Faits:
A. Par jugement du 23 septembre 2011, le Tribunal correctionnel de la Broye et du Nord vaudois a condamné X._ pour vol par métier, violation de domicile, faux dans les certificats, circulation sans permis de conduire, conduite d'un véhicule non immatriculé et conduite d'un véhicule non couvert par une assurance responsabilité civile à une peine privative de liberté de deux ans, sous déduction de 145 jours de détention préventive.
Par ordonnance pénale du 19 janvier 2012, le Ministère public du canton de Genève a condamné X._ pour vol, tentative de vol, dommages à la propriété, violation de domicile et infraction à la LEtr à une peine privative de liberté de six mois, peine complémentaire à celle infligée le 23 septembre 2011.
Le 28 décembre 2012, X._ avait subi les deux tiers de ces peines.
B. Par jugement du 3 décembre 2012, le Juge d'application des peines et mesures du canton de Vaud a refusé de libérer conditionnellement X._.
C. Par arrêt du 19 décembre 2012, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de ce dernier.
D. X._ forme un recours en matière pénale contre l'arrêt du 19 décembre 2012 et conclut à l'annulation de cette décision et à ce que la libération conditionnelle lui soit accordée. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions d'exécution des peines et des mesures (art. 78 al. 2 let. b LTF).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits retenus par l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF) sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut ainsi les critiquer que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. ATF 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; ATF 138 V 67 consid. 2.2 p. 69). Le recourant doit exposer, de manière substantivée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
2.2 Le recourant estime qu'il était abusif de retenir qu'il s'était installé durablement dans la délinquance (arrêt entrepris, p. 4). Afin d'infirmer ce constat, il s'appuie sur des faits ne ressortant pas de l'arrêt entrepris, dont il ne démontre pas l'arbitraire de l'omission et pour lesquels il n'invoque aucune pièce du dossier. Son grief est à cet égard irrecevable. Le recourant tente également de relativiser son parcours judiciaire, sur lequel s'est fondé l'autorité précédente pour constater le fait litigieux, et invoque que la privation de liberté qu'il subit actuellement serait la première longue peine. Il ressort toutefois de son casier judiciaire que le recourant a déjà, en 2010, exécuté une peine privative de liberté de 10 mois. A cela s'ajoute qu'un sursis et une libération conditionnelle ont été révoqués en 2006, respectivement en 2009. Enfin, depuis 2004, le recourant a été condamné à 11 reprises. A chaque fois, il a purgé une peine privative de liberté. Il ne s'est toutefois pas passé 9 mois sans que, libre, il ne commette des infractions ou soit condamné et pas plus d'une année de liberté sans infraction. Il n'était dès lors pas arbitraire, bien au contraire, de retenir que le recourant s'était installé durablement dans la délinquance.
2.3 Le recourant discute de ses projets d'avenir en Belgique, considérés par l'autorité précédente comme illusoires, faute d'autorisation d'établissement dans ce pays, et irréalistes. Son argumentation, de nature purement appellatoire et reposant sur des faits non établis par le dossier, est irrecevable.
3. Le recourant estime que l'autorité cantonale a violé l'art. 86 al. 1 CP en posant un pronostic défavorable.
3.1 Aux termes de cette disposition, l'autorité compétente libère conditionnellement le détenu qui a subi les deux tiers de sa peine, mais au moins trois mois de détention, si son comportement durant l'exécution de la peine ne s'y oppose pas et s'il n'y a pas lieu de craindre qu'il ne commette de nouveaux crimes ou de nouveaux délits.
Cette disposition renforce le principe selon lequel la libération conditionnelle est la règle et son refus l'exception, dans la mesure où il n'est plus exigé qu'il soit à prévoir que le condamné se conduira bien en liberté (cf. art. 38 ch. 1 al. 1 aCP), mais qu'il ne soit pas à craindre qu'il ne commette de nouveaux crimes ou délits. Autrement dit, il n'est plus nécessaire, pour l'octroi de la libération conditionnelle, qu'un pronostic favorable puisse être posé. Il suffit que le pronostic ne soit pas défavorable (ATF 133 IV 201 consid. 2.2 p. 203). Pour le surplus, la jurisprudence relative à l'art. 38 ch. 1 aCP demeure valable. En particulier, le pronostic à émettre doit être posé sur la base d'une appréciation globale, prenant en considération les antécédents de l'intéressé, sa personnalité, son comportement en général et dans le cadre des délits qui sont à l'origine de sa condamnation, et, surtout, le degré de son éventuel amendement ainsi que les conditions dans lesquelles il est à prévoir qu'il vivra (ATF 133 IV 201 consid. 2.3 p. 203 s. et les arrêts cités). Il y a également lieu de rechercher si la libération conditionnelle, éventuellement assortie d'une assistance de probation et de règles de conduite, ne favoriserait pas mieux la resocialisation de l'auteur que l'exécution complète de la peine (ATF 124 IV 193 consid. 4d/aa/bb p. 198 ss).
Dans l'émission du pronostic, l'autorité compétente dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de sorte que le Tribunal fédéral n'intervient que si elle l'a excédé ou en a abusé, notamment lorsqu'elle a omis de tenir compte de critères pertinents et s'est fondée exclusivement sur les antécédents du condamné (ATF 133 IV 201 consid. 2.3 p. 204).
3.2 En substance, la cour cantonale a retenu que le parcours judiciaire de l'intéressé - 9 condamnations pénales entre 2004 et 2009 - démontrait qu'il s'était installé durablement dans la délinquance, que son projet d'installation en Belgique était illusoire, faute pour lui d'être au bénéfice d'une autorisation d'établissement dans ce pays et le recourant admettant lui-même que ce projet "laisse des questions ouvertes", aveu qui confirmait les doutes sur la réalité du projet. Suivant les préavis négatifs de l'office d'exécution des peines et du ministère public, la cour cantonale a dès lors jugé que le pronostic était clairement défavorable. Cela était confirmé par le fait que le recourant, bien que décrit comme travailleur et discret, avait fait l'objet en prison d'un avertissement pour avoir été retrouvé porteur d'un couteau de cuisine pointu et dangereux.
3.3 Cette appréciation ne porte pas flanc à la critique. En effet, l'ensemble des circonstances constatées par l'autorité cantonale, soit le parcours judiciaire du recourant - 11 condamnations sur les 8 dernières années y incluses les 2 condamnations à l'origine de sa détention actuelle - permettant de retenir qu'il s'était durablement installé dans la délinquance, l'absence de tout projet réaliste après sa sortie et l'incident grave - port d'un couteau dangereux en prison - permettaient à la cour cantonale de poser, sans violation du droit, un pronostic défavorable. Par ailleurs, il n'apparaît pas que la libération conditionnelle immédiate, éventuellement assortie d'une assistance de probation et de règles de conduite, favoriserait mieux la resocialisation du recourant que l'exécution complète de la peine: d'une part le recourant n'a pas de projet réaliste pour une sortie immédiate, d'autre part la mise en place d'un patronage ne ferait guère de sens dès lors qu'il est sous le coup d'une décision de renvoi et déclare lui-même vouloir aller vivre à l'étranger.
Une des conditions cumulatives permettant d'octroyer la libération conditionnelle n'étant pas réalisée, celle-ci ne pouvait qu'être refusée.
4. Le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Ce dernier étant dénué de chances de succès, l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause qui sont fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 18 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod