מדינת ישראל הפיקה נפט מהבארות במפרץ סואץ. הדבר עורר התנגדות מצרית. תנועתה של דוברת קידוח הנפט "קטינג1" שנשאה דגל קנדי ויצאה מקנדה בדרכה למפרץ סואץ התגלתה למצרים ממועד כניסתה לנמל דקר בסנגל או קודם לכן במועד הפלגתה מקנדה. הדוברה נכנסה לנמל אביג'אן בחוף השנהב ב-2 במרץ 1970. חולית קומנדו ימי מצרית שכללה ארבעה צוללנים שירדו למים בחצות בין 8 ל 9 במרץ 1970 הדביקו מוקשי עלוקה לתחתית הדוברה. הדוברה ניזוקה ולא המשיכה בדרכה. בדיקת ציוד שנמצא על החוף הצביע שמקורו במצרים. כח צוללים מצרי נשלח פעם נוספת לחבל באותה דוברה באביג'אן בחודש יולי 1970. אך כאשר הגיעו למקום הסתבר שהדוברה תוקנה ועזבה את המקום. למודיעין הימי נודע הדבר בדיעבד מחקירת איש קומנדו מצרי שבוי.
הטבעת ספינת הדיג אורית.
ב-13 במאי 1970 טובעה ספינת הדיג הישראלית "אורית" בירי 4 טילים על ידי ספינת טילים אוסה מצרית. הטילים התפוצצו בקרבת הספינה והיא התפרקה ושקעה. שניים מאנשי צוותה נהרגו ושניים ניצלו. הספינה עסקה בדיג מול חופי סיני במרחק רב מהגבול הימי עם מצרים.
כדי להצדיק פעולה נגד כלי שיט אזרחי תמים תוך עבירה על חוקי המלחמה, הגדירו המצרים את הספינה כספינת מחקר. הספינה לא עסקה בשום פעילות אחרת מאשר דיג. המודיעין הימי לא איתר את תנועת ספינת הטילים המצרית לפני ואחרי הפעולה. למעשה התגלתה התקיפה רק למחרת כאשר שני ניצולים הגיעו בשחייה לחוף סיני ודיווחו על כך. האירוע גרם לפיקוד חיל הים להחליט על בניית מוצב לתחנת מכ"ם חופית בהר קסיוס על חוף סיני הידוע בשם בסיס דפנה.
בתחום המידע על הטכנולוגיה הטבעת סירת הדיג הייתה זו הוכחה שטילי הסטיקס בידי המצרים עשויים לפגוע במטרות קטנות בגודל ספינות הטילים. אף כי חיל הים לא המתין להוכחה הזאת. פיתוח והצטיידות באמצעים נגד טילים עבור ספינות סער החלו עוד קודם לכן במקביל לפיתוח טילי הגבריאל.
ראשית הלחימה בטרור.
ראשיתו של המאבק בטרור הפלסטיני התנהלה בחזית הירדנית, שם הייתה מרוכזת עיקר פעילותם של ארגוני המחבלים. קיומם של מכשולי מים בגזרה (נהר הירדן וים המלח), חייבה מעורבות של לוחמי חיל הים בלחימה בזירה, וכפועל יוצא מכך שיתוף פעולה של המודיעין הימי עם מודיעין פיקוד המרכז, דבר שלא התקיים עד אז.
כבר ב-1969 החלו להתבסס בלבנון ובסוריה אלמנטים ימיים של ארגוני המחבלים והתקבל מידע על כוונותיהם לבצע חדירות, תקיפות ופיגועים במתווה ימי. נוכחות ותשתית ימית זו התעצמה בעקבות אירועי ספטמבר השחור (ספטמבר 1970), עת עזבו ארגוני הטרור הפלסטיניים את ירדן ועברו ללבנון ולסוריה, שם התמקמו בין היתר לאורך חופיהן של מדינות אלה. הגישה החופשית לים, וחופש הפעולה היחסי שלו זכו במדינות אלו, הביאה להתפתחות יחידה ימית בארגון פתח, ובהמשך גם בארגונים אחרים. יחידות אלו החלו לבצע פיגועים בהישט ישיר מחופי דרום לבנון לעבר חופי צפון המדינה ועסקו גם בהברחת אמל"ח בדרך הים (באמצעות סירות דיג וספינות דיג) מלבנון לרצועת עזה.
זאת ועוד, פעילות ימית של ארגוני הטרור הפלסטיניים התבצעה גם בזירה הרחוקה מישראל (בלוב, בסוריה, בעיראק) שם התבצעו אימונים של אנשי צפרדע וגם פותחו מוקשים ימיים, תוך הסתייעות ביחידות קומנדו ימי של אותן מדינות. בהקשר זה בולטת התעסקות ממושכת של המחבלים בהכשרתה של אוניית סוחר קטנה (בשם "וובינה") על מנת שתשמש כספינת אם לתובלת אנשי צפרדע שיפעלו בנמלי ישראל. מאמץ מודיעיני רב הושקע סביב התארגנות זו.
בנוסף, בחודש יוני 1971 תקפו מחבלים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין של ג'ורג' חבש, שפעלו מתחומה של רפובליקת דרום תימן, את המכלית קוראל סי, שהובילה נפט גולמי מאיראן לישראל, בשעה שעברה באזור מצרי באב אל-מנדב. המכלית נפגעה אך נגרם נזק מועט.
הצורך להתמודד עם האיומים חדשים אלה שהציבו פעולות המחבלים חייבו היערכות מודיעינית הן בהיבט האיסופי והן בהיבט המחקרי. ואכן, בראשית שנות השבעים הוקמה במודיעין הימי חוליה שנועדה להתמודד עם איום הטרור הימי ובדרך הים. בתקופה זו גם החלו מבצעי פשיטה על יעדי המחבלים בלבנון ובהם מבצע ברדס 20 (בינואר 1971) מבצע ברדס 54–55 (בפברואר 1973) ומבצע אביב נעורים (באפריל 1973).
באותה תקופה ניצבה ישראל בפעם הראשונה גם בפני טרור מדינתי בזירה הימי. שליט לוב, מועמר קדאפי, ביקש לנקום בישראל על הפלת מטוס הנוסעים הלובי שחדר למרחב האווירי הישראלי ולא הזדהה (21 בפברואר 1973). הוא הורה למפקד צוללת מצרית שהייתה מוצבת בלוב להטביע את אוניית הנוסעים הבריטית "קווין אליזבת", שהפליגה מאנגליה לישראל כשעליה יהודים רבים שהיו בדרכם לחגוג את יום העצמאות ה-25 של ישראל. האירוע עצמו תואר בדיעבד בספרו של אורי בר-יוסף. הצלבה בין פרסום גלוי בעיתונות הישראלית על הגעתה הצפויה של ה"קווין אליזבת" ארצה לבין רסיסי מידע שונים שהתקבלו באותה עת הביאה את המודיעין הימי לגבש מבעוד מועד הערכה על כוונה אפשרית לפגוע בספינת הנוסעים הבריטית. בדיעבד התברר שכוונה זו לא התממשה משום שהדבר נודע לנשיא אנואר סאדאת והוא הורה להחזיר מיד את הצוללת לנמל אלכסנדריה.
מלחמת יום הכיפורים.
1973 – הרחבת המחלקה ושינויים מבניים.
בקיץ 1973, חודשים אחדים לפני מלחמת יום הכיפורים, התרחש שינוי במבנה המודיעין הימי, שהייתה לו משמעות בתחום התפקודי. ענף מחקר המקורי התפצל לשני ענפי מחקר מרכזיים: אחד מהם (שנקרא בשם ענף מחקר ציים) טיפל בכלי השיט של חילות הים הערביים, פריסתם, פעילותם ותורת הלחימה שלהם וכן בציים הזרים. הענף השני (שנקרא ענף מחקר יעדים) ריכז את עבודת המחקר על התשתיות הימיות בחופי האויב (נמלים, מערך הגנת החוף, חופי נחיתה ותחילת העיסוק בתשתיות ימיות של ארגוני הטרור). ענף איסוף ומדור אוה"ד המשיכו לפעול במתכונת שקדמה למעבר מפקדת חיל הים לקריה, ואילו מדור ביטחון שדה נהפך לענף. סא"ל אורי מרץ, ששימש עד אז כראש ענף מחקר (במתכונתו הקודמת, טרם פיצולו), מונה לשמש כעוזר רמחמ"ן למחקר והיו כפופים לו בנוסף לשני ענפי המחקר החדשים גם מדור המחקר הטכני ומדור פעילות.
כאשר השתלטו סטודנטים איראנים על שגרירות ארצות הברית בטהראן בשלהי 1979 (בתקרית הידועה כ"משבר בני הערובה באיראן"), תפסו האיראנים מסמכים רבים וביניהם גם מסמך של ה-CIA המציג את הידוע לאמריקאים על המודיעין הימי הישראלי, ובכלל זה על מבנה הארגון. האיראנים פרסמו את המסמך ברבים.
ההתרעה למלחמה.
מניתוח המידע על צעדי המוכנות ושינויי הפריסה בחיל הים המצרי, בימים שקדמו לפרוץ מלחמת יום הכיפורים, העריכו במודיעין הימי כי חיל הים המצרי ערוך ליציאה למלחמה בהתרעה קצרה. הגורמים המוסמכים במחלקת מחקר באמ"ן דחו את הערכת המודיעין הימי, בטענה שכל צעדי המוכנות מתיישבים עם הפעילות התרגילית שהתקיימה באותה עת בצבא המצרי וכן בגלל התפישה שרווחה באותם ימים ("הקונספציה") לפיה צבא מצריים וחיל האוויר המצרי לא יהיו מוכנים למלחמה לפני 1975 ואילו הצבא הסורי לא יצא למלחמה ללא הצבא המצרי.
מבחינת הצי המצרי הקונספציה הזו לא הייתה רלוונטית מאחר שלא עמדו על הפרק דרישות הצטיידות או תרגולת מבצעית בתחום הימי, שהיו חייבים להשלימן לפני פרוץ פעולות איבה עם ישראל. אדרבא, צעדי המוכנות שננקטו בצי המצרי מאז הרבעון האחרון של שנת 72, לרבות החלפת מפקד הצי, תמרונים ימיים רחבי היקף, תרגולת מבצעית ושיפורי אמל"ח בכלי שיט שונים אפשרו לחיל הים המצרי להשתתף במערכה ברגע שיוחלט עליה, בלא שיהיה צורך לקלוט מערכות נשק ימי "שובר שוויון". לכן, המודיעין הימי בהשוואה לעמיתיו באמ"ן מחקר ובמודיעין חיל האוויר, היה משוחרר משיקולי "קונספציה".
מאז סוף חודש ספטמבר 1973, וביתר שאת מ-28 בספטמבר, הצטברו ברשות המודיעין הימי קטעי ידיעות שהעידו על פעילות חריגה בחיל הים המצרי. בעצת עוזריו החליט ראש מחלקת מודיעין ים, אל"ם רמי לונץ, בבוקר יום ראשון, 30 בספטמבר, להעביר למפקד חיל הים את הערכת המודיעין הימי על מוכנותו ועל פעילותו החריגה של חיל הים המצרי, וציין שלהערכת אמ"ן כל הסימנים החריגים קשורים לתרגיל. רמי לונץ אמר שלהערכתו האישית פני מצרים למלחמה, אך ראש אמ"ן וגופי המחקר באמ"ן – שהסמכות להחליט על כך שפני מצרים למלחמה, ברמה הלאומית, נתונה בידם – אינם שותפים לדעה זו.
בעדותו בפני ועדת אגרנט, אישר מפקד חיל הים שראש המודיעין הימי הציג לו את עמדתו האישית, השונה מעמדת אמ"ן, לפיה פני מצרים למלחמה. לדבריו הוא לא ייחס חשיבות מרובה לעמדתו של לונץ, שכן הוא ניזון מהדיווחים המרגיעים של אמ"ן בפורום מטכ"ל ומשיחת בירור אקראית עם ראש אמ"ן שטען בפניו כי יש לו מידע טוב יותר משל הקמ"ן הבכיר של חיל הים. כך או כך הורה האלוף בנימין תלם על נקיטת צעדי מוכנות בחיל הים, שכן העלאת הכוננות והגברת המוכנות הטכנית בחיל הים השתלבה בהכנות אותן ביצע חיל הים באותו שבוע לקראת תרגיל חילי רחב-היקף שהתקיים בליל 4–5 באוקטובר. אך הפעילות של השלמת תקן טילי הגבריאל לספינות הטילים לא נעשתה. הפקודה לכך ניתנה רק ביום ששי 5 באוקטובר בבוקר וזמן הכנות יקר הושקע במנהלות.
בספרו האוטוביוגרפי ציין תלם שכאשר ראש המודיעין הימי הראה לו (במשתמע ב-30 בספטמבר) את רשימת הסימנים המעידים שאותרו בצי המצרי, לא נותר לו אלא להסכים עמו. ב-1 באוקטובר, הפיץ המודיעין הימי, לתפוצת מפקדים בחיל הים בלבד, לקט מודיעין ימי שבו פורטו הצעדים שנקט חיל הים המצרי עד לאותו תאריך. ובסיומו של אותו לקט נאמר: רמי לונץ ציין בעדותו, כי נמנע מלהשתמש במילה מלחמה, משום שבדיון מסכם באמ"ן סוכם שאין התרעה למלחמה, ולפיכך לונץ הוסיף ואמר, שהלקט שפורסם למפקדים בחיל הים הסתיים במשפט הכי קרוב להתרעה,