Faits:
A. Le 30 juillet 2009, B._ a signalé à l'autorité tutélaire la situation de son frère, A._, né le 2 mai 1978, et a requis l'institution d'une mesure de protection en sa faveur.
Le Juge de paix du district de Lausanne a tenu une audience le 23 septembre 2009 à laquelle A._ ne s'est pas présenté, mais au cours de laquelle la s?ur de l'intéressé a été auditionnée.
Le 12 octobre 2009, le Dr X._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie ayant suivi A._ durant l'année 1997 a transmis ses observations à la Justice de paix. Il a exposé qu'il ne pouvait pas se prononcer sur l'institution d'une mesure tutélaire ou d'un placement à des fins d'assistance, au regard du nombre d'années qui s'étaient écoulées depuis qu'il avait vu ce patient, mais a relevé qu'il présentait une pathologie psychiatrique sévère avec une certaine dangerosité.
A.a Le 15 octobre 2009, le Juge de paix a informé A._ de l'ouverture d'une enquête en interdiction civile et en privation de liberté à des fins d'assistance à son encontre et a ordonné une expertise psychiatrique de A._, qu'il a confiée au Département de psychiatrie du CHUV.
Par lettre du 3 novembre 2009, la Municipalité de Lausanne a indiqué à la Justice de paix que A._ était connu du service de police, mais qu'elle n'était pas en mesure de se déterminer quant à la pertinence du prononcé d'une mesure tutélaire en faveur de celui-ci.
Le 25 octobre 2010, B._ a indiqué à la Justice de paix que la situation de son frère A._ se péjorait, celui-ci faisant preuve de violences verbales et physiques à l'encontre de leur mère avec laquelle il vivait, et a rappelé qu'il refusait toute intervention thérapeutique.
Le rapport d'expertise psychiatrique du CHUV a été déposé le 28 janvier 2011 à la suite de trois entretiens de A._ avec l'un des médecins signataires du rapport, l'intéressé ayant refusé de se rendre au dernier entretien pour effectuer des tests psychologiques. Les médecins du CHUV ont diagnostiqué "un trouble schizotypique et une consommation nocive pour la santé de cannabis, relevant que ce type d'affection - appartenant aux troubles du spectre de la schizophrénie et aux troubles de la personnalité - était fortement ancré dans la personnalité et le fonctionnement relationnel de la personne et qu'il s'agissait d'une affection chronique dont la durée ne pouvait pas être prévue". Les médecins ont relevé que le trouble présenté par l'expertisé n'était pas en soi de nature à l'empêcher d'apprécier la portée de ses actes ou de gérer ses affaires sans les compromettre, tout en observant qu'il présentait des troubles du comportement dont l'intensité et la durée, ainsi que le fait qu'ils altèrent sa perception de la réalité, pouvaient diminuer sa capacité à apprécier la portée de ses actes ou à gérer ses affaires. Ils ont constaté qu'une hospitalisation d'office en milieu psychiatrique ou des soins contraints et immédiats ne paraissaient pas indispensables.
Le médecin cantonal, agissant par délégation du Conseil de santé, a informé la Justice de paix le 7 février 2011, que le rapport d'expertise n'appelait pas d'observations de sa part.
Par avis recommandé du 21 février 2011, A._ a été cité à comparaître à l'audience de la Justice de paix le 29 mars 2011. Le 7 mars 2011, A._ s'est opposé à la procédure en cours et a déclaré à la Justice de paix refuser l'audience du 29 mars suivant.
Le 21 mars 2011, le médecin traitant de la mère de A._ a informé la Justice de paix que sa patiente lui aurait fait part des propos incohérents tenus par son fils et du comportement agressif de celui-ci contre sa mère.
A._ a réitéré son refus de comparaître à l'audience de la Justice de paix fixée au lendemain.
La Justice de paix n'a pas pu procéder à l'audition de A._ lors de l'audience du 29 mars 2011, celui-ci ne s'y étant pas présenté, mais a entendu la s?ur de l'intéressé, dénonciatrice.
A.b Par décision du 29 mars 2011, la Justice de paix a clos l'enquête en interdiction civile et en privation de liberté à des fins d'assistance ouverte à l'encontre de A._, prononcé son interdiction civile au sens de l'art. 369 CC et ordonné le traitement ambulatoire de A._ à la Policlinique ambulatoire du Département de psychiatrie du CHUV.
A.c Par arrêt du 22 septembre 2011, la Chambre des tutelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Chambre des tutelles) a admis le recours de A._, annulé la décision du 29 mars 2011 et renvoyé la cause à la Justice de paix pour nouvelle instruction et nouvelle décision, considérant que la procédure d'interdiction civile était incorrecte, A._ n'ayant pas été auditionné avant qu'une décision ne soit rendue et le traitement ambulatoire imposé étant dépourvu de base légale.
Le 16 novembre 2011, A._ a été cité à comparaître devant la Justice de paix le 31 janvier 2012 et la gendarmerie vaudoise invitée à conduire, au besoin, l'intéressé devant l'autorité tutélaire à la date précitée.
La Justice de paix a tenu une audience le 31 janvier 2012 à laquelle A._ ne s'est pas présenté. La s?ur de l'intéressé a été entendue.
Le 9 février 2012, A._ a été cité à comparaître devant la Justice de paix le 8 mai 2012 pour être entendu dans le cadre de la clôture de l'enquête en interdiction civile et en privation de liberté à des fins d'assistance le concernant et la gendarmerie vaudoise invitée à conduire, au besoin, l'intéressé devant l'autorité tutélaire à la date précitée.
A l'audience du 8 mai 2012 de la Justice de paix, A._ a exposé sa situation et s'est formellement opposé à l'institution d'une mesure tutélaire en sa faveur estimant être en possession de ses moyens.
A.d Par décision du 8 mai 2012, notifiée le 18 juillet 2012, la Justice de paix a notamment clos l'enquête en interdiction civile et en privation de liberté à des fins d'assistance ouverte à l'encontre de A._, prononcé son interdiction civile au sens de l'art. 369 CC et renoncé en l'état à ordonner la privation de liberté à des fins d'assistance de A._.
A.e Statuant le 18 septembre 2012, la Chambre des tutelles a déclaré le recours de A._ sans objet, rejeté l'appel et confirmé la décision de première instance.
B. Par acte du 20 octobre 2012, A._ interjette un recours contre la décision de la Chambre des tutelles du 19 septembre 2012 déclarant son opposition totale à cette décision.
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Considérant en droit:
1. Le présent recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 6 LTF) et rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (art. 42 LTF). Le pupille capable de discernement peut contester une décision en matière de tutelle; il a notamment la faculté de former un recours en matière civile au Tribunal fédéral pour faire valoir un droit strictement personnel (arrêts 5A_17/2011 du 20 juillet 2011 consid. 1; 5A_884/2010 du 7 janvier 2011 consid. 2.1). Le recourant ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (art. 76 al. 1 LTF), il a la qualité pour recourir. Le recours en matière civile est donc en principe recevable au regard de ces dispositions.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (art. 106 al. 2 LTF; principe d'allégation; ATF 137 II 305 consid. 3.3 p. 310 s.; 135 III 232 consid. 1.2 p. 234; 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires aux termes de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 133 II 249 consid. 1.1.2 p. 252), ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à contester des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Cette partie ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit plutôt indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (cf. supra consid. 2.1; art. 106 al. 2 Cst.; ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254; ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
2.3 Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF; ATF 135 I 221 consid. 5.2.4 p. 229; 133 IV 342 consid. 2.1 p. 344). Les pièces postérieures à l'arrêt entrepris sont en outre d'emblée irrecevables (ATF 133 IV 342 consid. 2.1 p. 343 s.; arrêt 5A_640/2011 du 4 janvier 2012 consid. 1.4).
En l'occurrence, le recourant indique qu'il "organise des expertises médicales tierces à l'étranger" afin de produire un rapport de contre-expertise le 13 décembre 2012, précisant que cette démarche est indispensable car les experts vaudois ont assimilé ses "croyances religieuses à des symptômes, [s]a pratique de la méditation à des hallucinations". Au regard de ce qui précède, ce rapport de contre-expertise - que le recourant entend produire près de deux mois après le dépôt de son recours et du délai de recours - est d'emblée irrecevable.
3. Le recourant conteste l'interdiction civile (art. 369 CC) prononcée à son encontre.
S'agissant de l'audition de la mère du recourant, la cour cantonale a relevé que celui-ci n'a ni requis son audition, ni ne l'a amenée à l'audience pour qu'elle soit entendue. La Chambre des tutelles a en outre précisé que les citations à comparaître adressées au recourant les 16 novembre 2011 et 9 février 2012 indiquaient qu'il était convoqué pour être entendu dans le cadre de la clôture de l'enquête en interdiction civile et en privation de liberté à des fins d'assistance le concernant. L'autorité précédente a donc conclu que le droit d'être entendu du recourant n'avait pas été violé. La Chambre des tutelles a ensuite constaté que la décision d'interdiction était fondée sur le rapport d'expertise du 28 janvier 2011, établi par des médecins spécialisés en psychiatrie et ne s'étant pas déjà prononcés dans le cadre d'une même procédure sur l'état de santé du recourant.
Sur le fond, la cour cantonale a relevé que la situation du recourant ne paraissait pas en voie d'être améliorée, celui-ci se trouvant sans solution de logement autre que la colocation avec sa mère, endetté, sans revenu, sans traitement médicamenteux ou psychothérapeutique et vivant dans le déni persistant du caractère maladif de ses troubles L'autorité précédente a jugé qu'il résultait des conclusions de l'expertise qu'elle a ordonnée, convaincantes et actuelles, que tant la cause, à savoir l'état mental anormal, que la condition de l'interdiction civile, autrement dit le besoin spécial de protection sous la forme d'une aide permanente, étaient réalisées. Elle a par ailleurs examiné la possibilité d'instituer une mesure moins contraignante, mais l'a estimée clairement insuffisante, une telle mesure présupposant une volonté du pupille de collaborer, laquelle fait totalement défaut chez le recourant. La Chambre des tutelles a ainsi considéré que l'interdiction civile du recourant était justifiée au regard de l'art. 369 CC et conforme aux principes de subsidiarité et de proportionnalité, précisant encore que la mesure n'affectait pas la liberté de croyance du recourant telle que garantie par l'art. 15 Cst.
4. Le recourant dresse une liste des reproches qu'il adresse à la cour cantonale, critiquant le fait qu'il n'a été informé ni de ses droits ni des motifs de l'action à son encontre, préalablement aux audiences, qu'il ne s'est pas vu proposer une assistance juridique ou une information lui en facilitant l'accès, que les pièces indispensables à sa défense lui ont tacitement été refusées alors qu'elles ont été mises à la disposition de la partie adverse sans son autorisation, que des pièces "à la légalité questionnable, ou nulle" ont été prises en considération par les autorités de première instance et d'appel, que les faits qu'il a présentés n'ont pas été vérifiés, puis ont été minimisés ou passés sous silence et enfin que ses propos devant la Justice de paix n'ont pas été protocolés correctement.
4.1 Implicitement, le recourant paraît invoquer la garantie d'un procès équitable (art. 29 al. 1 Cst.), son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), son droit à l'assistance judiciaire gratuite (art. 29 al. 3 Cst.) et se plaint de l'établissement des faits et de l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), mais ne soulève aucun de ces griefs de manière claire et détaillée.
4.2 Le recourant se limite en l'espèce à exposer succinctement ses critiques sous forme de liste, sans les expliciter et sans se référer à la motivation de l'arrêt entrepris, dès lors qu'il reprend telles quelles plusieurs critiques de son mémoire d'appel du 10 août 2011, notamment l'absence d'assistance judiciaire (art. 29 al. 3 Cst.), le défaut d'information sur la procédure (art. 29 al. 1 Cst.) et l'irrecevabilité de certaines pièces (art. 9 et 29 Cst.). Il s'ensuit que le recours ne comporte pas la moindre réfutation des considérants de l'arrêt entrepris (cf. supra consid. 3); partant, à la lecture de son écriture, on ne comprend pas clairement en quoi l'autorité cantonale aurait violé les garanties constitutionnelles susdésignées, le recourant critiquant vraisemblablement la procédure de manière générale et en particulier le déroulement de la procédure de première instance. Or, il doit exister un lien entre les griefs soulevés et la décision attaquée, lien qui fait défaut lorsque le recourant - comme en l'espèce - reprend la même argumentation que celle présentée devant l'autorité précédente (ATF 134 II 244 consid. 2.3 p. 246 s.). La liste de griefs présentée ne répond donc pas à l'exigence de motivation posée à l'art. 42 al. 2 LTF, ni a fortiori à celle de l'art. 106 al. 2 LTF, faute d'indiquer au moins succinctement en quoi la décision attaquée violerait les droits fondamentaux décrits (principe d'allégation, cf. supra consid 2.1). Le recours est ainsi d'emblée irrecevable.
4.3 S'agissant en particulier des reproches relatifs à l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, le recourant ne mentionne ni les faits qui n'auraient pas été pris en considération, ni les preuves qui auraient été arbitrairement appréciées, pas plus qu'il n'indique l'incidence de ces éléments prétendument écartés à tort sur l'issue du litige (art. 97 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2.2). Par conséquent, ces critiques sont également irrecevables pour ce motif (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.2).
5. Vu ce qui précède, le recours est irrecevable. Le présent arrêt peut être rendu sans frais (art. 66 al. 1, seconde phrase, LTF). Il n'y a pas lieu d'octroyer une indemnité de dépens à l'autorité intimée qui n'a au demeurant pas été invitée à se déterminer (art. 68 al. 1 à 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Justice de paix du district de Lausanne et à la Chambre des tutelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 17 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin