Faits:
A. A.a Le 16 décembre 1998, la Banque X._ SA (ci-après: X._) a reçu, de la part de son courtier, un document émis par T._ Ltd - l'un des représentants des assureurs de Y._ (ci-après: Y._) - intitulé "COVER NOTE NO. ...", relatif à la police d'assurance conclue entre X._ et Y._. La couverture d'assurance prenait effet le 15 novembre 1998 à 12h01 et se terminait le 15 novembre 1999 à 12h01.
A.b La police d'assurance suisse de Y._ pour banques, dont la version anglaise fait foi mais dont les parties s'accordent sur la traduction française, dispose notamment ce qui suit :
"CLAUSE D'ASSURANCE 1
Malhonnêteté des employés
Sont assurés les sinistres résultant uniquement et directement de tout acte malhonnête ou frauduleux de tout employé, que ces actes soient commis seul ou de connivence avec d'autres. Ces actes ayant été commis par ledit employé avec l'intention soit de faire subir une perte au Preneur d'Assurance, soit d'obtenir un gain pécuniaire irrégulier pour soi-même. [...]
CONDITIONS GÉNÉRALES
[...]
6. Limite d'indemnité
(a) Selon cette clause, la responsabilité des Assureurs pour tous les sinistres, y compris les frais et dépens judiciaires, est limitée au montant du contrat (1'000'000 fr.).
[...]
10 . Règlement de sinistres et expiration
(a) Le paiement de l'indemnité n'est pas échu tant que le sinistre fait l'objet d'une enquête par la Police ou d'une instruction pénale et que la procédure n'est pas terminée par un verdict ["judgment" dans la version anglaise] ou d'une autre manière.
(b) Les créances qui dérivent de cette assurance se prescrivent par deux (2) ans à dater de la réalisation de l'événement qui cause un sinistre en vertu de ce contrat. Si la créance du Preneur d'Assurance se fonde sur un verdict ["judgment"] prononcé contre lui-même, la créance du Preneur d'Assurance contre les Assureurs ne se prescrit que par deux ans à dater du jour où le verdict ["judgment"] est devenu exécutoire.
[...]
11. [for convenu notamment au domicile suisse du Preneur d'Assurance]
12. Interprétation
Sauf stipulation contraire du présent contrat, les dispositions de la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance sont applicables. Dans la mesure où cette Police contient des dispositions contraires à celles des provisions obligatoires de la LCA, ces dispositions seront censées être modifiées pour se conformer à la loi."
A.c X._ a engagé A._ en qualité d'apporteur d'affaires du 1er avril 1998 au 31 mars 1999, date à laquelle son contrat a pris fin. En juillet 1999, à l'occasion de la contestation d'un relevé de compte par B._, justificatifs à l'appui - qui se révéleront être des faux -, X._ a suspecté A._ de malversations; elle a porté plainte pénale contre lui le 5 novembre 1999.
Le 16 septembre 1999, X._ a annoncé le sinistre oralement à son mandataire, qui en a informé immédiatement T._ Ltd. La perte était estimée à USD 1'280'000.-, à la suite d'agissements de A._. Celui-ci avait recommandé à des clients de X._ d'investir USD 850'000.- dans un fonds de placement, qui s'est révélé inexistant; en outre, il avait proposé à trois clients des investissements de respectivement USD 200'000.- et USD 230'000.-, argent qui avait été encaissé mais dont toute trace avait disparu.
A._ a été rejugé, après cassation, par la Cour correctionnelle avec jury, qui l'a condamné le 13 mars 2003 à trente-trois mois de réclusion pour abus de confiance simple et aggravé, escroquerie et faux dans les titres. Il s'est pourvu en vain en cassation, puis au Tribunal fédéral, qui a rejeté son recours de droit public par arrêt du 23 février 2004 (1P.537/2003).
A.d Le 18 décembre 2001, X._ a requis une prise de position de la part des assureurs. L'avocat de Y._ à Zurich, a confirmé le 5 février 2002 que les assureurs s'exprimeraient uniquement par l'intermédiaire de leurs représentants et qu'ils avaient clairement décliné la prise en charge du sinistre par courriers des 15 novembre 2000 et 24 mai 2001.
Le 31 janvier 2005, X._ a mis en demeure les assureurs de se déterminer avant le 28 février 2005. Se déclarant surpris d'être sollicité pour cette affaire dont la dernière correspondance remontait "à trois années en arrière", l'avocat de Y._ a requis, le 25 février 2005, la remise de divers documents avant de pouvoir se déterminer. Dans une réponse du 30 décembre 2005, il a confirmé l'absence de responsabilité des assureurs et a exposé qu'en tout état de cause, les prétentions de X._ étaient prescrites.
B. B.a Le 22 février 2006, X._ a actionné Y._ en paiement de CHF 1'000'000.- devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, en invoquant quatre dommages :
- dommage n° 1 : Le 29 septembre 2000, X._ a conclu avec U._ Limited, V._ Inc., C._ et D._ une convention aux termes de laquelle elle leur versait une somme de USD 983'175.-, qui comprenait l'avoir perdu dans le pseudo fonds de placement (USD 850'000.-), avec les intérêts, ainsi qu'une somme de USD 30'000.- due à U._ Limited, plus les intérêts. À ce titre, X._ élève contre Y._ une prétention de CHF 1'709'479.- (contre-valeur de la somme de USD 983'175.- versée le 29 septembre 2000); elle réclame en outre le remboursement des honoraires et frais engagés pour la défense de ses intérêts, par CHF 86'257.30.
- dommage n° 2 : X._ élève contre Y._ une prétention en remboursement des honoraires et frais engagés pour la défense de ses intérêts, par CHF 10'987.50, suite à une action civile menée contre elle par deux lésés qui ont finalement été déboutés dans un jugement du Tribunal de première instance de Genève (confirmé par arrêt de la Cour de justice du 13 juin 2003).
- dommage n° 3 : B._ a investi USD 200'000.- dans un produit financier à très haut rendement que lui avait proposé A._; il a reçu le remboursement de USD 50'000.-, mais n'a jamais obtenu le solde de son investissement, auquel a fait place un solde débiteur; par courriers des 28 juillet et 13 août 1999, B._ a contesté le relevé de X._, faisant valoir qu'il était dans l'attente d'être crédité d'une somme supérieure à USD 450'000.-. X._ l'a indemnisé à concurrence de USD 113'736.57, à la suite de la signature d'une convention du 29 mai 2000. À ce titre, X._ élève contre Y._ une prétention de CHF 192'512.22 (contre-valeur de la somme de USD 113'736.57 versée le 29 mai 2000); elle réclame en outre le remboursement des honoraires et frais engagés pour la défense de ses intérêts, par CHF 26'557.85.
- dommage n° 4 : X._ réclame à Y._ le remboursement des honoraires et frais engagés pour la défense de ses intérêts par devant les juridictions pénales, par CHF 96'971.65.
Au total, les prétentions de X._ sont supérieures au montant de la couverture d'assurance (art. 6 des conditions générales, CG), raison pour laquelle elle les a arrêtées à CHF 1'000'000.-.
D'entrée de cause, Y._ a excipé de prescription et de péremption et a conclu au déboutement de X._.
B.b Par jugement du 29 mars 2007, le Tribunal de première instance a débouté X._ de toutes ses conclusions, avec suite de dépens. Il a considéré que les prétentions de X._ en remboursement du montant des indemnités qu'elle avait versées aux victimes des malversations commises par A._ étaient prescrites et périmées; les prétentions de X._ en paiement d'indemnités de protection juridique étaient également prescrites, à l'exception de deux notes d'honoraires d'un montant total de CHF 4'866.40.
Statuant sur appel de X._ par arrêt du 14 décembre 2007, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé ce jugement; elle a considéré que les prétentions de X._ à l'encontre de Y._ ne sont ni prescrites ni périmées et a renvoyé la cause au Tribunal de première instance pour instruction et décision sur le fond.
La cour cantonale a rappelé qu'en matière d'indemnité d'assurance responsabilité civile, la prescription court dès que la responsabilité de l'assuré est constatée par un tribunal et que la condamnation à verser une indemnité au lésé - la transaction étant assimilée à la condamnation civile - est définitive et exécutoire. Elle a observé que, lorsque la responsabilité pénale définitive d'un employé n'est constatée que postérieurement à la responsabilité civile exécutoire de l'assuré (fondée, en l'occurrence, sur les transactions conclues entre ce dernier et les lésés), la prétention de l'assuré en indemnisation de la part de l'assureur est susceptible de se prescrire (clause 10(b) CG), avant même d'être devenue exigible (clause 10(a) CG). L'autorité précédente a estimé qu'il est "inadmissible" que l'action soit prescrite avant d'être née et que cela conduit à un résultat "peu satisfaisant". Elle en a conclu que la spécificité de l'assurance responsabilité civile conclue pour se protéger des conséquences pécuniaires résultant d'actes malhonnêtes d'employés impliquait non seulement la condamnation de l'assuré au plan civil envers des tiers lésés, mais également la constatation définitive de la responsabilité pénale de l'employé. Elle a alors constaté que la prescription pour les prétentions en indemnité avait commencé à courir le 23 février 2004 et qu'en ouvrant action le 22 février 2006, X._ l'avait valablement interrompu. Elle a également retenu que, pour la créance en honoraires (protection juridique), la prescription n'était pas acquise au moment de l'ouverture de l'action.
B.c Statuant par arrêt du 28 mars 2008 (4A.23/2008) sur recours en matière civile formé par Y._, le Tribunal fédéral a déclaré le recours irrecevable. Il a jugé qu'un recours immédiat contre l'arrêt cantonal du 14 décembre 2007 n'était pas ouvert sur la base de l'art. 93 al. 1 LTF.
B.d Statuant à nouveau le 10 décembre 2009, le Tribunal de première instance a débouté X._ de toutes ses conclusions.
X._ a appelé de ce jugement. Elle a toutefois renoncé à ses chefs de conclusions en remboursement d'honoraires d'avocat (dommage no 2, deuxième partie du dommage no 3 et dommage no 4).
B.e Statuant par arrêt du 22 octobre 2010, la Cour de justice a confirmé le jugement entrepris. Concernant la prétention de la banque en remboursement de la somme de USD 949'875.- (première partie du dommage no 1), elle a considéré que X._ devait être déboutée, en raison de la clause d'exclusion de responsabilité, mentionnée dans la "Cover Note" liant la banque à l'assurance. S'agissant du montant de USD 30'000.- versé par U._ Limited (deuxième partie du dommage no 1), l'autorité précédente a jugé que la banque n'avait pas engagé sa responsabilité au sens de l'art. 101 CO, l'employé indélicat n'ayant pas agi dans l'exécution de son travail et aucun mandat de gestion n'ayant été conclu entre la banque et le lésé; à défaut de responsabilité de la banque, l'assurance ne pouvait être tenue de l'indemniser. Quant à l'investissement de CHF 200'000.- de B._ (ayant conduit la banque à lui verser USD 113'736.57; première partie du dommage no 3), la cour cantonale a également nié toute responsabilité contractuelle de la banque; elle a admis l'existence d'une responsabilité extracontractuelle (art. 55 CO), mais rejeté la demande d'indemnisation de la banque, celle-ci n'ayant pas allégué ni démontré en quoi elle aurait échoué à rapporter la preuve libératoire.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 22 octobre 2010 et à la condamnation de la compagnie d'assurance au paiement d'un montant de CHF 950'000.- (soit la somme maximum assurée de CHF 1'000'000.-, sous déduction de CHF 50'000.- de franchise) avec intérêt à 5% l'an dès le 9 août 2001. La recourante invoque l'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.); elle reproche à l'autorité cantonale une violation des art. 1 et 18 CO (en rapport avec l'interprétation de la clause d'exclusion de responsabilité) et la transgression des art. 55 et 101 CO (la cour cantonale ayant nié l'existence d'une responsabilité contractuelle de la banque à l'égard de U._ Limited et de B._).
L'intimée conclut au rejet du recours. Elle conteste les griefs soulevés par la recourante et reprend, "si par impossible la Cour de céans devait considérer que le recours en matière civile de X._ est fondé", les moyens qu'elle avait invoqués dans son recours déclaré irrecevable par l'arrêt du Tribunal fédéral du 28 mars 2008 (cf. supra let. B.c), soutenant que le sinistre a été annoncé tardivement par la banque et que l'ensemble des prétentions de la recourante sont prescrites et périmées.
Considérant en droit:
1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 135 II 384 consid. 2.2.1 p. 389).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 135 III 127 consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; 135 II 145 consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 136 I 184 consid. 1.2 p. 187; 133 IV 286 consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
2. 2.1 L'intimée revient sur la question de la prescription des prétentions de la recourante qui était, selon elle, acquise lorsque la banque a déposé sa demande civile, le 22 février 2006, devant la première instance. Elle rappelle avoir recouru au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 14 décembre 2007 de la Cour de justice qui a conclu que la banque avait valablement interrompu la prescription en agissant en justice à cette date. Dans son arrêt du 28 mars 2008 (4A.23/2008), le Tribunal fédéral ne s'est pas prononcé sur le fond, le recours n'étant pas recevable sur la base de l'art. 93 al. 1 LTF.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) et n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente (cf. supra consid. 1.2). L'arrêt du 22 octobre 2010 étant une décision finale (cf. supra consid. 1.1), la Cour de céans peut aujourd'hui examiner la question de la prescription des prétentions de la recourante et l'intimée pouvait soulever cette question pour s'opposer au recours (ATF 135 IV 56 consid. 4.2 p. 69 s.; 134 III 332 consid. 2.3 p. 334).
2.2 Aux termes de l'art. 46 al. 1 LCA, les créances qui découlent du contrat d'assurance se prescrivent par deux ans à dater du fait d'où naît l'obligation.
2.2.1 Il s'agit là d'une lex specialis qui déroge tant à l'art. 41 al. 1 LCA qu'à l'art. 130 al. 1 CO et qui seule fait règle dans le domaine régi par la loi sur le contrat d'assurance (ATF 127 III 268 consid. 2c p. 272; 118 II 447 consid. 2a/aa p. 452). Le moment de l'exigibilité de la créance n'a donc aucune incidence sur le début du cours de la prescription (arrêt 5C.237/2004 du 23 mars 2005 consid. 2.1; ROELLI/KELLER, Kommentar zum Schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, tome I, 2e éd. 1968, p. 667 ss; ALFRED MAURER, Privatversicherungsrecht, 3e éd., p. 393; MORITZ KUHN, Privatversicherungsrecht, 3e éd., Zurich 2010, p. 238). Le recours au principe de l'exigibilité pour faire courir la prescription selon l'art. 149 aCO (devenu aujourd'hui l'art. 130 CO) et l'art. 39 du projet LCA (actuellement l'art. 41 al. 1 LCA) a d'emblée été exclu parce qu'il aurait permis - selon les auteurs de la loi - à l'assuré d'intervenir dans le processus de la prescription, ce qui aurait eu pour conséquence d'en annihiler les effets et de la dénaturer (arrêt 5C.237/2004 déjà cité consid. 2.1 et la référence).
2.2.2 Il faut distinguer le moment de l'exigibilité de la créance (art. 41 al. 1 LCA) de celui de la naissance de la prétention de l'assuré. Seule une prétention qui a déjà pris naissance peut être atteinte par la prescription (ATF 100 II 42 consid. 2c p. 48 et la référence; Christoph Graber, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2001, no 20 ad art. 46 LCA).
L'obligation visée par l'art. 46 al. 1 LCA est celle de l'assureur de verser les prestations convenues à raison de l'événement assuré (ATF 119 II 468 consid. 2a; 118 II 447 consid. 2b p. 454). Le fait qui lui donne naissance varie selon les diverses catégories d'assurances et le type de prétention en cause. Ainsi, dans certains domaines, c'est l'événement dommageable (le sinistre) - cause première de l'obligation de l'assureur d'indemniser - qui est décisif dans le calcul du point de départ de la prescription (cf. ATF 100 II 42 consid. 2c p. 47); par exemple, dans l'assurance incendie, l'endommagement ou la destruction de l'objet assuré ouvre le droit aux prestations de l'assureur et, en conséquence, fait courir la prescription (ATF 126 III 278 consid. 7a p. 280; 75 II 227 consid. 2 p. 231). Dans d'autres catégories d'assurance, le "fait d'où naît l'obligation" ne se confond pas avec la survenance du sinistre. C'est le cas lorsque cet événement ne donne pas à lui seul droit à la prestation de l'assureur, celle-ci n'étant due que si le sinistre engendre un autre fait précis, à savoir: dans l'assurance accident, le décès ou l'invalidité; dans l'assurance responsabilité civile, la détermination de la dette envers le lésé (ATF 126 III 278 consid. 7a p. 280; 118 II 447 consid. 2b p. 454 s.; 100 II 42 consid. 2 p. 46 ss).
Dans l'assurance responsabilité civile, la dette est déterminée dès le moment où l'assuré a été condamné de façon définitive et exécutoire, par un tribunal civil, à verser des dommages-intérêts au lésé (ATF 127 III 268 consid. 2b p. 271; 126 III 278 consid. 7a p. 279; 119 II 468 consid. 2b p. 469; 61 II 197). La transaction, judiciaire ou extrajudiciaire, passée sans réserve permet également de déterminer la dette de l'assuré envers le lésé; elle doit être assimilée à la condamnation civile (BERNARD VIRET, Droit des assurances privées, 1991, p. 135; JEAN-BENOÎT MEUWLY, La durée de la couverture d'assurance privée, thèse Fribourg 1994, op. cit., p. 384; OLIVIER CARRÉ, Loi fédérale sur le contrat d'assurance, 2000, p. 325 et les références; ROELLI/JAEGGER, Kommentar zum Schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, tome II, 1932, p. 272 ss; MAURER, op. cit., p. 396; ROLAND BREHM, Le contrat d'assurance RC, nouvelle éd. 1997, p. 32).
2.3 En l'espèce, sous l'angle de l'art. 46 al. 1 LCA, les transactions liant l'assuré et les lésés ont été passées sans réserve et "pour solde de tout compte"; elles fixent le montant dû par la banque aux lésés. Concrétisant le droit d'être indemnisé de l'assuré, elles fondent le point de départ du délai de prescription. Le résultat de la procédure pénale - ouverte à l'encontre de l'employé indélicat - ne constitue pas un "autre fait précis" généré par le sinistre en tant que tel, en ce sens qu'il ne permet pas de concrétiser le droit d'être indemnisé de l'assuré; il ne revêt donc aucune incidence sur le dies a quo du délai de l'art. 46 al. 1 LCA (cf. arrêt 5C.112/2003 du 27 février 2004 consid. 3.1).
Selon les constatations cantonales, les transactions (conventions d'indemnisation) ont été conclues les 29 mai et 29 septembre 2000. La prescription biennale (art. 46 al. 1 LCA) était par conséquent acquise, pour toutes les prétentions de la recourante, au plus tard le 29 septembre 2002. Ces dernières étaient dès lors prescrites lorsque la demande en paiement a été introduite contre l'assureur le 22 février 2006, aucun autre acte interruptif de prescription n'ayant été accompli dans l'intervalle.
2.4 En vertu de l'art. 46 al. 1 LCA, l'acquisition de la prescription ne fait dès lors l'objet d'aucun doute. La police d'assurance suisse de Y._ pour banques - qui lie l'assureur et la recourante - contient toutefois, dans ses conditions générales, une clause intitulée "10. Règlement de sinistres et expiration". Il convient dès lors d'examiner si les parties ont entendu, en dérogation à l'art. 46 al. 1 LCA, "repousser" le point de départ de la prescription et, le cas échéant, si la dérogation contractuelle est valable.
2.4.1 L'art. 46 LCA est une disposition relativement impérative, à laquelle il ne peut pas être dérogé par convention au détriment du preneur d'assurance ou de l'ayant droit (art. 98 al. 1 LCA).
Est nulle, selon l'art. 46 al. 2 première phrase CO, en ce qui a trait à la prétention contre l'assureur, toute stipulation d'une prescription plus courte ou d'un délai de déchéance plus bref.
Les parties peuvent repousser le point de départ du délai de prescription, mais également le rapprocher si le délai est en même temps prolongé de manière à ce qu'il n'arrive pas à échéance avant ce que prévoit la réglementation légale, sous peine de nullité de la clause correspondante (cf. ATF 60 II 445 consid. 2 p. 451; JEAN-LUC NIKLAUS, La prescription extinctive: modifications conventionnelles et renonciation, thèse Neuchâtel 2007, p. 138 n. 679; GRABER, op. cit., no 36 ad art. 46 LCA; FRÉDÉRIC KRAUSKOPF, Die Verjährung - Vertraute und neue Streitfragen, in Strassenverkehrsrechtstagung 2006, p. 129; ROELLI/KELLER, op. cit., p. 671). Il faut insister ici sur le fait que la règle générale de l'art. 130 al. 1 CO ne s'applique pas et que le délai de prescription, au sens de l'art. 46 al. 1 CO, ne court pas dès l'exigibilité (cf. supra consid. 2.2.1). Ainsi, si les parties entendent fixer contractuellement le point de départ de la prescription, elles doivent l'indiquer explicitement. Si elles se limitent à déterminer, dans le contrat d'assurance, le moment de l'exigibilité de la créance, le point de départ du délai de prescription n'en est pas pour autant modifié (cf. ATF 75 II 227 consid. 2 p. 231; a contrario: NIKLAUS, op. cit., p. 135).
2.4.2 L'art. 10(a) CG dispose ce qui suit:
"(a) Le paiement de l'indemnité n'est pas échu tant que le sinistre fait l'objet d'une enquête par la Police ou d'une instruction pénale et que la procédure n'est pas terminée par un verdict ["judgment" dans la version anglaise] ou d'une autre manière."
En recherchant immédiatement le sens objectif de cette clause, puis en examinant la validité de celle-ci à la lumière de l'art. 46 al. 2 LCA, la cour cantonale a montré qu'elle ne parvenait pas à établir la volonté réelle et concordante des parties sur ce point. Il se justifie dès lors d'examiner les manifestations de volonté sur la base du principe de la confiance (cf. ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.; arrêt 4A_53/2010 du 29 avril 2010 consid. 2.4).
L'art. 10(a) CG règle l'échéance ("échu"; dans la version anglaise: "due") du "paiement de l'indemnité". Les parties sont donc convenues de différer le moment du paiement de l'indemnité due par l'assureur lorsque le sinistre fait l'objet d'une enquête policière ou d'une instruction pénale. La clause contractuelle n'a donc aucune incidence sur la question de la prescription (cf. dans un cas similaire: ATF 75 II 227 consid. 2 p. 231), celle-ci étant réglée à l'art. 10(b) CG (cf. infra consid. 2.4.3). Elle ne contient en outre aucun élément qui pourrait laisser penser que le "verdict" clôturant, le cas échéant, la procédure pénale menée à l'encontre de l'employé serait une condition de l'obligation d'indemnisation de l'assureur. On ne saurait dès lors admettre, sur la base de l'art. 10(a) CG, que la volonté objective des parties était de déroger à l'art. 46 al. 1 LCA et de faire de la condamnation pénale de l'employé indélicat le moment de la naissance de l'obligation de l'assureur (et donc le point de départ de la prescription).
2.4.3 La clause 10(b) CG traite explicitement de la prescription; elle dispose ce qui suit:
"(b) Les créances qui dérivent de cette assurance se prescrivent par deux (2) ans à dater de la réalisation de l'événement qui cause un sinistre en vertu de ce contrat. Si la créance du Preneur d'Assurance se fonde sur un verdict ["judgment"] prononcé contre lui-même, la créance du Preneur d'Assurance contre les Assureurs ne se prescrit que par deux ans à dater du jour où le verdict ["judgment"] est devenu exécutoire."
La première phrase de cette clause est nulle, en application des art. 46 al. 2 et 98 al. 1 LCA. Elle fixe le point de départ du délai de prescription, en matière d'assurance responsabilité civile, à un moment antérieur au "fait d'où naît l'obligation" de l'assureur, qui correspond au moment à partir duquel l'assuré a été condamné à verser des dommages-intérêts au lésé (cf. supra consid. 2.2.2), mais sans prolonger de façon adéquate le délai de prescription (cf. supra consid. 2.4.1).
Quant à la deuxième phrase, elle ne s'écarte pas de l'art. 46 al. 1 LCA et de la jurisprudence y relative. Elle ne fait toutefois référence qu'au jugement civil, sans mentionner le cas de figure de la transaction. Dans la relation nouée entre les parties, celle-ci doit être assimilée au jugement civil. En effet, aucune dérogation claire n'étant exprimée à l'art. 10(b) CG, l'interprétation de la clause contractuelle doit se faire selon le sens correspondant aux règles légales (ATF 126 III 388 consid. 9b p. 391; 122 III 118 consid. 2a p. 121). On doit donc admettre, selon le principe de la confiance, que les parties, qui ont expressément fixé le point de départ au jour du jugement civil, entendaient en faire de même en cas de transaction, celle-ci permettant aussi, à l'instar d'un jugement civil, de déterminer précisément la dette de l'assuré envers le lésé.
Ainsi, la clause contractuelle convenue entre les parties ne déroge pas à l'art. 46 al. 1 LCA. La prescription est donc acquise (cf. supra consid. 2.3).
2.5 L'autorité fait référence à deux arrêts publiés. Les extraits sur lesquels elle fonde son raisonnement sont toutefois sortis de leur contexte.
Dans l'ATF 126 III 278, la Cour de céans a rappelé, en matière d'assurance accidents, que l'accident ne pouvait être considéré comme le "fait d'où naît l'obligation" selon l'art. 46 al. 1 LCA, alors même que le décès ou l'invalidité (générés par le sinistre) sont deux éléments aussi indispensables à la naissance de la prétention que l'accident lui-même (cf. ATF 100 II 42 consid. 2 p. 46 ss). C'est dans ce contexte que le Tribunal fédéral a indiqué que, si l'accident était le point de départ du délai biennal de prescription, "l'action serait prescrite avant d'être née, ce qui serait inadmissible" (consid. 2b p. 270). Dans l'ATF 127 III 268, c'est confrontée à la même problématique que la Cour de céans a rappelé le "résultat peu satisfaisant" (consid. 7a p. 280) qui consistait à faire courir, dans de tels cas, la prescription dès la survenance du sinistre.
Dans ces précédents, la Cour de céans ne fait donc pas référence à l'exigibilité de la prestation de l'assurance, réglée par l'art. 41 al. 1 LCA, mais à la naissance de la prétention de l'assuré.
Quant aux deux auteurs sur lesquels l'autorité précédente s'appuie, ils ne fournissent aucun élément pertinent en l'espèce. En particulier, la cour cantonale tente de tirer argument de divers passages - reproduits dans l'arrêt du 4 décembre 2007 - de JEAN-BENOÎT MEUWLY (La prescription des créances d'assurances privées (art. 46 al. 1 LCA) au regard de la dernière jurisprudence du Tribunal fédéral, in PJA 3/2003, p. 308, 309 et 311) traitant de la naissance de la prétention de l'assuré et non de l'exigibilité de la prestation de l'assureur. Au demeurant, MEUWLY défend la thèse de la composante subjective du dies a quo de l'art. 46 al. 1 LCA (soit l'idée de faire partir le délai de prescription au moment où l'assuré a effectivement connaissance de sa prétention d'assurance) qui permettrait d'éviter que la prescription n'atteigne l'assuré à son insu ou peu après qu'il le sache (MEUWLY, in PJA, op. cit., p. 315 s.). A cet égard, il ne remet pas en question la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière d'assurance responsabilité civile - fixant le point de départ du délai de prescription au jour de la condamnation civile (ou de la transaction) - lorsque l'assuré - comme c'est le cas en l'espèce - a participé au procès ou à la négociation de la transaction et qu'il avait donc connaissance de sa prétention (MEUWLY, thèse, op. cit., p. 398).
ROLAND BREHM (op. cit., p. 281 n. 790) estime quant à lui que la sécurité juridique exige de faire partir le délai de prescription après que le jugement est passé en force (ou qu'une transaction a été passée sans réserve), soit exactement le jour auquel l'assuré condamné paie l'indemnité due, soit volontairement, soit par exécution forcée. Il ne fournit toutefois aucun argument propre à démontrer en quoi la sécurité juridique serait renforcée en repoussant ainsi le point de départ de la prescription. La doctrine majoritaire n'a d'ailleurs pas suivi cet avis, l'écartant même explicitement (MAURER, op. cit., p. 396 note de pied 1034; ALFRED KOLLER, Die Verjährung von Versicherungsansprüchen, in Haftpflicht- und Versicherungsrechtstagung 1993, p. 11) et il n'y a donc pas lieu de revenir sur une jurisprudence réaffirmée à plusieurs reprises.
2.6 Il résulte des considérations qui précédent que la prescription était acquise lorsque la recourante a ouvert action contre l'intimée.
La prescription est une institution qui relève du droit matériel, et non de la procédure. Le jugement qui accueille l'exception de la défenderesse ne prononce dès lors pas simplement l'irrecevabilité de la demande, mais bien son rejet au fond (ATF 118 II 447 consid. 1b/bb p. 450 et les arrêts cités). Le résultat auquel est parvenu la cour cantonale dans l'arrêt entrepris - à savoir le rejet de la demande - peut être confirmé, par substitution des motifs.
Il n'est dès lors pas nécessaire de se prononcer sur les griefs de violation du droit fédéral soulevés par la recourante. De même, la question d'une éventuelle transgression de l'interdiction de l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.) peut rester indécise, la critique de la recourante portant sur des faits n'ayant aucune incidence sur la question de la prescription.
3. Le recours est rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1, 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 14'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 16'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 23 février 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget