Faits:
A. N._, docteur en médecine, exploite un cabinet médical à Y._. Elle a été plusieurs fois avertie par santésuisse, association faîtière des assureurs-maladie dans le domaine de l'assurance-maladie sociale, que la facturation de ses honoraires dépassait de façon notable depuis 1994 celle de ses confrères et qu'elle était susceptible de l'exposer au remboursement des coûts causés par sa pratique non économique. Invitée à se déterminer, la praticienne a critiqué les chiffres avancés par le représentant des caisses-maladie et justifié la différence des coûts par la spécificité de sa patientèle et de sa pratique.
B. Par le biais de quatre demandes séparées, quatre groupes d'assureurs-maladie, agissant par l'intermédiaire de santésuisse, ont saisi le Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève, en concluant à la restitution des montants de respectivement 77'483 fr. pour 2004, 28'722 fr. pour 2005, 212'133 fr. ou 67'325 fr. pour 2006 et 219'726 fr. ou 63'270 fr. pour 2007.
Après avoir joint les procédures et procédé aux mesures d'instruction jugées nécessaires, le Tribunal arbitral a, par jugement du 31 août 2012, partiellement admis la demande et condamné la doctoresse N._ à rembourser aux assureurs-maladie habilités à procéder les sommes de 59'722 fr. 10 pour 2004, 12'208 fr. 75 pour 2005, 30'575 fr. pour 2006 et 27'978 fr. 10 pour 2007.
C. N._ a interjeté un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle a conclu principalement au rejet des demandes de restitution et subsidiairement au renvoi de la cause au Tribunal arbitral des assurances pour complément d'instruction et nouvelle décision.
N._ a déposé le 11 mars 2013 une écriture complémentaire, par laquelle elle a demandé à être entendue en audience par le Tribunal fédéral pour expliquer son cas.
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. La requête de la recourante tendant à être entendue par le Tribunal fédéral doit être rejetée. La procédure de recours devant le Tribunal fédéral est en principe écrite et la partie recourante doit présenter ses arguments dans le mémoire de recours. La tenue de débats devant le Tribunal fédéral revêt un caractère exceptionnel et les parties n'ont en principe aucun droit à ce qu'il y soit procédé (art. 57 ss LTF; arrêt 2C_844/2009 du 22 novembre 2010 consid. 3.2.3; JEAN-MAURICE FRÉSARD, Commentaire de la LTF, Berne 2009, n. 9 ad art. 57 LTF).
3. Le litige porte sur le bien-fondé de l'obligation de restituer la somme globale de 130'483 fr. 95 au titre des honoraires reçus par la recourante à raison de traitements jugés non économiques qu'elle a prodigués.
4. 4.1 Dans un premier grief, la recourante reproche à la juridiction cantonale de n'avoir pas considéré les différentes demandes déposées par santésuisse au nom de ses membres comme étant périmées. Elle estime que le délai de péremption d'un an de l'art. 25 al. 2 LPGA ne saurait débuter au moment de la prise de connaissance par les assureurs concernés des statistiques annuelles établies par santésuisse - comme c'est admis actuellement par la jurisprudence -, mais uniquement au moment de la réception par chaque assureur des factures établies par le fournisseur de prestations.
4.2 De jurisprudence constante, le droit de demander la restitution s'éteint un an après le moment où l'assureur-maladie a eu connaissance du fait, mais au plus tard cinq ans après le versement des prestations (cf. art. 25 al. 2 LPGA). Le délai de péremption commence à courir au moment où la statistique des factureurs (RSS; Rechnungssteller-Statistik) de santésuisse est portée à la connaissance des assureurs-maladie (ATF 103 V 145 consid. 4 p. 154; voir également les arrêts du Tribunal fédéral des assurances K 9/00 du 24 avril 2003 consid. 2.2.1, in RAMA 2003 n° KV 250 p. 218, et K 144/97 du 16 février 2000 consid. 3, in SVR 2001 KV n° 19 p. 51). Pour préserver le délai, il suffit de déposer une demande devant l'autorité de conciliation prévue par le droit cantonal ou les conventions tarifaires ou devant le Tribunal arbitral cantonal au sens de l'art. 89 al. 1 LAMal. Si la demande de restitution a été formulée dans les délais, la péremption est définitivement exclue (arrêt K 9/00 du 24 avril 2003 consid. 2.1, in RAMA 2003 n° KV 250 p. 218).
4.3 Par le grief qu'elle soulève, la recourante tente de remettre en cause la jurisprudence constante du Tribunal fédéral en matière de délai de péremption dans le cadre d'une demande en restitution. Cela étant, un revirement de jurisprudence ne peut se justifier que si la nouvelle solution répond mieux à l'intention du législateur, ou lorsqu'il tient à un changement des circonstances extérieures ou à l'évolution des conceptions juridiques. Le changement de jurisprudence doit donc se fonder sur des motifs matériels très sérieux, qui doivent être d'autant plus déterminants que la jurisprudence est ancienne, afin de ne pas heurter gratuitement la sécurité du droit. Si en revanche la jurisprudence se révèle erronée ou que son application a conduit à des abus répétés, elle ne saurait être maintenue (ATF 136 III 6 consid. 3 p. 8 et les arrêts cités). En l'occurrence, on ne perçoit pas de motifs qui justifieraient de revenir sur la jurisprudence précitée. L'événement qui fait courir le délai de restitution d'un an ne peut être, contrairement à ce qu'affirme la recourante, que le moment où l'assureur a connaissance du caractère non économique de la pratique médicale du médecin concerné, soit après que les données pertinentes ont été traitées et analysées. L'établissement de statistiques fiables nécessite toutefois de devoir traiter un nombre important de données relatives non seulement au médecin concerné mais également aux autres médecins du groupe de comparaison, opération qui prend obligatoirement du temps. Pour garantir leur objectivité et leur représentativité (voir également infra consid. 5.2.3), il est en outre indispensable que celles-ci portent sur une période suffisamment longue, ce qui exclut de procéder, comme le suggère la recourante, à des comparaisons mensuelles. Il n'y a par ailleurs pas lieu de fixer un délai dans lequel les données devraient être traitées et analysées, celui-ci étant déterminé par le délai de péremption absolu de cinq ans à compter du versement des prestations auquel est soumis le droit à la restitution.
5. 5.1 En second lieu, la recourante fait grief à la juridiction cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en retenant qu'il n'existait aucune particularité dans la pratique médicale qui justifierait un coût moyen plus élevé que celui de ses collègues actifs dans le même domaine et faisant partie de son groupe de comparaison. Sa patientèle est en effet composée presque exclusivement de personnes d'origine étrangère et actives principalement dans des activités manuelles, ce qui engendre une pratique médicale plus onéreuse et implique de traiter des patients à l'évidence moins fortunés et, partant, plus enclins à rencontrer des problèmes de liquidités (factures ouvertes et/ou en poursuite). Au vu de ces particularités, il convenait d'appliquer la méthode analytique en lieu et place de la méthode statistique et, partant, d'ordonner la mise en oeuvre d'une expertise analytique.
5. 5.1 En second lieu, la recourante fait grief à la juridiction cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en retenant qu'il n'existait aucune particularité dans la pratique médicale qui justifierait un coût moyen plus élevé que celui de ses collègues actifs dans le même domaine et faisant partie de son groupe de comparaison. Sa patientèle est en effet composée presque exclusivement de personnes d'origine étrangère et actives principalement dans des activités manuelles, ce qui engendre une pratique médicale plus onéreuse et implique de traiter des patients à l'évidence moins fortunés et, partant, plus enclins à rencontrer des problèmes de liquidités (factures ouvertes et/ou en poursuite). Au vu de ces particularités, il convenait d'appliquer la méthode analytique en lieu et place de la méthode statistique et, partant, d'ordonner la mise en oeuvre d'une expertise analytique.
5.2 5.2.1 Selon l'art. 56 LAMal, le fournisseur de prestations doit limiter ses prestations à la mesure exigée par l'intérêt de l'assuré et le but du traitement (al. 1). La rémunération des prestations qui dépassent cette limite peut être refusée. Le fournisseur de prestations peut être tenu de restituer les sommes reçues à tort au sens de la présente loi (al. 2).
5.2.2 Les méthodes statistique et analytique ou une combinaison de ces deux méthodes sont admises par le Tribunal fédéral pour établir l'existence d'une polypragmasie (Überarztung). Si les tribunaux arbitraux restent en principe libres de choisir la méthode d'examen, la préférence doit néanmoins être donnée à la méthode statistique par rapport à la méthode analytique qui est en règle générale appliquée seulement lorsque des données fiables pour une comparaison des coûts moyens font défaut (arrêt 9C_260/2010 du 27 décembre 2011 consid. 4.2 et les références, in SVR 2012 KV n° 12 p. 43). La méthode statistique permet un examen anonyme, standardisé, large, rapide et continu de l'économicité par rapport à une méthode analytique qui a les défauts d'être coûteuse, difficile à réaliser à large échelle et mal adaptée lorsqu'il s'agit de déterminer l'ampleur de la polypragmasie et le montant à mettre à la charge du médecin concerné (ATF 136 V 415 consid. 6.2 p. 417 et les références).
5.2.3 La méthode statistique ou de comparaison des coûts moyens consiste à comparer les coûts moyens causés par la pratique du médecin concerné avec ceux causés par la pratique d'autres médecins travaillant dans des conditions semblables. Pour que cette méthode puisse être appliquée, il faut que les bases de comparaison soient sensiblement identiques et que la comparaison s'étende sur une période suffisamment longue, afin de réduire plus ou moins les éventuelles différences qui peuvent se présenter. Il convient de parler de polypragmasie lorsque les notes d'honoraires communiquées par un médecin à une caisse maladie sont, en moyenne, sensiblement plus élevées que celles d'autres médecins relevant de la même spécialité, exerçant dans la même région et disposant d'une patientèle similaire, sans que des circonstances particulières ne puissent justifier cette différence. On ne saurait toutefois inférer d'un dépassement de la valeur statistique de référence (indice de 100) l'existence d'une pratique médicale non économique. Il convient d'accorder au médecin une marge de tolérance ainsi que, le cas échéant, un supplément sur cette marge de tolérance permettant d'intégrer les spécificités d'une pratique médicale. Selon la jurisprudence, cette marge de tolérance doit se situer entre un indice de 120 et de 130 (ATF 137 V 43 consid. 2.2 p. 45 et les références). Les résultats fournis par la méthode statistique ne constituent toutefois pas une présomption irréfragable, dans la mesure où le médecin concerné a toujours la possibilité de justifier une pratique plus onéreuse que celle de ses confrères appartenant à son groupe de comparaison (ATF 136 V 415 consid. 6.2 p. 417 et les références).
5.2.4 L'obligation de restitution fondée sur l'art. 56 al. 2 LAMal ne peut englober que les coûts directement liés à la pratique du médecin (y compris les médicaments délivrés par lui; ATF 137 V 43 consid. 2.5 p. 47). L'exclusion des coûts indirects de l'obligation de restitution n'enlève rien au fait que l'examen du caractère économique de la pratique médicale doit se faire sur la base d'une appréciation globale de la situation. Ne constitue par exemple pas une pratique médicale contraire au principe de l'économicité la pratique qui, tout en étant à l'origine d'importants coûts directs, engendre des coûts indirects limités et des coûts globaux (directs et indirects) dans la moyenne, voire inférieurs à celle-ci - parce que le médecin concerné conduit personnellement de nombreux traitements qu'un autre médecin aurait délégué en principe à des tiers (ATF 137 V 43 consid. 2.5.6 p. 49).
5.3 En l'occurrence, il n'est pas contesté que la patientèle de la recourante est composée à plus de 98 % de patients d'origine étrangère et à plus de 80 % de personnes exerçant des tâches manuelles. Cela étant, ce simple constat ne permet pas encore d'expliquer les raisons pour lesquelles la pratique (coûts directs) de la recourante dépasse la marge de tolérance admise par la jurisprudence (indices de 163 en 2004, 141 en 2005, 152 en 2006 et 151 en 2007). Pour appuyer son grief, la recourante se contente de formuler des généralités, sans préciser en quoi la nature particulière de sa patientèle engendrerait dans son cas personnel des coûts plus élevés que la normale. En particulier, elle ne mentionne pas qu'elle ferait usage de méthodes médicales particulières ou qu'elle aurait recours à du matériel médical spécifique; rien n'indique par ailleurs que les pathologies traitées différeraient fondamentalement de celles de ses collègues figurant dans son groupe de comparaison. On ne peut pas non plus affirmer que les coûts directs engendrés par la recourante seraient compensés par des coûts indirects moindres (indices de 151 en 2004, 130 en 2005, 135 en 2006 et 135 en 2007). Faute d'arguments concrets plaidant en faveur de l'application de la méthode analytique, la juridiction cantonale n'a pas violé le droit fédéral en appliquant strictement la méthode statistique.
5.4 Néanmoins, on relèvera que les calculs auxquels a procédé la juridiction cantonale sont erronés, puisqu'elle a comparé l'indice des coûts globaux (directs et indirects) de la recourante à l'indice des coûts directs du groupe de comparaison. Il n'y a pas lieu d'examiner plus avant les répercussions de cette erreur, dans la mesure où la correction des calculs conduirait à un résultat manifestement plus défavorable pour la recourante. Les intimés n'ayant pas déposé de recours (art. 100 al. 1 LTF) et le Tribunal fédéral n'ayant pas la possibilité de procéder à une reformatio in pejus du jugement attaqué (cf. art. 107 al. 1 LTF), le jugement attaqué doit par conséquent être confirmé sur ce point.
6. 6.1 Pour finir, la recourante fait grief à la juridiction cantonale d'avoir violé le droit fédéral, en retenant que les honoraires remboursés par des assureurs-maladie non parties à la procédure devaient être déduits du montant à restituer en proportion du total des coûts directs remboursés par tous les assureurs-maladie plutôt que dans leur globalité.
6.2 La manière de procéder de la juridiction cantonale n'est pas contestable. Dans la mesure où les calculs se font de manière indifférenciée sur la base d'indices déterminés sur l'ensemble des coûts directs, tous assureurs confondus, il est logique que le montant à restituer soit diminué proportionnellement de la part théoriquement remboursable des assureurs non parties à la procédure. Comme le souligne à juste titre la juridiction cantonale, seule une portion des frais remboursés par les assureurs-maladie doit être considérée comme non économique, et non l'entier des factures.
7. Mal fondé, le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires afférents à la présente procédure (art. 66 al. 1, 1ère phrase, LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 12 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Piguet