באוגוסט 2000, כשלוש שנים לאחר המשבר הכלכלי באסיה ונפילת ממשלתו של סוהארטו, ממשלת אינדונזיה החליטה לבטל לחלוטין את התוכנית כיוון שלא היו לה יותר מקורות מימון.
התנועה הפרו-דמוקרטית.
ב-1996 סוהארטו נטל על עצמו את המאמצים להתמודד עם אתגר חדש שממשלתו נתקלה בו. המפלגה הדמוקרטית האינדונזית (PDI), מפלגה חוקית שבאופן מסורתי התנגדה למשטר שינתה את אופי פעילותה, והחלה לנצל את החופש שלה. סוהארטו כפה פיצול על מנהיגות ה-PDI, ותמך בסיעה שהייתה נאמנה לסגן יושב ראש הפרלמנט סורייאדי כנגד סיעה שהייתה נאמנה למגאוואטי סוקרנופוטרי, בתו של סוקרנו ויושבת ראש המפלגה.
לאחר שסיעתו של סורייאדי הודיעה על כוונתה לערוך כינוס של מוסדות המפלגה בין 20 ביוני ל-22 ביוני על מנת לפטר את מגאוואטי, מגאוואטי הודיעה שתומכיה יפגינו במחאה כנגד הצעד. סיעתו של סורייאדי המשיכה בצעדים להדחת מגאוואטי, וההפגנות התפשטו ברחבי אינדונזיה. הפגנות אלה הובילו למספר עימותים בין המפגינים לבין כוחות הביטחון, ולהטחת האשמות הדדית בין שני הצדדים. המהומות הגיעו לשיא בצבא ואפשרו לתומכיה של מגאוואטי להשתלט על מטה ה-PDI בג'קרטה, כאשר הם הבטיחו שלאחר מכן הם לא יגרמו ליותר מהומות.
ב-27 ביולי, שוטרים, חיילים, ואנשים שטענו שהם תומכי סורייאדי הסתערו על מטה המפלגה. מספר תומכים של מגאוואטי נהרגו, ולמעלה ממאתיים נעצרו ונשפטו לפי החוקים למניעת חתרנות והפצת שנאה. היום הזה ידוע בתור "השבת השחורה" והוא סימן את תחילת הרדיפות של ממשלת הסדר החדש נגד תומכי הדמוקרטיה, שמעתה נקראו רפורמטורים ("Reformasi").
כתוצאה מ"השבת השחורה" הקימה מגאוואטי סוקרנופוטרי מפלגה דמוקרטית חדשה: PDI-P ראשי תבות של:PARTAI DEMOKARSI INDONESIA - PERJUANGAN, "המפלגה הדמוקרטית האינדונזית - מאבק".
המשבר הכלכלי.
ב-1997 המשבר הכלכלי באסיה השפיע בצורה משמעותית על הכלכלה והחברה באינדונזיה, כמו גם על משטרו של סוהארטו. הרופיה האינדונזית, מטבע הכסף האינדונזי, איבד את רוב הערך שלו. סוהארטו התמודד עם לחץ ממוסדות הכספים הבינלאומיים, בעיקר הבנק העולמי, קרן המטבע הבינלאומית וארצות הברית, בעקבות מעילות שהתגלו בכספים שניתנו לאינדונזיה ומדיניות של פרוטקציוניזם. בדצמבר, ממשלתו של סוהארטו חתמה על מסמך הצהרת כוונות עבור קרן המטבע הבינלאומית, והתחייבה לקבוע תקנות צנע, כולל קיצוצים בשירותי הציבור והפסקת סובסידיות, בתמורה לקבלת עזרה מהקרן ומגופים אחרים.
בתחילת 1998 תקנות הצנע אושרו על ידי סוהארטו וגרמו להתערערות ביטחון הפנים תחת המשטר שלו. מחירי סחורות כגון נפט ואורז, וכן שירותים חיוניים לציבור כגון חינוך, עלו בצורה משמעותית. השפעת התקנות הוגברה עוד יותר בגלל השחיתות הנרחבת.
סוהארטו עמד לבחירה מחודשת על ידי הפרלמנט בפעם השביעית במרץ 1998, והצדיק את הבחירה בו בטענה שמנהיגותו נחוצה במהלך המשבר. הפרלמנט אישר את בקשתו והוא התמנה לכהונה נוספת. צעד זה גרם להתפרצות מהומות ברחבי המדינה, והן מכונות מהפכת 1998 באינדונזיה. בעקבות מחלוקות שהתעוררו בתוך מפלגתו של סוהארטו עצמו מעמדו נחלש עוד יותר, וב-21 במאי הוא התפטר מתפקידו. מחליפו היה סגן הנשיא יוסוף חביבי.
תקופת הרפורמציה.
ממשל חביבי.
הנשיא חביבי הצליח להקים קבינט זמן קצר לאחר שנתמנה לתפקיד. אחת ממשימותיו העיקריות הייתה להשיג מחדש תמיכה מקרן המטבע הבינלאומית ומתורמים נוספים, וזאת עבור תוכנית לייצוב הכלכלה. הוא שחרר במהירות את האסירים הפוליטיים וביטל מספר הגבלות על חופש הדיבור וההתאגדות.
ב-7 ביוני 1999 נערכו בחירות עבור הפרלמנטים ברמה הלאומיות, הפרובינציאלית והתת-פרובינציאלית. בבחירות לפרלמנט הלאומי ניצחה מפלגת המאבק הדמוקרטי האינדונזי (שבראשה עמדה בתו של סוקרנו, מגאוואטי סוקרנופוטרי) עם 34% מהקולות; גולקאר (מפלגתו של סוהארטו, לשעבר מפלגת השלטון) 22%; מפלגת התחייה המאוחדת (בראשה עמד האמזא האז) 12%; ומפלגת ההתעוררות הלאומית (בראשות אבדורחמן וחיד) עם 10%.
עצמאות לטימור המזרחית.
ב-30 באוגוסט 1999 הצביעו תושבי מזרח טימור ברוב סוחף לטובת עצמאות, בבחירות שנוהלו בפיקוחו של האו"ם. בהצבעה השתתפו כ-98.6% מבעלי זכות הבחירה; 78.5% מהמצביעים תמכו בעצמאות, רק 94388 מן הבוחרים (21.5%) תמכו בהמשך השלטון האינדונזי, למרות החודשים שבהם סבלו מהתקפות הצבא האינדונזי והמיליציות שלו. לאחר שהוכרזה תוצאת המשאל, הצבא האינדונזי והמיליציות שלו הגיבו ברציחתם של 2,000 מתושבי האי, גירוש מהבית של שני שלישים מהאוכלוסייה, אונס של מאות נשים וילדות, והרס של רוב תשתיות המדינה. 300,000 פליטים התרכזו ב-173 מחנות אוהלים מסביב לעיר אתאמבוא במערב האי טימור עובדי סיוע של האו"ם ניסו לדאוג להם, ו-2 מיליציות של תומכי אינדונזיה רדו במי שלא נחשב לנאמן.
באוקטובר 1999 ביטל הפרלמנט האינדונזי את 2 החוקים שסיפחו את טימור המזרחית. ב-31 באוקטובר 1999 נסוגו אחרוני החיילים האינדונזים, וכשנשאל מפקדם בשדה התעופה של דילי כיצד הוא מגדיר את 24 השנים האחרונות הוא ענה כי מדובר ב"טעות". מנהלת המעבר של האו"ם בטימור המזרחית קיבלה על עצמה את השלטון בטימור המזרחית עד שהיא נהפכה למדינה עצמאית ב-20 במאי 2002.
עד שנת 2002 שבו 180,000 פליטים לטימור המזרחית. 120,000 פליטים נותרו באינדונזיה ויושבו על ידי ממשלתה במקומות שונים. העיתון ג'קרטה פוסט טען באתרו שכל 94,388 המצביעים שתמכו באינדונזיה במשאל של 30 באוגוסט 1999 נשארו באינדונזיה, ותהה למה מספר הנשארים הכולל היה גבוה יותר.
ממשל וחיד.
באוקטובר 1999, אספת העם המייעצת (MPR), המורכבת מ-500 חברי הפרלמנט בנוסף ל-200 חברים נוספים שמתמנים לתפקיד ואינם חברי פרלמנט, בחרה בעבד אלרחמאן וחיד כנשיא, ובמגאוואטי סוקרנופוטרי כסגניתו, לתקופת כהונה של 5 שנים. וחיד הציג את הקבינט הראשון שלו בראשית נובמבר 1999 וקבינט נוסף, שונה מהראשון, באוגוסט 2000.
ממשלתו של הנשיא וחיד המשיכה בצעדים לכיוון הדמוקרטיזציה ועידוד הצמיחה הכלכלית למרות התנאים הבעייתיים. בנוסף לתשישות כלכלית מתמשכת, ממשלתו של וחיד התמודדה עם בעיות ברמה האזורית, בין-אתנית ובין-דתית, ובייחוד באצ'ה, איי מאלוקו, ואיריאן ג'איא.
בעיותיהם של עקורי טימור המזרחית, שהועברו למערב האי, והאלימות שמקורה במיליציות מזרח טימוריות פרו-אינדונזיות, שתמכו בסיפוח מזרח טימור לאינדונזיה, גרמו לבעיות הומניטריות וחברתיות קשות. הפרלמנט היה מאוד אגרסיבי וקרא תיגר פעמים רבות על מדיניותו של הנשיא וחיד, ובכך תרם לוויכוחים הפוליטיים שהתחוללו ברמה הלאומית.
ממשל מגאוואטי.
במהלך המושב הראשון של ה-MPR באוגוסט 2000, הנשיא וחיד מסר דיווח על תפקוד ממשלתו. ב-29 בינואר 2001 אלפי סטודנטים מוחים הסתערו על בניין הפרלמנט ודרשו את התפטרותו של ווחיד בעקבות מעורבותו לכאורה בשערוריות שחיתות. בעקבות לחץ של האספה לשפר את ניהול המדינה ואת התיאום בין חברי הממשלה, וחיד הנפיק צו נשיאותי שנתן לסגנית הנשיא מגאוואטי את השליטה על הניהול היומיומי של הממשלה. זמן לא רב לאחר מכן, ב-23 ביולי, מגאוואטי סוקרנופוטרי התמנתה לתפקיד הנשיאה. היא הצליחה באיטיות להרגיע את המהומות הבין עדתיות במדינה, והתפרסמה כשבקשה סליחה מטימור המזרחית וגם נסעה להיות בהכרזת העצמאות שלה ב-20 במאי 2002 ויסדה שם את נציגות אינדונזיה בעיר דילי. נסיעתה הייתה אף על פי שקצינים בצבא אינדונזיה יעצו לה שלא לעשות כן. היו מהם שנפגעו מכך. הם היו בטימור המזרחית בתפקיד בזמן השלטון האינדונזי.
ב-17 בדצמבר 2002 פסק בית הדין הבינלאומי לצדק לטובת מלזיה בסכסוך על הריבונות על 2 איים סיפאדאן וליגיתאן, שנשלטו על ידי בריטניה ומלזיה כחלק מסאבאה ברוב של 16 לעומת1. פסק הדין לא נתן מענה לשאלת הגבול הימי.
ממשל יודהויונו היחסים עם מלזיה ואסון הצונמי ב-2004 והשלום באצ'ה.
ב-2004 נערכו הבחירות החד-יומיות הגדולות ביותר בעולם. הייתה זו הפעם הראשונה שנערכו בחירות ישירות למשרת הנשיא והמנצח היה סוסילו באמבאנג יודהויונו.
ב-26 בדצמבר 2004, התחוללה רעידת אדמה באוקיינוס ההודי שגרמה לגל צונמי שהרס חלקים נרחבים בצפון סומטרה, ובייחוד באצ'ה. באופן חלקי כתוצאה מהצורך בשיתוף פעולה ובשלום במהלך ההתאוששות מהצונמי באצ'ה, החל משא ומתן בין ממשלת אינדונזיה ובין תנועת אצ'ה העצמאית. בהסכמים שנחתמו בהלסינקי בשנת 2006 הוסכם על יצירתה של מסגרת עבודה שבמסגרתה תצמצם ממשלת אינדונזיה את נוכחות הצבא באזור, כאשר חברי הפלג הצבאי של התנועה יתפרקו מנשקם ויפקידו אותו ברשות אמנסטי. כמו כן, ההסכם אפשר ללאומניים מאצ'ה ליצור מפלגה פוליטית שתייצג אותם, ובעקבותיו הם קיבלו זכויות אוטונומיות נוספות. שוחררו 1424 אסירים בני אצ'ה ושבו אל בתיהם.
בשנת 2019 הוחלט ממשלת אינדונזיה על הקמת בירה חדשה באי בורנאו.
באפריל 2021 התרחשה תאונה בצוללת KRI Nanggala וכל הצוות נספה.
דניש
דניש (באנגלית: Danish, "דני"), או "שנק", הוא מוצר מאפה מתוק שהומצא בדנמרק וכיום פופולרי בכל העולם. במדינות סקנדינביה (כולל דנמרק) נקרא הדניש דווקא "wienerbrød" (לחם וינה) על שם האופים ילידי וינה שהחדירו את תורת המגדנאות לסקנדינביה.
מרכיבי הדניש הם קמח, חלב, ביצים וכמויות נדיבות של חמאה, מהם יוצרים בצק שמרים יסודי 20%. הבצק מרודד, נחתך לריבועים של כעשרה סמ"ר, מקופל ו/או מגולגל באופן נאה מעל למלית כלשהי, ועובר התפחה לפני אפייתו. "עוגת שושנים" היא עוגה הנוצרת מסידור במעגל של מספר דנישים שגולגלו לצורת פרח, תוך שמירת רווח מספיק ביניהם.
לאחר פרשת קריקטורות מוחמד קרא שר המסחר של איראן לשנות את שמו של הדניש ל"ורד של הנביא מוחמד".