האגדה מספרת שהאירופאי הראשון שגילה את מערת מאמות' היה ג'ון האושין (John Houchin) או אחיו פרנסיס האושין (Francis Houchin), בשנת 1797. בזמן הציד, רדף האושין אחרי דוב פצוע אל פתח הכניסה הגדול של המערה ליד הנהר גרין. כמה מעשיות של משפחת האושין טוענות שמגלה מערה היה ג'ון דקטור "ג'וני דיק" האושין (John Decatur "Johnny Dick" Houchin), אבל זה מאוד לא סביר כי ג'וני דיק היה רק בן 10 שנים בשנת 1797 ולא סביר שהשתתף בציד דובים בגיל כה רך. אביו, ג'ון, הוא המועמד הסביר ביותר מענף זה של אילן היוחסין, אך המועמד הסביר ביותר לגילוי מערת מאמות' הוא פרנסיס "פרנק" האושין, שאדמתו הייתה קרובה יותר לכניסה למערה מאשר חלקת הקרקע של ג'ון אחיו. קיימת גם הטענה שאחיהם, צ'ארלס האושין (Charles Houchin), שהיה ידוע כצייד ומניח מלכודות גדול, היה האיש שירה בדוב ורדף אחריו לתוך המערה. הבעיה בטענה זו של צ'ארלס היא העובדה שהוא התגורר באילינוי עד 1801. בניגוד לסיפור הזה, טוענים ברוקר ווטסון (Brucker and Watson) בספרם "המערה הארוכה ביותר" שהמערה הייתה "בוודאי ידועה לפני אותה תקופה". מערות באזור היו ידועות לפני גילוי הכניסה למערת מאמות'. אפילו לפרנסיס האושין הייתה כניסה למערה על אדמתו, סמוך מאוד לעיקול בנהר גרין, המכונה טרנהול (Turnhole), שנמצאת במרחק של כקילומטר מהכניסה הראשית למערת מאמות'.
הקרקע המכילה כניסה היסטורית זו נסקרה לראשונה ונרשמה ב-1798 בשמו של ולנטיין סימונס (Valentine Simons). סימונס החל לנצל את מערת מאמות' בשל עתודות המלחת שבה.
המאה ה-19.
אנשים אחרים היו הבעלים של הקרקע בשותפות עם ולנטיין סיימון, במהלך מלחמת 1812, כאשר עתודות המלחת של מערת מאמות' הפכו משמעותיות בשל המצור הבריטי על הנמלים של ארצות הברית. המצור מנע אספקת מלחת שממנה מייצרים אבק שרפה מהצבא האמריקאי. כתוצאה מכך, המחיר המקומי של המלחת עלה והייצור מבוסס על חנקות שחולצו ממערות כגון מערת מאמות' הפך רווחי יותר.
ביולי 1812, נקנתה המערה מסימון והבעלים האחרים על ידי צ'ארלס וילקינס (Charles Wilkins) ומשקיע מפילדלפיה בשם היימן גרץ (Hyman Gratz). תוך זמן קצר כרו במערה חנקת סידן (Ca(NO3)2) בקנה מדה תעשייתי, תוך שימוש בכוח אדם של 70 עבדים שבנו והפעילו את המכשירים שסיננו את הקרקע, וגם נשאו את האדמה הגולמית ממעמקי המערה לאתר העיבוד המרכזי.
האתר החליף ידיים תמורת עשרת אלפים דולרים (סכום עתק באותה תקופה). לאחר המלחמה כשהמחירים נפלו ננטש המפעל והוא הפך לאטרקציה תיירותית מינורית שהתמקדה במומיות של הילידים שהתגלו בסמוך.
כשווילקינס מת האפוטרופוסים של האחוזה שלו מכרו את חלקו במערה לגרץ. באביב 1938 מכרו האחים גרץ את המערה לפרנקלין גורין (Franklin Gorin), שהתכוון להפעיל את מערת מאמות' כאטרקציה תיירות גרידא, שוק המלחת כבר לא היה רלוונטי יותר. גורין היה בעלים של עבדים, והשתמש בעבדים שלו כמדריכי טיולים. אחד מעבדים אלו עתיד לתרום כמה תרומות חשובות לידע האנושי על המערה, והפך לאחד מהדמויות ההיסטוריות המפורסמות ביותר של מערת מאמות'.
סטיבן בישופ (Stephen Bishop) עבד אפרו-אמריקאי נכנס למערה לראשונה ב-1838 והפך מדריך למערה במהלך שנות ה-40 וה-50 של המאה ה-19, היה בין האנשים הראשונים שהכין מפות נרחבות של המערה והעניק כינויים לתוואים רבים במערה.
פרנק גורין שהיה בעליו של סטיבן בישופ כתב לאחר מותו של בישופ: "הצבתי מדריך במערה – סטיבן הגדול והמפורסם, והוא סייע בביצוע התגליות. הוא היה האדם הראשון שחצה אי-פעם את הבור ללא תחתית, והוא, אני ואדם נוסף שאת שמו שכחתי, היו האנשים היחידים למיטב ידיעתי שהיו בתחתית כיפת גורין (Gorin's Dome ).
"אחרי שסטיבן חצה את הבור ללא תחתית, גילינו את כל החלק של המערה הידוע כיום מעבר לנקודה זו. קודם לתגליות אלו, כל העניין התמקד במה שידוע כ"המערה הישנה"... אבל עכשיו רבות מנקודות אלו כמעט שאינן מוכרות, אף שסטיבן לא אמר, הן היו 'גדולות, קודרות וייחודיות'".
ב-1839 קנה ג'ון קרוגהן (John Croghan) את אחוזת מערת מאמות', כולל בישופ והעבדים האחרים מבעליהם הקודם, פרנקלין גורין. קרוגהן ניהל לזמן קצר בית חולים חסר מזל לשחפת במערה, שהאמין שהאדים בתוכה ירפאו את חוליו. שחפת הייתה מגפה נפוצה באותה תקופה ובסופו של דבר היא קטלה את קרוגהן עצמו וגם את בישופ.
במהלך המאה ה -19, הלכה וגדלה תהילה של מערת מאמות' והיא הפכה לסנסציה בינלאומית. במקביל משכה המערה תשומת לב של סופרים בני המאה ה-19 כמו רוברט מונטגומרי בירד (Robert Montgomery Bird), הכומר רוברט דווידסון (Robert Davidson), הכומר הוראס מרטין (Horace Martin), אלכסנדר קלארק בוליט (Alexander Clark Bullitt), נתניאל פרקר ויליס (Nathaniel Parker Willis, שביקר במערה ביוני 1852), באיארד טיילור (Bayard Taylor, במאי 1855), ויליאם סטמפ פורווד (William Stump Forwood, באביב 1867), חוקר הטבע ג'ון מיור (בתחילת ספטמבר 1867), הכומר הוראס קרטר הווי (Horace Carter Hovey) ואחרים. כתוצאה מן המוניטין ההולך וגדל של מערת מאמות', הגיעו למערה אורחים מפורסמים כמו השחקן אדווין בות' (אחיו, ג'ון וילקס בות' רצח את אברהם לינקולן ב-1865), הזמרת ג'ני לינד (שביקרה במערה ב-5 באפריל 1851), והכנר אולה בול (Ole Bull) שביחד ביצעו קונצרט באחת המערות. שני אולמות במערות קרויות מאז "אמפיתיאטרון של בות'" ו"היכל הקונצרטים של אולה בול".
בהגיע 1859, כאשר נסללה מסילת הברזל בין לואיוויל ונאשוויל רכש קולונל לרקין ג'. פרוקטר (Colonel Larkin J. Procter) את אחוזת מערת מאמות'. הוא היה גם הבעלים של קו הכרכרות בין תחנת הרכבת ב-Glasgow Junction לאחוזת מערת מאמות'. קו זה הסיע תיירים למערות מאמות' עד 1886, כאשר הוא סלל את מסילת הברזל מערת מאמות' (Mammoth Cave Railroad).
תחילת המאה ה-20: מלחמות מערות קנטקי.
קשיי חייהם של החקלאים שמצאו את מחייתם בדוחק מהקרקע הקשה והדלה של ארץ המערות השפיעו על בעלי מערות סמוכות, קטנות יותר, לנסות לנצל את המערות לתיירות, במיוחד לאור הצלחתה של מערת מאמות' כאטרקציה תיירותית. "מלחמות מערות קנטקי" הייתה תקופה של תחרות מרה בין בעלי מערות מקומיים על כיסם של התיירים. טקטיקות הונאה נרחבות שימשו כדי למשוך מבקרים הרחק מהיעד שאליו תכננו להגיע במקור אל מערות פרטיות אחרות. שלטים מטעים הוצבו לאורך הכבישים המובילים למערת מאמות'. אסטרטגיה טיפוסית בימים הראשונים של הנסיעה ברכבים ממונעים התבססה על נציגים של מערות תצוגה פרטיות אחרות (המכונים "cappers") שקפצו על המדרגה התחתונה של מכונית התיירים, והטעו את הנוסעים להאמין כי מערת מאמות' נסגרה, נמצאת בהסגר, התמוטטה או שאינה נגישה.
ב-1906 התאפשרה גישה למערת מאמות' באמצעות ספינות קיטור לאחר שנבנה סכר בבראונסוויל (Brownsville) בקנטקי.
ב-1909 הגיע למערה מניו יורק מהנדס מכרות גרמני צעיר בשם מקס קמפר (Max Kämper). קמפר סיים את לימודיו במכללה טכנולוגית ומשפחתו מימנה לו טיול בחו"ל כמתנת סיום לימודים. במקור התכוון קמפר לשהות במערת מאמות' במשך שבועיים, אבל בסופו של דבר שהה בה כמה חודשים. בסיוע של אד בישופ, צאצא של העבד האפרו-אמריקאי הכין קמפר סקר מדויק להפליא של קילומטרים רבים במערת מאמות', כולל תגליות חדשות רבות. על פי הדיווחים, קאמפר גם הכין סקר מקביל של פני הקרקע מעל המערה: מידע זה היה שימושי בפתיחת הכניסות האחרות למערה, כפי שקרה זמן קצר אחר-כך עם פתיחת כניסת ויולט סיטי (Violet City entrance).
משפחת קרוגהן השמידה את האלמנטים הטופוגרפיים במפה של קמפר, ואלו לא שרדו עד ימינו, אף שהחלק של המערה במפות שהכין קמפר הוא דוגמה מעולה לקרטוגרפיה מדויקת של המערה. רק בתחילת שנות ה-60 ובוא תקופת המחקר המודרני סוקרו ומופו מעברים אלו בדיוק רב יותר. קמפר חזר לברלין, ומבחינתם של תושבי מחוז מערת מאמות', נעלם לחלוטין. רק בתחילת המאה ה-21, לאחר שקבוצה של תיירים גרמנים שביקרו במערה חזרו לארצם וחקרו את תולדות משפחת קמפר, התגלה מה עלה בגורלו: קמפר הצעיר נהרג במלחמת החפירות במלחמת העולם הראשונה בקרב על הסום ב-1916.
חוקר המערות הצרפתי הידוע, אדוארד-אלפרד מרטל, ביקר במערה במשך שלושה ימים באוקטובר 1912. מרטל קיבל אישור לערוך מדידות ברומטריות במערה לקביעת הגובה היחסי של מקומות שונים במערה, בלא שניתנה לו גישה למידע על הסקרים שנערכו ושנשמרו בסוד. הוא זיהה רמות שונות של המערה, וציין נכונה כי גובה פני נהר אקו (Echo River) בתוך המערה נקבע על ידי זה של הנהר גרין בפני השטח. מרטל קונן על הבנייה של הסכר בבראונסוויל ב-1906, והצביע על כך שהסכר הפך עריכת מחקר הידרולוגי מלא של המערה לבלתי אפשרית. בין התיאורים המדויקים שלו של התבנית ההידרוגאולוגית של מערת מאמות', הציע מרטל את המסקנה הספקולטיבית כי מערת הממותה קשורה למערות סולטס (Salts) וקולוסל (Colossal Cavern). השערה זו תוכח כנכונה רק 60 שנים לאחר ביקורו של מרטל.
בתחילת שנות ה-20 יצר ג'ורג' מוריסון, באמצעות פיצוצים, מספר כניסות למערת מאמות' מקרקע שלא הייתה שייכת לאחוזת קרוגהן. מידע שהיה חסר מהסקרים הסודיים של קרוגהן, שבוצעו על ידי קמפר, בישופ ואחרים, לא פורסם בצורה שאפשרה לקבוע את תחומי המערה. כעת היה ניתן לקבוע באופן מוחלט שבני משפחת קרוגהן גבו כספים מתיירים על מנת להציג בפניהם חלקים ממערת מאמות' שלא היו תחת קרקע שהייתה שייכת להם. הוגשו תביעות משפטיות, ובמשך זמן מה הופעלו כניסות שונות למערה בתחרות ישירה זו עם זו.