שנה לאחר שהסדרה הסתיימה, המהדורה המוגבלת "Fury" שכתבה מספר אירועים שהתרחשו במהלך שתי הסדרות הקודמות, וארגנה אותם כך שהם היו למעשה אירועים מבוימים שנועדו להסיח את דעתו של ניק פיורי מהחייאתו המחודשת של פון סטרוקר, מנהל ארגון הידרה. במהלך השנה יצאה מיני סדרה בת ארבע חוברות בשם "Fury of " (אפריל-יולי 1995), בעוד פרסומים נוספים התמקדו בהרפתקאות הסולו של פיורי, כמו הרומנים הגרפים "וולברין/ניק פיורי: קשר סקורפיו" (1989), "וולברין/ניק פיורי: עלייתו של סקורפיו" (1994), "פיורי/האלמנה השחורה: משמרת מוות" ו"קפטן אמריקה/ניק פיורי: שביתת דמים" (שניהם בפברואר 1995), וכן "קפטן אמריקה/ניק פיורי: מלחמת העולם האחר" (אוקטובר 2001).
היסטוריה בדיונית.
סוכנות המגן הוקמה בידי ניקולס ג'וזף פיורי לאחר מלחמת העולם השנייה, אך נטש את הרעיון ושמר את תרשים הארגון לעצמו משום שחשב שממשלת ארצות הברית לא תאשר הקמת ארגון שכזה. אולם, בנקודה מסוימת בזמן זה, קבוצה בינלאומית מטעם האומות המאוחדות ניערה את האבק מעל תוכניותיו של פיורי ללא ידיעתו. גיוסו לתפקיד מנהל בפועל של הסוכנות (השני במספר) גרם לו להכיר בקיומה.
הסוכנות פועלת בחשאיות באותה מידה שהיא מיליטנטית, והיא מונהגת בידי פיורי, אם כי הוא מקבל את הוראותיו ממועצה המורכבת מתריסר חברים אשר זהותם אינה ידועה אפילו לו. הסוכנות מיוחסת לרוב עם ממשלת ארצות הברית, אך בהמשך פעלה בתחום שיפוטו של האו"ם, כאשר לרשותה מגוון אמצעים טכנולוגים ומבצעיה הסודיים אושרו על ידי העצרת הכללית של האומות המאוחדות. לאורך השנים, הסוכנות תוארה בחוסר עקביות כנתונה לשליטתה של ממשלת ארצות הברית ולא של האו"ם, והדבר בא לידי ביטוי לדוגמה בחוברת "Astonishing X-Men #3", שבה ניק פיורי הסביר את חוסר תגובתה של הסוכנות במהלך רצח עם על ידי הטיעון כי התקרית לא קרתה על אדמה אמריקנית. הסיבה לכך הייתה נעוצה כנראה בעובדה שכותבים רבים לא היו מודעים להיסטוריה המלאה של הסוכנות.
בתקופה שגודזילה הטיל את חתתו על ארצות הברית, סוכנות המגן הקימה יחידה מיוחדת שנועדה לצוד את המפלצת, בהנהגתו של דאם דאם דוגאן. יחידה זו הפעילה בין היתר רובוט ענק בשם רונין האדום וכן גרסה מוקטנת של נושאת המטוסים המרחפת כבסיס, הבהמות. אחת מהמצאותיה המיוחדות של הסוכנות היא מודל החיקוי האנושי (Life Model Decoy, LMD) - אנדרואיד דמוי אנוש שנועד להחליף אנשים שנשקפת סכנה לחייהם, והמצאה זו היוותה הגורם לשתי מהפכות בתולדות הסוכנות. ראשית, נבל-העל סקורפיו גנב את הטכנולוגיה ויצר קבוצת נבלי-על בשם "הזודיאק". מאוחר יותר, מספר אנדרואידים הידועים בשם דלטייט השיגו בינה מלאכותית והסתננו לשורות הסוכנות, תוך שהם מחליפים את מקומם של סוכנים בשר ודם, עד אשר פיורי הביס אותם. הדבר הוביל לפירוקה של הסוכנות המקורית ולהקמתו של כוח תקיפה הפועל תחת אותן ראשי תיבות.
במיני סדרה "מלחמה סודית", מבצע הרסני ושאינו מאושר על ידי ממשלת ארצות הברית בלטבריה מביא להתפטרותו של פיורי מהנהגת הסוכנות, כשצווי הסגרה בינלאומיים מוצאים ללכידתו. מחליפתו, מריה היל, לא הייתה ממקורביו או מאנשי סודו אלא כי אם סוכנת חדשה בהיררכיית הסוכנות. תמליל שיחה בינה לבין נשיא ארצות הברית מגלה כי נבחרה לתפקיד פה אחד בידי האו"ם כדי לשמור על נאמניו של פיורי מחוץ לעבודה וכן לשמור על מינימום קשרים עם קהילת גיבורי-העל. נשיא ארצות הברית ציפה מהיל האמריקנית להיות נאמנה ראשית כל למדינתה, למרות היותה של סוכנות המגן נתונה לחסדי האו"ם.
העברתו של חוק רישום העל-אנושיים ומלחמת האזרחים שפרצה בעקבות כך גרם לחיכוך אתי ופוליטי נוסף בין הסוכנות לקהילת גיבורי-העל, כאשר המגן צוותה להשליט חוק וסדר וכן לגייס את גיבורי-העל הרשומים לשורותיה. לקראת סיומו של הסכסוך, היל הגיעה למסקנה שהיא קודמה לתפקיד כדי שתיכשל בו, ולכן הציעה לטוני סטארק לתפוס את מקומה כמנהל הסוכנות, כאשר היא תשמש כסגניתו. סטארק מסכים להצעה בסוף אירועי מלחמת האזרחים ולוקח על עצמו מספר יוזמות, כשביניהן בנייתה של נושאת מטוסים מרחפת נוספת בצבעי אדום-זהב כצבע שריונו של איירון מן, הפעלתו של מעון יום בנושאת המטוסים המרחפת, וכן תיבת הצעות לעובדי הסוכנות. למרות שסטארק הואשם בכך שהתייחס לסוכנות המגן כמו אל חברת בת של "תעשיות סטארק", הוא ייעל את אופן פעילותה והצליח להעלות את המורל. הסוכנות לחמה בגל טרור על-אנושי בהיקף גלובלי ותומרנה לפעול בשתי תקריות בינלאומיות שכמעט גרמו למאסרו של סטארק, עד אשר התגלה שמנדרין היה אחראי לכך והסוכנות מנעה ממנו לבצע רצח עם בעזרת הפתוגן - מעין "וירוס" ביו-אלקטרוני המובנה בתוך ננו-צינורית פחמן ואשר משמש כנוסחת "סופר-חייל" והמשפרת את ביצועיו של האדם אליו מוזרק החומר.
עם תחילתה של הפלישה הסודית בידי גזע הסקרול החייזרי משנה הצורה, נושאת המטוסים המרחפת יוצאת מכלל פעולה בידי וירוס הסקרול וננטשת באזור משולש ברמודה. באותה עת, הסקרול כבר החליפו רבים מסוכני המגן, ביניהם את דאם דאם דוגן. לאחר שהפלישה נמנעת, נשיא ארצות הברית מחליט לפרק את הסוכנות, ומחליף אותה ואת יוזמת חמישים המדינות ואת האוונג'רס ביוזמת ת'נדרבולטס, תחת הנהגתו של נורמן אוסבורן. אוסבורן מנצל הזדמנות זו להפוך את המגן לארגון חדש בשם "H.A.M.M.E.R", שהוקם על ידי סוכני יוזמת ת'נדרבולטס וכן סוכנים לשעבר של ארגון הידרה. קבוצת ת'נדרבולטס מתפרקת תוך כדי, ואוסבורן הופך אותה לכוח תקיפה למבצעים מיוחדים העונה רק לפקודותיו. בינתיים, ארגון H.A.M.M.E.R פועל לצד קבוצת האוונג'רס האפלים החדשה, שפועלת באישור הממשלה.
לאחר הפלישה, ניק פיורי מגלה שסוכנות המגן הייתה נתונה רבות לשליטתו של ארגון הידרה כבר מימי הקמתה.
סוכני S.H.I.E.L.D.
למשך קיומה של הסוכנות, היא הונהגה בעיקר בידי ניק פיורי, ששימש כמנהל הסוכנות השני לאחר קולונל ריק סטונר. הסוכנת מריה היל החליפה אותו בסיפורים של אמצע שנות ה-2000. היא ירדה מרצונה מתפקידה בסיפור משנת 2007, והפכה לסגניתו של טוני סטארק. סוכנים נוספים שהוצגו בשנות ה-60 של המאה ה-20 כללו את טימותי "דאם דאם" דוגן וגבריאל "גייב" ג'ונס, שניהם יוצאי מלחמת העולם השנייה ששירתו יחד עם פיורי ביחידת הקומנדו המייללים (אם כי סיבת צעירותם לא הוסברה בהמשכיות מארוול לעומת הזדקנותו של פיורי); קונטסה ולנטינה אלגרה דה לה פונטיין, שהייתה בעברה הנבלה מאדאם הידרה; קליי קווטרמיין (סוכן 9); ג'ייקוב סטרזובסקי (סוכן 10); ג'ספר סיטוול (סוכן 12); שרון קרטר (סוכנת 13) וברברה מורס (סוכנת 19). ג'ימי וו הוצג במקור באמצע שנות ה-50 מעל דפי חוברות דמותו של טופר צהוב, אך הוצג מחדש בשנות ה-60.
לפני מאורעות מלחמת האזרחים של מארוול, קפטן אמריקה העריך כי מעל לשלושת אלפים סוכנים היו רשומים בסוכנות, ביניהם קפטן אמריקה, תור, ספיידרמן, דרדוויל, הוקאיי, הענק הירוק, ארבעת המופלאים, דוקטור סטריינג', גוסט ריידר, גברת מארוול, האלמנות השחורות נטשה רומנוף וילנה בלובה, דדפול, הגולש הכסוף, בלייד, הפנתר השחור, אלקטרה, ספיידרוומן, הענקית הירוקה, לוק קייג', איש הנמלה השלישי, חברי האקס-מן סייקלופס, סטורם, וולברין, אייסמן, שאדוקאט, קולוסוס, המשוכפל ודניאל מונסטאר ונבלי-העל מגנטו, דוקטור דום, ונום, סייברטות', מנדרין, קרמילה בלאק ונורמן אוסבורן, ששימש כמנהל זמני באירועי "הפלישה הסודית" לפני שפירק את סוכנות המגן לטובת ארגון H.A.M.M.E.R החתרני שלו.
ארגונים קשורים.
A.R.M.O.R.
A.R.M.O.R (Altered-Reality Monitoring and Operational Response, "תגובה מבצעית ומנטרת למציאות חלופית") היא סוכנות אחות למגן שמנטרת אחר חדירות אפשריות ממציאויות חלופיות לארץ-616. הוצגה לראשונה במיני סדרה "Marvel Zombies 3". סוכנות סודית ביותר שאף אחד לא היה מודע לקיומה. במהלך אירועי "שלטון אפל", הסוכנות פעלה תחת פיקוחו של ארגון H.A.M.M.E.R, ואוסבורן רצה לספוג אותה לתוך ארגונו. הסוכנות הצליחה להישמר מידו המשגת של אוסבורן כאשר אחת מסוכניה הורידה מידע מפליל עליו.
H.A.M.M.E.R.
ארגון H.A.M.M.E.R החליף את סוכנות המגן, שפורקה לאחר אירועי הפלישה הסודית, ונורמן אוסבורן הפך למנהלו. פירוש ראשי התיבות לא הובהר עד היום. סוכני המגן והידרה לשעבר נשכרו לשורות הארגון, שמקדם את פעילותה החתרנית של קבוצת האוונג'רס האפלים, המורכבת בעיקר מחברים לשעבר של קבוצת ת'נדרבולטס של אוסבורן ושל האוונג'רס העוצמתיים. אוסבורן מבטל את השפעותיו של סטארק על הארגון ומחליף את כל הסוכנים הנאמנים לניק פיורי, קפטן אמריקה או איירון מן בסוכנים הנאמנים אך ורק לו.
S.T.R.I.K.E.
S.T.R.I.K.E (Special Tactical Response for International Key Emergencies, "תגובה טקטית מיוחדת למצבי חירום בינלאומיים") הייתה סוכנות בריטית שאינה קשורה לסוכנות המגן אם כי פעלה במקביל לה. פורקה לאחר שארגון פשע הסתנן לשורותיה והשתלט עליה, כאשר אחת מחבריה הייתה חברת האקס-מן לעתיד פסיילוק. הסוכנות הוצגה לראשונה בחוברת "Captain Britain #17" של חותם מארוול UK (פברואר 1977).
S.W.O.R.D.
S.W.O.R.D (Sentient World Observation and Response Department, "המחלקה לניטור ולתגובת עולמות בינתיים") עובדת בצמוד לסוכנות המגן, אך מתמחה באיומים חוצניים. הוצגה לראשונה בחוברת "Astonishing X-Men Vol.3 #6" (דצמבר 2004), בכתיבתו של ג'וס וידון.
אחרים.
S.A.F.E.