situacao era bem diferente. Mesmo depois de inumeros regulamentos civis e eclesiasticos desde o seculo XVI tentarem proteger os povos nativos, garantindo os seus direitos humanos e os seus direitos as terras em que habitam, a sociedade branca de modo geral fazia ouvidos surdos e ainda nao os aceitava como iguais. E registrado que o governo tentou varias vezes proibir a escravidao indigena, mas as tentativas despertavam revoltas entre os colonos, que nao queriam perder o capital que representavam e a sua forca de trabalho. Outras leis contradiziam as que os protegiam, e continuavam a ser considerados judicialmente incapazes, devendo ser tutelados pelo Estado, que os confinava em reservas pequenas ou expulsava tribos de suas terras sob pretextos os mais frageis. Muitos continuavam a ser escravizados, perseguidos e mortos.[138][158][159][160] No final do processo da colonizacao, estima-se que a populacao indigena havia declinado de cerca de 5 milhoes para cerca de 600 mil pessoas, vivendo em grande parte em condicoes de opressao e miseria.[158]Boa parte da populacao indigena morreu nas guerras, nas perseguicoes e na escravidao, mas grande mortalidade se deveu ao contagio de doencas trazidas pelos europeus, contra as quais os indios nao tinham imunidade, por terem vivido durante milenios isolados de outras populacoes.[161] Durante o seculo XIX, com os avancos em epidemiologia, comecaram a ser documentados casos de brasileiros desencadeando propositalmente epidemias de variola como arma biologica contra os indios. Um caso "classico", segundo antropologo Mercio Pereira Gomes, e o da vila de Caxias, no sul do Maranhao. Por volta de 1816, para conseguir mais terras, fazendeiros resolveram "presentear" os indios timbira com roupas de pessoas infectadas pela doenca (que normalmente sao queimadas para evitar contaminacao). Os indios levaram as roupas para as aldeias e, logo, os fazendeiros tinham muito mais terra livre para a criacao de gado. Casos similares ocorreram por toda a America do Sul.[162] As "doencas do homem branco" ainda afetam as tribos indigenas, causando muitos obitos.[163]Ancestralidade indigena na atual populacao brasileiraVer artigo principal: Composicao etnica do BrasilOutra grande parte da populacao indigena nao pereceu, mas foi assimilada pela sociedade brasileira, dando origem a prolifica descendencia que, nao obstante, ja nao mais se identifica como "india".[5][164] Gilberto Freyre, em Casa-Grande & Senzala, considerou o elemento indigena como importante formador da identidade social brasileira, principalmente nos primeiros seculos de contato com os europeus, atribuindo um papel essencial as "cunhas", as mulheres nativas:"Para a formidavel tarefa de colonizar uma extensao como o Brasil, teve Portugal de valer-se no seculo XVI do resto de homens que lhe deixara a aventura da India. E nao seria com esse sobejo de gente, quase toda miuda, em grande parte plebeia, alem do mais, mocarabe, isto e, com a consciencia de raca ainda mais fraca que nos portugueses fidalgos ou nos do norte, que se estabeleceria na America um dominio portugues exclusivamente branco ou rigorosamente europeu. A transigencia com o elemento nativo se impunha a politica colonial portuguesa: as circunstancias facilitaram-na. A luxuria dos individuos, soltos sem familia, no meio da indiada nua, vinha servir a poderosas razoes do Estado no sentido de rapido povoamento