de 1963, Mason, Woods, Bowman e Weaver sao despachados para o Cosmodromo de Baikonur na Republica Socialista Sovietica Cazaque para sabotar o programa espacial sovietico e eliminar os integrantes do projeto "Ascensao", antigos cientistas nazistas cooptados pelo regime sovietico. No comeco da operacao, Weaver e capturado e torturado por Kravchenko, mas Mason e sua equipe conseguem liberta-lo, destruindo nesse meio tempo a nave espacial Soyuz. Dragovich escapa da morte, fazendo com que Mason fique em seu encalco pelos cinco anos seguintes. Em 1968, o MACV-SOG e estabelecido no Vietna para investigar a presenca de tropas sovieticas. Apos defender Khe Sanh, o SOG e posicionado em Hue durante a Ofensiva do Tet para recuperar um dossie com informacoes sobre Dragovich fornecidas por um desertor russo. A equipe recupera o documento enquanto Mason encontra Reznov, que revela ser ele a fonte. O SOG segue entao para Laos para interceptar um carregamento de Nova-6 transportado por um aviao sovietico abatido. No local da queda, eles sao subjugados pelas levas de soldados vietcongues e da Spetsnaz, sendo eventualmente capturados. Mason e Reznov escapam, mas Bowman e executado e Woods morre em uma explosao junto a Kravchenko.Enquanto isso, Hudson e Weaver interrogam em Kowloon o dr. Daniel Clark, o engenheiro que estabilizou o Nova-6. Clark identifica Steiner como parte da conspiracao, revelando a localizacao de uma base secreta no Monte Yamantau antes de ser morto pelos homens de Dragovich. Hudson e Weaver seguem para o local para destruir a base e capturar Steiner. Durante a missao, Hudson recebe um transmissao de Steiner solicitando que o encontre na Ilha Vozrozhdeniya, no Mar de Aral, para saber como interromper uma transmissao de numeros que mandara instrucoes para agentes em prontidao lancarem o gas Nova-6 em cidades americanas. Nesse meio tempo, Mason e Reznov estao a caminho da ilha para assassinar Steiner. No presente, Mason afirma veementemente que foi Reznov que executou Steiner, apesar de Hudson ter testemunhado Mason atirar contra o cientista. Neste ponto, Hudson e Weaver revelam-se como os interrogadores de Mason. Hudson percebe que Dragovich fez uma lavagem cerebral em Mason para que ele guardasse os numeros da transmissao e se tornasse um agente espiao sovietico. Esgotadas as alternativas, Hudson liberta Mason para segui-lo. E revelado entao que o Reznov verdadeiro fora morto durante a fuga de Vorkuta, e que as visoes de Mason relacionadas ao russo sao resultado de um transtorno dissociativo de identidade provocado pelo traumatico programa de lavagem cerebral. Reznov, na verdade, reprogramara Mason para assassinar Dragovich, Kravchenko e Steiner ao inves do presidente Kennedy, o alvo original. Hudson faz Mason ouvir os numeros uma ultima vez, o que o leva a se lembrar da localizacao do navio cargueiro sovietico Russalka, ancorado na costa de Cuba.Ao amanhecer, a equipe lanca um ataque contra o Russalka, com Mason e Hudson infiltrando-se em uma estacao de transmissao subaquatica protegida pelo navio, que estava disfarcando tambem uma base de submarinos projetada para apoiar a invasao dos Estados Unidos apos o planejado ataque de Nova-6. Confirmando que o Russalka e o emissor dos numeros, Hudson solicita reforcos da