הסכם שביתת הנשק עם ירדן נחתם ב-3 באפריל 1949. במסגרת ההסכם סופחו ב-20 במאי 1949 יישובי ואדי עארה לשטח מדינת ישראל, כמו כן באותו האזור ניתן לישראל אזור "המשולש" וכן אזורים נרחבים בין אזור ראש העין וכפר קאסם בצפון, דרך אזור שוהם ועד מודיעין בדרום. קו הגבול שנוצר לאחר הסכם שביתת הנשק עם ירדן כונה "הקו הירוק". בירושלים, שאמורה הייתה להיות כולה תחת שלטון בינלאומי, נתפסו שטחים במערב העיר (המכונים "מערב ירושלים") על ידי ישראל, ושטחים במזרחה על ידי ירדן, כאשר הר הצופים נותר כמובלעת ישראלית. השטח שנותר בשליטת ירדן סופח אליה ב-1950, סיפוח שזכה להכרה מצד בריטניה, פקיסטן ומדינות נוספות בעולם. הקו הירוק זכה למעשה להכרה בינלאומית, למשל, כאשר במשך שנים ארוכות ארצות הברית החזיקה בירושלים שתי קונסוליות - האחת במערב העיר, ברחוב אגרון, והשנייה במזרח העיר, ברחוב צלאח א-דין. עם זאת, אף ההכרה הבינלאומית במערב ירושלים כבירת ישראל היא מסויגת, כאשר אין ממוקמות בה שגרירויות זרות, אם כי כתבי האמנה שלהן מוגשים בבית הנשיא בירושלים.
בין מלחמת העצמאות ומלחמת ששת הימים, נותרה העיר ירושלים מחולקת בין ישראל וירדן בקו שכונה "הקו העירוני". הקו עבר בתוך התוואי העירוני של ירושלים והיווה את קו שביתת הנשק שבין שתי המדינות. הקו העירוני השאיר את מזרח ירושלים, העיר העתיקה והר הזיתים מחוץ לתחומי מדינת ישראל.
במלחמת ששת הימים נכבשו שטחי יהודה ושומרון מידי ירדן, אך לא הוחל עליהם המשפט הישראלי, אם כי ישראל שלטה בפועל בשטחים אלו עד לנהר הירדן, ואף הקימה בהם התנחלויות ושיכנה בהן תושבים.
בירושלים היה המצב מעט שונה. מיד אחרי מלחמת ששת הימים קיבלה הכנסת חוק המסמיך את ממשלת ישראל להחיל בצו מיום 28 ביוני 1967 את החוק הישראלי על שטחים בתחומי ארץ ישראל (בגבולות המנדט הבריטי). הממשלה החליטה להחיל את החוק הישראלי על מזרח ירושלים, כלומר על השטח שהרשויות הירדניות הגדירו כשטח המוניציפלי, ובנוסף על כפרים, עיירות ושטחים פתוחים הסמוכים לו. בנוסף לכך נחקק בשנת 1980 (המכונה חוק ירושלים), הקובע כי "ירושלים השלמה" היא בירת מדינת ישראל, ותוקן כך שאימץ את קביעתו של הצו משנת 1967 ונתן לו תוקף של חוק יסוד. בדומה ל"חוק הגולן" אין הקהילה הבינלאומית מכירה בהחלת החוק הישראלי ורואה במזרח ירושלים חלק מהשטחים הכבושים, ובשכונות היהודיות שהוקמו בה - התנחלויות. ממשלת ישראל טוענת בפורומים בינלאומיים כי החלת החוק על השטח אינה סיפוח, ובית המשפט העליון קבע כי מזרח ירושלים היא חלק בלתי נפרד ממדינת ישראל.
בשנת 1995 נחתם הסכם אוסלו ב' בין מדינת ישראל ובין הרשות הפלסטינית. הסכם זה קבע כי שטחי יהודה, שומרון ועזה יחולקו לשלוש קטגוריות:
הסכם זה היה אך תמרור בדרך לקביעת גבול של קבע בין מדינת ישראל ובין הישות הפלסטינית שתקום בשטחי יהודה ושומרון, אך הוא לא שרטט גבול של ממש, ולא התיימר לשרטט גבול. ההסכם היה הסכם ביניים, והמשא ומתן על הסכם קבע מעולם לא הבשיל לכדי הכרה הדדית בגבול מוכר וקבוע. המצב שנוצר לאחר האינתיפאדה השנייה הביא למעשה לקריסת ההבנות שהושגו בהסכמי אוסלו, ומשמעות ההבחנה בין שטחי "A", "B" ו "C" פחתה בהרבה. הקמת גדר ההפרדה בשנות האינתיפאדה השנייה קבעה מכשול פיזי בשטח, ויצרה מעין גבול דה-פקטו, השונה במקומות רבים מן "הקו הירוק", אך לא שינתה את מעמדו המשפטי של קו הגבול.
במסגרת תוכנית ההתנתקות פונו מתיישבים ממספר התנחלויות מבודדות בצפון השומרון, מתוך כוונה להביא בעתיד להסדר חד צדדי שיקבע גבול בר קיימא, אליו תתכנס מדינת ישראל בשטחי יהודה ושומרון. תוכנית כזו, תוכנית ההתכנסות, עמדה במרכז מערכת הבחירות לכנסת ה-17, אך בעקבות אירועי מלחמת לבנון השנייה היא ירדה מהפרק.
גבולה המזרחי של מדינת ישראל עם ממלכת ירדן.
ב-1 במרץ 1949 פתחה מדינת ישראל בשיחות באי רודוס עם נציגי ירדן. במהלך השיחות התברר כי הירדנים טוענים לריבונות באזור הנגב. בתגובה לכך יצאה ישראל למבצע עובדה אשר קבע את עובדת ריבונות מדינת ישראל בנגב עד אילת. הסכמי רודוס נחתמו עם ירדן ב-3 באפריל 1949. ההסכמים קבעו את קווי שביתת הנשק באופן עקרוני לאורך הגבול המנדטורי, כאשר הם יוצרים את "הקו הירוק" על קו החזית בין ישראל לירדן. ירדן הקפידה (בדרך כלל) במהלך המלחמה שלא לתפוס שטחים שנועדו בהחלטת האו"ם למדינה היהודית, ולפיכך נותרו בידי ירדן רק שטחים שנועדו למדינה הערבית ולמשטר הבינלאומי. יוצא דופן הוא אזור המשולש שהיה בשליטת צבא ירדן עם תום המלחמה, והועבר לישראל בהסכמי רודוס (ראו פירוט להלן).
עד מלחמת ששת הימים התמקדו סכסוכי הגבול בשטחי יהודה ושומרון ובירושלים, אולם גם הגבול בערבה לא היה מוסכם. המונח המעורפל "מרכז נחל ערבה" פורש בידי כל אחד מהצדדים באופן שונה. במשך השנים כפתה ישראל את פרשנותה והשתלטה על שטחים בערבה שירדן תבעה עליהם ריבונות.
ב-26 באוקטובר 1994 חתמו יצחק רבין, ראש ממשלת ישראל, וחוסיין מלך ירדן על הסכם השלום בין ישראל לירדן. ההסכם קבע את גבולות הקבע של מדינת ישראל עם ירדן. ההסכמים קבעו כי קו הגבול יתבסס על קו הגבול המנדטורי שנקבע ב-1922, וזאת למעט השטח המצוי בשטחי יהודה ושומרון, מצפון לעין גדי ועד דרום לבית שאן שלטעמה של ירדן יש לקבוע את קו הגבול בו בשיתוף עם הרשות הפלסטינית. ההסכם מאמץ את הפרשנות הירדנית למונח "מרכז נחל ערבה", ולפיו קו הגבול הוא הקו המחבר את הנקודות הנמוכות ביותר בעמק. פרשנות זו הותירה בידי ישראל שליש משטח עמק הערבה. שטח בן כ-300 קמ"ר, שסופח לישראל במהלך השנים הועבר לירדן, אולם סוכם כי ירדן תאפשר לישראלים שימוש ב-2,850 דונם של אדמות חקלאיות באזור מובלעת צופר בערבה, ובבקעת הירדן לתקופה של 25 שנים לפי משטר מיוחד שנקבע, וכן על מתן זכויות מיוחדות לישראלים באזור נהריים (בו נערך שינוי מלאכותי של אפיק הירמוך בעת בניית תחנת הכוח, בין 1927 ל-1932) לתקופה של 25 שנים, שבמהלכה תהיה לישראלים גישה חופשית לאזור. האי שבין הירמוך ובין הירדן כונה "אי השלום" בעקבות ההסכם, ואדמותיו מעובדות על ידי הקיבוצים אשדות יעקב איחוד ואשדות יעקב מאוחד.
כיום פעילים בגבול ישראל - ירדן שלושה מעברי גבול:
גבול הדרום.
גבולה הדרומי של ארץ ישראל המנדטורית.
בשנת 1882 השתלטה בריטניה על מצרים, והחלה לדאוג לאינטרסים האזוריים, ובמיוחד להגנת תעלת סואץ. בריטניה לחצה לקביעת גבול בין האימפריה העות'מאנית ובין מצרים. ב-1 באוקטובר 1906 סיכמו הבריטים והטורקים על גבול, שהיה מעין קו ישר הנמשך מרפיח אל חוף ים סוף. תוואי הגבול נכפה במידה רבה על האימפריה העות'מאנית. בעקבות סימונו איבדו הטורקים את הזכויות שהיו להם ברוב חלקי חצי האי סיני. הבריטים ערכו מחקר מקיף על האזור, ובמיוחד היו מעוניינים להעביר לשליטתם את מעט מקורות המים באזור.
הקו שורטט תחילה כקו ישר מעקבה לרפיח, אך בהמשך ההתדיינות בין הצדדים, נוצרו בו כמה שינויים שניתן להבחין בהם במפות גם כיום:
בנוסף קשיי סימון בשטח גרמו לסיפוחם של שני הרים לתחומי ארץ ישראל.
הקו שנוצר כונה קו עקבה רפיח. במהלך מלחמת העולם הראשונה כבשו הבריטים את ארץ ישראל, ובמשך זמן-מה התנהלו דיונים פנימיים בין השלטונות הבריטיים של מצרים ושל ארץ ישראל על שינויים בגבול. נציגי התנועה הציונית קיוו להרחיק את הגבול מערבה עד ואדי אל עריש מתוך תפיסה שזהו גבולה ההיסטורי של ארץ ישראל. השלטונות הבריטיים במצרים הציעו לספח את רוב שטח הנגב למצרים, כדי ששבטי הבדואים של סיני ושל הנגב, שיש ביניהם קשרי משפחה, יימצאו תחת שלטון אחד. הדיונים הסתיימו בלא-כלום, והבריטים החליטו לאמץ את קו רפיח-עקבה מחדש.
גבולה של מדינת ישראל עם מצרים.
במהלך מלחמת העצמאות פלש צבא מצרים למדינת ישראל, אך נעצר ונהדף. בדצמבר 1948 במסגרת מבצע חורב, ניסה צה"ל "לטהר" את הנגב מכוחות מצריים. המצרים כותרו בכיס פלוג'ה, בעוד כוחות צה"ל חודרים לתחום מצרים עד אל עריש, אם כי לאחר מכן, בלחץ המעצמות, נסוגו הכוחות הישראלים אל הגבול הבינלאומי.
הסכמי רודוס עליהם חתמו ישראל ומצרים שנחתמו ב-24 בפברואר 1949 קבעו כי הצדדים יחזרו לגבול המנדטורי הישן, למעט מובלעת בה היו כוחות צבא מצרי בארץ ישראל בשטח בין רפיח לעזה (ראה לפרק להלן). באזור ניצנה, שטחים משני צידי הגבול ניצנה הוכרזו כשטח מפורז.
במסגרת מבצע קדש בשנת 1956 כבשה ישראל את רצועת עזה וחצי האי סיני, אך בלחץ המעצמות נסוגה משם לאחר חודשים מעטים.
לאחר מלחמת ששת הימים החזיקה ישראל בחצי האי סיני, עד לתעלת סואץ. ישראל לא החילה עליו את השיפוט והמינהל הישראלי, אך במהלך השנים הקימה בו מספר יישובים, ובהם העיר ימית. לאחר מלחמת יום הכיפורים חתמה ישראל על הסכם הפרדת הכוחות בין ישראל למצרים, שכלל נסיגה של ישראל מרצועה ברוחב של כ-10 ק"מ לאורך הגדה המזרחית של תעלת סואץ. שטח זה עבר לשליטה צבאית של כוחות האו"ם. לאחר מכן, בשנת 1975 נחתם הסכם הביניים בין ישראל למצרים בחלק הטריטוריאלי של ההסכם נקבע כי ישראל תיסוג מרצועה ברוחב 30–40 קילומטרים ממזרח לקו הקודם. רצועה זו כללה את מעברי המיתלה וגידי במערב סיני. הכוחות המצריים התקדמו אל הקו הישראלי הקודם, כ-10 קילומטרים מזרחה. השטח שממנו נסוגה ישראל הפך לאזור חיץ בפיקוח כוחות האו"ם. כן נסוגה ישראל מרצועה צרה וארוכה לאורך מפרץ סואץ, שכללה את מרבית שדות הנפט שהפעילה ישראל בסיני, כולל אבו רודס והיישוב "שלהבת" שהיה ממוקם שם. רצועה זו הפכה לשטח מצרי אזרחי מפורז, ונקבעו הסדרי שימוש משותף של ישראל ומצרים בכביש המקביל למפרץ.