Sachverhalt:
A. Mit Einschätzungsmitteilung und Verfügung vom 18. Juni 2010 (EM Nr. 339'682) belastete die Eidgenössische Steuerverwaltung der X._ AG (nachfolgend die Steuerpflichtige) für die Steuerperioden vom 1. Dezember 2005 bis 31. Dezember 2009 Mehrwertsteuern im Betrag von Fr. 66'514.70 nach. Davon entfiel ein Betrag von Fr. 59'662.80 (EM Pos. 1.1) auf ungenügend versteuerte Architekturleistungen gegenüber den nahestehenden Personen A._ (Inhaber und Verwaltungsratspräsident der Steuerpflichtigen) und B._ (Geschäftsführer und Delegierter des Verwaltungsrats der Steuerpflichtigen). Nachdem die Steuerpflichtige Bauabrechnungen eingereicht hatte, korrigierte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Nachbelastung zugunsten der Steuerpflichtigen um Fr. 6'743.00 (Einspracheentscheid vom 2. September 2011).
An der Nachbelastung gemäss EM Pos. 1.2 (privat genutzte Geschäftsräumlichkeiten) hielt die Eidgenössische Steuerverwaltung fest. Sie ist vorliegend nicht mehr bestritten. Die Nachbelastung gemäss EM Pos. 2 (baugewerblicher Eigenverbrauch) war bereits damals nicht bestritten.
B. Die Steuerpflichtige führte Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess das Rechtsmittel mit Urteil vom 24. August 2012 bezüglich EM Pos. 1.1 (ungenügend versteuerte Architekturleistungen) im Umfang von Fr. 6'532.-- teilweise gut. Grund für die Korrektur war ein (von der Eidgenössischen Steuerverwaltung anerkannter) Berechnungsfehler beim Stundenaufwand (Urteil E. 3.4.1.2). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Hiergegen führt die Steuerpflichtige Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. August 2012 sei aufzuheben und die Steuernachforderung für die fraglichen Steuerperioden sei (unter Aufhebung der Nachbelastung gemäss EM Ziff. 1.1) auf maximal Fr. 6'851.20 festzusetzen.
Die Hauptabteilung Mehrwertsteuer der Eidgenössischen Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts über die Mehrwertsteuer ist zulässig (Art. 82 f., 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid betroffen und zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 lit. a BGG).
1.2 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern der rechtliche Mangel nicht geradezu offensichtlich ist. Die Verletzung von Grundrechten kann es nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; zum Ganzen BGE 135 III 397 E. 1.4 S. 400; 133 II 249 E. 1.4.1 f. S. 254 mit Hinweisen).
1.3 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2).
2. Am 1. Januar 2010 trat das neue Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG; SR 641.20) in Kraft. Dessen Verfahrensbestimmungen finden auf hängige Verfahren sofort Anwendung (Art. 113 Abs. 3 MWSTG). In materieller Hinsicht bleiben die bisherigen Vorschriften auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen, entstandenen Rechtsverhältnisse und erbrachten Leistungen anwendbar (Art. 112 Abs. 1 und 2 MWSTG). Vorliegend finden daher in materieller Hinsicht noch das alte Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer vom 2. September 1999 (aMWSTG; AS 2000 1300) und die zugehörigen Ausführungsbestimmungen Anwendung.
3. 3.1 Gemäss Art. 5 aMWSTG unterliegen der Mehrwertsteuer u.a. die durch eine steuerpflichtige Person im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen (lit. a) und Dienstleistungen (lit. b). Nach Art. 33 Abs. 1 aMWSTG wird die Steuer vom Entgelt berechnet. Nach Absatz 2 dieser Vorschrift gehört zum Entgelt alles, was der Empfänger oder an seiner Stelle ein Dritter als Gegenleistung für die Lieferung oder die Dienstleistung aufwendet. Im Falle einer Lieferung oder Dienstleistung an eine nahestehende Person gilt als Entgelt der Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde (Art. 33 Abs. 2 3. Satz aMWSTG). Diese Bestimmung trägt dem Umstand Rechnung, dass bei der Festsetzung des Entgelts zwischen nahestehenden Personen die Marktkriterien oft nicht massgebend sind, weshalb der Wert der Leistung durch einen sog. Drittvergleich zu ergründen ist. Der "Wert, der unter unabhängigen Dritten vereinbart würde", bemisst sich in diesem Fall nach jenem Preis, den ein Dritter der gleichen Abnehmerkategorie auf dem Markt zu bezahlen hätte (Prinzip des "dealing at arm's length"; Urteil 2C_778/2008 vom 8. April 2009 E. 3.1; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3734/2011 vom 9. Januar 2013 E. 2.3.3). Für die Bestimmung dieses Wertes zu berücksichtigen sind dabei alle konkreten Umstände des abgeschlossenen Geschäfts (s. auch BGE 138 II 57 E. 2.2 und 3.1 f. S. 60 f., 545 E. 3.2 ff., für die direkten Steuern).
3.2 Als nahestehende Personen gelten nach der vor allem zu den direkten Steuern entwickelten Rechtsprechung insbesondere solche, die an der leistungserbringenden Kapital- oder Personengesellschaft beteiligt oder die Mitglieder der Verwaltung und weiterer Organe einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft sind. Nahestehend sind aber nicht nur direkte Anteilsinhaber, sondern auch Personen, zu denen wirtschaftliche oder persönliche (namentlich verwandtschaftliche) Verbindungen bestehen, die nach den gesamten Umständen als eigentlicher Grund der zu besteuernden Leistung betrachtet werden müssen. Nahestehend sind schliesslich auch Personen, denen der Aktionär erlaubt, die Gesellschaft wie eine eigene zu benutzen (BGE 138 II 57 E. 2.3 und 3, 545 E. 3.4; 131 II 593 E. 5.1 f. S. 607 f.; Urteil 2C_88/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 2.1.1, in: RDAF 2012 II 131; 2C_557/2010 vom 4. November 2010 E. 2.2 in: StR 66/2011 S. 62; 2A.79/2003 vom 27. Januar 2003 E. 1, in: ASA 72 736).
3.3 Es ist unbestritten, dass A._ als Inhaber und Verwaltungsratspräsident der Steuerpflichtigen und B._ als Geschäftsführer und Delegierter des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin nahe stehen. Art. 33 Abs. 2 dritter Satz aMWSTG findet folglich Anwendung. Das Entgelt für die von der Beschwerdeführerin zu Gunsten dieser beiden Personen erbrachten Architekturleistungen ist nach dem Wert zu bemessen, der unter unabhängigen Personen vereinbart worden wäre. Umstritten ist aber, wie dieser Wert zu bestimmen ist und ob er durch die Eidgenössische Steuerverwaltung richtig ermittelt worden ist. Die Beschwerdeführerin bestreitet zudem generell, dass die Voraussetzungen für eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen erfüllt seien.
4. 4.1 Im Mehrwertsteuerrecht gilt das Selbstveranlagungsprinzip. Die steuerpflichtige Person hat gegenüber der Eidgenössischen Steuerverwaltung unaufgefordert innert der gesetzlichen Frist in der vorgeschriebenen Form über die Steuer und die Vorsteuer abzurechnen (Art. 46 aMWSTG). Sie hat ihre Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und so einzurichten, dass sich daraus die für die Feststellung der Steuerpflicht und die Berechnung der Steuer und abziehbaren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen (Art. 58 Abs. 1 aMWSTG).
Nur wenn der Steuerpflichtige seiner Aufzeichnungs- und Aufbewahrungspflicht nicht nachgekommen ist oder sich aus seinen Geschäftsbüchern und Unterlagen die für die Bestimmung der Steuer massgebenden Einzelheiten nicht ergeben oder wenn die Buchhaltung aus anderen (formellen) Gründen keine Gewähr für die Richtigkeit bietet, ist die Eidgenössische Steuerverwaltung nach Art. 60 aMWSTG berechtigt und verpflichtet, eine Schätzung der steuerbaren Umsätze sowie der Steuer und der Vorsteuern nach pflichtgemässem Ermessen (sog. Ermessenseinschätzung) vorzunehmen. In der zweiten Tatbestandsvariante schreibt Art. 60 aMWSTG eine Ermessenseinschätzung auch vor, wenn die ausgewiesenen Ergebnisse - selbst bei formell einwandfreien Aufzeichnungen - mit dem wirklichen Sachverhalt offensichtlich nicht übereinstimmen.
In beiden Tatbestandsvarianten von Art. 60 aMWSTG hat die Eidgenössische Steuerverwaltung dabei diejenige Schätzungsmethode zu wählen, die den individuellen Verhältnissen im Betrieb des Steuerpflichtigen soweit als möglich Rechnung trägt und auf plausiblen Annahmen beruht und deren Ergebnisse der wirklichen Situation möglichst nahe kommen (zum Ganzen, Urteil 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 2.1-2.3, in: StR 67/2012 S. 709 [Zusammenfassung]; 2A.253/2005 vom 3. Februar 2006 E. 3.1-3.2, 4.1, in: RDAF 2007 II 318; s. auch BGE 105 Ib 181 E. 2a und 4a, für die Warenumsatzsteuer).
4.2 Ist eine derartige Schätzung nach Ermessen zu Recht erfolgt, hat die steuerpflichtige Person nachzuweisen, dass die Schätzung unrichtig ist. Darin liegt keine unzulässige Umkehr der Beweislast, wie die Beschwerdeführerin rügt (Urteil 2A.642/2004 vom 14. Juli 2005 E. 5.4, in: ASA 75 S. 495). Die Ermessensveranlagung ist vielmehr die Folge davon, dass - aus welchen Gründen auch immer - keine oder unvollständige Aufzeichnungen vorliegen oder die ausgewiesenen Ergebnisse mit den tatsächlichen Verhältnissen nicht übereinstimmen (Art. 60 aMWSTG) und die Eidgenössische Steuerverwaltung die Steuer selbst nach pflichtgemässem Ermessen hilfsweise schätzen muss. Anlass für die Ermessensveranlagung bildet allein der Umstand, dass trotz durchgeführter Untersuchung durch die Verwaltung - es gilt die Untersuchungsmaxime - der Sachverhalt nicht ausreichend erhellt werden konnte und somit ein Bereich der Unsicherheit verbleibt, der aber durch plausible Annahmen und Schätzungen ergänzt und ausgefüllt werden muss, weil die Steuerpflicht eine allgemeine ist. Was dabei von der Verwaltung verlangt werden kann, ist, dass sie mit einer geeigneten Methode hilfsweise selbst eine Umsatzschätzung vornimmt, die den tatsächlichen Verhältnissen möglichst nahe kommt.
4.3 Da das Ergebnis der Ermessensveranlagung selbst auf einer Schätzung beruht, kann sich die steuerpflichtige Person bei der Anfechtung einer Ermessensveranlagung nicht mit allgemeiner Kritik begnügen. Vielmehr muss sie dartun, dass die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Schätzung offensichtlich fehlerhaft ist, und auch den Beweis für ihre vorgebrachten Behauptungen erbringen (Urteile 2A.437/2005 vom 3. Mai 2006 E. 3.3, in: ASA 76 S. 773; 2C_569/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 4).
Das Bundesverwaltungsgericht, an welches eine solche Ermessensveranlagung weitergezogen wird, prüft diese daher nur mit Zurückhaltung daraufhin, ob die Schätzung sachlich begründet ist und sich auf geeignete Schätzungsgrundlagen und -methoden und taugliche Hilfsmittel stützt. Insbesondere setzt das Bundesverwaltungsgericht nicht sein eigenes Ermessen an Stelle des Ermessens der Steuerverwaltung (Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts A-1484/2006 vom 19. Juni 2007 E. 6.3, vom Bundesgericht bestätigt mit Urteil 2C_426/2007 vom 22. November 2007 E. 4.3, in: ASA 77 S. 343; A-1425/2006 und A-426/2006 vom 6. November 2008 E. 2; A-1376/2006 vom 20. November 2007 E. 4.3).
Das Bundesgericht seinerseits ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Tatbestandsermittlung und auf einer sachgemässen Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht. Es prüft derartige Schätzungen ebenfalls nur mit Zurückhaltung daraufhin, ob offensichtliche Fehler oder Irrtümer vorliegen, wobei es dem Steuerpflichtigen obliegt, die Unrichtigkeit der Schätzung zu beweisen. Der Beschwerdeführer darf sich somit nicht darauf beschränken, die Kalkulationsgrundlagen der Ermessensveranlagung allgemein zu kritisieren; er muss vielmehr nachweisen, dass die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Schätzung offensichtlich fehlerhaft ist (Urteile 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 2.4, in: StR 67/2012 S. 709 [Zusammenfassung]; 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.3, in: StR 61/2006 S. 558 [Zusammenfassung]; 2A.437/2005 vom 3. Mai 2006 E. 3.3, in: ASA 76 S. 773).
4.4 Wie das Bundesverwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid (E. 2.3.3) und die Eidgenössische Steuerverwaltung in ihrer Vernehmlassung (Ziff. 2.2) zu Recht festhalten, kommen die vorerwähnten, für eine Ermessenstaxation geltenden Grundsätze und verfahrensrechtlichen Besonderheiten auch zum Zug, wenn - wie im vorliegenden Fall - der Preis im Drittvergleich nach Art. 33 Abs. 2 3. Satz aMWSTG bestimmt werden muss und keine direkt vergleichbaren Drittpreise bekannt sind (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3734/2011 vom 9. Januar 2013 E. 2.3.4).
5. Vorliegend überprüfte die Eigenössische Steuerverwaltung im Rahmen ihrer Kontrolle die von der Beschwerdeführerin gegenüber A._ und B._ in Rechnung gestellten Architekturhonorare unter dem Aspekt des Drittvergleichs auf ihre Angemessenheit hin. Da keine detaillierten Bauabrechnungen vorlagen, bestimmte sie die Bausumme aufgrund der Gebäudeversicherungswerte. Das Architekturhonorar setzte sie auf 15 Prozent der Bausumme resp. der Gebäudeversicherungswerte fest. Es handelt sich um einen Erfahrungswert der Eidgenössischen Steuerverwaltung, wonach Architekturleistungen üblicherweise 15 Prozent der Bausumme betragen. Dabei stellte sie für die drei Bauprojekte ein erhebliches Missverhältnis zwischen dem von ihr ermittelten Preis wie für Dritte (Fr. 750'000.--, Fr. 247'500.-- und Fr. 300'000.--) einerseits und den bezahlten Architekturleistungen (Fr. 245'200.--, Fr. 107'600.-- und Fr. 99'999.--) andererseits fest. Aus diesem Grund hegte sie Zweifel daran, dass die Aufzeichnungen die tatsächlichen Verhältnisse glaubwürdig wiedergeben und einem Drittvergleich standhalten, und bestimmte das im Drittvergleich massgebende Entgelt (in Anwendung von Art. 33 Abs. 2 in fine aMWSTG) nach pflichtgemässem Ermessen.
Im Einspracheverfahren reichte die Beschwerdeführerin die Bauabrechnungen nach. Diese ermöglichten eine Neuberechnung der aufwandbestimmenden Baukosten gemäss Art. 7.5 der "Ordnung für Leistungen und Honorare der Architektinnen und Architekten" des Schweizerischen Ingenieur- und Architektenvereins (Ordnung SIA 102). In einem zweiten Schritt ermittelte die Eidgenössische Steuerverwaltung den Stundenaufwand anhand der Ordnung SIA 102 sowie den "Empfehlungen der Koordinationskonferenz der Bau- und Liegenschaftsorgane der öffentlichen Bauherren" (KBOB), welche ihrerseits weitgehend auf die Ordnung SIA 102 verweisen. Für die Stundenansätze orientierte sich die Eidgenössische Steuerverwaltung an dem durch die KBOB erarbeiteten Schreiben, "Verträge mit Architekten und Ingenieuren, Empfehlungen zur Honorierung, Ansätze für Vergaben im freihändigen Verfahren", des Jahres 2008. Auf diese Weise ermittelte die Eidgenössische Steuerverwaltung für die drei Projekte einen Wert der erbrachten Architekturleistungen von Fr. 1'246'192.--, was abzüglich der von der Beschwerdeführerin verbuchten Architekturhonorare von Fr. 496'959.-- (brutto) nicht abgerechnete Leistungen im Wert von Fr. 749'233.-- ergab. Die Neuberechnung stützte sich somit nicht mehr auf den Erfahrungswert der Verwaltung (15 Prozent der Bausumme resp. des Gebäudeversicherungswertes), sondern wurde nach dem geschätzten Zeitaufwand berechnet.
Die Vorinstanz bestätigte diese Berechnung, wobei sie den Fehler der Eidgenössischen Steuerverwaltung beim Stundenaufwand korrigierte (angefochtenes Urteil E. 3.4.1.2). Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid (E. 3.3) auch eingehend dargelegt, dass es beim Normenwerk der SIA - so auch bei der Ordnung SIA 102 - um ein paritätisch erarbeitetes Gemeinschaftswerk von Fachpersonen, Bauherrschaften, Unternehmern, Lieferanten und Behörden handelt, das in der Praxis anerkannt ist, und dass auch die Empfehlungen der KBOB weitgehend auf diese Normen verweisen. Sie hielt fest, es sei der Beschwerdeführerin nicht gelungen nachzuweisen, dass die Berechnung des Entgelts für die Architekturleistungen nach den Empfehlungen der KBOB und der Ordnung SIA 102 in ihrem Fall zu einem bundesrechtswidrigen Ergebnis führe (angefochtenes Urteil E. 3.4.3).
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht mehr, dass die Ermittlung des Architektenhonorars für die in Frage stehenden Leistungen den Vorgaben der SIA-Normen entspricht. Sie räumt auch ein, dass sie "ihre Leistungen an A._ und B._ unbestrittenermassen zu günstigen Konditionen erbracht (hat)". Sie anerkennt ferner, dass die von ihr verbuchten Erträge "unbestrittenermassen von den SIA-Empfehlungen" abweichen. Sie wendet aber ein, dass A._ in der Regel mit Pauschalen arbeite und deshalb entsprechend günstigere Preise anbieten könne. Die Ersparnis, die durch den Verzicht auf das aufwändige Erfassen von Stunden, Erstellen detaillierter Offerten, Einholen von Kostenvoranschlägen usw. entstehe, betrage gegenüber der SIA-Leistungstabelle mindestens 20 Prozent, in gewissen Fällen sogar über 40 Prozent. Daher sei die Berechnung nach den Baukosten und dem daraus ermittelten Zeitaufwand keine geeignete Berechnungsmethode zur Überprüfung der von der Beschwerdeführerin verwendeten Pauschalangebote. Die Vorinstanz gehe offenbar davon aus, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung über eigene branchenspezifische Erfahrungswerte verfüge. Die EStV hätte somit nicht auf unverbindliche Preisempfehlungen einer privatrechtlichen Organisation abstellen dürfen, sondern hätte ihre eigenen Erfahrungszahlen anwenden müssen. Die Beschwerdeführerin weist auch darauf hin, dass sie sich damals in einer schwierigen wirtschaftlichen Situation befunden habe und im Bauwesen ein beinahe schon ruinöser Preiskampf im Gange gewesen sei. Auf diesem Hintergrund seien die gegenüber A._ und B._ verrechneten Preise durchaus marktüblich. Die Stichhaltigkeit dieser Einwände ist im Folgenden zu prüfen.
6.2 Unbegründet ist vorab der Einwand, die Voraussetzungen für eine Veranlagung nach Ermessen seien nicht gegeben. Handelt es sich bei den Leistungsempfängern um nahestehende Personen, muss sich die Steuerpflichtige den Drittvergleich der von ihr verrechneten Preise gefallen lassen. Ergibt dieser, dass die verrechneten Preise unter dem Wert liegen, der unter unabhängigen Personen vereinbart worden wäre, ist die Preisfestsetzung nach den im Drittvergleich gewonnenen Ergebnissen zu bestimmen. Sofern die Steuerverwaltung über keine branchenspezifischen Erfahrungszahlen verfügt, ist dieser Wert durch Schätzung zu ermitteln. Das ergibt sich aber aus dem Wesen der Ermessensveranlagung und ist nicht bundesrechtswidrig (s. auch E. 2.2.1 im angefochtenen Entscheid).
6.3 Wie die Vorinstanz zu Recht dargelegt hat, sind die Normen des SIA weithin anerkannt und finden breite Anwendung. Die vom SIA erarbeiteten Honoraransätze werden in der Literatur als objektiv ausgewogen und angemessen beurteilt (angefochtenes Urteil E. 3.3.3). Diese Berechnung ist daher beim Drittvergleich zur Bestimmung des Marktwertes der erbrachten Leistungen durchaus geeignet. Auch die Beschwerdeführerin bestreitet nicht mehr, dass die Berechnung der Honoraransätze nach den massgebenden Bestimmungen der SIA-Normen durch die Eidgenössische Steuerverwaltung richtig erfolgte. Sie räumt auch ein, die Leistungen an A._ und B._ zu günstigen Konditionen erbracht zu haben.
6.4 Die Kritik an der von den Vorinstanz bestätigten Methode beschränkt sich somit im Wesentlichen auf den Einwand, die Beschwerdeführerin biete Dritten gegenüber Pauschalangebote zu Konditionen an, die wesentlich günstiger seien, als wenn die Offerten aufgrund der SIA-Normen ausgearbeitet würden. Diesbezüglich hat aber die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, die Beschwerdeführerin habe weder nachgewiesen, dass sie sich in der fraglichen Periode in einer schwierigen Situation befunden, noch dass sie gegenüber unabhängigen Dritten ihre Leistungen zu deutlich günstigeren Konditionen angeboten habe (angefochtenes Urteil E. 3.4.2.1). Die erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren vorgelegten Jahresrechnungen können als neue Beweismittel nicht berücksichtigt werden, da nicht erst der angefochtene Entscheid zu dieser Beweisvorlage Anlass gab (Art. 99 Abs. 1 BGG). Das gilt auch für die neu eingereichten Konkurrenzofferten. Die Beschwerdeführerin ist damit der Beweisführungspflicht für die von ihr behaupteten Tatsachen nicht nachgekommen. Ein berechtigter Einwand gegen die Berechnung des Architektenhonorars nach den Ansätzen der Ordnung SIA 102 und den Empfehlungen der KBOB ist damit nicht dargetan.
7. Es ist somit im Ergebnis nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz aufgrund der erheblichen Differenz zwischen den abgerechneten und den neu berechneten Architekturleistungen eine Schätzung des massgeblichen Drittpreises als erforderlich erachtete und den methodischen Ansatz der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Ermittlung von Bausumme, Stundenaufwand und Stundenansatz als tauglich anerkannte. Eine Bundesrechtsverletzung ist damit nicht dargetan.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da die Beschwerdeführerin unterliegt, sind ihr die Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Bei der Bemessung der Gerichtsgebühr ist namentlich auch dem Aufwand Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. April 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann