השיר "פרותלמיון" חובר בלונדון בשנת 1596, כשיר נישואין לכבוד הנישואין הכפולים של הליידי אליזבת והליידי קתרין סומרסט, בנותיו של הרוזן מווסטר, לסר הנרי גילדפורד ולברון ויליאם פטרה בהתאמה. ככל הנראה ספנסר המציא את המלה "פרותלמיון", ופירושה "לפני הנישואין", שהשיר חובר לנישואין שטרם נערכו. כמו כל שיריו הקצרים של ספנסר (ביחס ליצירתו הגדולה "מלכת הפיות"), השיר רחוק מלתת מושג על היקף גאוניותו של ספנסר, אשר כישרונו התאים ליצירות ארוכות, אך הוא נותן הצצה לדמיונו השירי. פאלגרייב כלל את השיר באוצר הזהב של השירה הלירית האנגלית, וכתב עליו: "בשום מקום אחר ספנסר לא הציג עצמו יותר בבירור כהמשורר של יופי: הדחף הרנסאנסי באנגליה נראה כאן בפסגתו ובמלוא טהרתו."
מלכת הפיות.
ספנסר תיאר באופן כללי את יצירתו במכתב שכתב לוולטר ראלי ב-1589. לדבריו, מטרת ספרו ליצור ג'נטלמן או אדם אצילי במידות ובמשמעת עדינה; המידות הטובות מוצגות באופן אלגורי בעולם אגדי, בו גיבורו, הנסיך ארתור, נדרש לכך, שכל אחד משנים-עשר (או מעשרים וארבעה) אביריו יצא למשימה ויתקן מידה (12 מידות מוסר ו-12 מידות מדיניות). לאחר שכולם ישלימו את משימותיהם, אזי יפגוש את מלכת הפיות המסמלת את המלכה אליזבת הראשונה ואת התהילה. בתכנון המקורי של ספנסר היצירה "מלכת הפיות" אמורה הייתה להיות אפוס עצום הכולל 12 או 24 ספרים, אלא שבפועל ספנסר השלים ששה ספרים, ונותרו גם כמה פרקים מספר נוסף. גם כך שירו מהשירים הארוכים ביותר באנגלית (כ-35,000 שורות שיר). מכל מקום, ברור מהספרים שיצאו לאור, שספנסר שינה את תוכנית היצירה והיקפה במהלך הכתיבה.
"מלכת הפיות" הוא אפוס רומנטי אלגורי שחובר תוך שימוש נרחב בחומרים מהאפוס "אורלנדו המטורף" של אריוסטו, ובחומרים מהאפוס "ירושלים המשוחררת" של טאסו. ספנסר הרחיב את האוטאבה רימה האיטלקית לבית מחורז בן תשע שורות הנקרא על שמו "סטנצה ספנסרית", צורה המתאימה יותר ללשון האנגלית. היצירה חוברה בכובד-ראש ובליריות עדינה הקרובים יותר לסגנון של טאסו מאשר לזה של אריוסטו.
העולם של ספנסר הוא עולם אידיאלי פנטסטי בו רוב גיבוריו מייצגים הפשטה של מידות. לאלגוריה יש רבדים שונים: מוסרי, פילוסופי, תאולוגי, היסטורי-פוליטי. הספר הראשון עוסק בקדושה, או במאבק בין אמת ושקר, ואווירתו העולם של ימי הביניים; הספר השני עוסק בתיקון כללי של מידות ובמרכזו מידת המתינות, ואווירתו קלאסית; הספר השלישי בצניעות והרביעי בחברות, ואווירתם רנסאנסית; הספר החמישי בצדק, ואווירתו מעורבת; והספר הששי בדרך ארץ, או נימוס, ואווירתו כפרית ופסטורלית. כל ספר הוא גם יצירה שירית כשלעצמה.
השיר "מלכת הפיות" הוא היצירה המשפיעה ביותר על השירה האנגלית לדורותיה. בעקבות "מלכת הפיות" נוסדה אסכולה ספנסרית של משוררים אליזבתנים שחיקו את סגנונו (ג'יילס ופיניאס פלטשר, מייקל דרייטון, ג'ורג' וית'ר, הנרי מור). אף על פי שספנסר נחשב בתקופה האליזבתנית לגדול המשוררים האנגלים, ועמיתיו אפילו כינוהו "נסיך המשוררים"; בן ג'ונסון, גדול מבקרי התקופה, לא חיבב לא את הסטנצה הספנסרית ולא את לשונו הארכאית, אך כתב שהוא היה קורא את ספנסר בעבור הנושא (של שירתו); ולעומת ההצלחה הגדולה של שירת שייקספיר וג'ונסון, ההשפעה של האסכולה הספנסרית הייתה די שולית. הדברים השתנו ממילטון ואילך. ג'ון מילטון, אולי גדול המשוררים האנגלים, החשיב את ספנסר לרבו וכינה אותו "חכמנו ומשוררנו הרציני ספנסר". דריידן החשיב את ספנסר יחד עם פיירפקס לאמנים הגדולים ביותר של השפה האנגלית. הרבה משוררים אנגלים, בהם אברהם קאולי, ג'יימס תומסון, וקיטס, סיפרו שנהיו משוררים לאחר שקראו בילדותם את "מלכת הפיות". המשורר תומאס גריי לא היה מחבר שירה, אלא לאחר קריאת שורות של ספנסר. המשוררים האנגלים הרומנטיים אהבו מאוד את "מלכת הפיות", והחשיבו את ספנסר כמשורר האחרון שהיה לו מפתח פלאי לעולם השירה. צ'ארלס למב כינה את ספנסר "משורר למשוררים", ומאז הביטוי נפוץ. במיוחד הושפעו משירתו: רוברט סאות'י, ויליאם וורדסוורת', וג'ון קיטס; ובמידה פחותה יותר שלי, קולרידג', בלייק וטניסון. "מלכת הפיות" הייתה פופולרית מאוד באנגליה עד לשלהי המאה ה-19. מהמאה ה-20 ואילך היצירה כבר הרבה פחות נקראת, אם-כי במאה השנים האחרונות חוברו עליה הרבה ספרים ומאמרים. ל-"מלכת הפיות" השפעה ניכרת על רומנים פנטסטים מודרניים, החל מ-"ההוביט" ו-"שר הטבעות" ועד לסדרת "הארי פוטר".
כתבה ליליאן וינסטנלי: "ספנסר, אינטלקטואל מחודד ואיש דתי עמוקות, הרגיש היטב את השפעת שתי התנועות; וההשפעה המצורפת של פוריטניות ושל אפלטוניות ניכרת מיצירתו המוקדמת ביותר ועד למאוחרת ביותר... הפוריטניות של ספנסר שמרה אותו מאחיזה ביסודות האליליים והחושניים של הספרות הקלאסית שהתבררו כמוקש לרבים מעמיתיו; היא גרמה לו לא לראות את ההיבטים המסוכנים יותר של האפלטוניות ועזרה לו לרכז את תשומת לבו במה שנאצל ביותר ומאפיין ביותר את אפלטון - גאונותו המוסרית; מאידך, האפלטוניות של ספנסר מנעה ממנו, אמנותית לפחות, את המוקשים הלא פחות מסוכנים של הפוריטניות; היא עזרה לו להימנע מצרות-מוחין בהראותה לו את הדוגמאות הטובות ביותר של חירות וגמישות שכלית ולימדה אותו מה הדבר היסודי ביותר שעליו לדעת, כמשורר, - שיופי לא רק שמסכים עם כנות מוסרית, אלא עשוי לתרום לה בדרך המועילה ביותר."
אמר סמואל טיילור קולרדיג':
מאפייניו של ספנסר:
כתבה קייט וורן: "הרבה מאוד ביקורת פוזרה על 'מלכת הפיות', ובצביונות הפוכים. דעת מקולי מוכרת: 'מעט מאוד ותשושים מאוד אלו שהגיעו למותה של המפלצת הקולנית' (סוף הספר השישי, אלא שהמפלצת הקולנית נתפסה והושם מחסום לפיה, ולאחר מכן נמלטה ועדיין חיה; מה שמלמד שהמבקר לא נמנה עם הקוראים שציין). מבקר חדש יותר כותב: 'זה השיר הארוך היחיד שאוהב שירה באמת מבקש שיהיה ארוך יותר'. 'אין בו שום הרמוניה של תכנון, הנושא של ספנסר ברח ממנו', כותב אחד; כשאחר עונה: 'יש הרמוניה מלאה, וספנסר עולה על נושאו, מבינו לגמרי, ומנסחו תוך ראיית תכליתו'. כמה מצאו אותו חי עם אנושיות, אחרים מאשימים אותו בהיעדר עניין אנושי. איזה מבקר מפרט באריכות את "מקורות המטרד והאכזבה" שמצא בשיר; כאשר, שוב, מבקר מאותה דרגה מוצאו "באמת נשגב" כך שחסרונותיו אינם אלא ככתמי שמש. למרות זאת, אפילו המבקר העוין ביותר לא הכחיש את גדולתו ויופיו. עושרו בדמיון ובצבעים, אצילותו במחשבה, המוזיקה המובחרת של הפסוק, גורמים להערצה. יכול לבקרו כראוי רק מי שהוא בעצמו משורר ושרה עמוק באהבת יופי כפי שספנסר היה. המשוררים הגדולים ביותר של אנגליה, ממילטון עד טניסון, הוקירו ונהנו מ-'מלכת הפיות'. הוא יצר משוררים, וימשיך ליצור משוררים".
