Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene S._ arbeitete als dipl. Pflegefachmann in einer Kaderfunktion im Spital X._. Am 25. März 2005 meldete er sich unter Angabe einer koronaren Herzkrankheit und einer Erschöpfungsdepression bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Dr. med. K._ erstattete am 27. Januar 2006 im Auftrag der IV-Stelle Bern ein psychiatrisches Gutachten. Mit Verfügung vom 22. Februar 2006 verneinte die IV-Stelle bei einem errechneten Invaliditätsgrad von 25 % einen Anspruch auf Rente. Nachdem S._ Einsprache erhoben und weitere medizinische Berichte eingereicht hatte, erstattete die Akademie A._ des Universitätsspitals B._ im Auftrag der IV-Stelle am 14. März 2008 ein interdisziplinäres Gutachten. Mit Einspracheentscheid vom 27. Juni 2008 hiess die IV-Stelle die Einsprache teilweise gut und bejahte den Anspruch auf eine Viertelsrente bei einem errechneten Invaliditätsgrad von 46 % ab 1. Juli 2007.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 30. März 2009 teilweise gut und sprach S._ von Januar 2005 bis September 2007 eine ganze und ab Oktober 2007 eine Viertelsrente zu.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) führen und die Aufhebung des kantonalen Entscheides sowie Festlegung des Invaliditätsgrades auf mindestens 70 % beantragen; ferner ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben (ausser wenn sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung richtet; Art. 97 Abs. 2 BGG).
2. Im angefochtenen Entscheid werden nebst den einschlägigen intertemporalrechtlichen Grundsätzen die Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG), die Voraussetzungen für einen Rentenanspruch und dessen Umfang (Art. 28 Abs. 1 IVG), die Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG; Art. 28a Abs. 1 IVG) sowie die Grundsätze hinsichtlich des Beweiswertes ärztlicher Berichte (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung ist die Vorinstanz in umfassender Würdigung der medizinischen Aktenlage, insbesondere gestützt auf das als voll beweiskräftig erachtete interdisziplinäre Gutachten der Akademie A._ vom 14. März 2008 von einer verwertbaren Restarbeitsfähigkeit von 60 % des Versicherten in seiner angestammten Tätigkeit seit Juli 2007 ausgegangen. Mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit diagnostizierten die Gutachter eine koronare 2-Gefäss-Erkrankung, belastungsverstärkte Oligo-/Polyarthralgien vor allem in den grossen Gelenken der oberen und unteren Extremitäten, eine leichte bis mittelgradig depressive Episode mit Angstsymptomatik und somatischen Symptomen (ICD-10 F32.01/F32.11) und eine reaktive undifferenzierte Somatisierungsstörung bei neurasthenen und hypochondrischen Zügen (ICD-10 F45.1).
3.2 In der Beschwerde ans Bundesgericht wird nichts vorgebracht, was die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig oder die rechtliche Würdigung als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Namentlich unbehelflich ist der Einwand, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, indem gewisse medizinische Befunde an den Knien nicht korrekt gewürdigt worden seien und das Gutachten der Akademie A._ vom 14. März 2008 zu Unrecht von einer 60%igen Arbeitsfähigkeit ausgehe. Die Vorinstanz hat im Zuge ihrer bundesrechtskonformen Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c ATSG) eingehend dargelegt, dass das multidisziplinäre Gutachten der Akademie A._ vom 14. März 2008 das Ergebnis einer umfassenden und sorgfältigen Untersuchung ist, welches die von der Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen erfüllt. Sie legte auch begründet dar, dass die Gutachter der Akademie A._ die Befunde an den Knien berücksichtigt haben und weshalb den nachträglich eingereichten Arztberichten im Rahmen der Beweiswürdigung ein geringerer Beweiswert zuzumessen ist. Auf diese einlässliche Begründung der Vorinstanz kann verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG). In der interdisziplinären (somatischen und psychischen) Beurteilung kamen die Gutachter zum Schluss, für die angestammte Tätigkeit als Krankenpfleger wie auch in der Tätigkeit als Stabsfachkraft bestehe eine 60%ige Arbeitsfähigkeit. Eine geltend gemachte zusätzliche berufliche Abklärung zur Beurteilung der Arbeitsunfähigkeit ist vorliegend nicht notwendig und wäre angesichts der von den Gutachtern festgehaltenen deutlichen Diskrepanzen zwischen den subjektiv angegebenen Beschwerden und den objektiven Befunden auch nicht erfolgversprechend (Art. 7 Abs. 2 ATSG; BGE 130 V 396 E. 5.3.2 S. 399).
3.3 Insbesondere trifft es auch nicht zu, die Vorinstanz sei bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades von einer zu hohen beruflichen Qualifikation ausgegangen, indem sie zur Bestimmung des Invalideneinkommens das Anforderungsniveau 1 und 2, Zeile 85 (Gesundheits- und Sozialwesen) der Lohnstrukturerhebung (LSE) 2006 des Bundesamtes für Statistik, Tabelle TA1 herangezogen hat. Der Beschwerdeführer hat nach der Ausbildung zum dipl. Pflegefachmann Kaderschulen besucht und sich weitergebildet. Er hatte die Leitung der Intensivpflegestation in Y._ und dann in Z._ inne. In Z._ übernahm er schliesslich eine Stabsstelle mit hoher Verantwortung, baute die Onkologieabteilung und die Arbeitszeiterfassung im Pflegedienst auf und war für das Budgetwesen von vier Spitälern sowie für den Einkauf und das Pflegematerial verantwortlich. Diese Ausbildungen und beruflichen Tätigkeiten lassen eine Einstufung im Anforderungsniveau 1 und 2 als rechtmässig erscheinen. Auch unter Berücksichtigung des vom Beschwerdeführer am 4. Dezember 2002 unterzeichneten Dokuments "Stellenbeschreibung/Pflichtenheft", welches eine detaillierte Beschreibung der bisherigen Tätigkeiten enthält, erweist sich die von der Vorinstanz angenommene berufliche Qualifikation des Beschwerdeführers als korrekt. Schliesslich entspricht das gestützt auf den LSE-Tabellenlohn (Tabelle TA1, Anforderungsniveau 1 und 2 im Gesundheits- und Sozialwesen) ermittelte Einkommen ziemlich genau dem Einkommen, welches der Beschwerdeführer ohne Gesundheitsschaden erzielt hatte, was die entsprechende Einstufung zusätzlich stützt. Die von der Vorinstanz angenommene Verwertbarkeit der dem Beschwerdeführer verbleibenden Arbeitsfähigkeit von 60 % als Krankenpfleger oder als Stabskraft beruht weder auf einer mangelhaften Feststellung des Sachverhalts noch verstösst es sonst wie gegen Bundesrecht (vgl. Urteile 9C_274/2009 vom 18. Juni 2009 E. 4.4 und 9C_235/2009 vom 30. April 2009 E. 3.4; je mit Hinweisen). Da dem Beschwerdeführer aufgrund seiner Ausbildung und langjährigen Erfahrungen verschiedene qualifizierte Stellen im Gesundheitssektor offenstehen, ist die verbleibende Arbeitsfähigkeit von 60 % auf dem in Frage kommenden hypothetischen ausgeglichenen Arbeitsmarkt verwertbar.
3.4 Die gerügte Höhe des leidensbedingten Abzugs ist schliesslich eine typische Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399). Die Vorinstanz hat in Übereinstimmung mit der IV-Stelle einen leidensbedingten Abzug von 10 % für angemessen erachtet. Mit diesem Abzug wird dem lohnmindernden Umstand der Teilzeiterwerbstätigkeit bei gut qualifizierten Männern Rechnung getragen (vgl. LSE 2006, Tabelle T2*, S. 16, Anforderungsniveau 1 und 2, Männer). Die übrigen Merkmale sind hingegen nicht gegeben (vgl. BGE 126 V 75). Insbesondere kann die eingeschränkte Leistungsfähigkeit des Beschwerdeführers, die von den Gutachtern bereits mit einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit auf 60 % berücksichtigt wurde, bei der Bemessung des leidensbedingten Abzugs nicht nochmal berücksichtigt werden. Dies bedeutete anderenfalls eine doppelte Anrechnung desselben Gesichtspunktes (Urteil 9C_119/2008 vom 16. Juli 2008 E. 2.3.1). Neben der Einschränkung der Arbeitsfähigkeit auf 60 % bescheinigten die Gutachter keine weitere Einschränkung der Leistungsfähigkeit. Der vorgenommene leidensbedingte Abzug von 10 % erweist sich damit nicht als rechtsfehlerhaft. Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a) ohne Durchführung des Schriftenwechsels erledigt wird.
5. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen aussichtsloser Beschwerdeführung abzuweisen (Art. 64 BGG).
6. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegende Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner