Faits:
A. A.a Par décision du 30 mai 2002, l'office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI) a mis A._, née en 1953, au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité ainsi qu'une rente complémentaire pour conjoint à partir du 1er janvier 1997. Cette décision se fondait sur un rapport d'expertise du Centre médical d'observation de l'assurance-invalidité (COMAI) de Lausanne établi le 26 décembre 2001. Dans ce rapport, les experts ont posé comme diagnostic ayant une influence sur la capacité de travail, un trouble somatoforme douloureux persistant sous forme de fibromyalgie, de syndrome cervico-brachial chronique et de syndrome lombo-vertébral non radiculaire chronique, un trouble de la personnalité dépendante et un trouble dépressif récurrent, épisode actuel moyen. D'un point de vue rhumatologique, la capacité de travail de l'assurée était évaluée à 80 % dans son activité antérieure comme employée d'atelier et à 100 % dans une activité adaptée, tenant compte de ses diverses limitations fonctionnelles. Sur le plan psychiatrique, l'incapacité de travail retenue était estimée à 70 %. Dans leur conclusion de synthèse, les experts du COMAI avaient conclu à une capacité résiduelle de travail de 50 % dans une activité adaptée.
A.b Par courriers des 4 et 6 juin 2002, l'assurée a recouru contre cette décision, contestant le degré d'invalidité retenu et réclamant une rente complémentaire pour enfant. Le 2 mars 2003, elle a sollicité auprès de l'OCAI la reconsidération de sa décision du 30 mai 2002 en raison d'une aggravation de son incapacité de travail ainsi que de la découverte d'une intolérance à la morphine utilisée lors d'une intervention chirurgicale en 1996. Plusieurs rapports médicaux étayant les dires de l'assurée ont été produits.
Statuant le 15 avril 2004 sur le recours formé par l'assurée contre la décision du 30 mai 2002, le Tribunal cantonal des assurances sociales l'a partiellement admis. Il a constaté le droit de l'assurée à une rente complémentaire pour enfant du 1er janvier 1997 au 31 août 1998 et invité l'OCAI à rendre une décision dans ce sens (ch. 1 du dispositif). Il a confirmé la décision attaquée en ce sens qu'elle accordait à l'assurée une demi-rente ainsi qu'une rente complémentaire pour conjoint dès le 1er janvier 1997 (ch. 2 du dispositif) et renvoyé la cause à l'OCAI pour ouvrir une procédure de révision (ch. 3 du dispositif).
A.c Se conformant à l'injonction du tribunal cantonal, l'OCAI a procédé à l'instruction de la demande de révision du droit à la rente de l'assurée. Il a ainsi diligenté la mise en oeuvre d'un examen psychiatrique auprès de son Service médical régional (SMR). Dans son rapport du 13 juin 2005, la doctoresse V._ (psychiatre FMH) a conclu que l'appréciation psychiatrique du moment ne mettait en évidence aucune atteinte à la santé pouvant porter préjudice à la capacité de travail de l'assurée.
Dans un avis médical du 26 juillet 2005, le SMR a constaté que le trouble dépressif posé par le COMAI en 2001 avait disparu et que le trouble de la personnalité dépendante (également retenu par le COMAI) n'était plus décompensé. L'état de santé de l'assurée s'était donc amélioré sur le plan psychique et ce, depuis le mois de juin 2004, époque à laquelle cette dernière avait cessé d'être prise en charge par un psychiatre. Le SMR faisait état d'une capacité de travail de 80 % dans l'activité habituelle et de 100 % dans une activité adaptée.
Par décision du 17 août 2005, confirmée sur opposition le 17 novembre suivant, l'OCAI a ainsi supprimé le droit à la rente de l'assurée.
B. A._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances en concluant à son annulation et à l'octroi d'une rente entière d'invalidité.
B.a Par ordonnance du 9 mai 2006, la juridiction cantonale a confié la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique sur la personne de l'assurée au docteur Z._. Dans son rapport d'expertise du 10 octobre 2006, celui-ci a posé le diagnostic de syndrome douloureux somatoforme persistant. Il expliquait que par ses caractéristiques (fluctuations de l'humeur, prédominance des manifestations subjectives sur les signes objectifs), le syndrome dépressif actuel semblait correspondre au diagnostic de dysthymie plutôt qu'à celui d'épisode dépressif. Le fait que le syndrome dépressif était modéré en l'absence de traitement antidépresseur valable parlait contre la présence d'un trouble dépressif durable et sévère. Néanmoins, comme la survenue d'épisodes dépressifs était documentée dans le passé (notamment par les médecins du COMAI), il paraissait logique de retenir le diagnostic de trouble dépressif récurrent actuellement en rémission. Selon l'expert, la dysthymie était un état sub-dépressif chronique d'intensité habituellement insuffisante pour occasionner une incapacité de travail durable. Elle pouvait cependant justifier une incapacité de travail temporaire lorsqu'elle était cumulée à d'autres facteurs (épisode dépressif, problèmes psycho-sociaux ou physiques importants). Or, l'assurée ne se trouvait pas dans une telle situation. Quant au trouble dépressif récurrent, il ne pouvait être considéré comme sévère en l'absence d'épisodes répétés sévères justifiant par exemple des traitements intensifs en milieu hospitalier ou semi-hospitalier. Cette affection pouvait être invalidante si des épisodes sévères se répétaient sans permettre au patient de se réinsérer durablement dans la vie active entre les épisodes. Il ne semblait toutefois pas que ce fussent de tels épisodes qui avaient empêché le retour de l'assurée au travail mais bien les douleurs somatoformes.
B.b Par jugement du 17 janvier 2007, le Tribunal cantonal des assurances de Genève a admis le recours interjeté par A._, en ce sens qu'il a annulé la décision sur opposition de l'OCAI du 17 novembre 2005.
C. L'OCAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à la confirmation de la décision sur opposition du 17 novembre 2005.
A._ conclut au maintien du jugement entrepris, sous suite de dépens, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) et n'est donc pas limité par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux allégués et le rejeter en adoptant une autre argumentation que celle de l'autorité précédente (ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140). Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Eu égard à l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, il n'examine que les griefs invoqués, pour autant que les vices ne soient pas évidents. Il n'est pas tenu de traiter toutes les questions juridiques qui se posent, comme le ferait une autorité de première instance, lorsque celles-ci ne sont pas ou plus abordées devant lui.
1.2 Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Le litige porte sur la modification éventuelle, par la voie de la révision, du droit de la recourante à une demi-rente d'invalidité, singulièrement sur l'existence d'une amélioration de son état de santé depuis la décision initiale de rente, confirmée sur opposition le 17 novembre 2005. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les règles légales et les principes jurisprudentiels relatifs à la révision. Il suffit d'y renvoyer.
3. Se fondant sur l'expertise du docteur Z._, les premiers juges ont constaté que l'état de santé de la recourante n'avait pas subi de modification, ni dans le sens d'une amélioration, ni dans celui d'une aggravation depuis l'expertise du COMAI en 2001.
L'office recourant fait valoir quant à lui que l'état de santé de l'assurée s'est amélioré depuis l'octroi d'une demi-rente en 2002. Cela ressortirait non seulement des conclusions du SMR, lequel n'a retenu aucune pathologie psychiatrique invalidante, mais également de celles de l'expert judiciaire. En effet, ce dernier avait clairement mis en évidence le fait qu'il ne voyait pas de caractère durablement incapacitant au trouble dépressif que présentait l'assurée.
4. A la question de savoir si l'état de santé psychique de l'assurée s'était amélioré entre octobre 2001 (date de l'examen COMAI) et juin 2005 (date de l'examen du SMR), le docteur Z._ a répondu en page 14 de son rapport d'expertise que selon lui, l'état actuel était présent depuis plusieurs années, en tous les cas depuis l'expertise COMAI de 2001. Il indiquait que depuis lors, la documentation médicale au dossier mentionnait toujours la présence de plaintes douloureuses diffuses associées à un syndrome dépressif d'intensité variable selon les circonstances et selon les examinateurs. Il était probable qu'à certaines périodes, le syndrome dépressif ait dépassé le stade de la dysthymie pour atteindre celui de l'épisode dépressif. L'expert ajoutait que le tableau clinique semblait "à peu près stationnaire depuis l'expertise de 2001 en tout cas" et qu'il n'était "pas fondamentalement différent de ce qu'il était à l'époque". Aussi, en considérant que le trouble dépressif de l'assurée n'avait aucune influence sur sa capacité de travail, l'expert judiciaire n'a pas fait état d'une modification de l'état de santé de la recourante, mais a remis en cause l'appréciation précédente - et fondée sur un même état de fait - des experts du COMAI.
Au vu de ce qui précède, on ne saurait conclure que l'appréciation des premiers juges, selon laquelle l'état de santé de l'intimée n'a pas subi une modification notable entre le 30 mai 2002 et le 17 novembre 2005, est insoutenable. Par conséquent, la juridiction cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que les conditions d'une révision au sens de l'art. 17 LPGA n'étaient pas réalisées en l'espèce. Mal fondé, le recours doit être rejeté.
5. La procédure est onéreuse (art. 62 LTF). L'office recourant, qui succombe, doit supporter les frais de justice (art. 66 al. 1, première phrase LTF). Représentée par un avocat, l'intimée qui obtient gain de cause peut prétendre des dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimée le montant de 500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à la Caisse cantonale genevoise de compensation et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 8 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz