Faits:
A. Y._ est propriétaire du domaine agricole A._ sur lequel travaille sa fille X._. Les deux font l'objet d'une procédure pénale pour diverses infractions contre le patrimoine.
Par ordonnance du 14 septembre 2005, le juge d'instruction, se fondant sur les art. 142 ss CPP/BE et sur l'art. 59 CP, a placé sous séquestre le montant dû, par le Département de l'économie du canton de Neuchâtel, à Y._ et éventuellement en partie à X._ au titre de paiements directs 2005 pour le domaine A._. Il a pris cette mesure en vue de l'exécution d'une future créance compensatrice.
Statuant sur prise à partie de Y._ et X._, la Chambre d'accusation de la Cour suprême du canton de Berne a modifié l'ordonnance attaquée. Elle a levé le séquestre sur la part des paiements directs 2005 revenant à X._, soit 60% du montant total, et l'a confirmé pour le surplus.
B. X._ a interjeté un recours de droit public et un pourvoi en nullité auprès du Tribunal fédéral. Il n'a pas été ordonné d'échanges des écritures.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
I.- Pourvoi en nullité
1. L'art. 59 ch. 2 al. 3 phr. 1 CP prévoit que "l'autorité d'instruction pourra placer sous séquestre, en vue de l'exécution d'une créance compensatrice, des éléments du patrimoine de la personne concernée". Cette disposition constitue la base légale pour une mesure provisoire de confiscation, dont les effets sont maintenus, une fois le jugement en force, jusqu'à son remplacement par une mesure du droit des poursuites (cf. Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, vol. I, Zurich 1998, § 2 / art. 59 CP n. 172 et 174).
Le pourvoi en nullité est ouvert contre des jugements pénaux, des ordonnances de non-lieu ou des prononcés pénaux administratifs rendus en dernière instance (art. 268 PPF). En l'espèce, il est manifeste que la décision attaquée n'est pas un prononcé pénal d'une autorité administrative qui ne pourrait pas donner lieu à un recours aux tribunaux (art. 268 ch. 3 PPF). Il ne s'agit pas non plus d'une ordonnance de non-lieu rendue en dernière instance (art. 268 ch. 2 PPF).
Il reste à examiner s'il s'agit d'un jugement au sens de l'art. 268 ch. 1 PPF. Par jugement, il faut entendre non seulement la décision finale qui met un terme à l'action pénale, mais aussi toute décision prise séparément si elle tranche définitivement, sur le plan cantonal, une question de droit fédéral (ATF 128 IV 34 consid. 1a). Dès lors que l'art. 59 ch. 2 al. 3 1ère phrase CP introduit une mesure provisoire de confiscation, on ne saurait conclure que l'autorité cantonale qui la prononce tranche définitivement, sur le plan cantonal, une question de droit fédéral. A cet égard, la décision prise ne vaut donc pas jugement au sens de l'art. 268 ch. 1 PPF. Contre une telle mesure, seule la voie du recours de droit public est, le cas échéant, ouverte (ATF 126 I 97 consid. 1c; Schmid, op. cit., § 2 / art. 59 CP n. 175).
2. Le pourvoi est irrecevable. La recourante supporte les frais de la procédure (art. 278 PPF).
3. II.- Recours de droit public
4. La recourante se plaint d'une violation de la garantie d'être traitée sans arbitraire par les organes étatiques (art. 9 Cst.) dans le cadre de l'appréciation des faits et moyens de preuve. Elle conteste que les paiements directs 2005 puissent faire l'objet d'une répartition entre son père et elle-même. Soutenant que l'entier du montant lui revient en sa qualité de seule exploitante du domaine, elle considère en conséquence qu'un séquestre sur une partie du montant dû à son père est exclu.
L'art. 59 ch. 2 al. 3 CP, ainsi que l'art. 142 CPP/BE, constituent la base légale pour une mesure provisoire de confiscation. Un tel séquestre ne peut être prononcé au cours de l'instruction, à titre de mesure provisionnelle, qu'en présence d'indices établissant que les biens pourront être confisqués ou faire l'objet d'une créance compensatrice; mais une certitude n'est pas nécessaire (arrêt 1P.473/1990 consid. 4, in Rep 1992 p. 212). En l'espèce, la question est donc uniquement de savoir si c'est de manière arbitraire que l'autorité cantonale a admis la possibilité d'une confiscation future, c'est-à-dire, par rapport à la question soulevée dans le recours, s'il était insoutenable d'admettre qu'une partie des paiements directs 2005 pouvait le cas échéant être payable au père de la recourante.
La Chambre d'accusation s'est fondée sur la décision du 21 février 2006 rendue par la Commission de reconnaissance des formes d'exploitations agricoles du Département cantonal de l'économie, l'autorité administrative compétente en la matière. Par cette décision adressée à la recourante et à son père et dont copie a été notifiée à la Chambre d'accusation, la Commission, constatant que le contrat d'association entre les deux destinataires n'avait été résilié que le 14 juillet 2005, a statué que les paiements directs 2005 seraient répartis entre la recourante et son père selon les données de ce contrat, dans la proportion de 60% et 40%.
Retenir la clé de répartition fixée par l'autorité administrative compétente et admettre, à tout le moins à titre de possibilité, que le père de la recourante recevra le montant que la décision administrative lui alloue, apparaît en soi clairement échapper au grief d'arbitraire. Il n'en irait différemment que si la décision administrative n'était pas entrée en force et que son caractère erroné fût absolument manifeste.
La recourante insiste pour l'essentiel sur le fait que son père aurait eu un emploi à plein temps du 1er janvier au 14 juillet 2005, date à laquelle il a été licencié avec effet immédiat ensuite d'infractions commises au détriment de l'employeur; dès le 16 septembre 2005, il a été en détention. La recourante estime ce fait important au motif qu'une personne travaillant à raison de plus de 75% à l'extérieur de l'exploitation agricole n'a pas droit aux paiements directs. Tel n'est toutefois pas le cas (cf. art. 70 al. 5 de la Loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [LAgr; RS 910.1]; Ridha Fraoua, Constitutionnalité des normes relatives au cercle des bénéficiaires des paiements directs, in Communications de droit agraire 1998, p. 166; Jean-Pierre Viani, Paiements directs - limites d'accès, in: Communications de droit agraire 1998, p. 185); les dispositions invoquées par la recourante à l'appui de sa thèse ont en réalité trait à la limitation des paiements en raison de l'âge et de la fortune de l'exploitant (art. 19 al. 3 let. b et art. 23 al. 4bis let. b de l'Ordonnance sur les paiements directs versés dans l'agriculture [OPD; RS 910.13]). Au demeurant, le recourant n'a été engagé à l'extérieur que durant la moitié de l'année, et en plus, on ignore tout de ses activités durant cette période. En outre, la recourante n'allègue même pas que la date de résiliation du contrat d'association constatée par l'autorité administrative ne pouvait être retenue. Dans ces circonstances, on ne saurait bien évidemment conclure que la décision administrative est manifestement erronée.
5. Il s'ensuit le rejet du recours de droit public. La recourante supporte les frais (art. 156 OJ).
Par ces motifs, vu l'art. 36a OJ, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le pourvoi en nullité est irrecevable.
2. Le recours de droit public est rejeté.
3. Les frais fixés à 4000 francs sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, au Juge d'instruction du canton de Berne et à la Chambre d'accusation de la Cour suprême du canton de Berne.
Lausanne, le 21 juillet 2006
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: