Sachverhalt:
A. X._, geb. 1948, ist Apotheker und seit 1980 Inhaber einer eigenen Apotheke in Z._ VS. Für den obligatorischen Teil seiner berufliche Vorsorge war er bei der Pensionskasse des Schweizerischen Apothekervereins (Caisse de Pension de la Société Suisse de Pharmacie, SSPH) angeschlossen und für die Zusatzvorsorge bei der Pensionskasse SHP. Zwischen 1996 und 2000 tätigte X._ Einkäufe in die SHP von insgesamt Fr. 736'000.--. Ende Januar 2001 ersuchte er die beiden Einrichtungen um Auszahlung seines Vorsorgeguthabens, worauf ihm die SHP am 6. Februar 2001 Fr. 1'297'509.-- überwies und die SSPH am 28. Februar 2001 Fr. 45'409.--. Die beiden Kapitalzahlungen wurden von der Steuerverwaltung des Kantons Wallis einer gesonderten Jahressteuer 2001 unterworfen.
B. Am 15. Februar 2001 amortisierte X._ die für sich und seine Ehefrau zu je Fr. 400'000.-- vollumfänglich fremdfinanzierte Leibrentenversicherung mit Einmalprämie bei der Basler Versicherung, indem er insgesamt Fr. 784'510.-- zurückzahlte. Auf den 1. Januar 2004 schloss er sich wieder der SSPH an und zahlte 2004 und 2005 je Fr. 144'563.-- (d.h. ordentlicher Beitrag Fr. 44'563.-- und Einkaufsbeitrag Fr. 100'000.--) ein. Für die Steuerperioden 2004 und 2005 liess die Walliser Steuerverwaltung die Einzahlungen nicht zum Abzug zu und rechnete diese Beträge bei der Staats- und der direkten Bundessteuer zum steuerbaren Einkommen. Dagegen gelangte X._, nach erfolglosen Einsprachen, an die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis. Diese hiess die Beschwerden am 18. November 2009 gut und gewährte den beantragten Steuerabzug.
C. Am 18. Januar 2010 hat die Steuerverwaltung des Kantons Wallis Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt sinngemäss, den Entscheid der Steuerrekurskommission aufzuheben; die von X._ 2004 und 2005 geleisteten Pensionskassenbeiträge seien bei der Staats- und der Bundessteuer nicht zum Abzug zuzulassen.
D. X._ schliesst auf Abweisung und die Eidgenössische Steuerverwaltung auf Gutheissung der Beschwerde. Die Steuerrekurskommission hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid stützt sich auf öffentliches Recht des Bundes und Kantons. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis ist zulässig (Art. 82 lit. a BGG). Diese entscheidet seit dem 1. Juli 2007 in den ihr übertragenen Sachbereichen, insbesondere in Angelegenheiten der kantonalen Steuern und der direkten Bundessteuer, als einzige gerichtliche Instanz des Kantons (Art. 150 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Wallis [StG/VS], Fassung vom 9. November 2006) und erfüllt damit die Voraussetzungen, welche die Rechtsprechung an ein "oberes kantonales Gericht" als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG stellt (vgl. BGE 135 II 94 E. 4.1 S. 98). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 72 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR. 642.14) in Verbindung mit Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG legitimierten kantonalen Steuerverwaltung ist einzutreten.
