Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Gegen den Beschwerdeführer wurde im Kanton Aargau ein Strafverfahren wegen Verkehrsregelverletzungen geführt, welches sich auf die Aussagen eines Beamten der Kantonspolizei Zürich stützte, der privat im Kanton Aargau unterwegs war. Das Bezirksamt Bremgarten erliess am 28. August 2008 einen Strafbefehl, mit welchem der Beschwerdeführer wegen Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zu einer bedingten Geldstrafe und einer Busse verurteilt wurde.
In der Folge reichte der Beschwerdeführer am 30. Oktober 2008 beim Bezirksamt Bremgarten gegen den Zürcher Polizeibeamten eine Strafanzeige wegen Amtsanmassung ein. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2008 trat das Bezirksamt Bremgarten auf die Strafanzeige nicht ein. Das Obergericht des Kantons Aargau wies mit Entscheid vom 19. Januar 2009 eine dagegen gerichtete Beschwerde ab.
Dagegen wendet sich der Beschwerdeführer mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
2. Zur Frage der Legitimation macht der Beschwerdeführer geltend, er sei Privatstrafkläger im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG, weil er die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten habe (Beschwerde S. 3 Ziff. 5). Dies trifft nicht zu. Die Staatsanwaltschaft, der die Verfügung des Bezirksamtes Bremgarten vom 31. Oktober 2008 zugestellt wurde, hätte dagegen gemäss der Rechtsmittelbelehrung in Anwendung von § 213 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau Beschwerde beim Obergericht führen können (Urteil 1P.459/ 2003 vom 21. August 2003, E. 2.3; vgl. auch Beat Brühlmeier, Aargauische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 1980, N 1 zu § 119 Abs. 4 StPO). Unter diesem Umständen führt der Geschädigte die Anklage auch dann nicht allein, wenn die Staatsanwaltschaft von ihrem Beschwerderecht keinen Gebrauch macht, sondern darauf stillschweigend verzichtet (BGE 128 IV 39 E. 2a und b).
3. Der Beschwerdeführer ist nur berechtigt, die Verletzung von Verfahrensrechten geltend zu machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Insoweit rügt er, die Verfügungen vom 28. August 2008 und vom 31. Oktober 2008 seien von derselben Person unterzeichnet worden, weshalb eine Verletzung der Ausstandsvorschaften vorliege (Beschwerde S. 5/6 Ziff. 1).
Unbestrittenermassen kommt im vorliegenden Fall nur § 42 Abs. 1 Ziff. 3 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau zur Anwendung, wonach ein Untersuchungsbeamter abgelehnt werden kann, wenn Tatsachen vorliegen, die in dem zu untersuchenden Fall seine Befangenheit befürchten lassen.
Die Vorinstanz führt in diesem Zusammenhang aus, in der Strafanzeige vom 30. Oktober 2008 gegen den Zürcher Polizeibeamten werde mit keinem Wort Kritik an der vorhergehenden Strafuntersuchung gegen den Beschwerdeführer wegen Verkehrsregelverletzungen geübt, sondern bloss sachlich festgestellt, dass das Bezirksamt Bremgarten insoweit am 28. August 2008 einen Strafbefehl erlassen habe. Ob dieser Strafbefehl zu Recht erfolgt sei oder nicht, sei - auch in der in der Strafanzeige vom 30. Oktober 2008 vorgebrachten Argumentation - im Verfahren wegen angeblicher Amtsanmassung des Züricher Polizeibeamten unerheblich. Das Bezirksamt hätte ohne Weiteres eine Amtsanmassung bejahen können, ohne seine Strafuntersuchung gegen den Beschwerdeführer wegen Verkehrsregelverletzungen in Frage zu stellen, da es auch zur Durchführung des Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer verpflichtet gewesen wäre, wenn sich die Form oder das Zustandekommen der Anzeige als Amtsanmassung herausgestellt hätte. Folglich habe trotz Vorbefassung kein Ablehnungsgrund wegen des Anscheins der Befangenheit vorgelegen (angefochtener Entscheid S. 4/5 E. 1.5.).
Zur Argumentation der Vorinstanz, dass es für den Ausgang des Verfahrens gegen den Beschwerdeführer überhaupt keine Rolle spiele, ob der Polizist eine Amtsanmassung begangen habe oder nicht, und ein Anschein der Befangenheit des Bezirksamtes aus diesem Grund von vornherein ausgeschlossen werden könne, äussert sich der Beschwerdeführer vor Bundesgericht mit keinem Wort (vgl. Beschwerde S. 5/6 Ziff. 1). Seine Vorbringen gehen an der Sache vorbei, und die Beschwerde genügt in diesem Punkt folglich den strengen Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG nicht.
4. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn