Sachverhalt:
A. A.a Die vbl transport ag beantragte am 9. September 2010 die Erteilung einer Personenbeförderungskonzession zur regelmässigen und gewerbsmässigen Personenbeförderung mit einem Nachtschnellbus zwischen Luzern und Altdorf. Der Antrag sah je eine Verbindung in der Nacht von Freitag und Samstag mit Abfahrt in Luzern um 01.15 Uhr und Ankunft in Altdorf um 01.45 Uhr vor, worauf der Kurs in der Gegenrichtung Altdorf um 01.50 Uhr verlassen und um 02.21 Uhr in Luzern eintreffen würde. Die neue Verbindung sollte auf den Fahrplanwechsel vom 12. Dezember 2010 hin in Betrieb genommen werden. Die vbl transport ag beabsichtigte, den sog. "Nachtstern"-Tarif zur Anwendung zu bringen, was bedeutet, dass keine anderen Billette oder Abonnemente anerkannt und keine Ermässigungen gewährt werden.
A.b Mit Verfügung vom 25. Januar 2011 erteilte des Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) der vbl transport ag die Konzession Nr. 700 ab 12. Dezember 2010 mit einer Dauer bis zum Fahrplanwechsel vom Dezember 2020. Nebst anderen Auflagen bestimmte das UVEK in Ziff. 3 der Konzessionsverfügung:
"Mit Ausnahme des pauschalen tarifierten Ortsverkehrs sind spätestens ab Fahrplanwechsel im Dezember 2012 die Fahrausweise des direkten Verkehrs und der Tarifverbünde anzuerkennen, wobei ein Nachtzuschlag erhoben werden darf."
A.c Die vbl transport ag erhob Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag, Ziff. 3 der Verfügung vom 25. Januar 2011 sei aufzuheben. Mit Urteil vom 24. November 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde gut, hob Ziff. 3 der Konzessionsverfügung vom 25. Januar 2011 auf und ersetzte sie durch folgenden Wortlaut: "Für die Linie Luzern-Altdorf via Seelisbergtunnel (Nachtbus) muss kein direkter Verkehr angeboten werden."
A.d Das UVEK erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Verfügung vom 25. Januar 2011 sei zu bestätigen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die vbl transport ag beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG; Art. 56 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über die Personenbeförderung [PBG; SR 745.1]). Das UVEK ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG).
2. 2.1 Der Bund hat das ausschliessliche Recht, Reisende mit regelmässigen und gewerbsmässigen Fahrten zu befördern, soweit dieses Recht nicht durch andere Erlasse oder völkerrechtliche Verträge eingeschränkt ist (Art. 4 PBG). Er kann Unternehmen nach Anhörung der betroffenen Kantone für die gewerbsmässige Beförderung von Reisenden mit regelmässigen Fahrten Personenbeförderungskonzessionen erteilen. Das Unternehmen ist verpflichtet, das Personenbeförderungsrecht nach den Vorschriften der Gesetzgebung und der Konzession auszuüben (Art. 6 Abs. 1 und 2 PBG). Die Unternehmen stellen für ihre Leistungen Tarife auf, die gegenüber allen gleich angewendet und veröffentlicht werden müssen (Art. 15 PBG). Im Fern-, Regional- und Ortsverkehr bieten die Unternehmen in der Regel der Kundschaft für Verbindungen, die über das Netz verschiedener Unternehmen führen, einen einzigen Transportvertrag an. Soweit ein Bedürfnis besteht, ist im Fern- und Regionalverkehr zwingend ein direkter Verkehr anzubieten (Art. 16 Abs. 1 PBG). Sie erstellen dafür gemeinsame Tarife und Fahrausweise (Art. 16 Abs. 2 PBG). Zur Sicherstellung des direkten Verkehrs regeln die Unternehmen gemäss Art. 17 Abs. 1 PBG ihre gegenseitigen Beziehungen. Sie vereinbaren insbesondere die Bereiche der Zusammenarbeit, die Voraussetzungen für die Beteiligung am direkten Verkehr, die Verteilung der gemeinsamen Verwaltungskosten, die Verteilung der Verkehrseinnahmen und die Haftungsgemeinschaft und den gegenseitigen Rückgriff. Gemäss Art. 56 der Verordnung vom 4. November 2009 über die Personenbeförderung (VPB; SR 745.11) müssen die Unternehmen im konzessionierten Verkehr den direkten Verkehr auch im Ortsverkehr anbieten, wenn die technischen Bedingungen es erlauben und der Nutzen für die Reisenden gegenüber dem wirtschaftlichen Aufwand überwiegt (Abs. 1). In der Konzession wird festgelegt, für welche Linien des Fernverkehrs, des Regionalverkehrs und des Ortsverkehrs kein direkter Verkehr angeboten werden muss (Abs. 2).
2.2 Streitig ist einzig, ob die Beschwerdegegnerin für die konzessionierte Linie die Fahrausweise des direkten Verkehrs und der Tarifverbünde anerkennen muss. Die Vorinstanz hat die Anwendbarkeit von Art. 16 PBG auf die streitige Verbindung bejaht, aber im konkreten Fall die Pflicht zur Einbindung in den direkten Verkehr verneint. Die Beschwerdegegnerin bestreitet bereits die Anwendbarkeit von Art. 16 PBG. Sollte sich diese Auffassung als richtig erweisen, wäre die Beschwerde von vornherein abzuweisen, weshalb diese Frage primär zu prüfen ist (E. 3). Ist Art. 16 PBG anwendbar, wird in einem zweiten Schritt zu prüfen sein, ob die Vorinstanz diese Bestimmung richtig angewendet hat (E. 4).
3. 3.1 Die Beschwerdegegnerin begründet ihre Auffassung damit, dass Art. 16 PBG auf bestellerunabhängige Angebote nicht anwendbar sei, dass dem UVEK keine Tarifaufsicht zukomme, dass durch die Anerkennung der Fahrausweise des direkten Verkehrs eine Verteuerung der Fahrdienstleistung und eine Ungleichbehandlung der Fahrgäste eintrete und dass die Unterstellung unverhältnismässig wäre.
3.2 Es ist unbestritten, dass es sich bei der streitigen Verbindung um kein bestelltes Verkehrsangebot im Sinne der Art. 28 ff. PBG handelt. Die Vorinstanz hat erwogen, die Verpflichtung, gemäss Art. 16 PBG den direkten Verkehr anzubieten, gelte auch für nicht bestellte Angebote.
3.2.1 Normadressaten von Art. 16 PBG sind gemäss Gesetzeswortlaut "die Unternehmen" in Bezug auf "Verbindungen, die über das Netz verschiedener Unternehmen führen", ohne dass zwischen bestelltem und nicht bestelltem Verkehrsangebot unterschieden wird. Auch aus der Systematik des Gesetzes ergibt sich keine Beschränkung auf bestellte Angebote: Art. 16 PBG steht im 3. Abschnitt des Gesetzes mit dem Titel "Grundpflichten der Unternehmen". Darin sind die Transportpflicht (Art. 12 PBG), die Fahrplanpflicht (Art. 13 PBG), die Betriebspflicht (Art. 14 PBG), die Tarifpflicht (Art. 15 PBG), die Pflicht zum Direkten Verkehr (Art. 16 und 17 PBG) sowie weitere Pflichten (Art. 18 PBG) aufgeführt. Der 6. Abschnitt des Gesetzes (Art. 28-34 PBG) regelt das bestellte Verkehrsangebot, d.h. dasjenige Angebot, das von Bund, Kantonen bzw. Gemeinden bestellt und mitfinanziert wird. Das Konzessionsverhältnis samt den daraus fliessenden Grundpflichten ist ein anderes Rechtsverhältnis als dasjenige zwischen dem Unternehmen und dem Besteller eines Verkehrsangebots (MARCEL HEPP/UELI STÜCKELBERGER, Die Konzession im Strassenverkehr, in: René Schaffhauser [Hrsg.], Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2011, S. 205 ff., 223 f.). Diese Systematik spricht dafür, dass der 3. Abschnitt samt Art. 16 PBG auf sämtliche Unternehmen anwendbar ist, die eine Personenbeförderungskonzession haben.
3.2.2 Auch aus der Entstehungsgeschichte ergeben sich keine Hinweise darauf, dass die Pflicht zum direkten Verkehr auf bestellte Verkehrsangebote beschränkt wäre: Der direkte Verkehr besteht in der Schweiz seit den Anfängen des Eisenbahnzeitalters (Verband öffentlicher Verkehr, Manual Direkter Verkehr, 2. Aufl., 2007, S. 5 ff.). Die Verpflichtung der Transportunternehmen zum direkten Verkehr war bereits in den Art. 36 und 37 des Eisenbahngesetzes in der ursprünglichen Fassung vom 20. Dezember 1957 (EBG; AS 1958 335) enthalten und wurde von dort in Art. 13 und 14 des Transportgesetzes vom 4. Oktober 1985 (TG; AS 1986 1974) übernommen (vgl. Botschaft vom 23. Februar 1983 über Transporte des öffentlichen Verkehrs, BBl 1983 II 167, 183 ff.). Sie galt also lange bevor das heute geltende Bestellsystem eingeführt wurde (Art. 49 ff. EBG in der Fassung vom 24. März 1995, in Kraft ab 1. Januar 1996 [AS 1995 3680]; vgl. FELIX UHLMANN, Verkehrsverwaltungsrecht, in: Georg Müller [Hrsg.], Verkehrsrecht, SBVR IV, 2008, S. 130 ff; UELI STÜCKELBERGER/CHRISTOPH HALDIMANN, Schienenverkehrsrecht, in: Georg Müller, a.a.O., S. 321). Mit den Art. 16 und 17 PBG wurde die Regelung des TG übernommen (Botschaft vom 23. Februar 2005 zur Bahnreform 2, BBl 2005 2415, 2488; Zusatzbotschaft vom 9. März 2007 zur Bahnreform 2, BBl 2007 2681, 2720). In den parlamentarischen Beratungen wurde die vom Bundesrat vorgeschlagene Fassung geringfügig modifiziert (hinten E. 4.2.3), ohne dass sich daraus folgern liesse, sie solle nur für bestellte Angebote gelten.
3.3 Gemäss Art. 6 Abs. 2 PBG ist das konzessionierte Unternehmen verpflichtet, das Personenbeförderungsrecht nach den Vorschriften der Gesetzgebung und der Konzession auszuüben. Zwar liegt die Tarifgestaltung als solche in der Autonomie der Unternehmen (PIERRE TSCHANNEN/THOMAS LOCHER, Einflussmöglichkeiten des Bundes auf die Tarifgestaltung im Personenverkehr, Jahrbuch 2009 Verwaltungsorganisationsrecht - Staatshaftungsrecht - öffentliches Dienstrecht, S. 131 ff., 137). Aber zu den einzuhaltenden Vorschriften der Gesetzgebung gehört auch die Pflicht zur Teilnahme am direkten Verkehr gemäss Art. 16 PBG. Art. 17 Abs. 4 PBG legt denn auch ausdrücklich fest, dass das Bundesamt für Verkehr die notwendigen Verfügungen erlässt, wenn die Unternehmen einen direkten Verkehr, der einem Bedürfnis entspricht, nicht zeitgerecht sicherstellen. Nach Art. 9 Abs. 3 lit. a PBG kann sodann die Konzessionsbehörde die Konzession entziehen, wenn das Unternehmen die ihm nach Gesetz auferlegten Pflichten wiederholt oder schwerwiegend verletzt. Sie muss daher auch berechtigt sein, die Einhaltung der gesetzlichen Verpflichtung in der Konzession anzuordnen (vgl. auch Art. 4 Abs. 3 und Art. 56 Abs. 2 VPB).
3.4 Die von der Beschwerdegegnerin befürchteten wirtschaftlichen Auswirkungen können bei der konkreten Anwendung von Art. 16 PBG berücksichtigt werden (hinten E. 4.3 und 4.4), sind aber kein Grund, um abweichend von Wortlaut, Systematik und Entstehungsgeschichte die nicht bestellten Verkehrsangebote vom Anwendungsbereich dieser Bestimmung auszunehmen. Diese gesetzliche Regelung ist für das Bundesgericht massgebend (Art. 190 BV), auch wenn die Beschwerdegegnerin sie als unverhältnismässig erachtet. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin ist somit Art. 16 PBG auch auf bestellerunabhängige Angebote anwendbar.
4. Zu prüfen bleibt, ob aufgrund dieser Bestimmung die Beschwerdegegnerin für die streitbetroffene Verbindung zum direkten Verkehr verpflichtet ist.
4. Zu prüfen bleibt, ob aufgrund dieser Bestimmung die Beschwerdegegnerin für die streitbetroffene Verbindung zum direkten Verkehr verpflichtet ist.
4.1 4.1.1 Das UVEK hat bereits in seiner Verfügung vom 25. Januar 2011 den Ortsverkehr von der Pflicht zur Einbindung in den direkten Verkehr ausgenommen. Der verbleibende, hier zur Diskussion stehende Verkehr ist unbestritten Fern- und Regionalverkehr im Sinne von Art. 16 Abs. 1 Satz 2 PBG, sodass zwingend direkter Verkehr anzubieten ist, "soweit ein Bedürfnis besteht" (frz. "Si le besoin en est avéré"; ital. "Se ve ne è il bisogno"). Dies ist umstritten.
4.1.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Begriff des Bedürfnisses sei ein unbestimmter Gesetzesbegriff, der in jedem konkreten Anwendungsfall zu prüfen sei. Das UVEK habe sich nicht genügend mit den finanziellen Folgen für das Transportunternehmen und für die Fahrgäste auseinandergesetzt. Beim nicht bestellten Verkehrsangebot könne nicht automatisch von einem übergeordneten Interesse an der Einbindung einer Nachtbuslinie in den direkten Verkehr ausgegangen werden; das Interesse, ein einziges Billett für Hin- und Rückweg zu kaufen, sei nicht ausschlaggebend, koste doch ein Retourbillett gleich viel wie zwei einfache Fahrten und müsse der Nachtzuschlag ohnehin im Bus bezahlt werden. Zudem müssten Fahrgäste mit Halbtaxabonnement, die noch kein Billett des direkten Verkehrs haben, den Pauschaltarif ohne Vergünstigung bezahlen. Sie würden zudem bei Anerkennung des Fahrausweises mit Nachtzuschlag wesentlich mehr bezahlen als mit dem heute geltenden Pauschaltarif. Ebenso müsste der Pauschaltarif für Kunden ohne Fahrausweis des direkten Verkehrs höher ausfallen als der Preis für eine einfache Fahrt mit Halbtaxabonnement und Nachtzuschlag, um Fahrgäste mit Halbtaxabonnement nicht zu benachteiligen. Der Nachtzuschlag müsste relativ hoch angesetzt werden, damit der Busbetrieb annähernd kostendeckend betrieben werden könne. Die einzigen Fahrgäste, die von einer Einbindung profitieren würden, wären diejenigen mit Generalabonnement, und auch diese hätten keinen wesentlichen Vorteil, wenn der Nachtzuschlag deutlich über Fr. 5.-- angesetzt werden müsste. Zusammenfassend sei ein Angebot zu attraktiven Preisen bei Einbindung in den direkten Verkehr nicht möglich; die Einbindung würde dem Anliegen, eine attraktive Alternative zum motorisierten Individualverkehr zu bieten, zuwiderlaufen; es könnte weder eine Vereinfachung der Tarifgestaltung erreicht noch die Attraktivität des öffentlichen Verkehrs gesteigert werden. Die Einbindung in den direkten Verkehr würde vielmehr zu einem stossenden und nicht zweckmässigen Ergebnis führen.
4.1.3 Das beschwerdeführende UVEK kritisiert, die Vorinstanz habe den wirtschaftlichen Überlegungen zu grosses Gewicht beigemessen. Aufgrund der Bedeutung des direkten Verkehrs dürfte ein Bedürfnis an diesem die Regel sein. Es müsste im Einzelfall dargelegt werden, weshalb kein Bedürfnis bestehen soll; das wäre etwa der Fall bei rein touristischen Linien ohne Erschliessungscharakter. Bei der streitigen Linie, welche zwei Kantonshauptorte verbinde, sei ein Bedürfnis an Einbindung evident. Zudem könnten die Preisüberlegungen der Vorinstanz nicht nachvollzogen werden, da sie nicht mit Zahlenmaterial untermauert würden. Durch die Einbindung in den direkten Verkehr würden die Halbtaxabonnenten nicht benachteiligt, dafür würden nebst den Inhabern eines Generalabonnements auch die Inhaber eines Strecken- oder Verbundabonnements oder eines Retourbilletts profitieren, welche die überwiegende Zahl der Fahrgäste stellen dürften. Nicht die Einbindung, sondern die Nichteinbindung in den direkten Verkehr wäre stossend.
4.1.3 Das beschwerdeführende UVEK kritisiert, die Vorinstanz habe den wirtschaftlichen Überlegungen zu grosses Gewicht beigemessen. Aufgrund der Bedeutung des direkten Verkehrs dürfte ein Bedürfnis an diesem die Regel sein. Es müsste im Einzelfall dargelegt werden, weshalb kein Bedürfnis bestehen soll; das wäre etwa der Fall bei rein touristischen Linien ohne Erschliessungscharakter. Bei der streitigen Linie, welche zwei Kantonshauptorte verbinde, sei ein Bedürfnis an Einbindung evident. Zudem könnten die Preisüberlegungen der Vorinstanz nicht nachvollzogen werden, da sie nicht mit Zahlenmaterial untermauert würden. Durch die Einbindung in den direkten Verkehr würden die Halbtaxabonnenten nicht benachteiligt, dafür würden nebst den Inhabern eines Generalabonnements auch die Inhaber eines Strecken- oder Verbundabonnements oder eines Retourbilletts profitieren, welche die überwiegende Zahl der Fahrgäste stellen dürften. Nicht die Einbindung, sondern die Nichteinbindung in den direkten Verkehr wäre stossend.
4.2 4.2.1 Nach dem insoweit klaren Wortlaut von Art. 16 Abs. 1 PBG muss ein Bedürfnis am direkten Verkehr vorliegen. Dieses ist - wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat - vom Bedürfnis nach der Verkehrsverbindung als solcher zu unterscheiden. Aus der Tatsache allein, dass eine Konzession erteilt wurde oder ein Bedürfnis nach der Nachtverbindung von Luzern nach Altdorf besteht, kann nicht geschlossen werden, dass auch ein Bedürfnis nach Einbindung in den direkten Verkehr vorliegt.
4.2.2 Aus dem Gesetzeswortlaut ergibt sich nicht näher, was unter dem "Bedürfnis" zu verstehen ist. Nach Sinn und Zweck der Bestimmung ist das Bedürfnis der Reisenden massgebend; diese haben ein Interesse daran, die anderswo gekauften Fahrausweise und Abonnemente auf allen Strecken des öffentlichen Verkehrs verwenden zu können. Ein solches Interesse besteht grundsätzlich für jede Verbindung. Aus dem Gesetzestext ergibt sich allerdings, dass dieses allgemeine und grundsätzliche Interesse für sich allein noch nicht ausreicht, wäre doch sonst die einschränkende Klausel "soweit ein Bedürfnis besteht" gegenstandslos. Das Bedürfnis im Sinne dieser Bestimmung muss also ein qualifiziertes Interesse sein. Von diesem Verständnis geht offenbar auch der Beschwerdeführer aus, indem er ausführt, kein Bedürfnis im Sinne von Art. 16 PBG bestehe dann, wenn eine Linie keine Erschliessungsfunktion, sondern rein touristischen Charakter habe. Auch bei touristischen Linien besteht ein Interesse der Reisenden an durchgehender Geltung der Fahrausweise, was aber offenbar auch nach Auffassung des UVEK nicht ausschlaggebend ist.
4.2.3 Die Entstehungsgeschichte ist wenig erhellend. Im Transportgesetz hatte Art. 13 Abs. 1 wie folgt gelautet:
"Soweit ein Bedürfnis besteht, bieten die Unternehmungen dem Kunden für Transportstrecken, die über das Netz verschiedener Unternehmungen führen, einen einzigen Transportvertrag an (direkter Verkehr)."
Im ursprünglichen Entwurf des Bundesrates vom 23. Februar 2005 zum PBG lautete Art. 18 Abs. 1 wie folgt:
"Im Fern-, Regional- und Ortsverkehr bieten die Unternehmen der Kundschaft für Verbindungen, die über das Netz verschiedener Unternehmen führen, einen einzigen Transportvertrag an."
In der Botschaft wurde dazu ausgeführt (BBl 2005 2471):
"Die Entwicklungen in der EU zeigen, dass angestrebt wird, den Wettbewerbsdruck im öffentlichen Verkehr weiter zu erhöhen. Um ein Auseinanderdriften der verschiedenen Unternehmen beziehungsweise ein Auseinanderfallen des Systems öffentlicher Verkehr zu verhindern und die bestehende Qualität zu halten, müssen den konzessionierten Unternehmen Mindeststandards auferlegt werden. Insbesondere der bestehende direkte Verkehr, d.h. der Verkauf eines einzigen Fahrausweises über die Strecken verschiedener Transportunternehmen, ist eine Errungenschaft, die eine wesentliche Qualität des öffentlichen Verkehrs in der Schweiz darstellt und die verteidigt werden muss."
In den Erläuterungen zu den einzelnen Artikeln wurde ausgeführt, die Bestimmungen über die tarifarische Zusammenarbeit würden "praktisch unverändert aus dem Transportgesetz übernommen" (BBl 2005 2488).
In der Zusatzbotschaft vom 9. März 2007, welche der Bundesrat nach der Rückweisung durch die Bundesversammlung vorlegte, lautete Art. 16 Abs. 1 des Entwurfs wie folgt:
"Im Fern-, Regional- und Ortsverkehr bieten die Unternehmen in der Regel der Kundschaft für Verbindungen, die über das Netz verschiedener Unternehmen führen, einen einzigen Transportvertrag an."
Die Erläuterungen besagten weiterhin, dass die Bestimmungen praktisch unverändert aus dem Transportgesetz übernommen würden (BBl 2007 2720).
Der Nationalrat als Erstrat fügte in Art. 16 Abs. 1 den Satz an: "Soweit ein Bedürfnis besteht, ist die Anbietung des direkten Verkehrs im Fern- und Regionalverkehr zwingend" (Amtl. Bull. 2008 N 199). Der Ständerat strich diesen Zusatz zunächst, da er sprachlich und logisch wenig erhellend sei (Amtl. Bull. 2008 S 658). Nachdem der Nationalrat an seiner Version festgehalten hatte (Amtl. Bull. 2009 N 125), schloss sich der Ständerat an, mit dem Hinweis des Kommissionssprechers, dass die Ergänzung zu keinem informativen Mehrwert führe (Amtl. Bull. 2009 S 122).
Aus dieser Entstehungsgeschichte ist nicht näher ersichtlich, unter welchen Voraussetzungen von einem Bedürfnis auszugehen ist.
4.3 Dem Beschwerdeführer ist insoweit zuzustimmen, dass das Gesetz die Einbindung in den direkten Verkehr als Regel festlegt und somit von Gesetzes wegen ein grundsätzliches Interesse an einer solchen Einbindung besteht. Ebenso ist aber der Vorinstanz beizustimmen, dass ein über dieses allgemeine Interesse hinausgehendes Bedürfnis bestehen muss (vorne E. 4.2.2), was jeweils im konkreten Fall zu prüfen ist. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sind dabei die finanziellen Auswirkungen sowohl für die Fahrgäste als auch für die Transportunternehmen massgeblich zu berücksichtigen: Der direkte Verkehr ist kein Selbstzweck, sondern findet seinen Sinn darin, dass er für die Fahrgäste wirtschaftliche und praktische (Kauf eines einzigen Fahrausweises trotz Benützung verschiedener Netze) Vorteile hat; wirkt er sich für die Fahrgäste finanziell nachteilig aus, ohne dass dies durch praktische Vorteile aufgewogen wird, verliert er seine Rechtfertigung. Ebenso sind die wirtschaftlichen Interessen des Transportunternehmens zu berücksichtigen, namentlich bei bestellerunabhängigen Verbindungen. Da für diese keine ungedeckten Kosten abgegolten werden, müssen sie grundsätzlich kostendeckend betrieben werden können. Denn andernfalls würden sie überhaupt nicht durchgeführt, wodurch das Ziel, attraktive Verbindungen des öffentlichen Verkehrs anbieten zu können, vereitelt würde. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers bedeutet die Einzelfallprüfung nicht, dass bei jeder Fahrpreiserhöhung über die Einbindung in den direkten Verkehr neu entschieden werden müsste; über die Einbindungspflicht wird mit der Konzession entschieden (Art. 56 Abs. 2 VPB) und dieser Entscheid gilt grundsätzlich für die ganze Konzessionsdauer.
4.4 In den Akten befindet sich eine Planrechnung der Beschwerdegegnerin für die ersten drei Betriebsjahre, welche bei einem Pauschalfahrpreis von Fr. 10.-- einen Kostendeckungsgrad von ca. 80 bis 85 Prozent ergibt. Bei Einbindung in den öffentlichen Verkehr erhielte die Beschwerdegegnerin statt dem Fahrpreis von Fr. 10.-- einerseits einen Ertragsanteil am direkten Verkehr, dessen Höhe aber nicht aktenkundig ist. Andererseits könnte sie einen Nachtzuschlag erheben, dessen Höhe nicht in der Konzession festgelegt ist. Im Verfahren vor der Vorinstanz hat die Beschwerdegegnerin geltend gemacht, es habe sich in der Schweiz ein Nachtzuschlag von Fr. 5.-- eingebürgert. Um die Strecke rentabel betreiben zu können, müsste sie aber einen wesentlich höheren Zuschlag verlangen. Dies erscheint aufgrund der Planrechnung als plausibel. Es stünde der Beschwerdegegnerin rechtlich frei, diesen Zuschlag so hoch anzusetzen, dass ihre gesamten Erträge einen vergleichbaren Kostendeckungsgrad erreichen wie bei dem von ihr festgelegten Pauschalfahrpreis von Fr. 10.--. Wie die Vorinstanz dargelegt hat, würde aber dadurch insbesondere für Inhaber eines Halbtaxabonnements die Fahrt wesentlich teurer als mit den von der Beschwerdegegnerin beabsichtigten Pauschalpreisen. Daran ändert das an sich zutreffende Argument des Beschwerdeführers nichts, das Halbtaxabonnement stelle selber keinen Fahrschein dar. Teurer würden die Fahrpreise auch für die Passagiere mit Einzelbillett ohne Ermässigung. Nicht überzeugend ist das Argument des Beschwerdeführers, es bestehe ein Bedürfnis nach Einbindung in den direkten Verkehr, weil bei einer überwiegenden Zahl der Rückfahrten eine Hinfahrt vorausgegangen sei, sodass die Fahrgäste bei Einbindung in den direkten Verkehr ein Retourbillett lösen könnten. Denn wie die Vorinstanz dargelegt hat, sind zwei Retourbillette gleich teuer wie zwei einfache Fahrten, sodass durch den Kauf eines Retourbilletts kein Preisvorteil entsteht. Die Fahrgäste, die von Altdorf nach Luzern reisen und bereits wissen, dass sie erst mit dem Nachtbus zurückkehren, werden kein Retourbillett kaufen. Ohnehin müssten sie für die Rückfahrt im Bus den Nachtzuschlag lösen. Durch die Einbindung entsteht ihnen weder ein preislicher noch ein praktischer Vorteil. Ein preislicher Vorteil ergäbe sich für die Inhaber von General- und Streckenabonnementen (die vom Beschwerdeführer ebenfalls genannten Inhaber von Verbundabonnementen sind nicht massgebend, da gerichtsnotorisch kein Verkehrsverbund besteht, der Luzern und Altdorf umfasst). Dieser Vorteil ist allerdings gering; er beträgt bei einem Nachtzuschlag von Fr. 5.-- bloss Fr. 5.-- pro Fahrt. Müsste der Zuschlag erhöht werden, wie die Beschwerdegegnerin plausibel darlegt, würde der Vorteil entsprechend geringer. Von keiner Seite wird schliesslich geltend gemacht, dass diejenigen Fahrgäste, die aus anderen Netzen auf die streitige Linie umsteigen und bei Einbindung in den direkten Verkehr vom grösseren Streckenrabatt profitieren könnten, einen wesentlichen Anteil der Nachtbus-Benützer ausmachen; zudem hat die Vorinstanz überzeugend dargelegt, dass dieser Preisvorteil gering wäre. Durch eine Erhöhung des Nachtzuschlags würde er mehr als ausgeglichen.
4.5 Insgesamt stehen also einem geringen Vorteil für Inhaber von General- und Streckenabonnementen erhebliche Nachteile für die übrigen Reisenden gegenüber. Hinzu kommt, dass die Einbindung in den direkten Verkehr für das Transportunternehmen einen administrativen Aufwand zur Folge hätte, der angesichts der kleinen Zahl von Fahrten (vier Kurse pro Woche) unverhältnismässig erscheint. Unter diesen Umständen ist es nicht rechtswidrig, wenn die Vorinstanz ein Bedürfnis an der Einbindung in den direkten Verkehr verneint hat.
5. Bei diesem Ausgang sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Das UVEK hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das UVEK hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher