במהלך השנים, אקסבייר עשה לעצמו שם של גנטיקאי ופסיכולוג ידוע. מסיבה זאת, משפחת גריי פנתה אליו כאשר ביתם ג'ין נכנסה למצב קטטוני. אקסבייר אימן אותה בשימוש בטלקינזיס ודיכא בה את יכולותיה הטלפתיות עד אשר היא תגדל. באותו זמן, אקסבייר מתחיל לעבוד עם מומחה למוטציה בשם קארל לייקוס, וגם עם מוירה מק'טאגרט, שבונה תחנת מחקר למוטאנטים באי מיואר. הוא מתייעץ עימה בקשר למגויסיו לכוח התקיפה האישי שלו - קבוצת האקס-מן - ביניהם נמנים קורט ווגנר, פיוטיר רספוטין, פייטרו וונדה מקסימוף ואורורו מונרו. הוא גם מאמן את סייג' בריגול אחר סבסטיאן שו.
אקסבייר הקים את בית הספר לילדים מחוננים, המשמש כמקום מפלט למוטאנטים צעירים ועוזר להם לשלוט בכוחותיהם. בנוסף, הוא מבקש לטפח את יחסי בני האדם והמוטאנטים על ידי שימוש בקבוצת האקס-מן כדוגמה למעשים טובים וכוונתו טובה. באמצעות ההון אותו ירש, אקסבייר משתמש באחוזת משפחתו שבמרכז סיילם, מחוז ווסטצ'סטר, ניו יורק כבסיס מבצעים הכולל מתקנים טכנולוגיים כמו "חדר הסכנה" (חדר אימונים) ו"סרברו" (מתקן לאיתור מוטאנטים). חמשת תלמידיו המקוריים כוללים את סייקלופס, ג'ין גריי, חיה, אייסמן ואנג'ל, והוא שולח אותם להילחם נגד חברו הוותיק מגנטו. מאז מפגשם האחרון, מגנטו הפך לחסיד עליונותם של המוטאנטים על בני האדם, ולהשתלטות המוטאנטים על האנושות כפתרון היחידי נגד דיכוי. הוא הקים את אחוות המוטאנטים, שהתעמתה רבות עם קבוצת האקס-מן של אקסבייר.
כאשר האנתרופולוג בוליבר טראסק מעלה את סוגיית המוטאנטים כבעיה, אקסבייר מתעמת מולו בדיון טלוויזיוני. אולם, בדיון זה הוא מצטייר כיהיר, וטראסק שולח את זקיפי הסנטינל הרובוטיים כדי להשליט טרור במוטאנטים. קבוצת האקס-מן נשלחת לעצור אותם, וטראסק מבין את חומרת מעשיו מאוחר מדי, כאשר הוא נהרג בידי יצירותיו.
אקס-מן: בריאה קטלנית.
אקסבייר מקים קבוצת אקס-מן חדשה כדי להציל את חברי הקבוצה המקורית שנפלו בשבי. קבוצה זו כללה תלמידים של מוירה מק'טאגרט, ביניהם נמנה אחיהם האובד של סייקלופס והאבוק, וולקן. חברי הקבוצה נהרגו לכאורה לאחר שהצילו את סייקלופס. לאחר שובו של סייקלופס, אקסבייר מסיר את זכרונותיו מכך שפגש את אחיו והיה עד למותו. לאחר מכן, אקסבייר הקים קבוצת אקס-מן חדשה.
קבוצה חדשה, אימפריית השי'אר.
קבוצתו החדשה של אקסבייר כללה את באנשי, קולוסוס, נייטקרולר, סטורם, וולברין, סאנפייר ות'אנדרבירד. לאחר משימתם הראשונה, חברי הקבוצה המקורית פרט לסייקלופס עוזבים את האחוזה משום שהם מאמינים כי הם לא שייכים לשם יותר, ואקסבייר מדריך את הקבוצה החדשה. אקסבייר יוצר קשר מנטלי בין-גלקטי עם הנסיכה לילנדרה מאימפריית השי'אר. הם נפגשים ומתאהבים, ולילנדרה מבקשת ממנו לעזור בעצירתו של אחיה המטורף, הקיסר ד'קאן. לאחר שג'ין גריי חוזרת מהארץ הפראית ומוסרת לו שהאקס-מן מתים, הוא סוגר את בית הספר ועורך מסע לממלכתה של לילנדרה, שם היא מוכתרת לקיסרית.
במהלך שהותו שם, אקסבייר חש בשינוי שחל בג'ין גריי, עוזב חזרה לכדור הארץ ונוטל מחדש את המנהיגות על קבוצת אקס-מן. ג'ין גריי הופכת לפניקס האפלה ומשמידה כוכב מאוכלס באימפריית השי'אר. לצ'ארלס כואב להיות בצד המנוגד ללילנדרה, אך אין לו ברירה אלא להתעמת מול המשמר הקיסרי של השי'אר על גורלה של הפניקס. רק בעזרתה של ג'ין גריי, שנלחמת באישיותה העוצמתית של הפניקס, הוא יוצא כשידו על העליונה. לאחר מכן, ג'ין מתאבדת כדי למנוע מעצמה לסכן אחרים.
המוטנטים החדשים, ליג'יון.
כאשר האקס-מן נלחמים בגזע חייזרי בשם "הזן" (The Brood), אקסבייר נלכד ונשלט על ידם. בתקופה זו, אקסבייר מקים קבוצת מוטאנטים צעירים שנודעת בשם המוטנטים החדשים, ואשר נועדו בחשאי להפוך לאמצעי הרבייה של הגזע החייזרי. האקס-מן מגלים זאת ומנסים לשחרר אותו מכבליו, אך מלכת החייזרים שולטת בגופו. למרות זאת, נשמתו נותרה שלמה, והאקס-מן יחד עם חבורת הסטארג'אמרס מכניעים את המפלץ החייזרי. הדרך היחידה להשיב את אקסבייר לקדמותו היא לשבט את גופו בעזרת רקמות שאותן תרם, ולהעביר את תודעתו אליו. שיבוט זה מתפקד כרגיל, כולל רגליים תקינות, אך הכאב הפסיכוסומטי שאותו חש אקסבייר לאחר שחי שנים רבות כמוגבל התחילו להשפיע עליו. במשך זמן מה הוא מצטרף לאקס-מן במשימות שטח, אך בסופו של דבר מחליט שמקומו בבית הספר כמורה של המוטנטים החדשים.
לאחר שלקח משרת הוראה באוניברסיטת קולומביה, אקסבייר נפצע אנושות לאחר שהיה קורבן לפשע שנאה. קבוצת המוטאנטים תת-קרקעית בשם "מורלוקים" ומנהיגתה קאליסטו מביאים אותו למקום מבטחים ומשיבים אותו לבריאות חלקית. הוא שב לנהל חיים תקינים, אך מסתיר מהאחרים את מצב בריאותו.
באי מיואר, אקסבייר פוגש בגבריאל הולר, אהובתו לשעבר. הוא מגלה שלשניים יש ילד במשותף. הילד, דייוויד, הוא אוטיסט הסובל מהפרעת זהות דיסוציאטיבית וברשותו מגוון כוחות מנטליים כמו שיש לאביו. לאחר שעזר לו ולקבוצתו להימלט משליטתו המנטלית של דייוויד, הוא מבטיח לדאוג לצרכיו.
בחזרה לאימפריית השי'אר.
כאשר מגנטו מחליט לכפר על עוונותיו, נכלא ועומד למשפט, אקסבייר עומד לצד חברו הוותיק. במהלך המשפט, ילדיו של הברון סטרוקר - אנדריאה ואנדריאס, "פנריס" - מתקיפים את אולם הדיונים ואקסבייר נפצע אנושות. כשהוא עומד למות, הוא מבקש ממגנטו ההמום לטפל בקבוצת האקס-מן במקומו. לילנדרה, שחולקת בקשר מנטלי עם אקסבייר, חשה בסכנה לקיומו ויחד עם קורסייר לוקחת את אקסבייר עימם כדי שהטכנולוגיה המתקדמת של השי'אר תרפא אותו. אקסבייר משאיר את בית הספר לניהולו של מגנטו, אך כמה מהתלמידים אינם מוכנים לסלוח לאויבם הוותיק. סייקלופס מפסיד את הנהגת הקבוצה לטובת סטורם, ועוזב כדי להצטרף לארבעת חברי אקס-מן המקורית ולהקים את קבוצת אקס פקטור.
בינתיים, אקסבייר משמש כחלק מחברי קבוצת סטארג'מרס ומלווה את לילנדרה מרגע שהייתה בגלות ועד לתפיסת הקיסרות מחדש בעולם הבית של השי'אר.
שירת התליין, סאגת האי מיואר.
במבוא לאירועי "מבצע סופה גלקטית", אקסבייר נכלא בידי גזע הסקרול משנה הצורה בזמן פלישתם לאימפריית השי'אר. הוא נמלט משביו ושב לתפקיד ניהולן של שתי קבוצות האקס-מן. ב", עמוד השדרה של אקסבייר מנופץ בעת קרב עם יריבו הוותיק מלך הצללים, והוא שב למצבו הקודם. בנו דייוויד נהרג לכאורה. בחודשים הבאים, אקסבייר בונה מחדש את אחוזתו שנבנתה בעבר בעזרת טכנולוגיית השי'אר.
בשעה שאקסבייר נושא נאום בעד זכויות המוטאנטים, סטרייף כמעט ומתנקש בחייו, כשהוא מחופש לקייבל, לאחר שהודבק בוירוס הירושה הטכנו-אורגני. מסיבות שאינן ידועות, אפוקליפס מציל את חייו. התחושה ברגליו חוזרת כתוצאה מכך לזמן קצר, והוא מקדיש את זמנו למגויסת הצעירה החדשה בקבוצה, ג'ובילי.
אונסלוט.
למשך זמן מה, אקסבייר משמש כמארחה של הישות העוצמתית . אונסלוט הוא תוצרתו של קרב אותו ערך אקסבייר עם מגנטו, שבו מגנטו קרע את שלד האדמנטיום מגופו של וולברין, ואקסבייר הזועם מחק את זכרונו של מגנטו והכניס אותו לתרדמת. אונסלוט נולד מהטראומה המנטלית של אקסבייר, שהשתמש בכוחותיו בצורה כה אלימה, בשילוב עם זעמם המודחק שלו ושל מגנטו. אונסלוט זורע הרס ברחבי מנהטן, עד אשר מרבית גיבורי-העל משמידים אותו, ביניהם האוונג'רס, ארבעת המופלאים והענק הירוק. בסיום הקרב, אקסבייר נותר ללא כוחות הטלפתיה שלו ובשל רגשות האשם על מעשיו, הוא עוזב את האקס-מן ונכלא. הוא חוזר לקבוצה לאחר אירועי ", בהם הוא נדהם לנוכח המעשה האכזרי של מסירתו לידיו של באסטיון שונא המוטאנטים, ונקלע לעימות עם קבוצת אקס-מן כפילה.
מלחמת מגנטו, התריסר.
אקסבייר מפקפק באמיתות חלומו. לאחר שמגנטו מתעמת מול האקס-מן, האו"ם מסכים להעניק למגנטו אוטונומיה מלאה על שטח האי ג'נושה. וולברין זועם על כך שאקסבייר עוצר בעדו מלנקום ביריבם אשר גרם לקריעת שלד האדמנטיום ממנו. בהמשך, השניים נתקעים במימד אחר שחוקי הפיזיקה שבו שונים, ועליהם לעבוד במשותף כדי להימלט ממנו.
הנבל אפוקליפס חוטף את "", קבוצת מוטאנטים רבי עוצמה אשר מונה את אקסבייר, מגנטו, סייקלופס, פניקס, אייסמן, פולאריס, סטורם, קייבל, בישופ, סאנפייר, מיקאיל רספוטין והמונולית האנושי, שכוחם המשולב יעניק לו אומניפוטנטיות. בעזרתם של מוטאנטים מגזע הסקרול משנה הצורה, אפוקליפס מובס, ואקסבייר מאמן קבוצת צעירים מאותם מוטאנטים, שידועים בשם "צוות קיי" (Cadre K), כדי לשחרר אותם מאלה הרוצים בדיכויים. בהמשך, אקסבייר חזר לחקור את וירוס הירושה.
מותה של מוירה, הצלבה.
מיסטיק ואחוות המוטאנטים שלה מנחילים מתקפה קטלנית על האי מיואר בעזרת גרסה שונה של וירוס הירושה, כתגובה על מסע הבחירות של הסנאטור רוברט קלי שונא המוטאנטים. מיסטיק מפוצצת את מתחם המעבדה של מוירה מק'טאגרט, וזו האחרונה נפצעת במצב אנוש. אקסבייר נפגש עם מוירה במישור האסטרלי ומשיג ממנה מידע על וירוס הירושה, אך הוא אינו רוצה לעזוב אותה לבדה. אם ג'ין גריי לא הייתה מושכת אותו בחזרה למציאות, אקסבייר היה מת יחד עם אהובתו הראשונה, שמציינת כי אין לה כלל חרטות על מעשיה.