Sachverhalt:
A. X._ und Y._ reichten für die Steuerperiode 2007 trotz Aufforderung und Mahnung keine Steuererklärung ein. Das kantonale Steueramt Zürich nahm in der Folge eine Veranlagung nach Ermessen vor, bestimmte ein - betreffend die Staats- und Gemeindesteuern - steuerbares Einkommen in der Höhe von Fr. 250'000.-- sowie ein steuerbares Vermögen in der Höhe von Fr. 678'000.-- und eröffnete diese Veranlagung mit Einschätzungsentscheid vom 16. November 2009. Mit Veranlagungsverfügung vom 27. November 2009 setzte das kantonale Steueramt Zürich das steuerbare Einkommen der Eheleute X.Y._ betreffend die direkte Bundessteuer 2007 ebenfalls ermessensweise auf Fr. 250'000.-- fest. Auf die dagegen erhobene Einsprache trat die Veranlagungsbehörde am 8. Februar 2010 mangels Begründung nicht ein.
B. Mit Entscheid vom 30. April 2010 wies die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich den hiegegen erhobenen Rekurs (betreffend die Staats- und Gemeindesteuern) bzw. die Beschwerde (betreffend die direkte Bundessteuer) ab, soweit sie darauf eintrat.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die hiegegen erhobenen Beschwerden mit zwei Urteilen vom 16. Dezember 2010 (SB. 2010.00074 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern bzw. SB. 2010.00075 betreffend die direkte Bundessteuer) ebenfalls ab, soweit es darauf eintrat (Zustellung am 31. Januar 2011).
C. X._ und Y._ haben am 2. März 2011 gegen diese Entscheide beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragen, die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben, die Sache zum neuerlichen Entscheid an das Steueramt des Kantons Zürich zurückzuweisen und das Steueramt anzuweisen, ihnen - den Beschwerdeführern - eine angemessene Nachfrist zum Ergänzen der Einsprache vom 5. Dezember 2009 anzusetzen.
Das Steueramt und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet auf eine Stellungnahme betreffend die Staats- und Gemeindesteuern.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten sind zwei Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer. Sie betreffen die gleichen Sach- und Rechtsfragen, weshalb die beiden Verfahren zu vereinigen sind (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP).
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor (Art. 130 Abs. 2 Satz 1 DBG). Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (Art. 132 Abs. 3 DBG).
2.2 Im vorliegenden Fall trat die Steuerverwaltung auf die Einsprache nicht ein, weil die Eingabe entgegen der Vorschrift des Art. 132 Abs. 3 Satz 2 DBG keine Begründung enthalten habe und auch keine vollständig ausgefüllte Steuererklärung mit allen Unterlagen eingereicht worden sei. Die Vorinstanz kam im angefochtenen Entscheid zum Schluss, dass die Steuerverwaltung auf die Einsprache zu Recht nicht eingetreten sei.
Streitgegenstand vor Bundesgericht kann mithin allein die Frage bilden, ob das kantonale Steueramt Zürich auf die Einsprache hätte eintreten müssen. Soweit die Beschwerdeführer andere Rügen erheben bzw. materielle Ausführungen vortragen lassen, ist ihre Argumentation unzulässig und ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. auch E. 3.7).
3. 3.1 Der nach Art. 132 Abs. 3 Satz 2 DBG geforderte Unrichtigkeitsnachweis einer Ermessenstaxation ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung umfassend. Der Steuerpflichtige muss die bisher versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen und insbesondere eine nicht eingereichte Steuererklärung nachträglich vorlegen (vgl. Urteil 2A.39/2004, in: ASA 75 S. 329, E. 5.1). Der Unrichtigkeitsnachweis muss zudem mit der Begründung der Einsprache und damit innert der Einsprachefrist angeboten werden; bei der Ermessensveranlagung stellt die gesetzlich geforderte Einsprachebegründung nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine Prozessvoraussetzung dar (BGE 123 II 552 E. 4c S. 557 f.).
3.2 Unbestritten ist im vorliegenden Fall, dass die Beschwerdeführer trotz Mahnung keine Steuererklärung eingereicht hatten.
Die Beschwerdeführer machen geltend, die Veranlagungsbehörde sei bezüglich ihrer Einkommens- und Vermögenssituation dennoch nicht im Ungewissen gewesen, weil sie aufgrund des Einschätzungsvorschlages für das Steuerjahr 2006 über ein klares Bild der grundsätzlichen Einkommens- und Vermögenslage verfügt habe. Soweit die Beschwerdeführer daraus ableiten wollen, die Voraussetzungen für eine Ermessenseinschätzung seien nicht gegeben gewesen, kann ihnen nicht gefolgt werden: Zum einen übersehen sie, dass eine Ermessensveranlagung bereits dann vorzunehmen ist, wenn ein Steuerpflichtiger trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt und daraus eine Ungewissheit bezüglich der relevanten Steuerfaktoren entsteht, was vorliegend zweifellos der Fall war. Zum anderen ist offensichtlich, dass allfällige Kenntnisse betreffend Vorperioden nicht zuverlässigen Unterlagen zur Ermittlung der Steuerfaktoren in der streitrelevanten Periode gleichgesetzt werden können.
Es ist daher festzuhalten, dass die Beschwerdeführer zu Recht nach pflichtgemässem Ermessen eingeschätzt worden sind.
3.3 Die Beschwerdeführer machen vor Bundesgericht weiter geltend, die Vorinstanz habe das Einkommen 2007 willkürlich hoch eingeschätzt. Sie führen dazu aus, wie viel das Einkommen der Ehefrau betragen habe und schliessen, es bestehe nicht die geringste Vermutung für die Annahme der Steuerbehörden, das Einkommen des Ehemannes habe sich mehr als verdreifacht. Sie machen aber nicht geltend, den Steuerbehörden hätten konkrete Angaben zu den effektiv erzielten Einnahmen vorgelegen bzw. sie hätten derartiges in ihrer Einsprache vorgetragen oder gar belegt.
Die Anfechtung einer Ermessensveranlagung verlangt zunächst eine qualifizierte Begründung. Der Einwand, das Einkommen sei im Rahmen der Ermessensveranlagung zu hoch geschätzt worden, ist deshalb zu allgemein und nichtssagend. Daran vermag der Hinweis der Beschwerdeführer auf das anerkannte - tiefere - Einkommen im Jahre 2006 nichts zu ändern. Gemäss unbestrittener Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz wurde die Ermessenseinschätzung bloss pauschal als willkürlich beanstandet und haben die Beschwerdeführer mit ihrer Einsprache nicht einmal die Steuererklärung nachgereicht, sondern dies lediglich in Aussicht gestellt. Eine weitere Begründung ist unterblieben.
Es ergibt sich bei dieser Sachlage ohne weiteres, dass die Voraussetzungen für die erforderliche qualifizierte Begründung nicht erfüllt waren.
3.4 Die Beschwerdeführer erachten den Nichteintretensentscheid der Veranlagungsbehörde als überspitzt formalistisch. Sie begründen dies insbesondere damit, sie hätten neben der Begründung, dass die Veranlagung willkürlich sei, auch darauf hingewiesen, dass die ausgefüllte Steuererklärung innert Kürze folgen würde. Dieser Auffassung kann ebenfalls nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat festgestellt, die Androhung der Rechtsfolge - des Nichteintretens, wenn die Einsprache unbegründet erfolge - sei im Einschätzungsentscheid ausdrücklich und praxisgemäss angedroht werden. Die Beschwerdeführer führen zwar aus, diese Androhung sei unterblieben, aufgrund des von ihnen selber - als Beschwerdebeilage - aufgelegten Einschätzungsentscheides ergibt sich jedoch offensichtlich, dass die Feststellung der Vorinstanz zutreffend ist.
Angesichts dieses Hinweises und der klaren gesetzlichen Regelung kann daher keine Rede davon sein, dass der Nichteintretensentscheid als überspitzt formalistisch zu qualifizieren wäre.
3.5 Die Beschwerdeführer berufen sich sodann auf Vertrauensschutz und wollen aus dem Umstand, dass bezüglich der Veranlagung pro 2006 auf ihre Einsprache eingetreten worden sei, obschon sie auch dort erst nachträglich eine Steuererklärung eingereicht hätten, ableiten, dies sei ihnen auch in Bezug auf die Veranlagung pro 2007 zuzugestehen. Die Vorinstanz hat diese Auffassung zu Recht verworfen und festgestellt, Prozessvoraussetzungen seien von Amtes wegen zu prüfen; ob in der Vorperiode zu Recht auf eine Einsprache eingetreten worden sei, sei für das vorliegende Verfahren weder massgebend noch zeitige es rechtliche Auswirkungen. Es ist dem Verwaltungsgericht insbesondere darin zuzustimmen, dass durch ein allfälliges zu Unrecht erfolgtes Eintreten in der Vorperiode (2006) jedenfalls keine Vertrauensgrundlage geschaffen worden ist. Es bleibt anzufügen, dass die Berufung auf den Schutz von Treu und Glauben voraussetzt, dass der Bürger, welcher diesen Schutz anruft, sich selber ebenfalls nach diesem Grundsatz verhält. Angesichts der unbestrittenen Feststellung der Vorinstanz, wonach die Pflichtigen bereits seit Jahren nach Ermessen eingeschätzt werden mussten, sie also ihren gesetzlichen Verpflichtungen konstant nicht nachkamen, kann davon keine Rede sein.
3.6 Bei dieser Sachlage ist die Veranlagungsbehörde zu Recht nicht auf die gegen die Ermessensveranlagung erhobene Einsprache betreffend die direkte Bundessteuer eingetreten und der dies bestätigende Entscheid der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden.
3.7 Fehlt es an einer gesetzlich geforderten, qualifizierten Einsprache, so bleibt es bei der vorgenommenen Einschätzung und diese ist nicht mehr zu überprüfen. Auf die übrigen Einwände der Beschwerdeführer (Ermessensmissbrauch, konfiskatorische Besteuerung, Verletzung des rechtlichen Gehörs) ist daher nicht weiter einzugehen (vgl. auch vorne E. 3.2).
II. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 Die Rechtslage hinsichtlich einer Ermessenstaxation ist dieselbe wie bei der direkten Bundessteuer: Nach Art. 46 Abs. 3 StHG bzw. nach Art. § 139 Abs. 2 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) ist eine solche dann zulässig, wenn der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt hat oder die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können. Ermessenstaxationen können im Einspracheverfahren (und auch im nachfolgenden Rekursverfahren) nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden; die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (vgl. Art. 48 Abs. 2 StHG und § 140 Abs. 2 StG/ZH). Diese Vorschriften stimmen wörtlich überein mit den entsprechenden Bestimmungen des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (vorne E. 2.1).
4.2 Die vorstehenden Erwägungen zur direkten Bundessteuer können somit auf die kantonalen Steuern übertragen werden; und es ergibt sich aufgrund derselben Überlegungen und Zusammenhänge, dass das kantonale Steueramt zu Recht nicht auf die Einsprache gegen die Ermessenstaxation betreffend die Staats- und Gemeindesteuern eingetreten ist.
5. Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet, soweit darauf einzutreten ist, und kann im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden. Ergänzend wird auf die ausführlichen Erwägungen in den angefochtenen Entscheiden verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens unter solidarischer Haftung (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die beiden Verfahren 2C_203/2011 und 2C_204/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde wird betreffend die direkte Bundessteuer abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde wird betreffend die Staats- und Gemeindesteuern abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein