תערוכות מתחלפות מרכזיות במוזיאון עסקו במספר מגמות: חשיפת צורות מדיה שלא נחשבו בארץ כ"אמנות", למשל, אמנות סיבים (חומר "רך") או צילום. במסגרת זו התקיימו בשנות השמונים ובראשית שנות התשעים במשכן הביאנלות לצילום שהייתה להן תרומה חשובה בקידום ההכרה האמנותית בצילום בישראל. מגמה נוספת השתקפה בתערוכות, הפקת אירועים אינטראקטיביים במוזיאון כגון תערוכת "גרייסלנדס פאלאלס" (מסעדה ומופע אלביס פרסלי) או אירוע "אוטופיה ביקורתית" (תערוכות ופעילות בסביבת המוזיאון). המוזיאון מציג באורח קבוע תערוכות של אמנים צעירים ופרויקטים שמאפשרים התנסות חדשנית ויוצאת דופן. מגמה משמעותית נוספת משתקפת בהפקת תערוכות, ספרים ואירועים המתדיינים עם סיפורה של האמנות הישראלית. קו מחשבה מרכזי בפעילות המוזיאון הוא טיפול בהיבטים שלא כוסו בהיסטוריה הרשמית של האמנות הישראלית. במסגרת זו הוצגו תערוכות יחיד של אמניות ואמנים איכותיים שיצרו לאורך השנים גוף עבודות מחוץ לזרם המרכזי.
תערוכות עכשוויות מוצגות בשילוב תצוגת אוסף הקבע של האמנות היהודית ומוקדשות תערוכות לאמני "הדור האבוד" שיצירתם אבדה או נשכחה בתקופת מלחמת העולם השנייה והשואה.
באוסף המוזיאון שמורים עיזבונותיהם של מירון סימה, רפי לביא, מאירה שמש ומאיר אגסי וכן עזבונות אמנים נוספים המשמעותיים לאמנות יהודית וישראלית. כחלק מתצוגת קבע פעילה במוזיאון עוצבו "מרחבי זיכרון" המשמשים מרכז לפעילות, עיון ומחקר: אגף מיוחד בספריית המוזיאון מוקדש ל"מוזיאון, ספריה, ארכיון מאיר אגסי" שעזבונו שמור במוזיאון. עבודתו של אדריכל המשכן, שמואל ביקלס, מוצגת ב"חדר העבודה של ביקלס" המהווה מרכז מחקר ותיעוד של האדריכלות הקיבוצית.
אמנות יהודית.
בחזון המייסדים של המשכן עמד שימורה של אמנות יהודית ויצירה של אמנים יהודים מרחבי העולם, בעיקר על רקע החורבן של יהדות אירופה במהלך השואה. חיים אתר יצר קשר עם אמני אסכולת פריז היהודים (חיים סוּטין, מרק שאגאל, מישל קיקואין, פסקין, קיסלינג ואחרים). ב-1949 הוצגה בעין חרוד תערוכה של שאגאל וביקרו בה אלפי אנשים. באוסף המוזיאון כלולות עבודות של יוסף ישראלס, לסר אורי, חנה אורלוף, יעקב לוצ'אנסקי ואחרים.
חיים אתר עסק בכינוס ביטוייה השונים של היצירה היהודית לדורותיה ולאחריו פעל ברוח זו זוסיא עפרון. במובן זה סימן המשכן דרך עצמאית ושונה מדרכם של מוזיאון תל אביב ומוזיאון ישראל שאימצו לאחר מכן תפיסה הרואה סתירה בין אמנות גבוהה ליהדות. חיים אתר בהיותו אמן ומנהל מוזיאון, האמין שהיצירה היהודית לדורותיה רלוונטית ליצירה העברית בארץ ישראל. ברוח תפיסה זו הפעיל אהרן ציזלינג רשת ארצית ובינלאומית של תומכים וידידים שסייעו במידע ובהשגת עבודות. בשנים אלו (שנות הארבעים והחמישים) ניכרה פעילות נמרצת להרחבת האוסף, ובמרוצת הזמן הוא היה לאחד האוספים החשובים בעולם בתחום האמנות היהודית.
סמוך לפתיחתו של המשכן לאמנות בבניינו החדש, כאשר האוסף שכן עדיין בצריף, פורסם עלון חדש למוזיאון ובו צוין כי "במשכן כבר מרוכזות מיצירותיהם של מרבית היהודים הפזורים בארצות תבל ומשוועים לגבולם" ברשימה של אמנים שעבודותיהם התקבלו לאוסף המוזיאון נמנו בשנת 1948 שמותיהם של 115 ציירים ופסלים, כולם אמנים יהודים מוכרים מהולנד, גרמניה, רוסיה, מזרח אירופה, צרפת, אנגליה, ארצות הברית, אוסטרליה וישראל, ועוד אוסף נרחב של אמנות עממית מכל תפוצות ישראל. בתערוכת הפתיחה של המבנה החדש הוצג אוסף מייצג של המוזיאון. בין האמנים החשובים הכלולים באוסף: מרוסיה: לויתן, פסטרנק, מהולנד: יזראלס, מפולין: מאוריציו גוטליב, מגרמניה: לסר אורי, מקס ליברמן.
יודאיקה.
במוזיאון מוצג באופן קבוע אוסף של תשמישי קדושה יהודיים, חלקם עתיקים, של העדות השונות, הכולל ספרי תורה, הגדות של פסח, חנוכיות, פרוכות, וחלקם אמנות עכשווית של יוצרים צעירים. ראשית האוסף בכלי קודש שהביאו חברי הקיבוץ מבתי ההורים במזרח אירופה. בהמשך נפדו כלי קודש מיהודים במחנות העקורים באירופה והובאו על ידי חברים ששרתו בבריגדה היהודית. בשנים האחרונות נעשה מאמץ לשלב יצירת יודאיקה מקורית ובינלאומית בתוך האוסף המסורתי ולהפוך את האגף לכלי לדיון עכשווי בנושאים של זהות יהודית, מגדר ולאום.
אמנות ישראלית.
באוסף המשכן נמצאות עבודותיהם של אמנים ישראלים, החל מראשית המאה ה-20, ימי בצלאל, ועד לזמננו. האוסף כולל מספר עיזבונות של אמנים (חיים אתר, מנחם שמי, פנחס כהן גן ועוד) ופריסה רחבה של האמנות הישראלית לדורותיה. איסוף האמנות הישראלית מהווה חלק בלתי נפרד מהמחקר והתיעוד ונעשה מאמץ מיוחד להאיר הבטים כגון יצירה של אמניות נשים, ללות את האיסוף בפרסום המידע ובניתוח מהלכי עיצובם של תודעה וזיכרון קולקטיבי. תערוכות פורצות דרך שהתקיימו בשנות ה-80 (מטא סקס, עבודה עברית) היו אבני דרך בהצבתו כמוזיאון שמסמן טריטוריות חדשות ומפנה זרקור אל נרטיב תרבותי חברתי אלטרנטיבי.
הסטודיו של דודו גבע.
ביום השנה השמיני למותו (פברואר 2013) נחנך במשכן לאמנות עין חרוד הסטודיו המשוחזר שלו: אוסף יצירותיו, ספרייתו וכלי עבודתו (שולחן העבודה, מכונת הצילום ושולחן האור) הועברו למוזאון והוצבו כחלק בלתי נפרד מהסדנא הפעילה במוזאון הנושאת את שמו, "סטודיו על-שם דודו גבע" בעיצובה של יעל רשף שעבדה עמו כמעצבת גרפית ב"מעריב". בארונות ובמגירות הוצבו ספרים שפרסם, רבים מהם אזלו זה מכבר, עבודות שיצר ולא פרסם וכן ניתן לצפות בסרטוני אנימציה וסרטים. אוסף יצירותיו השמור בין אוספי המוזאון כולל כ-1350 עבודות. האוסף כבר קוטלג וצולם ובקרוב ניתן יהיה לצפות בו ברשת.
קטלוגים.
לצידה של כל תערוכה במשכן יוצא לאור קטלוג מקיף. מתוך מחויבות למחקר מעמיק בשורשי היצירה, תיעודה ושימור הידע.
ספריה.
ספריית המשכן מכילה אלפי ספרים בנושאי אמנות מגוונים. היא פתוחה לציבור לעיון ולמחקר. בתוכה נבנה אגף מיוחד לאוסף הספרים של האמן המנוח מאיר אגסי.
המבנה.
ראשיתו של המוזיאון ב"פינת אמנות" שנפתחה בסטודיו של האמן המקומי חיים אתר ששהה באותה התקופה בפריז ואסף יצירות אמנות עבור המוזיאון לעתיד לבוא. עם שובו של אתר לעין חרוד נפתח המוזיאון בצריף עץ גדל ממדים ובמקביל הוחל בתכנונו של מבנה הקבע. האדריכל שמואל ביקלס, חבר קיבוץ תל יוסף, היה מתכנן ב"לשכה הטכנית" של הקיבוץ המאוחד שמשכנה בעין חרוד וקיבל עליו את מלאכת התכנון. מיקום המשכן נקבע על פי תוכנית האב לעין חרוד - תל יוסף שהציע אדריכל ריכארד קאופמן בשנת 1926 ולפיה מוסדות התרבות יבנו על מורדות גבעת קומי. החלק הראשון של המבנה נחנך באוקטובר 1948, שמחת תורה תש"ט, בעיצומה של מלחמת העצמאות. בחנוכת המוזיאון ציין אהרן ציזלינג שעמד מאחרי החשיבה התוכנית והארגונית של המוזיאון: "הצמא לרוח הוא ימצא טעם בעבודתו". בהמשך נבנו אולם הספרייה, חצר הפסיפס ואולם רחב ידיים. בשנת 1957 נבנה חלקו הגדול של המוזיאון הכולל את שינוי הכניסה מדרום למערב, אולם העמודים, חצר הפסלים והאולמות הצפוניים. תוכניות הרחבה של המוזיאון על ידי ביקלס עצמו המשיכו עד פטירתו בשנת 1975, אך לא מומשו. בין השאר כלל החזון הקמה של סטודיו לאמנים יוצרים, בניית בית ספר לתפאורות תיאטרון, אולם נוסף לפיסול והקמת אודיטוריום.
בשנת 1992 בוצעה הרחבה בתכנון האדריכלית עדה כרמי, שכללה בניית מחסנים לאוסף, סדנה חינוכית (היום הסטודיו של דודו גבע) ושיפוץ הכניסה.
בשנת 2004 נוסף בתוך הספרייה מוזיאון/ספריה/ארכיב מאיר אגסי בתכנון האדריכל יון ננו, אשר חתום גם על תכנונו של אודיטוריום מירון סימה שנחנך בשנת 2013 בצידו הצפוני של המשכן ובו מקום להרצאות, סרטים וקונצרטים.
האור הטבעי במוזיאון.
המשכן לאמנות עין חרוד מוכר כיום בעולם כיצירת מופת אדריכלית של מוזיאון המבוסס על אור טבעי. בכל חללי המוזיאון שוררת אווירה מיוחדת שנובעת ממופעי אור מגוונים החודר למבנה במערכת מורכבת של תקרות וחלונות עיליים. כדי להבין את הרעיונות האדריכליים המקוריים של ביקלס על המבקר להרים עיניו לתקרה ולגלות את האופן שבו קמרונות הבטון מחזירים את האור הנופל עליהם מהחלונות הנסתרים. המבנה מציג מסלול עקבי של שכלול בפתרונות האור הטבעי, ויש בו יותר משמונה סוגים שונים של חלונות עליונים המתייחסים לרוחות השמים, כיווני האור והבקרה על כמות ואופן החדרתו לחלל.
מרכז ביקלס.
בשנת 2007 הועבר למוזיאון אוסף השרטוטים האדריכליים של שמואל ביקלס. משפחת ביקלס תרמה את עיזבונו האדריכלי, את הספרייה המקצועית ואת שולחן העבודה וכלי השרטוט. כל אלו רוכזו ב"חדר העבודה" שמוקדש לפועלו. השרטוטים קוטלגו ותועדו והם עומדים לרשותם של חוקרים ומבקרים. חלק נכבד מעבודתו הוצג בתערוכה "הקיבוץ - אדריכלות ללא תקדים" בביתן הישראלי בביאנלה לאדריכלות בוונציה.
תערוכות.
מבחר תערוכות שנערכו במשכן, ושנת קיום התערוכה, רובן לוו בספרים וקטלוגים:
משה אישון
משה אישון (1928 - ט"ו בסיוון תשע"ה, 2 ביוני 2015) היה עיתונאי ישראלי. אישון היה עורך "הצופה" בשנים 1981–1997 ולאחר מכן פובליציסט במקור ראשון.
ביוגרפיה.
אישון (במקור: אויגאפעל) נולד בפולין, לשלמה ונחה. בתקופת מלחמת העולם השנייה, בעקבות הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, עברה המשפחה לרוסיה, שם הואשמו היהודים בריגול, ובעקבות זאת הוגלו לסיביר.
בשנת 1950 עלה לישראל, ומיד לאחר מכן נפטר אביו. עבד במערכת "הצופה" בתפקידים שונים. בתחילת שנות השמונים מונה כעורך העיתון ושימש בתפקיד זה שש עשרה שנה. פרסם מאות מאמרים פובליציסטיים בענייני השעה, והיה ממעצבי דעת הקהל בציבור הציוני-דתי. לאחר איחוד "הצופה" עם מקור ראשון, החל לכתוב מאמרי פובליציסטיקה במקור ראשון.