Faits:
A. Par arrêt du 29 septembre 2010 (6B_416/2010), le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par A._ contre un arrêt de la Cour de Justice du canton de Genève, du 19 avril 2010. La cause a été renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle statue à nouveau sur la question des dépens prétendus par le recourant des parties civiles X._, Y._ SA et Z._ SA. Une demande de révision, présentée par A._, a été rejetée par arrêt du 20 juin 2011 (6F_14/2010).
B. Par arrêt du 4 juillet 2011, la Cour de justice a condamné X._, Y._ SA et Z._ SA au tiers des dépens de première instance et d'appel de A._, comprenant dans leur totalité une indemnité de 36'153 fr. 60, respectivement 10'185 fr. à titre d'honoraires d'avocat.
C. X._, Y._ SA et Z._ SA recourent conjointement en matière pénale contre cette décision. Ils concluent, avec suite de dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt du 4 juillet 2011 en tant qu'il les condamne au tiers des dépens de première instance et d'appel et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 453 al. 2 CPP en appliquant l'ancien droit cantonal de procédure à la question des dépens de première instance et d'appel.
Conformément à la disposition précitée, lorsqu'une procédure est renvoyée à l'autorité inférieure pour nouveau jugement par l'autorité de recours ou le Tribunal fédéral, le nouveau droit est applicable. Le nouveau jugement est rendu par l'autorité qui eût été compétente selon le présent code pour rendre la décision annulée. Cette norme transitoire règle, sans conteste, le cadre procédural dans lequel la nouvelle décision doit être rendue, à tout le moins lorsqu'il s'agit de rendre une nouvelle décision au fond. On ne saurait, en revanche, comme le soutiennent les recourants, en déduire sans un examen plus approfondi, que la question des frais et dépens relatifs à des actes de procédure exécutés sous l'empire de l'ancien droit serait, par l' effet du renvoi, entièrement soumise au nouveau droit, moins encore lorsque cette unique question accessoire de procédure demeure litigieuse après renvoi. La volonté du législateur, de mettre en oeuvre le plus rapidement possible le nouveau code, ne justifie pas, en effet, à elle seule, l'application du droit nouveau à tous les actes de procédure effectués sous l'empire de l'ancien, en particulier en ce qui concerne les questions secondaires de procédure (cf. art. 448 al. 2 CPP; v. sur ces questions: NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n. 310 ss, spéc. n. 314, 315, 356, 358 et 375). La situation après renvoi n'est pas non plus comparable à celle réglée par l'art. 450 CPP, qui ne vise pas le même stade de procédure et moins encore la réouverture des débats principaux.
Quoi qu'il en soit, il n'est pas nécessaire de trancher définitivement ces questions en l'espèce car, comme l'a relevé à juste titre la cour cantonale, l'art. 453 al. 2 CPP ne règle, de toute manière, pas les situations dans lesquelles la décision de renvoi a été rendue avant l'entrée en vigueur du nouveau droit. L'ancien droit continue alors à régir la procédure dans laquelle la nouvelle décision doit être rendue par l'autorité inférieure même lorsque cette dernière statue après le 1er janvier 2011 (arrêt 6B_425/2011 du 10 avril 2012 consid. 2.2). On ne saurait, en conséquence, reprocher à la cour cantonale d'avoir examiné la question des dépens à la lumière de l'ancien droit cantonal de procédure.
2. Les recourants reprochent subsidiairement à la cour cantonale d'avoir appliqué de manière arbitraire l'ancien art. 97 CPP/GE. Ils invoquent, dans ce contexte, la constatation manifestement inexacte des faits.
2.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (v. sur cette notion: ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5) dans la constatation des faits. Les critiques appellatoires sont irrecevables (cf. ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). La recevabilité de tels griefs suppose l'articulation de critiques circonstanciées (ATF 136 II 101 consid. 3, p. 105), claires et précises répondant aux exigences de motivation accrues déduites de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). La violation du droit cantonal de niveau infra-constitutionnel ne constitue, par ailleurs, pas un motif de recours (cf. art. 95 LTF). Les mêmes exigences de motivation accrues s'appliquent aux griefs déduits de la violation du droit constitutionnel fédéral ou du droit conventionnel en relation avec l'application du droit cantonal.
2.2 Conformément à l'ancien art. 97 CPP/GE, devant les juridictions de jugement, les frais de l'Etat et les dépens de la partie civile sont mis à la charge du condamné (al. 1). En cas d'acquittement, les frais de l'Etat et les dépens de l'accusé sont mis à la charge de la partie civile (al. 2). Toutefois, si les circonstances le justifient, la partie civile peut être exonérée de tout ou partie des frais et dépens (al. 3). La condamnation de la partie civile aux dépens de l'accusé acquitté constitue la règle et son exonération l'exception. Pour déterminer si « les circonstances le justifient », le juge du fond dispose d'un large pouvoir d'appréciation (GRÉGOIRE REY, Procédure pénale genevoise, 2005, art. 97, n. 3.1 s.).
La cour cantonale a jugé que l'application de l'art. 97 al. 3 CPP/GE, qui devait être interprété restrictivement, ne se justifiait pas en l'espèce. Elle a relevé que les parties civiles ne s'étaient pas bornées à soutenir, de manière passive, l'accusation mais avaient déposé plusieurs plaintes pénales contre A._ et avaient entrepris les démarches nécessaires en vue d'obtenir sa condamnation. Elles avaient également décidé de maintenir leurs plaintes pénales contre ce dernier alors même qu'un accord avait été conclu entre Y._ et B._ le 7 octobre 2004, aux termes duquel les parties s'étaient engagées à retirer leurs plaintes réciproques en lien direct ou indirect avec leur litige, ce qui avait été corroboré par Y._. Par ailleurs, la partie civile X._ avait également présenté des conclusions civiles dont elle avait toutefois été déboutée au vu de l'issue de la procédure. La cour cantonale a, ensuite, considéré, quant à la quotité des dépens à allouer à A._ en application de l'art. 97 al. 2 CPP/GE, que ce dernier n'avait été que partiellement acquitté et qu'il ne se justifiait pas de mettre à la charge des parties civiles déboutées l'entier des frais d'avocat, qui concernaient, du reste, l'ensemble de la procédure. Pour ces motifs, seul un tiers des dépens a été mis à la charge des parties civiles.
2.3 Les recourants soutiennent que ce raisonnement serait arbitraire. Ils objectent, en substance, que certains des acquittements dont a bénéficié A._ ne les concerneraient pas. Les infractions à raison desquelles ils sont intervenus en procédure ne se poursuivant pas d'office, on ne saurait leur reprocher d'avoir déposé plainte. A._ ne pourrait se prévaloir de l'accord intervenu entre Y._ et B._. Les acquittements concernant une partie de l'acte d'accusation, résultant de la prescription pénale et d'une violation de la maxime accusatoire (ch. I.1 à 3 et III.11 de l'acte d'accusation), ne leur seraient pas imputables et il apparaîtrait fondamentalement injuste de leur en faire supporter les conséquences, alors que de tels obstacles à l'action pénale n'emporteraient pas les mêmes effets qu'un acquittement. Dans ces conditions, seul l'acquittement portant sur certains autres faits de l'acte d'accusation (ch. II.4 à 6 de l'acte d'accusation) auraient pu entrer en considération pour écarter l'exception de l'art. 97 al. 3 CPP/GE, mais ces faits seraient identiques à ceux visés par les ch. I.1 à 3 de l'acte d'accusation, de sorte que si ces derniers faits n'avaient pas été prescrits l'intimé n'aurait pu prétendre être acquitté en ce qui concerne ceux visés sous les ch. II.4 à 6.
2.4 Les recourants ne contestent pas le caractère conjoint de leur condamnation à verser des dépens à l'intimé. Ne discutant que le principe de cette condamnation envers l'intimé, ils ne remettent pas en cause, en particulier, les questions de répartitions internes de ces frais, respectivement l'étendue de leurs responsabilités individuelles pour ces frais. Il n'y a, dès lors, pas lieu d'examiner la cause sous cet angle.
2.5 La cour cantonale a indiqué avoir recherché s'il y avait lieu de condamner X._, Y._ SA et Z._ SA aux dépens de l'appelant suite à son acquittement des infractions pour lesquelles ils avaient déposé plainte pénale à son encontre (arrêt entrepris, consid. 2.2 p. 9). Elle n'a, par ailleurs, mis à la charge des recourants qu'un tiers des montants correspondant aux frais de défense nécessaires de A._. Les recourants invoquent ainsi en vain que « certains des acquittements ne les concerneraient pas ». On pourrait tout au plus se demander si les acquittements pris en considération par la cour cantonale justifient l'allocation à l'intimé de dépens correspondant à un tiers de ses frais de défense, mais les recourants n'argumentent pas précisément sur ce point (v. infra consid. 2.8).
2.6 En tant que les recourants invoquent que les infractions à raison desquelles ils sont intervenus en procédure ne se poursuivaient pas d'office, et qu'on ne saurait leur reprocher d'avoir déposé plainte, on peut se borner à relever que l'intimé a été acquitté de l'accusation de contrainte, qui se poursuit d'office.
2.7 En tant que les recourants soutiennent que l'identité des faits visés sous ch. I.1 à 3 et II.4 à 6 de l'acte d'accusation conduirait à considérer que si les premiers faits n'avaient pas été prescrits, l'intimé n'aurait pu prétendre être acquitté en ce qui concerne les seconds, cette argumentation est incompréhensible. On ne voit, en effet, pas ce qui, indépendamment de la prescription, aurait empêché qu'un même courrier contienne, tout à la fois, des affirmations diffamatoires et des éléments de contrainte, les biens protégés par les art. 173 et 181 CP étant de surcroît différents.
2.8 En définitive, considérés conjointement (cf. supra consid. 2.4), les recourants ont succombé sur trois points (ch. II.4, 5 et 6), parmi les 7 les concernant (ch. I.1, 2 et 3, II.4, 5 et 6 et III.11) de l'acte d'accusation. Il ressort de l'arrêt de la cour cantonale du 19 avril 2010 que X._, en particulier, avait conclu à l'annulation de l'acquittement de l'intimé s'agissant des ch. II.4 à 9 de l'acte d'accusation, concluant, de surcroît à une indemnité pour tort moral de 15'000 fr., cependant que le Ministère public n'a pas fait connaître ses conclusions (arrêt de la Cour de justice du 19 avril 2010, consid. D p. 3). On peut également relever, sur ce point, que la plainte déposée le 1er mars 2004 par X._ contre A._ et Y._ visait expressément, non seulement des délits contre l'honneur, mais, notamment, les actes à raison desquels l'acquittement a été prononcé à propos de l'accusation de contrainte (Dossier cantonal, Classeur « Plaintes » p. 13 ss spéc. 19 s.). On ne saurait ainsi reprocher à la cour cantonale d'avoir considéré que les recourants ne s'étaient pas bornés à soutenir de manière passive l'accusation.
Dans ces conditions, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir jugé de manière insoutenable que les recourants devaient répondre d'une part des frais de défense de l'intimé. Pour le surplus, les recourants ne tentent pas de démontrer que les accusations desquelles le recourant a été acquitté, celles de contrainte en particulier, n'auraient, à elles seules, justifié qu'une activité minime du conseil de l'intimé par rapport au reste de la procédure en première instance et en appel. Il n'apparaît donc pas insoutenable de mettre à leur charge une quote-part, évaluée globalement, d'un tiers de ces frais de défense. Le grief est infondé.
3. Les recourants succombent. Il supportent conjointement les frais de la procédure (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement et à parts égales.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 13 août 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat