כבר ב-21 ביוני 1836 אישר הפרלמנט של בוליביה תחת שליטתו של סנטה קרוז את ההצטרפות לאיחוד המיועד. ביולי 1835 סנטה קרוז ביקש מהפרלמנט אישור להתמנות ל"מגן צפון ודרום פרו" וזה נעתר לבקשתו, מה שנתן לו את האפשרות למנות לבדו את חברי הקונגרסים של הצפון, הדרום ובוליביה. כמו כן, מריאנו אנריקה קאלבו מונה לסגן הנשיא של סנטה קרוז, שלימים יבצע הפיכה נגד סנטה קרוז ויתפוס את השלטון.
הקונפדרציה השלמה.
מסופק על ידי כל ההסכמות המשפטיות שבאסיפות השונות, הכריז סנטה קרוז על הקמתה של הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית בהצהרה חגיגית בלימה ב-28 באוקטובר 1836. להצהרה הזו הגיע, בין היתר, ברנרדו או'היגינס. ב־20 בדצמבר 1836 או'היגיניס שלח מכתב לחוסה דה סן מרטין שבארגנטינה, ובו הציג את סנטה קרוז באור חיובי. המכתב הגן על הזכות לאחד את בוליביה ורפובליקות פרו ועל השלטון של סנטה קרוז. המכתב הוביל לתמיכה של ארגנטינה בקונפדרציה החדשה.
ב-18 באפריל 1837 התכנס לראשונה קונגרס טאקנה, שכלל תשעה נציגים (שלוש מכל קונגרס מדיני). באותו היום אושר "חוק היסוד של הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית", המכונה מאז "ברית טאקנה" שלמעשה אישר את הקיום של קונפדרציה מאוחדת של שלוש המדינות באמריקה הדרומית. לפיכך, ב־9 במאי 1837 הוכרזה הקונפדרציה כרשמית עם חתימת החוקה החדשה. באותו יום נכנס סנטה קרוז לתפקידו כנשיא והמגן העליון של הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית, והשאיר את אורבגוסו כנשיא המדינה הצפון-פרואנית.
מלחמת הקונפדרציה.
זמן מועט מאוד אחרי חתימת החוקה החלו לקום אויבים ושונאים בתוך העם הפרואני כלפי סנטה קרוז, שנחשב למנהיג בוליביאני שהשתלט בכוח על המערכת הפוליטית של פרו. כמו כן, עד לאותו הזמן צ'ילה הייתה הכוח הפוליטי והכלכלה היציבה ביותר בדרום אמריקה, הרבה בזכות מחצבים ומשאבים טבעיים שבשטחה. נשיא צ'ילה באותו הזמן, דיאגו פורטלס, ראה בפדרציה איום על האינטרס הכלכלי של צ'ילה. לכן, התכנס הפרלמנט הצ'יליאני בשאלה האם קיום הקונפדרציה כאיום מוחשי על כלכלתה של צ'ילה הוא עילה למלחמה.
כשצבאו של סנטה קרוז התקדם דרומה וכבש חלקים מברזיל וארגנטינה ממשלת צ'ילה הכריזה על מלחמה נגד הפדרציה, מלחמה שעתידה להיקרא "מלחמת הקונפדרציה". הממשלה הורתה על צבא צ'ילה להתאחד עם חיילים מתנגדים לקונפדרציה מפרו ויחד להקים את 'צבא השיקום' שמטרתו להשמיד את הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית ולהדיח את סנטה קרוז. צבא השיקום פלש לשטח מדינת דרום פרו, אולם הוא נתקל בהתנגדות עזה מצד תושבים מקומיים. צבא הקונפדרציה ניצל את העיכוב של צבא צ'ילה, ומיהר לכבוש את גבעת פוקרפטה, שאותה תיאר סנטה קרוז כ'מרפסת של ארקיפה'.
סנטה קרוז הבחין ביתרון הצבאי הזמני של הקונפדרציה על צ'ילה, וניצל את המצב כדי להציג פלוגות בסביבת ארקיפה. לאחר מכן, שלח מכתב שלום לשלטונות הצ'יליאנים, ובו כתב שהוא אינו רוצה מלחמה, ואם באמת תתרחש כזו, צ'ילה תפסיד. ממשלת צ'ילה קיבלה את המכתב, והכריזה על הפסקת אש.
הלחימה בין ארגנטינה לבין הקונפדרציה.
מעט אחרי שהוכרזה הפסקת האש היא הוזנחה, וצ'ילה חידשה את כוחותיה לכיוון בוליביה. לא עבר זמן רב, וב-19 במאי 1837, שר החוץ הארגנטינאי ומושל מחוז בואנוס איירס, חואן מנואל דה רוסאס, הכריז מלחמה על הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית, לאחר שחתם על הסכם ברית עם צ'ילה לטובת האינטרס המשותף של המדינות להישאר הכלכלות היציבות ביבשת.
הלחימה העזה החלה באוגוסט 1837 כאשר כוחות הקונפדרציה פלשו לרוב פרובינציית חוחוי ופרובינציית סלטה. הצבא הארגנטינאי נגיב בעוצמה ונרשמו אבדות רבות, אם כי אף אחד מהקרבות לא הוביל לתוצאה ברורה. במאי וביוני 1838 הביס צבא הקונפדרציה את צבאו של רוסאס בכמה קרבות מינוריים, כשהחשוב בהם היה קרב מונטנגרו , שגרם לכוחות הארגנטינאים לסגת ומאז הגזרה לא התחממה שנית. לאחר שנראה היה שהארגנטינאים לא ימשיכו בלחימה מול הקונפדרציה, סנטה קרוז הורה לספח את השטחים שכבשו לקונפדרציה, ובכך הגדיל את שטחה עד שהייתה השנייה בגודלה ביבשת אמריקה הדרומית, אחרי ברזיל.
סנטה קרוז ראה בצבא הקונפדרציה צבא בלתי מנוצח, שכן בשנת 1837 נלחמו בצד הצ'יליאני בסך הכל 2,898 חיילים, לעומת הצד הבוליביאני בו לחמו 12,000 חיילים.
הניצחונות הצ'יליאנים וניתוק פרו הצפונית.
בסוף שנת 1837 צבא השיקום שהקים דיאגו פורטלס פלש לפרו הצפונית דרך קולומביה וגירש את כוחות הקונפדרציה מהבירה לימה, נשיא המדינה לואיס חוסה דה אורבגוסו (שחתם על הסכם כניסה לקונפדרציה מלכתחילה) הכריז על עצמאותה של פרו הצפונית כמדינה נפרדת מהקונפדרציה, מה שהוביל לניתוק הראשון והחשוב ביותר מהקונפדרציה. לאח שעזבו הכוחות הצ'יליאנים את פרו, סנטה קרוז ואורבגוסו חתמו על הסכם נוסף, שמשאיר את פרו הצפונית כחלק מהקונפדרציה, אך היא תקבל מעמד של אוטונומיה כמעט מוחלטת.
ההסכם לא האיר פנים לסנטה קרוז, שכן הצבא הפדרלי שהיה בפרו הצפונית לא היה יכול להתמודד עם ההתקפה הצ'יליאנית, וב־21 באוגוסט 1838 התרחש קרב פורטדה דה גיאס, שאפשר את הכיבוש המלא והסופי של לימה בידיי צבא השיקום. לאחר מכן, בתחילת ינואר 1839 החל הצבא הצ'יליאני להתקדם דרומה מלימה, לכיוון פרו הדרומית. בקרב קסמה הובס הצבא הפדרלי כמעט לחלוטין על ידי הצי הימי של צ'ילה, והיה לסימן המעיד על הקריסה הקרובה של הקונפדרציה. ב-20 בינואר 1839 התרחש קרב יונגאי, שבסופו הושמד כמעט לחלוטין הצי הפדרלי והוא הביא לסיום המלחמה ופירוק הקונפדרציה.
בקרב זה קיוו כוחות הקונפדרציה לגבור על הכוח הצ'יליאני, אך זה ביצע מארב והביס בצורה מוחלטת את האויב. הקונפדרציה נכנעה והתפרקה, וסנטה קרוז גלה לגואיאקיל שבאקוודור. את מקומו כנשיא בוליביה תפס סגנו, מריאנו אנריקה קאלבו. בפרו עלה כנשיא זמני אגוסטין גמארה.
ההישג האולי חשוב ביותר של צ'ילה במלחמה זו היה כיבוש שטחי גישת המים של בוליביה, שבמסגרתו הפכה בוליביה למדינה ללא מוצא לים. הבוליביאנים עדיין רואים בשטח זה כשלהם, והם ראו את הסיפוח הצ'יליאני של האזור כעילה למלחמה, שנקראה מלחמת האוקיינוס השקט. שטחי הגישה למים עדיין נמצאים בידיי צ'ילה, והיו למושא סכסוכים ומהומות בין המדינות. הכלכלה הבוליביאנית, החלשה גם כך מזו של צ'ילה, רואה בשטחי הגישה לים מקור הכנסה טבעי שנלקח בכוח על ידי צ'ילה, כביכול כדי לרמוס את כלכלתם.
לאחר המלחמה.
במרץ 1839, קבוצת איכרים פרואנים תומכי הקונפדרציה, בראשות אנטוניו הואצ'קה, לקחו נשק שהשאיר צבא השיקום והטילו מצור על העיר חונאטה. הצבא החדש של פרו, שהיה דליל ביותר אחרי מלחמת הקונפדרציה, התקשה להשתלט על המצב, אך לאחר כמה עימותים האיכרים עייפו מהסכסוך. הסכסוך נפתר ב-15 בנובמבר כאשר נחתם הסכם בין האיכרים לממשל, שאומר שמחוז אייקוצ'ו יכולים להחליט להיפרד למדינה נפרדת מפרו. הואצ'קה לא היה מרוצה מההסדר, ופרש כדי לחיות בג'ונגלים, שם הוא נפטר בשנת 1848.
מלחמת פרו-בוליביה.
גם השליט החדש של פרו, אוגוסטין גמארה, לא ראה ברעיון האיחוד של פרו ובוליביה רעיון רע, אלא דווקא היה שותף למחשבותיו של סנטה קרוז על האינטרס של מדינה אחת על הרי האנדים. אך בתוכניתו לא ניתן היה ליצור קונפדרציה שבה בבירור לבוליביה השלטון המרכזי, כפי שהיה המקרה של הקונפדרציה הפרו-בוליביאנית. נהפוך הוא, גמארה, יליד קוסקו, ראה בשטח בוליביה כשטח שנלקח בעבר ושייך עדיין לפרו, בהתבסס על הרעיון שלפני שהוקמה הרפובליקה של בוליביה ורפובליקות פרו היו כל תושבי האזור עם אחד - האינקה.
לכן, גמארה החליט שהרעיון הטוב ביותר הוא לספח בכוח את שטח בוליביה אל תוך שטח פרו, כפי שהבוליביאנים עשו לפרואנים ב-1836. הצבא החדש וחלש של פרו פתח במלחמה נגד בוליביה, שעתידה להיקרא "מלחמת בוליביה-פרו", שבעזרתה חשב גמארה שהוא יוכל לספח את שטחי בוליביה תוך כיבוש האזור. המלחמה לא נמשכה זמן רב, וגמארה מת יחד עם חיל הפרשים שלו כאשר נתקלו בהתנגדות עזה מהצד הבוליביאני לאחר שפלשו לשטח המדינה.
חלוקה מינהלית.
הקונפדרציה הפרו בוליביאנית מחולקת לשלוש מדינות - הרפובליקה של בוליביה, פרו הצפונית ופרו הדרומית - כאשר כל אחת מרפובליקות פרו מחולקת ל-5 מחוזות, ובוליביה ל-7.
סמלים ומחוזות לאומיים.
פרו הצפונית.
המדינה הצפון-פרואנית כללה את המחוזות לה ליברטד, אמסונאס, לימה וג'ונין ובירתה הייתה העיר לימה. גבולותיה היו עם אקוודור מצפון, ברזיל ממזרח, פרו הדרומית מדרום והאוקיינוס השקט ממערב. בשנת 1836 נקבע מחוז האילאס, שהופרד ממחוז ג'ונין.
נשיאי הרפובליקה בשנים בהן הייתה חברה בקונפדרציה היו לואיס חוסה דה אורבגוסו (21 באוגוסט 1837–11 באוגוסט 1838) וחוסה דה לה ריבה (11 באוגוסט 1838–24 בינואר 1839). סמליה הרשמיים של הרפובליקה נלקחו מהרפובליקה של פרו ולאחר איחודן של שתי הפרואניות הם שימשו ומשמשים כסמלה של פרו.
בוליביה.
הרפובליקה הבוליביאנית הצטרפה לקונפדרציה כמדינה הבירה שלה בשם מדינת בוליביה. היא כללה הכי הרבה מחוזות (7): קוקבמבה, צ'וקיסאקה, לה פאז, אורורו, פוטוסי, סנטה קרוז וטאריג'ה; בירתה הזמנית העיר סוקרה.
נשיאי המדינה היו אנדרס דה סנטה קרוז (גם נשיא הפדרציה והמגן העליון שלה; 28 באוקטובר 1836 - 20 בפברואר 1839) ואחריו לזמן קצר מאוד מריאנו אנריקה קאלבו (20 בפברואר 1839 - 22 בפברואר 1839) דגלה וסימלה של המדינה נלקחו מהרפובליקה של בוליביה, והיוו השראה לדגלה וסימלה של בוליביה המודרנית.
פרו הדרומית.