בניגוד לדיווחי התקשורת וההשערות שהועלו באותה תקופה, כמעט ולא נהרגו בעלי חיים בפארק. לפי סקרים מספר החיות שנהרגו עמד על כמה מאות פרטים בלבד. השינויים במדיניות הפיקוח על האש יושמו על ידי סוכנויות ניהול הקרקע בכל רחבי ארצות הברית, תוך התבססות על הניסיון שנצבר בשריפות של 1988, ועל הערכותיהם של מדענים ומומחים ממספר תחומי מחקר. לאחר מכן הוכנסו שינויים בדרכי ההתמודדות עם האש.
היסטוריה.
היסטוריה מוקדמת.
הפארק שוכן במוצאו של הנהר ילוסטון והוא נקרא על שמו. סוחר צרפתי כינה את הנהר בשם "Roche Jaune" ("הסלע הצהוב"), וככל הנראה מדובר בתרגום של השם המאנדאני "מי טסי א־דה־זי" ("נהר הסלע הצהוב"). בתקופה מאוחרת יותר שיבשו סוחרים אמריקנים את השם הצרפתי, וכינו את הנהר "אבן צהובה" (ילו סטון). על אף שמקובל לחשוב שהנהר נקרא על שם הסלעים הצהובים הנמצאים בגרנד קניון ביוסמיטי, מקורו של השם האינדיאני אינו ברור.
ההיסטוריה האנושית המתועדת של הפארק החלה לפני כ־11,000 שנים, כאשר הפלאו-אינדיאנים הראשונים החלו לצוד ולדוג באזור. במהלך בנייתו של משרד הדואר בגרדינר (מונטנה) בשנות ה־50 התגלה ראש חץ העשוי מאובסידיאן, ומעריכים שגילו כ־11,000 שנים. תושבים ראשונים אלו מתרבות קלוביס השתמשו בכמויות משמעותיות של אובסידיאן שנמצא בפארק על מנת לייצר כלי חיתוך ונשק, וראשי חנית מאובסידיאן שמקורו בילוסטון נמצאו גם בעמק נהר המיסיסיפי, דבר המרמז על קשרי מסחר בין שבטי האינדיאנים המקומיים לבין שבטי האינדיאנים שממזרח. בזמן שמגלי הארצות הלבנים הראשונים הגיעו לאזור במהלך משלחת לואיס וקלארק ב־1805, הם פגשו בשבטים נז פרס, קרואו ושושוני. חברי המשלחת של לואיס וקלארק התוודעו אל החלק הדרומי של ילוסטון בזמן שחצו את השטח שבו שוכנת כיום מונטנה, אך לא חקרו אותו.
ג'ון קולטר, אחד מחברי המשלחת של לואיס וקלארק, עזב את הקבוצה ב־1806 על מנת להצטרף לקבוצה של סוחרי פרוות. לאחר שנפרד מהסוחרים האחרים ב־1807, הוא חצה בחורף 1807–1808 את האזור שבו שוכן כיום הפארק, וצפה לפחות באתר גאותרמי אחד בחלק הצפון־מזרחי של הפארק, ליד מפלי טאוור. לאחר שהחלים מפציעותיו בעקבות קרב עם שבטי קרואו ובלקפוט ב־1809, הוא תיאר מקום הדומה ל"אש וגופרית", שנחשב על ידי רוב האנשים כהזיה. ההשערה הייתה שהוא דמיין מקום שכונה "הגיהנום של קולטר". במשך ארבעים השנים שלאחר מכן הגיעו דיווחים מאנשי ההרים ומסוחרים שסיפרו על בוץ רותח, זרמי נהרות עזים ועצים מאובנים, אך חלק מהדיווחים הללו נחשבו באותה תקופה למיתוס.
איש ההרים ג'ים ברידג'ר דיווח לאחר מסע מחקר שנערך ב־1856, כי צפה במעיינות חמים, מים הבוקעים מהקרקע, ובהר זכוכית וסלע צהוב. דיווחים אלה נתקלו בהתעלמות כמעט מוחלטת כיוון שברידג'ר נחשב ללא־אמין. סיפוריו עוררו את התעניינותו של החוקר והגאולוג פרדיננד ונדוויר היידן (Ferdinand Vandeveer Hayden), שהחל ב־1859 במסע שנמשך שנתיים לעבר נהר המיזורי. לאחר שחקר יחד עם מדריכיו את אזור הגבעות השחורות, כיום חלק ממדינת דקוטה הדרומית, הוא קרב לנהר ילוסטון, אך נאלץ לסגת בשל כמויות השלג הרבות שירדו באזור.
המחקר המתועד הראשון באזור ילוסטון נערך ב־1869 על ידי משלחת פולסום (Cook–Folsom–Peterson Expedition), שהורכבה משלושה חוקרים שעבדו במימון פרטי, ואשר צעדו לאורך נהר ילוסטון לעבר אגם ילוסטון. חברי המשלחת ניהלו יומן מסעות, ולפי המידע שנמצא בו ארגנו ב־1870 מספר תושבים ממונטנה את משלחת וושבורן־לנגפורד־דואן (Washburn–Langford–Doane Expedition), שבראשה עמד הנרי וושבורן. המשלחת שהתה באזור משך חודש וחקרה אותו, ואספה דוגמיות וקראה למקומות ייחודיים בשמות. קורנליוס הדג'ס (Cornelius Hedges), סופר ועורך דין ממונטנה, שהיה חבר במשלחת וושבורן, הציע כי האזור יוכרז ויוגן כפארק לאומי, ובין 1870 ל־1871 הוא כתב מספר מאמרים מפורטים על תצפיותיו עבור העיתון הלנה הראלד. הדג'ס חזר על טענות שהושמעו באוקטובר 1865 על ידי תומאס פרנסס מאהר, המושל של טריטוריית מונטנה, כי יש להגן על האזור. במכתב משנת 1871 כתב ג'יי קוק לחברו פרדיננד היידן כי הסנאטור ויליאם די. קלי (William D. Kelley) הציע שקונגרס ארצות הברית יקבל הצעת חוק שלפיה אגן הגייזר הגדול יוכרז כפארק ציבורי לצמיתות.
הקמת הפארק וההיסטוריה המאוחרת.
היידן הצליח בניסיונו השני לחקור את האזור, לאחר שנכשל בכך 11 שנים קודם לכן, ובסיוע ממשלתי הוא שב לילוסטון בראש משלחת גדולה יותר. הוא חיבר דוח מפורט שבו כלל תצלומים וציורים. הדוח שלו סייע לשכנע את קונגרס ארצות הברית לבטל את העמדת האזור למכירה פומבית, וב־1 במרץ 1872 חתם הנשיא יוליסס סימפסון גרנט על הצעת החוק, וכך הוקם הפארק הלאומי ילוסטון.
נתניאל לנגפורד (Nathaniel Langford) מונה למפקח הראשי הראשון של הפארק ב־1872, וכיהן משך חמש שנים, אך לא קיבל משכורת, מימון או כוח אדם. ללנגפורד לא היו את האמצעים לשפר את איכות הקרקע או להגן על הפארק כראוי, וללא מדיניות רשמית או חקיקה מתאימה הוא לא היה יכול לאכוף את הגנת המקום. גורמים אלה הותירו את ילוסטון חשוף לפגיעת ציידים לא חוקיים, ונדלים ואחרים ששאפו לגזול מהפארק את משאביו הטבעיים. קולונל ויליאם לודלאו (William Ludlow) שחקר בעבר את האזורים של מונטנה בפקודת ג'ורג' ארמסטרונג קסטר, מונה ב־1875 למנהל המשלחת למונטנה ולפארק ילוסטון. בדוח הסיור של לודלאו נכללו תצפיות על ההפקרות וניצול משאבי הפארק. הדוח כלל מכתבים ונספחים מחברי המשלחת האחרים, כולל הנטורליסט והמינרולוג ג'ורג' בירד גרינל (George Bird Grinnell). גרינל תיעד את הציד הלא חוקי של הבאפלו, האייליים, האייל הקנדי והאנטילופות, בשל עורם, וכתב כי "ההערכה היא שבמהלך החורף של 1874–1875, לא פחות מ־3,000 באפלו ואייל פרדי שחור־זנב סבלו בצורה יותר חמורה מאשר האייל הקנדי, והאנטילופות סבלו כמעט כמו האייל הקנדי".
לאור ממצאי הדוח נאלץ לנגפורד להתפטר מתפקידו ב־1877, ופילטוס נוריס (Philetus Norris) התנדב למלא את תפקידו, לאחר שנסע ברחבי ילוסטון והתרשם ממנו מכלי ראשון. הקונגרס אישר לבסוף כי מנהל הפארק יקבל שכר ותקציב צנוע לתפעול הפארק. נוריס השתמש בתקציב על מנת להרחיב את הגישה לפארק, להתחיל בבניית הדרכים בו ולבנות מספר מתקני שירות בסיסיים. הוא שכר את הארי יונט (Harry Yount) על מנת שזה יפקח על הציד הבלתי חוקי ועל הוונדליזם בפארק, וכיום, נחשב יונט לשומר היער הראשון של הפארק הלאומי. אולם גם באמצעים אלה לא היה די על מנת להגן על הפארק ביעילות, כיוון שנוריס וממשיכיו בתפקיד לא זכו בכוח אדם ובמשאבים מספיקים.
חברת מסילת הרכבת הצפונית בנתה תחנת רכבת בליווינגסטון, מונטנה, שחוברה אל הכניסה הצפונית של הפארק בתחילת שנות ה־80 של המאה ה־19, וסייעה בהעלאת מספר המבקרים מ־300 בשנת 1872 ל־5,000 בשנת 1883. המבקרים בשנים אלה נאלצו להתמודד עם דרכים מדורדרות ועם שירותים מוגבלים, ואמצעי הגישה העיקרי אל הפארק היה על גבי סוסים או במרכבות. ב־1908 היה מספר המבקרים גדול דיו כדי לשכנע את חברת מסילת הרכבת יוניון פאסיפיק לחבר את מערב ילוסטון לרשת מסילות הרכבת.
הציד הלא חוקי והרס המשאבים הטבעיים נמשכו עד שצבא ארצות הברית הגיע למעיינות החמים הוט מאמות' ב־1886, ובנה את מחנה שרידן. במשך 22 השנים שלאחר מכן הקים הצבא בפארק מבני קבע, ושמו של מחנה שרידן שונה לפורט ילוסטון. בעזרת מימון וכוח אדם ראוי, פיתח הצבא מדיניות ותקנות עצמאיות, לפיהן התאפשרה גישת מבקרים אל הפארק, בזמן שהצבא הגן על חיי הטבע והמשאבים הטבעיים שלו. כאשר שירות הפארקים הלאומיים הוקם ב־1916, רוב עקרונות הניהול שנקבעו בידי הצבא אומצו על ידיו, והצבא מסר לידיו את השליטה בפארק ב־31 באוקטובר 1918.
עד שנת 1915 נכנסו לפארק 1,000 כלי רכב בכל שנה, אך אלה לא עלו בקנה אחד עם תנועת הסוסים ורוכביהם, ובשנים שלאחר מכן נאסרה התנועה בדרכים על גבי סוסים. חיל השימור האזרחי בנה את רוב מרכזי המבקרים הראשונים בין 1933 ל־1941, וכן את אתרי המחנאות ואת מערכת הדרכים הנוכחית של הפארק. בזמן מלחמת העולם השנייה צנח מספר המבקרים ואנשי הצוות בפארק, ומתקנים רבים הוזנחו. בשנות ה־50 חלה עלייה משמעותית במספר המבקרים בילוסטון ובשאר הפארקים הלאומיים של ארצות הברית. על מנת להתמודד עם מספר המבקרים הגדול הפעילה הנהלת הפארק את משימה 66, שהייתה מאמץ להרחיב ולעדכן את מתקני השירות בפארק. התוכנית הושלמה בשנת 1966, לכבוד יובל ה־50 להקמת שירות הפארקים הלאומיים, ובמסגרתה נבנו מבנים כגון בקתות עץ ומבנים בסגנון מודרני. בשלהי שנות ה־80 שונו כמה מהמבנים בפארק ועוצבו מחדש בסגנונות מסורתיים. בשריפות היער הגדולות של 1988 נפגע רוב האזור של גרנט וילג', והמבנים ששוקמו נבנו בסגנון מסורתי. מרכז המבקרים בקניון וילג', שנפתח ב־2006, מעוצב גם הוא בסגנון מסורתי.
רעידת האדמה שהתחוללה באזור אגם הגבן, פגעה בתשתית הדרכים והמבנים שבפארק. בחלק הצפון־מערבי של הפארק נמצאו גייזרים חדשים, ומעיינות חמים רבים הפכו לעכורים. רעידה אדמה זו הייתה החזקה ביותר שפגעה באזור ותועדה ברשומות. השרפות שהשתוללו בקיץ 1988 היו הגדולות ביותר בתולדות הפארק (ראו להלן), וכתוצאה מהן הוערכה מחדש מדיניות ההתמודדות עם שריפות במקום.