Faits:
A. La faillite de la société C._ SA a été prononcée le 17 mai 2004; elle a été liquidée en la forme sommaire. A teneur du tableau de distribution, déposé le 10 janvier 2005, la faillite s'est soldée par une perte totale de 4'384'913 fr.15.
Par ordonnance du 21 février 2005, la Présidente du Tribunal civil de la Sarine en a prononcé la clôture.
B. Le 11 juin 2007, la société A._ a requis l'ouverture d'une procédure fondée sur l'art. 269 LP; à l'appui de cette requête, elle s'est prévalue d'une convention de postposition à hauteur de 9'000'000 fr. conclue le 26 juillet 2002 entre B._ SA et C._ SA, cet élément justifiant une action en responsabilité contre les organes de la société faillie ainsi qu'une prétention en remboursement du prêt d'actionnaire de 7'893'162.90 EUR.
Le 12 juillet 2007, l'Office cantonal des faillites du canton de Fribourg (l'office) a avisé B._ SA qu'elle restait débitrice de la faillie à concurrence de 9'302'969.50 EUR, capital et intérêts compris, pour avoir exercé la compensation au mépris de la convention de postposition du 26 juillet 2002, d'après laquelle les créances postposées «ne doivent ni être remboursées en tout ou en partie, ni éteintes par compensation ou novation»; il l'informait que cette créance était inventoriée dans la faillite et l'invitait à lui verser ladite somme jusqu'au 31 août 2007.
Le 29 août suivant, B._ SA a répondu que, à la suite de la cession à la société D._ GmbH (Stuttgart) des droits de la masse en faillite relatifs à cette prétention (art. 260 LP), elle avait conclu avec la cessionnaire une convention pour solde de tout compte qui avait été exécutée, si bien que l'office ne pouvait plus lui réclamer un quelconque montant de ce chef.
C. Le 5 novembre 2007, l'office a décidé de ne pas suivre à la requête de A._, dès lors que les actions inventoriées au préjudice de B._ SA avaient fait l'objet d'une cession des droits de la masse en bonne et due forme, et que, en juillet 2005, un accord était intervenu entre ladite société et le créancier cessionnaire.
Statuant le 15 janvier 2008, la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté la plainte formée par la requérante à l'encontre de cette décision.
D. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, la plaignante conclut, en bref, à la confirmation de la décision de l'Office cantonal des faillites du 12 juillet 2007 et, partant, à l'ouverture d'une faillite complémentaire, l'office étant invité à inventorier et à recouvrer une créance de 7'893'162.90 EUR avec intérêts à 5% dès le 17 décembre 2003 contre la société B._ SA, fondée sur la violation de la convention de postposition précitée.
B._ SA et l'office - qui renvoie aux observations déposées en instance cantonale - proposent le rejet du recours.
E. La recourante a produit un mémoire complémentaire le 7 avril 2008, dont sa partie adverse demande le retranchement du dossier.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 134 III 115 consid. 1 p. 117 et les arrêts cités).
1.1 Interjeté en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF) à l'encontre d'une décision finale (art. 90 LTF; ATF 133 III 350 consid. 1.2 p. 351) rendue par l'autorité cantonale unique de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a et 75 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Conformément à l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. L'exemplaire de la convention de postposition du 26 juillet 2002 produit le 3 avril 2008 par la recourante - dont la teneur est d'ailleurs pratiquement identique à celle qui est reproduite dans le mémoire de recours (p. 20 s.) - est ainsi irrecevable.
Le «mémoire complémentaire» que la recourante a présenté le 7 avril 2008 sur la base de cette nouvelle pièce, sans y être invitée (art. 102 al. 3 LTF), doit être également écarté.
2. 2.1 Une société est radiée du registre du commerce après clôture de sa faillite dès que celle-ci est notifiée officiellement au préposé (art. 66 al. 2 aORC; art. 159 al. 5 let. b nORC, en vigueur depuis le 1er janvier 2008). La radiation a pour conséquence que la société cesse d'exister juridiquement (ATF 132 III 731 consid. 3.1 p. 733 et la jurisprudence citée; cf. également: RUDOLF OTTOMANN, Die Aktiengesellschaft als Partei im schweizerischen Zivilprozess, thèse Zurich 1976, p. 13 ss).
Il ressort du registre du commerce de Fribourg - donnée qui est un fait notoire dont la Cour de céans peut tenir compte d'office (cf. ATF 98 II 211 consid. 4a p. 214; 129 III 167 consid. 2.2 p. 170) - que la société faillie a été radiée le 10 mars 2005. Dans une pareille situation, le droit patrimonial ayant échappé à la liquidation est une chose sans maître, l'art. 269 al. 1 LP l'emportant sur les art. 57 al. 1 et 466 CC; l'art. 269 al. 1 LP implique aussi que les créances renaissent et sont gérées par l'office des faillites afin de procéder à leur recouvrement en faveur des créanciers renvoyés perdants dans la faillite (Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. III, art. 269 n° 17; Hansjörg Peter, Les biens trouvés après la clôture de la faillite, in: Schuldbetreibung und Konkurs im Wandel, p. 363-372, 366 ss).
2.2 Seuls le débiteur et les créanciers de la faillite renvoyés perdants peuvent réclamer l'application de l'art. 269 LP (ATF 22, 729 consid. 6 p. 740; GILLIÉRON, op. cit., art. 269 n° 15 in fine).
Il résulte de la décision attaquée que la recourante a requis l'ouverture d'une faillite complémentaire en qualité de cessionnaire de la créance constatée dans l'acte de défaut de biens après faillite qui a été délivré à la société E._.
Les droits découlant de la poursuite sont des «droits accessoires» qui passent, en vertu de l'art. 170 al. 1 CO, au cessionnaire de la créance (arrêt 5P.322/1998 du 23 novembre 1998 consid. 2a, non publié aux ATF 125 III 42 ss, mais reproduit in: SJ 1999 I 171, avec les références citées; cf. aussi: ATF 78 II 265 consid. 3b p. 275). La créance résultant d'un acte de défaut de biens étant cessible (ERNST EUGEN LIENHART, Der Verlustschein, Zurich 1936, p. 22 ch. 5), la recourante était donc bien habilitée à agir.
2.3 En sa qualité de tierce débitrice de la masse en faillite de C._ SA, B._ SA n'est pas à proprement parler une partie «intimée» (cf. FRANCO LORANDI, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, Bâle/Genève/Munich 2000, art. 17 n° 21/22 et 222-225, art. 19 n° 69), mais une «participante à la procédure» au sens de l'art. 102 al. 1 LTF (cf. arrêt 5A_36/2008 du 5 août 2008 consid. 4).
3. Il convient de rechercher tout d'abord si l'office a rendu une décision le 12 juillet 2007 - ce que nie l'autorité cantonale - et, dans l'affirmative, s'il était en droit de la révoquer.
3.1 De jurisprudence constante, par «mesure» au sens de l'art. 17 LP, il faut entendre «tout acte d'autorité accompli par l'office en exécution d'une mission officielle dans une affaire concrète»; il s'agit d'un acte matériel qui tend à la «continuation ou l'achèvement de la procédure d'exécution forcée et qui produit des effets externes» (ATF 116 III 91 consid. 1 p. 93 et les citations).
D'après la jurisprudence, la décision de l'office d'ouvrir une procédure fondée sur l'art. 269 LP constitue une «mesure» susceptible de plainte aussi bien de la part du failli (JAEGER/DAENIKER, Schuldbetreibungs- und Konkurspraxis der Jahre 1911 - 1945, vol. I, art. 269 n° 4) que du tiers débiteur de la masse en faillite (cf. arrêt 7B.190/2001 du 10 août 2001; arrêt de l'Obergericht du canton de Zurich du 11 juillet 2001, in: BlSchK 67/2003 n°18). La plainte de ce dernier ne peut cependant aboutir que si la situation de fait et de droit est claire (cf. infra, consid. 3.3).
Il est vrai que l'absence de plainte n'a pas pour effet de priver ce tiers du droit de contester (devant le juge) la nouveauté du droit patrimonial prétendument découvert après la clôture de la faillite, ni - à plus forte raison - l'existence de la prétention exercée contre lui par la masse en faillite ou un cessionnaire. Il n'en demeure pas moins que, en dépit de l'opinion de l'autorité précédente, la lettre du 12 juillet 2007 comporte bien une décision sujette à plainte. La lecture de la pièce en question confirme d'ailleurs que l'office ne s'est pas simplement borné à inscrire l'actif concerné à l'inventaire de la faillite (ATF 54 III 15 consid. 2 p. 18), ou à introduire une poursuite contre la tierce débitrice (ATF 73 III 155 consid. 3 p. 156), actes qui ne sont pas, eux, susceptibles de plainte; c'est «conformément à l'art. 269 de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et faillite» qu'il a inventorié la prétention litigieuse dans la faillite de C._ SA et sommé B._ SA de lui verser, jusqu'au 31 août suivant, la somme correspondante, sous la commination de poursuites judiciaires en cas d'inexécution.
3.2 L'autorité cantonale a retenu que, même si la lettre précitée devait être qualifiée de décision, «l'office pouvait évidemment la reconsidérer à la suite de la détermination de B._ SA», dès lors que l'on ne voit pas «comment refuser à l'office un droit qu'il aurait pu exercer s'il avait notifié une décision formelle à B._ SA contre laquelle celle-ci aurait déposé une plainte (art. 17 al. 4 LP)».
Cette opinion apparaît erronée. Il est constant que B._ SA n'a pas porté plainte à l'encontre de la décision de l'office d'ouvrir une procédure de faillite complémentaire en relation avec la découverte de la convention de postposition, mais s'est déterminée dans un courrier du 29 août 2007 sur la prétention qui lui était adressée. L'office a donc révoqué cette décision alors que le délai pour porter plainte (cf. art. 17 al. 2 LP) avait expiré. Ce procédé n'est cependant admissible que si la mesure est nulle au sens de l'art. 22 LP (ATF 97 III 3 consid. 2 p. 5; 88 III 12 consid. 1 p. 14/15; 78 III 49 consid. 1 p. 51; cf. également, avec d'autres citations: LORANDI, op. cit., art. 17 n° 310 ss).
Tel n'est pas le cas en l'occurrence. Certes, l'art. 269 LP est une règle impérative (ATF 90 III 41 consid. 1 in fine p. 44), en tant qu'elle interdit à l'office, sous peine de nullité, de mettre sous main de justice et de réaliser - notamment par la voie d'une cession des droits de la masse (art. 260 et 269 al. 3 LP) - des droits patrimoniaux dont il connaissait ou aurait dû connaître l'existence et qu'il a renoncé pour quelque motif que ce soit à englober dans la masse active (Jaeger, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. II, art. 269 n° 3 et les références). Or, il est établi que l'office intimé ne connaissait pas la convention de postposition invoquée par la recourante - comme il le reconnaît clairement dans les déterminations présentées en instance cantonale - et ne s'est pas prévalu de la nullité de la décision prise le 12 juillet 2007 pour en justifier le réexamen. Il s'ensuit que la décision de reconsidération est nulle (ATF 97 III 3 consid. 2 p. 5/6 et l'arrêt cité), nullité que le Tribunal fédéral peut constater dans le cadre d'un recours en matière civile (ATF 134 III 75 consid. 2.4 p. 79).
3.3 Selon une jurisprudence désormais constante, l'office des faillites ne peut exceptionnellement refuser d'ouvrir une procédure sur la base de l'art. 269 LP qu'en présence d'une situation claire en fait et en droit (ATF 117 III 70 et la jurisprudence citée).
Contrairement à ce que soutiennent l'office et l'autorité de surveillance cantonale, cette hypothèse n'est pas réalisée ici. Tout d'abord, l'office lui-même est manifestement parti du principe que, compte tenu de sa cognition restreinte, les conditions de l'art. 269 LP étaient remplies, ce qu'il a exprimé dans sa décision du 12 juillet 2007. Ensuite, il résulte des déterminations que le préposé a déposées en instance cantonale, auxquelles il renvoie, «que la postposition de CHF 9'000'000.00 dont fait état la plaignante [i.e. la recourante] était ignorée de nos services», l'office ayant, en revanche, «connaissance d'une autre postposition à hauteur de CHF 2'500'000.00»; de fait, il n'a jamais été prétendu que la convention de postposition litigieuse se trouvait physiquement dans les papiers d'affaires de la société faillie (cf. art. 15 OAOF). Partant, on ne saurait affirmer que «tous les faits nécessaires» à la justification de la prétention litigieuse étaient connus (ATF 90 III 41 consid. 2 p. 45 et les arrêts cités), même si la convention de postposition prétendument découverte après la clôture de la faillite est attaquable pour les mêmes motifs juridiques que celle, datée du même jour, en vertu de laquelle l'office a cédé les prétentions de la masse à la société D._ GmbH (Stuttgart).
4. En conclusion, le présent recours doit être accueilli dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué annulé et la décision prise par l'office le 12 juillet 2007 rétablie.
Les frais et dépens (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF) incombent à B._ SA, qui s'est déterminée et a conclu au rejet du recours (arrêt 5A_36/2008 précité, consid. 4). Le canton de Fribourg n'a pas à supporter les frais (art. 66 al. 4 LTF), mais il doit verser des dépens à la recourante, l'office ayant succombé (peu clair: INGRID JENT-SÖRENSEN, BGG und SchKG, in: Wege zum Bundesgericht in Zivilsachen nach dem Bundesgerichtsgesetz, 2007, p. 61-89, 78 ss); il en répond solidairement avec la première (art. 68 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé et la décision de l'Office cantonal des faillites du canton de Fribourg du 12 juillet 2007 est rétablie.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de B._ SA.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise solidairement à la charge de B._ SA et du canton de Fribourg.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des poursuites et faillites du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 15 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Braconi