בשנים 1988 ו-1989 הועמדו שוב היחסים בצלו של הסכסוך הישראלי-ערבי. השנה הראשונה של האינתיפאדה הייתה רצופת גינויים פומביים מצד אנקרה למעשי צה"ל, לצד הודעות תמיכה חד משמעיות בזכות הפלסטינים להגדרה עצמית, "על כל המשתמע מכך". בנובמבר 1988 מיהרה טורקיה להכריז על הכרה במדינה הפלסטינית החדשה, שעל כינונה הכריזה המועצה הלאומית הפלסטינית – והדבר עורר בישראל תגובה נזעמת. טורקיה הייתה המדינה הרביעית שהכירה במדינה זו, והראשונה מבין המדינות המקיימות יחסים דיפלומטיים עם ישראל. מיופה הכוח הטורקי זומן למשרד החוץ בירושלים, שם הובעה מורת רוחה של ישראל על שטורקיה לא מצאה לנכון לשמוע את עמדתו של נציג ישראל רשמי בטרם החליטה על המהלך.
בשנת 1991, לאחר מלחמת המפרץ והצהרת ועידת השלום במדריד, השתפרו היחסים באופן דרמטי ובנובמבר אותה שנה החליפו שתי המדינות שגרירים.
בינואר 1992 הועלה דרג היחסים בין ישראל לטורקיה. היחסים עם ישראל החלו להתמלא בתוכן, תחילה כלכלית ותיירותית ובהמשך גם מדינית וצבאית, למורת רוחו של העולם הערבי, אך לא במידה שיכלה עוד להשפיע על מדיניותה של אנקרה. בין יוני 1992 ונובמבר 1994 נערכה סדרה של ביקורים רמי דרג, חסרי תקדים ביחסים בין שתי המדינות שבמסגרתם ביקרו הנשיא עזר ויצמן ושר החוץ שמעון פרס בטורקיה, וראש ממשלת טורקיה טאנסו צ'ילר בישראל. טורקיה ניצבה איתנה מאחורי מסכת היחסים הענפה עם ישראל והתנערה מההתקפות הערביות בנושא.
בשנת 1996 החלה להסתמן ביחסי טורקיה-ישראל תמונה שהזכירה לרבים את הברית האסטרטגית בין שתי המדינות ב-1958. אמנם בשתי הבירות עשו מאמץ ניכר להציג את היחסים המתהווים, כולל הצבאיים, כבעלי אופי בילטראלי וכבלתי מכוונים נגד צד שלישי כלשהו, אך הפילוסופיה הפרו-מערבית והפרו-דמוקרטית של שתי המדינות יצרה תחושה אצל שאר מדינות המזרח התיכון, כי נרקמת כאן ברית שמטרותיה רחוקות יותר מהידוק הקשר הבילטראלי. במהלך ביקור בישראל של סגן שר החוץ הטורקי אונור אויימן בינואר 1996, הוא הגדיר את היחסים בין שתי המדינות כ"מצוינים בכל היבט שהוא".
במרץ 1996 הגיע הנשיא דמירל לביקור רשמי בישראל – ביקור ראשון מסוגו של נשיא טורקיה. ביקורו של דמירל העלה לשיא את היחסים הכלכליים בין שתי המדינות. במהלך הביקור נחתם הסכם סחר המסיר את מגבלות המכסים בין שתי המדינות עד שנת 2000, והוחלט על עיבוי הקשרים בתחומי החקלאות, התעשייה, התקשורת והרפואה כאשר הדגש הוא על תחומי ההיי טק. בין ישראל וטורקיה נוצרו יחסים קרובים במיוחד, שניתן אפילו להגדירם כ"יחסים מיוחדים" וישראל הפכה לאחת המדינות הקרובות ביותר לטורקיה.
הסברים להידוק היחסים.
שיקולים שונים הנחו את טורקיה בהידוק יחסיה עם ישראל במהלך שנות ה-90:
השיקולים הישראליים להידוק הקשר עם טורקיה בשנות ה-90:
ישנם שהסבירו את הידוק הקשרים בין ישראל לטורקיה בהתקדמות תהליך השלום בין ישראל והפלסטינים וירדן. הם מציינים שדרג היחסים הועלה רק לאחר ועידת מדריד ובמקביל להחלטה להעניק דרג של שגריר גם לנציג אש"ף באנקרה. לטענתם, ההתקדמות לקראת שלום בין ישראל לחלק משכנותיה היא שאפשרה לטורקיה לחמם את יחסיה עם ישראל. על פי גישה זאת, הביקור של נשיא טורקיה בישראל, חודשים אחדים לאחר רצח יצחק רבין, נועד להדגיש את תמיכתה של טורקיה בהסדרי השלום המתגבשים בין ישראל לפלסטינים, ולחזק את ממשלתו של שמעון פרס להמשיך בדרך בה צעד רבין.
2000–2006 – חזרה למדיניות ההצמדה.
פרוץ האינתיפאדה השנייה לא הרע משמעותית את היחסים בין טורקיה לישראל, אף על פי שמדינות מוסלמיות אחרות ניתקו באותה תקופה את יחסיהן עם ישראל. טורקיה מחתה בפני ישראל על הסגר שהטילה ישראל על יאסר ערפאת במבצע חומת מגן, שלחה אליו שליחים רמי דרג, והעניקה לו סיוע כספי והומניטארי, אולם היחסים החמים עם ישראל ועם הפלסטינים בו זמנית – ואף קודמו עסקאות לשיפוץ טנקים, בניית תעלות השקיה בדרום מזרח טורקיה וייצוא מים מטורקיה לישראל.
ב-6 באפריל 2002 אמר ראש ממשלת טורקיה, בולנט אג'וויט, לחברי מפלגתו (DSP), שישראל מבצעת רצח עם בפלסטינים. ישראל דרשה מטורקיה "הבהרות" ואג'וויט השיב שדבריו לא הובנו כהלכה והם משקפים רק את דאגתו מהמתרחש באזור.
המהפך הפוליטי של 3 בנובמבר 2002 בטורקיה, דחק אל מחוץ לחיים הפוליטיים אישים מרכזיים שתחזקו את הקשרים הטובים עם ישראל, כמו ראש הממשלה היוצא בולנט אג'וויט, ראשי הממשלה בעבר מסוט ילמאז וטאנסו צ'ילר, ושר החוץ עד לא מכבר איסמעיל ג'ם. שתי המפלגות המנצחות בבחירות לא מילאו תפקיד משמעותי במדיניות החוץ ולא התנסו בקשרים עם ישראל.
ב-14 בנובמבר 2002, באיחור של עשרה ימים, שוגר מכתב של ראש הממשלה שרון, בו בירך את ארדואן על ניצחונו בבחירות. , כתב שרון לארדואן. אולם מצד טורקיה נשמעו קולות אחרים. בראיון שהעניק סגן יו"ר מפלגת "הצדק והפיתוח", מוראט מרג'אן, לעיתון ה"ג'רוזלם פוסט", נאמרו הדברים הבאים:
. במהלך 2004 ביקר ראש ממשלת טורקיה, רג'פ טאיפ ארדואן, באופן ישיר את ישראל בשורת התבטאויות חריפות.
אף על פי שארדואן היווה את ראש החץ של הביקורת על ישראל, בכל זאת לא היה מדובר ב"משבר ארדואן". בכירים אחרים במערכת הפוליטית הטורקית, ובראשם שר החוץ גול, ניסו להרגיע את המתיחות.
שורשי המתיחות נגעו בראש ובראשונה לעצירת תהליך השלום בין ישראל ושכנותיה.
מספר סיבות מוחשיות הביאו לכך שטורקיה הרשתה לעצמה לפגוע ביחסים עם ישראל במהלך שנת 2004, וביניהן ניתן למנות את ארבע הסיבות הבאות:
שיפור מסוים חל בשנת 2005, עת החלה להסתמן אפשרות כי מהלך ההתנתקות מעזה וצפון הגדה אכן ייצא לפועל. במהלך חודש מרץ 2005 ביקר שר החוץ עבדוללה גול בישראל, ובראשית מאי אותה שנה ביקר בה לראשונה גם ראש הממשלה ארדואן. עצירת המשך תהליך ההתנתקות בעקבות מלחמת לבנון השנייה, בקיץ 2006, שבה ועוררה רחשים שליליים בצמרת הפוליטית הטורקית.
2008–2016 – השפל בתקופת ארדואן.
בתקופת רג'פ טאיפ ארדואן חלה התדרדרות משמעותית ביחסים בין שתי המדינות עקב הקו האנטי-ישראלי והרטוריקה האנטי-ישראלית החריפה שנקט ארדואן.
בדצמבר 2008 תקף ארדואן בחריפות את ישראל על מבצע עופרת יצוקה. בתחילת המבצע כינה אותו "פשע נגד האנושות", וכעבור ימים אחדים הוסיף: "ישראל עושה מעשים לא אנושיים ברצועת עזה, שיגרמו לה להשמיד עצמה". ימים אחדים לאחר החלטת מועצת הביטחון על הפסקת אש קרא להרחיק את ישראל מהאו"ם, כל עוד אינה נשמעת להחלטה. בכנס הפורום הכלכלי העולמי בדאבוס, לאחר שנשיא מדינת ישראל שמעון פרס הגן בנאומו על עמדת ישראל, נטש ארדואן בזעם את הבמה. במהלך מבצע עופרת יצוקה גם התקיימו בטורקיה הפגנות רבות כנגד ישראל, כולל במהלך משחקיהן של קבוצות ספורט ישראליות ונציגים ישראליים המשחקים בטורקיה.
באוקטובר 2009 ביטלה טורקיה את השתתפות ישראל בתרגיל האווירי אנטוליאן איגל. ובינואר 2010 ארדואן תקף את מדיניות ישראל כלפי הפלסטינים ולבנון, וקבל על העדר הביקורת העולמית על מדיניות הגרעין של ישראל, ביחס לביקורת על הפיתוח הגרעיני באיראן. במקביל, התלוננה ישראל רשמית על שידורן בטורקיה של סדרות טלוויזיה בעלות טונים אנטישמיים ומסרים אנטי-ישראליים בוטים. כתגובה, השפיל סגן שר החוץ, דני אילון במכוון את שגריר טורקיה בישראל לעיני המצלמות. בעקבות זעמה של טורקיה וביקורת קשה מתוך משרד החוץ וגורמים בכירים במערכת הפוליטית, נאלץ אילון להתנצל.
בשנת 2010 חלה הידרדרות נוספת ביחסים בין שתי המדינות, בעקבות אירועי המשט לעזה, אותו הוביל ארגון IHH הטורקי בתמיכת ממשלת טורקיה, ונוצר המשבר הדיפלומטי החמור ביותר מאז כינון היחסים בין המדינות. טורקיה החזירה את שגרירה מתל אביב לאנקרה, בוטלו משחקי ידידות בין שתי המדינות, וברחובות הערים בשתי המדינות התקיימו הפגנות כנגד המדינה השנייה. מול השגרירות הטורקית. ארדואן כינה את פעולות ישראל - בהם נהרגו תשעה אזרחים טורקים שתקפו חיילים- כ"פיראטיות" ואיים כי "אם אתם -ישראל - רוצים את טורקיה כאויב, היא תהיה אויב חזק וקשה".
עם זאת, ב-2 בדצמבר 2010, שלחה טורקיה 2 מטוסי כיבוי כדי לעזור לכוחות הכיבוי בישראל לכבות את השרפה בכרמל. ארדואן טען, שהסיוע ניתן "מתוך מניעים הומניטריים וחובה איסלאמית", ושטרם הגיע הזמן לשיפור ביחסי שתי המדינות - עד אשר ישראל תתנצל ותפצה את נפגעי המשט. ביולי 2011 הוסיף ארדואן דרישה שלישית, שישראל תסיר את הסגר על עזה, כתנאי לנרמול היחסים עם טורקיה.
ב-1 בספטמבר 2011 פורסמו מסקנות דו"ח פאלמר של ועדת האו"ם לבדיקת אירועי המשט לעזה והחריף המשבר בין טורקיה לישראל. טורקיה הודיעה על הורדת דרג היחסים הדיפלומטיים למזכיר שני בלבד, ועל גירוש שגריר ישראל בטורקיה. ב-6 בספטמבר 2011, הודיע ראש הממשלה ארדואן על ניתוק כל קשרי המסחר והקשרים הצבאיים עם ישראל אולם בהמשך היום, התפרסמה הודעה מטעם הממשל הטורקי כי מדובר אך ורק בהפסקת קשרי המסחר הצבאיים והביטחוניים בין שתי הממשלות. מאוחר יותר הודיע ארדואן כי צוטט שלא כהלכה גם לגבי אמירותיו שספינות מלחמה של טורקיה ילוו ספינות סיוע לעזה לצורך הגנה עליהן מפני ישראל, ואמר כי אם ישראל לא תתערב בחופש התנועה לא ישלחו ספינות קרב. התובע הכללי בטורקיה דרש כי יועברו אליו שמות החיילים הישראליים שפעלו לעצירת המשט, לנקיטת הליכים משפטיים נגדם וארגון IHH העביר אליו 10 שמות וביקש הוצאת צווי מעצר נגדם. עיתון טורקי דיווח שארדואן הורה שלא למנוע ממטוסי קרב טורקיים ירי על מטרות ישראליות. במאי 2012 הוגשו בטורקיה כתבי אישום, ובהם תביעה לגזור תשעה מאסרי עולם, נגד ארבעה קציני צה"ל בכירים, עקב מעורבותם בהשתלטות על המרמרה במשט לעזה.