שני המקדשים בנויים בקצה של רמה במרכזו של האי גוזו, וחזיתותיהם פונות לכיוון דרום-מזרח, בדומה לרוב המקדשים המגליתיים במלטה ובגוזו. המקדשים מוקפים בגדר היקפית אחת, ובינה לבין קירותיהם הפנימיים חלל שמולא בעפר ואבנים. פתחי הכניסה אל שני המקדשים נמצאים במרחק של כעשרים מטרים זה מזה, והם פונים למעשה לאותה חצר קדמית. כל אחד משני המקדשים בנוי מחמישה אפסיסים הערוכים בצורת עלי כותרת סביב פרוזדור מרכזי - סמוך לכניסה מתפצלים שני אפסיסים מהפרוזדור לימין ולשמאל, ומעבר מוביל הלאה לתוך המקדש למקום בו שלושת האפסיסים הנותרים מתפצלים מנקודה אחת ימינה, שמאלה ולפנים. המקדשים מרשימים בשל העובדה שהוקמו בטרם נודע השימוש בכלי מתכת או בגלגל באי, אך באתר נמצאו אבנים עגולות אשר ייתכן כי שמשו ככדורים עליהם הוסעו אבני הענק. ממדיה של האבן הגדולה באתר הם 6 על 4 מטרים והיא שוקלת 57 טון. הקיר האחורי של המקדש השתמר במיוחד, והוא עשוי ממגליתים ניצבים הנתמכים במגליתים שכובים. שני המקדשים חשופים כיום לאוויר, אולם קיימות סברות כי בעת בנייתם כוסו האפסיסים שלהם בגג כלשהו, ככל הנראה מקורות עץ. דבר זה מוסק, בין היתר, מנטיית גושי האבן כלפי פנים.
במקום התגלו עיטורים שונים, בין היתר בצורת ספירלות, ועדויות לשימוש באוכרה.
המקדש הדרום-מערבי הוא העתיק, השמור והגדול מבין השניים והוא מתוארך ל-3600 לפנה"ס. גובהו שבעה מטרים. באפסיסים של המקדש הגדול השתמרו מזבחים ותנורים, וכן עצמות בעלי חיים שהעלו את הסברה כי המקום שימש להקרבת קורבנות. בחלק מהאבנים שליד התנורים ניכרים שרידים לשימוש באש. המקדש האחר קטן ממנו, וכדי להקימו הוסט חלק מהקיר של המקדש העתיק יותר שממערב לו.
המקדשים היו ידועים לתושבי הסביבה מזה זמן רב, ובסוף המאה ה-18, עוד לפני תחילת המחקר במקום, כבר שורטט תרשים מדויק למדי של תוכניתם. ב-1827 הורה המושל הבריטי של גוזו לנקות את האתר במטרה לשמרו, אך העפר והפסולת שהורקחו ממנו פונו מבלי שתוכנם נחקר. לאחר מכן התדרדר מצבם של השרידים, והקרקע הייתה בבעלות פרטית, עד שבשנת 1933 הלאימה אותה הממשלה, ומספר מחקרים בוצעו במקום ממועד זה ועד שנת 1959. מקדשי ג'גנטיה העניקו את שמם לראשון מבין שלושה שלבים בהתפתחות תרבות בניית המקדשים באיים, וב-1980 היו הראשונים שזכו למעמד של אתר מורשת עולמית.
טה חג'ראט.
שני המקדשים בטה חג'ראט (Ta' Ħaġrat) שוכנים במערבו של האי מלטה, קילומטר אחד ממקדשי סקורבה. לשני האתרים מאפיינים משותפים (). המקדשים קטנים בממדיהם יחסית למקדשים אחרים באי. הם השתמרו בצורה טובה יחסית. המקדש הגדול (הדרום-מערבי) היה בשימוש בין 3600 ל-3300 לפנה"ס לערך (תקופת ג'גנטייה), והמקדש הקטן, השוכן צפונית מערבית לו, מתוארך לתקופה שבין 3300 ל-3000 לפנה"ס (תקופת ספליני). לפני הקמת המקדשים ניצב במקום כפר, ובאתר התגלו חרסים מתחילת האלף ה-4 לפנה"ס. האתר התגלה רק בשנת 1916, וחלק מהאבנים שבו שימשו את הכפריים בסביבה לצרכיהם. המקום נחקר בין 1923 ל-1926, ושוב ב-1953, אך רק בשנות ה-60 הוא תוארך.
שני המקדשים בנויים מאבן גיר, ותוכניתם פחות פורמלית מזו של מקדשים אחרים ברחבי האי. המקדש הגדול בנוי בצורת טרפויל ולו שלושה אפסיסים. חזיתו פונה אל חצר חצי עגולה, במרכזה שער כניסה מונומנטלי ששופץ חלקית ב-1937, ולאורכה ספסל אבן. שתי מדרגות מובילות מהשער אל פרוזדור המבואה, המרוצף באבנים שהונחו בדיוק רב. הפרוזדור מסתיים בחלל המרכזי שממנו מתפצלים שלושת האפסיסים, ולפי ממצאים במקום היו אלה מקורים. אורכו הכולל של המקדש הוא 15 מטרים. המקדש הקטן יוצא דופן בשל כך שהוא עשוי בצורה של ארבעה אפסיסים היוצאים מנקודה מרכזית, והכניסה אליו היא דרך האפסיס הימני של המקדש הגדול. אורכו 6.5 מטרים בלבד. במקום לא נתגלו עיטורים על גושי האבן הגדולים, אך באתר נמצא ממצא ייחודי בדמותו של דגם מקורה של מקדש עשוי אבן גיר.
סקורבה.
שני מקדשי סקורבה (Skorba) שוכנים במערב מלטה, כקילומטר מזרחית למקדשי טה חג'ראט (). המקדשים לא השתמרו במצב טוב, ובסוף המאה ה-19, רק פיסת אבן אחת ניצבה על כנה באתר. מסיבה זו, המקום נחקר רק בשנות ה-60.
מהמקדש המערבי (3600 עד 3000 לפנה"ס) שרדו מספר אבנים ניצבות, שהגדולה שבהן ניצבת לגובה של 3.9 מטר, השכבה התחתונה של קו המתאר של המבנה ואבני הריצוף במרכזו של המקדש. החזית ורובם של שניים משלושת האפסיסים לא שרדו.
המקדש המזרחי נוסף במחצית הראשונה של האלף ה-3 לפנה"ס והוא בנוי בצורת ארבעה אפסיסים, שניים מימין לפרוזדור המרכזי ושניים משמאל לו.
במקום ניצב כפר כבר בתחילת האלף ה-5 לפנה"ס, ושרידיו התגלו ממערב לשני המקדשים. הממצא הבולט ביותר בכפר זה הוא קיר באורך של 11 מטרים. ממזרח למקדשים התגלו שני מבני מגורים מהמחצית השנייה של האלף ה-5 לפנה"ס.
המגליתים במקדשי סקורבה - כל אחד מהם במשקל של יותר מטון - עשויים מאבן גיר מסוג שאינו מצוי בסביבה הקרובה לאתר, ולכן ברי שהובאו ממרחק של קילומטר וחצי לפחות.
חג'ר אים.
חג'ר אים (Ħaġar Qim - "אבן עומדת/קמה") הוא האתר הארכאולוגי המוכר ביותר במלטה. הוא שוכן על צוק בדרומו של האי מלטה, כחצי קילומטר מחוף הים.
המקדש התגלה בחפירות שנערכו בשנת 1839, והחוקרים שרטטו תרשים של האתר, ופרסמו את ממצאיהם ב-1842. האתר נחקר בהמשך ב-1845 וב-1885 וכן ב-1909 על ידי סיר טמי זמיט. ממצאים נוספים וצלמיות נשים שמנות נחשפו בשנת 1949, ובמהלך שנות ה-50 בוצעו במקום עבודות שימור ותחזוקה. באתר שוכן מרכז מבקרים שבו אודיטוריום, אולמות תצוגה לתערוכת קבע של ממצאים שנשמרו קודם לכן במוזיאון הארכאולוגי הלאומי ואולמות לתערוכות מתחלפות.
באתר מקדש מרכזי שהוקם בתקופת מניידרה, ושני מקדשים משניים.
המקדש הדרומי (המרכזי) מתוארך לתקופת מניידרה (3600 עד 3200 לפנה"ס) והוא מוקף במגליתים גדולים הנוטים כלפי פנים ומעניקים לו יציבות. הפתח המרכזי מוביל מהחזית הפונה לחצר הקדמית המרוצפת, אל פנים המקדש שבו שלושה חללים. בנייה זו מאפיינת את המקובל במקדשים באיים, אך מאוחר יותר, חרגו הבונים מתוכנית זו והוסיפו למקדש שלושה חללים בחלקו המערבי, שאליהם כניסות נפרדות מן החוץ. ליד חזית המקדש נמצא המגלית הגדול ביותר שנתגלה באי מלטה - 6 על 3 על 2 מטר; משקלו 57 טון. צידו הדרומי של המקדש שנחשף משך אלפי שנים לרוחות הנושבות מהים, התבלה באופן חמור. צורת האולם הראשון במקדש היא אליפטית - אורכו 14.5 מטר ורוחבו 5 מטר. שני האפסיסים שבשני קצותיו מופרדים מהמעבר במרכזי בגושי אבן ניצבים שבהם חלונות מלבניים. הסברה היא כי בחלונות נתלו וילונות שנועדו להגביל קשר עין בין חלקי האולם. מהאולם הראשון מוביל פתח אל אולם שני, זהה בצורתו לראשון, אך ארוך ממנו. לאורך קירותיו של האולם גומחות למזבחות שהועברו למוזיאון הארכאולוגי הלאומי בבירה. עוד התגלו באולם זה צלמיות בני אדם מאבן ואבנים מעוטרות בספירלות. קצהו השמאלי של האולם מוביל לאולם נוסף קטן יותר, וההנחה היא כי חלל זה היה המקודש ביותר במקדש. בצידו המזרחי של האולם חלון המוביל לחדרון מלבני, שנראה כי שימש לשמירת עצמות בעלי החיים שהוקרבו.
המקדש המרכזי הוא המוקדם מבין המקדשים והוא הוקם לפני 3600 לפנה"ס. המקדש הצפוני הוקם לאחריו, בין 3600 ל-3000 לפנה"ס, ובו שני אולמות שבכל אחד מהם שני אפסיסים. במקדש זה שלוש שכבות של ריצוף מתקופות שונות, דבר יוצא דופן במקדשי מלטה, ושלא כמו בשתי השכבות התחתונות, בשכבה העליונה ניכרים שרידים להבערת אש. ליד קירותיו החיצוניים של המקדש התגלו אבנים עגולות שכנראה שמשו לשינוע המגליתים. במקדש נתגלתה אבן מלבנית שבה גומחות ששימשו ככל הנראה להנחת כדי נסך בעלי בסיס אליפטי שנמצאו במקום.
מניידרה.
אתר מניידרה שוכן על חופה הדרומי של מלטה, כ-500 מטר מדרום לחג'ר אים (), ובו שלושה מקדשים הערוכים סביב חצר אליפטית. העתיק בין המקדשים נבנה בתקופה בה נבנה המקדש הראשון בג'גנטייה שבגוזו (3600 עד 3200 לפנה"ס), ושני האחרים מתוארכים לתקופה בה נבנה המקדש בטרשין (3300 עד 2500 לפנה"ס). המקדשים נבנו מאבן גיר קשה יחסית. מקדשי מניידרה נחקרו החל ב-1840, שנה לאחר גילוי של מקדש חג'ר אים השכן. אחד המקדשים באתר מופיע על צידם האחורי של המטבעות המלטזיים בערך של 1, 5 ו-10 סנט אירופי.
לפי סדר גאוגרפי, מצפון לדרום:
שימושם הדתי של המבנים נלמד מממצאים באתר שכללו חפצים טקסיים, סכיני אבן ושרידי עצמות של בעלי חיים. גומחות לחיבור חבלים תומכות גם הן בסברה כי באתר נהגה מלאכת הקרבת קורבנות, שכן ייתכן שאלה שימשו בקשירת בעלי החיים לפני או בעת הפולחן. באתר לא נמצאו שרידי אדם ולכן סביר שלא שימש כאתר קבורה.
טרשין.