ירידת הפופולריות של הרוק הישראלי שהחלה בעשור הקודם, אף התגברה בעשור הראשון של המאה ה-21, מסיבות דומות. המצב הביטחוני הקשה, ובפרט האינתיפאדה השנייה בתחילת העשור הביאו להעדפה ציבורית של מוזיקה קלילה יותר, והצלחתן של תוכניות ריאליטי מוזיקליות כגון כוכב נולד חיזקו נטייה זו. במרכז המוזיקה הישראלית של תקופה זו עומדים סגנונות הפופ והמוזיקה מזרחית, ורוב היוצרים הצעירים משתייכים אליהם. עם זאת, בניגוד לתקופות קודמות נחשב הרוק בעיני המבקרים והציבור כיצירה "גבוהה" יותר מהמוזיקה הפופולרית והתגברה ההערכה ליוצרים בתחום זה.
בתחילת העשור המשיכה להיות יצירת הרוק מועטת ומרוכזת בעיקר בידי יוצרים ותיקים, אך עם זאת הופיעו יוצרים חדשים שאף נתנו ביטוי לסגנונות והשפעות חדשות.
בין היוצרים הצעירים הללו התבלט כבר בשנת 2000 שלומי שבן, שבאלבום הבכורה שלו ניכרה השפעה של רקעו הקלאסי וכן שפה הומוריסטית ועשירה, מה שזיכה אותו בהערכה רבה כמו גם בהצלחה מסחרית. יוצרת צעירה אחרת שהחלה את פעילותה בתקופה זו היא רונה קינן, שאלבומה הראשון יצא בשנת 2004, וזכתה לשבחים רבים ולקהל אוהד כיוצרת של רוק אישי ומקורי. באותה שנה יצא גם אלבום הבכורה של נעם רותם, סולן להקת הבריטפופ הישראלית קרח תשע שהתפרקה מספר שנים קודם לכן, שיצירתו מתאפיינת בדומיננטיות של גיטרות חשמליות ובטקסטים אישיים.
שילובה של מוזיקה מזרחית במוזיקת הרוק שהחל בעשור הקודם עם להקות כדוגמת כנסיית השכל ואתניקס המשיך לבלוט ביצירתן של להקות אלה ואחרים. בייחוד התבלטה להקת אלג'יר שהוציאה בשנת 2004 את האלבום "מנועים קדימה" ששילב מוטיבים של מוזיקה מזרחית, מוזיקה אתנית ומוזיקה מסורתית וזכה לשבחים רבים. לאחר התפרקות הלהקה המשיכו חבריה אביב גדג' וגבריאל בלחסן בפעילות עצמאית. יוצר בולט נוסף בתחום זה הוא דודו טסה שאלבומיו זכו להצלחה בקהל, ואף הוציא את האלבום "דודו טסה והכוויתים" בו שילב מוזיקה עיראקית ושירה בערבית.
לאחר שבמשך שנים רבות נעשתה רובה המוחלט של יצירת הרוק הישראלי בשפה העברית, החלו בתקופה זו אמנים צעירים רבים ליצור באנגלית, ועל אף שהדבר הגביל את קהל היעד שלהם קיבל יצירתם לגיטימציה שלא הייתה קיימת לפני כן. שי נובלמן הוציא בשנת 2001 את How To Be Shy עם הצליל הבריטי פסיכדלי של שנות השישים, שזכה להצלחה בינלאומית, ופתח את הדלת לרבים אחרים שהגיעו אחריו. בולט במיוחד בהקשר זה הזמר והיוצר אסף אבידן, שיחד עם להקת המוג'וז זכה להצלחה עצומה בישראל ומחוצה לה. עוד פועלים באנגלית תמר אייזנמן, המערבת גם פאנק ובלוז, גבע אלון המושפע גם מפולק, להקת הפאנק יוסלס איי.די וכן אמנים אחרים המשתייכים לסצנת האינדי-רוק הישראלית.
החל מאמצע העשור ניכרה בתווך שבין הרוק לפופ תופעה של יצירה מוזיקלית רכה ושקטה יחסית הכוללת לרוב טקסטים אישיים ורגשניים. תופעה זו נוצרה בקרב חבורה של זמרים צעירים כדוגמת יוני בלוך, אפרת גוש, דניאל סלומון, אריק ברמן ואחרים שנחלו הצלחה רבה בקרב הקהל הרחב.
בניגוד לעשור הקודם חלה בתקופה זו ירידה משמעותית בכמות הלהקות הפעילות, כשלצד להקות ותיקות כדוגמת מוניקה סקס, כנסיית השכל והיהודים שהמשיכו את פעילותן, קמו מספר מועט של להקות חדשות שנטה לכיוונים מוזיקליים רכים וקליטים יותר. דוגמאות אופייניות הן הלהקות סינרגיה, שהחלה את פעילותה בשנת 2002, בית הבובות, החל משנת 2005 והפיל הכחול החל מ-2007 שיצרו רוק מלודי ונוח לעיכול שאכן התקבל בהצלחה בציבור הרחב. הלהקות שייגעצ, שפעלה החל משנת 2001 ומרסדס בנד שאלבומה הראשון יצא בשנת 2004 התאפיינו בפאנק רוק.
לעומת להקות אלו פעלו שתי להקות אחרות שיצרו רוק קשוח ואף טקסטים מחאתיים חריפים, מה שהקנה להם קהל אוהדים מצומצם למדי אך הערכה רבה על יצירתם המוזיקלית- להקת הג'ירפות, שפעלה בהרכבים שונים החל משנות התשעים אך התבלטה החל מתחילת שנות האלפיים עם האלבומים משוחח עם כיסא וגג, ולהקת הבילויים, שהוציאה את אלבום הבכורה שלה בשנת 2003.
בנוסף התאחדו בתקופה זו מספר להקות שהתפרקו מספר שנים קודם לכן, בהן משינה, איפה הילד? ומופע הארנבות של ד"ר קספר, שחזרו להופיע וכן להוציא אלבומים חדשים.
תופעה נוספת של סוף העשור הראשון של המאה ה-21 היא פריחה של שימוש בטקסטים יהודיים, מהתנ"ך, הפיוטים ועוד בקרב מוזיקאים ישראליים בכלל ויוצרי רוק בפרט. תחילתה של תופעה זו הייתה בעלייתה של מוזיקה יהודית מקורית ופריצתם של יוצרי רוק דתיים חדשים, תחילה בתוך הציבור הדתי לאומי ומאוחר יותר גם בקרב הקהל הרחב. בין הזמרים הבולטים נמנים עדי רן, שהחל את פעילותו עוד בשנות התשעים; אודי דוידי, שאלבומו הראשון יצא ב-2004 וזכה לפופולריות רבה בקהל הדתי הצעיר; וארז לב ארי עם האלבום שמחת הפרטים הקטנים שהכיל מאפיינם של מוזיקה אתנית ומוזיקת נשמה. תופעה זו השתלבה בחזרתם בתשובה של אמני רוק ישראליים בולטים שהוציאו אלבומי פיוטים וכן אלבומים מקוריים ברוח זו, ביניהם שמע קולי של מאיר בנאי; שיר חדש ורסיסי לילה של אהוד בנאי; לילה כיום יאיר של אביתר בנאי; ואבן גבירול, אדומי השפתות ואתה נמצא כאן של ברי סחרוף.
בעשור השני של המאה ה-21 פרצה להקת הרוק החצר האחורית בה היו חברים יענקל'ה רוטבליט, תומר יוסף, איתמר ציגלר וגדי רונן. הלהקה התאפיינה ביצירת הרוק החדש בעידן של פופ. הלהקה שילבה גם את ז'אנר הגרוב והרוק האלטרנטיבי.
על אף הצטמצמות יצירת הרוק החדשה המשיכו רוב אמני הרוק הוותיקים להוציא אלבומים מצליחים תוך שהם שומרים על סגנונם הייחודי ואף מחפשים כיוונים מוזיקליים חדשים. בין האלבומים הבולטים בעשור זה ניתן למצוא את האחר ואתה נמצא כאן של ברי סחרוף; ענה לי של אהוד בנאי; קונגו בלו ולא יפריד דבר של דני סנדרסון; עיר קטנה של יהודית רביץ; כל דבר מזכיר לי של יהודה פוליקר; שפויים ואושר אקספרס של שלמה ארצי; והחבר אני של רמי פורטיס.
רוק מחתרתי.
לצד יצירת הרוק הפופולרי מתקיימת בישראל סצנת אינדי רוק משמעותית, שהתפתחה בעיקר במאה ה-21 עם דחיקת הרוק מהמיינסטרים המוזיקלי ועליית כוחה של רשת האינטרנט, וכוללת יוצרים והרכבים רבים ומגוונים. בדומה לסגנונות מוזיקליים אחרים הפועלים תחת הכותרת אינדי מתאפיינת גם יצירת הרוק המחתרתי הישראלי בקו טקסטואלי חריג ובסאונד שונה מהמיינסטרים, המקשה על התקבלותה בקהל הרחב. יוצרים אלו לרוב פועלים שלא במסגרת חברת תקליטים ונשענים על תמיכת הקהל הפועל למענם במדיות שונות, בעיקר דרך בלוגים, רשתות חברתיות ופרויקטים לגיוס כספים. מרכז סצנה זו הוא בתל אביב, במועדונים דוגמת תמונע ו"לבונטין 7", בתחנות רדיו כמו 88FM או קול הקמפוס, וכן בפסטיבלים ייעודיים דוגמת פסטיבל יערות מנשה והאינדינגב.
על אף המרחק מהעין הציבורית, היו אמנים לא מעטים שפרצו את גבולות הסצנה וזכו להצלחה בקהל הרחב, כדוגמת רונה קינן, תמר אייזנמן ואסף אבידן שאף זכה להצלחה נרחבת בחו"ל. עם זאת יוצרים רבים רואים ביצירה המחתרתית ערך בפני עצמו בשל החופש האמנותי והעצמאות שהיא מאפשרת.
בין היוצרים הבולטים ניתן למנות את שלום גד שהוציא אלבומים רבים החל משנת 1996 ובהם טרילוגיית "המצב", שלושה אלבומים העוסקים בפנים שונות של החברה הישראלית; רם אוריון שפעל במסגרת הלהקות נושאי המגבעת, הפה והטלפיים ועוד ועבר ליצירת סולו; שי נובלמן שזכה להצלחה בארץ ומעבר לים עם אלבומיו בשפה האנגלית ועבר אחר כך ליצירה בשפה העברית. וכן אמנים רבים נוספים בהם יובל גורביץ', יהוא ירון, אבי בללי, אביב גדג' ואורי קליאן.
בסצנה זו פועלות גם מספר רב של להקות צעירות, בהן ששרות בעברית כדוגמת נערות ריינס, דפנה והעוגיות ומריונטה סול לצד להקות הפועלות באנגלית כדוגמת הקולקטיב ואלקטרה.
מבחינה סגנונית קיים גם בסצנה זו מגוון רחב, החל מיוצרים כדוגמת אלון עדר החוזרים לרוק המתקדם של שנות ה-70, דרך מוזיקת המחאה של קוואמי והבילויים, פאנק רוק של כל החתיכים אצלי וכלה בפולק רוק באנגלית של עמית ארז וגבע אלון.
בנוסף, מאז שנות השמונים הייתה בישראל סצנה מחתרתית פעילה של אמנים אלטרנטיביים שניגנו דת' מטאל, דום מטאל ובלאק מטאל. להקות המטאל הישראליות הידועות ביותר הן סיילם ואורפנד לנד המשלבות מטאל ואלמנטים מזרחיים עם מילים המתמקדות בנושאים ישראליים ויהודיים, ולהקת הבלאק מטאל מלכאש. המיזוג בין מוזיקה יהודית מזרחית ומטאל נקרא "מטאל אוריינטלי" והוא מזוהה בעולם עם סצנת המטאל הישראלית. בתחום המטאל הפופולרי יותר (הארד רוק) בולטים קרוספייר, לאוד נ' קלייר וריח מטאל.
נושאים ותכנים.
שירי מחאה.
כמקובל בתחום הרוק גם ברוק הישראלי עסקו שירים רבים בהבעת מחאה פוליטית וחברתית, שהתגברה בשל אופייה הייחודי של החברה הישראלית, המרובה שסעים ומחלוקות.
מחאה פוליטית.
רבים משירי המחאה לאורך השנים התייחסו למצב הפוליטי-ביטחוני ובפרט למלחמות ישראל, כמו גם לסכסוך הישראלי-פלסטיני כשלא פעם רגישותו הרבה של הנושא הביא לפסילתם משידור. ראשון משירי המחאה בנושא זה ברוק הישראלי היה השיר "חייל של שוקולד" שכתב חנוך לוין לשלישיית החלונות הגבוהים בתחילת 1967 ונפסל לשידור לאור הרגישות הציבורית ביחס לחללי צה"ל. באותה שנה, לאחר מלחמת ששת הימים, הוציא מאיר אריאל את אלבום הבכורה שלו ובו השיר ירושלים של ברזל שנכתב כפרפרזה על השיר ירושלים של זהב, ובניגוד אליו עסק בצידה השלילי של המלחמה.