Sachverhalt:
A. Der Grosstier-Rettungsdienst CH/FL (GTRD CH/FL) ersuchte das Bundesamt für Strassen (ASTRA) am 10. April 2006 um Erteilung einer Ausnahmebewilligung zur Installation von Blaulicht mit Wechselklanghorn sowie von gelbem Gefahrenlicht an seinen Rettungsfahrzeugen. Bei den in Frage stehenden Fahrzeugen handelt es sich um drei speziell eingerichtete Geländewagen-Pferdeanhänger-Kombinationen sowie um zwei weitere Geländewagen ohne Anhänger. Die Pferdeanhänger dienen als Grosstierambulanzen. Diese wie auch die Zugfahrzeuge sind mit Ausrüstung zur Bergung, zur medizinischen Betreuung und zum Transport von Grosstieren ausgestattet. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2006 wies das ASTRA sowohl das Gesuch um Erteilung einer Ausnahmebewilligung zur Installation von Blaulicht und Wechselklanghorn als auch von gelbem Gefahrenlicht ab. Dagegen reichte der GTRD CH/FL am 28. Dezember 2006 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein.
B. Anlässlich der Instruktionsverhandlung vor dem Bundesverwaltungsgericht erklärte sich das ASTRA bereit, das Gesuch, soweit das gelbe Gefahrenlicht betreffend, noch einmal zu überprüfen. In der Folge erliess das ASTRA am 27. September 2007 eine neue Verfügung, mit der es auf seinen früheren Entscheid zurückkam, diesen aufhob und die kantonale Zulassungsbehörde ermächtigte, für vollständig ausgerüstete Grosstierambulanz-Fahrzeugkombinationen ein gelbes Gefahrenlicht zu bewilligen. Das Bundesverwaltungsgericht schrieb deshalb das Beschwerdeverfahren zufolge Gegenstandslosigkeit ab. In der Folge stellte der GTRD CH/FL ein Wiedererwägungsgesuch für das nicht bewilligte Blaulicht und Wechselklanghorn. Am 17. Dezember 2007 wies das ASTRA das Gesuch um Erteilung einer Ausnahmebewilligung für Blaulicht und Wechselklanghorn ab.
Der GTRD CH/FL focht die abweisende Verfügung des ASTRA vom 17. Dezember 2007 beim Bundesverwaltungsgericht an. Mit Urteil vom 8. April 2008 wies dieses Gericht die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. Mai 2008 beantragt der GTRD CH/FL im Wesentlichen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und das ASTRA sei anzuweisen, ihm eine Ausnahmebewilligung zur Installation von Blaulicht und Wechselklanghorn an seinen Rettungsfahrzeugen zu erteilen.
D. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das ASTRA hält die Beschwerde für unbegründet und verzichtet auf einen Antrag. In seiner Stellungnahme zu den beiden Vernehmlassungen hält der Beschwerdeführer an seinen Rechtsauffassungen und Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Ausnahme der Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs gemäss Art. 83 lit. o BGG erstreckt sich nicht auf die Erteilung einer Ausnahmebewilligung für Blaulicht und Wechselklanghorn. Es liegt auch keine der übrigen Ausnahmen gemäss Art. 83 BGG vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb grundsätzlich gegeben.
1.2 Die zulässigen Beschwerdegründe werden in Art. 95 ff. BGG genannt. Dazu gehört unter anderem die Verletzung von Bundesrecht, nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4335 f.). Soweit der Beschwerdeführer Unangemessenheit rügt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beantragt eine mündliche Parteiverhandlung gemäss Art. 57 BGG. Nach dem Wortlaut dieser Bestimmung ist die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung dem Ermessen des Abteilungspräsidenten anheim gestellt. Ein Anspruch auf eine mündliche Anhörung vor Bundesgericht kann sich ausnahmsweise aus Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ergeben. Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Bundesgericht als einzige Instanz entscheidet und Rechte im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK betroffen sind. Im vorliegenden Fall sind diese Voraussetzungen für die Durchführung einer Parteiverhandlung jedoch offensichtlich nicht gegeben. Der Antrag ist deshalb abzuweisen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beantragt eine mündliche Parteiverhandlung gemäss Art. 57 BGG. Nach dem Wortlaut dieser Bestimmung ist die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung dem Ermessen des Abteilungspräsidenten anheim gestellt. Ein Anspruch auf eine mündliche Anhörung vor Bundesgericht kann sich ausnahmsweise aus Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ergeben. Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Bundesgericht als einzige Instanz entscheidet und Rechte im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK betroffen sind. Im vorliegenden Fall sind diese Voraussetzungen für die Durchführung einer Parteiverhandlung jedoch offensichtlich nicht gegeben. Der Antrag ist deshalb abzuweisen.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer beantragt in Bezug auf die für Blaulicht und Wechselklanghorn in Frage kommenden Fahrzeuge einen Augenschein durch das Bundesgericht. Auf diese Weise könne sich das Gericht vom hohen Sicherheitsstandard der Fahrzeuge überzeugen. Damit will der Beschwerdeführer der Feststellung im angefochtenen Entscheid entgegentreten, dass Fahrzeugkombinationen instabiler seien als einzelne Fahrzeuge und daher eine grössere Gefahr für die Verkehrssicherheit bedeuteten. Zudem rügt er, dass weder die verfügende Behörde noch die Vorinstanz einen Augenschein vorgenommen habe.
2.2.2 Dem Vorwurf, dass sie zu Unrecht keinen Augenschein vorgenommen habe, entgegnet die verfügende Behörde in ihrer Vernehmlassung, dass drei ihrer Experten ein Anhängerfahrzeug besichtigt hätten. Dies räumt in seiner darauf folgenden Stellungnahme auch der Beschwerdeführer ein, gibt aber zu bedenken, dass andere Personen den Fall weiter bearbeitet hätten. Dieser Einwand geht ins Leere. Das Unmittelbarkeitsprinzip, wonach Verhandlungen und Beweisabnahmen unmittelbar vor der entscheidenden Instanz erfolgen sollen, ist kein eigenständiger Verfassungsgrundsatz, weshalb sich ein Anspruch darauf nur aus der anwendbaren Verfahrensordnung ergeben kann (BGE 125 I 127 E. 6c/aa S. 134 mit Hinweisen). Aus den vorliegend anwendbaren Verfahrensvorschriften des Bundesgesetzes über das Verwaltungsverfahren und den gemäss Art. 19 VwVG ergänzend und sinngemäss anwendbaren Bestimmungen des Bundesgesetzes über den Bundeszivilprozess (vgl. insbesondere Art. 56 Abs. 2 BZP) geht kein derartiger Anspruch hervor. Die Rüge erweist sich damit als unbegründet.
Zudem sind, wie die Vorinstanz zutreffend feststellt, die entscheidwesentlichen Sachverhaltselemente aus den Akten ersichtlich. Anhängerzüge weisen auch bei guter Konstruktion gegenüber Einzelfahrzeugen ein instabileres Fahrverhalten auf. Aus diesem Grund sieht Art. 5 Abs. 1 lit. a Ziff. 2 der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962 (VRV, SR 741.11) für sie eine reduzierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h vor. Es gibt keinen Grund, diesbezüglich von den Feststellungen der Vorinstanz bzw. der verfügenden Behörde abzuweichen, umso weniger, als es sich um eine technische Frage handelt, bei deren Überprüfung sich das Bundesgericht Zurückhaltung auferlegt (BGE 131 II 13 E. 3.4 S. 20 mit Hinweisen).
Somit ist auch die Rüge des Beschwerdeführers abzuweisen, die Feststellung des Sachverhalts sei in diesem Punkt willkürlich (Art. 97 Abs. 1 BGG). Sowohl die verfügende Behörde wie auch die Vorinstanz haben aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet und durften ohne Willkür annehmen, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (sogenannte antizipierte Beweiswürdigung; BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148 mit Hinweis).
2.2.3 Hat ein Augenschein stattgefunden, sind die entscheidwesentlichen Sachverhaltselemente aus den Akten ersichtlich und durfte die Vorinstanz ohne Willkür annehmen, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert, so erübrigt sich auch ein Augenschein durch das Bundesgericht. Der diesbezügliche Antrag des Beschwerdeführers ist abzuweisen.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, seine Dienste seien nicht mit jenen der Polizei und der Feuerwehr vergleichbar.
Gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252 mit Hinweis).
Aus den Ausführungen des Beschwerdeführers geht nicht hervor, inwiefern die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz willkürlich sei oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhe, bzw. inwieweit die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein sollte. Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG obliegt es jedoch dem Beschwerdeführer, die Rechtsverletzung bei der Sachverhaltsfeststellung und deren Wesentlichkeit für den Verfahrensausgang darzulegen. Auf die Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
4. 4.1 Art. 8 Abs. 1 des Strassenverkehrsgesetzes vom 19. Dezember 1958 (SVG, SR 741.01) sieht vor, dass der Bundesrat Vorschriften über Bau und Ausrüstung der Motorfahrzeuge und ihrer Anhänger erlässt. Er trifft dabei die Anordnungen, die der Sicherheit im Verkehr dienen, sowie der Vermeidung von Lärm, Staub, Rauch, Geruch und andern schädlichen oder lästigen Auswirkungen des Fahrzeugbetriebes (Art. 8 Abs. 2 Satz 1 SVG). Gemäss Art. 110 Abs. 3 lit. a der Verordnung über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge vom 19. Juni 1995 (VTS, SR 741.41) sind Blaulichter mit Bewilligung der Zulassungsbehörde an Fahrzeugen der Feuerwehr, Polizei, Sanität und des Zolls erlaubt. Motorfahrzeuge mit Blaulicht sind mit einem wechseltönigen Zweiklanghorn zu versehen (Art. 82 Abs. 2 VTS). Ausführungen hierzu finden sich in den Weisungen vom 6. Juni 2005 zur Ausrüstung von Fahrzeugen mit Blaulicht und Wechselklanghorn, die das UVEK gestützt auf Art. 8 Abs. 1 und Art. 27 Abs. 2 SVG, Art. 16 Abs. 1 und Art. 97 VRV sowie Art. 220 Abs. 1 VTS erlassen hat.
4.2 In Ziff. 1 der Weisungen werden die in Art. 27 Abs. 2 SVG sowie in Art. 110 Abs. 3 lit. a VTS erwähnten und die diesen gleichgestellten Fahrzeuge aufgezählt, die mit Blaulicht und Wechselklanghorn ausgerüstet werden dürfen. Dabei handelt es sich um Fahrzeuge der Feuerwehr (Einsatzfahrzeuge der Feuerwehr, Privatfahrzeuge von hauptberuflichen Feuerwehroffizieren im Pikettdienst, offizielle oder private Einsatzfahrzeuge, die besonders für Öl- oder Chemiewehr ausgerüstet sind, bestimmte Fahrzeuge des Bevölkerungsschutzes/Zivilschutzes), der Sanität (Rettungswagen, Einsatzambulanzen, Krankentransportwagen, Katastrophenfahrzeuge, Notarzteinsatzfahrzeuge, Einsatzfahrzeuge mit entsprechender Ausrüstung für Dienst- und Notärzte, Fahrzeuge der Einsatzleiter Sanität und der leitenden Notärzte, bestimmte Fahrzeuge des Bevölkerungsschutzes/Zivilschutzes) sowie der Polizei (Einsatzfahrzeuge, Privatfahrzeuge von Polizeioffizieren, Privatfahrzeuge von Polizeibeamten im Pikettdienst, Fahrzeuge des Zolls, die für polizeiliche Aufgaben eingesetzt werden).
4.3 Der Grosstier-Rettungsdienst des Beschwerdeführers fällt nicht unter die Begriffe der Feuerwehr, der Polizei, der Sanität oder des Zolls, auch wenn sich die Tätigkeitsbereiche zum Teil überschneiden. Ausschlaggebend ist, dass die primäre Aufgabe dieser Dienste nicht in der Rettung von Tieren besteht. Der Beschwerdeführer hat deshalb im Grundsatz keinen Anspruch auf Bewilligung zur Ausrüstung seiner Fahrzeuge mit Blaulicht und Wechselklanghorn.
5. 5.1 Gemäss Art. 220 Abs. 2 VTS kann das ASTRA in besonderen Fällen Ausnahmen von einzelnen Bestimmungen gestatten, wenn deren Zweck (Art. 8 Abs. 2 und 3 SVG) gewahrt bleibt. Bei Art. 220 Abs. 2 VTS handelt es sich um eine sogenannte "Kann-Vorschrift", mithin um eine Norm, welche den Verwaltungsbehörden ein Ermessen für den Entscheid im Einzelfall einräumt. Die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts ist insoweit beschränkt. Es hat nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der zuständigen Behörde zu setzen, sondern lediglich zu prüfen, ob eine Überschreitung, eine Unterschreitung oder ein Missbrauch des Ermessens vorliegt. Ermessensmissbrauch ist gegeben, wenn eine Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür (Art. 9 BV) oder rechtsungleicher Behandlung (Art. 8 BV), das Gebot von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3, Art. 9 BV) oder den Grundsatz der Verhältnismässigkeit (Art. 5 Abs. 2 BV) verletzt. Ermessensüberschreitung liegt vor, wenn eine Behörde Ermessen walten lässt, wo ihr das Gesetz keines einräumt, oder wo sie statt von zwei zulässigen Lösungen eine dritte wählt. Ermessensunterschreitung besteht darin, dass die entscheidende Behörde sich als gebunden betrachtet, obschon sie nach Gesetz berechtigt wäre, nach pflichtgemässem Ermessen zu handeln, oder dass sie auf Ermessensausübung ganz oder teilweise von vornherein verzichtet (BGE 116 V 307 E. 2 S. 310 mit Hinweisen; vgl. auch BGE 130 III 176 E. 1.2 S. 180 mit Hinweisen).
Gemäss BGE 134 I 153 E. 4.2 S. 157 hat das Bundesgericht im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Verhältnismässigkeit des angefochtenen Akts grundsätzlich mit freier Kognition zu prüfen. Aus dem genannten Entscheid geht jedoch auch hervor, dass ein gesetzlich eingeräumter Gestaltungsspielraum nicht auf dem Wege der Verhältnismässigkeitsprüfung unterlaufen werden darf (vgl. dazu auch BGE 114 Ib 1 E. 1b S. 2). Zurückhaltung bei der Überprüfung ist auch dann geboten, wenn es sich um Fachfragen handelt, bei deren Beantwortung der zuständigen Behörde nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ein "technisches Ermessen" zukommt (BGE 131 II 13 E. 3.4 S. 20 mit Hinweisen).
Gemäss BGE 134 I 153 E. 4.2 S. 157 hat das Bundesgericht im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Verhältnismässigkeit des angefochtenen Akts grundsätzlich mit freier Kognition zu prüfen. Aus dem genannten Entscheid geht jedoch auch hervor, dass ein gesetzlich eingeräumter Gestaltungsspielraum nicht auf dem Wege der Verhältnismässigkeitsprüfung unterlaufen werden darf (vgl. dazu auch BGE 114 Ib 1 E. 1b S. 2). Zurückhaltung bei der Überprüfung ist auch dann geboten, wenn es sich um Fachfragen handelt, bei deren Beantwortung der zuständigen Behörde nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ein "technisches Ermessen" zukommt (BGE 131 II 13 E. 3.4 S. 20 mit Hinweisen).
5.2 5.2.1 Der Zweck der massgebenden Normen ergibt sich gemäss der ausdrücklichen Verweisung in Art. 220 Abs. 2 VTS aus Art. 8 Abs. 2 und 3 SVG, wonach vorab die Verkehrssicherheit zu gewährleisten ist. Die beantragten Warnsignale erlauben ein Abweichen von den Verkehrsregeln (Art. 100 Ziff. 4 SVG; vgl. auch Art. 16 Abs. 3 VRV). Jedes Abweichen von den Verkehrsregeln beeinträchtigt die Verkehrssicherheit und gefährdet andere Verkehrsteilnehmer wie auch die Besatzung des Einsatzfahrzeugs selbst. Dass in Deutschland und Österreich die gleichen Fahrzeuge bis zu 100 km/h fahren dürfen, wie der Beschwerdeführer vorbringt, in Frankreich sogar bis zu 130 km/h, vermag daran nichts zu ändern. Das Gleiche gilt für das Argument des Beschwerdeführers, dass Feuerwehr- und Polizeifahrzeuge mit Anhängern in der Schweiz im Notfall auch schneller als 80 km/h fahren würden. Es ist zudem wichtig, die besondere Warnwirkung von Blaulicht und Wechselklanghorn zu erhalten, was ebenfalls nur möglich ist, wenn die Verwendung dieser Warnsignale einem engen Kreis vorbehalten bleibt. Schliesslich führt die Verwendung der Warnvorrichtungen zu Hektik und Lärm, was möglichst zu vermeiden ist (Art. 8 Abs. 2 SVG). Auch aus diesem Grund sind Ausnahmebewilligungen nur zurückhaltend zu erteilen. Die verfügende Behörde führt denn auch aus, dass sie aus den genannten Gründen die zahlreichen Gesuche um Bewilligungen für andere Fahrzeuge als die Dienstfahrzeuge von Feuerwehr, Sanität, Polizei und Zoll (zum Beispiel von Angehörigen von Feuerwehren und Samaritervereinen, Pikettgruppen von Elektrizitäts-, Gas- und Wasserwerken, Care-Teams etc.) bisher stets abgewiesen habe.
5.2.2 Der Beschwerdeführer beantragt die Ausnahmebewilligung einerseits für zwei Geländewagen ohne Anhänger, andererseits für drei Geländewagen-Pferdeanhänger-Kombinationen. Wie bereits dargelegt, ist von der Feststellung der Vorinstanz auszugehen, dass Fahrzeugkombinationen instabiler sind als einzelne Fahrzeuge und daher eine grössere Gefahr für die Verkehrssicherheit bedeuten. Für Anhängerzüge sieht Art. 5 Abs. 1 lit. a Ziff. 2 VRV denn auch eine reduzierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h vor. An dieser Feststellung vermag auch der Hinweis des Beschwerdeführers auf die Bedeutung des Könnens und des Verantwortungsbewusstseins des Fahrers nichts zu ändern.
5.2.3 Die Vorinstanz hat ihren Entscheid aufgrund der in E. 5.2.1 aufgeführten Kriterien gefällt. Es kann ihr deshalb nicht vorgeworfen werden, sie habe sich von unsachlichen Erwägungen leiten lassen. Im Gegenteil mass sie dem Zweck der anwendbaren Vorschriften ein hohes Gewicht bei. Richtigerweise hat sie anerkannt, dass der Beschwerdeführer einen wichtigen Beitrag zur Rettung von Grosstieren leistet und der Zeitfaktor dabei von Bedeutung sein kann. Auch wenn Tiere leidensfähige Lebewesen sind, so stehen sie nach den Wertvorstellungen, wie sie in unserer Rechtsordnung Ausdruck finden, nicht auf gleicher Stufe wie der Mensch. Die Vorinstanz hat eine Güterabwägung vorgenommen zwischen der Gefährdung von Tierleben infolge eines langsameren Notfalltransports und der Gefährdung von Menschenleben infolge der Beeinträchtigung der Sicherheit im Strassenverkehr (z.B. durch die erlaubte Überschreitung der Tempolimite oder den besonderen Vortritt). Aus den dargelegten Gründen hat sie der Sicherheit von Menschenleben den Vorrang gegeben. Es ist nicht ersichtlich, dass sie in der Ausübung des ihr verliehenen Ermessens das Verhältnismässigkeitsprinzip verletzt hätte.
5.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, dass privaten Öl- und Chemiewehren die Ausrüstung ihrer Fahrzeuge mit Blaulicht und Wechselklanghorn erlaubt worden sei und ihm deshalb aus dem Rechtsgleichheitsgebot ein Rechtsanspruch auf die gleiche Bewilligung erwachse. Aus den Weisungen des UVEK geht diesbezüglich hervor, dass offizielle oder private Einsatzfahrzeuge, die besonders für Öl- oder Chemiewehr ausgerüstet sind und von offiziellen Organisationen für dringende Einsätze aufgeboten werden können, zu den Fahrzeugen der Feuerwehr im Sinne von Art. 27 Abs. 2 SVG, Art. 16 Abs. 1 VRV und Art. 110 Abs. 3 lit. a VTS gezählt werden (Ziff. 1.1.3 der Weisungen). Daraus kann der Beschwerdeführer jedoch nichts für seinen Standpunkt ableiten. Öl- und Chemieunfälle sind in höherem Masse geeignet, in unmittelbarer Weise Leib und Leben von Menschen zu gefährden. Eine derartige Gefahr abzuwenden kann der Beschwerdeführer für sich nicht beanspruchen, selbst wenn die Rettung von Grosstieren bisweilen auch der Sicherheit von Menschen dienen kann, etwa bei Verkehrsunfällen oder freilaufenden Grosstieren. Mithin sind die im Hinblick auf die anzuwendenden Normen (Art. 220 Abs. 2 VTS i.V.m. Art. 8 Abs. 2 und 3 SVG) relevanten Tatsachen nicht gleich (vgl. BGE 131 I 91 E. 3.4 S. 102 f. mit Hinweisen). Von einer rechtsungleichen Behandlung des Beschwerdeführers im Vergleich zu Inhabern von Einsatzfahrzeugen der Öl- und Chemiewehr kann deshalb nicht gesprochen werden. Auch insofern besteht kein Ermessensmissbrauch durch die Vorinstanz.
6. Insgesamt ist der Entscheid der Vorinstanz nicht zu beanstanden. Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers vermögen daran nichts zu ändern. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Strassen und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold