Sachverhalt:
A. Der 1987 geborene B._ war als Lehrling der Firma H._ AG, Bauunternehmung, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 27. März 2005 von einem wegfahrenden Auto angefahren wurde und dabei ein Schädelhirntrauma erlitt. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen und nahm verschiedene Eingliederungsversuche vor. Im Zentrum X._ beabsichtigte sie ein interdisziplinäres medizinisches Gutachten durchführen zu lassen. B._ verweigerte jedoch diese Begutachtung.
B. Nachdem die SUVA eine verlangte Verfügung über die Anordnung der Begutachtung nicht erlassen hatte, reichte B._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Rechtsverweigerungsbeschwerde ein. Im Entscheid vom 20. Dezember 2010 wies das Gericht diese Beschwerde ab.
Mit Verfügung vom 21. Januar 2011 sprach die SUVA B._ eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 25 % zu.
C. Mit Beschwerde lässt B._ die Aufhebung der Ziffer 1 und 2 des vorinstanzlichen Entscheides und die Verpflichtung der SUVA zum Erlass einer Verfügung beantragen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die SUVA beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventuell sei sie abzuweisen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 14. April 2011 lässt B._ eine weitere Stellungnahme einreichen.
Erwägungen:
1. Zur Beschwerde wegen einer angeblichen Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung ist nur legitimiert, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat (Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG). Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Zeitpunkt der Urteilsfällung aktuell und praktisch sein. Fällt das schutzwürdige Interesse im Laufe des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten. Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (SVR 2010 UV Nr. 16 S. 61, 8C_622/2009 E. 1.1).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt im Wesentlichen, er sei bereits im Jugendwerk Y._ hinreichend abgeklärt worden. Für die von der Beschwerdegegnerin beabsichtigte Begutachtung beim Zentrum X._ habe daher keine medizinische Notwendigkeit bestanden. Eine solche wäre als "second opinion" unzulässig. Zudem befinde sich das Zentrum X._ in wirtschaftlicher Abhängigkeit zur Beschwerdegegnerin, weshalb der Inhalt des Gutachtens vorbestimmt sei. Wenn unter diesen Umständen keine Verfügung über die Begutachtung beim Zentrum X._ erlassen werde, liege eine Rechtsverweigerung vor. Der Rechtsweg müsse garantiert werden.
2.2 Nach der Praxis des Bundesgerichts stellt die Anordnung einer Begutachtung keine anfechtbare Zwischenverfügung dar (BGE 132 V 93 E. 5 S. 10 ff.; 136 V 156 E. 3 S. 157 f.). In BGE 136 V 156 E. 4 S. 160 wurde klargestellt, daran ändere sich auch im Lichte des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Art. 25a VwVG (SR 172.021) nichts. Auch diese Bestimmung setze ein schutzwürdiges Interesse am Erlass einer Verfügung voraus, was zu verneinen sei, wenn der Realakt später anfechtbar sei.
2.3 Die Beschwerdegegnerin informierte den Beschwerdeführer mit Schreiben vom 30. Juli 2010, dass sie eine interdisziplinäre Begutachtung beim Zentrum X._ beabsichtige. Dem Beschwerdeführer blieb es unbenommen, sich dieser angeordneten Begutachtung zu verweigern, was er auch tat. Dies kann nur zur Folge haben, dass der Versicherer dieses Verhalten als Verletzung der Mitwirkungspflicht qualifiziert mit den Folgen gemäss Art. 43 Abs. 3 ATSG. Gegen die hierauf folgende Verfügung kann die versicherte Person Rechtsmittel ergreifen und darin geltend machen, die Rechtsfolgen von Art. 43 Abs. 3 ATSG dürften nicht eintreten, weil die angeordnete Beweismassnahme ungerechtfertigt gewesen sei (vgl. Urteil 9C_548/2010 vom 10. August 2010 E. 3.3). Die Nichtzulassung einer selbstständigen Anfechtung der Beweisanordnung hinderte den Beschwerdeführer somit nicht daran, mit dem Erlass der abschliessenden Verfügung vom 21. Januar 2011, in der ihm eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 25 % zugesprochen wurde, die Rechtmässigkeit der Beweismassnahme gerichtlich überprüfen zu lassen. Der Rechtsweg ist sichergestellt.
Mit dem Erlass der Verfügung vom 21. Januar 2011 und der Möglichkeit mittels Rechtsmittel auch die Rechtmässigkeit der angeordneten Begutachtung beim Zentrum X._ überprüfen zu lassen, war ein aktuelles und praktisches Interesse an der vorliegenden Rechtsverweigerungsbeschwerde im Zeitpunkt der Beschwerdeerhebung vor Bundesgericht bereits dahingefallen (BGE 125 V 373 E. 1 S. 374; SVR 1998 UV Nr. 11 S. 32; BERNHARD WALDMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 17 zu Art. 89 BGG). Auf die Beschwerde vom 1. Februar 2011 ist damit wegen der fehlenden Prozessvoraussetzung eines schutzwürdigen Interesses nicht einzutreten (Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG).
2.4 Im Übrigen hätte die Rechtsverweigerungsbeschwerde, auch bei einer materiellen Beurteilung, keine Aussicht auf Erfolg gehabt. Wie bereits in BGE 132 V 93 festgehalten und vorliegend dargelegt wurde, ist eine Begutachtung nicht in Form einer anfechtbaren Verfügung anzuordnen. Diese Rechtsprechung wurde erst kürzlich in BGE 136 V 156 erneut bestätigt. Es kann auf die dort gemachten Ausführungen verwiesen werden.
3. Als unbegründet erweist sich auch der Antrag des Beschwerdeführers, es sei Ziffer 2 des vorinstanzlichen Entscheides aufzuheben und die Parteientschädigung der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Einerseits hat dem Ausgang des Verfahrens vor dem kantonalen Gericht entsprechend und nach der von diesem richtig beurteilten Rechtslage (vgl. E. 2.4 hievor) der Beschwerdeführer seine Parteikosten im kantonalen Verfahren selber zu tragen (Art. 61 lit. g ATSG), andererseits fehlt es in seinen Eingaben an einer Begründung, weshalb die ihm von der Vorinstanz wegen mutwilliger Prozessführung auferlegte Gerichtskostenpauschale von Fr. 500.- gegen Bundesrecht (Art. 61 lit. a ATSG) verstossen sollte. Seine Beschwerde setzt sich in diesem Punkt nicht in einer den gesetzlichen Anforderungen an die Begründungspflicht genügenden Weise (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) mit dem vorinstanzlichen Entscheid auseinander.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Mai 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner