Sachverhalt:
A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit Y.Z._ verheiratete X.Z._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute Z._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte X.Z._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe.
B. Am 16. Juli 2008 reichte X.Z._ gegen Y.Z._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie im Eheschutzverfahren eine Steuererklärung mit unwahren Angaben über sein Einkommen vorgelegt zu haben.
Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten.
X.Z._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen.
Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut. Sie hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich X.Z._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie X.Z._ eine Parteientschädi-gung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von X.Z._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil.
X.Z._ erhob gegen diese Verfügung der Oberstaatsanwaltschaft sowohl Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich als auch Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht. Gegen den Rekursentscheid der Direktion der Justiz und des Innern (Verfahren 1B_294/2009) und den Entscheid der Bezirksgerichtspräsidentin (Verfahren 1B_314/2009) sind beim Bundesgericht ebenfalls Beschwerden von X.Z._ hängig.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X.Z._, Dispositiv-Ziff. 1 der oberstaatsanwaltschaftlichen Verfügung dahingehend zu ergänzen, dass der Rekurs vollumfänglich gutgeheissen, die Sistierung aufgehoben und die besondere Staatsanwaltschaft IV angewiesen werde, das Verfahren auch hinsichtlich der Vermögensdelikte weiterzuführen. Dispositiv-Ziff. 3 sei aufzuheben, und sämtliche Kosten des Rekurs- und des Ausstandsverfahren sowie sämtliche bei den Vorinstanzen angefallene Kosten seien auf die Staatskasse zu nehmen, soweit sie nicht dem Angeschuldigten aufzuerlegen seien. Dispositiv-Ziff. 4 sei zu ergänzen, und der Geschädigten sei eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen, welche direkt an Rechtsanwältin Haubold auszurichten sei. Die Vorinstanzen seien anzuweisen, diese im Rekurs- wie im Strafverfahren als unentgeltliche Geschädigtenvertreterin zu bestellen. Soweit deren Kosten für die Interessenwahrung durch die Entschädigung gemäss Dispositiv-Ziff. 3 der angefochtenen Verfügung nicht gedeckt würden, sei die Vorinstanz zu verpflichten, Rechtsanwältin Haubold aus der Staatskasse zu entschädigen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht X.Z._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung, wobei Rechtsanwältin Haubold eine Entschädigung von 3'000 Franken zuzusprechen sei.
D. Die Oberstaatsanwaltschaft hält in ihrer Stellungnahme am angefochtenen Entscheid fest.
Mit ihrer Replik reichte X.Z._ (u.a.) Bankauszüge von Y.Z._ ein und beantragt, superprovisorisch verschiedene seiner Bankkonti zu sperren.
Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den angefochtenen Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft ist gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG die Beschwerde in Strafsachen gegeben. Ein kantonales Rechtsmittel steht nicht zur Verfügung (§ 409 Abs. 1 der Strafprozessordnung vom 4. Mai 1919 des Kantons Zürich; StPO). Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. Art. 130 Abs. 1 BGG zulässig.
1.2 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Die Beschwerdeführerin war Partei des Rekursverfahrens. Da der Strafanspruch dem Staat zusteht, hat sie als Geschädigte indessen grundsätzlich kein rechtlich geschütztes Interesse an der Verfolgung des Beschuldigten (BGE 133 IV 228 E. 2; zur Publikation vorgesehenes Urteil 6B_540/2009 vom 22. Oktober 2009 E. 1.1 ff.). Sie macht zwar geltend, Opfer und damit nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG beschwerdebefugt zu sein. Vermögensdelikte wie Betrug richten sich indessen gegen das Vermögen, nicht gegen die physische, psychische oder sexuelle Integrität, was Voraussetzung wäre, die Beschwerdeführerin als Opfer im Sinne von Art. 1 Abs. 1 OHG bzw. Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG anzuerkennen. Auch wenn nicht zum vornherein ausgeschlossen werden kann, dass ein Betrug ausnahmsweise zu einer erheblichen psychischen Beeinträchtigung der Geschädigten führen könnte, so ergibt sich weder aus den Vorakten, dem angefochtenen Entscheid noch der Beschwerde, dass dies vorliegend der Fall wäre.
Ob die Beschwerdeführerin Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG sei, kann indessen offen bleiben. Unbekümmert um ihre fehlende Legitimation in der Sache selbst ist sie als Geschädigte befugt, die Verletzung von Verfahrensrechten geltend zu machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Das nach Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Ist die Beschwerdeführerin in diesem Sinne nach dem kantonalen Recht Partei, kann sie die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihr nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung oder von Art. 6 EMRK zustehen (zur Publikation vorgesehenes Urteil 6B_540/2009 vom 22. Oktober 2009 E. 1.9; Urteile 1B_134/2008 vom 18. August 2008 E. 1.2; 6B_380/2007 vom 13. November 2007 E. 2.1; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin rügt, der angefochtene Entscheid verletze das Beschleunigungsgebot nach Art. 29 Abs. 1 BV. Nach der Rechtsprechung liegt dessen Beachtung nicht nur im öffentlichen Interesse, sondern auch in jenem der Parteien, namentlich der Geschädigten. Es handelt sich um ein dieser zustehendes Verfahrensrecht. Die Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin ist deshalb zu bejahen (Urteil 1B_134/2008 vom 18. August 2008 E. 1.2). Soweit sie Willkür und damit einen Verstoss gegen Art. 9 BV geltend macht, kommt ihren Vorbringen keine selbstständige Bedeutung zu. Sie fallen in der Sache zusammen mit der Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots, weshalb die Beschwerdelegitimation auch insoweit zu bejahen ist.
1.3 Der angefochtene Entscheid stellt einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar. Ein solcher ist unter anderem anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a). Nach der Rechtsprechung muss die Voraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht erfüllt sein, soweit der Beschwerdeführer rügt, die Sistierung des Strafverfahrens verletze das Beschleunigungsgebot (BGE 134 IV 43 E. 2). Der vorinstanzliche Entscheid ist anfechtbar.
1.4 Gemäss Art. 98 BGG kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Es kann dahingestellt bleiben, ob es sich bei der Sistierung des Strafverfahrens um eine vorsorgliche Massnahme im Sinne dieser Bestimmung handelt, da die Beschwerdeführerin ohnehin nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügt. Für Verfassungsrügen gilt allerdings eine qualifizierte Begründungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 393 E. 6 S. 397; 133 II 249 E. 1.4.2 und 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen). Dieser genügt die Beschwerde nur teilweise. Sie kümmert sich kaum um Formalien und setzt und sich kaum mit dem angefochtenen Entscheid auseinander, sondern legt in vorwiegend unsystematischer Weise ihre Sicht der Dinge dar. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht eingegangen wird, genügen sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht.
1.5 Mit dem Entscheid in der Sache wird der erst in der Replik gestellte und damit ohnehin verspätete superprovisorische Antrag auf Sperrung von Bankkonten des Beschwerdegegners gegenstandslos.
2. Die Beschwerdeführerin rügt die Sistierung, soweit diese von der Oberstaatsanwaltschaft geschützt wurde und macht eine Verletzung des Anspruchs auf eine Beurteilung innert angemessener Frist geltend (Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK).
2.1 Gemäss Art. 29 Abs. 1 BV hat jede Person in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist. Aus dieser Bestimmung ergibt sich das Beschleunigungsgebot. Dieses verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren ohne unnötige Verzögerung zu Ende zu führen (BGE 133 IV 158 E. 8 S. 170; 130 IV 54 E. 3.3.1; 119 Ib 311 E. 5 S. 323; vgl. ebenso § 33 StPO/ZH). Nach der Rechtsprechung ist die Sistierung eines Verfahrens nur ausnahmsweise zulässig. Im Zweifelsfall kommt dem Beschleunigungsgebot der Vorrang zu (Urteil 1P.178/1995 vom 28. Juli 1995 E. 2a, in: Pra 1996 Nr. 141).
2.2 Wie im Schrifttum dargelegt wird, ist die Möglichkeit, durch eine Verfügung das Strafverfahren einstweilen zu sistieren, in der Zürcher Strafprozessordnung nicht ausdrücklich vorgesehen, sondern wurde von der Praxis geschaffen (Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 2000, § 38 N. 21).
Die Sistierung kommt namentlich in Frage, wenn der Ausgang anderer, präjudizieller Verfahren unter anderem zivilrechtlicher Art, abzuwarten ist (Donatsch/Schmid, a.a.O., § 38 N. 24; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, S. 311 f. N. 799; Robert Hauser und andere, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, S. 401 N. 14; ebenso Art. 314 Abs. 1 lit. b der voraussichtlich Anfang 2011 in Kraft tretenden Schweizerischen Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007, BBl 2007 S. 7072).
Von der Sistierung ist auch nach Auffassung der Literatur zurückhaltend Gebrauch zu machen. Zu ihr sollte nur gegriffen werden, wenn das Urteil im anderen Verfahren gleichsam konstitutiv für das zu sistierende ist (Donatsch/Schmid, a.a.O., § 38 N. 25; Robert Hauser und andere, a.a.O.; Bernard Cloetta, Nichtanhandnahme und Einstellung der Strafuntersuchung in der Schweiz, 1984, S. 97). Die Strafverfolgungsbehörden haben grundsätzlich auch vorfrageweise Rechtsfragen aus anderen Bereichen wie insbesondere dem Zivilrecht abzuklären und zu entscheiden (Donatsch/Schmid, a.a.O., § 38 N. 25; Schmid, a.a.O., S. 195 N. 591; Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale, 2. Aufl. 2006, S. 57 N. 41 und S. 65 N. 52). Es ist auch keineswegs so, dass das Verfolgen wirtschaftlicher Interessen mittels Strafklagen insbesondere durch den Geschädigten immer missbräuchlich wäre. Von der Einstellung aus diesem Grund sollte insbesondere dann abgesehen werden, wenn andernfalls die Gefahr der Verjährung droht (Donatsch/Schmid, a.a.O., § 38 N. 25; Cloetta, a.a.O., S. 96 f.; zum Ganzen Urteil des Bundesgerichts 1B_57/2009 vom 16. Juni 2009 E. 2.1).
2.3 Nach den Feststellungen des angefochtenen Entscheids wirft die Beschwerdeführerin dem Angeschuldigten unter anderem vor, anlässlich der Eheschutzverhandlungen vom 15. Juli 2005 ein falsches Einkommen angegeben und mit einer unwahren Steuererklärung ausgewiesen zu haben, sodass infolgedessen das Gericht von einem zu geringen Einkommen ausgegangen sei und ihren Unterhaltsbeitrag zu tief angesetzt habe. Dazu erwog die Vorinstanz, dass das Vorzeigen einer unwahren Steuererklärung an sich noch nicht als Verwendung einer falschen Urkunde gelte, woraus zwingend auf Arglist zu schliessen wäre, es sei denn, die unwahre Steuererklärung würde ihrerseits mit falschen Urkunden belegt, was aber nicht geltend gemacht werde. Da zurzeit die Beweislage für eine Anklage nicht ausreiche, müsse der Ausgang des Zivilverfahrens abgewartet werden, bevor überhaupt über allfällige Vermögensdelikte strafrechtliche Erwägungen angestellt werden könnten.
2.4 Die Beschwerdeführerin macht zu Recht geltend, dass nach der oben dargestellten Praxis der ausnahmsweisen Sistierung von Strafverfahren vorliegend kein Grund besteht, das Verfahren zu sistieren. Im angefochtenen Entscheid wird denn auch nicht geltend gemacht, dass das Zivilverfahren für das vorliegende konstitutiv sei; ebenso wenig, die Beschwerdeführerin habe rechtsmissbräuchlich den strafprozessualen Weg beschritten. Unter diesen Umständen ist es aber mit Art. 29 Abs. 1 BV nicht vereinbar, das Strafverfahren auf unbestimmte Zeit, möglicherweise auf Jahre hinaus bis zur rechtskräftigen Erledigung der eherechtlichen Auseinandersetzungen zu sistieren. Die Beschwerde ist diesbezüglich gutzuheissen, ohne dass auf weitere in diesem Zusammenhang erhobene Rügen, aber auch Ausführungen hinsichtlich der Gefahr von Beweisverlusten, einzugehen wäre.
3. Mit ihrem Rekurs beantragte die Beschwerdeführerin, die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen, auf welchen Antrag die Oberstaatsanwaltschaft im Wesentlichen mit folgender Begründung nicht eintrat: Die in der Anzeige erhobenen Vorwürfe liessen gemäss Staatsanwaltschaft nicht darauf schliessen, dass Delikte begangen worden wären, welche die Zuständigkeit der besonderen Staatsanwaltschaft IV begründeten, oder ein qualifizierter Fall häuslicher Gewalt vorliege. Um in deren Zuständigkeit fallende sogenannte Hibo-Fälle (Hilfe für bedrohte Opfer) handle es sich aufgrund der einschlägigen Weisungen nur bei ganz besonderen Umständen, wenn beispielsweise das Opfer schwerwiegend physisch beeinträchtigt, in lang anhaltendem traumatisierten Sinne psychisch misshandelt wurde oder der Täter einschlägige polizeiliche oder gerichtliche Vorakten aufweise. Aus den Akten ergäben sich keine solche Anhaltspunkte (angefochtener Entscheid E. 3.2 S. 6 f.).
Nach Auffassung der Beschwerdeführerin treffen die von der Vorinstanz verneinten Tatbestandsmerkmale auf sie zu. Zum Beweis beantragt sie, ihr eine Nachfrist zur Nachreichung ärztlicher Berichte anzusetzen. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im Verfahren vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Dass diese Voraussetzung gegeben sei, wird von der Beschwerdeführerin - zu Recht - nicht behauptet, weshalb auf den Beweisantrag und die entsprechenden Ausführungen nicht einzutreten ist. Dass die Oberstaatsanwaltschaft bei der Anwendung der einschlägigen kantonalen Weisung in Willkür verfallen wäre, wird weder behauptet, geschweige denn dargetan (Art. 106 Abs. 2 BGG). Diesbezüglich ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4. Die Oberstaatsanwaltschaft hat, dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, der Beschwerdeführerin die Kosten des Rekursverfahrens anteilmässig, d.h. in der Höhe von 400 Franken auferlegt und ihr eine reduzierte Parteientschädigung in derselben Höhe zugesprochen.
Soweit die Beschwerdeführerin beantragt, auch die Kosten des Ausstandsverfahrens auf die Staatskasse zu nehmen, kann darauf infolge Nichtausschöpfens des Instanzenzugs nicht eingetreten werden, unterliegt doch der Ausstandsentscheid der Oberstaatsanwaltschaft und damit auch der entsprechende Kostenentscheid der Beschwerde an die Direktion der Justiz und des Inneren. Soweit der Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft im Kosten- und Entschädigungspunkt hinsichtlich des Rekursverfahrens angefochten wird, ist er insoweit gutzuheissen, als der Beschwerde in Bezug auf die Frage der Sistierung Erfolg beschieden ist. Es wird Sache der Oberstaatsanwaltschaft sein, darüber neu zu entscheiden. Soweit beantragt wird, die Vorinstanzen anzuweisen, ihr im Straf- wie auch Rekursverfahren unentgeltliche Verbeiständung durch Rechtsanwältin Haubold zu gewähren, kann darauf nicht eingetreten werden, hat doch die Oberstaatsanwaltschaft diesbezüglich keinen Entscheid getroffen, sondern das entsprechende Gesuch zuständigkeitshalber an das Bezirksgericht weitergeleitet, was von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet wird.
5. Nach dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wären der Beschwerdeführerin die Hälfte der Gerichtskosten aufzuerlegen. Davon ist im Hinblick auf ihre schwierige wirtschaftliche Situation Umgang zu nehmen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ihrer Anwältin ist eine reduzierte Entschädigung von 1'000 Franken zuzusprechen. Soweit dadurch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung nicht gegenstandslos geworden ist, ist es abzuweisen, da die Beschwerdeanträge, soweit ihnen nicht stattzugeben ist, aussichtslos waren (Art. 64 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2. Die Verfügung der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 12. Juni 2009 wird aufgehoben in Bezug auf die Ziff. 1, soweit damit der Rekurs betreffend die Sistierung abgewiesen wurde, und in Bezug auf die Ziff. 3, soweit die Kosten des Rekursverfahrens betreffend.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Rechtsanwältin Haubold ist vom Kanton Zürich für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi