הקונסול החדש שקיבל את מוקדון כ"משימה" בשנת 170 לפנה"ס היה אולוס הוסטיליוס מנקינוס. הוא עשה עוד שני ניסיונות לפרוץ מתסאליה למוקדון, ומשאלו נכשלו, חש שמילא את חובתו. מה גם שבמחנה הרומי פשטה רשלנות וחוסר משמעת, ומנקינוס סבר שעליו לטפל בכך בטרם יצא לקרבות נוספים. פרסאוס ניצל את הרפיון בלחץ על מוקדון כדי לצאת למסע מלחמה משלו. הוא נע אל איליריה והכה את שבט הדרדנים. 10,000 דרדנים נהרגו, ושלל רב נתפס. המסע נגד הדרדנים היה חלק מיוזמה רחבה יותר שנועדה להעביר את השליט האילירי גנטיוס לצידו של פרסאוס. ברית עם גנטיוס הייתה רבת ערך מבחינת פרסאוס כיוון שהיא הייתה מבטיחה אחת ולתמיד את גבולו הצפון-מערבי, וגם משבשת את נתיבי האספקה הרומיים. בראש כוח שכלל 12,000 רגליים ו-500 פרשים, פלש פרסאוס לגבולות ממלכתו של גנטיוס, והשתלט בסערה על תריסר מצודות שהיו מאוישות בחילות מצב רומיים ואיליריים.
בינתיים התרחש משבר בליגה האיטולית, כאשר הרומאים דרשו עוד בני ערובה. ראש הסיעה הפרו-רומית בליגה כמעט נסקל למוות בתרמון, וראשי הסיעה הפרו-מוקדונית הזמינו בחשאי את פרסאוס להשתלט על העיר החשובה סטראטוס. השתלטות על עיר זו הייתה מאפשרת לפרסאוס לתקוע טריז בין המחנה הרומי הראשי בתסאליה, לבין המחנה הרומי המשני באפירוס שהיה תחת פיקוד הפראיטור אפיוס קלאודיוס, והייתה יוצרת הד כללי ברחבי יוון. באמצע החורף יצא פרסאוס למסע הקשה בן ה-500 ק"מ, בראש חיל בן 10,000 רגליים ו-300 פרשים. המסע התארך יותר מדי, ועד שהגיע פרסאוס לשערי העיר כבר התמקמו בתוכה 1,000 פרשים רומאים אשר הוזעקו מאפירוס בידי הסיעה הפרו-רומאית בליגה. בשל כך, לא יכלו תומכיו של פרסאוס להסגיר בידיו את העיר כמתוכנן, ובשל העונה הקשה הוא נאלץ לסגת. עם זאת, הופעתו של כוח מוקדוני באזור זה, חיזקה את הפרו-מוקדונים ביוון ובאפירוס, והעיר פאנותי שבמרכז אפירוס הכריזה בגלוי על תמיכה במוקדון מאמציו של אפיוס קלאודיוס לכובשה עלו בתוהו.
החדירה הרומית למוקדון.
באביב 169 לפנה"ס בא לזירה מצביא רומאי חדש קווינטוס מרקיוס פיליפוס, אשר עמו הייתה לפרסאוס היכרות מסוימת. פרסאוס פנה אליו שוב בבקשה לשלום, אולם פיליפוס חזר על אותם תנאים שהציבו קודמיו - כניעה ללא תנאי. פרסאוס החל במשא ומתן עם מחודש עם גנטיוס, אשר התקדם לשביעות רצונו. לאחר מכן הוא פנה אל פרוסיאס מלך ביתיניה אל אנטיוכוס הרביעי ואף אל אאומנס מלך פרגמון, בבקשה לכל הפחות ללחוץ על הרומאים להגיע להסכם שלום. פרסאוס טען באיגרותיו שהרומאים מתכננים להשמיד כליל את כל הממלכות היווניות. לאחר שמוקדון תחוסל, הבאות בתור יהיו ביתיניה ופרגמון, ומיד לאחריהן סוריה. עם זאת, אנטיוכוס היה שקוע אותה שעה במלחמה הסורית השישית נגד בית תלמי, וקיווה שאם ישמור על נייטרליות ישמרו גם הרומאים על נייטרליות. פרוסיאס לקח ברצינות את אזהרתו של פרסאוס, והיה מוכן לתמוך בבקשתו של פרסאוס אם רק מדינה נוספת תסייע לו בכך. הכול היה תלוי איפה באאומנס.
אאומנס הסכים להצטרף לבקשתו של פרוסיאס, אולם דרש בתמורה 2,000 טלנטים כסף במזומן. בלחץ הפחד, הסכים פרסאוס ומסר את הסכום הנדרש. יש הטוענים שאאומנס נזקק לכסף כדי לשחד דמות מפתח במדיניות הרומית. לא ידוע האם נכשל בניסיונותיו להביא את הרומאים לשלום, או שפשוט שיקר לפרסאוס ולקח לעצמו את הכסף. כך או כך, הרומאים המשיכו במלחמה והגדילו ללא הרף את כוחם בתסאליה. שבטי הגאלים שבצפון הבלקן שמעו על המלחמה המשתוללת, ואחד ממנהיגיהם, קלונדיקוס, הציע תמורת סכום סביר להשכיר את עצמו ו-10,000 מאנשיו כשכירי חרב. ההצעה הייתה מפתה מאוד, אולם פרסאוס חשש שהמון זה עוד עלול לפנות נגדו, ולכן הציע לשכור רק 5,000. קלונדיקוס התעקש שעליו לשכור את כולם, ולא, יחזרו צפונה, וכך היה.
פיליפוס החל בינתיים ביוזמה משלו, והניע את כוחותיו אל הרי תסאליה במטרה לפרוץ אל מוקדון. מצב זה סיבך את פרסאוס, כיוון שהוא לא ידוע באיזו דרך פיליפוס מתעתד לעבור, והיה עליו לפצל את כוחותיו. כמו כן, נודע לו שהצי הרומי מתכוון לתקוף את מוקדון דרך הים. לפיכך, הוא נאלץ להציב מחנה נוסף, בפיקודו שלו בדיון כדי להגן מפני מתקפה זו. בשל כך, לא עמדו המוקדונים בלחץ המתקפה, והרומאים חדרו אל מוקדון. פרסאוס הגיב בצורה היסטרית, ונראה שהחל לאבד את שפיותו. הוא פקד להעלות באש את המספנה שלו בתסלוניקי ולהשליך לים את האוצר המלכותי. למזלו, אנשיו הבינו את המצב בו שרוי מלכם, והתמהמהו במכוון עד שפרסאוס חזר לעשתונותיו וביטל את הפקודות. הוא לא ראה טעם יותר להמשיך ולהחזיק בתסאליה ובדרכי הגישה למוקדון, והורה לכוחותיו לסגת משם ולחבור אליו בדיון. לאחר מכן הוא החל לסגת בהדרגה אל עומק ארצו בתקווה להימנע מקרב הכרעה. אנשיו אספו עמם כל דבר בעל ערך, והמוני תושבים נסוגו עמם. פיליפוס ניצל את פריצת הדרך שלו במלואה, והשתלט על המעברים והמבצרים שהמוקדונים פינו. בכך הבטיח רצף שלטוני ואספקה סדירה מתסאליה צפונה. הוא הגיע אל העיר החשובה אגאסאי, אשר נכנעה בפניו ללא קרב. מכיוון שהיה מדינאי יותר משהיה מצביא, הוא לא התיר לחייליו לבזוז את העיר, ואף לא הותיר בה חיל מצב ולא שינה את חוקיה. הוא הסתפק בלקיחת בני ערובה מנכבדי העיר.
עם זאת, ההתקדמות הרומאית הייתה מהירה מדי, ופיליפוס נקלע עד מהרה למשבר אספקה. לפיכך, הוא נסוג דרומה ופינה חלק מהשטחים שכבש, ובכלל זה העיר דיון, והחל במאמצים לייצב את קו החזית. הוא שיגר 2,000 חיילים לכבוש את עיר הנמל הראקליאה, במתקפה שנערכה במשותף עם הצי הרומי. העיר נפלה לאחר קרב קצר. עם זאת, המוקדונים חזרו והשתלטו על דיון, ואף החלו בשיקום חומותיה. פיליפוס הבין שלא יספיק לסיים את המלחמה עד סוף כהונתו, והחליט להסתפק בטיהור חבל מגנסיה מכוחות מוקדוניים. הוא הפריש 5,000 חיילים לצורך כיבוש מיליבויאה, אולם הפעם נכשלו הרומאים לכבוש את העיר בפעם אחת, ונערכו למצור ממושך. פרסאוס התעודד מכך, ושיגר 2,000 מחיילי העילית שלו בפיקוד אופראנור, להדוף את המצור. אופראנור מילא את המשימה בהצלחה, ולאחר מכן אף חדר לדמטריאס (70 ק"מ ממיליבויאה) ותגבר את חיל המצב שלה.
בואו של פאולוס לזירה.
כקונסול הממונה על מוקדון של שנת 168 לפנה"ס נבחר לוקיוס אמיליוס פאולוס. הסנאט דרש ממנו לסיים את המלחמה במהירות האפשרית, כיוון שעיכובה יצר את הרושם שרומא נחלשת וכבר אינה מסוגלת לטפל בבעיות במהירות וביעילות של העבר. כמו כן, הם היו מעוניינים להתערב במלחמה הסורית השישית במטרה לשמר את הסטטוס קוו במזרח התיכון. פאולוס היה ידוע כמצביא מנוסה ונמרץ, וככזה, למד היטב המצב בזירה, אולם לא פרסם דבר מתוכניות המלחמה שלו. בינתיים המשיך פרסאוס במאמצים הדיפלומטיים. גנטיוס הסכים סוף סוף להיכנס למלחמה נגד רומא, ופרוסיאס פנה אל הרומאים בבקשה לסיים את המלחמה. לשמחתו של פרסאוס, גם רודוס, שהייתה בת-ברית חשובה של רומא, פנתה אל הרומאים בבקשה להפסיק את המלחמה בנימוק שהסחר הרודי ניזוק ממנה.
הצי הרומי, בהוראתו של פיליפוס אשר נותר המפקד בזירה עד בואו של פאולוס, יצא לפשיטות בז והטרדה, מוצלחות ברובן, על חופי מוקדון. עם זאת, כאמור לעיל החליט פיליפוס לצמצם את מאמצי המלחמה למגנסיה בלבד, ועל כן הורה לצי לסגת לאי אובויה. בשל כך, שלח פרסאוס את ציו לים הפתוח, והצליח לחדש את הסחר הימי של מוקדון. האדמירל המוקדוני אנטנור אף הפליג מול חופי פרגמון, וארב לשיירה פרגמונית אשר כללה 1,000 פרשים שהיו אמורים להיות מועברים לחזית, והשמיד אותה כליל. לאחר מכן הפליג אנטנור ועגן בחופי האי הקדוש דלוס. ממש במקרה, כעבור ימים אחדים הופיעו בחופי האי שלוש אניות רומאיות אשר היו בדרכן לאלכסנדריה. קדושתו של האי מנעה מהצדדים לתקוף זה את זה, ואנטנור ניצל את המצב כדי לפתוח בשיחות לא רשמיות על סיום המלחמה. משיחות אלו לא יצא דבר. בינתיים, פתח גנטיוס סוף סוף במתקפה המיוחלת, הטיל מצור על אפולוניה ודיראכיון ואילץ את הרומאים לפתוח חזית נוספת (המלחמה האילירית השלישית). פאולוס החליט לטפל באילירים קודם כל, ושלח לזירה כוח בן 30,000 חיילים (כפול מגודלו של הצבא האילירי) בפיקודו של גאלוס לוקיוס אנטוניוס. תוך חודש אחד אילץ אנטוניוס את גנטיוס להיכנע, ומשפחת המלוכה האילירית הובלה בשבי לרומא.
פאולוס ערך את כוחותיו אל מול קו החזית המוקדוני. הוא הגיע למסקנה שפריצה חזיתית של הקו תעלה בהרוגים רבים, ולפיכך החליט לאגף אותו דרך מעבר הרים צר. בעוד הוא מעמיד פנים שהוא בודק את האפשרויות השונות, הוא הרכיב כוח של למעלה מ-8,000 חיילי עלית בפיקודו של פובליוס סקיפיו נאסיקה ושלח אותו למשימה זו. נאסיקה, תקף את הכוח המוקדוני שהוצב במעבר זה, והביס אותו על נקלה. ההתקפה שלו באה בשעות הבוקר, וייתכן מאוד שמרבית החיילים המוקדונים עוד ישנו. במקביל, פתח פאולוס במתקפות קטנות על המוקדונים, ולאט לאט הגביר אותן עד שהפכו לקרבות עקובים מדם, גם אם מוגבלים בהיקפם. כאשר הופיע הכוח של נאסיקה בעורף המחנה המוקדוני, לא העז פרסאוס לצאת לקרב נגדו. תחת זאת, הוא פתח בנסיגה חפוזה על מחנהו בפידנה. יש הסוברים שלמעשה נסיגתו של פרסאוס נבעה מתכסיס הטעיה של הצי הרומי שגרם לפרסאוס להאמין שהוא מתכוון להנחית עוד כוחות בעורפו ולנתק אותו מהאספקה והתחמושת בפידנה.
קרב פידנה ותוצאותיו.