O SOG segue entao para Laos para interceptar um carregamento de Nova-6 transportado por um aviao sovietico abatido. No local da queda, eles sao subjugados pelas levas de soldados vietcongues e da Spetsnaz, sendo eventualmente capturados. Mason e Reznov escapam, mas Bowman e executado e Woods morre em uma explosao junto a Kravchenko.Enquanto isso, Hudson e Weaver interrogam em Kowloon o dr. Daniel Clark, o engenheiro que estabilizou o Nova-6. Clark identifica Steiner como parte da conspiracao, revelando a localizacao de uma base secreta no Monte Yamantau antes de ser morto pelos homens de Dragovich. Hudson e Weaver seguem para o local para destruir a base e capturar Steiner. Durante a missao, Hudson recebe um transmissao de Steiner solicitando que o encontre na Ilha Vozrozhdeniya, no Mar de Aral, para saber como interromper uma transmissao de numeros que mandara instrucoes para agentes em prontidao lancarem o gas Nova-6 em cidades americanas. Nesse meio tempo, Mason e Reznov estao a caminho da ilha para assassinar Steiner. No presente, Mason afirma veementemente que foi Reznov que executou Steiner, apesar de Hudson ter testemunhado Mason atirar contra o cientista. Neste ponto, Hudson e Weaver revelam-se como os interrogadores de Mason. Hudson percebe que Dragovich fez uma lavagem cerebral em Mason para que ele guardasse os numeros da transmissao e se tornasse um agente espiao sovietico. Esgotadas as alternativas, Hudson liberta Mason para segui-lo. E revelado entao que o Reznov verdadeiro fora morto durante a fuga de Vorkuta, e que as visoes de Mason relacionadas ao russo sao resultado de um transtorno dissociativo de identidade provocado pelo traumatico programa de lavagem cerebral. Reznov, na verdade, reprogramara Mason para assassinar Dragovich, Kravchenko e Steiner ao inves do presidente Kennedy, o alvo original. Hudson faz Mason ouvir os numeros uma ultima vez, o que o leva a se lembrar da localizacao do navio cargueiro sovietico Russalka, ancorado na costa de Cuba.Ao amanhecer, a equipe lanca um ataque contra o Russalka, com Mason e Hudson infiltrando-se em uma estacao de transmissao subaquatica protegida pelo navio, que estava disfarcando tambem uma base de submarinos projetada para apoiar a invasao dos Estados Unidos apos o planejado ataque de Nova-6. Confirmando que o Russalka e o emissor dos numeros, Hudson solicita reforcos da Marinha dos Estados Unidos para bombardear o navio e sua base submarina. Mason e Hudson finalmente encontram Dragovitch nos niveis inferiores da base, e conseguem mata-lo antes da destruicao do local, nadando para a superficie durante a explosao dos alvos. Enquanto volta a superficie, Mason ouve Reznov dizer-lhe que conseguiu o que ele mesmo nao seria capaz de fazer. Weaver comemora a vitoria, mas Mason permanece incerto, perturbado por sua ultima conversa com Dragovich.Sao mostradas entao imagens de arquivo do presidente Kennedy em 22 de novembro de 1963, enquanto uma locutora e Mason narram numeros aleatorios. As imagens de arquivo sao reprisadas, revelando a presenca de Mason na multidao que cerca o presidente enquanto as ultimas palavras de Dragovich sao repetidas, sugerindo que Mason seguiu a programacao original de sua lavagem cerebral e assassinou Kennedy.