לפני מינויו למפקד משטרת פריז, שימש פאפון מאז 1956 כמושל מחוז קונסטנטין באלג'יריה, שם השתתף באופן פעיל בדיכוי ובעינויים של האוכלוסייה האזרחית. ב-13 במרץ 1958, כ-7,000 שוטרים הפגינו בחצר המטה הכללי של המשטרה נגד העיכוב בקבלת "פרמיית הסיכון" שהוענקה להם בשל המלחמה, למרות שה-FLN עדיין לא החלה לפגוע בשוטרים באותו הזמן. בעידודו של קצין המשטרה, איש הימין הקיצוני ז'אן מרי לה פן, ניסו כאלפיים מהם להיכנס לארמון בורבון, מקום מושבה של האספה הלאומית הצרפתית, תוך כדי שהם צועקים "יהודים מלוכלכים! לנהר הסן! מוות למורדים האלג'ירים!". בהמלצת שר הפנים, מוריס בורז'ס-מונורי (Maurice Bourgès-Maunoury), מונה פאפון למחרת היום לנציב המשטרה. כשנתיים לפני כן, בקונסטנטין, אלג'יריה, הוא מילא את תפקיד "המפקח הכללי לאדמיניסטרציה ולמשימות מיוחדות" (IGAME - Inspecteur général pour l'administration en mission extraordinaire). "אזורים אסורים, מרכזי מעצר ('camps de regroupements'), עינויים, הוצאה להורג ללא משפט: זו מציאות המלחמה בה הוא [פאפון] היה המפקח". על-פי אנודי, בשנים הבאות יישם פאפון שיטות אלו גם במחוז הסן ובפריז.
לאחר משבר מאי 1958 וכינונה של הרפובליקה הצרפתית החמישית החדשה בצרפת, תחת הנהגתו של שארל דה גול, שמר פאפון על מקומו. פאפון יצר "פלוגות מחוז", כוחות משטרה שהתמחו בדיכוי, ובהם התאמנו מגויסים חדשים למשטרה. פלוגות מחוז אלו נוצרו בעיקר עבור ותיקי מלחמת הודו–סין (1947-54) או עבור צעירים שחזרו לא מכבר משירות באלג'יריה.
הפשיטות באוגוסט 1958.
ב-25 באוגוסט 1958, התקפות גֶּרִילָה רצחניות בשדרות דה ל'אופיטל שברובע השלושה-עשר של פריז הביאו למותם של שלושה שוטרים. מפקד המשטרה בעיר, פאפון, ארגן בתגובה פשיטות מאסיביות נגד אלג'ירים בעיר ובאזורי ריכוזם בפרברי העיר. למעלה מחמשת אלפי אלג'ירים נעצרו ורוכזו בבית-החולים לשעבר "בוז'ו" (Beaujon), באולם ההתעמלות ז'אפי (Japy) שברובע השנים-עשר ובאזור ול'ד'איב (Vel'd'hiv) – אולם התעמלות זה וכן אזור ול'ד'איב שמשו כמרכזי מעצר תחת משטרו של פיליפ פטן בזמן משטר וישי. עיתונאית "ל'אומניטה", מדלן ריפו , לשעבר חברה במחתרת הצרפתית, כתבה בעיתונה: "בשני הימים האחרונים, מחנה ריכוז גזעני נפתח בפריז. אפילו לא הופעל כאן היגיון בבחירת אתר שלא יעלה באוב, עבור פטריוטים צרפתים שמציינים כיום את יום שחרור פריז, את האירועים שאירעו שם".
כינון המליציות CIV ו-FPA.
על-פי אנודי, "כבר בזמן זה, שוטרים התרברבו שיזרקו אלג'ירים לנהר הסן". "מרכז הזיהוי בונסן" (CIV – "Centre d'identification de Vincennes") נוצר בינואר 1959, תחת פיקודו של מפקד המשטרה. לעיתים הובאו לשם עצורים אלג'ירים לשם אימות זהותם.
"כוח משטרה מסייע" (FPA – "Force de police auxiliaire") נוצר ב-1959. כוח משטרתי מיוחד זה, שפעל תחת מרכז תיאום נושאי האלג'ירים שבמשטרת צרפת (" Centre de coordination des Affaires algériennes de la préfecture de police") והיה בפיקוחו של הצבא, פעל במסגרת אחריותו של ניצב המשטרה פאפון. על הכוח, שמוקם במצודת נואסי, ברומנוויל (Fort de Noisy, Romainville), פיקד סרן רימון מונטנה, והא הורכב בלעדית ממוסלמים אלג'ירים - שגויסו באלג'יריה או בצרפת. בסתיו 1960 כלל ה-FPA כ-600 חברים. הוא פעל לראשונה ברובע ה-13 של פריז, שם החרים מלונות ובתי-קפה. ישנה שמועה לפיה נעשה שימוש בעינויים, בעיקר ברחוב הרוי מספר 9 (rue Harvey) וברחוב שאטו דה רנטייה מספר 208 (rue du Château des Rentiers). כמו כן, התרחשו היעלמויות שונות של האנשים. ארגון ה-FPA הרחיב את פעולתו לרובע ה-18 (רובע מהגרים בפריז), שם עוקלו שלושה בתי-מלון ברחוב דה לה גוט-ד'אור (rue de la Goutte-d'Or). הארגון פעל, בנוסף, בפרוורים החל מקיץ 1961, בעיקר באזור הצריפונים בננטר. קולות שונים מחו נגד פשעים אלו, אותם הכחישה המשטרה. המגזין הנוצרי "Témoignage Chrétien" כתב: "לא ניתן להישאר אילמים כאשר בפריז שלנו אנשים משיבים לחיים שיטות של הגסטפו". קומוניסטים וחברי ה-FLN התנגדו מרות לכוח השיטור המוסלמי – שכן זה איים לפגוע בארגון FLN בפריז – ושמועות על עינויים הופצו כדי לגרום לנסיגת הכוח.
סתיו 1961.
החזית לשחרור לאומי (FLN) החליטה לחדש את הפיגועים נגד המשטרה הצרפתית בסוף אוגוסט 1961; בין סוף אוגוסט וראשית אוקטובר 1961 אחד-עשר שוטרים נהרגו ושבעה-עשר נפצעו (באזור פריז והפרוורים). על-פי אנודי, "פיגועים אלו הביאו להתפשטות הפחד בין שוטרי פריז, אך גם הגבירו את התשוקה בנקמה ואת השנאה נגד הקהילה ככלל. לאורך כך חודש ספטמבר דוכאה האוכלוסייה האלג'ירית בצורה חמורה. בפועל, הדיכוי התבסס על מראה פיזי". בפשיטות יומיות נגד אלג'ירים – שבדרך-כלל לא הבחינו בהם בין אלג'ירים לבין אוכלוסיות המהגרים השונות מאזור המגרב (מרוקאים או תוניסאים) ואף בין איטלקים וספרדים – נעצרו בני הקהילה בעבודתם או ברחובות. אחד מאמצעי הדיכוי, כפי שפורסם בדו"ח שפרסם הכומר ז'וזף קרלן מ"המיסיון של צרפת", היה זריקת העצור לנהר הסן כשידיו כבולות, במטרה להטביעו.
על-פי אנודי, "באווירה זו, ב-2 באוקטובר, בזמן לווייתו של שוטר שנהרג בידי חברי ה-FLN, ניצב המשטרה [פאפון] הצהיר, בחצר המטה הכללי: 'על כל אחד שנלקח נחזיר עשרה!' קריאה זו [הייתה] עידוד להרוג אלג'ירים והובנה ככזו מיד. באותו היום, בעת ביקור בתחנת המשטרה במונרוג' (Montrouge), ניצב המשטרה הכריז בפני קציני המשטרה הנוכחים: 'עליכם לפעול בחתרנות במלחמה שמציבה אותכם מול אחרים. אתם תהיו מכוסים, אני נותן לכם את מילתי".
האירועים.
ב-5 באוקטובר 1961, מטה המשטרה הכריז בהצהרה לעיתונות על עוצר בפריז ובפרווריה בין השעות 20:30 בערב ועד לשעה 5:30 בבוקר, שכלל "פועלים אלג'ירים מוסלמים", "מוסלמים צרפתים" ו"מוסלמים צרפתים מאלג'יר" (פאפון השתמש בשלוש ההגדרות הללו, למרות שמאה וחמישים אלף האלג'ירים שחיו בפריז באותה תקופה נחשבו לצרפתים כהלכה, והחזיקו בתעודות זהות צרפתיות). האיחוד הצרפתי של ה-FLN קרא בעקבות הכרזה זו לכל קהילת האלג'ירים בפריז, גברים, נשים וילדים, לצאת ב-17 באוקטובר 1961 להפגנה שלווה נגד העוצר, שנתפס כאמצעי מנהלי גזעני. על-פי ההיסטוריון אנודי, לרשותו של פאפון עמדו 7,000 שוטרים, 1,400 חברי מסדר הביטחון הרפובליקאי (CRS) ומשטרת המהומות ("gendarmes mobiles") לחסימת ההפגנה, שלא קיבלה את אישור המשטרה. המשטרה חסמה כל כניסה לעיר הבירה, את כל תחנות המטרו והרכבת, את שערי העיר וכיוצא בזה. ובכל זאת, מבין 150,000 אלג'ירים לערך שחיו אז בפריז, בין 30,000 ל-40,000 הצליחו להגיע להפגנה. פשיטות משטרה התרחשו בכל רחבי העיר; כאחד-עשר אלף איש נעצרו, והובלו באוטובוסי התחבורה הציבורית (RATP) לאזור פארק דז אקספוזיסיון (Parc des Expositions) ומתקני מעצר אחרים. העצורים כללו לא רק אלג'ירים, אלא גם מהגרים מרוקאים, תוניסאים, ספרדים ואיטלקים, שנשלחו למתקני מעצר בתחנות המשטרה, בחצר מטה המשטרה, בפלה-דה-ספורט שבשער ורסאי וכדומה.
למרות פשיטות אלו, בין 4,000 ל-5,000 איש הצליחו להפגין הפגנה שלווה באזור הגראן-בולבאר, שבין כיכר הרפובליקה לאופרה גרנייה, ללא תקריות מיוחדות. המפגינים, שנחסמו באזור האופרה על ידי כוחות משטרה, נסוגו לאחור. כשהגיעו לקולנוע רקס (כיום מועדון רקס בגראן-בולבאר), המשטרה פתחה באש על הקהל והסתערה לעבר ההמון, שגרמה למספר הרוגים. על גשר ניי (שמפריד בין העיר פריז לבין אזור הפרוורים) פלוגת משטרה וחברי FPA ירתה גם היא לעבר ההמון, וגרמה למספר הרוגים. אלג'ירים נזרקו וטבעו בנהר הסן במספר נקודות בעיר ובפרוורים, בעיקר מגשר סן-מישל במרכז פריז, שנמצא לצד קתדרלת נוטרדאם ובסמוך למטה המשטרה באיל דה לה סיטה.
"במהלך הלילה התחולל טבח בחצר מטה המשטרה, בו נהרגו עשרות אנשים. בפלה-דה-ספורט ובפלה דז-אקספוזיסיון, עצירים אלג'ירים, שרבים מהם כבר היו פצועים, נעשו לקורבנות שיטתיים של "ועדת קבלת הפנים". במקומות אלו התרחשה אלימות ניכרת ואסירים עונו. גברים גססו שם עד סוף השבוע. [...] הפשיטות, האלימות וההטבעות נמשכו בימים הבאים. במשך מספר שבועות, גופות לא מזוהות התגלו לאורך גדות הנהר. תוצאות הטבח מסתכמות בלפחות מאתיים הרוגים".
בשנת 1961, מטה המשטרה דיווח רק על "שני אנשים שנורו למוות". בעקבות עדותו של ההיסטוריון ז'אן-לוק אנודי במשפטו של פאפון, השר ואיש השמאל ז'אן-פייר שונמן (Jean-Pierre Chevènement) הורה על פתיחת חלקים מהארכיב המשטרתי. בספירה שנעשתה בחלקי ארכיב אלו נמצאו הוכחות לשלושים ושניים מתים. אנודי פרסם אז כתבה בעיתון "לה מונד", ב-20 במאי 1998, בה ערער על המספר הרשמי הזה, וביקר הן את המתודולוגיה של הדו"ח והן את הארכיבים בהם חקר. הוא הפנה את תשומת הלב לכך שארכיבים רבים הושמדו. מסמך שהכין פאפון לשר הפנים רוז'ר פרה וראש הממשלה שארל דה גול, לא הופיע בארכיונים. הדיווח התעלם, כמו כן, מהטבח שנעשה בחצר מטה המשטרה, ושמו של פאפון לא הופיע בו אפילו פעם אחת. אנודי סיכם את מאמרו (op-ed) בהכרזה: "בליל השבעה-עשר באוקטובר, 1961, טבח בוצע על ידי המשטרה על-פי הוראותיו של מוריס פאפון". בשל המשפט הזה הגיש פאפון תביעה נגד אנודי, בפברואר 1999, בשל העלבת עובד ציבור. באותו הזמן, הכירה המדינה בשנת 1998 בטבח והודתה ב-40 מקרי מוות. בתגובה לבקשת פאפון, פרסם בית המשפט פסיקה מעורפלת, בה, בעודו טוען שאנודי אכן "הכפיש" את שמו של פאפון, הכיר בכך שפעל מתוך "כוונה טובה" מחד, ומאידך, שיבח את "רצינותו ואיכותו של מחקרו של אנודי"- נקודה בעלת חשיבות רבה.