Fatti:
A. Costituita nel 1978, la A._SA è una società anonima con sede a X._. Suo azionista ed amministratore unico è B._, di formazione montatore di impianti di riscaldamento e con diploma federale in materia di idrocarburi, ma parimenti artista ed inventore, con una ventina di brevetti depositati. Fino all'inizio degli anni '90, la società è stata attiva esclusivamente nel settore degli idrocarburi, occupandosi in particolare del risanamento di cisterne e del controllo dei relativi apparecchi d'allarme. Nel 1994, per far fronte ad una crisi di questa attività, essa ha assunto parallelamente la rappresentanza di due prodotti non legati agli idrocarburi. Uno di questi era un pallone aerostatico luminoso della ditta francese C._SA, notato da B._ al salone degli inventori di Ginevra. Il prodotto presentava tuttavia dei difetti, per cui l'operazione non ha avuto successo e il rapporto di rappresentanza esclusiva per la Svizzera e l'Italia è presto stato interrotto.
B. B._ è però riuscito a rielaborare il pallone luminoso, rendendolo funzionante ed affidabile, ed il 13 novembre 1994 ha perciò fatto brevettare una propria versione modificata del prodotto. Questo ha attirato l'attenzione di un esperto zurighese nell'individuazione e nella commercializzazione di idee innovative (start up), che ha proposto una complessa struttura societaria per svilupparlo. I diritti di sfruttamento del brevetto sono così stati ceduti ad una società offshore (la D._Ltd) la quale a sua volta li ha ceduti alla società americana E._ in cambio di 3'000'000 di azioni della stessa E._ e di USD 3'000'000 nonché di 2'100'000 azioni ad una seconda società offshore (la F._Ltd). Per il tramite di questa seconda società ad A._SA è stato riconosciuto il diritto di produrre a livello europeo i palloni luminosi, dietro un compenso iniziale di USD 2'000'000 per portare l'invenzione dalla fase concettuale alla produzione in serie.
Nella realizzazione del progetto sono tuttavia sorti conflitti tra le parti e l'operazione non ha avuto il successo sperato né ha portato gli introiti previsti. Ad ogni modo, il provento della cessione del brevetto da parte della D._Ltd (USD 3'000'000) è stato integralmente incassato ed accreditato sul conto di una nuova società offshore (la G._Ltd di Nassau), di cui B._ è avente diritto economico.
C. Sulla base di un'indagine preliminare avviata a seguito di una denuncia, il 27 settembre 2001 l'Amministrazione federale delle contribuzioni è stata incaricata di svolgere un'inchiesta nei confronti di A._SA per grave sottrazione fiscale. Il 5 giugno 2003, la Divisione inchieste fiscali speciali (DIF) ha consegnato il proprio rapporto. Essa è giunta alla conclusione che alla contribuente, tassata sulla base di un utile netto mai superiore a fr. 30'000.-- nel corso degli anni 1993-1996, andavano imputati anche il guadagno derivante dalla cessione del brevetto per i palloni luminosi ed il controvalore delle azioni della E._; conseguiti nel 1996, questi ricavi sono stati valutati in fr. 3'849'900.--, rispettivamente fr. 684'680.--. Secondo la DIF, le tassazioni già cresciute in giudicato risultavano inoltre insufficienti anche sotto altri aspetti, per cui andavano in particolare computate ulteriori riprese per fr. 108'650.-- nel 1995 e per fr. 89'650.-- nel 1996.
D. Fondandosi su detto rapporto, il 12 giugno 2003 l'Ufficio delle procedure speciali della Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino ha notificato ad A._SA l'apertura di un procedimento per recupero e per sottrazione di imposta. Raccolte le osservazione della contribuente, con decisione del 20 novembre 2003 l'autorità di tassazione ha confermato le risultanze dell'inchiesta ed ha quindi stabilito che, per l'imposta cantonale e comunale relativa agli anni 1993-1996, a titolo di recupero d'imposte, interessi di ritardo e multe tributarie (di importo identico a quello dell'imposta sottratta) era dovuta la somma totale di fr. 1'350'506.90 per il Cantone, di fr. 666'767.65 per il Comune di Y._ e di fr. 648'645.65 per il Comune di X._. Con parallela decisione ha pure determinato le imposte suppletorie e le multe (pari anche in questo caso all'imposta sottratta) in relazione all'imposta federale diretta per gli anni 1995 e 1996, fissandone l'importo complessivo a fr. 1'009'818.50.
E. Contro entrambe le decisioni A._SA ha presentato reclamo, che il 10 marzo 2004 l'Ufficio procedure speciali ha però sostanzialmente respinto, modificando in misura assai contenuta gli importi pretesi. La contribuente si è allora aggravata dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello, dove ha sollevato soprattutto critiche di ordine formale. Dopo aver esperito vari atti istruttori, con sentenza del 6 marzo 2006 la Corte cantonale ha respinto il ricorso ed ha quindi in particolare confermato l'attribuzione dei guadagni derivanti dall'invenzione alla società anziché al suo amministratore personalmente.
F. Il 4 aprile 2006 A._SA ha presentato un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale, con cui chiede di annullare la sentenza della Camera di diritto tributario e le decisioni adottate nella procedura di contravvenzione e di rinviare la causa all'istanza precedente per nuovo giudizio. Oltre a sollevare la questione della titolarità del brevetto, critica pure le ulteriori riprese effettuate dalle autorità fiscali.
La Divisione delle contribuzioni del Canton Ticino e l'Amministrazione federale delle contribuzioni (Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo) propongono la reiezione del gravame, mentre la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello rinvia alla motivazione contenuta nella sentenza impugnata, limitandosi a rilevare che dinanzi ad essa il litigio verteva unicamente sull'imputazione dei guadagni legati al brevetto per i palloni luminosi.
In sede di replica, rispettivamente duplica, le parti hanno precisato e sviluppato le loro tesi, riconfermandosi nelle precedenti conclusioni.
Diritto:
1. 1.1 Dal 1° gennaio 2007 la legge federale del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF; RS 173.110; RU 2006 pag. 1069) ha di per sé sostituito la legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG; RU 1969 pag. 784 segg.; cfr. art 131 cpv. 1 LTF). Ciononostante, considerato che la decisione impugnata è stata pronunciata prima di tale data, alla presente procedura resta ancora applicabile la pregressa normativa (art. 132 cpv. 1 LTF).
1.2 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con piena cognizione sull'ammissibilità dei gravami sottopostigli (DTF 132 III 291 consid. 1; 132 I 140 consid. 1.1), segnatamente sulla questione di sapere se gli stessi, a prescindere da come sono intitolati, vanno trattati quali ricorsi di diritto amministrativo oppure quali ricorsi di diritto pubblico (DTF 130 II 302 consid. 3; 126 II 506 consid. 1b; 124 I 223 consid. 1a).
1.3 Nella misura in cui concerne l'imposta federale diretta, la pronuncia contestata costituisce una decisione di ultima istanza cantonale fondata sul diritto pubblico federale, senz'altro impugnabile al Tribunale federale mediante ricorso di diritto amministrativo (cfr. gli art. 97 cpv. 1 e 98 lett. g OG, 5 PA e 146 della legge federale del 14 dicembre 1990, sull'imposta federale diretta [LIFD; RS 642.11], nel tenore in vigore prima del 1° gennaio 2007 [RU 1991 pag. 1229]).
1.4 Per quanto riguarda l'imposta cantonale e comunale, il ricorso di diritto amministrativo - previsto di per sé dall'art. 73 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID; RS 642.14) nel tenore in vigore prima del 1° gennaio 2007 (RU 1991 pag. 1282) - non è invece esperibile. Questo rimedio è infatti dato solo contro decisioni riferite a periodi fiscali posteriori al 1° gennaio 2001, ovvero successivi alla scadenza del termine concesso ai cantoni, in base all'art. 72 cpv. 1 LAID, per l'adeguamento delle loro legislazioni alla normativa federale (DTF 131 II 553 consid. 4.1, 1 consid. 2.1; 130 II 509 consid. 8.2). Ciò non impedisce comunque di trattare il gravame, laddove si riferisce alle imposte cantonali e comunali per gli anni 1993-1996, come ricorso di diritto pubblico, nella misura in cui ne adempie le condizioni di ammissibilità (DTF 131 I 145 consid. 2.1; 130 I 312 consid. 1.3; 126 II 506 consid. 1b).
Sotto questo profilo, è peraltro irrilevante che la sentenza impugnata segnali unicamente la possibilità di inoltrare ricorso di diritto amministrativo, menzionando, oltre all'art. 146 LIFD, anche l'art. 73 LAID. Un'eventuale indicazione inesatta o poco chiara dei rimedi giuridici non rende infatti un determinato ricorso ammissibile malgrado i relativi presupposti, stabiliti esclusivamente dal diritto federale, non siano adempiuti (DTF 125 II 293 consid. 1d; 113 Ib 212 consid. 1; 111 Ib 150 consid. 1; sentenza 1P.490/2002 del 20 novembre 2002, in: RDAT I-2003 n. 25, consid. 2.1). Per il ricorso di diritto pubblico non sussiste d'altronde alcun obbligo di indicazione imposto dal diritto federale, trattandosi di un rimedio di diritto straordinario (sentenza 1P.265/2003 del 27 maggio 2003, in: Pra 2004 n. 34, consid. 1.3).
I. Ricorso di diritto amministrativo
2. 2.1 In riferimento all'imposta federale diretta, la ricorrente è senz'altro legittimata ad aggravarsi contro il giudizio della precedente istanza (art. 103 lett. a OG) ed il suo ricorso, tempestivo, è pertanto di massima ammissibile.
2.2 Un'eccezione alla ricevibilità dell'impugnativa va tuttavia ravvisata laddove essa chiede l'annullamento non solo della sentenza della Camera di diritto tributario, ma anche delle decisioni "nella procedura di contravvenzione per sottrazione [...] dell'imposta federale diretta 1995 e 1996 e nella procedura per sottrazione [...] dell'imposta cantonale e comunale 1993, 1994, 1995 e 1996". In virtù dell'effetto devolutivo della procedura ricorsuale, le pronunce delle autorità cantonali inferiori sono infatti sostitute dal giudizio di ultima istanza e non possono essere impugnate a titolo indipendente (cfr. art. 98 lett. g OG; DTF 131 II 470 consid. 1.1; 129 II 438 consid. 1; 125 II 29 consid. 1c).
2.3 Un ulteriore motivo di inammissibilità potrebbe forse sussistere in relazione alle censure sulle "altre" riprese fiscali, quelle cioè che non concernono la titolarità dei guadagni legati al brevetto (riprese per mancato rispetto del principio di periodicità, lavori di segreteria, affitti non giustificati, uso della vettura a scopo privato, altri costi non giustificati, mancata contabilizzazione della vendita dei palloni).
La Corte cantonale ha infatti confermato dette riprese senza soffermarvisi in modo particolare, ritenendole non contestate. Di conseguenza, ci si dovrebbe chiedere se, in questa sede, l'insorgente non abbia impropriamente esteso l'oggetto del litigio, ritenuto che, per ragioni di competenza funzionale, nell'ambito di un ricorso di diritto amministrativo non possono di principio venir rimessi in discussione aspetti non evocati già dinanzi all'istanza precedente e sui quali quest'ultima si è quindi pronunciata o avrebbe dovuto farlo (DTF 133 II 35 consid. 2; sentenza 2A.121/2004 del 16 marzo 2005, in: RDAF 2005 II pag. 335, consid. 2.1; sentenza 1A.202/1991 del 3 giugno 1998, in: RDAF 1999 I pag. 254, consid. 4b/cc). È però vero che l'assunto dell'autorità inferiore non appare del tutto corretto, poiché nel gravame interposto dinanzi ad essa vi sono in realtà un paio di accenni, comunque del tutto generici e quindi fors'anche insufficientemente motivati, alle riprese controverse. Tali accenni riguardano inoltre non il merito delle singole poste contabili, ma un aspetto su cui i giudici cantonali si sono in ogni caso espressi, ossia quello dell'inesistenza dei presupposti per effettuare il recupero d'imposta. La questione può comunque rimanere aperta, poiché, se anche fossero ammissibili, le critiche sulle ulteriori riprese andrebbero in ogni caso respinte (cfr. consid. 5.4 e 8).
3. Con il ricorso di diritto amministrativo può essere fatta valere la violazione del diritto federale, che comprende l'eccesso e l'abuso del potere di apprezzamento (art. 104 lett. a OG), nonché l'accertamento inesatto o incompleto dei fatti rilevanti (art. 104 lett. b OG). Quando, come in concreto, la decisione impugnata emana da un'autorità giudiziaria, l'accertamento dei fatti da essa operato vincola tuttavia il Tribunale federale, salvo che questi risultino manifestamente inesatti o incompleti oppure siano stati appurati violando norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG). D'altro lato, il Tribunale federale applica comunque d'ufficio il diritto federale. Conformemente all'art. 114 cpv. 1 OG, esso non è legato alle conclusioni delle parti e può accogliere o respingere il ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati (DTF 131 II 361 consid. 2; 130 III 707 consid. 3.1). Questa autonomia va intesa in senso quantitativo; dal profilo obiettivo, l'autorità ricorsuale è infatti vincolata al contesto definito dall'oggetto del litigio (sentenza 2A.121/2004 del 16 marzo 2005, in: RDAF 2005 II pag. 335, consid. 2.1).
4. Dal profilo formale, la ricorrente chiede che il procedimento sia pubblico, ai sensi dell'art. 6 CEDU, e censura la carenza di motivazione delle decisioni di tassazione e di quelle su reclamo.
4.1 La pubblicità della procedura dinanzi al Tribunale federale consiste, in concreto, nello svolgimento di una seduta di deliberazione aperta alle parti (art. 17 cpv. 2 OG) a cui si aggiunge, come di consueto, la messa a disposizione presso il Tribunale federale del dispositivo della sentenza e la pubblicazione della motivazione, in forma anonimizzata, in internet (cfr. DTF 133 I 106 consid. 8, in part. consid. 8.2). La domanda della ricorrente, formulata invero senza alcuna precisazione, potrebbe però anche venir intesa come richiesta di indire un dibattimento con audizione delle parti. Tale prerogativa fa parte delle garanzie previste dall'art. 6 n. 1 CEDU, applicabile nella fattispecie nella misura in cui la procedura concerne anche la sottrazione di imposte (DTF 121 II 257 consid. 4b; 119 Ib 311 consid. 2f; sentenza 2A.480/2005 del 23 febbraio 2006, in: StR 61/2006 pag. 372, consid. 2.2). Il diritto in questione è comunque già stato salvaguardato grazie all'udienza svolta dinanzi alla Corte cantonale. Considerato che il ricorso non solleva questioni che non possano venir giudicate sulla base degli atti e che il Tribunale federale dispone per di più di un potere di cognizione limitato (cfr. art. 105 cpv. 2 OG), non v'è dunque motivo di convocare un nuovo dibattimento (DTF 119 Ib 311 consid. 7; sentenza 2A.84/1997 del 10 luglio 1997, in: ASA 67 pag. 400, consid. 1; decisione della CommissioneEDU del 4 settembre 1996, in: GAAC 1997 pag. 980, consid. 2).
4.2 Quanto alle esigenze di motivazione (cfr. art. 29 cpv. 2 Cost. e DTF 130 II 530 consid. 4.3; 129 I 232 consid. 3.2; 126 I 97 consid. 2b), non è del tutto errato sostenere che le decisioni dell'autorità di tassazione siano motivate in maniera sommaria. Per l'essenziale, esse si limitano effettivamente a rinviare al rapporto d'inchiesta del 5 giugno 2003. La ricorrente critica tuttavia solo queste decisioni, mentre riconosce che la sentenza impugnata fornisce spiegazioni più dettagliate e si esprime sui punti fondamentali della vertenza. In pratica, essa stessa ammette quindi che l'eventuale violazione del suo diritto di essere sentita è in ogni caso stata sanata dalla Camera di diritto tributario, autorità dotata di pieno potere di cognizione (DTF 129 I 129 consid. 2.2.3; 126 I 68 consid. 2; 125 V 368 consid. 4c/aa). La reiterazione in questa sede della censura sollevata dinanzi alla Corte cantonale non ha perciò alcuna portata concreta.
5. 5.1 Nel merito, va innanzitutto rilevato che l'autorità fiscale procede al recupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta ad un crimine o delitto contro l'autorità fiscale (art. 151 cpv. 1 LIFD). Se però il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e l'autorità fiscale ha accettato detta valutazione, il ricupero d'imposta non può essere operato, nemmeno se la stessa si rivela in seguito insufficiente (art. 151 cpv. 2 LIFD). Per stabilire se i nuovi fatti o mezzi di prova erano in realtà già esistenti al momento della tassazione, è determinante lo stato degli atti a quel momento (sentenza 2A.502/2005 del 2 febbraio 2006, in: StR 61 pag. 442, consid. 2). Non è necessaria una colpa del contribuente; si tratta piuttosto di valutare gli obblighi rispettivi del contribuente stesso e dell'autorità fiscale nella procedura di tassazione.
5.2 Secondo l'art. 123 cpv. 1 LIFD, le autorità di tassazione determinano con il contribuente le condizioni di fatto o di diritto determinanti per un'imposizione completa ed esatta. Di principio, la tassazione risulta quindi dalla collaborazione delle due parti. Al contribuente è infatti imposto l'obbligo di fare tutto il necessario per consentire una tassazione completa ed esatta (art. 126 cpv. 1 LIFD). In particolare, egli deve compilare il modulo della dichiarazione d'imposta in modo completo e veritiero e rinviarlo tempestivamente, con gli allegati prescritti (art. 124 cpv. 2 LIFD). Se nutre dei dubbi sulla rilevanza fiscale di un determinato fatto, non deve sottacerlo, ma segnalare la propria incertezza. In ogni caso deve esporre la situazione in maniera completa e trasparente (sentenza 2A.502/2005 del 2 febbraio 2006, in: StR 61 pag. 442, consid. 2; sentenza 2A.182/2002 del 25 aprile 2003, in: ASA 73 pag. 482, consid. 3.3.1).
D'altra parte, l'autorità fiscale controlla la dichiarazione d'imposta e procede alle indagini necessarie (art. 130 cpv. 1 LIFD). Di principio, può comunque confidare nel fatto che la dichiarazione è corretta e completa, per cui, senza particolari motivi, non è tenuta ad effettuare raffronti con gli atti di altri contribuenti né a cercare documenti complementari nell'incarto fiscale. Essa non deve comunque fondarsi sulla dichiarazione come se fosse un atto di autotassazione e deve considerare che nei relativi formulari non vanno inseriti solo dei dati di fatto, ma si pongono anche delle questioni puramente giuridiche. Un dovere di indagine complementare esiste per l'autorità di tassazione comunque solo se la dichiarazione contiene errori chiaramente evidenti, ossia manifesti. Lacune o imprecisioni semplicemente riconoscibili non bastano per ammettere che determinati fatti o mezzi di prova erano noti alle autorità già al momento della tassazione, rispettivamente per imputare loro la relativa conoscenza (sentenza 2A.502/2005 del 2 febbraio 2006, in: StR 61 pag. 442, consid. 2; sentenza 2A.182/2002 del 25 aprile 2003, in: ASA 73 pag. 482, consid. 3.3.2-3.3.3; sentenza 2A.736/2004 del 24 giugno 2005, consid. 4.3).
5.3 Per quanto concerne i proventi derivanti dalla cessione del brevetto, la ricorrente sostiene che l'esistenza di un "progetto E._" trovava diretto riscontro nella contabilità annessa alle dichiarazioni fiscali e che la sua portata avrebbe semmai dovuto essere oggetto di approfondimenti a quel momento, se del caso mediante controlli incrociati. A suo dire, lo scritto con cui il 14 ottobre 1996 lo studio fiduciario che si occupava delle sue pratiche fiscali ha risposto alla richiesta di informazioni formulata dall'Ufficio di tassazione costituirebbe d'altronde una traccia inconfutabile della notorietà del progetto.
In realtà, dagli scarni ragguagli sull'attività legata ai palloni luminosi contenute in tale scritto e dalle relative schede contabili allegatevi non era possibile comprendere la complessa struttura e l'importanza di tutta l'operazione. Per di più, l'unica vera indicazione fornita consisteva nel precisare che per il progetto in questione non era ancora stato perfezionato alcun accordo commerciale. Sulla base di questi elementi a lei noti, l'autorità non aveva alcun obbligo imperativo di intraprendere ulteriori accertamenti, in una situazione peraltro del tutto ordinaria dal profilo della rilevanza fiscale. I presupposti per una procedura di ricupero d'imposta risultano pertanto adempiuti.
5.4 La stessa conclusione s'impone anche per le altre riprese, che la ricorrente ritiene attinenti ad aspetti già noti all'autorità di tassazione, omettendo tuttavia di sostanziare veramente tale affermazione. Al di là di questa carenza di motivazione, è vero che nelle decisioni ordinarie di tassazione la competente autorità aveva già computato circa fr. 10'000.-- all'anno a titolo di prestazioni valutabili in denaro all'azionista. Si trattava però senza dubbio di una valutazione del tutto generica, condizionata dalla mancanza di informazioni chiare nella dichiarazione fiscale sui complessi intrecci societari e sui rapporti con l'amministratore. In queste circostanze, considerata anche la situazione finanziaria generale indicata dalla ricorrente, una verifica più approfondita non era esigibile né peraltro ragionevolmente praticabile. È solo grazie all'inchiesta incentrata sui proventi conseguiti con i palloni luminosi che anche aspetti come i lavori di segreteria, gli affitti pagati o l'uso dell'auto a fini privati, comunque del tutto secondari dal profilo degli importi in gioco, hanno potuto essere valutati compiutamente. Inoltre una parte importante delle riprese complementari è ancora legata al progetto E._, per cui al riguardo vale quanto affermato al considerando che precede. Ne segue che anche per questi aspetti sono emersi fatti nuovi che giustificano un ricupero d'imposta.
6. Secondo l'art. 58 cpv. 1 LIFD, l'utile netto imponibile delle persone giuridiche è determinato in base al saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente (lett. a), a cui vengono aggiunti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale (lett. b) ed i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione (lett. c).
All'utile netto imponibile appartengono in particolare anche le prestazioni che una società esegue in favore di un suo azionista, o di una persona comunque vicina, e che non sarebbero state concesse ad un terzo estraneo alla società. Secondo la giurisprudenza, si è di fronte ad una simile prestazione valutabile in denaro quando (a) la società non riceve alcuna contropartita o perlomeno non una contropartita equivalente, (b) l'azionista riceve un vantaggio che non sarebbe stato accordato alle medesime condizioni ad un terzo, per cui la prestazione risulta insolita, e (c) il carattere particolarmente vantaggioso della prestazione è riconoscibile per gli organi societari (DTF 131 II 593 consid. 5.1; 119 Ib 116 consid. 2; 115 Ib 11 consid. 5).
Quali prestazioni valutabili in denaro, qualificate pure come distribuzioni dissimulate di utili (DTF 131 II 593 consid. 5.1), valgono anche le rinunce a determinati proventi in favore dell'azionista o di una persona a lui vicina, con una corrispondente riduzione, presso la società, dell'utile esposto nel conto economico. Questa forma di prestazione valutabile in denaro viene definita con la nozione di prelevamento anticipato dell'utile (Gewinnvorwegnahme; cfr. BERNARDONI/DUCHINI, La fiscalità dell'azienda, Agno 1998, pag. 385). Essa sussiste per l'appunto quando la società non rivendica alcun diritto su introiti di sua competenza, che vengono così incassati direttamente dall'azionista, rispettivamente quando quest'ultimo non fornisce la controprestazione che la società esigerebbe da un terzo (sentenza 2A.263/2003 del 19 novembre 2003, in: ASA 74 pag. 660, consid. 2.2; sentenza 2A.602/2002 del 23 luglio 2003, consid. 2, con riferimenti).
7. La Corte cantonale ha ritenuto che i compensi percepiti per la cessione del brevetto del pallone aerostatico luminoso, valutati nel complesso a circa fr. 4'500'000.--, siano dei guadagni di spettanza della società ricorrente. Non contabilizzandoli, quest'ultima avrebbe quindi effettuato una distribuzione dissimulata di utili a favore del suo azionista ed amministratore unico B._.
7.1 Per stabilire se l'invenzione del pallone luminoso sia da attribuire a B._ a titolo indipendente oppure alla società in cui egli è attivo come amministratore, l'istanza inferiore si è in primo luogo fondata sulla norma che, nel codice delle obbligazioni, disciplina i rapporti tra datore di lavoro e lavoratore.
Secondo l'art. 332 CO, appartengono al datore di lavoro le invenzioni che il lavoratore ha fatto nello svolgimento della sua attività lavorativa e nell'adempimento dei suoi obblighi contrattuali (invenzioni di servizio; Aufgabenerfindung; art. 332 cpv. 1 CO), mentre sono del lavoratore, a meno che il datore di lavoro se ne riservi l'acquisto mediante accordo scritto, le invenzioni fatte nello svolgimento dell'attività lavorativa, ma non in adempimento degli obblighi contrattuali (invenzioni casuali; Gelegenheitserfindung; art. 332 cpv. 2 CO). Determinante, ammesso che si tratti in ogni caso di un'invenzione ottenuta nell'esercizio dell'attività professionale, è dunque sapere se tra i doveri professionali del lavoratore vi è l'obbligo di adoperarsi per la scoperta di un'invenzione. L'esistenza di tale obbligo va valutata in base all'insieme delle circostanze, segnatamente: direttive del datore di lavoro, posizione nell'azienda, risorse umane, logistiche e finanziarie a disposizione, livello salariale, grado di indipendenza nella gestione del lavoro, formazione ed esperienza, scopo della ditta (ADRIAN STAEHELIN, Zürcher Kommentar, vol. V/2c, 3a ed., Zurigo 1996, n. 8 ad art. 332; BRUNNER/ BÜHLER/WAEBER/BRUCHEZ, Kommentar zum Arbeitsvertragsrecht, 3a ed., Basilea 2005, n. 4 ad art. 332).
La ricorrente contesta che l'invenzione dei palloni luminosi sia nata nell'adempimento degli obblighi contrattuali di B._ in quanto suo dipendente, rilevando tra l'altro che egli percepiva un salario modesto. Sennonché, la posizione di controllo assoluto da parte di B._ sulla società poteva tra l'altro anche implicare che egli si adoperasse con ogni mezzo per garantirne l'avvenire, quindi, se del caso, pure mediante la diversificazione dell'attività e la scoperta di nuovi prodotti. A prescindere da questo aspetto, l'art. 332 CO ed i relativi criteri distintivi indicati servono a dirimere eventuali vertenze tra datore di lavoro e lavoratore e presuppongono forzatamente una certa separazione dei ruoli e degli interessi tra le due parti a confronto. Nel caso concreto, vi è tuttavia un'unione personale totale tra la società ed il dipendente che, proprio per questo motivo, non sono ovviamente in litigio. In queste circostanze, il salario percepito, la definizione dei compiti contrattuali del lavoratore o le aspettative legittime del datore di lavoro non sono elementi significativi perché è in pratica il lavoratore stesso a determinarli. Manca, in altri termini, il rapporto di subordinazione caratteristico del contratto di lavoro, per cui è tra l'altro perlomeno dubbio che alla relazione contrattuale tra la ricorrente e B._ siano applicabili gli art. 319 segg. CO (DTF 130 III 213 consid. 2.1; 128 III 129 consid. 1a/aa; 121 I 259 consid. 3a).
Ne discende che la menzionata norma di diritto privato assume, nella fattispecie, un'utilità solo relativa e non permette, da sola, di risolvere la controversia sulla titolarità del brevetto.
7.2 La Corte cantonale ha altresì rilevato che l'attività legata ai palloni luminosi aerostatici ha conosciuto tre fasi distinte, ciò che la ricorrente non contesta, ma anzi mette essa stessa in evidenza. In una prima fase, l'insorgente ha funto da rappresentante per la commercializzazione dei palloni fabbricati da una ditta francese, in una seconda fase vi è stato il perfezionamento del prodotto nonché la cessione del brevetto ed in una terza fase vi sarebbe dovuto essere lo sviluppo fino alla produzione in serie e l'industrializzazione degli apparecchi illuminanti, nuovamente ad opera dell'insorgente.
Considerato che la prima e la terza fase sono incontestabilmente di competenza della ricorrente, non è per nulla plausibile che la fase intermedia dell'operazione, che ne costituisce la parte rivelatasi in definitiva più lucrativa, sia da attribuire al suo amministratore unico a titolo personale. Egli ha infatti potuto sviluppare il progetto grazie all'attività di rappresentanza precedentemente assunta dalla società, cercando di porre rimedio ai difetti riscontrati nell'esercizio di tale incarico e lavorando sui palloni distribuiti dall'insorgente. Inoltre si sarebbe nuovamente avvalso della struttura societaria per la produzione e la commercializzazione del nuovo pallone. Non v'è dubbio che in una situazione normale, ossia di reale dipendenza professionale, la società avrebbe certamente rivendicato la titolarità del brevetto ed i guadagni derivanti dalla sua cessione. Al dipendente, ma anche ad un amministratore non dotato di pieno controllo sulla società, sarebbe a giusta ragione stata rimproverata la violazione dei doveri di diligenza e fedeltà (cfr. art. 321a cpv. 1 e 717 cpv. 1 CO; DTF 130 III 213 consid. 2.1).
7.3 Certo, B._ ha depositato sin dal 1972 una ventina di brevetti d'invenzione a proprio nome. Egli ha quindi sempre avuto un'importante attività collaterale accanto a quella professionale, incentrata sul risanamento di cisterne contenenti idrocarburi. Anche per il pallone aerostatico contenente gas inerte il brevetto è inoltre stato registrato a titolo personale e non a nome della società. L'invenzione in esame, a differenza delle precedenti (legate, ad esempio, al settore delle competizioni automobilistiche, a quello nautico o ancora a quello degli elettrodomestici), presenta tuttavia una connessione molto stretta con l'attività, nel frattempo diversificata, svolta dalla società. È vero che anche ad un azionista e amministratore unico deve essere riconosciuta una sfera di azione privata, che esula dal contesto della società controllata. Nel caso specifico, l'elemento di continuità con l'attività aziendale appare tuttavia determinante e prevalente rispetto alla titolarità formale del brevetto.
7.4 L'istanza precedente ha ravvisato un ulteriore aspetto significativo nell'assunzione dei costi per la registrazione del brevetto. Secondo i suoi accertamenti, il deposito del brevetto, in Svizzera e all'estero, ha comportato una spesa complessiva di fr. 67'470.50, pagata in ragione di circa fr. 13'000.-- da B._ personalmente, mentre per il resto messa a carico della società.
Questa partecipazione ai costi ampiamente maggioritaria della ricorrente non può essere considerata una semplice imprecisione contabile, già perché ad una simile giustificazione appare semmai possibile appellarsi quando vengono omessi determinati oneri e non tanto quando vengono contabilizzati. In realtà, l'assunzione delle spese risulta effettivamente un elemento oggettivo importante per attribuire la titolarità del brevetto alla società. È infatti del tutto logico che chi sopporta i costi per lo sviluppo e la registrazione di un prodotto ne tragga poi anche gli eventuali benefici.
Su questo punto, la ricorrente accenna peraltro ad un critica solo tardivamente, in sede di replica. Essa rinvia ad una sua presa di posizione in una precedente sede processuale e ad alcuni documenti prodotti, in particolare ad una tavola sinottica sui flussi finanziari tra di essa ed il suo amministratore. Questi generici rinvii non bastano certo per dimostrare la manifesta inesattezza, ai sensi dell'art. 105 cpv. 2 OG, del puntuale accertamento contabile operato dai giudici cantonali. A tale scopo, essa avrebbe dovuto quantificare i costi a suo giudizio sostenuti per la registrazione del brevetto e la quota da essa eventualmente assunta, indicando con precisione le prove che confermerebbero tale versione. In effetti, l'accertamento di un fatto è manifestamente inesatto solo se è evidente ed inequivocabile (DTF 132 I 42 consid. 3.1), ciò che la parte ricorrente, indipendentemente dall'esame d'ufficio operato dal Tribunale federale (DTF 132 I 42 consid. 3.1), deve allegare in maniera circostanziata. Il Tribunale federale non ricerca infatti esso stesso se negli atti si trovano eventuali elementi suscettibili di far apparire errate le constatazioni operate dall'istanza giudiziaria precedente (sentenza 2A.526/2006 del 6 marzo 2007, consid. 6.2).
7.5 Queste considerazioni sul carattere di principio vincolante dei fatti accertati dai giudici cantonali inducono, più in generale, a non approfondire ulteriormente l'esame della questione litigiosa. L'atto di ricorso consiste infatti sostanzialmente in una "ricostruzione dei fatti" (come indica il titolo di un suo capitolo) in cui la ricorrente espone un lungo istoriato della vicenda legata ai palloni luminosi, senza tuttavia indicare in maniera sufficientemente precisa che taluni dati di fatto o elementi di prova determinanti non sono stati presi in considerazione e ciò manifestamente a torto. In assenza di contestazioni puntuali, non compete al Tribunale federale, che non è un'autorità di tassazione di prima istanza, rivedere in maniera completa e dettagliata il voluminoso fascicolo processuale per reperire possibili indizi a sostegno della tesi ricorsuale, non ritenuti dalla Corte cantonale.
7.6 Sulla base delle considerazioni esposte, computando i guadagni derivanti dall'invenzione alla società ricorrente, la Camera di diritto tributario non ha pertanto violato il diritto federale. D'altronde, l'insorgente non ha mai sostenuto che l'onere fiscale per la cessione del brevetto sia stato in qualche modo assunto personalmente dal suo amministratore unico. Al contrario, la complessa struttura societaria utilizzata, con la costituzione di diverse società off-shore, lascia piuttosto intendere che lo scopo perseguito era quello di sottrarre gli ingenti guadagni a qualsiasi forma di imposizione.
8. Oltre all'esistenza dei presupposti per un recupero d'imposta e alla titolarità del brevetto, la ricorrente non solleva ulteriori contestazioni. In particolare, essa non critica nel merito le altre riprese, né lo ha fatto dinanzi alla Corte cantonale, spiegando ad esempio perché i conteggi e le valutazioni sui lavori di segretariato, gli affitti o l'uso della vettura per scopi privati siano concretamente insostenibili. In queste circostanze, il ricorso di diritto amministrativo concernente l'imposta federale diretta per gli anni 1995 e 1996, nella misura in cui è ammissibile, deve essere respinto.
II. Ricorso di diritto pubblico
9. 9.1 In riferimento al ricupero d'imposta e alla multa relative all'imposta cantonale e comunale per gli anni fiscali dal 1993 al 1996, la sentenza impugnata costituisce una decisione di ultima istanza cantonale contro cui a livello federale non è (ancora) dato alcun rimedio giuridico all'infuori del ricorso di diritto pubblico ai sensi degli art. 84 segg. OG (cfr. consid. 1.4). Il gravame è dunque di massima ricevibile in questa forma, ritenuto peraltro che la ricorrente dispone pacificamente della potestà ricorsuale (art. 88 OG).
9.2 Secondo l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, l'atto di ricorso deve contenere l'esposizione dei fatti essenziali e quella concisa dei diritti costituzionali o delle norme giuridiche che si pretendono violati, specificando in cosa consista la violazione. Nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico, il Tribunale federale non verifica quindi d'ufficio la costituzionalità del provvedimento contestato, ma statuisce unicamente sulle censure sollevate dall'insorgente e solo se le stesse sono sufficientemente sostanziate (DTF 130 I 258 consid. 1.3, 26 consid. 2.1; 129 I 185 consid. 1.6, 113 consid. 2.1). In particolare, quando è in discussione la violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.), il ricorrente non può limitarsi a criticare la decisione impugnata in forma appellatoria, ma deve illustrare in maniera precisa e dettagliata quali norme o principi giuridici l'autorità cantonale avrebbe violato in modo addirittura manifestamente insostenibile e perciò arbitrario (DTF 128 I 295 consid. 7a; 125 I 492 consid. 1b; 117 Ia 10 consid. 4b).
Sotto questo profilo il gravame, non presentato come ricorso di diritto pubblico e non teso a dimostrare la manifesta insostenibilità, ma semmai solo l'irregolarità del giudizio impugnato, risulta per larghi tratti inammissibile. La questione può comunque rimanere aperta.
10. In effetti, per quanto concerne le condizioni a cui soggiace il ricupero d'imposta, i doveri del contribuente e dell'autorità fiscale nell'allestimento, rispettivamente la verifica della dichiarazione d'imposta nonché la determinazione dell'utile netto delle persone giuridiche, la normativa cantonale ticinese coincide sostanzialmente con il regime in materia di imposta federale diretta (cfr. gli art. 67 cpv. 1, 196, 200 cpv. 1, 204 cpv. 1 e 236 della legge tributaria ticinese del 21 giugno 1994 [LT]). È quindi evidente che se il Tribunale federale conferma la possibilità di operare un ricupero d'imposta e l'esistenza di una distribuzione dissimulata di utili quando, decidendo in materia di imposta federale diretta, fruisce di libero potere d'esame, a maggior ragione non sovverte tali deduzioni quando, statuendo in merito all'imposta cantonale, il suo potere cognitivo è limitato al controllo dell'arbitrio.
D'altronde la conclusione non muterebbe nemmeno se si volesse ammettere che l'indicazione dei rimedi di diritto contenuta nel dispositivo della sentenza contestata (cfr. consid. 1.4) imponga esigenze meno rigorose quanto alla motivazione del gravame o l'uso di un potere cognitivo analogo a quello valido nell'ambito dei ricorsi secondo l'art. 73 LAID (sul potere cognitivo cfr. DTF 131 II 710 consid. 1.2; 130 II 202 consid. 3.1).
11. Ne segue pertanto che anche per le imposte cantonali e comunali l'impugnativa, da trattare quale ricorso di diritto pubblico, deve essere respinta, nella misura in cui è ricevibile.
III. Spese e ripetibili
12. Le spese giudiziarie vanno poste a carico della ricorrente, secondo soccombenza (art. 156 cpv. 1, 153 e 153a OG). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In riferimento all'imposta federale diretta per gli anni fiscali 1995-1996, il ricorso di diritto amministrativo è respinto, nella misura in cui è ammissibile.
2. In riferimento alle imposte cantonali e comunali per gli anni fiscali 1993-1996, il ricorso di diritto amministrativo, da trattare quale ricorso di diritto pubblico, è respinto, nella misura in cui è ammissibile.
3. La tassa di giustizia di fr. 30'000.-- è posta a carico della ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori della ricorrente, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino nonché all'Amministrazione federale delle contribuzioni, Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo.