לאחר סיום הכיבוש היפני על אינדונזיה, כ-3,000 חיילים מהצבא היפני בחרו להישאר באינדונזיה ולהילחם לצד התושבים המקומיים נגד הכוחות ההולנדיים במלחמת העצמאות של אינדונזיה; בערך כחצי נהרגו, שרבים מהם קבורים בבית הקברות לגיבורים צבאיים בקליבתה, ואילו החצי נוסף בחר להישאר באינדונזיה לאחר תום הלחימה. חלקם עוטרו כגיבורי עצמאות אינדונזיה. בשנות ה-70 של המאה ה-20 יפנים רבים היגרו לאינדונזיה לצורכי עבודה והקמת מפעלים.
אינדונזיה מיוצגת ביפן בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בטוקיו, בירת המדינה. אינדונזיה מיוצגת ביפן בדרג הקונסולרי באמצעות שלוש קונסוליות רשמיות בערים פוקואוקה, סאפורו ואוסקה. יפן מיוצגת באינדונזיה בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בג'קרטה, בירת המדינה. יפן מיוצגת באינדונזיה בדרג הקונסולרי באמצעות ארבע קונסוליות רשמיות שהיא מחזקה בערים מדן, דנפסאר, סורביה ומקאסאר.
הודו.
למרות כינון היחסים הדיפלומטיים הרשמי בין הודו ליפן שנערך ב-28 באפריל 1952, היחסים בין שתי המדינות קיימים כבר מראשית המאה ה-6. הבודהיזם ההודי שהתפשט בעקיפין ביפן דרך סין וקוריאה, הפך לסמל התרבות של היחסים בין שתי המדינות. הודו היא שוק גדול עבור חברות יפניות דוגמת טויוטה וסוזוקי מוטור. הידידות בין יפן להודו מכונה לעיתים קרובות "אחווה יפנית-הודית". על פי סקר השירות העולמי של ה-BBC ב–2013, 42% מהיפנים חושבים כי ההשפעה הבינלאומית של הודו חיובית בעיקר, כאשר 4% חושבים שהיא שלילית.
אף על פי שההינדואיזם הוא דת עם מעט השפעה ביפן, עדיין היה לה תפקיד משמעותי אך עקיף בהיווצרות התרבות היפנית, בשל אמונות ומסורות בודהיסטיות רבות (שחולקות שורש משותף עם ההינדואיזם) שהתפשטו ליפן מסין דרך חצי האי הקוריאני במאה השישית. היסטוריונים רבים כתבו ספרים ומחקרים על עבודת האלילים ההינדים ביפן. גם כיום, יפן מעודדת מחקר מעמיק של אלים הינדים באמצעות תוכניות חילופי סטודנטים עם האוניברסיטאות ההינדיות.
במהלך הרדיפות האנטי-נוצריות ביפן בשנת 1596, נוצרים יפנים רבים ברחו למושבה גואה בהודו. בראשית המאה ה-17 הייתה קהילה של סוחרים יפנים בגואה בנוסף לעבדים יפניים שהובאו על ידי אוניות פורטוגזיות מיפן.
מכיוון שהודו הייתה תחת שלטון בריטי כשפרצה מלחמת העולם השנייה, היא הצטרפה למלחמה בצד בעלות הברית. למעלה משני מיליון הודים השתתפו במלחמה; רבים שירתו בקרב נגד היפנים שכבשו את בורמה והגיעו לגבול הודו. למרות השתייכותה של הודו לבעלות הברית, יפן העניקה חסות לצבא הלאומי ההודי (INA), ארגון שמטרתו הייתה להפיל את השלטון הבריטי בהודו. היפנים החזירה ל-INA את שבויי המלחמה שנחטפו על ידי יפן בקרב בגבול בורמה–הודו.
במהלך המלחמה הקרה, בניגוד ליפן שהייתה בעלת בריתה של ארצות הברית, הודו ניהלה מדיניות חוץ נייטרלית שמעת לעת תמכה בברית המועצות. בשנות ה-80 של המאה ה-20 חלה עלייה ביחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות בעקבות מאמצים משותפים, וב-1986 יפן הפכה לשותפת הסיוע הגדולה ביותר של הודו. בשנת 1998, יפן הפעילה סנקציות על הודו והשהתה את כל קשרי המסחר שלה עם הודו בעקבות ניסוי בנשק גרעיני שנערך במדינה ההינדית. לאחר שלוש שנים של ניתוק, ממשלת יפן הסירה את הסנקציות והיחסים בין שתי המדינות חזרו להיות חזקים והדוקים. ליפן והודו אינטרס משותף - דיכוי הכלכלה הסינית באזור ומניעת ביסוסה של הרפובליקה העממית של סין כמעצמה עולמית. לשתי המדינות יש סכסוכים טריטוריאליים וכלכליים עם הרפובליקה העממית של סין, מה שמגביר את שיתופי הפעולה שבין שתי המדינות.
בשנת 2014 ביקר ביפן ראש הממשלה ההודי נרנדרה מודי. מאז כניסתו של מודי לממשלת הודו, מודי שמר על קשרים טובים עם ראש הממשלה היפני שינזו אבה. ביקורו ב-2014 חיזק עוד יותר את הקשרים בין המדינות והביא למספר הסכמי מפתח, כולל הקמת "שותפות גלובלית אסטרטגית מיוחדת".
הודו מיוצגת ביפן בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בטוקיו, בירת המדינה. הודו מיוצגת ביפן בדרג הקונסולרי באמצעות קונסוליה רשמית אחת בעיר אוסאקה. יפן מיוצגת בהודו בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בניו דלהי, בירת המדינה. יפן מיוצגת בהודו בדרג הקונסולרי באמצעות ארבע קונסוליות רשמיות שהיא מחזיקה בערים בנגלור, צ'נאי, קולקטה ומומבאי.
הפיליפינים.
היחסים הראשוניים ביותר בין היפנים לפיליפינים אירעו לראשונה במחצית המאה ה-16, תקופה בה היפנים הקימו מעין מובלעת יפנית הנקראת "דילאו" אשר נתמכה על ידי שלטונות הספרדיים באי לוזון. במאה ה-17 היפנים והפיליפינים קיימו קשרי מסחר אינטנסיביים, דרך מערכת האוניות היפנית – "ספינות החותם האדום". בנוסף באותה העת, היפנים הובילו מרד בדילאו כנגד האימפריה הספרדית מה שגרם לירידה חדה במספר המתיישבים היפניים בפיליפינים. באמצע המאה ה-17 יפן החילה את מדיניות הסגר - הסאקוקו, שקובעת כי שום נתין זר מלבד סינים או אנשי חברת הודו המזרחית ההולנדית (תחת הגבלות חמורות) לא יוכלו לסחור עם יפן ולא יוכלו להגיע ליפן. בעקבות כך, היחסים בין יפן לפיליפינים הושעו עד לשנת 1854.
בשנת 1905 חתמה יפן בעל כורחה על הסכם עם ארצות הברית שבו היא מכירה בשלטון האמריקני על הפיליפינים. במהלך השלטון האמריקאי במקום, הקשרים הכלכליים שבין הפיליפינים ליפן גדלו באופן חסר תקדים ובשנת 1929 הייתה יפן שותפת הסחר הגדולה ביותר של הפיליפינים אחרי המדינה השולטת, ארצות הברית.
במהלך מלחמת העולם השנייה, הכוחות היפנים פלשו במהירות לפיליפינים והתגברו על הכוחות האמריקנים ועל הכוחות המקומיים. בשנת 1943, הוקמה ממשלת בובות בפיליפינים, הרפובליקה הפיליפינית השנייה, אך זו לא זכתה לתמיכה מצד האזרחים, בעיקר בעקבות היחס הברוטלי של הצבא היפני לאוכלוסייה הפיליפינית האזרחית. במהלך הכיבוש היפני והקרבות עם האמריקנים שניסו לכבוש חזרה את המדינה נהרגו יותר ממיליון פיליפינים, דבר שהגביר את הסנטימנט האנטי-יפני במדינה. איכות החיים בפיליפינים ירדה משמעותית לאחר המלחמה - מהמדינה השנייה העשירה ביותר באסיה (אחרי יפן עצמה), היא הפכה למדינת עולם שלישי.
בשנת 1946 הפיליפינים קיבלו עצמאות מארצות הברית ובשנת 1951 ממשלת הפיליפינים חתמה על אמנת סן פרנסיסקו, הסכם שלום בין יפן לחלק מן בעלות הברית. למרות חתימת ההסכם, רק בשנת 1956 היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות כוננו מחדש. בסוף שנות ה-50 של המאה ה-20 החלו חברות יפניות ומשקיעים בודדים לחזור לפיליפינים.
בנובמבר 1986 נשיאת הפיליפינים, קורסון אקינו ערכה ביקור רשמי ביפן ובמסגרתו נפגשה עם הקיסר הירוהיטו. במהלך הפגישה הקיסר התנצל על פשעי המלחמה היפניים שנעשו בפיליפינים בזמן מלחמת העולם השנייה. בנוסף, נחתמו מספר הסכמים בילטרליים בין שתי המדינות. אקינו חזרה ליפן בשנת 1989 להלווייתו של הירוהיטו וביקרה אף פעם נוספת במדינה בשנת 1990 להכתרתו של אקיהיטו לקיסר החדש של יפן.
בשנת 1993 הנשיא ראמוס נפגש עם קיאיצ'י מיזאווה, ראש ממשלת יפן, במהלך הפגישה חזר מיזאווה על התנצלותו של הקיסר הירוהיטו על פשעי המלחמה היפניים שנעשו באדמת הפיליפינים, וטען כי צריך לשקול את הדרך הטובה ביותר בהתייחסות לנושא. ממשל ראמוס תמך במכרז היפני להיות חבר קבע במועצת הביטחון של האומות המאוחדות יחד עם גרמניה.
הפיליפינים מיוצגת ביפן בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בטוקיו, בירת המדינה. הפיליפינים מיוצגת ביפן גם בדרג הקונסולרי באמצעות ארבע קונסוליות רשמיות שהיא מחזיקה בנגויה, נהה, אוסקה, וסאפורו. יפן מיוצגת בפיליפינים בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה במנילה, בירת המדינה. יפן מיוצגת בפיליפינים גם בדרג הקונסולרי באמצעות שתי קונסוליות רשמיות שהיא מחזיקה בסבו סיטי, ובדבאו סיטי.
טורקיה.
בשנת 1890, פריגטה עות'מאנית טבעה ליד חופי וואקיאמה מול הקיסר מוצוהיטו. הקיסר שלח את המלחים שטבעו חזרה לאיסטנבול, שם נפגש עם סולטאן האימפריה העות'מאנית וכונן עימו יחסים דיפלומטיים רשמיים. כמו כן, במקום הטביעה, הוקמה אנדרטה לזכרם של ההורגים. בנוסף, במלאת 125 שנים למקרה, משרד החוץ היפני וממשלת טורקיה הפיקו סרט תיעודי על המקרה בשם "125 שנה". לאימפריה העות'מאנית וליפן הייתה אויבת משותפת, האימפריה הרוסית, מה שגרם לחיזוק היחסים בין שתי המדינות ועל מספר רב של שיתופי פעולה צבאיים. במהלך מלחמת העולם הראשונה, היפנים והעות'מאנים, שהשתייכו לצדדים שונים, נאלצו להכריז מלחמה אחת על השנייה. אולם, הכרזת המלחמה הייתה סמלית בלבד, ואף פעם לא נוצר בין האימפריה העות'מאנית ליפן עימות ישיר.
לאחר נפילתה של האימפריה העות'מאנית, הרפובליקה הטורקית הוקמה. היחסים הדיפלומטיים בין טורקיה לבין יפן כוננו ב-1924, ושנה לאחר מכן, המדינות ביצעו חילופי שגרירים הדדיים. במהלך מלחמת העולם השנייה, טורקיה שמרה על מדיניות נייטרלית, אך בשלהי המלחמה, טורקיה הכריזה מלחמה על יפן. בדומה להכרזה במלחמת העולם הראשונה, גם ההכרזה הו הייתה סמלית בלבד.
בשנת 1985, מעט יותר מ-100 שנה לאחר הצלת מלחי הארטוגול מול חופי יפן, טורקיה שלחה מטוס לחלץ את 215 אזרחי יפן שהתגוררו באותה עת בטהראן, זאת בשעה שהתנהלה מלחמת איראן–עיראק. ממשלת טורקיה פרסמה אז הודעה: "לא שכחנו את הצלת מלחי הארטוגול. אם כן, לאחר ששמענו שיש אזרחים יפנים שזקוקים לעזרה, הלכנו להציל אותם". יפן לא העניקה מעמד פליט לאף אדם שברח מכורדיסטן הטורקית, בשל הרדיפות שבצעו הטורקים.