אקספוזיציה משנית או כניסת ביניים יופיעו לעיתים בסטרטו, כאשר קול שני עונה עם המוטיב או התשובה עוד לפני שהקול הראשון סיים, מה שמגביר את האינטנסיביות של המוזיקה.
רק כניסה אחת של המוטיב חייבת להופיע בשלמותה בסטרטו. סטרטו שבו המוטיב או התשובה נשמעים בשלמותם בכל אחד מהקולות נקרא סטרטו גדול ("גרנד סטרטו"). סטרטו יכול להופיע גם בהיפוך, צמצום או הרחבה. פוגה שבה האקספוזיציה פותחת בסטרטו נקראת "פוגה סגורה" או "פוגת סטרטו" (ראו לדוגמה: קטעי ה-"Gratias agimus tibi" ו-"Dona nobis pacem" מתוך המיסה בסי מינור של באך). ככלל, פוגות אשר מורכבות מקטעי סטרטו צפופים לא יכילו נושאים משניים, ולהפך. יוצאת מכלל זה היא הפוגה במי מז'ור מתוך הספר השני של הפסנתר המושווה, אשר מתחילה באקספוזיציה של המוטיב ושל הנושא המשני, וממשיכה באקספוזיציה משנית של שניהם, בזמנים שונים, כאשר כל אחד בסטרטו עם עצמו.
כניסה אחרונה וקודה.
החלק החותם של הפוגה יכלול לרוב אקספוזיציה משנית אחת או שתיים, ולעיתים גם סטרטו, בסולם הטוניקה. לעיתים הם ילוו בנקודת עוגב של הטוניקה או הדומיננטה. כל החומר המוזיקלי שבא אחרי הכניסה האחרונה של המוטיב נקרא הקודה, ולרוב יהיה קדנציאלי.
סוגי פוגות נוספים.
פוגה כפולה (משולשת, מרובעת וכו').
פוגה כפולה מורכבת משני מוטיבים אשר מפותחים, לרוב, בעת ובעונה אחת. קיימות גם פוגות המכילות שלושה מוטיבים ואף יותר. לעיתים שני המוטיבים מוצגים בו-זמנית במהלך האקספוזיציה (לדוגמה: "קיריה אלייסון" ברקוויאם ברה מינור מאת מוצרט), ואילו במקרים אחרים קיימות שתי אקספוזיציות נפרדות בנקודות שונות במהלך היצירה, והמוטיבים משתלבים יחדיו רק בנקודה מאוחרת יותר (לדוגמה: פוגה מס' 14 בפה דיאז מינור מהפסנתר המושווה מאת באך, ספר 2).
פוגה הופכית.
פוגה הופכית היא פוגה שבה המוטיב בהיפוך קיים לצד המוטיב המקורי, בתור התשובה הראשונה, ואף ממשיך להופיע בצורה בולטת בהמשך היצירה. לדוגמה: אמנות הפוגה מאת באך, "קונטרפונקט IV".
פוגת צירופים (פרמוטציה).
פוגת צירופים היא יצירה (או טכניקת הלחנה) שבה משולבים אלמנטים של פוגה ושל קאנון מחמיר. כל קול נכנס בתורו, ברצף, ומשמיע את המוטיב, וכל כניסה מחליפה לסירוגין בין הטוניקה הדומיננטה. כל קול, לאחר שנקב במוטיב, ממשיך ונוקב בשני נושאים משניים או יותר, אשר חייבים להיבנות באמצעות קונטרפונקט הפיך באופן תקין. כל קול מציין את כל המוטיבים והנושאים באותו סדר בדיוק, לפי תבנית קבועה מראש, וחוזר על החומר המוזיקלי לאחר שכולם כבר הושמעו, לעיתים לאחר שתיקה קצרה. בדרך כלל יש מעט מאוד חומר שאינו תבניתי או תמטי. מקובל, בפוגת צירופים, שכל צירוף אפשרי של הנושאים בקולות השונים ישמע בנקודה זו או אחרת, ומכאן שמה. דוגמה אחת לפוגת צירופים ניתן למצוא בקטע המקהלה הפותח את הקנטטה של באך, Himmelskönig, sei willkommen, רי"ב 182. בפוגות צירופים, בניגוד לפוגות רגילות, אין קטעי מעבר (אפיזודות), והמוטיב אינו מופיע בסולמות קרובים.
היסטוריה.
המושג "פוגה" היה בשימוש עוד בימי הביניים, אך בתחילה התייחס לכל סוג של קונטרפונקט חיקויי, ובכלל זה קאנון, שנחשב היום לסגנון בפני עצמו. רק במאה ה-16 החלה להופיע הטכניקה הפוגלית בצורתה המקובלת היום ביצירות כליות וקוליות. כתיבה בסגנון פוגלי מופיעה גם ביצירות כגון פנטזיות, ריצ'רקרים וקנצונות.
מקורה של הפוגה בטכניקת החיקוי, שבה אותו חומר מוזיקלי חוזר על עצמו בגובהי צליל שונים - כלומר, מתחיל בכל פעם מתו אחר. בתחילה שימשה טכניקה זו לסיוע באלתור, אך באמצע המאה ה-16 היא כבר נחשבה לטכניקת הלחנה בפני עצמה. מלחין הרנסאנס ג'ובאני פלסטרינה (1525?-1594) כתב מיסות באמצעות קונטרפונקט מודאלי חיקויי, וכתיבה פוגלית הפכה בנוסף בסיס לכתיבת מוטטים. המוטטים החיקויים של פלסטרינה נבדלו מפוגות בכך שכל קטע בטקסט קיבל מוטיב משלו, אשר הוצג ופותח בנפרד, בעוד שבפוגה קיים מוטיב אחד (או יותר) שמשמש לכל אורך היצירה.
תקופת הבארוק.
בתקופת הבארוק הפכו הפוגות לחלק מרכזי בהלחנה, בין השאר כהדגמה של מומחיות המלחינים. פוגות שולבו במגוון רחב של צורות מוזיקליות. אנדריאה גבריאלי, הנס ליאו האסלר, יאן פיטרסזון סוולינק, ג'ירולאמו פרסקובלדי, יוהאן יאקוב פרוברגר כתבו כולם פוגות, וגאורג פרידריך הנדל כלל פוגות ברבות מן האורטוריות שלו. סוויטות לכלי מקלדת מתקופה זו נחתמו לעיתים קרובות בפרק ג'יג פוגלי. האוברטורה הצרפתית הורכבה מקטע פוגלי מהיר שבא לאחר הקדמה איטית. הפרק השני בסונאטה הכנסייתית כפי שהולחנה על ידי ארכאנג'לו קורלי ואחרים, היה בדרך כלל פוגלי.
בתקופת הבארוק עלתה חשיבותה של תאוריית המוזיקה. הספר המשפיע ביותר בתחום זה פורסם על ידי יוהאן יוזף פוקס (1660–1741) בשנת 1725 ונקרא Gradus Ad Parnassum, "לפסוע להר פרנסוס". הספר הציג את קונטרפונקט הסוגים, וכלל סדרה של תרגילים שנועדו ללמד הלחנת פוגות. הוא התבסס על הפוגות המודאליות של פלסטרינה, והשפעתו ניכרה עד המאה ה-19. יוזף היידן, לדוגמה, לימד קונטרפונקט מתוך הסיכום שלו את עבודתו של פוקס, ותפס אותה בתור הבסיס למבנה הצורני.
יוהאן סבסטיאן באך השתתף לעיתים קרובות בתחרויות שבהן היה עליו לאלתר פוגה באופן ספונטני על עוגב או צ'מבלו על בסיס מוטיב שניתן לו באותו רגע. ביצירותיו הקאמריות שהולחנו בוויימאר נמצאות פוגות רבות; הקונצ'רטו המפורסם לשני כינורות ברה מינור פותח בפוגה, אם כי הוא אינו מבוסס כולו על קונטרפונקט.
הפוגות המפורסמות ביותר של באך הן הפוגות לצ'מבלו ביצירות "הפסנתר המושווה" ו"אמנות הפוגה", וכן הפוגות לעוגב, שבדרך כלל צורפו להן פרלודים או טוקטות. "אמנות הפוגה" היא אוסף של פוגות (וארבעה קאנונים) המבוססות על מוטיב יחיד שמשתנה בהדרגה לאורך היצירה כולה. "הפסנתר המושווה" מורכב משני כרכים אשר הולחנו בתקופות שונות בחייו של באך, ובכל אחד מהם 24 זוגות של פרלודים ופוגות - אחד לכל סולם מז'ורי ומינורי. באך כתב גם פוגות קטנות ונפרדות, והשתמש בפוגות ברבות מיצירותיו שאינן מוגדרות כפוגות כשלעצמן.
אף כי באך לא היה מפורסם כמלחין בימי חייו, השפעתו עברה הלאה דרך בנו, קרל פיליפ עמנואל באך, ודרך התאורטיקן פרידריך וילהלם מרפורג (1718–1795), אשר עבודתו "חיבור על הפוגה" (1753) הייתה מבוססת ברובה על יצירותיו של באך.
התקופה הקלאסית.
בתקופה הקלאסית הפוגה לא הוסיפה לתפוס מקום מרכזי במוזיקה. למרות זאת היידן ומוצרט "גילו מחדש" את צורת הכתיבה הפוגלית בתקופות מסוימות בקריירה שלהם, והשתמשו בה באופן תדיר ביצירותיהם.
הפוגות המפורסמות ביותר של היידן נמצאות ברביעיות השמש שלו (אופוס 20, 1772) אשר שלוש מתוכן ננעלות בפוגה. פוגה נוספת נמצאת בפינאלה של הרביעייה אופוס 50 מס' 4 (1787). דוגמאות מוקדמות יותר לשימוש בקונטרפונקט נמצאות בשלוש סימפוניות: מס' 3, מס' 13 ומס' 40, אשר הולחנו בשנים 1762-63. הפוגות המוקדמות ביותר מדגימות את השפעתה של עבודתו של פוקס (ראו תקופת הבארוק לעיל), אשר היידן למד בשקדנות. התקופה הפוגלית השנייה בחייו של היידן התחילה לאחר ששמע את האורטוריות של הנדל במהלך ביקוריו בלונדון (1791-1793, 1794-1795), והן היוו מקור השראה גדול עבורו. היידן למד את טכניקת כתיבת הפוגות של הנדל ושילב אותן בקטעי המקהלה של האורטוריות שלו, הבריאה והעונות, וכן בכמה מהסימפוניות המאוחרות שלו, בהן מס' 88, מס' 95 ומס' 101.
מוצרט למד בילדותו קונטרפונקט אצל ג'ובאני בטיסטה מרטיני ברומא. למרות זאת, הגורם המניע העיקרי לכתיבתו הפוגלית של מוצרט הייתה השפעתו של הברון גוטפריד ואן סוייטן בווינה בסביבות שנת 1782. ואן סוייטן, במהלך שירות דיפלומטי בברלין, ניצל את ההזדמנות לאסוף כמה שיותר כתבי-יד מאת באך והנדל, והוא הזמין את מוצרט ללמוד את האוסף וכן עודדו להעתיק מספר יצירות להרכבים כליים שונים. מוצרט היה מוקסם מהיצירות, וכתב עיבודים לשלישיית מיתרים של פוגות מתוך "הפסנתר המושווה" של באך, כאשר הוא מציג אותן באמצעות פרלודים מקוריים משלו. לאחר מכן החל לכתוב פוגות משלו, בחיקוי של סגנון הבארוק. יצירות לדוגמה הן הפוגות לרביעיית מיתרים, קכל 405 (1782) והפוגה בדו מינור, קכל 426 לשני פסנתרים (1783). מאוחר יותר שילב מוצרט כתיבה פוגלית בפינאלה של הסימפוניה מס' 41 ובאופרה חליל הקסם. גם בין החלקים ברקוויאם אותם הספיק להשלים ניתן למצוא מספר פוגות: בולטים במיוחד פרק ה"קיריה" ושלוש הפוגות ב"דומינה יזו", ובנוסף הוא השאיר אחריו סקיצה של פוגת "אמן" אשר הייתה אמורה להופיע בסוף ה"סקוונטיה".
המלחינים בתקופה הקלאסית אופיינו בכך שהפוגות שלהם לא היו על פי רוב יצירות שעומדות בפני עצמן, אלא חלקים מתוך יצירות נרחבות יותר, לעיתים קרובות כקטע פיתוח של צורת הסונאטה או כפינאלה. מאפיין נוסף היה שהמרקם הפוגלי הפוליפוני נזנח ממש לפני סוף היצירה, על מנת לסיים בסיום הומופוני טהור. ניתן למצוא סיום כזה בפוגה הנועלת של שיר המקהלה "השמים מספרים" ביצירתו של היידן, "הבריאה" (1798).
התקופה הרומנטית.