Sachverhalt:
A. X.Z._ und Y.Z._, wohnhaft in A._, betreiben einen Landwirtschaftsbetrieb, handeln mit landwirtschaftlichen Produkten und führen einen Restaurationsbetrieb. Am 28. Juni 2000 war X.Z._ von der Zollbehörde zu einer Nachzahlung von Fr. 195'739.70 verpflichtet worden, weil er in den Jahren 1990-1999 Einfuhrabgaben zu Unrecht nicht entrichtet hatte. Diese Zollnachforderung wurde in der Folge letztinstanzlich vom Bundesgericht bestätigt (Urteil 2A.403/2001 vom 14. Januar 2002).
In der Veranlagung für die Steuerperiode 2001 (Steuerjahr 2001) rechnete die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen den Eheleuten Z._ sowohl bei der direkten Bundessteuer als auch bei der Kantons- und Gemeindesteuer die der Erfolgsrechnung 2001 belastete Zollnachzahlung von Fr. 195'739.-- als periodenfremden Aufwand auf (Verfügungen vom 17. und 30. November 2003). Eine hiergegen erhobene Einsprache wurde von der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen am 27. Mai 2004 abgewiesen.
B. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hiess einen Rekurs (Kantons- und Gemeindesteuer 2001) und eine Beschwerde (direkte Bundessteuer 2001) gegen den Einspracheentscheid am 8. Dezember 2006 teilweise gut, indem verschiedene Aufwandposten steuerlich anerkannt wurden, nicht aber die hier ausschliesslich interessierende Zollnachzahlung.
C. X.Z._ und Y.Z._ haben gegen die Entscheide des Obergerichts des Kantons Schaffhausen am 25. Januar 2007 zwei Verwaltungsgerichtsbeschwerden an das Bundesgericht erhoben:
In der Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer 2001 (2A.55/2007) stellen sie die Anträge, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und die Sache sei zur nochmaligen Beurteilung an das Obergericht des Kantons Schaffhausen zurückzuweisen; es sei festzustellen, dass die Bestimmungen des Steuerharmonisierungsgesetzes verletzt seien, insbesondere Art. 10 Abs. 1 lit. b (Rückstellungen) und Art. 51 Abs. 1 lit. a (Revision).
In der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2001 (2A.56/2007) wird sinngemäss die Aufhebung des angefochtenen Entscheids verlangt. Ausdrücklich wird beantragt, die Nachzahlung von Fr. 195'739.-- sei als Aufwand des Jahres 2001 anzuerkennen; eventuell sei festzustellen, dass es sich um einen Aufwand des Jahres 2002 handle; subeventuell sei eine Revision der Steuerveranlagungen 1990 bis 1999 zu "verfügen".
D. Die Kantonale Steuerkommission Schaffhausen sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerden abzuweisen. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat auf einen Antrag verzichtet.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Prozessuales
1. Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen gleich lautende Entscheide und werfen grösstenteils übereinstimmende Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln (vgl. Art. 40 OG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 126 II 377 E. 1 S. 381).
2. Die angefochtenen Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Schaffhausen ergingen am 8. Dezember 2006. Auf das vorliegende Verfahren findet somit noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (BGE 133 I 206 E. 2 S. 210; 132 I 140 E. 1.1 S. 142; 131 II 58 E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
3.1 Sowohl mit Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuer steht gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG; SR 642.11; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, StHG; SR 642.14).
3.2 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts rügen (Art. 104 lit. a und b OG). Hat jedoch - wie hier - als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden, so ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, wenn der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
Das Bundesgericht wendet im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die von den Parteien vorgebrachten Begründungen oder an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 zweiter Halbsatz OG). Es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (BGE 132 II 47 E. 1.3 S. 50).
3.3 Die Beschwerdeführer sind als Steuerpflichtige zur Beschwerdeführung berechtigt (Art. 103 lit. a OG; Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten.
II. Direkte Bundessteuer (2A.56/2007)
4. Die Beschwerdeführer haben die Nachzahlung der Zollabgaben im Betrag von Fr. 195'739.-- der Erfolgsrechnung 2001 als Aufwand belastet. Sie stellen sich auf den Standpunkt, die Zollnachzahlung sei mit dem Entscheid des Bundesgerichts vom 14. Januar 2002 fällig geworden, weshalb eine Rückstellung erst in diesem Zeitpunkt habe vorgenommen werden können und müssen. Demgegenüber vertritt die Vorinstanz die Auffassung, aufgrund der Verfügung vom 28. Juni 2000 hätte eine entsprechende Rückstellung für die zu erwartende Zollnachzahlung zwingend bereits im Jahresabschluss 2000 vorgenommen werden müssen; eine Verbuchung in den Jahren 2001 oder 2002 sei unzulässig, weil dies gegen das Periodizitäts- und das Imparitätsprinzip verstossen würde.
4.1 Bei selbständiger Erwerbstätigkeit sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- oder Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder andern selbständigen Erwerbstätigkeit steuerbar (Art. 18 DBG). Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt der für die Ermittlung des Gewinns juristischer Personen massgebende Art. 58 DBG sinngemäss. Das bedeutet, dass die steuerliche Erfolgsermittlung an die handelsrechtliche anzuknüpfen hat (sog. Massgeblichkeitsprinzip), sofern die handelsrechtlichen Vorschriften beachtet wurden; vorbehalten bleiben die steuerlichen Korrekturvorschriften. Die Verbindlichkeit der Jahresrechnung entfällt nur insoweit, als diese gegen zwingende Vorschriften des Handelsrechts verstösst oder als steuerliche Korrekturvorschriften zu beachten sind (Urteil 2A.549/2005 vom 16. Juni 2006, E. 2.1, mit Hinweis).
Gemäss dem im schweizerischen Steuerrecht geltenden Periodizitätsprinzip hat ein Unternehmen im Steuerjahr denjenigen Gewinn zu versteuern, den es in der entsprechenden Steuerperiode erzielt hat. Es dürfen demnach nicht die Ergebnisse der Geschäftsperioden untereinander ausgeglichen werden, d.h. die Ergebnisse einer bestimmten Periode dürfen nicht zu Gunsten oder zu Lasten einer andern Periode vermindert oder erhöht werden. Liegt eine Verletzung des Periodizitätsprinzips vor, so ist grundsätzlich eine steuerliche Korrektur vorzunehmen (vgl. Urteil 2A.464/2006 vom 15. Januar 2007, E. 3 in fine, mit Hinweisen). Dies gilt ebenfalls bei Personenunternehmen bzw. bei selbständiger Erwerbstätigkeit (Bruno Knüsel, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Basel/Genf/München 2000, Rz. 6 zu Art. 26; Markus Reich/Marina Züger, ebenda, Rz. 37 zu Art. 27 und Rz. 10 zu Art. 29; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil/Basel 2001, Rz. 22 zu Art. 25).
4.2 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für: im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist; Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind; andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen; gewisse künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge (Art. 29 Abs. 1 lit. a-d DBG). Der Rückstellungsbegriff von Art. 29 DBG erfasst damit neben eigentlichen Rückstellungen zusätzlich auch Wertberichtigungen und Rücklagen zu Sonderzwecken. Sämtliche dem ordnungsgemäss Buchführenden (vgl. Art. 959 OR) vorgeschriebenen Rückstellungen sind nicht nur geschäftsmässig begründet im Sinn von Art. 27 Abs. 1 DBG, sondern sogar geschäftsmässig notwendig (Urteil 2A.99/2004 vom 27. Oktober 2004, E. 3.2, in: StR 60/2005, 117 S. 119 f.; Locher, a.a.O., Rz. 6 und 18 zu Art. 29 DBG).
Werden solche geschäftsmässig notwendigen Rückstellungen pflichtwidrig unterlassen, resultiert ein handelsrechtswidriges Ergebnis, für welches das Massgeblichkeitsprinzip, wie oben ausgeführt, an sich nicht gilt. In einem solchen Fall kann sich die Frage stellen, ob die Rückstellung nachgeholt werden kann. Wie es sich damit verhält, braucht an dieser Stelle nicht weiter geprüft zu werden, denn eine Nachholung fällt grundsätzlich ausser Betracht, wenn sich - wie hier - wegen der Übergangsproblematik beim Wechsel der zeitlichen Bemessung eine strenge Periodenabgrenzung aufdrängt; dort besteht nämlich die Gefahr, dass ein bestimmter Aufwand in der Bemessungslücke absichtlich nicht berücksichtigt wird, um diesen dann in Rechnung zu stellen, wenn er sich wieder steuerlich auswirkt (vgl. Madeleine Simonek, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2004, Direkte Bundessteuer, in: ASA 75, S. 3 ff., S. 14, mit Hinweisen).
4.3 Im vorliegenden Fall wurde den Beschwerdeführern die Nachzahlungsverfügung der Zollbehörde am 28. Juni 2000 zur Kenntnis gebracht. Sie hätten der sich spätestens zu diesem Zeitpunkt klar abzeichnenden rechtlichen Verbindlichkeit im Jahresabschluss 2000 erfolgsmindernd Rechnung tragen müssen; denn es liegt im Wesen der echten Rückstellung, dass der Bestand und/oder die Höhe der Verbindlichkeit noch nicht genau feststehen (BGE 103 Ib 366 E. 4 S. 370 f., mit Hinweis). Indem die Beschwerdeführer die Rückstellung nicht gebildet haben, wiesen sie im Geschäftsjahr 2000 ein zu hohes Ergebnis aus. Ob dieses nachträglich hätte berichtigt werden können (oder müssen), braucht hier nicht entschieden zu werden. Die an sich geschäftsmässig notwendige Rückstellung kann nach dem oben Gesagten jedenfalls nicht im Geschäftsjahr 2001 oder 2002 nachgeholt werden, nur damit die Erfolgskorrektur steuerwirksam ist. Es kommt hinzu, dass der Abschluss 2000 erst nach Kenntnisnahme des Urteils 2A.403/2001 vom 14. Januar 2002 erstellt wurde.
Die Rückstellung im Geschäftsabschluss 2001 wurde somit zu Recht aufgerechnet. Sie kann aber auch nicht, entsprechend dem Eventualantrag, nachträglich das Ergebnis des Geschäftsjahres 2002 schmälern, weil die Ursache für die zwingende Bildung der Rückstellung schon im Jahr 2000 bestanden hatte.
5. Die Beschwerdeführer verlangen subeventualiter, es sei eine Revision der Steuerveranlagungen 1990 bis 1999 zu "verfügen".
5.1 Eine rechtskräftige Verfügung oder ein rechtskräftiger Entscheid kann auf Antrag oder von Amtes wegen zu Gunsten des Steuerpflichtigen revidiert werden: wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden; wenn die erkennende Behörde erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel, die ihr bekannt waren oder bekannt sein mussten, ausser acht gelassen oder in anderer Weise wesentliche Verfahrensgrundsätze verletzt hat; wenn ein Verbrechen oder Vergehen die Verfügung oder den Entscheid beeinflusst hat (Art. 147 Abs. 1 lit. a-c DBG). Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können (Art. 147 Abs. 2 DBG).
5.2 Die Beschwerdeführer nehmen anscheinend an, das bundesgerichtliche Urteil 2A.403/2001 vom 14. Januar 2002 stelle einen Revisionsgrund dar. Die Revision gemäss Art. 147 DBG bezweckt aber die Berichtigung prozessualer Mängel oder tatsächlicher Unrichtigkeiten und nicht die Durchsetzung eines andern Rechtsstandpunkts. Eine neue rechtliche Würdigung eines Sachverhalts, eine neue Rechtsprechung oder auch die Änderung einer bestehenden Rechtsprechung sind kein Revisionsgrund (statt vieler: Urteil 2P.18/2005 vom 14. Februar 2005, E. 3, mit Hinweisen). Eine Revision der Veranlagungen 1990 bis 1999 kommt daher nicht in Frage.
Eine Revision der Veranlagungsperiode 1999/2000 gestützt auf Art. 218 Abs. 4 DBG fällt ebenso ausser Betracht, denn die umstrittene Rückstellung zählt nicht zu den in Art. 218 Abs. 5 DBG abschliessend aufgeführten ausserordentlichen Aufwendungen, die nachträglich berücksichtigt werden können (Dieter Weber, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2b], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Basel/Genf/ München 2000, Rz. 40 zu Art. 218; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Rz. 61 zu Art. 218).
Zusammengefasst ist der angefochtene Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer nicht zu beanstanden; die Verwaltungsgerichtsbeschwerde 2A.56/2007 ist daher abzuweisen.
III. Staats- und Gemeindesteuer (2A.55/2007)
6. 6.1 Nach Art. 7 Abs. 1 StHG und Art. 19 Abs. 1 des Gesetzes vom 20. März 2000 über die direkten Steuern des Kantons Schaffhausen (StG/SH) unterliegen alle Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit der Einkommenssteuer. Dabei können die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten, insbesondere die Rückstellungen, abgezogen werden (Art. 10 Abs. 1 lit. b StHG; Art. 29 Abs. 2 lit. a StG/SH). Die zu Lasten der Erfolgsrechnung zulässigen Rückstellungen nach Art. 31 StG/SH stimmen mit den nach Art. 29 DBG abzugsberechtigten überein. Schliesslich decken sich die Revisionsgründe gemäss Art. 51 StHG und Art. 165 StG/SH mit denjenigen von Art. 147 DBG. Das Steuergesetz des Kantons Schaffhausen stimmt also insoweit mit dem Steuerharmonisierungsgesetz überein, und beide Steuererlasse sind mit dem Recht der direkten Bundessteuer identisch.
6.2 Wo die bundessteuergesetzliche, die harmonisierungsrechtliche und die kantonalsteuergesetzliche Regelung vollkommen übereinstimmen, drängt sich deren identische Auslegung auf. Denn eine gleiche Interpretation liegt im Interesse der vertikalen Steuerharmonisierung, die verlangt, dass Rechtsfragen im kantonalen und im eidgenössischen Recht der direkten Steuern nach Möglichkeit gleich beurteilt werden. Mit dem Erlass des Steuerharmonisierungsgesetzes wurde denn auch der Zweck verfolgt, die Rechtsanwendung zu vereinfachen (BGE 133 II 114 E. 3.2 S. 116, mit Hinweisen). Das hiervor zur direkten Bundessteuer Ausgeführte (E. 4 und 5) gilt mithin gleichermassen für die Kantons- und Gemeindesteuer.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer ist daher ebenfalls abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigung
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 OG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.55/2007 und 2A.56/2007 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux