Sachverhalt:
A. Im Grundpfandverwertungsverfahren Nr. 1 des Betreibungs- und Konkursamtes Emmental-Oberaargau, Dienststelle Burgdorf, gegen X._ (Schuldner und Grundpfandeigentümer) ist das Grundstück C._ Gbbl-Nr. 2 (Wohnhaus mit Schopfanbau) zu verwerten. Das Betreibungsamt, welches die zu verwertende Liegenschaft verwaltet, gelangte am 10. Juli 2008 an das Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, und ersuchte um Weisung gemäss Art. 18 Abs. 2 (letzter Satz) VZG zur Anordnung einer ausserordentlichen Verwaltungsmassnahme. Das Betreibungsamt führte insbesondere aus, dass das Wohnhaus von einem Pilz (Hausschwamm) befallen sei, der vor Aktualisierung der Verkehrswertschätzung zu beseitigen sei, jedoch bestehe Unmöglichkeit bzw. Uneinigkeit über das Vorgehen zur Hausschwammsanierung.
B. Die kantonale Aufsichtsbehörde wies das Betreibungsamt mit Entscheid vom 29. August 2008 an, eine Ergänzung der bestehenden Verkehrswertschätzung des Grundstückes einzuholen (Dispositiv-Ziff. 1), den Versteigerungstermin des Grundstücks so bald als möglich anzusetzen (Dispositiv-Ziff. 2) und die Sanierung des Hausschwammes im Wohnhaus der Liegenschaft unter Einbezug der D._ Versicherungen so bald als möglich zu veranlassen (Dispositiv-Ziff. 3).
C. X._ führt mit Eingabe vom 12. September 2008 (Postaufgabe) Beschwerde in Zivilsachen. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht, den Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde und die Weisungen an das Betreibungsamt aufzuheben.
Es sind keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.
Mit Präsidialverfügung vom 30. September 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen unabhängig vom Streitwert der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden sind nicht nur Beschwerdeentscheide (Art. 17 f. SchKG), sondern liegen auch vor, wenn die kantonale Aufsichtsbehörde Entscheidungen trifft, welche ihr vom Bundesrecht zugewiesen werden. Ein derartiger Entscheid liegt vor, wenn - wie hier - die kantonale Aufsichtsbehörde gemäss Art. 18 Abs. 2 (letzter Satz) VZG auf Gesuch des Betreibungsamtes im Fall, dass sich Gläubiger und Schuldner über eine ausserordentliche Verwaltungsmassnahme nicht einigen können, die nötige Weisung erteilt.
1.2 Soweit die Aufsichtsbehörde dem Betreibungsamt Anweisungen über den Fortgang des Verwertungsverfahrens gegeben hat (Dispositiv-Ziff. 1 und 2; Ergänzung der Schätzung bzw. Ansetzung der Grundstückssteigerung), sind dies nicht Verwaltungsmassnahmen im Sinne von Art. 18 VZG, sondern individuell-konkrete, in das hängige Vollstreckungsverfahren eingreifende Anordnungen der Aufsichtsbehörde (vgl. BGE 86 III 124 E. 1 S. 127). Ob solche Anordnungen - wie hier - kraft Aufsichtsrecht (Art. 13 SchKG) oder als Beschwerdeentscheid (Art. 17 ff. SchKG) getroffen werden, ändert nichts daran, dass es sich um einen Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde handelt, welcher mit Beschwerde in Zivilsachen anfechtbar ist.
1.3 Das Obergericht als kantonale Aufsichtsbehörde hat nicht als Rechtsmittelinstanz entschieden. Die bundesrechtlichen Bestimmungen des Zwangsvollstreckungsrechts weisen hier (gemäss Art. 18 Abs. 2 letzter Satz VZG) einen Entscheid der kantonalen und - im Kanton Bern - einzigen Aufsichtsbehörde zu. Vom Erfordernis eines Entscheides als Rechtsmittelinstanz ausgenommen sind Fälle, in denen "das Bundesgesetz nur eine kantonale Instanz vorschreibt" (Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG). Die Verpflichtung der Kantone, eine einzige kantonale Instanz vorzusehen, muss sich aus dem Bundesrecht ergeben (BGE 133 III 439 E. 2.2.2.2 S. 443), was für das SchKG nicht zutrifft, weil Art. 13 Abs. 2 SchKG den Kantonen überlässt, untere Aufsichtsbehörden vorzusehen. Indem das BGG in seinem Anhang (Art. 131 Abs. 2 BGG) Art. 13 SchKG nicht geändert hat, wurde die Möglichkeit einer einzigen kantonalen Aufsichtsbehörde und damit eine Ausnahme vom doppelten Instanzenzug sanktioniert. Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig.
1.4 Die Beschwerde nach Art. 72 ff. BGG hat nebst einem Antrag eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Verletzung von Grundrechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591).
2. Anlass zur Beschwerde gibt die von der kantonalen Aufsichtsbehörde gestützt auf Art. 18 Abs. 2 (letzter Satz) VZG an das Betreibungsamt erlassene Weisung. Der Beschwerdeführer rügt im Wesentlichen eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) und wirft der kantonalen Aufsichtsbehörde vor, dass er weder zur Antwort der Y._ (Gläubigerin) vom 12. Juni 2008 an das Betreibungsamt noch zum Gesuch des Betreibungsamtes vom 10. Juli 2008 an die Aufsichtsbehörde betreffend das weitere Vorgehen habe Stellung nehmen können.
2.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich aus Art. 29 Abs. 2 BV der Anspruch der Verfahrenspartei, in alle für den Entscheid wesentlichen Akten Einsicht zu nehmen und sich dazu zu äussern (vgl. BGE 129 I 85 E. 4.1 S. 88; 133 I 98 E. 2.1 und 2.2 S. 99, 100 E. 4.4-4.6 S. 103 f.). Eine Verfahrenspartei, welche eine Stellungnahme zu einer ihr zur Kenntnisnahme zugestellten Vernehmlassung für erforderlich hält, muss diese grundsätzlich unverzüglich einreichen oder beantragen; andernfalls ist davon auszugehen, dass sie auf Vernehmlassung verzichtet (BGE 133 I 100 E. 4.8 S. 105).
2.2 Das Betreibungsamt sorgt von Amtes wegen für Verwaltung und Bewirtschaftung des Grundstücks, solange die Pfändung besteht; dies gilt in gleicher Weise im Pfandverwertungsverfahren von der Stellung des Verwertungsbegehrens an (Art. 101 VZG). Gemäss Art. 18 Abs. 2 letzter Satz VZG ersucht das Betreibungsamt die Aufsichtsbehörde um die nötige Weisung, wenn die Beteiligten über die Vornahme von ausserordentlichen Verwaltungsmassnahmen nicht einig sind (BGE 120 III 138 E. 2a und b S. 140). Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid war das Betreibungsamt mit Schreiben vom 10. Juli 2008 mit einem entsprechendem Gesuch an die kantonale Aufsichtsbehörde gelangt. Es hatte dem Gesuch u.a. die Antwort der Y._ vom 12. Juni 2008 beigelegt, welche dem Betreibungsamt (auf Anfrage vom 9. Juni 2008 hin) vorschlug, die bestehende betreibungsamtliche Schätzung zu aktualisieren und sich hinsichtlich der Sanierung auf die vorhandenen Unterlagen zu stützen. Am 20. August 2008 hat die Aufsichtsbehörde die beiden Dokumente den Beteiligten "zur Kenntnisnahme" zugestellt, ohne ihnen ausdrücklich Gelegenheit zu geben, dazu Stellung zu nehmen. Zu prüfen ist, ob die Vorinstanz mit diesem Vorgehen das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt hat.
2.3 Aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, dass der Beschwerdeführer darauf verzichtet hatte, zum Vorschlag des Betreibungsamtes vom 9. Juni 2008 über das weitere Vorgehen Stellung zu nehmen, obwohl ihm darin angekündigt worden war, dass das Betreibungsamt im Fall, dass es zu keiner Einigung über die Sanierung der Liegenschaft kommen sollte, die Aufsichtsbehörde um Erlass einer Weisung betreffend die notwendige Verwaltungsmassnahmen und das weitere Vorgehen ersuchen würde. Unter diesen Umständen durfte die Aufsichtsbehörde annehmen, dass dem Beschwerdeführer nichts daran lag, sich zum Ersuchen, mit dem er rechnen musste, zu äussern, und es ist nicht zu beanstanden, wenn sie dem Beschwerdeführer vom Gesuch des Betreibungsamt ohne ausdrückliche Möglichkeit zur Stellungnahme Kenntnis gegeben hat. Im Weiteren hat der Beschwerdeführer bis am 29. August 2008 - dem Tag, an dem die Weisung der Aufsichtsbehörde erging - auf Zustellung der von der Aufsichtsbehörde (am 20. August 2008) versendeten Dokumente nicht reagiert und insbesondere auch nicht darum ersucht, dazu Stellung nehmen zu können. Er reagierte erst darauf, nachdem er am 3. September 2008 die Weisung vom 29. August 2008 erhalten hatte. Das zeigt, dass es dem Beschwerdeführer weniger um eine sachliche Stellungnahme geht, auf die er gegenüber dem Betreibungsamt verzichtet hatte, sondern darum, die Verwertung des Grundpfandes zu verzögern bzw. zu verhindern. Unter diesen Umständen liegt keine Gehörsverletzung des Beschwerdeführers vor, zumal sich aus seinen Ausführungen ohne weiteres ergibt, dass er auch über den Inhalt der Antwort der Y._ vom 12. Juni 2008 anlässlich eines Telefongesprächs mit dem Leiter des Betreibungsamtes längst informiert war.
2.4 Im Weiteren könnte die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs nur Erfolg haben, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend wäre (Art. 97 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, was er in Bezug auf die von der Aufsichtsbehörde zu erlassende Weisung betreffend die Verwaltungsmassnahme sowie die weiteren Anordnungen über den Fortgang des Vollstreckungsverfahrens hätte vorbringen wollen. Der Beschwerdeführer sieht die Lösung des Problems im Wesentlichen darin, dass die Gläubigerin die Kündigung der Hypothek zurückziehen sollte und von einer Verwertung abgesehen werde, weil diese "niemandem etwas bringe". Diese und die übrigen Vorbringen des Beschwerdeführers (u.a. betreffend seine Reaktionen auf den Zahlungsbefehl, das Rechtsöffnungsbegehren sowie das Verwertungsbegehren) gehen am Gegenstand des angefochtenen Entscheides vorbei und sind unbehelflich.
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung hat er nicht zu bezahlen, da keine Vernehmlassung eingeholt worden ist und der Beschwerdegegnerin (Gläubigerin) im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten entstanden sind.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante