במסגרת מחקרים אלה, פיתח אייזנשטדט בשיתוף עם חוקרים ישראלים אחרים ניתוח של דפוסים שונים של מדינות קדומות (early states), כמו חברות שבטיות באפריקה. הוא הציע ניתוח השוואתי של דפוסים מרכזיים ויחסי מרכז-פריפריה שהם בעלי עניין עקרוני מעבר לחברות האפריקאיות, ויש בהם תרומה חדשנית לחקר הדינמיקה של חברות שונות.
ריבוי המודרניות (Multiple Modernities).
החל משנות ה-90 החל אייזנשטדט לשלב את הניתוחים הציוויליזציוניים עם פיתוח חדש בתוך מחקר המודרניות, כאשר במרכזו של המחקר עומד הרעיון של ריבוי המודרניות (multiple modernities). אייזנשטדט ראה את המודרנה כדפוס ציוויליזציוני המשלב דפוסים קוסמולוגיים (imaginnaires) ספציפיים עם מערכות מוסדיות מיוחדות כאשר המשותף לשניהם הוא הפתיחות היחסית שלהם.
חוקר מדע המדינה הצרפתי לפורט הדגיש כי אחד הסממנים הבולטים שמאפיינים את המודרניות הוא "אובדן סימני הביטחון", והניסיונות לגיבוש דפוסים "בטוחים" חדשים. אובדן סימני הביטחון משמעו הוא שלא רק שעולות יותר שאלות, יותר פתיחות, אלא שסימני הביטחון הקוסמולוגי שהיו בחברה הפרה-מודרנית הלכו לאיבוד. כבר לא לוקחים שום דבר, לא את ההנחות הקוסמולוגיות ולא את עקרונות המערכות המוסדיות, וכתוצאה מכך מתפתח חיפוש מתמיד אחרי דפוסים חדשים.
במחקריו אייזנשטדט מדגיש שמגמות אלה, בצירוף עם הסימנים המבניים של מודרנה – רמת הדיפרנציאציה החברתית הגבוהה והתפתחות דפוסים מוסדיים אוטונומיים כמו המדינה המודרנית, כלכלת שוק (בעיקר, אך לא רק, קפיטליסטית) – כאשר הן משולבות בניסיונות של גיבוש מערכות שונות של מודרניות מהווים את לבה של המודרנה כציוויליזציה ספציפית. אך גם אם דפוסים אלה עולים בארצות שונות או בתוך סקטורים חברתיים שונים מתוך בעיות דומות הרי הם מתגבשים ומתפתחים בחברות מודרניות שונות בצורות שונות.
בניגוד לעמדה המרומזת של המחקרים "הקלאסיים" של המודרניזציה שמאחוריהם עומד הרעיון של הקדמה הבלתי נמנעת לעבר המודרניות, הרעיון של ריבוי מודרניות שם דגש על השונות הסמלית והמוסדית הרבה, ועל ההבדל בין חברות מודרניות שונות ועל הניתוח השיטתי של הדרכים בהן החוויות ההיסטוריות של חברות וציוויליזציות שונות משפיעות על גיבוש דפוסי מודרניות שונים. מודרניות שונות כאלו כרוכות ב"פתרונות" אידאולוגים, תרבותיים ומוסדיים ייחודיים, והן נתנו תשובות שונות לבעיות אותן חלקו חברות מודרניות, כגון בעיות שעלו מהעיור, מהתיעוש ומהתרחבות הקהילות. הצורות המודרניות השונות הללו התגבשו מתוך בחירות סלקטיביות של הנחות היסוד הסמליות העיקריות והצורות המוסדיות של הציוויליזציות המערביות המקוריות, כמו גם של המערכות המסורתיות וההיסטוריות של הציוויליזציות האחרות, כאשר השילוב בין שניהם מביא לשינוי צורתן ודרך פעולתם של מוסדות ומערכות חברתיים אשר יובאו ממרכזי המודרניות הראשונים.
בעניין זה יצא אייזנשטדט נגד העמדה הרווחת שמזהה את המודרניות עם קידמה. הוא הפנה זרקור חזק לפוטנציאל ההרסני הקיים בלבה של המודרניות, המתבטא, בין היתר, במלחמות וברצח עם. לדעתו שורשיהן של נטיות אלו הם בהיבטים ההרסניים של הפעילות הכריזמטית המוצאת את ביטויה כבר בציוויליזציות הציר, למשל במלחמת הדת, והוא הדגיש בעקבות כך את הניגוד בין היסודות הבונים לאלו ההרסניים של ציוויליזציות הציר ושל המודרנה על גוניה השונים והרבים.
ריבוי המודרניות היא גם אחת הטענות החזקות נגד העמדה הפוסט מודרנית. טענת ריבוי המודרניות אינה מקבלת את ההנחה כי עברנו את השלב המודרניסטי, אלא מחזיקה בעמדה כי פיתחנו צורות שונות של מודרניות. טענה זאת היוותה חלק מהתנגדותו של אייזנשטדט לזיהוי המוחלט בין "מודרני" ל"מערבי". במחקרים על התרבות ביפן, בסין ובאסלאם, הראה אייזנשטדט שגם חברות "מזרחיות" שונות מפתחות סממנים גוברים של מודרניות ואף מערכות מודרניות ספציפיות. כך למשל אפילו פונדמנטליזם אסלאמי, כך טען, אינו תוצר של "התנגשות ציוויליזציות", אלא סוג אחר של גיבוש המודרניות עם אידאולוגיה מנוגדת לזו של הנאורות.
כאמור ההדגשה על ריבוי המודרניות שהחלה בשנות ה-80 היא נקודת מפנה מרכזית בחקר המודרניות והיוותה וממשיכה להוות מוקד מרכזי בדיונים האקדמיים וציבוריים על טיבה של החברות בנות-זמננו ולגיבושן של תוכניות מחקר ברחבי העולם.
מחקר הדמוקרטיות.
בקשר הדוק למחקר ההשוואתי של ציוויליזציות ושל ריבוי מודרניות, פיתח אייזנשטדט בשורה של מחקרים גם דיון מעמיק על יציבותן ושברירותן של דמוקרטיות מודרניות תוך שימת דגש על ניתוח משטרים דמוקרטיים בתוך המסגרת של התרבות המודרנית.
הספר תורגם למספר שפות ובהן גם לערבית בהוצאת אל-אהראם בקהיר בשנת 2002.
המחקרים המרובים של אייזנשטדט אשר פורטו כאן, כולל אלה העכשוויים, שימשו גם כמסגרות לקבוצות מחקר של סטודנטים וחוקרים ברמות שונות בירושלים באוניברסיטה העברית, במכון טרומן ובעיקר במכון ון ליר - וכן בכנסים שונים, בעיקר בגרמניה ובשוודיה.
מחקריו הרבים של אייזנשטדט מצטרפים למסכת ייחודית ביותר של ניתוח משטרים וציוויליזציות תוך קישור מהודק לבעיות מרכזיות של התאוריה הסוציולוגית ותרומתו להן. כפי שציינו Hans Joas and Wolfgang Knoebl.
מחקריו האחרונים.
דפוסי מודרניות שונות.
במחקריו האחרונים פיתח אייזנשטדט במספר כיוונים בעיות שונות אשר עלו מתוך מחקר הציוויליזציות ומחקרי ריבוי המודרניות.
בהקשר זה המשיך בחקר דפוסים מודרניים שונים מתוך הדגשה חזקה על ייחודם בארצות שונות, והדרכים בהן הם מושפעים, בין השאר על ידי המסורות הפוליטיות והתרבותיות של ארצותיהם. לדעת אייזנשטדט, אחת הדוגמאות המעניינות ביותר היא הודו. הודו היא המדינה הדמוקרטית הגדולה ביותר בעולם אשר הקסטות הבלתי-הדמוקרטיות שבה משחקות עדיין באופן פרדוקסאלי תפקיד רציני בצורה מעניינת במערכות דמוקרטיות.
פותחו בירושלים על ידי לואיס רוניגר (תלמידו וחברו של אייזנשטדט) אף תוכניות מחקר על ארצות אמריקה הלטינית.
תוך כדי העבודות השונות על המודרניות עיבד אייזנשטדט מחדש את מחקר הציוויליזציה היהודית תוך שהוא מנתח אותה כאחת מציוויליזציות הציר, ומקשר אותה לחקר החברה הישראלית, בהדגישו שיש לראות בחברה זו אחד מהביטויים של ציוויליזציה זו ושאין להבינה בלי לקחת בחשבון את הקשר הזה.
זירות ציבוריות והחברה האזרחית.
מתוך השאלות שהוצגו לעיל פיתח אייזנשטדט גישה חדשה לחקר החברה האזרחית, נושא אשר הפך בשני העשורים שמאז תחילת שנות ה-90 למרכזי ביותר. באופן דומה, הנובע ממחקרי המודרניות לגווניה, הדגיש אייזנשטדט שבחברות מודרניות שונות מתפתחים דפוסים שונים של חברה אזרחית ושל זירות ציבוריות.
דוגמה לכך היא שוב הודו, מדינה דמוקרטית ותוססת, שלכאורה לא הייתה אמורה להיות כזאת בשל המבנה הכלכלי הלא מפותח שבה, ובעיקר בגלל משטר הקאסטות המהווה מרכיב מרכזי בחברה זו. אך במחקריו טען אייזנשטדט כי ייתכן שהקאסטות הקלאסיות היוו מעין מקבילה לחברה אזרחית. זאת, בדומה לחברה האזרחית האירופית שהחלה כקבוצות חברתיות אוטונומיות שהייתה להן הזכות (שמקורותיה עוד באנגליה של ימי הביניים - המגנה כרטה) להיכנס לזירה הפוליטית כשחקנים משתתפים. כך גם הקאסטות ההודיות שהיו אוטונומיות למדי ביחס לשליטים, אולם הנחות היסוד מאחוריהן היו, ועדיין ממשיכות להיות שונות מאלה של חברה אזרחית אירופית. בעוד זו האחרונה מבוססת על הרעיון של זכויות הפרט, הרי שבהודו הדבר היה מבוסס על מסורת שונה לחלוטין – המסורת של החובות ההדדיות של השליט ושל נתיניו וכולל חובותיו של השליט כלפי אנשי הקאסטות (אם כי בעיקר כלפי הקאסטות העליונות). אך גם בחברה האירופית המודרנית הייתה בתחילתה החברה האזרחית מוגבלת לשכבות הגבוהות.
גלובליזציה.
הדפוסים המגוונים של המודרנית השונות מתפתחים בשילוב עם תהליכי הגלובליזציה העכשווית. בחינה עכשווית אחת אותה ערך אייזנשטדט היא השאלה איך הגלובליזציה של ימינו משפיעה על ריבוי המודרניות, או איך מתבטא ריבוי המודרניות בעולם הגלובליזציה של ימינו? האם ריבוי זה בא לידי ביטוי בעיקר במדינות שונות, או שהוא קשור גם ביצירת אזורים אחרים/חדשים גלובליים, טרנס–לאומיים, כמו-גם מרחבים מקומיים שונים החוצים גבולות טריטוריאליים של המדינות הקיימות. בנוסף, הדגיש אייזנשטדט שאחת מתכונות היסוד של תהליכי גלובליזציה בימינו היא התפתחותן של תנועות חברתיות גלובליות הנושאות אידאולוגיות אנטי-גלובליות, ואלו משתלבות עם חדירה גדלה והולכת של פריפריות שונות לתוך המרכזים השונים של המודרנה.
בעבודתו בנושא זה הציב אייזנשטדט אלטרנטיבה לתזה הידועה של התנגשות הציביליזציות, פרי הגותו של סמואל הנטינגטון, ולפיה קיימת התנגשות עולמית בין הציוויליזציה המודרנית לעומת הציוויליזציה הלא-מערבית (בעיקר האסלאם). עמדתו האחרת של איזנשטדט הניחה שמה שמאפיין את הזירה העולמית היום הוא מאבק בין דפוסי מודרניות שונים, אשר כל אחד מהם מעוגן במסורות חברתיות, ובניסיונות היסטוריים שונים, כאשר תהליכי הגלובליזציה מביאים לכך שקבוצות שונות בעלת מאפיינים מסוג מסוים מתגבשות כקהילות טרנס-לאומיות שונות, ובתוך כל אחת מהן נוצרים מתחים בין מגמות מונוליתיות ופלורליסטיות, ומתוך כך מתגבשים בתוך דפוסי המודרניות הגלובליות פוטנציאלים קונסטרוקטיביים והרסניים כאחד.
במאי 2009 נערך בנושא זה בלוקסמבורג כנס של מכון לוקסמבורג ללימודים אירופאיים ובינלאומיים.
הכנס התבסס על מאמר של אייזנשטדט, שהוא גם המאמר הפותח של הספר שיצא לאור בעקבות הכנס.
המחשבה המדינית המודרנית.