גייטסקל דחק בכניסתה של בריטניה לקהילה הכלכלית האירופית (EEC) אך לא הצליח לשכנע את רוב חברי הלייבור להסכים למדיניות זו. לאחר שהפסיד בבחירות הכלליות ב-1959 לשמרנים בראשות הרולד מקמילן, ניסה לשנות את מדיניות המפלגה בנושא ההלאמות. בוועידת המפלגה בנובמבר 1959 הוא טען: "מדוע ההלאמה הייתה כנראה גורם להפסד קולות? משתי סיבות, אני מאמין. ראשית, חלק מהתעשיות המולאמות הקיימות, בצדק או שלא, אינן פופולריות. חוסר הפופולריות הזה נובע ברובו המוחלט מנסיבות אשר אין שום קשר ביניהן לעצם ההלאמה. האוטובוסים הלונדוניים צפופים ואיטיים, לא מפני שוועדת התחבורה לא יעילה, אלא בגלל מצב התנועה של לונדון ש'ממשלת הטורים' (השמרנים) הזניחה כל השנים האלה. התנאים הנחשלים של מסילות הברזל לא נובעים מעצם ניהול גרוע, אלא השקעה לא מספקת בעבר, שהותירה את תאגיד הרכבות עם בעיה ענקית של מודרניזציה... מעל לכל, עלינו להתמודד עם העובדה שלהלאמה לא תהיה תמיכה ציבורית רחבה עד שכל התעשיות הללו יראו בבירור ביצועים לפחות כמו החברות הטובות ביותר במגזר הפרטי. כשנשיג את המטרה הזו, אז נוכל להתמודד להנהגת המדינה בביטחון מלא."
גייטסקל תמך במדיניות המפלגה של פירוק תוכנית הנשק הגרעיני של הממלכה המאוחדת באורח חד-צדדי. בוועידת המפלגה בסקרבורו באוקטובר 1960, התקבלו שתי החלטות חד-צדדיות, של עובדי התחבורה והמהנדסים, ומסמך המדיניות הרשמי בנושא הסדרי הביטחון נדחה. לנוכח תבוסת הלייבור בבחירות ב-1959, וילסון ניסה בלא הצלחה לקרוא תיגר על מנהיגותו של יו גייטסקל, על רקע ההפסד בבחירות וגם מחלוקות אידאולוגית. וילסון הפסיד בהצבעה של 166 ל-81 בקרב חברי הפרלמנט מטעם המפלגה. ב-1962 ניסה בלא הצלחה לזכות בסגנות המנהיגות ולאחר ניסיונות אלה הוא הועבר בממשלת הצללים לתיק החוץ. ביולי 1961 בקשת הכניסה ל-EEC של ראש הממשלה השמרני הרולד מקמילן נתקלה בוטו מצידו של נשיא צרפת דה גול. מהלך זה של מקמילן הוביל לכך שגייטסקל פנה נגד החברות בקהילה הכלכלית האירופית. מותו הפתאומי של גייטסקל ב-1963 זעזע את המפלגה. במאבק הירושה, היה וילסון מועמד האגף השמאלי בלייבור כאשר מולו התייצבו שני מועמדים ימניים יותר: ג'ורג' בראון וג'יימס קלהאן. פיצול קולות האגף הימני בין שני אלה הבטיח את ניצחונו של וילסון.
וילסון לא ראה בעין יפה את הדרך שבה התייחס גייטסקל לחברי האגף השמאלי במפלגה ואחת מפעולותיו הראשונות כמנהיגה היה להשיב לשורותיה חבורה קטנה של פעילים שגורשו שנתיים קודם לכן בגלל התנגדותם לפירוק נשק חד צדדי. עם זאת, הוא נאלץ לפעול באיטיות מול התנגדות מקרב מפלגתו שלו. הוא אמר למקורביו במפלגה מקרב האגף השמאלי, ריצ'רד קרוסמן, ברברה קאסל ומייקל פוט: "אתם חייבים להבין שאני מנהל מהפכה בולשביקית עם קבינט צללים צארי." כמנהיג הלייבור הוא תאם את תגובתם לפרשת פרופיומו, והצליח לזכות בהון פוליטי בלא להגרר אל תוך הלכלוך שבסקנדל. בעקבות הפרשה שרמסה את המוניטין של רבים מחברי המפלגה השמרנית, הכריז מקמילן בפני המלכה על התפטרותו מראשות הממשלה. מכיוון שסירב לקבל אישים רבי השפעה בשורות מפלגתו כגון אינוק פאוול כיורשיו בראשות הממשלה, החליט למנות את אלק דאגלס-יום כראש הממשלה ויושב ראש המפלגה במקומו. בוועידת הלייבור בסוף השנה וילסון הציג את עצמו כטכנוקרט המביט קדימה, מעבר לשיטת המעמדות הקיימת. וילסון החליט להפוך את תדמיתו בנוגע לפיתוח מדעי לגורם חשוב בקמפיין שלו לראשות הממשלה. בכנס השנתי של המפלגה באותה שנה בסקרבורו נשא וילסון נאום על סוציאליזם וטכנולוגיה. הוא עמד על כך שצמיחת האוטומציה חשובה בעבור פיתוח חברה סוציאליסטית. הוא הסביר את הצורך במדענים נוספים ומשמעות הדבר היא התרחבות במוסדות החינוך של בריטניה. וילסון העריך כי מימון מדיני יתרום לפיתוח מדעי.
ראש הממשלה (1964–1970).
מערכות בחירות ומוניטין ציבורי.
הלייבור ניצחה בבחירות הכלליות של 1964 בפער זעום של ארבעה מושבים. וילסון היה לראש הממשלה, אולם ממשלתו התקשתה לתפקד עם רוב שכזה. ב-1966 הכריז וילסון על בחירות חדשות, בהנחה שהפעם תזכה הלייבור בתוצאה טובה בהרבה. ואכן, הלייבור ניצחה בשנית בהפרש ניכר, כאשר השמרנים איבדו כחמישים מושבים בפרלמנט והלייבור הרוויחה מספר דומה.
ראש הממשלה וילסון נהנה מתדמית ציבורית-תקשורתית של איש העם. חיתוך דיבורו היה של בן מעמד הפועלים והוא גם היטיב לטפח את תדמיתו הפופולרית, כפי שמעיד תואר האבירות שהחליט להעניק לחברי להקת הביטלס ב-1965. כמו כן היה ידוע באהדתו לקבוצת הכדורגל האדרספילד טאון. פעם העיר על קודמו בתפקיד דאגלס-יום, אציל שוויתר על תוארו על מנת לבוא בשערי בית הנבחרים, שהוא הרוזן הארבעה עשר מיום, כלומר אריסטוקרט מובהק.
מדיניות פנים כלכלית.
את הבטחת הבחירות שלו לפעול למען המודרניזציה של בריטניה הוא אמנם קיים במידה רבה. ממשלתו הראשונה הקימה, לדוגמה, את האוניברסיטה הפתוחה הבריטית, אותה ראה לימים כאחד ההישגים הגדולים שלו כראש הממשלה. אולם כלכלת הממלכה הלכה מדחי אל דחי ושביתות פועלים רבות הקשו על המשק. אף שהיה איש שמאל, התנגד וילסון לרבות מהשביתות, שייצגו בעיניו דרישות לא מוצדקות של מפונקים המבקשים לחיות על חשבון הכלל. גם את המטבע מוכרח היה וילסון לפחת ב-1967. פרט לאלה, המורשת הכלכלית העיקרית שלו טמונה באשרור במשאל עם של הצטרפות בריטניה לשוק האירופי המשותף.
ראש האופוזיציה בשנית (1970–1974).
וילסון היה פוליטיקאי מיומן אך לא חף מטעויות. ב-1970 הוא הכריז על בחירות כלליות, בסברו כי כוחה של מפלגתו יתעצם. במקום זה הוא הפסיד את הבחירות ואת ראשות הממשלה לבן גילו ויריבו השמרני הגדול, אדוארד הית'. ב-1974 חזר הית' על אותו משגה עצמו והפסיד את הבחירות עליהן הכריז. כך שב וילסון לקדנציה שנייה בראשות הממשלה.
ראש הממשלה (1974–1976).
מדיניות החוץ שלו הייתה אנטי-מיליטריסטית. הוא לא נכנע ללחצים האמריקאים לשלוח את צבאו להשתתף במלחמת וייטנאם לצדם. במקום זה הציע את שירותיו כמתווך דיפלומטי בסכסוך. גם את המשבר ברודזיה - שם הכריזה ממשלת מיעוט לבן, לה התנגד עקרונית, על עצמאותה - ביקש לפתור בלא הפעלת צבא.
בשנת 1976, העניקה אוניברסיטת בר-אילן, תואר דוקטור לשם כבוד לווילסון.
לאחר התפטרותו וערוב ימיו (1976–1995).
וילסון הפתיע את האומה ב-16 במרץ 1976 כשהודיע על התפטרותו. הסיבה הייתה, כך טען, תשישות פיזית ומנטלית. עוד אמר כי מאז ומעולם תכנן לפרוש בגיל 60. ייתכן כי כבר החלו להופיע אז סימני מחלת אלצהיימר שבה לקה, ובכך היה כדי להניע אותו להתפטר. גם מצבה הרעוע של הממשלה, שנגרם בין השאר מחופש ההצבעה שנתן לחברי הקבינט שלו בעניין השוק המשותף, ודאי תרם להחלטה.
וילסון החליט להמשיך לכהן כחבר הפרלמנט ולכן לא הוענק לו תואר האצולה המסורתי של ראשי הממשלה הפורשים. הוא קיבל אותו לבסוף ב-1983 ובא בשערי בית הלורדים. זמן לא רב לאחר מכן חלה התדרדרות מואצת בבריאותו והוא מיעט להיראות בציבור עד מותו ב-1995 מסרטן המעי הגס.
לאחר התפטרותו נבחר שר החוץ קלהאן להיות ראש הממשלה. מפלגת הלייבור נכנסה למשבר, שיש התולים אותו בווילסון ויש האומרים שהוא היה הגורם היחיד שעיכב אותו בכעשור. בין כה ובין כה, המפלגה שקעה במאבקים פנימיים וחדלה להיות אלטרנטיבה שלטונית של ממש. במשך כמעט שני עשורים שלטו השמרנים בבריטניה ללא עוררין, עד עלייתו לבמה של "הלייבור החדש" בהנהגת טוני בלייר.
תאוריות הקשר שנקשרו בשמו.
קצין הק.ג.ב. אנטולי גוליצין, שערק למערב, טען באוזני ה-MI5 שווילסון היה מרגל מטעם ברית המועצות ושמותו הפתאומי של יו גייטסקל ב-1963 לא היה אלא התנקשות סובייטית, שנועדה להחליף את גייטסקל הפרו-אמריקני בווילסון. סוכן ה-MI5 פיטר רייט כתב ספר ובו שם בפיו של ג'יימס אנגלטון, מי שהיה ראש הביון הנגדי של ה-CIA, את הטענה שווילסון היה סוכן סובייטי.
יותר מעניינת מהטענה שווילסון היה מרגל, שאינה מגובה בראיות משכנעות, היא הטענה, שגם אינה מגובה בראיות משכנעות, שמנגנוני הביטחון הבריטיים, מתוך החשש שהוא אכן היה כזה, פעלו להצר את צעדיו, למדר אותו בענייני ביטחון ואולי אף תכננו הפיכה צבאית כנגדו. רשת ה-BBC שידרה ב-16 במרץ 2006, שלושים שנה בדיוק לאחר התפטרותו, תחקיר שטען את כל אלה, בין השאר על סמך עדותם של שני עיתונאים, רוג'ר קוריטור ובארי פנרוז, שווילסון עצמו התלונן באזנם על כך שה-MI5 פועל נגדו. לורד מאונטבאטן הואשם שעמד בראש הקושרים להפיכה צבאית. תרגיל צבאי שנערך בנמל התעופה הית'רו ב-1974 היה, לפי מזכירתו של וילסון מרשה פולקנדר, למעשה חזרה גנרלית לקראת הפיכה.
בעוד שהראיות לכך שווילסון היה משוכנע בקיומו של הקשר מתועדות היטב, קשה לומר את אותו הדבר לגבי הקנוניה עצמה.
ג'למה (השרון)
ג'למה (בערבית: الجلمة) היה כפר ערבי קטן באזור המכונה "המשולש הקטן" בקרבת טולכרם. תושבי הכפר פונו ממנו ב-1950, ועל אף פסיקת בג"ץ כי יש להתיר להם לחזור לכפרם, נהרס הכפר ב-1953 על ידי תושבי קיבוץ להבות חביבה שנבנה על אדמותיו.
התושבים הראשונים בכפר, בני משפחת נדאף, התיישבו במקום במאה ה-13. בתקופה הצלבנית נודע הכפר בשם גלן (Glenne). תושבי הכפר היו מוסלמים, ועסקו בחקלאות וברעיית צאן. ממזרח לכפר הייתה באר גדולה ששימשה את התושבים.
ב-1945 מנו תושבי ג'למה כ-70 נפש. במהלך מלחמת העצמאות ב-1948 פונו התושבים מהכפר אך חזרו אליו לאחר חודשיים. במרץ 1950 פונה הכפר שנית מתושביו במסגרת תוכנית במשרד ראש הממשלה ל"פינוי ח'רבות קטנות במשולש וריכוז תושביהן בכפרים גדולים יותר". התושבים הועברו לכפרים ערביים שכנים - ג'ת, באקה אל-גרביה, ימה ועוד.