ב-21 באפריל, סרקו צוותי סילוק פצצות את בית הספר. אומדן המוות הרשמי הוכרז בשעה 8:30. בשעה 10:00 הכריזו צוותי סילוק הפצצות כי הבניין בטוח לכניסת אנשי המקצוע. ב-11:30 בבוקר, הודיע דובר של משרד השריף כי החקירה החלה. 13 הגופות עדיין היו בתוך בית הספר כשהחוקרים החלו לצלם את הבניין.
בשעה 14:30 בצהריים, נערכה מסיבת עיתונאים על ידי התובע המחוזי של מחוז גפ'רסון, דייוויד תומאס, והשריף ג'ון סטון, שאמרו כי הם חושדים שהאריס וקלבולד קיבלו סיוע בתכנון מסע ההרג. זיהויים רשמיים של הנרצחים עדיין לא בוצעו, אבל משפחותיהם של אלו שנחשבו להרוגים כבר קיבלו הודעה.
לאורך שעות אחר הצהריים המאוחרות ושעות הערב המוקדמות, הוצאו שאר הגופות מבית הספר והועברו למשרד חוקר מקרי המוות של מחוז ג'פרסון לשם נתיחה שלאחר המוות. בשעה 17:00 החלו להתפרסם שמות ההרוגים. בהצהרה רשמית נאמר כי יש מספר ודאי של חמישה עשר הרוגים ועשרים ושבעה פצועים מהטבח.
ב-30 באפריל 1999, נפגשו פקידים רמי-דרג של מחוז ג'פרסון ומשרד השריף של מחוז ג'פרסון כדי להחליט האם לגלות שהחוקר מייקל גוארה ידע על אתר האינטרנט של האריס שנתיים לפני הטבח. הם החליטו שלא לגלות את המידע במסיבת העיתונאים שנערכה ב-30 באפריל, ולא הזכירו זאת בכל דרך אחרת. במהלך השנתיים הבאות אבדו מסמכי גוארה המקוריים; קיומם לא התגלה לציבור עד 24 בספטמבר 2001.
לאחר מסיבת העיתונאים, כאמור, המסמכים המקוריים של גוארה נעלמו. בספטמבר 1999 ניסה חוקר מטעם מחוז ג'פרסון למצוא את המסמכים בחיפוש סודי במערכת המחשבים של המחוז, אך ללא הצלחה. בניסיון שני בשלהי שנת 2000 נמצאו עותקים של המסמכים בארכיונים של מחוז ג'פרסון. המסמכים שוחזרו ושוחררו לציבור בספטמבר 2001, אך המסמכים המקוריים טרם נמצאו. המסקנות הסופיות של חבר המושבעים פורסמו בספטמבר 2004. באותו זמן בו פורסמו המסמכים המשוחזרים, פורסם גם התצהיר שחיבר גוארה לאחר שהוריו של ברוקס בראון, חברו לשעבר של קלבולד, גילו באתרו של האריס איומי רצח שכוונו נגדו.
לאחר פרסום התצהיר, החלה סדרה של חקירות מטעם חבר מושבעים גדול, שמטרתן לבדוק את פעולות הטיוח של אנשי מחוז ג'פרסון. החקירה גילתה שעובדים בכירים במחוז ג'פרסון התכנסו יחד כמה ימים לאחר הטבח כדי לדון בפרסום התצהיר לעיון הציבור. הוחלט שמכיוון שתוכן התצהיר לא כלל עילה מסתברת שתשכנע שופט לחתום על צו חיפוש לבית האריס, יהיה עדיף לא לחשוף את קיום התצהיר במסיבת העיתונאים שעמדה להתקיים. המידע המדויק אודות השיחות בנושא והנקודות העיקריות של הדיון מעולם לא נחשפו לציבור, אלא רק לחברי חבר המושבעים.
תאוריית היורה השלישי.
זמן קצר לאחר הטבח, דיווחים של חמישה או שבעה עדי ראייה בתיכון קולומביין טענו כי היה גם יורה שלישי. דיווחים אחרים מאזור השכונה ציינו שמכונית ה-BMW של קלבולד, ובה כארבעה אנשים, אותרה בערך בשעה 10:40 בבוקר במרחק כמה בלוקים מבית הספר. נסעה אחריה מכונית פרטית חומה עם שני אנשים. החוקרים החליטו לבדוק לעומק את הטענות הללו, כיוון שהם האמינו שאין זה אפשרי שהאריס וקלבולד יכלו לסחוב לבדם כל כך הרבה פצצות לתוך הבניין, כך שחייבים להיות לפחות שלושה או יותר מעורבים בטבח.
כריס מוריס, תלמיד בקולומביין וחבר בקבוצת הבאולינג עם שני היורים, נעצר ב-20 באפריל והואשם במעורבות אפשרית. הוא שוחרר מאוחר יותר לאחר שהאליבי שלו אומת והוכח כי הוא לא היה שותף בכל דרך שהיא לטבח. עדים בבית הספר דיווחו כי ראו יורה שלישי במסדרון הצפוני, אף על פי שממצאים בליסטיים מדעיים ודיווחים של עדי ראייה ממגרש החניה והספרייה מייחסים את ההתקפה לשני אנשים בלבד. השיחה למשטרה שביצע מוריס הוצגה גם היא במהלך החקירה כמעוררת חשד, כיוון שהוא גילה ידע על סוג הרובים, בגדיהם ופעולותיהם של היורים בעת הטבח, ואף הצליח לזהות את היורים באופן מיידי ובוודאות. מוריס שמע את השניים מזכירים פעם את הרעיון לצאת למסע הרג, אך חשב שהם רק מתבדחים. לאחר שחרורו, מוריס ההמום לדעת שהכוונה במסע ההרג של חבריו הייתה רצינית ולא בגדר בדיחה, נחקר מספר פעמים ונבדק במבחן פוליגרף שאותו עבר בהצלחה. חיפוש בביתו לא גילה כל עדות למעורבות.
ניית'ן דיקמן, חבר קרוב ועמית לקבוצת הבאולינג של שני היורים, נחשד למשך זמן מה שהיה היורה השלישי, לאחר שנכשל בשני מבחני פוליגרף. הוא הוסר מאוחר יותר מרשימת החשודים לאחר שמספר עדים אישרו שהוא עזב את קולומביין לפני שהטבח האמיתי החל ונראה הרחק מבית הספר כשהטבח התרחש. התזמון של שיחתו למוקד המשטרה ומספר שיחות אל תומאס קלבולד (אביו של דילן קלבולד) שהתרחשו במהלך הטבח, הוכיחו שהוא לא יכול היה להימצא בבית הספר.
עוד דיווח סותר היה זה שתיאר צלף על הגג. שמועה זו צצה לאחר שכמה שוטרים ותלמידים ראו דמות נעה מסביב לגג הספרייה בעת הטבח. מאוחר יותר התגלה כי המדובר באיש תחזוקת הגג שהיה אמור לבצע עבודת תחזוקה על גג הספרייה ונשאר שם חבוי במהלך התקרית.
תוצאות הטבח בטווח הארוך.
לאחר הטבח הברוטאלי, התנהל ויכוח ציבורי באשר למניעיהם האפשריים של הרוצחים והאפשרות למניעת הפשע, על ידי טיפול שונה או התנהלות אחרת עם/של שני הרוצחים. בניגוד לרוב אירועי הירי האחרים בבתי ספר, העובדה ששני היורים התאבדו הפכה את המקרה הזה למטריד במיוחד, כיוון שהתשובות לשאלות הרבות שצצו התגלו באיטיות, ולא התאפשרו מעצרים או משפטים שדרכם יכלו הקורבנות ומשפחותיהם לתעל את רגשותיהם.
המציאות של קליקות חברתיות בתיכונים הייתה נושא נפוץ לדיון. רבים טענו שהבידוד של השניים משאר חבריהם לכיתה גרם להם תחושות חוסר אונים, חוסר ביטחון, דיכאון וכן רצון עז לקבל תשומת לב ויחס. מספר בתי ספר החלו לבצע תוכניות לחשיפת ועצירת בריונות בית-ספרית, שרבים טענו כי ליבתה את הכעס והטינה שהצטברו אצל האריס וקלבולד.
מספר פרשנים טענו כי רשויות בית הספר והמורים בקולומביין גילו סלחנות זה זמן רב לעלייה במקרי בריונות דווקא מצד הספורטאים או ה"אתלטים". כך הם אפשרו עלייה ממשית ברמת ההפחדה, הכעס והטינה שהציתו את האלימות הקיצונית של שני מבצעי הטבח.
בשבועות שלאחר הירי, דווח בתקשורת כי שני הרוצחים תיארו את עצמם כחלק מ"כת גותית" ו"חנונים" מנודים. מאוחר יותר התברר שתיאורים אלה היו לא נכונים ולא מעוגנים למציאות, כיוון שהאריס וקלבולד מתועדים כבעלי מעגל קרוב של חברים וקבוצה חברתית לא רשמית גדולה יותר; ניתן להבין מכך שהם בהחלט לא היו מבודדים במובן המלא של המילה. כמו כן, דווח כי הערות הומופוביות כוונו אליהם באופן תדיר, אף על פי שלא היה ידוע מה היו נטיותיהם המיניות. באשר לטענות על קשריהם עם "כת גותית", האריס וקלבולד נחשבו למשך זמן מה כחברים במועדון בית ספר לא רשמי הנקרא "מאפיית מעילי הגשם". האשמה זאת הוכחה מאוחר יותר כשגויה, אם כי הם היו חברים של חלק מחברי המאפיה. למרות זאת, הן תלמידים והן אנשי הנהלה ברחבי המדינה נרתעו מפני תת-התרבות ה"גותית".
עקב אי ודאות וערפול בתכנונם של השניים, קיימות כיום גם תאוריות לגבי בחירת התאריך. תאוריה אחת מציינת שהתאריך המקורי שנבחר היה 19 באפריל, כיוון שהיה זה התאריך שבו רובין אנדרסון, שרכשה את האקדחים והייתה חברה קרובה של קלבולד ובת כיתתו, לא תהיה נוכחת. בגלל עיכובים בהכנת פצצות הפרופאן, הוזז התאריך ל-20 באפריל. מספר פרשנים ציינו כי תאריך הירי (20 בחודש) היה יום לידתו של אדולף היטלר, ויום לאחר יום השנה של הפיגוע באוקלהומה סיטי וה"הקרבה" של אנשי הכת של דייוויד כורש במצור בווייקו. עדות נוספת שחיזקה את ההשערה כי התאריך המיועד המקורי נקבע ל-19 באפריל, הייתה קלטות וידאו בהן ציינו שני היורים את כוונתם לחקות את הפיגוע באוקלהומה ו"הקרבתם" של אנשי כורש. ישנם גם המאמינים כי הירי תוכנן לימים האלה בגלל קרבתם לפעילויות סוף השנה.
האריס וקלבולד היו חובבי משחקי וידאו כגון דוּם, Quake והטירה הנאצית 3D. האריס יצר פעמים רבות שלבים עבור דוּם, שהופצו בצורה נרחבת ועדיין ניתן למצאם ברשת האינטרנט כ"שלבי האריס", וזאת על אף שברור כי מקורם באדם שביצע פשע במציאות. במשך זמן מה, בעקבות הפעלת השלבים בתוך המשחק והתבוננות בתוצאה, היו שמועות שהרקע של חלק מהשלבים דומה לזה של תיכון קולומביין, אך הן הופרכו. האשמות רבות הופנו אל id Software, החברה שפיתחה את משחקי המחשב הללו, אך ג'ון קארמק, מייסד החברה, בחר שלא להגיב.
היו פסיכולוגים שטענו כי חלק מבעיית הרוצחים היה כנראה דה-סנסיטיזציה (אדישות לגירויים מסוימים) עקב חשיפתם הקבועה לדימויים אלימים במשחקי וידאו כאלה, כמו גם מוזיקה וסרטים. משערים כי ייתכן שמשיכתם האובססיבית לצורות אלה של תקשורת הובילה אותם לדה-פרנסונליזציה (אובדן קשר עם המציאות).
התקשורת האמריקנית השוותה את הטבח בתיכון קולומביין לרצף הפנטזיות מהסרט "יומן נעורים" משנת 1995, שבו הגיבור הראשי, המגולם על ידי לאונרדו דיקפריו, לובש מעיל גשם שחור ויורה בשישה חברים לכיתה במסדרונות בית הספר שלו, שמזכיר במידת מה את אירוע הטבח במציאות (המעיל השחור רומז ל"מאפיית מעילי הגשם" והירי של הגיבור הראשי בחבריו רומז למעשיהם של האריס וקלבולד).