בספטמבר 2013 הוציא ג'ון את אלבומו "The Diving Board". האלבום זכה לשבחים ממבקרי המוזיקה, שרבים מהם ראו בו את אחד מאלבומיו האחרונים הטובים ביותר של ג'ון (וחלקם – אף מהטובים בקריירה בכלל). אופי האלבום אינטימי: מלבד הפסנתר של ג'ון הוא מלווה רק בבס ותופים – מדי פעם בתוספת גיטרה, קרנות וכלי מיתר. "אולי ההישג המרשים ביותר של האלבום הוא הדרך שבה הוא מחזיר את הפסנתר של אלטון אל קדמת הבמה, היכן שהוא צריך להיות", כתב אלן לייט מ"רולינג סטון". "מעולם לא היה פסנתרן רוק כמוהו".
ב־2016 הוציא ג'ון את האלבום "Wonderful Crazy Night". האלבום זכה לביקורות חיוביות: "חזרה משכנעת לשורשי האמריקנה שלו [...] עם מלודיות כמו של "Claw Hammer" המוכיחות שהרגישות הפופית שלו חדה כתמיד", כתב Jon Dennis מ"הגרדיאן". "יש בגרות ומשקל במוזיקה ובביצועים הקוליים של ג'ון שהופכים את האלבום לאחד הטובים שלו", כתב David Fricke מ"רולינג סטון". ג'ון פתח את רגל אירואסיה של סיבוב ההופעות לאלבום, "Wonderful Crazy Night Tour" , עם הופעה רביעית בישראל, שנערכה ב־26 במאי 2016 לעיני כ־40,000 צופים בפארק הירקון. במהלך ההופעה אמר הזמר: "אנחנו מאוד שמחים לחזור לישראל [...] זוהי ההופעה הראשונה בסיבוב ההופעות הזה, ולא יכולנו לבקש קהל טוב יותר לנגן מולו, או מקום טוב יותר".
2017–הווה: הודעת הפרישה ורוקטמן.
ב־2017 לקח חלק בסרט "" לצידם של האלי ברי, קולין פירת' וטארון אגרטון.
ב-24 בינואר 2018, ערך ג׳ון מופע מיוחד בשידור ישיר (הנתמך בפורמט מציאות מדומה) בערוץ היוטיוב שלו, בו הוא הכריז על סיבוב ההופעות האחרון שלו. הסיבוב ייערך כ-3 שנים וצפוי להסתיים ב-2021. המופע יקרא "Farewell Yellow Brick Road". ג׳ון ציין כי הסיבה לפרישתו מהבמה לאחר 50 שנות פעילות, היא לבלות זמן איכות עם ילדיו ובעלו. בנוסף הדגיש כי הפרישה מהבמה לא תשפיע על המשך פעילותו המוזיקלית, והוא מצפה לעשייה בשנים הבאות. במסיבת עיתונאים הסביר ג'ון שהוא פורש לא משום שנמאס לו להופיע, אלא משום שהתעייף מהנסיעות הרבות. כן סיפר על התנסויותיו כמוזיקאי מקצועי בהופעות מול קהלים קשים:
בספטמבר 2018 נמסר שג'ון חתם על הסכם עם "יוניברסל מיוזיק גרופ", על פיו החברה תייצג אותו ל"שארית הקריירה שלו", בנוסף לייצוג קטלוג העבר שלו (שהזכויות עליו כבר היו שייכות ל"יוניברסל"). ב־25 ביוני 2019 מנה (של "הניו יורק טיימס") את ג'ון בין מאות אמנים שהמאסטרים שלהם הושמדו בשרפה שפרצה באולפני "יוניברסל" ב־2008.
במאי 2019 יצא סרט ביוגרפי אודות חייו של ג׳ון "רוקטמן", בכיכובו של טארון אגרטון (שזכה בפרס גלובוס הזהב על תפקידו בסרט). ג׳ון ואגרטון הקליטו יחד שיר נושא לסרט – "", אשר זכה בפרס גלובוס הזהב ובפרס אוסקר לשיר המקורי הטוב ביותר. ביוני 2019, כחלק מסיבוב הפרידה שלו, קיבל ג'ון את אות לגיון הכבוד מנשיא צרפת עמנואל מקרון, בטקס בארמון האליזה בפריז. באוקטובר של אותה שנה יצאה לאור האוטוביוגרפיה הרשמית של ג'ון, "Me" . טארון אגרטון קריין את הגרסה המוקלטת לספר, תוך שג'ון קריין את הפתח דבר והאחרית דבר.
ב־10 בינואר 2020, השתתף ג'ון בשיר "Ordinary Man", שהיה הסינגל השלישי מתוך האלבום הנושא את אותו שם של זמר ההבי מטאל אוזי אוסבורן. במאי באותה השנה, השתתף בשיר "Sine from Above", של הזמרת-יוצרת האמריקאית ליידי גאגא, שזכה לביקורות חיוביות ממבקרי מוזיקה ונכלל באלבומה השישי, Chromatica. ב־13 בנובמבר הוציא ג'ון את האוסף "Elton: Jewel Box", שכלל שמונה תקליטורים של שירים פחות מוכרים מאלבומי אולפן שלו, הקלטות נדירות מהקריירה המוקדמת (עם להקת "בלוזולוג'י" ומשירי הסולו שלפני אלבום הבכורה, "Empty Sky"), צדדי ב', ושירים שהוזכרו בשם באוטוביוגרפיה שהוציא, "Me". האוסף יצא גם בגרסאות של שניים, שלושה וארבעה תקליטי ויניל.
ב־12 ביוני 2021 יצא לאור , שהוקלט כאלבום הבכורה של ג'ון ב־1968, אך נגנז לאחר שבחברת התקליטים של ג'ון חשבו שאינו טוב מספיק (בסופו של דבר יצא אלבום הבכורה, "Empty Sky", ב־1969). האלבום יצא לכבוד "יום התקליט" , בפורמט ויניל בלבד, במהדורה מוגבלת. ב־22 באוקטובר של אותה שנה יצא האלבום "The Lockdown Sessions", שכלל שיתופי פעולה של ג'ון עם מוזיקאים שונים, שיתופי פעולה שהוקלטו במהלך מגפת הקורונה, בעטיה נאלץ ג'ון להשהות את סיבוב הפרידה שלו, "Farewell Yellow Brick Road" . בסינגל הראשון מהאלבום, שיר הרמיקס "Cold Heart", שיתף ג'ון פעולה עם דואה ליפה. ברמיקס, שנעשה על ידי הרכב הדאנס האוסטרלי , שולבו ארבעה שירים של ג'ון. ב־15 באוקטובר של אותה שנה הגיעה גרסה זו לראש מצעד הסינגלים הבריטי, לראשונה מאז "Ghetto Gospel" שמ־2005. עם הלהיט הזה הפך ג'ון לאומן הסולו הראשון שהכניס להיט "עשרת הגדולים" למצעד הבריטי במשך שישה עשורים שונים. ב־3 בדצמבר של אותה שנה יצא הסינגל "Merry Christmas", דואט של ג'ון עם אד שירן. בווידאו קליפ של השיר משחזרים השניים סצנה מהסרט "אהבה זה כל הסיפור" בה הם עושים מחווה ללהיטי כריסמס בריטיים מהעבר, בהם "Last Christmas" ו־"Merry Christmas Everyone" . ב־10 בדצמבר ערך הסינגל את הופעת הבכורה שלו במצעד הסינגלים הבריטי בכניסה ישירה למקום הראשון. בכך הוא היה לסינגל השני של ג'ון שהגיע למקום הראשון במצעד זה ב־2021, והתשיעי בכלל. "Sausage Rolls for Everyone", גרסה קומית ל־"Merry Christmas" שעשה צמד אושיות הרשת "LadBaby" (בהשתתפות ג'ון ושירן), הגיעה גם היא למקום הראשון במצעד הבריטי. בינואר 2022 חידש ג'ון את סיבוב הפרידה שלו לאחר הפסקה של כמעט שנתיים עקב מגפת הקורונה, אך נאלץ לדחות שתי הופעות לאחר שקיבל תוצאה חיובית בבדיקת קורונה. לדבריו הוא חוסן ואף קיבל מנת דחף, וחווה תסמינים קלים בלבד. למשך שבוע אחד במרץ 2022, השבוע שחל בו יום הולדתו של הזמר, היה ג'ון המוזיקאי הבין לאומי המושמע ביותר ברדיו הישראלי.
חיים אישיים.
לאורך הקריירה שלו נאבק ג'ון בהתמכרויות חוזרות לאלכוהול ולקוקאין, וכן בבולימיה. בריאיון שהעניק ל"טלגרף" הבריטי ב־2010 סיפר ג'ון על הרקע להתמכרותו לסמים: "תמיד הרגשתי כמו אאוטסיידר. ואני חושב שזו הסיבה שהתחלתי עם הסמים, להיות אחד מהחבר'ה". ג'ון המשיך וסיפר שהפעם הראשונה שהתנסה בקוקאין הייתה בהקלטות האלבום "Caribou" בקולורדו, ב־1974, לאחר שראה את המנהל שלו ואנשים נוספים מסניפים קוקאין: "הממ, אני יכול לנסות?", שאל, "וחשבתי, אני אחד מהבחורים עכשיו". בראיונות אחרים תלה את התמכרויותיו בדחייה שחש מאביו. בשיאה של ההתמכרות לקוקאין, במהלך שנות ה־80, היה חשש ממשי לחייו. בריאיון ל"לוס אנג'לס טיימס" ב־1992 אמר ג'ון: "רוק אנד רול זה לא חיים נורמליים [...] אתה נחתך מאנשים [...] מבודד. זה קל לאבד את הערכים שלך ואת הכבוד העצמי שלך. הגעתי למצב שבו לא ידעתי לדבר למישהו אלא אם היה לי אף מלא בקוקאין". לדייוויד פרוסט אמר: "הייתי מת רגשית. הייתי כמו גווייה שמסיעים אותה ממדינה למדינה, מגולגלת על הבמה לשיר 'Your Song' שוב ושוב". עוד אמר: "בעבר, בפרט כשהייתי על סמים, היה בי צד מפלצתי, אבל אני לא כזה באמת [...]" (באותו ריאיון הגן על עצמו בטענה שלכולם בתעשייה, לדעתו, יש צד כזה). ביולי 1990 נכנס ג'ון לטיפול גמילה שלאחריו לקח הפסקה של שנה מהקלטות ומסיבובי הופעות. הוא סיפר שהזרז העיקרי לכניסתו לתהליך גמילה רציני היה מותו של ריאן וייט, שהשפיע עליו מאוד: ג'ון היה בקשר קרוב עם וייט ומשפחתו, היה בבית החולים בזמן שוויט מת, ואף היה מנושאי ארונו. .
ג'ון אמר שהוא מאמין שמה ששמר אותו בחיים לאורך ההתמכרויות שלו היה מוסר העבודה האכזרי שלו: "עדיין הייתה לי האהבה שלי למוזיקה, עדיין רציתי להופיע. אם לא הייתה לי, כנראה הייתי יושב בבית, לוקח הר של קוקאין ומקבל התקף לב".
לימים סיפר:
בשיחה עם NPR סיפר ב־2012: .
ג'ון, שהתלבושות הססגוניות והראוותניות שלבש הפכו לאחד מסימני ההיכר שלו, תלה אותן ביחסו הקפדני והנוקשה של אביו, סטנלי דוויט, שלא הרשה לבנו אפילו לנעול נעלי "האש פאפיס" (בסביבות 1988, אחרי צאת אלבומו "Reg Strikes Back", התחייב ג'ון שלעולם לא יחזור לסגנון הלבוש ההוא: "אתה מגיע לנקודה, אחרי 20 שנה, שאתה הופך לפרודיה של עצמך", אמר). מראיונות שהתקיימו במהלך השנים עולה מטען קשה שהתקיים בג'ון כלפי אביו, כאשר הוא חש שאביו לא אהב אותו והעדיף על פניו את משפחתו החדשה, אותה הקים לאחר גירושיו מאמו של ג'ון: "העברתי את החיים בניסיון להוכיח לו שהייתי הצלחה. הוא מת כבר שנים ואני עדיין מנסה להוכיח את הנקודה הזאת. זה נשאר איתך". אמו החורגת של ג'ון ואחיו למחצה דחו את הדברים. אביו של ג'ון מעולם לא ראה אותו מופיע.
בסוף שנות ה־60 התארס ג'ון עם לינדה וודרו, מזכירה, אך הם לא נישאו; פרשייה זו היוותה השראה לשיר "Someone Saved My Life Tonight". ב-1970 הכיר את ג'ון ריד והפך לבן זוגו. בעקבות עצתה של אמו של ג'ון, שילה, ריד, חסר ניסיון בניהול עד אז, הפך למנהלו האישי. ב־1975, זמן לא רב אחרי ניסיון ההתאבדות של ג'ון, נפסקו היחסים האישיים בין השניים, אך ריד נותר בתפקיד מנהלו. היחסים היו סוערים, והוויכוחים ביניהם נגמרו לעיתים בהחלפת מהלומות: "עשיתי לו יותר מפנס אחד בעין", סיפר ריד. במאי 1998 פיטר אלטון את ריד לאחר שגילה פער של 20 מיליון פאונד בחשבונות. ריד שילם לג'ון 3.4 מיליון פאונד בהסדר מחוץ לכותלי בית המשפט. ב־1976 ג'ון יצא מהארון בראיון ל"רולינג סטון" בו טען כי הוא ביסקסואל.