Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 14 dicembre 2004 B._ SA, in qualità di locatrice, e A._ SA, in qualità di conduttrice, hanno concluso un contratto di locazione avente per oggetto il motel e il ristorante siti sulla part. xxx RFD di X._, con effetto a partire dal 1° gennaio 2005.
Il contratto, di durata indeterminata e disdicibile con un preavviso di 6 mesi per la scadenza del 31 dicembre di ogni anno, la prima volta per il 31 dicembre 2005, prevedeva una pigione annuale di fr. 360'000.--, pagabile in rate mensili anticipate di fr. 30'000.--.
1.1 Il 19 dicembre 2005 la locatrice ha notificato alla conduttrice la disdetta del contratto di locazione con effetto al 31 dicembre 2006.
È seguita una vertenza giudiziaria sfociata nella sentenza 26 gennaio 2009 del Tribunale federale (4A_143/2008 e 4A_189/2008), con la quale è stata confermata la concessione di una prima protrazione del contratto di locazione sino al 31 dicembre 2008.
1.2 Su istanza della conduttrice, l'Ufficio di conciliazione in materia di locazione ha poi concesso una seconda e definitiva protrazione sino al 31 ottobre 2009.
1.3 Il 13 marzo 2009 le parti hanno infine concluso, tramite i rispettivi legali, un accordo con cui hanno prorogato la locazione in modo definitivo sino al 31 dicembre 2010.
Nella medesima occasione B._ SA ha messo a disposizione di A._ SA anche i locali al primo piano del sub A del fondo part. xxx RFD di X._ e il canone di locazione mensile è stato portato a fr. 50'000.--.
2. 2.1 Visto il mancato pagamento dell'importo pattuito, con lettera raccomandata del 18 agosto 2009 la conduttrice è stata diffidata ex art. 257d CO al versamento, entro 30 giorni, della somma di fr. 190'000.-- a titolo di pigioni scoperte per i mesi di aprile e maggio (limitatamente al saldo di fr. 20'000.-- mensili) e per i mesi di giugno, luglio, e agosto (fr. 50'000.-- mensili).
In assenza del riscontro auspicato, il 25 settembre 2009 il patrocinatore della locatrice ha inviato al patrocinatore della conduttrice, avv. C._, la disdetta del contratto di locazione per il 31 ottobre 2009.
2.2 Il 26 ottobre 2009 A._ SA ha contestato la validità della disdetta dinanzi al competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione.
Il 25 ottobre 2009 ha pure presentato un'istanza tendente alla riduzione della pigione e all'eliminazione dei difetti dell'ente locato.
2.3 Non avendo la conduttrice provveduto a lasciare i locali entro il termine assegnatole, il 3 novembre 2009 B._ SA ha dal canto suo inoltrato formale domanda di sfratto al Pretore della giurisdizione di Locarno-Campagna.
2.4 Preso atto di quest'ultima procedura, l'Ufficio di conciliazione ha trasmesso l'incarto relativo alla contestazione della disdetta al medesimo Pretore (cfr. art. 274g CO), il quale con ordinanza del 21 dicembre 2009 ha congiunto per l'istruttoria le due cause, entrambe sottoposte alla procedura prevista dall'art. 404 segg. CPC/TI.
2.4.1 Statuendo il 29 gennaio 2010 il Pretore, dopo aver respinto i vari argomenti addotti dalla conduttrice per inficiare la disdetta e accertato il mancato pagamento delle pigioni, ha confermato la validità della rescissione straordinaria del contratto ex art. 257d CO.
In primo luogo, assodata l'avvenuta ricezione della raccomandata del 18 agosto 2009, il giudice ha reputato inverosimile la tesi secondo cui la busta non conteneva la diffida di pagamento, non avendo la conduttrice indicato quale altro scritto le sarebbe invece pervenuto né tanto-meno preteso che la busta fosse vuota. Egli ha pure disatteso l'argo-mento per cui la disdetta 25 settembre 2009 non sarebbe stata consegnata a persona autorizzata, l'avv. C._ patrocinando da anni la conduttrice nelle diverse vertenze che la oppongono alla locatrice. Il giudice ha quindi negato alla conduttrice, in mora con il pagamento delle pigioni, la possibilità di opporsi alla fine del contratto invocando l'art. 271a cpv. 1 lett. d ed e CO (art. 271 cpv. 3 lett. b CO). L'eccezione di compensazione, per fr. 200'000.--, è stata infine dichiarata tardi-va, siccome presentata solo con l'istanza di contestazione della disdetta. La tassa di giustizia, di fr. 10'000.--, e le ripetibili, di fr. 18'000.--, sono state poste a carico di A._ SA.
2.4.2 Tenuto conto di tutto quanto appena esposto, con decreto dello stesso giorno il Pretore ha accolto l'istanza di sfratto. La tassa di giustizia, di fr. 1'000.--, e le ripetibili, di fr. 3'000.--, sono state poste a carico di A._ SA.
3. Ambedue le decisioni sono state impugnate da A._ SA dinanzi alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che con un'unica sentenza del 21 giugno 2010 ha respinto entrambi gli appelli.
3.1 All'affermazione, ribadita "non senza disinvoltura" in sede di appello, secondo cui la conduttrice non avrebbe mai ricevuto la diffida di pagamento del 18 agosto 2009, i giudici della massima istanza cantonale hanno opposto la sentenza emanata dal Tribunale federale l'11 marzo 2008 (4D_84/2007, in SZZP 2008 255), giusta la quale in caso di invio dimostrato di una raccomandata si presume ch'essa contenesse il documento allegato dalla parte che se ne prevale. Donde la conferma della conclusione pretorile anche in punto alla tardività della dichiarazione di compensazione.
3.2 La conduttrice non ha avuto più successo laddove ha spiegato di aver trattenuto i canoni di locazione per ottenere l'eliminazione dei difetti. Richiamandosi al giudizio pronunciato dal Tribunale federale il 26 gennaio 2009 (4A_472/2008, in RtiD 2009 II pag. 681), i giudici d'appello hanno infatti ricordato che in caso di difetti dell'immobile la conduttrice non può trattenere la pigione ma deve far capo ai mezzi offerti dall'art. 259g CO.
3.3 Dato che nel termine di 30 giorni impartito dalla locatrice il 18 agosto 2009 non vi è stato il pagamento degli arretrati né una dichiarazione di compensazione né il deposito della pigione ai sensi dell'art. 259g CO - ha proseguito la Corte cantonale - la locatrice poteva prevalersi della disdetta straordinaria prevista dall'art. 257d CO. Considerata la corrispondenza intercorsa fra i due legali delle parti in relazione all'attuale controversia, i quali hanno pure sottoscritto l'accordo 13 marzo 2009 in rappresentanza dei rispettivi clienti (cfr. consid. 1.3), l'insistenza della conduttrice nel negare che il suo avvocato fosse autorizzato a ricevere la disdetta è stata definita palesemente contraria alla buona fede.
3.4 Quanto, infine, alla tesi secondo la quale la disdetta sarebbe dovuta comunque venir annullata, siccome notificata per rappresaglia ai sensi dell'art. 271a cpv. 1 lett. a CO, a causa delle richieste della conduttrice di eliminare i difetti dell'ente locato, formulate già il 20 aprile 2009 e oggetto di una causa giudiziaria ancora pendente, i giudici d'appello hanno ricordato che, secondo la giurisprudenza del Tribunale federale, l'annullamento di una disdetta per mora del conduttore viene ammesso con estremo riserbo (sentenza 4A_361/2008 del 26 settembre 2008). Visto che in concreto la conduttrice ha fatto valere dei difetti nei locali presi in locazione dopo il 13 marzo 2009, ma ha comunque omesso di pagare l'intera pigione, per un totale di fr. 190'000.--, la disdetta straordinaria non può essere considerata abusiva, tanto più che quando ha adito l'Ufficio di conciliazione chiedendo l'eliminazione dei difetti, il 25 ottobre 2009 (cfr. consid. 2.2), la conduttrice era in mora nel pagamento della pigione già da tre mesi.
3.5 Da ultimo, il Tribunale d'appello ha scartato, siccome irricevibili per carenza di motivazione (art. 309 cpv. 2 lett. e e cpv. 5 CPC/TI), anche le obiezioni mosse dalla conduttrice contro la tassa di giustizia e le ripetibili attribuite dal Pretore alla controparte, precisando a ogni modo che il valore litigioso considerato dal primo giudice "non presta il fianco alla critica".
4. Il 25 giugno 2010 A._ SA è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale, allo scopo di ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo, la riforma della predetta sentenza nel senso di confermare sia "l'abusività della disdetta data dalla locatrice" sia "la reiezione della domanda di sfratto" e, in ogni caso, con il ricorso sussidiario in materia costituzionale, l'accertamento dell'applicazione arbitraria della legge cantonale sulla tariffa giudiziaria.
Nella risposta presentata il 14 luglio 2010 B._ SA si è opposta alla concessione dell'effetto sospensivo e ha proposto di respingere i gravami nella misura in cui sono ricevibili.
La domanda tendente al conferimento dell'effetto sospensivo è stata respinta il 20 luglio 2010.
5. Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario, concernente una controversia in materia di diritto della locazione il cui valore litigioso supera fr. 15'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. a LTF), il ricorso in materia civile risulta ricevibile.
6. Visto il tenore dell'art. 113 LTF, la proponibilità del ricorso in materia civile comporta l'inammissibilità, d'acchito, del ricorso sussidiario in materia costituzionale (DTF 133 III 545 consid. 5 pag. 552).
Giovi ricordare che, anche se il diritto procedurale cantonale non rientra fra i motivi di ricorso elencati dall'art. 95 LTF, il diritto federale (art. 95 lett. a LTF) include i diritti costituzionali dei cittadini (DTF 133 III 446 consid. 3.1). Nel quadro del ricorso in materia civile è pertanto possibile far valere la violazione del divieto dell'arbitrio - garantito dall'art. 9 Cost. - nell'interpretazione rispettivamente nell'applicazione del diritto cantonale (DTF 133 III 462 consid. 2.3 pag. 466).
7. Nella prima parte del suo allegato la ricorrente rimprovera ai giudici d'appello un "accertamento inesatto dei fatti" e "una valutazione delle prove troppo favorevole alla locatrice per quanto concerne la presunta diffida del 18 agosto 2009: non è infatti stato provato che l'invio raccomandato contenesse proprio la diffida secondo l'art. 257 d CO".
7.1 Secondo la ricorrente, omettendo di interrogare la segretaria dello studio legale del patrocinatore di controparte, la Corte cantonale avrebbe violato il suo diritto di essere sentito e la parità delle armi nell'amministrazione delle prove.
Contesta inoltre il richiamo alla prassi del Tribunale federale secondo la quale, in caso di invio dimostrato di una raccomandata, si presume ch'essa contenesse il documento allegato dalla parte che se ne prevale (cfr. consid. 3.1). "Se si seguisse in modo peregrino tale principio, allora ogni persona può mandare alla controparte raccomandate vuote e senza portata giuridica prevalendosi in seguito della [...] presunzione [ammessa dal Tribunale federale] presentando un documento qualunque. Tale modo di agire mina la sicurezza del diritto e la buona fede della parte che riceve la raccomandata". In concreto, conclude la ricorrente, la presunzione circa il contenuto della missiva può essere inficiata anche a causa del modo di agire contraddittorio e incoerente della locatrice, che ha notificato la diffida direttamente alla conduttrice e la disdetta all'avv. C._.
7.2 A prescindere dalla questione dell'ammissibilità della censura sotto il profilo della sua motivazione, non avendo a prima vista la ricorrente sostanziato adeguatamente né l'asserito accertamento manifestamente inesatto dei fatti (art. 97 LTF) né l'asserita violazione di diritti costituzionali (art. 106 cpv. 2 LTF; cfr. DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246), essa è pretestuosa.
Come osservato dal Tribunale federale nella decisione già citata al consid. 3.1, quando la prova della spedizione è stata apportata si presume che la busta contenesse effettivamente l'atto litigioso, a meno che non vi siano indizi concreti suscettibili di far sorgere dei dubbi a questo riguardo e di rovesciare la presunzione. Tocca alla parte che contesta il contenuto dell'invio raccomandato addurre argomenti idonei a rovesciare la presunzione.
Di certo non basta, a tal scopo, sostenere di non ricordare il contenuto della missiva, lasciando intendere che, magari, era vuota. La parte che "in buona fede" riceve un invio raccomandato vuoto segnala infatti l'accaduto al mittente, a maggior ragione se si tratta di una persona con cui si trova in una relazione contrattuale. Anche il tentativo d'imputare alla locatrice un comportamento contraddittorio e incoerente è destinato all'insuccesso; non si vede per quale motivo sarebbe contraddittorio inviare la diffida di pagamento direttamente alla debitrice e la rescissione del contratto al legale che da anni la assiste.
8. La ricorrente non può nemmeno "in buona fede" insistere nell'asseverare la nullità della disdetta per il motivo ch'essa è stata notificata all'avv. C._, il legale che, come appena scritto, da anni la assiste nella vertenza che la oppone alla locatrice, in sede giudiziaria ed extra-giudiziaria, non da ultimo in occasione dell'accordo venuto in essere il 13 marzo 2009 (cfr. anche consid. 1.3 e 3.3).
9. Considerato che il giudizio circa l'avvenuta notifica della diffida resiste alla critica, viene automaticamente a cadere la censura con la quale la ricorrente contesta di aver eccepito tardivamente la compensazione.
10. Inammissibile, per motivazione carente, risulta infine la censura di "arbitrarietà della tassa di giustizia e delle ripetibili".
La ricorrente rimprovera infatti alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio (vietato dall'art. 9 Cost.) nell'applicazione dell'art. 8 CPC/TI, ma non spende una parola sulla ragione che ha indotto il Tribunale d'appello - al consid. 11 dell'atto impugnato, a cui si può rinviare in virtù dell'art. 109 cpv. 3 LTF - a dichiarare irricevibili, siccome insufficientemente motivate, le obiezioni da lei mosse contro la pronunzia pretorile (cfr. anche quanto esposto al consid. 3.5). Così come formulata, la censura non ossequia i requisiti di motivazione posti dall'art. 106 cpv. 2 LTF ( DTF 134 II 244 consid. 2.2 pag. 246).
11. In conclusione, nella limitata misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile, ai limiti della temerarietà, è respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1e 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia costituzionale è inammissibile.
2. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile è respinto.
3. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alla ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.