הצבא הרומאי שנאסף מצפון ומדרום לארץ ישראל, חבר לבסוף בעכו, עם הלגיון החמישי העשירי והחמישה עשר, ויחד עם 23 קוהורטות נוספות, ומספר צבאות קטנים ששלחו מלכים מקומיים לעזרת הרומאים, הגיע למספר של כ-60,000 חיילים, רגליים ורוכבים. בזמן שנותרו אספסיאנוס וטיטוס בעכו על מנת לארגן ולסדר את הצבא (ועוד לפני כן), החל פלאקידוס לפשוט על הגליל בהתקפות לא מסודרות על כפרים ויישובים קטנים וחסרי הגנה בסיסית, כערים המבוצרות. כאשר נוכח לראות שפעמים רבות בורחים הלוחמים בו אל הערים הבצורות, החליט לכבוש את יודפת בהתקפת פתע מהירה. יודפת הייתה העיר החשובה ביותר בגליל, וכיבושה, כך סבר פלאקידוס, יביא במהרה לכניעת יתר ערי הגליל.
אך למגיני יודפת נודע על תוכניתו של פלאקידוס, וכאשר הגיע לשם יחד עם צבאו, המתינו לו הלוחמים מחוץ לחומות, והתקיפו אותו. הצבא הרומאי נסוג במהירות, ותוצאות הקרב היו קטנות: 7 הרוגים רומאיים; 3 יהודים. פלאקידוס הבין שלא יוכל לכבוש את יודפת במתקפה חזקה ומהירה, ותידרש התקפה ארוכה יותר.
בינתיים, החליט אספסיאנוס לעלות ולכבוש את הגליל בראשונה, ועלה עם כל צבאו לעבר הגליל. בתחילה, כבש בקלות את גברה שהייתה חסרת הגנה, ערך שם טבח כללי שלא הבדיל בין בחור ומבוגר, ולבסוף, העלה את העיר באש. כך המשיך ועשה אספסיאנוס בכפרים ובעיירות בסביבתו: העלה באש את הבתים, ומכר את התושבים לעבדים. בפחדם מצבאו העצום של אספסיאנוס, ברחו רבים מאנשיו של יוסף בן מתתיהו, והימלטותם העצימה את חששותיו מפני הפסדים גורפים גם בהמשך המלחמה. הוא נמלט לטבריה, ומשם שלח למנהיגות המרד בירושלים מכתב בו הוא מתאר את הסכנה הנשקפת מצבאו של אספסיאנוס, ומבקש הוראות נוספות.
עם הימשכות פשיטות הצבא הרומאי על הגליל, הבין אספסיאנוס את חשיבותה האסטרטגית של יודפת עבור תושבי הגליל, והחליט לכבוש בעצמו את יודפת. עד מהרה, החל בהכנות מעשיות לשם כך.
מיקומה הטופוגרפי של יודפת וביצוריה.
העיר נבנתה על תל בגובה 419 מ' מעל פני הים, מוקפת בשרשרת פסגות הגבוהות ממנה. ממזרח ומצפון מזרח מקיף אותה נחל יודפת ויובל שלו מקיף אותה ממערב, מדרום ומצפון מערב. אלו יוצרים מדרונות תלולים משלושת צדי הגבעה כך שזו נגישה רק מצד צפון, שם נמצא אוכף טופוגרפי המחבר אותה להר מימין.
בהבינו סכנה ברורה זו, ביצר יוסף בן מתתיהו את צידה הזה של העיר, כאשר הוא בונה שם חומה, על מנת לחסום כל ניסיון לעלות דרך הצלע על מנת לכבוש את ההר. בנוסף, היה ראש הגבעה של יודפת מוקף חומות ומבוצר.
בנוסף לתכונות המבצר הטבעיות של יודפת, ניחנה זו בדבר נוסף: מכיוון שהרים רבים הקיפו את העיר - הסתירו הללו את העיר לחלוטין, כך שאף אדם לא יכול היה לראותה, עד הגיעו אליה.
תחילת המצור.
הקפת העיר והתחלת המצור.
בי"ז באייר, לאחר שהחליט אספסיאנוס לכבוש את יודפת, שלח חיילים רגליים ופרשים על מנת לתקן וליישר את הדרך, שהייתה בלתי כשירה למעבר הצבא. לאחר ארבעה ימים של עבודה, פתחו החיילים דרך בפני כל הצבא, ואספסיאנוס התכונן לעלות ליודפת. ביום שלאחר מכן, בכ"א באייר, החליט יוסף בן מתתיהו, שלא היה מודע לתוכניותיו של אספסיאנוס, להגיע ליודפת מטבריה, על מנת לעודד את אנשיה.
לאחר שעריק יהודי הגיע לאספסיאנוס וסיפר לו על הימצאו של יוסף בן מתתיהו ביודפת, החליט להטיל מצור על העיר עוד באותו יום, על מנת שיוכל גם ללכוד את יוסף בן מתתיהו, שהיה מפקד הגליל כולו. הוא שלח 1,000 פרשים תחת פיקודם של פלקידוס והדקוריון איבוטויוס, והורה להם להקיף את העיר, על מנת למנוע דרך בריחה מיוסף.
בכ"ב באייר, כבר הגיע אספסיאנוס ליודפת יחד עם כל צבאו. לאחר מסע של יום היה יכול רק לחזק את המצור, ולהתכונן להתקפה על העיר.
ההתקפות הראשונות, והקמת סוללות המצור.
למחרת, החל בהתקפה ישירה על העיר, תוך שהחיילים מנסים לטפס על החומות. ההתקפה נבלמה לאחר שהיהודים יצאו מהחומות בפתאומיות והתקיפו את הרומאים. הקרב נמשך עד הלילה, והתחדש לאחריו. הקרבות נמשכו עד כ"ו באייר, כאשר כל צד אינו מצליח להשיג יתרון משמעותי על אויבו. לאחר שהבין שלא יוכל לכבוש את העיר בהתקפות כאלו, שנהדפו שוב ושוב על ידי מעשי גבורה יהודיים, כינס אספסיאנוס אספה של מפקדיו, ובה הוחלט על הקמת סוללות מצור.
הצבא החל בבניית הסוללות, תוך הפרעות מצד היהודים שזרקו על בוני הסוללות כל מה שהיו יכולים, דבר שכמעט ולא הפריע בפועל לרומאים, עקב הסככות שהגנו עליהם.
לבסוף, הועמדו 160 מכונות ירי, שהחלו לירות יחדיו, והבריחו את היהודים מהחומות. היהודים, שכבר לא היו יכולים להילחם מעל החומה, קיימו פשיטות פתע על סוללות המצור, הרסו חלקים מהסוללות, והרגו את אלה שלא יכלו להגן על עצמם. אספסיאנוס בתגובה, הידק את ההגנות על הסוללות, והוסיף עוד חיילים להגנתן, דבר שמנע את פשיטות היהודים.
הרעבת העיר והשהיית הלוחמה.
בינתיים, הגיעה הסוללה לגובה ראש החומה, ויוסף בן מתתיהו החליט להגביה את החומה, תוך שהוא משתמש בעורות כהגנה מפני הירי הרומאי. בסיום העבודה, הוגבהה החומה בכעשרים אמה (כ-10 מטרים), ואספסיאנוס החליט לעצור את ההתקפות על יודפת, ולהמשיך במצור הדוק עד שייכנעו היהודים מרעב, או לפחות יחלשו, דבר שיקל עליו בהרבה את כיבוש העיר.
ליודפת היה מזון בשפע מספק, אך לא מים רבים, ועוד מתחילת המצור קבע יוסף חלוקה במשורה של מים. עתה, כאשר הבין יוסף את התקווה שהדבר מעניק לרומאים, החליט להשתמש בלוחמה פסיכולוגית: הוא ציווה על אנשיו לטבול את בגדיהם במים, ולתלותם על החומה, דבר אשר גרם לרומאים לאבד את תקוותם להכניע את העיר על ידי מניעת מזון ומים.
כתוצאה מכך, שב אספסיאנוס להתקפותיו על העיר, שקיומם היה כעת אף אינטרס של היהודים: הם ידעו את המצב לאשורו, והבינו שמצבור המים והמזון לא יספיק להם לזמן רב, על כן, העדיפו רבים למות בקרב ולא ברעב. בהמשך מצא יוסף מקום בו היה ניתן לצאת את העיר. הוא שלח משם שליחים שאפשרו לנהל קשר עם גורמים מחוץ לעיר; שליחים אלו גם הבריחו מזון לתוך העיר, אולם עד מהרה הבחינו הרומאים במקום זה, וגם הוא נחסם לתנועה.
החרפת הלוחמה.
יוסף מתכונן לעזוב, אך נשאר ומחריף את ההתקפות.
יוסף בן מתתיהו, בהבינו כעת שגורלה של יודפת כבר נחרץ, התכונן לברוח מהעיר יחד עם שאר שליטיה, אך כאשר נודע הדבר לתושבי העיר, עצרו אותו בתחנונים לבל יעשה זאת, מכיוון שכך תאבד כל תקווה לניצחון. משהבין יוסף את נחרצותם של אנשי יודפת בעניין זה והסיק שלא יהססו אלו לעצור בעדו בכוח מבריחה, החליט להישאר, והחל לחדש את התקפות הפתע שלו מתחילת המצור.
בימים הבאים ערך יוסף גיחות קטנות של התקפה על הרומאים, ותוך זמן קצר – הימלטות חזרה אל מעבר לחומות העיר. יוסף מציין פעמים מספר את הייאוש הרב שאחז באותה עת את אנשי יודפת, יאוש שחיזק את עוז רוחם, ומשלא נותר להם דבר להפסיד, הסבו הללו בגיחותיהם, סבל רב לרומאים.
בשלב זה, ציווה אספסיאנוס להפעיל את איל הברזל כנגד חומות העיר. יוסף בתגובה, הכין שקים מלאים במוץ ששולשלו לעבר המקומות בחומה בהם הכה האיל, וכך ריכך את עוצמת המכה שספגה החומה. הרומאים כנגדם, הכינו מוטות ארוכים שבקצה כל אחד היה מגל וכך חתכו את החבלים הקשורים לשקי המוץ.
כאשר ראה יוסף שהחומה קרובה כעת מתמיד לבקיעה, החליט להעלות באש את המכונות. הוא ציווה לאסוף חומרי בעירה, ובהתקפה פתאומית פרצו לוחמיו מן החומה והעלו באש את מכונות המצור. עוד לפני שהיו יכולים הרומאים להצילם, עלו המכונות באש. עד מהרה הביאה מתקפת הפתע לקריסת שורות הצבא הרומאי, והחלה נסיגה, שלאחריה העלו לוחמיו של יוסף את מתקניהם של הלגיונות החמישי והעשירי באש. בנוגע להתקפה זו מציין יוסף לשבח את גבורתם של כמה מלוחמיו, בהם אלעזר מסאבא שבגליל ושני אחים, נטירס ופיליפוס מהכפר רומה, גם הוא בגליל.
לקראת הערב, התאוששו הרומאים וחזרו לעמדותיהם, והציבו את איל הברזל מחדש כנגד החומה. באותו זמן, נפגע אספסיאנוס ברגלו מחץ שירה לעברו אחד מהלוחמים היהודים. למרות שהחץ לא הסב למצביא נזק רב, הדבר יצר בהלה בקרב הצבא הרומאי עקב פגיעת מצביאם, ויצר בהם רצון עז לנקמה. הקרב התחדש במהרה והמשיך בלילה, במלוא העוצמה, כאשר הרומאים יורים ירי עז ממכונות המצור שלהם, והיהודים נופלים כזבובים, תוך הגנה על החומה.
פריצת החומה, והתקפה רומאית טקטית.
באשמורת הבוקר של כ' בסיון נפרצה החומה, והיהודים מיהרו לבצר את קטע החומה הפגוע מחדש, ולהגן עליו. הקרב נפסק לזמן קצר, כשהצבא הרומאי פנה לנוח, על מנת להתכונן להתקפה מחודשת על העיר.
אספסיאנוס ערך את צבאו במערך טקטי מחושב היטב: על מנת להדוף את ההגנה המיוחדת ששמו היהודים על קטעי החומה הפרוצים, הטיל למערכה זו בקדמת הקרב, את מובחרי הפרשים שלו, ללא סוסיהם, על שריונם כשרומחיהם מכוונים לפנים. בו בזמן, על מנת להכריח את היהודים להפחית ממידת ההגנה שהקצו לקטעים הפרוצים, ציווה על שאר החיילים להציב סולמות לאורך החומה, בכל המקומות בהם לא נפרצה החומה. מאחורי חיל הפרשים שניצב כראש חץ בקדמת שורת הקרב, ניצבו המובחרים שבחיל הרגלים, מאחוריהם קשתים, ולבסוף, פרשים נוספים, שיסיירו במורדות ההר ויעצרו כל בריחה מהעיר.