A conservacao e a manutencao deste importante ecossistema no RS preocupa ambientalistas. As Matas Ciliares sao formacoes vegetais que se encontram nas margens dos rios, corregos, lagos, represas e nascentes. Tambem conhecida como mata de varzea, mata de galeria . Apesar de serem protegidas pela legislacao Federal, sao intensamente destruidas pela utilizacao em atividades agropecuarias, loteamentos e construcao de hidreletricas. Estes danos contribuem para diminuicao de especies nativas como aves e plantas e animais silvestres. A mata ciliar tem esse nome por ter uma semelhanca dos "cilios" dos olhos como protecao. Sem as matas ciliares acontecem assoreamentos e erosoes nas margens dos rios, aumentos de pragas e doencas nas lavouras e, contribuindo nas alteracoes climaticas (chuvas e aumento de temperatura). As instituicoes de pesquisa agropecuarias como A Embrapa e Emater/RS vem trabalhando na recuperacao e conservacao, juntamente com produtores rurais que tem em sua propriedade este ecossistema tao importante. Outra instituicao que tem uma importante atuacao e o Ministerio Publico do Rio Grande do Sul que elegeu como prioridade, as bacias hidrograficas. Visando promover a articulacao regional entre promotorias de justica, poder publico e a sociedade civil, favorecendo a construcao de uma agenda ambiental positiva voltada aos problemas enfrentados que nao atingem apenas uma comunidade, mas toda a bacia hidrografica. A Promotora de Justica do Ministerio Publico Gaucho Ximena Cardozo Ferreira comentou, que o MP vem atuando nestas areas desde 2008 atraves das redes ambientais -reunioes de todas as promotorias de justica com atribuicoes ambientais existentes em cada uma das bacias hidrograficas existentes no estado. A Promotora coordenou a rede ambiental do Vale dos Sinos desde sua criacao ate o final do ano de 2010. "No desenvolvimento deste trabalho de articulacao interinstitucional, tive a oportunidade de ver surgir o projeto "VerdeSinos", apartir da evolucao do projeto piloto de recomposicao da mata ciliar na bacia hidrografica do Rio dos Sinos, sob coordenacao do comitesinos (comite de Bacia )". Diz a Promotora.O projeto conta com parcerias de empresas de pesquisa agropecuaria ,sindicatos de trabalhadores rurais,prefeituras municipais e universidades. Com estas parcerias O Ministerio Publico Gaucho, alem de ter como objetivo final a restauracao das matas ciliares, leva a comunidade de um modo geral a entender a importancia de defender e preservar estes corredores ecologicos tao importantes, a exemplo deste citado na regiao do Vale dos Sinos no Rio Grande do Sul. A preocupacao com as bacias hidrograficas, e visto pelo motivo que estas aguas sao acompanhadas pelas margens das matas ciliares . Esta vegetacao que se encontra na beira dos rios destas matas e de grande importancia. E como se fosse filtros para manter a agua purificada e servindo para reduzir os poluentes quimicos que sao jogados nos rios. Conforme os estudos da Universidade Federal de Pelotas (UFPEL) a bacia hidrografica do Arroio Pelotas no municipio de Pelotas/RS, foi constatado mais de 106 especies de plantas nativas e 519 especies de arvores nativas. Mas nos ambientes estudados as preocupacoes estao ligadas a uma grande degradacao nestas especies floristicas, onde o maior impacto e ligado as pequenas propriedades rurais como pecuaria de bovinos de leite,