בקיץ אותה שנה השתתף במשחקים האולימפיים בברצלונה כשהוא מייצג את קרואטיה, בהשתתפותה הראשונה כמדינה עצמאית במשחקים. איוואנישביץ' אף שימש כנושא דגל המדינה בטקס הפתיחה. במשחקים עצמם ניצח ארבעה משחקים רצופים בחמש מערכות כדי להגיע לחצי הגמר, בו הפסיד למארק רוסט אך זכה במדליית הארד. בתחרות הזוגות שיתף פעולה עם בן ארצו גוראן פרפיץ'. השניים הפסידו במשחק חצי הגמר ואיוואנישביץ' השלים זכייה במדליית ארד שנייה, מתוך שלוש מדליות בהן זכתה קרואטיה באולימפיאדה זו (המדליה השלישית הייתה מדליית כסף בה זכתה נבחרת קרואטיה בכדורסל).
עד סיום השנה זכה בשני תארים נוספים, אחד מהם היה תואר ראשון מסדרת המאסטרס בתחרות בסטוקהולם. בסוף השנה השתתף לראשונה באליפות סוף השנה והגיע לחצי הגמר. את העונה סיים במקום הרביעי.
בשנת 1993 לא הצליח לשחזר את הישגיו. איוואנישביץ' לא הצליח להעפיל אל מעבר לסיבוב השלישי באף אחד מהגרנד סלאמים. בעקבות אובדן הנקודות בווימבלדון ותוצאות בינוניות בחצי הראשון של השנה נפלט מחוץ לרשימת עשרת הראשונים בדירוג, אולם הצליח לטפס חזרה לצמרת וסיים את העונה במקום השביעי. במהלך העונה זכה בשלושה תארים, מהם תואר פריז מאסטרס. בנוסף הגיע פעמיים נוספות לגמר תחרויות מאסטרס, ברומא ובסטוקהולם. שיחק באליפות סוף השנה והעפיל שוב לחצי הגמר. בשנה זו שיחק לראשונה עבור קרואטיה בגביע דייוויס. הנבחרת שיחקה בבית האזורי מספר 1 אולם הפסידה בפליאוף על העלייה לבית העליון. איוואנישביץ' ניצח בכל ארבעת משחקי היחידים שלו בתחרות והפסיד פעמיים במשחקי הזוגות.
ב-1994 היה יציב לכל אורך השנה והגיע לשלבים האחרונים בתחרויות רבות. באליפות וימבלדון העפיל שוב לגמר, תוך שהוא מאבד מערכה אחת בלבד בדרך, אך בגמר הפסיד לפיט סמפראס בשלוש מערכות. בנוסף, הגיע לרבע הגמר באליפות אוסטרליה וברולאן גארוס. בעקבות תוצאות אלו עלה אחרי וימבלדון למקום השני בדירוג העולמי, שהיה הדירוג הגבוה ביותר אליו הגיע בקריירה. בנוסף, זכה בשתי תחרויות והגיע ארבע פעמים נוספות לגמר (בהם, כאמור, גמר וימבלדון וגמר תחרות מאסטרס בסטוקהולם). בגביע דייוויס ניצח בחמישה מתוך ששת משחקיו וסייע לקרואטיה לעלות לראשונה לבית העולמי.
בשנת 1995 הגיע לחצי הגמר בווימבלדון, בו הפסיד לסמפראס בחמש מערכות. בשאר תחרויות הגרנד סלאם הפסיד בסיבוב הראשון. זכה בתואר בודד בגביע הגרנד סלאם בסוף השנה והגיע לגמר נוסף בתחרות מאסטרס בהמבורג. כתוצאה מהתוצאות הבינוניות ירד אל המקום העשירי בדירוג, בו סיים את העונה. בגביע דייוויס נשרה קרואטיה חזרה לבית האזורי, ואיוואנישביץ' הפסיד בארבעה מתוך שישה משחקים.
שנת 1996 הייתה אחת השנים הטובות שלו בקריירה. בשלושת החודשים הראשונים ניצח 38 מתוך 43 משחקים, תוך שהוא זוכה בארבע תחרויות (כולל בטורניר החדש בזאגרב, קרואטיה) ומגיע לשלושה גמרים נוספים (אחד מהם במאסטרס במיאמי). עד סוף העונה זכה בטורניר נוסף והשלים חמש זכיות בשנה זו מתוך 10 משחקי גמר. באליפות ארצות הברית הפתוחה הגיע לחצי הגמר. הייתה זו הפעם הראשונה בה הגיע לחצי גמר גרנד סלאם מחוץ לווימבלדון. בנוסף, הגיע לרבע הגמר בווימבלדון, זכה בגביע הופמן עבור קרואטיה יחד עם איבה מאיולי, והגיע לחצי הגמר באליפות סוף השנה. סיים את השנה כשהוא מדורג במקום הרביעי בעולם. באולימפיאדת אטלנטה דורג במקום השני אולם הפסיד בסיבוב הראשון. בטורניר הזוגות הגיע לרבע הגמר.בתחילת 1997 הגיע בפעם השלישית לרבע גמר אליפות אוסטרליה. בעקבות ההישג הגיע שוב למקום השני בעולם, דירוג השיא שלו. בפברואר זכה שוב בתחרות הביתית בזאגרב, כמו גם בתחרות במילאן. המשך השנה היה מוצלח פחות עם הדחות מוקדמות בשאר הגאנד סלאמים, ולקראת סוף השנה יצא מחוץ לטופ-10 ברשימת הדירוג בפעם הראשונה מזה ארבע שנים. סיים את השנה במקום ה-15 בדירוג, עם שלוש זכיות בטורנירים.
בשנת 1998 זכה בטורניר בספליט, עיר הולדתו, כשהוא מנצח את גרג רוזדצקי בגמר. בחצי הראשון של השנה הפסיד פעמים רבות בסיבובים הראשונים וירד עד המקום ה-26 בעולם. בווימבלדון הגיע בפעם השלישית לגמר, בו ניצב שוב מול פיט סמפראס. אף על פי שזכה במערכה הראשונה ואף החזיק בנקודת מערכה במערכה השנייה, הפסיד לבסוף בחמש מערכות. עד סיום השנה הגיע שלוש פעמים נוספות למעמד הגמר בהם הפסיד. סיים את העונה במקום ה-12 בעולם עם תואר בודד.
הדעיכה והזכייה בווימבלדון.
בשנת 1999 נמשכה הירידה בכושרו של איוואנישביץ', שהחל לסבול מפציעה בכתף אשר הגבילה את תנועת ההגשה שלו, ותלווה אותו גם בשנים הבאות. בעונה זו הגיע רק ארבע פעמים למעמד רבע הגמר, ורק באחת מהן העפיל לחצי הגמר. בנוסף, הגיע לסיבוב הרביעי בווימבלדון ולסיבוב השלישי באליפות ארצות הברית. סיים את העונה במקום ה-62 בעולם, שהיה הנמוך ביותר שלו עד כה מלבד עונתו הראשונה בסבב. מאידך, הגיע בשנה זו בפעם השנייה בקריירה לגמר אליפות צרפת בזוגות, כשהוא חובר לג'ף טרנגו.
בשנת 2000 הגיע לרבע גמר אחד בלבד ובמהלך השנה נפלט אל מחוץ למאה הראשונים בדירוג. סיים את העונה במקום ה-129. בגביע דייוויס שיחקה קרואטיה בבית האזורי מספר 2 ואיוונישביץ' השיג שישה ניצחונות (3 ביחידים ו-3 בזוגות) בשישה משחקים בעזרתם חזרה קרואטיה לבית האזורי מספר 1. בנוסף, השתתף בפעם הרביעית במשחקים האולימפיים, אולם הפסיד בסיבוב הראשון ביחידים ובזוגות.
את 2001 החל בצורה דומה ולא הצליח להתקדם בדירוג. בפברואר אף השתתף בתחרות צ'אלנג'ר והפסיד בגמר. לאליפות וימבלדון 2001 הגיע כשהוא מדורג במקום ה-125 בעולם. דירוג זה לא איפשר לו להיכנס באופן ישיר להגרלה הראשית ומארגני התחרות החליטו להעניק לו כרטיס חופשי על סמך הישגיו בטורניר בעבר. איוואנישביץ' הצליח לפלס את דרכו לחצי הגמר כשהוא מנצח טניסאים שדורגו עשרות מקומות מעליו בדירוג כמו קרלוס מויה, אנדי רודיק, גרג רוזדצקי ומאראט ספין (שדורג 3 בעולם). בחצי הגמר פגש את טים הנמן הבריטי (מקום 11 בעולם) וניצח אותו בחמש מערכות.
למשחק הגמר, שנדחה ליום שני בעקבות גשמים, הגיע פטריק ראפטר, המדורג עשירי בעולם באותה עת, בהופעתו השנייה ברציפות בגמר וימבלדון, כשבאמתחתו שתי זכיות בגראנד סלאמים (אליפות ארצות הברית ב-1997 ו-1998). ארבע מערכות הראשונות התחלקו שווה בשווה בין שני השחקנים והמשחק הגיע למערכה חמישית ומכריעה. במצב של 7:7 במערכה החמישית הצליח איוואנישביץ' לשבור את משחקון ההגשה של ראפטר ובמשחקון הבא הגיש לזכייה באליפות. איוואנישביץ', שהיה נרגש בצורה ניכרת, הצליח בנקודת המשחק הרביעית להשלים את הניצחון ולזכות, כשהוא כמעט בן 30, בתואר הנכסף. היה זה התואר האחרון בו זכה בקריירה, והפעם הראשונה (והיחידה עד כה) בה זוכה בגראנד סלאם שחקן שקיבל כרטיס חופשי. בעקבות הזכייה בווימבלדון עלה למקום ה-16 בדירוג.
עד סוף השנה הצליח להתקדם למקום ה-12 בדירוג תוך שהוא מגיע לחצי הגמר באינדיאנפוליס ולסיבוב השלישי באליפות ארצות הברית. איוואנישביץ' זומן להשתתף באליפות סוף השנה אף על פי שלא היה בין שמונת המדורגים הראשונים באותה עת בעקבות החוק שאפשר לזוכה גראנד סלאם ליטול חלק באליפות. בגביע דייוויס ניצח בחמישה מתוך שישה משחקים וסייע לקרואטיה לעלות בפעם השנייה בתולדותיה לבית העולמי.
השנים האחרונות.
בשנת 2002 השיג עבור קרואטיה את ניצחונה הראשון בבית העליון של גביע דייוויס עם שלושה ניצחונות במפגש מול גרמניה. ברבע הגמר מול ארגנטינה ניצח במשחק הזוגות אך קרואטיה הפסידה במפגש. ארבעה חודשים לתוך העונה נאלץ איוואנישביץ' לעבור ניתוח בכתף והודיע על פרישה. ב-2003 ניסה לחזור לסבב והשתתף בארבע תחרויות בטרם סבל שוב מהפציעה ופרש מהמשך העונה.
בשנת 2004 עשה ניסיון נוסף לחזור לסבב והשתתף במספר תחרויות אך לאחר היעדרות ממושכת התקשה לנצח. באליפות וימבלדון 2004 הגיע לסיבוב השלישי לאחר ניצחונות על מיכאל יוז'ני ופיליפו וולנדרי (שדורגו 35 ו-52 בעולם, בהתאמה). בסיבוב השלישי הפסיד ללייטון יואיט (שדורג אז עשירי בעולם) במשחק שהתנהל במגרש המרכזי, אותו המגרש בו זכה בהישגו הגדול שלוש שנים קודם לכן. לאחר אליפות וימבלדון הודיע על פרישה מהסבב.
בשנת 2005 הגיעה קרואטיה לגמר גביע דייוויס, ואיוואנישביץ' זומן לנבחרת למשחק הגמר. קרואטיה ניצחה במפגש וזכתה בגביע דייוויס לראשונה בתולדותיה. איוואנישביץ' זכה במדליה המוענקת לשחקנים ושמו נחרט על הגביע כחלק מהנבחרת אף שלא שיחק בפועל בתחרות בשנה זו.
לאחר הפרישה.
מיד עם פרישתו החל לשחק בסבב הסניורים. נכון לשנת 2019, איוואנישביץ' עדיין משחק בסבב זה.
בשנת 2005 נבחר לשמש כסגן נשיא בוועד האולימפי הקרואטי.
בשנת 2013 החל לשמש כמאמנו של שחקן הטניס הקרואטי מרין צ'יליץ', והיה בתפקיד זה עד לאחר אליפות וימבלדון 2016. צ'יליץ' זכה באליפות ארצות הברית הפתוחה בשנת 2014 תחת הדרכתו של איוואנישביץ'. באוגוסט 2016 החל לאמן את תומאש ברדיך, וכעבור עשרה חודשים סיימו השניים את שיתוף הפעולה. בשנת 2018 אימן את מילוש ראוניץ' במשך כשנה. ביוני 2019 הצטרף לצוות האימון של נובאק ג'וקוביץ'.
בינואר 2020 נבחר להיכל התהילה של הטניס.
סגנון משחק.