Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Y._. Ihr Zweck ist seit Juni 2008 das Halten, der Erwerb und Verkauf von Beteiligungen an Unternehmungen aller Art im In- und Ausland, insbesondere an Industrie- und Immobilienunternehmungen, sowie der Erwerb, das Halten und Veräussern von Immobilien und immateriellen Vermögenswerten aller Art. Von Juli 2005 bis Juni 2008 war ihr Zweck die Entwicklung, Produktion von und der Handel mit Maschinen, Führung von Unterhaltungs- und Gastronomiebetrieben, Planung und Realisierung von Events jeglicher Art, Lagerbewirtschaftung und Dienstleistungen für Dritte im Bereich Logistik, Verwaltung, Vermietung, Verpachtung, Kauf und Verkauf von Immobilien und Grundstücken aller Art sowie Umbauten, Neubauten und Renovationen. Vor Juli 2005 bezweckte sie unter anderem den Erwerb, die Verwaltung und Verwertung von Immobilien und Vermögenswerten. Mehrheitsaktionär und Verwaltungsratspräsident der Klägerin ist D._.
Die Z. W._ AG ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Q._. Sie ist eine Holdinggesellschaft und bezweckt die Beteiligung an Unternehmen aller Art, insbesondere die dauernde Beteiligung an der Z._ AG mit Sitz ebenfalls in Q._. Die Klägerin hält am Aktienkapital der Z. W._ AG eine Beteiligung von rund 47 %. Die restlichen 53 % hält die Familie von A._ (Beklagter 1 und Beschwerdegegner 1). Dieser sowie B._ (Beklagter 2 und Beschwerdegegner 2) und C._ (Beklagter 3 und Beschwerdegegner 3) sind Mitglieder des Verwaltungsrats der Z. W._ AG. Seit der Generalversammlung im Jahr 1989, an welcher die Wiederwahl von D._ als Verwaltungsrat abgelehnt wurde, ist die Klägerin nicht mehr im Verwaltungsrat der Z. W._ AG vertreten.
Es ist gerichtsnotorisch, dass die Ansichten der Klägerin und der restlichen Aktionäre der Z. W._ AG über die Unternehmensführung oft diametral auseinandergehen. Beschlüsse an den Generalversammlungen der Z. W._ AG, unter Vorbehalt der Erteilung der Décharge an den Verwaltungsrat, bei welcher sich dieser der Stimme zu enthalten hat, werden stets ungefähr im gleichen Abstimmungsverhältnis gefasst, nämlich 47 % : 53 %.
A.b Hintergrund des vorliegenden Rechtsstreites sind Zahlungen in zweistelliger Millionenhöhe, welche die Z._ AG am 5. Februar 1998 der R._ AG für die Finanzierung eines Kaufs von Aktien der S._ AG in T._ geleistet haben soll. Die Klägerin ist der Auffassung, dass die Z._ AG und damit mittelbar auch deren Alleinaktionärin, die Z. W._ AG, zu Schaden gekommen sei. Im Hinblick auf die Durchsetzung von Verantwortlichkeitsansprüchen der Z. W._ AG gegen die Organe der Z._ AG strebte die Klägerin (als Minderheitsaktionärin der Z. W._ AG) eine Unterbrechung der bevorstehenden Verjährung an. Der Verwaltungsrat der Z. W._ AG weigerte sich indessen, verjährungsunterbrechende Handlungen vorzunehmen.
Aus diesem Grund beantragte die Klägerin am 23. Juli 2007 der Vormundschaftsbehörde Wallisellen, es sei für die Z. W._ AG ein Beistand zu ernennen mit dem Auftrag, gegenüber den Organen der Z._ AG die Verjährung für allfällige Ansprüche aus Verantwortlichkeit zu unterbrechen.
Mit Beschluss vom 26. September 2007 ordnete die Vormundschaftsbehörde Wallisellen für die Z. W._ AG eine Vertretungsbeistandschaft im Sinne von Art. 392 Ziff. 2 ZGB an, ernannte Advokatin Dr. E._ als Beiständin und beauftragte diese, die Notwendigkeit einer Verjährungsunterbrechung zu prüfen und gegebenenfalls verjährungsunterbrechende Handlungen vorzunehmen.
Gegen diesen Beschluss erhob die Z. W._ AG am 15. Oktober 2007 Beschwerde beim Bezirksrat Bülach. Während des laufenden Beschwerdeverfahrens reichte E._ in ihrer Funktion als Beiständin der Z. W._ AG beim Friedensrichteramt Zürich zwecks Verjährungsunterbrechung ein Sühnebegehren gegen zehn Personen sowie die Revisionsstelle der Z._ AG ein. Dabei beantragte sie im Wesentlichen, dass die Beklagten solidarisch zur Zahlung von CHF 100 Mio. an die Z._ AG zu verpflichten seien. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2007 hiess der Bezirksrat Bülach die Beschwerde der Z. W._ AG gut und hob die Beistandschaft mit sofortiger Wirkung auf.
Mit Beschluss vom 24. Januar 2008 trat die II. Zivilkammer des Obergerichts auf den von der Klägerin gegen den Beschluss des Bezirksrates Bülach erhobenen Rekurs nicht ein.
A.c Die Klägerin wirft den Beklagten als Verwaltungsräten der Z. W._ AG vor, diese hätten in pflichtwidriger Weise gegen die Interessen der Gesellschaft verstossen, indem sie sich mit allen Mitteln gegen eine verjährungsunterbrechende Handlung hinsichtlich allfälliger Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Organe der Z._ AG gewehrt haben. Nach Auffassung der Klägerin hätte die Gesellschaft ein Interesse daran gehabt, sich Verantwortlichkeitsansprüche im Zusammenhang mit der Finanzierung des Kaufs der Aktien der S._ AG offen zu halten. Indem sich die Z. W._ AG durch die Anwaltskanzlei U._ beraten und vertreten lassen habe und Anwaltskosten von Fr. 30'000.-- angefallen seien, hätten die Beklagten der Gesellschaft durch ihr pflichtwidriges und schuldhaftes Verhalten einen Schaden in der erwähnten Höhe verursacht.
B. B.a Mit Klage vom 29. Februar 2008 stellte die Klägerin dem Bezirksgericht Zürich folgende Begehren:
"1. Die Beklagten seien solidarisch zu verpflichten, der Z. W._ AG einen spätestens nach Abschluss des Beweisverfahrens abschliessend zu beziffernden Betrag, mindestens CHF 30'000.-, zuzüglich Zins zu 5% ab Eintritt des Schadens bei der Z. W._ AG, sowie Kosten der friedensrichterlichen Weisung von CHF 484.- zu bezahlen.
2. Es sei die Ersatzpflicht jedes Beklagten, je zuzüglich Zins, festzusetzen.
3. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beklagten, eventuell der Z. W._ AG."
Mit Urteil vom 5. Februar 2010 wies das Bezirksgericht Zürich die Klage ab.
B.b Dagegen legte die Klägerin am 1. März 2010 Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich ein mit den Anträgen, es sei das Urteil des Bezirksgerichts aufzuheben und die Klage gutzuheissen.
Mit Urteil vom 8. Juli 2011 wies das Obergericht die Berufung ab.
Das Obergericht kam zum Schluss, dass den Beklagten aufgrund ihrer Opposition gegen die Verbeiständung der Z. W._ AG keine Verletzung von Pflichten gemäss Art. 717 OR vorgeworfen werden könne.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 5. September 2011 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und es seien die Beschwerdegegner solidarisch zu verpflichten, der Z. W._ AG Fr. 30'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % ab 31. Oktober 2008 zu bezahlen. Weiter sei die Ersatzpflicht jedes Beschwerdegegners, je zuzüglich Zins, festzusetzen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
Die kantonalen Akten wurden beigezogen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 136 II 101 E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; 135 III 212 E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Rechtsmittelentscheid eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 90 BGG i.V.m. Art. 75 BGG), ist innert der Beschwerdefrist (Art. 100 BGG) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (Art. 76 Abs. 1 BGG) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um eine Zivilsache (Art. 72 BGG) mit einem Streitwert von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG; BGE 134 III 379 E. 1.2). Nicht zu den in Art. 95 BGG vorgesehenen Rügegründen gehört hingegen die Verletzung der kantonalen Zivilprozessordnung, deren Anwendung und Auslegung vom Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht bzw. gegen Bundesverfassungsrecht beurteilt werden kann (BGE 136 I 241 E. 2.4; 135 III 513 E. 4.3 S. 521; 134 III 379 E. 1.2 S. 382 f.).
Auf das Verfahren vor der Vorinstanz fand gemäss Art. 404 Abs. 1 ZPO noch die nunmehr aufgehobene Zivilprozessordnung des Kantons Zürich Anwendung. Soweit die Verletzung von Normen des kantonalen Zivilprozessrechts gerügt wird, ist in der Beschwerdeschrift mithin darzutun, dass dabei gleichzeitig ein Verstoss gegen Bundes- bzw. Bundesverfassungsrecht vorliegt (vgl. Urteil 4A_339/2011 vom 23. November 2011 E. 1.4). Dies verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie der Vorinstanz die Verletzung des (kantonalrechtlichen) "Dispositions- und Verhandlungsprinzips" vorwirft, ohne gleichzeitig eine hinreichend substanziierte Verfassungsrüge vorzubringen. Darauf ist nicht einzutreten.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; vgl. dazu BGE 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; 132 II 257 E. 2.5 S. 262; 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Es prüft freilich unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Das Bundesgericht ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 121 III 397 E. 2a S. 400; 116 II 745 E. 3 S. 749). Dabei hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen; Verweise auf andere Rechtsschriften, insbesondere im kantonalen Verfahren eingereichte, sind unbeachtlich (vgl. BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.; 131 III 384 E. 2.3 S. 387 f., je mit Verweisen).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie der Vorinstanz eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. des "Beweisanspruchs i.S.v. Art. 8 ZGB" aufgrund einer angeblich "eigenständigen Verteidigung" zugunsten der Beschwerdegegner vorwirft. Die entsprechenden Vorbringen setzen nicht bzw. nicht in nachvollziehbarer Weise an den vorinstanzlichen Erwägungen an und erschöpfen sich letztlich in blossen Behauptungen. Darauf ist nicht einzugehen.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. BGE 133 III 350 E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie ihrer Beschwerdebegründung eine mehrseitige Sachverhaltsdarstellung voranstellt, in der sie die Hintergründe des Rechtsstreits und die Prozessgeschichte aus eigener Sicht schildert. Ihre Ausführungen enthalten keine hinreichend begründeten Sachverhaltsrügen und haben daher unbeachtet zu bleiben.
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Wesentlichen eine Verletzung von Art. 717 Abs. 1 OR i.V.m. Art. 754 OR vor, indem diese zum Schluss kam, dass die Opposition der Beklagten gegen die Verbeiständung der Z. W._ AG keine Pflichtverletzung darstelle.
2.1 Nach Art. 717 Abs. 1 OR müssen die Mitglieder des Verwaltungsrats ihre Aufgaben mit aller Sorgfalt erfüllen und die Interessen der Gesellschaft in guten Treuen wahren. Diese Treuepflicht charakterisiert sich als Interessenwahrungspflicht und gebietet, dass die Mitglieder des Verwaltungsrats ihr Verhalten am Geschäftsinteresse ausrichten und eigene Interessen gegebenenfalls zurückstellen, wobei ein strenger Massstab anzulegen ist. Besteht die Gefahr eines Interessenkonflikts, hat der betroffene Verwaltungsrat mittels geeigneter Massnahmen sicherzustellen, dass die Interessen der Gesellschaft gebührend berücksichtigt werden (BGE 130 III 213 E. 2.2.2 S. 219 mit Hinweisen).
Nach Art. 754 Abs. 1 OR sind die Mitglieder des Verwaltungsrats und alle mit der Geschäftsführung oder mit der Liquidation befassten Personen sowohl der Gesellschaft als den einzelnen Aktionären und Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen. Die Haftung der Organe setzt eine schuldhafte Pflichtverletzung, einen Schaden und den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem Schaden voraus (BGE 132 III 342 E. 4.1 S. 349).
2.2 Die Vorinstanz erwog, dass die Beschwerdeführerin nicht aktivlegitimiert sei, selber eine Verantwortlichkeitsklage gegen die Organe der von der Z. W._ AG zu 100 % gehaltenen Z._ AG zu führen. Somit habe sie mit dem Gesuch um Errichtung einer Vertretungsbeistandschaft einzig das Ziel verfolgt, die Z. W._ AG zu einem Verantwortlichkeitsprozess gegen die Organe ihrer Tochtergesellschaft zu bewegen. Um dieses Ziel zu erreichen, müsste aber nicht nur eine Beistandschaft zur Unterbrechung der Verjährung der Verantwortlichkeitsansprüche, sondern auch zu deren Durchsetzung im Prozess errichtet werden. Dabei liege auf der Hand, dass es kaum Sache der Vormundschaftsbehörde sein könne, mittels Verbeiständung der Z. W._ AG einen riskanten Verantwortlichkeitsprozess gegen die Organe einer zu 100 % gehaltenen Tochtergesellschaft zu führen. Folglich sei kein plausibler Grund für die Verbeiständung ersichtlich und es könne den Beklagten keine Pflichtverletzung vorgeworfen werden, wenn diese sich dagegen gewehrt haben. Zudem komme eine Verbeiständung nur subsidiär in Betracht, wenn der Interessenkonflikt der Gesellschaftsorgane nicht mit anderen Mechanismen gelöst werden könne. Zwar könne die Beschwerdeführerin keine Verantwortlichkeitsklage gegen die Organe der Tochtergesellschaft führen, es stünde ihr als Minderheitsaktionärin der Muttergesellschaft aber offen, gegen deren Organe einen Verantwortlichkeitsprozess zu führen und diese für den bei der Tochtergesellschaft entstandenen Schaden wenigstens indirekt verantwortlich zu machen. Auch aus diesem Grund hätten sich die Beklagten gegen die nur als subsidiäres Instrument vorgesehene Verbeiständung wehren dürfen.
2.3 Die gegen diese Erwägungen vorgetragenen Rügen der Beschwerdeführerin verfangen nicht. Die Beschwerdeführerin will die behauptete Pflichtverletzung der Beklagten aus dem Umstand ableiten, dass sich diese mit anwaltlicher Hilfe gegen die von der Vormundschaftsbehörde Wallisellen am 26. September 2007 angeordnete Verbeiständung der Z. W._ AG gewehrt haben. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2007 hat der Bezirksrat Bülach jedoch festgehalten, dass ein Vertretungsbedürfnis der Z. W._ AG im vormundschaftsrechtlichen Sinne nicht besteht und die angeordnete Beistandschaft deshalb aufzuheben ist. Dieser Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen. Damit steht fest, dass es sich bei der Verbeiständung der Z. W._ AG um eine ungerechtfertigte Massnahme handelte. Eine solche kann aber nicht im Interesse der Gesellschaft stehen und den Beklagten kann daher nicht als Pflichtverletzung ausgelegt werden, sich dagegen mit anwaltlicher Hilfe zur Wehr gesetzt zu haben. Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe eine Pflichtverletzung zu Unrecht verneint, erweist sich als unbegründet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da keine Beschwerdeantwort eingeholt wurde, ist hingegen keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni