Manchete do jornal Gazeta de NoticiasJoao Candido foi levado para o Hospital dos Alienados em 18 de abril de 1911, por la ficando por alguns meses fazendo exames psiquiatricos e passando por varios medicos para tentar encontrar algum sinal de loucura dele. Com o tempo, os sinais de estresse pos-traumatico que obteve ao ver os seus companheiros morrendo na masmorra da Ilha das Cobras foram passando. Fez amizades com pacientes, teve comportamento normal, e estava em um quarto de frente, bem arejado e com muito sol. Contemplava a enseada de Botafogo e lia alguns jornais. Dois meses depois, recebeu alta hospitalar assinada pelo entao diretor do hospital, o Dr. Juliano Moreira. Laudo do Dr. Juliano MoreiraSo que a alta nao significou a liberdade. Joao Candido foi enviado a prisao da Ilha das Cobras por dois anos. Enquanto esteve la, teve inicio o julgamento dos marinheiros que participaram da Revolta e suspeitos de participacao da revolta do Batalhao Naval. Eles nao tinham advogados, A Irmandade da Nossa Senhora do Rosario dos Homens Pretos contratou tres dos melhores causidicos para a defesa dos reus: Evaristo de Morais, Jeronimo de Carvalho e Caio Monteiro de Barros. Eles entraram em contato com os marinheiros e os encontraram com a saude abalada, fracos e alguns ate com tuberculose. Os advogados aceitaram a causa, mas recusaram o pagamento da Irmandade.De acordo com o historiador Alvaro Pereira do Nascimento:"O processo criminal foi aberto. Aproximadamente cem marinheiros foram indiciados, inclusive os dois sobreviventes da Ilha das Cobras, mas muitos deles ja haviam conseguido escapar para outras regioes do pais. Mesmo assim, a Marinha enviava "mandados de intimacao" aos delegados de policia das principais capitais do pais, para que prendessem os "reus" e os extraditassem para a capital. Os mandados de intimacao expedidos aos delegados de policia nao alcancaram o resultado esperado e, assim, somente dez marinheiros foram julgados; entre eles, Joao Candido, Francisco Dias Martins e Gregorio do Nascimento - os lideres da primeira Revolta. Durante dois anos, o Conselho de Guerra - o tribunal militar da Marinha - registrou no processo o depoimento das testemunhas e dos envolvidos." O julgamento demorou 48 horas, ate que saiu a sentenca. Leia o trecho final:Joao Candido apos o julgamento"Considerando, finalmente, que nao existe nos autos nenhuma prova de que os reus tenham praticado qualquer ato que, autorizando a suspeita de participacao na referida revolta, revista a figura juridica do art. 93 do Codigo Militar, e que as faltas que lhes sao imputadas constituem simples infracoes disciplinares, cujo conhecimento escapa da competencia do Conselho de Guerra, art. 219, do Regimento citado, por unanimidade de votos julga nao provada a acusacao para o fim de absolver, como absolve, os reus Joao Candido, Ernesto Roberto dos Santos, Deusdedit Teles de Andrade, Francisco Dias Martins, Raul de Faria Neto, Alfredo Maia, Joao Agostinho, Vitorino Nicacio de Oliveira, Antonio de Paula e Gregorio do Nascimento, ficando, porem, suspensa a execucao desta sentenca em virtude da apelacao necessaria, interposta para o Supremo Tribunal Militar, na forma da lei."Joao Candido aproximou-se de Evaristo de Morais e o abracou como