ב-1653 פרץ מרד איכרים בלוצרן ברן זולותורן ובזל בשל הפחתת שער המטבע. על אף שהניצחון הסופי היה לרשויות, הביא המרד לרפורמה במיסים, ובטווח הארוך מנע התפתחות של משטר אבסולוטי שהיה נהוג אז באירופה. המתחים הבין דתיים שבו ופרצו מעת לעת, כגון בקרב וילמרגן הראשון ב-1656 וקרב וילמרגן השני ב-1712. ב-1712 ברן וציריך ניצלו ויכוח בין סנט גאלן ונתיניו הפרוטסטנטים של הקנטון, בעיר טוגנבורג. המלחמה שפרצה, שכונתה "מלחמת טוגנבורג" או "קרב וילמרגן השני", מכיוון שהקרב המכריע בה ניטש ליד וילמרגן, הביאה לניצחונם של הפרוטסטנטים, ששם קץ להגמוניה הקתולית בשווייץ, לפחות עד לשנת 1847, בה פרצה "מלחמת הזונדרבונד", שהייתה אף היא, בחלקה, על רקע דתי.
תקופה זו, שהתאפיינה בעיקר בשלווה, הוציאה את שמה של שווייץ באירופה כמקום מקלט ומפלט. תעשיית השעונים התפתחה, והאווירה הביאה להתפתחותם של אנשי שם בתחומי הרוח והמדע כפילוסוף המדיני והמחנך ז'אן-ז'אק רוסו, משפחת המתמטיקאים ברנולי, שהוציאה מתוכה את דניאל ברנולי, יוהאן ברנולי ויאקוב ברנולי, המתמטיקאי לאונרד אוילר, המנהיג המהפכני ז'אן-פול מארה, ורבים אחרים.
הרפובליקה ההלווטית ותקופת נפוליון.
תקופת המהפכה הצרפתית החלה עבור השווייצרים בתקרית חמורה שהטילה את צילה על שווייץ. ההמון המוסת שכבש את גני הטיולרי, ב-10 באוגוסט 1792, מצא שם את שומרי ראשו השווייצרים של לואי ה-16 והרג אותם עד האחרון שבהם. אירוע זה הונצח בפסלו המפורסם של הפסל ברטל תורוואלסן, המוצב בלוצרן המראה אריה פצוע פצעי מוות, גוסס, כשהוא שומר על סמליו השבורים של בית המלוכה הצרפתי.
על אף הזעזוע ממעשה הטבח, ניסתה שווייץ בתחילה שלא להיות מעורבת בנעשה בשכנתה הקרובה, צרפת, אך במהלך מלחמות המהפכה הצרפתית, גלשו צבאות צרפת למזרח, והקיפו את שווייץ מכל צידיה בדרכם אל אוסטריה. ב-5 במרץ 1798 נכבשה שווייץ כולה, והמשטר הישן התמוטט. ב-12 באפריל 1798 הוכרזה "הרפובליקה ההלווטית", "אחת ובלתי ניתנת לחלוקה". הקנטונים וספיחיהם הפאודליים בוטלו. כוחות הכיבוש המהפכניים יצרו מדינה ריכוזית שהתבססה על רעיונות המהפכה הצרפתית. האזרחים השווייצרים התנגדו לרעיונות אלו, במיוחד באזורי המרכז של הקונפדרציה לשעבר. מרד בנידוולדן דוכא על ידי הצרפתים, והשקט נשמר. הרפובליקה לא נהנתה מאחדות דעים או משלווה. חיל הכיבוש הצרפתי בזז כפרים וערים רבים, יבול שכשל הביא לרעב, והרפובליקה ההלווטית לא הצליחה להפוך למדינה מתפקדת. פלישה של האוסטרים והרוסים נהדפה על ידי הצרפתים על אדמת שווייץ ב-1799, אירוע שהביא אף הוא לסבל ולמחסור. ב-1802 הגיע כישלונה של הרפובליקה לשמור על יציבות לשיאו, וב-1803 נאלצו הצרפתים לשלוח כוחות רבים נוספים בניסיון לשמור על הסדר במדינה המתפוררת.
ב-19 בפברואר 1803 הכריז נפוליון על עצמו כ"בורר" בסכסוך שבין השווייצרים ובין עצמם. בפברואר 1803 ביטל את "הרפובליקה ההלווטית", ב"חוק הבוררות" שיצא מלפניו, ויצר משטר שהיה מעין עירוב בין הסדר החדש והסדר הישן. המדינה הריכוזית בוטלה. חלוקה מנהלית חדשה הביאה ליצירת 20 קנטונים, כאשר שטחים שהיו שטחים נספחים ושטחי חסות הפכו לקנטונים בעלי זכויות שוות. היו אלו ארגאו, תורגאו, גראובינדן, סנט גלן, וו וטיצ'ינו. חוקה חדשה הפכה את שווייץ לפדרציה. בשל אי היציבות ברפובליקה, הוחלפו בה שש חוקות לאורך חמש שנות קיומה.
נפוליון שלט למעשה בשווייץ עד למפלתו. השווייצרים לחמו ומתו במלחמותיו. קונגרס וינה שהתכנס בשנת 1815 הכריז מחדש על עצמאותה של שווייץ, והמעצמות המכונסות הסכימו להכיר בנייטרליות השווייצרית. בפעם האחרונה הורחבה הטריטוריה השווייצרית, כאשר צורפו לה הקנטונים החדשים ואלה, נשאטל וז'נבה.
גם שווייץ שלאחר קונגרס וינה לא הייתה מקום שקט. ההיסטוריה שבין קונגרס וינה ובין "מלחמת הזונדרבונד", הייתה עת של מאבק האוכלוסייה הכפרית בנטל של המרכזים העירוניים, של תסיסה ומאבק בין השמרנים והליברלים, הכפריים והעירוניים, הפרוטסטנטים והקתולים. אירוע משקף מאותה התקופה הוא ה"ציריפוטש" (Züriputsch) מספטמבר 1839, שבו התמרדה האוכלוסייה הכפרית והשמרנית בציריך כנגד השלטונות הליברלים בעיר. בשל ויכוח על זהותו של מרצה לתאולוגיה באוניברסיטה של ציריך, זרמו אלפי איכרים מוסתים אל העיר ממערב, ונלחמו כנגד חיילי הקנטון בסימטאות העיר, עד שמועצת העיר נכנעה. היה זה אך אות למלחמת האזרחים הממשמשת ובאה.
שווייץ הפדרלית.
מלחמת הזונדרבונד והחוקה הפדרלית.
המתחים בין ליברלים ושמרנים, ובין פרוטסטנטים וקתולים הביאו ב-1845 לייסודה של ברית נפרדת של קנטונים שמרנים וקתולים. ה"זונדרבונד" (ברית מיוחדת), כללה את הקנטונים שווייץ, אורי, צוג, אונטרוולדן, לוצרן, זולותורן ופריבור. הקמת ברית נפרדת הייתה בניגוד לאמנה הפדרלית מ-1815, ולאחר כשנתיים נאסף הצבא הפדרלי כנגד הקנטונים המורדים. המלחמה ניטשה למשך פחות מחודש בשנת 1847, היו בה כ-130 הרוגים, והיא הסתיימה בניצחון הליברלים. הייתה זו המלחמה האחרונה שניטשה אי פעם על אדמת שווייץ.
ב-1848 התקבלה חוקה פדרלית חדשה שהביאה לסיום את עצמאות הקנטונים. החוקה, ותיקונה ב-1874, האחידו את החוק והממשל בכל רחבי שווייץ, יצרו שלטון ריכוזי עם צבא הסר למרותו, והקימו את משאל העם ככלי חשוב בשיטת הממשל השווייצרית. המאבק בדת הקתולית היה חלק חשוב מן החוקה. נאסרה הקמת מנזרים, נישואין אזרחיים הפכו לחובה, והחינוך עבר חילון. שוויון זכויות מלא ליהודים הוענק ב-1866 אך היה זה תהליך הדרגתי שהסתיים רק עם קבלת חוקת 1874. הנשים, לעומת זאת, קיבלו את זכות ההצבעה רק ב-1971.
ב-1863 נוסד בשווייץ הצלב האדום הבינלאומי, תוצאה של עבודתו של ההומניסט השווייצרי ז'אן אנרי דינן. התנועה שייסד דינן הביאה להתכנסות ועידה בינלאומית בז'נבה ב-1864 שקיבלה את אמנת ז'נבה הראשונה העוסקת ביחס לשבויי מלחמה. מעמדה של שווייץ כמקום נייטרלי, וכמקום בו ניתן לכנס כנסים בינלאומיים גדולים, הביא לחיזוק התיירות ומערכת הבנקאות השווייצרית, שקנתה לה מוניטין עולמיים כמוסד אמין ודיסקרטי. הקונגרס הציוני הראשון שהתקיים בבזל ב-1897, הוא אך דוגמה ליחס השווה שנתנה שווייץ לאידאולוגיות שונות. גולים פוליטיים מפורסמים מצאו בה מקום מקלט בטוח, החל בג'וזפה גריבלדי דרך בניטו מוסוליני וכלה בולדימיר איליץ' לנין.
הפיזיקאי הנודע אלברט איינשטיין, יליד גרמניה, התחנך במכון הטכנולוגי של ציריך בסוף המאה התשע עשרה ואת פועלו המדעי שקנה לו מוניטין עולמי עשה בשווייץ בעשורים הראשונים של המאה העשרים.
שווייץ במלחמות העולם.
בשנים שטרם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, ערכה שווייץ רפורמות בצבאה (ב-1907 וב-1911), ושיפרה את יכולותיו באופן משמעותי. ערב פרוץ המלחמה, כלל הצבא השווייצרי בין 200,000 ל-250,000 חיילים. במהלך מלחמת העולם הראשונה כיבדו הצדדים הלוחמים את הנייטרליות של שווייץ. שווייץ פרסה את כוחותיה לאורך גבולותיה ובעיקר בגבול הצרפתי - בהרי היורה. המלחמה יצרה קרע בשווייץ. בעוד שרוב דוברי הגרמנית העדיפו בדרך כלל את ניצחונם של מעצמות המרכז, האוכלוסייה דוברת הצרפתית והאיטלקית העדיפה את ניצחונם של מדינות ההסכמה. במהלך המלחמה הייתה שווייץ תחת מצור של מעצמות ההסכמה, ולכן סבלה מקשיים רבים. עם זאת, העובדה ששווייץ הייתה נייטרלית, המלחמה אפשרה את צמיחתה של תעשיית הבנקאות השווייצרית.
לארגון הצלב האדום הבינלאומי שקבע את מקום מושבו בז'נבה, היה חלק חשוב בסיוע לנפגעי המלחמה. לאחר המלחמה, החליטה שווייץ לאחר קיום משאל עם על הצטרפות לחבר הלאומים. הצטרפות זו לארגון בינלאומי היוותה הפרה כביכול של הנייטרליות של שווייץ, ושווייץ התנתה את הצטרפותה בכך שלא תאלץ להצטרף לכל פעולה צבאית שייזום החבר.
משברי שנות ה-20 והשפל הגדול לא פסחו על שווייץ. המערכת הבנקאית נפגעה מהמשבר העולמי, ומאות אלפים איבדו את מקומות עבודתם. בהדרגה החלה שווייץ להיות מוקפת במדינות בעלות אידאולוגיה קיצונית, גרמניה הנאצית ואיטליה הפאשיסטית. מנהיג מקומי בשם וילהלם גוסטלוף אף הקים גרסה מקומית של המפלגה הנאצית, עד שנרצח על ידי היהודי דוד פרנקפורטר בשנת 1936.
לחצם של הנאצים על מערכת הבנקאות השווייצרית, כי תמסור להם מידע על נכסיהם של יהודים ושל שאר "אויבי המדינה" הביא לרפורמה בחוקי הבנקאות השווייצרית ב-1934. חוק הבנקאות שנחקק באותה השנה, כלל הוראות מפורשות בדבר הסודיות הבנקאית, שהעבירה עליהן נקבעה אף כעבירה פלילית. הדבר הביא אך לחיזוק מעמד הבנקים השווייצרים כמוסד שניתן לבטוח בו, אך היה גם הבסיס לטענות על העלמתם של נכסי קורבנות השואה, שעלו כנגד הבנקים השווייצרים, עשרות שנים לאחר המלחמה.
שווייץ שמרה על הנייטרליות שלה אף במהלך מלחמת העולם השנייה על אף שמצאה עצמה מוקפת מכל הכיוונים במדינות הציר והמדינות הכפופות להן, כאי של נייטרליות באירופה הכבושה. היא הצליחה לשמור על עצמאותה בשילוב של הרתעה צבאית, ויתורים כלכליים לגרמניה, היותה מקום נוח לניהול משא ומתן בין הצדדים ולפעולות ריגול למיניהן, והעובדה שהאירועים מעולם לא הפכו את כיבושה של שווייץ לעדיפות ראשונה במעלה לגרמניה הנאצית, שהחזיקה במגירותיה תוכניות פלישה מפורטות לשווייץ.