Erwägungen:
1. Die Direktion für Soziales und Sicherheit (heute Sicherheitsdirektion) des Kantons Zürich entzog X._ mit Verfügung vom 17. Februar 2006 den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten. Den dagegen von X._ erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. Juli 2006 ab. Gegen den Rekursentscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Die Sicherheitsdirektion und die Staatskanzlei beantragten am 13. September 2006 bzw. am 14. September 2006 Abweisung der Beschwerde. Mit Rücksicht auf das hängige Strafverfahren sistierte das Verwaltungsgericht das Verfahren vom 15. März 2007 bis 18. März 2008. Die Akten des Strafverfahrens wurden erstmals im Januar 2007 beigezogen und den Parteien Gelegenheit zur Stellungnahme dazu geboten. Die Sicherheitsdirektion verzichtete am 13. Februar 2007 auf eine Stellungnahme. X._ liess sich nicht vernehmen.
Nach Abschluss des Strafverfahrens hob das Verwaltungsgericht die Sistierung auf und wies mit Entscheid vom 21. Mai 2008 die Beschwerde ab. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör mit Urteil vom 17. Oktober 2008 gut und hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 21. Mai 2008 auf (Verfahren 1C_369/2008). Das Verwaltungsgericht gab X._ in der Folge Gelegenheit, um zu den Vernehmlassungen der Sicherheitsdirektion und des Regierungsrats Stellung zu nehmen. Mit Entscheid vom 11. Februar 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde erneut ab.
2. X._ führt mit Eingabe vom 5. April 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen, gab dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 9. April 2009 jedoch Gelegenheit, um zur Frage der rechtzeitigen Beschwerdeeinreichung Stellung zu nehmen. Der Beschwerdeführer äusserte sich dazu mit Schreiben vom 24. April 2009.
3. Der Beschwerdeführer ersucht mit Schreiben vom 24. April 2009 um Mitteilung, falls das Bundesgericht seine Beschwerde als verspätet beurteile, damit er allenfalls seine Beschwerde zurückziehen könne. Das Bundesgericht teilte dem Beschwerdeführer bereits mit Schreiben vom 9. April 2009 mit, dass es seine Beschwerde aufgrund einer ersten Prüfung als verspätet erachte, und gab ihm gleichzeitig Gelegenheit, seine Beschwerde zurückzuziehen. Eine weitere Mitteilung in dieser Frage erübrigt sich deshalb.
4. Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen (Art. 100 Abs. 1 BGG).
4.1 Das Verwaltungsgericht liess seinen Entscheid vom 11. Februar 2009 am 13. Februar 2009 mit der Post als Gerichtsurkunde an die vom Beschwerdeführer angegebene Adresse senden, wobei die Sendung am 23. Februar 2009 als "Nicht abgeholt" an das Verwaltungsgericht zurückgesandt wurde. Am 26. Februar 2009 wurde der Zustellungsversuch wiederholt und die Sendung konnte am 6. März 2009 dem Beschwerdeführer zugestellt werden.
4.2 Eine Mitteilung, die nur gegen Unterschrift des Adressaten oder der Adressatin oder einer anderen berechtigten Person überbracht wird, gilt gemäss Art. 44 Abs. 2 BGG spätestens am siebten Tag nach dem ersten erfolglosen Zustellungsversuch als erfolgt. Vorliegend gilt der verwaltungsgerichtliche Entscheid vom 5. Februar 2009 mit dem Ablauf der beim ersten Zustellungsversuch gesetzten Abholfrist, mithin als am 23. Februar 2009 zugestellt. Die dreissigtägige Beschwerdefrist begang somit am folgenden Tag zu laufen (Art. 44 Abs. 1 BGG) und endete am 25. März 2009. Die Beschwerde vom 5. April 2009 ist somit verspätet. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG nicht einzutreten.
5. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli