Fatti:
A. Nell'ambito di un procedimento penale aperto nei confronti di C._ e altre persone su querela di D._ SA, in relazione alla sottrazione di segreti di fabbrica ed esercizio di attività concorrenziali illecite, il Procuratore Generale (PG) ha emanato un ordine di sequestro nei confronti della E._ inerente alla documentazione relativa a mandati fiduciari e consulenze contrattuali con gli imputati, rispettivamente le società F._ Ltd. e B._ Ltd., chiedendone la consegna in occasione di un interrogatorio fissato per il 7 agosto 2012. Il 31 luglio 2012 la fiduciaria ha comunicato al PG che i detentori della documentazione intendevano produrla sotto sigillo; contestualmente ha chiesto il rinvio dell'audizione. Il 3 agosto 2012 il PG ha comunicato il rinvio dell'interrogatorio e chiesto di recapitargli la documentazione, che, dopo l'apposizione dei sigilli, sarebbe stata trasmessa al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC) nei termini previsti dall'art. 248 CPP.
B. Il 10 agosto 2012 il PG, accertato che la documentazione non era ancora stata consegnata, ne ha sollecitato la produzione, segnalando il termine improrogabile di 20 giorni per la presentazione della domanda di dissigillamento. Questo scritto è stato inviato anche all'accusatore privato, a uno degli imputati e alle altre parti, invitandole a far valere i loro argomenti nel quadro della procedura di cui all'art. 248 CPP. Con istanza del 17 agosto seguente egli ha chiesto al GPC di dissigillare la documentazione consegnatagli brevi manu lo stesso giorno dalla A._ SA.
C. Con decisione del 23 agosto 2012 il GPC, ritenuta intempestiva la consegna dei documenti richiesti e pertanto tardiva la domanda di apposizione dei sigilli, ha considerato priva di oggetto la richiesta di dissigillamento. A titolo abbondanziale ha ritenuto che l'istanza di sigillamento era comunque irricevibile, poiché gli argomenti addotti non rientrerebbero negli "altri motivi" di cui all'art. 248 cpv. 1 CPP. Il 6 settembre 2012 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello, accertata la sua incompetenza in materia di dissigillamenti, ha dichiarato irricevibile un reclamo presentato da C._ contro la decisione del GPC.
D. A._ SA e B._ Ltd. (causa 1B_477/2012) come pure C._ (causa 1B_521/2012) impugnano la decisione del GPC con due ricorsi distinti in materia penale al Tribunale federale, chiedendo, concesso ai gravami effetto sospensivo, di annullarla.
E. Con decreti presidenziali del 19 settembre e del 5 ottobre 2012 ai ricorsi è stato conferito l'effetto sospensivo.
F. Il PG si rimette al giudizio del Tribunale federale, il GPC, ribadito che la documentazione è stata prodotta tardivamente, si riconferma nella decisione impugnata, la D._ SA propone di dichiarare inammissibili i ricorsi, subordinatamente di respingerli nel merito. C._ si associa alle conclusioni delle ricorrenti. Nello scambio di scritti le parti si confermano poi in sostanza nelle proprie allegazioni e conclusioni. Con scritto del 13 novembre 2012 le ricorrenti hanno prodotto uno scritto del PG circa il preannuncio della consegna della documentazione litigiosa, sul quale le parti hanno potuto esprimersi.
Diritto:
1. 1.1 I ricorsi delle ricorrenti e il gravame del ricorrente sono diretti contro la medesima decisione, pronunciata nell'ambito della stessa procedura: le censure sollevate sono in parte uguali. Si giustifica quindi, anche per motivi di economia procedurale, di trattare congiuntamente i ricorsi e di statuire sugli stessi con un unico giudizio (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 PC; DTF 128 V 128 consid. 1).
1.2 Le decisioni relative a dissigillamenti concernono decisioni incidentali, che non pongono fine al procedimento penale: non si tratta tuttavia di "misure cautelari" ai sensi dell'art. 98 LTF, norma che non è pertanto applicabile (DTF 137 IV 340 consid. 2.4; sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2). Nella misura in cui è statuito in maniera definitiva sulla tutela degli interessi legalmente protetti al mantenimento del segreto, esse, di massima, comportano regolarmente un pregiudizio irreparabile di natura giuridica secondo l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF (sentenza 1B_595/2011 del 21 marzo 2012 consid. 1 con numerosi riferimenti, in Pra 2012 n. 69 pag. 467).
1.3 Nell'ambito della procedura preliminare, sulla domanda di dissigillamento decide definitivamente il GPC (art. 248 cpv. 3 lett. a CPP; vedi al riguardo sentenza 1B_397/2012 del 10 ottobre 2012 destinata a pubblicazione, consid. 1.1 e 1.2 inediti).
1.4 Secondo l'art. 248 cpv. 1 CPP, le carte, le registrazioni e gli altri oggetti che secondo le dichiarazioni del detentore non possono essere perquisiti o sequestrati in virtù della facoltà di non rispondere o di non deporre oppure per altri motivi, sono sigillati e non possono essere visionati né utilizzati dalle autorità penali. Se l'autorità penale non presenta entro venti giorni una domanda di dissigillamento, essi sono restituiti all'avente diritto (cpv. 2). Se, nell'ambito della procedura preliminare, l'autorità penale presenta una domanda di dissigillamento, sulla stessa decide definitivamente entro un mese il GPC (cpv. 3).
1.5 Il GPC ha ritenuto che, indipendentemente dalle modalità con le quali si effettua la perquisizione, quindi anche nell'ambito di un ordine di consegna ai sensi dell'art. 265 CPP, la domanda di apposizione di sigilli dev'essere formulata immediatamente, di regola prima dell'esecuzione dell'ordine di perquisizione, al momento in cui al detentore è data l'opportunità di esprimersi, quelle successive alla perquisizione essendo irricevibili. Ha stabilito che in ogni modo il termine per presentare la richiesta di suggellamento non dovrebbe poter superare quello eventualmente indicato dal magistrato per dar seguito all'ordine di perquisizione o, in difetto di una tale indicazione, il termine di dieci giorni previsto dall'art. 396 CPP per il reclamo contro gli atti procedurali.
1.6 Ha rilevato che nella fattispecie l'ordine di sequestro del 16 luglio 2012 imponeva alla fiduciaria di trasmettere al Ministero pubblico la documentazione richiesta in occasione dell'interrogatorio di un suo dipendente fissato per il 7 agosto successivo. Il 31 luglio seguente la fiduciaria ha comunicato al PG che intendeva trasmetterla sotto sigillo, chiedendo contestualmente il rinvio dell'audizione. Il 3 agosto 2012 il PG, rinviato l'interrogatorio, ha ribadito la richiesta di produrre gli atti reclamati, segnalando il termine improrogabile di 20 giorni per la presentazione della domanda di dissigillamento, che al suo dire sarebbe iniziato a decorrere con l'inoltro dell'istanza di suggellamento del 31 luglio precedente; ha reiterato l'obbligo di consegna con sollecito del 10 agosto 2012. Gli atti litigiosi sono poi stati consegnati sigillati al Ministero pubblico 20 minuti prima dell'inoltro, il 17 agosto 2012, della domanda di dissigillamento al GPC.
1.7 Nella decisione impugnata il GPC si esprime sulla portata del rimedio giuridico del reclamo (art. 393 e segg. CPP), sulla procedura d'apposizione di sigilli (art. 248 CPP) e sulle sue competenze in materia di perquisizione e sequestro. Considerate le incertezze relative alla coesistenza di queste procedure, giova precisare la portata di questi due rimedi di diritto.
2. 2.1 Il Tribunale federale ha recentemente precisato la tutela giuridica contro provvedimenti coercitivi, segnatamente contro i sequestri, con particolare riferimento alle decisioni di edizione, come quella in esame (sentenza 1B_136/2012 del 25 settembre 2012 consid. 3 e 4). Ha ricordato che i sequestri (in senso stretto giusta gli art. 263 e 268 CPP), come pure il sequestro temporaneo (secondo l'art. 263 cpv. 3 CPP; al riguardo vedi DTF 138 IV 153), sono ammissibili soltanto quando, antecedentemente, è stata rifiutata una consegna secondo l'art. 265 CPP o qualora si debba ritenere che l'ingiunzione di consegna ne vanificherebbe lo scopo (art. 265 cpv. 4 CPP). Il detentore di oggetti e valori patrimoniali che devono essere sequestrati o essere messi provvisoriamente al sicuro è tenuto a consegnarli (art. 265 cpv. 1 CPP). Conformemente a quanto disposto dall'art. 265 cpv. 2 CPP, non sottostanno all'obbligo di consegna l'imputato (lett. a), le persone aventi facoltà di non rispondere o di non deporre (nei limiti di questo loro diritto, lett. b), nonché, a determinate condizioni, le imprese (lett. c). Il pubblico ministero può ingiungere un ordine di edizione alla persona sottostante all'obbligo di consegna e fissarle un termine a tal fine, avvertendola della comminatoria dell'art. 292 CP in caso di inadempienza o della possibilità di infliggerle una multa disciplinare (art. 265 cpv. 3 CPP). Se un avente diritto fa valere che un sequestro di oggetti o valori patrimoniali è inammissibile in virtù della facoltà di non rispondere, di non deporre o per altri motivi, le autorità penali procedono conformemente alle norme sull'apposizione di sigilli (art. 264 cpv. 3 CPP), procedura applicabile di massima nell'ambito di ogni forma di perquisizione (art. 242 e segg. CPP) o di edizione (art. 265 CPP). In questi casi, nell'ambito della procedura preliminare, il GPC deve decidere se gli invocati motivi di tutela del segreto si oppongono alla perquisizione e al sequestro delle carte e degli oggetti sigillati (art. 248 CPP).
2.2 Secondo la sistematica della legge (capitolo 7: "sequestro") e il senso e lo scopo della norma, la riserva di apporre i sigilli di cui all'art. 264 cpv. 3 CPP si estende anche alle decisioni di edizione secondo l'art. 265 CPP. Qualora l'interessato toccato da una siffatta decisione invochi la facoltà di non rispondere, di non deporre o altri interessi giuridicamente protetti di segretezza, occorre pertanto procedere secondo le regole sull'apposizione di sigilli. Ne segue che in questi casi avverso decisioni di edizione, di massima, non è dato il reclamo ai sensi dell'art. 393 CPP (sentenze 1B_136/2012, citata, consid. 3.2 e 1B_562/2011 del 2 febbraio 2012, consid. 1.1).
Qualora l'interessato si opponga all'ordine di edizione, il magistrato inquirente può procedere a un sequestro temporaneo e sigillare immediatamente gli oggetti; quelli consegnati volontariamente vengono sigillati (art. 265 cpv. 4 in relazione con gli art. 263 cpv. 3 e 244 e segg. CPP). In seguito può essere avviata la procedura di dissigillamento davanti al GPC (art. 248 cpv. 2-4 CPP).
2.3 Sempre nella citata sentenza 1B_136/2012 (consid. 4.4), il Tribunale federale ha respinto l'interpretazione dell'autorità cantonale di reclamo, secondo cui i reclami contro le decisioni di edizione dovrebbero essere trattati a binario, nel senso che le censure inerenti alla tutela del segreto (in senso stretto) davanti a detta autorità sarebbero inammissibili, mentre le obiezioni accessorie che non concernono direttamente questioni di protezione del segreto dovrebbero essere esaminate nel merito. Ha ritenuto che una siffatta prassi, che non trova peraltro riscontro nel tenore, nel senso e nello scopo della legge, comporterebbe un'inutile biforcazione e complicazione della via di ricorso. Ha pertanto stabilito che qualora la persona soggetta a un obbligo di consegna oltre ad addurre motivi legati alla tutela del segreto invochi a titolo accessorio anche altre obiezioni, pure quest'ultime, segnatamente l'asserita insufficienza di indizi di reato o la carente rilevanza delle carte o degli oggetti per l'istruzione o ancora questioni inerenti alla proporzionalità, devono essere esaminate nell'ambito della procedura di apposizione di sigilli. Ne ha concluso che un reclamo separato contro decisioni di edizione può entrare in linea di conto soltanto quando siano addotte unicamente obiezioni che non concernino alcun interesse giuridicamente protetto al mantenimento del segreto.
3. 3.1 Nella decisione impugnata il GPC ha stabilito che la procedura in materia di sigilli si applica indipendentemente dalle modalità con le quali si effettua la perquisizione, quindi anche nel quadro di un ordine di consegna ai sensi dell'art. 265 CPP o una semplice richiesta di produrre documentazione. Ha ritenuto che in concreto l'istanza di apposizione dei sigilli era di per sé tempestiva: ciò nondimeno, la relativa documentazione non è stata prodotta simultaneamente con la richiesta ma soltanto 20 minuti prima dell'inoltro della domanda di dissigillamento e quindi, al suo dire, non immediatamente: questo modo di procedere sarebbe contrario al principio della buona fede. La mancata produzione dei documenti con l'istanza di suggellamento, rispettivamente la loro mancata consegna tempestiva dopo l'esplicita richiesta del PG, comporterebbe la tardività della domanda di apposizione dei sigilli, ciò che renderebbe priva di oggetto l'istanza di dissigillamento.
3.2 Questa tesi non può essere seguita. Pronunciandosi su una causa analoga, alla quale fa riferimento il GPC, non ancora decisa all'epoca in cui è stata presa la decisione impugnata, il Tribunale federale ha stabilito che nell'ambito di una perquisizione tendente al sequestro di carte o registrazioni secondo l'art. 247 CPP, la richiesta di sigillamento, dopo che il detentore è stato informato di tale possibilità, dev'essere formulata immediatamente, ossia in relazione temporale diretta con la misura coercitiva. Nell'ambito di una perquisizione che tende al sequestro di carte, registrazioni o altri oggetti, la richiesta di sigillamento dev'essere formulata in quel preciso momento, quindi immediatamente: esigere il suggellamento delle carte dopo averne tollerato la perquisizione e il sequestro è infatti di massima contrario allo scopo della misura e rischia di rendere impossibile la sua esecuzione (sentenza 1B_320/2012 del 14 dicembre 2012 consid. 4.1.1 e 4.1.2 con riferimenti anche alla dottrina).
Per contro, nel quadro di una domanda di edizione secondo l'art. 265 CPP, l'eventuale richiesta di suggellamento dev'essere formulata, come ancora si vedrà, solo al momento della consegna effettiva delle carte (sentenza 1B_320/2012, citata, consid. 4 e 5). Quando l'autorità inquirente invita il detentore a fargli pervenire i documenti per via postale, o come nella fattispecie a recapitarli al PG, egli deve trasmetterli, di per sé senza suggellarli, presentando simultaneamente la relativa domanda al pubblico ministero, che apporrà formalmente i sigilli (cfr. DTF 127 II 151 consid. 4d/bb pag. 158; CATHERINE CHIRAZI, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 8 ad art. 248). In questo caso il requisito dell'immediatezza è collegato al momento della consegna delle carte.
Giova ricordare che l'art. 247 cpv. 1 CPP, allo scopo di tutelare eventuali segreti, istituisce l'obbligo di dare al detentore, dopo averlo informato al riguardo, l'opportunità di esprimersi in merito al contenuto delle carte prima della perquisizione (sentenza 1B_309/2012 del 6 novembre 2012 consid. 5.3 e 5.4; THORMANN/BRECHBÜHL, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 1 ad art. 247). Anche nei casi di edizione è sufficiente che dalle dichiarazioni dell'interessato sia desumibile la volontà di avvalersi della facoltà di non rispondere, di non deporre, oppure di invocare altri motivi, una richiesta formale di sigillamento non essendo necessaria (sentenze 1B_309/2012, citata, consid. 5.3 e 5.4 e 1B_136/2012 del 25 settembre 2012 consid. 4.3; vedi anche EDY MELI, in: Codice svizzero di procedura penale, Commentario, 2010, n. 3 ad art. 248).
3.3 Discende da queste considerazioni che la tesi del GPC non regge. In effetti, come si è visto, scopo della procedura di suggellamento è di impedire che l'autorità penale prenda conoscenza del contenuto delle carte. Ora, finché le stesse si trovano ancora nelle mani del detentore, l'inoltro di una domanda di suggellamento, quale in concreto quella preannunciata dalle ricorrenti, ha poco senso. Una siffatta richiesta dev'essere di massima formulata in relazione temporale diretta, quindi contemporaneamente alla consegna delle carte che si pretendono soggette al segreto (sentenza 1B_320/2012, citata, consid. 5.3). Il fatto di "preannunciare" una siffatta richiesta è privo di efficacia. Non occorre quindi esaminare la questione di sapere se il richiesto rinvio dell'interrogatorio comportasse anche una posticipazione dell'ordine di consegna, né è necessario esprimersi sullo scritto del 13 novembre 2012, ininfluente per il giudizio. È infatti manifesto che il GPC non poteva pronunciarsi sulla domanda di dissigillamento ed esaminare il contenuto delle carte, se del caso facendo capo a un esperto (art. 348 cpv. 4 CPP), prima della consegna delle stesse.
3.4 La questione della tardività della domanda di apposizione di sigilli può per contro porsi quando la stessa sia formulata successivamente alla produzione delle carte. In tal caso, la richiesta di apposizione di sigilli, presentata dopo che il pubblico ministero ha preso conoscenza del contenuto delle carte, sarebbe di massima obsoleta (sulla tempestività dell'inoltro successivo di una siffatta domanda, in particolare quando l'interessato ha avuto conoscenza del sequestro solo a posteriori, ma ha nondimeno chiesto in termini ancora attuali il suggellamento, vedi sentenza 1B_309/2012, citata, consid. 5.3 e 5.11).
Occorre distinguere in effetti, da una parte, tra l'inosservanza di un eventuale termine fissato per la consegna delle carte o di oggetti nell'ordine di edizione e, dall'altra, la mancata tempestività della domanda di suggellamento al momento in cui l'interessato trasmette le carte al pubblico ministero. Nel primo caso, il mancato rispetto di un eventuale termine per produrre le carte costituisce un'inadempienza, che, qualora l'autorità penale abbia avvertito l'interessato delle relative conseguenze, può essere sanzionata sulla base dell'art. 292 CP o con una multa disciplinare, come espressamente previsto dall'art. 265 cpv. 3 CPP.
Contrariamente alla procedura di perquisizione e sequestro, nel caso specifico dell'edizione di documenti (obbligo di consegna ai sensi dell'art. 265 CPP), l'immediatezza della domanda di suggellamento dev'essere infatti esaminata con riferimento al momento della produzione delle carte e non dell'inoltro della domanda. Qualora, come nella fattispecie, l'interessato disattenda o ritardi indebitamente il termine fissato nell'obbligo di consegna, il pubblico ministero può adottare i necessari provvedimenti coercitivi, in particolare procedere alla perquisizione e al sequestro delle carte, degli oggetti o dei valori patrimoniali richiesti, se del caso con le comminatorie di legge (art. 265 cpv. 3 e 4 CPP; sentenza 1B_320/2012, citata, consid. 5.4).
In questo contesto la circostanza che le ricorrenti hanno prodotto la documentazione "già sigillata" non è d'altra parte decisiva, seppure spetti al pubblico ministero apporre formalmente i sigilli (cfr. DTF 127 II 151 consid. 4d/bb pag. 158; CATHERINE CHIRAZI, loc. cit., n. 8 ad art. 248; THOMAS MÜLLER/STEFAN GÄUMANN, Siegelung nach Schweizerischer StPO, in Anwaltspraxis, 2012, pag. 290 e segg., pag. 292 seg.). Il ricorso deve pertanto essere accolto e la causa rinviata al GPC, affinché decida la domanda di dissigillamento ed esamini le carte litigiose.
4. 4.1 L'esito non muta per il fatto che il GPC ha ritenuto, a titolo meramente abbondanziale, che in concreto la domanda di apposizione di sigilli non potrebbe dar luogo alla procedura dell'art. 248 cpv. 3 CPP, poiché non indica uno dei motivi menzionati all'art. 248 cpv. 1 CPP. Al suo dire, le ricorrenti avrebbero semplicemente accennato che le questioni oggetto del procedimento penale sarebbero controverse dal punto di vista del diritto materiale e del diritto civile.
4.2 Nell'ordine di sequestro e nella domanda di dissigillamento si rileva che il procedimento penale è promosso per titolo di concorrenza sleale e violazione del segreto di fabbrica, che gli imputati si sarebbero appropriati di tecnologie coperte da segreto e che la documentazione è stata richiesta allo scopo di verificare l'asserita sottrazione di informazioni segrete. Nello scritto del 31 luglio 2012 al PG le ricorrenti indicavano che le controverse questioni concernono la concorrenza sleale.
4.3 Riguardo agli "altri motivi" ai sensi degli art. 248 cpv. 1 e 264 cpv. 3 CPP, che consentono al detentore di chiedere l'apposizione di sigilli, il messaggio del 21 dicembre 2005 concernente l'unificazione del diritto processuale penale indica ad esempio l'affermazione che gli oggetti in questione contengano segreti privi di rilevanza per il procedimento e che, considerato il carattere provvisorio della misura, è sufficiente addurre la verosimiglianza di siffatti motivi (FF 2006 II 1142 ad art. 247). La dottrina ritiene che rientri in tale nozione ogni interesse giuridicamente protetto al mantenimento del segreto, come ad esempio segreti di fabbricazione o d'affari (MÜLLER/GÄUMANN, loc. cit., pag. 291). Siffatti motivi sono stati invocati dalle ricorrenti. Il rinvio si giustifica, a maggior ragione, ritenuto che, come si è visto, nell'ambito della procedura di dissigillamento, oltre ai motivi legati alla tutela del segreto, devono essere esaminate anche altre obiezioni (al riguardo vedi anche la sentenza 1B_117/2012 del 26 marzo 2012 consid. 3.3).
Visto l'esito del ricorso le ulteriori censure addotte dalle ricorrenti, come pure le critiche sollevate dal ricorrente, non devono essere esaminate oltre.
5. 5.1 I ricorsi devono pertanto essere accolti, la decisione impugnata annullata e la causa rinviata al GPC, affinché esamini nel merito la domanda di dissigillamento.
5.2 Le spese e le ripetibili seguono la soccombenza e sono poste a carico della D._ SA (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 1B_477/2012 e 1B_521/2012 sono congiunte.
2. I ricorsi sono accolti e la decisione emanata dal Giudice dei provvedimenti coercitivi del Cantone Ticino il 23 agosto 2012 è annullata. Questi dovrà decidere la domanda di dissigillamento.
3. Le spese giudiziarie complessive di fr. 4'000.-- sono poste a carico della D._ SA, che rifonderà alle ricorrenti un'indennità complessiva di fr. 2'000.-- e al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e al Giudice dei provvedimenti coercitivi del Cantone Ticino.