בהתקרב הכוח למקשת כדי להטביעה, הוא הופתע משלושה טילי "", שנורו לעברו מדרום מזרח. מערכות לוחמה אלקטרונית שיבשו את פעולות הטילים ואלה החטיאו. אחד הטילים נפגע באש מקלעי אחד הסטי"לים. הסטי"לים הסורים שירו את הטילים היו שתי ספינות מדגם "קומאר" וספינה מדגם "אוסה" שיצאו לים קודם לכן לכיוון טרטוס בגירוד חוף וקיבלו את הדיווחים של הטרפדת הסורית. לספינות אלה היה יתרון בכך שטווח הסטיקס עלה על טווח הגבריאל. ספינות הקומאר ירו וברחו, וספינת האוסה פנתה וירתה שני טילים נוספים. תוך כדי התגוננות מהטילים הצליחה ה"געש" לירות על ה"אוסה" שני טילים ברצף, הראשון פגע ולשני כבר לא הייתה מטרה. ה"מזנק" פגעה בספינת קומאר נמלטת. הקומאר השנייה נמלטה לעבר החוף, עלתה על שרטון והושמדה באש תותחים על ידי ה"מזנק". טיל גבריאל האחרון בקרב נורה על ידי ה"חנית" שהטביע סופית את המקשת. תוצאות הקרב - חמש ספינות סוריות הושמדו, הכוח הישראלי שב בשלום לבסיסו. הסורים ירו שמונה טילי סטיקס והכוח הישראלי ירה עשרה טילי גבריאל. לאחר קרב לטקיה, במשך כל הקרבות הנוספים בגזרה הסורית, פעלו ספינות חיל הים הסורי ממבואות נמליהן ולא יצאו לים הפתוח במשך כל ימי המלחמה.
קרב פורט סעיד.
הקרב התקיים בלילה הראשון של מלחמת יום הכיפורים, בין 6 ל-7 באוקטובר 1973, מול חופי צפון מערב סיני. משימת כוח הסטי"לים הישראלי הייתה למנוע פעילות של כוחות ימיים מצריים באזור.
היה זה היום הראשון ללחימה ולכן התכנסות הכוח בים נעשתה בשלבים והתוכנית גובשה תוך כדי כינוס. הכוח כלל שש ספינות: אח"י משגב (סער 1), בפיקוד פנחס מילוא. אח"י אילת (סער 2), בפיקוד אילן שדה. אח"י סופה (סער 3), בפיקוד גדעון רז, שהעביר את הפיקוד עליה ליצחק שמיר. אח"י חרב (סער 3), בפיקוד שמואל פרס. אח"י סער (סער 3), בפיקוד דוד עזר. אח"י קשת (סער 4), בפיקוד דוד הרפזי.
ראשונות הפליגו שתי ספינות בפיקוד מפל"ג סער 4, אלי רהב, אח"י קשת (סער 4) ואח"י אילת (סער 2). שעתיים מאוחר יותר הצטרף זוג ספינות סער 3 בפיקוד מפל"ג 33, גדעון רז, אח"י סופה ואח"י חרב. שתי הספינות נערכו באופן חשאי, ללא הפעלת מכ"ם וקשר, למארב בצמוד לחוף מערבית לבסיס דפנה. זוג ספינות שלישי בפיקוד מפל"ג 32, יעקב ניצן, אח"י סער (סער 3) ואח"י משגב (סער 1), יצא לדרך מאוחר יותר והצטרף בהמשך מכיוון מזרח. בסיס דפנה שהיה בימת ברדוויל שבצפון סיני מילא את יעודו כעמדת תצפית קדמית וקישור לכוחות הימיים בגזרה.
בספינות הכוח ובבסיס דפנה, שבחוף ימת ברדוויל הבחינו בספינות טילים מצריות נעות מזרחה. המפקד הטקטי במקום, המפל"ג אלי רהב, הזמין סיוע אווירי במגמה להסתער מבלי להמתין לזוג השלישי. בשלב זה מפקד חיל הים בנימין תלם התערב. תלם דרש לעכב את ההסתערות עד להגעת הסיוע האווירי והורה להתרחק מזרחה כדי לפגוש את הזוג הנוסף ולהיערך בעדיפות גדולה יותר. חיל האוויר היה טרוד מאוד בקרבות הבלימה והגעת המטוסים התעכבה. בינתיים נפתח הטווח בין הזוגות ומפקד חיל הים נעשה המפקד הטקטי של האירוע.
נראה היה שהמצרים נכנסים למלכודת בין שני זוגות הסטי"לים. בעוד שתשומת הלב של הישראלים מופנית לאוסות הנכנסות למארב, חדרה טרפדת מדגם P-183 מצרית נושאת משגרי קטיושות מבלי להתגלות והפגיזה ברקטות את בסיס דפנה. הרקטות נחתו בגבעה מאחורי המוצב ולא גרמו נזק. אח"י סופה ואח"י חרב יצאו מהמארב והפתיעו את ספינת הרקטות שנמלטה לכיוון פורט סעיד. האוסות המצריות פנו דרומה על רקע החוף ולא יצרו תמונת מצב ברורה ומטרות לירי לסטי"לים. באח"י חרב אירעה תקלה במכ"ם בקרת האש שלא הצליח על המטרה. גם באח"י סופה אירעה תקלה במערכת ניהוג הטיל והטילים לא הגיעו למצב ביות.
ארבעה סטי"לים ישראלים פנו מערבה והגבירו מהירות, אולם האוסות שפנו מערבה לא היו בטווח הטקטי. באותן דקות הגיע הסיוע האווירי, שנדרש שעתיים קודם לכן, על ידי זוג מטוסי קורנס, אולם אחד מהם חזר בגלל תקלה. מפקד אח"י חרב (סער 3) סרן שמואל פרס כיוון את המטוס שנותר להניר את ספינות הטילים המצריות. הנרת המטוס גרמה לאוסות לזנוח את כוונתן לירי טילים ולפנות מערבה. ספינות הסער 3 סגרו אליהן טווח ונכנסו בירי מתותח אוטו מלרה 76 מ"מ, אך בתותחים קרו מעצורים ותקלות. טייס הקורנס הצליח לפגוע באוסה אחת בפצצה האחרונה שלו ולהשמיד אותה.
הספינות במזרח הסתערו לעבר הכוח המצרי שפנה מערבה, אבל המרחק היה גדול והן לא הצליחו להגיע לטווח ירי. במרדף אחר האוסות הנמלטות, עברו שני סטי"לים את קו פורט סעיד מערבה. כאשר הדבר נודע במטה הכללי, חיל הים נדרש להפסיק את המרדף.
"'תוצאות הקרב:"' בקרב השתתפו שש ספינות ישראליות - מהן חמש נושאות טילים וספינת תותחים אחת. מולן עמדו שלוש ספינות מצריות - שני סטי"לים מדגם "אוסה" וספינת רקטות. 11 הטילים שנורו על ידי הכוח הישראלי לא פגעו. הרקטות שנפלו ליד בסיס דפנה לא גרמו כל נזק. הסטי"לים המצריים לא הצליחו לירות טילים והונסו. ספינת טילים אחת מדגם אוסה הושמדה על ידי הקורנס. יומיים מאוחר יותר נשבו מספר ניצולים שהגיעו בשחיה לחוף רומני.
הייתה זו הפעם היחידה שחיל הים קיבל סיוע אווירי קרוב במלחמת יום הכיפורים. היעילות לא הייתה מרשימה, אך הופעתם חייבה את המצרים להתגונן, מנעה מהם לירות טילים והייתה משמעותית להצלחת הקרב. אף כי תורת הקרב חייבה הזמנת סיוע אוויר התקפי, הפנימו הכוחות הימיים את מצב הלוחמה באוויר ולא הוזמנו יותר מטוסי תקיפה לקרבות הימיים.
החפה וחילוץ אח"י חנית.
בלילה השני של המלחמה, ליל 7–8 באוקטובר 1973, נעשה שוב ריכוז כוח לגזרת פורט סעיד. אח"י "חנית" (סער 3) נשלחה כבת זוג לאח"י סופה (סער 3) ויחד הפליגו לקיים מארב בחוף מערב סיני. עקב חוסר מקצועיות לא בוצע ניווט והספינה עלתה על החוף מערבית לבסיס דפנה. נוצרה בעיה בטווח קרוב יחסית לנמל פורט סעיד. ספינות אחרות ניסו לסייע בחילוץ. המצרים תקפו את אח"י מזנק (סער 2) בטילים, אבל הספינה קיבלה התראה מספר דקות קודם לכן, התרחקה ולא נפגעה. אח"י חנית (סער 3), חולצה רק יומיים אחר כך בעזרת גוררת מגויסת שהגיעה מנמל אשדוד.
קרב דמיאט.
הקרב התקיים בלילה שבין 8 ל-9 באוקטובר 1973 מול חופי מצרים. משימת כוח הסטי"לים הישראלי הייתה לחסום בריחת ספינות מצריות מנמל פורט סעיד לנמל אלכסנדריה עקב מתקפת יבשה גדולה של צה"ל שבוצעה בחזית תעלת סואץ (מתקפת 8 באוקטובר). שמונה ספינות של השייטת הפליגו מנמל חיפה והצטרפו לשתיים אחרות שכבר שהו באזור. כישלון המתקפה הביא לשינוי המשימה והכוח נערך להפגזות באזור דמייט שבדלתא של הנילוס. מטרות חשודות במכ"ם גרמו לכוח לצאת להתקפה חזיתית של כל עשר הספינות בפיקודו של המש"ט מיכאל (יומי) ברקאי לפי כל כללי תורת הקרב נגד מה שהתברר לאחר כחצי שעה כהפרעות מכ"ם.
לאחר הפסקת ההתקפה הוחלט להחזיר חלק מהספינות בהתאם למלאי הדלק שהיה בהן וארבע הוחזרו לחיפה בפיקודו של מפל"ג 32 - יעקב ניצן. שש הספינות שנותרו בזירה היו: אח"י משגב (סער 1 - ספינת תותחים ללא לטילים), בפיקוד פנחס מילוא. אח"י אילת (סער 2), בפיקוד אילן שדה. אח"י סופה (סער 3), בפיקוד יצחק שמיר. אח"י חרב (סער 3), בפיקוד שמואל פרס. אח"י רשף (סער 4), בפיקוד מיכה רם. אח"י קשת (סער 4), בפיקוד דוד הרפזי. הספינות נערכו בשלושה זוגות: "רשף" ו"קשת" בפיקודו של מפל"ג סער 4 - אלי רהב. "משגב" ואילת בפיקודו של מפל"ג 31 - מיכה לצרוס. "סופה" ו"חרב" בפיקודו מפל"ג 33 - גדעון רז. מפקד השייטת עבר לאח"י חרב שנעשתה ספינת הפיקוד של הכוח.
על מנת לאלץ את המצרים לצאת לפעולה השאיר ברקאי ארבע ספינות והפליג דרומה עם אח"י סופה ואח"י חרב להפגיז את מוצבי החוף המצריים בדמיאט. עוד לפני שהחלו בהפגזה התגלו מטרות בכיוון צפון מערב, בקצה טווח המכ"ם. ברקאי לא היה בטוח שאלה מטרות אמיתיות והורה לאח"י קשת לפזר מטרות דמה לבדיקה ולהטעיה. בשעה 00:15 נפתחה אש טילים על המטרות שפיזרה ה"קשת". הטילים נורו מארבע ספינות אוסה, שהיו מחוץ לטווח היעיל של טילי ה"גבריאל" ועל כן הסטי"לים הישראלים הסתערו בכל המהירות כדי לסגור לטווח ירי. הספינות "קשת", רשף, אילת וחרב ירו טילים. ה"קשת" פגעה באוסה הראשונה והספינה הוטבעה באש תותחי אח"י משגב. רשף ואילת השמידו ספינת אויב שנייה בטילים ובתותחים. הספינה השלישית נפגעה קשה בטיל ובתותחים ועלתה על החוף כשבר כלי. האוסה הרביעית הצליחה להימלט ללא פגע כאשר אח"י רשף, שנגמרו לה הטילים, מנסה לפגוע בה בתותחים.
"'תוצאות הקרב:"' בקרב השתתפו שישה סטי"לים ישראלים וארבעה סטי"לים מצריים. נורו 12 טילים על ידי הכוח הישראלי וכ-15 טילים על ידי האויב. שלוש ספינות טילים מצריות מדגם אוסה טובעו ואחת נמלטה. הכוח הישראלי שב בשלום לבסיסו.
הפגזות חופי האויב.
משימות הפגזת חופים היו פגיעה ביעדים אסטרטגיים של האויב וריתוק כוחות הגנה שלו, סיוע לכוחות היבשה והאוויר על ידי פגיעה במטרות צבאיות המסכנות אותם והטרדת צי האויב ופגיעה בו.
הגנת החוף הישראלי.
במקביל לפעילויות התקיפה, שמרו ספינות השייטת את חופי המדינה והשיט אליה. בשני אירועים, ב-10 וב-19 באוקטובר 1973, הגיעו דיווחים על גילוי צוללות מצריות בקרבת חופי ישראל. (מול גבעת אולגה ומול חיפה). סטי"לים נצ"ל הוזנקו למקום ובמקרה הראשון, באזור גבעת אולגה, נורו טורפדות נגד צוללות, אך בתום המלחמה הוברר כי לא פגעו בצוללת. המצרים הסיגו את הצוללות שלהם מחופי ישראל להגנת הנמלים שלהם.
אבטחת השיט לישראל.