עם זאת, כאשר נודע על הנשיקה למנהלי רשת NBC, הם חששו שהדבר יכעיס את תחנות הטלוויזיה המקומיות במדינות דרום ארצות הברית, אשר מאופיינות בשמרנות. מוקדם יותר בשנת 1968, הרשת הביעה דאגה דומה ביחס לקטע מוזיקלי בתוכנית ספיישל של פטולה קלארק, בו היא נגעה בזרועו של הארי בלפונטה, קטע שנחשב לפעם הראשונה בטלוויזיה האמריקאית בו התקיים מגע פיזי בין גבר לבין אישה מגזעים שונים. בשלב מסוים התקיים משא ומתן, ובמהלכו עלה הרעיון שספוק ינשק את אוהורה במקום קירק, אולם שאטנר התעקש שהם ידבקו לתסריט המקורי. לבסוף, רשת NBC הורתה לצלם שתי גרסאות של הסצנה - אחת שבה קירק ואוחורה מתנשקים, ואחת שבה הם לא מתנשקים. לאחר שצילמו בהצלחה את הגרסה הראשונה של הסצנה, שאטנר וניקולס פישלו בכוונה בכל טייק שצולם לגרסה השנייה, ובכך אילצו את הרשת לשדר את הפרק כשהוא כולל את סצנת הנשיקה כפי שהיא. בספרה, כך כתבה ניקולס על האירוע שלימים הפך להיסטורי:
לאחר שידורו של הפרק, היו מעט תלונות על הסצנה. ניקולס כותבת שהפרק זכה לתמיכה רחבה: "קיבלנו את אחד ממקבצי דואר המעריצים הגדול ביותר אי פעם, כולם חיוביים, כאשר רבים מאלו שפנו אלי היו נערות ששאלו איך זה לנשק את קפטן קירק, ו[מכתבים] רבים אליו [שאטנר] מנערים שתהו את אותו הדבר עליי, אולם מעניין לציין שכמעט אף אחד לא חשב שיש משהו פוגעני בנשיקה", למעט מכתב אחד, ביקורתי אך מתון, שנשלח מדרומי לבן. ניקולס מציינת כי "עבורי, הפרק הזכור ביותר בעונה האחרונה שלנו היה "Plato's Stepchildren"".
מערכות יחסים להט"ביות במסע בין כוכבים.
בסדרת הטלוויזיה "", אשר שודרה במקור בשנים 1966–1969, לא היו דמויות להט"ביות מפורשות. בשנת 2005, השחקן ג'ורג' טאקיי, אשר גילם את דמותו של הגאי האנטרפרייז לוטננט היקארו סולו, יצא מהארון כהומוסקסואל. באוקטובר 2011 זאכרי קווינטו, המגלם את דמותו של ספוק בסדרת סרטי האתחול שהחלה עם "סטארטרק" בשנת 2009, יצא גם הוא מהארון כהומוסקסואל. הוא הסביר כי לאחר התאבדותו של ג'יימי רודמאייר, ביסקסואל בן 14, הוא הבין שלחיות "חיים להט"ביים מבלי להכיר בכך באופן פומבי זה פשוט לא מספיק כדי לתרום תרומה משמעותית לעבודה העצומה שעוד עומדת בפנינו בדרך לשוויון [זכויות] מלא".
ג'ין רודנברי, היוצר של "מסע בין כוכבים", התייחס פעם אחת על ההתגברות שלו על ההומופוביה שבו. בריאיון למגזין ""The Humanist" בשנת 1991 הוא אמר:
על פי המגזין "The Advocate", בשנת 1991 רודנברי הבטיח כי בעונה הבאה (החמישית) של """, יופיעו אנשי צוות להט"ביים בתוכנית. כוכבים אחרים של הזיכיון הביעו תמיכה בהצהרתו של לאונרד נימוי (שגילם את ספוק) שפרסם בשנת 1991 מכתב בלוס אנג'לס טיימס, בו כתב כי "זה לגמרי הולם שהומואים ולסביות יופיעו בצורה שאיננה חריגה על סיפונה של האנטרפרייז - לא כמושא לרחמים ולא כצורך לתשומת לב מלודרמטית".
עם זאת, רודנברי נפטר זמן קצר לאחר הראיונות שהעניק בנושא והתוכנית שלו לצרף איש צוות להט"בי לסדרה "מסע בין כוכבים: הדור הבא" מעולם לא התממשה. השליטה בזיכיון "מסע בין כוכבים" עברה לידיו של ריק ברמן. בעוד שאף איש צוות להט"בי לא הופיע בסדרה, הפרק ""The Outcast" (הפרק ה-17 בעונה החמישית של "מסע בין כוכבים: הדור הבא"") נועד לעסוק באפליה מינית ביקום הבדיוני של מסע בין כוכבים. בפרק הוצגה דמות בשם סורן, המשתייכת לגזע אנדרוגיני של חייזרים, גזע אשר בעיניו המושג "מגדר" הוא פרימיטיבי ופוגעני. סורן מגלה לקומנדר ויליאם רייקר שהיא מזדהה כאישה וכי היא חשה משיכה מינית כלפיו. מערכת יחסים רומנטית וסודית פוצחת בין השניים, וכאשר הסוד מתגלה - סורן נעצרת על ידי בני מינה ועוברת "טיפול פסיכוטקטי", שבאמצעותו היא נפטרת מכל האלמנטים המגדרים, וכך אף מאבדת את משיכתה כלפי רייקר. הפרק זכה לשבחים וביקורת מצד הקהילה הגאה. חלק מהביקורת הגיעה מאנשים שחשו שהפרק מאשש ומתיר טיפול בשטיפת מוח כמו זה שסורן הייתה נתונה לו (אלגוריה לטיפולי המרה בכפייה), ואחרים חשו שיוצרי הסדרה התנערו מאחריותם לבחון לעומק את הנושא. השחקן ג'ונתן פרייקס, שגילם את רייקר, גם העיר שהפרק לא היה מספיק נועז, בכך שדמותה של סורן (אותה גילמה השחקנית מלינדה קולאה) הייתה צריכה להיראות הרבה יותר גברית.
בראיון משנת 2008, התסריטאי רונלד ד. מור השיב לשאלה מדוע יש כל כך מעט דמויות להט"ביות במדע בדיוני בכלל, ואף לא אחת מהן ב-"מסע בין כוכבים":
בשנת 2002, קייט מאלגרו (שגילמה את דמותה של קפטן קתרין ג'יינוויי בסדרה "") העניקה ריאיון ל-"Metrosource" ובו התייחסה בגלוי לב על נושא סוגיית דמויות להט"ביות ביקום הטלוויזיוני של מסע בין כוכבים:
עוד באותה השנה, אמרה מאלגרו את הדברים הבאים בראיון מאוגוסט 2002 שהעניקה ל-"Out in America":
ב-12 במרץ 1990 שודר לראשונה הפרק ""The Offspring", הפרק ה-16 בעונה השלישית של """, בו האנדרואיד דאטה יוצר בעצמו אנדרואיד חדש בשם לאל ומתייחס אליה כאל בת. אנשי הצוות האחרים מתבקשים להסביר לה את מושג המיניות בקרב בני אדם וחייזרים דמויי-אדם. לדברי אחד מיועצי הסדרה, ריצ'רד ארנולד, השחקנית וופי גולדברג, אשר גילמה את דמותה של גאינן, סירבה לומר את שורות הדיאלוג שלה שכללו הסברים הטרוסקסואליים בלבד:
בראנון בראגה בשנת 2011 דיבר על
תוך שהוא רומז שהסדרה "'" הייתה נתונה ללחצים מצד זכייניות להיות "תוכנית משפחתית", ברגה אמר כי ההחלטה שלא לכלול דמויות להט"ביות הייתה החלטה ש"לא חשבה קדימה". בראגה רמז לכמה פרקים של "הדור הבא" ולפרק "Rejoined" של "'" המציג את דמותה של ג'דזיה דקס מתמודדת, באופן מטפורי, עם מיניות שאיננה הטרוסקסואליות.
ג'יי ג'יי אברהמס, שאתחל את הזיכיון עם סרט הקולנוע "סטארטרק" בשנת 2009, אמר בשנת 2011 כי הוא היה "המום שבהיסטוריה של מסע בין כוכבים מעולם לא הייתה דמות להט"בית באף אחת מהסדרות". הכללת דמות להט"בית בסרט הבא "לא הייתה בראש סדר העדיפויות שלי לנסות לעשות את הסרט הזה בצורה הטובה ביותר. אבל עכשיו זה יהיה בתכנון". אברמס לא התחייב לכלול דמות שאיננה הטרוסקסואלית באופן גלוי, אך התחייב להביא את הרעיון לתסריטאים. בסופו של דבר, הסרט הבא "האויב בתוכנו" לא כלל דמות להט"בית גלויה.
ב-7 ביולי 2016, הוכרז כי הסרט "" יציג את דמותו של היקארו סולו כהומוסקסואל שנמצא במערכת יחסים של בני-זוג מאותו המין וכמי שמגדל בת. בכך, סולו הפך לדמות הלהט"בית הגלויה הראשית הראשונה בזיכיון סרטי הקולנוע של מסע בין כוכבים.
בסדרה "" שעלתה ב-2017 הוצגו דמויותיהם של פול סטאמטס ויו קולבר, שתי הדמויות הלהט"ביות הראשונות בזיכיון סדרות הטלוויזיה של "מסע בין כוכבים", כמו גם הזוג הנשוי הראשון בנישואים של בני-זוג מאותו המין. בעונה השנייה של הסדרה, מופיעה דמותה של ג'נט רנו שמספרת שהייתה נשואה, אך בת זוגה נהרגה במלחמה. השחקנים המגלמים את שלוש דמויות אלו - אנתוני ראפ (סטאמטס), וילסון קרוז (קולבר) וטיג נוטרו (רינו) - הם כולם להט"ביים גלויים. בעונה השלישית של הסדרה הוצגה הדמות אדירה טאל, דמות א-בינארית אנושית ראשונה בזיכיון שגולמה על ידי בלו דל באריו הא-בינארים, והדמות גריי טאל הדמות הטרנסג'נדרית הראשונה בזיכיון שגולמה על ידי איאן אלכסנדר, טרנסג'נדר בעצמו.
בפרק סיום העונה הראשונה של הסדרה "", שבע מתשע ו נראות מחזיקות ידיים בצורה רומנטית, ובעונה הבאה מתברר כי השתיים ניהלו מערכת יחסים ונפרדו. בפרק החמישי בעונתה הראשונה של הסדרה, "Stardust City Rag", נרמז באופן גלוי ששבע מתשע ניהלה מערכת יחסים רומנטית עם .
פרקים בולטים.
""Blood and Fire".
פרק בשם "Blood and Fire" הוזמן עבור הסדרה "", ונכתב על ידי התסריטאי דייוויד גררולד, אך מעולם לא צולם. גררולד הצהיר כי אף על פי שרבים מהשחקנים והיוצרים של הסדרה (לרבות ג'ין רודנברי) הביעו תמיכה בקו העלילה של הפרק, האופן שבו התסריט מציג באופן חיובי זוג הומואים גלויים הביא להתנגדות חריפה מצד האולפנים, והתסריט מעולם לא הופק לפרק.
"The Outcast".
ב-16 במרץ 1992 שודר לראשונה הפרק "The Outcast" (הפרק ה-17 בעונה החמישית של """), בו קומנדר ויליאם רייקר (ג'ונתן פרייקס) מתאהב בדמות בשם סורן, המשתייכת לגזע אנדרוגיני של חייזרים, גזע אשר בעיניו המושג "מגדר"הוא פרימיטיבי ופוגעני וביטויים מגדריים נתפסים כסטייה מינית. כאשר הרומן הסודי בין השניים נחשף, סורן מאולצת לעבור "טיפול פסיכוטקטי". הפרק כולל מונולוג של סורן, בו היא מגינה על זכותו של אדם לאהוב, ללא קשר למין, מגדר או היעדרם. את דמותה של סורן גילמה השחקנית מלינדה קוליאה, ואת כל הדמויות העיקריות של בני-מינה החייזרים גילמו נשים, החלטה יצירתית שנמתחה עליה ביקורת מצידו של פרייקס, שחשב שסורן הייתה צריכה להיראות הרבה יותר גברית.
מחוץ לקאנון של מסע בין כוכבים.
מחוץ לקאנון של מסע בין כוכבים, סופרים אשר ביקשו לכתוב ספרי ספין-אוף רשמיים של מסע בין כוכבים הונחו בעבר שלא לכלול מערכות יחסים "המרמזות על שום דבר אחר מלבד חברות בין אנשי הצוות", אולם הנחיה זו איננה חלה עוד.
במה שנתפס כתגובה לספרות החובבים של שנות ה-70, אשר כללה תיאורים רבים של מערכת יחסים רומנטית ומינית בין קפטן קירק לבין ספוק, בשנת 1979 הוציא לאור ג'ין רודנברי רומן המבוסס על תסריט סרט הקולנוע "". בהקדמה לספר, שנכתבה על ידי ג'יימס קירק, הקפטן נמנע במכוון מלאשר או להכחיש קשר רומנטי בינו לבין ספוק.
תגובות מעריצים.