Erwägungen:
1. Swissmedic, Schweizerisches Heilmittelinstitut, lehnte mit Verfügung vom 29. Mai 2008 das Gesuch der X._ AG um Zulassung des Arzneimittels Rota Teq ab. Dagegen wurde Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht erhoben. Die X._ AG ersuchte im dortigen Verfahren um vollständige Akteneinsicht, welchem Anliegen sich Swissmedic widersetzte. Mit Verfügung vom 18. November 2008 hiess das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch um Gewährung der Akteneinsicht teilweise gut; es beschränkte die Einsichtnahme in die Vorakten im Sinne der Erwägungen. Nicht gewährt wurde die Einsichtnahme in den Grossteil der Unterlagen des Medicines Expert Committees, in interne Evaluationen und Literaturrecherchen, in handschriftliche Bemerkungen von Swissmedic-Mitarbeitern, in Unterlagen mit Hinweisen auf andere Zulassungsverfahren und Geschäftsgeheimnisse Dritter sowie auf Honorarforderungen des beigezogenen externen Gutachters.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Januar 2009 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, die Verfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 18. November 2008 sei aufzuheben und es sei ihr Akteneinsicht in sämtliche Verfahrensakten betreffend die beim Bundesverwaltungsgericht hängige Beschwerdesache zu gewähren.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Bei der Verfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 18. November 2008 handelt es sich um eine Zwischenverfügung, die beim Bundesgericht nur unter beschränkten Voraussetzungen angefochten werden kann. Da sie ihrem Gegenstand nach nicht unter Art. 92 BGG fällt, ist die Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn die Verfügung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Dass die Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht erfüllt ist, bedarf keiner weiteren Erläuterung.
2.2 Der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG muss rechtlicher Natur sein; erforderlich ist ein Nachteil, der auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen späteren Endentscheid nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden könnte. Dabei ist nicht erforderlich, dass der Nachteil schon im vorinstanzlichen Verfahren durch einen günstigen Endentscheid beseitigt wird; es genügt, wenn dies im anschliessenden bundesgerichtlichen Verfahren möglich ist. Ein rein tatsächlicher Nachteil wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt nicht (BGE 134 III 188 E. 2; 133 IV 139 E. 4 S. 141, je mit Hinweisen).
Eine Zwischenverfügung über die Ausgestaltung der Akteneinsicht hat möglicherweise dann irreparable Auswirkungen, wenn nach Auffassung einer Partei Dritten zu weitgehend Einblick in Unterlagen gewährt wird; die (allenfalls zu Unrecht) bereits gewährte, zu umfassende Akteneinsicht kann nämlich später, nach Vorliegen eines Endentscheids, nicht mehr rückgängig gemacht werden (vgl. Urteil 2A.651/2005 vom 21. November 2006 E. 1.1). Umgekehrt kann die Beschränkung des Akteneinsichtsrechts, gleich wie die Ablehnung eines Beweisantrags oder jede andere Verweigerung des rechtlichen Gehörs, auch noch bei der Anfechtung des Endentscheids voll wirksam gerügt werden; eine die Akteneinsicht (voll oder teilweise) verweigernde Zwischenverfügung hat, vorbehältlich besonderer Umstände, regelmässig keine irreparablen Auswirkungen (vgl. Urteil 2C_599-603/2007 vom 5. Dezember 2007 E. 2.2). Die Beschwerdeführerin vermag keine solchen Umstände aufzuzeigen; die Hinweise auf die angeblich eingeschränkte Kognition des Bundesgerichts und auf Art. 102 BGG sind unbehelflich: Sollte in einer allfälligen Beschwerde gegen den Endentscheid eine Verletzung des rechtlichen Gehörs gerügt werden, prüfte das Bundesgericht diese Rüge frei; bei Begründetheit der Rüge würde es die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückweisen; eine Heilung der Gehörsverletzung durch das Bundesgericht selber erfolgte nur unter restriktiven Bedingungen (vgl. BGE 127 V 431 E. 3d/aa S. 437 f.; 126 I 68 E. 2 S. 72, je mit Hinweisen).
2.3 Mangels nicht wieder gutzumachenden Nachteils erweist sich die Beschwerde als im Sinne von Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG offensichtlich unzulässig, und es ist darauf im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, Swissmedic und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Feller