תוצאות המלחמה הותירו את העיר בשטח ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים והגבולות החדשים ניתקו אותה מנמלי הים האגאי וגרמו לפגיעה בדרכי המסחר. לאחר מלחמת העולם הראשונה התחולל משבר כלכלי חריף ביוגוסלביה שלא פסח על בני הקהילה היהודית בביטולה. המצב הקשה הוביל להגירת רבים מבני הקהילה לארצות הברית, צ'ילה וירושלים. בעיר נותרו אלו שלא יכלו להגר, בעיקר בשל מצבם הכלכלי. לאחר המלחמה שונה רשמית שמה של העיר לביטולה. הקהילה היהודית הייתה אחת מ-117 הקהילות המאורגנות בממלכה החדשה, והיא פעלה תחת תקנון שאישר שר המשפטים של הממלכה. התקנון קבע שהקהילה פועלת תחת חוקי הממלכה, ודואגת לצרכים התרבותיים והרוחניים של חבריה, ומוסמכת להקים ולנהל בתי כנסת ומבני ציבור.
שנות ה-20 התאפיינו באי שקט פוליטי וחברתי. תוצאותיה של המלחמה ליבו את הלאומנות ואת הקסנופוביה, וגם בביטולה שרר מתח בין הקבוצות האתניות השונות. ב-1921, 1922 ו-1926 תועדו עלילות דם בעיר והשלטונות המקומיים ונציגי הכנסייה האורתודוקסית הסרבית התערבו להרגעת הרוחות. מעדויות שניוניות עולה, כי ב-1926 לא הצליחו רבים מבני הקהילה לשקם או לבנות מחדש את בתיהם שחרבו במלחמת העולם הראשונה, וזאת בשל מצבם הכלכלי. עם זאת, חלקם עזבו את אזורי המגורים הישנים שחרבו במלחמה והתרכזו באזור חדש הסמוך לאזור בית העלמין שהתמשך עד לשוק העירוני. ב-18 באפריל 1922, בעוד פרנסי העיר מנסים לשקם את הריסות המלחמה, התפוצצה רכבת תחמושת בתחנת הרכבת שבעיר. בעקבות הפיצוץ פרצה דליקה גדולה בעיר, נגרמו נזקים כבדים וכ-3,000 בני אדם נותרו ללא קורת גג.
המבנה המסורתי של הקהילה השתנה בעידן היוגוסלבי. הרב הראשי כבר לא הוגדר כראש הקהילה. בהנהגת הקהילה עמדה מועצה של 34 חברים, וזו בחרה אישים לתפקידים הקהילתיים כגון הרב הראשי או החזן. המועצה הייתה אחראית לתקציב הקהילה. מבין חברי המועצה נבחרו נשיא הקהילה וסגנו. תקנון הקהילה אושר רשמית על ידי משרד הדתות היוגוסלבי. בתקופת בין המלחמות, התחולל תהליך חילון בקרב הדור הצעיר של הקהילה, גברה הפעילות ציונית ובכלל זה הקמת תנועות נוער כגון החלוץ, קבוצות ספורט, הופץ עיתון התנועה בקהילה וילדיה נשלחו למחנות קיץ של התנועה. עד סוף ה-30 הפכה התנועה הציונית לכוח הדומיננטי בקהילה. ראש הקהילה ומנהיג התנועה הציונית שבעיר היה ליאון קמחי. קמחי היה סגן נשיא התנועה הציונית בממלכת יוגוסלביה וכיהן גם במועצת העיר ביטולה בשורה ארוכה של תפקידים, ובכללם יושב ראש המועצה. ב-1919 הקים קמחי 2 אגודות נוער, אשר התאגדו בהמשך ביחד עם אגודת מכבי לתנועה אחת בשם "התחייה". כן הוקמה אגודה ציונית לנשים בשם "שרה אהרונסון". הפעילות הציונית גברה וראשי הקהילה פעלו להעלאת יהודים לארץ ישראל במסגרת הקצאת הסרטיפיקטים ליהודי יוגוסלביה. ב-1926 ביקר קמחי בארץ ישראל, ועם שובו הוגברה הפעילות לעליית יהודים ובכלל זה מבצעי התרמה לקניית השקל הציוני. תפישת עולמו של קמחי הייתה שעתידם של יהודי ביטולה יובטח רק בארץ ישראל, וזה היה לב פעילותו במסגרת הקהילה וברמה הארצית. מינוי של שבתאי ג'אין לרב הראשי ב-1924 סייע להאצת פעילות התנועה הציונית ולקידום החינוך בקהילה. הוא הטיף לעלייה לארץ ישראל ופעל להבאת מורים וגננות דוברי עברית לקהילה.
ב-1931 מונה הרב אברהם רומנו לרב הראשי. רומנו תיעד בכתב את המצוקה הקשה בקרב בני הקהילה. במהלך שנות ה-30 היגרו מביטולה בהגירה פנימית יוגוסלבית 203 משפחות ו-120 יחידים, רובם לזאגרב, סקופיה ובלגרד.
ב-1936 נשלח לביטולה ד"ר רודולף בוכוולד, המזכיר הכללי של ההתאחדות הציונית ביוגוסלביה, כדי לבחון את מצב הקהילה. הוא תיאר קהילה במצב חומרי קשה, חנויות ריקות וללא שימוש, בתים קטנים חשוכים ורעועים, בכל חדר מתגוררת משפחה שלמה בדוחק. ילדי הקהילה חיים ברעב, ורבים מהם נפלטו ממערכת החינוך. חלק נכבד מאוכלוסיית הקהילה אינו דובר סרבו-קרואטית אלא לאדינו בלבד. הביקור הסתיים בכינוס בבית הכנסת "קהל אראגון" שהיה צר מלהכיל את הקהל שהגיע. בעקבות המצב, פתחו יהודי ביטולה שהיגרו לארצות הברית באינדיאנפוליס, ניו יורק ורוצ'סטר קרנות סיוע מיוחדות לבני עירם. נשלחו משלוחי בגדים אשר ממשלת יוגוסלביה פטרה ממכס וחולקו לבני הקהילה.
מלחמת העולם השנייה ושואת הקהילה.
באוקטובר 1934 מונה פאבלה, נסיך יוגוסלביה לעוצר הממלכה לאחר שהמלך אלכסנדר הראשון נרצח בפריז. בהמשך, החלה הממלכה במגעים עם גרמניה הנאצית ותהליך זה לווה בתחיקה אנטי-יהודית. ביולי 1939 פרסמה ממשלתו של דראגישה צבטקוביץ' תקנות לגירוש יהודים שהתגוררו ביוגוסלביה אך לא היו אזרחי המדינה. בפרוץ מלחמת העולם השנייה הכריזה הממלכה על נייטרליות, אך המשיכה במשא ומתן עם הגרמנים על הצטרפות ההסכם התלת-צדדי. באוגוסט 1940 החלו מגבלות לא רשמיות על רישום יהודים למוסדות חינוך, והן הובלו על ידי שר החינוך היוגוסלבי אנטון קורושץ שהיה ידוע כאנטישמי. ב-4 באוקטובר 1940 פורסמו תקנות רשמיות שהגבילו את הפעילות הכלכלית של יהודי יוגוסלביה וקבעו נומרוס קלאוזוס במוסדות להשכלה גבוהה ואיסור עיסוק במקצועות מסוימים. האליטה האינטלקטואלית היוגוסלבית מתחה ביקורת נוקבת על החלת החוקים. בהמשך, הוגבלו גיוסם של יהודים לצבא וקבלתם לקורסי קצינים. הרב הראשי של יהדות יוגוסלביה ד"ר יצחק אלקלעי אולץ להתפטר מתפקידו. במקביל, החלו להתפרסם בעיתונות היוגוסלבית מאמרי שטנה אנטישמיים. ב-25 במרץ 1941 חתמה יוגוסלביה על ההסכם התלת-צדדי ויומיים לאחר מכן פרצה בממלכה הפיכה צבאית בתמיכת מנהלת המבצעים המיוחדים הבריטית. פאבלה קאראג'ורג'ביץ', מועצת העוצרים וממשלת יוגוסלביה הודחו ופטר השני הומלך למלך יוגוסלביה. פאבלה ומשפחתו הוגלו לקניה והושמו במעצר בית עד תום המלחמה. עם פרוץ ההפיכה הצבאית שהובילה להדחתו של פאבלה קאראג'ורג'ביץ', פסקו הלימודים והפעילות הקהילתית ברחבי הממלכה. 300 יהודים שנמלטו מאזור סרביה הגיעו לביטולה וסקופיה.
כפועל יוצא מההפיכה, ב-6 באפריל 1941 פלשה גרמניה הנאצית לשטחי ממלכת יוגוסלביה וממלכת יוון והכניעה אותן תוך זמן קצר. ב-9 באפריל נכבשה ביטולה. במהלך כיבוש העיר בזזו הגרמנים מספר חנויות ודירות של בני הקהילה ועל אחרות נתלה סימון מיוחד. ב-18 באפריל הועברו חבלי מקדוניה הווארדארית ותראקיה היוונית לחזקת הבולגרים, ויחידות צבא בולגריות נכנסו לחבלים אלו. לאוכלוסייה היוונית והיוגוסלבית הוענקה מיד אזרחות בולגרית, אך היא נמנעה מהיהודים. מרבית בני הקהילה התגוררו באזור העני סמוך לגדה המערבית של הנהר דראגור ומקצתם בשכונות החדשות האמידות יותר באזור הגדה המזרחית. לאחר הגעת הבולגרים רוכזו כל בני הקהילה בשכונות שבאזור הגדה המערבית ונאסר עליהם להתגורר באזור המזרחי. כך הפך האזור המערבי לגטו. על המגורשים נאסר לרכוש או לשכור בתים חדשים וכך נדחסו מספר משפחות באותה דירה בתנאי צפיפות קשים מאוד. הוטל מיסוי מיוחד על רכוש ומיטלטלין. כל בני הקהילה חויבו להירשם בתחנת המשטרה המקומית.
אף על פי שלא היו אזרחים בולגרים הוטלו על יהודי ביטולה מגבלות בכפוף לסעיפי החוק להגנת האומה, ובכלל זה הגבלת תנועה, החרמת רכוש, איסור נישואי תערובת, הגבלת תנועה ומגורים, הגבלת תעסוקות, חסימת חשבונות בנק, ועבודות כפייה. 55 מבני הקהילה הצטרף לכוחות הפרטיזנים של טיטו, 42 גברים ו-13 נשים ומהם נודעו בהמשך אסתר עובדיה, ז'מילה קולונומוס, ויקטור משולם ובנו רוסו. באפריל 1942 נעצרו ראשי הקהילה, ובהם ליאון קמחי, זאת בעקבות מעצר עקב הלשנה של קבוצת קומוניסטים יהודיים מקרב בני הקהילה אשר תמכו באופן פעיל במחתרת. מעצר ראשי הקהילה הותיר את הקהילה באנדרלמוסיה. ב-1 בדצמבר 1942 לפנות בוקר גורשו ראשי הקהילה לסופיה.
ב-10 ביוני 1942 נתנה הממשלה הבולגרית תוקף רשמי להחלטה להעניק אזרחות בולגרית לכל הנתינים היוגוסלבים והיוונים בשטחים שסופחו לבולגריה. בנוסף, נכתב בהחלטה כי: "פקודה זו לא מיועדת לאנשים ממוצא יהודי". בספטמבר 1942 חויבו דירות ובתי עסק בבעלות יהודית לשלט אותן בשילוט מיוחד "בית יהודי/עסק יהודי".
ב-22 בפברואר 1943 חתם אלכסנדר בלב בשם ממשלת בולגריה על הסכם עם תיאודור דנקר מטעם גרמניה הנאצית, ובו סוכם על גירוש 20,000 יהודים המצויים בחזקת הבולגרים ל"אזורים הגרמניים במזרח" (ההסכם נחתם בברלין ולכן פולין מוגדרת "מזרח" בהתייחס למקום שבו הוא נחתם). בהסכם לקחה על עצמה ממשלת בולגריה את כל הנושא הלוגיסטי של הגירוש כולל ההוצאות הכרוכות בו וכולל תשלום לגרמניה על כל יהודי מגורש. את התשלום מימנה הממשלה הבולגרית ממכירת רכוש המגורשים.