הקרקע הסובבת את בית ג'מאל היא בבעלות המסדר הסליזיאני של דון בוסקו ובבעלות הכנסייה הקתולית. בשנת 2004 חברת "קדמת עדן" חתמה הסכם פיתוח עם המסדר על כ-1000 דונם המיועדים לבניית 4,300 יחידות דיור למגזר החרדי בבית שמש. חברת הפיתוח קדמת עדן לא קידמה את ההסכם ועל כן בשנת 2015 נחתם הסכם חכירה בין המסדר ובין חברת "אקה פיתוח ובנייה". העניין הובא לדיון בפני בית המשפט העליון. ובשנת 2018 קבע בית המשפט כי חברת קדמת עדן תזכה לפתח קרקע באזור בית שמש תמורת מאות מיליוני שקלים. לאחר פסק הדין, הגישה אקה ערעור אך בסופו של דבר ביוני 2021 משכה אותו בהמלצת השופטים. את המסדר ייצג בבית המשפט עו"ד דוד שמרון, ובמהלך המשפט הוגשו נגדו תלונות למשטרה ולבית המשפט על ידי חברת אקה בטענה כי הוא פועל לטובתה של חברת קדמת עדן בנוסף לעבודתו מול המסדר. שמרון הכחיש את הטענות נגדו ואמר כי זהו ניסיון להפעלת לחץ על בית המשפט.
כנסיית סטפנוס הקדוש.
על פי המסורת הנוצרית, בשלושה בדצמבר בשנת 415 לספירה, חלם כומר ביזנטי בשם לוקיאנוס שהתגורר בכפר גמלא, כי עצמותיו של סטפנוס הקדוש נמצאות בבית ג'מאל. בדרך פלא לאחר חיפושים אכן נמצאו עצמות במקום ועל כן נבנתה בו כנסייה ביזנטית על שמו של סטפנוס.סטפנוס נחשב בדיעבד למרטיר הנוצרי הראשון משום שהוא היה הנוצרי הראשון שנסקל למוות על חומות ירושלים בגלל אמונתו. חשוב לציין כי סטפנוס חי כיהודי ואף היה תלמידו של רבן גמליאל הזקן, אולם בסוף ימיו השתייך לקבוצת המאמינים היהודים בישו כמשיח. הנוצרים מאמינים שרבן גמליאל הזקן תמך בסטפנוס במהלך המשפט שנערך לו כי האמין בדרכו ולכן איפשר את קבורת סטפנוס בנחלתו זו.
עם כיבוש ירושלים בידי הפרסים ב-614 נהרסה הכנסייה ביחד עם כנסיות נוספות בארץ ישראל וביניהן כנסיית הקבר וכנסיית הר הזיתים על ידי חוסרו השני מלך פרס.
בין השנים 1916 - 1922, בוצעו באתר חפירות ארכאולוגיות במהלכן התגלו בחצר בית בכפר בית ג'מאל שרידי הכנסייה הביזנטית מן המאה החמישית. בין הממצאים שנמצאו היו יסודות הכנסייה, שרידי פסיפס וכתובת ביוונית. כמו כן התגלתה בחפירות, מערה קטנה חצי אובלית ובה ארבעה קברים: קבר ראשון המיוחס לרבן גמליאל, קבר שני המיוחס לבנו אביבוס (חביב), קבר שלישי המיוחס לניקודמוס (נקדימון) וקבר רביעי אשר מיוחס לסטפנוס הקדוש. על פי הצלב המופיע במוזאיקה שברצפת הכנסייה שנחשפה, סביר מאוד שהמוזאיקה נוצרה לפני שנת 427, שהיא גם השנה שבה אסר הקיסר על ציור צלבים ברצפה או במקום שדורכים עליו.
על שמו של סטפנוס הוקמה בחצר המנזר, על גבי השרידים הביזנטיים, כנסייה חדשה בשנת 1932. שרידי הפסיפס שנמצאו באתר הכנסייה הועברו לקיר מחוץ לכנסיית סטפנוס ושרידי הכתובת ביוונית הושארו במקומם על רצפת הכנסייה.
בשנת 2000 נתרם על ידי האמן יגאל תומרקין פסל צלב ממתכת עם ראש מכופף לציון מותו של סטפנוס הקדוש.
בשנת 2006 פרסם הכומר אמיל פוש מבית הספר הצרפתי לארכאולוגיה ומקרא בירושלים את ממצאיו מהחפירה הארכאולוגית במקום, וחשף כי על טבלת אזנים שנתגלתה במקום נכתב ביוונית עתיקה "ΔΙΑΚΟΝΙΚΩΝ ΣΤΕΦΑΝΟΥ ΠΡΩΤΟΜΑΡΤΥΡΟΣ" ובעברית "דיאקוניקון סטפאנוס פרוטומרטירוס" ופירושו "משכן שרידיו של סטפנוס המרטיר הראשון". גילוי זה מוכיח לטענת הנזירים במקום כי בית ג'מאל הוא אכן כפר גמלא מאיגרת לוקיאנוס ומקום קבורתו של סטפנוס הקדוש.
את תפעול ותחזוק הכנסייה מבצעים 7 נזירים סליזיאנים שחיים במבנה המרכזי שמדרום לכנסייה ובניהולו של אב המנזר אנטוניו סקודו שאף מבצע במקום הדרכות מפורטות לתיירים.
מקווה.
בתוך כנסיית סטפנוס, ישנם מדרגות היורדות מתחת לאדמה אל מקווה יהודי הלכתי, המתוארך למאה הראשונה לספירה.
מנזר הנשים.
במבנה הדרומי בבית ג'מאל נמצאות כיום נזירות של מסדר בית לחם, למסדר זה ישנם שלושה שמות: מסדר בית לחם; לזכרו של הולדת ישו בבית לחם. מסדר עליית מרים הקדושה; נקרא כך בהשפעתו של האפיפיור פיוס השנים עשר, שהודיע ב-1 בנובמבר בשנת 1950 על הדוגמה, עיקרון אמוני נוצרי, שמרים אם ישו, עלתה לשמיים עם גופה. באמונה הנוצרית, באמירה זו השווה האפיפיור את עוצמתה של מרים אם ישו לאלוהותו ולעוצמתו של ישו, משום שישו הוא היחיד שעלה בגופו לשמים ולא מת בארץ ישראל. בהשפעת אמונה זו יוסד מסדר זה. השם השלישי הוא מסדר על שם סן ברונו הקדוש שייסד את המסדר הקרטוזיאני במאה האחת עשרה. כאשר הוקם המסדר, ביקשו הנזירות להשתייך גם למסדר סן ברונו הקדוש אשר משפיע מאוד על אורחות חיי הנזירות במנזר ומכאן השם הנוסף. (בצרפתית נקרא המסדר: Famille monastique de Bethléem, de l'Assomption de la Vierge et de saint Bruno).
מסדר האחיות בית לחם נוסד בשנת 1950 בצרפת, ושייך לזרם הקתוזיאני של סן ברונו הקדוש. הנזירות במקום מגיעות בעיקר מצרפת ומבלגיה, והשפה המשותפת ביניהן היא צרפתית. הנזירות עוסקות במשך היום בתפילה בהגות ובהתבוננות וממעטות בדיבור. במנזר נמצאות 25 נזירות, אשר חלקן נמצאות מרגע הקמת המנזר עבורן בשנת 1985 וחלקן הגיעו מאוחר יותר. לכל אחת מהנזירות יש תפקיד משלה לקיום ולתפעול אורח החיים במנזר. לפרנסתן יוצרות הנזירות כלי קרמיקה מעוצבים, ריבות ומיצים שונים הנמכרים לתיירים ומבקרים בחנות קטנה במנזר.
הנזירות אינן עוזבות את המנזר ללא סיבה הכרחית כמו סידורי ביטוח או ללכת לרופא. על מנת לחיות חיים מלאים כנזירה, הנזירות מתנתקות מאמצעי תקשורת כטלוויזיה או טלפון ועסוקות במשך רוב היום בתפילה ובטקסים דתיים.
הנזירות לובשות כמה סוגי בגדים ומתוכם שני סוגים מרכזיים, לבן; לתפילה, לשירה ולשהות היומיומית במנזר. כחול; לעבודה מלכלכת וליציאה לעיר, על מנת לא למשוך תשומת לב מיותרת. מתוך מסורת עתיקת שנים ומתוך הסמליות של הנישואין עם האל הנזירות עוטות על ראשן כיסוי ראש וחלקן אף עונדות טבעת מבחירה כסמליות לנישואיהן עם האל.
קפלה יהודית במנזר.
בתוך מנזר הנשים ישנו חדר שהוא מעין קפלה או בית כנסת יהודי קטן, עם עמוד תפילה, מנורת שבעה קנים וספר תנ"ך פתוח. החדר ללא סממנים נוצרים על מנת לאפשר תפילה ליהודים והוא נועד לקירוב לבבות בין נוצרים ליהודים.
הבאר הטורקית.
באר בעומק 6 מטרים אשר נמצאת מתחת למנזר, במורדות הגבעה על נחל ירמות. הייתה מיועדת לתת מים בתקופה הטורקית, כיום הבאר מלאה במים אך מסוכנת לכניסה עקב ברזלים בתחתית הבאר.
עץ זית עתיק.
על הגבעה בבית ג'מאל כ-600 מטרים מצפון למנזר, נמצא עץ זית שעל פי הנזירים במקום גילו כבן 2000 שנה, והוא נחשב לאחד מעצי הזית העתיקים בישראל. על פי משרד החקלאות גילו מוערך בכ-400 שנים.
אירועי טרור וונדליזם בבית ג'מאל.
ב-26 בפברואר 2010 נמצאה באזור המנזר גופתה של נטע שורק, אישה ישראלית מזכרון יעקב. היא נעדרה יומיים קודם לכן לאחר ששהתה בבית ההארחה במנזר. בתחילה סברה המשטרה שהתאבדה אולם לאחר מכן התברר שהיא נרצחה על ידי חוליה של מחבלים פלסטינים שדקרו וחנקו אותה למוות.
ב-20 באוגוסט 2013, כחלק מאירוע "תג מחיר" הושלכו על ידי אלמונים בקבוקי תבערה ורוססו כתובות נאצה בסמוך למנזר הנשים בבית ג'מאל.
ב-20 בספטמבר 2017, הושחתה כנסיית סטפנוס הקדוש שבמקום ובין היתר נופצו חלונות הויטראז' של הכנסיית, פסלה של מריה הקדושה נשבר והושחת ריהוט וחלקים נוספים בכנסייה.
ב-10 באוקטובר 2018 נגלה לעיני אנשי המנזר כי הושחתו עשרות קברים על ידי הפלת צלבי הבטון שעליהם בבית העלמין המקומי אשר מרוחק כחצי קילומטר מהמקום.
הסכם לונדון (פרס-חוסיין)
הסכם לונדון נחתם ב-11 באפריל 1987 בין שר החוץ הישראלי שמעון פרס לבין חוסיין מלך ירדן, במהלך פגישה חשאית בין השניים בביתו של ידידם המשותף לורד מישקון בלונדון. בפגישה נכחו גם ראש הממשלה הירדני, זייד אל-ריפאעי, ומנכ"ל משרד החוץ יוסי ביילין.
ההסכם, אשר נחתם בחשאי ונוסח כהבנה הכפופה לאישור שתי הממשלות, התווה מסגרת לוועידה בינלאומית בחסות האו"ם למציאת פתרון לסכסוך הישראלי-ערבי ולסוגיה הפלסטינית באמצעות ועדות בילטרליות, שבאחת מהן תדון ישראל מול נציגות ירדנית-פלסטינית.
ההסכם נועד לקדם את "האופציה הירדנית", כלומר את הרעיון שלפיו ממלכת ירדן תחזור לשלוט באוכלוסייה הפלסטינית בשטחים במתכונת כלשהי, ובמקביל תחתום על חוזה שלום עם ישראל. סוכם כי העניין הפלסטיני ייוצג במסגרת המשלחת הירדנית לוועידה הבינלאומית, וכי נציגי אש"ף לא ישתתפו בוועידה. פרס, אשר יזם את הפגישה עם חוסיין, קיבל את אישורו של ראש הממשלה יצחק שמיר להוציאה אל הפועל. אולם לשניים היו מטרות שונות. בעוד פרס קידם בהתלהבות את "האופציה הירדנית", שמיר הסתייג ממנה ובעיקר חשש שוועידה בינלאומית עלולה לכפות על ישראל פתרון המנוגד לאינטרסים שלה כפי שהוא ראה אותם.
עם שובו לארץ, עדכן פרס את ראש הממשלה שמיר בדבר ההסכם אולם סירב, לפי עדותו של פרס, להעביר לראש הממשלה עותק של ההסכם "מחשש להדלפות". בעוד פרס קידם את ההסכם ופנה לאמריקנים על מנת שיציגו אותו כיוזמתם, כפי שסיכם עם חוסיין, שמיר החליט לטרפד את המהלך. הוא שלח את איש אמונו משה ארנס לארצות הברית להיפגש עם מזכיר המדינה ג'ורג' שולץ, על מנת להבהיר לו כי ישראל רואה בניסיונה של ארצות הברית ליזום ועידת שלום ניסיון פסול להתערבות בענייניה הפנימיים. בעוד ממשלת ישראל מדברת בשני קולות, העדיף הממשל האמריקאי שלא לקדם את היוזמה. ההסכם הוצג בפני הקבינט במאי, אולם לא הושג רוב לאישורו. פרס עוד ניסה לקדם את "האופציה הירדנית", אולם המלך חוסיין, מאוכזב מגוויעתו של ההסכם ומן הפגיעה במעמדו, נסוג מתמיכתו בה. בדצמבר 1987 פרצה האינתיפאדה הראשונה, וביולי 1988 הודיע חוסיין כי ירדן מוותרת על כל תביעה ריבונית בגדה המערבית.