באותו חודש, התובעים הרוסיים החיו את חקירת ההונאה של "אירופלוט", וברזובסקי נחקר כעד. ב-7 בנובמבר 2000, ברזובסקי, עזב את המדינה, לא התייצב לחקירה נוספת והודיע ​​כי לא יחזור לרוסיה בגלל מה שהוא תיאר כלחץ מתמיד מצד השלטונות והנשיא פוטין באופן אישי. בנוסף אמר: "אני מעדיף להיות עריק בחו"ל מאשר אסיר פוליטי ברוסיה". ברזובסקי טען שפוטין הפך אותו לחשוד בתיק אירופלוט רק משום ששידורי ORT "דיברו אמת" על טביעת הצוללת קורסק. בתחילת דצמבר, מקורבו ניקולאי גלושקוב נעצר במוסקבה, וברזובסקי גם ביטל את ההצעה להעביר את מניות OTR לנאמנות, לאחר איומים על הנאמנים שרצה למנות.
הלאמה ומכירה של נכסיו ברוסיה.
בשנת 2001 ביצעה ממשלת רוסיה השתלטות שיטתית על רשתות טלוויזיה בבעלות פרטית במדינה, שבמסגרתה איבדו ברזובסקי, גוסינסקי ופטרקצישווילי את רוב אחזקותיהם בחברות תקשורת, מה שגרם לגוסינסקי להזהיר מפני הפיכתה של רוסיה לרפובליקת בננות במכתב לניו יורק טיימס. בפברואר, ברזובסקי ופטרקצישווילי מכרו את חלקם ב-ORT לרומן אברמוביץ', אשר ויתר מיידית על השליטה בתכני הערוץ לקרמלין. מאוחר יותר טען ברזובסקי כי קיימת הבנה סודית שניקולאי גלושקוב ישוחרר מהכלא במסגרת אותה עסקה, הבטחה שלא קוימה מעולם. באפריל, הממשלה השתלטה על גם על רשת NTV של ולדימיר גוסינסקי. לאחר מכן עבר ברזובסקי לרכוש נתח שליטה ברשת קטנה יותר, TV-6, הפך את פטרקצישווילי ליושב ראש שלה, והציע תעסוקה למאות עיתונאים מ-NTV שפוטרו. כמעט מיד הפך פטרקאטששווילי ליעד לחקירת משטרה ונמלט מהמדינה. בינואר 2002 בית משפט לבוררות רוסי אילץ את TV-6 להתפרק. הפירוק של ערוץ TV-6 נגרם על ידי חברה ממשלתית, שהייתה בעלת מניות מיעוט בערוץ, תוך שימוש בחקיקה שבוטלה כמעט מיד.
בשנת 2001, ברזובסקי ופטרקצישווילי סיימו את מעורבותם ב"סיבנפט" תמורת תשלום של 1.3 מיליארד דולר מרומן אברמוביץ'. עסקה זו הייתה נושא למחלוקת מאוחרת יותר בבתי המשפט המסחריים בבריטניה, כאשר ברזובסקי טען כי הופעל עליו לחץ למכור את חלקו לאברמוביץ' בשבריר מהשווי האמיתי, טענה שבית המשפט דחה.
בשנת 2006 מכר ברזובסקי את העיתון "קומרסנט" ("איש העסקים") ואת שאר נכסיו שנותרו ברוסיה (מספר כתבי עת בתחום האקטואליה והתחביבים). הוא אמר כי החליט לחסל את עסקיו ברוסיה, בשל מה שהגדיר כרדיפה פוליטית של עסקיו מצד ממשלת רוסיה, אשר פגעה בפעילותם.
גלות בלונדון.
בשנת 2000 עבר לונדון, ורכש אחוזה בשכונת צ'לסי היוקרתית. שם הוא ומקורביו כולל: אחמד זקאייב, אלכסנדר ליטוויננקו ואלכס גולדפרב, נודעו כ"מעגל הלונדוני" של הגולים הרוסים. ברזובסקי הצהיר בפומבי שהוא במשימה להפיל את פוטין "בכוח" או במהפכה חסרת דם. הוא הקים את הקרן הבינלאומית לחירויות האזרח, כדי לתמוך בנפגעי התעללות ובפגיעים בחברה - אסירים, מיעוטים לאומיים ואנשי עסקים ברוסיה וביקר את הרקורד של פוטין במערב. ברזובסקי פתח בקמפיין מרוכז לחשיפת מעלליו של פוטין, מדיכוי חופש הביטוי ועד לביצוע פשעי מלחמה בצ'צ'ניה. הוא גם האשים את שירות הביטחון ה-FSB הרוסי בבימוי פיגועי הדירות במוסקבה ב-1999 כדי לעזור לפוטין לזכות בנשיאות.
ב-23 במרץ 2003 נעצר ברזובסקי בלונדון, ושוחרר בערבות. בעקבות בקשת הסגרה מרוסיה, שהאשימה אותו בהונאה בהיקף של 1.9 מיליארד דולר.
ב-9 בספטמבר 2003, ברזובסקי קיבל רשמית מעמד של פליט ומקלט מדיני על ידי משרד הפנים הבריטי. ב-12 בספטמבר 2003, ביטל בית משפט בלונדון את הליכי ההסגרה נגד ברזובסקי, וקבע כי אין טעם להמשיך בתיק שכן הענקת מעמד מקלט לברזובסקי מייתרת את ההליכים. עם זאת, כאשר ברזובסקי אמר לרויטרס בתחילת פברואר 2006 כי הוא עובד על תוכניות להפלת נשיא רוסיה ולדימיר פוטין, שר החוץ הבריטי ג'ק סטרו הזהיר אותו שלא לתכנן מזימה נגד נשיא רוסיה בזמן שחי בבריטניה. הוא ציין כי ייתכן שמעמדו של ברזובסקי בבריטניה ייבחן מחדש, אם יתברר שנוכחותו "אינה עולה בקנה אחד עם טובת הציבור".
הרשעתו ברוסיה.
לאחר שברזובסקי זכה במקלט מדיני בבריטניה, השלטונות הרוסיים פעלו במרץ לשפוט אותו שלא בפניו בהאשמות פליליות שונות נגדו, ורשויות רוסיה הוציאו נגדו צו מעצר בינלאומי. מלונדון כינה ברזובסקי את המשפט, שגזר עליו שש שנות מאסר ב-2007, "פארסה"ץ הוא הורשע בשורה של עבירות, בהן הונאה, ניסיון להפיל את ממשלו של פוטין ומעילה בכספי חברת התעופה "אירופלוט" בסך 9 מיליון דולר. ביוני 2009, בית המשפט בעיר קרסנוגורסק ליד מוסקבה גזר על ברזובסקי שלוש עשרה שנות מאסר בגין הונאת חברת AvtoVAZ בשנות ה-90. את ברזובסקי ייצג עורך דין מטעם בית המשפט. למרות ההצלחה של ברזובסקי בבריטניה במאבק בבקשות ההסגרה וחשיפת הרשעות בבית המשפט הרוסי כפוליטיים, כמה מדינות שיתפו פעולה תחילה עם הרשויות הרוסיות, בתפיסת רכושו והאשמתו בהלבנת הון. ביולי 2007, תובעים ברזילאים הוציאו צו מעצר לברזובסקי בקשר להשקעתו במועדון הכדורגל הברזילאי "קורינתיאנס". עם זאת, שנה לאחר מכן בית המשפט העליון בברזיל ביטל את הצו והפסיק את החקירה. לאחר בקשות רוסיות, השלטונות הצרפתיים פשטו על הווילה שלו בניס בחיפוש אחר מסמכים, ותפסו את שתי היאכטות שלו שחונות בריביירה הצרפתית. עם זאת, כמה חודשים לאחר מכן, הסירות שוחררו על ידי בית משפט צרפתי.
הקמפיין נגד פוטין.
בספטמבר 2005 אמר ברזובסקי בראיון ל-BBC: "אני עושה כל שביכולתי כדי להגביל את משך הכהונה של פוטין, ואני באמת חושב לחזור לרוסיה אחרי שפוטין יודח". בינואר 2006, הצהיר ברזובסקי בראיון לתחנת רדיו ממוסקבה, שהוא עובד על הפלת ממשל פוטין בכוח. ברזובסקי האשים גם את פוטין שהוא "גנגסטר" ו"המחבל מספר אחד".
ברזובסקי הכריז שהוא מתכנן את הפלת פוטין, ב-13 באפריל 2007 במהלך ראיון שערך ל"גרדיאן" אמר: "אנחנו צריכים להשתמש בכוח כדי לשנות את המשטר הזה. לא ניתן לשנות את המשטר הזה באמצעים דמוקרטיים. לא יכול להיות שינוי ללא כוח, לחץ". הוא גם הודה שבמהלך שש השנים האחרונות הוא נאבק קשה "להרוס את התדמית החיובית של פוטין" ואמר כי "פוטין יצר משטר אוטוריטרי נגד החוקה הרוסית... אני לא יודע איך זה יקרה, אבל משטרים אוטוריטריים קורסים רק בכוח".
זמן קצר לאחר הצהרתו של ברזובסקי ב-2007, כתב גארי קספרוב, מנהיג תנועת האופוזיציה "רוסיה האחרת" ומנהיג "החזית האזרחית המאוחדת", באתר האינטרנט שלו: "ברזובסקי חי בגלות במשך שנים רבות ואין לו עוד השפעה משמעותית על תהליכים פוליטיים המתרחשים בחברה הרוסית. הכרזותיו הראוותניות הן פשוט שיטה למשוך תשומת לב. יתרה מכך, עבור הרוב המכריע של העם הרוסי הוא היה סמל פוליטי של שנות ה-90, אחד ה'רעים' שהעשירו את עצמם מאחורי הגב של הנשיא ילצין. הרעש התקשורתי סביב ברזובסקי מועיל במיוחד עבור הקרמלין, שמנסה להאבק באופוזיציה האמיתית ברוסיה. לברזובסקי לא היה ואין לו שום קשר ל"רוסיה אחרת" או ל"חזית האזרחית המאוחדת". ברזובסקי הגיב, ביוני 2007, באומרו ש"אין פוליטיקאי אופוזיציה משמעותי אחד ברוסיה שהוא לא מימן" ושזה כלל חברי תנועת "רוסיה האחרת". מנכ"ל ה"חזית האזרחית המאוחדת", בתורו, אמר כי הארגון ישקול לתבוע את ברזובסקי על האשמות אלו, אך התביעה מעולם לא הובאה בפני בית המשפט.
משרד התובע הכללי הרוסי פתח בחקירה פלילית נגד ברזובסקי כדי לקבוע אם דבריו יכולים להיחשב כ"תפיסת כוח בכוח", כפי שמתואר בחוק הפלילי הרוסי. אם יורשע, עבריין צפוי לעונש של עד עשרים שנות מאסר. משרד החוץ הבריטי גינה את הצהרותיו של ברזובסקי, והזהיר אותו כי מעמדו כפליט פוליטי עלול להיבחן מחדש, אם ימשיך להשמיע הערות דומות. יתר על כן, הסקוטלנד יארד הודיעה כי תחקור האם הצהרותיו של ברזובסקי מפרות את החוק. עם זאת, ביולי שלאחר מכן, התביעה בבריטניה הודיעה ​​כי ברזובסקי לא יעמוד לדין על הערותיו. בכירים בקרמלין כינו זאת "רגע מטריד" ביחסי בריטניה-רוסיה.
בפברואר 2012, בראיון לנטשה מוזגוביה מעיתון "הארץ" אמר כי "בסוף פוטין יגמור כמו קדאפי".
ניסיונות התנקשות.
לפי עדותו של אלכסנדר ליטוויננקו, קצין שירות הביטחון הפדרלי הרוסי (FSB) בלונדון התכונן להתנקש בחייו של ברזובסקי בנשק כימי, בספטמבר 2003.
ביוני 2007 אמר ברזובסקי כי ברח מבריטניה בעצת הסקוטלנד יארד, על רקע דיווחים כי הוא היה יעד לניסיון התנקשות על ידי רוצח שכיר רוסי. ב-18 ביולי 2007, דיווח עיתון "הטיימס" הבריטי כי המתנקש החשוד נתפס על ידי המשטרה במלון הילטון בפארק ליין. הם דיווחו כי החשוד, שנעצר על ידי המשטרה לאחר שהיה במעקב במשך שבוע על ידי ה-MI5, גורש חזרה לרוסיה כאשר לא נמצאו כלי נשק ולא היו מספיק ראיות להאשים אותו בעבירה כלשהי. בנוסף, הם אמרו שהמשטרה הבריטית הציבה חוליה של קצינים במדים סביב ביתו של אחמד זקאייב בצפון לונדון, וכן התקשרה לאלמנתו של ליטוויננקו, מרינה, כדי להאיץ בה לנקוט באמצעי זהירות. ברזובסקי האשים שוב את ולדימיר פוטין שהוא עומד מאחורי מזימה להתנקש בחייו. הקרמלין הכחיש טענות דומות בעבר.
בדצמבר 2019, נחשף כי המודיעין הבריטי החליט להגן על ברזובסקי, בעקבות רצח ליטוויננקו, והשקיע משאבים רבים במעקב אחרי מתנקשים פוטנצלים. לברזובסקי סופקה אבטחה ממשלתית והוא הוזהר מראש וברח לישראל, טס לאילת ועלה ליאכטה הפרטית שלו, שחיכתה לו שם.
המשפט נגד רומן אברמוביץ'.