במחצית המאה ה-13 נכבשה ארץ ישראל על ידי הממלוכים, וכמאה שנה לאחר מכן הם חוללו בירושלים שינוי טופוגרפי יוצא דופן: הממלוכים החליטו להגביה את מפלס הגיא, כדי לאפשר למאמינים המוסלמים גישה ישירה להר הבית מבלי להידחק לגשר אחד, או לחצות את הגיא. לשם כך בנו קמרונות ועמודים ועליהם יצרו משטח מוגבה, שהביא לחיבור הגבעה המזרחית עם הגבעה המערבית. מבני ציבור ממלוכיים גדולים, שנבנו עתה בתחומי הגיא, הוגבהו על ידי יסודות תמך ענקיים, שפתחם היה בגובה מפלס החיים החדש. עם "קבורת" הגיא מתחת למפלס העיר נקברו עמו גם המבנים הרבים ששכנו בו עד אז, וחלק מהם אף הפכו לבורות מים או למחסנים. לאחר פילוס פני השטח, יצרו הממלוכים פתחים רבים בכותל המערבי והצפוני של הר הבית, שאפשרו גישה מהירה ונוחה אליו. פתחים אלה קיימים עד היום כשערי הר הבית, בהם שער השלשלת, שער מוכרי הכותנה, שער הברזל, שער המשגיח, ועוד.
חלק זה של ירושלים הפך אפוא לבעל שני מפלסים: זה הנראה לעין וזה התת-קרקעי. מנהרות הכותל נמצאות במפלס התת-קרקעי, ועוברות מתחת לקמרונות הממלוכיים ודרך המבנים שנקברו עם הגבהת העיר.
תולדות מחקר האתר.
החללים המהווים את מנהרות הכותל החלו להיחקר כבר במאה ה-19 על ידי ארכאולוגים בריטיים, דוגמת צ'ארלס וורן וצ'ארלס וילסון. הם חשפו פריטי מבנים, בעיקר מתקופת בית שני, שנקראו על שמם ושולבו בהמשך במנהרות, כמו 'קשת וילסון' ו'שער וורן'.
למרות הצלחותיהם, התקשו חוקרי המאה ה-19 להתמיד בחפירה מסודרת וסטרטיגרפית, עקב קשיים רבים שהערים עליהם השלטון העות'מאני המוסלמי, כמתואר בספרו של צ'ארלס וורן, Underground Jerusalem.
פעילות המחקר בחללי מנהרות הכותל פסקה כליל עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, ולא חודשה לכל אורך תקופת המנדט הבריטי. גם ב-19 השנים שבהן שלטה ירדן על העיר העתיקה, בין 1948–1967, לא חודשה פעילות המחקר, הפעילות התחדשה לאחר מלחמת ששת הימים, כשהעיר העתיקה עברה לידי מדינת ישראל.
ממשלת ישראל הורתה על חידוש החפירות בעיר העתיקה כולה, ובין היתר הוחלט על חידוש החפירות בחללים התת-קרקעיים הצמודים להר הבית ממערב, במטרה לחשוף את הכותל המערבי לכל אורכו. משרד הדתות ניהל את החפירה בשיתוף עם רשות העתיקות במשך כמעט שני עשורים, במהלכם נוקו החללים ופונו מעפר ואשפה שמילאו אותם במשך דורות. החפירות בשנות ה-60 עד שנות ה-90 נעשו בפיקוח חלקי של רשות העתיקות, אולם לא היו חפירה ארכאולוגית מקצועית. בחפירות נתגלו פרטים חדשים או בלתי ידועים על ההיסטוריה ועל הגאוגרפיה של מתחם הר הבית לדורותיו, נתבררו עובדות לא ידועות על תהליכי הבנייה ונחשפו אתרים עלומים וממצאים ארכאולוגיים חשובים. כמה בורות מים, ששימשו את בתי הרובע המוסלמי שמעל, הולאמו לטובת פיתוח האתר, אולם בחלק העיקרי בו בתי הרובע המוסלמי נושקים ממש לכותל, נחצבה רק מנהרה צרה לאורך הכותל, כדי למנוע כמה שאפשר פגיעה ברווחת יושבי המקום.
בשנות ה-80 הוסדר האתר לביקורי קהל, ומאז ועד ימינו הוא מנוהל על ידי "הקרן למורשת הכותל". מדי שנה נערכות באתר חפירות נוספות, המוכיחות כי עדיין רב הנסתר על הגלוי. עד שנת 2007 נערכו החפירות בניהולו של דן בהט. בשנת 2007 עבר הניהול לידי אלכסנדר און ומשנת 2012 מנוהלות החפירות בידי חיים ברבה.
מבנים במתחם המנהרות.
מנהרות הכותל מורכבות, כאמור, מחללים רבים מתקופות שונות. הרשימה שלהלן מסודרת באופן כרונולוגי, מהממצא הקדום ביותר ועד לחדש ביותר.
התעלה החשמונאית.
בקצה הצפוני של מנהרות הכותל עוברת תעלת מים, המתוארכת לימי שלטון החשמונאים לפני כאלפיים שנה. אורך התעלה הוא כ-80 מטרים; רוחבה הוא כ-1.2 מטרים, ושיא גובהה מגיע ל-12 מטר. התעלה מחופה בלוחות אבן מקוריים, שאפשרו את תחזוקתה ופתיחתה לצורך ניקוי ופתיחת סתימות. ההשערה היא כי התעלה נוצרה לניקוז מי גשם והובלתם להר הבית ולמצודת ה'בירה' (באריס) החשמונאית.
בתקופה החשמונאית היה מתחם הר הבית קטן למדי, והוא הורחב על ידי המלך הורדוס. ההרחבה הוציאה את התעלה החשמונאית מכלל שימוש, כאשר הכותל המערבי החדש חתך אותה. כדי שהמים הגואים לא יציפו את הולכי הרגל ברחוב שמחוץ לכותל המערבי, יצר הורדוס בריכה עמוקה בחלקה הצפוני של התעלה (להלן) וכן בנה סכר קטן בהמשכה, למקרה בו בכל זאת יזלגו המים הלאה. הבריכה שימשה את חיילי המשמר, ששהו במצודת האנטוניה, שבנה הורדוס בפינה הצפונית-מערבית של הר הבית.
התעלה החשמונאית נחקרה לראשונה בידי החוקר הבריטי צ'ארלס וילסון בשנת 1864, ואחריו בידי צ'ארלס וורן ואחרים. וורן תיאר את המסע הלילי שעשה באישון לילה על דלת עץ ישנה על גבי השפכים והביוב שמילאו בימיו את התעלה. התעלה נחקרה שוב ונוקתה בחפירות משרד הדתות בשנת 1985. למרות זאת היא לא נפתחה לביקורי קהל, מאחר שלמבקרים לא הייתה דרך לצאת החוצה מצדה השני, דבר שעלול היה ליצור "פקק". רק ב-1996, עם פריצת היציאה בקצה הצפוני של מנהרות הכותל, הפכה התעלה לחלק אינטגרלי מהביקור במקום.
בריכת הסטרותיון.
הבריכה שהקים הורדוס במטרה למנוע את הצפת הרחוב במי התעלה החשמונאית, נקראת בשם 'סטרותיון', שפירושה 'עפרוני'. שם זה ניתן לה בשל מידותיה הקטנות יחסית (15X53 מטרים), בהשוואה לבריכות המים הגדולות בעיר. הבריכה שולבה בתוך החפיר שהקיף את מצודת האנטוניה, ושימשה, כאמור, את החיילים שבמצודה. בשנת 135 קירה אדריאנוס את החפיר, במטרה להקים במקום פורום ושער ניצחון. בריכת הסטרותיון קורתה בשני קמרונות ארוכים ומקבילים והפכה למאגר תת-קרקעי.
ברבות השנים השתנו פניה של ירושלים: קשת הניצחון ההרוסה למחצה שולבה במאה ה-19 במנזר האחיות ציון, ובריכת הסטרותיון שולבה במרתפו. כאשר חקר צ'ארלס וורן את החללים שליד הר הבית, הוא גילה שניתן להגיע למרתף המנזר דרך התעלה החשמונאית ובריכת הסטרותיון. הנזירות, שחששו מפולשים לא רצויים, הקימו קיר אבנים לחסימת המעבר. בעקבות כך נראים היום רק שלושה רבעים מן הבריכה במרתף המנזר, ואילו הרבע הנוסף נראה מהצד השני, כחלק ממנהרות הכותל. במסגרת תוכנית פיתוח של המנהרות, נוקתה הבריכה עד קרקעיתה, ושביל עץ נבנה מעליה.
שער וורן.
שער וורן שוכן בהמשך הכותל, כשלושים מטרים צפונית לקשת וילסון. שער זה היה הקרוב ביותר לקודש הקודשים, והוא נחשף על ידי צ'ארלס וורן כבר במאה ה-19. על פי השערתם של אלחנן ריינר ושל ארכאולוג המנהרות, דן בהט, השער שימש בתקופה המוסלמית הראשונה כבית כנסת עבור הקהילה היהודית הקטנה שחיה אז בירושלים. הם מזהים אותו עם 'בית כנסת המערה', המופיע במכתבים מן הגניזה הקהירית. בימי ממלכת ירושלים גורשו היהודים מירושלים, וחלל שער וורן הפך לבור מים, לאחר שהצלבנים הטמפלרים ששכנו בהר הבית תחמו אותו בקירות עבים ומטויחים משני צדיו. עם הגבהת מפלס הגיא בידי הממלוכים נעלם השער לגמרי ונותר חסום.
במהלך חפירות משרד הדתות, בשנת 1981, נפרץ חלקו העליון של הקיר הצלבני, במטרה לחקור את חלל הבור. פריצת השער חוללה מהומה פוליטית, כאשר הווקף טען כי ישראל מנסה לחדור להר הבית מתחת לאדמה. במשך חודש אחד בלבד היה שער וורן פתוח, עד שהוחלט ליצור הפרדה ברורה בין מנהרות הכותל להר הבית, והקיר נסתם מחדש. הקיר החוסם היום את השער מורכב אפוא משתי תקופות: מחציתו התחתונה בת 900 שנה, ואילו מחציתו העליונה רק בת כמה עשורים.
לזכר 'בית כנסת המערה' הקים הרב מאיר יהודה גץ, ששימש אז כרב הכותל, בית כנסת ארוך וצר השוכן על מרפסת מוגבהת מול שער וורן. בית כנסת זה נקרא על שמו של הרב גץ, והכניסה אליו אפשרית רק דרך מנהרות הכותל.
האולם ההרודיאני.
באחד המפלסים העמוקים ביותר במנהרות הכותל, מתחת לשרידי הגשר הגדול, נתגלה אולם רחב ממדים, שתוארך לשלהי תקופת הבית השני. צורתו של האולם אינה רגולרית והוא כלל מספר אגפים. הכניסה לאולם עוברת דרך שער מרובע כפול, הדומה להפליא לחלק משערי הר הבית. האולם מוקף בחלקו בכרכוב היקפי בגובה של כמטר מהרצפה, וקירותיו עשויים אבני גזית. סביב האולם נראות כמה אומנות דבוקות, ובפינה הצפונית-מזרחית נתגלתה כותרת קורינתית, שרק חלקה התחתון שרד. במהלך החפירות נתגלו באולם אבני בליסטראות, שחלקן מוצג בוויטרינות שקועות בקירות האולם. אבנים אלו מעידות על הקרבות שהתחוללו במקום בימי המרד הגדול.
את האולם חשף לראשונה הארכאולוג צ'ארלס וורן במאה ה-19, ותיארך אותו בתחילה לתקופה החשמונאית. רק בהמשך תיקן וורן את הזיהוי, בשל סגנון האבנים הגדולות והמסותתות, עם סגנון הבנייה האופייני למלך הורדוס. במיוחד בולטת לעין הפינה חיצונית של האולם (מימין לכניסה אליו), הבנויה באופן זהה כמעט לכותלי הר הבית, למערת המכפלה בחברון ולמבצר באלוני ממרא שליד חברון. סיתות האבנים, הכולל "בטן" מוחלקת וסיתות שוליים כפול, מזוהה אצל רוב החוקרים כסיתות הרודיאני מובהק. היו שאף הציעו לזהות את האולם כמקום שמכונה "חנויות", שבו ישבה הסנהדרין לאחר שגלתה מלשכת הגזית שעל הר הבית. מיקומו של האולם בלב ירושלים, בתחתית הטירופיאון, הביא לשימוש רציף בו גם לאחר חורבן המקדש, עד ימי הביניים. הוא שופץ בידי הביזנטים, ונראה כי העמוד הניצב היום במרכזו הועמד שם בתקופה זו, על מנת לתמוך בתקרתו המקומרת. האולם יצא מכלל שימוש לאחר כיסוי הטירופיאון בידי הממלוכים, והוא כוסה בתקרה מקומרת ששימשה לתמיכת הבתים החדשים במפלס העליון.
בחפירות ארכאולוגיות שנערכו סביב האולם בשנים האחרונות התגלו שני אגפים נוספים של המבנה. הסתבר כי קירו הצפוני של האולם בנוי בצורת מיאנדר ומאחוריו התגלה בור מים. באגף המרכזי נתגלו שלוש כותרות קורינתיות באתרן, ובמרכזן חור, המלמד ככל הנראה על שימושו של האולם כנימפאון.
המחצבה.