לדעתם של הרב יצחק אייזיק הלוי והרב בנימין מנשה לוין, הסיבות הן היסטוריות ביסודן. לבני המזרח הייתה נגישות למרכזי התורה בבבל, ולכן הם נהגו להפנות אליהם את כל שאלותיהם, ולא היה להם צורך לעמול בעצמם בעיון התלמוד לשם בירור ההלכות והשאלות שנקרו לפניהם. לעומתם, בני איטליה וממשיכיהם בני אשכנז וצרפת, היו רחוקים ממרכזי התורה, ולכן היו חייבים לעמול בעיון בתלמוד ולחלץ ממנו בעצמם את ההלכות המעשיות. כך התפתחה באשכנז וצרפת מתודת לימוד המעמיקה בתלמוד, ובארצות המזרח התפתחה מסורת לימוד שעיקרה שינונם של פסקי הלכה.
חכמי המזרח יסדו ישיבות רבות כמו הישיבות בראשותם של הרי"ף ורבי יצחק אבן גיאת, וכפי הוראת האמוראים בעלי התלמוד שיש "לאסוקי שמעתתא אליבא דהילכתא" היה לימוד התלמוד מופנה בעיקר לפסיקת ההלכה, וכפי שמשתקף בחיבורו של הרי"ף, הכולל אך ורק את ההלכות המעשיות מכל התלמוד.
השפעתו של הרי"ף הייתה בעיקר על קהילות צפון אפריקה האחרות, ובהן היו "הלכות הרי"ף" הספר הנלמד ביותר. בספרד המוסלמית התקיימה עדיין מסורת לימודית עשירה, על בסיס תורתם של גאוני בבל, עוד לפני שנחשפו לספרו של הרי"ף, ורבניהם, רבי יצחק אבן גיאת, שמואל הנגיד, רבי ברוך בן יצחק אבן אלבאליה ואחרים, שילבו את לימוד התלמוד עם פסיקת ההלכה של הגאונים, כאשר התלמוד נלמד במישרין לשם כך, ולא בעקיפין מתוך הלכות הרי"ף; אך מאוחר יותר, בתקופה הנוצרית תפסו הלכות הרי"ף את מקומו של התלמוד גם בספרד. כך, רוב החיבורים התלמודיים שהתחברו באותם דורות - מהם ידועים לנו כ-30 חיבורים שונים - סובבים סביב "הלכות הרי"ף" המשמשים להם כנקודת מוצא. אמנם בספרד הייתה מקובלת גם דרך העיון התלמודית, ורבים מהפירושים העיוניים הידועים על התלמוד הם מחכמי ספרד, כגון חידושי הרמב"ן, הרשב"א והריטב"א.
גם הרמב"ם ראה בשיטת הפילפול "איבוד זמן ומיעוט התועלת", כפי שכתב באיגרת לתלמידו ר"י בן יהודה, ולדעתו התועלת היחידה בלימוד התלמוד היא רק כאמצעי להגיע על ידו להכרעת ההלכה.
שיטת בעלי התוספות.
בעלי התוספות הם קבוצה של כ-300 רבנים שהמשותף לכולם הוא לקיחת חלק בכתיבת פירושים המכונים תוספות על 30 ממסכתות התלמוד הבבלי ועל פירוש רש"י לתלמוד. תחום פעילותם הוא במאות השתים עשרה והשלוש עשרה. מרביתם מחוג תלמידי רש"י באשכנז ובצרפת ומיעוטם באנגליה ובאיטליה.
דרך לימודם של בעלי התוספות הייתה חדשה, והיא הפיחה רוח חיים והתלהבות בישיבותיהם. מחדשי הדרך היו תלמידיו ונכדיו של רש"י, והבולטים שבהם הם נכדיו, הרשב"ם, רבנו תם, נינו, רבי יצחק בן שמואל (בדרך כלל מכונה ר"י), ואחרים.
נקודת המוצא של דרך לימודם החדשה של בעלי התוספות, היא היותו של התלמוד חיבור אחד קוהרנטי. מתוך כך הם התרחקו מהתרתן של סתירות פנימיות בסוגיה וסתירות בין סוגיה לסוגיה על פני כל מסכתות התלמוד בתירוצים של "מחלוקת הסוגיות" וכדומה, אלא ראו בכך מקור להסקת דינים חדשים, בין השאר על ידי פלפול והעמדות שונות. החירות לחדש פירושים חדשים ודינים חדשים מתוך פלפולם העצמאי של הלומדים, היא חידושם העיקרי של בעלי התוספות.
התוכן שעמד לנגד עיניהם של בעלי התוספות היה רב: נוסף לתלמוד, הם עסקו בכל פירוש וחיבור שנתחברו אחרי חתימת התלמוד, ולכן לימודם היה מקיף ורב ממדים. הם השוו סוגיות בתלמוד הבבלי ובתלמוד הירושלמי, השוו ברייתות, תוספתאות ומדרשי הלכה. כמו כן עסקו בעלי התוספות בבדיקת הנוסחאות וקבעו את הנוסחא הנכונה.
המהרש"ל הגדיר את פעולת בעלי התוספות: .
גם בנוגע לפסיקת ההלכה חידשו בעלי התוספות דרך חדשה. כבר בדורו של רבינו תם הושם דגש על פסיקת ההלכה לאור החידושים, ורבינו תם ור"י נפנו לעיתים לכתוב חיבורים הלכתיים קצרים בנושאים מוגדרים. בעלי התוספות הכירו היטב במהפך בסדרי הלימוד, שחוללו הם ורבותיהם על ידי כתיבת ספרי הפירושים והחידושים. הראשון שכתב ספר הלכתי מקיף המייצג את שיטת בית המדרש של בעלי התוספות הוא רבי ברוך בן יצחק בעל התרומה, שספרו, "ספר התרומה", מכיל פסקי הלכה על פי שיטתם של בעלי התוספות, בלשון קצרה ובמגוון נושאים: שחיטה, טרפות, איסור והיתר, חלה, נידה, גיטין, חליצה, עבודה זרה, יין נסך, ספר תורה, תפילין ושבת.
שיטת הלימוד בספרד הנוצרית.
בספרד, בשנים שבין 1200 ועד גירוש ספרד בשנת 1492, שגשג מאוד לימוד התלמוד. אף שיהדות ספרד מפורסמת בתחום השירה, הקבלה והפילוסופיה, הרי שעיקרה של הספרות הענפה שהתחברה בתקופה זו של יהדות ספרד, היה בתחום התלמוד. על רובו של התלמוד נכתבו למעלה משלושים ספרי פירושים וחידושים, כאשר כמה מן הפירושים הופיעו בכמה מהדורות, ואף הרי"ף פורש כשלושים פעם. נוסף לכך נכתבו שאלות ותשובות לאלפים, חיבורים רבים בפרשנות המקרא, ועוד, בכמות ובאיכות העולים בהרבה על כל מה שנכתב בתקופה ההיא בספרד בתחומי הפילוסופיה והקבלה גם יחד.
מפעל אדיר זה של פרשנות התלמוד התחבר על ידי גדולי החכמה והתורה ומנהיגי הציבור בספרד, שלימדו את תורתם בישיבות גדולות לתלמידים רבים מאוד. ובמסגרת מפעל פרשנות זה נסללו דרכים חדשות בפירוש התלמוד ובהסקת המסקנות להלכה.
מייסדה של הדרך היה הרמב"ן, שעמד בראש ישיבה גדולה בברצלונה, וחיבר בעצמו ספרי חידושים על מספר רב של מסכתות מהתלמוד בבלי. בדרכו החדשה ובתורתו נפגשו לראשונה מזרח ומערב, צפון ודרום. מתורת גאוני בבל שבמזרח על מסורתה וגירסותיה, עם חידושי הקדמונים אשר בספרד בקצה מערב - ר' שמואל הנגיד, רבי יצחק בן ראובן אלברגלוני, ר' יצחק גיאת, ר"י מיגאש, הרי"ף ועוד; דרך תורתם של גדולי צרפת, אשכנז ופרובנס בצפון - רש"י ובעלי התוספות לדורותיהם, בעל האשכול, הראב"ד ובעל המאור - עד פירושים ופסקים מפרי עטם של רבנו חננאל, רב ניסים גאון והרמב"ם באפריקה שבדרום.
המאפיינים העיקריים של דרך הלימוד הספרדית, מיסודו של הרמב"ן, הם:
בהמשך פותחה דרך הלימוד הספרדית עוד, ונתרמה לה תרומה מכריעה על ידי רבי יצחק קנפנטון, שהיה מגדולי רבני ספרד וראשי הישיבות שבה בדור שלפני הגירוש, ועמד בשנת 1457 בראש ישיבה גדולה בסמורא (סאמורה Zamora, בקסטיליה ולאון) שבצפון-מערב ספרד. תלמידיו, שהיו גדולי ומנהיגי יהדות ספרד בפזורותיה אחרי הגירוש, נשאו עמם את דרך לימודו והפיצו אותה לארצות רבות.
הרב קנפנטון יישם את הלוגיקה האריסטוטלית באופן נרחב ומעמיק בלימוד התלמודי בכללו. תלמידיו הישירים ותלמידי תלמידיו, המשיכו ביישום ובפיתוח מתודולוגיה תלמודית על בסיס אריסטוטלי. הוא ותלמידו ראו בהגיון ובלוגיקה את הדרך להשגת אמת בכל המדעים, ובכללם מדע התורה, ולמרות התנגדותם לפילוסופיה, הם ראו את הלוגיקה כענף נייטרלי ו"כשר". אך בעוד שספרי ההגיון וכלליהם שימשו כספרי יסוד בעיון המדעי והפילוסופי, והם התוו את הדרך להוכחה נכונה והימנעות מטעות במקצועות אלה, מדע התלמוד זקק ספרי כללים מיוחדים, כיון שהוא מובדל בלשונו ובעיותיו מן המדעים האחרים. מסיבה זו חוברו באותה תקופה בספרד ספרי כללים מיוחדים לתלמוד ומפרשיו, המתווים את הדרך הלוגית ללימוד ופירוש התלמוד.
כחלק ממפעל זה פותחה גם משנה רחבה העוסקת בדקדוק בלשונות הראשונים, ובכללם הרמב"ן, כאשר המעקב אחר שינויי הלשון, הניסוח והעריכה, נדרש על בסיס תאוריה לוגית-לשונית. שיטה זו מושתתת על התפיסה האריסטוטלית לפיה הלשון היא אמצעי להבעת העניינים שבמחשבה, ולפיכך יש לשים לב להבדלים הקיימים בין ניסוחים שונים שהיו יכולים, לכאורה, להיות לאותם העניינים. על
הפרשן לדייק ולדקדק בניסוח דברי המקורות המתפרשים על ידו שכן לכל רכיב בביטוי הלשוני יש חשיבות בהבעת העניין המכוון.
וכך כותב הרב קנפנטון בפתיחת ספרו:
דרך לימודו של הרב קנפנטון התפשטה לארצות הרבות אליהן גלו תלמידיו. כך, לדוגמה, בישיבה הירושלמית שבראשה עמד רבי יעקב בירב אומצה מסורת הלימוד הספרדית, כפי שהתגבשה בבית־מדרשו של קנפנטון; ורמזים לה נמצאו גם בכתבי תלמידו רבי יצחק אבוהב. גם בישיבות אחרות ברחבי האימפריה העות'מאנית אומצה שיטה זו. ישיבות אלו שימשו כדוגמה ומשל לישיבות שיסדו לאחר מכן רבי יוסף קארו ורבי משה מטראני (המבי"ט) ותלמידיהם.
שיטת הפלפול של רבי יעקב פולק.
המצאת שיטת הפלפול של ימי הביניים מיוחסת לרב יעקב פולק שהיה ראש ישיבה בקרקוב. מקורה של השיטה הוא באשכנז, בישיבות ששכנו בערים אאוגסבורג, נירנברג ורגנשבורג, ובאזור זה הפיץ הרב פולק את שיטתו המסוימת שכונתה "שיטת החילוקים", ושהתפתחה לכיוונים שונים בדורות שאחריו. תלמידו, רבי שלום שכנא, המשיך את דרכו של רבו בשיטת החילוק והפלפול בישיבתו בלובלין.
"שיטת החילוקים" מתאפיינת בדרכי חשיבה שהתאפיינו בהתמקדות בפריסת כל האלטרנטיבות שמתאפשרות מבחינה לוגית.כך לדוגמה, "פלפול נירנברגר" הוא כינוי לקושיה המתעוררת כאשר מקשים ממקור אחד נגד אחר, אך מתעלמים מכך שקיים מקור נוסף בעניין המניח הנחת יסוד שונה. "פלפול רגנסבורגר" הוא כפי שמגדיר הרב מרדכי מארדוש, מבאר חידושי המהר"ם שיף: "רעגשבורג היינו כשחוזר בעל האיבעיא ומקשה על הפשיטות מברייתא; קשה, מאי מיבעיא ליה – הא ידע הברייתא!"; כלומר, מצב בו אדם מביע דעה, ולמרבה התמיהה הוא מקשה על דעתו שלו ממקור המוכיח את ההפך, כך שעולה תמיהה מדוע הוא חשב כך מראש, הרי מן הסתם הוא ידע את המקור שהוא עצמו הביא.
שיטת הלימוד הספרדית.