Faits:
A. X._ en liquidation concordataire (ci-après: X._), sise à Zurich, possédait plusieurs immeubles dans le canton de Genève. Le sursis concordataire provisoire a été octroyé à cette société le 5 octobre 2001. Le 20 juin 2003, le juge a homologué le concordat par abandon d'actifs.
Le 1er mars 2005, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: L'Administration fiscale cantonale) a fait parvenir à X._ le bordereau pour les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2002. Ce bordereau portait notamment sur l'impôt immobilier complémentaire. Cet impôt, prélevé au taux de 2?, se montait à 265'599 fr. 25. La valeur fiscale totale des immeubles était de 132'799'633 fr.
Par décision sur réclamation du 27 mai 2005, l'Administration fiscale cantonale a maintenu la taxation relative à l'impôt immobilier complémentaire 2002, notamment l'estimation des biens immobiliers en cause. La Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ le 28 janvier 2008.
B. Par arrêt du 26 août 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressée. Il a retenu que la société n'avait pas requis expressément de l'Administration fiscale cantonale une nouvelle estimation de ses immeubles par la commission d'experts dans le délai utile, pas plus qu'elle n'avait remis en cause l'estimation fiscale lors des taxations antérieures. En outre, l'octroi du sursis concordataire et la liquidation subséquente ne pouvaient être assimilés à un cas de décès ou d'aliénation, lesquels entraînaient une adaptation de la valeur fiscale d'un bien immobilier soumis à l'impôt immobilier complémentaire. Finalement, l'Administration fiscale cantonale n'avait pas violé le principe de la bonne foi en ne retenant pas la valeur des biens en cause fixée dans le cadre de la liquidation de X._, quand bien même la direction du Département des finances du canton de Genève était créancière gagiste dans cette procédure.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, que l'impôt immobilier complémentaire 2002 soit fixé à 194'500 fr., subsidiairement que ledit impôt soit fixé à 200'120 fr. Elle se plaint principalement d'une application arbitraire du droit cantonal et soutient que son droit d'être entendue ainsi que les principes de la bonne foi, de la légalité, de l'imposition selon la capacité contributive et de l'interdiction du formalisme excessif ont été violés.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Commission cantonale de recours n'a pas déposé d'observations. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.
Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué porte sur l'impôt immobilier complémentaire et plus précisément sur la question de savoir si la recourante a valablement déposé une demande de nouvelle estimation fiscale de ses immeubles. Cet impôt ne fait pas partie du droit harmonisé (cf. art. 1 et 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; Harmonisation fiscale; rapport du groupe d'experts Cagianut sur l'harmonisation fiscale/texte de loi LHID, 1994, p. 78 no 2.1; Danielle Yersin, Harmonisation fiscale et droit cantonal, RDAF 1994 p. 169 ss p. 182). La présente cause relève ainsi du droit cantonal.
1.2 Sous réserve des droits constitutionnels cantonaux et des dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires (art. 95 let. c et d LTF), le recours en matière de droit public n'est pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit cantonal en tant que tel. Il est en revanche possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas ces questions d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de manière suffisante par le recourant comme l'exige l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 134 I 83 consid. 3.2 p. 88; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397). Ainsi, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312; 125 I 492 consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée). Le Tribunal fédéral n'entre pas non plus en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 133 III 393 consid. 6 p. 397).
Il en va de même lorsque le recourant se plaint de la violation de droits constitutionnels: l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143). Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261/262, 26 consid. 2.1 p. 31 et les références).
2. Invoquant la violation de son droit d'être entendue, la recourante se plaint du fait que l'Administration fiscale cantonale n'a pas tenu compte, pour l'impôt immobilier complémentaire 2002, des rapports d'expertise, établis par une fiduciaire, qui déterminent la valeur vénale de ses immeubles.
Il apparaît que le grief ne relève pas des garanties découlant du droit d'être entendu, la recourante ayant pu produire les pièces qu'elle jugeait pertinentes pour la cause. Dans la mesure où l'autorité concernée n'a pas accordé la même portée aux pièces produites que le souhaitait la recourante, celle-ci fait valoir en réalité une appréciation arbitraire des preuves. La motivation déficiente de ce grief au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF le rend irrecevable.
3. Figurant au chapitre III de la loi générale genevoise du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques (LCP; RS/GE D 3 05) intitulé "Impôt immobilier complémentaire", l'art. 76 LCP prévoit:
"1 Il est perçu un impôt annuel de 1? sur la valeur de tous les immeubles situés dans le canton et qui ne sont pas exonérés des impôts par des dispositions de la présente loi.
2 Cet impôt est perçu sur la valeur des immeubles, telle qu'elle résulte des estimations faites conformément à l'article 48 (...) sans défalcation d'aucune dette.
(...)
6 L'impôt est calculé au 31 décembre de la période fiscale sur la valeur des immeubles à cette date."
L'art. 48 LCP, auquel renvoie l'art. 76 al. 2 LCP, figurait dans la section 3 relative à l'impôt sur la fortune et traitait des principes d'évaluation des immeubles. Il a été abrogé avec effet au 1er janvier 2001 et remplacé par l'art. 7 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (ci-après: loi sur l'imposition des personnes physiques ou LIPP-III; RS/GE D 3 13) qui fixe les principes d'estimation des immeubles. Selon la lettre b de cette disposition, les immeubles servant exclusivement et directement à l'exploitation d'un commerce ou d'une industrie sont évalués en tenant compte de la valeur actuelle du terrain, des constructions et des installations qui en sont les accessoires.
Selon l'art. 77 al. 1 lettre c LCP, pour des immeubles appartenant à des personnes morales ayant leur siège dans le canton ou hors du canton, à part certaines exceptions non pertinentes dans le cas présent, le taux de l'impôt complémentaire est porté à 2? pour les personnes morales qui poursuivent un but lucratif.
L'art. 9 LIPP-III dispose que l'évaluation des immeubles, autres que les immeubles locatifs, est faite par des commissions d'experts et vaut pour une période de dix ans appelée période décennale (al. 2). Lorsque, pendant cette période, un immeuble est aliéné à titre onéreux ou à titre gratuit, ou dévolu pour cause de mort, la valeur d'aliénation ou la valeur de succession retenue par le département pour la perception des droits d'enregistrement et de succession se substitue à la valeur d'estimation pour le reste de la période décennale (al. 3). Le Conseil d'Etat, comme le contribuable, ont, en tout temps, la faculté de faire procéder à de nouvelles estimations si des changements importants dans la valeur des immeubles le justifient (al. 5).
Selon l'art. 11 LIPP-III, en cas d'estimation par experts, le département doit notifier la décision à chaque intéressé par lettre recommandée. Cette lettre indique le montant de la nouvelle estimation et mentionne qu'une réclamation peut être adressée par écrit au département dans le délai de trente jours à compter de sa réception.
Une expertise générale des immeubles du canton de Genève a eu lieu pour la dernière fois en 1964. Par souci d'économie, le Grand Conseil du canton de Genève a prorogé à différentes reprises, à chaque fois pour une période décennale, les estimations alors déterminées avec une majoration de 20%, sans nouvelle estimation par la commission d'experts. Il l'a notamment fait par la loi genevoise du 14 janvier 1993 sur les estimations fiscales de certains immeubles qui fixait les estimations pour une nouvelle période de dix ans arrivant à échéance le 31 décembre 2004 (art. 1 de ladite loi).
4. La recourante estime que l'art. 9 al. 5 LIPP-III a été appliqué de façon arbitraire (sur cette notion cf. ATF 134 II 124 consid. 4.1 p. 133; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148). Selon elle, c'est à tort que le Tribunal administratif a jugé qu'elle n'avait jamais demandé une nouvelle estimation de ses immeubles, conformément à ladite disposition. Trois documents pouvaient être considérés comme tels.
4.1 Il est douteux que le grief du recourant soit motivé à suffisance de droit au regard de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 1.2), la motivation étant essentiellement appellatoire. La question de la recevabilité peut toutefois rester ouverte, le grief devant être rejeté sur le fond.
4.2 Le Tribunal administratif a rappelé que, conformément à sa jurisprudence, s'il veut bénéficier d'une nouvelle estimation de ses biens immobiliers, comme le permet l'art. 9 al. 5 LIPP-III, le contribuable doit inviter expressément l'administration à saisir la commission d'experts. Il est alors tenu de motiver sa requête et d'indiquer en quoi consistent les changements importants survenus dans la valeur de l'immeuble. Ainsi, une demande d'expertise ne peut être présentée pour la première fois devant la Commission cantonale de recours.
En l'espèce, le Tribunal administratif a retenu que la recourante n'avait pas requis de l'Administration fiscale cantonale une nouvelle estimation de ses immeubles de la part de la commission d'experts.
4.3 Le fait de considérer, à l'instar du Tribunal administratif, que, pour "faire procéder" à une nouvelle estimation, le contribuable doit présenter une demande expresse à l'administration afin que celle-ci saisisse la commission d'experts n'a rien d'arbitraire. Or, aucun document invoqué par la recourante ne peut être considéré comme une telle demande, comme le démontrent les éléments qui suivent.
Le premier document est la notification du 24 mai 2002, par le commissaire nommé dans le cadre du sursis concordataire, de l'estimation de la valeur vénale des immeubles de la recourante au Département des finances du canton de Genève, en sa qualité de créancier. Comme l'a jugé le Tribunal administratif, en aucun cas un acte établi dans une procédure autre que fiscale, en l'occurrence le sursis concordataire, ne peut constituer une demande de nouvelle estimation fiscale. Sans compter qu'en l'espèce cette écriture n'émane même pas de la recourante mais du commissaire susmentionné.
La deuxième pièce est la lettre du 9 février 2004 dans laquelle le mandataire fiscal de la recourante demandait des renseignements à l'Administration fiscale cantonale au sujet de l'impôt immobilier complémentaire et de la valeur fiscale des biens immobiliers de la recourante. A nouveau, la requête en cause ne remplit aucunement les conditions fixées par la jurisprudence du Tribunal administratif (cf. consid. 4.2) dès lors qu'elle ne visait pas à ce qu'il soit procédé à une réévaluation des immeubles mais se contentait de poser des questions à l'Administration fiscale cantonale.
La dernière écriture est la réclamation du 1er avril 2005 à l'encontre de la taxation relative à l'impôt immobilier complémentaire 2002. Dans cette réclamation, la recourante ne requérait pas formellement une nouvelle estimation de ses immeubles. Elle se bornait à contester la valeur fiscale servant de base à l'impôt immobilier complémentaire et à prétendre, sur la base de rapports d'expertise et de contrats de vente, que la valeur vénale de ses immeubles était moins élevée que celle imposée. Elle ne mentionnait pas en quoi consistait les changements importants survenus dans la valeur des immeubles. De toute façon, des modifications de valeur dues à la conjoncture ne sont pas considérées comme des changements importants au sens de la disposition en cause (arrêt 2P.110/1995 du 8 mars 1996 consid. 3e). Ainsi, on ne peut qualifier d'insoutenable le refus du Tribunal administratif de considérer cette réclamation comme une demande de nouvelle évaluation au sens de l'art. 9 al. 5 LIPP-III.
4.4 Au vu de ce qui précède, le Tribunal administratif n'a pas appliqué l'art. 9 al. 5 LIPP-III de façon arbitraire en considérant que la recourante n'avait pas présenté de demande de nouvelle estimation de ses immeubles. Le grief doit donc être rejeté.
5. 5.1 La recourante estime qu'en jugeant qu'une demande de réévaluation des immeubles doit être faite avant le 31 décembre 2002 pour pouvoir être prise en compte pour l'impôt immobilier complémentaire de cette période fiscale, le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire. Il aurait dû considérer les trois documents en cause (cf. consid. 4.3) comme déposés en temps utile.
5.2 Aucune disposition ne fixe de délai pour le dépôt d'une requête de nouvelle estimation. Toutefois, l'art. 76 al. 6 LCP prévoit que l'impôt immobilier complémentaire est calculé au 31 décembre de la période fiscale sur la valeur des immeubles à cette date. Dès lors, l'exigence posée par la jurisprudence du Tribunal administratif voulant qu'une demande doit être faite au plus tard le 31 décembre de la période fiscale concernée pour pouvoir être prise en compte pour cette période est admissible. Or, les trois documents susmentionnés (cf. consid. 4.3) ont été déposés après cette date.
Toutefois, selon la recourante, dont l'argumentation est à nouveau essentiellement appellatoire, les changements importants qui auraient nécessité une nouvelle évaluation des immeubles se sont produits à partir d'octobre 2001 (recours p. 10). Si tel était le cas, il lui appartenait de saisir l'Administration fiscale cantonale à ce moment-là et de demander une nouvelle estimation, ce qu'elle n'a pas fait. A ce propos, la recourante prétend que si elle n'a pas déposé une requête de nouvelle estimation dans le délai utile c'est parce que l'Administration fiscale cantonale a tardé à répondre au courrier de son mandataire qui demandait quelle était la valeur fiscale de chaque immeuble séparément et que cette information lui était nécessaire pour déposer une telle requête. Cet argument tombe à faux. Il incombe en effet au contribuable de faire en sorte d'obtenir les renseignements nécessaires au dépôt d'une éventuelle demande en temps voulu. On peut au demeurant s'étonner que le mandataire de la recourante, spécialisé dans les questions fiscales, n'était pas au courant de la valeur fiscale des immeubles sur laquelle celle-ci était imposée ni du fonctionnement général de l'impôt immobilier complémentaire.
5.3 Au vu de ce qui précède, en jugeant que la demande de réévaluation des immeubles devait être formulée avant le 31 décembre 2002 pour pouvoir être prise en compte pour l'impôt immobilier complémentaire de la période fiscale 2002, et en relevant que tel n'était pas le cas de la réclamation du 1er avril 2005, le Tribunal administratif n'est pas tombé dans l'arbitraire.
6. La recourante estime que le Tribunal administratif a fait preuve de formalisme excessif en exigeant qu'elle articule une demande formelle de nouvelle estimation. Selon elle, cette autorité aurait dû considérer à tout le moins la réclamation du 1er avril 2005 à l'encontre du bordereau d'impôt immobilier complémentaire 2002 comme une telle demande.
6.1 Selon la jurisprudence, il y a formalisme excessif, constitutif d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel, ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux. L'excès de formalisme peut résider soit dans la règle de comportement imposée au justiciable par le droit cantonal, soit dans la sanction qui lui est attachée (ATF 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183; 128 II 139 consid. 2a p. 142 et les références citées).
6.2 Comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 4.3), aucune des écritures en cause ne peut être assimilée à une demande de réévaluation formelle motivée conformément aux exigences jurisprudentielles du Tribunal administratif (cf. consid. 4.2).
En outre, ces actes ont été déposés après le 31 décembre 2002. Or, malgré ce que soutient la recourante qui ne voit pas de raison de refuser une demande de réévaluation présentée après le 31 décembre de la période fiscale concernée, mais avant que ne soit émis le bordereau de taxation de ladite période, une stricte application des règles de procédure, notamment celles relatives aux délais, est justifiée par des motifs d'égalité de traitement et par un intérêt public lié à une bonne administration de la justice et à la sécurité du droit (cf. ATF 104 Ia 4 consid. 3 p. 5; arrêt 1C_85/2007 du 6 septembre 2007 consid. 3.2). Ce principe vaut tant en matière judiciaire que dans le domaine administratif.
6.3 Ainsi, le Tribunal administratif, en jugeant qu'aucun des actes déposés par la recourante ne pouvait être considéré comme une demande valable de nouvelle estimation, n'a pas fait preuve de formalisme excessif. Le grief doit dès lors être rejeté.
7. 7.1 La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir appliqué l'art. 9 al. 3 LIPP-III de façon arbitraire lorsqu'elle a considéré que l'ouverture du sursis concordataire avec liquidation subséquente ne constituait pas, pour une personne morale, un état de fait comparable au décès d'une personne physique ou à une mutation, cas dans lesquels la valeur d'aliénation ou de succession retenue pour la perception des droits d'enregistrement et de succession se substitue à la valeur d'estimation pour le reste de la période décennale. Selon la recourante, l'ouverture du sursis concordataire devrait également entraîner la substitution de l'estimation fiscale jusque-là en vigueur par la valeur des immeubles déterminée par le commissaire provisoire.
7.2 La recourante ne dit pas en quoi le fait que le Tribunal administratif a jugé que l'art. 9 al. 3 LIPP-III contenait une liste exhaustive des cas dans lesquels la valeur d'aliénation ou de succession se substituait à l'estimation fiscale en vigueur jusque-là était insoutenable. Elle ne fait que mentionner que l'octroi du sursis concordataire devrait être assimilé à un des cas de l'art. 9 al. 3 LIPP-III. Ainsi, le grief n'est pas suffisamment motivé au regard de l'art. 106 al. 2 LTF de sorte qu'il est irrecevable (cf. consid. 1.2).
8. 8.1 Selon la recourante, l'attitude des autorités genevoises violerait le principe de la bonne foi (sur cette notion cf. ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636; 130 I 26 consid. 8.1 p. 60). En effet, le canton de Genève, en tant que créancier, a reconnu comme valeur vénale des biens en cause le montant de 100'060'000 fr. fourni par le commissaire provisoire dans le cadre de la procédure du sursis concordataire, d'une part, et, de l'autre, en tant qu'autorité fiscale, il a refusé que l'estimation fiscale des immeubles soit ajustée à leur valeur vénale.
8.2 Comme l'a retenu le Tribunal administratif, les procédures en matière du droit de la poursuite pour dettes et la faillite et du droit fiscal sont des procédures différentes et indépendantes. Le fait que, dans la procédure du sursis concordataire, le canton de Genève s'est vu notifier, en tant que créancier, la valeur vénale des biens immobiliers, et qu'il n'ait pas réagi au montant fixé, ne saurait être interprété comme une promesse de prendre en compte cette valeur pour procéder à la taxation relative au gain immobilier complémentaire.
Ainsi, aucune promesse n'ayant été articulée par l'administration fiscale cantonale à la recourante quant à la valeur fiscale des immeubles en cause, le principe de la bonne foi n'a pas pu être violé.
9. Quant aux griefs relatifs à la violation du principe de la légalité et à celui de l'imposition selon la capacité contributive, ils ne sont en aucune façon motivés à suffisance de droit (cf. consid. 1.2). Partant ils sont irrecevables.
10. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 29 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon