בשנת 1968 נשא את רות (נפטרה ב-1 בספטמבר 2021), ונולדו להם ארבעה ילדים (בהם ענת גלבר, אלופת ישראל ואלופת העולם לאוניברסיטאות בדיבייט). לאחר שחרורו מצה"ל עברו לגור באחת משכונותיה של ירושלים — שכונת שטרן בשולי קריית יובל, אליה עברו בשנת 1975 ובה גרו עד שנת 1983. בתקופה זו התעוררה תנועת האוהלים בירושלים ולבקשת נוער השכונה שימש כיושב ראש "האוהל" המקומי. בשנת 1986 עזבו את ירושלים ועברו להתגורר בחיפה, ב-2010 עבר להתגורר עם משפחתו בנשר. לגלבר 4 ילדים, שתי בנות ושני בנים.
פעילות ציבורית.
כחודש לאחר סיום מלחמת יום הכיפורים הושאל מטעם הצבא לוועדת אגרנט, שחקרה את המלחמה ושימש לה עוזר מדעי עד סיום עבודתה בפברואר 1975. במסגרת עבודתו עם הוועדה ארגן לחבריה את חומר המקורות והעדויות, כתב טיוטות לאחדים מפרקי הדו"ח והפיק את הדין-וחשבון הסופי של הוועדה. במהלך העבודה השתחרר משירות הקבע בצה"ל אך המשיך את עבודתו בוועדה עד לסיום עבודתה. במסגרת שירות המילואים שימש בשנים 1977–1987 מפקד יחידת מודיעין אוגדתית. בשנת 1988 עבר קורס מח"טים ולאחר-מכן שימש בתפקידי מטה במפקדת האוגדה עד שנת 1995. והגיע לדרגת סא"ל. בשנת 1987 הצטרף לצוות ההקמה של המכללה הבין-זרועית לפיקוד ולמטה במתכונתו החדשה ("תוכנית ברק") ושימש יועץ אקדמי של התוכנית עד שנת 1997.
כראש "אוהל" קריית יובל, פעל להכללתה של השכונה בפרויקט שיקום השכונות בשנת 1978, ולאחר-מכן שימש בהתנדבות כיושב ראש ועדת ההיגוי המקומית של הפרויקט והנהלת המתנ"ס שהוקם בשכונה במסגרתו. בשנים אלו עסק בבעיות פרטניות ובפרויקטים חברתיים וחינוכיים בתחומים מגוונים, למן תוכניות טיפול בגיל הרך, דרך חינוך משלים ולא פורמלי לילדים ולנוער השכונה, הכנת הנוער לקראת הגיוס לצה"ל, בעיות הכשרה ותעסוקה למבוגרים, בריאות הציבור ועד להתמודדות עם בעיותיה של אוכלוסיית הקשישים הגדולה שחיה אז בשכונה. הפסיק את הפעילות הזו ועזב את השכונה לאחר שהתחיל בעבודתו באוניברסיטה.
באפריל 1982 מונה על ידי נשיא בית המשפט העליון, השופט משה לנדוי, לחבר בוועדת בכור שחקרה את פרשת רצח ארלוזורוב בשנת 1933. כעבור חמישה חודשים, בספטמבר של השנה ההיא, התפטר מן הוועדה במחאה על סירובה של הממשלה להקים ועדת חקירה ממלכתית לחקור את האירועים במחנות סברה ושתילה במהלך כיבושה של מערב ביירות. לאחר ההתפטרות פתח בשביתת-שבת מול משרד ראש הממשלה עד לקבלת ההחלטה על מינויה של ועדת כהן לחקירת האירועים הללו.
בשנת 1996 מונה לחבר מליאת רשות הגנים הלאומיים. לאחר איחוד רשות הגנים הלאומיים עם רשות שמורות הטבע בשנת 1998 שימש כממלא-מקום יושב ראש המליאה של הרשות המאוחדת לשמירת הטבע והגנים הלאומיים, ולאחר-מכן כחבר רגיל במליאה. וכיום חבר המכון לאסטרטגיה ציונית.
קריירה אקדמית.
השלים את לימודיו בהיסטוריה באוניברסיטה העברית בירושלים. הגיש את עבודת הדוקטורט ב-1977 תחת הדרכתו של שמואל אטינגר בנושא "מקומה של ההתנדבות לצבא הבריטי במדיניות הציונית והיישובית 1942-1939".
