כחלק מדרכו הרציונליסטית, נוטה בכור שור לפרש כתובים שנראים כמתארים תופעות על-טבעיות, בצורה טבעית. כך, למשל, הוא כותב על הפיכתה של אשת לוט לנציב מלח כאשר הסתכלה אחורה בעת הפיכת סדום ועמורה. ללוט נאמר בתחילה , ולאחר מכן נאמר . רצף העניינים מטה את הדעת לכך שיש בעיה מאגית-מיסטית בהסתכלות בסדום ההפוכה, שעליה בא העונש בהיהפכות לנציב מלח. אולם לא כך פירש בכור שור:
הצהרה עקרונית בדבר הצמצום בנסים עד למינימום ניתן למצוא בפירושו ל ():
וכן מבאר בכור שור בפסוק המדבר על המתקת מי מרה, שבו ה' מורה למשה להשליך עץ אל המים כדי להמתיקם ():
מדברים אלה ניכרת הגישה העומדת מאחורי צמצומו בנסים: הקב"ה אינו רוצה לשנות מ"מנהגו של עולם", ועל כן הוא עושה את רוב נסיו בדרך הנראית טבעית.
נראה כי לדרכו זו חברו כמה גורמים, ובפרט השפעתה של פרשנות הפשט הרציונליסטית-ספרדית (שכאמור, הגיעה לצרפת גם לפני כן, אצל ר"י קרא), וכן הפולמוסים שבהם השתתף, נגד הנוצרים ונגד אחרים.
הרחקה מהגשמה.
השפעה נוספת של הפרשנות הרציונליסטית הספרדית ושל הפולמוס היהודי-נוצרי, ניתן לראות בהרחקתו ביטויי הגשמה שונים בפסוקים, על דרך הכלל 'דיברה תורה כלשון בני אדם'. כך כותב בכור שור על הפסוק :
לימוד זכות על האבות.
ברבים מפירושיו משתדל בכור שור להגן על אבות האומה, ונראה שגם למאפיין זה יש קשר הדוק לפולמוס האנטי-נוצרי, שכן הנוצרים נהגו להקניט את היהודים על כך שעקב חטאי אבותיהם הם נדחו בידי האל, שבחר בנוצרים במקומם.
אחת הפרשות המרכזיות שסביבן התנהל פולמוס הוא פרשת חטא העגל. בחטא זה, מתגלים על פי הפשט גם בני ישראל וגם אהרן הכהן בקלקלתם ובחטאם, בעשותם עגל זהב, ארבעים יום בלבד לאחר ששמעו במעמד הר סיני את הדיבר "לא תעשה לך פסל וכל תמונה". כמה מן הראשונים ראו בכך בעיה קשה, גם בלי להתייחס לפולמוס – שכן קשה להבין כיצד הגיע עם ישראל משיא לשפל בתוך תקופה קצרה ("ככלה המזנה תחת חופתה" כדברי חז"ל). לבכור שור פירוש מקורי, המנקה את בני ישראל מעוון חמור, אך משלם מחיר לא מבוטל בפשט ():
ועל דרך זו הוא מבאר את עשיית העגל כתחליף להנהגה (ראו לעיל, בסעיף פרשנות פסיכולוגית). כך מסביר הוא את האמירה :
וכן הסביר את עשיית המזבח, שהוא להקרבת קורבנות לאלוהים כדרך שנוהגים בהמלכה ():
הדחקים הרבים הניכרים שבהם הכניס עצמו פשטן זה, מעידים כאלף עדים על ההכרח התאולוגי שלו לנקות את ישראל (ואת אהרן) מעוון כה חמור של עבודה זרה, ולהעבירו לעוון קל של עשיית פסל ומסכה בלבד.
עם זאת, מעניין שעל אף שבמקרה זה (ובמקרים לא מעטים אחרים) פירש בצורה מקורית המגנה על האבות, אף כנגד פירוש חז"ל, הנה במקום שבו חז"ל עצמם הגנו על אחד האבות, פירש הוא דווקא על פי הפשט, המייחס לו חטא. כך הם פני הדברים בחטאו של ראובן, שהכתוב מספר עליו: . דעה מקובלת בחז"ל היא ש"כל האומר ראובן חטא אינו אלא טועה", ושהוא רק "בלבל את יצועי אביו"; וכך נוקט גם רש"י במקום (ואף פשטן כמו ראב"ע). אך בכור שור ככל הנראה לא קיבל פירוש זה:
מדוע לא הגן גם כאן בכור שור על כבוד האבות? נראה שעשה זאת משום ששיקולי הפשט הכריעו, והוא לא מצא דרך טובה באמצעי הפשט, ולו גם בצורה דחוקה, לפרש את מעשיו אחרת. גם הפסוקים המעידים שיעקב לא שכב יותר עם בלהה (), וההשוואה שהביא בפירושו לדוד, שגם הוא לא שכב עם פילגשיו לאחר שבנו אבשלום שכב אתן (שמואל ב' ) הטו את הכף לפירוש זה. על כל פנים עולה מכאן שבכור שור לא העדיף את הגנת האבות בכל מחיר, על אף הרצון לעשות זאת כנגד הקנטת הנוצרים.
ונראה שגם במקרים שבהם לא כיסה על עוון האבות, כאשר הפשט הכריח בצורה ברורה אחרת, אין הדבר יוצא מן ההקשר האנטי-נוצרי הרווח בפירושיו. שכן עצם הפירוש על דרך הפשט וההקשר היה כלי הנשק החזק ביותר כנגד הנוצרים, שפירושיהם לרוב נטו להוציא את הכתובים מפשוטם; ואם כן עצם העקביות שלא לפרש נגד ההקשר והעניין, גם כאשר יש לכאורה הכרח תאולוגי לכך, היא באופן מהותי הצורה הטובה ביותר להילחם בפרשנות הכריסטולוגית לתורה.
הנמקה הגיונית למצוות.
בכור שור גם נטה לתת טעמים הגיוניים למצוות. מגמה זו ניתן לייחס להשפעה הספרדית-רציונליסטית, שם היה הדבר מקובל מאוד, אך גם לפולמוס האנטי-נוצרי (ראו להלן). הנוצרים השתדלו להוציא את הכתובים, ובפרט את המצוות, מפשוטם, ואך טבעי היה שילגלגו על פירוש הדברים כפשוטם. לצורך כך ראה עצמו בכור שור כמחויב לתת טעמים הגיוניים למצוות, ובכך לחזק את ידי היהודים העומדים תחת תעמולה נוצרית כבדה.
כך, למשל, נתן בכור שור טעם לקורבנות (ראו לעיל), וכן לענייני טומאת מת (במדבר ):
ניכר שהוא מרחיב ומתבסס בפירושו זה על פירושם של חז"ל "אמר עולא דבר תורה עור אדם טהור ומה טעם אמרו טמא גזירה שמא יעשה אדם עורות אביו ואמו שטיחין". בעוד דברי חז"ל עוסקים רק בטומאת עור אדם, בכור שור מרחיב זאת לכל סוגי הטומאה.
יש לשים לב לכך שיש כאן הנמקה רציונלית, ולא מיסטית, ונראה שאכן בכור שור לא היה מקורב לחוגי המקובלים של זמנו. נושא אחר שלו נזקק הוא טעמו של איסור מאכלות אסורים, שגם בו הרבו לקנטר את היהודים. וכך הוא כותב ():
הפירוש הרציונליסטי ש'טמא' פירושו 'מאוס', משקף נאמנה את דרכו של בכור שור בהנמקת המצוות, ובמתן טעם הגיוני להן.
עיונים טקסטואליים.
בכור שור לא משך ידו גם מעיונים בטקסט כשלעצמו, תוך עמידה על אופיו מבחינות שונות, כולל עיסוק בענייני דקדוק, סדר הפרשיות וזיהויין, וכלילת כללים במקרא.
ענייני דקדוק.
בכור שור מיעט לעסוק בענייני דקדוק, ואף כי אכן פירש כמה פסוקים תוך עמידה על צורתה הדקדוקית של המילה, הרי שסוף סוף תרומתו בנושא אינה כה גדולה. פוזננסקי כתב שבעניין הדקדוק מצינו אצל בכור שור "נסיגה לאחור", ואף איתר אצלו "טעותים (!) בדקדוק", אך כתב ש"עם זה יש גם אצלו כללים יפים בדרכי הלשון ושמושה, אשר מהם נראה כי השגיח אל מהות השפה, והרבה פעמים ירד אל עומק תכונתה". אחת הדוגמות המובאת על ידו לעניין זה הוא פירושו ל:
זיהוי סיפורים.
אחד מחידושיו של בכור שור הוא זיהוי סיפורים שונים במקרא כמתייחסים לאותו מאורע. כך הוא מזהה את סיפור השליו בשמות () עם זה המסופר בספר במדבר (), וכן את סיפור הכאת הסלע בשמות () עם זה שבספר במדבר () על הדיבור אל הסלע, וגם את הסיפור על חרמה ב עם זה שב.
הקשר ספרותי.
כן נהג בכור שור להסביר לעיתים את ההקשר הספרותי של פרשות מסוימות. כך, למשל, מסביר הוא את הפסוק , הבא לקראת סוף ספר ויקרא ():
כאן הביא אותו ביטוי בפסוק ("בהר סיני") להסביר את כלל עריכת הספר ונושאיו. במקום אחר () הסביר מדוע במקום זה נמנה קהת בראש בני לוי, על אף שבמקומות אחרים נמנה גרשון, הבכור, ראשונה; ושם עצם הסידור השונה הזקיק אותו לתור אחר הסבר. לעיתים גם העיר על "הערת עורך" (הוא משה) בסיפורי התורה ():
כלילת כללים.
מאפיין נוסף בהקשר זה הוא כלילת הכללים במקרא, אשר רבים מהם שאב מקודמיו, ר"י קרא ורשב"ם, אך עם זאת יש גם מקוריים משלו. כך, למשל, הרחיב את הכלל הידוע של "דברי תורה עשירים במקום אחד ועניים במקום אחר" ואמר ():
שילוב מקראות.
דרך נוספת שבה נקט בכור שור, היא שילוב המקראות זה בזה והסבר ההקשר ביניהם, לפעמים בחריפות מקורית שלא מצאנו כמוה אצל פרשני פשט אחרים. כך, לדוגמה, הוא מסביר את הסדר של עשרת הדיברות ():
אך עם כל זאת, נראה כי עיקר מעייניו של בכור שור היה להסביר בעיות בדרך של העמקה בסיפורים מבחינה 'חווייתית' (פסיכולוגית-ריאליסטית) ופחות בצורה ספרותית.
פרשנות אנטי-כריסטולוגית.
כאמור, בכור שור היה מראשי המדברים בפולמוס היהודי-נוצרי בתקופתו. מכיוון שעיקר הוויכוח התנהל סביב פירושם של פסוקים, לא ייפלא שפרשן מקרא מבריק כמו בכור שור יתייצב בראש המערכה נגד ניסיונותיהם של הנוצרים לכפות את דתם על היהודים באמצעות תעמולה וויכוחים פומביים. דוגמה לשימושו בפרשנות המקרא בוויכוחים דתיים הובאה בספר יוסף המקנא. הוויכוח התנהל סביב פרשת 'הנה ישכיל עבדי' (ישעיהו נב, יג), שהייתה מרכזית בפרשנות הנוצרית, כאשר "עבד ה'" המוזכר שם פורש על ידם כמדבר על ישו. בכור שור, לפי המסופר שם, תקף את עצם הפירוש בצורה ישירה:
כפועל יוצא, רווחים אצלו פירושים "לתשובת המינים", אף יותר מפרשנים אחרים בסביבתו, ובצורה גלויה. כך, למשל, כתב על הפסוק , שפורש על ידי חז"ל וגם על ידי הנוצרים כמתייחס אל הישבעות על אבר הזכרות, כאשר הנוצרים פירשו זאת כרומז על המקום שממנו יצא ישו. הפולמוס אצלו כפול: מחד, הצעת שני פירושים אחרים על דרך הפשט, שמפקיעים את האפשרות לפירוש הנוצרי, וכן תקיפה של הפרשנות הכריסטולוגית כשלעצמה, "לשיטתם":
לעיתים נדחק לפרש פירוש רחוק מן הפשט, עקב פרשנות כריסטולוגית קיימת לפסוק. כך, בנוגע לפסוק "שמע ישראל ה' אלהינו ה' אחד" (), שהנוצרים פירשוהו כמתייחס לאמונת השילוש (על שום הזכרת שלושת השמות בפסוק), פירש בכור שור:
בדבריו של בכור שור יש לא רק הסבר מפולפל לשאלה מדוע יש שלוש אזכרות בפסוק, כי אם גם פולמוס שנון לתשובת המינים, כולל עקיצה לסיום. עקיצות מעין אלו אינן שייכות לפרשנות המקרא, אלא לתחום הפולמוס, שבו יש להן ערך רטורי רב, ונראה שבכור שור עשה בהן שימוש בוויכוחים, ובפירושיו רצה להנחיל אותן כאמצעי לעמוד בפני ויכוחים דומים.