Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 2. September 1964), tunesischer Staatsangehöriger, wurde am 11. August 2008 im Zug von Bern nach Basel festgenommen, weil er weder über eine Fahrkarte noch über einen Ausweis verfügte. Er wurde deshalb zu einer bedingten Geldstrafe verurteilt. Bereits in den Jahren 1990 bis 1994 war er in der Schweiz wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, Identitätsfeststellung und Missachtung eines Einreiseverbots verzeichnet worden. In der Folge stellte er unter einem anderen Namen in Deutschland ein Asylgesuch.
Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt wies X._ am 12. August 2008 formlos aus der Schweiz weg und nahm ihn am 13. August 2008 im Anschluss an den Polizeigewahrsam in Ausschaffungshaft. X._ stellte darauf ein Asylgesuch und wurde nach der Verhandlung vor dem Haftrichter vom 15. August 2008 aus der Haft entlassen. Am 19. August 2008 verliess er das Empfangszentrum, ohne sich abzumelden. Nachdem das Bundesamt für Migration das Asylverfahren am 29. August 2008 abgeschrieben hatte, nahm die Polizei X._ am 8. September 2008 bei einem Diebstahl in Lausanne fest. Am 2. Oktober 2008 wurde er in Zürich erneut kontrolliert und von der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl am 3. Oktober 2008 wegen Widerhandlung gegen das Ausländergesetz mit einer unbedingten Freiheitsstrafe von 45 Tagen belegt.
1.2 Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt nahm ihn am 7. Oktober 2008 in Ausschaffungshaft, welche der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht am Verwaltungsgericht des Kantons Basel-Stadt am 8. Oktober 2008 prüfte und bis zum 6. Januar bestätigte. X._ ist hiergegen am 17. Oktober 2008 mit in französischer Sprache verfasster Eingabe an das Bundesgericht gelangt mit dem Antrag, er sei aus der Haft zu entlassen.
Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt hat dem Bundesgericht per Fax das Urteil vom 8. Oktober 2008 übermittelt. Ein Schriftenwechsel ist nicht angeordnet worden.
2. Auf die Eingabe des Beschwerdeführers kann wegen mangelnder Begründung nicht eingetreten werden:
2.1 Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Begründung muss sachbezogen und der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Entspricht die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen an die Begründung nicht, so ist auf das Rechtsmittel nicht einzutreten.
2.2 Angefochten ist vorliegend die für drei Monate verfügte Ausschaffungshaft. In seiner Eingabe an das Bundesgericht beschränkt sich der Beschwerdeführer darauf, um Haftentlassung zu ersuchen mit dem Hinweis, er sei Vater von drei Kindern. Er äussert sich somit in keiner Weise zu den von der Vorinstanz aufgeführten Haftgründen. Damit genügt die Beschwerdeschrift den minimalen Begründungsanforderungen nicht.
3. Im Übrigen wäre die Beschwerde ohnehin abzuweisen gewesen: Der Beschwerdeführer wurde rechtskräftig aus der Schweiz weggewiesen. Aufgrund seines bisherigen Verhaltens besteht bei ihm Untertauchensgefahr im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 76 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 und 4 AuG (vgl. BGE 130 II 56 E. 3.1 S. 58 f.), womit der entsprechende Haftgrund gegeben ist. Zudem liegen auch keine Anhaltspunkte dafür vor, dass sich die Behörden nicht weiterhin zielstrebig um den Vollzug seiner Wegweisung bemühen werden (Art. 76 Abs. 4 AuG). Die angeordnete Ausschaffungshaft wäre somit nicht zu beanstanden.
4. Es rechtfertigt sich aufgrund der besonderen Umstände (Bedürftigkeit, absehbarer Vollzug der Wegweisung), keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Das Migrationsamt des Kantons Basel-Stadt wird ersucht, dafür besorgt zu sein, dass das vorliegende Urteil dem Beschwerdeführer korrekt eröffnet und verständlich gemacht wird.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Migrationsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelrichter für Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs