Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 2. Juli 2003 lehnte die IV-Stelle Bern das Gesuch der 1963 geborenen B._ um Zusprechung einer Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 35 % ab. Sie ging davon aus, dass die Versicherte ohne Invalidität zu 60 % erwerbstätig wäre und zu 40 % im Haushalt arbeiten würde. Diese Verfügung blieb unangefochten. Am 4. Dezember 2006 meldete sich B._ unter Hinweis auf eine erhebliche Verschlechterung des Gesundheitszustandes erneut bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle holte einen Bericht des Regionalen Ärztlichen Dienstes vom 26. Februar 2007 ein und führte eine Abklärung im Haushalt durch (Bericht vom 16. Juli 2007). B._ reichte ein neurologisches Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 8. April 2008 ein. Die IV-Stelle ermittelte bei Anteilen von 60 % Erwerbstätigkeit und 40 % Haushaltsarbeiten einen Invaliditätsgrad von 25 %. Dementsprechend lehnte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Verfügung vom 16. September 2008 wiederum ab.
B. In teilweiser Gutheissung der von B._ hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die angefochtene Verfügung vom 16. September 2008 auf und sprach der Versicherten rückwirkend ab 1. Dezember 2005 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 43 % eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 2. Juli 2009).
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verwaltungsverfügung sei ihr rückwirkend ab 1. Dezember 2005 mindestens eine halbe Invalidenrente zuzusprechen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die auf einer Würdigung konkreter Umstände gestützte Feststellung des hypothetischen Umfanges einer Erwerbstätigkeit ist eine Tatfrage, welche für das Bundesgericht verbindlich ist, ausser wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs 1 und 2 BGG). Eine Rechtsfrage liegt hingegen vor, wenn die Vorinstanz ihre Folgerungen ausschliesslich auf die allgemeine Lebenserfahrung stützt (BGE 133 V 504 E. 3.2 S. 507).
2. Die Vorinstanz hat die massgeblichen Bestimmungen und Grundsätze über die Invaliditätsbemessung nach der gemischten Methode sowie die bei der Prüfung einer Neuanmeldung zu vergleichenden Sachverhalte richtig wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin anstelle der Viertelsrente ab 1. Dezember 2005 mindestens eine halbe Invalidenrente beanspruchen kann, weil im Zeitraum zwischen 2. Juli 2003 (erste rechtskräftige Ablehnungsverfügung) und 16. September 2008 (Ablehnung des Rentenanspruchs nach der Neuanmeldung) eine erhebliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen eingetreten ist, welche eine Rentenerhöhung in diesem Ausmass zu rechtfertigen vermöchte.
3.1 Die Vorinstanz gelangte zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin seit Mai 2005 ohne Gesundheitsschaden im Umfang von 80 % erwerbstätig wäre und auf die Arbeit im Haushalt 20 % eines vollen Pensums entfallen würden. Unter Annahme einer Arbeitsunfähigkeit von 50 % ermittelte sie aufgrund eines Einkommensvergleichs im erwerblichen Bereich eine Einschränkung von gewichtet 36,7 % (45,9 % x 80 %); bei der Besorgung des Haushaltes ergebe sich gemäss Abklärungsbericht eine Behinderung von gewichtet 6,6 % (33 % x 20 %). Gesamthaft betrage der Invaliditätsgrad somit 43 %, weshalb der Anspruch auf eine Viertelsrente ausgewiesen sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin geht in Übereinstimmung mit dem kantonalen Gericht ebenfalls von einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit von 50 % aus. Sie macht jedoch geltend, sie wäre ohne Invalidität nicht bloss zu 80 %, sondern in einem vollen Pensum erwerbstätig. Nach der Pensionierung ihres 1938 geborenen Ehemannes Ende April 2005 wäre sie aus finanziellen Gründen gezwungen gewesen, ganztags zu arbeiten, um den Einkommensausfall wenigstens teilweise wettzumachen.
4. 4.1 Im Rahmen der gemischten Methode der Invaliditätsbemessung ist entscheidend, in welchem Ausmass die versicherte Person hypothetisch, das heisst ohne Gesundheitsschaden, aber bei sonst gleichen Verhältnissen, erwerbstätig wäre (BGE 133 V 504 E. 3.3. S. 507 mit Hinweisen).
4.2 Das Verwaltungsgericht hat aufgrund eines Vergleichs der beiden Haushaltsabklärungsberichte eine wesentliche Änderung in der finanziellen Situation der Versicherten festgestellt, für den Fall, dass keine Invalidität vorläge, indessen lediglich eine Steigerung des Arbeitspensums von 60 % auf 80 % einer Vollzeitbeschäftigung als wahrscheinlich erachtet. Die Annahme einer Vollzeitstelle hielt es nicht für hinreichend erstellt, weil eine solche Absicht der Versicherten einzig aus dem Abklärungsbericht Haushalt vom 16. Juli 2007 ersichtlich sei.
4.3 Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was diese Auffassung und die vom Verwaltungsgericht festgestellten und als massgebend erachteten Einkünfte ihres Ehegatten als offensichtlich unrichtig oder auf einer Verletzung von Bundesrecht basierend erscheinen lassen könnte (vgl. E. 1 hievor). Nach den Feststellungen der Vorinstanz erzielte der Ehemann zuletzt (bis Ende April 2005) Fr. 9'000.- im Monat, nach der Pensionierung noch Fr. 7'315.-. Das kann nicht als derart geringes Einkommen betrachtet werden, dass eine Erhöhung des Beschäftigungsgrades auf 100 % als zwingend erschiene. Es ist daher von einer Teilzeittätigkeit der Versicherten im Gesundheitsfall von 80 % auszugehen. Die letztinstanzlich neu eingereichten Belege, worunter insbesondere die Lohnabrechnung der G._ AG für den Monat April 2005, bei welcher der Ehemann der Versicherten bis zur Pensionierung angestellt war, sind aufgrund von Art. 99 Abs. 1 BGG nicht in die Beurteilung einzubeziehen. Das Thema der Erwerbstätigkeit war bereits im vorinstanzlichen Verfahren einer der Hauptpunkte, und die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin hätte Möglichkeit und Anlass gehabt, die vor Bundesgericht eingereichten Unterlagen bereits im kantonalen Verfahren aufzulegen. Es kann damit nicht gesagt werden, dass erst der Entscheid der Vorinstanz Anlass dazu gegeben hat, die neuen Beweismittel einzureichen, was indessen nach Art. 99 Abs. 1 BGG für die Zulässigkeit von Noven vorausgesetzt ist.
Die Invaliditätsbemessung anhand der gemischten Methode mit Anteilen von 80 % Erwerbstätigkeit und 20 % Haushaltsarbeit ergibt nach den Berechnungen des kantonalen Gerichts (E. 3.1 hievor) einen Invaliditätsgrad von gesamthaft 43 %, was den Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung begründet. Die geltend gemachte Erhöhung des leidensbedingten Abzuges vom Invalideneinkommen ist im letztinstanzlichen Verfahren nicht zu prüfen, da von einer rechtsfehlerhaften Ermessensausübung des kantonalen Gerichts nicht die Rede sein kann (vgl. BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399).
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse der Migros-Betriebe und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer