Em palestras e tambem no sitio da internet da empresa Illumina sempre nos deparamos com duas "formas" diferentes de realizar o sequenciamento NGS: (i) o mated-pair sequencing e (ii) o paired-end sequencing. Depois de muito discutir com diversos colegas sobre as diferencas ou semelhancas entre os metodos, finalmente encontramos explicacoes mais especificas sobre o que significa sequenciar nossa amostra atraves de um ou outro metodo -- de acordo com os conceitos definidos pela Illumina..: Historia da genomica :.Vale lembrar aqui a origem dos conceitos de mated-pair e paired-end sequencing, isso nos levara tambem a historia da genomica e do projeto genoma humano.Em 1992, J Craig Venter publica cerca de 300 sequencias parciais de genes (ESTs) humanos expressos no cerebro [1]. A epoca o GenBank possuia cerca de 3000 genes humanos e numa tacada so Venter publicava uma quantidade de informacao que era comparavel a 10% do que todos os cientistas do mundo haviam feito ate a epoca. Catapultado ao estrelato da ciencia, por volta de 1998 o cientista e empreendedor americano diz ao mundo que estaria pronto para sequenciar o genoma humano inteiro. Tendo fundado a empresa Celera Genomics, Venter promete sequenciar rapidamente o genoma de nossa especie e, e claro, tem o interesse em vender seu trabalho para empresas farmaceuticas, interessadas no potencial biotecnologico do conhecimento do genoma. Todas elas queriam ter acesso, o quanto antes, as informacoes sobre os genes e proteinas humanos que poderiam permitir a producao de novas drogas para as mais diversas doencas. Venter promete terminar o genoma humano em prazo recorde e sugere inclusive aos pesquisadores do agora chamado "consorcio publico" que poderiam parar de sequenciar os dados humanos, posto que ele seria capaz de faze-lo com qualidade e eficiencia, liberando-o publicamente para a pesquisa cientifica depois de algum tempo -- sabe-se la quanto -- em que as empresas farmaceuticas teriam exclusividade sobre os dados. Mas como deixar o maior empreendimento humano do seculo nas maos de cientistas com ideal capitalista? O consorcio publico gritou: Nao!, e entao comecou a corrida pelo genoma. Quem o produziria primeiro e com melhor qualidade? O consorcio publico ou o privado?O polemico e brilhante pesquisador americano J Craig Venter, nascido em 1946. Sua historia pessoal confunde-se com a historia da ciencia genomica.Muitos duvidavam que Venter fosse capaz de sequenciar um genoma assim tao grande de eucariotos, principalmente devido ao fato de que sua estrategia nao levava em consideracao os mapas de ligacao e era baseada principalmente na tecnica chamada de whole-genome shotgun -- onde o genoma e picotado em pedacinhos e depois montado. Sequenciar o genoma humano era um problema muito mais complexo do que sequenciar o genoma de uma bacteria, que Venter ja havia provado saber fazer (em 1995) com o genoma da Haemophilus influenzae, o primeiro genoma de um organismo de vida livre ja publicado [2]. Os pesquisadores entao duvidavam tanto de sua capacidade e equipe tecnica quanto da viabilidade de sequenciar o genoma numa epoca onde quase nenhum genoma ainda havia sido "conquistado". Para provar entretanto que era capaz de faze-lo, Venter foi buscar o atestado de