על פלגות הס"פ מוטלות משימות נטרול מטענים שהציבו מחבלים פלסטינים בצירי תנועה (כגון ציר כיסופים), בבתים ועל גדר המערכת עם רצועת עזה. לוחמי הס"פ משתמשים לעיתים בדחפורי די-9 על מנת לפוצץ את המטענים הללו ולפתוח צירי תנועה לטנקים שיהיו בטוחים מאיומים של מטעני גחון ענקיים. במקביל, פלגת הס"פ של פיקוד הצפון מנקה זירות מטענים שהטמין חזבאללה על גבול ישראל-לבנון. חזבאללה תקף לא אחת את הכוחות העוסקים בנטרול ואף גרם להרוגים.
"יעל" מבצעת משימות הריסה מדויקות, בעיקר של מתקני טרור פלסטינים. לוחמי היחידה פוצצו עשרות מעבדות נפץ, בתים של מחבלים ותשתיות טרור אחרות. דווח גם שאנשי היחידה פוצצו את "מגדלי התאומים" בצומת נצרים (2000), את המוקטעה ברמאללה, את מגדלי א-זהארה (אוקטובר 2003) וכן פוצצו מספר גשרים בבית חאנון על מנת למנוע ממשאיות עמוסות רקטות קסאם להגיע לאתרי השיגור בעיירה ("ליל הגשרים 2003"). בנוסף לפיצוץ מבנים, סיירת "יעל" גם עצרה מבוקשים רבים.
בשנת 2002 זכתה היחידה לצל"ש מפקד פיקוד המרכז, יצחק איתן, על "מעורבותם של לוחמיה במהלך העימות בשטחים ובפעולות מסוכנות ביותר."
בעקבות התגברות בעיית מנהרות ההברחה ברפיח, הקימו בפיקוד הדרום יחידה של חיל ההנדסה שהייתה אחראית על הטיפול בנושא. היחידה, שנקראה "צוות המנהרות" עבדה באופן עצמאי ונחשוני ולמעשה פיתחה את תורת הלחימה בנושא. במהלך פעילותה נחשפו ונהרסו למעלה מ-90 מנהרות. היחידה ספגה אבדות קשות שנבעו ממחסור באמצעים (כגון נגמ"שים ממוגנים) והכשרה מסודרת. בעקבות אירועים אלה - העיקרי שבהם הוא אסון הנגמ"שים - הוחלט להכפיף את היחידה ליהל"ם, ובשנת 2004 הפך צוות המנהרות ליחידת סמו"ר.
יהל"ם בתוכנית ההתנתקות.
במהלך ביצוע תוכנית ההתנתקות הופקדו יחידות יהל"ם ו דרום של חיל ההנדסה על הריסת התשתיות הצבאיות ברצועת עזה. כל הציוד הצבאי כבר פונה מהרצועה ויחידות הנדסה אף פירקו את "גשר מור" לגוש קטיף באמצעות עגורנים ומשאיות.
היחידה וצוערי קורס קציני הנדסה ("חץ") השמידו בפיצוצים מבוקרים את המבנים הבאים:
יהל"ם באיו"ש אחרי ההתנתקות.
ביוני 2014 השתתפו לוחמי יהל"ם, בהובלת פלגות סמו"ר (פלגת הסליקים והמנהרות של יהל"ם) וס"פ, במבצע שובו אחים. בשבוע השני של המבצע חשפו לוחמי סמו"ר עשרות מנהרות תת-קרקעיות שחפרו הפלסטינים באזור חברון. כמו כן חשפו הלוחמים מספר מעבדות נפץ.
ב-14 בנובמבר 2015 פוצצו לוחמי יהל"ם את הבתים של המחבלים שרצחו את איתם ונעמה הנקין ואת מלאכי רוזנפלד. ב-2 בדצמבר פוצצו לוחמי היחידה בית של מחבל בשועפט ואת הבית בשכם של מפקד החוליה שרצחה את הזוג הנקין.
יהל"ם במלחמת לבנון השנייה.
במהלך מלחמת לבנון השנייה היו לוחמי היחידה, בליווי דחפורי D9 משוריינים, מבין הראשונים להיכנס לתוך השטח הלבנוני על מנת לאתר ולנטרל מטעני חבלה, מוקשים ומטעני גחון רבי עוצמה שהטמין חזבאללה והסווה בשטח. במהלך פעילותם, איתרו הלוחמים מספר רב של מטעני חבלה ומטעני גחון ענקיים, כולל מטען שכלל טון חומר נפץ. כל המטענים נוטרלו. מתוך כ-50 הטנקים שנפגעו בלחימה מול חזבאללה, רק שניים נפגעו ממטעני גחון.
לוחמי יהל"ם, ביחד עם כוחות הנדסה קרבית, כלי צמ"ה וחי"ר, השמידו מוצבים, בונקרים, "שמורות טבע" ומפקדות של חזבאללה.
לוחמי פלגת הס"פ במילואים סייעו בנטרול נפלי רקטות שפגעו בעורף ישראל.
יהל"ם במבצע עופרת יצוקה ועד מבצע צוק איתן.
במהלך מבצע עופרת יצוקה (שהחל ב-27 בדצמבר 2008) הובילו לוחמי יהל"ם את הכוחות הקרקעיים עם שישה צוותי קרב פלוגתיים ונטרלו מאות מטעני חבלה. כמו כן הם חשפו והשמידו בונקרים ומנהרות של חמאס. ב-6 בינואר 2009 נהרג אחד מלוחמי היחידה, סמל ראשון מפלגת הס"פ, בהתקלות עם מחבל מתאבד.
ב-4 בנובמבר 2009 נטלו לוחמי הס"פ של יהל"ם חלק במבצע ארבעת המינים, שבו תפס חיל הים ספינה שהבריחה מאות טונות של אמצעי לחימה מאיראן לחזבאללה. לוחמי היחידה בדקו את המכולות, חשפו את הנשק ובדקו שהוא תקין ולא ממולכד.
בעת לכידת הספינה "מאווי מרמרה" והגעתה לחופי ישראל, סרקו לוחמי הס"פ של יהל"ם את הספינה כדי למצוא אמצעי חבלה, מלכודות נפץ ואמצעי לחימה.
ב-12 בנובמבר 2011 אירע פיצוץ באיראן בו הושמד בסיס טילי שיהאב-3 של חיל האוויר והחלל של משמרות המהפכה האסלאמית ונהרגו 17 פעילי משמרות המהפכה, בהם גנרל שהיה אחראי על תחום הטילים במשמרות המהפכה. מספר פרשנים צבאיים זרים שיערו שייתכן ויחידת יהל"ם, המתמחה בחבלה, סייעה ל"מוסד" בפעולה, כאשר ייצרה והפעילה את מטען הנפץ שהשמיד את הבסיס.
ב-21 בפברואר 2012 הוזעקו כוחות פלגת הס"פ לנטרל מטען חבלה שהשאירו מחבלים בגבול ישראל-מצרים אחרי שנתקלו בכוח סיור משולב של צה"ל ומשטרת ישראל. אחרי בחינת המטען באמצעות רובוט חבלה הוחלט לפרקו באמצעות פיצוץ יזום. הפיצוץ היה חזק ומבחינת שרידי המטען הסיקו הלוחמים שמדובר היה במטען רסס רב-עוצמה שכלל מנגנון הפעלה באמצעות טלפון סלולרי ורסס רב, שנועד היה להתפוצץ במקום הומה אדם בתוך ישראל, ובכך לגרום לנזק אדיר ולנפגעים רבים.
באוקטובר 2013 חשפו לוחמי יהל"ם מנהרת טרור ארוכה ליד עין השלושה, מזרחית לרצועת עזה, שנחפרה ונבנתה על ידי מחבלים פלסטיניים ונועדה לשמש לפיגוע טרור גדול. המנהרה נחפרה במשך שנה, דופנה בבטון שישראל העבירה לרצועת עזה כסיוע הומניטרי במטרה לשקם מבנים הרוסים, וצוידה באמצעים מתקדמים. ב-31 באוקטובר החל צה"ל במבצע להשמדת מנהרת הבטון הגדולה. כוחות של יהל"ם, בגיבוי חטיבת גולני וטנקים של חטיבה 401, החלו בקדיחת חורים לתוך המנהרה והטמנת חומרי נפץ על מנת לפוצצה. במהלך הפעילות הופעל מטען חבלה אל עבר הכוחות וחמישה חיילי צה"ל, בהם קצינים בכירים בחיל ההנדסה הקרבית נפצעו. כוחות צה"ל השיבו אש, ומטוס קרב הפציץ את פתח המנהרה שהוסתר מתחת לחממה בח'אן יונס. בתקיפה נהרגו שלושה בכירים במערך המנהרות של החמאס. בסך הכל נהרגו ארבעה מחבלים באירוע והמנהרה הושמדה באמצעות מערכת האמולסיה שפותחה על ידי החט"ל.
במרץ 2014 השתתפו לוחמי הס"פ של יהל"ם במבצע חשיפה מלאה, במהלכו תפס חיל הים ספינה שהבריחה אמצעי לחימה, בהם עשרות רקטות M-302 מסוריה ואיראן לארגוני הטרור הפלסטיניים ברצועת עזה. לוחמי היחידה בדקו את המכולות, חשפו את הנשק ובדקו שהוא תקין ולא ממולכד.
במרץ 2014 חשפו לוחמי פלגת סמו"ר של יהל"ם ולוחמי הצמ"ה של אבירי הפלדה מנהרת טרור גדולה שחפר חמאס ויועדה לחטיפת חייל. גם מנהרה זו הייתה מדופנת בבטון ומלט.
יהל"ם במבצע צוק איתן.
ביולי-אוגוסט 2014 השתתפו לוחמי יהל"ם במבצע צוק איתן ברצועת עזה. לוחמי ס"פ וסמו"ר היו הפעילים ביותר ועסקו באיתור והשמדת מנהרות הלחימה של רצועת עזה ובטיפול במטעני חבלה. מערכת אמולסיה לפיצוץ מנהרות הופעלה לראשונה באופן נרחב, ובסך הכל השמידו הלוחמים למעלה מ-30 מנהרות. לצד לוחמי סמו"ר פעלו גם לוחמי סיירת יעל ולוחמי הס"פ, שפתחו דרך לשאר הכוחות ונטרלו מלכודים וזירות מטענים שהטמינו המחבלים הפלסטינים. לוחמי "מדרון מושלג" (מתמחה בפריצה קרה וחמה למבנים) חברו באופן נרחב לכוחות המיוחדים שפעלו ברצועה ונתנו מענה של פריצה ומטעון. במהלך הלחימה נהרג לוחם יהל"ם ועוד לוחמים נפצעו. לוחמי היחידה זכו לשלושה צל"שים.
בעקבות המבצע ואיום המנהרות החליט הרמטכ"ל גדי איזנקוט על הגדלה משמעותית של היחידה. סד"כ (סדר הכוחות=מצבת כח האדם) היחידה הוכפל וסד"כ פלגת סמו"ר (יחידת המנהרות) שולש. במסגרת ההרחבה והרפורמה אורגנה יהל"ם כאגד הנדסי.
יהל"ם לאחר מבצע צוק איתן.
בשנים 2017 ו-2018 השתתפו לוחמי יהל"ם, בעיקר אלו מפלגות סמו"ר ו-ס'1, בפעילות איתור, נטרול והשמדה של שורת מנהרות לחימה ברצועת עזה שחדרו לשטח ישראל. המנהרות אותרו על ידי המעבדה הטכנולוגית לגילוי ואיתור מנהרות של פיקוד הדרום שיושבת באוגדת עזה והושמדו על ידי לוחמי יהל"ם, מערך הצמ"ה של חיל ההנדסה הקרבית וחלקן בהפצצות של חיל האוויר הישראלי.
באפריל 2017 קיבלה היחידה אות הצטיינות על פעילות מבצעית ממפקד פיקוד הדרום.
ב-11 באוקטובר 2018 נטרל חיל ההנדסה הקרבית מנהרת טרור מסועפת ומתקדמת שיצאה מח'אן יונס וחדרה 200 מטר לתוך שטח ישראל, אחרי שגילה אותה מספר חודשים קודם לכן ולמד אותה. בנטרול השתתפו יחידת סמו"ר של יהל"ם, לוחמי צמ"ה והמעבדה הטכנולוגית לגילוי ואיתור מנהרות (פיקוד הדרום), בהובלת אוגדת עזה.
ב-4 בדצמבר 2018, במסגרת מבצע מגן צפוני, לקחה יהל"ם, יחד עם חיל ההנדסה הקרבית ופיקוד הצפון, תפקיד מרכזי במסגרת איתור ונטרול מנהרות הטרור שחפר חזבאללה לשטח ישראל, תוך הפרת החלטה 1701 של מועצת הביטחון של האו"ם. ב-19 במרץ 2019 קיבלה היחידה את צל"ש מפקד פיקוד הצפון על הישגיה במבצע "מגן צפוני".
בדצמבר 2020 היחידה קיבלה, ביחד עם אוגדת עזה, אות הערכה מטעם הרמטכ"ל על המענה המשותף לסוגיית הלחימה התת-קרקעית.
בשנת 2021 עברה יהל"ם למתקן גדול יותר שנבנה עבורה במחנה ג'וליס.
במרץ 2021 קיבלה היחידה צל"ש אלוף ממפקד פיקוד הדרום, אלוף הרצי הלוי, על פעולתיה נגד מנהרות הטרור מרצועת עזה.
ב-15 באוגוסט 2022 פלגת סמו"ר של יהל"ם וכוחות הנדסה של אוגדת עזה סיכלו מנהרת טרור בעלת הסתעפויות ועומק עשרות מטרים שחמאס חפר לעבר ישראל.
מבנה ותפקידים.