de sequencia de nucleotideos, inicia-se o processo de analise. Nesse sentido, caso o gene seja muito variavel ou muito conservado, outro gene deve ser procurado (Russo et al., 1996)Uma tecnica relativamente simples e o alinhamento de sequencias. O numero minimo amostral de organismos para inferir algum tipo de parentesco evolutivo e tres, pois a relacao colateral e interpretada como A esta mais proximo de B em relacao a C, i.e., A e grupo-irmao de B pois carrega um ancestral exclusivo nao compartilhado com C. Para exemplificar o exposto, analisemos a figura a seguir:Para o alinhamento de sequencias, apos escolhidos os taxons e as regioes de DNA que serao analisados, procede-se com a comparacao do locos genico de proteinas homologas dos organismos (homologias nas ciencias biologicas inferem a existencia de uma caracteristica comum as pelo menos duas especies que compartilham um ancestral comum exclusivo). Nesta etapa, analisam-se as regioes que possuem maior similaridade. Tais regioes sao base do trabalho de analise. Com as sequencias estabelecidas, monta-se uma matriz de similaridade que tem por objetivo a soma e a diferenca entre cada par de organismos (Heller et al., 2009). Para analise de sequencias divergentes mais longas, faz-se uso de algoritmos computacionais de analise probabilistica (Nei e Kumar, 2000) no alinhamento de sequencias de aminoacidos e de nucleotideos (em softwares como ClustalW, ESEE, TreeAlign...).Para as sequencias de DNA alinhadas na matriz de similaridade, pode-se contar o numero de diferencas em posicoes de nucleotideos homologos, que indicam o numero minimo de substituicoes nucleotidicas que deve ter ocorrido entre duas sequencias (Heller et al., 2009). Consideram-se as seguintes possiveis substituicoes:Substituicao multipla: duas ou mais substituicoes ocorreram em dado locus entre os organismos ancestrais e os descendentes.Substituicoes coincidentes: substituicoes aleatorias diferentes ocorrem do ancestral para os descendentes.Substituicoes paralelas: a mesma substituicao ocorre independentemente entre o ancestral e cada descendente.Substituicoes de retorno: substituicao onde o nucleotideo muda ao longo do tempo e depois, aleatoriamente, retorna a configuracao original.Tamanhos de sequencias em analiseNao ha uma regra sobre o tamanho de sequencias a ser comparadas. Porem, em teoria ha uma uma maior confiabilidade em analises com maior numero de amostras. Alem disso, nao basta analisarmos apenas grandes amostras, mas sim amostras sobre diferentes metodos, de locais genicos diferentes e, de preferencia, com sequencia com grande numero de nucleotideos, quando possivel.Genes HomologosTodos os genes sao, de uma forma ou outra, homologos, uma vez que pode-se tracar a historia evolutiva de todos os organismos ate o ancestral comum dos seres vivos. Genes existem sob duas formas: ortologos (genes encontrados em diferentes taxons que, ao serem comparados, sao passiveis de rastreamento ate os eventos que levaram a especiacao) e paralogos (genes em iguais ou diferentes taxons relacionados a ocorrencias de duplicacao genica). Dado um gene x, que, a partir de um evento de duplicacao genica, passa a apresentar duas copias, x e y. Tais copias, x e y, sao chamadas de copias paralogas do mesmo gene x. Supondo que, ao longo tempo, essa populacao passe por um evento de especiacao, as duas copias x e y irao evoluir independentemente nas duas especies, acumulando substituicoes