כנשיא קולומביה הגדולה שכבר לא הייתה קיימת כיישות מדינית.
שלטון הקאודיז'וס והמלחמה הפדרלית.
חוסה אנטוניו פאאס (José Antonio Páez) שהוביל להיפרדות ונצואלה מקולומביה נבחר לנשיא בשנים 1830–1835.
הוא יסד את המפלגה השמרנית (Partido Conservador) שהורכבה מגנרלים לשעבר.
תקופת שלטונו מאופיינת בשקט יחסי לאחר תום מלחמת העצמאות, ובשגשוג כלכלי בעקבות מדיניות שתמכה בחופש כלכלי. הקפה הופך לאחד מענפי היצוא העיקריים של ונצואלה.
החליף אותו חוסה מריה וארגאס (José María Vargas) שהיה הנשיא הראשון שלא צמח בשורות הצבא, ושמשל בשנים 1835–1836.
קציני צבא שלא היו מרוצים ממנו וששאפו לכונן מחדש את קולומביה הגדולה הדיחו או מתפקידו. הם מינו במקומו את קודמו - פאאס, אך הוא מחזיר לתפקיד את וארגאס ובמקבל מעניק חנינה לקושרים (שרבים מהם מעדיפים לגלות מוונצואלה).
לאחר נשיאותו של קרלוס סובלטה (Carlos Soublette) בשנים 1837–1839
, חזר פאאס לכס הנשיאות ב-1839
. הוא נקלע לעימות עם המנהיג הליברלי אנטוניו לאוקדיו גוסמן (Antonio Leocadio Guzmán)
על רקע המשבר הכלכלי שאליו ונצואלה נקלעה.
הוא התעמת על הבריטים על הבעלות על גיאנה אסקיבה
,מחלוקת שיושבה באופן חלקי במהלך המאה ה-20 באמצעים דיפלומטיים.
החליף אותו בשלטון קודמו בתפקיד- קרלוס סובלטה
ואחריו עלה לשלטון חוסה טדאו מונאגאס (José Tadeo Monagas)
שמוביל לתהליך של נפוטיזם בו הוא ואחיו חוסה גרגוריו מונאגאס (José Gregorio Monagas) שולטים לסירוגין
. חוסה מונאגאס שנבחר בתמיכת פאאס שראה בו אדם חלש שניתן לתמרן ולשלוט דרכו, הפך ליריבו של פאאס ושל מפלגתו השמרנית, נקלע לעימות עם הקונגרס שהאשים אותו בחריגה מסמכויותיו, והדבר התדרדר לאלימות ולחיסול מספר חברי קונגרס ובריחה של אחרים; הקונגרס שותק וכך הפך מונאגאס למעשה לשליט יחיד.
במרץ 1858 הודח חוסה טדאו מונאגאס, בהפיכה הראשונה בתולדות ונצואלה, בידי הקאודיז'ו חוליין קאסטרו (Julián Castro), בעקבות הקרע והדיכוי הפוליטיים, והמצב הכלכלי.
במהלך שלטונו של קאסטרו
ולנסיה שבה להיות בירתה של ונצואלה.
קאסטרו מגלה את ראשי המפלגה הליברלית (הפדרליים), כולל האחים מונאגאס, לאיים האנטיליים.
צעדיו הובילו לפרוץ המלחמה הפדרלית (Guerra Federal) בה הוא הודח מתפקידו.
המלחמה הפדרלית (1859 - 1863).
המלחמה הפדרלית הייתה מלחמת האזרחים הארוכה מבין שורה של מלחמות אזרחים בוונצואלה לאורך המאה ה-19,
כשמצד אחד עמדו השמרנים שבשלטון שתמכו בשמירת הסדר הקולוניאלי, העבדות, ההירארכיה בה בעלי האחוזות מנהלים את המשק וכו'; ומולם הליברלים (או הפדרליים) שתמכו ברפורמות חברתיות ובאוטונומיה רחבה לפרובינציות.
ב-20 בפברואר 1859 הפדרליים השתלטו על מחנה צבאי בקורו, ובהמשך הפליגו אליו המנהיגים שהוגלו לאנטיליים בידי קאסטרו, בראשות אסקיאל סאמורה (Ezequiel Zamora).
העימות הראשון פרץ ב-10 בדצמבר 1859 כשבקרב סנטה אינס (Santa Inés) גברו הפדרליים בראשות סאמורה על השמרנים. הם השתלטו על מרחבי הז'אנוס (llanos) בדרום מזרח המדינה, ושמו פעמיהם למרכזה.
בינואר 1860 הם הטילו מצור על סן קארלוס, לימים בירת מדינת קוחדס. לאחר שבוע סן קארלוס נפלה בידיהם, אבל סאמורה נרצח, והחליף אותו חואן כריסוסטומו פאלקון (Juan Crisóstomo Falcón),
פאלקון שם פעמיו לכיוון הבירה הזמנית ולנסיה מתוך כוונה לכבוש גם אותה, אך משהבין שהכוחות הממשלתיים השמרניים חזקים ממנו, הוא פנה לכיוון אפורה.
בפברואר 1860 נערך קרב קופלה (Coplé) בשטחה של מדינת גואריקו, בו ניצחו השמרנים בפיקודו של לאון דה פברס קורדרו (León de Febres Cordero). פברס נמנע מלרדוף אחר הפדרליים ולהביא לסיומה של מלחמת האזרחים, אולי בגלל מחסור בסוסים, והפדרליים עברו למלחמת גרילה ופאלקון עצמו נמלט לקולומביה ואחר כך לאיים הקריביים החיפוש אחר תמיכה חיצונית.
ביולי 1861 פאלקון חזר לוונצואלה במטרה לחזק את ההתנגדות הפדרלית, אך משלא הושגה הכרעה, ולאור נזקי המלחמה - כ-150,000 הרוגים וחורבן בערים הגדולות - הצדדים עברו למשא ומתן שהוביל להסכם קוצ'ה (Coche) באפריל 1863.
תוצאות המלחמה:
בבחירות שנערכו לאחר תום המלחמה ניצח פאלקון, מנהיג הליברלים, והפך לנשיא
הוא מבטל את עונש המוות (ונצואלה היא המדינה הראשונה לעשות זאת) וב-1864 נכנסת לתוקפה החוקה החדשה:
נשיאותו של גוסמן.
הנשיא פאלקון נקלע לעימות כפול- עם תומכיו מהמפלגה הליברלית ועם מתנגדיו מהמפלגה השמרנית, הם החליטו להדיחו, וכך פרצה המהפכה הכחולה (Revolución Azul)
כח אחד השתלט על מרכז המדינה, ואחר על מזרחה. הכח שהשתלט על המרכז כיתר את קרקאס באמצע 1868, ומפקדו הגיע להסכם המכיר בשלטון הנוכחי וממנה אותו כמפקד הצבא. מפקד הכח המזרחי ראה זאת כבגידה בו, והוא עצמו כבש את קרקאס והעלה לשלטון את נאמניו; וכך חוסה רופרטו מונאגאס (José Ruperto Monagas), בנו של הנשיא לשעבר חוסה טדאו מונאגאס, נבחר לנשיא זמני
אנטוניו גוסמאן בלאנקו (Antonio Guzmán Blanco)
שנלחם בשורות הליברלים במלחמה הפדרלית ושהייה ממקורביו של פאלקון שהודח בהפיכה הכחולה. החל לפעול להדחתם מהשלטון של הכחולים, הוא נאלץ להימלט מוונצואלה, אבל שב עם כוחות שגייס, נחת במערב ונצואלה בפברואר 1870, ובסיוע קאודיז'וס מקומיים מוותיקי המלחמה הפדרלית השתלט על קרקאס והדיח את מונאגאס במה שמכונה "הפיכת אפריל" (Revolución de Abril).
גוסמאן הפך לנשיא לתקופה ארוכה יחסית ושלט לסירוגים במשך 18 שנים
והפך לסמל לשלטון יחיד בהיסטוריה של ונצואלה.
כך החלה תקופת שלטונם של הליברלים הצהובים
שנמשכה עד 1899.
גוסמן שבעברו חי באירופה, ערך שינויים משמעותיים בוונצואלה כדי להופכה למדינה מודרנית, וביניהם:
ב-1877 הוא העביר את השלטון לפרנסיסקו לינארס אלקנטארה (Francisco Linares Alcántara) ונסע לאירופה. אלקנטארה לא המשיך במדיניות הפרוגרסיבית של גוסמאן והדבר הוביל להדחתו בסוף 1878 וחזרתו של גוסמן לשלטון בתחילת 1879.
גוסמן המשיך באותה מדיניות כמו בקדנציה הראשונה שלו, וב-1884 השלטון עבר לחואקין קרספו (Joaquín Crespo)
במהלך נשיאותו של קרספו הוא התעמת עם האופוזיציה והחליט לסגור את האוניברסיטה של קרקאס; וכתוצאה מכך הקונגרס החליף אותו שוב בגוסמאן ב-1886.
ב-1887 גוסמן פרש והעביר את הנשיאות באופן זמני להרמוחנס לופס (Hermógenes López)
החליף אותו חואן פאבלו רוחאס פאול (Juan Pablo Rojas Paúl)
שהתרחק מהמגמה הריכוזית של גוסמאן מחד גיסא, אך התמודד עם הפרות סדר של מתנגדי גוסמאן מאידך גיסא. הוא הקים את האקדמיה הלאומית להיסטוריה בקרקאס שפועלת עד היום לחקר ותיעוד ההיסטוריה של ונצואלה.
ב-1890 נבחר ריימונדו אנדואסה פלאסיו
(Raimundo Andueza Palacio) לכהונה של שנתיים, וניסיונו להאריכה ב-1892 הוביל להפיכה בראשות הנשיא לשעבר חואקין קרספו, שחזר לשלטון למשך 6 השנים הבאות.
קרספו שינה את החוקה כך שהנשיא יבחר בבחירות ישירות לכהונה של 4 שנים.
התנהלותו הכלכלית הובילה לגידול בחוב החיצוני של ונצואלה,
והוא היה פופולרי בקרב הצבא.
ב-1897 איגנסיו אנדראדה
(Ignacio Andrade) ניצח בבחירות, אולם יריבו חוסה מנואל הרננדס (José Manuel Hernández) טען שהיו זיופים, לא כיבד את התוצאות, והתמרד בוולנסיה. בקרב שנערך ב-16 באפריל 1898 הרננדס המורד הובס, אך קרספו נהרג במארב.
בסוף המאה ה-19, ונצואלה הייתה מצויה במיתון כלכלי, אך בשיגשוג טכנולוגי ותרבותי, ובתהליך של עיור.
ראשית ההגמוניה של אזור האנדים.
ב-1899 פרצה הפיכה שמטרתה להדיח את אנדראדה ולהחזיר את הסדר הישן (Revolución Liberal Restauradora) הפרת החוקה מ-1893. 60 גולים חצו את הגבול מקולומביה לטאצ'ירה (Táchira) שבאנדים הוונצואליים, ובראשם סיפריאנו קאסטרו (Cipriano Castro) וחואן ויסנטה גומס (Juan Vicente Gómez) - לימים נשיאי ונצואלה; שהדיחו את אנדראדה ושלטו בוונצואלה עד אמצע שנות ה-1930.
שניהם היו טיפוסים שונים לחלוטין- קאסטרו מוחצן ואימפולסיבי, וגומס מופנם ושקול; דבר שגם השפיע על תקופות שלטונם: קאסטרו שלט במשך תקופה קצרה יחסית וסוערת, ואילו גומס במשך תקופה ארוכה ויציבה.
במהלך תקופה זו הפכה ונצואלה ממדינה המתבססת על יצוא חקלאי (בעיקר קקאו) ליצואנית נפט, דבר שהפך אותה למדינה עשירה במחצית השנייה של המאה ה-20, אבל התלות בו הייתה בין הגורמים לקריסת כלכלתה בתחילת המאה ה-21.
קאסטרו וגומס הגיעו מאזור האנדים הוונצואלים שבמערב (מדינת טאצ'ירה) והנהיגו שלטון יחיד,
בעוד שקונטרראס ומדינה שהגיעו גם הם משם וששלטו אחריהם עד 1945, השיבו את הדמוקרטיה;
אולם ארבעתם ביחד מייצגים הגמוניה אנדינית שהתפרסה לאורך המחצית הראשונה של המאה ה-20
סיפריאנו קאסטרו.
קאסטרו התמנה לנשיא
חרף סיסמתו "אנשים חדשים, ערכים חדשים, תהליכים חדשים" (Nuevos hombres, nuevos ideales, nuevos procedimientos) הוא כלל בממשלתו חברים מממשלתו של אנדראדה, לאחר שנבחר על ידי האספה התחוקתית הלאומית. לסגן נשיא התמנה גומס.
כקודמיו, קאסטרו נאלץ להתמודד עם מרידות פנימיות, כשהבולטת ביניהם הייתה ההפיכה המשחררת (Revolución Libertadora, 1901-1903) של מספר קאודיז'וס מקומיים שנתמכו על ידי בנקים מקרקאס, שנכשלה לאחר סדרת קרבות. קאסטרו יצר בריתות עם חלק מהקאודיז'וס והפלה אחרים - דבר שגרם להם להתמרד נגדו; והעובדה שאילץ את הבנקים להלוות לו כספים גרמה להם לתמוך בהדחתו.
מי שעמד לימינו ושבזכותו הוא התגבר על המרד, היה סגנו גומס שעמד בראש הצבא.
במהלך נשיאותו הוא נקט בקו תקיף מול בריטניה, גרמניה ואיטליה שהטילו מצור ימי על ונצואלה במהלך מלחמת האזרחים הנ"ל