לבד מהחיכוכים המרובים שהבדלים אלה גרמו, התנצרו בקרקוב למעלה מ-400 נערות סביב סוף המאה. ב-1903 הציע אב"ד נובי דבור מנחם חיים לנדא להקים מוסדות לנערות, אך הרב עקיבא רבינוביץ' מפולטבה שלל זאת באמרו: בשנה לאחר מכן הקים הרב שלום מרדכי שבדרון אגודה לקידום יוזמה דומה, אך נסוג למול התנגדות חריפה.
בינתיים המשיכו להצטבר שערוריות בנדון. פרשת התנצרותה של הנערה מיכלינה ארטן זיעזעה את הקהילה; חיה קלוגר, נינת הרב חיים הלברשטאם, הסתתרה במנזר ותבעה את הוריה בדרישה שיאפשרו לה להירשם לאוניברסיטה, ובית-המשפט העליון בווינה פסק לבסוף לטובתה. לאחר העקירה וההימלטות של רבים לפנים הקיסרות במלחמת העולם הראשונה מוטטו באחת את החברה היהודית בחלקים נרחבים בגליציה. רבות מהפליטות הצעירות עבדו בשבת בווינה. תחושת המשבר והחולשה של שלהי המלחמה החלישה לבסוף את ההתנגדות, אך היוזמה לחינוך נערות לא באה מההנהגה כי אם מתוך הציבור.
מחלוקת הלכתית.
בעקבות ההתבוללות הקשה שנוצרה בשל חוסר ההשכלה של הבנות, הקימה התופרת האלמונית שרה שנירר בשנת 1918 בית ספר חרדי לבנות וקראה לו 'בית יעקב'. היא שאבה השראה מהרב משה דוד פלעש, דרשן נאו-אורתודוקסי שהכירה בווינה; בחוגי הנאו-אורתודוקסים המודרניים במרכז אירופה, חינוך בנות כבר היה מקובל מזה כשני דורות. שם רשת החינוך מבוסס על מדרש פרשני לפסוק המתאר את מתן תורה ב: , ופירש במכילתא דרבי ישמעאל: . מדרש מפורסם זה הקנה את שמו לרשת החינוך, שכן הוא משלב את הרעיון של לימוד תורה ומסירת ידע לנשים דווקא. יש אומרים שמקור השם הוא מן הפסוק "בית יעקב לכו ונלכה באור ה'".
שנירר ביקשה הסכמה לרעיון של חינוך תורני לנשים, שכל הצעה לקיימו נדחתה בתוקף על ידי הרבנים. היא התקבלה לראיון אצל האדמו"ר מבעלזא, ואחיה אמר לו ש"היא מבקשת לחנך בנות בדרך היהדות." שנירר העידה שהאדמו"ר ענה ב"ברכה והצלחה" (לאחר מכן, התנגד ל'בית יעקב'). ב-1929 הביעו רבי חיים עוזר גרודזנסקי והאדמו"ר מגור תמיכה כללית ברשת.
ב-1933, כחמש-עשרה שנה לאחר שנוסדה רשת בית יעקב, כתב גדול הפוסקים במזרח אירופה, החפץ חיים, מכתב תמיכה במוסדות, בעת שאב"ד פריסטיק התנגד לפתיחת בית-ספר כזה בעירו. החפץ חיים, שנתבקש לכך על ידי אגודת ישראל שבתי-הספר כבר היו בחסותה, נמנע ממתן נימוקים הלכתיים סדורים לסתירת האיסור על לימוד תורה לנשים, אלא כתב כי חינוך כזה הוא "נחוץ" בימים שבהם התפוררות המשפחה המסורתית הביאה לחילון בהיקף רחב. בעבר, לדבריו, לא היה צורך לנשים בלימוד, שכן קיבלו את הידע שנצרכו לו מאמותיהן על ידי ניסיון החיים. הוא סיכם כי בימים ובנסיבות כאלו אין לאיש לחשוש לאיסור תורה לבנות. נימוק הלכתי פורמלי ראשון ניתן על ידי הרב אהרן וולקין ב"זקן אהרן", שכתב כי
אכן, פתיחת רשת בתי הספר גרמה למחלוקת גדולה בציבור החרדי, בפרט בחוגים חסידיים. בהונגריה דחו מרבית החוגים את עצם הרעיון של חינוך דתי לנערות: המנחת אלעזר כתב "וגם החדרים לבתולות שקוראים אותם 'בית יעקב', הצדיקים וחסידים קוראים אותם 'בית עשיו'". גם בגליציה, התנגדה חסידות בעלזא לבתי הספר של בית יעקב, ואף במידה רבה נמנעה בעלזא להיכנס לרשת אגודת ישראל בעקבות כך. לטענתם, ברכת הרבי מבעלזא לשרה שנירר, הייתה באופן פרטי, ולא לשם הקמת תנועה. גם בארץ ישראל כאשר הקימו מוסדות בעלזא בתי ספר לבנות נמנעו מלקרוא בשם בית יעקב, עקב ההתנגדות הישנה מגליציה, והרשת נקראת 'בית מלכה' על שם הרבנית הראשונה מבעלזא. בחסידות סאטמאר נאלצו אף הם להקים רשת לבנות משלהם לאחר המלחמה, 'בית רחל', על שם בת האדמו"ר.
הקמת מוסדות בית יעקב.
שרה שנירר נולדה למשפחה אדוקה של חסידי בעלז. בילדותה היא למדה בבית ספר פולני כללי ובתור נערה נהגה ללכת לאוניברסיטאות פולניות מתוך מטרה להאזין להרצאות ולשיחות בנושאים שונים. כבר בצעירותה חלמה להקים תנועה שתאפשר לבנות יהודיות מסגרת בה יוכלו להעמיק את ידיעותיהן בנושאי יהדות.
בתחילה פנתה שרה שנירר אל בעלי השפעה בציבור החרדי דאז מתוך ניסיון לשכנעם בחשיבות הקמת מסגרת חרדית לבנות. אולם מאמציה לא הועילו ולא היה איש שהקשיב לרעיונותיה. לפיכך פנתה לאחיה שהתגורר אז בצ'כוסלובקיה והייתה קרובה אליו. אף על פי שניסה להניאה מרעיון זה, ייעץ לה לשאול בעצתו של האדמו"ר מבעלז, רבי יששכר דב רוקח. הרבי, בניגוד לגדולי התורה אחרים, הביע הבנה והסכמה לצורך בחינוך הבנות. כשהוכנס הקוויטל (פתק בקשה לברכה) אליו, ובו נכתב "אחותי חפצה לחנך את בנות ישראל ברוח התורה והמסורה", הוא ברך 'ברכה והצלחה'.
הצעד המעשי הראשון בכיוון זה היה כינוס בנות שכונה 'עונג שבת' באולם בית היתומים קרקוב. לכינוס הגיעו כארבעים בנות בגילאי 16 עד 20. אולם הסתבר שבנות בגילאים אלו לא רצו לשמוע על יהדות – זה היה מאוחר מדי. לפיכך פנתה שנירר לקהל יעד צעיר יותר ופחות מושפע. בסופו של דבר נפתחה בשנת תרע"ח, 1918 הכיתה הראשונה של בית הספר, בביתה של שנירר. כתלבושת לבשו הבנות צווארונים לבנים אותם ניתן לראות בתצלומים רבים מאותה תקופה.
באותה תקופה התבטא האדמו"ר מגור לראשונה ביחס ליוזמתה של שרה שנירר. בעליו של הבניין בו שכן בית הספר היה חסיד גור שתהה איך להתייחס לפעילות זו שהתנהלה בתוך הבניין שלו. הוא הפנה את השאלה הזו אל הרבי והוא הגיב: “הייתי שמח אילו דבר כזה היה מתבצע בביתי אני". עידוד זה והוראתו של הרבי מגור, המריצו מאות מחסידיו, לפתוח בכל העיירות בפולין בתי ספר לבנות 'בית יעקב'. בהמשך היו חסידיו של הרבי בין מקימי בתי הספר של הרשת בארץ ישראל טרם השואה. ביניהם הרב מאיר וידסלבסקי מייסד בית יעקב הראשון בחיפה, הרב מאיר שצ'רנסקי מייסד הסמינר בת"א, הרב הלל ליברמן שייסד את מכון בית יעקב למורות (מכונה הסמינר הישן, ובשיתוף עם הרב פנחס יעקב לוין) ואת הסמינר החדש בירושלים.
התפתחותה המהירה של הרשת הובילה לצורך דחוף במורות. לפיכך ב-1922 הקימה שנירר בקרקוב, ברחוב סטניסלבה 10, סמינר למורות בהנהלתה. קורס קיץ מרוכז למורות שהתקיים במשך חודשיים ימים ענה על צורך ראשוני זה והיווה בהמשך את התשתית להקמתו של תיכון רשמי וסמינר למורות בית יעקב שזכו להכרתו של משרד החינוך הפולני. מי שהפך את הסמינר למבוסס יותר היה ד"ר שמואל דויטשלנדר, אז יו"ר קרן התורה, אותו פגשה שנירר בכינוס אגודת ישראל בקרקוב. דויטשלנדר פעל רבות למען התנועה ובפרט הקמת וביסוס הסמינר.
מיקומו הראשון של הסמינר היה בקומה עליונה של בניין מגורים שנרכשה על ידי אגודת ישראל בפולין ברחוב אוגוסטיאנסקה 30. דויטשלנדר פעל רבות על מנת להשיג את הכסף הדרוש למבנה הסמינר וכיו"ר קרן התורה היו לו קשרים רבים שהועילו למטרה זו. לצידו פעלה גם ד"ר יהודית גרינבוים שטרחה אף היא בגיוס כספים לסמינר ונסעה לשם כך בערים רבות ברחבי אירופה. אחת הדרכים לגיוס הכספים היה בעזרת מכירות פומביות של לבני בניין ששימשו לבניית הסמינר בקרקוב שערך ד"ר דויטשלנדר.
לאחר פטירתה של המייסדת מרת שרה שנירר בשנת 1935, מונה הרב יהודה לייב אורליאן, מרבני חסידי גור, למנהל הרוחני של הסמינר בקרקוב, ולאחראי על הרשת כולה.
בית יעקב לאורך הדורות.
עם פרוץ השואה היו בפולין ובליטא קרוב לשלוש מאות בתי ספר "בית יעקב". עם חורבן יהדות אירופה בתקופת השואה חרבו גם כל בתי הספר של הרשת באירופה. אולם, תלמידות רבות של שרה שנירר שרדו והן אשר היוו את הלוז של רשת החינוך כיום. בכל רחבי העולם היהודי-חרדי קיימים כיום בתי ספר "בית יעקב". כך גם בבריטניה, צרפת, בלגיה, שווייץ, ארצות הברית, מדינות דרום אמריקה וישראל.
בשנות ה-30 התארגנו בארץ ישראל בתי ספר בית יעקב במקומות יישוב רבים. בשנת 1935 כבר היו בתי ספר בירושלים, תל אביב, טבריה, פתח תקווה, בני ברק וכפר אתא והם התארגנו לרשת אחת לפעילות משותפת. בשנת 1937 נפתח סמינר בית יעקב למורות בתל אביב. בשנת ה'תש"ב, 1942 אומצה רשת בית יעקב על ידי אגודת ישראל המנהלת אותה במסגרת החינוך העצמאי בישראל ובארץ. אולם הכינוי 'בית יעקב' נותר והוא מתייחס לבתי ספר חרדיים לבנות. רשת בית יעקב כיום היא רשת מוכרת שאינה רשמית, בשונה מתלמודי התורה של הבנים שהם מוסדות פטור. בשונה משאר מערכות החינוך בארץ במערכת החינוך החרדית אין חטיבת ביניים. לפיכך, בית ספר היסודי כולל את כיתות א'-ח' והחל מכיתה ט' מתחיל התיכון.
רשת החינוך 'בית יעקב' כוללת כיום בתוכה גני ילדים, מעונות יום, משפחתונים, בתי ספר, תיכונים ולימודי מקצוע בכיתות י"ג-י"ד, ולעיתים גם שנה שלישית של סמינר.
ארגון הנוער בנות בתיה.
בראשית שנות ה-60 הוקמה תנועת נוער נלווית לרשת החינוך של בית יעקב, הפעילה עד היום ונקראת בנות בתיה. בנות התנועה נפגשות לפעילות חברתית בתחומי בית הספר. פעילות התנועה ממומנת בחלקה מתמיכה כספית של משרד החינוך וכן מתקציבי החינוך המוניציפלי.
עיתונים וביטאונים.
בשנת תרפ"ד החלה הרשת להוציא את העיתון בית יעקב ז'ורנאל. עורך העיתון היה אליעזר גרשון פרידנזון, חסיד גור ומפעילי תנועת אגודת ישראל. בעיתון פורסמו מאמריהם של סופרים, מורות ותלמידות בית יעקב. אף שרה שנירר פרסמה בו ממאמריה. לעיתון היה מצורף דף בשם "בנות בלעטער", חדשות מתנועת הנוער של בית יעקב.
ביטאון נוסף היה ביטאון הילדים "קינדער גארטן", בעריכת אליעזר שינדלר.
בארץ ישראל החל לצאת הירחון "בית יעקב", החל משנת תשי"ח. עורך העיתון היה הרב משה פראגר, ובין הכותבים היו דוד זריצקי, פנינה ליכטשיין ("א. מרגלית"), אהרן סורסקי ועוד. הירחון פסק להופיע בשנות התש"מ.
המנון התנועה.