por Leandro Pereira Tostaleandropereiratosta@gmail.comMudancas evolutivas em nivel molecular sao responsaveis pela diversificacao das especies que habitam o globo. Isso tem acontecido desde o surgimento dos primeiros organismos, atraves da replicacao das informacoes do genoma juntamente com mutacoes - erros na replicacao - que vao se somando ao longo do tempo .E de praxe dizer que a analise do genoma de diversas especies e ferramenta de importancia fundamental como fonte de informacoes para a biologia moderna. Mas, o que e genoma? Em linhas gerais, o genoma de um organismo e o seu conjunto de informacoes geneticas, sejam elas codificantes ou nao.As informacoes geneticas de um organismo podem ser transmitidas via reproducao sexuada ou assexuada (informacoes essas presentes no nucleo da celula) ou ainda transmitidas por meio de cloroplastos e mitocondrias. Tanto os genes das mitocondrias como os dos cloroplastos somente codificam as proteinas participantes da manutencao de suas proprias funcoes e para a expressao (Calcagnotto, 2001).A evolucao molecular investiga os mecanismos e consequencias da evolucao de macromoleculas em topicos como as relacoes existentes entre as estruturas geneticas, proteicas e funcionais dos organismos (Heller et al., 2009). O alvo primeiro dos cientistas que estudam a evolucao molecular dos organismos animais e vegetais e a mutacao (variacao nos parametros geneticos originais de um taxon considerado) ocorrida nos nucleotideos. A mudanca na sequencia de nucleotideos pode, por exemplo, originar mudanca na configuracao das trincas e assim na configuracao do aminoacido.Uma preocupacao que se tem ao iniciar os estudos consiste na escolha da base de dados. Ela e crucial ja que arvores construidas para um mesmo grupo de organismos com base em conjuntos de dados diferentes podem resultar em filogenias diferentes (Russo et al., 1996; Kelsey et al., 1999). Para dados moleculares, independentemente de que gene ou porcao do DNA e utilizada, e possivel prever as taxas de substituicoes, os numeros de substituicoes de duas sequencias homologas de ancestrais comuns e o tempo de divergencia das linhagens, dado pala formula r = K/2T, onde r e a taxa de substituicao de nucleotideos, K o numero de substituicoes moleculares por sitio entre duas sequencias homologas e T o tempo de divergencia (Li, 1997). Comparando-se a quantidade de substituicoes de nucleotideos em algumas proteinas e o tempo de divergencia de algumas especies, no exame de taxons cada vez mais distantes, pode-se se montar uma escala cronologica e, dessa forma, inferir as idades de surgimento dos grupos biologicos durante a historia evolutiva do planeta (Calcagnotto, 2001).O alinhamento de sequenciasUma das principais vantagens de se trabalhar com sequencias moleculares e que podemos escolher genes que apresentam variabilidade compativel com o problema genetico em questao (Russo et al., 1996) o que depende das metodos empregados e de uma boa amostragem de alinhamentos dos sitios em analise. O objetivo do alinhamento e identificar a homologia entre a posicao (sitio) de cada base (ou aminoacido) que esteja sendo comparado entre duas ou mais sequencias (Russo, 2001).Apos serem escolhidas as bases de comparacao dos organismos que serao analisados, sejam elas DNA ou aminoacidos que nao apresentem mais de 20% ou 30% de diferenca entre pares