A historia total dentro do Assassin's Creed e ajustada em Setembro de 2012, onde Desmond Miles(o personagem controlado pelo jogador) foi sequestrado por uma pessoa desconhecida antes do comeco do jogo, e trazido as industrias de Abstergo, onde os investigadores estao trabalhando no projeto do Animus. O Animus pode retirar memorias do DNA do usuario, permitindo que o usuario recupere estas memorias como se ele mesmo estivesse la. Desmond foi "escolhido" para o projeto devido ao fato de ser descendente direto de Altair, um membro da ordem dos assassinos durante a terceira Cruzada da Terra Sagrada; os investigadores expressam o interesse em compreender mais de como os assassinos trabalharam. Embora inicialmente o inconsciente de Desmond rejeite as memorias de Altair, ele eventualmente aprende a aceita-las e pode prosseguir seguir as acoes de Altair com o Animus.As memorias de Altair que Desmond experimenta sao do comeco do Ano de 1191: Ricardo Coracao de Leao recapturou apenas a cidade portuaria de Acre para conquistar os muculmanos. Com uma base das operacoes estabelecidas, os cruzados preparam-se para marchar para o sul. O seu alvo verdadeiro e Jerusalem - que pretende recapturar para o Cristianismo. Porem as forcas muculmanas estao a se reunir nas ruinas de Arsuf, pretendendo fazer um emboscada aos cruzados e impedir que alcancem Jerusalem. Quando Ricardo e Saladino combatem um com outro, os homens deixados a governar em seu lugar comecam a fazer exame da vantagem de suas posicoes do poder.As primeiras experiencias de Desmond na memoria sao aquelas de Altair nao assassinando o grao-mestre Cavaleiros dos Templarios, Robert de Sable, e recuperam o tesouro da ordem. Devido a isto, Altair e demovido a Uninitiated (o Rank o mais baixo na ordem dos assassinos). Mas Al Mualim, lider dos assassinos, oferece-lhe uma oportunidade de reconquistar a sua honra. Altair deve arriscar-se na Terra Santa e assassinar nove homens e explorar as hostilidades criadas pela Terceira Cruzada. Ao fazer isto, estabilizaria a regiao, permitindo que Mualim Usher viva em uma cidade da paz.Ao longo da trama, Altair descobre que seus alvos sao definidos mais do que apenas por um interesse compartilhado no ganho pessoal, mas esta no fato de os Templarios terem como objetivo a uniao de toda a humanidade sob uma causa comum. Paralelamente, Desmond aprende dos e-mails que le entre as sessoes no Animus, que as industrias de Abstergo sao atualmente dirigidas por Templarios modernos, e que ao procurar as localizacoes de diversos artefatos, conhecidos como as Partes de Eden, eles podem continuar lutando pelos objetivos dos Templarios.Desmond ve que foi sequestrado pela companhia, de modo que possa aprender, com as memorias de Altair, onde estao as outras partes de Eden, que podem estar enterradas em qualquer lugar do mundo. Encontra tambem restos da ordem dos assassinos em dias modernos, que tinham tentado recuperar antes que a informacao fosse obtida pelos modernos templarios.As memorias de Altair revelam finalmente que as tarefas que cumpriu eram uma armadilha dos Templarios para semear o desacordo entre os assassinos, os cruzados e os muculmanos. Ao fazer isto, Saladino e Ricardo Coracao de Leao trabalhariam preferencialmente