עונת 1989 הייתה עונה סוערת בשער הסייברס, שויתרו על טום בראסו, אולם לא מצאו לו תחליף, ועמדת השוער עברה חילופים רבים. במקרה שהיה יכול להסתיים בטרגדיה נחתך אחד מהשוערים שעברו בשער הקבוצה, קלינט מלרצ'ק, בצווארו על ידי סכין נעל ההחלקה של שחקן שנפל עליו. החתך היה עמוק וארוך ופגע בעורק הצוואר, ומלרצ'ק איבד דם רב עד כדי סכנת מוות. רופאי הקבוצה העניקו לו טיפול חירום ותפרו את החתך בעודו על הקרח. בסיום העונה שוב הדיחו הברואינס את הסייברס בסיבוב הראשון של הפלייאוף.
עונת 1990 עמדה בסימן מהלך מפתיע ומהפכני של הסייברס. הסייברס בחרו בדראפט של 1988 את אלכסנדר מוגילני, כוכב צסק"א מוסקבה ונבחרת ברית המועצות, כאשר נראה היה שאין להם סיכוי לקבלו לשורותיהם בשל התנגדות השלטונות בברית המועצות. באמצע עונת ה-NHL, תוך כדי טורניר עם נבחרתו, ערק מוגילני לארצות הברית בסיוע אנשי הסייברס והצטרף לקבוצה. שיתוף הפעולה בין מוגילני וטרז'ון התגלה כמוצלח מאוד, וגם בעמדת השוער השיגו הסייברס יציבות בעזרתו של דארן פופה. אולם גם בעונה הזו הסתיים הפלייאוף בהדחה בסיבוב הראשון בידי מונטריאול קנדיאנס - הדחה שחזרה על עצמה עונה לאחר מכן, למרות רכש מוצלח בדמות החלוץ דייל האוורצ'ק, שהגיע ככוכב מוכח מויניפג ג'טס.
עונת 1993 החלה בעסקת ענק שעירבה תשעה שחקנים, כאשר במרכזה ויתרו הסייברס על פייר טרז'ון והביאו לקבוצה את החלוץ פאט לפונטיין. למרות שנעדר כחודש וחצי בשל שבר בליסתו, הוכיח לפונטיין את יכולתו כשכבש 53 שערים ומסר 95 אסיסטים. עוד עונה רגילה טובה הסתיימה בניצחון בפלייאוף על בוסטון ברואינס, ניצחון פלייאוף ראשון של הסייברס מזה 10 עונות. בסיבוב השני הודחו הסייברס בידי מונטריאול קנדיאנס.
1994 - 2001: עידן דומיניק האשק.
עונת 1994 החלה בפציעת ברך קשה של פאט לפונטיין, שהחמיץ את שארית העונה. בהמשך העונה נפצע גם השוער גרנט פיור, ונעדר כחודש וחצי. זו הייתה ההזדמנות של השוער המחליף, הצ'כי דומיניק האשק. האשק גילה יכולת גבוהה ביותר, השתלט על עמדת השוער הראשון וזכה בגביע וזינה כשוער העונה בליגה. גם בפלייאוף גילה האשק יכולת גבוהה בסיבוב הראשון מול ניו ג'רזי דווילס, בעיקר במשחק השישי בו עצר 70 מכות לשערו. למרות זאת, הסדרה הסתיימה בניצחון של הדווילס בשבעה משחקים ובעוד הדחה מוקדמת של הסייברס.
עונת 1995 המקוצרת בשל סכסוך עבודה בליגה הייתה עוד עונה מצוינת עבור האשק שזכה שוב בגביע וזינה, אולם פאט לפונטיין נעדר מחלק גדול מהעונה בשל פציעות. סדרת ההדחות בסיבוב הראשון של הפלייאוף נמשכה גם הפעם, בידי פילדלפיה פליירס. בעונה שלאחר מכן, כאשר לפונטיין נעדר שוב לתקופה ארוכה בשל זעזוע מוח והאשק מגלה יכולת בינונית, החמיצו הסייברס את הפלייאוף. זו הייתה גם העונה האחרונה ב"באפלו ממוריאל אודיטוריום", והסייברס עזבו את ה"אוד" ועברו לאולם חדש שנבנה לידו, "מרין מידלנד ארנה" (כיום קיבנק סנטר).
בעונת 1997, עם אולם ביתי חדש, לוגו חדש ומדים חדשים בצבעי שחור ואדום, ועם בעלים חדשים - ג'ון ריגאס, בעלי חברת התקשורת "אדלפיה" - חזר דומיניק האשק ליכולתו הקודמת ואף התעלה עליה. בתום העונה הרגילה זכה בעוד גביע וזינה והוסיף עליו את גביע הארט - גביע ה-MVP של הליגה. זו הייתה הפעם הראשונה מזה 35 שנה ששוער זוכה בגביע הארט. החלוץ מייקל פקה כבש 20 שערים והראה גם יכולת הגנתית מצוינת שזיכתה אותו בגביע סלקה. בפלייאוף התקשה האשק, וגם ספג השעיה בעקבות קטטה עם עיתונאי בסיום משחק. השוער המחליף סטיב שילדס עזר לסייברס לנצח בסיבוב הראשון של הפלייאוף את אוטווה סנטורס, אך בסיבוב השני נוצחו בידי פילדלפיה פליירס. המאמן טד נולן פוטר בסיום העונה, למרות שזכה בגביע אדמס כמאמן העונה ב-NHL, ובמקומו מונה לינדי ראף, שחקן עבר בקבוצה שהיה הקפטן שלה בסוף שנות ה-80.
עונת 1998 הייתה עונה טובה עוד יותר עבור דומיניק האשק, שכבר זכה לכינוי "דומינייטור". האשק זכה בפעם השנייה ברציפות בגביע הארט ובגביע וזינה, ובנוסף הצטיין בטורניר ההוקי קרח של אולימפיאדת נאגנו שהייתה האולימפיאדה הראשונה שהשתתפו בה שחקני NHL. האשק הוביל את נבחרת צ'כיה למדליית זהב ונבחר ל-MVP גם באולימפיאדה. הפעם שמר האשק על יכולתו גם בפלייאוף, כאשר הסייברס הדיחו את פילדלפיה בסיבוב הראשון ואת מונטריאול קנדיאנס בסיבוב השני ועלו לגמר החטיבה המזרחית. בגמר החטיבתי, בסיום סדרה קשה שבה שלושה משחקים הגיעו להארכה, הודחו הסייברס בידי וושינגטון קפיטלס.
האשק זכה בפעם השלישית ברציפות, ובפעם החמישית בשש עונות, בגביע וזינה בעונת 1999. בהתקפה כיכב הסלובקי מירוסלב שטאן, ולצידו ז'ואי ז'ונו שנרכש מוושינגטון קפיטלס. למרות עונה רגילה בינונית, הסייברס עברו בפלייאוף את אוטווה סנטורס ובוסטון ברואינס, והפעם עברו בהצלחה גם את הגמר החטיבתי מול טורונטו מייפל ליפס ועלו לסדרת גמר גביע סטנלי לראשונה מזה 24 עונות.
היריבה בסדרת הגמר הייתה דאלאס סטארס. הסטארס הגיעו למשחק השישי בסדרה עם יתרון 3:2. המשחק השישי בדאלאס הגיע לשלוש הארכות, כאשר בהארכה השלישית הצליח כוכב הסטארס ברט האל להכניע את האשק ולהבקיע את השער שניצח את הסדרה. למרות שנראה היה בעליל שהשער לא היה חוקי - הילוכים חוזרים הראו בבירור שהאל נכנס לרחבת השער של האשק לפני הדיסקית, דבר שהיה אסור אז - השער אושר והסטארס זכו בגביע.
האשק החמיץ כמחצית מעונת 2000 בשל פציעה. יכולת טובה של השוער המחליף מרטן בירון ושל החלוץ דאג גילמור שהגיע במהלך העונה משיקגו, בתוספת הגעתו של הכוכב הצעיר מקסים אפינוגנוב מדינמו מוסקבה, עזרו לסייברס להגיע לפלייאוף, אולם גם חזרתו של האשק לא מנעה הדחה בסיבוב הראשון.
את עונת 2001 העבירו הסייברס ללא הקפטן מייקל פקה, שלא שיחק באותה עונה כלל עקב סכסוך חוזי עם הקבוצה. האשק המשיך להצטיין וזכה שוב בגביע וזינה - גביע שישי בשמונה עונות. הסייברס עלו לפלייאוף ועברו בסיבוב הראשון את פילדלפיה פליירס. הסדרה בסיבוב השני, מול פיטסבורג פינגווינס של מריו למיה ויארומיר יאגר. הייתה הפכפכה כאשר הפינגווינס ניצחו בשני המשחקים הראשונים בבאפלו, אולם הסייברס ניצחו בפיטסבורג בשני המשחקים הבאים ועלו ל-3:2 בעזרת ניצחון ביתי. הפינגווינס, עם שני ניצחונות בהארכה, הפכו שוב את הסדרה וניצחו בה 4:3.
ההפסד לפינגווינס סימן סוף של עוד עידן בקבוצה. מייקל פקה הועבר לניו יורק איילנדרס, ודומיניק האשק, שהחל את דרכו בקבוצה כשוער מחליף, סיים אותה כשהוא נחשב לאחד השוערים הגדולים בכל הזמנים והועבר לדטרויט רד וינגס.
2002 - ההווה.
עזיבתם של האשק ופקה הותירה חלל גדול בקבוצה. המשבר עוד העמיק בפגרה שלפני עונת 2003 כאשר הבעלים, ג'ון ריגאס, הועמד לדין בשל מעילה בכספי החברה שלו, "אדלפיה תקשורת", ונידון ל-15 שנות מאסר. התמוטטותה של "אדלפיה" דנה את הסייברס לפשיטת רגל.
במשך עונה שלמה נוהלה הקבוצה ישירות על ידי ה-NHL, שחיפשה עבורה קונה. לקראת סוף עונת 2003 רכש את הקבוצה טום גליזאנו, שסיים זה עתה מסע בחירות, שהסתיים בכישלון, למשרת מושל מדינת ניו יורק.
בשלוש העונות שבין עזיבתם של האשק ופקה ובין העונה המבוטלת של 2005 החמיצו הסייברס את הפלייאוף.
לעונת 2006, אחרי העונה המבוטלת, חזרו הסייברס בכוחות מחודשים. ראיין מילר ביסס עצמו כשוער הראשון של הקבוצה. כריס דרורי שנרכש ב-2004 מקלגרי פליימס וטים קונולי שהתמחה בשערים במצבי יתרון מספרי (Power Play), יחד עם אפינוגנוב ששמר על כושרו בזמן העונה המבוטלת במועדון נעוריו דינמו מוסקבה, הניבו תפוקה התקפית נאה. בהגנה כיכב הפיני טפו נומינן. בעונה הרגילה קבעו הסייברס מספר שיאי מועדון כאשר סיימו אותה עם 52 ניצחונות, מתוכם 25 ניצחונות חוץ. המאמן לינדי ראף נבחר למאמן העונה ב-NHL וזכה בגביע ג'ק אדמס. בפלייאוף התגברה הקבוצה על מכת פציעות שהשביתה בין היתר את נומינן וקונולי וניצחה הסייברס את פילדלפיה פליירס תוך הפגנת יכולת התקפית - בשניים מהניצחונות כבשו הסייברס שבעה שערים, והדיחו בסיבוב השני את אוטווה סנטורס. בגמר החטיבה המזרחית נוצחו הסייברס על ידי קרוליינה הוריקנס, לאחר ששמטו יתרון בשליש המסיים של המשחק השביעי והמכריע.
העונה הרגילה של 2007, עם מדים חדשים בצבעי כחול-זהוב-כסוף ועם לוגו חדש שלא התקבל על ידי הקהל וזכה לכינוי הלעגני "השבלול", הייתה טובה עוד יותר, כאשר הסייברס פתחו אותה ברצף של 10 ניצחונות וסיימו אותה עם 53 ניצחונות ובכך שברו את שיא המועדון שהשיגו בעונה הקודמת, וסיימו אותה עם 113 נקודות - שיא מועדון נוסף - ובכך סיימו לראשונה אי פעם עם המאזן הטוב בליגה וזכו בגביע הנשיאים. החלוץ דני ברייר זכה בתואר ה-MVP של משחק האול-סטאר כאשר המאמן לינדי ראף אימן בו את נבחרת החטיבה המזרחית. אולם לאחר ניצחונות פלייאוף על ניו יורק איילנדרס וניו יורק ריינג'רס, נעצרו שוב הסייברס בגמר החטיבתי - הפעם על ידי אוטווה סנטורס.