Como a fitoterapia e cada vez mais utilizada no mundo para o tratamento de varias doencas, deve-se ampliar os estudos sobre a qualidade, a seguranca e a eficacia dos fitoterapicos. Sao utilizados os mesmos criterios dos alopaticos para avaliar estes parametros nos fitoterapicos, ou seja, a biodisponibilidade, as vias metabolicas de eliminacao, os processos cineticos e as interacoes medicamentosas. No entanto, outros desafios estao associados a pesquisa em fitoterapia ja que os produtos fitoterapicos sao complexos na composicao quimica assim como sao comumente consumidos como misturas de drogas vegetais, ampliando ainda mais a complexidade quimica e as interacoes, em oposicao aos medicamentos com entidade quimica definida (alopaticos). Alem disso, os fitoterapicos sao frequentemente administrados com os alopaticos. Por isso, ja existem varios casos demonstrando interacoes medicamentosas com fitoterapicos. Este artigo discute alguns desafios a partir do atual estado da arte da investigacao dessas interacoes.O metabolismo dos fitoterapicos pode ocorrer por diversos mecanismos. A microflora intestinal afeta o metabolismo atraves da remocao de acucares dos compostos glicosidicos e hidrolisam outros. Sabe-se, assim, que o ambiente intestinal pode variar muito entre os individuos, levando a especificidade dessas interacoes a nivel individual. Entretanto, ha dois fatores mais importantes para o metabolismo, tanto dos fitoterapicos como dos alopaticos, que sao as enzimas das familias do citocromo P450 (CYP) e da uridina difosfato (UDP) e da glucuronosil transferase (UGT). As enzimas da familia da CYP sao encontradas principalmente no figado e no trato gastrointestinal e realizam reacoes de oxidacao e de reducao (Fase I). As enzimas UGT, encontradas em todo organismo, realizam, principalmente, reacoes de glucuronidacao, reacao classificada como de conjugacao (Fase II), a qual e responsavel pela preparacao dos compostos destinados a eliminacao (incluindo a Fase II de desintoxicacao no figado). A alteracao da atividade das enzimas do CYP e da UGT por fitoterapicos e o mecanismo farmacocinetico mais comum de interacao medicamentosa entre fitoterapicos e alopaticos, o qual pode resultar em alteracoes nas respostas terapeuticas desses ultimos devido a mudancas nas taxas de absorcao, de distribuicao, de metabolizacao e de eliminacao (ADME). Interferencia na atividade da CYP pode ser um processo relativamente rapido, resultando na reducao da atividade dessa enzima, o que provoca um processo de eliminacao mais lento. E comumente relatado que as interacoes medicamentosas resultem da inibicao ou da inducao da CYP ou da atividade da UGT. Embora seja demonstrado que varios bioativos de plantas sejam metabolizados pelas UGTs, sugere-se que as interacoes por meio destas enzimas sejam menos importantes do que as que envolvem as CYPs.Tanto metodologias in vitro como in vivo sao usadas nos estudos de fitoterapicos. Os ensaios in vitro sao usados para avaliar os mecanismos em determinadas celulas ou tecidos, cujos resultados geralmente nao se reproduzem ou os mesmos nao podem ser extrapolados para o modelo in vivo devido a complexidade e a diversidade quimica dos bioativos contidos nos fitoterapicos ja que a taxa ADME de cada constituinte e variavel.As investigacoes in vivo sao uteis na identificacao de possiveis problemas em relacao a seguranca ou a eficacia, entretanto, nao se pode garantir que o resultado obtido dos estudos em