במקביל לחברה זו פעלה בארץ חברת "מפעלי חיפה להנדסה" - קירשטיין אנד גרינשפון. ישראל קירשטיין היה מהנדס מוסמך להנדסה ימית, שנעשה המומחה של הצי המלכותי הבריטי בכל תיקוני אוניות הצי במזרח התיכון. את השכלתו במקצוע ההנדסה הימית רכש בגרמניה. ראשית החברה של קירשטיין הייתה ברחוב המלכים בבית מלאכה קטן. כאשר החברה הבריטית Shipwrights &amp; Engineers יצאה מהארץ עברו הפועלים הישראלים וביניהם יעקב שפי לחברת קירשטיין אנד גרינשפון שהתפתחה ולקחה את עיקר עבודות הספנות בארץ. נפתח בית מלאכה גדול בצומת שדרות ההסתדרות כפר-אתא, כביש התעשייה. לפני-כן היה שמה של צומת זו היה "קטר פילר". אחרי מלחמת העצמאות נכנס קירשטיין אנד גרינשפון לשותפות עם "סולל בונה", והוקמה "הימה". חברת "הימה" הייתה אחר-כך הגרעין של "מספנות ישראל".
מפעל קירשטיין אנד גרינשפון עבד עבור "ההגנה", ועיקר עבודתו הייתה בייצור מוקשים, רימונים, פצצות מרגמה, מרגמות ואוטובוסים משוריינים. את המשוריינים שנסעו בתקופה ההיא יצרו בלילות במפעל קירשטיין אנד גרינשפון, שהיה מפעל עם כוח עבודה יהודי טהור. בנוסף לכך בנה המפעל כלי שיט אזרחיים קטנים.
משימה מקדימה -הסבת צי הצללים לאניות חיל הים.
בתקופת מלחמת העצמאות, בין השנים 1947–1948, פעל כוח האדם במפעל קירשטיין אנד גרינשפון תחת צווי ריתוק משקי. במהלך היום הם עבדו במפעל, ובמהלך הלילה יצאו הפועלים לתפקידי שמירה ואבטחה. במקביל, במסגרת המאמץ לכיבוש העבודה העברית בנמל חיפה הגיעו עם יוחאי בן נון חברי פלוגת הנמל. כך למעשה נתגבשה קבוצה של בעלי מקצוע לקראת תהליך הסבה של ספינות צי הצללים לאניות חיל הים הראשונות. מידיעות מודיעיניות שהגיעו לאנשי "ההגנה" נודע על כוונתם של הבריטים, שעדיין שלטו בנמל אף על פי שפינו את הארץ, לפוצץ את אניות המעפילים ולסתום את הנמל. ידיעות אלו הגיעו לש"י עוד בשנת 1946. נוצר צורך לשמר את צי הצללים תחת עיניהם הפקוחות של הבריטים. בדיעבד הסתבר כי היה זה חשש שווא והבריטים העבירו את הנמל בצורה מסודרת למדינת ישראל הצעירה.
חברת קירשטיין אנד גרינשפון שיקמה את ק-18 ואנשי ה"עוגן" הסבו את ק-20. העבודה נעשתה בלילה. בגמר תהליך זה יוצאי הפלי"ם לקחו את האניות והפליגו לכוון דרום, מאחר שהפיקוד של שירותי-הים היה ביפו, ותל אביב כבר לא הייתה תחת שלטון בריטי.
כדי למנוע הפעלת אניות צי הצללים על ידי הבריטים והוצאתן מחוץ לנמל והטבעתן, צוותים עלו על האוניות האלה בלילה, תחת עיני הבריטים, התגנבו, ופירקו מהן כל מה שחיוני להפעלת האוניה. הציוד הוסתר במקום כלשהו בנמל. ה'ודג'ווד' וה'הגנה' היו אניות קיטור, ולכן פורקו מהן כל שעוני הלחץ, ההגה, כל מה שניתן היה לפרק פורק כך שאי-אפשר יהיה להוציא את האניות עצמאית, אלא רק לגרור אותן. באופן זה נטרלו את האפשרות של השטה והטבעה בלב ים. עם צאת הבריטים מן הנמל (אחרוני החיילים הבריטים עזבו את הנמל בסוף יוני 1948 ועד אז הנמל היה בידי הבריטים עד לגמר הפינוי הסופי של כלל הכוחות והציוד שלהם) הורכבו האניות מחדש והוברחו אל מחוץ לנמל, מתוכן שלוש אניות גדולות והן אח"י אילת (א-16), ששמה היה בעת ההעפלה "מדינת היהודים", ה"רגיוס" וה"הגנה". כאשר האניה אח"י הגנה הייתה אניית הצי המלכותי הקנדי K520 והאניה אח"י וג'ווד הייתה אניית הצי המלכותי הקנדי K540 אשר שימשו כאניות העפלה.
בשנת 1957 ראה אל"ם אריה קפלן "קיפי" שנשארה אניית מעפילים ישנה אחת בנמל והיא ה"אף על פי כן". האנייה הייתה רקובה ואז נולד רעיון להפוך אותה למוזיאון. קיפי פנה לשאול אביגור שהיה במשרד הביטחון ובמוסד לעליה ב. בתמיכתו ובתמיכת בן - גוריון ואבא חושי ראש ערית חיפה הרעיון קרם עור וגידים. בעזרת חברת העוגן ומספנת חיל הים האניה נחתכה ל 4 חלקים והועברה למקומה המיועד כמוזיאון שם הורכבה מחדש.
הקמת המספנה.
הגיוס הראשוני לחיל הים התנהל ברחוב יפו 29 על ידי ראש כוח אדם של שירותי הים, שלמה יעקובסון, ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי. יעקובסון הפנה את מתנדבי הצי לחיל הים, רבים מאנשי הצי המלכותי היו אנשי מקצוע ועם רקע מצי מלחמתי מסודר וכך התהוותה השדרה הטכנית הראשונית בחיל הים.
מספנות חיל הים הוקמו ביוזמתו של ג'ו נוביק ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי. אף על פי שלא נשא תואר מוסמך הנדסה היה ביצועיסט ואיש יוזמה שדחף את הנושא של הקמת גוף טכני ומספנה בחיל הים. ראשיתה של המספנה הייתה בצומת שדרות המלכים, המושבה הגרמנית במקום שבו עומד מבנה ממגורות דגון. במקום זה שכנו בתי המלאכה של ה Public Work Department הבריטי. אנשי המספנה הראשונים היו ג'ו נוביק וחמישה ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי. הציוד הראשוני של המספנה בא מאיסוף של שלל ציוד מבתי מלאכה ערביים שנעזבו בחיפה במהלך מלחמת העצמאות. צוותים נסעו לעכו אחרי שחרורה והביאו ציוד מהערבים, של בתי-המלאכה שנעזבו על ידם, והוקמה המספנה. בפועל היו אלו בתי מלאכה ולא מספנה במלוא מובן המילה, הייתה זו מסגרייה ובה יכולות ריתוך ועיבוד שבבי. המחנה הראשוני באזור חיפה היה בחוף שמן ואחר כך התמקם בבה"ד חיל הים בבת גלים.
עם גדילת המספנה ובתי המלאכה נוצר הצורך למבנה גדול ומסודר בנמל. מבנה מחסן 4 הופצץ על ידי המצרים, משכך הציעה מנהלת הנמל מבנה הרוס זה לחיל הים כאתר המספנה. אנשי ההנדסה עברו לבתי המלאכה בנמל חיפה ליד בית המכס במחסן 4 ליד שורש הכניסה לרציף הדלק. עיקר כוח האדם היה מבתי מלאכה אזרחיים וללא הבנה בצד הארגוני מקצועי של מספנה וכן הבנה של מבנה ודרישות ממספנה צבאית. היה חסר בכוח אדם וג'ו נוביק הבין שלא יקבל חיילים למספנה ולכן גייס אזרחים בעלי מקצועות רלוונטיים, אלו הפכו לאזרחים עובדי צה"ל במספנה.
מעבר לכך נוצר צורך להקמת גופים מקצועיים כבמספנה תקנית והם: אגף חשמל, אגף אלקטרוניקה, בית מלאכה גוף אוניות, בקרת נזקים, נגריה, עבודה תת-ימית, מכשירנות.
לאיוש תפקידים אלו הגיעו חמישה הקצינים הבאים ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי:
בנוסף הגיעו המתנדבים הבאים ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי:
לאגף אלקטרוניקה הגיע מהצי האמריקאי דיק רוזנברג בהכשרתו הוא היה קצין תותחנים ושובץ להיות קצין קשר לימים פרופסור בטכניון בפקולטה לתעשייה וניהול בנושא מדעי ההתנהגות ורוסק שחזר לארצות הברית.
למפקדת קצין הנדסה ופיקוח הגיעו ממתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי לותר מהנדס חשמל, מסינגר מהנדס מכונות, אדמונד וילהלם ברילנט מהנדס מכונות, תורפ מהנדס חשמל (לאחר שיחרורו ינהל תורפ את בית המלאכה לתיקון קטרים של רכבת ישראל).
עם הגעתו של פול שולמן הגיעו מן הצי האמריקאי בעלי מקצוע נוספים שקיבלו מינויים בחיל הים, לדוגמה הופקד ג'ונתן לבבוגר אנאפוליס על התותחנות הימית, פיליפ שטראוס על בדיקת מחלקות המכונה של הספינות בים ואגף ההנדסה בחוף, חיים גרשוני התמנה למפקח על פעולות המספנה ותפקיד קצין התיקונים. בעת הסבת אניות ההעפלה לצי מלחמה מאולתר נוצרו חיכוכים בין גרשוני לבין ג'ו נוביק. אחד המקרים שהביא לחיכוך בין גרשוני לנוביק היה התקנת תותחים על אניות צי הצללים. נפוליונצ'יקים היו תותחים איטלקים מ-1912, אלה התותחים הראשונים שהצליחו לקנות באיטליה בסוף 1948, ואלו היו התותחים שהורכבו. הגיעו ארבעה תותחים כאלה, והיו צריכים להרכיב אותם על הקורבטות, 'ודג'ווד' ו'הגנה'. היה צריך לעשות להם בסיסים, ובארץ לא היו מתכות וחומר מתאים בכלל. גרשוני רצה להזמין חומר מחוץ לישראל, דבר שהיה לוקח מספר חדשים. בניגוד לדעתו הורכבו התותחים מחומרים מאולתרים שנמצאו בארץ, וכעבור שבוע היו התותחים מורכבים. המשנה הסדורה של צי ארצות הברית לא עמדה בדרישות המהירות והאלתור הנדרש להעמדת ספינות מיד וכן בדרישות להקמת מבנה המספנה במחסן 4, שהיה צורך לשקמו במהירות. עקב כך עזב גרשוני ובהמשך תיאר את תקופה זו בספרו האוטוביוגרפי "כך היה" "The Way it Was".
מן הצי האמריקאי הגיעו מהנדסים מוסמכים שהיו קציני חיל הים האמריקני. בהם רוברט אלן, מהנדס אוניות, מוסמך MIT והמכון הטכנולוגי WEBB בניו יורק, החליט להישאר בארץ. השתקע בחיפה עם אשתו ובנו וקיבל אזרחות ישראלית. כאן נולד לו בן נוסף, ג'ייסון. אלן הצטרף לחיל הים, תחילה שירת כאזרח בתפקיד מפקח ימי מוסמך והוא חתום על סקרים טכניים רבים אשר בוצעו באותן שנים בכלי השיט של החיל. אלן התקדם עד תפקיד ראש ענף אדריכלות ימית במחצ"ד (1951) בדרג סא"ל. בשנת 1956 החליטה המשפחה לעזוב את ישראל ובמשך חמישים השנה הבאות עסק בתחום פיתוח ובניית אוניות בארצות הברית, יפן, קוריאה, טייוואן וסין. אלן נפטר בנובמבר 2005.
בן הלפרין אשר שרת בצי האמריקאי, התמנה לקצין המכונות הראשי של אח"י נגה הראשונה (ק-26, Yucatan) לאחר הגעתה מארצות הברית למרסיי. ב-1948 הפליג איתה ארצה ולאחר מכן שב לארצות הברית. לאחר שנטל חלק כאיש צוות בהפלגת ה"קרוסטלה" לישראל, הלפרין חזר לניו יורק ועבד במחלקה הימית של משלחת משרד הביטחון. בין השאר היה אחראי על הכנתה להפלגה לישראל של אח"י "מבטח", ק-28 ובשנת 1953, של אח"י נגה השנייה (ק-22).
בניית אולם לסיום קורס חובלים א.
אחד המקרים שמלמדים על היוזמה והביצועיסטיות של ג'ו נוביק התרחש בשנת 1949–1950, לקראת סיום קורס חובלים א'. בחיל-הים רצו להזמין את ראש הממשלה, דוד בן-גוריון לטקס הסיום. ראש הממשלה הביע נכונות לבוא ומעמד סיום קורס חובלים תוכנן להיערך בקולנוע "ארמון". בתקופה זו לא היו אולמות גדולים רבים. אנשי הביטחון של ראש הממשלה שבאו לבדוק היכן הטקס יתנהל, שללו את קולנוע ארמון מסיבה ביטחונית.