עם התארכות עיכוב העניינים בפוזנא, והידיעה כי רבי עקיבא איגר מאס בשהותו רבת השנים במרקיש-פרידלנד, ניסתה קהילת קורניק, קהילה קטנה בת כ-1,000 יהודים בעיירה קטנה בת כ-3,000 תושבים, את מזלה ושלחה בי"ח בשבט תקע"ה "כתב רבנות" משלה לרע"א. ייתכן שוועד הקהילה בקורניק שיער כי רע"א מאס ברבנות מרקיש-פרידלנד אך עדיין אינו בשל לרבנות גדולה כזו של פוזנא, והתנאים הכלכליים המוצעים בכתב הרבנות הקורניקאי משופרים יותר מבזה הפוזנאי. למעשה דחה רע"א את הצעת קהילת קורניק מסיבות לא ידועות, ובאביב קיבל את הצעת קהילת פוזנא שעדיין הייתה מוטלת בוויכוח פנימי.
הסכם פשרה וקבלת משרת רבנות פוזנא.
בקיץ תקע"ה (1815), תוך הכנות לבחירות חוזרות לרבנות בפוזנא היהודית, התנהל משא ומתן בין הצדדים הניצים בתוך הקהילה, ולבסוף בישיבה שהתנהלה בהשתתפות כל הצדדים ונוהלה בידי הרב יעקב לורברבוים מליסא, שהגיע לשם כך כבורר מוסכם, הסכימו גם המתנגדים למינויו של רע"א כ"רע במיעוטו", תוך הסכמה הדדית על קיצוץ בסמכויותיו של הרב בהנהגת הקהילה.
כך התעכב מינויו של רבי עקיבא איגר עד חודש אלול תקע"ה. בכתב הרבנות שנשלח לרע"א בחודש זה נכתב:
בשנת תקע"ח (1818) נולד בנו שמואל, שהתגורר לאחר נישואיו במינסק. בשנת תקפ"א (1820 או 1821) נולד בנו רבי שמחה בונם איגר מברסלאו (נפטר בתרכ"ח, 1868), למדן שהתגורר בעשרים שנותיו האחרונות בברזאן, גליציה. מכתב ידו נדפס ספרו של אביו "כתב וחותם". בתקפ"ב (1822) נולדה בתו ביילה, שלאחר מות אחותה הגדולה הדסה, נישאה לאלמנהּ הרב מאיר אריה ליב הכהן רוזנס מברודי. שנתיים לאחר מכן, בתקפ"ד, נולד בנו רבי דוד איגר מברסלאו. בתקפ"ז (1827) נולדה בתו יטה (נפטרה בתרמ"א, 1881), שנישאה לשמעון ברלינר. בנות נוספות שנולדו לו בפוזנא הן: פרידה (פריידכא) (נפטרה ביום ראשון של פסח תרל"ז), אשת רבי שמחה אפרים פישל גרטשטיין (גראדשטיין) מלובלין שהיה גם גיסו של נכד רע"א רבי לייבלה איגר. ורבקה רחל (?–תרמ"ט, 1889), אשת רבי חיים שמואל בירנבוים מדובנא, מחבר הספרים "רחש לבב" ו"מעשה חשב".
גם בפוזנא שימש במקביל לרבנותו כראש ישיבה. רבנותו בפוזנא נמשכה כ-23 שנים עד יום מותו.
סדר יומו.
במשך עשרים ושלוש שנותיו בפוזנא ניהל סדר יום קבוע וקפדני: הוא קם משנתו ב-04:00 בבוקר, למד משנה עד השעה 06:00, ואחריה מסר שיעור בן שעה לקבוצת בעלי-בתים בבית הכנסת עד לתפילת שחרית, לה הוקדשה שעה. בין 08:00 ל-09:00 אכל בביתו עם בני הבית את ארוחת הבוקר, ארוחתו הייתה בקביעות כוס קפה אחת ללא סוכר. לאחר ארוחתו למד תנ"ך עד השעה 10:00, בין 10:00 ל-11:00 מסר את שיעורו היומי בסוגיות התלמוד, והשעה שאחריה הוקדשה לחזרה על הנלמד.
לארוחת צהריים לא הוקדש זמן, ומנת מרק הייתה מוגשת לו תוך כדי עיון בגמרא הפתוחה לפניו. בין השעות 13:00 - 14:00 נח על מיטתו, מצויד בעיפרון, בעודו מעיין בספרים חדשים שהובאו אליו ורושם את הערותיו על שולי הגליונות.
בין השעות 14:00 ל-16:00 ישב על כס השיפוט בבית הדין של הקהילה, ואת ישיבות ועד הקהילה תזמנו לשעות אלו והן נערכו בבית הדין כדי לאפשר את השתתפותו בהן. לאחר תום הדיונים בבית הדין שהסתיימו בדרך כלל לפני 16:00, נהג לשתות כוס יין, נאמן לצו ההלכה שאין לדיין להורות לאחר שתיית יין. ולאחר מכן יצא לסבב ביקורים אצל חברי הקהילה: ביקור חולים וניחום אבלים, משימה שארכה לעיתים זמן רב, בשל הקפדתו לבקר חולים ואבלים מכל שכבות האוכלוסייה. מנהג זה הופסק במשך השנים עם ריבוי המטלות הקהילתיות על כתפי רע"א, הוא מצא פתרון הלכתי לחובת ביקור-החולים, ושכר שליח מיוחד שיבקר בשמו את החולים, וימסור לו דו"ח מפורט על מצבם הרפואי.
בשעה 16:00 התפלל מנחה, הוא קבע את השעה המוקדמת יחסית, כדי לשמור על שעה קבועה גם בימות החורף, בהם שקיעת החמה מוקדמת יותר. את תפילת המנחה נהג להתפלל כשלראשו תפילין. לאחר תפילת מנחה העביר שיעור הלכה בספר "מגן אברהם", עד תפילת ערבית.
השעות 20:00 - 22:00 הוקדשו לקריאת מכתבים שנשלחו אליו מכל הפזורה היהודית באירופה ומחוצה לה, ומענה למכתבים אלו. אחר כך למד עד חצות, אז נהג לשכב לישון.
פעילות ציבורית בפוזנא וסביבתה.
כרבה של פוזנא דאג רבי עקיבא איגר להפעיל את סמכותו הרבנית גם במקרים שאינם הלכתיים, לתועלת הציבור במקרי הצורך. ב-1831 (תקצ"א וראשית תקצ"ב) פרצה מגפת כולרה, רע"א תיקן מספר תקנות שסייעו מאוד למניעת התפשטות המגפה ולבידוד האזורים הנגועים: הוא מינה ועד שיהיה אחראי על ההיגיינה במרחב הציבורי, ועל המודעות לה בקרב התושבים. הוא דאג שהוועד יממן שירותי ניקיון לבתי העניים, והפיץ כרוזים בשם הדת בדבר החובה לשמור על הבריאות על ידי הרתחת מי השתייה ושמירה על ניקיון אישי. כדי להמעיט התכנסויות המוניות, סוכן הפצת מחלות משמעותי, קבע הרב כי ניתן לוותר על תפילות במניין. לקראת הימים הנוראים באותה שנה, קבע כי תיערך הגרלה ובה ייקבע אלו מחברי הקהילה יתפללו בבית הכנסת בתפילות ימי ראש השנה, ואלו בתפילות יום הכיפורים, כך הצטמצמה כמות המתכנסים לכדי שליש. הוא קיצר משמעותית את התפילות עצמן, וקבע הפסקה ארוכה בין תפילה לתפילה. בשיתוף פעולה עם המשטרה המקומית, הוכנסו שוטרים לתוך בתי הכנסת כדי לפקח על הסדר ולמנוע צפיפות בשעות הכניסה והיציאה. הוא חייב את כל הקהל לשתות משקה חם לפני תפילת שחרית למרות המנהג שלא לטעום דבר לפני התפילה, וביטל את ההתכנסות הנהוגה בערב יום כיפור לצורך איסוף תרומות. בכך תרם משמעותית לצמצום מספר הנפגעים בפוזנא בהתפרצות זו של המגפה, וקיבל על כך מכתב הוקרה מפרידריך וילהלם השלישי, מלך פרוסיה.
רבי עקיבא איגר היה פעיל מאוד בזירה הציבורית היהודית בפוזנא ומחוצה לה, והיה מעורב בפרשיות רבות שנגעו לחיי היהודים בפרוסיה ובפולין. כאן נסקרו מספר פרשיות עיקריות אותן ניהל:
פרשת אשרת השהייה לרבה של ליסא.
בחודש אדר שני תקפ"א נאלץ רבה של ליסא, הרב יעקב לורברבוים, מחבר "נתיבות המשפט" ו"חוות דעת", לעזוב את עירו, בשל פרשת גירושיו שניתן היה לסדרה רק בגליציה. הוא תכנן לשהות בגליציה שנה אחת ולשוב לעירו, אך מחשש שמא גורמים מתוך הקהילה שהתנגדו לו ינצלו את המצב כדי להחליפו, נחתם חוזה בינו לבין ראשי הקהילה היהודית, שיסדיר את שובו לרבנות העיר בבוא העת, חוזה זה נחתם בהתערבותו של רבי עקיבא איגר, שלמרות הקור הגדול בתקופה זו נסע לליסא כדי להסדירו, והושלש בידיו. מסיבות טכניות לא הסדיר הרב לורברבוים את יציאתו באמצעות רישיון יציאה רשמי. בהמשך התעוררה בעיה, מתנגדיו של הרב לורברבוים בתוך הקהילה העבירו הצעת החלטה בדבר קיצוץ בסמכויותיו ובשכרו, ובתנאים אלה, הוא החליט כי הוא משוחרר מהתחייבותו לשוב לרבנות ליסא. רע"א ניהל תכתובת ענפה מול שני הצדדים במאמץ להביאם לעמק השווה. המשא ומתן הופסק כאשר במרץ 1823 הוציא ראש המחוז, כנראה בעקבות הלשנה, צו האוסר על שובו של הרב לורברבוים לעיר, בנימוק שהוא אזרח זר. העובדה שמכר את חפציו בטרם נסיעתו לגליציה, שימשה נגדו כראיה לכך שעזב את העיר על מנת שלא לחזור. ההתנגדות בקהילת ליסא לשובו, והערעורים בהנחייתו הצמודה של רע"א מול הרגולטור על שלילת האזרחות נמשכו, וביוני 1825 הוציא בא כוח ממשלת פרוסיה בפוזנא פסק סופי לפיו אין לקבל חזרה את הרב לורברבוים בגבולות המדינה בהיותו אזרח זר. ערעורים מאוחרים בעניין זה נדחו על הסף, רע"א נכנע, והרב מליסא לא חזר שוב למשרתו.
בית החולים היהודי ע"ש לאטץ.
בשנת תקצ"א (1831), התמנה רבי עקיבא איגר כמנהל עזבונו של הגביר היהודי שלמה בנימין לאטץ שהלך לעולמו, על פי בקשתו של הרב מהמנוח שיקדיש מהונו סכום גדול לשם הקמת בית מדרש ובית חולים עבור בני הקהילה היהודית בפוזנן. בכתב המינוי נאמר כי שני שלישים מהונו ישמשו לבניית בית החולים ותפעולו בתקופה הראשונה, ושליש ישמש לבניית בית המדרש. הגביר חשש מפני שחיתות וטרח להבטיח כי לראשי הקהילה לא תהיה זכות התערבות בענייני המוסדות ולא תינתן להם טובת הנאה מהם, והוא ממנה את רבי עקיבא איגר לנאמן הבלעדי של המוסדות, תוך שהוא מציין: "אני סומך על יראתו הגדולה, תורתו וישרותו של הרב, עד שרצונו ייחשב כרצוני אני". בכסף העיזבון רכש רבי עקיבא איגר בית גדול, ובתוספת נדבה של חתן התורם וכספים נוספים שלווה בעצמו, חנך את בית החולים בשם "בית שלמה" על שם הנדיב. אגף החולים בבנין הכיל 13 חדרי אשפוז וטיפול, ואולם אחד הוקדש כבית מדרש לתורה ולתפילה, כן הוקפד לטפח בחזית המבנה גינה נאה.