ב-1812 התפרסמה בפרוסיה פקודה המעניקה שוויון זכויות ליהודי פרוסיה. כך זכו היהודים בזכויות אזרחיות מלאות ולצדן חובות אזרחיות כמו שירות בצבא.
תנועת ההשכלה.
במאה ה-18 החלה להתפתח בגרמניה תנועת ההשכלה היהודית, שאימצה את ערכי הנאורות, עודדה השתלבות בחברה הנוצרית, ודגלה ברכישת הידע, המנהגים והשאיפות של אומות העולם שביניהן חיו היהודים. תוכניתה של ההשכלה, שהובלה על ידי אישים כגון משה מנדלסון ונפתלי הרץ וייזל, הייתה להרחיב את אופקיה של האוכלוסייה היהודית ובמיוחד של הנוער היהודי. כמו כן נלחמו המשכילים במה שתפשו כאמונות טפלות בקרב המוני העם.
האגודה לתרבות ולמדע של היהודים.
דרך אחרת לקשור את היהדות לתרבות הגרמנית והכללית הייתה בגישה מדעית לתרבות וההיסטוריה היהודית. האגודה לתרבות ולמדע של היהודים (Verein für Cultur und Wissenschaft der Juden) נוסדה על ידי קבוצת חברים בראשותו של יום-טוב ליפמן צונץ בשנת 1819, וראתה לעצמה כמטרה לחנך את הצעיר היהודי ל"יחסים הרמוניים" עם סביבתו, ומנגד, להציג את הערך המדעי של היהדות לציבור האינטלקטואלי הנוצרי.
כיבושיו של נפוליאון הביאו עמם מתן זכויות ליהודים בערים שנכבשו בגרמניה. גם בפרוסיה, שלא נכבשה, נחקק חוק אמנציפציה בשנת 1812. חוק זה היה חלקי ולא העניק זכויות מלאות ליהודים. החוק בוטל לאחר מכן. היהודים נלחמו בבתי דין להשגת זכויותיהם. אדוארד גאנס, ממייסדי האגודה לתרבות ולמדע של היהודים, נלחם שנים בבתי הדין כדי לקבל אישור לעבוד כמרצה באוניברסיטה בפרוסיה, אך נכשל שוב ושוב. לבסוף לא עמד לו כוחו והוא התנצר. המאבק לזכויות היהודים נתקל בהתנגדות של חלקים בצמרת האינטלקטואלית הלאומית-נוצרית הגרמנית. על רקע זה ועל רקע משבר כלכלי משנת 1816 פרצו ב-1819 פרעות "הֶפּ-הֶפּ". הם נקראו כך על שם הקריאות שהשמיע ההמון בעת התנפלותו על מוסדות ציבור ודת ועל עסקים פרטיים של יהודים.
פילוג דתי.
בעשורים הראשונים של המאה ה-19 גברה ההתערות, בעיקר של הדור הצעיר, בחברה הכללית. ישראל יעקבסון ותומכיו, מבשרי היהדות הרפורמית, ניסחו מענה משלהם באמצעות שינוי אסתטי בתפילות ולבסוף על ידי הסרה של קטעי תפילה המייחלים לחידוש עבודת הקורבנות. דור ראשון זה, שיוזמתו הייתה מוגבלת מאוד, הוקע על ידי הרבנות המסורתית בריב ההיכל של 1818–1821. בעוד שהנצרות הפרוטסטנטית העמידה בהדרגה תשובה לביקורת הנאורות על הדת בדמות התאולוגיה של פרידריך שליירמאכר, ליהודים לא הייתה הגות מקבילה. הצעירים המשכילים המירו באלפיהם את דתם (בשליש הראשון של המאה נטבלו כמחצית מאלה שהתגוררו בברלין). משבר האמנציפציה בנסיכויות הגרמניות הוביל לתסיסה מצד פילוסופים יהודים כשלמה לוי שטיינהיים. בשלהי שנות ה-30 קם גל חדש ומקיף של רפורמה בהנהגת הרב אברהם גייגר, שהסתמך על רבני הקהילות הצעירים שחויבו מזה כבר לרכוש השכלה אוניברסיטאית על ידי הממשלות. המגמה לבשה צורה בשלוש ועידות שנערכו בשנים 1844–1846. אל מול הרפורמים התייצבו מחד הפוזיטיבים-היסטוריים (קונסרבטיבים) בראשות זכריה פרנקל, שחתרו לשימור ההלכה כסמכות מחייבת אך ראו אותה במידה רבה כיצירה אנושית, והנאו-אורתודוקסים בהנהגת רש"ר הירש ועזריאל הילדסהיימר, ששאפו לפשרה עם העולם המודרני ולאימוץ ערכיו אך עמדו על אמונה מוחלטת בתורה מן השמים. הם ראו בפרנקל, דווקא מפני שנתפש בציבור כשומר מצוות ואדוק, איום גדול אף יותר מגייגר והסובבים אותו. חיי הדת המסורתיים שקדמו לאמנציפציה נכחדו כמעט כליל: רק באזור פוזן, הרחק במזרח, בקהילות כפריות זעירות בעיקר בדרום-מערב ובמובלעות ספורות כמו פיורדא הוסיף לשרוד חינוך יהודי מהסוג הישן.
יהודי הארצות הגרמניות הוסיפו להיות כפופים, מכח חוק, לקהילה אחת ומאוחדת (Einheitsgemeinde) בכל יישוב. מצב זה, והיעדרה של התארגנות עצמאית מצד הפוזיטיבים-היסטוריים, מיתן במידה רבה את הרפורמה, שנציגיה נאלצו להתפשר עם נטיית המוסדות הישנים לשמרנות ועם בעלי ההשקפות האחרות. בברסלאו, פרנקפורט דמיין וברלין קמו קבוצות עצמאיות-למחצה על טהרת הזרם החדש (חבריהן נדרשו לשלם מסי חברות כפולים); רק זו בבירה, "הקהילה הרפורמית" תחת הרב שמואל הולדהיים ולאחריו עמנואל ריטר, האריכה ימים. גם האורתודוקסים פנו כבר בשלב מוקדם לבדלנות. עוד ב-1850 הקימה קבוצה קטנה של שמרנים בפרנקפורט דמיין קהילה שנהנתה מאוטונומיה חלקית והזמינו את הירש לעמוד בראשה. ב-1876 נפתחה האפשרות לפרישה מלאה, כמו שנעשה כבר בהונגריה ברמה הארצית, כשהרשויות החילו גם על היהודים את החוקים שהתירו לנוצרים לעזוב את הכנסייה שלהם מבלי לעבור לאחרת (אלה חוקקו במסגרת מלחמת התרבות עם הקתולים). רש"ר הירש הטיף לאורתודוקסים – שהיוו מיעוט בלתי-מבוטל, כחמישית מכלל האוכלוסייה היהודית ברייך שקם זה לא מכבר – לכונן עדות נפרדות. קריאותיו נענו בהתנגדות אף בעירו שלו, והוא נקלע למחלוקת עם הרב הקשיש יצחק דב במברגר, שהיה שמרן ומיושן ממנו אך גם נחוש יותר לשמור על אחדות הקהל. דעתו של במברגר גברה: רק מיעוט קטן מבין נאמני המסורת אימץ את מדיניותו של הירש, והרוב המכריע הוסיף להיכלל במסגרות הישנות, בהן קיים מוסדות נבדלים מבלי להשתתף במימון הוצאות הדת של הרוב. חילופי האשמות ועוינות בין ה'אורתודוקסיה המתפלגת' (Austrittorthodoxie) לזו 'הקהילתית' (Gemeindeorthodoxie) הוסיפו להתקיים עד השואה.
חוק הפרישה של 1876 היווה גם מכה לרפורמים. הסרת החיוב להשתייך לעדה העלים באחת את התמריץ של רבים מתומכיהם – שעניינם היה בעיקר חילון ומודרניזציה של הקהילה, בה היו חברים מכח חוק, ולא תוכן דתי פוזיטיבי כלשהו – והעניק לשמרנים אמצעי הרתעה בדמות איום להתפלג. ברמת הקהילה, התנהלו חיי הדת של הרוב הלא-אורתודוקסי בתוך רצף רחב ומעורפל של פשרות מקומיות, שתואר לרוב כ"יהדות ליברלית". הם חלקו במידה מסוימת את המוסדות תוך הקצאת כספים למטרותיהם, ובדרך כלל התפללו במניינים נפרדים עם רבנים בעלי השקפות מנוגדות (בפרנקפורט דמיין היו ב-1925 חמישה רבנים, שניים אורתודוקסים ושלושה רפורמים, וארבעה בתי-כנסת). ההבדלים בין שלושת הזרמים התבטאו בפערי הגישה בין מוסדות ההכשרה של כל אחד: בית המדרש לרבנים בברסלאו הפוזיטיבי-היסטורי, שעסקו בו במחקר מדעי של התורה שבעל-פה אך ביקורת המקרא נאסרה, וסגנון ההוראה בו היה שמרני; בית המדרש הגבוה למדעי היהדות, שהיה על-זרמי רשמית אם כי מזוהה למעשה עם החוגים הליברליים במוצהר (רפורמים), וחופש המחקר בו היה מלא; ובית המדרש לרבנים בברלין האורתודוקסי, שהוקם על ידי הרב עזריאל הילדסהיימר. בזה האחרון נערך מחקר ביקורתי, אך הוא היה מוגבל וכפוף להנחת קדושתם הבלתי-מעורערת, עד כדי כך שתואר כעוסק באפולוגטיקה ותו לאו.
רבני גרמניה כולם היו מאוגדים ב"התאחדות הרבנים הכללית" (Allgemeiner Rabbiner-Verband) שקמה ב-1896. מלבדו התקיימו מסגרות קטנות לזרמים: עוד באותה שנה הוקמה "התאחדות הרבנים המסורתיים שומרי התורה" (Vereinigung traditionell-gesetzestreuer Rabbiner) על ידי הרב דוד צבי הופמן והרב מרדכי הורוביץ מפרנקפורט, שהייתה מזוהה עם האורתודוקסיה הקהילתית. ב-1898, מתוך חתירתם לייצג את "הליברלים באמת" ולהעניק למושג משמעות ברורה, כוננו הרבנים היינמן פוגלשטיין וצזר זליגמן את "התאחדות הרבנים הליברלים" (Vereinigung der liberalen Rabbiner) שהייתה רפורמית בבסיסה. שלמה זלמן ברויאר ייסד ב-1906 את "איגוד הרבנים האורתודוקסים" (Verband orthodoxer Rabbiner), שפעל מטעם הבדלנים. רק הפוזיטיבים-היסטוריים מברסלאו נותרו ללא גוף רשמי: 63 רבנים שהיו מזוהים עמם כוננו ב-1909 את "ההתאחדות היהודית החופשית" (Freie jüdische Vereinigung), אך היא הייתה קצרת ימים. רק ב-1925 הצליחו לייסד את "מפלגת האמצע הדתית" (Religiöse Mittelpartei), שפעלה בקנה מידה אזורי ומוגבל. מלבד אלה, הוסיפה הקהילה הרפורמית הקיצונית בברלין להתקיים עד חורבן יהדות גרמניה, והייתה היחידה בארץ שמימשה באופן רדיקלי את חזונו של הזרם.
איחוד הרבנים האורתודוקסיים בגרמניה גינה את תוכניתו של הרצל למדינה ליהודים, כעברה על חוקי הדת. ואילו הצהרה רשמית של רבנים ליברלים קבעה: "כל עוד כתבו עברית (כלומר לקהל המזרח-אירופאי), הציונים לא היו מסוכנים, עכשיו שהם כותבים גרמנית, יש לצאת נגדם".
בשנת 1880 היו היהודים 1.3% מהאוכלוסייה הכללית. בעקבות שיעור הילודה היורד, כעבור 30 שנה ירד חלקם באוכלוסייה ל-0.9%.
בין השנים 1830–1889, היגרו כ-200,000 יהודים מגרמניה לארצות הברית.
המאה ה-20.
ברפובליקת ויימאר.
כ–100,000 יהודים השתתפו במלחמת העולם הראשונה, 80% מהחיילים היהודים שירתו בחזית וכ–12,000 מהם נהרגו בקרבות. בשנות העשרים היו כ–600,000 יהודים בגרמניה. 40% מהם התבוללו. היה להם שוויון חברתי והם נטמעו בחברה הגרמנית במעמד הבינוני ומעלה. היטמעותם בחברה הבורגנית נתמכה על אידיאל הבילדונג.