Deinococcota

Deinococcota (sinonimi, Deinococcus -Thermus) — bu ekstremofillar sifatida ham tanilgan, atrof-muhitning xavf-xatarlariga yuqori darajada chidamli boʻlgan Deinokokklar sinfiga ega bakteriyalar turkumi hisoblanadi. Bu bakteriyalar qalin hujayra qobigʻilariga ega boʻlib, ularga gramm-musbat dogʻlar beradi, lekin ularning hujayra qobigʻida ikkinchi qavat membranani mavjud boʻlganligi uchun tuzilishi jihatidan gramm-manfiy bakteriyalarga yaqinroq turadi.

Taksonomiyasi 
Deinococcota filumi taksonomik jihatdan bitta sinfdan (Deinokokklar) va ikkita tartibdan iborat:

 Deinokokklar ikkita oilani (Deinococcaceae va Trueperaceae) oʻz ichiga oladi. Ushbu vakilarining uchta avlodi, Deinococcus, Deinobacterium va Truepera kabilar kiradi. Truepera radiovictrix taksonomik tartibning eng erta ajralib chiqadigan aʼzosi hisoblanadi. Tartib doirasida Deinococcus Deinobacterium va Truepera turlariga nisbatan alohida monofiletik klaster hosil qiladi. Mazkur tartibga oid turlar radiatsiyaga chidamli bir nechta turlarni oʻz ichiga olib, ular yadro chiqindilari va boshqa zaharli moddalarni isteʼmol qilish, anaerob sharoitlarda omon qolish va issiq yoki sovuqning haddan tashqari salbiy taʼsirlari sharoitlarida omon qolish qobiliyati bilan ajralib turadi.
 Thermaleslar issiqqa chidamli bir necha avlodlarni (Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus, Rhabdothermus) oʻz ichiga olgan holda, bir oilaga, Thermaceae ichiga birlashtirilgan. Filogenetik tahlillar shuni koʻrsatadiki, Thermaleslar, Meiothermus va Termus turlari ichida monofiletik klaster hosil qiladi, Marinithermus, Okeanithermus, Vulcanithermus va Rabdothermusga nisbatan tartib ichida tashqi guruhlar sifatida tarmoqlarga boʻlinadi. Bu Meiothermus va Thermus turlarining tartibdagi boshqa avlodlarga nisbatan bir-biri bilan chambarchas bogʻliqligini koʻrsatadi. Termus aquaticus polimeraza zanjiri reaksiyasining rivojlanishida muhim ahamiyatga ega boʻlib, termobarqaror DNK polimeraza fermentini qoʻllash orqali bu yerda DNKni qismlarga boʻlish va parchalashining takroriy sikllarini amalga oshiradi.

Garchi bu ikki guruh umumiy ajdoddan kelib chiqqan boʻlsa ham, qarama-qarshilikning ikkita mexanizmi asosan mustaqil boʻlib koʻrinadix.

Molekulyar belgilari 
Konservatsiyalangan imzo indekslari (CSI) va oqsillar (CSPs) koʻrinishidagi molekulyar imzolar (DNKning kichik qismidagi axborot) topildi, ular Deinococcota filumiga mansub barcha aʼzolari tomonidan yagona nushada teng taqsimlangan. Ushbu CSI va CSPs oʻziga xos xususiyati tartibni boshqa barcha bakterial organizmlardan ajratib turuvchi xususiyatlari boʻlib, ularning eksklyuziv tarqalishi fiziologiyada kuzatilgan CSI va CSPs, shuningdek, tartib ichidagi ketma-ketlik va oila darajasidagi taksonomik reytinglarni qoʻllab-quvvatlaydigan farqlarga parallel boʻlishi isbotlandi. Tekshiuvlar darajasidagi farqlarni qoʻllab-quvvatlaydigan baʼzi CSI-lar tegishli ekstremofil xususiyatlarda rol oʻynaydi deb baholangan Thermales turlarida DNKga yoʻnaltirilgan RNK polimeraza boʻlinmasi beta va DNK topoizomerazasida topilgan CSI’lar termofillikda ishtirok etishi mumkin,. Deinokokkalar turlarida aniqlangan eksinukleaza ABC, DNK giraza va DNKni tiklash RadA proteinida radiorezistentlik bilan bogʻliq boʻlishi mumkin degan tahminlar mavjud<ref name="pmid 15454524">{{jurnal manbasi|title=Analysis of Deinococcus radioduranss transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance|journal=Genetics|volume=168|issue=1|pages=21–23|year=2004|pmid=15454524|doi=10.1534/genetics.104.029249|url=http://www.genetics.org/content/168/1/21.long|pmc=1448114}}</ref>. Deinococcus turiga mansub barcha aʼzolar uchun noyob topilgan ikkita CSP yaxshi xarakterli boʻlib, ularning xarakterli radiorezistent fenotipida muhim ahamiyatga ega deb hisoblanadix. Ushbu CSPlar DNKning zararlanishini tiklaydigan protein PprA, bir zanjirli DNKni bogʻlaydigan DdrB oqsilini oʻz ichiga oladi.

Bundan tashqari, ushbu guruhdagi baʼzi avlodlar, jumladan Deinococclar, Thermus va Meiothermus, shuningdek, ularni guruhning qolgan qismlaridan va boshqa barcha bakteriyalardan ajratish uchun oʻz tarkibi, tuzilishi bilan kerakli vositani taʼminlab, ularning tegishli turlarini oʻz ichiga olgan individual avlodlar sifatida ajratib turadigan molekulyar belgilarga ega hisoblanadi. Truepera radiovictrix uchun maxsus CSI’lar ham topilgan.

 Xalqaro tasnifi 

 Taksonomiyasi 
Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiya Nomenklaturada (LPSN) va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI) bilan prokariotik nomlar roʻyxatiga asoslangan holda yaratilgan.

 Phylum Deinococcota Oren va Garrity 2021-yil
 Class Deinococci Garrity & Holt 2002 ["Deinococcia" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; „Thermi“ Rinke va boshqalar. 2013 yil ; „Thermia“ Cavalier-Smit 2020-yil ]
 Buyurtma Deinococcales Rainey va boshqalar. 1997-yil [Trueperales Garcia-López va boshqalar. 2020-yil ]
 Deinococcaceae oilasi Bruks va Murray 1981-yil tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997 -il
 Genus Deinococcus Brooks va Murray 1981-yilda tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997-yil
 Genus Deinobacterium Ekman va boshqalar. 2011-yil
 Trueperaceae oilasi Rainey va boshqalar. 2005-yil
 Truepera da Kosta jinsi, Reyni va Albukerke 2005-yil
 Thermales''' Rainey va Da Kosta 2002-yil
 Oila Thermaceae Da Kosta va Rainey 2002-yil
 " Allomeiothermus " turlar Jiao va boshqalar. 2022-yil
 Genus Calidithermus Raposo va boshqalar. 2019-yil
 Genus Marinithermus Sako va boshqalar. 2003-yil
 Genus Meiothermus Nobre va boshqalar. 1996-yil tuzatildi. Albuquerque va boshqalar. 2009 yil
 Okeanithermus jinsi Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil tuzatish. Mori va boshqalar. 2004 yil
 Genus Rhabdothermus Steinsbu va boshqalar. 2011-yil
 Genus Thermus Brock and Freeze 1969-yilda tuzatilgan. Nobre va boshqalar. 1996-yil
 Jins Vulcanithermus Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil

 Ketma-ket genomlari 
Hozirgi vaqtda ushbu boʻlimda 10-ta ketma-ket genomlar mavjud hisoblanadi.

 Deinococcus radiodurans R1
 Thermus thermophilus HB27
 Thermus thermophilus HB8
 Deinococcus geothermalis DSM 11300
 Deinococcus deserti VCD115
 Meiothermus ruber DSM 1279
 Meiothermus silvanus DSM 9946
 Truepera radiovictrix DSM 17093
 Okeanithermus profundus DSM 14977Meiothermus turkumiga oid'' ikkita turi bakteriya va arxeya genomik entsiklopediyasi (GEBA) loyihasi homiyligida sekvensiyalangan boʻlib, u organizmlarni patogenlik yoki saprofitlikka emas, balki filogenetik yangilikka asoslangan holda tartiblashga qaratilgan hisoblanadi.

Yana qarang 

 Bakteriyalar avlodlari roʻyxati
 Bakteriya turkumlari roʻyxati

Manbalar 

Bacteria templates
Bakteriyalar tasnifi
Bakteriyalar
Mikrobiologiya
Prokariotlar
Deinococcota
Bakteriologiya