ב-3 ביולי 2005 הוגשה עתירה לבג"ץ על ידי "שלום עכשיו", אשר דרשה את הריסת הבתים בנימוק שנבנו על קרקע פרטית של פלסטינים, וכי כבר הוצאו כנגד המבנים צווי הריסה. אנשי "שלום עכשיו" טענו מאוחר יותר שהתביעה נגד בנייה על אדמות פלסטיניות תקפה לגבי היישוב כולו והעתירה הוגשה רק ביחס לבתי הקבע, כיוון שהיחס אליהם בחוק היה ברור יותר, והסיכויים להצלחת העתירה היו גדולים יותר. מנגד, מועצת יש"ע ואנשי המאחז טענו כי אין תובע לבעלות על האדמות (בהסתמכם על הסכם הרכישה הבלתי פורמלי בתיווכו של אניס, כאמור), ועל כן אין בעיה בהקמת הבתים. ב-7 ביולי 2005 הוציא בג"ץ צו ביניים למניעת אכלוס הבתים ויום לאחר מכן הוציא אלוף פיקוד המרכז צו בהתאם. בעקבות זאת יושבי הבתים התפנו מבתיהם ב-10 ביולי 2005, ופרקליטות המדינה התחייבה להרוס את הבתים, ובג"ץ מחק את העתירה.
בנובמבר 2005 הפרקליטות הציבה תאריך להריסת מבני הקבע, עד סוף חודש ינואר 2006.
ב-3 בינואר 2006, תחילת החודש שעד סופו נועדו הבתים להריסה, הוגשה עתירה לבג"ץ על ידי אגודה שיתופית עמונה בע"מ ושלושה מתושבי היישוב, המבקשת לדחות את ביצוע ההריסה בנימוק שלא צורפו כמשיבים לעתירה שהוגשה על ידי "שלום עכשיו". בעתירה נטען שוב כי הקרקע שעליה נבנו הבתים היא בבעלות תושבי עמונה, ולא בבעלות פרטית של פלסטינים, והוצא צו ביניים המונע את הריסת המבנים.
ב-29 בינואר 2006 יום טרם המועד להריסת הבתים, דחה בג"ץ את העתירה והסיר את צו הביניים, בשל היעדר הוכחות לקניית הקרקע על ידי תושבי המקום, היעדר היתר בנייה, וצו ההריסה שהוצא כנגד המבנים. בנוסף, תקף בג"ץ את ההכנות שכבר נעשו במקום למאבק בכוח כנגד הריסת הבתים.
לקראת העימות.
בלילה שלפני העימות הציע הרב חנן פורת, בשם מועצת יש"ע, שתוענק למתנחלים ארכה של שבוע להעתיק את הבתים ליישוב עפרה, ואם לא יצליחו, הם יהרסו אותם בעצמם. ההצעה הוגשה ליועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, וקיבלה את הסכמת הגורמים הצבאיים, אך ממלא מקום ראש הממשלה, אהוד אולמרט, סירב להצעה. פורת פנה לבג"ץ, והשופט אליקים רובינשטיין נתן צו זמני המונע את כניסת כוחות המשטרה עד לדיון בעתירתו בבג"ץ. בשעה שמונה וחצי בבוקר החל הדיון בעתירה, ובסופו, בסביבות השעה עשר, דחו השופטים את העתירה.
ב-1 בפברואר 2006 (ג' בשבט ה'תשס"ו) הגיעו כששת אלפים שוטרים וחיילים בפיקודו של תנ"צ מאיר בוקובזה לעמונה, כדי להרוס את הבתים ולאבטח את המשימה. מולם התבצרו בבתים כשלושת אלפים פעילים, רובם בני נוער, שניסו ללא הצלחה למנוע את הרס הבתים. בתחילת השבוע שבו נהרסו הבתים החלו להתאסף במקום צעירים רבים, עד שביום שלישי התאספו במקום יותר משלושת אלפים איש. בין האנשים שנאספו בעמונה היו גם חברי הכנסת מסיעות הימין ראש המועצה המקומית מטה בנימין, פנחס ולרשטיין. רבה של עפרה התיר לנשים להתבצר בבתים, בהנחה שכוחות הביטחון ישלחו חיילות לפינוי הנשים. בפינוי עצמו, אף שהיו חיילות, שוטרי היס"מ הוציאו את הנשים מהבתים. כמה בני נוער התנכלו לכלי רכב של אמצעי התקשורת ואף ידו אבנים עליהם, אך הנהגת המאבק השתדלה להרחיקם ובהמשך התקשורת עבדה ללא הפרעות. בלילה שקדם לעימות כבר התרחשו עימותים 'קלים'. הנהגת היישוב ביקשה מהמתבצרים שלא לנהוג באלימות ולהרחיק את האבנים מקצה הגג, אך הסתבר כי היא אינה שולטת במצב.
מהלך העימות.
כוחות הביטחון נפרסו בארבעה מעגלים. בחיצוני עמדו חיילים שחצצו בין היישוב עפרה לעמונה, ומנעו ממתגברים להתקרב לעמונה. בשלישי עמדו שוטרי מג"ב שמנעו מהסובבים להתקרב. אלה לא השתמשו בכוח פיזי כלל. למטה עמדה שורת שוטרי יס"מ שמנעה מהנמצאים בחוץ ומאלה שהוצאו מהבתים להיכנס לאזור הבתים. הכוח הפנימי עסק בפינוי עצמו.
לקראת העימות התמקמו רבים מהנוכחים במאחז בגבעה שממול לבתים ולא השתתפו בעימות. אלו שהשתתפו בעימות התחלקו לשלושה מקומות, כאשר הרוב התמקמו בבתים עצמם ומסביבם ואחרים בגגות שחלקם בוצרו בתיל. בשעה 09:15 הוכרז במערכת הכריזה של היישוב: "השוטרים עולים לכיוון היישוב - כולם לרוץ לבתים ולהתכונן". כוחות משטרה פרצו את המתרסים שהקימו מתנחלים. אחרי כן, נתקלו הכוחות בחומה אנושית, שאותה הובילו ראשי מועצת יש"ע, פנחס ולרשטיין וח"כים מהימין, חומה זו נפרצה על ידי פרשי המשטרה שהכו את המפגינים באלות ובפרסות סוסיהם, מה שהביא למטחי אבנים מצד הנערים שעמדו על גגות הבתים. במהלך הפריצה נפצעו מספר שוטרים ומתנחלים רבים, בהם חבר הכנסת אפי איתם שאושפז לאחר שנפגע בראשו מפרסת סוסו של שוטר יס"מ, אל"ם במילואים מוטי יוגב וח"כ אריה אלדד, שידו נשברה.
כאשר הגיעו הכוחות לבתים עצמם, הגבירו המתבצרים בגגות את זריקת האבנים, ואף זרקו בלוקים ומוטות ברזל על שוטרים ופצעו כמה מהם, אחד באורח בינוני. השוטרים הציבו סולמות על הבתים, והורידו נערים מהגגות תוך שימוש באלות. במהלך שלב זה נפצע קשה בראשו יחיעם אייל, בנו של מזכ"ל מפלגת תקומה נחי אייל, שהוכה בראשו על ידי שוטר בעזרת אלה הפוכה.
תוך כדי העימות תמונות וסרטי וידאו צולמו ותיעדו הכאה של נערים שישבו על הרצפה ללא התגרות. המתבצרים העידו כי אף מי שביקש לצאת ללא התנגדות הוכה, וכל מי שעבר במסדרון בדרך החוצה הוכה שוב. גם צלמי עיתונות הוכו.
מגן דוד אדום הכריז על אירוע רב נפגעים. מספר הפצועים שפונו לבתי חולים עלה על 300, כרבע מהם מכוחות הביטחון וכשלושה רבעים מקרב מתנגדי ההריסה. לטענת המתנחלים כמעט כל הנפגעים היו מתנחלים.
בתום 4 שעות של מאבק קשה הצליחו כוחות הביטחון לפנות את כל המתבצרים והרסו את הבתים.
גילויי האלימות החריפים במאבק, משני הצדדים, עלו על כל עימות קודם מסוג זה ומספר הפצועים במהלך יום הפינוי והריסת הבתים עלה על מספר הפצועים בתוכנית ההתנתקות כולה. המאבק חולל סערה ציבורית. תמונה שצילם במקום צלם AP עודד בלילטי ובה נערה המנסה לחסום קבוצת שוטרים, זכתה בפרס פוליצר בקטגוריה של סיקור חדשותי. את האירועים האחרונים והתנהגות המשטרה בדקה ועדת חקירה פרלמנטרית, שסיימה את עבודתה בהגשת דו"ח ביניים חריף לפני הבחירות במרץ 2006.
לאחר העימות.
טענות בדבר אלימות משטרתית מופרזת.
פעילי הימין התלוננו שהאלימות שהופעלה כנגדם הייתה מופרזת וללא הצדקה ונבעה משיקולי בחירות. יידוי האבנים, לטענתם, בא כתגובה על האלימות המשטרתית. חברי הכנסת אפי איתם ואריה אלדד טענו כי המשטרה באה מראש על מנת לנהוג בברוטליות כלפי המפגינים ולא ניתנה הזדמנות לח"כים להרגיע את הרוחות. איתם ואלדד תקפו בחריפות את ממלא מקום ראש הממשלה, אהוד אולמרט. אלדד אף טען שאולמרט הורה על פינוי אלים כדי לזכות בקולות השמאל בבחירות לכנסת ה-17. גם ארגון "בצלם" פנה אל היועץ המשפטי לממשלה בדרישה לחקור את השימוש המופרז בכוח משטרתי.
ראשי הנאבקים טענו כי שוטרים הכו זמן רב לאחר שכל איום כלפיהם חלף ותקפו את הגיבוי המוחלט שאלימות הזו זכתה לה בדרגי המשטרה והממשלה. היו שציינו גם את העובדה שהשוטרים (למעט שניים) נפצעו פציעות קלות מאוד, לעומת המתבצרים שנפגעו פגיעות ראש, ופונו לבית החולים במספרים גבוהים בהרבה. הועלו גם טענות על הטרדות מיניות בזמן הפינוי על ידי שוטרים כלפי מפגינות.
טענות המשטרה והממשלה.
המשטרה טענה שהופעל כוח סביר והיא נערכה כראוי לאירועים וזכתה לגיבוי מלא מצד מ"מ ראש הממשלה אהוד אולמרט, שר הביטחון שאול מופז, המפכ"ל משה קראדי והרמטכ"ל דן חלוץ. הממשלה הנחתה את פרקליטות המדינה להגיש במהירות כתבי אישום כנגד המתפרעים האלימים ולגלות "אפס סובלנות" כלפי מפגינים אלימים. מפקדי האירוע טענו כי המשטרה השתמשה בכוח "פחות מהסביר".
המשטרה שחררה קלטת וידאו, המוכיחה, לטענתה, שאיתם לא נפצע מפרש משטרה, ולא היו פרשים בסביבתו סמוך לזמן הפגיעה. לטענתם נפצע מאבנים שזרקו המתנחלים. לעומתם הציג איתם תמונות בהן הוא נראה סמוך לפרש משטרתי, שניות אחרי שפגע בו, לדבריו. המשטרה הציגה גם סרטי וידאו שהוכיחו לטענתה כי הכניסה הראשונה של השוטרים למאחז הייתה ללא אלות או מגנים, ורק בהמשך נעשה שימוש באלות. זאת לעומת הסרטים שנראו בתקשורת, שמראים את הסוסים פורצים בלא שנזרקות אבנים. בנוסף הראו קלטות וידאו שבהן נראה לטענתם ח"כ בני אלון מעודד את המפגינים.
פעולות בעקבות העימות.
בישיבת הממשלה שלאחר הפינוי העריכו ראש השב"כ יובל דיסקין ואלוף פיקוד המרכז יאיר נוה שנוצר קרע חמור בין המתנחלים, החשים נבגדים, לבין הממשלה וכוחות הביטחון, וכן את החומרה בכך שרוב הציבור שמתנגד לפינויים דומים רואה במתבצרי עמונה גיבורים ולא פורעי חוק.
ב-5 בפברואר נערכה הפגנת המונים שאורגנה על ידי מועצת יש"ע בכיכר ציון בירושלים במחאה על אירועי עמונה, שבה השתתפו לפי נתוני המשטרה כ-80,000 איש.
בעקבות העימות דרשו ח"כים מהימין והשמאל להקים ועדת חקירה ממלכתית כדי לחקור את מה שהתרחש בעמונה. אולמרט דחה בתקיפות את הבקשה. גם מפלגת העבודה ומפלגת שינוי הציגו את התנגדותן למהלך בנוסף למפלגת קדימה ויצאו להגנת השוטרים. בימין החלו באיסוף עדויות לצורך חקירה עצמאית. ב-8 בפברואר 2006, על רקע הבחירות המתקרבות, החליטה הכנסת ברוב של 37 נגד 33 להקים ועדת חקירה פרלמנטרית לבדיקת האירועים ולאחר מכן נקבע כי ועדת החוץ והביטחון היא שתשמש כוועדת החקירה. הוועדה הגישה את מסקנותיה לאחר מספר שבועות. היא מתחה ביקורת חריפה על גדעון עזרא, שר המשטרה, ועל שאול מופז, שר הביטחון, וקבעה כי הדרג המדיני לא תיאם כראוי את הפינוי עם כוחות הביטחון בשטח והמשטרה הפעילה כוח מופרז בפינוי.