לאחר הפוגה בחודשים אוקטובר-ספטמבר (במהלכם החליטה ממשלת הונגריה לבקש שביתת נשק) חל שינוי טראגי ביותר בתולדות יהדות הונגריה, ב-15 באוקטובר תפסה את השלטון מפלגת "צלב החץ" האנטישמית, ובו ביום נערך טבח ביהודי העיר, והורכבה ממשלה חדשה בראשות פרנץ סלשי, שהכריזה על ביטול תעודות החסות. ב-17 באוקטובר חזר אייכמן לבודפשט, והחלו ההונגרים לגייס לעבודת כפייה את היהודים מבתי הכוכב הצהוב, ועד 26 באוקטובר 1944 גייסו כ-25,000 מהם, גברים בני 60-16 ונשים בנות 40-16. תחילה נשלחו רובם לעבודות ביצורים ברחבי העיר ולעבודה במפעלים שייצרו בעבור הצבא. ב-6 בנובמבר 1944 החלו צעדות המוות. יהודים רבים שכבר גויסו לעבודת הכפייה ועוד יהודים אחרים שנתפסו הוצעדו מבודפשט לרייך השלישי. מי ששרדו מהצעדות ומעבודות הפרך בביצורים בגבולות פוזרו במחנות ריכוז ברייך השלישי באביב 1945, שבועות אחדים לפני תום המלחמה. רבים מהצועדים היו חלשים, חולים וזקנים ורובם גוועו למוות בצעדה זו.
הגטו הראשון, שכונה "הגטו הקטן" או "הגטו הבין-לאומי", הוקם בבודפשט בנובמבר 1944 בעבור כ-15,600 יהודים שהיו ברשותם מסמכים או דרכונים מטעם שגרירויות של מדינות נייטרליות שפרסו עליהם את חסותן. היהודים ה"מוגנים" נדרשו לעבור לדירות שקודם לכן גרו בהן כ-4,000 דיירים. דיפלומטים של מדינות נייטרליות טענו כי יהיה קל יותר להגן על היהודים שבחסותם מפני אנשי "צלב החץ" אם יתגוררו באותו אזור. הגטו הבין-לאומי הוקם בפשט, ליד הדנובה, בקרבת פרק סנט אישטוון, ויהודים שהיו להם תעודות של שווייץ, שוודיה, פורטוגל, ספרד והוותיקן נדרשו לעבור ל"בתים המוגנים" עד 20 בנובמבר. מספר התושבים בגטו הקטן גדל בהתמדה כשעברו אליו גם יהודים שהחזיקו תעודות מזויפות.
ב-29 בנובמבר 1944 ציווה שר הפנים, גבור ויינה, להקים ליהודי הבירה את הגטו של פשט – "הגטו הגדול". גטו זה הוקם ברובע השביעי, שכבר היה מאוכלס בצפיפות ביהודים, בקרבתם של שלושה בתי כנסת גדולים ששכנו ברחוב דוהני, ברחוב רומבך וברחוב קזינצי. היהודים הצטוו לעבור מבתי הכוכב הצהוב אל הגטו עד 2 בדצמבר, והגטו נסגר ב-10 בדצמבר. הגטו הגדול הוקף גדר קרשים, ועל ארבעת שעריו, אחד לכל אחת מרוחות השמים, שמרו אנשי "צלב החץ" ושוטרים. נאסר על נוצרים לגור או לעבוד בתחומי הגטו.
בתחילת ינואר 1945 עברו כ-10,000 מתושבי הגטו הבין-לאומי אל הגטו הגדול, משום שאנשי "צלב החץ" פשטו לעיתים קרובות על הבתים המוגנים באמתלה של בדיקת תוקף המסמכים שבידי התושבים, ולאחר הבדיקה ירו ביהודים והדפו אותם למימי הדנובה. לבתי החולים היהודיים הגיעו מדי יום יהודים פצועים ששרדו מהיריות והצליחו להיחלץ מהמים הקפואים. בינואר 1945 חיו בגטו הגדול כ-70,000 יהודים. קצתם עברו אליו מרצונם בדצמבר 1944 ובינואר 1945, לאחר שלא יכלו לשאת עוד את סכנות החיים במחבוא. בין 12 ל-24 בדצמבר 1944 הובאו לגטו הגדול כ-6,000 ילדים יהודים מבתי ילדים שפעלו מחוץ לגטו בחסותו של הצלב האדום הבין-לאומי. רוב תושבי הגטו היו ילדים וקשישים, שכן יהודים בגיל העבודה גויסו לעבודת כפייה או הועברו בידי ממשלת "צלב החץ" לעבודה בשירות הגרמנים.
המועצה היהודית ניהלה בגטו תחומים שונים של החיים בו. משרדיה נמצאו במטה של הקהילה הנאולוגית של פשט, בתוך הגטו. רשמית הועסקו במועצה 800 עובדים, אך בפועל עבדו בשירותה הרבה יותר אנשים, ובהם בני נוער שהוטלו עליהם שליחויות מסוכנות של העברת מסרים ושמירה על הקשר עם גורמים מחוץ לגטו. המועצה חילקה את הגטו לעשרה אזורים, ולכל אחד מהם מונו מנהיג וסגנים. מנהיגי האזורים הופקדו על הספקת המזון וארגון חלוקתו, על רישום האוכלוסין בהם ועל שמירת החוק. מאחר שמשפחות רבות ללא קשר ביניהן נאלצו לגור יחד בצפיפות קשה ביותר, מינתה המועצה היהודית גם מפקחים לכל בית ולכל דירה.
שירות הסדר היהודי, בפיקודו של מיקשה דומונקוש, היה אחראי לשמירת הסדר והביטחון בגטו. השוטרים היהודים לבשו בגדים אזרחיים מסומנים בכוכב צהוב, ופריט המדים היחידי שסיפקה המועצה היה כומתה שחורה. הם היו חמושים באלות גומי, אך אלו הוחרמו לעיתים קרובות בידי חיילי אס אס ואנשי "צלב החץ". כשהלך המצור על בודפשט והחמיר והעיר הופצצה, הייתה משימתם הקשה ביותר של השוטרים היהודים לשכנע את תושבי הגטו לצאת מבתיהם כדי להצטייד במזון, מים ודלק וכדי לקבור את המתים.
משלושת בתי הכנסת שבתחום הגטו הגדול, סגרו הגרמנים תחילה את בית הכנסת שברחוב קזינצי. שני האחרים – ברחוב דוהני וברחוב רומבך – שימשו בידי אנשי "צלב החץ" אחרי הפיכת סלשי מחנות מעצר ליהודים. עם זאת, מכיוון שנמצאו בתחומי הגטו, לאחר הקמתו נערכו תפילות בשלושתם. שלושה רבנים דאגו לצורכי הדת של הקהילה ולטקסים ושירותים כגון קבורת המתים. למען המומרים שגרו בגטו ערכו כמרים שהיו להם אישורי כניסה לגטו טקסים במקומות ציבוריים כמו בית הקפה פולגר לשעבר.
בגטו הגדול פעלו כמה מטבחים ציבוריים. בעת המצור על בודפשט, מאמצע דצמבר 1944 ואילך, נפגע הגטו מפצצות ונגרמו נזקים למבני ציבור. מים למטבחים הובאו מבתים שצנרת המים עדיין פעלה בהם ומבארות ארטזיות (שמולאו בעפר כשסופקו לאזור מים במערכות מסודרות וכעת שבו תושבי הגטו וחפרו אותן). כמו כן השתמשו גם במי המעיין שסיפק את המים למקווה של העדה האורתודוקסית. קרשים שנאספו מהריסות בתים שנפגעו בהפצצות שימשו חומרי בעֵרה לבישול ולהסקה.
הבעיה הקשה ביותר של תושבי הגטו הייתה המחסור במזון. הרשויות העירוניות הקצו לתושבי הגטו 800-700 קלוריות לאדם ליום – לעומת 1,500 קלוריות ליום שהוקצבו לאסירים בבתי הכלא. בלי המזון שסיפקו מפעם לפעם הצלב האדום הבין-לאומי ודיפלומטים של מדינות נייטרליות והמזון שרכשה המועצה היהודית מתקציבה, היו יהודי הגטו הגדול גוועים ברעב. בדצמבר 1944 הוקצו לילדים 931 קלוריות ליום, ולחולים – 1,355 קלוריות ליום. כשכיתר הצבא האדום את בודפשט בסוף דצמבר 1944 הלך וגבר הקושי להשיג מזון, והתמותה מרעב בגטו עלתה.
גם המצב התברואה והטיפול הרפואי בגטו הקשו מאוד על תושביו. היה מחסור במים ובחומרי ניקוי, ובבתי החולים לא היו די מקומות אשפוז, תרופות וציוד רפואי. בין רבי-הקומות המרובים של מרכז העיר לא היה בגטו מקום להיפטר מהאשפה ולא היה די מקום לקבור את המתים. עד 24 בדצמבר 1944 נקברו המתים בתוך הגטו, בבית הקברות רקושקרסטור. לאחר מכן, בגלל המצור על בודפשט, שוב לא הייתה גישה לבית הקברות. לזמן קצר התאפשרה קבורת המתים בבית העלמין הישן ברחוב קרפשי, אך מתחילת ינואר 1945 לא יכלו עוד היהודים לצאת מתחומי הגטו. מעתה ואילך הונחו הגופות בכיכר קלאוזל שבגטו ובבניין המקווה של הקהילה האורתודוקסית, ולאחר מכן גם בחצר של בניין המועצה היהודית ובחצרות בתי החולים. כששוחרר הגטו הגדול היו מונחות ברחביו כ-3,000 גופות שלא נקברו. רובן נקברו בשבועות שלאחר השחרור בקברי אחים ליד בית הכנסת הנאולוגי ברחוב דוהני, הקבורה האחרונה התבצעה ברחוב זה ב-17 בפברואר 1945. עד אז נקברו 2,281 גופות ב-24 קברי אחים. בית העלמין דוהני עדיין קיים.
עד הרגע האחרון נמשכה השמדת היהודים. בחודש טבת תש"ה (ינואר 1945), לאחר שהצבא האדום כבר חדר לפרברי בודא, התקיפו הגרמנים את בית-החולים של קהילת בודא, שעמד תחת חסותו והנהלתו של הצלב האדום, את בית-החולים של קהילת האורתודוקסים בפשט ובית-ההבראה שלה, ואת מושב הזקנים של החברה קדישא האורתודוקסית, ורצחו אל כל תושביהם, רופאיהם ועובדיהם, יותר מ־400 נפש.
השחרור.
היהודים שנשארו בגטו הקטן שוחררו ב-16 בינואר 1945, ופשט כולה ובכללה הגטו הגדול שוחררה בידי הצבא האדום כעבור יומיים. בסך הכל שוחררו כ-70,000 יהודים מהגטו הגדול וכ-30,000 יהודים מהגטו הקטן. נוסף עליהם שרדו עוד אלפי יהודים, אם במקומות מחבוא (בעזרת מסמכים מזויפים, בסיוע של אנשים פרטיים ובמנזרים) ואם בבתים מוגנים מחוץ לגטו, כמו למשל "בית הזכוכית" ברחוב ודס 29 ברובע החמישי שצירות שווייץ קבעה בו את משכנה של מחלקת ההגירה שלה. דרך נוספת בה שרדו יהודים הייתה על ידי נציגי מדינות שווייץ ושוודיה, הקונסול השווייצרי קארל לוץ והדיפלומט השוודי ראול ולנברג, שהצילו יהודים באמצעות הנפקת תעודות-חסות של מדינותיהם. ראול ולנברג הנו אחת הדמויות הידועות ביותר מבין חסידי אומות העולם. הוא היה איש עסקים שפעל כדיפלומט שוודי בהונגריה בשלהי מלחמת העולם השנייה. תוך כדי שימוש במעמדו הדיפלומטי כנציג של מדינה נייטרלית הוא הביא להצלת אלפי יהודים הונגרים. בין היתר הוא הנפיק ושכפל דרכוני חסות שוודיים ליהודי בודפשט, הקים ברחבי העיר רשת של "בתים מוגנים" בחסות הכתר השוודי, הפעיל לחצים שונים על בכירים נאצים והונגרים לעצירת המשלוחים לאושוויץ ואף בלם בגופו גירוש של יהודים להשמדה. בסוף המלחמה הוא נפל בשבי הסובייטים, ושם מצא את מותו בנסיבות לא ברורות, לפי גרסת הרוסים כבר בשנת 1947. גם ההסתדרות הציונית פעלה להצלת יהודים, באמצעות מסמכים מזויפים. 2,748 יהודים הוסתרו במנזרים ובמרתפי כנסיות. מספרן הכולל של תעודות-החסות הכשרות והמזויפות שהונפקו בבודפשט הגיע ל-100,000. אלפי יהודים הצליחו להנצל הודות לפעילות של טיבור ברנסקי. ארה ירציאן הציל מעל ל-400 יהודים בבית חולים בה עבד.
ב-1941 התגוררו בבודפשט 184,000 יהודים; יחד עם 62,000 המומרים, היו נתונים לרדיפות הנאצים בסך-הכל כ-246,000 איש. מספר היהודים שהועברו לידי הגרמנים עד לכיבוש הרוסי ב-17 בינואר 1945 הגיע ל-76,000, כולל קרבנות גירושים ומצעדי המוות (כ-15,000 יהודים נספו במצעדי המוות ובגירושים).