no coracao da biologia computacional; a maioria dos biologos a faz todos os dias e quase todos os temas deste livro sao baseados neste tipo de inferencias. Mas como fazemos tais inferencias na pratica?Inicialmente, as afirmacoes sobre estrutura e funcao parecem derivar da similaridade de sequencias de forma muito natural. Sem duvida, essas afirmacoes sao suficientes para direcionar uma corroboracao experimental. Mas de fato, a inferencia de estrutura e funcao e inseparavel da inferencia evolutiva. De fato, quando sequencias de dois biopolimeros sao comparadas, nosso caminho a partir da similiaridade de sequencia ate chegar a conclusao sobre similaridade funcional e estrutural nunca e direta. Inversamente, sempre inferimos primeiramente a ancestralidade comum entre sequencias e, so a partir dai e que se pode partir para a inferencia de estrutura e funcao. Essa logica [evolucao primeiro, inferencia depois] nao e obvia quando a similaridade e muito alta, mas se duas sequencias sao mais distantemente relacionadas uma a outra (como no caso da maioria das comparacoes de sequencia hoje), essa cadeia de raciocinio precisa tornar-se explicita. De fato, medimos a similaridade entre sequencias e imediatamente usamos estatisticas para comparar a similaridade observada com o que seria esperado ao acaso (veja discussao no capitulo 2). Se a similaridade e muito alta para ocorrer ao acaso, isso e frequentemente considerado suficiente para a realizacao de predicoes sobre a funcao proteica (veja discussao nos capitulos 5-8) e estrutura (veja capitulo 9). Mas a unica razao pela qual este raciocinio funciona e porque a unica forma de uma similiaridade de sequencia nao-aleatoria ocorrer e atraves da descendencia a partir de um ancestral comum das duas sequencias. Isto e a inferencia por homologia (capitulo 3). Portanto, a inferencia das relacoes evolutivas, que parece ser a menos observavel de todas, torna-se um pre-requisito para a proposicao de outras relacoes mais diretamente observaveis, como a estrutura e a funcao.Considere o alinhamento de tres sequencias, A', A'' e A''' (aqui e em outras partes deste livro usarei letras maiusculas em fonte normal para indicar genes, e letras maiusculas em italico para indicar as especies nas quais esses genes sao encontrados). Suponha que estas tres sequencias venham de tres especies diferentes, uma de cada, e somente a funcao de A' tenha sido estudada. Suponha que A' e A'' sao praticamente identicas e que a terceira sequencia A''' seja menos parecida, mas ainda sim bastante proxima a A' e A''. Usaremos essa informacao para inferir ancestralidade comum e funcao comum a todas essas sequencias? Parece que nao precisamos que todos os residuos de aminoacidos sejam conservados entre A' e A'' para determinar que eles possuem ancestralidade comum; por exemplo, podemos nao considerar os sitios conservados exclusivamente entre A' e A'' porque nao precisamos destes residuos para reconhecer a similaridade entre A' e a sequencia mais distante A''', tanto quanto a similaridade entre A'' e A'''. De outra forma, quando fazemos a seguinte inferencia: "as sequencias proximamente relacionadas A' e A'' sao mais provaveis de apresentarem a mesma funcao, mas a sequencia mais distante A''' pode apresentar uma funcao diferente" nos, na verdade, estamos usando a