משנות ה-60 השלטון ניסה ליישבם ביישובי קבע, אך פזורות הבדואים גדלו והתפשטו בכל הנגב הצפוני ואף מחוצה לו. יש כ־80-100 אלף נפשות בפזורות לעומת 120,000 ביישובי הקבע. ב־2014 נבנו כ־65,000 מבנים לא־חוקיים, ובכל שנה נוספים 1500–2000 מבנים חדשים.
סופר מתאר את המגורים בפזורות כאסון. אין תשתיות עירוניות בסיסיות של מים, חשמל, בריאות וחינוך, והילדים מופקרים ומוזנחים ונוטים לאלימות. גידול האוכלוסייה והתפשטותה אשר חריגים ביחס לכל העולם, אינו רק טרגדיה אנושית אלא גם איום אסטרטגי על מדינת ישראל הקטנה והצפופה.
הממשלות המתחלפות הקימו עשרות ועדות שלא הניבו פתרון. ב"ועדת גולדברג" משנת 2008, ארגונים לא־ממשלתיים הפועלים מתוך אינטרס אישי, הציעו להכיר בדיעבד בפזורות, אך הממשל לא יוכל לקדם את כל הפזורות הללו, וביצוע הצעת הארגונים תביא לאסונות.
מסקנות הוועדה היו להכיר בכפרים הלא־מוכרים ולשלבם במערך היישובים הקיים, אך מתן שירותים ליישובים הלא־מוכרים הרי הופך אותם ליישובים מוכרים למעשה. גם המונחים ששימשו במסקנות הוועדה נועדו לערפל את המציאות ולהשלים עם המציאות המסוכנת. את 50,000 הבתים הלא־חוקיים הוועדה מלבינה בדיעבד, וכך מנציחה את המציאות, נוסף על כך, גם אילו יימצאו תקציבים למתן תשתיות הבדואים, עוד 10–15 שנים תוכפל אוכלוסיית הבדואים ויהיו 100,000 בתים לא־חוקיים להכשיר, ו־40-100 יישובים חדשים. הבדואים אינם נותנים כתף לעצור את התופעה, בייחוד אם הוצע להם פיצויים שכלל אינם מגיעים להם על־פי חוק. גם העברת העובדים בבסיסי צה"ל לנגב לא תתאפשר בגלל המציאות הגאוגרפית חברתית-פוליטית שנוצרת שם.
הצעתו של סופר: מתן מענה תשתיתי כלכלי וחינוכי ל־14 היישובים שכבר הוכרו, להוסיף עוד 5–6 יישובים חדשים, הענקת יכולת הבחירה לתושבי הפזורות לאילו מהיישובים להשתקע. המדינה תסייע כספית ואף תשלם פיצויים אף על פי שאינם מגיעים להם. מי שיסרב יאבד זכויות נדל"ניות ויועבר בצו שלטוני. החלטת הוועדה תהיה סופית ומהירה, ותיעשה אף על פי שגורמי שמאל קיצוני ינסו לעצור אותה. היתרונות הם שבמקום מאות פזורות שיוכרו רשמית אך יוזנחו בפועל, יהיו 20 יישובים שיפותחו. ערי הדרום לא יוגבלו בהרחבתן בשל היותן סגורות על ידי פזורות הפרוסות בפראות, וגם בסיסי צה"ל יוכלו להדרים. לדעתו, כל עוד לא יחול שינוי שלטוני, הצעתו לא תצא לפועל, והכאוס והעוני יגדלו. לפי סופר, החל מ־2009 מתפתחות "חזיתות חדשות" בין הבדואים לממשל, האחת בנגב המרכזי, והשנייה מצפון לרהט בכיוון לתל אביב-רחובות-ראשון־לציון.
פער המיליון.
צימרמן, זייד וויז ממרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים שבאוניברסיטת בר-אילן, פרסמו בשנת 2006 (עדכון לדו"ח קודם שפורסם בשנת 2005) דו"ח שנקרא 'פער המיליון: האוכלוסייה הערבית בגדה המערבית וברצועת עזה'. עיקרו של פרסום זה הוא הטלת ספק בנתונים שנאספו על ידי הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה הפלסטינית (בפיקוח נורווגי), וקביעה כי אוכלוסיית הערבים ביהודה והשומרון ורצועת עזה קטנה במיליון ורבע מהמדווח. צימרמן ושותפיו גם טענו כי קצב הגידול של האוכלוסייה הערבית הולך וקטן, ואילו קצב גידול האוכלוסייה היהודית הולך וגדל, ולכן יישמר רוב יהודי יציב מן הים ועד הירדן כפי שנשמר מאז שנות ה-60 של המאה ה-20, רוב יהודי של 58% כולל אוכלוסיית רצועת עזה ושל 65% אם מוציאים מן החישוב את אוכלוסיית הרצועה. טענות חמורות הופיעו בדו"ח על מהימנות הנתונים והחישובים הפלסטינים.
בתגובה ל"פער המיליון", חיברו ארנון סופר ויניב גמבש מקתדרת חייקין דו"ח משלהם, בשם "תעתועי פער המיליון".
הדו"ח של סופר וגמבש תקף בחריפות את הרלוונטיות של הדו"ח של צימרמן, קבע שהוא פוליטי, שנועד להגשים את החזון של הימין הקיצוני לסיפוח השטחים, שנתוניו אינם נכונים, כי החישובים שגויים, ושלל את כל 21 הסעיפים שבו. יתרה מזאת, הדו"ח של סופר טען כי אף לו נקבל את נתוני צימרמן "השגויים והאופטימיים" - יהודי ארץ ישראל מן הים לירדן יהיו למיעוט עד שנת 2020.
טיעונים בולטים מ"פער המיליון" ותגובת סופר וגמבש עליהם:
יורם אטינגר השיב לארנון סופר וגמבש ב-2008.
מימושה בפועל של תביעת השיבה (זכות השיבה) הפלסטינית.
על פי סופר, "המשמעות הדמוגרפית של ביטול האיסור (איסור מתוקף חוק האזרחות והכניסה לישראל) על איחוד משפחות תהיה תוספת אוכלוסייה של 480,000 איש ממוצא פלסטיני בתוך 20 שנה בתחומי מדינת ישראל". סופר מוסיף וטוען, ש"מצא במחקריו כי מאז קום המדינה הפכו יותר מ־300,000 פלסטינים מהפזורה לישראלים, בין היתר בדרך חתונות, ולמעשה מימשו את זכות השיבה בכביש העוקף שמדינת ישראל סללה להם לשם כך". כניסתם (הן החוקית והן הבלתי חוקית) של כשליש מיליון פלסטינים לתחומי ישראל עד שנת 2004, מהוות איום ביטחוני (חמישית מהפיגועים בוצעו על ידי זכאי איחוד משפחות), איום לאומי ביצירת "פלסטיניזציה" בערביי ישראל, איום כלכלי בעליית עשרות מיליארדים בקצבאות, איום פלילי, ואיום דמוגרפי-פוליטי.
המהגרים מאפריקה.
משנת 2009 מזהיר סופר מפני הגידול של המסתננים האפריקאים מגבול מצרים. במסמכיו הוא הוכיח כי הרוב המוחץ של המסתננים מאפריקה כלל אינם פליטים מדרפור, אלא מהגרי עבודה מכל רחבי אפריקה. את מספרם בארץ הוא מעריך בכ־30 אלף (נכון ל־2009 ו־55 אלף ב־2014). הוא מתנגד לאיזרוח שלהם במדינת ישראל מסיבות שונות. מבחינה ביטחונית יש סכנה שישמשו כמודיעים או פעילים של מדינות עוינות או ארגוני טרור. מבחינה חברתית המהגרים מביאים לצפיפות ולפשיעה. רפואית ההגירה האפריקאית מפיצה שחפת ואיידס, ושאר מחלות זיהומיות. מבחינה דמוגרפית האיום על הרוב היהודי הקיים ממילא מוחמר על ידי ההגירה האפריקאית. נוסף על כל אלו, אי־עצירת גלי ההסתננות הראשונים תגרום לגלי הסתננות מרובים הגדלים יותר ויותר.
החקלאות כציונות.
סופר מבקר את המתקפה התקשורתית של אנשי ציבור וכלכלנים נגד חקלאי ישראל היהודים. הוא טוען כי המתקפה נובעת מבורות, מאחר שהחקלאות היהודית חיונית לחברה, למדינה ולהמשך חזון הציונות. מה גם שהיא בבחינת אבן יסוד לביטחון המדינה, הן מפני מתקפות עוינות בגבולות, והן מפני השתלטות בלתי־חוקית של אזרחים ערבים על קרקעות. יש לאפשר, לטענתו, לחקלאים יהודים להשתמש במים מותפלים, לא כטובה, אלא כהכרת תודה על תרומתם להמשך קיום המדינה. סופר מציג לדוגמה את מקרה אזור נבטים, שלדבריו התמלא ביישובים בדואים לא־חוקיים בגלל חוסר רצף של התיישבות חקלאית יהודית.
בקעת הירדן.
אף על פי שהיה מהוגי ההתנתקות מעזה, סופר תומך בהשארת בקעת הירדן בריבונות ישראלית.
הוא מונה שיקולים בעד השארת הבקעה, כגון: מניעת התפשטותה של מדינה פלסטינית, שימור עומק אסטרטגי וחציצה בין הפלסטינים לבין חזית מזרחית-ערבית עוינת, וכן מינוף ההתפתחות הישראלית בשתי שידרות ולא רק במישור החוף הצר, בגבולות "מדינת תל אביב". לסיכום הוא מעריך שריבונות ישראלית בבקעת הירדן תסייע למלחמה בטרור, למעמדה הגאוגרפי והלאומי של ירושלים וצפון ים המלח.
לקראת מדינה דתית.
מאז 2011 סופר מתריע בשורה של מחקרים ופרסומים כי ישראל צועדת בביטחה ובהתמדה לקראת היותה מדינה דתית (חרדית-דתית לאומית) ומונה את המהפכות החברתיות, כלכליות ופוליטיות שיש למגמה זו על ישראל וביטחונה.
המלצה על יציאה אל הים.
לאור התהליכים דמוגרפיים, כלכליים, חברתיים וגאוגרפיים המתרחשים בישראל, יחד עם הצורך בעוד תשתיות לאומיות "זוללות שטחים" כשדות תעופה, דרכים, אזורי תעשייה, אחסנה מסוכנת ומתקנים נוספים לחיל-הים ולנמלי ישראל, להערכתו של סופר ישראל תידרש להתרחב מערבה אל עבר הים התיכון.
פעילות אקדמית אזרחית וצבאית.
מאז 1965 ועד היום מכהן ארנון סופר בתפקידים שונים בעולם האקדמי (בישראל ובעולם), האזרחי והצבאי ובהם:
עבודותיו האחרונות של סופר עוסקות בעיקר בבעיה הדמוגרפית בישראל. הוא מרבה לדבר בשבח גדר הביטחון וההתנתקות.
פרופיל ציבורי והתבטאויות.
פרופסור סופר מתבטא לעיתים בלשון חריפה ונחרצת, הן כלפי השמאל – למשל בדבר נטיותיו של עיתון "הארץ" לשמאל הקיצוני של המפה הפוליטית. העיתון נוקט לטעמו ב"קו הרסני להמשך קיומה של ישראל" הנובע מ"אי הבנה מוחלטת של שורשי הסכסוך"... ושהוא "משלה את קוראיו". את מסמך ז'נבה כינה "קריקטורה". הן כלפי הימין – במכתב אל המתנחלים התבטא: "הכרזתם מלחמה על מדינת ישראל הלגיטימית. אתם מנסים לערער את הלגיטימציה של שלטון החוק, של צה"ל, של טוהר הנשק. אתם מערערים את חוסנה הלאומי של הארץ הזאת", והן כלפי פקידי הממשלה, כלפיהם אמר כי "זו גם הזדמנות חד פעמית להביא למשפט את כל מי שעיכב את ההתפלה ולהאשימו אפילו "בבגידה במולדת!".
בנוגע לתוכנית ההתנתקות כתב סופר כי "למרות היציאה מרצועת עזה. כדי להמשיך ולקיים מדינה יהודית דמוקרטית ושפויה, ניאלץ לוותר על שטחים המאוכלסים במיליוני פלסטינים," והרחיב בראיון שנתן לעיתון "ג'רוזלם פוסט":
את סגנונו הבוטה והישיר הוא מנמק: "איום על קיומי יכול להיאמר בנימוס תוך עטיפת האיום במילים מכובדות כמו דמוקרטיה, שווי זכויות, כבוד האדם, צדק חלוקתי, מלחמה בגזענות, אבל אני למדתי להשיל מילים ממציאות...".
בריאיון משנת 2001 טען סופר כי אם הזנחת הנגב והגליל תימשך ייתכן שבתוך עשור ימליץ לוותר גם עליהם.
סופר היה מבין מנסחי אמנת כנרת השואפת ליצור מכנה משותף לזרמים והמחנות השונים בציבור היהודי (ימין-שמאל, דתיים-חילוניים וכו') ואף חתם עליה ביחד עם שורה של אנשי ציבור מהימין והשמאל.
קתדרת חייקין לגאואסטרטגיה.