1965 - התפלת מי ים באילת בשיטת האיוד - עד אמצע שנות השישים הייתה אילת עיירה קטנה צמאה למים. פיתוחה המרשים של עיר התיירות המודרנית והמשגשגת התאפשר רק לאחר ש"מקורות" פתרה את מצוקת המים בעיר הדרומית והחמה ביותר בישראל, אשר איננה מחוברת למערכת המים הארצית, באמצעות התפלה. בשנת 1965 הפעילה "מקורות" את המתקנים הראשונים להתפלת מי ים באילת, בשיטת האיוד. בשל צריכת האנרגיה הגבוהה בשיטה זו חיפשה החברה תהליך אלטרנטיבי, והייתה חלוצה בשימוש בטכנולוגיית האוסמוזה ההפוכה, החסכונית באנרגיה. לאחר פיתוח הטכנולוגיה, הקימה "מקורות" מתקני התפלה גדולים בקנה מידה עולמי להתפלת מים מליחים שמקורם בקידוחים באזור, על מנת לספק מי שתייה לאילת וליישובי הערבה.
1969 - קידוחים ראשונים ברמת הגולן - בתום מלחמת ששת הימים החלה "מקורות" בהתארגנות לאספקת מים להתיישבות היהודית החדשה ברמת הגולן. בשלב הראשון הקימה "מקורות" מפעל ש"דחף" מים מהכנרת לרמה דרך תחנה בצומת קורסי. בשלב השני ביצעה "מקורות" קידוחים מקומיים ברחבי הרמה. זאת במטרה למצוא מקורות מים נוספים לצורכי ההתיישבות והחקלאות במקום.
1969 - הקמת מפעל השפד"ן - מפעל השפד"ן (שפכי גוש דן) הוקם על מנת לטפל בשפכי הערים שבאזור גוש דן. הוא נמצא בבעלות "איגוד ערים דן לביוב ואיכות הסביבה", חברות בו שבע עיריות ומחוברים אליו יישובים נוספים. חברת "מקורות" אחראית על הפעלת המט"ש (מכון טיהור שפכים). בראשית דרכו של המפעל התבצע הטיפול בשפכים באגני חמצון. עם הרחבת המפעל וצירופן של ערים נוספות אומצה שיטת טיפול מתקדמת יותר, הדורשת שטחים מצומצמים בהרבה: בוצה משופעלת (שיטה מכנית-ביולוגית לטיפול בשפכים). המט"ש נחשב לגדול ולמתקדם מסוגו במזרח התיכון, ומטפל בכ-130 מיליון מ"ק שפכים בשנה.
1970 - טיפול ביולוגי באמצעות דגים - מאז שנות ה-70 פיתחה "מקורות" שיטה ל"טיפול ביולוגי" במטרדים כמו אצות, חלזונות ובעלי חיים זעירים המצויים במים. יצורים אלו מתרבים בתוך המאגרים, מזהמים ומעכירים), החדרת הקולחים למי תהום באמצעות שדות החדרה לצורך סינון טבעי ולשיפור איכותם. את המים המושבים מפיקה "מקורות" באמצעות קידוחי שאיבה ומספקת אותם לנגב באיכות המתאימה להשקיית גידולים חקלאיים ללא הגבלה. ב-1970 נחנכה תחנת "מנשה", תחנת השאיבה הראשונה שנכנסה לפעולה לאורך "המוביל הארצי", במטרה להגביר את כושר הזרימה וההולכה של המים לדרום הארץ. באותה שנה הושלמה בנייתן של תחנות ראשון לציון וצומת זהר. יחד איתן נכנסו לפעולה בזו אחר זו תחנות מבטחים וטל-אור. מאז שנות ה-70 פיתחה "מקורות" שיטה ל"טיפול ביולוגי" באצות, חלזונות ובעלי חיים זעירים המצויים במים. יצורים אלו מתרבים בתוך המאגרים, מזהמים, מעכירים את המים ומוסיפים להם ריח וטעם לוואי לא רצויים. הטיפול מתבצע באמצעות דגים הממלאים את תפקיד "הסניטרים", ומבוסס על עקרונות תורת האקולוגיה. על פי תורה זו המטרדים השונים הקיימים בגופי המים הם חוליות במארג המזון המתפתח במים ומהווים מזון טבעי לדגים השונים, כמו דג הכסיף ודג הקרפיון גדל-הראש.
הדגים "הסניטרים" אוכלים את האצות ואת בעלי החיים מבלי לזהם את המים, ובכך תורמים לשיפור איכות המים של "המוביל הארצי". כמו כן משמשים דגים ויצורי מים אחרים המצויים במאגרים או במכשירי בקרת מים מתוחכמים שמפעילה "מקורות", למעקב רציף אחר האיכות התברואית של המים המסופקים לשתייה.
1973 – הקמת חברת הבת "מקורות בינוי ופיתוח בע"מ" - ייעודה של חברת "מקורות בינוי ופיתוח" היה אספקת שירותים מקצועיים בתחום התשתית למפעל המים של "מקורות" ולגורמים אזרחיים. היא הייתה מעורבת בהקמת סכרים וסוללות במפעלי ים המלח, בסלילת כבישים ובהנחת קו צינור הדלק הגדול אילת-אשקלון, בסלילת מסלולי נחיתה ובהכשרת רחבות חניה למטוסים בנמל התעופה לוד. חברת "מקורות" בינוי ופיתוח קלטה את חברת צמ"כ ושתי יחידות ביצוע אזוריות – דרום וצפון. בשל קשיים בניהול ובארגון פורקה החברה בשנת 1984.
1973 – שיטת האוסמוזה ההפוכה - בראשית שנות השבעים החל בארצות-הברית יישום של טכנולוגיית האוסמוזה הפוכה בתהליך ההתפלה. "מקורות" חזתה את הפוטנציאל הטמון בתהליך, פיתחה והתאימה אותו לתנאים הסביבתיים האופייניים ולצרכים המיוחדים של אזור ים המלח, הערבה הדרומית ואילת והחלה ליישם טכנולוגיה זו, החסכונית בצריכת אנרגיה, באמצעות מתקנים קטנים להתפלת מי קידוחים מלוחים, כדי לפתור את בעיית מי השתייה בערבה ולספק מי שתייה ליישובים באזורים שאינם מחוברים לרשת הארצית.
1978 – התפלת מים מליחים באילת –סבחה א' וסבחה ב' - לאחר בדיקת טכנולוגיית האוסמוזה ההפוכה שפותחה בארצות הברית, פיתוחה והתאמתה לצרכים בארץ, הקימה "מקורות" באילת מתקני התפלה גדולים בקנה-מידה בין-לאומי –סבחה א' וסבחה ב', המשמשים להתפלת מים מליחים שמקורם בקידוחים באזור. מים אלה, שהם בעלי מליחות גבוהה, מתאימים לשתייה לאחר התפלתם.
1979 - "הקו השלישי לירושלים"
פרויקטים בשנות ה-80 וה-90.
לנוכח התרחבותה של ירושלים והצורך בהגדלת כמויות המים לעיר הבירה הניחה "מקורות" את "הקו השלישי לירושלים" ב-1979. הקו, שיצא מתחנת כסלון שבהרי יהודה, הונח במקביל ל"קו השני". אורך הקו 20 ק"מ וקוטרו 36 אינץ'. "הקו השלישי לירושלים" מספק כ-14 מיליון מ"ק בשנה.
1984 - חנוכת מפעל "תשלובת הקישון"- המפעל, שהוקם בבעלות משותפת של "מקורות" וחקלאי עמק יזרעאל, נועד להמיר כ-20 מיליון מ"ק לשנה מים מ"המוביל הארצי" בשפכים מטוהרים (קולחים) שיסופקו להשקיה. מטרת המפעל להשתית את אספקת המים על מקורות המים שבאזור ולשפר את כושר האספקה שלו בימי שיא. צריכתו השנתית נאמדת כיום ב-28 מיליון מ"ק.
1986 - הפעלת הטורבינה ההידרואלקטרית הראשונה המייצרת חשמל באנרגיה נקייה - "מקורות" החלה להפעיל טורבינה הידרואלקטרית בתחנת "כפר ברוך". הטורבינה מנצלת את עודפי לחץ המים של המוביל הארצי ובכך מייצרת חשמל בהיקף של כ-2.5 מיליון קוו"ט שעה/לשנה באנרגיה נקייה. באותה שנה הופעלה על ידי "מקורות" בקידוח מענית 4 טורבינה המנצלת עודפי לחץ מים בהחדרת המים לקרקע בהספק נמוך יותר. בשנת 2006 הועברה הטורבינה מתחנת "כפר ברוך" לתחנת "כפר יהושע". במאגר תבור ובאתר מצר הושלם הביצוע של טורבינות נוספות.
החשמל הירוק המיוצר מסתכם בכ-4.5 מיליון קווט"ש לשנה ומשמש לצריכת החשמל של מתקני שאיבה סמוכים של "מקורות". בשלבי ביצוע מתקדמים נמצאות טורבינות נוספות שתגדלנה את ייצור החשמל הנקי בכמות של כ-10 עד 13 מיליון קווט"ש לשנה. ייצור החשמל תורם להקטנה בפליטת גזי חממה ולהקטנת זיהום האוויר.
1989 - היתר לחברת נביעות לשאוב ממעיין עין זהב - חברת נביעות טבע הגליל החלה לשאוב מן המעיין מים מינרליים איכותיים בהיתר חברת מקורות, בהסכמת עיריית קריית שמונה וללא תשלום תמלוגים על שימוש במשאבי טבע. חציים של מי המעיין שמשו את מקור מים לתושבים וחציים למעל נסיעות. מי המעיין הוזרמו ישירות למפעל באזור התעשייה הדרומי של קריית שמונה, באמצעות צינור תת-קרקעי לארבעה קווים אוטומטיים הממלאים את המים בבקבוקים ומשנת 1991 גם בכדים. תפיסת מי המעיין ייבשה במשך שנים את נחל עין זהב ועד כדי כך שרק ביום כיפור זרם בנחל זרזיף ומצב פארק הזהב הלך והידרדר. בקיץ 2012 חברת נביעות טבע הגליל עברה לשאוב את מימיה מקידוח של חברת מקורות מקידוח "החולה 7" בשטחי כפר יובל.
1989 - חנוכת מפעל "הקו השלישי לנגב" - מפעל "הקו השלישי לנגב" של "מקורות" מטפל במי הקולחים שבהם טיפלה החברה במפעל השפד"ן (המפעל לטיפול בשפכי גוש דן של "איגודן") טיפול נוסף באמצעות החדרה לקרקע לצורך סינון טבעי, ומשיב אותם לנגב, להשקיית כל סוגי הגידולים החקלאיים ללא הגבלה, בהתאם לדרישות, ללא חשש לבריאות. המפעל החל לפעול במתכונת מצומצמת כבר בשנת 1977. בנובמבר 1989 הוא הופעל במלואו כמערכת משולבת של קווים (הקו הראשי באורך של כ-90 ק"מ ובקוטר 70 אינץ'), תחנות שאיבה ומאגרים. חלק מהמאגרים מיועד לאגימת עודפי המים המושבים במהלך החורף, לצורך הגדלת כמויות המים המסופקות להשקיה בחודשי הקיץ. בשנת ההפעלה ראשונה הוליכה המערכת כ-80 מיליון מ"ק מים מושבים לנגב. כיום מובילה מערכת "הקו השלישי לנגב" כ-130 מיליון מ"ק מים מושבים ללקוחות, תחת מערך ניטור ובקרה נרחב. איכות הקולחים הגבוהה מאפשרת השקיית כל היבולים. את השפכים המטופלים בשפד"ן מחדירה "מקורות" לשדות החדרה בחולות ראשון לציון ויבנה, אל השכבות התת-קרקעיות של אקוויפר החוף לצורך טיפול שלישוני: הקולחים עוברים בקרקע טיפול בתהליכים פיזיקו-כימיים וביולוגיים שמשפרים באופן משמעותי את איכותם. קטע זה של אקוויפר החוף משמש כמקום אחסון עונתי ורב שנתי לכמויות הגדולות של המים המושבים. אופן ניהול המערכת להשבת קולחים מאפשר הפרדה מוחלטת בין הקולחים שהוחדרו למי התהום לבין מי התהום הטבעיים. ההפרדה מושגת על ידי קיום משטר שאיבה באמצעות קידוחים, המבטיחים מפלסים שמונעים מהמים המוחדרים להתערבב עם המים הטבעיים. מערכת "הקו השלישי לנגב" אפשרה הפרדה בין שתי מערכות אספקה: מערכת לאספקת מי שתייה ומערכת לאספקת מי השקיה. לצורך זיהוי ולמניעת בלבול בין מערכות המים השפירים והמים המושבים נקבעו צבעים שונים למתקני המערכות.
על ידי השבת הקולחים להשקיית גידולים חקלאיים "מקורות" משפרת את מאזן משק המים ומאפשרת להפנות למגזר העירוני את המים השפירים אשר סופקו קודם לחקלאות, מאפשרת את הפרחת השממה ואת פיתוח האזור ותורמת לשיפור איכות הסביבה.