למרות בעיות מכניות רבות במנוע החדש, הצליח שומאכר לנצח בשלושה מרוצים במהלך העונה והוביל את הקבוצה למקום השני באליפות היצרנים. הדגם המשופר של המכונית שהוצג לקראת עונת 1997 סייע לשומאכר להציג יכולות טובות יותר במהלך העונה - הוא הגיע שמונה פעמים לפודיום, מתוכם חמש פעמים כמנצח. אל המרוץ האחרון בעונה הגיע כמוביל אליפות הנהגים, בפער של נקודה אחת יותר מז'אק וילנב. במהלך הסיבוב ה-48 של המרוץ ניסה שומאכר להתנגש בווילנב, אך לא הצליח לפגוע בו וירד בעצמו מהמסלול. בעקבות המעשה נענש שומאכר בביטול כל הנקודות שצבר במהלך העונה.
לאחר העונה הדרמטית הציגה פרארי דגם חדש, F300, בעזרתו ניצח שומאכר שישה מרוצים במהלך העונה, אך הפסיד את התואר לאחר שרכבו נפגע במהלך הגרנד פרי היפני והוא נאלץ לפרוש. ארווין הגיע שמונה פעמים לפודיום וסיים במקום הרביעי באליפות הנהגים. את ניצחון הבכורה שלו באליפות השיג במרוץ הפתיחה של עונת 1999. שומאכר ניצח בגרנד פרי בסן מרינו ובמונקו, אך נפצע במהלך המירוץ בסילברסטון ונעדר מששת המרוצים הבאים. ארווין הפך לנהג המוביל של הקבוצה וניצח במרוצים באוסטריה ובגרמניה. שומאכר חזר לשני המרוצים האחרונים בעונה ואפשר לארויין לנצח את הגרנד פרי המלזי, ניצחון שנתן לו יתרון של 4 נקודות על פני מיקה הקינן לקראת מרוץ סיום העונה. הקינן הצליח לשמור על תואר האליפות לאחר שניצח במרוץ האחרון, ופרארי הסתפקה בזכייה באליפות היצרנים.
שומאכר פתח את עונת 2000 עם רצף של שלושה ניצחונות ופתח פער של 21 נקודות לאחר שלושה מרוצים. רובנס באריקלו, שהחליף את ארווין בתחילת העונה, רשם את ניצחון הבכורה בקריירה בגרנד פרי הגרמני לאחר שזינק מהמקום ה-18. במהלך העונה נאלץ שומאכר לפרוש מארבעה מרוצים, דבר שאפשר להקינן לדחוק אותו למקום השני בטבלה. רצף של ארבעה ניצחונות בסיום העונה נתן לשומאכר תואר אליפות שישי ותואר ראשון עבור הקבוצה לאחר 21 עונות. שומאכר זכה שוב בתואר גם בעונה הבאה, אך הפעם הבטיח את הזכייה כשנותרו עוד ארבעה מרוצים לסיום העונה. באריקלו סיים את העונה במקום השלישי וסייע לזכות באליפות יצרנים שלישית ברציפות. הדומיננטיות של שומאכר ובאריקלו נמשכה גם בעונת 2002 במהלכה ניצחו ב-15 מתוך 17 המרוצים (שומאכר ב-11 ובאריקלו ב-4) והשוו את שיא הזכיות לעונה של קבוצת מקלארן.
בניגוד לשתי העונות הקודמות, בעונת 2003 הוכרעה אליפות הנהגים והיצרנים רק במרוץ האחרון, בו זינק שומאכר מהמקום ה-14, סיים במקום השמיני והקדים ב-2 נקודות את קימי רייקונן, נהגה של מקלארן, בדרך לזכייה רביעית באליפות ברציפות. באריקלו זינק למרוץ מהפול פוזישן והצליח לשמור על המקום הראשון לאורך כל המרוץ, ניצחון שהעניק לפרארי את האליפות הקבוצתית. האליפות החמישית הושגה תוך הפגנת דומיננטיות של הקבוצה לאורך כל העונה. שומאכר ניצח ב-12 מ-13 המרוצים הראשונים בעונה, הוסיף עוד ניצחון עד סיום העונה, והבטיח את הזכייה באליפות שישה מרוצים לסיום העונה. באריקלו סיים את העונה במקום השני עם שני ניצחונות והקבוצה זכתה בתואר בפעם השישית ברציפות.
רצף האליפויות נקטע בעונת 2005, בה סבלו נהגי הקבוצה מרצף של תקלות מכניות, בעיות בצמיגים ותאונות. שומאכר סיים את העונה במקום השלישי עם ניצחון בודד בגרנד פרי בארצות הברית, בו השתתפו רק שישה נהגים. במהלך חודש אוגוסט הודיע באריקלו על עזיבתו את הקבוצה בעונת המרוצים הבאה, והוחלף על ידי פליפה מאסה. הדגם החדש, פרארי F248, הוצג לקראת עונת 2006. מאסה רשם ניצחון ראשון בקריירה בגרנד פרי הטורקי. שומאכר ניצח בגרנד פרי האיטלקי ובסיומו הודיע על פרישתו בסוף העונה. אל המרוץ האחרון בעונה הגיע שומאכר בפער של 10 נקודות מאלונסו, דבר שהשאיר סיכוי תאורטי לזכייה באליפות. אלונסו סיים את המרוץ במקום השני והבטיח לעצמו זכייה בתואר. שומאכר ומאסה סיימו את העונה במקום השני והשלישי, אך הקבוצה הפסידה את אליפות היצרנים בפער של 5 נקודות לטובת קבוצת רנו.
מחליפו של שומאכר, קימי רייקונן, זכה באליפות בעונתו הראשונה בקבוצה, לאחר קרב צמוד שהוכרע בפער של נקודה אחת במרוץ האחרון. נהגי הקבוצה ניצחו בתשעה מרוצים (רייקונן 6, מאסה 3) והקבוצה זכתה באליפות היצרנים. במהלך חודש יולי נחשפה פרשת ריגול מקצועי, שכונתה ספייגייט (Spygate). נייג'ל סטפני, מנהלה הטכני של קבוצת פרארי, העביר לאורך העונה מידע רב למייק קופלאן, המהנדס הראשי של קבוצת מקלארן. המידע התייחס לנתונים הטכניים של מכוניות הקבוצה וכן לאסטרטגיות המרוצים. בעקבות החשיפה נקנסה קבוצת מקלארן בסכום של 100 מיליון דולר ונשללו ממנה הנקודות שצברה באליפות היצרנים במהלך העונה.
2008 - 2016: במרדף אחרי רד בול ומרצדס.
לאורך כל המחצית השנייה של עונת 2008 ניהל מאסה מאבק על המקום הראשון מול לואיס המילטון מקבוצת מקלארן. שתי הקפות לסיום המרוץ האחרון בעונה הוביל מאסה את התחרות, בעוד סבסטיאן פטל עקף את המילטון והוריד אותו למקום השישי, דבר שהקנה למאסה את האליפות. בפנייה האחרונה של המרוץ הצליח המילטון לעקוף את טימו גלוק וזכה בתואר. מאסה ורייקונן שדורגו במקום השני והשלישי זיכו את הקבוצה בתואר אליפות היצרנים בפעם ה-16 והאחרונה עד ימינו.
פתיחת עונת 2009 הייתה החלשה ביותר של פרארי מזה 30 שנה - לאחר חמישה מרוצים צברה הקבוצה רק 6 נקודות. במהלך מקצה הדירוג לגרנד פרי הונגריה נפגע מאסה משברים שפגעו בקסדתו. כתוצאה מהפגיעה הוא אושפז במצב קשה, כשהוא שרוי בתרדמת. בעקבות הפציעה הודיעה הקבוצה על חזרתו של שומאכר, כמחליפו של מאסה, אך שבועות לאחר מכן הודיע הנהג כי לא יוכל להתחרות בשל מגבלות פיזיות שנובעות מפציעות שעבר. במקומו מונה ללוקה באדואר, נהג המבחן של הקבוצה. בגרנד פרי הבלגי השיג רייקונן את הניצחון היחיד של הקבוצה בעונה, והיא סיימה רק במקום הרביעי באליפות היצרנים.
על אף שנשארה עוד עונה בחוזהו של רייקונן, הוא הוחלף בפרננדו אלונסו, ורייקונן עבר להתחרות באליפות העולם בראלי. בעונת 2010 ניצח אלונסו בגרנד פרי הגרמני ומאסה סיים במקום השני. לאחר התחרות התברר כי הנהלת הקבוצה הורתה למאסה להאט ולאפשר לאלונסו לעקוף אותו, דבר המנוגד לכללים. בעקבות ההפרה נקנסה הקבוצה בסכום של 100 אלף דולר. אלונסו ניצח גם באיטליה, בסינגפור ובקוריאה, ושני מרוצים לסיום העונה הוביל את טבלת האליפות בפער של 11 נקודות, אך איבד את התואר לסבסטיאן פטל שניצח את המרוצים שנותרו. את עונת 2011 סיימה הקבוצה במקום השלישי, לאחר שהשיגה ניצחון בודד בגרנד פרי בריטניה. לאחר 15 מרוצים בעונת 2012 הוביל אלונסו את האליפות, אך שוב הפסיד את התואר לפטל במאבק שהוכרע רק בסיום המרוץ האחרון. השליטה של פטל וקבוצת רד בול נמשכה גם בעונת 2013. בגרנד פרי הספרדי, המרוץ החמישי בעונה, השיג אלונסו את ניצחונו השני והאחרון בעונה.
רייקונן שב לקבוצה במקומו של מאסה בעונת 2014. לראשונה לאחר יותר מ-20 שנים סיימה הקבוצה עונה שלמה ללא ניצחון. בעקבות חוסר ההצלחה הודיע במהלך העונה לוקה קורדרו די מונטזמולו, יו"ר פרארי שהיה גם מנהלה של הקבוצה בשנות ה-70 וה-80, על התפטרותו. בסיום העונה עזב אלונסו את הקבוצה וחזר לקבוצת מקלארן, במקומו צורף לקבוצה פטל תמורת שכר של 50 מיליון ליש"ט לעונה. פטל השיג ניצחון ראשון כבר במרוץ השני של העונת 2015 שנערך במלזיה. הוא ניצח גם בהונגריה ובסינגפור וסיים את העונה במקום השלישי בטבלת האליפות אחרי צמד נהגי קבוצת מרצדס ומקום אחד לפני רייקונן. את עונת 2016 סיימה הקבוצה במקום השלישי בין היצרנים, ללא ניצחון.
אליפות העולם למכוניות ספורט.
בתחילת המאה ה-21 ידועה קבוצת פרארי בשל השתתפותה במרוצי הפורמולה 1, אך בתחילת דרכה השתתפה הקבוצה במרוצי מכוניות ספורט. החל מאמצע שנות ה-40 של המאה ה-20 ועד מחצית שנות ה-70 לקחה הקבוצה חלק באליפות העולם למכוניות ספורט וזכתה ב-13 תוארי אליפות. את הניצחונות הראשונים רשמה הקבוצה במרוץ המייל מילייה (Mille Miglia) אותו ניצחה בשנת 1950 וב-1951.
בשנת 1953 נוסדה אליפות העולם למכוניות ספורט אליה הצטרפה פרארי יחד עם יצרניות אחרות דוגמת אסטון מרטין, מרצדס-בנץ ויגואר. בתחרויות שיתפה הקבוצה מגוון גדול של דגמים: 166MM , 250MM , דגמי המונזה בעלי מנוע 4 צילינדרים ודגמי 118 ו-121LM, בעלי שישה צילינדרים. באליפות נכללו מרוצים ידועים דוגמת טארגה פלוריו והמייל מילייה, שהתקיימו בסיציליה ומרוץ 24 השעות של לה מאן אותו נצחה הקבוצה שש שנים ברציפות (1960–1965).
בעקבות התוצאות החלשות שהשיגה קבוצת הפורמולה 1 בעונת 1973 החליט אנצו פרארי על הפסקת ההשתתפות באליפות העולם למכוניות ספורט והתמקדות בפורמולה 1 בלבד. מכוניות פרארי המשיכו להשתתף בתחרויות בקבוצות פרטיות.
בשנת 1993 פיתחה הקבוצה את דגם 333SP, שהשתתף בתחרויות בקטגוריות אבי-הטיפוס, אך לא בשם הרשמי של הקבוצה.
סמל.
סמל הסוס המקפץ, המזוהה עם פרארי מיום היווסדה, הופיע לראשונה על מטוס הקרב של פרנססקו ברקה. ברקה, טייס איטלקי וגיבור מלחמת העולם הראשונה, צייר את הסוס על מטוסו לאחר שהפיל טייס קרב גרמני מעל העיר שטוטגרט. סמל הסוס מזוהה עם העיר שטוטגרט והוא מופיע גם במרכז הסמל של חברת פורשה, שמושבה בעיר. בשנת 1923 פגש אנצו פרארי את הוריו של ברקה שהציעו לו להשתמש בסמל הסוס הן כהוקרה לבנם והן כסמל שמביא מזל טוב. פרארי אימץ את ההצעה, אך עיצב את הסמל כך שזנב הסוס פונה כלפי מעלה.