עוסק בהיסטוריה של היישוב וגם בהיסטוריה ביטחונית של ארץ ישראל וצה"ל. גלבר הוא אחד מהמבקרים החריפים של ההיסטוריונים החדשים, בהם אילן פפה במיוחד, ושל הפוסט-ציונות.
מלמד במרכז הבינתחומי הרצליה במסגרת מרכז נבזלין לעמיות יהודית.
מחקריו.
יואב גלבר עוסק במחקריו ביישוב היהודי בארץ-ישראל ובראשית ימיה של מדינת ישראל בעיקר מההיבט הצבאי. הוא חקר גם את קליטתם של עולי מרכז אירופה ותרומתם לחברה הישראלית, את יחסי ירדן–ישראל, את מלחמת העצמאות ושאלת הפליטים ואת ההיסטוריוגרפיה הציונית והכללית.
תולדות ההתנדבות.
גלבר עסק בתולדות התנדבות היישוב לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה בארבעה ספרים, הראשון שבהם הוא הרחבה של עבודת הדוקטור שלו. הוא טוען: 1. שההתנדבות הייתה מאמץ מדיני עיקרי של התנועה הציונית בשנות המלחמה. 2. זוהי התנועה העממית הספונטנית הגדולה האחרונה בציונות. 3. התפקיד שחיילים בצבא הבריטי מילאו ביצירת קשר עם יהודים החל מארצות המזרח התיכון וכלה באירופה המשוחררת לאחר המלחמה, היה מרכזי בארגונם של תאים ציוניים בארצות ערב, בסיוע לשארית הפליטה ובגיוסה למאבק על הקמת המדינה. כרך א' עוסק במחצית הראשונה של המלחמה, במזרח התיכון, ביוון ובכרתים.
כרך ב' דן בעיקר בהקמתה של החטיבה היהודית הלוחמת ("הבריגדה") ובלחימתה. כרך ג' מספר על שליחותם היהודית של המתנדבים. כרך ד' הוא השלמות ומספר בעיקר על אלו ששירתו ביחידות בריטיות כמו טייסים, ימאים, אנשי קומנדו, וכן על פרשת השבי במלחמה.
הקמת צה"ל.
על נושא זה כתב גלבר שני ספרים:
הספר דן בתרומה של יוצאי הצבא הבריטי להקמת צה"ל. דעת הקהל הייתה סבורה שהפלמ"ח נתן את הפיקוד ואילו הצבא הבריטי סיפק את הלוגיסטיקה ועבודת המטה. גלבר ניסה להראות שהתפישה הזאת נוגעת ליחידות הפלמ"ח, אך בצה"ל הרחב המצב היה שונה לגמרי.
הספר דן במאבק בין בן-גוריון למפ"ם על דמות הצבא ועל השליטה בצבא. גלבר מתאר כיצד ניסו בהפוגה הראשונה להדיח את בן-גוריון מתפקיד שר הביטחון, היו אלה ניסיונות פוטש של מפ"ם כאשר האוטוריטה של בן-גוריון על הצבא עדיין הייתה רחוקה מלהיות איתנה עד המשבר של ועדת החמישה, כשהתברר שאף אחד לא היה מוכן לשאת באחריות פרט לבן-גוריון, מאז הצבא הלך אתו.
גלבר מתאר איך לפני הקמת המדינה הפלמ"ח היה הזרוע המגויסת של היישוב ומכוח זאת נהנה מפריבילגיה, היה לו מונופול על מבצעים מיוחדים ועל אמצעים נוספים, ומטה משלו, מנותק מן ההיררכיה המרחבית-מיליציונית של ההגנה. עם הקמת המדינה, ברגע שהיישוב כולו היה מגויס, איבד הפלמ"ח את ייחודו ואת המונופולים שלו.
מולדת חדשה.
הספר דן ביהודי גרמניה, אוסטריה וצ'כיה, קליטתם בארץ ותרומתם ליצירת החברה. טענתו של גלבר היא שהאלמנט המערבי במדינת ישראל היא תוצאה של עליה זו.
תולדות המודיעין.
גלבר כתב שבעה ספרים על תולדות המודיעין בשנים 1918–1954, מן המודיעין ביישוב ועד למודיעין בראשית ימיה של מדינת ישראל.
יחסי ירדן–ישראל.
גלבר כתב שני ספרים על יחסי ירדן–ישראל, האחד Jewish-Transjordanian Relations, 1921-1948 חוקר את היחסים עד 1948 והשני The Israeli-Jordanian Dialogue, 1948-1953 דן במשא-ומתן לשלום וביחסים אחרי 1948. הוא ניסה להפריך את התזה של אבי שליים בספרו Collusion Across the Jordan, שלפיה הייתה קנוניה בין ישראל לירדן כנגד הפלסטינים. גלבר ניסה להראות שאם בכלל הייתה קנוניה, הייתה זו בין עבדאללה לבריטים ולא בין עבדאללה לסוכנות.
מלחמת העצמאות ובעיית הפליטים הפלסטינית.
בין השאר טען גלבר בספרו "קוממיות ונכבה" (גרסה קצרה יותר שלו ראתה אור באנגלית – Palestine 1948), בהתייחסו ל ולבעיית הפליטים הפלסטינים, כי הפלסטינים נפלו קורבן לאיוולתם ולתוקפנותם, כמו גם לאוזלת ידן של בעלות בריתם, מדינות ערב.
אולם על אף שלשיטתו לא אחראית ישראל לגירוש מתוכנן, הרי שמהלך האירועים מורכב יותר. לטענתו החלה הבריחה הערבית עוד בטרם פלישת צבאות ערב, בעיקר בשל המלחמה הכלכלית שנהג היישוב כנגד הערבים ובשל יציאת הבריטים. בעוד שהוא מבקר את הטענה כי תוכנית ד' כללה הוראות לטיהור אתני של האוכלוסייה הערבית, טוען גלבר כי פעולות מטעם ארגוני האצ"ל והלח"י אכן עוררו בהלה בקרב הערבים. מספר אירועים של גירוש אוכלוסייה, פיצוץ בתים והוצאות להורג של ערבים זרעו גם הם בהלה בקרב האוכלוסייה הערבית ותרמו למנוסה. את כניסת צבאות ערב למלחמה מתאר גלבר כ"הסתבכות" ו"היגררות" שלא מרצון וכי מטרת המלחמה הראשונית של אחדות מהן, כגון עבר הירדן, כלל לא הייתה להשמיד את המדינה הציונית אלא להשתלט על השטח שיועד למדינה הערבית כפעולת שיטור עד שיוחלט על גורלו, אולם התקפות הערבים עוררו מתקפה יהודית שחוללה את בעיית הפליטים וזו חייבה את מדינות ערב להתעמת עם המדינה היהודית. במהלך הקרבות המשיכה לנוס האוכלוסייה הערבית ובו בזמן גם גורשה בידי כוחות צה"ל. כך אירע ברמלה ובלוד במהלך מבצע דני. במהלך ההפוגה השנייה החלו להבין מאות אלפי הפליטים כי ניסיונם ההיסטורי של פליטות זמנית ושיבה לבתיהם בהתלקחויות אלימות בעבר לא יעמוד להם. במציאות החדשה לא התירו הישראלים לפליטים לשוב לבתיהם או לאסוף את יבולם, ופליטותם הלכה והתבררה כמצב ארוך טווח. מכיוון שכך הם נאחזו במקומותיהם בהתחדש הקרבות ומיאנו לברוח.
גלבר מסכם וטוען כי "עד להפוגה הראשונה הייתה מנוסת הפלסטינים תהליך סטיכי. היא לא כוונה ולא נשלטה על ידי שום גורם ערבי, ובעיני הבורחים עצמם הייתה פליטותם עניין זמני שיסתיים עם הפסקת הלחימה. בריחה בעת התנגשויות בין עדתיות הייתה דפוס תגובה מוכר ומקובל במזרח התיכון. המאבק נגד ישראל היה בעיני הערבים התנגשות שכזו, והם הגיבו בהתאם. הנהגת היישוב ופיקוד ה"הגנה", וגם הארגונים הפורשים, לא יזמו גירוש ולא תכננו אותו. לכל היותר הם ברכו בליבם על המוגמר, וגם זה לא בכל מקום ולא בכל זמן. ואולם סדרת החלטות של שלטונות ישראל במהלך שתי ההפוגות ולאחר סיום הקרבות חסמה את אפשרות השיבה של הבורחים והפכה את הבריחה הזמנית לפליטות מתמשכת." פליטים שניסו לחזור לבתיהם ועל מנת לקצור את שדותיהם - גורשו בידי הצבא. החל מההפוגה הראשונה הרסה ישראל עשרות כפרים סמוכים לחזית והשמידה יבולים בצורה שיטתית על מנת למנוע את חזרת הפליטים או את תפיסתם בידי צבאות ערב. בו בזמן יושבו בתי ערבים בעולים ונקודות יישוב חדשות - עשרות במספר - הוקמו על אדמות הערבים שעמדו ריקות.
היסטוריה זיכרון ותעמולה.