אתגר האחריות הפוליטית דחה את קלווין ומשך אותו, בו זמנית. בשטרסבורג קיננה בקלווין תחושת כישלון על הרפורמה בז'נבה, על אף שחייו היו טובים יותר במקום מושבו החדש. הוא שב לכתוב, הפעם פרשנות על ספר "הרומאים", והרצה באוניברסיטה. בדומה לפארל, גם במרטין בוצר מצא קלווין דמות אב, אם כי היו לקלווין הסתייגויות מדרכו התאולוגית. הוא חשב שבוצר פרגמטי מדי באופן שלטונו הדתי, וכי הוא בונה את התאולוגיה שלו כדי לרצות את כל שומעיה. יחסו האוהב מחד, והמסתייג מאידך, של קלווין כלפי בוצר בא לידי ביטוי במכתב ששלח לבולינגר כעשר שנים מאוחר יותר, בו הוא אומר שהוא מעריך ומכבד את בוצר מאוד, ושאם ינגח את דעותיו - תיפגע הכנסייה כולה.
באוגוסט 1540, שנתיים לאחר שהגיע לשטרסבורג תחת חסותו של בוצר, שידך בוצר לקלווין את אידלט דה בור לאשה. על אף שביטול שבועת ההתנזרות היווה חלק מהרפורמציה על כל צורותיה, וקלווין אף טען שחלק ממעשי השחיתות המינית של כמרים ונזירים נובעים משבועה זו, שנוגדת את הטבע, ולפיכך את רצון האל, הוא עצמו העיד בעבר כי מעולם לא לקח לעצמו אישה, ואינו יודע אם יעשה זאת. למרות זאת, הרשה לעצמו קלווין להשתכנע, ונשא את דה בור לאישה. נולדו לו ממנה שלושה ילדים, מהם, כפי שקרה פעמים רבות בתקופה של שיעור גבוה של תמותת תינוקות, אף אחד לא הגיע לגיל בגרות.
החזרה לז'נבה.
עם חלוף הזמן בשטרסבורג, האופציה של חזרה לז'נבה הפכה לריאליסטית יותר ויותר, לאור התחזקותה של קבוצת חסידיו שם, בד בבד עם היחלשות ההשפעה של הגולים האנאבפטיסטים. עוצמת החרדה ההולכת וגוברת של קלווין מהאפשרות של חזרה לז'נבה באה לידי ביטוי בדברים שכתב לגיום פארל, שעבד עמו בז'נבה, ב-1540, (והוא בן 31): "אני מעדיף למות מאה מיתות שונות מאשר לשאת בצלב הזה, שעליו אגווע מדי יום אלף פעמים". שנה לאחר מכן הגיעה ההזמנה לחזור לז'נבה. קלווין הגיע לנקודה שהיא כנראה פרשת הדרכים הקריטית בחייו. הוא היה צריך להחליט אם לעזוב את חייו הטובים בשטרסבורג, ולחזור, לסיטואציה שאי אפשר לתאר בצורה אחרת מאשר 'תופת' עבורו.
חזרתו לז'נבה לא הייתה קלה, אבל חששו לגרוע מכל, והניסיון מתבוסתו הפוליטית–תאולוגית הקודמת, יחד עם העובדה שמועצת העיר היא שזימנה אותו הפעם, איפשרו לו מרחב תמרון רחב יחסית. מיד עם הגיעו הוא חוקק את הצווים הכנסייתיים (Ecclesiastical Ordinances), חוקה מדינית-דתית שהסדירה את מבנה השלטון בז'נבה מאז ועד המאה ה-18 כתיאוקרטיה. החוקה הכפיפה, למעשה, את המוסדות השלטוניים להוראות כתבי הקודש (שפרשנותם נתונה, בידי אנשי דת). על אף שהצווים נחקקו, חייו של קלווין לא הפכו קלים. הוא חש כי הסדר הרעוע נמצא בסכנה מתמדת, הן מכיוון המועצה העירונית, והן מהבורגנים הז'נביינים שהתלוננו בפני מועצתם ש"העם לא רוצה כל כך הרבה אדונים". במהלך כל התקופה הוא חש כי מעמדו מאוים, ועד 1559, חמש שנים לפני מותו, לא קיבל אזרחות בעיר.
למרות חרדתו המתמדת, ותחושת האחריות שכמעט הכריעה אותו, קלווין למד עם הזמן לתמרן בסופו של דבר בזירה הפוליטית של ז'נבה. את עצמו, כמו את העיר כולה, הוא הכניס למשטר חמור של עשייה קהילתית ודתית:
מדי יום חול, בשעה שש בבוקר, תחת מעטה הכפור האלפיני, נשא דרשה על הברית הישנה. בימי ראשון בבוקר הוא הקריא מהברית החדשה, ובימי ראשון אחר הצהריים נשא דרשה מספר תהילים. הוא הרצה כמעט מדי יום בפני סטודנטים וכמרים בנושאי הפרשנות של התנ"ך, הפרויקט העיקרי בחייו, הרצאות שתועדו על ידי מזכיר, ונערכו על ידו לכדי אוסף "הפרשנויות" (The Commentaries). את הרצאותיו בנה לעיתים קרובות בצורת דיאלוגים עם ענקי כנסייה מהעבר ובהווה, ביניהם ארסמוס, בוצר, בולינגר ומלנכתון. על אף שרוב תלמידיו היו גולים צרפתיים, לטובת המיעוט האחר הוא נשא את ההרצאות בלטינית. קלווין חיתן זוגות, הטביל תינוקות, ובד בבד המשיך לשמור על מעמד כנסייתו כלפי העולם שמחוץ לז'נבה. הוא הרבה להתכתב עם רפורמטורים אחרים, כדי להגן על עמדותיו ולהצדיקן בפני הקהילה הפרוטסטנטית העולמית המתהווה.
פרשת סרווטוס.
החשיבות של שמירה על סטטוס לגיטימי היא קריטית, כפי שמסתבר בפרשת הרופא הספרדי מיכאל סרווטוס (Servet): סרווטוס, רופא ותאולוג שהגיע ב–1530 יחד עם פטרונו האציל לבולוניה לטקס ההכתרה של קרל ה-5 על הקיסרות הרומית הקדושה, נרעש מראוותנות האפיפיור ומיראת הכבוד שחש הקיסר כלפי האדם ארצי לחלוטין היושב בכס הקדוש. הוא התחיל להתכתב עם קלווין ואחרים ולפרסם מאמרים על הפרדת הדת ממדינה ועל מהותו הפיזית של השילוש הקדוש. אינקוויזיטור קתולי הרשיע את סרווטוס, אך הוא נמלט, והקתולים ערכו שרפה שלו בהיעדרו in absentia.
לכאורה לא היה דומה סרווטוס לאנאבפטיסטים הפרועים, וספרי הרפואה, האסטרולוגיה והתאולוגיה שכתב העידו על היותו אינטלקטואל ונוצרי רפורמיסטי אדוק. למרות זאת, לאחר בירור עמדותיו, קלווין החליט שאינו מעוניין בשיג ושיח עמו. כאשר הופיע לפתע סרווטוס הנמלט בז'נבה ניהל נגדו קלווין משפט, הרשיע אותו במינות ושרף אותו חי. קלווין לא יכול היה לקבל את עמדתו הדתית האינדיבידואליסטית של סרווטוס, וטיפל בו באותם כלים של הכנסייה הקתולית. המשפט עורר, אמנם, פולמוס בדבר הוצאה להורג על ידי פרוטסטנטים, אך בפועל פרקטיקה זו לא נפסקה על ידי קלוויניסטים או פרוטסטנטים בכלל.
בחזית הנגדית היה על קלווין להתמודד עם הזרם החדש של הקונטרהרפורמציה, שבמסגרתה הקימה הכנסייה הרומית אינקוויזיציה בדמותה של זו הספרדית, והפעילה צעדים נוספים להצרת דרכם של רפורמטורים – הקמת חבורת הישועים של איגנטיוס מלויולה, כינוס ועידת טרנטו ואחרים. לא את כל הזרים והנמלטים קלווין הורה לשפוט ולהוציא להורג. במהלך שנות הארבעים, ובמיוחד בשנות החמישים של המאה החלו להגיע יותר ויותר פליטים מאנגליה וסקוטלנד. באנגליה הנרי השמיני מת ב-1547. אדוארד השישי, יורשו, היה ילד בן עשר שתומרן על ידי הפרוטסטנטים בחצר. הוא מת כעבור שש שנות מלוכה, וב-1553, זמן קצר אחר מותו תפסה מרי טיודור הקתולית את השלטון והחלה לרדוף פרוטסטנטים שהגיעו עד ז'נבה במנוסתם. קלווין קיבל אותם, ופליטים רבים אחרים, לימד אותם את משנתו ושלח אותם לכל קצוות היבשת. ג'ון נוקס, הרפורמטור הקלוויניסטי של סקוטלנד, אמר מאוחר יותר כי "ז'נבה היא בית הספר המושלם ביותר עלי אדמות לנצרות מאז ימי השליחים".
פעלתנות, חרדה ואשם: עולמו הפנימי של קלווין.
קלווין גם הקים, יחד עם עוזרו תיאודור בזה ב-1559, את האקדמיה החדשה של ז'נבה (לימים אוניברסיטת ז'נבה). הוא קיים קשרים מז'נבה עם מלכי אירופה. הוא הקדיש את ההקדמה לספר ספר היהודים למלך פולין, ואת ההקדמה לספר ישעיהו לאליזבת הראשונה, שהוכתרה ב-1558 וחוקקה את חוק האחידות שקיבע את מעמדה הלאומי של הכנסייה האנגליקנית. למרות כל זאת, קלווין לא שקט על שמריו לרגע, וכל העת חש דחף להמשיך ולפעול וחרדה מפני כך שהוא עצל, ואינו עושה די. הוא ראה צללים מאיימים גם כאשר הללו לא היו שם. חש אשמה על כך שהוא עייף כל הזמן, והוא כתב לבולינגר באחת ההתכתבויות ביניהם כי "הוא כה מותש מכתיבה, שלעיתים, מרוב תשישות, הוא מתעב כתיבת מכתבים". לא רק שהוא חרד שמא הוא עצל מדי, ועייף מדי, ואוכל יותר מכפי הראוי - הוא אף חרד שמא הוא חרד מדי, שמא הוא פוגע באלוהים בכך שאינו בוטח בו, ושהוא כה ייסודי ומודאג.
קלווין חשש מהרעם, מהסופות באלפים, ומכך שהים, שהוא קל מהאדמה, יעלה על האדמה ויציף אותה. מכך שהירח או גרם שמיים אחר יפול על הארץ. בעידן של אלף מיתות שונות שעשויות היו להתרגש על אדם, הוא חש חרדה עמוקה ואסירות תודה לאל על שהוא מונע את המיתות הללו. כל אחד ממעשי האל הללו נתפס בעיניו כנס דיסקרטי, העומד בפני עצמו, ולא כשורה רציפה של תופעות.
מחד, בשרשרת הנסים הללו, ראה קלווין את הסדר המופתי האלוהי. מאידך כל הזמן הקוסמוס שלו נתקף באי סדר: שמיים יפים מקדירים את פניהם ומתחילה סערה; שלום בין שתי מדינות נשבר ומתחילה מלחמה; רעב; שוד; שחיתות. אף לא לרגע לא התפתה קלווין הפסימי להאמין שיהיה סדר ושקט והרמוניה. הוא ראה בסטואיקנים חוטאים יהירים גאוותנים, באפיקוריאנים כופרים. פילוסופים של הטבע נתפסו בעיניו כמטורפים, המנסים לחקור במופלא מהם. תפקידו של האדם בקוסמוס הזה היה לשמר את הסדר האלוהי ככל יכולתו, באופן אקטיבי, גם אם זה לא יסתייע עד תום: גברים צריכים להתלבש ולנהוג כגברים, נשים כנשים. חלוקת העבודה צריכה להיות ברורה. אישה חוגרת חרב היא פרוורסיה נגד הטבע, ויש לעצור ולהטיל עליה רפש. גבר מתלונן הוא נקבי. וכך גם בשפה, יש לעשות שימוש מדוד וברור, כך שכל מושג ומושג יהיו מובחנים ומוגדרים. כמו אי סדר ואי צפיות במציאות, קלווין חשב את הערבוב והבלבול הקונצפטואליים למתועבים, וראה בכנסייה כגוף שחטאו העיקרי היה ערבוב בין השמימי לארצי. אם כי עשה זאת במידה פחותה מזו של לותר, גם קלווין השתמש פעמים רבות במונחים של סירחון וזיהום, כשרצה לתאר רוע ובלבול.
הצורך הקריטי של קלווין בעולם מסודר וברור, עד כדי השוואת סדר לטוב ואי סדר לרוע, נבע בחלקו הן תחושת באחריות הכבדה שרבצה עליו, והן מהיותו נע ונד וחסר בית קבוע מילדותו. אבל הוא נבע גם משלל אלמנטים חדשים, מוזרים ובלתי צפויים שהקיפו את תושבי אירופה, שרובם היו שרויים עדיין בימי הביניים: