הגדרת מטרות זו, שנקבעה כבר בראשית דרכו של החי"ש, היוותה קו מנחה לפעילותו גם בהמשך. הדגש העיקרי היה על ניידות גבוהה שתאפשר פעילות גם מחוץ ליישובים ולערים ולפיכך יועד הכוח למתנדבים בעלי כושר לחימה בגילאי 18–26. לעומת זאת, בערים הגנו פלוגות חי"ם נייחות, שהורכבו מחברים מבוגרים יותר (גילאי 36–50) וממתנדבות בגילאי 18–35. ביישובים הכפריים הופעלו פלוגות מיוחדות (פל"ם, לעיתים ראשי התיבות מפורשים כ"פטרול לוחם") שעמדו גם הן תחת פיקוד החי"ם.
הפיקוד בראשית ימי החי"ש הופקד בידי נוטרים שקיבלו אימון צבאי, הכשרה פיקודית ונשק בריטיים במסגרת תפקידם במשטרת היישובים העבריים ובמסגרות מקבילות. כן התקיים במושבה כנרת בקיץ 1939 הקורס הראשון למפקדי חי"ש שהכשיר את שלד הפיקוד. חלק מהמתנדבים לחי"ש, בעיקר בנפות הכפריות, היו בה-בעת גם נוטרים שהשתמשו בנשקם החוקי לצורכי החי"ש.
החי"ש עד נובמבר 1947.
מלחמת העולם השנייה (1939 - 1945).
זמן קצר לאחר הקמת החי"ש פרצה מלחמת העולם השנייה. הדבר הביא לעיכוב משמעותי בהתפתחות החי"ש מפני שרבים מהצעירים שהיו קהל היעד הטבעי להשתתפות בחי"ש התגייסו לצבא הבריטי. בשנת 1941, כשהסכנה לארץ ישראל מצד הכוחות הגרמנים גברה, הוקם הפלמ"ח בשיתוף פעולה עם הבריטים, וניתנה לו עדיפות על פני החי"ש. בנוסף, המפקדים האזוריים לא ששו להעביר את הצעירים שלהם ליחידות החי"ש והעדיפו לשמור אותם קרובים אליהם ביחידות ההגנה המקומית. במיוחד נעשה הדבר על רקע מלחמת העולם השנייה והצורך בהגנה וביצור היישובים עצמם, דבר שנתן עדיפות לחי"ם ככוח מגן על פני פעולות חי"ש. במצב זה, נותרו גדודי החי"ש בפיקוד אזורי ולא הוכפפו ליחידה ארצית אחת.
הגיוס לחי"ש היה חלש במיוחד בערים. בירושלים התנדבו כ-300 איש, בתל אביב כ-550 ובחיפה לא יותר מ-300 איש. במרחב הכפרי התבסס החי"ש בעיקר על אנשי משטרת היישובים העבריים המגויסים, שמנו במהלך מלחמת העולם השנייה פחות מ-3,000 איש. אליהם הצטרפו הנוטרים בשירות חלקי. בירושלים ובחיפה הוקמו יחידות חי"ש שבוססו על הסטודנטים באוניברסיטאות (האוניברסיטה העברית והטכניון). הם היו בעלי פוטנציאל רב, אך התחלפו מדי שנה ולא היו זמינים בחופשות. בשיא המתיחות מול האיום הנאצי, בקיץ 1942, הוקם מנגנון גיוס לחי"ש במקוה ישראל, שלא יצא לפועל.
במסגרת תוכנית ב' של המפקדה הארצית, ביולי 1943, הופקד החי"ש על הפעילות ההתקפית וההגנתית במרחב הפעולה הטקטי, כלומר בתחום המחוזי, תוך שהוא נשען על בסיס יישובי ויוצא לפעילות בתחום האזור. על מרחב היישוב, הכולל את היישוב היהודי ואת הכפרים הערביים הסמוכים לו, הופקד החי"ם, במתכונת הגנתית. במרחב הפעולה האסטרטגי, המרוחק מתחומי יישוב, פעל הפלמ"ח. לערים הגדולות מונו מפקדים והן חולקו לחבלים. על כל חבל הופקדה פלוגת חי"ש. כל יישוב או קבוצת יישובים סמוכים הוגדר כ"אזור" ומונה לו מפקד-אזור (מא"ז). המא"ז הוכפף בעת חירום או לחימה למפקד פלוגת החי"ש האזורית, דבר שבא לחזק את החי"ש ולתת למפקדיו סמכויות ואחריות רבות יותר.
בשנים 45–1944 בעת ה"סזון" פעלה בתל אביב פלוגת חי"ש מגויסת שכונתה "הפלוגה המיוחדת" (פו"מ), פלוגה זו הוכפפה לש"י (שירות הידיעות של ההגנה, המודיעין הצבאי) ותפקידה היה סיכול פעולות אצ"ל ולח"י כנגד מטרות בריטיות ואף הסגרת אנשי אצ"ל ולח"י לבריטים. הפלוגה פעלה גם נגד ערבים ומשתפי פעולה יהודים וביצעה פעולות רבות שלא פורסמו עד עתה. עיריית תל אביב הציבה לוחית זיכרון במפקדת הפלוגה ברחוב סמטת בית השואבה 8.
למפקד החי"ש מונה בכיר המפקדים באזור הצפון, יהושע גלוברמן.
עיריית תל אביב קבעה לוחית זיכרון במקום בו היה מטה החי"ש בשנים 1944–1946 ברחוב שינקין 45 בתל אביב.
שנות המאבק נגד הבריטים (1945 - 1947).
עם תום מלחמת העולם השנייה התחדש המאבק בגזרות הספר הלבן. כך התווספה על מטרות החי"ש, כמו על מטרות כל כוח המגן העברי, מטרה נוספת והיא פגיעה במוסדות השלטון הבריטי בארץ. הכוח העברי שגויס לצבא הבריטי השתחרר ורובו חזר לארץ, מאומן ובעל ניסיון צבאי. עם זאת, כמעט איש מהמפקדים בבריגדה היהודית ובכוחות הלוחמים האחרים לא פיקד בקרב על סדר כוחות הגדול מפלוגה.
עם תום מלחמת העולם השנייה, במסגרת "פקודת המבנה הארצי (יוני 1945)", חילק מטה ההגנה את הארץ מחדש ל"שישה מרחבי פיקוד שווים מבחינת סמכות הפיקוד הנתונה למפקדים הממונים עליהם, והכפופים במישרים לפיקוד העליון. שלושה מרחבים מתוכם עירוניים ונקראים מחוזות ושלושה מרחבים כפריים ונקראים גלילות... הגליל מורכב ממרחבי משנה הנקראים נפות". המחוזות היו: מחוז חיפה שכלל את המרחב העירוני מטירת כרמל ועד נהריה החלקים הכפריים בשטח זה נקראו "נפת זבולון", מחוז תל אביב שכלל את המרחב העירוני הסמוך לתל אביב מגבולה הדרומי של בת ים ועד נחל הירקון וכן את כפר הנוער בן שמן, מחוז ירושלים שכלל את הדרך מהכפר יאזור (אזור) ועד העיר, את המרחב העירוני של העיר כולל השכונות והיישובים הקרובים, את גוש עציון, בית הערבה ומפעלי האשלג בקלי"ה ובסדום. גליל צפון השתרע מכפר גלעדי בצפון ועד בית שאן בדרום ומהירדן ועד הכרמל, גליל התיכון השתרע לאורך מישור החוף מהכרמל בצפון ועד הרצליה בדרום), וגליל הדרום השתרע מראשון לציון בצפון ועד רביבים בדרום. במסגרת אותה פקודה הועברו הפל"מים (הפטרולים הלוחמים) מהחי"ם לפיקוד החי"ש. בכל מרחב פיקוד היו מספר גדודים הכפופים למפקד כוחות החי"ש במרחב, כך נוצרו למעשה גדודי חי"ש בזיקה מרחבית שיהוו את הבסיס לחטיבות המרחביות שיוקמו לקראת סוף 1947.
לפי תוכנית מאי 1946 (תוכנית ג') הוגדרו מחדש מטרות החי"ש, על ידי צבי איילון (לשצ'ינר), מי שנחשב (יחד עם יהושע גלוברמן) לאבי רעיון החי"ש, ומי שקבע את מבנה הארגון ותורת הלחימה שלו. בראש המטרות לא עמדה עוד רק ההגנה על יישובים ודרכי התחבורה אלא התווספה מטרה נוספת והיא ההגנה על תשתיות חיוניות וכלכליות כמפעלי מים, תחנות כוח, מפעלי תעשייה וכדומה. כוחות חי"ש מיוחדים הוקצו לשמירה על מתקנים אלה, ובמיוחד על מתקנים מבודדים כמפעל האשלג בים המלח.
בשל המתח המדיני הגובר מול האויב הערבי, ההתארגנות להתנגדות לבריטים והשחרור מהצבא הבריטי, חודשה גם ההתנדבות לחי"ש. בערים נעשה מאמץ לגייס חברים נוספים מקרב החיילים המשוחררים, נוער עובד, וסטודנטים. בנובמבר 1947 מנה החי"ש בירושלים ובסביבתה קצת פחות מ-1,100 איש, בתל אביב כ-1,200 ובחיפה - כ-800. במרחבים הכפריים נשאר החי"ש מאורגן בפלוגות, שהתבססו בעיקר על כוח האדם והאמצעים של משטרת היישובים העבריים.
הפיקוד החל לשלב כוחות חי"ש ופלמ"ח למבצעים התקפיים כנגד מתקנים בריטיים כמו בליל ה-22 בפברואר 1946 בו ערכה ה"הגנה" פעולות חבלה בבסיסי המשטרה הניידת הבריטית בשפרעם, כפר ויתקין ונגד המפקדה הבריטית בשרונה ("הקריה" בתל אביב) או בליל וינגייט ב-25 במרץ 1946.
כוח אדם והכשרה.
כוח האדם הבסיסי של החי"ש היה בוגרי גדנ"ע, "גדודי נוער" לנערים לומדים בגילאי 15–18, בהם הוכשרו תלמידים לפעילות צבאית ולפעילות סיוע, למשל כחובשים. כמו כן פעל החי"ש לגיוס נוער עובד (חברי הנוער העובד) ונוער הפועל המזרחי ("משמרות אליצור"). מסגרת גיוס והכשרה נוספת הייתה מועדוני הספורט כ"מכבי". ו"הפועל". מועדוני הספורט היוו גם הסוואה לאימונים צבאיים.
בירושלים ובחיפה הוקמו, כאמור, יחידות חי"ש שהתבססו על סטודנטים. בירושלים הוקמו מחלקות החי"ש באוניברסיטה לפי הפקולטות, האחת, ששם הצופן שלה היה "יוחנן" יועדה לתלמידים במדעי הטבע והאחרת, "בן-אברהם", לתלמידי מדעי הרוח.
בתל אביב התבלט גדוד הפרברים (חברי הגדוד נודעו גם בשם הקוד "אוסטרים".), שהורכב מנוער עובד. גדוד זה היה מאומן היטב ומלוכד חברתית. כן התבלטו פלוגות משוחררי הצבא הבריטי שנקראו "נחשונים". כוח זה יהווה את הבסיס לחטיבת "גבעתי".
מתנדבי חי"ש נוספים באו, בעיקר לאחר תום מלחמת העולם השנייה גם משורות גיוס חוץ לארץ (גח"ל). אנשי הגח"ל היו צעירים, פליטי שואה אשר אומנו על ידי שליחי ההגנה במחנות העקורים. חלקם היו פרטיזנים אך רובם לא היו בעלי ניסיון צבאי. שילובם עם בני הארץ היה לעיתים בעייתי עקב הבדלי שפה ומנטליות.
לתפקידי סיוע לחימה (למשל רפואה ואספקת מזון) הוכשרו גם נשים ואף נשים דתיות.
המתנדבים עברו אימונים סדירים, עדות להם ניתן לקרוא בזכרונות ותיקי "גבעתי":
המפקדים היו בדרך כלל נוטרים ומאוחר יותר משוחררי הצבא הבריטי. אימוני המפקדים נערכו בערבים ובשבתות וכללו אימוני שדאות, טופוגרפיה ושימוש בנשק. קורס מ"כים של החי"ש נמשך 65 ימים, כמו בפלמ"ח ולעיתים באותה מסגרת, כך שרמת הקורס הייתה גבוהה. הקורס התנהל ברמת הגליל או המחוז. כמו כן התקיימו קורסי הכשרה ארציים לתפקידים מיוחדים (קשר, סיור, חבלה, עזרה ראשונה, מרגמות ועוד) גם הם בשיתוף עם הפלמ"ח. ההכשרות הארוכות יותר התבצעו בחופשות.
החי"ש הפעיל קורס קצינים ארצי (קורס מ"מים), דו חודשי בעמק יזרעאל (בעיקר בג'וערה, דליה וכפר החורש אך גם באתרים אחרים). הקצינים אומנו לפי חוברות שנגנבו מן הצבא הבריטי. מספר הקצינים היה קטן יחסית, עקב הקושי של צעירים עובדים לעמוד במחויבות הרבות שדרש התפקיד, במקביל לחייהם האזרחיים. עם זאת לא הייתה התפשרות על הרמה, בשנים 1941 - 1946 הוכשרו כקצינים 335 חניכים מתוך 746 שהתחילו את הקורס. בשנים שלאחר מכן הוגבר קצב ההכשרה וגם סרג'נטים (סמלים) ממשוחררי הצבא הבריטי גויסו לשרת כקציני חי"ש (כמפקדי מחלקות). ערב קום המדינה היו לחי"ש כ-1,000 קצינים. סיסמת הקורס ותפיסת דמות הקצין הייתה: "מפקד המחלקה בהגנה - גנרל".