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+ {
2
+ "_name_or_path": "/sujin/Models/SaProt/SaProt_1.3B_AF2_start",
3
+ "architectures": [
4
+ "EsmForMaskedLM"
5
+ ],
6
+ "attention_probs_dropout_prob": 0.1,
7
+ "classifier_dropout": null,
8
+ "emb_layer_norm_before": false,
9
+ "esmfold_config": null,
10
+ "hidden_act": "gelu",
11
+ "hidden_dropout_prob": 0.1,
12
+ "hidden_size": 1280,
13
+ "initializer_range": 0.02,
14
+ "intermediate_size": 5120,
15
+ "is_folding_model": false,
16
+ "layer_norm_eps": 1e-05,
17
+ "mask_token_id": 4,
18
+ "max_position_embeddings": 1026,
19
+ "model_type": "esm",
20
+ "num_attention_heads": 20,
21
+ "num_hidden_layers": 66,
22
+ "pad_token_id": 1,
23
+ "position_embedding_type": "rotary",
24
+ "token_dropout": true,
25
+ "torch_dtype": "float32",
26
+ "transformers_version": "4.28.0",
27
+ "use_cache": true,
28
+ "vocab_list": null,
29
+ "vocab_size": 446
30
+ }
pytorch_model.bin ADDED
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3
+ size 5204098228
special_tokens_map.json ADDED
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1
+ {
2
+ "cls_token": "<cls>",
3
+ "eos_token": "<eos>",
4
+ "mask_token": "<mask>",
5
+ "pad_token": "<pad>",
6
+ "unk_token": "<unk>"
7
+ }
tokenizer_config.json ADDED
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1
+ {
2
+ "clean_up_tokenization_spaces": true,
3
+ "model_max_length": 1000000000000000019884624838656,
4
+ "tokenizer_class": "EsmTokenizer"
5
+ }
vocab.txt ADDED
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1
+ <cls>
2
+ <pad>
3
+ <eos>
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+ <unk>
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+ <mask>
6
+ Ap
7
+ Ay
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+ An
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+ Ar
11
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12
+ Ah
13
+ Ag
14
+ Ad
15
+ Al
16
+ Av
17
+ At
18
+ Am
19
+ Af
20
+ As
21
+ Aa
22
+ Ae
23
+ Ai
24
+ Ak
25
+ Ac
26
+ A#
27
+ Cp
28
+ Cy
29
+ Cn
30
+ Cw
31
+ Cr
32
+ Cq
33
+ Ch
34
+ Cg
35
+ Cd
36
+ Cl
37
+ Cv
38
+ Ct
39
+ Cm
40
+ Cf
41
+ Cs
42
+ Ca
43
+ Ce
44
+ Ci
45
+ Ck
46
+ Cc
47
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48
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49
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50
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51
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52
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65
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66
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70
+ Ey
71
+ En
72
+ Ew
73
+ Er
74
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75
+ Eh
76
+ Eg
77
+ Ed
78
+ El
79
+ Ev
80
+ Et
81
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82
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83
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84
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85
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+ Ei
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88
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89
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+ Gd
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+ Gl
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+ Gi
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130
+ Gc
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+ Hy
134
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139
+ Hg
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141
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144
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145
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146
+ Hs
147
+ Ha
148
+ He
149
+ Hi
150
+ Hk
151
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153
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154
+ Iy
155
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156
+ Iw
157
+ Ir
158
+ Iq
159
+ Ih
160
+ Ig
161
+ Id
162
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163
+ Iv
164
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165
+ Im
166
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167
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168
+ Ia
169
+ Ie
170
+ Ii
171
+ Ik
172
+ Ic
173
+ I#
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+ Kp
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177
+ Kw
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180
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183
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185
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188
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189
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+ Ln
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338
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356
+ Ts
357
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358
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