בתגובה לעדויות שפרסם הארגון ביחס למבצע "עופרת יצוקה" הגיבו בדובר צה"ל והפרקליט הצבאי הראשי תא"ל אביחי מנדלבליט שהחלטת הארגון לגבות עדויות באופן אנונימי מעוררת את התחושה שהארגון אינו מעוניין באמת ובקיומה של בדיקה ביחס לטענותיו, ושאנונימיות העדויות אינה מאפשרת לחקור את העדים. גם לאחר מבצע "צוק איתן" טען דובר צה"ל ש"שוברים שתיקה" אינו מספק מידע שיאפשר לבדוק את האירועים המועלים בעדויות. בתגובה להאשמות אלו יצא הארגון ב-2011 בפרסום עדויות וידאו, שבהן הופיעו החיילים בשם מלא.
עמוס הראל כתב בשנת 2009 כי לאנשי הארגון "אג'נדה פוליטית ברורה, שהתואר "ארגון זכויות אדם" כבר לא ממש מכסה עליה. מי שמתאר באתר האינטרנט שלו את "השחיתות שפשתה במערכת הצבאית" עקב השירות בשטחים, אינו משקיף נייטרלי. מכאן לא נובע שהעדויות, שהוקלטו וחלקן גם צולמו בווידאו, מפוברקות. אבל ברור שהתיאור המעורפל של נסיבות התקריות מפחית מיכולתו של הצבא להשתמש בהן לחקירה פלילית. אנשי "שוברים שתיקה" מבקשים להעביר מסר בדבר השלכות השירות בשטחים. נראה שזה בעיקר מה שמעניין אותם, הרבה יותר ממיצוי הדין בתקרית ספציפית".
כלפי הסיורים שמארגנים אנשי הארגון טען בן-דרור ימיני שהם כוללים סיפורים שקריים. פורסמו צילומי וידאו שבהם מספר איש הארגון על ירי קבוע במקלעים לפי פקודה לכיוון אזרחים חפים מפשע בחברון, כמו במשחק וידאו. בתגובה לכך, פרסמו "שוברים שתיקה" סרטון המציג טענות של חיילים על כך שקיבלו פקודות לירות לעבר מיקומים בחברון, במקרה של אירועים בעיר, בניגוד להוראות הבטיחות של צה"ל, וכן סרטון המתעד ירי מקלעים לעבר מיקומים בחברון בזמן האינתיפאדה השנייה.
כלפי הספר "כיבוש השטחים", טען NGO Monitor שהוא כולל האשמות גורפות המבוססות על תיאורים אנקדוטיים בלתי מבוססים שאינם נוגעים לקובעי המדיניות של צה"ל. בעדויות מופיעים לטענתו "מניעים אנטי-ישראלים פוליטיים קיצוניים" כגון עדות של חייל המתייחס למתנחלים כ"הכי יודו-נאצים שפגשתי בחיים שלי". עדויות אחרות הן בעלות כותרות מטעות (לדוגמה בעדות המצהירה על היתקלות עם אמבולנס שבתוכו מחבלים, הייתה הכותרת "יריתי על אמבולנס עם מקלע כבד" - המרמזת לכאורה על פשע מלחמה). לדברי הכותב המטרות האידאולוגיות והפוליטיות של "שוברים שתיקה" מוסוות מאחורי רטוריקה של מוסריות וחוק בינלאומי.
בישראל עלתה ביקורת על אופן פרסומו של הדו"ח והצגתם של מה שנטען שהם מקרי קיצון כמדיניות צה"ל. בנוסף נטען כי האירועים בדו"ח הוצגו באופן חד-צדדי וללא הקשר וכי חלקם מוגדרים כחוקיים ומתקבלים תחת דיני המלחמה והמשפט הבינלאומי.
תחקיר עיתונאי של תוכנית "המקור" ששודר בערוץ 10 ב-12 ביולי 2016 בדק את אמינות העדויות ומצא שמתוך 10 עדויות רק 2 עדויות היו מאומתות ולפחות 2 עדויות היו שקריות. השאר היו מוגזמות או בלתי ניתנות לבדיקה עקב אנונימיות העדויות. התחקיר קבע לגבי אמינות העדויות: "השורה התחתונה מורכבת: כן, גילינו עדויות לא נכונות וכאלה שהציגו את התמונה בצורה חלקית ומטעה. האם השתכנענו שמדובר בחבורת שקרנים? ממש לא. אבל תהליך אימות העדויות, גילינו, מחמיר הרבה פחות מכפי שתואר פעמים רבות על ידי אנשי הארגון בעבר: להצהרה כי כל אירוע חמור מפורסם רק אם יש לגביו שני עדי ראייה, למשל, אין ממש כיסוי." למרות זאת סיכם התחקיר שפעילות הארגון "חשובה ומבורכת".
בנובמבר 2016 פרסם "שוברים שתיקה" פוסט בפייסבוק ובו טען שצה"ל מגרש באופן קבוע תושבים מראס אל אחמר כדי להתאמן על בתיהם. בתגובה טען ארגון "האמת שלי", קבוצה שמטרתה לסתור את טענות "שוברים שתיקה" ולהציג את הפנים המוסריות של צה"ל, שהבתים המדוברים נבנו באופן בלתי-חוקי בשטח אש צה"לי, דבר שלא הוזכר בהודעת "שוברים שתיקה", ושצה"ל נותן לתושבים להתגורר שם לפנים משורת הדין, למעט בזמן אימונים, כדי לא לסכן את חייהם.
בסוף אפריל 2017 פרסם "שוברים שתיקה" עדות של דוברו, דין יששכרוף, שלפיה במהלך שירותו, כשהיה מפקד מחלקה, הכה פלסטיני עד זוב דם והתעלפות מול מפקד הפלוגה והמחלקה שלו. ארגון מילואימניקים בחזית פרסם סרטון תגובה של המ"פ של יששכרוף ושל כעשרה מחיילי המחלקה, שבו הם אומרים שהסיפור לא היה ולא נברא. בעקבות זאת פנתה שרת המשפטים, איילת שקד ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, כי יורה על חקירת יששכרוף והעמדתו לדין אם יש אמת בדבריו. יששכרוף נחקר באזהרה. המשטרה איתרה פלסטיני שנעצר בידי יששכרוף לאחר שיידה אבנים, וזה הכחיש בחקירה שהופעל נגדו כוח מעבר לדרוש לצורך אזיקתו. התיק נגד יששכרוף נסגר על דעת פרקליט המדינה בנימוק של חוסר אשמה והפרקליטות קבעה כי יששכרוף "בחר מטעמיו להעצים סיטואציה של שימוש בכוח שהיה כדין", ושהמקרה לא אירע כלל ועיקר. ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב שזוהי הוכחה נוספת לכך ש"שוברים שתיקה" משקרים. מנכ"ל הארגון, אבנר גבריהו, הגיב כי ״מה שהתחיל בהוראה פוליטית של שרת המשפטים, הפך לחקירה פוליטית ונגמר במסקנה פוליטית ומגמתית". יששכרוף טען שהפלסטיני שנחקר שייך למקרה אחר. הפרקליטות הגיבה שהוא עצמו אמר בחקירה שהיה רק מקרה אחד כזה והפרטים שמסר זהים לאלה שמסר הפלסטיני שנחקר. עוד אמרה הפרקליטות שיששכרוף עצמו אמר בחקירתו שהפעיל כוח רק במידה הנדרשת לאזוק את הפלסטיני. לאחר סגירת התיק פרסם הארגון סרטון של חייל לשעבר, שלא נחקר, שבו הוא טוען שהיה עד לאירוע שבו יששכרוף נתן ברכיות לעצור בעת אזיקתו. בתגובה לסרטונים שפרסמו "שוברים שתיקה", העידו שלושה חיילים שצולמו בסרטון של "שוברים שתיקה" שיששכרוף שיקר ומה שתיאר לא אירע. ביוני 2019 הודיעה הפרקליטות שיששכרוף אכן הכה פלסטיני אחר, אולם השימוש בכוח היה סביר.
בשנת 2018 פורסם מסמך שבו בחן המכון לאסטרטגיה ציונית כמאה עדויות שמציג ארגון "שוברים שתיקה", וטען שאין קשר בין העדויות לבין המסקנות שמסיק מהן הארגון. בנוסף טען המכון שאמינות העדויות מוטלת בספק בשל היעדר הקשר ופרטים מזהים וכן בשל התפלגות בלתי שווה בין האזורים, וכי הארגון לא מבדיל בין אירועים שהתרחשו ביהודה ושומרון לבין אירועים שהתרחשו ברצועת עזה.
ניסיונות להערים על "שוברים שתיקה".
"שוברים שתיקה" מתבסס על עדויות של חיילים המגיעים אליו. פעמים אחדות ניסו מתחזים לשבש את פעילות הארגון באמצעות עדויות שווא. אחד המקרים התרחש במהלך מבצע "צוק איתן", אורן חזן (הליכוד) פנה לנציג הארגון בשם בדוי, התחזה ללוחם מחיל התותחנים שהשתתף במבצע, ומסר עדויות שקריות על פעולות צבאיות בלתי מוסריות. לדברי חזן, הונאה זו הייתה חלק ממבצע מתוכנן יחד עם ועד מתיישבי השומרון כנגד הארגון. שוברים שתיקה שבדק את עדותו של חזן מצא שאינה אמינה, והיא לא פורסמה מעולם.
קבלת תרומות ממדינות זרות וביקורת על פעילות בחו"ל.
לפי NGO Monitor, שוברים שתיקה מקבל מדי שנה תרומות של מאות אלפי ש"ח מגופים שהם בגדר ישות מדינית זרה. ממשלת ישראל מתחה ביקורת על תרומתן של מדינות זרות למימון הפעילות של "שוברים שתיקה", ונציגי משרד החוץ ניסו להניא מדינות אלה מלהמשיך ולתמוך בארגון, בנימוק שהוא אופוזיציוני. תגובת הארגון הייתה שמשרד החוץ מבצע "ציד מכשפות מסוכן לדמוקרטיה" וכי "הניסיונות להשתיק קולות של החברה האזרחית בישראל הם מסוכנים... נראה שמשרד החוץ שואב רעיונות ממשטרים אפלים בהם מי שהצביע על מחדלים פנימיים נחשב לבוגד". בעקבות העברת תמיכה כספית מצד ממשלת ספרד, בסך של עשרות אלפי אירו, למימון הסיורים של "שוברים שתיקה" בחברון, הגיבה ממשלת ישראל ואמרה כי המימון עומד בחוסר פרופורציה ביחס לזה שמקבלים ארגוני זכויות אדם במדינות ערב. שגריר ישראל בהולנד, הארי קני-טל, הביע מחאה על מימון הארגון על ידי הולנד, ואמר כי אף על פי ש"שוברים שתיקה" הוא ארגון לגיטימי, מימונו על ידי מדינה אינו סביר לנוכח הרגישויות המדיניות. בתגובה פנו עשרה ארגונים ישראליים בקריאה פומבית לממשלת ישראל בה כינו פעולות אלו של הממשלה כ"מתקפה" ודרשו להפסיקה.
בדו"ח ביקורת עומק שנעשה מטעם רשם ההקדשות צוין שארגון ICCO התורם ל"שוברים שתיקה" התנה את תרומתו במינימום של 90 ראיונות עם חיילים בשנה והוצאה לאור של "אנציקלופדיה של הכיבוש". ארגון Oxfam, שתרם אף הוא, דרש לחפש כמה שיותר עדויות על "בלתי מוסריות" ופגיעה בזכויות אדם.
חברת הכנסת ענת ברקו האשימה את הארגון בשיתוף פעולה עם ארגונים אנטי-ישראליים ואנטישמיים בחו"ל, ואמרה שהפעילות שלו בחו"ל עומדת בניגוד למטרה המוצהרת של הארגון לקיים דיון בקרב הציבור הישראלי. המשפטן היהודי-אמריקאי, אלן דרשוביץ, אמר על פעילות "שוברים שתיקה" בארצות הברית ש"הם גורמים נזק עצום לישראל, כי אינם מספרים את האמת, ואינם מציגים את הביקורת שלהם בהקשר הראוי, וכי לרוב האנשים אין היכולת לבקר אותם".
טענות על איסוף מידע מסווג על ידי פעילי הארגון.
ב-17 במרץ 2016 שידר ערוץ 2 תחקיר שהתבסס על צילומים שערכו פעילי "עד כאן", וטען לחשיפת ניסיונות של פעילי "שוברים שתיקה" לאסוף מידע מסווג מחיילים שהגיעו אליו. בתגובה טען ארגון "שוברים שתיקה" שהעדויות שנמסרות לו נבדקות על ידי הצנזורה הצבאית, וצנזורה נרחבת הופעלה רק על העדות שמסר שתול של "עד כאן". בעקבות שידור התחקיר אמר ראש הממשלה בנימין נתניהו ש"נחצה קו אדום". שר הביטחון משה יעלון הודיע שצה"ל יחקור את הארגון. כעבור שבוע הוחלט להעביר את חומרי החקירה ואת הבדיקה לידי השב"כ. בפברואר 2019 אישר היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, את החלטת פרקליטות המדינה שאין לפתוח בחקירה פלילית נגד "שוברים שתיקה".