לאחר פירוק ברית המועצות, דינמו צורפה לליגת העל האוקראינית בכדורגל שאך זה הוקמה. אלא שכבר בקיץ 1993 הקבוצה התמודדה עם משבר רציני כאשר המדיניות הכלכלית של נשיא דינמו, ויקטור בזברקי, הציבה את דינמו בדרך לפשיטת רגל. ב-19 ביולי 1993 אספה יוצאת דופן של מאמנים ושחקנים דחפה לפיטוריו של ויקטור בזברקי והוקמה חברת מניות בשם "מועדון הכדורגל דינמו קייב", שרכשה את הקבוצה. לנשיא החברה שזה עתה הוקמה מחדש נבחר איגור סורקיס, איש עסקים ממוצא יהודי, שהיה מקורב לנשיא לשעבר ליאוניד קוצ'מה ואחד הטייקונים העשירים במזרח אירופה (עם קשרים לעסקי אלקטרוניקה ונפט). האופוזיציה באוקראינה האשימה את המדינה ברשלנות בהפרטת המועדון שנמכר לטענתה מתחת למחיר השוק שלו. תמיכתו בנשיא אוקראינה התבטאה בכך שבבחירות באוקראינה נעשה שימוש על ידי תומכי קוצ'ימה בסמלי ושחקני הקבוצה, ובהם אנדריי שבצ'נקו. עם זאת, אז אגודת דינמו הסכימה להעביר לידי דינמו קייב שני מרכזי אימונים ואת אצטדיון דינמו. מלבד קבוצת הכדורגל ואגודת דינמו צורפו לדירקטוריון הקבוצה גם נציגי מרכז חברת סלבוטיץ' וניופורט. הוקמה ועדת סקירה שהורכבה ממנהלי משרד הפנים האוקראיני, שירות הביטחון של אוקראינה, כוחות משמר הגבול ומשרד התובע הכללי, בכך נמשכה המסורת לפיה דינמו נתמכת על ידי מנגנוני הביטחון במדינה.
עם זאת, מעמדה של דינמו כמועדון הבכיר במדינה לא השתנה, כאשר הקבוצה המשיכה לשלוט בתחרויות המקומיות, עם זכייה תשעה פעמים רצופות באליפות אוקראינה (בשנים 1993-2001) כשהיא מייצגת את המדינה פעם אחר פעם בליגת האלופות. באותן שנים החלה לצמוח היריבות העיקרית שלה עם שחטאר דונצק, מועדון מאזור דונבאס, שהגיע למקום השני לדינמו מספר פעמים לפני שהצליח לזכות באליפות בשנים 2002, 2005, 2006 ו-2008
(בארבעת המקרים, דורגה דינמו שנייה). המשחקים בין שני הצדדים הללו נקראים "הקלאסיקו האוקראיני".
בשנים 1989–1993 הופעלה גם קבוצת כדורגל נשים דינמו קייב.
דעיכה.
בשנת 2007, כחלק מחגיגות 80 שנה למועדון, התווספו ללוגו הקבוצה שני כוכבי זהב, המייצגים עשרה תארים באליפות אוקראינה ועשרה תוארי אליפות ברית המועצות. בעונת זכתה דינמו קייב בדאבל ובסופר קאפ האוקראיני אחרי שנתיים שבהן לא זכתה באליפות הליגה המקומית. אך בשל ההופעה הרעה בליגת האלופות בשתי העונות האחרונות, הנהלת דינמו קיבלה החלטה מעט לא צפויה עם מינויו של המאמן הזר הראשון בתולדות המועדון: יורי סיומין הרוסי. בעבר רק שחקנים לשעבר או בוגרי האקדמיה לכדורגל של דינמו מונו למאמנים, אך בדצמבר 2007 הוזמן סיומין. עם זאת, המועדון נכנע לשחטאר דונצק גם בגביע האוקראיני וגם בליגת העל בשנת 2008. בעונת , בקמפיין האירופי המצליח ביותר של המועדון מאז 1999 דינמו העפילה לחצי גמר גביע אופ"א (כשהיא גברה על קבוצות כמו ולנסיה ופריז סן ז'רמן) אך הובסה בשלב חצי הגמר על ידי שחטאר דונצק, שזכתה בהמשך בתואר האירופי הראשון שלה. עם זאת, גם עונת 2009 הביאה להצלחה למועדון, שחגג זכייה 13 באליפות האוקראינית.
בעונה שכללה את ניצחון השיא שלה, ניצחון 9–0 על איליצ'יבץ מריופול, הצליחה הקבוצה לסיים כסגנית האלופה בשנים 2010–2011, מאחורי שחטאר דונצק. בעונתו האחרונה של אנדריי שבצ'נקו במועדון, דינמו סיימה גם כאלופת 2011–2012. בעונת 2011/12 דינמו הצליחה להגיע גם לשלב הבתים של הליגה האירופית לאחר שהודחה בסיבוב המוקדמות השלישי בליגת האלופות על ידי רובין קאזאן בתוצאות 0:2 בקייב ו-2:1 בקאזאן. בפלייאוף הליגה האירופית הצליחה להביס את ליטקס לובץ' בתוצאה 1–3, אך בשלב הבתים דינמו סיימה שלישית לאחר קמפיין מאכזב בבית שהכיל את בשיקטאש, מכבי תל אביב וסטוק סיטי.
באפריל 2013 הוכרז שדינמו תשתתף במפעלים האירופיים ללא קהל עקב גזענות מצד האוהדים במשחקים קודמים. בעונת 2012/13 הצליחה להעפיל לשלב הבתים של ליגת האלופות אחרי שגברה על פיינורד 3–1 ועל בורוסיה מנשנגלדבאך 4–3 בסיכום הכולל והעפילה לשלב הבתים. דינמו שובצה לבית עם פריס סן ז'רמן, פורטו ודינמו זאגרב וסיימה במקום השלישי עם חמש נקודות בלבד והודחה בסיבוב 32 האחרונות ב על ידי בורדו, 2–1 בסיכום הכולל. בליגת העל דינמו סיימה שלישית ואילו בגביע היא הודחה בשלב 32 האחרונות. בסך הכל, עונת 2012/13 הייתה אכזבה עבור דינמו, כאשר עונת 2013/14 הייתה עונה מאכזבת לא פחות מכיוון שדינמו סיימה במקום הרביעי בליגה, הגרוע ביותר מאז הקמת הפרמייר ליג האוקראיני והצליחה להגיע רק לשלב 32 האחרונות בליגה האירופית כשהודחה על ידי ולנסיה. אולג בלוחין שאימן את דינמו פוטר והוחלף על ידי שחקן העבר סרהי רברוב. תחתיו, דינמו הצליחה לזכות בגביע האוקראיני בעונת 2013/14, לראשונה מזה חמש שנים.
בתחילת עונת 2014/15 דינמו החתימה שחקנים מבטיחים רבים כמו אלכסנדר דרגוביץ', ג'רמיין לנס (שעזב לאחר סיום העונה), לוקאס תאודורצ'יק וויטורינו אנטונס. בהדרכת רברוב, דינמו זכתה באליפות במאזן נטול הפסדים ובגביע האוקראיני 2014/15 וזכתה בדאבל מקומי לראשונה מזה שמונה שנים. בליגה האירופית בעונת 2014/15, דינמו העפילה לשלב הבתים וסיימה במקום הראשון עם 15 נקודות והתקדמה עד לרבע גמר הליגה האירופית, כאשר רברוב העדיף משחק הגנתי. עם זאת, ברבע הגמר, דינמו הודחה על ידי פיורנטינה.
בתחילת עונת 2015/16, דינמו החתימה את דרליס גונזלס המוכשר והוגרלה לבית ז' של ליגת האלופות לצד צ'לסי פורטו ומכבי תל אביב. דינמו סיימה במקום השני עם 11 נקודות אחרי הופעה מרהיבה ו-0–2 בפורטו. עם זאת, דינמו נענשה על ידי אופ"א על ​​תקרית גזענית במשחק הביתי מול צ'לסי בו ארבעה גברים שחורים הותקפו ביציע על ידי אוהדי דינמו. למרות זאת, דינמו העפילה לשמינית גמר ליגת האלופות לראשונה מאז שנת 2000, שם הוגרלה מול מנצ'סטר סיטי שהדיחה את דינמו. ההופעה המקומית של דינמו הייתה בלתי נשכחת באותה מידה כאשר המועדון חגג זכייה באליפות ליגת העל האוקראינית כשהפסידה פעם אחת בלבד, לריביתה שחטאר דונצק 0–3 פעמיים והודחה ברבע גמר הגביעי האוקראיני. בסוף העונה עזבו את המועדון כמה משחקניה כמו מיגל ולוסו, אלכסנדר דרגוביץ', יונס בלהנדה וחוקאש תאודורצ'יק.
עונת 2016/17 הייתה אכזבה יחסית עבור דינמו, שסיימה במקום השני בפרמייר ליג האוקראיני, אחרי שחטאר דונצק, עם הפרש של 13 נקודות אחרי שורה של תוצאות מאכזבות. בליגת האלופות הוגרלה לשלב הבתים עם נאפולי, בנפיקה ובשיקטאש. דינמו סיימה במקום הרביעי אחרי קמפיין עגום, אף על פי שהצליחה לרשום ניצחון 6–0 על בשיקטאש בקייב. בחלון ההעברות בחורף, דינמו החתימה את הבלמים המבטיחים אלכסנדר פנטיץ' וטמאס קאדר והתמקדה בכישרונות של אקדמיית הנוער כמו ויקטור ציהנקוב, ארטם בסדין ו-ולודימיר שפלייב שהצליחו לשפר את הופעותיה. עם זאת, דינמו הפסידה בגמר הגביע האוקראיני לשחטאר דונצק בתוצאה 0–1.
היריבות עם שחטאר וזכייה 16 באליפות.
לקראת עונת 2017/18, לאחר שסרהי רברוב עזב, מונה שחקן העבר אליאקסנדר חילקביץ' כמחליפו של רברוב. בשתי העונות הראשונות שלו, דינמו לא הצליחה להעפיל לשלב הבתים של ליגת האלופות ונאלצה להסתפק בשלב הבתים של הליגה האירופית. בשתי הפעמים הודחה בסופו של דבר בשלב שמינית הגמר, תחילה על ידי לאציו בעונת 2017/18, ולאחר מכן על ידי צ'לסי בעונת 2018/19. בזירה המקומית, דינמו נותרה במקום השני אחרי שחטאר בליגת העל האוקראינית. למרות חוסר התקדמות לכאורה בתוצאות, חוזהו של חילקביץ' הוארך לשנתיים, אחרי שדינמו זכתה בסופר קאפ האוקראיני עם ניצחון על יריבתה המושבעת שחטאר דונצק. עם זאת, שש משחקים לאחר הארכת חוזהו חילקביץ' פוטר ב-14 באוגוסט 2019 לאחר ששוב לא הצליח להביא את דינמו לשלב הבתים בליגת האלופות. במקומו מונה אלכסיי מיכאיליצ'נקו שהצליח להביא לקבוצה זכייה 12 ב, אך למרות השינוי, התוצאות על המגרש כמעט לא השתפרו: דינמו אומנם זכתה באליפות אוקראינה 2019/2020 אך סיימה במקום השלישי בשלב הבתים של הליגה האירופית באותה עונה.
ביולי 2020, מונה מירצ'ה לוצ'סקו הרומני, שאימן בעבר את יריבתה המושבעת של דינמו, שחטאר דונצק, במשך 12 שנה, למאמן החדש. הוא התפטר לאחר ארבעה ימים בלבד, בעקבות מחאת אוהדים נגדו אך חזר לתפקידו כעבור שעות בודדות. תחתיו דינמו זכתה ב כשגברה על שחטאר דונצק והבטיחה זכייה תשיעית בטורניר ושלישית ברציפות והוא הצליח היכן שקודמיו נכשלו כשדינמו העפילה לשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2020/2021 לראשונה מזה 4 שנים, זאת אחרי שגברה על גנט בסיבוב המוקדמות השלישי, כשהפעם הקודמת הייתה בעונת בהדרכת יורי סיומין. בתום עונת 2020/2021 לוצ'סקו הוליך את דינמו לזכייה מספר 16 באליפות אוקראינה וזכייה מספר 13 ב. ברם, הקבוצה סיימה במקום האחרון בשלב הבתים של ליגת האלופות בבית שכלל את ברצלונה, בנפיקה ליסבון, באיירן מינכן עם מאזן של שוויון אחד מאופס מול בנפיקה וחמישה הפסדים.
אצטדיון הקבוצה ומתקנים.
משנת 1934 אצטדיון דינמו קייב משמש כמגרש הבית של דינמו. ב-1933 הוא נבנה עם תכולה של 18,000 מושבים, אך בעל יכולת הרחבה לכדי 23,000 מושבים. ב-1954 האצטדיון שופץ בעקבות הריסתו במהלך מלחמת העולם השנייה. לקראת אולימפיאדת 1980 נערכו באצטדיון שיפוצים נרחבים משנת 1978, במהלך השיפוצים הוצבו עמודי תאורה ולוח תוצאות אלקטרוני ומבנה מינהלי. לאחר השיפוץ תכולת המושבים צומצמה ל-18,000 מושבים. לאחר התפרקות ברית המועצות האצטדיון שופץ שוב והפעם קוצצה כמות המושבים ל-16,000 מושבים. ב-2002 לאחר מותו של ולרי לובנובסקי האצטדיון נקרא על שמו וב-2003, במלאת שנה למותו, הוצב פסל בדמותו. דינמו אירחה בו משחקים בשנים 1996–2011.