ב־13 בספטמבר 1942 תקפו סיורי G1 ו־T1 של קבוצת המדבר ארוכת הטווח (LRDG) שכללו כ־50 לוחמים, מספר יעדים באזור העיירה בארקה, מצפון-מזרח לבנגאזי, כולל שדה תעופה איטלקי. תקיפת שדה התעופה התבצעה בהצלחה, והאיטלקים הודו שבמהלכה הושמדו או ניזוקו 23 מטוסים. בדרך נסיגתו הותקף הכוח על ידי פלוגה ממונעת איטלקית ולאחר מכן על ידי מטוסים של האויב, וכמעט כל כלי רכבו יצאו מכלל פעולה. הפצועים הקשים ביותר הועמסו על כלי הרכב המעטים שנותרו, בעוד עיקר הכוח המשיך במסע רגלי של כ־160 ק"מ לנקודת המפגש המתוכננת עם סיור נוסף של קמא"ט. 10 מחיילי הכוח נפלו בשבי האיטלקי.
מבצע ביגמי.
כוח גדול יחסית מיחידת SAS, בפיקודו של דייוויד סטירלינג, שלווה בדרכו על ידי סיורי S1 ו־S2 של ה־LRDG, היה אמור לפשוט על נמל בנגאזי ועל שדה התעופה בבנינה. אולם בעקבות איחור בלוח הזמנים, והיתקלות במחסום דרכים של האויב במרחק קצר מבנגאזי, נחשפה נוכחותו בטרם עת. מחסום הדרכים היה מוגן היטב, ומשני עבריו שדות מוקשים, שמנעו את איגופו. כתוצאה מכך החליט סטירלינג לבטל את הפשיטה המתוכננת ולסגת. בדרכו חזרה לבסיס הותקף הכוח מספר פעמים על ידי מטוסים גרמניים ואיטלקיים, וכתוצאה מכך ספג אבדות כבדות וכ־60 מכלי רכבו הושמדו.
מבצע נייסטי.
נווה המדבר ג'אלו הותקף על ידי יחידה מ"חיל השדה הסודני" (בפיקוד בריטי), בסיוע שתי יחידות סיור של ה־LRDG. ההתקפה הראשונה, שבוצעה בלילה של ה־15/16 בספטמבר, נבלמה על ידי המגינים האיטלקים, כ־200 חיילים, שהיו בכוננות ותוגברו עקב מידע מודעיני, שנתקבל לאחר כישלון הפשיטה על טוברוק ב־13 בחודש. התוקפים נסוגו ב־19 בספטמבר, לאחר שטור תגבורת ממונע איטלקי התקרב לנווה המדבר.
הכוחות היריבים.
הכוחות הבריטיים.
כוחות אמפיביים.
כוחות אלו נועדו לנחות מהים באזור נמל טוברוק. הם חולקו לשני כוחות: הכוח העיקרי (כוח A), נועד לנחות בחצי האי שמצפון לנמל, וכוח משני (כוח C), שינחת במפרצון ממזרח לנמל.
מהלך המבצע.
בשעה 21:30 בליל 13 בספטמבר החלו 91 מפציצים בינוניים של חיל האוויר הבריטי להפציץ את נמל טוברוק וסביבתו הקרובה. המטרה העיקרית של ההפצצה, שנועדה להימשך עד שעה 05:00 ב־14 בחודש, היה לרתק את תשומת הלב של חיל המצב של טוברוק וסוללות הנ"מ שהגנו על הנמל, ולהסיח את דעתם מהנחיתות האמפיביות המתוכננות מהים. באותה שעה, בחסות רעשי ההפצצה, החל גם כוח הקומנדו, שנועד להכין את הקרקע לנחיתות האמפיביות (כוח B), לתקוף את היעדים שהוקצו לו.
כוח B.
הכוח הקרקעי, שנועד להשתתף במבצע הסכמה, היה כוח אד הוק, שהורכב במיוחד בשביל הפשיטה על טוברוק. הכוח, בפיקוד לויטננט קולונל ג'ון האסלדין, כלל 81–83 לוחמים. 45 מתוכם היו לוחמי קומנדו מנוסים, ותיקי קומנדו המזרח התיכון, שהתנדבו למשימה, והשאר מומחים בתחומים שונים שצורפו לכוח, כדי למלא משימות מיוחדות (פלסים ומומחי חבלה, תותחנים, אלחוטאים וכו') וכן מספר לוחמים מקבוצת החקירות המיוחדת. המשימה שהוטלה על הכוח הייתה לשתק מספר סוללות של תותחי חופים ותותחי נ"מ, ששלטו על הכניסה לנמל טוברוק, ולאבטח את הנחיתה האמפיבית של כוח C במפרצון, שנמצא במרחק קטן ממזרח לכניסה למפרץ טוברוק.
כוח הקומנדו הגיע לטוברוק דרך נווה המדבר אל־כופרה לאחר מסע עוקף ארוך של כ־2,700 ק"מ מעמק הנילוס, בליווי יחידת סיור של קמא"ט, שהביא אותו לעורפם של כוחות הציר. המשאיות בהן נסע הכוח נצבעו בסמלי קורפוס אפריקה (כוחות הציר בצפון אפריקה הרבו להשתמש בכלי רכב בריטיים שנתפסו שלל) ולוחמי הקומנדו התחזו לשבויי מלחמה בריטיים, עליהם "שמרו" כביכול חיילים מקבוצת החקירות המיוחדת, שהתחזו לחיילים גרמנים. בדרך זו הצליח הכוח להסתנן לאזור נמל טוברוק מבלי להתגלות לאחר רדת החשיכה ב־13 בספטמבר.
כוח B הצליח להשתלט על מרבית יעדיו, ופגע בלא מעט קבוצות של חיילים איטלקיים, שאיישו את סוללות הגנת החופים ואת העמדות, ששלטו על מפרץ מרסה אום שואסק, אך שורת עיכובים בלתי צפויים והתקפות נגד מצד נחתים איטלקיים מגדוד 3 של רגימנט "סן מרקו", שנמצאו באזור, גרמו לאיחור משמעותי בלוח הזמנים המתוכנן שלו. לוחמי הקומנדו הצליחו לאבטח לבסוף את נקודת הנחיתה המיועדת של כוח C, שידרו באלחוט את אות ההצלחה למפקדת המבצע והפעילו פנסי אלדיס, כדי לכוון אליהם את הכוח האמפיבי, אולם מסיבות שונות, רק חלק קטן מכלי השיט שהובילו את כוח C הצליחו לאתר את חוף הנחיתה ולחבור אל כוח הקומנדו. לאחר שהכוח הבין שמבצע הנחיתה נכשל, ואין סיכוי לפינוי שלו בדרך הים, הוא התחלק לקבוצות קטנות, שניסו לפלס דרכן דרומה למדבר הפתוח. לאחר שעלה השחר, כותר הכוח והותקף על ידי כוחות אויב עדיפים, מפקדו נהרג ורוב אנשיו נהרגו או נפלו בשבי.
כוח C.
כוח C כלל כ-180 לוחמים, מתוכם כמאה חיילים מרגימנט ארגייל וסאת'רלנד היילנדרס, מחלקת מקלעים מרגימנט רויאל נורת'מברלנד פיוסילירס (עם 4 מקלעי ויקרס), שתי כיתות הנדסה וכוח תותחנים נגד מטוסים (שנועד להפעיל תותחי נ"מ של האויב, שיתפסו במהלך הפשיטה). התפקיד שהוטל על הכוח - שנועד להגיע לטוברוק על סיפון 16 ספינת טורפדו ו-3 סירות מנוע גדולות - היה לנחות במפרץ מרסה אום שואסק (mersa umm es sciausc), ממזרח לכניסה לנמל טוברוק, לחבור לכוח הקומנדו, שהיה אמור לאבטח את נקודת הנחיתה, ולאחר מכן להתקדם יחד איתו דרומה במקביל לצד המזרחי של מפרץ טוברוק, ולחבור באזור הנמל עם כוח הנחיתה העיקרי (כוח A), שיתקדם לנמל מכיוון מערב. הכוח נועד להשתלט בדרכו על סוללות תותחי חופים ותותחי נ"מ, וכן להציב חסימות על הדרכים המובילות לנמל טוברוק ממזרח וממערב, בסיוע כוח האש של מקלעי הויקרס, כדי לעכב הגעת תגבורות של הציר.
שתי השייטות של ספינות הטורפדו, שנשאו את הכוח, התקדמו לטוברוק בשני טורים מקבילים. כשהן התקרבו לנמל והגבירו את מהירותן, איבד טור אחד את דרכו בחשיכה, והטרפדות התפזרו ואיבדו קשר זו עם זו. הטור השני הגיע ליעדו בשעה המתוכננת, אך המתין זמן רב לקבלת אישור שהכוח הקרקעי הצליח במשימתו, ואיבטח את נקודת הנחיתה המיועדת. לאחר שהתקבל לבסוף האישור, החלו הטרפדות לחפש את המפרצון בו נועדו לנחות, אך מסיבה לא ברורה (אולי עשן שעלה משריפות שפרצו בנמל טוברוק כתוצאה מההפצצה האווירית) לא הצליחו לראות את האיתות של הפנסים, שהיו אמורים לסמן את מיקומו. בסביבות שעה 03:00 הצליחו שתי ספינות טורפדו לאתר את נקודת הנחיתה. אחת מהן נתקעה על שרטון במים הרדודים, אך השנייה הצליחה להנחית בחוף כיתת מקלענים עם שני מקלעים ולהפליג החוצה מהמפרצון. משום מה שאר כלי השייט של כוח C לא באו בעקבותיהן. רק זמן קצר לפני עלות השחר איתרו טרפדות נוספות את יעדן, אולם בשלב זה הן כבר התגלו על ידי הכוחות המגינים על טוברוק, הוארו באור זרקורים, וספגו אש כבדה מספינות האויב בנמל ומסוללות תותחי חופים ותותחי נ"מ 88 מ"מ, שהגנו עליו. 7-6 סירות טורפדו ניסו פעם אחר פעם להיכנס למפרצון, בו היו אמורות להנחית את הכוחות שעל סיפונן, אולם נהדפו על ידי אש האויב. שלוש מהן ניסו ללא הצלחה לפרוץ את הרשת נגד צוללות, שהגנה על הכניסה לנמל טוברוק, ולשגר את טילי הטורפדו שלהן על כלי השייט של האויב שעגנו בנמל.
לאחר שעלה השחר החלו מטוסי קרב ומפציצים איטלקיים הגרמניים, שהוזעקו לעזרה משדות התעופה הסמוכים לטוברוק, לתקוף את כלי השייט של כוח C, שבשלב זה קיבלו כבר הוראה לנטוש את משימתם והיו בדרכם חזרה לאלכסנדריה. שתיים מסירות המנוע הגדולות של הכוח, ושלוש ספינות טורפדו טובעו על ידי מטוסי האויב, והניצולים נפלו בשבי. שולת מוקשים גרמנית השתלטה על ספינת טורפדו רביעית, שנתקעה על שרטון במפרץ מרסה אום שואסק. שאר כלי השייט של הכוח, שהותקפו שוב ושוב בדרך נסיגתם על ידי מפציצים ומפציצי צלילה גרמניים, הצליחו לחזור לבסיסם, על אף שחלקם ניזוקו בתקיפות האוויריות.
כוח A.
לפי תוכנית המבצע, הצוללת "טאקו" הייתה אמורה להנחית מספר אנשי קומנדו (כוח E) בסירות גומי על החוף במפרץ מרסה מרירה, כדי להדליק משואות ניווט, שינחו את כוח הנחיתה הבריטי העיקרי ליעדו. אולם ים סוער במיוחד לא אפשר לאנשי הקומנדו לצאת מהצוללת ולבצע את משימתם. כתוצאה מכך, המשחתות הבריטיות "סיק" ו"זולו", שנשאו על סיפונם כ־400 נחתים, לא הצליחו לאתר בחשיכה את נקודת הנחיתה המיועדת. הם הוטעו על ידי אורות שונים שדלקו על החוף, והנחיתו את הגל הראשון של הנחתים במרחק כ־5 ק"מ מערבית ליעדם. עקב מחסור במקום על סיפון שתי המשחתות, הן לא יכלו לשאת מספיק סירות להנחתת כל כוח הנחיתה, ולכן הוחלט שהכוח יונחת בשני גלים, והגל השני של הנחתים ימתין כשעה לחזרת הסירות שנשאו את הגל הראשון, לפני שיוכל לצאת לדרכו. הורדת סירות הנחיתה (או דוברות הנחיתה) והגוררות שלהן מהמשחתות למים ארכה זמן רב, ולכן גל הנחיתה הראשון יצא לדרכו רק זמן קצר לפני שעה 04:00.