Faits:
A. Le 3 juin 2011, le Ministère public de la Confédération (ci-après: le MPC) a ouvert une procédure pénale contre inconnus pour blanchiment d'argent (art. 305bis CP) et participation ou soutien à une organisation criminelle (art. 260ter CP). Cette procédure vise plusieurs personnes présumées proches de l'entourage de l'ancien président égyptien Hosni Mubarak, le MPC considérant qu'il apparaît en l'état vraisemblable que ce régime et les réseaux qui lui sont liés aient pu constituer une organisation criminelle ayant pour but de détourner des fonds publics à des fins privées et de profiter d'opérations de corruption à vaste échelle.
Dans ce contexte, le MPC a adressé une demande de renseignements à la banque X._ suite à une communication transmise au Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent (MROS). Par ordonnance du 27 octobre 2011, il a ordonné le séquestre des valeurs patrimoniales déposées sur le compte n° xxx de la banque et il a requis la production des documents relatifs à ce compte, dont A._ est titulaire et ayant droit économique.
B. A._ a recouru contre cette ordonnance auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, qui a rejeté ce recours par décision du 20 février 2012. En substance, cette autorité a considéré que le séquestre litigieux pouvait se fonder sur l'art. 263 du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0) et qu'il existait des soupçons suffisants de l'implication de la recourante dans des actes de blanchiment ou de son appartenance à une organisation criminelle. Ces soupçons se fondaient principalement sur le fait que l'intéressée est l'épouse d'un ancien ministre du régime d'Hosni Mubarak. L'origine de la totalité des fonds déposés sur le compte sous séquestre était suspecte et ces fonds étaient susceptibles d'être confisqués en application de l'art. 72 CP. Le séquestre de la documentation bancaire apparaissait également bien fondé.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cette décision ainsi que l'ordonnance du MPC du 27 octobre 2011 et de lever le séquestre des valeurs et des documents bancaires. Elle demande en outre que l'intégralité des actes produits par la banque X._ soit retournée à ses mandataires et que le MPC ne soit pas autorisé à en conserver des copies.
Le Tribunal pénal fédéral se réfère aux considérants de sa décision. Le MPC a présenté des observations, concluant au rejet du recours. Dans un délai prolongé à sa demande, la recourante a présenté des observations complémentaires. Le MPC s'est déterminé une seconde fois, déposant de nouvelles pièces. Après avoir à nouveau requis une prolongation de délai, la recourante s'est déterminée à ce sujet le 27 août 2012, en produisant encore deux pièces nouvelles.
Considérant en droit:
1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94). Le titulaire des avoirs séquestrés peut se prévaloir d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de cette décision, de sorte qu'il a la qualité pour recourir au sens de l'art. 81 al. 1 LTF (ATF 133 IV 278 consid. 1.3 p. 282 s.; 128 IV 145 consid. 1a p. 148; 108 IV 154 consid. 1a p. 155 s.).
La décision par laquelle le juge prononce, maintient ou refuse un séquestre pénal constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131; 126 I 97 consid. 1b p. 100 et les références). Cela étant, la jurisprudence admet que le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un préjudice juridique irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (ATF 126 I 97 consid. 1b p. 101; voir également ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141; 128 I 129 consid. 1 p. 131; 89 I 185 consid. 4 p. 187 et les références). Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2. A l'appui de sa détermination sur le recours, le MPC a produit un rapport d'analyse financière daté du 23 avril 2012 et allégué de nouveaux faits en relation avec ce document. En réponse à ces allégués, la recourante a également produit de nouvelles pièces à l'appui de sa réplique. Formulant des observations complémentaires, le MPC a produit de nouveaux documents, à savoir la copie d'un jugement prononcé en Egypte contre l'époux de la recourante et un ordre de débit signé par cette dernière. La recourante y a répondu en produisant elle aussi de nouvelles pièces.
Conformément à l'art. 99 al. 1 LTF, les faits nouveaux et les preuves nouvelles ne sont en principe pas admis à l'appui d'un recours au Tribunal fédéral. Ils peuvent l'être à titre exceptionnel s'ils résultent de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 in fine LTF). Cette exception doit permettre d'alléguer des faits qui ne sont devenus pertinents qu'en raison de l'argumentation inattendue de l'autorité précédente, ce que les parties doivent démontrer (ATF 133 III 393 consid. 3 p. 395; arrêt 4A_269/2010 consid. 1.3 publié in SJ 2011 I p. 58 et les références citées). Cette exception n'étant réalisée pour aucun des faits et des pièces susmentionnés, il ne sera pas tenu compte de ceux-ci dans le présent arrêt.
3. Dans un premier grief, la recourante se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits.
3.1 Conformément à l'art. 105 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'art. 105 al. 2 LTF ne permet de s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, soit en particulier en violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF. Le recourant peut critiquer les constatations de fait aux mêmes conditions, si la correction du vice soulevé est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Il lui appartient de démontrer que ces conditions sont réalisées, par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.).
3.2 La recourante s'en prend d'abord à la constatation de l'arrêt attaqué selon laquelle elle ferait l'objet d'une demande d'entraide judiciaire internationale de la part des autorités égyptiennes. Les courriers du MPC et du MROS, sur lesquels se fonde le Tribunal pénal fédéral, rapporteraient simplement que son nom est mentionné dans une requête d'entraide, sans préciser à quel titre. La recourante soutient en outre que l'arrêt attaqué ignore un courrier de l'Office fédéral de la justice (OFJ) du 9 décembre 2011, qui confirmerait qu'aucune demande d'entraide la concernant n'a été déléguée à l'autorité d'exécution. Elle omet cependant de préciser que l'OFJ écrivait également que plusieurs demandes d'entraide avaient été déposées par l'Egypte et qu'elles étaient en cours d'examen. Le courrier du 9 décembre 2011 ne faisait que confirmer qu'à ce stade aucune demande visant la recourante n'avait été transmise à l'autorité d'exécution, ce qui ne signifie pas qu'aucune demande d'entraide ne visait l'intéressée. Dans ces conditions, il n'était en tout cas pas arbitraire de se fonder sur le courrier du MROS du 26 octobre 2011 rapportant que la recourante était mentionnée dans une telle demande et sur celui du MPC du 2 décembre 2011 précisant que la recourante et son époux seraient concernés par une demande pendante mais non encore déléguée à l'autorité d'exécution.
3.3 Selon la recourante, il serait également arbitraire de se fonder sur la liste contenue dans le Règlement n° 270/2011 du Conseil de l'Union européenne et de retenir que les autorités égyptiennes lui portent un "intérêt pénal". Ce dernier point est étayé par la communication de la banque au MROS datée du 20 octobre 2011, qui relève que la recourante est mentionnée sur une liste établie par le procureur général égyptien "en vue d'empêcher certaines personnes de procéder à des actions avec leur argent". L'intéressée figure également sur la liste annexée au règlement précité du Conseil de l'Union européenne en qualité de "personne faisant l'objet de poursuites judiciaires par les autorités égyptiennes pour détournement de fonds publics", de sorte qu'il n'est pas manifestement insoutenable de retenir que les autorités en question lui portent un "intérêt pénal". On ne voit pas non plus d'emblée en quoi il serait arbitraire de tenir compte du règlement en question et la recourante n'apporte à cet égard aucune démonstration conforme aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF. Ses critiques se confondent au demeurant sur ces points avec les griefs contestant les soupçons d'infractions aux art. 305bis et 260ter CP. En définitive, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus dans l'arrêt attaqué. Les allégués de fait qui ne ressortent pas de celui-ci sont dès lors irrecevables.
4. En substance, la recourante conteste le bien-fondé du séquestre en remettant en cause les soupçons d'infractions aux art. 305bis et 260ter CP.
4.1 Le séquestre contesté est fondé sur l'art. 263 CPP, qui prévoit que les objets et les valeurs patrimoniales appartenant au prévenu ou à des tiers peuvent être séquestrés lorsqu'il est probable qu'ils seront utilisés comme moyens de preuve (let. a), qu'ils seront utilisés pour garantir le paiement des frais de procédure, des peines pécuniaires, des amendes et des indemnités (let. b), qu'ils devront être restitués au lésé (let. c) ou qu'ils devront être confisqués (let. d). Une telle mesure est fondée sur la vraisemblance (ATF 126 I 97 consid. 3d/aa p. 107 et les références citées); comme cela ressort de l'art. 263 al. 1 CPP, une simple probabilité suffit car la saisie se rapporte à des faits non encore établis, respectivement à des prétentions encore incertaines. L'autorité doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 116 Ib 96 consid. 3a p. 99). Le séquestre conservatoire peut être maintenu tant que subsiste la probabilité d'une confiscation, l'intégralité des fonds devant demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part des fonds qui pourrait provenir d'une activité criminelle (LEMBO/ JULEN BERTHOD, in Commentaire romand CPP, 2011, n° 27 ad art. 263; arrêt, 1P.405/1993 du 8 novembre 1993 consid. 3, publié in SJ 1994 p. 97).
4.2 La recourante soutient en premier lieu que l'art. 260ter CP réprimant la participation et le soutien à une organisation criminelle ne s'applique pas en l'espèce. Elle tire argument du fait que le compte litigieux a été ouvert le 7 juillet 1994, soit avant l'entrée en vigueur de l'art. 260ter CP le 1er août 1994. Les fonds déposés avant cette date ne pourraient dès lors pas être séquestrés sur cette base. Elle soutient également que l'infraction en cause ne ressortit pas à la compétence de la juridiction suisse, le MPC n'ayant pas démontré que les fonds de la prétendue organisation criminelle ont été gérés en Suisse ni que les avoirs déposés sur son compte sont liés à cette organisation. Il n'y aurait en outre aucun indice de l'existence d'une organisation criminelle à laquelle la recourante serait liée.
La recourante perd de vue qu'il n'appartient pas au juge du séquestre d'établir avec certitude la provenance délictueuse des fonds séquestrés. Il suffit qu'il soit vraisemblable que les biens en question soient le produit d'une activité criminelle. Or, comme le retient à juste titre la décision attaquée, il est à ce stade plausible que la recourante soit liée au régime de l'ancien président égyptien Hosni Mubarak, que le système mis en place par ce régime puisse être qualifié d'organisation criminelle et que les fonds séquestrés aient pu servir à soutenir cette organisation. Ce dernier point permet de fonder une application de l'art. 260ter CP. Le sort des biens versés avant l'entrée en vigueur de cette disposition peut demeurer indécis, dès lors que le séquestre de ceux-ci peut également être motivé par une confiscation fondée sur l'art. 305bis CP (cf. infra consid. 4.3). Quant à la compétence du juge suisse pour connaître de l'infraction réprimée par l'art. 260ter CP, elle n'apparaît pas d'emblée exclue dès lors que des dépôts et des retraits ont été effectués sur le compte litigieux durant la période d'activité de l'organisation criminelle supposée (cf. ATF 134 IV 185 consid. 2.1 et 2.3 p. 187 s.). Pour le surplus, les soupçons relatifs aux infractions précitées apparaissent en l'état suffisants, la recourante étant l'épouse d'un ancien ministre du régime d'Hosni Mubarak et des mouvements de fonds ayant eu lieu lorsque le ministre en question exerçait des fonctions officielles en Egypte. Ces soupçons sont étayés par le fait que la recourante figure sur la liste contenue dans le Règlement n° 270/2011 du Conseil de l'Union européenne en tant que personne faisant l'objet de poursuites judiciaires par les autorités égyptiennes pour détournement de fonds publics et par le fait qu'elle et son époux pourraient être concernés par une demande d'entraide pendante mais non encore déléguée à l'autorité d'exécution (cf. supra consid. 3.2). Ces éléments devront certes être davantage établis au fur et à mesure de l'avancement de l'instruction, mais ils apparaissent suffisants au stade initial d'une enquête complexe.
4.3 La recourante remet également en cause l'application de l'art. 305bis CP réprimant l'infraction de blanchiment d'argent. Elle fait valoir qu'il n'existerait aucun lien entre les valeurs séquestrées et les prétendus détournement de fonds publics. Seuls deux versements avaient été ordonnés par son époux alors qu'il exerçait des fonctions officielles en Egypte. Or, l'arrière-plan économique de ces versements a été examiné par la banque X._ qui serait arrivée à la conclusion qu'il était licite. De plus, aucun soupçon ne viendrait étayer une origine délictueuse de ces fonds. La recourante soulève également un problème de prescription, la confiscation étant selon elle exclue pour les fonds versés avant le 1er octobre 2002, voire avant mars 2005.
L'appréciation exposée ci-dessus en relation avec une infraction supposée à l'art. 260ter CP vaut aussi pour l'infraction de blanchiment. Les soupçons relatifs à cette infraction apparaissent en effet suffisants à ce stade de la procédure. C'est en vain que la recourante tente de distinguer les fonds en fonction de leur origine ou du moment de leur versement sur le compte litigieux, le Tribunal pénal fédéral ayant considéré à juste titre que l'origine de l'ensemble des fonds séquestrés était en l'état suspecte. Contrairement à ce qu'elle soutient, l'origine licite des fonds n'a pas été établie. Il est exact que la banque X._ a déclaré qu'en septembre 2011 elle était arrivée à la conclusion que l'arrière plan économique des deux versements de l'ex-époux de la recourante était licite. Cette appréciation était cependant antérieure à la découverte des éléments ayant amené ladite banque à adresser une communication au MROS et elle portait sur les seuls versements ordonnés par l'ex-époux de la recourante - à hauteur d'environ 600'000 USD - alors que c'est l'ensemble des quelque 3 millions de dollars déposés sur le compte litigieux qui apparaît en l'état suspect. Ce grief doit donc lui aussi être rejeté.
Quant à la prescription, elle ne saurait se calculer sur la seule base de l'art. 305bis CP, les fonds séquestrés étant susceptibles d'être confisqués également en raison d'une infraction à l'art. 260ter CP, en application de l'art. 72 CP. Or, le point de départ du délai de prescription à cet égard est en principe la fin du pouvoir de disposition de l'organisation criminelle et de ses membres sur les valeurs séquestrées (cf. arrêt 6B_254/2011 du 8 septembre 2011 consid. 1.1.4; NIKLAUS SCHMID, in Einziehung Organisiertes Verbrechen Geldwäscherei, vol. 1, 2e éd. 2007, p. 233; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, in Commentaire romand CP I, 2009, n. 26 ad art. 72 CP), de sorte que le droit d'ordonner la confiscation des valeurs séquestrées n'apparaît pas d'emblée prescrit. En définitive, il apparaît vraisemblable que les valeurs séquestrées puissent être confisquées, de sorte que la condition de l'art. 263 CPP est réalisée.
5. La recourante se plaint enfin d'une violation du principe de la proportionnalité, en arguant du fait que seuls deux versements de son époux seraient potentiellement suspects, ce qui représenterait moins de 600'000 USD sur les quelque 3 millions de dollars séquestrés. Elle soutient également que le maintien du séquestre de la documentation bancaire remise par la banque X._ serait disproportionné, le MPC étant en mesure d'examiner rapidement cette documentation peu volumineuse. Il y a lieu de rappeler à cet égard que ce ne sont pas les seuls fonds versés par l'époux de la recourante qui sont suspects en l'état, mais bien l'ensemble des fonds déposés sur le compte litigieux. Le séquestre visant ce compte respecte donc le principe de la proportionnalité. Il en va de même du séquestre de la documentation bancaire y relative, dont le maintien apparaît nécessaire à ce stade de la procédure compte tenu des vérifications qui s'imposent dans le cadre de l'instruction complexe conduite par le MPC. Le principe de la proportionnalité est dès lors encore respecté.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaire, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 5 septembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Rittener