informacao sobre os sitios conservados apenas entre A' e A'', mas nao entre cada uma delas de A'''. Assim, as informacoes evolutivas, estruturais e funcionais estao entremeadas nas sequencias de forma sutil.O contrario do "primeiro fato da analise de sequencias" nao e verdade: proteinas com funcoes similares nao precisam ter sequencias similares, e proteinas com estruturas similares tambem podem apresentar sequencias diferentes (isso e discutido em muito mais detalhe nos capitulos 6 a 9). Tambem o reverso do fato dois e falso: existe uma conexao evolutiva entre duas sequencias, mas, se essas sequencias divergiram demais, a similaridade de sequencia entre elas nao sera distinguivel do valor de similaridade aleatorio (isso sera discutido em maiores detalhes no capitulo 2). Note que se invertermos este segundo caso estaremos tratando com uma relacao que ainda existe, mesmo se a similaridade de sequencia foi misturada com o ruido. Ja a reversao do primeiro fato e mais dramatica: proteinas apresentando funcoes similares podem ter perdido a similaridade de sequencia mas, de outra forma, elas podem nao ter jamais compartilhado similaridades mas terem convergido para a mesma funcao a partir de sequencias completamente divergentes evolutivamente. Este principio se aplica a estruturas tambem: a similaridade de estruturas na ausencia de similaridade de sequencia pode representar tanto a extrema divergencia de sequencias que foram inicialmente similares quanto a convergencia de sequencias que nao eram similares inicialmente (veja discussao nos capitulos 6, 9 e 10). A distincao entre divergencia e convergencia em nivel molecular e um dos problemas mais importantes da biologia computacional.Todas essas consideracoes sao diferentes facetas do mais importante postulado de Pauling e Zuckerkandl: os biopolimeros contem informacao sobre sua evolucao, estrutura e funcao; e esses tres tipos de sinal podem interagir em diferentes formas, algumas vezes aumentando e outras vezes interferindo umas com as outras. Num certo sentido, toda a biologia das ultimas poucas decadas tem sido dominada pela busca de formas de extrair e analisar os sinais contidos nas sequencias biomoleculares. A genomica e uma continuacao deste esforco nos nossos tempos, quando a composicao genetica completa para muitas especies e conhecida. Ao mesmo tempo, a genomica oferece ainda mais. Muitas vezes neste livro retornarei ao argumento de que, com os genomas completos podemos responder muitas questoes que nao poderiamos responder antes, ou que nao poderiamos sequer pensarmos em faze-las. Esta e a nova era da biologia -- a era dos genomas completos.Sequencias de genes, genomas e proteinas nao sao os unicos tipos de dados que sao de interesse para a genomica. Novas tecnologias permitem-nos coletar informacoes sobre a ocorrencia e organizacao espacial de genes e sequencias regulatorias; a concentracao de diferentes moleculas nas celulas, orgaos e amostras biologicas (as medicoes de niveis de mRNA, coletadas com a ajuda de maquinas de microarranjos, consistem no mais famoso, porem nao no unico, exemplo deste tipo de dados); a morfologia celular e as respostas fisiologicas; e assim por diante. Esta informacao normalmente toma forma de linhas e colunas de numeros. Pode parecer que Zuckerkandl e Pauling nao tivessem muito a dizer sobre esses dados, que de qualquer forma nao se