בשונה משיטת סנגר, השיטות מהדור החדש (next-generation sequencing) אינן נסמכות על זיהוי הרצף על ידי עצירת הפולימריזציה בכל עמדה ברצף בעזרת נוקלאוטידים מסוג ddNTP ובהרצה בג'ל. במרבית השיטות החדשות מתבצע זיהוי הרצף על בסיס העיקרון "ריצוף על ידי סינתזה" (sequencing by synthesis), כלומר זיהוי הרצף של מולקולת DNA חד-גדילית מסוימת מבוצע במהלך הפולימריזציה של הגדיל המשלים ונסמכת עליה.
עם שיטות אלו נמנות השיטות הבאות (פירוט מתחת לטבלת ההשוואה):
פירוסיקוונסינג.
שיטת ריצוף באמצעות סינתזה, המבוססת על זיהוי שחרור של פירופוספט כשמתחבר נוקלאוטיד לרצף. השיטה הוצגה על ידי מוסטפא רונגי (בפרסית: مصطفی رونقی) ופול נירן (בשוודית: Pål Nyrén) מהמכון הטכנולוגי המלכותי בסטוקהולם ב-1996.
בשיטה נעזרים בDNA פולימראז הבונה את הרצף המשלים לרצף שאותו רוצים לרצף, כשלצידו נמצא אנזים כימולומיניסנטי (הפולט אור). במהלך הריצוף מוסף בכל פעם dNTP שונה, ואם הנוקלאוטיד מתאים לרצף, הוא מתחבר ונפלט פירופוספט. אנזים ATP סולפורילאז יותר מהפירופוספט ATP, המשמש את הלוציפראז ללוציפרין לאוקסולוציפרין הפולט אור. לאחר מכן מנוקים כל ה-dNTPs שלא נקשרו באמצעות ADPase המפרק אותם, וממשיכים בריצוף באמצעות נוקלאוטיד שונה.
אילומינה.
השיטה פותחה על ידי חוקרים בחברת Manteia Predictive Medicine (שנרכשה על ידי חברת סולקסה [Solexa] ב-2004) וסולקסה עצמה, שגם היא נרכשה לאחר מכן על ידי חברת אילומינה.
שיטה זו מבוססת על שימוש בסמנים פלואורסצנטיים הפיכים שמאפשרים לזהות בסיסים בודדים בעת שהם מצורפים לרצף ה-DNA. מקטעי DNA קצרים נקשרים לשבב, ומוגברים עליו, ליצירת אות חזק מספיק שניתן לקלוט אותו באמצעות אופטיקה ייעודית. ארבעה סוגים של בסיסים מוספים (אדנין, תימין, ציטוזין וגואנין), כאשר כל אחד צבוע פלואורסצנטית בצבע אחר ומחובר לקבוצה חוסמת החוסמת את הצבע. ארבעת סוגי הבסיסים מתחרים על אזורי הקישור בתבנית ה-DNA לטובת הריצוף ומולקולות שלא נקשרו נשטפות, ומתבצעת קריאה של האותות הפלואורסצנטיים באורכי הגל הרלוונטיים. אחרי כל סינתזה, מסירים באמצעות לייזר את הקבוצה החוסמת בקצה ה-3'. התהליך חוזר על עצמו עד שכל מולקולת ה-DNA מרוצפת. בין כל הוספה של נוקלאוטידים יש צורך בשטיפות.
שיטת Ion.
שיטה זו מבוססת על זיהוי פרוטון (יון מימן) המשתחרר בזמן פולימריזציית DNA. זוהי שיטה בה הריצוף מתבצע על ידי סינתזה, שבמהלכה הגדיל המשלים נבנה על גבי רצף גדיל המקור. אל מיקרו-באריות, המכילות את גדיל המקור מ-DNA אותו מעוניינים לרצף, מוזרמים לסירוגין בסיסי DNA – דהאוקסינוקלאוטיד פוספט, סוג אחד של חומצת גרעין בכל מחזור פעולה. אם הבסיס המוצג משלים לנוקלאוטיד המוביל בגדיל המקור, הוא מצורף אל הגדיל המשלים המסונתז, תוך כדי פליטת יון מימן, המאותת לחיישן יונים וזה מזהה כי התגובה התרחשה בעקבות השינוי בערך ההגבה (pH). אם ישנן חזרות ברצף המקור, מספר נוקלאוטידים יצורפו במחזור אחד. התרחשות זו תגרור אחריה פליטת יוני מימן בהתאם וכן עלייה פרופורציונית בעוצמת האיתות החשמלי.
SOLiD.
SOLiD (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection; ריצוף באמצעות קשירה וזיהוי של אוליגונוקלאוטידים) היא שיטה שפותחה על ידי Applied Biosystems. הריצוף מבוסס על שני בסיסים המסומנים עם סמן פלואורסצנטי.
שיטות בפיתוח.
שיטת תעלות מרצפות, היא שיטת ריצוף חדשנית המצויה בשלבי פיתוח מתקדמים וטרם זמינה בשוק. השיטה מבוססת על חדירת מולקולת DNA חד-גדילית דרך תעלות חלבוניות, בעלות קוטר של ננומטרים בודדים, הנעוצות בממברנה טבעית או מלאכותית. העברת הממברנה לתמיסה פיזיולוגית, והטענת שני צידיה הממברנה במטען חשמלי מנוגד מאפשרת תנועה של גדיל ה-DNA מצידה האחד של הממברנה לצידה האחר דרך הננו-תעלות. מעבר של בסיסים שונים ברצף החד-גדיל דרך התעלה מביא לשינוי במתח הממברנה, והואיל וכל אחד מארבעת הבסיסים המצויים בDNA גורם לשינוי אחר במתח הממברנה ניתן לזהותו על ידי מדידת המתח, כך שמעבר הגדיל השלם מאפשר את זיהוי הרצף כולו. יתרונותיה העיקריים של השיטה הם מהירות הריצוף ועלותו הנמוכה, הואיל והשיטה אינה דורשת שימוש באנזימים, כגון DNA פולימראז או בנוקלאוטידים מסומנים פלואורסצנטית, אך חסרונה העיקרי הוא אחוז שגיאה גבוה.
ישנן שיטות ריצוף נוספות שעושות שימוש בננו-תעלות, ובהן מתבצע זיהוי הבסיסים ברצף באמצעות סימונם בפלואורסצנציה שונה, ותוך פולימריזציה של גדיל משלים לחד-גדיל המרוצף על ידי DNA פולימראז או עיכולו בסיס-אחר-בסיס בעזרת אקסונוקלאז.
הקלט והפלט של הריצוף.
בשיטות הריצוף המוקדמות, שבהן מרוצפת בכל פעם מולקולה אחת של DNA, יש צורך להגדיל את מספר העותקים שלה כדי שיהיה ניתן להבחין בסימון הנוקליאוטידים. לצורך כך, יש להפיק את ה-DNA הרצוי וליצור ממנו עותקים זהים – באמצעות PCR או שיבוט.
בשיטות ריצוף מהדור החדש יש להכין ספרייה שכוללת מקטעי DNA שונים, שייעודית לטכנולוגיית הריצוף הרצויה. בתוך מכונת ההרצפה, באזורים ייעודים המבדילים בין המקטעים השונים, מבוצעת תגובת PCR כדי להעלות את כמות העותקים לסף החישה של המכונה.
מכונות ההרצפה השונות נותנות לרוב כפלט קובץ טקסט בפורמט FASTQ. קובץ זה מכיל מידע על תוכן רצף ה-DNA, ועל איכות הקריאה, לפי ציון פרד. ישנן תוכנות שונות שבאמצעותן ניתן לבצע אנליזה לתוצאות הריצוף, כגון התוכנה החינמית גלקסי.
שימושים.
ניתן להשתמש בריצוף כדי לפענח תוכן הן של גן בודד והן של גנום שלם. ריצוף DNA היא השיטה הטובה היעילה ביותר לפענח בצורה עקיפה רצפי RNA וחלבונים. למעשה, ריצוף DNA הפך להיות טכנולוגיה מרכזית ברוב תחומי הביולוגיה ובתחומים משיקים, כגון זיהוי פלילי ואנתרופולוגיה.
ביולוגיה מולקולרית.
בביולוגיה מולקולרית נעשה שימוש בריצוף כדי לחקור גנומים ולאפיין את פרופיל השעתוק, באמצעות המרת רצפי RNA ל-cDNA. ההתפתחויות בתחום ה-DNA הרקומביננטי הלכו יד ביד עם התקדמות טכנולוגיות הריצוף, בעקבות המידע שהצטבר.
המידע האצור ברצפים יכול ללמד את החוקרים על שינויים שחלים ברצפים במצבים מסוימים, הקשר בין רצפים למחלות ולזיהוי מטרות לטיפול. בנוסף, ידיעת הרצף מאפשרת לתכנן ביעילות מגוון רחב של שיטות מולקולריות שונות המשמשות למחקר ולהנדסה גנטית. פותחו שיטות רבות המתבססות על ריצוף DNA, כגון ChIP-seq שמזהה אתרי קישור של חלבונים ל-DNA.
ביולוגיה אבולוציונית.
מכיוון ש-DNA עובר בתורשה, DNA משמש למחקרים בתחום הביולוגיה האבולוציונית, כדי לחקור את התפתחותם של יצורים ואת הקשרים ביניהם. בפברואר 2021 חוקרים פרסמו רצף DNA של ממותה שגילה מוערך ביותר ממיליון שנה, וזהו רצף ה-DNA העתיק ביותר שרוצף עד היום.
מטא-גנומיקה.
מטא-גנומיקה הוא תחום מדעי העוסק בחקר של כלל החומר הגנטי שנאסף מדגימות סביבתיות, כגון דגימות אדמה, ביוב, מים, אוויר ודגימות מיצורים. הידע אילו יצורים מאכלסים סביבות חשוב לחוקרים בתחומים רבים, כגון אקולוגיה, אפידמיולוגיה ומיקרוביולוגיה. בעזרת ריצוף ניתן לדעת, לדוגמה, אילו מיקרובים מרכיבים מיקרוביום מסוים.
וירולוגיה.
רוב הנגיפים הם קטנים מדי מכדי לצפות בהם באמצעות מיקרוסקופ אור, וריצוף הגנום שלהם הוא כלי מרכזי בזיהוים ובמחקר אודותיהם. בעזרת מעקב אחרי שינויים ברצפי הגנום ניתן לעקוב אחר התפשטות נגיפים, באמצעות מעקב אחרי השעון המולקולרי. במאגר ה-GenBank יש למעלה מ-2.3 מיליון רצפים ייחודיים של נגיפים, שרובם רוצפו בשיטות מהדור החדש.
שיפורים טכנולוגיים הפכו את הריצוף הגנטי לכלי מרכזי במאבק בקורונה – מפיתוח חיסון במהירות ועד מעקב אחר וריאנטים חדשים. מומחים צופים כי הטכניקה תיכנס לשימוש נרחב ברפואה, וחוזים כי זו תהיה "הבדיקה הקלינית היעילה והחשובה ביותר".
רפואה.
ניתן לרצף גנומים של בני-אדם כדי לגלות את הסיכון למחלות גנטיות. זהו סוג של בדיקת סקר גנטית, ולרוב לא מרצפים את הגנום בשלמותו, אלא רק את האזורים המקודדים, הידועים בשם אקסום, ומהווים כ-1%–2% מהגנום. אם בדיקה זו לא מגלה את שורש הבעיה, ניתן לפנות לריצוף הגנום כולו. באמצעות פענוח רצף DNA של מטופל יכול המטפל להתאים לו טיפול מתאים.
פיגועים בשארם א-שייח (יולי 2005)
ריק דייוויס
ריצ'רד דין (ריק או ריקי) דייוויס (Rick or Ricky Davis; נולד ב-24 בנובמבר 1958 בדנוור, קולורדו) הוא כדורגלן עבר אמריקאי.
דייוויס שיחק שנה אחת בקבוצת הכדורגל של אוניברסיטת סנטה קלרה, לפני שעבר לקבוצת ניו יורק קוסמוס מליגת ה-NASL ב-1978. דייוויס, ביחד עם כוכבים בינלאומיים כגון: פלה וקרלוס אלברטו, עזר לקוסמוס לזכות בשלושה תוארי אליפות. לאחר שעזב את ה-NASL, עבר לליגת כדורגל באולמות, ה-MISL. בליגה זו שיחק דייוויס בקבוצות: סנט לואיס סטימרס, ניו יורק אקספרס וטקומה סטארס.
את הופעת הבכורה שלו בנבחרת ארצות הברית עשה דייוויס ב-15 בספטמבר 1977 נגד אל סלוודור, ובאותו משחק גם כבש את שערו הראשון בנבחרת. בסך הכול היו לדייוויס 36 הופעות בנבחרת ארצות הברית (שיא באותם זמנים), בהן כבש שבעה שערים. דייוויס גם היה חלק מהנבחרת שהשתתפה באולימפיאדת לוס אנג'לס (1984) ובאולימפיאדת סיאול (1988). ב-1984, זכה דייוויס בתואר הכדורגלן האמריקאי של השנה והיה הזוכה הראשון בפרס זה.
בשנת 2001, נכנס דייוויס להיכל התהילה של הכדורגל הלאומי.
משפחת דרסלי
נרקיסה מאלפוי
השכר הממוצע במשק
שלומי אדרי
שלומי אדרי (נולד ב-29 במאי 1982) הוא כדורגלן ישראלי המשחק בעמדת החלוץ בהפועל רמת ישראל.
קריירה.