חשוב בהרבה מאובדן המבצרים והערים הבצורות היה אובדנה של ירושלים. הנוצרים הורשו לעזוב עם כל רכושם אחרי מצור בן שבועיים, שנמשך מיום 20 בספטמבר 1187 עד לכניעת מגיני העיר ביום 2 באוקטובר. המצור היה קצר יחסית אך אינטנסיבי ואלים, כאשר שני הצדדים מרגישים כי הם נלחמים על עיקרי אמונתם וסמל מרכזי בתרבותם. כיבוש העיר החזיר את ירושלים לשלטון מוסלמי לאחר 88 שנים של שלטון נוצרי. המוסלמים בראשות צלאח א-דין החלו בהפיכת ירושלים לעיר מוסלמית על ידי מחיקת עברה הצלבני. צלבים שהיו מוצבים על מבנים הוסרו. מסגד אל-אקצא חזר להיות מסגד לאחר ששימש כמשכן למסדר הטמפלרים. כיפת הסלע חזרה להיות מבנה מוסלמי. ציורי קיר על מוסדות נוצריים כוסו וטוהרו לאחר שהוצאו מהם הפסלים.
אירועים אלו, ששיאם היה אובדן השליטה הנוצרית על המקומות הקדושים לנצרות בארץ ישראל בכלל ובירושלים בפרט, זעזעו את אירופה, גרמו למותו הפתאומי של האפיפיור אורבנוס השלישי והביאו לכינונו של מסע הצלב השלישי.
הממלכה השנייה.
ממלכת ירושלים השנייה שלעיתים נקראת ממלכת עכו קמה מחורבות ממלכת ירושלים במהלך מסע הצלב השלישי אך הייתה שונה מהממלכה הראשונה בכל אספקט. באופן גס מחולקת ההיסטוריה של הממלכה השנייה ל 3 תקופות עיקריות:
במקביל, תהליכים אדירים שינו את פני המזרח התיכון ואירופה, ודחקו את ממלכת ירושלים לעמדה משנית. גורם ראשון המופיע על במת ההיסטוריה העולמית היא האימפריה המונגולית ששינתה את פני המזרח התיכון וביחד עם האימפריה הממלוכית החריבו את הנסיכויות האיוביות וצימצמו את שטחה והשפעתה של האימפריה הביזנטית ולבסוף הביאו עליה חורבן. אירופה הנוצרית נקרעה במאבקים בין הקיסרות הרומית הקדושה לכס הקדוש שהסיטו את כובד המשקל ותשומת הלב הנוצרית והרחיקו את ממלכת ירושלים ומסעי הצלב כביטוי לדבקות והגשמה דתית.
מסע הצלב השלישי.
המצור על עכו.
בקיץ של שנת 1188 שוחרר גי דה ליזיניאן, מי שנשא - עדיין את התואר מלך ירושלים משביו בדמשק, ובאביב אותה שנה יצא לכיוון עכו עם גדוד קטן. ביום 26 באוגוסט הגיע הכוח הצלבני שכלל ככל הנראה 600 פרשים וכ 7000 חיילים רגלים למישור עכו, ובחסות החשיכה עלה גי דה ליזיניאן על תל עכו הידוע גם בשם תל אל-פחאר והתבצר עליו. המצור על עכו נמשך עד לשנת 1191, והיה אקורד הפתיחה של מסע הצלב השלישי. זמן קצר לאחר תחילת המצור הפך המישור של עכו לאבן שואבת לאבירים נוצרים מאירופה. במשך שלוש שנים התחוללו קרבות במישור המקיף את עכו, על חומות העיר ובים כאשר הצבאות הנוצרים שולטים על נקודות אסטרטגיות אך מוקפים ונמצאים במצור חלקי של צבאות צלאח א-דין.
מסע הצלב השלישי.
מסע הצלב השלישי נערך כתגובה לקרב קרני חיטין, כיבוש ממלכת ירושלים וכיבוש ירושלים בידי צבאות צלאח א-דין. מסע זה, השלישי במסעי הצלב העיקריים לארץ ישראל, יצא מאירופה בשנת 1190 לאחר תקופת התארגנות ארוכה שבמהלכה פרעו הצלבנים ביהודים תושבי אירופה. מסע הצלב התנהל תחת הפיקוד של שלושת המלכים האירופאיים החשובים של התקופה: קיסר האימפריה הרומית הקדושה פרידריך ברברוסה, פיליפ אוגוסט (השני) מצרפת וריצ'רד הראשון ("לב הארי"), מלך אנגליה. המחנה הגרמני לא זכה להגיע כלל לארץ הקודש.
ביום 20 באפריל 1191 הופיעו לפני חומות העיר כוחות צרפתיים בפיקודו של פיליפ אוגוסט. תחילה ניסה המלך הצרפתי להכריע את המצור בסדרת התקפות עזות על ביצורי העיר, שלוש התקפות שנערכו בחודש יוני נהדפו בקושי אך במקביל המשיכה הארטילריה הצלבנית להפגיז את חומות העיר שבקיעים, סדקים ואף הרס מאסיבי ניכרו בהן. ההתקפות נערכו מאחרי חומות עפר מהודק שהפכו את האש היוונית ששימשה את המגינים לחסרת תועלת. ביום 8 ביוני נחת הצבא האנגלי בעכו, ביום 2 ביולי התמוטטו חלקים מביצורי העיר, התקפה ראשונה על הפרצה נהדפה והתקפות נוספות נערכו מיום 5 ביולי עד ליום 7 ביולי אך ללא הצלחה. התקפה נוספת ביום 11 ביולי הביאה את המגינים לייאוש מוחלט ולהסכם כניעה.
כיבוש עכו, בדיעבד נקודת השיא של מסע הצלב, הותיר בארץ את ריצ'רד לב הארי כמפקד יחיד של מסע הצלב. לאחר הצלחה צבאית בקרב ארסוף התקרבו הצלבנים לירושלים אך נסוגו מבלי לנסות לכבוש את העיר - משיקולים טקטיים ופוליטיים שונים. ההססנות הצלבנית לנצל את ההצלחה איפשרה למוסלמים להתאושש ולפתוח בטקטיקה חדשה של אדמה חרוכה במהלכה נהרסו עשרות מבצרים ונקודות יישוב על מנת למנוע מהצבא הצלבני נקודות אחיזה. ההרס הגדול ביותר עבר על אשקלון. עם תום מסע הצלב התבררו ממדי ההרס, אדמה חרוכה שלא הותירה לצלבנים יכולת להתנחל בחלקי הארץ המרוחקים ממישור החוף. כך השתנתה הטקטיקה הצבאית בארץ ישראל מלוחמת מצור וקרבות פנים אל פנים שאפיינו את ימי ממלכת ירושלים הראשונה, לסדרת פשיטות שבמהלכן נמנעו - בדרך כלל המוסלמים - מעימות חזיתי עם הצלבנים ובכך מנעו מהם יכולת להכרעה צבאית, אך נמנעה מהם היכולת להכריע את הצלבנים במערכה בדומה לקרני חיטין מה שהעניק לצלבנים מאה שנים נוספות של קיום.
לאחר עימות צבאי נוסף ביפו שהוביל למבוי סתום עבור שני הצדדים נחתם הסכם שלום בין הצלבנים לבין צלאח א-דין ובעקבותיו עזב המלך האנגלי את הארץ.
קרב ארסוף.
ביום 22 באוגוסט 1191, יצא הצבא הצלבני מעכו לכוון דרום למסע של כיבוש מחדש של ארץ ישראל כשמטרתו המוצהרת - כיבוש ירושלים. ביום שבת ה-7 בספטמבר, בסמוך לארסוף החלו המוסלמים לתקוף את הצבא הנוצרי, קשתים מוסלמיים רכובים המטירו חיצים על הצלבנים כשהם מתרכזים במאסף. ריצ'רד הורה להמשיך בהתקדמות האיטית עד שהתנאים יבשילו להתקפה מוחצת מבלי להפקיר את החיילים הרגלים. לאחר שכוח מוסלמי תקף ישירות את המאסף פרצו האבירים ההוספיטלרים את השורות והסתערו, כל מערכת הקרב נשברה והפרשים הצלבנים פרצו את שורות הרגלים אל כוון המוסלמים. היסטוריונים נוצרים מתארים את ריצ'רד דוהר אל כוון המוסלמים הבורחים מפניו ונתיבו זרוע בגופות חיילים מוסלמים, בעוד היסטוריונים מוסלמים מתארים את עוצמת "חומת הברזל" הצלבנית שהשמידה את הגדודים המוסלמיים. ההתקפה הצלבנית נערכה בשלושה גלים ועם תום ההתקפה השלישית נפוצו המוסלמים לכל עבר. קרב ארסוף אחד המפלות הקשות של צלאח א-דין פגעה קשה בצבא המוסלמי שברה את רוחו והוציאה ממנו את הנכונות להתמודד שוב בקרב פנים אל פנים עם הצבא הצלבני.
הכתרת מלך ירושלים.
ביום 20 בינואר 1192, הגיעו לחורבות אשקלון גדודים צלבנים והחלו להקים את חורבות ביצוריה. במהלך עבודת הביצורים נאלץ ריצ'רד להתמודד עם נטישה של הגדודים הצרפתים שתקופת שירותם תמה וגרוע מכך - עם חדשות קשות מאנגליה לפיהן אחיו ג'ון העוצר ניצב מול מרד גלוי. מועצה של אצילים התכנסה באשקלון ושמעה את ריצ'רד מכריז על עזיבתו. המועצה גם החליטה כי מלך ירושלים בקרב קרני חיטין גי דה ליזיניאן - איש אמונו של ריצ'רד איננו ראוי לשאת את כתר ממלכת ירושלים וכי הכתר יימסר לקונרד ממונפראטו שנשא לאישה את יורשת העצר איזבל הראשונה, מלכת ירושלים. גם תוכנית זו עלתה על שרטון משנרצח קונארד, ולהציל את ממלכת ירושלים מוואקום שלטוני נישאה אלמנתו בנישואי בזק לאנרי השני, רוזן שמפאן.
ייסוד הממלכה הצלבנית של קפריסין.
לסיום נושא הכתרת השליט של ממלכת ירושלים פעל ריצ'רד להסדיר את ענייניו של גי דה ליזיניאן, והעביר לידיו את כיסא המלוכה של האי קפריסין אותו כבש ריצ'רד לב הארי בדרכו ממסינה לעכו. האי נמכר למסדר הטמפלרים אך שלטונם הנוקשה הביא את תושבי האי לידי מרד. המסדר היה מעוניין לחזור בו מהרכישה והיו מוכנים להחזיר את האי בתמורה לדמי הקדימה ששולמו למלך האנגלי. גי דה ליזיניאן שילם דמי קדימה אלו למסדר הטמפלרים ובכך קנה את זכותם על האי והתחייב לשלם את שאר המחיר על האי לריצ'רד. כך עזב דה ליזיניאן את חופי ארץ ישראל ונחת בקפריסין שם ייסד את שושלת בית ליזיניאן ממנה יצאו במאה ה-13 מלכים לממלכת ירושלים הדועכת, ושלטה באי עד סוף המאה ה-15.
ז'אן דה בריין.
לאחר מסע הצלב השלישי נתערער מעמד כיסא מלכות ירושלים, ובהיעדר יורש עבר הכתר לנשים - בנות משפחת המלוכה ולבעליהם השונים. לאחר רצח קונרד ממונפראטו ולאחר מכן מותו הפתאומי של אנרי הראשון התחתנה יורשת העצר איזבל הראשונה, מלכת ירושלים עם אימרי דה ליזיניאן מלך קפריסין ועם מותם ב-1205 עבר התואר מלכת ירושלים לידי מריה ממונפראטו והיא בת 13. בעיית הכתר - או היעדר מלך בראש ממלכת ירושלים, דרשה פתרון ואצילי הממלכה פנו בהתאם למסורת ונטיית לבם לפיליפ השני, מלך צרפת. הוא הועיד לתפקיד את ז'אן מבריין . ז'אן דה בריין קיבל עליו את התפקיד והפליג לארץ הקודש כשבידו מענק כספי נדיב ממלך צרפת בסך 40,000 לירות כסף, סכום שהושווה במענק נוסף על ידי האפיפיור. מלווה בגדוד אבירים נחת זא'ן דה בריין בעכו ביום 13 בספטמבר 1210 ונתקבל על ידי האוכלוסייה המקומית הצלבנית ואף האוכלוסייה היהודית הקטנה של ממלכת ירושלים, שקיבלה את פניו עם ספר תורה בידם בסמוך לשפך נחל נעמן. ב-14 בספטמבר 1210 התחתנה מריה עם זא'ן מבריין בעכו. וביום 3 באוקטובר הוכתר למלך ירושלים. בתם היחידה של ז'אן דה בריין ומריה ממונפראטרו איזבל השנייה מירושלים נולדה בשנת 1212. מריה נפטרה זמן קצר לאחר הלידה, ככל הנראה מסיבוכים או רעלת הריון. עם מותה איזבל ירשה את הזכות לכיסא המלוכה של ממלכת ירושלים ואביה זא'ן מלך בשמה כעוצר.
עליית בעלי התוספות.