פעילותה של אנתוני בתנועה למען זכויות נשים החלה בזמן שהתנועה כבר צברה תאוצה מסוימת. ב-1851 הוצגה אנתוני לאליזבת קיידי סטנטון, שהייתה כבר פעילה למען זכויות נשים ואחת ממארגנות ועידת סנקה פולס, הכינוס הראשון שעסק בזכויות נשים שנערך בשנת 1848. כבר במפגש זה אנתוני התוודעה למחלוקת בין הקבוצות השונות הפועלות למען זכות הצבעה לנשים. אנתוני וסטנטון הפכו במהרה לחברות קרובות ועמיתות לעבודה. לאחר כינוס אמנת סנקה פולס, התקיימו כינוסים תקופתיים. בשנת 1852, אנתוני השתתפה, לראשונה, בכינוס שהתקיים בסירקיוז, ניו יורק, שם היא שימשה כאחת ממזכירות האירוע.
אחד המכשולים העיקריים עמם נשים התמודדו היה נגישות לכסף. לנשים מעטות באותה תקופה היה מקור הכנסה עצמאי וגם אלו שעבדו או היו בעלות הון נדרשו על פי חוק להעביר את שכרן לבעליהן. ב-1848 נחקק חוק במדינת ניו יורק, המכיר במספר זכויות של נשים נשואות, גם בזכות מאמצים של התנועה לזכויות האישה. אך החוק היה מוגבל. אנתוני בשיתוף פעולה עם כהן הדת האוניברסליזם האוניטריאני, ויליאם הנרי צ'אנינג, השיקו מסע הרצאות והחתמת עצומה לשיפור זכויות הקניין לנשים. אנתוני נסעה בכל מדינת ניו יורק בסוס ועגלה גם בחורף המושלג. כשאנתוני הציגה את העצומה החתומה בוועדת המשפט של סאנט מדינת ניו יורק, היא התקבלה בזלזול ובוז. הפעילות הציבורית השיגה את יעדה כשב-1860 נחקק חוק שמאפשר לנשים נשואות להיות בעלים של רכוש, להתקשר באופן עצמאי בחוזים והאפוטרופסות על הילידים הפכה למשותפת.
החברות והאמונה המשותפת חיברו בין הנשים והיו לכוח משמעותי בתנועת הנשים. מאז שמשפחתה של סטנטון עברה לניו יורק בשנת 1861, הוקצה לאנתוני חדר בכל בית בו התגוררו.
באחת הביוגרפיות שנכתבו על אנתוני צוין כי במהלך חייה סטנטון בילתה עם אנתוני זמן רב יותר מאשר עם כל מבוגר אחר כולל בעלה.
לשתי הנשים היו כישורים משלימים. אנתוני הצטיינה בארגון, ואילו לסטנטון היה כישרון בתחומים אינטלקטואליים ובכתיבה. אנתוני לא הייתה מרוצה מיכולת הכתיבה שלה וכתבה יחסית מעט קטעים לפרסום. כאשר היסטוריונים באים להמחיש את מחשבותיה הם לרוב משתמשים בציטוטים מהנאומים שלה, מכתביה ומקטעי היומן שכתבה.
כאשר הן נפגשו, אנתוני הייתה בת 31 וסטנטון בת 36. סטנטון הייתה מרותקת לביתה בהיותה נשואה ואם לשבעה ילדים ואילו אנתוני הייתה רווקה החופשיה לנוע בדרכים. אנתוני סייעה לסטנטון ושמרה על ילדיה בעוד סטנטון עסקה בכתיבה.
באחת מהביוגרפיות על אנתוני נכתב שבשנים הראשונות של החברות שלהן "סוזן הפכה לאחת מבני המשפחה והייתה כמעט אם שנייה לילדיה של גברת סטנטון" על פי הביוגרפיה של סטנטון, בשנים הראשונות סיפקה סטנטון את הרעיונות, הרטוריקה, והאסטרטגיה ואילו אנתוני נשאה את הנאומים, הפיצה עצומות ושכרה אולמות. בעלה של סטנטון אמר: "סוזן בחשה את הפודינג, אליזבת עוררה את סוזן, ולאחר מכן סוזן עוררה את העולם".
סטנטון עצמה אמרה: "אני חישלתי את הרעמים, היא ירתה אותם."
