לאחר שחוקת ארצות הברית נכנסה לתוקף, עם אימוצה בידי שלוש עשרה המושבות, מונה נוקס למזכיר המלחמה הראשון של ארצות הברית, תחת הנשיא ג'ורג' וושינגטון. בתפקיד זה הוא פיקח על פיתוח ביצורי החוף, עבד כדי לשפר את המוכנות של מיליציות מקומיות, ופיקח על הפעולות הצבאיות במלחמה כנגד האינדיאנים. הוא היה באופן רשמי אחראי על היחסים בין ארצות הברית לאוכלוסייה האינדיאנית בשטחיה, דבר שביטא את עליונותו ההולכת וגוברת של הממשל הפדרלי על מדינות הברית. בשנת 1795, פרש ועבר להתגורר במקום שנקרא כיום תומאסטאון, מיין, שם היה אחראי על עלייתה של אימפריה עסקית הבנויה על גיוס כספים.
מת בשנת 1806 מזיהום שקיבל לאחר בליעת עצם של עוף.
ראשית חייו.
הוריו של הנרי נוקס, ויליאם ומרי נוקס (לבית קמפבל), היו סקוטים-אירים שהיגרו מדרי שבאירלנד לבוסטון ב-1729. ויליאם נוקס היה בונה ספינות שעקב קשיים כספיים עזב את משפחתו לסנט אוסטטיוס שבקריביים, שם הוא מת מסיבות בלתי ידועות ב-1762.
הנרי התקבל ל"בית הספר הלטיני של בוסטון", שם הוא למד יוונית, לטינית, אריתמטיקה והיסטוריה אירופאית. מאחר שהוא היה הגדול מבין ילדי המשפחה שנותרו בבית לאחר מות האב, הוא עזב את בית הספר בגיל 9 והיה לפקיד בחנות ספרים כדי לסייע לאמו בכלכלת המשפחה. בעל החנות, ניקולס בווס, שהיה לדמות אב חליפית עבור הנער, הרשה לו לסרוק את מדפי הספרים בחנות ולקחת הביתה כל ספר שהוא חפץ לקרוא בו. כאשר הוא לא היה עסוק בשליחויות מטעם החנות, הוא לימד את עצמו צרפתית, למד מעט פילוסופיה ומתמטיקה מתקדמת וקרא בשקיקה סיפורים על גיבורים עתיקים ועל קרבות מפורסמים. כבר מגיל צעיר הוא הקדיש זמן לקריאת ספרות. עם זאת היה נוקס גם מעורב בחבורות הרחוב של בוסטון, והיה לאחד מהלוחמים הקשוחים ביותר בשכונה. בגיל 18, לאחר שהתרשם ממפגן צבאי, הוא הצטרף ליחידת תותחנים מקומית שנקראה "השיירה" (The Train).
ב-5 במרץ 1770 היה נוקס עד לטבח בוסטון. על פי תצהיר בשבועה שהוא הגיש, הוא ניסה להרגיע את המצב, בנסותו לשכנע את החיילים הבריטים לשוב לבסיסם. הוא גם העיד במשפט שנערך לחיילים שביצעו את הטבח, שבו כולם למעט שניים הורשעו. ב-1771 הוא פתח בבוסטון חנות ספרים משל עצמו שנקראה "חנות הספרים של לונדון" (London Book Store). חנות זו הייתה, על פי תיאור מהתקופה, "מקום בילוי לקצינים הבריטים ולגברות השמרניות שנתנו את הטון באותה תקופה". בהיותה חנות שהתפארה במבחר מצוין של ספרות אנגלית ובהיותה מנוהלת על ידי בעל חנות ידידותי, היא הפכה עד מהרה ליעד פופולרי לחברה הגבוהה של בוסטון. כמוכר ספרים, בנה נוקס לעצמו קשרי עסקים יציבים עם הספקים הבריטים (כמו תומאס לונגמן) ופיתח קשרי ידידות עם לקוחותיו תוך שהוא דובק בשאיפותיו מילדות. בהיותו אוטודידקט, הוא אגר ספרים בתחום הצבא ואף נהג לשאול שאלות רבות בנושא את החיילים שפקדו את חנותו. בתחילה הוא נהנה מהצלחתו הכספית, אך רווחיו צנחו לאחר חוק נמל בוסטון והחרם העירוני על הסחורות הבריטיות שבא בעקבותיו. ב-1772 הוא היה שותף לייסוד "גיס הגרנדירים של בוסטון", שהייתה שלוחה של "השיירה" ושירת כמספר שניים בשרשרת הפיקודית שלו. זמן קצר לאחר יום הולדתו ה-23 ירה נוקס בטעות ברובה בשתיים מאצבעות ידו השמאלית. הוא הצליח לחבוש את הפצע ולהגיע לרופא שתפר אותו.
נוקס תמך בבני החירות, ארגון שנאבק כנגד מה שהוא ראה כמדיניות הדיכוי הקולוניאלית הבריטית. לא ידוע אם הוא לקח חלק במסיבת התה של בוסטון ב-1773, אך הוא היה בתפקיד לפני התקרית כדי לוודא שלא נפרק שום מטען תה מה"דרתמות'", אחת מהספינות שהיו מעורבות בפעולה. בשנה שלאחר מכן הוא סירב לקבל משלוח של תה שנשלח אליו על ידי ג'יימס ריווינגטון, לויאליסט מניו יורק.
ב-16 ביוני 1774 נשא נוקס לאישה את לוסי פלקר, בתו של לויאליסט בוסטוני, זאת על אף התנגדות אביה. אחיה של לוסי שירת בצבא הבריטי ומשפחתה ניסתה לשכנע את נוקס שיתגייס גם הוא. על אף תקופות פרידה ארוכות שנבעו משירותו הצבאי, היו בני הזוג מסורים זה לזו עד ליומו האחרון של נוקס והם הקפידו לשמור על קשר מכתבים. לאחר שבני הזוג נמלטו מבוסטון ב-1775, נותרה לוסי חסרת בית עד לפינוי העיר על ידי הבריטים במרץ 1776. גם לאחר מכן, היא נסעה לעיתים קרובות לבקר את בן זוגה בשדה הקרב. הוריה של לוסי עזבו את העיר ומעולם לא שבו אליה יחד עם הכוחות הבריטים לאחר שהצבא הקונטיננטלי ביצר את רמת דורצ'סטר, הצלחה שנזקפה לזכותו של נוקס.
קריירה צבאית.
המצור על בוסטון.
כאשר פרצה מלחמת העצמאות של ארצות הברית עם קרבות לקסינגטון וקונקורד ב-19 באפריל 1775, חמקו נוקס ורעייתו לוסי מבוסטון והוא הצטרף למליצית הצבא שצרה על העיר. חנות הספרים הנטושה של נוקס נבזזה וכל המלאי שלה הושמד או נגנב. הוא שירת תחת גנרל ארטמס וורד ותרם מכישוריו ההנדסיים לבניית הביצורים סביב לבוסטון. בקרב גבעת בנקר הוא פיקד על כוח ארטילרי. כאשר הגיע הגנרל ג'ורג' וושינגטון ביולי לקחת את הפיקוד על הצבא, הוא התרשם מהעבודה של נוקס. עד מהרה פיתחו השניים יחסי חיבה ונוקס קיים קשר סדיר עם וושינגטון ועם הגנרלים האחרים של הצבא הקונטיננטלי המתהווה. לנוקס לא היה מינוי רשמי בצבא, אך בזכות פועלו של ג'ון אדמס בקונגרס הקונטיננטלי השני, הוא קיבל מינוי של קולונל ברגימנט הארטילרי של הצבא. נוקס הועיל לקידומו כאשר כתב לאדמס שריצ'רד גרידלי, מפקד הארטילריה הזקן שפעל תחת פיקודו של וורד, לא היה חביב על אנשיו ובריאותו הייתה לקויה.
עם התקדמות המצור, עלה הרעיון שהתותח שנלקח שלל קודם לכן בנפילת המבצרים של טיקונדרוגה וקראון פוינט בצפון ניו יורק, יוכל להועיל באופן משמעותי. מקובל ליחס לנוקס את העלאת ההצעה הזאת בפני וושינגטון, שלאחר מכן מינה את נוקס כאחראי על המשלחת להבאתו, אף על פי שמינויו של נוקס טרם אושר. כשהגיע נוקס לטיקונדרוגה ב-5 בדצמבר נודע הכוח שעליו פיקד נוקס כ"שיירת הארטילריה הנאצלת" (noble train of artillery) שהובילה באמצעות מזחלת רתומה לשוורים תותח במשקל 60 טונות ושאר אמצעי חימוש בנתיב באורך של 480 ק"מ שעבר בנהרות מכוסים בקרח והרי ברקשייר המכוסים בשלג אל מחנות המצור של בוסטון.
האזור היה מיושב בדלילות ועל נוקס היה להתגבר על קשיים בשכירת כוח אדם ובהמות משא. בכמה הזדמנויות בקע משקל התותח את שכבת הקרח בחציית הנהרות אך אנשיו של נוקס הצליחו להציל אותו. בסופו של דבר המסע שנוקס צפה שיארך שבועיים ארך למעשה שישה שבועות הוא דיווח לוושינגטון על הגעת שיירת הנשק ב-27 בינואר 1776. ההיסטוריון ויקטור ברוקס כינה את מבצעו של נוקס "אחד מההישגים הלוגיסטיים המדהימים ביותר" של כל המלחמה, והוא מונצח בסדרה של לוחות זיכרון לאורך נתיב שיירתו במדינות ניו יורק ומסצ'וסטס.
עם הגעת התותח לקיימברידג' הם הוצבו עד מהרה למשימת ביצור רמת דורצ'סטר שנכבשה זמן קצר קודם לכן על ידי וושינגטון. עמדת התותחים החדשה שחלשה על נמל בוסטון אילצה את הבריטים להסיג את הצי שלהם להליפקס. עם תום המצור דאג נוקס לשיפור הגנתן של קונטיקט, רוד איילנד והעיר ניו יורק בצפייה למתקפה בריטית עליהן. בניו יורק פגש נוקס את אלכסנדר המילטון שפיקד על כוח הארטילריה המקומי. השניים יצרו ידידות קרובה שנמשכה עד למותו של המילטון ב-1804. במהלך שירותו הצבאי יצר נוקס גם ידידות קרובה עם בן עירו, בנג'מין לינקולן.
המערכה על ניו יורק וניו ג'רזי.
נוקס היה חלק מצבאו של וושינגטון במהלך המערכה על ניו יורק וניו ג'רזי, כולל המהלכים העיקריים שכתוצאה מהן אבדה העיר ניו יורק. הוא בקושי ניצל משבי בעקבות הפלישה הבריטית למנהטן והגיע לקווי הצבא הקונטיננטלי דרך משרדיו של ארון בר. הוא היה האחראי על הלוגיסטיקה במהלך חציית הדלאוור שקדמה לקרב טרנטון ב-26 בדצמבר 1776. על אף שדרכו נחסמה על ידי קרח וקור, יחד עם אנשי הרגימנט הקונטיננטלי ה-14 בפיקודו של ג'ון גלובר שאיישו את הסירות, עלה בידו להעביר את כוח התקיפה את הנהר, על סוסיו ועל תותחיו, ללא שום אבדות. לאחר הקרב הוא שב עם אותו כוח ועם מאות שבויים, עם שלל ועם כל הסירות בחזרה אל מעבר לנהר עד אחר הצהריים של אותו יום. על הישגו זה קודם נוקס לדרגת בריגדיר גנרל, והוא מונה לפקד על גיס ארטילריה שכלל חמישה רגימנטים. כמה ימים לאחר מכן חצה הצבא שוב את הנהר לאחר שהתקבלה החלטה להחזיק בטרנטון. נוקס היה עם הצבא ב-2 בינואר 1777 בקרב ערוץ אסונפינק וביום המחרת בקרב פרינסטון.
ב-1777, כשהצבא היה במוריסטאון שבניו ג'רזי, שב נוקס למסצ'וסטס לשפר את יכולת ייצור התותחים של הצבא. הוא הקים גדוד ארטילריה נוסף ופתח נשקייה בספרינגפילד שבמסצ'וסטס לפני ששב אל הכוח העיקרי של הצבא באביב. נשקייה זו, ואחת נוספת ביורקטאון שבפנסילבניה, הוקמו על ידי אחד מפקודיו של נוקס והיוו מקור רב ערך לאספקה עד תום המלחמה.
המערכה על פילדלפיה.
נוקס שב אל הגוף העיקרי של הצבא למערכה של 1777. ביוני נודע לו שהקונגרס מינה את פיליפ שארל טרונסון דו קורדיי, איש צבא צרפתי בעל הון, לפקד על כוחות הארטילריה. מינויו של דו קורדיי הרגיז לא רק את נוקס, שמיד איים על הקונגרס שיתפטר מתפקידו, אלא גם את ג'ון סליבן ואת נתנאל גרין שמחו גם הם על המינוי הפוליטי הזה. דו קרודיי הוצב בסופו של דבר מחדש לתפקיד המפקח הכללי ומת כתוצאה מנפילה מסוסו כשחצה את נהר סקולקיל בספטמבר 1777.