A substituicao da mao-de-obra escrava indigena pela africana ocorreu, progressivamente, a partir de 1570. As principais formas de resistencia indigena a escravidao foram as guerras, as fugas e a recusa ao trabalho, alem da morte de uma parcela significativa deles. Segundo o historiador Boris Fausto, morreram em torno de 60 mil indios, entre os anos de 1562 e 1563. As causas eram doencas contraidas pelo contato com os brancos, especialmente os jesuitas: sarampo, variola e gripe, para as quais nao tinham defesa biologica. Outro fator bastante importante, se nao o mais importante, na substituicao de mao-de-obra indigena pela africana, era a necessidade de uma melhor organizacao da producao acucareira, que assumia um papel cada vez mais importante na economia colonial. Para conseguir dar conta dessa expansao e demanda externa, tornou-se necessaria uma mao-de-obra cada vez mais especializada, como a dos africanos, que ja lidavam com essa atividade nas propriedades dos portugueses, na Ilha da Madeira, litoral da Africa.Nessa epoca, a Coroa comecou a tomar medidas contra a escravizacao dos indigenas, restringindo as situacoes em que isso poderia ocorrer, como: em "guerras justas", isto e, conflitos considerados necessarios a defesa dos colonos, que assim, poderiam aprisionar e escravizar os indigenas, ou ainda a titulo de punicao pela pratica da antropofagia. Podia-se escraviza-los, tambem, como forma de "resgate", isto e, comprando os indigenas aprisionados por tribos inimigas, que estavam prontas a devora-los.Ao longo desse processo os portugueses ja tinham percebido a maior habilidade dos africanos, tanto no trato com a agricultura em geral, quanto em atividades especializadas, como o fabrico do acucar e trabalhos com ferro e gado. Alem disso havia o fato de que, enquanto os portugueses utilizaram a mao-de-obra indigena, puderam acumular os recursos necessarios para comprar os africanos. Essa aquisicao era considerada investimento bastante lucrativo, pois os escravos negros tinham um excelente rendimento no trabalho. De modo a inserir o indio no processo de colonizacao os portugueses recorreram a tres metodos. O primeiro consistia na escravizacao pura e simples, na base da forca, empregada normalmente pelos colonos. O outro criava um campesinato indigena por meio da aculturacao e destribalizacao, praticadas primeiramente pelos jesuitas, e depois pelas demais ordens religiosas. O terceiro buscava a integracao gradual do indio como trabalhador assalariado, medida adotada tanto por leigos como pelos religiosos. Durante todo o seculo XVI e inicio do XVII os portugueses aplicaram simultaneamente esses metodos. Naquele momento consideravam a mao-de-obra indigena indispensavel aos negocios acucareiros. A Coroa portuguesa ficava dividida. Considerando os indigenas como suditos, era legal e moralmente inaceitavel escraviza-los. Mas a realidade ditava-lhe essa necessidade. O valor da Colonia centrava-se, cada vez mais, na grande producao acucareira, e esta, para ser lucrativa, exigia um grande contingente de trabalhadores escravos. Como no Brasil havia grande possibilidade de utilizar o indigena como mao-de-obra, e os senhores de engenho nao dispunham de recursos suficientes para importar africanos, a melhor opcao era mesmo usa-la.Assim, a Coroa portuguesa, apesar de ter comecado a criar em 1570, uma legislacao para proibir a escravizacao indigena, deixou suficientes brechas na lei para nao extingui-la de vez, o que afetaria