A.- Die X._ AG wurde durch Beschluss der Generalversammlung vom 25. Juni 1997 infolge Fusion mit der Y._ AG aufgelöst. Die Aktiven und Passiven gingen gemäss Fusionsbilanz per 1. Januar 1997 durch Universalsukzession auf die Y._ AG über; diese fiel am 5. Februar 1998 in Konkurs. Mit Verfügung vom 29. April 1998 verpflichtete die Ausgleichskasse Promea (nachfolgend:
Ausgleichskasse), bei welcher die Gesellschaft bis 31. Dezember 1997 als Mitglied angeschlossen war, B._ als ehemals einziges Verwaltungsratsmitglied sowohl der X._ AG als auch der Y._ AG zur Leistung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 67'359. 15 für entgangene Sozialversicherungsbeiträge (einschliesslich Verwaltungskostenbeiträge, Verzugszinsen, Mahngebühren und Betreibungskosten).
Dagegen erhob B._ am 6. Mai 1998 Einspruch.
Mit Schreiben vom 14. Mai 1998 an das Konkursamt reduzierte die Ausgleichskasse ihre Forderung auf Fr. 47'107. 90.
B.- Die Ausgleichskasse machte ihre Forderung in der Höhe von Fr. 47'107. 90 gegen B._ klageweise beim Versicherungsgericht des Kantons Basel-Landschaft geltend, welches die Klage mit Entscheid vom 17. April 2000 abwies, da die Kasse in Bezug auf den Schadensbetrag ihrer Substanziierungspflicht nicht nachgekommen sei.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die Ausgleichskasse, der angefochtene Entscheid sei, soweit er Ansprüche kraft Bundesrechts betreffe, aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese über die Schadenersatzklage neu entscheide. Eventualiter sei der Beklagte zu verpflichten, der Ausgleichskasse den kraft Bundesrecht geschuldeten Schaden für entgangene Beiträge über Fr. 46'915. 10 zu bezahlen.
B._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, während sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lässt.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Nachdem das kantonale Gericht die Schadenersatzklage der Ausgleichskasse allein mangels Substanziierung der geltend gemachten Forderung abgewiesen und die Frage des qualifizierten Verschuldens offen gelassen hat, ist einzig zu prüfen, ob die Ausgleichskasse in Bezug auf den Schadenersatzbetrag ihrer Substanziierungspflicht in ausreichendem Masse nachgekommen ist.
b) Die Vorinstanz hat dies verneint und festgehalten, die Höhe der Schadenersatzforderung lasse sich anhand der Schlussabrechnung nicht ermitteln. Auf dem Kontoauszug vom 22. Januar 1999 erscheine zwar ein der geltend gemachten Schadenersatzforderung entsprechender Saldo von Fr. 47'107. 90, die einzelnen Beitragsverfügungen könnten anhand der vorliegenden Akten jedoch nicht überprüft werden.
Auf Grund des Kontoauszuges sei zwar ersichtlich, dass eine Korrektur in der Höhe von Fr. 19'971. 25 vorgenommen worden sei, welche die am 17. Juli 1997 erfolgten Buchungen betreffe. Worauf diese Differenz zurückzuführen sei, lasse sich den vorhandenen Unterlagen ebenfalls nicht entnehmen.
Es sei festzustellen, dass mangels Überprüfbarkeit der einzelnen Beitragsposten auf den Kontoauszug vom 22. Januar 1999 nicht abgestellt werden könne. Mit der Replik werde zwar deutlich, welche Beiträge für welche Monate geschuldet seien. Die Überprüfung, ob die einzelnen Beitragsforderungen für die Monate März bis Juni 1997 in der geltend gemachten Höhe zu Recht bestehen, sei jedoch auf Grund der Akten und der von der Vertreterin der Ausgleichskasse gemachten Ausführungen nicht möglich. Einzig die gestützt auf die am 22. August 1997 durchgeführte Arbeitgeberrevision erlassene Nachforderungsverfügung vom 29. August 1997 in der Höhe von Fr. 1054. 05 und die geforderten Verzugszinsen seien belegt. Das reiche aber nicht aus, die Höhe der geltend gemachten Schadenersatzforderung nachzuvollziehen.
c) Der Schadenersatzprozess gemäss Art. 81 AHVV ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 81 Abs. 3 AHVV in Verbindung mit Art. 85 Abs. 2 lit. c AHVG), welcher besagt, dass der Richter von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes zu sorgen hat (vgl. BGE 108 V 197 Erw. 5). Der Untersuchungsgrundsatz gilt aber nicht uneingeschränkt, sondern wird durch die verschiedenen Mitwirkungspflichten der Parteien ergänzt (BGE 122 V 158 Erw. 1a mit Hinweisen). Dazu gehört auch die Substanziierungspflicht, welche besagt, dass die wesentlichen Tatsachenbehauptungen und -bestreitungen in den Rechtsschriften enthalten sein müssen (Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. , Bern 1983, S. 208).
Für die Ausgleichskasse bedeutet dies, die Schadenersatzforderung soweit zu substanziieren, dass sie überprüft werden kann. Dabei sind zwei Aspekte zu unterscheiden.
Einerseits hat die Ausgleichskasse den eingeklagten Forderungsbetrag zeitlich und masslich zu spezifizieren, also gestützt auf eine Beitragsübersicht zu behaupten, wie sich der eingeklagte Betrag zusammensetzt. Mit Blick auf das Verhältnis zwischen Untersuchungsgrundsatz und Mitwirkungspflicht genügt ein blosser Verweis in der Klage auf die Beitragsübersicht nur bei Evidenz, wenn also der Gesamtbetrag ohne weiteres aus der beigelegten Beitragsübersicht ersichtlich ist. Ist indessen nicht offensichtlich erkennbar, wie sich der Forderungsbetrag zusammensetzt, sei es wegen widersprüchlicher Saldi, unterschiedlich datierter Buchungen, schwankender Beiträge, Stornierungen oder Verrechnungen (z.B. mit FAK-Guthaben), ist es nicht Sache des angerufenen Gerichtes, selbst in EDV-Ausdrucken und Abrechnungen nach denjenigen Positionen zu forschen, welche für die Schadenshöhe von Belang sind, und zu eruieren, wie der Forderungsbetrag doch ermittelt werden könnte. Vielmehr hat die Ausgleichskasse im Rahmen ihrer Mitwirkungspflicht durch erläuternde Bezugnahme auf die Beitragsübersicht und andere von ihr eingereichte Akten darzutun, wie und gestützt worauf sie den Forderungsbetrag ermittelt hat.
Andererseits gehört zur Substanziierungspflicht auch, den eingeklagten Forderungsbetrag oder Teile davon zu belegen, also durch Einreichung von Lohnabrechnungen, Nachzahlungs- oder Veranlagungsverfügungen die in der Beitragsübersicht enthaltenen Zahlungsvorgänge zu beweisen. Dies ist allerdings nur erforderlich, wenn die Forderung in der kantonalen Klageantwort masslich mit konkreten, nicht ohne weiteres widerlegbaren Einwendungen bestritten wird oder sich auf Grund der Akten greifbare Anhaltspunkte für Unrichtigkeiten ergeben.
d) Die Ausgleichskasse machte in der Verfügung vom 29. April 1998 wie auch in der Klageschrift vom 2. Juni 1998 einen Forderungsbetrag von Fr. 47'107. 90 geltend, ohne näher auszuführen, wie sich dieser zusammensetzt oder auf welche Beitragsdauer er sich bezieht. In der Klageschrift wurde auf die Forderungseingabe an das Konkursamt vom 20. März 1998 und die korrigierte (d.h. um Fr. 20'251. 25 auf Fr. 47'107. 90 reduzierte) Forderungseingabe vom 14. Mai 1998 verwiesen, aus welchen ebenfalls nur der Forderungsbetrag ersichtlich ist und zudem nicht hervorgeht, weshalb und gestützt worauf die Reduktion erfolgte. Zudem wurden Kopien eines Zahlungsbefehls, eines Fortsetzungsbegehrens sowie zweier Verwertungsbegehren über verschiedene Beiträge eingereicht, deren Bezug zum Forderungsbetrag ebenfalls nicht dargelegt ist.
Erstmals in der Replik vom 29. Januar 1999 findet sich eine Aufstellung zur Zusammensetzung des Forderungsbetrages; dabei wird indes ein Posten "Korrektur Beiträge 1997" abgezogen, der seinerseits nicht weiter erläutert wird.
Auch aus der beigelegten Schlussabrechnung vom 19. August 1997, die in unübersichtlicher Weise zunächst einen ersten Saldo zu Gunsten der X._ AG von Fr. -46'719. 60 ausweist, dann unter der Rubrik "ausserdem sind noch offen" Fr. 89'622. 60 aufführt und schliesslich einen Saldo zu Gunsten der Ausgleichskasse von Fr. 6950. 50 ausweist, geht nicht hervor, wie die Ausgleichskasse den Forderungsbetrag ermittelt hat. Der Kontoauszug weist zwar einen Saldo in der Höhe des Forderungsbetrages aus, jedoch ist auf Grund diverser Umbuchungen auch hier nicht ersichtlich, wie sich der Forderungsbetrag zusammensetzt. Schliesslich konnte die Ausgleichskasse anlässlich der Verhandlung vom 17. April 2000 trotz entsprechender Fragen des Gerichts und der Parteien nicht schlüssig erläutern, wie sie den Schadensbetrag ermittelte und weshalb die Korrektur von Fr. 67'359. 15 auf Fr. 47'107. 90 erfolgte, sondern räumte selber ein, die Schlussabrechnung sei unglücklich abgefasst und die vorgenommene interne Korrektur nicht klar.
Unter diesen Umständen kann die Substanziierungspflicht der Ausgleichskasse nicht als erfüllt gelten, zumal es nach dem Gesagten nicht Sache des angerufenen Gerichts ist, Differenzen in der Beitragsabrechnung, welche selbst die Ausgleichskasse nicht mehr nachvollziehen kann, zu erläutern. Die Vorinstanz hat die Schadenersatzklage deshalb zu Recht abgewiesen.
3.- Da es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, ist das Verfahren kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Dem Ausgang des Prozesses entsprechend sind die Gerichtskosten von Fr. 3500.- der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von total Fr. 3500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Die Ausgleichskasse Promea hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 500.-
(einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Basel-Landschaft und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 13. Februar 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: