ישראל הייתה מהמדינות הראשונות בעולם שהכירו בחשיבות ההגנה על מערכות ממוחשבות חיוניות. בשנת 1997 הוקם פרויקט תהיל"ה (תשתית הממשלה לעידן האינטרנט), שמטרתו להגן על חיבור משרדי הממשלה לאינטרנט, ואספקת שירותי גלישה מאובטחים למשרדי הממשלה. בשנת 2002 החליטה הממשלה (החלטה ב/84) על קביעת האחריות להגנה על מערכות ממוחשבות בישראל, הגדרת תשתית ממוחשבת קריטית, והקמת הרשות הממלכתית לאבטחת מידע, שעוסקת בהנחיית גופים אזרחיים שבאחריותם תשתיות קריטיות לתפקוד ברמה המדינתית. בעקבות ההחלטה הוקמה ועדת היגוי עליונה בראשות ראש המטה לביטחון לאומי, שיעדיה היו סנכרון והסתכלות כוללת על מאמצי הגנת הסייבר המדינתיים. כינון הוועדה ופעולות ההגנה של רא"מ היו מאמץ ממשלתי פורץ דרך ברמה העולמית בתחום הגנת הסייבר, והייתה להם תרומה ניכרת לביסוס ההגנה על התשתיות החיוניות ולפיתוח הידע והיכולות בישראל.
עם התפתחות המרחב והאיומים הקיברנטיים, הנחה ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו בנובמבר 2010 להקים צוות מיוחד שיעסוק בגיבוש תוכנית לאומית להצבת ישראל בין חמש המדינות המובילות במרחב הקיברנטי. העבודה בנושא, אשר כונתה "המיזם הקיברנטי הלאומי", הובלה על ידי הוועדה העליונה למדע וטכנולוגיה, בראשות יו"ר המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח הפרופ' אלוף (מיל.) יצחק בן ישראל, ועבודת הצוות רוכזה על ידי רם לוי. הצוות שהוקם כלל את נציגי הגופים המרכזיים העוסקים בתחום הקיברנטי במדינת ישראל (מחקר, פיתוח, הגנה ועוד) והורכב ממספר תתי-צוותים שבחנו את המרכיבים החיוניים להתמודדות של מדינת ישראל במרחב הקיברנטי, וכן ניתחו את התועלות הלאומיות בהיבטי כלכלה, אקדמיה וביטחון לאומי
על בסיס מסקנות המיזם הקיברנטי הלאומי, קיבלה ממשלת ישראל את החלטה מס' 3611 מיום 7 באוגוסט 2011, לקידום היכולות הלאומיות בסייבר. במרכז ההחלטה עמדה הקמתו של מטה הסייבר הלאומי, בכפיפות לראש ממשלת ישראל. על המטה הוטלה, בין היתר, האחריות לגיבוש המדיניות והאסטרטגיה הלאומית בתחום הסייבר, לקידום תהליכי הגנה לאומיים ולהסדרתם, לפיתוח היכולות הלאומיות בתחום הסייבר ולביסוס שיתופי פעולה בין-לאומיים ומעמדה של מדינת ישראל כמדינה מובילה בתחום. כל זאת בראייה רחבה, אזרחית וביטחונית כאחד, במטרה להציב את מדינת ישראל בין חמש המדינות המובילות את התחום תוך מספר שנים מועט. בנוסף, מונה ראש המטה כיושב ראש ועדת ההיגוי העליונה. לראש מטה הסייבר הראשון מונה ד"ר אביתר מתניה, אשר נכנס לתפקידו בתחילת 2012.
על בסיס האסטרטגיה שגיבש המטה עם כלל הגופים הרלוונטיים קיבלה ממשלת ישראל ב-15 בפברואר 2015 שתי החלטות. הראשונה, החלטה מס' 2443, עוסקת באסטרטגיית בניין העמידות והחוסן בסייבר של המשק האזרחי, ובפרט בהיערכות הממשלתית מול המשק ובתוך הממשלה. השנייה, החלטה מס' 2444, עוסקת באסטרטגיית ההגנה האופרטיבית על המשק האזרחי, בחיבור כלל גופי ההגנה הלאומיים לעשייה משותפת בהגנת סייבר, ובפרט בהקמה של הרשות הלאומית להגנת הסייבר. ייעוד הרשות היה להגן על מרחב הסייבר הישראלי ותפקידיה העיקריים היו ניהול כלל מאמצי ההגנה האופרטיביים במרחב הסייבר, הפעלת מרכז לסיוע בהתמודדות עם איומי סייבר (ה-CERT הלאומי) וחיזוק החוסן של כלל המשק בתחום. בהתאם להחלטה 2444 - הרשות, כגוף האופרטיבי להגנת הסייבר, ומטה הסייבר, כגוף המדיניות ובניין הכוח בסייבר, היוו ביחד את מערך הסייבר הלאומי, הפועל במשרד ראש הממשלה, בכפיפות ישירה לראש הממשלה. ראש המטה מונה גם לתפקיד ראש המערך והיה ממונה על אישור תוכניות העבודה של הרשות ותקציב המערך.
הרשות הלאומית להגנת הסייבר - 2016–2018.
הרשות החלה לפעול להגנת כלל המשק האזרחי ב-1 באפריל 2016, 90 יום לאחר מינויו של בוקי כרמלי לראש הרשות. בפרט, בהתאם להוראת השעה בחוק להסדרת הביטחון בגופים ציבוריים מאוגוסט 2016, הועברה האחריות לכלל גופי תשתיות המדינה הקריטיות (למעט גופי התקשורת) מרא"מ לרשות בתהליך שארך כשנה. כרמלי הגיע לתפקיד לאחר ששירת מעל 20 שנה ביחידה 8200 ובמערכת הביטחון. בתפקידו האחרון שימש כראש היחידה הטכנולוגית של המלמ"ב, במסגרתה הוביל את הגנת הסייבר בכלל גופי מערכת הביטחון והתעשיות הביטחוניות.
הרשות הוקמה מתוך משרד ראש הממשלה כגוף המשלב מאפיינים ביטחוניים-אופרטיביים לצד מאפיינים אזרחיים, המוביל בסינרגיה עם יתר גופי הביטחון את מאמצי ההגנה כנגד תקיפות סייבר על המשק האזרחי. כגוף שמטרתו להיות עם הפנים למשק האזרחי, הרשות נבנתה תוך ידיעה שהמידע הנחלק עמה הוא בעל רגישות גבוהה, מסיבות כגון סודיות מסחרית, זכויות קנייניות, הגנת הפרטיות וכו', ועל כן פעלה בהתאם לעקרונות משפטיים שתואמו עם היועץ המשפטי לממשלה, שמטרתם מיקוד במידע המאפשר סילוק התקיפה תוך וידוא כי ננקטים כל הצעדים הנדרשים על מנת לשמור על זכויות הארגון הנתקף ועובדיו. בין היתר, הרשות התחייבה שלא לחשוף את פרטי הארגונים הנתקפים. דיווחי הציבור אליה איפשרו לא רק לסייע לארגונים הנתקפים עצמם, אלא לזהות תקיפות מבעוד מועד ולבלום את התפשטותן של מתקפות גם לעבר ארגונים אחרים.
אחת ממשימות הליבה של הרשות הייתה סיוע לציבור ולארגונים בהתמודדות עם איומי הסייבר – וזאת ללא קשר לשאלה מי עומד מאחוריהן. סיוע זה התממש באמצעות המרכז לניהול אירועי סייבר ברשות – ה-CERT הלאומי, הממוקם בבאר שבע. לצד מרכז הסיוע הוקמו ברשות מרכזים מגזריים, המסייעים למשרדי הממשלה ולמגזר הפיננסי, שבפרק זמן קצר כבר הוכיחו את הערך ביצירת מומחיות מגזרית. ה-CERT הלאומי, המאויש 24/7 באנליסטים מומחים בהגנת סייבר, מספק מענה ראשוני לטיפול בתקיפות ובאירועי סייבר במרחב האזרחי. בעקבות פניות אלה, בעשרות רבות של מקרים הוחלט, לאחר ניתוח מקצועי של משמעות האירוע לחוסן הלאומי, לשלוח לשטח צוותי תגובה של הרשות על מנת לסייע לארגון להכיל את התקיפה: בין היתר, פורסם בתקשורת באפריל 2017 על בלימת מתקפה גדולה כנגד 120 ארגונים, משרדי ממשלה, מוסדות ציבור ואנשים פרטיים, תוך שימוש בשרת של מוסד אקדמי גדול כדי להוציא את המתקפה, וביוני 2017 על בלימת מתקפת סייבר על מספר בתי חולים במדינה.
הרשות פעלה לסייע לארגוני המשק בהתמודדות עם איומי הסייבר, ומאז תחילת פעילותה האופרטיבית טיפלה במאות רבות של איומים ואירועים במרחב בדרגות חומרה משתנות. הרשות פעלה לא רק בסילוק מתקפות שכבר חדרו לארגונים, אלא סייעה גם בהתמודדות מול איומים בטרם הגיעו לפתחי הארגונים. כך, הרשות הובילה את ההתמודדות הלאומית עם עשרות רבות של איומי סייבר, בהם: Wannacry, NotPetya, CCleaner ו-Bad Rabbit. ב- Wannacry לדוגמה, עקב העצימות הגבוהה של המתקפה, הרשות ריכזה מאמץ מול כללי מגזרי המשק, הוציאה הנחיות הגנה מפורטות לארגונים ולמשקי בית ושיתפה מידע רלוונטי עם שותפויותיה בחו"ל. הודות למאמצים אלה, בין היתר, נצפו רק פגיעות מזעריות במשק הישראלי, ללא פגיעה בתשתיות הקריטיות או במגזרים החיוניים.
פעילות נוספת של הרשות מיום הקמתה הייתה פעילותה להעצמת חוסן המרחב האזרחי. פעילות זו נעשית בהסכמה, על ידי העלאת מודעות הארגונים לאיומי הסייבר, ובהנחיה, אם האינטרס הציבורי מחייב זאת. החל ממרץ 2017 ובעקבות תיקון החוק להסדרת הביטחון בגופים ציבוריים בקיץ 2016, הרשות הייתה אחראית מתוקף חוק להנחיית גופי תשתיות המדינה הקריטיות, כגון חברת החשמל לישראל ורכבת ישראל, כיצד להתמודד עם סיכוני סייבר שעלולים להשבית מערכות קריטיות שבאחריותם. זו הייתה הנחיה ייעודית ישירה של הרשות שהעניקה "חליפת הגנה" מותאמת לכל גוף. קודם למועד זה והחל מ-2002, היה שירות הביטחון הכללי אחראי למשימה לאומית זו, באמצעות הרשות הממלכתית לאבטחת מידע. במקביל להנחיית עשרות גופים אלה, הרשות החלה בעבודה מול הרגולטורים המגזריים, כגון המשרד להגנת הסביבה, על מנת להחיל נורמות מתחום הגנת הסייבר על מושאי ההגנה השונים. יחידות אלו, שאוישו על ידי הרשות ומשרדי הממשלה בתוך הרשויות הרגולטוריות, כבר החלו להפיק תוצרים, כגון סקרי סיכונים למיפוי פערים וגיבוש "נספחי סייבר" במסגרת הסמכות הרגולטורית של המשרד. בנוסף, הרשות פעלה גם להגנה על פרויקטים מיוחדים הדורשים תשומת לב מדינתית, ובין היתר פורסם כי על רקע ניסיונות התערבות במערכות בחירות במערב, הרשות גיבשה תוכנית להגנה מפני התערבות זרה בבחירות בישראל. לפי הפרסומים, הרשות בתוכניתה התרכזה בהגנה על אתרי אינטרנט ומערכות טכנולוגיות רלוונטיות (לדוגמה של ועדת הבחירות המרכזית ושל מפלגות) אך לא נגד לוחמה פסיכולוגית או חדשות מזויפות. זאת, מתוך תפיסה כי הרשות היא גוף שעוסק בהגנה על מערכות, להבדיל מאשרור תכנים לפרסום או בקרה עליהם.
על מנת לסייע למשק הרחב להתמודד עם האיומים השונים, פרסמה הרשות בראשית 2017 את "תורת ההגנה בסייבר לארגון", שעבודה לפיה מספקת לכל ארגון בישראל, קטן כגדול, כלים לניהול ולטיוב ההגנה מפני הסיכונים הנגזרים מאיומי הסייבר, ומסייעת לו לבנות תוכנית עבודה סדורה. אלפי ארגונים בישראל פועלים על פי תורה זו, הנגישה כשירות חינמי לכלל ארגוני המשק ומסונכרנת לתקנים קיימים בעולם, דוגמת אלה של ארגון התקינה הבינלאומי (ISO) ושל המכון הלאומי לתקנים וטכנולוגיה האמריקאי (NIST). במהלך שנת 2017 הוקמה רשת "סייבר-נט" על ידי הארגון.