כחלק מתוכניתו של ראיטו, רם, אלת המוות שהיא גם הבעלים הקודם של המחברת של מיסה, מעבירה את המחברת להיגוּצ'י, אדם תאב בצע שמשתמש במחברת כדי לקדם את החברה יוֹטסוּבּה, בה הוא עובד. היגוּצ'י מקבל את המחברת לשימושו האישי בתנאי שימשיך להרוג פושעים, וכך, כאשר פושעים ממשיכים להישפט גם לאחר 50 ימים, נאלץ L לשחרר את ראיטו ומיסה מהמעצר. ראיטו חוזר לצוות החקירה, עדיין ללא זכרונותיו, וביחד הם מגלים שהיגוצ'י הוא בעל הכוח של קירא. התוכנית של ראיטו ממשיכה לעבוד כאשר הם עוצרים את היגוצ'י וזאת לאחר מרדף משטרתי, לאחר מעצרו של היגוצ'י וחיפוש ראיות בזירת המרדף מצאו צוות החקירה את המחברת והביאו אותה לL ולראיטו, כאשר ראיטו נוגע במחברת כל זכרונותיו לגבי היותו קירא האמיתי שבים אליו.
לאחר שחזרו אליו זכרונותיו החל ראיטו את השלב האחרון שבתוכניתו, להרוג את L. הוא נתן למיסה לגעת במחברת, ולאחר שחזרו אליה זכרונותיה ביקש ממנה לשוב ולשפוט פושעים. על אף הבלבול שנוצר בצוות החקירה, שכן מבחינתם קירא כבר נתפס, L נשאר מחושב והסיק שקיימת מחברת נוספת. רם, אלת המוות המלווה את מיסה, התאהבה בה במהלך נוכחותה בעולם בני האדם, ויודעת ש-L הוא בלש מבריק ושזהו רק עניין של זמן עד שיגלה שמיסה היא קירא הנוכחי. לכן, בשביל להציל את מיסה, רם כותבת את שמו של L במחברת האישית שלה ובכך הורגת גם את עצמה, שכן לאלי מוות אסור להשתמש במחברת להציל בני אדם אחרים.
חלק שני: קירא נגד N.
כעבור חמש שנים, ניר ומלו – שני ילדים שגודלו בבית יתומים באנגליה במטרה לגדול ולהפוך ליורשיו של L - מופיעים במטרה ללכוד את רוצחו של L, קירא. לשניהם הוצע לעבוד יחד בחקירה, אבל מלו, חמום המוח מבין השניים, סירב וירד למחתרת על מנת לעבוד לבדו. ניר עבר לארצות הברית וארגן לבדו את קבוצת חקירה בשם SPK שמטרתה למצוא את קירא, וכינה את עצמו N.
בינתיים, ראיטו הצליח להשיג את מטרתו – להפוך ל"אל של העולם החדש". הוא זוכה לתמיכה רבה מהציבור והתקשורת. מדינות העולם מכירות בקירא ובפעולותיו כמוסריות, ורודפיו הוכרזו כפושעים ופועלים כעת במחתרת. ראיטו עצמו עוד מכהן כראש צוות החקירה ביפן ודואג – בהצלחה - שהחקירה לא תתקדם. הצוות למד היטב את מחברת המוות והם אף מרגישים בנוח עם ריוק, שכן ניתן לראות את אל המוות לאחר שבאים במגע עם המחברת.
יום אחד, מדווח שמפקד המשטרה היפנית נחטף בידי מאפיה - אליה הגיע מלו, וכעת הוא עומד בראשה – בארצות הברית. המאפיה משתמשת במפקד לבקשת כופר: הם רוצים את מחברת המוות שברשות צוות החקירה ביפן. לאחר שקירא דואג שהמפקד ימות, חוטפים המאפיה את סאיו יאגאמי, אחותו הקטנה של ראיטו, ואביהם יוצא לבצע את העסקה בלוס אנג'לס. בהמשך, מלו מפוצץ את המקום ובורח. אביו של ראיטו נשאר מאחור, פצוע; הוא מת מפצעיו בבית החולים, משוכנע עד הרגע האחרון שבנו אינו קירא.
ניר יוצר כאוס בצוות החקירה היפני לאחר שהוא מספר להם שהסיק ש"L החדש" עשוי להיות קירא. הצוות חושד בלייט, בעיקר מכיוון ששני מוחות גדולים כמו ניר ו-L הגיעו לאותה מסקנה. ראיטו, שמבין שהולכים לעקוב אחריו ואחרי מיסה, פועל בהתאם ומבקש ממיסה – שעד אותה עת פעלה כקירא – לוותר בשנית על בעלות המחברת ולהעביר אותה ל"קירא רביעי". לתפקיד בחר ראיטו בטרו מיקאמי, מעריץ של קירא, בעל השקפה דיכוטומית שכל אדם הוא או "טוב" או "רע", ושעל הרעים למות. ובעוד מיקאמי שופט פושעים, חשדותיהם של צוות החקירה מתחילים לרדת, מכיוון שאינם מוצאים דבר חשוד בהתנהגותם של ראיטו ומיסה.
מיקאמי, מתוקף תפקידו כקירא החדש, מגייס את מגישת החדשות קיוֹמי טאקאדה על מנת שתתפקד כדוברת של קירא באמצעי התקשורת. במהלך מפתיע, מופיע מלו וחוטף את קיומי. קיומי, שהחביאה אצלה פיסת נייר ממחברת המוות של מיקאמי, כותבת את שמו של מלו על הפיסה והורגת אותו. לאחר מכן, נאלץ ראיטו לגרום לקיומי להתאבד באמצעות דף מהמחברת שגם הוא החביא אצלו, מכיוון שהיא יודעת את זהותו ועלולה לסבך אותו. לבסוף, קובעים ראיטו וניר להיפגש, כל אחד עם צוות החקירה שלו, בפעם הראשונה. מטרת הפגישה, כביכול, היא לבדוק האם ראיטו הוא קירא או לא. אך לייט תכנן שמיקאמי – בעל "עסקת העיניים" המאפשרת לו לראות את שמותיהם של אנשים - יתחבא בקרבת מקום, ויכתוב את שמו של ניר ואת שמותיהם של שני צוותי החקירה במחברת.
ביום הפגישה, מיקאמי פועל לפי התוכנית, ובעודו מתחבא הוא כותב את שמותיהם של ניר ושל שני הצוותים, אך לאחר 40 שניות, כפי שאמור להיות, אף אחד לא מת. ראיטו מצידו, לא יודע שלמיקאמי יש בעיות עם המחברת, ומודיע לכולם שהוא "ניצח" את ניר. ניר ואנשיו מוצאים את מקום מחבואו של מיקאמי, ומראים לכולם את המחברת – בה כתובים שמות כל הנוכחים מלבד ראיטו – כהוכחה לכך שהוא קירא. ניר מסביר לראיטו, המאוים מהמצב, שהוא החליף את המחברת האמיתית עם מחברת מזויפת, ולכן אף אחד לא נהרג, לאחר שראיטו הבין שהפסיד, דעתו נטרפת עליו והוא מנסה להרוג את ניר אך נורה על ידי מאטסודה שכמעט גורם לשיתוקו, דבר זה גורם למיקאמי שראה בראיטו כאל להתאבד, לאחר מכן בשארית כוחותיו מחליט ראיטו לברוח מהמקום תוך כדי ניצול המהומה שמה, בשלב מסוים מגיע ראיטו למבנה נטוש ויושב בו, ריוק אשר יושב על גג אותו מבנה ולאחר שהבין שראיטו הפסיד מחליט לכתוב את שמו של ראיטו במחברת המוות, והוא מת מהתקף לב.
מחברות המוות שבעלילה.
בעת הגיעו של ריוק לאדמת עולם בני האדם, היו שתי מחברות מוות על אדמת בני האדם: אחת המוחזקת אצל ריוק ובבעלותו ואחת בבעלות לייט.
כשנתנה ראם למיסה את מחברתו של ג'לווס, היא הוסיפה לכדור הארץ מחברת אחת. בנוסף, הביאה איתה ראם את מחברתה-שלה.
בסוף הסאגה הראשונה הורגת ראם את וואטארי ואת L, והמחברת נשארת באפרה. לייט לוקח את המחברת והופך להיות בעליה הרשמיים.
מאוחר יותר, בחלק השני של הסדרה, מגיע שידו, שיניגאמי שממנו נלקחה מחברת המוות על ידי ריוק, ולוקח עמו את המחברת חזרה לעולם השיניגאמי. בכך הוא מותיר בעולם בני האדם 3 מחברות בלבד.
המאנגה.
המאנגה הופצה במגזין השבועי Shonen Jump בין השנים 2003–2006 והסתיימה בכרך 12 (פרק 108). המאנגקה המסתורי/ת של הסדרה, טסוגומי אוהבה, לא הייתה ידועה לציבור ויש חשד כי "טסוגומי אוהבה" זה שם העט של הירושי גאמואו, שעבד בעבר על מאנגות קודומו (לילדים) ועקב המעבר לז'אנר בוגר הוחלט להשתמש בשם עט. את המאנגה אייר טקאשי אובאטה שעבד בין השאר על המאנגה של היקארו נו גו ו-Blue Dragon.
המנגה לא שונה בהרבה מהאנימה, אף על פי שיש הבדלים:
כרך 0.
כרך 0 הוא כרך שיצא בנוסף למאנגה אשר מספר על אודותיו של נער בן 13 אשר מוצא את מחברת המוות שריוק הפיל וחושב בטעות שהיא מחברת רגילה כיוון שלא למד את משמעות המילה Death (מוות) אך הבין את משמעות המילה Note (מחברת). הוא רושם במחברת על מה שקרה לו במהלך היום שבו חמישה בריונים התנכלו אליו. הוא רשם את שמותיהם, וזמן קצר לאחר כתיבת שמם חמשת הנערים מתו מהתקף לב. משהלך לבית הספר יום למחרת, מורו מכריז כי חמשת התלמידים שלמדו עם הנער בכיתה מתו באופן פתאומי. הנער חוזר לביתו ופוגש את ריוק ונבהל ממנו. ריוק מסביר לו כי המחברת שהוא מצא היא מחברת מוות וכל מי ששמו ייכתב במחברת ימות. ריוק מראה גם לו כלי ייחודי נוסף למחברת - מחק אשר כאשר מוחקים את שמו של מת שנכתב במחברת המת יחזור לחיים אם גופתו לא נשרפה - דבר שלא הוצג ואפילו לא אוזכר במאנגה או באנימה.
האנימה.
לאחר הצלחת הסרטים וסיום המאנגה, הפיקה חברת Madhouse סדרת אנימה בת 37 פרקים. הפרק הראשון עלה ב-4 באוקטובר בערוץ Nippon Television (מקבוצת Nippon שהפיקו את הסרטים). אף על פי שעת השידור המאוחרת (חצות) זכתה הסדרה לפופולריות רבה ביפן ומחוצה לה (כולל ישראל, ואפילו עלה מחזמר בסינמטק תל אביב על בסיס הסיפור בשם "הטוב, הרע והמחברת"). הוכחה לפופולריות טמונה בעובדה כי עוד לפני תום שידורי הסדרה ביפן, רכשה חברת Viz את זכויות ההפצה בארצות הברית. החברה מתכננת להעלות לאינטרנט ולהוציא ל-DVD גרסאות מתורגמות ומדובבות לאנגלית.
לאנימה 37 פרקים, שתי סאגות ו-10 תתי סאגות. לכל תת-סאגה מרכוז על חלק אחר בעלילה ורובן מתמקדות על אדם מסוים או על תרחיש מסוים בעלילה, הסאגות עצמן מספרות את המכלול שלה בעלילת הסדרה.
כרך 13 ואחרון.
בנוסף לכרך 12 היוצר החליט להוציא כרך נוסף - כרך 13, שכותרתו היא "How To Read". בתוך הכרך לא נמצאים פרקים אלא נותן מספר דברים:
True Name Card -L- (בעברית: קלף השם האמיתי -L-) - עמוד מיוחד שמציין את שמו האמיתי של L, פרטים מיוחדים עליו ומין מדריכון על ציורו של L על ידי יוצר הציור של המנגה Takeshi Obata.
מיני מנגה (One Shot) - מין סיפורון עם הדמויות של המנגה עם קטעים משעשעים לכבוד הכרך האחרון.
ריאיון עם היוצרים - ראיון ארוך עם היוצר העלילתי והמצייר של המנגה.
הדברים האהובים על L - מין עמוד שמציין את החטיפים האהובים על L.
סרטי לייב-אקשן.
ביפן.
חברת Nippon Television הפיקה שני סרטי קולנוע מצולמים המבוססים על כותר המאנגה. הסרטים הופץ ביפן על ידי האחים וורנר הפצה אקסקלוסיבית וזכה לפופולריות רבה. כמו כן גרף הסרט מספר פרסים (יחד עם סרט ההמשך) וביניהם בפרס חביב הקהל בפסטיבל הסרטים הבינ"ל של בלגיה. הסרט הראשון יצא לאקרנים ביפן ב-17 ביוני 2006 וחצי שנה לאחר מכן, ב-3 בנובמבר 2006, יצא גם סרט ההמשך Death Note: The Last Name שהצליח יותר מקודמו. ב-2008 יצא סרט ספין אוף אשר נקרא L:Change the world בו כיכבו דמויותיהם של L ומיסה.
בארצות הברית.