Faits :
Faits :
A. La société EMS X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège est à A._, a pour but l'exploitation d'un établissement médico-social (EMS). Y._ en est l'actionnaire et l'administrateur unique avec signature individuelle. Il est aussi propriétaire de l'immeuble dans lequel se trouve l'EMS qu'il dirige. La Société est au bénéfice d'un contrat de bail.
Le 29 avril 1991, le Service cantonal des assurances sociales et de l'hospitalisation du canton de Vaud a constaté des défauts d'ordre architectural, structurel et des problèmes de sécurité en matière d'incendie. Tout en prenant note de l'existence d'un projet de nouvelle construction, il invitait le directeur de la Société à réfléchir à l'avenir de l'établissement. Un devis de transformations établi le 4 décembre 1991 par le bureau d'architectes B._ SA pour rendre l'établissement conforme aux exigences légales s'élevait à 440'000 fr. auxquels s'ajoutaient des aménagements extérieurs pour un montant de 20'000 fr. Une deuxième partie du devis concernait la création d'un éventuel jardin d'hiver et d'une terrasse couverte pour un montant de 250'000 fr.
Le 16 juin 1992, le Service cantonal de la santé publique signalait à Y._ que l'autorisation d'exploitation arrivait à échéance le 31 mars 1993 et qu'en raison de la situation éloignée de l'EMS, des investissements importants que nécessiterait son adaptation et des contraintes budgétaires, un plan de transformation était exclu et l'établissement démobilisé. Il pouvait toutefois présenter un projet personnel dans les locaux existants nécessitant peu de transformations (moins d'un million de francs).
Un devis daté du 1er septembre 1992 concernant l'achat de 30 lits de gériatrie s'élevait à 235'000 fr.
Par décision du 19 octobre 1998, le Département de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud a ordonné la fermeture définitive de l'EMS. Par arrêt du 10 juin 1999 statuant sur le recours dirigé contre la décision du 19 octobre 1998, le Tribunal administratif du canton de Vaud a accordé un délai supplémentaire de deux ans. Le 23 septembre 1999, le Département a prolongé l'autorisation d'exploiter jusqu'au 30 juin 2001. Une demande de réexamen de cette décision a été rejetée par arrêt du Tribunal administratif du 7 août 2001, lui-même confirmé par arrêt 2P.241/2001 du Tribunal fédéral du 18 février 2002.
Par décision du 19 octobre 1998, le Département de la santé et de l'action sociale du canton de Vaud a ordonné la fermeture définitive de l'EMS. Par arrêt du 10 juin 1999 statuant sur le recours dirigé contre la décision du 19 octobre 1998, le Tribunal administratif du canton de Vaud a accordé un délai supplémentaire de deux ans. Le 23 septembre 1999, le Département a prolongé l'autorisation d'exploiter jusqu'au 30 juin 2001. Une demande de réexamen de cette décision a été rejetée par arrêt du Tribunal administratif du 7 août 2001, lui-même confirmé par arrêt 2P.241/2001 du Tribunal fédéral du 18 février 2002.
B. Par décision de taxation du 20 janvier 1994 pour la période fiscale 1993/1994, l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice moyen de 58'100 fr. et un capital de 289'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation.
Par décision de taxation du 12 mars 1996 pour la période fiscale 1995 (praenumerando; années de calcul 1993/1994), l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice moyen de 65'400 fr. et un capital de 420'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation. Par décision de taxation du 4 novembre 1996 pour la même période fiscale (postnumerando, année de calcul 1995), l'Administration cantonale des impôts a imposé la Société sur un bénéfice de 87'100 fr. et un capital de 507'000 fr. Cette décision n'a pas fait l'objet d'une réclamation.
Pour la période fiscale 1996, la société a déclaré un bénéfice imposable de 1'600 fr. et un capital de 509'000 fr.
Pour la période fiscale 1996, la société a déclaré un bénéfice imposable de 1'600 fr. et un capital de 509'000 fr.
C. Les 8 et 9 septembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a procédé à un contrôle portant sur les exercices comptables des années 1991 à 1996. Le 29 septembre 1998, elle a requis la production de fiches comptables, du contrat de bail de l'immeuble, de diverses factures justificatives ainsi qu'une explication nantie de justificatifs de la provision de 359'430 fr. pour transformations. Le 10 novembre 1998, la Société a produit le contrat de bail du 28 novembre 1988.
Le 9 décembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a notifié à la Société un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale concernant les périodes fiscales 1993/1994, 1995, 1996 et 1997. Le même jour, un courrier identique a été adressé à Y._. Le 29 septembre 1998, l'Administration cantonale des impôts a requis de la Société la production de pièces comptables. Ayant refusé de fournir les pièces malgré une sommation du 16 décembre 1998 lui fixant un délai au 11 janvier 1999, la Société a été condamnée à payer deux amendes de 500 et 200 fr.; ces dernières ont été confirmées par arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 26 août 1999. Un nouveau délai lui a été fixé au 22 février 2000.
Par courrier du 12 juin 2001 annonçant la clôture prochaine de la procédure, l'Administration cantonale des impôts a invité la Société à déposer des observations sur les reprises effectuées dans les comptes de résultat et qui portaient sur des distributions dissimulées en faveur de Y._, notamment des salaires excessifs, une pendule neuchâteloise, une chaîne Hi-fi, les primes d'une assurance ménage et une part privée sur les honoraires de la fiduciaire. Elles portaient aussi sur des provisions pour transformation d'immeuble de 359'430 fr. et pour achat de lits de 236'220 fr.
Par courrier du 12 juin 2001 annonçant la clôture prochaine de la procédure, l'Administration cantonale des impôts a invité la Société à déposer des observations sur les reprises effectuées dans les comptes de résultat et qui portaient sur des distributions dissimulées en faveur de Y._, notamment des salaires excessifs, une pendule neuchâteloise, une chaîne Hi-fi, les primes d'une assurance ménage et une part privée sur les honoraires de la fiduciaire. Elles portaient aussi sur des provisions pour transformation d'immeuble de 359'430 fr. et pour achat de lits de 236'220 fr.
D. Le 20 septembre 2002, l'Administration cantonale des impôts a notifié à la Société deux décisions ̈de rappel d'impôts, de taxation définitive et de prononcé d'amende pour soustraction fiscale ̈, l'une en matière d'impôt fédéral direct, l'autre en matière d'impôt cantonal.
S'agissant de l'impôt fédéral direct, pour la période fiscale 1993/1994, elle a fixé le bénéfice imposable à 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'impôt soustrait à 313 fr. 60 et l'amende à 300 fr. Pour la période fiscale 1995 (prae), elle a fixé le bénéfice imposable à 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et, pour la période fiscale 1995 (post), à 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'impôt soustrait à 16'146 fr. 60, et l'amende à 16'100 fr. Le capital imposable de ces périodes n'a pas été modifié. Pour la période fiscale 1996, elle a fixé le bénéfice imposable à 700'300 fr. (au lieu du montant déclaré de 1'600 fr.) et le capital imposable à 1'104'000 fr (au lieu du montant déclaré de 509'000 fr.), les impôts soustraits à 68'571 fr. 35 et 476 fr., et l'amende à 100 fr.
S'agissant de l'impôt cantonal, pour la période fiscale 1993/1994, elle a fixé le bénéfice imposable à 59'700 fr. (au lieu de 58'100 fr.), l'impôt soustrait à 1'103 fr. 70 et l'amende de droit cantonal à 700 fr. et de droit communal à 400 fr. Pour la période fiscale 1995 (prae), elle a fixé le bénéfice imposable à 168'300 fr. (au lieu de 65'400 fr.) et pour la période fiscale 1995 (post), à 247'100 fr. (au lieu de 87'100 fr.), l'impôt soustrait à 41'113 fr. 25, et l'amende de droit cantonal à 25'400 fr. et de droit communal à 15'700 fr. Le capital imposable de ces périodes n'a pas été modifié. Pour la période fiscale 1996, elle a fixé le bénéfice imposable à 700'600 fr. (au lieu du montant déclaré de 1'600 fr.) et le capital imposable à 1'104'000 fr (au lieu du montant déclaré de 509'000 fr.), les impôts soustraits à 204'861 fr. 80 et 476 fr., comprenant une majoration de 10% des éléments dont la soustraction avait été tentée.
Le 11 octobre 2002, la Société a interjeté deux réclamations, l'une en matière d'impôt fédéral direct et l'autre en matière d'impôts cantonal et communal.
Par décision unique du 3 janvier 2006, l'Administration cantonale des impôts a partiellement admis les réclamations pour les motifs suivants: Les salaires versés à l'administrateur étaient certes excessifs mais les attestations de salaire figuraient dans les déclarations d'impôt de sorte qu'il n'était pas possible de prononcer d'amende pour cette raison. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient une anticipation de dépenses futures et devaient par conséquent être dissoutes. L'achat d'une pendule neuchâteloise et d'une chaîne Hi-fi ainsi que le financement d'une assurance par la Société constituaient des prestations à l'actionnaire. Elle a réduit les amendes pour la période fiscale 1995 à 770 fr. pour l'impôt cantonal, à 480 fr. pour l'impôt communal et à 1'250 fr. pour l'impôt fédéral direct.
La Société a interjeté recours contre la décision sur réclamation. Son recours invoquait la prescription des créances et des amendes fiscales et portait sur la dissolution des provisions et sur les reprises de salaires excessifs et des parts privées effectuées par l'Administration cantonale des impôts.
La Société a interjeté recours contre la décision sur réclamation. Son recours invoquait la prescription des créances et des amendes fiscales et portait sur la dissolution des provisions et sur les reprises de salaires excessifs et des parts privées effectuées par l'Administration cantonale des impôts.
E. Par arrêt du 28 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a partiellement admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 3 janvier 2006 et renvoyé la cause à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a jugé que la prescription avait été dûment interrompue par l'avis d'ouverture d'enquête adressé à la Société le 9 décembre 1998. La Société se prévalait tardivement de n'avoir pas reçu cet avis. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient des réserves pour charges futures qui ne pouvaient grever le compte de résultat. Elles devaient être reprises dans l'exercice comptable 1996. Les reprises sur les salaires excessifs du directeur n'étaient pas justifiées pour les années 1993, 1994 et 1996. Les primes d'assurance payées par la Société pour les années 1992 à 1995 concernant une assurance en faveur de l'actionnaire, les honoraires de la fiduciaire payés par la Société concernant des travaux en relation avec le divorce de ce dernier devaient également être repris. L'Administration cantonale des impôts n'avait en revanche pas pu prouver que l'achat de la pendule neuchâteloise et celui de la chaîne Hi-fi constituait une dépense en faveur de l'actionnaire; la reprise ne pouvait par conséquent être confirmée.
E. Par arrêt du 28 novembre 2006, le Tribunal administratif du canton de Vaud a partiellement admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 3 janvier 2006 et renvoyé la cause à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a jugé que la prescription avait été dûment interrompue par l'avis d'ouverture d'enquête adressé à la Société le 9 décembre 1998. La Société se prévalait tardivement de n'avoir pas reçu cet avis. Les provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits constituaient des réserves pour charges futures qui ne pouvaient grever le compte de résultat. Elles devaient être reprises dans l'exercice comptable 1996. Les reprises sur les salaires excessifs du directeur n'étaient pas justifiées pour les années 1993, 1994 et 1996. Les primes d'assurance payées par la Société pour les années 1992 à 1995 concernant une assurance en faveur de l'actionnaire, les honoraires de la fiduciaire payés par la Société concernant des travaux en relation avec le divorce de ce dernier devaient également être repris. L'Administration cantonale des impôts n'avait en revanche pas pu prouver que l'achat de la pendule neuchâteloise et celui de la chaîne Hi-fi constituait une dépense en faveur de l'actionnaire; la reprise ne pouvait par conséquent être confirmée.
F. Par la voie du recours de droit administratif 2A.35/2007 pour ce qui concerne l'impôt fédéral direct, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les décisions de rappels d'impôt et d'amendes de l'Administration cantonale des impôts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit administratif, elle se plaint de la violation de l'art. 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101), de son droit d'être entendue ainsi que du droit fédéral en matière de preuves, de prescription et de déduction des provisions.
Par la voie du recours de droit public 2P.17/2007 pour ce qui concerne les impôts cantonaux et communaux, la Société demande d'annuler l'arrêt rendu le 28 novembre 2006 par le Tribunal administratif ainsi que les décisions de rappel d'impôt et d'amendes de l'Administration cantonale des impôts du 3 janvier 2006. A l'appui de son recours de droit public, elle fait valoir les mêmes griefs que dans son recours de droit administratif auxquels s'ajoutent l'application arbitraire du droit cantonal et la violation des art. 5 al. 1 et 49 al. 2 Cst.
Le Tribunal administratif a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours.
Le Tribunal administratif a renoncé à déposer une réponse. L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet des recours.
G. Par ordonnances du 9 février 2007, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté les requêtes d'effet suspensif formulées dans le recours de droit administratif et le recours de droit public.
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le présent recours doit dès lors être examiné au regard des dispositions de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; art. 132 al. 1 LTF).
1.2 Dans une même écriture, comme l'admet la jurisprudence (ATF 129 I 337 consid. 1.1 p. 339), la recourante a déposé simultanément deux recours, l'un de droit administratif, l'autre de droit public, contre le même arrêt. Par économie de procédure, il convient dès lors de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (art. 24 PCF et 40 OJ; ATF 127 V 29 consid. 1 p. 33, 156 consid. 1 p. 157).
I. Impôt fédéral direct (2A.35/2007)
I. Impôt fédéral direct (2A.35/2007)
2. 2.1 Déposé en temps utile contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours de droit administratif (2A.35/2007) est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière des art. 112 de l'arrêté sur l'impôt fédéral direct (AIFD) et 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11).
Il est irrecevable dans la mesure où il conclut à l'annulation des décisions rendues le 3 janvier 2006 par l'Administration cantonale des impôts, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif. En particulier, le grief de la recourante selon lequel la procédure la concernant et celle de son actionnaire-administrateur auraient été confondues par l'Administration cantonale des impôts dans sa décision du 3 janvier 2006 est irrecevable.
2.2 Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid. 1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 128 II 56 consid. 2b p. 60; 126 V 252 consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par la recourante ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 132 II 257 consid. 2.5 p. 262, 47 consid. 1.3 p. 50; 131 II 361 consid. 2 p. 366 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts: ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; 132 II 21 consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts: ATF 132 I 42 consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; 131 III 182 consid. 1 p. 184).
3. La recourante soutient que le refus du Tribunal administratif d'ordonner la production de la preuve de la notification postale du courrier d'ouverture d'enquête du 9 décembre 1998 équivaut à une violation de son droit d'être entendue. Faute d'être prouvée, l'interruption de la prescription par cet acte devrait être considérée comme non avenue.
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).
D'après l'art. 115 LIFD, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elle soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation (cf. à cet égard: Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e édition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la taxation, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires.
3.2 Dans son arrêt, le Tribunal administratif a jugé que l'existence d'un avis d'ouverture d'enquête et sa notification le 9 décembre 1998 à la recourante avaient été constatées dans la procédure de recours relative aux amendes d'ordre infligées à la Société et confirmée par son arrêt du 26 août 1999 (cf. arrêt FI 1999.41 lettre D, p. 2) sans que celle-ci n'ait alors contesté l'avoir reçu. Son objection était par conséquent tardive.
La recourante prétend en vain que le Tribunal administratif ne pouvait pas considérer la notification comme prouvée en se fondant uniquement sur les considérants de l'arrêt du 26 août 1999. Elle perd de vue que le reçu postal relatif à un courrier recommandé n'est pas le seul moyen qui permette d'établir la réception d'un courrier par son destinataire. En l'espèce, le Tribunal devait s'assurer que la recourante avait reçu l'avis d'ouverture d'enquête du 9 décembre 1998. Seul ce fait devait être établi au regard des règles relatives à la prescription du droit de taxer et à celle du droit de procéder à un rappel d'impôt. La recourante n'ayant pas contesté, dans la procédure qui a conduit à l'arrêt du 26 août 1999, la constatation qu'elle avait bien reçu l'avis du 9 décembre 1998, le Tribunal administratif pouvait, sans violer son droit d'être entendue, renoncer à ordonner la production de la preuve de la notification, puisque le fait était déjà établi. D'ailleurs, la recourante ne prétend pas ne pas avoir reçu cet avis ni que la prescription serait acquise pour un autre motif.
La recourante prétend en vain que le Tribunal administratif ne pouvait pas considérer la notification comme prouvée en se fondant uniquement sur les considérants de l'arrêt du 26 août 1999. Elle perd de vue que le reçu postal relatif à un courrier recommandé n'est pas le seul moyen qui permette d'établir la réception d'un courrier par son destinataire. En l'espèce, le Tribunal devait s'assurer que la recourante avait reçu l'avis d'ouverture d'enquête du 9 décembre 1998. Seul ce fait devait être établi au regard des règles relatives à la prescription du droit de taxer et à celle du droit de procéder à un rappel d'impôt. La recourante n'ayant pas contesté, dans la procédure qui a conduit à l'arrêt du 26 août 1999, la constatation qu'elle avait bien reçu l'avis du 9 décembre 1998, le Tribunal administratif pouvait, sans violer son droit d'être entendue, renoncer à ordonner la production de la preuve de la notification, puisque le fait était déjà établi. D'ailleurs, la recourante ne prétend pas ne pas avoir reçu cet avis ni que la prescription serait acquise pour un autre motif.
4. Invoquant l'art. 6 CEDH, la recourante soutient nouvellement devant le Tribunal fédéral que le Tribunal administratif ne pouvait pas statuer dans la même composition sur le volet pénal et le volet fiscal de la procédure.
4.1 Les moyens liés au déroulement de la procédure, en particulier ceux ayant trait à la composition régulière du tribunal ne peuvent plus être soulevés devant le Tribunal fédéral s'ils pouvaient l'être devant la dernière instance cantonale, afin d'éviter les manoeuvres dilatoires (ATF 117 Ia 522 consid. 3a p. 525 s.). En l'espèce, la recourante pouvait s'attendre de bonne foi à ce que le Tribunal administratif statue sur son recours dans deux compositions différentes conformément à sa jurisprudence (cf. ATA/VD FI.2005.0003 du 21 juin 2005 publié sur le site internet du Tribunal administratif: www.ta.vd.ch). Elle ne pouvait par conséquent pas soulever ce moyen avant de recevoir l'arrêt attaqué. Son grief est par conséquent recevable.
4.2 D'après l'art. 6 par. 1 CEDH, toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera en particulier du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle.
Selon la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme, la notion de ̈personne ̈ de l'art. 6 CEDH englobe non seulement les personnes physiques mais aussi les personnes morales (Frowein/Peukert, Europäische Menschenrechtskonvention, EMRK Kommentar, 2e éd., Kehl, Strasbourg, Arlington 1996, n° 4 ad art. 6 CEDH, p. 156 et la jurisprudence citées). De jurisprudence constante en revanche, l'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales, qui n'ont pas un caractère pénal (ATF 132 I 140 consid. 2.1 p. 146 et les références citées). Les procédures en rappel d'impôt n'y sont donc pas soumises (RF 61/2006 p. 372, consid. 2.2 et les références citées).
Même si l'art. 6 CEDH ne le mentionne pas expressément, le droit de garder le silence et de ne pas contribuer à sa propre incrimination est une norme généralement reconnue qui est au coeur de la notion de procès équitable consacrée par l'art. 6 par. 1 CEDH. En particulier, le droit de ne pas contribuer à sa propre incrimination présuppose que les autorités recherchent à fonder leur argumentation sans recourir à des éléments de preuve obtenus par la contrainte ou les pressions, au mépris de la volonté de l'accusé. En mettant celui-ci à l'abri d'une coercition abusive des autorités, ces immunités concourent à éviter des erreurs judiciaires et à garantir le résultat voulu par l'art. 6 CEDH (voir l'arrêt J. B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III, p. 457 ss § 64 et les références citées). Par conséquent, l'art. 6 CEDH protège le contribuable contre l'utilisation dans la procédure pénale de renseignements obtenus dans le cadre de la procédure ordinaire de taxation et de rappel d'impôt où il a l'obligation de collaborer à l'établissement de ses éléments imposables (arrêt 2A.67/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2).
4.3 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a statué dans la même composition sur les griefs de la recourante concernant la prescription des rappels d'impôts fédéral, cantonal et communal des périodes fiscales 1993/1994, 1995 et 1996 et sur ceux concernant la prescription de la contravention en droit cantonal pour les mêmes périodes et les a rejetés. En revanche, la recourante n'ayant soulevé aucun grief de fond concernant la commission des soustractions fiscales de droit fédéral, cantonal et communal, le Tribunal administratif n'en a pas expressément examiné le bien-fondé. Sur le fond enfin, le Tribunal administratif a annulé une partie des reprises effectuées par l'Administration cantonale des impôts, ce qui l'a conduit à admettre partiellement le recours, annuler la décision sur réclamation du 3 janvier 2006 et renvoyer la cause à l'autorité intimée pour qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants statuant sur les amendes, qui en définitive, devaient être prononcées.
La recourante soutient en vain que le Tribunal administratif a violé l'art. 6 CEDH. Il est vrai qu'en pratique, eu égard au principe "nemo tenetur", certains cantons (BE: arrêt 2A.480/2005 du 23 février 2006 in StR 61/2006 p. 372 ss; VD: ATA/VD FI.2005.0003 du 21 juin 2005) scindent les procédures de rappel d'impôt et celle de soustraction fiscale, afin d'éviter d'emblée le reproche de violation des garanties de procédure ancrées à l'art. 6 CEDH. Toutefois, contrairement à ce qu'affirme la recourante, le seul fait que les procédures ne soient pas menées séparément ne conduit pas déjà à la violation de l'art. 6 CEDH. En effet, pour que la violation du principe "nemo tenetur" soit constatée, il appartenait à la recourante de démontrer que le Tribunal administratif l'avait contrainte de contribuer à sa propre incrimination, ce qu'elle n'a pas fait. Force est d'ailleurs de constater que, dans la partie de son arrêt concernant les amendes pour soustraction fiscale, le Tribunal administratif ne s'est prononcé que sur la question de la prescription, qui n'implique qu'un examen juridique sous l'angle du déroulement dans le temps des actes de procédure effectués par le fisc, sans se prononcer sur la quotité des amendes pénales infligées à la recourante. Le grief de violation de l'art. 6 CEDH est par conséquent rejeté.
4.4 A cet égard, la recourante se plaint encore de ce que le Tribunal administratif a renoncé à séparer les procédures de rappels d'impôts et de soustraction fiscale sans en expliquer la raison. Elle se plaint de la violation de son droit d'être entendue et de l'irrégularité de la procédure.
Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. La motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 130 II 473 consid. 4.1 p. 477, 530 consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
L'absence de motivation sur ce point n'a cependant pas empêché la recourante de comprendre la portée de l'arrêt attaqué et de se plaindre de cette manière de procéder, de sorte que son droit d'être entendue n'a pas été violé.
Au surplus, la séparation des procédures en cause ne repose sur aucune disposition légale qui l'imposerait au Tribunal administratif. Il s'agit d'une simple pratique instaurée pour les cas où l'on ne pourrait éviter que le contribuable ne doive s'incriminer si les aspects fiscaux et pénaux de sa situation étaient jugés simultanément. Tel n'était pas le cas en l'espèce où la recourante ne contestait pas l'existence d'une soustraction et où le Tribunal administratif s'est borné à examiner la question de la prescription des procédures qui est sans relation avec d'éventuels agissements de la recourante. Le grief est donc mal fondé.
4.5 Pour le surplus, il convient de remarquer que la recourante ne prétend pas, à juste titre, que les rappels d'impôt fédéral direct en cause sont prescrits.
4.5 Pour le surplus, il convient de remarquer que la recourante ne prétend pas, à juste titre, que les rappels d'impôt fédéral direct en cause sont prescrits.
5. La recourante soutient que le Tribunal administratif a violé le droit fédéral en confirmant la reprise de la provision pour la transformation de l'immeuble et de celle pour l'achat de lits constituées de 1992 à 1996 et qui auraient été au demeurant dûment dissoutes en 2002. En outre de l'avis de la recourante, dans l'hypothèse où ces provisions n'étaient pas admissibles, elles auraient dû être annulées durant les années 1991/1992 lors de leur constitution et non pas durant l'exercice 1996.
5.1 La loi sur l'impôt fédéral direct est entrée en vigueur le 1er janvier 1995 et a abrogé l'arrêté sur l'impôt fédéral direct en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994. Comme le litige relatif aux provisions pour transformation de l'immeuble et achat de lits concerne les périodes fiscales 1993/1994 à 1996, le calcul des éléments imposables pour ces périodes s'effectue selon la loi sur l'impôt fédéral direct pour les périodes ultérieures au 1er janvier 1995 et selon l'arrêté fédéral pour la période 1993/1994, dont la réglementation sur les points en cause est d'ailleurs identique sur le fond à celle de la loi sur l'impôt fédéral direct.
5.2 Selon le principe de l'autorité du bilan commercial, le bénéfice imposable des personnes morales repose sur le bénéfice tel qu'il ressort du compte de résultat établi selon les règles du droit commercial. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoit des règles correctrices particulières. L'autorité du bilan commercial (art. 662a CO) tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (art. 49 AIFD et 58 LIFD; arrêt 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3; 2A.458/2002 du 15 octobre 2004 in StE 2005 B 72.15.2 n° 6; ATF 119 Ib 111 consid. 2c p. 115). Ce principe vaut en particulier en matière de provisions au sens de l'art. 669 CO (arrêt 2A.465/2006 du 19 janvier 2007 consid. 3).
5.3 D'après les art. 49 al. 1 lettre b AIFD (qui parle de ̈réserves d'amortissement ̈) et 58 al. 1 lettre b LIFD, le bénéfice net des personnes morales comprend notamment les provisions qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial. D'après l'art. 63 LIFD, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultat notamment pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé (lettre a), les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs (lettre b) et les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice (lettre c). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable.
La déduction de réserves pour achats futurs n'est en principe pas admise. Le droit fiscal n'admet pas la constitution de réserves latentes par le biais de provisions pourtant tolérées en droit des obligations et selon les usages du commerce. En particulier, les provisions constituées en vue d'une utilisation future, notamment pour faire face à des dépenses que l'entreprise devra supporter en raison de son activité future constituent des réserves; en tant que telles, elles font partie du revenu imposable et ne sauraient être déduites de ce dernier avant que la société n'ait à supporter les charges en cause conformément au principe de périodicité du droit fiscal (arrêt 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 5.2.3 et les références citées; cf. Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, n° 243 p. 145 s.; Jean-Marc Rivier, La fiscalité de l'entreprise (société anonyme), Lausanne 1994, p. 194 s. et les références citées).
Lorsque des provisions, qui ont été passées en charge du compte de résultat, ne sont pas admissibles, l'autorité fiscale est en droit de procéder à la dissolution de la provision. La dissolution a lieu lors de la période durant laquelle l'absence de justification commerciale de la réserve est constatée (arrêt 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3.3 et les références citées).
5.4 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté que les provisions litigieuses avaient pour but d'acheter des lits et de transformer les bâtiments abritant l'EMS, dont les qualités d'ordre architectural et structurel ainsi que les équipements de protection contre le feu ne répondaient pas aux exigences des autorités administratives.
Quoi qu'en pense la recourante - qui confond la planification de travaux de transformation destinés à permettre à la Société de poursuivre son activité, avec les engagements de l'exercice dont le montant n'est pas encore déterminé - la provision pour transformation de l'immeuble et achat de lits concerne des charges futures et ne peut être déduite du bénéfice imposable, notamment en l'absence de contrats liant la recourante pour les exercices en cause. Les provisions litigieuses constituaient donc des réserves pour des dépenses en l'espèce hypothétiques, qui ne sont pas conformes au principe de périodicité du droit fiscal (cf. art. 63 al. 1 lettre a LIFD). Dès lors, il est inutile de trancher la question de leur conformité aux dispositions du droit comptable des sociétés anonymes et de la comptabilité commerciale, comme le souhaite la recourante. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a confirmé la reprise de la provision de 359'430 fr. pour transformation de l'immeuble abritant l'EMS et de la provision pour achat de lits de 236'220 fr.
5.5 La recourante prétend que l'annulation des provisions litigieuses devait être effectuée dans les comptes des exercices 1991-1992 au moment où elles ont été constituées.
Ce grief doit être écarté. Il ressort du dossier que la provision pour l'achat de lits de 236'220 fr. a été constituée à charge du compte de résultat de l'exercice comptable 1992. La provision pour la transformation de l'immeuble a, semble-t-il, été comptabilisée à charge du compte de résultat de l'exercice 1991. Dans tous les cas, les parties ne le contestent pas. Ces écritures comptables ne sont toutefois apparues que lors de la révision des comptes par l'Administration cantonale des impôts.
Une provision non justifiée peut - et doit - être dissoute dès que son absence de justification est patente, ce qui ne s'avère pas toujours immédiatement. En l'espèce, vu les discussions entre le Service cantonal des assurances sociales et de l'hospitalisation et la recourante, l'Administration cantonale des impôts pouvait considérer que la provision n'était plus justifiée à partir de l'exercice 1996 et effectuer la reprise pour cette période.
Contrairement à ce que pense la recourante, l'autorité fiscale n'a pas l'obligation d'examiner en détail, chaque période, tous les postes de la comptabilité d'un contribuable et de se déterminer sur ceux-ci, indépendamment de toute demande de sa part. Dans la procédure de rappel d'impôt - sous réserve de l'art. 151 al. 2 LIFD, dont les conditions ne sont pas remplies en l'espèce - l'autorité fiscale doit en effet fixer à nouveau tous les éléments imposables (art. 131 al. 1 et 142 al. 4 LIFD par renvoi de l'art. 153 al. 3 LIFD), ce qu'elle a fait en examinant la justification de la provision litigieuse.
Dès lors que les provisions litigieuses n'étaient pas autorisées et devaient être ajoutées au bénéfice imposable de la période fiscale 1996, leur dissolution comptable par la recourante dans l'exercice 2002 n'a pas d'influence en l'espèce.
II. Impôt cantonal (2P.17/2007)
II. Impôt cantonal (2P.17/2007)
6. 6.1 Le prononcé par lequel une juridiction cantonale annule la décision et renvoie une affaire pour nouvelle décision à une autorité de première instance est une décision incidente, qui n'entraîne en principe aucun dommage irréparable pour l'intéressé et ne saurait en tant que tel faire l'objet d'un recours de droit public (art. 87 OJ). Toutefois, lorsque l'arrêt de renvoi ne laisse aucune latitude de jugement à l'autorité inférieure, il peut alors faire directement l'objet d'un recours de droit public, car un tel arrêt constitue pour les parties une décision qui met fin à la procédure (ATF 129 I 313 consid. 3.2 p. 317; 122 I 39; 117 Ia 396 consid. 1 p. 398 s et les arrêts cités). Tel est bien le cas de l'arrêt attaqué qui tranche définitivement le sort des rappels d'impôt et des amendes au plan cantonal et communal.
6.2 Déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche la recourante dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours de droit public n° 2P.17/2007 est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
Sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, le recours de droit public ne peut tendre qu'à l'annulation de la décision attaquée (ATF 132 I 68 consid. 1.5 p. 71 et la jurisprudence citée). Dans la mesure où la recourante demande l'annulation des décisions de rappel d'impôt et d'amendes de l'Administration cantonale des impôts du 3 janvier 2006, ses conclusions sont irrecevables, de même que les griefs dirigés contre celles-ci.
6.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. La recourante ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst. (cf. art. 4 aCst.), l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312 et la jurisprudence citée).
6.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. La recourante ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst. (cf. art. 4 aCst.), l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (ATF 128 I 295 consid. 7a p. 312 et la jurisprudence citée).
7. La recourante réitère les griefs de violation du droit d'être entendue et de violation de l'art. 6 CEDH qu'elle a formulés dans son recours de droit administratif. Ces griefs doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus (consid. 3 et 4), auxquels il suffit de renvoyer.
7. La recourante réitère les griefs de violation du droit d'être entendue et de violation de l'art. 6 CEDH qu'elle a formulés dans son recours de droit administratif. Ces griefs doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus (consid. 3 et 4), auxquels il suffit de renvoyer.
8. La recourante se plaint aussi de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
8.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211). A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (ATF 132 III 209 consid. 2.1 p. 211; 132 I 13 consid. 5.1 p. 17).
8.2 En droit cantonal vaudois, d'après l'art. 133 al. 1 de l'ancienne loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI; R. 1956, 359; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000), la contravention est prescrite quatre ans après la fin de la période de taxation. La prescription est interrompue par tout avis de l'Administration cantonale des impôts ou du Département des finances aux intéressés les informant qu'une enquête est en cours (al. 1). Cet avis est considéré comme non avenu si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année (art. 133 al. 2 aLI).
8.3 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a constaté que, le 9 décembre 1998, un avis d'ouverture de procédure pour soustraction fiscale concernant les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 avait été notifié à la recourante et que le même jour, un courrier identique avait été adressé à Y._. Il a également constaté que, le 16 décembre 1998, l'Administration cantonale des impôts avait adressé un courrier recommandé à la Société, la sommant de produire des pièces comptables réclamées par courrier du 29 septembre 1998.
Les courriers des 9 et 16 décembre 1998 ayant bien été notifiés à la recourante (cf. consid. 7 ci-dessus), celle-ci conteste évidemment en vain qu'ils ont valablement interrompu la prescription pour le premier et validé l'ouverture de la procédure en soustraction pour le deuxième. Dans ces conditions, en jugeant que la prescription de droit cantonal en matière de contravention n'était pas acquise, le Tribunal administratif n'a pas appliqué le droit cantonal de manière arbitraire.
Pour le surplus, la recourante ne se plaint pas que le Tribunal administratif ait mal appliqué l'art. 98a aLI qui règle la prescription du droit de taxer ou l'art. 109 aLI sur la révision.
Pour le surplus, la recourante ne se plaint pas que le Tribunal administratif ait mal appliqué l'art. 98a aLI qui règle la prescription du droit de taxer ou l'art. 109 aLI sur la révision.
9. 9.1 La recourante se plaint de la violation de l'art. 49 Cst., selon lequel le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. A son avis, le Tribunal administratif aurait violé les dispositions des art. 669 et 957 CO en matière de provision, ce qui conduirait à l'imposition sans droit des provisions litigieuses. Le Tribunal administratif a exposé que les provisions litigieuses ne pouvaient être admises qu'à la double condition de respecter les dispositions impératives du droit des sociétés et de la comptabilité commerciale et celles du droit fiscal cantonal. Il a jugé que ces provisions n'étaient pas justifiées par l'usage commercial et violaient le droit fiscal cantonal. S'agissant de l'application du droit fiscal en la matière, il suffit de renvoyer aux explications ci-dessus (cf. consid. 5.2 et 5.3). Au demeurant, en n'indiquant pas en quoi le Tribunal administratif aurait appliqué de manière arbitraire le droit cantonal sur cette question, la motivation de la recourante ne correspond pas aux exigences de l'art. 90 OJ.
9.2 La recourante se plaint enfin de la violation de l'art. 5 al. 1 Cst., selon lequel le droit est la base et la limite de l'activité de l'Etat. Elle ne précise toutefois pas quelle disposition de droit cantonal le Tribunal administratif aurait violé. La motivation étant insuffisante au regard des exigences tirées de l'art. 90 OJ, son grief est par conséquent irrecevable.
9.2 La recourante se plaint enfin de la violation de l'art. 5 al. 1 Cst., selon lequel le droit est la base et la limite de l'activité de l'Etat. Elle ne précise toutefois pas quelle disposition de droit cantonal le Tribunal administratif aurait violé. La motivation étant insuffisante au regard des exigences tirées de l'art. 90 OJ, son grief est par conséquent irrecevable.
10. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif 2A.35/2007 et du recours de droit public 2P.17/2007, dans la mesure où ils sont recevables.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours n° 2A.35/2007 et n° 2P.17/2007 sont joints.
1. Les recours n° 2A.35/2007 et n° 2P.17/2007 sont joints.
2. Le recours de droit administratif 2A.35/2007 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours de droit administratif 2A.35/2007 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.17/2007 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.17/2007 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Un émolument judiciaire de 6'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
4. Un émolument judiciaire de 6'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie à la recourante, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 23 août 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: