הסכסוך הפנימי האחרון של מגנוס היה עם האציל סווינקה סטינרסון, שסירב להכיר בו כמלך. למרות שסווינקה הוריד את היקפי השוד הימי בוויקן, הוא אולץ לצאת לגלות של שלוש שנים בעקבות משא ומתן עם אנשיו של מגנוס. מאחר שהשוד הימי חזר לפרוח לאחר יציאתו של סווינקה לגלות (וככל הנראה בעידודו), פגש אותו מגנוס בפרובינציה הדנית הלנד כדי לבקש ממנו לשוב לנורווגיה. השניים התפייסו וסווינקה הפך להיות תומך נאמן של מגנוס, שכעת היה המלך ללא עוררין של נורווגיה.
רפורמות דתיות וכלכליות.
מאחר שהמקורות הנורדיים (כולל שירת החצר שהייתה המקור העיקרי לסאגות) מתארים בעיקר נושאים הקשורים למלחמות, ידוע מעט יותר על אירועים אחרים שאירעו במהלך תקופות מלכויותיהם של מלכי נורווגיה הקדומים. סנורי סטורלוסון, לדוגמה, כתב 15 דפים על מגנוס ורק שני דפים על אביו שבתקופתו שרר שלום (למרות שתקופת מלכותו של אולף הייתה ארוכה פי שלושה מזו של מגנוס). היסטוריונים מודרניים ציינו שכך ככל הנראה נוצרה תדמיתם של מלכים כמו מגנוס באופן חד-צדדי (במקרה של מגנוס תדמיתו הוטתה על פי מעשיו כלוחם).
תקופת מלכותו של מגנוס עמדה בעיקר בסימן של הפיכתה של נורווגיה כממלכה דומה לאלו האירופאיות. המשטר המלוכני התבסס ומגנוס ביסס את עוצמתו באמצעות יצירת רשת של אנשי אצולה חזקים (חלקם קרובי משפחתו) והמבנה הארגוני של הכנסייה התפתח גם הוא. הבישופים הנורדים השתייכו לארכיבישופות של המבורג-ברמן עד לאחר שמלאה שנה למותו של מגנוס ואז נוצרה הארכיבישופות של לונד. הכמרים והבישופים היו ברובם זרים מאנגליה ומגרמניה. בכל אופן, במציאות שלט מגנוס על הכנסייה של נורווגיה.
על פי ממצאים נומיסמטיים, ידוע שרפורמה בהטבעת מטבעות החלה בתקופת מלכותו של מגנוס. במסגרת רפורמה זו הוחזרה תכולת הכסף במטבעות ל-90%, הרמה שהייתה נהוגה לפני הרפורמה של האראלד השלישי ב-1055 שבמסגרתה הורדה תכולת הכסף במטבעות לכ-30% (שאר תכולת המטבע הייתה עשויה מנחושת. משקל המטבעות בתקופתו של מגנוס הופחת ל-45 גרם, מחצית ממשקל המטבעות הקודמים. למרות שערכו של הכסף במטבע נותר כמעט זהה, לא היה צורך בנחושת להטבעת המטבעות.
המסע הראשון לים האירי.
מגנוס שאף לבסס מחדש את ההשפעה הנורווגית בים האירי. ב-1097 הוא ניסה להציב את המלך הואסל אינגמונד באיים הדרומיים, אך מאוחר יותר נהרג זה האחרון במהלך מרד. לא ברור מה היו שאיפותיו הברורות של מגנוס ומשמעות המסע שלו הומעטה על ידי היסטוריונים אנגלים מודרניים. הכרוניקן האנגלי, ויליאם ממלמסברי האמין שמגנוס שאף לקחת לעצמו את הכתר האנגלי מידיו של ויליאם השני (בדומה לשאיפותיו של סבו, האראלד השלישי). ההיסטוריונים הטילו ספק אם הוא רצה להקים אימפריה שתכלול את סקוטלנד ואת אירלנד, למרות שרוב ההיסטוריונים הנורווגים והסקוטים המודרניים מאמינים שמטרתו העיקרית הייתה בפשטות לשלוט על הקהילות הנורדיות ברחבי הים האירי. גם אם הוא הושפע מהרצח של אינגמונד, בסאגה של אורקני נטען שמגנוס שוכנע על ידי הוקון פאולסון, רוזן אורקני, שרצה את תואר הרוזנות לעצמו. ייתכן גם שמגנוס שאף להקים ממלכה מחוץ לגבולות נורווגיה עבור בנו בן השמונה, זיגורד, שהתלווה אליו במסעו זה. מגנוס הפליג אל הים המערבי ב-1098 והגיע לאורקני עם צי גדול. על פי הטענה בכרוניקות של מלכי האי מאן, מנה צי זה 160 ספינות, אך הכרוניקן האנגלי, אורדריקוס ויטליס, ציין שהצי של מגנוס מנה 60 ספינות. בהתבסס על כך, מציע פטר אנדריאס מונק לקבל את המספר של 160 ספינות, שמתוכן 100 גויסו באופן מיוחד ושבו לנורווגיה זמן קצר לאחר ההגעה ליעד. הצי שליווה את מגנוס בדרכו דרומה אכן מנה 60 כלי שיט שהיו ספינות מלכותיות או ספינות שהשתייכו לאצילים. על פי רנדי הלן פורסונד, משמעות ההערכה הנמוכה של צוות של 120 איש לספינה, היא שכלל הכוח בספינות המלכותיות והספינות של האצולה מנה 8,000 איש והספינות המגויסות נשאו 12,000 איש. בכל אופן, היסטוריונים רבים מאמינים שהמספרים שצוינו בדיווחים העתיקים מוגזמים.
לאחר הגעתו, החל מגנוס לנהל משא ומתן עם המלכים הסקוטים והאירים על השליטה בסקוטלנד ובאירלנד ובאיים הסובבים. עם הגעתו לאורקני, שלח מגנוס את הרוזנים פול וארלנד תורפינסון לנורווגיה כשבויים, לקח את בניהם כבני ערובה ומינה את בנו זיגורד כרוזן אורקני. לאחר מכן פשט מגנוס על סקוטלנד, על האיים הדרומיים ועל האי לואיס. מאחר שהוא לא נתקל בשום התנגדות, הוא המשיך לבזוז את האיים ההברידיים של אויסט צפוני, אויסט דרומי, סקאי, טירי, מאל ואיילה ואת חצי האי קינטייר. הוא ביקר באי איונה, אך לא בזז אותו. מתועד גם שמגנוס לחם באי סנדיי, למרות שמיקומו של אי זה לא ברור (קיימים שלושה איים בשם זה באזור). כאשר הוא נכנס אל הים האירי, הוא איבד שלוש ספינות ו-120 איש באלסטר. לאחר מכן הוא המשיך אל האי מאן, שם נהרג הרוזן אוטר בקרב קשה. הוא גם רדף אחר לגמן גודרדסון מלך האיים (או לכד אותו). האי מאן עבר לשליטה נורווגית ומגנוס ואנשיו נשארו בינתיים על האי. במהלך שהותם שם, הוא ארגן תנועת הגירה נורווגית אל האי ובנה מספר מבצרים ובתים, תוך שהוא עושה שימוש בעצים שהובאו מאזור גאלווי שבסקולנד. מכאן ניתן ללמוד שהוא גם כבש את האזור הזה ושיעבד את ראשי השבטים המקומיים.
ייתכן שמגנוס אכן פלש לאחר מכן לאירלנד, רק כדי להבין שזו גדולה מדי עבורו. ייתכן שנוצר קשר בינו לבין גרפיד אפ קנאן, מלך גוויניד', שאולץ להימלט לאירלנד על ידי הרוזנים הנורמנים, יו ממונטגומרי ויו ד'אברנש. כשהוא עומד בראש כוח של שש ספינות (על פי אורדריקוס ויטליס), ניווט מגנוס לכוון אנגלסי שבממלכת גוויניד'. הוא נחת על החוף ליד האי פופין והתפרץ לחגיגת הניצחון של הנורמנים לאחר שהביסו את מלך גוויניד'. מבחינת הוולשים יוחס העיתוי של הגעתו של מגנוס להשגחה העליונה, למרות שלמגנוס לא הייתה בהכרח כוונה לתמוך בהם. בקרב שהתחולל לאחר מכן, קרב מיצר אנגלסי, הרג מגנוס את יו ממונטגומרי באמצעות פגיעת חץ בעינו והביס את הכוחות הנורמנים. המקורות מציינים שמגנוס התחרט על הריגתו של מונטגומרי והביע את רצונו לכרות ברית עם הנורמנים. הוא שב מידית לאי מאן עם אנשיו והותיר את הצבא הנורמני חלש ומיואש. לאחר קרב זה נחשב אנגלסי כגבולה הדרומי של נורווגיה. גרפיד אפ קנאן שב עד מהרה אל האי והעניק למגנוס מנחות וכבוד. הרחבת תחומי ממלכתו של מגנוס החלה להטריד את מנוחתם של האנגלים, שזכרו עדיין את פלישת סבו של מגנוס, האראלד השלישי, ב-1066, את המלחמה עם סוון השני, מלך דנמרק ב-1069 – 1070 ואת איום הפלישה מצדו של קנוט הרביעי, מלך דנמרק ב-1085.
המלחמות הפנימיות בסקוטלנד עדיין נמשכו בין מלכים יריבים, למרות שאדגר, מלך סקוטלנד זכה ביתרון קל. אולי בשל חששו להיתקל במגנוס בשדה הקרב, הודיע אדגר, על פי הסאגות, שהוא יוותר על כל התביעות הסקוטיות על האיים שממערב לסקוטלנד בתמורה להשכנת שלום. מגנוס קיבל את ההצעה, שבעקבותיה הוא הצליח להשתלט על כל האיים שספינותיו יכלו להגיע אליהם. הוא קיבל הכרה בשלטונו באיים הדרומיים, כולל קינטייר. ההיסטוריון הסקוטי ריצ'רד אורם טען שהסימוכין להסכם הרשמי עם המלך הסקוטי היו "רקיחה שלאחר מלחמת האזרחים הנורווגית" (1240-1130) שנוצרה בדיעבד לצורך לגיטימיזציה לצרכיו של הוקון הרביעי. רוזמרי פאוור מקבלת את המקורות הנורדיים שהסכם רשמי עם הסקוטים נחתם ככל הנראה ושון דאפי מציין שאדגר "ויתר בשמחה" על האיים לטובתו של מגנוס מאחר "שבכל מקרה הייתה לו שליטה מועטת, אם בכלל, על האיים". מגנוס בילה את החורף בהברידיים והמשיך לבצר אותם, בעוד רבים מאנשיו שבו לנורווגיה. נאמר שבאותה תקופה הוא נשא לאישה את מטילדה, בתו של מלקולם השלישי, מלך סקוטלנד, אך אין כל מידע אמין על קיומם של נישואים אלו. מגנוס שב לנורווגיה שנה לאחר מכן בקיץ 1099, למרות שרבים מהאיים שהוא כבש (כמו אנגלסי), נותרו בשליטה נורווגית רק להלכה.
המערכה בשוודיה.
עם שובו לנורווגיה פנה מגנוס מזרחה. על סמך טענה עתיקה על מיקומו של הגבול בין נורווגיה לבין שוודיה, הוא שם פעמיו בסוף שנת 1099 למחוזות השוודיים דלסלנד ווסטרייטלנד. מבחינתו של מגנוס, הגבול עם שוודיה היה אמור לעבור מזרחה יותר, לאורך נהר גוטה אלב, דרך אגם ונרן וצפונה למחוז ורמלנד. הוא תבע את ריבונותו על כל השטחים ממערב לאגם ורנן (בעיקר דלסלנד). מלך שוודיה, אינגה הזקן, סירב להכיר בתביעה זו ובתגובה פתח מגנוס במערכה צבאית. הוא פלש דרך הכפרים שבאזורים המיוערים ובמקביל החל אינגה לקבץ צבא. כאשר יעצו לו יועציו לסגת, נעשה מגנוס תוקפני יותר. הוא האמין שוב שאין לסגת ממערכה צבאית משעה שנפתחה. בהתקפת לילית הוא הפתיע את הכוחות השוודיים ממזרח לנהר גוטה אלב בפוקסרנה. לאחר שהביס שם את השוודים הוא כבש חלק מוסטרייטלנד. על פי שירת החצר שלו כבש מגנוס "15 מאיות (מאית מחוז) מהגותים". הוא בנה מבצר הבנוי עץ מוקף בחפיר, על האי קלנדסו שבחלקו השני של אגם ורנן. לפני שובו לנורווגיה השאיר מגנוס 300 איש על האי שיעבירו שם את החורף.