ב-27 במרץ 1986 שלחה ד"ר שולה בר-שני, מנהלת שירותי הדם של מד"א דאז, מכתב למתרימי הדם ובו נאמר בין היתר:ועדת הבירור הממלכתית שבחנה את פרשת הדם בשנת 1996 לא הצליחה לקבוע מי נתן את ההוראה להשמיד את מנות הדם ומה היו שיקוליו, נוכח גלגול האחריות ההדדי בין משרד הבריאות לבין מגן דוד אדום לאחר חשיפת המדיניות. שרי הבריאות אהוד אולמרט, חיים רמון ואפרים סנה נשאלו על ידי הוועדה אם ידעו או נידון בנוכחותם כי לא יתרימו את יהודי אתיופיה, כי תרומותיהם יסומנו וכי הסימון יאפשר את השמדת הדם. שלושת השרים העידו כי לא ידעו זאת, וכי לדעתם השמדתם תרומות הדם בחשאי הייתה אווילית. גם מנכ"לי משרד הבריאות שכיהנו בתקופת השרים האמורים טענו כי לא ידעו על השמדת תרומות הדם. השר אפרים סנה, שכיהן כשר הבריאות בתקופת פעילות ועדת נבון, העיד כי בתום חיפושים רציניים לא נמצאה כל אסמכתא להוראה מעין זו מטעם משרד הבריאות. נמצא רק חוזר שהפיץ ב-8 בינואר 1984 מנהל שירותי האשפוז במשרד הבריאות, ד"ר משה משיח, המנחה את מנהלי בתי החולים לערוך בדיקות מלריה לכל חולה מקרב יוצאי אתיופיה המגיע לבית החולים, לאור מקרי המלריה והצהבת הנגיפית מסוג B שהתגלו בקרב עולים במבצע אחים. בהמשך אותו מכתב נאמר:
לטענת ד"ר משיח, כל כוונת מכתבו הייתה להזהיר את מי שמטפל בדם להישמר בעת הטיפול בדם - קודם שנקבע בבדיקה האם הדם נגוע בנגיפים המחוללים צהבת. ד"ר משיח הוסיף ואמר: כשנשאל אם ההוראה "לסמן יהודי אתיופיה" משמעה "להתרים, לא לבדוק, לא להשתמש, להשמיד את הדם?" השיב ד"ר משיח
מכתב זה פורש כלשונו על ידי מנהלי בתי החולים והוראותיו יושמו בבנקי הדם של בתי החולים. לעומת זאת, בשירותי הדם של מגן דוד אדום, האוספים כ-90% מהדם הנתרם בישראל, הושמדו בין השנים 1984–1996 כמעט כל תרומות הדם של עולים מאתיופיה וצאצאיהם, ללא ידיעת משרד הבריאות ומבלי ליידע את התורמים. נעשה שימוש רק במספר מצומצם של תרומות דם מקבוצת אוכלוסייה זו, שהשתייכו לסוגי דם נדירים המבוקשים במיוחד. מדיניות ההסתרה חדלה עם חשיפת הפרשה בתקשורת בינואר 1996, אולם השמדת תרומות הדם נמשכה עד יולי 2017, למרות המלצות לשנותה שהוגשו לראש הממשלה ביולי 1996.
הסערה הציבורית.
פרשת הדם עוררה שלושה גלים עיקריים של מחאה ציבורית: הראשונה עם חשיפתה בשנת 1996, השנייה בשנת 2006 והשלישית בשנת 2013.
מחאת 1996.
ב-24 בינואר 1996 פרסם העיתונאי רונאל פישר בעיתון מעריב כי מנות דם הנתרמות על ידי עולים מאתיופיה מועברות להשמדה. החשיפה, תחת הכותרת "שקר הדם האתיופי", עוררה תחושות זעם ועלבון ממספר טעמים:
חשיפת פרשת הדם ותגובות שרותי הדם של מד"א הובילו ביום ראשון ה-28 בינואר 1996 להפגנה של בין שמונת אלפים לעשרת אלפים עולים מאתיופיה מול משרד ראש הממשלה בירושלים הם נשאו שלטים כגון "לא ניתן דמנו הפקר", "עם אחד, דם אחד", "אנחנו שחורים אבל הדם שלנו אדום", "אנחנו יהודים כמוך: עצרו את האפרטהייד הגזעני" המשטרה, שהעניקה רישיון להפגנה של 850 איש, לא תגברה את כוחותיה למול המפגינים הרבים, לאור ניסיונה בהפגנות השקטות של עולי אתיופיה בשנות השמונים והתשעים השוטרים במקום ניסו לפזר את אלפי המפגינים בעזרת אלות וזרנוקי מים, אך משמקצת המפגינים יידו לעברם אבנים עברו לירי כדורי גומי ורימוני גז מדמיע. 41 שוטרים ולמעלה מעשרים מפגינים נפצעו בהפגנה, בה ניזוקו כמעט כל המכוניות בסביבת משרד ראש הממשלה הן המפגינים והן השוטרים השוו בין אלימות המפגינים והשוטרים לבין פיזור הפגנות אלימות בימי האינתיפאדה החוקר אורי בן אליעזר טען כי השמדת מנות הדם הייתה עבור ישראלים אתיופים צעירים רגע הפכו לקבוצה המובדלת על בסיס גזע בחברה הישראלית. ח"כ פרופ' יורם לס, מנכ"ל משרד הבריאות לשעבר וחבר כנסת בעת חשיפת הפרשה, טען כי מדיניות ההשמדה היא "גזענית וחסרת הצדקה מדעית". לדבריו, שיעור ההידבקות באיידס גבוה בהרבה בארצות הברית מאשר בישראל ובכל זאת איש מעולם לא שקל למנוע מיהודים אמריקאים לתרום דם. פרופ' לס הוסיף וטען כי "אי אפשר להעליב אנשים ולהונות אותם על ידי לקיחת דם מוורידיהם והשלכתו לאשפה". גלי הביקורת אודות מדיניות מד"א חדלו כעבור חודש, בעקבות סדרת פיגועי התאבדות שפקדו את ערי ישראל בחודשים פברואר-מרץ 1996.
בעיצומה של ההפגנה זומן מארגנה אדיסו מאסלה ללשכת ראש הממשלה שמעון פרס, שהבטיח לו להקים ועדת חקירה ממלכתית שתבחן את פרשת הדם לצד שאר היבטי היחס המפלה כלפי יהודי אתיופיה "השגנו ביום אחד מה שלקח לתימנים ארבעים שנה להשיג!" זעק מאסלה בפני המפגינים בצאתו מן הפגישה, כשהוא מתייחס לוועדת החקירה הממלכתית שהוקמה בשנת 1995 לחקירת פרשת ילדי תימן. בפועל הוקמה ועדת בירור ציבורית בעלת סמכויות מוגבלות יותר, בראשות הנשיא לשעבר יצחק נבון.
מחאת 2006.
בתחקיר עיתונאי שפרסמה חברת החדשות של ערוץ 2 בתאריך 31 באוקטובר 2006 נחשף כי לא נעשה שימוש בתרומות הדם של עולים מאתיופיה. בעקבות התחקיר התחדשו ההפגנות אודות פרשת הדם, הפעם בהובלת צעירים שהוריהם עלו מאתיופיה. בעקבות המחאה הבטיח שר הבריאות יעקב בן יזרי להקים ועדה מקצועית שתבחן כיצד ניתן לפתור את הסוגיה, אולם זו לא הוקמה בפועל. עם זאת הביאה המחאה לעדכון הנחיות מד"א ב-15 באפריל 2007, כך שילידי ישראל שהוריהם עלו מאתיופיה יוכלו לתרום דם, בדומה לשאר ילידי ישראל. על אף טענות מד"א משנת 2007 כי "מעולם לא נאסר על אתיופים ילידי ישראל לתת תרומת דם", עמדה ועדת נבון עוד בשנת 1996 על האבסורד שבפסילת דמם של ילידי הארץ רק בשל מוצא הוריהם והמליצה פה אחד לבטל הנחיה זו, אולם המלצותיה לא יושמו.
מחאת 2013.
בדצמבר 2013 סירב צוות מד"א להתרים דם מחברת הכנסת פנינה תמנו-שטה, שעלתה מאתיופיה בגיל 3, בתואנה כי לבני העדה האתיופית יש "סוג דם מיוחד". בעקבות זאת סילק יו"ר הכנסת יולי אדלשטיין את צוות מד"א מהכנסת והושמעו גינויים חריפים מצד נשיא המדינה, ראש הממשלה, שרים ונבחרי ציבורי נוספים. מנהלת שרותי הדם של מד"א טענה כי צוות המתרימים נהג על פי נוהלי משרד הבריאות, אשר פוסלים לקיחת דם ממי ששהה שנה או יותר במדינה שבה שכיחות האיידס גבוהה. בעקבות המחאה הציבורית, שהקיפה הפעם גם מגזרים נוספים מלבד ציבור העולים מאתיופיה, מינתה שרת הבריאות יעל גרמן ועדה מקצועית במשרדה לצורך "בחינת תרומות דם מאוכלוסיות המוגדרות כיום כאוכלוסיות בסיכון", בראשות פרופסור מנפרד גרין.
ועדת נבון.
הסערה הציבורית עם חשיפת פרשת הדם הביאה להקמת ועדת בירור ציבורית בראשות הנשיא לשעבר יצחק נבון. הוועדה התבקשה לבדוק "את פרשת תרומות הדם של עולי אתיופיה, על היבטיה השונים, כולל השלכותיה החברתיות והציבוריות". בניגוד להבטחות שניתנו ביום ההפגנה, לוועדה לא הייתה סמכות להורות על התייצבות לדין (subpoena) ודיוניה צומצמו לבחינת ההיבטים הרפואיים של השמדת תרומות הדם, תוך התעלמות משאר הסיבות למחאה.
קבלת ההחלטות אודות השמדת מנות הדם.
ועדת נבון דנה באריכות בתהליכי קבלת ההחלטות במשרד הבריאות ובמד"א, ומצאה בהם ליקויים רבים. על מכתבו של ד"ר משה משיח משנת 1984 נאמר כי "אינו ברור וחד-משמעי ועל כן כל אחד היה יכול לייחס לו משמעות אחרת". הוועדה לא פסלה את האפשרות כי הוראות ההשמדה ניתנו בעל פה, במנותק ממכתבו של ד"ר משיח. זאת אף כי ד"ר משיח העיד כי למיטב ידיעתו מעולם לא דנו בדמם של העולים מאתיופיה, וד"ר בר-שני העידה כי אינה זוכרת כל דיון שהתקיים בנושא או הוראות בעל-פה שניתנו לה. ד"ר בר-שני אף לא יכלה לקבוע בוודאות אם אמנם לא נעשה שימוש במנות הדם המסומנות במגן דוד אדום. בתזכיר שהגיש לוועדת נבון במאי 1996, הודה היועץ המשפטי של מד"א כי לבנקי הדם לא ניתנו מעולם הנחיות מסודרות בנושא תרומות הדם של עולי אתיופיה, למעט ההנחיה של ד"ר משיח מינואר 1984 לסמן את מנות הדם של עולי אתיופיה. הוועדה לא הצליחה לקבוע מי נתן את ההוראה להשמיד את מנות הדם ומה היו שיקוליו, אולם עלה בידה לקבוע כי ההוראה ניתנה שש שנים לפני שאותר נשא ה-HIV הראשון בקרב עולי אתיופיה, וממילא לא היה לה כל קשר למחלת האיידס. זאת בניגוד לטענות שהפיצו שרותי הדם של מד"א בתקשורת לאחר חשיפת פרשת הדם.
המלצות לשינוי התבחינים לתרומות דם.
הוועדה המליצה פה אחד להחליף את האיסור הגורף על קבלת תרומות דם מעולים מאתיופיה בדחייה זמנית, שתשמור על בטיחות מקבלי הדם ומאידך תנקוט "אמת מידה שווה בנושא תרומות הדם":
יישום המלצות ועדת נבון.
ביולי 1996 הוגשו המלצות ועדת נבון לראש הממשלה בנימין נתניהו, אך הן לא יושמו בפועל. בפרט, נותר על כנו האיסור לצמיתות על קבלת דם מילידי אתיופיה, עד יישומן החלקי של המלצות ועדת גרין ביולי 2017. כמו כן נותר על כנו האיסור לצמיתות על קבלת דם מילידי ישראל ממוצא ביתא ישראלי, עד ביטולו באפריל 2007.
ועדת גרין.