ניסיון להבהיר את טיבה של המדינה האינדונזית בת ימינו מחייב מבט היסטורי רחב יותר על הארכיפלג האינדונזי עוד בטרם החלה לצמוח בו, בשנות ה־40 המאוחרות של המאה העשרים, מדינה עצמאית המוכרת כיום בשם הרפובליקה של אינדונזיה. אולם, מבט היסטורי רחב שכזה ניצב בפני קשיים מתודולוגיים, במידה רבה בשל הבעייתיות הנעוצה בניסיון לספר סיפור קוהרנטי המתייחס לאלפי איים, שרובם התנהלו במשך דורות רבים ללא זיקה ביניהם, מה גם שמדובר בארכיפלג המאכלס למעלה מ־300 קבוצות אתניות מקומיות, הדוברות מאות לשונות וניבים, המכילות שפע של מסורות תרבותיות וסגנונות חיים. יתר על כן, באזור זה צמחו נרטיבים היסטוריים נפרדים רבים, שהרי מרבית מרכיביו של הפסיפס העכשווי של מה שמוגדר כיום כאינדונזיה, התקיימו במשך רובה של ההיסטוריה בלי שיהיו כפופים לישות פוליטית משותפת. אל הקשיים והדילמות נוספת העובדה, כי על אף התקדמות משמעותית לאחרונה במחקר, ההיסטוריה הפוליטית של חלקים ניכרים מאינדונזיה עד תחילת המאה החמש עשרה עדיין איננה ברורה לחלוטין. מראשית מעורבותן הקולוניאלית של מדינות אירופה במאה השש עשרה, המציאות בארכיפלג האינדונזי הייתה של פיצול פוליטי. השליטה באזור הייתה נתונה במידה רבה בידי שליטים מקומיים, שנמנו לרוב עם שושלות משפחתיות. שליטים אלה הנהיגו דפוסים מגוונים של קהילות פוליטיות. בתקופה הנדונה היה האזור זירה ל"חילופי משמרות" פוליטיים; מגוון של ממלכות ונסיכויות בעלות זהות תרבותית הינדית, בודהיסטית, או שתיהן במשולב, נמצאו בירידה וכמה מהן אף נעלמו מבמת ההיסטוריה. במקומן עלו מדינות חדשות, ששליטיהן קיבלו עליהם את האסלאם והן מזוהות כסולטנויות (שליט אחד המזוהה כשייח ומלך). היה זה אחד הסממנים הבולטים של ראשית ההתבססות ההדרגתית והאטית של האסלאם באינדונזיה מראשית המאה הארבע עשרה, תהליך שהסתיים במאה העשרים עם ביסוסו של האסלאם כמכנה תרבותי משותף של כל יושבי העולם המלאי, הכולל לבד מהארכיפלג האינדונזי גם את איי דרום הפיליפינים ואת דרום תאילנד
הודו המזרחית ההולנדית.
בחינה היסטורית של הארכיפלג האינדונזי במאות השנים האחרונות קשורה באופן בלתי נמנע לפרק הארוך של האחיזה הקולוניאלית האירופית בו. פורטוגל, שפתחה את הפרק בתולדות אירופה והעולם המכונה "עידן התגליות" ואת המרוץ לעבר אסיה, הייתה גם המדינה האירופית הראשונה שימאיה הגיעו לאזור. החיפוש הנמרץ אחר ערוץ ימי לאסיה תוך שימוש בידע אסטרונומי שהיה בידי מוסלמים ובטכנולוגיות יציקה ליצירת תותחים קלים, אִפשר לפורטוגלים לפתח יכולות ימיות גבוהות, להקיף את אפריקה, וליצור בהדרגה אימפריה ימית שנפרשה על פני ארבע יבשות. עם זאת, במרבית המקומות הייתה הנוכחות הפורטוגלית קצרת ימים והשפעתה התרבותית והכלכלית הייתה מוגבלת. עד מהרה היו אלה ההולנדים שהחליפו את הנוכחות הפורטוגלית והקנו לאזור את השם "הודו המזרחית ההולנדית". הולנד ושכנתה אנגליה אמנם הצטרפו מאוחר למרוץ המסחרי והקולוניאלי. בראשית המאה השבע עשרה החלו ההולנדים להגיע לדרום מזרח אסיה. מהלך זה נעשה על ידי חברת הסחר ההולנדית רבת העוצמה, חברת הודו המזרחית ההולנדית המאוחדת, VOC. זו הוקמה בשנת 1602 כדי לנהל את פעילותה המסחרית של הולנד באסיה ובאפריקה ולצמצם את התחרות בין סוחריה. היא זכתה מהמדינה ההולנדית למונופול בפעילותה זו וסמכויות הביצוע שלה במרחב השליטה הקולוניאלי היו דומות לסמכויות הנתונות למדינה. מהמטה הראשי באמסטרדם, החברה הקימה את המטה האזורי שלה בעיר ג'קרטה שבמערב ג'אווה שאותה כבשו ההולנדים בשנת 1619. עם כיבושם, הרסו ההולנדים את העיר ג'קרטה ויסדו במקומה את בטאוויה (Batavia), על שם השבטים שהתגוררו באזור בתקופת האימפריה הרומית. בשנים הבאות החלה החברה להיאחז בארכיפלג האינדונזי הרחב. בשיאה, לקראת סוף המאה השבע עשרה, היא העסיקה כ־22 אלף עובדים והייתה לפיכך החברה הגדולה בעולם. אולם בעשרות השנים הבאות חולשתה של המדינה ההולנדית, לנוכח תחרות גוברת ביבשת הבית, נתנה גם בה את אותותיה. סמוך לסופה של המאה השמונה עשרה, לאחר קרוב ל־200 שנה, החברה התפרקה בשל קשיים כלכליים והאחיזה בארכיפלג האינדונזי עברה למדינה ההולנדית. מניעיה של השליטה הקולוניאלית ההולנדית באינדונזיה היו שיקולים כלכליים מובהקים.
מאבק לעצמאות וראשית צמיחתה של היסטוריה אינדונזית.
תחת לחץ גובר של חוגים ליברליים בהולנד ותביעה בשם ערכים הומניטריים התחוללו תמורות נוספות במדיניות הקולוניאלית ההולנדית. בפתח המאה העשרים, חוללה הולנד שינוי מהותי במדיניותה הקולוניאלית באינדונזיה. השינוי היה קשור הן ללחצים מבית, בהולנד, והן בעובדה שעלה בידי הולנד, באמצעות מאמץ צבאי, להשלים את אחיזתה בארכיפלג. כתוצאה מההישגים הצבאיים, התעורר צורך בהגדרות פוליטיות חדשות המתייחסות לכלל השטח הנרחב שהיה נתון עתה לשליטתה הישירה. השינוי במדיניות הקולוניאלית, שעליו הוכרז בשנת 1901, הייתה הסתלקות מהתפישה שליוותה את הולנד מראשית נוכחותה בארכיפלג האינדונזי, ולפיה הפקת רווחים כלכליים היא ההצדקה הראשית לשלטונה שם. זו הומרה בעמדה הצהרתית חדשה, ולפיה הדאגה לרווחת הנתינים האינדונזים היא המעניקה בראש ובראשונה הצדקה לשליטה ההולנדית. "המדיניות המוסרית" כך נקרא הקו החדש, ביקשה לקדם רפורמות ותוכניות פיתוח במגוון תחומים. אלה עתידים היו להתגלות לימים כבעלי משמעות רבה וחשובה בהיסטוריה המודרנית של אינדונזיה. יתרה מזאת, סביר להניח שההולנדים לא חזו רבים מהשינויים הללו וודאי שלא ייחלו להם. התוצאות של מדיניות זו הביאו, למשל, לתחילת הצמיחה של נרטיב אינדונזי, ואף של כמה נרטיבים, שהבולט בהם היה הלאומי. הנרטיב האינדונזי ברובו, כלל את ההולנדים בתור הכובשים אך יחד עם זאת, ייחסו להם כבוד מסוים כיון שראו בהם בתור מושיעים אשר סייעו להם ליצור זהות לאומית אחידה מחוץ לגבולותיה המקומיים, דבר אשר נעלם במהרה. גם התפישה הקולוניאלית החדשה, שביקשה לקשור יחד את הארכיפלג למסגרת אחידה, תרמה להבשלה של זהות חברתית משותפת מעבר לזהויות המקומיות החזקות. כתוצאה מתהליכים אלה ניצבו מערכות הזהות התרבותיות המקומיות מול האתגר של זהויות רחבות יותר, שהבולטת בהן הייתה זו הלאומית - והיא שתהיה ברבות הזמן לזהות המנצחת. ראשית צמיחתה של מגמה זו בשנות ה־20 של המאה העשרים והיא קשורה באופן ישיר גם לחשיפתם של אלפי אינדונזים לחינוך מערבי כתוצאה מפתיחת שערי בתי הספר המלמדים בשפה ההולנדית. אמנם החשיפה לחינוך ההולנדי הייתה מצומצמת בהיקפה, אך מסתבר כי היה בה כדי ליצור אליטה אקטיביסטית בעלת תודעה חדשה של זהות לאומית. אליטה זו, שאימצה מההולנדים את המושג המודרני של "אינדונזיה", לקחה אותו הרחק מהקשרו הקולוניאלי המקורי אל עבר רעיון של עצמאות מדינית.
אינדונזיה העצמאית - איחוד הדרגתי.
בעת ההכרזה על אינדונזיה לא תמה הדרך להגשמת העצמאות, אלא היא רק בישרה את תחילתה. הידיעה על הכרזת העצמאות ועמה השמועות על ההצלחות הראשונות סחפו מגזרים נרחבים באוכלוסייה הילידית והחדירו בה רוח מהפכנית חסרת תקדים, אם כי בשולי הארכיפלג הייתה התמיכה מוגבלת מחשש מפני דומיננטיות של אנשי האי ג'אווה, מוסלמים או אנטי אריסטוקרטים. אף שמפקד הכוחות הבריטיים שהוקצו להשתלטות על הארכיפלג ניסה להימנע מכניסה למרכזי האוכלוסייה הגדולים ולצמצם את החיכוך עם כוחות הממשלה האינדונזית, באוקטובר 1945 פרצו קרבות ראשונים ובהדרגה השתלטו הכוחות של בעלות הברית על מספר ערים בג'אווה. בדצמבר 1949 הכירה הולנד בריבונותה של מדינת האינדונזים, שנקראה אז "הרפובליקה של ארצות הברית של אינדונזיה", על השטח שהיה מזוהה כהודו המזרחית ההולנדית. שתי המדינות הסכימו כי סוגיה זו שבמחלוקת תידון ביניהן בעתיד. אך עד מהרה בעיה פתוחה זו החריפה מאוד את יחסיהן, זאת בשל סירובה של הולנד לכל ויתור בנושא. כתוצאה מכך הודיעה אינדונזיה בשלהי 1957 על סילוק כ־46 אלף אזרחי הולנד שעדיין התגוררו בה והלאימה חברות ועסקים הולנדיים. לדידה של אינדונזיה, זו הייתה סוגיה עקרונית מהראשונות במעלה; לפי עמדת ההנהגה הלאומית, גבולות השליטה ההולנדית בסיום התקופה הקולוניאלית הם אלה שהגדירו את גבולותיה של אינדונזיה העצמאית. כלומר, כל מקום שבו הייתה אחיזה הולנדית נחשב חלק בלתי נפרד מהמדינה האינדונזית. לאחר רפורמות אלו בהרכב שטחה של אינדונזיה החל העם האינדונזי לגבש את זהותו הפוליטית עם הנהגה אוטונומית, ואת זהותו הרוחנית עם עליית האסלאם ודחיקה של הנצרות. נוסף על כך, אינדונזים רבים החלו להגר מהאיים הקטנים אל הערים המרכזיות במטרה לאמץ דפוסי כלכלה חדשים. גיבוש העם האינדונזי סבב סביב דחיקתם של ההולנדים אל מחוץ לגבולותיה החברתיים והעצמת הנרטיב האישי שלהם אשר עסק בסיפור של צמיחה לאומית באמצעות השפה ורוחניות דרך העמקה באסלאם.
משטר פוליטי.