על שרון, כאלוף הפיקוד, הוטלה המשימה למגר את הטרור. שרון הזרים לרצועה כוחות צבאיים שכללו יחידות מובחרות. סריקות נרחבות בוצעו לאורך כל הרצועה. שרון בעצמו יצא לשטח והדריך חיילים כיצד לבצע את המשימות. במשך תקופת המבצע פיתח שרון שיטת לחימה שקרא לה "לחימת גרילה נגד הטרור". בשיטה זאת הוצאו הסיורים הקבועים מהשטח והשטח חולק לגזרות בהן הופקדו צוותים מצומצמים שהיו אחראים לשטח. הצוותים למדו את השטח ואת תושביו היטב, ונעו באופן אקראי ובמסלולים שבחרו לעצמם לכסות את השטח. סיירת שקד הופעלה באופן אינטנסיבי ככוח קומנדו לציד חוליות מחבלים, והוקמה סיירת רימון בפיקודו של מאיר דגן לטיפול ממוקד בטרור.
בנוסף לפעולות המבצעיות וחתירה למגע עם הטרוריסטים, שרון הפעיל את שיטת המקל והגזר על האוכלוסייה: אזורים שקטים עודדו ופותחו, אזורים עם קשר לטרוריסטים לא קיבלו סיוע. בנוסף לכך הוחלפו תעודות הזהות לכל תושבי הרצועה כדי למנוע זיופים.
ביולי 1971 נכנסו כוחות גדולים למחנות הפליטים ג'בליה ושאטי, וכ-1,600 משפחות שכללו כ-10,500 איש הועברו לעזה, לאל עריש ומיעוטם לגדה המערבית ונהרסו בתים רבים.
עד תום שנת 1971 שותק הטרור ברצועה. המבצע נמשך עד אמצע שנת 1972, ובסיכומו נהרגו 180 מחבלים ו-2,000 מחבלים נלכדו. רשימת המבוקשים כמעט ירדה לאפס.
מדיניות היד הקשה של שרון ברצועה ספגה ביקורת מצד המושל הצבאי בעזה. שרון הרחיב את מבצע ביעור הטרור לתוככי סיני והתמקד גם בבדואים שדרכם זרם נשק לרצועה. חלק מהבדואים פונו מצפון סיני, ועל כך ננזף שרון על ידי הרמטכ"ל חיים בר-לב, אולם הממשלה גיבתה את הפעולות ולא אפשרה לבדואים שפונו לחזור לאזור. עתירת הבדואים לבית המשפט נדחתה. ראש הממשלה, גולדה מאיר, אמרה בעניין זה "מוקשים ומוות גרועים מפינוי אנשים חפים מפשע מבתיהם".
מלחמת יום הכיפורים.
שרון טרם המלחמה.
בעת כהונתו של שרון כאלוף פיקוד הדרום התנהלו ויכוחים עקרוניים בין שרון לבין הרמטכ"לים חיים בר-לב ודוד אלעזר לגבי נחיצות "קו בר-לב". בר לב דאג לעבות את קו המוצבים בתפיסת מגננה, בעוד שרון דילל אותם בתקופת דוד אלעזר. תפיסתו של שרון אמרה כי למוצבים אין ערך דפנסיבי במלחמה וכי יש לנקוט בשיטת הגנה דינמית כשהכוח העיקרי מאחור. למרות עמדתו של שרון המשיך דוד אלעזר לדבוק בקו בר-לב. במאי 1973 קיבל שרון הבטחה מהרמטכ"ל כי בפתיחת מלחמה יפונו המוצבים.
ביולי 1973 פרש שרון מצה"ל והכריז על יוזמתו להקמת מפלגה מאוחדת של הימין לקראת הבחירות באוקטובר 1973. ב-17 ביולי נשאה יוזמתו פרי ומפלגת הליכוד הוקמה. שרון מונה לראש מטה הבחירות של המפלגה. למחליפו של שרון כאלוף פיקוד הדרום מונה האלוף שמואל גונן ושרון החליפו כמפקד אוגדת המילואים 143.
כישלון הימים הראשונים במלחמה.
ביום שישי, 5 באוקטובר 1973, קיבל שרון הודעה כי ייתכן שתפרוץ מלחמה והחל בגיוס אוגדת המילואים 143 (עוצבת עמוד האש). למחרת יצא בראש חבורת הפיקוד שלו לסיני ומלחמת יום הכיפורים נפתחה. שרון קיבל את הגזרה המרכזית, בין אוגדה 162 בפיקוד האלוף אברהם אדן (ברן) לאוגדת סיני בפיקוד האלוף אלברט מנדלר. שרון ביקש מאלוף הפיקוד שמואל גונן (גורודיש) לפנות את מוצבי התעלה, אולם בקשתו נדחתה.
