Faits:
A. Le 6 février 2008, le Conseil d'Etat genevois a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire Municipale intitulée "Pour le maintien des prestations de la Ville de Genève aux rentiers AVS-AI", munie de plus de 4000 signatures. L'initiative (ci-après: IN-1) tend à ce que le Conseil municipal de la Ville de Genève adopte un règlement municipal sur les prestations accordées aux personnes âgées, veuves, orphelins et invalides. Ce règlement compte cinq articles. Il prévoit le versement par la Ville de Genève d'une aide financière aux personnes qui bénéficient de prestations complémentaires à l'AVS-AI (y compris les personnes dont le revenu dépasse jusqu'à 500 fr. par mois le montant fixé pour l'obtention des prestations complémentaires), sauf pour les personnes placées en institution (art. 1). Les montants de l'aide communale sont fixés à 185 fr. pour les personnes seules et 265 fr., pour les couples (avec majorations et indexation; art. 2). Les art. 3 à 5 concernent le financement, l'entrée en vigueur et la modification du règlement.
Le Conseil municipal de la Ville de Genève a examiné l'initiative le 4 novembre 2008, sur la base d'un rapport de commission qui concluait à sa validité. Il a approuvé ces conclusions, contrairement aux avis exprimés par le Conseil administratif et le Conseil d'Etat, qui considéraient que le droit cantonal réglait exhaustivement la question des prestations complémentaires au sens de la loi fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité (LPC), RS 831.20. Le Conseil municipal n'a toutefois pas adopté de délibération formelle validant l'initiative, car aucun projet dans ce sens n'avait été porté à l'ordre du jour. Le projet de délibération a été adopté le lendemain 5 novembre 2008.
B. Saisi d'une plainte formée par une conseillère municipale, le Conseil d'Etat - autorité de surveillance des communes - a, par arrêté du 13 février 2009, annulé la délibération du 5 novembre 2008 en raison de la violation des règles de procédure, et invalidé l'initiative. Le droit cantonal prévoyait qu'en l'absence de décision valable dans le délai de neuf mois, l'initiative était considérée comme validée. Une telle validation "ex lege" était toutefois soumise à la surveillance du Conseil d'Etat. L'objet de l'initiative ne constituait pas une "activité sociale" au sens de l'art. 36 al. 1 let. f de la loi sur l'administration des communes (LAC, RS/GE B 6 05), et le droit fédéral et cantonal ne donnaient aucune compétence aux communes dans le domaine des prestations complémentaires. Par ailleurs, une initiative municipale ne pouvait être présentée qu'en termes généraux. Or, l'IN-1 était rédigée de toutes pièces.
C. Par arrêt du 1er décembre 2009, le Tribunal administratif genevois a rejeté les recours qu'avaient formés, d'une part, quatre citoyens, le comité d'initiative et l'association Avivo-Genève et, d'autre part, la Ville de Genève. L'annulation de la délibération du 5 novembre 2008 n'était pas contestée. La validation de l'initiative ex lege constituait une décision, annulable par le Conseil d'Etat au même titre qu'une délibération. Présentée comme un projet de règlement entièrement rédigé, l'initiative avait été invalidée à juste titre, sans qu'il y ait lieu d'en examiner la validité matérielle.
D. Par acte du 25 janvier 2010 (cause 1C_49/2010), Jean-Pierre Aubert, Solange Zosso, René Ecuyer, Jeannette Roulin, ainsi que l'Avivo-Gevève et le comité d'initiative forment un recours en matière de droit public. Ils demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de confirmer "la conformité du texte de l'initiative IN-1".
Par acte du même jour (cause 1C_51/2010), la Ville de Genève forme également un recours en matière de droit public, principalement pour violation de son autonomie. Elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et de l'arrêté du Conseil d'Etat et la constatation que l'initiative est valide; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif persiste dans le dispositif et les considérants de son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut à l'irrecevabilité ou au rejet des deux recours. Jean-Pierre Aubert et consorts ont répliqué et maintenu leurs conclusions. La Ville de Genève a renoncé à répliquer.
Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre une même décision d'invalidation, confirmée en dernière instance cantonale. Même si les motifs invoqués dans les recours sont différents (violation des droits politiques pour l'un, violation de l'autonomie communale pour l'autre), ils portent sur l'application des mêmes dispositions du droit cantonal. Il y a donc lieu de joindre les causes et de statuer par un même arrêt.
2. Le Tribunal fédéral contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 I 42 consid. 1; 135 II 94 consid. 1 p. 96).
2.1 Selon l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires. Cette disposition reprend la règle de l'art. 85 let. a OJ et ouvre le recours contre l'ensemble des actes affectant les droits politiques (message LTF, FF 2001 4118), y compris au niveau communal (ATF 129 I 392 consid. 2.1 p. 394). Le recours en matière de droits politiques permet en particulier au citoyen de se plaindre de ce qu'une initiative a été indûment soustraite au scrutin populaire, parce qu'elle a été déclarée totalement ou partiellement invalide par l'autorité chargée de cet examen (ATF 134 I 172 consid. 1.1).
Le recours 1C_49/2010 est formé par quatre citoyens de la Ville de Genève qui ont, à ce titre - et indépendamment de tout intérêt juridique personnel -, qualité pour se plaindre d'une violation de leur droit de vote au niveau communal (art. 89 al. 3 LTF). La jurisprudence reconnaît également la qualité pour recourir pour violation du droit de vote aux partis politiques et aux organisations à caractère politique formées pour l'occasion, à la condition qu'ils exercent leur activité dans la collectivité publique concernée par l'élection ou la votation en cause et qu'ils soient constitués en personne morale (ATF 121 I 334 consid. 1a p. 337; 115 Ia 148 consid. 1b p. 153; 114 Ia 267 consid. 1c p. 270; 112 Ia 208 consid. 1a p. 211). Tel est le cas du comité d'initiative, constitué en personne morale, ainsi que de l'Avivo-Genève, qui a également lancé l'initiative (cf. consid. 1.2. non publié de l'ATF 130 I 185). Les recourants ont également participé à la procédure devant l'instance précédente (art. 89 al. 1 let. a LTF). Les griefs soulevés sont ainsi recevables, à l'exception de l'autonomie communale, dont les recourants n'ont pas qualité pour se prévaloir et dont l'invocation n'apparaît, au demeurant, pas suffisamment motivée.
2.2 Le recours 1C_51/2010 est formé par la Ville de Genève qui, tout en se plaignant d'une violation de son autonomie, se fonde sur l'art. 82 let. c LTF. Elle méconnaît ainsi que les communes ne sont pas titulaires des droits politiques, et n'ont donc pas qualité pour agir sur cette base (ATF 134 I 172 consid. 1.3 p. 174-176). En revanche, la voie du recours pour violation de l'autonomie communale est ouverte, pour autant que la recourante dispose d'autonomie dans le domaine en cause.
La Ville de Genève estime que le Conseil d'Etat ne pouvait intervenir en cas de validation d'une initiative municipale "ex lege", soit sans délibération formelle du Conseil municipal. Ce faisant, elle invoque l'autonomie dont elle bénéficie en matière de validation des initiatives municipales, conformément à l'art. 30 al. 1 let. y de la loi genevoise sur l'administration des communes (LAC). Le recours est ainsi recevable, la Ville de Genève ayant elle aussi pris part à la procédure devant le Tribunal administratif.
3. Les deux recours critiquent l'intervention du Conseil d'Etat en tant qu'autorité de surveillance des communes. Se plaignant d'arbitraire, Jean-Pierre Aubert et consorts estiment qu'une initiative municipale ne pourrait être invalidée que sur la base d'une délibération au sens des art. 29 et 30 LAC. En l'absence d'une telle délibération intervenue valablement dans le délai impératif de l'art. 68E Cst./GE, l'initiative est considérée comme valide en application de l'art. 36B al. 5 LAC. Cette validation ex lege - sans délibération formelle et sans débats - serait soustraite au pouvoir de surveillance du Conseil d'Etat tel qu'il est défini aux art. 67 à 70 LAC, et une invalidation ne serait possible que par la voie d'un recours. La révision du droit d'initiative, en 1993, aurait institué sur ce point une solution identique pour le Grand Conseil et les conseils municipaux. L'assimilation, faite par le Tribunal administratif entre une délibération et une validation ex lege, serait contraire à la lettre de la loi.
La Ville de Genève soutient également que le Conseil d'Etat ne pourrait invalider que les délibérations proprement dites du Conseil municipal. A l'égard d'une validation ex lege, il y aurait un silence qualifié de la loi. La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir insuffisamment motivé son arrêt, s'agissant de l'application de l'art. 67 let. b LAC, et d'avoir arbitrairement appliqué cette disposition en affirmant notamment qu'il suffirait au Conseil municipal de s'abstenir de délibérer pour soustraire la validation d'une initiative au contrôle du Conseil d'Etat.
3.1 Saisi d'un recours pour violation des droits politiques, le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal, ainsi que des dispositions de rang inférieur qui sont étroitement liées au droit de vote ou en précisent le contenu et l'étendue (ATF 132 I 282 consid. 1.3 p. 284; 129 I 185 consid. 2 p. 190). Le Tribunal fédéral n'examine en revanche que sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation des autres règles du droit cantonal, en particulier les dispositions de procédure (ATF 131 I 126 consid. 4 p. 131 et les arrêts cités).
Les dispositions de la LAC qui déterminent l'étendue du pouvoir de surveillance du Conseil d'Etat, sont sans incidence directe sur le contenu et l'étendue du droit de vote proprement dit. Elles s'apparentent à des dispositions d'exécution et de procédure, telles qu'elles sont réservées aux art. 68E al. 1 et 69 Cst./GE. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est dès lors limité à l'arbitraire. En présence de deux interprétations également défendables, le Tribunal fédéral s'en tient en général à celle retenue par la plus haute autorité cantonale (ATF 131 I 126 consid. 4 p. 131 et les arrêts cités).
3.2 Il en va de même pour le grief de violation de l'autonomie communale soulevé par la Ville de Genève. Lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de contrôle ou de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière (ATF 128 I 3 consid. 2b p. 9; 126 I 133 consid. 2 p. 136). Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation du droit constitutionnel; en revanche, il vérifie l'application de règles de rang inférieur à la constitution cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.; ATF 128 I 3 consid. 2b p. 9; 122 I 279 consid. 8b p. 290 et la jurisprudence citée). Dans ce cas, il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain (ATF 133 I 149 consid. 3.1 p. 153; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17, 175 consid. 1.2 p. 177 et les arrêts cités).
3.3 L'art. 36B LAC, intitulé "décision sur la validité", prévoit que le conseil municipal se prononce sur la validité d'une initiative municipale au plus tard neuf mois après la constatation de son aboutissement (al. 1). Selon l'art. 36B al. 5 LAC, "l'absence de décision du conseil municipal dans le délai prescrit à l'alinéa 1 vaut décision déclarant l'initiative valide". Le pouvoir de surveillance du Conseil d'Etat sur les communes est défini au titre V de la loi (Surveillance de l'Etat; art. 61 ss). Selon l'art. 61 LAC, les communes sont placées sous la surveillance du Conseil d'Etat. Celui-ci l'exerce plus spécialement par l'intermédiaire du département compétent. Au chapitre II (Contrôle des délibérations), l'art. 66 al. 1 LAC prévoit que toutes les délibérations du conseil municipal sont transmises au département. Certaines délibérations sont soumises à l'approbation du département (art. 68 LAC) ou du Conseil d'Etat (art. 70 LAC). Selon l'art. 67 let. b LAC, ce dernier annule toute délibération du conseil municipal prise en violation des lois et règlements en vigueur.
3.4 Le Tribunal administratif a considéré qu'en cas d'absence de décision du Conseil municipal sur la validité de l'initiative dans le délai de neuf mois, la loi instituait une décision fictive assimilable à une délibération. Cela permettait au Conseil d'Etat d'intervenir sur la base de l'art. 67 let. b LAC. Cette interprétation, dont les motifs sont clairement exposés, n'a rien d'arbitraire. Elle est conforme au principe, consacré dans le droit de procédure administrative, selon lequel un retard injustifié peut être assimilé à une décision (cf. notamment art. 4 LPA/GE, art. 46a PA). Une telle assimilation tend précisément à permettre aux personnes intéressées de recourir.
L'art. 36B al. 1 et 5 LAC n'a manifestement d'autre but que d'imposer à l'autorité municipale de traiter les initiatives populaires sans retard excessif. Dans la mesure où la loi prévoit qu'une absence de délibération est assimilé à une décision de validation, on ne voit pas pour quelle raison celle-ci devrait être soustraite au pouvoir de surveillance du Conseil d'Etat, à l'instar d'une délibération ordinaire sur le même sujet. Comme le relève pertinemment la cour cantonale - sans faire pour autant un procès d'intention à l'égard du Conseil municipal -, il suffirait ainsi de laisser s'écouler le délai de neuf mois pour que la validation qui en découle soit soustraite au pouvoir de surveillance du Conseil d'Etat. Le parallèle fait par les recourants avec les décisions de validation du Grand Conseil tombe à faux, puisque le parlement cantonal n'est pas soumis à une autorité de surveillance. La Ville de Genève invoque également en vain les droits politiques: il n'y a pas de raison que les initiatives validées en application de l'art. 35B al. 5 LAC soient directement soumises au peuple, alors que celles qui ont fait l'objet d'une délibération sont préalablement soumises à la sanction du Conseil d'Etat.
3.5 L'arrêt attaqué n'est en rien arbitraire sur ce point. Il s'ensuit que le recours de la Ville de Genève - qui ne soulevait que ce grief - doit être rejeté.
4. Jean-Pierre Aubert et consorts soutiennent également que l'initiative ne pouvait être invalidée au motif qu'elle ne serait pas rédigée en termes généraux. Telle qu'elle est prévue à l'art. 68A Cst./GE, l'initiative municipale devait concerner des projets concrets, à l'époque où les communes ne disposaient que de peu de compétences réglementaires. Depuis la révision de 2001, qui permet aux communes d'adopter différents actes normatifs, l'initiative municipale permettrait une certaine souplesse et pourrait porter sur des normes générales, tels les règlements des plans d'utilisation du sol. Les recourants se réfèrent à deux arrêts du Tribunal fédéral confirmant la validité d'initiatives portant sur des objets très précis. En l'occurrence, la rédaction d'un texte précis se justifierait afin d'assurer le respect de la volonté des initiants et de garantir l'adoption de dispositions directement applicables. Le texte pourrait encore être modifié par le Conseil Municipal, s'agissant du financement et des voies de droit notamment. Les recourants se prévalent aussi du principe "in dubio pro populo". Ces griefs doivent être examinés librement, s'agissant de dispositions constitutionnelles et légales définissant l'objet d'une initiative.
4.1 L'initiative municipale est définie aux art. 68A ss de la Constitution genevoise. Selon l'art. 68A al. 2 Cst./GE, l'initiative, adressée au conseil municipal, "doit lui demander de délibérer sur un objet déterminé". Une telle formulation laisse clairement entendre que l'initiative doit être non formulée: si l'initiative est acceptée par le peuple, il appartient au conseil municipal d'adopter une délibération conforme aux voeux des initiants (art. 68F al. 3 Cst./GE et art. 36G LAC). Si la constitution et la loi admettaient une initiative rédigée de toutes pièces, cette délibération n'aurait pas de sens (GRODECKI, L'initiative populaire cantonale et communale à Genève, Genève 2008 p. 102). Les travaux préparatoires définissent d'ailleurs l'initiative municipale comme une initiative non formulée (idem, n° 343 et les références).
Cela n'exclut certes pas qu'une initiative municipale puisse être relativement détaillée, au regard des objets concrets sur lesquels le droit d'initiative peut porter en vertu de l'art. 36 LAC. L'initiative non formulée a été retenue en raison de sa souplesse, et l'on ne saurait dès lors se montrer trop sévère dans le respect de cette exigence de forme. Toutefois, dans la mesure où le respect de l'unité de forme (en l'occurrence, le respect d'une forme unique) est également une exigence en matière d'initiative municipale (cf. art. 68C al. 1 Cst./GE et 36B al. 2 LAC), une initiative se présentant comme un projet rédigé de toutes pièces ne saurait être admise. Le conseil municipal doit conserver une marge suffisante pour exécuter le voeu des initiants et, le cas échéant, le rendre conforme au droit supérieur (GRODECKI, op. cit. p. 105). Les arrêts du Tribunal fédéral mentionnés par les recourants ne disent d'ailleurs pas autre chose. L'arrêt 1P.227/1990 du 11 janvier 1991 rappelle que, selon les dispositions constitutionnelles précitées, les auteurs d'une initiative municipale ne peuvent pas formuler ou élaborer directement l'acte à proposer au corps électoral (consid. 3a). L'arrêt 1P.633/2000 du 29 janvier 2001 (SJ 2001 I p. 253) confirme lui aussi que l'initiative municipale doit être présentée en termes généraux (consid. 2a). Il émet par ailleurs des doutes sur la validité d'une initiative qui, sans être entièrement rédigée, présenterait un caractère précis et rigide (consid. 2a, 4b et 5b).
4.2 Les auteurs de l'initiative "pour le maintien des prestations de la ville de Genève aux rentiers AVS-AI" demandent au Conseil municipal de la Ville de Genève de prendre une délibération "ayant pour objet d'adopter un règlement municipal ayant la teneur suivante". Le règlement en question, dont le titre est également précisé, définit très précisément le cercle des bénéficiaires (art. 1), le montant de l'aide communale au franc près, y compris l'indexation (art. 2) et le financement par le budget annuel (art. 3). Il comporte encore, à l'instar d'un véritable règlement, des règles sur son entrée en vigueur et sa modification. Les intentions des initiants, la formulation de l'initiative et la rédaction du règlement ne laissent aucun doute sur la nature de la démarche, qui était de proposer un texte entièrement rédigé, destiné à être adopté tel quel par le Conseil municipal. C'est dès lors à bon droit que le Conseil d'Etat, puis le Tribunal administratif ont considéré que l'IN-1 était rédigée de toutes pièces, et l'ont invalidée pour ce motif. Il n'y a dès lors pas à examiner les autres motifs d'invalidation retenus par le Conseil d'Etat (compétence du Conseil municipal et conformité au droit supérieur).
5. Sur le vu de ce qui précède, les recours doivent être rejetés. Conformément à l'art. 66 al. 1 et 4 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de Jean-Pierre Aubert et consorts, et il n'en est pas perçu de la part de la commune recourante. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1C_49/2010 et 1C_51/2010 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants Jean-Pierre Aubert et consorts. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Conseil d'Etat du canton de Genève et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 8 juillet 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz