ביוני 1996, ראש מועצת עומר, ח"כ פיני בדש, הודיע שעל אף הפרסומות בטלוויזיה לגבי הופעת גפן בעומר, ועל אף העובדה שנמכרו כבר מאות כרטיסים להופעה זו, הוא לא יאפשר את קיום המופע. לדבריו: "אביב גפן לא ראוי להופיע בעומר כי הוא לא שירת בצה"ל והפך את ההשתמטות מצה"ל לנורמה". החלטתו של בדש עוררה סערה, ותושבי עומר ארגנו הפגנה נגדה בטענה שמדובר בהטלת צנזורה ובפגיעה בחופש הביטוי. בדש טען: "הוא לא דמות שראויה לחיקוי ולכבוד, כי הוא לא שירת בצה"ל. לכל אלה שאמרו לי שהוא בעצם שוחרר מצה"ל בגלל סעיף בגב אני אומר: אם הוא יכול לקפוץ ולקפץ על הבמה במשך שלוש שעות עם גיטרה ביד, אז הוא יכול היה להופיע בפני חיילים במסגרת להקה צבאית. לא ייתכן שבשעה שאחים ובנים שלנו נהרגים בלבנון, הוא יעשה חיים ויכתוב שירים ועוד יקרא לנו דור מזוין. אני לא מוכן לתת במה למי שהפך את ההשתמטות מצה"ל לנורמה. בגללו, הבריחה משירות צבאי בכלל ומשירות קרבי בפרט הפכה לתופעה שכיחה מאוד". רון מיור, עורך דינו של גפן, טען כי ברש נוהג בביריונות ומטיל דיקטטורה תרבותית על אף שאין לו סמכות לכך. לגבי אי שירותו של גפן בצה"ל אמר מיור: "הגיע הזמן לנפץ סופית את השקר הזה. אביב גפן לא גויס מטעמי בריאות. הוא הגיש בקשה להתנדב, ובקשתו נדחתה על ידי צה"ל בלי כל נימוק. אני מדגיש שכל התבטאויותיו נגד הצבא באו אחרי, ולא לפני, דחיית בקשתו על ידי הצבא. לכן, אפשר להבין שבדבריו היה גם המון תסכול מול ההשפלה שחש". ביולי 1996, באמצעות האגודה לזכויות האזרח בישראל, הגישה קבוצה של תושבי עומר עתירה דחופה לבג"ץ נגד החלטתו של בדש לביטול המופע וכן נגד איסורו לתלות על לוח מודעות בעומר שיר סאטירי של אפרים סידון המבקר את פסילת המופע. בעתירה נטען כי החלטתו של בדש מהווה פגיעה חמורה בחופש הביטוי וכי אין לבדש הסמכות לבטל את ההופעה של גפן. באוגוסט 1996, שופטי בג"ץ, אהרון ברק, יעקב קדמי ודליה דורנר דחו את טיעוניו של בדש, וקבעו כי אין לאסור את קיום המופע של גפן ואין לאסור תליית שיר סאטירי על לוח המודעות ביישוב. כמו כן, טענו כי טיעוניו של בדש בפני בג"ץ, לפיהם אסר את המופע של גפן מטעמים ביטחוניים, אינם עולים בקנה אחד עם הטיעונים שמסר לתקשורת, ועל כן מותירים רושם רע.
באוקטובר 1996, גפן התארח בתוכנית סוגרים שבוע בהנחיית יאיר לפיד. במסגרת הראיון, לפיד הקריא מסמך ממנהל הגיוס של צה"ל שנשלח לרון מיור, עורך דינו של גפן: "בתאריך ה-14 באוקטובר 1990 התייצב מרשך אביב בפני ועדה רפואית בלשכת הגיוס אשר מצאה אותו בלתי כשיר לתקופה של 18 חודשים, בגלל סיבות פיזיות בריאותיות, לא נפשיות. לאור קביעת הוועדה הרפואית, ביקש מרשך ביום ה-14 באוקטובר 1990 להתנדב לשירות לצה"ל. לאור מכלול נתוניו האישיים, החליט המוסמך שלא לאשר את התנדבותו לצה"ל". לאחר סיום הקראת המסמך, לפיד אמר לגפן "אתה התנדבת לצבא... כל התקופה שהיית עומד על הבמה, ובקהל היו אנשים עומדים וצועקים 'משתמט! משתמט!' בעצם יכולת להוכיח להם במסמך פשוט שאתה לא משתמט". על כך גפן השיב: "לא חשוב לי להוכיח כל הזמן. אנשים שניזונים מרכילויות ומשמועות - אני לא חייב להם שום הסבר. אני שלם עם עצמי בתוכו". אולם, שבועיים לאחר מכן, העיתונאי נחום ברנע חשף את המסמך המלא שנשלח, באפריל 1996, לעו"ד מיור ממנהל הגיוס בחתימתו של אל"ם אבי זמיר, ובו גרסה שונה לאירועים. המסמך המלא כלל עשרה סעיפים כדלקמן:
ברנע טען כי הצד המשמח בסיפור הוא שגפן לא התאבד וכך ישראל הרוויחה מוזיקאי מוכשר, אולם הצד העצוב הוא ש"השתמטות משירות, נרקיסיזם מתפנק ודאווין בכל מחיר הפכו כאן לרוח הקודש". עו"ד מיור הגיב לכתבה של ברנע: "בניגוד להטחות שמטיחים בו, אביב גפן ביקש להתנדב לצבא. היה לו ניתוח בגב, ובכל זאת התנדב. אחר כך היו התפתחויות, זה נכון. דחו אותו בצורה די משפילה. מדובר בנער רגיש מאוד. אמרו לו, אתה תשרת איפה שנגיד לך. התייחסו אליו כמו אל כלכלב קטן, שמכריחים אותו לטבול בפיפי שלו. הוא הלך איתם לקרב - וניצח".
בנובמבר 1996, במסגרת דיון שעסק בירידת המוטיבציה של הנוער לשרת בצה"ל שנערך בוועדת החינוך בכנסת, ראש אכ"א, האלוף גדעון שפר, טען כי "אם רואים את ראש הממשלה מאמץ אל ליבו את הזמר אביב גפן - אנחנו בבעיה". באותו החודש, נשיא מדינת ישראל (וקרוב משפחתו של גפן), עזר ויצמן, טען כי "זה חמור שראשי ממשלות התחבקו עם אביב גפן, סמל ההשתמטות מצה"ל". ביולי 1997, לקראת הופעתו של גפן בפסטיבל ערד, דרש סגן שר החינוך והתרבות, ח"כ משה פלד, משר הביטחון, יצחק מרדכי, שיורה למפקד תחנת גלי צה"ל שלא לשדר כמתוכנן את הופעתו של גפן ברדיו. בפנייתו כתב פלד: "כפי ששר הביטחון יודע, מר גפן הנכבד לא לבש מדי צה"ל בעבר. וחמור מזה - הוא יצא בגלוי נגד קציני צה"ל וחייליו, ונגד השירות הצבאי בכללותו".
בפברואר 1998, במסגרת ראיון לקראת צאת אלבומו חלולים, גפן אמר: "בהתחלה צה"ל פסל אותי לשירות, ולא רצו שאני אתנדב. אחרי שנה שסירבו, אמרו פתאום, עכשיו, וכבר לא רציתי. ניסיתי להקה צבאית ונכשלתי, אמרו לי שאני זייפן ולא מוזיקלי. אבל אני רוצה להגיד לך שאם זה היה קורה עכשיו, הייתי מתגייס [...] אם יתנו לי עכשיו שירות לאומי, אז אם זה יסתום להם את הפה, אני אלך". במרץ 1998, יצא לאור אלבומו השביעי של גפן, חלולים, ועל עטיפת האלבום צילום רנטגן של גפן וזוגתו דאז, אילנה ברקוביץ'. צילום הרנטגן מציג את הפלטינה שהושתלה בגבו של גפן בצעירותו כדי לטפל בבעיית העקמת ממנה סבל. ליאור מילר, מנחה התכנית 'קליפופ' בה גפן התארח לאחר צאת האלבום, ברר עם גפן האם הצילום הזה אמור להוכיח את בעיות הגב של גפן שבגינן לדברי גפן לא התגייס. גפן טען שזו מטרה משנית של הצילום ואישר שלא התגייס לצבא עקב בעיות בריאותיות. בשנת 1999, כשהתראיין למגזין יומן, אמר גפן שכולם יודעים שהוא ניסה להתקבל ללהקה צבאית וסורב ושיש לו מסמר פלטינה בגב.
בשנת 2001, קצין החינוך הראשי, תא"ל אלעזר שטרן, הוציא הנחיה לפיה אין להזמין זמרים להופעות בתשלום מול חיילי צה"ל אם אלו לא משרתים במילואים. מהלך זה גרם לאייל גולן (ששירת בצה"ל בשירות סדיר אך קיבל פטור ממילואים) להגיע להסדר עם צה"ל לפיו הוא יופיע חמש פעמים בשנה מול חיילים במסגרת שירות מילואים. הסדר דומה הוצע לגפן. במסגרת משא ומתן בין צה"ל למנהליו של גפן, הוצע לגפן להתחייל (לעבור הליך גיוס בבקו"ם ולקבל מספר אישי) במסגרת מסלול מיוחד של שירות במילואים ללא שירות סדיר. ביולי 2001, פורסם שגפן אמור להתגייס לחיל החינוך בתוך שבועות ספורים, ובמסגרת שירות המילואים, יופיע מספר פעמים בשנה בפני חיילי צה"ל, אולם באוגוסט 2001, טען גפן שאין בכוונתו להתגייס לשירות מילואים, שאין בכוונתו להופיע בפני חיילים בעזה ובגוש קטיף, ושאם החיילים רוצים לראות הופעה שלו - שיבואו לצוותא.
ביוני 2002, במסגרת ראיון שהעניק למוסף 7 לילות, אמר גפן: "לא התקבלתי ללהקה צבאית. הבוחנים החליטו שאני זייפן ולא מוזיקלי. אחרי שעברתי ניתוח גב, ביקשתי להתנדב. לא רצו שאתנדב. הבעתי נכונות להופיע בפני חיילים, בחינם ובכל זמן. לא רצו לאפשר לי. אני אמן. חיילים זה הקהל שלי, קהל חשוב. אני מוכן לתרום, אבל יש אינטרסנטים שלא רוצים שאופיע בפני חיילים". ביולי 2002, גפן אמור היה להופיע בעצרת מחאה של תנועת יש גבול, אולם החליט לבטל את השתתפותו לאחר שהבין שבעצרת תובע תמיכה בסרבנות. לדבריו, הוא לא מוכן לתמוך בסרבנות. מנהלו האישי, מאיר קוטלר, טען שמשום שגפן לא שירת בצה"ל, הוא אינו מוכן לנקוט עמדה בסוגיה זו. ביולי 2002, גפן התארח בתוכנית תוצרת הארץ בה נשאל מדוע ביטל השתתפותו בעצרת המחאה. גפן השיב: "אני חושב שזה טיפה חוצפה מצידי, בתור אחד שלא עשה צבא, לבוא ולהגיד 'תשמעו אני לא הייתי בצבא, אבל סירבו פקודה, לכו נגד החוק. קצת חוצפה נראה לי".
בשנת 2005, גפן התייחס לאי גיוסו לצה"ל בספרו האוטוביוגרפי 'ילדי יום ראשון' בו כתב: "בואו נסגור את הסוגיה הזו אחת ולתמיד. שוחררתי מהצבא מטעמי בריאות עקב סקוליוזיס (עקמת). עברתי ניתוח שבו השתילו לי עמוד פלטינה בגב, ולמדתי ללכת מחדש אחרי ששכבתי חודש בבית חולים מאיר. [...] נבחנתי ללהקה צבאית אבל לא רצו בי בטענה שאני לא מספיק מוזיקלי".
בשנת 2007, גפן נעתר להצעה לשדר עם גיא מרוז בתוכנית "ציפורי לילה" של גלי צה"ל. אולם העובדה שלא שירת בצה"ל עוררה ביקורת להשתתפותו בתוכנית בתחנה צבאית הממומנת מכספי משרד הביטחון, וראשי התחנה החליטו לחזור בהם מהכוונה לשבץ את גפן בתוכנית הלילית.
בשנת 2016, הגיש גפן בקשה להופיע בפני חיילי צה"ל, והחל לנהל מגעים להסדרת הסוגיה מול חיל החינוך ואכ"א. לפי פרסום בעיתון ישראל היום, צה"ל שקל לאפשר לאמנים שלא שירתו בצה"ל, להופיע בפני חיילים. דברים אלו עוררו סערה, וח"כ אלעזר שטרן (שאסר בשנת 2001, כקצין חינוך ראשי, הזמנת זמרים להופעות בתשלום מול חיילי צה"ל אם אלו לא משרתים במילואים) המשיך לדבוק בהתנגדותו ואמר: "בעבר אמרתי לאביב גפן שאם הוא רוצה להופיע בפני חיילים, הוא צריך לעבור בבקו"ם. אם אביב גפן יבוא עכשיו ויגיד שהוא רוצה להתגייס ולעבור דרך הבקו"ם, אין בעיה שיופיע בפני חיילים. אם לא - לא" והוסיף: "זו לא תוכנית כבקשתך. שלא יעשו טובות. הצבא מחליט איך תורמים לו. אמנים שלא מתגייסים מעודדים השתמטות, ולא מגיע להם פרס".