מוריס מפריך בספר הן את ההסבר המסורתי הישראלי והן את ההסבר המסורתי הפלסטיני לבעיית הפליטים. ההסבר הישראלי היה שמנהיגי ערב או מנהיגי הפלסטינים ציוו או יעצו לפלסטינים לנטוש את בתיהם ואילו ההסבר הערבי היה שהגירוש נבע כתוצאה ממדיניות מכוונת של ממשלת ישראל וההנהגה הציונית. מוריס טוען ששני ההסברים נכונים חלקית, אבל לא כהסבר עיקרי. ההסבר העיקרי הוא שהמלחמה, פחדי המלחמה והמחסורים שהמלחמה גרמה להם הם שהניעו את הפליטים לעזוב את בתיהם.
מוריס טוען ש-700,000 פלסטינים שנסו מבתיהם ב-1947–1949 עזבו בעיקר בגלל ההתקפות הצבאיות הישראליות, החשש מפני ההתקפות שעמדו להתרחש, הגירושים והוראות של מנהיגים ערבים מקומיים. הוא טען שלא הייתה מדיניות מכוונת של גירוש, אולם הפיקוד הישראלי הבכיר נקט בגירושים לפי הצורך, במיוחד אחרי הפלישה הכלל-ערבית במאי 1948. הייתה זו עמדה שנויה במחלוקת כשמוריס כתב אותה לראשונה; העמדה הרשמית בישראל הייתה שהפלסטינים עזבו מרצונם, או תחת לחצם של מנהיגיהם או מנהיגי ארצות ערב. באותו הזמן, מוריס תיעד מעשים אכזריים שביצעו הישראלים, בכללם מקרי אונס. בספר מפה ובה מצוינים כ-370 כפרים וערים ערביים שננטשו ומתוארות הסיבות לנטישתם. הספר יצא באנגלית, בעברית, באיטלקית, ובהוצאה פיראטית בירדן בערבית.
לידתה של בעיית הפליטים הפלסטינים: בחינה מחדש (2004).
זוהי גרסה מעודכנת – פי שניים באורכה - לספר משנת 1988. מוריס עונה למבקריו ומוסיף חומרים מהארכיונים השונים, בעיקר בישראל, שנפתחו בשנות התשעים (ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון וארכיון ההגנה). הוא כותב שתוכנם של המסמכים החדשים מגדיל במידה משמעותית את האחריות הן של הישראלים והן של הפלסטינים לבעיית הפליטים, ומגלה עוד מקרי גירוש ומעשי אכזריות בצד הישראלי, ועוד פקודות מצד הרשויות הערביות שהורו לפלסטינים לנטוש את בתיהם, או לפחות לשלוח אל מחוץ לכפר או לעיר את הנשים והילדים. מוריס כותב שמסקנותיו בוודאי לא ירצו את התועמלנים הישראלים או את התועמלנים הפלסטינים, או את ה"היסטוריונים של שחור ולבן".
במהדורה זו הוא גם נתן משקל גדול יותר מבמהדורה הקודמת לרעיון הטרנספר כפי שהעלו אותו מנהיגים ציוניים לפני 1948. הספר עומד לצאת לאור בערבית בקהיר.
המלחמות הסודיות של ישראל (1991).
מוריס כתב את הספר ביחד עם איאן בלאק, שהיה אז כתב ה"גארדיאן" בישראל. הם כתבו היסטוריה עיתונאית של אמ"ן, השב"כ והמוסד עד סוף שנות השמונים. היות שהארכיונים הממשלתיים הרלוונטיים היו – ונשארו - סגורים כמעט לחלוטין (למעט מסמוך מסוים עד סוף שנות ה-50) התבססו המחברים בעיקר על עיתונות וראיונות.
הספר ראה אור באנגלית ובגרמנית ועתיד לראות אור בקרוב בעברית בהוצאת רסלינג.
שורשי הפייסנות, העיתונות הבריטית השבועית וגרמניה הנאצית בשנים 1933–1939 (1991).
זוהי עבודת הדוקטור שפורסמה כספר ועוסקת ביחסי אנגליה-גרמניה 1933–1939. מוריס בחן את היחסים האלה מנקודת המבט של העיתונות השבועית הבריטית כמו: הניו סטייטסמן, האובזרוור והסנדיי טיימס. מסקנותיו של מוריס היו שמדיניות הפיוס הבריטית בהשתקפותה בעיתונות השבועית נבעה בעיקר מפחד מפני מלחמה בו-זמנית בשלוש חזיתות, נגד גרמניה, יפן ואיטליה, ומפני הפצצות גרמניות על ערי בריטניה. הם העדיפו לפייס את גרמניה (ואת איטליה ואת יפן) על פני מלחמה חדשה. ברקע מחשבתם היו מוראות מלחמת העולם הראשונה, בה איבדו הבריטים דור שלם בחפירות, וגם תחושת אשמה מסוימת עקב הפגיעה הקשה בגרמניה שנבעה מסעיפי חוזה ורסאי, בסיום מלחמת העולם הראשונה.
מלחמות הגבול של ישראל 1949–1956 (1993).
עוסק בבעיית ההסתננות ופעולות התגמול והספירה לאחור לקראת מלחמת סיני. לדעת מוריס, מעגל ההסתננות ופעולות התגמול (לצד אמצעים דפנסיביים שנקטה ישראל) הוא שדרדר את האזור למלחמה והביא למבצע סיני ב-1956. הספר ראה אור בעברית ובאנגלית.
1948 ואחרי כן (1994).
זוהי אסופת מאמרים המוקדשת להיבטים שונים ביחסי ישראל-ערב בשנים 1947–1952, כולל היציאה ההמונית של הפלסטינים ב-1948. חלק מהמאמרים התפרסמו קודם לכן מעל במות שונות (וחלקם הגדול ראה אור גם בעברית, ב"תיקון טעות" משנת 2000). הוא מנתח את מדיניות מפא"י ומפ"ם במהלך 1948, את מעורבותו של יוסף ויץ, ראש מחלקת הקרקעות של הקרן הקיימת לישראל, ביצירת בעיית הפליטים, את דו"חות צה"ל על האירועים ומתאר כמה מקרי גירוש, כולל מהעיר אשקלון (מג'דל). מאמר אחד מספר על קיבוץ תושבי חיפה הערבים אחרי כיבוש העיר הערבית. מאמר אחר דן ביוסף נחמני, איש השומר ועיריית טבריה ובעיקר ראש משרד הקק"ל בגליל, שעסק ברכישת אדמות, בהגנה על ערבים "ידידותיים", וגם בגירוש ערבים מהגליל.
קורבנות: תולדות הסכסוך הציוני-הערבי 1881–2001 (2001).
הספר הוא היסטוריה כללית של הסכסוך הישראלי-ערבי מראשיתו בשנות ה-80 של המאה ה-19 ועד ל-2001. הוא עוקב אחרי השלבים וההתפתחות של הסכסוך ואחרי כן המלחמות שנערכו בין מדינת ישראל לארצות ערב. הספר מבוסס בעיקר על מקורות משניים אך פרקים מסוימים מבוססים על מקורות ראשוניים. הספר נותן סינתזה של המחקר הקיים על הנושאים השונים והתקופות אותן הוא מכסה. מוריס כותב ש"כתיבת היסטוריה של נושא (רחב) זה, המבוססת בעיקר על מקורות ראשוניים, היא לדעתי מעבר ליכולתו של חוקר יחיד." הספר ראה אור באנגלית, עברית, איטלקית וצרפתית.
לאחר שצה"ל חשף בפניו מסמכים שלא היו מוכרים לו הוציא מוריס בשנת 2004 מהדורה מעודכנת לספרו.
הדרך לירושלים: גלאב פשה, ארץ ישראל והיהודים (2006).
ביוגרפיה פוליטית של גלאב פשה האנגלי, שהיה מפקד צבא ירדן בשנים 1939–1956. הוא דן ביחסו של גלאב לציונות ובעיית ארץ-ישראל ובעיקר בפלישה הירדנית במלחמת העצמאות ב-1948. הספר סוקר קרבות שונים, כמו מערכות לטרון. הספר מסתיים בפיטוריו של פאשה ב-1956, עקב גל של לאומנות בהשפעת הנאצריזם במצרים, שגרם לתסיסה בירדן. יצא לאור בעברית ובאנגלית.
Making Israel היווצרותה של ישראל (2008).
זוהי אסופת מאמרים על סלעי המחלוקת העיקריים בהיסטוריוגרפיה הישראלית, אותה ערך מוריס. היא נכתבה הן בידי היסטוריונים מסורתיים והן בידי היסטוריונים חדשים. חלקם עוסקים בסכסוך הערבי-ציוני.
בספר מופיע מאמרו של מוריס מ-1988, בו טבע את המונח "היסטוריונים חדשים", מאמר שמאז פורסם במקומות רבים. במאמר הגדיר מוריס את ההיסטוריונים החדשים לעומת ההיסטוריונים הישנים וההיסטוריוגרפיה הישנה. מאז המאמר רבים משתמשים במונח הזה.
ניתן להוריד את המאמרים מאתר הוצאת אוניברסיטת מישיגן.
1948 - תולדות המלחמה הערבית-ישראלית הראשונה (2010).
מוריס סוקר בפירוט את מלחמת העצמאות 1947–1949, על כל מערכותיה, מבחינה צבאית ופוליטית. אחת המסקנות של הספר שעוררה ויכוחים נוגעת לאופיה של המלחמה. נהוג היה לחשוב שהמלחמה נבעה ממאבק בין תנועות לאומיות על כברת ארץ, ושבמהותו המאבק היה פוליטי. מוריס מסכים, אך מוסיף שבתש"ח התרחשה גם התנגשות בין ציוויליזציות ושהערבים ראו במלחמה ג'יהאד, מלחמת קודש. הוא מתאר בסיכום הספר את שתי בעיות הפליטים שגרמה המלחמה: 1. של פלסטינים; 2. ושל יהודים מארצות ערב. הוא טוען שאחת עדיין עמנו בעוד השנייה נפתרה עקב קליטת הפליטים היהודיים בישראל ובארצות המערב.
יואב גלבר כתב על המהדורה האנגלית של הספר ש"תש"ח הוא הישג ראוי לשבח של מחקר וניתוח, עבודה של היסטוריון שממאן לנוח ולהסתפק בהישגים אליהם הגיע עד עתה." גלבר אינו מסכים עם כמה מניתוחיו של מוריס, במיוחד עם הרעיון שמלחמת תש"ח הייתה יותר "התנגשות ציוויליזציות" בין המערב לאסלאם ופחות מאבק לאומי. הוא גם טוען שמוריס מעריך יתר על המידה את כוחה הצבאי של ישראל, ואינו מסכים עם מוריס לגבי מטרותיו של עבדאללה מלך ירדן."
הספר ראה אור בעברית בשנת 2010.
מדינה אחת, שתי מדינות (2009).
הספר עוסק במטרות השונות של היישוב ושל ערביי ארץ ישראל, ובפתרונות השונים שהוצעו במהלך ההיסטוריה לסכסוך הציוני-ערבי. הוא טוען שהתנועה הלאומית הפלסטינית מראשיתה בשנות העשרים, רצתה את כל ארץ ישראל והתנגדה בעקביות לפתרון של שתי מדינות. זו הגישה שמבוטאת כיום באופן פומבי על ידי החמאס ובצורה נסתרת בוטאה על ידי ערפאת ומבוטאת על ידי אש"ף, זאת אומרת הליכה בדרך תוכנית השלבים להשמדת ישראל. לעומת זאת, מהצד היהודי, התנועה הציונית עד שנות השלושים רצתה בכל הארץ. בעקבות רדיפות היהודים באירופה ומאורעות 1936–1939 בארץ ישראל, הבינו מנהיגי הציונות בשנות השלושים שלא ניתן להשתלט על כל הארץ ובהדרגה הסכימו לפשרה טריטוריאלית המבוססת על חלוקת הארץ לשתי מדינות. מאז דוגלת האידאולוגיה הציונית בפשרה טריטוריאלית עם הערבים ובחלוקת הארץ. מוריס סבור ששתי התנועות גם יחד אף פעם לא קיבלו את הרעיון של מדינה דו-לאומית, בה יהיה להן שיווי משקל פוליטי.
מוריס טוען שהפתרון למשבר במזרח התיכון טמון בחלוקת ארץ ישראל לשתי מדינות בין שני העמים ושפתרון המדינה האחת אינו מסוגל להתקיים משום חוסר נכונותם של הערבים (אש"ף והחמאס) להשלים עם הנוכחות הלאומית היהודית במזרח התיכון, וכי זוהי אבן הנגף העיקרית בדרך לשלום. כמו כן, אין היהודים רוצים בפתרון דו-לאומי. הוא מציע את האפשרות של שתי מדינות כאשר בצד הערבי תקום מדינה פלסטינית-ירדנית מאוחדת.
הספר יצא לאור באנגלית ובאיטלקית.
במאמרו "ההיסטוריוגרפיה של דיר יאסין" (Journal of Israeli History, 2005) עוסק מוריס בהיסטוריוגרפיה על דיר יאסין בעברית, ערבית ואנגלית, ומתאר מה "באמת" קרה בכפר ב-9 באפריל 1948.
משנתו כהיסטוריון.
בשנת 2004 כתב מוריס:
באותו מאמר התייחס לשימוש בעדויות שבעל פה:
בשנת 2009 כתב:
שבחים, ביקורת ופרשנות.