ביום 1 במאי 1941 בשעה 07:30, ירדו מהמשחתת "הווֹק" 273 חיילי פלוגה 606 ומפקדם מייג’ור מורי, ועוד 118 חיילים מפלוגת חפרים 603 ומפקדיהם קפטן מק-קולוך הסקוטי והסג"ם שיפמן הארצישראלי בנמל מפרץ סודה באי כרתים. למחרת, צורפו אליהם עוד כ-45 חיילים מפלוגות החפרים השונות, שהצליחו מקאלאמטה דרך האי KYTHIRA. בסך הכול, נמנו באותו יום 436 חפרים בפלוגה 606 המורחבת. בהמשך, עסקו בפריקת מטעני אספקה בנמל סודה, תחת הפצצות מתמידות על הנמל. ב-20 במאי 1941 הופסקה העבודה בנמל. בבוקר, בשעה 06:30 הגיעו מטוסי סיור גרמניים ראשונים לאי. בעקבותיהם, בשעה 07:15 הגיעו לכרתים מאות מטוסי אויב גרמניים (כמו "ענן של יתושים")ופתחו בהפצצה מאסיבית ובירי ממכונות ירייה, והחלו להצניח דאונים, צנחנים וכוחות אחרים במרחב שבין מפרץ סודה לחאניה. בשעה 10:00 נתקבל בפלוגה דיווח כי צנחנים גרמניים נמצאים באזור. בשעה 10:15, פלוגות החפרים יצאו למשימות הגנה באזורם. ביום שני 26 במאי 1941 בשעה 15:00 הגיעה פקודה מהמפקדה הבריטית באי להתכונן לפינוי המחנה. הפלוגה נצטוותה על ידי מפקד הפלוגה הבריטי לעזוב את המחנה שמול מפרץ סודה למקום "בטוח יותר" בהרים. כעבור שבוע מתחילת הלחימה על כרתים, באשמורת בוקר יום שלישי 27 במאי 1941 בשעה 04:55, קיבל מפקד הפלוגה -מייג'ור מוריי, דיווח מאחד מעמיתיו הקצינים בגזרה -קפטן ג'יימס. הקצין סיפר שבלחץ המתקפה הגרמנית הכבדה באזור חאניה ומפרץ סודה, נוצרו פרצות רבות בגזרה והמפקדה בכרתים נתנה פקודה להתפנות לחוף הדרומי לצורך אפשרות של פינוי ימי. לפיכך, בטרם ישלימו הגרמנים את כיבוש האזור וכיבוש כרתים, מיד לאחר קבלת ההודעה, בשעה 05:05, קרא מפקד הפלוגה לסמלים בפלוגה, והורה להם בקצרה להודיע לאנשיהם, שכול אחד מהלוחמים ימצא את דרכו לחוף בדרום האי. ועוד הוסיף, שהוא מודה להם על העבודה שעשו ומאחל להם שאלוהים יהיה בעזרם. הסמלים העבירו מיד את הפקודה לאנשיהם. בשעה 05:15 התפזרה הפלוגה בגבעות. במצב זה, הפלוגה כמעט והתפרקה, ולחיילים לא נותרה ברירה, אלא למלט את נפשם לבדם. מעטים התארגנו בקבוצות ועשו דרכם לדרום מזרח האי. מספר שעות מאוחר יותר בשעות הבוקר, נתן מפקד האי הגנרל פרייברג (Freyberg Bernard Cyril) לכוחותיו פקודת נסיגה כללית לסגת לחופי הפינוי בהראקליון ולדרום האי למפרץ ספאקיה. מרבית חיילי הפלוגה חצו במסע מזורז מי ברגל ומי ברכב, את שרשרת 'ההרים הלבנים' והגיעו למעבר אימברוס - Imabros, אשר דרכו התנקזו כל העוברים לספאקיה. דרכם לספאקיה ארכה בין יום ליומיים, ולא מעט חיילים כשלו בדרך מאפיסת כוחות. הדרך הייתה עמוסה ברכבים רבים ובעשרות אלפי חיילים מכל היחידות שבאי. בדרך החיילים היו נתונים בעיקר בשעות היום להפצצות ולצליפות ממטוסים גרמנים. במפרץ ספאקיה, כל בוקר עם שחר, החל בהתקפת ה'שטוקות', אותם מטוסי צלילה-הפצצה גרמנים, על הנמל הקטן.
פלוגת חפרים 606 המורחבת, ופלוגות החפרים הקפריסאיות נקבעו אחרונות בתור לפינוי, וחייליהן חיכו בהמתנה מורטת עצבים לתורם על הרים שמסביב למפרץ. היחידות האנגליות מנעו בכוח מהחיילים ארצישראליים והקפריסאיים להסתנן לשורותיהם ולעלות לספינות. לעומת זאת, היחידות הניו זילנדיות והאוסטרליות גילו הבנה ונתנו לחיילים ארצישראליים רבים להסתנן אל שורותיהם ולתור המפונים. הפינוי ממפרץ ספאקיה התחיל בפועל בלילה של ה-28–29 במאי והושלם בלילה שבין 31 במאי ל-1 ביוני. לפי יומן פלוגה 606 המורחבת מיום 31 במאי 1941, על הנחתת "גלנגייל" שהפליגה מכרתים, הגיעו למצרים 280 חיילים שנותרו מפלוגה 606 המורחבת והקצין מרדכי שיפמן. מיד עם הגעתם לנמל אלכסנדריה, הועברו החיילים ישירות למחנה אל-קאסאסין - El-Qassasin, הנמצא כ־60 ק"מ מקהיר. חיילים ארצישראליים נוספים הגיעו כבודדים באוניות אחרות ובשיירות פינוי אחרות.
בסופו של מבצע הפינוי, בבוקר יום ראשון 1 ביוני 1941, נותרו על החוף כ־5,000 חיילים בריטיים שלא הצליחו להתפנות, בהם חיילים ארץ ישראליים רבים. מרביתם נפלו בשבי הגרמנים, ומקצתם ברחו להרים. חלק מהבורחים נמלטו בסירות קטנות למצרים, אחרים הגיעו לטורקיה, ומשם הגיעו לכוחות הברית, אחרים הסתתרו אצל המקומיים, או הצטרפו, לפרטיזנים ביוון ובכרתים. במערכה בכרתים, נפלו בשבי הגרמני, מפלוגת חפרים 606 המורחבת לבדה, כ־150 חיילים ארצישראליים מהם: כ-70 חיילים מפלוגה 606 המקורית, כ־50 חיילים מפלוגת חפרים 603, מאותו הכוח שנסוג עם פלוגה 606 מיוון לכרתים, דרך האי מילוס, וכ־30 חיילים מיחידות חפרים אחרות. עוד נפלו בשבי, כ־20 חיילים ארצישראליים ששירתו ביחידת תפעול הנמלים 1039 וכבודדים ביחידות בריטיות שונות (חיל האוויר, יחידות לסילוק פצצות, נהגים, אתתים וכדומה). בסך הכול נפלו בכרתים בשבי הגרמני מעל 170 חיילים ארצישראליים.
מחנה השבויים בכרתים.
מחנה השבויים היה במפרץ קטן כחמישה ק"מ מהעיר קניה. במקום בו היה לפני כן, בית חולים בריטי מס' 7. מספר השבויים במחנה, הגיע ל-10000 שבויים בערך. כולם דחוסים בשטח מאוד קטן. כאשר קיימת הפרדה בין הלאומים השונים. התנאים היו איומים ובית החולים התנהל ללא ציוד רפואי הולם. ללא תרופות והרדמה לצורכי ניתוח. הדיזנטריה השתוללה ולצידה כינים ואפילו מחלת שיתוק ילדים. הרעב היה כבד מנשוא. השמירה התבצעה תחילה על ידי פלוגת צנחנים גרמניים, בהמשך על ידי פלוגה אלפינית ואחר כך, על ידי נוער היטלריאני, אשר ירי בשבויים היה כספורט עבורם. הגרמנים תרצו את המחסור באוכל ותרופות מחמת הצוללות הבריטיות שלא נותנות לאספקה להגיע לאי. לצד מחנה השבויים הבריטי, היה גם מחנה לשבוים יוונים, אשר היחס אליהם היה אפילו קשה עוד יותר.
מחנות השבויים.
יעדם הראשון של אלפי השבויים היה מכלאה זמנית פתוחה בקלמטה. המחנה היה באחריות דיוויזיית השריון ה-5 של הצבא הגרמני. במפקד, אשר נערך למחרת הכניעה ב-30 באפריל, נמצא כי במחנה שוהים 2000 אנגליים מבני האיים הבריטים וביניהם 113 קצינים; 1300 אוסטרלים וניוזילנדיים, ביניהם 55 קצינים; 1200 חפרים קפריסאיים, ביניהם 3 קצינים; 1350 חפרים ארצישראלים, ערבים ויהודים, ביניהם שני קצינים; 150 הודים; 150 אנשי צי, שחורים למחצה; 2000 יוגוסלבים, ביניהם כ-100 קצינים. שרר רעב כבד במכלאה.
משם הועברו השבויים למחנה שבויים בקורנית. יחידת ציידי טנקים 525 גרמנית ניהלה את מחנה מעבר זה. גם שם תנאי המחיה היו קשים ביותר והרעב עשה שמות. לפי הנתונים הגרמניים, היו במחנה 1907 חפרים ארצישראלים, יהודים וערביים. בקורנית החלו הגרמנים לחקור את השבויים. במשך יוני הגיעו למחנה בקורנית שבויים שנתפסו בכרתים. רובם מאזור סאפקיה.
מקורנית הועמסו השבויים על קרונות בקר והובלו ברכבות לסלוניקי. היו שהצליחו להימלט תוך כדי המסע לסלוניקי מקרונות הבקר.
בסלוניקי הוחזקו במחנה מעצר קרוב לשלושה שבועות. נאסר על כל מגע בין השבויים הארצישראליים למקומיים, בשל החשש שמקרב חיילי הסוורים, שהיו ילידי העיר סלוניקי, ינסו להימלט ולהסתתר בקרב האוכלוסייה המקומית.
בסוף יוני שוב הועמסו השבויים בקרונות בקר והובלו לגרמניה. חמישה וחצי ימים בתנאים קשים ביותר. בתום הנסיעה, בגבול היוגוסלבי-אוסטרי, פוצלו השבויים לשני מחנות: במארבורוג ובולפסברג שבקרינתיה, אוסטריה. משם בהמשך נשלחו מרביתם לסטאלאג 8B שבעיר לאמסדרוף בשלזיה ולמחנה 383 בהוהנפלץ.
מחנה העונשין בחלם.
לענישה מיוחדת זכו 85 מש"קים ארצישראליים בקיץ 1942. בעקבות תלונה שנמסרה לצלב האדום על ידי שבויים גרמניים שהוחזקו במחנה השבויים בלטרון, הועברו המש"קים הארצישראליים למחנה השבויים חלם (Cholem) שליד מיידאנק. בדרכם לחלם, חנתה הרכבת בה נסעו מול אושוויץ משך שעות ארוכות, והם היו עדים למראות הזוועה של יהודים המובלים למחנה ונורים. מחנה שבויים זה, 319, היה מחנה לשבויי מלחמה רוסיים. שבויים אשר לא היו מוגנים על ידי אמנת ז'נבה. לא זכו לביקור הצלב האדום ולא זכו לחבילות ולמכתבים מהבית. סבלו מעינויים קשים ותנאים מחפירים. נכבלו באזיקים והושארו לעמוד בקור ערומים לילות שלמים. מגוריהם הקבועים היו במחילות מתחת לאדמה. למעלה מחצי שנה הוחזקו שם המש"קים הארצישראליים ללא גישה לנציגי הצלב האדום. הם הוחזרו בחורף 1943, חלקם חולים מאוד. שניים מהם מתועדים על ידי חבריהם כמי ששבו משם כשהם אינם שפויים בדעתם.
היישוב והשבי.
" הידיעות על נפילת המתנדבים בשבי בקלמטה, ואחר כך בכרתים, הגיעו לארץ ישראל בעיצומם של ימי החרדה מפני פלישת כוחות הציר לארץ, באביב של שנת 1941. העצבנות ביישוב הייתה רבה. ועוד קודם שנודע על קלמטה, פשטו שמועות (ככל הנראה לא נכונות), על חיילים ארצישראלים שנפלו בשבי האויב בקרבות המדבר המערבי..."
לקראת סוף אפריל החלו להגיע לסוכנות פניות של משפחות החיילים בדאגה לגורלם. בראשית מאי כבר היו בידי מנהיגי היישוב ידיעות ראשונות, מקוטעות, על מה שקרה ביוון. הבריטים נמנעו מלהפיץ בתקשורת על דבר קיומן של פלוגות יהודיות או ארצישראליות, אולם שידורי התעמולה הגרמניים הזדרזו לציין את תפישתם של כ-1000 שבויים ארצישראליים.
בראש הדאגה היה החשש שהגרמנים יתייחסו לשבויים היהודים כדרך שנהגו ביהודי הרייך השלישי. הדאגה התמקדה בעיקר בשבויים ממוצא גרמני. החשש היה שינהגו בהם כבוגדים ולא כשבויי מלחמה בריטיים. לקראת סוף יוני 1941 החלו להתפרסם בעיתונות רשימות נעדרי יוון.
החיים בשבי הנאצים.
ראשונים להגיע למחנות הקבע היו הקצינים. שלושת הקצינים הופרדו משאר השבויים ונשלחו למחנה השבויים לקצינים ביבראך שבדרום גרמניה. תנאי החיים שם היו נוחים יחסית. בתחילת 1944 הועברו יחד עם עוד כ-120 קצינים למחנה שבויים חדש ברוטנבורג.