הרגימנט היה היחידה הטקטית העיקרית בתחילת המלחמה. ברגימנטים לא היו בטליונים אלא פלוגות: כל רגימנט הורכב מעשר פלוגות, ללא חלוקה ארגונית בדרג שבין הפלוגה לרגימנט. על הרגימנט פיקד קולונל, ולצידו לוטננט קולונל ומייג'ור. הפלוגות סומנו באותיות, מ-A והלאה, על פי הוותק של מפקדי הפלוגות: המפקד הוותיק ביותר היה מפקד פלוגה A, וכן הלאה. על כל פלוגה פיקד קפטן, ולצידו לוטננט ולוטננט שני, סרג'נט ראשון וארבעה סרג'נטים נוספים, ושמונה קורפורלים. סגל זה פיקד על 82 טוראים. ברגימנט מתנדבים ממוצע היו כ-1,000 איש, אם כי אבדות בקרבות ובמידה רבה יותר עריקות ומחלות הורידו את המספר במהירות ל-200 עד 300 איש. בדרך כלל היה רגימנט מורכב ממתנדבים מאותו אזור גאוגרפי ומאותן קהילות. בדרך זו נשען הרגימנט על הרקע המשותף של אנשיו, שיצרו גיבוש יחידתי. החיילים בחרו את קציניהם, דבר שהוביל לעיתים קרובות (בעיקר בתחילת המלחמה) לבחירת קצינים על רקע פופוליסטי ולאו דווקא מקצועי. עם זאת, העובדה שהקצין היה מוכר לחייליו ומקובל עליהם הקלה עליו את תפקידו.
ככל שגדלו הצבאות היה צורך ביצירת מסגרות ארגוניות גדולות יותר, וכך הוקמו בריגדות ודיוויזיות. בכל בריגדה היו בין ארבעה לחמישה רגימנטים, אם כי בדיוויזיה של שרמן בקרב שילה היו רק שלושה, מכיוון שהדיוויזיה הייתה עדיין בשלבי הקמה. בצבא האיחוד (בניגוד לצבא הקונפדרציה) לא הייתה הקפדה שבבריגדה ישרתו רגימנטים מאותו רקע ואזור גאוגרפי. הפיקוד על בריגדה היה בידי בריגדיר גנרל, על פי התקן, אם כי במהלך הקרב היה הפיקוד על הבריגדות לעיתים קרובות בידי קולונלים. .
קצינים בדרגת מייג'ור גנרל פיקדו על הדיוויזיות. בתקופת קרב שילה טרם אורגן צבא האיחוד במסגרת של קורפוסים, והתנהל במסגרות דיוויזיוניות בלבד. בשל כך פיקד גרנט בקרב שילה על חמש דיוויזיות, ללא דרג ביניים ברמה על דיווזיונית. היעדרה של מפקדת קורפוס הקשתה על התיאום בין הדיוויזיות, ואירעו מצבים שבהם דיוויזיה אחת נסוגה בעוד חברתה נלחמת, וכך חשפה את אגפיה. צבא הקונפדרציה, לעומת זאת, כבר אורגן במסגרת קורפוסים, אם כי לא כל קורפוס חולק לדיוויזיות: הקורפוס הראשון של פולק והקורפוס השני של בראג הורכבו משתי דיוויזיות כל אחד, אך בקורפוס השלישי של הרדי ובקורפוס העתודה של ברקנרידג' לא הייתה חלוקה לדיוויזיות. ארמיית המיסיסיפי אורגנה בחפזה לקראת הקרב, והמבנה הארגוני של הבריגדות, מהן הייתה מורכבת, לא היה אחיד, ונע בין ארבעה לשמונה רגימנטים או בטליונים בבריגדה. הפלוגות היו קטנות במקצת, וכללו בין 64 ל-100 איש.
סדר הכוחות.
צבא הצפון.
לכל בריגדה היו יחידות פרשים וארטילריה, וכן היו כוחות נוספים שהיו תחת פיקוד הארמייה ישירות ולא מאורגנים בבריגדה.
צבא הדרום.
בצבא הקונפדרציה ארגן ג'ונסטון את כוחותיו מחדש לארמייה שנקראה ארמיית המיסיסיפי. הארמייה מנתה 41,222 חיילים.
לקראת הקרב.
שדה הקרב.
השטח שבו התכנסה ארמיית הטנסי היה סמוך למזח פיטסבורג (Pittsburg Landing), שעל גדתו המערבית של נהר הטנסי, כעשרה קילומטרים מצפון לגבול בין טנסי ומיסיסיפי וכ-37 קילומטרים מצפון מזרח לקורינת. תא השטח, במסגרתו נערך קרב שילה, גבל במזרח בנהר הטנסי - מכשול טבעי רחב ועמוק, שניתן היה לחצות אותו רק באמצעות אוניות או סירות - ובמערב בערוץ אוול קריק (Owl Creeek). מדרום גבל תא השטח בערוץ ליק קריק (Lick Creek) ובצפון בערוץ סנייק קריק (Snake Creek) הרחב יותר, שהוא יובל של נהר הטנסי. תא השטח היה ללא נקודות גובה בולטות, והשתפע במדרון קל לכיוון הנהר, שהסתיים במצוק תלול יחסית, ובו שביל שירד אל המזח. למעט כמה שדות חקלאיים, רוב השטח היה מכוסה בעצים ובסבך שיחים, שהפכו תנועה של פרשים ועגלות לקשה מאוד עד בלתי אפשרית. את תא השטח חצו כמה דרכים. הדרך העיקרית מצפון לדרום - "דרך המבורג-סבאנה", או "דרך הנהר" - עברה במקביל לגדתו המערבית של נהר הטנסי. דרך משנית התפצלה מדרך זו מזרחה, למזח פיטסבורג. כארבעה קילומטרים מדרום מזרח למזח, התפצלה הדרך לדרך נוספת, שהובילה דרום-מערבה לכיוון קורינת. שתי הדרכים נחצו על ידי "דרך פורדי", דרך רוחב, שעברה ממזרח למערב. לאחר הקרב ניתן לקטע מדרך זו הכינוי "הדרך השקועה" (Sunken Road), מסיבה לא ברורה דיה. כמה כותבים מציינים שלאורך שפת הדרך הייתה מעין סוללה נמוכה, ואילו אחרים כותבים שהדרך לא הייתה שקועה כלל.
היערכות צבא הקונפדרציה.
ג'ונסטון ספג ביקורת קשה בדרום לאחר התבוסות בפורט דונלסון ופורט הנרי, והיו מי שקראו לפטר אותו. נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, דחה את הקריאות הללו באמרו: . ג'ונסטון עצמו היה כנראה מדוכא וללא תקוות רבות לניצחון, אך בעזרת סגנו, פ. ג. ט. בורגארד, הצליח לרכז 42,000 איש בקורינת'. יחד עם בורגארד הכין ג'ונסטון תוכנית לכיבוש מחדש של טנסי. שני המפקדים ידעו על תנועות הארמיות של ביואל וגרנט, וחששו שלאחר איחוד שתי הארמיות יעמדו בפני כח עדיף בהרבה. בשל כך הם החליטו להקדים ולתקוף את ארמיית הטנסי בפיקוד גרנט, שנמצאה במרחק קצר יחסית מצבאם, לפני שארמיית אוהיו, שבפיקוד ביואל,
תספיק לחבור אליה
תוכניתו הבסיסית של ג'ונסטון הייתה לתקוף את האגף הימני (המזרחי) של צבא הצפון ולנתק אותו מנהר הטנסי, נתיב האספקה העיקרי שלו, ולדחוק את ארמיית הטנסי לכיוון הביצות סמוך לערוץ נחל אוול ונחל סנייק, שם יושמדו או ייכנעו שרידיה. את התכנון המפורט הטיל ג'ונסטון על בורגארד, מכיוון שסבר שסגנו מכיר טוב יותר את האזור. אולם תוכנית המערכה של האחרון הייתה שונה לחלוטין מתוכניתו של ג'ונסטון. הוא תכנן לערוך מתקפה לרוחב כל החזית, בה החזיק צבא הצפון, ולדחוק את הארמייה של גרנט לכיוון נהר הטנסי, במקום להרחיק אותו מהנהר. בורגארד ערך את ארמיית המיסיסיפי בשלושה דרגים. הקורפוס של הארדי, שנפרס לרוחב כל קו החזית, נועד להוביל את המתקפה בדרג הראשון. הארטילריה רוכזה על הדרך שהובילה מקורינת למזח פיטסבורג, והפרשים הוצבו בשני האגפים. מכיוון שלא היו בקורפוס של הארדי די חיילים כדי להתפרס על פני כל החזית, הועברה בריגדה אחת מהקורפוס של בראג תחת פיקודו, והוצבה באגף הימני של הקורפוס. בדרג השני, כ-500 מטרים מאחורי הקורפוס של הארדי, נפרס הקורפוס של בראג, וכ-800 מטרים מאחוריו נעו הקורפוסים של פולק וברקנרידג'. שני הקורפוסים האחרונים לא נפרסו בקו אלא נועדו להתקדם בטורים, על פי הבריגדות שאליהן השתייכו החיילים. התוכנית הייתה ששני הקורפוסים הקדמיים יכו באויב לרוחב כל חזיתו, ואילו שני הקורפוסים בדרג השלישי ישמשו ככוח עתודה לניצול הצלחה, לאחר הבקעת קו החזית הצפוני, בהתאם להתפתחות המתקפה.
פקודת המבצע של בורגארד, שנכתבה על ידי שָׁלִישׁוֹ (אדיוטנט), קולונל תומאס ג'ורדן. ככל קציני הצבא באותה עת, גם ג'ורדן העריץ את נפוליאון בונפרטה ולכן תוכניתו שאבה השראה מתוכנית הקרב של נפוליאון בקרב ווטרלו, שעותק ממנה היה מונח לפניו. אולם תנאי הקרקע בטנסי היו שונים מאוד מהמישור הפתוח בבלגיה, בו התרחש קרב ווטרלו 46 שנים לפני כן: השטח בבלגיה היה מישורי ומגובע קלות, ואילו השטח בטנסי היה מחורץ בערוצי נחלים, ומלא בצמחייה סבוכה וצפופה. פריסת שני הקורפוסים הקדמיים של צבא הדרום על פני חזית רחבה, בשטח מיוער וסבוך, היקשתה על הפיקוד והשליטה של מפקדי הקורפוסים על יחידותיהם, משום שתנאי השטח הגבילו מאוד את יכולתם לצפות ולעקוב אחרי תנועותיהם. המשימה להניע את כוחות העתודה, כדי לתגבר את שני הדרגים הקדמיים על פי הצורך, הוטלה על כתפיו של אחד מקציני המטה של ג'ונסטון
על פי תוכניתו של בורגארד, היערכות צבא הדרום לקרב הייתה אמורה להסתיים עד בוקר ה-4 באפריל, וארבעת הקורפוסים שלו נדרשו להתרכז בנקודה מסוימת עד לתאריך זה. התוכנית דרשה היערכות לוגיסטית מורכבת, אך החיילים והמפקדים הדרומיים, שהיו ברובם חסרי ניסיון, התקשו מאוד בעמידה בלוח הזמנים, וגם קציני המטה לא ידעו כיצד לתכנן נכון את תנועת הכוחות השונים, שנועדו להשתתף בקרב. בנוסף לכך, הדרכים בין קורינת' לזירת הקרב המיועד היו מועטות ובמצב גרוע, והכבידו מאוד על תנועת כוחות גדולים. גשמים כבדים שירדו באותם ימים הוסיפו עוד על הקושי. הקורפוסים הסתבכו זה בזה, יחידות נותקו מיחידות האם שלהם, יחידות אחרות טעו בדרכן, ותנועת עגלות האספקה והארטילריה הייתה איטית מאוד בשל הגשמים הרבים. ג'ונסטון הורה על דחיית תחילת המתקפה ב-24 שעות, אך גם בבוקר ה-5 באפריל עדיין לא ניתן היה לפתוח במתקפה. ג'ונסטון זעם על העיכוב ובורגארד סבר שיש לבטל את ההתקפה המתוכננת. הוא חשש שהעיכוב איפשר לביואל ולגרנט להתאחד, ושארמיית המיסיסיפי לא תוכל להתמודד מול הכוח הצפוני העדיף שניצב עתה מולה. בנוסף, בורגארד היה בטוח שגורם ההפתעה אבד, מכיוון שחיילי הקונפדרציה ירו ברוביהם לכל אורך היום שקדם לקרב, כדי לוודא שאבק השריפה שלהם אינו לח מדי, ובכך חשפו את נוכחותם. אולם ג'ונסטון סירב לבטל את המתקפה. הוא טען שתנאי השטח לא יאפשרו לארמיות של ביואל וגרנט להפעיל את מלוא כוחותיהם מול ארמיית המיסיסיפי ואמר לעוזרו: . בערב 5 באפריל הושלמה היערכות צבא הדרום, ובשעה שש בבוקר ב-6 באפריל 1862, היה צבאו של ג'ונסטון ערוך לקרב, כשהוא פרוס לאורך דרך קורינת'. שאננותם של מפקדי צבא האיחוד הביאה לכך שג'ונסטון ובורגארד, בראש צבא שכלל יותר מ-40 אלף חיילים ו-123 תותחים, הצליחו להפתיע חמש דיוויזיות של צבא האיחוד, שכללו 33,000 חיילים ו-72 תותחים בלבד, ולא היו מוכנות לקרב.
היערכות צבא האיחוד.