dados de pares de sequencias cujo tamanho entre eles seja conhecido. O programa define um tamanho maximo ou minimo de sequencia que deve estar ali entre aqueles 2Kb, digamos, e monta as sequencias com relacao a outras. O buraco (gap) que existe entre duas sequencias e preenchido por dados do sequenciamento de outras reads. No caso do Illumina GAII, por exemplo, podemos ter uma cobertura de cerca de 100x do genoma de uma bacteria para cada canal da flowcell (sao 8 canais por placa). Com estes cerca de 600Mb produzidos num unico canal normalmente somos capazes de amostrar 100 vezes cada pedaco do genoma de uma bacteria (considerando um genoma bacteriano de 6Mb). Esta alta cobertura praticamente garante que o genoma sera fechado e tera alta qualidade em todas suas posicoes nucleotidicas. De fato, uma cobertura de 8-10x normalmente e suficiente para produzir um genoma completo de qualquer especie. Isso significa que, se o genoma tem X pares de base, e preciso sequenciar 8 a 10 vezes (8X) o tamanho do genoma para garantir que cada parte sera amostrada ao menos uma unica vez -- ja que a regiao sequenciada consiste em uma parte aleatoria do genoma do organismo de interesse. Os numeros 8-a-10 vem de analises estatisticas realizadas sobre o assunto (Lander e Waterman, 1988) [5][6].Quando Venter e seus colaboradores sequenciaram o inserto pelos dois lados, essa tecnica ficou conhecida como mated-pair ou paired-end sequencing. Tanto que quando fui apresentado a esses termos num contexto NGS-Illumina, tive a impressao de que os conceitos eram sinonimos. Entretanto, com relacao a este sequenciador e esta empresa, foram criados realmente dois conceitos novos que representam coisas diferentes. Basicamente a diferenca e a seguinte:paired-end: significa o sequenciamento a partir das duas extremidades para fragmentos de DNA com o tamanho entre 200-500bp;mated-pairs: significa o sequenciamento a partir de duas extremidades de fragmentos de DNA com o tamanho entre 2-5Kb. (De fato, o sequenciamento nao se da a partir do fragmento per se, mas a partir da reuniao de suas extremidades e sequenciamento de uma molecula contendo apenas essas extremidades da molecula.)A questao da diferenciacao esta relacionada ao fato de que enquanto no caso dos paired-ends e necessario ligar adaptadores dos dois lados da sequencia e liga-la a flowcell (placa de vidro), no caso dos mated-pairs (quando o tamanho do inserto e grande) torna-se necessario realizar um protocolo especial antes da ligacao, de forma a unir as pontas e permitir o sequenciamento das extremidades numa sequencia pequena..: Paired-ends sequencing :.O sequenciador Illumina permite que os pesquisadores obtenham sequencias de ambas extremidades de um fragmento de DNA. Para isso e preciso simplesmente ligar adaptadores dos dois lados da sequencia e sequencia-los da forma padrao como e feita pelo Illumina. Uma corrida de paired-end e capaz de produzir 2x75bp em ate 200 milhoes de reads.A tecnica de sequenciamento das extremidades de um inserto contendo entre 200-500bp e chamada de paired-end sequencing pela empresa Illumina.: Mated-pair sequencing :.Caso desejemos, entretanto, sequenciar extremidades de fragmentos maiores, e preciso que realizemos alguns truques do arsenal da biologia molecular. O kit da Illumina,