ב-29 בנובמבר התקיימה פגישה שלישית קצרה במטה משטרת המגן. קרל הייס, ראש משטרת המגן, אמר לאנשיו שהם יצטרכו לדווח למחרת בבוקר על ביצוע ה"יישוב מחדש" של האסירים בגטו ריגה. אף על פי ש-"יישוב מחדש" היה כיבוס מילים בקרב הנאצים לרצח המוני, הייס ושאר אנשי משטרת המגן ידעו את טבעה האמיתי של הפעולה. הוראות סופיות גם הועברו למיליציה ולשוטרים שעתידים לתפקד כשומרים לאורך הדרך הלטבית. למשטרה הלטבית נמסר כי הם יניעו את היהודים לתחנת רומבולה למטרת העברה למחנה היישוב מחדש.
פינוי לגטו הקטן.
ב-27 בנובמבר 1941 אזור של ארבעה בלוקים בגטו ריגה כותר בתיל דוקרני. אזור זה נודע בשם "הגטו הקטן". למחרת הוציאו הנאצים צו המחייב את כל הגברים הכשירים לעבודה לעבור לגטו הקטן ושאר האוכלוסייה הייתה צריכה להתרכז ב-30 בנובמבר באזור אחר לצורך "עבודה קלה" בגטו, עם ציוד של לא יותר מ-20 ק"ג. התגובה בקרב היהודים הייתה זעזוע. בבוקר של יום שבת, 29 בנובמבר, סיימו הנאצים את הפרדת הגברים הכשירים לגטו הקטן. סך הכל נשלחו כ-4,000 גברים כשירים לגטו הקטן, בעוד יהודים גרמנים החלו להגיע ולאכלס את הגטו הגדול.
שיטת יקלן.
פרידריך יקלן פיתח את "שיטת יקלן" במהלך מעשי הרצח הרבים שארגן באוקראינה, שכללו בין השאר את באבי יאר והטבח בקמניץ-פודולסקי. הוא קרא לשיטה "אריזת סרדינים", ומטרתה הייתה למנוע עבודה נוספת הקשורה בצורך לדחוף את הגופות לתוך הקבר. לשיטה זו היו תשעה שלבים:
הטבח ב-30 בנובמבר.
הרג הקבוצה מגרמניה.
המשלוח הראשון של כ-1,000 יהודי גרמניה לגטו ריגה יצא מברלין ב-27 בנובמבר 1941, והגיע לריגה כעבור יומיים. בהגיעם לריגה, טרם הוחלט אם הם יעבדו ויורעבו למוות לאורך זמן או יירצחו מייד, ולכן הנאצים השאירו את הקבוצה ברכבת. הימלר החליט, כנראה ברגע האחרון, שהוא לא רוצה שיהודים אלה יירצחו מייד, אלא לשכן אותם בגטו בדירות שיתפנו לאחר רצח היהודים הלטבים, אך צו זה לא הגיע בזמן לריגה. בצהרי יום ראשון, 30 בנובמבר, הימלר הורה בטלפון לריינהרד היידריך, ראש ה-אס דה שהיה גם הבוס של יקלן, לא לרצוח את היהודים שהגיעו מברלין. אולם באותו זמן הם כבר לא היו בין החיים.
באותו בוקר הנאצים הובילו את היהודים הגרמנים לתחנת רומבולה ומשם הצעידו אותם אל זירת הפשע הסמוכה וירו בכולם. זו הייתה הקבוצה הראשונה שנרצחה באותו יום. למחרת הוציא הימלר הוראות קפדניות ליקלן, כי אין לבצע רצח המוני ביהודים שגורשו מגרמניה ללא הוראה מפורשת שלו.
הפשיטה על הגטו.
ב-30 בנובמבר, בשעה 4:00 לפנות בוקר, חוליות של כ-80 אנשי המשטרה היהודית, אנשי האס דה, משטרת המגן הגרמנית ואנשי קומנדו ארייס פשטו על מגורי האסירים בגטו ריגה והורו להם להתייצב לאספה בעוד חצי שעה. אחד מניצולי הגטו, מקס קאופמן, תיאר את הפשיטה, כשאלפי גרמנים "שיכורים לחלוטין" ולטבים פלשו לגטו, פרצו לדירות וצדו את הדיירים כשהם צועקים בפראות. הוא תיאר כי ילדים נזרקו מחלונות קומה שלישית. פלוגות הפשיטה חתכו פתחים מיוחדים בגדר כדי לאפשר גישה מהירה יותר לכביש המהיר דרומה לעבר היער.
אף על פי שהגברים הכשירים לעבודה כבר לא היו במקום, אסירים רבים גילו התנגדות כשנאלצו לצאת מדירותיהם וניסו לערוק מהעמדות שבהם העמידו אותם. הנאצים רצחו בין 600 ל-1,000 איש בתהליך הפינוי. בסופו של דבר האסירים נעצרו וצעדו החוצה, בהם היו אזרחים ידועים של ריגה. בין האחראים המרכזיים לביצוע הפינוי ומי שנתן את ההוראות לשומרים הלטביים היה הרברטס צוקורס, טייס לטבי מפורסם ומשתף פעולה עם הנאצים שכונה "הקצב מריגה".
היהודים הורשו לשאת עמם כמה מזוודות כבתור אחיזת עיניים, כדי ליצור אצלם את הרושם שהם הולכים ל"יישוב מחדש". פרידה מיכלסון, אחת מהניצולים הבודדים של הטבח בבורות, תארה מאוחר יותר את מה שראתה:
המצעד לבורות ההריגה.
קבוצה ראשונה של אסירים הגיעה לרומבולה ב-30 בנובמבר בסביבות השעה 9.00 בבוקר. האנשים נצטוו להתפשט ולהפקיד את הבגדים וחפצי הערך שלהם במקומות מיועדים ובתיבות איסוף. חפציהם הופקדו לפני שנכנסו ליער. הם צעדו לכיוון בורות ההרג. אם היו יותר מדי אסירים בבת אחת, הם הוחזקו ביער הסמוך עד שהגיע תורם. כשערימות הבגדים הפכו לענקיות, חברי קומנדו ארייס העמיסו אותם על משאיות כדי להעבירם בחזרה לריגה. האסירים הוצעדו במורד הרמפות לתוך הבורות, במקבץ של אחד עשר איש כל פעם, כשהם נאלצים לדרוך על קורבנות שכבר נורו ושרבים מהם היו עדיין בחיים. נכים וקשישים נעזרו בידי אסירים אחרים.
הקורבנות נאלצו לשכב עם הפנים כלפי מטה על גבי אלה שכבר נורו ועדיין התפתלו כשהם עולים ויורדים בתוך הבורות. עם הנשק האוטומטי הרוסי, הצלפים רצחו את האסירים ממרחק של כשני מטרים ביריות בודדות על ראשיהם. רק כדור אחד הוקצה לאדם על פי "שיטת יקלן".
הירי נמשך עד השקיעה ונראה שהסתיים בשעה 17.00. יקלן עצמו תיאר את רומבולה במשפטו בתחילת 1946, "כל היהודים הלכו ברגל מגטו ריגה לאתר הפריקה. בסמוך לבורות, הם היו צריכים להפקיד את חפציהם שנשטפו, מוינו ונשלחו בחזרה לגרמניה. יהודים - גברים, נשים וילדים, עברו דרך חגורת ביטחון של המשטרה בדרכם לבורות, שם נורו על ידי חיילים גרמנים".
אנשי היחידות ירו מסף הבורות הקטנים יותר לעבר הבורות הגדולים יותר, הם ירדו לקברים בין כל המתים והגוססים על מנת לירות בקורבנות נוספים. קפטן אוטו שולץ-דה בויס, מעתודות ההנדסה של הצבא הגרמני שהיה במקרה בסביבה, דיווח לימים את מה שראה:
עד סוף היום הראשון נורו כ-13,000 איש, אך לא כולם מתו. אנשים עירומים ופצועים הסתובבו עד למחרת, ביקשו עזרה, אבל לא קיבלו אותה מאף אחד. לדברי פרופ' אזרגליס:
ארבע צעירות נמלטו תחילה מהכדורים. עירומות ורועדות, הן עמדו לפני קני היורים וצרחו מכאב שהן לטביות ולא יהודיות. היורים האמינו להן והן נלקחו חזרה. בבוקר למחרת יקלן החליט על גורלן. אחת מהן הייתה אכן לטבית שאומצה כילדה על ידי יהודים. אחת מהן קיוותה לתמיכה מבעלה הראשון, סגן בצבא. כשהוא נשאל בטלפון על אזרחותה, הוא ענה שהיא יהודייה ושלא אכפת לו מגורלה, והיא נרצחה. האישה השנייה לא זכתה לרחמים מיקלן, כי היא הייתה אשתו הלטבית של יהודי שעסקה בלימודי יהדות. עם תשובה כזו הוא צווה את מותה כי הייתה "נגועה ביהדות". רק הצעירה השלישית נתנה ליקלן תשובות מתקבלות על הדעת ובכך ניצלו חייה.
הרוצחים.
שומרים גרמנים מהאיינזצגרופן, שמאוחר יותר נשפטו על פשעי מלחמה, טענו שהלטבים עשו את מרבית ההרג. בלטביה, לעומת זאת, נשמעו סיפורים על שוטרים לטביים שסירבו פקודה לירות באנשים. הירי בפועל נעשה על ידי 10 או 12 גברים, שומרי הראש של יקלן, שכללו גם רוצחים מנוסים. יקלן לא סמך על גורמים אחרים לביצוע ההרג. אף על פי שהאס-דה ומשטרת הסדר הלטבית היו מעורבות, יקלן הקצה את הכיתה שלו לפקח על כל היבט של הפעולה. יותר מאוחר, הנהג של יקלן, יוהנס זינגלר, טען בעדותו כי יקלן אילץ אותו להצטרף לרצח על ידי איומים לפגוע בו ובמשפחתו, אולם על פי מעשי טבח דומים שארגן ברוסיה ובאוקראינה, ההשתתפות הייתה לרוב מרצון והיו גם כאלה שחיפשו להתנדב, ומי שסירב לקחת חלק בירי לא סבל מהשלכות שליליות.
יקלן דרש מבכירים נאצים לחזות בטבח רומבולה. הוא עצמו עמד בראש הבורות וכיוון באופן אישי את היורים. נציב הרייך היינריך לוזה גם היה שם, לפחות לזמן מה. רוברטס אוזיס, מפקד המיליציה של משתפי הפעולה הלטבים היה נוכח לזמן ממושך. ויקטור ארייס, שהיה שיכור, עמד קרוב מאוד לבורות ההרג ופיקח על אנשי הקומנדו הלטבים שלו, ששמרו על המקום והזרימו את הקורבנות לתוך הבורות.
סילוק הגופות מהגטו.
כשהנאצים גילו שקבוצה של כ-20 חולים נלקחה לבית החולים בגטו במקום לרומבולה, החולים הוצבו ברחוב על מזרני קש ונורו בראשם. בגטו היו עדיין מאות גופות שנותרו מהפינוי של הבוקר וגם כאלה שהיו שרועים ברחובות ועדיין נשארו בחיים. חוליה של יהודים כשירים נאלצה לאסוף את כולם ולקחת אותם לבית הקברות היהודי באמצעות מזחלות, מריצות ועגלות סוסים. הם נאספו למכתש גדול שפוצצו באדמה, ולתוכו הושלכו הגופות.
בגטו עצמו נשקף הרצח ההמוני, הדם זרם בתעלות הביוב ושלוליות של דם קפוא נראו היטב ברחוב. הגברים בגטו הקטן שנוצר זה עתה נשלחו לתחנות העבודה שלהם ביום ראשון, כפי שהיה ביום הקודם. בדרך, הם ראו את העמודות שנוצרו עד לצעדה לרומבולה, והם שמעו בכי, צעקות וירי, אבל הם לא יכלו לדעת פרטים. האסירים ביקשו מכמה מהחיילים הגרמנים שאותם הכירו ללכת לגטו כדי לראות מה קרה. החיילים סירבו וממרחק, הם יכולים עדיין לראות "הרבה דברים נוראיים". הם דיווחו על כך ליהודים של פלוגות העבודה, שביקשו מהם להשתחרר מוקדם מהעבודה כדי לדאוג למשפחותיהם. כשחזרו לגטו הם מצאו חפצים פזורים ברחובות שהם נאלצו לאסוף אותם ולשאתם לביתן השמירה. הם גם מצאו צרור קטן שהתברר כילד חי, תינוק כבן ארבעה שבועות. שומר לטבי לקח את הילד משם.
הטבח ב-8 בדצמבר.
במשך שבוע ימים הגרמנים הפסיקו את מעשה הטבח והחיים בגטו חזרו לשגרה. הידיעות על הטבח ברומבולה לא הגיעו אל כלל תושבי הגטו, ולכן רוב היהודים הניחו בתחילה כי מגורשי 30 בנובמבר נשלחו למחנה המעבר סלספילס. למרות אמצעי הזהירות שנקטו הגרמנים, לא הצליח יקלין לשמור על פשעיו בסודיות מוחלטת. כבר ב-1 בדצמבר דיווחו הרדיו הסובייטי והבריטי על הטבח ברומבולה.