Neo comeca sua "formacao",tornando-se especialista em muitas formas de combate, simplesmente carregandovarios programas de treinamento diretamente em seu cerebro. Ele tambem recebenovas instrucoes de Morpheus, de como "libertar sua mente" e quaoperigosos os agentes da Matrix podem ser. Depois dealguns dias a bordo da Nabucodonozor, Neo e levado para conhecer a Oraculo, quetem o poder de previsao no mundo simulado. Ela lhe diz que ele tem o"dom", mas parecia estar a espera de alguma coisa - "Sua proximavida, talvez. Quem sabe?" Neo acredita que a Oraculo lhe diz que ele nao eo escolhido. A Oraculo porem avisa-o de que um evento vira onde ele tera queescolher entre a sua propria vida ou a de Morpheus, e que um deles vaimorrer. Emseu caminho de volta para o telefone, o grupo da nave de Morpheus e traido porseu companheiro, Cypher, que fez uma acordo com os Agentes de entregar Morpheusem troca de ser re-conectado a Matrix. Na batalha, Morpheus e capturado edetido pelos agentes dentro da Matrix, enquanto que Cypher matava osintegrantes da nave um por um, mas quando Cypher estava prestes a matar Neodesconectando seu corpo com sua mente ainda na Matrix, ele foi morto pelopiloto da nave, que sobreviveu a sua traicao. Neo e Trinity sabem que osagentes pretendem usar Morpheus para dizer-lhes o acesso aos codigos damainframes de Zion, a ultima cidade humana onde os humanos ainda podem nascerlivres. A principio eles decidem tomar o curso de acao mas seguro,desconectando-o enquanto ele ainda estava preso na Matrix, assim, causando asua morte. Entao Neo percebe que este era o evento que a Oraculo tinha-lhedito, ele decide, entao, deve ir salvar Morpheus. Com Trinity ao seu lado, Neoluta a sua maneira atraves da pesadamente armada tropa de guardas que estavaestacionada em todo o edificio. Ele chega ao telhado do edificio so para serconfrontado pelo Agente Jones. Neo descarrega dois pentes de balas sobre Jonesso para ver como os Agentes se esquivam delas sem esforco. Mas uma vez Jonesretorna fogo, Neo revela-se capaz de se esquivar das balas de uma forma que soAgentes eram capazes de fazer e aproveitando a distracao do Agente com asurpresa de ver um humano ser tao rapido quanto eles, Trinity da um tiro aqueima-roupa na cabeca de Jones, conseguindo assim elimina-lo. Em seguida,usando uma metralhadora, Neo e Trinity salvam Morpheus com sucesso no piso doedificio em que ele estava. Tendo acabado de concluir com exito a missao desalvamento num edificio protegido por guardas fortemente armados e agentes, umfeito nunca antes alcancado, Morpheus leva isso como provas que Neo e, naverdade o escolhido (The One), questionando Trinity, "Voce acredita agora?".Morpheus explica a Neo que a Oraculo disse: "exatamente o que vocenecessitava ouvir, isto e tudo." Mais adiante, ele completa: "Neo, embreve voce vai perceber como eu, que ha uma diferenca entre conhecer o caminho,e seguir este caminho". Atingindoa linha de conexao, Morpheus e Trinity regressam ao mundo real, mas Neo eimpedido pelo Agente Smith. Em vez de correr, Neo decide lutar com Smith. Neohabilmente combate Smith, quase demonstrando ter o mesmo nivel de habilidade doAgente, algo considerado impossivel para seres