אנקדוטה השופכת אור על פעילותו ותרומתו של אלי אליעזרי למבצע קשורה בהכנת הלוגיסטיקה של אוטובוסים שהובילו את היהודים לשדה התעופה. על מנת לבדוק את אמינותה של חברת האוטובוסים, אורגן יומיים לפני מועד המבצע – בעיצומה של הפיכה צבאית ולוחמה – טיול של 1,000 ילדים לגן החיות הקטן באדיס אבבה. הטיול היה מוצלח, ונהגי האוטובוסים, שעמדו כולם במטלה, קיבלו בסופו תשר בגובה משכורת חודשית. כעבור יומיים, עם תחילת מבצע שלמה- כאשר נקראה החברה שוב לארגן "טיול", נאבקו כל הנהגים להתייצב לעבודה בשגרירות, וכך עמדו לרשות המארגנים כל האוטובוסים שנדרשו להעביר את היהודים לשדה התעופה ומבצע שלמה יצא לדרך.
אלי אליעזרי סיים את תפקידו באתיופיה בראשית 1996 על רקע חילוקי דעות בנוגע למניעת עליית הפלאשמורה.
מלחמות יוגוסלביה.
ב-1992 נשלח אליעזרי ליוגוסלביה, לסייע לפליטים היהודים של המלחמות בבלקן, שהיה צורך לקלוט אותם, להלינם, להזינם ולבסוף לחלצם מאזורי הלוחמה. המבצע הראשון תוכנן ל-14 באפריל 1992. המלחמה בבוסניה החלה מספר ימים קודם לכן, והג'וינט נקרא לסייע. אליעזרי יצא לזגרב עם צוות אנשי קשר שהיו להם קשרים טובים עם הצדדים השונים, כדי להקים תשתית ארגונית, מתוך הערכה שבשלב זה פינוי אווירי הוא הבטוח ביותר. משם המשיך לבלגרד, שם נפגש עם אחד הגנרלים הסרבים, שהיה מיודד איתו. ממנו הוא גם קיבל אישור לבצע פינוי אווירי וגם שלושה מטוסים לפינוי. המטוסים, שהונחתו בסרייבו, פינו את אנשי הקהילה היהודית, ואיתם כמות זהה של משפחות של קצינים סרבים שהצבא היה מעוניין לחלץ. בתוך שבועיים ביצע הג'וינט עוד שני מבצעי פינוי של יהודים, ובסך הכול חולצו יותר מ-400 בני אדם, שלאחר מכן שוכנו בבלגרד.
בחודש מאי 1994 הצליח הג'וינט לבנות מערך סדיר של הזרמת ציוד, מזון ותרופות לתוך סרייבו; הוקם בית אוכל חינם שהאכיל כ-300 איש ביום, בהם לא-יהודים רבים, וכן שני בתי מרקחת חינם. בנוסף, הותקנה תקשורת קבועה בין הקהילה היהודית בזגרב לזו של סרייבו באמצעות מכשיר קשר לטווח רחוק. מערך ההספקה והתקנת התקשורת היו הצלחות ניכרות על רקע אי-הצלחתם של פרויקטים מקבילים מטעם ארגונים אחרים, בהם האו"ם. המשכה של פעילות הסיוע היה פינוי קרקעי: החל בקיץ הצליח אליעזרי, בעזרת הקהילות היהודיות במדינה וארגון הג'וינט, לחלץ מסרייבו בתוך שלושה חודשים יותר מ-2,000 בני אדם, מחציתם יהודים. בחודש אוגוסט החל הג'וינט להוביל שיירות פינוי. את בחירת האנשים שיפונו ערכה הקהילה היהודית, ובמניין זה נכללו יהודים לצד לא-יהודים. 9 שיירות פונו מהעיר, 3 אוטובוסים בכל פעם, שעברו דרך מחסומי דרכים של המיליציות היריבות. באחת השיירות הוצלו חסידת אומות העולם הבוסנית זיינבה הרדגה ומשפחתה. אליעזרי ליווה את כל השיירות בעצמו תוך סיכון עצמי.
לקראת החורף ברור היה שיש להגביר את הקצב ולתכנן מבצע פינוי מאסיבי. בנובמבר 1992 הצליח אליעזרי, בעזרת הארגון המקומי "לה בנבולנסיה" (La Benevolencija), להשיג הפסקת אש בת יומיים לאורך הדרך שמובילה מסרייבו לספליט שבקרואטיה – בשטח שבו נלחמו 4 צבאות, 6 מיליציות ועוד כנופיות עצמאיות רבות; היה זה בתום 22 חודשים שבהם לא הצליחו הכוחות הנצים להגיע להסכמה ולו על הפסקת אש אחת. אמיר שביב, סגן נשיא הג'וינט למבצעים מיוחדים, סיפר לימים: "איש לא הבין איך עלה בידו לזכות בסיוע והסכמה של צבאות יריבים ולהוביל שיירות של נשים, ילדים וקשישים על פני עשרות מחסומים מסרייבו לקרואטיה". בבוקר ה-14 בנובמבר הגיעו לסרייבו הנצורה 5 אוטובוסים, שעליהם הועמסו 350 נשים, ילדים וזקנים. לצדם הגיעו 3 משאיות ומכלית דלק. הפינוי התעכב במספר שעות בעקבות התנגדותו של קצין מקומי להוצאתם של ספרי תורה של הקהילה, בטענה שמדובר בהברחת ספרים עתיקים, האסורה על פי חוק. השיירה שתחת פיקודו עברה תחילה באזור המוסלמי בסרייבו, אחר כך באזור של הסרבים-הבוסנים, משם המשיכה לאזור שבשליטת הקרואטים-הסרבים, ולבסוף הגיעה לקרואטיה עצמה. המסע לספליט ארך 20 שעות, ובמהלכו לא נורה לעברם ולו כדור; יתרה מזו, בכל אזור הם זכו לליווי של הכוח המקומי, שדאג שיעברו בביקורת הדרכים. הפסקת האש לאורך המסלול נשמרה אמנם, אך עם יציאתם לדרך נורתה ירייה יחידה של פגז, שנחת לא הרחק מהאוטובוס הראשון; בריאיון עם אליעזרי שנערך כמה חודשים לאחר מכן, הוא העריך שהייתה זו מחווה של פרידה לשלום של החיילים המקומיים, שכן כולם ידעו על הפינוי: "היה מאוד חשוב שיידעו, עד אחרון החיילים, שהכול מאושר, הכול ממוסמך. עד הפרט האחרון, עד המחסום האחרון. וכשעברנו ברחובות מחאו לנו כפיים, עמדו אנשים וחיילים ומחאו כפיים ובכו. [...] עיר במצור, סגורה באופן טוטלי, ואנחנו נכנסים עם מזון ותרופות [...] ועם חמישה אוטובוסים ענקיים, מסתובבים בעיר, מעלים את האנשים ומתחילים לצאת החוצה, והשערים נפתחים, כמו במטה קסם. ולא פעם אחת, עשר פעמים". חלק מהיהודים שהוצלו החליטו לעלות לישראל.
בסוף אותו עשור, לאחר מלחמת קוסובו, הוביל את פעילות השיקום בעיר מטעם ארגון הג'וינט במשך 6 שנים. במסגרת זו הוא סייע לאלפים, מרביתם לא יהודים, והיה אחראי להספקת ציוד לבתי חולים, להקמתם מחדש של עשרות בתי ספר ולהדרכות מקצועיות בשיתוף עם ארגון אורט ישראל, וב-2002 היה שותף להקמתו מחדש של מסגד – פרויקט שהיה שיתוף פעולה של ארגון הג'וינט היהודי עם הבישוף הקתולי של קוסובו והמופתי המקומי. בנוסף, טיפל בפליטי המלחמה באלבניה.
צונאמי באסיה.
בעקבות הצונאמי שהכה במזרח אסיה בדצמבר 2004 נקרא ארגון הג'וינט לסייע. הארגון קלט תרומות בסך 3.5 מיליון דולר ושלח למדינה את אלי אליעזרי. הוא יצר קשר עם סנטור תאילנדי שהיה פעיל ידוע בתחומי החברה והרווחה והחל לעבוד בשיתוף פעולה איתו. היות שהמקומות שספגו את הפגיעה הקשה ביותר מהצונאמי, פוקט וקו פה נגאן, כבר זכו לטיפולם של ארגוני הצלה, כיוון אותו הסנטור לקרבי (KRABI), שסבלה אמנם ממניין הרוגים פחות אך גם מהרס מוחלט של מקורות הפרנסה ומקורות המים לשתייה– הדייגים איבדו את סירות הדיג וכלובי הדיג ומטעיהם של החקלאים נשטפו במי ים.. הבעיה הראשונה שדרשה פתרון הייתה המים: מי הבארות הזדהמו, והמשאיות שמכרו מים בין הכפרים לא יכלו להגיע אליהם בהיעדר כבישים ראויים. אליעזרי תפקד כקבלן הראשי של הפרויקט, שבו נבנה מגדל מים ומערכות טיהור לארבעה כפרים. את עבודת כריית התעלות ביצעו תושבי הכפרים בעצמם. הג'וינט סיפק אלפי כלי אכילה לבתי הספר באזור, 390 תחנות עזרה ראשונה, מתקני מים לשתייה, כלובי דגים, כיתות מחשבים, אולם ספורט ומגרש משחקים. פרויקט חינוכי-כלכלי יצירתי שהגה אליעזרי היה רכישת כלובי דגים עבור בתי הספר: חלק משלל הדגה נמכר בשוק והכנסותיו מגיעות לבית הספר, וחלק ממנו מגיע לצלחות הילדים. באופן זה התלמידים יכלו ללמוד לטפל בכלובי הדגים ולרכוש מיומנות תעסוקתית, ובמקביל לתרום את חלקם לתקציב בית הספר. בנוסף, הקים קרן מיוחדת שסיפקה הלוואות לנפגעי האסון. ולבסוף, ביחד עם ארגון הומניטרי תאילנדי הוקמו מחנות טיפול שאליהם הגיעו פסיכולוגים מישראל לטפל בילדים נפגעי הצונאמי, שחלקם איבדו את משפחותיהם.
הערכת דמותו.
לדעת ראש המוסד לשעבר אפרים הלוי, שהיה מפקדו של אליעזרי במוסד, האירוע המכונן בנעוריו היה המצור על ירושלים במלחמת העצמאות: "אותם ימים קשים בבירה המנותקת, תחת הפגזות, בקיצוב של מים ומזון, הטביעו בנער הירושלמי חותם בל יימחה, ודחפוהו להיחלץ כל חייו לעזרת אנשים במצוקה ובמצור, באשר הם. וכשהתמקד במשימה, לא היה דבר שיעצור בעדו". לדברי הלוי, ""כאשר נדרשנו למצוא אדם שיוכל להתמודד עם המסוכנים והגרועים שבין יריבינו, בחרנו באלי להתייצב בחוד החנית"."
חיים קונפינו, שהיה בכיר בשגרירות אתיופיה בתקופה שבה פעל בה אליעזרי, מתאר אותו כ""אידיאליסט, שומר סוד, חסר מנוחה, חסר סבלנות לקשקשנים ולשרלטנים"." הבמאי מיכה שגריר, שהסריט את פעילותו של אליעזרי במבצע שלמה ובסרייבו, אמר עליו שהוא מתנהג בשטח כאילו מדובר בפעולת תגמול בסבחה ב-1955:
הדיפלומט אורי לוברני, שעבד בצמוד לו 7 חודשים, סיפר:
בכיר בארגון הג'וינט שרואיין לכתבת דיוקן על אליעזרי בעיתון "חדשות" ב-1993 סיפר:
אחד התושבים שחולצו מסרייבו סיפר ל"מעריב" שאליעזרי הוא "מין שחצן כזה, אבל בלעדיו – שום דבר לא היה זז. במדינה שבה כל חייל הוא גנרל לעצמו, אליעזרי התנהג כמו נפוליאון, ולא חשב פעמיים לפני שצרח על קצין קרואטי או סרבי שעמד בדרכו." אחד מראשי הג'וינט, שהתראיין לכתבה, אמר שאליעזרי היה "גדול" על הכוחות בשטח, "ולכן הם לא יכלו להתמודד איתו ונכנעו לכל דרישותיו". הוא סיפר שאליעזרי זכה בבוסניה לכינוי "המפקד המשיח". התושבים שפונו כינו אותו "נפוליאון הישראלי". גלית פלג, סגנית השגריר בבלגרד, תיארה אותו כ""פצצת אנרגיה, איש בעל מידות גוף קטנות, שהטיל צל ענק"." וסטיב שווייגר, מנכ"ל הג'וינט, תיאר אותו בהספדו כ"אחד הגיבורים האותנטיים והצבעוניים" של הג'וינט: