Sachverhalt:
A. Am 28. Juni 1996 kam es auf dem Zürichsee zu einer Kollision zwischen zwei Motorbooten. Ein ruhendes Boot, auf dem sich A._ (Beschwerdeführer), geb. 1965, mit seiner damaligen Freundin befand, wurde von einem anderen Motorboot in voller Fahrt gerammt. Der für den Unfall verantwortliche Lenker, der das Motorboot des Beschwerdeführers übersehen hatte, war bei der Rechtsvorgängerin der X._ AG (Beschwerdegegnerin) haftpflichtversichert. Der Beschwerdeführer und seine damalige Freundin retteten sich durch einen Sprung ins Wasser. Der Beschwerdeführer sprang vom Heck des Bootes ab. Ob er mit dem rammenden Boot zusammenstiess und eine Hirnerschütterung erlitt, ist umstritten.
B. Gemäss dem Arztbericht der Klinik, in welche der Beschwerdeführer direkt nach dem Unfall verbracht wurde, kam es auf der Notfallstation zu generalisierten tonisch-klonischen Krampfanfällen sowie zu intermitierenden Absenzen (Bewusstlosigkeit) kurzer Dauer. Diagnostiziert wurde ein akutes HWS-Schleudertrauma. Nach der Überführung in eine andere Klinik und von dort aufgrund eines Schwächezustandes in ein anderes Spital wurde eine commotio cerebri (Gehirnerschütterung) diagnostiziert. Daneben kam es zu stuporösen Anfällen mit initial Lähmungserscheinungen an beiden Armen, welche von einem weiteren beigezogenen Arzt als posttraumatische Stressreaktion klassifiziert wurden. Ab dem 2. Dezember 1996 bis zum 24. Juni 1999 arbeitete der Beschwerdeführer zunächst wieder 100 %. Im Frühjahr 1999, also fast drei Jahre nach dem Bootsunfall, meldete sich der Beschwerdeführer bei seinem Hausarzt wegen einer massiven Zunahme der Schmerzen. In der Folge kam es zu Klinikaufenthalten und einer Operation. Der Beschwerdeführer wurde zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Versuche, die Arbeit wieder aufzunehmen, scheiterten.
C. Am 17. Oktober 2007 erhob der Beschwerdeführer Klage gegen die Beschwerdegegnerin und verlangte Fr. 4'000'000.-- nebst Zins. Während der Gerichtspräsident des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen die Klage im Umfang von Fr. 3'370'193.-- guthiess, wies das Obergericht des Kantons Bern die Klage mit Urteil vom 3. März 2010 ab. Der Beschwerdeführer war vor dem Bootsunfall bereits Opfer eines Autounfalls geworden (28. Oktober 1994), bei welchem er gemäss Bericht der Notfallstation ein mittelschweres Halswirbelsäulen-Schleudertrauma erlitten hat. Eine MRI-Untersuchung habe eine Diskushernie auf der Höhe C5/6 links mit fraglicher Beeinträchtigung der Wurzel C6 gezeigt. Am 29. April 1996 war der Beschwerdeführer sodann auf dem Parkett ausgerutscht und mit der linken Schulter auf der Treppenkante aufgeschlagen. Am 8. Mai 1996, also rund eineinhalb Monate vor dem Bootsunfall, musste er sich der Operation einer Diskushernie unterziehen. Es wurde ihm empfohlen, für 6-8 Wochen einen steifen Kragen (sog. Schanzkragen) zu tragen. Diesen Kragen hatte der Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Kollision vorübergehend abgelegt. Vor diesem Hintergrund kam das Obergericht zum Schluss, der Nachweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfall und den zur Arbeitsunfähigkeit führenden Beschwerden sei nicht gelungen.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen wiederholt der Beschwerdeführer im Wesentlichen das vor erster Instanz gestellte Rechtsbegehren. Seinem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 22. September 2010 statt. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit an einer Sitzung beraten.
Erwägungen:
1. In seiner umfangreichen Beschwerdeschrift rügt der Beschwerdeführer mit einlässlichen Aktenhinweisen offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellungen, Rechtsverletzungen bei der Sachverhaltsfeststellung und Willkür in der Beweiswürdigung. Er thematisiert dabei allerdings oft dieselben Aspekte mehrfach.
1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401; 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252). Unter der Geltung des BGG besteht mithin entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kein relevanter Unterschied zwischen offensichtlich unrichtigen Tatsachenfeststellungen und Willkür in der Beweiswürdigung. Unter diesen Gesichtspunkt erweisen sich die Vorbringen des Beschwerdeführers als unnötig repetitiv.
1.2 Soweit die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid abgeklärt hat, ob eine Behauptung beweismässig erstellt ist, liegt Beweiswürdigung vor. Ist der Beschwerdeführer mit dem Ergebnis dieser Beweiswürdigung nicht einverstanden, hat er darzulegen, dass das Ergebnis offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich ist. Ist er der Auffassung, die Vorinstanz habe bei der Beweiswürdigung prozesskonform angebotene Beweismittel zu Unrecht nicht abgenommen oder abgenommene Beweismittel zu Unrecht nicht berücksichtigt, hat er dies mit Aktenhinweisen aufzuzeigen. Neue Beweismittel können nur berücksichtigt werden, soweit erst der angefochtene Entscheid zu deren Vorbringen Anlass gab (Art. 99 Abs. 1 BGG). Ob die Vorinstanz aus dem Beweisergebnis in rechtlicher Hinsicht die richtigen Schlüsse gezogen hat, ist dagegen Rechtsfrage, welche das Bundesgericht frei und von Amtes wegen prüfen kann (Art. 106 Abs. 1 BGG).
1.3 Nicht hinreichend festgestellt ist der Sachverhalt, wenn die Vorinstanz zufolge falscher Rechtsanwendung nicht abgeklärt hat, ob rechtlich wesentliche, korrekt in den Prozess eingeführte Behauptungen, für welche prozesskonform Beweise angeboten wurden, beweismässig erstellt sind. Die rechtliche Relevanz einer Tatsache ist Rechtsfrage, welche das Bundesgericht frei prüft. Es ist grundsätzlich aber Sache der Parteien, mit Aktenhinweis darzutun, dass im kantonalen Verfahren prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt wurden, oder aufzuzeigen, dass erst der angefochtene Entscheid zum Vorbringen der Behauptungen Anlass gegeben hat (Art. 99 BGG).
2. Die Feststellung darüber, ob ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht, beschlägt die tatsächlichen Verhältnisse und beruht auf Beweiswürdigung (BGE 132 III 715 E. 2.2 S. 718; 130 III 591 E. 5.3 S. 601 mit Hinweisen). Als Rechtsfrage prüft das Bundesgericht aber frei, ob die Vorinstanz ihren Feststellungen den korrekten Begriff des natürlichen Kausalzusammenhangs zu Grunde gelegt hat (BGE 128 III 22 E. 2d S. 25; Urteil des Bundesgerichts 4C.106/2005 vom 7. Oktober 2005 E. 5), was der Beschwerdeführer in Abrede stellt.
2.1 Ein natürlicher Kausalzusammenhang ist gegeben, wenn das schadensstiftende Verhalten eine notwendige Bedingung (conditio sine qua non) für den eingetretenen Schaden ist (BGE 132 III 715 E. 2.2 S. 718; 128 III 180 E. 2d S. 184 mit Hinweisen), d.h. das fragliche Verhalten nicht weggedacht werden kann, ohne dass auch der eingetretene Erfolg entfiele bzw. nicht als in gleicher Weise bzw. zur gleichen Zeit als eingetreten gedacht werden könnte. Entsprechend dieser Umschreibung ist für die Bejahung des natürlichen Kausalzusammenhangs nicht erforderlich, dass ein Unfall die alleinige oder unmittelbare Ursache gesundheitlicher Störungen ist; es genügt, dass das schädigende Ereignis zusammen mit anderen Bedingungen die körperliche oder geistige Integrität der versicherten Person beeinträchtigt hat, der Unfall mit andern Worten nicht weggedacht werden kann, ohne dass auch die eingetretene gesundheitliche Störung entfiele (BGE 129 V 177 E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Soweit der Kausalzusammenhang nicht mit wissenschaftlicher Genauigkeit nachgewiesen werden kann, genügt, dass er als überwiegend wahrscheinlich erscheint (BGE 107 II 269 E. 1b S. 272 f.; 128 III 271 E. 2b/aa S. 275 f.; je mit Hinweisen). Dies ist zu verneinen, wenn nach den besonderen Umständen des Falles neben den behaupteten weitere Ursachen ebenso ernst in Frage kommen oder sogar näher liegen (BGE 107 II 269 E. 1b S. 272 f.; vgl. auch BGE 130 III 321 E. 3.3 S. 325).
2.2 Eine Wertungsgesichtspunkten unterliegende Rechtsfrage ist demgegenüber, ob zwischen der Ursache und dem Schadenseintritt ein adäquater Kausalzusammenhang besteht (BGE 132 III 715 E. 2.2 S. 718 mit Hinweisen). Ein Ereignis gilt als adäquate Ursache eines Erfolgs, wenn es nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung an sich geeignet ist, einen Erfolg von der Art des eingetretenen herbeizuführen, der Eintritt des Erfolgs also durch das Ereignis als allgemein begünstigt erscheint. Rechtspolitischer Zweck der Adäquanz bildet die Begrenzung der Haftung; es soll aufgrund sämtlicher Umstände im Einzelfall (Art. 4 ZGB) entschieden werden, ob eine Schädigung billigerweise noch dem Haftpflichtigen zugerechnet werden kann (BGE 123 III 110 E. 3a S. 112 mit Hinweisen). Dabei genügt haftpflichtrechtlich, dass der Schädiger eine Ursache gesetzt hat, die nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge geeignet war, den Schaden herbeizuführen, und ohne die es nicht zum Schaden gekommen wäre, während Mitursachen wie etwa die konstitutionelle Prädisposition der geschädigten Person den adäquaten Kausalzusammenhang in der Regel weder zu unterbrechen noch auszuschliessen vermögen (BGE 123 III 110 E. 3c S. 114 f.; 113 II 86 E. 1b S. 89 f.).
3. Aufgrund der fehlenden äusserlichen Verletzungen und des Absprungorts des Beschwerdeführers am Heck des Bootes erachtete es die Vorinstanz als nicht erwiesen, dass der Beschwerdeführer mit dem rammenden Boot kollidierte, sondern ging davon aus, der Beschwerdeführer habe sich mit einem Standsprung ins Wasser gerettet. Aus diesem Grund stellte sie grundsätzlich nicht auf jene medizinischen Gutachten ab, welche auf einem anderen Sachverhalt beruhten. Eine commotio cerebri direkt nach dem Bootsunfall erachtete die Vorinstanz nicht als erwiesen.
3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet diese Annahmen als willkürlich und macht überdies geltend, die Vorinstanz habe gegen die bundesrechtliche Regelung des Beweismasses verstossen. Was er zur Begründung der Rügen anführt, genügt indessen nicht, um eine Verletzung von Bundesrecht oder Willkür in der Beweiswürdigung aufzuzeigen. Angesichts der Tatsache, dass beim Beschwerdeführer keine äusseren Verletzungen festgestellt wurden, ist es nicht willkürlich, davon auszugehen, es habe keine Kollision mit dem rammenden Boot, welches sich in voller Fahrt befand, stattgefunden. Die erste Instanz mass insoweit einem Uhrglas, das beschädigt wurde, entscheidende Bedeutung zu. Es ist aber nicht offensichtlich unhaltbar, wenn die Vorinstanz es für unwahrscheinlich hält, dass von einem Zusammenstoss präzis die Armbanduhr erfasst worden wäre, ohne dass sonst am Körper des Beschwerdeführers Spuren eines Zusammenstosses festgestellt worden wären. Damit ist der Schluss, die Uhr könne auch erst bei der Rettung beschädigt worden sein, im Ergebnis nicht willkürlich, so dass den Ausführungen der Vorinstanz, der Beschwerdeführer, habe die Uhr allenfalls gar nicht getragen, keine Entscheidrelevanz zukommt.
3.2 Der Beschwerdeführer macht zwar geltend, der Zusammenstoss hätte auch zwischen ihm und seinem eigenen Boot stattfinden können oder mit abgeborstenen Bootsteilen. Auch bei einer derartigen Kollision, der genügend Kraft innewohnt, um die Uhr zu beschädigen, wäre zu erwarten, dass den behandelnden Ärzten am Körper des Beschwerdeführers Spuren des Aufpralls aufgefallen wären. Da in den Arztberichten nichts Derartiges festgehalten ist, erweist sich die Beweiswürdigung der Vorinstanz im Ergebnis nicht als willkürlich.
3.3 Auch bezüglich der von einem Arzt diagnostizierten, von der Vorinstanz aber nicht als erwiesen erachteten commotio cerebri hält der angefochtene Entscheid dem Willkürvorwurf stand. Die Vorinstanz stützte sich auf die Stellungnahme der Rheumaklinik Y._ vom 20. September 2002, gemäss welcher als Ursache für die Bewusstlosigkeit in erster Linie ein Hyperventilationssyndrom in Frage komme, und eine commotio cerebri nach dem Bootsunfall wenig wahrscheinlich sei. Vor diesem Hintergrund ist es nicht offensichtlich unhaltbar, den Beweis einer commotio cerebri nicht als erbracht anzusehen.
4. Mit Bezug auf den Unfallhergang ist die Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht zu beanstanden. Ihre Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs erweist sich dagegen als problematisch:
4.1 Die Vorinstanz stützte sich auf die im Sozialversicherungsrecht ergangene Rechtsprechung zum Schleudertrauma (BGE 134 V 109 E. 9.4 f.) und dabei unter dem Titel "Eingehende medizinische inter- bzw. polydisziplinäre Abklärung durch Gutachter, welche über zuverlässige Vorakten verfügen" auf diverse Gutachten.
4.1.1 In diesem Sinne zitierte die Vorinstanz ein Gutachten von Dr. B._ vom 9. Februar 2001, welches die Situation nach dem Unfall allgemein als posttraumatische Belastungsstörung beschrieb, die nach einem Jahr abgeklungen sei. Die heutige Anpassungsstörung sei Folge der Schmerzen und neuropsychologischen Beeinträchtigungen und somit nur indirekte Unfallfolge der Bootskollision.
4.1.2 Die Vorinstanz führt weiter ein neurologisches Gutachten von Dr. C._ vom 25. September 2001 an, welches den Kausalzusammenhang zwischen den Beschwerden und dem Treppensturz klar bejaht. Bezüglich Bootsunfall sei der Kausalzusammenhang nur bedingt unmittelbar (an der genannten Stelle unterschlägt die Vorinstanz das Wort unmittelbar, was der Beschwerdeführer beanstandet; zuvor gibt sie das Zitat indessen korrekt wieder) auf jenes Ereignis zurückzuführen, weil weder Verletzungen des zentralen noch des peripheren Nervensystems vorhanden seien. Zur weiteren Klärung bedürfe es einer rheumatologischen Beurteilung.
4.1.3 Schliesslich erwähnt die Vorinstanz ein rheumatologisches Gutachten der Rheumaklinik Y._ vom 15. Mai 2002, in welchem der Anteil des Treppensturzes mit 70 % (was gemäss Zusatzauskunft vom 20. September 2002 noch tief bemessen sei), jener des Bootsunfalls mit 30 % bemessen wurde. Die 1999 nachgewiesene Diskushernie C6/7 ist nach diesem Gutachten mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den Treppensturz zurückzuführen, die heutigen Beschwerden vor allem auf die Schmerzen mit Chronifizierung der Diskushernie C6/7 rechts.
4.2 Nachdem die Vorinstanz gestützt auf die Stellungnahme der Rheumaklinik vom 20. September 2002 festgehalten hat, eine commotio cerebri direkt nach dem Bootsunfall sei nicht nachgewiesen (vgl. E. 3.3. hiervor), schliesst sie mit der Feststellung, eine zweite Diskushernie sei unmittelbar nach dem Unfall nicht festgestellt, sondern erst drei Jahre später diagnostiziert worden. Ihr Auftreten werde in den Gutachten mehrheitlich mit dem Treppensturz in Verbindung gebracht. Nach dem Abklingen der posttraumatischen Belastungsstörung, ein halbes Jahr nach dem Bootsunfall, sei der Beschwerdeführer beschwerdefrei und voll arbeitsfähig gewesen. Da auch andere Möglichkeiten für die heutigen Beschwerden ernsthaft in Betracht fielen, misslinge der Beweis der natürlichen Kausalität, selbst wenn man vom Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ausgehe.
4.3 Mit Bezug auf die Frage, ob der Beschwerdeführer nach dem Unfall beschwerdefrei war, widerspricht die Vorinstanz zum einen den eigenen Feststellungen, wonach der Beschwerdeführer sich im Frühjahr 1999 bei seinem Hausarzt mit einer massiven Zunahme der Schmerzen meldete. Dies impliziert, dass bereits Schmerzen vorhanden waren. Überdies hält, wie der Beschwerdeführer zutreffend geltend macht, das Gutachten B._ fest: "Anfangs versuchte A._, seine damals noch leichteren Beeinträchtigungen 'nicht wahrzunehmen'. Er forcierte, bis er zusammenbrach." Dies widerspricht der These, der Beschwerdeführer sei beschwerdefrei gewesen. Obwohl die Vorinstanz auf das Gutachten abstellt, setzt sie sich mit dieser Aussage in keiner Weise auseinander.
4.4 Auch in ihrer übrigen Beweiswürdigung betreffend den Beweis des Kausalzusammenhangs setzt sich die Vorinstanz nicht hinreichend mit den vor ihr herangezogenen Gutachten auseinander. Dass die heutigen Beschwerden auch oder sogar überwiegend auf vor dem Bootsunfall eingetretene Ereignisse zurückzuführen sind, ist mit Blick auf die natürliche Kausalität nicht massgeblich, da nicht verlangt wird, dass der Bootsunfall alleinige Ursache der Beschwerden ist (vgl. BGE 134 V 109 E. 9.5 S. 125 f. mit Hinweisen). Die Gewichtung mehrerer zusammenwirkender Ursachen ist für die Frage des natürlichen Kausalzusammenhanges nicht relevant. Jede Ursache, deren Mitwirkung zum Erreichen des Endzustandes nicht hinweggedacht werden kann, ist natürlich kausal. Die Kausalität entfällt nur, soweit derselbe Schaden auch ohne die betreffende Ursache (den Bootsunfall) eingetreten wäre. Denn nur wenn der Schaden in vollem oder geringerem Umfang auch ohne den Unfall eingetreten wäre, ist er insoweit keine Folge davon, dem Haftpflichtigen folglich nicht zurechenbar und von der Schadensberechnung auszunehmen (BGE 113 II 86 E. 3b S. 93 mit Hinweisen).
4.4.1 Nun hält das Gutachten B._ fest, die heutige Anpassungsstörung sei Folge der Schmerzen und neuropsychologischen Beeinträchtigungen und somit nur indirekt Unfallfolge der Bootskollision. Für den natürlichen Kausalzusammenhang genügt indessen, dass der Schaden mittelbare, also indirekte Folge des Unfalls ist (BGE 129 V 177 E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Auf diesen Punkt geht die Vorinstanz nicht ein.
4.4.2 Aus dem neurologischen Gutachten kann zum Kausalzusammenhang in der Tat nichts Entscheidendes abgeleitet werden, da es rheumatologische Abklärungen ausdrücklich vorbehält. Dass der Gutachter die Beschwerden nur "bedingt" unmittelbar auf den Bootsunfall zurückführt, schliesst allerdings eine mittelbare, für die Annahme des Kausalzusammenhangs genügende Beeinflussung nicht aus.
4.4.3 Das rheumatologische Gutachten schliesslich beziffert den Anteil des Bootsunfalles mit 30 %, wobei in den Zusatzerklärungen eingeräumt wird, dass dies hoch gegriffen sei.
4.4.3.1 Für die Frage der natürlichen Kausalität ist massgeblich, wie sich der Gesundheitszustand beziehungsweise die Arbeitsunfähigkeit des Geschädigten ohne Bootsunfall entwickelt hätte. Selbst wenn die eine Ursache der Beschwerden zu weniger als 30 % und die andere zu über 70 % beziehungsweise vorwiegend für einen Schaden ursächlich war, bleibt dies für die Frage der natürlichen Kausalität (beziehungsweise die Verantwortlichkeit des Schädigers; BGE 131 III 12 E. 4 S. 14) ohne Relevanz, es sei denn, die vorwiegend verantwortliche Ursache hätte auch für sich allein denselben Schaden bewirkt.
4.4.3.2 Mit Bezug auf den Kausalzusammenhang führt das rheumatologische Gutachten gemäss den Feststellungen der Vorinstanz aus, die objektiven Befunde des Beschwerdeführers seien überwiegend wahrscheinlich auf jeden der beiden Unfälle (i.e. Treppensturz und Bootsunfall) zurückzuführen. Im Gutachten wird zudem festgehalten: "Der Status quo sine wird nicht mehr erreicht, da sich durch die beiden Unfälle eine richtungsgebende Verschlimmerung des Vorzustandes ergeben hat". Das Gutachten geht mithin davon aus, die Chronifizierung der Beschwerden sei Folge des Zusammenspiels beider Unfälle.
4.5 Zwar äussern sich die Gutachten nicht mit der wünschbaren Deutlichkeit zur Frage, ob der Beschwerdeführer auch ohne den Bootsunfall heute an denselben Beeinträchtigungen leiden würde oder nicht. Die Vorinstanz verneint aber den Kausalzusammenhang, ohne sich mit den Passagen der Gutachten, die den Bootsunfall als (indirekte) Teilursache der heutigen Probleme zu betrachten scheinen, auseinanderzusetzen. Insoweit beanstandet der Beschwerdeführer die Beweiswürdigung zu Recht. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie die von ihr herangezogenen Gutachten bezüglich der Frage, ob der Bootsunfall allenfalls eine (indirekte) Teilursache für die heutigen Beschwerden bildet, einlässlich würdigt. Sofern sie die Gutachten nicht für beweiskräftig hält oder davon abweicht, ist dies im Einzelnen zu begründen. Es steht der Vorinstanz auch frei, allfällige Zweifel über die Tragweite der Gutachten auszuräumen, indem sie den Gutachtern die konkrete Frage unterbreitet, ob der Beschwerdeführer heute auch ohne den Bootsunfall unter denselben Beschwerden leiden würde. Nur diesfalls wäre der natürliche Kausalzusammenhang zu verneinen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Sollte der natürliche Kausalzusammenhang gegeben sein, wird die Vorinstanz die weiteren Haftungsvoraussetzungen zu prüfen haben. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend erscheint es gerechtfertigt, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 23'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Für das bundesgerichtliche Verfahren wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak