Fatti:
A. Nel gennaio del 2003 la Procura della Repubblica italiana presso il Tribunale di Milano ha aperto un procedimento penale nei confronti, tra gli altri, di A._, amministratore delegato di D.X._S.p.A., di E._, vicepresidente di D.X._S.p.A., di F._, amministratore delegato di B.X._S.p.A. e di altri dirigenti di società del gruppo X._, siccome sospettati di corruzione aggravata, riciclaggio di denaro, partecipazione ad associazione a delinquere, appropriazione indebita aggravata ed altri reati ai danni delle società del gruppo.
Gli indagati erano in particolare sospettati di essersi appropriati illecitamente, tra il 1999 e il 2002, di parte del patrimonio della D.X._S.p.A. mediante la stipulazione di contratti di consulenza e di fornitura di manodopera specializzata con società di comodo da loro controllate o messe a disposizione da persone compiacenti, segnatamente da G._, per attività in tutto o in parte inesistenti. Avrebbero inoltre corrotto funzionari italiani e stranieri allo scopo di ottenere l'aggiudicazione di appalti nel settore degli impianti per l'energia elettrica e per opere di desalinizzazione, facendosi poi retrocedere parte degli importi pagati illecitamente. Il denaro provento dei reati sarebbe poi stato trasferito su conti bancari svizzeri di spettanza degli indagati o di loro familiari o su altri conti esteri messi a disposizione da terzi, segnatamente da H._.
B. Con sentenza del 4 ottobre 2006 del Giudice per le indagini preliminari presso il Tribunale di Milano, emanata secondo il rito del patteggiamento, H._ è stato condannato a una pena di un anno e quattro mesi di reclusione, sospesa condizionalmente, in particolare per essersi associato, tra gli altri, con i suddetti dirigenti del gruppo X._ e con G._ al fine di appropriarsi indebitamente di fondi della D.X._S.p.A. nonché per avere partecipato a un disegno criminoso volto a favorire le società I._ e J._ nell'aggiudicazione di commesse, concordando compensi illeciti con i dirigenti delle stesse.
Il 27 luglio 2007 la Procura della Repubblica ha chiesto il rinvio a giudizio, tra gli altri, di G._, A._, E._ e F._. Il 27 aprile 2009 il Giudice per le indagini preliminari ha emanato il decreto che dispone il giudizio nei confronti segnatamente di A._, E._ e F._. Con una sentenza di patteggiamento di stessa data ha in particolare condannato G._ alla pena di due anni e sei mesi di reclusione e disposto la confisca di EUR 5'000.--. Il 9 febbraio 2010 è stato aperto il dibattimento dinanzi al Tribunale di Milano.
C. Frattanto, con atto di accusa del 15 giugno 2009, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha messo in stato di accusa dinanzi al Tribunale penale federale (TPF) G._, A._, E._ e la di lui moglie K._, F._ e la di lui moglie L._, nonché il consulente bancario M._ per riciclaggio di denaro giusta l'art. 305bis CP, in parte aggravato. In sostanza, il MPC rimprovera loro di avere compiuto in Svizzera atti suscettibili di vanificare l'accertamento dell'origine, il ritrovamento o la confisca di valori patrimoniali provento dei reati commessi all'estero ai danni di società del gruppo X._, riconducibili segnatamente a tangenti per l'ottenimento di commesse pubbliche e alla stipulazione di contratti di consulenza e di outsourcing fittizi.
D. Con sentenza del 18 marzo 2010 la Corte penale del TPF ha riconosciuto G._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato limitatamente a determinati capi di accusa, per complessivi USD 840'404.59, e lo ha condannato alla pena pecuniaria di 180 aliquote giornaliere di fr. 10.-- ciascuna, a valere quale pena complementare alla pena di due anni e sei mesi di reclusione inflittagli mediante la sentenza 27 aprile 2009 del giudice italiano. Ha inoltre riconosciuto E._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato, nonché di ripetuto riciclaggio di denaro limitatamente a determinati capi di accusa, per complessivi USD 840'404.59, condannandolo alla pena detentiva di 14 mesi e alla pena pecuniaria di 30 aliquote giornaliere di fr. 100.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni. La Corte penale del TPF ha pure riconosciuto A._ autore colpevole di ripetuto riciclaggio di denaro limitatamente ad alcuni capi di accusa, per complessivi EUR 3'276'221.-- e USD 242'000.-- e lo ha condannato alla pena detentiva di 17 mesi, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni. Gli accusati sono stati prosciolti dai capi di accusa che non sono stati oggetto di condanna.
La Corte penale del TPF ha per contro prosciolto da tutte le imputazioni K._, F._, L._, nonché M._ ed ha dichiarato irricevibili per incompetenza giurisdizionale le pretese delle parti civili C.X._S.p.A., D.X._S.p.A. e B.X._S.p.A. Ha inoltre ordinato la confisca di USD 840'404.59 depositati sulla relazione yyy intestata a zzz presso la banca N._ di Chiasso e di EUR 3'276'221.-- e USD 242'000.-- depositati sulla relazione vvv www intestata a A._ presso la banca O._ di Singapore, già oggetto di sequestro. Per i restanti beni e valori è stato ordinato il dissequestro.
E. E._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo in via principale di essere prosciolto da tutti i capi di accusa. In via subordinata, chiede che la causa sia rinviata al TPF per un nuovo giudizio nella misura in cui concerne la sua condanna e la confisca dei valori patrimoniali sulla relazione intestata a zzz Il ricorrente chiede inoltre di essere posto al beneficio del gratuito patrocinio. Fa valere la violazione degli art. 156 seg. vPP, art. 9, 29 cpv. 1 e 2, 32 cpv. 2 Cost., art. 6 n. 3 lett. d CEDU, art. 138, 158, 305bis CP e art. 646 del Codice penale italiano.
Non sono state chieste osservazioni sul merito del gravame.
F. La sentenza della Corte penale del TPF è stata impugnata con ricorsi in materia penale anche dal MPC (causa 6B_735/2010), da A._ (causa 6B_718/2010) e dalle parti civili C.X._S.p.A., D.X._S.p.A. e B.X._S.p.A. (causa 6B_732/2010). I rispettivi ricorsi sono oggetto di giudizi distinti.
G. Con decreto presidenziale del 14 ottobre 2010 è stato conferito effetto sospensivo al dispositivo della sentenza impugnata concernente la confisca dei citati valori patrimoniali.
Diritto:
1. Presentato dall'accusato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state in parte disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) dalla Corte penale del TPF (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF), è di massima ammissibile.
2. 2.1 Il ricorrente lamenta la mancata audizione di testimoni a suo discarico. Sostiene che l'interrogatorio delle persone da lui indicate già nella fase istruttoria predibattimentale avrebbe permesso di accertare l'esistenza dei cosiddetti "micro-contratti" di outsourcing, stipulati da D.X._S.p.A. con pensionati già dipendenti di X._, che sarebbero stati onorati mediante pagamenti neri in contanti. Il ricorrente rileva che due sue richieste di interrogare, per via rogatoriale, determinati ex dipendenti del gruppo erano state sostanzialmente accolte dal Giudice istruttore federale, le cui decisioni sono però stato annullate, su ricorso del MPC, dalla I Corte dei reclami penali del TPF con sentenze del 24 settembre 2008 e del 21 novembre 2008. Ribadite dal ricorrente nell'ambito della preparazione del dibattimento dinanzi alla Corte penale del TPF, le audizioni testimoniali da lui indicate sono state solo parzialmente accolte con ordinanza presidenziale del 10 dicembre 2009. Il ricorrente rileva poi di avere ancora rinnovato invano le proprie richieste il 22 febbraio 2010 al dibattimento, ove, tra i prestatori d'opera indicati, è stato per finire sentito unicamente P._.
2.2 Ora, le precedenti decisioni non sono oggetto della presente impugnativa, sicché non occorre esaminare la fondatezza dei motivi addotti in particolare dalla I Corte dei reclami penali del TPF e relativi alla fase istruttoria. Qui impugnata è unicamente la sentenza della Corte penale del TPF, che ha comunque ritenuto utilizzabili le prove assunte per via rogatoriale dal Giudice istruttore federale nonostante le decisioni in senso opposto della I Corte dei reclami penali. Quanto agli ulteriori testimoni prospettati dal ricorrente, che non sono stati sentiti al dibattimento essenzialmente per ragioni di economia processuale, la Corte di merito ha ritenuto che la loro deposizione non avrebbe comunque potuto modificare il giudizio. L'oggetto del litigio è quindi circoscritto alla questione di sapere se rinunciando all'audizione degli ulteriori testimoni sulla base di un apprezzamento anticipato della loro irrilevanza, la Corte penale del TPF ha violato il diritto di essere sentito del ricorrente. La facoltà di rinunciare all'interrogatorio di testimoni a discarico non rilevanti per il giudizio è infatti di massima ammissibile sotto il profilo dell'art. 6 n. 3 lett. d CEDU e del diritto costituzionale (DTF 125 I 127 consid. 6c/cc pag. 135). Nell'ambito di questa valutazione, all'autorità compete un vasto margine di apprezzamento e il Tribunale federale interviene soltanto in caso d'arbitrio (DTF 134 I 140 consid. 5.3; 131 I 153 consid. 3).
3. 3.1 Il ricorrente sostiene che la precedente istanza avrebbe raggiunto il proprio convincimento di colpevolezza sulla base di accertamenti contraddittori e argomentazioni manifestamente insostenibili. Ritiene che di fronte a simili manchevolezze sarebbe difficile credere che l'audizione dei testimoni non avrebbe mutato il convincimento della Corte, che nel dubbio avrebbe anche potuto giungere a una conclusione analoga a quella ritenuta per le consegne di denaro in contante da parte di G._.
3.2 Il TPF ha accertato che in D.X._S.p.A. era consolidata una prassi di outsourcing, facendo capo a società esterne, tra le quali rientravano anche Q._, R._ e S._ riferibili a G._, allo scopo di impiegare consulenti per puntuali attività e progetti all'estero. Tali consulenti erano sovente pensionati del gruppo X._ di provata esperienza. Ha inoltre accertato che questa prassi era nota all'interno del gruppo X._, anche per quanto riguarda le lacune nelle possibilità di controllo delle prestazioni e delle retribuzioni. La precedente istanza ha essenzialmente fondato questi accertamenti sulla base delle dichiarazioni dei testimoni T._, U._ e P._. Ha altresì rilevato che la sorveglianza dei rapporti con le società in questione e il rispetto dei contratti spettavano a E._, il quale si occupava anche degli aspetti retributivi. In quest'ambito, una parte dei pagamenti dei consulenti esterni veniva effettuata in nero, estero su estero, per cui si chiedeva loro di dotarsi di un conto all'estero, segnatamente in Svizzera. Quali modalità di pagamento figuravano pure operazioni in contanti, segnatamente mediante prelevamenti in contanti dalle relazioni bancarie di G._ a Lugano. La prima Corte ha quindi concluso che la modalità di rientro in Italia di contante, precedentemente giunto su conti di G._, può inserirsi nella logica di aggirare per motivi fiscali il territorio italiano, pagando in Italia in contanti i consulenti esterni. In sostanza, pure il denaro contante prelevato da G._ e da lui trasportato in Italia per consegnarlo brevi manu a E._ poteva essere destinato alla retribuzione dei consulenti esterni, ritenuto come tale modalità di pagamento potesse parimenti rientrare nella logica di procedere estero su estero.
Quanto ai valori patrimoniali trasferiti dalle citate società Q._, R._ e S._ al conto aaa intestato al ricorrente e a sua moglie, la precedente istanza ha accertato che a fronte delle entrate non vi erano sistematiche uscite, né sotto forma di bonifici né a contanti, che potevano indicare una correlazione con la finalità di corrispondere la rimunerazione estero su estero ai consulenti esterni. La Corte di merito ha valutato le spiegazioni addotte al riguardo dal ricorrente, secondo cui il conto serviva pure quale cassa supplementare per fare fronte al pagamento delle "micro-consulenze" di outsourcing, prestate per periodi limitati per i quali non si giustificava di intraprendere la procedura "burocratica" per concludere regolari contratti e secondo cui gli accrediti sul conto aaa avevano lo scopo di compensare l'utilizzo di disponibilità bancarie e a contanti in Italia cui il ricorrente faceva capo per pagare tali "micro-consulenze". I primi giudici hanno tuttavia ritenuto che le costanti alimentazioni del conto aaa non rientravano nell'esposta prassi di D.X._S.p.A. e che si conciliavano male con l'asserita necessità di disporre di un fondo cassa per le "micro-consulenze". Ciò in particolare, ove si consideri che il ricorrente stesso aveva dichiarato come, a fronte della costante alimentazione del conto, non vi erano corrispondenti prelievi e bonifici a copertura di tali consulenze. Quanto alla pretesa compensazione tra le disponibilità del ricorrente in Italia, con cui avrebbe onorato le "micro-consulenze" e le entrate su aaa provenienti dalle suddette società di G._, la Corte penale del TPF ha ritenuto del tutto inverosimile tale spiegazione, peraltro fornita dall'interessato soltanto in sede di dibattimento. In effetti, considerata la logica della prassi in uso, di retribuire i consulenti esterni estero su estero, sarebbe stato incoerente far giungere gli importi di D.X._S.p.A. sui conti esteri delle citate società per poi comunque pagare tali consulenti in Italia mediante disponibilità italiane, ossia "Italia su Italia". In tali circostanze, considerate le spiegazioni illogiche ed inverosimili addotte dal ricorrente, la precedente istanza ha ritenuto superfluo approfondire la questione mediante ulteriori interrogatori ed ha per finire concluso che i citati accrediti sul conto aaa fossero di origine criminale.
Quanto ai valori patrimoniali trasferiti dalle citate società Q._, R._ e S._ al conto aaa intestato al ricorrente e a sua moglie, la precedente istanza ha accertato che a fronte delle entrate non vi erano sistematiche uscite, né sotto forma di bonifici né a contanti, che potevano indicare una correlazione con la finalità di corrispondere la rimunerazione estero su estero ai consulenti esterni. La Corte di merito ha valutato le spiegazioni addotte al riguardo dal ricorrente, secondo cui il conto serviva pure quale cassa supplementare per fare fronte al pagamento delle "micro-consulenze" di outsourcing, prestate per periodi limitati per i quali non si giustificava di intraprendere la procedura "burocratica" per concludere regolari contratti e secondo cui gli accrediti sul conto aaa avevano lo scopo di compensare l'utilizzo di disponibilità bancarie e a contanti in Italia cui il ricorrente faceva capo per pagare tali "micro-consulenze". I primi giudici hanno tuttavia ritenuto che le costanti alimentazioni del conto aaa non rientravano nell'esposta prassi di D.X._S.p.A. e che si conciliavano male con l'asserita necessità di disporre di un fondo cassa per le "micro-consulenze". Ciò in particolare, ove si consideri che il ricorrente stesso aveva dichiarato come, a fronte della costante alimentazione del conto, non vi erano corrispondenti prelievi e bonifici a copertura di tali consulenze. Quanto alla pretesa compensazione tra le disponibilità del ricorrente in Italia, con cui avrebbe onorato le "micro-consulenze" e le entrate su aaa provenienti dalle suddette società di G._, la Corte penale del TPF ha ritenuto del tutto inverosimile tale spiegazione, peraltro fornita dall'interessato soltanto in sede di dibattimento. In effetti, considerata la logica della prassi in uso, di retribuire i consulenti esterni estero su estero, sarebbe stato incoerente far giungere gli importi di D.X._S.p.A. sui conti esteri delle citate società per poi comunque pagare tali consulenti in Italia mediante disponibilità italiane, ossia "Italia su Italia". In tali circostanze, considerate le spiegazioni illogiche ed inverosimili addotte dal ricorrente, la precedente istanza ha ritenuto superfluo approfondire la questione mediante ulteriori interrogatori ed ha per finire concluso che i citati accrediti sul conto aaa fossero di origine criminale.
3.3 3.3.1 Il ricorrente rimprovera alla precedente istanza di non avere considerato che la prassi in vigore presso D.X._S.p.A. comprendeva, come effettivamente accertato, anche i pagamenti effettuati in contanti in Italia con denaro transitato dall'estero. Tenendone conto, non si vedrebbe quindi per quali ragioni sarebbe "talmente inverosimile ed illogico" che il ricorrente, oltre ad avere fatto capo ai conti svizzeri di G._, abbia anche fatto uso del proprio conto aaa per poi compensare quanto accreditatovi con proprie disponibilità in Italia. Al dire del ricorrente, l'argomentazione del TPF sarebbe in contraddizione con gli accertamenti e le considerazioni in senso opposto riguardanti i prelievi in contanti operati sui conti svizzeri di G._.
Ora, contrariamente all'opinione del ricorrente, su questo aspetto la motivazione del giudizio impugnato non è contraddittoria, poiché, per i motivi addotti in modo non arbitrario dalla precedente istanza, le due fattispecie sono diverse. In effetti, il prelievo di denaro contante dalle relazioni bancarie luganesi di G._, per essere da questi trasportato in Italia e consegnato E._, poteva sostenibilmente essere inserito nella logica dei pagamenti estero su estero e poteva quindi rientrare nelle retribuzioni dei consulenti esterni secondo la prassi in vigore presso D.X._S.p.A. Per contro, il fatto di fare giungere gli importi destinati alle retribuzioni su conti esteri (e da ultimo sul conto personale estero del ricorrente), per comunque pagare i consulenti in Italia facendo capo a valori patrimoniali depositati sempre in Italia, non si lascia oggettivamente spiegare con i motivi della citata prassi.
3.3.2 Il ricorrente rileva che i versamenti dai conti delle società di G._ sul suo conto aaa venivano disposti con regolarità praticamente mensile e sostiene che l'assenza di sistematiche uscite corrispondenti all'alimentazione del conto sarebbe del tutto logica e compatibile con le compensazioni da lui effettuate in Italia. Rileva inoltre che esisterebbero prelevamenti regolari in contanti dal conto aaa nel periodo dal 19 gennaio 2000 al 24 agosto 2000 per complessivi EUR 95'437.60. Sostiene che la precedente istanza gli avrebbe rimproverato a torto di avere sortito il sistema della compensazione soltanto al dibattimento: in realtà egli avrebbe confidato negli accertamenti che sarebbero stati eseguiti nel procedimento italiano. Adduce poi che le dichiarazioni rese da G._ sarebbero di scarso valore indiziante e che l'accertamento secondo cui egli non faceva firmare ricevute ai consulenti per gli importi versati loro sarebbe ovvio, non potendosi da lui pretendere che tenesse una contabilità dei pagamenti aziendali effettuati in nero.
Ora, con queste argomentazioni il ricorrente espone la propria opinione, diversa da quella ritenuta dalla precedente istanza, ma non sostanzia conformemente agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF l'arbitrio degli esposti accertamenti e valutazioni, che peraltro non sono fondati su deposizioni di G._ (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 49 consid. 1.4.1 e rinvii). Che di per sé anche la tesi della compensazione prospettata dal ricorrente potrebbe essere "plausibile", non basta a fare ritenere manifestamente insostenibile quella della precedente istanza. Quest'ultima ha peraltro accertato in modo conforme agli atti l'assenza di uscite corrispondenti alle entrate dal conto aaa e, d'altra parte, i prelievi addotti dal ricorrente, eseguiti nell'anno 2000, si riferiscono a un periodo precedente alle operazioni compiute mediante le società di G._ e non sono quindi determinanti. Dall'assenza di ricevute, la Corte penale del TPF non ha poi dedotto alcunché a sfavore del ricorrente, in particolare non gli ha rimproverato di non avere tenuto una contabilità dei pagamenti in nero. Né essa ha dato un peso decisivo al fatto che la versione delle compensazioni fosse stata fornita dal ricorrente solo al dibattimento, ritenuto ch'egli per finire non è stato creduto perché le sue spiegazioni relative a questa ulteriore, diversa, modalità di pagamento delle retribuzioni ai consulenti esterni non risultava basata su giustificazioni oggettive ed appariva inverosimile. D'altra parte, i testimoni di cui il ricorrente critica la mancata assunzione avrebbero in sostanza confermato di avere effettivamente svolto dei lavori per D.X._S.p.A. per i quali sarebbero stati retribuiti in contanti dal ricorrente. Ma queste circostanze non sono negate dalla Corte penale del TPF, che ha ammesso una prassi in tal senso ed ha riconosciuto come il denaro trasportato da G._ in Italia, e consegnato brevi manu a E._, potesse essere destinato al pagamento dei consulenti esterni. Tutto sommato, nelle esposte condizioni, la rinuncia ad assumere le audizioni testimoniali richieste dal ricorrente non è quindi fondata su un apprezzamento arbitrario delle prove e non viola il suo diritto di essere sentito.
4. 4.1 Il ricorrente rimprovera ai primi giudici di avere disatteso la nozione di riciclaggio ai sensi dell'art. 305bis CP, estendendola sino a comprendere la ricezione sul conto aaa degli importi provenienti delle citate società di G._. Ritiene che questi accrediti rientrerebbero invece nel reato a monte, qualificato dall'accusa prospettata nel procedimento italiano come appropriazione indebita giusta l'art. 646 del Codice penale italiano. A suo dire, questo reato si sarebbe perfezionato solo nel momento in cui gli importi sono stati versati sul conto aaa, poiché unicamente allora sarebbero entrati nella sua disponibilità ed avrebbe quindi potuto appropriarsene indebitamente. Il precedente trasferimento dei valori patrimoniali da D.X._S.p.A. alle società di G._ non realizzerebbe per contro gli estremi del reato, siccome il denaro sarebbe ancora stato a disposizione delle società per effettuare i pagamenti ai consulenti.
4.2 Il ricorrente, che non fa valere la violazione del principio "ne bis in idem" e in particolare dell'art 54 della Convenzione di applicazione dell'Accordo di Schengen del 14 giugno 1985, non dimostra con una motivazione conforme all'art. 42 cpv. 2 LTF di essere stato condannato per i medesimi fatti oggetto del procedimento penale italiano. Egli si limita infatti a richiamare l'imputazione riportata nel decreto che dispone il giudizio del Giudice italiano per le indagini preliminari, che indica tuttavia in generale, per l'insieme degli accusati in concorso tra loro, ch'essi hanno stipulato con le società Q._, R._ e S._, riferibili a G._, contratti per prestazioni in tutto o in parte inesistenti, accordandosi per la retrocessione di una percentuale variabile dal 50 % al 100 % delle somme pagate da D.X._S.p.A. ed appropriandosi così indebitamente di circa USD 1'000'000.--. Il decreto indica poi che G._ ha versato una parte dell'importo malversato sul conto aaa. Questa descrizione è assai generica e il suo semplice richiamo non permette in ogni caso di accertare in modo univoco che le operazioni di trasferimento dai conti delle società di G._ al conto aaa del ricorrente rientrerebbero nel perseguimento del reato oggetto del procedimento estero.
Sotto il profilo dell'art. 305bis CP, di cui il ricorrente lamenta la violazione, è sufficiente qui rilevare che la precedente istanza ha accertato, come visto in modo non arbitrario, che i valori patrimoniali trasferiti dai conti delle società di G._ al conto aaa, in quanto riconducibili a contratti di consulenza fittizi, erano di origine criminale. Sulla base di un'applicazione corretta del diritto federale, ha poi ritenuto che questi trasferimenti, siccome effettuati dai conti esteri delle società verso il conto svizzero del ricorrente, erano suscettibili di vanificare il ritrovamento dei valori patrimoniali e costituivano pertanto atti di riciclaggio (cfr. DTF 136 IV 188 consid. 6.1; 127 IV 20 consid. 2b/cc e 3b).
5. 5.1 Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità.
5.2 Secondo l'art. 64 cpv. 1 LTF, se una parte non dispone dei mezzi necessari e le sue conclusioni non sembrano prive di probabilità di successo, il Tribunale federale la dispensa, su domanda, dal pagamento delle spese giudiziarie e dalla prestazione di garanzie per le spese ripetibili. Sotto il profilo materiale, la concessione dell'assistenza giudiziaria presuppone in particolare la dimostrazione dell'indigenza, la quale è data quando l'istante possa versare le spese processuali e le ripetibili solamente facendo capo al minimo vitale necessario al sostentamento suo e della sua famiglia. Spetta all'istante dimostrare lo stato di bisogno ed allegare alla domanda i ragguagli sul reddito, il patrimonio, l'insieme degli oneri finanziari e i suoi bisogni attuali. Se questa incombenza non viene adempiuta, la domanda dev'essere respinta (DTF 125 IV 161 consid. 4).
L'istante ha prodotto l'estratto relativo al pagamento mensile della pensione di netti EUR 3'354.-- per sé e di EUR 983.84 per la moglie. Sostiene che questi importi servirebbero al loro sostentamento ed a quello della madre dell'istante, la quale sarebbe a suo carico. Egli dovrebbe inoltre ancora far fronte alle spese legali per i procedimenti italiani. Quanto al patrimonio, esso sarebbe costituito dall'abitazione, gravata da un sequestro cautelativo da parte del gruppo X._ e dai valori depositati presso la banca N._ ed oggetto di sequestro nell'ambito del presente procedimento penale. L'istante non ha tuttavia prodotto alcunché riguardo ai suoi oneri finanziari. La sola documentazione relativa all'ammontare delle pensioni non consente di stabilire la situazione finanziaria dell'istante e di determinare il suo fabbisogno. In tali circostanze, a prescindere da un esame delle possibilità di successo del ricorso, la domanda di assistenza giudiziaria con gratuito patrocinio deve essere respinta. Le spese giudiziarie sono pertanto poste a carico del ricorrente, in considerazione della sua soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.