Sachverhalt:
A. Die 1954 geborene A._ meldete sich am 25. Januar 2008 erneut zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an, nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügungen vom 18. Juli 2003 und vom 14./19. Februar 2007 (bestätigt mit Urteil des Bundesgerichts vom 28. Oktober 2008) die früheren Rentengesuche abgewiesen hatte. Nach umfangreichen medizinischen Abklärungen, insbesondere der Einholung eines polydisziplinären Gutachtens der MEDAS Spital X._ vom 5. Januar 2009 und dem Beizug eines ergänzenden Berichts dieser MEDAS vom 22. Februar 2010, basierend auf einer zusätzlichen neuropsychologischen Untersuchung vom 21. Januar 2010, sowie einer erneuten Stellungnahme der MEDAS vom 10. September 2010 gewährte die IV-Stelle eine befristete ganze Invalidenrente für die Zeit vom 1. April bis 30. Juni 2008 (Verfügung vom 20. Oktober 2011).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 25. April 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihr spätestens ab Januar 2010 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Durchführung einer neuropsychologischen Oberbegutachtung an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die kantonalen Akten wurden beigezogen. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.
Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch der Versicherten auf eine über die befristete ganze Rente hinausgehende Rente der Invalidenversicherung. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung der Streitsache massgebenden Bestimmungen und Grundsätze zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Nach überzeugender Würdigung der medizinischen Aktenlage hat das kantonale Gericht gestützt auf das polydisziplinäre Gutachten der MEDAS Spital X._ vom 5. Januar 2009 und deren ergänzenden Bericht vom 22. Februar 2010, basierend auf einer neuropsychologischen Untersuchung durch Dr. med. N._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie sowie für Neurologie, vom 21. Januar 2010, sowie einer zusätzlichen Stellungnahme der MEDAS vom 10. September 2010 (zur Arbeitsfähigkeit aus integraler Sicht des Hauptgutachters) festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in einem Pensum von insgesamt sechs Stunden täglich (aufgeteilt in zwei Blöcke zu jeweils drei Stunden) mit der Notwendigkeit einer zwischenzeitlichen Ruhepause für einfache geistige Tätigkeiten (ohne besondere Verantwortungsgrade, ohne besonderen Zeitdruck unter Ausschluss von Tätigkeiten mit mittleren oder gar höheren Anforderungen an die kognitiven Fähigkeiten) einsetzbar ist. Dies entspreche einer Arbeitsfähigkeit von 70 %. Für die angestammte Tätigkeit im Bereich der Gastronomie bzw. als Kioskverkäuferin wurde eine Arbeitsfähigkeit ausgeschlossen. Dies ist nicht zu beanstanden.
2.2 Die Vorbringen der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, die für das Bundesgericht verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz zur Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder sonst wie bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG). Insbesondere genügen sie nicht, Zweifel an der fachlichen Qualifikation des Dr. med. N._ und damit am Beweiswert der MEDAS-Begutachtung zu begründen. Auf die Durchführung einer neuropsychologischen Oberbegutachtung kann mithin verzichtet werden (antizipierte Beweiswürdigung (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236, 124 V 90 E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162).
3. 3.1 Hinsichtlich des für die Invaliditätsbemessung massgebenden Einkommensvergleichs rügt die Beschwerdeführerin ausschliesslich die Höhe des durch die Vorinstanz mit Bezug auf das Invalideneinkommen gewährten Abzugs vom Tabellenlohn LSE (TA1, Total, Frauen, Anspruchsniveau 4) von 10 % und verlangt einen Abzug von mindestens 15 %. Diesbezüglich ist darauf hinzuweisen, dass die Frage nach der Höhe des Abzuges eine typische Ermessensfrage beschlägt und letztinstanzlicher Korrektur somit nur dort zugänglich ist, wo das Ermessen durch das kantonale Gericht rechtsfehlerhaft ausgeübt wurde, also eine Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (BGE 137 V 71 E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis auf BGE 132 V 393 E. 3.3 in fine S. 399). Eine willkürliche und damit missbräuchliche Ermessensausübung liegt nach der Rechtsprechung vor, wenn ein Entscheid eine Norm oder einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz offensichtlich schwer verletzt, sich mit sachlichen Gründen schlechthin nicht vertreten lässt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; willkürliche Rechtsanwendung liegt nicht schon vor, wenn eine andere Lösung in Betracht fällt oder sogar vorzuziehen wäre (BGE 131 I 57 E. 2 S. 61; vgl. auch SVR 2006 ALV Nr. 15 S. 51 E. 4.3 [C 223/05] und BVG Nr. 26 S. 98 E. 11.1.2 [B 15/05], je mit Hinweisen).
Die Einwendungen der Beschwerdeführerin vermögen eine dementsprechend rechtsfehlerhaft Ermessensausübung durch die Vorinstanz nicht zu begründen. Nachdem die Beeinträchtigung der kognitiven Fähigkeiten bereits mit der Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit von 30 %, wie auch mit der Wahl der LSE-Tabelle (TA1, Total, Frauen, Anspruchsniveau 4) berücksichtigt wurden, kann der gewährte leidensbedingte Abzug von 10 % nicht beanstandet werden. So darf, wie die Vorinstanz richtig erwog, der Leidensabzug und die reduzierte Arbeitsfähigkeit nicht doppelt berücksichtigt werden (8C_652/2010 vom 22. September 2010 E. 5.2.2). Eine Berücksichtigung des Alters ist nicht angebracht, so wirkt sich das fortgeschrittene Alter im Bereich der Hilfsarbeiten auf dem hypothetischen ausgeglichenen Arbeitsmarkt grundsätzlich nicht zwingend lohnsenkend aus (vgl. z.B. Urteil 8C_190/2010 vom 19. März 2010 E. 3.4). Was schliesslich den mit Verweis auf Ausführungen in der Lehre (vgl. PHILIPP GEERTSEN, Der Tabellenlohnabzug, in: Kieser/Lendfers [Hrsg.]: Jahrbuch zum Sozialversicherungsrecht 2012, S. 139 ff., S. 147 f.) geltend gemachten reduzierten Beschäftigungsgrad als Grund für einen entsprechenden Abzug auch bei Frauen betrifft, ist darauf nicht weiter einzugehen, da damit eine rechtsfehlerhafte Ermessensausübung durch die Vorinstanz nicht erstellt wäre.
3.2 Nachdem gegen die Invaliditätsbemessung keine weiteren Einwendungen erhoben werden, hat es mit der vorinstanzlich bestätigten Leistungsablehnung sein Bewenden.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der AHV-Ausgleichskasse Metzger und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. September 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter