Fatti:
A. La A._SA è proprietaria della particella n. 960 di Minusio, situata nella zona residenziale semi-estensiva R3 del piano regolatore, sulla quale sorge uno stabilimento per la fabbricazione di componenti di micromeccanica di precisione. La fabbrica si compone di due distinti edifici, strutturati su tre piani, uniti fra loro soltanto a livello del piano più basso, interrato sul lato verso la strada, ma sporgente dal terreno sul lato opposto. L'officina, con i relativi macchinari, occupa il piano seminterrato e quello situato a livello della strada, diviso a metà da uno spazio largo 6 m, libero da costruzioni. Il terzo piano di entrambi gli edifici, arretrato rispetto alla facciata sud dei due piani adibiti a laboratorio, è invece destinato all'abitazione.
B. Il 1° aprile 2008 la società proprietaria ha presentato al Municipio di Minusio una domanda di costruzione per edificare, nella fascia libera da costruzioni tra i due edifici, un nuovo corpo destinato a collegare i laboratori situati al pianterreno dei due stabili. Nel nuovo manufatto verrebbero installati tre macchinari per la lavorazione di metalli inox.
B._, proprietario di una quota di PPP del fondo confinante part. n. 2812, si è opposto alla domanda. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 12 settembre 2008 il Municipio di Minusio ha rilasciato la licenza edilizia, subordinandola in particolare alla condizione di trasferire 18.51 m2 di superficie edificata e 136 m2 di superficie utile lorda (SUL) sul fondo contiguo part. n. 2811. L'esecutivo comunale ha contestualmente respinto l'opposizione del vicino. Questa decisione è stata confermata il 27 maggio 2009 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino su ricorso dell'opponente.
C. Con sentenza del 6 maggio 2010 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso dell'opponente, frattanto deceduto e al quale erano subentrati gli eredi, annullando sia la risoluzione governativa sia la licenza edilizia. La Corte cantonale ha rilevato che la fabbrica in oggetto costituiva uno stabilimento di natura eminentemente industriale e, in quanto tale, non conforme alla funzione della zona residenziale semi-estensiva R3. Ha poi ritenuto che l'ampliamento non poteva essere autorizzato sotto il profilo della protezione della situazione acquisita.
D. La A._SA impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di rilasciarle l'autorizzazione edilizia richiesta. La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione del principio della proporzionalità e del divieto dell'arbitrio.
E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, mentre il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Municipio di Minusio si riconferma nelle sue conclusioni dinanzi alle autorità cantonali. Gli opponenti postulano invece la reiezione del gravame.
Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha annullato la licenza edilizia rilasciata dal Municipio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.2 La ricorrente ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 89 cpv. 1 lett. a LTF). Quale istante nella procedura edilizia è direttamente toccata dalla decisione impugnata, che le nega la possibilità di realizzare il progetto di costruzione, e ha quindi un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF).
1.3 Riservati i casi disciplinati dall'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può configurare una violazione del diritto federale ai sensi dell'art. 95 lett. a LTF, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio ai sensi dell'art. 9 Cost. (DTF 134 II 349 consid. 3). Da questo profilo, la legge sul Tribunale federale non comporta alcuna modifica del potere cognitivo del Tribunale federale rispetto alla situazione previgente sotto l'egida della legge federale sull'organizzazione giudiziaria (DTF 133 II 249 consid. 1.2.1). Chiamata a vagliare l'applicazione di una norma del diritto cantonale o comunale sotto l'aspetto dell'arbitrio, questa Corte si scosta quindi dalla soluzione adottata dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragione oggettiva e lesiva di un diritto certo. Non basta inoltre che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, occorrendo che lo sia anche nel suo risultato (DTF 134 II 124 consid. 4.1, 133 II 257 consid. 5.1), ciò che spetta alla ricorrente dimostrare in virtù dell'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 133 II 396 consid. 3.2). Il potere cognitivo del Tribunale federale è limitato all'arbitrio anche laddove, come in concreto, è invocata la violazione del principio della proporzionalità senza relazione con un diritto fondamentale specifico (DTF 134 I 153 consid. 4).
2. 2.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale una violazione del principio della proporzionalità e del sentimento di equità, per avere negato la conformità dell'intervento edilizio alla zona di utilizzazione. Sostiene di svolgere un'attività essenzialmente commerciale non limitata a produrre componenti di micromeccanica di precisione, ma anche a venderli direttamente. La ricorrente rileva di non essere una filiale di una società che opera su larga scala, di non lavorare per un unico committente e che la commercializzazione del prodotto sarebbe la sua prima attività, intimamente legata a quella produttiva: si tratterebbe infatti di una piccola ditta locale con produzione e vendita in proprio, ciò che sarebbe pure attestato dalla presenza in loco degli uffici di amministrazione e di vendita. Rileva che sin dalla sua costituzione nella metà degli anni '50 non avrebbe mai dato adito a lamentele per quanto concerne immissioni, carico ambientale e traffico indotto sulla strada comunale di accesso, sottolineando che l'intervento edilizio previsto non comporta un cambiamento di destinazione e sarebbe necessario per adeguarsi alle nuove richieste del mercato e garantire il futuro aziendale.
2.2 La ricorrente nega il carattere essenzialmente industriale del suo stabilimento, insistendo sull'aspetto commerciale della vendita. Essa non dimostra tuttavia, con una motivazione conforme alle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, che l'accertamento della precedente istanza relativo all'attività di natura eminentemente industriale svolta nella fabbrica sarebbe chiaramente in contrasto con gli atti e manifestamente insostenibile (cfr. art. 97 cpv. 1 LTF). Limitandosi ad esporre la sua opinione, diversa da quella ritenuta dalla Corte cantonale, essa non dimostra l'arbitrio degli accertamenti posti a fondamento del giudizio impugnato (cfr., sulle esigenze di motivazione, DTF 136 I 49 consid. 1.4.1 e rinvii). I giudici cantonali hanno infatti accertato che l'attività produttiva fa capo ad impianti fissi permanenti, volti a realizzare, su vasta scala e secondo procedimenti standardizzati e ripetitivi, componenti di micromeccanica di precisione, mediante la lavorazione di metalli e con l'impiego di una trentina di dipendenti. La precedente istanza di per sé non ha quindi omesso di considerare l'esistenza di un settore anche commerciale, ma ha rilevato che si tratta di un'attività collaterale, subalterna ed ausiliaria rispetto a quella produttiva, la quale costituisce la componente caratteristica dell'azienda. Il semplice fatto, addotto dalla ricorrente, secondo cui la vendita sarebbe legata alla produzione, non consente di ritenere arbitrari gli accertamenti riguardo al carattere prevalentemente industriale dello stabilimento.
Per il resto, la ricorrente non censura l'arbitrio nell'applicazione dell'art. 32 cpv. 1 NAPR, norma che disciplina le attività ammissibili nella zona residenziale semi-estensiva R3. Essa adduce invero, che l'intervento non comporterebbe immissioni supplementari e non configurerebbe un cambiamento di destinazione. Al riguardo, i giudici cantonali hanno però esposto con chiarezza la portata della disposizione comunale, spiegando per quali ragioni, alla luce della stessa, per ammettere la conformità di zona non basta che l'attività esercitata sia eventualmente compatibile con la funzione residenziale della zona, ma occorre anche che si tratti di un'attività commerciale, di servizio o artigianale. In questa sede, la ricorrente non si confronta puntualmente con tali argomentazioni.
3. 3.1 La ricorrente sostiene che il previsto trasferimento sulla particella contigua dell'aumento di SUL e il fatto che l'intervento prospettato non comporta un incremento della superficie edificata giustificherebbe la tutela della situazione acquisita. Adduce che l'intervento sarebbe minimo rispetto alla costruzione esistente e che, per la sua particolarità, non sarebbe soggetto all'art. 63 NAPR.
3.2 La ricorrente si limita ad addurre genericamente che in concreto l'art. 63 NAPR non potrebbe essere applicato per le caratteristiche particolari dell'intervento edilizio prospettato. Essa non spiega tuttavia, tantomeno con una motivazione conforme alle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, per quali ragioni l'applicazione della citata norma comunale sarebbe arbitraria. Accennando unicamente al mancato rispetto della distanza dal confine ed insistendo sulla pretesa portata minima dell'intervento, la ricorrente non si confronta con le considerazioni esposte dai giudici cantonali in merito all'applicazione dell'art. 63 NAPR, in particolare per quanto concerne il rilevante superamento dell'indice di sfruttamento e della superficie minima da mantenere libera da costruzioni. La censura disattende pertanto le rigorose esigenze di motivazione poste per fare valere la violazione del divieto dell'arbitrio e non deve perciò essere esaminata oltre.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto in quanto ammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF), che è tenuta a versare agli opponenti un'indennità per ripetibili (art. 68 cpv. 2 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà agli opponenti un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Minusio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.