Faits:
A. Par jugement du 24 juin 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a reconnu Y._ coupable de lésions corporelles simples (art. 123 ch. 1 CP) et l'a condamné à une peine pécuniaire de cinq jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans.
Par le même jugement, il a condamné X._ pour lésions corporelles simples qualifiées (art. 123 ch. 1 al. 2 CP) à une peine de quarante jours-amende à 55 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, et à une amende de 550 fr, la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif de l'amende étant de dix jours. Il l'a condamné à verser à Y._ une indemnité pour tort moral de 2'500 fr.
B. Par jugement du 1er novembre 2011, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les appels formés par X._ et Y._ et confirmé le jugement de première instance.
En substance, elle a retenu les faits suivants:
Le 19 octobre 2008, à environ trois heures du matin, dans la discothèque " Z._ ", à Lausanne, X._ et Y._ se sont bousculés sur la piste de danse, d'abord involontairement, puis intentionnellement. Lors de cette bousculade, X._ est tombé en arrière contre l'estrade, sur le dos, ce qui a causé une ecchymose. Après une nouvelle bousculade, il a frappé Y._ par derrière sur le sommet du crâne au moyen d'une bouteille de bière de 3 dl, qui s'est brisée. Y._ s'est retourné. Les deux hommes se sont à nouveau mutuellement repoussés, alors que X._ tenait encore le tesson de la bouteille dans sa main, blessant ainsi Y._ au visage et au thorax.
C. Contre ce dernier jugement, Y._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral, concluant, sous suite de frais et dépens, à son acquittement.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Se fondant sur l'art. 398 CPP, le recourant reproche à la cour cantonale de s'être comportée comme une instance de recours et non comme une cour d'appel.
1.1 L'appel doit permettre un nouvel examen au fond par la juridiction d'appel. Celle-ci ne doit pas se borner à rechercher les erreurs du juge précédent et à critiquer le jugement de ce dernier ; elle doit tenir ses propres débats et prendre sa décision sous sa responsabilité et selon sa libre conviction, qui doit reposer sur le dossier et sa propre administration des preuves. L'appel tend à la répétition de l'examen des faits et au prononcé d'un nouveau jugement (LUZIUS EUGSTER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 1 ad art. 398).
1.2 La cour cantonale a conclu son examen des faits en disant que " le fait retenu par le tribunal n'a rien d'arbitraire ". Cette formulation - certes maladroite - n'implique pas qu'elle n'ait pas procédé à un examen complet des faits et du droit. En effet, il ressort du jugement qu'elle a tenu ses propres débats et entendu les deux protagonistes, qui ont confirmé leurs déclarations faites en cours de procédure. Elle a retenu la culpabilité du recourant sur la base de ces auditions et des pièces figurant au dossier, notamment du certificat médical établi le 28 octobre 2008. Les éléments à disposition de la cour cantonale étaient suffisants pour qu'elle puisse se forger une intime conviction. Le recourant ne prétend du reste pas qu'elle aurait dû répéter l'administration de certaines preuves ou que des preuves complémentaires auraient dû être administrées (art. 389 CPP). Il convient donc d'admettre que l'examen de la cour cantonale était complet, et que le grief tiré de la violation de l'art. 398 CPP est mal fondé.
2. Le recourant s'en prend à l'établissement des faits, qu'il qualifie d'arbitraire. Il reproche à la cour cantonale d'avoir retenu de manière arbitraire que X._ était tombé en arrière contre l'estrade et a souffert d'une ecchymose au bas de dos. Il se prévaut notamment du témoignage de C._, qui n'aurait pas confirmé cette chute et soutient que le certificat médical, sur lequel se fonde la cour cantonale, n'établit pas les origines de l'ecchymose.
2.1 Le Tribunal fédéral est un juge du droit. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). On peut renvoyer, sur la notion d'arbitraire, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (voir par ex: ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 ; 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat. Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 137 IV 1 consid. 4.3.2 p. 5).
2.1 Le Tribunal fédéral est un juge du droit. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). On peut renvoyer, sur la notion d'arbitraire, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (voir par ex: ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4.2 p. 560 ; 135 V 2 consid. 1.3 p. 4/5; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat. Le Tribunal fédéral n'examine les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 137 IV 1 consid. 4.3.2 p. 5).
2.2 2.2.1 L'essentiel de l'argumentation du recourant relève d'une libre discussion des faits, celui-ci se contentant d'opposer sa version des faits à celle retenue. Purement appellatoire, son argumentation est irrecevable.
2.2.2 Au demeurant, supposés recevables, les griefs soulevés ne seraient pas fondés. Le recourant a admis avoir repoussé X._ (procès-verbaux du 18 novembre 2008, p. 2, et du 10 février 2009, p. 1). Ce fait a été également confirmé par le témoin C._ (procès-verbal du 25 novembre 2008, p. 2). X._ a affirmé être tombé en arrière contre l'estrade sur le dos (certes, non à la suite de la bousculade, mais d'un coup donné par X._ avec une chope de bière). Ce fait n'est certes pas confirmé par le témoin C._, mais il n'est pas non plus infirmé. Dans son rapport du 28 octobre 2008, le médecin de l'Unité de médecine des violences a constaté " dans la région dorsolombaire paramédiane gauche, une ecchymose jaune violacée, à disposition oblique vers le bas et la droite, mesurant 2,5 cm de longueur et jusqu'à 1 cm de largeur " (pièce 16), étant précisé qu'une ecchymose disparaît généralement après quinze jours. Le médecin qui est amené à constater des lésions corporelles occasionnées lors d'un événement dont il n'a pas été témoin ne peut attester de leur origine. Cela n'enlève pas la valeur probante au rapport qu'il établit quant à la réalité des lésions dont il a été amené à constater l'existence. Aussi, compte tenu de la bousculade volontaire et du certificat médical, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire, en retenant que le recourant avait bousculé X._, qui est tombé contre l'estrade et qui a souffert d'une ecchymose.
3. Le recourant invoque la présomption d'innocence et le principe in dubio pro reo. Tel qu'il est invoqué, à savoir comme règle de l'appréciation des preuves, le principe in dubio pro reo interdit au juge de se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective des éléments de preuve recueillis laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2 p. 40 ss; 124 I 208 consid. 4 p. 211; 120 Ia 31 consid. 2d p. 37/38). Le grief tiré de la violation de la présomption d'innocence se confond donc avec celui d'appréciation arbitraire des preuves, qui a été déclaré mal fondé (cf. consid. 2).
4. Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 27 août 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Kistler Vianin