המדיניות הכלכלית, שהונחתה בעיקר על ידי פנחס ספיר, דגלה בפתיחה של השוק הישראלי לתחרות מסוימת וליוזמה חופשית. עם העלייה ברמת החיים החל להתפתח בארץ שוק אשר כונה על ידי ההסתדרות "לא פרודוקטיבי" (בתחומי המסחר, השירותים, התיירות וכדומה) כלומר שוק שלא שירת במישרין את בניין הארץ ולא היה קשור למעסיק מוסדי גדול. בשוק זה עבדו רבבות עובדים שלא זכו לכל יחס מצד ההסתדרות. רבים מהם היו חברי הסתדרות מתוקף היותם חברים בקופת חולים (ולכן, להלכה, "אזרחי מדינת הפועלים") אולם הם לא היו חברים במועצות פועלים ולא באיגודים מקצועיים ולא היו מאוגדים בוועד עובדים. ההסתדרות גם הזניחה קבוצות אוכלוסייה חלשות שעבדו בתעשייה הזעירה (בתי מלאכה, מפעלים פרטיים קטנים, מוסכים, בתי דפוס וכדומה), ברובם עולי ארצות המזרח, שלא ראו בהסתדרות אלא ממסד נצלני.
ההסתדרות, כתפיסה, התנגדה למדיניות רווחה כללית מתוך תפיסה מרקסיסטית שמדובר ב"פילנתרופיה" ולא בטיפול אמיתי ושורשי בבעיות, טיפול שמשמעותו הפיכת העובד לפרולטר מודע ופרודוקטיבי. עוד ב-1977 קרא מזכ"ל ההסתדרות, יצחק בן אהרן למדיניות הרווחה "שוחד מנוון".
לפיכך הפכה בעיני רבים ההסתדרות החל מראשית שנות השישים ממגן העובדים לגוף המתקיים אך ורק כדי לדאוג לעצמו.
חקיקת העבודה.
בשנות השישים נמשכה חקיקת חוקי העבודה חוק פיצויי פיטורים, תשכ"ג-1963, חוק שכר שווה לעובדת ולעובד, תשכ"ד-1964, חוק יישוב סכסוכי עבודה, תשכ"ז-1967 וחוק בית הדין לעבודה, התשכ"ט–1969.
עם זאת, ההסתדרות התנגדה באופן עקבי לעיגון נושאים מסוימים בחקיקה. ההסתדרות דגלה בגישה שכל ענייני השכר צריכים להתנהל במשא ומתן בין ההסתדרות, הממשלה והמעסיקים ללא התערבות חקיקתית, ועל כן התנגדה למשל לחוק שכר מינימום. כן התנגדה ההסתדרות לחקיקת חוק ביטוח בריאות ממלכתי משום שהיה מוציא משליטתה את קופת חולים הכללית והופך אותה לספק שירותי בריאות מנותק מן ההסתדרות ולחקיקת חוק פנסיה ממלכתית שהיה מוציא מההסתדרות את קופות הפנסיה בהן התרכזו כמעט כל חסכונות הפנסיה של השכירים והיוו עוגן פיננסי משמעותי.
ההסתדרות והאיגודים המקצועיים.
ההסתדרות ראתה בעצמה גוף מדינתי הקובע מדיניות ורואה ראייה כללית של המשק. לפיכך, באופן מסורתי תפסה את האיגוד המקצועי כ"מעדיף את האינטרס האנוכי על פני מדיניות מקצועית כוללת ומרוחק מעקרונות כלליים שהונחו ביסוד ההסתדרות", העדפת האינטרסים של האגוד המקצועי כונתה בזלזול "טריידיוניוניזם", ומדיניות ההסתדרות הייתה למתן את דרישות העובדים מתוך "אחריות" של שותפים-לשלטון. ההסתדרות קבעה בעבור חבריה את ההשתייכות לאיגוד המקצועי, אולם כל קבוצת עובדים בעלת כוח כלשהו ביקשה להחליף את האיגוד המקצועי שנכפה עליה (והיה בשליטת מפא"י ואחר כך המערך) באיגוד שחבריו נבחרים ישירות על ידי העובדים (מאז שביתת הימאים ב-1951, פרישת ארגון המורים ב-1958 ועד "מרד האחיות" ב-1986 עמד מאמץ העובדים לעצמאות בלבן של שביתות ארוכות וקשות).
בשנת 1970 נחתמה במשק עסקת חבילה. ההסתדרות הסכימה לתוספת שכר נמוכה ביחס להתפתחות המשקית (הוויתור על התוספת כונה "מלווה חיסכון", כביכול העובדים מלווים כספים למדינה), אך העובדים החזקים פתחו מיד בגל שביתות. ההסתדרות איפשרה לוועדים החזקים לזכות ממעסיקיהם לתוספות מבלי להתערב בהישגים ומבלי לדרוש השוואת תנאים לעובדים החלשים שלא היו מסוגלים לשבות כיוון שממילא היו "יקרים" ביחס לעובדים הבלתי מאוגדים בתעשיותיהם. מזכ"ל ההסתדרות, יצחק בן אהרן, הפנה את זעם העובדים מן ההסתדרות אל המעסיקים. תגובת ההסתדרות לגל השביתות הבלתי מבוקר של 1970 הייתה חתימת שני הסכמים קיבוציים נפרדים שיצרו פער ניכר במשק בין שני הסקטורים שהוגדרו אז לראשונה.
הסקטור הציבורי הוא המפעלים המנוהלים לפי תקציב - חברות ממשלתיות והסתדרותיות גדולות. הסקטור העסקי הוא החברות הפרטיות המנוהלות לפי מאזן ובכללן גם חברות הקשורות לחברת העובדים. ועדים חזקים תבעו להיכלל בסקטור הציבורי וכך הוגדרו אל על, חברת החשמל ורשות הנמלים כ"סקטור ציבורי" ועובדיהם זכו למעמד, הגנה מלאה של ההסתדרות וסגירת מפעליהם מפני כניסת פועלים לא מאוגדים. בסקטור הציבורי הונהגה גם שיטת ההצמדה של שכרן של קבוצות עובדים בתעשיות שונות זו לזו וכך הישג בוועד אחד (למשל חברת חשמל) גרר מיד תביעות שכר בכל שאר ה"צמודים" (רשות הנמלים ואל על, למשל) כאשר עובדי הסקטור העסקי אינם נהנים מההישגים והופכים חסרי לגיטימציה לתביעות. בשנים הבאות, מיתון זוחל ואינפלציה שחקו את תוספות השכר ואת הישגי ההסכמים הקיבוציים. להסתדרות היה כוח פיננסי רב ועצמאות כלכלית, אך קיומה העצמאי הותנה במערכת עדינה של איזונים מפלגתיים שחייבה את בן-אהרן לאפשר הישגים לוועדים החזקים ובמקביל להנהיג מדיניות של ריסון כדי להיות מתואם עם משרד האוצר. ההסתדרות הנהיגה שביתות לטובת עובדי הסקטור הציבורי ובן-אהרן זכה לכוח רב במפלגה בזכות ראשי הוועדים החזקים שלצידו.
סיעת "תכלת לבן".
בשנת 1965 הקימה תנועת החרות את סיעת תכלת לבן על מנת להצטרף למסגרת האיגוד המקצועי של ההסתדרות הכללית ולהתמודד בוועידת ההסתדרות. זאת בנפרד מהסתדרות העובדים הלאומית, שהייתה מקבילה רוויזיוניסטית להסתדרות הכללית. כך נכנסה ב-1966 לראשונה לוועידה סיעה שהאידאולוגיה שלה עמדה בסתירה לעקרונות היסוד של ההסתדרות. חירות רצתה לראות בהסתדרות מסגרת ארצית של איגודים מקצועיים (כנהוג בעולם, בעיקר באמריקה) ותמכה במכירת נכסי חברת העובדים לידיים פרטיות. כן תמכה חירות בהלאמת פונקציות של תרבות, בריאות, פנסיה ועוד לכדי שירותים ממלכתיים שיינתנו על ידי הממשלה (חוק ביטוח בריאות ממלכתי, חוק פנסיה, הקמת מסגרות לבוררות ועוד). "תכלת לבן" מצאה עצמה באופוזיציה יחד עם תנועות שמאל כמפ"ם ומק"י, שרצו גם הן לראות בהסתדרות גוף לוחם "רזה ושרירי" המגויס לטובת העובד המאוגד ולא "מפלצת מגושמת" עתירת נכסים הכבולה בבריתות פוליטיות עם הממשלה. בבחירות לוועידת ההסתדרות העשירית, ב-1966, זכתה "תכלת לבן" לכ-15% מקולות המצביעים. ב-1977, לאחר המהפך, זכתה לכ-28% מקולות חברי ההסתדרות.
המשק ההסתדרותי היה משק אדמיניסטרטיבי, כלומר מנוהל על ידי אנשי ציבור ולא על ידי בעלים פרטיים, תכונה שהפכה אותו למשק ריכוזי, שלא פעל על פי שיקולים של רווחיות ושל כדאיות כלכלית. ההתיישבות העובדת הייתה גורם דומיננטי בהסתדרות (ובתוך זה ביישוב כולו, בעיקר מבחינה חברתית ואידאולוגית) והעניקה לה, ולתנועת הפועלים כולה, הרבה מאוד ממעמדה ומיוקרתה במפעל הציוני.
בין השנים 1977–1994.
ב-17 במאי 1977 אירע בישראל מהפך פוליטי רב משמעות גם עבור ההסתדרות. כ-60 שנות הגמוניה של תנועת הפועלים הן בראשות מוסדות המדינה, הן בראשות ההסתדרות הגיע אל קיצן. ההסתדרות עמדה לראשונה בתולדותיה לא כגוף "אחראי" וקונסטרוקטיבי העומד בלב העשייה אלא כגוף לעומתי העומד נגד הממשלה בניגוד אינטרסים בולט. בנובמבר 1977, חצי שנה לאחר המהפך וכחודש לאחר הכרזת המהפך הכלכלי לליברליזציה של הכלכלה נערכה ועידת ההסתדרות ה-13. החלטות הוועידה מעידות על ההלם והחשש:
עם זאת, ולמרות החשש בשורות מפלגת העבודה, לא הועברו בכנסת במסגרת המהפך הכלכלי חוקים לשבירת כוחה של ההסתדרות והושג אף שיתוף פעולה בין ראשי ההסתדרות לבין השלטון החדש. מאידך ביקשה ההסתדרות לברוא עצמה מחדש כנציגת עובדים ופרצו שביתות, אשר שימשו גם ככלי פוליטי על ידי מפלגת העבודה. ב-27 בנובמבר 1979 איימה ההסתדרות בשביתה כללית כנגד הגזרות הכלכליות שהטיל שר האוצר יגאל הורביץ. שיקולים פוליטיים הניאו את ראשי ההסתדרות מלהוציא את השביתה לפועל והיא הומרה בהפגנה גדולה במדשאה שלפני בית הוועד הפועל בתל אביב. ראשי 13 ועדים גדולים (בהם חברת החשמל, אל על, רשות הנמלים) החליטו בעקבות "התקפלות" ההסתדרות ליצור פורום בתוך ההסתדרות שיפעל באופן עצמאי ומנותק משיקולים פוליטיים. כדי להשיג כוח והשפעה הם חברו לוועדים חלשים ולקחו אותם תחת חסותם, תוך שהם עוקפים את ההנהגה הרשמית של ההסתדרות ומנצלים את חולשתו של מזכ"ל ההסתדרות ירוחם משל. בשנות שלטון הליכוד הפסיקה ההסתדרות לפעול כגורם מרסן תביעות עובדים, ה"השתוללות" של ראשי 13 הוועדים ומינויו של יורם ארידור (איש סיעת תכלת לבן לשעבר) ששאף לרצות את העובדים הביאו לתוספות שכר גדולות ופריצת הסכמי מסגרת שהיו בין הגורמים למשבר האינפלציה של שנות השמונים. בד בבד הופסקו על ידי שלטון הליכוד הסובסידיות לחברת העובדים, דבר שחשף עד מהרה את חוסר יכולתם של המפעלים ההסתדרותיים להתמודד בשוק חופשי ואת הניהול הכושל, פרי של שנים של חוסר דאגה כלכלית. מפעלי חברת העובדים נאלצו לקחת הלוואות ונכנסו לסחרור של חובות, בסיס הכוח של ההסתדרות - המשק ההסתדרותי, החל מתפורר. משבר מניות הבנקים בשנת 1983 פגע בבנק הפועלים, והפחית עוד את חוסנה ועצמאותה של ההסתדרות. גם פרשיות שחיתות או שחיתות לכאורה, כגון פרשת יעקב לוינסון ערערו את ביטחונה של ההסתדרות.