ב-1892 התפטר מהשירות הציבורי, ואז יכול היה להקדיש את מלוא זמנו למסעותיו. הוא היה עצמאי מבחינה כלכלית והשקיע כסף רב, שכר צוות של ארכאולוגים, וכן מדריך ערבי. מטרתו הייתה להפוך למומחה בשפה, במנהגים ובתרבות של המזרח. הוא הגיע לקהיר, שם שהה שבעה חודשים. בתקופת שהייתו בעיר למד ערבית ואסלאם. הוא עזב את המלון האירופאי שבו שהה והעדיף לשהות ברובע שבו גרו המקומיים. משרתיו דיברו רק ערבית. בין השנים 1893–1894 המשיך במסעותיו ונסע מקהיר דרך ביירות והמדבר הסורי למסופוטמיה והגיע עד העיר בצרה, השוכנת לחוף המפרץ הפרסי. מטרת מסעותיו הייתה לסקור את האזורים, ולמצוא אתרים ארכאולוגים דוגמת תדמור. במסעותיו עבר באזורים בהם היה התייר האירופאי הראשון, ופיתח עניין בחיי הבדואים. הממשל העות'מאני צרף למשלחתו 20 חיילים למטרות הגנה על חברי המשלחת. היכולת שלו לשוחח בערבית הקלה עליו בפגישותיו עם השייח'ים הבדואים. בנוסף, הוא נהג להתלבש במסעותיו בלבוש ערבי. הוא שלח דוח על הבדואים שפגש בדרכו לממשלה הגרמנית. את דרכו חזרה לגרמניה עשה דרך הודו והקולוניה מזרח אפריקה הגרמנית. ב-1895 כתב את ספרו על מסעותיו, שכלל שני כרכים: "Vom Mittelmeer zum Persischen Golf" (מהים התיכון עד המפרץ הפרסי). ספרו זה, שפורסם ב-1899/1900, הביא לפרסומו. תומאס אדוארד לורנס (לורנס איש ערב, אותו פגש אופנהיים מאוחר יותר בכרכמיש ב-1912) כינה אותו "הספר הטוב ביותר על האזור שאני מכיר". ב-1895 ביקר אופנהיים בקונסטנטינופול. הוא התקבל לראיון אצל הסולטאן עבדול חמיד השני והם דנו בנושא פאן-אסלאמיזם.
אופנהיים, שהתעניין בדיפלומטיה ובפוליטיקה, ניסה להתקבל לשירות הדיפלומטי הגרמני, אבל משרד החוץ הגרמני דחה את בקשתו בגלל מוצאו היהודי של אביו. כדי לעקוף את הבעיה, הוא הצהיר שהוא מתכחש למוצא היהודי שלו ומאמץ במלואה את דתה של אמו הקתולית (בעת מסעותיו במדבר הסורי, נהג להציג את עצמו כמוסלמי בפני השייח'ים). בנוסף, הוא נעזר בגראף פאול פון הצפלט (Paul von Hatzfeldt), שהיה שגריר גרמניה בלונדון ובעבר שר החוץ הגרמני, שהמליץ עליו ואמר שיש לו פוטנציאל גדול. הוא הצליח להתקבל כנספח דיפלומטי בקונסוליה הגרמנית בקהיר. תפקיד זה לא נתן לו מעמד דיפלומטי. הוא הגיע לקהיר ביוני 1896 ושהה בה במשך 13 שנים. הוא לא קיבל הנחיות ספציפיות לגבי פעילותו בקונסוליה, וניצל את החופש היחסי שניתן לו לפעילות עצמאית. לאופנהיים היה חשוב למצב את עצמו כמומחה הראשי לענייני ערבים בקונסוליה בקהיר. הוא הרבה לשלוח דיווחים על רשמיו לממונים עליו בברלין. חשוב היה לו שדיווחיו יגיעו לידי הקיסר וילהלם השני, לכן נהג לכלול בדיווחיו מחמאות לקיסר. דיווחיו אלה, שהגיעו לידיעת הקיסר, הביאו אותו להתייחס לאופנהיים כאיש אשר הוא יכול לסמוך עליו שיספר טובות על גרמניה במזרח הקרוב. לא ידוע עד כמה היו לדיווחיו השפעה מעשית על מדיניות הקיסר. אופנהיים ניצל את זמנו ויצר בהצלחה רשת היכרויות עם אנשי המעמד העליון בקהיר, אירופאי ומקומי.
בתקופת שהותו בקהיר עשה מספר מסעות. בשנת 1899 ערך מסע לסוריה כיועץ מטעם דויטשה בנק. מטרת המסע הייתה לאתר נתיב מתאים למסילת הברזל ברלין-בגדאד. בדרכו עבר בחלב, דמשק וצפון מסופוטמיה. ב-19 בנובמבר הוא גילה את תל חלף, לאחר ששמע סיפורים מכפריים מקומיים על אלילי אבן הקבורים בחול. הוא חפר 4 לוקוסים. בתוך שלושה ימים התגלו מספר פסלים חשובים, כולל הפסל הידוע "האלה היושבת". בבור בדיקה שנחפר, התגלתה הכניסה המערבית של הארמון המערבי. מאחר שלאופנהיים לא היה פירמן לחפור באתר, הוא קבר את הפסלים שמצא והמשיך בנסיעתו. דויטשה בנק לא היה מרוצה מעבודתו על המסילה ופיטר אותו.
בשנת 1900 הוא פגש את הקיסר בוועידה בפוטסדאם, שהתקיימה שנתיים לאחר מסעו של הקיסר לארץ ישראל, לבנון ודמשק. המפגש אורגן על ידי הקונסוליה הגרמנית בקהיר. אופנהיים הוזמן לאכול עם הקיסר. בביקור הוא הראה לו כמה מאות תצלומים שצילם במסעו בשנת 1899. הקיסר הנלהב ביקש את חוות דעתו בנושאים הקשורים באסלאם והבדואים ומנהגיהם. כגמול על העצות של אופנהיים, על האזור שהיה קרוב ללבו של הקיסר, הוא העלה אותו לדרגת יועץ משפטי ראשי. לאחר מפגש זה, נהג אופנהיים לנסוע כל קיץ לגרמניה ונפגש עם הקיסר לארוחת צהריים, בה נהג לספר לו סיפורים על חיי המזרח. בין השנים 1896–1909 הוא שלח לפחות 467 דוחות, חלקם הגדול כללו יותר מ-100 עמודים. הדיווחים עסקו במגוון רחב של נושאים, כגון: פאן-אסלאמיות, שיקום מערכות ההשקיה שלבבל, הצעות למסלולים אפשריים לסלילת מסילת הברזל ברלין-בגדאד, פוליטיקה פנים מצרית הקשורה בבית המלוכה, פגיעתו הקשה של הכיבוש הבריטי, הצי הבריטי, השריף של מכה ועוד. בכל דיווחיו של אופנהיים, בא לידי הביטוי רצונו להגן על האימפריה העות'מאנית כנגד ה"שד" הבריטי, או כלשונו: "האימפריה הקולניאלית האנגלית-מוסלמית-אפריקנית-אסייתית". על פי ההיסטוריון האמריקאי שון מקמיקין , דיווחיו של אופנהיים לא כללו תובנות מקוריות, אלא היו שגרתיות בגישתן למידע, אבל הם הראו את רוחב ידיעותיו בנושא ואת שאיפתו הרבה שגרמניה תגן על האימפריה העות'מאנית. דיווחיו כללו גם התייחסות לאוכלוסייה הנוצרית שהתגוררה בלבנון וסוריה, באומרו שאוכלוסייה זאת לא תתמוך לעולם בגרמנים והם אלמנט באוכלוסייה שלא ניתן לסמוך עליו ולכן על הגרמנים להתעלם מהם בתוכניותיהם. הוא התייחס גם ליהודים הציונים, ואמר שלעת עתה הם בסדר. הוא התייחס בחשדנות לאבן סעוד וגם ליריבו חוסיין בן עלי השריף של מכה, וטען ששניהם מקבלים תשלום מהבריטים. הוא התייחס בחיוב ללאומנים המצריים שהתנגדו לכיבוש הבריטי של מצרים, ודאג להתיידד איתם.
פעילותו בקהיר ודעותיו הבוטות שתמכו בשאיפות הקולוניאליות של הממשלה הגרמנית, לא נעלמו מעיני השלטונות הבריטים. הבית שלו שכן בקרבת אוניברסיטת אל אזהר, שהיה מרכז התנגדות לשלטון הבריטי. הוא ארח בו גורמים שהיוו פוטנציאל להפוך מהפכנים כנגד הבריטים. התנהלותו הביאה לדאגה ואי אמון של הבריטים בקהיר, שדאגו בקשר לתוכניות הגרמניות לגבי מצרים, אשר הפכה בשנת 1882 למדינת חסות בריטית. הבריטים דאגו במיוחד לשליטתם על תעלת סואץ, ששימשה כדרך מעבר חשובה להודו. אוולין בארינג, שהיה הקונסול הכללי של מצרים ולמעשה השליט שלה, חשד בו זה מכבר שהוא סוכן ומרגל של הקיסר הגרמני. העיתונות הבריטית יצאה שוב ושוב בפרסומים כנגדו, כשהם מכנים אותו "מרגל של הקיסר". ב"משבר עקבה" שהתרחש ב-1906, על קביעת קו הגבול באזור אום רשרש בין האימפריה הבריטית לאימפריה העות'מאנית, הגיעו החשדות של הבריטים כנגד אופנהיים לדרגת פרנויה. הבריטים חשדו שהגרמנים עומדים מאחורי הסולטאן ומסיתים אותו. הוא ארח בביתו מסיתים, ומביתו יצאו עלונים שקראו לפאן-איסלאמיות ולמלחמת ג'יהאד כנגד קולוניאליסטים אירופאים. הוא היה מעורב עם גורמים אנטי-צרפתיים באלג'יריה וגורמים אנטי-איטלקיים בטריפולי שבלוב, שהייתה אז בשליטת איטליה.
תגובתו של אופנהיים לטענות הבריטים שההסתה של הערבים כנגד הבריטים שהוא עושה הגיעה לדרגה מסוכנת, הייתה משלוח דוחות תוקפניים יותר כנגד הבריטים למשרד החוץ הגרמני. הוא ראה במאבק שהתנהל על קו הגבול בעקבה כהזדמנות של הגרמנים. הוא צפה שתהיה התפרצות של הכוחות האיסלאמיים שנמצאים תחת השלטון הבריטי, ושהיא תהיה בעוצמה כה גבוהה, שתביא לכך שכל הכוחות הבריטיים היבשתיים וחלק ניכר מהכוח הימי יהיו עסוקים בדיכוי המרידות האלה. הוא ראה בכך הזדמנות לגרמניה להפוך לכוח ברמה עולמית. הוא צפה שבעתיד הכוח האיסלאמי יגדל, יחד עם גידול באוכלוסייה שלו, והם יהוו גורם משמעותי רב יותר במדיניות של המדינות האירופאיות. הממונים עליו במשרד החוץ הגרמני העריכו את דוחותיו, אבל לא היו מוכנים בשלב זה להיכנס לעימות עם האימפריה הבריטית. לאחר עזיבתו של הקונסול הכללי בארינג, השתפר מצבו של אופנהיים לתקופת מה. בסתיו 1909 השתלט אופנהיים על עיתון רדיקלי שנקרא "Masr el Fatal". רכישה זאת הציתה מחדש את הפרסומים נגדו כמרגל של הקיסר. בוטרוס ראלי, הקופטי שמונה על ידי הבריטים כראש ממשלת מצרים, גינה אותו בפומבי. איש עסקים נוצרי שחי בקהיר, כתב לנשיא הרייכסטאג, שמעשיו והאינטריגות של אופנהיים מסכנים את שמה של גרמניה ומסכנים את השלום. טענות אלה הביאו לכך שתומכיו הפסיקו לתמוך בו. הוא קיבל שנת חופש בתשלום ופוטר מהשירות בנובמבר 1910. כדי להקל עליו, העניק לו הקיסר וילהלם דרגת שירות Resident Minister.
אופנהיים קיים בקהיר אורח חיים עליו חלם מאז ילדותו. הוא גר במבנה ארמון פאשה שנבנה בתחילת המאה ה-19 ברובע הערבי העתיק של העיר. המבנה היה משופע בעיצוב אוריינטלי. אופנהיים נהג לארח בחדר האוכל שלו קונסולים קולגות, ואורחים חשובים מגרמניה. אבל בחלקו הפנימי של הארמון, מוסתר מעיני המבקרים, התקיים הרמון, שבו החזיק נשים ששימשו לו כפילגשים. בכל שנה בסתיו, לקראת חזרתו מחופשת קיץ בגרמניה, היה המשרת הראשי שלו מחליף את הפילגש הראשית. לרשות פילגש זאת עמדו שתי משרתות לשרתה. הוא קרא לאותה פילגש "Zeitfrauen" ("אישה זמנית"). רק במקרה אחד הופרה ההפרדה בין שני חלקי הארמון, אופנהיים פגש ברחוב אישה נשואה בבורקה. הוא נמשך אליה וארגן איתה פגישה. בהמשך הפכה לפילגש שלו וכדי למנוע מריבות בהרמון, אף סילק את הפילגש הזמנית שלו. בסופו של דבר בעלה של אותה אישה מצא אותה והטביע אותה בנילוס.
חפירות בתל חלף.