האובססיה האנטישמית של מוחמד באה לידי ביטוי באוגוסט 1984, כאשר ביקור של התזמורת הפילהרמונית של ניו יורק בקואלה לומפור בוטל בגלל דרישת משרד ההסברה של מלזיה להשמיט מתוכנית הקונצרטים את יצירתו של המלחין השווייצרי-יהודי ארנסט בלוך - "שלמה: רפסודיה עברית לצ'לו ולתזמורת". הנימוקים שנתן משרד ההסברה המלזי התבססו על אנטישמיות, ולוו בהתבטאויות אנטי-ישראליות ואנטישמיות כאחד. הנהלת התזמורת הפילהרמונית מיאנה להשמיט את יצירתו של בלוך, והביקור דולט. דומה כי במחצית שנות ה-80 של המאה ה-20 האנטישמיות במלזיה אזרה חלציה: דוגמה אחת לכך היא העובדה שהפרוטוקולים של זקני ציון הודפסו והופצו ברחבי מלזיה מ-1983 ואילך.
ב-12 באוגוסט 1986 נשא ראש ממשלת מלזיה מאהאטיר נאום במועדון העיתונות המלזי ואמר שהיהודים והציונים שולטים בארגוני התקשורת הבינלאומיים. ארבע יממות אחר כך הוא שב על דבריו בעצרת עממית לרגל תום החג' והוסיף שעיתונאים העובדים בשירות עיתונים זרים שבבעלות יהודית מנסים לערער את יציבות מלזיה באמצעות דיווחים מעוותים וכוזבים. לדוגמה, את העיתון וול סטריט ג'ורנל תיאר כמכשיר תעמולה ציוני. בנאום אחר שנשא בספטמבר אותה שנה בוועידת פסגה של ארגון המדינות הבלתי-מזדהות בזימבבואה, טען מאהאטיר שהשואה ורדיפות היהודים לאורך השנים לא לימד אותם דבר - אדרבא - הוא גרס שרדיפות אלו הפכו את היהודים ל"אותן מפלצות המגונות כל כך בחומר התעמולה שלהם, ונהפכו לתלמידים מוכשרים של יוזף גבלס". בנאם אחר שנשא מאהאטיר בפרלמנט של מלזיה ב-10 באוקטובר, הוא דיבר על ניסיונות ציוניים לעשות שימוש בקבוצות ובפרטים במלזיה על-מנת לפגוע בכלכלתה ולחבל בה. הוא הוסיף להאשים את "העיתונות הציונית" של העולם המערבי באחריות למיעוט השקעות אמריקאיות במלזיה. לעיתים תכופות נהג מוחמד לתקוף את העיתונים האמריקאים "ניו יורק טיימס" ו"וול סטריט ג'ורנל" כעיתונים שכל מטרתם היא לשמש ככלי לפרסום רעיונות הציונות.
בחודש נובמבר 1986 ביקר חיים הרצוג, נשיא מדינת ישראל, בסינגפור. ביקורו של הרצוג גרר תגובות עוינות מצד ממשלת מלזיה וגינויים חריפים לישראל ולציונות. נגד סינגפור בוטאו מחאות על שאפשרה ביקור של ראש המדינה היהודית עד כדי קריאה לנתק את הספקת המים אליה, שמקורה בדרום מלזיה, והצתת דגלי סינגפור. ממשלת מלזיה הגישה ביום הביקור מכתב מחאה רשמי לשגריר סינגפור בקואלה לומפור ואף הביעה "צער עמוק" על הביקור שר החינוך של מלזיה, אנואר אבראהים, הזהיר את סינגפור שביקורו של הרצוג ישפיע על היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות והאשים את ממשלתה באי-כיבוד רגשות המוסלמים.
היחסים במהלך שנות התשעים.
הצהרות עוינות אנטי-ישראליות ואנטישמיות נשמעו מצד מאהאטיר ואישים מלזים בכירים אחרים גם במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20. באפריל 1991 האשים מוסטפא יעקוב, המזכיר הכללי של הלשכה לקשרים בינלאומיים של חטיבת הדור הצעיר במפלגת השלטון המלזית "הארגון המלזי הלאומי המאוחד", את התנועה הציונית באוסטרליה בעריכת מסע אנטי-מלזי ובשאיפה להפיל את שלטונו של מאהאטיר. נאומים תוקפניים נגד ישראל מפי מאהאטיר או נציגים דיפלומטיים מלזים נשמע שוב ושוב כעניין שבשגרה בקביעות ובשיטתיות, כמו גם גינוי ישראל על הסבל שהכיבוש הישראלי מסב לעם הפלסטיני החיים ביהודה ושומרון וחבל עזה. באוקטובר 1992 מיאנה מלזיה להתיר את כניסתו של נציג אל על, חברת התעופה הלאומית של ישראל, לכנס תעופה בינלאומי שהתקיים בקואלה לומפור. בדצמבר אותה השנה הוסיפה ממשלת מלזיה לסרב את התרת כניסתו של הכדורגלן ישראלי רוני רוזנטל ששיחק בקבוצת הכדורגל של ליברפול, ובעקבות ביטלה קבוצת הכדורגל את נסיעתה למלזיה.
במרץ 1994 הורה מאהאטיר (שכיהן גם כשר הפנים וכאחראי על המשרד לצנזור הקולנוע) לאסור את הקרנת סרט הקולנוע "רשימת שינדלר" של סטיבן ספילברג בתואנה שמדובר בתעמולה אנטי-גרמנית שתכליתה הבלעדית היא השגת אהדה ליהודים והכתמת הגזע הארי, קרי הגרמנים. בין היתר הוסבר כי בין הסיבות לאיסור הקרנת הסרט היא האלימות הרבה הרוויה בו. האיסור עורר מחאות מחאות בארצות הברית ובאוסטרליה. בעקבות זאת ביטל קבינט ממשלת מלזיה את האיסור על הקרנת הסרט, אך תבע להשמיט מתוכו שבעה קטעים אלימים וקטעים אחרים הכוללים יחסי מין. ספילברג, במאי הסרט, עמד על כך כי מוטב שהסרט לא יוקרן כלל מאשר שלא יוקרן בשלמותו, ובסופו של דבר החליט להוציא את כל סרטיו משידור במלזיה.
הנורמליזציה ביחסי ישראל–סין וביחסי הודו–ישראל, וכן ביחסי מדינות אחרות באסיה עם ישראל, חלה בראשית 1992 והפנתה את תשומת לבו של משרד החוץ בירושלים גם למדינות המוסלמיות באסיה. ההנחה לגבי מלזיה הייתה כי ראש הממשלה מאהאטיר הוא אנטישמי רדיקלי ואין סיכוי סביר לשינוי מדיניותו העוינת והקיצונית כלפי ישראל כל עוד הוא מכהן כראש הממשלה. עם זאת, בשירות החוץ הישראלי הוחלט שלא להישאר אדישים לגילויים העוינים ממלזיה והוחלט לגייס ידידי ישראל, בייחוד בארצות הברית (אשר שם התרחבו באופן ניכר קשריה הכלכליים של מלזיה), ולבקש מהם שיגיבו על המדיניות של ממשלת מלזיה. בין הארגונים היהודיים שפעלו להביא לידי תגובה היה הוועד היהודי-האמריקאי שאנשיו נפגשו לשיחת תדרוך עם כמה מחברי הסנאט של ארצות הברית שביקרו במלזיה.
הסכמי אוסלו והשפעתם על היחסים.
החתימה על הסכם העקרונות בין אש"ף לישראל באוסלו, בירת נורווגיה, ב-20 באוגוסט 1993 הביאה לסוג של ריכוך ברטוריקה של מנהיגי מלזיה כלפי ישראל. סגן שר החוץ של מלזיה הודיע בבית הנבחרים המלזי כי ממשלתו מקדמת בברכה את הסכמי השלום בין הארגון לשחרור פלסטין לבין מדינת ישראל. ראש הממשלה מאהאטיר אמר כי ארצו תשקול כינון יחסים דיפלומטיים עם ישראל אך בד בבד התריס כי על ישראל "לעשות יותר" למען תהליך השלום הישראלי-פלסטיני. מאהאטיר הביע תקווה כי העם הפלסטיני והישראלים יוכלו לחיות בשלום ושצבא הגנה לישראל ייסוג מכל אדמה פלסטינית באשר היא, אך ציין באותה נשימה כי עתידה של ירושלים נותר לא-פתור. סגן השר לענייני סחר בינלאומי ולתעשייה של מלזיה אמר כי מלזיה מתכוננת לחדור אל השוק הישראלי מיד לאחר כינון יחסים בילטרליים בין שתי המדינות, ועד אז הסנקציות המסחריות והכלכליות של מלזיה על ישראל יישארו בעיניהן. שר החוץ המלזי הוסיף לומר כי ארצו תתרום חמש מיליון דולר אמריקני במטרה לסייע לפלסטינים בניהול רצועת עזה ויריחו, תסייע בפיתוח תשתיות באזורים מהן תתפנה ישראל ותגיש עזרה טכנית בתחום האדמיניסטרציה והמשטרה. שגריר אש"ף בקואלה לומפור טען כי מלזיה היא המדינה הראשונה שהציעה סיוע ועזרה מאז נחתמו הסכמי אוסלו.
אלא שכבר ב-28 בדצמבר 1993 חזר בו מאהאטיר והודיע במסיבת עיתונאים כי אין מלזיה מוכנה בשלב זה של תהליך השלום לכונן עם ישראל יחסים דיפלומטיים. למרות זאת, כמה ממדינות המפרץ הפרסי, כדוגמת בחריין וקטר, הכריזו על כינון יחסים דיפלומטיים עם מדינת ישראל אך מאהאטיר עמד על דעתו כי על ישראל לעבור כברת דרך בטרם תוענק לה הכרה דיפלומטית מארצו. למשל, ישראל עדיין לא הודיעה על הכרה במדינה פלסטינית ולא הכריזה שתימנע מנקיטה בפעולות טרור כדי להשיג את מטרותיה הלאומיות שעה שהפלסטינים נדרשו לוותר על מאבק הטרור שלהם. ב-20 במאי 1994 אמר סגן ראש הממשלה של מלזיה, אנואר אבראהים, כי מלזיה תהא מוכנה לנרמל את יחסיה הדיפלומטיים עם ישראל רק אחרי שהסכמי אוסלו ייושמו באורח משביע רצון.
ב-14 ביוני 1994 ערך טונקו עבדאללה בן טונקו עבד אל-רחמן, אחיו של היאנג די-פרטואן אגונג באותו זמן טואנקו ג'עפר, ביקור פרטי בישראל. הוא היה יושב ראש של ארגון חברות מסחריות והשקעות במלזיה. טונקו עבדאללה נפגש בין היתר עם ראש ממשלת ישראל יצחק רבין ושר החוץ שמעון פרס. כשנודע הדבר בקואלה לומפור הכחיש ראש הממשלה מאהאטיר את השמועות לפיהן הביקור הוא ביקור דיפלומטי מטעם ממשלת מלזיה ושטונקו עבדאללה היה שליח דיפלומטי רשמי של מדינתו. הוא טען כי לא ידע על הנסיעה ושהיה זה ביקור עסקי לכל דבר ועניין. ב-16 ביולי שב טונקו עבדאללה למולדתו והצהיר שביקורו היה פרטי ונועד לבדוק אפשרויות לעסקים בתחומי התיירות והטכנולוגיה במסגרת ביקור נסיעה שערך בין כה וכה לאירופה. טונקו עבדאללה טען שממשלת ישראל ניצלה את ביקורו כדי לגרוף הון פוליטי מפני שהוא אחיו של המלך, שכן לפגישותיו עם רבין ופרס היה אופי חברתי בלבד. חרף התנצלותו של טונקו עבדאללה, שר המשפטים המלזי הורה על פתיחת חקירה נגדו ועל החרמת דרכונו על שהפר החוק בכך שביקר בישראל.