יחידת יהל"ם כפופה לחיל ההנדסה הקרבית / מקה"נר (מפקדת קצין הנדסה ראשי) ומחולקת לחמש פלגות מבצעיות וארבע פלגות בניין כוח. על היחידה מפקד קצין בדרגת אלוף-משנה. במשך 20 שנה מפקד היחידה היה בתקן סגן-אלוף, ובינואר 2015, בעקבות הגדלת היחידה, הוחלט שמפקדה יהיה בתקן אלוף-משנה. ב-17 באוגוסט 2015 מונה אלוף-משנה ירון בית-און למפקד היחידה, והפך לאל"ם הראשון שמפקד על יהל"ם.
כיום גם לוחמים ביחידה מפלגות שונות, שיצאו לקורס קצינים וסיימו שלב זה בהצלחה, משתבצים כמפקדי מחלקות (מ"מ) בפלוגות הרובאיות בגדודים של חה"ן.
הפלגות המבצעיות הן:
הפלגות העוסקות בבניין הכוח הן:
ב-2018 הוחלט לארגן את הפלגת המבצעיות תחת שתי פלגות-על, פלגה ס'1 המאגדת את סיירת יעל ופלוגות סמו"ר, ופלגה ס'2 המאגדת את פלוגות הס"פ.
כיחידת ההנדסה הנבחרת של צה"ל, תפקידיה של יחידת יהל"ם רבים ומגוונים, וחלק רב מהם כולל עבודה עם חומרי נפץ.
פלגת "סיירת יעל".
סיירת יעל היא סיירת הנדסית ואחת מיחידות הקומנדו בצה"ל. היחידה הייתה פעילה ביותר בלבנון בשנות ה-80 וה-90 של המאה ה-20 ועסקה בפעולות כנגד חזבאללה, בהן הנחת מטענים וכן איסוף מודיעין הנדסי. היחידה פועלת באופן אינטנסיבי ומספר רב של פעולות פיצוץ והריסת מבנים מיוחסות לה (כגון פיצוץ מבנים במוקטעה של רמאללה וחברון והריסת גשרים בבית חאנון).
ייעודי "סיירת יעל":
ועוד מספר ייעודים.
ס"פ - סילוק פצצות.
פלגת הס"פ (פירוש השם: "סילוק פצצות"), שנקראה בעבר יחס"פ "היחידה לסילוק פצצות", היא הכוח המיוחד של צה"ל לנטרול והשמדה של מטעני חבלה של האויב, פצצות מתוחכמות, ראשי קרב של רקטות וטילים ולטיפול בתחמושת שונות ומורכבות.
בנוסף מתמחים לוחמי ס"פ בתכנון ובניית אמצעי חבלה מתוחכמים אותם מטמינה היחידה וכן כוחות מיוחדים אחרים (צבאיים ואזרחיים).
בשל תפקידם הייחודי והמגוון, עוברים לוחמי הס"פ הכשרות מיוחדות רבות הכוללות קורס לוט"ר וקרב מגע, הסמכות על כלי נשק שונים ועוד.
פלוגת הס"פ מורכבת כיום משתי פלגות: פלגת ס"פ ופלגת ספי"ר (ס"פ אוויר). למעשה כמעט ואין הבדל בין שתי הפלגות, והן עוברות הכשרה משותפת. ההבדלים היחידים בין שתי הפלגות הם הגזרות השונות בהן מוצבים הלוחמים, וכן העובדה שפלגת ספי"ר נותנת מענה גם לחיל האוויר בכל הקשור לעבודת ס"פ. המקצוע הצבאי של לוחמי הס"פ נקרא סָלָק (בניגוד לחבלן משטרתי).
למעשה, לוחמי ס"פ הם הכוח החבלני המיוחד של צה"ל והסמכות העליונה בתחום זה. בשל מומחיותם בנטרול ובהכנת חומרי נפץ ואף בהגנה מפני איומי אב"כ הם מסופחים לא אחת ליחידות מיוחדות אחרות כאשר יש חשש ממטענים.
לוחמי הס"פ משתמשים במגוון שיטות לסילוק פצצות: השמדה מרחוק באמצעות רובה בארט M82A1, נטרול באמצעות רובוט חבלה, פיצוץ מבוקר ולעיתים אף פירוק המטען בעזרת רובוט או ידנית.
לוחמי הס"פ מתמחים גם בסיוע ליחידות מיוחדות אחרות, כמו סיירת מטכ"ל ושייטת 13, וכן לגופים ביטחוניים אזרחיים בתחום החבלה, חומרי הנפץ וההנדסה הקרבית בלוחמה בשטח בנוי. במסגרת תפקידים אלה פועלים לוחמי הס"פ בשיתוף פעולה ובצמוד ליחידות האחרות לצורך משימות מסוימות.
עקב הצורך לפעול בצמוד לכוחות מיוחדים אחרים ובאירועי השתלטות ולוחמה בטרור (לוט"ר) עוברים לוחמי הס"פ הכשרת לוט"ר ברמה גבוהה (לוט"ר השתלטות ו"קופים").
פעולות שהותרו לפרסום בהן פעלו לוחמי הס"פ בצמוד לשייטת 13 הן בהשתלטות על האוניות "קארין A" ו"פרנקופ".
המכון הלאומי לחקר ופירוק תחמושת.
גוף זה כפוף לפלגת התו"פ ומטרתו היא לתעד ולחקור את כל סוגי התחמושת בהם ניתן להיתקל, ללמוד את ההרכב והמבנה של התחמושת ולפתח תרגולת כיצד לפרקה בבטחה. המכון מחזיק מאגר מידע נרחב לגבי סוגים רבים של תחמושות, פצצות, מטעני חבלה וחומרי נפץ - לרבות תחמושות מיושנות והיסטוריות.
סמו"ר.
סמו"ר (פירוש השם הוא "סליקים ומנהרות"), היא פלגת הקומנדו התת-קרקעי המהווה את מוקד הידע של צה"ל בכל הקשור ללוחמה תת-קרקעית. היא הוקמה על בסיס צוות המנהרות שפעל בדרום רצועת עזה בציר פילדלפי ובאזור רפיח. הצוות, שפעל אז כצוות עצמאי בפלוגת "אבירי הפלדה", פלוגת הצמ"ה והמנהרות של אוגדת עזה, הוכפף ומוזג עם יחידת יהל"ם על-מנת שיוכל להתמקצע בתחומו, לקבל אימונים והכשרה מסודרים וטובים יותר וכן יהיה בעל גישה לתקציבים ואמצעים טובים יותר.
צוות המנהרות היה תחת פיקודו של סרן , ממייסדי הצוות המחודש ומפתחי תורת הלחימה כנגד מנהרות בצה"ל. הצוות בראשותו חשף כ-90 מנהרות, עד שנהרג באסון הנגמ"שים ב-12 במאי 2004. לאחר מותו הוחלף חקאני על ידי סרן , שנהרג ב-29 בנובמבר 2004 כתוצאה מקריסת מנהרה אותה סרק מחוץ לרפיח.
אחרי שמוזגה היחידה עם יחידת יהל"ם הוחלט להרחיב את תפקידה גם לאיתור והשמדת סליקים ומחבואי נשק ואדם ביהודה ושומרון, איום שחשיבותו התגברה לאחר חטיפת החייל גלעד שליט באמצעות מנהרה שנחפרה עד לאזור שבו עמד הטנק בו שהה. הפלגה לקחה חלק במבצע שובו אחים ובו חשפה עשרות סליקים, מנהרות וחללי מסתור בחברון. חלק מייעודה של הפלגה ממשיך להיות איתור, טיפול ופיצוץ של מנהרות להברחת מחבלים בדרום הרצועה ומנהרות תופת שחופרים הפלסטינים בחלקה הצפוני של רצועת עזה. ב-10 בדצמבר 2005, לראשונה מאז ביצוע תוכנית ההתנתקות, נחשפה מנהרה שכזו בצפון רצועת עזה. הפלגה לקחה חלק מרכזי בהשמדת מנהרות הלחימה של רצועת עזה במהלך מבצע צוק איתן ב-2014. בעקבות המבצע שולש סד"כ היחידה.
הבזק - פלגת הרובוטיקה.
הבזק הייתה פלגת הרובוטיקה של יהל"ם. הפלגה עסקה בפיתוח ובתפעול רובוטים צבאיים למגוון מטרות, לרבות חבלה וסילוק פצצות. הפלגה החלה כמחלקת רובוטיקה, שהתרחבה באופן ניכר בעקבות האינתיפאדה השנייה וגדלה לפלגה על מנת לענות על הדרישות המבצעיות. פלגה זו היא למעשה החלוץ בכל הקשור להפעלת רובוטים צבאיים בצה"ל. מלבד צוות פיתוח שאחראי על פיתוח אמצעים לרובוטים ושכלולם היו קיימים ביחידה מספר צוותים, שהיו בכוננות בפיקודים השונים והסתפחו לכוחות אחרים בפעילות מבצעית הדורשת רובוטים. היחידה יועדה גם להפעיל רכבי סיור בלתי מאוישים, בעיקר בפיקוד הדרום.
על אף העובדה שפלגת הבזק הייתה פלגה מבצעית, חיילי הפלגה לא הוכרו כלוחמים ביחידה ולא קיבלו את סיכת הלוחם. הפלגה פורקה ויכולותיה פוצלו בין הפלגות המבצעיות. כיום הפלגה לא קיימת.
סייפן - פלגת האב"ך.
ב-2015 החלה הקמת פלוגת אב"ך סדירה ביהל"ם, בשם "סייפן". תפקיד הפלגה הוא לגלות איומים ושימוש בנשק בלתי קונבנציונלי, כגון נשק כימי, למגן את כוחות צה"ל נגדו, לנטרל את האיום ולטהר את השטח שבו פגע.
פלגת הפריצה ופלגת גבעול.
יחידות אלה הן יחידות מסווגות ורק מעט הותר לפרסום עליהן.
מיון והכשרה.
ככלל, מסלול ההכשרה ביחידה נחשב כאחד הקשים בצה"ל ודורש יכולות פיזיות ומנטליות רבות. תוכני ההכשרה מסווגים ומשתנים בהתאם לדרישות המבצעיות.
הצטרפות אפשרית רק לחיילים שהתגייסו לחיל ההנדסה ועברו את הגיבוש, וכן לנפלי יחידות מובחרות כגון קורס טיס, חובלים וצוללות שמתקבלים לאחר ראיון קבלה. בתחילת טירונות חיל ההנדסה, ניתנת האפשרות לכל החיילים לצאת לגיבוש בן 4 ימים הנחשב לקשה במיוחד, שבו רק המתאימים ביותר עוברים הלאה ומתקבלים ליחידה. בגיבוש נבדקים היכולות הפיזיות, הטכניות והמנטליות של הנבחנים, ורק כרבע מהמתחילים מסיימים אותו. אחרי הגיבוש המועמדים המתאימים עוברים ראיון ואחריו מוחלט האם הם מתקבלים ליחידה.
כאשר הם מסיימים את הטירונות מקצועם הבסיסי הוא פלס 05, ובמקום להמשיך לאימון מתקדם ותפיסת קו עם הגדודים הם מגיעים ליחידה ומשובצים בשלב א' של פלגת ההכשרות, לצוות אחד או שניים, במהלכו עוברים חודשיים טירונות יחידה הנחשבת כאחת המאתגרות שבצה"ל. כאשר שלב א' מסתיים הם מחולקים לצוותי הפלגות לפי מחזוריות עד לסוף המסלול שמתקיים שלוש פעמים בשנה (מרץ, אוגוסט ודצמבר).
על כל צוות מפקדים מפק"צ (שהוא קצין לוחם יהל"ם בדרגת סג"ם-סגן) וסמל הצוות (שהוא לוחם יהל"ם בדרגת סמל-רס"ל).
מסלול ההכשרה של הלוחמים אורך כשנה וארבעה חודשים, וכולל מלבד הכשרה מקצועית בהנדסה קרבית, חבלה וחומרי נפץ גם הכשרה קרבית גבוהה הכוללת:
אחרי חודשים ארוכים של אימונים אחידים לכולם, הכוללים הכשרת חי"ר ברמה גבוהה, ניווט ועוד מספר רב של סדרות וקורסים, החניכים ממוינים לפי כישוריהם ואז מתפצלים להכשרות ייעודיות על-פי המסלול שלהם: סיירת יעל, ס"פ וסמו״ר. כל יחידה עוברת מסלול נפרד הכולל הכשרה ספציפית המוכוונת אך ורק לה. מסלול ההכשרה ממשיך בקורסים מסוימים והכשרות מתקדמות גם בפלגות הלוחמים.
הדרישות ליחידה הן:
חלק מהלוחמים ביהל"ם, שיצאו לקורס קצינים וסיימו שלב זה בהצלחה, משתבצים כמפקדי מחלקות (מ"מ) בפלוגות הרובאיות בגדודי ההנדסה הקרבית. דבר זה נעשה במגמה להפיץ חלק מהאיכויות, היכולות והכשירויות של יהל"ם בכלל החיל.
נשק ואמצעים.
רק מעט מהנשק והאמצעים של היחידה הותרו לפרסום, חלקם הוצגו בתערוכות "לחימה בעימות המוגבל" שנערכו על ידי מפקדת זרוע היבשה בשנים 2004 ו-2005, ועסקו בלחימה בעצימות נמוכה.
אמצעים כלליים.
רובי השירות של לוחמי יהל"ם הם רובי סער מקוצררים מדגמי M4A1. רובים נוספים בשירות הם התבור X-95 פלאט-טופ כולל בגרסה מושתקת וגרסת תת-מקלע X-95-S-SMG. בנוסף, חמושים לוחמי יהל"ם באקדחים ללחימה בחללים צפופים כגון בתים ומנהרות תת-קרקעיות. נשק קל נוסף כולל מקלעים (מדגמי נגב ומאג) ורובי צלפים מדגמי M24 SWS (משמשים את "סיירת יעל"), ובארט M82A1 (בקליבר 0.5 אינץ'). הבארט 0.5 הוא רובה נגד ציוד המשמש בעיקר לפגיעה במטרות חומר (מבנים וכלי רכב) ולסילוק פצצות.