a que apresentou os maiores problemas nas respostas. Muitos erraram na construcao das matrizes do BPA, nao se atentando para todos os nos necessarios. Alguns inverteram a posicao de nos e areas na matriz (colocando os nos nas linhas e as areas nas colunas) - surpreendentemente, a maioria dos que fizeram isso foram capazes de apresentar o areagrama geral com as areas nos terminais (o que nao faz muito sentido...). A matriz deveria ser analisada como na sistematica filogenetica, com os nos analogos aos caracteres e as areas analogas aos taxons, da mesma maneira que fizemos na aula pratica. Havia um encadeamento logico nos itens, i.e., cada um deles correspondia a sequencia de passos de uma analise biogeografica usando o BPA. Eu considerei o maximo possivel de tudo o que voces escreveram. Os itens com maior peso nessa questao foram (d) e (e).Questao 4 (10%)Sugestao derespostas:Parao Diurno:a)Bootstrap e uma medida de suporteutilizada para supostamente apresentar um indice numerico que representaria ograu de qualidade de um cladograma. Para o bootstrap, caracteres da matriz dedados sao cortados e substituidos aleatoriamente por outros caracteres (paraque a matriz permaneca do mesmo tamanho). As pseudo-matrizes resultantes saoanalisadas multiplas vezes (o numero de replicas e escolhida a priori) e o resultado apresenta aquantidade de vezes (em %) que os clados originais aparecem nessaspseudo-arvores. O problema do bootstrap e seu carater tautologico, visto que o resultadooriginal e comparado com cladogramas obtidos apos manipulacao do mesmo conjuntode dados utilizado para a obtencao do resultado que se quer testar.Indice de retencao e uma metrica que indica aquantidade de sinapomorfias de uma arvore. Pode ser calculado tambem para cadacarater de uma analise filogenetica. O indice de retencao nao consideraautapomorfias.Parao Noturno:a)Indice de Bremer e uma medida desuporte direta que corresponde ao numero de passos que deve ser adicionado aarvore mais parcimoniosa (AMP) ate que cada um dos clados da reconstrucaocolapse. Assim, procura-se pelos clados em todas as arvores sub-otimas ate queeles nao estejam mais presentes. Clados com indices de Bremer altos sao aquelesmais resistentes a alteracoes na matriz (o que significa, portanto, que saomais estaveis). b)Indice de consistencia e uma metricaque indica a porcentagem de sinapomorfias mais autapomorfias de uma arvorefilogenetica (pode tambem ser calculado para cada carater). O inidice de consistenciaaponta tambem para a quantidade de caracteres com comportamento homoplastico naAMP (i.e., que aparecem mais do que uma vez). Este indice leva em consideracaoas autapomorfias, que sao caracteres exclusivos de um taxon terminal a insercaodesse tipo de carater na matriz pode levar a mudancas substanciais do indice deconsistencia ainda que nao altere em nada as relacoes de parentesco obtidas. Comentario: Muitos nao responderam a essa questao, apesar de ser a mais facil de toda a avaliacao! Houve alguma confusao entre o significado das medidas de suporte (bootstrap e indice de Bremer) e as metricas da arvore (indice de retencao e de consistencia). Um aluno inventou uma nova medida, discutindo o "bootstop", a parada da bota!