לקראת סוף השנה, הוסיף האריס לאתר הוראות לביצוע מעשי קונדס, הוראות להכנת מטען חבלה ויומנים שתיארו את מעשיו עם קלבולד, זאת על אף שהכנסת תוכן זה הייתה אסורה על פי החוק. בראשית 1997, החלו הפרסומים בבלוג להראות סימני כעס הולך וגובר של האריס כלפי החברה.
לאתר היו מבקרים ספורים, אך בשלהי 1997 הוא התפרסם כאשר הוריו של ברוקס בראון, חברו לשעבר של האריס, העבירו לחוקר מייקל גוארה, ממשרד השריף של מחוז ג'פרסון, מידע בדבר איומים מפי האריס לרצוח את בנם, שפורסמו באתר.
גוארה גילה כי האתר מכיל איומים אלימים המכוונים לא רק כלפי בראון אלא גם כלפי תלמידים ומורים נוספים בבית הספר התיכון קולומביין. טקסטים אחרים עסקו בשנאתו של האריס לחברה בכללותה וברצונו לרצוח את אלו שעוררו את חמתו. בימים שלפני ביצוע הטבח, החל האריס לפרסם הודעות באתר על השלמת הרכבתו של מטען צינור, איסוף מלאי רובים ואקדחים ו"רשימת חיסול" של אנשים שבהם רצה לפגוע. עם זאת, תוכניתו המדויקת לביצוע מסע הירי בבית הספר לא צוינה באתר.
כיוון שהאריס הודה שיש ברשותו חומרי נפץ, החליט גוארה לכתוב טיוטת תצהיר לשם קבלת צו חיפוש בביתו של האריס, אולם בסופו של דבר הוא לא הגיש את התצהיר ולפיכך לא קיבל צו חיפוש. לאחר הטבח ובמהלך החקירה, הוסתר קיומו של התצהיר על ידי רשויות מחוז ג'פרסון ולא פורסם לציבור, עד לחשיפתו בספטמבר 2001 כתוצאה מתחקיר שנערך במסגרת תוכנית הטלוויזיה "60 דקות".
עברות קודמות של האריס וקלבולד, תפיסתם והחלטתם לנקום.
הטבח בתיכון קולומביין לא היה השערורייה היחידה בה האריס וקלבולד לקחו חלק, והם היו מעורבים באירועים אלימים נוספים שקדמו לטבח. ב-30 בינואר 1998 נתפסו האריס וקלבולד עם ציוד מחשוב שגנבו, דקות ספורות לאחר גנבתו מרכב חונה ליד ליטלטון, קולורדו. הם נעצרו והתייצבו יחד לשימוע שבסופו הכריע השופט כי בעקבות חוסר יכולתם להפעיל שיקול דעת, השניים זקוקים לטיפול פסיכיאטרי. הם השתתפו בקבוצת תמיכה ושוחררו מהתוכנית מוקדם בגין התנהגות טובה.
האריס כתב מכתב לבעל הרכב שממנו נגנב הציוד, וכביכול התנצל בפניו, אבל בה בעת, התפאר האריס בפרסומים ביומנו שבהם חשף כי הוא מעולם לא התחרט על מעשיו ושהוא ביים את התנצלותו. הוא התפאר ושיבח את עצמו על ההונאה שביצע. הדעה הרווחת היא כי זמן קצר לאחר ששוחררו מהטיפול הפסיכיאטרי שהושת עליהם באפריל 1998, החלו האריס וקלבולד לתכנן דרכים אלימות שבהן ינקמו בחברה השנואה, חברה שהם ראו עצמם ב"מלחמה" מולה, כך שאירוע גנבת הציוד ולאחר מכן זיוף ההתנצלות של האריס היו בעצם חלק מאותן דרכים.
בפרק הזמן שבו עבר הערכה רפואית על ידי הפסיכיאטרים בתוכנית, ניתנה להאריס התרופה נוגדת הדיכאון זולופט. זמן קצר לאחר מכן, דיווח האריס לרופאו כי בכל זאת יש לו מחשבות אובדניות ורצחניות. אולם, במקום להפסיק לחלוטין את נטילת הזולופט, עבר האריס לקבלת תרופה דומה מאוד בשם לובוקס.
מספר אנליסטים טענו שהלובוקס והזולופט תרמו לפעולותיו של האריס, ושהשפעות הלוואי של תרופות אלה כוללות תוקפנות, אובדן חרטה, דה-פרסונליזציה ומאניה. נטען כי יש התאמה בין "יורים בבתי ספר" (שההיסטוריה הרפואית שלהם הפכה לנחלת הציבור) והשימוש בתרופות נוגדות דיכאון.
זמן קצר לאחר השימוע המשפטי שלו ושל קלבולד, נעלם הבלוג של האריס והאתר שלו הוסט למטרתו המקורית, פרסום שלבים שנוצרו על ידי המשתמש למשחק המחשב "Doom". אז החל האריס לכתוב את מחשבותיו ותוכניותיו ביומן רגיל. למרות זאת, עדיין הקדיש האריס חלק מאתרו לפרסום ההתקדמות שלו באיסוף רובים ובניית הפצצות שנעשה בהן שימוש במתקפה. אחרי שעובדת קיומו נעשתה לנחלת הכלל, "אמריקה אונליין" מחקה את האתר לצמיתות משרתיה. אף על פי שהשלבים שנבנו עבור המשחק נוצרו על ידי רוצח, הם עדיין ניתנים להורדה באתר אינטרנט וזכו לכינוי "שלבי האריס".
תיעוד ביומן, וקלטות וידאו.
מיד לאחר שחרורם מהטיפול הפסיכיאטרי, החלו האריס וקלבולד לתעד ביומניהם האישיים את התקדמותם באיסוף אמצעי לחימה. השניים החלו גם לתעד את הארסנל שלהם בקלטות וידאו שנשמרו בסוד.
רישומי היומן גילו כי לשניים הייתה גם תוכנית נרחבת לביצוע פיגועי תופת שיתחרו בזה של טימותי מקווי באוקלהומה סיטי. הרישומים הכילו תיאורים קצרים של מסלולי בריחה למקסיקו, פרטים על התקיפות שתכננו, חטיפת כלי טיס בנמל התעופה הבינלאומי בדנוור והתרסקות לתוך בניין בניו יורק.
האריס וקלבולד קיוו כי לאחר שיפוצצו מטעני חבלה בקפיטריית התיכון, הם ינועו ברחבי בית הספר, יטבחו בניצולים מהפיצוצים ואז ימשיכו בהתקפה על בתים בסביבה כאשר התושבים ייצאו לראות על מה המהומה ויזדעזעו מהמעשים המחרידים הנעשים ללא רחם. התוכנית המקורית נכשלה כשמטעני החבלה המשמעותיים שהניחו לא התפוצצו.
השניים שמרו קלטות וידאו ששימשו בעיקר כתיעוד של פיצוצים, התחמשות, וכלי נשק שהם רכשו באופן בלתי חוקי. בקלטות אלו אף סיפרו היורים על כל הדרכים הנרחבות והיצירתיות שעליהן חשבו להסתרת הארסנל בבתיהם, כמו גם את הדרכים שבהן הערימו על הוריהם בדבר פעילותם.
חלק מקלטות הווידאו הראו את פעולות השניים כהכנה לטבח, בכלל זאת מטווחי אימון למרגלות הרים בקרבת בית הספר וצילומים של אזורים מסביב לו שתכננו לתקוף. ב-20 באפריל הקליטו את קלטת הווידאו האחרונה שלהם, כחצי שעה לפני ההתקפה, והיא כללה את התנצלות השניים בפני משפחותיהם.
כלי הנשק ששימשו בטבח.
בחודשים שקדמו להתקפות, רכשו האריס וקלבולד באופן לא חוקי שני אקדחי 9 מ"מ ושני רובי-ציד מדגם AA12. רובה ושני רובי ציד נקנו ברכישת קש (רכישת קש מתבצעת על ידי אדם שלא מתכוון להשתמש במוצר אלא להעבירו אל אדם אחר, כאשר זה בפועל לא רשאי לקנות את המוצר) בדצמבר 1998 על ידי ידידתו ובת כיתתו של קלבולד, רובין אנדרסון. האריס וקלבולד קנו מאוחר יותר אקדח מחברם מארק מאנס. מאנס נכלא לאחר הטבח בגין העבירה של מכירת נשק לקטין, וכך גם פיליפ דוראן, שהכיר בין השניים לבין מאנס.
בעזרת הוראות שהופיעו באופן לא חוקי באינטרנט, בנו השניים 99 מתקני נפץ מאולתרים ממגוון דגמים וגדלים. הם גם ניסרו את הקנים וקתות הרובים כדי להקל על הסתרתם והסוואתם. עוד לפני שהחל הטבח, ביצעו שני הטובחים מספר הפרות חמורות של חוקי מדינה וחוקים פדרליים, לרבות חוק האקדחים הלאומי והחוק לפיקוח על רובים משנת 1968 ובאופן כללי חוקים הקשורים לאחזקה ושימוש בנשק.
יום הטבח.
ההתכוננות.
ב-11:00 בבוקר יום שלישי, 20 באפריל 1999, הגיעו האריס וקלבולד לתיכון קולומביין במכוניות נפרדות. האריס החנה את מכוניתו במגרש החניה של התלמידים הצעירים וקלבולד במגרש החניה של התלמידים המבוגרים, במקומות שכלל לא הוקצו להם.
משם היו לשניים נקודות תצפית טובות על צד הכניסה של הקפיטריה וכל אחד מהם כיסה יציאה ראשית מבית הספר. זמן קצר לפני ההגעה לקולומביין, הכינו האריס וקלבולד בקבוק תבערה קטן בשדה במרחק של פחות מקילומטר מבית הספר. הפצצה תוכננה להתפוצץ ב-11:14 בבוקר, ומעריכים כי היא נועדה להסיח את תשומת לבם של צוותי ההצלה מהאירוע המרכזי. הפצצה התפוצצה רק באופן חלקי, וגרמה לשריפה קטנה שכובתה על ידי מכבי האש.
בתיכון קולומביין נפגש הצמד ליד מכוניתו של האריס וחימש שני מטעני חבלה ב-9 ק"ג פרופאן לפני כניסתם לקפיטריה. כל אחת מן הפצצות כוונה כך שתתפוצץ בערך ב-11:17 לפני הצהריים.
פעולת הנחת המטענים לא תועדה, שכן כניסתם לקפיטריה חפפה במקרה את עיתוי החלפת קלטת הווידאו של מצלמת האבטחה המותקנת במקום. אולם, ברגע שהקלטת החדשה החלה להקליט, נקלטו בה בבירור תיקיהם של השניים. למטענים היה די כוח נפץ כדי להרוס את כל הקפיטריה ולגרום לקריסת הספרייה השוכנת מעל.
האריס וקלבולד שבו לרכבם כדי להמתין עד שיתפוצצו מטעני החבלה. הם התכוונו לפתוח באש על תלמידים שיברחו מבית הספר דרך הכניסות הראשיות ברגע הפיצוץ. כאשר חזרו למכוניות, פגש האריס את ברוקס בראון במגרש החניה. מאחר שלאחרונה הם חידשו את חברותם, בראון התקרב להאריס ונזף בו על שנכשל במבחן. האריס הגיב ואמר: "ברוקס, אני מחבב אותך. עכשיו צא מפה. לך הביתה", לפני שהמשיך בדרכו. מספר דקות לאחר מכן, תלמידים שיצאו מהתיכון לארוחות צהריים הבחינו בבראון ההולך במורד רחוב סאות' פירס הרחק מבית הספר, אך לא הלכו לבדוק מה עומד מאחורי הליכתו במקום והמשיכו בדרכם. בינתיים, התחמשו האריס וקלבולד ליד המכוניות וחיכו לפיצוץ.
תחילת הירי.
מטעני החבלה בקפיטריה כשלו, אך להאריס וקלבולד הדבר לא הפריע והם החליטו לנסות ולבצע את הטבח גם בלי צורך במטענים, והתקדמו לעבר הקפיטריה. הם הלכו לראש המדרגות שבכניסה המערבית, שהיו הנקודה הגבוהה ביותר בקמפוס. מנקודת תצפית נוחה זו, הכניסה הצדדית של הקפיטריה הייתה בתחתית גרם המדרגות, הכניסה הראשית המערבית לשמאלם, ומגרשי האתלטיקה לימינם.
ב-11:19 בבוקר, עֵד שנכח במקום שמע את האריס צועק "קדימה! קדימה!" (!Go! Go). ברגע זה, שלפו היורים את כלי הנשק והחלו לירות לכיוונם של התלמידים רייצ'ל סקוט וריצ'רד קאסטאלדו, שישבו על חלקת דשא לשמאלם (ליד הכניסה המערבית של בית הספר) ויצאו לאכול ארוחת צהריים. שניהם נפצעו באורח אנוש אך לא מתו באופן מיידי, אך לאחר היריות הראשונות, אחד מהיורים ירה בסקוט שוב והצליח להרוג אותה.