de informacao relativa a fenotipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressao genica . Por exemplo, experimentos com microarrays (ou microarranjos de DNA) tem sido utilizados para a avaliacao dos padroes de expressao genica em individuos com informacao genotipica de marcadores moleculares. Valores de expressao dos diferentes genes sao entao tratados como caracteristicas fenotipicas multiplas de maneira que procedimentos de mapeamento de locos controladores de caracteres fenotipicos quantitativos (ou QTL, do termo em ingles Quantitative Trait Loci) sao utilizados para a deteccao de polimorfismos associados com a variabilidade nos padroes de expressao, os quais sao geralmente denominados por eQTL. O efeito de variacoes alelicas na expressao genica na mesma regiao cromossomica e denominado efeito cis, enquanto que o efeito de polimorfismos na expressao de genes em outras regioes do genoma e denominado efeito trans. Este tipo de metodologia tem sido utilizado para a identificacao de genes candidatos, para o estudo de redes regulatorias e, principalmente, para a identificacao de regioes cromossomicas controladoras da expressao de multiplos genes, denominadas como regioes hot spots. Estas regioes cromossomicas referem-se a fatores reguladores associados a transcricao de genes relacionados a determinadas funcoes as quais podem ser de interesse, por exemplo, para tratamento terapeutico genetico. Alem do mapeamento de eQTL e da deteccao de regioes hot spots, experimentos de genetica genomica tem sido utilizados tambem no estudo do efeito trans de variacoes alelicas de determinados locos, tais como genes candidatos ou transgenes, na expressao de outros genes do genoma, e na estimacao da herdabilidade dos niveis de transcricao utilizando-se informacao de individuos aparentados. O planejamento de estudos de genetica genomica envolve uma serie de aspectos. Da mesma maneira que qualquer outro estudo de mapeamento de QTL, estudos de genetica genomica requerem, por exemplo, a escolha das racas ou linhagens, bem como a estrategia de cruzamentos a ser utilizada, como retrocruzamento, F2, etc. Alem disso, estudos de expressao genica envolvem tambem a escolha cuidadosa do(s)tecido(s) ou tipo(s) de celula(s), bem como o(s) estagio(s) de desenvolvimento a serem amostrados. Especificamente em relacao aos experimentos com microarrays, tem-se ainda que decidir que tipo especifico de tecnologia de microarray mais se adequa aos objetivos experimentais em questao, bem como quantas laminas sao necessarias para que desejada eficiencia experimental seja alcancada. Alem disso, tem-se que selecionar os individuos a serem amostrados e, no caso de experimentos com microarrays no sistema de hibridizacoes competitivas, tem-se que planejar como as amostras serao pareadas e marcadas em cada hibridizacao. A fenotipagem cientifica que ate a alguns anos atras tinha o custo limitado, em estudos de genetica genomica, entretanto, a fenotipagem e o fator limitante dados os custos ainda bastante altos dos experimentos com microarrays. Desta maneira, a avaliacao dos padroes de expressao genica de uma sub-amostra dos animais disponiveis no estudo passa a ser uma estrategia natural para a reducao dos custos dos estudos de genetica genomica.Uma estrategia de fenotipagem seletiva foi proposta por Jin et al. (2004), a qual utiliza informacao de marcadores moleculares para a sub-amostragem de individuos com o objetivo de se maximizar a dissimilaridade genetica na amostra selecionada, e consequentemente aumentar