Faits:
A. Par arrêt du 17 mars 2005, la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a condamné B.X._, pour brigandage qualifié commis à Courrendlin les 27-28 novembre 2002, infraction grave à la LCR, injures et menaces, à une peine de dix ans de réclusion.
B. Par arrêt du 18 juin 2008, la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a condamné B.X._, pour brigandages qualifiés, tentative de brigandage qualifié, instigation de délit manqué d'extorsion et chantage, infractions graves à la LCR, recel et utilisation frauduleuse d'un ordinateur, à une peine privative de liberté de 5 ans, peine complémentaire à celle prononcée le 17 mars 2005.
Cette condamnation repose, en bref, sur les éléments suivants.
B.a Dans un accident du 4 novembre 2000, la voiture conduite par B.X._ a été totalement détruite. Celui-ci a fait valoir une prétention de plus de 40'000 fr. auprès de la Zurich assurances, qui, agissant par l'intermédiaire de F._, a accepté de lui verser 5'654 fr. 55. Le 2 janvier 2001, B.X._ a téléphoné à F._ pour lui réclamer l'argent de l'assurance en lui disant notamment « meilleures salutations à votre femme », ce qui a été ressenti comme une menace par le prénommé.
Le 27 janvier 2001, B.X._ a donné rendez-vous à un ami, G._. Il lui a demandé de téléphoner à F._, celui-ci lui devant de l'argent, en s'annonçant sous le faux nom de Yusuf Fadil et de lire ceci: « tu sais de quoi il retourne, tu as deux semaines pour verser l'argent, sinon tu es un homme mort ».
B.b Le 30 août 2002 vers minuit 45 à Haldenstein, deux individus masqués sont entrés dans la chambre à coucher que H._ partageait avec sa fille. Les agresseurs l'ont bâillonnée avec un ruban adhésif et ont ligoté les victimes. Ils ont dérobé divers objets et valeurs. Ils ont également frappé la victime et l'un d'entre eux a pratiqué sur elle des attouchements à caractère sexuel jusqu'à ce que l'autre lui dise d'arrêter. Ils l'ont ensuite forcée à donner le code de sa carte tout en la frappant sur la tête à plusieurs reprises. Un retrait d'argent a été tenté, le 30 août 2002 à 5 heures 08, au postomat de Laufenburg.
B.c Le 12 novembre 2002, peu après 5 heures du matin, alors qu'il se rendait à son travail, à la poste de Hunzenschwil, A._ a été intercepté et maîtrisé par deux individus masqués au moment même où il ouvrait la porte de service. Il a été poussé à l'intérieur du local et ligoté. Peu de temps après, B._ a également pénétré par la porte de service et a été maîtrisé et ligoté de la même manière. Aux environs de 5 heures 50, C._ est entrée dans la poste pour commencer son travail. A ce moment-là, elle a été maîtrisée, poussée à l'intérieur du bureau et jetée à terre. Peu après 6 heures, D._ a été maîtrisé de la même façon par les deux individus armés et jeté à terre. Les employés ont été délestés de leurs valeurs et, sous la menace, contraints de communiquer le code de leur carte de crédit.
Le même jour, à 6 heures 24 et 25, il a été retiré, au moyen des postcards volées à C._, deux fois 1'000 fr., à un bureau postal à Neuenhof.
B.d Le 25 novembre 2002 vers 23 heures, E._ a parqué son véhicule à St-Margrethen. Alors qu'elle s'apprêtait à quitter sa voiture, un inconnu a ouvert la porte côté conducteur et l'a sommée de se déplacer sur le siège passager en la menaçant avec une arme. Au même moment, une autre personne s'est installée sur le siège arrière et le conducteur a déplacé le véhicule sur une place de parc à Untervaz, localité située à quelque 73.5 km de St-Margrethen et 11 km de Coire, pour dévaliser la victime avant de l'enfermer dans le coffre de sa voiture.
B.e Le 20 décembre 2002, à Flawil, aux alentours de 19 heures 15, I._ a parqué son véhicule dans le garage souterrain de son immeuble. Au moment où elle quittait sa voiture, elle a été agressée par deux hommes masqués dont l'un tenait une arme à la main. I._ a pu réintégrer et verrouiller son véhicule. L'un des deux individus a assené plusieurs coups de crosse de revolver sur la fenêtre du conducteur. La victime a pu mettre en route sa voiture et quitter le garage.
B.f Le 23 décembre 2002 à Niederbüren, aux alentours de 6 heures 03, deux hommes masqués ont forcé, sous la menace d'une arme à feu, un employé à ouvrir la porte menant au bureau de poste puis, après l'avoir empoigné par le col, l'ont couché au sol en le maintenant à terre, l'ont fouillé et lui ont dérobé 450 fr. Ils ont ensuite pénétré dans le bureau postal, forcé un autre employé à ouvrir le coffre-fort, mais y ont renoncé du fait que l'alarme aurait pu se déclencher. De ce fait, ils ont contraint le même postier à ouvrir le guichet puis, après l'avoir forcé à se coucher au sol, ont dérobé dans la caisse une somme de 400 fr. 70 et plusieurs cartes de téléphone pour un montant de 1'015 fr.
B.g Le 1er janvier 2003, aux alentours de 5 heures 40, J._, gérante de la station Coop à Wallisellen, a été interpellée par un homme masqué armé d'un pistolet, qui l'a poussée dans le bureau de la station et, après l'avoir menacée, l'a frappée violemment dans le dos et sur la tête au moyen de son arme. Il s'est ensuite emparé de divers objets et valeurs, avant de prendre la fuite.
C. B.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu et du principe « in dubio pro reo », il conclut à ce qu'il soit condamné, pour infractions graves à la LCR et recel, à la peine privative de liberté de 60 jours et acquitté des autres chefs d'accusation retenus à son encontre. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le délai de recours est de 30 jours dès la notification de l'expédition complète de la décision attaquée (art. 100 al. 1 LTF). L'écriture complémentaire déposée par le recourant le 26 octobre 2008 est par conséquent tardive, l'arrêt attaqué lui ayant été notifié le 24 juillet 2008.
1.2 Peu importe, en l'état, que l'autorité cantonale n'ait pas statué sur recours, comme le prévoit l'art. 80 al. 2 LTF, compte tenu du délai dont disposent les cantons pour édicter les dispositions d'exécution relatives, notamment, à la compétence des autorités précédentes en matière pénale (cf. art. 130 al. 1 LTF).
2. Contestant les infractions commises, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu et se prévaut du principe « in dubio pro reo ».
2.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. confère à toute personne le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, d'offrir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, de participer à l'administration des preuves et de se déterminer à leur propos (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504). Cette garantie inclut le droit à l'administration des preuves valablement offertes, à moins que le fait à prouver ne soit dépourvu de pertinence ou que la preuve apparaisse manifestement inapte à la révélation de la vérité. Par ailleurs, le juge est autorisé à effectuer une appréciation anticipée des preuves déjà disponibles et, s'il peut admettre de façon exempte d'arbitraire qu'une preuve supplémentaire offerte par une partie serait impropre à ébranler sa conviction, refuser d'administrer cette preuve (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157).
2.2 Tel qu'il est invoqué, soit comme règle de l'appréciation des preuves, le principe "in dubio pro reo" interdit au juge de se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective des éléments de preuve recueillis laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait. Le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute sur la base des éléments dont il disposait, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40 ss; 124 I 208 consid. 4 p. 211).
La notion d'arbitraire a été rappelée récemment dans l'ATF 133 I 149 consid. 3.1, auquel on peut donc se référer.
2.3 Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 133 III 393 consid. 6, 638 consid. 2). Ainsi, le justiciable qui se plaint d'arbitraire ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité supérieure jouit d'une libre cognition. Il ne saurait, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation rigoureuse, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (cf. ATF 133 III 585 consid. 4.1; 130 I 258 consid. 1.3).
3. Le recourant conteste sa participation au brigandage commis à Wangen/Brüttisellen (cf. supra consid. B.g; consid. E.1 à E.3 p. 20 de l'arrêt attaqué).
3.1 La Cour criminelle a admis la culpabilité de l'intéressé en se fondant sur plusieurs éléments. D'une part, ce dernier était sous écoute téléphonique à cette époque, de telle sorte que ses propos ont été dûment enregistrés. D'autre part, son téléphone portable, qu'il a déclaré porter sur lui les 31 décembre 2002 et 1er janvier 2003, a été localisé par des antennes proches du lieu de l'infraction aux heures de commission du brigandage. Enfin, le recourant a donné des explications qui n'étaient pas crédibles lors de ses auditions, prétextant s'être rendu dans la région avec un ami venu d'Allemagne dont il ne connaît ni le nom ni l'adresse pour voir une voiture au milieu de la nuit.
3.2 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir ignoré qu'il ne correspondait pas à la description donnée par la victime, ni au personnage figurant sur le film de la caméra de surveillance. Il relève également que le mode opératoire différait de celui des autres brigandages dès lors que l'auteur ne portait pas de gants.
Ce faisant, le recourant conteste l'appréciation des preuves en alléguant simplement de nouveaux éléments, sans toutefois démontrer, par le biais de pièces précises figurant au dossier, en quoi ceux-ci seraient avérés. Or, il n'appartient pas au Tribunal fédéral, qui est un juge du droit, de compulser un volumineux dossier pour tenter de retrouver les éléments invoqués (ATF 99 Ia 586 consid. 3). Une telle motivation est insuffisante et donc irrecevable.
3.3 Le recourant se plaint du fait que sa condamnation repose sur les seuls relevés téléphoniques, alors qu'il a reconnu qu'il était dans la région au moment de l'infraction.
Cette argumentation est insuffisante pour démontrer l'arbitraire dans l'appréciation des preuves. En effet, le recourant ne se prononce pas sur ses déclarations que la Cour criminelle a jugées peu crédibles et n'explique pas en quoi cette appréciation serait manifestement insoutenable. Par ailleurs, sur la base des relevés téléphoniques, le défaut d'explications crédibles, la situation financière précaire du recourant et le fait qu'il s'est retrouvé, à plusieurs reprises, sur les lieux de commission de brigandages, l'autorité précédente pouvait, sans arbitraire, conclure à la culpabilité de l'intéressé.
3.4 Le recourant fait valoir que les écoutes téléphoniques enregistrées lors du brigandage ne figurent pas au dossier.
La Cour criminelle a retenu que l'accusé était sous écoute à l'époque de ce brigandage, de telle sorte que ses propos avaient été dûment enregistrés. Or, elle ne se réfère à aucune pièce du dossier et on ne trouve pas, dans le classeur zurichois, de cassettes, ni de procès-verbaux relatant le contenu dédits enregistrements. Dans ces conditions, cet élément ne saurait être retenu comme indice à charge pour établir la culpabilité du recourant.
Reste que, selon un procès-verbal d'audition, un policier a informé l'intéressé que son natel était sous écoute et que l'on pouvait vivre en direct le déroulement du brigandage. Le recourant s'est alors contenté de répondre que c'était possible, mais qu'il s'agissait d'une farce qu'il avait faite avec des amis (cf. pièce n° 30 du classeur zurichois). Or, faire une telle blague au moment même où se déroule un brigandage ne saurait constituer un simple hasard. Ainsi, cet élément, ajouté aux relevés téléphoniques, à l'absence d'explications crédibles et à la mauvaise situation financière du recourant, sont suffisants pour conclure à la culpabilité de ce dernier.
Dans ces conditions, on ne discerne pas d'arbitraire dans le résultat de l'appréciation des preuves et le grief doit être rejeté.
4. Le recourant conteste sa condamnation pour instigation de délit manqué d'extorsion et de chantage (cf. supra consid. B.a; consid. G.1 à G.4 p. 22 s de l'arrêt attaqué).
4.1 La Cour criminelle a admis la culpabilité du recourant, au motif que l'un des participants à l'infraction, soit l'instigué, avait reconnu les faits pour lesquels il avait d'ailleurs été condamné à une peine d'emprisonnement de 3 mois avec sursis et à une amende.
4.2 Le recourant affirme que le témoignage de G._ est infirmé par celui de K._ et soutient que le fait d'avoir demandé à l'instigué de s'annoncer sous le faux nom de Yusuf Fadil est contraire aux actes du dossier.
Ce faisant, le recourant se borne à opposer un témoignage à un autre et à contester l'appréciation des preuves, sans aucunement se référer à des pièces précises du dossier et donc démontrer, conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 2.3), en quoi les constatations cantonales seraient arbitraires. La critique est donc irrecevable.
4.3 Le recourant conteste l'élément intentionnel de l'infraction retenue, expliquant qu'il pensait avoir droit à l'argent de l'assurance. Cette argumentation repose simplement sur un fait nouveau qui ne résulte pas de l'arrêt attaqué (art. 99 al. 1 LTF). Elle est donc irrecevable.
5. Le recourant conteste s'être rendu coupable d'utilisation frauduleuse d'un ordinateur, infraction commise à Neuenhof le 12 novembre 2002 au préjudice de C._ (cf. supra consid. B.c; consid. A.1 à A.7 p. 12 ss de l'arrêt attaqué).
A l'appui de son argumentation, il se prévaut des déclarations d'un témoin qui aurait observé les deux hommes au moment du retrait effectué au postomat et reconnu un dénommé L._. Ce faisant, l'intéressé se contente d'invoquer un élément de preuve, sans même l'établir puisqu'il ne se réfère à aucune pièce du dossier. Une telle critique est irrecevable.
6. Le recourant conteste les éléments retenus pour établir sa culpabilité dans le cadre du brigandage commis à l'encontre de H._ et sa fille M._ (cf. supra consid. B.b; consid. F.1 à F.7 p. 20 ss de l'arrêt attaqué).
6.1 Invoquant une violation des art. 32 Cst. et 6 CEDH, il estime que la lettre qu'il a adressée à son mandataire doit être retirée du dossier dès lors qu'elle relève de la confidentialité de la correspondance échangée entre client et avocat.
6.1.1 La Cour criminelle a admis la culpabilité du recourant en se basant sur les éléments suivants. D'une part, les soupçons formés par la victime et son mari, qui connaissaient bien l'intéressé, ont été corroborés par le témoin N._. En effet, celui-ci a formellement reconnu l'accusé, sur 14 photographies qui lui ont été présentées par la police, comme étant la personne qui se trouvait aux alentours de son immeuble et qui a jeté de la nourriture à son chien la veille du brigandage. D'autre part, la surveillance téléphonique rétroactive a permis de localiser deux appels du recourant, le 30 août 2002 à minuit quarante, soit au moment des faits et sur les lieux de l'infraction. En outre, le recourant a admis s'être rendu à Coire et à Haldenstein ce soir-là. Enfin, il a adressé à son mandataire une lettre qui a été photocopiée avec son autorisation et mise au dossier par un inspecteur de police. Dans ce courrier, il a déclaré que le brigandage a été perpétré par deux Albanais qui lui ont donné la postcard de la victime en lui indiquant le numéro de code, ce qui lui a permis d'aller chercher de l'argent en opérant le retrait à la poste à Laufenburg.
6.1.2 Il résulte de cette motivation que la lettre du recourant à son mandataire ne constitue pas un élément décisif dans l'appréciation des preuves. En effet, le retrait de ce courrier du dossier ne suffirait pas à ébranler la conviction acquise sur la base des autres indices, qui peuvent être jugés, sans arbitraire, comme suffisants (cf. infra consid. 6.2). Par conséquent, le grief invoqué tombe à faux.
6.2 Le recourant fait valoir que sa culpabilité n'est fondée sur aucun indice autre que sa présence révélée par son natel, alors qu'il a reconnu qu'il était dans les parages le soir de l'infraction. Il explique également que la victime est revenue sur son témoignage initial.
Ce faisant, le recourant se livre à une critique purement appellatoire de certains faits retenus, en opposant sa version à celle de l'autorité cantonale, sans démontrer d'arbitraire d'une manière qui satisfasse un tant soit peu aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2.3). Par ailleurs, il ne se prévaut d'aucune pièce précise du dossier s'agissant des éventuelles rétractations de la victime. Sa critique est donc irrecevable.
7. S'agissant des brigandages d'Hunzenschwil, St-Margrethen, Flawil et Niederbüren (cf. supra consid. B.c, B.d, B.e, B.f, ), le recourant conteste que sa culpabilité puisse être fondée sur les seuls relevés téléphoniques. Il fait valoir que les antennes de téléphonie mobile couvraient environ 20 à 30 km, de sorte que sa situation ne pouvait être établie de manière précise, qu'il était souvent de sortie dans la région et qu'il ne pouvait plus se souvenir, plusieurs années après les faits, du lieu où il se trouvait précisément aux dates de la commission desdites infractions.
7.1 La Cour cantonale a tout d'abord constaté que, selon les relevés téléphoniques, les trois coaccusés avaient utilisé leur natel au moment des faits (dans tous les cas à quelques minutes près de la commission des infractions) et aux abords des lieux mêmes où avaient été commis les brigandages. Elle a ensuite retenu que le recourant avait été incapable de fournir des explications plausibles et satisfaisantes pour justifier l'utilisation de son natel sur les lieux des forfaits, de surcroît en compagnie des mêmes coauteurs que lors du brigandage du Casino 138 (cf. supra consid. A). Ainsi, le recourant avait invoqué le fait qu'il avait, à de nombreuses reprises, prêté son portable à des dénommés O._, P._ et Q._, sans toutefois pouvoir fournir l'identité de ces personnes, ni une adresse, ce qui était pour le moins bizarre, ce d'autant plus qu'il avait déclaré leur avoir prêté également sa voiture. D'ailleurs, il avait déjà invoqué le même moyen de défense dans le cadre de la procédure du Casino 138, ce qui s'était avéré faux. De plus, ses déclarations étaient contredites par celles de son coaccusé Y._. Le recourant s'était également prévalu de ses nombreuses sorties en compagnie du prénommé, celles-ci ne permettant toutefois pas d'expliquer pour quelles raisons son natel avait été repéré à huit reprises aux environs immédiats des lieux et aux heures de commission de ces infractions. Enfin, la Cour a retenu, à titre d'indice, sa situation financière précaire, dès lors qu'il ne travaillait plus depuis septembre 2002 sans s'être annoncé au chômage.
7.2 Les premiers juges n'ont pas ignoré que les antennes en campagne couvraient entre 20 et 30 km (cf. arrêt attaqué p. 13). De plus, au regard de leur argumentation, ils n'ont pas admis la culpabilité du recourant sur la base des seuls relevés téléphoniques - qui peuvent d'ailleurs révéler plusieurs éléments - mais en se fondant sur un faisceau d'indices concordants. Pour le reste, ils pouvaient, sans arbitraire, admettre la participation du recourant aux brigandages précités en se basant sur les éléments retenus. En effet, le seul fait que le portable de l'accusé ait été localisé, à huit reprises, au moment et aux abords des lieux où ont été commis différents brigandages constitue un élément suffisamment convaincant quant à sa culpabilité. Par ailleurs, selon les constatations cantonales, le recourant n'a jamais affirmé, au cours de l'enquête, ne pas pouvoir se souvenir de l'endroit où il était lors des brigandages, mais a en revanche fourni des explications qui ont été jugées comme peu crédibles pour des motifs tout-à-fait pertinents, que le recourant ne conteste pas conformément aux exigences légales (cf. supra consid. 2.3). Dans ces conditions, le grief est infondé.
8. Le recourant conteste les éléments retenus pour admettre sa participation au brigandage de Hunzenschwil (cf. supra consid. B.c; consid. A.2 à A.7 p. 13 s de l'arrêt attaqué).
8.1 Selon les constatations cantonales, cette infraction s'est déroulée, le 12 novembre 2002, peu après 5 heures du matin et a duré environ une heure.
Le natel de A.X._ a été localisé par l'antenne de Rupperswil de 4 heures 22 à 6 heures 08 et par celle de Niederlenz à 6 heures 10, deux lieux situés à proximité immédiate de Hunzenschwil. Le portable du recourant a été localisé de 4 heures 21 à 6 heures 09 par l'antenne de Schafisheim, toute proche du lieu du brigandage.
Entre 4 heures 09 et 6 heures 35, les deux hommes ont eu treize contacts téléphoniques, dont six jusqu'à 4 heures 37, un à 5 heures 33 et six à partir de 6 heures 07. En outre, un appel du natel de A.X._ à celui de son fils B.X._ a été localisé à Neuenhof à 6 heures 20, soit dans la localité où les retraits au moyen des postcards dérobées à Hunzenschwil ont été effectués à 6 heures 24 et 25. Entre 4 heures 46 et 5 heures 31, le recourant a également eu cinq conversations avec un tiers inconnu.
8.2 Le recourant soutient qu'il est impossible qu'il ait échangé quatre conversations téléphoniques avec son père entre 5 heures 10 et 6 heures 10 et cinq conversations avec un tiers, alors que, pendant ce même laps de temps, il était censé se trouver à l'intérieur de la poste avec l'un des deux autres coauteurs.
Ce grief tombe à faux. En effet, selon la pièce n° 12 du classeur relatif aux écoutes téléphoniques, le recourant et son père ont eu des contacts téléphoniques à 4 heures 37, 5 heures 33 puis sept échanges dès 6 heures 07 jusqu'à 6 heures 35, de sorte que les deux hommes n'ont en réalité échangé qu'un seul appel, et non pas quatre, durant l'infraction. De plus, la Cour criminelle a uniquement reconnu que deux auteurs se trouvaient à l'intérieur de la poste. Elle n'a toutefois pas précisé le nombre de participants au brigandage, ni les actes accomplis par chacun des protagonistes, ni indiqué le lieu où chacun d'eux se trouvait au moment de l'infraction, soit à l'intérieur ou à l'extérieur de la poste. Elle a en revanche conclu, sans qu'une violation du droit fédéral ne soit invoquée à ce sujet, que les prévenus avaient agi en qualité de coauteurs, de sorte qu'il importe peu, en définitive, de savoir qui a fait quoi et de déterminer qui était à l'intérieur ou à l'extérieur de la poste, chaque acte pouvant être imputé à chacun d'eux.
8.3 Selon le recourant, il est arbitraire de déduire de sa participation au brigandage qu'il est également impliqué dans le retrait d'argent au postomat.
Cette critique est vaine. En effet, le recourant et ses compères ont oeuvré en tant que coauteurs, ce qui n'est pas contesté, de sorte que chaque acte peut être imputé à chacun d'eux.
9. Le recourant conteste les éléments retenus pour admettre sa participation au brigandage de St-Margrethen (cf. supra consid. B.d; consid. B.1 à B.5 p. 15 ss de l'arrêt attaqué).
9.1 Selon les constatations cantonales, cette infraction s'est déroulée, le 25 novembre 2002, vers 23 heures et a duré environ une heure.
La surveillance rétroactive des portables appartenant au trois accusés a établi que la localisation des appels se recoupait avec les déclarations de la victime, notamment qu'elle les avait entendus téléphoner alors qu'ils se trouvaient dans la voiture.
D'après les relevés téléphoniques, Y._ a appelé le recourant, le 26 novembre 2002, à minuit 07, l'antenne de Coire ayant été activée à cette heure-là. Tous deux s'étaient déjà appelés à neuf reprises le 25 novembre 2002 entre 19 heures 47 et 21 heures 18, alors que Y._ faisait le parcours des environs de l'antenne de Rieden à l'antenne de Flums. Le portable de Y._ a également activé l'antenne de Coire de 22 heures 13 à minuit 15 à quatre reprises les 25 et 26 novembre 2002.
A minuit 07, le portable du recourant était également localisé par l'antenne de Coire. De 22 heures 44 à 23 heures 30, il activait l'antenne de Haag, localité située à une trentaine de kilomètres de St?Margrethen, puis dès 23 heures 36 successivement les antennes de Weite, Zizers et Trimmis, soit sur le parcours St-Margrethen-Untervaz.
Pratiquement au même moment, le natel de A.X._ était localisé de 23 heures 30 à 23 heures 56 entre Buchs et Untervaz, soit également sur le parcours entre St-Margrethen et Untervaz. Dès minuit 19, il était localisé par l'antenne de Mels, reprenant la direction de Zurich où il a été localisé à 1 heure 07 le 26 novembre 2002.
Entre 23 heures 30 et 2 heures 21, le père et le fils se sont appelés à quatorze reprises.
9.2 Le recourant explique qu'il n'y a eu que quatre échanges téléphoniques entre son père et lui entre 23 heures 30 et 23 heures 56, ce qui ne correspondrait pas aux déclarations de la victime selon lesquelles l'auteur de l'infraction aurait, de manière continue, téléphoné au moyen de son portable.
Ce grief est vain. En effet, le fait que l'intéressé n'ait employé son natel qu'à quatre reprises entre 23 heures 30 et 23 heures 56, soit durant la seconde partie de la commission de l'infraction, ne permet pas d'exclure sa participation au motif que la victime a affirmé que l'auteur avait sans cesse (andauernd) téléphoné. En effet, cette dernière n'a pas été amenée à se prononcer de manière précise sur la fréquence exacte et la durée des appels. De plus, elle ne pouvait voire clairement ce qui se passait dès lors que le conducteur lui pressait la tête sur les genoux (cf. pièce n° 147 du classeur St-Gall).
9.3 Le recourant explique que les parcours relevés par son natel n'avaient rien d'exceptionnels et correspondaient à son comportement personnel de cette époque, lui-même ayant vécu à Coire, sa mère à Buchs et sa soeur au Lichtenstein.
Cette argumentation ne suffit pas à démontrer l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (cf. supra consid. 2.3). En effet, les visites familiales invoquées ne permettent en aucun cas d'expliquer pourquoi le recourant est entré en contact avec Y._ lors de la commission du brigandage de St-Margrethen, aux heures et sur le parcours même où celui-ci a été commis, ni pour quels motifs son natel a été repéré à plusieurs reprises aux environs immédiats des lieux et aux heures de commission de divers brigandages (cf. supra consid. B.b à B.g). De plus, ses nouvelles allégations s'écartent des explications qu'il a données lors de l'instruction et selon lesquelles il aurait prêté son portable à des dénommés O._, P._ et Q._. Le grief est donc infondé.
10. Le recourant conteste les éléments retenus pour établir sa participation au brigandage de Flawil (cf. supra consid. B.e; consid. C.1 à C.4 p. 17 ss de l'arrêt attaqué).
10.1 Selon les constatations cantonales, cette infraction s'est déroulée le 20 décembre 2002, aux alentours de 19 heures 15.
A 19 heures 14 et 19 heures 25, le natel du recourant a actionné l'antenne de Gossau, respectivement celle de Teufen entre 19 heures 29 et 19 heures 30, toutes deux situées à proximité des lieux de l'infraction.
Entre 18 heures 37 et 19 heures 43, les natels de Y._ ont actionné l'antenne de Gossau, proche du lieu de l'infraction. Ils n'ont pas été activés au moins entre 18 heures 58 et 20 heures 12 et ceux du recourant entre 18 heures 34 et 19 heures 14 et cette dernière activation provient d'un appel qu'a reçu ce dernier, numéro qu'il a rappelé à 19 heures 25. Les deux coaccusés n'ont par ailleurs eu aucun contact téléphonique entre eux entre 16 heures 56 et 21 heures 55, le jour en question, alors qu'ils en ont eu plusieurs avant et après.
10.2 Le recourant conteste avoir été en contact téléphonique avec Y._ au moment de l'infraction, puis à 21 heures 55 le jour en question. Il explique également que les coordonnées géographiques relevées correspondent aux lieux de ses sorties habituelles.
La Cour criminelle a retenu que le recourant était entré en contact téléphonique avec Y._ au moment des faits et que leurs portables avaient été activés sur les lieux du brigandage. Or, selon la pièce n° 38 du dossier des relevés téléphoniques, les deux coaccusés ont eu plusieurs échanges avant 16 heures 55 le 20 décembre 2002, puis ne se sont plus appelés avant minuit 03 le 21 décembre 2002. Dans ces conditions, les premiers juges se trompent en affirmant que les deux coaccusés sont entrés en contact au moment des faits, qui se sont déroulés vers 19 heures 15, puis qu'ils ont eu un échange à 21 heures 55 après l'infraction.
Ces constatations erronées ne suffisent toutefois pas pour considérer que l'appréciation des preuves serait arbitraire dans son résultat. En effet, les deux intéressés n'ont certes pas eu de contacts téléphoniques entre 16 heures 56 et minuit 03 le jour en question. En revanche, ils se sont appelés à plusieurs reprises avant et après les heures mentionnées. De plus, leurs portables ont été actionnés à proximité du lieu de l'infraction, ce qui n'est pas contesté et atteste du fait qu'ils étaient ensemble au moment des faits. Par ailleurs, s'agissant de ses sorties avec son compère, la critique du recourant est insuffisante, ce dernier ne s'expliquant pas sur l'argumentation qui lui a été opposée par l'autorité précédente, à savoir que les sorties invoquées ne permettent pas d'expliquer pour quelles raisons son natel a été repéré, à 8 reprises, aux environs immédiats des lieux et aux heures de commission des infractions (cf. supra consid. A et B). L'ensemble de ces éléments sont suffisants pour établir la culpabilité de l'intéressé dans le brigandage de Flawil, de sorte que sa critique est vaine.
11. Le recourant estime que les éléments retenus pour établir sa participation au brigandage de Niederbüren sont insuffisants (cf. supra consid. B.f; consid. D.1 à D.2 p. 19 de l'arrêt attaqué).
11.1 Cette infraction s'est déroulée le 23 décembre 2002, aux alentours de 6 heures 03.
Selon la surveillance rétroactive des télécommunications, le recourant et Y._ sont entrés en contact à 5 heures 57, soit quelques instants avant la commission de l'infraction, l'antenne de Uzwil-SG, toute proche de Niederbüren, ayant été activée par l'utilisation de leur natel à cet instant. A 7 heures 58, le portable de Y._ a activé l'antenne de Baden. A 7 heures 45, le natel de son coaccusé a été repéré à Rieden, à proximité de Baden.
Sur la base de ces relevés, la Cour criminelle a retenu que les coaccusés étaient sur les lieux au moment du brigandage et conclu à la culpabilité du recourant, ce dernier n'ayant d'ailleurs pu fournir aucune explication plausible concernant les repérages systématiques de son natel aux environs immédiats et aux heures de commission des infractions.
11.2 Dans son argumentation, le recourant se contente d'opposer sa propre appréciation des preuves à celle de l'autorité, ce qui ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Le recours sur ce point ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière (cf. infra consid. 2.3).
12. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les conclusions de l'intéressé étant dépourvues de toutes chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 1 LTF) et les frais judiciaires, réduits pour tenir compte de sa situation financière, mis à sa charge (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du Canton du Jura, Cour criminelle.
Lausanne, le 23 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani