החל מהמאה ה-16 החלו להופיע לראשונה בקרב תנועה זו תרגומים של חלקים מספר הזוהר. על אף הפולמוס על קדמות הזוהר – גם בחוגים הנוצרים – העמדה המקובלת הייתה שהספר אכן קדמון ויצא מחוגו של רשב"י, שלפי דעה קיצונית השתייך לדת הנוצרית. גם במקרה של ספר הזוהר ההשקפה הייתה כי הוא משקף יסודות נוצריים. תנועה זו אף ניסתה לפעול במקרים מסוימים באופן מיסיונרי, על מנת לשכנע יהודים להמיר את דתם בעודם מוכיחים לכאורה את אמיתות הנצרות על יסוד תורת הקבלה וספר הזוהר.
שתי דמויות בולטות בקבלה הנוצרית הם יוהנס רויכלין בגרמניה ופיקו דלה מירנדולה באיטליה. האחרון ניסח בשנת 1486 900 גופי תורה שחלקם שואבים מתורת הקבלה, ובפרט מהביאור לתורה של רבי מנחם רקנאטי.
השימוש בקבלה ובספר הזוהר לצדה של הנצרות, ומאוחר יותר של השבתאות, הביא לכדי הסתייגויות מצד כמה מחכמי היהודים, שהזהירו מפני לימוד והפצת תורת הסוד, ובמקרים מסוימים אף פנו כנגד תורת הקבלה. הבולט שבהם הוא רבי יהודה אריה ממודנה.
קבלה הרמטית.
עם התנופה שלה זכה ההרמטיציזם בימי הרנסאנס, מצאו חיבורים קבליים יהודיים את דרכם גם אל מכשפים ואוקולטיסטים הרמטיים שפעלו באירופה, ואלו פיתחו את הקבלה ההרמטית, לצד הקבלה הנוצרית. הקבלה ההרמטית שואבת ממקורות רבים, בהם הקבלה היהודית והאסטרולוגיה המערבית אך גם מאלכימיה, פגאניזם (בעיקר פגאניזם מצרי ויווני - ממנו צמח ההרמטיציזם), גנוסיס, נאופלאטוניזם, ומתחומים הרמטיים נוספים דוגמת "מערכת קסמי המלאכים החנוכית" של ג'ון די. עם דעיכת השפעת הדת על אורח החיים האירופי בימי ההשכלה, הפכה הקבלה ההרמטית לאחד הבסיסים הפילוסופיים והפולחניים של אגודות כישוף, תנועות נאו-פגאניות ואגודות סתרים שונות, כגון המסדר הרמטי של השחר המוזהב, ת'למה, "אחוות צלב הורד" ועוד.
הקבלה ההרמטית השפיעה על תנועות ניו אייג' ותנועות נאו פגניות מודרניות (לדוגמה ויקה).
התנגדות לקבלה.
על פי רוב, עלייתה של הקבלה לא לוותה במחלוקות מפורסמות בתוך היהדות. עובדה זו מפתיעה במיוחד על רקע הפולמוס נגד הרמב"ם, שהיה קרוב בזמן ובמקום לעליית הקבלה. לכך תרמו גורמים אחדים. בעוד שהרמב"ם היה דמות יחידה, מי שביקש לצאת כנגד הקבלה היה עליו להתמודד עם מספר רב של חוגים ורבנים בעלי שם וסמכות גדולה דוגמת הרמב"ן, הראב"ד, הרשב"א ועוד. ניתן להסביר זאת גם אם טוענים להמשכיות של הקבלה כמסורת עתיקה בעם ישראל.
עם זאת, תורת הקבלה אינה חפה לחלוטין מפולמוסים, אך אלו כוונו בעיקר כלפי היבטים מסוימים של הקבלה. יתר על כן, את הפולמוסים הובילו רבנים שהיו בעצמם מקובלים. דוגמאות לכך הם הפולמוסים של הרשב"א כנגד רבי אברהם אבולעפיה והקבלה האקסטטית, והפולמוסים של רבי יעקב עמדן והגר"א כנגד השבתאות והחסידות.
אך הייתה גם התנגדות. בשו"ת הריב"ש תשובה קנ"ז מצטט רבי יצחק בר ששת רבנים בדורו שהם ממתנגדי הקבלה, והוא דן בדברי התנגדותם כדבר לגיטימי אף על פי שהוא באופן אישי מבין ומקבל כלגיטימית גם את השקפת המקובלים. בין היתר הוא כותב בשם רבו רבי פרץ הכהן שהוא איננו מחשיב את הספירות. פולמוס של ממש כנגד הקבלה הוא המחלוקת סביב ספר הזוהר. רבי אליהו דלמדיגו כתב את הספר "בחינת הדת", המתנגד לקבלה ומערער על קדמות הזוהר. חיבור נוסף בשם "" של רבי יהודה אריה ממודנה הוא חיבור שהוקדש כולו לביקורת על הקבלה וספר הזוהר. גם הרב אלעזר פלקלס (תלמידו של הרב יחזקאל לנדא בעל ה"נודע ביהודה") בספרו "תשובה מאהבה" מבקר קשות את ספר הזוהר ומביע התנגדות לספרות המקובלים, ובין השאר הוא כותב כך:
אחד מתלמידי החתם סופר (1839–1762), הרב אליעזר נויזץ, כתב שרבו אמר "בפנים רבים מתלמידיו, אילו היה יכולת ביד אדם להעמיד מדרשי רבי שמעון בר יוחאי על טהרתן לבררם מתוך מה שנתחבר אליהם מחכמי הדורות שאחריו, לא יהיה כולו רק ספר קטן הכמות מאוד מחזיק דפים מעוטים".
הקבלה הייתה מושא ללעגם של המשכילים, שראו בה את אחת הרעות החולות של היהדות. הם יצאו כנגדה "מפני הזיית דת קבליסטית". מלחמתם של אנשי ההשכלה הגבילה מעט את השפעתה של הקבלה במזרח אירופה, אך בקרב יהדות המזרח המשיכה הקבלה להשפיע על חיי הציבור עד לימינו. תנועה יוצאת דופן בקרב יהדות זו היא תנועת "דור דעה" התימנית, בראשותו של רבי יחיא קאפח, אשר דחו ודוחים בתוקף את הקבלה, והולכים בכל עניין בעקבות משנתו של הרמב"ם ובעקבות המסורת התימנית הקדומה.
בחצי השני של המאה ה-20 היה פרופסור ישעיהו ליבוביץ ממתנגדיה הבולטים ביותר של הקבלה מבין שומרי המצוות. הוא טען שהיא משקפת את "האינסטינקטים האליליים אשר היהדות הקלאסית נלחמה נגדם ולא הצליחה לעקרם" וכי העיסוק בה מרחיק את היהודי מעבודת האל לשמה.
חקר הקבלה.
ראשיתם של מחקר הקבלה והעיסוק הביקורתי בה הייתה בהופעות הראשונות של חיבורים קבליים בפרובאנס. על פי רוב לא פנו הביקורות כנגד הקבלה עצמה, אלא כוונו לסילופים שלה. בתקופת הרנסאנס החלו חוקרים לעמוד על הזיקה בין השקפות קבליות לבין תפיסות פילוסופיות שונות. מחקרים אלו תרמו להופעת גישה ביקורתית לקבלה ולניסיונות להבינה בעזרת כלים פילולוגיים-היסטוריים. שניים מהחוקרים הבולטים בעת ההיא הם רבי אליהו דלמדיגו ורבי יהודה מסר ליאון. הופעתו של ספר הזוהר, והשימוש שנעשה בו ובתורת הקבלה בקרב חוגים נוצריים מיסיונרים, היווה בעיה סוציו-אינטלקטואלית ליהדות. ההתמודדות עם בעיה זו תרמה לבחינתם המדוקדקת של הקבלה ושל ספר הזוהר. החיבור הראשון שיוחד כולו להתקפה כנגד הקבלה וספר הזוהר הוא "ארי נוהם" של יהודה אריה ממודנה.
המחבר הראשון שעמד על הקרבה בין הגנוסטיקה לאמונות קבליות היה היינריך אגריפה, בספרו "על הבלי המדעים". דמויות בולטות בחקר הקבלה במאה ה-18 הם רבי יעקב עמדן, שבמסגרת מאבקו בשבתאות חקר באופן פילולוגי טקסטים קבליים, ושלמה מימון, שניסה לפענח את הקבלה במונחים פילוסופיים.
בראשיתה של המאה ה-19, עם התעוררות ההתעניינות האקדמית ביהדות (חכמת ישראל), התגברה גם ההתעניינות בקבלה אצל החוקרים – בהם ניתן למנות את רנ"ק, אליהו בן אמוזג, אדולף פרנק, שלמה מונק, שד"ל, משה שטיינשניידר וצבי גרץ. אצל חלקם לא היה המחקר האקדמי בתחום חף ממניעים זרים, בהם מניעים דתיים ותרבותיים. מגמה זו בולטת במיוחד אצל שני האחרונים, שאותם מכנה יהודה ליבס "הקברנים": "שביקשו לייבש ולחסל במחקרם את המורשת היהודית ורק לערוך לה קבורה הגונה". יוסף דן הדגיש כי "כל תנועות הרפורמה [היהודיות] המודרניות, עוד בטרם פנו לתקן את סידור התפילה וההלכה, התנערו בתחילה כל שריד של יראה כלפי הקבלה. הם הבינו שאי-אפשר לנתק בינה לשמירת מצוות דקדקנית... עד אמצע המאה ה-20, האורתודוקסים המודרניים, הקונסרבטיבים, הרפורמים והרקונסטרוקטיבים התאפיינו בדחייה גמורה של הקבלה."
חוקר הקבלה הבולט ביותר במאה ה-20 הוא גרשם שלום, אשר נחשב לראש החוקרים של תחום הקבלה. מחקריו וחיבוריו בתחום זיכו את הקבלה במעמד נכבד בעולם האקדמי. שלום העמיד תלמידים רבים וחשובים כמו ישעיה תשבי, רבקה ש"ץ אופנהיימר, יוסף בן שלמה, משה אידל, יוסף דן ויהודה ליבס. תלמידיו של שלום הכשירו את הדור הבא של חוקרי הקבלה ובראשם רחל אליאור, מיכל אורון, בועז הוס, יונתן גארב ואחרים. חקר הקבלה הוא התחום הפורח ביותר בתחום מדעי היהדות; כך למשל, קרוב ל-5% מכלל עבודות הדוקטורט שאושרו באוניברסיטה העברית בשנת 2004 עסקו בתחום הזה. בראשית המאה ה-21 אושרו במוסדות האקדמיה בישראל וברחבי העולם עשרות עבודות דוקטורט בתחום הקבלה.
מחקרים רבים פורסמו גם מחוץ לעולם האקדמי, כגון מחקריו של הרב יוסף אביב"י.
הקבלה משלהי המאה ה-20.
כחלק מהתגברות העניין העממי הגלובלי במיסטיקה ובדת, זוכה גם הקבלה לפריחה מחודשת בישראל ובעולם, ואף בקרב מי שאינם יהודים. מאמיניה ואלה שרוצים ללמוד אותה, משתייכים לכל שכבות הציבור, והשפעתה ניכרת אף בקרב ידוענים מתעשיית הבידור. הדוגמה העיקרית היא השחקנית והזמרת מדונה, שחרטה על זרועה את האותיות העבריות "לאו", ואף הוסיפה לשמה את השם היהודי "אסתר". מדונה משתייכת ל"מרכז לקבלה" שהקימו בני הזוג קרן ושרגא ברג. ברג היה תלמידו של המקובל יהודה צבי ברנדויין, מממשיכי דרכו של אשלג. מרכז זה נמצא בלוס אנג'לס ומפעיל בנוסף כ-50 סניפים בעולם, ונחשב לגוף המרכזי המפיץ את לימודי הקבלה בעולם. אף הזמרת ומעצבת האופנה ויקטוריה בקהאם ובעלה שחקן הכדורגל דייוויד בקהאם נחשבים כקבליסטים, ושניהם קעקעו את המילים העבריות "אני לדודי ודודי לי הרעה בשושנים" וגם את המילים "ביחד לעולמי עד". אף הזמרת בריטני ספירס קעקעה את המילים "מהש" (ראשי תיבות של "מעולם הוא שמך") שנאמר בקבלה שהוא מסוגל לשמירה. נוסף להם הזמרת והשחקנית כריסטינה אגילרה קעקעה גם את המילים "אני לדודי ודודי לי הרעה בשושנים".