בפוג'יו א קיאנו התרחשו כמה מהרגעים החשובים ביותר בהיסטוריה שלהם, למעשה לכאן האישה, שהייתה שנואה על ידי משפחת מדיצ'י וחצר האצולה שלה שתמכו בכלה הלגיטימית, הורחקה אסטרטגית מפירנצה. בתחילה היא נשלחה לווילה משנית בגבעות של פוג'ו א קאיאנו בשם איל סרטינו (Il Cerretino), ובהזדמנות זו נולדו כמה פנטזיות פופולריות, כמו קיומו של מסדרון תת-קרקעי בין שתי הווילות שאיפשר לזוג האוהבים להיפגש בסתר. עם מותם של בעלה של ביאנקה ויוהנה מאוסטריה, שני האוהבים הצליחו סוף סוף להתחתן ובילו כמה מהרגעים היפים ביותר בחיי הנישואים שלהם בפוג'ו א קאיאנו. המגורים של ביאנקה קאפלו בקומת הקרקע עדיין מעידים על קשר זה עם הווילה. בווילה גם מתו השניים בהפרש של יום באוקטובר 1587. מחקר משנת 2004–2006 מדבר על הרעלת ארסן ברקמות של השניים, אם כי לא ניתן להבחין בין הרעלה בפועל לבין הטיפול שניתן לאחר המוות לגופות הקבורות יחד בכנסיית בוניסטלו (Chiesa di Santa Maria Assunta a Bonistallo). עם זאת, הכרוניקות הרשמיות מדברות על מוות ממלריה.
בחדר הראשון של המגורים, חדר שינה פשוט, ישנם שלושה ציורים מקראיים המיוחסים לפאולו ורונזה: משה והסנה הבוער, חציית ים סוף ותחיית לזרוס; כאן, לאחר השיקום, הוצבה גם הפייטה מאת ג'ורג'ו וזארי, שהגיעה מהקפלה של הווילה ששייכת היום לאחווה נוצרית מקומית.
החדר הבא במגורים של ביאנקה קפלו הוא "חדר הקמין". החדר, אף ששוחזר בצורה אקלקטית במאה התשע עשרה, עדיין שומר על אח השיש הלבן והיפה, כאשר לזבז האח נתמך בשני טלמונים המפוסלים באופן יוצא דופן. הפַּסָּל שיצר אותם אינו ידוע בוודאות, אך קרוב לוודאי שהיה זה ברנרדו בואנטלנטי (Bernardo Buontalenti), כפי שניתן להסיק מהפיסול של פלג גוף עליון וראשי הפסלים חרושי הקמטים. אולי אפשר לייחס אותם לתקופה בה שהה אלפונסו פאריג'י בווילה בשנת 1575, שעבד באותה תקופה עם בואנטלנטי בווילה אחרת של משפחת מדיצ'י, וילה די צ'רטו גווידי.
דלת באותו המפלס מובילה לחדר השינה של הדוכסית ביאנקה, שקירותיו מצופים בעיסת נייר דחוסה המחקה את הקוראמי (לוחות עור מעוטרים) וריהוט נאו-רנסאנס, תוצאה של עיצוב חדש כללי בסגנון סביב 1865 (החדר לא פתוח למבקרים).
גרם מדרגות מאבן, בן זמנו של הקמין, מחבר בין שני פתחים עליונים באותו החדר, אשר מקשרים את החדרים הללו עם המפלס העליון, שם כיום נמצא החדר של המלך ויטוריו אמנואלה השני, והיכן שהיו בעבר כנראה המגורים של פרנצ'סקו הראשון.
הקומה הראשונה (פיאנו נובילה).
בקומה הראשונה יש את האזור המעניין ביותר בווילה: אולם לאו העשירי, הממוקם במרכז הבניין, ובנייתו הסתיימה בסביבות 1513. לטענת ג'ורג'ו וזארי, שייך עיטור הקמרון רק בחלקו לסנגאלו, השאר היו יצירתם של אנדריאה די קוזימו פלטריני (Andrea di Cosimo Feltrini) ופרנצ'יאביג'ו (Franciabigio). עיטור הפרסקו הוא אחד ממחזור הציורים החשובים ביותר של תקופת המנייריזם.
בקומה הראשונה ניתן לבקר גם באולם הכניסה עם ציורים מונוכרומטיים של ראשית המאה התשע-עשרה, יצירתו של לואיג'י קטאני, המשחזרים נושאים חגיגיים המתייחסים להקמת הווילה: הסצנות המתוארות הן: לורנצו המפואר המקבל את הדגם של הווילה מג'וליאנו דה סנגאלו, ואניולו פוליציאנו המכתיר פרוטומה של הומרוס בזרי עלי דפנה.
בשנת 1698 צייר אנטון דומניקו גביאני (Anton Domenico Gabbiani) בפרסקו את התקרה של מה שמכונה "חדר האוכל" בקומה הראשונה מטעם פרדיננדו דה מדיצ'י, נסיך טוסקנה, או את החדר שנמצא מיד אחרי האולם הגדול, המכונה גם "חדר הסטוקו". בגין עבודה זו קיבל גביאני תשלום בסך 400 סקודו איטלקי ב-30 ביולי 1698. הפרסקו מייצג את ההאלהה של קוזימו דה מדיצ'י. קוזימו נחשב כמי שהקים ממשלה טובה בפירנצה המבוססת על שלום וצדק שממנה החל "תור זהב" חדש שאפשר את פריחתם של האומנויות השונות בפירנצה, שמואנשות בפרסקו משמאל לקוסימו, ואילו החטאים המיוצגים מימין לו מגורשים מהעיר. מסיבות אלה, בזמן מותו, אותה האנשה של העיר פירנצה מעלה את קוזימו לשמיים, מתווכת בינו לבין זאוס, כך שהאחרון יקבל את פניו באולימפוס, וזאוס, כפי שמעידה מחוותו, נענה לבקשה זו. ליד מלך האלים יושבים אסקלפיוס, פרסאוס והרקולס, נוכחים כיוון ששלושתם היו מגני שושלת מדיצ'י, ולכן באים לברך את מי שהפך לראשונה את המשפחה המוגנת על ידם לגדולה.
החדר הזה היה ידוע גם כ"אולם הסטוקו", אולם עיטורי הסטוקו שהיו בחדר, עם דיוקנאות המדיצ'י בתוך מדליונים וקישוטים אחרים, הוסרו בשנת 1812 מכיוון שהם נחשבו למיותרים. בתקופות מסוימות בשנה השולחן מכוסה במפה בעיצובים מוריים שיצר אניולו ברונצינו בין השנים 1533–1548, ארוגה להפליא במשי השזור בחוטי זהב וכסף.
את הקומה הראשונה משלימה דירתו של ויטוריו אמנואלה השני, שבה ארבעה חדרים: מלתחה, חדר עבודה, חדר קבלה וחדר שינה, והדירה של הרוזנת מיראפיורי ("בלה רוזינה") המורכבת משלושה חדרים עם ריהוט עתיק. החדר של בלה רוזינה בפרט מעוטר במיטת אפיריון וקירות מכוסים לגמרי בווילונות ממשי ורוד עם מוטיבים פרחוניים (1865), תלויים בצורה המאפשרת לראות במרכז את הפרסקו הנאו-קלאסי שבקירות. האמבטיה הצרפתית, שתוכננה על ידי אדריכל החצר ג'וזפה קצ'יאלי, הוזמנה על ידי אליסה בונפרטה והייתה כרוכה בהריסת כמה חדרים ישנים. כיום היא שמורה היטב, עם גיגית השיש עם גילופים ופסל של ונוס וקופידון בגומחה, בנוסף לריהוט המקורי של שולחן האיפור. שני ציורי הקיר המיתולוגיים מתארים את "אכילס הטובל בנהר לתה" ו"תטיס נפרדת מאכילס".
בשנת 1807 תכנן פוצ'יאנטי, בנוסף למדרגות החיצוניות, את גרם המדרגות הפנימי המחבר את קומת הקרקע לקומות הבניין הנותרות. הוא גם היה אחראי על כמה עבודות שיקום בקומה העליונה של הווילה. ציורי הפרסקו בכמה חדרי ישיבה, בסגנון נאו-קלאסי בלבד, עם נושאים שנלקחו מהמיתולוגיה העתיקה, גם הם מתוארכים לאותה תקופה.
פרסקו מהרנסאנס.
הפרסקו העתיק ביותר של הווילה, השייך לתקופת לורנצו המפואר, הוא מה שמכונה "קורבן לאוקואון" מאת פיליפינו ליפי, שנשמר תחת הלוג'יה בקומה הראשונה, שנותק פעם אחת לשיקום ועכשיו הועבר למקום חדש, אף על פי שהוא די דהוי כתוצאה מאיתני הטבע. הפרסקו מתואר על ידי ג'ורג'ו וזארי כ"קורבן, בפרסקו, בלוג'יה שנשארה לא מושלמת" ואשר מתוארכת לפני מותו של לורנצו, או בכל מקרה הושלמה עד שנת 1494. ציור זה אינו קשור לפסל לאוקואון של מוזיאוני הוותיקן, שזכה לכל כך הרבה הערצה בחצרות האצילים באיטליה, אך נמצא רק בשנת 1506.
הנושא הדומיננטי של שלב הבנייה הראשון היה הפרשנות לנושאים קדומים בגישה מודרנית ודקורטיבית ופרסקו זה מעיד במלואו על כך, כמו גם האפריז על הטימפנון בחזית הראשית של הווילה, אולי מאת אנדריאה סנסובינו, והלונטה המעוטרת הראשונה של האולם שלימים יקרא אולם לאו העשירי של פונטורמו.
הוא נוצר בין השנים 1519–1521, והוא מתאר את האלים הרומאים ורטומנוס ופומונה המוצבים בנוף קלאסי יוצא דופן.
מאוחר יותר השתנה נושא הקישוטים, ככל הנראה עקב קבלת תוארי האצולה הראשונים של משפחת מדיצ'י: לורנצו דה מדיצ'י, דוכס אורבינו וג'וליאנו דה מדיצ'י, דוכס נמור ועסק באיור התהילה של משפחת מדיצ'י, מה שנרמז בבירור מהנושאים הרשמיים בציורים, כלומר "תהילת של ההיסטוריה הרומית".
בין השנים 1519–1521 עבד בווילה אנדריאה דל סרטו, שצייר את "המחווה לקיסר", רמז למתנות שקיבל לורנצו המפואר מסולטן מצרים בשנת 1487. הפרסקו הסתיים בערך בשליש משטח הקיר, שם קרוב יותר לקיר החיצוני היה צבוע בקיר עמוד גדול, אשר לאחר מכן הוסר והפרסקו משולב על ידי אלסנדרו אלורי, שצרף את חתימתו לזו של אנדריאה דל סרטו ליד הילד עם תרנגול ההודו בקדמת הציור. עם הזמן המסגרת של הפרסקו הקודם צצה מחדש, וחתכה את הסצנה לשניים, אך היא הוסתרה שוב על ידי השחזורים האחרונים.
פחות או יותר באותה תקופה, הכין פרנצ'יאביג'ו את "שובו של קיקרו מהגלות" על הקיר שממול באלכסון, מטאפורה ברורה לאירועים שהתרחשו בחייו של קוזימו דה מדיצ'י, גירושו ואז שובו כמנצח לאחר מכן לפירנצה. פרסקו זה נשלט בחלקו העליון על ידי מבנים פנטסטיים הממוקמים בנוף עשיר ומוצגים בפרספקטיבה מהאוויר. גם סצנה זו הורחבה על ידי אלורי, והגבול המקורי מוסתר על ידי האובליסק מפורפיר המתנשא באופן יוצא דופן קרוב למרכז הציור ועד לראשו. העמוד המצויר השתמר בחלקו בציור הקיר, למעשה אלורי הכניס אותו ליד האובליסק.
אלסנדרו אלורי היה אפוא זה ששילב והשלים את התוכנית הדקורטיבית של האולם, ועבד בו בין 1578 ל-1582, יותר מחמישים שנה לאחר תחילת עבודות הקישוט של שאר הציירים, מטעם הגדול פרנצ'סקו הראשון, שהתגורר במיוחד בווילה בשל מערכת היחסים שלו עם האצילה הוונציאנית ביאנקה קאפלו. בנוסף להרחבת הציורים הקיימים, הוא צייר שניים מהתחלה: "סיפאקס מנומידיה מקבל את פניו של סקיפיו", רמז למסע שעשה לורנצו המפואר לנאפולי לפרננדו השני, מלך אראגון ו"הקונסול פלמיניוס משוחח עם מועצת האכאים", שמרמז על התערבותו של לורנצו המפואר במפגש קרמונה.
הוא גם צייר בפרסקו, בעזרת עזרים רבים, את שני הפנלים שמעל הפתחים, את הלונטה השנייה עם "גן ההספרידות" ואת המרחב בין הלונטות לחלונות ואת הלונטות. הקומפוזיציות המפורטות והפנטסטיות עם דמויות פרחוניות, דמויות חיות ודמויות אנוש אופייניות לטעם של הגחמות האופייניות לאותה תקופה.
אלורי הגה אפוא אדריכלות מפוארת בכל החדר, שכמעט מתנגשת באדריכלות האמיתית, עם דמויות שנראות מגולפות בצבעיהן החזקים האופייניים למנייריזם, ויוצרים תפאורה מפוארת ורבת חן.