Sachverhalt:
A. M._, geboren 1949, meldete sich am 31. August 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug wegen einem Perianalabszess sowie einem Subduralhämatom und den dadurch verursachten gesundheitlichen Folgen an. Die IV-Stelle Nidwalden nahm Abklärungen vor. Am 29. Oktober 2007 teilte M._ der IV-Stelle mit, er trete am 1. Dezember 2007 eine neue Stelle bei der Firma S._ AG an. Mit Mail vom 14. November 2007 bat er, seine Anmeldung aufrecht zu halten, da sich der vermeintliche Anstellungsvertrag als "brüchig" erweise. Am 2. Januar 2008 informierte er die IV-Stelle, sein Gesundheitszustand habe sich nicht verbessert und er werde es auf Grund der starken, wöchentlich zunehmenden Kopfschmerzen an der neuen Arbeitsstelle nicht schaffen, weshalb er sein Leistungsgesuch aufrecht erhalte. Im Rahmen einer Geschäftsreise nach Indien (Ende Februar/Anfang März 2008) zog er sich einen Infekt zu. In der Folge war er in reduziertem Ausmass arbeitstätig. Seit 30. April 2008 ist er voll arbeitsunfähig. Mit Verfügung vom 25. Januar 2010 sprach ihm die IV-Stelle eine ganze Invalidenrente seit 1. August 2007 zu.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. September 2010 ab.
C. M._ lasst Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Verfügung vom 25. Januar 2010 dahingehend abzuändern, dass ihm erst ab 1. März 2009 eine ganze Invalidenrente zugesprochen werde. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, da die Beschwerde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht wurde und sich das Rechtsmittel gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) gefällten Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG) richtet und keine der in Art. 83 BGG erwähnten Ausnahmen greift.
1.2 Nach der Rechtsprechung zum schutzwürdigen Interesse gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG wird das Rechtsschutzinteresse verneint, wenn sich die Beschwerde nur gegen die Begründung der angefochtenen Verfügung richtet, ohne dass eine Änderung des Dispositivs verlangt wird. Bei einer Verfügung über Versicherungsleistungen bildet grundsätzlich einzig die Leistung Gegenstand des Dispositivs. Die Beantwortung der Frage, welcher Invaliditätsgrad der Rentenzusprechung zugrunde gelegt wurde, dient demgegenüber in der Regel lediglich der Begründung der Leistungsverfügung. Sie könnte nur dann zum Dispositiv gehören, wenn und insoweit sie Gegenstand einer Feststellungsverfügung ist. Da in jedem Fall nur das Dispositiv anfechtbar ist, muss bei Anfechtung der Motive einer Leistungsverfügung im Einzelfall geprüft werden, ob damit nicht sinngemäss die Abänderung des Dispositivs beantragt wird. Sodann ist zu untersuchen, ob die beschwerdeführende Person allenfalls ein schutzwürdiges Interesse an der sofortigen Feststellung hinsichtlich des angefochtenen Verfügungsbestandteils hat (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97 E. 2.2 [8C_539/2008] mit Hinweis).
1.3 Der Beschwerdeführer beantragt, dass ihm erst ab 1. März 2009 und nicht bereits ab 1. August 2007 eine ganze Invalidenrente ausgerichtet werde. Insofern verlangt er eine Änderung des vorinstanzlichen Dispositivs. Wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat, besteht für die Vorsorgeeinrichtung Verbindlichkeit bezüglich der Feststellungen der IV-Stelle, einschliesslich des Beginns der massgeblichen Arbeitsunfähigkeit, welche ausschlaggebend für die Bestimmung der zuständigen Vorsorgeeinrichtung ist (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97 E. 2.3 [8C_539/2008] mit Hinweis). Somit ist auch ein schutzwürdiges Interesse des Versicherten ausgewiesen (vgl. dazu Urteil I 215/03 vom 7. September 2004 E. 3.). Da auch die übrigen Voraussetzungen zu bejahen sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3 S. 255).
3. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich massgebende Recht (BGE 130 V 445), die Bindungswirkung des IV-rechtlichen Entscheids im Rahmen der beruflichen Vorsorge (BGE 133 V 67 E. 4.3.2 S. 69 mit Hinweisen), die Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG) und deren wesentliche Unterbrechung (Art. 28 Abs. 1 lit. b IVG resp. Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung; Art. 29ter IVV; BGE 134 V 20 E. 3.2.1 S. 22), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen Beweiswert (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232 mit Hinweis), die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (BGE 132 V 93 E. 4 S. 99 mit Hinweisen) sowie den massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 126 V 353 E. 5b S. 360 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat gestützt auf die Berichte des Dr. med. W._, Facharzt für Neurologie, Klinik A._, vom 16. Mai 2008, des Dr. med. G._, Facharzt für Innere Medizin, vom September 2008, des Dr. med. E._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Gastroenterologie, vom 27. Mai, 14. und 26. Juni 2008, des Dr. med. F._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Lungenkrankheiten, vom 5. Juni 2008, des Dr. med. R._, Facharzt für Tropen- und Reisemedizin, vom 27. März 2008 und des Instituts X._, vom 30. Juli 2008 sowie das ZMB-Gutachten vom 2. Juni 2009 die Tätigkeit vom 1. Dezember 2007 bis 5. März 2008 für die Firma S._ AG als gescheiterten Arbeitsversuch und nicht als wesentlichen Unterbruch der Arbeitsfähigkeit im Sinne von Art. 28 Abs. 1 lit. b IVG (resp. aArt. 29 Abs. 1 lit. b IVG) gewertet sowie einen Rückzug der Anmeldung vom 31. August 2007 verneint.
Der Versicherte stellt sich hingegen auf den Strandpunkt, es sei unerheblich, ob er seine Anmeldung von 2007 zurückgezogen habe; massgeblich sei einzig, dass eine wesentliche Unterbrechung der Arbeitsunfähigkeit während seiner Tätigkeit für die Firma S._ AG vorgelegen habe. Namentlich rügt er, dass die Vorinstanz die von ihm geklagten gesundheitlichen Probleme mit einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit gleichgesetzt habe, obwohl er seine neue anspruchsvolle Stelle zur vollen Zufriedenheit seiner Arbeitgeberin erledigt habe.
4.2 Im Rahmen der eingeschränkten Kognition (vgl. E. 1.2) kann das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellung nicht überprüfen, sondern ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden. Überprüfbar bleibt somit einzig, ob die Vorinstanz die Beweiswürdigung korrekt vorgenommen hat.
Die von der Vorinstanz ihrem Entscheid zugrunde gelegten ärztlichen Berichte erfüllen allesamt die Anforderungen der Rechtsprechung (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232 mit Hinweis), namentlich auch das ZMB-Gutachten vom 2. Juni 2009. Dabei ergibt sich aus dem Bericht des Dr. med. W._ vom 16. Mai 2008, dass einige der geklagten Einschränkungen bereits vor der Reise nach Indien, eigentlich seit dem Subduralhämatom bestehen. Dr. med. W._ hält denn auch fest, bezüglich der objektivierbaren Befunde zeige sich nach wie vor ein zerebelläres Syndrom, nicht wesentlich unterschiedlich zu den Befunden vom Februar 2007; lediglich die kognitiven Leistungen seien objektivierbar besser. Gemäss dem ZMB-Gutachten vom 2. Juni 2009 sind die Folgen des Subduralhämatoms, die rezidivierenden Analabszesse sowie ein leichtes Impigngementsyndrom beider Schultern Ursachen der Arbeitsunfähigkeit; dem Rikettsien-Infekt und den am ehesten als funktionell bedingten abdominellen Beschwerden messen die ZMB-Gutachter hingegen keinen Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit zu. Zudem hat Dr. med. G._ am 16. April 2008 als Grund der eingeschränkten Arbeitsfähigkeit einzig den Status nach Subduralhämatom angegeben. Im Bericht vom September 2008 führt er als die Arbeitsfähigkeit beeinflussende Diagnosen das Subduralhämatom und den Infekt auf, gibt aber unter Ziff. 1.7 als Einschränkungen der bisherigen Tätigkeit allein den Status nach Subduralhämatom mit Kopfschmerzen und Konzentrationsstörungen an; diese Einschränkungen bestünden seit dem 11. Februar 2007. Ebenso listet der Versicherte in seiner Aufzählung der Leiden vor und nach seiner Indienreise am 15. Mai 2008 etliche bereits vor der Reise bestehende und auf das Subduralhämatom zurückzuführende Beschwerden auf, welche gemäss dem ZMB-Gutachten letztlich die Ursache für die andauernde Arbeitsunfähigkeit darstellen. Insbesondere aber hat der Versicherte gegenüber der IV-Stelle mehrfach zum Ausdruck gebracht, er habe sowohl kurz vor als auch nach Antritt der Stelle per 1. Dezember 2007 weiterhin resp. gar zunehmend unter Kopfschmerzen gelitten und gehe davon aus, er werde seine Anstellung nicht halten können (vgl. etwa Mail vom 2. Januar 2008 an die IV-Stelle); diesen Aussagen kommt dabei ein grösseres Gewicht zu als den späteren Berichtigungen des Versicherten, er sei während seiner Anstellung bei der Firma S._ AG voll leistungsfähig gewesen (vgl. dazu die Praxis zu den Aussagen der ersten Stunde: BGE 121 V 45 E. 2a S. 47, zuletzt bestätigt in Urteil 8C_679/2010 vom 10. November 2010 E. 3.2).
Es ist demnach nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz unter diesen Umständen von einer andauernden Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ausgegangen ist und die Tätigkeit bei der Firma S._ AG als gescheiterten Arbeitsversuch gewertet hat. Anzufügen bleibt diesbezüglich, dass die finanziellen Auswirkungen einer Einbusse an Arbeitsfähigkeit für die Beurteilung während der Wartezeit grundsätzlich unerheblich sind (MEYER, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung, 2. Aufl., 2010, S. 278 mit Verweis auf BGE 105 V 156 E. 2a S. 159); so kann die Wartezeit auch zu laufen beginnen (resp. laufen), wenn die versicherte Person über das ihr Zumutbare hinaus arbeitet (MEYER, a.a.O., S. 278 f. mit Hinweis auf SVR 2008 BVG Nr. 34 S. 143 E. 3.3 [9C_127/2008]).
Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz die Beweise nicht rechtsfehlerhaft gewürdigt, indem sie nicht von einer Wiedererlangung der vollen Arbeitsfähigkeit ausgegangen ist.
4.3 Weiter macht der Versicherte geltend, die Eröffnung der Wartezeit im August 2007 sei schon deshalb nicht überzeugend, da dazu auf die später nicht invalidisierende Operation des Perianalabszesses statt auf die erst im Februar 2007 eingetretene und invalidisierende Hirnblutung abgestellt wurde. Dem kann nicht gefolgt werden. Wohl ist dem Versicherten zuzustimmen, dass das im Februar 2007 eingetretene Subduralhämatom ausschlaggebend für die andauernde Invalidität ist (vgl. etwa ZMB-Gutachten vom 2. Juni 2009); da aber eine praktisch andauernde, zumindest teilweise Arbeitsunfähigkeit bereits seit der Operation des Perianalabszesses im August 2006 ausgewiesen ist, ist diese ausschlaggebend für den Beginn der Wartezeit; es liegt keine wesentliche Unterbrechung der Arbeitsunfähigkeit vor, auch wenn sich der Grund für die Arbeitsunfähigkeit änderte. Denn es spielt in der Invalidenversicherung keine Rolle, ob der Gesundheitsschaden auf eines oder mehrere Leiden zurückzuführen ist; massgebend ist allein, dass der versicherten Person eine Arbeitstätigkeit infolge der Beeinträchtigung der Gesundheit nicht oder nur beschränkt zumutbar ist. Die Verfügung der IV-Stelle vom 25. Januar 2010 ist auch diesbezüglich korrekt und von der Vorinstanz zu Recht nicht beanstandet worden.
5. Was die Ermittlung des Invaliditätsgrades gestützt auf die Arbeitsunfähigkeit gemäss E. 4 betrifft, bringt der Versicherte einzig vor, entgegen der Ansicht der Vorinstanz werde beim Valideneinkommen nicht in jedem Fall auf den zuletzt tatsächlich erzielten Verdienst abgestellt; die Vorinstanz hätte deshalb von einem höheren Valideneinkommen ausgehen müssen, da es ihm angesichts der leistungsabhängigen Lohnbestandteile ohne gesundheitliche Beeinträchtigungen möglich gewesen wäre, ein höheres Einkommen zu erzielen.
Diese knappen Ausführungen sind nicht geeignet, die Festsetzung des Valideneinkommens durch die Vorinstanz als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen (vgl. E. 2), zumal der Versicherte auch nicht darlegt, um wie viel das Valideneinkommen höher festzusetzen und wie dieses höhere Valideneinkommen zu ermitteln wäre (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), und er bereits Anspruch auf eine ganze Invalidenrente hat.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. März 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold