como as analises filogeneticas. No caso de nosso estudo, uma das ferramentas e de natureza molecular, i.e., as bases moleculares serao uteis para recriacao de arvores da vida, enfatizando os metazoarios (animais). Devido ao grande quantidade de informacoes nas amostras que serao analisadas, faremos uso de alguns algoritmos para reduzir o tempo de analise. Deve-se considerar que diferentes algoritmos podem influir nos resultados (Russo et al., 1996; Takezaki e Gojobori, 1999). Para se ter uma ideia do tamanho do problema, um exemplo e util: estima-se que algumas proteinas advindas do veneno da cascavel Crotalus durissus, muito comum em toda extensao do pais, possuem cerca de 3000 aminoacidos (9000 bases de nucleotideos); seria inviavel a comparacao manual, sem utilizacao de algum algoritmo computacional, de tais proteinas entre essa e outras especies para construcao da historia evolutiva do grupo das serpentes e tambem deve-se salientar os mais novos trabalhos com nucleotideos de artropodes com mais de 42 mil bases analisadas em trabalhos de filogenia molecular com auxilio computacional. Serao apresentados dois grupos de algoritmos usados para a obtencao de filogenias: os algoritmos exatos e os algoritmos heuristicos (Miyaki et al., 2001). Algoritmos Exatos O primeiro algoritmo a ser descrito e o da busca exaustiva. Tal algoritmo consiste em enumerar todas possiveis arvores existentes para os grupos taxonomicos sob escrutinio. Avalia-se, posteriormente, qual arvore melhor representa a situacao em analise, seguindo criterios como parcimonia ou maxima verossimilhanca. Outro algoritmo exato e o Branch-and-Bound. Tal algoritimo assemelha-se ao da busca exaustiva. Todas as possibilidades sao testadas na formacao das arvores filogeneticas a um determinado numero de amostras. A diferenca e que o algoritmo descarta possibilidades subotimas, diminuindo o tempo de analise. Algoritmos Heuristicos Inicialmente descreveremos de modo simplificado a decomposicao por politomia. Essa consiste em unir todos os taxons em um unico no interno. Depois se analisa cada par de decomposicoes do no inicial desconsiderando condicoes subotimas. Outro algoritmo e o stepwise addition. Forma-se uma arvore com tres taxons. As etapas seguintes consistem em adicionar taxon por taxon, analisando as melhores posicoes (segundo o criterio escolhido) entre tais taxons. O terceiro algoritmo heuristico e o branch-swapping que consiste em analise de um grande numero de taxons ao mesmo tempo. O algoritmo rearranja de forma a trocar as posicoes entre taxons vizinhos a fim melhor representar as posicoes possiveis. Criterio: Maxima Parcimonia O metodo e simples por natureza, mas de grande utilidade e aplicacao. Em linhas gerais, preve que o aparecimento unico de um carater e mais provavel que dois aparecimentos independentes. Para o entendimento do metodo da maxima parcimonia segue a descicao: as caracteristicas posteriores a ocorrencia de um dado traco morfologico ou molecular em seu estagio primitivo (plesiomorfico) serao herdadas nas novas especies surgidas a partir dos ancestrais comuns (sinapormorfias). Nao considerar tal metodo pode nos induzir a afirmar que os tracos morfologicos semelhantes entre os descendentes e o organismo ancestral ocorreram por obra do acaso, por mera coincidencia! Para nosso estudo molecular, e mais parcimonioso pensar que uma base muda de A (adenina) para T (timina) uma unica mudanca do que de A para