Faits:
A. Par décision du 13 juillet 2007, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte pénale déposée le 14 mai 2007 par X._.
Le 21 avril 2008, ce dernier a demandé au Procureur général ce qu'il était advenu de la plainte précitée. Le 28 octobre 2008, il s'est plaint d'un déni de justice auprès de la Chambre d'accusation.
Par courrier recommandé du 17 décembre 2008 avec accusé de réception, X._ a été avisé du classement de sa plainte pénale et des motifs à l'appui. Cet envoi a été retourné au greffe du Ministère public le 5 janvier 2009 avec la mention « non réclamé ».
B. Le 19 mai 2009, X._ a saisi la Chambre d'accusation, expliquant qu'il était face à un déni de justice, sa plainte étant restée sans suite. Il lui a demandé de confirmer la réception de son courrier, d'inscrire au rôle la présente cause et de la traiter dans un délai rapproché.
Par ordonnance du 27 mai 2009, la Chambre d'accusation a estimé que le recours du plaignant contre la décision de classement était irrecevable car tardif et insuffisamment motivé. Elle l'a également condamné aux frais de procédure par 460 fr.
C. X._ dépose un recours contre l'ordonnance susmentionnée.
Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que son courrier du 19 mai 2009 ne pouvait être considéré comme un recours interjeté contre la décision de classement du 13 juillet 2007 dont il ignorait d'ailleurs l'existence.
L'interprétation de la lettre du recourant en vue de déterminer si elle constituait ou non un recours à la Chambre d'accusation genevoise relève du droit cantonal de procédure. Le Tribunal fédéral ne peut revoir les questions de droit cantonal que sous l'angle restreint de l'arbitraire, dans le cadre d'un moyen pris de la violation d'un droit constitutionnel (cf. art. 95 et 96 LTF, a contrario), expressément soulevé et développé avec la précision requise à l'art. 106 al. 2 LTF. Or, dans le cas particulier, l'argumentation de l'intéressé ne comporte aucune référence aux règles légales ou jurisprudentielles cantonales applicables, de sorte qu'elle ne satisfait manifestement pas aux exigences précitées. Elle est par conséquent irrecevable.
2. Le recourant conteste sa condamnation aux frais de procédure, ceux-ci étant, à son sens, imputables aux silences du Procureur général et à l'absence d'accusé de réception par la Chambre d'accusation suite à son courrier du 28 octobre 2009.
L'arrêt attaqué est fondé sur l'art. 101A al. 2 CPP/GE, qui a la teneur suivante: « à l'exclusion du chef de la police, le plaideur dont le recours contre une décision du procureur général est déclaré irrecevable ou mal fondé peut être condamné aux frais de l'Etat et aux dépens de l'autre partie ». Dans le cas particulier, la Chambre d'accusation a estimé que le recours interjeté par l'intéressé contre la décision de classement rendue par le Procureur général était irrecevable car tardif d'une part et insuffisamment motivé d'autre part. Vu l'issue de la procédure, elle n'a manifestement pas appliqué le droit cantonal de procédure de manière arbitraire en condamnant le recourant aux frais dus à l'Etat. La critique est donc infondée.
3. Le recourant invoque encore pèle-mêle la violation de divers droits constitutionnels. Ces griefs ne sont toutefois étayés par aucune argumentation distincte et se confondent avec les critiques examinées ci-dessus. Dans la mesure où il entendrait néanmoins en faire des arguments séparés, ceux-ci seraient dès lors irrecevables, faute d'être développés par une motivation qui satisfasse aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
4. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais (art. 66 al. 1 LTF), fixés en fonction de sa situation financière (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 5 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani