UEFA Kupası 1999-2000 sezonunun şampiyonu Galatasaray olmuştur. 17 Mayıs 2000 tarihinde oynanan final maçında Arsenal ile karşılaşan kulüp 0-0 tamamlanan maçın sonrası rakibini penaltı atışlarıyla 4-1 yenerek kupayı kazanmıştır. Ön eleme turu Birinci tur İkinci tur Üçüncü tur Dördüncü tur Çeyrek final Yarı final Final Ayrıca bakınız 1999-2000 UEFA Şampiyonlar Ligi Dış bağlantılar UEFA Kupası 1999-2000 sezonunun resmî ağ sayfası 26 Ocak 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. RSSSF.com'da UEFA Kupası 1999-2000 sezonuna ait sonuçlar Ekim 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.