Sachverhalt:
A. Das X._ ist ein Verein im Sinne von Art. 60 ff. ZGB mit Sitz in A._/SZ. Zum X._ (wozu die Westschweiz nicht gehört) gehören 675 Ordensschwestern in 38 Niederlassungen (Stand 30. November 2007). Die Schwestern leben in grösseren und kleineren Gemeinschaften immer dort, wo es der Dienst am Menschen erfordert. Sie beschäftigen sich mit Menschen, die körperlich, geistig, seelisch oder sozial hilfsbedürftig sind. Es ist unbestritten, dass das X._ an sich Kultuszwecke verfolgt, weshalb es vom Veranlagungskanton Schwyz zu 80 Prozent von der Besteuerung ausgenommen ist.
Dem Verein gehörten in B._/GR die Baurechtsparzelle Nr. ccc und das Einfamilienhaus Nr. ddd. Das erstgenannte Objekt wurde am 26. Juni 2006 gewinnbringend veräussert; im 2006 wurden damit keine Erträge mehr erzielt, weil der Besitzesantritt per 1. Januar 2006 erfolgte. Demgegenüber warf das Einfamilienhaus Nr. ddd im Jahre 2006 einen Ertragsüberschuss von Fr. 25'559.85 ab.
B. Für die Kantonssteuern 2006 wurde der Verein X._ von der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden am 3. Februar 2009 mit einem im Kanton Graubünden steuerbaren Gewinn von Fr. 1'836'799.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 381'228.-- veranlagt. Daraus ergab sich ein totaler Steuerbetrag von Fr. 601'191.-- (Gewinn- und Kapitalsteuer, Zuschlagsteuer anstelle von Gemeindesteuern, Kultussteuern sowie Sonderabgabe auf Kapital). Zusammen mit ihrer Einsprache gegen diese Veranlagung stellte der Verein X._ am 27. Februar 2009 das Gesuch um Steuerbefreiung wegen Verfolgung von Kultuszwecken. Während die Behandlung der Einsprache sistiert wurde, lehnte die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden das Steuerbefreiungsgesuch am 9. Oktober 2009 ab, da die Liegenschaften in B._ nicht unmittelbar dem Kultuszweck dienten. Die dagegen erhobene Einsprache wurde im Einverständnis beider Parteien im Sinne einer Sprungbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden weitergeleitet, welches die Beschwerde am 13. April 2010 abwies.
C. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 13. April 2010 führt der Verein X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 13. April 2010 aufzuheben, ihm für die Kantonssteuern 2006 Steuerbefreiung zu gewähren, und eventuell den Entscheid an die Vorinstanz(en) zum Neuentscheid zurückzuweisen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht.
D. Die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden, das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 100 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung u.a. nach Art. 95 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Nach Art. 78 Abs. 1 lit. e des Steuergesetzes für den Kanton Graubünden vom 8. Juni 1986 (StG; BR 720.000) sind juristische Personen, die im kantonalen oder im gesamtschweizerischen Interesse Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, welche ausschliesslich, unwiderruflich und unmittelbar diesen Zwecken dienen, von der Steuerpflicht befreit. Diese Bestimmung deckt sich grundsätzlich mit Art. 23 Abs. 1 lit. g StHG. Indes kennt diese Norm das Zusatzerfordernis des kantonalen Rechts nicht, wonach der Gewinn und das Kapital nicht nur ausschliesslich und unwiderruflich, sondern zudem unmittelbar dem Kultuszweck zu dienen hat. Ebenso wenig ist dieses Zusatzerfordernis in Art. 56 lit. h DBG (SR 173.110) enthalten. Es fragt sich daher, ob dieses einschränkende Zusatzkriterium des kantonalen Rechts mit dem StHG konform ist. Während die Vorinstanzen und die Eidgenössische Steuerverwaltung diese Frage bejahen, bestreitet sie der Beschwerdeführer.
2.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung soll die Steuerharmonisierung eine gegenseitige Angleichung der direkten Steuern des Bundes und der Kantone, eine grössere Transparenz des schweizerischen Steuersystems und eine Vereinfachung der Veranlagung bezwecken; dabei ist die - finanzielle - Autonomie der Kantone zu berücksichtigen. In den Bereichen, in denen ein Bedarf nach einer unterschiedlichen kantonalen Regelung indes nicht oder nicht mehr besteht, ist es jedoch gerechtfertigt, eine weitergehende Harmonisierung auf der Grundlage des Bundesrechts anzunehmen, selbst wenn sich dies aus dem Wortlaut des Gesetzes nicht klar ergibt. Denn der Bereich der kantonalen Autonomie muss eine eindeutige und bestimmte Funktion haben; sie dient nicht dem Selbstzweck (vgl. BGE 130 II 65 E. 5.2 S. 73 f.; 128 II 56 E. 6a S. 64 f.). Verbleibt den Kantonen in einem bestimmten Bereich kein Freiraum mehr, sind unter dem Geltungsbereich des StHG die Bestimmungen des kantonalen Steuergesetzes deshalb nicht anders auszulegen als auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer. Eine andere Auslegung läuft dem Anliegen der vertikalen Harmonisierung zuwider und vereitelt die mit dem Erlass des StHG angestrebte Vereinfachung der Rechtsanwendung. Das Bundesgericht hat deshalb - ebenfalls das StG des Kantons Graubünden betreffend - festgehalten, dass im Bereich der Ausnahmen von der subjektiven Steuerpflicht Art. 78 Abs. 1 lit. f StG dem Art. 23 Abs. 1 lit. f StHG und dem Art. 56 lit. g DBG entspricht (BGE 131 II 1 E. 6 S. 12; vgl. auch Urteil 2C_592/2008 vom 2. Februar 2009 E. 6.1; Urteil 2A.42/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.1 betreffend die entsprechenden Bestimmungen des solothurnischen Steuergesetzes).
2.3 Art. 23 Abs. 1 lit. f und g StHG sowie Art. 56 lit. g und h DBG sind inhaltlich unveränderte Neuformulierungen des Art. 16 Ziff. 3 des mit Art. 201 DBG aufgehobenen Bundesbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer. Aufgrund des historischen (dazu Botschaft zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer vom 25. Mai 1983, in: BBl 1983 III 1 ff., 109, 188 [zu Art. 62]) und des teleologischen Auslegungselementes steht den Kantonen im Bereich der Steuerbefreiung wegen Kultuszwecken kein Gestaltungsspielraum zu (dazu auch Marco Greter, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, Rz. 1, 35 ff. zu Art. 23 StHG).
2.4 Dementsprechend hat die restriktivere Fassung von Art. 78 Abs. 1 lit. e StG nach Art. 72 Abs. 2 StHG der nunmehr direkt anwendbaren Bestimmung von Art. 23 Abs. 1 lit. g StHG zu weichen (BGE 133 II 114 E. 3.2 S. 116). Diese entspricht materiell Art. 56 lit. h DBG (vgl. Greter, a.a.O., Rz. 35 zu Art. 23 StHG). Es kann infolgedessen auf die im Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 8. Juli 1994 (in: ASA 63, S. 130 ff., insbes. S. 135 ff. [nachfolgend Kreisschreiben]) näher konkretisierte Steuerbefreiung bei Verfolgung von Kultuszwecken nach Art. 56 lit. h DBG Bezug genommen werden. Danach ist die Vermögensverwaltung - wie im vorliegenden Fall -, nicht aber die Verfolgung von Erwerbszwecken zulässig. Nur diese hat die Aufhebung der Steuerbefreiung zur Folge (Kreisschreiben, S. 136; Marco Greter, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2008, Rz. 41 zu Art. 56 DBG, wonach in einem solchen Fall eine teilweise Steuerbefreiung in Frage komme; dazu auch Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N 88 i.f. zu Art. 56 DBG; Nicolas Urech, in: Yersin/Noël [ed.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N 92 ad art. 56 LIFD). Insofern verlangt Art. 23 Abs. 1 lit. g StHG keine unmittelbare Verfolgung von Kultuszwecken. Eine mittelbare ist ebenso zulässig, weshalb es entgegen der Auffassung der Vorinstanz keinen Hinderungsgrund für die Steuerbefreiung bildet, wenn der Beschwerdeführer die fraglichen Liegenschaften nicht "unmittelbar" zur Verfolgung von Kultuszwecken einsetzt.
2.5 Nebenbei ist darauf hinzuweisen, dass der Beschwerdeführer trotz Steuerbefreiung nach Art. 78 Abs. 1 lit. e StG für seine Grundstückgewinne des Jahres 2006 steuerpflichtig ist (Art. 23 Abs. 4 StHG).
3. 3.1 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantonssteuern 2006 als begründet und ist gutzuheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 13. April 2010 ist aufzuheben und die Steuerfreiheit für die Steuerperiode 2006 zu gewähren.
3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Graubünden, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat dem Beschwerdeführer zudem eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 BGG). Die Sache ist zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückzuweisen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 13. April 2010 aufgehoben und die Steuerfreiheit für die Steuerperiode 2006 gewährt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden dem Kanton Graubünden auferlegt.
3. Der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 6'000.-- auszurichten.
4. Zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens wird die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Errass