1958 – הקמת המפעל הראשון לתפיסת שיטפונות – מפעל נחל שקמה - אחת הפעולות שמבצעת "מקורות" להגדלת כמויות המים הזמינות ולשיפור מאזן משק המים היא תפיסת שיטפונות. השיטפונות הם מי גשמים שלא נספגים בקרקע וזורמים במרבית המקרים אל הים או אל אגני ניקוז.ל"מקורות" שני סוגים של מפעלים לתפיסת שיטפונות. האחד - מפעלים שמטרתם לספק מים שפירים -מפעל נחל שקמה סמוך לקיבוץ זיקים ומפעל נחלי מנשה, אשר תופס מי שיטפונות מנחלים היורדים מרמת מנשה. במפעלים אלה -מחדירה "מקורות" את המים הנתפסים לקרקע, שם הם עוברים סינון טבעי, מפיקה אותם על ידי קידוחים ומשלבת אותם במערכת אספקת המים הארצית לאספקה לצריכה עירונית בחודשי הביקוש הגבוה. המפעלים כוללים תעלות בטון, קווי מים, תעלה חפורה, סכרים, מאגר שיקוע ושדות חלחול. סוג שני של מפעלים לתפיסת שיטפונות כולל מפעלים המייעדים את המים להשקיה. מי השיטפונות נתפסים ומשולבים במאגרי מי קולחים, ומשמשים להשקיית שטחים חקלאיים על פי הצורך. מפעלים אלה מבטיחים אספקת מים לחקלאות באופן קבוע,הם נמהלים עם מי הקולחים ומקטינים את רמת המליחות. בנוסף - הם זולים יותר ועל כן יש לכך גם כדאיות כלכלית לחקלאות. מפעלים מסוג זה הם מאגר כפר ברוך בעמק יזרעאל, מאגר ברכת רם בגולן, מאגר דלתון בגליל העליון, מאגרי הבשור ליד רחובות, מאגרי עידן, חצבה, נקרות, צוקים, עשת ועין תמרים בדרום הארץ.
1959 - חקיקת חום המים - בשנת 1959 נחקק חוק המים בישראל. הצורך בחוק נבע מההכרה שהמים הם אמצעי ייצור, ובשל היותם משאב במחסור יש להסדיר את חלוקתם בצורה היעילה וההוגנת ביותר לצורכי התושבים ולפיתוח המדינה. חוק המים קובע כבר בראשיתו כי "מקורות המים שבמדינה הם קניין הציבור, ניתנים לשליטתה של המדינה ומיועדים לצורכי תושביה ולפיתוח הארץ..." וכי "כל אדם זכאי לקבל מים ולהשתמש בהם בכפוף להוראות חוק זה". בהתאם להוראות חוק המים משמשת "מקורות" כספק מים. שנתיים מאוחר יותר, בשנת 1961, הכירה כנסת ישראל ב"מקורות" כרשות המים הארצית, בהתאם לחוק המים.
1961 - הקמת חברת הבת שח"מ - שח"מ (שירותים חשמליים מכניים) החלה את דרכה כמחלקה מכנית ב"מקורות", שמטרתה ביצוע תיקונים ועבודות הרכבה בקידוחים ובתחנות שאיבה של "מקורות". בשלהי שנת 1958 החליטה הנהלת "מקורות" לשנות את המבנה הארגוני של המחלקה ולהפוך אותה לחברה. בשנת 1961 נרשמה החברה כחוק והחלה בפעילותה העסקית. במרוצת השנים הרחיבה שח"מ את תחומי פעילותה והחלה לעסוק בתחומים נוספים. במסגרת השינוי המבני שיושם ב"מקורות" בשנת 2005, מוזגה החברה עם חברת צמ"כ (ציוד מכני כבד) ויחידות הבינוי של מרחבי החברה, לאגף ביצוע מרכזי אחד והפכה ל"שח"מ מקורות ביצוע" - הזרוע הביצועית של הקבוצה. "שח"מ מקורות ביצוע" מבצעת פרויקטים רחבי היקף ונותנתמענה הנדסי, תכנוני וליווי מלא בכל תהליך הייצור, ההתקנה, ההפעלה וההרצה. "שח"מ מקורות ביצוע" היא מהחברות המובילות בארץ בתחומים אלה: ביצוע עבודות תשתית והנדסה אזרחית בתחנות שאיבה ובמתקני טיפול במים ובשפכים; הנחת קווי מים וקולחין בקטרים שונים עד "108; קדיחת קידוחים רדודים ועמוקים עד לעומק של 1,500 מטר; הקמה ושיקום ברֵכות ומאגרי מים; ביצוע איטום מאגרי מים בכיסוי צף (החברה היחידה בארץ); תכנון והקמה של מערכות טיפול במים ומערכות סינון; תכנון והקמה של מתקני התפלה בשיטת האוסמוזה ההפוכה, מתקני אלקטרו-דיאליזה, מתקני הכלרה והפלרה ומתקני טיפול בשפכים ובקולחים (טיפול שלישוני); תכנון, פיתוח וייצור משאבות עד לספיקה של 8,000 מק"ש; הקמת תחנות שאיבה (סיווג בלתי מוגבל); תכנון, ייצור והתקנת לוחות חשמל, מערכות פיקוד ובקרה (מקומיות ומרחוק) ומערכות הגנה קתודית; מכון לשיפוץ ולכיול מדי מים; פעילות ייחודית של זריעת עננים להגברת המטר בשיעור של 18%-13% בצפון הארץ.
1961 - הקמת הענף להגברת הגשם - כבר בשנת 1949, שנה אחרי קום המדינה, החלה "מקורות" לבצע ניסויים שנועדו לגרום לעננים להורידיותר גשם מעל אגני הניקוז של הכנרת. 12 שנה מאוחר יותר הקימה "מקורות" את "הענף להגברת הגשם" כחלק מחברת הבת "שח"מ" (לימים שח"מ מקורות ביצוע"). הפעילות להגברת הגשם נעשית מדי שנה בחודשים נובמבר – אפריל, אם התנאים המטאורולוגיים מאפשרים זאת (עננים, כיווני רוחות וטמפרטורות ענן מתאימים). העדיפות הגבוהה ניתנת לזריעת עננים מעל אגן ההיקוות של הכנרת והעדיפות השנייה היא לזריעה מעל אקוויפר ההר. פעילות הזריעה מתבצעת באמצעות מטוסים ותנורי קרקע. כאשר צופי מכ"ם הגשם, הממוקם בנמל התעופה בן-גוריון, מבחינים במשקעים בדרכם לאזורי המטרה, הם מזניקים מטוסים בעלי מבערים מיוחדים ומדליקים תנורים קרקעיים הזורעים בעננים חלקיקים של יודיד הכסף. חלקיקים אלה מהווים גרעיני קיפאון יעילים המזרזים את תהליך יצירת המשקעים. על פי ניסויים סטטיסטיים מגבירה הזריעה את כמות הגשם בצפון בכ-13% בממוצע רב-שנתי. מחישובים הידרולוגיים עולה שבעקבות כך מתווספים כל שנה כ-60 מיליון מ"ק למשק המים, בעלות של כ-10 אגורות למ"ק. עלות זו שוות ערך לכ-5% בלבד מעלות התפלת מי ים. בעונת הפעילות מאויש מרכז המבצעים של הענף 24 שעות ביממה. מערכת מכ"ם מטאורולוגית ששוכללה בחברה מאתרת את ענני הגשם המגיעים לאזור, ומציגה מידע בזמן אמת אודות גובה הענן ועוצמת הגשם. המידע, בשילוב תמונות לוויין ונתונים מטאורולוגיים, מאפשר לקבוע את תזמון ומיקום זריעת הענן באופן המדויק ביותר. מערכות GPS המותקנות על מטוסי הזריעה מאפשרות הצגת מיקום המטוס בזמן אמת על גבי תמונת המכ"ם, והכְוונה של פעולות הזריעה בהתאם לתנאים השוררים באזור. המידע מאוחסן ונשמר לצורכי עיבוד ומחקר עתידיים.
לרשות אנשי הענף להגברת הגשם עומד גם מטוס מחקר ייעודי, המצויד במכשור לבדיקת הרכב העננים והתפלגות החלקיקים בתוכם, ולהערכת פוטנציאל הזריעה.
"מקורות" מייצאת את הידע, הטכנולוגיה והטכניקות בתחום הגברת המטר למדינות נוספות, ומתאימה את המתודולוגיה לתנאים המטאורולוגיים, הגאוגרפיים והאקלימיים האופייניים לכל אזור.
1961 - השלמת קו "ירקון-נגב מערבי" - עם הנחת קו "ירקון נגב מערבי" הושלמה בניית מפעל "ירקון נגב". הקו יצא ממעיינות הירקון והמשיך דרומה לאורך תוואי כביש גהה (שהיה בתכנון מתקדם באותם הימים) עד לאגם זֹהר. הקו המערבי הוא נבנה בקטרים גדולים יותר (70 אינץ') ומבטון חזק יותר. אורך "הקו המערבי": 66 ק"מ.
1964 - השלמת בנייתו של גדול מפעלי הפיתוח בישראל – "המוביל הארצי" - תוכניות ההקמה של "מפעל הירדן", לימים "המוביל הארצי", אושרו בממשלה בשנת 1956. בשנת 1959 החלה בנייתו, שנמשכה 5 שנים. עלות הקמתו הייתה כ-420 מיליון ל"י (כ-140 מיליון דולר בתעריפי אותם הימים). בתהליך הקמתו הושקעו כ-2.5 מיליון ימי עבודה, הועסקו למעלה מ-4,000 עובדים, נחפרו כ-7 מיליון מ"ק עפר, נחצבו כ-1.7 מיליון מ"ק סלע, נוצקו כ-500 אלף מ"ק בטון, הושקעו כ-75 אלף טון פלדה והונחו כ-15 אלף צינורות בטון ופלדה. אורכו של "המוביל הארצי" כ-130 ק"מ. "המוביל הארצי" מתחיל בתחנת ספיר שעל שפת הכנרת ומגיע לתחנת מעיינות הירקון בראש העין, שם הוא חובר לשני קווי "ירקון נגב" ובכך מהווה חלק ממערכת המים הארצית. "המוביל הארצי" מעלה את מי הכנרת מעומק מרבי של 215.50 מתחת לפני הים, עד לגובה של 150 מטר מעל פני הים, כך שכדי להוליך את המים עד לנקודה הגבוהה ביותר היה הכרח להתגבר עלהפרש גובה של כ-360 מטר!
עם הפעלת המוביל הוקצו כ-80% מהמים שזרמו בו לחקלאות וכ-20% למי שתייה. בתחילת שנות ה-90 כבר סיפק "המוביל הארצי" כמחצית ממי השתייה בישראל, מצפון הארץ ועד לפאתי הנגב. בשנת 2004 נשאבה כמות שיא של מי כנרת אל "המוביל הארצי": כ-527 מיליון מ"ק. בכך הגשימה "מקורות" את חזון מייסדיה - להעביר מים ממקורות המים הטבעיים בצפון הארץ לדרום הצחיח, ואפשרה להפריח את השממה.
לאחר השלמת המוביל הארצי.
ב-1964 הושלמה בנייתו של המוביל הארצי, שנחנך על ידי יאיר מדוצקי, ובשנים 1964 ו-1965 נבנה -
המוביל המלוח נועד להטות את מי המעיינות המלוחים ולמנוע את זרימתם לכנרת, במטרה להוריד את רמת המליחות של מי הכנרת המסופקים ל"מוביל הארצי". אורך המפעל להטיית המעיינות המלוחים כ-22 ק"מ, והוא עובר במקביל לחוף המערבי של הכנרת, ממעיינות נור (טבחה) ועד דרומית לשפך הכנרת לירדן. בתחילה קלט המפעל מעיינות מלוחים בלבד. בהמשך הוזרמו למפעל זה גם שפכי היישובים הנמצאים לאורכו, כדי למנוע את זיהום מי הכנרת. בשלב הראשון נקלטו שפכי טבריה, גינוסר ואתרי הנופש הנמצאים לאורך החוף המערבי. במהלך השנים נוספו השפכים של צפת ומגדל.
במסגרת שדרוג המפעל ושיקום נהר הירדן הדרומי, הניחה "מקורות" שלושה מובלים שונים: קו מים מליחים מנור עד אלומות להולכת המים המליחים - מים אלו יותפלו בעתיד במורד הירדן ויסופקו לחקלאות; קו תמלחת נפרד להולכת מים מליחים בריכוז גבוה, שמקורם במעיינות חמי טבריה; קו שפכים ייעודי להולכת שפכי העיר טבריה למט"ש ביתניה. פרויקט נוסף נועד להטות את מעיין פוליה ולהטות גם אותו למפעל.
במהלך שנות הפעלתו מנע המפעל את חדירתם של כ-2.5 מיליון טון כלורידים למי הכנרת.