במהלך ההפוגה השנייה הפרו המצרים פעמים רבות את הפסקת האש, הפגיזו בתותחים והפציצו מן האוויר את יישובי הנגב. ב-15 באוקטובר 1948 שלח צה"ל, לאחר מתן הודעה מוקדמת למשקיפי האו"ם, שיירה לנגב. המצרים התקיפו את השיירה והיא נאלצה לחזור. בזאת הסתיימה ההפוגה השנייה. צה"ל פתח במבצע יואב, לפתיחת הדרך לנגב, ולאחר קרבות קשים הצליח לכבוש את משלטי הצומת (בימינו צומת גבעתי) ומשלטי חוליקאת, ששלטו על הדרך ליישובי הנגב. צה"ל המשיך בתנופה וכבש את באר שבע (מבצע 'משה') וכפרים באזור בית גוברין. מבצע יואב הסתיים ב-22 באוקטובר לאחר שהושגו רוב מטרותיו. בעקבות מבצע 'יואב' נותק הקשר בין המצרים שבאזור החוף לבין החטיבה המצרית המזרחית יותר, שכותרה באזור קריית גת של ימינו. המובלעת המצרית כונתה 'כיס פלוג'ה'. כן נכבש טריז מצפון לעזה ותפיסתו אילצה את המצרים לפנות בהמשך את איסדוד ומג'דל (היום אשקלון), וכתוצאת לוואי, גם את יד מרדכי וניצנים.
הלחימה באוויר.
חיל האוויר הישראלי ביצע במסגרת מבצע 'יואב' שורה של גיחות הפצצה (מבצע אגרוף). בשל מחסור במפציצים ייעודיים, חיל האוויר השתמש להפצצה גם במטוסי תובלה. במסגרת המבצע הופצצו עזה, מג'דל, אל עריש, ג'באליה, בית לאהיא, אל-פאלוג'ה, עיראק אל-מנשייה, בית ג'וברין וג'אביה. כן יכול היה חיל האוויר לראשונה לשלוח מטוסי קרב לפטרל מעל זירת הלחימה.
לחימה בים.
ב-21 באוקטובר 1948, נחל חיל הים הצלחה משמעותית שהשפיע על מבצע 'יואב'. כאשר תקף בסירות נפץ והטביע מול חוף עזה את ספינת הדגל של הצי המצרי, שהביאה תגבורת לחוף עזה. ופגע קשות בשולת מוקשים שיצאה משימוש.
מבצעי 'אל ההר' ו'יקב'.
בתום ההפוגה השנייה התחדשו גם הקרבות בגזרת ירושלים במסגרת מבצע ההר ומבצע יקב. במהלך מבצע 'ההר', אשר ערכה חטיבת הראל, הורחב השטח שבשליטה ישראלית מדרום לירושלים והורחקו הכוחות המצריים הבלתי סדירים. לעומת זאת, מבצע 'יקב', אשר ערכה חטיבת עציוני, ונועד לכבוש את רכס בית ג'אלא ולפריצת הדרך לגוש עציון ולהר חברון נכשל ברובו. מסיבות מדיניות הופסקו שני מבצעים אלה עם תום מבצע 'יואב'.
מבצע 'חירם'.
בלילה, אור ל-22 באוקטובר, תקפו וכבשו יחידות 'צבא ההצלה' את משלט שייח' עאבד (קבר רב אשי) אשר ליד קיבוץ מנרה, ובפועל ניתקו את הדרך למנרה ולישובים הסמוכים. מבצע יעל, אשר נועד לכבוש חזרה את המשלט, נכשל, כמו גם מאמצי האו"ם להחזיר את המצב לקדמותו. כיוון שכך, פתח צה"ל ב-28 באוקטובר 1948 במבצע חירם שבו כבש את הגליל המרכזי ואת הגליל העליון: תרשיחא, הר מירון, ג'יש וסעסע. צה"ל המשיך בתנופה לתוך לבנון וכבש 14 כפרים ברכס רמים. 'צבא ההצלה' חמק ברובו מתחומי ישראל ונסוג ללבנון. בתום מבצע 'חירם' תמו למעשה הקרבות בצפון.
מהלכים נוספים.
ב-7 בנובמבר בוצע פירוק מטה הפלמ"ח, על פי הוראתו של בן-גוריון, ומכאן ואילך הוכפפו חטיבותיו ישירות למטכ"ל צה"ל.
ב-8 בנובמבר נכבשה משטרת עיראק סואידן על ידי כוחות חטיבה 8, וזאת לאחר ניסיונות רבים קודמים שלא עלו יפה. בהמשך החודש נערך מבצע לוט ובו נפתחה דרך היבשה לסדום מכיוון הנגב. בזאת הסתיים הניתוק של סדום במלחמת העצמאות, לאחר כחצי שנה, תקופה בה הקשר עמה היה אווירי בלבד.
בגזרת ירושלים התנהלו שיחות בין משה דיין, מפקד חטיבת עציוני, לבין מפקד הלגיון הערבי בירושלים. הוסכם על הפסקת אש שתכנס לתוקף ב-1 בדצמבר. כמו כן הושג הסכם בין הצדדים שניתן לו הכינוי 'הסכם מפקדים' להפסקת כל פעולה צבאית, לרבות בניית ביצורים, צליפות והפגזות. כל צד התחייב שלא להפריע לתנועת גייסות הצד שכנגד בתחומו הוא. הושג הסדר של מעבר שיירות אספקה לאזור הר הצופים ולהחלפת משמרות השוטרים היהודיים (למעשה היו אלו חיילי צה"ל במדי משטרה) שנמצאו בהר.
בתחילת דצמבר ערך צה"ל את מבצע אסף, ובו הרחיק את הצבא המצרי מן השטח אשר מדרום מזרח לעזה.
מבצע 'חורב'.
ב-22 בדצמבר פתחו כוחות צה"ל במבצע חורב, מתקפה רבתי שמטרתה לגרש את הכוחות המצריים שנותרו בנגב, ברצועה צרה שבין עוג'ה אל חפיר לביר אל עסלוג'. צה"ל תקף בכוח רב, והשיג את מטרות המבצע ברובן. במסגרת המבצע חדר טור ישראלי אל תחומי חצי האי סיני והגיע עד לאל עריש, כמהלך עוקף שמטרתו להוציא את המערך המצרי משיווי משקלו. הדבר גרם להתערבות נמרצת של בריטניה, אשר שלחה מטוסים לסייר מעל זירת הקרבות, ושל ארצות הברית, עד שבן-גוריון הורה למפקד המבצע, יגאל אלון, להחזיר את כוחות צה"ל אל הנגב. במקביל נעשה ניסיון לחסל את 'כיס פלוג'ה' (מבצע חיסול), אלא שצה"ל נכשל וספג אבדות כבדות. ניסיון לנתק את הצבא המצרי תוך הצבת טריז באזור רפיח לא מוצה בטרם פסקה הלחימה. מועצת הביטחון קראה להפסקת הקרבות, ומצרים הסכימה לשיחות לצורך הסדרי שביתת נשק. עם סיום מבצע חורב ב-7 בינואר 1949 נמצא הנגב כולו בשליטת צה"ל, מלבד 'כיס פלוג'ה' שנותר במצור. כן נותרה למצרים רצועה לאורך מישור החוף הדרומי, מבית חנון לרפיח (רצועת עזה). זמן קצר בטרם הפסקת האש אירעה תקרית האוויר הישראלית-בריטית, במסגרתה הופלו חמישה מטוסים בריטיים במהלך גיחות סיור וצילום סמוך לגבול ישראל-מצרים. לאחר מבצע חורב הסתיימה למעשה הלחימה בקנה מידה גדול במלחמת העצמאות, אם כי הפעילות הצבאית עדיין המשיכה.
סיום המלחמה והסכמי שביתת הנשק.
לאחר מבצע חירם לשחרור הגליל, חתימת 'הסכם המפקדים' בגזרת ירושלים וגירוש המצרים מן הנגב במבצע חורב, נותרו על אדמת ישראל כוחות צבא ערביים במספר מקומות; כוחות מצריים ב'כיס פלוג'ה', כוחות סוריים במשמר הירדן שנכבשה, כוחות ירדניים באזור הערבה וכוחות לבנון בראש הנקרה. מאידך נשארה מובלעת ישראלית בתחום לבנון עד נהר הליטני.
ב-24 בפברואר 1949 נחתם הסכם שביתת הנשק עם מצרים וב-26 בפברואר יצא צבא מצרים מ'כיס פלוג'ה' וחזר לתחום מצרים.
ב-5 במרץ 1949 פתח צה"ל במבצע עובדה, שהיה מסע להשתלטות על הערבה ואום רשרש (אילת) שנכללו בתחום מדינת ישראל. המסע עבר כמעט ללא קרב וללא נפגעים ישראליים. במקביל השתלטו כוחות צה"ל, ללא קרב, במסגרת מבצע ייצוב על אזור עין גדי. ב-10 במרץ הגיעו כוחות צה"ל למפרץ אילת. מבצע עובדה סיים את הפעילות הקרבית במלחמת העצמאות ובסופו שיגרו הלוחמים מברק לממשלה:
ב-23 במרץ 1949 נחתם הסכם שביתת הנשק עם לבנון. צבא לבנון פינה את ראש הנקרה וצה"ל פינה את המובלעת בשטח שתפס בלבנון עד נהר הליטני. זאת אף על פי שתושבי 14 הכפרים הביעו נכונות להסתפח למדינת ישראל.
ב-3 באפריל 1949 נחתם הסכם שביתת הנשק עם ירדן, לאחר שקודם לכן, במסגרת מבצע עובדה, לא גילתה ירדן התנגדות למהלך השתלטות ישראל על גזרת ים המלח, הערבה ואילת. לאחר חתימת ההסכם נותרו בשליטת ממלכת ירדן הרובע היהודי בעיר העתיקה, גוש עציון מדרום לירושלים ונווה יעקב ועטרות מצפון לה. ב-20 במאי 1949 נכנסו כוחות צה"ל לאום אל-פחם ויישובי ואדי עארה, שבהסכם עם ירדן נמסרו לשליטת ישראל. העיראקים, שהחזיקו בשטחים אלה, נסוגו מהם, ופינו את השומרון ללא הסכם כלשהו עם ישראל, והסכם שיסיים את מלחמת העצמאות, בין עיראק וישראל, לא נחתם מעולם.
ב-20 ביולי 1949, לאחר משא ומתן ארוך מאוד, נחתם הסכם שביתת הנשק עם סוריה, וצבא סוריה פינה את משמר הירדן שנכבשה על ידו ביוני 1948, והשטח הפך למפורז עד למלחמת ששת הימים. זאת בניגוד לחמת גדר, שעל פי ההסכם גם הוא פורז אך סוריה השתלטה עליו. כך הסתיימה פורמלית מלחמת העצמאות.
במסגרת ההסכמה שקווי הפסקת האש יהיו לקווי שביתת הנשק, אבדה ישראל את השליטה בעיר העתיקה בירושלים, בגוש עציון שמדרום לירושלים, בעטרות ובנווה יעקב שמצפון לירושלים, בבית הערבה שלחוף ים המלח ובכפר דרום שברצועת עזה.
בהסכמי שביתת הנשק נקבע מנגנון פיקוח על הפסקת האש של משקיפי או"ם, באמצעות ארבע ועדות שביתת נשק מעורבות של נציגי ישראל ונציגי כל אחת מארבע המדינות שחתמו עמה על ההסכמים. הסכמי שביתת הנשק לא הביאו בעקבותיהם הסכמי שלום.
אבדות בנפש.
יהודים.
במערכה על עצמאות ישראל מיום החלטת עצרת האו"ם ועד לכריתת הסכמי שביתת הנשק, נפלו בצד היהודי כ-6,000 גברים ונשים, מתוכם כ-2,400 אזרחים, מתוך אוכלוסייה יהודית שמנתה בעת הכרזת המדינה כ-650,000 איש.
ערבים.
מספרים מדויקים על מספר הקורבנות בקרב הערבים אינם ידועים, וההערכות שונות במידה ניכרת זו מזו.
לפי הערכתו של עארף אל-עארף, אשר נראית סבירה לנוכח הידוע על מהלך הקרבות, המספר הכולל של הקורבנות בקרב הערבים הוא כ-17,000, לפי הפירוט הבא:
יהושפט הרכבי, שהביא נתונים אלה לקורא העברי, העיר: "אין להתייחס למספריו של עארף אל-עארף כמספרים מדויקים ובדוקים אלא כמורים על סדר גודל בלבד".
מטוסים שהופלו: הרוורד סורי אחד, 2 מטוסי דקוטה מצריים, 3 ספיטפיירים מצריים, 3 מטוסי מצריים, , 3 ספיטפיירים ופיאט לא מזוהים.
תוצאות המלחמה.
שטח ואוכלוסייה בהשוואה לתוכנית החלוקה.
כ-20 יישובים יהודיים פונו או נכבשו על ידי הערבים במהלך המלחמה, בערך מחציתם נכבשו חזרה, וישוב אחד (משמר הירדן) הוחזר בהסכמי הפסקת האש.