Sachverhalt:
A. Die Interessengemeinschaft X._-Industrie ist ein Verein im Sinne von Art. 60 ff. ZGB und bezweckt die Wahrung sowie Förderung gemeinsamer Interessen von allen am X._-Markt Beteiligten. Der Verein ist seit dem 1. Januar 1995 im Register für Mehrwertsteuerpflichtige eingetragen.
Nach einer Kontrolle erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung gegenüber der Interessengemeinschaft verschiedene Ergänzungsabrechnungen, u.a. eine Steuernachforderung von Fr. 43'234.-- zuzüglich Verzugszinsen für den Zeitraum vom 1. Januar 1998 bis zum 31. Dezember 2000. Die Nachforderung wurde damit begründet, dass die Mitgliederbeiträge des Vereins von der Besteuerung ausgenommene Umsätze darstellten, was zu einer entsprechenden Kürzung des Vorsteuerabzugs führen müsse. An dieser Einschätzung hielt die Veranlagungsbehörde (unter Berücksichtigung einer Gutschrift von Fr. 2'096.--) mit förmlichem Entscheid und auf Einsprache hin fest. Dagegen gelangte der Verein erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht.
B. Am 20. Oktober 2008 hat die Interessengemeinschaft beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Sie beantragt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 16. September 2008 aufzuheben. Von einer Kürzung des Vorsteuerabzugs sei abzusehen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (vgl. Art. 82 und 86 Abs. 1 lit. a BGG).
1.2 Im Streit liegen Mehrwertsteuernachforderungen, welche den Zeitraum vom 1. Januar 1998 bis zum 31. Dezember 2000 betreffen. Anwendbar ist somit noch die Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 (MWSTV; [AS 1994 1464 ff.]; vgl. Art. 93 und 94 MWSTG).
2. 2.1 Art. 14 Ziff. 11 MWSTV bestimmt, dass Umsätze, die von nicht-gewinnstrebigen Einrichtungen ihren Mitgliedern gegen einen statutarisch festgesetzten Beitrag erbracht werden, ohne Recht zum Vorsteuerabzug von der Besteuerung ausgenommen sind (vgl. auch Art. 18 Ziff. 13 MWSTG).
Für die mehrwertsteuerliche Behandlung der Mitgliederbeiträge von solchen Einrichtungen ist praxisgemäss entscheidend, ob Leistungen im Rahmen eines Leistungsaustauschs erbracht werden, d.h. ob mit dem jeweiligen Beitrag eine individualisierte konkrete Gegenleistung abgegolten wird und zwischen den beiden eine innere wirtschaftliche Verknüpfung besteht. Dann handelt es sich um so genannte "unechte" Beiträge, die steuerbar sind und zum Vorsteuerabzug berechtigen. Das kann insbesondere für Sonderleistungen gegenüber einzelnen Mitgliedern oder Nichtmitgliedern gelten, daneben für Leistungen, die sich nicht klar aus dem Gemeinschaftszweck oder aus den durch diesen Zweck festgelegten Aufgaben ergeben.
Werden hingegen statutarisch festgelegte Beiträge dem Vereinszweck entsprechend eingesetzt und kommen die damit verbundenen Leistungen allen Mitgliedern zugute, liegen "echte" Mitgliederbeiträge vor. Sie sind von der Besteuerung, aber auch vom Vorsteuerabzug ausgenommen. Sofern die Vereinigung tätig wird, um den statutengemässen Zweck umzusetzen, leistet sie nicht an ein einzelnes Mitglied. Das ist grundsätzlich dann anzunehmen, wenn die Beiträge gleich hoch sind oder nach einem für alle Mitglieder gültigen und allgemein verbindlichen Bemessungsschema erhoben werden oder wenn die Vereinstätigkeit sich an einen unbestimmten, nicht individualisierten Adressatenkreis richtet. Das wird bei der Erbringung von statutarischen Leistungen, die nicht an einzelne Mitglieder gehen, vermutet (vgl. zum Ganzen u.a. ASA 75 234 E. 2.2; 71 157 E. 10; StR 62/2007 232 E. 2.2).
2.2 Vorliegend ist unbestritten, dass der fixe Grundbeitrag von der Besteuerung ausgenommen ist und keinen Anspruch auf Vorsteuerabzug entstehen lässt. Ebenso wenig streitig ist auf der anderen Seite, dass die vom Verein erbrachten individuellen Sonderleistungen, die sowohl durch Mitglieder als auch von Dritten bezogen und jeweils einzeln in Rechnung gestellt bzw. entschädigt werden, steuerbar sind.
2.3 Umstritten ist hier einzig die Beurteilung des für die beiden Mitgliedergruppen der Interessengemeinschaft unterschiedlich berechneten variablen Beitrags: Die Gruppe "Produktion und Handel" entrichtet ihren Beitrag statutengemäss nach den von diesen Mitgliedern im Inland ausgelieferten bzw. importierten Quadratmetern X._, wobei ein Mindestbeitrag festgelegt ist. Der Jahresbeitrag der Gruppe "Verlegung" wird dagegen (neben dem fixen Grundbeitrag) in Form eines zusätzlichen Beitrags in Promille der Lohnsumme erhoben.
2.3.1 Die Beschwerdeführerin vertritt die Meinung, dass es sich beim variablen Teil des Beitrags um einen Leistungsaustausch zwischen dem jeweiligen Vereinsmitglied und der Interessengemeinschaft handle, weshalb dieser Teil zu besteuern sei und der entsprechende Vorsteuerabzug geltend gemacht werden könne.
2.3.2 Dagegen hat die Vorinstanz zu Recht festgehalten, dass die Interessengemeinschaft statutengemäss eine nicht-gewinnstrebige Vereinigung darstellt. Die Beiträge sind gestützt auf klare statutarische Bestimmungen und - für die einzelnen Kategorien - nach einem für alle Mitglieder gleichen Massstab festgelegt. Die aufgrund des Vereinszwecks zu erbringenden Aufgaben stellen Gegenleistungen für die aufgrund der Statuten zu bezahlenden Beiträge dar und werden (im Gegensatz zu den erwähnten individuellen Sonderleistungen) ausschliesslich gegenüber den Mitgliedern wahrgenommen. Neben dem fixen ist auch der variable Teil der Beiträge auf jeden Fall geschuldet, selbst wenn damit keine individuelle Leistung bezogen wird. Dementsprechend hat das Bundesverwaltungsgericht zutreffend angenommen, dass alle Anforderungen im Sinne von Art. 14 Ziff. 11 MWSTV erfüllt sind, um die Mitgliederbeiträge vollumfänglich von der Besteuerung, aber auch vom Vorsteuerabzug auszunehmen.
2.3.3 Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, vermag ein anderes Ergebnis nicht zu rechtfertigen:
Nicht gefolgt werden kann namentlich dem Argument, nur der Grundbeitrag werde für die Verwirklichung des Verbandszwecks genutzt. Das trifft schon deshalb nicht zu, weil die Statuten eine unterschiedliche Verwendung von fixem und variablem Teil des Beitrags nicht vorsehen und auch sonst keine Anhaltspunkte bestehen, dass mit dem variablen Teil des Vereinsbeitrages konkrete Leistungen gegenüber einzelnen Mitgliedern abgegolten würden. Tatsächlich erbringt die Interessengemeinschaft ihre statutenmässigen Leistungen (z.B. die gemeinsame Branchenwerbung, die Förderung der Belange der Berufsausbildung sowie die Interessenvertretung gegenüber Behörden und Berufsverbänden) im Gesamtinteresse aller Mitglieder und nicht durch eine konkrete individuelle Tätigkeit zu Gunsten der einzelnen Mitglieder (vgl. dazu die oben in E. 2.1 aufgeführte Rechtsprechung, insbesondere auch die beiden Urteile 2A. 334/2003 und 2C_743/2007, auf welche sich die Beschwerdeführerin zu Unrecht beruft).
Nicht näher einzugehen ist auf die statutenwidrige und auch unbelegt gebliebene Behauptung, die Interessengemeinschaft sei in Wirklichkeit gewinnstrebig (vgl. dazu schon oben E. 2.3.2). Unzutreffend ist weiter die Auffassung, Art. 14 Ziff. 11 MWSTV finde generell keine Anwendung, wenn ein Verein ebenfalls an Nichtmitglieder Leistungen erbringe. Massgeblich ist - wie schon hervorgehoben - vielmehr, ob die nur den Mitgliedern statutengemäss erbrachten Leistungen auf den Vereinsbeitrag zurückzuführen sind oder aber auf ein individualisiertes Entgelt, das im Austausch mit einer konkreten Einzel- bzw. Sonderleistung des Vereins bezahlt wird.
Zu Unrecht rügt die Beschwerdeführerin schliesslich eine Verletzung des in Art. 9 BV verankerten Anspruchs auf Treu und Glauben. Aufgrund der Aktenlage ist erstellt, dass die Veranlagungsbehörde ihren Rechtsstandpunkt unmissverständlich und widerspruchsfrei erklärt hat. Sie hat der Beschwerdeführerin weder konkrete Auskünfte erteilt, noch Zusicherungen gemacht, die auf eine unterschiedliche Behandlung der zwei Kategorien von Mitgliederbeiträgen hätten schliessen lassen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter