Faits:
A. B.X._, domicilié à Verbier, a effectué du courtage et de la promotion immobilière en raison individuelle depuis 1966. En 1979, il a constitué la société Agence immobilière X._ SA, société anonyme active dans le domaine de l'immobilier. Il a poursuivi son activité immobilière tant en raison individuelle que par le biais de la société anonyme jusqu'à son décès, survenu le 30 août 2004.
A.X._ est l'une des héritières de B.X._, et ce à raison de 26/64ème.
B. Après le décès de B.X._, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a entreprise de procéder à la taxation du bénéfice de liquidation concernant la raison individuelle du de cujus.
Par décision du 3 décembre 2010, le Service cantonal arrêté à CHF 2'877'801.- le bénéfice de liquidation résultant du passage des actifs commerciaux de B.X._ de la fortune commerciale à la fortune privée. La part relative à A.X._ a été fixée à CHF 1'058'042.-.
Pour l'année 2004, ce montant était soumis à un impôt spécial en matière d'impôts cantonal et communal et ajouté à la taxation ordinaire en matière d'impôt fédéral direct.
La réclamation déposée par A.X._ à l'encontre de cette taxation a été rejetée par la Commission d'impôt des personnes physiques du canton du Valais le 5 décembre 2011.
A.X._ a recouru contre le prononcé du 5 décembre 2011, contestant principalement le fait que soient pris en compte, dans le calcul du bénéfice de liquidation, les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._, ces immeubles ayant selon elle toujours eu un caractère privé et non commercial. A titre complémentaire, elle requérait une déduction forfaitaire de 20 % sur les recettes locatives de ces immeubles.
Le 25 avril 2012, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission de recours) a rejeté le recours de A.X._. La Commission de recours a considéré, en substance, que B.X._ était un professionnel de l'immobilier, de sorte que la totalité de ses actifs immobiliers devait être considérée comme étant de nature commerciale, à moins qu'une utilisation privée ne soit clairement établie, ce qui n'était pas le cas des immeubles en cause, loués à la société Z._. On n'avait par ailleurs pas affaire à l'affermage d'une exploitation commerciale, mais à deux immeubles de nature commerciale, de sorte que l'art. 14 al. 3 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF/VS; RS-VS 642.1) n'était pas applicable. Enfin, s'agissant de la déduction des frais d'entretien des immeubles, la Commission de recours s'est référée à une précédente décision du 25 janvier 2012 concernant la même contribuable et les mêmes immeubles pour retenir le caractère fondé du refus de la déduction forfaitaire.
C. Par acte du 5 octobre 2012, A.X._ dépose un "recours de droit public" au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la taxation 2004, à l'annulation de la taxation d'un bénéfice de liquidation, et à ce qu'en tout état de cause, il soit dit que les immeubles n° ** et ** ont fait dès leur acquisition partie de la fortune privée de B.X._ et que la déduction forfaitaire leur est due, les dispositions des art. 4 de l'ordonnance du 24 août 1992 sur la déduction des frais relatifs aux immeubles privés dans le cadre de l'impôt fédéral direct (RS 642.116) et art. 14 ch. 3 (recte: art. 16 ch. 5) du règlement d'application de la loi fiscale valaisanne du 25 août 1976 (RS-VS 642.100) étant anticonstitutionnelles.
La Commission de recours, le Service cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit:
I. Recevabilité
1. La Commission de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal), ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées, pour l'essentiel, de façon semblable en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces conditions, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C_997/2012), l'autre les impôts cantonal et communal (2C_996/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques à résoudre se ressemblent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2. 2.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS-VS 642.1]) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. La recourante a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Le recours est donc en principe recevable.
2.2 Devant la Commission de recours, la recourante avait conclu à l'annulation de la taxation 2004 et à ce qu'il soit dit que les immeubles n° ** et ** ont fait dès leur acquisition partie de la fortune privée de B.X._ et que la déduction forfaitaire leur est due. Elle n'a en revanche pas contesté le principe même de la liquidation de la succession de son défunt mari et de l'établissement du bénéfice de liquidation. Or, devant le Tribunal fédéral, elle requiert également l'annulation de la taxation d'un bénéfice de liquidation. Cette conclusion est ainsi nouvelle et, par conséquent, irrecevable (cf. art. 99 al. 2 LTF).
Sous cette réserve, il convient d'entrer en matière.
3. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF.
4. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (cf. pour cette notion ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560) - ou en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées; à défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
La recourante se plaint d'une constatation arbitraire des faits par la Commission de recours. Elle fait valoir que son défunt mari n'a jamais exploité personnellement les immeubles n° ** et ** dans le cadre de son activité de commerçant professionnel d'immeubles; ces biens étaient tous deux grevés de baux en faveur de tiers, en l'occurrence la société Z._, pour une activité de commerce d'alimentation. La recourante estime que cela démontre que feu son époux n'a jamais voulu les incorporer dans son activité professionnelle, de sorte qu'ils doivent être considérés comme faisant partie de sa fortune privée, et cela de par la loi.
Force est de constater que, sous couvert d'établissement des faits, ces critiques formulées par la recourante se rapportent en réalité à l'application du droit par l'instance précédente, puisqu'elles portent sur l'incorporation des immeubles litigieux à la fortune privée ou commerciale du défunt et, par conséquent, sur l'appréciation juridique des faits pertinents. Elles seront par conséquent examinées ci-après (cf. infra consid. 5).
Dans ces conditions, la Cour de céans rendra son arrêt en se basant sur les faits tels qu'ils ressortent de la décision attaquée.
II. Impôt fédéral direct
5. L'argumentation principale de la recourante porte sur la question de l'incorporation des immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ à la fortune privée ou commerciale de son défunt mari.
5.1 La fortune commerciale comprend, aux termes de l'art. 18 al. 2 LIFD (RS 642.11), tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante. Pour déterminer s'il y a lieu d'attribuer un bien à la fortune privée ou commerciale, il convient d'apprécier dans chaque cas l'ensemble des circonstances. Ainsi que cela ressort de la définition légale de cette notion, c'est la fonction technique et économique de cet élément qui constitue le critère d'attribution déterminant; c'est par conséquent en première ligne la fonction effective des biens en cause dans l'entreprise qui est déterminante (cf. ATF 133 II 420 consid. 3.2 p. 422). L'attribution d'immeubles (ou d'une partie de ceux-ci) à la fortune commerciale ou à la fortune privée du contribuable doit également se faire sur la base de leur fonction technique et économique globale (cf. ATF 133 II 420 consid. 3.3 p. 422 s.). C'est donc en premier lieu le fait que l'immeuble serve effectivement à l'entreprise qui est déterminant. Les propriétés extérieures de l'immeuble, l'origine des fonds qui ont contribué à son financement, le motif d'acquisition ou de revente, les relations civiles de propriété et le traitement comptable sont d'autres critères d'attribution possibles (cf. arrêt 2C_802/2012 du 8 janvier 2013 consid. 2.2). Une longue durée de possession et le fait que, pendant une période assez étendue, aucune transaction immobilière n'a été effectuée ne permettent pas à eux seuls de considérer qu'un immeuble est devenu privé. Tel est en particulier le cas d'un commerçant d'immeubles qui conserve les immeubles acquis à des fins commerciales au titre de placement de fonds sur une longue durée (cf. ATF 125 II 113 consid. 6c/cc p. 127; arrêt 2C_29/2008 du 28 mai 2008 consid. 3.3 et les références citées). Par ailleurs, même si, en ce qui concerne les commerçants professionnels d'immeubles, il est en règle générale admis que les immeubles qu'ils acquièrent font partie de leur fortune commerciale, il se peut également qu'un commerçant d'immeubles achète occasionnellement un immeuble avec l'intention de l'occuper lui-même ou dans un but privé, puis réalise un gain lors de son aliénation. Dans de telles circonstances, exceptionnelles, il se justifie de considérer la vente comme un acte d'administration de la fortune privée et de ne pas soumettre le gain réalisé à l'impôt fédéral direct (cf. arrêt 2A.677/2004 du 3 novembre 2005 consid. 3.2). Enfin, le fait qu'un immeuble a été acquis dans un but de prévoyance professionnelle ne suffit pas à lui attribuer le caractère d'élément de la fortune privée. En effet, la prévoyance professionnelle peut être assurée par des actifs appartenant à la fortune commerciale (cf. ATF 125 II 113 consid. 6b p. 124 s., confirmé récemment in arrêt 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.3).
5.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que le défunt mari de la recourante a exercé depuis 1966 et jusqu'à son décès une activité indépendante dans le domaine de l'immobilier. Les immeubles dont il était propriétaire doivent donc être considérés comme étant de nature commerciale, à moins que leur utilisation ou destination privée soit clairement établie. Or, tel n'est pas le cas en ce qui concerne les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._. En effet, lorsque feu BX._ a acquis ces immeubles, il ne les a pas occupés personnellement, mais les a mis en location. Il importe peu à cet égard que cette mise en location ait consisté à poursuivre un bail existant au moment de l'acquisition, comme allégué par la recourante. Ce qui est déterminant est l'absence d'utilisation personnelle, par exemple à titre de résidence principale ou secondaire. Selon les faits retenus par la Commission de recours, non contestée sur ce point par la recourante, l'acquisition de l'immeuble n° ** a par ailleurs été financée de manière importante par des fonds étrangers, les loyers encaissés permettant de couvrir les intérêts et l'amortissement de la dette. La recourante allègue que ces immeubles ont été acquis au titre de prévoyance professionnelle, les loyers encaissés devant servir de caisse de retraite après la cessation de l'activité professionnelle de son défunt mari. Or, cette affectation, même si elle était établie, ne saurait exclure l'incorporation de ces immeubles dans la fortune commerciale de ce dernier. L'activité de B.X._ consistait à acheter, construire et vendre des biens immobiliers. Les deux immeubles litigieux, loués à la société Z._, ont certes un profil inhabituel en comparaison des autres biens immobiliers sur lesquels portait son activité. Le fait que, en règle générale, B.X._ achetait des immeubles en lien avec des promotions immobilières et dans le dessein d'une revente rapide, n'exclut cependant pas qu'il ait souhaité conserver ces deux immeubles au titre de placement de fonds sur une longue durée. Ainsi que la Commission de recours l'a relevé à bon escient, ces immeubles pouvaient présenter une utilité pour l'activité commerciale du défunt mari de la recourante, en raison des revenus provenant de la location ainsi que de la possibilité de les revendre, à terme, en réalisant un bénéfice en capital.
Au vu de ce qui précède, la Commission de recours n'a pas violé le droit fédéral en retenant que les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ faisaient partie de la fortune commerciale de B.X._ au jour de son décès.
6. Les griefs de la recourante, qui remettent en cause l'appartenance des immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ à la fortune commerciale de feu son époux, sont par ailleurs infondés.
6.1 La recourante entend tirer argument de l'art. 18a al. 2 LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2011, selon lequel l'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable. Elle en déduit a contrario que l'affermage d'un immeuble avant cette date constituait d'emblée un transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée. Il en découle, selon elle, que les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._, en tant qu'ils étaient affermés à la société Z._ depuis des années, avaient déjà été transférés dans la fortune privée de son époux.
Ce faisant, la recourante se trompe sur la portée de cette disposition.
La notion d'entreprise ou d'exploitation commerciale (Geschäftsbetrieb), telle qu'elle figure à l'art. 18a al. 2 LIFD, mais également à l'art. 4 al. 1 LIFD, recouvre une activité entrepreneuriale, une participation active, reconnaissable pour des tiers, à la vie économique, en utilisant capital et travail (cf. JEAN-BLAISE PASCHOUD, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 12 ad art. 4 LIFD; FELIX RICHNER/ WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009 [cité: Handkommentar], n° 5 et 10 ad art. 4 LIFD). Les immeubles d'un commerçant professionnel d'immeubles qui font l'objet de ses opérations commerciales et qui ne lui servent pas d'habitation ni n'abritent ses bureaux, ne constituent en règle générale pas une exploitation commerciale (cf. arrêt 2A.409/1997 du 12 novembre 1999 consid. 2b; PASCHOUD, op. cit., n° 16 ad art. 4 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, n° 43 ad art. 4 LIFD).
Dans ces conditions, l'art. 18a al. 2 LIFD ne peut d'emblée pas s'appliquer aux immeubles n° ** et ** de la commune de Y._, ni directement ni a contrario, puisque le défunt mari de la recourante n'a jamais utilisé ces immeubles pour y exercer son activité commerciale en y logeant ses bureaux ni n'y a habité.
6.2 La recourante fait par ailleurs valoir que la taxation d'un bénéfice de liquidation est prématurée en ce qui concerne les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._, puisqu'aucune vente n'est intervenue à ce jour.
Le moment déterminant pour le passage de la fortune commerciale dans la fortune privée selon l'art. 18 al. 2 LIFD est celui où le contribuable manifeste de manière claire et précise, expressément ou par actes concluants, vis-à-vis des autorités fiscales sa volonté de transférer l'élément dans sa fortune privée (cf. ATF 125 II 113 consid. 6c/aa p. 125 s.; arrêts 2C_948/2010 du 31 octobre 2011 consid. 4.1.2; 2C_276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 3.3). Les immeubles faisant partie de la fortune commerciale d'un défunt sont transférés dans la fortune privée de ses héritiers lorsque ceux-ci expriment leur volonté en ce sens vis-à-vis des autorités fiscales. Ce n'est qu'au moment où ils décident du transfert dans la fortune privée ou de l'aliénation que le bénéfice en capital en provenant constitue un revenu imposable au sens de l'art. 18 al. 2 LIFD. Ce système d'imposition permet aux héritiers de décider du moment de l'imposition du bénéfice en capital (cf. arrêts 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2 et les références citées; 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.4).
En l'espèce, l'argumentation de la recourante relative au caractère prématuré de la taxation du bénéfice de liquidation devant le Tribunal fédéral confine à la témérité, car elle n'a pas remis en cause le principe même de la liquidation de la succession de son défunt mari et de l'établissement du bénéfice de liquidation devant les instances précédentes (cf. supra consid. 2.3). Lors de son audition du 27 octobre 2010 devant le Service cantonal (cf. art. 105 al. 2 LTF), la recourante a par ailleurs déclaré qu'elle acceptait d'effectuer le transfert des actifs commerciaux de son défunt mari dans la fortune privée à la date du décès de ce dernier. Il y a par conséquent eu manifestation expresse de volonté de la contribuable, vis-à-vis de l'autorité fiscale, relative au transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée, ce qui a déclenché à juste titre la taxation du bénéfice de liquidation.
6.3 C'est donc à bon droit que les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ ont été pris en compte lors du calcul du bénéfice de liquidation de la raison individuelle du défunt mari de la recourante. Dans la mesure où il est recevable, le recours doit par conséquent être rejeté sur ce point en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
7. La recourante fait également valoir qu'en tout état de cause, elle est en droit de procéder à une déduction forfaitaire au titre des frais d'entretien des immeubles n° ** et ** de la commune de Y._.
7.1 Aux termes de l'art. 32 al. 2 LIFD, le contribuable qui possède des immeubles privés peut déduire les frais nécessaires à leur entretien. Par ailleurs, au lieu du montant effectif des frais et primes se rapportant aux immeubles privés, le contribuable peut faire valoir une déduction forfaitaire (art. 32 al. 4 LIFD).
7.2 En l'espèce, il a été retenu que les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ faisaient partie de la fortune commerciale du défunt mari de la recourante jusqu'à leur transfert dans la fortune privée de ses héritiers (cf. supra consid. 5.2). Une déduction pour frais d'entretien de ces immeubles en application de l'art. 32 al. 2 LIFD est par conséquent exclue pour la période antérieure au décès de B.X._ (cf. arrêt 2P.35/2005 du 1er septembre 2005 consid. 3.2).
7.3 Il en va autrement en revanche pour la période du 24 août 2004 au 31 décembre 2004 puisque, selon la décision du Service cantonal du 3 décembre 2010 qui est à l'origine de la présente procédure, le revenu des immeubles en cause a été ajouté au revenu de la recourante pour cette période au pro rata de sa part successorale. Celle-ci peut par conséquent en principe prétendre à la déduction des frais d'entretien relatifs à ces immeubles pour cette période, puisque ceux-ci ont passé, au jour du décès de B.X._, dans sa fortune privée à raison de sa quote-part successorale.
7.4 La recourante n'invoque aucun frais d'entretien effectif, mais demande à bénéficier de la déduction forfaitaire. Il convient donc de déterminer si elle y a droit, compte tenu de l'affectation des deux immeubles en cause.
7.4.1 L'art. 32 al. 4 LIFD prévoit que le montant de la déduction forfaitaire est arrêté par le Conseil fédéral, ce que celui-ci a fait par ordonnance du 24 août 1992 sur la déduction des frais relatifs aux immeubles privés dans le cadre de l'impôt fédéral direct (ODIP; RS 642.116). L'art. 4 de cette ordonnance prescrit que la déduction forfaitaire n'entre pas en ligne de compte pour des immeubles utilisés par des tiers principalement à des fins commerciales. La recourante fait valoir qu'en édictant cette disposition, le Conseil fédéral a outrepassé le mandat législatif et violé l'art. 32 al. 4 LIFD. Ladite disposition devrait par conséquent être considérée comme nulle et ne pas être appliquée.
7.4.2 La pratique et la jurisprudence admettent de longue date qu'en matière d'impôt fédéral direct, la déduction forfaitaire, expressément limitée aux immeubles de la fortune privée par l'art. 32 al. 4 LIFD, n'est applicable qu'aux immeubles qui sont affectés de manière prépondérante à un usage privé, c'est-à-dire qui servent en premier lieu à l'habitation. L'art. 4 concrétise cette pratique et prescrit que la déduction forfaitaire n'entre pas en ligne de compte pour des immeubles de la fortune privée utilisés par des tiers principalement à des fins commerciales. Selon la jurisprudence, sous les termes utilisés principalement à des fins commerciales, il faut comprendre tous les usages qui ne servent pas à l'habitation privée (cf. arrêt 2A.556/2004 du 2 mars 2005 consid. 2.2.2 et les références citées). La doctrine majoritaire considère par ailleurs cette réglementation comme conforme à la loi et aux principes qui gouvernent l'imposition du revenu (cf. NICOLAS MERLINO, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 91-92 ad art. 32 LIFD; PETER AGNER/ANGELO DIGERONIMO/HANS-JÜRG NEUHAUS/ GOTTHARD STEINMANN, Commentaire de la LIFD, Complément 2001, n° 9a ad art. 32 LIFD; BERNHARD ZWAHLEN, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 34 ad art. 32 LIFD; LOCHER, op. cit., n° 62-63 ad art. 32 LIFD; ROGER CADOSCH, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2008, n° 4 ad art. 32 LIFD; contra: RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar, n° 25 ad art. 32 LIFD; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2e éd. 2006 [cité: Kommentar], n° 26 ad art. 30 StG/ZH). Il n'y a pas lieu de s'écarter de la jurisprudence et de la doctrine majoritaire. En effet, la déduction forfaitaire a été instaurée avant tout pour simplifier le travail administratif. Le contribuable, qui peut la choisir à la place de la déduction des frais effectifs (cf. art. 32 al. 4 LIFD), est ainsi dispensé de collecter et de conserver les pièces, alors que l'administration fiscale s'épargne le contrôle de ces documents. La déduction forfaitaire ne doit toutefois pas conduire à la violation du principe légal de l'imposition du revenu net des immeubles faisant partie de la fortune privée. Elle ne peut dès lors pas être appliquée lorsque les résultats qui en découlent sont manifestement incorrects. Même s'il s'agit d'immeubles faisant partie de la fortune privée, la déduction forfaitaire n'est donc pas accordée lorsque l'on peut établir que le propriétaire foncier n'a pas de frais d'entretien à supporter parce qu'ils sont régulièrement pris en charge par le locataire ou le fermier. En pareils cas, le propriétaire foncier ne peut déduire que ses dépenses effectives (cf. arrêt 2A.192/1992 du 21 janvier 1993 consid. 2b), car c'est uniquement de cette manière qu'il sera - conformément à la loi - imposé sur la base de son revenu net. Ceci vaut a fortiori pour les immeubles loués pour une utilisation à des fins commerciale. Dans le cas de baux commerciaux, où le preneur des locaux supporte en règle générale lui-même les frais d'entretien, le propriétaire n'est ainsi pas en droit de faire valoir la déduction forfaitaire et ce, même si les immeubles font partie de sa fortune privée (cf. arrêts 2A.192/1992 du 21 janvier 1993 consid. 3b; 2A.56/1998 du 1er novembre 1999 consid. 2c). Le traitement différencié des frais d'entretien en ce qui concerne, d'une part, les immeubles de la fortune commerciale et les immeubles de la fortune privée qui sont utilisés à des fins commerciales, et, d'autre part, des immeubles de la fortune privée utilisés à des fins privées, est ainsi fondé sur des différences objectives. La réglementation prévue à l'art. 4 ODIP doit par conséquent être considérée comme conforme à la loi.
7.4.3 En l'espèce, les immeubles n° ** et ** de la commune de Y._ ont été loués pour une longue durée à la société Z._ qui y exploite un commerce d'alimentation. Il s'agit donc manifestement d'une utilisation par un tiers à des fins commerciales. La déduction forfaitaire des frais d'entretien n'entre par conséquent pas en ligne de compte. Dans ces conditions, le recours doit également être rejeté sur ce point en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
III. Impôts cantonal et communal
8. Comme l'art. 8 al. 1 et 2 LHID, repris à l'art. 14 al. 2 LF/VS, correspond à l'art. 18 al. 2 LIFD, la jurisprudence applicable en matière de LIFD est également déterminante en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (cf. arrêt 2C_276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 5).
S'agissant de l'art. 16 al. 5 du règlement valaisan d'application de la loi fiscale du 25 août 1976 (RS-VS 642.100), il convient de relever que le canton du Valais a choisi de suivre la réglementation fédérale sur la question de la déduction forfaitaire des frais d'entretien des immeubles de la fortune privée utilisés à des fins commerciales. En effet, si certains cantons admettent la déduction forfaitaire des frais d'entretien pour de tels immeubles (cf. MATTHIAS SCHWEIGHAUSER, in Nefzger/Simonek/Wenk (éd.), Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 2004, n° 125 ad art. 29 StG/BL; DIETER EGLOFF, in Klöti-Weber/Siegrist/Weber (éd.), Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3e éd. 2009, n° 108 ad art. 39 StG/AG), d'autres, en particulier tous les cantons romands, ont adopté la même réglementation qu'en matière d'impôt fédéral direct et limitent la déduction forfaitaire aux immeubles de la fortune privée utilisés à des fins privées (cf. RICHNER/ FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar, n° 26 ad art. 30 StG/ZH; CHRISTOPH LEUCH/PETER KÄSTLI, Praxis-Kommentar zum Berner Steuergesetz, 2006, n° 29 ad art. 36 StG/BE; art. 16 al. 5 du règlement valaisan d'application de la loi fiscale du 25 août 1976; art. 5 du règlement vaudois sur la déduction des frais relatifs aux immeubles privés du 8 janvier 2001 [RS-VD 642.11.2]; art. 34 let. d de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 [RS-GE D 3 08]; art. 11 let. b de l'ordonnance fribourgeoise du 21 mars 2001 sur la déduction des frais relatifs aux immeubles privés [RS-FR 631.421]; art. 12 de l'ordonnance jurassienne relative à la déduction des frais d'entretien d'immeubles du 16 mai 1989 [RS-JU 641.312.51]; art. 14 al. 3 du règlement général neuchâtelois d'application de la loi sur les contributions directes [RS-NE 631.01]; art. 35 al. 3 du Steuergesetz für den Kanton Graubünden du 8 juin 1986 [RS-GR 720.000]). Dans ces conditions, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'art. 16 al. 5 du règlement valaisan d'application de la loi fiscale du 25 août 1976, de sorte que le refus de tenir compte de la déduction forfaitaire en matière d'impôts cantonal et communal ne saurait être qualifiée d'arbitraire (cf. art. 95 et 106 al. 2 LTF; supra consid. 3).
Quant à l'art. 14 al. 3 LF/VS, dans la teneur en vigueur en 2004, il prévoit certes que l'affermage d'une exploitation commerciale ne donne pas lieu à un transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée lorsque l'exploitant déclare par écrit à l'autorité fiscale vouloir conserver les biens dans sa fortune commerciale, soit exactement le contraire de l'art. 18a al. 2 LIFD. Dans la mesure où l'une comme l'autre de ces dispositions se rapportent à la notion d'exploitation commerciale et que les deux immeubles litigieux ne constituaient pas l'exploitation commerciale du défunt mari de la recourante (cf. supra consid. 6.3), les considérants relatifs à l'art. 18a al. 2 LIFD peuvent néanmoins s'appliquer à l'art. 14 al. 3 LF/VS. Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de cette question également, aux considérants relatifs à l'impôt fédéral direct.
Dans la mesure où il est recevable, le recours doit par conséquent être rejeté également en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
IV. Frais et dépens
9. Succombant en tous points, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_996/2012 et 2C_997/2012 sont jointes.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour 2004.
3. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal pour 2004.
4. Les frais judiciaires, fixés à CHF 5'000.-, sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, section des personnes physiques, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 19 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti