os terrenos foram cedidos ao governo municipal para que os sepultamentos fossem realizados. As Irmandades da Capital construiram suas necropoles ali. Essa pratica foi abandonada apenas em 1908 com a criacao de um novo cemiterio publico em Santo Antonio. A partir dai todo o edificio caiu em completo esquecimento.As atividades recomecaram em 1925 com a criacao, por iniciativa de Padre Leandro DellUomo, do Orfanato Jesus Cristo Rei. O religioso italiano iniciou uma nova fase para o funcionamento do predio. Com o auxilio de bem-feitores como o Prefeito Octavio Indio Peixoto, Thiers Velloso, Arnulpho Mattos e Jose Sette seu interior foi totalmente reformulado para abrigar os orfaos que vinham de Vitoria e do interior do Espirito Santo.O Orfanato contava com gabinete dentario, oficinas de sapataria, alfaiataria, tipografia (onde era impresso o jornalzinho Santuario da Penha), alem de possuir uma banda de musica, criada em julho de 1929. Para comportar todas as atividades a parte conventual do predio foi toda remodelada, a partir de 1926, e a Igreja descaracterizada no inicio de 1929. A partir dai as celebracoes religiosas passaram a acontecer na Capela da Ordem 3a da Penitencia para onde foram transferidos todos os paramentos.Acompanhando a urbanizacao de Vitoria a regiao em torno do Convento de Sao Francisco tambem foi transformada. As ruas Coronel Monjardim, Sao Francisco e Padre Nobrega foram remodeladas para a passagem de bondes e carros. Com isso a antiga necropole localizada no morro teve seu fim decretado pelo prefeito Octavio Indio. E no patio do Orfanato foi construido um monumento para abrigar os ossos retirados dos antigos cemiterios de Sao Francisco, Boa Morte e Sacramento. Tudo em comum acordo com padre Leandro que para la transferiu tambem os ossos dos frades franciscanos e dos bem-feitores sepultados no interior da Igreja que havia desaparecido. Dentre os ossos transladados para o Monumento estava os de Frei Pedro Palacios, fundador da Ermida da Penha.Ja em outubro de 1952 o construtor Andre Carlone, nessa epoca diretor do IPHAN, iniciou a reconstrucao do frontispicio da Igreja e de parte do Convento que haviam sido demolidos para a instalacao do Orfanato. As reformas do interior nunca foram concluidas, mas o alpendre e a fachada foram refeitos segundo as caracteristicas originais.O Orfanato continuou funcionando no interior do Convento de Sao Francisco ate janeiro de 1961 quando foi transferido para Viana. Imediatamente o Arcebispo Dom Joao Batista da Mota e Albuquerque iniciou a reforma do Predio para que fosse transferida a sede administrativa da Igreja Catolica capixaba para o local. Apos ser trocado o madeirame, a instalacao eletrica e feita pintura geral do edificio passou a abrigar toda a parte administrativa da Arquidiocese.A Radio Capixaba, fundada em agosto de 1955 tambem funcionou nas dependencias do Convento, mesmo apos ser vendida em marco de 1974. Em outubro de 1981 as irmas carmelitas foram instaladas em parte do predio de onde se retiraram em 1989.Em 1986 a residencia dos Bispos foi transferida para a recem construida casa em Ponta Formosa (Camburi) e o predio passou a abrigar exclusivamente a parte administrativa da Mitra, alem da Caritas Arquidiocesana de Vitoria.