בחוברת השלישית הוא פונה לעם להשתחרר מעריצות הבישופים אותם הוא מדמה לכוח השטן משרתי האנטיכריסט כשהוא מצטט מובאות מהתנ"ך לחיזוק טענותיו. בחיבורו הבא תוקף לילבורן את דרכי הכנסייה האנגליקנית אותה הוא מאשים בהתרחקות מהמקורות ובעיקר מן התנ"ך ונותן ביסוס אידאולוגי להפרדות (ספרטיזם) מן הכנסייה הממוסדת שאיבדה זה מכבר את כוחה המלכד.
בהמשך הוא מוציא פרסומים הקוראים להפרדה בין הרשויות החילוניות (בית הלורדים ושאר הרשויות) מהכנסייה וקורא למעשה להפרדת הדת מהמדינה.
ב-1639 מחבר מספר עצומות בהם הוא יוצא כנגד עונשי העינויים ובעד זכויות האזרח ובחיבורו העונה לשם "זעקה לצדק" הוא מעלה שלוש נקודות מרכזיות:
ב-1641 בעקבות התערבות הפרלמנט, השתחרר לילבורן מהכלא ובספטמבר אותה שנה נישא לאליזבת דוול בתו של סוחר לונדוני. באותה שנה נקט לראשונה בפעולה מלחמתית כאשר הוביל קבוצה של אזרחים חמושים כנגד צבא המלך צ'ארלס הראשון ואילץ אותו לסגת. פעולה זו הייתה חלק ממאבקו המתמשך למה שכינה "זכויות מלידה" הכוללות את הזכות לשמוע את ההאשמה בבית משפט, הזכות לעמוד בפני המאשימים, ואת הזכות להימנע מהפללה עצמית. זכויות ששימשו בסיס לתיקון החמישי בחוקה האמריקאית ואף צוטטו על ידי בית המשפט העליון של ארצות הברית במשפט שנערך ב-1966 כשהם משמשים בסיס להכרעת הרוב בקרב השופטים.
מלחמת האזרחים האנגלית.
במלחמת האזרחים האנגלית הראשונה גויס לילבורן כסרן ברגימנט הרגלים של הצבא הפרלמנטרי בפיקודו של הרוזן מאסקס והשתתף בקרב אדג'היל. מאוחר יותר נטל חלק בקרב ברנפורד שהתחולל סמוך ללונדון ב-12 בנובמבר 1642 כנגד המלוכנים בפיקודו של הנסיך רופרט. במהלך הקרב הצליחו המלוכנים להתקדם לעבר לונדון ולהביס את כוחות הצבא הפרלמנטרי, ג'ון לילבורן ניסה להמלט בקפיצה לנהר התמזה אך נלכד על ידי המלוכנים ונלקח בשבי. המלוכנים תכננו לשפוט את לילבורן כמנהיגם הראשי של "עגולי הראש" (תומכי הפרלמנט) באשמת בגידה במלכות (ככל הנראה תכננו להוציאו להורג), אך לבסוף חזרו בהם לאחר שכוחות הפרלמנט איימו להוציא להורג את השבויים המלוכניים שברשותם ולבסוף בוצעה עסקת חילופי שבויים כאשר לילבורן הוחלף תמורת קצין מלוכני.
לאחר מכן התנדב לילבורן ליחידה בפיקודו של הרוזן מנצ'סטר ובמצור על לינקולן שהתחולל ב-7 באוקטובר 1643 מונה כרב-סרן ברגימנט הרגלים של קולונל קינג שהשתתף במצור. ב-16 במאי 1644 הועבר ליחידת הדרגונים של מנצ'סטר בדרגת לויטננט-קולונל. הוא התיידד עם אוליבר קרומוול שהיה השני בפיקוד ותמך בו במחלוקותיו עם מנצ'סטר. ב-1644 השתתף בקרב מרסטון מור שהוכתר בניצחון, וזמן קצר לאחר מכן ביקש רשות ממנצ'סטר לתקוף את המעוז המלוכני בטירת תיקהיל לאחר ששמע כי היא עומדת להיכנע. מנצ'סטר סירב בהציגו אותו כמשוגע, למרות זאת התקדם לילבורן לעבר הטירה עם חייליו וכבש אותה בלי שנורתה אף ירייה אחת. מנצ'סטר ששאף לפשרה עם המלוכנים שש להפטר מלילבורן ותבע את הוצאתו להורג בגין הפרת משמעת. סכסוך זה גרם להתפטרות לילבורן מהצבא.
ההיסטוריון פירת' ציין כי ללילבורן היה מוניטין רב של אומץ בשדה הקרב ונראה שהיה קצין מוצלח, אך הקריירה הצבאית שלו הייתה חסרת מזל. הוא בילה שישה חודשים בכלא באוקספורד, נגזל מכל רכושו בזמן כיבושה של ניוארק על ידי הנסיך רופרט (ב-22 במרץ 1644) נורה בידו בזמן כיבושה של וולטון הול על ידי ווייקפילד (ב-3 ביוני 1644) וקיבל משכורת נמוכה עבור שירותו. בזמן שהשתחרר מהשירות הצבאי עמד רכושו על כ-880 לירות שטרלינג. כמו כן נקלע למריבות בתחילה עם קולונל קינג ומאוחר יותר עם רוזן מנצ'סטר אותם ראה כחסרי יכולת ובוגדניים. הוא עשה כמיטב יכולתו להדיח את קינג וסייע להעמידו למשפט באשמת בגידה חמורה. המחלוקת עם מנצ'סטר נבעה מכיבושה של טירת תיקהיל בניגוד לפקודות של מנצ'סטר ולילבורן היה אחד מהעדים של קרומוול במשפט כנגד מנצ'סטר.
עם הקמת צבא ה"ניו מודל" העממי ניסה קרומוול להחזיר את לילבורן לצבא – למטה הראשי. אולם לילבורן סירב להישבע (מטעמים עקרוניים) את שבועת האמונים שהייתה תנאי הכרחי להצטרפותו ונשאר מחוץ לצבא הפרלמנט. מעבר לעניין העקרוני של השבועה התנגד לגישה הפשרנית של הסיעה הפרסביטריאנית והחליט להמשיך את מאבקו בזירה הפוליטית באמצעות כשרון הכתיבה והנאום שלו והפופולריות הרבה בקרב ההמונים.
הקמתה של מפלגת הלוולרים.
לילבורן המשיך את פעילותו הפוליטית כשהוא מטיף ל"זכויות המוקנות מלידה" שהם זכויות אדם להן זכאי כל אזרח אנגלי הגוברות לשיטתו על פריבילגיות המוענקות על ידי השלטון המלוכני או הממשלה. לילברן ניסה לקדם את הזכויות המשפטיות של שוויון בפני החוק, זכות הצבעה כללית, וסובלנות דתית. וכונה בפי מתנגדיו "לוולר" (leveler), כלומר "משטח" שרוצה 'לשטח' ולהוריד את החברה כולה לרמה (level) המשותפת הנמוכה ביותר. לילברן ראה בזה כינוי גנאי אולם מאוחר יותר אומץ שם זה על ידי חברי התנועה.
ביולי 1845 הושם לילבורן במאסר של ששה חודשים עקב ביקורתו על חברים בפרלמנט שנהנו מחיי נוחות ורווחה כלכלית בזמן שהחיילים הפשוטים נלחמו ומתו בשירותם למען מטרות אידיאליסטיות. ביולי 1646 נאסר שוב בטאואר של לונדון בשל הוקעתו את מפקדו הקודם מנצ'סטר כבוגד ואוהד המלוכנים. הקמפיין הנרחב שהתחולל למען שחרורו היווה את הבסיס להקמתה של מפלגת הלוולרים.
ללוולרים הייתה תמיכה והשפעה ניכרת בצבא ה"ניו מודל". בין ה-28 באוקטובר וה-11 בנובמבר 1647 התנהלו בצבא שורה של דיונים חופשיים שזכו לשם "דיוני פוטניי" בהם דנו בצורה חופשית בעקרונות לכינונה של חוקה דמוקרטית תוך שהם מושפעים מכתביו של לילבורן. ב-1647 הארגון הדמוקרטי של חיילים בצבא תחת מפקדים נבחרים שכונו אגיטטורים (משלהבים מתסיסים) הושווה לעיתים תכופות למועצות החיילים הסובייטים בזמן המהפכה הרוסית של 1917.
הקרע בין לילבורן לקרומוול.
ב-11 בספטמבר 1648 הגיש לילברן בפני הפרלמנט לאישור את "אמנת העם" אותה חיבר שעליה היו חתומים כשליש מתושבי לונדון. האמנה קראה לשלום בטוח ובר קיימא, על הבסיס של זכויות הכלל, החירות והביטחון האישי.
בעקבות תבוסתם של המלוכנים ועם הוצאתו להורג של המלך צ'ארלס הראשון וביטול המלוכה הוכרזה ב-4 בינואר 1649 אנגליה כרפובליקה בראשותו של אוליבר קרומוול שהחל לצמצם את סמכויות הפרלמנט על אף שבראשית דרכו הצהיר על תמיכה בעקרונות הדמוקרטיים, וב-1653 הוכרז על ידי הפרלמנט שמונה מטעמו כלורד פרוטקטור של אנגליה כשהוא הופך למעשה לשליט יחיד.
בזמן מאסרו של המלך בטאואר של לונדון הוציאו לאור מנהיגי הלוולרים: ג'ון לילבורן, ויליאם ווללווין, תומאס פרינס וריצ'רד אוברטון את המהדורה השלישית של "אמנת העם החופשי" (an agreement of the free people) של אנגליה. הלוולרים קיוו כי המניפסט יאושר במשאל עם וישמש כבסיס לחוקת הרפובליקה האנגלית. שופט בית המשפט העליון האמריקאי הוגו בלאק שציטט לעיתים תכופות את ג'ון לילברן בחוות דעת משפטיות מצוטט בערך שכתב עבור אנציקלופדיה בריטניקה שהוא מאמין שהחוקה של 1649 (שלא התקבלה) היוותה את הבסיס לזכויות הבסיסיות בחוקת ארצות הברית והכרזת העצמאות.
בזמן מאסרו בטאואר ב-25 במאי 1649 ביקר את לילברן אחד מתומכיו. בזמן הביקור הצהיר לילברן שהחל להתנגד לנטיותיו הדיקטטוריות של קרומוול (על אף שבראשית דרכו היה מתומכיו הבולטים) כי הוא היה מעדיף להמשיך לחיות שבע שנים תחת שלטונו של המלך שהוצא להורג מאשר לתמוך במשטר הנוכחי וכי אם רודנות זו תמשך העם יהיה מוכן להעביר את תמיכתו ליורש העצר, הנסיך צ'ארלס הגולה ובנו של המלך המודח.
3 חודשים מאוחר יותר פרסם לילבורן חוברת מטעמו שהופנתה אל החיילים והשוליות שנלחמו בצבא הפרלמנט ובה הכריז כי החיילים לחמו למען החוקה של הרפובליקה וסמכותו של הפרלמנט כנגד סמכות הכתר אך לא באופן אישי כנגד המלך ובכך הבהיר את התנגדותו להוצאתו להורג של צ'ארלס הראשון.
כבר בינואר 1648 בעקבות מפגש חשאי של קצינים מלוכנים החלו רווחות שמועות בציבור שהלוולרים מנסים לקשור קשר עם המלוכנים במטרה להפיל את הרפובליקה החדשה. שמועה זו הוכחה כנכונה בעקבות מכתב שיורט על ידי הפרלמנט והיה ממוען מאסיר מלוכני בטאואר לאחד מיועצי המלך ששהה עמו באותו הזמן בגלות בצרפת.
במכתב זה נתגלה קשר בין המלוכנים ללוולרים כאשר המלוכנים הסכימו לממן את פעילותם של הלוולרים על מנת להשיב את שלטונו של צ'ארלס הראשון ולבטל את הרפובליקה.
מכתב זה שימש כראיה מכרעת כנגד הלוולרים והפרלמנט פרסם הצהרה מפורטת כנגד הלוולרים וצו מעצר כנגד לילבורן באשמת בגידה. במשפט שהחל בלונדון ב-24 באוקטובר 1649 היו תריסר מושבעים שהיו אמורים להכריע אם הוא אשם או זכאי. המשפט נמשך יומיים ובסיומו מצאו המושבעים את לילבורן זכאי. המשפט שהתחולל בנוכחות קהל גרם לסערת רוחות בקרב תומכיו של לילבורן שאילצו את המושבעים להפסיק את הדיונים למשך חצי שעה עד שניתן פסק הדין.
אף על פי כן לא שוחרר לילבורן מיידית אלא נשאר במעצר במשך שבועיים עד אשר לחצה של דעת הקהל ומספר מתומכיו בפרלמנט הביאו לשחרורו. על אף זעמם של חלק מחברי הפרלמנט על שחרורו של לילבורן הצליח הפרלמנט לדכא התנגדות גלויה מצד הלוולרים שויתרו על כל ניסיון לעורר את המדינה והצבא למרד גלוי, והסתפקו מעתה ואילך בפעילות מחתרתית.
המשך פעילותו והגלות בהולנד.