באמצע שנות ה-90 החלה הרצתו של הכרך השני לסדרת החוברות של קפטן אמריקה. מארק וייד החליף את גרונוולד במלאכת הכתיבה של הסיפורים, והחליט להחזיר לחיים את שרון קרטר כמושא אהבתו של רוג'רס. הרפתקאות אלו כללו את קיומו של יקום "הגיבורים נולדים מחדש" (יקום כיס אליו נשלחו הגיבורים לאחר שהובסו בידי ), אובדן המגן של קפטן אמריקה והחלפתו במגן אנרגיה זמני, יריב חדש בשם פרוטוסייד - חייל-על כושל בפרויקט "לידה מחדש" וכן "סרטן הויברניום" - איום מולקולרי אשר איים על קיומו של חומר הוויברניום ברחבי העולם.
שנות האלפיים.
לאחר פיגועי 11 בספטמבר, רוג'רס מגלה את זהותו האמיתית לעולם ועובר לגור בשכונת רד הוק בברוקלין, ניו יורק. בעקבות פירוקה של קבוצת האוונג'רס בסיפור "האוונג'רס מתפרקים", רוג'רס עובד בשירות סוכנות S.H.I.E.L.D.. הוא מגלה שבאקי חי ושהוא ניצל בידי סוכני ריגול סובייטים ונשלח לשטח תחת שם הקוד "חייל החורף". רוג'רס גם ממשיך במערכת היחסים שלו עם שרון קרטר. לאחר פריצה המונית של נבלי-על מכלא הרפסודה, רוג'רס וטוני סטארק מקימים קבוצת אוונג'רס חדשה כדי לרדוף אחרי הנמלטים.
באירוע הקרוס-אובר "מלחמת האזרחים" בשנים 2006–2007, קפטן אמריקה מתנגד לחוק רישום פדרלי אותו העביר הממשל האמריקני הדורש את תיוגם של גיבורי-העל, בטענו כי הדבר מהווה הפרה בוטה של החירויות האזרחיות בהן הם מחזיקים. הוא חומק מגילוי ממשלתי, מנהיג מרד ותנועת מחתרת, ומתנגד לפעולותיה של הקבוצה התומכת בחוק בהנהגת איירון מן. כשהניצחון בידיו לאחר קרב אפי נגד איירון מן, רוג'רס מבין כי הוא מסכן את אותם אנשים עליהם הוא נשבע להגן. הוא נכנע לרשויות ומורה לתנועתו לסגת. בסיפור "מותו של קפטן אמריקה", רוג'רס מואשם בפשעים רבים והוא מובל לבית המשפט. הוא נהרג לאחר שנפצע אנושות מכדור שנורה לעברו בידי שרון קרטר, שעברה שטיפת מוח בידי דוקטור פאוסטוס. המיני-סדרה העוקבת "הבן הנופל: מותו של קפטן אמריקה" מתארת את התגובות הנדהמות של קהילת גיבורי-העל להתנקשות בקפטן אמריקה, כאשר כל חוברת מביאה את תגובתה של דמות אחרת. סטארק מקבל מכתב ובו בקשותיו האחרונות של רוג'רס - שסטארק "יציל" את באקי, ושלמרות מותו, העולם עדיין זקוק לקפטן אמריקה. באקי מקבל את הצעתו של סטארק לנטול את זהותו של קפטן אמריקה, עם הבטחה לקבל אוטונומיה מלאה. הוא שומר על המגן של קפטן אמריקה אך לובש חליפה חדשה ומתחיל לשאת עליו אקדח וסכין.
בחוברת הראשונה של "", מתברר שקפטן אמריקה לא מת. האקדח שהרג אותו שיגר את תודעתו אל ומחוץ לרחבי הזמן והחלל, וכתוצאה מכך רוג'רס הופיע ונעלם מחדש בתקופות שונות בחייו. אף על פי שרוג'רס הצליח להעביר הודעה עתידית לויז'ן בתקופת מלחמת קרי-סקרול, הגולגולת האדומה החזיר את רוג'רס לזמן ההווה והשתלט על גופו. רוג'רס משיג שליטה מחדש על גופו ויחד עם בני בריתו מביס באופן סופי את הגולגולת האדומה. במיני-סדרה העוקבת "קפטן אמריקה: מי ישא את המגן?", רוג'רס מעניק לבאקי באופן רשמי את המגן שלו ומבקש ממנו להמשיך בנטל קפטן אמריקה. נשיא ארצות הברית מעניק לרוג'רס חנינה נשיאותית בעקבות מעשיו נגד חוק הרישום.
2010 ואילך.
בעקבות אירועי הקרוס-אובר שלטון אפל ומצור, רוג'רס לקח חלק בסיפור "עידן הגיבורים". נשיא ארצות הברית ממנה את רוג'רס בזהותו האזרחית כמחליפו של נורמן אוסבורן כמנהל הביטחון הלאומי בסוכנות S.H.I.E.L.D.. חוק רישום העל-אנושיים מבוטל ורוג'רס מקים מחדש את האוונג'רס בראשותם של איירון מן, תור ובאקי כקפטן אמריקה. במיני-סדרה "סטיב רוג'רס: סופר-חייל", רוג'רס פוגש בג'ייקוב ארסקין, נכדו של ד"ר אברהם ארסקין ובנו של טיילר פקסטון - אחד המתנדבים לניסוי "סופר-חייל". בנוסף, רוג'רס הופך למנהיגה של האוונג'רס הסודיים, יחידת מבצעים מיוחדים שפועלת תחת מעטה סודיות.
בעקבות מותו לכאורה של באקי בידי סין באירועי "הפחד עצמו", רוג'רס חוזר לזהותו כקפטן אמריקה. מתברר כי קפטן אמריקה, האלמנה השחורה וניק פיורי הם היחידים שיודעים שבאקי למעשה שרד את המתקפה והוא שב לזהותו כחייל החורף.
בקשת הסיפור "אוונג'רס נגד אקס-מן" של שנת 2012, קפטן אמריקה מנסה לעצור מוטאנטית חברת האקס-מן בשם הופ סאמרס. מתברר כי היא מתוכננת להיות כלי הקיבול הבא של כוח הפניקס, ישות קוסמית עוצמתית אשר אחזה בעבר בדמויות כגון ג'ין גריי ורייצ'ל סאמרס. קפטן אמריקה מאמין שכוח הפניקס הוא הרסני מדי מכדי להפקיד אותו בידיו של אדם אחד, והוא מבקש למנוע מהופ לקבל אותו. אולם, מנהיג האקס-מן סייקלופס וקבוצתו מאמינים כי כוח הפניקס יציל את הגזע המוטאנטי, וניצבים מנגד להחלטתו של קפטן אמריקה. התוצאה המתבקשת היא סדרת קרבות ושתי הקבוצות - האקס-מן והאוונג'רס - מוצאות את עצמן בצידו הכחול של הירח. בסופו של דבר, כוח הפניקס משתלט על חמשת חברי האקס-מן הנוכחים במקום - סייקלופס, אמה פרוסט, נאמור, קולוסוס ומג'יק - מה שמעניק להם יתרון עצום נגד האוונג'רס. חמשת הפניקסים מובסים ומתפרקים בסופו של דבר, וסייקלופס חסר החרטה מובל למעצר על הפיכת העולם למצב של מדינת משטרה וכן לרציחתו של צ'ארלס אקסבייר. ממצב קיים זה, קפטן אמריקה מקים קבוצה חדשה של אוונג'רס שמשלבת בין גיבורים מוטאנטים לאנושיים, האוונג'רס המופלאים. רוג'רס חולק את פיקוד הקבוצה עם אחיו של סייקלופס, האבוק, כדי לכפר על מעשיו של סייקלופס ולהנציח את אקסבייר.
במשימתם הראשונה, הקבוצה נאלצה לעצור כפיל של הגולגולת האדומה, שנוצר בשנת 1942 והוקפא למקרה והגולגולת האדומה המקורי ימות. אותו כפיל חטף את גופתו של אקסבייר ורכש כוח טלפתי עצום במטרה לתמרן את תושבי ניו יורק להתקיף את המוטאנטים. עם זאת, שליטתו בכוחות לא הייתה יציבה דיה, והוא הובס בידי האוונג'רס המופלאים.
במהלכו של קרב נגד ראן-שן, יריב מיסטי הידוע בכינוי "ציפורן הברזל" בשל יכולתו לשנות צורה לדרקון הומנואידי, נוסחת סופר-חייל שבסטיב נשאבה מגופו והוא הזדקן במהירות למצב גילו האמיתי. הוא לא היה מסוגל יותר להשתתף במשימות שטח והחליט לשמש כטקטיקן הקבוצה. הוא מינה באופן רשמי את שותפו הוותיק סאם וילסון למחליפו כקפטן אמריקה. באירועי "", מכשפת השני ודוקטור דום מטילים כישוף הפוך על האוונג'רס והאקס-מן וחל היפוך במאזן הכוחות - גיבורי-העל הפכו לנבלי-על, ולהפך. רוג'רס תיאם את המתקפה של ספיידרמן ושל נבלי-העל ההפוכים, שכעת נקראו "האוונג'רס המדהימים", וגם לבש את השריון הקודם שלו כדי להילחם בפלקון ההפוך, עד אשר הכוחות יכלו לחזור למצבם הקודם בעזרתו של הגולגולת הלבנה (היפוכו של הגולגולת האדומה).
בקשת הסיפור "הזמן אוזל", רוג'רס מתעמת עם חברו הוותיק איירון מן בחליפת השריון שלו בשל חלקו בסדרת תקריות אשר הביאו להתקרבותו של ארץ-1610 אל עבר ארץ-616. סוכנות S.H.I.E.L.D. מארץ-1610 פתחה במתקפה כוללת כדי להשמיד את ארץ-616, וטוני סטארק וסטיב רוג'רס נלכדו מתחת לנושאת המטוסים המרחפת בעיצומו של הקרב ביניהם. כחלק מהרצת מארוול החדשה והשונה של סוף שנת 2015, רוג'רס מתמנה למנהל פיקוח אזרחי בסוכנות S.H.I.E.L.D. וחוזר לקבוצת האוונג'רס המופלאים.
סוכן הידרה.
במהלך קשת הסיפור "" משנת 2016, רוג'רס מגלה שסוכנות S.H.I.E.L.D. הקימה קהילה מבוצרת בשם פלזנט היל, ואשר בה נעזרו בקוביה הקוסמית שקיבלה בינה מלאכותית כדי להפוך נבלי-על לאזרחים רגילים. כשרוג'רס מובל אל פלזנט היל, הוא מתעמת עם מריה היל על קיומו של הפרויקט. באמצעו של הוויכוח בין השניים, ברון זמו ופיקסר משחזרים את האסירים למצבם הרגיל. היל נפצעת ורוג'רס המוחלש מותקף בידי קרוסבונז. לפני שזה האחרון מצליח להרוג אותו, קוביק (הקוביה הקוסמית) משתמשת ביכולותיה כדי לשחזר את גופו הזקן של רוג'רס חזרה למצבו הרגיל, מה שמאפשר לרוג'רס להתגבר על קרוסבונז.
בפאנל האחרון שבחוברת הראשונה של סדרת "Captain America: Steve Rogers" החדשה מתגלה כי סטיב רוג'רס היה סוכן כפול של הידרה עוד מגיל צעיר. הדבר התגלה כתוצאתו של שיחזור נעוריו של רוג'רס, וכי קוביק למדה מהגולגולת האדומה שארגון הידרה הוא למעשה טוב לעולם. לנוכח העובדה שקוביק החזיקה בבינה מלאכותית ובמוח של ילד צעיר, היא שינתה את המציאות ואת זיכרונותיו של רוג'רס כדי שיאמין שארגון הידרה פועל למטרות טובות. כחלק מתוכניותיו מרחיקות הלכת של רוג'רס כסוכן הידרה, הוא תכנן לערער את דמותו הציבורית של סאם וילסון כקפטן אמריקה תוך שימוש ציני במגן שלו והעמיד אותו במצב שלא יוכל להציל סנאטור אמריקני מידיו של מרסק הדגלים.
בסיפור "אימפריה סודית" של שנת 2017, רוג'רס עומד בראש סוכנות S.H.I.E.L.D. ומשתמש בפלישה חוצנית ובמתקפה המונית של נבלי-על כדי לנטרל גיבורי-על אשר מתנגדים לו. הוא גם מבקש שהקוביה הקוסמית תיצור מציאות לפיה הידרה ניצחה במלחמת העולם השנייה. כשריק ג'ונס מעביר לחברי האוונג'רס מידע על שינוי המציאות של רוג'רס בידי הקוביה הקוסמית, מופיע בפניהם אדם מזוקן בחזות פרועה ולבוש במדי מלחמת העולם השנייה. אותו אדם סובל מאמנזיה ומציג את עצמו כסטיב רוג'רס, ובעוד חברי האוונג'רס וסוכני הידרה מחפשים אחר שברי הקוביה הקוסמית מתגלה כי מדובר בהתגלמות גשמית של רוג'רס האמיתי, אותו יצרה קוביק מהזיכרונות שלו לפני שהפך לסוכן הידרה משום שהבינה כי היא עשתה מעשה שגוי. אף על פי שרוג'רס סוכן הידרה מצליח להרכיב את רוב חלקי הקוביה הקוסמית, סאם וילסון ובאקי משתמשים בשבריר של הקוביה כדי לשחזר את הזיכרונות של רוג'רס מלפני הפיכתו לסוכן הידרה אל תוך התגלמותו הגשמית. בעקבות כך, רוג'רס האמיתי מביס בסופו של דבר את מקבילו מהידרה ומשתמש בקוביה הקוסמית כדי לבטל את מרבית הנזק שנגרם לעולם כתוצאה מכך.