אלגוריה, רומנטיקה וקלאסיקה.
ספנסר כמשורר אלגורי.
בהגדרתו את המושג אלגוריה, כתב קולרידג': "המשמעות האמיתית של אלגוריה: השימוש במערכת אמצעים ודימויים על מנת להעביר במסווה משמעות מוסרית, עם הקבלה לדמיון, אך עם הבדל ל-הבנה, - האמצעים והדימויים מצורפים באופן היוצר מכלול הומוגני... התמונות של האמנים הגדולים, במיוחד של האסכולות האיטלקיות, הן אלגוריה אמיתית".
באישיות של ספנסר הייתה סתירה. מחד, הוא היה פוריטן שעוסק בפילוסופיה ובתאולוגיה; מאידך, משורר שנמשך ליופי של עולם הרומנסה. איך ליישב את הסתירה? על ידי אלגוריה: עולם הרומנסה יהיה אלגוריה למחשבה. מבחינת אמונה, ממילא עולם האבירות ה-גותי חדור אמונה. מבחינת מוסר, עולם הרומנסה מושתת על הנדיבות ורדיפת הצדק של אביריו, מה שמהווה תשתית נאותה לאלגוריה. אלא שמבחינת מחשבה, הייתה בעיה. פילוסופיה ותאולוגיה עוסקות באמת, בעוד עולם הרומנסה מלא בדיה. על מנת לפתור את הסתירה, ספנסר עשה שני דברים. ראשית, דמויותיו הן הפשטות אידיאליות של מידות, כך מיעט את הפנטזיה וחיבר ישירות את האלגוריה למחשבה. שנית, הוא העתיק את גיבורי הרומנסה לעולם פיות, עולם רוחני, כך צמצם את המרחק בין עולם הרומנסה לעולם המחשבה. התוצאה אלגוריה שירית-מוסרית-פילוסופית שצורתה מעשיות רומנטיות. לפיכך, לא בכדי היו שמצאו ב"מלכת הפיות" חשיבה מקורית (מילטון), והיו שמצאו בה אמיתות מוסריות נעלות (וורדסוורת') או השראה לחיבור יצירות העוסקות במוסר (סאות'י), והיו שהתפעלו או התענגו על יופייה (קיטס, לי האנט).
ספנסר ואריוסטו.
בחיבור "מלכת הפיות" ספנסר הסתמך על שיטת הסיפור, על הדמויות, ועל ההיקף השירי של "אורלנדו המטורף". המבנה של "אורלנדו המטורף" דומה לאריג של סדרת שטיחי-קיר עשירה. המבנה של "מלכת הפיות" סכמטי. האלגוריה המוסרית של ספנסר ברורה, ניכרת על כל שעל ושעל בשמות שנתן לדמויותיו, ומאלצת את הקורא להתאים את פרשנותו למחשבתו של המשורר. האלגוריה של אריוסטו נסתרת, וניתנת לפרשנות רחבה יותר. אריוסטו אמן הסיפור ואפיון הדמויות. הוא נוהג לעבור באמצע סיפור אחד לסיפור אחר, לא נגרר אחר יצר הסקרנות של הקורא. ספנסר אמן הציור והמילים. הוא מאריך בציוריו, להנעים לקוראים בתיאוריו. אריוסטו קליל, בהיר ואירוני. ספנסר כבד ראש, מרוחק, נעדר הומור. הכתיבה של ספנסר די מונטונית, ואינה אלא כלי למחשבה ולציור ולמבע מלודי. הסגנון של אריוסטו מגוון ומקנה ליצירתו חן מיוחד. אריוסטו השפיע על הספרות האירופאית במשך 500 שנה. ספנסר השפיע על השירה האנגלית במשך 300 שנה. התכלית המוסרית של "מלכת הפיות" דרשה מספנסר רצינות, שלא הייתה קיימת לא בשירה האיטלקית בת זמנו וגם לא בזו האנגלית; רצינות שגרמה למשוררים האנגלים שבאו אחריו, משייקספיר ועד פלטשר, ממילטון ועד דריידן, מתומסון ועד קאופר, ומוורדסוורת' ועד טניסון, להתייחס לשירה בכובד ראש ובאהבה רבה.