את השקפתם של רוב תושבי האיים בנוגע להתנגדות פעילה לכיבוש הגרמני ניתן ככל הנראה להמחיש בדבריו של ג'ון לואיס, רופא מג'רזי. "כל סוג של מעשה חבלה היה לא רק מסוכן, אלא גם היה יכול להשיג את התוצאה ההפוכה. ויותר מכך, היו עלולות להיות השלכות מידיות על האוכלוסייה האזרחית שהייתה מאוד פגיעה לכל סוג של מעשה נקם". אמברוז שרוויל הביע את דעתם של רוב תושבי האיים ב-18 ביולי 1940, כאשר הוא הלין על סדרה של פשיטות תקיפה של הקומנדו הבריטי על גרנזי. "פעולות צבאיות מסוג זה אינן מתקבלות בברכה כלל וכלל והן עלולות לגרום לאובדן חיים בקרב האוכלוסייה האזרחית". הוא ביקש מממשלת בריטניה להניח לאיי התעלה. בהמשך נכלא שרוויל על ידי הגרמנים על חלקו בסיוע לשני מרגלים בריטים בגרנזי. כאשר הוא שוחרר הוא גורש למחנה מעצר גרמני.
המצב אליו נקלע שרוויל המחיש את הקושי של ממשלת האי ואזרחיו לשתף פעולה עם הגרמנים, אך לא להגיע למצב של סיוע לגרמנים, ולשמור על רמה גבוהה ככל האפשר של עצמאות מהשלטון הגרמני. סוגיית שיתוף הפעולה של תושבי האיים עם הגרמנים נותרה עמומה במשך שנים רבות, אך הוצתה מחדש בשנות ה-90 עם פתיחתם הארכיונים מימי המלחמה וכתוצאה מפרסום ספרה של מדליין בנטינג "הכיבוש לדוגמה: איי התעלה תחת השלטון הגרמני, 1945-1940". שמו של אחד הפרקים בספר "התנגדות? איזו התנגדות?" עורר את כעסם של תושבי האיים. סוגיית שיתוף הפעולה התלקחה עוד יותר בעקבות סדרת הטלוויזיה העלילתית "אי במלחמה" משנת 2004 שבה תואר רומן בין חייל גרמני ואישה תושבת האיים ותוארה דמותו של המפקד הצבאי הגרמני באור חיובי. הנקודה המרכזית בגישתה של בנטינג הייתה שתושבי האיים לא פעלו ברוח דבריו של צ'רציל, הם "לא לחמו בחופים, בשדות וברחובות. הם לא התאבדו והם לא הרגו אף אחד מהגרמנים. תחת זאת הם התרווחו, עם כמה סימנים גלויים מעטים של התנגדות, בחמש שנות כיבוש קשות, משעממות, אך יחסית שלוות, שבהן יותר ממחצית האוכלוסייה עבדה עבור הגרמנים".
בהיסטוריה הרשמית של הכיבוש, הגן המחבר צ'ארלס קרויקשאנק על מנהיגי האיים ועל ממשלותיהם. בהנחה שמנהיגי האיים, הוא אמר, "פשוט שמרו על ראשיהם מעל המים ועשו מה שנאמר להם לעשות על ידי כוחות הכיבוש, יהיה זה כמעט בלתי ראוי לבקר אותם. אך הם ניהלו את המלחמה המנהלית במחנהו של האויב בהזדמנויות רבות. זה לא שהם לא ביצעו מספר שגיאות למרבה ההפתעה, אך הם לא פעלו נכון בנסיבות של הקשיים הגדולים ביותר".
חיי התושבים.
חייהם של האזרחים במהלך הכיבוש גרמו להם לזעזוע. העובדה שממשלותיהם המשיכו למשול בהם ריככה את המהלומה ושמרה על רובם במרחק מהכובשים. רבים איבדו את מקום עבודתם כאשר בתי העסק נסגרו והיה קשה למצוא עבודה שלא אצל הגרמנים. עם התקדמות המלחמה, נעשו החיים קשים באופן משמעותי יותר והמוראל היה ירוד, במיוחד כאשר הוחרמו מכשירי הרדיו ובוצעו גירושים בספטמבר 1942. מזון, דלק ותרופות נעשו יקרי המציאות והפשע החל לגאות. לאחר הפלישה לנורמנדי ב-6 ביוני 1944 נראה השחרור יותר ויותר באופק, אך הימים הקשים עדיין עמדו בפני התושבים. חורף 1944–1945 היה קר מאוד והרעב התפשט. רבים מתושבי האיים ניצלו מחרפת רעב כאשר הגיעו החבילות של הצלב האדום.
הגבלות.
עם הגעתם לאיים, פרסמו הגרמנים צווים שכפו חוקים חדשים על תושבי האיים. בחלוף הזמן, פורסמו חוקים מגבילים נוספים שעל התושבים היה לציית. המגבלות כללו החרמות של כלי נשק, סירות, מכשירי רדיו, כלי רכב (שהתושבים אולצו למכור), מצלמות, דלק, בתים ורהיטים. כמו כן הוטלו מגבלות על דיג, שתיית משקאות אלכוהולים, ייצוא סחורות, שינוי מחירים, שירים וסמלים פטריוטיים, התכנסויות של יותר משלושה אנשים, גישה לחופים, חופש הדיבור, נגישות לתרופות ופעילות מועדונים ואגודות. בוצעו כאמור שינויים באזור הזמן של האיים ובכיוון הנסיעה של כלי הרכב והונהג קיצוב במזון. התושבים נאלצו לסבול צנזורה, הטלות עוצר, החלפת הכספים למטבע הגרמני, ביצוע מפקד אוכלוסין, העלאת מיסים, נשיאת תעודות זהות, הלנת חיילים בבתיהם, הנהגת הגרמנית כשפת הלימוד בבתי הספר ועבודה עבור הגרמנים.
ביצורים ובנייה.
כחלק מהחומה האטלנטית בנו כוחות הכיבוש הגרמנים וארגון טודט בין השנים 1940–1945 באיי התעלה ביצורים, כבישים ומתקנים נוספים. במכתב שיצא ב-16 ביוני 1941 מהמפקדה העליונה במערב, צוין שביצור האיים יתבצע על פי הוראות של אדולף היטלר, מאחר ש"יש לקחת בחשבון" שמתקפת בעלות הברית תתרחש בקיץ אותה שנה. רוב העבודה בוצעה על ידי עובדים שהגיעו מחוץ לאיים, כולל אלפים שהובאו מברית המועצות וכולל עובדי כפייה יהודים בפיקוח הכוחות הגרמנים. הגרמנים העבירו מעל 16,000 עובדי כפייה לאיי התעלה לבניית הביצורים. על העובדים נמנו עובדים שגויסו בכפייה מכל רחבי אירופה הכבושה, כולל צרפתים, בלגים, והולנדים, מתוכם כמה מחברי תנועות המחתרת שניצלו את ההזדמנות להגעה לאיים כדי להשיג גישה למפות ולתוכניות.
ב-1941 הועברו לג'רזי מאות עובדים מאלג'יריה הצרפתית וממרוקו הצרפתית שהועברו לידי הגרמנים מממשלת צרפת של וישי. כ-2,000 ספרדים שמצאו מקלט בצרפת לאחר מלחמת האזרחים בספרד ושהיו שם במעצר, הובאו גם הם לבצע עבודות כפייה. רוב עובדי הכפייה מברית המועצות הגיעו מאוקראינה. כמו כן הובאו אלף יהודים צרפתים.
הקושי בשימוש בעובדים מקומיים עלה כבר בשלבים הראשונים של הכיבוש. בבקשה לעובדים מה-19 ביולי 1941 ציינה המפקדה העליונה במערב את "הקושי הקיצוני" בהשגת עובדים אזרחיים מקומיים. ב-7 באוגוסט סירב האחראי על העבודות בג'רזי להוראה הגרמנית לספק עובדים לשיפוצים בשדה התעופה של האי בשל העובדה שהעבודות יהוו סיוע צבאי לאויב. ב-12 באוגוסט ציינו הגרמנים שיש לגייס עובדים בכפייה. העובדים שמלכתחילה בנו את שדה התעופה לקחו על עצמם את העבודה תחת מחאה. לנוכח האיומים בגיוס חובה ובגירוש לצרפת, ההתנגדות לדרישות הגרמנים הובילה למאבק מתמשך על פירוש אמנות האג וההגדרה של עבודות צבאיות ואזרחיות. דוגמה לכך היה ההיקף של עבודות הגינון שכוונתם הייתה ליצור הסוואה למתקנים צבאיים. ב-1 באוגוסט קיבלו הגרמנים את הכלל של אמנת האג שקבעה שלא ניתן להעסיק עובדים אזרחיים במיזמים צבאיים. נושא חיזוק חומות הים, שבאופן ברור ניתן היה להגדירם כעבודות אזרחיות (שהיו חשובות באיים), אך ניתן ללא ספק להגדירם גם כעבודות שיביאו תועלת צבאית להגנה החופית, הראה כיצד היה קשה להבחין בין שני סוגי העבודות. הצורך הכלכלי הביא רבים מתושבי האיים לקחת על עצמם עבודות שהוצעו על ידי הגרמנים, והם ניצלו את ההזדמנות לחבל בעבודות או לעכבן ולגנוב כלים וציוד. נהגי משאיות שאבו מעט דלק מהמשאיות כדי להחליפו במזון מהחוואים. הגרמנים גם הציעו לתושבים שנתפשו מפרים עוצר או מגבלות אחרות להיות מועסקים בעבודות כחלופה לגירוש לגרמניה.
קטגוריה נוספת של עובדי כפייה היו סרבני מצפון בריטים ואזרחים אירים. כאשר רבים מצעירי האיים התגייסו לצבא עם פרוץ המלחמה, הורגש מחסור בכוח אדם בחוות, במיוחד באיסוף יבול תפוחי האדמה. 150 סרבני מצפון רשומים שהיו קשורים ל"איגוד ההבטחה לשלום" ו-456 פועלים אירים גויסו לעבודה בג'רזי. כמה מהם בחרו להישאר באי ונלכדו שם לאחר הכיבוש. כמה מסרבני המצפון היו קומוניסטים בהשקפת עולמם וראו בהסכם ריבנטרופ–מולוטוב כהצדקה לעבודה עבור הגרמנים. האירים שהיו אזרחים של אירלנד הנייטרלית, היו חופשיים לעבוד עבור הגרמנים על פי רצונם ורבים מהם אכן עשו זאת. הגרמנים ניסו להפעיל כלפי האירים רגשות אנטי-בריטיים ובעד הצבא האירי הרפובליקני בהפעלת אמצעי תעמולה. ג'ון פרנסיס ריילי שיכנע ב-1942 72 מעמיתיו האירים להתנדב לעבודה במפעלי הברזל ליד בראונשווייג. התנאים שם היו קשים וב-1943 הם שבו לג'רזי. ריילי עצמו נשאר לתמוך בגרמניה והצטרף לאס דה. איי התעלה היו אחד החלקים המבוצרים ביותר בחומה האטלנטית, במיוחד אולדרני שהוא האי הקרוב ביותר לחופי צרפת. ב-20 באוקטובר חתם היטלר על הוראה, בניגוד לעצתו של המפקד העליון ארווין פון ויצלבן, להפוך את איי התעלה ל"מבצר בלתי חדיר". במהלך שנת 1942 הוקדש החלק ה-12 של המשאבים שהופנו לחומה האטלנטית לביצור האיים. לעיתים נאמר שהאיים היו מוגנים בצורה טובה יותר בהשוואה לחופי נורמנדי, לאור המספר הגבוה של המנהרות והבונקרים סביב לאיים. עד 1944 נחצבו 244,000 מטרים מעוקבים של סלעים במסגרת עבודות המנהור בלבד בגרנזי, בג'רזי ובאולדרני. באותו פרק זמן הגיעה כמות הסלעים שנחצבו בעבודות דומות בכל החומה האטלנטית, שהשתרעה מנורווגיה ועד לגבול צרפת-ספרד (לא כולל איי התעלה עצמם), ל-225,000 מטרים מעוקבים.
כדי להעביר אספקה לביצורים נסללו בג'רזי ובגרנזי מסילות ברזל קלות. בג'רזי, הונחה מסילה ברוחב של 1,000 מ"מ על תוואי מסילת הברזל הישנה בין סנט הלייר לבין לה קורבייר, עם שלוחה שהגיעה למחצבת האבנים בסנט ג'ון. מסילה ברוחב 600 מ"מ הונחה לאורך החוף המערבי של האי ומסילה נוספת הונחה בין סנט הלייר לבין גוריי. המסילה הראשונה נפתחה ביולי 1942 וטקס הפתיחה הופרע על ידי תושבים מקומיים שביצעו התנגדות פסיבית. הגרמנים השתלטו על מסילת הברזל של אולדרני והחליפו חלק מהמסילה הסטנדרטית במסילה של 1,000 מ"מ שעליה פעלו שני קטרי דיזל. תשתית הרכבות הגרמנית פורקה לאחר המלחמה.
מחנות עבודת כפייה.
הגרמנים בנו מחנות רבים בג'רזי, בגרנזי וארבעה מחנות באולדרני. ארגון טודט הנאצי הפעיל את כל המחנות ועשה שימוש בעובדי כפייה לבניית בונקרים, עמדות תותחים, מקלטים אוויריים וביצורי בטון.