בבחירות לפרלמנט שנערכו ב-1993 זכו מתנגדיו של ילצין לרוב בפרלמנט. דבר זה גרם לקונפליקט תמידי בין הרשות המבצעת לזו המחוקקת. ילצין הטיל וטו על חוקים רבים של הפרלמנט ומנגד, הוא הצביע נגד החוקים שילצין יזם וקידם. ב-1996 נערכו בחירות לנשיאות רוסיה. המועמדים העיקריים היו ילצין והנציג של המפלגה הקומוניסטית הרוסית. רבים ממתנגדיו של ילצין לאו דווקא היו קומוניסטיים, אלא אזרחים רבים שנפגעו קשות מהרפורמות הכלכליות מרחיקות הלכת שלו, והשחיתות הרבה שכירסמה בשלטון. ילצין זכה לבסוף בכהונה נוספת. באוגוסט 1998, פשטה רוסיה את הרגל במשבר כלכלי שכונה משבר הרובל. לכך הייתה השפעה מרחיקת לכת על היציבות הפוליטית במדינה, ופרצו מהומות ושביתות רבות. תוצאת המשבר היא בכך שילצין פיטר את ממשלתו ארבע פעמים בשנה שלאחר מכן. לאחר המשבר פיטר את סרגיי קיריינקו ומינה את ויקטור צ'רנומירדין. לאור התנגדות עזה של הפרלמנט הרוסי מינה את יבגני פרימקוב המתון יותר בענייני כלכלה והקשוח יותר במדיניות החוץ. לאחר 8 חודשים בלבד פיטר את פרימקוב ומינה את סרגיי סטפשין. לאחר זמן קצר בתפקיד של כ-4 חודשים מינה את ולדימיר פוטין, ראש הפס"ב לפני כן ולימים נשיא רוסיה.
שלטון פוטין: משטר ריכוזי.
ב-31 בדצמבר 1999 בלילה שבין ה-31 ל-1 בינואר, בנאום השנתי של הנשיא לאומה, הודיע ילצין כי הוא מתפטר וכי לפי החוקה הרוסית ראש הממשלה - ולדימיר פוטין יהפוך לנשיא בפועל, עד לקיום בחירות לנשיאות. אחת הסיבות העיקריות להתפטרותו של ילצין הייתה שהוא לא יכול היה לרוץ לקדנציה שלישית, וכי ברגע שהוא לא יהיה יותר נשיא יתחילו הליכים משפטיים נגד מעשי השחיתות שביצע. לאחר שפוטין הפך לנשיא בפועל, הוא חתם על צו הפוטר את ילצין וקרוביו מכל הליך משפטי. לאחר כחודשיים, ב-26 במרץ 2000 נערכו בחירות ופוטין זכה בהן והפך לנשיא רוסיה. הוא החל לרכז יותר כוח בממשל הפדרלי על חשבון הממשלים האזוריים. בשנים 2001–2003 יצאו לפועל סדרה של רפורמות בתחום חוקי מיסוי, "חוק האדמה" המייסד את שוק קניית ומכירת אדמה בערים, "חוק המלחמה בהלבנת כספים", תוכנית פנסיה והתקדמות בתהליך ההפרטות. במקביל החל הקרמלין להשתלט על אמצעי תקשורת, בעיקר על ידי קנייתם על ידי גזפרום תקשורת - חברת בת של תאגיד הגז הממשלתי גזפרום, לנקוט במדיניות אגרסיבית יותר כלפי דיסידנטים פוליטיים ומפלגות וארגונים שאינם תומכים במפלגת השלטון. לכן החל משנת 2005 רוסיה מוגדרת כ"לא חופשית" על פי הסטנדרטים של הארגון הבינלאומי פרידום האוס יחד עם מדינות כמו סין וערב הסעודית. בשנת 2004 נבחר פוטין לקדנציה נוספת ברוב של 71.37%, בקרב ארגוני זכויות אדם בינלאומיים נשמעה ביקורת על ההטייה הפרו-פוטינית של כלי התקשורת בעת מערכת הבחירות. מאחר שבחוקת הפדרציה נקבע כי אף מועמד לא יכול להתמודד שלוש פעמים ברצף הכריז הנשיא פוטין על תמיכתו בדמיטרי מדבדב לנשיאות. במקום זאת, הודיע פוטין כי יסכים לכהן כראש הממשלה תחת מדבדב. בצורה זו, טוענים מבקרי המשטר הנוכחי בקרמלין, פוטין לא יוותר על שליטתו במערכת השלטון הרוסית, ויוכל להתמודד שוב לנשיאות לאחר כהונת מדבדב אם יחפוץ.
מאז 1999 נוצר מצב בפוליטיקה הרוסית, לפיו המדינה מנוהלת על ידי קבוצת כלכלנים ואנשי זרועות הביטחון, כולם מהעיר סנקט פטרבורג, שהגיעו למוסקבה בסוף שנות ה-90. בקרב "אנשי פטרבורג", התחלקו המחנות לשלושה: מחנה הכלכלנים הרפורמטורים, מחנה המשפטנים הצעירים והסילוביקי. בתחילה פעלו שלושת המחנות במטרה משותפת: לקדם את המדינה והכלכלה קדימה; אך הפילוג ביניהם הלך ובלט, לאחר מינויו של דמיטרי מדבדב לנשיא. בתקופתו ניכרה היטב שליטת המשפטנים הצעירים בכל מוקדי הכוח בקרמלין, כשבראשם דמיטרי מדבדב עצמו. הכלכלנים הרפורמטורים בממשל התרכזו בעיקר במשרד האוצר של רוסיה ובזרועות הנשיאותיים שנועדו לבצע רפורמות כלכליות במדינה, כשבראשם אלכסיי קודרין ובכירים נוספים, המחנה השלישי - הסילוביקי הונהג על ידי איגור סצ'ין. בשנים הראשונות לכהונתו של מדבדב ניכרה חולשה במחנה הסילוביקי כשמדבדב פיטר רבים מנציגי זרועות הביטחון מגופי הממשל השונים והוא חייב אותם להתפטר מתפקידיהם בתאגידים הממלכתיים, מאחר שרובם גם החזיקו מניות בחברות פרטיות (כך למשל אולץ איגור סצ'ין עצמו להתפטר מרוסנפט), המתח שמתחת לפני השטח שבין שני המחנות התפרש במשגה על ידי אנליסטים פוליטיים כסכסוך בין פוטין למדבדב.
לקראת ספטמבר 2011 המאבק הסמוי בין הכלכלנים הרפורמטורים למשפטנים מהקרמלין הגיע לשיא, כאשר לאחר הכרזתו של מדבדב כי הוא תומך בולדימיר פוטין למועמד לנשיא רוסיה, הודיעה מפלגת רוסיה המאוחדת על תמיכתה במדבדב לתפקיד ראש ממשלת רוסיה תחת פוטין, לאור זאת הכריז שר האוצר, אלכסיי קודרין כי בשל חילוקי הדעות שלו עם הנשיא, הוא לא מתכוון לעבוד עבור מדבדב. בתגובה הכריז הנשיא על פיטוריו של שר האוצר הוותיק ביותר בתולדות רוסיה הפוסט-סובייטית, לאחר שקודרין כיהן במשך 11 שנים כשר האוצר.
בדצמבר 2019 פוטין החל לקדם תיקונים לחוקת רוסיה שיאפשרו לו להישאר בראש מערכת השלטון גם לאחר הבחירות לנשיאות רוסיה 2024 וקבע עריכת משאל עם על התיקונים לחוקת רוסיה שמתוכנן להיערך במהלך שנת 2020.
בעשור השני של המאה ה-21 עלו טענות שונות לניסיונות לפגוע במועמדים שאינם מיישרים קו עם פוטין. בית הדין האירופי לזכויות אדם קבע שמאסרים של אלכסיי נבלני, ממנהיגי האופוזיציה הבולטים, היו לא חוקיים. מקורביו של נבלני דיווחו על שני מקרים של ניסיונות הרעלה, כאשר במקרה החמור מביניהם אימתה זאת גם ממשלת גרמניה, שלאחר בדיקה רפואית אבחנו רופאיה שנבלני הורעל על ידי גז העצבים נוביצ'וק המזוהה עם ממשלת רוסיה. דוגמה נוספת היא מחאה המונית שהתקיימה בשנת 2020 בחברובסק בעקבות מאסרו של סרגיי פורגאל, מושל המחוז, שלטענת המפגינים נאסר על ידי הממשלה על רקע פוליטי.
החוקה.
חוקת הפדרציה הרוסית אומצה במשאל עם ב-12 בדצמבר 1993, והחליפה את חוקת ברית המועצות שנכנסה לתוקף באפריל 1978. מתוך כל בעלי זכות הבחירה, השתתפו במשאל העם 58,187,755 (54.8%), ומתוכם הצביעו בעד אימוץ החוקה 32,937,630 איש.
הרשות המבצעת.
חוקת רוסיה שאושרה ב-1993 יצרה משטר נשיאותי עם נשיא וראש ממשלה שממונה על ידו, כאשר הנשיא הוא הדומיננטי. מוסד הנשיאות החזק שברוסיה מושווה לעיתים לתקופת נשיאותו של שארל דה-גול נשיא צרפת בין השנים 1958–1969. מבנה הגופים הפדרליים של הרשות המבצעת ברוסיה מאושר על ידי נשיא רוסיה ומתעדכן בהתאם לצורך.
הכוח הנשיאותי.
נשיא רוסיה מנחה את הכיוון הבסיסי של מדיניות הפנים והחוץ של רוסיה, ומייצג את המדינה הרוסית בתוכה ובענייני חוץ. הנשיא ממנה את הממשלה (פעולה שדורשת את אישור הפרלמנט), ומעורב במינוי הפקידות הבכירה אם באופן ישיר ואם באופן עקיף. הנשיא שולח וקורא לשגרירים לאחר התייעצות עם שר החוץ והפרלמנט — האספה הפדרלית, מקבל כתבי אמנה, משתתף בשיחות בינלאומיות, וחותם על הסכמים בינלאומיים. רוב הנחיותיו ופעולתיו של הנשיא מתבצעות על ידי צוים נשיאותיים, נורמטיביים ולא נורמטיביים בהם הוא מפרט בנידון וחותם עליו. לצו מעמד זהה לזה של חוק, אף על פי שרוב הצווים לא דורשים אישור של האספה הפדרלית: הפרלמנט של רוסיה. צו לא נורמטיבי, לדוגמה, הדורש אישור, הוא צו הכרזה על מצב חירום או משטר צבאי הדורש אישור של הבית העליון של הפרלמנט- מועצת הפדרציה. לצווים אסור להתנגש עם סעיפים מהחוקה או עם חוקים או עם זכויות אדם ואזרח. בנוסף, על הנשיא לחתום על חוקים שאושרו על ידי הפרלמנט כדי שייכנסו לתוקף, אלא אם כן יש רוב של 2/3 בפרלמנט.
בתקופת המעבר, לאחר שאושרה חוקת הפדרציה הרוסית ב-1993, היו קונפליקטים רבים בין הרשות המבצעת בראשות הנשיא ילצין ובין הפרלמנט: ילצין הטיל וטו על רבות מהצעות הפרלמנט, והפרלמנט הצביע רבות נגד החוקים שילצין הציע. לנשיא גם סמכויות רבות בקביעת המדיניות הצבאית בתור המפקד העליון של הכוחות המזוינים. בתנאים מסוימים, הנשיא רשאי לפזר את הבית התחתון של הפרלמנט, דומה. הנשיא נבחר בבחירות ישירות אחת ל-4 שנים. בבחירות לנשיאות רוסיה ב-1996, היו שטענו כי לנשיא סמכויות רבות מידי וכי צריך להפחית חלק מהן ולהעבירן לפרלמנט. ילצין, עקב היותו נשיא, צידד בשיטה הנשיאותית טען כי "העם הרוסי מצדד במשטר נשיאותי עם יד חזקה", וכי משטר פרלמנטרי יגרום לדיונים חסרי תועלת במקום החלטות ושינויים. לפי חוקת רוסיה שאושרה ב-1993, הפרלמנט, האספה הפדרלית רשאי להתחיל בהליכי הדחה של הנשיא על "פשעים חמורים או בגידה חמורה". אישומים אלו חייבים להיות מאושרים על ידי בית המשפט העליון ובית המשפט העליון החוקתי. את ההדחה יכול לבצע רק הבית העליון של הפרלמנט, מועצת הפדרציה ברוב של 2/3. אם מועצת הפדרציה לא פועלת תוך שלושה חודשים, האישומים מתבטלים. אם הודח הנשיא, או שנמנע ממנו לבצע את תפקידו, ימלא אותו זמנית ראש הממשלה, עד לקיום בחירות, שחייבות להתקיים תוך שלושה חודשים.
ממשלת רוסיה.
ממשלת הפדרציה הרוסית (Правительство Российской Федерации) היא הרשות המבצעת של רוסיה והגוף הפדרלי הבכיר ביותר בניהול המדינה.