2. 2.1 Nach Art. 33 Abs. 1 lit. d DBG, Art. 9 Abs. 2 lit. d StHG und Art. 19 Abs. 1 lit. a des Steuergesetzes des Kantons Wallis vom 10. März 1976 werden die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von den Einkünften abgezogen (vgl. auch Art. 81 Abs. 2 des Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 25. Juni 1982 [BVG; SR 831.40]). Die bundesgerichtliche Rechtsprechung lässt den Abzug aber im Fall einer Steuerumgehung nicht zu:
2.1.1 Die Voraussetzungen einer solchen Umgehung sind gemäss ständiger Praxis erfüllt:
wenn eine von den Beteiligten gewählte Rechtsgestaltung als ungewöhnlich (insolite), sachwidrig oder absonderlich, jedenfalls den wirtschaftlichen Gegebenheiten völlig unangemessen erscheint,
wenn zudem anzunehmen ist, dass die gewählte Rechtsgestaltung missbräuchlich lediglich deshalb getroffen wurde, um Steuern einzusparen, die bei sachgemässer Ordnung der Verhältnisse geschuldet wären,
und wenn das gewählte Vorgehen tatsächlich zu einer erheblichen Steuerersparnis führen würde, sofern es von der Steuerbehörde hingenommen würde (vgl. dazu u.a. BGE 131 II 627 E. 5.2 S. 635 f.; ASA 78 289 E. 5.1; StE 2004 A 21.13 Nr. 6 E. 3.1; ASA 64 80 E. 3b, 63 218 E. 4).
2.1.2 Im Bereich der beruflichen Vorsorge nimmt die Rechtsprechung eine Steuerumgehung einerseits dann an, wenn missbräuchlich steuerminimierend sowie in geringem zeitlichem Abstand zuerst ein Einkauf und danach ein Kapitalbezug in/von einer Vorsorgeeinrichtung erfolgen, d.h. eine gezielt vorübergehende und steuerlich motivierte Geldverschiebung in die 2. Säule, mit der nicht die Schliessung von Beitragslücken angestrebt, sondern die Pensionskasse als steuerbegünstigtes Kontokorrent zweckentfremdet wird. Das Ziel eines Einkaufs von Beitragsjahren besteht im Aufbau bzw. der Verbesserung der beruflichen Vorsorge. Dieses Ziel wird namentlich dann offensichtlich verfehlt, wenn die gleichen Mittel kurze Zeit später - bei kaum verbessertem Versicherungsschutz - der Vorsorgeeinrichtung wieder entnommen werden (vgl. zum Ganzen BGE 131 II 627 E. 4.2 u. 5.2 S. 633 ff.; 593 E. 4 S. 603 ff.; ASA 78 289 E. 5; RDAF 2009 II 9 E. 4 u. 5; 368 E. 8; StE 2004 A 21.13 Nr. 6 E. 3; StR 62/2007 636 E. 4.1; 58/2003 879 E. 3.2; Urteile 2C_555/20007 vom 3.3.2008 E. 3 u. 4 sowie 2A.705/2005 vom 13. April 2006 E. 5; zuletzt: Urteil 2C_658/2009 vom 12. März 2010 E. 2).
2.1.3 Andererseits kann eine missbräuchliche Vorsorgegestaltung, welche die einkommensmindernde Berücksichtigung der geleisteten Einkaufsbeiträge ausschliesst, auch im umgekehrten Fall erfüllt sein, wie er nach Meinung der Beschwerdeführerin hier vorliegen soll: Zuerst wird ein bestehendes Vorsorgeguthaben aus einer Pensionskasse abgezogen, kurz danach aber wieder einbezahlt, ohne dass sich das aus Vorsorgegesichtspunkten als sachgerecht erweisen würde. Eine Steuerumgehung in diesem zweiten Sinn hat das Bundesgericht namentlich in den beiden folgenden Fällen angenommen:
Im Urteil 2A.440/2002 vom 13. August 2003 (StR 58/2003 S. 879 ff.) ging es um einen Steuerpflichtigen, der rund Fr. 230'000.-- zur Förderung des Wohneigentums bezog. Zwei Wochen später bezahlte er Fr. 180'000.-- an die freiwillige Kaderversicherung, um angeblich fehlende Beitragsjahre einzukaufen. Rund ein Jahr später tätigte er eine zweite Entnahme (in der Höhe von ca. Fr. 120'000.--) aus der Vorsorgeeinrichtung, wobei er erneut die Förderung von Wohneigentum als Zweck angab. In Anwendung von Art. 38 DBG wurden die beiden Kapitalleistungen getrennt vom übrigen Einkommen mit einer Jahressteuer erfasst und zum Fünftelstarif besteuert, zudem unter Abzug des Einkaufsbeitrags von Fr. 180'000.--. Nachdem diese Einkaufssumme somit schon einmal einkommensmindernd angerechnet worden war, machte der Pflichtige sie noch ein zweites Mal bei der ordentlichen Veranlagung zum Abzug geltend, was nicht zuletzt deshalb als Steuerumgehung eingestuft wurde, weil nur ein (sehr) geringer Teil der beiden Vorbezüge tatsächlich für den jeweils angegebenen Zweck der Förderung von Wohneigentum verwendet worden war (vgl. dort E. 3.3.2).
Das Urteil 2C_462/2008 vom 20. März 2009 (vgl. RDAF 2009 II 368 ff.) betraf einen selbständigerwerbenden Zahnarzt, der sein Vorsorgeverhältnis Ende 1999 kündigte und rund Fr. 900'000.-- zwecks Wohneigentumsförderung bezog. Effektiv wurden Fr. 800'000.-- zum Kauf eines Ferienchalets und Fr. 200'000.-- für dessen Renovierung verwendet. Anfangs Februar 2000 (also nur knapp zwei Monate nach dieser Kündigung) ging der Pflichtige mit Wirkung ab 1. Januar 2000 ein neues Vorsorgeverhältnis ein. In den Jahren 2001 und 2002 leistete er Einkaufsbeiträge von je Fr. 180'000.--, was das Bundesgericht als missbräuchlich steuerminimierende Vorsorgegestaltung einstufte und deswegen den Abzug der beiden Neueinkaufssummen verweigerte.
2.2 Auf den 1. Januar 2005 ist neu Art. 4 Abs. 4 BVG in Kraft getreten, wonach die von den Selbständigerwerbenden geleisteten Beiträge und Einlagen in die Vorsorgeeinrichtung dauernd der beruflichen Vorsorge dienen müssen. Der seit anfangs 2006 gültige Art. 79b Abs. 3 BVG bestimmt: "Wurden Einkäufe getätigt, so dürfen die daraus resultierenden Leistungen innerhalb der nächsten drei Jahre nicht in Kapitalform aus der Vorsorge zurückgezogen werden. Wurden Vorbezüge für die Wohneigentumsförderung getätigt, so dürfen freiwillige Einkäufe erst vorgenommen werden, wenn die Vorbezüge zurückbezahlt sind." Beide Vorschriften sind unbestrittenermassen auf den hier zu beurteilenden Sachverhalt (wie auf die zwei zitierten Modellfälle) nicht anwendbar (vgl. u.a. BGE 130 V 170 E. 3.2 S. 172 f.). Die Steuerrekurskommission hat sich somit zu Recht auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Steuerumgehung gestützt und eine solche hier zutreffend verneint. Das ergibt sich aus einem Vergleich mit den genannten Missbrauchsfällen unter vier wesentlichen Gesichtspunkten:
2.2.1 Ein erster Gesichtspunkt ist die mit dem Vorgehen verfolgte Zielsetzung:
Vor Inkrafttreten des neuen Art. 4 Abs. 4 BVG war das Abrufen des Vorsorgeguthabens durch Selbständigerwerbende zumindest vorsorgerechtlich grundsätzlich noch voraussetzungslos möglich (vgl. BGE 117 V 160 E. 2 S. 162 ff.; RDAF 2009 II 368 E. 8.2). Das schloss indessen eine Steuerumgehung nicht aus, deren Wesen es ja gerade ist, eine an sich zulässige Rechtsgestaltung auf sach- bzw. zweckwidrige, d.h. missbräuchliche Weise zu nutzen. Nicht nur aus vorsorge-, sondern auch aus steuerrechtlicher Sicht war ein Vorbezug aber auf jeden Fall statthaft, wenn die finanziellen Mittel zur Förderung des Wohneigentums (vgl. RDAF 2009 II 368 E. 6.2 mit weiteren Hinweisen), zur Sicherung des eigenen wirtschaftlichen Betriebs oder in einer persönlichen Notlage abgezogen wurden (vgl. u.a. RDAF 2009 II 368 E. 6.1).
