Joinville, onde deuseus primeiros passos na militancia politica, construindo o gremio estudantilda escola, atuando em pecas de teatro e outras atividades. Nesse periodo,atraves de Joao Jorge de Sousa, estabelece contato com Teodoro Ghercov e entrapara o entao Partido Comunista Brasileiro (PCB). No fim dos anos 1960, entao,mudou-se para Florianopolis, onde foi estudar Engenharia Eletrica naUniversidade Federal de Santa Catarina (UFSC).Marcos foi desde o inicio muito ativo no movimento estudantil deFlorianopolis. Chegou a compor chapa para as eleicoes indiretas do DiretorioCentral dos Estudantes (DCE) da UFSC no fim dos anos 1960, mas a mesma foicassada pela repressao, que favorecia a chapa de Rodolfo Pinto da Luz (que maistarde seria reitor da UFSC, ocuparia cargos no alto escalao do Ministerio daEducacao na era FHC, e seria nomeado Secretario de Educacao de Florianopolisnos governos Dario Berger e Cesar Souza Junior). No inicio dos anos 1970comecou a lecionar Fisica no Colegio de Aplicacao da UFSC, universidade na qualmais tarde seria professor de Engenharia e onde seria responsavel por organizaro PCB. Nesse periodo, tambem fez parte da composicao do Comite Estadual do PCBem Santa Catarina e o Comite Municipal em Florianopolis, sendo o responsavelpelo setor de Agitacao e Propaganda estadual do Partido.Em 1973, comecou a dar aulas na Escola Tecnica Federal de Santa Catarina(ETFSC; hoje IFSC). Dois anos depois, em novembro de 1975, foi preso junto de42 outras pessoas no estado na Operacao Barriga Verde (OBV). Levadoinicialmente para Curitiba, para a sede do DOI-CODI que operava por tras doestabelecimento de fachada que era a Clinica Marumbi, foi severamente torturadopelos militares, com castigos que incluiam ser pendurado no pau-de-arara, sersufocado em sacos amarrados na cabeca, afogado varias vezes seguidas em baldesdagua, ter cafe fervente e outras substancias despejadas sobre as genitais esofrer eletrochoques durante mais de 10 horas a fio. Mais tarde, foi levadopara a prisao no quartel da Policia Militar em Florianopolis, ondereestabeleceu contato com sua familia.Nesse periodo, escreveu uma carta denunciando a tortura que sofreu noDOI-CODI que, gracas ao professor frances Jean-Marie Farines (com quemtrabalhou na UFSC), ganha repercussao internacional e resulta em um documentoencaminhado em julho de 1976 pela Anistia Internacional para autoridadesbrasileiras com 772 assinaturas de pessoas de varias nacionalidades pedindo sualibertacao, prontamente negada. Em setembro de 1976, a Justica Militar realizauma audiencia no auditorio da ETFSC para julgar o relaxamento de prisao de 26presos da OBV, expondo Marcos Cardoso Filho na frente de seus alunos em umacena que seria marcante para todos eles. Marcos tem seu pedido de relaxamentonegado, e continua preso sem ter data para um julgamento de seus supostoscrimes. Professores da UFSC chegaram a fazer um abaixo-assinado pedindo sualiberacao para dar aulas em regime semiaberto, sem sucesso. Em abril de 1977,decide fazer greve de fome, sem resultado. Em fevereiro de 1978, e julgado emCuritiba e condenado a 3 anos de prisao. Dois meses depois, e libertado.Marcos voltou a dar aulas na UFSC em maio de 1978. Em agosto do mesmoano, o diretor da ETFSC, Frederico Guilherme Buendgens (que assumiu a cadeirano inicio da ditadura civil-militar, em 1964, e so saiu apos seu fim, em 1986)decide expulsa-lo da instituicao por justa causa