בסוף המלחמה נותרו שטחי הקיסרות הגרמנית במרכז האוקיינוס השקט בשליטת היפנים, במסגרת חוזה ורסאי, והם שמרו על יחסים טובים עם בריטניה ועם ארצות הברית. לפיכך נותר הצי הקיסרי היפני ללא פעילות מבצעית, וקונגו ואוניות מלחמה גדולות נוספות העבירו את מרבית השנים שבין שתי מלחמות העולם במעגן. בספטמבר 1923 נקראה קונגו לסייע במאמצי החילוץ והשיקום שנערכו אחרי רעידת האדמה הגדולה בקאנטו, ולאחריהם עברה לבסיס הצי בקורה, שם עברה טיפולי תחזוקה ושיפוצים.
לאחר מלחמת העולם הראשונה שאפו המעצמות לרסן את מרוץ החימוש והסלמה שתוביל למלחמת עולם נוספת. אמנת וושינגטון, שנחתמה ב-1922, הגבילה את גודלו של הצי הקיסרי היפני ונקבעה בה הקפדה על יחס של 5:5:3 במספר ספינות המלחמה בין ארצות הברית, בריטניה והאימפריה היפנית. באמנה אף נאסר על היפנים לבנות אוניות מערכה חדשות, אך שיפורים לאונית קיימות הותר.
באפריל 1923 הפליגה הקיסר הירוהיטו על סיפון הקונגו בעת ביקור רשמי בטאיוואן, ושנה לאחר מכן עלתה על מבדוק ביוקוסוקה כדי לעבור סדרת שיפורים במהלכו הותקנה מערכת בקרת ירי, וטווח הצידוד של תותחי האונייה הורחב. ב-1927 עברה קונגו סבב שיפורים נוסף, במהלכו נבנה המבנה העילי מחדש בצורת פגודה שפינתה מקום להתקנת ציוד נוסף.
1935-1929: בנייה מחדש כאוניית מערכה.
תחת מגבלות אמנת וושינגטון, פנו היפנים לשפר את אוניות המערכה ואת סיירות המערכה שהיו ברשותם, וקונגו נכנסה לשיפוצים נרחבים בספטמבר 1929. שריון נוסף הגן על מחסני התחמושת ואמצעים נגד טורפדו נוספו, ומערכת דוודים חדשה העניקה לה מהירות גבוהה יותר. כמו כן, אחת משלוש ארובותיה הוסרה, ונוספו לה מתקנים שאיפשרו לה לשגר ולקלוט מטוסים ימיים. בסוף עבודות השיפורים נוספו לאונייה כ-4,000 טון, תוך הפרת אמנת וושינגטון, ובמרץ 1931 היא סווגה מחדש כאוניית מערכה.
אמנת לונדון, שנחתמה באפריל 1930, הטילה מגבלות נוספות על בניית אוניות מערכה. עם זאת, בספטמבר 1931 פלשו כוחות הצבא היפני הקיסרי למנצ'וריה והקימו בה את ממשלת הבובות מנצ'וקוו. בתגובה לפלישה למנצ'וריה, הכריז חבר הלאומים ב-1933 שהאימפריה היפנית הפרה את הריבונות הסינית בפלישתה למנצ'וריה. בתגובה להכרזה פרשה האימפריה היפנית מחבר הלאומים באותו יום, ומיד התנערה אף מאמנת וושינגטון ומאמנת לונדון, ובכך למעשה התנערה מכל ההגבלות על החימוש שהוטלו עליה, והתכוננה להרחיב את צייה.
1941-1935: אוניית מערכה מהירה.
משהתנערו ממגבלות אמנת וושינגטון ואמנת לונדון, פנו היפנים לשפר את אוניות המערכה ואת סיירות המערכה שהיו ברשותם. מערכת דוודים חדשה העניקה לקונגו מהירות גבוהה יותר, וכשמונה מטרים נוספים לירכתיה כדי להגביר את מהירותה. כמו כן, הותקנו בקונגו מנופים ומעוטים שאיפשרו לה לשגר ולקלוט עד שלושה מטוסים ימיים.
גם שריון האונייה עבר מקצה שיפורים. חגורת שריון בעובי 203 מ"מ הקיפה את גוף הספינה, לוחות שריון בעובי 254 מ"מ הגנו על צריחי התותחים, שריון בעובי 100 מ"מ הגן על מחסני התחמושת, ושריון בעובי 102 מ"מ הגן על הסיפונים. מקצה השיפורים הסתיים ב-8 בינואר 1937, ובסופו סווגה מחדש קונגו כאוניית מערכה מהירה, עם מהירות של 30 קשרים (56 קמ"ש, מהירות שאיפשרה לה ללוות את נושאות המטוסים היפניות המהירות.
בדצמבר 1937 קיבל אדמירל טקאו קוריטה את הפיקוד על קונגו, והיא הצטרפה לפלגת אוניות המערכה השלישית. בשנים הראשונות של מלחמת סין–יפן השנייה סיירה קונגו, יחד עם אוניות מערכה נוספות, לאורך חופי סין, וסייעה לצבא הקיסרי בהשגת מטרותיו ביבשת. לאחר שקיבלה תוספת שריון בשנת 1940, שנה לאחר מכן הצטרפה קונגו לאוניות-האחיות שלה קירישימה, היאיי והרונה בפלגת אוניות המערכה השלישית, תחת פיקודו של תת-אדמירל גונאיצ'י מיקווה.
1942: פעילות מבצעית וטביעה.
ב-29 בנובמבר 1941 עזבה קונגו את מעגן הצי בהשירג'ימה ביחד עם אוניית המערכה הרונה, כחלק מהכוח הדרומי בפיקודו של תת-אדמירל נובוטאקה קונדו. ב-4 בדצמבר הפליג הכוח מול חופי סיאם ומלאיה כהכנה להתקפה שתוכננה להיערך מספר ימים לאחר מכן. לאחר שמטוסים יפנים השמידו את אוניית המערכה הבריטית אה"מ פרינס אוף ויילס ואת סיירת הקרב אה"מ ריפאלס עזבו קונגו ואוניות המערכה האחרות את הזירה, ועברו לסייע לכוחות הצבא היפני הקיסרי בכיבוש הפיליפינים. כחודש לאחר מכן השתתפה קונגו בכיבוש איי הודו המזרחיים, ואף בהפצצת צפון אוסטרליה במרץ.
באפריל 1942 הצטרפו קונגו ופלגת אוניות המערכה השלישית לחמש נושאות מטוסים ושתי סיירות בפשיטה על בסיסי הצי הבריטי באוקיינוס ההודי. ב-5 באפריל תקפו מטוסים יפנים מנושאות מטוסים את נמל קולומבו, בעוד מטוסי סיור מהסיירות איתרו את שתי סיירות הצי המלכותי הבריטי, שטובעו תוך זמן קצר. ב-8 באפריל תקפו מטוסים יפנים את הבסיס הבריטי בטרינקומלי, אך כל הספינות הבריטית נסוגו משם מבעוד מועד. למרות זאת, טיבעו מטוסים יפנים את נושאת המטוסים אה"מ הרמס ולאחר מכן שבו ליפן. ביפן עברה קונגו סדרת שיפוצים קצרה, במהלכה הותקנו על סיפונה תותחי נ"מ נוספים.
ביוני 1942 הפליגה קונגו בכוח הפלישה למידוויי בפיקודו של אדמירל נובוטאקה קונדו במסגרת ההתקפה על אטול מידוויי הסמוך להוואי. בקרב מידוויי שהתפתח איבדו היפנים ארבע נושאות מטוסים, ולאחר התבוסה שבו קונדו וציו ליפן. בראשית חודש ספטמבר יצאו קונגו ופלגת אוניות המערכה השלישית, יחד עם שלוש נושאות מטוסים ואוניות מלחמה נוספות, לאיי שלמה בתגובה לנחיתה בגוודלקנל על ידי כוחות בעלות הברית, אך כוח משימה זה חזר למעגן הצי הקיסרי בלגונת טרוק מבלי שפגש באויב.
לאחר התבוסה בקרב כף אספרנס רצו היפנים לחזק את חיל המצב שלהם בגוודלקנל, ולשם כך הם שלחו שיירות חיילים ואספקה. כדי להגן על השיירות מפני מטוסי בעלות הברית שלח אדמירל איסורוקו יממוטו את קונגו ואת הרונה, בליווי סיירת קלה ותשע משחתות, כדי הפגיז את שדה הנדרסון – שדה התעופה שעל גוודלקנל. בליל ה-13–14 באוקטובר הפליגו אוניות המערכה לאורך החוף הצפוני של גוודלקנל, הפגיזו את שדה התעופה, וגרמו נזק רב למתקנים ולמסלולי ההמראה, פגעו במצבורי דלק המטוסים והשמידו 48 מטוסים מתוך 90 שחנו בשדה באותה עת. בנוסף, יום לאחר מכן הנחיתה השיירה היפנית את החיילים ואת הציוד הצבאי בגוודלקנל.
במהלך קרב איי סנטה קרוז ב-26 באוקטובר 1942 תקפו את קונגו מפציצי טורפדו TBF אוונג'ר, אך לא הסבו לה נזק. באמצע נובמבר השתתפה קונגו ביחד עם אוניות מלחמה נוספות בניסיון נוסף להפגיז את שדה הנדרסון, כהכנה לנחיתה נוספת מהים. לאחר אובדן אוניות המערכה היאיי וקירישימה בקרב הימי על גוודלקנל, שבה פלגת אוניות המערכה השלישית לטרוק, שם עגנה למשך שארית שנת 1942.
1943: תנועה בין בסיסים.
במהלך שנת 1943 לא השתתפה הרונה בקרבות. בינואר לקחה הרונה חלק במבצע קה, בו ביצעה פעולת הסחה שאיפשרה לצי הקיסרי לחלץ את החיילים היפנים מגוודלקנל, ובפברואר היא שבה לקורה שביפן, שם עברה שיפוצים ותוספת של תותחי נ"מ ומיגון. ב-17 במאי הפליגה הרונה עם אוניית המערכה מוסאשי, שתי נושאות מטוסים, שתי סיירות ותשע משחתות מקורה, בתגובה להתקפה האמריקנית באיים האלאוטיים. חמישה ימים לאחר מכן נוספו לכוח המשימה היפני שלוש נושאות מטוסים ושתי סיירות, אך הוא נאלץ לשוב על עקבותיו לאחר נפילת האי אטו לידי האמריקנים. ב-17 באוקטובר עזבה קונגו את טרוק בליווית ארבע אוניות מערכה נוספות, שלוש נושאות מטוסים, שמונה סיירות כבדות, שלוש סיירות קלות ומספר משחתות, בתגובה להתקפת בעלות הברית על האי וייק. פעם נוספת לא הצליחה היפנים ליצור מגע עם צי בעלות הברית, וכוח המשימה נאלץ לשוב לבסיסו. בדצמבר שבה קונגו ליפן לתחזוקה ולאימונים.
1944: פעילות אחרונה וטביעה.
בינואר 1944 עלתה קונגו על מבדוק יבש, וקיבלה תוספת תותחי נ"מ ותותחי 127 מ"מ, ובחודש מרץ עזבה פלגת אוניות המערכה השלישית את יפן והפליגה לאינדונזיה. במאי 1944 הצטרפה קונגו לכוח המשימה של אדמירל ג'יסאבורו אוזאווה, ולאחר מכן חברו לכוח המשימה של תת-אדמירל טקאו קוריטה בדרכם לאיי מריאנה. במהלך קרב ים הפיליפינים ב-20 ביוני, בו ליוותה את נושאות המטוסים היפניות, לא ספגה קונגו כל נזק, והצליחה לחמוק מהתקפות מטוסי בעלות הברית. לאחר ששבה ליפן נוספו לסיפונה עוד תותחי נ"מ, שהביאו את המספר הכולל למעל מאה.
באוקטובר 1944 עזבה קונגו את אינדונזיה במסגרת ההכנות להתקפת-הנגד היפנית כנגד בעלות הברית בפיליפינים. ב-24 באוקטובר, במהלך קרב מפרץ לייטה שהיה לקרב הימי הגדול בהיסטוריה, ספגה קונגו נזק קל בלבד ממטוסי בעלות הברית בים סיבויאן. יום לאחר מכן התנגשו שני הצדדים מול חופי האי סמאר, ואוניות המערכה של קוריטה הלמו בנושאות המטוסים הקטנות שחיפו על נחיתת הכוחות האמריקנים בלייטה. קונגו הסבה נזק לנושאת המטוסים המלווה "גמביר ביי" ולשתי משחתות, וטיבעה את המשחתת "סמואל רוברטס". על אף עליונותם בכוחות הימיים בקרב, לא הצליחו היפנים להביס את האמריקנים הנסוגים, ובסופו של דבר הסיג קוריטה את כוחותיו. במהלך ההפלגה לברוניי תקפו את קונגו מטוסי בעלות הברית מספר פעמים, אך היא ספגה נזק קל בלבד, והגיע למעגן ב-28 באוקטובר.