ב-1849 הוביל קרסון חיילים בעקבות הגברת אן וייט (Mrs. Ann White) והתינוקת שלה. הם נשבו בידי האפאצ'י. איש לא שם לב לעצות של קרסון על ניסיון להצילה, וגברת וייט נמצאה מתה עם חץ בלבה. היא עברה התעללות מינית מחרידה, וייתכן ששוביה העבירו אותה ביניהם כפרוצת המחנה. בתה נלקחה, ולא נתגלתה מעולם.
חייל במשלחת החילוץ כתב: "גברת וייט הייתה אישה שברירית, עדינה, יפה מאוד, אבל עברה מסכת ייסורים שלא נותר ממנה אלא חורבה. היא הייתה מכוסה בחבורות ושריטות. ארשת פניה גם לאחר מותה הצביעה על יצור חסר תקווה. על גווייתה נדרנו נקמה על מעניה".
במחנה האפאצ'י גילה קרסון ספר שנכתב עליו. הייתה זו הפעם הראשונה שהוא גילה בספר מודפס את עצמו. הוא היה גיבור של סיפורי ההרפתקאות. עד סוף חייו הוא הצטער שגברת וייט נרצחה. הוא כתב בזיכרונותיו: "במחנה גיליתי ספר, הראשון מסוגו שראיתי אי פעם, שבו הפכו אותי לגיבור גדול, טובח במאות אינדיאנים ... חשבתי לעיתים קרובות שגברת וייט קראה ספר זה ... [והתפללה] לבואי על מנת שתינצל".
זיכרונות.
ב-1856 סיפר קרסון את תולדות חייו למישהו שרשם אותם. הספר נקרא "זיכרונות" (Memoirs). כתב היד אבד כאשר נלקח מזרחה על מנת למצוא סופר מקצועי שיעבד אותו לספר. וושינגטון אירווינג התבקש לעבד את כתב היד, אך סירב. כתב היד האבוד נתגלה בארגז בפריז ב-1905. הוא הודפס מאוחר. הביוגרפיה של קרסון נכתב על ידי דוויט פטרס ב-1859. הספר נקרא: חייו והרפתקאותיו של קיט קרסון הנסטור של הרי הרוקי, מעובדות שסיפר על עצמו".
מלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848).
מלחמת ארצות הברית–מקסיקו הייתה עימות מזוין בין ארצות הברית למקסיקו בשנים 1846 עד 1848. בסוף המלחמה אולצה מקסיקו למכור את הטריטוריות של אלטה קליפורניה וניו מקסיקו לארצות הברית במסגרת הסכם גואדלופה אידלגו.
אחת מההרפתקאות הידועות ביותר של קרסון התרחשה במהלך מלחמה זו. בדצמבר 1846 נצטווה קרסון על ידי הגנרל סטיבן קירני (Stephen Watts Kearny; 1794–1848) לשמש מורה דרך לכוחותיו מסוקורו בניו מקסיקו לסן דייגו בקליפורניה. חיילים מקסיקנים תקפו את קירני ואנשיו סמוך לכפר סן פסקוואל (San Pasqual).
קירני היה בנחיתות מספרית. הוא ידע שלא יוכל לנצח. הוא הורה לפקודיו לתפוס מחסה על גבעה קטנה. בלילה של ה-8 בדצמבר יצאו קרסון, לוטננט ימי בשם ביל וסייר אינדיאני מהמחנה של קירני בדרכם לסן דייגו, במרחק 25 קילומטרים משם, להזעיק עזרה. קרסון והלוטננט הסירו את נעליהם על מנת לשמור על השקט, והלכו יחפים במדבר. קרסון כתב בזיכרונותיו: "הצלחנו להתחמק, אבל לרוע המזל איבדנו את נעלינו. היינו צריכים ללכת יחפים באזור שבו יש צברים וסלעים חדים."
ב-10 בדצמבר כבר חשב קירני שהתגבורות לא יגיעו. הוא תכנן לפרוץ דרך קווי המקסיקנים למחרת בבוקר, אבל כוח של 200 פרשים הגיע לסן פסקוואל מאוחר באותו לילה. הם סרקו את האזור וגרשו את המקסיקנים. קירני הגיע לסן דייגו ב-12 בדצמבר.
קריירה צבאית (1861–1868).
באפריל 1861 פרצה מלחמת האזרחים האמריקנית. קרסון עזב את עבודתו כסוכן לענייני אינדיאנים והצטרף לצבא האיחוד כלוטננט. הוא הוביל את חיל המתנדבים הרגלי מספר אחד של ניו מקסיקו ואימן את הכוח. באוקטובר 1861 הוא קודם לדרגת קולונל. חיל המתנדבים לחם כנגד צבא הקונפדרציה בתבוסה בקרב ואלוורדה (Battle of Valverde) בפברואר 1862. צבא הקונפדרציה ניצח בקרב זה, אך נוצח בהמשך.
המערכה נגד האפאצ'י.
מהרגע שצבא הקונפדרציה גורש מניו מקסיקו הפנה ג'יימס הנרי קרלטון (James Henry Carleton 1814–1873), מפקדו הצבאי של קרסון, את תשומת לבו לאינדיאנים. הסופר וההיסטוריון אדווין סבין (Edwin Legrand Sabin 1870–1952) כתב שלקצין זה הייתה "שנאה פסיכופתית כלפי האפאצ'י". קרלטון הוביל את כוחותיו עמוק לתוך הטריטוריה של האפאצ'י מסקלרו. המסקלרוס היו עייפים מלחימה ונכנעו לקרלטון. קרלטון העביר אותם לשמורה רחוקה ומבודדת ליד נהר פקוס.
קרסון תיעב את האפאצ'י. הוא כתב בדוח שהאפאצ'י חיקרייה: "היו באמת האינדיאנים הבעייתיים ביותר ובמצב הירוד ביותר שהיו באזורנו... היינו עדים מדי יום לראותם במצב שיכרות בכיכר שלנו". קרסון תמך בתוכניות של קרלטון בחצי פה. הוא סבל מפציעה שנתיים לפני כן שהציקה לו מאוד. הוא התפטר מהצבא בפברואר 1863. קרלטון סירב לקבל את התפטרותו משום שרצה שקרסון יוביל את המערכה כנגד הנאוואחו.
המערכה כנגד הנאוואחו.
קרלטון בחר באתר עגום על נהר הפקוס להקמת שמורה. שמורה זו הייתה קרויה בוסקה רדונדו (בספרדית פרדס עגול). הוא בחר באתר זה עבור האפאצ'י והנאוואחו משום שהיה רחוק מיישובים של לבנים. הוא גם רצה שהאפאצ'ים והנאווחו יהווה חיץ כנגד מעשי איבה של הקאיווה והקומאנצ'י, שפעלו ממזרח לבוסקה רדונדו, כנגד היישובים של הלבנים. הוא גם שיער שהריחוק והשממה של השמורה תרחיק לבנים מלנסות להתיישב במקום.
המסקלרו הלכו 210 קילומטרים לשמורה. בהגיע מרץ 1863 התיישבו ארבע מאות אפאצ'י סביב פורט סמנר הסמוכה. האחרים נמלטו מערבה להצטרף לחבורות של אפאצ'ים נמלטים. באמצע הקיץ רבים מהם שתלו יבולים ועסקו בעבודות חקלאות אחרות.
ב-7 ביולי החל קרסון במערכה לריכוז בני הנאוואחו במטרה לשלחם לשמורה כשליבו חצוי. הפקודות שקיבל היו דומות לאלו שקיבל עבור ריכוז האפאצ'י: הוא נצטווה לירות בכל הגברים ולשבות את הנשים והילדים. שום בריתות שלום לא יחתמו עד שכל הנאוואחו יהיו בשמורה.
קרסון ערך חיפוש מדוקדק אחרי הנאוואחו. הוא גילה את בתיהם, שדותיהם, חיות המשק שלהם, והמטעים, אבל הנאוואחו היו מומחים בהיעלמות זריזה ובהסתתרות באדמותיהם הנרחבות. המצוד של הנאוואחו הוכח לקרסון כמתסכל. הוא היה בשנות ה-50 לחייו, עייף וחולה. בסתיו 1863 החל קרסון לשרוף את בתיהם ושדותיהם של הנאוואחו, ולסלק את חיות המשק שלהם. הנאוואחו היו עתידים לגווע ברעב אם ההרס היה נמשך. 188 נאוואחו נכנעו. הם נשלחו לבוסקה רדונדו. החיים בשמורה היו קודרים. היו רציחות, האפאצ'ים והנאוואחו נלחמו ביניהם. המים בנהר פקוס הכילו מינרלים שגרמו לכאבי בטן, והתושבים היו צריכים ללכת 18 קילומטרים על מנת לקושש עצים להסקה.
קניון דה שאיי.
קרסון רצה ליטול הפסקה בחורף מהמערכה. קרלטון סירב. קרסון נצטווה לפלוש לקניון דה שאיי (Canyon de Chelly). במקום זה מצאו בני נאוואחו רבים מקלט. ההיסטוריון דייוויד רוברטס כתב: " הסריקה של קרסון דרך קניון דה שאיי בחורף 1863–1864 תתגלה כפעולה המכרעת במערכה".
קניון דה שאיי היה מקום קדוש לנאוואחו. הם האמינו כי הוא יהיה מקום המקלט החזק ביותר שלהם. שלוש מאות מבני הנאוואחו מצאו מקלט על גדת הקניון במקום הקרוי סלע המצודה (Fortress Rock). הם הקפידו לשמור על שקט ולא להיחשף. מים הם דלו בעזרת כדים שהורדו לזרם בקרקעית הקניון. שלוש מאות בני נאוואחו אלו שרדו את הפלישה של קרסון. בינואר 1864 סרק קרסון באמצעות כוחותיו את הקניון. אלפי עצי אפרסק שגדלו בקניון נכרתו. מעט בני נאוואחו נהרגו או נשבו. עם זאת, הפלישה של קרסון הוכיחה לנאוואחו שצבא ארצות הברית יכול לפלוש לאדמתם בכל רגע. בני נאוואחו רבים נכנעו בפורט קנבי (Fort Canby).
בהגיע מרץ 1864 היו 3,000 פליטים בפורט קנבי. 5,000 נוספים הגיעו למחנה. הם סבלו מרעב ומהקור העז. קרסון דרש לקבל מזון ובגדים עבורם. אלפי הנאוואחו הובלו לבוסקה רודנדו. רבים מתו לאורך הדרך. נחשלים מאחור נורו ונהרגו. בהיסטוריה של הנאוואחו ידוע מסע זה בשם הצעדה הארוכה של הנאוואחו (Long Walk of the Navajo). ב-1866 ציינו דוחות שבוסקה רדונדו הייתה כישלון מוחלט. קרלטון פוטר. הקונגרס פתח בחקירות. ב-1868 נחתם הסכם, והנאוואחו הורשו לחזור לשטחם. בוסקה רדונדו נסגרה.
הקרב הראשון של אדובי וולס.
ב-25 בנובמבר 1864 הוביל קרסון את כוחותיו כנגד שבטי האינדיאנים בפנהנדל של טקסס בקרב הראשון של אדובי וולס (First Battle of Adobe Walls). אדובי וולס הייתה תחנת מסחר נטושה שבעליה פוצץ אותה על מנת למנוע את נפילתה בידי אינדיאנים עוינים. הלוחמים בקרב הראשון היו צבא ארצות הברית וסיירים אינדיאנים מצד אחד כנגד קאיווה, קומאנצ'ים ואפאצ'י של המישורים. הייתה זו אחת מההתנגשויות הצבאיות הגדולות שהתרחשו במישורים הגדולים.
הקרב היה תוצאה מהאמונה של גנרל קרלטון שהאינדיאנים היו אחראיים להתקפות נמשכות על מהגרים לאורך שביל סנטה פה. הוא רצה להעניש אותם והביא את קרסון לעשות את העבודה. מרבית הצבא האמריקני היה עסוק רחוק משם בקרבות של מלחמת האזרחים האמריקנית, ולכן ההגנה שהמתיישבים היו זקוקים לה כמעט שלא הייתה קיימת. קרסון הוביל כוח של 250 פרשים, 75 אנשי חיל רגלים ו-72 סיירים בני יוט ואפאצ'י חיקרייה, כולל נשותיהם. לרשותו עמדו גם שני תותחי הרים.
בבוקר ה-25 בנובמבר, גילה קרסון כפר של קאיווה ובו 176 בקתות ותקף אותו. האינדיאנים שהיו בכפר התגוננו ואז נסוגו להזעיק עזרה. לאחר שהרס את הכפר הוא נע קדימה לאדובי וולס. מאדובי וולס ראה קרסון כפרים נוספים של קומאנצ'ים באזור, והבין כי הוא עומד להיות מותקף על ידי כוח גדול מאוד של אינדיאנים. לוטננט פטיס, שהיה אחראי על התותחים, העריך שהחל להתקבץ כוח בין 1,200 עד 1,400 קומאנצ'י וקאיווה. המספר עלול היה לגדול ל-3,000. מבלי לדעת זאת נכנס הכוח של קרסון לתוך האזור שבו התרכזו שבטי האינדיאנים בחורף. התותחים שבידי הכוח בלמו באופן זמני את ההתקפות של האינדיאנים במשך ארבע עד חמש שעות. כשהחלה התחמושת לתותחים לאזול הוא הורה לאנשיו לסגת בחסות העשן מהאש שבערה בשדה הקרב. הם תחילה נסוגו לכפר הקאיווה, ושם גילו שנשות היוט השחיתו את גוויות האינדיאנים שנהרגו כשהכפר נכבש.