Faits:
A. Le 26 mai 2009, le juge d'instruction a rendu une décision par laquelle il a écarté la constitution de partie civile de X._ en rapport avec l'infraction d'usure imputée à Y._ et a refusé de procéder à des inculpations complémentaires.
B. Par ordonnance du 26 août 2009, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté le recours formé par X._ contre cette décision, qu'elle a confirmée.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des faits et des preuves ainsi que dans l'application du droit cantonal, elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'ordonnance attaquée.
Considérant en droit:
1. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir fait montre d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'application du droit cantonal.
Une décision est arbitraire et donc contraire à l'art. 9 Cst. lorsqu'elle viole clairement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si sa décision apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision soient insoutenables. Il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 135 V 2 consid. 1.3 p. 4 s.; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
A cet égard, il ne suffit pas non plus qu'une solution différente de celle retenue par l'autorité cantonale apparaisse également concevable ou même préférable (ATF 128 II 259 consid. 5 p. 280; 127 I 54 consid. 2b p. 56, 60 consid. 5a p. 70; 124 IV 86 consid. 2a p. 88 et les arrêts cités).
1.1 L'autorité cantonale a noté que, dans son ordonnance du 20 septembre 2006, la Chambre d'accusation avait dénié la qualité de partie à la recourante à titre personnel s'agissant des faits à l'origine des inculpations prononcées le 24 mars 2006, sans faire état de celles prononcées le 3 mai 2006. Elle relève que seule la survenance de faits nouveaux et pertinents est susceptible de modifier une décision qu'elle a rendue précédemment sur le même objet et concernant la même personne, principe qui se traduit par la formule selon laquelle la Chambre d'accusation n'est pas l'autorité de recours de ses propres décisions. Elle conclut par ailleurs que la qualité de partie civile n'a jamais été reconnue à la recourante personnellement et ce y compris s'agissant de l'infraction d'usure retenue contre Y._ le 3 mai 2006.
La recourante ne conteste pas que la Chambre d'accusation n'est pas l'autorité de recours de ses propres décisions. Elle soutient en revanche que cette autorité ne s'est jamais penchée sur les pièces bancaires figurant au dossier et faisant état des détournements opérés par son ex-mari. Elle se prévaut en outre de documents postérieurs à l'ordonnance de la Chambre d'accusation du 20 septembre 2006.
Dans la mesure où elle reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas suffisamment examiné les pièces bancaires versées au dossier avant qu'elle ne rende son ordonnance du 20 septembre 2006, la recourante s'en prend à des éléments qui ont déjà fait l'objet de cette décision. Si elle considérait que celle-ci n'avait pas été rendue dans le respect des règles relatives notamment à l'établissement des faits, elle devait faire usage des voies de droit qui lui étaient ouvertes pour l'attaquer. Elle ne saurait revenir sur ces questions au stade actuel de la procédure.
Pour le surplus, la recourante se contente d'invoquer des relevés de comptes et des pièces bancaires qui auraient été découverts postérieurement à l'ordonnance du 20 septembre 2006 et qui feraient état de détournements opérés par son ex-mari à son détriment. Elle ne montre toutefois pas en quoi la production de ces documents au dossier constituerait un fait nouveau et pertinent propre à modifier l'appréciation relative à sa qualité de partie. Ce grief doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
1.2 La recourante reproche également à l'autorité cantonale d'avoir appliqué de manière arbitraire l'art. 25 al. 1 CPP GE, aux termes duquel le plaignant et toute personne lésée par une infraction poursuivie d'office peuvent se constituer partie civile jusqu'à l'ouverture des débats, en lui déniant la qualité de partie civile au motif qu'elle ne subissait qu'un dommage indirect du fait des actes qu'elle reproche à son ex-mari.
La partie civile peut être définie comme la personne lésée de façon immédiate dans son bien juridique par un acte punissable et qui requiert la condamnation de l'auteur de l'infraction à des dommages-intérêts en réparation du préjudice que lui a causé celle-ci (Gérard Piquerez, Procédure pénale suisse, 2e éd., Zurich 2007, n° 458, p. 320). Ne peut se constituer partie civile celui qui ne subit qu'un préjudice indirect (Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2e éd., Zurich 2006, n° 1027 p. 656). Celui qui entend se constituer partie civile doit rendre vraisemblable le préjudice et le lien de causalité entre celui-ci et l'infraction dénoncée (Sabine Derisbourg-Boy, La position du lésé dans la procédure pénale et ses possibilités d'obtenir un dédommagement, thèse, Lausanne 1992, p. 29 s.).
La recourante allègue que son ex-mari et elle étaient coactionnaires, à raison de 50% chacun, des sociétés anonymes et qu'ils étaient liés par un contrat de société simple pour l'exploitation de ces sociétés, de sorte que la moitié des revenus et de la valeur de celles-ci lui appartenaient. Elle relève par ailleurs que même si elle a formellement eu la qualité d'organe des sociétés, elle n'avait aucun contrôle sur les comptes.
Comme on l'a déjà relevé, la recourante ne remet pas en cause le fait que la Chambre d'accusation n'est pas l'autorité de recours de ses propres décisions. Dès lors, en l'absence d'éléments nouveaux, elle ne saurait, sur ce point non plus, discuter au stade actuel de la procédure de questions qui ont fait l'objet de l'ordonnance du 20 septembre 2006, savoir le refus de reconnaître la qualité de partie civile à la recourante pour les faits qui avaient conduit à l'inculpation de son ex-mari, le 24 mars 2006, pour escroquerie, gestion déloyale, diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, gestion fautive, détournement de valeurs patrimoniales mises sous main de justice et infraction à la loi sur la protection des marques.
Par ailleurs, l'autorité cantonale considère que son ordonnance du 20 septembre 2006 refuse également la qualité de partie civile à la recourante s'agissant de l'infraction d'usure retenue contre son ex-mari par le magistrat instructeur le 3 mai 2006 pour ne pas l'avoir rémunérée pour l'activité qu'elle avait déployée au sein du laboratoire et d'autres sociétés entre 1995 et 2002. La recourante ne conteste pas cette partie de la motivation de l'arrêt attaqué, de sorte que l'autorité de céans ne peut examiner cette question faute d'une motivation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Il y a dès lors lieu d'admettre que l'ordonnance du 20 septembre 2006, qui refuse de reconnaître la qualité de partie civile à la recourante porte également sur l'infraction d'usure, de sorte que celle-ci ne saurait revenir sur cette question au stade actuel de la procédure. Sur ce point également, le recours est mal fondé.
2. Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable, les frais étant mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 18 mars 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay