Erwägungen:
1. X._ war bei der A._ angestellt; er gehörte der Konzernleitung an. Am 25. April 2000 erwarb er von seiner Arbeitgeberin 20'000 Aktien einer von dieser gegründeten Beteiligungsgesellschaft für Kadermitarbeiter; am 23. März 2001 kaufte er weitere 8'000 solche Aktien hinzu. Am 23. September 2001 verkaufte er einen Teil dieser Aktien, am 30. Juni 2002 dann die restlichen Aktien, je wiederum an die Arbeitgeberin A._. Dabei erzielte er Gewinne von Fr. 773'600.- bzw. Fr. 950'903.--. Diese Gewinne rechnete das Kantonale Steueramt Zürich bei den Veranlagungen zu den Staats- und Gemeindesteuern 2001 und 2002 zum steuerbaren Einkommen der Ehegatten X._ und Y._ hinzu; es ging von einem engen Zusammenhang zwischen Aktienerwerb und -verkauf und dem Arbeitsverhältnis aus, weshalb Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit und nicht steuerfreier Kapitalgewinn gegeben sei.
Die gegen diese Veranlagung erhobene Einsprache blieb erfolglos. Die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich hob den Einspracheentscheid in teilweiser Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde am 4. Oktober 2010 auf und wies die Angelegenheit im Sinn der Erwägungen zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an das kantonale Steueramt in das Veranlagungsverfahren zurück. Gegen diesen Rechtsmittelentscheid gelangte das Kantonale Steueramt mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 27. Juni 2012 teilweise gut; es wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das Steuerrekursgericht (als Nachfolgeinstanz der Steuerrekurskommission) zurück.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. September 2012 beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit dieses im Sinne der Erwägungen neu entscheide; eventualiter sei das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuern Steuerperiode 2001 mit Fr. 777'600.-- zum Satz von Fr. 797'000.-- (statt Fr. 1'551'200.-- zum Satz von 1'570'600.--) und Steuerperiode 2002 mit Fr. 549'000.-- zum Satz von Fr. 563'400.-- (statt Fr. 1'500'900- zum Satz von Fr.1'514'400.--) festzusetzen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Entscheid, womit die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird. Rückweisungsentscheide gelten grundsätzlich als Zwischenentscheide, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 133 V 477 E. 4 S. 480-482). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr bleibt und die Rückweisung bloss der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient; diesfalls liegt ein Endentscheid vor (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3).
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer hat das Steuerrekursgericht, an welches das Verwaltungsgericht die Sache zurückgewiesen hat, nicht bloss rechnerische Vorgaben umzusetzen. Es genügt hiefür der Hinweis auf E. 4.4 des angefochtenen Urteils. Dieses stellt mithin nicht einen Endentscheid, sondern einen Zwischenentscheid dar.
2.2 Da dieser Zwischenentscheid seinem Inhalt nach nicht unter Art. 92 BGG fällt, ist die dagegen gerichtete Beschwerde gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nur dann zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Erscheinen diese Eintretensvoraussetzungen nicht ohne Weiteres gegeben, obliegt es der Beschwerde führenden Partei, deren Vorhandensein darzulegen: Die Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG besteht, ungeachtet von Art. 29 Abs. 1 BGG, auch hinsichtlich von nicht evidenten Eintretensvoraussetzungen (vgl. BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48; 133 II 249 E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404).
2.2.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, das angefochtene Urteil könne für sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bewirken. Der Nachteil soll darin bestehen, dass das Verwaltungsgericht sich in der hauptsächlichen Streitfrage, ob die mit dem Aktienkauf und -verkauf verbundenen Gewinne steuerbares Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit darstellten, festgelegt habe und in einem zweiten Umgang - nach Vorliegen eines neuen Entscheids des Steuerrekursgerichts - wegen der Bindungswirkung seines Urteils vom 27. Juni 2012 nicht mehr darauf zurückkommen könnte; der Streit könnte dann auch nicht mehr dem Bundesgericht unterbreitet werden. Dies trifft offensichtlich nicht zu: Gelangten die Beschwerdeführer nach Vorliegen des neuen Entscheids des Steuerrekursgerichts wiederum an das Verwaltungsgericht, würde dieses zwar wohl auf seine Rechtsauffassung nicht mehr zurückkommen und die Beschwerde erneut abweisen bzw., soweit nur noch die Frage der rechtlichen Qualifizierung der durch das Aktiengeschäft erzielten Gewinne bemängelt wird, möglicherweise gar einen Nichteintretensentscheid fällen. Dies hinderte die Beschwerdeführer indessen nicht daran, gegen ein solches verwaltungsgerichtliches Urteil wiederum mit Beschwerde an das Bundesgericht zu gelangen und diesem - nötigenfalls unter Mitanfechtung des mit der vorliegenden Beschwerde angefochtenen ersten Urteils vom 27. Juni 2012 - die heute unterbreiteten Rügen dannzumal nochmals vorzutragen (Art. 93 Abs. 3 BGG), soweit nicht ohnehin schon im Nachgang zum neuen Entscheid des Steuerrekursgerichts direkt an das Bundesgericht gelangt werden kann (vgl. zum Ganzen BGE 133 V 645 E. 2 S. 647 f.; Urteile 2C_258/2012 vom 22. März 2012 E. 2.2, 2C_366/2011 vom 15. Juni 2011 E. 2.1 und 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 1).
2.2.2 Was schliesslich Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG betrifft, mag dahin gestellt bleiben, ob das Bundesgericht im Eintretensfall wirklich direkt einen Endentscheid fällen könnte (vgl. dazu BGE 133 III 629 E. 2.4.1 S. 633; 132 III 785 E. 4 S. 791 f.; s. auch BGE 138 III 46 E. 1.2 S. 48). Die Beschwerdeführer tun nämlich nicht dar, dass dadurch ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte. Es ist daran zu erinnern, dass die Ausnahmeklausel von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht leichthin als erfüllt zu betrachten, vielmehr restriktiv zu handhaben ist, was die Anforderungen an die diesbezüglich der Partei obliegende Begründungspflicht noch erhöht (Urteile 9C_171/2012 vom 23. Mai 2012 E. 3.3.2 und 5A_780/2011 vom 23. Februar 2012 E. 1.3.2).
2.3 Da weder ein Endentscheid vorliegt noch ersichtlich ist (bzw. von den Beschwerdeführern aufgezeigt wird), dass die Eintretensvoraus-setzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt wären, erweist sich die vorliegende Beschwerde als offensichtlich unzulässig (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG). Es ist darauf mit Entscheid der Einzelrichterin im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.4 Die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang den Beschwerdeführern nach Massgabe von Art. 66 Abs. 5 BGG aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aubry Girardin
Der Gerichtsschreiber: Feller