ככלל, בשר בימי הביניים היה נחלתם של בעלי האמצעים בלבד, אולם גם בין בעלי האמצעים, סוגי בשר שונים נאכלו על ידי בעלי מעמדות שונים. בשר ציד (בעיקר בשר איילים) נאכל על ידי בעלי האחוזות הגדולות (לרוב בני משפחת המלוכה והאצולה הגבוהה בלבד, ובשלהי ימי הביניים גם עשירים שאינם מקרב האצולה). בעלי האחוזות צדו בעצמם את בשר הציד, וראו בציד ספורט. תושבי הערים והאצולה הנמוכה, שלא היו בבעלותם שטחי ציד, הסתפקו בבשר מבוית. בשר הבקר לא היה נפוץ בימי הביניים. גידול בקר לבשר דרש מאמץ רב ונחשב באותה עת מותרות. הפרות סיפקו חלב ונשחטו רק כשיבש חלבן. השוורים היו בהמות עבודה, לחריש בשדות וככוח מניע לעגלות, וככאלו לא נשחטו לאכילה כל עוד שימשו כבהמות משא.
סוג הבשר הנפוץ לאכילה בימי הביניים היה בשר חזיר, הקל לגידול. החזירים אכלו את הפסולת שנשארה משולחנם של בני האדם, ולא נזקקו לטיפול מיוחד. במטבח ימי הביניים גור חזירים נחשב מעדן, נאכל באירועים מיוחדים ובעיקר בארוחת ערב חג המולד. החזירים נהגו לרעות ביערות הסמוכים לכפרים ולאכול בחודשי הקיץ את בלוטי עצי האשור והאלון. שחיטת החזירים נערכה בחודשים נובמבר-דצמבר כדי להכין את הבשר לסעודת חג המולד ולחודשי החורף.
כבשים היו נפוצים באירופה ושימשו לגידול צמר ולמאכל .
בשל העובדה שהבשר היה מצרך יקר, ולרוב נחלת בני האצולה, כל חלקי הבהמה נאכלו (לרבות הזנב, האוזניים, העיניים והראש). בני האצולה ובכירי הכנסייה אכלו את הנתחים המובחרים של הבשר, ואילו פשוטי העם הסתפקו בחלקים הפנימיים והנחותים יותר (שכונו "הרבע החמישי").
מעי הבשר, הקיבה וכיס המרה מולאו, ושימשו להכנת נקניקיות. הקיפוד והדרבן נחשבו זני בר של החזיר ונאכלו אף הם.
האצילים, שידם הייתה משגת, נהגו לאכול בשר מדי יום ביומו (למעט בתקופת התענית). באירועים חגיגיים נהגו לאכול מיני בשר אקזוטיים יותר ובהם ברבורים, טווסים, שלווים, חסידות, עגורים ושחרורים (המוזכרים בשיר ילדים כמאכל תאווה - פשטידה של 24 שחרורים).
תרנגולות, ברווזים ואווזים נאכלו אף הם. קרל הגדול ראה בטווס רק עוף שנועד לקשט את גני ארמונו. רק במאה ה-11 ואילך הפך הטווס לעוף מאכל. הפנינייה ("Numida meleagris") הגיעה לאירופה במאה ה-14 מאסיה דרך טורקיה. לאחר גילוי אמריקה, נוסף גם תרנגול הודו לתפריט האירופי.
בימי הביניים היה הבשר הפשוט (בשר החזיר) יקר פי ארבעה מכמות זהה של לחם, והדגים היו יקרים פי 16 מכמות זהה של לחם - אפילו באזורי החוף, בשל מיעוט המסחר. תקופת התענית והצום היוו תקופות קשות לעניי אירופה שידם לא הייתה משגת לקנות דגים ומוצרי חלב, ומזונם בתקופה זו כלל לחם וירקות בלבד.
רק לאחר המגפה השחורה, שהמיתה למעלה משליש מאוכלוסיית אירופה, הפך הבשר למוצר זול, שעניים יכלו לרכשו, וזאת לאור העובדה שהיו יותר בעלי חיים ביחס למספר התושבים, ובשל העובדה שמרבית השדות נותרו לא מעובדים בשל המחסור בכוח האדם, ולכן שימשו כאזורי מרעה לגידול בקר וצאן.
דגים ומאכלי ים.
מיעוט המסחר באופן יחסי בימי הביניים, וקשיי השימור הובילו לכך שדגים ומאכלי ים נאכלו כמעט אך ורק באזורי החוף ולאורך הנהרות בהם הייתה הדגה מצויה. מרבית תושבי אירופה בימי הביניים (שהיו קתולים או אורתודוקסים - תלוי באזור שבו חיו), ראו בדגים תחליף בשר לימי התענית. בפועל, המונח "דגים" התייחס לכל מה שאינו בשר של חיית יבשה (ולכן המונח כלל יונקים ימיים וכן בעלי חיים שנחשבו לבעלי חיים ימיים, כגון הבונה, וסוגי אווזים שנחשבו כחיות מים).
בצפונה של אירופה, המשופעת בנהרות ובייחוד באזור ברית ערי הנזה מסחר בדגים היה מקובל, ובייחוד סחר במליחים שנדוגו בים הצפוני וכן סחר בבשר לווייתנים ואף דולפינים. הדגים הובלו בספינות לאורך הנהרות (לרוב בעודם בחיים - בנאדות מים או כדי מים) ואילו בשר הלווייתן והדולפינים הומלח והובל בצורתו המשומרת לרחבי צפונה ומרכזה של אירופה ואף עד לקונסטנטינופול, בירת האימפריה הביזנטית (למי שידו הייתה משגת לשלם את מחירם). אצילי צרפת נהגו לבנות בריכות דגים באחוזותיהם, על מנת לספק דגים טריים למטבחם.
בשל חוסר היכולת להוביל דגים שאינם בחיים, מיד לאחר הדיג נהגו הדייגים לייבש ולשמר את הדגים במלח. מאכלי ים אחרים כגון צדפות וסרטנים נאכלו רק באזורים שבהם נדוגו, בשל חוסר היכולת לשמרם ולהובילם.
על אף שהדגים נחשבו לפחותים מהבשר, ותחליף בשר בלבד, מחירם היה גבוה בהרבה (לעיתים פי ארבעה) ממחיר הבשר, בשל קשיי ההובלה. בעוד שבאזורי החוף, בכפרי הדייגים ובסמוך לנהרות הגדולים בהם הדגה הייתה רבה, היו הדגים מזונם של פשוטי העם, בערים ובמרכז אירופה רק האצולה והעשירים ביותר יכלו לאכול דגים, ואלה עשו כן בעיקר בימי התענית (והתלוננו על כך שטעמם של הדגים אינו זהה לטעמו של הבשר). מקורות המים (הנהרות והחופים) היו פתוחים לדיג של פשוטי העם, והצלופח, הגדל בנהרות, היה למעשה דג המאכל הנפוץ ביותר באירופה של ימי הביניים.
גבינות.
ייצור הגבינות התפתח מאוד בתקופה הרומית. היא נכללה בתפריט היומי של הלגיון, והפכה למזון בסיסי במטבחם של רבים. לאחר התמוטטות האימפריה הרומית, התייחסה אצולת אירופה אל הגבינות (וגם אל הירקות) כאל מאכלים של פשוטי העם ולכן נמנעו מצריכתם. ייצור הגבינות נזנח וידע וניסיון רב שנים אבד בחשכת ימי הביניים. רק במנזרים הרריים מרוחקים ומנותקים המשיכו לייצר גבינות. הנזירים באירופה פיתחו טכניקות חדשות ליישון והבשלה של גבינות, המציאו את השימוש בעובש גבינות וייצרו סוגים חדשים של גבינות שרבות מהן משווקים גם כיום. הגבינה חזרה אל שולחנם של המעמדות הגבוהים באירופה רק בתקופת הרנסאנס.
משקאות.
בניגוד למקובל כיום, המים לא נחשבו לשתייה טובה בעת הארוחה. טעמם וריחם הרע של המים המזוהמים היו הסיבה העיקרית לכך. אם הייתה אפשרות, העדיפו לשתות משקה אלכוהולי או לערבב משקה אלכוהולי עם מים. מי הנהרות שזרמו בערים הגדולות היו מזוהמים משפכי העיר שזרמו לתוכם (בהיעדר ביוב). מי הנהרות שימשו לרוב לכביסת הבגדים (ופחות לרחצה). מי בארות היו אמנם נקיים יותר, אולם בשל הצורך להביאם אל הבית, שימשו בעיקר לבישול. המשקה המקובל ביותר בזמן הארוחות היה משקה אלכוהולי - לרוב בירה או שיכר. הבירה נחשבה בריאה ומזינה יותר ממים וכן טובה לעיכול. בשל קשיי שימור המזון והעדר הקירור, גם הבירה והשיכר נטו להתקלקל לאחר זמן, ולכן לרוב נשתו בעודם טריים (ובאחוז אלכוהול נמוך יותר מאשר מקובל בימינו).
יין היה המשקה המקובל בצרפת ובאזורי חופי הים התיכון (איטליה וספרד) אולם בצפונה של אירופה ובאנגליה היה היין משקה של בני האצולה והעשירים אשר יכלו לשלם את עלויות הובלתו.
חלב שתו רק תינוקות, אנשים מבוגרים או אנשים חולים, ולרוב הוא שימש חומר גלם להכנת גבינות ומוצרי חלב אחרים, וזאת בשל הקושי לשמרו בהיעדר אמצעי קירור.
בתקופת האימפריה הרומית שתיית מיצי פירות הייתה דבר מקובל ונפוץ. ירידת הסחר בימי הביניים הביאה לכך שמיצי הפירות הוכנו בכל אזור ואזור רק מהפירות המקומיים. בצפונה של אירופה נפוצו סיידר התפוחים והאגסים (שנקרא "פרי"), וכן מיצי פירות יער כמו אוכמניות ופטל שחור ותותי עץ. משקה נוסף שהיה נפוץ בראשית ימי הבניים היה התמד (שלפעמים הוכן גם בגרסה לא אלכוהולית). בשלהי ימי הביניים הפכו משקאות על בסיס הדבש פחות נפוצים. במערב אירופה משקאות אלה נחשבו כתרופה הניתנת לאנשים חולים. עם זאת, במזרח אירופה נותרו אלה משקאות מקובלים ושתו אותם כליווי לארוחה וגם באירועים חגיגיים.
יין.
בימי הביניים יין נחשב למשקה הבריא ביותר והטוב ביותר הן בקרב פשוטי העם והן בקרב האצולה. בימי הביניים האמינו בהגדרתו של קלאודיוס גלנוס את היין כ"חם" ו"יבש" (אולם האמינו כי הוספת מים ליין ממתנת את השפעתו על האדם - ראו ארבע הליחות), בניגוד לבירה שהייתה "קרה" ו"לחה".
בני האצולה שתו יין מובחר מכבישה ראשונה של הענבים, ואילו פשוטי העם (בדרום אירופה, בצפונה גם זה לא היה) שתו יינות זולים משאריות הענבים. אחוז האלכוהול ביינות הפשוטים היה נמוך ביותר, ופשוטי העם יכלו לשתות כמויות גדולות מבלי להשתכר.
שיטות שימור היין טרם התפתחו בימי הביניים, ויין ישן, אף שהיה יקר יותר, החמיץ לרוב. ספר הבישול "לה ויאנדיר" מהמאה ה-14 מציע דרכים רבות לניצול ליין שהחמיץ.
פשוטי העם שתו יין כמו שהוא או כשהוא מדולל במים. האצולה העדיפה לתבל לפעמים את היין בתבלינים שונים - משקה שנחשב מונע מחלות, והעיד על עושרם של שותיו בשל עלות התבלינים השונים (לרוב נעשה שימוש בזנגביל, הל, פלפל, ציפורן, אגוז מוסקט וסוכר - תבלינים אלה הונחו בשקיק והושרו ביין המתובל על מנת לתת לו את טעמו).
בירה.
בעוד שבדרומה של אירופה היה היין נפוץ בקרב כל שכבות האוכלוסייה, בצפונה של אירופה ובאנגליה, בהם לא גדלים הגפנים, היה היין נחלתם של העשירים בלבד. בני אצולה שאינם עשירים הסתפקו בבירה ובשיכר. הבירה הייתה נפוצה מאוד באזורים האלה, וזאת על אף שרופאי ימי הביניים (בהשפעת הרפואה הערבית) טענו כי המשקה אינו בריא ואף פוגע בשיניים.
בראשית ימי הביניים יוצרה הבירה במבשלות של מנזרים, וכן חלק מן האצילים החזיקו בביתם מבשלות קטנות. בשלהי ימי הביניים (High Middle Ages) התפתחו בצפונה של אירופה, ובייחוד בצפון גרמניה, מבשלות בכל עיר ועיר. מבשלות אלה התפתחו ושיפרו את מתקני ייצור הבירה ואת שיטות הייצור.
בשלהי ימי הביניים נהגו תושבי אנגליה וארצות השפלה לשתות בין 275 - 300 ליטרים של בירה מדי שנה. הבירה נלוותה לכל ארוחה וארוחה - בארוחות הבוקר שתו בירות בעלות שיעור אלכוהול נמוך; בהמשך היום ובערבים שתו בירה בעלת שיעור אלכוהול גבוה.