הנשיא טראמפ פרסם הצהרה פומבית בה איחל להחלמתו המהירה של מקיין, כמוהו גם נשיאים לשעבר ובהם ברק אובמה וג'ורג' הרברט ווקר בוש. ב-19 ביולי פרסם משרדו בסנאט של מקיין הודעה לפיה "הסנאטור מקיין מעריך את התמיכה שקיבל בימים האחרונים, והוא במצב רוח טוב עת הוא ממשיך להתאושש בבית עם משפחתו באריזונה. הוא אסיר תודה לצוות הרפואי במאיו קליניק על הטיפול המסור שלהם, והוא בטוח שכל טיפול עתידי במחלה יהיה יעיל". ב-24 ביולי הכריז מקיין ברשת החברתית טוויטר כי הוא ישוב לסנאט של ארצות הברית למחרת.
מקיין שב אל הסנאט ב-25 ביולי, פחות משבועיים לאחר ניתוח מוח. מקיין, היה הקול המכריע בהצבעה שהפילה את התוכנית הרפובליקנית להחלפת חוק הגנת החולה וטיפול בר השגה. יחד עם הסנאטורים סוזן קולינס ממיין וראנד פול מקנטקי, הצביע מקיין נגד ביטול רפורמת הבריאות של אובמה ובכך הכשיל את יוזמתו של הנשיא טראמפ, שנוא-נפשו. מקיין לא הצביע בסנאט אחרי דצמבר 2017, ובמקום להיות נוכח בקפיטול שבוושינגטון הבירה נשאר במדינתו אריזונה לטיפוליו במחלת הסרטן. ב-15 באפריל 2018 הוא עבר ניתוח לטיפול בזיהום שגרם לדיברטיקוליטיס, ולמחרת דווח כי מצב בריאותו יציב.
מותו והלווייתו.
משפחתו של מקיין הודיעה ב-24 באוגוסט 2018, כי הפסיק את טיפוליו הכימותרפיים בגידול הקטלני שבראשו. יום למחרת ההודעה הלך מקיין לעולמו בשעה 04:28 לפי שעון אריזונה, כשהוא מוקף ברעייתו ובבני משפחתו, בביתו שבקורנוויל, אריזונה, בן 81 במותו.
ארון קבורתו של מקיין הוצב בקפיטול מדינת אריזונה שבפיניקס ב-29 באוגוסט (יום הולדתו ה-82), וב-30 באוגוסט נערך לו טקס אשכבה מקומי בכנסייה הבפטיסטית של פיניקס הצפונית. ב-31 באוגוסט הוטסה גווייתו אל וושינגטון די. סי. ושם ארונו הוצב פעם נוספת ברוטונדה של הקפיטול האמריקאי, ויום אחר כך, ב-1 בספטמבר, נערך לו טקס אשכבה לאומי בקתדרלה הלאומית של וושינגטון. אמנם במשך שנים רבות השתייך אל הכנסייה האפיסקופלית, אך ב-17 השנים שקדמו למותו השתייך אל הכנסייה הבפטיסטית הדרומית. הוא נקבר בבית הקברות של האקדמיה הימית של ארצות הברית באנפוליס שבמרילנד ב-2 בספטמבר, ליד קברו של מי שהיה עמיתו לכיתה באקדמיה הימית וחבר אמת במהלך החיים, האדמירל צ'ארלס לארסון . לפני מותו ביקש מקיין שייספד בידי הנשיאים לשעבר ג'ורג' ווקר בוש וברק אובמה, בעוד שביקש שהנשיא המכהן דונלד טראמפ לא יגיע לאף אחד מטקסי אשכבותיו, כנ"ל לגבי מי שהייתה מושלת אלסקה ועמיתתו למרוץ בבחירות 2008 לנשיאות, שרה פיילין. מקיין עצמו תכנן את סידורי הקבורה ובחר את מי שנשאו את ארון קבורתו בטקס האשכבה בוושינגטון, בהם סגן הנשיא לשעבר ג'ו ביידן, הסנאטור לשעבר ראס פיינגולד, מזכיר ההגנה לשעבר ויליאם כהן, הקולנוען וורן בייטי והדיסידנט הרוסי ולדימיר קארה-מורזה.
מנהיגים זרים רבים השתתפו בטקס אשכבתו הלאומי של מקיין בוושינגטון הבירה. בין המנהיגים ניתן למנות את מזכ"ל ארגון האמנה הצפון-אטלנטית ינס סטולטנברג, נשיא אוקראינה פטרו פורושנקו, נשיא הפרלמנט של טאיוואן סו ג'יה-צ'יואן, שר ההגנה של קנדה רג'יט סאג'ן (Harjit Sajjan), שרי החוץ וההגנה של אסטוניה יורי לואיק וסוון מיקסר בהתאמה, שר החוץ של ליטא לינאס לינקביציוס (Linas Linkevičius), שר החוץ של לטביה אדגארס רינקביצ'ס, ושר החוץ של ערב הסעודית עאדל אל-ג'ובייר.
עם מותו של מקיין, היה על דאג דוסי, מושל אריזונה, למנות מחליף למקיין בסנאט עד לקיום הבחירות המיוחדות לסנאט באריזונה ב-2020 ושישלים את שארית כהונתו השישית של מקיין בסנאט, אשר הייתה אמורה להסתיים בינואר 2023. דוסי החליט למנות את ג'ון קייל, שכבר כיהן בעבר כסנאטור מטעם אריזונה, להחליף את מקיין בסנאט עד 2020. על פי חוקי אריזונה, על מחליפו של מקיין להיות חבר במפלגתו של הסנאטור המנוח - המפלגה הרפובליקנית. השערות של העיתונות על מועמדים פוטנציאליים להחלפת מקיין בסנאט כללו את אלמנתו סינדי, הסנאטור לשעבר קייל, ושני חברים לשעבר בבית הנבחרים של ארצות הברית מטעם אריזונה מאט סלמון וג'ון שאדג. דוסי אמר שיקיים פגישות רשמיות בנדון רק אחרי טקס האשכבה וקבורתו של מקיין, וב-4 בספטמבר, יומיים לאחר שנטמן מקיין באקדמיה הימית, מינה דוסי את קייל למלא את מקומו של מקיין.
תגובות על מותו.
עם היוודע דבר מותו של מקיין הביעו אישים ומנהיגים רבים בארצות הברית ובעולם את צערם ושלחו את תנחומיהם למשפחתו. ביניהם כל נשיאי ארצות הברית לשעבר שנותרו בחיים: ג'ימי קרטר, ג'ורג' הרברט ווקר בוש, ביל קלינטון, ג'ורג' ווקר בוש, וברק אובמה, חברי קונגרס רבים, ומנהיגים מרחבי העולם.
הנשיא דונלד טראמפ, אשר היה ידוע ביחסיו העכורים עם מקיין, הביע תנחומים למשפחתו של מקיין באופן כללי, אולם ברשומה שפרסם ברשת החברתית "טוויטר" לא כתב דבר על מקיין עצמו, ודחה את כוונות הבית הלבן לשחרר הצהרת תנחומים המשבחת את חייו ופועלו של מקיין, בנוסף, דגל ארצות הברית אשר התנוסס על גג הבית הלבן ושהורד לחצי התורן ביום מותו של מקיין (25 באוגוסט), הועלה חזרה לראש התורן בהוראתו של טראמפ בחצות יום ה-27 באוגוסט. הנשיא טראמפ אמר כי הסיקור התקשורתי על מותו של מקיין מופרז בהתחשב בכך שמקיין מעולם לא היה נשיא ארצות הברית. בניגוד להחלטה הראשונית של הבית הלבן, מושלים רבים, דמוקרטים ורפובליקנים כאחד, הורו להוריד את דגלי ארצות הברית במדינותיהם לחצי התורן עד לקבורת מקיין. מנהיגי הרוב והמיעוט בסנאט, מיץ' מקונל וצ'אק שומר בהתאמה, ביקשו את תמיכת מחלקת ההגנה של ארצות הברית בבקשתם להוריד את כל דגלי ארצות הברית המתנוססים על מבנים ממשלתיים ציבורים לחצי התורן. בבית הלבן התרככו בעקבות הביקורות הציבוריות הנוקבות והשיבו את הדגל לחצי התורן ב-27 באוגוסט, בעוד הנשיא טראמפ פרסם באיחור הצהרה בה הוא משבח את שירותו של מקיין למען המדינה, וחתם על צו נשיאותי שהורה להוריד את כל דגלי ארצות הברית לחצי התורן עד לקבורתו של מקיין.
לאחר מותו העניק לו ב-2022 הנשיא ג'ו ביידן את מדליית החירות הנשיאותית.
חייו האישיים.
מקיין נישא לראשונה ב-1965 לקרול שֶפּ. מקיין הכיר את שפ עוד בתקופת לימודיו באקדמיה של הצי באנפוליס בשנות החמישים, כשהיא הייתה בת זוגו של חניך אחר מכיתתו של מקיין, לו היא נשאה. מקיין פגש אותה שוב כשהיה מוצב בבסיס בפלורידה. באותה תקופה היא כבר התגרשה מבעלה הראשון, שממנו היו לה שני ילדים, ועבדה כדוגמנית מסלול ובגדי-ים. אחרי הנישואין אימץ מקיין את שני ילדיה מנישואיה הראשונים, וב-1966 נולדה להם בת משותפת, סידני. אולם שנה לאחר מכן נפל מקיין בשבי, ובני הזוג לא התראו למשך חמש שנים וחצי.
ב-1969, במהלך שהותו של ג'ון מקיין בשבי, קרול נפצעה קשה בתאונת דרכים שהותירה אותה עם רגלים מרוסקות, אגן שבור, וצלקות בפניה, ודרשה שיקום ממושך. קרול מקיין הסתירה מבעלה את פציעתה במשך היותו בשבי, לא הזכירה אותה במכתביה אליו, ודאגה כי הדבר לא יפורסם בכלי התקשורת, על מנת לא לפגוע במוראל שלו, והדבר נודע לו רק כששוחרר ב-1973. גם מקיין סבל ממצב בריאותי רעוע, ועבר טיפולים נגד סרטן העור ששב והופיע אצלו ב-1993, ב-2000 וב-2002. כמו כן סבל מפציעות שנגרמו לו בעת נפילתו בשבי, ולא טופלו כיאות. כך למשל לא היה מסוגל להרים את ידיו מעבר לגובה הכתפיים.
את אשתו השנייה, סינדי הנסלי הצעירה ממנו בכ-18 שנה, פגש מקיין במסיבת קוקטייל בהוואי באפריל 1979 כשהוא היה, במסגרת תפקידו כקצין קישור של הצי לסנאט, חלק ממשלחת של הסנאט בדרכה לסין, והיא הייתה בחופשה עם הוריה. הם התאהבו מיידית, והחלו ברומן אינטנסיבי שכלל טיסות הדדיות רבות בין וושינגטון לאריזונה. באותו תקופה הוא עדיין היה נשוי לקרול, וחי איתה. הוא הגיש בקשה לגירושים בפברואר 1980 והגירושים נכנסו לתוקף באפריל. כחמישה שבועות לאחר מכן הוא נישא מחדש לסינדי. בהסכם הגירושים ניתנה לקרול המשמורת על הילדים, ומקיין היה נדיב מבחינת חלוקת הרכוש והממון. מקיין כתב באוטוביוגרפיה שלו מ-2002 שפירוד ממושך כמו זה שנכפה עליו ועל קרול כשהיה בשבי גורם לקשיים בזוגיות, אך הוא מייחס את התמוטטות הנישואין שלו לאנוכיות שלו עצמו, ולחוסר הבגרות שלו יותר מאשר למלחמה בווייטנאם; קרול, בראיון נדיר ב-1995, אמרה: "התפרקות נישואינו לא נגרמה בגלל התאונה שלי או וייטנאם. אינני יודעת אם זה לא היה מתרחק אילולי ג'ון היה בשבי. יותר מכל, אני מייחסת את זה לכך שג'ון היה בן 40, ורצה להיות שוב בן 25".
בעקבות נישואיו לסינדי עבר מקיין, שכבן למשפחה של אנשי צבא ואיש צבא בעצמו למעשה לא היה לו מקום מגורים קבוע, לאריזונה, שם התגורר עד מותו. בניגוד למשפחות רבות של חברי קונגרס הם לא השתקעו בוושינגטון לאורך זמן. סינדי עד מהרה החליטה לחזור לחיות באריזונה, וג'ון נהג לחזור כל סוף שבוע מוושינגטון. אחרי כמה הפלות שסינדי עברה, נולדו לבני הזוג בין 1984 ל-1988 שלושה ילדים. סינדי היא היורשת של אחת מחברות ההפצה הגדולות של אנהאוזר-בוש. בני הזוג ניהלו את עסקיהם הכספיים בנפרד, אך ג'ון מקיין השתמש לא פעם בהונה של אשתו לצורך מימון מסעות הבחירות שלו. במשך שנים רבות סינדי נמנעה מלהיכנס לעסקי החברה המשפחתית, והמשיכה לעסוק בתחום החינוך המיוחד שבו יש לה תואר שני. ב-1988 ייסדה ארגון התנדבותי שארגן משלחות סיוע רפואיות והקים בתי חולים שדה באזורי אסון במדינות העולם השלישי. ב-1991 כשהייתה במשלחת בבנגלדש בעקבות סופת ציקלון שפגעה במדינה, פגשה בבית היתומים של האם תרזה בשתי יתומות שנזקקו לסיוע רפואי בארצות הברית. היא הביאה אותן איתה, ובני הזוג מקיין אימצו אחת מהן (השנייה אומצה על ידי זוג חברים שלהם).