Independencia, a influencia do Chalaca junto ao imperador aumentou, o que se traduz em diversos titulos honorificos e fortuna crescente.Viveu durante muito tempo numa grande casa na avenida Maracana, que posteriormente serviu de residencia oficial aos Ministros do Exercito. A lista de feitos do filho bastardo do Visconde de Vila Nova da Rainha e imensa, dos quais destacamos alguns, todos envoltos numa certa nevoa de imprecisao, ja que o confidente do imperador jamais agia muito as claras: teria sido incentivador direto da Independencia, o primeiro a compartilhar a intencao de D. Pedro em proclama-la; foi ghost writer do imperador, que tinha pretensoes literarias, escrevendo para ele discursos, textos para jornais e ate mesmo artigos inteiros da Constituicao brasileira de 1824; organizou uma especie de gabinete particular, um "ministerio paralelo" que influenciava importantes decisoes do Imperio. Este suposto gabinete seria chamado pelos contemporaneos de Conselho Secreto, Camarilha Palaciana e Gavetario do Chupa-Chupa (!); mais tarde, apos a morte da primeira esposa de D. Pedro I, a Imperatriz Leopoldina (uma mulher digna e eternamente traida), Chalaca foi a Paris pedir, em nome do Imperador, a mao da filha do rei Luis Filipe de Orleans, o rei cidadao - escolha que causou escandalo. Um Imperador destrambelhado se fazia representar por um enviado amoral e devasso.Alem do mais, era o alcoviteiro, o oportunista, o intermediario de negocios escusos, o financista, o conselheiro do imperador, a alma danada que contribuiu para a preservacao no poder do Partido Portugues e para a neutralizacao de homens publicos como Jose Bonifacio.Em 1828 teve um filho, a quem foi dado o mesmo nome, Francisco Gomes da Silva.Em 25 de abril de 1830 partiu para o Reino das Duas Sicilias como embaixador plenipotenciario do Imperio. A nomeacao fora armada por seus adversarios, entre os quais nao era figura menor o Marques de Barbacena, que acabava de trazer da Europa a nova esposa do Imperador. Na verdade, D. Pedro I, entregue as delicias do segundo casamento em 1830 com a bela D. Amelia de Leuchtenberg, tomou a resolucao de o fazer sair com o chamado "Gabinete Secreto", onde figurava ainda outro alcoviteiro e valido, Joao da Rocha Pinto.Chalaca jamais voltaria ao Brasil. Foi uma derrota temporaria. A apreciacao dos brasileiros sobre ele e que era corrompido e corruptor, pagando jornais como a Gazeta do Brasil para insultarem os politicos liberais, sem escrupulos, recadeiro de seu amo junto de concubinas, insolente, antipatico ao Brasil e aos brasileiros. Comenta Otavio Tarquinio de Sousa: Mas nao era o ignorante, o servandija que se quis fazer dele. Nao lhe faltava, ao contrario, certa finura, certa manha no desempenho das incumbencias que lhe competiam; sabia escrever, redigia ate com bastante propriedade de expressao. E foi sempre fiel ao imperador, antes e depois de sua desgraca.Na Europa, Chalaca escreveu tres livros (dois deles destinados a denegrir a imagem de seu inimigo, o Marques de Barbacena - entre eles A Exposicao do Marquez de Barbacena) e um autobiografico, Memorias oferecidas a naccao brazileira, editado em Londres em 1831.Acaba sendo chamado a Portugal por D. Pedro, em 1833, para ser secretario