בסוף 1984 הפך למקצוען עת הצטרף לקבוצה הספרדית "ריינולדס" בה בלט אז פדרו דלגדו. תחילה היה על אינדוראין להשתתף במאמץ הקבוצתי ולרכוב כפועל של רוכבי קבוצתו הבכירים ממנו. ב-1985 זינק לראשונה לטור דה פראנס אך פרש באמצע. ב-1986 זכה לניצחונו הראשון במרוץ מקצועני כאשר ניצח בפרולוג של ה"וואלטה מורסיה". גם ב-1986 הוא זינק לטור דה פראנס אך שוב פרש באמצע המרוץ. אולם, בספטמבר באותה שנה ניצח במרוץ היוקרתי לרוכבים צעירים, ה"טור ל'אווניר".
ב-1987 זכה אינדוראין במספר ניצחונות במרוצים, אם כי לא במרוצים מהשורה הראשונה. הוא גם הצליח, לראשונה, לסיים את הטור דה פראנס (במקום ה-97). ב-1988 זכה לניצחון ראשון במרוץ קטעים חשוב, וולטה אה קטלוניה. במרוץ זה ניצח בקטע נגד השעון והצליח לסיים את קטעי ההרים בפערים קטנים מהרוכבים המובילים. טקטיקה זו ליוותה אותו גם בהמשך הקריירה שלו. בטור דה פראנס הוא המשיך בהתקדמותו העקבית וסיים במקום ה-47 תוך שהוא מסייע לבן קבוצתו, פדרו דלגדו, לזכות במרוץ.
בשנת 1989 המשיך אינדוראין את התקדמותו וזכה כבר בתחילת העונה בשני מרוצי קטעים יוקרתיים. תחילה זכה במרוץ פריז - ניס כשהוא מקדים את מנצח הטור דה פראנס של 1987, סטפן רוץ'. מספר שבועות לאחר מכן, זכה בקריטריום אינטרנשיונל בהקדימו את שרלי מוטה ואת רוץ'. באותה שנה רכב שוב בטור דה פראנס כעוזרו של דלגדו אשר סיים שלישי. יחד עם סיועו לדלגדו, הצליח אינדוראין לזכות בקטע הררי בפירנאים וסיים את המרוץ במקום ה-17 המכובד.
ב-1990 התחלף המממן של הקבוצה והיא נקראה מעתה "בנסטו". אינדוראין זכה שוב במרוץ פריז - ניס והגיע שוב לטור דה פרנס כחלק מהמערך הקבוצתי שנועד לסייע לפדרו דלגדו - הרוכב המוביל של הקבוצה. דלגדו סיים רביעי ואינדוראין סיים עשירי. אינדוראין נצח שוב בקטע הררי שנערך בפירנאים והסתיים באחת מהפסגות המפורסמות במרוץ, לוז ארדידן. ישנם פרשנים הטוענים כי אינדוראין יכול היה לזכות במקום גבוה בהרבה באותה שנה, לו היה רוכב בצורה פחות קבוצתית. בהמשך אותה שנה הוא זכה בקלאסיקה סאן סבסטיאן והיה לרוכב הספרדי הראשון שזכה במרוץ קלאסי שנכלל בסבב הגביע העולמי.
הניצחונות בטור דה פראנס.
אינדוראין הגיע שוב לטור דה פראנס בתפקיד סיוע לדלגדו הוותיק. כבר בקטע הראשון הפסידו אינדוראין ודלגדו כמעט שתי דקות למספר רוכבים בכירים, בינם גם גרג למונד מנצח המרוץ ב-1990 והמועמד המוביל ב-1991. בקטע השמיני נצח אינדוראין במרוץ אישי נגד השעון והתקדם למקום הרביעי בדרוג הכללי. בקטע ה-13 שהתנהל בהרי הפירנאים סיים אינדוראין שני, אחרי קיאפוצ'י. הוא הקדים בקטע זה את למונד ביותר משבע דקות ואת פדרו דלגדו ב-14 דקות. בעקבות קטע זה הוא עבר לראשות הדרוג הכללי ולבש לראשונה את החולצה הצהובה. מכאן ואילך היה גם ברור כי אינדוראין הוא המוביל של הקבוצה ולא דלגדו. אינדוראין הצליח לעבור בשלום גם את הרי האלפים והגיע לקטע לפני האחרון עם יתרון של מעל שלוש דקות מהמקום השני. בקטע זה שהיה מרוץ אישי נגד השעון הוא נצח שוב תוך שהוא מבטיח את ניצחונו הכולל במרוץ. כחודש לאחר סיום הטור דה פראנס זכה אינדוראין במקום השלישי במרוץ הכביש באליפות העולם שנערכה בשטוטגרט.
ב-1992 השתתף אינדוראין לראשונה בג'ירו ד'איטליה. הוא נצח בקטע השלישי שהיה מרוץ אישי נגד השעון, עבר לראשות הדרוג הכללי והחזיק בחולצת המוביל עד לקטע הסיום במילאנו שבו נצח (מרוץ אישי נגד השעון). בטור דה פראנס הוא נצח בפרולוג אך הגיע לקטע התשיעי שהיה מרוץ אישי נגד השעון רק במקום ה-12. בקטע זה הוא נצח בהפרש של שלוש דקות מהמקום השני, פער אשר נחשב כיוצא דופן בסוג מרוץ זה. הודות להישגו זה הוא התקדם למקום השני בדרוג הכללי. בקטע ה-13 שנערך באלפים סיים אינדוראין שלישי ועבר להוליך בדרוג הכללי. אינדוראין נצח גם בקטע ה-19 שהיה קטע אישי נגד השעון ובכך הבטיח את ניצחונו השני בטור דה פראנס.
שנת 1993 היוותה במידה רבה העתק לשנת 1992 מבחינת הישגיו של אינדוראין. הוא שוב נטל חלק בג'ירו ד'איטליה. הוא נצח בקטע העשירי שהיה מרוץ אישי נגד השעון ונטל את ההובלה ממורנו ארג'נטין שהוביל במרוץ מתחילתו. הוא איבד למחרת את החולצה הוורודה אך חזר להוביל בהמשך המרוץ ואף הוסיף ונצח בקטע ה-19 במרוץ אישי נגד השעון. בסיום המרוץ הוא נצח והקדים בהפרש קטן של 58 שניות את פיוטר אוגרומוב.
בטור דה פראנס סייעו לצידו בקבוצת בנסטו פדרו דלגדו ואחיו הצעיר פרודנציו אינדוראין. אינדוראין נצח בפרולוג אך בהמשך המרוץ נטלו רוכבים אחרים את החולצה הצהובה. בקטע התשיעי שהיה מרוץ אישי נגד השעון נצח אינדוראין והקדים את הרוכב השני, ג'אני בוניו, ביותר משתי דקות. בעקבות ניצחונו זה נטל אינדוראין שוב את ההובלה במרוץ והחזיק בה עד לסיום בפריז למרות שנוצח בקטע האישי נגד השעון, שהיה סמוך לסיום המרוץ, על ידי טוני רומינגר שאף סיים שני בדרוג הכללי. באליפות העולם שנערכה באוסלו סיים אינדוראין שני במרוץ הכביש אחרי לאנס ארמסטרונג הצעיר.
ב-1994 ניסה אינדוראין לחזור על אותה נוסחה שהצליחה בשנתיים הקודמות, אך נכשל בניסיונו לנצח בג'ירו ד'איטליה. הוא נתקל בשני רוכבים צעירים, אבגני ברזין ומרקו פנטאני. ברזין נצח בשני הקטעים האישיים נגד השעון, קטעים שנחשבו כנחלתו הבלעדית של אינדוראין ופנטאני שלט בקטעי ההרים. בסיום נצח במרוץ ברזין ואינדוראין סיים שלישי אחרי פנטאני. בטור דה פראנס התמונה הייתה שונה. אינדוראין שלט במרוץ בדומה לשנים הקודמות. בקטע התשיעי, שהיה מרוץ אישי נגד השעון, הוא נצח ועבר להוביל בדרוג הכללי. לאחר מעבר הפירנאים, יתרונו על פני המקום השני היה כבר קרוב לשמונה דקות. אמנם הוא נוצח על ידי אוגרומוב בקטע האישי נגד השעון, שנערך סמוך לסיום המרוץ, אך לא היה בכך די כדי למנוע ממנו ניצחון רביעי רצוף במרוץ. בספטמבר באותה שנה, שבר אינדוראין את שיא השעה כשקבע מרחק של 53.04 ק"מ.
אינדוראין החליט ב-1995 שלא להשתתף בג'ירו ד'איטליה ונטל חלק בשני מרוצי קטעים שהתקיימו במאי ("מידי ליברה") וביוני ("דופינה ליברה"). בשני המרוצים הוא נצח והגיע בתחילת יולי לטור דה פראנס כמועמד ברור לניצחון. עד הקטע השישי המרוץ התנהל במתכונתו הרגילה, בשליטת קבוצות המאיצים. אינדוראין דורג לאחר קטע זה במקום העשירי בפיגור של 49 שניות מביארן ריס שדורג ראשון. בקטע השביעי שנערך בין שארלרואה וליאז' שבבלגיה החליט אינדוראין לבצע צעד נועז ובלתי רגיל כאשר יצא לבריחה כ-30 ק"מ לפני הסיום. הרוכב היחידי שהצליח להצמד אליו היה הבלגי יוהאן ברוינל שניצל את יוזמתו של אינדוראין ורכב מאחוריו במשך כל הבריחה, עד אשר חלף על פניו על קו הסיום, 50 שניות לפני הדבוקה. בעקבות השגו זה, עלה אינדוראין למקום השני בדרוג הכללי (אחרי ברוינל) וכך זנק לקטע השמיני, שהיה מרוץ אישי נגד השעון, אחרי מתחריו הבולטים, דבר אשר הקנה לו יתרון ואפשר לו לנצח בקטע ולהוביל במרוץ. הוא המשיך והוביל במרוץ גם אחרי האלפים והפירנאים וזכה בקטע נוסף, שוב קטע אישי נגד השעון, אשר הבטיח סופית את ניצחונו החמישי הרצוף בטור. בסיום העונה הוא נטל חלק באליפות העולם שהתקיימה בקולומביה. הוא נצח במרוץ האישי נגד השעון והוכתר כאלוף העולם. במרוץ הכביש הוא רכב בחבורה המובילה וסייע לבן ארצו אברהם אולנו לזכות בתואר בשעה שהוא סיים שני לפני פנטאני .
סיום הקריירה.
לפני ניסיונו לשבור את שיא הזכיות בטור דה פראנס נראה אינדוראין בכושר מתאים. כחודש לפני המרוץ, הוא נצח בצורה מרשימה את מרוץ ה"דופינה ליברה" ונראה כמועמד בטוח לניצחון שישי רצוף. אולם, בקטע השביעי שהתנהל באלפים, נשבר אינדוראין ופיגר ביותר מארבע דקות אחרי מנצח הקטע. גם בקטע השמיני הפסיד אינדוראין זמן נוסף למתחריו. הקטע התשיעי היה מרוץ אישי נגד השעון בתוואי הררי שהסתיים באתר הסקי האיטלקי ססטרייר. אינדוראין הגיע רק חמישי בקטע זה ומנצח הקטע, הדני ביארנה ריס, עבר להוביל בדרוג הכללי במרוץ כשהוא מקדים את אינדוראין ביותר מארבע וחצי דקות. שיא ההשפלה, מבחינתו של אינדוראין, היה כאשר המרוץ הגיע לפירנאים ולאזור הולדתו. בקטע שהסתיים בפמפלונה סיים אינדוראין בפיגור של יותר מ-8 דקות אחרי ריס אשר נתמך על ידי בן קבוצתו הצעיר, הגרמני יאן אולריך. בקטע האישי נגד השעון שהתקיים סמוך לסיום המרוץ נוצח אינדוראין על ידי אולריך וסיים במקום השני. בסיום המרוץ בפריז, דורג אינדוראין במקום ה-11. כשבועיים בלבד לאחר הכישלון בצרפת, זכה אינדוראין במדליית הזהב במרוץ האישי נגד השעון באולימפיאדת אטלנטה. בינואר 1997 הודיע אינדוראין על פרישה מרכיבה מקצוענית. בראיון שנערך עמו כחודש לאחר הודעתו הוא הסביר כי הגורמים אשר הביאו להחלטתו לפרוש היו: תשישות, לחץ, רצון להקדיש זמן רב יותר למשפחתו ומספר גורמים נוספים.
מאפייניו כרוכב.
אינדוראין התבלט כבר מתחילת דרכו כרוכב מחושב אשר נמנע, בדרך כלל, מלקיחת סיכונים. את רוב ניצחונותיו במרוצי הקטעים השיג בעזרת הטקטיקה שלו שהייתה מבוססת על יכולתו הבלתי רגילה במרוץ האישי נגד השעון. בקטעי ההרים, שלעיתים גם בהם הייתה לו יכולת לנצח, העדיף אינדוראין לנסות ולהצמד למתחריו העיקריים תוך שמירה על כוחותיו. במקרים רבים, כאשר חשב שמתחריו תוקפים במהירות שהיא גבוהה מדי, הוא נמנע מלהתפתות ולרכוב באותה המהירות והמשיך לרכוב בקצב שהתאים לו. הוא ידע מראש כי בקטעים האישיים נגד השעון הוא ימחוק את הפיגור הזעיר שייתכן ויצבור בהרים. נקודה זאת באה לידי ביטוי בכך שבכל שנות זכייתו בטור דה פראנס, נצח אינדוראין רק בקטעים אישיים נגד השעון, בזמן שבהיותו רוכב זוטר, הוא זכה בניצחונות בשני קטעים הרריים בטור דה פראנס.