גילוי המגילות הגנוזות חייב דיון מחודש בהשערות הוותיקות. קיומן של מגילות מגוונות כל כך ששימשו קהילה קטנה כל כך הוא תופעה שאין לה הסבר מניח את הדעת. בעוד אסכולת הטקסטים העממיים הסתייעה במגוון הטקסטואלי המרשים שנמצא, נסמכו תלמידיו של דה-לגארד על הממצאים הקדם-מסורתיים לחיזוק הטענות בדבר נוסח קדמון. יש לזכור גם כי המקרא איננו יצירה חדגונית, ובהחלט ייתכן שספרי מקרא שונים התפתחו באופנים שונים. בעיות שונות בהשערת הנוסחים העממיים מביאה דה-פקטו את מרבית חוקרי ביקורת הנוסח לכיוון השערת הטקסט הקדמון, לפחות בניסוחיה המתונים. לשיטת עמנואל טוב, מבכירי חוקרי הנוסח הפועלים כיום בישראל, בשלב קדום ביותר הושלמו מהדורות סופיות של ספרי המקרא. מהדורות אלו נשמרו ונמסרו בקפדנות על ידי חוגים מרכזיים כגון חוגי בית המקדש. לצד מהדורות אלו המשיכו להתקיים מהדורות חלקיות מוקדמות יותר, בעיקר באוכלוסיות פריפריאליות יותר מבחינה סוציולוגיות וגאוגרפית, על אף ניסיונות להחליפן במהדורות המתוקנות והמלאות.
גרסאות שונות וקריטריונים להערכתן.
כפי שהומחש בסקירה אודות עדי הנוסח, לפני חוקרי המקרא עומד מספר עצום של ממצאים ועדויות באשר להבדלי גרסאות, הנוגעים כמעט לכל אחד מפסוקי המקרא. גם אם חלק מהחוקרים שולל את קיומו של נוסח מקורי וממילא איננו שואף לשחזרו, הרי שמוסכם על כל העוסקים בתחום כי ישנה כמות ניכרת של הבדלי נוסח תולדיים שמקורם בשיבושי גרסה, וממילא קיים הצורך לתאר תהליך זה ולשחזר נוסח או מספר נוסחים מתוקנים יותר על ידי הכרעה בין הגרסאות השונות.
מרבית החוקרים נוטים להכריע בין הגרסאות בהסתמך על כללים שנוסחו מאז המאה ה-17, ואף לוקטו בקבצים שונים. לעומתם מיעוט החוקרים שוללים את תקפותם של הכללים הללו, והם נמנעים להכריע בסוגיות של חילופי נוסחאות. הקריטריונים לפיהם מכריעים החוקרים בין הגרסאות שאולים בחלקם מתחומי מחקר אחרים כגון הפילולוגיה הקלאסית ומחקר הברית החדשה, וניתן לחלקם לשני סוגים - קריטריונים חיצוניים ופנימיים. להלן תוצג רשימה חלקית של הקריטריונים ויפורטו הליקויים העיקריים בכל אחד מהם.
קריטריונים חיצוניים.
קריטריונים חיצוניים כוללים שיקולים שאינם נוגעים לגרסאות עצמן אלא להיבטים כלליים באשר לעדים שבהם משתקפות הגרסאות השונות.
לקריטריונים אלה יש המוסיפים גם שיקולים גאוגרפיים באשר למיקומם של הממצאים השונים.
קריטריונים פנימיים.
מאחר שתקפותם של הקריטריונים החיצוניים הוטלה בספק, הקריטריונים העיקריים שבהם יש להתחשב הם אלה הנוגעים לתוכן של הבדלי הגרסאות, ובעיקר השניים הבאים:
לסיכום, הכללים שהוצגו, פנימיים וחיצוניים כאחד, לוקים כולם בחסר, אם בסובייקטיביות שבהם, אם באופי הלא-מעשי של השימוש בהם, אם באי-הרלוונטיות שלהם לרוב גדול של הבדלי הגרסאות ואם בעובדה שההיגיון העומד מאחורי חלקם איננו חד משמעי. ממילא, את עבודת חקר הנוסח לא ניתן להגדיר באמצעות כללים חד משמעיים, אלא עבודה זו נסמכת בעיקר על האינטואיציה של החוקר ומידת השכנוע שיש בנימוקיו באופן מקומי לכל הצעה והצעה.
הצעות תיקון לנוסח המקרא.
מלבד העיסוק בהערכת הגרסאות השונות, נזקקים החוקרים לעיתים להציע תיקון נוסח שלא על פי אף אחד מעדי הנוסח הקיימים. הצעות אלו מתבססות על השערות בדבר תהליכים שאירעו לנוסחי המקרא בעת מסירתם. הלגיטימציה שבהעלאת השערות כאלו נסמכת על אקראיות הממצאים שנותרו בידינו - בה אם נותרו בפנינו X הבדלי גרסה, ניתן לשער כי הבדלי גרסה רבים אחרים אבדו במרוצת השנים. ואכן, רבות מהצעות התיקון שהוצעו עד למחצית המאה ה-20 נתגלו לימים בעדי הנוסח שבקומראן. ממצאים אלה ואחרים הפכו הצעות תיקון רבות שהוצעו מדעתם של חוקרים לחילופי גרסה מתועדים ורגילים לכל דבר ועניין.
ישנם סוגים שונים של הצעות תיקון: מרבית הצעות התיקון נובעות מהבנת ההקשר, כגון הצעתו המפורסמת של שמואל דוד לוצאטו לתקן את הכתוב ב - "וַתִּשָּׂאֵנִי רוּחַ, וָאֶשְׁמַע אַחֲרַי קוֹל רַעַשׁ גָּדוֹל: בָּרוּךְ כְּבוֹד-ה' מִמְּקוֹמוֹ" ל"ואשמע אחרי קול רעש גדול ברום כבוד ה' ממקומו", בהתבסס גם על השוואה ל. ישנן הצעות תיקון הנובעות משיקולים לשוניים, כגון השוואה למקבילות בשפות קרובות או מטעמים דקדוקיים שונים. הסוג השלישי של הצעות תיקון נוגע לשיקולי סגנון כגון משקלים חריגים ועוד.
ביקורת הנוסח והביקורת הספרותית.
הביקורת הספרותית של המקרא (המכונה גם "הביקורת הגבוהה") עוסקת בשאלות מקיפות הנוגעות לזמן חיבורם של ספרי המקרא, מבנה היצירות ואחדותן, זהות מחבריהן ומידת האותנטיות שלהן. לצורך עבודתה נשענת הביקורת הספרותית על תחומי מחקר שונים כגון בלשנות, תורת הספרות, היסטוריה, גאוגרפיה וכן על ביקורת הנוסח. באופן עקרוני, דרכיהן של הביקורת הספרותית וביקורת הנוסח אינן אמורות להיפגש הואיל והן עוסקות בשלבים שונים בתולדות הטקסט המקראי. בעוד הביקורת הספרותית עוסקת בשלבי היווצרותו של הטקסט עד ל"השלמתו", הרי שביקורת הנוסח עוסקת בעיקר בשלב של העתקת הטקסט השלם, דרכי מסירתו ותולדות נוסחיו. נקודת המפגש בין שתי הדיסציפלינות נוצרת כתוצאה מהעובדה שההפרדה בין השלבים היא תאורטית בלבד, בלא כל אפשרות ממשית לסמן נקודת זמן החותמת את שלב החיבור ופותחת את שלב ההעתקה. העתקת הטקסטים החלה גם קודם השלמת מהדורתם הסופית של הספרים, אם הייתה כזאת, ובמקביל, גם לאחר הוצאת מהדורה מוגמרת מידיו של הסופר ומסירתה, המשיכו סופרים אחרים לתקן, להגיה, להוסיף ולהשמיט.
באופן זה, חילופי גרסאות עשויים להעיד על שלבים מוקדמים מאוד בגיבושו של טקסט. גם כאשר הופצו מהדורות סופיות של ספרים שונים הן לא הצליחו לשרש לחלוטין את המהדורות החלקיות שהופצו לפני כן בצורה מוגבלת יותר. בעבר לא התקיימו עדויות עבריות התומכות בהשערה בדבר מהדורות קדומות, אך מצב זה השתנה עם גילוי מגילות מדבר יהודה. גם לאחר גילוין, מספר הדוגמאות עליהן ניתן לבסס השערה זו מוגבל, ועם זאת יש בו כדי להעלותה לרמת סבירות גבוהה. בין "המהדורות החלקיות" ניתן לציין את נוסחו הקצר בשישית של תרגום השבעים לספר ירמיהו, נוסח המשתקף גם במגילות קומראניות עבריות, נוסחים קצרים של תרגום השבעים ליהושע ויחזקאל החסרים שכבת עריכה דקה בת 4–5 אחוזים וכן חסרונם של פסוקים המזוהים כתוספות דויטרונומיסטיות במגילה קומראנית של ספר שמואל, שמשקפת אולי שלב ביניים בעריכת הספר.
הדוגמה הבולטת ביותר לתרומתה של ביקורת הנוסח לביקורת הספרותית מצויה ב-, בסיפור הקרב בין דוד וגלית. בנוסח המסורה של סיפור זה קיימות סתירות רבות, כפילויות וכיוצא בזה, במיוחד הסתירה לכאורה שבין ל. תופעה זו יוצרת רושם של נוסח אקלקטי, ומזכירה את המצב שמדגישה הביקורת הספרותית בסיפורי התורה. אך בעוד בתורה יכולה הביקורת הספרותית רק לשער ולשחזר את הדרך בה שולבו מקורות שונים ליצירת נוסח משולב, הרי בסיפור דוד וגלית מספקת ביקורת הנוסח עדות ברורה לדרך בה נערך הסיפור, באמצעות השוואה לתרגום השבעים. תרגום השבעים לסיפור כולל רק כמחצית מהפסוקים הקיימים בנוסח המסורה: - , , , , . פסוקים אלה יוצרים סיפור עצמאי, ויתר הפסוקים המופיעים בנוסח המסורה יוצרים גם הם נוסח העומד בפני עצמו. קריאת הפסוקים שבתרגום השבעים לבדם פותרת את כל הקשיים הקיימים בנוסח המסורה. אמנם יש חוקרים הטוענים כי מדובר בתרגום שנעשה מתוך מגמה להחליק את החספוסים הקיימים, אולם העובדה כי הפסוקים שכן תורגמו, תורגמו בנאמנות מילולית גמורה למקור ובאופן הזהה לנוסח המסורה מעידה, לדעת חוקרים כמו אלכסנדר רופא ועמנואל טוב, כי לפני המתרגם עמד נוסח עברי קצר בהרבה. הפרדה בין הפסוקים הקיימים והחסרים בתרגום השבעים מגלה כי למעשה מדובר בשתי גרסאות שונות של הסיפור העומדות בזכות עצמן בתוספת של פסוקי עריכה. על פי ההשערה, אחד העורכים המאוחרים של הספר (לכל הפחות, מאוחר מזמן יצירת המצע העברי עליו התבסס המתרגם היווני) צירף את שתי הגרסאות הללו יחד כדי לשמור על שני נוסחים שעמדו לפניו, וכך נוצר הנוסח האקלקטי הקיים לפנינו.
התייחסות דתית לביקורת הנוסח.
כפי שתואר לעיל, כבר מימי חז"ל, דרך ימי ביניים ועד העת החדשה, הייתה קיימת ההכרה כי ישנו מספר לא מבוטל של חילופי נוסחאות בספרי המקרא, בייחוד בספרי נביאים וכתובים. עם זאת, במקביל להכרה הזו גם עיקרון קדושת נוסח המקרא לאותיותיו הוא עקרון קדום ובמידה מסוימת אף מתבססות עליו הלכות שונות ופרטיהן, כגון בהלכות סוכה (המחלוקת התנאית בעניין מספר הדפנות המינימלי נסמכת על שאלות של כתיב חסר ומלא בהופעות המילה "סוכה" בתורה), תפילין ודינים רבים אחרים. שתי ההכרות הללו, המנוגדות במידת מה, התקיימו זו לצד זו בכפיפה אחת כבר בספרות חז"ל וגם בתקופת הראשונים. לאחר המצאת הדפוס הלכו והתמעטו חילופי הגרסאות בנוסח המסורה, בעקבות הפיכת נוסח המהדורה השנייה של מקראות גדולות, בתוספת הגהות שביצעו מנחם די לונזאנו וידידיה מנורצי, למהדורה המוסכמת. תהליך זה ביסס את האפשרות להתייחס אל הנוסח שהתקבל כאל נוסח מסורתי.
בעת החדשה הלך ונתמעט מספרם של היהודים המסורתיים שעסקו בשאלות ביקורת הנוסח. גם פרשן כשד"ל, שנתפס כמי שנמצא על התפר שבין אורתודוקסיה לרפורמה, מיעט, דווקא מתוך עיון והשוואות, בחשיבותם של עדי הנוסח השונים ונמנע מלהציע תיקוני נוסח באשר לתורה. רד"צ הופמן, פרשן מקרא חשוב שחי בגרמניה בסוף המאה ה-19 שלל גם הוא את העיסוק בביקורת הנוסח, דווקא מתוך היכרות מעמיקה איתה. מניעים אנטישמיים שהיו בבסיס פעולתם של כמה מחוקרי הנוסח במאה ה-19 תרמו אף הם להסתייגות מהדיסצפלינה כולה.