בשנת 1760 התחתנה עם ד"ר ג'ורג' מקולי, רופא מיילד בבית חולים ליולדות בלונדון. הוא היה סקוטי, בנו של ארצ'יבלד מקולי, הלורד פרובוסט של אדינבורו, והכובענית קרולה מקולי. החתונה נערכה מספר חודשים לאחר שאשתו הראשונה נפטרה. הייתה להם בת אחת, קתרין סופיה (1765–1821). בזמן נישואיהם החלה קתרין להתעניין בכתיבת היסטוריה, וג'ורג' עודד אותה לכתוב את הכרך הראשון של ההיסטוריה של אנגליה. יחס זה לא היה מובן מאליו בתקופה שבה למדנות של נשים לא הייתה מקובלת. הוא היה גאה בהישגיה, ואף כתב לדייוויד יום בקשה לתגובה על הכרך הראשון שנשלח אליו. ג'ורג' נפטר ב-16 בספטמבר 1766 בגיל 49.
בדצמבר 1778 התחתנה מקולי בשנית, עם ויליאם גראהם. בזמן נישואיהם גראהם היה בן 21, צעיר ממקולי ב-26 שנים. הוא היה עוזר מנתח ממעמד נמוך מזה של מקולי. הנישואים נתפסו כסקנדל, גם בגלל הפרש הגילאים והמעמדות, וגם בגלל שמועות על כך שמקולי ניהלה רומן עם אחיו הבכור של החתן, שהיה רופא וסייע למקולי להתמודד עם בעיות בריאות. הנישואים פגעו במוניטין של מקולי, והיא איבדה רבים מחבריה, אך היא המשיכה לכתוב ולפרסם, ונראה שהנישואים היו מאושרים.
ב-1787 נכחה מקולי בחתונת בתה, קתרין סופיה, עם צ'ארלס גרגורי (1751–1796), בן דודה של הכלה וקפטיין של ספינה של חברת הודו המזרחית. למקולי היו בעיות בריאות שנמשכו מאז תחילת שנות ה-70 ועד מותה ב-22 ביוני 1791 בבינפילד, ברקשייר.
ההיסטוריה של אנגליה.
"ההיסטוריה של אנגליה", או בשמו המלא "ההיסטוריה של אנגליה מעליית ג'יימס הראשון לשלטון ועד עלייתו של בית ברנזוויק" (באנגלית: "The History of England from the Accession of James I to That of the Brunswick Line"), הוא החיבור החשוב והמצליח ביותר של מקולי. החיבור פורסם בשמונה כרכים, כאשר שני הכרכים הראשונים דנים בהתפתחות ההיסטורית לקראת מלחמת האזרחים האנגלית, כרכים 3 ו-4 דנים בתקופת המלחמה עצמה, הכרך החמישי דן באינטרגנום, הכרכים השישי והשביעי עוסקים בתקופת הרסטורציה והכרך השמיני דן במהפכה המהוללת ותוצאותיה. חמשת הכרכים הראשונים פורסמו זה אחר זה בשנים 1768–1771. העבודה על הפרויקט הופסקה לאחר מכן במשך כעשור, בעיקר בגלל בריאותה הרופפת של מקולי. הכרכים השישי והשביעי הופיעו ב-1681, והכרך השמיני והאחרון הופיע שנה לאחר מכן. בנוסף פרסמה מקולי ב-1778 את "ההיסטוריה של אנגליה מהמהפכה ועד ההווה בסדרה של מכתבים לידיד", שעסק בתוצאות המהפכה המהוללת. יחד החיבורים מקיפים את השנים 1603–1742 בהיסטוריה של ממלכת אנגליה.
בפתח הכרך הראשון הצהירה מקולי על כוונותיה ועל הסיבה שבגללה בחרה לכתוב את החיבור:
בהתאם למטרות אלה, ההיסטוריוגרפיה של מקולי היא פטריוטית, אנטי-מלוכנית ורפובליקנית. כמו רדיקלים אחרים בתקופתה, ההיסטוריה האנגלית מתוארת על ידי מקולי כמאבק מתמשך להחזיר לעם את החירויות האזרחיות והציבוריות שאבדו עם הכיבוש הנורמני של אנגליה. לפני הכיבוש, אזרחי אנגליה נהנו ממידה רבה של חירות ושוויון וממוסדות ייצוגיים. למרות ההשגים של הדורות הבאים, המאבק הגיע למבוי סתום עם הרפורמציה והאיחוד בין הכוח הכנסייתי והכוח המדיני בידי הנרי השמיני. מתקופה זו והילך אובדן החירות והרס חברתי היו למגמה הכללית.
שלושת הכרכים הראשונים התקבלו בהתלהבות ובהערכה, בעיקר על ידי קוראים וויגים שראו בהם תשובה לגישה השמרנית יותר של דייוויד יום. גם מחוץ לבריטניה הם זכו לתשבחות מאישים כדוגמת בנג'מין פרנקלין ומאדאם רולאן. הכרך הרביעי ואלה שבאו אחריו זכו לביקורות מעורבות יותר.
המלכים מבית סטיוארט ואוליבר קרומוול הם הנבלים הראשיים בהיסטוריה האנגלית על פי מקולי, אך חלקם מוצגים כדמויות מורכבות. אצל צ'ארלס הראשון היא מצאה תכונות ראויות, כגון אנושיות, דבקות דתית והגינות, אך היא הזהירה מפני עיסוק עודף בתכונותיו ובסבלו, שעלול להסתיר את רודנותו ואת הפשעים שביצע. העריצות של צ'ארלס הראשון היוותה, בסיכומו של דבר, בסיס מוצדק להוצאתו להורג, טיעון שמקולי ביססה בעזרת הכתבים של ג'ון לוק, אלג'רנון סידני, ג'ון מילטון ואחרים.
בניגוד לתקופת השלטון של צ'ארלס הראשון, תקופת הקומונוולת' של אנגליה מתוארת כ"עידן המבריק ביותר שאי פעם הופיע על דפי ההיסטוריה". את התשבחות האלה כיוונה מקולי לפרלמנט ולצבא הפרלמנט לפני תקופת הפרוטקטורט, בעוד שאת קרומוול היא תיארה כמי שהביא את תור הזהב של המדינה לסיומו; אדם שאפתן, גאוותן, מושחת ומרושע שמונע מאינטרס-עצמי. עמדה זו לא שיקפה את הדעה המקובלת בקרב וויגים בני זמנה, והיא הגיבה בבוז לאלה שמציגים עצמם כוויגים בעוד הם משבחים את קרומוול.
צ'ארלס השני מתואר בפי מקולי כמנהיג חכם ורב יכולות. לפי מקולי "כשהוא הוכרח, או נטה בעצמו לעשות דברים ראויים, הוא עשה אותם באופן ראוי". אולם, יכולותיו הופנו בעיקר למאמצים לכונן מחדש את שלטון העריצות שהשסתיים זמנית עם מות אביו. אצל ג'יימס השני, לעומת זאת, לא מצאה מקולי אף פן חיובי.
כותבים ואזרחים מכל צידי המפה הפוליטית התייחסו למהפכה המהוללת כאירוע חיובי וכניצחון החירות על פני העריצות. מקולי הייתה מודעת לכך, וכתבה ש"מחבר צריך להיות רדוף בהתלהבות של מרטיר" כדי לחשוף את האמת ולצאת נגד הדעה המקובלת. את המשימה של ה"מרטיר" היא לקחה על עצמה, ובכך סימנה עצמה כוויגית רדיקלית. לטענתה המהפכה אמנם הגבילה את הכוח של המלך באמצעות מגילת הזכויות, יצרה פרלמנט חופשי יותר והביאה את המלוכה להכרה בכך שמקור הלגיטימציה לכוחה הוא באמנה חברתית שלה מחויבים האזרחים והריבון באופן הדדי. אבל המהפכה לא הלכה רחוק מספיק. היא הותירה בידי הריבון את הפררוגטיבה המלכותית, את השליטה בכינוס הפרלמנט, את הבחירה בשרים ואת השליטה במיליציה. אחת התוצאות השליליות של מצב זה היא היצירה של כוח צבאי קבוע והמעורבות התכופה במלחמות זרות.
את ויליאם השלישי תיארה מקולי כמונע מאינטרסים אישיים, רודף כוח ומחרחר מלחמה. היא ייחסה לו את הכישלונות של המהפכה. למרי השנייה היו תכונות טובות בהרבה. לטענתה, אם מרי הייתה מרשה לעצמה לעשות שימוש עצמאי בתבונתה, היא הייתה יכולה להיות מונרכית ראויה וידידה של החירות, אך "המגמה הכללית של התנהגותה הייתה כפי הנראה מוכוונת על ידי כלל של צייתנות עיוורת, [ו]רק אלה שמדמיינים שצייתנות פסיבית לבעל היא הראשונה שבחובות האישה והגבוהה שבמידות הטובות שאליהן יכולות נשים לשאוף יכולים לסווגה יחד עם המהוללים שעשו את הכבוד הרב ביותר למין האנושי".
חידושים מחקריים וסביבה לימודית.
מקולי הייתה בין הנשים הראשונות שהורשו לקרוא בספרייה של המוזיאון הבריטי, והיא עשתה בה שימוש נרחב. אחד החידושים שהובילה בכתיבה היסטוריוגרפית הוא השימוש הרב במקורות ראשוניים. היא פרסמה קטלוג בן 200 עמודים, שכלל כמעט 5,000 פמפלטים ודרשות, בעיקר מהמאה ה-17. בנוסף, היא השתמשה במקורות משניים מקובלים, ועבודתה מראה על הכרות עם הכתיבה של היסטוריונים אחרים בני זמנה.
בנוסף לספריית המוזיאון, הציעה לונדון למקולי חיי חברה וקשרים עם אינטקלטואלים בולטים. היא הייתה קשורה למעגל הבלוסטוקינג, אך נשות המעגל היו שמרניות ממנה ולא העריכו את דעותיה הרפובליקניות, כך שחייה כהיסטוריונית ואינטלקטואלית היו מבודדים מנשים אחרות.
לאחר פרסום הכרך הרביעי החליטה מקולי לעזוב את לונדון. העדר הגישה לספרות מקצועית הקשה עליה להשלים את הכרכים הבאים. היא הגיעה לבאת', שם הציע לה תומאס וילסון, איש כנסייה אלמן בן 73, שהיא ובתה יגורו בביתו. וילסון אימץ רשמית את הבת והבטיח למקולי גישה חופשית לספרייתו. על אף נדיבותו, השהייה בבית של וילסון לא היטיבה עם מקולי. שמועות הופצו לגבי יחסיהם, ווילסון עצמו, שככל הנראה היה סנילי ומאוהב במקולי, הרעיף עליה חיבה ושבחים באופן פומבי, מה שלא סייע למוניטין של מקולי או לבריאותה. כדי לשפר את מצבה הבריאותי החליטה מקולי לעזוב את באת' ולנסוע לצרפת. היא הגיעה לפריז, שם מצבה השתפר, ולאחר מכן חזרה לאנגליה והשלימה את "ההיסטוריה של אנגליה".
מקולי והמהפכה האמריקאית.
פנייה לעם בנוגע למשבר החשוב בענייני השעה.
עוד בתחילת המהפכה האמריקאית הייתה למקולי השפעה על המחשבה של האבות המייסדים של ארצות הברית. בנג'מין פרנקלין קרא והעריך את ההיסטוריה של אנגליה על פי מקולי. תומאס ג'פרסון טען שהספר של מקולי הוא אחד מ"הסמכויות המועדפות" בנושא. הוא התייחס לכתיבה של מקולי כתשובה הולמת להיסטוריה על פי דייוויד יום, והציע שיופק ספר בו ההיסטוריה של יום תודפס בטור אחד לצד טור אחר עם קטעים מתוך ההיסטוריה של מקולי ואחרים, אשר יפריכו את טיעוניו. ג'ון אדמס העריך גם כן את "ההיסטוריה של אנגליה". הוא כתב למקולי מכתב בו הביע את הערכתו לגישתה ההיסטורית והמוסרית. הקריאה בספר, הוא כתב, "יצרה אצלי את הרושם הגבוה ביותר לגבי המחברת כאחד העיטורים המבריקים ביותר, לא רק של מינה, אלא גם של עידנה ומדינתה". מקולי כתבה לאדאמס שהיא מעוניינת להכיר "גברות אמריקאיות", ולאחר מכן היא התכתבה עם אשתו, אביגייל אדמס, ועם מרסי אוטיס וורן - התכתבות שהמשיכה עד זמן קצר לפני מותה של מקולי. גם ג'ורג' וושינגטון ובנג'מין ראש קראו והעריכו את "ההיסטוריה של אנגליה".