Faits:
A. Le Journal Agri Sàrl (ci-après: Agri Sàrl) est une société à responsabilité limitée créée en 1994, dont le siège est à Lausanne. Conformément à son but statutaire d'"informer la population paysanne romande des questions liées à l'Agriculture; faciliter la communication entre les organisations paysannes existant à l'échelon fédéral et régional et leurs membres de langue française", elle publie le journal Agri auquel les lecteurs s'abonnent.
Le 25 septembre 2007, Agri Sàrl a fait parvenir à la Poste Suisse (ci-après: la Poste), sur demande de cette dernière, le formulaire "Presse associative" dûment rempli et signé pour le titre "Agri", hebdomadaire professionnel Agricole de la Suisse romande.
Le 14 décembre 2007, la Poste a indiqué à Agri Sàrl que le journal ne remplissait pas tous les critères fixés par l'art. 15 de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste (LPO; RS 783.0) et que le tarif normal, autrement dit sans le rabais accordé au titre d'aide indirecte à la presse, lui serait désormais applicable. Le 21 décembre 2007, Agri Sàrl a répondu à la Poste qu'elle contestait ce point de vue.
Par décision du 8 août 2008, la Poste a constaté que le titre Agri ne remplissait pas les conditions d'octroi des tarifs préférentiels pour le transport des journaux et périodiques prévus par l'art. 15 LPO, dans sa teneur au 1er janvier 2008.
Par mémoire du 28 août 2008, Agri Sàrl a recouru contre la décision du 8 août 2008 au Tribunal administratif fédéral en concluant à l'octroi du rabais pour le transport du titre Agri.
B. Par arrêt du 2 juillet 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Les conditions de l'art. 15 al. 3 LPO n'étaient pas remplies. L'octroi du rabais au "Bauerzeitung" édité par une société anonyme ne fondait pas un droit à l'égalité dans l'illégalité.
C. Agissant par mémoire du 7 septembre 2009, Agri Sàrl demande au Tribunal fédéral de mettre "Agri" au bénéfice de l'aide indirecte à la presse en sa qualité de journal associatif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. La Poste conclut au rejet du recours. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication renonce à prendre position.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 94 consid. 1 p. 96).
1.1 La recourante n'a pas indiqué expressément par quelle voie de recours elle voulait procéder au Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son mémoire peut être considéré comme un recours remplissant les conditions de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 133 I 300 consid. 1.2. p. 302 s.). Dès lors que la décision attaquée a été rendue par le Tribunal administratif fédéral, seul le recours en matière de droit public est envisageable (cf. art. 82 ss LTF; art. 113 a contrario LTF).
2. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre a LTF). Il ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. k LTF, du moment que l'art. 15 LPO donne droit aux rabais respectivement contraint la Poste à accorder de tels rabais, lorsque les conditions légales sont réunies (ATF 129 III 35 consid. 4.1 p. 37 s. pour l'ancien droit). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
3. 3.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, l'autorité de céans n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4 p. 254/255; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288; voir aussi arrêt 4A_326/2007 du 29 novembre 2007, consid. 4.1).
3.2 En l'espèce, la recourante fait état de nombreux faits dans son mémoire de recours (chap. 3) qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, sans exposer concrètement, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi l'arrêt attaqué est arbitraire à cet égard. Ces faits sont irrecevables. Il n'est par conséquent pas possible de les prendre en considération et de s'écarter de ceux retenus par l'arrêt de l'Instance précédente.
4. 4.1 D'après l'art. 15 LPO (dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2008), la Poste transporte les journaux et les périodiques en abonnement selon les mêmes principes, à des prix indépendants de la distance. Ce principe est assorti des exceptions prévues par les al. 2 et 3:
2 Afin de maintenir une presse régionale et locale diversifiée, la Poste octroie des rabais aux quotidiens et aux hebdomadaires en abonnement dont elle assure la distribution régulière et qui
a) sont principalement diffusés en Suisse;
b) paraissent au moins une fois par semaine;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ne font pas partie de la presse associative ni de la presse spécialisée;
f) ne relèvent pas du domaine public ni ne sont publiés par une autorité étatique;
g) ne sont pas des publications gratuites;
h) ont un tirage compris entre 1000 et 40 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu;
i) ne sont pas détenus majoritairement, ni directement, ni indirectement, que ce soit du point de vue du capital ou du point de vue des voix, par l'éditeur du titre principal, s'ils paraissent en tant que têtières;
j) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris.
3 La Poste octroie des rabais aux journaux et périodiques d'organisations à but non lucratif (presse associative) dont elle assure la distribution régulière et qui:
a) paraissent au moins une fois par trimestre;
b) ne pèsent pas plus d'un kilo, encarts compris;
c) ne servent pas de manière prépondérante des fins commerciales ou la promotion de produits ou de prestations;
d) comprennent une partie rédactionnelle moyenne représentant 50 % au moins de l'ensemble de la publication;
e) ont un tirage compris entre 1000 et 300 000 exemplaires par édition, certifié par un office de contrôle indépendant et reconnu."
D'après l'art. 15 al. 5 et 6 LPO, la Confédération verse à la Poste une indemnité annuelle de 20 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 2 et de 10 millions de francs pour l'octroi des rabais prévus à l'al. 3.
4.2 L'art 15 LPO est le fruit du contre-projet du Conseil des Etats à l'initiative parlementaire de la Commission des institutions politiques du Conseil national proposant la modification de la loi sur la poste (FF 2007 1497) destinée à prolonger l'aide indirecte à la presse après le 31 décembre 2007, notamment à la presse associative.
5. 5.1 Ni la loi ni les travaux parlementaires ne définissent la notion de "presse associative". Selon les débats parlementaires, la petite presse associative, publiée par les organisations d'utilité publique et les principales organisations politiques, syndicales, les associations professionnelles et groupements sportifs, qui remplissait déjà les critères pour obtenir des rabais, devaient avec le nouvel art. 15 al. 3 LPO continuer à profiter de l'aide indirecte, à l'exclusion des gros éditeurs comme Coop, Migros et TCS (BO 2007 CN 509, Roth-Bernasconi; BO 2007 CE 422, 432 Heberlein; BO 2007 CE 422 s., Reimann et Gentil). Il convient donc de se référer à la situation qui prévalait sous l'empire de la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste, qui ne définit pas non plus cette notion. Il résulte toutefois de la jurisprudence (arrêt de la Commission de recours du DETEC H-2001-148 du 26 mars 2002, in JAAC 2002 III 755 n° 66.63, consid. 7 p. 763 s.; H-2001-113 du 23 juin 2003, in JAAC 2003 IV 1318, consid. 5, p. 1321 ss) que le régime d'aide indirecte à la presse associative instauré par la loi fédérale du 30 avril 1997 sur la poste ne s'est pas écarté des principes fixés par l'art. 20 de l'ancienne loi fédérale du 2 octobre 1924 sur le service des postes (LSP; RO 1925 333; 1967 1533; 1972 2720) et l'art. 58 de son ordonnance d'exécution I du 8 juin 1925 (OSP; RO 1925 357; 1967 1447; 1972 2727), dont la portée a été précisée par la jurisprudence (cf. notamment par les ATF 101 Ib 178 et 120 Ib 142).
5.2 Il est ainsi conforme à la volonté du législateur de 2007 de reprendre la définition donnée par la jurisprudence: compte également parmi les journaux et périodiques expédiés aux abonnés la presse associative, c'est-à-dire "les feuilles qu'une corporation fait parvenir à ses membres en vertu d'une décision de son organe compétent (ATF 101 Ib 178 consid. 1 p. 181). Selon la jurisprudence par conséquent, nonobstant les conditions résultant des lettres a à e de l'art. 15 al. 3 LPO, pour qu'un journal ou un périodique bénéfice de rabais de la part de la Poste, il faut qu'il parvienne aux membres d'une organisation à but non lucratif en vertu d'une décision de l'organe compétent de celle-ci.
5.3 La condition consistant à exiger en outre une distribution "en abonnement", qui ressort des versions en langue allemande et italienne de l'actuel art. 15 al. 3 LPO, doit également être remplie malgré son omission dans la version en langue française, parce qu'elle trouve son fondement historique directement dans les art. 20 LSP et 58 OSP ("aux abonnés") et n'a jamais été remise en discussion. Elle permet d'exclure de l'aide indirecte à la presse associative les journaux gratuits, notamment les tout-ménage (ATF 120 Ib 142 consid. 3c/cc p. 146 s.). D'après la jurisprudence, à défaut d'abonnement, le versement d'une cotisation de membre suffit (ATF 101 Ib 178 consid. 3b et 3c p. 182 s.). A défaut d'abonnement ou de cotisation des membres, la manifestation écrite d'adhésion à l'organisation doit indiquer la volonté du membre de recevoir la publication de celle-ci (ATF 101 Ib 178 consid. 3b et 3c p. 182 s. qui concernait les journaux de la Migros et de Coop).
5.4 L'art. 15 al. 3 LPO exige encore qu'il s'agisse de journaux et périodiques "d'organisations à but non lucratif".
D'un point de vue littéral, cette notion n'exclut en principe aucun groupement, collectivité ou masse de biens. Selon les travaux parlementaires, elle recouvre non seulement les organisations d'utilité publique mais aussi plus largement les principales organisations politiques, syndicales, les associations professionnelles et groupements sportifs (cf. consid. 4.2 ci-dessus et les références citées).
D'un point de vue systématique en revanche, elle doit être mise en relation avec la nécessaire qualité de "membre" du destinataire de la publication. Il doit exister un rapport corporatif entre l'organisation et le destinataire (cf. consid. 5.2 ci-dessus). Tel qu'il a été examiné par la jurisprudence rendue jusqu'à aujourd'hui (cf. consid. 5.1 ci-dessus), le rapport corporatif était un rapport direct entre une association et ses membres, destinataires de la publication. Toutefois, dans un arrêt du 26 mars 2002 (précité, in JAAC 2002 III 755 n° 66.63, consid. 7.3 p. 764), la Commission de recours du DETEC a dû nier l'existence d'un rapport corporatif parce que le périodique distribué aux membres d'une association n'était pas publié par cette dernière mais par la maison d'édition recourante et parce qu'il n'existait entre celle-ci et l'association aucun lien reconnaissable. La question d'un rapport corporatif indirect s'était alors déjà posée, sans être résolue.
Elle doit être examinée aujourd'hui. En effet, entre 1975, date des premiers arrêts en matière d'aide indirecte et 2008, le monde de la presse a évolué au gré d'un marché de plus en plus concurrentiel, au point que, pour de nombreuses associations, il n'est plus possible de publier son propre périodique. Poussées par des impératifs financiers, contraintes d'améliorer la qualité du périodique et par conséquent d'abandonner le bénévolat au profit d'un nombre croissant de professionnels, ces dernières cherchent des synergies, s'organisent et rassemblent leurs forces afin de continuer à informer l'ensemble de leurs membres. L'introduction de la notion large "d'organisation à but non lucratif" dans l'art. 15 al. 3 LPO permet de tenir compte de cette évolution et d'accorder l'aide indirecte à la presse associative lorsque le rapport corporatif est indirect, à condition que la société de publication ne poursuive aucun but lucratif, qu'elle ait pour but de publier un journal ou un périodique à l'attention des membres des associations qui l'ont créée à cet effet et dont elles doivent seules conserver la maîtrise.
Les autres conditions liées à la vente en abonnement doivent aussi être respectées. S'agissant du but non lucratif, il convient de rappeler la suppression de l'art. 772 al. 3 CO par la loi fédérale (Droit de la société à responsabilité limitée; adaptation des droits de la société anonyme, de la société coopérative, du registre du commerce et des raisons de commerce) du 16 décembre 2005 (RO 2007 4791), qui permet aux sociétés à responsabilité limitée, à l'instar des sociétés anonymes, de poursuivre un but idéal ou d'utilité publique (cf. Message du 19 décembre 2001 concernant la révision du code des obligations [FF 2001 2949, p. 2970]).
5.5 Dans l'arrêt attaqué, constatant que le journal Agri était publié par une société à responsabilité limitée, qui ne pouvait d'emblée pas constituer une "organisation à but non lucratif", le Tribunal administratif fédéral a "déjà pour cette seule raison" exclu Agri du champ d'application de l'art. 15 al. 3 LPO. Il a en outre par surabondance de motivation rappelé que l'aide indirecte à la presse nécessitait l'existence d'un rapport corporatif et qu'en l'espèce, les abonnés d'Agri n'avaient pas rempli de déclaration attestant "qu'ils souhaitaient appartenir au recourant". Ces deux motivations sont erronées. En effet, il n'est pas exclu que la forme choisie par les associations paysannes qui ont créé la société à responsabilité limitée qui publie Agri respectent les conditions d'un rapport corporatif indirect, ce qui doit faire l'objet d'un nouvel examen par le Tribunal administratif fédéral, les faits figurant dans l'arrêt attaqué étant insuffisants pour permettre au Tribunal fédéral de trancher lui-même (art. 107 al. 2 LTF).
Enfin, le journal Agri étant distribué en abonnement, il n'est pas nécessaire pour ses destinataires, qui ont précisément souscrit un tel abonnement, de déclarer une deuxième fois, au moyen d'une déclaration ad hoc, qu'ils souhaitent recevoir le journal que l'organe compétent de leur association fait publier par la recourante à leur attention.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral a violé l'art. 15 al.3 LPO. Le recours doit donc être admis, dans la mesure où il est recevable.
6. Les considérants qui précédent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt rendu le 2 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral. La cause est en outre renvoyée à cette instance pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 LTF).
Succombant, la Poste, dont l'intérêt patrimonial est en jeu, doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 4 LTF). La recourante, qui a eu gain de cause sans l'aide d'un mandataire professionnel, n'a pas droit à des dépens (art. 68 LTF a contrario).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt rendu le 2 juillet 2009 par le Tribunal administratif fédéral est annulé.
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la Poste Suisse.
4. Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey