הנקודה התאורטית העיקרית שהודגשה במאמרים השונים בקובץ היא שמערכות תרבותיות וגם דתיות מהוות בו-זמנית גורם מייצב של סדר חברתי וגם משמשות אתגר וזרז לשינוי. תהליך זה בא לידי ביטוי בתהליכים ציוויליזציוניים, ובמיוחד במקומן של הטרודוקסיות.
תהליכי מודרניזציה.
מסוף שנות ה-50 עסק אייזנשטדט בתהליכי מודרניזציה, שהיו אז נושא מרכזי במחקר הסוציולוגי, ושלטו בעיקר בסוציולוגיה האמריקאית, שהייתה באותה עת הגמונית בעולם. במחקריו הרבים בתחום זה, המשתרעים על-פני ארבעה עשורים, הוא ניתח מלכתחילה באופן ביקורתי את הגישה שהייתה יחסית דומיננטית באותה תקופה, שלפיה נטען כי עם התפתחות המודרניות והתיעוש, יהיה העולם להומוגני מאוד. אחת התורות שהתפתחה אז הייתה זו של הליכוד (convergence) של חברות תעשייתיות. המחקרים הרבים בדקו מדוע חברות מסוימות מצליחות להיהפך למתועשות יותר מאשר אחרות (אך כאמור מתוך הנחה אם התיעוש יצליח, הוא יהיה דומה למדי בכל מקום).
גישה זו נראתה לאייזנשטדט פשטנית מדי ומוטעית. הוא הדגיש שאכן יש דמיון רב בתהליכי שינוי הקשרים למודרניזציה בעולם (בעיות משותפות של תיעוש, ארגון ערים, מערכות חינוך וסוגי סכסוכים משותפים כמו סכסוכי עבודה ואף גיבוש דפוסים פוליטיים דומים), יחד עם זה שהפתרונות לבעיות אלה אינם זהים בכל המקומות. זאת, בניגוד לאלה שסברו שקיימת דיכוטומיה מוחלטת בין חברה מסורתית ומודרנית, כפי שעשה למשל דניאל לרנר בספרו "The Passing of Traditional Society".
אייזנשטדט סבר שאלמנטים מסורתיים יכולים לשחק תפקיד חשוב בבינוי מערכות חברתיות מודרניות של חברות רבות ובגיבוש ההבדלים ביניהם בהקשרים אלה. כמו במקרה של ארצות הברית, חברה שבה התגבשו דפוסי מודרניות מיוחדים. אייזנשטדט התייחס כאן למחקרו של ורנר זומברט (Sombart), שכתב ב-1906 בגרמנית ספר בשם: "מדוע לא התפתח סוציאליזם באמריקה?"
לדידו של זומברט, היה מובן שסוציאליזם מתפתח כתגובה לתיעוש קפיטליסטי, ועל כן הוא תמהּ על-כך שבארצות הברית התנועות הסוציאליסטיות לא תפסו מקום מרכזי כמו באירופה. גישתו של זומברט שימשה כקרש קפיצה לניתוח רבגוני יותר של תהליכי המודרניזציה, גם בתוך החברות התעשייתיות הקפיטליסטיות, כאשר מאוחר יותר יפן הייתה דוגמה נוספת לרבגוניות זו מעבר להן. גישות אלה פותחו על ידי אייזנשטדט בשורה של ספרים החל משנות ה-60, אשר יצאו במקור באנגלית ותורגמו בהמשך לשפות רבות, במספר רב של מאמרים, אשר מובילים לקראת גישה של ריבוי המודרניות שפותחה על ידו משנות ה-80, ואשר היוותה נקודת תפנית במחקר המודרניות בכלל.
מחקר השוואתי של ציוויליזציות.
מתוך הביקורת על מחקרי המודרניזציה, הגיע אייזנשטדט להכרה גוברת בתפקידן של מסורות חברתיות ותרבותיות בגיבוש דפוסי מודלים שונים של מודרניות, ופנה למחקר השוואתי של ציוויליזציות – נושא שעניין אותו עוד בימי לימודיו בירושלים, בתחילה בהשפעתו של בובר, ומאוחר יותר גם בעקבות השהות והמחקר בלונדון. הדחף למחקר זה הייתה עבודה משותפת עם וולפגאנג שלוּכטר (Wolfgang Schluchter) מאוניברסיטת היידלברג, שגיבש בשנות ה-80 קבוצת חוקרים שבחנה בצורה שיטתית וביקורתית, באמצעות סדרה של סימפוזיונים, את תרומתו של ובר לניתוח הציוויליזציות הגדולות: היהודית, הסינית, ההודית וגם זו האירופית, בדגש ניכר על הפרוטסטנטיות, כאשר החיבור המפורסם של ובר "האתיקה הפרוטסטנטית ורוח הקפיטליזם" היווה את נקודת המוצא של מחקר השוואתי זה על הציוויליזציות.
סימפוזיונים האלה התפרסמו במספר ספרים בעריכתו של שלוכטר, שבכולם (למשל הספר המנתח את התרבות האסלאמית) כתב שלוכטר את המבוא ואייזנשטדט כתב את פרק הסיכום.
ציוויליזציות הציר.
הסימפוזיונים שהוזכרו לעיל שימשו נקודת מוצא לשורה של מחקרים על ציוויליזציות עידן הציר. ציוויליזציות עידן הציר (Axial Age civilizations) הוא מונח שנטבע על ידי קרל יאספרס, שטען כי כל הדתות שוובר חקר – היהדות והנצרות, ההינדואיזם, הבודהיזם והאסלאם – היו תרבויות ציר שהיוו נקודת מפנה גדולה בהיסטוריה האנושית, אשר התפתחו בעיקר מהמאה הששית לפני הספירה, ואשר הקו המציין שלהן הוא התפתחות התפישה הקוסמולוגיות השונות, המדגישות את המתח בין הסדר הטרנסצנדנטלי לבין זה הארצי, תוך הדגשת עליונותו של הראשון.
כל אלו היוו מאז שנות ה-70 נקודת מפנה בחקר ההשוואתי של ציוויליזציות, כאשר אייזנשטדט הוא מפתחן העיקרי.
מחקר ציוויליזציות הציר פותח משנות ה-80 בשורה של כנסים שיזם אייזנשטדט בשיתוף עם חוקרים אחרים, שבתחילה הניבו כמה מאמרים מקדימים בנושא, ולאחר מכן פורסמו במלואם.
סימפוזיונים מאוחרים יותר כונסו באנתולוגיה.
אחת התכונות המרכזיות של ציוויליזציית הציר, המודגשת ביותר על ידי אייזנשטדט, בעקבות ובר, היא הפוטנציאל, שבלשון נוצרית ניתן לכנותו 'העימות בין אורתודוקסיה להטרודוכסיה'. אך בעוד שאצל ובר הדגש החזק הושם על תפקידה המרכזי של ההטרודוקסיות, הרי שאליבא דאייזנשטדט, המאפיין את דתות הציר הוא המתח המתפתח בתוכן בין ההטרודוקסיה ל, כלומר בין העמדה הרשמית (למשל של הכנסייה), לבין פרשנים שונים ופרשנויות שונות הנשמעות בעיקר על ידי כתות (סקטות) שונות שאינן מקבלות את סמכותה.
כתות שונות ניתן למצוא גם בדתות אחרות, לא אקסיאליות (ציריות), אך לא כל הכתות הן הטרודוקסיות מאתגרות. מצב זה נכון רק לגבי ציוויליזציות הציר, אך למשל לא לגבי יפן, שלא הייתה ציוויליזציה "צירית"; אמנם גם בה התפתחו כתות שונות, אך הן לא הפכו להטרודוקסיות. מבחינה זו יפן מהווה אתגר חשוב למחקר השוואתי בכלל וזה של ציוויליזציה בפרט.
עוד לפני אייזנשטדט, חוקרים חשובים כמו אמיל דורקהיים, במאמר ביקורת על ספר תולדות יפן, ומרק בלוך בספרו הגדול על החברה הפיאודלית כתבו שההיסטוריה החברתית של יפן דומה לזו של אירופה ושהמקום היחידי מלבד אירופה שבו היה פאודליזם הוא יפן; אך הדינמיקה ביפן הייתה שונה ולא התפתחו בה תהליכים המיוחדים לתרבויות הציר. מתוך נקודת ראות השוואתית זו כתב אייזנשטדט ספר על יפן, שנקודת המוצא העיקרית שלו היא שביפן, שלא כמו בציוויליזציות הציר, אמנם התפתחה רמה גבוהה של שונות מבנית, אך זאת יחד עם רמה נמוכה יחסית של אוטונומיה של המערכת התרבותית. יפן הושפעה אמנם מבודהיזם ומקונפוציאניזם, אך לא התקיימו בה דתות אוטונומיות או קבוצות אינטלקטואליות שהפיצו חזון אוטופי אוניברסלי. כך התפתחה ביפן דינמיקה ייחודית, שהובילה לכך שיפן הייתה החברה הלא-מערבית הראשונה שנעשתה מודרנית, אבל היא לבשה צורת הייחודית לה. הרסטורציה של מייג'י ביפן הביאה לחידוש פניה של האומה היפנית, אולם שינוי זה היה חסר ממדים אוניברסליים או מיסיונריים בסיסיים שהיוו מרכיב מרכזי במהפכות הגדולות.
מחקר השוואתי של מהפכות.
כחלק מהמחקר ההשוואתי של ציוויליזציות ושל המודרניות, הקדיש איזנשטדט תשומת לב מיוחדת למחקר השוואתי של מהפכות בהיסטוריה.
נקודת המוצא שלו היא שמהפכות הגדולות (האנגלית, האמריקאית, הצרפתית, הרוסית, הסינית ועד המהפכה האיראנית), הביאו למפנה בדינמיקה של ציוויליזציות. הן הביאו לא רק חילופי משטרים מהעבר ולהתפתחות של דפוסים קוסמולוגיים על ידי כתות הטרודוקסיות שונות, אלא גם היוו נקודות תפנית בגיבושן של ציוויליזציות ובדינמיקה שלהן. מהפכות אלה מהוות גם נקודת מפנה לגיבוש דפוסי מודרניות שונים. במהפכות אלה משתלבות הסיבות הרגילות לחילופי משטרים, כמו מאבקים בין אליטות, משאבים כלכליים ועלייתם של כוחות חברתיים חדשים, יחד עם עימותים בין הגמוניות תרבותיות של "המשטר הישן" ובין קבוצות הטרודוקסיות שונות. אפיון זה של המהפכות הוא בעל חשיבות מרכזית לניתוח בעיות מרכזיות ומורכבות של תאוריה סוציולוגית, במיוחד הקשר בין פוֹעלוּת (agency) לבין מערכות חברתיות ותרבותיות. (המונח "פוֹעלוּת" מתייחס ליכולת של סובייקט/אינדיבידואל לפעול בעולם באופן עצמאי, לבחור ולקבל החלטות באופן אוטונומי, אם כי מוגבל, בהינתן המסגרת והמציאות החברתית-תרבותית שבתוכה נתון כל סובייקט).
כחלק מפרויקט זה חקר אייזנשטדט את הניסוח המחודש ואת מימוש החזונות הפוליטיים שבהם החזיקו האליטות והקבוצות הכיתתיות כאמצעים לשינוי חברתי. זאת עשה בספרו "פונדמנטליזם, כיתתיות ומהפכה: הממד היעקוביני של המודרניות",("Fundamentalism, Sectarianism and Revolution. The Jacobin Dimension of Modernity"; 1999 ובספרו "המהפכות הגדולות והציוויליזציות של המודרניות". כפי שמציינים אליעזר בן-רפאל ויצחק שטרנברג, השילוב של מושג הציוויליזציה המובא בעבודותיו של אייזנשטדט עם השינויים התקופתיים, ומכאן עם התיקוף הסוציו-היסטורי, מרימים תרומה חשובה גם לתאוריית השינוי החברתי וגם לניתוח של ציוויליזציה.
במסגרת המחקרים ההשוואתיים של ציוויליזציות, פיתח אייזנשטדט גם שני מחקרים של דפוסים מוסדיים ספציפיים: מחקר אחד בשיתוף עם לואיס רוניגר (Roniger) על דפוסי ידידות, קרבה מדומיינת ויחסים פטרוניים בחברות שונות, החל מחברות שבטיות דרך חברות פטריארכליות ופיאודליות ועד חברות מודרניות שונות; מחקר נוסף, יחד עם אריה שחר, הוא ניתוח משווה של ערים ומערכות עירוניות בציוויליזציות הגדולות העיקריות.
אייזנשטדט ערך את האנתולוגיה "Political Sociology", שבהּ הציג דפוסים על משטרים פוליטיים שונים – החל מאלה שבחברות שבטיות שונות, דרך משטרים פטריארכליים פאודליים, ערי-מדינה ואימפריות ועד מדינות מודרניות. לכל פרק הוא כתב מבוא, שבו מודגשות הבחנות בין מרכז לפריפריה, ועל ידי כך העמיד תוכנית למחקר השוואתי חדש על משטרים.