שנת 1988 הייתה הטובה ביותר של שטפי גראף, ואחת מהטובות ביותר בתולדות הטניס. היא פתחה את השנה בניצחון חלק על אוורט בגמר אליפות אוסטרליה הפתוחה. בצרפת היא הגנה על תוארה, עם ניצחון גדול על נטשה זברבה 6-0 6-0, במשחק שארך 32 דקות בלבד.
בווימבלדון חיכתה לה בגמר נברטילובה, שזכתה באליפות בשש השנים הקודמות ברציפות (וניצחה את גראף עצמה בגמר של 1987). משחק הגמר היה צמוד ונברטילובה ניצחה במערכה הראשונה 5–7. אבל אז התעלתה גראף וניצחה בשתי המערכות הבאות 2–6 6-1, תוך כדי שהיא זוכה ב-12 מ-13 המשחקונים האחרונים ושמה קץ לרצף הזכיות של נברטילובה על הדשא האנגלי.
באליפות ארצות הברית הפתוחה, הגרנד סלאם הרביעי והאחרון של השנה, היא ניצחה בגמר את גבריאלה סבטיני בשלוש מערכות. בכך הייתה לאישה השלישית (לאחר מורין קונלי ב-1953 ומרגרט סמית קורט ב-1970) שזוכה ב"גרנד סלאם", כלומר בכל ארבעת הטורנירים הגדולים בשנה אחת.
באולימפיאדת סיאול (1988) שוחק טניס לראשונה כספורט אולימפי רשמי. כך ניתנה לגראף ההזדמנות להוסיף עיטור נוסף להישגיה הגדולים. היא זכתה במדליית הזהב לאחר ניצחון על סבטיני, 6-3 6-3 בגמר ובכך השלימה את מה שנודע בתקשורת כ"סלאם המוזהב" ("Golden Slam"). נוסף לכך, זכתה גם בתואר גרנד סלאם לזוגות היחידי בקריירה שלה (בווימבלדון, יחד עם סבטיני) ובמדליית ארד אולימפית בטורניר הזוגות.
עד היום גראף היא היחידה בענף הטניס - אשה או גבר - שזכתה ב"סלאם המוזהב" בשנה קלנדרית בודדת.
שנות השפל.
גראף זכתה בגרנד סלאם חמישי ברציפות באוסטרליה ב-1989. בצרפת הפסידה לארנצ'ה סנצ'ס ויקאריו בת ה-17. אך לאחר מכן חזרה לעצמה וניצחה את נברטילובה בשלוש מערכות בשני הגרנד סלאמים הנותרים: וימבלדון ואליפות ארצות הברית הפתוחה.
הסדקים הראשונים בשלטון היחיד שלה החלו להופיע ב-1990. היא אמנם פתחה את השנה היטב, עם ניצחון נוסף באוסטרליה (על מרי ג'ו פרננדז), אך בצרפת נפגשה לראשונה בגמר גרנד סלאם עם יריבתה הגדולה מוניקה סלש. סלש בת ה-16 גברה עליה בשתי מערכות. לאחר מכן גראף הפסידה באופן בלתי צפוי בחצי הגמר בווימבלדון לזינה גריסון ופעם נוספת הפסידה בגמר ארצות הברית לסבטיני.
1990 הייתה שנה קשה מאוד ברמה האישית עבור גראף. דוגמנית לשעבר של פלייבוי הגישה תביעת אבהות נגד פטר גראף (שהתבררה לאחר מכן כשקרית), והבליץ התקשורתי השפיע עליה קשות, עד כדי שפרצה בבכי במסיבת עיתונאים שנערכה לאחר אחד מהסיבובים המוקדמים בווימבלדון. אף שגראף הצליחה לשמור על המקום הראשון בעולם למרות הכל, היא כבר לא נראתה כה בלתי מנוצחת כפי שהייתה בשנתיים הקודמות.
מגמת הירידה בכושרה המשיכה ב-1991. פציעות ובעיות אישיות תרמו לירידה בכושרה והיא הסתפקה בגרנד סלאם אחד בלבד (וימבלדון). סלש, שלא השתתפה בווימבלדון באותה שנה, המשיכה להתקדם, זכתה בשלושת הגרנד סלאמים האחרים ובמרץ 1991 הדיחה את גראף מראשות הדירוג העולמי.
מאזן הכוחות ב-1992 היה דומה לקודמתה. הדומיננטיות של סלש נותרה בעינה והיא זכתה שוב בכל הגרנד סלאמים פרט לווימבלדון. בצרפת גברה סלש על גראף בגמר צמוד, 10-8 במערכה המכרעת. אולם בווימבלדון הוכיחה גראף שלפחות על משטחי דשא ידה עודנה על העליונה, כשגברה על סלש 2–6 6-1. באולימפיאדת ברצלונה מנעה ממנה ג'ניפר קפריאטי מדליית זהב שנייה בקריירה והותירה אותה עם מדליית הכסף. היא אף זכתה בשנית בגביע הפדרציה, הפעם במסגרת גרמניה (המאוחדת).
בפתח שנת 1993 נראה היה שמקומה הראשון של סלש מובטח. היא גברה על גראף בגמר אליפות אוסטרליה הפתוחה בשלוש מערכות (גם בעזרת החלטת שופט שנויה במחלוקת לרעת גראף ביתרון 0–1 לגרמניה). גראף, שבמשך שנתיים תמימות לא הצליחה לכבוש מחדש את המקום הראשון מידיה של סלש, עמדה לחזור לפסגה בנסיבות מזוויעות, שאין להן דבר וחצי דבר עם רוח ספורטיבית.
ב-30 באפריל 1993 תקף מעריץ מעורער בנפשו של גראף בשם גינתר פרשה (Parche) את סלש, באמצע משחק רבע גמר נגד מגדלנה מליבה בהמבורג, ודקר אותה בשכמות. פרשה הסביר את מעשהו בכך שרצה לעזור לגראף לשוב למקום הראשון. אף על פי שלגראף לא היה כל חלק במעשה הנפשע, היא ספגה ביקורת תקשורתית מרובה, על כך שלא גינתה בפומבי את המעשה. היא ביקרה את סלש בבית החולים, אך מיעטה להזכיר את הפרשה לאחר מכן.
השיבה לצמרת.
פציעתה של סלש השאירה אותה מחוץ למגרשים במשך 28 חודשים. גראף זכתה בשלושת הגרנד סלאמים הנותרים ב-1993 ושבה לפסגת הדירוג העולמי. לאחר שניצחה את סנשז ויקריו באוסטרליה, 1994, השלימה "סלאם קטן", לאחר שזכתה בארבע התחרויות הגדולות ברצף, אך לא באותה שנה. בצרפת הפסידה בחצי הגמר למרי פירס ובוימבלדון נוצחה במפתיע בסיבוב הראשון על ידי לורי מקניל. הפסד בשלוש מערכות לסנשז ויקריו בארצות הברית חתם שנה לא יוצאת דופן בסטנדרטים שלה, אבל המקום הראשון בעולם היה שלה. בגמר אליפות ארצות הברית חשה לראשונה בכאבי הגב שעתידים היו לרדוף אותה עד הפרישה.
גראף החמיצה את אליפות אוסטרליה ב-1995 בגלל פציעה, אך חזרה לזירה במהרה וזכתה בצרפת ובווימבלדון. בגמר האליפות האנגלית היוקרתית ניצחה את סנשז ויקריו במשחק שזכור כאחד הטובים בתולדותיה, שאף כלל משחקון אחד, הלפני אחרון, שארך 20 דקות. באליפות ארצות הברית פגשה בגמר את סלש שחזרה לפעילות בינתיים. גרף ניצחה את הגמר הדרמטי 3–6 0-6 7-6. ההצלחה על המגרש לוותה ב-1995 במשבר אישי מחוצה לו. שלטונות המס בגרמניה האשימו אותה בהתחמקות מתשלום עברו רווחיה בשנותיה הראשונות בסבב. להגנתה לא יכלה גראף לומר דבר פרט לכך שענייניה הפיננסיים נוהלו כולם על ידי אביה בלא ידיעתה. פטר גראף הורשע בדין ונשפט ל-45 חודשי מאסר, מתוכם ריצה 25. הפרשה הסתיימה לבסוף ב-1997: גראף הסכימה לשלם כופר קנס של 1.3 מיליון מארק, וההליכים המשפטיים נגדה בוטלו.
בשנת 1996 חזרה גראף במדויק על הופעותיה בתחרויות גרנד סלאם של השנה הקודמת: היעדרות מאוסטרליה וזכייה בשלוש האחרות. שוב היו אלה סנשז ויקריו (צרפת ווימבלדון) וסלש (ארצות הברית) שהפסידו לה במשחקי הגמר. באמצע משחק חצי הגמר שלה בווימבלדון, נגד קימיקו דטה, זכה הקהל להבעה נדירה של חוש הומור מצד הגרמנייה השקולה בדרך כלל. כשקרא לעברה מאן דהו מהקהל "שטפי, התינשאי לי?" בעודה עומדת להגיש, היא פנתה לעברו והשיבה "כמה כסף יש לך?"
1996 הייתה השנה האחרונה אותה סיימה גראף כמדורגת במקום הראשון בעולם. עם זאת במהלך השנה הייתה זו סלש שעקפה אותה לפרקים. באותה שנה גם הואשמה בהשתמטות ממס. היא לא הייתה מעורבת ישירות בדבר, אך אביה, פטר גראף, שניהל את כספיה, איחר לדווח על ההכנסות לשטלונות המס של גרמניה.
שנים אחרונות בסבב.
גראף איבדה במרץ 1997 את המקום הראשון בעולם למרטינה הינגיס הצעירה. פציעות טורדניות בגב ובברכיים הרחיקו אותה מהמגרשים לשבועות וחודשים בשנים האחרונות של הקריירה שלה, אך לא מנעו ממנה מלשוב ולשחק היטב כאשר הייתה כשירה. 1997 הייתה השנה הראשונה מזה עשור שבה לא נפל אף אחד מארבעת התארים החשובים בידיה. במשך רוב השנה הייתה פצועה. גם 1998 הייתה שנה עתירת פציעות ומשוללת תוארי גרנד סלאם. היא סיימה אותה במקום ה-9 בעולם, הדרוג הנמוך ביותר עבורה מאז 1984.
כשכבר נדמה היה שכוכבה דעך הצליחה גראף לחזור לעצמה ב-1999. בצרפת היא הגיעה לגמר הגרנד סלאם הראשון שלה מזה שלוש שנים, חזרה מפיגור של מערכה ושבירה כדי לנצח את המדורגת אחת בעולם, מרטינה הינגיס. קודם לכן היא גברה על לינדזי דבנפורט (3 בעולם) ברבע הגמר ועל סלש (2) בחצי הגמר. אף שחקן לפניה בעידן המודרני לא ניצח את שלושת המדורגים הראשונים בעולם בדרך לתואר גרנד סלאם. היא קראה לזכייה זו תואר הגרנד סלאם "המספק ביותר" שלה.
הטעם המתוק נותר עוד בפיה כשהגיעה לגמר וימבלדון התשיעי בקריירה שלה, אותו הפסידה לדבנפורט. הפציעות שבו להטריד אותה והיא החליטה לפרוש מהמשחק באוגוסט 1999. באותה עת הייתה מדורגת 3 בעולם.
סיכום הקריירה.
גראף זכתה במהלך הקריירה ב-107 תארים ליחידות ו-11 תארים לזוגות. מניין הגרנד סלאמים ליחידות שלה, 22, שני רק לזה של מרגרט קורט (24), וסרינה ויליאמס (23). אף שחקן או שחקנית לא זכה כמוה בכל אחת מתחרויות הגרנד סלאם ארבע פעמים לפחות. המאזן הכולל שלה בתחרויות גרנד סלאם עומד על 34–282 (89%). הרקורד המקצועני הכולל שלה בסבב הוא 115–902 (89%). אף שחקן או שחקנית לא החזיק מעמד בפסגת הדרוג יותר ממנה בסך הכול (377 שבועות) או ברצף (186).
פרסים.
גראף הייתה "השחקנית החדשה של השנה" בסבב ה-WTA לשנת 1986, "שחקנית השנה" בין 1987 ל-1990 ושוב בין 1993 ל-1996, ו"השחקנית המעניינת של השנה" ב-1998. ה-ITF מצידו הכתיר אותה כ"אלופת העולם" שלו בין 1987 ל-1990, ושוב ב-1993, 1995 ו-1996. נוסף על אלה זכתה בכיבודים ועיטורים רבים בגרמניה ומחוצה לה, כולל "מדליית החרות האולימפית" שהעניק לה נשיא הוועד האולימפי הבינלאומי חואן אנטוניו סאמראנש ב-1999.
לאחר הפרישה.
ב-22 באוקטובר 2001 נישאה גראף לאנדרה אגאסי בביתו בלאס וגאס. ארבעה ימים לאחר מכן נולד בנם ג'אדן גיל. שנתיים אחר כך הצטרפה למשפחה בת בשם ג'אז אל.
גראף הקימה את ארגון "ילדים למען מחר" ("Children For Tomorrow"), מוסד לא למטרות רווח שפועל למען ילדים מאזורי מלחמה ואסון. כמו כן היא שגרירה של הקרן העולמית לשימור חיות הבר.
כביש 471