Faits:
A. Dès septembre 2001, X._ a travaillé en qualité de directeur commercial au service des sociétés A._ SA et B._ SA, actuellement en liquidation. Il était subordonné à la directrice générale Y._. X._ s'est plaint d'une surcharge de travail et de pressions incessantes de sa supérieure, puis, dès le 22 août 2002, il s'est trouvé en incapacité totale de travail pour cause de maladie.
Par arrêt du 14 juin 2005, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a partiellement accueilli une action intentée aux sociétés employeuses par leur directeur commercial, et elle les a condamnées à lui payer diverses sommes au total d'environ 77'000 francs.
B. Dans l'intervalle, le 22 novembre 2002, X._ avait déposé une plainte pénale contre Y._. Le 28 février 2006, il a adressé un nouveau mémoire au Procureur général; il s'est constitué partie civile et a pris des conclusions tendant à ce que la prévenue soit condamnée à lui verser, avec suites d'intérêts, une réparation morale au montant de 200'000 fr. et des dommages-intérêts au total de 871'450 francs.
Par ordonnance de condamnation du 29 mars 2007, le Procureur général a reconnu Y._ coupable de lésions corporelles simples par suite du mobbing - ou harcèlement psychologique - infligé au plaignant, et il l'a condamnée à la peine pécuniaire de quarante-cinq jours-amende à 50 fr. par jour, avec sursis durant un délai d'épreuve de trois ans. L'ordonnance « réserve les droits de la partie civile ».
X._ s'est opposé à cette ordonnance afin d'obtenir une décision sur ses prétentions civiles. Par un jugement très brièvement motivé du 18 mars 2008, le Tribunal de police a derechef « réservé les droits de la partie civile ».
La Chambre pénale de la Cour de justice a statué le 27 avril 2009 sur l'appel de X._; elle a confirmé le jugement. Selon les considérants de la Cour, la juridiction des prud'hommes a statué sur les suites civiles des faits à l'origine de la poursuite pénale, et l'autorité de chose jugée est donc opposable aux conclusions de la partie civile.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, X._ requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour de justice en ce sens que Y._ soit condamnée à lui payer diverses sommes au total de 784'135 fr. en capital. Une demande d'assistance judiciaire est jointe au recours.
La partie intimée n'a pas été invitée à répondre.
Considérant en droit:
1. D'après l'art. 7 al. 1 du code de procédure pénale genevois (CPP gen.), une action civile, tendant à la réparation du dommage causé par une infraction, peut être intentée en même temps et devant le même tribunal que l'action pénale. Les conclusions que le recourant a adressées au Procureur général, le 28 février 2006, tendaient à mettre en oeuvre cette voie juridique spécifique.
Lorsque l'action pénale n'est pas portée devant un tribunal mais aboutit à une ordonnance de condamnation, le Procureur général ou le Juge d'instruction a la faculté de statuer sur l'action civile jointe à l'action pénale, mais il peut aussi « réserver les droits » de la partie civile, c'est-à-dire la renvoyer à entreprendre un procès civil distinct (art. 218A al. 3 CPP gen.: « Il statue sur les demandes de la partie civile, sauf à réserver les droits de celle-ci, et sur les frais »; Grégoire Rey, Procédure pénale genevoise, 2005, n° 1.3 ad art. 7 et n° 3.1 ad art. 218A CPP gen.).
Si l'ordonnance comporte un prononcé sur l'action civile, la partie civile a qualité pour y faire opposition (art. 218C al. 1 et 2 CPP gen.); en pareil cas, s'il n'y a pas d'autre opposition, le Tribunal de police doit annuler ce prononcé et réserver les droits de la partie civile; il n'est pas habilité à statuer lui-même sur l'action civile (art. 218E al. 2 CPP gen.: « En cas d'opposition limitée au prononcé civil, le tribunal réserve les droits de la partie civile »). Dans la présente affaire, le jugement du Tribunal de police du 18 mars 2008 est motivé par une simple référence à cette disposition, qui est précisément appliquée.
Dans son dispositif, l'arrêt de la Cour de justice « confirme » ce jugement; il confirme donc que le recourant est renvoyé à entreprendre, s'il s'y croit fondé, un procès civil contre Y._. A première vue, il s'agit d'une décision finale, susceptible de recours selont l'art. 90 LTF, car même si le sort des prétentions civiles n'est pas définitivement réglé, cette décision met fin à la procédure entreprise devant la juridiction pénale (cf. Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, nos 2 et 9 ad art. 90 LTF; voir aussi ATF 133 V 477 consid. 4.1.4 p. 480). Elle paraît assimilable au prononcé par lequel une autorité décline sa compétence. Il n'est cependant pas nécessaire de statuer sur la portée de l'art. 90 LTF car le recours est de toute manière irrecevable, faute d'une motivation conforme aux exigences de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF. En effet, le recourant ne tente pas de démontrer que les art. 218A al. 3 et 218E al. 2 CPP gen. soient appliqués d'une manière contraire aux règles à invoquer selon l'art. 95 LTF. En particulier, le recourant ne prétend pas que ces dispositions cantonales soient appliquées arbitrairement, en violation de l'art. 9 Cst. Il ne met pas non plus en doute qu'elles soient compatibles avec l'art. 38 al. 4 de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5; cf. ATF 130 IV 90 consid. 3.1 p. 93/94).
2. Dans les motifs de sa décision, la Cour de justice expose que les deux actions civiles intentées par le recourant, soit celle partiellement accueillie par la juridiction des prud'hommes et celle jointe à la plainte pénale, portent sur les mêmes prétentions et reposent sur les mêmes faits, de sorte que l'autorité de l'arrêt du 14 juin 2005 fait obstacle à cette seconde action. Le recourant critique ces considérants; avec raison, il fait valoir que les deux actions n'opposaient ou n'opposent pas les mêmes parties: ce sont deux sociétés anonymes, actuellement en liquidation, qui étaient recherchées devant la juridiction des prud'hommes, tandis que l'action jointe à la plainte pénale est dirigée contre Y._. Quoiqu'erronées, les digressions de la Cour laissent subsister le fondement juridique réel de la décision attaquée: dans la procédure de l'ordonnance de condamnation, selon les dispositions cantonales déterminantes, le lésé n'a pas le droit d'obtenir une décision sur ses prétentions civiles.
3. Selon l'art. 64 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral peut accorder l'assistance judiciaire à une partie lorsque celle-ci ne dispose pas de ressources suffisantes et que ses conclusions ne paraissent pas d'emblée vouées à l'échec. Alors même que la décision présentement attaquée comporte une motivation inadéquate, le recours était manifestement dépourvu de chances de succès, de sorte que la demande d'assistance judiciaire présentée devant le Tribunal fédéral doit être rejetée. En revanche, à titre exceptionnel et sur la base de l'art. 66 al. 1 LTF, le recourant peut être dispensé de l'émolument judiciaire.
La partie intimée n'a pas été invitée à répondre au recours et il ne lui sera donc pas alloué de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire ni alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente Le greffier:
Klett Thélin