E bastante conturbada a questao da aplicacao da lei dos juizados especiais para os crimes militares. os doutrinadores se divergem entre eles e tambem com a jurisprudencia. Ha os que sao favoraveis a aplicacao total da lei, os que sao afetos ao entendimento da aplicacao parcial e por fim os que defendem a total incompatibilidade da lei com os crimes militares.a lei 9839/99, acrescentou o art. 90-A a lei 9.099/95, para por cobro a discussao, o qual aduz: "As disposicoes desta lei nao se aplicam nos ambito da justica militar". Contudo, nao foi o que ocorreu, gerou uma nova discussao quanto a inconstitucionalidade da redacao deste artigo, pois, criou um diferenciacao no tratamento entre civis e militares quando do cometimento do mesmo delito. O Juiz Fernando A. N. Galvao, no artigo "Aplicacao de penas restritivas de direitos na Justica Militar estadual", publicado na revista Estudos e Informacoes , no 23, nov. 2008, p. 22 - 23 preleciona: "A condicao de militar e a violacao de deveres que sao inerente as suas funcoes ja foram devidamente considerados pelo legislador para o estabelecimento da cominacao da pena reservada ao crime militar. Se a pena cominada ao crime militar e incompativel com a aplicacao dos institutos da Lei 9.099/95, nao se pode impedir a concessao do beneficio pelo simples fato de se tratar de militar. A condicao de militar impoe suportar alguns onus que sao inerente as especialidades de sua funcoes, mas nao reduzem os direitos fundamentais do cidadao."(...)"Apesar da formal restricao da lei, todos os juizes de primeiro grau da Justica Militar de Minas Gerais aplicam os institutos da transacao penal e da suspensao condicional do processo, entendendo que materialmente que a restricao impostas pela Lei 8939 somente se aplica no ambito da Justica Militar da Uniao..." Damasio Evangelista de Jesus:"no que tange aos delitos militares proprios, ainda poderia ser defensavel a lei nova, uma vez que sao regidos pelas regras da hierarquia e disciplina. No que diz respeito aos delitos militares improprios, contudo, e de flagrante inconstitucionalidade, ferindo principios de isonomia e da proporcionalidade".Luiz Flavio Gomes:"os crimes militares proprios...podem (e devem) justificar tratamento especial. Os improprios..., no entanto, de modo algum justificam qualque diferenciacao, sob pena de abominavel discriminacao. O principio da igualdade impoe tratamento igual para os iguais (aos delitos comuns), logo, sobpena de odiosa discriminacao, merecem o mesmo tratamento dado aos civis".Em contraposicao, o Supremo Tribunal ja decidiu pela inaplicabilidade dos beneficios da lei 9.099/95 ao militares, apos a vigencia da lei 8.939/99 (STF HC 80.173). Os Tribunais Militares de Sao Paulo e Rio Grande do Sul compartilham do mesmo entendimento.Em resumo, ao que consta, a jurisprudencia dos Tribunais Superiores sao unissonas quanto a nao aplicabilidade dos institutos despenalizadores da Lei 9.099/95, entretanto ha doutrina de peso vindo de encontra a tal entendimento, firmando o posicionamento da falta de tratamento isonomico causado pela lei 8939/99.Fonte: Processo Penal Militar / Jose da Silva Loureiro Neto - 6o ed. - Sao Paulo : Atlas, 2010 Com o julgamento da ADPF 130/DF, o plenario do Supremo Tribunal Federal, declarou nao recepcionada pela Constituicao federal