UEFA Intertoto Kupası 2006 Intertoto Kupası'nın turnuva formatında yapılan değişiklikten sonra düzenlenen ilk organizasyondur. Beş yerine üç karşılaşma esası benimsenmiştir. Üçüncü turda turu geçen takımlar UEFA Kupası'na ikinci turdan başlamıştır. Birinci tur İkinci tur Üçüncü tur Turu geçen 11 takım 2006-07 UEFA Kupası'ye 2. ön eleme turundan başlıyor. ^16 Temmuz'da oynandı 16 Haziran 2006'da gerçekleşen bir İtalyan skandalı yüzünden Palermo yerine Auxerre katıldı Ayrıca bakınız 2006-07 UEFA Şampiyonlar Ligi 2006-07 UEFA Kupası Dış bağlantılar Official UEFA site 30 Nisan 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. UEFA Regions Mart 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. UI cup official rules regulations 10 Mayıs 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.