טרנסנטיאגו הפכה לפיכך לאחד האתגרים הגדולים ביותר שעמדו בפני הנהלת הרכבת התחתית של סנטיאגו. שינויים מבניים אלו במערכת התחבורה הניבו זרימה משמעותית של משתמשים חדשים, בנוסף לאלה ששולבו בקו 4 החדש. כדי להתמודד עם עלייה זו בנפח הנוסעים, השקיעה הנהלת הרכבת התחתית השקעה מסיבית על מנת למנוע את קריסת הרשת, השקעה שכללה שיפורים בתשתית הגישה לתחנות, רכישת 11 רכבות חדשות מחברת CAF הספרדית, ושילובן בכל הקווים כמו גם שיפוץ של הרכבות הקיימות. בנוסף, נערך קמפיין הסברה רחב היקף עבור המשתמשים החדשים בנוגע לשימוש ברשת.
ב־10 בפברואר 2007 הושקה תוכנית טרנסנטיאגו אך התוצאות היו קטסטרופליות. מרבית קווי האוטובוסים החדשים קרסו תוך מספר שעות, ואילצו מאות אלפי משתמשים לעבור לרכבת התחתית, שסיפקה שירות אמין ומהיר יותר עד אז. בתוך מספר ימים הוכפל מספר נוסעי הרכבת התחתית ותחנות רבות לא יכלו להכיל את כמות האנשים שהגיעו אליהן. צעדים שונים אפשרו לצמצם את מספר הנוסעים ברכבת התחתית ולהעבירם למיניבוסים, שכן הם הצליחו לתפקד כרגיל. עם זאת, הרכבת התחתית המשיכה להציג נתוני תפוסה גבוהים ביותר. כדי לנסות לענות על הביקוש העצום, החליטו בהנהלת הרכבת התחתית להקדים את תחילת השירות לשעה 6:00 בבוקר החל מ-1 במרץ. ב-10 במרץ הודיעה הנשיאה מיצ'ל בצ'לט על הארכת שעות הפעילות בחצי שעה בערב עד 23:00. לכך התווספו צעדים שונים שהופעלו במהלך השנים שלאחר השקת התוכנית, כגון הקמת שירותי אקספרס בקווים 2, 4 ו-5 בשעות השיא, נקודות גישה חדשות עבור מספר תחנות והגדלת מספר הקרונות בקו 1.
הארכות למאיפו ולאס קונדס.
ב־15 בנובמבר 2005 הכריז הנשיא ריקארדו לאגוס על הארכת קו 1 מזרחה, מתחנת "אסקואלה מיליטר" לתחנת "לוס דומיניקוס", שבקומונת לאס קונדס. שלוש תחנות חדשות הוקמו, מה שהוסיף 4 קילומטרים לרשת ההרכבת התחתית. כשנחנכו ב-7 בינואר 2010 בימי נשיאותה של מיצ'ל בצ'לט.
באותו יום הוכרז על אחד הפרויקטים החשובים ביותר בשירות: הארכת קו 5 מערבה, המחבר את הקומונות מאיפו, פודאוול, לו פראדו וקינטה נורמל לרשת הרכבת תחתית. באופן זה, הגיעה הרכבת התחתית לראשונה לגזרה המערבית של העיר ולקומונת מאיפו, הקומונה המאוכלסת ביותר במדינה באותה העת לאחר שעקפה את פואנטה אלטו בשנת 2008.
ב-31 באוקטובר 2009 אושרה הפריסה הסופית של ההארכה של קו 5, היוצאת מתחנת "קינטה נורמל" לאורך שדרת סן פבלו מתחת לפני האדמה, ופונה דרומה על פני הקרקע לאורך שדרות טניינטה קרוז ופאחריטוס לפני שהיא יורדת שוב מתחת לאדמה עד לתחנה הסופית בפלאסה דה ארמאס דה מאיפו. הקטע הראשון לתחנת "פודאוול" נחנך ב-12 בינואר 2010, ואילו החלק שנותר ל"פלאסה דה מאיפו" נפתח לציבור ב-3 בפברואר 2011.
לצד ההארכות החדשות, בוצעו גם מספר עבודות חשובות, ביניהן שיפוץ תחנת "פאחריטוס" כדי להפוך אותה למסוף לולאתי, שמאפשר יעילות רבה יותר בקטע העמוס ביותר של קו 1. חנוכת תחנת "סן חוסה דה לה אסטרייה" שהתעכבה בקו 4. בנוסף במסגרת ההארכה של קו 5 נבנתה בתחנת "דל סול" גם תשתית לטרמינל אוטובוסים בינעירוניים.
קווים 3 ו-6.
לאחר השקת תוכנית טרנסנטיאגו ותחילת עבודות ההארכה למאיפו, נמנעה הנהלת הרכבת התחתית מתכנון קווים חדשים עד להערכת הביצועים של השינויים האמורים, שעל פי תוצאותיהם היא תוכל לקבוע האם הבנייה רווחית והכרחית. וכן האם היא מצריכה את הרחבת הקיים או תכנון קווים חדשים. אך למרות זאת, המזכירות הבין-משרדית לתכנון תחבורה של צ'ילה שנקראת סקטרה האחראית על תכנון התחבורה במדינה, הוציאה מכרז לתכנון הרחבות עתידיות באמצע שנת 2006. ואף על פי שהמתמודדים במכרז יכלו לתכנן קווים משלהם, סקטרה הציבה שלושה תנאי סף: ביצוע הפרויקט של קו 3 בין שדרת אירראסאבל וקומונת אינדפדנסיה שלא יצא לפועל עקב רעידת האדמה ב-1985. ביצוע הפרויקט של השלוחה הצפונית של קו 4 עד ויטקורה או ווצ'וראבה דרך מרכז קוסטנרה שבקומונת פרובידנסיה והארכת קו 4A למאיפו, ושני קווים חדשים לאורך שדרת סנטה רוסה ולאורך ציר לוס לאונס-מאקול-לה פלורידה.
עם זאת, בעיות העומס שהחריפו בקו 1 מאז יישום תוכנית טרנסנטיאגו, דרשו לתעדף חלופות שיעזרו להפחית אותו. בשנת 2007 הציע קלמנטה פרז המנהל של מטרו SA המפעילה של הרכבת התחתית, שתי הצעות בנושא. הראשונה מקבילה לתוכנית המקורית של קו 3 והשנייה בדמות קו חדש לאורך שדרת סנטה מריה. ובמקביל קבוצת חברות בנייה הגישה הצעה (בעלות של 900 מיליון דולר) ליצירת קו אקספרס מתחת לקו 1 הנוכחי עם עצירות בתשע תחנות חשובות בלבד. בספטמבר 2009 צומצמו האפשרויות לשלוש חלופות, הקו דרך סנטה מריה, קו 3 על פי התוכנית המקורית וקו חדש מתחנת "פדרו דה ולדיביה" דרומה לאצטדיון הלאומי, שיפנה מערבה באמצעות קו הרכבת הישן, ויגיע לבסוף לפארקה הדו-עונתי העתידי בסריוס.
ב-29 בדצמבר 2009, הודיעה הנשיאה מיצ'ל בצ'לט על הקמת קו 6 החדש של הרכבת התחתית בסנטיאגו. על פי המתווה של הקו שהוצע בין פדרו דה ולדיביה לסריוס אך בשינוי קל, כשהוא יתחיל מזרחית יותר בתחנת טובאלבה של קו 4. תכנון זה איפשר לחבר במהירות את אוכלוסיית דרום העיר עם המרכז הפיננסי של העיר. בנוסף הוא איפשר הפעלת פרויקטים נדלניים לאורך הסביבה המידרדרת של סאנחון דה לה אגואדה וניצול רצועת קווי הרכבת הישנה של העיר, שתוזיל עלויות. כשהפרויקט, בהשקעה של 900 מיליון דולר, אמור היה להיות מוכן עד שנת 2014. אך הבחירה בנתיב זה על פני האפשרויות האחרות הייתה שנויה במחלוקת, מספר מחקרים הצביעו על כך שקו 3 יאפשר הובלה של יותר אנשים מקו 6 ויסייע יותר בפתרון בעיית העומס של קו 1. מנגד מחקרים אחרים הצביעו על היתרונות של קו 6, כיוון שהוא עובר באזורים מסחריים בעלי צפיפות גבוהה יותר, ונותן עדיפות לאוכלוסייה מהשכבות הסוציו-אקונומיות הנמוכות יותר. אך ההפסד של בצ'לט לסבסטיאן פיניירה בבחירות לנשיאות ב-2010, ורעידת האדמה העוצמתית שהתרחשה באותה השנה במדינה העמידו בספק את בניית קו 6. כשהממשלה החדשה הודיעה כי הפרויקט של קו 6 יבחן מחדש, בעקבות המציאות הפיננסית אליה נקלעה צ'ילה לאחר רעידת האדמה. עם זאת, לאחר בחינת המצב כמה חודשים מאוחר יותר אישרה הממשלה את הקמת קו 6, ואף הכריזה שתקים במקביל אליו גם את קו 3, כששני הפרויקטים עתידים להיפתח בין 2017 ל-2018. שינויים מסוימים בוצעו בפריסה של קו 6, כשהחיבור אל קו 1 שונה לתחנת "לוס לאונס" שתי תחנות מערבית יותר מהתכנון המקורי בתחנת "טובאלבה", ואילו מסלולו שונה כך שיסע לאורך שדרת קרלוס ולדיבינוס במקום לאורך סאנחון דה לה אגואדה. בפברואר 2014 הוכרז על הקמת תחנה נוספת ממערב לסריוס, בשם "לו ארסוריס", שתהיה תחנה משולבת עם חיבור לבית מלאכה מכני, יחד עם שילוב בינה לבין תחנת הרכבת למליפייה.
והקווים החדשים תוכננו להיות בנויים מתחת לפני האדמה לאורך כל הדרך, ולהציג חידושים שונים בהשוואה לקודמיהם, כגון דלתות המשלתבות עם הרציף ואספקת חשמל עילית, במקום מהמסילות כמו בשאר הרשת. בנובמבר 2013 הוענק המכרז הבינלאומי לאספקה ותחזוקת הרכבות שינועו בקווים החדשים לתאגיד הספרדי CAF. המכרז כלל 185 רכבות בעלות מיזוג אוויר ומערכת טייס אוטומטי, שפותחה על ידי קבוצת תאלס, חברת אלקטרוניקה צרפתית שעוסקת בפיתוח מערכות מידע ושירותים לשוק האווירי והביטחוני. טקס החנוכה של קו 6 היה אמור להתקיים בספטמבר 2017 אך לאור כשלים שנמצאו במהלך ניסיונות ההרצה שלו החנוכה הרשמית נדחתה והתרחשה רק ב-2 בנובמבר 2017 על ידי הנשיאה מיצ'ל בצ'לט ששבה לשלטון ב-2014. לפרויקט של קו 3 נדרשה שנה נוספת ולבסוף הוא נחנך ב-22 בינואר 2019 על ידי הנשיא פיניירה ששב לשלטון ב-2018.
קווים 7, 8 ו-9.
ב-1 ביוני 2017 בנאומה השנתי הכריזה הנשיאה מיצ'ל בצ'לט על הקמתו של קו 7. שיהיה מקביל לחלק משמעותי מהתוואי של קו 1, במטרה להפחית את העומס על הקו בכ-20%, ולהיפתח בשנת 2025. על פי התכנון, קו זה ישולב עם קווים 1, 2, 3 ו-5 וישרת את הקומונת של רנקה, סרו נביה, קינטה נורמל, סנטיאגו, פרובידנסיה, לאס קונדס וויטקורה.
ב-22 בדצמבר 2017 פרסם העיתון "אל מרקוריו" דו"ח לפיו תוואי הקו שונה, כך שהוא לא ישולב גם עם קו 6. לצד זאת, הוכרז כי פתיחת הקו לא תתרחש כמתוכנן והקו ייחנך רק בשנת 2026, כשבהמשך נדחתה הפתיחה ל-2028.
ביוני 2018 בנאומו השנתי הכריז הנשיא סבסטיאן פיניירה כי יחלו העבודות לתכנון שני קווי רכבת תחתית חדשים, קו 8 שיחבר את קומונות לה פלורידה ופואנטה אלטו עם פרובידנסיה ויתחבר לקווים 1, 3, 4 ו-6. וקו 9 שיצא ממרכז העירי דרומה לקומונת לה פינטנה, אחת הקומונת האחרונות בעיר שעוד לא מחוברת לרכבת התחתית, שיתחבר לקווים 1, 3, 4A ו-6. בנוסף הכריז פיניירה שקו 4 יורחב בשלוש תחנות נוספות. על פי התוכנית המקורית קווים 8 ו-9 היו צפויים להיחנך בין שנת 2027 ל-2028. אך במרץ 2020 בעקבות המחאה החברתית שהחלה בסוף שנת 2019 שהשביתה מספר רב של תחנות המכרז נתקע ותאריך הפתיחה הוכרז כלא ידוע.
משבר חברתי.
במהלך חודש אוקטובר 2019, רשת הרכבת התחתית של סנטיאגו הושפעה ממחאה חברתית שהתפתחה בעקבות התוצאות של תוכנית טרנסנטיאגו שהגבירו את העומס על מערכת הרכבת התחתית כולה, מה שהביא לעלייה בתעריפי הנסיעה. בתגובה לעליית המחירים החלו תלמידי תיכון לבצע פעולות מחאתיות מאורגנות של התגנבות לרכבת והתחמקות מתשלום בין 6 ל-11 באוקטובר שגררו פעולות אכיפה של המשטרה. בשבוע שלאחר מכן ההפגנות גלשו לתחנות הרכבת התחתית השונות, וגרמו להשבתות חוזרות ונשנות של שירות הרכבות.