Sachverhalt:
A. Im Scheidungsverfahren von X._ und Z._ genehmigte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 7. September 1998 eine Vereinbarung der Parteien über die Scheidungsnebenfolgen, die diese an der Verhandlung vom 3. Juni 1998 geschlossen hatten. Soweit nachfolgend von Interesse lautet die Vereinbarung wie folgt:
1. In Abweichung von Dispositiv Ziffer 3c des Urteils des Bezirksgerichts Dielsdorf vom 11. März 1992 übernimmt die Klägerin die Liegenschaft in A._, mit den darauf lastenden Belastungen (Hypothek in der Höhe von Fr. 65'000.--, Bauhandwerkerpfandrecht zu Gunsten der W._ AG, Zürich, im Betrage von Fr. 23'000.-- sowie Schuldbrief der Bank V._ über Fr. 145'000.--) zu Eigentum.
2. Der Beklagte verpflichtet sich, am 31.3.1999 aus der Liegenschaft auszuziehen. Bis zu diesem Zeitpunkt bezahlt der Beklagte die Zinsen für die Hypothek von Fr. 65'000.-- und das Bauhandwerkerpfandrecht. Der Beklagte ist für einen ordnungsgemässen Unterhalt der Liegenschaft auf eigene Kosten besorgt.
3. Der Beklagte verpflichtet sich, bis zu seinem Auszug folgende Arbeiten an der Heizung auszuführen oder ausführen zu lassen:
- die Regulierung
- die Rückführung der Warmwasserleitung
- die Leitungsisolationen sowie
- das Zumauern der Mauerdurchbrüche.
Nach Wissen des Beklagten bestehen keine behördlichen Auflagen bezüglich der Liegenschaft. Im übrigen wird die Liegenschaft im heutigen Zustand übernommen.
4. Im Gegenzug verpflichtet sich die Klägerin, dem Beklagten per Saldo aller Ansprüche per 31.3.1999 Fr. 240'000.-- zu bezahlen. Vom vorgenannten Betrag wird für die Ausführungsarbeiten an der Heizung ein Betrag von Fr. 10'000.-- zurückbehalten, der frei wird, wenn die oben aufgeführten Arbeiten ausgeführt sind.
Eine von Z._ gegen das Urteil vom 7. September 1998 erhobene Berufung wies das Bundesgericht am 23. Juni 1999 ab.
B. Z._ betrieb X._ mit Zahlungsbefehl vom 3. Juni 2002 für den Betrag von Fr. 240'000.-- nebst Zins. X._ erhob Rechtsvorschlag. Das Rechtsöffnungsbegehren von Z._ wurde vom Obergericht des Kantons Aargau am 8. Januar 2003 abgewiesen. Das Obergericht erwog, X._ habe ihre Leistung gemäss Ziff. 4 der Vereinbarung Zug um Zug zu verschiedenen Leistungen von Z._ zu erbringen. Definitive Rechtsöffnung könne nur erteilt werden, wenn der Eintritt der Bedingungen, von der die Zahlungspflicht abhänge, durch Urkunden nachgewiesen sei. Bei Urteilen auf Leistung Zug um Zug müsse der Gläubiger demnach nachweisen, dass er seine Gegenleistung erbracht habe oder sich die Gegenpartei in Annahmeverzug befinde. Vorliegend müsse Z._ nachweisen, dass er sämtliche Leistungen gemäss Ziff. 1 bis 3 des Vergleichs erfüllt habe. Unbestrittenermassen sei zwar das Eigentum eingeräumt worden und die Leistung gemäss Ziff. 3 sei abgegolten durch den in Ziff. 4 vorgesehenen Rückbehalt von Fr. 10'000.-- für nicht ausgeführte Arbeiten. Es mangle jedoch am liquiden Nachweis, dass die gemäss Ziff. 2 der Vereinbarung geschuldeten Leistungen - mit Ausnahme der Ablösung des Bauhandwerkerpfandrechts - erbracht worden seien. Könne der Beweis nicht liquide erbracht werden, müsse der Gläubiger in einem materiellen Verfahren den Bedingungseintritt feststellen lassen.
C. C.a Mit Klage vom 20. Februar 2009 beantragte Z._ beim Bezirksgericht Aarau, X._ sei zu verpflichten, ihm Fr. 218'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 8. Juli 2001 sowie Betreibungs- und Weisungskosten zu bezahlen. Eventuell sei festzustellen, dass X._ ihm grundsätzlich den Betrag von Fr. 218'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 8. Juli 2001 sowie Betreibungs- und Weisungskosten schulde. X._ beantragte die Abweisung der Klage, soweit auf sie einzutreten sei.
Mit Urteil vom 24. November 2010 trat das Bezirksgericht auf das Hauptbegehren nicht ein. Hingegen stellte es in Gutheissung des Eventualbegehrens fest, dass der Kläger seine Leistungspflichten gemäss Ziff. 2 des gerichtlich genehmigten Vergleichs erfüllt habe bzw. keine entsprechenden Einreden von X._ mehr bestünden.
C.b Mit Appellation vom 17. Januar 2011 verlangte X._ die Aufhebung des bezirksgerichtlichen Urteils und die Abweisung der Klage, soweit auf sie einzutreten sei. Z._ schloss auf Abweisung der Appellation. In einer eventualiter erhobenen Anschlussappellation verlangte er, es sei festzustellen, dass er die Leistungspflichten gemäss Ziff. 2 des gerichtlich genehmigten Vergleichs erfüllt habe bzw. dass keine entsprechenden Einreden von X._ mehr bestünden, und dass sie ihm demzufolge Fr. 218'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 8. Juli 2001 sowie Betreibungs- und Weisungskosten schulde. X._ widersetzte sich der Anschlussappellation.
Mit Entscheid vom 22. Mai 2012 wies das Obergericht des Kantons Aargau Appellation und Anschlussappellation ab.
D. Am 6. Juli 2012 hat X._ (Beschwerdeführerin) Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts vom 22. Mai 2012 aufzuheben und festzustellen, dass die Bedingungen gemäss der gerichtlich genehmigten Scheidungskonvention nicht erfüllt seien. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung.
Mit Verfügung vom 11. Juli 2012 ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen worden.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist binnen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) ein kantonal letztinstanzlicher, auf Rechtsmittel hin ergangener Endentscheid (Art. 75 und 90 BGG) in einer Vollstreckungssache (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 1 BGG), wobei der massgebliche Streitwert überschritten ist (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich zulässig.
1.2 Die Beschwerde hat ein Begehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin stellt einen Sachantrag auf Feststellung, dass die Bedingungen gemäss der gerichtlich genehmigten Scheidungskonvention nicht erfüllt seien. Dieses negative Feststellungsbegehren ist neu und damit unzulässig. Zudem ist es vage und ungenau, da nicht ausgeführt wird, hinsichtlich welcher Bedingungen festgestellt werden soll, dass sie sich nicht verwirklicht haben. Rechtsbegehren sind allerdings nach Treu und Glauben, insbesondere im Lichte der dazu gegebenen Begründung auszulegen. Auf ein Rechtsmittel mit formell mangelhaften Rechtsbegehren ist ausnahmsweise einzutreten, wenn sich aus der Begründung, allenfalls in Verbindung mit dem angefochtenen Entscheid, ergibt, was der Beschwerdeführer in der Sache verlangt. (BGE 137 III 617 E. 6.2 S. 621 f. mit Hinweisen). Der Beschwerde lässt sich entnehmen, dass es der Beschwerdeführerin um die Abweisung der Klage des Beschwerdegegners geht. Auf entsprechende Anträge hat sie sich - von hier nicht interessierenden Verfahrensanträgen abgesehen - auch im kantonalen Verfahren beschränkt. Ihr Rechtsbegehren ist deshalb als Antrag auf Klageabweisung zu deuten.
1.3 Mit der Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG gerügt werden. In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 134 II 244 E. 2.1 S. 245 f.; 134 V 53 E. 3.3 S. 60).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 130 mit Hinweis) - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen, muss in der Beschwerde substantiiert begründet werden (BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234; 137 II 353 E. 5.1 S. 356). Bei der Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG) und demnach ist anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung willkürlich sein soll. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten (BGE 133 II 249 E. 1.4.2 und 1.4.3 S. 254 f.). Auf solche rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356 mit Hinweis).
2. Das Obergericht hat zunächst die erstinstanzliche Auffassung bestätigt, dass auf die Leistungsklage des Beschwerdegegners (oben lit. C.a) nicht einzutreten sei, da hierüber bereits rechtskräftig geurteilt worden sei. Das Obergericht hat des Weiteren festgehalten, dass an sich auch auf sein Eventualbegehren auf Feststellung des Bestands seiner Forderung nicht einzutreten gewesen wäre, da die urteilsmässige Verpflichtung stets die Feststellung enthalte, dass dem Kläger ein entsprechendes Recht gegenüber der beklagten Partei zustehe. Es sei jedoch nicht zu beanstanden, dass das Bezirksgericht das Eventualfeststellungsbegehren umgedeutet habe, und zwar in ein Begehren auf Feststellung, dass die gemäss genehmigter Scheidungskonvention vom Beschwerdegegner geschuldeten Leistungen erbracht worden seien, d.h. auf Feststellung, dass die Bedingungen eingetreten seien, von denen die Vollstreckung seiner Forderung abhänge. Da das Verfahren auf diesen Gegenstand beschränkt sei, sei die Anschlussappellation des Beschwerdegegners abzuweisen, mit der erneut die Feststellung verlangt werde, dass die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner Fr. 218'000.-- nebst Zins schulde. Umgekehrt könne die Beschwerdeführerin einer Klage auf Feststellung des Bedingungseintritts nicht einredeweise die Verrechnung mit eigenen Gegenforderungen entgegenhalten. Die Verrechnung setze Gleichartigkeit der eingeklagten Forderung und der einredeweise geltend gemachten Forderung voraus. Zur Durchsetzung ihrer Forderungen hätte sie Widerklage erheben müssen.
Das Obergericht hat sodann festgehalten, die ehemals eheliche Liegenschaft stehe unbestrittenermassen spätestens seit 13. November 2000 im Alleineigentum der Beschwerdeführerin. Damit sei Ziff. 1 der Scheidungskonvention erfüllt. Der Beschwerdegegner wohne nicht mehr in dieser Liegenschaft, womit auch Ziff. 2 Satz 1 der Konvention - jedenfalls im heutigen Zeitpunkt - erfüllt sei. Daran ändere nichts, dass der Beschwerdegegner nicht freiwillig auf den in der Konvention vorgesehenen Zeitpunkt ausgezogen sei (31. März 1999), sondern erst im Juli 2001 auf ein von der Beschwerdeführerin eingeleitetes Ausweisungsverfahren hin. Aus dem Schuldnerverzug resultierten allenfalls Ansprüche auf Ersatz des Verzugsschadens.
Der Beschwerdegegner sei des Weiteren verpflichtet gewesen, bis zu seinem Auszug für den ordnungsgemässen Unterhalt der Liegenschaft zu sorgen und gewisse Arbeiten an der Heizung auszuführen. Die Heizungsarbeiten seien vom Leistungsaustausch Zug um Zug ausgenommen gewesen, denn die Beschwerdeführerin sei gemäss Konvention berechtigt, vom Übernahmepreis von Fr. 240'000.-- einen Betrag von Fr. 10'000.-- zurückzubehalten, sofern die Arbeiten bis Ende März 1999 nicht ausgeführt waren. Gestützt auf eine allfällige Nichterbringung der Heizungsarbeiten könne die Beschwerdeführerin ihre Leistung deshalb nicht verweigern. Zudem habe der Beschwerdegegner ohnehin von sich aus von seiner Forderung den Betrag von Fr. 10'000.-- abgezogen. Zur Liegenschaftsunterhaltsverpflichtung hat das Obergericht ausgeführt, die Beschwerdeführerin dürfe ihre Leistung auch dann nicht verweigern, wenn der Beschwerdegegner die Wohnung habe verlottern lassen, wie dies von ihr geltend gemacht worden sei. Die Beschwerdeführerin habe das Gebäude inzwischen abreissen lassen. Es sei deshalb nicht nur dem Beschwerdegegner, sondern jedermann unmöglich geworden, die Liegenschaft in Ordnung zu stellen. Die Unmöglichkeit der Erfüllung sei von der Beschwerdeführerin zu vertreten. Der Beschwerdegegner sei deshalb so zu stellen, wie wenn er erfüllt hätte. Wenn der Entscheid zum Abriss auf den Zustand zurückzuführen war, in dem der Beschwerdegegner die Wohnung zurückgelassen habe, so habe dies Schadenersatzansprüche zur Folge, die die Beschwerdegegnerin widerklageweise hätte geltend machen müssen.
Hinsichtlich der Hypothekarzinsen hat das Obergericht ausgeführt, der Beschwerdegegner habe behauptet, sie bis zu seiner Exmission bezahlt zu haben, während die Beschwerdeführerin dies mit Nichtwissen bestritten habe. An sich treffe zwar den Schuldner die Beweislast für die Erfüllung. Vorliegend habe jedoch die Beschwerdeführerin die Liegenschaft mit der Hypothek übernommen. Sie hätte deshalb mit oder nach Eigentumsübergang erfahren müssen, ob der Beschwerdegegner Rückstände verursacht habe oder bis zu seiner Exmission weiter verursachte. Es sei deshalb davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner seiner Verpflichtung nachgekommen sei, zumal die Beschwerdeführerin offenbar nie für ausstehende Zinsen belangt worden sei. Unter diesen Umständen könne sich die Beschwerdeführerin nicht mit blossem Bestreiten mit Nichtwissen begnügen, und dies umso weniger, als der Beschwerdegegner unbestrittenermassen dement sei. Sinngemäss dasselbe gelte für die Pflicht zur Zahlung von Zins auf der Bauhandwerkerpfandrechtsforderung der W._ AG über Fr. 23'000.--. Die Beschwerdeführerin selber führe aus, von der W._ AG erfahren zu haben, dass die zugrunde liegende Forderung im Zeitpunkt des Konventionsabschlusses gar nicht mehr bestanden habe. Das Bauhandwerkerpfandrecht sei in der Folge gelöscht worden, ohne dass sie etwas bezahlt habe.
Zusammenfassend seien somit die in der Scheidungskonvention statuierten Bedingungen erfüllt (Eigentumsübergang, Auszug des Beschwerdegegners) oder die Beschwerdeführerin habe kein schutzwürdiges Interesse an der Leistungserbringung, sei es, dass Erfüllung nicht mehr möglich sei (ordnungsgemässer Unterhalt nach Abbruch), sei es, dass sie von Anfang an unmöglich gewesen sei (Bezahlung von Zinsen für die Bauhandwerkerforderung), sei es, dass die Beschwerdeführerin aus einer allfälligen Nichtbezahlung von Hypothekarzinsen keine Nachteile mehr zu befürchten habe.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanzen hätten dem Beschwerdegegner etwas anderes zugesprochen als er mit seinen Rechtsbegehren verlangt habe.
Wie bereits geschildert (oben E. 2), haben die Vorinstanzen die Begehren des Beschwerdegegners tatsächlich teilweise umgedeutet. Zur Begründung hat das Obergericht festgehalten, es sei - insbesondere auch für die Beschwerdeführerin - offenkundig, worum es dem Beschwerdegegner gehe, nämlich darum, das für die Vollstreckung der bedingt geschuldeten Leistung benötigte Gerichtsurteil zu erhalten (E. 4.2 des obergerichtlichen Urteils). Die Beschwerdeführerin geht nicht auf diese Begründung ein. Stattdessen kritisiert sie die Erwägungen der Vorinstanz über das Vorliegen der fraglichen Bedingungen (vgl. dazu unten E. 3.2), die in diesem Zusammenhang aber nicht von Bedeutung sind. Auf die Rüge, die Vorinstanz habe dem Beschwerdegegner anderes zugesprochen als verlangt, ist folglich nicht einzutreten.
3.2 Die Beschwerdeführerin wendet sich des Weiteren gegen die vorinstanzliche Beurteilung zweier Leistungspflichten des Beschwerdegegners, nämlich der Verpflichtung zu Unterhalt der Liegenschaft (unten E. 3.2.1 und 3.2.2) und zur Bedienung der Hypothek (unten E. 3.2.3 und 3.2.4). Auf die übrigen Pflichten des Beschwerdegegners geht sie nicht ein oder sie gesteht ausdrücklich zu, dass er sie erfüllt habe.
3.2.1 Zum Liegenschaftsunterhalt macht die Beschwerdeführerin zusammengefasst geltend, es sei unbestritten, dass der Beschwerdegegner den ordentlichen Liegenschaftsunterhalt bis zu seinem Auszug nicht besorgt habe. Es sei auch nachgewiesen, dass der Beschwerdegegner bereits nach Abschluss der Konvention klar signalisiert habe, seinen Verpflichtungen nicht nachkommen zu wollen. Sein Verhalten sei rechtsmissbräuchlich. Das Obergericht habe die Unmöglichkeit der Leistung von Liegenschaftsunterhalt falsch beurteilt: Es gehe nicht darum, dass der Unterhalt heute nicht mehr besorgt werden könne, sondern darum, dass er bis am 31. März 1999 hätte besorgt werden müssen. Am 31. März 1999 (vorgesehener Auszugstermin) wie auch am 8. Juli 2001 (Exmission) sei die Erfüllung für den Beschwerdegegner möglich gewesen. Die Unmöglichkeit betreffend Liegenschaftsunterhalt sei nicht ihr anzulasten, sondern dem Beschwerdegegner. Sein Verhalten habe sie zum Abriss des Hauses gezwungen. Das Obergericht verletze Art. 82 OR, wenn es ihm zugestehe, dass er selber nicht erfüllen müsse und dennoch die volle Leistung der Beschwerdeführerin beanspruchen könne.
3.2.2 Das Obergericht hat nicht festgestellt, dass der Beschwerdegegner den Liegenschaftsunterhalt nicht vorgenommen habe oder dass diese Tatsache unbestritten sei. Vielmehr hat es festgehalten, dass der Beschwerdegegner behauptet habe, seinen Verpflichtungen nachgekommen zu sein (1. Absatz von E. 6.3 des obergerichtlichen Urteils). Erst recht hat es nicht festgestellt, dass der Beschwerdegegner je zu erkennen gegeben habe, seinen Verpflichtungen nicht nachkommen zu wollen. Mit ihren gegenteiligen Ausführungen erhebt die Beschwerdeführerin unzulässige Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung, ohne diesbezüglich eine genügend begründete Rüge vorzubringen.
Dennoch hat das Obergericht untersucht, ob der Beschwerdeführerin ein Leistungsverweigerungsrecht zustünde für den Fall, dass der Beschwerdegegner die Liegenschaft tatsächlich hätte verlottern lassen. Es hat dies verneint, da sie durch den Abriss des Hauses die objektive Unmöglichkeit der Erfüllung der Unterhaltspflicht verursacht habe. Dazu ist Folgendes zu bemerken: Dass der Abbruch des Hauses die Unmöglichkeit der Leistung von Gebäudeunterhalt verursacht hat, ist dann richtig, wenn die Pflicht zur Realerfüllung in diesem Zeitpunkt überhaupt noch bestanden hat. Es ist aber möglich, dass die Pflicht zur Realerfüllung bereits früher endete und - unter gegebenen Umständen - schon vor dem Abbruch durch eine Pflicht zur Leistung von Schadenersatz ersetzt wurde. Dafür kommt insbesondere der Moment des Auszugs des Beschwerdegegners in Betracht, falls der Beschwerdegegner nach dem Sinn der Konvention Unterhalt nur bis zu diesem Zeitpunkt leisten sollte und ein späteres Nachholen des Verpassten nicht der Parteimeinung entsprochen haben sollte. Die Frage kann offenbleiben, denn allfällige Ansprüche der Beschwerdeführerin gegen den Beschwerdegegner bestehen jedenfalls heute nur noch in Form von Schadenersatz. Dies gilt unabhängig vom Zeitpunkt des Untergangs der Realleistungspflicht zu Liegenschaftsunterhalt und der Frage, wer den Untergang zu vertreten hat. Sollte sie solche Ansprüche haben, so wären sie nicht über die Einrede des nichterfüllten Vertrages gemäss Art. 82 OR durchzusetzen, sondern grundsätzlich mit Verrechnung (URS LEU, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 5. Aufl. 2011, N. 2 zu Art. 82 OR; MARIUS SCHRANER, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 2000, N. 24 zu Art. 82 OR; ROLF H. WEBER, Berner Kommentar, 1983, N. 14 und 93 zu Art. 82 OR; vgl. zur Verrechnung unten E. 3.3). Die Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet, soweit auf sie eingetreten werden kann.
3.2.3 Im Zusammenhang mit den Hypothekarzinsen macht die Beschwerdeführerin sinngemäss geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Beweislast umgekehrt. Der Beschwerdegegner müsse nachweisen, dass er die Zinsen bezahlt habe. Die Vorinstanz habe den Grundsatz der freien Beweiswürdigung (Art. 157 ZPO) verletzt, indem sie in antizipierter Beweiswürdigung von der Zahlung der Hypothekarzinsen durch den Beschwerdegegner ausgegangen sei. Des Weiteren sei die Annahme willkürlich, dass sie nicht für ausstehende Zinsen belangt worden sei. Sie habe von der Bank V._ trotz mehrmaliger Anfrage nicht erfahren, in welchem Ausmass der Beschwerdegegner seine Verpflichtung nicht erfüllt habe. Der Anwalt und die Beiständin des Beschwerdegegners müssten die Tatsachen kennen, denn sie hätten einen Teil der Akten an sich genommen. Deshalb sei auch unerheblich, ob der Beschwerdegegner dement sei.
3.2.4 Soweit die Beschwerdeführerin eine falsche Verteilung der Beweislast rügt, ist darauf hinzuweisen, dass diese gegenstandslos wird, wenn das Gericht zum Ergebnis gekommen ist, eine bestimmte Behauptung sei bewiesen oder widerlegt (BGE 131 III 646 E. 2.1 S. 649 mit Hinweisen). Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, dass die Hypothekarzinsen bezahlt worden seien. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, genügt den strengen Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht. Ihre Ausführungen erschöpfen sich weitgehend in der Schilderung des Sachverhalts aus ihrer eigenen Sicht (insbesondere hinsichtlich der angeblichen Auskunftsverweigerung der Bank V._ und der Aktenbehändigung durch die Vertreter des Beschwerdegegners). An der Sache vorbei geht auch die Berufung auf Art. 157 ZPO. Das vorinstanzliche Verfahren wurde vom Obergericht nach kantonaler ZPO durchgeführt, was nicht als fehlerhaft gerügt wird. Im Übrigen führte auch die Anwendung von Art. 157 ZPO durch die kantonalen Instanzen nicht dazu, dass das Bundesgericht den Sachverhalt frei überprüfen könnte (Urteil 5A_250/2012 vom 18. Mai 2012 E. 7.4.2).
3.3 Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, der Beschwerdegegner habe ihr einen Schaden von Fr. 369'945.-- verursacht. Zur Verrechnung verweist sie auf ihre Ausführungen in Klageantwort und Duplik. Dies ist unzulässig. Die Beschwerdebegründung muss in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein und es darf dazu nicht bloss auf weitere Rechtsschriften oder die Akten verwiesen werden (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 400 mit Hinweisen; Verfügung 5A_374/2012 vom 16. August 2012 E. 2.2). Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
3.4 Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Zingg