Faits:
A. A._ est domicilié dans le canton de Genève, où il exerce l'activité de régisseur dans une agence immobilière exploitée en raison individuelle; il est à ce titre astreint à tenir une comptabilité. Dans sa déclaration fiscale 2001, il a fait état d'une fortune nette imposable, après déduction des dettes, d'un montant de 1'130'293 fr. Il a notamment déclaré des biens immobiliers relevant de sa fortune commerciale, dont un immeuble locatif; ce bien a été annoncé au fisc à sa valeur comptable au 31 décembre 2001, correspondant à son prix d'acquisition d'un montant de 1'805'700 fr.
Le 26 janvier 2004, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale ou le fisc) a fait parvenir à A._ un bordereau de taxation pour les impôts cantonaux et communaux 2001. Il ressort de ce bordereau que l'immeuble susmentionné a été porté à la fortune du contribuable pour un montant de 1'965'706 fr., soit 160'006 fr. de plus que sa valeur comptable au 31 décembre 2001. A la suite d'une réclamation de A._ contre ce point du bordereau, l'Administration cantonale a maintenu sa taxation par décision du 16 décembre 2004. Le contribuable a recouru contre cette décision sur réclamation, en faisant valoir que l'immeuble litigieux devait, comme élément de sa fortune commerciale, être imposé à la valeur figurant au bilan de sa société. La Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après: la Commission de recours) l'a débouté de ses conclusions par décision du 7 mai 2007. En bref, elle a jugé que l'immeuble litigieux devait, selon le droit cantonal applicable, être estimé à la valeur capitalisée de l'état locatif annuel selon un taux déterminé chaque année par le Conseil d'Etat.
B. A._ a recouru contre la décision de la Commission de recours. Il a soutenu que, du moment qu'il tenait une comptabilité en bonne et due forme et que l'immeuble litigieux faisait partie de sa fortune commerciale, l'imposition de ce bien au titre de la fortune devait se faire sur sa valeur au bilan.
Par arrêt du 9 octobre 2007, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours et confirmé la décision de la Commission de recours.
C. A._ forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité. II soutient, en reprenant pour l'essentiel l'argumentation développée en procédure cantonale, que la solution consacrée par le Tribunal administratif viole le droit fédéral et cantonal pertinent et porte atteinte aux principes de l'égalité entre concurrents directs et de l'interdiction de l'arbitraire. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué sous suite de dépens et au renvoi de la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle émette un nouveau bordereau imposant l'immeuble litigieux à sa valeur comptable.
L'Administration cantonale conclut au rejet du recours sous suite de frais, tandis que l'Administration fédérale des contributions renonce à présenter des observations. Le Tribunal administratif déclare persister dans les motifs et le dispositif de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le présent recours est dirigé contre une décision en matière fiscale rendue en dernière instance cantonale sur la base du droit public fédéral et cantonal; il est dès lors en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF (cf. en particulier les art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d LTF), aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La contestation porte sur un objet réglé au titre 2, chapitre 4 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; ci-après: loi fédérale sur l'harmonisation fiscale; cf. infra consid. 3.4), soit l'une des matières visées par l'art. 73 al. 1 LHID; le recours est dès lors également recevable comme recours en matière de droit public en vertu de la disposition précitée (sur le rapport entre la loi sur le Tribunal fédéral et l'art. 73 al. 1 LHID, cf. arrêt 2C_637/2007 du 4 avril 2008, consid. 1.3 destiné à la publication).
1.1 Le recourant a manifestement qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF et 73 al. 2 LHID). Dans la mesure où il demande le renvoi de la cause au fisc pour nouvelle décision, ses conclusions ont un caractère réformatoire. Le Tribunal fédéral a toutefois jugé que de telles conclusions sont recevables, car l'art. 73 al. 3 LHID doit céder le pas devant l'art. 107 al. 2 LTF, qui confère au Tribunal fédéral un pouvoir général de réforme quel que soit le recours interjeté devant lui (cf. arrêt précité destiné à la publication 2C_637/2007, consid. 1.5).
Pour le surplus, formé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (cf. art. 42 LTF), le recours est recevable.
2. Sous l'empire de l'ancienne loi d'organisation judiciaire (OJ; RO 3 521), les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1 de la loi fédérale d'harmonisation fiscale (soit le droit cantonal harmonisé) pouvaient faire l'objet d'un recours de droit administratif au sens des art. 97 ss OJ, en vertu de l'art. 73 al. 1 LHID dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006 (RO 1991 1256; cf. arrêt précité destiné à la publication 2C_637/2007, consid. 1.3). Dans ce cadre, le Tribunal fédéral pouvait en principe examiner librement si le droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales étaient conformes aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, si le recours portait sur un point où cette loi laissait une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'interprétation de la loi cantonale n'était examinée que sous l'angle restreint de l'arbitraire, comme en matière de recours de droit public au sens des art. 90 ss OJ (cf. ATF 131 II 710 consid. 1.2 p. 713; 130 II 202 consid. 3.1, p. 205 ss; 128 II 56 consid. 2b p. 60).
Les mêmes principes demeurent applicables pour le recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF. En effet, l'art. 73 LHID constitue, aujourd'hui comme hier, une norme spéciale destinée à permettre au Tribunal fédéral non seulement de vérifier avec un plein pouvoir d'examen la conformité de la législation cantonale à la loi fédérale d'harmonisation fiscale, comme le permet d'ailleurs l'art. 95 LTF, mais encore de revoir librement l'application du droit cantonal dans les domaines harmonisés, de manière à assurer la concordance entre les droits cantonaux et la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11). Ce n'est que dans les matières que le législateur fédéral a laissées à l'appréciation des cantons que le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'arbitraire. Il appartient alors au recourant d'invoquer et de motiver ses griefs conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, c'est-à-dire d'établir en quoi l'application du droit cantonal viole le droit fédéral, qui comprend également le droit constitutionnel.
3. 3.1 Le litige porte sur l'estimation fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques de l'année 2001, d'un immeuble appartenant à la fortune commerciale du recourant qui exerce l'activité de régisseur dans une agence immobilière exploitée en raison individuelle (sur la notion de fortune commerciale, cf. art. 8 al. 2 LHID; ATF 133 II 420 consid. 3 p. 421 ss et les références citées).
3.2 Le recourant soutient que la valeur comptable de l'immeuble litigieux au 31 décembre 2001 est seule déterminante. Il invoque pêle-mêle toutes sortes de dispositions du droit cantonal et fédéral dont on peine, pour certaines d'entre elles, à cerner la pertinence par rapport à l'objet de la démonstration. En particulier, il est sans importance que la détermination du bénéfice net imposable des contribuables tenant une comptabilité en bonne et due forme doive s'effectuer, en vertu de l'art. 3 al. 4 de la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur le revenu (LIPP-IV; RS GE D 3 14), selon les règles applicables aux personnes morales, qui renvoient notamment au compte de pertes et profits et à la notion "d'usage commercial" (cf. art. 12 let. a, e et g de la loi cantonale du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales [LIPM; RS GE D 3 15]). Ce renvoi à des normes comptables se limite en effet clairement, à teneur de la lettre de la loi cantonale précitée, à la détermination du bénéfice net imposable des personnes physiques tenant une comptabilité. La taxation des indépendants suppose en effet, selon la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale, de distinguer les revenus provenant de la fortune commerciale des revenus provenant de la fortune privée qui suivent des règles d'imposition différentes (cf. art. 7 al. 4 let. b, art. 8 al. 1 et 2, art. 10 al. 1 let. c LHID). Mais une telle distinction n'existe pas pour l'imposition de la fortune immobilière des indépendants (sur ce point, cf. infra consid. 3.5). Le recourant ne peut donc rien déduire en sa faveur de l'art. 3 al. 4 LIPP-IV et des autres normes cantonales qui concernent l'imposition du revenu auxquelles il renvoie (cf. art. 3 al. 2 LIPP-IV; art. 12 let. j LIPM).
3.3 L'argument principal du recourant se résume ainsi : comme personne physique tenue d'être inscrite au registre du commerce au sens de l'art. 934 al. 1 CO, il a l'obligation, en vertu de l'art. 957 CO, de tenir correctement sa comptabilité, dont il estime qu'elle lie le fisc. Or, l'art. 665 CO lui interdirait d'inscrire au bilan un immeuble pour une valeur supérieure à son prix d'acquisition. Aussi l'immeuble litigieux devrait-il être imposé à sa valeur au bilan au 31 décembre 2001, de 1'805'700 fr., celle-ci correspondant au prix d'acquisition de l'immeuble.
Il est exact qu'en l'absence de lacune matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d'une présomption d'exactitude à l'égard du fisc selon la jurisprudence (cf. ATF 106 Ib 311 consid. 3c et 3d p. 315 ss). Cette exigence de conformité aux règles comptables n'est toutefois à elle seule pas suffisante pour lier l'autorité fiscale dans un cas d'espèce. Il faut encore que la loi fiscale renvoie expressément aux valeurs comptables, comme c'est en principe le cas pour estimer le bénéfice imposable des personnes morales (cf. ATF 119 Ib 111 consid. 2c p. 114 s.; arrêt précité 2A.458/2002 du 15 octobre 2004, consid. 4.1; arrêt 2A.157/2001 du 11 mars 2002, in: StE 2002 B 72.13.1 no 3, consid. 2b) et - sous certaines réserves (cf. art. 3 al. 4 in fine LIPP-IV) - des indépendants (cf. ATF 132 I 175 consid. 2.2 p. 177 s.; 106 Ib 311 consid. 3c et 3d p. 315 ss). Il convient dès lors d'examiner à la lumière du droit fédéral et cantonal pertinent si un tel renvoi existe aussi en matière d'imposition de la fortune immobilière des indépendants.
3.4 Réglé aux art. 13 et 14 LHID (titre 2, chapitre 4 de la loi), l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette (art. 13 al. 1 LHID) qui se détermine selon les règles d'évaluation prévues à l'art. 14 LHID; cette disposition a la teneur suivante :
1 La fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
2 Les immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture sont estimés à leur valeur de rendement (...).
3 Les biens immatériels et la fortune mobilière (à l'exception des papiers-valeurs) qui font partie de la fortune commerciale du contribuable sont estimés à la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu.
3.5 Selon la jurisprudence, les exceptions à la règle prévue à l'art. 14 al. 1 LHID sont énumérées de manière exhaustive à l'art. 14 al. 2 et 3 LHID (cf. ATF 128 I 240 consid. 3.1.1 p. 248; voir aussi rapport du groupe d'experts Cagianut sur l'harmonisation fiscale, in: Publications de la Chambre fiduciaire, Zurich 1994, vol. 128, p. 93). Par conséquent, les immeubles non affectés à l'agriculture ou à la sylviculture doivent impérativement être estimés à leur valeur vénale/de rendement au sens de l'art. 14 al. 1 LHID (art. 14 al. 2 LHID a contrario; cf. Barbara Sramek, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2ème éd., Berne 2004, n. 1 ad § 51), même s'ils appartiennent à la fortune commerciale du contribuable (art. 14 al. 3 LHID a contrario; cf. Rainer Zigerlig/Guido Jud, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern in der Kantone und Gemeinden (StHG), 2ème éd., Zurich 2002, n. 3 ad art. 14; Sramek, op. cit., n. 2 § 48 in fine). Autrement dit, qu'un bien immobilier relève de la fortune privée ou commerciale d'une personne physique est sans importance pour son estimation sous l'angle de l'impôt sur la fortune (cf. Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zurich 2006, n. 50 ad § 39; implicitement en ce sens, cf. Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème éd., Bâle 2007, n. 15 ss ad § 8; Sramek, op. cit., n. 5 ad § 51; Heinz Weidmann/Benno Grossmann/Rainer Zigerlig, Wegweiser durch das St. gallische Steuerrecht, 6ème éd. Berne 1999, p. 214; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse (impôts directs), 4ème éd., Berne 2002, p. 405 s.).
Cette conséquence ne procède pas d'un oubli du législateur fédéral; il s'agit au contraire d'un silence qualifié de sa part (cf. Zigerlig/Jud, loc. cit.; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, Lausanne 1998, p. 508). Ce point est confirmé par la récente réforme de l'imposition des entreprises approuvée en votation populaire le 24 février 2008: parmi les nouveautés introduites pour alléger la fiscalité des entreprises de personnes, le législateur n'a en effet modifié les règles d'évaluation de la fortune que sur un point particulier portant sur l'art. 14 al. 3 LHID; il a ainsi décidé que tous les biens mobiliers faisant partie de la fortune commerciale d'un contribuable, y compris les papiers-valeurs, seraient à l'avenir estimés à la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu, soit à leur valeur comptable, en raison "de leur lien fonctionnel avec l'activité commerciale de l'entreprise" (cf. Message du 22 juin 2005 concernant la loi fédérale sur l'amélioration des conditions fiscales applicables aux activités entrepreneuriales et aux investissements [loi sur la réforme des entreprises II], in FF 2005 4469, p. 4585). En revanche, le législateur a écarté l'idée d'étendre une telle règle d'évaluation aux biens immobiliers faisant partie de la fortune commerciale d'un contribuable pour les motifs suivants: "En raison des règles cantonales particulières régissant l'évaluation des immeubles, le maintien de l'application de l'art. 14 al. 1 LHID dans le cadre de l'évaluation des immeubles commerciaux se justifie pleinement. Les dispositions cantonales d'évaluation des immeubles commerciaux prennent en compte l'affectation de ces immeubles ainsi que l'ensemble des circonstances influant sur la valeur immobilière" (Message précité, p. 4554).
Il découle de ce qui précède que, nonobstant son appartenance à la fortune commerciale d'un contribuable, un bien immobilier doit être estimé conformément à l'art. 14 al. 1 LHID, disposition qui ne comporte aucun renvoi à la valeur comptable. Cette règle d'évaluation fiscale l'emporte donc sur les valeurs déterminées selon les normes comptables reconnues. Contrairement à l'opinion du recourant, l'autorité fiscale n'est dès lors pas liée par la valeur au bilan de l'immeuble litigieux (cf. supra consid. 3.3). Il reste à examiner si la valeur vénale/de rendement de cet immeuble retenue par l'autorité cantonale est conforme à l'art. 14 al. 1 LHID.
3.6 La loi fédérale sur l'harmonisation fiscale ne prescrit pas au législateur cantonal une méthode d'évaluation précise pour déterminer cette valeur. Les cantons disposent donc en la matière d'une marge de manoeuvre importante pour élaborer et appliquer leur réglementation, aussi bien dans le choix de la méthode de calcul applicable que pour déterminer, vu le caractère potestatif de l'art. 14 al. 1 2ème phrase LHID, dans quelle mesure le rendement doit être pris en considération dans l'estimation. Il faut cependant préciser qu'à l'exception des immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture (cf. art. 14 al. 2 LHID), l'évaluation ne saurait se faire à l'aune du seul critère du rendement, sans prise en compte de la valeur vénale du bien considéré (cf. ATF 128 I 240 consid. 3.1.1 p. 248). Par ailleurs, la valeur de rendement ne peut, le cas échéant, être prise en considération que de manière appropriée; elle ne saurait justifier n'importe quel écart avec la valeur vénale (cf. ATF 124 I 145 consid. 6b p. 159 s.). Les cantons ne peuvent ainsi pas prévoir des règles d'évaluation tendant de manière générale à une sur- ou sous-estimation des immeubles, par exemple en instituant un abattement automatique de leur valeur vénale pour en déterminer la valeur fiscale, ou en fondant l'imposition sur un pour-cent de la valeur vénale (cf. ATF 131 I 291 consid. 3.2.2 p. 307 s.; 128 I 240 consid. 3.2.3 et 3.2.4 p. 249 s.; 124 I 145 consid. 6b et 6c p. 159 s.).
3.7 Le canton de Genève a concrétisé ces principes dans la loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (LIPP-III; RS GE D 3 13). L'art. 4 LIPP-III précise que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2), sous réserve - outre les marchandises (al. 4) - des biens immatériels et de la fortune mobilière (à l'exception des papiers-valeurs) qui sont estimés à la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu s'ils font partie de la fortune commerciale du contribuable (al. 3). Les immeubles situés dans le canton sont estimés d'après l'art. 7 LIPP-III qui pose des principes d'évaluation différents selon le type d'immeuble considéré (immeuble locatif [let. a]; immeuble servant exclusivement et directement à l'exploitation d'un commerce [let. b]; immeuble servant à l'exploitation agricole et sylvicole [let. c]; etc...).
Aux termes de l'art. 7 let. a LIPP-III, la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat, sur proposition d'une commission d'experts composée paritairement de représentants de l'administration fiscale et de personnes spécialement qualifiées en matière de propriétés immobilières et désignées par le département. Les taux de capitalisation applicables sont établis sur la base des transactions constatées sur le marché immobilier entre le 1er janvier de l'année précédent l'année fiscale et le 30 juin de l'année fiscale (art. 3 al. 1 du règlement d'application du 19 décembre 2001 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur la fortune; RIPP-III), sous réserve d'exceptions ne concernant pas le cas d'espèce (cf. art. 3 al. 2 RIPP-III). Les taux ainsi déterminés sont énoncés à l'art. 4 RIPP-III pour chaque catégorie d'immeubles visée; il est également tenu compte de l'âge des immeubles qui servent de logements (cf. art. 4 let. a et b RIPP-III).
3.8 Il apparaît ainsi que le principe général prévu à l'art. 14 al. 1 LHID (estimation de la fortune à la valeur vénale/de rendement) a été transposé à l'art. 4 al. 2 LIPP-III, le droit cantonal réservant en outre, dans la ligne des exceptions énumérées à l'art. 14 al. 2 et 3 LHID, des règles fondées sur d'autres principes d'évaluation pour les biens immatériels et la fortune mobilière (à l'exception des papiers-valeurs) relevant de la fortune commerciale (art. 4 al. 3 et 4 LIPP-III) ainsi que pour les immeubles servant à l'exploitation agricole et sylvicole (art. 7 let. c LIPP-III).
En revanche, le législateur cantonal n'a pas fait de distinction, à l'art. 7 LIPP-III, entre l'estimation des immeubles selon que ceux-ci relèvent de la fortune commerciale ou privée d'un contribuable. On ne saurait lui en faire grief puisqu'une telle distinction n'est justement pas prévue par la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale qui contient un silence qualifié sur ce point (cf. supra consid. 3.4-3.5). Le recourant y voit cependant une violation du principe d'égalité entre concurrents directs déduit de la liberté économique (art. 27 Cst.). Il estime en effet qu'une personne exerçant une activité indépendante en raison individuelle, comme lui, est désavantagée en matière d'impôt sur la fortune par rapport à une personne ayant choisi d'exercer la même activité comme salarié au sein d'une société anonyme qui détiendrait les immeubles en son nom et dont elle serait le propriétaire économique. L'argument tombe à faux, la différence de traitement dénoncée étant précisément justifiée par le fait que les contribuables visés ne se trouvent pas dans la même situation: la forme juridique qui encadre leur activité est différente et emporte, en matière d'imposition, des avantages et des inconvénients propres à chaque situation et difficilement comparables; en particulier, au contraire du recourant, l'actionnaire unique d'une société anonyme fait l'objet d'une double imposition économique (cf. Oberson, op. cit., n. 26 ss ad § 10). Pour le reste, la règle spécifique prévue par le droit cantonal pour évaluer les immeubles locatifs s'insère dans le cadre défini - largement - par l'art. 14 al. 1 LHID: le principe de la capitalisation de l'état locatif inscrit à l'art. 7 let. a LIPP-III renvoie en effet à la valeur de rendement, tandis que la prise en considération, pour déterminer le taux de capitalisation applicable, des transactions constatées sur le marché ou de l'âge des logements (cf. art. 7 let. a LIPP-III en liaison avec l'art. 3 al. 1 et 4 let. a et b RIPP-III) se réfère à des critères qui relèvent plus particulièrement de la valeur vénale.
3.9 En résumé, telle qu'appliquée par les autorités précédentes, la législation cantonale pertinente pour le cas d'espèce est conforme aux exigences posées par la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale, au contraire de l'interprétation qu'en propose le recourant, qui ne trouve du reste aucun appui véritable dans le texte de la loi. Pour le surplus, le recourant ne démontre ni même ne prétend que le calcul effectué par le fisc serait entaché d'erreur ou que la valeur fiscale finalement retenue serait objectivement supérieure à la valeur vénale de l'immeuble au sens de l'art. 14 al. 1 LHID.
4. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 65 al. 1 à 3 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de , ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 15 mai 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Addy