Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 11. Juni 2009 hiess das Bundesgericht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten von X._ gut, hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 19. September 2008 auf, ordnete an, dass auf die streitbetroffene Veranlagung für die Quellensteuer 2007 nicht Tarif D, sondern Tarif A anzuwenden sei, und wies die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurück.
Mit Entscheid vom 18. August 2009 erkannte die abgaberechtliche Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern:
1. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinn der Erwägungen an die Dienststelle Steuern zurückgewiesen.
2. Es werden keine amtliche Kosten erhoben.
Gegen diesen Entscheid führt X._ mit Eingabe vom 18. September 2009 Beschwerde beim Bundesgericht mit den Anträgen:
1. Rasche Massnahmen zu ergreifen, um der anhaltenden Widerrechtlichkeit im Kanton Luzern Einhalt zu gebieten.
2. Der untergeordneten Vorinstanz (VG Luzern) klare Anweisungen zu erteilen, so dass zügig die Entscheidung vom 11.06.2009, im Sinne des Bundesgerichts, zur Rechtswahrung, in die Tat umgesetzt wird.
3. Das Urteil vom 18. August 2009 ist aufzuheben. Die Auflagen des Bundesgerichts gegenüber der Vorinstanz sind zu beachten.
4. Die Kosten des Verfahrens trägt das kantonale Verwaltungsgericht Luzern.
5. Dem Beschwerdeführer (sei) unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Die Bedürftigkeit wird hiermit versichert. Bei Notwendigkeit eines Nachweises wird um richterlichen Hinweis gebeten.
Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt. Es findet das Verfahren nach Art. 108 BGG Anwendung.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG), oder gegen Teilentscheide im Sinne von Art. 91 BGG. Demgegenüber können Vor- und Zwischenentscheide nach Art. 93 Abs. 1 BGG mit Beschwerde nur angefochten werden:
a. wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder
b. wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
2.2 Das angefochtene Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts bringt das Verfahren nicht zum Abschluss. Es liegt kein Endentscheid oder einen Teil(end)entscheid im Sinne von Art. 90 und 91 BGG vor. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, mit welchem das Verwaltungsgericht die Sache aus Gründen der funktionellen Zuständigkeit an die Veranlagungsbehörde zur Neuberechnung der Steuer überwiesen hat und der nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 BGG anfechtbar ist. Inwiefern die Eintretensvoraussetzungen erfüllt sein könnten, wird in der Beschwerde nicht dargelegt und ist nicht ersichtlich. Weder droht ein nicht wieder gutzumachender Nachteil noch ist ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich.
2.3 Im Übrigen ist auch ein schutzwürdiges Interesse des Beschwerdeführers an der vorliegenden Beschwerde nicht zu erkennen (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG). Die Vorinstanz überwies die Angelegenheit an die Steuerverwaltung (Veranlagungsbehörde), damit diese im Sinne des bundgerichtlichen Entscheids vom 11. Juni 2009 den zutreffenden Tarif anwende. Nichts anderes beantragt auch der Beschwerdeführer mit seiner vorliegenden Beschwerde (Rechtsbegehren Ziffer 2). Was die weiteren Ausführungen des Beschwerdeführers in seiner Eingabe betrifft, handelt es sich um Polemik. Worin die angeblich "anhaltende Widerrechtlichkeit im Kanton Luzern" bestehen soll, geht daraus nicht hervor. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
3. Die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege setzt ausser der Bedürftigkeit der Prozesspartei voraus, dass deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (Art. 64 Abs. 1 BGG). Eine Beschwerde, der kein schutzwürdiges Interesse zugrunde liegt, scheint von vornherein unzulässig, so dass die unentgeltliche Rechtspflege nicht bewilligt werden kann.
4. Wer im Verfahren vor dem Bundesgericht den Anstand verletzt oder den Geschäftsgang stört, wird mit einem Verweis oder einer Ordnungsbusse bis 1000 Franken bestraft (Art. 33 Abs. 1 BGG). Die Äusserungen in der vorliegenden Beschwerdeeingabe gegenüber dem Präsidenten des Verwaltungsgerichts verletzen die Grenzen des prozessual gebotenen Anstandes. Der Beschwerdeführer wird auf die genannte Vorschrift aufmerksam gemacht und ermahnt, in Zukunft den gebotenen Anstand zu respektieren.
5. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Dienststelle Steuern des Kantons Luzern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann