העצמאות החדשה של ליטא ופולין הובילה לסכסוכי גבול ארוכים, במיוחד באזור העיר וילנה, שנחשבה לבירה ההיסטורית של ליטא אולם רוב האוכלוסייה בה הייתה ממוצא פולני. סכסוכים אלו הובילו בשנת 1920 למלחמת פולין-ליטא, שנמשכה מספר חודשים. באותו זמן ביקשו גם הסובייטים לכבוש שטחים אלו, אולם הם הובסו על ידי הפולנים במהלך המלחמה הפולנית-סובייטית. באוקטובר 1920, לאחר שהחלו הסובייטים לסגת מהאזור, כבשו כוחות מורדים של הצבא הפולני את וילנה וסביבתה והקימו את רפובליקת מרכז ליטא. הרפובליקה התקיימה במשך 18 חודשים, שלאחריהם סופח האזור לפולין לאחר בחירות כלליות.
במשך שנים רבות האמינו רבים בצבא הליטאי כי מכיוון שלליטא ולפולין היה אויב משותף (ברית המועצות), צריכות שתי המדינות לסיים את החרם הדיפלומטי ביניהן. בשנת 1938, לאחר תקרית בגבול שבין שתי המדינות שבה נהרג חייל פולני, הציבה פולין אולטימטום לליטא, לפיו אם היא לא תחדש את השיחות הדיפלומטיות תוכרז עליה מלחמה. הליטאים, שידעו כי במצב של מלחמה עם פולין לא תהיה להם שום עזרה מבחוץ, הסכימו לשוב ולהידבר, ושני הצדדים חתמו על הסכם בטאלין שבאסטוניה. אף על פי שליטא עדיין טענה לבעלות על אזור וילנה, השתפרו מאוד היחסים בין שני העמים והרוחות שככו.
במאי 1939, לנוכח האגרסיביות הגרמנית הגוברת והחשש ממלחמה, הציעה ליטא לפולין לחתום על ברית צבאית בין שתי המדינות, אולם הפולנים סירבו להצעה.
מלחמת העולם השנייה.
באוגוסט 1939 נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב בין גרמניה הנאצית לברית המועצות, שקבע בין השאר את חלוקת המדינות הבלטיות בין שני הצדדים. למרות שלפי ההסכם ליטא הייתה אמורה להיות מסופחת לגרמניה, סירובה לתמוך בהתקפה הגרמנית על פולין גרם לכך שהיא סופחה לבסוף לברית המועצות. הצבא האדום, שכבש את וילנה מידי הפולנים, העביר את העיר לשליטת הליטאים. באוקטובר 1939 הוצבו במדינה 20,000 חיילים סובייטים. לפני הסיפוח נשא הנשיא סמטונה נאום רדיו בשפה הלטינית, כמחאה.
על אף שליטא וברית המועצות היו חתומות על הסכם אי-התקפה, הסובייטים הציבו בשנת 1940 אולטימטום, שלפיו אם מספר פוליטיקאים ליטאים בכירים לא יודחו וייעצרו – הם יתקפו את המדינה. הנשיא סמטונה התנגד לאולטימטום, וטען כי ליטא צריכה להילחם, אולם רוב חברי הממשלה תמכו בקבלת האולטימטום, שכן האמינו כי ליטא תפסיד במלחמה נגד ברית המועצות. לבסוף נכנעה ליטא לאולטימטום, וב-15 ביוני 1940, בעוד הנשיא עוזב את המדינה, נכנסו אליה 150,000 חיילים סובייטים ללא התנגדות.
לאחר קבלת האולטימטום הוקמה בליטא ממשלה חדשה, שהייתה נאמנה לסובייטים. שרי הממשלה וכן ראש הממשלה נבחרו לא בבחירות כלליות אלא לפי הוראותיו של ולדימיר דקנוזוב, השגריר הסובייטי בליטא, שבחר אותם מתוך המפלגה הקומוניסטית הליטאית. ב-21 ביולי 1940 הוחלט בפרלמנט הליטאי על הצטרפות לברית המועצות, והרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הליטאית הוקמה באופן רשמי.
בליטא פעלה מחתרת אנטי-סובייטית בכינוי "הפרטיזנים הליטאים". במקביל הוקמה בברלין, בחסות גרמניה הנאצית ובתמיכתה, חזית הפעילים הליטאית. היה זה גוף על-מפלגתי של גולים שתמך במחתרת וסייע לה בתעמולה, בציוד ושימש גם כסוכן מודיעין צבאי של האבווהר. באפריל 1941 הוקמה בברלין ממשלה זמנית בראשות מנהיג החזית, קאזיס שקריפה, שתכננה להקים מדינה עצמאית מיד לאחר שהגרמנים יסיגו את הרוסים מאדמת ליטא.
ב-22 ביוני 1941 פלשה גרמניה הנאצית לברית המועצות. הליטאים, שהאמינו כי המתקפה תחליש את הסובייטים קיבלו את הבא הגרמני כמשחרר והכריזו על עצמאותם. הכוחות הסובייטים שנסוגו מליטא טבחו בדרכם מזרחה בעשרות אסירים פוליטיים ליטאים, במה שנקרא כיום טבח ראיניאי.
בקיץ שנת 1944 נכנס הצבא האדום למזרח ליטא, בעוד המחתרת הפולנית כובשת את אזור וילנה. עד ינואר 1945 הגיעו הרוסים עד לים הבלטי, וסיפחו את ליטא כולה לתוך ברית המועצות, כרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הליטאית, עם הסכמתן של ארצות הברית ובריטניה.
ליטא הקומוניסטית.
בין השנים 1941 ל-1952 הוגלו בין 120,000 ל-300,000 תושבים ליטאים לסיביר ולאזורים נידחים אחרים של ברית המועצות. כתוצאה מהגירושים המסיביים הללו השתתפו עשרות אלפי לוחמי מחתרת בפעולות פרטיזניות כנגד הסובייטים משנת 1944 ועד שנת 1965, אך ללא הצלחה. לוחמי גרילה אלו, שהתאחדו גם עם פרטיזנים אסטונים ולטבים, נקראו בשם "אחי היער". באותה התקופה הרשויות הרוסיות עודדו הגירה של רוסים לתוך ליטא כדרך לשלב את ליטא בתוך ברית המועצות.
עד אמצע שנת 1988 נשלטו כל החיים התרבותיים, הכלכליים והפוליטיים על ידי המפלגה הקומוניסטית של ליטא. הליטאים, כמו שכניהם הבלטים, לא סמכו על המשטר הסובייטי, ותמכו באופן ברור ואקטיבי בתוכנית הרפורמה של גורבצ'וב. באותה השנה הוקמה תנועת הרפורמה הליטאית, הסאיודיס, שהונהגה על ידי אינטלקטואלים והצהירה על תוכנית של זכויות דמוקרטיות לאומיות. בהשראת הסאיודיס העביר הסובייט העליון הליטאי תיקונים חוקתיים שמטרותיהם היו להביא לעליונות של החוקים הליטאים על אלו הסובייטים, לבטל את ההחלטות משנות ה-40 שהפכו את ליטא לחלק מברית המועצות, לאפשר שיטה פוליטית רב-מפלגתית ולהחזיר לשימוש את הדגל וההמנון הליטאים הישנים. גם רוב חברי המפלגה הקומוניסטית הליטאית תמכו ברפורמות, ובתמיכת הסאיודיס בחרו בשנת 1988 באלגירדס ברזאוסקאס, לעתיד נשיא וראש ממשלת ליטא, כיו"ר המפלגה.
ב-23 באוגוסט 1989, בדיוק 50 שנים אחרי חתימת הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, במטרה להפנות את תשומת הלב העולמית למצוקת המדינות הבלטיות, שילבו ידיים לטבים, ליטאים ואסטונים בשרשרת אנושית שאורכה 600 ק"מ ושהשתרעה מטאלין, דרך ריגה ועד לווילנה (ר' הדרך הבלטית). בדצמבר 1989 הכריזה המפלגה הקומוניסטית, תחת הנהגתו של ברזאוסקאס, על עצמאותה מהמפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות, ושנה לאחר מכן שינתה את שמה למפלגת העבודה הדמוקרטית הליטאית.
ליטא העצמאית.
ב-11 במרץ 1990 הכריז הסובייט העליון הליטאי על השבת העצמאות של ליטא, ובכך הפכה ליטא לרפובליקה הסובייטית הראשונה שהכריזה על עצמאותה. בראשות הממשלה הליטאית הראשונה עמדה קזימירה פרונסקיינה. ארבעה ימים לאחר ההכרזה הליטאית תבעה ברית המועצות את ביטול הכרזת העצמאות, והחלה בהטלת סנקציות כלכליות ופוליטיות נגד ליטא. הצבא הסובייטי הכניס טנקים לתוך וילנה, ותפס מספר בניינים ציבוריים. הליטאים, בהשראת ממשלתם, מחו כנגד הצעדים הללו באופן שקט ולא אלים.
ב-10 בינואר 1991 תפסו הכוחות הסובייטים את בית הדפוס המרכזי של וילנה וכן משרדים חשובים אחרים בניסיון להפיל את הממשלה הליטאית. שלושה ימים לאחר מכן תפסו הרוסים את מגדל הטלוויזיה של וילנה, לאחר שהרגו 14 אזרחים לא חמושים ופצעו כ-700. הרוסים טענו כי הממשלה הופלה, אך הם למעשה לעולם לא תפסו את הפרלמנט את מעון הממשלה. למרות הצעדים החריפים מצד ברית המועצות לא ויתרה התנועה לעצמאות ליטא, והממשלה הליטאית המשיכה לעבוד כרגיל. הרוסים לא השתמשו בצעדים צבאיים נוספים, בשל חוסר תמיכה מבית וביקורת עולמית קשה.
ב-9 בפברואר באותה השנה נערך משאל עם בקרב האוכלוסייה הליטאית. 76% מציבור הבוחרים הליטאי הצביע במשאל העם, ומתוכם 90% הצביעו בעד עצמאות ומדינה דמוקרטית, אולם הרוסים פקפקו בתקפות המשאל והמשיכו להחזיק את הצבא בתוך ליטא. לאחר מספר חודשים הוציאה הממשלה הליטאית אל מחוץ לחוק את המפלגה הקומוניסטית, ובספטמבר 1991 הכירה ברית המועצות לבסוף בעצמאותה של ליטא. שתי המדינות כוננו מחדש את היחסים הדיפלומטיים ב-9 באוקטובר 1991.
כמו במדינות סובייטיות לשעבר רבות, הפופולריות של התנועה המשחררת, הסאיודיס במקרה של ליטא, החלה לדעוך זמן קצר אחרי ההכרה בעצמאות, בשל אכזבתם של התושבים מכך שהמדינה נשארה במצב קשה כלכלית. בשל המעבר לכלכלת שוק אחוז האבטלה עלה באופן חד והייתה אינפלציה קשה. בבחירות של שנת 1992 סאיודיס הפסידה בעוד שמפלגת העבודה הדמוקרטית, לשעבר המפלגה הקומוניסטית, זכתה ברוב. אולם מפלגת העבודה לא לקחה צעדים דרסטיים אחורה לכיוון הקומוניזם והמשיכה לפעול לכיוון בניית המדינה העצמאית. בשנת 1996 חזר הימין לשלטון תחת הנהגתו של ויטאוטאס לנדברגיס, המנהיג לשעבר של סאיודיס, שעדיין קיימת כיום כארגון ציבורי אך לא פועלת בחיים הפוליטיים.
לאחר ההיפרדות מברית המועצות החלה הממשלה הליטאית בתהליך הפרטה מסיבי, אולם בניגוד לרוסיה, תהליך זה לא גרם ליצירת שכבת אוליגרכים מצומצמת, בעיקר משום שההפרטה בליטא החלה עם ארגונים קטנים ולא עם חברות ענק כמו חברות תקשורת או חברות תעופה.
למרות הצלחתה של ליטא בהשגת עצמאותה, עדיין נשאר בגבולותיה כוח רוסי גדול. ב-8 בספטמבר 1992 חתמו שתי המדינות על הסכם שלפיו ייסוג הצבא הרוסי לגמרי משטחה של ליטא עד 31 באוגוסט 1993. הצבא הליטאי באותו הזמן כלל רק מספר מתנדבים נאמנים לממשלה הדמוקרטית אך לא היה להם מספיק כסף, נשק ואפילו מדים. מתנדבים אלו מרדו בשנת 1993, אולם המצב שכך במהרה והמדינה החלה לבנות צבא שכולל כיום צבא יבשה, חיל אוויר וצי.
בעקבות הסכסוך האוקראיני-רוסי, החששות מהסביבה הגאופוליטית הביאו את ליטא להתחיל בהיערכות לסכסוך צבאי אפשרי עם רוסיה. בשנת 2015, הודיע ראש ההגנה הליטאי ג'ונאס ויטאוטאס ז'וקאס על תוכניות להחזיר את גיוס החובה, שהסתיים ב-2008, כדי לחזק את שורות הכוחות המזוינים של ליטא. משרד ההגנה הלאומי פרסם גם מדריך בן 98 עמודים לאזרחים כדי להכין אותם לסכסוך מזוין ולכיבוש.