בשנת 1847, במהלך דליקה גדולה, נשרף בניין הקהילה היהודית וכל פנקסיה עלו באש. בבוקרשט הוקם בשנת 1848 בית כנסת ומרכז תורני שנקרא בהמשך על שמו של הרב מלבי"ם, רב שהגיע מפולין והנהיג את החוגים השמרניים יותר של קהילת יהודי בוקרשט. בין השמרנים בהנהגת המלבי"ם ובין יתר החדשניים יותר בהנהגת ד"ר יוליו באראש התגלעו סכסוכים קשים. למלבי"ם הוצע פיצוי כספי כדי שיעזוב ולאחר סירובו החל מאבק מלווה בהשמצות הדדיות שבסופו המלבי"ם נעצר על ידי השלטונות וגורש מבוקרשט ביום 18 במרץ 1864. בהזדמנות זו, בשנת 1865, פירקו השלטונות את מוסד הקהילה היהודית וביטלו את ההכרה בזרם הפולני. כתחליף למוסדות הקהילה, הקימו היהודים הרבה אגודות לעזרה הדדית.
ב-1867 בנו המודרניים בבירה את בית הכנסת הכוראלי של בוקרשט, ומשנת 1873 הטיף שם הרב מאיר מוריץ בק. סביב הרב ובית הכנסת נוצרה קהילה דה פקטו, אף על פי שלא הייתה הכרה של השלטונות בקהילה היהודית של בוקרשט עד אחרי מלחמת העולם הראשונה..
בשנת 1880, בבוקרשט, ייסד השליח אליעזר רוקח מצפת את "האגודה ליישוב ארץ ישראל". יצחק איזיק טאובס, רבם של יהודי ברלאד, היה משנת 1894 רבם של יהודי בוקרשט. משנת 1912 הנהיג את הקהילה הספרדית הרב ד"ר יעקב נימירובר שהיה לאחר מלחמת העולם הראשונה (1921) הרב הראשי של יהודי בוקרשט ושל רומניה כולה. הרב הראשון של בית הכנסת הגדול של בוקרשט היה הרב הינריך אלפרין. לאחר מותו של נימירובר התמנה כרב ראשי של יהודי בוקרשטי ורומניה הרב הצעיר ד"ר אלכסנדר שפרן שיחד עם ד"ר וילהלם פילדרמן ניווט את הקהילה בימים הקשים של שלטון אנטישמי. אחרי מלחמת העולם השנייה, כשהרב שפרן נאלץ להימלט מרומניה הקומוניסטית, התמנה לתפקיד הרב הראשי הרב ד"ר מוזס רוזן שהיה מקובל על השלטון הקומוניסטי ומצא שפה משותפת עם ההנהגה.
הקהילות היהודיות העירוניות ברומניה נוסדו בהסכם בין נציגי כל הארגונים והמוסדות היהודים, שבחרו את תקנון הקהילה ואת הרב הראשי שלה. סוכם שבכל עיר תהיה רק קהילה אשכנזית אחת, אבל בבוקרשט המצב היה שונה. הקהילה האשכנזית של בוקרשט נבחר בהשפעת נציגי קהילת בית הכנסת הכוראלי ובראשה הוצב הרב יעקב נימירובר, שהיה גם רבה של הקהילה הספרדית של בוקרשט. נימירובר ניסה לאחד את שתי הקהילות, אך הספרדים התנגדו, לכן המשיכו לקיים קהילה נפרדת ובחרו לעצמם רב אחר. הסכסוך בין תומכיו הליברלים של נימירובר לחרדים השמרנים בראשות הרב חיים שור, הוביל לפרישת האחרונים ולהקמת קהילה אורתודוקסית נפרדת. אנשי "המזרחי" נותרו עם נימירובר. בבוקרשט התקיימה עוד קהילה אורתודוקסית קטנה, שהייתה מורכבת מיהודים הונגרים שהגיעו לעיר מטרנסילבניה.
החינוך היהודי בבוקרשט.
בתקנון האורגני, שהוטל על הנסיכויות הרומניות בתחילת שנות השלושים של המאה ה-19, נאמר בסעיף הדן בבתי ספר, שגם ילדי יהודים יתקבלו בהם בתנאי שיתלבשו כמו יתר התלמידים. בהשפעת יוליו באראש ייסדו יהודי בוקרשט בעלי אזרחות אוסטרו-הונגרית (סודיטים) בשנת 1851 את בית הספר היהודי הראשון ושנה אחריהם עשו זאת גם היהודים המקומיים. סביב תוכנית הלימודים פרצה מחלוקת קשה בין השמרנים והרפורמיסטים.
שינוי חדש בחוק מ-23 במאי 1893, שעל פיו מי שאינו אזרח רומני (הרוב המוחלט של היהודים לא זכו לאזרחות) לא יהנה מחינוך יסודי חינם. ילד יהודי התקבל לבית הספר רק אם היה מקום פנוי ונדרש לשלם. כתוצאה מהגבלות אלה, בשנת 1890 נשארו מחוץ למסגרת הבית ספרית כעשרים אלף ילדים יהודים.
ביום 11 באוקטובר 1940 חוקק צו-חוק מספר 3438 בנושא מצב היהודים במערכת החינוך. על פי סעיף 3 של הצו מי שנולד להורים יהודים, ללא הבדל בדת התלמיד, לא יכול להתקבל לבית ספר רומני יסודי או תיכון או אוניברסיטה, לא פרטי ולא ממלכתי. בעקבות הצו סולקו התלמידים והמורים היהודים ממערכת החינוך. משיקולי נוחות הפיקוח על הצעירים היהודים, הותר ליהודים להקים בתי ספר משלהם, שיופעלו על ידי סגל יהודי עבור תלמידים יהודים בלבד. תעודות של בתי ספר אלה לא יוכרו על ידי המדינה הרומנית. כך עברה רומניה מנומרוס קלאוזוס לנומרוס נולוס לגבי יהודים במערכת החינוך.
תחת פיקוח הפדרציה הוקמו בתי ספר מכל הסוגים, יסודיים, תיכוניים לבנים בשמות Cultura A ו-Cultura B ובית הספר התיכון העיוני היהודי (Liceul Teoretic Evreesc) של אלכסנדרו גראור, שהיה יותר עצמאי. עבור הבנות הוקמו בתי הספר התיכוניים Focşăneanu ו-Ana Kreindler. סגל ההוראה הורכב מאותם יהודים שנפסלו מהוראה במוסדות הרומניים וכך זכו בתי הספר התיכוניים למורים רבים ברמה אוניברסיטאית.
עבור החינוך העל-תיכוני הוקמו קולגיום אונסקו, קולגיום אבאסון וקולגיום מרטין ברקוביץ'. בעקבות סילוק הסטודנטים והפרופסורים היהודים מהפקולטה לרפואה של אוניברסיטת בוקרשט, הגיש ניקולאה קאז'אל בקשה לאפשר לימודי רפואה לסטודנטים היהודים בבית הספר "קריטס", שכונה גם "בית הספר של קאז'אל". הבקשה אושרה ובמקום התנהלו לימודי רפואה ליהודים בלבד, תופעה יחידה במינה באירופה של מלחמת העולם השנייה.
חיי התרבות של יהדות בוקרשט.
בשנת 1876 הגיע לבוקרשט אברהם גולדפדן וייסד את התיאטרון היהודי המקומי.
דוקטור יוליו באראש ייסד את "החברה ההיסטורית ד"ר יוליו באראש" ובמסגרתה איחד חוקרים רבים ומנוסים, מרביתם מבוקרשט, אך גם מערי השדה. החוקרים עסקו בחקר מעמיק של עבר היהודים הרומנים, איסוף נתונים וניתוח מדעי. הם חקרו תשובות הילכתיות, כתובות על מצבות, כרוניקות של הקהילות, פנקסי חברת קדישא וחומרים שהועברו בעל פה. עם המשתתפים הבולטים במחקרים אלה נמנו משה שוורצפלד (היוזם של החברה), אהרון טאובס Aharon M. Taubes, נשיא החברה, אליאס שוורצפלד, וילהלם שוורצפלד, יעקב פסנתיר, חיים בז'רנו, לאזאר שינאנו, משה גסטר ואחרים. בעבודת החברה לקחו חלק יותר ממאה חברים וסיכומיה השנתיים פורסמו ברבים.
בבוקרשט, במרץ 1941 בימי המשטר של יון אנטונסקו ברומניה, בעקבות סגירת להקות יהודיות אחדות וסילוקם של האמנים היהודים ממוסדות התרבות הרומניים, הקימו היהודים את התיאטרון היהודי באראשאום, תיאטרון יהודי בשפה הרומנית. התיאטרון פעל לאורך רוב שנות מלחמת העולם השנייה ופעילותו פסקה בשנת 1945, אחרי נפילת המשטר של אנטונסקו. הבניין, ששימש אותו ("אולם באראשאום"), ברחוב יוליו באראש 15, מארח החל משנת 1948 את התיאטרון היהודי הממלכתי, שהמופעים בו הם ביידיש. תיאטרון באראשאום הפך לסמל לעמידתם הרוחנית של היהודים הרומנים תחת משטר חוקי הגזע.
בתי העלמין היהודיים.
במאה ה-17, ברחוב פיליפסקולוי, שבמרוצת הזמן שונה שמו לרחוב סבסטופול, הוקם בית עלמין יהודי ששימש את כל העדות היהודיות בבוקרשט, בית העלמין היהודי סבסטופול. לאחר כמאתיים שנה נסגר בית עלמין זה בשנת 1864 בעקבות חוק עירוני שאסר קבורה בתוך העיר. והקהילות היהודיות פתחו לעצמן בתי עלמין נפרדים, בית העלמין פילנטרופיה עבור האשכנזים ובית העלמין הספרדי של בוקרשט ברחוב ג'יורג'יול 2. בנוסף לשני בתי עלמין אלה יש בבוקרשט בית עלמין גדול יותר, בית העלמין היהודי ג'יורג'יול, ברחוב ג'יורג'יול מספר 128 ומספר 162 ויש בו כ-35,000 עד 40,000 קברים.
הקהילה בתקופה שבין מלחמות העולם.
לאחר מלחמת העולם הראשונה, בחוזה פריז מיום 9 בדצמבר 1918, התחייבה רומניה לתת אזרחות ושוויון זכויות למיעוטים שונים, כולל היהודים, ולשם כך הוכנס סעיף מיוחד, סעיף 7 וזו לשונו:
כדי לקיים את התחייבות רומניה, ביום 28 במאי 1919 הוציא מלך רומניה צו למתן זכויות אזרחיות ליהודי רומניה. קבלת האזרחות המלאה סללה את הדרך ליהדות רומניה בכלל ויהדות בוקרשט בפרט, לשגשוג ופריחה חסרי תקדים, הן מבחינה כלכלית והן מבחינה תרבותית.
לאחר מלחמת העולם הראשונה והאמנציפציה שבאה בעקבותיה, נבחר מטעם בוקרשט חבר הפרלמנט היהודי הראשון, ד"ר אדולף שטרן ובהתאם לחוקה, גם הרב הראשי כיהן כחבר בסנאט הרומני. יהודי בוקרשט השתתפו בחיים הפוליטיים, הוקמה מפלגה יהודית, אך רבים מהיהודים הצביעו למפלגות האחרות ובעיקר למפלגה הליברלית.
בשנת 1920 אושרה באופן רשמי התארגנות הקהילה המערבית של בוקרשט (הקהילה היהודית הקודמת בוטלה בתקופת הוויכוחים בין המלבי"ם ובין המתקדמים), נערכו בחירות וביום 6 בפברואר 1921 פורסם בעיתונות היהודית שמו של נשיא הקהילה היהודית: הבנקאי אלי ברקוביץ. בשנת 1931 הוכרה רשמית הקהילה היהודית כנציגת יהודי בוקרשט. אוכלוסיית הקהילה גדלה ומ-38,000 יהודים בשנת 1912 הגיעה לכפליים, 76,480 בשנת 1930, (12% מכלל האוכלוסייה) ולכ-95,000 בשנת 1940. לשירות הקהילה פעלו 40 בתי כנסת, 2 בתי עלמין, 19 בתי ספר, 2 בתי חולים, מרפאה, שני מושבי זקנים, שני בתי יתומים, ספרייה ומוזיאון.
הפסיכופדגוג אמיל פדר, שחקר באותן השנים את מגורי התלמידים היהודים, כדי לבדוק את השפעתם על התפתחות הילדים, סיווג את השכונות היהודיות כך:
ציירים ומשוררים יהודים הביאו לכך, שבוקרשט שבין מלחמות העולם הייתה לבירת הסוריאליזם. איסאק פלץ, שביתו ברחוב טראיאן היה בית ועד לסופרי בוקרשט, תיאר בספריו את בוקרשט ויושביה ובעיקר את השכונות היהודיות. אחוז היהודים באוכלוסיית בוקרשט היה ניכר ובחוגי האמנות, בין האינטלקטואלים, בתקשורת ובמסחר, ברפואה ובין עורכי הדין, אף עלה ייצוגם על אחוז זה.
למרות הפריחה, מפעם לפעם התרחשו התפרצויות אנטישמיות, במיוחד מצדם של חברי התנועה הלגיונרית, כמו זעזועים המקדימים את רעידת האדמה העתידה לבוא. בשנת 1936, חוליה של שלושה חברי התנועה הלגיונרית ביצעה התנקשות בחיי הרב הראשי של יהדות רומניה, הרב נימירובר, שניצל בפציעה קלה בלבד.
הקהילה בתקופת הממשלות האנטישמיות.