1949-1958 - מהפכת הקצינים החופשיים, לקראת איחוד.
בשנת 1952 התחוללה במצרים מהפכה בשם "מהפכת הקצינים החופשיים" שהפילה את מונרכיית פארוק הראשון, מלך מצרים וכוננה במקומה רפובליקה. מדיניות החוץ של מצרים החלה להסתמך על סלוגנים של תומכי פאן-אירופאיות עם נגיעות פאן אמריקאיות, וכך הולידה את רעיון הפאן-ערביות בצורה בה הוא באמת יכול לצאת לפועל.
מצרים התנגדה לחתימתה של ברית בגדאד, שהובילה להתפתחות מופרזת של עיראק, שיכולה לפגוע במצרים. מצרים החלה להוביל את גוש המדינות הערביות שלא הסכימו לשתף פעולה עם המערב. בעקבות אירועים אלה, בסוריה התעוררה מחלוקת בנוגע להתוויית מדיניות החוץ. תומכיהם היו פרו-מערביים ופרו-יווניים. פוליטיקאים סורים גינו את תמיכתה החזקה של ארצות הברית בישראל, בה סוריה לא מכירה. בחודש אפריל 1955 גיבשה לראשונה מפלגת הבעת' הסורית את התוכנית לאיחוד שתי המדינות.
ב-31 ביולי 1957 דווח לראשונה בישראל כי מצרים וסוריה נכונות לחתום על איחוד פדרלי והן מתחילות בצעדים ובמשא ומתן לקראתו. חמישה ימים לאחר מכן הודיעו שתי המדינות על הקמת ועדות לביצוע תוכנית האיחוד. בספטמבר הן חתמו על הסכם איחוד כלכלי, וב-14 באוקטובר הגיעו שלוחות צבאיות מצריות לסוריה.
1958-1961 - הרפובליקה הערבית המאוחדת.
ב-1 בפברואר 1958 שתי המדינות התאחדו ויצרו את הרפובליקה הערבית המאוחדת (רע"ם), כיוזמה של קציני צבא ופוליטיקאים סורים שהציעה את איחודה של סוריה עם מצרים בדרך להקמתה של אומה ערבית אחת תחת הנהגתו של נשיא מצרים - גמאל עבד אל נאצר. מנהיגי הרפובליקה הצהירו שמטרת הקמתה היא התכוננות למלחמה משותפת נגד ישראל. מצרים נתנה את הטון בהנהגה.
בשנת 1960 פקדה את סוריה בצורת קשה, ונאצר כמעט ולא עשה דבר על מנת לעזור לתושבי סוריה. בקרב תושבי סוריה הורגשה אכזבה הולכת וגוברת מהאיחוד עם מצרים. ב-28 בספטמבר 1961 התקוממו קצינים סורים נגד האיחוד, והם חוללו הפיכה צבאית בדמשק. מנהיגי ההפיכה היו מוכנים לשאת ולתת עם האיחוד, על בסיס שוויון בין סוריה ומצרים בתוך הרפובליקה, אך נאצר סירב לכך. מנהיגי ההפיכה הודיעו על פרישה מהאיחוד עם מצרים, ובכך פורקה למעשה הרפובליקה הערבית המאוחדת.
שוכרי אל-קוותלי, מוביל מהלך האיחוד מצד סוריה, אמר כי הוא מתחרט על האיחוד שהלאים את התעשיות ופגע קשות בכלכלתה ובאזרחיה של סוריה.
1961-1967 - תקופת ההמתנה ומלחמת ששת הימים.
בתקופת ההמתנה שקדמה למלחמת ששת הימים תיאמו מצרים וסוריה עמדות צבאיות, והסכימו שבמקרה של מתקפה ישראלית נגד מצרים, סוריה תתקוף מגבולה ויופעל חיל האוויר הסורי. מלחמת ששת הימים הייתה מלחמה שנערכה מבוקר 5 ביוני עד ליל 10 ביוני 1967 (כ"ו באייר - ב' בסיוון ה'תשכ"ז), בין ישראל לבין מצרים, ירדן וסוריה, שנעזרו במדינות ערביות נוספות: עיראק, ערב הסעודית, לוב, סודאן, תוניסיה, מרוקו ואלג'יריה.
סוריה.
עם פרוץ המלחמה נותרה החזית הסורית שקטה באופן יחסי. למרות זאת, יישובי עמק החולה ספגו הפגזות סוריות במהלך כל המלחמה שנענו בהפגזות והתקפות אוויריות מהצד הישראלי. ביום שלישי, 6 ביוני 1967, ניסה גדוד חי"ר סורי יחד עם כ-10 טנקים לתקוף את תל דן ואת קיבוץ דן, אך נהדף על ידי כוח ההגנה של הקיבוץ, כוחות חי"ר ויחידת טנקים של צה"ל שהוצבו בגזרה. פיקוד הצפון הפנה כוחות לקרבות בצפון השומרון ונערך להגנה מול הסורים.
עם התקדמות צה"ל בשתי החזיתות האחרות הופנו כוחות לגזרת רמת הגולן. למרות זאת, התנגד דיין לפתיחת חזית מול הסורים. בבוקר יום שישי, 9 ביוני, שינה דיין את דעתו והורה ישירות לאלוף פיקוד הצפון דוד אלעזר להתחיל בכיבוש הרמה.
החל משעות הבוקר ביום זה תקף חיל האוויר הישראלי את רמת הגולן במתקפה אווירית מרוכזת ומתמדת. גזרת ההבקעה תוכננה לצפון רמת הגולן, שם היה השיפוע בעלייה לרמה מתון יחסית. בשעות הצהריים של 9 ביוני החלה ההבקעה בשני מאמצים עיקריים: חטיבה 8 פרצה ראשונה מגבעת האם והייתה אמורה לכבוש את זעורה ועין פית. הגדוד המוביל של החטיבה טעה בניווט והגיע אל קלע, תוך שהוא כובש אותו לבסוף תוך אבדות כבדות. שאר החטיבה כבשה כמתוכנן את מתחם זעורה. במקביל, תקפה חטיבה 1 (גולני) את מערך המוצבים הצמוד לגבול. גדוד 12 תקף את מוצב תל פאחר ונקלע לקרב קשה, אך עד הערב הצליח לכבוש את המוצב. גדוד 51 של החטיבה כבש את תל עזזיאת. במקביל החלו מספר מאמצים משניים שנועדו להסוות את גזרת הפריצה העיקרית. חטיבה 3 כבשה את דרדרה ותל הלאל במרכז הרמה, גדוד מחטיבה 80 כבש את הכפר דרבשיה מדרום לגונן, וטנקים מחטיבה 37 עלו מגונן לכיוון רוויה. במהלך הלילה הרחיב צה"ל את הטריז דרומה, עד לאזור גשר בנות יעקב.
מצרים.
המלחמה החלה במכה מקדימה ישראלית על חיל האוויר המצרי, לאחר תקופת ההמתנה, שבה נעשו ניסיונות ישראליים להימנע ממלחמה. ערב המלחמה היו למצרים בחצי האי סיני וברצועת עזה חמש דיוויזיות חיל רגלים ושתי דיוויזיות משוריינות.
ביום שני, 5 ביוני 1967, בשעה 8:15 הושמע בקשר האות "סדין אדום" והכוחות היבשתיים של צה"ל פתחו בהתקפה על הצבא המצרי בחצי האי סיני וברצועת עזה. ההתקפה נעה בשלוש אוגדות, שהיוו שלוש זרועות תקיפה עיקריות, ונוספו עליהן שתי חטיבות שפעלו בצורה עצמאית. חטיבה עצמאית נוספת שהייתה אמורה לפעול בציר החוף הועברה לפיקוד מרכז לאחר שהתברר כי אין בה צורך.
הכוח היבשתי התוקף, בפיקודו של אלוף פיקוד הדרום ישעיהו גביש, מנה 11 חטיבות וכלל כ-600 טנקים. זרוע ההתקפה העיקרית הייתה זו של אוגדת הפלדה בפיקוד האלוף ישראל טל, שפרצה בציר החוף של צפון סיני, וכעבור ארבע יממות הגיעו כוחותיה אל תעלת סואץ בקנטרה ומול אסמאעיליה. מדרום ובצמוד לאוגדת טל, תקפה וכוחותיה הגיעו לאחר ארבע יממות אל חלקה הדרומי של תעלת סואץ ואל חוף מפרץ סואץ. אוגדת האלוף אריאל שרון פרצה בגיזרת אבו עגילה וניהלה קרב מכריע באום-כתף, וכוחותיה התקדמו והגיעו כעבור ארבע יממות אל אזור נח'ל.
במהלך יומיים, כבשה את רצועת עזה חטיבה עצמאית מתוגברת, וחטיבה ממוכנת עצמאית פעלה במטרה להטעות את המצרים בתנועות והתקפות מבוימות בנגב הדרומי, בסביבת כונתילה. התנועה השיגה את מטרתה. בימים 7 ו-8 ביוני בסיוע כוח מבית הספר לצניחה, השתלטו כוחות חיל הים הישראלי בחופי דרום סיני על שארם א-שייח', ראס נאצראני, א-טור, אבו רודס וראס סודר.
פקודת הנסיגה הכללית שנתן המטכ"ל המצרי ב-6 ביוני הפכה את המלחמה לקרב התקדמות. צה"ל התקדם במהירות לעבר מעבר המיתלה על מנת לחסום את הכוחות המצריים הנסוגים.
תוצאות.
בישראל, מוכרת המלחמה כמלחמה הפורייה ביותר שהייתה, ישראל ניצחה ניצחון מורלי מוחלט וניצחון אסטרטגי מוחלט. הפסד זה של מצרים מוכר כהפסד הגדול ביותר בהיסטוריה של הצבא המצרי. המלחמה הגדילה פי שלושה את שטח מדינת ישראל ולאחריה הייתה תחושת "אופוריה" בקרב האזרחים. מצרים הפסידה את חצי האי סיני, שחזר אליה לאחר הסכמים עם ישראל. ואת רצועת עזה, שנשארה בידי הרשות הפלסטינית. סוריה הפסידה במלחמה את רמת הגולן, שנמצאת בשליטת ישראל עד היום וקיימים בה יישובים יהודים וישראליים רבים.
1967-1973 - מלחמות ההתשה ויום הכיפורים.
ב-1969 פרצה מלחמה נוספת בין מצרים לישראל, מלחמה זו שנקראת היום מלחמת ההתשה, נגמרה ללא מנצחים וללא מפסידים, על אף תמיכתה של מעצמת העל לשעבר ברית המועצות במצרים במהלך המלחמה.
נשיא מצרים מספטמבר 1970, אנואר סאדאת, היה נחוש לבצע מהלך צבאי להחזרת השטחים שאיבדה ארצו, והצליח לשכנע את הסורים להשתתף ביוזמה. מצרים וסוריה החלו להתחמש ולהתאמן בהתאם לכוונה זו.
ב-6 באוקטובר, יום הכיפורים, 1973 פתחו הכוחות המצריים והסורים בהתקפה מתואמת מראש על כוחות צה"ל בדרום ובצפון - מלחמת יום הכיפורים. בסוף המלחמה בדרום התבסס צה"ל באדמת מצרים, וכוחותיו היו מרוחקים 101 ק"מ בלבד מקהיר ובצפון אחז צה"ל בשטח שכבש מידי הסורים, והביא את דמשק לטווח תותחי צה"ל. זהות המנצחת במלחמה זו שנויה במחלוקת עד ימינו. אמנם ישראל הפגינה עליונות צבאית אבל מצרים וסוריה ניצחו במלחמה מבחינה מורלית.
1973-1981 - שלום עם ישראל וחרם ערבי על מצרים.
כאשר הסכים אנואר סאדאת ב-1977 להצטרף לתהליך השלום עם ישראל, היחסים הטובים בין שתי המדינות התמוטטו ונעלמו כלא היו. סוריה גינתה לאחר מכן את הסכמי קמפ-דייוויד.
חאפז אל-אסד ארגן פגישה של מנהיגי מדינות ערב בדמשק, שביקרה בחריפות את מדיניות החוץ של אנואר סאדאת כאשר מצרים וישראל חתמו על הסכם השלום.
סוריה הייתה אחת מהמדינות שהציעו לקיים את פסגת 1979 של הליגה הערבית בבגדאד, בה הצביעו להטלת סנקציות כלכליות ופוליטיות על מצרים על מנת למוטט אותה. שנה קודם לכן ניתקה סוריה את היחסים הדיפלומטיים עם מצרים והחזירה את שגרירה לסוריה, גם שגריר מצרים בסוריה גורש מסוריה חזרה למצרים.
1981-2010 - תקופת שלטונו של חוסני מובארכ.
הייתה תקופת שקט ביחסים בתקופת של שלטונו של חוסני מובארכ. היחסים לא כוננו שוב עד שנת 2005. משנה זו ועד המהפכה, סוריה בהנהגת בשאר אל-אסד ומצרים בהנהגת חוסני מובארכ נהנו מיחסים חמים, שקטים וידידותיים.
2010 ואילך - מלחמת האזרחים בסוריה והאביב הערבי.
ב-2010 התרחש בשתי המדינות האביב הערבי, סדרה של הפגנות לשינוי במשטר. במשטר המצרי, הנחשב לפתוח יחסית למדינות ערביות אחרות, הסתיים האביב בהפיכה איסלאמיסטית. במשטר הסורי, הנחשב למדכא מאוד, האביב הערבי נמשך עד היום כמלחמה, מלחמת האזרחים בסוריה. במלחמה זו נמנתה מצרים עם המדינות החברות בארגון "ידידי סוריה", התומך במתנגדיו של נשיא סוריה, בשאר אל-אסד.