Faits :
A.
A.a. A._, né en 1966, travaillait en qualité d'agent technico-commercial au service de l'entreprise B._ SA. A ce titre, il était assuré contre les accidents auprès d'Helsana-Accidents SA.
Dans la nuit du 28 au 29 novembre 2003, il a été agressé par une personne dans un bar à C._. Frappé au visage au moyen d'un verre à bière qui s'est brisé au moment du choc, A._ a été transporté en urgence à l'hôpital D._, où il a été opéré la nuit même par le docteur E._, spécialiste en chirurgie plastique reconstructive et esthétique. Dans son rapport opératoire, le docteur E._ a fait état de plaies complexes de la face avec atteinte de la parotide. La plaie buccale mesurait environ 11 cm et celle au niveau de la joue et de la parotide dépassait les 25 cm en forme de Y renversé. Une seconde intervention a eu lieu le 16 janvier 2004 pour suturer le nerf facial au niveau de sa branche buccale inférieure. L'incapacité de travail était totale. Le cas a été pris en charge par Helsana.
Défiguré par l'agression, A._ a développé un état dépressif réactionnel, lequel a nécessité plusieurs hospitalisations en milieu psychiatrique. Dans un rapport du 15 juin 2004, la doctoresse F._, chef de clinique au sein de l'Unité hospitalière médico-psychologique G._, a posé les diagnostics de trouble de l'adaptation mixte, abus d'alcool et trouble de la personnalité de type borderline.
Dans un rapport du 30 janvier 2007, le docteur E._ a constaté que sur le plan physique, l'assuré ne nécessitait plus de soins médico-chirurgicaux.
Helsana a confié une expertise au docteur H._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. Dans son rapport du 25 juin 2009, ce praticien a indiqué que l'assuré présentait un état dépressif majeur de gravité moyenne à sévère, un trouble panique avec agoraphobie d'étiologie mixte, un état de stress post-traumatique de gravité moyenne, un éthylisme chronique sévère, un trouble de la personnalité de type passif-dépendant et immature décompensé. Selon l'expert, il existait un lien de causalité naturel entre l'événement du 29 novembre 2003 et les troubles psychiques développés par l'assuré. A partir du 29 novembre 2005, les troubles étaient d'origine mixte, soit 50 % d'origine accidentelle et 50 % d'origine maladive.
Dans un nouveau rapport du 14 avril 2011, le docteur H._ a indiqué que depuis août 2010, plus de 90 % de la causalité naturelle était imputable à des éléments étrangers à l'accident. Les facteurs "maladifs", à savoir la personnalité singulière de l'assuré et sa constitution psychique, notamment l'éthylisme, avaient largement pris le dessus sur la dimension accidentelle. Selon l'expert, le statu quo ante ne serait jamais atteint et l'on ne pouvait parler de statu quo sine dans ce cas.
Se fondant sur les conclusions du docteur H._, Helsana a supprimé, par décision du 15 juin 2011, confirmée sur opposition le 16 novembre 2011, ses prestations d'assurance dès le 19 août 2010.
A.b. A._ a recouru contre cette décision devant la Cour des assurances du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura. Par arrêt du 24 juillet 2012, la juridiction cantonale a admis son recours, annulé la décision de l'intimée et renvoyé la cause à cette dernière pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
Helsana a confié une expertise au docteur I._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. L'expert a rendu son rapport le 4 janvier 2013, posant les diagnostics de syndrome de dépendance alcoolique (F10.25), trouble dépressif majeur (état actuel moyen) (F32.1), trouble panique avec agoraphobie (F40.01) et trouble état de stress post-traumatique (F43.1). L'expert a également fait état d'un trouble de personnalité borderline, lequel remontait, par définition, au début de l'âge adulte. Il a considéré qu'au vu de sa gravité et de ses conséquences sur le plan somatique, l'agression subie par l'assuré était pleinement la cause de ses troubles psychiques pendant une période de cinq ans après l'accident. Depuis le 28 novembre 2008, les facteurs étrangers à l'événement traumatique en cause avaient pris une valeur prépondérante (soit supérieure à 50 %). Pour le docteur I._, la pathologie psychiatrique de l'assuré justifiait une incapacité de travail de 100 % depuis la date de l'accident.
Interrogé sur la survenance du statu quo sine/ante, l'expert a répondu, dans un complément d'expertise du 4 mars 2013, que l'état maladif antérieur (à savoir la dépression, les problèmes d'alcool et le trouble de personnalité) était probablement parvenu au stade d'évolution qu'il aurait atteint sans l'accident à partir du 29 novembre 2008.
