ב-1147, לאחר שנולדה בתם הבכורה, מארי משמפניה, נענתה אלינור לקריאתו של ברנאר מקלרבו לצאת למסע הצלב השני. אלינור, כשליטת אקוויטניה יצאה בראש אבירי אקוויטניה, ולואי השביעי הנהיג את האבירים הצרפתים למסע הצלב השני.
במסעו לארץ הקודש דרך אסיה הקטנה סבל המחנה הצרפתי מהתקפות סלג'וקיות בלתי פוסקות, והמחנה הגרמני המקביל הושמד.
במעבר בהרי קדמוס הובילה אלינור את הכוח החלוץ שהורכב מאביריה האקוויטנים, ופיקד עליו הוסאל שלה ג'פרי דה רנקון. לואי פיקד על המאסף. בשלב מסוים התקדם הכוח החלוץ מעבר לתוכניות המסע, ונוצר נתק ניכר בינו ליתר המחנה. הסלג'וקים ניצלו את המצב ותקפו את המחנה, והצרפתים ספגו אבדות רבות, ולואי השביעי נמלט בקושי לאחר שסוסו מת תחתיו. ג'פרי דה רנקון הואשם בהתקדמות החלוץ, והוצע לתלותו, אך לואי החליט לגרשו חזרה לאירופה. רבים בצבא האשימו דווקא את אלינור באסון, מאחר שג'פרי היה וסאל הכפוף לה, וכן משום שעגלות המטען הרבות שהביאה האטו את המאסף ומנעו ממנו לצמצם את הפער שנוצר.
ב-20 בינואר 1148 הגיעו הצרפתים אל העיר אנטליה כשהם סובלים מרעב, מחסור בסוסים ובמזון. במרץ 1148 נטשו לואי ואלינור עם אצילי ממלכתם ואביריהם את שאר המחנה - החיילים הרגלים ועולי הרגל הלא חמושים, עלו על ספינות ביזנטיות והפליגו אל חופי סוריה הצלבניים. רוב הצלבנים שנותרו באנטליה נטבחו על ידי הטורקים או מתו ברעב ובמגיפות.
משהגיעו לעיר אנטיוכיה (אנטקיה שבדרום טורקיה של ימינו) בקשה אלינור להישאר שם כדי לעזור לדודה, ריימונד מאנטיוכיה, לכבוש את חבל אדסה (אזור הגבול שבין טורקיה, סוריה ועיראק של ימינו), שנפילתו בידי המוסלמים הייתה העילה העיקרית למסע הצלב השני, ושליטה בו נדרשה על מנת להגן על נוכחות מערבית בארץ הקודש. יש הטוענים כי אלינור וריימונד התקרבו וניהלו שיחות נפש רבות, שגרמו לקנאתו וחשדו של לואי ה-7 ובעקבות זאת הוא החליט לעזוב את המקום. אלינור כעסה וסרבה להמשיך במסע, אולם לואי אילץ אותה לעזוב את ריימונד, והוא נהרג מאוחר יותר בקרב על אדסה. התקרית גרמה לקרע בין אלינור ללואי ה-7.
ב-1148 השתתף לואי השביעי במצור על דמשק, שקודם לכן הייתה בעלת הברית המוסלמית היחידה של הצלבנים, אך ללא הצלחה. מסע הצלב השני הסתיים בכישלון צורב שזעזע את העולם הנוצרי, והזוג המלכותי נאלץ לשוב לאירופה.
ב-1149 חזרו המלך לואי השביעי והמלכה אלינור לצרפת, כאשר נישואיהם אינם יציבים עוד. את המסע הביתה הם עשו בספינות נפרדות ובדרכם עצרו אצל האפיפיור אאוגניוס השלישי, ואלינור הגישה בקשה להשתחרר מנישואיה. לואי סירב והאפיפיור ניסה להשיג שלום בית בין בני הזוג, הבטיח להם מיטת כלולות מפוארת ובכך ניסה לסייע לבני הזוג להביא לעולם את בתם השנייה. עם זאת, מערכת היחסים בין אלינור ולואי ה-7 הסתיימה, וב-1152 הצליחה אלינור להביא את לואי לפנות לאפיפיור בבקשה לבטל את הנישואים. הנישואים בוטלו בעילה טכנית, בגין קרבת דם. ב-21 במרץ 1152 ביטלה מועצת הכנסייה את נישואיהם ואלינור חזרה לנחלותיה בדוכסות אקוויטניה, כאשר על פי החוק שתי בנותיה נשארו להתחנך בחצר המלוכה של לואי ה-7.
נישואיה להנרי השני, מלך אנגליה.
ב-18 במאי של אותה שנה, שלושה חודשים לאחר ביטול נישואיה, נישאה אלינור לאנרי רוזן אנז'ו. בעת נישואיהם היה אנרי בן 20, צעיר מאלינור ב-11 שנה. אנרי היה חם מזג כמו אלינור ועשיר בה במידה, ושאיפותיו לכח הביא אותו לפלוש בינואר 1153 לממלכת אנגליה, ולהפוך ב-1154 להנרי השני, מלך אנגליה. שילוב אדמותיהם של אלינור והנרי הפכו את המלוכה האנגלית לחזקה יותר מהמלוכה הצרפתית וגרמה לעוינות בין שתי המדינות.
אלינור ילדה להנרי 8 ילדים, 5 בנים: ויליאם, הנרי, ריצ'רד "לב-ארי", ג'פרי, וג'ון "בלי-ארץ" ו-3 בנות: מתילדה, אלינור וז'ואן. הם יצרו אימפריה מרשימה באמצעות בריתות ומלחמות, ולחלק ממסעות הכיבושים הצטרפה גם אלינור. גם בחצר המלכות של הנרי השני, אלינור המשיכה בניהול חצר מלכות מרשימה ובפטרונות לשירה חצרונית ושירה טרובודורית, ובקידום השיח על מהות האהבה.
מערכת היחסים בין אלינור להנרי ידעו עליות ומורדות, בין היתר בגין מריבות על נחלות בין הנרי ובניו, ומריבות אישיות בין אלינור להנרי בגין המאהבות הרבות שלקח לעצמו, גם בעת שכרעה ללדת. אחת ממאהבותיו של הנרי, רוזמונד, אף ילדה לו שני ילדים. אלינור, בהיותה אישה חזקה וגאה, לא הייתה מוכנה לקבל את בגידותיו הרבות של בעלה והתנהגותו לילדיהם. היא ניצלה את בקשתו של הנרי, שתצא לדוכסות אקוויטניה שתחת שליטתה ותחזיר שם את הסדר על כנו, וב-1169 כאשר הגיעה לנחלותיה, היא החליטה להישאר שם, כשליטה עצמאית על אדמותיה. אלינור הקימה לעצמה חצר מלוכה, שפטה וחילקה זכויות לנתיניה, וב-1170 הכתירה את ריצ'רד "לב-ארי", בנה, כדוכס אקוויטניה.
במהלך השנים 1170–1173 ניהלה אלינור את חצר המלכות באקוויטניה כשם שניהלה את חצר המלכות בצרפת ובאנגליה, כפטרונית אמנות ושירה. היא צירפה אליה את בתה הבכורה מארי מצרפת, ויחד הן כתבו מערך חוקים בן 31 סעיפים המתאר את הדרך האידיאלית והפמיניסטית לחיזור ולניהול קשרי אהבה, המרחיבים את קוד האבירות הנהוג באותה התקופה, בשם "קודקס אהבה". בנוסף קידמה אלינור בתי משפט לאהבה, בהם ישבו גבירות ושפטו גברים המבקשים הכרעה בסוגיות שונות של מערכות היחסים שלהם.
ב-1173 החליטו בניהם של אלינור והנרי למרוד בהנרי ה-2, בעקבות מריבות ירושה. אלינור הצטרפה למרד, אולם הוא נכשל ואלינור נתפסה על ידי הנרי והואשמה בבגידה. בעקבות זאת, הנרי כלא את אלינור, שהייתה כבר בת 50, בארמונו. במשך 15 השנים הבאות נשארה אלינור כלואה על ידי הנרי, כאשר הוא מעביר אותה מארמון לארמון וממצודה למצודה, כאסירתו. המלך הנרי ניסה להשיג גירושים, או להשפיע על אלינור שתפרוש לשארית חייה למנזר, על מנת שלא תהווה איום על שלטונו, אולם הוא לא הצליח בכך. במהלך מאסרה של אלינור מתו שלושה מבניה, יש הטוענים כי אחד מבניה, הנרי הצעיר, ביקש על ערש מותו ב-1176, כי הנרי ישחרר את אלינור, אולם לשווא. ישנן עדויות על פגישה שנערכה עם בתה מתילדה, בעקבות בקשתה של הבת מהנרי ה-2, אולם מלבד זאת, לא קיים תיעוד רב על תקופת מאסרה של אלינור.
שחרורה של אלינור ממאסר ותקופת העוצרות.
ב-1189 מת הנרי השני, יומיים לאחר תבוסתו מול בנו, ריצ'רד "לב-ארי", ב-4 ביולי 1189 ואלינור ניצלה הזדמנות זו ושחררה את עצמה ממאסרה. ריצ'רד, כאשר שמע על מות אביו, שלח את עוצר הממלכה לשחרר את אמו, אולם הידיעות שהועברו אל ריצ'רד היו "מצאתי את אמך משוחררת והיא גבירה גדולה מתמיד".
ריצ'רד ירש את כתר אנגליה, והחל למלוך בשם ריצ'רד הראשון. אלינור החליטה לשוב לביתה באקוויטניה, ובגיל 65 היא יצאה למסע במסגרתו היא עברה מאחוזה לאחוזה ברחבי אנגליה, ברכיבה על סוס. היא עברה בין הכפרים והערים, שחררה אסירים רבים שהנרי החזיק בבתי הסוהר, העניקה מתנות למנזרים שונים והחזירה לעצמה את השליטה בנחלותיה. אלינור לא חזרה עוד לאנגליה, אלא רק לשם שתי הכתרותיו של ריצ'רד.
כאשר יצא ריצ'רד למסע הצלב השלישי (1189–1192), שימשה אלינור עוצרת בשמו. מבין פעולותיה כעוצרת, היא מנעה את מרידתו של בנה, ג'ון "בלי-ארץ" וניסיונותיו לקחת לעצמו את כס המלכות בעת היעדרו של ריצ'רד, ויצאה למצוא לריצ'רד כלה ולהביאה ליוון, שם שהה בתחילת מסעו, על מנת שינשאו.
בשנת 1192 נפל ריצ'רד בשבי בעת שהיה בדרכו חזרה לאנגליה. הוא הוחזק בידי היינריך השישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, שביקש בעבורו כופר נפש עצום בשיוויו. בתקופת שביו, עסקה אלינור ללא הרף בניסיונות לשחררו, בין היתר כתבה שלושה מכתבים לאפיפיור שבהם היא דורשת את שחרורו המיידי של בנה. המכתבים פונים בתחינה ומלאים ברגשותיה של אלינור הכואבת את מאסרו של בנה:
דמי הכופר לשחרורו של ריצ'רד נקבעו על 70,000 מארק, ויש הטוענים שהגיעו אף לגובה של 150,000 מארק (שהקבילו אז לכ-2.5 טונות כסף, 2-3 שנות מס באנגליה של התקופה). סכום עצום זה, שהותיר את אנגליה במחסור למשך שנים, גויס על ידי אלינור באמצעות תרומות, מיסים, החרמת רכוש פרטי ברחבי הממלכה ואוצרות של זהב וכסף מהכנסיות. היא נסעה בעצמה לקלן שבגרמניה להעביר את הסכום ולוודא את שחרורו של ריצ'רד.
ב-1199, לפני מותו, קרא ריצ'רד לאימו לבוא אליו על ערש דווי. אלינור, בת 80, מיהרה אליו. לאחר קבורתו יצאה במסע ברחבי אקוויטניה, תוך שהיא מעניקה זכויות וחופש לנתיניה. כשם שרכבה לאחר שחרורה ממאסרו של הנרי ה-2, בעלה, כך גם לאחר מותו של ריצ'רד, עברה מעיר ולעיר וביקרה במנזרים, והעניקה תעודות המאששות זכויות שונות שניתנו בעבר לנחלות אלה על ידי סבה ואביה. בתעודות לא צוינו שמותיהם של בעליה, אלא שמה בלבד, כשהתעודות מוענקות לשם עילוי נשמתו של ריצ'רד.
כס המלכות באנגליה עבר לאחר מותו של ריצ'רד לג'ון, בנה הצעיר של אלינור. ב-1202 עברה אלינור למנזר פונטברו שבעמק הלואר, שם נפטרה ונקברה ב-1204.
אלינור כדמות היסטורית.
אלינור מאקוויטניה הייתה פטרונית הקתדרלה הגותית בשארטר, כפי שניתן לראות מפסלי העמוד בדמות מלכות חסודות. אחרי גירושיה ממלך צרפת, נהייתה אלינור פטרונית של הקתדרלות באנז'ו ולה-מאן. בנוסף, הייתה אלינור פטרונית של משוררים רבים, בין השאר של רוברט וייס.