תחנת פאל נורד (בימי המנדט פאלסטיין נורט) עברה להיות תחנת גלי צה"ל ובסיס זה עתיד להסגר ובמקומו יבנו בתי מגורים לאחר מאבק מתמשך כנגד קרינה אלקטרומגנטית.
עידן ספינות טילים.
ב-1960 יצאה משלחת טכנית שבראשה עמד מהנדס מכונות יהושוע להב שניידמסר מפקד המספנה לצורך איתור ספינה עתידית לחיל הים שתחליף את ספינות הטורפדו. למשלחת זו צוותו גם קצינים ממגמת שיט ומנהלה כרס"ן יצחק שושן ורס"ן אלכס טל מטעם משרד הביטחון. משלחת זו בחנה שתי הצעות האחת של מספנות ווספר הבריטיות והשנייה מספנה נורווגית בואט סרוויס. במהלך הסקר בבריטניה הצטרף גם סא"ל נתן סופר שהיה אז נספח ימי שם. סופר היה במלחמת העולם בבום דיפנס היא יחידת הגנת הנמל בחיפה ומעולם לא הפליג ואילו אלכס טל היה קצין מנהלה כך שבפועל ועדת סקר זו הייתה בנויה מאיש טכני אחד וימאי אחד. המסקנות שנבעו מוועדת סקר זו היו שיש צורך בספינות בעלות יכולות תמרון, ובעלות נשק מונחה, אלו הובילו לתובנה של אפיון ספינות הטילים.
הקונספט של הסטי"ל לא היה כה פשוט. ה"סער" דמה ליגואר רק בקווי גוף ומערכת הנעה. הוא היה שונה בדחי, בבנייה (פלדה ואלומיניום מול עץ) בחלוקה פנימית ומבנים עליונים. הוא נבנה לשאת מערכות לחימה, לתקיפה ולהתגוננות, שנמצאו בייצור או בפיתוח בו זמנית במפעלים שונים ובארצות שונות. האינטגרציה והתאום בין המערכות עצמן, ובינן לבין הספינה, דרשו ריכוז ושליטה בידי גורם מרכזי שמוסמך לקבל החלטות הן בנושאים טכנולוגיים והן בנושאי מבצעים והפעלה. והחלטות נדרשו מדי יום ביומו. כל זה היה חייב להימצא בידי גורם מוסמך אחד. .גורם זה היה שלמה אראל אז רמ"ח ים ומבצעים שריכז פעילות זו של אפיון כלי שיט עתידי.
בתקופה זו של עידן הפיתוח יוחאי בן-נון היה מפקד חיל הים,את הפעילות לאפיון ומימוש ספינות הסער ריכז שלמה אראל. מעמדו כקצין המקצועי הראשי בחיל, ניסיונו רב השנים והכשרתו בישראל ומחוצה לה עשוהו מתאים ביותר לקדם את התוכנית. פעילותו בין השנים 1960 כראש מחלקת ים ועד סיום תפקידו כמפקד חיל הים בספטמבר 1968 נסבה סביב ספינות הסער. שלמה אראל היה ראש מחלקת מבצעים ויעקב שפי היה רמחצ"ד. אראל עסק בנושא ה'לוז', כאשר הוא נעזר במחלקת הנדסה בדברים שהוא רצה שיתוף פעולה. העניין גרר ויכוח בין שפי לבין אראל, בנושא מי צריך להיות אחראי על פיתוח, משום שנושא הפיתוח כולו טכני. לא ייתכן שאנשי מבצעים יעסקו בנושאים של פיתוח טכני. כל זה היה לפני שהפיתוח עבר למפעל מב"ת של התעשייה האווירית. ב-1963, התנהל הוויכוח בין מחלקת הנדסה לרמ"ח ים שלמה אראל בשאלה מי צריך לעסוק בפיתוח אמצאי לחימה מתקדמים. הוחלט על ידי מחלקת הנדסה לקחת את נושא פיתוח ה'לוז' על עצמם. באותה עת יוחאי בן-נון מפקד חיל הים פרש מצה"ל ושלמה אראל מונה למפקד חיל הים. כמפקד החיל היה לו ברור שנושאי הפיתוח צריכים להיות במחלקת הנדסה של חיל הים. לכן צוות הפיתוח בראשות אביה שליף שהיה כפוף לרמ"ח ים שלמה אראל עבר למחלקת הנדסה. אביה שליף עבר עם הענף שלו להנדסה, ומחצ"ד הקימו ענף פיתוח. ענף פיתוח שעסק בפיתוח ה'גבריאל'.
בשנת 1965 נשלחו צוותים ראשונים ממחלקת הנדסה בחיל הים לפיקוח על פרויקט שלכת. בראש הצוות הטכני הראשוני עמד המהנדס סא"ל חיים שחל. הצוות הטכני כלל את המובילים הבאים: רס"ן זאב בר-זאב פרקש (בזמן המבצע, סא"ל מפל"ג אחזקה), עמנואל ינאי (לימים מפקד המספנה) וחלפון (מכונה, גוף, אלקטרוניקה וחשמל).
עידן חדש החל בחיל הים והוא עידן ספינות הטילים. הכלים הראשונים צוידו בציוד איטלקי המכוון, הממריא, הירי בוצע עם תותח האוטומולרה. נציג חיל הים באיטליה היה סאלו אביר מטעם ההנדסה. מי שריכז את מערכת פיתוח הגבריאל כולו היה אביה שליף יוצא פלי"ם שגם הוא למד הנדסת מכונות. בשלב ראשון הוא היה במחלקת מבצעים בצד המבצעי של ה'לוז'.
הידע שנרכש בפיקוח ובבניית הספינות בשרבורג הוטמע על ידי מהנדסי חיל הים ושימש נדבך טכני לבניית ספינות ישראליות במספנות ישראל כאשר הראשונות היו אח"י רשף ואח"י קשת. את בניית הספינות הוביל המהנדס חיים שחל שהשתחרר ועבר לעבוד במספנות ישראל. על כך זכה בפרס ביטחון ישראל.
ענף האלקטרוניקה והל"א החל להיות גורם משמעותי. בראש ענף זה עמד סא"ל חרות צמח. פיתוחי ענף זה בשיתוף עם הרשות לפיתוח אמצעי לחימה ושאר תעשיות הביטחון הולידו מעטפת הגנה לספינות הטילים שזכתה להצלחה מבצעית חסרת תקדים במלחמת יום הכיפורים. על כך זכה סא"ל צמח (לימים אל"ם) בפרס ביטחון ישראל. עוזיה גליל, ממקימי אלביט, יצא מטעם חיל הים להשתלמות ב TRW. כך אט אט תרמו מהנדסי חיל הים לפיתוחה של התעשייה האלקטרונית בארץ.
ביוזמתו של מנהל נמל חיפה, אל"ם (מיל') איזי רהב, ובהסכמתו של מפקד בסיס חיפה תא"ל זאב אלמוג, הועברה מספנת חיל הים ממרכז נמל חיפה מאזור שער 4 ושורש רציף הדלק למערבו, בהחלפת שטחים בין הנמל לבין חיל הים המספנה נחנכה בשנת 1982 כאשר זאב אלמוג היה מפקד חיל הים. הממשה שהיה במקום שודרג לסינכרוליפט היכול למשות את מרבית כלי השיט של חיל הים.
ספינות הטורפדו והמשחתות הוצאו משירות. משחתות חיל הים אח"י יפו ואח"י חיפה שימשו כמטרות לניסויי טילי גבריאל. לאחר מלחמת ששת הימים החל עידן הצטיידות בכלי שיט אמריקאים, הדבורים - סירות משמר קלות - תפסו את מקומן של הטרפדות, ספינות סער 5 הוזמנו מארצות הברית ומספנות ישראל החלו בייצור ספינות טילים מסדרת סער 4 וסער 4.5. צוללות חדשות מסדרת גל הוזמנו ממספנות ויקרס בריטניה אולם כניסתן לשירות הייתה רצופת תקלות ומחדלים. הצוללת הראשונה עלתה על שרטון ואילו השנייה התנגשה חזיתית במזח שובר הגלים של בסיס חיפה בטקס קבלתה בנוכחות ראש הממשלה. הצוללת הוספנה במבדוק הצף הקטן במספנות ישראל ושיפוצה ארך כחצי שנה בפיקוח מספנות חיל הים, צוללות אלו הוחלפו בצוללות דולפין ממספנות קיל שבגרמניה. ספינות סער 6 חדישות מדגם בראון-שוויג מגרמניה עתידות לרשת את מקומן של ספינות סער 5 .
המספנה שודרגה לתת מענה לכלים חדישים ומתקדמים ביותר כולל טיפול במערכות נשק, ניווט, חשמל ואלקטרוניה מתקדמות.
הוקמה מחלקת אדריכלות ימית מתקדמת אשר בה נעשים חישובים וסימולציות נומריות. מהנדסי מחלקת אדריכלות ימית עוברים השתלמויות מקצועיות נשלחים לפיקוח על בניית כלי השיט המתקדמים של חיל הים כאשר תכנון כלי השיט נעשה בידי מספנות מחוץ לישראל וכן בישראל על בסיס תכן של ספינות קיימות ושדרוגים. בנוסף עוסקים מהנדסי חיל הים במחקר ופיתוח של רובוטיקה ימית.
מספנת חיל הים היוותה את הגרעין לכלל מחלקת ההנדסה והאדריכלות הימית בחיל הים. מעבר לכך אנשי המספנה ומהנדסי המספנה וחיל הים הפרו את התעשייה בארץ. חלקם עברו באופן טבעי לחברת צים להרחבת צי הסוחר בפיקוח בנייה של אניות חדשות וסייעו לחיל הים במבצע נועה, חלקם היו הגרעין של מפעל ב' (מב"ת) של התעשייה האווירית ותרמו לפיתוח הדבורה והגבריאל כאשר המהנדס המוביל של פיתוח הגבריאל היה אורי אבן טוב לשעבר איש רפא"ל. חלקם יזמו והקימו מפעלים ותעשיות שונות כגון RSL בפארק רמת גבריאל שם פותח מכ"ם למדידת מהירות לוע וכדוגמת "אימקו תעשיות בע"מ". חלקם תרם באופן משמעותי לפיתוחי מכ"ם ומערכות ל"א.
מספנת אילת.
שלוחת המספנה באילת הוקמה כדי לשרת את כלי השיט בזירת ים סוף. לשם הקמתה נשלח לשם סא"ל חיים שטוייר.
היא נמצאת בנמל הישן של אילת ובמקום נבנה ממשה ששודרג לאחר מלחמת ששת הימים לסינכרוליפט בעל יכולת הרמה.
במספנה היה גם בית מלאכה לעבודה תת-ימית בראשותו של לסקוב אחיו הבכור של רב-אלוף חיים לסקוב מראשוני הצוללים המקצועים לעבודה תת-ימית.
ב-24 בינואר 1970 פקד את נמל אילת ומספנת חיל הים אסון שידוע בשם אסון משאית התחמושת לאחר הפשיטה על האי שדואן באסון זה נהרגו 24 חיילים מתוכם 5 אזרחים עובדי המספנה.
סא"ל משה אומן אוקסמן נתמנה כמפקד המספנה הראשון ב 1973 והקים את ממשה הסינכרוליפט. סא"ל משה אוקסמן השתחרר מחיל הים ונהרג באסון צור הראשון בעת שירות מילואים.
ב-1981 שיפצה המספנה את גוף אח"י געש, לאחר החפה לא-רצויה בחוף הסעודי.
הפעילות כללה הנצלה והצפה מהחוף הסעודי, גרירה לנמל אילת, הספנה ותיקון למצב מבצעי.
ב-1996, משרד הביטחון ומפקדת חיל הים החליטו לסגור את המספנה באילת, במטרה לצמצם בהוצאות. ההחלטה על הסגירה התקבלה בעקבות בדיקה שקבע כי אין כל הצדקה להמשיך בהחזקת המספנה, וכי היא פועלת בעיקר כדי לספק תעסוקה לעובדיה, שכן חיל הים נוהג להעביר במיוחד למטרה זו ספינות לתיקונים ושיפוצים מנמלי הים התיכון לאילת. אך במאי 1997 שר הביטחון, יצחק מרדכי, החליט שלא לסגור את המספנה. במקום זאת, הוחלט לצמצם כמחצית מ-100 עובדי המספנה, המועסקים כאזרחים עובדי צה"ל. בשטח המספנה כבר הוחל בתכנון להקמת פרויקטים תיירותיים. בין היתר, פרויקט תיירותי ענק של איש העסקים תד אריסון.
ב-2021, נחתם הסכם לפינוי המספנה לטובת הקמת בתי מלון ומבני מגורים.
מספנת שייטת 13.