תבוסת פורטוגל בקרב נגד סולטאן טרנאטה בשנת 1575, וסיפוח פורטוגל לספרד בשנת 1580 גרמו לכך שספרדים ופורטוגזים שבו למאלוקו בשנים 1582–1583 לצורכי מסעות עונשין משותפים נגד שליטים מקומיים, וספרדים שבו אל האיים גם בשנים 1584–1585. בשנת 1602 כשל ניסיונם המשותף של ספרדים ופורטוגזים לכבוש את מבצר טרנאטה. ב-19 במאי 1605 כבשו ההולנדים את טידורה, מה שגרם לספרדים להגיב בכיבוש האי טרנאטה בשנת 1606 ובבנית מבצר באי באצ'אן. מרד מקומי בטרנאטה נגד הספרדים לא נסתר מההולנדים שקשרו ברית עם המורדים נגד ספרד. ספרד נכחה בטרנאטה ברצף מאז 1606 ועד 1663. בשנת 1607 בנו ההולנדים מבצר במרחק קילומטרים ספורים מהעיר הספרדית CIUDAD DEL ROSARIO בטרנאטה. המבצר נקרא בתחלה MALAYO ואחר כך FORT ORANGE, בשנים 1609 ו-1612 הקימו ההולנדים עוד שני מבצרים בטרנטה. המלחמה עם ההולנדים המשיכה להציק לספרדים, כאשר צבא ספרד מתאמץ לספק את צורכי אנשיו לנוכח עימותים חוזרים ונשנים נגד ההולנדים. בשנת 1609 כבשו ההולנדים את המבצר הספרדי בבאצ'אן. משנת 1610 הניסיון ההולנדי לדחוק את הספרדים כליל ממסחר התבלינים במאלוקו נעשה קשוח יותר ויותר. בשנת 1663 ועל סף רעב של אנשיו בטרנאטה, קץ המושל הספרדי במנילה בצורך לדאוג לנעשה בטרנאטה. בשנת 1663 הוא הודיע בצו על נטישת האי, ובכך נטשה ספרד את איי מאלוקו. אלא שלא בזה הגיע הקץ לנוכחות ספרד באינדונזיה. בשנים 1671 עד 1677 נכחו חיילי ספרד בקבע באי סיאו מצפון לסולאווסי. בשנת 1677 נטשו הספרדים את האי והולנד השתלטה עליו. בשנת 1683 השלימה הולנד את השתלטותה על כל איי מאלוקו.
האי מיאנגאס.
ספרדים היו אלה שגילו את האי, וקראוהו "לאס פאלמאס", אבל נטשו אותו. בשנת 1677 השתלטה עליו החברה ההולנדית להודו המזרחית אחרי מלחמה ארוכה נגד באתאהא סנטיאגו בשנים 1670 עד 1675. החל משנת 1906 תבעה אותו ארצות הברית, יורשת מקום ספרד בפיליפינים, כחלק מהסכם השלום בין ספרד לארצות הברית משנת 1898 ובהסתמך על העובדה שספרדים גילו את האי וסימון האי במפה אמריקנית כחלק ממה שלטענתה מסרה ספרד לארצות הברית בתוך "ריבוע גאוגרפי" שבו נמצא האי בתוך השטח המסומן, בחלקו הדרום מזרחי. הדבר הגיע אל הדיון הראשון אי פעם בבית הדין הבינלאומי לצדק בהאג בשנת 1925. הולנד זכתה באי ב-4 באפריל 1928, עם הפסיקה שלא יכלה ספרד לתת את מה שלא שלטה בו. בשנת 1956 פסקו שני משפטנים זרים: Willem Johan Bernard Versfelt ,Daniel-Eramus Khan במענה לדרישת הפיליפינים, שהאי מיאנגאס שיך לאינדונזיה, והפיליפינים נאלצה להסכים, והגיעה להסכם גבולות עם אינדונזיה. האי הוא הצפוני ביותר בגזרה הזאת באינדונזיה.
חברת הודו המזרחית ההולנדית.
ההולנדים ירשו את מקומם של הפורטוגלים מבחינת שאיפות, ברוטליות ואסטרטגיות אבל היו להם צורת ארגון טובה יותר כמו גם כלי נשק, ספינות וגב כלכלי חזק. על אף שהם נכשלו בהשגת שליטה מלאה על סחר התבלינים האינדונזי, הם הצליחו יותר מאשר הפורטוגלים. החל מ-1602, כאשר נוסדה חברת הודו המזרחית ההולנדית, ההולנדים בנו במשך 300 שנים את כוחם כשליטי אינדונזיה של ימינו, תוך שהם מנצלים את השבריריות של הממלכות הקטנות שהחליפו את מאג'אפאהיט. בניגוד לפורטוגלים, ההולנדים הצליחו ליצור היאחזות קבע בג'אווה, שממנה הם הקימו בסופו של דבר אימפריית סחר שנודעה בשם הודו המזרחית ההולנדית. על אף שהגבולות הסופיים לא נקבעו עד לראשית המאה ה-20, הם היו הגבולות שיצרו את האומה האינדונזית המודרנית, כפי שהוכרז ב-1945. אולם, טימור הפורטוגלית נשארה תחת שלטון פורטוגלי עד 1975 כאשר הצבא האינדונזי פלש וכבש אותה, ולאחר מכן היא הוכרזה כפרובינציה אינדונזית בשם טימור המזרחית עד 1999.
במאה ה-17 וה-18 הודו המזרחית ההולנדית לא נשלטה באופן ישיר על ידי ממשלת הולנד, אלא על ידי חברת סחר שהוקמה לצורך זה, שידועה בשם חברת הודו המזרחית ההולנדית. לחברה הוענק מונופול על המסחר והפעילויות הקולוניאליות באזור על ידי הפרלמנט ההולנדי ב-1602, אולם לא הייתה לה טריטוריה משל עצמה בג'אווה. ב-1619 החברה כבשה את העיר ג'איאקארטה, שרפה אותה עד היסוד והקימה את העיר באטאביה (ג'קרטה), כאשר אמסטרדם הייתה המודל לפיו הוקמה העיר.
מטרתה העיקרית של החברה הייתה שמירת המונופול של סחר התבלינים בארכיפלג. היא עשתה זאת באמצעות שימוש ואיומים באלימות נגד אנשי האיים שיצרו את התבלינים, ונגד זרים לא הולנדיים שניסו לסחור עם המקומיים. לדוגמה, כאשר תושבים מאיי באנדה המשיכו למכור אגוז מוסקט לסוחרים אנגלים, ההולנדים הרגו או גירשו את כל האוכלוסייה המקומית, והחליפו אותה במשרתים ובעבדים של החברה שהמשיכו בגידול אגוזי המוסקט.
רמת המעורבות של החברה בפוליטיקה הפנימית של ג'אווה הייתה עמוקה מאוד בתקופה זו, והיא נלחמה במספר מלחמות שמנהיגי מאטאראם ובאנטן (באנטאם) היו מעורבים בהן.
שלטון ממשלת הולנד.
לאחר שחברת הודו המזרחית ההולנדית פשטה את הרגל בסוף המאה ה-18 ולאחר שלטון בריטי קצר ימים תחת תומאס סטאמפורד ראפלס, מדינת הולנד עצמה לקחה את השליטה באחזקות החברה ב-1816. בשנים 1825 – 1830 התחוללה באי מלחמת ג'אווה שמטרתה העיקרית היה דיכוי מרד. ב-1830 החלה ממשלת הולנד ליישם באזור את מדיניות הטיפוח ששיפרה מאוד את מצבם של ההולנדים ואלה ששיתפו איתם פעולה. מערכת הטיפוח שהוקמה הייתה מונופול ממשלתי והיא בוטלה לאחר 1870 מטעמים של ליברליות.
במהלך השלטון ההולנדי נחתמו מספר אמנות חשובות שעל פיהן נקבעו הגבולות של אינדונזיה המודרנית. אחת מהן הייתה האמנה האנגלו-הולנדית של 1824. אמנה זאת קבעה את הגבול בים בין מאלאיה הבריטית וסינגפור העתידיות ושל הודו המזרחית ההולנדית. הגבול היבשתי באי קאלימאנתאן ובאי סבאטיק נקבע בשנת 1891.
ב-1901 ההולנדים אימצו את מה שהם כינו בשם המדיניות האתית ההולנדית, שכללה השקעות מוגדלות בחינוך של התושבים המקומיים, ורפורמות פוליטיות צנועות. תחת המושל הכללי יוהנס בנדיקטוס ון הוץ הממשלה ההולנדית הרחיבה את השלטון הקולוניאלי הישיר בהודו המזרחית ההולנדית, ובכך הניחה את היסודות לאינדונזיה המודרנית.
תנועות לאומיות ראשונות.
ב-1908 קמה התנועה הלאומית הראשונה, בודי אוטומו, ובעקבותיה קמה ב-1912 תנועה לאומית גדולה יותר בשם סרכאת אסלאם גם המוחמדיה קמה ב-1912. לאחר תום מלחמת העולם הראשונה ההולנדים הגיבו לתנועות אלה באמצעות הפעלת אמצעי דיכוי. המנהיגים הלאומניים הגיעו מקבוצה קטנה של סטודנטים ואנשי מקצוע צעירים, שחלקם למדו בהולנד. רובם, כולל סוקרנו, שהפך לנשיא הראשון של אינדונזיה, נאסרו בשל פעילותם הפוליטית.
ב-1914 ההולנדים הגלו את הנק סנאאבליט שייסד את ההתאחדות ההודית הסוציאל-דמוקרטית. על אף שבתחילת דרכה היא הייתה פורום קטן של סוציאליסטים הולנדים, ההתאחדות הפכה בסופו של דבר למפלגה הקומוניסטית האינדונזית.
מלחמת העולם השנייה.
במאי 1940, בראשית מלחמת העולם השנייה, הולנד נכבשה על ידי גרמניה הנאצית. הודו המזרחית ההולנדית הוכרזה כמדינה במצור וביולי היא הפנתה את הייצוא שלה מיפן אל ארצות הברית ובריטניה. מספר סבבי משא ומתן שהתקיימו עם היפנים כוונו על מנת להבטיח את אספקת דלק המטוסים קרסו ביוני 1941, והיפנים החלו במסע הכיבוש שלהם בדרום-מזרח אסיה בדצמבר של אותה שנה. באותו חודש עצמו, מספר פלגים מקומיים ביקשו סיוע מהיפנים כדי לחולל הפיכה נגד ממשלת החירום ההולנדית ששלטה באזור. הכוחות ההולנדיים האחרונים הובסו על ידי יפן במרץ 1942.
הכיבוש היפני.
במהלך מלחמת העולם השנייה, כאשר הולנד הייתה כבושה על ידי גרמניה הנאצית, פתחה יפן בדצמבר 1941 במערכה של חמש חזיתות נגד ג'אווה ומאגרי דלק המטוסים החיוניים של הודו המזרחית ההולנדית. ביולי 1942, סוקרנו קיבל את הצעתה של יפן לגיוס תמיכה ציבורית במאמץ המלחמתי היפני. סוקרנו ומוחמד האטה קיבלו עיטור מקיסר יפן ב-1943. אולם, אופן הקיום באינדונזיה תחת הכיבוש היפני היה תלוי במקום המגורים ובמעמד החברתי. רוב התושבים שחיו באזורים שנחשבו חיוניים למאמץ המלחמתי סבלו מעינויים, מניצול מיני, ממאסרים שרירותיים שלוו בהוצאות להורג, ומפשעי מלחמה אחרים. אלפי אנשים שנלקחו מאינדונזיה כעובדי כפייה חוו סבל רב או מתו כתוצאה מטיפול גרוע והרעבה. אנשים ממוצא הולנדי וממוצא הולנדי-אינדונזי מעורב "סומנו" על ידי כוחות הכיבוש היפניים.
מרד PETA בבליתאר.
לקראת 14 בפברואר 1945 שאלו מתכנני המרד את סוקרנו והוא אמר להם ש"צריך להתחשב בתוצאות", והמורדים אכן חשבו שיש להם סיכויים לנצח. ב-14 בפברואר 1945 מרד צבא PETA בשלטון היפני בקרב בליתאר במזרח ג'אוה. היפנים הופתעו תחלה אבל התעשתו ודכאו את המרד ולכדו 78 מהמורדים. הנלכדים נשפטו, 6 או 8 נידונו למות, וחלקם לתקופות מאסר שונות, עד מאסר עולם. אחד מהמורדים, סופריאדי, הוא נעדר מפורסם, שגורלו לא ידוע עד היום.
ועדת הכנה לעצמאות ביזמה יפנית.
במרץ 1945 ארגנה יפן ועידה אינדונזית בנושא עצמאות לאזור (שנקראה בקיצור BPUPKI). בפגישתה הראשונה במאי, סופומו דיבר על אינטגרציה לאומית וכנגד אינדיבידואליות אישית; לעומתו, מוחמד יאמין הציע שהאומה החדשה תדרוש לקבל לשטחי המדינה שתקום את סאראוואק, ברוניי, סבה, מאלאיה, טימור הפורטוגלית, ואת כל הטריטוריות שלפני המלחמה היו שייכים להודו המזרחית ההולנדית, ואמיר שריפודין דרש לספח לאינדונזיה את כל האי גינאה החדשה והאיים שבסביבתו.
PANCASILA פאנצ'אסילא: "5 עמודים/עקרונות".
ב-1 ביוני 1945 פרסם סוקרנו את עקרונותיו כבסיס הפילוסופי של אינדונזיה וכבסיס לחוקיה העתידיים:
שנים מהעקרונות מצריכים הבהרה: