Faits:
A. Par ordonnance du 12 février 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a prononcé la transmission, au Juge d'instruction du Tribunal d'Anvers (Belgique), des documents d'ouverture d'un compte détenu par la société B._ auprès de la banque X._. Cette transmission intervient en exécution d'une demande d'entraide judiciaire dans le cadre d'une procédure pénale relative à un trafic de diamants.
B. Par arrêt du 3 décembre 2009, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a déclaré irrecevable le recours formé par B._ et son ayant droit A._. La société avait été dissoute le 6 janvier 2009 et ne pouvait agir. A._ n'avait pas démontré qu'il était le bénéficiaire des fonds à la liquidation de la société.
C. A._ forme un recours en matière de droit public et demande l'effet suspensif. Il conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure si le Tribunal fédéral ne statue pas lui-même sur le fond.
Il n'a pas été demandé de réponse.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 109 al. 1 LTF, la cour siège à trois juges lorsqu'elle refuse d'entrer en matière sur un recours soumis à l'exigence de l'art. 84 LTF.
1.1 Selon cette disposition, le recours est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale, notamment si celui-ci a pour objet la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit toutefois s'agir d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'art. 42 al. 2 LTF, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces conditions sont réunies.
1.2 En l'occurrence, la décision de clôture porte bien sur la transmission de documents concernant le domaine secret. Toutefois, en dépit des explications du recourant, le cas ne revêt aucune importance particulière au regard de l'art. 84 LTF, dont il convient de rappeler que le but est de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans le domaine de l'entraide judiciaire, en ne permettant de recourir que dans un nombre limité de cas jugés particulièrement importants (ATF 133 IV 125, 129, 131, 132).
La demande d'entraide s'inscrit dans le cadre d'une procédure pénale ordinaire qui n'a aucun caractère politique. Le recourant soutient que la demande d'entraide violerait le principe de la double incrimination et ne serait pas suffisamment précise. Il s'agit là d'irrégularités relatives à la procédure d'entraide, et non d'une violation des principes fondamentaux ou d'autres vices graves affectant la procédure pénale étrangère, au sens de l'art. 84 al. 2 LTF. Le recourant ne prétend pas, à juste titre, que l'affaire porterait sur une question de principe, ou que la Cour des plaintes se serait écartée de la jurisprudence, en particulier s'agissant du droit de recours du bénéficiaire en cas de liquidation de la société titulaire des avoirs bancaires (cf. ATF 123 II 153 consid. 2c p. 157/158; arrêt 1A.216/2001 du 21 mars 2002).
2. Faute de concerner un cas particulièrement important ou de soulever une question juridique de principe, le recours est irrecevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Juge d'instruction du canton de Genève, au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes, et à l'Office fédéral de la justice, Unité Entraide judiciaire.
Lausanne, le 24 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz