשנים האחרונות הוועדה דנה במגוון נושאים נרחב ובכללם תוכנית מיתאר להרחבת העיר קלקיליה, שאושרה להפקדה.
כמו כן הוועדה עסקה באישור תוכניות מתאר למגוון כפרים כגון: עיזבת א-טביב, אום ניזל, חרבת עבדאללה יונס, חרמלה, אום דיוף, ג׳הלין, ואד א-ניץ, זיף, חרבת א-דיראת, ד׳אהר אל מאלח, אום ריחן ועוד.
הוועדה גם מאשרת בקשות להיתרי בניה במגוון נושאים נרחב: מבני מגורים, מבני תעשייה, חינוך, ציבור, תשתיות ותחנות דלק.
ועדה זאת משמשת גם כוועדת הערר של ועדת המשנה לפיקוח.
בשנת 2021 הוועדה הכינה תמ"א 52/1 להסדרת נושא חציבה בשטחי יהודה ושומרון.
תפקיד המנהל האזרחי.
מהותו של המִנהל ותפקידו הוגדרו בצו מס' 947 של הממשל הצבאי, הקובע בסעיף 2:
הגוף הוקם כדי להוציא מידי צה"ל את ניהול העניינים האזרחיים בשטחים שנכבשו ב-1967 ולא סופחו לישראל, אולם הוא אינו גורע מסמכויות הממשל הצבאי באזור, כיוון שפעולותיו כפופות לאישור מתאם פעולות הממשלה בשטחים, שהוא אלוף בצה"ל הפועל במסגרת משרד הביטחון, ומדיניותו צריכה להיות מעוגנת בצווים של אלוף פיקוד המרכז, שהוא הממונה על החקיקה בשטחים הכפופים למרות ישראל באזור יהודה ושומרון. המנהל האזרחי זוכה לליווי משפטי שוטף של "היועץ המשפטי לאזור יהודה והשומרון" בפרקליטות הצבאית (יועמ"ש איו"ש).
המנהל האזרחי משמש בתפקיד מקביל למשרדי הממשלה בישראל, כאשר כל המשרדים הממשלתיים הרלוונטיים (משרדי הפנים, האוצר, התחבורה, הבריאות וכו') שולחים נציגים מטעמם האחראים כל אחד על התחום באזור השיפוט של המנהל האזרחי. הקשר עם התושב עצמו נוצר ומתנהל באמצעות תשעת משרדי התיאום והקישור הישראליים הפועלים ביהודה ושומרון. המנהל האזרחי אחראי על כל ההיבטים האדמיניסטרטיביים של התושבים. בין השאר הוא אחראי על הנפקת אישורי הכניסה לישראל, אישורי התנועה בתוך יו"ש, אישורי תנועה ברכב (היתר כתר), אישורי עבודה וכמעט כל אישור רלוונטי אחר.
מנהלי היחידות במנהל מקבלים את התואר קצין מטה (קמ"ט), אף על פי שרבים מהם אזרחים המהווים את הנציגות המקצועית של משרדי הממשלה השונים, לדוגמה:
יחידת הפיקוח.
המנהל האזרחי מפעיל ביהודה ושומרון יחידה האחראית על אכיפת דיני התכנון והבנייה וכן איכות הסביבה בשטחי C. היחידה פועלת כנגד בניה בלתי חוקית במגזר הפלסטיני והישראלי, שמירת איכות הסביבה, פיקוח על מחצבות, ניתוק חיבורי מים בלתי חוקיים, מניעת פגיעה ביערות ועוד. החל משנת 2015 מקדמת היחידה ביחד עם תחום המגזר הפלסטיני, בלשכת התכנון המרכזית, הקמת שכונה בדואית סמוך לאבו דיס, כדי לתת מענה לאוכלוסייה החיה באופן בלתי חוקי במרחב. במסגרת עבודה זו הוקמו 35 מגרשים הכוללים תשתיות מים, חשמל וביוב.
ביוני 2017 החלה היחידה להפעיל לראשונה רחפנים בשטחי הרשות הפלסטינית, כחלק מהאכיפה נגד פעילות המפחמות המזהמות.
הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש באזור יהודה ושומרון.
יחידת "הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש" (המכונה גם "קמ"ט אפוטרופוס") הוקמה עם כניסת צה"ל ליהודה ושומרון ביוני 1967, ופעלה תחת הממשל הצבאי עד שנת 1981, מאז פועלת היחידה במסגרת המנהל האזרחי. סמכות הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש מבוססת על שני צווים: "צו בדבר רכוש ממשלתי (יהודה והשומרון) (מס' 59), התשכ"ז-1967" ו"הצו בדבר נכסים נטושים (רכוש הפרט) (אזור הגדה המערבית) (מס' 58), התשכ"ז-1967". בצווים אלו נקבעו סמכויותיו של הממונה בנוגע לניהול הרכוש הממשלתי (אדמות מדינה) והנטוש (אדמות נפקדים) ביהודה ושומרון. בנוסף לכך, הממונה הוא נציג מינהל מקרקעי ישראל ביהודה ושומרון. בצו בדבר נכסים נטושים (מס' 58), התשכ"ז-1967, נקבע, כי "רכוש נטוש הוא נכס שבעליו החוקי או מי שהחזיק בו כדין, עזב את האזור לפני התאריך הקובע (7 ביוני 1967), בתאריך הקובע או אחרי המועד האמור, בהשאירו את הנכס באזור".
משנת 1980 הממונה הוא הגורם המרכזי בהכרזה על קרקעות באזור כאדמות מדינה והקצאתן לצורך הקמת יישובים חדשים, בעיקר התנחלויות. סקר ראשוני הראה כי כ־1.5 מיליון דונם, כ־26% משטחי יהודה ושומרון יכולים להיות מוכרזים כאדמות מדינה. ההליך להכרזת אדמות אלו כאדמות מדינה כלל ביצוע סקר מקדים, הודעה בפני המוחתארים המקומיים כי ישנה כוונה להכריז על אדמות באזורם כאדמות מדינה, והקצאת פרק זמן לערעור על החלטה זו. אם לא התקבלה התנגדות להכרזה, נרשם השטח כאדמות מדינה. בפועל, בשל מדיניותה של פליאה אלבק, לא הוכרזו אדמות מדינה במקום שבו הייתה אדמה מעובדת בידי פלסטינים. בין 1980 ל־1984 הוכרזו כ־800,000 דונם כאדמות מדינה.