דיונים בעניין תקפותו של חוק כלשהו שנחקק באינדונזיה וכל צעד מכריע, הסתיימו בהכרעה האם החוק או הצעד הנדון תואם ל"פנצ'אסילא", כל זאת בעיני צירי המג'לס. מחוץ למג'לס, תנועות אסלאמיות שמרדו באינדונזיה כמו "דארול אסלאם" ותנועות שזרעו טרור באינדונזיה בשם אל קאעדה ו"דאעש" שללו את הפאנצ'אסילא מכל וכל. לטענתן רק השריעה היא החק התקף ובמסגרתה יש גם יחס אל דתות אחרות ואל מאמיניהן.
ועדת הכנה לעצמאות ביוזמה אינדונזית.
ב-7 באוגוסט החליפו האינדונזים את הוועדה שהקימו היפנים בוועדה משלהם. הוועדה ניסחה את חוקת 1945.
ב-9 באוגוסט 1945 סוקרנו, האטה, וראדג'ימאן וודיואינינגראט הוטסו על מנת לפגוש את המרשל היסאיצ'י טראוצ'י בדאלאת, ווייטנאם. הם דרשו את שטחי איי הודו המזרחית ההולנדיים, סאראוואק, ברוניי, סבה, טימור המזרחית ועוד. אולם המרשל היפני ענה להם שבסמכותו לתת להם רק את שטחי איי הודו המזרחית ההולנדיים. נאמר להם שיפן מתכוונת להכריז על עצמאותה של אינדונזיה ב-24 באוגוסט. מעבר לזאת כבר לא שלטה יפן בכל השטחים שדרשו האינדונזים, כך שחלק מהדרישות לא היו מעשיות. המשלחת שבה אל אינדונזיה ב-11 באוגוסט, סוקרנו היסס כל זמן שהיפנים לא נכנעו רשמית.
מהפכת הלאומיות באינדונזיה.
לאחר שהיפנים נכנעו ב-15 באוגוסט, היה סוקרנו נתון ללחץ כבד מצד ח'ירול צאלח ואחרים. בשעה 4 בבוקר של 17 באוגוסט נודעו החדשות באינדונזיה, שאכן נכנעה יפן. בהמשך הבוקר שאל סוקרנו את הגנרל היפני מאאדה בג'קרטה ולאחר שקיבל ממנו רשות הלך סוקרנו אל ביתו שלו בג'קרטה, והכריז בעצמו בשעה 10 בבוקר, בנוכחות מחמד האתא וקהל מצומצם, על עצמאותה של אינדונזיה. השמועה על הכרזת העצמאות הופצה באמצעות מנשרים ואמצעים נוספים בזמן שצבא המלחמה האינדונזי (PETA), צעירים, ואחרים הביעו תמיכה ברפובליקה החדשה. חלקם אף לקחו את השליטה על משרדים ממשלתיים מידיהם של היפנים.
ב-18 באוגוסט 1945 פרסמו האינדונזים את חוקת 1945, שנודעה בראשי תיבות: UUD '45, ("חוקי יסוד 45'"), החוקה תקפה גם בימינו, לאחר שהוחלפה ב-1950 והושבה לתוקף ב-1959, אם כי לאחר שינויים רבים.
ב-29 באוגוסט החליטה הוועדה שהקימו האינדונזים למנות את סוקרנו לנשיא ואת מוחמד האטה לסגנו, תוך שימוש בחוקה שהיא ניסחה. שמה של הוועדה שונה ל-CNIP (תרגום: הוועדה האינדונזית הלאומית המרכזית) והיא הפכה לממשלה זמנית עד לקיום בחירות. הוועדה הכריזה על הממשלה החדשה ב-31 באוגוסט וקבעה שהרפובליקה של אינדונזיה שהוקמה זה עתה תכלול את כל הטריטוריות של הודו המזרחית ההולנדית, ותורכב משמונה פרובינציות: סומטרה, בורנאו, ג'אווה המערבית, ג'אווה המרכזית, ג'אווה המזרחית, סולאווסי, מאלוקו, וסונדה קצ'יל. ראש הממשלה הראשון בפועל של אינדונזיה היה סוטאן שהריר, והוא החל בתפקידו ב-14 בנובמבר 1945.
בשנים 1945 עד 1949 הכריזו מספר איגודי סחר ימי מאוסטרליה (שתמכה בעצמאותה של אינדונזיה) על חרם כולל על מעבר של משלוחים ימיים הולנדיים באזור אינדונזיה, על מנת למנוע מהרשויות ההולנדיות את הגישה למשאבים שהיו נחוצים להן על מנת להחזיר לעצמן את השליטה על הודו המזרחית ההולנדית. לאחר תבוסתה של יפן במלחמת העולם השנייה, הצבא ההולנדי, בתחילה בגיבוי של הממלכה המאוחדת, ניסה לכבוש מחדש את המושבות לשעבר שהיו בשליטתו לפני המלחמה.
בין 23 באוגוסט 1945 ל-27 בדצמבר 1949, ניהלה הולנד מלחמה שמטרתה הייתה להשיג שליטה מלאה מחדש באזור.
לאחר תום מלחמת העולם השנייה, נוצר ואקום שלטוני באינדונזיה, והלאומנים הצליחו פעמים רבות לתפוס את נשקם של היפנים המובסים. כמו כן, החלה תקופה של מלחמת גרילה עירונית שנקראה ברסיאפ. קבוצות של לאומנים אינדונזיים חמושים בכלי נשק מאולתרים ובכלי נשק מודרניים יותר (כגון רובים) תקפו חיילים שיצאו מהאזור. למעלה מ-3,500 אירופאים נהרגו ו-20,000 נחשבים כנעדרים (ומכאן נובע שבאינדונזיה נהרגו יותר אירופאים לאחר המלחמה מאשר במהלכה).
לאחר שחזרו לג'אווה, כוחות הולנדיים כבשו במהירות את הבירה הקולוניאלית באטאביה (ג'קרטה), כך שהעיר יוגיאקארטה במרכז ג'אווה הפכה לעיר הבירה של כוחות הלאומנים.
הפיכות בסומטרה ורצח המשורר אמיר המזה ואחרים.
ב-22 באוגוסט 1945 מינה סוקרנו את תאוכו מחמד חסן למושל במזרח סומטרה. באוקטובר 1945 נחתו ההולנדים והבריטים באזור מדן. ב-29 באוקטובר 1945 בחר מחמד חסן את המשורר אמיר המזה לנציגו בעיר בינג'אי. אמיר המזה לקח את התפקיד ברצון ועסק במשימות רבות והחל בהקמת אוגדה צבאית. בראשית 1946 נפוצו שמועות שאמיר המזה אכל בחברת נציגים הולנדיים. כאשר נמשך חוסר השקט פרצה ב-3 במרץ 1946 סדרת הפיכות ב 25 מקומות בסומטרה המזרחית, בין היתר כהתקוממות של אכרים נגד העילית המקומית. ב-7 במרץ החלו גם הקומוניסטים לפעול בבינג'אי, אמיר המזה אבד את כח שלטונו ונעצר על ידי קומוניסטים ב-7 במרץ או ב-9 במרץ. אשתו ובתו הצליחו לברוח. גורל משפחתו של מחמד חסן לא היה טוב יותר, כי בנותיו נאנסו, אף על פי שהוא ניצל. הלכודים הועברו לכואלא בגומית מטע שנשלט על ידי קומוניסטים ונשפטו ב"אשמת" היותם "פאודלים ובורגנים", ועונו. ב-16 או ב-20 במרץ 1946, הוכרחו אמיר המזה ו-26 אנשים נוספים לכרות קבר לעצמם ונטבחו ונקברו שם. המרד דוכא במהלך שנת 1947.
תקרית 3 ביולי 1946.
ב-3 ביולי 1946 נעשה ניסיון תפיסת שלטון שכוון נגד ממשלתו השנייה של סוטאן שהריר. קבוצת אנשים בהנהגת הסוציאליסט תאן מאלאכא הגישו לסוקרנו "מודעה" בת 4 סעיפים:
א. הנשיא יפסיק את כהונת "קבינט שהריר השני". ב. הנשיא ימסור את ההנהגה הפוליטית, החברתית והכלכלית ל"לשכת הדרכה פוליטית". ג: הנשיא ימנה 10 חברי ה"לשכת ההדרכה הפוליטית" בנשיאות תאן מאלאכא, וחבריה: מחמד ימין, ח'ירול צאלח, אחמד סובארג'ו, בונתאראן מארתואמודג'ו, בודיארתו מארתואמודג'ו, סוקרנו, סודירו, גאתות, איוא כוסומא סומאנתרי. ד. הנשיא ימנה 13 שרי-מדינה שפורטו שמותיהם במודעה.
סוקרנו לא קיבל את ה"מודעה" והורה לעצור את שולחיה. 14 אנשים נחשדו בדבר. הם הועמדו בפני בית משפט צבאי עליון, מהם שוחררו 7 אנשים, 5 אנשים נשפטו למאסר שנתיים עד 3 שנים, 2 אנשים: סודארסונו ומחמד ימין נדונו ל-4 שנות מאסר. ב-17 באוגוסט 1948 שוחררו כל אסירי תקרית 3 ביולי 1946 לאחר שקיבלו חנינה מסוקרנו. יותר מאוחר לקח תאן מאלאכא חלק במרד הקומוניסטי במאדיון, ובעקבות זאת נשנא על ידי הצבא ונרדף עד מוות. ב-21 בפברואר 1949 נלכד על ידי הצבא בפטוק שבנפת קדירי באי ג'אוה והוצא להורג ביריה במקום. למרות זאת, ב-28 במרץ 1963 הוכרז תאן מאלאכא על ידי סוקרנו כגיבור לאומי, וב-21 בפברואר 2017 נערכה לו לויה סמלית.
תקרית מאדיון: המרד הקומוניסטי בשנת 1948.
במאי 1948 שב מוסו, מנהיג המפלגה הקומוניסטית האינדונזית, PKI, מגלות במוסקבה שם התגורר במשך 20 שנה מאז שנת 1928, שנה לאחר דכוי המרד הקומוניסטי נגד שלטון הולנד. יחד עמו שב אל אינדונזיה סוריפנו, ציר אינדונזיה בפראג.
ב-21 ביולי נערכה פגישה סודית במלון "הוישה האנשה" בסאראנגאן ליד מאדיון, בה נכחו סוקרנו, מחמד האטא, שר הפנים סוכימאן ויריוסאנג'ויו, מחמד רום ממפלגת "מאשומי" ("מועצת השורא המוסלמית האינדונזית"), וראש המשטרה סוכאנתו צ'וקרודיאתמודג'ו, ומצד ארצות הברית נכחו ג'רלד הופקינס, ומרלה קוצ'ראן. בפגישה הסכימה ממשלת הרפובליקה האינדונזית להרוס את "הכנופיות האדומות". נסע סוכאנתו לארצות הברית בעזרת ארתורו קאמפבל נספח בקונסולית ארצות הברית בג'קרטה, כדי לחפש עזרה למשטרת הרפובליקה האינדונזית. ג'קרטה הייתה אז כבושה בידי ההולנדים, וארתורו קאמפבל, שתפקידו היה נספח, עבד לאמתו של דבר עבור ה-CIA.
ב-11 באוגוסט מיהר מוסו להגיע אל יוגיאקרתה וקבל את הנהגת PKI שוב, ללא שהיות. חברו אליו מנהיגי המפלגות הסוציאליסטיות, וקבוצת הדיונים "פאתוק" (קרי: פאתוא').
בזמן ההוא נפוצו חטיפות ורציחות. בין החטופים בעיר מאדיון ובסביבתה באי ג'אוה, היו קציני צבא, קציני משטרה, מנהיגי דת, מורים בבית הספר האסלאמי, שכולם נרצחו. ב-10 בספטמבר 1948, הוטמן מארב ל 2 מכוניות: האחת של מושל מחוז ג'אוא המזרחית, ר.מ. סוריו והשנייה בה נסעו 2 קציני משטרה בכאדונגגאלאר, ג'אוא המזרחית. האורבים היו המון תומכי PKI. נרצחו שלושת נוסעי המכוניות. נרצח נוסף היה דוקטור מורואדי שעבד בבית חולים בסולו הקרויה גם סוראקארתה, והתנגד לפעולות כנופיות השמאל. נרצח גם הקולונל מארהאדי. ההאשמות במעשי הרצח נזרקו מכל הצדדים ונרצחו גם מודיעי החדשות.
כנופיות השמאל האשימו את הדרגים הגבוהים בממשלת הרפובליקה האינדונזית, כולל את סגן הנשיא, מחמד האטא, כמי שמושפע מארצות הברית לרסק את PKI, בלכתו אחר תאורית הדומינו של נשיא ארצות הברית הארי טרומן. לא הייתה את המעורבות הזרה היחידה בתקרית מאדיון. הולנד הציעה עזרתה לממשלת אינדונזיה, בחיסול המרד. ממשלת אינדונזיה סרבה לקבל עזרה. מפקדי צבא אינדונזיה חשבו שהולנד תמהר להפיק תועלת מהמצב כדי לבצע מתקפה כוללת נגד הכוחות המזוינים של הרפובליקה האינדונזית. אמיר שריפודין האראהפ, שהיה ממנהיגי השמאל, הואשם על ידי אנשי שמאל אחרים, תוך כדי בניית כוחותיו כדי להתמודד מול ממשלת אינדונזיה, בכך שנטה לצדד בארצות הברית ולא בברית המועצות.
ב-15 בספטמבר פרץ הסכסוך המזוין: הותקפו הכוחות שתמכו במוסו, מ-2 כוונים, ממערב על ידי כוחות אוגדה 2 בפיקוד גאתות סוברותו שדרגתו אז הייתה מקבילה לאלוף-משנה ותפקידו אז היה המושל הצבאי של אזור סמאראנג עד סוראקארתה יחד עם כוחות דיויזית "סיליואנגי", וממזרח על ידי אוגדה 1, בפיקוד אלוף-משנה סונגכונו, וכוחות "החטיבה הממונעת הגדולה" בפקוד מ. יאסין.