Fatti:
A. Il 17 febbraio 2000 la società C._SA, in qualità di locatrice, e A.A._ e B.A._, in qualità di conduttori, hanno sottoscritto un contratto di locazione avente per oggetto un appartamento di quattro locali al primo piano d'uno stabile di Viganello. Il canone di locazione mensile è stato fissato in fr. 1'440.--, oltre a un acconto a titolo di spese accessorie di fr. 125.-- "con conguaglio al termine del relativo esercizio".
Il 2 dicembre 2001 la locatrice ha allestito il conteggio per le spese accessorie concernenti il periodo dal 1° giugno 2000 al 31 maggio 2001, con un saldo a proprio favore di fr. 1'935.05. I conduttori ne hanno criticato l'ammontare, anche dopo aver preso conoscenza della rettifica in fr. 1'619.65; in particolare hanno rimproverato alla locatrice di non averli informati dell'entità smisurata delle spese accessorie al momento della stipulazione del contratto.
Per il periodo seguente, dal 1° giugno 2001 al 31 maggio 2002, la locatrice ha presentato un conteggio con un saldo a suo favore di fr. 1'767.40.
B. I conduttori hanno adito il competente ufficio di conciliazione e poi la Pretura del Distretto di Lugano con istanza 23 luglio 2003, chiedendo di "invalidare la clausola contrattuale secondo cui parte conduttrice deve pagare un conguaglio eccedente gli acconti per spese accessorie al termine di ogni periodo di conteggio", così come di "annullare tutti i conguagli" e "accertare che l'importo di fr. 125.-- corrisposto da parte conduttrice è da considerarsi a forfait e non più quale acconto".
Statuendo il 28 maggio 2008, la Pretore ha parzialmente accolto l'istanza. Ha annullato la clausola contrattuale impugnata, ridotto i due conguagli a fr. 300.-- ciascuno, e ordinato alle parti di "nuovamente pattuire la clausola di cui al punto 5 del contratto di locazione, ritenuto che in caso di mancato accordo gli inquilini saranno legittimati a disdire anzitempo il contratto".
Adita dalla locatrice, con sentenza del 22 aprile 2009, la II Camera civile del Tribunale d'appello ha rovesciato la pronunzia di primo grado e interamente respinto l'istanza dei conduttori.
C. Prevalendosi della violazione delle regole vigenti in caso di vizio del contratto, segnatamente di dolo, A.A._ e B.A._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile teso all'annullamento della sentenza del Tribunale d'appello e alla riconferma di quella del Pretore.
Nelle osservazioni la locatrice propone di respingere il ricorso nella misura in cui risultasse ricevibile. L'autorità cantonale non si è invece determinata.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; DTF 135 III 1 consid. 1.1 pag. 3 ).
Nelle cause di carattere pecuniario che vertono su controversie in materia di locazione, il ricorso in materia civile è ammissibile soltanto se il valore litigioso ammonta almeno a fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. a LTF). In caso di ricorso contro una decisione finale il valore litigioso è determinato dalle conclusioni rimaste controverse dinanzi all'autorità inferiore (art. 51 cpv. 1 lett. a LTF). Se nelle conclusioni non è chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce il valore litigioso secondo il suo apprezzamento (art. 51 cpv. 2 LTF).
In concreto, la decisione pretorile, della quale i ricorrenti chiedono la riconferma, ordina una modifica del contratto che influisce indirettamente sui conguagli relativi ai periodi successivi a quello del 2001-2002; risulta pertanto difficile stimare se l'interesse alla riconferma valga più o meno di fr. 15'000.--.
Ove il valore litigioso non raggiunga l'importo minimo, il ricorso in materia civile è comunque ammissibile se la controversia concerne una questione di diritto di importanza fondamentale (art. 74 cpv. 2 lett. a LTF). I ricorrenti si riferiscono a torto a questa regola perché, contrariamente a quanto da loro affermato, la lite può essere risolta mediante l'applicazione di principi giurisprudenziali già noti (DTF 135 III 1 consid. 1.3 pag. 4; 135 III 397 consid. 1.2 pag. 399).
La questione della ricevibilità del gravame sotto questo profilo non necessita di essere ulteriormente approfondita, giacché il ricorso - la cui ammissibilità non pone per il resto problemi - è in ogni caso destinato all'insuccesso per i motivi esposti qui di seguito.
2. I ricorrenti rimproverano all'opponente di non aver specificato loro, prima della sottoscrizione del contratto, che gli acconti sarebbero stati ampiamente superati dalle spese accessorie effettive, al punto da non bastare a coprirne neppure la metà. In queste circostanze, sostengono i ricorrenti, essi sono stati indotti alla stipulazione dell'accordo per dolo della controparte, ai sensi dell'art. 28 CO. Ciò comporta la nullità parziale del contratto di locazione - così come previsto dall'art. 20 cpv. 2 CO - limitatamente all'accordo relativo alle spese accessorie.
Un comportamento doloso ai sensi dell'art. 28 CO viene ammesso quando a una parte sono state intenzionalmente fatte credere rispettivamente sottaciute circostanze senza le quali essa non avrebbe stipulato il contratto, rispettivamente non lo avrebbe stipulato con il medesimo contenuto. Non è necessario che l'errore in cui è venuta a trovarsi la vittima del dolo sia essenziale; basta ch'esso sia stato causale per la conclusione del contratto (DTF 132 II 161 consid. 4.1 pag. 165; 129 III 320 consid. 6.3 pag. 326; 116 II 431 consid. 3a pag. 434).
Il silenzio è doloso quando vengono sottaciuti fatti che la parte era obbligata a segnalare. Tale obbligo può risultare dalla legge, da un contratto o dalle regole della buona fede (DTF 116 II 431 consid. 3a pag. 434). Nel quadro delle trattative contrattuali, esiste fra le parti una relazione di fiducia che le costringe a fornirsi reciprocamente informazioni sui fatti suscettibili d'influenzare la decisione di stipulare il contratto o di inserirvi alcune clausole (DTF 105 II 75 consid. 2a pag. 79 seg.). La portata di questo dovere d'informazione non può essere definita in modo generale; essa dipende dalle circostanze del caso concreto così come dalla natura del contratto, dal modo in cui si svolgono le trattative nonché dalle intenzioni e dalle conoscenze dei partecipanti a tali trattative (DTF 116 II 431 consid. 3a pag. 434; 105 II 75 consid. 2a pag. 79-80).
Nella fattispecie, le parti hanno pattuito che i conduttori (qui) ricorrenti avrebbero rimborsato le spese accessorie separatamente dalla pigione, come consentito dall'art. 257a CO; hanno anche convenuto che i conduttori avrebbero pagato un acconto di fr. 125.-- mensile "con conguaglio al termine del relativo esercizio". Secondo la giurisprudenza, la locatrice non è tenuta a comunicare di propria iniziativa - durante le trattative - il presumibile importo delle spese accessorie, nemmeno qualora sia verosimile ch'esse supereranno gli acconti (DTF 132 III 24 consid. 5.1.1 pag. 29 e 6.1.2 pag. 31). Dall'accertamento dei fatti vincolante per il Tribunale federale (art. 105 al. 1 LTF) non emerge che in concreto la locatrice (qui opponente) si sia ciononostante spontaneamente - o su richiesta dei ricorrenti - espressa sull'entità delle spese né tantomeno risulta ch'essa abbia intenzionalmente fornito una falsa indicazione a questo riguardo. Di conseguenza i ricorrenti non possono trarre alcun diritto dall'art. 28 CO e il rimedio risulta infondato.
3. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso deve pertanto venire respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili della sede federale seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 nonché 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido, i quali rifonderanno all'opponente, sempre con vincolo di solidarietà, fr. 1'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.
Losanna, 4 febbraio 2010.
In nome della I Corte di diritto civile
del Tribunale federale svizzero
La Presidente: Il Cancelliere:
Klett Thélin