Em virtude do fervor em suas pregacoes, Brown logo foi preso, assim como a grande maioria da congregacao, o que obrigou aos demais membros a buscarem abrigo para as perseguicoes nos paises baixos. Segundo Brown, a unica igreja que existe e a congregacao local de crentes em Cristo, unida a Ele e entre si por uma alianca voluntaria. Sendo Cristo a cabeca da Igreja, e os oficiais e suas leis de ordens divinas. Cada congregacao deveria ser autonoma, inclusive para escolher seu pastor, um mestre, presbitero, diacono e viuvas, como o novo testamento designa, mas cada membro deve ser responsavel pelo bem estar de todos, nenhuma igreja era autoridade sobre qualquer outra, mas cada uma deve dar auxilio fraternal a outra. Em virtude desse sistema, Brown e tao parecido com o sistema dos anabatistas, que existem pesquisadores que apontam ligacoes entre eles. Entretanto, Brown em nenhum momento de sua vida, reconheceu que houve influencia dos anabatistas sobre ele, assim como nao rejeitava o batismo de criancas, pratica essa rejeitada pelos anabatistas. A igreja de Brown ficou pouco tempo em solo holandes, voltando para a Inglaterra depois de ter passado pela escocia. Brown acabou se conformando com o anglicanismo em 1585, onde trabalhou no ministerio de 1591 ate 1633, quando morreu. O movimento separatista nao morreu com Brown, tanto e verdade que em 1602, surgiu um outro grande movimento separatista, liderado por Joao Smith, que fora clerigo anglicano, Joao Smith fundou uma congregacao em Gaisborom, conquistando adeptos das localidades rurais e vizinhas. Uma outra congregacao foi estabelecida em casa de William Brewster (1560-1644) em Scrooby. Willian Bradford (1590-1657) era membro dessa congregacao e teve como chefe Joao Robinson (1575-1625). Por causa das constantes perseguicoes, a congregacao de Joao Smith moveu-se para Amsterdam, onde encontrou os menonitas, e em seu proprio estudo,Joao chegou a conclusao que a posicao dos menonitas em relacao a oposicao ao batismo de criancas concordava com as praticas dos primeiros cristaos. Em 1608-9, ele se batizou e depois batizou os demais membros da sua igreja. Smith por razoes desconhecidas, acabou brigando com o seu rebanho, sobretudo com dois membros, Thomas Helwys (1550-1616) e Joao Murton (? -1625), que acabaram levando uma porcao de adeptos de volta para a Inglaterra, onde fundaram em 1611 ou 1612, a primeira congregacao Batista em solo ingles. Em virtude das controversias obtidas em solo ingles, eles acabaram tomando a posicao arminiana e por isso se chamaram Batistas gerais. Em 1633, surgiu outro grupo, que era calvinista na doutrina e chamaram-se Batistas Particulares. Segundo a maioria dos pesquisadores, esse grupo passou a praticar a imersao aproximadamente em 1641, o que acabou sendo aderida por todos os demais batistas da Inglaterra. O fato mais importante, foi o envio desses missionarios para a America, Robinson ficou com a maioria. Esses missionarios, que internamente ficaram conhecidos como peregrinos, cruzaram o atlantico no mayflower. Em 21 de Dezembro fundaram a colonia de plymouther, da qual Willian Bradford foi o primeiro governador. E dessa maneira, os congregacionalistas batistas chegaram a nova Inglaterra, que mais tarde passou a se chamar Estados Unidos