העבודה על אלבומם השביעי של הצמד, "Nightlife" שיצא ב־1999 התקיימה במקביל לעבודה על המחזמר. האלבום, שהתאפיין במוזיקת דאנס אלקטרונית עכשווית, אף הכיל שלושה שירים שנכללו במחזמר: "Closer To Heaven", "Vampires" ו-"In Denial", שבגרסת האלבום היה דואט של טננט וקיילי מינוג. טננט הסביר את בחירת שמו של האלבום בכך שהוא עוסק בבילויים ובחיי הלילה, הן מבחינה טקסטואלית והן מבחינה מוזיקלית. הסינגל הראשון מתוך האלבום "Don't Know What You Want But I Can't Give It Anymore", לווה בקליפ שהציג "לוק" חדש של הצמד: פאות כתומות בתסרוקות אופנתיות, משקפי שמש גדולים, מעילי עור ארוכים וכתונת פסים. התחפושות האלה ליוו אותם גם בקליפים של שני הסינגלים הבאים: הלהיט ההמנוני "New York City Boy" ו-"You Only tell You Love When Your'e Drunk".
בתחילת שנת 2000, במסגרת סיבוב ההופעות של הלהקה לרגל קידום האלבום, הגיעה הלהקה לשתי הופעות בישראל, האחת בבריכת הסולטאן בירושלים והשנייה באמפי-פארק רעננה. אף שהמופע זכה לביקורות חיוביות ביותר, מכירת הכרטיסים הייתה מעט מאכזבת.
באמצע שנת 2001 עלה לבסוף המחזמר לבמות לונדון וזכה לביקורות מעורבות. המחזמר רץ במשך מספר חודשים, עד שבאוקטובר אותה שנה ירד מהבמות עקב ירידה בביקוש. באותה תקופה ביקשו הצמד להעלות את המחזמר שוב בערים נוספות בעולם, במיוחד בגרמניה, אך מלבד מספר הופעות מצומצם באוסטרליה ב-2005 לא נעשה דבר בעניין.
עוד שינויים אמנותיים: 2002-2003.
ב-2002 יצא אלבומם השמיני של הצמד - "Release". האלבום היווה שינוי דרמטי בסגנון המוזיקלי של הצמד. שירי האלבום היו יותר "רוקיסטיים" מבעבר וכללו פחות אלקטרוניקה ויותר גיטרות שנוגנו בעיקר על ידי טננט וג'וני מאר, גיטריסט להקת הסמית'ס. הסינגל הראשון מהאלבום, "Home And Dry", התקבל על ידי צרכני המוזיקה בשוויון נפש. הקליפ שצולם עבורו לא התקבל ל"אם טי וי" מאחר שהיה "משעמם מדי" (הקליפ עקב אחר חבורת עכברים בסביבת מסילת רכבת ישנה). הסינגל הבא "I Get Along" זכה גם הוא להצלחה מזערית. בעקבות כך הסינגל השלישי מהאלבום, "London", העוסק במהגרים ממזרח אירופה שרוצים להתחיל חיים חדשים בלונדון, יצא רק בגרמניה. שיר חשוב נוסף מהאלבום הוא "The Night I Fell In Love". מספר חודשים לפני יציאת האלבום, התבטא הראפר אמינם בחריפות נגד הומוסקסואליות בכלל ונגד הלהקה בפרט. השיר, שמספר על ראפר קשוח שמבלה לילה עם מעריץ ומכיל רמיזות ברורות לאמינם, היווה מעין "נקמה" על אותה התבטאות. האלבום היווה כישלון מסחרי יחסי לצמד וזכה לביקורות רבות, הן מהמעריצים והן משאר צרכני המוזיקה.
בתחילת 2003 הוציא הצמד את אוסף ה"רמיקסים" השלישי שלהם "Disco 3", שכלל חמישה "רמיקסים" לשירים מאלבומם האחרון וגם ארבעה שירים חדשים לחלוטין: "Time On My Hands", "Try It (I'm In Love With A Married Man", "Somebody Else's Business" ו-"If Looks Could Kill". בנוסף הכיל האוסף ביצוע חדש של הצמד לשיר "Positive Role Model". השיר, הלקוח מהמחזמר של הצמד, הוא במקור "סמפול" לשירו של בארי וויט "You're The First The Last My Everything".
בסוף 2003 יצא אוסף הסינגלים השני של הצמד "Popart". האוסף הכפול שנערך על ידי הצמד, הורכב משני חלקים: חלק ראשון, "Pop" שהכיל את הלהיטים היותר "פופולריים" של הצמד ואת הסינגל החדש "Miracles" וחלק שני, "Art" שהכיל את הלהיטים היותר "אמנותיים" של הצמד ואת הסינגל החדש "Flamboyant". בנוסף, יצא לאורה מהדורה מיוחדת בעלת חלק שלישי "Mix", שכלל את עשרת ה"רמיקסים" האהובים ביותר על הצמד של שירים מכל שנות פעילותם.
הפסקול וחזרה למקורות: 2004-2008.
2005 סימלה שינוי מוזיקלי משמעותי נוסף עבור הצמד, עם יצירת הפסקול המחודש לסרט הקולנוע הרוסי הקלאסי אוניית הקרב פוטיומקין, משנת 1925. יוצר הסרט המקורי, סרגיי אייזנשטיין, אמר לאחר הסרט כי הוא מקווה כי בכל עשור יופק פסקול חדש לסרט. הצמד, שתמיד הייתה להם חולשה מיוחדת להיסטוריה רוסית החליטו להענות לאתגר. התוצאה הייתה פסקול אלקטרוני עכשווי שלווה בצלילי התזמורת הסימפונית של דרזדן. בספטמבר 2005 הופיעו הצמד בחינם בכיכר טרפלגר בלונדון בפני קהל של כ-25,000. במהלך ההופעה הם ניגנו את כל הפסקול מתחילתו ועד סופו בליווית הסרט המקורי שהוצג על המסך. בעיתונות נכתב כי "היה זה הקהל הגדול ביותר שצפה אי פעם בסרט אמנותי". הצמד הופיע עם הפסקול עוד מספר פעמים במהלך 2005 ו-2006, אך ללא ספק ההופעה הגדולה ביותר שנתנו באותה תקופה הייתה ההופעה בלייב 8 במוסקבה, שם הופיעו בכיכר האדומה מול עשרות אלפי אנשים.
שנת 2006 מהווה נקודת דרך חשובה בקריירה הארוכה של הלהקה, עם צאת אלבומם התשיעי "Fundamental" (בסיסי, יסודי) בחודש מאי. שם האלבום רומז שהנערים חזרו לסגנונם המוזיקלי הראשוני והמצליח. בנוסף, שם האלבום מקבל משמעות נוספת על רקע התהליכים ההיסטוריים שהתרחשו בעולם במקביל ליציאת האלבום - המלחמה של מדינות המערב הדמוקרטיות בטרור האיסלאמי הפונדמנטליסטי. בהערות השוליים של האלבום ישנה הקדשה למחמוד אסגרי ולעייאז מראוני, נערים איראניים שנתלו ביולי 2005, בטענה שקיימו יחסים מין הומוסקסואלים (דבר שיש עליו איסור מוחלט במדינה המוסלמית השמרנית). האלבום הכיל תכנים ומסרים פוליטיים רבים, דבר הבולט במיוחד בסינגל הראשון של הצמד "I'm With Stupid", שיצא ב-19 במאי. השיר הפופ האלקטרוני האופייני לצמד, מתאר לכאורה מערכת יחסים רגילה, אך למעשה היווה ביקורת אירונית על מערכת היחסים המדוברת (והנלעגת לרוב) בין ראש ממשלת בריטניה טוני בלייר לנשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש. ב"קליפ" לשיר נראים שני הקומיקאים הבריטים מהסדרה הקומית הממלכה הקטנה, אשר נותנים הופעה קצרה לטננט וללואו. ההופעה היא בעצם פרודיה על הקליפים הקודמים של הצמד "Go West" ו- "Can You Forgive Her" משנת 1993. שירים פוליטיים נוספים באלבום הם "Psychological" העוסק בפארנויות, "Luna Park" המתאר את העולם כלונה פארק מפחיד אך מרגש, "Twentieth Century" שמעביר ביקורת נוקבת על המלחמה בעיקר בטוענו כי "לפעמים הפתרון הוא יותר גרוע מהבעיה". בנוסף, מכיל האלבום שני שירים המותחים ביקורת על מדיניות הפנים של בריטניה: "Indefinite Leave To Remain" המתאר לכאורה מערכת יחסים בין גבר לאישה, אך למעשה מספר על האישור שמשרד הפנים נותן למהגרים להישאר בתחומי המדינה, והשיר המסיים באלבום "Integral" שעוסק בסוגיית תעודות הזהות הדיגיטליות שמתכננים לכפות על האזרחים בבריטניה. באמצע 2006 יצא הסינגל השני של הצמד מאותו אלבום Minimal וזכה להצלחה בינונית. בסוף השנה יצא הסינגל השלישי מהאלבום, Numb, שהגיע למקום ה-23 במצעד הבריטי, שהיה הסינגל השני אי פעם של הצמד שלא נכנס ל-20 המקומות הראשונים במצעד.
לאחר האצת האלבום, פתחו הצמד בסיבוב הופעות בינלאומי, שכלל את בריטניה, אירופה, רוסיה, קנדה, ארצות הברית, ומקסיקו. בשנת 2007 יצא הסינגל הרביעי והאחרון מהאלבום, Integral, שבא לקדם את אלבום הרמיקסים הרביעי של הנערים, "Disco 4", שהפעם כלל רמיקסים שהפט שופ בויז עשו לאמנים אחרים. כמו כן, הנערים המשיכו להופיע ברחבי אירופה גם אל תוך שנת 2008, תוך כדי עבודה על חומרים לאלבום הבא.
הצלחה מחודשת: 2009 ואילך.
18 בפברואר 2009, היוותה אחת מהנקודות החשובות ביותר של הצמד במהלך הקריירה הארוכה שלהם. בטקס הבריטס 2009, זכה הצמד בפרס על תרומה יוצאת דופן לעולם המוזיקה. הפרס הוענק לצמד, שהיו מופתעים מאוד ממנו, כי לא חשבו שמוזיקת הפופ זוכה מספיק להערכה מצד עולם המוזיקה והמבקרים, שכן באותה העת הלך הפרס לאומני רוק. לכבוד המאורע, הנערים ביצעו הופעה של לקט ממיטב להיטיהם מ-25 השנים האחרונות.
במרץ 2009 יצא אלבום האולפן העשירי של הפט שופ בויז, "Yes" ("כן"). הסינגל הראשון מהאלבום, ".Love Etc", הפך ללהיט והגיע למקום הרביעי בבריטניה, נכנס ל-20 המקומות הראשונים במצעדים האירופים (כולל ישראל), ואף זכה להצלחה גם בארצות הברית שם הגיע השיר למקום ה-1 במצעד הדאנס ובמצעד המכירות. האלבום עצמו יצא כשבוע לאחר צאת הסינגל, וזכה להצלחה גדולה ברחבי אירופה. בבריטניה האלבום נכנס למקום הרביעי. בארצות הברית הוא הגיע למקום 32 (בהשוואה לאלבום הקודם Fundamental, שהגיע למקום 150 בלבד. זהו בעצם המיקום הגבוה ביותר אליו הגיע אלבום של הצמד בארצות הברית מאז שנת 1993 עם Very).
הסינגל השני מהאלבום, "Did You See Me Coming", יצא לאור ביוני 2009, וזכה להצלחה בינונית. כמו כן, באותו חודש יצא הצמד למסע סיבוב הופעות בינ"ל שהחל במוסקבה, וב-21 ביולי הגיע הצמד לגני התערוכה בתל אביב להופעה אחת בישראל. בניגוד לביקורם הקודם בישראל, כל הכרטיסים למופע נמכרו מספר ימים לפני ההופעה, ונרשמו תגובות חמות ונלהבות, הן מצד הקהל והן מצד המבקרים. יום לפני ההופעה, הגיע הצמד להופעה ראשונה בטלוויזיה הישראלית וביצעו את להיטם האחרון ".Love Etc" בתוכנית כוכב נולד.
השיר "This Used to Be the Future" מתוך האלבום כלל שיתוף פעולה עם פיליפ אוקי, סולן להקת היומן ליג.
בפברואר 2012 הוציא הצמד אלבום "בי-סיידים" כפול הנקרא "Format", באותה מתכונת של האלבום "Alternative" מ-1995, הכולל "בי-סיידים" של סינגלים שיצאו בין 2009–1996.
בתחילת יוני 2012 הודיעו הפט שופ בויז באתר האינטרנט שלהם כי בספטמבר ייצא אלבום האולפן האחד עשר שלהם "Elysium" ("גן עדן"). הצמד אף פרסם באותה עת וידאו קליפ של שיר מן האלבום הנקרא "Invisible".
ב-23 ביוני 2013 הופיע הצמד בישראל בפעם השלישית, בהיכל נוקיה בתל אביב.