החטיבות הלוחמות הראשונות של אחראר א-שאם נוצרו מיד בתום המהפכה במצרים, וזמן קצר לפני תחילת ההתקוממות הסורית בשנת 2011. מרבית המייסדים של הקבוצה היו אסירים פוליטיים איסלאמיסטים שנכלאו במשך מספר שנים בבית הסוהר סאדנאיה על ידי המשטר הסורי באשמת טרור, עד ששוחררו ממנו במסגרת חנינה שהעניק משטר אסד לאסירים פוליטיים בין מרץ למאי של 2011, במאמץ לרצות את המפגינים הדתיים במהלך האביב הערבי ולמנוע את המהפכות שהתרחשו במצרים, תוניסיה ובהמשך גם בלוב ותימן. אסירים איסלאמיסטים כמו חסן עבוד, זהראן עלוש, אבו ג'אבר שייח' ואחרים ששוחררו מהכלא, הקימו במהירות מסגרות ללחימה במשטר - לרוב במקום הולדתם. הארגון שהקים חסן עבוד התבסס תחילה במחוז אידליב בעודו כולל 25 יחידות, ולאחר מכן התפשט במהירות ברחבי סוריה; עם זאת, מרכז הכוח של הארגון ותחומי הפעילות העיקריים שלו נותרו עדיין בצפון-מערב סוריה - סביבות מחוז אדלב.
עד יולי 2012, אחראר א-שאם גדלה ל-50 יחידות, והיא החלה לשתף פעולה עם ארגונים אחרים במאבק נגד אסד, במיוחד עם ג'בהת א-נוסרה שלוחת אל-קאעידה בסוריה. שתי הקבוצות היו חלוצות השימוש בחומרי נפץ בסוריה, כמו גם בטקטיקה של פשיטה על בסיסי צבא סוריה על מנת ללכוד אמל"ח. מאז הקמתה, אחראר א-שאם ידועה גם בחתירה לאיחוד כוחות אופוזיציה איסלאמיים תחת ארגוני גג גדולים יותר; היא הובילה להיווצרות החזית האסלאמית הסורית (SIF) ב-2012, ובין המובילות להקמת החזית האסלאמית בשנת 2013 שבה היו חברים 70,000-40,000 לוחמים ואשר הייתה בין ארגוני הגג הגדולים ביותר במרד הסורי. כאשר הבריתות בין הארגונים השונים נמסו, אחראר א-שאם קלט רבים מהלוחמים של פלגי מורדים קטנים שחיפשו ארגון גדול שיפרוש עליהם את חסותו.
אחראר א-שאם שיתפה פעולה עם המדינה האסלאמית עד ינואר 2014, שאז קמה איבה קשה בין הארגונים לאחר שהמדינה האסלאמית הרגה לוחמי אחראר א-שאם בעקבות דבריו של חסן עבוד שמתח ביקורת על אבו בכר אל-בגדאדי לאחר שהלה דחה את מאמצי הפיוס בין ארגוני המורדים הסונים, והכריז על מספר ארגונים סונים ככופרים. לאחר סדרת התנגשויות קטנה בין הארגונים, אחראר א-שאם, ג'בהת א-נוסרה ובעלי בריתם, פתחו במתקפה על המדינה האסלאמית וסילקו אותה לזמן קצר מהעיר א-רקה הסורית ב-6 בינואר 2014. בעקבות כך, המדינה האסלאמית פתחה במלחמת חרמה נגד כל ארגוני המורדים, והיא דחקה אותם מכל מערב סוריה. בפברואר ובספטמבר 2014, מתקפות מחבלים מתאבדים של דאעש על מפקדות אחראר א-שאם הובילו לחיסול מרבית מנהיגי הארגון, ביניהם המייסדים חסן עבוד ואבו ח'אלד אל-סורי. אחראר א-שאם התאוששה במהירות מהמשבר, ובשיתוף עם ארגונים אחרים סילקה את דאעש מצפון-מזרח סוריה. התנועה גם הרחיבה את פעילותה נגד משטר אסד ב-2015 במסגרת צבא הכיבוש לצד ארגונים ג'יהאדיסטים אחרים, ויחדיו הם הצליחו לסלק את צבא סוריה והחזבאללה ממרבית מחוז אדלב. בעקבות ניצחונות הארגון, טורקיה וסעודיה החלו לממן את אחראר א-שאם על מנת לחזק את כוחות האופוזיציה הסונים במלחמת האזרחים.
נוסף על הפעולות הצבאיות, ארגון אחראר א-שאם מילא תפקיד מכריע במשא ומתן על הפסקת אש עם משטר אסד ב-2015, למרות התנגדותו המקורית לשיחות השלום. הארגון התנגד בתחילה למשא ומתן עם משטר אסד, משום שכחבר הבריתות האסלאמיות הוא טען שאת הפעילות הפוליטית של האופוזיציה צריכות לנהל רק הקבוצות הלוחמות בסוריה ולא אינטלקטואלים ופוליטיקאים סורים ששוהים מחוץ למדינה. לאחר שהוסכם על שיתוף הארגון במסגרות הפוליטיות, אחראר א-שאם הסכים פסקת אש ראשונה עם הצבא הסורי והחזבאללה ב-12 באוגוסט 2015, והלחימה הופסקה למשך 48 שעות בזבדאני, אל-פואה וכפרייה. הפסקת האש הושגה על ידי טורקיה שייצגה את אחראר א-שאם וארגוני מורדים נוספים, ואיראן שייצגה את הצבא הסורי והחזבאללה. הפסקת האש נשמרה למשך שישה חודשים ב-3 העיירות הללו, ואחראר א-שאם הסכימה גם לחילופי אוכלוסין שבמהלכם תושבי הכפרים השיעים באדלב עזבו לאזורים שבשליטת המשטר, ומנגד תושבים סונים של אזורים מסוימים שנפלו לידי המשטר עזבו לאדלב.
בדצמבר 2015, אחראר א-שאם נסוגה משיחות השלום שאורגנו על ידי סעודיה, בתואנה שיש תמיכה רבה באסד בשיחות הללו והתעלמות מהפשעים שהוא מבצע בעם הסורי. זמן קצר לאחר מכן בתחילת 2016, אחראר א-שאם ובעלות בריתה חתמו על הצהרה שבכוונתם לנהל משא ומתן לשלום עם אסד, אך ציינו כי הם לא יאפשרו לו להישאר בשלטון לתקופת מעבר עם תסתיים המלחמה. ארגון אחראר א-שאם לא היה שותף בהפסקת האש הארצית שהשתררה בפברואר 2016 בין משטר אסד לצבא סוריה החופשי, והשתתף בזמן זה במתקפה של צבא הכיבוש על עמדות אסד במטרה לשבור את המצור של המשטר על החלק המזרחי של חלב שהיה בשליטת המורדים. במקביל, אחראר א-שאם החלה ללחום בפלג מורדים ג'יהאדיסטי קיצוני בשם ג'ונד אל-אקצא לאחר שהלה התקיף ארגונים מתונים באדלב, מה שהוביל את הפלג לבקש חסות מג'בהת א-נוסרה ששינתה את שמה בינתיים לג'בהת פתח א-שאם בניסיון להתנתק רשמית מאל-קאעידה ובכך להפסיק את ההפצצות האוויריות של ארצות הברית על הארגון. אחראר א-שאם הסכימה להפסקת אש עם ג'ונד אל-אקצא בעקבות בקשת בעלת בריתה ג'בהת פתח א-שאם.
בסוף שנת 2016, אחראר א-שאם החלה להתפצל בשל חילוקי דעות על השתתפות הקבוצה במבצע מגן הפרת בראשות טורקיה נגד המדינה האסלאמית והכוחות הסוריים הדמוקרטיים, ומשא ומתן על איחוד עם ג'בהת פתח א-שאם. אף על פי שאנשי הדת של אחראר א-שאם הוציאו פסק הלכה המתיר את השתתפות הקבוצה במבצע לצד טורקיה, הזרם הקיצוני בארגון התנגד לשיתוף הפעולה במבצע. במקביל, מרבית חברי מועצת השורא של אחראר א-שאם שהשתייכו לזרם המתון, התנגדו למיזוג עם ג'בהת פתח א-שאם מחשש לתיוגם כקיצוניים על ידי המערב, ובבחירות השנתיות למנהיג הארגון נבחר ברוב קולות המועמד העדיף על הפלג המתון. למרות זאת, מיעוט חברי המועצה הקיצונים סירבו לקבל את התוצאות והשעו את חברותם, ומנהיג הארגון במהלך 2014–2015 אבו ג'אבר שייח' שמשתייך לזרם הקיצוני, הקים תת-ארגון בתוך אחראר א-שאם בשם ג'יש אל-אחראר שחתר לאיחוד עם ג'בהת פתח א-שאם.
בינואר 2017, ג'בהת פתח א-שאם החל לתקוף פלגי מורדים קטנים במחוזות חלב ואדלב ששלחו נציגים לשיחות השלום עם משטר אסד בקזחסטן. אחראר א-שאם לא השתתף אמנם בפועל בשיחות השלום, אולם כתוצאה מההתקפות פלגי מורדים קטנים ביקשו להתמזג עם אחראר א-שאם על מנת שזו תיתן להם חסות. בעקבות המיזוגים, אחראר א-שאם הצהירה כי כל התקפה על הפלגים החדשים שהצטרפו אליה תחשב כהכרזת מלחמה על הארגון כולו.
ג'בהת פתח א-שאם שחששה מבידודה בקרב ארגוני המורדים הסורים, פעלה להקמת ארגון משותף לה ולארגונים קיצוניים כמוה, והסכסוך בין שני הארגונים החזקים הוביל את אבו ג'אבר שייח' - מנהיג הזרם הקיצוני באחראר א-שאם - לערוק יחד עם המסגרת שהקים (ג'יש אל-אחראר) ולהצטרף למסגרת המוקמת על ידי ג'בהת פתח א-שאם. בסופו של דבר ג'בהת פתח א-שאם וג'יש אל-אחראר התמזגו יחד עם ארגונים קיצוניים נוספים לתוך ארגון חדש בשם תחריר א-שאם שכוחו הוכפל מאחראר א-שאם. למנהיג הארגון החדש מונה אבו ג'אבר שייח' שפרסם ב-9 בפברואר הצהרה פומבית ראשונה וקרא לאחדות במרד הסורי. אחראר א-שאם התמודדה בחודש שלאחר מכן עם גל עריקות קטן יחסית וחילופי אש עם הארגון החדש, אולם עד מהרה הסכסוך בין הארגונים דעך והם חזרו לשתף פעולה במאבק נגד משטר אסד אם כי לא כבעבר.
מנהיגות.
אחראר א-שאם שומרת על מנהיגות קפדנית חשאית, וכוח הארגון נמדד ביכולתו לשלוט על כל יחידותיו השונות הפרוסות ברחבי סוריה. מלבד מנהיגי הקבוצה הראשונים, המפקד של אחראר א-שאם נבחר בדרך כלל ברוב קולות של 22 חברי מועצת השורא של הארגון - לרוב לתקופת כהונה של שנה. הארגון חווה זעזוע בספטמבר 2014 בעקבות חיסול מרבית צמרת הפיקוד של הארגון בפיגוע התאבדות של המדינה האסלאמית, אך הצליח לעבור את המשבר עקב שרשרת הפיקוד המאורגנת ומועצת השורא שלו. להלן מנהיגים בולטים בארגון:
המאבק בין הזרמים בארגון.
מאז הקמת אחראר א-שאם, התנועה מורכבת משני זרמים: הזרם הקיצוני הדוגל בהדגשת המרכיב הג'יהאדיסטי סלפי של הארגון שפועל להגביר את שיתופי הפעולה עם ארגונים ג'יהאדיסטים אחרים כמו ג'בהת פתח א-שאם ואף להתמזג איתם, והזרם המתון הדוגל בהיבדלות מארגונים קיצוניים אחרים, צמצום במידת האפשר של שיתוף הפעולה עימהם, והפיכת התנועה למקובלת יותר מבחינה פוליטית על ידי שיתוף פעולה עם המערב ועם ארגוני מורדים חילוניים או מתונים כדוגמת צבא סוריה החופשי. הזרם הקיצוני רוצה גם להתרחק מתומכיו הזרים של הארגון (טורקיה למשל), והזרם המתון חרד מהאפשרות הזאת עקב ההשלכות בדמות הפסקת מקורות המימון החיצוניים של הארגון, והתקפות אוויריות על הארגון מצד המערב.