תהליכי שבירה אינטנסיביים, שקיעת גושים בין שברים ולחלופין התרוממות גושים בין השברים עיצבו יותר מכול את נופי אגן הגעתון.
אגן הגעתון הוא הומוגני מבחינה מורפולוגית-נופית. ראוי לציין את הקשר בין הטקטוניקה למערכת הדרכים: בקעת הגעתון שימשה כבר בימי קדם פרוזדור מעבר טבעי אל מישור החוף.
תמונתו הנופית הכללית של אגן הגעתון היא של רמה, הנטויה בשיפוע מתון ורצוף מערבה - אל מישור החוף. נטייה זו היא פרי הרמת השוליים המזרחיים של הגליל המערבי מעל בקע פקיעין, וההטיה של כל האזור למערב. השתפלות השטח מרום של 600 מ' לערך במזרח, ועד לגובה מישור החוף במערב, היא מתונה ורציפה. למעשה אין "נפילה" טופוגרפית מההר אל מישור חוף הגליל, אלא ירידה טופוגרפית מתונה של השטח עד מישור החוף. בכך שונה נוף הגליל המערבי מנוף הרי ירושלים, הצונחים במדרגת כפיפה חריפה אל השפלה. בגליל המערבי אין בעצם מדרגת מעבר מההר אל המישור. כביש נהריה-צמת-כברי-מעלות, ממחיש היטב את העובדה הזאת.
שברים ענקיים, ממזרח למערב, התוו את מהלכו של נחל הגעתון. השלוחות שבין עמק הגעתון שומרות על קווי הרכס השטוחים של רמת הגליל המערבי.
לשברים האלה, שהם כה דומיננטיים בעיצובו של הגליל המערבי, מצטרף גורם נוסף - ליתולוגי - התורם לעיצוב הנוף: המסלע של האגן הוא ברובו גיר קשה הנחשף לתהליכי ההמסה, וכיוון שכמות המשקעים באגן היא רבה יחסית (מעל 640 מ"מ בשנה) התפתחו כאן נופים קרסטיים מרשימים: נופי טרשונים מן היפים בארץ, מערות נטיפים ומערות המסה רבות, עמקים קרסטיים – דולינות, מעיינות קרסטיים הנובעים ממחילות המסה ועוד.
ישנם כמה אזורים שבהם נותר מסלע קרטוני רך על פני השטח, ובולט בהם נוף של גבעות מעוגלות ועמקים רחבים ביניהן: כזהו נופו של אזור תרשיחא-מעונה שבמזרח האגן. בנוף זה נוצרו גם מדרגות טבעיות בשל התמוטטויות קרקע וגלישות קרקע, בעקבות התרופפות כוח האחיזה של הסלע עם ספיחת המשקעים הרבים.
קווי ההעתק הגדולים סייעו להתחתרותו של נחל הגעתון.
לאפיק הגעתון עומק ניכר ומהלכו ישר, ללא פיתולים חדים ותפניות - תוצאת מהלכו לאורך קווי השבירה.
קרקעות.
אופי הקרקע באגן הגעתון מושפע בעיקר מסלע האם, שהוא סלע משקע פחמתי - גיר, דולומיט, קירטון וחוואר. מקור נוסף לחומר שבקרקע הוא אבק חרסיתי, אך הוא אינו נפוץ בשל המרחק הרב מהמדבר. קצב הבלייה, מידת השטיפה (של גיר וחומרים נוספים הנשטפים מסלעי האב) ומידת הסחיפה משפיעים גם הם על תכונות הקרקע. באגן, בליית הסלעים היא בעיקרה בלייה כימית עקב כמות המשקעים הרבה. השטיפה על ידי המים מרחיקה לעיתים קרובות את כל המרכיב הגירי.
קרקע טרה-רוסה היא הקרקע השכיחה ביותר באזור ההררי של האגן והיא מכסה את סלעי הגיר והדולומיט, צבעה אדום או חום והיא חרסיתית, חסרת או מעוטת גיר (על אף שנוצרה על גבי סלעי דולומיט וגיר), לרוב רדודה אם כי יכולה להיות עמוקה יותר בכיסים וסדקים. באזור שקע מעלות תרשיחא בו מחשופי קירטון וחוואר נוצרות קרקעות רנזדינה המתחלקות לשניים: בשולי העמק נמצאות רנדזינות בהירות, בהן גודל הגרגר גדול יותר והן מכילות גיר ובמרכז השקע נמצאות רנדזינות חומות הנוצרות על גבי קירטון קשה או נארי ויכולות להיות גם חסרות גיר. לרגלי המדרונות, במפתחי הגאיות ובתחתית האגן, סמוך לחוף נהריה, מתפתחות קרקעות קולוביות-אלוביות המכילות אבנים וצרורות רבים. קרקעות אלו נוצרות מבלייה של חומר מדרוני ומסחף של קרקעות ההרים שמעליהן. לאורך רכס הכורכר, בשולי המדרונות ובחלקו ההררי התחתון של נחל געתון נוצרים גרומוסולים שהם קרקעות חרסיתיות עמוקות שמקורן בסחף דק גרגר. בגרומוסולים מתרחש לרוב ערבוב אנכי של הקרקע - סדוק בעונת היובש ולאחר מכן חלחול חומרים מלמעלה בעונת הגשמים. עקב ההשתנות הרבה של סוגי הקרקעות במרחב פותח המושג “חבורת קרקעות”. חבורה כוללת בדרך כלל צירוף של מספר סוגי קרקע המופיעים בסמוך זה לזה, באופן החוזר על עצמו בתנאי אקלים מסוימים ועל גבי מסלע דומה. בין הסוגים של אותה החבורה יש לעיתים קשר של מוצא - למשל קרקע אחת שהתפתחה על גבי סחף של קרקע אחרת, צירוף זה יחזור על עצמו כשהסוג האחד נמצא על הגבעות והסוג השני למרגלות הגבעות.
הידרולוגיה.
מבחינה הידרולוגית, ניתן לחלק את הנחל לשלושה מקטעים בהתאם לקיבולת הנחל או נפחי המים הזורמים בו:
1. קטע הנחל העליון מהר מעונה ועד תחילת מעיינות הגעתון. כאן אפיק הנחל הוא אכזב, והופך לאיתן רק במהלך חודשי החורף, עת שהוא הופך לנקז הטבעי של האזור ההררי.
2. קטע הנחל האמצעי מעיינות הגעתון ועד עיינות כברי. קטע זה מכיל את עיינות געתון (עין מירב, עין אשחר ועין מבוע):
3. קטע הנחל התחתון מכביש 70 ועד הים, הכולל את עינות כברי (עין צוף, עין השיירה, עין גיח, ועין שפע):
בסה"כ תרמו מעיינות כברי, כ־8.8 מיליון מ"ק בשנה. מה שהופך את מעיינות כברי למקור המים המרכזי של נחל הגעתון.
מעיינות כברי נובעים לאורך קו שבר באורך כ־5 ק”מ מצפון-מזרח לדרום-מערב. מקור המים הוא בשתי אקוות, שבאזור זה אין ביניהן חציצה. כתוצאה מהשפעת האקווה העליונה, שפיעת המעיינות גוברת ימים מעטים אחרי הגשמים, ואילו האקווה התחתונה, שמקור מימיה עמוק יותר, מבטיחה יציבות בשפיעת המעיינות בקיץ ובסתיו. מעל שלושת המעיינות עין שפע, עין צוף ועין גיח, נבנו ברכות אגירה שהתמלאו בשל הלחץ הארטזי. אלו הן ברכות הרמה – מתקן ייחודי לארץ ישראל ובולט במיוחד בגליל המערבי בין עכו וצור. מפלס המים הגבוה בברכות אפשר הפעלת טחנות קמח, כאשר עין שפע בלבד הזין שש טחנות קמח שסביר כי חלקן נבנה על יסודות טחנות עתיקות.
מצב המים ואיכותם.
עיינות הגעתון ועיינות כברי נתפסו בשנות ה–50 למטרת אספקת מי שתייה לתושבי הגליל המערבי, ולמעשה בעשרות השנים האחרונות זרמו בנחל מי גשמים בלבד. כתוצאה מזיהום חמור שהתגלה במי עיינות כברי, בעיינות געתון, ובעין זיו בשנת 2006, הופסקה השאיבה של עיינות געתון, וכיום מי המעיינות משוחררים לזרימה חופשית בנחל. בעקבות רצף השנים השחונות המעיינות שופעים רק מספר חודשים בשנה, ובחודשי הקיץ והסתיו הם יבשים. המים מעיינות כברי שימשו בעבר לשתייה, אולם בשנים האחרונות, בגלל זיהום שהתגלה באקוויפר, לא ניתן היה להשתמש במים לשתייה, והם משמשים לחקלאות. לעיתים משוחררים עודפי מים לנחל ומתקיימת זרימה בהיקפים משתנים בחלקו התחתון של הנחל.
צומח.
האזורים הנמוכים (0–200 מ’ מעל פני הים) מאופיינים בצומח מעוצה בגובה נמוך ובצפיפות דלילה יחסית (שיחים ובני שיחים) עם מעט עצים הפזורים במרחקים גדולים זה מזה בעוד האזורים הגבוהים (200–507 מ’ מעל פני הים) מאופיינים בחורש בצפיפות משתנה.
מכיוון שתוואי הגעתון זורם ממזרח למערב, ניכרת השפעת המפנים היטב, בעיקר באזור ההררי. במפנים הצפוניים התפתח וריאנט מזופילי המאופיין בחורש צפוף הדורש תנאי לחות טובים ומתחתיו תת-יער, אשר עם השנים, הולך ונעלם בעקבות הצטופפות והתגבהות של עצי החורש, במקביל מופיעים מינים חובבי צל. לעומת זאת במפנים הדרומיים מופיע חורש בצפיפות דלילה או בינונית עם שיחים ובני שיח.
במרבית האזורים הטבעיים המכוסים בסלעי גיר או דולומיט התפתחה קרקע טרה רוסה פורייה כך שאופי הצומח אחיד בקירוב במרבית האזורים ההרריים, פרט למספר אזורים מיוחדים בהם יש לקרקע השפעה שונה על הצומח כגון המצע הקירטוני אשר נמצא בשקע מעלות ובשיפולי ההרים לכוון במישור. על מצע זה מתפתח צומח ייחודי של בתות ושיחיות עם מינים המאפיינים מצע קירטוני כמו לוטם שעיר ומרווני, לטמית ערבית, געדה כרתית, צתרה ורודה וכו’, בעוד עצים ים תיכוניים כמעט ואינם מופיעים.
לאורך חוף הים ולרצועה של עד 100–400 מ’ מקו החוף קיים צומח ייחודי של חוף ים על מצע של קרקעת גרומוסול וחול.
מפתח נחל געתון, באזור צומת געתון התפתחה קרקע ייחודית של מצע של סחף נחלים עליה התפתחו יערות דלילים של חרוב מצוי.
חברת הצומח הנפוצה ביותר באגן היא חברת אלון מצוי אשר מתלווים אליו מיני עצים שונים שהעיקריים שבהם: חרוב מצוי, בר זית בינוני, אלה א”י, ער אציל, קטלב מצוי, ואלון תולע, שלושת האחרונים אופייניים לאזורים הגבוהים של האגן. השיחים המלווים העיקריים הם: קידה שעירה, אלת המסטיק, לוטם שעיר ומרווני, אשחר מנוקד וא”י, מרווה משולשת ואשבל מופסק. אזורים אשר עברו פגיעה משמעותית כגון שרפה או רעיית יתר מאופיינים בהתכסות מהירה וצפופה של סירה קוצנית וקידה שעירה. למעשה אלו שני המינים הנפוצים ביותר באגן ביחד עם אלון מצוי. הדינמיקה של התפתחות הצומח באגן הגעתון מהירה ביותר עקב המשקעים הרבים ותנאי הגידול הטובים. משך הזמן של התאוששות הצומח בשטחים שעברו הפרה משמעותית כמו חקלאות או שרפה עומד על 15–30 שנים בהתאם לתנאי קרקע מסלע, אם כי באזורים בהם קיימת רעייה חזקה, היא גורמת להאטה של תהליך זה ולהתבססות מינים שאינם נאכלים ע”י צאן ובקר כמו סירה קוצנית, קידה שעירה, לבנה רפואי ואלת המסטיק בעוד מינים כמו אלון מצוי, אלון תולע ובר זית בינוני מתמעטים. חברות צומח הראויות להתייחסות הן חברת חרוב מצוי-אלת מסטיק אשר מתפתחות על גבי נארי (קרטון), חברת אלון מצויער אציל המתפתחת בעיקר על גבי גיר קרסטי.