Faits :
A.
X._, domicilié dans le canton de Genève, est membre directeur de l'association A._ constituée en 2003. L'association A._ est une association au sens des art. 60 ss CC, inscrite au registre du commerce du canton de Genève depuis 2011, et dont le but statutaire est de «promouvoir l'effervescence de la musique électronique et ainsi donner aux jeunes les moyens de réaliser des projets vers ces fins communs (sic) ». Bien que, selon ses statuts, elle ne poursuive pas de but lucratif, elle exploite une discothèque sise à B._ à l'enseigne du C._ Club. Dès le 7 novembre 2003, elle a été considérée comme assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée par l'Administration fédérale des contributions.
Le 29 juin 2005, X._ a signé sa déclaration fiscale 2004. Il déclarait exercer la profession de responsable logistique à 100 %, et avoir perçu comme seul revenu (à l'exception d'un «autre revenu» de 360 fr.) un salaire brut total de 36'000 fr. de la part de l'association D._. Le 4 août 2006, il a signé sa déclaration fiscale 2005. Il annonçait avoir perçu comme seul revenu (à l'exception d'un «autre revenu» de 360 fr.) un salaire brut total de 36'000 fr. de la part de D._. Le 28 juin 2007, il a signé sa déclaration fiscale 2006. Il déclarait exercer la profession de directeur technique et avoir perçu un salaire brut de 36'000 fr. de la part de l'association A._ (pour un taux d'activité de 50 %), et un salaire brut de 18'000 fr. de la part de D._ (pour un taux d'activité de 50 %)
Le contrôle fiscal des 9 et 10 avril 2008 effectué par l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, a mis à jour des lacunes dans la comptabilité, soit notamment l'absence de caisse enregistreuse, de feuilles récapitulatives des recettes et de livre de caisse. L'Administration fédérale des contributions a reconstitué par estimation les chiffres d'affaires réalisés par l'association A._ entre le 7 novembre 2003 et le 30 septembre 2007 et arrêté, les 10 avril et 28 octobre 2008, des reprises pour un total de 85'449 fr. Le 20 janvier 2009, elle a confirmé dans une décision formelle les reprises notifiées les 10 avril et 28 octobre 2008. Par décision du 18 mai 2010 sur réclamation de l'association A._, elle a réduit la reprise à 54'025 fr. L'association A._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation du 18 mai 2010.
Le 29 octobre 2008, l'Administration fiscale cantonale a informé X._ qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel d'impôt, pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 2004 à 2006. Le 11 mars 2011, elle l'a informé que la procédure en rappel d'impôt et en soustraction d'impôt était étendue à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal des périodes 2001 à 2003 en relation avec des prestations qu'il avait reçues de D._ et qui n'avaient pas été admises au chapitre de l'association.
Le 8 avril 2011, l'Administration fiscale cantonale a informé X._ que la procédure en rappel et soustraction d'impôt concernant l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal pour les exercices 2001 à 2006 était close. Des reprises fondées sur les rectifications de l'Administration fédérale des contributions des recettes non comptabilisées, avaient été effectuées conformément au tableau suivant :
Période de calcul prestation appréciable en argent de l'association A._1/3 prestation appréciable en argent de D._ IFD suppl. d'impôt et intérêts de retard ICC suppl. d'impôt et intérêts de retard 2001 1260 9,25 3,10 273,05 66,80 2002 1680 12,35 3,65 375,80 76,90 2003 1680 13,10 3,35 375,80 63,60 2004 0 2940 26,40 5,85 666,80 98,10 2005 68947 2940 3419,15 635,20 18569,15 2181,95 2006 73029 2940 4443,45 0 19652,90 0
Deux bordereaux d'amende ont été également notifiés à X._, un pour l'impôt fédéral direct, d'un montant de 3'480 fr. et l'autre pour l'impôt cantonal et communal, d'un montant de 20'286 fr.
Ses bordereaux de taxation d'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2006 lui étaient également notifiés; l'impôt cantonal et communal 2006 s'élevait à 25'939 fr. 40 sur la base d'un revenu imposable de 116'691 fr. et l'impôt fédéral direct 2006 à 4'839 fr. 15 sur la base d'un revenu imposable de 119'300 fr.
Le 17 mai 2011, X._ a déposé une réclamation auprès de l'Administration fiscale cantonale contre la décision du 15 avril 2011. Par deux décisions du 8 juillet 2011, l'Administration fiscale cantonale a maintenu les reprises et rectifié les amendes les fixant à une fois le montant soustrait.
Le 12 août 2011, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance contre les décisions sur réclamation du 8 juillet 2011.
B.
Par arrêt du 8 septembre 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours déposé par l'association A._ en matière de taxe sur la valeur ajoutée. L'Administration fédérale des contributions était en droit de procéder à une reprise d'impôt et à procéder par estimation en utilisant la méthode des chiffres d'expérience. La marge retenue était du reste légèrement inférieure à la moyenne des entreprises du même genre (78 %) et était proche du minimum, soit 70 %. L'associaition A._ n'avait pas fourni les moyens de preuve permettant de considérer l'estimation comme manifestement erronée, et elle devait ainsi supporter les désavantages d'une situation illégale qu'elle avait elle-même créée.
C.
Par jugement du 10 décembre 2012, le Tribunal administratif de première instance a admis les recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles décisions de taxation de l'impôt cantonal et communal et de l'impôt fédéral direct 2005 et 2006 au sens des considérants. S'il était admis que l'association A._ avait réalisé durant les périodes fiscales concernées un bénéfice non comptabilisé, l'Administration fiscale cantonale n'apportait aucun élément factuel ni indice démontrant qu'un tiers de ce montant avait été versé à X._ ou que des frais de téléphone avaient été payés par D._.
Le 16 janvier 2013, l'Administration fiscale cantonale a interjeté recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève contre le jugement du 10 décembre 2012.
D.
Par arrêt du 26 novembre 2013, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. S'agissant des revenus provenant de l'association A._, la position de l'Administration fiscale cantonale s'appuyait sur deux indices, l'existence d'un chiffre d'affaires de l'association A._ sous-évalué et la position dirigeante au sein de celle-ci de l'intéressé partagée avec deux autres membres du comité, emportant, selon elle, présomption que le chiffre d'affaires non déclaré leur avait été versé à part égale. Nonobstant le fait que l'Administration fiscale cantonale n'avait pas apporté de preuve directe des versements, pareille présomption avait pour effet de demander à l'intéressé la preuve d'un fait négatif, ce qui ne pouvait être exigé de lui. S'agissant des prestations de téléphone portable prétendument versées de manière indue par D._, l'Administration fiscale cantonale invoquait des taxations entrées en force concernant cette association, mais ne les avait pourtant produites ni devant le Tribunal administratif de première instance, ni devant la Cour de justice. Les rappels d'impôts ainsi que les amendes devaient être annulés.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 26 novembre 2013 et de confirmer les décisions sur réclamation du 8 juillet 2011. Elle se plaint d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves ainsi que d'une violation de l'art. 8 CC.
Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, le Tribunal fédéral a enregistré le recours sous les numéros d'ordre 2C_66/2014 pour l'impôt cantonal et communal et 2C_67/2014 pour l'impôt fédéral direct.
La Cour de justice du canton de Genève s'en tient aux considérants et dispositif de son arrêt. X._ conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La décision attaquée concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Interjeté en temps utile et dans la forme prescrite (art. 42 LTF) par l'Administration fiscale cantonale qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF en relation avec l'art. 73 al. 2 LHID et 146 LIFD), le recours est en principe recevable.
Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les causes 2C_63/2014 et 2C_64/2014 seront jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
2.1. Le Tribunal statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. (art. 97 al. 2 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450).
Lorsque la partie recourante - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
2.2. En l'espèce, la recourante reproche à l'instance précédente de n'avoir pas pris en considération la portée des statuts de l'association A._ ni celle des déclarations du directeur du comité tout en relevant que l'arrêt attaqué admettait que l'intimé avait une position dirigeante au sein de l'association A._. Ce grief est rejeté. En effet, en se référant dans l'arrêt attaqué (consid. 7a) aux "faits-indices", l'instance précédente reprend les faits notamment la portée des statuts et des déclarations du directeur du comité tels que la recourante les a présentés en procédure de recours cantonale sans en retrancher le moindre élément.
La recourante soutient encore que l'instance précédente aurait conclu à tort qu'elle n'avait pas prouvé l'existence des prises en charge injustifiées par D._ de l'intégralité des frais du téléphone portable de l'intimé parce qu'elle n'avait pas démontré que les taxations concernant l'association D._ étaient entrées en force. Ce grief est rejeté dans la mesure où il est recevable. En effet, l'allégation de la recourante est erronée. En réalité, l'autorité précédente a retenu que la recourante n'avait produit les taxations de D._ ni devant le Tribunal administratif de première instance, ni devant la Cour de justice. La recourante n'invoque aucune violation de l'art. 9 Cst. ni n'expose en quoi l'instance précédente serait tombée dans l'arbitraire en constant l'absence de production des taxations de D._.
Les reproches de la recourante porte en réalité sur l'application des règles relatives au fardeau de la preuve.
I. Impôt fédéral direct
3.
La jurisprudence a exposé les principes généraux, les droits et obligations des autorités fiscales et des contribuable ainsi que les règles relatives au fardeau de la preuve en procédure de taxation, de rappel d'impôt et de recours (consid. 3.1 ci-dessous) ainsi qu'en matière (de tentative) de soustraction d'impôts (consid. 3.2 ci-dessous) de la manière suivante (arrêts 2C_214/20014 du 7 août 2014 consid. 3.6.2 in Arch. 83 142; 2C_1081/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5 et les nombreuses références).
3.1. Selon l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (procédure de taxation mixte). Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD) et fournir les documents nécessaires (art. 125 LIFD). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent à propos des revenus, des frais d'acquisition, de l'évolution de la fortune, etc. (cf. art. 126 al. 2 LIFD). Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration.
La taxation incombe à l'autorité, laquelle contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1 LIFD). En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut: l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. L'autorité de taxation doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire. Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs.
Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment. Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures; on ne peut pas en revanche demander au contribuable de prouver un fait négatif, c'est-à-dire qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés. Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'informations révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération. Ces règles s'appliquent également à la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (art.142 al. 4 LIFD).
3.2. Contrairement aux règles valables pour la taxation et le rappel d'impôt, la procédure de soustraction d'impôt (tentée ou consommée) constitue une procédure pénale qui tombe dans le champ des garanties de l'art. 6 CEDH (ATF 140 I 68 consid. 9.2 p. 74; 138 IV 47 consid. 2.6.1 p. 51; 121 II 257 consid. 4b p. 264 s.; 121 II 273 consid. 3a p. 281; 119 Ib 311 consid. 2e et 2f p. 316 ss; arrêts de la CourEDH Chambaz contre Suisse du 5 avril 2012, req.11663/04, § 36 ss, 48; J.B. contre Suisse du 3 mai 2001 req. 31827/96, § 42 ss, 50; A.P., M.P. et T.P. contre Suisse du 29 août 1997, req. 19958/92, § 37 ff., voir également arrêts 2C_214/2013 du 7 août 2014, consid. 3.6.2 in Arch. 83 142; 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 2.2, in RF 67/2012 p. 759 ainsi que 2C_232/2011 du 25 octobre 2011, consid. 2.2). Il s'ensuit que c'est la présomption d'innocence qui régit la matière (art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH; arrêt 2C_242/2013 du 25 octobre 2013 consid. 3.1) et que le contribuable impliqué dans une procédure pénale n'est pas soumis au devoir de collaboration (cf. arrêt 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2). Il est néanmoins possible même en procédure de soustraction d'impôt d'estimer le montant des éléments imposables soustraits (arrêt 2C_395/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.2.2, in RTiD 2012 I 802) et, certes, non pas de se fonder sur le silence du contribuable, mais bien de tenir compte dans l'appréciation des preuves du fait que ce dernier ne fournit pas d'éclaircissements lorsque les circonstances le demandent (arrêt 2C_395/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1.2).
3.3. En l'espèce, c'est à bon droit que l'instance précédente a jugé qu'en l'absence d'élément permettant de prouver directement que l'intimé a perçu un montant précis de l'association A._, la présomption de fait de la recourante pour établir l'existence d'un revenu imposable non déclaré avait pour conséquence que l'intimé devait apporter la preuve de l'existence d'un fait négatif. Or, comme cela a été exposé ci-dessus, on ne saurait imposer à un contribuable d'apporter la preuve d'un fait négatif. Il suffisait dès lors, comme l'a constaté à juste titre l'instance précédente, que l'intimé nie avoir reçu les revenus en cause.
Pour le surplus, la recourante n'a pas démontré l'existence de prise en charge par D._ de frais de téléphonie mobile (cf. consid. 2.2 ci-dessus) qui aurait pu constituer un revenu imposable dans le chapitre fiscal de l'intimé.
Par conséquent, en jugeant que les conditions pour prononcer un rappel d'impôt fédéral direct et une amende pour soustraction à l'encontre de l'intimé n'étaient pas réunies, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral. Le recours est rejeté sur ce point.
II. Impôt cantonal et communal
4.
Les art. 39 ss, qui figurent sous le chapitre "principes généraux et procédure de taxation" et parmi lesquels il faut compter les règles générales relatives au fardeau de la preuve, ainsi que 57bis ss, en particulier 57bis al. 3 et 57a de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) ont un contenu similaire aux dispositions prévues par la loi sur l'impôt fédéral direct. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté en matière d'impôt cantonal et communal pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés en matière d'impôt fédéral direct.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante, qui s'adresse au Tribunal fédéral dans l'exercice des ses fonctions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). L'intimé n'étant pas représenté par un mandataire professionnel, il ne lui est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_66/2014 et 2C_67/2014 sont jointes.
2.
Le recours en matière d'impôt fédéral direct est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours en matière d'impôt cantonal et communal est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
5.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fiscale cantonale, à X._, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 novembre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Dubey