de 1968, Alex Mason, agente da SAD/SOG, esta preso a uma cadeira em uma sala de interrogatorios. Sem saber onde esta, ele e bombardeado por seus captores ocultos com perguntas sobre a localizacao de uma emissora de numeros. As tecnicas usadas no interrogatorio comecam entao a provocar uma serie de flashbacks em Mason.E 1961, e Mason, Woods e Bowman tentam assassinar Fidel Castro durante a invasao da Baia dos Porcos. Mason aparentemente e bem sucedido em cumprir a missao, mas a retirada de sua equipe da errado, e ele e forcado a ficar para tras e proteger o aviao em fuga de seus companheiros. Ele e capturado por Castro, que revela que seu sosia e que fora assassinado. Em decorrencia de uma alianca com a Uniao Sovietica, Castro entrega Mason ao General Nikita Dragovich. Mason e imprisionado no gulag de Vorkuta por dois anos. No carcere, ele faz amizade com Viktor Reznov, ex-soldado do Exercito Vermelho. Reznov revela a Mason a identidade daqueles envolvidos em sua prisao e subsequente tortura: Dragovich, Lev Kravchenko (seu braco direito) e Friedrich Steiner, um ex-cientista Nazi que desertou para a Uniao Sovietica. Todos os tres compartilham uma ligacao com Reznov: em outubro de 1945, Reznov, Dragovich, Kravchenko e Dimitri Petrenko integraram uma equipe enviada para localizar Steiner, escondido com uma unidade das SS no Circulo Polar Artico. Durante a operacao, Reznov e traido por Dragovich, que usa a criacao de Steiner, um gas conhecido como "Nova-6" em Petrenko. Reznov e poupado do mesmo destino quando comandos britanicos atacam os russos. Durante a confusao, ele destroi o Nova-6 que, no entanto, e posteriormente recriado para os sovieticos por Steiner e um cientista britanico chamado Daniel Clarke. Pouco depois, Reznov e detido em Vorkuta. Ele e Mason dao inicio a uma rebeliao de presos, mas apenas este ultimo consegue escapar do local.Um mes depois, o presidente John F. Kennedy autoriza o assassinato de Dragovich. Em novembro de 1963, Mason, Woods, Bowman e Weaver sao despachados para o Cosmodromo de Baikonur na Republica Socialista Sovietica Cazaque para sabotar o programa espacial sovietico e eliminar os integrantes do projeto "Ascensao", antigos cientistas nazistas cooptados pelo regime sovietico. No comeco da operacao, Weaver e capturado e torturado por Kravchenko, mas Mason e sua equipe conseguem liberta-lo, destruindo nesse meio tempo a nave espacial Soyuz. Dragovich escapa da morte, fazendo com que Mason fique em seu encalco pelos cinco anos seguintes. Em 1968, oMACV-SOG e estabelecido no Vietna para investigar a presenca de tropas sovieticas. Apos defender Khe Sanh, o SOG e posicionado emHue durante a Ofensiva do Tet para recuperar um dossie com informacoes sobre Dragovich fornecidas por um desertor russo. A equipe recupera o documento enquanto Mason encontra Reznov, que revela ser ele a fonte. O SOG segue entao para Laos para interceptar um carregamento de Nova-6 transportado por um aviao sovietico abatido. No local da queda, eles sao subjugados pelas levas de soldados vietcongues e da Spetsnaz, sendo eventualmente capturados. Mason e Reznov escapam, mas Bowman e executado e Woods morre em uma explosao junto a Kravchenko.Enquanto isso, Hudson