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ia chegar, mas cofiava inteiramente na instituicao UFRGS e seus professores. Onde vejo a diferenca que este curso esta fazendo na minha vida profissional. As duas primeiras postagens do mes de setembro de 2006 falam da expectativa do curso e dos primeiros contatos com as TICs, sem saber muito bem o que significava o termo. Fala das visitas aos blogs dos colegas e das visitas dos colegas dos colegas ao meu blog.Em outubro o volume de postagens aumentou siginificativamente. Ainda tenho muitas dificuldades em lidar com as tecnologias, mas por outro lado, a medida que vou me familiarizando com as TICs as dificuldades iniciais vao diminuindo. Especilamente nesse momento do curso, consigo fazer uma assinatura de Internet banda larga e passo a utilizar o computador com mais frequencia, deslocando o tempo e o espaco de estudo. Agora, nao e mais a sala de aula e tempos pre determinados que pautam a minha dinamica de estudo. Os horarios de estudo em casa faca-os na medida em que tenho tempo disponivel para estudar. Outra coisa nova, que chamou atencao, foi o contato com os professores, nao mais presencial, mas virtual. Fica estabelecida outra dinamica de trabalho entre professores e alunos e entre alunos e alunos. Percebo o meu crescimento em relacao aos uso das TICs, pois alem dos textos escritos, ja ha nesse momento insercao de hiperlinks e imagens. As postagens ja sao sobre as leituras realizadas nas interdisciplinas e aos poucos vou me apresentando e contando um popuco da minha historia.Continuam os problemas com as TICs, mas o trabalho nao para. As reflexoes exigem mais conteudos e eles aparecem de forma timida. O volume de postagens se mantem ao do mes anterior. A interdisciplina ESCOLA, CULTURA E SOCIEDADE apresenta textos que para professores que ja estao atuando, como e o meu caso, demonstram situacoes que pecebo nas escolas em que trabalho, como relacao de poder entre direcao de escola e professores, professores e alunos, funcionarios e alunos e entre os proprios alunos . Agora ja posso fazer relacao entre os textos lidos e a realidade dos meus alunos. Entendo melhor porque tais situacoes se dao com determinados alunos dentro da escola. Antes do PEAD, nao era bem assim que via as coisas. So sabia que elas existiam na pratica, mas a fundamentacao de tais situacoes nao. O eixo I foi o eixo da descoberta de uma nova forma de aprender. A sala de aula nao e mais na universidade e nem o tempo para estudo esta limitado por periodos de aula que tem inicio e fim.Agora, a sala de aula e o tempo de estudo dependem de onde estou. Isso exige disciplina ededicacao.
EIXO III Esse foi o Eixo que mais me identifiquei. Primeiro porque considero que as interdisciplinas desse Eixo sao fundamentais para equilibrar, no ser humano, razao e emocao. Nao vejo, como no tempo que eu era aluno do primario, os professores de hoje realizarem atividades de artes, contacao de historia, leitura e releitura dos classicos infantis, musica de boa qualidade e teatro na escola. Essas interdisciplinas colaboraram muito para que pudesse refletir sobre as artes de um modo geral dentro da escola e da importancia que eles tem para o desenvolvimento cognitivo das criancas. Segundo, porque sou musico e na minha adolescencia ia muito a shows, inclusive nas apresentacoes do Projeto Unimusica da UFRGS, isso antes de ser academico. Por ironia depois que comecei a cursar o PEAD, nunca mais assisti a um show, embora acompanhe a programacao que continua com otimos musicos se apresentando. Teatro e cinema, frequentava muito apesar de, no caso de teatro, gostar mais de teatro de rua. Inclusive assisti, la pelos idos dos anos 1990 a uma peca que tinha por titulo: O Ronco do Bugio, onde o professor da interdisciplina Teatro e Educacao, Gilberto Icle era o diretor da peca. Por estes motivos esse Eixo foi especial, revivi muito da minha adolescencia e da infancia. Muito importante para mim foi a questao do jogo e da brincadeira, do ludico na sala de aula. Como gosto de movimento nas aulas, estou sempre tentando fazer algo diferente. A interdisciplina Ludicidade e Educacao A, me possibilitou o embasamento teorico necessario para contrapor as ideias de muitos pais que achavam perda de tempo utilizar jogos como forma de auxiliar no aprendizado de seus filhos. Diziam que nao mandavam os filhos para escola para ficar brincando. Mas gracas aos debates, os trabalhos realizados no PEAD, as leituras realizadas pude provar o contrario para muitos pais. Afinal de contas utilizando jogos podemos os alunos podem desenvolver varias habilidades, estabelecer regras e sansoes, socializar-se com os colegas, aprender que nem sempre seremos ganhadores ou perdedores em um jogo, podem aprender que o trabalho em equipe e muito importante. Com brinquedos as criancas podem usar sua imaginacao para criar as historias que quiserem. Podem produzir textos, fazer releituras de historias que conhecem, enfim uma serie de coisas que so colaboram para o seu crescimento. Uma coisa que nao foi muito legal, apesar de ter dito no paragrafo acima, os trabalhos realizados em grupo. Nessa epoca trabalhava sessenta horas e era muito dificil encontrar-me com as colegas para planejar e executar as tarefas. Mas no geral o eixo foi muito produtivo. Reflexao Dezembro Olhando para tras e relembrando as primeiras aulas presenciais vem a memoria os primeiros medos sobre o que estava por vir. Afinal de contas estava iniciando uma caminhada na UFRGS. O curso seria a distancia, os desafios seriam muitos. Entre eles a utilizacao das TICs. O termo nao era tao novo, mas a dinamica para utilizacao das mesmas em curso superior sim. O blog foi o ponto de partida. Lembro que foi na escola Alfredo Jose Justo, uma noite fria de inverno
que cada colega criou seu blog e a partir dali iniciamos nossos primeiros registros dessa caminhada que por hora esta chegando ao final. Sei que ha muito ainda a fazer, pois na educacao nunca estaremos prontos e acabados, e um constante fazer, refletir e refazer que vivenciamos no nosso dia a dia. Se assim nao for, estaremos fadados ao atraso, as velhas folhas mimeografadas, enfim as antigas praticas que nao favorecem nosso aluno. O blog, do meu ponto de vista, desencadeou um processo que nao tem fim. Mesmo que, hoje, os visitantes nao comparecem em grande numero para ler o que la escrevemos, fica registrado um pouco da nossa historia percorrida dentro do PEAD. Ficam os registros das atividades que realizamos com nossos alunos, as reflexoes sobre as atividades desenvolvidas. Para, alem disso, criamos o habito de registrar nossas atividades cotidianas com nossos alunos. Eu particularmente, mas ouvi o relato de outros colegas tambem, nao fazia registros com fotos, por exemplo, das atividades e as analisava depois elaborando um texto sobre a atividade e o desempenho do aluno. Simplesmente avaliava cada aluno, ou a turma como um todo e registrava uma nota, sem me aprofundar em aspectos mais especificos da aprendizagem de cada aluno. Percebi que o blog pode ser um otimo instrumento de troca de experiencias entre professores. Estes, necessariamente, nao precisam ser os colegas da minha escola. Pode ser um colega la do estado de Minas Gerais, por exemplo. A partir do blog os espacos e os tempos para compartilhar experiencias assumem outra dimensao, na medida em que a presenca fisica deixa de ser uma exigencia, por conta das facilidades que a Internet nos proporciona. Assim, podemos criar redes de relacoes, como aconteceu no PEAD, entre colegas, professores e tutores que independem de hora marcada. Nessa caminhada, procurei utilizar os mais variados recursos que estavam a disposicao para que minhas postagens no blog nao caissem na mesmice. Isso so foi possivel pelas trocas entre os colegas, tutores e os professores do PEAD, principalmente do Seminario Integrador, que nos acompanharam durante todo o curso. Recursos como os tutoriais foram muito importantes. Coisas basicas, como inserir fotos numa postagem, inserir hiperlink, entre outros. Posso dizer com certeza que o blog muito contribuiu para qualificar minha caminhada no PEAD e minha atuacao junto aos meus alunos. Penso que agora, que dei esse passo importante, devo pensar alem. Isso passa pela discussao entre os colegas de escola, a direcao e a comunidade escolar: pensar a utilizacao do blog como instrumento pedagogico utilizado por alunos e professores. Criar espacos virtuais de aprendizagem, onde os alunos e professores poderao lancar mao dos recursos de um blog.
estao longe de sair de moda. Mesmo porque elas nao servem apenas para isso. Existem varias ferramentas online para verificar quais sitios de restricao estao presentes em uma dada sequencia de DNA.O Webcutter tem uma interface bem simples e poucos recursos, mas faz bem o basico e tem o diferencial de ter a opcao de buscar na sequencia analisada por regioes que possam originar um determinado sitio de restricao atraves de mutagenese. (Apesar de ser o mais simples, e o unico com um logo legal!)Ja o RestrictionMapper alem de criar o mapa de restricao da sua sequencia, ou seja, apontar todos os sitios de restricao que ocorrem nela, tambem permite fazer uma digestao virtual do DNA. Voce coloca a sua sequencia de DNA, escolhe que enzimas quer "usar" e o programa te mostra quais os fragmentos serao gerados a partir desta digestao simulada.Mas o meu preferido e o NEBcutter. Ele gera uma representacao grafica do mapa de restricao da sua sequencia e ainda permite que voce de zoom em uma regiao particular e, por fim, voce pode baixar um relatorio com todos as enzimas que cortam sua sequencia, ou somente aqueles que cortam 1, 2 ou 3 vezes ou mesmo nenhuma, afinal esta informacao muitas vezes tambem e bem importante! Mas o mais legal de tudo e que, assim como RestrictionMapper, o NEBcutter tambem faz digestao virtual ("custom digestion"), mas ele ainda gera uma imagem de como devera ser o gel de agarose do resultado esperado da sua digestao! Voce pode escolher a concentracao de agarose e o padrao de tamanho de fragmento a ser utilizado. Bem legal, nao? Mas mais do que isso, uma mao na roda!
Diante de uma ameaca ou perigoeminente, qual a sua reacao? Eu admito que quando aparece uma barata, eu saio correndo! Embora baratas nao facam mal algum, diante de uma ameaca real, nosso instinto geralmente e o de fuga. E facil entender porque poder selocomover e uma grande vantagem entre os animais e nao somente em situacoes deperigo eminente, como a aproximacao de um predador. Se por qualquer motivo omar nao estiver para peixe, e possivel procurar refugio oumelhores condicoes de vida em outro lugar, com maior disponibilidade dealimento ou um clima mais ameno, por exemplo. Alem disso, poder dar umavoltinha por ai tambem pode aumentar as chances de encontrar um parceiro! ;-)Ainda assim, muitos animais saosesseis, nao podem se locomover. As ostras sao assim. E voce pode imaginar queesse modo de vida nao e nada facil. E para piorar, as ostras escolheram umambiente bastante estressante para viver: os estuarios. Um estuario e um ambiente de transicao entre um rio e o mar e esta sempre mudando, pois esta sobre a influencia das mares. Quando a maresobe, ha uma maior quantidade de agua salgada e menor de agua doce, provenientedo rio e quando baixa, esse quadro se inverte. Assim, a quantidade de salna agua varia com a mare, mas nunca chega a ser totalmentedoce ou salgada, e algo intermediario: salobra.Tambem em funcao da mare,as margens ora estao expostas ao ar, ora, alagadas. Com isso, as ostras saoperiodicamente expostas ao ar (e muitas vezes a um sol escaldante!) por variashoras. E isso nao e tudo. A agua de um estuario e cheia de patogenos, virus,bacterias, fungos e protozoarios que podem causar doencas nas ostras. Eatualmente muitos estuarios recebem uma carga extra de patogenos e de substanciastoxicas resultantes da poluicao causada pelo homem. No final das contas, eimpressionante como as ostras, sem nunca sairem do lugar, conseguem lidar com tantasperturbacoes e sobreviverem nesse ambiente.A adaptacao a vida sessil(e estressante!) mais obvia das ostras e a espessa e resistente concha. Poucospredadores conseguem quebra-la (um deles e a estrela do mar) e quando a marebaixa e a ostra e exposta ao ar, ou quando a agua nao esta la essas coisas, aostra apenas fecha hermeticamente a sua concha e consegue ficar assim por atevarios dias. Mas por mais espessa que a concha seja, ela nao resolve todos os problemas e ficar trancafiada por dias com apenas uma pequena quantidade de agua sobsol forte tambem nao parece sustentavel a longo prazo.A ostra do Pacifico (Crassostrea gigas) foi o primeiromolusco a ter o genoma sequenciado (Zhang et al., 2012). E o que os pesquisadores encontraram no seugenoma reflete a sua incrivel adaptacao a este ambiente e explica muito da sua grande resistencia ao estresse ambiental. Elesviram que entre os mais de 28 mil genes desta ostra existem muito mais genes de defesa do queem outros animais, entre os quais, genes de proteinas do sistema imune, de antioxidantes, de enzimas que metabolizam compostos toxicos e de proteinas que inibem a mortecelular.Por exemplo, a C. gigas possui 88 proteinas do tipoHSP70, uma quantidade nunca vista em nenhum outro animal. As HSP70sao
importantes para manter a estrutura das outras proteinas celularesintactas, principalmente em situacoes de estresse como o calor excessivo,garantindo que elas continuem a funcionar corretamente. Para voce ter uma ideia,nos humanos temos apenas 17 proteinas HSP70 em nosso genoma. Deu para ver comoas ostras estao muito mais bem equipadas, nao e?O genoma de C. gigas tambem possui um grande numerode genes envolvidos na sinalizacao celular. E atraves de sofisticados mecanismosde sinalizacao, que grande parte dos processos que ocorrem em uma celula saoregulados e podem responder a estimulos vindos do ambiente. O grande numero degenes envolvidos nesses mecanismos sugere que a sinalizacao celular em C. gigas e bastante complexa e deveexercer um papel importante orquestrando os seus mecanismos de defesa quetambem nao perdem em complexidade: mais de 5 mil genes da ostra respondem aoestresse, aumentando ou diminuindo a sua atividade.No final das contas, umorganismo aparentemente simples e, digamos a verdade, que mais parece uma pedra, esconde uma grande complexidade biologica. Da proxima vez que voce apreciar uma ostra com limao, lembre-se que voce estara comendo um verdadeiro arsenal genetico contra o estresse ambiental! Agora, imaginem o que naoencontraremos no genoma do mexilhao dourado, uma especie invasora, extremamenteresistente, de crescimento e reproducao rapidos e de dificil controle? Se voce tambem se preocupa comos danos ecologicos que o mexilhao dourado pode causar no nosso pais e acreditaque conhecer seu genoma e um passo estrategico e importante para o seu combate, pode nos ajudar a financiar o projeto de sequenciamento do seugenoma. Voce pode dar qualquer "forcinha" a partir de R$10 e, como agradecimento, um genedo mexilhao dourado sera nomeado em sua homenagem! :-) Assista o video abaixo (de apenas 4 minutos!) e acesseo site (http://catarse.me/pt/genoma) para conhecer melhor o projeto.Referencia:Guofan Zhang, Xiaodong Fang, Ximing Guo, Li Li, Ruibang Luo, Fei Xu, Pengcheng Yang, Linlin Zhang, Xiaotong Wang, Haigang Qi, Zhiqiang Xiong, Huayong Que, Yinlong Xie, Peter W. H. Holland, Jordi Paps, Yabing Zhu, Fucun Wu, Yuanxin Chen, Jiafeng Wang, Chunfang Peng, Jie Meng, Lan Yang, Jun Liu, Bo Wen, Na Zhang et al. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation. Nature 490, 4954 (04 October 2012)
de DNA depositadas por pesquisadoresde todo o mundo. Depois do sequenciamento do primeiro genoma humano, que inaugurouesta era de genomas completos, os genomas de outras 1000 pessoas ja foram sequenciados.Antes, haviamos conhecimento das causas geneticas de apenas 60 doencas humanas,hoje, este numero aumentou para 5000! E, alem disso, o genoma de outras182 especies eucarioticas e de 4143 procariotos ja foram sequenciados (Fonte: GOLD genomes online database).Todo esse conhecimento nos ajudaa entender mais sobre a biologia de cada especie, como tambem sobre como elas serelacionam e como evoluem. Quanto mais genomas conhecemos, melhor conseguimosidentificar quais sao as pecas fundamentais em qualquer sistema biologico equais sao as pecas exclusivas que tornam cada especie unica, nao so na suaforma, como nas suas estrategias para sobreviverem em um ambiente particular.Os aplicacoes e desdobramentos deste conhecimento sao muitos e fazem crescera passos largos as areas de biotecnologia e biologia sintetica quebuscam criar solucoes com base em sistemas biologicos.No dia do DNA, temos muito o quecomemorar! Mas temos tambem muito o que desejar, pois ainda ha muito paradescobrirmos, entendermos e, por que nao, criarmos nesta area. Feliz dia do DNA!
Ja ouviu falar do mexilhao dourado? E um pequeno molusco invasor que esta se espalhando pelo Brasil. Ele se reproduz e cresce muito rapidamente e se encrusta em tudo, chegando a obstruir grandes tubulacoes! Mas alem disso, ele interfere nas relacoes de alimentacao das outras especies e pode eliminar especies nativas. O mexilhao dourado ja esta no Pantanal e ameaca invadir a bacia Amazonica, colocando em risco a nossa biodiversidade! O video abaixo explica bem, de forma divertida e em apenas quatro minutos este serio problema! E o mais legal e que voce pode nos ajudar a combater esta praga! Com a sua ajuda, iremos sequenciar o genoma do mexilhao dourado e poderemos entender melhor a sua biologia e o que faz dele um invasor tao bem sucedido! E conhecendo bem este "inimigo" que poderemos identificar suas fraquezas e desenvolver estrategias para elimina-lo! Esta e a primeira iniciativa de financiamento colaborativo de um projeto cientifico no Brasil, um modelo de financiamento que ja tem ajudado a tornar projetos cientificos em realidade em varios outros paises. Faca parte desta luta contra o mexilhao dourado voce tambem! Colabore (com qualquer quantia acima de R$10) e compartilhe o projeto com seus amigos! A biodiversidade brasileira agradece! :-)E se voce quiser conhecer um pouco mais do nosso laboratorio, pode dar uma olhada nesta apresentacao: Hoje, estive no 10th International Congress on Cell Biology, este ano realizado aqui no Rio de Janeiro. Como parte do mini-curso "Cellular and Molecular Tools in Invertebrate Models", falei um pouco sobre PCR quantitativo com algumas consideracoes para quem trabalha com invertebrados. Quem quiser dar uma olhada, os slides do mini-curso estao disponiveis aqui, logo abaixo. ...nao e um bom sinal! Depois de correr uma reacao de PCR em um gel agarose, voce ja se deparou com uma banda tao torta que chega a parecer um sorriso? Apesar do DNA ser o codigo da vida, nao, ele nao esta criando vida propria. Alguns pequenos erros explicam isso:O gel nao ficou complemente submerso no tampao de corrida.O volume de amostra aplicado no gel foi muito pequeno (deve ocupar pelo menos 1/3 do volume do poco).Condicoes de corrida improprias. A pressa pode nos tentar a aumentar a voltagem. Mas existe um limite de voltagem que depende do tamanho do gel e da cuba. Nao use mais que 5-8 V* por cm (de distancia entre os eletrodos), ou suas bandas irao literalmente rir da sua cara. *Procure descobrir a voltagem recomendada pelo fabricante do padrao de tamanho que voce usa.Bolhas ou particulas no gel ou nos pocos tambem podem atrapalhar.Se voce tem tido outros problemas com eletroforese de DNA, como bandas pouco intensas, rastros, padroes de tamanho atipicos ou DNA que nao sai do poco, de uma olhada neste "troubleshooting". Ele explica muita coisa! Posso ouvir o ventopassar,assistir a onda bater,mas o estrago que faza vida e curta pra ver...(O vento, Marcelo Camelo)Para alguns animais, a vida e ainda mais curta do que para outros. Quase tao curta quanto o breve intervalo de tempo entre mares. As efemeras sao pequenos insetos que, como o nome
sugere, vivem por pouco tempo, cerca de um dia. A efemera adulta vive algumas horas, nao se alimenta e investe sua energia na reproducao, para deixar filhotes que tambem viverao somente o dia seguinte. Mas alguns animais tem uma estrategia de vida diferente e investem a maior parte da sua energia no crescimento e manutencao corporal. Pensando neste extremo oposto, tente adivinhar que animal vive por mais tempo e voce provavelmente pensara nos elefantes, que vivem em media 70 anos, ou talvez nas tartarugas, que podem atingir 150 anos. Mas se engana quem pensa que eles batem o recorde. O recordista e um pequeno marisco, parente das ostras e mexilhoes, chamado Arctica islandica. Ele vive enterrado no fundo do frio oceano Atlantico norte e pode viver mais de 400 incriveis anos.Continue a ler no blog do Bioma
Quem trabalha com biologia molecular faz pelo menos alguns geis de agarose por semana. Ainda que seja uma tecnica simples e de rotina, existem alguns "pulos do gato" para voce conseguir resolver os fragmentos de DNA corretamente e ainda obter aquela "foto de livro didatico"! Eu ja dei algumas dicas por aqui antes, mas vamos ver mais algumas.Concentracao de agarose. A primeira coisa importante e usar a concentracao de agarose adequada para separar os fragmentos de DNA analisados. Neste link, voce pode descobrir a concentracao recomendada para cada faixa de tamanho de DNA. Em alguns casos, quando os fragmentos forem muito pequenos, pode ajudar usar uma agarose de alta resolucao.Quantidade de DNA aplicado. Ninguem quer se dar ao trabalho de correr um gel e depois se deparar com uma banda muito fraca. Mas aplicar DNA demais pode resultar na famosa banda "smeared" (borrada). Em geral, de 100 a 200 ng para um poco de 1 mm e suficiente. O volume de amostra tambem e importante, deve preencher pelo menos 1/3 do poco e deve ser igual ao volume de padrao aplicado. Isso ira evitar a formacao de bandas curvadas e differencas entre a migracao do padrao e das suas amostras.Se a sua amostra contem alguma enzima que se liga ao DNA, como ligases e enzimas de restricao, estas proteinas podem alterar o padrao de migracao do DNA e gerar aquelas bandas tortas que a gente tanto detesta. A solucao e adicionar SDS (concentracao final 0.01%) para romper as interacoes destas proteinas com o DNA. Apos adicionar o SDS, aqueca as amostras a 65oC por 10 minutos, coloque-as em em gelo e depois aplique no gel.Por fim, se voce costuma usar brometo de etideo, na minha opniao a forma de usa-lo que fornece os melhores resultados e adiciona-lo no gel ou com a amostra. Existem corantes menos toxicos (e mais sensiveis), mas alguns podem alterar o padrao de migracao do DNA, entao e sempre bom testar antes de decidir mudar para um novo corante. Em um dos meus ultimos textos, escrevi sobre os desafios que as ostras enfrentam por nao poderem se locomover: quando algo no ambiente ao seu redor nao vai bem, elas tem que lidar com isso, pois fugir nao e uma opcao. Mas algo que nao mencionei e que as ostras nao sao sesseis durante toda a sua vida. Nos primeiros estagios do seu desenvolvimento, elas passam por fases larvais quando, apesar de nao nadarem ativamente contra correntes, se movem verticalmente, para cima e para baixo, na coluna d'agua. Nesta fase da vida, a larva tem que "tomar uma decisao" que ira determinar a sua sobrevivencia: selecionar um local apropriado para se estabelecer, se fixar e continuar o seu desenvolvimento ate a fase adulta e sessil. Um local para passar o resto da sua vida. Uma grande decisao! Como estas pequenas larvas, comparaveis a uma gota no oceano, conseguem fazer isso e uma pergunta que cientistas ja vinham investigando, mas que ainda nao sabem responder completamente.Sabemos que as larvas conseguem processar alguns sinais fisicos e quimicos do ambiente, como salinidade,