ההתפשטות של השפעת תרבות קניון צ'אקו באזור מסה ורדה הותירה את חותמה הבולט ביותר בדמות הבתים הגדולים מאבן בסגנון צ'אקו שהפכו למוקד של כפרים רבים במסה ורדה לאחר 1075. "בית הנוף הנרחב" (Far View House), שהיה הגדול בהם, נחשב כשלוחה קלאסית של סגנון צ'אקו ונבנה קרוב לוודאי בין 1075 ו-1125, אף שכמה מהארכאולוגים טוענים כי בנייתו החלה מוקדם יותר ב-1020. ביחידות הפואבלו של התקופה העשויות גזעי עצים ועפר התגוררו במשך כ-20 שנים במהלך תחילת המאה ה-12 השתנה מוקד השליטה האזורי מצ'אקו אל אצטק בניו מקסיקו בדרום אזור מסה ורדה. בהגיע 1150 שוב פגעה בצורת באזור וגרמה להפסקה זמנית בבניית הבתים הגדולים במסה ורדה.
פואבלו 3: 1150 עד 1300.
בצורת חמורה מ-1130 עד 1180 הובילה להצטמצמות מהירה של האוכלוסייה בחלקים רבים של אגן סן חואן, בייחוד בקניון צ'אקו. ככל שהמערכת הנרחבת של קניון צ'אקו הלכה והתמוטטה היגרו התושבים ממנה למסה ורדה במספרים הולכים וגדלים וגרמו לגידול אוכלוסייה ניכר במסה. גידול זה באוכלוסייה הוביל להקמת יישובים שבהם התגוררו בין שש מאות לשמונה מאות תושבים, גדולים בהרבה מהיישובים הקודמים במסה. יישובים בגודל כזה הגבילו את יכולת הניידות של תושבי מסה ורדה, שכחלק מהאסטרטגיה החקלאית שלהם נהגו קודם לכן להעתיק את מקום מגוריהם ושדותיהם לעיתים קרובות. במטרה לקיים אוכלוסיות גדולות אלו הם הקדישו יותר ויותר מזמנם לחקלאות. גידול באוכלוסייה הוביל גם לכריתת עצים נרחבת שצמצמה את בית הגידול של מיני צמחים ובעלי חיים רבים שתושבי מסה ורדה הסתמכו עליהם לקיומם, ובכך הגבירו את התלות ביבולים החקלאיים שהיו פגיעים במיוחד לכישלון עקב בצורת.
במהלך שלהי המאה ה-11 ותחילת המאה ה-12 הגיעו למסה ורדה כמויות גדולות של סחורות מיובאות במסגרת המערכת הכלכלית של קניון צ'אקו, שכללו כלי חרס, צדפים וטורקיז, אבל בשלהי המאה ה-12, ככל שהמערכת הלכה והתמוטטה כמות הסחורות המיובאות למסה הצטמצמה במהירות. במשך כשש מאות שנים לערך חיו מרבית החקלאים בבתי חווה קטנים על רמת המסה שבהם התגוררו בני משפחה אחת או שתיים. בתי המגורים שכנו בקרבת שדותיהם ובמרחק הליכה ממקורות מים. נוהג זה נמשך מאמצע המאה ה-12 עד סופה, אבל בהגיעה תחילת המאה ה-13 החלו תושבים לחיות במקומות בקניון שהיו קרובים למקורות מים ובתחומי מרחק הליכה משדותיהם.
הכפרים במסה ורדה שגשגו במהלך אמצע תקופת פואבלו III, כאשר האדריכלים בנו בניינים מסיביים רבי קומות, ואמנים קישטו כלי חרס בעיצובים מתוחכמים יותר ויותר. מבנים שנבנו במהלך תקופה זו תוארו כ"בין האוצרות הארכאולוגיים הגדולים ביותר בעולם". מבני האבן של פואבלו 3 היו בשימוש בדרך כלל במשך כמעט חמישים שנה, יותר מכפול מאורך החיים של המבנים של פואבלו 2. מבנים אחדים היו מיושבים אפילו במשך מאתיים שנה או יותר. חידושים אדריכליים כמו מגדלים ומבנים מרובי קומות הופיעו גם הם במהלך פואבלו 3. האוכלוסייה של מסה ורדה נשארה יציבה במהלך הבצורת של המאה ה-12. בתחילת המאה ה-13 חיו שם כ-22,000. האזור חווה גידול מתון באוכלוסייה בעשורים הבאים ודרמטי מ-1225 עד 1260. מרבית התושבים באזור חיו במישורים מערבית למסה במקומות כמו "פואבלו המעיל הצהוב" (Yellow Jacket Pueblo), סמוך לקורטז (Cortez) בקולורדו. אחרים התיישבו בשולי הקניונים והמדרונות במבנים מרובי קומות שגדלו לממדים חסרי תקדים ככל שהאוכלוסייה התרחבה. בהגיע 1260 מרבית תושבי מסה ורדה חיו ביישובי פואבלו גדולים שבהם התגוררו כמה משפחות ויותר ממאה תושבים.
במאה ה-13 היו 69 שנים שבהן ירדו גשמים מתחת לממוצע באזור מסה ורדה, ולאחר 1270 האזור חווה טמפרטורות קרות במיוחד. תיארוך באמצעות טבעות עצים מצא שהעץ האחרון ששימש לשם מבנה כלשהו במסה נכרת ב-1281. הייתה הידרדרות גדולה ביבוא כלי חרס לאזור במהלך תקופה זו, אבל הייצור המקומי נשאר יציב. למרות תנאים מאתגרים המשיכו בני הפואבלו לעבד את השדות באזור עד שתקופה צחיחה במיוחד מ-1276 עד 1299 שמה קץ לשבע מאות שנים של התיישבות אנושית רצופה במסה ורדה. הארכאולוגים מתייחסים לתקופה זו כ"הבצורת הגדולה" (Great Drought). התושבים האחרונים של המסה עזבו את האזור סביב 1285.
לחימה.
במהלך תקופת פואבלו III (1150 עד 1300) בנו בני תושבי מסה ורדה מגדלי אבן רבים שכנראה שימשו כמבני הגנה. לעיתים קרובות הם שילבו מנהרות חבויות שחיברו בין המגדלים למבני הקיווה. הלחימה נערכה תוך שימוש באותם הכלים שבני מסה ורדה השתמשו לציד בעלי חיים, כולל קשתות וחצים, קרדומי אבן, אלות עץ וחניתות. הם גם עיצבו מגנים מעור או מסלים שבהם השתמשו בקרבות בלבד. מלחמות תקופתיות התרחשו על המסה במהלך המאה ה-13. מנהיגים אזרחיים באזור השיגו ככל הנראה כוח ויוקרה על ידי חלוקת מזון בעתות בצורת. מערכת זו התמוטטה כנראה במהלך "הבצורת הגדולה", מה שהוביל ללחימה עזה בין חמולות יריבות. חוסר ודאות כלכלית וחברתית גוברת במהלך השנים האחרונות של המאה הוביל לעימותים נרחבים. עדויות לכפרים שנשרפו בחלקם ונחשפה טראומה שלאחר המוות, ונראה שתושבי כפר אחד היו קורבנות של טבח נרחב.
תועדו עדויות על אלימות וקניבליזם במרכז אזור מסה ורדה. אף שמרבית האלימות, ששיאה היה בין 1275 ו-1285, מיוחסת ללחימה פנימית בין תושבי מסה ורדה, ממצאים ארכאולוגיים שנתגלו בפואבלו סנד קניון (Sand Canyon Pueblo) במונומנט הלאומי קניונס אוף דה אנשנטס (Canyons of the Ancients National Monument), מעידים שאלימות התרחשה בין תושבי מסה ורדה ואנשים מחוץ לאזור. עדות על התקפות נתגלו על ידי חברים במרכז הארכאולוגי של קניון קרואו (Crow Canyon Archaeological Center) במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20. ההתקפות, שהתרחשו גם בפואבלו קאסל רוק (Castle Rock Pueblo), תוארכו סביב 1280, ומשערים כי הן שמו קץ לכמה מאות של יישובי פואבלו באתרים אלו. רבים מהקורבנות הראו סימנים של שברים בגולגולת, ומהאחידות בפציעות ניתן להסיק כי מרביתן נגרמו מגרזני אבן קטנים. אחרים קורקפו, בותרו ונאכלו. ייתכן שהקניבליות הייתה אסטרטגיה להישרדות בזמנים של גוויעה ברעב. העדויות הארכאולוגיות מוכיחות שהעימותים האלימים לא היו מוגבלים לאזור מסה ורדה והיו נפוצים באמריקה הצפונית בשלהי המאה ה-13מאה ה-14, ומן הסתם החריפו בעקבות השינויים האקלימיים בעולם שהשפיעו לרעה על אספקת המזון ברחבי היבשת.
הגירה.
בתחילת המאה ה-13 התפתח באזור מסה ורדה אקלים קר ויבש במיוחד. ייתכן שתנאים אלו דחפו להגירה אל מסה ורדה ממקומות פחות מסבירי פנים. האוכלוסייה הנוספת הפעילה לחץ על הסביבה של המסה תוך שהיא מערימה עוד לחצים על החברה החקלאית שסבלה מבצורת. דפוס המשקעים הדו-מצבי, שבו היה יורד גשם במהלך האביב והקיץ ושלג בסתיו ובחורף, החל להיכשל אחרי 1250. אחרי 1260, החלה הצטמצמות מהירה של האוכלוסייה במסה ורדה כאשר "עשרות אלפי אנשים" היגרו או גוועו ברעב. קהילות קטנות רבות באזור ארבע הפינות ננטשו במהלך תקופה זו. לתושבי הפואבלו הקדמונים הייתה מסורת ארוכה של הגירה לנוכח חוסר יציבות סביבתי, אבל התרוקנות האוכלוסייה במסה ורדה בשלהי המאה ה-13 הייתה שונה בכך שהאזור התרוקן כמעט לחלוטין מיושביו ואף צאצא לא שב כדי לבנות התיישבות קבע. אף שבצורת, הידלדלות משאבים, ואכלוס יתר תרמו לחוסר יציבות במהלך שתי המאות האחרונות של ההתיישבות של תושבי הפואבלו הקדמונים תלות היתר שלהם בגידולי התירס נחשבת ל"שגיאה הקטלנית" באסטרטגיית הקיום שלהם.
בני מסה ורדה שהתפנו מיישוביהם כמעט שלא הותירו עדות ישירה להגירה שלהם, אבל הם השאירו מאחוריהם כלי בית, כולל כלי בישול, כלי עבודה ובגדים, מה שהוביל את הארכאולוגים לשער שההגירה הייתה אקראית או בוצעה בחיפזון. משערים שבמהלך המאה ה-13 חיו באזור כ-20,000 תושבים, אבל בתחילת המאה ה-14 האזור היה כמעט בלתי מיושב. מהגרים רבים שמו פעמיהם לדרום אריזונה ולדרום ניו מקסיקו. אף שקצב ההתיישבות אינו מוחוור, הגידול באזורים מיושבים בדלילות כגון בריו צ'אמה (Rio Chama), רמת פאחריטו (Pajarito Plateau) וסנטה פה, מקבילים ישירות לתקופה של ההגירה ממסה ורדה. הארכאולוגים מאמינים שבני מסה ורדה שהתיישבו באזורים סמוך לנהר ריו גראנדה, שבהם כלי החרס מטיפוס שחור על לבן, האופייניים למסה ורדה, החלו להיות נפוצים במהלך המאה ה-14, היו קשורים למשקי הבית אליהם הצטרפו ולא מפולשים בלתי רצויים. הארכאולוגים מפרשים הגירה זו כהמשכיות ולא כהתפרקות החברה והתרבות של בני הפואבלו הקדמונים. מהגרים רבים אחרים עברו לגדותיו של נהר הקולורדו הקטן במערב ניו מקסיקו ומזרח אריזונה. אף שהארכאולוגים נוטים להתמקד בגורמים לדחיפה של בני מסה ורדה מהאזור, היו גם כמה "גורמי משיכה" סביבתיים, כדוגמת טמפרטורות חמימות יותר, תנאי חקלאות טובים יותר, שפע עצים ועדרי ביזונים, שהיו תמריץ להגירה לאזור סמוך לריו גראנדה. בנוסף ליישובים הרבים לאורך הריו גראנדה חיים צאצאים בני זמננו ביישובי פואבלו באקומה, זוני, המז (Jemez Pueblo) ולגונה.
ארגון.