Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin) mietete von B._ (Beschwerdegegner) zwei Liegenschaften in St. Gallen. Nach entsprechender Androhung kündigte der Beschwerdegegner am 22. Mai 2008 beide Mietverträge wegen Zahlungsverzugs auf den 30. Juni 2008. Während die Beschwerdeführerin die Kündigungen bei der Schlichtungsstelle anfocht, klagte der Beschwerdegegner für jedes der Mietobjekte auf Ausweisung der Beschwerdeführerin.
B. Mit Urteilen vom 8. September 2008 wies der Kreisgerichtspräsident St. Gallen in beiden Verfahren die Kündigungsanfechtung und die von der Beschwerdeführerin gestellten Erstreckungsbegehren ab und befahl ihr, die Mietobjekte zu räumen. Die gegen diese Urteile erhobenen Rekurse wies das Kantonsgericht St. Gallen mit zwei Entscheiden vom 23. Oktober 2008 ab. Gegen beide Entscheide hat die Beschwerdeführerin Beschwerden in Zivilsachen erhoben, mit welchen sie sich der Ausweisung widersetzt und im Wesentlichen an ihren im kantonalen Verfahren gestellten Begehren festhält. Zusätzlich beantragt sie, den Beschwerden aufschiebende Wirkung zukommen zu lassen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten ist. Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Soweit das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (Art. 106 BGG), ist zwar eine ausdrückliche Nennung bestimmter Gesetzesartikel nicht erforderlich, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesrechts die Vorinstanz verstossen haben soll. Unerlässlich ist aber, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und im Einzelnen dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll (BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 246; 134 V 53 E. 3.3 S. 60; 133 IV 286 E. 1.4 S. 287).
2. Vor Bundesgericht sind zwei voneinander unabhängige Mietverhältnisse zu beurteilen. Die Argumentation, mit welcher die Beschwerdeführerin die Missbräuchlichkeit der Kündigungen aufzuzeigen versucht, ist aber weitgehend identisch, so dass sich analoge Rechtsfragen stellen. Dies rechtfertigt, über beide Beschwerden in demselben Entscheid zu urteilen. Die Beschwerdeführerin macht allerdings geltend, eine der Kündigungen stütze sich auf Art. 266l OR und nicht auf einen Zahlungsverzug nach Art. 257d OR. Art. 266l OR regelt indessen einzig die Form der Kündigung, welche auch bei einer ausserordentlichen Kündigung wegen Zahlungsverzugs nach Art. 257d OR zu beachten ist (WEBER, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2007, N. 8 zu Art. 257d OR und N. 4 zu Art. 266l OR). Inwiefern der angefochtene Entscheid diesbezüglich Recht verletzen soll, ist nicht nachvollziehbar, weshalb insoweit nicht auf die Beschwerde einzutreten ist.
3. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, der Beschwerdegegner habe ihr bereits vor Jahren zugesagt, sie könne beide Liegenschaften zu einem bestimmten Preis erwerben. Er habe sie mit diesem Versprechen während Jahren hingehalten und dazu gebracht, überhöhte Mietzinse zu bezahlen, ohne deren Herabsetzung zu verlangen. Angesichts des Verdachts betrügerischer Machenschaften müsse sich der Beschwerdegegner jedenfalls ein Verhalten wider Treu und Glauben unterstellen lassen. Werde aber festgestellt, dass die Kündigung missbräuchlich erfolgt sei, lebe auch die Möglichkeit, eine Erstreckung zu verlangen, wieder auf.
3.1 Die Vorbringen der Beschwerdeführerin gehen an der Sache vorbei. Die ausserordentliche Kündigung infolge Zahlungsverzugs schützt den Vermieter vor der Weitergeltung des Mietvertrages, wenn der Mieter seiner vertraglichen Pflicht zur Mitzinszahlung nicht nachkommt. Dass sich der Vermieter dem Mieter gegenüber allenfalls treuwidrig verhalten hat, bedeutet nicht, dass der Mieter das Fortbestehen des Mietverhältnisses beanspruchen kann, wenn er keinen Mietzins mehr bezahlt. Selbst wenn ihm durch das Verhalten des Vermieters ein Schaden entstanden sein sollte, kann er nicht einfach die Mietzinszahlungen einstellen, sondern er müsste allfällige Schadenersatzansprüche rechtzeitig zur Verrechnung bringen. Sind die Mietobjekte mangelhaft, wie die Beschwerdeführerin behauptet, kann der Mieter zwar eine Herabsetzung des Mietzinses verlangen und den Mietzins allenfalls hinterlegen. Die Einstellung der Mietzinszahlungen ist aber nur statthaft, wenn überhaupt kein Mietzins mehr geschuldet ist.
3.2 Unter den Parteien ist umstritten, in welchem Umfang Mietzins geschuldet ist. Um die Kündigung als missbräuchlich auszuweisen, müsste die Beschwerdeführerin zumindest darlegen, dass sie den gestützt auf ihre eigenen Vorbringen geschuldeten Mietzins bezahlt hat. Entsprechende Ausführungen fehlen. Damit wird nicht ersichtlich, inwiefern die angefochtenen Entscheide Recht verletzen sollen, so dass beide Beschwerden den Begründungsanforderungen nicht genügen (Art. 42 Abs. 2 BGG).
3.2.1 Bei einem der beiden Mietobjekte verlangte die Beschwerdeführerin zwar, den Mietzins ab 9. August 2007 auf Fr. 0.-- herabzusetzen. Sie geht aber auf die Erwägungen der Vorinstanz, welche nur für eine bestimmte Zeitspanne völlige Unbrauchbarkeit annahm, nicht hinreichend ein. Da die Beschwerdeführerin nach den Feststellungen der Vorinstanz bereits ab Juni 2007 für dieses Mietobjekt keinen Mietzins mehr bezahlte, ändern ihre Vorbringen nichts daran, dass ein Mietzinsausstand bestehen bleibt.
3.2.2 Beim anderen Mietobjekt hat die Beschwerdeführerin selbst nur eine angemessene Herabsetzung des Mietzinses verlangt und nicht bestritten, dass sie das Parterre noch nutzt, so dass auch für dieses Mietobjekt ein Mietzinsrückstand gegeben ist.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt in beiden Beschwerden eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör, weil die Vorinstanz den beantragten Augenschein nicht angeordnet und keine Berichte bei der Bau-, Feuerschutz- und Gesundheitspolizei eingeholt habe. Sie führt in ihren Beschwerden aus, sie prosequiere diese Anträge in aller Form, zeigt aber nicht mit Aktenhinweisen auf, wo sie im kantonalen Verfahren entsprechende Beweisanträge prozesskonform gestellt hat. Dies wäre aber notwendig, um aufzuzeigen, dass die Nichtabnahme der entsprechenden Beweismittel Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG).
3.4 Aber auch sonst setzt sich die Beschwerdeführerin in beiden Beschwerden mit den Erwägungen der Vorinstanz nicht hinreichend auseinander. Sie ergänzt die tatsächlichen Feststellungen und weicht von diesen ab, ohne hinreichend begründete Sachverhaltsrügen (Art. 97 Abs. 1 BGG) zu erheben. Auch insoweit genügt sie den Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in Zivilsachen in keiner Weise (Art. 42. Abs. 2 BGG). Daher ist auf beide Beschwerden nicht einzutreten. Auf die weiteren Vorbringen, gestützt auf welche der Beschwerdegegner beantragt, nicht auf die Beschwerden einzutreten, braucht damit nicht eingegangen zu werden.
4. Damit ist auf beide Beschwerden nicht einzutreten. Mit dem Entscheid in der Sache selbst, wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf beide Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Die Prozesskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter für Rekurse im Obligationenrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Januar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak