ספרי המקרא נכתבו בכתבים שונים. בשלב הראשוני ממנו נותרו ממצאים, הם נכתבו בכתב העברי הקדום (בלשון חז"ל כתב רועץ או דעץ), ולאחר מכן בכתב המרובע. 14 מן המגילות שנמצאו בקומראן נכתבו בכתב דעץ, ובכמה מגילות אחרות הכתובות אשורית נכתב שם הוי"ה לבדו בכתב העברי הקדום. המדע העוסק בהתפתחות הכתב (פלאוגרפיה) עשוי לתרום רבות לסוגיית הנוסח הואיל וניתן לתארך מגילות רבות על סמך הכתב המצוי בהן; בנוסף, הדמיון בין אותיות בתקופות שונות עשוי להסביר חילופי אותיות בנוסח המקרא.
הכתיב.
כתיב (אורתוגרפיה) הוא אופן הביצוע בכתב של מילה מדוברת. שימוש והימנעות משימוש באימות קריאה ובסימני ניקוד מביאים לכך שניתן לייצג את אותה מילה בכתיבים שונים. כפי שמעידות כתובות משפות שכנות, בשלב הראשוני כללו הטקסטים הכתובים עיצורים בלבד. במרוצת הדורות נוספו לכתיב העברי אימות קריאה וסימוני ניקוד, שמטרתם להקל על הקריאה.
הממצאים העתיקים הנמצאים בידינו משקפים שלוש שיטות כתיב עיקריות - השיטה הקומראנית; השיטה השומרונית והקדם שומרונית; ושיטת המסורה והטקסטים הקדם מסורתיים. הכתיב 'המקורי' של ספרי המקרא אינו ידוע לנו, אך בשל היות הכתיב של נוסח המסורה חסר יחסית, ניתן לשער שהוא הקרוב ביותר לכתיב המקורי המשוער.
גילוי מגילות קומראן העלה כי בשיטת הכתיב של נוסח המסורה כמעט לא חלו שינויים באלף השנים שבין הטקסטים הקדם-מסורתיים ובין כתבי היד המסורתיים מימי הביניים. לדעת כמה מהחוקרים, הכתיב של נוסח המסורה משקף נהגי כתיבה של השנים 350–550 לפני הספירה, ויש המייחסים אותו לעזרא. במהלך הדורות נוסחו כללים לפיהם פועלת מערכת הכתיב במקרא. קיים חוסר עקביות מסוים במנהגי הכתיב, המשקף את העובדה שלא כל הספרים נערכו סופית באותה תקופה. באופן זה ניכרת נטייה לכתיב מלא יחסית בספרים המאוחרים אל מול הכתיב החסר בספרים הקדומים יותר. באופן כללי ניכר כי התורה וספר מלכים מייצגים כתיב שמרני חסר במיוחד והם בעלי עקביות פנימית גבוהה אל מול קהלת, שיר השירים, מגילת אסתר, עזרא, נחמיה ודברי הימים המשקפים כתיב מלא במיוחד.
תהליכים שבמסירת הנוסח.
חלק גדול מן ההבדלים שבין עדי הנוסח השונים ניתן להסביר כתוצאה של תהליכים בהעתקת נוסח ובמסירתו, הבדלים שנוצרו על ידי אופן פעולת המעתיקים במכוון ושלא במכוון (כגון שיבושים). בנוסח המסורה ניתן להדגים את תהליכי המסירה על ידי השוואה בין כתובים מקבילים בנוסח המסורה עצמו, או על ידי עיון בהבדלים בין צורות קרי וכתיב ובהבדלים שבין נוסח המסורה, נוסח מגילות קומראן והמצע העברי המשוער של התרגומים העתיקים.
גרסאות שנוצרו כתוצאה של המסירה הטקסטואלית.
השמטות, הוספות, שינויים ושינויי סדר נוצרו על ידי מעתיקים בכל שלבי המסירה. בחלק מהשינויים ניתן לשער שמדובר בשגיאה, אך לא תמיד ניתן להחליט איזו גרסה שגויה ואיזו מקורית.
שינויי סדר.
למשל, "וּשְׁפָחוֹת וַעֲבָדִים" בנוסח המסורה ל, אל מול "ועבדים ושפחות" בתרגום השבעים לאותו פסוק.
גרסאות שנוצרו על ידי מעתיקים.
מלבד השינויים שנוצרו בתהליך ההעתקה, קרה שמעתיקים הרשו לעצמם לשנות במכוון את הכתוב שלפניהם, וזאת בכמה אופנים ומתוך כמה מניעים:
תולדות ההשערות בביקורת הנוסח.
היחס בין עדי הנוסח.
מאז המאה ה-17 ועד גילוי המגילות במדבר יהודה נטה עולם המחקר להתייחס אל התורה כאל טקסט שהתפתח לשלושה טיפוסי נוסח שונים, שווי מעמד, המשתקפים בנוסח המסורה: "הקבוצה הבבלית", "הקבוצה המצרית" - תרגום השבעים ו"הקבוצה הארץ-ישראלית" - החומש השומרוני. במאה ה-20 בולטים החוקר האמריקאי ויליאם פוקסוול אולברייט ותלמידיו בניסוח מגובש של תאוריה זו ובאפיונן של הקבוצות השונות: הבבלית כ"קצרה", המצרית כ"מלאה" והארץ ישראלית כ"מרחיבה". בהתאם, תוארו ספרי הנ"ך כמחולקים לשתי משפחות נוסח - המסורה והשבעים.
כל מקור חדש שובץ עם גילויו באחת מהקבוצות הללו. גם מגילות מדבר יהודה זכו ליחס דומה, והחוקרים ניסו לשייך כל אחת מהן לאחת המשפחות המוכרות. מבט מקיף יותר, עם השלמת פרסומן של כל המגילות מקומראן, הורה כי אין לדבר על שלוש משפחות בלבד, אלא נכון יותר לדבר על מספר רב של טיפוסי נוסח שרק חלקם שרדו. הישרדותן ושימורן של שלוש המשפחות המוכרות כרוך בנסיבות סוציולוגיות, אך בה במידה יכלו להשתמר גם מסורות אחרות. ואכן, במגילות קומראן נמצא אחוז גבוה של מגילות עצמאיות מבחינת הטיפוס המלמדות על גיוון טקסטואלי רחב. ככלל, מערכת היחסים הסבוכה של הסכמות והבדלי גרסאות בין המגילות מקומראן ובין יתר עדי הנוסח המוכרים מלמדת כי אכן התמונה מורכבת בהרבה.
צורתו המקורית של נוסח המקרא.
טקסט קדמון (Urtext).
בביקורת הנוסח המודרנית היה פאול דה-לגארד הראשון שהעלה את ההשערה בדבר קיומו של נוסח קדמון של המקרא. להשערת דה-לגארד, בנקודה כלשהי בעבר התקיים נוסח מקורי אחד של המקרא. נוסח זה תורגם ליוונית במהדורה אחת, ממנה התפתחו כל הטפסים השונים של תרגום השבעים. במקביל, לאחר חורבן הבית עבר הנוסח העברי עיבוד משמעותי בידי רבי עקיבא וחבריו, מתוך מגמות אנטי-נוצריות מובהקות. לשיטת דה-לגארד, את "הנוסח המקורי" של המקרא ניתן לשחזר מתוך נוסח המסורה רק על ידי השוואה צמודה לתרגום השבעים. דה-לגארד הצביע על הזהות הבולטת שבין כתבי היד השונים של נוסח המסורה, עד לפרטים הקטנים ביותר כגון האותיות הנקודות מעליהן, ועובדה זו היוותה מבחינתו ראיה כמעט מכרעת לטענתו.
לטובת השערה זו עומדים בראש ובראשונה הממצאים המצביעים על קיומם של יחסים תולדיים באשר למרביתם של הבדלי הגרסאות; דהיינו, במרבית הבדלי הגרסאות ניתן להסביר כיצד נוצרה אחת הגרסאות מגרסה אחרת. בנוסף, יש לקחת בחשבון את ההיגיון שבאפשרות זו ולפיו כל טקסט הגיע בשלב כלשהו לידי גמר, ודאי כשהדברים נוגעים לתרגומים כגון תרגום השבעים אשר הם חד-פעמיים בטבעם.
חולשתה העיקרית של השערה זו היא בהיעדר האפשרות להוכיחה, הואיל והיא נוגעת לתקופה שממנה לא קיים כל תיעוד. שנית, השערה זו תתקשה להצביע על נקודה מובהקת בזמן או בשלבי המסירה של הספרים בעיבודיהם השונים, שאליה ניתן להתייחס כאל הנקודה שבה אותו ספר נחשב כטקסט השלם. כמו כן, גם ריבוי הבדלי הגרסאות שבין עדי הנוסח העתיקים והעובדה כי בכל זאת קשה למצוא יחס תולדי בין רבים מהם, מחלישים השערה זו אך אינם מפריכים אותה לחלוטין.
נוסחים עממיים (Vulgärtexte).
עם גילויה של הגניזה הקהירית דחו קאלֶה וחוקרים אחרים את השערתו של דה-לגארד בדבר נוסח עברי מגובש כבר בתקופת יבנה, שכן בגניזה נמצאו טפסים רבים של נוסחי מסורה המוכיחים כי לא מדובר בנוסח מגובש לחלוטין. השוואות מתוך כתבי חז"ל מראות אף הן על הבדלי גרסאות רבים. ראיות אלו הוכיחו כי אין לייחס לפרושים תיקון מכוון ושיטתי של הטקסט המקראי ממניעים פולמוסיים. להשערת קאהלה, הרב גוניות קדמה לאחדות, וכבר בשלב קדום ביותר של מסירת הנוסח על הכתב זכו ספרי המקרא לניסוחים שונים שווי מעמד.
גם לטובת ההשערה הטוענת כי צורתם המקורית של נוסחי המסורה והשבעים, ושל המקרא בכללותו, היא של ריבוי נוסחים, קיימים הן היגיון פנימי והן מקבילות מתוך השוואה לתולדות נוסחיהם של חיבורים מסוגים אחרים. כראיה של ממש לקיומם של ניסוחים שווי מעמד הביא שמריהו טלמון חילופים בין גרסאות שהן לכאורה בעלות מעמד שווה, כגון בין המילים יד-כף. קיומם של הבדלי גרסאות נייטרליים שכאלה, אומר טלמון, מעיד על כך שלא ניתן להצביע על נוסח מקורי אחד ויחיד של המקרא. עם זאת, יש לזכור כי גם אם ישנן גרסאות שהן שוות ערך מבחינת אי היכולת שלנו להכריע ביניהן, אין זה מלמד כי הן היו שוות ערך גם במקור. בהחלט ייתכן כי אחת מהן התפתחה מהשנייה ביחס תולדי.
גם לשיטה זו קיימים כמה קשיים, ובראשם העדר ממצא חד משמעי התומך בה. שנית, שיטה זו הופכת את מקורם של ספרי המקרא לאובייקט ערטילאי ביותר הואיל ולדידה לא ניתן כלל לדבר למעשה על "ספרים מקראיים" של ממש אלא על רעיונות כלליים בלבד, שעם השנים הלכו והתנסחו במקביל (ובדרך מקרה גם באופן דומה במיוחד) לכדי הספרים הקיימים לפנינו היום.
מצב המחקר כיום.
שאלת קיומו של נוסח קדמון אינה שאלה תאורטית בלבד; קיים בה היבט מעשי ביותר - האם בהשוואה בין גרסאות שונות ניתן לדבר על גרסה מקורית אל מול גרסאות מתוקנות או משובשות? האם ניתן לשחזר את הנוסח המקורי?
ישנם חוקרים המשתדלים להימנע מהכרעה בסוגיה זו, אך נראה שלכל ניסיון להכריע ולחוות דעה על גרסאות שונות מוכרחה שתקדם קביעה בנושא. העובדה כי מדובר בתפישות מופשטות ובלתי ניתנות להוכחה, לפחות כל עוד לא נמצאו ממצאים הסמוכים ממש לזמן חיבורם של הספרים, הופכת את הבחירה באחת משתי האפשרויות למעשה הכרחי על אף שוודאותו מוטלת בספק.