(Ataque); 70 (Armadura);70 (Defesa); 100 (Velocidade)EXP.: 12.500Zenny: 15.000Force Metal: 1.000Itens Adquiridos: Twin Ice; Twin ThunderLideres da RebeliaoBotos [ ]Dublador: Kouzou Shioya / Tommy JamesNivel: 52Energia: 40.000Ponto Fraco: Agua/GeloLocalizacao: Vanallia DesertAtributos: 122 (Ataque); 70 (Armadura);65 (Defesa); 80 (Velocidade)EXP.: 15.000Zenny: 16.000Force Metal: 1.500Itens Adquiridos: Twin Fire; Fire StellaFerham [ ]Dubladora: Yuka Koyama / Onalea GilbertsonNivel: 55Energia: 50.000Ponto Fraco: EletricidadeLocalizacao: Melda Ore PlantAtributos: 140 (Ataque); 84 (Armadura);74 (Defesa): 116 (Velocidade)EXP.: 20.000Zenny: 18.000Force Metal: 2.000Itens Adquiridos: Ice Stella; Heat HazeScarface [ ]Codinome: Reploid de Energia Plasma ~Tipo Guerreiro~Dublador: Yasunori Masutani / Corby ProctorNivel: 57Energia: 37.500Ponto Fraco: FogoLocalizacao: Central TowerAtributos: 142 (Ataque); 80 (Armadura);85 (Defesa); 70 (Velocidade)EXP.: 6.000Zenny: 10.000Force Metal: 2.400Itens Adquiridos: Tank Energy ; Shock Lance Epsilon [ ]Codinome: Manipulador de Energia Desconhecida ~Modelo de Testes~Dublador: Yukitoshi Hori / Dave PettittNivel: 63Energia: 34.500 (Fase 1); 43.500 (Fase 2)Ponto Fraco: Nenhum em EspecialLocalizacao: Grave Ruins BaseAtributos (Fase 1): 134 (Ataque); 84 (Armadura);74 (Defesa); 82 (Velocidade)Atributos (Fase 2): 123 (Ataque); 93 (Armadura);90 (Defesa); 82 (Velocidade)EXP.: 30.000Zenny: 20.000Force Metal: 5.000Itens Adquiridos: Tank Parts; Force TomahawksFar East HQDepth Dragoon [ ]Dublador: Gerald Matthews**Nivel: 60Energia: 64.500Atributos: 185 (Ataque); 152 (Armadura);162 (Defesa); 110 (Velocidade)EXP.: 23.000Zenny: 10.000Force Metal: 2.000Itens Adquiridos: Force Tomahawks; Build LEColonel Redips [ ]Dublador: Ryouichi Tanaka / Michael ShepardNivel: 62Energia: 51.500Atributos: 178 (Ataque); 146 (Armadura);133 (Defesa); 80 (Velocidade)EXP.: 30.000Zenny: 15.000Force Metal: 3.000Itens Adquiridos: Beam SwordChefes SecretosRafflesian [ ]Dubladora: Carol-Anne Day**Nivel: 77Energia: 31.500Localizacao: Tianna CampAtributos: 115 (Ataque); 75 (Armadura);65 (Defesa); 70 (Velocidade)EXP.: 22.000Zenny: 10.000Force Metal: 3.000Itens Adquiridos: Figure Token; Tank PartsDuckbill Mole [ ]Dublador: / Roger RhodesNivel: 60Energia: 58.000Ponto Fraco: AguaLocalizacao: Melda Ore PlantAtributos: 155 (Ataque); 65 (Armadura);75 (Defesa); 80 (Velocidade)EXP.: 15.000Zenny: 4.000Force Metal: 1.800Itens Adquiridos: Figure Token; Power ChargeNinetails [ ]Dublador: Hideyuki Hori / Corby ProctorNivel: 91Energia: 72.500Localizacao: Central TowerAtributos: 225 (Ataque); 35 (Armadura);35 (Defesa); 85 (Velocidade)EXP.: 40.000Zenny: 20.000Force Metal: 6.000Itens Adquiridos: Tank Parts; Figure TokenJogabilidadeCommand Mission e um daqueles RPGs que tem uma mecanica facil de ser entendida e uma linha de aprendizado muito boa, mas que acaba exigindo muito "grinding".Diferente dos jogos de acao-plataforma da serie Mega Man X, Command Mission e um RPG baseado em turnos. O jogo segue uma narrativa que forca o jogador a ir em diferentes fases em uma ordem, abandonando a natureza seletiva dos jogos anteriores da serie. A tela de acao e dividida entre uma tela de batalha e uma tela de cenario, com o personagem sempre no meio da tela de cenario com um mapa dos arredores no canto inferior direito. E assim que se passa a maior parte do tempo, nas situacoes descritas abaixo.O ponto central do mapa e Central Tower. Daqui, e possivel se transferir para diferentes "Adventure Stages", como sao chamados dentro do jogo. E possivel visitar novamente essas localizacoes que ja foram visitadas e tambem areas importantes para a progressao da historia. Assim como outros jogos da serie Mega Man X, as fases estao espalhadas por Giga City, que deve ser libertada para progredir no jogo. Na maioria do tempo, as fases estao "vazias" e os inimigos aparecem aleatoriamente pelo cenario assim como jogos tradicionais de RPG.Ao longo do jogo, o grupo ira deparar-se com robos abandonados.