ב-18 במאי 2003, הזמין יושב-ראש הכנסת ראובן ריבלין משטרה לבניין הכנסת, בעקבות עדותו של חבר הכנסת יעקב ליצמן כי ראה חבר כנסת מצביע במקומה של חברת הכנסת ענבל גבריאלי, שלא נכחה בהצבעה. ליצמן סירב להגיש תלונה במשטרה או לוועדת האתיקה, ואף לגלות במי מדובר, אך עד מהרה נפוצו שמועות שמדובר ביותר מחבר כנסת אחד שהצביע שלא במקומו. בסופה של הפרשה הורשעו חברי הכנסת יחיאל חזן ומיכאל גורלובסקי בעבירות זיוף בכוונה לקבל דבר בנסיבות מחמירות, מרמה והפרת אמונים. בעקבות הפרשה, מונתה ב-24 באוגוסט 2003 על ידי יושב ראש הכנסת רובי ריבלין הוועדה להכנת כללי אתיקה לחברי הכנסת. על הוועדה הוטל לבחון באופן יסודי את כללי האתיקה של חברי הכנסת, ולהציע קובץ חדש של כללי אתיקה.
דבר נוסף שעורר ביקורת ציבורית הוא ריבוי השרים וסגני השרים בממשלה, וכן חילופי תפקידים בתדירות.
כשליש מחברי הכנסת כיהנו כשרים וסגני שרים, דבר שהביא את ראש הממשלה הבא, אהוד אולמרט, להבטיח כי בממשלתו לא יכהנו סגני שרים, הבטחה בה לא עמד.
הכנסת ה-16
הכנסת החמש עשרה
הכנסת החמש עשרה, שהרכבה נקבע בבחירות לכנסת החמש עשרה ולראשות הממשלה, הושבעה ב-7 ביוני 1999 (כ"ג בסיוון ה'תשנ"ט). את הישיבה פתח, כנהוג, נשיא מדינת ישראל, עזר ויצמן.
זקן חברי הכנסת ביום השבעתה היה חבר הכנסת שמעון פרס מסיעת ישראל אחת, שכיהן כיושב ראש הכנסת הזמני. ראש הממשלה הנבחר, אהוד ברק החליט שלא למנות את אברהם בורג לשר בממשלתו, וזה החליט להציג את מועמדותו לתפקיד יו"ר הכנסת במרכז מפלגת העבודה. בהצבעה שנערכה בישיבת המרכז גבר בורג על פני המועמד בו תמך ברק, שלום שמחון. בהצבעה במליאת הכנסת נבחר בורג לתפקיד ברוב של מאה קולות מול מוחמד ברכה שזכה לעשרה בלבד.
ב-6 ביולי 1999 (כ"ב בתמוז ה'תשנ"ט), הציג אהוד ברק את ממשלתו בפני הכנסת החמש עשרה, וזכה לאמונם של 75 חברי כנסת מסיעות ישראל אחת, ש"ס, מרצ וישראל בעלייה, מפלגת המרכז, מפד"ל ויהדות התורה.
הרכבת הממשלה ה-28.
הבחירות לכנסת ה-15, בשנת 1999 כללו גם בחירות אישיות לראשות הממשלה בנוסף לבחירות לכנסת. בבחירות האישיות ניצח ברק ברוב גדול ונבחר להקים את הממשלה העשרים ושמונה. עם זאת, בעקבות שיטת 2 הפתקים, ניזוקו שתי המפלגות הגדולות, ישראל אחת והליכוד, אשר זכו יחד ל-45 מושבים בלבד, בניגוד לכ־65-95 מושבים בכנסות הקודמות לה. מצב זה יצר תלות מוגזמת של מפלגת השלטון במפלגות הקטנות, ואילץ את ברק להקים קואליציית שמאל-דתיים בעייתית, עובדה שגרמה לקשיים רבים בהתנהלות הממשלה, והביאה בהמשך לנפילתה. לאחר הבחירות המיוחדות לראשות הממשלה בשנת 2001 בוטלה שיטת הבחירה הישירה עקב חוסר הצלחתה.
אירועים מרכזיים.
ביום כינון הממשלה התפטר יושב ראש הליכוד ומועמדה לראשות הממשלה, בנימין נתניהו מהכנסת.
הנושא החברתי-כלכלי.
בבחירות לכנסת הבטיח ברק לפעול לחיזוק מערכת הבריאות ושב לא אחת על ההבטחה כי ידאג לרווחת הזקנה ששכבה במסדרון בבית החולים בנהריה. מיד לאחר בחירת ברק לראש הממשלה שבתו הרופאים במשך 125 ימים. בתום השביתה הועלה שכר הרופאים המתמחים ב-25 אחוזים, קוצרו תורנויות לפחות מ-24 שעות והובטח כי הרופאים לא ישבתו במשך עשר השנים הבאות.
טרם הבחירות לכנסת המשק היה במיתון, וברק הצהיר כי ייצור מאות אלפי מקומות עבודה חדשים. לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה, שיעור האבטלה בשנת 2000 ירד, אך בצורה קלה. שיעור האבטלה ירד בתקופת כהונתו בכעשירית האחוז.
הסטודנטים ששבתו בתקופת כהונת ממשלת נתניהו תמכו בברק שהבטיח כי יוריד את שכר הלימוד. בתקופת כהונת הכנסת הוקמה ועדת וינוגרד. הוועדה החליטה על הורדה הדרגתית של שכר הלימוד האקדמאי, לתקופה של 5 שנים, מסכום של כ־10,000 ש"ח בשנת תשס"א לכ־5,000 ש"ח בשנת תשס"ו. הוועדה קבעה שיש להפחית 14% משכר הלימוד בשנת הלימודים תשס"ב, ובשנים לאחר מכן - הפחתה של 9% לשנה. בסופו של התהליך, אמור היה שכר הלימוד לרדת בשיעור של 50% ביחס לשכר הלימוד ששולם בשנת הלימודים תשס"א (10,463 ₪). סמוך למועד הבחירות המיוחדות לכנסת אימץ ברק את מסקנות הוועדה.
לאחר הבחירות מינה ברק את ועדת בן-בסט כדי שזו תציע רפורמה במערכת המס. מטרת הרפורמה הייתה הורדת את המיסים שמשלם האזרח לפחות מ-55 אחוזים. הוועדה הציעה מספר המלצות לרפורמה במערכת המס שאומצו, אולם הרפורמה הוקפאה בעקבות התנגדות הסתדרות העובדים וסקטורים נוספים.
תחילת התפוררות הקואליציה.
יהדות התורה פרשה מן הממשלה בספטמבר 1999 בעקבות סכסוך סביב העברת משחן (חלק מטורבינה של חברת החשמל) בשבת. מרצ פרשה כשנה לאחר מכן, ביוני 2000 לאחר סכסוך בין שר החינוך יוסי שריד לבין סגנו מטעם ש"ס משולם נהרי ותמיכת רה"מ ברק בעמדת ש"ס. על אף פרישתה מן הממשלה, המשיכה מרצ לתמוך בה.
נסיגת צה"ל מלבנון.
ראש הממשלה ברק הבטיח במערכת הבחירות שבתוך שנה מיום היבחרו יצא צה"ל מרצועת הביטחון. למרות שישראל הייתה מעוניינת שהיציאה מלבנון תהיה תוך כדי הסכם עם סוריה ולבנון, השיחות עם סוריה נכשלו, והיה ברור כי נסתמו הדרכים לשלום עם לבנון. ברק החליט לקחת את הסיכון ולהמשיך בתוכניתו להוצאת צה"ל, גם ללא הסדר, וזאת למרות דאגת הדרג הצבאי מהמצב שייווצר לאחר מכן. התאריך המיועד לנסיגה היה 6 ביולי 2000, אך לבסוף נסוג צה"ל ב-24 במאי 2000, שישה שבועות לפני המתוכנן, עקב התפוררות צד"ל, שרבים מאנשיו הבינו כי ישראל נסוגה והעדיפו לברוח לישראל מאשר להסתכן בלבנון.
הנושא עורר מחלוקות בין הסיעות השונות בכנסת. הוגשו עשרות הצעות אי אמון שדנו בנושא, וכן הצעות לסדר היום והצעות חוק הנוגעות לנסיגה מלבנון ולצד"ל.
בחירת משה קצב לנשיא.
ב-31 ביולי 2000, כ"ח בתמוז ה'תש"ס, נבחר בהצבעה חשאית במליאת הכנסת, חבר הכנסת משה קצב כנשיאה השמיני של מדינת ישראל.המתמודדים על התפקיד היו קצב והשר שמעון פרס. בסיבוב הראשון קיבל קצב 60 קולות, ואילו פרס 57. משלא זכה אחד המתמודדים לקולות רוב חברי הכנסת, נערך סיבוב הצבעה שני, כדרוש בחוק. בתום ספירת הקולות, נופף חבר ועדת הקלפי, חבר הכנסת ראובן ריבלין בידיו, וסימן לחבריו כי הושגה הכרעה לטובת קצב.
קצב זכה ברוב של 63 מול 57 ונבחר לתפקיד נשיא המדינה. הוא הצהיר אמונים למחרת בטקס חגיגי.
ועידת קמפ דייוויד והמשך ההתפוררות הקואלציונית.
הוועידה כונסה ביולי 2000 על ידי נשיא ארצות הברית, ביל קלינטון. בראש המשלחת הישראלית עמד ראש הממשלה אהוד ברק, בראש המשלחת הפלסטינית עמד יאסר ערפאת יו"ר הרשות הפלסטינית, ונשיא ארצות הברית קלינטון ייצג את ארצות הברית. עם יציאת ברק לוועידה, פרשו מן הממשלה ישראל בעלייה, גשר (שהייתה חלק מרשימת ישראל אחת) וש"ס מותירים את הממשלה עם פחות מ-61 חברי כנסת בקואליציה. ראש הממשלה ברק הציע לוותר על למעלה מ-90% מהגדה המערבית, למסור את שכונות מזרח ירושלים לריבונות פלסטינית, להקים משטר מיוחד בעיר העתיקה, ואף לפתרון בינלאומי בשאלת זכות השיבה, שבמסגרתו יורשו חלק מהפליטים להיכנס לישראל, מבלי שקיבל את אישור הממשלה והכנסת. הוא סבר כי יוכל להעלות הצעות בוועידה ולהביאן לאישור הכנסת רק לאחר שתושג הסכמה לגביהן. הפלסטינים דחו את כל הצעות ישראל, ובסוף הוועידה האשים ברק את ערפאת בטרפוד המגעים המדיניים, בסירוב לכל הצעה ובכך שלא הציע הצעות נגדיות להצעות ברק וקלינטון. גרסת ברק גובתה על ידי קלינטון והנסיך הסעודי בנדר, שגריר סעודיה בארצות הברית.
האינתיפאדה השנייה.
ראש האופוזיציה, אריאל שרון השתומם לנוכח העובדה שלא קמה מחאה בישראל בעקבות הוויתורים הרבים להם הסכים ברק בוועידת קמפ-דייוויד. כצעד מחאתי, הודיע שרון ב-24 בספטמבר בקול ישראל על כוונתו לעלות להר הבית
ב-28 בספטמבר 2000 ערך שרון ביקור מתוקשר בהר הבית והכריז ש"לכל יהודי זכות לבקר בהר-הבית". ביקור זה היה, מבחינת הפלסטינים, העילה לפריצתה של האינתיפדה השנייה, אם כי הן ישראל והן הרשות הפלסטינית התכוננו ממושכות לעימות מזוין, ורבים סוברים שהאינתיפאדה הייתה פורצת גם ללא אירוע זה. מהומות וגל טרור שעוררו הפלסטינים לאחר פסגת קמפ-דייוויד. העילה הפלסטינית הרשמית למהומות הייתה עליית אריאל שרון להר הבית. היו שטענו שהמהומות תוכננו מראש כאמצעי לסחוט ויתורים בישראל. המהומות והטרור יצאו מכלל שליטה בעקבות פרשת מוחמד א-דורה והלינץ' ברמאללה.
במהלך חודשים אלה עברו בכנסת בקריאה ראשונה מספר הצעות לפיזור הכנסת. במצב זה, מפלגת המרכז היא השותפה הקואליציונית היחידה שלא הכריזה על פרישה מהקואליציה, אם כי יו"ר המפלגה, סגן ראש הממשלה ושר התחבורה יצחק מרדכי הסתבך בפרשת הטרדות מיניות ונאלץ להתפטר ב-30 במאי 2000. מאז החלה מפלגת המרכז להתפורר עד כדי התפטרות רבים מנציגיה בכנסת ופרישת חברים אחרים מהסיעה. בשלב מסוים הפסיקו חברי כנסת רבים מהקואליציה, בכללם חברים מסיעת ישראל אחת, להצביע בהתאם להחלטות הנהלת הקואליציה ובפועל הפרו את המשמעת הקואליציונית.
חודש לאחר מכן התרחשו מהומות אוקטובר 2000, הן מהומות אלימות שעוררו ערביי ישראל בגליל ובמשולש במקביל לפריצת האינתיפאדה בשטחים, לאור היחס המפלה לטענתם מצד ישראל, וכישלון המגעים המדיניים עם הפלסטינים. במהומות נהרגו 12 ערבים ישראלים ופלסטיני תושב שטחים אחד וגם יהודי ישראלי אחד. בעקבות המהומות איבד ברק את תמיכתו בקרב הציבור הערבי. בנוסף לזאת, הוקמה ועדת אור שחקרה את המהומות.
ההכנות לבחירות.