Faits:
A. Le 11 janvier 1973, la Maison X._ SA, devenue en mars 2000 Y._ SA, a constitué, sous la dénomination « Fondation de prévoyance en faveur du personnel de X._ SA » (ci-après : la fondation), une fondation régie par les art. 80 ss CC, dont le but est de venir en aide aux membres du personnel de la fondatrice en cas de vieillesse, maladie, invalidité, accident, chômage et à leur famille s'ils venaient à décéder. La fondation a commencé son activité le 1er janvier 1972. La prévoyance professionnelle était assurée par le biais de la VITA Assurance.
La fondation a transféré, avec effet au 1er janvier 1985, date de l'entrée en vigueur de la LPP, la couverture de la prévoyance professionnelle de l'ensemble du personnel à la Bâloise-Fondation collective pour la prévoyance professionnelle, en concluant avec celle-ci deux contrats l'un pour la part obligatoire (N° V._) et l'autre pour la part surobligatoire (N° W._). Dans ce but, elle a transféré un montant de 882'365 fr. 15 à la Bâloise.
A partir du 1er janvier 1985, plus aucune cotisation pour la prévoyance professionnelle n'a été versée à la fondation, qui n'a donc plus fait que de gérer sa fortune libre, constituée uniquement d'un prêt en compte courant à la fondatrice. La fondation a toutefois été maintenue même après le licenciement d'une grande partie des employés pour fin novembre 1993, X._ SA n'en gardant que quelques-uns dans le service administratif.
Le 28 juin 2000, l'Autorité de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance professionnelle du canton de Fribourg, à la demande du conseil de fondation, a décidé que la fondation était en liquidation totale, sous la responsabilité de deux liquidateurs. Au moment où le résultat de l'appel aux créanciers serait définitivement connu et avant de pouvoir procéder à la radiation, les liquidateurs lui soumettraient un plan de répartition et un rapport final et définitif, pour que dite autorité puisse prendre la décision de radiation de la fondation.
La fondation en liquidation a transmis à l'autorité de surveillance le 30 janvier 2001 un tableau de répartition du capital daté du 15 janvier 2001 (valeur au 31 décembre 2000) et le 4 juillet 2002 un tableau de répartition du capital daté du 11 mars 2002 (valeur au 31 décembre 2001), prévoyant d'attribuer à six employés - dont quatre étaient encore en service au 31 décembre 2000, respectivement 31 décembre 2001, et deux au bénéfice d'une rente de l'assurance-invalidité - un montant calculé en fonction des cotisations durant la période du 1er janvier 1972 au 31 décembre 1984 (date de libération du service des primes du contrat lié) et de la durée d'assurance de chacun.
Dans une lettre du 4 juillet 2007, le Service de la surveillance des fondations et de la prévoyance professionnelle du canton de Fribourg a invité la fondation en liquidation à lui soumettre un nouveau projet de répartition de la fortune libre (et les comptes révisés pour les exercices 1999 à 2006) qui n'avantage pas de manière choquante un cercle restreint de bénéficiaires et tienne compte du personnel de fabrication que X._ SA n'avait plus occupé à partir de fin 1993.
Le 22 août 2007, la fondation en liquidation a refusé de revoir son plan de répartition et de remettre les comptes requis, au motif que les fonds avaient été transférés le 14 novembre 2002 à la Bâloise-Fondation collective pour la prévoyance professionnelle.
Par décision du 24 juillet 2008, le Service de la surveillance des fondations et de la prévoyance professionnelle a exigé des liquidateurs de la fondation la présentation d'un nouveau plan de répartition de la fortune libre, qui tienne compte au moins des trois dernières années avant la date du 31 décembre 1993 et prenne en considération les employés de X._ SA entre début 1991 et fin 1993, ainsi que toutes les personnes au bénéfice d'une rente dont le versement avait débuté le 31 décembre 1993 ou avant.
B. La fondation en liquidation a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral, qui a rejeté le recours par arrêt du 22 février 2010.
C. La fondation en liquidation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celui-ci et de la décision du Service de la surveillance des fondations et de la prévoyance professionnelle du 24 juillet 2008, auquel il demande que la cause soit renvoyée pour nouvelle décision au sens des considérants. Sa requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance du 8 juillet 2010.
Le Service de la surveillance des fondations et de la prévoyance professionnelle du canton de Fribourg conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente ; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
1.2 La recourante produit, pour la première fois, devant l'autorité de céans plusieurs pièces, en particulier un échange de courriels avec la Bâloise, datant de mars et avril 2010. Au regard de l'art. 99 al. 1 LTF, ces moyens ne sont pas admissibles, le jugement entrepris ne justifiant pas pour la première fois de les soulever et la recourante ne montrant pas en quoi les conditions d'une exception à l'interdiction des faits ou moyens de preuve nouveaux selon cette disposition légale sont remplies (ATF 136 III 261 consid. 4.1 p. 266, 133 III 393 consid. 3 p. 395; Meyer in : M.A. Niggli/P. Uebersax/H. Wiprächtiger [édit.], Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, ad art. 99 LTF, n. 43 p. 979).
2. Est litigieuse la question de savoir si le plan de répartition des fonds libres, établi par le conseil de fondation, est conforme aux critères résultant de la législation et des statuts applicables en la matière. Les critères de répartition eux-mêmes ne sont pas contestés, seul est en cause le cercle des bénéficiaires.
3. 3.1 Le Tribunal administratif fédéral a retenu qu'au 31 décembre 1993, la société fondatrice (X._ SA) avait complètement et définitivement cessé ses activités de montage de montres et, de ce fait, licencié la totalité de son personnel de fabrication. Depuis lors, sa nouvelle orientation était devenue strictement commerciale et elle n'employait plus que quelques personnes pour son administration. Relevant qu'au 31 décembre 1993, la fondation avait perdu sa raison d'être, le Tribunal administratif fédéral a considéré que la liquidation de la fondation devait par voie de conséquence prendre effet au 31 décembre 1993. Du point de vue intertemporel, il convenait dès lors d'appliquer les dispositions légales telles qu'elles étaient en vigueur à fin 1993.
3.2 En principe, les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits (ATF 136 V 24 consid. 4.3 p. 27; 130 V 445 consid. 1.2.1 p. 447).
3.3 La répartition des fonds propres de la fondation s'inscrit en l'espèce dans le cadre de la liquidation totale de la fondation, telle que décidée le 28 juin 2000 par l'autorité de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance professionnelle. Il convient de retenir que la fondation, même si elle a perdu en 1993 une partie essentielle de ses destinataires à la suite du licenciement du personnel de fabrication de X._ SA, a continué d'exister et est restée active dans la gestion de sa fortune, étant relevé que le but de venir en aide aux membres du personnel de la fondatrice (art. 2 al. 1 de l'acte constitutif de fondation du 11 janvier 1973) ne se limitait pas au personnel de fabrication, mais s'étendait à tous les employés de X._ SA. La date du 31 décembre 1993 ne saurait donc servir de critère temporel pour la liquidation totale (JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, Fonds libres et liquidations de caisses de pension, Eléments de jurisprudence, in RSAS 2001 p. 469 s. ch. 47). A la suite de la décision de liquidation totale du 28 juin 2000 mentionnée ci-dessus, la fondation en liquidation a établi dans un premier temps un tableau de répartition du capital du 15 janvier 2001 (valeur au 31 décembre 2000), puis dans un deuxième temps un tableau de répartition du capital du 11 mars 2002 (valeur au 31 décembre 2001). Le choix du 31 décembre 2001 comme date déterminante pour la répartition des fonds libres de la fondation, lequel relevait du pouvoir d'appréciation des liquidateurs, n'apparaît dès lors pas arbitraire (SCHNEIDER, Eléments de jurisprudence, in op. cit. p. 473 ch. 58). Ainsi, sont en principe applicables en l'espèce les dispositions légales en vigueur à ce moment-là, soit l'art. 23 LFLP du 17 décembre 1993 dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2004 (arrêt 9C_756/2009 du 8 février 2010, consid. 5).
4. L'art. 23 al. 1 LFLP, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004, disposait qu'en cas de liquidation partielle ou de liquidation totale de l'institution de prévoyance, un droit individuel ou collectif à des fonds libres s'ajoute au droit à la prestation de sortie (1ère phrase). L'autorité de surveillance décide si les conditions d'une liquidation partielle ou totale sont remplies (2ème phrase). Elle approuve le plan de répartition (3ème phrase).
4.1 Dans ce cadre, le principe de la bonne foi impose que la fortune de prévoyance suive les personnes jusqu'alors destinataires, tandis que le principe de l'égalité interdit d'en faire profiter certains groupes de destinataires au détriment d'autres (ATF 136 V 322 consid. 10.1 p. 328). Il s'agit de tenir compte de cet aspect par une répartition de la fortune de la fondation qui soit adaptée à la situation (ATF 133 V 607 consid. 4.2.1 p. 610; 128 II 394 consid. 3.2 p. 396 s.; 119 Ib 46 consid. 4c p. 54). L'idée générale est que la fortune libre d'une institution de prévoyance doit revenir, en cas de liquidation, à ceux pour lesquels l'institution de prévoyance fut créée. Réserver ces fonds libres exclusivement aux destinataires restants porterait atteinte aux attentes justifiées de prestations discrétionnaires futures (SCHNEIDER, Eléments de jurisprudence, in op. cit. p. 465 ch. 32).
4.2 En principe, on inclut dans le cercle des bénéficiaires des fonds libres les personnes qui ont quitté l'entreprise dans la période précédant la date déterminante pour la liquidation, qui peut aller jusqu'à trois ans, voire cinq ans (ATF 128 II 394 consid. 6.4 p. 405 et les références; SCHNEIDER, Eléments de jurisprudence, in op. cit. p. 469 s. ch. 47). Toutefois, l'égalité de traitement des destinataires n'est en principe pas violée si la répartition des fonds libres de la fondation n'inclut pas les personnes qui sont sorties volontairement de l'institution de prévoyance. Sinon, tout collaborateur qui volontairement changerait plusieurs fois d'employeurs aurait toute latitude de faire valoir à chaque fois auprès de la fondation de prévoyance respective dont il serait sorti un droit à une part des fonds libres, ce qui viderait de leur sens les dispositions légales sur le libre passage et les dispositions réglementaires correspondantes (ATF 133 V 607 consid. 4.2.2 p. 611; 128 II 394 consid. 5.6 p. 403 et la référence à l'arrêt 2A.92/1993 du 22 mars 1995). Demeure réservé le cas où la dégradation continue de la situation de l'entreprise est la cause de départs volontaires, notamment lorsqu'un employé, redoutant la suppression de son poste de travail, anticipe le mouvement et change d'emploi avant la liquidation partielle (ATF 128 II 394 consid. 6.4 et 6.5 p. 405 s.; 119 Ib 46 consid. 4d p. 54 s.; arrêt 2A.76/1997 du 30 juin 1998).
5. 5.1 Le Tribunal administratif fédéral a retenu que les fonds libres de la fondation avaient été constitués en majeure partie par le personnel de fabrication de X._ SA. En application du principe qui veut qu'en cas de liquidation d'une institution de prévoyance la fortune libre revienne à ceux pour lesquels elle a été créée, il a estimé que le conseil de fondation devait impérativement prendre en compte les anciens salariés de la fondatrice qui avaient quitté l'entreprise en 1993 ou immédiatement avant. En réservant les fonds libres aux seules quatre personnes encore employées de celle-ci le 31 décembre 2000 et à deux autres bénéficiant d'une rente d'invalidité, le conseil de fondation avait disposé arbitrairement des fonds libres et avait abusé de son pouvoir d'appréciation. Ainsi, le Tribunal administratif fédéral impose au conseil de fondation de prendre en compte dans la répartition des fonds toutes les personnes actives dans les trois voire cinq ans précédant le 31 décembre 1993 et qui ont versé des cotisations entre 1972 et 1984.
5.2 La recourante conteste que le plan de répartition puisse concerner les employés de X._ jusqu'au 31 décembre 1993 dans la mesure où il n'y a plus aucun affilié à la fondation depuis le 1er janvier 1985, date à partir de laquelle la prévoyance professionnelle obligatoire et surobligatoire a été assurée par la Bâloise.
5.3 En l'espèce, la somme à répartir constitue des fonds libres, composée de l'avoir existant au 31 décembre 1984 et son rendement depuis lors. Ceci ressort des pièces comptables, produites par la recourante, en particulier du compte de profits et pertes au 31 décembre 1985, qui établit que plus aucune cotisation de prévoyance professionnelle n'a été versée à la fondation ni par les salariés ni par le patron, dès le 31 décembre 1984. Il en résulte que les employés de X._ SA, engagés après cette date, n'ont pas cotisé auprès de la recourante pour la prévoyance professionnelle. Ce point n'est pas contesté par les parties. En conséquence, il apparaît que les seuls bénéficiaires de la recourante pour la prévoyance professionnelle étaient les employés de X._ SA avant le 1er janvier 1985, date à partir de laquelle c'est la fondation commune de la Bâloise qui a assuré la prévoyance professionnelle obligatoire et surobligatoire, ce qui relève de l'art. 2 al. 3 let. a de l'acte constitutif de fondation du 11 janvier 1973.
La fondation en liquidation qu'est la recourante n'existe plus que pour le versement de prestations bénévoles aux membres du personnel anciennement ou actuellement au service de la fondatrice et leurs survivants, ainsi que cela résulte de l'art. 2 al. 3 let. b de l'acte constitutif de fondation. Il s'agit là de prestations discrétionnaires, pour lesquelles la loi sur le libre passage n'est pas directement applicable. Par analogie avec les fondations patronales qui n'offrent que des prestations discrétionnaires à leurs bénéficiaires, la marge d'appréciation de la recourante pour l'attribution ou la répartition des fonds libres était donc encore plus grande (arrêt 9C_101/2008 du 26 février 2009, in SVR 2009 BVG n. 24 p. 87; HERMANN WALSER, Gesamt- und Teilliquidation patronaler Stiftungen, in: Hans Schmid [Hrsg.], Teilliquidationen von Vorsorgeeinrichtungen, 2000, p. 105).
Dans la mesure où le plan de répartition du capital daté du 11 mars 2002 - à l'instar du plan de répartition du capital daté du 15 janvier 2001 - ne tient pas compte du personnel anciennement au service de la fondatrice, la recourante a manifestement abusé de son pouvoir d'appréciation en ce qui concerne les personnes destinataires de la fortune de prévoyance. Au regard de l'art. 2 al. 3 let. b de l'acte constitutif de fondation, et compte tenu des principes exposés au consid. 4.2 du présent arrêt, le jugement entrepris n'apparaît pas critiquable en tant qu'il exige que soient inclues dans le plan de répartition du capital toutes les personnes actives dans les trois voire cinq ans précédant le 31 décembre 1993 et qui ont versé des cotisations entre 1972 et 1984, puisque la date du 31 décembre 1993 correspond au licenciement de la totalité du personnel de fabrication de X._ SA. On ne se trouve donc pas dans la situation où le nombre de licenciements intervenus lors de la liquidation totale serait incomparablement supérieur à ceux décidés dans le passé (SCHNEIDER, Eléments de jurisprudence, in op. cit. p. 470 ch. 47). A cet égard, l'éventualité de licenciements entre 1985 et 1988 d'employés ayant cotisé entre 1972 et 1984 ne peut non plus être exclue. En conséquence, doivent participer à la liquidation totale toutes les personnes qui ont versé des cotisations entre 1972 et 1984 et qui ont quitté X._ SA dans les trois voire cinq ans précédant le 31 décembre 1993 (départ par anticipation; ATF 128 II 394 consid. 6.4 et 6.5 p. 405 s.) ou ont été licenciées par l'entreprise entre 1985 et 1988 (arrêt 2A.576/2002 du 4 novembre 2003, consid. 2.2) ou qui ont été mises à la retraite par X._ SA. C'est dans ce sens que le conseil de fondation devra établir un nouveau plan de répartition des fonds libres, tout en tenant compte comme jusque-là des anciens employés au bénéfice d'une rente de l'assurance-invalidité. Le recours est dès lors mal fondé.
6. 6.1 Le Tribunal administratif fédéral a admis que la répartition des fonds libres transférés à la Bâloise n'avait pas été exécutée par celle-ci dans l'attente de la décision de l'autorité cantonale de surveillance.
6.2 La recourante prétend pour sa part que la répartition a eu lieu, que les montants revenant aux bénéficiaires leur ont été versés et qu'il n'est dès lors plus possible de réclamer les montants versés en raison de la prescription.
6.3 En l'absence de renseignements précis obtenus de la Bâloise et en présence de documents au moins partiellement contradictoires, il n'est pas possible de savoir si la répartition a eu lieu. Cette question n'a toutefois pas à être tranchée. En effet, le paiement de leur part aux bénéficiaires est effectué dans un deuxième temps après que la liste des bénéficiaires et la quote-part de chacun eurent été définitivement fixées. Dans cette seconde phase de la liquidation, s'il n'a pas été procédé à la répartition, une modification de la liste des bénéficiaires ne pose aucun problème. A l'inverse si cette répartition a eu lieu, elle a été faite en violation de l'art. 23 in fine LFLP qui prévoit expressément que l'autorité de surveillance doit approuver le plan de répartition, étant relevé que l'art. 8 de l'acte constitutif de fondation du 11 janvier 1973 prévoit qu'en cas de dissolution de la fondation, aucune mesure de liquidation ne peut être prise sans l'accord exprès de l'autorité de surveillance. Dans cette dernière hypothèse et pour le cas où il ne serait plus possible d'obtenir un remboursement des bénéficiaires ayant trop perçu, il y aura lieu de déterminer les responsabilités et dire à qui il appartient de réparer le préjudice subi par les éventuels lésés.
7. La procédure étant onéreuse, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al.1, première phrase LTF en corrélation avec l'art. 65 al. 2 et 3 let. b LTF). Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de la recourante, qui succombe. Elle ne saurait prétendre une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et al. 3 LTF). L'intimé n'a pas droit non plus à une indemnité de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 31 mars 2011
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner