בסיום עונת 1990–1991 הצליחה הקבוצה לחזור לליגה הלאומית מהמקום השני, אך לאחר עונה נשרה לליגת המשנה. בסוף שנות ה-90 החלה הקבוצה להתדרדר במורד הליגות. בשנת 2001 הצליחה הקבוצה לחזור לליגה הארצית, הליגה השלישית דאז, אך ירדה חזרה לליגה א' כעבור עונה אחת.
בעונת 2011–2012 סיימה יבנה במקום הראשון בליגה א' דרום, והעפילה לליגה הלאומית לאחר שגברה בפלייאוף העלייה על הפועל אסי גלבוע שסיימה במקום הראשון במחוז צפון, ובכך חזרה לליגת המשנה אחרי 14 שנות היעדרות. את עונת סיימה הקבוצה במקום התשיעי (הראשון בפלייאוף התחתון), ולמיקום זהה הגיעה גם בעונה שלאחר מכן.
לקראת עונת צירפה הקבוצה לשורותיה שחקנים רבים ששיחקו בעבר בליגת העל, וביניהם דוד רביבו, ליאור ז'אן וניבאלדו. את העונה סיימה הקבוצה במקום השמיני בפלייאוף העליון, למרות שמירוסלב אנטונוב ששיחק בקבוצה היה סגן מלך השערים של הליגה עם 16 שערים. ב-13 במאי 2016 נשרה הקבוצה לליגה א' אחרי 4 עונות בליגה הלאומית.
בשנים האחרונות מנוהלת הקבוצה על ידי מנהלת ספורט עירונית בתמיכתה של עיריית יבנה. בחודש יוני 2019 מונה עידן בר-און לתפקיד מאמן הקבוצה אך לאחר המחזור השני עבר להפועל עפולה מהליגה הלאומית ובמקומו המשיך כמאמן זמני עוזר המאמן יוגב בן סימון. ב-23 באוקטובר מונה רפי כהן כמאמן הקבוצה.
והתפטר לאחר מחזור אחד שעמד על הקווים של הקבוצה. (29.10.19).
הנצחה בסמל הקבוצה.
בתחילה, עם הקמת המועדון, היה סמל הקבוצה סמל אגודת "מכבי" עם הכיתוב יבנה מתחתיו בלבד. בשנת 1967 נהרג במלחמת ששת הימים שחקן ומאמן הקבוצה יהושע בן-נעים ולשם הקבוצה התווסף שמו והיא נקראה מכבי "יהושע" יבנה עד שנת 1974, בה נהרג בתאונת דרכים מנהל הקבוצה צבי חדד. כאות הוקרה על פועלו הוסף שמו הפרטי לשם הקבוצה, ומאמצע שנות ה-70 נקראת הקבוצה מכבי "צבי" יבנה. בשנת 1975 התקיים משחק גביע עם שמם. הכיתוב "צבי יבנה" מתחת לסמל עוצב כך שיתעקל בצורה מעגלית מתחת לסמל אגודת מכבי.
ב-23 במאי 2013 שונה סמל הקבוצה, ביוזמת מנהלת הספורט העירונית ומזכיר המועדון, לסמל מודרני וייחודי למועדון המשלב בתוכו את צבעי המועדון, שנת הקמתו ושם הקבוצה באנגלית. בהכנת הסמל החדש, הושם דגש גם על עברה של הקבוצה והסמל החדש שוזר בתוכו גם את סמלה הקודם של הקבוצה.
אצטדיון ומתקנים.
אצטדיון עירוני.
הקבוצה משחקת באצטדיון העירוני ביבנה המכיל 2,500 מקומות (2,000 מקומות ביציע המערבי ו-500 מקומות ביציע הדרומי). האצטדיון הוקם בשנות ה-70 של המאה ה-20 והוא ממוקם במרכז העיר בסמוך לשכונת נווה אילן ולהיכל התרבות העירוני. לאחר העפלת הקבוצה לליגה הלאומית האצטדיון שופץ ביוזמת עיריית יבנה, הוקם מתחם אח"מים, הותקנו עמודי תאורה, מערך מצלמות לשימוש המשטרה, הסדרת כניסות חדשות לאצטדיון, קופות, מזנון, תאי שירותים, חדרי הלבשה ומנוחה לשחקנים ולשופטים. בשנים 2012–2015 שיחקה הקבוצה באצטדיון עירוני נס ציונה מאחר שהאצטדיון ביבנה טרם אושר למשחקים בליגה הלאומית לפי תקן ההתאחדות לכדורגל. משחק הבכורה הביתי בליגה הלאומית נערך ב-5 באוקטובר 2015 מול מכבי אחי נצרת והסתיים בתוצאה 1–0 ליבנה משער של דוד רביבו לעיני 2,000 צופים. בשנת 2015 החליטה עיריית יבנה החליטה לקרוא לאצטדיון העירוני על שם שוער העבר של הקבוצה, יצחק (ג'קי) לוי. ב-21 בפברואר 2018 חנכה הקבוצה את אצטדיון טוטו יבנה ע"ש ג'קי לוי, בטקס שכלל משחק נגד הפועל באר שבע שניצחה 1:4.
מגרש אימונים.
מסורתית לאורך השנים הקבוצה מתאמנת לרוב באצטדיון העירוני. לפני כשנתיים שופץ מגרש האימונים הנמצא ביציאה המזרחית של העיר לכיוון העיר רחובות בסכום של כשני מיליון שקלים. המגרש נקרא על-שמו של יוסי שטרן (קצל'ה) אשר היה בעבר שחקן בשלוש קבוצות ביבנה- מכבי, בית"ר והפועל והלך לעולמו בשנת 2017. במסגרת השיפוץ בוצע שזרוע לכר הדשא והרחבתו, הוקמה סככה לטריבונה (יציע של כ-300 איש), הובאו מבנים יבילים חדשים המשמשים כחדרי הלבשה ומשרדים והותקנה מערכת תאורה. קבוצות הבוגרים נוהגת לערוך במגרש זה אימונים לסירוגין. במגרש אימונים זה מתאמנות כל קבוצות הנוער והילדים של המועדון.
תארים והישגים.
גביע הטוטו בליגה הבכירה
מועצה אזורית מטה בנימין
מועצה אזורית מטה בנימין היא מועצה אזורית במחוז יהודה ושומרון. המועצה משתרעת מלטרון במערב ועד בקעת הירדן במזרח, מירושלים בדרום ועד אזור העיר אריאל בצפון. בשנת 2021 התגוררו במועצה כ-72,900 תושבים, וזהו מספר התושבים הגדול ביותר במועצה אזורית ישראלית. בתחום המועצה 46 התנחלויות, מתוכן 34 יישובים קהילתיים, 10 מאחזים, שני מושבים חקלאיים ואזור התעשייה שער בנימין. בתחום המועצה 62 בתי ספר ומאות גני ילדים. במליאת המועצה יושבים 33 חברי מועצה ובראשה עומד ישראל גנץ.
שם המועצה משמר את מיקום נחלת שבט בנימין בתקופת התנ"ך, אם כי חלקים נרחבים משטחי המועצה שוכנים בנחלת שבט אפרים המקראית. זיקה זו מוצגת בסמל המועצה האזורית, שבו מופיעות המילים "בנימין זאב יטרף", שמקורן בברכת יעקב לבנו בנימין.
היסטוריה.
שטח המועצה נכבש בידי ישראל מידי ירדן במלחמת ששת הימים. ב־1969 הוקמה ההתנחלות הראשונה שנמצאת כיום בתחום המועצה – מבוא חורון ולאחריה הוקמו עפרה (1975) ומצפה יריחו (1977). המועצה הוקמה במאי 1979 וכללה בתחילה 6 יישובים (בית אל, עפרה, גבעון החדשה, בית חורון, שילה ונוה צוף). לראש המועצה נבחר פנחס ולרשטיין תושב עפרה. מקום מושבה הראשון של המועצה היה בבית אל, ובהמשך עברה למקום מושבה השני בפסגות. בדצמבר 2020 עבר המבנה הראשי של המועצה לאזור התעשייה שער בנימין. מרבית יישובי המועצה הוקמו מאמצע שנות ה-80 ועד תחילת שנות ה-90. בשנת 1983 הוכן על ידי מועצת מטה בנימין והחטיבה להתיישבות של ההסתדרות הציונית העולמית, מסמך מפורט "תכנון אזורי כולל מטה בנימין" התוכנית קבלה מעמד סטטוטורי והופקדה במועצת התכנון העליונה. בשנת 1981 נחנך מטה המועצה בפסגות. בתוכנית המתאר של המועצה משנת 1984 נתקבלה ההחלטה להקים עד שנת 2009 עוד 27 יישובים נוספים על 20 היישובים הקיימים, שיאכלסו יחד 190 אלף תושבים.
שטח המועצה.
שטח המועצה משתרע על פני כמיליון דונם (אלף קמ"ר). בשל מיקומה באיו"ש תחום השיפוט שלה כולל רק את היישובים היהודיים שבשטחה, בעוד היישובים הפלסטינים משתייכים ל של הרשות הפלסטינית, ושאר השטח נמצא בסמכות אלוף פיקוד המרכז. המועצה גובלת בצפון במועצה אזורית שומרון, במזרח במועצה אזורית בקעת הירדן, בדרום בירושלים, מועצה אזורית מטה יהודה, מעלה אדומים, מועצה אזורית גוש עציון ומועצה אזורית מגילות, ובמערב במודיעין-מכבים-רעות, מודיעין עילית, מועצה אזורית גזר ומועצה אזורית חבל מודיעין. בשטחי המועצה יישובים שהיוו חלק מיישוביה והפכו במרוצת השנים לרשויות עצמאיות - בית אל, הר אדר, גבעת זאב ובית אריה-עופרים.
מבנה אדמיניסטרטיבי.
מנגנון מועצה אזורית מטה בנימין כולל כ־2,000 עובדים (מספר שאינו כולל עובדי עמותות ועובדי קבלן) המועסקים באגפי המועצה השונים. כמנכ"ל המועצה משמש משנת 2022 אילן רום.
תקציב.
תקציב המועצה עמד בשנת 2018 על 980 מיליון ש"ח, מהם 400 מיליון בתב"ר (תקציב בלתי רגיל).
לפי דו"ח מבקר המדינה משנת 2017, המועצה מקבלת מהמדינה מימון של 66% מתקציבה, לעומת ממוצע של 48% בכלל המועצות האזוריות בישראל. בהתייחס לביקורת זו טענה המועצה כי הפער נובע מ"מורכבות החיים ביהודה ושומרון, בייחוד בהיבט הביטחוני".
אגפי המועצה.
בשנת 2019 הוקמה חברה כלכלית.
הנהלת המועצה.
בראשות המועצה עמד מאז הקמתה ועד 2007 פנחס ולרשטיין. לאחר פרישתו נבחר לתפקיד אבי רואה שהיה סגנו. בשנת 2018, לאחר 11 שנות כהונה של רואה נבחר לתפקיד ישראל גנץ, שהיה סגנו. במליאת המועצה יושבים 33 נציגים של היישובים, כאשר לכל יישוב נציג אחד למעט ליישוב גבע בנימין אשר בגלל גודלו יש לו שני נציגים. מבנה המועצה נמצא באזור תעשייה שער בנימין.
אוכלוסייה.
עולים חדשים מהווים 8% מכלל התושבים במועצה. מרביתם הגיעו מארצות הברית ומצרפת.
המועצה זכתה ממשרד הפנים בפרס ניהול תקין בכל השנים שבהן חולק הפרס. בשנת 2010 נכללה המועצה ברשימת הרשויות האיתנות הזוכות ליתר עצמאות מפיקוח משרד הפנים בזכות התנהלותן התקינה. המועצה מעבירה מדי שנה למועצת יש"ע שני מיליון ש"ח, כפליים מהחלק היחסי שלה באוכלוסייה.
רב המועצה האזורית הוא חבר מועצת הרבנות הראשית, הרב שמעון אליטוב.
חינוך.
בתחומי המועצה פועלים כ-350 כיתות מעון וגן, 43 בתי ספר יסודיים ו-19 על-יסודיים. במועצה מספר מוסדות על-תיכוניים, בהם המכינה קדם-צבאית בני דוד בעלי, שהיא המכינה הקדם-צבאית הראשונה שהוקמה בישראל. כמו כן, פועלות במועצה מספר תוכניות של מכינת עין פרת. בנוסף קיימת במועצה עמותת לב בנימין המסייעת לילדים בעלי צרכים מיוחדים ולמשפחותיהם.
יישובי המועצה.
בשנת 2003 הועבר היישוב הקהילתי עופרים לרשות המועצה המקומית בית אריה ומאז חדל להיות יישוב עצמאי.
בשנת 2016 הועבר היישוב גני מודיעין מתחום שיפוט העיר מודיעין עילית לתחום שיפוט המועצה האזורית מטה בנימין.
בשנת 2018 הוקם במועצה היישוב החדש עמיחי לתושבי עמונה שפונתה.
אתרי טבע והיסטוריה.
בשטח המועצה קיימים אתרי טבע, נוף, היסטוריה וארכאולוגיה רבים.
המועצה שוכנת בנחלה ההיסטורית של שבט בנימין ושבט אפרים, והתרחשו בה אירועים תנ"כים והיסטוריים רבים:
חלוקת נחלות השבטים על ידי יהושע, המקום בו שכן משכן שילה, פסל מיכה, סיפור פילגש בגבעה, קרבות שאול ויהונתן, קרבות המכבים, ועוד.