בעלז נכבשה על ידי הגרמנים כשבועיים לאחר תחילת המלחמה. ואולם, לפי הסכם ריבנטרופ–מולוטוב הייתה בעלז שייכת לאזור הרוסי, ולפיכך הועברה לידי הרוסים. חסידי הרבי ראו סכנה לחייו דווקא מצד השלטון הקומוניסטי האתאיסטי. בעקבות זאת ברח הרבי ביום שמחת תורה, לעיירות בסביבת בעלז, שהיו בשליטת הגרמנים. הם שהו בעיירה סוקאל, שבה שימש כאדמו"ר דודו וחותנו של רבי אהרן, רבי שמואל רוקח, עד שבועות שנת ת"ש - אמצע יוני 1940, ובעיירה פרמישלני עד שבועות תש"א - תחילת יוני 1941 שם הצטרף אל הרבי אחיו הרב מרדכי. תמונתו של הרבי פורסמה בעיתון הגרמני "דר שטירמר" והנאצים חיפשו אחריו. לאחר פלישת הגרמנים לפולין המזרחית (מבצע ברברוסה, יוני 1941), שרפו הנאצים ב-8 ביולי את בית הכנסת בפרמישלני, שרפה שבה נספו בנו של הרבי וחלק גדול ממשפחתו. חסידיו של הרבי הצליחו להבריח אותו ואת אחיו לאזור קרקוב. הרבי שהה כשבעה חודשים בזהות בדויה בגטו בעיירה וישניצה עד לתחילת השילוחים ההמוניים למחנות ההשמדה מאזור זה בקיץ 1942. אז הועברו הרבי ואחיו לקרקוב עצמה, שם שהו במסתור כחמישה חודשים. למרות המסתור הפך ביתו של הרבי בקרקוב למקום עלייה לרגל של החסידים. עם חיסול גטו קרקוב הועברו הרבי ואחיו לגטו בוכניה בספטמבר 1942. גטו בוכניה שימש כמחנה עבודה, והיה מקום מסתור עבור אדמו"רים נוספים. שם שימשו הרבי ואחיו כחייטים, והרבי הסתתר תחת השם אהרון זינגר. לאור הסכנה הגוברת לחיי הרבי, הועברו הוא ואחיו לבודפשט במבצע מסובך, במכוניתו של קצין פולני שמילא תפקיד גם בשירות הביטחון ההונגרי (מאי 1943).
יציאת האדמו"ר מהונגריה לארץ ישראל.
מיד עם בואו לבודפשט הוטל על הרבי מעצר בית, ואילו הרב מבילגורי הושם במאסר זמני בתחומי בית החולים היהודי. בבודפשט, שעדיין לא הייתה תחת כיבוש גרמני, שימש ביתו של הרב – שוב - כמקום עלייה לרגל של פליטים וחסידים מפולין ומהונגריה. הרבי דאג לפעילות הצלה למען הנשארים בפולין (אשר כונתה בפי הרבי "גיא ההריגה"), ומאידך – פנה למקורבים בשווייץ, בממלכה המאוחדת ובארצות הברית לעשות כל שביכולתם, על מנת לאפשר את עלייתו לארץ ישראל. במשך כחצי שנה שבה שהה בהונגריה התקיימה פעילות והתכתבות קדחתנית בין נציגי החסידות ואנשי שלומו של הרבי לבין ההסתדרות הציונית, על מנת להשיג סרטיפיקט לרבי כדי לחלץ אותו מאירופה. חסידות בעלז הייתה אחת מהחסידויות הגדולות שבין שתי המלחמות, אך לא הייתה חברה באגודת ישראל, שייצגה את היהדות החרדית בהסתדרות הציונית והרבי עצמו היה ממתנגדי הציונות. השתדלנות הענפה נשאה פרי, והסוכנות היהודית נתנה את הסכמתה הסופית להנפקת סרטיפיקטים לרבי ואחיו בספטמבר 1943, סרטיפיקטים שאושרו על ידי הבריטים בדצמבר.
ב-17 בינואר 1944 נפרדו הרבי ואחיו מחסידיהם ויצאו לארץ ישראל דרך רומניה, בולגריה, יוון, איסטנבול וביירות; וב-ט' בשבט תש"ד (3 בפברואר) הגיעו לארץ ישראל. הגעתו של האדמו"ר לארץ ישראל סימנה את תחילת תחייתה של חסידות בעלז; האדמו"ר ואחיו הניחו את היסודות לצמיחתה מחדש של החסידות, שהפכה לאחת החסידויות החשובות במדינת ישראל.
ב-19 במרץ פלשו הנאצים להונגריה, וב-15 במאי החלו המשלוחים מהונגריה לאושוויץ שכללו כ-5,000 איש מדי יום; עד יולי 1945 הושמדו כחצי מיליון מיהודי הונגריה.
דרשת הפרידה.
מסגרת הדרשה ותוכנה.
יום לפני יציאתם של האדמו"ר ואחיו מבודפשט נשא אחי האדמו"ר, הרב מרדכי רוקח (ששימש כמעין דובר, וכונה, כאמור, הרב מבילגוריא), דרשת פרידה בפני החסידים ששהו באותה עת בהונגריה. אף שהדרשה נאמרה על ידי אחיו של האדמו"ר, היא נתפסת כדבריו של האדמו"ר עצמו. הדרשה נאמרה ב-כ"א בטבת תש"ד, 16 בינואר 1944. הדרשות הודפסו בסוף חודש שבט תש"ד, או בתחילת חודש אדר, כלומר בפברואר או במרץ 1944.
הייתה זו דרשה חסידית אופיינית, המשלבת מקורות תלמודיים והלכתיים, שבהם עושה הרב שימוש חופשי ונרחב. בדרשה טען הרב שמאורעות אותם ימים הם חבלי משיח וקרא לחסידיו לעשות את המאמץ הנדרש כדי להביא את הגאולה, על ידי חזרה בתשובה ושמירת המסגרת הדתית, הלבוש ואורח החיים החרדי.
חלק נכבד מהדרשה מוקדש להתמודדות עם השאלה הקשה שנשאלה באותם ימים: מדוע לא התריעו הרבנים מפני האסון ההולך ומתקרב ומדוע לא הורו לעלות לארץ ישראל כפי שעשה המחנה הציוני, שעל פני השטח נראה כי צדק בדרכו? לכאורה, לו היו גדולי ישראל מקבלים את הדרך הציונית, היו קהילות שלמות ניצלות ממוות. הרב מכנה את השואלים "חלושים באמונתם ובפקפוקם". הציונות, טוען הרב מבילגוריא, היא נבואת שקר ושליחיה הם נביאי בעל, נביאי שקר. העובדה שדבריהם של אותם נביאים התקיימו אינה מוכיחה את צדקתם, מכיוון שזהו ניסיון שה' מנסה את הציבור החרדי, כדי לראות אם יתפתה אחריהם.
חלק מרכזי וחשוב בדרשה הוא קריאתו של הרב רוקח, כנראה בשם אחיו האדמו"ר, לתמיכה בפליטים מפולין. בהונגריה היו באותה עת פליטים רבים; חלקם הוחזרו לארץ שממנה באו, כלומר למוות, וחלקם היו במחנות באזור בודפשט או חיו במסתור. הדברים נאמרו בהתרגשות רבה, במרירות ובכעס כלפי התרבות המערבית, ובכאב רב על חורבנה של יהדות פולין:
דברי ההרגעה.
הרב מסביר שהוא ואחיו, האדמו"ר, יוצאים מהונגריה ומשאירים, לכאורה, את חסידיהם לגורלם; הפחד והחשש מצד החסידים הוא רב, והקשר העמוק לצדיק ניכר כאן: מי יציל אותנו? מי יעתיר (=יתפלל) עבורנו? הרב מרגיע באומרו כי נסיעתו של האדמו"ר היא משום רצונו העז, מזה שנים, לעלות לארץ, והיא מטעמים רוחניים בלבד. אך דברי הרגעה אלו אינם הכול; לא רק שאין לדאוג בשל עזיבת האדמו"ר, אלא –
(השורות המודגשות הן השורות שהושמטו במהדורות מאוחרות יותר. ההדגשה מופיעה במקור על ידי מרווח אותיות גדול יותר).
הרב טען בשם אחיו כי עלייתו לארץ ישראל היא בשל שאיפתו העזה לעלות אליה, אך הוא "רואה" – חוזה, מנבא, שלא תהיה סכנה ליהדות הונגריה, וכי טוב וחסד מחכה לאנשי מדינה זו.
תחזית זו הוכחה, למרבה האסון, כלא נכונה. הקושי גדל עוד יותר, לאור העובדה שמשפט זה הושמט ממהדורות מאוחרות יותר, ועליו נסב הפולמוס.
דרשת הפרידה הודפסה כמה פעמים בהונגריה, ועותקי הדרשה התפשטו במהירות רבה. בפתח אחת מן המהדורות מציין העורך את אמונתו שכל ההבטחות שבדרשת הרבי יתמלאו.
פולמוס הדרשה.
יציאתו של האדמו"ר מהונגריה עוררה פולמוס חריף. המבקרים העלו כלפיו כמה טענות:
כלפי טענות אלו הועלו כמה תשובות:
חסידיו של האדמו"ר טוענים כי אין זה נכון שניצל בזכות סרטיפיקט ציוני, אלא היה בתוך המכסה של אגודת ישראל, מה גם שההסתדרות הציונית עצמה הייתה צריכה לדאוג להצלתו, ללא קשר לדעתו הפוליטית. השמטת השורות מן הדרשה מוסברת גם היא, כפי שמפורט להלן.
ביקורת על הדרשה.
מנדל פייקאז' ביקר בכמה פרסומים את האדמו"ר. הוא הסתמך על עדותו של איש זונדרקומנדו באושוויץ, שנכתבה במחברת שהוטמנה באדמה בנובמבר 1944, כנראה, ונמצאה ב-1952. בעדות מזכיר איש הזונדרקומנדו דברים ששמע מאחת המומתות, שאמרה לפני מותה בתאי הגזים, כנראה בסביבות מאי 1944; בדבריה היא מאשימה את הרבנים בחילול השם, ובמיוחד את האדמו"ר מבעלז, שבדבריהם הרדימו את היהודים ולא אפשרו להם להימלט, בעוד הם הצילו את עצמם.
פייקאז' מסתמך גם על דבריו של הרב יששכר טייכטל בספרו "אם הבנים שמחה", שהיה מלכתחילה ממקורבי האדמו"ר מבעלז ומן המתנגדים לציונות. בעקבות השואה שינה הרב טייכטל את דעתו, וביכה על כך שלא תמך בעלייה לארץ. הוא האשים את הרבנים שברחו בעצמם ולא דאגו לצאן מרעיתם. בספרו אם הבנים שמחה כתב: "מרחפת עלינו אימה ופחד כאשר אנו רואים בשעה שאני כותב את הטורים הללו, שכל האדמו"רים של מדינתנו עושים השתדלות לברוח מכאן לארץ ישראל מפחד הסכנה מחמת המציק ואינם מביטים בזה על מה שמפילין לבם של ישראל, כאשר שומעים מההמון שמרננים ואומרים: 'הרבי'ס בורחין, ומה יהי עמנו?'".
פייקאז' מאשים גם את חסידיו של הרבי, שהשמיטו במהדורות מאוחרות יותר את דברי ההרגעה שלו.
הסופר והפובליציסט מאיר שלו מאשים, כי האדמו"ר ואחיו עלו לארץ בעזרת סרטיפיקט ציוני, לאחר שבאגודת ישראל לא היו יכולים לסייע להם. העובדה שהעזרה באה מידי הציונים, שלהם התנגדו האדמו"ר ואחיו, מחריפה לדבריו את השאלה שהעלו כלפיהם החסידים, מה גם שבדרשה ממשיך הרב מבילגוריא בדברי ההתנגדות כלפי הציונות. שלו מבקר גם את ההשמטה הנזכרת של קטע הדרשה שבו מדובר על השלום והשלווה שיהיו נחלת יהודי הונגריה, כשבמקומם נכתב: "כאן הסביר הגאון הצדיק מבילגוריא זצ"ל את תשוקת אחיו הגאון זצ"ל לעלות לארץ ישראל על יסוד הפסוק בפרשת ויחי: 'וירא מנוחה כי טוב ואת הארץ כי נעמה'".
סנגוריה.
הרב נתן אורטנר, רבה של לוד ונכדו של בעריש אורטנר שהיה בין עסקני בעלז בזמן המלחמה וסייע לעליית הרבי לארץ, טוען שהגסטאפו דרש להסגיר לידיו את האדמו"ר. לכן, בעצת המשטרה ההונגרית, נאלץ האדמו"ר לברוח במהירות מהונגריה. מפקד המשטרה דרש שהאדמו"ר לא ישמיץ את ממשלת הונגריה, ויציג אותה כמי שאינה מעורבת בזוועות המתרחשות בה, אלא עושה ככל שביכולתה להציל את היהודים. הרבי קיבל תנאי זה, והוא בא לידי ביטוי באותן שורות בדרשה, אך מאותה סיבה הושמטו שורות אלו לאחר מכן. לדברי אורטנר, בשיחות בעל פה הביעו הרבי ואחיו תחושה שונה לגמרי, והזהירו מפני הסכנה הקרבה. בעריש אורטנר היה בין המקורבים לאדמו"ר, ולפיכך ייתכן שידע דברים שלא פורסמו; ואולם, אין הוא מביא הוכחה כלשהי לדבריו.