Sachverhalt:
A. Im Rahmen der Grundpfandbetreibung Nr. 1 ordnete das Betreibungsamt Zürich 4 per 6. Januar 2006 die betreibungsamtliche Verwaltung der Stockwerkeigentumseinheit GBBl. ..., darstellend 213/ 1000 Miteigentum an der Gesamtliegenschaft B._ in Zürich mit Sonderrecht am Gewerberaum mit provisorischem WC und Garderobe im Erdgeschoss und 3 Kellerräumen, WC-Anlagen und Vorplatz im Untergeschoss, an.
Es übertrug diese am 10. Januar 2006 an die Z._ AG. Nach diversen Auseinandersetzungen der Z._ AG bzw. des Betreibungsamtes mit dem Schuldner, X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer), betreffend Herausgabe der Schlüssel für die Gewerberäume im Erdgeschoss an der Strasse B._ setzte das Betreibungsamt diesem mit Verfügung vom 31. März 2008 eine letzte, nicht verlängerbare Frist bis Freitag, 11. April 2008 an, um dem Betreibungsamt oder der Z._ AG sämtliche Schlüssel zu den Gewerberäumen im Parterre zu übergeben. Dies erfolgte unter der Androhung, sich bei unbenutztem Fristablauf unter Mithilfe der Stadtpolizei Zürich Zugang zu verschaffen und (erneut) neue Schlösser einsetzen zu lassen.
B. Gegen diese Verfügung erhob der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Zürich als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde über Betreibungsämter Beschwerde mit folgendem Rechtsbegehren:
"Die Verfügung des Betreibungsamtes Zürich 4 vom 31. März 2008 betreffend Gewerbelokal im Parterre, B._, in Zürich sei abzuweisen."
Mit Zirkulationsbeschluss vom 15. Juli 2008 wies das Bezirksgericht die Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 2. Juli (recte: August) 2008 erhob der Beschwerdeführer beim Obergericht des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen Rekurs und beantragte die Aufhebung des Zirkulationsbeschlusses bzw. die vollumfängliche Anerkennung des Rekurses.
Mit Beschluss vom 28. August 2008 wies das Obergericht den Rekurs ab und bestätigte die Verfügung des Betreibungsamtes Zürich.
D. Mit Beschwerde vom 17. September 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses.
Mit Präsidialverfügung vom 13. Oktober 2008 wurde der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung zuerkannt. In der Sache sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 75 Abs. 1 BGG), welcher einen Endentscheid i.S.v. Art. 90 BGG darstellt. Insoweit ist die Beschwerde in Zivilsachen - unabhängig vom Erreichen eines Streitwerts (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG) - gegeben.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist ein reformatorisches Rechtsmittel (Art. 107 Abs. 2 BGG), sodass sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken darf, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern einen Antrag in der Sache stellen muss, ansonsten die Beschwerde unzulässig ist (BGE 133 III 489 E. 3.1 S. 489).
Der Beschwerdeführer stellt vor Bundesgericht kein reformatorisches Begehren. Gleichwohl ist zu seinen Gunsten davon auszugehen, dass er vor Bundesgericht materiell das Gleiche wie im kantonalen Verfahren - die Aufhebung der Verfügung des Betreibungsamtes - beantragt, sodass die Beschwerdeschrift insofern den Anforderungen an das Rechtsbegehren gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG genügt.
3. Die vorliegende Beschwerde entspricht weitgehend dem Rekurs an das Obergericht. Dementsprechend enthält sie teilweise auch Einwände, die sich nicht gegen Erwägungen des obergerichtlichen Beschlusses richten, und es fehlen Einwände gegen Erwägungen, die nur im obergerichtlichen Beschluss enthalten sind. Das Bundesgericht ist indessen nicht eine weitere Appellationsinstanz. Vielmehr ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG).
4. Die Beschwerde enthält teilweise Vorbringen in tatsächlicher Hinsicht, die von denjenigen abweichen, die der Beschwerdeführer vor Obergericht geltend gemacht hat, insbesondere was den behaupteten Erlös aus der Zwangsverwaltung betrifft. Es handelt sich dabei um neue und damit unzulässige Tatsachen (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Nicht zulässig sind im Weiteren Verweise auf kantonale Eingaben.
5. Strittig ist zunächst, ob das Betreibungsamt zum Erlass der Verfügung vom 31. März 2008 berechtigt war.
Das Obergericht erwog, dass das Betreibungsamt keine Veranlassung gehabt habe, bis zur Entscheidfällung des Audienzrichters über das vom Beschwerdeführer eingeleitete Befehlsverfahren zuzuwarten, da die Unzuständigkeit des Audienzrichteramtes als Zivilgericht nach der Verhandlung vom 19. März 2008 festgestanden und in der Verfügung vom 25. März 2008 bestätigt worden sei.
Der Beschwerdeführer macht - wie bereits vor Obergericht - geltend, die Verfügung vom 31. März 2008 sei nichtig, wobei er sich nicht mehr auf die Rechtshängigkeit vor dem Audienzrichteramt beruft, sondern vorbringt, es müsse zuerst der Entscheid des Bundesgerichts abgewartet werden. Soweit er in diesem Zusammenhang aufschiebende Wirkung beantragt, wurde seinem Gesuch stattgegeben (s. oben, Bst. D). Weshalb die Verfügung des Betreibungsamts nichtig sein soll, ist jedoch nicht ersichtlich, zumal sich der Beschwerdeführer mit den diesbezüglichen Erwägungen des Obergerichts nicht auseinandersetzt, sodass auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten ist.
6. Strittig ist sodann, ob sich der Beschwerdeführer auf Art. 19 VZG berufen kann, wonach der Schuldner bis zur Verwertung des Grundstückes weder zur Bezahlung einer Entschädigung für die von ihm benutzten Wohn- und Geschäftsräume verpflichtet noch zu deren Räumung genötigt werden kann.
6.1 Das Obergericht erwog, dass die betreibungsamtliche Verwaltung der Liegenschaft per 6. Januar 2006 angeordnet worden und zu diesem Zeitpunkt der Gewerberaum an S._ und T._ vermietet gewesen sei. Wie sich aus dem Mietvertrag vom 3. August 2004 ergebe, sei der Beschwerdeführer Vermieter und nicht Mieter. Im Zusammenhang mit der Suche nach neuen Mietern seien dem Beschwerdeführer vom Betreibungsamt am 20. März 2007 bzw. 10. April 2007 zudem zwecks Besichtigung durch allfällige Interessenten 4 bzw. 5 Schlüssel zum Restaurant im Parterre ausgehändigt worden, wobei er sich damals zu deren sofortiger Rückgabe verpflichtet habe. Auch dies spreche gegen eine Selbstnutzung der betreffenden Räumlichkeiten. Überdies führe der Beschwerdeführer selbst aus, dass er erst ab 1. Juli 2007 persönlich Mieter gewesen sei. Demnach sei bei Übernahme der Zwangsverwaltung die Stockwerkeigentumseinheit GBBl. 1 vom Grundeigentümer persönlich nicht genutzt worden und könne er keinerlei Rechte aus Art. 19 VZG ableiten. Unter diesen Umständen könne offen bleiben, ob sich ein Grundeigentümer nach Stellung des Verwertungsbegehrens überhaupt noch auf Art. 19 VZG berufen könne.
Sodann führte das Obergericht aus, soweit der Beschwerdeführer geltend mache, er habe die Räumlichkeiten zusammen mit U._ gemietet, komme nur eine Untermiete in Frage, da er selbst im entsprechenden Mietvertrag nicht als Mieter, sondern als Vermieter und Eigentümer aufgeführt sei. Der Beschwerdeführer könne sich nicht gestützt auf einen mit U._ abgeschlossenen Vertrag auf seine Stellung als Untermieter berufen, da der Hauptmietvertrag zwischen ihm und U._ per Ende August 2007 beendet worden sei und Letzterer somit (wie auch ein allfälliger Untermieter) keinen Besitzesanspruch am Objekt mehr habe.
Weiter erwog das Obergericht, der Beschwerdeführer könne sich auch nicht auf einen Neuabschluss des Mietvertrages als Nachfolgemieter von U._ berufen, da er als Eigentümer im laufenden Pfandverwertungsverfahren mit Zwangsverwaltung ohne Zustimmung des Betreibungsamtes gar keinen Mietvertrag mit sich selbst als Mieter habe abschliessen können. Dass eine Einwilligung seitens des Amtes vorliege, behaupte nicht einmal der Beschwerdeführer. Das Betreibungsamt habe zwar Mietzinszahlungseingänge seitens des Beschwerdeführers verbucht. Indes handle es sich dabei lediglich um sieben Mietzinszahlungen für die Mieten Oktober 2007 (2x) bis März 2008 im Gesamtbetrag von Fr. 1'049.65. Für die Monate Juli 2007 bis September 2007 seien keine Mietzinszahlungen erfolgt. Auch ergebe sich aus den Buchungsbelegen nicht, dass der Beschwerdeführer eine Depotleistung oder andere Zahlungen getätigt habe. Ausserdem habe das Betreibungsamt dem Beschwerdeführer bereits mit Schreiben vom 1. November 2007 mitgeteilt, dass die Räumlichkeiten im Erdgeschoss widerrechtlich genutzt würden und ihre Vermietung ausschliesslich Sache des Betreibungsamtes sei. Dem Beschwerdeführer sei zudem seitens der Z._ AG mitgeteilt worden, dass sich bereits ein Interessent für das Objekt gemeldet habe und er allfällig ihm gehörende Gegenstände bis 31. Januar 2008 zu entfernen und die Schlüssel bis zu diesem Datum dem Betreibungsamt zurückzugeben habe. Da keine Schlüsselrückgabe erfolgt sei, habe der Stadtammann in Anwesenheit der Stadtpolizei Zürich die Türschlösser der Gewerbelokalität im Parterre der betreffenden Liegenschaft ausgewechselt, die dann der Beschwerdeführer allerdings auch wieder ausgewechselt habe. Mit diesen Reaktionen seitens des Betreibungsamtes bzw. der Z._ AG sei mehrmals unmissverständlich dargetan worden, dass kein Mietverhältnis mit dem Beschwerdeführer bestehe. So sei seit der Verhandlung im Zusammenhang mit dem Ausweisungsbegehren von U._ vom 27. November 2007 klar gewesen, dass dieser keinerlei Gegenstände mehr im Mietlokal gehabt habe und der Mietvertrag mit ihm am 31. August erloschen gewesen sei. Die Annahme eines Mietvertrags komme schon deshalb nicht in Frage, weil der Beschwerdeführer nur Mietzinszahlungen von Fr. 149.95 geleistet habe. Auch wenn es sich dabei nur um Teilzahlungen gehandelt haben soll, habe der Mieter U._ gemäss Vertrag doch einen Bruttomietzins von Fr. 9'000.-- entrichten müssen. Die "Mietzinszahlungen" des Beschwerdeführers stünden somit in keinem Verhältnis zum Mietwert des Objektes. Ausserdem ergebe sich aus dem Betreibungsregisterauszug, dass der Beschwerdeführer gar nicht in der Lage wäre, den effektiven Mietzins zu bezahlen.
6.2 Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Erwägungen des Obergerichts nicht auseinander. Vielmehr beschränkt er sich auf eine Wiederholung seiner bereits vor Obergericht vorgebrachten Ausführungen, aus welchen - soweit sie sich überhaupt auf die hier strittige Frage beziehen - nicht ersichtlich ist, inwieweit die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll. Soweit der Beschwerdeführer mit appellatorischer Kritik den Sachverhalt aus seiner Sicht schildert, ist ihm entgegen zu halten, dass das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde legt, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es könnte erst dann eingreifen, wenn die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig und damit willkürlich wären (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 393 E. 7.1 S. 398), wofür aber ebenfalls keine Anhaltspunkte vorliegen.
7. Strittig ist ausserdem, ob sich der Beschwerdeführer darauf berufen kann, seine Schulden bezahlt zu haben.
Das Obergericht erwog, der Beschwerdeführer habe keine diesbezüglichen Belege eingereicht und ausserdem könnten im Rahmen eines laufenden Betreibungsverfahrens lediglich Zahlungen an das Betreibungsamt und keine Direktzahlungen an den Gläubiger berücksichtigt werden.
Auch diesbezüglich nimmt der Beschwerdeführer auf die Erwägungen des Obergerichts nicht Bezug, sondern beschränkt sich weitgehend auf eine Wiederholung seiner bereits vor Obergericht vorgebrachten Ausführungen. Inwieweit der vorinstanzliche Entscheid gegen Bundesrecht verstossen soll, geht aus der Beschwerde nicht hervor.
8. Weiter erwog das Obergericht, der Beschwerdeführer könne seine Verfügungsberechtigung über die Stockwerkeigentumseinheit nicht aus dem Umstand ableiten, dass noch ein Verfahren betreffend Anfechtung des Lastenverzeichnisses hängig sei.
Soweit die diesbezüglichen vom Beschwerdeführer vorgebrachten Einwände nicht neu und damit unzulässig sind (Art. 99 Abs. 1 BGG), wiederholt er ebenfalls, was er bereits vorinstanzlich geltend gemacht hat, ohne darzutun, weshalb dem Obergericht eine Verletzung von Bundesrecht vorzuwerfen wäre.
9. Unzulässig ist im Rahmen einer Beschwerde in Zivilsachen schliesslich das Begehren um angemessene Bestrafung der verantwortlichen Personen, weshalb darauf mangels Zuständigkeit nicht einzutreten ist.
10. Zusammenfassend ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Infolge Gewährung der aufschiebenden Wirkung ist dem Beschwerdeführer neu Frist zur Herausgabe der Schlüssel anzusetzen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dem Beschwerdeführer wird eine Frist von 10 Tagen ab Zustellung des begründeten Urteils angesetzt, um dem Betreibungsamt A._ oder der Z._ AG sämtliche Schlüssel zu den Gewerberäumen im Parterre der Liegenschaft B._ zu übergeben. Bei Nichteinhaltung dieser Frist ist das Betreibungsamt bzw. die Z._ AG befugt, sich unter Mitwirkung der Stadtpolizei Zürich Zugang zu den zwangsverwalteten Räumlichkeiten zu verschaffen und neue Schlösser einsetzen zu lassen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp