ברסלמניה 7, הוגאן יצג את ארצות הברית מול אלוף ה-WWF הסמל סלוטר, שתמך בעיראק במלחמת המפרץ. הוגאן ניצח אותו וזכה בתואר בפעם השלישית. בסתיו 1991, הוגאן קיבל אתגרים מריק פלייר, שהגיע ל-WWF באותו זמן. אך היריבות לא הבשילה לכדי קרב אליפות במופע גדול כיוון שהוגאן הפסיד את התואר למתאבק בשם הקברן בנובמבר, אך זכה בתואר שוב כעבור 6 ימים. בגלל המחלוקת בתוצאת הקרבות התואר הופשט מהוגאן.
הוגאן ניסה לזכות בתואר בינואר 1992 בקרב הרויאל ראמבל, אך הודח בידי סיד ג'סטיס. הוגאן הדיח את סיד מבחוץ ובכך סייע בעקיפין לריק פלייר לזכות בקרב ובתואר. הוגאן אז פתח ביריבות מול סיד, וניצח אותו בפסילה בקרב המרכזי של רסלמניה 8. בסיום הקרב, הותקף הוגאן בידי סיד ופאפא שאנגו והוצל בידי האולטימייט ווריור החוזר.
באותה תקופה, הרופא של ה-WWF העיד שהוא סיפק למתאבקים סטרואידים ובמיוחד להוגאן. הפגיעה בשמו הטוב גרמה להוגאן לפרוש זמנית מהיאבקות.
חזרה ועזיבה.
הוגאן חזר בפברואר 1993 כדי לעזור לחברו, ברוטוס ביפקייק, מול כסף בע"מ (טד דיביאסי ו-ארווין אר שייסטר). ברסלמניה 9, הוא וביפקייק ניסו לזכות בתוארי הזוגות אך הפסידו בפסילה. מאוחר יותר באותו הלילה, לאחר שיוקוזונה ניצח את ברט הארט על תואר ה-WWF, יוקוזונה איתגר את הוגאן לקרב על התואר והוגאן זכה תוך שניות בתואר בפעם החמישית. באירוע "מלך הזירה", בגלל התערבות מ"צלם יפני", הוגאן הפסיד את התואר ליוקוזונה. זאת הייתה ההופעה האחרונה של הוגאן בטלוויזיית ה-WWF עד ל-2002.
ב-1994, הוגאן העיד נגד וינס מקמהן במשפט הסטרואידים. בעדותו הוגאן אמר שהוא לקח סטרואידים אך מקמהן לא מכר לו אותם ולא דרש ממנו להשתמש בהם. מקמהן נמצא חף מפשע מחמת הספק.
לאחר הפסקה קצרה מהיאבקות, ביוני 1994, הוגאן חתם עם WCW, הארגון המתחרה ל-WWF, והתחיל להופיע בו חודש לאחר מכן. בקרב הבכורה שלו, הוגאן ניצח את ריק פלייר ב"קרב חלומות" וזכה באליפות ה-WCW. לאחר שהתגבר על פלייר, על "הקצב" (ברוטוס ביפקייק), ביג ואן ויידר, וצינוק האבדון במשך 15 חודשי הכהונה שלו (הכהונה הארוכה ביותר של אלוף WCW), הוגאן הפסיד את התואר בפסילה לענק, ובגלל מחלוקת התואר התפנה. לאחר שלא הצליח לזכות שוב בתואר, הוגאן המשיך להילחם מול הענק וניצח, יחד עם רנדי סאבאג', את "הברית לסיום ההאלקמאניה" בקרב של שניים מול שמונה. לאחר מכן, הוגאן יצא לחופש.
באירוע "מסיבה בחוף 1996", בדיוק שנתיים מאז שהגיע לארגון, במהלך קרב שלשות שבו הצוות של "האאוטסיידרים" (קווין נאש וסקוט הול) ושותף מסתורי מול מתאבקי WCW, הוגאן הופיע ותקף את רנדי סאבאג', ובכך חשף את עצמו כשותפם של נאש והול, והפך, בפעם הראשונה במשך יותר מעשור, למתאבק "רע". הוגאן האשים את המעריצים שבגדו בו והכריז על יצירת "סדר עולמי חדש" (nWo). הוגאן התחיל לגדל זקן שחרחר, ללבוש בגדים שחורים ולבנים, והתחיל לקרוא לעצמו "הוליווד" הוגאן. באוגוסט הוגאן זכה בתואר מהענק. הוא ריסס על התואר nWo, והתייחס אליו כאל "תואר ה-nWo". הוגאן נלחם מול מתאבקים נאמנים ל-WCW כמו ריק פלייר, רנדי סאבאג', רודי פייפר ולקס לוגר, לו הפסיד את התואר למשך 5 ימים באוגוסט 1997. בדצמבר, הוגאן הפסיד את התואר לסטינג בהכנעה. לאחר קרב נוסף שהסתיים במחלוקת. התואר פונה. הוגאן הפסיד לסטינג בקרב על התואר הפנוי בפברואר.
לאחר שהוגאן הפסיד לסטינג בגלל התערבות מצד רנדי סאבאג', הוגאן התחיל איתו יריבות. במרץ, הם נלחמו בקרב כלוב ללא תוצאה. כעבור חודש, סאבאג' ניצח את סטינג וזכה בתואר, בזמן שהוגאן הצטוות עם קווין נאש מול רודי פייפר והענק. הוגאן בגד בנאש במהלך הקרב ואז איתגר את סאבאג' למחרת היום לקרב על התואר. נאש התערב בקרב לטובתו של סאבאג', אולם ברט הארט עזר להוגאן לזכות בתואר בפעם הרביעית. ה-nWo התפצלה לשני פלגים- פלג ה"הוליווד" של הוגאן ופלג ה"וולף-פאק" של נאש.
הוגאן המשיך להחזיק בתואר עד יולי, בו הפסיד את התואר לביל גולדברג, שהיה בלתי מנוצח. בשאר שנת 1998 הוגאן התאבק בקרבות סלבריטאים, כשהוא מצוות עם דניס רודמן מול דיאמונד דאלס פייג' וקארל מלון ביולי, או יחד עם אריק בישוף מול פייג' וג'יי לנו באוגוסט. הוגאן גם נלחם מול אולטימייט ווריור באוקטובר. לאחר מכן, הוגאן הודיע על פרישתו בגלל רצון להיבחר להיות נשיא ארצות הברית.
הפרישה הייתה מזויפת, והוגאן חזר ב-4 בינואר 1999, כשקווין נאש, האלוף דאז, מפסיד לו את התואר בכוונה. ה-nWo התאחדו לאחר מכן שוב.
עזיבה.
הוגאן הפסיד את התואר לריק פלייר במרץ. במהלך הקרב, נראה כאילו הוגאן הופך שוב לדמות "טובה". אך לאחר חודש הוא נפצע בקרב מרובע שכלל גם את פלייר, סטינג ודיאמונד דאלס פייג'. ביולי, הוגאן חזר בתור מתאבק "טוב" וענה לאתגר של רנדי סאבאג', שזכה בתואר יום לפני כן. הודות להתערבות מנאש, הוגאן זכה באליפות השישית שלו. כעבור שבוע, נאש בגד בהוגאן והם התחילו יריבות, שהסתיימה כשהוגאן ניצח את נאש בקרב פרישה באוגוסט. בספטמבר, הוגאן הפסיד את התואר לסטינג. כעבור חודש, הוגאן הפסיד לסטינג בקרב חוזר בו הוא פשוט יצא ונתן לסטינג להצמיד אותו.
הוגאן חזר בפברואר 2000, כשהוא מתחיל יריבויות עם לקס לוגר, ריק פלייר ובילי קידמן. ביולי, הוגאן קיבל קרב על התואר מול ג'ף ג'ארט. הכותב הראשי, וינס רוסו, ציווה על ג'ארט לאפשר להוגאן להצמיד אותו. לאחר מכן, רוסו פיטר את הוגאן (שרצה לזכות בתואר והשתמש בסעיף בחוזה שלו כדי לשנות את תוצאת הקרב) והודיע שהוגאן לא יראה שוב בארגון. הקרב של הוגאן מול ג'ארט בוטל והתואר הוחזר לג'ארט, שהפסיד אותו מאוחר יותר באותו ערב לבוקר טי. הוגאן לא הופיע יותר ב-WCW, שנסגרה במרץ 2001.
חזרה ל-WWE.
בפברואר 2002, הוגאן חזר יחד עם נאש והול בתור ה-nWo. השלושה נכנסו לעימות עם הרוק ועלו ל"סטון קולד" סטיב אוסטין בקרב על התואר מול כריס ג'ריקו. הוגאן קיבל את האתגר של הרוק ברסלמניה 18, וביקש מהול ומנאש לא להתערב בקרב. בקרב, הקהל עודד את הוגאן וגרם לו להפוך שוב למתאבק "טוב", אף על פי שהפסיד בקרב. לאחר מכן, הרוק הציל את הוגאן מהתקפה של הול ונאש. באפריל, הוגאן ניצח את טריפל H וזכה בתואר ה-WWE (לשעבר WWF) השישי והאחרון שלו. כעבור ארבעה שבועות, הוא הפסיד אותו ל"קברן". לאחר שהפסיד לטריפל H בקרב בו המנצח קיבל קרב על התואר, הוגאן התחיל יריבות עם קורט אנגל, והפסיד לו בכניעה.
ב-4 ביולי, הוגאן חבר לאדג' והם ניצחו את בילי וצ'אק וזכו בתוארי הזוגות. הם הפסידו את התארים ללאנס סטורם וכריסטיאן כמה שבועות לאחר מכן. באוגוסט, הוגאן הפסיד לברוק לסנר בקרב אלים במיוחד. לאחר קרב זה, הוגאן לקח הפסקה נוספת מהארגון, וחזר רק בתחילת 2003. הוגאן הפסיד לרוק בקרב חוזר בפברואר וניצח את וינס מקמהן ברסלמניה 19 בקרב ש"נבנה במשך 20 שנה".
מר אמריקה.
מאוחר יותר, הוגאן לבש מסכה והתחיל להתאבק בתור "מר אמריקה", לאחר שוינס מקמהן מנע מהוגאן להיאבק שוב. וינס מקמהן היה נחוש לחשוף את מר אמריקה בתור האלק הוגאן, ושלח את רודי פייפר, יריבו הוותיק של הוגאן להילחם נגדו במאי, אך הוגאן הביס אותו. ביוני, הוגאן הפסיד בקרב שלשות בתור מר אמריקה לאחר שהביג שואו ניצח אותו. לאחר התוכנית, הוגאן הוריד את המסכה וחשף לקהל שהוא מר אמריקה. לאחר שהוגאן החליט לפרוש כתוצאה מחוסר שביעות רצון מן הכתיבה, מקמהן הראה את הקטע בו הוגאן חושף את עצמו ו"פיטר" אותו.
הוגאן חזר ל-WWE ב-2005, כשהוא הוכנס אל היכל התהילה של ה-WWE. למחרת היום, ברסלמניה 21, הוא תקף את מוחמד חסן ודיבארי. כעבור חודש, הוגאן ושון מייקלס ניצחו את חסן ודיבארי.
ב-4 ביולי, לאחר שהוא ומייקלס ניצחו את קורט אנגל ואת קרליטו, מייקלס בעט בהוגאן בעזרת מהלך ה"סופרקיק" שלו. כעבור שבוע, מייקלס איתגר את הוגאן לקרב והוגאן קיבל את האתגר כעבור שבוע. באוגוסט, הוגאן ניצח את מייקלס והם לחצו ידיים לאחר הקרב.
ב-2006, הוגאן חזר ל-WWE ונכנס ליריבות מול רנדי אורטון, כשהוא ניצח אותו בסאמרסלאם.
ב-2010 הצטרף הוגאן לארגון ההיאבקות TNA, והכריז על תחילתו של עידן בסצנת ההיאבקות הבידורית.
הוא הצליח לצרף מספר מתאבקים כמו ג'ף הארדי וריק פלייר אשר היו בעברם אלופי ה-WWE, בנוסף אליהם הוא צירף את סקוט הול ושון וולטמן. הוגאן הודיע שמטרתו היא לנגוס ברייטינג של ה-WWE ולהוות אלטרנטיבה לצופי ההיאבקות. הוא לקח את אביס תחת חסותו וניסה להפוך אותו להיות "הפנים של TNA". הוגאן התחיל יריבות מול ריק פלייר, כששניהם קיבצו צוותים להילחם אחד בשני. הצוות של הוגאן (אביס, ג'ף ג'ארט, ג'ף הארדי ורוב ואן דאם) ניצחו את הצוות של ריק פלייר (סטינג, דזמונד וולף, רוברט רוד וג'יימס סטורם).
אימורטל.