הדת הפרוטסטנטית התפשטה מעבר לים תחילה באמצעות הגירה, במיוחד לצפון אמריקה, רק אז ובעקיפין החלו הצעדים המיסיונרים הראשונים של הפרוטסטנטים. בשל הצורך לשרת את צורכיהם הדתיים של המתיישבים הקים האנגליקני תומאס בּרֶי (Bray) ב-1701 את "החברה לקידום הבשורה בארצות נכר" (Society for Propagation of the Gospel in Foreign Parts) או בקיצור SPG. הכמרים ששלחה ה-SPG נועדו להפיץ את הבשורה גם ללא-נוצרים. באופן דומה שלחה חברת הודו המזרחית ההולנדית כמרים מליידן שבהולנד למושבות שניהלה באינדונזיה ובציילון (סרי לנקה) במטרה לשרת את העובדים אך גם להדריך ולהטביל את המקומיים. היו גם מקרים ספונטניים של התנצרות בין האינדיאנים, כתוצאה מהמגע עם הלבנים במושבות וירג'יניה ומסצ'וסטס או עקב פעילות של אנשים פרטיים כדוגמת ג'ון אליוט.
חלוצי המיסיון המאורגן הראשון של הפרוטסטנטים היו כפי הנראה הפיאטיסטים. ביוזמת מייסדי הפייטיזם (זרם לותרני שהתקיים מתחילת המאה ה-17 ועד אמצע המאה ה-18), פיליפ יקוב שפנר (1635 – 1705) ואוגוסט הרמן פרנקה נשלחו ב-1706 חניכי האוניברסיטה הפיאטיסטית בהאלה שבגרמניה, ברתולומיאוס ציגנבלג והיינריך פלוטשאו, למיסיון שהקים פרדריק הרביעי, מלך דנמרק, בטרנקובר שבדרום הודו. חניך נוסף באוניברסיטה הפיאטיסטית, הדוכס ניקולאוס לודוויג צינצנדורף, הקים ב-1732 באחוזתו "הרנהוּט" את מרכז הכנסייה המוראבית עבור פליטים מצ'כיה. מן האחוזה נשלחו מיסיונרים למושבות הכתר דאז שמעבר לים של דנמרק, לאיי הודו המערבית הדנים, כאשר רוב המיסיונרים המוראבים שנשלחו מטעמו של המלך ומטעמו של צינצנדורף נשלחים לפעול בעיקר באי סנט תומאס, הנמצא כיום בריבונות אמריקאית ומהווה חלק מאיי הבתולה של ארצות הברית. כאשר המלך הדני מהווה שותף פעיל לצינצנדורף ברצון להפיץ את הנצרות הלותרנית ברחבי צפון אמריקה ובמקומות נוספים. "האחים המוראבים", כפי שהם נקראים עד היום, הקימו קהילות אוטרקיות במקומות שונים, מגרינלנד ועד דרום אפריקה.
את התנופה הגדולה קיבל המיסיון הפרוטסטנטי בתקופת המהפכה הצרפתית והמלחמות הנפוליאוניות. מייחסים את ההתעוררות לחוברת בת 87 עמודים שהפיק הבפטיסט האנגלי ויליאם קארי (1761 – 1834) ב-1792, שכותרתה "מחקר על חובתם של הנוצרים להשתמש באמצעים להמרת דתם של הכופרים" (גרסת PDF של החוברת) שהפכה בזמן קצר לאמנה של המיסיונים הפרוטסטנטיים. ב-1795 הוקמה "חברת המיסיון של לונדון" ותוך זמן קצר קמו גם "חברת המיסיון של סקוטלנד" (1796), "חברת המיסיון של הולנד" (1797) שפעלה באינדונזיה ו"חברת המיסיון של הכנסייה" (1799), ורבים נהו אחריהן. ארגונים אלה לא נוסדו על ידי הכנסיות אלא כארגונים אוטונומיים שנתמכו בעיקר על ידי ציבור המאמינים של הקהילה. בדומה, נוצרו באירופה אגודות דומות לפי חלוקה גאוגרפית – כדוגמת האגודה בבזל שבשווייץ (1815), והאגודות בברלין (1824) ובלייפציג (1836) שבגרמניה. הגרמנים, ובראשם גוסטב וארנק (Gustav Warneck), גם ייסדו את מדע המיסיון - המיסיולוגיה - ענף רב־תחומי המתבסס על תאולוגיה, אנתרופולוגיה, היסטוריה וגאוגרפיה, וחוקר את עבודת המיסיונרים ואת הצורה שבה הם מעבירים את המסר.
בארצות הברית, שבה הייתה נהוגה הפרדה בין דת למדינה הבהירו הכנסיות כי המיסיון הוא באחריותו של כל אדם נוצרי, ולכן ההתאגדויות הראשונות היו של הקהילות. הארגון המיסיונרי הראשון בארצות הברית היה "הוועד האמריקני של נציבים למיסיונים בניכר" (1810), ואחריו קמו ארגונים רבים המבוססים על פעילות הקהילה. עיקר פעילות ארגונים פרוטסטנטיים אלה התרכזה תחילה במהגרים החדשים ובאזורי הספר המערביים. מ-1890 הופנתה פעילותם לחו"ל ובסוף המאה ה-20 היו כ-70% מהמיסיונרים הפרוטסטנטיים בעולם מצפון אמריקה.
פעילות המיסיון הפרוטסטנטי.
מספר ארגוני המיסיון הפרוטסטנטי גדל בהתמדה, והגיע ליותר מ-200 עד מלחמת העולם הראשונה. להלן פירוט אזורי פעילות עיקריים:
נשים במיסיון הפרוטסטנטי.
נשים מילאו תפקיד חשוב במיסיון הפרוטסטנטי. לא רק שמרבית העזרה למיסיונים באה מנשים, אלא שהן גם ייסדו אגודות מיסיון משל עצמן ושלחו מיסיונריות למקומות שונים. עם זאת, בשל נוהגי החברה ברוב המקומות אליהם הגיעו המיסיונריות, הן הוגבלו לתת סיוע רפואי וללמד נשים אחרות וילדים בלבד. תרומתן הגדולה ביותר הייתה בחינוך שהביא ליצירת דור של נשים מקומיות משכילות שרכשו מקצועות חופשיים ומילאו תפקידים חשובים בהנהגת הכנסייה המקומית.
שיתוף הפעולה בין התנועות הפרוטסטנטיות.
פעילות המיסיון הפרוטסטנטי התאפיינה בפילוג רב בין הגופים והזרמים, בניגוד לריכוזיות שאפיינה את הממסד הקתולי. ההבנה כי הפילוג מקשה על השגת המטרה של ניצורם של מספר רב של "לא מאמינים", והצורך בשיתוף פעולה בין הגופים ובמימון של פעילויות משותפות הביאו לסדרה של מפגשים וכינוסים בין הזרמים השונים של הכנסיות הפרוטסטנטיות, ששיאם היה ב-1910 בכינוס העולמי המיסיונרי (World Missionary Conference ובראשי תיבות WMC) באדינבורו.
כנס אדינבורו היה יוצא דופן, ונחשב מאז לציון דרך חשוב בתולדות המיסיונריות הפרוטסטנטית. את הכנס ניהל ג'ון מוט (לימים חתן פרס נובל לשלום). רוב המשתתפים היו ממדינות מערביות, אבל היו בו גם 17 משתתפים מאסיה. אחת מתוצאות הכינוס הייתה הקמת ועדת המשך, שבשנת 1921 הפכה למועצה המיסיונרית הבינלאומית (International Missionary Council, IMC), רשת עולמית של מועצות נוצריות.
ב-1948 הוקמה באמסטרדם מועצת הכנסיות העולמית (World Council of Churches, WCC). גוף זה היה איחוד של תנועות שנוצרו כתוצאה מהכינוס באדינבורו. ה-WCC מאגד כיום כ-340 זרמים וכנסיות, הכוללים כ-400 מיליון מאמינים, וכולל את כל הזרמים האורתודוקסיים ורבים מהזרמים הפרוטסטנטיים. ב-1961 הפכה המועצה המיסיונרית הבינלאומית ל"חטיבה של המיסיון העולמי והבישור" של ה-WCC.
המיסיון האורתודוקסי בתקופה שבין 1500 ל-1950.
פעילות המיסיון הרוסי אורתודוקסי התמקדה בעממים המוסלמים והפגניים של האימפריה הרוסית רחבת הידיים. מטבע הדברים, ברוסיה, שבה הדת הייתה חלק מהממשל, היה שילוב בין פעילות מיסיונרית ותהליך הרוסיפיקציה של העמים שנכבשו במרכז אסיה, במזרח הרחוק, בסיביר ואף באלסקה (בתקופה שהייתה בשלטון רוסי). מאמצים אלה נחלו הצלחה בעיקר בקרב עובדי האלילים. המיסיונרים המצטיינים כללו את הבלשן והמתורגמן ניקולאי אילמינסקי (מת 1891) ואיוון ואניאמינוב (1797 –1879) שב-1823 היה המיסיונר הראשון באיים האלאוטיים. ואניאמינוב, המוכר כיום כקדוש של הכנסייה האורתודוקסית, התמנה לבסוף כמטרופוליט של מוסקבה, וב-1870 הקים את האגודה המיסיונרית הרוסית אורתודוקסית. את החשיבות שראתה הכנסייה הרוסית בפעילות המיסיונרית ניתן לראות בעובדה כי במשך כמה עשרות שנים מינתה הכנסייה מיסיונרים למשרות הרמות ביותר. הן טיכון (1865 – 1923) שהתמנה ב-1917 לפטריארך מוסקבה ורוס כולה הראשון מזה מאתיים שנה, והן סרגיוס (סטראגורודסקי 1867 – 1944) שהחליף אותו בתפקיד, שירתו במיסיונים בחו"ל.
הכנסייה הרוסית אורתודוקסית פתחה מיסיון ביפן ב-1854 וב-1941 חילקה את כל רכוש הכנסייה לחבריה.
לאחר מהפכת 1917 הופסקה פעילות המיסיונים הרוסיים.
באוגנדה נוסדה הכנסייה האפריקנית אורתודוקסית בשנות ה-20 של המאה ה-20 על ידי רובן מ. ספרטס ומשם התפשטה לקניה ולטנזניה.
התקופה הרביעית – מ-1950 והלאה.
תחילת התקופה הרביעית, מיד אחרי מלחמת העולם השנייה, לא ניבאה טובות לפעילות המיסיון. פעילות המיסיון נאסרה בכל המדינות שהפכו לקומוניסטיות כדוגמת סין וקוריאה הצפונית, וגם המדינות שקיבלו את עצמאותן כדוגמת הודו וסרי לנקה הקשו על פעולת המיסיון שנחשב שריד מתקופת הקולוניאליזם. ועם זאת, בעוד שבמהלך התקופה השלישית התפשטה הנצרות על פני כדור הארץ מבסיסה שבאירופה, הרי התקופה הרביעית (משנת 1950 עד ימינו) מתאפיינת בהפיכת הכנסייה לאוניברסלית, תוצאה של הצלחת המיסיון בתקופה הקודמת. מספר הנוצרים באסיה, באיי האוקיינוס השקט, באפריקה ובאמריקה הלטינית כיום גדול יותר מאשר בבסיסו המקורי של העולם הנוצרי. הגידול במספר הנוצרים בעולם כיום הוא באותו קצב של גידול האוכלוסייה במאה ה-20, ובאזורים מסוימים הגידול במספר הנוצרים הוא פי שלושה מהריבוי הטבעי באוכלוסייה. הכנסיות החדשות שקמו במקומות אלה מפגינות מצד אחד חיוניות ואנרגטיות ורוכשות מאמינים חדשים בצורה מהירה, אבל יוצרות תאולוגיות חדשות ומעלות שאלות חדשות מצד שני.
בתגובה לשאלות שהעלו הכנסיות הקתוליות החדשות ולדרישה לשינויים שהעלו הקהילות הוותיקות כינס האפיפיור יוחנן העשרים ושלושה את מועצת הוותיקן השנייה (1962 – 1965), שהייתה המאורע המשפיע ביותר על מבנה הכנסייה עבור הקתולים מאז המאה ה-16. ההחלטה העוסקת במיסיון, "הפעילות המיסיונרית הכנסייתית", הקרויה על פי שורת הפתיחה "Ad Gentes Divinitus" מבוססת על המסמך היסודי של המועצה, "חוקה דוגמטית על הכנסייה" (Lumen Gentium, "אור העמים") שחזרה על עקרונות היסוד של השילוש הקדוש, ועל "החובה לבשר" (כלומר לנצר), אך הפגינה הבנה נרחבת יותר כלפי מאמינים בדתות אחרות והאיצה במיסיונרים להתמיד בדיאלוג עִמם.
עשר שנים אחר־כך, ב-1975, חל שינוי נוסף ביחסה של הכנסייה הקתולית כלפי הלא־נוצרים. האפיפיור פאולוס השישי, הכריז באנציקליקה "Evangelii Nuntiandi" ("בישור בעולם המודרני") שאלוהים יכול לגרום לישועתו של כל אדם באמצעות דרכיו של האל. עם זאת, עדות על הבשורה והטפה לה (כלומר ניסיון לשכנע להמרת דת) היא מופת קבוע שניתן לנוצרים.