1946 Millî Eğitim Kupası daha önceleri Millî Küme adıyla düzenlenen Millî Eğitim Kupası'nın 9. sezonudur. Sezonu şampiyon olarak tamamlayan Fenerbahçe lig tarihindeki beşinci şampiyonluğunu elde etti. Puan durumu İstanbul Ankara ve İzmir Futbol Ligi'ni ilk sırada tamamlayan takımların katılımıyla toplam takım mücadele etti. Not Galibiyete beraberliğe mağlubiyete ise puan verilmiştir. Gol krallığı Galeri Dış bağlantılar mackolik.com'da yer alan sezon istatistikleri.