comando 'wget' serve para baixar um arquivo.wget ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/2.8/b37/human_g1k_v37.fasta.gzgunzip human_g1k_v37.fasta.gz # gunzip para descompactar o arquivo .gz# Saiba mais sobre as versoes usadas no 1000 genomas aqui:# http://www.1000genomes.org/faq/which-reference-assembly-do-you-use# esse comando vai criar uma variavel que representa o caminho para o# genoma e pode ser acessada pelo terminalhg19=$mydir/reference/human_g1k_v37.fasta# Entenda mais sobre as versoes do genoma no link abaixo# http://en.wikipedia.org/wiki/Reference_genome# Observe que o arquivo tem a extensao 'fasta'# Em poucas palavras, um arquivo fasta e um arquivo texto com sequencias.# Nesse arquivo do genoma humano, cada sequencia e um dos cromossomos# humanos, e mais algumas sequencias de regioes ainda nao montadas# completamente, ou de DNA mitocondrial.# Voce pode ler mais sobre as especificacoes do arquivo fasta nos links abaixo.# http://rosalind.info/glossary/fasta-format/# http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format# Para visualizar um arquivo de texto, voce pode usar o comando "less". Por exemplo:less $hg19# Pressione "q" para sair# Voce vai observar que o arquivo contem, alem das sequencias, os nomes (rotulos)# da cada sequencia. As linhas com esses nomes tem um sinal de maior (">") logo# no inicio. Voce pode usar o comando "grep" para ver quais os nomes das sequencias# que estao no arquivo do hg19. Por exemplo:grep '^>' $hg19# o sinal circunflexo diz para o grep que voce so quer pegar o sinal ">" que esteja# no inicio da linha.# AMOSTRAS# Agora vamos criar um diretorio e baixar os arquivos das sequencias que deverao ser mapeadascd .. # vai para o diretorio paimkdir datacd data# O "1000 genomas" e um projeto que tem o objetivo de encontrar as variantes mais# frequentes em diferentes populacoes. Foram escolhidas mais de 1000 pessoas com# origens diferentes (afro-americanos, europeus, asiaticos, etc.) e o genoma dessas# pessoas foi utilizado para encontrar as frequencias das variacoes em cada populacao,# alem de deixar publicos os dados brutos das sequencias.# Saiba mais sobre o projeto "1000 genomas": http://www.1000genomes.org/# O sequenciamento das amostras do 1000 genomas foi feito usando o metodo pareado# ("paired-end"). Nesse metodo, a maquina que faz o sequenciamento faz a leitura# das sequencias de duas formas, que e usando cada uma das pontas da sequencia# gerada como inicio (ou seja, uma leitura do comeco para o final, e outra do# final para o comeco). Essa leituras sao colocadas em arquivos diferentes,# mas tem o mesmo nome, so mudando a indicacao de se e a sequencia 1 (do# inicio) ou a 2 (do fim). Depois de baixar as amostras, vamos ver isso.# Tambem ha um arquivo separado com as sequencias cujo par nao foi encontrado.# Saiba mais sobre o sequnciamento pareado ("paired-end"):# http://en.wikipedia.org/wiki/Paired-end_tag# http://www.cureffi.org/2012/12/19/forward-and-reverse-reads-in-paired-end-sequencing/# http://technology.illumina.com/technology/next-generation-sequencing/paired-end-sequencing_assay.html# Baixando dados das sequencias de uma amostra do projeto 1000 genomas# Sequencias do iniciowget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/HG01242/sequence_read/SRR100169_1.filt.fastq.gz# Sequencias do fimwget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/HG01242/sequence_read/SRR100169_2.filt.fastq.gz# Sequencias sem parwget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/HG01242/sequence_read/SRR100169.filt.fastq.gz# Vamos criar variaveis para referenciar o caminho completo das sequenciasR1=$mydir/data/SRR100169_1.filt.fastq.gzR2=$mydir/data/SRR100169_2.filt.fastq.gzSINGLE=$mydir/data/SRR100169.filt.fastq.gz# Vamos visualizar um dos arquivos "fastq". Como ele esta compactado,# vamos usar o comando "zcat". Como nao queremos que todo o conteudo# do arquivo seja jogado de uma vez so na tela, vamos usar o comando# "less" para abrir o conteudo do arquivo e olha-lo com calma.# Para pegar a saida de um programa (ex: zcat) e direcionar para a