Fatti:
A. Il 27 novembre 1998 il Ministero pubblico ha decretato il non luogo a procedere in ordine alla denuncia presentata da C._ nei confronti di B._.
Con decisione del 3 ottobre 2007, la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha respinto una richiesta di accesso agli atti del procedimento avviato su denuncia della madre presentata da A._.
B. Avverso la decisione della CRP, A._ è insorta al Tribunale federale con ricorso in materia penale. Con sentenza 6B_688/2007 del 21 dicembre 2007, il Tribunale federale ha respinto il ricorso in quanto ammissibile, ritenendo infondate le censure di violazione del diritto di essere sentito e della garanzia della proprietà. Il Tribunale federale ha in particolare rilevato come l'interesse alla protezione della sfera privata del denunciato prevaleva in modo evidente su quello a consultare l'incarto del procedimento ormai chiuso di A._.
C. C.a Con scritto e numerosi allegati depositati al Tribunale federale l'11 febbraio 2008, A._ ha chiesto un'inchiesta sull'operato della Pretura di Lugano, del Ministero pubblico e della Camera dei ricorsi penali, la riconsiderazione della sentenza 6B_288/2007 del Tribunale federale nonché della sentenza emanata il 10 gennaio 2008 dalla Camera dei ricorsi penali (CRP).
C.b Il 12 marzo 2008, il Tribunale federale ha scritto a A._ informandola che, in quanto autorità di ricorso, il Tribunale federale può essere adito con ricorso contro decisioni cantonali di ultima istanza, non gli spetta invece di esercitare l'alta sorveglianza sulle autorità cantonali. Le veniva inoltre comunicato che le sentenze del Tribunale federale non potevano essere riconsiderate, ma tutt'al più potevano essere l'oggetto di una domanda di revisione e che la sua richiesta di "considerare" la sentenza emanata il 10 gennaio 2008 dalla CRP poteva essere interpretata quale ricorso contro tale decisione.
Il 24 novembre 2008, tramite la sua patrocinatrice di allora, A._ ha chiesto che il suo scritto dell'11 febbraio 2008 fosse considerato, oltre che come un ricorso in materia penale contro la suddetta decisione della CRP, come una domanda di revisione della sentenza 6B_688/2007, precisando che l'essenziale delle motivazioni della domanda di revisione si trovava alle pagg. 7-24 dell'atto dell'11 febbraio 2008.
C.c In relazione all'incarto 6F_2/2009 pendente, A._ ha scritto varie lettere e fax indirizzate al Giudice delegato, all'aggiunto del Segretario generale, al Presidente della Corte di diritto penale e alla Cancelleria del Tribunale federale in data 30 gennaio 2009, 2, 4, 8, 18, 23 e 28 febbraio 2009.
Con missiva dell'11 marzo 2009, A._ ha chiesto di visionare l'incarto 6F_2/2009 pendente. Il 2 aprile 2009 ella ha potuto consultare detto incarto. In quest'occasione A._ ha depositato al Tribunale federale un ulteriore scritto con diversi allegati, ha domandato la nomina di un nuovo patrocinatore e chiesto di essere posta a beneficio del gratuito patrocinio.
Il 3 aprile 2009, A._ ha inviato al Tribunale federale ancora una lettera con nuovi allegati.
D. Non sono state chieste osservazioni sulla domanda di revisione.
Diritto:
1. La revisione è un rimedio giuridico straordinario che consente di richiedere il riesame di una sentenza del Tribunale federale per i motivi indicati agli art. 121-123 LTF e nei termini fissati all'art. 124 LTF. L'inoltro di un'istanza di revisione non consente quindi di ridiscutere liberamente la sentenza di cui è chiesta la revisione. Attraverso la procedura di revisione non è possibile sollevare censure che avrebbero dovuto essere formulate nella precedente procedura o riproporre critiche sulle quali il Tribunale federale si è già pronunciato.
I motivi di revisione devono concernere la sentenza federale e non l'anteriore decisione di merito emanata dall'autorità cantonale.
Per essere ammissibile l'istanza di revisione dev'essere motivata: l'istante deve confrontarsi con la sentenza di cui chiede la revisione e spiegare per quale ragione ritiene sussistere un motivo di revisione (v. art. 42 cpv. 2 LTF). È necessario che uno dei motivi di revisione degli art. 121 segg. LTF sia debitamente invocato dall'istante e ammesso dal Tribunale federale perché l'istanza sia accolta, la sentenza precedente annullata e ne sia pronunciata una nuova (v. art. 128 cpv. 1 LTF).
2. Nella fattispecie, l'istante non si prevale esplicitamente di alcun motivo di revisione ai sensi degli art. 121 segg. LTF.
Non invoca alcun vizio di procedura ai sensi dell'art. 121 LTF, in altre parole non sostiene che siano state violate le norme concernenti la composizione del Tribunale federale o la ricusazione (lett. a), che il Tribunale federale abbia reso una sentenza ultra petita o infra oblata (lett. b), che non abbia giudicato su singole conclusioni (lett. c) oppure ancora che, per svista, non abbia tenuto conto di fatti rilevanti che risultano dagli atti (lett. d).
L'istante non richiede la revisione neppure per violazione della CEDU giusta l'art. 122 LTF. D'altronde, nessuna sentenza della Corte europea dei diritti dell'uomo ha constatato nel caso dell'istante una violazione di suddetta convenzione o dei suoi protocolli.
L'istanza in esame non adduce nemmeno altri motivi di revisione ai sensi dell'art. 123 LTF. Certo, nelle oltre 50 pagine dell'istanza, A._ si proclama vittima di numerose infrazioni penali da parte di altrettanto numerose persone. Tuttavia, non sostiene e neanche tenta di dimostrare che la decisione del 21 dicembre 2007 emanata da questo Tribunale sia stata in qualche modo condizionata da un crimine o un delitto.
3. Nel suo esteso esposto nonché negli ulteriori scritti inviati a questo Tribunale (a prescindere dalla loro ammissibilità), l'istante avanza sospetti sull'onestà e oggettività delle decisioni rese dalle autorità ticinesi. Le critiche formulate potrebbero essere interpretate come pretese violazioni del diritto a un giudice indipendente e imparziale. Sennonché, nella precedente procedura dinanzi al Tribunale federale (6B_688/2007), ella non ha formulato simili censure, limitandosi a prevalersi del diritto di essere sentita, della garanzia della proprietà e della violazione dell'art. 27 CPP/TI. Nuove censure volte a criticare la decisione cantonale non sono ammissibili in una procedura di revisione (v. supra consid. 1) il cui unico oggetto è la sentenza resa dal Tribunale federale.
L'istante ribadisce il suo bisogno di accedere all'incarto del procedimento penale contro B._ concluso con un decreto di non luogo a procedere del 27 novembre 1998, e questo al fine di ottenere informazioni volte a ricompattare la sua eredità e ricostruire l'intero patrimonio. Come visto però non adduce alcun motivo di revisione ai sensi degli art. 121 segg. LTF che giustificherebbero di annullare la sentenza 6B_688/2007 del 21 dicembre 2007 con cui il Tribunale federale confermava il rifiuto delle autorità cantonali di concederle la possibilità di visionare l'incarto precitato.
Per il resto, A._ formula varie critiche sulla conduzione di procedimenti penali e civili, su avvocati e autorità e su questioni senza legame con l'oggetto della sentenza 6B_688/2007. Domanda al Tribunale federale di procedere a sequestri e interrogatori, di mandare diffide, di nominare periti, di richiedere documenti ad autorità estere, di effettuare rogatorie come se si rivolgesse a un'autorità di istruzione penale, ciò che il Tribunale federale non è.
4. In definitiva, l'istante non invocando né esplicitamente né implicitamente alcun motivo di revisione ai sensi degli art. 121 segg. LTF, la sua domanda di revisione dev'essere respinta per quanto ammissibile.
La richiesta di nomina di un nuovo patrocinatore non può trovare accoglimento. Nel corso della procedura avviata con il suo scritto dell'11 febbraio 2008 infatti, gli interessi dell'istante sono stati difesi da due diversi avvocati di fiducia che si sono succeduti. L'istante non pretende che essi non abbiano tutelato i suoi diritti.
La domanda di assistenza giudiziaria non può trovare accoglimento dal momento che l'istanza appariva sin dall'inizio priva di probabilità di successo (art. 64 cpv. 1 LTF). Le spese giudiziarie seguono pertanto la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, la domanda di revisione è respinta.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'istante.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.