Create README.md
Browse files
README.md
CHANGED
@@ -1,3 +1,51 @@
|
|
1 |
-
---
|
2 |
-
|
3 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 |
+
---
|
2 |
+
annotations_creators:
|
3 |
+
- other
|
4 |
+
languages:
|
5 |
+
- ja,en
|
6 |
+
licenses:
|
7 |
+
- cc-by-4.0
|
8 |
+
source_datasets:
|
9 |
+
- original
|
10 |
+
size_categories:
|
11 |
+
- 100K<n<1M
|
12 |
+
---
|
13 |
+
fungi_trait_circus_database
|
14 |
+
大菌輪「Trait Circus」データセット
|
15 |
+
最終更新日:2022/2/23
|
16 |
+
====
|
17 |
+
### Languages
|
18 |
+
Japanese and English
|
19 |
+
|
20 |
+
Please do not use this dataset for academic purposes for the time being. (casual use only)
|
21 |
+
当面の間仮公開とします。学術目的での使用はご遠慮ください。
|
22 |
+
|
23 |
+
# 概要
|
24 |
+
|
25 |
+
Atsushi Nakajima(中島淳志)が個人で運営しているWebサイト[大菌輪](http://mycoscouter.coolblog.jp/daikinrin/) では、菌類の記載文を自然言語処理の手法を利用して半自動的に処理し、菌類の形態、生態などに関する様々な「形質」データを抽出して、集計や解析の便宜を図るために、あらかじめ設定された「統制語 (controlled term)」の形でまとめています。
|
26 |
+
抽出手法については「ニッチェ・ライフ」雑の[こちらの記事](https://media.niche-life.com/series/008/Niche008_06.pdf)(査読なし)で報告しています。
|
27 |
+
|
28 |
+
統制語は「要素 (element)」「属性(attribute)」「値(value)」の3つ組からなります。
|
29 |
+
例えば「傘_色_黒」はそれぞれ「傘」「色」「黒」の要素/属性/値を持っています。一部の統制語では要素と属性が同一となっています(「生息環境」など)
|
30 |
+
参考までに、データ数上位3件は「要素」で「子実体」「傘」「胞子」、「属性」で「色」「形状」「表面性状」、「値」で「褐」「平滑」「黄」です。
|
31 |
+
|
32 |
+
また、菌類分類学の学習および同定支援の目的で、そのデータを基にしたインタラクティブな可視化Webアプリ「[Trait Circus](https://tinyurl.com/nrhcfksu)」を提供しています。
|
33 |
+
本データセットは、そのWebアプリの生データに相当し、容量の都合等でWebアプリに反映されていない情報も含まれています。
|
34 |
+
|
35 |
+
## 関連データセット
|
36 |
+
「論文3行まとめ」
|
37 |
+
[Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese)
|
38 |
+
「識別形質まとめ」
|
39 |
+
[Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese)
|
40 |
+
|
41 |
+
## 各カラムの説明
|
42 |
+
|
43 |
+
* source … 各情報の出典のURLです。多くは学術文献またはMycoBankの記載文データベースを参照しています。
|
44 |
+
* hit_term … 抽出された形質の出典中における表現です。
|
45 |
+
* current_name … その形質を有する菌の現行学名です。MycoBankを参照していますが、最新の情報ではない可能性があります。
|
46 |
+
* element_j … 「要素」の日本語表記です。
|
47 |
+
* attribute_j … 「属性」の日本語表記です。
|
48 |
+
* value_j … 「値」の日本語表記です。
|
49 |
+
* element … 「要素」の英語表記です。
|
50 |
+
* attribute … 「属性」の英語表記です。
|
51 |
+
* value … 「値」の英語表記です。
|