Sachverhalt:
A. A.a S._, geboren 1947, kündigte seine Stelle bei der Stadtverwaltung X._ mit Schreiben vom 9. November 2000 aus gesundheitlichen Gründen per Ende Oktober 2001 (Ende der 12-monatigen Lohnfortzahlung) und meldete sich am 12. Juli 2001 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 13. August 2002 sprach ihm die IV-Stelle Bern rückwirkend ab 1. Juli 2000 eine halbe und ab 1. Februar 2001 eine ganze Invalidenrente zu.
A.b Auf die dagegen erhobene Beschwerde mit dem sinngemässen Antrag, der Rentenbeginn sei auf den 1. November 2001 festzusetzen (da er zufolge Primatswechsel per 1. Januar 2001 bei seiner beruflichen Vorsorge bei früherem Rentenbeginn finanziell schlechter gestellt werde), trat das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mangels eines schutzwürdigen Interesses nicht ein. Das in der Folge angerufene Eidgenössische Versicherungsgericht hob diesen Prozessentscheid vom 12. Februar 2003 auf und wies die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil vom 7. September 2004, I 215/03).
A.c Mit Entscheid vom 22. Dezember 2004 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde ab. Die von S._ erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 15. Juni 2005 in dem Sinne gut, dass der angefochtene Entscheid und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 13. August 2002 aufgehoben wurden. Die Sache wurde zu weiteren Abklärungen und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen (I 87/05).
A.d Die IV-Stelle Bern holte daraufhin Berichte des Dr. med. B._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 29. November 2005, des Dr. med. C._, Innere Medizin FMH, vom 17. Dezember 2005 sowie ein Aktengutachten des Prof. Dr. med. F._, Poliklinik für Infektiologie, vom 9. Mai 2006 ein und liess im Vorbescheidverfahren Dr. med. R._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst dazu Stellung nehmen (Bericht vom 3. November 2006). Mit Verfügung vom 5. Dezember 2006 sprach sie S._ ab dem 1. Dezember 2000 eine Viertelsrente, ab dem 1. Februar 2001 eine halbe und ab dem 1. März 2001 eine ganze Rente zu.
B. Mit Beschwerde beantragte der Versicherte die Durchführung weiterer Abklärungen, eventualiter die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab frühestens 1. Juni 2002. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern bestätigte die von der IV-Stelle verfügte Zusprechung einer Viertelsrente ab 1. Dezember 2000, befristete sie auf drei Monate und berücksichtigte eine zwischenzeitlich eingetretene Verschlechterung der Erwerbsunfähigkeit (gemäss Art. 88a Abs. 2 IVV) ab dem 1. März 2001, auf welchen Zeitpunkt hin es dem Versicherten eine ganze Rente zusprach (Entscheid vom 18. Februar 2008).
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm frühestens ab dem 1. November 2001 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache an die Verwaltung zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten die als Mitinteressierte beigeladene Pensionskasse der Stadt X._ (unter Verweis auf frühere Stellungnahmen) und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann daher gemäss Art. 95 und 96 BGG nur wegen Rechtsverletzung erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Zu den in Art. 95 BGG erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften zählt der Untersuchungsgrundsatz. Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteile I 828/06 vom 5. September 2007, E. 3.2.3, 8C_364/2007 vom 19. November 2007, E. 3.3).
2. Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK, weil die Vorinstanz keine mündliche Verhandlung durchgeführt habe.
Das Verfahren der öffentlich-rechtlichen Beschwerde ist grundsätzlich schriftlich (Art. 102 BGG). Für den Prozess vor dem kantonalen Versicherungsgericht bestimmt Art. 61 lit. a ATSG, dass das Verfahren in der Regel öffentlich ist. Es wird damit der von Art. 6 Ziff. 1 EMRK geforderten Öffentlichkeit des Verfahrens Rechnung getragen (UELI KIESER, ATSG-Kommentar, Kommentar zum Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts vom 6. Oktober 2000, Zürich 2003, N 26 zu Art. 61), welche im erstinstanzlichen Rechtsmittelverfahren zu gewährleisten ist (BGE 122 V 47 E. 3 S. 54 mit Hinweisen; in BGE 131 V 286 nicht publizierte E. 1.2 des Urteils N. vom 24. August 2005, C 13/05). Nach der Rechtsprechung liegt indessen bloss ein Beweisantrag vor, auf Grund dessen noch nicht auf den Wunsch einer konventionskonformen Verhandlung mit Publikums- und Presseanwesenheit zu schliessen ist, wenn eine Partei beispielsweise lediglich eine persönliche Anhörung oder Befragung, ein Parteiverhör, eine Zeugeneinvernahme oder einen Augenschein verlangt (BGE 125 V 37 E. 2 S. 38, 122 V 47 E. 3a S. 55).
Ein solcher Fall liegt hier vor. Mit der Beschwerde an die Vorinstanz wurde die Durchführung einer Instruktionsverhandlung mit Zeugenbefragung, nicht aber die Öffentlichkeit des Verfahrens im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK beantragt, weshalb diese Bestimmung nicht verletzt worden ist.
3. 3.1 Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht in Urteil I 87/05 (siehe oben A.c) unter Würdigung der damals vorliegenden Arztberichte (insbesondere auch der Stellungnahme des Dr. med. C._ vom 27. Januar 2005) festgestellt hat, war der Beschwerdeführer - nach durchgehend verminderter Leistungsfähigkeit seit dem 1. Juli 1998 - ab 1. November 2000 in der angestammten Tätigkeit zu 100% arbeitsunfähig. Darauf ist nicht mehr zurück zu kommen. Weiter abzuklären war gemäss genanntem Urteil, in welchem Umfang der Versicherte im Zeitraum vom 1. November 2000 bis zum Erlass der Verfügung vom 13. August 2002, welcher damals zu überprüfen war, auch erwerbsunfähig oder umgekehrt fähig war, seine verbliebene Leistungsfähigkeit auf dem gesamten für ihn in Frage kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt in zumutbarer Weise wirtschaftlich zu verwerten. Ein allfälliger Rentenanspruch habe aufgrund der ab Juli 1998 (37,5%) und November 2000 (100%) ausgewiesenen Arbeitsunfähigkeiten frühestens im Dezember 2000 entstehen können (E. 4).
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die IV-Stelle habe es unterlassen, die angeordneten weiteren Abklärungen zu treffen, und sich darauf beschränkt, einen Bericht ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes einzuholen. Dieser Vorwand ist unberechtigt.
Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz wurde zunächst ein Bericht des Psychiaters Dr. med. B._ eingeholt, welcher den Beschwerdeführer jedoch lediglich im Zeitraum von Juni bis September 1998 behandelt hatte und zum weiteren Verlauf keine Stellung nehmen konnte. Des Weiteren wurde beim (einzig) behandelnden Hausarzt Dr. med. C._ nachgefragt, welcher sich zur Arbeitsfähigkeit ausser den bekannten Angaben (100%ige Arbeitsunfähigkeit seit dem 1. November 2000) indessen nicht näher äusserte (Bericht vom 17. Dezember 2005). Schliesslich veranlasste die IV-Stelle ein Aktengutachten. Prof. Dr. med. F._ konnte sich zwar zum Krankheitsverlauf einer HIV-Infektion im Allgemeinen äussern, mangels genügender Dokumentation jedoch keine schlüssigen Aussagen insbesondere zum Vorliegen neuromotorischer oder kognitiver Störungen im fraglichen Zeitraum ab November 2000 machen. Dr. med. R._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst, welcher sich seit 20 Jahren mit Fragen der HIV-Infektion beschäftigt (als Chefarzt einer Aids-Koordinationsstelle, Leiter der Aids-Beratungsstellen der Spitäler Y._ und W._, als Hausarzt und als medizinischer Berater der Aids-Hilfe Schweiz) führte in seinem Bericht vom 3. November 2006 aus, es habe über Jahre ein schweres Krankheitsbild bestanden und es sei, wie auch vom Hausarzt angenommen, unwahrscheinlich, dass am 1. November 2000 wieder eine Restarbeitsfähigkeit bestanden habe.
Nach Ansicht des kantonalen Gerichts stand damit - nach einlässlicher Würdigung der genannten Berichte - fest, dass es für den abzuklärenden Zeitraum an medizinischen Unterlagen fehlt, deshalb nachträglich keine schlüssigere Beurteilung der Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit möglich ist und präzisere Angaben der behandelnden Ärzte nicht erhältlich gemacht werden können, sodass sich eine weitere Begutachtung erübrigt. Dass der Beschwerdeführer mit seiner unentgeltlichen Tätigkeit eine nahezu volle Arbeitsleistung bezüglich Arbeitszeit und Leistungsvermögen erbracht und somit ein volles Pensum erfüllt habe, war hingegen nicht erstellt; dabei wurde die Einschätzung des behandelnden Arztes berücksichtigt, wonach eine Diskrepanz bestehe zwischen subjektiver Einschätzung der Leistungsfähigkeit des Versicherten (mit entsprechendem Arbeitswillen und -engagement) und medizinischer Beurteilung des objektiv tatsächlich vorhandenen Leistungsvermögens. Die Vorinstanz gelangte daher zum Schluss, dass es mit den Angaben des Dr. med. C._ sein Bewenden haben müsse, damit aber auch hinreichend erstellt sei, dass dem Beschwerdeführer eine adaptierte Tätigkeit lediglich noch zu ein bis zwei Stunden pro Tag in einer frei wählbaren Form zumutbar sei (Bericht vom 11. September 2001).
Es bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig wäre. Auch liegt im Verzicht auf die Abnahme weiterer Beweise - insbesondere einer weiteren Befragung des Hausarztes - keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (antizipierte Beweiswürdigung; vgl. SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4 S. 28; zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: BGE 124 V 90 E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162, je mit Hinweisen). Allfällige Aussagen anderer Personen zur Leistungsfähigkeit des Beschwerdeführers waren insofern nicht relevant, als es Aufgabe des Arztes ist, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten der Versicherte arbeitsunfähig ist (BGE 125 V 256 E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01, E. 4b/cc). Die Sachverhaltsfeststellung ist daher für das Bundesgericht verbindlich.
3.3 Der Rentenbeginn wurde demzufolge auf den 1. Dezember 2000 festgelegt. Der vorinstanzliche Einkommensvergleich mit Annahme eines Invaliditätsgrades von 40% bei Rentenbeginn und Berücksichtigung einer Verschlechterung der Erwerbsunfähigkeit frühestens drei Monate später (Art. 88a Abs. 2 IVV), somit ab 1. März 2001, wird nicht gerügt und ist nicht zu beanstanden.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Pensionskasse der Stadt X._, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Ausgleichskasse des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Februar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo