BioRAG / interface.py
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# interface.py
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import io
import json
import traceback
from models import BioprocessModel # De TU models.py
# from decorators import gpu_decorator # No relevante para Modal
USE_MODAL_FOR_LLM_ANALYSIS = False
generate_analysis_from_modal = None
def create_error_image(message="Error en procesamiento", width=600, height=400):
# ... (sin cambios) ...
img = Image.new('RGB', (width, height), color = (255, 200, 200))
print(f"Generando imagen de error: {message}")
return img
def parse_bounds_str(bounds_str_input, num_params):
# ... (sin cambios, pero asegúrate que es la versión robusta de respuestas anteriores) ...
bounds_str = str(bounds_str_input).strip()
if not bounds_str:
print(f"DEBUG (parse_bounds_str): Cadena de límites vacía para {num_params} params. Usando (-inf, inf).")
return [-np.inf] * num_params, [np.inf] * num_params
try:
bounds_str = bounds_str.lower().replace('inf', 'np.inf').replace('none', 'None')
if not (bounds_str.startswith('[') and bounds_str.endswith(']')):
bounds_str = f"[{bounds_str}]"
parsed_bounds_list = eval(bounds_str, {'np': np, 'inf': np.inf, 'None': None})
if not isinstance(parsed_bounds_list, list):
raise ValueError("Cadena de límites no evaluó a una lista.")
if len(parsed_bounds_list) != num_params:
raise ValueError(f"Num límites ({len(parsed_bounds_list)}) != num params ({num_params}).")
lower_bounds, upper_bounds = [], []
for item in parsed_bounds_list:
if not (isinstance(item, (tuple, list)) and len(item) == 2):
raise ValueError(f"Límite debe ser (low, high). Se encontró: {item}")
low = -np.inf if (item[0] is None or (isinstance(item[0], float) and np.isnan(item[0]))) else float(item[0])
high = np.inf if (item[1] is None or (isinstance(item[1], float) and np.isnan(item[1]))) else float(item[1])
lower_bounds.append(low); upper_bounds.append(high)
print(f"DEBUG (parse_bounds_str): Límites parseados: L={lower_bounds}, U={upper_bounds}")
return lower_bounds, upper_bounds
except Exception as e:
print(f"ERROR (parse_bounds_str): Parseando '{bounds_str_input}': {e}. Usando por defecto (-inf, inf).")
return [-np.inf] * num_params, [np.inf] * num_params
def call_llm_analysis_service(prompt: str) -> str:
# ... (sin cambios) ...
if USE_MODAL_FOR_LLM_ANALYSIS and generate_analysis_from_modal:
print("DEBUG (interface.py): Llamando a Modal LLM...")
try: return generate_analysis_from_modal(prompt)
except Exception as e: print(f"ERROR (interface.py): Modal LLM: {e}"); traceback.print_exc(); return f"Error servicio IA: {e}"
else:
print("DEBUG (interface.py): Usando LLM local (fallback)...")
try:
from config import MODEL_PATH, MAX_LENGTH, DEVICE
from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM
import torch
tokenizer_local = AutoTokenizer.from_pretrained(MODEL_PATH)
model_local = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(MODEL_PATH).to(DEVICE)
model_context_window = getattr(model_local.config, 'max_position_embeddings', getattr(model_local.config, 'sliding_window', 4096))
max_prompt_len = model_context_window - MAX_LENGTH - 50
if max_prompt_len <= 0 : max_prompt_len = model_context_window // 2
inputs = tokenizer_local(prompt, return_tensors="pt", truncation=True, max_length=max_prompt_len).to(DEVICE)
with torch.no_grad():
outputs = model_local.generate(**inputs, max_new_tokens=MAX_LENGTH, eos_token_id=tokenizer_local.eos_token_id, pad_token_id=tokenizer_local.pad_token_id if tokenizer_local.pad_token_id else tokenizer_local.eos_token_id, do_sample=True, temperature=0.6, top_p=0.9)
input_len = inputs.input_ids.shape[1]
analysis = tokenizer_local.decode(outputs[0][input_len:], skip_special_tokens=True)
return analysis.strip()
except Exception as e: print(f"ERROR (interface.py): Fallback LLM: {e}"); traceback.print_exc(); return f"Error LLM local: {e}."
def process_and_plot(
file_obj,
biomass_eq1_ui, biomass_eq2_ui, biomass_eq3_ui,
biomass_param1_ui, biomass_param2_ui, biomass_param3_ui,
biomass_bound1_ui, biomass_bound2_ui, biomass_bound3_ui,
substrate_eq1_ui, substrate_eq2_ui, substrate_eq3_ui,
substrate_param1_ui, substrate_param2_ui, substrate_param3_ui,
substrate_bound1_ui, substrate_bound2_ui, substrate_bound3_ui,
product_eq1_ui, product_eq2_ui, product_eq3_ui,
product_param1_ui, product_param2_ui, product_param3_ui,
product_bound1_ui, product_bound2_ui, product_bound3_ui,
legend_position_ui,
show_legend_ui,
show_params_ui,
biomass_eq_count_ui,
substrate_eq_count_ui,
product_eq_count_ui
):
print("\nDEBUG (interface.py): process_and_plot INICIADO.")
error_img = create_error_image("Error inicial en procesamiento")
error_analysis_text = "No se pudo generar el análisis debido a un error de inicialización."
try:
if file_obj is None:
print("ERROR (interface.py): No se subió archivo.")
return error_img, "Error: Por favor, sube un archivo Excel."
print(f"DEBUG (interface.py): Archivo recibido: {file_obj.name}")
try:
df = pd.read_excel(file_obj.name)
print(f"DEBUG (interface.py): Excel leído. Columnas: {df.columns.tolist()}")
except Exception as e:
return error_img, f"Error al leer el archivo Excel: {e}\n{traceback.format_exc()}"
expected_cols = ['Tiempo', 'Biomasa', 'Sustrato', 'Producto']
missing_cols = [col for col in expected_cols if col not in df.columns]
if missing_cols:
return error_img, f"Error: Faltan columnas en Excel: {', '.join(missing_cols)}."
time_data = df['Tiempo'].values
biomass_data_exp = df['Biomasa'].values
substrate_data_exp = df['Sustrato'].values
product_data_exp = df['Producto'].values
print(f"DEBUG (interface.py): Datos extraídos. Longitud de tiempo: {len(time_data)}")
try:
active_biomass_eqs = int(float(biomass_eq_count_ui))
active_substrate_eqs = int(float(substrate_eq_count_ui))
active_product_eqs = int(float(product_eq_count_ui))
except (TypeError, ValueError) as e_count:
return error_img, f"Error: Número de ecuaciones inválido: {e_count}"
print(f"DEBUG (interface.py): Counts: Bio={active_biomass_eqs}, Sub={active_substrate_eqs}, Prod={active_product_eqs}")
all_eq_inputs = { # ... (sin cambios) ...
'biomass': ([biomass_eq1_ui, biomass_eq2_ui, biomass_eq3_ui][:active_biomass_eqs], [biomass_param1_ui, biomass_param2_ui, biomass_param3_ui][:active_biomass_eqs], [biomass_bound1_ui, biomass_bound2_ui, biomass_bound3_ui][:active_biomass_eqs], biomass_data_exp),
'substrate': ([substrate_eq1_ui, substrate_eq2_ui, substrate_eq3_ui][:active_substrate_eqs], [substrate_param1_ui, substrate_param2_ui, substrate_param3_ui][:active_substrate_eqs], [substrate_bound1_ui, substrate_bound2_ui, substrate_bound3_ui][:active_substrate_eqs], substrate_data_exp),
'product': ([product_eq1_ui, product_eq2_ui, product_eq3_ui][:active_product_eqs], [product_param1_ui, product_param2_ui, product_param3_ui][:active_product_eqs], [product_bound1_ui, product_bound2_ui, product_bound3_ui][:active_product_eqs], product_data_exp)
}
model_handler = BioprocessModel()
fitted_results_for_plot = {'biomass': [], 'substrate': [], 'product': []}
results_for_llm_prompt = {'biomass': [], 'substrate': [], 'product': []}
biomass_params_for_s_p_dict = None # Debe ser un dict para models.py
for model_type, (eq_list, param_str_list, bound_str_list, exp_data) in all_eq_inputs.items():
if not (isinstance(exp_data, np.ndarray) and exp_data.size > 0 and np.any(np.isfinite(exp_data))):
print(f"INFO (interface.py): Datos experimentales para {model_type} no válidos o vacíos, saltando ajuste.")
results_for_llm_prompt[model_type].append({'equation': 'N/A - Sin datos válidos', 'params_fitted': {}, 'R2': np.nan, 'RMSE': np.nan})
continue
for i in range(len(eq_list)):
eq_str, param_s, bound_s = eq_list[i], param_str_list[i], bound_str_list[i]
if not eq_str or not param_s:
print(f"INFO (interface.py): Ecuación o parámetros vacíos para {model_type} #{i+1}, saltando.")
results_for_llm_prompt[model_type].append({'equation': eq_str if eq_str else 'Ecuación Vacía', 'params_fitted': {}, 'R2': np.nan, 'RMSE': np.nan, 'error': 'Ecuación o parámetros vacíos'})
continue
print(f"\nDEBUG (interface.py): Procesando {model_type} #{i+1}: Eq='{eq_str}', Params='{param_s}'")
try:
model_handler.set_model(model_type, eq_str, param_s)
num_p = len(model_handler.models[model_type]['params'])
l_b, u_b = parse_bounds_str(bound_s, num_p)
# Pasar biomass_params_fitted si es sustrato o producto
current_biomass_params_for_fit = biomass_params_for_s_p_dict if model_type in ['substrate', 'product'] else None
print(f"DEBUG (interface.py): Llamando a fit_model para {model_type} #{i+1}")
y_pred, popt_values = model_handler.fit_model(model_type, time_data, exp_data, bounds=(l_b, u_b), biomass_params_fitted=current_biomass_params_for_fit)
print(f"DEBUG (interface.py): fit_model regresó para {model_type} #{i+1}. y_pred (primeros 5): {y_pred[:5] if y_pred is not None else 'None'}")
if y_pred is None or popt_values is None: # Chequear si fit_model indicó fallo
print(f"ERROR (interface.py): Ajuste falló (y_pred o popt es None) para {model_type} #{i+1}.")
results_for_llm_prompt[model_type].append({'equation': eq_str, 'params_fitted': {}, 'R2': np.nan, 'RMSE': np.nan, 'error': 'Fallo en curve_fit'})
continue # Saltar al siguiente modelo/ecuación
current_params = model_handler.params.get(model_type, {})
r2_val = model_handler.r2.get(model_type, float('nan'))
rmse_val = model_handler.rmse.get(model_type, float('nan'))
fitted_results_for_plot[model_type].append({'equation': eq_str, 'y_pred': y_pred, 'params': current_params, 'R2': r2_val})
results_for_llm_prompt[model_type].append({'equation': eq_str, 'params_fitted': current_params, 'R2': r2_val, 'RMSE': rmse_val})
if model_type == 'biomass' and biomass_params_for_s_p_dict is None and current_params:
biomass_params_for_s_p_dict = current_params # Guardar como dict
print(f"DEBUG (interface.py): Parámetros de Biomasa (para S/P) guardados: {biomass_params_for_s_p_dict}")
except Exception as e_fit_loop:
error_msg = f"Error en bucle de ajuste para {model_type} #{i+1} ('{eq_str}'): {e_fit_loop}\n{traceback.format_exc()}"
print(error_msg)
results_for_llm_prompt[model_type].append({'equation': eq_str, 'params_fitted': {}, 'R2': np.nan, 'RMSE': np.nan, 'error': str(e_fit_loop)})
# Considerar si continuar con otros modelos o retornar error general
# Por ahora, continuamos para intentar ajustar otros modelos si es posible
# Generar gráfico
print("DEBUG (interface.py): Generando gráfico...")
fig, axs = plt.subplots(3, 1, figsize=(10, 18), sharex=True)
# ... (resto de la lógica de graficación, como en tu versión completa, sin cambios significativos) ...
plot_config_map = {axs[0]:(biomass_data_exp,'Biomasa',fitted_results_for_plot['biomass']), axs[1]:(substrate_data_exp,'Sustrato',fitted_results_for_plot['sustrato']), axs[2]:(product_data_exp,'Producto',fitted_results_for_plot['product'])}
any_plot_successful = False
for ax, data_actual, ylabel, plot_results in plot_config_map.items():
if isinstance(data_actual, np.ndarray) and data_actual.size > 0 and np.any(np.isfinite(data_actual)):
ax.plot(time_data, data_actual, 'o', label=f'Datos {ylabel}', markersize=5, alpha=0.7)
else: ax.text(0.5,0.5,f"No hay datos para {ylabel}",transform=ax.transAxes,ha='center',va='center')
for idx, res_detail in enumerate(plot_results):
if res_detail.get('y_pred') is not None and np.any(np.isfinite(res_detail['y_pred'])): # Solo plotear si y_pred es válido
label = f'Modelo {idx+1} (R²:{res_detail.get("R2", float("nan")):.3f})'
ax.plot(time_data, res_detail['y_pred'], '-', label=label, linewidth=2)
any_plot_successful = True
ax.set_xlabel('Tiempo'); ax.set_ylabel(ylabel); ax.grid(True,linestyle=':',alpha=0.7)
if show_legend_ui: ax.legend(loc=legend_position_ui,fontsize='small')
if show_params_ui and plot_results:
param_display_texts = [f"Modelo {idx+1}:\n" + "\n".join([f" {k}: {v:.4g}" for k,v in res_d.get('params',{}).items()]) for idx, res_d in enumerate(plot_results) if res_d.get('params')]
if param_display_texts: ax.text(0.02,0.98 if not ('upper' in legend_position_ui) else 0.02,"\n---\n".join(param_display_texts),transform=ax.transAxes,fontsize=7,verticalalignment='top' if not ('upper' in legend_position_ui) else 'bottom',bbox=dict(boxstyle='round,pad=0.3',fc='lightyellow',alpha=0.8))
if not any_plot_successful: # Si ningún modelo se ajustó o y_pred fue NaN
print("WARN (interface.py): Ningún modelo produjo un gráfico válido.")
# Podrías dibujar algo en la figura para indicar esto
axs[0].text(0.5, 0.5, "Ningún modelo se pudo ajustar o graficar.", transform=axs[0].transAxes, ha='center', va='center', fontsize=12, color='red')
plt.tight_layout(rect=[0,0,1,0.96]); fig.suptitle("Resultados del Ajuste de Modelos Cinéticos",fontsize=16)
buf = io.BytesIO(); plt.savefig(buf,format='png',dpi=150); buf.seek(0)
image_pil = Image.open(buf); plt.close(fig)
print("DEBUG (interface.py): Gráfico generado.")
# Construir prompt y llamar a LLM
# ... (sin cambios en la lógica del prompt) ...
prompt_intro = "Eres un experto en modelado cinético de bioprocesos. Analiza los siguientes resultados del ajuste de modelos a datos experimentales:\n\n"
prompt_details = json.dumps(results_for_llm_prompt, indent=2, ensure_ascii=False)
prompt_instructions = """\n\nPor favor, proporciona un análisis detallado y crítico en español, estructurado de la siguiente manera:
1. **Resumen General:** Una breve descripción del experimento y qué se intentó modelar.
2. **Análisis por Componente (Biomasa, Sustrato, Producto):**
a. Para cada ecuación probada:
i. Calidad del Ajuste: Evalúa el R² (cercano a 1 es ideal) y el RMSE (más bajo es mejor). Comenta si el ajuste es bueno, regular o pobre.
ii. Interpretación de Parámetros: Explica brevemente qué representan los parámetros ajustados y si sus valores parecen razonables en un contexto de bioproceso (ej. tasas positivas, concentraciones no negativas).
iii. Ecuación Específica: Menciona la ecuación usada.
iv. Errores: Si hubo un error durante el ajuste para esta ecuación específica, menciónalo.
b. Comparación (si se probó más de una ecuación para un componente): ¿Cuál ecuación proporcionó el mejor ajuste y por qué?
3. **Problemas y Limitaciones:**
a. ¿Hay problemas evidentes (ej. R² muy bajo, parámetros físicamente no realistas, sobreajuste si se puede inferir, etc.)?
b. ¿Qué limitaciones podrían tener los modelos o el proceso de ajuste?
4. **Sugerencias y Próximos Pasos:**
a. ¿Cómo se podría mejorar el modelado (ej. probar otras ecuaciones, transformar datos, revisar calidad de datos experimentales)?
b. ¿Qué experimentos adicionales podrían realizarse para validar o refinar los modelos?
5. **Conclusión Final:** Un veredicto general conciso sobre el éxito del modelado y la utilidad de los resultados obtenidos.
Utiliza un lenguaje claro y accesible, pero manteniendo el rigor técnico. El análisis debe ser útil para alguien que busca entender la cinética de su bioproceso."""
full_prompt = prompt_intro + prompt_details + prompt_instructions
print("DEBUG (interface.py): Prompt para LLM generado. Llamando al servicio LLM...")
analysis_text_llm = call_llm_analysis_service(full_prompt)
print("DEBUG (interface.py): Análisis LLM recibido.")
return image_pil, analysis_text_llm
except Exception as general_e:
error_trace = traceback.format_exc()
error_message_full = f"Error GENERAL INESPERADO en process_and_plot: {general_e}\n{error_trace}"
print(error_message_full)
return create_error_image(f"Error General: {general_e}"), error_message_full