Os programas de analise filogenetica levam em consideracao uma matriz de dados (caracteres x taxons) para construcao de uma arvore filogenetica. Nesta arvore sao mostrados os valores de parentesco (sinais filogeneticos) entre um galho e outro. Alguns chegam proximos ao valor de 100, outros tem forte sinal de parentesco com 85, de 75 abaixo o sinal e fraco. Isso segundo o livro do Horacio.A utilizacao da analise de parcimonia compreende a passagem da homologia primaria para a homologia secundaria. Alem dos valores de parentesco, temos que ver a coerencia biogeografica das especies encontradas. Dentro de um genero, podemos ter especies do Japao, da Noruega, do Alasca e da Africa do Sul, por exemplo, Africa do Sul e Japao com sinal filogenetico forte e sinal de incoerencia, e a partir dai temos de retirar as homoplasias (evolucoes independentes, embora com produtos parecidos, iguais).Foi-se o tempo em que os filogeneticistas esperavam onze meses - vide Swofford, manual do PAUP - de busca ininterrupta no Pentium II para se chegar a uma estimativa filogenetica, sendo esta ultima nao necessariamente, a ideal. Com o PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsymony), este tempo inteiro era gasto atraves de uma busca exaustiva, e por isso impraticavel, desnecessaria. Com o NONA, esse tempo de busca em uma analise semelhante o tempo de onze meses caiu para quatro horas - vide Goloboff, manual do NONA. A revolucao fica pelo programa TNT (Tree analysis using New Technology), o mesmo Goloboff do NONA mais o Farris e o Nixon, mostraram que uma analise pode ser feita em 10 minutos.O artigo Methods for Quick Consensus Estimation, do Goloboff & Farris (2001) nos mostra o historico dos problemas, do efeito dos diferentes parametros usados pelos programas de analise filogenetica para estimar as relacoes de parentesco, e o suporte relativo pela feicao de arvores otimizadas atraves de algoritmos especificos.Algoritmos, isso e o que muda, entre um e outro programa. Ferramentas necessarias para o uso em filogenia. Observando os abstracts do Willi Hennig Meeting Society, que inclui a participacao de diversos brasileiros, o programa mais utilizado e o TNT. Embora com parametros diferentes, um resultado mais rapido e necessario, e uma nova discussao baseada nestes parametros e fato. PAUP e NONA deixados para tras, assim como o Hennig86 (interface DOS).E assim a ciencia evolutiva avanca, que elegancia. Mentes pensantes sao conjuntos de ideias unidas pela logica, a bela logica que faz com que a cada dia possamos construir e reconstruir aquilo que precisamos. E nesse sentido que venho agora pensar, e o que mais me anima: expor meus pensamentos e minha linha de logica no que eu acho ser uma oportunidade unica de manter nossas sinapses culturais intactas. O Holistica Diaria surgiu como uma forma de desabafo, uma turma de amigos que tinha muito o que falar e discutir, e a necessidade de expor essas ideias, alias, nada mais comum em sociedades de primatas superiores do que a necessidade fisica de expor ideias e a partir da discussao estipular diferencas e principalmente aliancas. A construcao memetica presente no HD permitiu um crescimento estupendo daqueles que verdadeiramente participavam