एनआयए ने गैर-कानूनी गतिविधियां रोकथाम कानून (UAPA) की विभिन्न धाराओं के अलावा आईपीसी की धारा १५३-ए (धर्म के आधार पर विभिन्न समूहों के बीच दुश्मनी को बढ़ावा देना और सद्भाव बनाए रखने के विरुध्द हरकतें करना) के तहत नार्इक, आयआरएफ और संस्था के अज्ञात पदाधिकारियों के विरुध्द केस दर्ज किया था।
NIA had registered a case against Naik, IRF and unnamed office bearers of the foundation under section 153-A of IPC (promoting enmity between different groups on grounds of religion and doing acts prejudicial to maintenance of harmony), besides various sections of anti-terror law, Unlawful Activities (Prevention) Act.