כעת, כאשר הכומר המתוסכל וחבורת הנוודים וחסרי הבית שלו הפכו להיות מלך ושליטי נורווגיה, פעל סבר כדי לייצב את שלטונו. הוא הציב את נאמניו בעמדות בכירות בכל רחבי הממלכה וניהל משא ומתן לבריתות נישואים בין האצולה הוותיקה לבין האצולה החדשה. סבר עצמו נשא לאישה את מרגרטה, בתו של אריק התשיעי, מלך שוודיה ואחותו של קנוט הראשון, מלך שוודיה.
למרות שנורווגיה חוותה כמה עימותים בעשורים שלפני כן, הניצחון גרם לפיוס עם מתנגדיו של סבר. פיוס במקרה של סבר היה קשה. הייתה זו מלחמה ארוכה בה נפלו חללים רבים יותר בהשוואה לעימותים שקדמו לה. רוב שושלות האצולה הוותיקות איבדו את אנשיהם והם היו צמאי נקם. יותר מכך, אותם אנשים רבים שלא היו ממוצא אריסטוקרטי עלו כעת בדרגה והציבו קשיים רבים לאלו שהתקשו לקבל את מעמדם החדש של אלו. תקופת השלום לא האריכה ימים.
הקובלונגים והאויסקיגן.
בסתיו 1185 עלה כוחה של סיעת הקובלונגים בוויקן. מנהיגם, יון קובלונג, היה נזיר לשעבר וטען להיותו בנו של אינגה הראשון. במובנים רבים הייתה קבוצה זו היורשת הישירה של ההוקלונג, כשרבים מחבריה היו בנים למשפחות לשעבר של ההוקלונג. עד מהרה השיגו הקובלונוגים שליטה במזרח ובמערב נורווגיה, מעוזם הוותיק של ההוקלונג.
בסתיו 1186 תקפו הקובלונגים את נידארוס. מתקפה זו באה על סבר בהפתעה. הוא התבצר בטירת סיון (ציון) שנבנתה לאחרונה. הקובלונגים, שלא הצליחו לכבוש את הטירה, נאלצו לסגת. ב-1188 הפליג סבר בראש צי גדול. הם נתקלו ביריביהם לראשונה בטונסברג, אך אף אחד מהצדדים לא העז להתייצב לקרב של ממש. הקובלונגים חמקו לברגן. סבר תקף את ברגן זמן קצר לפני חג המולד. יון קובלונג נהרג, וכך הסתיימה ההתקוממות של הקובלונגים. לאחר מכן התרחשו כמה מרידות קטנות, אך אלה מעולם לא היו יותר מאשר מעשי שוד והן דוכאו ברמה המקומית.
האיום הבא לשלטונו של סבר הגיע ב-1193 מצדה של סיעת האויסקיגן. קבוצה זו העמידה בראשה כטוען לכתר את זיגרוד מגנוססון, ילד שנטען שהוא בנו הבלתי חוקי של מגנוס החמישי. המנהיג בפועל של קבוצה זו היה הלקייל יונסון שהיה אחיו החורג של מגנוס. כשהוא קושר קשר עם האראלד מדדסון, רוזן אורקני, קיבץ הלקייל את רוב אנשיו באורקני ובאיי שטלנד, מכאן שם הקבוצה. לאחר שהתבססו בוויקן, הפליגו האויסקיגן לברגן. למרות שהם כבשו את העיר ואת סביבתה, החזיק כוח של אנשי הבירקביינר את טירת סיון. באביב 1194 הפליג סבר דרומה כדי להתעמת אם האויסקיגן. ב-3 באפריל נפגשו שני הציים בקרב פלורואג. כאן הוכיח את עצמו הניסיון הקרבי של אנשי הבריקביינר. הלקייל ורוב אנשיו נהרגו בקרב.
סבר והכנסייה.
הכנסייה הנורווגית אורגנה כארכיבישופות עצמאית בנידארוס (טרונדהיים) ב-1152. אייסטיין ארלנדסון, שנבחר להיות הארכיבישוף ב-1161, היה מתומכיו העיקריים של מגנוס החמישי. בתמורה, הובטח מעמדה של הכנסייה כמוסד עצמאי והיא זכתה בפריבילגיות שונות.
ב-1183 שב אייסטיין לנידארוס מאנגליה ובמהלך שנותיו האחרונות שררה רגיעה ביחסים בין הכנסייה לבין המלוכה. כאשר מת אייסטיין ב-26 בינואר 1188, נבחר אריק איברסון, הבישוף של סטבנגר, כיורשו. בשלב זה קיווה סבר ככל הנראה שמערכת היחסים שלו עם הכנסייה תעלה על דרך המלך. לפיכך הוא פנה לאריק מתוך תקווה כי זה יכתירו, הוכחה ניצחת להכרה בו. אף על פי כן, מבחינתו של הבישוף אריק, לא היה סבר יותר מאשר מורד ורוצח המלך.
כעת הסלים המצב לקרע גלוי כאשר ניסח סבר רשימה של זכויות של הכנסייה שהיו מנוגדות לחלוטין לחוק הכנסייה שכונן על ידי אולף השני ("הקדוש"), מייסדה של הכנסייה הנורווגית. הבישוף אריק הטיף מצדו כנגד המלך וכנגד אנשיו ושלח מכתבי תלונה לאפיפיור. ב-1190 ניסה סבר לאלץ את הארכיבישוף להיכנע לו, בטוענו שאריק עבר על החוק כאשר החזיק כוח חמוש של 90 איש. על פי החוק היה משמר הארכיבישוף מוגבל ל-30 איש. במקום לציית לרצונו של המלך, נמלט אריק ללונד (כיום בדרום שוודיה ואז בשליטת דנמרק), שם היה מקום מושבו של הארכיבישוף של דנמרק. משם הוא שיגר משלחת לרומא כדי לבקש את עצתו של האפיפיור.
בהיעדרו של הארכיבישוף, הידק סבר את שליטתו בבישופים ובמיוחד בניקולס ארנסון. ניקולס היה אחיו למחצה של אינגה הראשון וב-1190 הוא נבחר להיות הבישוף של אוסלו בניגוד לרצונו של סבר. לאחר התבוסה של האויסיקיגן בקרב פלורואג, זימן סבר פגישה עם ניקולס בה הוא טען שבידיו הוכחה שהבישוף שיתף פעולה עם האויסקיגן. המלך האשים את ניקולס בבגידה ואיים עליו בעונש חמור. ניקולס נכנע לרצונו של סבר וב-29 ביוני, יחד עם הבישופים האחרים, הוא הכתיר את סבר כמלך נורווגיה. הכומר האישי של סבר נבחר להיות בישוף ברגן.
בינתיים, קיבל הארכיבישוף אריק תשובה מרומא. במכתב שנשלח ב-15 ביוני 1194 הניח האפיפיור סלסטינוס השלישי את הבסיס לזכויות היסודיות של הכנסייה הנורווגית ותמך באריק בכל דבר ועניין. כשהוא שואב את כוחו ממכתב זה, יכול היה כעת אריק להטיל נידוי על סבר ולהורות לבישופים הנורווגים להצטרף אליו במקום גלותו בדנמרק.
באביב הבא שלח סבר את תור, הבישוף של האמר, לרומא, כדי לשטוח את טענותיו לפני הכס הקדוש. הוא יצא בדרכו בחזרה לנורווגיה בראשית 1197, ולפי הסאגות הוא נשא בכליו מכתב מהאפיפיור שביטל את הנידוי של סבר. בדרכו הוא עבר בדנמרק ושם הוא חלה ומת בנסיבות מסתוריות, אך לא לפני שהוא מישכן את המכתב האפיפיורי. המשכונאים נסעו לנורווגיה והעבירו את המכתב לידיו של סבר שעשה בו שימוש כהוכחה להסרת הנידוי. לא קיימים מקורות נוספים אודות הפרשה הזאת וכיום מסכימים רוב ההיסטוריונים שהמכתב היה מזויף.
בינואר 1198 עם מותו של סליסטינוס השלישי נכנס העימות לרגיעה זמנית עד לבחירתו של האפיפיור החדש, אינוקנטיוס השלישי, שהתעדכן במתרחש, אך עד מהרה הסלים הסכסוך. באוקטובר, הטיל האפיפיור חרם על כל נורווגיה ובמכתב שכתב לאריק הוא האשים את סבר בזיוף. הוא גם שיגר מכתבים למלכי הממלכות השכנות בהם הוא הפציר בהם להסיר את סבר מעל כסאו. אלה עשו בדיוק את ההפך: שוודיה המשיכה לתמוך באופן פעיל בבירקביינר וג'ון, מלך אנגליה שלח סוחרים שיעניקו סיוע לסבר. ב-1200 הזהיר האפיפיור את הארכיבישוף מקנטרברי שלא יקבל יותר מתנות מסבר.
בערך באותה תקופה כתב אחד ממקורביו של סבר נאום כנגד הבישופים. במסמך זה דן הכותב הבלתי ידוע ביחסים בין המלך לבין הכנסייה. בהתבססו על עבודות תאולוגיות ידועות כמו "גזירת גרטיאנוס" (Decretum Gratiani) וכמו כתביו של אוגוסטינוס, ניסה כותב המסמך להוכיח שהנידוי שהוטל על סבר היה בלתי צודק ולפיכך לא מחייב. הכותב גם ניסה להגן על זכותו של סבר למנות בישופים. כדי לתמוך בעמדה זו היה עליו להתערב בחוק הנורווגי, מאחר שהכנסייה החשיבה זה מכבר את המינויים הללו כסימוניה (מכירת משרות). כעת היה סבר עסוק מאוד בטיפול במרד של סיעת הבגלר בתמיכתה של הכנסייה והעימות הישיר מול הכנסייה היה למעשה לעניין צדדי, לפחות מבחינתו האישית.
מלחמת הבגלר.
באביב 1196 הוקמה סיעת הבגלר (Bagler) בהלור שבדנמרק כאופוזיציה לסבר. מנהיגי הסיעה היו ניקולס ארנסון, האציל ריידר סנדמן מוויקן וזיגורד ירלסון, בנו הבלתי חוקי של ארלינג סקקה. הארכיבישוף אריק נתן גם הוא את ברכתו. כמלכם הם בחרו באינגה מגנוססון, שלכאורה היה בנו של מגנוס החמישי. לאחר מכן הם הפליגו לנורווגיה.
באותה עת שהה סבר בוויקן ושני הכוחות היריבים נתקלו אלה באלה, למרות שלא התנהלו קרבות של ממש. סבר הטיל על בנו הבכור, זיגורד, את האחריות על הפעלת הבליסטרה שהוא בנה. אף על פי כן, אנשי הבגלר שיגרו מתקפת פתע לילית שבמהלכה נהרסה הבליסטרה וזיגורד ואנשיו נסו על נפשם. סבר רתח מזעם ויותר לא הטיל על בנו תפקידי פיקוד. לאחר לחימה הססנית נוספת, הפליג סבר צפונה לטרונדהיים, שם הוא בילה את החורף. הבגלרים הכריזו על אינגה כמלך ועד מהרה תפסו את השליטה המוחלטת על אזור ויקן וקבעו את אוסלו כמרכז שלטונם.
באביב 1197 הכריז סבר על גיוס צי מהחלקים הצפוניים והמערביים של נורווגיה ובמאי הוא היה כבר מסוגל להפליג דרומה לוויקן בראש כוח שמנה יותר מ-7,000 איש. הבירקביינרים תקפו את אוסלו ב-26 ביולי ולאחר ששני הצדדים ספגו אבדות כבדות, נאלצו הבגלרים להימלט לפנים הארץ. כעת ניצל סבר את הזמן כדי לגבות מיסים למימון המלחמה, אך כשהצי שהוא גייס עמד על סף מרד, הוא נסוג לברגן שם הוא החליט להעביר את החורף. הייתה זו שגיאה גורלית מצדו. בינתיים יצאו הבגלרים צפונה לטרונדלג בדרך היבשה והם נכנסו לנידארוס תוך כדי שהם נתקלים בהתנגדות קלה ביותר. חיל המצב בטירת סיון החזיק מעמד לזמן מה עד שמפקדם, טורסטיין קוגד בגד בסבר והניח לבגלרים לחדור לטירה. הבגלרים החריבו את הטירה לחלוטין. מעוזו האישי של סבר היה כעת בידי אויביו.
שנת 1198 הייתה נקודת השפל בגורלו של סבר. במאי הוא שיגר כוח לנסות לכבוש מחדש את טירת סיון. הפעם הוא כשל בהשגת אפקט ההפתעה והצי של הבירקביינרים כלל בעיקר ספינות קטנות. בקרב הימי שהתנהל לאחר מכן, הוכו הבירקביינרים קשות. לאחר קרב זה חיזקו הבגלרים את אחיזתם בטורנדלג ורבים עברו לצד שאותו הם ראו כצד המנצח.