כחלק מתפקידיו כמזכיר המלחמה, היה נוקס אחראי על יישום "חוק המיליציה של 1792" (Militia Acts of 1792). חוק זה כלל את הנחת היסוד שרק 20% מ-450,000 חברי המיליציות היו מסוגלים לממן בעצמם את רכישת כלי הנשק שלהם כפי שנדרש על פי החוק. כדי לפתור את הבעיה, המליץ נוקס לקונגרס שהממשלה הפדרלית תרחיב את רכישת כלי הנשק המיובאים, תאסור ייצוא של כלי נשק מתוצרת מקומית ותקים מתקנים לייצור מקומי של כלי נשק ואגירתם. מתקנים אלו כללו את נשקיית ספרינגפילד שכבר הייתה קיימת ואחת נוספת בהרפרס פיירי שבווירג'יניה. ב-1792 הקים הקונגרס, על פי הצעה מפורטת של נוקס, את "הלגיון של ארצות הברית" (Legion of the United States) קצר הימים. עם פרוץ מלחמות המהפכה הצרפתית ב-1793, החלו ספינות סוחר אמריקאיות להיות מושפעות מהן לאחר שוושינגטון הכריז על נייטרליות בסכסוך. הן צרפת והן בריטניה החלו להפריע לתנועת הספנות האמריקאית. רוב הספינות המעטות של הצי הקונטיננטלי נמכרו בתום מלחמת העצמאות, וכך נותר צי הסוחר של ארצות הברית ללא אמצעי הגנה מפני שוד ימי או השתלטות בימים. נוקס דחק להקמתו של צי ארצות הברית הסדיר ולבניית סדרה של מבצרי חוף.
היחסים עם האינדיאנים.
נוקס היה אחראי על ניהול היחסים של ארצות הברית עם האינדיאנים שישבו באדמות שהיא טענה לריבונות עליהם, בעקבות חוק של הקונגרס משנת 1789. בכמה מסמכים שניסח עבור וושינגטון ועבור הקונגרס התווה נוקס את מדיניותה המוקדמת של האומה כלפי הילידים האמריקאים. הוא ציין שהאומות האמריקאיות היו הריבוניות ובעלות הקרקעות שבהן הם החזיקו ושהממשלה הפדרלית (ולא המדינות) צריכות לפיכך להיות אחראיות על היחסים עמם. מדיניות זו יושמה בין השאר על ידי העברת "חוק הסחר והיחסים עם האינדיאנים של 1790" (Indian Trade and Intercourse Act), שאסר על סחר עם הילידים האמריקאים שלא במסגרת הסכם שלהם מול הממשלה הפדרלית. נוקס כתב, "האינדיאנים, בהיותם בעלי הקרקע הקודמים, מחזיקים את הזכות עליה. אין לקחת אותה מידיהם שלא בהסכמתם, או במסגרת זכות הכיבוש במקרה של מלחמה צודקת. לקיחת הבעלות מידיהם בשם כל עקרון אחר תהיה הפרה של החוקים היסודיים של הטבע". ההיסטוריון רוברט מילר טוען שהצהרות מסוג זה מביעות תמיכה בזכות הילידית על הקרקעות, אך בשם "דוקטרינת הגילוי" (Discovery doctrine), שנועדה להצדיק את השליטה באדמות האינדיאנים, התעלמו ממנה.
מלחמות האינדיאנים, כולל "מלחמות האמריקאים והצ'רוקים" וכולל "מלחמת האינדיאנים הצפון-מערבית" היוו את רוב תקופת כהונתו של נוקס בתפקידו כמזכיר המלחמה. במהלך שנות הקונפדרציה, לא הייתה תמיכה מספקת של הקונגרס בכל פעולה משמעותית כנגד האומות של הספר המערבי. הבריטים העניקו את תמיכתם לשבטים הצפון-מערביים מבסיסי הספר שהם המשיכו להחזיק בהם לאחר תום מלחמת העצמאות של ארצות הברית (תוך כדי הפרת חוזה פריז) ושבטי הצ'רוקי והמוסקוגי המשיכו לראות בהתיישבות הקולוניאלית על אדמותיהם כבלתי חוקית. באוקטובר 1790 ארגן נוקס מערכה בהובלת הגנרל ג'וזייה הרמר אל הטריטוריה הצפון-מערבית כנקמה על פשיטות האינדיאנים כנגד המתיישבים בטריטוריה עצמה ובתחומי קנטקי של היום. מערכה זו נחלה כישלון ומערכה שנייה אורגנה על ידי נוקס, מומנה על ידי ויליאם דואר והונהגה על ידי מושל הטריטוריה ארתור סט. קלייר. נוקס ודואר כשלו לספק מספיק ציוד לצבא, מה שהוביל לתבוסה הקשה ביותר בהיסטוריה של הצבא האמריקאי. מערכות אלו כשלו בהשכנת השלום מול האינדיאנים ונוקס הואשם במידה רבה בכישלון בהגנת הגבול.
מתוך רצון לפתור את הסוגיה לפני סיום תפקידו, ארגן נוקס חיל משלוח בהנהגת אנתוני ויין שהביא את הסכסוך לסיום משמעותי ב"קרב העצים הכרותים" (Battle of Fallen Timbers) ב-1794. "כוחותיו של ויין שרפו 'שדות עצומים של תירס' בשטח של כ-80 ק"מ לאורך הנהר", במהלך שהשפיע על האוכלוסייה הלא-לוחמת. תוצאות הפעולה הצבאית האמריקאית בצפון-המערב הובילה לחתימת הסכם גרינוויל שאילץ את האינדיאנים המובסים לוותר על שטחים באזור אוהיו. המערכות העקובות מדם שהוביל נוקס עירבו במקרים מסוימים צבאות שהיו גדולים הרבה יותר בהשוואה לקרבות שאירעו בשנות ה-70 של המאה ה-19.
האומות האינדיאניות סירבו להתפנות מאדמותיהם ללא מאבק והם התנגדו לניסיונות של האמריקאים לפנותם בכוח, בתחבולות או בהסכמים, מאחר שהם החזיקו את האדמות וחיו בהן במשך אלפי שנים. קבוצה אחת של אמריקאים רצתה שיתקיים "סילוק של האינדיאנים" והכחדה כללית של כל שבט שישב באדמות בהן הם חפצו. וושינגטון ונוקס רצו גם הם להשתלט על האדמות. בדרך כלל, אם כי לא תמיד, הם חשו שהשימוש בכוח יגבה מחיר גבוה מדי מהאמריקאים ושאפו לעשות שימשו באמצעים אחרים כדי להשיג את המטרה. תחת זאת, בתחילה המליץ נוקס שהמדיניות הבריטית תמשיך, כלומר שיסופקו לאינדיאנים עדרי בהמות וציוד חקלאי ויקומו מיסיונים, זאת כדי להרגיע אותם. לאחר שכשל בפיוס שבטי הצ'רוקי והמוסקוגי באמצעות מצבור גדול של מתנות ב-1789, חתם בסופו של דבר נוקס על "הסכם ניו יורק" של 1790 בשמה של ארצות הברית ושם קץ לסכסוך עם חלק, אם כי לא עם כל, שבטי הצ'רוקי. על רצח העם של אוכלוסיית האינדיאנים בשטחים שהיו מאוכלסים בצפיפות, כתב נוקס, "היסטוריון כלשהו בעתיד עשוי לתאר את הסיבות לחורבן זה של גזע אנושי בצבעים קודרים". נועם חומסקי טוען שמנהיגי האומה "ידעו מה שהם עושים", ולעיתים קרובות הם אמרו שהם היו "המיטיבים", "הנדבנים" ו"הדואגים לרווחתם" של הילידים, כאשר במציאות הם עסקו ב"פרקטיקות של רצח עם" להכחדת ו"סילוק האינדיאנים". למעשה, נוקס אמר שמה שאירופאים והאמריקאים עשו לאומות הילידיות היה כה מזיק כך ש"הסגנון שלנו היה יותר הרסני לאינדיאנים בהשוואה לכיבושים של מקסיקו ופרו". הוא המשיך וציין את העובדה שבמקום בו הייתה תרבות לבנה, הייתה "הכחדה מוחלטת" של כל הילידים, או כמעט כולם. ללא קשר אם האמריקאים רצו להשיג את אדמות הילידים באמצעות רכישה, כיבוש או באמצעים אחרים, "לא ישכון שלום נצחי כל עוד הקרקעות ימשיכו להיות מושא המדיניות כלפי האינדיאנים", גישה שהמשיכה גם לאחר שנוקס סיים את תפקידו. מדיניותו של וושינגטון, כפי שבוצעה על ידי נוקס, גרמה לעלייתו של טקומסה. אלפים רבים של אינדיאנים סירבו לקבל את ההסכמים שנחתמו, בטענה שהם לא אישרו אותם ושמטרתם היחידה הייתה לנשל אותם מאדמותיהם. הם התכוונו במיוחד להסכם גרינוויל, וכבשו מחדש את אדמותיהם במסגרת ההתנגדות המחודשת בצפון-המערב שבסופו של דבר דוכאה רק במלחמת 1812.
ב-2 בינואר 1795 סיים נוקס את תפקידו בממשלה וחזר לביתו בתומאסטון שבמחוז מיין (אז חלק ממסצ'וסטס), כדי להקדיש את עצמו לדאגה למשפחתו המתרחבת. במקומו התמנה לתפקיד מזכיר המלחמה טימות'י פיקרינג.
עסקים פרטיים.
נוקס התיישב בתומאסטון ובנה מעון מפואר בן שלוש קומות שהיה מוקף במבני חוץ ויצר אחוזה בשם מונטפלייר, שלא ניתן היה להשוות את כל "היופי, הסימטריה וההדר" שבה לשום מקום אחר במדינה. את שארית חייו הוא בילה בניהול חוואות בקר, בניית ספינות, ייצור לבנים ועסקאות מקרקעין. הקשרים שיצר במהלך שנות המלחמה הועילו לו מאוד, שכן הוא השקיע כספים רבים באדמות באזורי הספר בכל השטחים מאוהיו ועד מיין (אם כי רוב השקעותיו היו במיין). אף על פי שהוא טען שהוא התייחס בהגינות למתיישבים בקרקעותיו במיין, הוא עשה שימוש באנשים מטעמו כדי לפנות את אלו שלא שילמו את דמי השכירות או פלשו לאדמותיו. צעדים אלו הכעיסו את המתיישבים עד שברגע מסוים הם איימו לשרוף את אחוזת מונטפלייר. אחד מהאנשים שמהם לקח נוקס את אדמתו היה ג'וזף פלם מרטין, איש צבא שהתיישב במיין וכתב את זיכרונות המלחמה שלו. נוקס ייצג את תומאסטון בבית הנבחרים של מסצ'וסטס, אך בסופו של דבר הוא איבד את חנו בעיני הציבור ואיבד את מושבו.
תקריות רבות בקריירה של נוקס העידו על אופיו, הן לטובה והן לרעה. במקרה אחד, כאשר הוא ורעייתו לוסי נאלצו לעזוב את בוסטון ב-1775, שימש ביתם ללינתם של קצינים בריטים שבזזו את חנות הספרים. על אף הקשיים הכלכליים שסבל מהם, עלה בידו להעביר את התשלום האחרון של 1,000 ליש"ט להוצאת לונגמן בלונדון כדי לכסות את עלות המשלוח של ספרים שהוא מעולם לא קיבל. עם זאת, במיין הוא ייזכר כעריץ רודף בצע והוא הונצח ברומן של נתניאל הות'ורן "בית שבעת הגגות", שבו הוא היה ההשראה לדמותו של קולונל פינצ'און".
ב-1805 נבחר נוקס כחבר באקדמיה האמריקאית לאמנויות ולמדעים.
בנוסף לבניית אחוזתו הכפרית, עשה נוקס ניסיון להגדיל את הונו באמצעות מיזמי תעשייה. הוא התעניין בסחר בעץ, בבניית ספינות, בגידול מקנה ובייצור לבנים. לרוע מזלו כשלו עסקים אלו, בין השאר בשל חוסר התמקדות בתחום מסוים, והוא צבר חובות משמעותיים. הוא אולץ למקור שטחים נרחבים של אדמות במיין כדי לרצות כמה מבעלי חובו. האיש שרכש את אדמותיו במיין היה הבנקאי מפנסילבניה ויליאם בינגהאם, וקרקעות אלו נודעו במיין כ"רכישת בינגהאם".
מותו.
הנרי נוקס מת בביתו ב-25 באוקטובר 1806 בגיל 56, שלושה ימים לאחר שבלע עצם של עוף שנתקעה בגרונו וגרמה לו לזיהום קטלני. הוא נקבר באחוזת מונטפלייר בהלוויה צבאית.
לוסי נוקס מתה ב-1824 לאחר שמכרה חלקים נוספים של רכוש המשפחה כדי לשלם לבעלי החוב של בן זוגה. לזוג נולדו 13 ילדים, אך רק בן אחד הגיע לבגרות. הבן, הנרי ג'קסון נוקס, נודע כאדם לא יוצלח בשל הרגלי השתייה שלו והתנהגותו השערורייתית. לפני מותו ב-1832 "הוא הכיר בתחושה העמוקה של חוסר הערך שלו", והוא הביע את רצונו שהוא לא ייקבר לצד קרוביו המכובדים, אלא בבית קברות ציבורי "ללא מצבה שתוצב על קברו".