בשנת 1844 נפתח בירושלים בית החולים של המיסיון האנגלי. החשש מהעברת יהודים על דתם הביא את הברון ג'יימס מאיר רוטשילד לפתוח בשנת 1854 בחסות ממשלת אוסטריה בית חולים יהודי בעיר העתיקה בירושלים, בית החולים מאיר רוטשילד.
הקמת ביקור חולים.
עדת הפרושים (יהודי מזרח אירופה ה'מתנגדים') בחרה להקים בית חולים משלה. חברת ביקור חולים נוהלה על ידי עדת הפרושים על מנת להביא עזרה לחולים בבתיהם. על פי הנחיות ראשי העדה רכשה החברה מגרש ועליו שני בתים ומרתף. כך נוסד בית החולים ביקור חולים בשנת 1867 ובו 13 מיטות לאשפוז וזאת בחסות הקונסוליה הגרמנית שבעיר. בית החולים שכן על גבול הרובע היהודי ברחוב אררט שברובע הארמני, בסמוך לבית החולים של המיסיון.
מתחילה היה ניהול בית החולים בעייתי ומריבות על בסיס עדתי נוספו למחלוקות בין הפרושים לחסידים בין יוצאי רוסיה ליוצאי גרמניה והאשמות על שחיתות הועלו כנגד מנהלי המוסד. כך, תשע שנים לאחר פתיחתו נסגר "ביקור חולים", וכאשר נפתח מחדש ניהלו אותו לסירוגין רופאים לא-יהודים.
בספרו "ימים בגליל" שיצא בלונדון בשנת 1900 מספר הנוסע A.A BODDY על בית החולים ביקור חולים:
תקופת המעבר.
עם כניסת המאה ה-20 החל הלחץ של הדורשים טיפול רפואי להעיק על המוסדות הקטנים בעיר העתיקה. הועלה הרעיון להעביר את בתי החולים אל מחוץ לחומות. מאחר שבתי החולים היו נדבך מרכזי בחיים הציבוריים ומקור תעסוקה מרכזי התנגדו פרנסי היישוב בעיר העתיקה להעתקת הפעילות ככל שיכלו.
כתב רבי יוסף חיים זוננפלד על העברת בית החולים:
ומוסיף יהושע ילין בזיכרונותיו:
תכנון.
במהלך 1908 נרכשה קרקע מחוץ לעיר עבור בית החולים ובתעודות מארכיון הקונסוליה הגרמנית שנכתבו בשנת 1908 מצוין כי הוחלט "להקים בניין חדש בסביבה בריאה והיגיינית" ובתעודה נוספת מצוין כי נרכש מגרש בן 2,530 מטר רבוע מהם דרושים 1,160 לבניין בית החולים ורק 1,370 מטר רבוע נותרים לגינה. בספרו ספר היישוב מציין פנחס גרייבסקי כי מגרש בית החולים נרכש על ידי יואל משה סלומון שהיה חבר בהנהלת ביקור חולים מאת הבנקאי חיים אהרון ולירו "במחיר 15 פרוטה האמה".
אף על פי שאבן הפינה הונחה בשנת 1912 הסתיימה בניית בית החולים רק לאחר מלחמת העולם הראשונה. בעיתון לפי שעה שהופיע בירושלים בתרע"ו (1915) מסופר על תקופת המלחמה:
עם תום מלחמת העולם הראשונה עדיין שכן בית החולים בקור חולים בעיר העתיקה בירושלים. בשנת תרפ"ד 1924, לאחר עיכובים ודחיות, נפתח בית החולים במעמד בו נכח הנציב העליון סר הרברט סמואל. לכבוד האירוע יצא ספר התוכנית של בית החולים ביקור חולים ובו פירוט תוכנית המבנה כדלקמן:
חנוכת בית.
בחודש אפריל 1925 נערך טקס חנוכת הבניין וזאת אף על פי שבנייתו לא הושלמה. בניין בית החולים היה אז אחד הבתים הראשונים במה שעתיד להתפתח ולהיות מרכז העיר ירושלים של ימינו. במקביל, המשיכה פעילותו של בית החולים בעיר העתיקה, והבניין שימש כמקום אשפוז לחולים כרוניים והרחוב בו שכן בית החולים נקרא רחוב בקור חולים שם שנשאר עד היום. באותו זמן פרסם רבי אברהם יצחק הכהן קוק ראש הרבנים לארץ ישראל כרוז בו הוא קורא לסייע בהשלמת בניין בית החולים:
בשנים 1930–1932 ניהל את המחלקה הפנימית הפרופ' יוליוס קליברג.
בית החולים במרכז העיר.
קום המדינה.
עם פרוץ מלחמת העצמאות עבר בית החולים לשמש תפקיד מרכזי כמוסד רפואי בירושלים. חשיבותו עלתה עם ניתוק הקשר בין ירושלים המערבית לבית החולים הדסה הר הצופים. הקרבות בעיר העתיקה ניתקו את בית החולים ביקור חולים מהמבנה הישן שנותר בידי הלוחמים הערבים. אך טרם הסתלקות המנדט הבריטי הצליחו עובדי בית החולים בחסות הצבא הבריטי לפנות מהמבנה את כל החולים. רק לאחר המלחמה, ובאיחור רב הושלמה בניית הקומה השלישית של בית החולים בשנת 1959.
מלחמת ששת הימים שפרצה בשנת 1967 העמידה את בית החולים ביקור חולים שוב בקו החזית. בתי העיר המערבית היו תחת הפגזה ארטילרית של הלגיון הירדני. בבית החולים הוכנו 255 מיטות לקליטת נפגעים והופעלו חדרי ניתוח במקלט ובקומת הקרקע. סיום המלחמה הביא את העיר העתיקה תחת שליטת ישראל. אנשי הנהלת בית החולים יצאו לבניין בית החולים הישן ומצאו חורבה. הקומה השלישית נהרסה לחלוטין, ומהמבנה נותרו חורבות. במהלך שיקום הרובע הפך המבנה לאכסניית נוער.
אחרי ששת הימים.
לאחר מלחמת ששת הימים, משחודש הקשר עם הר הצופים, עברו מחלקות בית החולים הדסה שהיו פזורות ברחבי העיר לקמפוס המחודש בהר הצופים. אחד מבניינים אלה, בית החולים הגרמני הסמוך לביקור חולים מעברו השני של רחוב שטראוס, שימש את הדסה והיה ידוע כבית חולים זיו. עם פינוי רוב המבנה הוא הועבר לשימוש ביקור חולים ובשנת 1976 שוכנו בו מחלקת היולדות מחלקת הנשים וחדר התינוקות. בהמשך הועברה לבניין מחלקת העיניים.
בשנת 1973, נפתחה בבית החולים היחידה הראשונה בישראל לטיפול נמרץ ילודים, שנוהלה ונוסדה על ידי פרופ' רנה גיל.
התפתחות והתרחבות בית חולים הדסה בשני מוקדיו עין כרם והר הצופים, ופתיחת המרכז הרפואי שערי צדק בשנת 1980 דחקו את בית החולים ביקור חולים לדרגת בית חולים משני בחשיבותו בירושלים. בית החולים השתלב במערך האשפוז הכללי בירושלים ועיקר חשיבותו היא בהיותו בעל חדר מיון מודרני באזור מרכז העיר המסוגל לתת תשובה מהירה ויעילה לאירועים רבי נפגעים שירושלים משופעת בהם.
במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20 נפתחה בבית החולים מחלקה קרדיולוגית משוכללת, והבניין הראשי נקרא על שם תורם המחלקה בניין היידן. כן נפתחה מחלקה כירורגית שאמורה להתחרות ביוקרתה במחלקות הכירורגיות של בתי החולים הגדולים בירושלים. את המחלקה ניהל הפרופ' נתן זלץ ומאוחר יותר הפרופ' אריה דורסט. לקראת שנת 2000 עבר בית החולים "מתיחת פנים" שכללה שיפוץ מאסיבי של המבנים בהם פועל בית החולים. עיקר השיפוצים התמקדו במחלקה הפנימית בבניין הראשי, אגף נשים ויולדות בבניין זיו, מרפאות החוץ ובעיקר במבנה החדש של המחלקה לרפואה דחופה.
קשיים כלכליים ומיזוג.
בהיותו בית-חולים שאינו נהנה מסיוע ממשלתי, נקלעה עמותת ביקור חולים הוספיטל המפעילה את בית החולים לקשיים כלכליים וחובות כבדים החל מסוף שנות ה-80 של המאה ה-20. החוב נוצר מגירעון תפעולי שנתי שוטף של כ 20 מיליון ש"ח לשנה, שיצר גירעון מצטבר של יותר מ-100 מיליון ש"ח. במהלך בדיקות שנערכו לבדיקת מקורות הגירעון טענה הנהלת העמותה המנהלת כי את הגירעון אפשר להסביר, בין היתר, בהוצאות גדולות, שמקורן בתשלומי פנסיה תקציבית, מס מעסיקים ועלויות מימון ופיתוח. שמומנו מתקציב בית-החולים וללא הקצאה מתקציב המדינה.
ב-22 באוגוסט 2004 מונה לעמותה מפרק - שלמה שחר, הכונס הרשמי והאפוטרופוס הכללי במשרד המשפטים. לבקשתו ובהסכמת משרדי האוצר והבריאות מונה ברי בר-ציון כמנהל המיוחד של בית החולים. בר-ציון הפעיל תוכנית הבראה אשר הביאה לאיזון תפעולי ולאחר מספר שנים גם לרווח תפעולי. מאז מתבצעות בבית החולים עבודות בנייה בהיקף נרחב לשימור המבנה, לשיפוץ ולהרחבה של מחלקות בית החולים. בשנת 2006 נחנך בבניין זיו אגף המאכלס את המערך החדש של חדרי הלידה, בשנת 2007 שופץ לובי הכניסה לבניין היידן בו נמצאות דלתות הכניסה הרקועות, ובשנת 2008 נבנו מחלקת היולדות ומחלקת טיפול נמרץ ילודים (פגיה). בבית-החולים ביקור חולים פעלו עד מיזוגו עם בית החולים שערי צדק שמונה מחלקות עיקריות, וכן פעלו בו חדר מיון, מכונים מתמחים, מרפאות יום ומעבדות. בית-החולים העסיק כ-900 עובדים, בהם כ-150 רופאים, 400 אחיות והשאר עובדים בתפקידים פארה-רפואיים ומינהלתיים בבית-החולים 193 מיטות אשפוז, בהן 44 מיטות פנימיות, 33 מיטות ילדים, 29 מיטות כירורגיות ו-44 מיטות יולדות ונשים.
מאז 2004 נעשו ניסיונות שונים למכירת בית החולים על ידי הכונס הרשמי, ובאוגוסט 2007 אישר בית המשפט המחוזי בירושלים את מכירתו לאיש העסקים ארקדי גאידמק תמורת 32 מיליוני דולרים. גאידמק התחייב בהסכם להפעיל את בית החולים במתכונת מלאה לתקופה של חמש שנים לפחות ולהמשיך להפעיל חלק ממחלקות בית החולים לתקופה ארוכה יותר. בשנת 2015 מכר גאידמק את בית החולים תמורת 100 מיליון ש"ח לחברת "טעמן נדל"ן". שהגישו לאישור בשנת 2018 תוכנית הכוללת שימור המבנה המקורי ושילובו במבנים חדשים שישמשו למסחר מגורים תוך השארת מחלקת היולדות הפעילה במסגרת המתחם. ובשנת 2017 מכרו את מחציתו לחברת שיכון ובינוי נדל"ן מקבוצת אריסון.
בתחילת שנת 2019 החליטה הוועדה המחוזית בעיר לאשר את התכנית של היזם וביטלה את השימוש של בית החולים במתחם בעקבות זאת הגישו תושבי השכונות בירושלים בהובלת עמותת "ירושלים שקופה" בהנהלת הרב נתן קרמר עתירה מנהלית נגד הוועדה המחוזית בעיר, משרד הבריאות, עיריית ירושלים ויזמי המתחם בטענה שהעלימו במכוון מידע על כוונתם לסגור את בית היולדות בבית החולים ביקור חולים. טרם התקיים דיון בעתירה.
מיזוג עם בית חולים שערי צדק.
בעקבות משבר פיננסי אליו נקלע החל בית החולים לפעול במהלך חודש אוקטובר 2012 במתכונת מצומצמת. בית החולים עבר לפעילות במתכונת שבת, מרפאות החוץ והמחלקות לאשפוז יום בבית החולים הפסיקו לעבוד ובמהלך החודש סגר משרד הבריאות את חדר המיון. בהמשך נסגר גם אגף היולדות ליולדות חדשות.