cinco dos seus nove filhos (incluindo D. Miguel I) eram filhos de Dom Joao VI, ja que Carlota Joaquina era uma notoria ninfomaniaca.Descrevendo sua fealdade, seus cabelos sujos e revoltos, seus labios muito finos e arroxeados adornados por um buco espesso, seus dentes "desiguais como a flauta de Pa", a mulher do embaixador frances, a duquesa de Abrantes, Laura Junot, afirma: "Nao podia convencer-me de que ela era uma mulher e, entretanto, sabia de fatos nessa epoca que provavam fartamente o contrario".Diz outro historiador que "passava por ser de animo perspicaz e de dotes elevados de espirito, porem, as suas qualidades morais nao mereceram igual apreco. Ambiciosa, violenta, pretendeu logo dominar a vontade de seu marido, e dirigi-lo nos negocios internos e nos do Estado. Nao se submetendo o regente, comecou a olha-lo com desprezo e desdem, convertendo o lar domestico em continua luta, cujos menores incidentes eram discutidos e comentados nas pracas publicas. D. Carlota dispos as coisas de forma que criou um partido seu, e em 1805 divulgou-se que o regente descobrira uma conspiracao tramada contra ele pela esposa. Ela, tendo a seu lado nobres e eclesiasticos, projectava tirar o governo a seu marido, e prende-lo, declarando-o incapaz de gerir os negocios publicos. O conde de Vila Verde dispunha-se a abrir uma devassa e castigar os criminosos, porem o regente, para evitar escandalo, nao consentiu, limitando-se a separar-se de sua mulher, dando-lhe para residencia o palacio de Queluz onde antes viviam juntos, passando ele a residir em Mafra, e a exilar fidalgos que mais se manifestavam afetos a princesa. A desgracada situacao a que chegou Portugal, em 1807, fez com que os esposos se reunissem por algum tempo, e a esquadra, que em novembro conduziu o Principe regente e D. Maria I ao Brasil, levava tambem a seu bordo a astuciosa princesa. No Rio continuaram vivendo separados, cada um em seu palacio, reunindo-se apenas quando eram obrigados a comparecer nalguma solenidade publica".Projetos no Rio da PrataE prossegue, adiante: "D. Carlota Joaquina e que se nao resignava a inacao politica a que se via condenada, decidida, como estava, a dominar como soberana; e comecando a lavrar no Rio da Prata os primeiros sintomas de emancipacao, concebeu o projecto de levantar para si um trono nas provincias espanholas da America, ou pelo menos, de governar como regente em nome de seu irmao Fernando VII. Auxiliada pelo vice-almirante ingles Sydney Smith, e nao encontrando oposicao do marido, foram enviados agentes ao Rio da Prata, onde formaram um grande partido. As intrigas principiaram entao a desenvolver-se mais crueis e enredadoras. O ministro ingles, Lorde Strangford, insinuou a D. Joao que o vice-almirante lhe desonrava o talamo conjugal.D. Joao pediu a Londres transferencia do vice-almirante. Satisfeito o pedido, Sydney Smith retirou-se, vindo substitui-lo o almirante de Courcy. No entretanto, as divergencias eram enormes. No proprio governo havia correntes muito opostas. D. Joao, cada vez mais abatido e com medo da mulher, pedia que nao a contrariassem sempre que suas exigencias nao fossem impossiveis de satisfazer. Anulados afinal os planos da Rainha, nem assim ela esmoreceu.