nascido a ideia de uma analise evolutiva bayesiana, com probabilidades a priori definidas para determinados eventos com relacao a outros. Creio que todos os filogeneticistas concordam que uma analise bayesiana seja menos robusta do que uma analise filogenetica estrita; embora ela resolva um sem numero de questoes e seja eficaz quando as probabilidades a priori sao analisadas e definidas com bastante cuidado. [3].: OTIMIZACOES DOS METODOS DE PARCIMONIA :.Varios fatores, entretanto, influenciam na forma como a matriz de informacoes sobre os estados dos caracteres em diferentes TUs sao levados em consideracao na hora da analise evolutiva, mesmo quando nos baseamos em analises de parcimonia.Embora em teoria a analise de parcimonia nao devesse ter nenhum vies metodologico, ou ideologico, na pratica ela tem. E esse vies esta relacionado ao fato de como sao vistas (i) a forma como os caracteres mutam entre si e (ii) as recorrencias de caracteres nas arvores filogeneticas.O livro Cladistics [4] apresenta quatro metodos de otimizacao para a parcimonia que lidam da seguinte forma com os metodos (i) e (ii):Parcimonia wagneriana: mudancas passo-a-passo, reversibilidade de caracteres e possivelParcimonia de Fitch: mudancas entre estados de maneira "saltacionista" (todos estados diferentes sao equidistantes), modelo reversivelParcimonia de Dollo: mudancas passo-a-passo, modelo irreversivel (valor M alto define uma chance bastante improvavel para a recorrencia de alelos)Parcimonia de Camin-Sokal: similar a de Dollo, porem a recorrencia de alelos e impossivel (chance de 1/infinito de acontecer)Quando tratamos, portanto, do estudo da evolucao em nivel molecular estamos lidando com (i) sequencias de DNA ou (ii) sequencias de proteinas. Em ambos os casos a recorrencia de alelos (homoplasia) e altamente provavel; portanto as parcimonias de Dollo e Camin-Sokal seriam desaconselhaveis. Parece, curiosamente, que trabalhos mais modernos em biologia evolutiva tem preferido a utilizacao da parcimonia de Dollo. Estes tipos de otimizacao do modelo de parcimonia deve funcionar melhor para modelos evolutivos baseados em insercoes/delecoes, cuja chance de acontecer duas vezes parece improvavel. No caso de troca de bases ou aminoacidos, o caso mais comum da analise evolutiva molecular, as parcimonias de Dollo e Camin-Sokal devem ser evitadas.Com relacao a parcimonia de Fitch, ela deve ser melhor aplicada em casos onde nao possa ser verificada nenhuma direcionalidade no processo evolutivo. Se a diferenca entre os estados de um determinado caracter acontecer de forma que a modificacao entre os estados seja equiprovavel, a parcimonia de Fitch sera melhor aplicada. Em casos onde haja algum tipo de direcionalidade do processo; ou onde por exemplo uma estrutura seja duplicada em duas e depois em tres, o metodo wagneriano funcionara melhor. Resumindo: para Fitch a diferenca entre 1->3 e igual a diferenca entre 1->2; ja para o modelo wagneriano o caracter 1 precisaria passar para o estado 2 antes que chegasse ao estado 3. Nao ha regras de quando e melhor usar um ou outro caso, depende dos caracteres analisados e da forma segundo a qual eles se modificam. [4]Mais do que tudo e preciso compreender os metodos de analise antes que experimentos filogeneticos pouco eficientes sejam aplicados em diferentes grupos de dados..: NEXT-GENERATION SEQUENCING (NGS) :.O grande desafio da analise filogenetica