Christina Theodoris commited on
Commit
996d3e5
1 Parent(s): 1c2f864

Add example input labels for distinguishing bivalent promoters.

Browse files
examples/example_input_files/bivalent_promoters/bivalent_gene_labels.txt ADDED
@@ -0,0 +1,107 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ ENSG00000005073
2
+ ENSG00000007372
3
+ ENSG00000007372
4
+ ENSG00000043355
5
+ ENSG00000068120
6
+ ENSG00000075891
7
+ ENSG00000078399
8
+ ENSG00000105991
9
+ ENSG00000105996
10
+ ENSG00000105997
11
+ ENSG00000106004
12
+ ENSG00000106006
13
+ ENSG00000106031
14
+ ENSG00000106038
15
+ ENSG00000107807
16
+ ENSG00000107821
17
+ ENSG00000107831
18
+ ENSG00000107859
19
+ ENSG00000107862
20
+ ENSG00000108511
21
+ ENSG00000108786
22
+ ENSG00000108797
23
+ ENSG00000110693
24
+ ENSG00000110693
25
+ ENSG00000113430
26
+ ENSG00000115844
27
+ ENSG00000117707
28
+ ENSG00000117707
29
+ ENSG00000119915
30
+ ENSG00000120068
31
+ ENSG00000120075
32
+ ENSG00000120093
33
+ ENSG00000120093
34
+ ENSG00000120094
35
+ ENSG00000122592
36
+ ENSG00000125285
37
+ ENSG00000125798
38
+ ENSG00000125813
39
+ ENSG00000125813
40
+ ENSG00000125816
41
+ ENSG00000125820
42
+ ENSG00000128573
43
+ ENSG00000128645
44
+ ENSG00000128652
45
+ ENSG00000128709
46
+ ENSG00000128710
47
+ ENSG00000128713
48
+ ENSG00000128714
49
+ ENSG00000129514
50
+ ENSG00000131196
51
+ ENSG00000131196
52
+ ENSG00000136327
53
+ ENSG00000136944
54
+ ENSG00000138083
55
+ ENSG00000139800
56
+ ENSG00000143013
57
+ ENSG00000143632
58
+ ENSG00000144355
59
+ ENSG00000148680
60
+ ENSG00000148826
61
+ ENSG00000151615
62
+ ENSG00000152192
63
+ ENSG00000152977
64
+ ENSG00000159184
65
+ ENSG00000159387
66
+ ENSG00000163412
67
+ ENSG00000163421
68
+ ENSG00000163623
69
+ ENSG00000164330
70
+ ENSG00000164438
71
+ ENSG00000164690
72
+ ENSG00000164778
73
+ ENSG00000165588
74
+ ENSG00000165588
75
+ ENSG00000165588
76
+ ENSG00000166407
77
+ ENSG00000166407
78
+ ENSG00000168505
79
+ ENSG00000168875
80
+ ENSG00000169946
81
+ ENSG00000170166
82
+ ENSG00000170178
83
+ ENSG00000170549
84
+ ENSG00000170561
85
+ ENSG00000170577
86
+ ENSG00000170689
87
+ ENSG00000173917
88
+ ENSG00000174279
89
+ ENSG00000174963
90
+ ENSG00000174963
91
+ ENSG00000175879
92
+ ENSG00000176842
93
+ ENSG00000177508
94
+ ENSG00000178573
95
+ ENSG00000182568
96
+ ENSG00000182742
97
+ ENSG00000185551
98
+ ENSG00000185551
99
+ ENSG00000187140
100
+ ENSG00000196092
101
+ ENSG00000197576
102
+ ENSG00000198807
103
+ ENSG00000253293
104
+ ENSG00000256463
105
+ ENSG00000260027
106
+ ENSG00000276644
107
+ ENSG00000285708
examples/example_input_files/bivalent_promoters/lys4_only_gene_labels.txt ADDED
@@ -0,0 +1,80 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ ENSG00000012048
2
+ ENSG00000033627
3
+ ENSG00000037042
4
+ ENSG00000055950
5
+ ENSG00000067596
6
+ ENSG00000069248
7
+ ENSG00000072682
8
+ ENSG00000085274
9
+ ENSG00000088035
10
+ ENSG00000088930
11
+ ENSG00000095539
12
+ ENSG00000102471
13
+ ENSG00000102967
14
+ ENSG00000104313
15
+ ENSG00000105146
16
+ ENSG00000105379
17
+ ENSG00000105982
18
+ ENSG00000105983
19
+ ENSG00000107816
20
+ ENSG00000107819
21
+ ENSG00000107829
22
+ ENSG00000107833
23
+ ENSG00000108784
24
+ ENSG00000108799
25
+ ENSG00000108828
26
+ ENSG00000108830
27
+ ENSG00000109911
28
+ ENSG00000113522
29
+ ENSG00000119487
30
+ ENSG00000120049
31
+ ENSG00000125347
32
+ ENSG00000126581
33
+ ENSG00000131374
34
+ ENSG00000131437
35
+ ENSG00000131462
36
+ ENSG00000131467
37
+ ENSG00000131469
38
+ ENSG00000131470
39
+ ENSG00000131475
40
+ ENSG00000131477
41
+ ENSG00000135272
42
+ ENSG00000135776
43
+ ENSG00000135801
44
+ ENSG00000136158
45
+ ENSG00000140262
46
+ ENSG00000140450
47
+ ENSG00000140563
48
+ ENSG00000140829
49
+ ENSG00000140830
50
+ ENSG00000145494
51
+ ENSG00000146909
52
+ ENSG00000147905
53
+ ENSG00000148688
54
+ ENSG00000148840
55
+ ENSG00000148950
56
+ ENSG00000151332
57
+ ENSG00000151338
58
+ ENSG00000165637
59
+ ENSG00000165644
60
+ ENSG00000166135
61
+ ENSG00000166136
62
+ ENSG00000166167
63
+ ENSG00000166169
64
+ ENSG00000166189
65
+ ENSG00000166197
66
+ ENSG00000166377
67
+ ENSG00000167081
68
+ ENSG00000168118
69
+ ENSG00000171421
70
+ ENSG00000175832
71
+ ENSG00000186480
72
+ ENSG00000187098
73
+ ENSG00000188554
74
+ ENSG00000196628
75
+ ENSG00000196628
76
+ ENSG00000198728
77
+ ENSG00000198728
78
+ ENSG00000198863
79
+ ENSG00000285283
80
+ ENSG00000285708
examples/example_input_files/bivalent_promoters/no_methylation_gene_labels.txt ADDED
@@ -0,0 +1,42 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ ENSG00000068079
2
+ ENSG00000068383
3
+ ENSG00000075290
4
+ ENSG00000104313
5
+ ENSG00000105370
6
+ ENSG00000105374
7
+ ENSG00000105383
8
+ ENSG00000106536
9
+ ENSG00000113520
10
+ ENSG00000113525
11
+ ENSG00000118557
12
+ ENSG00000125257
13
+ ENSG00000128573
14
+ ENSG00000131471
15
+ ENSG00000131480
16
+ ENSG00000131482
17
+ ENSG00000134532
18
+ ENSG00000136319
19
+ ENSG00000138792
20
+ ENSG00000140262
21
+ ENSG00000140718
22
+ ENSG00000147488
23
+ ENSG00000147488
24
+ ENSG00000148677
25
+ ENSG00000151322
26
+ ENSG00000151322
27
+ ENSG00000156113
28
+ ENSG00000164399
29
+ ENSG00000164400
30
+ ENSG00000167749
31
+ ENSG00000167754
32
+ ENSG00000167755
33
+ ENSG00000169035
34
+ ENSG00000170927
35
+ ENSG00000182177
36
+ ENSG00000186153
37
+ ENSG00000187098
38
+ ENSG00000204764
39
+ ENSG00000213022
40
+ ENSG00000213822
41
+ ENSG00000261701
42
+ ENSG00000285708
examples/example_input_files/{dosage_sens_tf_labels.csv → dosage_sensitive_tfs/dosage_sens_tf_labels.csv} RENAMED
File without changes