Chegou a abrigar 2.000 exemplares de animais vertebrados, de centenas de especies da regiao, muitas das quais raras ou pouco conhecidas. Esse crescimento foi possivel gracas a subvencao que o Governo Estadual impos as prefeituras do interior, obrigando-as a remeter mensalmente animais e parte de sua arrecadacao ao Museu Goeldi. Muitas especies foram reproduzidas em cativeiro com sucesso, em especial repteis e peixes. Somente nos tres primeiros anos de coletas sistematicas, foram descritas cinco novas especies de peixes, inclusive um genero novo.1948 - Arqueologia AmazonicaO ano de 1948 pode ser considerado como o inicio das pesquisas arqueologicas sistematicas na Amazonia. Com a chegada de Betty Meggers e Clifford Evans, do Smithsonian Institution (EUA), procurando explicar a ocupacao humana pre-historica da Amazonia, o Museu Goeldi conheceu uma nova abordagem de pesquisa arqueologica, mediante escavacoes planejadas e a analise de milhares de fragmentos de ceramica. Os arqueologos norte-americanos estabeleceram a primeira sequencia de desenvolvimento cultural da foz do rio Amazonas, elaborando, com seu criterioso trabalho, teoria cientifica que viria a influenciar a Arqueologia Brasileira ate os dias atuais.1966 - Centenario do Museu ParaenseDe 06 a 11 de junho de 1966, em Belem (PA), foi realizado o primeiro grande evento sobre a Amazonia, o Simposio sobre a Biota Amazonica, organizado pelo Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq) e Associacao de Biologia Tropical. O evento homenageou o centenario do Museu Paraense e contou com a participacao de 16 paises, representados por 97 instituicoes. No total, 256 conferencias e trabalhos originais foram apresentados, nas areas de Ciencias Humanas e Naturais.1975 - Programa Flora AmazonicaO Programa Flora foi criado pelo Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq) em 1975, tendo como objetivo inicial fazer o inventario da cobertura floristica do territorio brasileiro, iniciando pela regiao amazonica. O Museu Goeldi sediou os trabalhos, tendo sido convidado para sua coordenacao o botanico Joao Murca Pires. Como resultado do projeto, houve a ampliacao e capacitacao dos recursos humanos do Departamento de Botanica, a introducao das linhas de pesquisa em Palinologia e Anatomia Vegetal, a reativacao dos estudos de vegetais inferiores, a modernizacao e expansao do Herbario, em mais de 43.000 amostras, e a descoberta de 81 novas especies vegetais, ate o ano de 1981.1976 - Programa de pesquisas arqueologicasEm 1976, teve inicio o Programa Nacional de Pesquisas Arqueologicas da Bacia Amazonica (PRONAPABA), seguindo programa semelhante realizado na decada de 1960. O PRONAPABA foi o maior programa de pesquisas arqueologicas ja realizado na regiao, sob a coordenacao de Mario Simoes, do Museu Goeldi. Em convenio com instituicoes estrangeiras e brasileiras, Simoes liderou extensivas pesquisas nos estados da regiao Norte e Mato Grosso, especialmente ao longo dos tributarios da margem direita do Amazonas. Foram 5 anos de estudos e 21 areas selecionadas, ampliando muito as informacoes disponiveis sobre a pre-historia amazonica.1983 - Autonomia e ampliacao do Museu GoeldiEm marco de 1983, o Museu Goeldi deixou de ser subordinado ao Instituto Nacional de Pesquisas da Amazonia (INPA), em Manaus, para constituir-se em unidade autonoma do Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq). Alteracoes na estrutura administrativa do Museu foram efetuadas pelo entao diretor, Jose Seixas Lourenco.