ביטחונו העצמי המופרז של נפוליאון הביא אותו למנות באופן זמני, מאחר שהתעכב ביציאתו מפריז, את ראש מטהו לואי-אלכסנדר ברטייה למפקד העליון של הכוחות בחזית הפרוסית עד בואו. אולם, לאחר מכן שכח זאת נפוליאון, ומינה את ז'ואקים מירא למפקד הכוחות. בשעה ששניהם עמלו על הכנת פקודות הקרב, הגיע נפוליאון למיינץ ונפגש עם מפקדי הקורפוסים, אולם דווקא את שניהם לא פגש. בדרכו לבמברג הכין נפוליאון פקודת קרב, וכשחולקה פקודת הקרב שלו, היא כבר הייתה פקודת הקרב השלישית שהם קיבלו, מה שיצר בלבול גדול, ועל אף שכולם יישרו קו עם פקודותיו של נפוליאון, נעשו שגיאות שחלקם תוקן רק בשדה הקרב.
סדר הכוחות.
הצבא הפרוסי.
הפיקוד העליון - בראש הצבא עמד פרידריך וילהלם השלישי, מלך פרוסיה, אולם המינוי היה רק רשמי, ובפועל הוא לא פיקד על הכוחות.
קרב זאלפלד.
ב-10 באוקטובר 1806 פיקד לואי פרדיננד, נסיך פרוסיה על כוח שמנה 8,300 לוחמים, והתקדם כנגד הקורפוס הצרפתי ה-5 בפיקודו של ז'אן לאן. בקרב שהתפתח באזור זאלפלד הובס כוחו של לואי פרדיננד על ידי הכוח הצרפתי שהיה יותר גדול, ובנוסף החזיק בעמדות גבוהות יותר. לואי פרדיננד ניסה לחזק את רוח לוחמיו, ואף סירב להצעת כניעה שהוצעה לו על ידי הצרפתים, אולם לבסוף נהרג לואי פרדיננד על ידי כוח פרשים צרפתי.
לאחר הקרב נסוג פרידריך לודוויג, נסיך הוהנלוהה-אינגלפינגן עם צבאו ליינה, וכעבור יומיים פשטה בהלה בקרב כוחותיו. למעלה מ-40,000 חיילים התפזרו, ולקח שעות לרכזם בחזרה.
קרב ינה.
ב-14 באוקטובר החלו הצרפתים במתקפתם, שהתנהלה תחת ערפל כבד ביותר שכיסה את שדה הקרב. הקורפוס ה-5 בפיקודו של ז'אן לאן החל להתקדם לעבר קלוזביץ, ובלוצרודה נתקלו כוחותיו בכוחות הפרוסיים בפיקודו של גנרל בוגיסלאב פרידריך עמנואל פון טוינצין. קרב התותחים שהתפתח ביניהם לא היה אפקטיבי עקב הערפל הכבד, וב-9:00 בבוקר כבשו כוחותיו של לאן את רוב קלוזביץ ובחלק גדול של הדרך ללוצרודה, וב-10:00 בבוקר פינו כוחותיו של פון טוינצין את כל העיירות הקטנות ונסוגו לעבר וינצרהייליגן. בשלב זה חשב הנסיך הוהנלוהה שכוחותיו עומדים רק אל מול משמר קדמי של הצרפתים, ובנוסף האמין שכוחו של דוכס בראונשווייג נמצא מאחוריו.
בינתיים באגף הימני לחם הקורפוס ה-4 הצרפתי בפיקוד ניקולא סולט, בתחילה טיהרו כוחותיו את קלוזביץ, ולאחר מכן ניהלו קרב בכיוון רודיגן. הדיוויזיה המובילה של הקורפוס בפיקודו של גנרל סן-הילר - גיבור קרב אוסטרליץ הדפה מתקפת נגד של הפרשים הפרוסים בפיקודו של גנרל פרידריך יקוב פון הולצנדורף, ולאחר מכן המשיכה במתקפה, ובסביבות 10:00 בבוקר איימה על כל האגף השמאלי בגזרת ינה. כעת הבין הנסיך הוהנלוהה את מצבו, ובשל כך הזעיק את גנרל ריכל עם כוחותיו מויימאר.
את תנופת ההתקדמות הצרפתית האטה ההתברברות של מישל נה. נה היה אמור להילחם עם הקורפוס ה-6 מאחורי הקורפוס ה-5, אולם נה יצא מקבוצת הפקודות של נפוליאון בלילה, ועקב הערפל הכבד לא הצליח למצוא את יחידותיו. נה הצליח לחבור אך ליחידות המשמר הקדמי שלו, בראשות גנרל קולבר. בשעות הבוקר משראה נה שהקורפוס שלו עוד לא נמצא, ואילו שאר הכוחות כבר פתחו במתקפה, החל נה להילחם אך עם יחידות המשמר הקדמי שלו. נה היה אמור לתקוף בכנף הימנית של הקורפוס ה-5 לכיוון וינצרהייליגן, אולם גילה שכוחותיו של סולט כבר מתקדמים בגזרה ההיא, ומשום כך החליט לתקוף בכנף השמאלית של הקורפוס ה-5. בתחילה הפתיעה התקפתו של נה את הפרוסים, אולם משהתעשתו פנו נגדו וכוחו הקטן כותר וכמעט שחוסל. למזלו נפוליאון הבין את המתרחש והטיל לעזרתו את הקורפוסים ה-5 וה-7, ולקראת 12:00 בצהריים חברה הדיוויזיה ה-1 של הקורפוס ה-7 לכוחו של נה וחילצה אותו. באותה שעה גם הגיע לשדה הקרב עיקר כוחו של הקורפוס ה-6, שעד לאותו זמן לא הצליח למצוא את מרשל נה מפקד הקורפוס.
הנסיך הוהנלוהה שבתחילה חשב שכוחותיו נוחלים ניצחון עיכב את מתקפת הנגד שלו, ואף הודיע לגנרל ריכל שאינו נדרש בשדה הקרב. רק בשעה 12:00 בצהריים הבין הוהנלוהה את חומרת מצבו והזעיק את ריכל, אולם זה כבר היה מאוחר מדי.
בצהריים פתח הקורפוס הצרפתי ה-5 במתקפה חדשה נגד המרכז והשמאל הפרוסי, ואילו הכוחות הסקסוניים וכוחותיו של ריכל עוכבו על ידי כוחותיהם של אוז'רו ונה. בשעה 13:00 בצהריים פתח נפוליאון במתקפה הכללית על הכוחות הפרוסיים; בשמאל המערך הצרפתי השמיד הקורפוס ה-7 בפיקוד אוז'רו את הכוחות הסקסוניים שבאו מוויימאר, בקצה הימני סיים גנרל סן-הילר את חיסול כוחותיו של פון הולצנדורף, ובמרכז פעלו הקורפוס ה-5 של לאן, הקורפוס ה-6 של נה ופרשיו של מירא נגד כוח הפרוסי העיקרי בפיקוד הנסיך הוהנלוהה, תוך שהמשמר הקיסרי נשאר בעתודה. תוך זמן קצר החלו הכוחות הפרוסיים לסגת, ועד מהרה הפכה הנסיגה למנוסת בהלה. לאחר התמוטטות הכוח בפיקודו של הנסיך הוהנלוהה, הגיע לשדה הקרב כוחו של גנרל ריכל, אולם אף הם החלו בנסיגה שהפכה עד מהרה למנוסה, ובשעה 15:00 בצהריים הסתיים הקרב.
הכוח הצרפתי שאיבד כ-5,000 הרוגים ופצועים, הנחיל מפלה מוחצת לכוח הפרוסי, שאיבד כ-10,000 הרוגים ופצועים, 15,000 שבויים, ו-120 תותחים.
קרב אאורשטדט.
בבוקר ה-14 באוקטובר הורה לואי ניקולא דאבו לגנרל גודין לתפוס את העיר הסנהאוזן, וכן הודיע למפקדי הדיוויזיות שלו, גנרל מוראן ולגנרל פריאן להגיע עם כוחותיהם לכיוון אאורשטדט. כמו כן ביקש דאבו מז'אן-בפטיסט ברנדוט שעשה את דרכו מנאומבורג לדורנברג, שיגיע עם כוחותיו לעזור לו, אולם ברנדוט לא שעה לבקשותיו.
עד מהרה נתקלה הדיוויזיה הצרפתית ה-3 בפיקודו של גודין בדיוויזיית המשמר הפרוסית בפיקודו של בליכר ובדיוויזיה ה-3 בפיקודו של פון שמטאו, אולם עמדה מולם בגבורה. קצת מאוחר יותר הצטרפה לקרב הדיוויזיה הפרוסית ה-2 בפיקודו של פון וארטנסלבן, אולם מאידך החלו להגיע לזירה יחידות הדיוויזיה הצרפתית ה-2 בפיקודו של פריאן. 2 הדיוויזיות הצרפתיות נלחמו בפרוסים בכל העוז, תוך שמרשל דאבו נלחם באופן אישי ועודד את חיליו, על מנת למנוע נסיגה והתמוטטות. בעקבות כך עצרו הפרוסים את המתקפה על מנת לחזק את שורותיהם, אולם בדיוק באותו זמן נפצעו קרל וילהלם פרדיננד, דוכס בראונשווייג-וולפנביטל וגנרל פון שמטאו באורח אנוש ויצאו מכלל פעולה. בעקבות פציעתם של השניים נטל פרידריך וילהלם השלישי, מלך פרוסיה את הפיקוד על הכוחות, אולם חוסר ניסיונו נתן את אותותיו, כאשר הצטרפה לקרב הדיוויזיה ה-1 בפיקוד וילם השישי, נסיך אורנז', פיצל המלך את הדיוויזיה בין הכוחות התוקפים, ועל ידי כך הבטיח שלא יושג ניצחון בשום מקום.
בשעה 11:00 בבוקר הצטרפו לקרב הדיוויזיה הצרפתית ה-1 בפיקודו של מוראן ויחידות פרשים של הקורפוס, וסייעו להדיפת המתקפה הצרפתית. מנגד בצבא הפרוסי היו בטוחים שנפוליאון עצמו נלחם כנגדם, ונכנסו להיסטריה מוחלטת. במיוחד ריפה הפחד את פרידריך וילהלם השלישי שהרגיש איך גורל הממלכה נמצא על כתפיו, וחש שהוא בטיפשותו גרם לכל הקטסטרופה הזאת.
לקראת הצהריים עבר דאבו עם כוחותיו להתקפה, ובשעה 13:00 כבר היה כל הצבא הפרוסי בנסיגה. גנרל בליכר ניסה לארגן משמר מאסף, אולם הותקף ללא הרף על ידי יחידות הקורפוס הצרפתי ה-3. בסביבות השעה 17:00 הופסק המרדף, בעקבות מחסור בפרשים. הידיעות על הניצחון באאורשטדט הועברו עד מהרה לנפוליאון, שבתחילה סירב להאמין לכך וטען שדאבו רואה כפול. אולם דאבו לא ראה כפול, ואכן במחיר כבד של קרוב ל-7,000 הרוגים ופצועים, הסב לפרוסים מפלה מוחצת, יותר מ-10,000 הרוגים ופצועים, 3,000 שבויים, ובנוסף גרם להריגתם של דוכס בראונשווייג וגנרל פון שמטאו. על עמידת הגבורה שלו ועל ניצחונו הכביר, כונה דאבו לאחר הקרב בשם "מרשל הברזל".
תוצאות הקרב.
המרדף שלאחר הקרב.
לאחר הניצחון בקרב פתחו הכוחות הצרפתיים במרדף אחר הצבא הפרוסי, על מנת למנוע ממנו להתארגן מחדש ולפתוח בחזית חדשה. מכיוון שהקורפוס הצרפתי ה-1 בפיקודו של ברנדוט לא השתתף בקרבות, נותר הקורפוס שלו רענן ומוכן לפעולה. כמו כן הקורפוס ה-6 בפיקודו של נה היה אף הוא די רענן, לאחר שפספס את הקרב ביינה.
ב-16 באוקטובר כיתרו פרשיו של ז'ואקים מירא 14,000 חיילים, ולמחרת ב-17 באוקטובר נתפס אויגן, דוכס וירטמברג יחד עם 12,000 חיילים על ידי גנרל דופון מהקורפוס הצרפתי ה-1 במהלך קרב האלה. ב-20 באוקטובר נטש פרידריך וילהלם השלישי את צבאו, והורה לפרידריך לודוויג, נסיך הוהנלוהה-אינגלפינגן להתקדם לעבר מגדבורג ולייצב קו על האלבה. ב-21 באוקטובר החליט פרידריך וילהלם השלישי להתקדם לעבר שטטין ולחבור לכוחותיו של הרוזן פון בניגסן הרוסי, בעוד בליכר התקדם בדרך אחרת ואסף בדרכו ניצולים רבים ותותחים.
באותו יום צלח דאבו את האלבה בוויטנברג, שם מנעה האוכלוסייה האזרחית מהצבא הפרוסי לפוצץ את הגשר שעל יד העיר. באותו זמן סגרו הקורפוס ה-4 בפיקוד סולט והקורפוס ה-6 בפיקוד נה על העיר מגדבורג, בעוד עיקר הצבא הצרפתי המשיך לנוע לעבר ברלין. ב-24 באוקטובר הגיע נפוליאון לפוטסדאם, ולאחר שקיים שם מסדר מלא של המשמר הקיסרי, ביקר בקברו של פרידריך הגדול והוציא ממנו את חרבו. ב-27 באוקטובר נכנס הקורפוס הצרפתי ה-3 בראש הכוחות הצרפתיים לברלין, כשהוא מובל על ידי דאבו, כאות הוקרה על ניצחונו באאורשטדט. באותו זמן נותקו על יד האודר כ-20,000 חיילים פרוסים נוספים, על ידי כוחות הפרשים של מירא.