Faits:
A. X._ est locataire d'un logement subventionné par l'Etat de Genève de deux pièces au troisième étage de l'immeuble sis rue de Lausanne 69, à Genève. Il l'occupe seul depuis 1996. Le 26 avril 2008, l'Office cantonal de la population du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal de la population) a informé l'Office du logement du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal du logement) de l'occupation de cet appartement par Y._. Ce dernier était annoncé comme domicilié à cette adresse depuis le 1er mai 2006. Il ressort également des registres de l'Office cantonal de la population que Y._ a quitté ces lieux en date du 1er juin 2008.
B. Le 4 juin 2008, l'Office cantonal du logement a sollicité du locataire la production des justificatifs des revenus réalisés entre 2006 et 2008 par chacune des personnes ayant occupé son appartement durant cette période. Un délai lui a été fixé à cette fin, échéant au 25 juin 2008. Le recourant n'ayant pas réagi dans ce laps de temps, l'Office cantonal du logement lui a imparti, par courrier du 2 juillet 2008, un ultime délai au 31 juillet de la même année pour transmettre les pièces requises. Cette nouvelle mise en demeure n'a entraîné aucune réaction de la part de X._. L'envoi du 2 juillet 2008 contenait au surplus de manière expresse l'information selon laquelle, à défaut de remise des pièces sollicitées, il serait tenu compte d'un revenu déterminant équivalant à douze fois le loyer annuel du logement, ce qui entraînerait une surtaxe d'office importante ainsi que, potentiellement, la résiliation du bail.
X._ n'a à nouveau pas réagi à cette mise en demeure, de sorte que l'Office cantonal du logement lui a notifié, le 14 août 2009, un avis de surtaxe calculée sur la base d'un revenu déterminant équivalent précisément à douze fois le loyer annuel de l'appartement, considéré avec effet au 1er septembre 2008. Cette surtaxe était de 15'747 fr. pour la période allant du 1er avril 2008 au 31 mars 2009, basée sur un revenu déterminant établi d'office à 89'136 fr.
C. Le 18 septembre 2008, X._ a élevé une réclamation contre la décision susmentionnée. Selon les explications fournies à cette occasion, Y._ n'avait résidé que quelques semaines chez lui. En revanche, il hébergeait depuis quelques mois un ressortissant du Bangladesh connaissant des problèmes familiaux. Il s'engageait par la même occasion à produire dans un court laps de temps les justificatifs concernant ce dernier locataire et lui-même. Il concluait à l'annulation de la surtaxe et à un réexamen de son dossier sur la base des pièces qu'il produirait avant le 30 septembre 2008.
D. Par pli du 30 septembre 2008, l'Office cantonal du logement a ordonné la comparution personnelle de X._ en ses locaux. La date a été arrêtée initialement le 18 novembre 2008 mais reportée, à la demande de l'avocat du recourant. Lors de la séance qui s'est finalement déroulée le 25 novembre 2008 en présence de Y._ et de Z._ - le ressortissant du Bangladesh - les justificatifs de revenus du dernier cité ont été produits, à l'exclusion de ceux ayant trait à X._ et Y._. Le recourant devait dès lors compléter son dossier en transmettant à l'Office cantonal du logement, avant la fin de l'année 2008, les justificatifs de l'ensemble de ses revenus depuis 2006, ceux des revenus réalisés par Y._ durant sa domiciliation officielle chez lui ainsi qu'une attestation de domicile de Z._. Un délai au 31 décembre 2008 lui a été imparti en ce sens. Le 30 décembre 2008, X._ a à nouveau requis une prolongation du délai, ce dernier étant reporté au 15 janvier 2009. Sans nouvelles du recourant à cette échéance, l'Office cantonal du logement lui a imparti un ultime délai au 20 février 2009 en vue de la remise des pièces requises. En vain.
Par décision sur réclamation du 16 mars 2009, l'Office cantonal du logement a confirmé la décision querellée et mentionné la voie de recours au Tribunal administratif.
E. Le 19 avril 2009, X._ a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision précitée. Il concluait préalablement à pouvoir compléter son recours et à l'audition de Y._ et Z._ ainsi que, principalement, à l'annulation de la surtaxe. Le 11 mai 2009, l'Office cantonal du logement s'est opposé au recours de X._, ce dernier n'ayant donné aucune suite aux multiples courriers lui demandant de fournir des documents qu'il était légalement tenu de produire. Pour cette autorité, l'absence de tels documents la contraignait à s'en tenir à sa décision dont le bien-fondé n'était au demeurant pas contesté par l'intéressé.
Le 14 mai 2009, le juge délégué du Tribunal administratif a avisé X._ que l'instruction de la cause était terminée, sous réserve d'une éventuelle requête complémentaire à présenter jusqu'au 29 mai 2009. Passé cette date, elle serait gardée à juger. A nouveau, l'intéressé n'a pas réagi au courrier.
F. Le 15 décembre 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours de X._ tout en renonçant à prélever un émolument.
G. Par écriture postée le 8 février 2010, X._ a formé un recours auprès du Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'octroi d'un délai supplémentaire échéant au 8 mars 2010 pour compléter son recours et à la dispense d'avance de frais. Au fond, il demande l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 15 décembre 2009 et au renvoi du dossier à cette juridiction afin que soit procédé à l'audition de Y._ et Z._.
Invité à se déterminer, le Tribunal administratif a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler, l'Office cantonal du logement ayant pour sa part conclut au rejet dudit recours, dans une détermination datée du 11 mars 2010.
H. Par ordonnance du 12 février 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a interprété la requête de dispense d'avance de frais du recourant comme une demande d'octroi d'assistance judiciaire et a donc renoncé à requérir le paiement d'une avance de frais. Il a également rendu attentif le recourant au fait que le délai de trente jours courant dès la notification de l'arrêt pour déposer recours devant le Tribunal fédéral n'était pas prolongeable.
Considérant en droit:
1. En droit cantonal genevois, les logements appartenant à une catégorie subventionnée par l'Etat sont destinés aux personnes dont les revenus n'excèdent pas les montants fixés dans les barèmes d'entrée, respectivement de sortie, définis par la loi générale sur le logement et la protection des locataires du 4 décembre 1977 (art. 30 al. 1 LGL; RSGE I 4 05). Le barème d'entrée s'obtient en divisant le loyer effectif du logement par le taux d'effort du locataire (art. 30 al. 2 LGL). Le taux d'effort varie en fonction du nombre d'occupants du logement (art. 30 al. 3 LGL). Le barème de sortie correspond au barème d'entrée multiplié par 1,75 (art. 30 al. 5 LGL). Dès que le revenu du locataire dépasse le barème de sortie, ce dernier est astreint au paiement d'une surtaxe et le bail peut être résilié (art. 31 al. 4 LGL).
Par revenu, il faut entendre le revenu déterminant, soit l'ensemble des ressources au sens des art. 1 ss de la loi sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur le revenu (revenu imposable) du 22 septembre 2000 (LIPP IV; RSGE D 3 14, remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSGE D 3 08]) - du titulaire du bail, additionnées à celles des autres personnes occupant le logement, dont à déduire une somme de 10'000 fr. pour la première personne, 7'500 fr. pour la deuxième et 5'000 fr. par personne dès la troisième (art. 31C al. 1 let. a LGL). Sont considérées comme personnes occupant le logement les personnes ayant un domicile légal déclaré à l'Office cantonal de la population, identique à celui du titulaire du bail.
2. Il appartient au locataire de justifier, à première réquisition, qu'il remplit les conditions lui permettant d'occuper un logement subventionné (art. 10 al. 1 du règlement d'exécution de la loi générale sur le logement et la protection des locataires du 24 août 1992 [RGL; RSGE I 4 05.01]). Lorsqu'il refuse ou omet de justifier qu'il remplit l'une ou l'autre condition, celle-ci est réputée n'être pas respectée et le bail peut être résilié (art. 10 al. 3 RGL). En l'absence de justificatifs du revenu, il est tenu compte d'un revenu déterminant équivalent à douze fois le loyer annuel du logement et le bail peut être résilié (art. 10 al. 5 RGL).
3. 3.1 Le recourant se plaint en l'espèce exclusivement d'une violation du droit d'être entendu. Comme il n'invoque aucune norme de droit cantonal, son grief doit être analysé au regard des garanties offertes par l'art. 29 al. 2 Cst.
3.2 Dès lors qu'il doit appliquer le droit fédéral, le Tribunal fédéral l'applique d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'examine toutefois la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF). De ce point de vue, on peut très largement douter de la recevabilité du recours rédigé de manière essentiellement appellatoire.
3.3 Le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 126 I 15 consid. 2a et les arrêts cités). Le juge peut cependant refuser une mesure probatoire parce qu'il considère qu'elle est inapte à apporter la preuve ou lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 427 consid. 2.1 p. 428).
3.4 Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir violé son droit d'être entendu en refusant d'ordonner la comparution de Y._ et Z._. Ce faisant, il perd de vue qu'une telle mesure d'instruction n'aurait en rien changé le résultat de l'instance: en effet, il lui incombait également de produire les documents le concernant lui-même dans la mesure où cette information était essentielle pour établir ses propres revenus. Or, de toute évidence, l'audition des deux témoins sollicités par le recourant n'aurait en aucune manière permis d'établir le revenu du recourant. Ainsi, dans la mesure où l'intégralité des informations ne pouvait être transmise à l'autorité cantonale par le biais de l'audition des témoins en question, le Tribunal administratif pouvait par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire renoncer à leur audition.
3.5 On relèvera enfin, par surabondance, que le recourant n'a même pas fait usage de la faculté qui lui a été offerte par le Tribunal administratif, par ordonnance du 14 mai 2009, d'articuler des requêtes complémentaires notamment s'agissant de moyens de preuve à administrer. Le recourant n'ayant donné aucune suite à la possibilité ainsi offerte, il est pour le moins malvenu de se plaindre ultérieurement devant le Tribunal fédéral d'une violation de son droit d'être entendu, le grief soulevé à ce propos confinant dès lors à la témérité.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Les conclusions du recourant étant manifestement vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire doit aussi être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Office du logement et au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section.
Lausanne, le 9 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey