Faits:
A. X._ et Y._ ne se sont pas présentés le 27 mai 2008 à 9 heures, alors qu'ils avaient été dûment convoqués par le greffe de la Cour correctionnelle. Leurs avocats respectifs ont, en vain, demandé le renvoi de l'audience. Le mandataire de X._ a indiqué qu'il n'entendait pas représenter son client dans ces conditions. La Présidente lui a alors remis une décision signée par le Président du Tribunal de première instance et valant nomination d'office en qualité d'avocat du prénommé.
Les mandataires de X._ et Y._ ont alors sollicité une suspension d'audience aux fins de demander l'intervention du Bâtonnier de l'Ordre des avocats. A l'issue de cette suspension, deux décisions du Bâtonnier, constatant l'existence d'un motif légitime pour que les deux avocats soient relevés de leurs nominations d'office, furent remises à la Présidente de la Cour correctionnelle. Les deux avocats ont ensuite quitté la salle et les débats se sont poursuivis en l'absence des intéressés et de leurs conseils.
B. Par arrêt du 29 mai 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, défaillant, pour abus de confiance aggravés et instigation à abus de confiance aggravés, à six ans de réclusion. Elle a également reconnu Y._ coupable des mêmes infractions et l'a condamné à quatre ans de réclusion.
Par arrêt du 23 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi formé par X._ contre la décision précitée.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, le principe de l'égalité des armes et le droit à un procès équitable, il conclut notamment à l'annulation de la décision cantonale. Il requiert également l'assistance judiciaire ainsi que l'effet suspensif.
Considérant en droit:
1. Le droit de l'accusé à l'assistance d'un défenseur, garanti à l'art. 6 § 3 let. c CEDH, découle également de l'art. 32 al. 2 Cst. selon lequel l'accusé doit être mis en état de faire valoir les droits de la défense, ce qui est en soi une concrétisation du droit d'être entendu prévu à l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 131 I 185 consid. 3.1 p. 191).
1.1 La désignation d'un défenseur d'office dans une procédure pénale est nécessaire lorsque le prévenu est exposé à une longue peine privative de liberté ou qu'il est menacé d'une peine qui ne peut être assortie du sursis. Elle peut aussi l'être, selon les circonstances, lorsque le prévenu encourt une peine privative de liberté de quelques semaines à quelques mois si, à la gravité relative du cas, s'ajoutent des difficultés particulières du point de vue de l'établissement des faits ou des questions juridiques soulevées qu'il ne serait pas en mesure de résoudre seul (ATF 120 Ia 43 consid. 2a p. 44).
1.2 La nomination n'assure pas à elle seule l'effectivité de l'assistance car l'avocat d'office peut mourir, tomber gravement malade, avoir un empêchement durable ou se dérober à ses devoirs. Si on les en avertit, les autorités doivent le remplacer ou l'amener à s'acquitter de sa tâche. On ne saurait pour autant imputer à un Etat la responsabilité de toute défaillance d'un avocat d'office. De l'indépendance du barreau par rapport à l'Etat, il découle que la conduite de la défense appartient pour l'essentiel à l'accusé et à son avocat, commis au titre de l'aide judiciaire ou rétribué par son client. L'art. 6 § 3 let. c CEDH n'oblige les autorités nationales compétentes à intervenir que si la carence de l'avocat d'office apparaît manifeste ou si on les en informe suffisamment de quelque autre manière (arrêt Kamasinski c. Autriche du 19 décembre 1989, série A n° 168, p. 33, § 65).
Par ailleurs, même dans les causes de défense obligatoire ou nécessaire, le droit de l'accusé à un avocat trouve certaines limites. Ainsi, la réserve de l'abus de droit s'applique à l'ensemble de l'ordre juridique et en particulier à tous les droits procéduraux des parties, y compris ceux découlant de l'art. 6 CEDH. En effet, les garanties conventionnelles et constitutionnelles prévoyant le droit de l'accusé à un défenseur ne sauraient être utilisées à des fins étrangères à celles pour lesquelles elles ont été instituées, ou en vue de manoeuvres dilatoires. Constitue notamment un tel abus de droit le comportement contradictoire d'un accusé qui renonce, en cas de défense nécessaire, à la présence de son avocat pour après se plaindre de son absence (ATF 131 I 192 consid. 3.2.4 p. 192; ATF 6P.113/1999).
Contrairement à ce que semble penser le recourant, la réserve de l'abus de droit vaut indépendamment de la présence physique ou non de l'accusé aux débats ou du pouvoir de cognition des autorités successivement compétentes.
2. Invoquant l'arbitraire, le principe de l'égalité des armes et le droit à un procès équitable déduits des art. 9, 29, 32 Cst. et 6 § 1 et 3 CEDH, le recourant soutient que son droit à l'assistance d'un défenseur ne constitue pas un abus de droit.
2.1 En l'occurrence, le recourant se trouvait dans un cas de défense nécessaire au sens défini ci-dessus compte tenu de la gravité des actes à raison desquels il devait comparaître, du fait que plusieurs accusés se retrouvaient à la barre dans un contexte dans lequel les faits et la participation des uns et des autres à leur réalisation étaient sujets à contestations et de l'importance de la peine encourue.
Selon les constatations cantonales, le recourant était représenté par un avocat, Me Z._, lors de l'ouverture des débats. Après avoir en vain sollicité le renvoi de l'audience à une date ultérieure, ce conseil a déclaré sur le champ qu'il cessait d'occuper. La Cour correctionnelle a alors fait en sorte que cet avocat, qui avait jusqu'à présent oeuvré comme avocat de choix, soit sur le champ nommé d'office par l'autorité compétente. Au regard de ces éléments, il est constant que le recourant était bel et bien représenté par un conseil à la fois expérimenté, choisi initialement par ses soins et connaissant parfaitement un dossier qu'il s'était d'ailleurs préparé à gérer et à plaider lors de l'audience puisque, selon ses propres déclarations du 27 mai 2008, Me Z._ s'attendait en réalité à ce que son client se présentât à l'audience.
2.2 La Cour de cassation a retenu, en fait, que, selon toute vraisemblance, le matin même, le recourant avait enjoint son avocat de réduire son activité à la seule démarche consistant à solliciter le renvoi de l'audience tout en lui faisant interdiction de le représenter pour le cas où le renvoi ne serait pas accepté. Elle a fondée sa conviction sur les déclarations de Me Z._ selon lesquelles son mandat se limitait à demander le renvoi des débats et qu'elle n'entendait pas représenter son client si l'audience était maintenue. Elle a estimé que de telles instructions ne pouvaient être comprises autrement que comme la volonté clairement manifestée par le recourant de renoncer à toute défense pour le cas où l'audience se tiendrait et que l'attitude de l'intéressé était par conséquent contradictoire dès lors qu'il se plaignait d'avoir été jugé sans l'assistance d'un avocat, alors qu'il avait lui-même volontairement limité le mandat de son conseil, à la dernière minute, pour éviter que ce dernier ne pût assumer sa défense en cas de refus de renvoi d'audience. Elle a conclu que cette manoeuvre, à l'évidence dilatoire, ne méritait aucune protection et que l'attitude du recourant relevait clairement de l'abus de droit.
2.3 Le recourant estime que l'abus de droit retenu est fondé sur une appréciation arbitraire des faits. Il considère que la Cour cantonale ne pouvait admettre qu'il avait donné des instructions à sa mandataire compte tenu des déclarations contradictoires de cette dernière et de l'absence de preuves matérielles à ce sujet.
L'argumentation du recourant se réduit à une rediscussion purement appellatoire de la manière dont l'autorité inférieure a apprécié les déclarations de Me Z._, sans démonstration, dans la mesure exigée par l'art. 106 al. 2 LTF, que l'appréciation litigieuse serait arbitraire au sens défini par la jurisprudence, c'est-à-dire manifestement insoutenable et non seulement discutable ou même critiquable. Partant, le grief est irrecevable.
Par ailleurs, lors de l'audience de la Cour correctionnelle du 27 mai 2008, Me Z._ a fait les déclarations suivantes: « Mon mandat se limite à demander le renvoi des débats. Je précise que je m'attendais à ce que X._ se présente devant la Cour aujourd'hui. Je n'entends pas le représenter si l'audience est maintenue ». La Cour de cassation a déduit de ces affirmations que X._ avait enjoint sa mandataire de réduire son activité à la seule démarche consistant à solliciter le renvoi de l'audience tout en lui faisant interdiction de le représenter pour le cas où le renvoi ne serait pas accepté. Cette appréciation est dénuée d'arbitraire et le seul fait que l'avocate ait également déclaré qu'elle s'attendait en réalité à ce que son client fût présent ne permet pas d'infirmer le raisonnement précité. L'abus de droit ayant ainsi été constaté sans arbitraire, le recourant ne saurait se prévaloir des garanties constitutionnelles et conventionnelles qu'il invoque (cf. supra consid. 1.2). En conclusion, le grief est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3. Invoquant l'arbitraire, le principe de l'égalité des armes et le droit à un procès équitable déduits des art. 9, 29, 32 Cst. et 6 § 1 et 3 CEDH, le recourant soutient que la Cour de cassation ne pouvait lui imputer la faute de son mandataire consistant à quitter l'audience indépendamment de la volonté de son client.
Cette critique tombe à faux. En effet, selon l'autorité genevoise, ce cas de figure ne constitue qu'une hypothèse, dont il n'a pas lieu d'examiner le bien-fondé, l'abus de droit ayant été démontré et constaté sans arbitraire (cf. supra consid. 2).
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant doit donc supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF), fixés en fonction de sa situation financière.
Le prononcé sur le recours rend la requête d'effet suspensif sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 13 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani