thegoodfellas/blogset-br huggingface dataset:
estaria relacionada ao aumento da suscetibilidade a condicoes como esclerose multipla, artrite reumatoide e diabetes, bem como demencia e alguns tipos de cancer.No novo estudo, feito no Reino Unido, os cientistas utilizaram tecnologia de sequenciamento genetico para criar um mapa das ligacoes dos receptores de vitamina D pelo genoma. Esse receptor e uma proteina ativada pela propria vitamina, que, por sua vez, liga-se ao DNA e influencia quais proteinas sao feitas a partir do codigo genetico.Os pesquisadores identificaram 2.776 pontos de ligacao para o receptor por toda a extensao do genoma humano e verificaram que esses locais estao concentrados anormalmente proximos a genes associados a suscetibilidade a problemas no sistema imunologico.O trabalho tambem mostrou que a vitamina D tem um efeito importante na atividade de 229 genes, entre os quais o IRF8, que ja foi associado com esclerose multipla, e o PTPN2, ligado a diabetes do tipo 1 e com a doenca de Crohn, que atinge o intestino.O estudo mostra dramaticamente a ampla influencia que a vitamina D tem sobre nossa saude, disse Andreas Heger, da Universidade de Oxford, um dos autores da pesquisa.O artigo A ChIP-seq defined genome-wide map of vitamin D receptor binding: associations with disease and evolution (doi/10.1073/pnas.1000948107), de Sreeram Ramagopalan e outros, pode ser ligo por assinantes da Genome Research em genome.cshlp.org
Professor e pesquisador na area de genetica e evolucao na UFMG, Fabricio dos Santos encontra-se hoje a frente de diversos projetos brasileiros e internacionais que investigam a diversidade e evolucao biologica. Nao sao apenas estudos de laboratorio ou de area isolada. Haja vista o Projeto Genografico, financiado pela National Geographic Society, do qual e coordenador para a America Latina: por meio de analise do DNA das populacoes indigenas da regiao, seu grupo busca reconstruir a historia de povoamento do continente, antes do periodo das grandes navegacoes, em 1500. Nesta entrevista ao Portal da UFMG, ele faz um breve balanco sobre os recem comemorados dez anos de sequenciamento do primeiro genoma humano e mostra as novas direcoes que o projeto esta tomando, com o aprimoramento de tecnologias e o aumento do volume de dados disponiveis para analise. Tentaremos trabalhar com muitos genomas ao mesmo tempo, detalha o biologo geneticista. As promessas de terapias revolucionarias anunciadas pelo projeto Genoma Humano foram precipitadas? Depende do que se chama de promessa. Um especialista, que sabe o que e o genoma, fala de uma perspectiva mais estrita. Mas se fala como politico, isso ocorre numa janela muito grande. De qualquer forma, o genoma foi e e necessario porque sem ele nao poderiamos concretizar centenas de outros projetos. Sequenciar, no entanto, e so uma parte do trabalho. Na realidade, em 2003 e que foi finalizado o primeiro genoma de um individuo, o que representava apenas uma pessoa em cerca de 6,4 bilhoes no mundo inteiro. Hoje sabemos que esse universo e muito mais complexo, pois existe grande variacao entre individuos. Ha diversos achados que sao de interesse da medicina, mas que para resolve-los e preciso conhecer essa variacao de genomas entre individuos. Entao, nao estamos falando de um, mas de milhares de genomas. Atualmente ha pelo menos 15 genomas humanos completamente sequenciados e centenas de outros em processamento. Para o final deste ano ha uma previsao de mais mil estarem concluidos. O que vai permitir isso? Houve um salto tecnologico nas maquinas de sequenciamento de alto desempenho. Elas sao milhares de vezes mais rapidas do que as que contamos em nossa rede de sequenciamento, no Brasil, por exemplo. Com os novos equipamentos, os pesquisadores estao conseguindo fazer o trabalho muito rapidamente. Quais mudancas elas trouxeram ao processo de sequenciamento? A etapa de extracao de DNA e identica, mas a de geracao de sequencias mudou. No processo antigo, apos a obtencao de DNA puro, o sequenciamento era feito em varias etapas. Temos um tipo de sequenciador na UFMG que atua desse modo. Sequenciamos pedacinho por pedacinho do DNA e depois montamos essas pequenas partes ate formar o genoma completo. O genoma humano completo possui 3 bilhoes de pares de base [os nucleotideos do DNA sao bases nitrogenadas que se complementam: Guanina (G) + Adenina (A) ou Timina (T) + Citosina (C). Por esse motivo, os compostos GA e TC sao chamados de pares de base]. Neles estao as variacoes que nos tornam diferentes. O ideal e ter o sequenciamento completo de cada individuo. Mas, com as maquinas antigas, o
processo tomava muito tempo e por isso laboratorios do mundo inteiro se reuniram para que cada um sequenciasse os pedacinhos dos cromossomos. O trabalho demorou de 1990 a 2003. Na verdade, 90% do sequenciamento foi feito nos ultimos tres anos desse periodo. Essa aceleracao tambem decorreu da tecnologia? Houve o inicio de um salto tecnologico com maquinas iguais as que hoje temos aqui na UFMG. Elas sao mais rapidas e sequenciam mais "pedacinhos" ao mesmo tempo. Porem, com o outro salto tecnologico que comecou em 2005-2006, os equipamentos passaram a fazer o sequenciamento todo de uma so vez. Essa e a diferenca. Pelo novo metodo, o DNA e todo "picotado". A partir disso, bilhoes de pedacinhos do genoma sao sequenciados e lidos por um software no computador em pouco tempo. Hoje se calcula que, em ate dois dias, seja possivel gerar a sequencia do genoma de uma pessoa. Qual e entao o novo desafio? O problema nao e tanto gerar os dados de sequencia, mas analisa-los. E a etapa da bioinformatica. O processo ainda e demorado e encontra-se defasado. Identificar entao uma mutacao responsavel por uma doenca e como achar agulha em palheiro... Se voce sabe onde esta o gene, nao ha problema. Porem, cerca de 20% dos genes humanos sao conhecidos apenas por analise de computador. Nao se sabe, biologicamente, o que eles sao de verdade. Reconhecemos que e um gene porque possui uma estrutura especifica, produz uma proteina. Mas sua funcao, ou seja, o que a proteina faz, nao compreendemos muito. Esse era o grande problema do genoma inicial, porque uma questao e voce dizer que vai sequenciar todo o DNA. Outra, e saber a funcao de todas as partes do genoma. Essa etapa de genomica funcional demanda muita pesquisa e e demorada de fazer. Retornando a primeira pergunta, quando uma nova area da ciencia desponta ela precisa se legitimar perante o publico, os financiadores e o governo mostrando as aplicacoes que podem gerar. As promessas, por exemplo, de terapias genicas, talvez tenham esse significado: demonstrar as boas repercussoes para as pessoas... E dificil para as pessoas compreenderem que nao ha como fazer essa segunda parte sem sequenciar o genoma. Mas muito foi feito depois do primeiro genoma. De 2003 para ca, foram identificadas varias funcoes dos genes. Isso ocorreu primeiro por meio do computador, depois foram analisadas as funcoes biologicas deles. Hoje, todos estao tentando buscar essas relacoes: entre o fenotipo, a caracteristica do organismo e as doencas, e o genotipo, a parte do genoma onde esta o gene responsavel pelo fenotipo. Ha doencas geneticas que sao passadas de pai para filho que ainda nao se sabe qual e o gene exato que as causam. Elas tambem demandam estudos medicos detalhados, como analisar o genoma de familias. Um exemplo incomum: ha um mes foi publicado o genoma de Lupinski, um geneticista da Universidade do Texas, em Houston. Qual o diferencial? Ele sequenciou o proprio genoma. Portador da doenca de Charcot-Marie-Tooth, apos anos de pesquisa convencional sem sucesso fez o proprio genoma e descobriu que herdou copias defeituosas de um
gene do pai e da mae. Dessa forma, descobriu-se outro gene que esta associado com a doenca. O fenomeno ocorre pontualmente porque cada gene tem uma funcao diferente. Temos menos de 30 mil genes e, antes do Projeto Genoma, pensavamos que fossem 100 mil. Sabemos muitas vezes que um gene esta associado com uma doenca, mas nao entendemos exatamente sua funcao. Veja as doencas neurologicas: talvez sejam as ultimas a serem totalmente elucidadas. Mas como falar de uma doenca se nao conhecemos nem como o cerebro e formado? Nao sabemos como os genes se associam e formam as celulas dos neuronios e, depois, como o cerebro gera esta estrutura que temos. Antes se dizia que quando se fizesse o genoma conheceriamos o que nos faz humanos, pois somos inteligentes, etc. Mas temos os mesmos genes expressos [em atividade] de um cerebro de chimpanze, ainda nao encontramos esta diferenca que nos parece tao evidente. Ha um banco de genes com dados sobre o sequenciamento. Ele incorpora informacoes sobre a caracterizacao funcional? O GenBank possui todos os dados de sequencias de DNA feitas no mundo inteiro, de qualquer organismo. Ele e publico e fica nos Estados Unidos. Nesse banco, voce pode entrar em varios genomas como de virus, bacterias, eucariotos e outros. Ele lista, por exemplo, varios genomas de animais e descreve tambem determinados cromossomos. Pode conter informacoes sobre provavel relacao de um gene com uma doenca. Por exemplo, a descricao indica uma proteina A que aparece na celula de um orgao do corpo humano. Outras informacoes detalhadas devem ser buscadas em livros e artigos cientificos. Certa vez o senhor mencionou que o Projeto Genoma estaria entrando em nova etapa e que mudaria radicalmente a sua trajetoria. Do que se trata? Tentaremos trabalhar com muitos genomas ao mesmo tempo. Mas nao sei se os computadores vao suportar tanta informacao. Apenas um genoma humano pode ter tres bilhoes de pares de base... Isso significa que a direcao que o projeto esta adotando e a de comparar genomas? Sim, pois assim varias novas funcoes genicas podem ser compreendidas. Entre especies diferentes? Comparacoes entre especies ja se faz ha muito tempo. Mas tambem entre individuos, para identificar variacoes. Por exemplo, em alguns individuos falta um gene, mas outros possuem genes duplicados ou mais copias. O genoma e muito dinamico e muito mais complexo do que imaginavamos. O genoma ainda e um projeto de redes. A infraestrutura existente do Brasil e adequada? A infraestrutura e boa para realizar varios projetos, como genomas de bacterias e outros genomas pequenos. Mas, para genomas humanos, e extremamente defasada. Recentemente, a China comprou 200 sequenciadores de ultima geracao, que ja mencionei. Eles estao muito dispostos a realizar pesquisa nessa area. Mas para isso precisaram desembolsar muito dinheiro. Esse volume de recurso para tal objetivo ainda nao existe no Brasil, pelo menos na area de pesquisa biologica. Qual o custo desse tipo de equipamento? Depende do modelo. Mas o preco varia entre 400 mil dolares ate pouco mais de um milhao de dolares. Dos sequenciadores que temos na UFMG, um custou 200 mil
dolares e outro 140 mil dolares. Eles sao de tres geracoes atras e faziam bem genoma de bacteria. E essa mesma linha de equipamento que o Brasil tem. Nao ha nenhum equipamento da nova geracao no pais? Ha alguns, mas encontram-se dispersos. Nao temos um centro como na China e nos Estados Unidos, por exemplo. Eles fazem inumeros genomas de uma vez. Isso permite que realizem estudos extremamente complicados. Mas os chineses tambem estao esbarrando em problemas. E estes sao de analise. Porque, novamente, ha dados demais de sequencia de DNA e monta-los em computador demanda outro investimento. A China percebeu o problema e precisou comprar o computador mais rapido do mundo. Os Estados Unidos estao com receio, mas eles possuem esses centros tambem. Um projeto importante e arrojado em execucao nos Estados Unidos, atualmente, e o sequenciamento de uma especie de cada familia de mamifero. Com esse trabalho esperam entender a funcao dos genes, porque eles aparecem em varias especies diferentes. Como a UFMG esta em termos de grupos de pesquisa na area? A UFMG possui grupos de pesquisa trabalhando com diversas especies e organismos modelos. Alias, a maior parte do conhecimento sobre os genes humanos so existe porque outros animais foram estudados como modelos. Por exemplo, muito do que se conhece em embriologia humana veio do estudo de outros organismos. E muito dificil pesquisar o embriao humano, as celulas humanas. Excetuando Lupinski... Mas ele analisou a si mesmo; como alguem vai questionar eticamente isso? Digo, como brincadeira, que ele e meu parente, pois parte do genoma dele eu tenho, e entao, ele nao poderia fazer isso! A terapia genica se destinaria mais ao embriao? O Lupinski sabe muito bem disso: que esse conhecimento por ele obtido sobre o defeito genetico da propria doenca nao sera capaz de cura-lo. E um problema que se originou enquanto ele era zigoto, formando celulas, embriao, feto... Seria preciso agir no inicio, com uma terapia genica. Mas ele pensa no futuro, na possibilidade de consertar o gene. Esse e um debate etico, e, portanto, nos leva a pensar: sera que isso deve ser feito? O genoma despertou discussoes sobre o uso das biotecnologias, de novas possibilidades para o corpo humano... Falei da busca de entendimento sobre a variacao das sequencias dos mesmos genes entre individuos. Nao se sabe o que isso significa e o que representa no organismo. Porque falta muita pesquisa nessa etapa pos-genomica. As vezes se imagina que, por estarmos no ano 2010, e ja termos conseguido realizar muitas coisas, podemos responder a tudo. Nao ha como. E tudo muito recente. Na ciencia, completamos 150 anos da teoria de evolucao biologica, que unificou o conhecimento em biologia e mostrou sua complexidade. Toda a diversidade de proteinas e de especies tem esse padrao de diferenciacao gerada pela evolucao, que ainda compreendemos relativamente pouco. Essa diversidade genetica tem impacto na resposta a doencas? Por sorte, por exemplo, por ter uma determinada variante e que muita gente nao vai morrer de Aids. Em torno de 10 a 20% da populacao mundial e naturalmente resistente a Aids.
Possui e transmite o virus, mas nao desenvolve a doenca. Pode ser que a parcela desses individuos venha a aumentar entre a populacao. Sera que esta aumentando a frequencia desses genes? Isso e evolucao. A Aids esta sendo relativamente controlada hoje, mas, se voltar a ser uma pandemia, ha maior chance de esses individuos resistentes terem mais descendentes do que os outros, daqui a algumas geracoes. Esse e o processo de selecao natural. Ha relatos sobre esses casos na Africa. O dado que mencionou se refere a todas as regioes do mundo? A Africa e onde existem mais casos de resistencia natural a Aids, porem ha ocorrencia em outras regioes. Esse fenomeno nao decorre de a pandemia na Africa tambem ser maior? Na verdade a Aids existe la ha mais tempo do que se imaginava. Na Africa muitos tambem morrem de Aids. Se estao morrendo, nao estao tendo filhos. Logo, esta diminuindo a frequencia dos nao resistentes. Os resistentes estao aumentando em frequencia, pois estao tendo mais filhos. Como os filhos deles sao geralmente resistentes, vao ter mais descendentes... Tambem a peste bubonica, na Europa Medieval, encontrou sobreviventes geneticamente resistentes. Hoje se sabe, apos diversos estudos, que realmente aumentou bastante a frequencia de genes de resistencia a peste, porque a maioria dos europeus descende daqueles poucos que eram resistentes. Fala-se que a gripe espanhola tambem deixou varios resistentes e, por isso, a Europa, em tese, estaria mais protegida de uma gripe similar. A variacao genetica esta na base dessa sobrevivencia a doencas... E isso que se chama de medicina darwiniana, ou medicina evolutiva. Estamos compreendendo a causa de muitas doencas e processos de resistencia porque vemos que ela e comum a outras especies tambem. Darwin entao continua presente na era genomica... Eu diria que o genoma e que demonstra que a ideia da selecao natural e valida. E cada vez mais. Acho que Darwin ficaria muito feliz se estivesse vendo os estudos sobre genoma. O que ha de dados para analisar e comparar entre especies e incrivel... Tendo muito menos dados a disposicao, chega a ser dificil imaginar como Darwin concebeu uma teoria tao consistente no seculo 19 e que e valida ainda hoje. Fonte: http://www.ufmg.br/online/arquivos/016061.shtml Autor(a)/Creditos: UFMG, Noticias
o caso do Estado de Nova Jersey, que pune com ate 10 anos de prisao o motorista que provoca o acidente depois de estar insone.A lei, conhecida como Maggie's Law, foi aprovada apos a morte da estudante Maggie McDonnell, de 20 anos, atropelada por um homem que havia trabalhado 30 horas consecutivas.No caso de Solange Lima Vianna, de 80 anos, a falta de sono prejudicou durante muitos anos todo seu cotidiano - ela nao dormia nem durante o dia, nem a noite. Por mais de dez anos, so adormecia depois de ingerir calmantes. Ate que, orientada pela cardiologista, mudou a alimentacao e cortou o cafe.'Eu dormia com o remedio, mas acordava mal, passava o dia indisposta. Depois da cardiologista, mudei minha alimentacao e pequenas mudancas devolveram meu sono', conta.Por Clarissa Thome / RIO, estadao.com.brO que incomoda seu sono? saiba o que fazerhttp://vidaempaz.wordpress.com/2008/10/24/o-pode-estar-incomodando-seu-sono/
que constroem os tracos. Como um embriao se desenvolve, determinados genes chave no cerebro para comecar a construir o cortex. Os mesmos genes construir nosso proprio cerebro tambem, que nao e surpreendente, uma vez todas as outras evidencias que o ancestral comum dos ratos e os seres humanos tinham um cortex.Mas os cientistas tiveram algumas surpresas maravilhosas quando eles compararam genes de especies afins, mais distante. Jellyfish, gafanhotos, e os seres humanos tem todos os olhos, por exemplo, mas eles sao radicalmente diferentes uns dos outros, pelo menos anatomicamente. No entanto, eles tambem compartilham alguns dos mesmos genes para a construcao de receptores de luz e outras pecas. Entao eles sao realmente uma mistura de convergencia e uma ascendencia comum. Eu escrevi sobre a evolucao de olhos no Banco Tangled, em uma secao extraido pela New York Academy of Science aqui.O cortex agora vem a seguir a mesma historia como o olho.Detlev Arendt do Laboratorio Europeu de Biologia Molecular e seus colegas decidiram comparar os genes que constroem o cortex dos mamiferos aos genes que constroem corpos do cogumelo em invertebrados. Eles estudaram um pouco linda criatura chamada ragworm. Eles escolheram esse nome porque tem enorme, para-estudo corpos de cogumelo facil, porque ele tem evoluido mais lentamente desde os invertebrados vertebrados divisao de moscas e outras especies bem estudadas. Os cientistas realizaram um levantamento detalhado exquisitely,mapeamento de um numero de genes foram tornando-se ativos no cerebro ragworm desenvolvimento, ate a celula individual.A figura aqui mostra uma semelhanca notavel. A esquerda, ha um cortex do rato em desenvolvimento. Abaixo esta um grafico mostrando onde um grupo de genes sao expressos. A faixa colorida no cerebro corresponde ao eixo vertical do grafico. E a direita e um diagrama do cerebro ragworm desenvolvimento. Se voce duplicar a fita no cortex do rato e unir duas pontas em um garfo, voce tem uma regiao em que muitos dos mesmos genes sao expressos em um padrao quase identico. E que bifurcada dum regioes da!, Torna-se eventualmente os corpos de cogumelo.Assim, nosso cortex acaba por ser muito mais velha do que se pensava anteriormente. O ancestral comum de nos e, ragworms uma criatura como um verme que viveu 600 milhoes de anos, nao so tinha um cerebro, mas tinha uma ur-cortex. E provavelmente usado que o cortex ur para aprender sobre seu mundo, provavelmente a aprendizagem sobre os odores que cheirou. descendentes que divergiu do animal em diferentes formas, e as ur-cortex mudou ao longo do caminho. No entanto, eles ainda usavam muitos dos mesmos genes que seu ancestral ha muito tempo. Entao, da proxima vez que voce splat uma mosca na parede, lembre-se: houve um cortex la.03 de setembro de 2010 04:56 por Carl Zimmer in http://blogs.discovermagazine.com/loom/
e muito mais proteinas do que um verme, por exemplo. Mas isso nao ocorre. Temos uma variacao maior de proteinas, mas, essencialmente, o mesmo numero e o mesmo tipo de genes que esses animais muito simples. No entanto, ha uma enorme diferenca de complexidade entre um verme que tem menos de 1 milimetro de comprimento e alguns milhares de celulas e um humano, com mais de 100 trilhoes de celulas. Trata-se de um plano celular muito mais complexo, principalmente ao se levar em conta o funcionamento do cerebro. Mas temos o mesmo numero de genes, o que indica fortemente que deve haver outro tipo de informacao capaz de resultar na construcao de algo tao mais complexo.Agencia FAPESP E qual foi a segunda descoberta?Mattick Foi uma segunda surpresa, coerente com a primeira: a maior parte dos genes presentes no genoma humano nao codifica proteina alguma. Parecia ser puro entulho genetico foi chamado de DNA lixo. Mas o que e necessario para fazer um organismo mais complexo, como o humano, esta sendo transmitido pelo RNA, nao pela proteina. Antes disso, todo mundo pensava que o RNA era so um intermediario temporario entre o gene e a proteina.Agencia FAPESP Esse era o dogma central?Mattick Sim, o DNA e transcrito pelo RNA e copiado na proteina. Esse e o dogma e ele esta certo: o DNA faz RNA e alguns RNAs fazem proteina. Esse e o fluxo de informacao. O erro e que se pensava que a maior parte da informacao do RNA fluia pela proteina. Mas parece que, nos humanos, apenas uma quantidade muito pequena das informacoes vai para a proteina. A maior parte vai ao RNA. E, agora, estamos conseguindo evidencias de que esse RNA esta envolvido em regulacoes muito mais sofisticadas do sistema. Entao, para entender como os humanos sao programados, temos que pensar nao apenas em termos de proteinas, que sao componentes mecanicos do sistema. Por tras, ha uma arquitetura altamente sofisticada que permite decidir quais componentes devem ser expressos e as mais diversas funcoes.Agencia FAPESP O senhor compara os sistemas regulatorios do RNA a um sistema computacional avancado.Mattick Sim. Podemos fazer uma analogia com um sistema sofisticado que e o Boeing 777. Seus componentes mecanicos ja eram conhecidos ha 50 anos: motores, jatos, aerofolios, bombas hidraulicas e assim por diante. Mas ha um mundo de diferencas entre um aviao feito em 2010 e outro de 1960, quando os computadores ainda nao eram populares e nao se usavam fibras opticas. Os objetos mais sofisticados na nossa sociedade se tornam cada vez mais ricos em informacao. E essa informacao que esta codificada em computadores e transmitida por fibras e fios, que nao sao precisamente componentes mecanicos, mas sim aparatos de transmissao. Portanto, ir de um objeto simples para outro mais complexo nao e apenas uma questao de fazer novos componentes, mas de expandir os sistemas de controle e a arquitetura, no caso dos avioes, para que os componentes funcionem de modos cada vez mais sofisticados.Agencia FAPESP Estamos comecando a vislumbrar que ha algo a mais do que os componentes que sao observados?Mattick Sim.