ב-1583 שיגר המלך צי משולב, ספרדי-פורטוגזי, לכיוון האיים האזוריים, במטרה לסלק משם את הסוחרים הצרפתים. אלה שנשבו מקרב הצרפתים נתלו מיד על סיפון אניותיו של המלך פליפה. כך התעצמה השפעת "האגדה השחורה", על פיה ייחסו הפרוטסטנטים לכלל הספרדים, במידה מסוימת של הגזמה, אכזריות ושלל תכונות ומידות מוסריות שליליות, והסתמכו על אופן השלטת מוראות האינקוויזיציה על ידי הספרדים והתנהלותם בעולם החדש.
תושבי האיים האזוריים היו האחרונים בפורטוגל להשלים עם המלכת מלך ספרדי על פורטוגל.
שחקנים חדשים בזירה: הולנד, אנגליה וצרפת.
אף על פי שענייני שתי האימפריות המשיכו להתנהל בנפרד, כפי שהיה לפני האיחוד, המושבות הפורטוגזיות החלו לספוג מתקפות מסיביות, בכל הזירות, מצד שלוש המעצמות האירופיות העוינות את ספרד - אנגליה, צרפת והולנד (הולנד הייתה בעיצומה של מלחמת עצמאות כנגד אדוניה מספרד ההבסבורגית). שלוש מעצמות אלו קראו תיגר על ההגמוניה הפורטוגזית על נתיבי הסחר הימי לארצות המזרח הרחוק, וככלל זעמו על כל הצלחותיהן, המגובות על ידי האפיפיור, של ספרד ופורטוגל, מעבר לים.
הקולוניזציה הפורטוגזית בפרס לא נחלה הצלחות. נמל גמרו ועוד מספר מקומות נכבשו בידי הפורטוגזים ב-1615, אך מאוחר יותר, ב-1622, נלחם בהם עבאס שאה הראשון מפרס, תוך הסתייעותו בצי הבריטי ובחברת הודו המזרחית הבריטית. אז גם שונה שמה של העיר גמרו לבנדר עבאס (בנדר פירושו נמל בפרסית).
באמריקות ההתפשטות הפורטוגזית חרגה אל מעבר לצד המערבי של קו האורך, שנקבע בחוזה טורדסיאס. הדבר התאפשר בגלל האיחוד בין כתרי ספרד ופורטוגל ובגלל אי יכולתם של הספרדים לקיים נוכחות בת-קיימא מעבר להרי האנדים במרכז יבשת דרום אמריקה, ובכלל זה באגן האמזונס. ב-1615 שיגרה פורטוגל כוח צבאי שהביס מתיישבים צרפתים וגירשם ממושבה בשם "צרפת המשוונית" (בצרפתית: France Équinoxiale), זאת תוך פחות מ-4 שנים לאחר פלישתם לאדמת ברזיל. ב-30 באפריל 1625 שיגרה ספרד ארמדה חזקה בפיקודו של דון פדריקה דה טולדו, אשר נטלה בחזרה מההולנדים את השליטה על העיר סלבדור, בירת ברזיל הפורטוגזית, כשנה לאחר ההשתלטות ההולנדית. הארמדה כללה 22 ספינות פורטוגזיות, 34 ספינות ספרדיות ו-12,500 לוחמים, רבע מתוכם פורטוגזים והשאר ספרדים.
בשנת 1627 קרסה כלכלת קסטיליה. ההולנדים ניצלו את הפסקת האש בת 12 השנים עם ספרד, ושמו את פיתוח הצי בראש סדר העדיפויות שלהם. עם חידוש הלוחמה החריבו ההולנדים את הסחר הימי הספרדי, למורת רוחה של ספרד, אשר הייתה תלויה לחלוטין בסחר המתנהל בימים, לאחר קריסתה הכלכלית. על אף שספרד נחלה מספר ניצחונות, משאבי האימפריה היו עתה פרוסים לחלוטין באירופה וגם גויסו להגנה על ספינותיה, שניידו סחורות וזהב חיוניים בינה לבין המושבות, מפני הצי ההולנדי שהשתפר במידה רבה מאוד במהלך שנות הפסקת האש. אויבי ספרד, כגון הולנד ואנגליה, חמדו את עושרה של ספרד מעבר לים, ובמקרים רבים העדיפו לתקוף את המטרות הפורטוגזיות, שמיגונן היה פחות מוקפד מהמטרות הספרדיות. מלחמת התשה זו הגיעה עד לכדי מצב, בו הספרדים התקשו להתמודד עם איומים ימיים. וכך, פרצה המלחמה ההולנדית-פורטוגזית, מלחמת המשאבים הבין-יבשתית הראשונה בהיסטוריה.
בין שנת 1638 לשנת 1640 נטלו ההולנדים את השליטה על חלק מצפון-מזרח ברזיל, וקבעו את בירתם האזורית ברסיפה. הפורטוגזים השיגו ניצחון משמעותי בקרב השני בגוואראראפס (guararapes) בשנת 1649. ב-1654, נכנעו ההולנדים, ומסרו בחזרה לפורטוגזים את השליטה על כל אדמת ברזיל. המושבות ההולנדיות בברזיל נמחו מעל פני האדמה. עם זאת, במהלך המאה ה-17, הצליחו ההולנדים להשתלט על ציילון, על כף התקווה הטובה ועל איי הודו המזרחית, וליטול את השליטה על המסחר עם יפן בעיר נגסאקי. האחיזה הטריטוריאלית הפורטוגזית באסיה הצטמצמה מעתה למושבות במקאו, במזרח טימור ובהודו הפורטוגזית.
עושרה של ברזיל (1640 - 1822).
השבת העצמאות והכתר לפורטוגל ושיקום האימפריה.
אובדן המושבות נמנה עם הסיבות ששמו קץ לאיחוד עם ספרד. בשנת 1640 הוכתר ז'ואאו הרביעי כמלך פורטוגל, ופרצה מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי. ב-1668 הכירה ספרד בכך שלא ניתן להשיב את האיחוד האיברי, ובתמורה מסרה פורטוגל לספרד את ההיאחזות במובלעת המרוקאית סאוטה.
ב-1661 הציעו הפורטוגזים לאנגלים את בומביי ואת טנג'יר, כחלק מנדוניה עבור נישואיה של הנסיכה קתרינה מברגנסה עם מלך אנגליה צ'ארלס ה-2. במאה השנים הבאות עתידים היו הבריטים להפוך בהדרגה למעצמה הדומיננטית בהודו, בה בעת שאימפריית המוגול התפוררה אט-אט. כך דחקו הבריטים הצידה כמעט לחלוטין את המעצמות האחרות מלסחור שם. פורטוגל המשיכה להחזיק בגואה ובמספר בסיסים מינוריים בהודו, עד סוף העידן הקולוניאלי.
על אף שבתחילה זנחו הפורטוגזים את פיתוח המושבות בברזיל לטובת פעילותם באסיה, עתידה הייתה ברזיל להפוך לזירה החשובה ביותר עבור שאיפותיה הקולוניאליות של פורטוגל.
ברזיל היוותה עבורם מקור בלתי נדלה למשאבים יקרי ערך, כגון זהב ואבנים יקרות.
בתחילה, התמקדו המתיישבים בפעילות חקלאית, כולל גם יערנות, שהניבה עצים, סוכר, קפה ועוד מגוון גידולים חקלאיים בעלי ערך מוסף גבוה. עד המאה ה-17, הוגבלה רוב הפעילות הקולוניאלית לאזורים בקרבת החוף. אגן האמזונאס נחשב על פי חוזה טורדסיאס לטריטוריה ספרדית ומספר חוקרי ארצות אימתו זאת, ביניהם גם הקונקיסטאדור פרנסיסקו דה אורייאנה. עם זאת, הספרדים לא השכילו לנצל את האזור והסתפקו בנוכחות מצומצמת של מיסיונים, בעיקר בשולי הג'ונגל. בכל אופן, במרוצת המאה ה-17 והמאה ה-18 הגבירו הבנדייראנטס מברזיל בהדרגה את פעילות חקר פנים היבשת. תחילה התמקדו בחיפוש אחר ילידים כדי לשעבדם ובכך לספק מענה לדרישה הגוברת לכח-אדם בשדות. מאוחר יותר, התמקדו בחיפוש אבנים ומתכות יקרות, תוך התפשטות פורטגזית מתמדת מערבה. כל אלה הובילו בסופו של דבר, ב-1750, לחתימה על חוזה מדריד בו הוכרה, דה-פקטו, הנוכחות בשטחים אלה, ולפיו הועברה מספרד לפורטוגל הריבונות על כמחצית משטח אגן האמזונס. בשנת 1693, נמצאו במינאס ז'ראיס מרבצי זהב גדולים, שהפכו את ברזיל הקולוניאלית לספקית הגדולה ביותר של זהב במאה ה-18. התקיימה גם פעילות כריה נרחבת של אבנים יקרות ויהלומים. בו בזמן, גבר מאוד באירופה הביקוש לסוכר וקפה.
