Fatti:
A. Il 26 febbraio 2010 è stato celebrato in Brasile il matrimonio tra A._, cittadina brasiliana, e B._, cittadino svizzero. Dopo avere ottenuto il 17 maggio successivo l'annullamento di un divieto d'entrata pendente nei suoi confronti A._ è entrata in Svizzera il 1° giugno 2010 per ricongiungersi con il marito. Per tal motivo è stata posta al beneficio di un permesso di dimora annuale, rinnovato l'ultima volta fino al 31 maggio 2012.
B. In seguito all'inoltro, il 13 febbraio 2012, di un'istanza volta ad ottenere la modifica dell'indirizzo sul permesso di dimora, in quanto aveva locato, dal 1° gennaio precedente, un appartamento ad uso personale, A._ è stata interrogata dalla Polizia cantonale il 10 marzo 2012 in merito alla sua situazione coniugale. Dopo avere spiegato che il matrimonio si era svolto in assenza del marito, l'interessata ha dichiarato di lavorare a Berna e di vivere da sola, precisando al riguardo che la convivenza con il marito era durata dal 1° giugno 2010 al 4 giugno 2011, poi dall'agosto al novembre 2011 e, infine, dal dicembre 2011 al marzo 2012. Sentito a sua volta il 7 maggio 2012 il marito ha confermato che non era presente alle proprie nozze, puntualizzando che la coppia era separata dal 1° giugno 2011 e che era intenzionato a divorziare.
Il 16 maggio 2012 il Pretore del Distretto di Lugano ha autorizzato i coniugi a vivere separati con effetto dal 31 agosto 2011.
C. Nel frattempo, cioè il 9 maggio 2012, la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha respinto l'istanza sottopostale il 13 febbraio precedente da A._ e le ha fissato un termine scadente il 30 giugno 2012 per lasciare la Svizzera, negandole di fatto il rinnovo dell'autorizzazione di soggiorno. A sostegno della propria decisione l'autorità ha osservato che lo scopo per il quale il permesso era stato accordato era venuto a mancare con la cessazione della vita coniugale. Detta decisione, intimata per raccomandata l'11 maggio 2012 e recapitata il giorno successivo presso la casella postale dell'interessata, è stata da quest'ultima ritirata il 5 giugno 2012.
D. Adito il 19 giugno 2012 da A._, il Consiglio di Stato ticinese ne ha dichiarato il gravame inammissibile poiché tardivo. A titolo abbondanziale ha osservato che anche se fosse stato tempestivo, il ricorso sarebbe comunque stato respinto nel merito. Questa decisione è stata confermata su ricorso dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 29 gennaio 2013.
E. Il 6 marzo 2013 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, da trattare eventualmente quale ricorso sussidiario in materia costituzionale. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale, con susseguente rinvio degli atti al Consiglio di Stato affinché proceda all'esame di merito, nonché postula il conferimento dell'effetto sospensivo al proprio gravame.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (DTF 136 I 42 consid. 1 pag. 43).
2. 2.1 La ricorrente ha inoltrato un ricorso in materia di diritto pubblico da trattare, eventualmente, quale ricorso sussidiario in materia costituzionale. In primo luogo, occorrerebbe pertanto verificare se sia ricevibile il ricorso in materia di diritto pubblico oppure se - in virtù dell'art. 83 lett. c LTF, che è applicabile anche alla fattispecie in base al principio dell'unità della procedura (sentenza 2D_37/2010 del 23 novembre 2010 consid. 1.2) - l'inoltro sia escluso (ciò che a prima vista appare più che verosimile, l'unione coniugale non avendo raggiunto la durata di 3 anni nel senso esatto dalla prassi [DTF 136 II 113 consid. 3.2 pag. 115 segg.] affinché sussista un diritto ad ottenere un permesso in virtù dell'art. 50 cpv. 1 lett. a LStr e, di riflesso, la possibilità di presentate il citato rimedio). In quest'ultima evenienza, occorrerebbe allora appurare se sia ammissibile il ricorso sussidiario in materia costituzionale (cfr. art. 113 LTF).
Sennonché, dato che il gravame può riguardare solo la questione della tardività del ricorso al Consiglio di Stato, quindi l'eventuale applicazione incostituzionale del diritto procedurale cantonale o dei principi validi in materia di recapito di invii raccomandati, che vengono qui anch'essi esaminati unicamente in quest'ottica (sentenza 2P.120/2005 del 23 marzo 2006 consid. 3), il quesito posto può rimanere indeciso. In effetti, le critiche d'incostituzionalità evocate possono essere di principio sollevate sia con un ricorso ordinario che con un ricorso sussidiario (DTF 133 III 446 consid. 3.1 pag. 447 seg.; art. 116 LTF).
3. 3.1 Preso atto di quanto emerso in sede istruttoria in merito all'invio in questione e richiamati i principi sviluppati dalla giurisprudenza in materia di recapito di invii raccomandati, la Corte cantonale ha giudicato (come già prima di essa il Consiglio di Stato) che la notifica doveva essere considerata avvenuta al più tardi il settimo giorno dopo il deposito della lettera raccomandata nella casella postale dell'insorgente, che il termine di 15 giorni per ricorrere al Consiglio di Stato (art. 9 LALPS; RL/TI 1.2.2.1) aveva iniziato a decorrere il 19 maggio 2012 e che esso era quindi scaduto il 4 giugno 2012. Inoltrato il 19 giugno 2012 al Consiglio di Stato il gravame era pertanto ampiamente tardivo e, a ragione, era stato dichiarato irricevibile.
3.2 La ricorrente non contesta la data d'invio e di deposito nella propria casella postale della lettera raccomandata della Sezione della popolazione. Afferma tuttavia che né dal verbale d'interrogatorio né dal rapporto di polizia emergevano elementi che potevano farle capire che il cambiamento d'indirizzo avrebbe potuto portare alla revoca del proprio permesso prima della scadenza naturale del medesimo e lamenta di non essere stata informata dello scopo dell'indagine esperita. Aggiunge poi che non poteva, in buona fede, prendere in considerazione, ancora prima della pronuncia di una separazione giudiziaria o del divorzio che poteva ricevere, senza alcun preavviso, una decisione di revoca. Ella non aveva di conseguenza alcuna ragione di aspettarsi a breve una decisione di revoca e, di riflesso, predisporre le necessarie misure affinché eventuali raccomandate venissero ritirate per tempo. Tale ragionamento non va tutelato.
La ricorrente dimentica infatti che è proprio lei che ha dato avvio ad un procedimento, chiedendo che siano modificati i dati relativi al suo indirizzo in seguito alla locazione da parte sua sola di un appartamento. Ora, ricordato che la sua convocazione davanti alla polizia cantonale è stata richiesta dalla Sezione della popolazione, che l'interrogatorio cui è stata sottoposta così come quello di suo marito, avvenuto poco tempo dopo il suo, vertevano entrambi espressamente sulla loro situazione coniugale e, infine, che il suo permesso, la cui scadenza era peraltro prossima, le era stato accordato proprio per ricongiungersi con il marito, ne deriva che la ricorrente doveva attendersi a ricevere una comunicazione - qualunque essa sia - concernente la propria autorizzazione di soggiorno e doveva pertanto organizzarsi affinché, nel caso in cui fosse stata assente, come poi avvenuto in concreto, qualcuno si occupasse di ritirare la propria corrispondenza per potere poi agire, se del caso, in tempo utile. Non avendo invece predisposto nulla, le incombe pertanto assumere le conseguenze che ne derivano. Premesse queste considerazioni è quindi a ragione che la Corte cantonale ha confermato il giudizio d'inammissibilità pronunciato dal governo cantonale.
3.3 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente infondato e va quindi respinto in base alla procedura semplificata dell'art. 109 LTF.
4. 4.1 Con l'evasione del ricorso, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
4.2 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese processuali di fr. 1'200.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Giudice delegato del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché all'Ufficio federale della migrazione.