Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im Zusammenhang mit dem finanziellen Zusammenbruch der B._-Gruppe warf der Beschwerdeführer in einem Begehren an das Friedensrichteramt der Stadt Zürich dem Beschwerdegegner vor, dieser habe in seiner Funktion als Liquidator Misswirtschaft betrieben, wobei davon auszugehen sei, dass nicht nur Fahrlässigkeit mit im Spiel gewesen sei, sondern auch "massive Bereicherungsabsichten". Auf einer vom Beschwerdeführer betriebenen Webseite warf er dem Beschwerdegegner Beihilfe bzw. Anstiftung zur ungetreuen Geschäftsbesorgung vor.
Die Vorinstanz verurteilt den Beschwerdeführer mit Urteil vom 8. September 2009 wegen mehrfacher übler Nachrede zu einer Geldstrafe von 40 Tagessätzen à Fr. 60.--.
Der Beschwerdeführer wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und er vom Vorwurf der üblen Nachrede freizusprechen.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihm das rechtliche Gehör verweigert und dadurch gegen Art. 29 BV verstossen. Sie habe die von ihm angebotenen Beweise und Rechtsschriften integral ignoriert (Beschwerde S. 4). Inwieweit dieser Vorwurf zutreffen könnte, lässt sich der Begründung der Beschwerde nicht entnehmen (vgl. Beschwerde S. 6). Da die Beschwerde insoweit den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG nicht genügt, ist darauf nicht einzutreten.
3. Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz habe den Sachverhalt mehrfach offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 BGG bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV festgestellt (Beschwerde S. 5). Auch in diesem Punkt genügt die Begründung der Beschwerde den Anforderungen nicht (vgl. Beschwerde S. 6), weshalb darauf nicht einzutreten ist.
4. Der Beschwerdeführer führt unter Hinweis auf Art. 4 ZGB aus, die Vorinstanz habe von der Möglichkeit einer Entscheidung nach Recht und Billigkeit keinen Gebrauch gemacht (Beschwerde S. 5). Es sei zumindest stossend, dass er als "kleiner Fisch ... in diesem Millionen- und Milliardenspiel" verurteilt werde (Beschwerde S. 10). Das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verbietet es indessen nicht, in einem grösseren Fall auch die "kleinen Fische" zu verurteilen.
5. Im Übrigen kann in Bezug auf die beiden Anklageziffern, deretwegen der Beschwerdeführer schuldig gesprochen wurde, in Anwendung von Art. 109 Abs. 3 BGG auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid S. 6 - 10 E. 3 und S. 11/12 E. 5). Unter dem Titel "Rechtfertigung der vorgeworfenen Straftatbestände" äussert sich der Beschwerdeführer ausführlich (vgl. Beschwerde S. 6 - 11). Es ergibt sich daraus indessen nicht, und es ist auch nicht ersichtlich, dass und inwieweit die beiden Schuldsprüche das schweizerische Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzen könnten. Auch die "hohe Komplexität" des Falles und der Umstand, dass der Beschwerdeführer zu wichtigen Unterlagen keinen Zugang hatte (Beschwerde S. 7), vermögen die ehrverletzenden Äusserungen nicht zu rechtfertigen.
6. Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers (vgl. act. 12 und 13) ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung auszurichten, weil er vor Bundesgericht keine Umtriebe hatte.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn