באוגוסט 1973 מונה למפקד חטיבת ירושלים זאב עופר. גדוד המילואים 68 של החטיבה נקרא לתפוס עמדות בחזית המצרית בתקופת החגים של ה'תשל"ד, 1973. הגדוד נערך ב-14 המעוזים של קו בר-לב (חוץ מהשניים הדרומיים שהיו מוחזקים על ידי כוחות מגדוד נח"ל) תחת פיקוד החטיבה המרחבית 275 וחטיבת השריון 14. מפקדת גדוד 68 בפיקודו של סא"ל אמיר ראובני נותרה ככוח תחת פיקוד החטיבה המרחבית בצפון גזרת התעלה. עם פתיחת המלחמה מוצבים רבים כותרו וכולם הורעשו במטחי ארטילריה כבדים ששיתקו אותם. החבירה למוצבים מכותרים הייתה בעיה שהציקה מאוד לפיקוד הישראלי ופיקוד הדרום יזם התקפות רבות לחילוץ החיילים המכותרים. בסיוע ההתקפות האלה, חלק מהחיילים הצליחו לסגת לעבר הקווים הישראלים ואחרים נפלו בשבי. רק מוצב אחד - בודפשט - נותר בידיים ישראליות. מבצעי החילוץ נערכו באופן עצמי, ללא מעורבות וסיוע של כוחות אחרים. מבצעי החילוץ התחילו בגזרה הצפונית ב-7 באוקטובר, ונמשכו עד 9 באוקטובר. מעוז בודפשט, המעוז היחיד שלא נפל בידי האויב והמשיך להילחם ללא הפסקה, בפיקודו של מוטי אשכנזי ובסיוע ישיר ומרכזי של שני טנקים מגדוד 9. כל שאר המעוזים לאורך התעלה פונו, או נפלו בידי המצרים.
שאר כוחות החטיבה והמחוז (מאורגנים בשלושה גדודי חי"ר, 4 גדודי חי"ם, גדוד מרגמות 120 מ"מ, גדוד נ"ט 90 מ"מ, סיירת, פח"ח, מחלקת הנדסה ועוד) גויסו ביום שבת ה-6 באוקטובר ותפסו מערכי הגנה בדרומה של בקעת הירדן ועד מעלה אפרים וכן לאורכם של הצירים העולים לגב ההר לעבר ירושלים ורמאללה. מפקדת החטיבה בפיקודו של אל"ם זאב עופר נערכה במעלה אדומים, מכאן שלטה על כוחותיה במערכי ההגנה אל מול חשש אפשרי להצטרפות ירדן למלחמה. לגזרת החטיבה הוזרמו כוחות נוספים כולל גדוד טנקים מחטיבה 670, גדודי ארטילריה נגררים של פקמ"ז, גדודי מרגמות ונ"ט ממפקדת קצח"ר ועוד. חיילי גדוד 68 שלא התגייסו לגזרת התעלה התייצבו במחסני החירום והקימו גדוד נוסף בפיקודו של סא"ל יעקב אבן. מיד בגמר המלחמה הוחלט להעביר שניים מגדודי החי"ר של החטיבה ומפקדת החטיבה לפיקוד הצפון. מפקדת החטיבה וגדוד 62 תוכננו להחליף את חטיבת גולני בג'ובתא אל חשב. אולם, בשל מחסור בציוד חורף ואיכות הציוד האישי של החיילים הוחלט להעביר את החטיבה לגזרה המצרית כדי לתגבר את אוגדה 143 במרחב 'הצליחה' בגזרה המצרית - אפריקה. גדוד 62 בפיקודו של סא"ל שי רז נערך להגנה באזור הצליחה והגשרים עם פלוגה באזור החווה הסינית מול מובלעת הארמייה השלישית המצרית, ופלוגה שסופחה לחטיבה 55 באזור איסמעיליה. גדוד 161 בפיקודו של סא"ל גדעון מסד וגדוד 163 בפיקודו של סא"ל יעקב שריד ומחליפו סא"ל אלי קידר יחד עם גדוד המרגמות בפיקודו של סא"ל יוסי שושן, בפיקוד מפקדת החטיבה המח"ט אל"ם זאב עופר והסמח"ט סא"ל נחמיה שקד, נערכו מול חילי חטיבת הצנחנים 150 המצרית בגזרת איסמעיליה וקבר החיל האלמוני. הסיירת בפיקוד רס"ן דרור ויגדור עסקה בסיורים במרחב החטיבה ובעיקר לאורך קו הפסקת האש הלא פורמלית. הכוחות היו מגויסים במשך חמישה חודשים. גדודי החי"ם של החטיבה יחד עם גדוד 68 המחודש נערכו כל העת להגנה במרחבי בקעת הירדן תחת פיקוד מאולתר בתחילה בפיקודו של אל"ם אליעזר אמיתי, מי שהיה מפקד החטיבה במלחמת ששת הימים.
מייד לאחר מלחמת יום הכיפורים נוצרו שתי התארגנויות בעלות השפעה ארוכות טווח, האחת התארגנות המחאה האישית, שהפכה ללאומית, של מוטי אשכנזי, מפקד מוצב בודפשט בזמן המלחמה. והשנייה ההתארגנות לתמיכה במשפחות החללים, השבויים והנעדרים של גדוד 68 ונספחיו שמוסדה ברבות השנים על ידי צה"ל כולו.
לאחר מלחמת יום הכיפורים - חטיבה 97, חטיבה 266.
בארגון מחדש לאחר מלחמת יום הכיפורים שונה מספרה של החטיבה ל-97 והיא אורגנה מחדש כחטיבת חי"ר מעולה תקנית. מגדודי החי"ם נבנתה חטיבת חי"ר נוספת - 266. החטיבות הועברו תחת פיקוד מפקדת אוגדה מרחבית 80 שהוקמה באיו"ש. לאחר מכן נבנתה אוגדה מרחבית 720, שקיבלה את האחריות לדרומה של בקעת הירדן ומאוחר יותר לשטח של מרחב "יהודה". גדוד 163 הועבר לחטיבת הבקעה. חטיבה 266 בוטלה בתחילת שנות ה-90.
מלחמת לבנון הראשונה (מלחמת שלום הגליל).
חטיבה 97 גויסה לקראת מלחמת שלום הגליל. חטיבה 266 הייתה מגויסת לתקופת אימונים. חטיבה 97 תפסה שטח באזור חצבייה לאחר סיום הקרבות ביולי 1982, ואף השתתפה במבצע טרף ב-22 ביולי. חטיבה 266 הייתה מגויסת אך לא נכנסה ללבנון. חטיבה 97 המשיכה לשרת בתעסוקה מבצעית בלבנון בשנים שלאחר מכן באזור בקעת הלבנון ואזורים אחרים.
לאחר המלחמה בשנות ה-80 הופעלה החטיבה בצורה מוגברת באזורי איו"ש. במקביל ללחימה בקווים התפתחה פעילות מניעת פח"ע ענפה בתוך שטחי יהודה ושומרון. מפקדת חטיבה 16 הפכה לחטיבה מרחבית וככזאת פיקדה על המבצעים ועל כוחות הבט"ש שפעלו במרחבי נפות יהודה: חברון, בית לחם ורמאללה. במקביל פקדה מפקדת חטיבה 5 על הפעילות בנפות השומרון. הפעילות המשולבת בשטח התבססה על המושלים הצבאיים בנפות, על שירות הביטחון (שב"כ) ועל זו של משטרת ישראל. לרשותה עמדו מעת לעת הסיירת הפיקודית חרוב וכן כוחות סדירים וכוחות מילואים.
מבצע חומת מגן - חטיבה 310.
בסוף שנות ה-80 של המאה ה-20 עברה החטיבה, שמספרה הוחלף ל-310, תהליך הצערה וקלטה חיילים מחטיבות החי"ר המעולות של צה"ל: גבעתי הנח"ל וגולני. החטיבה השתלבה במשימות הביטחון השוטף של צה"ל בגזרות יהודה ושומרון (במסגרת ההתמודדות עם האינתפאדה הראשונה) וצפון הארץ.
במסגרת מבצע חומת מגן בפסח ה'תשס"ב 2002 החטיבה גויסה בצו 8, תחת פיקוד אוגדה 720. משימתה של החטיבה הייתה כיבוש העיר בית לחם.
החטיבה בפיקוד אל"ם רמי צור חכם, בסיוע כוחות שריון מגדוד 445 של חטיבה 576, גדוד "אדם" של חטיבה 500 וגדוד 21 של חטמ"ר עציון נכנסה לעיר בלחימה מצפון ומדרום. במהלך כיבוש העיר ומעצר של עשרות מבוקשים, התבצרה ב־2 באפריל 2002 קבוצה של 39 מבוקשים חמושים ברובי סער ובמטעני חבלה, בכנסיית המולד. הקבוצה, שבראשה עמד הקולונל עבדאללה דאוד, ראש המודיעין הפלסטיני בבית לחם, לקחה כבני ערובה את 46 הנזירים ששהו בכנסייה ובנוסף כמאתיים אזרחים בהם נערים וילדים. המשא ומתן איתם עורר הד רחב ועניין רב ברחבי העולם גם בגלל העניין הפוליטי וגם בגלל החשש לפגיעה במקום הקדוש לנצרות. הנצורים קיבלו תמיכה מפעילי שמאל מחוץ לישראל. לאחר כחודש של שירות שוחררה החטיבה והעבירה את האחריות על העיר בית לחם והמצור על המתבצרים בכנסיית המולד לחטיבת הצנחנים (35). לאחר שבועות ארוכים של משא ומתן הושג ב־9 במאי הסכם על ידי צוות משא ומתן בכיר, והחל פינוי מדורג של אזרחים והגליית 26 מבוקשים מדרג הביניים לעזה. במהלך ההתבצרות נהרגו לפחות שישה פלסטינים, חמושים, מבוקשים, ואנשי הרשות. מסמכי שלל שנתפסו במהלך המבצע, חשפו כי בשנים שקדמו להתבצרות סבלו תושבי בית לחם, בעיקר תושביה הנוצרים, מהתנכלויות של כנופיות של מיליציות פלסטיניות חמושות, שבתוכן בולטים אנשי הפת"ח.
לאחר מבצע חומת מגן נכנסה המדינה למציאות חדשה במהלכה גם החטיבה השתלבה באתגרים החדשים בהגנה על גבולות הארץ ואזרחיה. החטיבה ביצעה אימונים רבים ואינטנסיביים, שיפרה את כשירותה והצטיידה בציוד לחימה חדיש. במסגרת הארגון מחדש של כוחות המילואים בצה"ל החלה החטיבה לקלוט חיילים משוחררים בעיקר מגדוד 50 "בזלת" של חטיבת הנח"ל שמהווים כיום את עמוד השידרה והזהות החטיבתית. החטיבה ביצעה תעסוקות מבצעיות רבות בכל הגזרות בארץ וזכתה לאותות הצטיינות רבים עקב שירות מוצלח זה.
חזרת החטיבה למספרה הקדום - חטיבה 16.
בשנת 2010 חזרה החטיבה לזהותה ומספרה המקורי - "חטיבה 16, חטיבת ירושלים".
החטיבה גויסה למילואים במלחמת לבנון השנייה; מבצע עמוד ענן ובמבצע צוק איתן.
בספטמבר 2020 החטיבה הוכפפה לעוצבת סיני, לאחר שאוגדת האם של החטיבה, עוצבת עידן, נסגרה.
מבנה חטיבה 16.
בחטיבה ארבעה גדודים, שלושה גדודי חי"ר מובחר וכן גדוד סיור.
בעבר השתייכה החטיבה לעוצבת עידן (אוגדה 340, בעבר אוגדה 880), אשר הייתה אוגדת מילואים הכפופה לפיקוד המרכז, ומפקדת האוגדה הייתה ממוקמת במחנה נחשונים. החל משנת 2014, החטיבה שייכת לעוצבת סיני, ומחסני החירום של החטיבה הם במחנה שדה תימן המשמש גם כיחידת מחסני חירום לעוצבת סיני.
גדוד 7007 - "גדוד הר ציון".
במלחמת העצמאות נקרא גדוד בית חורון בחטיבת עציוני. עד אחרי מלחמת יום כיפורים נקרא גדוד 62 בחטיבת מחוז 16. לאחר מלחמת יום כיפור, שונה מספר הגדוד ל-7007. גדוד 7007 הוא גדוד חי"ר מובחר, המונה מפקדים וחיילים ששירתו בגדודי החי"ר השונים בצה״ל. בשנים האחרונות, מרבית החיילים הנקלטים בגדוד מגיעים משורותיה של חטיבת הנח״ל.
בשנת 2012 ניתן לגדוד סמל חדש, ושמו החדש "גדוד הר ציון", על ידי המג"ד בעז כהן. השם מייצג את הקשר לירושלים, כחלק מחטיבת ירושלים, וכן את סמל הגבורה המתחדשת בצה"ל - על שם מאיר הר-ציון שהיה ביחידה 101 שהוקמה בחטיבה 16 והועברה לצנחנים.
מפקדי הגדוד (רשימה חלקית): מאיר זורע (תש"ח), גדעון רוטשילד (ששת הימים), שי רז (שהיה גם מפקד פנמ"צ הריאלי חיפה), ציון ארסלן (מלחמת יום כיפור), יוסי לונץ (1975),
תנחום, חיים כפיר, משה (מושקו) רום, יהודה ימאי, אבירם מטוסביץ' (1996), יוסי בן חמו, רמי מגנזי (חומת מגן), אלי פנירי, בעז כהן (מבצע עמוד ענן וצוק איתן), דובי גינזברג, סא"ל מעוז שוורץ.
גדוד 8119.