trata de dados numericos em escala genomica, tem inspiracao em abordagens de analise comparativa de sequencias vislumbradas por Pauling e Zuckerkandl.As tecnicas de comparacao de sequencias biologicas nao foram discutidas de forma alguma no trabalho "Moleculas como documentos da historia evolutiva", mas o objetivo principal de encontrar fragmentos similares em pares de sequencias foi apresentado muito claramente.A similaridade de sequencias esta no coracao de toda biologia, nao apenas da genomica comparativa. A seguinte afirmacao foi chamada de "o primeiro fato na analise de sequencias biologicas" por Dan Gusfield (1997) na Universidade da California, em Davis:"Em sequencias biomoleculares, uma alta similaridade de sequencia frequentemente implica em grande similaridade funcional e estrutural."O "primeiro fato" pode ser entendido como um dos mais fundamentais fatos com relacao a nossa compreensao da vida. A maioria dos biologos, entretanto, nao hesitaria em adicionar o seguinte:"Em sequencias biomoleculares, alta similaridade de sequencia tambem implica, muito frequentemente, em relacao evolutiva."As duas afirmacoes, ainda que similares na forma, sao de fato distintas -- e de uma maneira um tanto quanto fundamental. A estrutura de uma molecula biologica, como uma proteina, e algo que pode ser fisicamente definido. Se temos (i) uma amostra pura desta proteina, (ii) um local tranquilo para crescermos cristais, e (iii) uma linha de luz sincrotron, podemos determinar a estrutura da molecula proteica, pelo menos em principio. Desconsiderando alguns detalhes tecnicos, o mesmo equipamento faria o servico para qualquer proteina. De fato, enquanto escrevo essas linhas, os desafios para a producao de estruturas de proteinas em larga-escala estao avancando cada vez mais atraves dos projetos de genomica estrutural (Chandonia e Brenner, 2006). A funcao, entretanto, nao e uma caracteristica fisica mas uma descricao de determinado processo; portanto a funcao pode ser definida apenas dentro de um contexto biologico. Assim e preciso considerar que a funcao de uma proteina envolve a interacao com outras moleculas que precisam ser identificadas e incluidas na descricao da funcao. Normalmente, para se definir a funcao biologica de uma sequencia, e preciso monitorar as interacoes de muitos componentes num extrato celular, na celula inteira, nos organismos vivos, ou dentro de um ecossistema no qual o organismo seja uma parte. Logo que a funcao de uma proteina e realizada, sua estrutura pode mudar. Entao, quando nos dizemos no dia-a-dia "estrutura e funcao", estamos de fato falando sobre muitas coisas. E o fato de que a similaridade de sequencia pode ser usada para realizar inferencias sobre todas as diferentes propriedades de uma unidade carregadora de sentido -- desde as propriedades fisicas das moleculas ate a relacao com seu ambiente -- nao e absolutamente tao trivial. O "segundo fato" tambem nao e trivial: a despeito de propriedades funcionais ou estruturais mais ou menos observaveis (com a excecao de raros casos nos quais a sequencia de DNA ou proteina ancestral tenha sobrevivido em proteinas antigas ou biopsias), ainda assim nao hesitamos em inferir este tipo de ancestral a partir da similaridade de sequencias.Portanto, com base na similaridade de sequencia, chegamos a conclusoes sobre (1) similiridade de estrutura; (2) similaridade de funcao; e (3) ancestralidade comum. Tais inferencias estao