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Runtime error
Runtime error
| import openai | |
| import re | |
| import gradio as gr | |
| # Define OpenAI API key | |
| model_engine = "text-davinci-003" | |
| def GPT_answer(prompt): | |
| # Generate a response | |
| completion = openai.Completion.create( | |
| engine=model_engine, | |
| prompt=prompt, | |
| temperature=0.3, | |
| max_tokens=500, | |
| top_p=1, | |
| best_of=1, | |
| frequency_penalty=0, | |
| presence_penalty=0 | |
| ) | |
| response = completion.choices[0].text | |
| return response | |
| def text_preparation(text): | |
| text = re.sub('[\n+\t+]', ' ', text) | |
| text = re.sub('\\\m[0-9]+', '', text) | |
| text = re.sub('"', '', text) | |
| text = re.sub('\s{2,}', ' ', text) | |
| return text | |
| def prompt_creation_icd(clean_text): | |
| prompt = ' What are ICD-10 codes for these diagnoses:\n'+clean_text+'.\n' | |
| return prompt | |
| def prompt_creation_dia(clean_text): | |
| prompt = " Extract patient's diagnoses from this text:\n"+clean_text+".\n" | |
| prompt += "Print each diagnose from the new line." | |
| return prompt | |
| def get_result(text): | |
| clean_text = text_preparation(text) | |
| prompt_dia = prompt_creation_dia(clean_text) | |
| try: | |
| response_dia = GPT_answer(prompt_dia) | |
| #creating ICD codes based on found diagnoses | |
| diagnoses = response_dia.split('\n') | |
| diagnoses_cleaned = "\n".join([dia for dia in diagnoses if 'kein' not in dia.lower()]) | |
| prompt_icd = prompt_creation_icd(diagnoses_cleaned) | |
| response_icd = GPT_answer(prompt_icd) | |
| answer = 'Found DIAGNOSES:'+diagnoses_cleaned+'\n\nICD-10 CODES:'+response_icd | |
| return answer | |
| except openai.error.InvalidRequestError as e: | |
| # Handle the InvalidRequestError | |
| return"This model's maximum context length is 4097 tokens error" | |
| print('INFO: starting gradio interface') | |
| default_input_text = """Report: 0121874648 02.01.2019 0121874648 04.01.2019"\m1Therapie: \m002.01.2019 bis 06.01.2019 i.v.-Antibiose mit Ampicillin/Sulbactam\m1 Anamnese:\m0 Die stationäre Übernahme der Patientin erfolgte aus der hiesigen Klinik für Kardiologie/Pneumologie bei akuter Tonsillitis mit positivem Nachweis von A-Streptokokken. Bezüglich der expliziten Anamnese verweisen wir auf den Entlassungsbericht der genannten Klinik vom 03.01.2019. \m1Befunde:\m0 HNO-Status: Ohren: unauffällig. Nase: unauffällig. Mundrachen: Tonsillen bds. hyperplastisch, gerötet, follikuläre Beläge li. > re. Epipharynx: unauffällig. Oropharynx: unauffällig. Hypopharynx: unauffällig. Larynx: unauffällig. Paraklinik: CRP vom 03.01.2019: 76,7 mg/l, Leukozyten 8,3 Gpt/l. CRP vom 5.1.2019: 12.5mg/l. LZ-RR: s. Anlage. \m1Verlauf:\m0 Unter o. g. Antibiose sowie symptomatischer Therapie sahen wir einen regelrechten Rückgang der Beschwerden sowie der paraklinischen Infektparameter. Bezüglich der internistisch vordiagnostizierten hypertensiven Entgleisung bitten wir um weitere amb. internistische Kontrollen und ggf. Therapieoptimierung Wir entließen Frau Kaczmarek am 06.01.2019 in Ihre weitere geschätzte ambulante Betreuung und bitten um Fortführung der Antibiose (z. B. Sultamicillin 375 mg 2 x tgl. per os) für weitere 2 Tage sowie um Kontrolle der Lokalbefunde in Ihrer Sprechstunde.\m0" Mit freundlichen kollegialen Grüßen""" | |
| iface = gr.Interface( | |
| enable_queue=True, | |
| title="ICD-10 codes and Diagnoses Extraction", | |
| description="", | |
| fn=get_result, | |
| inputs=[gr.Textbox(label="Input text", value=default_input_text)], | |
| outputs=gr.outputs.Textbox(label="Found ICD-10 codes and diagnoses"), | |
| ) | |
| iface.launch() | |