ב-17 ביוני נחת מטוס בג'רזי שהגיע מבורדו ועל סיפונו היה בריגדיר גנרל שארל דה גול. לאחר הפסקה קצרה לקפה ולתדלוק, המשיך המטוס בדרכו להסטון שמחוץ ללונדון, שם ביום המחרת נשא הגנרל את נאום ה-18 ביוני ההיסטורי שלו אל העם הצרפתי דרך ה-BBC. ב-20 ביוני עזבו אחרוני הכוחות את האיים. הפינוי התרחש באופן כה מהיר עד שהמצעים והארוחות שנאכלו למחצה נותרו בטירת קורנט .
הפינוי.
ההכרה בצורך לפינוי האזרחים מאיי התעלה הגיעה מאוחר מאוד. ללא כל תכנון ועם שמירה הדוקה על סודיות, התקשורת בין ממשלות האיים לבין בריטניה התקיימה באווירה של מבוכה ופירוש מוטעה של המצב. הדעות היו חלוקות, ובעקבות כך התרחשה אנדרלמוסיה של צעדי מדיניות שונים שאומצו על ידי האיים השונים. ממשלת בריטניה גמרה אומר ליישם מדיניות שכללה הקצאת מספר גבוה של כלי שיט שיאפשרו לתושבי האיים לעזוב מתי שיחפצו בכך.
הרשויות באולדרני, שלהן לא היה אמצעי תקשורת ישיר עם בריטניה, המליצו שכל תושבי האי יתפנו, ואכן כולם למעט קומץ תושבים עשו כן. שליטת סרק, סיביל האת'ווי, עודדה את כל תושבי האי להישאר. בגרנזי התפנו 80% מהילדים, ובכך ניתנה להוריהם האפשרות להשאיר את הילדים עמם או לפנות אותם יחד עם חבריהם בבית הספר. ב-21 ביוני היה ברור כבר לממשלת גרנזי שיהיה זה בלתי אפשרי לפנות את כל מי שרצה להתפנות וניתנה עדיפות לקבוצות אוכלוסייה מיוחדות בזמן שנותר. המסר שהועבר בגרנזי השתנה לכזה ששלל את אפשרות הפינוי. בסך הכול התפנו מהאי 5,000 תלמידי בית ספר ו-12,000 מבוגרים מתוך 42,000 תושבי האי. בג'רזי, שם הילדים היו בחופשה כדי לסייע באיסוף יבול תפוחי האדמה, 23,000 אזרחים נרשמו לפינוי. עם זאת, רוב תושבי האי, בעקבות המלצה עקבית של ממשלת האי, בחרו להישאר, ורק 6,600 מתוך 50,000 תושבי האי עלו על ספינות הפינוי. שרבור הסמוכה כבר הייתה תחת כיבוש גרמני עוד לפני שספינות הפינוי הרשמיות החלו לעזוב ב-20 ביוני. הספינה הרשמית האחרונה הפליגה ב-23 ביוני. סירות דואר ומטען המשיכו להגיע לאיים עד ה-28 ביוני.
רוב הילדים שפונו הופרדו מהוריהם. כמה מהילדים המפונים קיבלו סיוע כספי מ"תוכנית משפחות האומנה לילדים שהושפעו מהמלחמה", שבאמצעותה מומן כל ילד על ידי אדם אמיד מארצות הברית. אחת הילדות, פאולט, מומנה על ידי הגברת הראשונה, אלינור רוזוולט.
ממשלת החירום.
לפני הכיבוש, הממשל באיי התעלה חולק לשני שטחי חסות עם ממשל עצמאי למחצה – הבייליוויקים (Bailiwicks) של גרנזי וג'רזי – כאשר האיים הקטנים יותר חולקו ביניהם. הנציגים הרשמיים של הכתר היו סגני המושלים, ובראש הממשל המקומי, שכלל נציגים נבחרים, עמד הבייליף (Bailiff), יחד עם מספר מצומצם של נושאי משרה רשמיים שמונו בהסכמת הכתר.
משרד הפנים הנחה את סגני המושלים, נציגי הכתר, שבמקרה של פינויים יחד עם פינוי הכוח הצבאי, על הבייליפים ונושאי המשרה המקומיים להישאר בתפקידם ולקחת על עצמם את האחריות לניהול ענייני הקהילה, כולל תחומי האחריות שהיו נתונים קודם לכן בידי סגני המושלים. סגן מושל ג'רזי קיים דיון עם הבייליף של האי בנוגע לאפשרות שהוא יידרש למשול על פי הוראות מן הגרמנים. הבייליף ראה באפשרות זו כסותרת את שבועת האמונים שלו, אך הונחה לפעול באופן מנוגד.
נעשו סידורים של הרגע האחרון כדי לאפשר לממשל הבריטי לפעול באופן חוקי בנסיבות הכיבוש. פינוי סגני המושלים ב-21 ביוני וניתוק הקשר עם המועצה המלכותית מנע מתן הסכמה מלכותית לחוקים שהועברו על ידי המחוקקים. הבייליפים לקחו על עצמם את התפקידים האזרחיים, אך לא הצבאיים, של סגני המושלים. ממשלות הבייליוויקים שבאופן מסורתי התבססו על קונצנזוס לא התאימו לפעולות מנהליות מהירות, ולפיכך לנוכח הכיבוש הממשמש ובא, כוננו גופי ממשל קטנים יותר. מאחר שהמועצות המחוקקות התכנסו באופן פומבי, יצירתם של גופי ממשל קטנים יותר שיכלו להתכנס בדלתיים סגורות איפשרה דיונים חופשיים יותר בסוגיות כמו השאלה עד כמה יש להענות לפקודות של הגרמנים.
בגרנזי, הצביע הפרלמנט של האי ב-21 ביוני להעביר את האחריות לניהול ענייני האי לוועדה מנהלת, בנשיאותו של התובע הכללי של האי אמברוז שרוויל, שנבחר על פני הבייליף בן ה-69, ויקטור קריי, שכן שרוויל היה בן 50 ואדם חסון יותר. ב-27 ביוני העביר הפרלמנט של ג'רזי תקנה להעברת הסמכויות שעל פיה יאוחדו הוועדות המנהלות לשמונה מחלקות שכל אחת מהן תהיה כפופה לאחד מחברי הפרלמנט. בראש המערכת הועמד הבייליף בן ה-48, אלכסנדר קיוטונש.
הפלישה.
הגרמנים לא האמינו שהאיים פורזו, שכן הידיעות על הפירוז הושתקו עד ה-30 ביוני, והם התקדמו לעברם בזהירות. טיסות התצפית לא הניבו תוצאות חד משמעיות. ב-28 ביוני 1940 הם שיגרו טייסת מפציצים שחגה מעל האיים והפציצה את הנמלים של גרנזי וג'רזי. בסנט פיטר פורט, העיירה הראשית של גרנזי, עמדה שורה של משאיות כדי להעמיס עגבניות לייצוא לאנגליה, אך מטוסי הסיור חשבו שאלו משאיות להסעת כוחות. מתקפה דומה התרחשה בג'רזי והסתכמה בתשעה הרוגים. בסך הכול נהרגו בהתקפות 44 תושבי האיים. ה-BBC שידר הודעה מאוחרת שהאיים הוכרזו כעיירות פתוחות ומאוחר יותר באותו יום דיווח על הפצצות הגרמנים.
בעוד הוורמאכט עשה הכנות למבצע "חץ ירוק" (Grünpfeil), פלישה מתוכננת לאיים עם כוחות תקיפה בהיקף של שני גדודים, ביצע טייס סיור, האופטמן ליבה-פיטריץ ניסיון נחיתה בשדה תעופה נטוש בגרנזי ב-30 ביוני כדי להעריך את רמת ההגנה המקומית. הוא דיווח על נחיתתו הקצרה לצי האוויר השלישי של הלופטוואפה שהגיע למסקנה שהאיים נטולי הגנה לחלוטין. מחלקה של אנשי הלופטוואפה הוטסה באותו ערב לגרנזי על ידי מטוסי תובלה. המפקח סקלפר ממשטרת גרנזי יצא אל שדה התעופה כשהוא נושא מכתב חתום על ידי הבייליף ובו צוין ש"האי הזה הוכרז אי פתוח על ידי ממשלת הוד מלכותו של הממלכה המאוחדת. אין כאן כוחות מזוינים מכל סוג שהוא. נושא מכתב זה הונחה להעביר את המסר הזה אליכם. הוא אינו דובר את השפה הגרמנית". הוא מצא ששדה התעופה נכבש על ידי הלופטוואפה. הקצין הגרמני הבכיר, מיור אלברכט לנץ, ביקש להילקח אל האדם הבכיר באי. הם נסעו ברכב משטרתי למלון רויאל, שם הצטרפו אליהם הבייליף, נשיא הוועדה המנהלת, ופקידי ממשל אחרים. לנץ הכריז באמצעות מתורגמן שכעת נמצאת גרנזי תחת כיבוש גרמני. בכך הקדים הלופטוואפה את תוכניות הפלישה של הוורמאכט. ג'רזי נכנעה ב-1 ביולי. אולדרני, בה נותרו מספר מצומצם של תושבים, נכבשה ב-2 ביולי וכוח צבאי קטן יצא מגרנזי לסרק, שנכנעה ב-4 ביולי. הכוח הגרמני הראשון שהגיע על גבי ספינה כלל שתי יחידות נ"מ, שהגיעו לסנט פיטר פורט על סיפון אוניית משא בריטית שנלקחה כשלל, "הולנד" (SS Holland) ב-14 ביולי.
הכיבוש.
עד מהרה העמיקו הגרמנים את אחיזתם באיים. הובאו כוחות רגלים, הוקמו עמדות תקשורת והגנה אנטי-אווירית והוסדר שירות טיסות לצרפת הסמוכה. אנשי כוחות הצבא הבריטי רוכזו לצורך עזיבתם.
השלטון.
הגרמנים ארגנו את הממשל שלהם באיים כחלק ממחוז מאנש הצרפתי, שם הוא היה למעשה חלק מצרפת של וישי, אך נוהל כחלק מאזור הממשל הצבאי A שבסיסו היה בסן ז'רמן שבחלק של צרפת שהיה כבוש בידי הגרמנים. מפקדת פיקוד השדה 515 בפיקודו של אוברסט פרידריך שומאכר הגיעה ב-9 באוגוסט 1940 לג'רזי כדי להקים מבנה פיקודי למנהל האזרחי, עם שלוחה בגרנזי (שהייתה אחראית גם על סרק), שלוחה באולדרני ונקודה לוגיסטית בגרנוויל שבצרפת.
מפקד הכוח הוציא פקודה ב-2 ביולי בגרנזי וב-8 ביולי בג'רזי שהורתה שהחוקים שהוצאו על ידי בתי המחוקקים המקומיים יקבלו הסכמה מהמפקד הצבאי ושהוראות הגרמנים ירשמו כחוקים. בתי המשפט המקומיים ימשיכו בפעולתם, אך בתי המשפט הצבאיים הגרמנים ישפטו על עבירות על החוק הגרמני. בתחילה הגישו הבייליפים את החוקים לאישורו של המפקד הצבאי חתומים על ידם בתוקף תפקידם כסגני מושלים. בסוף שנת 1941 התנגד המפקד הצבאי להליך זה והחוקים שחוקקו בהמשך נחתמו פשוט על ידי הבייליפים.
השלטונות הגרמנים שינו את אזור הזמן של האיים משעון גריניץ' לשעון מרכז אירופה וכן שינו את כיוון התנועה מנהיגה בצד שמאל כנהוג בבריטניה לנהיגה בצד ימין כנהוג במדינות אירופה. כדי שהכלכלה באיים תמשיך להתנהל הונפקו שטרות כסף של שלטונות הכיבוש. שטרות אלו היו בשימוש הכוחות הצבאיים הגרמנים לתשלום על סחורות ושירותים. משכורותיהם של המקומיים שהועסקו על ידי הגרמנים שולמו גם הם בכסף זה.
הגרמנים אפשרו לפעילות התרבות להמשיך, כולל פעילות של בתי הקולנוע והתיאטראות. התזמורות הצבאיות שלהם הופיעו בפומבי. ב-1944 הגיעה שחקנית הקולנוע הגרמניה ליל דגובר להופעות בפני החיילים הגרמנים בג'רזי ובגרנזי.
לצד גופי המנהל האזרחי, היה באיים גם מפקד צבאי. המפקדים הצבאיים היו:
האיים הוחזקו על ידי הדיוויזיה ה-216 עד ה-30 באפריל 1941 ולאחר מכן על ידי הדיוויזיה ה-319.
חשדות לשיתוף פעולה.