לדברי אן ד. גורדון, פרופסור להיסטוריה של הנשים, בשנת 1854 "אנתוני וסטנטון שיכללו את שיתוף הפעולה ביניהן באופן שהפך את התנועה בניו-יורק למתוחכמת ביותר בארצן."
התנועה לריסון צריכת אלכוהול ומאבק דיבור נשים בפומבי.
נושא נוסף שהיה על סדר יומה של אנתוני היה המאבק לריסון צריכת משקאות אלכוהוליים (Temperance). המאבק בצריכת אלכוהול נגע לזכויות נשים שבאותה התקופה מאחר שהחוק, נתן לגבר שליטה מוחלטת במשפחה ובממון. אפשרויות הסעד ממערכת המשפט שהיו לאישה שבעלה היה אלכוהוליסט היו מעטות ביותר אפילו אם הבעל נטש את המשפחה, רושש אותה או התעלל באישה ובילדים. אם אישה הייתה מקבלת גט, הבעל היה יכול לקבל בקלות אפוטרופסות על הילדים.
בזמן שלימדה ב- Canajoharie, הצטרפה אנתוני לארגון the Daughters of Temperance ובשנת 1849 היא נשאה את הנאום הפומבי הראשון שלה באחת מפגישות הארגון. ב-1852 היא נבחרה כנציגה למפגש ארצי של הארגון, אבל יו"ר הארגון מנע ממנה לדבר, בטענה כי נציגות נשים נמצאות שם רק כדי לשמוע וללמוד. אנתוני ונשים אחרות שהיו שם עזבו מיד את המקום והודיעו על פגישה משלהן, וארגנו כנס משלהן. הכנס שאורגן בעיקר על ידי אנתוני התקיים ברוצ'סטר באפריל אותה שנה בהשתתפות כ-500 נשים, הקימו ארגון בשם Women's State Temperance Society, בו סטנטון נבחרה לנשיאה ואנתוני כנציגת המדינה.
אנתוני וחברותיה אספו חתימות 28,000 בדרישה למנוע מכירת אלכוהול במדינת ניו יורק. היא ארגנה שימועים לחוק בפני מחוקקים מהמדינה, אלו היו השימועים הראשונים במדינה זו שאורגנו אל ידי נשים. עם זאת בכנס של הארגון בשנה לאחר מכן חברות שמרניות תקפו את הקו של סטנטון שטען כי לאשה שיש לה בעל אלכוהוליסט יש זכות לדרוש גט. סטנטון הודחה מהנשיאות והיא ואנתוני פרשו מהארגון.
ב-1853, בעת הכינוס הבינלאומי למאבק במשקאות משכרים בניו יורק, דרשה אנתוני שייתנו לנשים זכות דיבור בכינוס. הדיון על הזכות של נשים לשאת דברים בפומבי נמשך שלושה ימים ולא הביא לתוצאות הרצויות. שנים לאחר מכן טענה אנתוני כי:
לאחר תקופה זו התמקדה אנתוני במאבק לביטול העבדות ובזכיות לנשים.
פעילות לביטול העבדות.
ב-1856 אנתוני קיבלה על עצמה להיות הנציגה של האגודה אמריקאית לביטול העבדות בניו יורק. שמה של אנתוני יצא לפניה כמי שאינה חוששת להתמודד עם המתנגדים לתנועה לביטול העבודות. עם זאת, ערב מלחמת האזרחים האופוזיציה הייתה טורדנית מאוד והצליחה לבטל מפגשים רבים של התנועה והמשטרה נאלצה ללוות את אנתוני ודוברים אחרים למען ביטחונם.
בחזונה ראתה אנתוני חברה בה מתקיים שילוב בין-גזעי. רעיון השילוב היה רדיקלי בימים בהם התנהל המאבק לביטול העבדות, ובין התומכים לא הייתה הסכמה מה יהיה מקומם של האפרו-אמריקאים בחברה החדשה. בנאום מ-1861 קראה אנתוני: "בואו נפתח בפני האדם השחור את כל בתי הספר שלנו... נזמין אותו לחדרי המכונות במפעלים שלנו, לחנויות, למשרדים, לעסקים המשגשגים שלנו... תנו לשבת לידכם בכנסייה, לתפוס מקום טוב בתיאטרון... העניקו לו את כל הזכויות האזרחיות".
התנועה לשחרור האישה הייתה קטנה ונסמכה על התנועה לשחרור העבדות, במיוחד על האגודה האמריקאית לביטול העבדות בראשות ויליאם לויד גאריסון (William Lloyd Garrison). היא הסתמכה על המשאבים של האגודה לביטול העבדות במימון פעילות ובפרסום מאמרים בעיתוני התנועה.
במהלך הזמן, נוצר מתח בין מנהיגות תנועת הנשים ולבין מנהיגי התנועה לביטול העבדות. האחרונים חששו כי פעילות נמרצת למען נשים תפגע במערכה נגד עבדות. חילוקי דעות משמעותיים נתגלעו ב-1860 בין התנועות בנוגע לפעילות להקלה בחוקי הגירושין במדינת ניו יורק. הגברים בתנועה לביטול העבודות התנגדו בתוקף לקידום המהלך ופרסמו את התנגדותם בעיתון שלהם.
ליגת הנשים הלאומית הנאמנה לאיחוד.
אנתוני וסטנטון ארגנו ב-1863 מסע לתיקון חוקת ארצות הברית לביטול העבדות. ליגת הנשים הלאומית הנאמנה לאיחוד הייתה ארגון הנשים הפוליטי הראשון בארצות הברית שפעל ברמה הלאומית. שמו של הארגון מרמז (השימוש במנוח לויאליסט - נאמן) כי הארגון תמך באיחוד ארצות הברית ובביטול העבדות. בקמפיין לשינוי החוקה נאספו 400,000 חתימות והוא היה הגדול ביותר בתקופתו. אין ספק שהעצומה השפיעה על התיקון ה-13 לחוקה שהוביל לסיום העבדות. אנתוני הייתה המארגנת הראשית של מאמץ זה, שכלל גיוס ותיאום בין כ-2,000 נשים שאספו חתימות. הליגה שילבה בין המאבק נגד העבדות והמאבק למען זכויות הנשים. בפעילותה היא הזכירה לציבור כי הכלי היחידי העומד ברשותן של נשים להשפיע על המרחב הציבורי הוא עצומות, משום שרק גברים הורשו להצביע. בליגה היו רשומות 5,000 חברות, שמתוכן צמחה מנהיגות חדשה לתנועת הנשים, למשל אנה אליזבת דיקסון (Anna Elizabeth Dickinson), שהייתה האישה הראשונה שנאמה לפני הקונגרס של ארצות הברית. הרשת הנרחבת של פעילות שלקחו חלק בפעילות הליגה, היו גם הבסיס לתנועת הרפורמה שפעלה לאחר מלחמת האזרחים גם בנושא זכות ההצבעה לנשים. לליגה היה מבנה מאורגן ברור וזאת בניגוד לתנועת הנשים שעד אז הייתה מאורגנת באופן רופף. הפעילות המוסדרת סייעה בהרחבת הפעילות עד מלחמת האזרחים.
האגודה האמריקאית לשוויון זכויות.
כאשר נודע לאנתוני ולאחרות כי נוסח המוצע לתיקון חוקת ארצות הברית שיעניק זכויות אזרחיות לאפרו-אמריקאים, כולל את המילה זכר, הן התנגדו לו. אנתוני, שהייתה פעילה לביטול העבדות, התנגדה לניסיון לקדם את מתן הזכויות לגברים אפרו-אמריקאים תוך פגיעה בזכויותיהן של נשים. סטנטון העריכה שאם המילה זכר תכנס לחוקה "ייקח לנו לפחות מאה שנה להוציא אותה". בכינוס של תנועת הנשים ב-1866 הן ייסדו את האגודה האמריקאית לשוויון זכויות, שמטרתה הייתה לפעול למען זכויות שוות לכל האזרחים. באגודה היו חילוקי דעות בין שתי קבוצות בדבר דרך הפעולה להשגת זכויות לנשים ואפרו-אמריקאים: הראשונה, בהובלת לוסי סטון, הייתה נכונה שגברים אפרו-אמריקאים יקבלו זכויות ראשונים. גישה זו זכתה בתמיכת המפלגה הרפובליקנית והתנועה לביטול העבדות. ואילו הקבוצה השנייה, בהובלת אנתוני וסטנטון, טענה כי יש לפעול למען זכויות אפרו-אמריקאים ונשים ביחד. המתח בין הקבוצות החריף עד כי האגודה התפצלה לשני ארגונים במאי 1869, כאשר אנתוני וסטנטון יסדו את האגודה הלאומית לזכות בחירה לנשים .
פעילויות נוספות.