Die Förderung des Wohneigentums war denn auch in den beiden erwähnten Fällen der jeweils für den Vorbezug angeführte Grund. Im ersten Fall erwies sich diese Zweckangabe indessen als klarerweise missbräuchlich, beliefen sich doch die beiden Auszahlungen auf insgesamt Fr. 350'000.--, während die Hypothekarschuld um weniger als Fr. 50'000.-- amortisiert wurde (vgl. StR 58/2003 879 E. 3.2.2). Im zweiten Fall wurden die abgerufenen Mittel zwar tatsächlich und vollumfänglich zum Erwerb sowie zur Renovierung von Wohneigentum verwendet. Doch hielt das Bundesgericht fest, dass die steuerlich begünstigte Förderung des Wohneigentums, im Sinne von Art. 30c Abs. 1 BVG, sich auf den eigenen Bedarf am Erstwohnsitz bzw. am gewöhnlichen Aufenthaltsort beschränkt, im Gegensatz zum Bau oder Kauf einer Zweitresidenz oder eines Ferienhauses. Die Steuerbegünstigung (in Form einer gesonderten Besteuerung des ausbezahlten Vorsorgeguthabens zum Fünftelstarif) wurde deshalb auch im genannten Fall auf zweckwidrige Weise für vorsorgefremde Zwecke genutzt (vgl. RDAF 2009 II 368 E. 8.1 u. 8.2).
Hier konnte der Beschwerdegegner dank dem gewählten Vorgehen zwar Steuern sparen, was auch durchaus mitbezweckt gewesen sein muss. Daneben erfolgte die Auszahlung des Vorsorgeguthabens jedoch für einen selbst in steuerrechtlicher Hinsicht anerkannten und einer Begünstigung zugänglichen Zweck: Statt anwartschaftlicher Ansprüche bei der zweiten Säule wollte der Beschwerdegegner die für sich und seine Ehefrau mit fremden Mitteln erworbene Leibrentenversicherung durch eigene Mittel ablösen. In einem weiteren Sinne ging es ihm also immer noch um die Altersvorsorge, wenn auch nicht mehr im Rahmen der zweiten, sondern nunmehr im Rahmen der dritten Säule, wurden doch die aus der zweiten Säule stammenden Gelder dem (ebenfalls) verfassungsrechtlich geschützten Zweck der (privaten) Selbstvorsorge zugeführt (Art. 111 Abs. 4 BV). Daran vermag auch nichts zu ändern, dass der Beschwerdegegner die Fremdfinanzierung der massgeblichen Leibrentenverträge gegebenenfalls auch auf andere Weise oder in einem späteren Zeitpunkt (bzw. über mehrere Jahre gestaffelt) hätte ablösen können und er nicht den gesamten Betrag seines Vorsorgeguthabens für diese Ablösung benutzte.
2.2.2 Das zweite Vergleichskriterium liegt in der zeitlichen Nähe zwischen dem ersten Einkauf in die Vorsorgeeinrichtung und dem nachfolgenden Vorbezug aus dem System:
Im ersten zitierten Fall war diese Frage nicht streitig, sondern vielmehr die Abfolge von Vorbezug, zweitem Einkauf und erneuter Auszahlung (vgl. oben E. 2.1.3; siehe dazu auch eine ähnliche Fallgestaltung in StE 2004 A 21.13 Nr. 6 E. 3). Das Problem ergab sich aber im zweiten Missbrauchsfall: Noch Ende 1999 hatte der Pflichtige eine Einzahlung von rund Fr. 180'000.-- in die Vorsorgeeinrichtung geleistet, bevor er anfangs 2000 die seit 1995 getätigten Beiträge (im Gesamtbetrag von ca. Fr. 543'000.--) wieder abzog (vgl. RDAF 2009 II 368 E. 8.1). Die Steuerbehörden erachteten schon diesen Ende 1999 getätigten Einkauf als missbräuchlich und verweigerten den bei der ordentlichen Veranlagung des betreffenden Jahres geltend gemachten Abzug vom steuerbaren Einkommen (was im genannten Verfahren vor Bundesgericht nicht Gegenstand der Beurteilung war).
Auch hier kaufte sich der Beschwerdegegner noch im Jahr 2000 mit insgesamt Fr. 200'000.-- zusätzlich in die Vorsorgeeinrichtung ein, wovon die Hälfte weniger als zwei Monate vor der Kündigung des Vorsorgeverhältnisses (anfangs 2001) einbezahlt wurde. Wäre Art. 79b Abs. 3 BVG auf den vorliegenden Fall schon anwendbar gewesen, dann wären Einkaufsbeträge von insgesamt Fr. 478'000.-- (d.h. die ausserordentlichen Beiträge 1998-2000) unter die dreijährige Sperrfrist gefallen.
2.2.3 Der dritte Vergleichsgesichtspunkt betrifft die zeitliche Nähe zwischen Vorbezug und (Wieder-/Neu-)Einzahlung:
In den zitierten beiden Fällen erfolgte die Auszahlung des Vorsorgeguthabens und die Begründung eines neuen Vorsorgeverhältnisses jeweils in sehr kurzem Zeitabstand. Namentlich darin erblickte das Bundesgericht die Ungewöhnlichkeit des Vorgehens, das unter Vorsorgegesichtspunkten keinen Sinn machte: Im ersten Fall lag der Wiedereinkauf nur zwei Wochen nach dem ersten Vorbezug (vgl. StR 58/2003 879 E. 3.2.2). Im zweiten Fall ging der Pflichtige bereits im Februar 2000, d.h. knapp zwei Monate nach Kündigung des ersten Vorsorgeverhältnisses, rückwirkend auf den Jahresbeginn ein neues solches Verhältnis ein. Dieses sollte es dem Pflichtigen ermöglichen, die ab 2001 geleisteten Wiedereinkaufsbeiträge einmal mehr von seinem steuerbaren Einkommen abzuziehen, wie wenn er sie zum ersten Mal tätigen würde. Die gewählte Abfolge der Ereignisse musste darauf schliessen lassen, dass zwar rechtlich ein Vorsorgeverhältnis gekündigt und wiederbegründet worden war, obwohl es wirtschaftlich um etwas ganz anderes ging, nämlich steuerbegünstigt eine Liegenschaft zu erwerben (vgl. RDAF 2009 II 368 E. 8.1 u. 8.2).
Hier wartete der Beschwerdegegner rund drei Jahre, bis er ein neues Vorsorgeverhältnis begründete und fast vier Jahre, bis er wieder Einkaufsbeiträge leistete. Würde die Minimalfrist von Art. 79b Abs. 3 BVG auf die hier massgebliche Abfolge von Auszahlung und Wiedereinkauf angewendet, so wäre sie eingehalten worden.
2.2.4 Der vierte Vergleichsgesichtspunkt betrifft die Frage, inwiefern das vom Pflichtigen gewählte Vorgehen, abgesehen von dem strittigen Abzug der Wiedereinkaufsbeiträge, schon zu anderen steuerlichen Begünstigungen oder Abzügen Anlass gegeben hat. Diesbezüglich führt ein Vergleich mit dem ersten und dem zweiten Modellfall zu unterschiedlichen Überlegungen:
Im ersten Missbrauchsfall wurde der beantragte Abzug des Wiedereinkaufsbeitrags nicht nur wegen Steuerumgehung verweigert, sondern auch deshalb, weil die massgebliche Einkaufssumme im Rahmen der Sonderbesteuerung schon einmal einkommensmindernd angerechnet worden war, was eine kumulative ebenso wie eine alternative Berücksichtigung bei der ordentlichen Veranlagung ausschloss (vgl. StR 58/2003 879 E. 3.1). Es war dem Pflichtigen somit schon ein zweifacher (unbestritten in Rechtskraft erwachsener) Vorteil gewährt worden: einerseits die Sonderbesteuerung des ausbezahlten Guthabens zum Fünftelstarif, andererseits unter Abzug des Einkaufsbeitrags von diesem separat erfassten Einkommen. Dieselbe zweifache Privilegierung ist von den Steuerbehörden auch noch in anderen Fällen gewährt worden (vgl. Urteil 2C_721/2009 vom 7. April 2010 E 2.2). Sie scheidet aber zumindest dann aus, wenn die Sonderjahresbesteuerung in der Bemessungslücke vor dem Übergang zur einjährigen Gegenwartsbemessung erfolgt, denn gemäss Art. 69 Abs. 2 Satz 2 StHG sind von den ausserordentlichen Einkünften nur die unmittelbar damit zusammenhängenden Aufwendungen absetzbar (vgl. Urteil 2C_3/2010 vom 4. Mai 2010 E. 2). Im vorliegenden Fall indessen fiel der Wiedereinkauf nicht in dieselbe Steuerperiode wie die vormalige Auszahlung des Vorsorgeguthabens und war somit noch nicht einkommensmindernd bei der Sonderbesteuerung berücksichtigt worden. Eine spätere Anrechnung eines erneuten Wiedereinkaufs wurde dadurch somit noch nicht ausgeschlossen. Zwar fielen die unmittelbar auf die Kündigung des ersten Vorsorgeverhältnisses folgenden Jahre 2001 und 2002 in die Bemessungslücke vor dem im Kanton Wallis auf Anfang 2003 hin erfolgten Systemwechsel. Die in diesen beiden Lückenjahren geleisteten Einkaufsbeiträge wären aber gemäss Art. 218 Abs 5 DBG bzw. Art. 69 Abs. 5 lit. b StHG als ausserordentliche Aufwendungen grundsätzlich abziehbar gewesen, unter Vorbehalt einer Steuerumgehung (vgl. StE 2004 A 21.13 Nr. 6 E. 3.1). Unter Missbrauchsgesichtspunkten ist hier indessen - wie eben hervorgehoben (vgl. oben E. 2.2.3) - weder der Wiedereinkauf als solcher noch der Zeitabstand zwischen Kündigung und Wiederbegründung des Vorsorgeverhältnisses bedenklich.
Probleme könnten sich hingegen aus dem Vergleich mit dem zweiten Modellfall ergeben. Dort wurde, wie bereits erwähnt (vgl. oben E. 2.2.2), schon die noch im Dezember 1999 getätigte Einzahlung von rund Fr. 180'000.-- als missbräuchlich erachtet und deshalb bei der ordentlichen Veranlagung des betreffenden Jahres nicht zum Abzug vom steuerbaren Einkommen zugelassen. Hier gewährten die Steuerbehörden die Einkommensminderung sogar für den weniger als zwei Monate vor dem vollumfänglichen Abzug des Vorsorgeguthabens getätigten Einkauf von Fr. 100'000.--, wie übrigens auch für die Mitte 1999 geleistete ausserordentliche Einzahlung in derselben Höhe. Diese beiden Abzüge sind als solche nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahren und hier nur insofern von Bedeutung, als das gesamte Vorgehen des Beschwerdegegners (bzw. der Steuerabzug der Wiedereinkaufsbeiträge) zu beurteilen ist.
2.3 Gesamthaft ergibt sich aus dieser Prüfung der vier Vergleichskriterien, dass der vorliegende Fall Fragen aufwirft, die im Zusammenhang mit der ersten wie auch mit der zweiten Variante missbräuchlicher Vorsorgegestaltung (vgl. oben E. 2.1.2 u. 2.1.3) stehen. Unter Berücksichtigung sämtlicher Umstände erweist sich die Einschätzung der Steuerrekurskommission, es liege keine Steuerumgehung vor, dennoch als bundesrechtskonform:
2.3.1 Das ist schon deshalb zutreffend, weil das vom Beschwerdegegner gewählte Vorgehen nicht ausschliesslich der Steuerersparnis diente. Eine solche war zwar sicher mitbezweckt und wurde auch in erheblichem Ausmass erzielt. Darüber hinaus war das Vorgehen aber nicht nur vorsorgerechtlich, sondern auch in steuerlicher Hinsicht statthaft. Der Sachverhalt hat sich zwar noch vor Inkrafttreten des neuen Art. 4 Abs. 4 BVG abgespielt; aber diese Bestimmung will im Wesentlichen verhindern, dass Vorsorgeguthaben zu blossen Konsumzwecken abgezogen werden (vgl. BGE 134 V 170 E. 4.2 S. 175 f.), was hier mit Sicherheit nicht der Fall war. Der Vorbezug diente zwar nicht der Förderung von Wohneigentum, als betriebliche Investition oder zur Behebung einer persönlichen Notlage. Aber er wurde mehrheitlich zu Zwecken der beruflichen Vorsorge verwendet und bewirkte insofern lediglich eine Umschichtung von der zweiten zur dritten Säule, auch wenn diese Umschichtung weder vollumfänglich noch auf die einzig mögliche Weise geschah (vgl. zum Ganzen oben E. 2.2.1).
2.3.2 Fehlt es somit am zweiten der drei kumulativen Merkmale einer Steuerumgehung (vgl. oben E. 2.1.1), dann kann eine geradezu missbräuchliche Vorsorgegestaltung hier verneint werden, ohne dass noch weiter zu prüfen wäre, ob bzw. in welchem Ausmass das vom Beschwerdegegner gewählte Vorgehen ansonsten noch ungewöhnliche oder gegebenenfalls sogar sachwidrige Teilaspekte hatte. Insbesondere ist im vorliegenden Verfahren nicht mehr näher auf die erst kurz vor Kündigung des Vorsorgeverhältnisses noch getätigten Zusatzeinkäufe (namentlich die ausserordentlichen Einzahlungen von Mitte und Ende 2000) bzw. auf die dafür erreichten Abzüge vom steuerbaren Einkommen bei der ordentlichen Veranlagung einzugehen (vgl. oben E. 2.2.2 u. 2.2.4).
2.4 Über den hier zu beurteilenden Fall hinaus ist eine solche zeitliche Nähe jedoch schon für sich allein betrachtet, d.h. unabhängig von einem nachmaligen Wiedereinkauf und den damit möglicherweise verbundenen Missbräuchen, zumindest in dem Ausmass steuerrechtlich relevant, als die erste Variante missbräuchlicher Vorsorgegestaltung (vgl. oben E. 2.1.2) erfüllt ist. Das nahmen die Steuerbehörden im zweiten Modellfall zutreffend in Bezug auf den für 1999 geltend gemachten Einkaufsbeitrag an und verweigerten den beantragten Abzug. Unterbleibt eine derartige Verweigerung, z.B. weil die in Wirklichkeit nur wenige Wochen danach vorgenommene Kündigung des Vorsorgeverhältnisses den Behörden erst mit der Steuererklärung des nächsten Jahres zu Kenntnis kommt, so drängt sich gegebenenfalls noch eine Korrektur unter den Voraussetzungen des Nachsteuerverfahrens auf. Ab dem Jahr 2006 hat Art. 79b Abs. 3 BVG nun in dieser Frage Klarheit geschaffen und eine dreijährige Sperrfrist eingeführt, die unabhängig von einem späteren Wiedereinkauf zum Tragen kommt (vgl. Urteil 2C_658/2009 vom 12. März 2010 E. 3).
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in Bezug auf die Staats- und die direkte Bundessteuer abzuweisen. Demzufolge sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin, die Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (vgl. Art. 65 f. BGG). Diese hat dem Beschwerdegegner zudem eine Parteientschädigung auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Der Kanton Wallis hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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