בתחילה הוטלה האחריות לבניית האוניות על ה"וולדימירסקי פריקאז" (Владимирский приказ), אך מאוחר יותר הועבר התפקיד לידי משרד האדמירליות, ה"אדמירלטיסקי פריקאז" (Адмиралтейский приказ). קציני הצי באו מקרב האצולה הרוסית והמלחים גויסו מקרב העם. ילדי האצילים חונכו בבית הספר למדעי המתמטיקה והנווטות שנוסד ב-1701. לעיתים קרובות נשלחו צוערים לארצות שמעבר לים כדי להתאמן בציים זרים. כמו כן היה נהוג לשכור נתינים זרים לשירות בצי הרוסי. ב-1718 הוקמה מועצת האדמירליות (Адмиралтейств-коллегия), הגוף בעל הסמכות הגבוהה ביותר בענייני הצי ומקום מושבו היה בבניין האדמירליות בסנקט פטרבורג.
בשנת 1722 כלל הצי הרוסי 130 אוניות מפרשים, ובהן 36 אוניות קרב, 9 פריגטות, 3 שנייבות (шнява, דו-תורנית קלה ששימשה לסיור ולהעברה מהירה של ידיעות), 5 ספינות הרעשה ו-77 ספינות עזר. צי ספינות המשוט מנה 396 כלי שיט ובהם 253 גליאות וגליאות-למחצה (המכונות "סקמפאביי" (скампавеи) ו- 143 בריגניות. כלי השיט הללו נבנו ב-24 מספנות שונות, ובהן המספנות בוורונז', קזן, פרלסלבל (Пересла́вль), ארכנגלסק, אולונץ (Олонец), סנקט פטרבורג ואסטרחן.
עקרונות הארגון של הצי המלחמתי, שיטות ההדרכה והאימונים ותורת הלחימה נוסחו כולם בצ'ארטר של הצי (1720) בהסתמך על הניסיון הימי של ציים זרים. פיוטר הגדול, פיודור אפרקסין (Фёдор Матвеевич Апраксин), אלכסיי סניאבין (Алексей Сенявин), נאום סניאבין (Наум Акимович Сенявин), מיכאיל גוליצין (Михаил Голи́цын) ואחרים נחשבים כמניחי היסודות לתורת הלוחמה הימית הרוסית. את העקרונות המרכזיים של הלוחמה הימית הוסיפו ופיתחו גריגורי ספירידוב (Григорий Андреевич Спиридов), פיודור אושקוב ודמיטרי סניאבין במהלך המאה ה-18.
הצי הרוסי צירף ברצון לשורותיו קצינים זרים, כמו אדמירל תומאס גורדון, סקוטי שקיבל את הפיקוד על הצי הבלטי.
הצי הרוסי במאה ה-18.
הצי הרוסי הלך והתחזק במחצית השנייה של המאה ה-18 כפועל יוצא של מדיניות חוץ אקטיבית והמלחמות עם האימפריה העות'מאנית על השליטה בים השחור. במלחמת רוסיה-טורקיה, 1774-1768, שיגרה רוסיה בפעם הראשונה שייטות מהים הבלטי אל זירת לחימה מרוחקת. אחת השייטות, בפיקוד אדמירל ספירידוב, השמידה את הצי הטורקי בקרב צ'סמה ב-1770 והעניקה לרוסיה את השליטה בים האגאי. שנה אחר כך, ב-1771, כבש צבא רוסי את חופי מצר קרץ' (Керчь) ואת מבצרי קרץ' ויניקאלה (Еникале). לאחר שהתקדמו אל הדנובה, הקימו הרוסים את שייטת הדנובה לשמירה על שפך הנהר. ב-1773 הפליגו ספינות שייטת אזוב (שהוקמה מחדש ב-1771) אל הים השחור. המלחמה הסתיימה בניצחון רוסיה, והיא זכתה בחופי ים אזוב ובחלק מחוף הים השחור בין הנהרות בוג ודניסטר. חצי האי קרים הפך למדינת חסות רוסית וב-1783 סופח לרוסיה. באותה שנה הוכנסה לשירות פעיל, בנמל חרסון (Херсон), אוניית-הקרב הראשונה של צי הים השחור. במקביל החלו עבדות בנייה בעיר סבסטופול שהיה אמור להיות הבסיס הראשי של צי הים השחור החדש.
ראשית המאה ה-19.
במחצית השנייה של המאה ה-18 וראשית המאה ה-19 היה הצי המלחמתי הרוסי השלישי בגודלו בעולם אחרי ציי בריטניה וצרפת. צי הים השחור כלל 5 אוניות-קרב ו-19 פריגטות (1787), בצי הים הבלטי היו 23 אוניות-קרב ו-130 פריגטות (1788). בראשית המאה ה-19 כלל הצי הרוסי הקיסרי מלבד ציי הים הבלטי והים השחור גם את שייטת הים הכספי, שייטת הים הלבן ושייטת אוחוצק (Охо́тск). ב-1802 הוקם משרד הכוחות הימיים המלחמתיים, וב-1815 שונה שמו ל"משרד הימייה".
ב-1826 בנו הרוסים את ספינת הקיטור החמושה הראשונה שלהם, "איז'ורה" (Ижора). היא הונעה על ידי מנוע קיטור בהספק 100 כוחות סוס וחומשה ב-8 תותחים. ב-1836 הושקה פריגטת המשוטה הראשונה של הצי הרוסי ושמה "בוגטיר" (богаты́рь); הדחקה היה 1340 טון, הספק מנועה 240 כוחות סוס, חימושה – 28 תותחים.
בין השנים 1803 ו-1855 יצאו ספנים רוסיים ל-40 הפלגות ארוכות והפלגות סביב העולם, ונטלו חלק חשוב במחקר הגאוגרפי של המזרח הרחוק והאוקיינוס השקט.
מלחמת קרים ואחריה.
בשל התפתחותה הטכנולוגית והכלכלית האיטית, פיגרה רוסיה במחצית הראשונה של המאה ה-19 אחר מדינות אירופה האחרות בבניית אוניות קיטור. בפרוץ מלחמת קרים ב-1853 כללו ציי הים הבלטי והים השחור ושייטות ארכנגלסק, הים הכספי וקמצ'טקה סך 40 אוניות-קרב, 15 פריגטות, 24 קורבטות ובריגים, 16 פריגטות קיטור וכלי שיט קטנים יותר. מניין המלחים והקצינים בציים עמד על כ-91,000 איש. חרף גודלו הייתה לשיטת הצמיתות הריאקציונית השפעה הפוכה על התפתחותו של צי המלחמה הרוסי. הדבר אפיין במיוחד את הצי הבלטי, שנודע בתרגילי הסדר הקשוחים שלו. הודות לאדמירלים מיכאיל לאזארב, פאבל נחימוב, ולדימיר קורנילוב וולדימיר איסטומין אומנו מלחי צי הים השחור בתורת הלוחמה הימית והוטמעו בהם המסורות הצבאיות של הצי הרוסי שנוצרו בזמנו של אדמירל אושאקוב. קרב סינופ ב-1853 היה דוגמה לאומץ הלב והגבורה של מלחי צי הים השחור ולחידושים הטקטיים של נחימוב. נחישותם של המלחים הרוסיים באה לידי ביטוי גם במהלך המצור על סבסטופול ב-1854–1855, עת השתמשו בכל האמצעים שברשותם כדי להגן על בסיסם מן היבשה והים כאחד. ברם, על פי תנאי חוזה פריז נשללה מרוסיה הזכות להחזיק צי מלחמתי בים השחור. בשנות השישים של המאה ה-19 איבד צי המפרשים הרוסי את חשיבותו ואוניותיו הוחלפו בהדרגה על ידי אוניות קיטור.
לאחר מלחמת קרים החלה רוסיה בבניית אוניות מטיפוס חדש כמו אונייה מחופת שריון ויחידת תותחים צפה. לכלי שיט אלה היו תותחים כבדים ושריון עבה, אך הם לקו בכשירות השיט, המהירות וטווח ההפלגה. ב-1861 בנו הרוסים את ספינת התותחים המשוריינת הראשונה העשויה כולה פלדה – "אופיט" (Опыт), וב-1869 החלו לבנות את אחת מאוניותיהם המשוריינות המתאימות לשייט באוקיינוס – "פיוטר וליקיי" (Пётр Великий).
שלהי המאה ה-19.
הצי הרוסי הקיסרי הוסיף לצמוח בעשורים האחרונים של המאה ה-19, ונעשה לשלישי בגודלו לאחר ציי בריטניה וצרפת. מי שהאיץ את גידולו של הצי היה הצאר ניקולאי השני, שהושפע מכתביו של התאורטיקן הימי האמריקני אלפרד תייר מהן. התעשייה הרוסית גדלה אומנם, אך לא בשיעור שאיפשר לה לענות על צורכי הצי, ולכן אחדות מן האוניות נבנו בצרפת, גרמניה, ארצות הברית ודנמרק. לארכיטקטים הימיים הצרפתיים הייתה השפעה ניכרת על עיצוב המבנה של אוניות המלחמה הרוסיות.
בסוף המאה ה-19 הוקמה חברת דוברופלוט שרכשה אוניות מתרומות ובמידת הצורך הם שימוש לחיזוק הצי. בין המלחמות הם היו אוניות סוחר לכל דבר.
מלחמת רוסיה–יפן.
בליל ה-8 בפברואר 1904 הנחית הצי היפני בפיקודו של אדמירל היהאצ'ירו טוגו התקפת פתע של טורפדות על האוניות הרוסיות בפורט ארתור, והסב נזק רב לשתי אוניות מערכה רוסיות. ההתקפות התפתחו בבוקר שלמחרת לקרב המכונה קרב פורט ארתור. לאחר הקרב התחוללו כמה התנגשויות ימיות חסרות הכרעה, במהלכן לא הצליחו היפנים להשמיד את הצי הרוסי בשל איום תותחי החוף והרוסים נאלצו לעזוב את הנמל ולצאת לים הפתוח, במיוחד לאחר מות אדמירל סטפאן מקארוב ב-13 באפריל 1904.
לאחר ההתקפה על פורט ארתור ניסו היפנים לחסום את הכניסה לנמל ולשלול מן הרוסים את השימוש בו. בליל ה-13–14 בפברואר הם הטביעו בנתיב המים העמוקים המוליך לנמל כמה אוניות קיטור שמולאו בבטון, אך האוניות שקעו לעומק רב מדי והפעולה לא צלחה. ניסיון נוסף לחסום את הכניסה לנמל עם אוניות חסימה (blockships), בליל 3–4 במאי, גם הוא נכשל. במרץ נטל אדמירל-משנה מקארוב הנמרץ את הפיקוד על השייטת הפסיפית הראשונה של הצי הרוסי, ומיד פתח בהכנות לפריצת ההסגר היפני על הנמל. אותו זמן החלו שני הצדדים להשתמש בלוחמת מוקשים התקפית וזרעו מוקשים זה בנמלי יריבו. הייתה זו הפעם הראשונה בתולדות הלוחמה הימית בה נעשה שימוש התקפי במוקשים ימיים. עד לזמן זה שימשו מוקשים למטרות מגנניות טהורות כמו הבטחת נמלים מפני חדירת אוניות אויב. יעילותה של טקטיקת המיקוש ההתקפי היפנית הוכחה ב-12 באפריל 1904, כאשר שתי אוניות מערכה רוסיות, אוניית הדגל פטרופבלובסק ו"פובדה", נכנסו לשדה מוקשים יפני ליד פורט ארתור ונפגעו. "פטרובפבלובסק" טבעה לאחר כשעה, בעוד את "פובדה" נאלצו לגרור חזרה לפורט ארתור לשם תיקונים נרחבים. מקארוב מת באונייה "פטרופבלובסק" לאחר שבחר לרדת עימה תהומה. הרוסים, שלמדו מיריביהם את שיטות המיקוש ההתקפי, לא טמנו את ידם בצלחת. ב-15 במאי 1904 פיתו שתי אוניות מערכה יפניות, את "יאשימה" (Yashima) ו"הטסוסה" (Hatsuse), להיכנס לשדה מוקשים אותו הניחו ליד פורט ארתור. השתיים פגעו לפחות בשני מוקשים, "יאשימה" טבעה בתוך דקות ספורות ועימה 450 מלחים, בעוד "הטסוסה" ירדה למצולות שעות אחדות לאחר מכן בעודה נגררת.
הצי הרוסי ניסה לפרוץ לו דרך החוצה מפורט ארתור אל ולדיבוסטוק, אך יורט והובס בקרב הים הצהוב. שרידי הצי הרוסי נשארו מסוגרים בפורט ארתור, שם הוטבעו בזו אחר זו על ידי תותחי הצבא הצר על העיר. הניסיונות להסיר את המצור היבשתי גם הם נכשלו, ולאחר קרב ליאויאנג בסוף אוגוסט נסוגו הרוסים אל מוקדן (Mukden, שן-יאנג). פורט ארתור נפלה לבסוף ב-2 בינואר 1905, לאחר סדרת התקפות אכזריות ומרובות-נפגעים.