הקמת חמאס, תנועה החותרת לשינוי פני החברה הפלסטינית, היוותה קריאת תיגר אידאולוגית על פת"ח ועל הזרם הלאומי ככלל. הן בשאלת פני החברה הפלסטינית (חברה דתית אדוקה לעומת גישה נייטרלית השואפת למדינה מודרנית), הן בשאלת היעדים הלאומיים הפלסטיניים (חתירה לסילוק ישראל והקמת מדינה מהירדן עד הים לעומת נכונות להסתפק בגבולות 67'), והן בשאלת האמצעים להשגתם (התנגדות מזוינת לישראל או שילוב בין מאבק מזוין למשא ומתן מדיני).
על אף שמציאות ששררה בעת הקמת חמאס (האינתיפאדה הראשונה, שליכדה את החברה הפלסטינית נגד ישראל) הייתה גורם מאחד ומקרב בין התנועה לבין פת"ח – כבר בשנים הראשונות נקלעו התנועות לשורת עימותים מתוקשרים, לרבות התנגשויות מזוינות בין פעיליהן. עימותים אלו, שאמנם הביאו למספר נפגעים מצומצם, לא הביאו לפגיעה בעמדה העקרונית של שתי התנועות שראו זו בזו שותפות במאבק מול ישראל.
הסכמי אוסלו והקמת הרשות הפלסטינית.
הסכם אוסלו והקמת הרשות הפלסטינית בעקבותיו הביאו להחרפה במתח בין התנועות, לאחר שחמאס סירבה להכיר בהסכם ונמנעה מלהשתלב במוסדות הרשות הפלסטינית. השימוש של חמאס בפיגועי ההתאבדות, והלחצים החיצוניים שפיגועים אלו יצרו עבור הנהגת הרשות, הביאו לאימוץ הולך וגובר של מדיניות כוחנית מצד הרשות לריסון חמאס. מדיניות זו נשענה בהתחלה על סיכול נקודתי של טרור מול ישראל ומעצרים ספוראדיים של פעילי התנועה, אך התגברה יותר ויותר ככל שפיגועי ההתאבדות של חמאס איימו לפגוע באינטרסים של הרשות.
בשנים הראשונות של הרשות הפלסטינית בלטו שני אירועים מרכזיים כשיא המתח בין הרשות לחמאס: אירועי "מסגד פלסטין" ב-1994, בהם דיכוי הפגנות של חמאס מצד הרשות הביא לכעשרה הרוגים של חמאס, ופעילות רחבה שיזמה הרשות באפריל 1996 לפגיעה בחמאס לאחר שורת פיגועי התאבדות בישראל. פעילות זו כללה מעצרים המוניים של אלפים מפעילי התנועה, סגירה ממושכת של מוסדות הצדקה שלה, וכן עינוי והשפלה פומביים של בכירים בתנועה (לרבות גזיזת זקנים). אירועים אלו, שלא הצליחו למנוע את העלייה בפופולריות של חמאס לאורך זמן, נחרטו עמוק בזיכרונם של בכירי חמאס, שאף שבו והתייחסו אליהם כעבור שנים בתור "בגידה" מצד הרשות.
בשנים שלאחר "אירועי 1996" ועד לפרוץ האינתיפאדה השנייה, ניהלו חמאס והרשות הפלסטינית מערכת יחסים רגועה יותר. חמאס אמנם נמנעה מלהכיר באוסלו וברשות הפלסטינית, אך מיתנה את הביקורת על הרשות, ואף הקימה "מפלגת חזית", אשר ייצגה את התנועה בזירה הפוליטית. הרשות מיתנה את פעילותה כנגד חמאס, על אף שהמשיכה לפרקים בפעילות שנועדה לסכל טרור שאיים על האינטרסים של הרשות.
האינתיפאדה השנייה.
האינתיפאדה השנייה הביאה לשינוי ביחסי הכוחות שבין חמאס ופת"ח. כישלון המגעים המדיניים היווה הוכחה לצדקת הדרך האידאולוגית של חמאס, ששללה הסדרים עם ישראל. הצורך של הרשות בשיתוף פעולה עם חמאס (בפרט בשנתיים הראשונות לאינתיפאדה) הביא להתרת רסן מצד הרשות, להפסקת הפיקוח על מוסדות חמאס, לשחרור פעיליה שהיו אסורים בידי הרשות ולהרחבת חופש הפעולה שלה. מנגד - מעורבות הרשות בטרור (בתחילת האינתיפאדה באופן כמעט בלעדי) הביאה לשחיקה מצד התמיכה הבינלאומית ברשות ולמהלכים צבאיים מצד ישראל שפגעו באופן רב במוסדותיה וביכולות מערך הביטחון הפלסטיני. חמאס, שלאחר מבצע חומת מגן הובילה את טרור המתאבדים נגד ישראל, זכתה לעלייה משמעותית בפופולריות הציבורית שלה בעקבות ההקצנה ברחוב הפלסטיני ופעילותה במישור החברתי והכלכלי, נתפסה החל מהאינתיפאדה כגורם מרכזי במפה הפוליטית הפלסטינית שלא ניתן להתעלם ממנו בקבלת ההחלטות הלאומית. כך, למשל, כבר בקידום הפסקת האש של יוני 2003 (ההודנה), נדרש אבו מאזן להגיע להסכמה עם חמאס בדבר מועד הפסקת האש.
פעילות צה"ל לאורך האינתיפאדה הביאה בהדרגה גם למגמת בידול משמעותי בין יהודה ושומרון לעומת רצועת עזה. צה"ל נמנע מכיבוש מחדש של הרצועה, וניהל מדיניות שונה כלפי כל אחד מהאזורים (מגמת הבידול הגיעה לביטוי מלא בתוכנית ההתנתקות, ראה בהמשך). הבידול השפיע באופן משמעותי גם על יחסי הכוחות שבין חמאס לפת"ח – בעוד ברצועה יכלה חמאס להביא לידי ביטוי את הפופולריות הציבורית שלה ולהתעצם מבחינה צבאית ופוליטית, היא נבלמה ביהודה ושומרון על ידי הרשות הפלסטינית וישראל.
לאחר מות ערפאת.
יאסר ערפאת היה חסם משמעותי במתח שבין חמאס ופת"ח. זאת, עקב ההילה הציבורית שנהנה ממנה כמנהיג היסטורי של העם הפלסטיני, יכולותיו לתמרן בין גורמי הכוח השונים, ובעיקר בשל התעקשותו לשמר מסגרת שיתוף פעולה בין הרשות לבין חמאס והאופוזיציה ככלל. מותו הביא לנכונות גוברת מצד חמאס לקרוא תיגר על מעמד הרשות, ולעלייה עקבית ומתמשכת במתח שבין חמאס ופת"ח.
מחמוד עבאס (אבו מאזן), שנבחר לאחר ערפאת ליושב ראש הרשות הפלסטינית וליו"ר הוועד הפועל של אש"ף, אמנם הסתייג מהשימוש בטרור ככלי להשגת היעדים הפלסטיניים, אך בחר בשנותיו הראשונות לנשיאות לנסות לשתף פעולה עם חמאס, ולגרום לתנועה להפוך מתנועת טרור למפלגה פוליטית. ב-17 במרץ 2005, הגיעו חמאס, פת"ח ועשרה פלגים פלסטינים נוספים להסכם קהיר – אשר במסגרתו הוסכם על השתתפות חמאס בבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית והשתלבות מצידה באש"ף (ההשתלבות באש"ף מעולם לא מומשה). הסכם קהיר, לצד הציפייה לנסיגת ישראל מהרצועה, מיתן באופן זמני את המתיחות בין חמאס לפת"ח, על אף שזו התפרצה באופן אלים לפרקים.
הערכות המודיעין הישראלי.
במהלך ההכנות לביצוע תוכנית ההתנתקות נעשו ניסיונות חיזוי של המצב ברצועה לאחר השלמת התוכנית. בעוד בפיקוד הדרום עלתה אפשרות כי החמאס יצבור כוח, יצליח להשתלט על הרצועה שנשלטה על ידי הפת"ח ויחריף את הלחימה בישראל, גורמים באמ"ן העריכו כי בתום תוכנית ההתנתקות יפחת איום הטרור וישרור שקט ביטחוני. גם לאחר ניצחון החמאס בבחירות ברצועת עזה והתגברות הברחות אמצעי הלחימה ממצרים דרך מנהרות ציר פילדלפי הייתה הערכה במודיעין הישראלי כי החמאס ישמור על השקט, וכי החלשותו של הפת"ח ברצועה תעודד את אנשיו להילחם בחמאס. האפשרות כי חמאס יבצע הפיכה צבאית וישתלט על הרצועה לא נחזתה כתרחיש סביר גם זמן קצר קודם השתלטות החמאס על הרצועה.
העימותים בין פת"ח וחמאס עד להפיכה.
ההצלחה היחסית של החמאס בבחירות לרשויות המקומיות וניצחון חמאס בבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית (בינואר 2006) הציב את פת"ח וחמאס במצב חדש. לראשונה, הרשות הפלסטינית, שמאז הקמתה נשלטה בדומיננטיות על ידי הפת"ח, הובלה על ידי ממשלה בעלת רוב בפרלמנט מטעם חמאס. עד לאותן בחירות חמאס נתפסה כאחד האיומים המרכזיים ליציבות הרשות, עד כדי שתפקיד אחד ממנגנוני הביטחון שלה הוא למנוע את עליית חמאס.
פת"ח אמנם הכיר רשמית בתוצאות הבחירות ואבו מאזן מינה את אסמאעיל הנייה לראשות הממשלה, אך פעל להכשלת חמאס וממשלתה באמצעות מנגנוני הביטחון (שלמעשה המשיכו להיות כפופים לפת"ח), איגודים מקצועיים (באמצעות שביתות) ובשטח. זמן קצר לאחר הקמת הממשלה מטעם חמאס נקלעו התנועות לעימות מתמשך סביב שורת סוגיות: השליטה במנגנוני הביטחון, מאבקי סמכויות בין הנשיאות (שנשלטה על ידי פת"ח) לבין הממשלה (שנשלטה על ידי חמאס), אי-תשלום המשכורות לעובדי הרשות (שרובם היו מזוהים בשלב זה עם פת"ח), והיחסים בין הרשות לגורמים חיצוניים. הוויכוחים במישור הפוליטי החלו להידרדר בהדרגה לעימותים בין פעילי התנועות בשטח, והביאו בהדרגה לסדרת מהלכים שנקט כל צד בניסיון לכבוש לעצמו נתח שלטוני רב יותר. בתקופה זו, המהלך הבולט ביותר היה הקמת הכוח המבצע על ידי חמאס – מנגנון ביטחוני עצמאי שנאמן לשורות התנועה (שפורק לאחר השתלטות חמאס על הרצועה). ההרוגים הראשונים בעימות בין התנועות היו במאי 2006 בניסיון התנקשות בסלימאן אבו מטלק (אחד ממפקדי הביטחון המסכל ברצועה באותה תקופה), ועד לחטיפת גלעד שליט ומבצע גשמי קיץ, נהרגו עשרות אנשים משתי התנועות בעימותים מקומיים, בניסיונות התנקשות ובמהומות המוניות.
בין יוני לספטמבר 2006 פחת משמעותית מספר העימותים בין פת"ח וחמאס, וזאת לאור העימות בין חמאס לישראל. במקביל, החלו מאמצים רבים לגישור בין התנועות. באותה תקופה נחתם על ידי אסירי התנועות בכלא הישראלי מסמך האסירים, שהיה הבסיס למסמך ההסכמה הלאומי. שני המסמכים קראו לאחדות שורה פלסטינית ולהקמת ממשלת אחדות.
לאחר מבצעי גשמי קיץ.
לאחר סיום מבצע גשמי קיץ העימותים בין חמאס לפת"ח החריפו, מאבקי סמכויות בין הנשיאות לממשלה, כישלון במגעים על הקמת ממשלת אחדות, וריבי חמולות מקומיים ברצועת עזה. חודש ספטמבר, שאמנם התקיימו בו מעט אירועים אלימים יחסית, לווה בשביתה שהובילו האיגודים המקצועיים הפלסטינים (שרובם מזוהים עם פת"ח) וזאת במחאה על אי-תשלום משכורות מאז השבעת ממשלת חמאס. העימות בין פת"ח לחמאס אמנם גבה פחות קורבנות אלימים בשלב זה, אך לווה בקמפיינים מתריסים ומתסיסים רבים מאוד של התנועות אחת כנגד השנייה.
עלייה משמעותית ברף האירועים החלה בדצמבר 2006, עם רצח שלושת ילדיו של בהאא' בעלושה, קצין בכיר במודיעין הכללי הפלסטיני, שורת ניסיונות התנקשות בבכירים משני הצדדים (לרבות אבו מאזן, מוחמד דחלאן, אסמאעיל הנייה וסעיד ציאם), והצטרפות השלוחה של אל-קאעידה בפלסטין וחמולת דע'מש למאבק נגד חמאס (בעקבות אירוע מקומי). בדצמבר 2006 נחטף סופיאן אבו זיידה, שר בממשלה וחבר בכיר בפת"ח. הוא שוחרר תוך כמה שעות לאור אולטימטום של פת"ח. סבב עימותים זה החל לדעוך בהדרגה בתחילת חודש ינואר, ולווה בניסיונות גישור אישיים בין אבו מאזן לח'אלד משעל, שאף נפגשו בסופו של סבב העימותים בדמשק (ללא הצלחה להגיע להסכמות).