Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in Zug hat folgenden statutarischen Zweck: "Finanzierungen aller Art sowie Vermittlung von solchen, Durchführung und Vermittlung von Handelsgeschäften sowie Erwerb von Liegenschaften im Ausland; kann sich an anderen Unternehmen beteiligen." Sie verfügt über ein voll liberiertes Aktienkapital von Fr. 5'500'000.--, das von der Y._ Ltd. mit Sitz in Guernsey gehalten wird. Seit Mitte des Jahres 1997 verfolgt die X._ AG keine eigentliche Geschäftstätigkeit mehr, sondern beschränkt sich gemäss eigenen Angaben darauf, gewisse Dienstleistungen ("beschränkte Managementaufgaben") innerhalb des Y._-Konzerns zu erbringen.
B. Mit Schreiben vom 18. Dezember 2003 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung (im Folgenden: ESTV) der X._ AG - aufgrund von geldwerten Leistungen von Fr. 1'406'800.-- in den Jahren 1998 bis 2001 - Verrechnungssteuern von Fr. 492'380.-- in Rechnung. Dabei behandelte sie die X._ AG als Dienstleistungsgesellschaft, deren Dienstleistungsentschädigung mindestens fünf Prozent über den gesamten Unkosten liegen müsse. Nachdem die Gesellschaft nur von einer geldwerten Leistung von Fr. 435'700.-- und die ESTV in einem Vergleichsvorschlag von einer solchen von Fr. 1'000'000.-- ausgehen wollten, die entsprechende Verrechnungssteuerschuld von Fr. 350'000.-- aber nicht fristgerecht bezahlt wurde, erliess die ESTV am 27. Mai 2005 einen förmlichen Entscheid. Sie auferlegte der X._ AG eine Verrechnungssteuer von Fr. 492'380.-- nebst Zinsen und beseitigte den von der Gesellschaft gegen die Betreibung erhobenen Rechtsvorschlag.
Eine dagegen erhobene Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht wies dieses mit Entscheid vom 24. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat; zudem beseitigte es den Rechtsvorschlag.
C. Gegen dieses Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 24. September 2009 führt die X._ AG mit Eingabe vom 2. November 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt sinngemäss die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts. Zudem sei festzustellen, dass sie im Geschäftsjahr 1998 als Finanzgesellschaft und nicht als Dienstleistungsgesellschaft zu besteuern sei. Weiter sei die Streitsache zwecks Einforderung revidierter Jahresrechnungen 2000 und 2001 und zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen und die Streitsache sei vergleichsweise zu erledigen. Gerügt wird sinngemäss eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung von Bundesrecht.
D. Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde, währenddem das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit verfahrensleitender Verfügung vom 2. Dezember 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet der Verrechnungssteuer ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 83 sowie Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich einzutreten (vgl. jedoch E. 1.3 hiernach).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht - inklusive Bundesverfassungsrecht -, Völkerrecht sowie kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 BGG), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweist (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.3 Hier ist jedoch selbst bei einer gegenüber Laienbeschwerden grosszügigen Betrachtungsweise fraglich, ob die Beschwerdeschrift den gesetzlichen Begründungsanforderungen zu genügen vermag. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist hier nur teilweise zu erkennen. Soweit eine solche fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Soweit die Beschwerdeführerin neben einem Sachurteil noch die Feststellung beantragt, sie sei im Geschäftsjahr 1998 als Finanz- und nicht als Dienstleistungsgesellschaft zu besteuern, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Solche Begehren sind nur zulässig, soweit ein schutzwürdiges rechtliches oder tatsächliches Interesse dargetan wird, das nicht ebenso gut mit einem rechtsgestaltenden Begehren gewahrt werden kann (BGE 126 II 300 E. 2c S. 303). Vorliegend geht das Feststellungsbegehren im Aufhebungsbegehren auf. Das Feststellungsbegehren hat damit keine selbständige Bedeutung und erweist sich als überflüssig.
Ebenfalls nicht eingetreten werden kann auf das Begehren, die vorliegende Streitsache sei möglichst vergleichsweise zu erledigen. Vergleichsverhandlungen sind Sache der Verfahrensbeteiligten und ein Anspruch auf Vergleichsverhandlungen vor dem Bundesgericht besteht nicht.
2. 2.1 Der Bund erhebt gestützt auf Art. 132 Abs. 2 BV insbesondere auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens eine Verrechnungssteuer (Art. 1 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer [VStG; SR 642.21]). Gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG sind Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge der von einem Inländer ausgegebenen Aktien. Nach Art. 20 Abs. 1 der Vollziehungsverordnung vom 19. Dezember 1966 zum Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer (VStV; SR 642.211) ist steuerbarer Ertrag von Aktien jede geldwerte Leistung der Gesellschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder an ihnen nahe stehende Dritte, die sich nicht als Rückzahlung der im Zeitpunkt der Leistung bestehenden Anteile am einbezahlten Grundkapital darstellt (unter anderem Dividenden, Boni, Liquidationsüberschüsse und dergleichen).
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung gehören ohne Rücksicht auf Form und Bezeichnung solche freiwilligen Zuwendungen der Gesellschaft zu den geldwerten Leistungen, die den Aktionären oder diesen nahestehenden Dritten ausgerichtet werden und die ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis haben. In dem Masse, als solche Leistungen einem unbeteiligten Dritten unter im Übrigen gleichen Umständen nicht erbracht worden wären und auch keine Kapitalrückzahlung darstellen, ist darauf die Verrechnungssteuer geschuldet. Als geldwerte Leistungen gelten dabei insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahe stehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Diese Form der geldwerten Leistung wird unzutreffend als "Gewinnvorwegnahme" bezeichnet, obwohl handelsrechtlich gar keine Gewinne "vorweggenommen" werden können. Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise verzichtet und die entsprechenden Erträge direkt dem Aktionär oder diesem nahestehenden Personen zufliessen bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (Urteile 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.2, in: StR 64/2009 S. 915; 2C_335/2008 vom 13. Oktober 2008 E. 2.2, in: RtiD 2009 I, pag. 492; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946; 2A.263/2003 vom 19. November 2003 E. 2.2, in: ASA 74 S. 660; je mit Hinweisen).
2.3 Bei diesem Drittvergleich (sogenannter Grundsatz des "dealing at arm's length") wird bei Vermögensgegenständen auf den Verkehrswert und bei Dienstleistungen auf den Marktwert abgestellt (Urteil 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.3, in: StR 64/2009 S. 915 mit Hinweisen) Nach der Praxis sollte die Honorierung bei Dienstleistungsgesellschaften so ausgestaltet sein, dass sie einen Reingewinn von fünf Prozent der gesamten Selbstkosten erwirtschaften (vgl. Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 17. September 1997 betreffend Besteuerung von Dienstleistungsgesellschaften, in: ASA 66 S. 299 f.; inzwischen ersetzt durch das Kreisschreiben Nr. 4 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 19. März 2004, in: ASA 72 S. 707). Nach dem Kreisschreiben Nr. 4 hat die Gesellschaft gestützt auf eine entsprechende Dokumentation den Nachweis zu erbringen, dass die erwähnte Marge nicht erzielt werden konnte.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin will für das Geschäftsjahr 1998 noch nicht als Dienstleistungsgesellschaft im Sinne der Praxis der ESTV, sondern als Finanzgesellschaft besteuert werden. Gemäss Ziff. 1 des hier noch massgebenden Rundschreibens vom 17. September 1997 gelten als Dienstleistungsgesellschaften "Kapitalgesellschaften, die die technische oder wirtschaftliche Überwachung von Geschäften besorgen". Erbringen solche Gesellschaften diese Leistungen zugunsten von verbundenen Unternehmen, so spielt gemäss Rundschreiben die freie Marktpreisgestaltung nicht. Nach dieser Umschreibung ist die Beschwerdeführerin grundsätzlich als Dienstleistungsgesellschaft zu qualifizieren, was auch ihr (damaliger) Vertreter anerkannt hat. Zwar trifft es zu, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Bilanz per Ende 1998 - im Gegensatz zu den hier massgebenden Folgejahren (1999 bis 2001) - Beteiligungen aufführt, aber in ihrer Erfolgsrechnung 1998 noch keine Management Fees ausweist. Es ist aber weder ersichtlich noch dargelegt, dass die effektive Tätigkeit der Beschwerdeführerin in den massgebenden Jahren geändert haben soll. Daraus ergibt sich, dass sie im Jahr 1998 noch auf jegliche, an sich gebotene Honorierung für ihre Dienstleistungen verzichtet hat, was den Ertragsverzicht offensichtlich werden lässt; damit erscheint auch die Aufrechnung einer geldwerten Leistung umsomehr als gerechtfertigt. Die Vorinstanzen durften daher zu Recht davon ausgehen, dass die Beschwerdeführerin im Steuerjahr 1998 als Dienstleistungsgesellschaft tätig war.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung der Untersuchungspflicht durch die Vorinstanzen sowie eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, weil die Jahresrechnungen 2000 und 2001 von der Generalversammlung nicht genehmigt worden seien. Sie habe der Vorinstanz angeboten, weitere Unterlagen nachzureichen. Die Beschwerdeführerin verkennt jedoch, dass es gemäss Art. 39 VStG an ihr gelegen wäre, die ordnungsgemäss verabschiedeten Jahresrechnungen beizubringen, nachdem sie stets über Bilanzsummen von weit über Fr. 20 Mio. verfügte (vgl. auch Art. 21 VStV); diese Unterlagen wurden im Übrigen über ihren (damaligen) Vertreter mehrmals eingefordert. Da keine genehmigten Jahresrechnungen beigebracht wurden, war die ESTV gezwungen, auf die vorhandenen Unterlagen abzustellen und damit die geldwerte Leistung ermessensweise zu bestimmen. Dabei soll eine solche Ermessensveranlagung dem wirklichen Sachverhalt möglichst nahe kommen. Das Bundesgericht ist an eine Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgemässen Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht. Es prüft derartige Schätzungen nur mit Zurückhaltung auf offensichtliche Fehler und Irrtümer hin, wobei es dem Steuerpflichtigen obliegt, die Unrichtigkeit der Schätzung zu beweisen (Urteil 2C_502/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 4.2, in: StR 64/2009 S. 588, mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall gelingt es der Beschwerdeführerin nicht einmal ansatzweise, die Unangemessenheit der Schätzung nachzuweisen. Damit steht im Ergebnis fest, dass weder eine Verletzung der Untersuchungspflicht noch des Anspruchs auf rechtliches Gehör vorliegt.
4. 4.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger