Faits:
A. Par contrat de bail à loyer du 17 mai 1989, la Caisse Z._ (ci-après: Z._) a remis à bail à T._ des locaux commerciaux, situés au 1er étage d'un immeuble, à Genève. Le bail, conclu pour une durée initiale de cinq ans et quinze jours (soit du 15 mai 1989 au 31 mai 1994), était renouvelable tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf congé donné au moins six mois à l'avance. Le loyer, indexé à l'indice suisse des prix à la consommation, s'élevait à 28'176 fr. par an et la garantie de loyer a été fixée à 7'044 fr., soit trois mois de loyer.
Le 12 juin 1989, Y._ SA s'est substituée à T._ en tant que locataire, puis celui-ci est redevenu locataire des locaux le 9 août 1989, conjointement et solidairement avec Y._ SA. Le 8 février 1999, X._, administratrice de cette dernière société, s'est substituée à T._ et est devenue locataire conjointe et solidaire des locaux avec Y._ SA. Malgré les changements successifs de locataires, les autres clauses du bail sont restées les mêmes.
Par avenant du 4 juillet 2002, l'échéance du bail a été reportée du 31 mai 2004 au 31 mai 2007. Par avis de majoration du 22 avril 2005, le loyer annuel a été fixé en dernier lieu à 37'560 fr., charges non comprises.
Le 30 novembre 2005, X._ a informé Z._ de son intention de résilier le bail par anticipation pour le 31 décembre 2005.
Le 9 décembre 2005, dans un courrier adressé à Y._ SA et à X._, la régie B._ SA (ci-après: la régie), mandataire de Z._, a attiré l'attention de la dernière locataire qu'à défaut de trouver un locataire de remplacement au sens de l'art. 264 CO, elle demeurait tenue des obligations découlant du contrat jusqu'à sa prochaine échéance, soit le 31 mai 2007.
Sur proposition de X._, A._ SA (ci-après: A._), société avec siège à Genève, récemment inscrite au registre du commerce, a indiqué à la régie qu'elle se portait candidate à la location des locaux. Elle a d'emblée précisé les conditions de son "inscription" comme suit:
"Loyer mensuel:
3'000.--/mois
Charges mensuels:
230.--/mois
Durée du bail:
5 ans (clause de résiliation anticipée sans pénalité après 3 ans)
Garantie de loyer:
6 mois (garantie bancaire ou dépôt)
Date d'entrée:
souhaitée par le bailleur 15.09.2006
Idéale (...) entre le 01.10.2006 et le 15.10.2006"
Par courriel du 31 août 2006, la régie a informé l'administrateur de A._ que la candidature de la société était acceptée aux conditions suivantes:
"Loyer:
identique à celui de l'ancien locataire, soit CHF 3'130.00/mois.
Charges:
CHF 230.00/mois.
Durée du bail:
5 ans indexé avec clause de résiliation anticipée dès la troisième année.
Garantie:
6 mois si une personne physique suisse solvable est cotitulaire du bail, 1 année si la société est seule titulaire du bail.
Date d'entrée:
à définir."
Par courriel du 6 septembre 2006, l'administrateur de A._ confirmait à la régie les "points convenus entre les parties" lors d'une réunion s'étant tenue le même jour, de la façon suivante:
"Loyer mensuel:
CHF 3'130.00/mois.
Charges:
CHF 230.00/mois.
Date d'entrée:
le lundi 18.09.2006
Caution de la Maison mère C._ à Paris à concurrence de 6 mois de loyer
Dépôt de garantie de A._ SA, Genève à concurrence de 6 mois de loyer"
Par courrier de leur mandataire du 26 septembre 2006, Y._ SA et X._ ont indiqué à la régie qu'au vu de l'accord qui semblait avoir été conclu entre la bailleresse et A._, elles considéraient leur bail valablement résilié pour le 30 septembre 2006.
Le 29 septembre 2006, la régie a répondu qu'elle ne pouvait accepter la proposition formulée par A._ le 6 septembre 2006, en raison de la complication des démarches qui devraient, le cas échéant, être entreprises contre sa maison mère C._ à Paris, dont la solvabilité était difficilement appréciable, en cas de défaut de paiement de loyer.
X._ ayant restitué les clés des locaux le 9 octobre 2006, la régie a indiqué, sur le reçu, que les clés étaient acceptées "sans libération des locataires par anticipation" et que le congé était admis pour le 31 mai 2007.
B. Après un nouvel échange de courrier entre la régie et le mandataire de X._, Z._ a fait notifier, le 19 décembre 2006, un commandement de payer à cette dernière portant sur la somme de 10'800 fr. plus intérêts (au titre d'arriérés de loyers et charges du 1er octobre au 31 décembre 2006). La locataire y a fait opposition. Le 22 mars 2007, le Juge de paix des districts de Nyon et Rolle a rejeté la requête de mainlevée déposée par Z._.
Z._ a fait notifier, le 12 janvier 2007, un commandement de payer à Y._ SA. Le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par la locataire.
Y._ SA a déposé une demande en libération de dette et action en constatation négative de droit le 28 juin 2007. Suite à la non- conciliation devant la commission compétente, la demande a été portée devant le Tribunal des baux et loyers le 18 octobre 2007. Y._ SA a conclu principalement à ce qu'elle soit libérée, dès le 1er octobre 2006, de toute obligation en rapport avec son contrat de bail.
Z._ a dirigé une action en paiement contre X._ qui a été portée, la conciliation ayant échoué, devant le Tribunal des baux et loyers le 19 novembre 2007. Elle a conclu à ce que la locataire soit condamnée à lui payer la somme de 26'880 fr. plus intérêts, correspondants aux loyers et charges dus pour la période du 1er octobre 2006 au 31 mai 2007.
Les parties ont requis la jonction des causes en une seule procédure.
Lors de l'instruction, deux témoins - une courtière auprès de la régie et le gérant de l'immeuble en cause - ont été entendus. En substance, ils ont rapporté que dès lors que A._ était une société nouvellement créée et qu'il s'est avéré difficile d'apprécier la solvabilité de sa société mère sise en France, la propriétaire des locaux commerciaux avait considéré que les garanties proposées par A._ n'étaient pas suffisantes.
Ayant préalablement joint les causes, le Tribunal des baux et loyers a, par jugement du 17 décembre 2008, estimé que les locataires sortantes avaient suffisamment démontré que leur candidate était solvable et objectivement acceptable. Ayant par ailleurs retenu que A._ avait accepté de signer un bail dont les conditions étaient globalement identiques à celles du bail d'origine, il a libéré Y._ SA de toute obligation en rapport avec le contrat de bail conclu avec Z._ et débouté cette dernière de toute conclusion prise à l'encontre de X._.
Saisi d'un appel de la bailleresse, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 7 septembre 2009, annulé le jugement attaqué et, statuant à nouveau, condamné X._ à verser à Z._ le montant de 20'160 fr., plus intérêts, et prononcé à due concurrence la mainlevée de l'opposition formée par Y._ SA.
C. Les locataires exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 7 septembre 2009. Reprochant à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 264 CO en n'ayant pas considéré comme acceptable la locataire de remplacement qu'elles avaient proposée à la bailleresse, les recourantes concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et, en substance, à la confirmation du jugement du Tribunal des baux et loyers du 17 décembre 2008.
L'intimée conclut au rejet du recours formé par Y._ SA et X._, sous suite de dépens.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire en matière de bail à loyer dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105).
Il faut observer ici que l'arrêt attaqué est fondé sur une double motivation. La cour cantonale a considéré que la locataire de remplacement n'a pas offert à la bailleresse de reprendre aux mêmes conditions le contrat de bail d'origine, mais qu'elle a d'emblée demandé à celle-ci de conclure un nouveau contrat, d'une durée de cinq ans, dont les conditions étaient différentes de celui du contrat d'origine. Elle a considéré que, pour cette raison déjà, les conditions de l'art. 264 CO n'étaient pas remplies. Elle a ensuite jugé que la locataire de remplacement n'avait pas accepté les conditions fixées par la bailleresse visant à garantir que sa solvabilité était équivalente à celle des locataires sortantes. Se conformant à l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence (arrêt 4A_48/2009 du 26 mars 2009 consid. 1.2; ATF 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s.), la recourante a attaqué chacune de ces deux motivations alternatives.
Le Tribunal fédéral ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 63) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait qu'en expliquant de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (cf. ATF 130 III 138 consid. 1.4 p. 140) et pour autant que la correction du vice allégué soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 La cour cantonale a observé que A._ avait d'emblée offert à Z._ de conclure un nouveau contrat de bail, d'une durée de cinq ans, avec faculté de s'en départir sans pénalité après trois ans de location. Elle a dès lors jugé que A._ n'était pas prête à reprendre le bail aux mêmes conditions que celles du contrat d'origine et que, pour cette raison déjà, les conditions de l'art. 264 CO n'étaient pas remplies. Dans sa motivation alternative, l'autorité précédente a retenu que Z._ avait cherché à obtenir un candidat dont la solvabilité était équivalente à celle des locataires sortantes et qu'elle n'a pas abusé de son droit en réclamant que la garantie de loyer soit portée à un an, au lieu de trois mois, afin de compenser le risque accru d'insolvabilité de la candidate, société anonyme nouvellement créée dotée d'un capital de 100'000 fr. libéré à concurrence de 50'000 fr. La cour cantonale est arrivée à la conclusion que, A._ refusant d'offrir la garantie demandée par la bailleresse, elle ne pouvait être considérée comme une locataire de remplacement en vertu de l'art. 264 CO. Retenant qu'en principe les locataires sortantes étaient tenues de s'acquitter du loyer jusqu'à l'échéance du contrat (soit fin mai 2007), elle a estimé qu'au regard des circonstances d'espèce (notamment vu l'absence de démarches des locataires et de la bailleresse pour trouver un locataire de remplacement à partir du 9 octobre 2006 et la situation défavorable des locaux), elles devaient être libérées de leur obligation de payer le loyer dès la date où Z._ aurait pu trouver un nouveau locataire en faisant diligence, soit le 1er avril 2007.
2.2 Les recourantes reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte du fait que les parties à la négociation (A._ et la bailleresse) se sont entendues sur tous les points du nouveau contrat de bail (y compris concernant les échéances allant au-delà de la durée résiduelle du bail initial), et que si le contrat n'a finalement pas été conclu, c'est exclusivement dû à un désaccord sur la question des garanties. Elles soutiennent dès lors que l'autorité précédente ne pouvait retenir comme motif légitime de refus des échéances, différentes du contrat initial, auxquelles la bailleresse avait expressément consenti. S'agissant des garanties (motivation alternative de la cour cantonale), les recourantes estiment que celles que A._ proposait de fournir étaient parfaitement comparables à celles données par les locataires sortantes. Elles reprochent à la bailleresse d'avoir voulu améliorer les conditions de garantie du bail litigieux, sans aucune considération pour les critères de l'art. 264 CO, et en violation de ses obligations d'informations et de transparence dont elle répond tant à l'égard des locataires sortantes que du successeur envisagé. Elles sont ainsi d'avis que la locataire de remplacement proposée par les recourantes aurait dû être considérée comme acceptable par la cour cantonale.
2.3 L'argumentation des recourantes est basée sur le fait que A._ et la bailleresse auraient trouvé un accord sur la durée du bail. Or, ce point de fait n'a pas été constaté par la cour cantonale qui s'est limitée, dans la partie en fait de son arrêt, à présenter les propositions des parties au cours de la négociation. Les recourantes n'invoquent pas expressément le grief de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (art. 9 Cst.) et il est douteux que les critiques qu'elles soulèvent (selon lesquelles l'autorité cantonale a présenté un argumentaire juridique qui "occulte un aspect essentiel des négociations entre la régie B._ et la candidate à la reprise du bail, A._ SA, pourtant dûment restitué dans la partie en fait de l'arrêt entrepris") soient suffisantes pour admettre la recevabilité du grief (art. 106 al. 2 LTF; cf. arrêt 4A_379/2009 du 21 octobre 2009 consid. 3.2.3). La question peut toutefois rester ouverte; le raisonnement juridique qu'il convient de mener en l'espèce sur le fond (cf. supra consid. 2.4 - 2.5) montre que la correction de l'état de fait telle que voulue par les recourantes n'est pas susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.4 Aux termes de l'art. 264 al. 1 CO, le locataire qui restitue la chose de manière anticipée n'est libéré de ses obligations contractuelles que s'il présente un locataire de remplacement qui soit solvable et que le bailleur ne puisse raisonnablement refuser; le candidat proposé doit en outre être disposé à reprendre le bail aux mêmes conditions.
L'idée sous-jacente est que le bailleur doit se trouver dans la même situation que celle qui aurait été la sienne si le bail s'était poursuivi avec le même preneur (cf. ATF 117 II 156 consid. 3b p. 160; David Lachat, La restitution anticipée de la chose louée (art. 264 CO): questions choisies, Cahiers du bail 1998, n. 19 p. 138; Pascal Terrapon, La restitution des locaux loués et l'offre d'un locataire de remplacement, in 12e Séminaire sur le droit du bail, Neuchâtel 2002, p. 16). Ainsi, un candidat (locataire de remplacement) qui n'est disposé à payer qu'un loyer sensiblement plus bas que le loyer actuel peut être refusé par le bailleur (ATF 119 II36 consid. 3d p. 39). De même, le candidat doit accepter les modalités du bail relatives à la durée du contrat; lorsque la période résiduelle du bail est courte, il doit également s'en contenter (François Chaix, L'art. 264 CO: à la recherche du locataire de remplacement, SJ 1999 p. 67; Peter Higi, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1993, no 43 ad art. 264 CO; Basil Huber, Die vorzeitige Rückgabe der Mietwohnung, Thèse St-Gall 1999, p. 23; David Lachat/Jakob Trümpy, Die vorzeitige Rückgabe der Mietsache (Art. 264 OR), 1999, p. 17; David Lachat/Irène Spirig, Mietrecht für die Praxis, 8e éd. 2009, p. 587).
De son côté, le bailleur, sous peine de perdre ses droits envers le locataire sortant, ne peut imposer unilatéralement au candidat des conditions plus défavorables, comme une majoration de loyer (arrêt 4C.199/1999 du 5 octobre 1999 consid. 2b; Lachat, op. cit., n. 34 p. 143 s.; SVIT-Kommentar, 3e éd. 2008, no 12 ad art. 264 CO et la référence). Le bailleur ne saurait refuser un locataire de remplacement qui était disposé à reprendre le bail tel quel, mais qui a fini, en réaction à l'annonce par le bailleur de l'augmentation future du loyer, par solliciter des conditions plus favorables (notamment une réduction de la durée du bail) (arrêt 4C.129/1999 du 5 octobre 1999 consid. 2b).
Le fait que le candidat ne soit pas disposé à reprendre le bail aux mêmes conditions (art. 264 al. 1 CO) ne signifie pas encore que le locataire sortant ne pourra être libéré de ses obligations envers le bailleur. Le candidat proposé et le bailleur ont en effet également la possibilité de s'entendre sur la conclusion d'un nouveau contrat, prévoyant des conditions différentes (cf. 4C.478/1997 du 6 avril 1998 consid. 2c; David Lachat, Le bail à loyer, 2008, n. 5.5.3 p. 618 s.; le même auteur, in Commentaire romand, CO I, 2003, no 8 ad. art. 264 CO).
2.5 Il ressort des constatations cantonales (art. 105 al. 1 LTF) que la candidate présentée par les recourantes n'était pas disposée à reprendre tel quel le bail dont l'échéance était fixée au 31 mai 2007, mais qu'elle a d'emblée offert à l'intimée de conclure un nouveau contrat, d'une durée de cinq ans, avec faculté d'y mettre fin sans pénalité après trois ans de location. Les recourantes ne le contestent d'ailleurs pas; elles relèvent elles-mêmes que la candidate et la bailleresse ont "échangé leur consentement mutuel pour un nouveau bail d'une durée de 5 ans".
En l'espèce, ce n'est qu'après avoir reçu l'offre de la candidate (A._) relative à la durée du contrat que l'intimée a communiqué ses exigences quant à la garantie du loyer et que la discussion s'est poursuivie dans le cadre des négociations sur ce point. Ainsi, il n'est pas douteux que l'offre de A._ n'a pas été faite en réaction aux exigences de l'intimée.
L'argumentation des recourantes, selon laquelle la bailleresse ne saurait refuser la locataire de remplacement puisqu'elle a consenti à la durée du bail proposée par cette dernière, est erronée. Les recourantes ne sauraient, d'un côté, tirer argument du fait que les parties à la négociation auraient trouvé un accord concernant certains points du nouveau contrat (notamment les modalités relatives à la durée du bail) et, d'un autre côté, soutenir que la bailleresse devait accepter A._, celle-ci réalisant, pour d'autres points (notamment la question de la garantie de loyer), les conditions du locataire de remplacement selon l'art. 264 CO. Soit le bail est repris aux mêmes conditions, soit il est question d'un nouveau contrat de bail. En l'occurrence, il a été retenu que A._ n'était pas disposée à reprendre le bail aux mêmes conditions. La question n'est donc plus de savoir si la bailleresse devait accepter la locataire de remplacement eu égard aux garanties fournies (à la lumière de l'art. 264 al. 1 CO); il s'agit d'examiner si un nouveau contrat a bien été conclu entre A._ et la bailleresse, contrat qui permettrait de libérer les locataires sortantes de leurs obligations envers cette dernière.
En l'espèce, l'arrêt attaqué n'autorise pas à retenir que A._ et l'intimée auraient finalement conclu un nouveau contrat de bail. La régie B._ a expressément indiqué qu'aucun bail n'a été conclu avec la candidate proposée par les recourantes. Ces dernières ont reconnu qu'aucun accord n'a été trouvé sur la question des garanties. Or, il s'agissait là d'un point subjectivement essentiel (cf. sur la notion, entre autres auteurs: Eugen Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2e éd. 1988, p. 120; Theo Guhl/Alfred Koller, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9e éd. 2000, n. 8 ad § 13). Sur ce point, la volonté de la bailleresse est manifeste; elle n'entendait pas se lier par le nouveau contrat en l'absence d'accord sur la question de la garantie. Des négociations entreprises entre la bailleresse et A._, on comprend que cette dernière l'avait bien saisi, cette question ayant été la plus discutée. Les recourantes, qui se limitent à alléguer que les parties à la négociation se sont entendues sur la durée du nouveau bail, ne présentent d'ailleurs pas une argumentation qui remettrait en question ce constat. Enfin, on relèvera que, durant la procédure, les recourantes n'ont à aucun moment prétendu que c'est en se basant sur une garantie disproportionnée au regard des risques encourus (cf. David Lachat, Le bail à loyer, 2008, n. 2.2.2 p. 356 et les références citées) que la bailleresse aurait refusé de conclure un nouveau contrat de bail portant sur des locaux commerciaux.
Dès lors, A._ n'ayant pas repris le bail aux mêmes conditions que celles prévues dans le contrat initial, et aucun accord, portant sur des conditions différentes, n'ayant été trouvé entre cette société et la bailleresse, c'est à bon droit que la cour précédente a considéré que A._ ne pouvait être acceptée comme locataire de remplacement.
2.6 Les recourantes reviennent à la charge en indiquant que, la bailleresse ayant expressément consenti à la durée du nouveau bail négocié avec A._, toute argumentation de l'intimée qui viserait à revenir sur ce point pour justifier le refus de la candidature de A._ relèverait de la mauvaise foi et serait constitutive d'un abus de droit.
Comme cela a déjà été exposé (cf. infra consid. 2.5), il ne suffit pas de constater que A._ et la bailleresse auraient pu se mettre d'accord sur un point spécifique du nouveau contrat (à savoir les modalités relatives à sa durée). Il convient d'examiner si les parties à la négociation ont trouvé un accord sur les points objectivement et subjectivement essentiels de la nouvelle convention négociée. En l'espèce, un tel contrat n'a pas été conclu et l'on ne saurait donc retenir que les recourantes sont libérées de leurs obligations envers la bailleresse. Dans cette perspective, on ne voit donc pas en quoi le comportement de l'intimée serait constitutif d'un abus droit et ce moyen, dont la motivation (art. 42 al. 1 et 2 LTF) est par ailleurs douteuse, doit être écarté.
Comme cela a déjà été exposé (cf. infra consid. 2.5), il ne suffit pas de constater que A._ et la bailleresse auraient pu se mettre d'accord sur un point spécifique du nouveau contrat (à savoir les modalités relatives à sa durée). Il convient d'examiner si les parties à la négociation ont trouvé un accord sur les points objectivement et subjectivement essentiels de la nouvelle convention négociée. En l'espèce, un tel contrat n'a pas été conclu et l'on ne saurait donc retenir que les recourantes sont libérées de leurs obligations envers la bailleresse. Dans cette perspective, on ne voit donc pas en quoi le comportement de l'intimée serait constitutif d'un abus droit et ce moyen, dont la motivation (art. 42 al. 1 et 2 LTF) est par ailleurs douteuse, doit être écarté.
2.7 Il résulte des considérants qui précède que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge des parties qui succombent (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Les recourantes verseront solidairement à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 6 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget