Faits:
A. A._ est propriétaire des parcelles 330 et 335 du cadastre de la commune de Trélex, situées au lieu-dit "En Reveyrulaz", dans le secteur de "La Coque". Ces terrains sont desservis au sud-ouest par la route de St-Cergue et ils ont été classés en zone agricole par le plan général d'affectation de la commune de Trélex, approuvé par le Conseil d'Etat le 18 juillet 1984.
B. Une ancienne gravière a été exploitée sur ces biens-fonds par l'entreprise A._ depuis 1953. A._ a repris cette exploitation de son père en 1978. Depuis les années cinquante, différentes installations et constructions ont été érigées.
Il ressort du dossier communal qu'une demande de permis de construire avait été adressée à la municipalité de Trélex (ci-après: la municipalité) au mois de juin 1955 pour la construction de silos à sable et gravier avec un élévateur à godets et une trieuse. Aucune décision communale autorisant l'installation ne figure toutefois au dossier.
Le 22 octobre 1957, la municipalité a autorisé, sur la parcelle 330, l'installation d'une laveuse de gravier d'un débit de 2 m3 à l'heure et d'un moteur électrique de 1.5 CV ainsi que l'aménagement d'un bassin de décantation avec les installations de pompage et les canalisations nécessaires.
Par la suite, la construction d'un couvert sous la forme d'un hangar de 19.50 m de long sur 7.60 m de large a été autorisée par la municipalité dans la partie est de la parcelle 330.
Au mois de mars 1969, la municipalité a mis à l'enquête publique une demande de permis de construire en vue de l'agrandissement de la station de lavage de la gravière. L'enquête publique a suscité diverses oppositions, dont celle du propriétaire de la parcelle 331, contiguë aux parcelles 330 et 335, qui précisait qu'il avait acheté son terrain sur la base d'une pièce manuscrite du 21 octobre 1941 et signée par l'ancien voyer de l'Etat de Vaud, spécifiant que l'exploitation de la gravière était finie; l'opposant indiquait également que la matière exploitée n'était pas tirée du sol de la gravière mais apportée du Jura ou d'ailleurs. Le Département cantonal des travaux publics, de l'aménagement et des transports (actuellement, le Département des infrastructures; ci-après: le Département cantonal) adressait le 21 mars 1969 une lettre à la municipalité au contenu suivant: "[...] S'agissant en l'occurrence d'une installation de gravière, celles-ci, conformément aux dispositions de l'art. 3 de la loi du 21 novembre 1967 sur les carrières, doivent faire l'objet d'un préavis du Département des travaux publics [...]. La gravière en cause n'ayant fait l'objet d'aucune annonce à notre département, et par conséquent de préavis, nous ne pouvons nous prononcer sur le projet sans une régularisation préalable du cas. Nous vous saurions gré, en conséquence, de bien vouloir inviter le requérant à nous présenter une demande d'extension d'exploitation avec plan de situation et profil à l'appui [...]". Le dossier ne comporte pas de permis de construire autorisant cette installation.
La municipalité a délivré le 17 décembre 1973 un permis de construire en vue de l'agrandissement du hangar au lieu-dit "En Reveyrulaz". Le hangar existant a été doublé de volume par la construction d'un nouvel hangar adjacent formant une construction rectangulaire de 16 m sur 20 m.
En janvier 1981, C._ a demandé l'autorisation de réaliser un agrandissement du hangar d'une dimension de 4 m sur 5 m accolé à l'angle sud-ouest du nouvel hangar autorisé en 1973. Le Service cantonal de l'aménagement du territoire (actuellement le Service du développement territorial) s'est déterminé favorablement à ce sujet. Le permis de construire a été délivré le 9 février 1981 et la construction a fait l'objet d'un permis d'habiter du 21 avril 1982.
C._ a requis au mois de février 1982 l'autorisation de construire un couvert et une place de lavage à ciel ouvert situés en contiguïté du hangar existant. Les différentes autorités cantonales concernées se sont prononcées sur le projet le 5 mai 1982 et le Département cantonal a précisé que l'ancienne gravière avait été autorisée par la municipalité avant l'entrée en vigueur de la loi sur les carrières. Aucune exploitation de matériaux n'était toutefois actuellement possible et toute construction dans le site ne pouvait être autorisée que selon la procédure prévue par la législation sur les constructions et l'aménagement du territoire, les plans de zone et l'affectation du sol. Le Service de l'aménagement du territoire a délivré l'autorisation cantonale requise; à la demande de l'exploitant, le permis de construire a été prolongé jusqu'au 18 mai 1984.
Dans le courant de l'année 1987, A._ a présenté auprès de la municipalité un projet visant à couvrir la place de lavage et à créer une halle artisanale sur l'espace couvert compris entre la place de lavage et les hangars existants. Le 11 mars 1989, le Service de l'aménagement du territoire a constaté que l'ampleur du projet ne permettait pas de l'assimiler à une transformation partielle et ne pouvait être autorisé, sous réserve de la couverture de la station de lavage afin de la rendre conforme aux exigences légales; l'agrandissement devait toutefois correspondre au 25 % environ du hangar existant et l'identité du bâtiment ne devait pas être modifiée. Le 29 novembre 1989, le Service de l'aménagement du territoire a autorisé la seule couverture de la place de lavage à l'exclusion de la halle artisanale. La municipalité a délivré le permis de construire le 18 juillet 1989 pour la construction d'un couvert sur la place de lavage.
Le 4 janvier 1988, A._ a demandé l'autorisation d'installer une citerne de 25 m3 le long du hangar, dans le prolongement de l'agrandissement autorisé au mois de février 1981. Le dossier de la municipalité ne comporte pas de décision accordant un permis de construire et mentionne seulement la transmission du dossier à la section contrôle des citernes du Département cantonal du 27 novembre 1987 au 7 janvier 1988. La citerne a néanmoins été installée.
Dans l'intervalle, la municipalité a examiné la possibilité de créer une zone artisanale sur le secteur de "La Coque". Dans sa séance du 14 avril 1990, le Conseil d'Etat a autorisé la municipalité à poursuivre la procédure tendant au déclassement d'une fraction de la zone agricole au lieu-dit "La Coque", en vue de la création d'une zone artisanale et tertiaire tout en réservant sa décision finale à l'issue de la procédure. La municipalité était invitée à prendre toute mesure utile pour vérifier préalablement la compatibilité du maintien de cette exploitation dans le contexte du développement de la commune (problèmes de voisinage, de circulation et de nuisances). Elle était aussi enjointe à trouver une compensation raisonnable afin de préserver la surface de l'aire agricole. Toutefois, le projet de création d'une zone artisanale a été en définitive abandonné par la municipalité.
C. Dès l'année 2003, différents propriétaires d'habitations situées à proximité des parcelles 330 et 335, regroupés dans l'"Association X._" (ci-après: l'association), ont demandé à la municipalité et au Département cantonal d'ordonner la désaffectation des installations de "La Coque" et la démolition des bâtiments existants, ainsi que la remise en l'état des lieux pour leur conférer leur caractère agricole. Par décision du 16 mai 2003, la municipalité à renoncé à donner suite à cette demande.
L'association et les propriétaires concernés ont contesté cette décision par le dépôt d'un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud (actuellement la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal; ci-après: le Tribunal cantonal). Ils demandaient en substance que l'activité de traitement de gravier sur les parcelles 330 et 335 de la commune de Trélex soit immédiatement stoppée, que les installations de traitement de gravier soient démantelées et évacuées, les bâtiments démolis et les parcelles remises en l'état de manière à rétablir le caractère agricole des lieux.
Après s'être rendu sur place, le Tribunal cantonal a rendu son arrêt le 21 juin 2006, admettant partiellement le recours. Il a annulé la décision de la municipalité du 16 mai 2003 et retourné le dossier au Service de l'environnement et de l'énergie, au Service de l'aménagement du territoire, ainsi qu'au Service des eaux, des sols et assainissement, afin de compléter l'instruction dans le sens des considérants et de statuer sur l'assainissement de l'exploitation située sur les parcelles 330 et 335 du cadastre communal, en collaboration avec le détenteur de l'installation A._ et la municipalité. Cet arrêt n'a pas fait l'objet d'un recours.
D. A la suite de cet arrêt, le Service des eaux, des sols et assainissement a rendu son rapport le 18 avril 2007, l'Etablissement cantonal d'assurance a formulé ses remarques le 19 avril 2007 et le Service de l'environnement et de l'énergie a émis un préavis sur le bruit le 14 mai 2007.
Par décision du 10 octobre 2007, le Service du développement territorial a ordonné la remise en état des parcelles 330 et 335 de la commune de Trélex. Au nom du Département en charge de l'aménagement du territoire et de la police des constructions, il a ordonné à A._:
A. dans un délai de 60 jours dès notification de la décision, conformément au rapport annexé du SESA:
1. de mettre hors service le réservoir à diesel, non enterré, de 25'150 litres;
2. de mettre hors service la station de distribution, y compris la tuyauterie de raccordement au réservoir;
3. de mettre hors service le petit réservoir à mazout de 1'000 litres;
4. d'établir, pour les décanteur et séparateur d'hydrocarbures, un contrat de vidange annuel, dont une copie doit être remise au SESA, avec une entreprise spécialisée;
5. dans l'attente de leur évacuation définitive, tout entreposage de liquides susceptibles de polluer les eaux (hydrocarbures et huiles usées en fûts notamment) doit être sécurisé par un bac de rétention ou dans un local étanche muni d'un seuil de rétention;
6. d'évacuer les trois véhicules lourds, sans plaques d'immatriculation, présents sur le site, pour les stationner en un lieu adéquat;
B. dans un délai de 60 jours dès notification de la décision, conformément au rapport annexé de l'Etablissement cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels:
7. dans l'attente de leur évacuation définitive, les liquides combustibles (huiles, etc.) et les éventuels liquides inflammables (dilutifs par exemple) doivent être compartimentés El 60 (icb) du reste du bâtiment n° ECA 311;
C. dans un délai de 60 jours dès la notification de la décision, selon le préavis du 14 mai 2007 du SEVEN:
8. de mettre hors service l'installation de sirène de chantier permettant d'entendre les appels téléphoniques sur l'ensemble du site;
9. de limiter les phases bruyantes de l'exploitation, notamment celles d'utilisation des concasseurs et des véhicules poids lourd, entre 8 h et 17 h, avec une pause entre 12 h et 13h30, ceci du lundi au vendredi;
D. dans un délai d'une année dès notification de la présente:
10. de démonter et d'évacuer définitivement l'installation "mobile" de concassage, soit en particulier la pelle rétro (5 tonnes) munie d'un montabert;
11. de démonter et d'évacuer définitivement le concasseur mobile de marque PEGSON;
12. d'évacuer le concasseur fixe provenant du Bois de Ban et mis en dépôt;
13. de supprimer et d'évacuer les sils accompagnés d'un élévateur et d'une trieuse;
14. d'évacuer tous les dépôts et installations liés à ces activités de stockage et de recyclage de matériaux de démolition ou de déchets de chantier;
15. de supprimer et d'évacuer l'atelier de mécanique ou de dépannage;
16. de démolir et supprimer l'extension du couvert de la place de lavage (côté est), comblant l'angle formé avec le couvert autorisé le 18 mai 1982;
17. de mettre fin à toute activité liée au salage hivernal;
18. de mettre fin à toute activité liée au déchargement, au stockage, au traitement ou au chargement de graves, graviers ou sables provenant de l'extérieur du canton, soit notamment de France;
19. de mettre fin à toute activité liée au déchargement, au stockage, au concassage, au recyclage, au traitement, à la production ou au chargement de matériaux de démolition ou de déchets de chantier;
20. de démolir et d'évacuer les deux bureaux containers contigus au bâtiment cadastré n° 184;
21. de démolir et d'évacuer le réservoir à diesel, non enterré, de 25'150 litres, ainsi que le local qui abrite ce réservoir;
22. de démolir et d'évacuer la station de distribution d'essence, y compris la tuyauterie de raccordement au réservoir;
23. de démolir et d'évacuer le petit réservoir à mazout de 1'000 litres;
24. d'évacuer toutes les bennes se trouvant sur place.
A._ a recouru contre cette décision de remise en état auprès du Tribunal cantonal. B._ et consorts ont également contesté cette décision.
E. Par arrêt du 30 décembre 2008, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours de A._. Il a réformé la décision du Service du développement territorial dans le sens suivant:
a) Le point A.3 et le point D.23 sont réformés en ce sens que le recourant est invité à engager une procédure de régularisation du nouveau réservoir à mazout installé, auprès de la municipalité et du Service des eaux, sols et assainissement, dans un délai de 30 jours dès la date de l'arrêt.
b) Les points D.16 et D.17 (recte: D.15) concernant l'ordre de démolir et de supprimer l'extension du couvert de la place de lavage et de supprimer et d'évacuer l'atelier de mécanique ou de dépannage sont réformés en ce sens que le recourant est invité à présenter une proposition d'assainissement et de régularisation de l'installation, auprès de la municipalité et du Service du développement territorial, dans un délai de 30 jours dès la date de l'arrêt.
c) Les points D.17 et D.18 sont annulés et le dossier est retourné au Service du développement territorial afin qu'il complète l'instruction sur la question de la péremption du droit d'exiger de cesser l'activité liée au salage hivernal et au déchargement, au stockage, au traitement ou au chargement de graves, graviers ou de sables de toute provenance, et qu'il statue à nouveau.
Le Tribunal cantonal a maintenu pour le surplus la décision du 10 octobre 2007, en précisant que les délais mentionnés dans cette décision étaient à compter depuis la date de l'arrêt (let. A du dispositif).
Il a en outre rejeté le recours de B._ et consorts, dans le sens des considérants (let. B du dispositif).
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler le point A de l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 décembre 2008 en tant qu'il maintient pour le surplus la décision du 10 octobre 2007, d'annuler la répartition des frais et dépens et de confirmer les points a), b) et c) de la let. A ainsi que la let. B de l'arrêt attaqué; subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recourant se plaint en substance d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents ainsi que d'une violation des principes de la proportionnalité, de la liberté du commerce et de l'industrie et de la garantie de la propriété. Il fait valoir sa bonne foi et se prévaut de droits acquis.
Par ordonnance du 16 mars 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif du recourant, en tant qu'elle portait sur la mise hors service du réservoir à diesel, non enterré, de 25'150 litres, de la station de distribution, y compris la tuyauterie de raccordement au réservoir, et l'a rejetée pour le surplus dans la mesure où elle n'était pas sans objet.
Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations. La municipalité a conclu au rejet du recours dans la mesure où il était recevable. Le Service du développement territorial a demandé au Tribunal fédéral de rejeter le recours et de confirmer l'arrêt attaqué. B._ et consorts concluent au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement a fait parvenir des observations sans prendre de conclusion et l'Office fédéral du développement territorial propose le rejet du recours.
Au cours d'un deuxième échange d'écritures, les parties ont confirmé leurs conclusions.
Par ordonnance du 14 décembre 2009, le Juge instructeur a admis la nouvelle requête d'effet suspensif du recourant en tant qu'elle portait sur les mesures prévues aux points C.9, D.10 à D.14, D.19 à D.22 et D.24 de la décision de remise en l'état du 10 octobre 2007.
Invités à se déterminer sur cette ordonnance, le Tribunal cantonal a renoncé à formuler des observations alors que les intimés, la municipalité et le Service du développement territorial ont demandé au Tribunal fédéral de reconsidérer sa décision, en ce sens que l'effet suspensif n'est pas accordé s'agissant de la mesure C.9.
Considérant en droit:
1. 1.1 La voie du recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est ouverte contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance dans une contestation portant sur l'application du droit de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement. Le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, est propriétaire des parcelles 330 et 335 du cadastre de la commune de Trélex. Il a donc manifestement qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF contre l'arrêt attaqué qui confirme l'ordre de remise en état des parcelles litigieuses.
1.2 Les conclusions du recourant tendant à la confirmation de divers points du dispositif de l'arrêt attaqué n'ont pas de portée propre; elles servent tout au plus à préciser que l'objet de la contestation se limite aux seules mesures de remise en état qui ont été confirmées par le Tribunal cantonal. Le recourant demande ensuite l'annulation de l'arrêt attaqué et, subsidiairement, le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours en matière de droit public n'est toutefois pas un recours en cassation mais un recours en réforme (art. 107 al. 2 LTF; cf. ATF 133 III 489 consid. 3.1 p. 491). Il ressort néanmoins clairement de son mémoire que le recourant entend demander également la modification de la décision de remise en état du 10 octobre 2007. Comprise dans ce sens, sa conclusion cassatoire ne s'oppose pas à l'entrée en matière sur le recours.
1.3 Au surplus, le recours ayant été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF), il y a lieu d'entrer en matière.
2. Le recourant reproche à la Cour cantonale d'avoir constaté les faits de façon inexacte et incomplète et d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des faits et des preuves.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 97 al. 1 LTF; ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135). Selon la jurisprudence, l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits sont arbitraires (art. 9 Cst.; ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 265) lorsque l'autorité n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, si elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision ou lorsqu'elle tire des constatations insoutenables des éléments recueillis (ATF 129 I 8 consid. 2.1 p. 9; 127 I 38 consid. 2a p. 41).
2.2 Le recourant fait valoir que, contrairement à ce que le Service des eaux, des sols et assainissement a mentionné dans son rapport du 18 avril 2007, le réservoir à carburant diesel a bel et bien fait l'objet d'une demande d'autorisation adressée au Département cantonal et qu'un rapport de contrôle périodique a été effectué, puisque la citerne a été révisée le 10 juin 2002 par une entreprise spécialisée. En outre, un contrat de contrôle périodique a été conclu avec l'entreprise COANCO le 9 juin 1994, s'agissant du détecteur de fuites. Ces éléments ont toutefois été pris en compte dans l'arrêt attaqué (cf. consid. 2 p. 24) si bien que l'établissement des faits n'est pas incomplet sur ce point.
Le recourant relève que, s'il est exact que le réservoir à diesel de 25'150 litres n'est pas enterré, il se trouve à l'intérieur d'un local prévu à cet effet; il serait en outre de forme cylindrique "double paroi". Par ailleurs, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal cantonal, la citerne serait équipée d'un bac de rétention. Le rapport de révision du 10 juin 2002 ferait en effet mention de l'existence d'un "bassin de rétention". De plus, conformément à l'injonction du Service des eaux, des sols et assainissement, le distributeur à diesel est placé sur une dalle en béton avec une grille au sol; la place de distribution ne serait donc pas en terre battue. Il apparaît toutefois que ces faits ne sont pas pertinents quant à l'issue du litige et que leur éventuelle correction ne permettrait pas d'arriver à une solution différente de celle retenue dans l'arrêt attaqué. En outre, dans la mesure où le recourant affirme que la Cour cantonale a considéré à tort que l'installation n'était pas conforme aux exigences requises, il soulève une question de droit que le Tribunal fédéral examine en l'espèce librement (cf. art. 106 al. 1 LTF).
Les critiques du recourant relatives à la présence des trois véhicules lourds sur le site sont sans objet. En effet, dans sa duplique du 10 novembre 2009, il a indiqué qu'il avait évacué les véhicules et ainsi exécuté la mesure A.6.
2.3 Le recourant soutient ensuite que, conformément aux prescriptions de l'Etablissement cantonal d'assurance du 19 avril 2007, le local citerne a été compartimenté par l'obturation des ouvertures des vitrages au moyen de carreaux de plâtre de résistance au feu El 60 et que le stockage des liquides combustibles ainsi que des éventuels liquides inflammables est entreposé dans le local du réservoir à diesel. Pour appuyer ses affirmations, il renvoie à une série de photographies qu'il avait annexées à ses déterminations du 10 janvier 2008. On peut relever que les photographies en question ne permettent pas de déterminer si les travaux entrepris correspondent aux exigences de l'Etablissement cantonal d'assurance. C'est donc sans arbitraire que la Cour cantonale a confirmé le point B.7 de la décision litigieuse, dont le recourant ne critique pas le bien-fondé. De toute façon, si le recourant s'est déjà conformé à cet ordre, la question n'est plus litigieuse et il n'a plus d'intérêt à recourir sur ce point.
2.4 Aucune mesure de bruit n'ayant été effectuée sur le site, le recourant estime que la constatation du Tribunal cantonal, selon laquelle les points C.8 et C.9 se justifient "pour des motifs de protection contre le bruit", ne repose sur aucun fondement. En réalité, le recourant ne conteste pas ici l'établissement des faits mais l'appréciation juridique de la Cour cantonale. Il s'agit donc d'une question de droit, à savoir l'application de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), qui sera examinée au fond.
2.5 Le recourant se plaint de ce que le Tribunal cantonal a confirmé les mesures D.10 et D.11 au motif qu'il n'avait jamais obtenu une autorisation pour ces installations de concassage; or, les juges cantonaux ne pouvaient retenir qu'il n'était pas au bénéfice d'une autorisation sans examiner au préalable si un permis était requis pour ces installations. Quoi qu'il en soit, le recourant ne conteste pas ne pas avoir reçu d'autorisation et n'indique pas en quoi les faits auraient mal été établis à cet égard. La question soulevée, à savoir de déterminer si une autorisation est nécessaire ou non, relève plutôt de l'application du droit.
2.6 Enfin, d'après le recourant, le Tribunal cantonal aurait retenu de façon erronée que les deux bureaux containers n'avaient pas fait l'objet d'autorisations; il ressortirait en effet du dossier que l'autorisation pour l'un des containers au moins aurait été octroyée par la municipalité, le 6 octobre 1997. Cette inexactitude ne permet de toute façon pas d'influer sur le sort du litige puisqu'une telle autorisation était de toute façon insuffisante (cf. consid. 4.3 ci-après). Quant aux bennes, la Cour cantonale a considéré qu'elles étaient "sur place", alors que le recourant indique qu'elles se trouveraient en réalité sur les camions de l'entreprise Borgognon, destinés à être employés sur des chantiers à l'extérieur du site. Cette question est toutefois sans pertinence puisque ces bennes, utilisées pour stocker et traiter les matériaux de démolition ou les déchets de chantier à recycler, ne peuvent être mises en dépôt en zone agricole.
Il résulte de ce qui précède que le Tribunal cantonal a établi les faits de façon correcte et dans le respect des règles essentielles de procédure. Par conséquent, le Tribunal fédéral est lié par ceux-ci conformément à l'art. 105 al. 1 LTF et le grief du recourant doit être écarté.
3. La Cour cantonale a confirmé la décision de remise en état litigieuse au motif que, pour la plupart, les installations concernées n'avaient jamais été autorisées et ne pouvaient l'être en zone agricole et qu'elles n'étaient de toute façon pas conformes aux exigences de la législation fédérale sur la protection de l'environnement.
4. En vertu de l'art. 22 al. 2 let. a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), une autorisation de construire n'est en principe octroyée que si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone. Sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice (art. 16a LAT). Par ailleurs, en dérogation à l'art. 22 al. 2 let. a LAT, des autorisations peuvent être délivrées pour des nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation si l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination et qu'aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (art. 24 LAT).
4.1 Le Tribunal cantonal a constaté que le réservoir à diesel de 25'150 litres ainsi que la station de distribution et la tuyauterie de raccordement au réservoir n'avaient jamais été autorisés et que le recourant n'avait pas engagé de procédure de régularisation. L'intéressé ne conteste pas ces faits ni ne fait valoir que ces installations seraient susceptibles d'être légalisées après coup. Que ce réservoir ait fait l'objet d'une demande d'autorisation à la municipalité n'y change rien, puisque l'autorisation n'a jamais été délivrée; de plus, il n'est pas déterminant que la citerne figure sur un plan ultérieur portant le sceau de la municipalité, ceci ne signifiant pas que les autorités ont vérifié à cette occasion que la citerne avait fait l'objet d'une autorisation. Il est de toute façon manifeste que les installations litigieuses ne sont pas imposées par leur destination et qu'elles ne sont pas compatibles avec l'intérêt public à la protection de l'environnement (cf. consid. 5.1 ci-dessous).
4.2 De même, l'arrêt attaqué relève que le recourant n'a jamais obtenu d'autorisation pour exercer les activités liées au déchargement, au stockage, au concassage, au recyclage, au traitement, à la protection et au chargement de matériaux de démolition et de déchets de chantier. Selon le recourant, les juges cantonaux devaient d'abord examiner si une autorisation était requise. Le Tribunal cantonal a toutefois indiqué que ces activités entraient dans le champ d'application de l'ordonnance du 10 décembre 1990 sur le traitement des déchets (OTD; RS 814.600); or, en vertu de l'art. 21 OTD, l'aménagement et l'autorisation d'une décharge contrôlée est soumise à une autorisation d'aménager, respectivement d'exploiter, délivrée par le canton. Au demeurant, dans son arrêt du 21 juin 2006, le Tribunal cantonal avait déjà signalé que l'activité de concassage devait être considérée comme une installation au sens de l'art. 22 LAT, puisqu'il s'agissait d'une activité de transformation de matériaux et non de simples dépôts provisoires au sens de l'art. 37 OTD; les conditions d'octroi d'une autorisation, selon l'art. 24 LAT n'étaient nullement remplies en l'espèce puisqu'aucune activité d'extraction de matières premières sur le site ne justifiaient l'implantation de ces installations de traitement de matériaux à cet emplacement, hors de la zone à bâtir. Ayant déjà tranché la question de la nécessité d'obtenir une autorisation pour ces installations, le Tribunal cantonal n'avait pas à répéter son raisonnement dans l'arrêt attaqué. On peut relever que le recourant ne soutient pas à cet égard que les juges cantonaux auraient mal appliqué la législation sur l'aménagement du territoire ou sur le traitement des déchets.
4.3 S'agissant des deux bureaux containers, le recourant affirme qu'il a reçu au moins une autorisation de la municipalité pour un container, en octobre 1997. Dans son arrêt du 21 juin 2006, le Tribunal cantonal avait déjà indiqué que l'autorisation délivrée par la seule municipalité était nulle lorsqu'elle concernait la zone agricole (cf. art. 25 al. 2 LAT) et, dans sa décision du 10 octobre 2007, le Service du développement territorial a mentionné que le recourant ne pouvait ignorer les démarches à entreprendre pour réaliser une construction nouvelle à cet emplacement dans la mesure où il avait lui-même requis, entre 1981 et 1989 trois autorisations cantonales spéciales. Le recourant ne discute pas ces motifs. Les juges cantonaux pouvaient ainsi à bon droit confirmer l'ordre d'évacuer les deux containers ainsi que les bennes se trouvant sur place, s'agissant d'installations qui n'ont jamais fait l'objet d'autorisation, dont l'implantation en zone agricole n'est pas imposée par leur destination et qui peuvent facilement être déplacées.
5. Selon le recourant, c'est à tort que l'arrêt attaqué a retenu que les installations litigieuses n'étaient pas conformes aux exigences relatives à la protection de l'environnement.
5.1 Le recourant soutient que le réservoir à diesel de 25'150 litres, la station de distribution et la tuyauterie de raccordement ne présentent aucune mise en danger pour l'environnement. Il fait valoir que la citerne a été révisée en 2002, qu'un contrat de contrôle périodique a été conclu avec une entreprise spécialisée s'agissant du détecteur de fuite, qu'une grille de récupération a été installée au sol sur la place de distribution et qu'enfin la citerne serait équipée d'un bac de rétention.
En l'espèce, il ressort du dossier que les parcelles du recourant sont en secteur A de protection des eaux (à considérer comme un secteur Au de protection des eaux au sens de la législation fédérale), à quelques centaines de mètres d'un captage muni de zones de protection des eaux souterraines. Alors que les installations litigieuses contiennent des liquides de nature à polluer les eaux, le recourant n'a obtenu aucune autorisation du service cantonal spécialisé pour l'installation d'une citerne (cf. art. 19 al. 2 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20] et art. 32 de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux [OEaux; RS814.201]). De plus, les installations ne répondent pas aux exigences de sécurité. Les quelques photos versées au dossier montrent un étroit dallage devant une colonne de distribution, ce qui ne constitue à l'évidence pas une place de transvasement et de distribution sécurisée de manière conforme aux exigences applicables. Il existe donc un danger concret de pollution des eaux au sens de l'art. 6 al. 2 LEaux. Le fait qu'il existe un rapport de révision de 2002, qui mentionne la présence d'un bassin de rétention mais sans préciser la capacité et la conformité par rapport aux exigences du service cantonal spécialisé, ainsi qu'un contrat portant sur le contrôle bisannuel des fonctions de l'appareil détecteur de fuites de la citerne, ne change rien à cette situation de danger; il ne ressort en effet pas du dossier que le bassin de rétention est suffisant. Les mesures litigieuses relatives à ces installations sont par conséquent également justifiées du point de vue de la protection des eaux souterraines.
5.2 Le recourant estime que le Tribunal cantonal ne pouvait confirmer les mesures C.8 et C.9 pour des motifs de protection contre le bruit alors qu'aucun acte d'instruction n'a été effectué pour vérifier si lesdites mesures étaient fondées.
Il n'est pas contesté que l'exploitation de l'installation du recourant engendre des nuisances sonores pour les voisins. En vertu de l'art. 11 al. 2 LPE, il importe, à titre préventif et indépendamment des nuisances existantes, de limiter les émissions dans la mesure que permettent l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable. C'est ainsi, en application du principe de la prévention, que le Tribunal cantonal a confirmé les mesures litigieuses. Dans son arrêt du 21 juin 2006, la Cour cantonale avait constaté que les nuisances étaient importantes et pouvaient très vraisemblablement dépasser les limites d'immissions; il était indispensable d'effectuer des mesures de bruit sur le site afin de déterminer si un assainissement était nécessaire. Dans son rapport du 27 avril 2007, le Service des eaux, sols et assainissement a cependant relevé que les frais engendrés par une étude acoustique étaient disproportionnés pour le site litigieux, où le genre d'installation n'était pas compatible avec l'affectation de la zone; il préconisait donc, en se basant sur l'art. 11 LPE, une limitation des horaires d'utilisation de l'exploitation, sous réserve d'une étude plus importantes si certaines installations devaient être pérennisées. Le recourant ne se plaint pas de ce que les mesures litigieuses seraient difficiles à mettre en oeuvre ou économiquement insupportables, ni ne fait valoir que le Tribunal cantonal aurait mal appliqué la législation sur le bruit. Les juges cantonaux n'étaient au demeurant pas tenus de procéder à une instruction plus approfondie, puisque des dispositions prises en application du principe de la prévention peuvent être imposées indépendamment de la question de savoir si les valeurs limites sont dépassées (cf. ATF 133 II 169 consid. 3.1 p. 175 et les arrêts cités). C'est dès lors à bon droit que les juges cantonaux ont considéré que les mesures litigieuses constituaient un minimum qui devait être confirmé.
6. Le recourant conteste finalement l'ordre de remise en état. Il se prévaut de sa bonne foi et affirme être au bénéfice de droits acquis. Il invoque également une violation de la liberté du commerce et de l'industrie ainsi que de la garantie de la propriété, mais uniquement en relation avec le principe de la proportionnalité; il fait en effet valoir que les restrictions des droits fondamentaux ne se justifieraient par aucun intérêt public.
6.1 Selon la jurisprudence, l'ordre de démolir une construction édifiée sans droit et pour laquelle une autorisation ne pouvait être accordée n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe davantage de rétablir une situation conforme au droit que des inconvénients qui en découlent pour le constructeur (ATF 123 II 248 consid. 4a p. 255; 108 Ia 216 consid. 4b p. 218). L'autorité renonce à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit qui aurait changé dans l'intervalle (ATF 123 II 248 consid. 3bb p. 252; 111 Ib 213 consid. 6b p. 224 s.; 102 Ib 64 consid. 4 p. 69).
6.2 Tout d'abord, c'est en vain que le recourant se plaint d'une violation du principe des droits acquis. S'il n'est pas contesté que les silos accompagnés d'un élévateur et d'une trieuse ont été assemblés sur le site en 1957, il apparaît néanmoins que ces installations ne sont plus en fonction depuis de nombreuses années et qu'elles ne sont plus d'aucune utilité pour le recourant. La zone agricole n'ayant pas pour vocation de servir de décharge non autorisée pour des machines vétustes et inutilisables - à considérer comme des déchets ,- le recourant ne peut être mis au bénéfice d'un droit acquis pour ces installations.
L'intéressé fait valoir qu'il exerce les activités liées au dépôt, au concassage, au traitement, au chargement et à la production de graves, depuis les années 70; il pourrait donc bénéficier de la situation acquise pour les activités relatives au traitement des déchets de chantier. Il ressort cependant du dossier que les activités liées au traitement des déchets sont récentes puisqu'elles ont commencé sur le site en 1995, lorsque l'exploitation du gravier en provenance de la gravière du "Bois de Ban" a cessé. Il s'agit par ailleurs d'activités nouvelles, sensiblement différentes des activités liées au traitement du gravier admises à l'origine, avec un impact environnemental nettement plus important; celles-ci n'ont en outre jamais fait l'objet d'une autorisation et ne sont pas imposées par leur destination à l'emplacement considéré (cf. consid. 4.2 ci-dessus). Il ne saurait dès lors être question de préservation d'un droit acquis pour ces activités.
6.3 Ensuite, le recourant ne peut se prévaloir de sa bonne foi. Il devait être conscient, en tout cas depuis le début des années 1980, que ses parcelles se situaient en zone agricole et qu'une autorisation cantonale était, à ce titre, nécessaire pour tout nouvel aménagement, même provisoire ou mobile. Il en a d'ailleurs sollicité et obtenu quelques- unes. Le silence, voire la tolérance, de la municipalité n'équivaut pas à une autorisation, surtout lorsqu'une autorisation cantonale est nécessaire. Selon la jurisprudence, celui qui a obtenu à plusieurs reprises une autorisation cantonale ne peut prétendre à la protection de sa bonne foi s'il se fonde, par la suite, uniquement sur une autorisation accordée par la commune pour réaliser ses projets (cf. arrêt 1A.208/ 2006 du 24 mai 2007 consid. 5.2). Enfin, la pièce nouvelle produite par le recourant, même si elle avait été recevable (cf. art. 99 al. 1 LTF), ne lui serait d'aucun secours. Il s'agit en effet d'une circulaire du Service des eaux, des sols et assainissement relative aux installations de concassage, dont rien n'indique qu'elle concerne le site litigieux; ce courrier ne constitue au demeurant pas une autorisation d'exploiter, ni une promesse que cette autorisation sera nécessairement délivrée.
6.4 Du point de vue de l'intérêt public, les dérogations aux dispositions de la législation fédérale relatives à l'aménagement du territoire et à la protection de l'environnement ne peuvent être qualifiées de mineures. Les installations litigieuses sont implantées dans la zone agricole alors qu'elles ne sont ni conformes à l'affectation de la zone ni imposées par leur destination. Or, la séparation en zone à bâtir et zones inconstructibles est un principe essentiel d'aménagement qui, en dehors des exceptions prévues par la loi, doit demeurer d'application stricte (ATF 132 II 21 consid. 6.4 p. 40; 111 Ib 213 consid. 6b p. 225; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c publié in ZBl 103/2002 p. 364). De plus, les activités litigieuses génèrent de graves nuisances pour le voisinage et ne répondent pas aux exigences de sécurité en matière de protection des eaux souterraines. L'intérêt privé du recourant au maintien de ces installations et à la poursuite de ces activités est de nature purement économique; il fait valoir que l'ordre de remise en état signerait la "mise à mort" de son entreprise et entraînerait un coût "extrêmement important", en particulier s'agissant de l'évacuation des installations. Les intérêts patrimoniaux du recourant, même conséquents, doivent cependant céder le pas face à une violation fondamentale de règles de l'aménagement du territoire; l'intéressé ne saurait en effet se prévaloir de cet argument financier pour bénéficier du maintien d'installations qu'il pouvait présumer illicites dès le début. Il importe peu à cet égard que de nombreuses entreprises de la région ont régulièrement fait appel à ses services depuis des années. On peut en outre relever que l'arrêt attaqué ne conduit pas à la démolition de toutes les installations ni à la cessation totale des activités de l'entreprise, qu'un délai de plusieurs mois a été accordé au recourant pour remettre en état ses parcelles et qu'il n'est nullement empêché de transférer son entreprise sur un terrain approprié. Au surplus, on ne voit guère quelle autre mesure que la suppression des aménagements litigieux et la cessation des activités controversées permettrait d'atteindre le résultat recherché, à savoir le respect de l'affectation agricole des parcelles et la protection de l'environnement. Il résulte de ce qui précède que l'intérêt public à rétablir une situation conforme au droit l'emporte ainsi manifestement sur les intérêts privés du recourant, de sorte que la mesure attaquée est conforme au principe de la proportionnalité.
Enfin, le grief du recourant relatif à l'expropriation matérielle et à l'indemnité à laquelle il pourrait prétendre n'a pas à être examiné dans le cadre du présent recours, cette question ne faisant pas l'objet de la contestation.
7. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté. Cette issue rend sans objet la demande des parties tendant à la modification de l'ordonnance d'effet suspensif du 14 décembre 2009.
Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant, de même qu'une indemnité de dépens en faveur des intimés.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera aux intimés une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, de la Municipalité de Trélex et du Département de l'économie du canton Vaud, ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit, et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 1er février 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard