במלחמת ששת הימים נכבשו יהודה ושומרון, והם עד היום במעמד שטחים מוחזקים.
יהודה ושומרון.
במסגרת הסכם שביתת הנשק בין ישראל וירדן, שנחתם בשלבי הסיום של מלחמת העצמאות, נותרו רוב שטחי יהודה ושומרון תחת שליטת הממלכה הירדנית ההאשמית. שטחים אלו, סופחו לירדן באפריל 1950 והיא התייחסה אליהם בשם "הגדה המערבית". הסיפוח הוכר רשמית על ידי בריטניה וזכה להכרה לא-פורמלית מארצות הברית, פקיסטן ומספר מדינות נוספות. בשנת 1967, במהלך מלחמת ששת הימים, נכבש השטח בידי כוחות צה"ל. על מזרח ירושלים החליטה הממשלה בשנת 1967 להחיל, בצו, את "המשפט, השיפוט והמינהל הישראליים" - ובפועל, לספחה לישראל ולתת לתושביה תושבות קבע בישראל. מאז אובדן השטח ב-1967 שאפה ממלכת ירדן לשוב ולספח את הגדה המערבית עד מהלך "ניתוק הזיקה" ב-1988 שבו ויתרה על התביעה לריבונות על יהודה ושומרון וביטלה את אזרחותם הירדנית של תושביו.
בקיץ 1967 פורסמה תוכנית אלון שהמליצה לספח לישראל את החלק המזרחי של יהודה ושומרון (בקעת הירדן), את גוש עציון ושטחים בין ירושלים ורמאללה (לצורך הרחבת פרוזדור ירושלים הצר ובעל המשמעות הביטחונית החשובה), ואת החלק הדרומי של רצועת עזה, כמו גם את רמת הגולן. במידה מסוימת, התוכנית התחשבה בשיקול הדמוגרפי, ועל כן ניתנה המלצה לסיפוח שטחים שבהם הייתה אוכלוסייה פלסטינית דלילה, כמו בקעת הירדן, אולם מאידך כללה התוכנית את סיפוח אזור גוש עציון וחברון, למרות היותם מיושבים בצפיפות. אף כי התוכנית לא נתקבלה באופן רשמי, ממשלות ישראל פעלו על פי רוחה ורוח מסמך גלילי עד למהפך השלטוני בשנת 1977, ובעקבותיה הוקמו התנחלויות רק בשטחים שיועדו לסיפוח בידי ישראל.
ההתנחלות הראשונה שהוקמה באזור יהודה ושומרון היא היישוב כפר עציון בגוש עציון, שהוקם מחדש בקיץ 1967 על חורבותיו של הכפר שנכבש ונחרב בידי הלגיון הירדני במלחמת העצמאות. הקמת היישוב מחדש אושרה בידי הממשלה, בעקבות לחץ של בני כפר עציון ההיסטורי. לאחר מכן הוקמו יישובים נוספים בשטחו של גוש עציון. כן הוקמה קריית ארבע בצמוד לחברון.
בעקבות המהפך בשנת 1977 החלה ממשלת מנחם בגין להאיץ את הקמת ההתנחלויות בשטחי יהודה ושומרון, וכן לחזק את הקשר של מזרח ירושלים לישראל. משרדי ממשלה והמטה הארצי של המשטרה נבנו בכוונה תחילה במזרח ירושלים. המונח ברדיו הוחלף בשנות ה-80 ל"יהודה ושומרון" כשקודם שימש המונח "השטחים המוחזקים". בשנת 1980 נחקק המדגיש ש"ירושלים השלמה והמאוחדת היא בירת ישראל". יתר שטחי יהודה ושומרון מוחזקים עד היום בתפיסה לוחמתית, חלים עליהם ממשל צבאי וחקיקה צבאית ומעמדם הסופי לא הוכרע. בסוף 2016 היו רשומים כתושבים בהתנחלויות כ-421,400 תושבים.
במסגרת הסכמי אוסלו, שנחתמו בין ישראל לארגון לשחרור פלסטין (אש"ף) בין 1993–1995, והסכמי ההמשך שלו, הוקמה הרשות הפלסטינית, שקיבלה את סמכויות ניהול החיים האזרחיים של התושבים הפלסטיניים מידי הממשל הצבאי הישראלי. "אזור יהודה ושומרון" חולק לשלוש קטגוריות:
בעקבות פרוץ האינתיפאדה השנייה לוותה שליטת ישראל ביהודה ושומרון בעימות מתמיד בין צה"ל והמתנחלים לבין האוכלוסייה המקומית, שכלל מעשי טרור רבים של האוכלוסייה המקומית נגד צה"ל והמתנחלים, ופעילות נרחבת של צה"ל והשב"כ לבלימת מעשי טרור אלה. תקופות בולטות של התקוממות זו היו האינתיפאדה הראשונה והאינתיפאדה השנייה. בשנת 2000, ובייחוד במבצע חומת מגן בשנת 2002, נכנסו כוחות צה"ל כמעט לכל הערים הפלסטיניות (מלבד אל העיר יריחו) ולכפרים רבים, והשליטה הפלסטינית בהם הוגבלה מאוד, עד שצה"ל נסוג מחלק מהם בהדרגה בשנים הבאות.
בשנת 2003 החלה ישראל בהקמת גדר הפרדה – מערכת של גדרות וחומות בטון העוברת בחלקה לאורך הקו הירוק, ובחלקה בתוך שטחי יהודה ושומרון.
רוב מדינות העולם מתנגדות לבנייה ישראלית באזור. מאז תחילת המשא ומתן המדיני בין ישראל לפלסטינים, ישראל נמנעת מהקמת התנחלויות חדשות ונוהגת ריסון באישורי בנייה. בשנת 2005 אף פינתה מספר התנחלויות בצפון השומרון במסגרת תוכנית ההתנתקות, ובשנת 2009 הטילה איסור גורף על התחלות בנייה חדשות ביהודה ושומרון למשך עשרה חודשים.
בשטחי יהודה ושומרון חל הדין הירדני, ובשטחי הרשות הפלסטינית חלה חקיקה פלסטינית. חוקי מדינת ישראל אינם חלים על שטחי יהודה ושומרון, למעט חוקים המוחלים באופן מפורש על האזור (למשל סעיף 3א לפקודת מס הכנסה וסעיף 378 לחוק הביטוח הלאומי), או פקודות של מפקד פיקוד המרכז המחילות נורמות מן המשפט הישראלי. ריבוי המקורות המשפטיים החלים באזור יוצר מורכבות משפטית.
במהלך השנים עלו הצעות שונות, בעיקר מתומכי האידאולוגיה של ארץ ישראל השלמה ותומכי פתרון המדינה האחת, לסיפוח יהודה ושומרון למדינת ישראל.
במרץ 2019 שינתה מחלקת המדינה האמריקאית את מנהגה וכינתה בדו"ח זכויות האדם שלה את יהודה ושומרון 'הגדה המערבית' במקום 'הגדה המערבית הכבושה'. במענה לשאלות אמרה שאין שינוי בעמדתה בשאלת מעמדם המשפטי של אזורים אלה, אך מעמד זה אינו נושא הדו"ח.
שטחים שהוחזקו בעבר על ידי ישראל.
במלחמת ששת הימים נכבשו שטחי חצי האי סיני ורצועת עזה, שהשליטה הישראלית בהם תמה בשנים 1982 ו-2005 בהתאמה. באותה מלחמה כבשה ישראל גם את רמת הגולן והחזיקה בה במעמד שטח כבוש עד לסיפוחה דה-פקטו בשנת 1981. כמו כן, בעקבות מלחמת לבנון הראשונה של 1982, שלטה ישראל ברצועת הביטחון בדרום לבנון עד נסיגתה מהאזור בשנת 2000.
רמת הגולן.
במהלך מלחמת ששת הימים הפגיזו הסורים את יישובי עמק החולה וראש פינה, וטנקים סוריים אף ניסו להתקדם לעבר קיבוץ דן. למרות זאת, לא הייתה כוונה לממשלת ישראל לכבוש את רמת הגולן. רק בימיה האחרונים של המלחמה, לאחר שהתרכזו מספיק כוחות בגִזרה, ובעקבות לחץ של משלחת יישובי הצפון, הוחלט לכבוש את רמת הגולן ולשים קץ לאיום ההפגזות על יישובי עמק החולה.
בשטח שכבשה ישראל בגולן בשנת 1967 התגוררו קודם לכן 128 אלף איש. הוא היה מיושב בדלילות יחסית בדרומו ובמרכזו בצ'רקסים, בדואים וטורקמנים, ובצפיפות רבה יותר בצפונו ביישובים הדרוזיים, הקיימים עד היום. האוכלוסייה התרכזה בעיר המחוז קוניטרה, ב-140 כפרים ועיירות, ובעוד כ-60 יישובים קטנים יותר, שנקראו "מזרעות" (חוות). בעקבות כיבוש רמת הגולן כ-115,000 עד 122,000 מהאזרחים הסוריים עזבו את הרמה ועברו לשטח סוריה; מרבית הכפרים הסוריים נהרסו לאחר מכן. לפי הערכות ישראליות נע המספר בין 50 ל-70 אלף פליטים.
צה"ל הקים מערך הגנה לאורך קו הגבול החדש עם סוריה, שכלל 20 מוצבים, תעלות נ"ט לאורך הגזרה ופרש כוחות שריון. הצבא הסורי שנחלש מאוד לאחר מלחמת ששת הימים, לא יזם פעולות התקפיות עד לסוף 1969. בחודש דצמבר 1969, לאחר לחץ מדינות ערב באזור וקרוב להשלמת ההתחמשות מחדש, התחיל הצבא הסורי ביוזמות התקפיות, נקודתיות בהיקף מצומצם לאורך קו הגבול. בכך הצטרף למצרים שהייתה שקועה במלחמת ההתשה לאורך תעלת סואץ. במהלך 1970, המתיחות לאורך הגבול הסורי-ישראלי עלתה בהדרגה וצה"ל הגיב בפעולות יזומות משלו. שיאה של המתיחות היה בקרבות שנודעו כמלחמת שלושת הימים.
היישובים הישראלים הראשונים בגולן הוקמו על רקע אידאולוגי וביטחוני על ידי מספר גופים מיישבים, ובהם הקיבוץ המאוחד, איחוד הקבוצות והקיבוצים, הקיבוץ הארצי ותנועת המושבים הדתיים – בדומה ליישובים אחרים שהוקמו באותה עת בסיני ובבקעת הירדן. היישוב הראשון – מרום גולן הוקם כבר חודש לאחר המלחמה, ב-14 ביולי 1967. לאחר מלחמת יום הכיפורים הוקמה מועצה אזורית חדשה, מועצה אזורית גולן, שכללה את כל שטחי הגולן, למעט שטחי 5 הכפרים הסוריים שנותרו לאחר המלחמה. המתיישבים בגולן הקימו גוף שמייצג אותם – "ועד יישובי הגולן". ב-1976, בתקופת ממשלת יצחק רבין הראשונה, הוקמה העיר קצרין, בסמוך ליישוב יהודי קדום מתקופת בית המקדש השני. מאז 1967 נבנו 33 יישובים ישראליים ברמת הגולן.
במלחמת יום הכיפורים חדר הצבא הסורי לרמת הגולן, ולאחר כמה ימי לחימה ותוך קרבות קשים, ובראשם קרב עמק הבכא, הוא נהדף. בשלביה האחרונים של המלחמה אף הצליחו כוחות צה"ל להיכנס לשטח הסורי ולהתקדם עד למרחק של כארבעים קילומטרים מדמשק. סיום הקרבות היה בקרב על החרמון. ב-1974 נחתם הסכם הפרדת כוחות, שבמסגרתו פינתה ישראל את השטחים החדשים שכבשה וכן 60 קמ"ר שהיו בידיה בגולן מאז 1967, ובהם העיר קוניטרה ומספר כפרים. אזור חיץ של האו"ם הוקם בשטח המפונה, ואזור דילול כוחות הוקם משני צדדיו. אף על פי שהעיירה קוניטרה חזרה לידיים סוריות, הרי שהמשטר הסורי העדיף שלא להשיב אליה את תושביה הסוריים ולהשאיר אותה בחורבנה.
מאז 1974 מוצבים לאורך קו הפרדת הכוחות כוחות שמירת שלום של האו"ם, הממונים על שמירת השקט באזור; ואכן באזור נשמר שקט מאז ועד לשנת 2012 שבה, כחלק מזליגת מלחמת האזרחים בסוריה לישראל, אירעו תקריות גבול אחדות.
חוק רמת הגולן, שהתקבל ב-14 בדצמבר 1981, ביטל את הממשל הצבאי והחיל על הגולן את החוק הישראלי ולמעשה סיפח אותו למדינת ישראל, על אף שנזהר מלהשתמש במילה "סיפוח" לשם כך. בעקבות חוק זה, התאפשר לכל התושבים הדרוזיים בגולן להפוך לאזרחים ישראליים, אם הם רוצים בכך, אולם רק מעטים מהם בחרו לקבל אזרחות ישראלית, והיתר קיבלו מעמד תושב בישראל. סיפוח הגולן אינו מוכר על ידי הקהילה הבינלאומית, ומועצת הביטחון של האו"ם אף קיבלה החלטה הקוראת לביטולו וקובעת כי אין לו תוקף בינלאומי.