ב-1918 החלה לפעול מועצת העם (Volksraad) של איי הודו המזרחיים ההולנדיים. תפקידה של המועצה הוגבל לייעוץ ורק לחלק קטן מאוכלוסיית הילדים הייתה זכות הצבעה לבחירת הנציגים במועצה. המועצה כללה 30 חברים מקרב אוכלוסיית הילידים, 25 חברים ממוצא אירופאי ו-5 חברים מקרב אוכלוסיית הסינים ואוכלוסיות אחרות והבחירות אליה נערכו אחת לארבע שנים. ב-1925 הפכה המועצה לגוף מחוקק-למחצה. אף על פי שההחלטות התקבלו עדיין על ידי ממשלת הולנד, היה מצופה מהמושל הכללי להיוועץ בחברי המועצה לצורך קבלת החלטות חשובות. המועצה פוזרה ב-1942 בימי הכיבוש היפני.
ממשלת הולנד הנהיגה את שיטת המשפט ההולנדי במושבה. בית המשפט העליון, שישב בבטאוויה, דן בעתירות וקיבל ערעורים על החלטות של בתי משפט בכל רחבי המושבה. שש "מועצות צדק" (Raad van Justitie) דנו ברוב הפשעים שבוצעו על ידי בעלי מעמד אזרחי של אירופאים ורק באופן בלתי ישיר הן דנו בפשעים שבוצעו על ידי הילידים. "המועצות הארציות" (Landraden) דנו בסוגיות אזרחיות ובתחומים כמו סכסוכי קרקעות ודיני אישות. הילידים היו כפופים לבתי משפט מוסלמים מסורתיים, למעט במקרים בהם הדיון עבר לבתי משפט הולנדים בערכאות גבוהות. לאחר קבלת העצמאות, אומצה באינדונזיה שיטת המשפט ההולנדית ובהדרגה מוסדה שיטת משפט עצמאית המבוססת על הוראות החוק האינדונזי.
ב-1920 פעלו באיי הודו המזרחיים ההולנדיים 350 בתי כלא. בבית הכלא מיסטר קורנליס (Meester Cornelis) בבטאוויה נכלאו האסירים הקשים ביותר. בבית הכלא סאוואה לונטו (Sawah Loento) בסומטרה הועסקו האסירים בעבודה במכרות פחם. בתי כלא נפרדים הוקמו לתושבי מערב ג'אווה ולנשים. לאסירות בבית הכלא לנשים בסמרנג הייתה ההזדמנות ללמוד מקצוע במהלך תקופת מאסרן, כמו תפירה, אריגה או הכנת בטיק. ב-1908 הפך האי קומודו שהיה אז ריק מאדם, למושבת אסירים. כתגובה למרידה הקומוניסטית של 1926 הוקם מחנה הכליאה בופן דיגול (Boven-Digoel) בגינאה החדשה. החל מ-1927 היו אסירים פוליטיים, כולל פעילים במאבק לעצמאות, מוגלים לאיים נידחים. סוקרנו נאסר על ידי ההולנדים ב-1929–1931 בכלא בבאנדונג, שוחרר ב-1931, ב-1933 נאסר שוב באנדה באי פלורס שם הוחזק עד 1937 וב-1937 הועבר אל כלא בבוכיתינגגי באי סומטרה שם הוחזק עד 1942 ושוחרר בידי היפנים.
צבא.
ב-1830 הוקם "הצבא המלכותי של איי הודו המזרחיים ההולנדיים" (בהולנדית: Koninklijk Nederlands Indisch Leger – KNIL) וב-1915 הוקם "חיל האוויר המלכותי של איי הודו המזרחיים ההולנדיים" (Militaire Luchtvaart van het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger - ML-KNIL). הכוחות הימיים של הצי המלכותי ההולנדי ישבו בסורביה, אך הם מעולם לא היו חלק מצבא המושבה. הצבא היה ענף של הצבא המלכותי ההולנדי, בפיקודו של המושל הכללי והוא מומן מתקציב המושבה. מגויסי חובה הולנדים לא הורשו להתגייס לצבא המושבה והוא היה בעל אופי של לגיון זרים שגייס לא רק מתנדבים הולנדים, אלא גם אזרחי מדינות אירופאיות רבות, במיוחד שכירי חרב גרמנים, בלגים ושווייצרים. בעוד שרוב הקצינים היו אירופאים, רוב החיילים היו ילידים אינדונזים, ברובם תושבי ג'אווה.
המדיניות ההולנדית לפני 1870 הייתה לשלוט שליטה מלאה על נקודות אסטרטגיות ולכרות בריתות עם מנהיגים מקומיים באזורים סמוכים כך שהם יישארו תחת שליטה וישתפו פעולה. מדיניות זו כשלה באצ'ה, שבצפון סומטרה, שם גילה הסולטן סובלנות כלפי שודדי הים שפשטו על תנועת הסחר במצר מלאקה. בריטניה הייתה נותנת החסות של הסולטנות והדבר נתן להולנד את הזכות למגר את שודדי הים. ב-25 בינואר 1873 הכריזה הולנד מלחמה על אצ'ה. הסולטאן האחרון נכנע ב-20 בספטמבר 1903, קרובת משפחתו צ'ות ניאק דהיין המשיכה בלחימה עד 1908 ואף על פי שנפלה בשבי אז, התארגנו בהמשך מנהיגים מקומיים מוסלמיים רבים שלחמו נגד ההולנדים במלחמת גרילה יקרה עד שנת 1918, שבה בוצעו מעשי זוועה קשים בשני הצדדים.
רשויות הצבא של המושבה ניסו למנוע מלחמה כנגד האוכלוסייה המקומית באמצעות נקיטת "אסטרטגיה של יראת כבוד". כאשר התנהלה מלחמת הגרילה, נקטו ההולנדים בדרכים של כיבוש אלים ואיטי או במערכה צבאית של זריית חורבן. בתחילה המאה ה-20 נחשבו האיים למקום שהשלום שכן בו ומשימותיו של צבא המושבה היו בעיקר משימות שיטור צבאי. אופי פעולתו של צבא המושבה השתנה ב-1917 כאשר הממשלה הקולוניאלית הנהיגה שירות חובה לכל הגברים במעמד אזרחי של אירופאים וב-1922 חוקק חוק להקמתו של "משמר הבית" (Landstorm) שאליו גויסו מגויסי חובה אירופאים מעל גיל 32. דרישות מצדם של לאומנים אינדונזים להקים שירות צבאי לילידים נדחו בסירוב. ביולי 1941 העבירה מועצת העם של המושבה חוק להקמת מיליציה של ילידים שמנתה 18,000 איש. לאחר כניסתה של יפן למלחמה התנדבו למיליציה מעל 100,000 איש. צבא המושבה ניסה בחופזה ובאופן בלתי ראוי להפוך את עצמו לצבא מודרני שיוכל להגן על המושבה מפני פלישה יפנית. ערב פלישת היפנים בדצמבר 1941 מנו הכוחות ההולנדיים באינדונזיה כ-85,000 איש: כוחות צבא סדירים של כ-1,000 קצינים ו-34,000 חיילים (מתוכם 28,000 ילידים), והשאר היו מיליציות מקומיות ועתודות אזרחים. ציודו של חיל האוויר של KNIL כלל 389 מטוסים. במהלך קרב איי הודו המזרחיים ב-1941–1942, הובסו עד מהרה כוחות צבא המושבה שלחמו יחד עם צבאות בעלות הברית. כל החיילים ממוצא אירופאי נשבו על ידי היפנים. כרבע מהם לא שרדו את השבי.
מלחמת העצמאות האינדונזית וספיחיה.
לאחר מלחמת העולם השנייה, הצטרף צבא המושבה שהוקם מחדש לכוחות הצבא ההולנדי כדי להשיב את החוק והסדר הקולוניאלי למושבה. ב-17 באוגוסט 1945 הכריז סוקרנו על עצמאות אינדונזיה והוא ומחמד האתא חתמו על הכרזת העצמאות. ב-22 באוגוסט 1945 הודיעו היפנים באינדונזיה על כניעת כוחותיהם, אבל חלקם של היפנים ללא הפקוד העליון, נותרו בה והסתבכו במלחמת העצמאות האינדונזית. ב-23 באוגוסט כבשו ההולנדים את סאבאנג על האי "וה" מצפון לסומטרה והחל מ-29 בספטמבר 1945 החלו בסיוע בריטי בכבוש ג'קרטה והשלימוהו ב-3 באוקטובר 1945. תפקידם הרשמי של הבריטים היה לפרוק את היפנים מנשקם, לפני שיצאו הבריטים מאינדונזיה ב-30 בנובמבר 1946.
בינתיים היו הבריטים מעורבים גם בכבוש סורבאיה בקרב בנובמבר-דצמבר 1945 שספק לאינדונזים את "יום הגבור" שלהם ב-10 בנובמבר, והוא יום הזיכרון השנתי באינדונזיה.
למרות שתי מערכות מוצלחות ב-1947 וב-1948, נפילת סוקרנו, מוחמד האתא ואגוס סלים בשבי ב-19 בדצמבר 1948 כשלו המאמצים ההולנדיים להשיב לעצמם את המושבה, אחר שנבלמו ההולנדים בקרב לאנגסא בסומטרה ב-28 בינואר 1949 ותחת לחץ בין לאומי שהלך וגבר. שפיכות הדמים נמשכה עד 12 באוגוסט 1949 באי ג'אוה, ובסומטרה הוכרזה הפסקת אש ב-15 באוגוסט 1949. ב-23 באוגוסט החלה ועידת השולחן העגול בהולנד שהניבה הסכם ב-2 בנובמבר וב-27 בדצמבר 1949 הכירה הולנד בריבונותה של אינדונזיה. מחיר המלחמה היה 3500 עד 5500 חילים הולנדיים שנקטלו, 45000 עד 100000 חילים אינדונזיים שנקטלו, 100000 אזרחים אינדונזיים שנקטלו, לפחות 1297 חילים יפניים שנקטלו ו-1200 חילים בריטיים שנקטלו. 7 מיליון בני אדם אבדו את בתיהם. האיים ג'אוה, סומטרה, מאדורא וסולאווסי ספגו את רב נזקי הלחימה, הצבא המלכותי של איי הודו המזרחיים ההולנדיים פורק ב-26 ביולי 1950 ולחיילים ששירתו בו מקרב האוכלוסייה הילידית נתנה האפשרות להצטרף לכוחות המזוינים הלאומיים של אינדונזיה. בעת פירוקו מנה צבא המושבה 65,000 איש, מהם 26,000 שולבו בצבא אינדונזיה החדש. שאר האנשים שוחררו או עברו לשרת בצבא הולנד. בין הקצינים החשובים ששירתו בכוחות המזוינים של אינדונזיה שהיו יוצאי צבא איי הודו המזרחיים ההולנדיים נמנו סוהארטו, לעתיד נשיאה השני של אינדונזיה, שערק מ KNIL עם הכבוש היפני, עבדול האריס נאסותיון, לעתיד שר הביטחון האינדונזי, ואלכסנדר אברט קווילרנג, מייסד יחידת הכוחות המיוחדים, "קופאסוס".
תרבות.
שפה וספרות.
בכל רחבי הארכיפלג של איי הודו המזרחיים מדוברות מאות שפות מקומיות. בנוסף אליהן נעשה שימוש נרחב במלאית ובקריאולית מבוססת פורטוגזית, שהיו השפות ששימשו למסחר. קודם לשנת 1870, כאשר ההשפעה הקולוניאלית של ההולנדים הייתה מוגבלת ברובה לג'אווה, המלאית שימשה כשפת הלימוד בבית הספר הממשלתיים ובתוכניות הכשרה, כך שבוגריהם יכלו לתקשר עם קבוצות אתניות מאזורים מחוץ לג'אווה שהיגרו אליו. ממשלת המושבה שאפה לתקנן את הניבים המלאים של מחוז ריאו שבסומטרה ושל מלאקה כשפה רשמית והוזמנו מילונים עבור בתי הספר ומשרדי הממשלה. ב-28 באוקטובר 1928 אימצו מנהיגי תנועת העצמאות האינדונזית את הניב של ריאו וקראו לו אינדונזית. במחצית השנייה של המאה ה-19, הועברו שאר שטחי הארכיפלג, שבהם דוברו מאות שפות, לשליטת ההולנדים. באמצעות הרחבת תוכנית החינוך עבור הילידים באזורים אלו, הפכה הממשלה את ה"מלאית הסטנדרטית" לשפת המושבה.