הכנסייה הקופטית מחולקת לכמה פלגים, כשהגדול בהם (עם רוב מוחץ של מאמינים) הוא הזרם האורתודוקסי הקופטי, ואחריו הכנסייה הקתולית הקופטית , הכנסייה האוונגליסטית הקופטית והכנסייה הפרוטסטנטית הקופטית. הקהילות הנוצריות שאינן צאצאים של ילידים מצריים נמצאות בעיקר בקהיר ואלכסנדריה. מיעוטים משמעותיים בקהילה הנוצרית במצרים כוללים את הזרמים הבאים:
דתות שלא מוכרות בחוק.
פלג האחמדים.
הפלג האחמדי שבאסלאם, אשר אינו מוכר כזרם רשמי של האסלאם בחוק המצרי, הגיע למצרים מתת-היבשת ההודית עוד בזמן חייו של מירזא ע'ולאם אחמד אל-קאדיאני, מייסד הזרם. התנועה במצרים הוקמה רשמית בשנת 1922 בהנהגת הח'ליף השני שלה. מאז שהפלג הסוני גדל מאוד וצמצם את אחוז האחמדים באוכלוסייה המוסלמית במצרים לפחות מ-5%, העוינות הממסדית והלא-רשמית כלפי הקהילה גדל, והאחמדים (שכיום מונים 50,000 מאמינים במצרים) סובלים מדיכוי מה.
הצעד הראשון של קהילת המוסלמים נגד קהילת האחמדים היה בשנת 1962, כאשר ועדת א-זאהר הכריזה כי רשמית האחמדים נפרדו מהאסלאם וכי הם לא מהווים יותר חלק מהקהילה האסלאמית במצרים. עם זאת, רוב האחמדים חיים בשלום עם שאר הזרמים המוסלמיים. ההתנכלויות היחידות נגד אחמדים במצרים באמצע המאה העשרים היו מצד תנועת האחים המוסלמים, שטענו כי האחמדים "מהווים איום על האסלאם" וקראו לתושבי מצרים המוסלמים 'להישמר' מפני המאמינים בזרם.
החל מהמאה ה-21 חל גידול מסיבי בעוינות כלפי אחמדים. האחמדים, יחד עם קבוצות מוסלמיות אחרות שנחשבות סוטות מהזרם המרכזי, נרדפו על ידי ממשלות המדינות בהן הם נמצאו, וכך גם במצרים. במרץ 2010 כ-11 מאמינים אחמדים נעצרו בטענה שהפרו את חוק החירום המצרי - חוק המוגבל לכאורה לטיפול בפשעים הקשורים לטרור או סחר בסמים - באשמת "ביזוי הדת" ו"ערעור היציבות הלאומית". 11 העצורים הוחזקו על ידי מוסד "החקירות לביטחון המדינה" בארבע תחנות משטרה שונות: בקהיר, בקליוביה, באל-מניא ובסוהאג. הם נחקרו כולם על אמונותיהם הדתיות והוחזקו במעצר זה במשך יותר מחודשיים מבלי שהובאו לבית המשפט או שהוגש נגדם כתב אישום. לאחר המקרה התערבה היוזמה המצרית לזכויות אישיות (EIPR) וטענה כי המעצרים והחקירות נוגדים את חוקת מצרים וההגנה על חופש האמונה והביטוי, כמו גם על התחייבויותיה הבינלאומיות של מצרים בעניינים אלו.
הדת הבהאית.
הדת הבהאית קיימת במצרים מעט שנים יחסית, כאשר מאמינים ראשונים הגיעו בשנת 1863. בהאא אללה, מייסד הדת, שהה במצרים זמן קצר בעצמו בשנת 1868 כשהיה בדרך למאסר בעכו. המצרים הראשונים שהמירו את דתם לבהאים עשו זאת בשנת 1896. בתחילת המאה העשרים הוקמה אספה לאומית של בני הדת הבהאית במצרים, אך בשנת 1960, בעקבות אי יציבות שלטונית וחוקים פזיזים, איבדו הבהאים את זכותם להיות קהילה דתית רשמית על פי צו 263 לחוקה המצרית שהעביר הנשיא המצרי, גמאל עבד אל נאצר. עם זאת, בשנת 1963 נותרו במצרים שבע קהילות בהאיות מאורגנות, שהיו פזורות לאורך הנילוס.
במשך השנים הדלדלה קהילת הבהאים, בין היתר בעקבות הזנחה מצד השלטון ואיסורים נוספים על פולחן. בין השנים 2006 ל-2009 התרחשה במצרים פרשה שבמסגרתה השלטונות עיכבו וחקרו כמעט כל בהאי במצרים בטענה שהיה חשד ל'זיוף תעודות זהות'. במקביל, פעילים אסלאמיסטיים הציתו בתים של משפחות בהאיות וגרשו מאמינים מעיירות בעקבות דתם. בשנים אלו האוכלוסייה הבהאית הוערכה בין 2,000 ל-7,000 תושבים.
יהדות מצרים.
לפני שנת 1956 ועל פי מפקד האוכלוסין של 1948 היו במצרים 65,639 בני הדת היהודית. היהודים לקחו חלק בכל היבטי החיים במצרים - הם היו שותפים בפוליטיקה, בכלכלה, בחיי החברה ובתרבות ככל אזרח מצרי אחר. היהודים שימשו חלק קריטי בתרבות המצרית, ואנשים כמו יעקוב צנוע, הלאומן המצרי הנלהב, דאוד חוסני, המוזיקאי המפורסם, לילה מוראד, הזמרת הידועה ועוד.
בתקופה מסוימת במאה ה-19 יהודים מכל רחבי האימפריה העות'מאנית (ששלטה אז באזור) ואירופה הגיעו כדי לחיות במצרים, בגלל ההרמוניה ששררה בין התושבים המוסלמים לתושבים היהודים. אך בשנות ה-30 של המאה ה-20 הסתה שהפעילו תנועות פשיסטיות איטלקיות וגרמניות לצד תנועות כגון האחים המוסלמים גרמו לגזענות, הדרה והתנכלויות כלפי יהודים ובני מיעוטים אחרים, כדוגמת הקופטים והיוונים. ככל שהלאומיות המצרית המוסלמית צברה פופולריות, החל היחס ליהודים הרע, בטענה שהם "לא יהודים אמיתיים". הסכסוך המתמשך של המרד הערבי הגדול משנת 1936 לא הועיל ליחס המוסלמים ליהודים, שהדהו עם המאבק הערבי.
על אף שגרמניה הנאצית לא שלטה במצרים, הלך הרוח הפשיסטי שרר גם שם, ולאומנים מצריים מוסלמים השתמשו בטיעוני הגזע כדי להסית כנגד היהודים. בשנות השלושים המאוחרות תורגמו לערבית והופצו במצרים ספרים כגון מיין קמפף והפרוטוקולים של זקני ציון. בעקבות ההסתה המסיבית, החלו התנגשויות אלימות מצד מוסלמים כלפי היהודים בקהיר, אלכסנדריה וטנטא, אך המשטרה המקומית הצליחה למנוע אירוע רב נפגעים. בשנת 1945 חלו פרעות נגד היהודים באלכסנדריה וקהיר, בהן נהרגו כעשרה יהודים.
ב-28 בנובמבר 1947, על רקע ההצעה להקמת מדינה יהודית בארץ ישראל, הזהיר שגריר מצרים באו"ם באותה העת כי: "מיליון יהודים חיים בשלום במצרים (וביתר ארצות האסלאם) ונהנים מכל זכויות האזרח. בהחלט אין הם רוצים להגר לפלשתינה. אולם אם מדינה יהודית תיווצר אף אחד לא יוכל למנוע צרות. פרעות תפרוצנה בפלשתינה, תתפשטנה על כל ארצות ערב ותובלנה אולי למלחמה בין הגזעים. [...] אם יחליטו האומות המאוחדות על חלוקת פלשתינה הן תשאנה באחריות לצרות חמורות ביותר ולטבח של מספר רב של יהודים".
הכרזת העצמאות.
בזמן הכרזת המדינה ופלישת צבאות ערב לשטח מדינת ישראל עצרה ועיקבה המשטרה המצרית גברים ונשים יהודים בגילאי 16–67 על אף שלא עשו שום פשע, וכלאה אותם בארבעה בתי מעצר: 'בית הסוהר לזרים' במרכז קהיר, מחנה 'האקסטפ' בהליופוליס, מחנה א-טור ומחנה באבוקיר. העצורים הוחזקו בשבי ללא העמדה לדין עד לשנה וחצי, כאשר כל אותו הזמן לא נמסר למשפחותיהם היכן הם נמצאים. בתום תקופה זו הם שוחררו ללא כתב אישום, מה שמעיד על החזקתם בתנאי שבי ללא כל סיבה פלילית.
נקודת השבר ביחסים שבין המוסלמים במצרים ליהודים הייתה תבוסת הצבא המצרי לצבא ההגנה לישראל במלחמת העצמאות. הניצחון של ישראל על מצרים נראה בעיני הציבור המצרי כניצחון של היהודים על המצרים, והוביל לגל של זעם בקרב האוכלוסייה המוסלמית כלפיי היהודים. שרשרת ההסתה, רגשות התבוסה והלאומנות הערבית-מוסלמית הובילה להפיגועים בקהיר בשנת 1948, אשר זכורים כנקודת שבר ביחס המוסלמי-יהודי במצרים. לאחר שמטוס מסוג בואינג B-17s ניסה להפציץ את ארמון עאבדין כחלק מהתכנית של ישראל להכניע את הכוחות המצריים, הוא החטיא ופגע בבתי מגורים, מה שגרם להרס והרוגים רבים. בעקבות המקרה, התארגנה הפגנה ספונטנית של מוסלמים מול הרובע היהודי, אשר הייתה לאות אזהרה לקראת האירועים שעתידים לבוא.
מספר ימים לאחר מכן התריעו השלטונות המצריים מפני פיגוע ישראלי בקהיר, אך בסופו של דבר התברר כי היה מדובר באזעקת שווא. העניין גרם לזעם ציבורי נגד היהודים, ויומיים לאחר מכן, בתאריך 19 ביולי, כנקמה על ההפצצה הישראלית, הושלכו פצצות לעבר חנויות כלבו בבעלות משפחות יהודיות, ו-22 איש נהרגו. בתאריכים 28 ביולי ו-1 באוגוסט הופצצו חנויות נוספות גם כן.
מלחמת סיני.
ב-29 באוקטובר 1956 פרצה מלחמת סיני, אשר נתפסה שנית על ידי העם המצרי כקריאת תיגר של היהודים על מצרים. בעקבות השנאה הגוברת לישראל במצרים הוחרמו יותר מ-500 עסקים יהודיים וכספיהם הוקפאו בבנקים. בנוסף, 800 יהודים נוספים הוכנסו ל'רשימה השחורה' של השלטונות מצרים ללא כל סיבה אמיתית, וכל כספם הוחרם. בנובמבר אותה שנה חוקק 'חוק האזרחות החדש' במצרים אשר קבע כי ציוניים אינם רשאים להשיג אזרחות מצרית, ואם יש להם אזרחות מצרית היא תישלל מהם. החוק היה הראשון בסדרת חוקים וגזרות כנגד הקהילה היהודית, שמטרתם הסופית הייתה לדלל לחלוטין את האוכלוסייה היהודית. השלטונות המצריים ובראשם גמאל עבד אל נאצר נקטו כמה צעדים חריפים כנגד היהודים, כדוגמת צווי גירוש ליהודים, מעצרים ממושכים ללא סיבה פלילית או החזקה של יהודים בביתם תחת השגחה במעין "מעצר בית" לא רשמי.
באופן כללי ככל שעבר הזמן מאז מלחמת העצמאות היחס ליהודים במצרים הלך והורע, ויהודים רבים פוטרו מעבודותיהם, לא קיבלו טיפולים רפואיים וסבלו מרדיפה והתנכלויות מצד התושבים המוסלמים. האווירה האנטי-יהודית או אנטי-ציונית במצרים הובילה יהודים רבים, מתוך חשש לחייהם, לברוח ממצרים אל ישראל כחלק מחוק השבות.
עניין הבריחה ממצרים לא היה דבר של מה בכך, וכדי שהשלטונות המצריים יאפשרו לאדם לצאת מגבולות המדינה היה עליו לשלם סכום כסף ניכר כדי לקבל 'תעודת מסע', ולאחר מכן היה עליו לוותר על כל רכושו ולהתחייב שלא לחזור למצרים לעולם. על כן, יהודים רבים שלא היה ברשותם הכסף נאלצו לברוח בצורה לא חוקית, כאשר חלקם נסעו כנוסעים סמויים באוניות שיצאו מנמלי פורט סעיד, אלכסנדריה ואל עריש וחלקם נעזרו בצלב האדום כדי לברוח.
עד שנת 1957 נותרו במצרים רק כ-3,000 יהודים, כאשר עשור קודם לכן חיו במצרים למעלה מ-80,000 יהודים.
מלחמת ששת הימים וסוף הקהילה היהודית.