לאחר הירידה, מנצ'סטר סיטי החלה לקבל כסף רב, עם הגעתו של היושב ראש החדש דויד ברנשטיין. המועדון העפיל בחזרה לליגה הראשונה כבר בניסיון הראשון, בזכות סיום דרמטי במשחק הפלייאוף של הליגה מול ג'ילינגהאם. לאחר מכן הוא עלה בפעם השנייה ברציפות וחזר לפרמייר ליג, אך המועדון היה רחוק מלשחזר את ימיו הגדולים, והוא ירד פעם נוספת לליגה השנייה ב-2001. קווין קיגן הגיע כמאמן החדש של המועדון בסיום העונה, והביא לחזרה מיידית של מנצ'סטר סיטי לליגה העליונה כאשר המועדון זכה באליפות הליגה הראשונה בעונת . בכך נשבר שיא המועדון בהשגת נקודות ובכיבוש שערים במשך עונה אחת. עונת הייתה האחרונה של המועדון במיין רואד, ובה הוא ניצח לראשונה מזה 13 שנים בדרבי של מנצ'סטר. מנצ'סטר סיטי אף העפילה לגביע אופ"א באמצעות דירוג המשחק ההוגן של אופ"א, ובכך נכנסה למפעלים האירופיים לראשונה מזה 25 שנים.
בשנת 2003 עבר המועדון לאצטדיון סיטי אוף מנצ'סטר החדש. במרץ 2005, קווין קיגן עזב את המועדון, וסטיוארט פירס מונה במקומו, ופספס במעט את העפלת המועדון למוקדמות המפעלים האירופיים. עונת נפתחה בצורה טובה עבור מנצ'סטר סיטי, כאשר המועדון היה במקום השישי עד לנובמבר, אך הוא ירד ביכולתו בהמשך וסיים במקום ה-15 בלבד. בעונת המועדון התקשה לכבוש שערים, וקבע שיא של כמות שערים נמוכה במשחקי הבית למועדון בליגה העליונה, כאשר הבקיע עשרה שערים בלבד וסיים במקום ה-14.
בשנת 2007 המועדון נרכש על ידי תאקסין שינאוואטרה, ראש ממשלת תאילנד לשעבר. המועדון שאף להגיע להצלחות, ופתח את עונת בצורה טובה והתמקם בצמרת הליגה, אך הידרדר בהמשך ולבסוף סיים את העונה במקום התשיעי, והעפיל למוקדמות גביע אופ"א באמצעות זכייה נוספת בדירוג המשחק ההוגן של אופ"א.
הרכישה על ידי "אבו דאבי".
בקיץ 2008 המועדון עבר לבעלותה של קבוצת משקיעים מאיחוד האמירויות בשם "אבו דאבי פיתוח והשקעות". ראש קבוצת הרוכשים, סולימאן אל-פאחים, הצהיר כי מטרת הרכישה היא להפוך את המועדון לגדול ביותר בעולם.
בשנים הבאות צורפו למנצ'סטר סיטי, שנחשב עד אז למועדון מרכז-טבלה באנגליה, שחקנים בולטים מהצמרת העולמית כדוגמת קרלוס טבס, האחים קולו ויא יא טורה ודויד סילבה. ההשקעה הניבה תוצאות ב-2011 כאשר הצליחה הקבוצה להעפיל למוקדמות ליגת האלופות וכן זכתה בגביע ה-FA, התואר הראשון שלה מזה 35 שנים.
בעונת 2011/2012 מנצ'סטר סיטי זכתה באליפות הפרמייר ליג, בזכות הפרש שערים טוב יותר ממנצ'סטר יונייטד, שסיימה במקום השני. הקבוצה ניצחה במחזור הסיום של הליגה את קווינס פארק ריינג'רס בתוצאה 3–2, כאשר שניים מהשערים הובקעו בתוספת הזמן של המשחק.
בעונת 2012/2013 לא הצליחה הקבוצה לשמור על תואר האליפות כאשר סיימה במקום השני אחרי יריבתה העירונית, מנצ'סטר יונייטד. הקבוצה הגיעה לגמר הגביע האנגלי בו נוצחה על ידי ויגאן את'לטיק משער שנכבש בתוספת הזמן של המשחק. מספר ימים לאחר ההפסד פוטר מנצ'יני מאימון הקבוצה.
בעונת 2013/2014 העפילה לראשונה בתולדותיה לשמינית גמר ליגת האלופות, אך הודחה על ידי ברצלונה 1–4 בסיכום שני המשחקים. באותה עונה זכתה הקבוצה באליפות אנגליה אחרי ניצחון על ווסטהאם יונייטד 2–0 במחזור הסיום. בעונה הבאה הודחה פעם נוספת על ידי ברצלונה בשמינית גמר ליגת האלופות עם 1–3 בסיכום שני המשחקים.
בעונת 2015/16 העפילה הקבוצה עד לחצי גמר ליגת האלופות אחרי שהדיחה את דינמו קייב ופריז סן-ז'רמן, והודחה על ידי ריאל מדריד שבאותה עונה זכו בגביע האלופות.
לקראת עונת 2016/17 מנצ'סטר סיטי מינתה את המאמן הספרדי המוערך פפ גוארדיולה, אך למרות הציפיות מהסיטיזנס היא לא זכתה באף תואר בעונה זו. למרות זאת, היא השיגה את הכרטיס לליגת האלופות משום שסיימה במקום השלישי בפרמייר ליג.
את עונת 2017/2018 פתחה בסערה עם ממוצע של 3.5 שערים למשחק, כשהיא הקבוצה הראשונה זה 66 שנים שהבקיעה לפחות חמישה שערים בשלושה משחקי בית רצופים, במה שמהווה להתחלת העונה הטובה ביותר של סיטי בתולדות הפרמייר-ליג. 93 אחוזי הצלחה ו-13 ניצחונות רצופים בכל המסגרות. ב-1 בנובמבר 2017 סרחיו אגוארו כבש את שערו ה-178 במועדון בניצחון 4–2 על נאפולי במסגרת ליגת האלופות ובכך הפך לשיאן הכובשים של סיטי בכל הזמנים. ב-13 בדצמבר 2017 לאחר ניצחון 4–0 על סוונזי מנצ'סטר סיטי שברה את שיא הניצחונות הרצופים בפרמייר ליג עם 15 ניצחונות, השיא הקודם היה שייך לארסנל עם 14 ניצחונות.
ב-15 באפריל 2018 בזכות הפסדה של מנצ'סטר יונייטד לווסט ברומיץ', מנצ'סטר סיטי זכתה באליפות הפרמייר ליג החמישית בתולדותיה.
עונת 2018/2019 הייתה לעונת השיא של המועדון, בפתיחת העונה זכתה במגן הקהילה החמישי בתולדותיה, בליגת האלופות סיטי לא זכתה להצלחה רבה והגיע רק לרבע הגמר בו הודחה על ידי טוטנהאם לאחר מותחן אדיר שנגמר בתוצאה 4–4 בסיכום שני המשחקים כשטוטנהאם עלתה בעקבות שערי החוץ. עונת 2018/2019 בליגה האנגלית הציגה קרב סוסים בין שתי הקבוצות מנצ'סטר סיטי וליברפול כשתואר האליפות הוכרע אך ורק במחזור הסיום, סיטי ניצחה את ברייטון במחזור הסיום והבטיחה את האליפות עם 98 נקודות ביתרון נקודה אחת מעל ליברפול. סיטי זכתה בעונה הזאת גם בתואר גביע הליגה כאשר גברה על צ'לסי בגמר. את עונת 2018/2019 סיימה סיטי בטרבל אנגלי כשהשלימה זכייה גם בגביע הFA לאחר ניצחון מוחץ של 6–0 על ווטפורד. זאת הפעם הראשונה בהיסטוריה של הכדורגל האנגלי שקבוצה עושה טרבל אנגלי וזוכה באליפות גביע הFA וגביע הליגה.
בפברואר 2020 הושעתה מנצ'סטר סיטי למשך שנתיים (כלומר, לעונות 2020/21 ו-2021/22) מכל המפעלים האירופים (ליגת האלופות והליגה האירופית) ונקנסה ב-30 מיליון אירו עקב הפרת כללי הפייר פליי הפיננסי. מספר ימים לאחר מכן, מנצ'סטר סיטי שחררה הצהרה בה היא דוחה לחלוטין את ההאשמות ומודיעה כי היא תגיש ערעור ל-CAS - בית הדין לבוררות ספורט. ב-13 ביולי 2020 ה-CAS קיבל את ערעורה של מנצ'סטר סיטי והודיע כי העונש ש-UEFA קבעה מבוטל, כלומר הקבוצה תוכל להשתתף במפעלים האירופיים וההשעייה מבוטלת, והקנס הופחת ל-10 מיליון אירו. ב-14 באפריל 2021 מנצ'סטר סיטי העפילה בפעם השנייה בתולדותיה לחצי גמר ליגת האלופות לאחר ניצחון כפול על בורוסיה דורטמונד הגרמנית. בשלב חצי הגמר סיטי פגשה את פריס סן ז'רמן, לאחר ניצחון חוץ של סיטי בפריז בתוצאה 1–2, סיטי ניצחה בגומלין 0–2 מצמד שערים של ריאד מחרז, והעפילה לגמר ליגת האלופות בפעם הראשונה בתולודתיה, בו הפסידה 0–1 לצ'לסי.
בעונת 2021/2022 מנצ'סטר סיטי זכתה באליפות אנגליה בפעם השמינית הודות למהפך בזק (3 שערים ב־5 דקות) לקראת סיום המשחק שקבע את תוצאת המשחק המכריע – ניצחון 3–2 על אסטון וילה וזכייה באליפות בפער של נקודה בודדת מהקבוצה שסיימה במקום השני – ליברפול.
אצטדיון.
האצטדיון הביתי הנוכחי של מנצ'סטר סיטי הוא אצטדיון סיטי אוף מנצ'סטר, המכיל כ-48,000 מקומות ישיבה וממוקם במזרח מנצ'סטר, שהושכר על ידי מועצת העיר מנצ'סטר בתום משחקי חבר העמים ב-2002. האצטדיון משמש מגרשה הביתי של מנצ'סטר סיטי מאז סיום עונת 2002/03, כאשר המועדון עבר אליו אצטדיון מיין רואד.
לפני המעבר לאצטדיון, המועדון השקיע 35 מיליון ליש"ט בשיפור האצטדיון, והוריד את המגרש מפני הקרקע (כך הוא היה בזמן משחקי חבר העמים) לפני הקרקע למטה, הוסיף שורה של כיסאות מסביב לכל המגרש ואף בנה את היציע הצפוני החדש. במשחק הראשון באצטדיון החדש ניצחה מנצ'סטר סיטי 1–2 את ברצלונה במשחק ידידות, בעוד השער הראשון באצטדיון הובקע על ידי ניקולא אנלקה.
מנצ'סטר סיטי אף השתמשה במגרשים מרכזיים אחרים לאורך ההיסטוריה שלה. לאחר ששיחקה את משחקי הבית שלה בחמישה מגרשים שונים בין 1880 ל-1887, המועדון התיישב בהייד רואד ושיחק בו במשך 36 שנים. שרפה הרסה את היציע הראשי באצטדיון ב-1920, ומשום כך עבר המועדון לאצטדיון בין 84,000 המושבים מיין רואד בשנת 1923, שכונה על ידי המתכננים שלו כ"ומבלי של הצפון". ב-3 במרץ 1934, מיין רואד אוכלס בידי כמות גדולה מאוד של צופים, כאשר 84,569 צפו במשחק התיקו בגביע ה-FA מול סטוק סיטי. מיין רואד פותח מחדש מספר פעמים במשך 80 שנות קיומו, אף על פי שב-1995 הקיבולת הוגבלה ל-32,000, מה שגרם למעבר לאצטדיון סיטי אוף מנצ'סטר. תכולת האצטדיון של 53,400 צופים היא החמישית בגודלה בפרמייר ליג של התאחדות הכדורגל האנגלית.
סמל המועדון וצבעים.
צבעי תלבושת הבית של מנצ'סטר סיטי הם תכלת ולבן. צבע תלבושת החוץ המסורתית היה חום או (משנות ה-60) אדום ושחור; עם זאת, בשנים האחרונות המועדון משתמש במספר צבעים שונים. בעונת 2004/2005, המועדון לבש חולצה לבנה עם מכנסיים בצבע ארגמן וגרביים לבנים, בעוד בעונה שלאחר מכן, חולצת תלבושת החוץ הייתה כולה בצבע כחול. במהלך עונת 2006/2007, הפס השני על חולצת המועדון היה שחור כולו. מאוחר יותר המועדון קבע לעצמו תלבושת שלישית, שכללה חולצה צהובה ומכנסיים וגרביים שחורים.
לעונת 2008/2009, חולצת תלבושת הבית היא בצבע תכלת, עם פס לבן עבה הנמתח מהצווארון עד תחת הזרוע, בצד שמאל של החולצה. בצד ימין של החולצה, קווקוו חשוך במעט של תכלת נמתח מהצווארון עד למותן, עם גוון כחול. תלבושת החוץ חזרה להיות בעלת הפסים האדומים והשחורים הפופולריים. החולצה הבליטה שרוולים שחורים, ופסים לבנים דקים בין הפסים האדומים והשחורים האנכיים. צבע חולצת התלבושת השלישית של המועדון הוא בפעם הראשונה כתום. השם הרשמי הוא "כתום לוהט", ומבליט את העיצוב הדומה לזה של תלבושת הבית, מלבד הפסים הכחולים שבתלבושת הבית והפסים הצהובים הבוהקים שעל התלבושת השלישית.