UEFA Kupası 2008-2009 sezonu Avrupa'nın en önemli futbol organizasyonlarından biri olan UEFA Kupası'nın 51. ve son sezonudur. Final maçı 20 Mayıs 2009 tarihinde İstanbul Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda yapıldı. Son UEFA Kupası'nı SV Werder Bremen 2-1 yenen Shaktar kazandı. Önemli tarihler Ön eleme turları Birinci ön eleme turu Birinci eleme turu için kuralar Temmuz 2008'de çekildi. İlk maçlar 17 Temmuz 2008 ve rövanş maçları 31 Temmuz 2008 tarihlerinde oynandı. Sadece Nordsjælland ve TVMK takımları arasındaki maç 29 Temmuz 2008'de oynandı. İkinci ön eleme turu Bu turun kuraları Ağustos 2008'de İsviçre'nin Nyon kentinde çekildi. İlk maçlar 14 Ağustos 2008 ve rövanş maçları da 28 Ağustos 2008 tarihlerinde oynandı. Birinci tur İkinci ön eleme turundan gelen 32 takım UEFA Şampiyonlar Ligi'nden elenerek gelen 16 takım bu turda mücadele etmiştir. Grup aşaması Eleme aşaması Son 32 turu Son 16 turu.