בארו, שהיה בן 82 וקרוב לסוף הקריירה, חכך בדעתו מי ראוי לפקד על המשלחת שתשלים את המעבר הצפון-מערבי ואולי תמצא גם ים פתוח, נקי מקרח, סביב הקוטב הצפוני, כפי שסבר בארו. פארי, בחירתו הראשונה, נלאה מן החוג הארקטי וסירב בנימוס. בחירתו השנייה, ג'יימס קלארק רוס, סירב גם הוא משום שהבטיח לאשתו הטרייה שלא יפליג עוד אל האזור הארקטי. את האדם השלישי שבו בחר בארו, ג'יימס פיצג'יימס, דחתה האדמירליות מחמת גילו הצעיר. בארו שקל את ג'ורג' בק, אבל חשב שהוא נצחני מדי. פרנסיס קרוזייה, עוד אפשרות, היה אירי ממעמד נמוך, עובדה שהטתה את הכף לרעתו. בניגוד לרצונו, התפשר בארו על פרנקלין בן ה-59. המשלחת נועדה לצאת בשתי ספינות, אה"מ ארבוס (1826) ואה"מ טרור (1813), שכל אחת מהן שירתה באנטארקטיקה תחת פיקודו של ג'יימס קלארק רוס. פרנקלין התמנה לרב חובל של "ארבוס" וקרוזייר, שפיקד על "טרור" במשלחת לאנטארקטיקה עם רוס בשנים 1841–1844, התמנה לקצין מבצעים ולמפקד ה"טרור" פרנקלין קיבל את הפיקוד על המשלחת ב-7 בפברואר 1845, ואת ההוראות הרשמיות ב-5 במאי 1845.
ספינות, אספקה וצוות.
"ארבוס" בת ה-378 טון ו"טרור", בת 331 טון, היו בעלות מבנה איתן ומוצק, והותקנו בהן מיטב השכלולים האחרונים. מנועי קיטור הותאמו להנעת מדחף יחיד בכל אונייה; המנועים הללו שימשו לשעבר קטרים מחברת קרוידן הלונדונית למסילות ברזל. הם אפשרו לספינות לשייט ב-17.4 קמ"ש בכוח עצמי.
עוד טכנולוגיה מתקדמת כללה חרטומים מחוזקים בקורות כבדות ולוחות ברזל, חימום קיטור פנימי לרווחת הצוות, מדחפי בורג והגאי ברזל, שאפשר היה להעלות אל תוך מדורי ברזל כדי להגן עליהם מנזק, ספריות אונייה של יותר מ-1,000 ספרים, ואספקה לשלוש שנים של מזונות משומרים בדרכים מקובלות או בקופסאות שימורים. את קופסאות השימורים סיפק סמואל גולדנר, שזכה בחוזה ב-1 באפריל 1845, בסך הכל 7 שבועות לפני שפרנקלין יצא לדרך. בית החרושת לשימורי בשר של גולדנר בגאלאץ עבד בקדחתנות להכין את ההזמנה הענקית והחפוזה של 8,000 פחיות. מחמת החיפזון, הייתה בקרת איכות לא-מספקת של חלק מן הפחיות שיוצרו; לאחר זמן נמצא, שהלחמות העופרת שלהן "היו מרושלות ועבות מדי, ונטפו כשעוות נרות על פנים הקופסאות".
רוב אנשי הצוות היו אנגלים, רבים מהם מצפון אנגליה, ומעטים היו אירים וסקוטים. מלבד פרנקלין, קרוזייה ולוטננט גראהם גור, הקצינים היחידים שהיו בעלי ניסיון ארקטי היו רופא עוזר ושני מומחים לקרח.
קשרים לאוסטרליה.
מלבד סר ג'ון פרנקלין עצמו, שהיה סגן מושל של ארץ ואן דימן, כלל הצוות שני אנשים שהיו להם קשרי משפחה קרובים אל חוקרי אוסטרליה, שגם הם מתו בנסיבות טרגיות. קומנדר אנרי לה וקונט היה דודן ראשון של ויליאם ג'ון וילס, שותף להנהגת משלחת ברק ווילס מ-1861, הראשונה שחצתה את יבשת אוסטרליה מדרום לצפון; הן ברק והן וילס נספו במסע חזרה. ויליאם גיבסון, דייל על אה"מ "טרור" היה אחיו הבכור של אלפרד גיבסון, שנעלם במשלחת משנת 1874 בהנהגת ארנסט גיילס לחציית מדבריות מערב אוסטרליה ממזרח למערב, ושמו הונצח במדבר גיבסון.
מתוך רשומה ביומן של גיילס, 21 באפריל 1873:
אובדן.
המשלחת יצאה לדרכה מגרינהיית', אנגליה, בבוקר ה-19 במאי 1845, עם צוות של 24 קצינים ו-110 ימאים. האוניות עצרו לשהות קצרה בנמל סטרומנס באיי אורקני בצפון סקוטלנד, ומשם הפליגו אל גרנלנד עם אה"מ ראטלר (1843) ואוניית תובלה, "בארטו ג'ויניור".
באיי ויילפיש במפרץ דיסקו, על החוף המערבי של גרנלנד, נשחטו 10 שוורים שהיו על אוניית התובלה לשמש בשר טרי; האספקה הועברה אל "ארבוס" וטרור", וחברי הצוות כתבו את מכתביהם האחרונים הביתה. מכתבים שנכתבו על סיפון האוניות מספרים על האיסור שהטיל פרנקלין על קללות ועל שכרות. לפני יציאתן הסופית של האוניות לדרך, שוחררו חמישה אנשים ונשלחו הביתה על "ראטלר" ו"בארטו ג'וניור", ובכך צומצם הצוות הסופי של הספינות ל-129. המשלחת נראתה לאחרונה על ידי אירופאים בסוף יולי 1845, כשקפטן דאנט מספינת ציידי הלווייתנים "הנסיך מוויילס" וקפטן רוברט מרטין מספינת ציידי הלוותנים "אנטרפרייז" פגשו את "טרור" ו"ארבוס" במפרץ באפין, שם המתינו לתנאים טובים לחציית מצר לנקסטר.
במהלך 150 השנים הבאות יצרפו משלחות אחרות, חוקרים ומדענים פיסה לפיסה את אשר אירע לאחר מכן. אנשיו של פרנקלין חרפו ב-1845–1846 על האי ביצ'י, שם מתו שלושה חברי צוות ונקברו. "טרור" ו"ארבוס" נלכדו בקרח סמוך לאי המלך ויליאם בספטמבר 1846 והסברה היא, שמעולם לא הפליגו משם. לפי פתק מן ה-25 באפריל 1848, שהשאירו פיצג'יימס וקרוזייר על האי, פרנקלין מת ב-11 ביוני 1847; הצוות חרף על אי המלך ויליאם ב-1846–1847 וב-1847–1848, והצוות הנותר תכנן להתחיל ב-26 באפריל 1848 בצעדה לעבר נהר בק על אדמת קנדה. תשעה קצינים וחמישה-עשר ימאים מתו כבר; השאר עתידים היו למות בדרך, רובם על האי ויתר ה-30 או 40 על חופה המזרחי של קנדה, במרחק מאות מילין מן המוצב הקרוב ביותר של ציוויליזציה מערבית.
חיפושים ראשונים.
לאחר שחלפו שנתיים ואף מילה לא הגיעה מפרנקלין, גברה הדאגה בציבור וליידי פרנקלין - יחד עם חברים בפרלמנט הבריטי ועיתונים בריטיים - דחקה באדמירליות להוציא משלחת חיפושים. בתגובה לכך, פיתחה האדמירליות תוכנית משולשת, שיצאה לפועל באביב 1848 וכללה קבוצת חילוץ יבשתית בראשות חוקר הטבע סר ג'ון ריצ'רדסון וחוקר הארצות ג'ון רה, שהפליגה במורד נהר מקנזי אל החוף הארקטי הקנדי. מלבדה יצאו עוד שתי משלחות ימיות, האחת נכנסה אל הארכיפלג הארקטי הקנדי דרך מצר לנקסטר והשנייה מצד האוקיינוס השקט. נוסף לכך, הציעה האדמירליות פרס בסך 20,000 ליש"ט ל"כל קבוצה או קבוצות, מכל מדינה שהיא, שיגישו עזרה לצוותי ספינות המחקר בפיקודו של סר ג'ון פרנקלין". לאחר כישלון המאמץ המשותף, גברו הדאגה והעניין שגילה הציבור הבריטי בחוג הארקטי עד ש"מציאת פרנקלין הייתה ללא פחות ממסע צלב." בלדות כגון "קינת ליידי פרנקלין", המנציחה את חיפושי ליידי פרנקלין אחר בעלה האובד, נעשו פופולריות.
רבים הצטרפו לחיפושים. בשנת 1850 שייטו אחת-עשרה אוניות בריטיות ושתי אוניות אמריקאיות בים הארקטי הקנדי, בהן הספינה "ברידאלביין" ואחותה הספינה "פניקס". כמה מהן התכנסו סמוך לחוף המזרחי של האי ביצ'י, שם נמצאו השרידים הראשונים של המשלחת, כולל שאריות של מחנה חורף משנת 1845–1846 וקבריהם של ג'ון טורינגטון, ג'ון הארטנל וויליאם בריין. שום הודעות ממשלחת פרנקלין לא נמצאו באתר זה. באביב 1851 צפו נוסעים ואנשי צוות מסיפוניהן של כמה אוניות בקרחון ענקי סמוך לניופאונדלנד, שנשא שני כלי שיט, האחד זקוף והשני נטוי על קורת הסיפון. הספינות לא נבחנו מקרוב. באותו זמן עלה הרעיון, שהספינות הן "ארבוס" ו"טרור", אבל עכשיו ידוע שלא כך היה; סביר להניח, שהיו אלה ספינות נטושות של ציידי לווייתנים.
בשנת 1852 הוצב אדוארד בלצ'ר לפקד על המשלחת הארקטית הממשלתית לחיפוש סר ג'ון פרנקלין. החיפוש לא עלה יפה; כישלונו של בלצ'ר להתחבב על פיקודיו היה ביש מזל במיוחד במסע ארקטי, והוא לא היה האדם המתאים לפקד על כלי שיט בין גושי קרח. ארבע מחמש הספינות, "רזולוט", "פיוניר", "אסיסטנס" ו"אינטרפיד" ניטשו בקרח ים דחוס. בלצ'ר הועמד למשפט על הנטישה, אך זוכה מאשמה. אחת הספינות האלה, "רזולוט", התגלתה מאוחר יותר ללא פגע על ידי ספינת ציידי לווייתנים אמריקאית והושבה לממלכה המאוחדת. קורות עץ מן הספינה שימשו לאחר זמן לייצור שלושה שולחנות כתיבה, שאת אחד מהם, "שולחן רזולוט", העניקה המלכה ויקטוריה לנשיא ארצות הברית רתרפורד הייז; שולחן זה נבחר לעיתים קרובות על ידי נשיאי ארצות הברית לשימוש בחדר הסגלגל בבית הלבן.
חיפושים יבשתיים.
בשנת 1854 גילה ג'ון ריי, שעסק בסקירת חצי האי בותיה בשביל חברת מפרץ האדסון, ראיות נוספות לגורל המשלחת. ריי פגש אינואיט סמוך למפרץ פלי (כיום קוגארוק, נונאווט) ב-21 באפריל 1854, וזה סיפר לו על קבוצה של בין 35 ל-40 אנשים לבנים, שמתו מרעב סמוך לשפך נהר בק. אינואיט אחר אישר סיפור זה, שכלל דיווחים על קניבליזם בקרב הימאים הגוועים. האינואיט הראה לריי חפצים רבים, שזוהו כשייכים לפרנקלין ואנשיו. במיוחד קיבל ריי מן האינואיט והביא עמו מזלגות וכפות כסף שזוהו לאחר זמן כשייכים לפרנקלין, פיצג'יימס, קרוזייה ורוברט אוזמר סארג'נט, חובל על סיפון "ארבוס". הדין וחשבון של ריי נשלח לאדמירליות, וזו ביקשה באוקטובר 1854 במפגיע מחברת מפרץ האדסון להוציא משלחת במורד נהר בק לחפש עוד סימנים לפרנקלין ואנשיו.
הבאים בתור היו הסוכן הראשי ג'יימס אנדרסון ועובד החברה ג'יימס סטיוארט, ששייטו צפונה בקאנו אל שפך נהר בק. ביולי 1855 סיפרו להם קבוצת אינואיטים על קבוצה של "גאלונאט" ("לבנים" בשפת האינואיטים), שגוועו ומתו ברעב לאורך החוף. באוגוסט מצאו אנדרסון וסטיוארט חתיכת עץ ועליה הכתובת "ארבוס" ואחרת שעליה נכתב "מר סטנלי" (רופא על ה"ארבוס") על האי מונטריאל במפרצון שאנטריי, שם פוגש נהר בק את הים.
על אף ממצאיהם של רה ואנדרסון, האדמירליות לא תכננה עוד חיפוש משלה. ב-31 במרץ הגדירה בריטניה רשמית את אנשי הצוות כמי שנספו במהלך שירותם. ליידי פרנקלין, משלא הצליחה לשכנע את הממשלה לממן עוד חיפוש, כינסה על דעת עצמה עוד משלחת אחת בראשות פרנסיס לאופולד מקלינטוק.
ספינת המשלחת, אוניית קיטור דו-תורנית בשם "פוקס", נקנתה בתרומות הציבור והפליגה מאברדין ב-2 ביולי 1857.