אוכלוסייתה של ברזיל גדלה מאוד, הודות להגירה וולונטרית מאירופה וסחר בעבדים שהובאו מאפריקה. כיום ברזיל מדורגת כאומה דוברת הפורטוגזית הגדולה ביותר בתבל, וכבעלת האוכלוסייה הקתולית הגדולה בעולם.
בשונה מספרד, פורטוגל לא פיצלה את הטריטוריה הקולוניאלית שלה באמריקה. הקפיטניות שהוקמו שם היו כפופות לפקידות אדמיניסטרטיבית מרכזית בסלבדור, אשר מסרה דין וחשבון ישירות לכתר בליסבון.
ב-1755 נפגעה ליסבון קשות מרעידת האדמה ומהצונאמי שהלם בעקבותיה. נספו יותר מ-100,000 בני אדם, מתוך אוכלוסייה של 275,000 תושבים. אסון זה שם רסן חד לשאיפות הקולוניאליות של פורטוגל, בשלהי המאה ה-18.
העתקת בירת האימפריה הפורטוגזית לריו דה ז'ניירו והכרזה על עצמאות ברזיל.
ב-1789, בהשראת המאורעות שהתרחשו מעט שנים קודם לכן בצפונה של אמריקה, כאשר השיגה ארצות הברית עצמאות מבריטניה, בוצע בברזיל, בקפיטניית מינאס ז'ראיס, ניסיון דומה. ניסיון זה לא עלה יפה, ומנהיג המרד, טיראדנטס (tiradentes, בפורטוגזית מדוברת – "עוקר השיניים"), הוצא להורג בתלייה.
ב-1808 פלש נפוליאון בונפרטה לפורטוגל, ודום ז'ואאו (הגרסה הפורטוגזית של המילה הספרדית "דון" היא "דום"), נסיך העצר, שהחזיק ברסן השלטון במקום אימו, דונה מריה הראשונה, פקד על העתקת חצר המלכות לריו דה זָ'נֶיירו שבברזיל, תוך הסתייעות בליווי חמוש של ספינות הצי הבריטי. ב-1815 שודרגה ברזיל למעמד של ממלכה, שקולה במעמד לפורטוגל. מעתה שמה הרשמי של האימפריה היה: "הממלכה המאוחדת של פורטוגל, ברזיל ואלגארבש" (בפורט' – Reino unido de Portugal, Brasil e Algarves). גם לנציגים ברזילאים הותר להיבחר לבתי הדין החוקתיים הפורטוגזים (Cortes Constitucionais Portuguesas). כעת ז'ואאו הוכתר כמלך, בשם ז'ואאו השישי. זהו תקדים יחיד בהיסטוריה של אומה אירופית שהעתיקה את בירתה לאחת ממושבותיה מעבר לים. ב-1821 חזר חצר המלך לפורטוגל, ובתקופת ביניים זו גברה כמיהתם של הברזילאים לעצמאות. ב-7 בספטמבר 1822, הכריז בנו של דום ז'ואאו השישי, ששימש אז כנסיך העצר, על עצמאותה של ברזיל, באירוע שנודע לימים כזעקת האיפירנגה והוכתר כקיסר ברזיל, תחת השם דום פדרו הראשון. בשונה מגורל המושבות הספרדיות באמריקה, ברזיל השיגה עצמאותה ללא שפיכת דמים.
הכרזתה החד-צדדית של ברזיל על עצמאותה היוותה מכה, שממנה לא התאוששו פורטוגל ומרקם החיים של האימפריה שלה.
אפריקה הפורטוגזית והפרובינציות שמעבר לים (1822-1961).
בשיאה של הפעילות הקולוניאלית האירופית במאה ה-19, איבדה פורטוגל את שטחה בדרום אמריקה ואת רוב בסיסיה באסיה. במהלך תקופה זו התמקד הקולוניאליזם הפורטוגזי בהרחבת האחזויותיו באפריקה, על מנת להתחרות במעצמות האירופיות האחרות שפעלו באפריקה. הטריטוריות הפורטוגזיות באפריקה כללו בסופו של דבר את שטחיהן של כף ורדה, סאו טומה ופרינסיפה, גינאה ביסאו, אנגולה ומוזמביק.