גוארדיולה גדל עם שלושת אחיו בבית עני בעיירה הקטלאנית סנטפדור. כילד, נהג לשחק כדורגל ברחובות עיירתו. הוא החל את קריירת המשחק שלו בחימנסטיק מנרסה, בגיל 9. כעבור 4 שנים, ב-1984, הצטרף ל"לה מאסיה" של ברצלונה, ועם השנים עלה בדרגים. לאחר שסיים את לימודיו בבית הספר התיכון, החל ללמוד משפטים באוניברסיטת ברצלונה. לימודיו התנגשו עם הכדורגל, ולכן החליט לוותר על הלימודים באוניברסיטה כעבור שנה. ב-1989 הגיע עם קבוצת הנוער הראשונה של ברצלונה (Juvenil A), אל גמר גביע המלך לנוער, בו הפסידה הקבוצה לריאל בטיס. בתום העונה הבאה הצטרף לקבוצת המילואים של המועדון, ברצלונה אתלטיק.
קריירת מועדונים.
תחילת הקריירה - "קבוצת החלומות".
בעודו שחקן הרכב בקבוצת המילואים, ערך גוארדיולה את הופעת הבכורה שלו במדי ברצלונה בגיל 19, ב-16 בדצמבר 1990, עם חולצה מספר 10 ותחת המאמן יוהאן קרויף, שנהג לקדם שחקנים צעירים, בניגוד לנהוג בספרד באותה עת. גוארדיולה ערך ארבע הופעות בקבוצה הבוגרת בעונת הבכורה בלה ליגה. ב-10 בפברואר ערך את הופעת הבכורה שלו בגביע אירופה, מול האנזה רוסטוק.
בהמשך הפך גוארדיולה לשחקן קבע ולאחד ממנהיגי הקבוצה, שבזכות הצלחתה כונתה "קבוצת החלומות". תפקידו היה לקשר בין ההגנה להתקפה, תוך הסתמכות על מסירותיו הארוכות. העונה השנייה שלו בבוגרים, עונת , הייתה עונת שיא בעבור גוארדיולה בפרט והקבוצה בכלל. הוא היה שותף, לצד שחקנים כגון רונאלד קומאן, חוסה מריה באקרו, אנדוני זוביזרטה ומיכאל לאודרופ, לזכיית הקבוצה בדאבל: אליפות לה ליגה וגביע אירופה. באותה עונה היה גוארדיולה שותף למספר אירועים קבוצתיים ואישיים נוספים, כגון הקלאסיקו הראשון שלו, הדרבי העירוני מול אספניול, בו בישל ארבעה שערים, ולבסוף זכייתו בפרס בראבו, פרס המוענק לשחקן הצעיר המצטיין של השנה.
בסוף השנה כשלה ברצלונה לזכות בגביע הביניבשתי בעקבות הפסד לסאו פאולו. בהמשך עונת , ב-24 במרץ 1993, הבקיע את שערו הראשון במדי הקבוצה, בבעיטה ממרחק רב במשחק גביע המלך מול ריאל ואיאדוליד. הקבוצה זכתה בסיום העונה באליפות שלישית ברציפות.
בעונת שיחק גוארדיולה בקישור הקבוצה עת ניצחה את יריבתה ריאל מדריד 0:5. בסוף אותה עונה אמנם זכתה הקבוצה באליפות הליגה, אך הובסה בתוצאה 4:0 על ידי מילאן בגמר ליגת האלופות שנערך ביוני 1994. על ההפסד גוארדיולה אמר: "כולנו חשבנו שאנחנו משחקים נגד קבוצה חלשה. חיינו באופוריה והם חבטו בנו. הם היו כל כך גדולים שרק ביקשנו בטירוף שהמשחק ייגמר".
ההפסד סימן את תום תקופת "קבוצת החלומות". בעקבותיו נערכו בקבוצה מספר שינויים, כגון הבאת שחקנים צעירים מקבוצת המשנה. גוארדיולה קיבל את חולצה מספר 4, שלבש במשחקיו עד סוף קריירת המועדונים שלו. בעונה הבאה, עונת , הבקיע את שערו הראשון בקאמפ נואו, בניצחון ברצלונה 3:4 על אתלטיקו מדריד, שהובילה 3:0 במחצית.
כקפטן ברצלונה.
השנתיים הבאות היו טובות פחות מבחינה קבוצתית - הקבוצה סיימה במקום הרביעי בליגה בעונת 1994/1995 ובמקום השלישי בעונה שאחריה, אך גוארדיולה המשיך לבסס את מעמדו בקבוצה. בשנתיים האלו הופיע ב-55 משחקי ליגה והבקיע שלוש פעמים. ב-1996 החליף בובי רובסון את קרויף. בעונה הבודדת של רובסון כמאמן זכה גוארדיולה, לצד שחקנים כגון רונאלדו, סרג'י ברז'ואן, לואיש פיגו ולואיס אנריקה, בגביע אירופה למחזיקות גביע ובגביע המלך. בעונה זו שיחק במספר שיא של משחקי ליגה לעונה – 38. בתום העונה היה גוארדיולה קרוב להצטרפות לפארמה האיטלקית, שהציעה למועדון סכומי כסף גבוהים עבורו, אך נשיא ברצלונה ז'וזפ ליואיס נונייז הציע לו חוזה משופר, שבזכותו נשאר בברצלונה. בחוזה המשופר הועלה סעיף השחרור שלו ל-15 מיליון פזטות, השני בגובהו בספרד באותה העת.
בקיץ 1997 החליף לואי ואן חאל את רובסון. בשל עזיבת הקפטן הקודם חוסה מריה באקרו, מינה ואן חאל את גוארדיולה להיות קפטן הקבוצה. בעונה זו נפצע באופן חמור במיתר הברך, הושבת לתקופה ארוכה ושיחק בשישה משחקי ליגה בלבד. למרות פציעתו זכתה ברצלונה בדאבל נוסף - בתואר אליפות ספרד ובגביע המלך. גוארדיולה חזר למגרשים בדצמבר 1998, ובסיום עונה זו זכה באליפות השישית שלו עם המועדון - מספר שיא של אליפויות לשחקן במועדון, יחד עם אנטוני רמלייטס.
באוגוסט 2000, בזמן אימון של נבחרת ספרד בוולנסיה, נפצע גוארדיולה בקרסולו השמאלי והזדקק לניתוח. הוא חזר למגרשים בדצמבר באותה שנה. באפריל 2001 הודיע במסיבת עיתונאים על רצונו לעזוב את ברצלונה כדי לשחק מחוץ לספרד ולהכיר עולמות חדשים, אף על פי שהוצע לו חוזה משודרג. במהלך העונה ערך בסך הכול 24 הופעות, כבש שער ובישל תשעה נוספים. בסך הכול, במשך 11 עונות, הופיע ב-384 משחקים במדי ברצלונה וכבש עשרה שערים.
איטליה.
בסוף עונת עבר לברשה וחתם על חוזה לשנה אחת. הוא התמנה לתפקיד קפטן הקבוצה באוקטובר 2001, בעקבות פציעתו של רוברטו באג'ו. בהמשך החודש התגלתה רמה גדולה של ננדרולון (סטרואיד אנאבולי) בבדיקת שתן שערך, ולאחר משחק ליגה מול לאציו נכשל בבדיקה פעם נוספת. גוארדיולה הכחיש שהשתמש בסטרואידים, והצביע על אוכל מקולקל כהסבר אפשרי. אף על פי כן, הוא הושעה לארבעה חודשים וחזר לשחק בסוף מרץ 2002. גוארדיולה סייע לקבוצה להישאר בליגה, עם 11 הופעות בליגה בעונה זו. הוא נפצע לפני המחזור האחרון בברכו הימנית, ולכן החמיץ את האפשרות להיקרא לסגל נבחרת ספרד למונדיאל 2002. ב-2007 נוקה מההאשמות על שימוש בננדרולון, עת קבע בית המשפט בברשה כי לא נעשה שימוש בחומר האסור ושגוארדיולה חף מפשע.
ביולי 2002 עבר לרומא שאימן פאביו קאפלו. הייתה זו תקופה לא מוצלחת עבור גוארדיולה, בה הופיע רק בארבעה משחקי ליגה, ולאחר חצי שנה בלבד בקבוצה, חזר לברשה. בברשה הוא נטל חלק משמעותי במשחקים, ולמרות קשיים רבים, הצליחה הקבוצה להישאר בליגה הראשונה.
עונותיו האחרונות.
בקיץ 2003, בתום עונה בברשה, שב גוארדיולה לעיר ברצלונה. בעת הבחירות לנשיאות מועדון הכדורגל ברצלונה, הוא היה חבר בקבוצה של המתמודד לואיס בסט, שייעד למנות את גוארדיולה לתפקיד המנהל הטכני של המועדון, במקרה שייבחר. לבסוף ניצח ז'ואן לאפורטה בבחירות, וגוארדיולה החליט להמשיך לשחק, אך הפעם בקטר. הוא חתם באל-אהלי, שם שיחק במשך שתי עונות. גוארדיולה התמנה במהרה לתפקיד הקפטן של הקבוצה ובתום עונת זכה בתואר השחקן המצטיין של העונה בליגה הקטרית, למרות הצלחתם של שחקנים אחרים בעלי שם עולמי, כגון גבריאל באטיסטוטה. בעונה הבאה, עונת , הבקיע גוארדיולה חמישה שערים וסייע לקבוצה לסיים במקום השמיני בליגה.
לאחר שעזב את קטר באוגוסט 2005, עלתה בתקשורת האפשרות שגוארדיולה ימשיך את הקריירה באנגליה, אך ניסיונות ההידיינות עם מנצ'סטר סיטי וויגאן אתלטיק העלו חרס. בדצמבר באותה שנה חתם על חוזה לחצי שנה בקבוצה המקסיקנית דוראדוס דה סינלואה, שאימן חברו הטוב, הספרדי חואן מנואל לייו. בקלאוסורה של 2006 שיחק גוארדיולה בעשרה משחקים והבקיע שער בודד. הקבוצה אמנם סיימה במקום השמיני, אך ירדה לליגת המשנה, כיוון שבמקסיקו המיקום בטבלה בארבע העונות הקודמות הוא שקובע את הקבוצות היורדות. למרות התעניינות מצד באנפילד הארגנטינאית, החליט גוארדיולה לפרוש, בגיל 35.
נבחרת לאומית.
גוארדיולה ייצג את ספרד לראשונה באולימפיאדת ברצלונה (1992). הוא שותף בכל משחקי הנבחרת האולימפית והבקיע שער בודד, במשחק הפתיחה מול נבחרת קולומביה. בגמר הטורניר ניצחה הנבחרת הספרדית 2–3 את נבחרת פולין וגוארדיולה, יחד עם שאר שחקני הנבחרת, זכה במדליית זהב.
ב-14 באוקטובר 1992 שיחק לראשונה במדי נבחרת ספרד, כשנכנס כמחליף במשחק מול נבחרת צפון אירלנד. במשחק הבא, מול נבחרת לטביה, הבקיע את שערו הראשון במדים הלאומיים. בשנותיו הראשונות לא השתלב היטב בנבחרת, תחת המאמן חבייר קלמנטה. למרות זאת, הוא זומן לסגל הנבחרת במונדיאל 1994 והבקיע שער אחד בשני משחקים בהם שותף, מבין חמישה משחקים של הנבחרת בכל הטורניר.
החלפת גוארדיולה במשחק מול נבחרת קפריסין ב-7 בספטמבר 1994 סימנה את הדחתו מהנבחרת לשנתיים הבאות. גוארדיולה לא נכלל בסגל הנבחרת עד לאחר יורו 1996, בו אִכזבה. תקופתו השנייה במדים הלאומיים נמשכה כשנה, עקב פציעה חמורה שסבל ממנה בסוף שנת 1997. הוא החלים מהפציעה לפני מונדיאל 1998, אך משום שלא היה בכושר גופני מספק, נאלץ להיוותר מחוץ לסגל גם בטורניר זה. שיבתו השנייה הייתה ב-27 במרץ 1999, במשחק כנגד נבחרת אוסטריה, עת חוסה אנטוניו קמאצ'ו אימן את הנבחרת.
גוארדיולה פתח בכל משחקי נבחרת ספרד ביורו 2000, שנערך בהולנד ובבלגיה, עד הדחתה ברבע הגמר על ידי נבחרת צרפת. לאחר שעזב את ברצלונה ערך את הופעת הפרידה שלו מהנבחרת, במשחק מול נבחרת מקסיקו ב-14 בנובמבר 2001. גוארדיולה הפגין יכולת טובה לפני מונדיאל 2002, אך הפציעה בברכו כחודש לפני הטורניר מנעה ממנו להשתתף בו.
בסך הכול ערך 47 הופעות והבקיע חמישה שערים בשורות הנבחרת.
בנוסף להופעותיו במדי נבחרת ספרד, היה גוארדיולה קפטן נבחרת קטלוניה. הוא ערך את משחק הבכורה שלו במשחק מול קבוצתו, ברצלונה, ב-24 ביוני 1995. מאז צבר שמונה הופעות נוספות, האחרונה שבהן ב-25 בדצמבר 2005, נגד נבחרת פרגוואי. אחד המשחקים הזכורים של גוארדיולה בנבחרת קטלוניה היה זה מול נבחרת צ'ילה ב-28 בדצמבר 2001, כשחזר לברצלונה מפני שהיה מושעה ממשחק באיטליה בשל חשד לשימוש בסטרואידים.
סגנון משחק.