Sachverhalt:
A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit Y.Z._ verheiratete X.Z._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute Z._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte X.Z._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe.
B. Am 16. Juli 2008 reichte X.Z._ gegen Y.Z._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie in der Steuererklärung unwahre Angaben über sein Einkommen gemacht zu haben.
Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten.
X.Z._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen.
Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut und hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich X.Z._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie X.Z._ eine Parteientschädigung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von X.Z._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil.
C. Am 8. Juli 2009 wies die Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil das Gesuch von X.Z._ ab, ihr im Strafverfahren gegen Y.Z._ Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin zu bestellen.
Das Obergericht des Kantons Zürich wies den Rekurs von X.Z._ gegen die bezirksgerichtliche Verfügung am 16. September 2009 ab (Dispositiv-Ziff. 1). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung für das Rekursverfahren wies es ab (Dispositiv-Ziff. 2) und erhob für das obergerichtliche Verfahren keine Kosten (Dispositiv-Ziff. 3).
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X.Z._ in der Sache, Dispositiv-Ziff. 1 des obergerichtlichen Beschlusses aufzuheben und den Rekurs gegen die Ablehnung der unentgeltlichen Verbeiständung gutzuheissen. Dispositiv-Ziff. 2 sei aufzuheben und ihr die unentgeltli-che Rechtspflege für das bezirks- und das obergerichtliche Verfahren zu gewähren; das Obergericht sei anzuweisen, ihr unter diesem Titel für das erstinstanzliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'035.40 und für das zweitinstanzliche eine solche von Fr. 4'779.45 auszurichten. Das Bezirksgericht Hinwil sei anzuweisen, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten. Für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt X.Z._ unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung; ihre Rechtsvertreterin sei mit mindestens Fr. 3'000.-- zu entschädigen. Weiter beantragt X.Z._ verschiedene vorsorgliche Massnahmen (Kontensperrungen gegen Y.Z._, Beweissicherungsmassnahmen).
E. Das Obergericht verzichtet auf Stellungnahme zur Sache. Y.Z._ beantragt, sowohl das Begehren um Erlass vorsorglicher Massnahmen als auch die Beschwerde abzuweisen.
Mit Eingabe vom 23. November 2009 reicht X.Z._ den Auszug eines UBS-Kontos von Y.Z._ ein und beantragt, verschiedene auf seinen Namen lautende Konti superprovisorisch sperren zu lassen.
Erwägungen:
1. Es besteht kein Anlass, dieses Beschwerdeverfahren mit dem Verfahren 1B_212/2009 zu vereinigen, weshalb der entsprechende Antrag (II/1) abzuweisen ist.
2. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen selbstständig eröffneten, kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid. Die Ablehnung der unentgeltlichen Verbeiständung der Geschädigten im Strafverfahren kann einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken, womit die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG zulässig ist (Entscheide des Bundesgerichts 2C_143/2008 vom 10. März 2008 E. 2; 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2; zum bisherigen Recht: BGE 129 I 129 E. 1.1). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu folgenden Bemerkungen Anlass:
2.1 Neue Anträge sind unzulässig, soweit sie nicht verfahrensrechtlich bedingt sind (Art. 99 Abs. 2 BGG), weshalb darauf nicht einzutreten ist. Das betrifft die Anträge I/1-4, II/4, III/4.
2.2 Das Begehren um Ansetzen einer Frist zur Einreichung weiterer Belege (II/2) ist abzuweisen, wird doch nicht dargetan, weshalb die Beschwerdeführerin nicht in der Lage war, die erforderlichen Unterlagen fristgerecht einzureichen (siehe Beschwerde Ziff. 342; es geht nicht an, das Einreichen von Akten von Bedingungen abhängig zu machen).
2.3 Dem Antrag auf Beizug von Akten (II/3) wird nur soweit stattgegeben, als es für die Beurteilung der Beschwerde erforderlich ist.
2.4 Der in der Replik und damit verspätet erhobene Antrag auf superprovisorische Sperrung von Bankkonten des Beschwerdegegners hat mit dem Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens offensichtlich nichts zu tun und geht damit an der Sache vorbei. Mit dem Entscheid in der Sache wird er allemal hinfällig.
2.5 Die weiteren Begehren - Aufhebung der Ziffern 1 und 2 des angefochtenen Entscheides (III/1 und 2), Anweisung der Vorinstanz zu einer angemessenen Entschädigung (III/3) - und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren werden im Folgenden behandelt.
3. Der Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung wird in erster Linie durch das kantonale Verfahrensrecht umschrieben. Dessen Anwendung wird im Verfahren vor Bundesgericht lediglich unter dem Gesichtswinkel der Willkür überprüft. Darüber hinaus gewährt Art. 29 Abs. 3 BV jeder Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, einen Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand. Dabei handelt es sich um eine Minimalgarantie von Verfassung wegen, die im bundesgerichtlichen Verfahren frei überprüft wird (Art. 95 lit. a BGG).
Nach § 10 Abs. 5 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO) wird einem Geschädigten auf Verlangen ein unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben, wenn es seine Interessen und persönlichen Verhältnisse erfordern. Der Wortlaut bringt zum Ausdruck, dass die Verbeiständung für die Interessenwahrung erforderlich sein muss (vgl. Max Hauri, Die Bestellung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes für Geschädigte im Zürcher Strafprozess, Zürich 2002, S. 133 ff.). Vor diesem Hintergrund hat das Obergericht im angefochtenen Urteil die interessen-, fall- und personenbezogenen Umstände berücksichtigt und ihren Entscheid aufgrund einer umfassenden Beurteilung der Umstände getroffen.
Der Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung nach Art. 29 Abs. 3 BV besteht, soweit eine solche für die Wahrung der Rechte notwendig ist (und im Übrigen der Betroffene bedürftig ist und das Verfahren nicht als aussichtslos erscheint). Notwendigkeit bedeutet, dass der Betroffene, auf sich selbst gestellt, seine Sache nicht sachgerecht und hinreichend wirksam vertreten kann. Sie beurteilt sich aufgrund der Gesamtheit der konkreten Umstände; dazu zählen namentlich die Schwere der Betroffenheit, die tatsächlichen und rechtlichen Schwierigkeiten sowie die Fähigkeit, sich im Verfahren zurechtzufinden (vgl. BGE 128 I 225 E. 2.5.2 S. 232; 1B_153/2007 E. 3.2). Dabei darf auch berücksichtigt werden, dass die juristischen Anforderungen an die Wahrung der Mitwirkungsrechte der Geschädigten im zürcherischen Strafuntersuchungsverfahren relativ bescheiden sind (BGE 116 Ia 460 f.). Die Beschwerdeführerin stellt die Voraussetzungen der unentgeltlichen Verbeiständung, wie sie in E. 4.3 des angefochtenen Entscheides dargestellt werden, nicht in Frage: Es gehe namentlich um die Schwere und Komplexität des Falles. Die Schwere der erlittenen Verletzung hänge von der Art und dem Ausmass der Verletzung und der Dauer und Intensität der Behandlung, der erlittenen Schmerzen, der Heilungsdauer und der Abeitsunfähigkeit ab. Komplexität im Tatsächlichen sei anzunehmen, wenn der massgebende Lebenssachverhalt nur mit aussergewöhnlichen Schwierigkeiten abgeklärt werden könne, und Komplexität im Rechtlichen könne vorliegen, wenn sich schwierige prozess- oder materiellrechtliche Fragen stellen.
4. Die Vorinstanz erwog im Einzelnen auf über vier Seiten: Die Beschwerdeführerin lege nicht hinreichend konkret dar, inwiefern, wann, wie und wo ihr schwerwiegende Delikte gegen Leib und Leben angetan worden seien, die über einzelne Tätlichkeiten und/oder einfache Körperverletzungen oder Drohungen hinausgegangen seien, sondern ergehe sich in allgemein gehaltenen Schilderungen wie "Gewaltüberschreitungen", "Demütigungen". Die vorliegenden Arztberichte - sie werden einzeln aufgezählt (angefochtener Entscheid S. 7 f.) - rechtfertigten weder den Schluss auf schwerwiegende strafrechtlich relevante Vorfälle noch einen komplexen Fall. Es lägen wohl Indizien für einseitige Übergriffe vor, doch werde es Sache des Staatsanwalts sein, deren Gehalt zu würdigen. Die vorliegenden Berichte belegten keine schwerwiegenden Handlungen, welche schwere Verletzungen oder eine schwere Gefährdung der Gesundheit der Beschwerdeführerin belegten (E. 5.1). Was den aktuellen gesundheitlichen Zustand der Beschwerdeführerin anbelangt, erwog die Vorinstanz, dass kein aktuelles Zeugnis vorliege, das eine Verbeiständung rechtfertigte (E. 5.3).
5. 5.1 Eine Reihe von Vorbringen gehen völlig an der Sache vorbei, betreffen nicht den Verfahrensgegenstand und/oder sind neu und daher unzulässig: Soweit der Gang des Strafverfahrens und erst recht jener des Zivilverfahrens kritisiert werden (z.B. Ziff. 73 ff., 140 ff.), gehen die Ausführungen an der Sache - der Frage der unentgeltlichen Verbeiständung - vorbei. Darauf ist nicht einzutreten, was namentlich die im Zusammenhang mit der angeblichen Geheimabsprache zwischen dem Staatsanwalt und dem Bezirksgericht gerügte Verletzung von § 34 Abs. 1 StPO betrifft (Ziff. 127). Gleiches gilt für die Rügen betreffend Beurteilung innert angemessener Frist (Ziff. 232 ff.), aber auch für die Ausführungen betreffend vorsorgliche Massnahmen (Ziff. 159 ff.) und Beweissicherung (Ziff. 177-205 ff.), die nicht nur ausserhalb des Beschwerdegegenstandes liegen, sondern zudem neu und auch deshalb unzulässig sind (Art. 99 BGG).
5.2 Was die Verneinung des Erfordernisses der Notwendigkeit einer Verbeiständung durch die Vorinstanz anbelangt, macht die Beschwerdeführerin geltend, sie befinde sich in einer schwierigen psychischen Situation (Ziff. 227), es lägen eine Straftat gegen die Freiheit sowie schwere strafbare Handlungen gegen Leib und Leben vor (Ziff. 228 ff., 243 ff., 266 ff., 300 ff., zu den Vorfällen vom 15. Oktober 2002, vom 7. Januar 2003 und vom 2. Mai 2003, sowie Ziff. 321 ff. bezüglich Freiheitsberaubung).
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Vorbringen, soweit sie nicht von vornherein unzulässig und soweit sie überhaupt sachbezogen sind, mit den grundsätzlich verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) nicht auseinander, wie das erforderlich ist. Mit ihren appellatorischen Ausführungen vermag sie nicht aufzuzeigen, dass der Sachverhalt offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt worden ist (Art. 97 Abs. 1 bzw. 105 Abs. 2 BGG). Darauf ist nicht einzutreten.
5.3 Die Beschwerdeführerin erblickt überspitzen Formalismus und sinngemäss die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes im Umstand, dass ihre Angaben von der Vorinstanz als zu wenig konkret bezeichnet und damit an die Begründung ungewöhnlich strenge Anforderungen gestellt wurden (Ziff. 15/19), hätten doch ausreichende Hinweise für erhebliche Gewaltausübung vorgelegen (Ziff. 42). Es werde unzulässigerweise vom Opfer verlangt, den Beweis der Straftaten bereits vor der Strafuntersuchung zu erbringen (Ziff. 286 ff.). Weil ihr eine mündliche Befragung verweigert worden sei, seien das Unmittelbarkeitsprinzip sowie das Willkürverbot und der Gehörsanspruch verletzt worden seien (Ziff. 18, 102 ff., 130, wobei die in diesem Zusammenhang erhobenen Rügen der Verletzung mehrerer Paragrafen der StPO neu und daher unzulässig sind, Ziff. 134, 155, 280); das rechtliche Gehör sei auch verletzt worden, weil dem Beweisantrag auf Beizug eines Berichts der Psychologin nicht stattgegeben worden sei (Ziff. 26, 106 ff.). Sodann hätte eine Fachfrau zur Befragung der Beschwerdeführerin beigezogen werden müssen (Ziff. 28-37, 102 ff.). Bevor von Bagatelldelikten auszugehen sei, hätte der Sachverhalt näher abgeklärt und dem Opfer Frist zum Stellen von Anträgen gesetzt werden müssen (Ziff. 44, 46).
Es sind namentlich öffentliche bzw. fiskalische Interessen, die es dem Richter gebieten, hinsichtlich der unentgeltlichen Rechtspflege und -verbeiständung den Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären. Doch befreit der Untersuchungsgrundsatz die Gesuchstellerin nicht von ihrer Mitwirkungspflicht hinsichtlich der Fragen der Einkommensverhältnisse, der Prozessaussichten und der Notwendigkeit einer Verbeiständung (Alfred Bühler, Die Prozessarmut, in: Christian Schöbi (Hrsg.), Gerichtskosten, Parteikosten, Prozesskaution, unentgeltliche Prozessführung, Bern 2001, S. 187 f.). Indem die Vorinstanz im Einzelnen darlegte, weshalb die von der Beschwerdeführerin aufgelegten Akten weder auf die erforderliche Schwere und Komplexität des Falles noch den aktuellen Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin schliessen liessen (weil die fraglichen Dokumente Jahre zurückliegen würden, Arztzeugnisse erst zweieinhalb Jahre nach der Trennung ausgestellt worden seien, und die übrigen Zeugnisse keine schweren Verletzungen bzw. schweren Gefährdungen der Gesundheit belegen würden), gab sie zu verstehen, dass es primär an der Beschwerdeführerin als Gesuchstellerin lag, die Voraussetzungen darzutun. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin, indem sie einfach den Untersuchungsgrundsatz, das Verbot überspitzten Formalismus' und den Gehörsanspruch anruft, nicht auseinander, wie das erforderlich ist (Art. 106 Abs. 2 BGG), sodass darauf nicht einzutreten ist.
Inwiefern die Vorinstanz das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt haben und willkürlich vorgegangen sein soll, indem sie keine Vernehmlassung einholte (Ziff. 257 ff.), ist schlechterdings nicht nachvollziehbar. Darauf ist nicht nicht einzutreten.
6. Gestützt auf den festgestellten Sachverhalt ist nicht zu sehen, inwiefern die Vorinstanz kantonales Recht willkürlich bzw. Art. 29 Abs. 3 BV verletzt hat. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Da die Rechtsbegehren offensichtlich aussichtslos sind, ja die Beschwerde über weite Strecken unzulässig ist, ist das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren abzuweisen. Mit Blick auf die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin wird von der Überbindung einer Gerichtsgebühr ausnahmsweise abgesehen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Bildet nur die Frage der unentgeltlichen Rechtspflege Gegenstand der Beschwerde, wird von der privaten Gegenpartei in der Regel keine Stellungnahme eingeholt. Im vorliegenden Fall verknüpfte die Beschwerdeführerin mit dem Begehren, den vorinstanzlichen Entscheid betreffend die unentgeltliche Rechtsvertretung aufzuheben, unter anderem das den privaten Beschwerdegegner unmittelbar betreffende Begehren um Sperrung von dessen Bankkonti, weshalb er zur Stellungnahme eingeladen wurde. Er ist daher von der Beschwerdeführerin entsprechend dem Ausgang des Verfahrens zu entschädigen, wobei dem geringen Aufwand Rechnung zu tragen ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Die Beschwerdeführerin hat Rechtsanwalt Werner Ammann für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi