ברונדבי ניצחה את משחק הבכורה שלה בליגה הראשונה בתוצאה 7–1 על קבוצת B 1909 במשחק שבו הבקיע מיכאל לאודרופ שני שערםי. לאחר מכן זומן לאודרופ לנבחרת דנמרק, וב-15 ביוני 1982 הפך לשחקן ברונדבי הראשון שזוכה בכיפת הנבחרת הלאומית. ברונדבי סיימה את העונה הראשונה שלה בליגה הבכירה במקום הרביעי, כאשר לאודרופ מלך השערים השלישי של הליגה עם 15 שערים, מה שזיכה אותו בתואר שחקן השנה בדנמרק. ב-1983, נמכר לאודרופ ליובנטוס בעסקת ההעברה הגדולה ביותר דאז בדנמרק, מה שנתן לברונדבי את הבסיס הכלכלי להתרחב עוד יותר.
לאחר ארבע שנים בליגה הבכירה, ברונדבי זכתה באליפות דנמרק לראשונה בשנת 1985 ושיחקה את משחקה האירופי הראשון כאשר המועדון גבר על אלופת הונגריה בודפשט הונבד 4–1 בגביע אירופה לעונת 1986. בהמשך באותה העונה, ברונדבי הפכה לקבוצה הדנית הראשונה שעברה לעידן המקצועני המלא כאשר עשרה שחקנים הוחתמו במשרה מלאה, והמועדון הוצג בבורסה של קופנהגן ב-1987.
הצלחה באירופה וקריסה כלכלית (1987 - 1992).
לאורך המחצית השנייה של שנות ה-80, הקבוצה שלטה בליגה ולא סיימה פחות מהמקום השני עד 1992. הקבוצה נבנתה סביב שחקנים דנים צעירים מוכשרים, ומ-1987 עד 1991 זכו מספר שחקנים מברונדבי בפרס שחקן השנה הדני בכל עונה. שחקנים אלו היוו את עמוד השדרה של נבחרת דנמרק שזכתה מאוחר יותר ביורו 1992, ושחקנה הבקיע את השער הראשון בניצחון 2–0 בגמר היורו של 1992 - ג'ון "פקס" ג'נסן (1987), כאשר קפטן הנבחרת היה לארס אולסן (1988), זוכה פרס השוער הטוב בעולם לשנת 1992 ו-1993 פיטר שמייכל (1989), זוכה ארבע פעמים בפרס שחקן השנה הדני בריאן לאודרופ (1990) ומלך השערים השני בגמר יורו 1992 קים וילפורט (1991). המועדון, שכבר החל להתרגל לזכייה בתואר הלאומי המקומי, הפנה את שאיפותיו להצלחה אירופאית. בשנת 1989 זכה המועדון בגביע הדני בפעם הראשונה בהיסטוריה.
ב-1990 מינתה ברונדבי את קפטן הנבחרת לשעבר מורטן אולסן כמאמן, ותחת הדרכתו, ברונדבי הגיעה לעונת שיא בגביע אופ"א לעונת 1990/1991, במה שהפך לנקודת השיא בהיסטוריה הקצרה של המועדון באירופה. במיוחד זכורים הניצחונות על הקבוצות הגרמניות איינטרכט פרנקפורט ובאייר לברקוזן, והמועדון הרוסי טורפדו מוסקבה שם השחקנים הדנים כיכבו, והמועדון היה במרחק דקות מההעפלה למשחק הגמר של הטורניר. בדקה ה-88 של חצי הגמר, לעומת זאת, שער של רודי וולר מנע את העפלתה של ברונדבי לגמר גביע אופ"א לטובת רומא שהעפילה על חשבונה לגמר בו הפסידה לאינטר מילאנו 1-2. בעקבות התצוגה האירופית המרשימה של המועדון הקטן יחסית, עזבו את המועדון שחקנים חשובים בקבוצה, ביניהם לארס אולסן, החלוץ המצטיין בנט "טורבו" כריסטנסן ושוערה הכוכב פיטר שמייכל.
השנה שלאחר מכן, 1992, הייתה השנה הגרועה ביותר בתולדות המועדון, כאשר ההשתלטות המיועדת של המועדון על הבנק הדני אינטרבנק השתבשה. הציפייה הייתה שהצלחתה של הקבוצה בזירה האירופית תגביר את שווי מניית ברונדבי על מנת לממן את הרכישה, אך מכיוון שהמועדון הובס על ידי דינמו קייב בהעפלה לגביע אירופה של 1991/1992, המניות מעולם לא הגיעו לערך הדרוש להשלמת העסקה. התומכים הפיננסיים, Hafnia Insurance Company, הבטיחו להתערב ולהשתלט על הקנייה למקרה שברונדבי לא תוכל לממן אותה, אבל כשהתומכים הפיננסים בעצמם קבוצת Hafnia - פשטו את הרגל, ברונדבי נאלצה לקנות את האינטרבנק בעצמה והקריסה הפיננסית הייתה קרובה, כאשר חובות המועדון הצטברו ל-400 מיליון כתר דני. החלה תוכנית חילוץ ארוכת טווח להצלת המועדון, אך אירועים אלו השפיעו על תפקוד הקבוצה במסגרת הליגה, שנקראת כיום הסופרליגה הדנית, בו היא לא זכתה שוב עד 1996.
בנייה מחדש (1992 - 2006).
את הבנייה מחדש של הקבוצה הוביל המאמן הראשי אב סקוודאל, שהחליט של הקבוצה לשחק במערך 4-4-2. החזרה למועדון של ותיקי יורו 1992, ג'ון ג'נסן והקפטן לארס אולסן, בשילוב עם הופעתו של השוער מוגנס קרוג והחלוץ אב סאנד, שיקמו את המועדון על רגליו. הבנייה מחדש הגיעה לשיא כאשר הקבוצה הדנית הדיחה את ליברפול בגביע אופ"א 1995/1996, למרות שלאחר מכן רומא שוב הדיחה את ברונדבי. כולל אותה שנה, ברונדבי זכתה בשלוש אליפויות דנמרק ברציפות, ובגביע אופ"א בשנה שלאחר מכן נרשמה אחת התהפוכות הגדולות בתולדות ברונדבי, שכן תבוסה ביתית 3–1 לקרלסרוהה הפכה לניצחון בסיכום שני המפגשים, כאשר ברונדבי יצאה עם ידה על העליונה. כאשר ברונדבי הביסה את הקבוצה שהרכיבה את הנבחרת הגרמנית של יורו 1996 בה שיחק תומאס הסלר, בתוצאה 5–0 בחוץ בגרמניה. מה שהיה הכי משמעותי עבור ברונדבי הייתה העפלה לפורמט החדש של גביע אירופה, שמותג מחדש כליגת האלופות של אופ"א.
המשמעות של ההעפלה בליגת האלופות הייתה שישה משחקים מובטחים בשלב הבתים עם שלוש מהקבוצות הגדולות באירופה, וכשהם צמדו לברצלונה ואחר כך לפיינליסטיות מנצ'סטר יונייטד ובאיירן מינכן, ברונדבי התמודדה עם משחקים אטרקטיביים מאוד מבחינה כלכלית. למרות הניצחון 2–1 על באיירן במשחק הראשון בשלב הבתים, ברונדבי ספגה 18 שערים ב-6 משחקים והודחה עם ניצחון בודד על שמם.
סקובדאל החליט לקחת את הצוות אימון להשתלמות במועדון הסקוטי אברדין וברונדבי החליטה לנקוט בגישה סקנדינבית יותר, בחיפוש אחר הצלחה יציבה בתחרויות האירופיות כאשר המועדון הנורווגי רוזנבורג, היווה את המודל לחיקוי. המועדון מינה את המנג'ר הנורווגי אוגה הארייד בשנת 2000, שהכריז על שינוי בהרכב לשיטת 4–3–3 התקפית יותר. עם הארייד הגיעו קומץ שחקנים סקנדינביים שבעיקר שחקן נבחרת שוודיה מתיאס ג'ונסון שהפך לחביב האוהדים.
שנת 2000 הייתה גם השנה בה המועדון סיכם את ההרחבה המתוכננת של אצטדיון ברונדבי מקיבולת של 20,000 ל-29,000, מה שהפך אותו לאצטדיון השני בגודלו בדנמרק, רק אחרי אצטדיון פארקן של פ.צ. קופנהגן, בעלות של 250 מיליון כתר דני. ההוצאה העצומה נתפסה כסימן לכך שהמועדון יצא מהמשבר הפיננסי הקודם שלו. פרויקט הבנייה הסתיים בסתיו 2000, וב-22 באוקטובר, 28,416 צופים צפו בברונדבי מנצחת את אקדמיסק בולקלוב 4–2 במשחק הפתיחה של האצטדיון המשופץ.
החזון של הארייד של מערך 4–3–3 מעולם לא התממשו, והצוות חזר במהרה למערך ה-4–4–2 הידוע. כשהוא איבד אט אט יתרון של עשר נקודות ליריבתה לתואר פ.צ. קופנהגן, שזכתה במחצית הראשונה של עונת הסופרליגה 2001/2002, הארייד התפטר באביב 2002 לפני המשחקים האחרונים של העונה. הוא הוחלף על ידי מאמן קבוצת הנוער טום קולרט, שלמרות שלא רצה לקחת את התפקיד, נתן בכורה בקבוצה הראשונה לשחקני קבוצת הנוער הבכירים, בעיקר תומאס קאלנברג, שעזר למועדון להשיג את הזכייה באליפות ברגע האחרון בזכות הפרש שערים עודף על קופנהגן.
לקראת עונת 2002/2003 ברונדבי הודיע שאחד השחקנים הבולטים בתולדות המועדון ומי שנחשב לסמל הקבוצה מייקל לאודרופ מונה למאמן הקבוצה, ביחד עם ג'ון ג'נסן, גם הוא אגדת מועדון, שמונה לעוזרו. בעונתם הראשונה, היו קיצוצים מסיביים מהסגל שהיה גדול מאוד; עשרה שחקנים הוכנסו לסגל המילואים או נמכרו ובמקומה הוקמה קבוצה של כישרונות צעירים. המועדון היה אמור לסמוך על עוד יותר שחקני בית, שכן ברונדבי כבר הייתה מפורסמת בפיתוח שחקנים מוכשרים מאוד באקדמיית הנוער שלה. תוך כדי כך, לאודרופ אמר לכמה שחקנים למצוא מועדונים חדשים מכיוון שהוא חשב שהם לא יתאימו לסגנון המשחק שהוא רצה ליישם.
בתקופת לאודרופ, בשנת 2005 זכה המועדון באליפות העשירית. המועדון הצליח יחסית בתחרויות האירופיות כאשר היא ניצחה את שאלקה 04 2–1 בגביע אופ"א לעונת 2003/2004, אך הפסידה מאוחר יותר לקבוצתו לשעבר של לאודרופ ברצלונה בתוצאה 0-1. במאי 2006, פורסם כי לאודרופ וג'נסן לא יכלו להסכים עם מועצת המנהלים של ברונדבי לגבי הארכת החוזים שלהם, והצמד עזב את המועדון.
שנות דעיכה (2006 - 2013).
לאודרופ וג'נסן הוחלפו על ידי המאמן ההולנדי רנה מלנסטיין, שהיה לו התחלה קשה כמאמן הקבוצה. יחד עם המינוי הטרי אנדרס בירגארד - בנו של הבמאי פר בירגארד - מלנסטיין קנה מספר שחקנים שאיכותם הייתה בספק בימים האחרונים של חלון ההעברות של הקיץ. במשחקים הראשונים המאמן החדש נאבק בפציעות רבות בקרב שחקני המפתח, והקבוצה התקשתה לעמוד בציפיות. מלנסטיין התפטר לאחר שישה חודשים, כאשר הקבוצה במקום השביעי בליגה בעונת 2006/2007.
ההסבר הרשמי לעזיבתו היה שמשפחתו לא יכלה להשתקע בדנמרק, אך זמן קצר לאחר מכן חשף המאמן לשעבר בעיות תשתיות גדולות בארגון המועדון, וכינה את המועדון "חולה מאוד שדורש טיפול מיידי", כמו גם בעיית מחנאות בתוך הקבוצה הראשונה. על מנת לפתור את בעיות המחנאות, הוא דרש מהמנהל המקצועי פר בירגארד לשחרר שלושה שחקני מפתח - מרקוס לאנץ, תומאס רייטר ואיש מועדון אחד פר נילסן - על מנת לשקם את האיזון בסגל הקבוצה הראשונה, דרך שנראתה מפוקפקת בעיני העיתונות, כאשר חלק מהעיתונאים חשדו שהיה מדובר בדרכו של מלנסטיין להתפטר מהקבוצה.
טום קולרט לקח את תפקיד המאמן פעם נוספת, הפעם כפתרון קבע כאשר חתם על חוזה לשנתיים וחצי.