בכל דרגי הממשלה (ברמה הלאומית, ברמה המדינתית וברמה המחוזית) ניתן ליווי של ועדה של פקידי צבא, משטרה ומנהל אזרחי. אלה אפשרו לבצע הערכה והפצה של מידע מודיעיני מכל המקורות ולאפשר נקיטת צעדים נגד אנשי הגרילה. לדוגמה, בראש כל מועצת מלחמה של המדינות ישב שר בכיר, המפקד הכללי של המשטרה, המפקד הצבאי הבכיר, קצין מהמשמר הלאומי של המדינה, קצין מודיעין של המדינה, מזכיר בכיר ועד שישה מנהיגי קהילות נבחרים. נציגי המשטרה, הצבא והמשמר הלאומי והמזכיר היו חברים בתת-הוועדה למבצעים שהייתה אחראית למתן הנחיות ברמה יומיומית לפעולות החירום.
אופי הלחימה.
עד מהרה הבין הצבא הבריטי שסריקה מגושמת של שטחים על ידי כוחות גדולים היא בלתי יעילה. תחת זאת, כיתות ומחלקות ביצעו סיורים והניחו מארבים, זאת על בסיס מידע מודיעיני (ממודיעים, מהאוכלוסייה השכנה ל-MNLA, סיורים אווריים וכו'). פעילות טיפוסית הייתה מבצע "נאסאו" שנוהל בביצות של מחוז קואלה לנגט:
הסיוע מכוחות חבר העמים הבריטי.
בנוסף לכוחות בריטים ומלאים היו מעורבות במצב החירום המלאי יחידות מכוחות חבר העמים הבריטי, כולל כוחות מאוסטרליה, ניו זילנד, פיג'י, קניה, ניאסלנד, רודזיה הצפונית ורודזיה הדרומית.
אוסטרליה.
כוח היבשה האוסטרלי הראשון, הגדוד השני של הרגימנט האוסטרלי המלכותי, הגיע ב-1955. בהמשך הוחלף גדוד זה בגדוד השלישי של הרגימנט, שבתורו הוחלף על ידי הגדוד הראשון. חיל האוויר המלכותי האוסטרלי שלח את טייסת 1 שלו, שהטיסה מפציצי אברן לינקולן, ואת טייסת 38 שהטיסה מטוסי תובלה דאגלס C-47 דקוטה ושפעלה מסינגפור עוד בשלבים הראשונים של מצב החירום. ב-1955 הרחיבו האוסטרלים את בסיס חיל הארוויר בטרוורת', וממנו יצאו מפציצי הקנברה של טייסת 2 (שהחליפה את טייסת 1) ומטוסי הקרב CAC Sabre של כנף 78, שביצעו משימות תקיפה קרקעיות נגד לוחמי הגרילה. המשחתות של הצי המלכותי האוסטרלי, "ורמונגה" (HMAS Warramunga) ו"ארונטה" (HMAS Arunta) הצטרפו לכוחות ביוני 1955. בין השנים 1956–1960 סופחו נושאות המטוסים "מלבורן" (HMAS Melbourne) ו"סידני" (HMAS Sydney) והמשחתות, "אנז"ק" (HMAS Anzac), "קוואדרנט" (HMAS Quadrant), "קווינסבורו" (HMAS Queenborough), "קוויברון" (HMAS Quiberon), "קוויקמץ'" (HMAS Quickmatch), "טוברוק" (HMAS Tobruk), "ומפייר" (HMAS Vampire), "ונדטה" (HMAS Vendetta) ו"וויאג'ר" (HMAS Voyager), לכוחות העתודה האסטרטגיים של חבר העמים הבריטי לתקופה של שלושה עד תשעה חודשים בכל סבב. חלק מהמשחתות ביצעו ירי על עמדות של הקומוניסטים בג'והור.
ניו זילנד.
בסך הכול שירתו 1,300 לוחמים ניו זילנדים במצב החירום במלאיה בין השנים 1948–1964, מתוכם נהרגו 15.
תרומתה הראשונה של ניו זילנד לתגבור הכוחות במלאיה נשלחה ב-1949, כאשר מטוסי דאגלס C-47 דקוטה של טייסת 41 של חיל האוויר המלכותי של ניו זילנד סופחה לחיל האוויר של המזרח הרחוק של חיל האוויר המלכותי. ב-1955 הייתה ניו זילנד מעורבת באופן ישיר יותר בעימות. במאי אותה שנה החלו מטוסי קרב דה הבילנד ומפייר ודה הבילנד ונום ניו זילנדים לבצע משימות תקיפה. בנובמבר אותה שנה הגיעו 133 חיילים של מה שהיה ל"שירות האווירי המיוחד של ניו זילנד" (New Zealand Special Air Service) מסינגפור, לאימון משותף עם ה-SAS הבריטי, והחלו בפעילות מבצעית באפריל 1956. חיל האוויר המלכותי של ניו זילנד המשיך לבצע משימות תקיפה באמצעות מטוסי הקרב דה הבילנד ונום של טייסת 14 ובהמשך באמצעות מפציצי הקנברה של טייסת 75, זאת בנוסף להצנחת אספקה לסיוע לכוחות אנטי גרילה באמצעות מטוסי בריסטול.
רודזיה.
רודזיה הדרומית ויורשתה, הפדרציה של רודזיה וניאסלנד, שיגרה שתי יחידות למלאיה. בין השנים 1951–1953 פעלו מתנדבים לבנים מרודזיה הדרומית במסגרת טייסת C של ה-SAS הבריטי. ב-1956 ובמשך שנתיים, שירתו "הרובאים הרודזים האפריקאים" (Rhodesian African Rifles), שכוח האדם של החיילים והנגדים שלהם היו שחורים והקצינים היו לבנים, בג'והור.
פיג'י.
בשנים 1956–1962 שיגרה פיג'י 1,600 חיילים למלאיה. הראשונים להגיע היו חיילי הגדוד הראשון של רגימנט חיל הרגלים של פיג'י. 25 מחיילי הגדוד נהרגו בקרבות.
קניה, רודזיה הצפונית וניאסלנד.
הגדודים הראשון, השני והשלישי של רובאי המלך האפריקנים מניאסלנד, רודזיה הצפונית וקניה, בהתאמה, שירתו במלאיה ומתוכם נהרגו בקרבות 23 חיילים.
פתרון מצב החירום.
ב-6 באוקטובר 1951 נהרג הנציב העליון הבריטי במלאיה, סר הנרי גרני. הרצח תואר כגורם העיקרי שהוביל את האוכלוסייה המלאית לדחות נמרצות את המערכה של ה-MNLA וכן הוביל לחשש שהלך וגבר עקב המחשבה ש"אם הנציב העליון כבר לא יכול להיות בטוח, קיימת תקווה מועטה להגנה ולביטחון לאיש מן הרחוב במלאיה". לימים אמר מנהיג ה-MNLA, צ'ין פנג, שלרצח הייתה השפעה מועטה ושבכל אופן הקומוניסטים שינו בצורה קיצונית את האסטרטגיה שלהם באותו חודש, במה שנקרא "מהפיכות אוקטובר". מהפיכות אוקטובר, שהיו תגובה לתוכנית בריגס, כללו שינוי בטקטיקות על ידי צמצום ההתקפות על מטרות כלכליות ועל אזרחים, הגברת המאמצים לכניסה לתוך ארגונים פוליטיים וחתירה תחתם, וחיזוק רשת האספקה באמצעות ארגון "מין יואן" וחקלאות הג'ונגל.
יורשו של גרני, לוטננט גנרל ג'רלד טמפלר, הונחה על ידי ממשלת בריטניה לדחוף לנקיטת צעדים מיידיים למתן זכות בחירה לתושבי מלאיה ממוצא סיני.
הודעת החנינה.
ב-8 בספטמבר 1955 פרסמה ממשלת פדרציית מלאיה הודעה על חנינה לכל הקומוניסטים. מושל סינגפור הוציא הודעה דומה באותה עת. טונקו עבדול רחמן , השר הראשי של הפדרציה (ולימים ראש ממשלת מלזיה הראשון), הציג את הודעת החנינה, אך הודיע שלא יתקיים שום משא ומתן עם ה-MNLA. לשון הודעת החנינה היה:
בעקבות ההכרזה יצאו שרי הממשלה מ"מפלגת הברית" (Alliance Party) במסע תעמולה חסר תקדים. שרי הממשלה יצאו למסעות בכל רחבי מלאיה, בהם הם הטיפו לציבור לקרוא לקומוניסטים להניח את נשקם ולנצל את ההזדמנות לחנינה. על אף מערכה זו, הסגירו קומוניסטים מעטים את עצמם לרשויות. היו במערכת הפוליטית שמתחו ביקורת על כך שהחנינה הייתה מסויגת מדי ותנאיה היו שונים במעט מכתב כניעה, שהיה בתוקף במשך תקופה ארוכה. המבקרים טענו שיש לפעול לגישה מציאותית וליברלית יותר למשא ומתן עם המפלגה הקומוניסטית כדי להגיע להסדר. בכירים במפלגה הלייבור של מלאיה, כחלק מההסדר, לא כללו את האפשרות של הכרה במפלגה הקומוניסטית כארגון פוליטי. בחוגי מפלגת הברית עצמה, גורמים משפיעים, הן ב"ארגון הסיני המלאי" (Malaysian Chinese Association) והן ב"ארגון המלאי הלאומי המאוחד" (United Malays National Organisation), השתדלו לשכנע את השר הראשי, טונקו עבדול רחמן, להפסיק את המשא ומתן עם המפלגה הקומוניסטית.
שיחות בלינג.
בהבינו שהעימות לא נשא כל פרי, חתר צ'ין פנג ב-1955 לדיון עם הממשלה הבריטית. הדיונים התנהלו בבית הספר הממשלתי לאנגלית בבלינג, שבמדינת קדה ב-28 בדצמבר. צ'ין פנג יצא מהג'ונגל וניסה לנהל משא ומתן עם מנהיג הפדרציה, אך שירות המודיעין הבריטי היה מודאג שהמפלגה הקומוניסטית תצבור שוב השפעה בציבור. המפלגה יוצגה על ידי צ'ין פנג, שהיה המזכיר הכללי שלה, רשיד מיידין, וצ'ן טיין, ראש מחלקת התעמולה המרכזית של המפלגה. מעברו השני של שולחן המשא ומתן ניצבו שלושה נציגים לאומיים נבחרים: טונקו עבדול רחמן, טאן צ'נג לוק, ודייוויד מרשל, השר הראשי של סינגפור. הפגישה הייתה אמורה להוביל לסיום הדדי של הסכסוך, אך נציגי הממשלה המלאית, בהנהגתו של טונקו עבדל רחמן, דחו את כל דרישותיו של צ'ין פנג. כתוצאה מכך העימות הסלים ובתגובה שיגרה ניו זילנד את חיילי השירות האווירי המיוחד, את טייסת 14 ואת טייסת 41, ומאוחר יותר את טייסת 75. שאר מדינות חבר העמים הבריטי שיגרו גם הם כוחות לסיוע לבריטים.
בשל כישלון השיחות החליט טונקו ב-8 בפברואר 1956 לסגת מהכרזת החנינה, חמישה חודשים לאחר שהיא פורסמה, בציינו שהוא לא מוכן להיפגש עם הקומוניסטים פעם נוספת, אלא אם כן הם יציינו מראש את רצונם להיפגש עמו מתוך כוונה לכניעה מוחלטת. על אף כישלון השיחות, עשתה המפלגה הקומוניסטית את כל המאמצים לחדש את שיחות השלום עם הממשלה המלאית, אך ללא הצלחה. בינתיים, החלו דיונים במועצת פעולת החירום החדשה כדי להגביר את עוצמת "מלחמת העם" נגד אנשי הגרילה. ביולי 1957, שבועות ספורים לפני שמלזיה קיבלה את עצמאותה, עשתה המפלגה הקומוניסטית ניסיון נוסף לקיים שיחות שלום, והציעה את התנאים הבאים לניהול משא ומתן:
כישלון השיחות השפיע על מדיניות המפלגה הקומוניסטית. באותה עת נחלשו ה-MNLA והמין יואן ובאוגוסט 1957 הם מנו 1,830 חברים. אלו שנשארו עמדו בפני יציאה לגלות או בפני מוות בג'ונגלים. בכל אופן, טונקו עבדול רחמן לא הגיב על ההצעות של המפלגה הקומוניסטית. עם קבלת עצמאותה של מלזיה ב-31 באוגוסט אותה שנה ובחירתו של טונקו כראש הממשלה הראשון, איבד המרד את היסוד ההגיוני שלו כמלחמת עצמאות לשחרור מהשלטון הקולוניאלי. מעשי ההתנגדות הרציניים האחרונים של ה-MNLA הסתיימו בכניעה באזור הביצות של טלוק אנסון ב-1958. שרידי הלוחמים נמלטו לגבול תאילנד ומשם מזרחה. ב-31 ביולי 1960 הכריזה ממשלת מלזיה שמצב החירום הסתיים, וצ'ין פנג עזב דרומה לתאילנד ומשם לבייג'ינג, שם הוא זכה לחסותם של השלטונות הסינים, כמו רבים אחרים ממנהיגי המפלגות הקומוניסטיות של דרום-מזרח אסיה.
אבדות.