Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin und Klägerin) bezweckt den Betrieb eines Architektur- und Bauleitungsbüros sowie einer Generalunternehmung. Ihr Mehrheitsaktionär und Verwaltungsratspräsident ist B._. A._ (Beschwerdegegner und Beklagter) betreibt ein Architekturbureau. Mit Gesellschaftsvertrag vom 10. September 1992 schlossen sich der Beschwerdegegner und B._ zur einfachen Gesellschaft "Konsortium C._" zusammen, deren Zweck der Erwerb und die Überbauung des Grundstücks Kat. Nr. 1._ (6'507 m2) in der Gemeinde D._ mit anschliessendem Verkauf der Überbauung war. Gemäss diesem Konsortialvertrag hatte der Beschwerdegegner die Architekturleistung zu erbringen, während der Beschwerdeführerin die Überbauung "als Generalunternehmer mit offener Abrechnung und einem GU-Honorar von 4 %" oblag. Vereinbarungsgemäss kaufte der Beschwerdegegner daraufhin das Grundstück in seinem eigenen Namen. Im Februar 1993 erstellte die Beschwerdeführerin einen Kostenvoranschlag über eine Bausumme von Fr. 12.09 Mio. Die Baubewilligung für die Überbauung des Grundstücks mit fünf Mehrfamilienhäusern (Blöcke A, B1/B2 und C1/C2) wurde im August 1993 erteilt. Im März 1994 verkaufte der Beschwerdegegner einen Teil des Grundstücks der Anlagestiftung 2. Säule der damaligen Kreditanstalt zum Preis von Fr. 1.5 Mio. Einen weiteren Grundstücksteil erwarb B._ im Oktober 1994 zum Preis von Fr. 890'000.--, während das restliche Land beim Beschwerdegegner verblieb. Vom 31. Oktober 1994 datiert schliesslich ein Generalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: GU-Vertrag) zwischen dem Beschwerdegegner und B._ als Bestellern und der Beschwerdeführerin als Unternehmerin betreffend die schlüsselfertige Erstellung des Blocks A zum Pauschalpreis von Fr. 2.65 Mio. auf dem Grundstück von B._ und des Doppelblocks C1/C2 zum Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. auf demjenigen des Beschwerdegegners.
A.b Am 30. Juni 1999 erstellte die Beschwerdeführerin die Schlussabrechnung über die Erstellung des Blocks C1/C2, wobei sie vom Pauschalpreis von Fr. 5.85 Mio. Akontozahlungen von Fr. 5'130'200.-- und Baukreditzinsen von Fr. 79'514.-- in Abzug brachte und Fr. 874'827.-- "Zahlungen für A._" hinzurechnete. Den daraus resultierenden Saldo von Fr. 1'515'113.-- zuzüglich Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer stellte sie dem Beschwerdegegner in Rechnung.
B. B.a Mit Klage vom 22. November 1999 belangte die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Zürich auf Bezahlung von Fr. 1'515'113.-- sowie Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer nebst Zins. In der gerichtlichen Auseinandersetzung ging es vor allem um die Gültigkeit des GU-Vertrags vom 31. Oktober 1994, auf den die Beschwerdeführerin ihre Forderung stützte. Der Beschwerdegegner stellte sich auf den Standpunkt, es habe sich dabei um ein simuliertes Rechtsgeschäft zur Erlangung höherer Baukredite gehandelt, weshalb der Vertrag zwischen den Parteien keine Gültigkeit entfalte. Die Auseinandersetzung über die Bauabrechnung habe gestützt auf den Konsortialvertrag zu erfolgen. Das Bezirksgericht kam in seinem Urteil vom 9. Juni 2005 zum Schluss, dass der GU-Vertrag vom 31. Oktober 1994 mängelfrei zustande gekommen sei. Nach Abzug der unumstrittenen Akontozahlungen resultiere daraus ein Restguthaben von Fr. 719'800.--. Darüber hinaus könne die Beschwerdeführerin von den geschuldeten 6.5 % Mehrwertsteuer den Anteil des Beschwerdegegners von Fr. 165'335.-- zusätzlich geltend machen. Aus diesen Gründen hiess das Bezirksgericht die Klage im Umfang von Fr. 719'800.-- zuzüglich Zins zu 5 % ab 19. Juli 1999 zuzüglich Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer gut.
B.b Auf Berufung des Beschwerdegegners hin wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 19. Juni 2007 die Klage ab. Zusammenfassend gelangt das Obergericht zum Schluss, dass sich aufgrund des Beweisverfahrens nicht feststellen lasse, aus welchen Motiven die Konsortialpartner und die Beschwerdeführerin den GU-Vertrag ursprünglich abgeschlossen haben. Ebenso wenig stehe eindeutig fest, welche Pläne die Parteien damit verfolgten. Es bestünden jedoch Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdegegner und B._ von Anfang an nicht beabsichtigten, mit dem GU-Vertrag das Konsortialverhältnis aufzulösen und das Grundstück und den Doppelblock C1/C2 definitiv in das Privateigentum des Beschwerdegegners zu übertragen, sondern ihn bloss aus Gründen der Zweckmässigkeit und im Hinblick "auf das Aussenverhältnis (z.B. Fiskus, Bankkredite, Käufer)" schlossen. Das Verhalten des Beschwerdegegners und von B._ zur Zeit des Abschlusses des GU-Vertrags würden den Willen der Konsortialpartner belegen, das Baukonsortium weiterzuführen. Der GU-Vertrag sei zwischen den Konsortialpartnern und im Verhältnis zur Beschwerdeführerin im Wesentlichen unbeachtet geblieben. Die Beschwerdeführerin müsse sich ihr eigenes Verhalten bezüglich der Finanzierung, Nebenkosten und der Bauabrechnung und jenes ihres Mehrheitsaktionärs anrechnen lassen. Dieses Beweisergebnis führe zwingend zum Schluss, dass die Abrechnung im Rahmen der Auflösung des Baukonsortiums zu erfolgen habe. Die Beschwerdeführerin und B._ hätten sich auch nach dem Abschluss des GU-Vertrags jahrelang weiterhin als Konsorte bzw. Partnerin des Konsortiums verhalten. Angesichts dessen stelle das Verhalten der Beschwerdeführerin, sich erst im Jahre 1999 auf den GU-Vertrag zu berufen, zudem ein venire contra factum proprium dar, das nach Art. 2 ZGB keinen Rechtsschutz verdiene. Der GU-Vertrag falle als Abrechnungsgrundlage ausser Betracht, weshalb die Klage abzuweisen sei.
B.c Die von der Beschwerdeführerin gegen das Urteil des Obergerichts erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht mit Zirkulationsbeschluss vom 29. Juli 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. September 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Juni 2007 aufzuheben und der Beschwerdegegner zu verurteilen, der Beschwerdeführerin Fr. 719'800.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 19. Juli 1999 sowie Fr. 165'335.-- Mehrwertsteuer zu bezahlen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; BGE 134 III 520 E. 1 S. 521; 133 III 462 E. 2 S. 465; je mit Hinweisen).
1.1 Gegenstand des Verfahrens bildet eine Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (Art. 76 Abs. 1 BGG), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 BGG i.V.m. Art. 100 Abs. 6 BGG und Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die Beschwerde in Zivilsachen ist nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (Art. 75 Abs. 1 BGG). Gegen das angefochtene Urteil des Obergerichts kann die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach § 281 ZPO/ZH erhoben werden. Der angefochtene Entscheid ist deshalb insoweit nicht kantonal letztinstanzlich, als er vom Kassationsgericht überprüft werden kann. Ausgeschlossen ist die Nichtigkeitsbeschwerde, wenn das Bundesgericht einen Mangel frei überprüfen kann, wobei sie stets zulässig ist, wenn eine Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK geltend gemacht wird (§ 285 Abs. 2 ZPO/ZH; vgl. dazu BGE 133 III 585 E. 3.2 S. 586 f. mit Hinweisen). Das angefochtene Urteil des Obergerichts stellt daher insoweit keinen kantonal letztinstanzlichen Entscheid dar, als sinngemäss geltend gemacht wird, das Obergericht habe darin willkürliche tatsächliche Feststellungen getroffen, den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör sowie auf Begründung des Entscheids verletzt. Entsprechende Rügen hat die Beschwerdeführerin zwar vor dem Kassationsgericht geltend gemacht und damit den kantonalen Instanzenzug ausgeschöpft. Will sie diese Rügen aber vor Bundesgericht nochmals vortragen, hätte sie dies in einer - vorliegend nicht erhobenen - Beschwerde gegen den diesbezüglich kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Kassationsgerichts tun müssen. Im Rahmen der Beschwerde gegen das Urteil des Obergerichts kann auf sie nicht eingetreten werden.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden, und kann deshalb die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (BGE 134 III 102 E. 1.1 S. 104; 132 II 47 E. 1. S. 50, mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). In der Beschwerdeschrift ist zudem in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Aus den materiellrechtlichen Rügen muss wenigstens sinngemäss ersichtlich sein, inwieweit der angefochtene Entscheid nach Ansicht der Beschwerdeführerin bundesrechtliche Normen verletzen soll, wenn der von der Vorinstanz verbindlich festgestellte und nicht der davon abweichende, von der Beschwerdeführerin lediglich behauptete Sachverhalt zugrunde gelegt wird (Art. 105 Abs. 1 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, Art. 18 OR verletzt zu haben. Der GU-Vertrag sei nicht simuliert gewesen; die Vorinstanz berücksichtige nicht, dass die Parteien den Vertrag auch nachträglich hätten modifizieren können. Es entspreche der allgemeinen Lebenserfahrung, dass Vertragsparteien schriftlich abgeschlossenen Verträgen nicht buchstabengetreu nachleben. Dass deswegen der ganze Vertrag nichtig oder gar simuliert sein sollte, sei eine sehr unwahrscheinliche Schlussfolgerung. Viel wahrscheinlicher sei, dass die Parteien das Vertragsverhältnis nachträglich modifiziert hätten, weshalb das Gericht den neuen Vertragsinhalt durch Auslegung zu ermitteln habe. Weiter sei der Schluss der Vorinstanz unhaltbar, dass der GU-Vertrag nur bei gleichzeitiger Auflösung des Konsortiums gültig sein könne.
2.1 Gemäss Art. 18 Abs. 1 OR ist bei der Beurteilung eines Vertrages sowohl nach Form als nach Inhalt der übereinstimmende wirkliche Wille und nicht die unrichtige Bezeichnung oder Ausdrucksweise zu beachten, die von den Parteien aus Irrtum oder in der Absicht gebraucht wird, die wahre Beschaffenheit des Vertrags zu verbergen. Im letzteren Fall spricht man von Simulation (vgl. die Marginalie von Art. 18 OR). Ein simuliertes Rechtsgeschäft im Sinne von Art. 18 OR liegt vor, wenn sich die Parteien einig sind, dass die gegenseitigen Erklärungen nicht ihrem Willen entsprechende Rechtswirkungen haben sollen, weil sie entweder ein Vertragsverhältnis vortäuschen oder mit dem Scheingeschäft einen wirklich beabsichtigten Vertrag verdecken wollen (BGE 123 IV 61 E. 5c/cc S. 68; 112 II 337 E. 4a S. 343 mit Hinweisen). Nach ihrem wirklichen Willen soll entweder überhaupt keine Rechtswirkung (sog. absolute oder reine Simulation; vgl. Wolfgang Wiegand, in: Honsell [Hrsg.], Kurzkommentar OR, 2008, N. 41 zu Art. 18 OR) oder eine andere als im Scheingeschäft ausgegebene Rechtswirkung erzielt werden (Urteil 4A_96/2008 vom 26. Mai 2008 E. 2.3, publ. in SJ 2008 I S. 448 ff.; BGE 123 IV 61 E. 5c/cc S. 68). Der simulierte Vertrag ist sowohl zwischen den Parteien als auch im Verhältnis zu Dritten (mit gewissen Einschränkungen) unwirksam (BGE 123 IV 61 E. 5c/cc S. 68), während der dissimulierte Vertrag gültig ist, sofern die übrigen Gültigkeitsvoraussetzungen bezüglich Form und Inhalt erfüllt sind (Urteil 4A_96/2008 vom 26. Mai 2008 E. 2.3, publ. in SJ 2008 I S. 448 ff.).
Die Vorinstanz geht im Ergebnis davon aus, dass die Parteien den GU-Vertrag bezüglich des Werklohnes bereits im Moment des Abschlusses nicht so gelten lassen wollten, wie dies der Vertragstext vorsah. Nach dem tatsächlichen Willen der Parteien sollten die Baukosten vielmehr auf der Basis des Konsortialvertrags abgerechnet werden. Die Rügen der Beschwerdeführerin, dass diese Feststellungen auf unwahrscheinlichen bzw. unhaltbaren Schlussfolgerungen beruhen, sind unbeachtlich, da auf sie nicht eingetreten werden kann (vgl. oben E. 1.2). Besteht Einigkeit darüber, dass der Werklohn in Wirklichkeit nicht geschuldet ist, liegt diesbezüglich ein Scheingeschäft vor, das gemäss Art. 18 OR keine Wirksamkeit zwischen den Parteien entfaltet. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, wenn sie dem GU-Vertrag die Wirksamkeit als Anspruchsgrundlage für den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Werklohn versagt hat.
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni