Faits :
A.
Il est reproché à X._ d'avoir, dans la nuit du 8 au 9 janvier 2010, abordé puis entraîné, en la tenant par le bras, jusqu'au fond d'un garage sis à Genève, A._, de l'avoir embrassée de force sur la bouche, d'avoir frotté contre elle son sexe en érection, de l'avoir contrainte à lui prodiguer une fellation, en la maintenant coincée contre le mur et l'empêchant de fuir, de l'avoir ensuite plaquée face au mur et, tout en la maintenant de la sorte, de l'avoir pénétrée vaginalement, sans préservatif, de l'avoir ensuite projetée au sol, avant de lui dérober son sac à main et de s'enfuir.
X._ a toujours contesté être l'auteur des faits dénoncés.
B.
Par jugement du 2 mai 2013, le Tribunal correctionnel de la République et canton de Genève a reconnu X._ coupable de contrainte sexuelle, de viol et de vol, l'a condamné à une peine privative de liberté de six ans et a révoqué le sursis octroyé le 19 septembre 2006 par le juge d'instruction de Genève.
C.
Le 24 mars 2014, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève a partiellement admis l'appel de X._, en ce sens qu'elle a notamment réduit sa peine à quatre ans de privation de liberté et a renoncé à révoquer le sursis prononcé antérieurement.
La cour cantonale a admis que X._ était l'auteur des infractions précitées sur la base d'une identification scientifique (analyse ADN), de la reconnaissance formelle de X._ par A._, de la présence de celui-ci à Genève le soir des faits et enfin de l'activation, moins d'une heure après l'agression, par le téléphone portable dérobé à A._, d'une borne sise à proximité immédiate du domicile de la mère de X._, où ce dernier logeait.
D.
Contre ce jugement, X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à son acquittement et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour fixer l'indemnité qui lui est due au sens de l'art. 429 CPP, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
Le recourant invoque une violation de la présomption d'innocence, du principe in dubio pro reoet de l'interdiction de l'arbitraire dans les faits constatés (art. 9 et 32 Cst.; 10 al. 3 CPP).
1.1. Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. ATF 140 III 16 consid. 2.1 p. 18 s.; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5: en bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable ou qu'une autre solution puisse entrer en considération ou même soit préférable. Il faut que la décision soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat). Le reproche d'arbitraire se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; 10 CPP; 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82; 124 IV 86 consid. 2a p. 88). Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82; 127 I 38 consid. 2a p. 41). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (art. 106 al. 2 LTF), suppose une argumentation claire, détaillée (ATF 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287) et circonstanciée (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 5).
1.2.
1.2.1. Dans la motivation de son grief d'arbitraire, le recourant s'en prend à la force probante accordée aux analyses ADN. Il soutient tout d'abord que la procédure prévue par la Loi fédérale du 3 décembre 2004 sur l'utilisation de profils d'ADN dans les procédures pénales et sur l'identification de personnes inconnues ou disparues (Loi sur les profils d'ADN; RS 363) n'aurait pas été respectée. Selon lui, le laboratoire du Centre Universitaire Romand de Médecine Légale (CURML) mandaté par l'autorité pénale connaissait l'identité de la victime dès le 24 février 2010 et la sienne dès le 21 octobre 2011, en violation du processus d'anonymisation des données.
Le recourant soulève un élément qu'il n'a pas allégué dans son mémoire d'appel cantonal, sur lequel la cour cantonale ne s'est pas prononcée et pour lequel il n'invoque pas une violation de son droit d'être entendu, se limitant à reprocher à l'autorité précédente de ne pas l'avoir vu. Son moyen est irrecevable faute d'épuisement des instances (cf. art. 80 al. 1 LTF; arrêts 6B_262/2011 du 23 septembre 2011 consid. 4; 1B_91/2013 du 16 avril 2013 consid. 3; 6B_174/2014 du 18 juillet 2014 consid. 2.1 et 3.5.1).
Au demeurant, il ne ressort pas des faits constatés, dont le recourant ne saurait s'écarter à moins d'en démontrer l'arbitraire, ce qu'il ne fait pas, que le laboratoire concerné ait connu son identité lors de la première analyse qui a eu pour résultat de l'identifier (jugement, p. 5). Pour importe, pour la validité des résultats, que par la suite le laboratoire ait connu l'identité du recourant répertorié sous un numéro de référence. Pour le surplus, il ne ressort pas des faits constatés que le laboratoire aurait lui-même fait la recherche dans la base de données ADN. Le fait qu'il ait lui-même transmis le résultat de la comparaison directement aux autorités pénales n'est en rien pertinent ni pour la validité de l'analyse, ni pour l'appréciation de la culpabilité du recourant. Les scientifiques ont, de toute manière, connaissance d'autres données concernant les intéressés lorsqu'ils sont appelés à agir, en tant que médecins légistes, dans une procédure, ce qui justifie de faire une exception à l'anonymat des traces d'ADN (cf. Message du 8 novembre 2000 relatif à la loi sur les profils d'ADN, FF 2001 38 ch. 2.2.3.1). Enfin, les laboratoires autorisés à pratiquer les analyses ADN sont soumis à un devoir de confidentialité et doivent garantir la sécurité des données (art. 3 de l'Ordonnance sur l'utilisation de profils d'ADN dans les procédures pénales et sur l'identification de personnes inconnues ou disparues; Ordonnance sur les profils d'ADN; RS 363.1). En accordant une force probante aux analyses ADN, l'arrêt attaqué n'est pas entaché d'arbitraire. Même recevable, le grief du recourant ne pourrait qu'être rejeté.
1.2.2. La décision entreprise retient que le recourant a fait l'objet de deux prélèvements ayant chacun un numéro PCN, l'un lors d'une arrestation précédente, l'autre en 2011 dans le cadre de la présente procédure. Les analyses effectuées font référence au numéro PCN du prélèvement le plus ancien. Le recourant se plaint de ce que les profils établis sur la base des différents prélèvements effectués sur l'intimée n'ont pas été comparés au prélèvement le plus récent. Il conteste également que le profil qui lui a été attribué soit le sien et qu'il ait fait l'objet d'un autre prélèvement lors d'une précédente arrestation.
Ce faisant, le recourant ne fait qu'opposer sa propre version des faits à ceux retenus dans l'arrêt attaqué, sans démontrer en quoi ceux-ci seraient arbitraires. Sa manière de procéder ne répond pas aux exigences de motivation rappelées ci-dessus et est irrecevable. Au demeurant, entendu à l'audience du ministère public du 3 mai 2012, B._ du CURML a expliqué que le résultat de la fraction mineure masculine du profil ADN résultant de la vulve de la victime devait encore être affiné sur la base de nouvelles analyses portant sur le chromosome Y du candidat identifié, ce qui n'avait pu être réalisé qu'à la suite d'un nouveau prélèvement d'ADN sur le recourant (art. 105 al. 2 LTF; arrêt du tribunal de première instance, p. 10). Sur cette base, il pouvait être admis sans arbitraire que le prélèvement le plus récent effectué sur le recourant a bien servi de comparaison, quand bien même le numéro de PCN indiqué sur le rapport du CURML était celui du premier prélèvement. L'interprétation donnée par la cour cantonale selon laquelle le dernier prélèvement était rattaché au numéro du premier prélèvement pour éviter les doublons n'apparaît en rien arbitraire.
1.2.3. Il en va de même de l'éviction du frère du recourant en tant qu'auteur, quand bien même les résultats de l'analyse ADN n'excluent pas que la trace puisse appartenir à tout autre homme que le recourant qui lui est apparenté par son père. En effet, en sus de la trace, l'appréciation qui ressort de l'arrêt attaqué se fonde, pour arriver à une déclaration de culpabilité, sur la présence du recourant à Genève, présence qu'il n'a pas pu expliquer valablement, et sur la reconnaissance formelle de son agresseur par la victime. L'appréciation de la cour cantonale n'est en rien insoutenable, ce que ne démontre d'ailleurs pas le recourant (cf. consid. 1.2.4 ss).
1.2.4. Le recourant s'en prend à sa pseudo-reconnaissance par l'intimée lors de l'audition de confrontation devant le ministère public. Il fait valoir que, lors de ses déclarations à la police, elle se serait trompée sur la couleur des yeux de son agresseur, alors qu'elle avait pu apercevoir la couleur du dessous de sa casquette, et qu'elle ne l'aurait pas reconnu sur les planches photographiques. Le recourant conteste de plus que l'intimée ait repoussé la planche photographique lorsqu'elle l'a vue. Ce faisant, il ne fait à nouveau qu'opposer sa propre interprétation à celle des juges cantonaux, qui ont considéré que le fait que l'intimée n'ait pas identifié le recourant sur la planche photographique n'était pas de nature à remettre en cause la reconnaissance de son agresseur lors de l'audition de confrontation, compte tenu du traumatisme subi qui brouillait ses souvenirs, ce dont a attesté une psychothérapeute. Il n'y a pas lieu d'examiner plus avant son grief.
1.2.5. Le recourant dénonce l'appréciation effectuée par la cour cantonale quant à l'activation des bornes par le téléphone portable dérobé à l'intimée, l'arrêt attaqué se fondant sur l'activation à plusieurs reprises d'une antenne proche du domicile de la mère du recourant moins d'une heure après l'agression. Il fait valoir que le 8 janvier 2010, dans l'après-midi, deux antennes distantes de plusieurs kilomètres ont été activées par le téléphone portable de l'intimée à une seconde d'intervalle et que, par conséquent, en s'appuyant sur les propos d'un inspecteur, la géolocalisation en fonction des bornes activées par un téléphone n'était pas une science exacte. Les motifs avancés par le recourant ne permettent pas de qualifier d'insoutenable la prise en compte de cet élément parmi d'autres pour fonder sa culpabilité.
1.2.6. La décision querellée retient que l'analyse des rétroactifs a permis d'établir que les 21 et 22 janvier 2010, une autre puce appartenant à C._ a été introduite dans le téléphone portable dérobé à l'intimée, ainsi que dans treize portables différents entre les mois de septembre 2009 et mars 2010. Au moment des faits, le numéro de cette puce activait une antenne sise à la rue de Lausanne, à Genève, ce qui permettait de mettre C._ hors de cause, la victime ne l'ayant par ailleurs pas identifié. Les allégués du recourant établissant selon lui que le téléphone de l'utilisateur ci-dessus serait demeuré inutilisé entre le 8 et le 15 janvier 2010 et qu'il activait pendant toute cette période d'inactivité la borne de la rue de Lausanne ne suffisent pas pour qualifier d'arbitraire l'appréciation des juges cantonaux, compte tenu du fait que la victime a identifié le recourant et exclu l'utilisateur susmentionné.
2.
Dans un dernier moyen et sous l'angle du principe in dubio pro reo, le recourant reprend les griefs examinés ci-dessus considérant qu'ils auraient dû amener l'autorité cantonale à éprouver un doute sérieux devant lui profiter. Il peut être cependant renvoyé à ce qui précède, dont il ressort que le raisonnement suivi dans l'arrêt attaqué est dénué d'arbitraire. On ne saurait par conséquent reprocher aux juges cantonaux d'avoir acquis leur conviction sur la base des éléments mentionnés dans leur arrêt et de ne pas avoir éprouvé de doute. La condamnation du recourant ne viole pas la présomption d'innocence ni le principe in dubio pro reo.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recours étant d'emblée dénué de chance de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF), qui seront limités compte tenu de sa situation financière. L'intimée n'ayant pas été invitée à se déterminer sur le recours, il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Un émolument judiciaire de 800 fr. est mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 22 octobre 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Mathys
La Greffière : Bichovsky Suligoj