Par décision du 6 mai 2013, confirmée sur opposition le 10 juillet 2013, Helsana a mis fin aux prestations d'assurance à partir du 29 novembre 2008 et a renoncé à réclamer le remboursement des prestations versées à tort du 29 novembre 2008 au 18 août 2010.
B.
A._ a recouru contre cette décision sur opposition devant la juridiction cantonale.
Par arrêt du 8 mai 2014, la Cour des assurances a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 10 juillet 2013 et renvoyé la cause à Helsana pour nouvelle décision. La juridiction cantonale a en outre alloué à A._ une indemnité de dépens de 3'395 fr. à la charge de l'assureur-accidents.
C.
Helsana interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Elle conclut, principalement, à la fixation du statu quo sine au 29 novembre 2008, respectivement à l'interruption du lien de causalité adéquate le 18 août 2010 au plus tard. Subsidiairement, elle demande la réduction des dépens alloués à A._ en procédure cantonale.
A._ conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF), ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (art. 92 al. 1 LTF). Selon l'art. 93 al. 1 LTF, les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
En l'occurrence, le tribunal cantonal a reconnu l'existence d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre l'accident et l'atteinte à la santé de l'intimé au-delà du 28 novembre 2008 et il a renvoyé la cause à l'assureur pour nouvelle décision sur le droit aux prestations. D'un point de vue purement formel, il s'agit donc d'une décision de renvoi, soit une décision incidente au sens de l'art. 93 LTF. Aussi, le recours n'est-il admissible qu'aux conditions posées à l'art. 93 al. 1 let. a et b LTF.
1.2.
1.2.1. Le Tribunal fédéral considère qu'il y a un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF lorsqu'une autorité dotée du pouvoir de décision est contrainte par un jugement de renvoi de rendre une décision à ses yeux contraire au droit. Comme elle n'a pas qualité pour attaquer sa propre décision, celle-ci pourrait entrer en force sans que l'autorité puisse la déférer au Tribunal fédéral. Pour pallier cet inconvénient, il convient qu'une autorité ayant qualité pour recourir puisse, en vertu de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, attaquer d'emblée la décision de renvoi, ou le prononcé qui la confirme, devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 133 V 477 consid. 5.2.4 p. 484 s.; arrêts 8C_350/2011 du 14 mai 2012 consid. 1.2.1; 8C_478/2010 du 25 mars 2011 consid. 1.2; 8C_607/2009 du 25 août 2009 consid. 2.2.1).
1.2.2. En l'espèce, le jugement attaqué a un effet contraignant pour la recourante en ce sens qu'elle est tenue de statuer à nouveau sur le droit de l'intimé à des prestations de l'assurance-accidents tout en étant liée par le jugement de renvoi par lequel les premiers juges ont reconnu l'existence d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre l'accident et les troubles psychiques de l'intimé au-delà du 28 novembre 2008. Dans ces conditions, le jugement incident entraîne sans aucun doute un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Le recours immédiat en matière de droit public est donc admissible, bien que la recourante n'allègue pas l'existence d'un tel préjudice.
2.
Le litige porte sur le droit éventuel de l'intimé à des prestations de l'assurance-accidents au-delà du 28 novembre 2008, singulièrement sur le point de savoir s'il existe un lien de causalité entre l'agression subie par le recourant et les troubles psychiques dont il souffre encore après cette date.
3.
3.1. L'art. 6 al. 1 LAA prévoit que les prestations de l'assurance-accidents obligatoire sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Le droit aux prestations suppose notamment entre l'événement dommageable de caractère accidentel et l'atteinte à la santé un lien de causalité naturelle. Cette condition est réalisée lorsqu'il y a lieu d'admettre que, sans cet événement accidentel, le dommage ne se serait pas produit du tout ou qu'il ne serait pas survenu de la même manière. Il n'est pas nécessaire que l'accident soit la cause unique ou immédiate de l'atteinte à la santé: il suffit qu'associé éventuellement à d'autres facteurs, il ait provoqué l'atteinte à la santé, c'est-à-dire qu'il apparaisse comme la condition sine qua non de cette atteinte. Savoir si l'événement assuré et l'atteinte en question sont liés par un rapport de causalité naturelle est une question de fait que l'administration ou, le cas échéant, le juge, examine en se fondant essentiellement sur des renseignements d'ordre médical, et qui doit être tranchée à la lumière de la règle du degré de vraisemblance prépondérante, appliquée généralement à l'appréciation des preuves dans l'assurance sociale (ATF 129 V 177 consid. 3.1 p. 181, 402 consid. 4.3 p. 406).
3.2. Si un accident n'a fait que déclencher un processus qui serait de toute façon survenu sans cet événement, le lien de causalité naturelle entre les symptômes présentés par l'assuré et l'accident doit être nié lorsque l'état maladif antérieur est revenu au stade où il se trouvait avant l'accident (statu quo ante) ou s'il est parvenu au stade d'évolution qu'il aurait atteint sans l'accident (statu quo sine; RAMA 1992 n° U 142 p. 75 consid. 4b). Le seul fait que des symptômes douloureux ne se sont manifestés qu'après la survenance d'un accident ne suffit pas à établir un rapport de causalité naturelle avec cet accident (raisonnement «post hoc, ergo propter hoc»; cf. ATF 119 V 335 consid. 2b/bb p. 341 s.; RAMA 1999 n° U 341 p. 408 s., consid. 3b). Il convient en principe d'en rechercher l'étiologie et de vérifier, sur cette base, l'existence du rapport de causalité avec l'événement assuré.
3.3. Dans le contexte de la suppression du droit à des prestations, la règle selon laquelle le fardeau de la preuve appartient à la partie qui invoque la suppression du droit (RAMA 2000 n° U 363 p. 46 consid. 2 et la référence), entre seulement en considération s'il n'est pas possible, dans le cadre du principe inquisitoire, d'établir sur la base d'une appréciation des preuves un état de fait qui au degré de vraisemblance prépondérante corresponde à la réalité (ATF 117 V 261 consid. 3b p. 264 et les références). La preuve de la disparition du lien de causalité naturelle ne doit pas être apportée par la preuve de facteurs étrangers à l'accident. Il est encore moins question d'exiger de l'assureur-accidents la preuve négative, qu'aucune atteinte à la santé ne subsiste plus ou que la personne assurée est dorénavant en parfaite santé. Est seul décisif le point de savoir si les causes accidentelles d'une atteinte à la santé ne jouent plus de rôle et doivent ainsi être considérées comme ayant disparu (cf. arrêt 8C_86/2009 du 17 juin 2009 consid. 4).
4.
4.1. Le docteur I._ a fait état d'antécédents psychiatriques sous forme de dépression et de problèmes d'alcool ainsi que d'un trouble de la personnalité de type borderline. L'accident avait manifestement aggravé ces troubles et avait par ailleurs généré un état de stress post-traumatique. L'expert estimait que pendant cinq ans après l'accident, le trauma était pleinement la cause des troubles psychiques. Au-delà, soit à partir du 29 novembre 2008, les facteurs étrangers à l'événement traumatique (à savoir l'alcoolisme grave et l'accentuation du trouble de personnalité) avaient pris valeur prépondérante. Selon l'expert, sans l'accident ces troubles auraient vraisemblablement évolué vers des difficultés conjugales et socioprofessionnelles qui auraient encore aggravé les troubles psychiatriques et auraient pu conduire à un état psychique et à des incapacités de travail comparables à celles qui étaient observées aujourd'hui.
4.2. La recourante fait grief aux premiers juges de s'être distancés de l'expertise du docteur I._. Elle leur reproche d'avoir interprété de manière erronée ses conclusions et d'avoir imposé leur avis sur un thème médical pour lequel ils n'étaient pas compétents.
4.3. Les premiers juges ont considéré qu'on ne pouvait retenir, au degré de vraisemblance prépondérante, que le statu quo sine fût survenu le 29 novembre 2008, principalement pour les motifs suivants:
- L'expertise du docteur I._ du 4 janvier 2013 et son complément du 4 mars 2013 ne clarifient pas la question de savoir si les troubles dont souffre actuellement l'assuré sont encore en relation de causalité avec l'accident assuré. En effet, l'expert mentionne à la date de son expertise que le tableau clinique est encore dominé par le "trouble état de stress post-traumatique" et qu'il y a de bonnes raisons de penser que l'assuré n'aurait pas présenté d'état de stress post-traumatique et les troubles psychiatriques comorbides s'il n'avait pas été victime de l'agression en cause.
- Le constat du docteur I._, selon lequel, depuis le 28 novembre 2008, les facteurs étrangers à l'événement traumatique en cause ont pris valeur prépondérante (> 50 %) de sorte que l'assuré aurait dû évoluer vers une rémission complète de ses troubles psychiatriques post-traumatiques au moins cinq ans après l'agression si cette dernière avait été la seule cause des troubles psychiatriques, ne prouve pas la disparition du lien de causalité naturelle entre l'accident et les troubles actuels de l'assuré.
- En indiquant que le statu quo sine "aurait dû" être atteint au moins depuis le 29 novembre 2008, l'expert ne répond pas précisément à la question de savoir si le statu quo sine/ante a été atteint. Ce n'est que dans son rapport complémentaire du 4 mars 2013 qu'il indique que l'état maladif antérieur est probablement parvenu à un stade d'évolution qu'il aurait atteint sans l'accident. Il existe dès lors une certaine contradiction entre les conclusions du rapport d'expertise du 4 janvier 2013 et celles de son complément du 4 mars 2013.
4.4. On doit admettre avec les premiers juges que l'expertise n'emporte pas entièrement la conviction. En retenant que l'assuré aurait dû évoluer vers une rémission complète de ses troubles psychiatriques post-traumatiques cinq ans après l'événement en cause s'il n'y avait pas eu de facteurs étrangers, l'avis de l'expert repose davantage sur des considérations d'ordre général (l'expérience médicale et le cours ordinaire des choses) que sur les données individuelles du cas. On ajoutera que l'expert ne s'exprime pas de manière catégorique sur la question centrale de la causalité naturelle, respectivement de la survenance du statu quo sine ("l'assuré aurait dû évoluer vers la rémission " ou encore " l'état maladif antérieur est probablement parvenu au stade d'évolution qu'il aurait atteint sans l'accident"). Dans la mesure toutefois où, dans leur précédent jugement, les premiers juges ont estimé nécessaire de recourir à une expertise psychiatrique, ils ne pouvaient s'en écarter sans ordonner une nouvelle expertise. Il convient dès lors de renvoyer la cause à la juridiction cantonale afin qu'elle mette en oeuvre une expertise judiciaire.
5.
La recourante soutient que même en admettant l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les troubles psychiques de l'intimé et l'agression dont il a été victime postérieurement au 28 novembre 2008, la causalité adéquate était interrompue au plus tard le 18 août 2010.
5.1. En présence de troubles psychiques consécutifs à un accident qui a également provoqué un trouble somatique, la jurisprudence a dégagé des critères objectifs permettant de juger du caractère adéquat du lien de causalité (il y a lieu d'une part, d'opérer une classification des accidents en fonction de leur degré de gravité et, d'autre part, de prendre en considération un certain nombre d'autres critères déterminants; sur l'ensemble de cette problématique voir ATF 115 V 133 et 403).
5.2. En l'espèce, le jugement attaqué est trop sommairement motivé sur la question de la causalité adéquate pour que l'on puisse à ce stade la trancher définitivement. Les premiers juges n'ont pas vraiment pris position sur la gravité de l'accident. Ils retiennent que l'accident doit être classé dans les accidents de gravité moyenne et qu' "il pourrait même à priori se situer à la limite de la catégorie des accidents graves". La distinction n'est pas dépourvue d'importance. Lorsque l'on se trouve en présence d'un accident à la limite de la catégorie des accidents graves, il n'est pas nécessaire que soient réunis dans chaque cas tous les critères objectifs posés par la jurisprudence, un seul d'entre eux peut être suffisant pour faire admettre l'existence d'une relation de causalité adéquate (arrêt 8C_1007/2012 du 11 décembre 2013 consid. 3 et les références). Lorsque l'on se trouve en présence d'un accident de gravité moyenne, il faut un cumul de trois critères sur les sept ou au moins que l'un des critères retenus se soit manifesté de manière particulièrement marquante pour l'accident (arrêts 8C_98/2015 du 18 juin 2015 consid. 4.1; 8C_897/2009 du 29 janvier 2010 consid. 4.5, in SVR 2010 UV n° 25 p. 100; 8C_46/2011 du 18 avril 2011 consid. 5.1). Dans le cas d'espèce, la juridiction cantonale n'a examiné et retenu que deux critères (à savoir la gravité ou la nature particulière des lésions physiques, compte tenu notamment du fait qu'elles sont propres, selon l'expérience, à entraîner des troubles psychiques ainsi que les circonstances concomitantes particulièrement dramatiques ou le caractère particulièrement impressionnant de l'accident), sans préciser par ailleurs si l'un d'entre eux ou les deux s'étaient manifestés de manière particulièrement marquante. A ce stade de la procédure, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de procéder pour la première fois à un examen détaillé de tous les critères. Il incombera à la juridiction cantonale de le faire si elle devait arriver à la conclusion, au terme de l'expertise judiciaire, qu'un lien de causalité naturelle entre les troubles psychiques et l'agression subie par l'intimé persistait au-delà du 28 novembre 2008.
6.
Compte tenu de ce qui précède, le jugement attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à la juridiction cantonale pour qu'elle complète l'instruction en ordonnant une expertise, puis rende un nouveau jugement. Dans cette mesure, le recours se révèle bien fondé.
7.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires seront mis à la charge de l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF). Bien qu'elle obtienne gain de cause, la recourante n'a pas droit à des dépens (cf. ATF 126 V 143 consid. 4a p. 150).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. La décision de la Cour des assurances du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura du 8 mai 2014 est annulée; la cause lui est renvoyée pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour des assurances, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 17 juillet 2015
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Leuzinger
La Greffière : Fretz Perrin