1999 UEFA Intertoto Kupası finallerini Montpellier Juventus ve West Ham United kazandı. Bu üç takım da UEFA Kupası birinci turundan devam ettiler. Birinci tur İkinci tur Birinci maç İkinci maç Perugia iki maçın sonunda toplam olarak 1-0 kazandı. Üçüncü tur Birinci maçlar İkinci maçlar Juventus iki maçın sonunda toplam olarak 1-1 berabere kaldı. Ancak ev sahibi avantajıyla tur atladı. Trabzonspor iki maçın sonunda toplam olarak 4-2 kazandı. West Ham United iki maçın sonunda toplam olarak 2-1 kazandı. Yarı finaller Birinci maçlar İkinci maçlar Juventus iki maçın sonunda toplam olarak 9-1 kazandı. West Ham United iki maçın sonunda toplam olarak 2-0 kazandı. Finaller Birinci maçlar İkinci maçlar Juventus iki maçın sonunda toplam olarak 4-2 kazandı. West Ham United iki maçın sonunda toplam olarak 3-2 kazandı. Ayrıca bakınız 1999-2000 UEFA Şampiyonlar Ligi 1999-2000 UEFA Kupası Dış bağlantılar 1999 Intertoto Kupası bilgileri RSSSF bilgileri 23 Eylül 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.