במהלך רוב מסע הבחירות נאלץ גולדווטר להתגונן, ולהשתמש בתשדירים כדי להגיב להאשמותיו של ג'ונסון ולהבהיר הצהרות שנתן. גולדווטר ניסה לתקוף בעזרת תשדירים גם כן, ושידר תשדיר ובו נראה המזכיר הכללי של המפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות, ניקיטה חרושצ'וב, צועק "אנחנו נקבור אתכם" על רקע של ילדים נשבעים אמונים לדגל. הצלחת התשדיר התעמעמה לאחר שחרושצ'וב פוטר מתפקידו באוקטובר. בתגובה להתקפותיו של גולדווטר, החל ג'ונסון לשנות את סיסמתו של גולדווטר: "In your heart, you know he's right" (בלבכם, אתם יודעים שהוא צודק), לסיסמאות כגון In your guts, you know he's nuts" (בתוככם, אתם יודעים שהוא מטורף), "In your heart, you know he might" (בליבכם, אתם יודעים שהוא יכול [ללחוץ על הכפתור הגרעיני]), וגם "In your heart, he's too far right" (בלבכם, הוא יותר מדי ימני). בנוסף שודר התשדיר "וידויים של רפובליקני", בו שחקן רפובליקני הביע את דאגתו לגבי גולדווטר.
התנגדותו של גולדווטר לממשלו של דווייט אייזנהאואר, בטענה שממשלו היה "חיקוי זול לניו דיל", הובילה לקרירות מצד הנשיא לשעבר. אייזנהאואר בכל זאת השתתף בתשדיר עם גולדווטר. הוא טען שהצביע למפלגה הרפובליקנית ולא לגולדווטר באופן ספציפי. ממשל ג'ונסון תקף התבטאות של גולדווטר מדצמבר 1961, שטענה שיש לנסר את החוף המזרחי של המדינה ולתת לו לצוף בים, כהתנגדות לליברליות של האזור.
בספטמבר, חשף סקר של מטה גולדווטר שג'ונסון מוביל בקלות. פרט למצב הכלכלי הטוב, השלים ג'ונסון את כהונתו הבלתי-גמורה של ג'ון קנדי, וביקש מהעם האמריקאי מנדט להגשים את חלומותיו של הנשיא הנרצח.
ב-27 באוקטובר, הכריז השחקן רונלד רייגן, שעדיין לא נכנס לפוליטיקה, על תמיכתו בגולדווטר בנאומו "זמן לבחור". בנאומו, הדגיש רייגן את התפשטות הקומוניזם, המיסים והחוב הלאומי, ותמך בממשלה קטנה, מדיניות תקיפה כנגד ברית המועצות וקפיטליזם בסגנון לסה פר. הנאום נחשב ל"כניסתו הבלתי רשמית" של רייגן לפוליטיקה, והוא נבחר לתפקיד מושל קליפורניה כעבור שנתיים.
במהלך אוקטובר, הדגישה התקשורת את ההובלה של ג'ונסון ואת סיכויו הקטנים של גולדווטר. הדבר הוביל לכך שמצביעים עצמאיים רבים שלא תמכו באף מועמד לא הצביעו בתחושה שמערכת הבחירות הוכרעה.
תוצאות.
ביום הבחירות, הפסיד גולדווטר לג'ונסון בהפרש הגדול ביותר בהיסטוריה עד אז. הוא זכה ב-52 אלקטורים בלבד לעומת 486 לג'ונסון ו-39% מהקולות (27,178,188) לעומת 61% לג'ונסון (43,129,566). הוא ניצח בשש מדינות: לואיזיאנה, אלבמה, מיסיסיפי, ג'ורג'יה, קרוליינה הדרומית וביתו, אריזונה. הוא הצליח בדרום בעיקר בגלל תמיכתו בהשקפת הדרום בנושאי זכויות אזרח: שעל המדינות לשלוט בחוקיהן ללא התערבות ממשלתית.
גולדווטר השיג רק 40% מקולות הגברים ו-38% מקולות הנשים. הוא הצליח בעיקר בדרום, שם השיג 48% מהקולות, אולם במזרח, במערב התיכון ובמערב השיג 32%, 39% ו-40% מהקולות, בהתאמה. ג'ונסון זכה לתמיכת רוב הקתולים (76%), וגם לרוב קטן בקרב הפרוטסטנטים (55%). גולדווטר גם הפסיד לג'ונסון בקרב העצמאיים והשיג רק 44%. ג'ונסון זכה לרוב הקולות הלבנים (59%) ולרוב מוחץ בשאר המגזרים (94%). גולדווטר הפסיד לג'ונסון בקרב בוגרי המכללות, יוצאי התיכונים ויוצאי בתי ספר יסודיים (48%, 38% ו-34% בהתאמה).
הפסדו המוחץ של גולדווטר בבחירות פגע גם במפלגה הרפובליקנית, שאיבדה מושבים רבים בשני בתי הקונגרס.
הוא היה הרפובליקני הראשון שניצח בג'ורג'יה, למרות הפסדו הגדול יחסית מבחינת המפלגה: גם במדינת אריזונה ניצח בהפרש זעום של 20,000 קולות.
גולדווטר, בכנות האופיינית לו, טען שגם אם אברהם לינקולן היה חוזר מהמתים המפלגה הייתה מפסידה. הוא טען שרצח קנדי הביא לתקופת אבלות במדינה, שלא הייתה מוכנה להחליף נשיא.
מבין חמישים ושבעה חברי הקונגרס שתמכו בגולדווטר בבחירות, הובסו עשרים בניסיונם להיבחר מחדש, וגם רבים שהיו צעירים. תבוסת המבוגרים הובילה לחלון הזדמנויות לצעירים להתקדם. אמנם הרפובליקנים המתונים השתלטו שוב על המפלגה, אולם גולדווטר הצליח למשוך לבנים שמרנים הרחק מקואליציית הניו דיל.
גולדווטר היה המועמד הרפובליקני המוצלח ביותר בדרום מאז תקופת השיקום. במיסיסיפי - מדינה בה פרנקלין דלאנו רוזוולט זכה בכמעט 100% מהקולות ב-1936 - השיג גולדווטר 87% מהקולות. הצלחתו של גולדווטר באזורים דרומיים שבעבר היו מעוזים דמוקרטיים סימנה את תחילת המעבר של הדרום למפלגה הרפובליקנית. תמיכתו העיקשת בחירות אישית סימנה את תחילתו של מעבר בפוליטיקה האמריקנית, ממדיניות כלכלית ליברלית לשמרנית.
לאחר תבוסתו של גולדווטר, הפך רייגן למנהיג האגף השמרני במפלגה, ואימץ את רוב תפיסותיו של גולדווטר. רבים טענו שגולדווטר ניצח ב-1964, אולם שלקח שש עשרה שנה לספור את הקולות.
חזרה לסנאט.
גולדווטר נותר אהוד באריזונה, ובבחירות לסנאט ב-1968, נבחר בפעם השנייה. הוא נבחר שוב ב-1974 וב-1980, כשב-1974 הוא זוכה לרוב מוחץ, וב-1980 המירוץ צמוד יותר. התוצאה הצמודה הייתה גורם בהחלטתו לא לרוץ עוד פעם.
פרישה.
גולדווטר שקל פרישה לפני הבחירות לסנאט ב-1980, אולם החליט לנסות להיבחר שוב. פגי גולדווטר קיוותה שהכהונה שלו תסתיים בינואר 1981. הוא החליט לרוץ פעם אחת אחרונה, ובאופן מפתיע נאלץ להילחם על היבחרו. הוא נחשב לסנאטור מבוגר מדי, ורצונו בפרישה הוביל לכך שלא ביקר ביותר מדי מקומות במהלך הבחירות.
אוכלוסיית אריזונה השתנתה. רוב האוכלוסייה החדשה שהיגרה למדינה לא גרה שם כשגולדווטר נבחר, ולא הכירה אותו. בתחילה נראה היה שהפסיד, אולם רק מוקדם בבוקר התברר שניצח. ניצחונו הצמוד קרה למרות ניצחונו המוחץ של רונלד רייגן, שהשיג 61% מהקולות מול ג'ימי קרטר באריזונה. הרפובליקנים השתלטו על הסנאט, וגולדווטר צבר עוצמה.
גולדווטר פרש ב-1987, לאחר ששירת כיושב ראש ועדת הסנאט למודיעין וכוחות מזוינים. אף על פי שהיה מוכר כפוליטיקאי ניצי, לקראת סוף הקריירה שלו נחשב לקול מתון ושקול, והיה אחד מהסנאטורים המכובדים ביותר. הוא נותר אנטי קומוניסט מובהק, אולם תמך באשרור ההסכם שהעניק את השליטה בתעלת פנמה לרפובליקת פנמה. החקיקה החשובה ביותר שלו הייתה חוק גולדווטר-ניקולס, שארגן מחדש את מבנה הפיקוד של הכוחות המזוינים של ארצות הברית.
מדיניות.
גולדווטר מוכר בציבור בעיקר בשל התנגדותו לאיגודי עובדים ולקומוניזם. הוא היה תומך פעיל של הקואליציה השמרנית בקונגרס. הוא העביר חוקים נגד שחיתויות באיגודי העובדים ב-1957, וב-1958 זכה להתנגדות איגודי העובדים בניסיונו להיבחר שוב לסנאט. הוא התנגד לגינויו של הסנאטור ג'וזף מקארתי ב-1954, אולם לא האשים אף אדם בהיותו סוכן קומוניסטי. גולדווטר הדגיש את התנגדותו לקומוניזם העולמי בספרו מ-1960, "מצפונו של שמר". ספרו הפך לטקסט חשוב בקרב הוגי דעות שמרנים.
ב-1964 הדגיש גולדווטר את זכויות המדינות. הוא משך שמרנים שהתנגדו למעורבות הממשלה בכל ענייני המדינות. אף על פי שתמך בעבר בחקיקה למען זכויות האזרח ותמך בגרסה המקורית של החוק, הוא התנגד לחוק זכויות האזרח. הוא טען שהחוק פגע בזכותם של אנשים פרטיים לעשות עסקים עם מי שרצו והאמין שיש לתת לאנשים עצמם לבחור. הוא תמך במאבק לזכויות האזרח בפיניקס, אולם לא פרסם את שמו ברבים.
כל זה משך דמוקרטים לבנים ודרומיים, וגולדווטר היה הרפובליקני הראשון שזכה בכל מדינות הדרום הדמוקרטיות מאז תקופת השיקום (זאת אף על פי שאייזנהאואר זכה בלואיזיאנה ב-1956). התנגדותו לחוק זכויות האזרח פגעה בו בכל מקום אחר פרט לאריזונה.
גולדווטר הוצג בידי יריביו כנציג השמרנות, כקיצוני וזר למפלגה, אולם רוב הזמן תמך במפלגתו. בניגוד לקודמיו, היה אדם נחוש וערכי, ועמד על דעתו בקנאות.
גולדווטר לחם ב-1971 כדי להפסיק את המימון האמריקני לארגון האומות המאוחדות לאחר צירוף הרפובליקה העממית של סין לארגון. הוא טען שעדיף שהאו"ם יעביר את משרדיו לבייג'ינג או למוסקבה.
יחסים פוליטיים.
גולדווטר נעצב רבות לאחר רצח קנדי, והתאכזב מכך שיריבו בבחירות ב-1964 לא היה קנדי אלא סגנו, מנהיג הרוב בסנאט לשעבר, לינדון ג'ונסון. גולדווטר לא חיבב את ג'ונסון (הוא טען שהוא "השתמש בכל טריק מלוכלך"), ואת ריצ'רד ניקסון (וטען שהיה "האדם הכי לא כנה שפגשתי בכל ימי חיי"). לאחר הפיכתו לסנאטור, דחק בניקסון להתפטר במהלך פרשת ווטרגייט, בטענה שפחות מעשרה סנאטורים יתנגדו להרשעתו של ניקסון אם זה יודח בידי בית הנבחרים. שמו של גולדווטר הפך למזוהה עם חברים משפיעים מהקונגרס שהתנגדו לנשיא ממפלגתם.
תחיית השמרנות האמריקנית.
אף על פי שגולדווטר לא היה חשוב בתנועה השמרנית כמו רונלד רייגן לאחר 1965, הוא היה מנהיג התנועה מסוף שנות החמישים עד 1964. הסנאטור ג'ון מקיין, שירש את מקומו של גולדווטר בסנאט, טען שגולדווטר הפך את המפלגה הרפובליקנית מארגון אליטיסטי מהמזרח למפלגתו של רייגן.
המפלגה הרפובליקנית התאוששה מתבוסתה ב-1964, והשיגה ארבעים ושבעה מושבים בבית הנבחרים ב-1966. לאחר מכן חזר גולדווטר לסנאט ב-1969. בינואר כתב שהוא לא התנגד לליברלים, שהאומה הייתה זקוקה להם כמתנגדים לשמרנות.
גולדווטר תמך באיכות הסביבה. ב-1969 טען שממשל ניקסון צודק ברדיפת ארגונים ורשויות שמזהמים את האוויר ואת המים. הוא טען שאף על פי שהוא תומך בחברה תחרותית וחופשית, הוא תומך אף גדול יותר בזכותם של בני האדם לחיות בסביבה נקייה וחופשיה מזיהום. הוא טען שיש לחסל את מקורות הזיהום, גם במחיר פעולה ממשלתית כנגד מגזרים חשובים בכלכלה.