sequencia genomico chimpanze obtido a partir de fragmentos aleatorios de tamanhos selecionados na faixa de 300 a 600 bases. Essas sequencias de DNA foram alinhados a uma versao anterior do conjunto do genoma humano usando o algoritmo BLAT (Blast-Like Alignment Tool).Pesquisadores selecionaram dois tercos da sequencia total para analises mais detalhadas.Um terco da sequencia de chimpanze nao alinhou ao genoma humano e foi descartado. A secao de metodos no artigo descreve como o subconjunto de dados pre-selecionados foi posteriormente filtrado para obter apenas os melhores alinhamentos. Os dados resultantes foram entao sujeitos a uma variedade de analises comparativas que, para todos os fins praticos, sao completamente insignificantes tendo em vista o nivel extremamente elevado de selecao, dados mascarados, e filtragem aplicada. Nao e de surpreender que eles tenham reportado uma diferenca de apenas 1.24% em areas altamente similares entre os dois genomas... Se contarmos todos os dados descartados e filtrados, teremos como resultado uma similaridade nao maior do que 65% (Ver tabela).Pouco apos esses artigos iniciais sobre essas comparacoes dos genomas, uma tendencia perturbadora rapidamente surgiu, envolvendo apenas a divulgacao dos resultados finais dos alinhamentos, e pior, omitindo todos os detalhes especificos sobre a metodologia: como os dados foram filtrados, selecionados, maquiados. Dados cruciais que permitiriam leitores dos artigos calcularem pessoalmente um cenario mais real comecaram a ser consistentemente ocultados.Exemplo, Liu et al. relatou sobre alinhamento genomico entre humanos e chimpanzes, babuinos e saguis. Informacao importante sobre o conjunto inicial de sequencias e dados especificos dos alinhamentos foi sumariamente omitido! Eles apenas relataram que usaram uma quantidade total de 10.6 Mb de sequencias para todas as especies combinadas. Sua estimativa final dos alinhamentos, omitindo indels e areas nao-alinhaveis, foi de 98.9%. Incluindo indels, o valor seria de 95.6%, similar a pesquisa de Britten.Outra tendencia preocupante e que apenas sequencias codificadoras de proteinas (exons) altamente conservadas passaram a ser mais frequentemente utilizadas nessas comparacoes. Nos sabemos atualmente que sequencias nao codificadoras de proteinas, que compoe mais de 95% do DNA, sao criticos para todos os aspectos genomicos e geneticos funcionais. Tipico dessa tendencia em alinhar apenas sequencias exonicas, Wildman et al. divulgaram um estudo que comparou apenas regioes codificantes de proteinas de ambos humanos e chimpanzes, fragmentos de 97 exons, dando um total de 90.000 bases. Os exons pre-selecionados eram baseados no fato de serem presentes em ambas especies e reconhecidamente tidos como altamente alinhaveis. Por causa dessa abordagem tendenciosa e escassez de detalhes sobre o material analisado e os metodos, fica impossivel chear a uma estimativa honesta dos dados omitidos e do alinhamento em si.Em 2004, Watanabe et al. usaram uma variedade de bibliotecas BAC para selecionar clones para sequencia de DNA representando cromossomo 22 dos primatas. A sequencia foi comparada ao homologo humano. A ressalva e que os clones BAC dos primatas so eram selecionados se cada um contesse de 6 a 10 marcadores de DNA humanos. Novamente, uma pre-selecao nada imparcial e honesta dos materiais. Neste caso, ocorrera antes mesmo dos dados sequenciais serem ao menos gerados. Lamentavelmente, estasticas gerais sobre o alinhamento nao foram dadas no artigo nem em