בתקופת הברונזה המאוחרת הייתה קפריסין חלק מהאימפריה החיתית, אבל הייתה מדינת לקוח, וככזו לא נכבשה אלא נחשבה רק לחלק מהאימפריה, ונשלטה על ידי המלכים השליטים של אוגרית. כך, הייתה קפריסין למעשה "מנוהלת לבד עם התערבות קטנה בעניינים קפריסאים". עם זאת, בתקופת שלטונו של תודחליאש, האי נכבש לזמן קצר על ידי החתים, על מנת לאבטח את מרבצי הנחושת באי, או במטרה למנוע פיראטיות. זמן קצר לאחר מכן נכבש האי מחדש על ידי בנו סביב 1200 לפנה"ס.
תקופת הברונזה המאוחרת הייתה תקופה של סחר בינלאומי, קפריסין הייתה מרכז לייצור כלי קרמיקה, וכלים רבים ייחודים לה נמצאו באתרים רבים בארץ ישראל ובלבנט, כמו כלי בסיס טבעת, כלים מחופים לבן ועוד.
תקופת הברזל.
האכאים היו המיישבים של קפריסין בשנים 1200-1000 לפנה"ס, (אף על פי שראשוני האכאים החלו להגיע עוד מהמאה ה-14 לפנה"ס). אחריהם הגיעו היוונים הדורים (1100 לפנה"ס) ושלא כמו המלחמות ביבשת היוונית, הם חיו בקפריסין בשלום.
במאה ה-8 לפנה"ס הוקמו בקפריסין מושבות פיניקיות (חלקן ביישובים קיפריים קודמים), כמו כתיון, Kart-Hadasht (כיום באזור הערים לרנקה וסלמיס), אידליון, וטמסוס, אך קבורת ילדים בקנקנים כנעניים בבתי הקברות העתיקים בסלמיס מראים בבירור על הנוכחות הפיניקית באזור עוד מן המאה ה-11 לפנה"ס. קנקנים דומים נמצאו גם בערים נוספות כמו קוריון ופאפוס.
רוב החוקרים טוענים כי ממלכות הערים הקפריסאיות, שתוארו לראשונה במקורות כתובים במאה ה-8 לפנה"ס נוסדו כבר במאה ה-11 לפנה"ס. חוקרים אחרים מאמינים בקיומו של תהליך איטי של הגדלת מורכבות חברתיות בין המאות ה-12 וה-8. ובכל מצב, במהלך המאה ה-8 (התקופה הגאומטרית) מספר היישובים גדל בצורה חדה, כמו גם כמות הקברים. הקברים המלכותיים בעיר סלמיס למשל הופיעו אז לראשונה. זו יכולה להיות אינדיקציה טובה יותר לתקופת הופעתה של הממלכות הקפריסאיות.
המקור הכתוב הראשון מלמד כי קפריסין הייתה בעבר תחת שלטון אשורי. אסטלה שנמצאה בכתיון בשנת 1845, מנציחה את ניצחון סרגון השני (מלך אשור בין השנים 722 - 705 לפנה"ס) בשנת 709 לפנה"ס, על שבעה מלכים שנלחמו עמו באזורים שהחוקרים מזהים היום כקפריסין.
התקופות הפרסית, ההלניסטית הרומית והביזנטית.
קפריסין קיבלה עצמאות סביב שנת 669 לפנה"ס, אבל נכבשה מחדש בידי מצרים תחת אמסיס השני. האי נכבש על ידי הפרסים סביב שנת 545 לפנה"ס. ואף נחפר ארמון פרסי בחוף הצפוני של האי. בתקופה זו ניסו התושבים להתקומם. בתחילת המאה ה-4 לפנה"ס, יוגורס הראשון, מלך סאלאמיס, השתלט על האי וניסה להשיג עצמאות מהפרסים. התקוממות נוספת התקיימה ב-350 אבל נמחצה על ידי ארתחששתא ב-344.
בעת המצור על צור, המלכים הקפריסאים הלכו עם אלכסנדר הגדול. ב-321 ארבעה מלכים קפריסאים צדדו בתלמי הראשון והגנו על האי נגד אנטיגונוס. תלמי איבד את קפריסין לדמטריוס פוליורקטס ב-306 ו-294 לפנה"ס, אבל לאחר מכן חזר האי לידי בית תלמי עד 58 לפנה"ס. בתקופה זו נשלט האי בידי מושלים מצריים, וכמה פעמים נוצרה ממלכה תלמית קטנה באזור, במהלך מאבקי הכח של המאה הראשונה והשנייה. יחסים מסחריים איתנים עם אתונה ואלכסנדריה, שני המרכזים המסחריים החשובים ביותר של העת העתיקה, פותחו באותו הזמן.
קפריסין הפכה פרובינקיה רומאית ב-58 לפני הספירה. באותה עת שלט בקפריסין תלמי מלך קפריסין שהיה אחיו של תלמי השנים עשר. על פי סטרבו, פובליוס קלודיוס פולכר, טריבון ברפובליקה הרומית, נטר טינה לתלמי ושלח את מרקוס קאטו לכבוש מידיו את האי. שנים אחר כך נתן יוליוס קיסר את האי במתנה לקלאופטרה מלכת מצרים, אך הוא חזר להיות פרובינציה רומאית לאחר תבוסתו בקרב אקטיום (31 לפנה"ס) ב-30 לפני הספירה. מאז 22 לפני הספירה היה האי מחוז סנטור.
בשנים 115–117 מרדו יהודי האי בשלטון הרומי כחלק ממרד התפוצות בהנהגתו של ארטמיון. כתוצאה ממרד זה נחרבה העיר סלמיס ונהרגו כ-240,000 מתושבי האי. ההיסטוריון הרומאי קסיוס דיו מספר כי לאחר מיגור המרד נאסר על היהודים לדרוך על אדמת האי, כאשר כל יהודי העובר על הוראה זו דינו מוות. בין מדכאי המרד היה לוסיוס קווייטוס, שנשלח על ידי טראיאנוס.
סדרה של רעידות אדמה גרמו להרס נוסף של העיר סלמיס בתחילת המאה ה-4. באותו הזמן בצורת ורעב הכו את האי.
עם פיצול האימפריה הרומית במאה ה-4 לספירה, נכנסה קפריסין תחת שלטונה של האימפריה הביזנטית, ועיר הבירה שלה הפך לסאלמיס. באותה תקופה הבישוף שלה היה עדיין כפוף לכנסייה.
ההתנצרות.
במהלך מסעותיו המסיונריים של השליח פאולוס הקדוש באסיה הקטנה, הגיע (יחד עם תלמיד נוסף - ברנבא) גם לקפריסין והמיר את דתם של אנשי המקום לנצרות.
המסע מתואר במעשי השליחים (13, 4-5):
והמה המשלחים על ידי רוח הקדש ירדו אל סלוקיא (נמל העיר אנטיוכיה) ומשם באו באניה אל קפרוס (קפריסין)׃ ויבאו אל עיר סלמיס ויגידו את דבר האלהים בבתי הכנסיות אשר ליהודים ויהי להם גם יוחנן למשרת.
במהלך המאה ה-5 לספירה, כנסיית קפריסין זכתה בעצמאותה מאת פטריארך אנטיוכיה בועידת אפסוס ב-431.
ימי הביניים המוקדמים.
עם התפשטות האסלאם מחצי האי ערב תקפו הערבים את האי כמה פעמים. בשנת 650 פלשו הערבים בכח לקפריסין, אך ב-688 הקיסר יוסטיניאנוס השני והח'ליף עבד אל-מלכ הגיעו להסכם חסר תקדים. במשך 300 השנים הבאות קפריסין הייתה תחת שלטון משותף של הביזנטים והערבים, למרות המלחמות הכמעט בלתי פוסקות בין הצדדים באותו הזמן. אמנם היו ניסיונות מצד הביזנטים לשחזר את שליטתם המלאה באי, ואף הצלחות קצרות מועד, אך בסופו של דבר הסטטוס קוו תמיד שוחזר.
מצב זה נמשך עד שנת 965, אז ניקטאס כוניאטס כבש את האי עבור האימפריה המתחדשת. בשנת 1185, המושל הביזנטי האחרון של קפריסין, יצחק קומונוס, ביצע מרד בו ניסה לתפוס את כס המלוכה של האימפריה. ניסיון ההפיכה שלו נכשל, אך הוא הצליח לשמור על שליטה בלעדית באי.
במאה ה-12 הפך האי יעד לצלבנים. ריצ'רד הראשון, מלך אנגליה, נחת בלימסול ב-1 ביוני 1191, בחיפוש אחר אחותו וכלתו ברנגאריה, שספינתם נעלמה מהצי בשעת סערה. צבאו של ריצ'רד נחת באי לאחר שיצחק סירב להחזיר את בני הערובה (אחותו של ריצ'רד, כלתו, וכמה חיילים מהספינה), ויצחק נאלץ לברוח מלימסול. בסופו של דבר הוא נכנע, וויתר על שליטתו באי עבור מלך אנגליה. ריצ'רד נישא לברנגאריה בלימסול ב-12 במאי 1192. היא הוכתרה כמלכת אנגליה על ידי ג'ון פיצלוק, הבישוף של אוורה. הצבא של ריצ'רד המשיך בדרכו לעבר עכו.
הצבא של ריצ'רד לב ארי המשיך לשלוט בקפריסין וגבה מיסים. לאחר מכן הוא מכר את האי למסדר הטמפלרים (אבירי היכל שלמה). אך שלטונם הנוקשה הביא את תושבי האי לידי מרד, מה שגרם להם למכור אותו לגי דה ליזיניאן, מלכה המודח של ממלכת ירושלים. גי דה ליזיניאן הוכתר למלך קפריסין בתואר "אמלריך הראשון, מלך קפריסין". הוא ייסד את 'ממלכת קפריסין', וקבע את העיר פמגוסטה כעיר הבירה של האי. במקביל נקבעה גם השפה הלטינית כשפה הרשמית באי. מאוחר יותר הוחלפה השפה בצרפתית. תקופה ארוכה לאחר מכן הוכרה היוונית כשפה רשמית שנייה. בשנת 1196, הוקמה הכנסייה הלטינית, והכנסייה האורתודוקסית המקומית עברה סדרה של רדיפות דתיות.
ימי הביניים המאוחרים והרנסאנס.
אמלריך השני, מלך ירושלים, הוכתר למלך קפריסין בתואר "אמלריך הראשון, מלך קפריסין" על ידי היינריך השישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. אוכלוסייה קטנה של מיעוט קתולי התרכזה בעיקר בכמה ערי חוף, כמו פמגוסטה, וניקוסיה היבשה, הבירה המסורתית, שם החזיקו הקתולים את מושכות הכח והשלטון, ואילו התושבים היווניים חיו בכפר. מצב זה היה דומה להסדר בממלכת ירושלים. הכנסייה האורתודוקסית העצמאית של קפריסין, בראשות הארכיבישוף, הורשתה להישאר באי, (ולא נשלטה על ידי אף פטריארך זר), אבל נושלה במידה רבה על ידי הכנסייה הלטינית ממעמדה ומהרכוש שהחזיקה.
לאחר מותו של אמלריך, שלטו בממלכה מספר יורשים צעירים. החל משנת 1217 החלו בני משפחת איבלין להתערב בפוליטיקה של ממלכת קפריסין. משפחת איבלין הייתה משפחת אצילים בעלת השפעה וכח רב, והמחזיקה בפועל של השלטון בממלכת ירושלים. אחיו של ז'אן מאיבלין - פיליפ מאיבלין שימש עוצר הממלכה עבור המלך הקטין אנרי הראשון, מלך קפריסין. בספטמבר 1228 נערך העימות בין פרידריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, לצלבני ממלכת קפריסין וירושלים. הקיסר בחר להכות ביריביו העיקריים - משפחת איבלין. בארוחת ערב בארמון משפחת איבלין בלימסול פונה הקיסר לז'אן מאיבלין, אדון ביירות, ראש המשפחה, בגיבוי כוח צבאי קיסרי חמוש, ודרש כי הלה יעביר לידיו את העיר ביירות והכנסות המדינה הצלבנית בקפריסין. בניגוד לצפיותיו כי דרישותיו יתקבלו ללא ערעור, ויוציאו את משפחת איבלין מהמשחק, מעצם משקלן הפיננסי, נתקל הקיסר בהתנגדות מנומקת על פי החוק המקומי ודרישה מצד ז'אן מאיבלין להעמיד את תביעת הקיסר למבחן בית משפט של ממלכת ירושלים.
המצב הגיע אל סף רתיחה והצדדים פרשו למחנותיהם. בני משפחת איבלין העמידו את כוחותיהם באי בכוננות, אך לא היו מוכנים להיכנס לעימות צבאי מול הקיסר. הקיסר, מצדו, לא היה מוכן לסכן את מעמדו, המעורער בלאו הכי, בהיותו מוחרם על ידי הכנסייה. המסדרים הצבאיים תיווכו בשביתת נשק, שסיכומה הוא העברת מבצרי האי לשליטת המלך הקטין, מינוי מפקדים למבצרים מטעם הקיסר, והעברת הכנסות ממיסוי האי לידי הקיסר פרידריך השני, כמו גם התחייבות של שני הצדדים לשיתוף פעולה בארץ ישראל.