הסיקור התקשורתי נחלק לשניים. בעוד שתקשורת ועיתונים בריטים תחת השפעה בריטית הדגישו את איפוקם, הגינותם ואנושיותם של החיילים הבריטים ואת ההתנגדות האלימה של המעפילים, עיתונאים רבים אחרים דיווחו על התנהגותם האכזרית של החיילים הבריטים, ההתנגדות הפסיבית המרובה של המעפילים וההקבלות בין ההתנהגות הבריטית לבין האירועים בתקופת השלטון הנאצי. עיתונאים אמריקאים אספו גם חתימות למשלוח מברק מחאה לנשיא טרומן . מהצד הבריטי, התקשורת המדווחת בביקורת הואשמה בניסיון לעורר התנגדות אנטי-בריטית מכוונת.
מחנות פפנדורף ואם שטאו.
מחנה פפנדורף שביער ואלדהוזן, היה במרחק 700 מטרים מתחנת הרכבת קיקניץ, בדרך מבית היערן ואלדהוזן לעיירה פפנדורף. המחנה הוקם ביולי 1945 כמחנה מעצר לחיילי הוורמאכט. לאחר מכן, החל מנובמבר 1945 שימש כמחנה מעבר לפליטים גרמנים מאזורי המזרח. בשנות קיומו עברו במחנה פפנדורף יותר מ־500,000 פליטים מארצות המזרח, ובכך היה למחנה העקורים הגדול ביותר בשלזוויג-הולשטיין.
במחנה פפנדורף, בין עצי יער מחטניים, ניצבו 56 צריפים קטנים בעלי גג מעוגל עשוי פח גלי ("צריפי ניסן") שמידותיהם 16X35 רגל; 14 צריפי ניסן גדולים יותר ו-125 אוהלים קטנים למגורי 5–6 אנשים בכל אחד. לכל אדם הוכנו מיטת ברזל, מזרן ושמיכה אחת בלבד. לרשות כל דיירי המחנה הועמדו 5 חדרי רחצה. בתי שימוש שהיו מתקנים פתוחים ללא מחיצות חלוקה לתאים. רוב האנשים הצטופפו בצריפים על דרגשים ובמיטות יחיד ישנו 2 אנשים זה ליד זה. כי באוהלים לא ניתן היה לגור בגלל הקור ששרר בחודש ספטמבר בצפון גרמניה. למחנה פפנדורף הועברו 2717 מעפילי האניות הגירוש אושן ויגור וראנימיד פארק.
מחנה אם שטאו (Am Stau) היה מחנה עבודות כפייה לשעבר של האס אס בהרנאינזל , ובקיץ 1947 שימש כמחנה עקורים לפליטים פולנים וחיילים בריטים. המגורים במחנה היו מעט טובים יותר מאשר במחנה פפנדורף. המעפילים שוכנו בקסרקטינים צבאיים עשויים עץ (הדומים לצריפי העץ במחנה "צריפין - סרפנד" של צה"ל שהיה ליד רמלה). בכל חדר אוכסנו 16 איש במיטות בנות 2 קומות. רוב החדרים היו מצוידים בשולחנות וכיסאות, מיזרוני קש ומיטות. למחנה אם שטאו הובאו 1484 מעפילי האמפייר רייוול.
בשני המחנות לא היו מתקני מים ראויים ולא שבילים סלולים.
כבר ב-19 אוגוסט 1947, שלושה ימים לפני ששלוש ספינות הגירוש עזבו את פורט דה בוק, יומיים לפני הכרזת האולטימטום אודות הגירוש לגרמניה, נערכו עבודות להכנת שני המחנות לקליטת המעפילים. אסירי המחנות ששהו בהם, נשלחו למחנות עקורים אחרים. כוחות חלוץ והנדסה בריטים, הקיפו את המחנות בגדרות תיל כפולות ומגדלי שמירה עם זרקורים. בנוסף לצריפי המחנות והבקתות הוקמו גם אוהלים נוספים.
מועצת העיר ליבק הגישה מחאה ב־23 באוגוסט על העומס שתוספת הפליטים תטיל על העיר שסבלה כבר מצפיפות, אך ללא הצלחה.
עד 9 בספטמבר בערב, שוכנו 4,319 מתוך 4,554 מעפילי האקסודוס-1947 בשני המחנות. ארגון האו"ם IRO הציע להם מעמד כעקורים, מה שאמור היה לספק למעפילים אספקת מזון טובה יותר. עם זאת, ההצעה נדחתה מכיוון שהיא נתפסה כוויתור על מעמדם כמהגרים לארץ ישראל.
על מנת לבטא את רצונם להמשיך במסע לארץ ישראל, ארגנו המעפילים הפגנות במחנות. ההפגנות לא הרשימו במיוחד את מפקדת המחנות הבריטית, ללא ידיעת מפקדת המחנות הבריטית, אנשי הגנה התגנבו למחנות ושמרו על הקשר עם הוועד היהודי במחנה העקורים בברגן-בלזן. אחד מאנשי הקשר הללו, היה בנימין גרושקה, ששימש גם כמתורגמן מטעם מפקדת המחנה. במהלך התרגום הוא שילב מידע שהבהיר למעפילים את אילו הוראות ממפקדת המחנה הבריטית, הם לא צריכים למלא. בדרך זו ניתן היה לתאם את ההתנגדות לבריטים, מבלי שהם ישימו לב. אחד מאמצעי ההתנגדות היה סירוב למסור נתונים אישיים כמו שם, גיל ומוצא. כתוצאה מכך, נכשלו הבריטים, בסופו של דבר, בניסיונם לבצע רישום מסודר של מעפילי האקסודוס-1947.
ב-15 בספטמבר 1947 נבחרה מזכירות מחנות המעפילים בראשות מרדכי רוזמן. המזכירות הייתה מצד אחד, גורם המקשר עם הבריטים לניהול המחסנים וצוותי המחסנים, ומצד שני הגוף המארגן את ההפגנות נגד הבריטים שהתקיימו כמעט מדי יום. בהנהגת המזכירות, החיים במחנות התארגנו יותר ויותר על ידי המעפילים עצמם, כולל טיפול רפואי, גן ילדים, חינוך, בתי ספרי לילדים ומבוגרים וכן קיום אירועי תרבות כמו קולנוע, מוזיקה ועיתון מחנה.
ב-25 בספטמבר 1947 חודשה הצעתה של ממשלת צרפת, שכבר הוגשה למעפילים בפורט-דה-בוק. על אפשרות נסיעה חינם וקבלת מקלט בצרפת. ההצעה נקשרה גם להבטחה לאספקת מזון משופרת משמעותית (2800 קק"ל ליום); עם זאת ההצעה הצרפתית נדחתה על ידי המעפילים. וכן, כאמצעי לחץ, ב־1 אוקטובר 1947 הופחתה אספקת המזון הרגילה ל־1,500 קק"ל מדי יום.
לאחר שכל הניסיונות לבצע רישום של מעפילי האקסודוס נכשלו, הבריטים נטשו את הפרויקט הזה. מתחילת אוקטובר 1947 פורקו מגדלי השמירה ומערכות הזרקורים, שעל פי התכנית הבריטית נועדו רק למשך פרויקט רישום המעפילים. לבקשת מזכירות המחנות, גדר התיל הכפולה לא פורקה, אלא נשמרה כדי להגן על המחנות. זאת, לאחר מספר התבטאויות אנטישמיות של אזרחים ופקידים מליבק ואפילו בעיתונות המקומית, נראה היה שאמצעי הגנה זה היה עדיין נחוץ. ב-6 באוקטובר 1947 השליטה וניהול המחנות הועברו מהבריטים למזכירות המחנות, בשלב זה השומרים הבריטים נסוגו כליל. המעפילים קיבלו מסמכים חדשים ואת הזכות לעזוב את המחנות. רק חלק מתושבי המחנות ניצל אפשרות זו.
מחנות פפנדורף ואם שטאו על בקתותיהם ואוהלי המגורים הפשוטים לא סיפקו הגנה בפני איתני בחורף, הורה הממשל הבריטי להעביר את התושבי המחנות בתאום עם מזכירות המחנות לאמדן ווילהלמסהאפן-זֶנְגְוָוארְדֶן. מזכירות המחנות אישרה צו זה. מ-2 עד 5 בנובמבר 2342 הועברו תושבי מחנה פפנדורף ברכבות לקסרקטין הצבא הנאצי לשעבר בעיר אמדן, ובסביבות 1550 תושבי מחנה אם שטאו הועברו למחנה הצי הימי וילהלמסהאפן-זֶנְגְוָוארְדֶן. ב-5 בנובמבר 1947 המעפילים האחרונים של האקסודוס הועברו למגורי החורף החדשים. מה- 17 בנובמבר 1947 מחנות פפנדורף ואם שטאו שופצו בהרחבה והועמדו שוב כמחנות מעבר לפליטים מארצות המזרח. מחנה פפנדורף שימש כמחנה מעבר לפליטים עד קיץ 1950 ואז המחנה נהרס. כיום נמצא במקום רק לוח זיכרון ביער ואלדהוזן (Waldhusener Forst) וקברי הילדים שמתו במחנה פפנדורף הנמצאים בבית העלמין היהודי בליבק-מויסלינג הנמצא במרחק 18 ק"מ דרומית-מערבית מהמקום, מזכירים לנו את המחנה. אתר המחנה בפפנדורף לשעבר הוא כיום יער מחטני צפוף. באתר מחנה אם שטאו, אין כיום, כל ציון לזכר מעפילי האקסודוס ששהו במקום בין ספטמבר-אוקטובר 1947. במקום נמצאת מרינה לסירות דיג ומפרשיות בשם מרינה אם שטאו (Marina am Stau).
מחנות אמדן וזֶנְגְוָוארְדֶן.
מחנות אם שטאו ופפנדורף לא התאימו למגורים בחורף, ובאמצע אוקטובר החליטו הבריטים להעביר את המעפילים למחנות אמדן (Emden) ו-זנגווארדן (Sengwarden) תוך תאום ופיקוח עם מזכירות המחנות של המעפילים בראשות מרדכי רוזמן.
מעפילי האקסודוס ממחנה פפנדורף (מאניות הגרוש אושן ויגור ורנימייד פארק), נשלחו למחנה בעיר אמדן, לקסרקטין קארל פון מולר ומעפילי האקסודוס ממחנה אם שטאו (מאניית הגירוש אמפייר רייבל) הובאו למחנה הצי הנאצי לשעבר בווילהלמסהאפן-זֶנְגְוָוארְדֶן (Wilhelmshaven-Sengwarden) – כיום קסרקטין הצי הגרמני – האדמירל ארמין צימרמן . חיילי בנות הברית של הצבא הפולני אשר כבשו את האזור, התגוררו בבנייני הקסרקטין באמדן הועברו למחוזות אחרים.
כאות למעמד המיוחד של מעפילי האקסודוס, וכאמצעי למניעת הסתפחותם של "טרמפיסטים" לקבוצתם, קיבלו כל המעפילים ממזכירות המחנות, תעודה רשמית, בעברית ובאנגלית, שבה צוין שבעל התעודה הוא מעפיל מ"יציאת אירופה תש"ז" שהוחזר בכח לגרמניה מנמל חיפה ונמצא בגירוש בדרך חזרה לארץ-ישראל. לכל תעודה הוצמדה תמונת פספורט, מספר סידורי וחותמת עגולה (ללא פרטים מזהים אחרים) של מזכירות המחנות ובה ציור של אנייה מניפה דגלים פורצת חומה. התעודות הונפקו בסוף אוקטובר 1947 ערב המעבר למחנות החדשים.
ב־2.11.1947 החל מסע מעפילי האקסודוס ממחנות פפנדורף ואם שטאו למחנות החורף. תחילה במשאיות צבאיות בריטיות לתחנת הרכבת בעיר באד שווארטאו , ומכאן ואילך ברכבות אל מחנות החורף. מחאת המעפילים כנגד הנסיעה תחת שמירה של חיילים חמושים וקרונות מסורגים, הוכתרה בהצלחה. השומרים סולקו וסבכות התיל הוסרו מחלונות הרכבת. המגורים במחנות החדשים היו עדיין צפופים מאוד; רבים נאלצו לישון שניים במיטת יחיד. אבל, המגורים בנייני אבן, מיטות אמיתיות וחימום מרכזי הגון, היו תנאים טובים בהרבה ממה שהיה להם במחנות שזה עתה עזבו.