בחוק נקבע גם כי רישום הקרקעות יתנהל בעיר המחוז. פנקסי המקרקעין העות'מאני, הקיימים עד ימינו, מהווים את תחילת הרישום של קרקעות בארץ ישראל. הרישום התבצע לפי סדר רציף של העסקאות (היינו לכל חודש נפתח דף בלשכת רישום המקרקעין), והצדדים לעסקאות היו חייבים להתייצב בלשכת רישום המקרקעין, ולפרט את מהות העסקה יחד עם ציון האזור הכללי של העסקה (לדוגמה, מרבית ירושלים החדשה מכונה "באב אל עמוד" בפנקסים הטורקיים), שטח המקרקעין באמות מרובעות, גבולות המקרקעין (תיאור מילולי, שמות שכנים או דרכים), החלק הנמכר, והתמורה. היה אף מעקב בפנקסים העות'מאניים אחר העברת הרישום לפנקסים חדשים. עם זאת, לא היה ברישום בספרי המקרקעין כדי להעיד על אמיתות העסקאות שהתבצעו.
הרישומים המרכזיים המחייבים נרשמו בספרים באיסטנבול, ובלשכות הרישום המחוזיות התנהלו רישומים זמניים. בעת ביצוע רישום עסקה ניתן לקונים שטר המעיד על זכויותיהם במקרקעין, הוא ה"קושאן" (השטר). נוכח העובדה כי בשטר לא היו מספרי זיהוי כי אם שמות בלבד של הצדדים (לדוגמה: אברהם בן יצחק היהודי), היה בהחזקת הקושאן על ידי אדם כדי להצביע כי הוא בעלי הקרקע.
עד שלהי התקופה העות'מאנית הגיע רישום הקרקעות בפנקסים רק לכ־5% מקרקעות ארץ ישראל. בנוסף היו פנקסים אלו רלוונטיים בעיקר למקומות יישוב ותיקים, מעטים ומוגדרים בלבד. בפנקסים אלו נרשמו האדמות הפרטיות בלבד, ולא תוחמו אדמות המדינה ('מוואת').
דפתאר חקאני היה פנקס הרישום העיקרי, בו נרשמו קרקעות ראויות לעיבוד שעובדו בפועל, והרישום כלל את תיאור הקרקע ומהות הבעלות עליה.
יוקלמה (תביעות) היה פנקס בו נרשם היישוב בגבולותיו נמצאת הקרקע הראויה לעיבוד, תיאור מילולי של גבולות הקרקע (בדרך כלל תוך הסתמכות על פרטי נוף) ושם האדם מחזיק הקרקע.
דאימי היה פנקס בו נאספו השטרות המעידים על ביצוע עסקאות בקרקע.
מחלול היה פנקס בו נרשמו הקרקעות הבלתי מעובדות או הקרקעות הנטושות.
שמסיה היה רישום האדמות שנמצאו בסקר כאדמות נטושות ללא בעלים.
חסרונות בשיטת הרישום העות'מאני.
רישום גבול חלקה בפנקס העות'מאני התבססה על תיאור מילולי של גבול החלקה, ולא על מיפוי ומדידה. דבר זה יצר בעיתיות לטווח הארוך, כאשר חלו שינויים פיזיים בשטח, ועל כן תיאור הגבולות המילולי של החלקה איבד את משמעותו. מאפיין זה יצר פתח לסכסוכים נרחבים במקרה של מחלוקת על הגבולות המדויקים, כמו גם פתח להסגת גבול. בשל כך הייתה העדפה לבחור בעת חלוקת אדמות חדשה תוואי שטח בולט כגבולות (לדוגמה: דרך או נחל), וכן סומנו גבולות בולטים באופן מלאכותי (לדוגמה: חפירת תעלה, בניית גדר אבן או נטיעת שדרת עצים. בעבר שימשו חצבים למטרה זו).
לא תמיד ניתן היה לרשום את הקרקע בפנקס הרשמי על שם בעליה האמיתי. קשיים בירוקרטיים שונים שיצרו הפקידים העות'מאנים הממונים כמו גם הגבלות שהוטלו על נתינים זרים ואסרו עליהם להיות בעלי קרקעות ואיסור נוסף שהוטל על רישום בעלות ארגונים, אגודות ומוסדות פיננסיים על קרקעות הובילו לרישום פיקטיבי רב באדמות המושבות היהודיות בתקופה העות'מאנית (קרקעות נרשמו על שם נתינים עות'מאנים ועל שם נתיני מדינות זרות להם הותר להיות בעלים על קרקעות). באופן דומה, לא ניתן היה לרשום שעבוד בפנקס המקרקעין הרשמי, וכתחליף נרשם בעל השעבוד כבעל הקרקע בפנקס הרשמי.
על רקע בעיות הרישום כמו גם העדר המיפוי בפנקסים העות'מאנים, ניהלו מושבות ושכונות יהודיות רבות ספרי אחוזה פרטיים, בהם נרשמה הבעלות האמיתית על הקרקעות, וכן היה מיפוי מסודר של החלקות השונות. ספרים אלו היו חסרי תוקף חוקי בתקופה העות'מאנית, אך מאוחר יותר, בתקופת המנדט הבריטי קיבלו ספרים אלו תוקף חוקי.
רישום עסקאות בפנקס המקרקעין היה מועד לניצול לרעה של רישום מכירת קרקע על ידי מי שאינו בעליה, היות שהרישום לא כלל בדיקה של אמיתות העסקה, לא היה קיים תיעוד של בעלים קודמים על הקרקע, ולא היה מיפוי מסודר של השטח. בנוסף הרישום לא יכל להבטיח העדר תביעות בעלות בזמן עתיד, היות שלא נערך בירור מקיף בנושא הבעלות קודם הרישום בפנקס (לדוגמה, בעניין שכונת שמעון הצדיק בירושלים התנהל דיון משפטי בשל סתירה בין מסמכי בעלות שהומצאו על ידי ועדי העדות היהודיים מפנקס השטרות מ־1890, מול מסמכי בעלות על הקרקעין מהמאה ה־18 שהוצגו על ידי תושב ערבי).
ערב מלחמת העולם הראשונה פורסמו חוקים זמניים שתיקנו ליקויים שהתגלו בחוקים הקודמים. פרוץ מלחמת העולם הראשונה מנע את כניסתם של חוקים אלו לתוקף, ואלו קיבלו מעמד חוקי רק לאחר כיבוש ארץ ישראל בידי הבריטים, שהגדירו כי לכל חוק עות'מאני שלא בוטל במפורש תוקף חוקי. החוקים החדשים דרשו את רישום כל סוגי הקרקעות בפנקס המקרקעין (לרבות קרקעות 'מולכ' וקרקעות הקדש), דבר שביטל למעשה את סמכות בתי הדין השרעיים בנושאי קרקעות. כן נדרשה מעתה ביצוע מדידה לצורך רישום או חלוקת קרקע.
תקופת המנדט הבריטי.
במהלך נסיגתם של כוחות מעצמות המרכז מארץ ישראל בין 1917 ל־1918 נטלו עימם הפקידים העות'מאנים את פנקסי המקרקעין של ארץ ישראל. בעקבות כך הורה השלטון הצבאי הבריטי על הקפאת כל פעולות ההעברה בקרקעות בארץ ישראל, דבר שהוביל לעיכוב הפיתוח הכלכלי של ארץ ישראל. רק ב־1920 החלה מחדש פעולתם של לשכות רישום המקרקעין (שנקראו מעתה: 'משרד ספרי האחוזה'). הממשל האזרחי הבריטי החדש אישר את תוקפם של החוקים העות'מאנים הישנים, לרבות החוקים הזמניים שחוקקו ערב מלחמת העולם הראשונה, אך הסיר את מרבית ההגבלות על רישום בעלי קרקע. הוטלה חובת רישום על כל סוגי הקרקעות (ובוטל מעמדם של בתי הדין השרעיים בנושא זה), נדרשה מדידה ומיפוי של הקרקע כאשר חלו שינויים בגבולותיה, אך לא נדרשה מדידה ומיפוי כאשר לא נערכו שינויים בגבולות.
הבעיות העיקריות איתם התמודד השלטון הבריטי החדש בנושא הקרקעות היו התחמקות בעלי קרקעות מרישום, על מנת להימנע מתשלום מס, הבעלות המשותפת ('משעא') על קרקעות, והעדר תוקף מספיק בנושא הבעלות על הקרקעות, שהתבססה על רישום שטרות הקניין ללא וידוא של אמיתותם. מגרעות אלו גרמו סכסוכים רבים בנושאי קרקעות, הקשו על פיתוח החקלאות בארץ, וכן מנעו גביית מס מהשלטון הבריטי. בבדיקת הרישום העות'מאני נמצאו קרקעות שנרשמו באופן כפול, וקרקעות שתיאור גבולותיהם היה שגוי.
בהתאם לחוק עות'מאני שהתקבל (אך לא הגיע לידי יישום) ב־1913, בוטלה החובה על עיבוד רציף של קרקעות 'מירי' לצורך הבטחת זכויות על הקרקע ומניעת הפיכתה ל'מחלול', במידה והבעלים מחזיק בקושאן על הקרקע. במקרה והבעלים לא החזיק בקושאן, עמדה בתוקפה האפשרות להחזרת הקרקע לבעלות מלאה של המדינה בעקבות הוברת הקרקע ללא הצדקה למשך 3 שנים.
ב־1920 פרסם השלטון הבריטי את 'פקודת אדמות מחלול', שחייבה את כל המחזיקים בקרקעות מסוג 'מחלול' להודיע על כך לשלטון תוך 3 חודשים, ובתמורה תינתן למחזיק זכות חכירה על הקרקע, אך לא זכות קניינית (קושאן, רישום בטאבו), בעוד מי שמונע מדיווח יחשב לעובר עבירה פלילית. פקודה זו לא בוטלה על ידי חוקים מאוחרים, אך הפרשנות המשפטית אליה היא שהיא חלה רק על אדמות 'מירי' שהוברו והפכו ל'מחלול' קודם ל־1920, וכן היא לא ביטלה את זכות המחזיק באדמת מירי במשך כ־10 שנים לרישום קנייני (קבלת קושאן), אף כי ניתן להאשים את המחזיק בעבירה פלילית.
ב־1921 בוטלה האפשרות לרכוש בעלות על אדמות 'מוואת' באמצעות עיבודם, ואף נקבע כי המעבד קרקע מסוג 'מוואת' ללא אישור מפקיד המקרקעין יחשב כמסיג גבול, ולא יהיה בעל זכות לרשום את הקרקע על שמו כקרקע מסוג 'מירי'. עם זאת, ניתנה תקופה של חודשיים במהלכה יכלו מעבדי קרקעות 'מוואת' לבקש אישור בעלות על הקרקע שעיבדו. עם זאת, פקודה זו לא נאכפה, ובפועל הכיר השלטון הבריטי בבעלות חקלאים שעיבדו אדמות 'מוואת' במהלך תהליך הסדרת הבעלות על הקרקעות. כן בוטלה האפשרות לחלוקת קרקע לרישומי משנה (רישום בעלות על הפירות בנפרד מהבעלות על הקרקע, ורישום נפרד לקומות שונות במבנה מגורים אחד), ובמקומה ניתנה אפשרות לרישום זכויות שכירות וחכירה בלשכת המקרקעין.
על רקע הרישום הפיקטיבי הרב במושבות היהודיות עקב ההגבלות שחלו על הרישום בתקופה העות'מאנית, ועל רקע רצונו של השלטון הבריטי להגביר את גביית המס על הקרקעות, ניתנה ב־1926 פקודה לפיה יש למסור תוך 3 חודשים את ספרי האחוזה הפנימיים של המושבות היהודיות ללשכות המקרקעין, דבר שיבטיח את קבלת רישומיהם כמהימנים.
יסוד קדסטר מודרני בארץ ישראל.