בצהרי היום השני למלחמה, 7 באוקטובר, הגיע שרון למסקנה כי יש לתקוף בלילה את הכוחות המצריים שחצו את התעלה. הנחתו התבססה על כך שבשעות היום טילי הסאגר המצרים יעשו שמות בכוחות, וכי אי-התקפה תאפשר למצרים להעביר כוחות גדולים של שריון וארטילריה לסיני. לפי התוכנית של שרון, כוחות רגלים של צה"ל יפרצו מסדרונות בין הכוחות המחופרים של הרגלים המצריים, וכך יוכל השריון לחדור לעומק השטח עד התעלה.
הרמטכ"ל אלעזר סיכל את הצעתו של שרון שגונן תמך בה. הצעתו של שרון הגיעה עד שר הביטחון משה דיין ונדונה עם ראש הממשלה גולדה מאיר. מאיר זמנה את הרמטכ"ל והוא אמר כי יש לו תוכנית אחרת.
באותו לילה התקיימה במטה הפיקוד באום חשיבה ישיבה עם הרמטכ"ל דוד אלעזר, אלוף פיקוד הדרום גונן ומפקדי האוגדות. שרון היה אמור להגיע אבל המסוק ששלח הפיקוד לאוספו איחר בשעתיים. הרמטכ"ל אלעזר לא המתין לשרון ושיבש את תוכניתו המקורית של שרון כפי שהוצגה על ידי גונן בפתיחת הישיבה. לפי תוכנית הרמטכ"ל הוחלט על התקפה בבוקר המחרת, שתבוצע על ידי אוגדת האלוף אברהם אדן ככוח מוביל, בעוד אוגדתו של שרון תשמש כעתודה. ההחלטה התקבלה למרות הצעת גונן לבצע אותה בלילה, ואף על פי שהאלוף אדן התנגד להתקפת הבקעה לכיוון התעלה מאחר שכוחותיו מדוללים והוא ממתין לתגבורת.
למחרת בבוקר נערכה ההתקפה הישראלית הראשונה ודיווחים שגויים בלבלו את פיקוד צה"ל והממשלה. הדיווחים הללו השפיעו על קבלת החלטה על ידי גונן להניע את כוחות אוגדת שרון דרומה להתקפה אוגדתית נוספת. לקראת הצהרים החלה אוגדתו של שרון לנוע במהירות דרומה. אחרי הצהרים החלו להתקבל דיווחים על קשיים במתקפת אוגדת אדן שתקפה לכל היותר עם שני גדודים וספגה אבדות קשות. בעקבות התלבטות עם הרמטכ"ל על מועדה הצפוי של התקפת אוגדת שרון, שינה גונן את הפקודה, והורה לשרון לתקוף בגזרה צפונית יותר. כך נאלצה אוגדת שרון לנוע חזרה צפונה, ובסיכומו של דבר לא השתתפה בלחימה באותו יום.
באותו לילה הגיע שר הביטחון משה דיין לאום חשיבה, כשהפעם הגיע שרון לישיבה. דיין נזף בפיקוד הדרום ובאיכות הפעולה של אוגדת אדן, אותה כינה "ביזיון". הוא הטיל על שרון "לפתח את המצב" בכל חזית הקרב בדרום.
למחרת היום, ב-9 באוקטובר, לאחר יומיים שאוגדת שרון לא תרמה למאמץ, החל שרון ליזום קרבות בגזרתו. האוגדה הצליחה לחסל גדוד של 35 טנקים מצריים בתל חמדיה – קרב ההתקפה הראשון שהצליח מאז תחילת המלחמה באזור הדרום. כוחות האוגדה החלו להתקדם לכיוון התעלה והתקרבו לאגם המר הגדול. גדוד הסיור של האוגדה גילה תפר בין הדוויזיות המצריות. כשנודע הדבר לרמטכ"ל אלעזר, הוא פקד על מפקד החזית גונן שלא לאפשר לשרון לצלוח את תעלת-סואץ ולסלק מיד את אוגדת שרון מהמאחזים שתפסה. בשלב זה המטרה הייתה למנוע שחיקה נוספת עד לשינוי ביחסי-הכוחות המשוריינים לטובת צה"ל. נסיגת שרון מהשטחים שכבש הייתה קריטית למאמץ חציית התעלה שאירע 6 ימים אחר כך באותו מקום – כוחות מצריים נכנסו לאזור ותגברו אותו. באותו יום רמת חילוקי הדעות בין שרון לבין פיקוד צה"ל עלתה מדרגה והגיעה למצב בו שרון לא שמע את הפקודות והאלוף גונן הגיע בעצמו למטה אוגדת שרון כדי למסור לו פקודות נסיגה באופן אישי. הרמטכ"ל דוד אלעזר ואלוף הפיקוד גונן ניסו להדיח את שרון מתפקידו אולם משה דיין התערב ובמקום זאת הדיח את גונן מתפקידו. הניהול הכושל של חזית הדרום על ידי גונן הסתיים והפיקוד הועבר לחיים בר-לב עד לתום המלחמה.
צליחת התעלה.
ב-14 באוקטובר בקרב מגננה בו השתתפו שלוש האוגדות בדרום נבלמה התקפה מצרית גדולה ואוגדת שרון השמידה כ-150 טנקים מצריים מתוך ה-250 טנקים שהושמדו למצרים בהתקפה. עם הצלחת קרב הבלימה אושרה תוכנית חציית התעלה. על אוגדת שרון הוטל לפרוץ אל התעלה ולהקים גשר. המבצע נקרא אבירי לב. ב-15 באוקטובר, אחרי הצהריים החלה האוגדה בפיקוד שרון את הקרב להבקעת המסדרון בקו התפר של שתי הארמיות. המבצע היה מהמסובכים והמורכבים שהתבצעו במלחמת יום הכיפורים בכלל ובחזית הדרום בפרט. לאורך כל מהלכי האוגדה במבצע הצליחה התחוללו קרבות קשים ועתירי נפגעים והרוגים. מבצע אבירי לב שינה את פני המערכה בדרום. בעקבות חציית התעלה על ידי צה"ל, החלה מצרים לדרוש הפסקת אש.
לחימה בצד המערבי של התעלה.
בליל 18 באוקטובר קיבל שרון את האישור המיוחל ואוגדת שרון חצתה את התעלה ופנתה צפונה משני צדי התעלה לכיתור ודחיקת הצבא המצרי. התנועה הייתה מהירה ועמדות הטק"א חוסלו במהירות תוך יצירת מסדרון לפעילותו של חיל האוויר הישראלי באזור.
שרון חתר לנוע מערבה וצפונה ולמוטט את קווי האספקה של הצבא המצרי. לעומתו, ממשלת ישראל והמטכ"ל שהתעודדו מהצלחת מבצע הצליחה החלו ללחוץ על צה"ל להכריע את הארמיות המצריות שבתוך סיני. שרון ניסה לנתק את אסמאעיליה, אולם בר-לב וגונן ראו חשיבות רבה יותר בכיבוש אזור "מיסורי" שמצפון למסדרון הצליחה, כיוון שחששו ממתקפת נגד של הארמייה המצרית השנייה שתנתק את כוחות צה"ל שבגדה המערבית. מתקפה גדולה על "מיסורי" נערכה ב-21 באוקטובר ונהדפה תוך אבדות כבדות לחטיבה 600. לאחר ששרון שוחח עם דיין בוטלה המתקפה השנייה שתכננו בר לב וגונן על מתחם מיסורי.
שרון המשיך בטיהור התעלה משתי גדותיה מכוחות מצריים, ניתק את קווי האספקה של הארמייה השלישית מצפון וסייע לאוגדות האחרות לכתרה. אוגדתו המשיכה לנוע צפונה לניתוק הארמייה השנייה עד הגיעה למבואות איסמעליה. שם נעצרה בעקבות הפסקת האש שנכנסה לתוקפה.
במהלך המלחמה, וביתר שאת אחריה, התנהלה מלחמת הגנרלים – מאבק בין הרמטכ"ל דוד אלעזר, שרון, אלוף הפיקוד גונן, האלוף אדן ורא"ל חיים בר-לב על האחריות לכישלונות ולהישגים במלחמה.
פעילותו הפוליטית.
כחבר הכנסת וכשר החקלאות.
כבר בסוף שנות ה-50, בעת שהיה אלוף-משנה בצבא, היה שרון חבר במפא"י כחלק ממדיניותה של מפא"י לגייס לשורותיה את סגל הפיקוד הצבאי של צה"ל (לאחר שנכנס לפוליטיקה ציין שרון כי הוא זוכר את היום בו קיבל את דרגת אלוף המשנה כ"היום בו קיבלתי את תעודת החבר של מפא"י").
ב-1969 ניהל שרון משא ומתן עם המפלגה הליברלית על הצטרפות לשורותיה בעקבות רצונו של הרמטכ"ל חיים בר-לב לשחררו מצה"ל אולם לבסוף ניאות הרמטכ"ל להשאירו.