Faits:
A. X._ a été domicilié à A._ durant l'année 2001. Durant cette année-là, il a travaillé en qualité de responsable marketing auprès de B._ SA à Lausanne. Il a effectué les déplacements entre son domicile et son lieu de travail en voiture privée. Il a demandé la déduction de 26'565 fr. (230 j. x 210 km x 0.55) pour le transport depuis son domicile ainsi que 3'000 fr. de frais de repas pris à l'extérieur.
Par décision du 10 avril 2003, l'Intendance des impôts du canton de Berne a taxé l'intéressé sur un revenu de 74'492 fr. pour l'impôt cantonal et communal et sur un revenu de 81'668 fr. pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001, retenant un montant de 25'410 fr. (220 j. x 210 km x 0.55) au titre de frais de déplacement duquel elle a retranché 21'730 fr. versés, selon certificat de salaire, par l'employeur à titre de "frais d'auto" (18'730 fr.) et "autres frais" (3'000 fr.). Seul un montant de 3'680 fr. a finalement été admis en déduction à titre de frais de déplacement.
Par décisions du 19 février 2008 et du 14 octobre 2008, l'Intendance des impôts puis la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne ont confirmé la décision de taxation, l'intéressé n'ayant pas apporté la preuve que l'indemnité versée par son employeur ne servait qu'à couvrir ses frais de déplacement entre Lausanne et les diverses agences de B._ SA et non pas aussi les frais de déplacement entre son domicile et Lausanne.
Par arrêt du 10 août 2009, le Juge unique du Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision rendue le 14 octobre 2008 par la Commission des recours en matière fiscale pour les mêmes motifs que cette dernière.
B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 10 août 2009 par le Tribunal administratif et de lui accorder une déduction au titre de frais de déplacement d'un montant de 26'565 fr., subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants et enfin plus subsidiairement de lui accorder une déduction de 13'000 fr. au titre de frais de déplacement.
Le Tribunal administratif et l'Intendance des impôts du canton de Berne ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Commission des recours en matière fiscale a renoncé à déposer des observations.
X._ a présenté des contre-observations non sollicitées en date du 19 février 2010.
C. Par ordonnance du 17 septembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'octroi de l'effet suspensif au recours déposée par l'intéressé.
Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale rendue dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que la notion de "frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail" est identique pour les deux catégories d'impôts (ATF 135 II 260 ss). Par conséquent, déposé en temps utile par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 6) que le recourant s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF.
2.2 Le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. (art. 97 al. 1 LTF). La constatation manifestement inexacte des faits en instance précédente constitue un cas particulier d'arbitraire (ATF 135 II 145 consid. 8.1 p. 153; 135 III 127 consid. 1.5 p. 130; 134 V 53 consid. 4.3 p. 62), tandis que l'établissement des faits en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF est retenu lorsque l'autorité précédente n'a pas respecté une règle de droit fédéral sur la preuve et l'administration des preuves, ou appliqué arbitrairement une règle cantonale sur ce point (cf. arrêt 4A_280/2009 du 31 juillet 2009 consid. 1.4).
2.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
Le recourant produit un grand nombre de pièces nouvelles et invoque des faits nouveaux qui sont par conséquent irrecevables. Il en va notamment ainsi du document daté du 8 septembre 2009 et de son contenu.
3. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir apprécié de façon manifestement inexacte les preuves produites à l'appui de son recours (mémoire de recours, p. 8 et 9).
3.1 En matière d'appréciation des preuves et de constatations de fait, le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst. que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motif sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (cf. ATF 133 III 393 consid. 7.1 p. 398).
3.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a retenu que l'attestation établie le 18 mars 2008 par l'employeur du recourant "se limite à préciser que les déplacements privés du recourant ne sont pas indemnisés". Le recourant reproche au Tribunal administratif "une appréciation totalement à l'opposé d'attestations claires de son employeur". Il est vrai que le certificat de salaire établit l'absence de prestations spéciales de l'employeur en particulier l'absence de transport gratuit entre le domicile et le lieu de travail. Il est vrai aussi que l'attestation semble distinguer les frais de déplacements "privés" des frais de déplace- ments destinés aux "visites de clients". Toutefois eu égard aux déclarations du recourant lui-même, qui affirme avoir parcouru une moyenne de 50'000 km en 2001, dont 46'200 devraient correspondre aux trajets entre A._ et Lausanne, un doute subsiste sur le sens réel de l'attestation. Les déclarations du recourant contredisent en effet le contenu de la pièce, de sorte que l'on ne saurait reprocher au Tribunal administratif une appréciation arbitraire des pièces figurant au dossier.
Le grief doit par conséquent être rejeté.
I. Impôt fédéral direct
4. Invoquant également l'art. 97 al. 1 LTF, le recourant soutient que le Tribunal administratif a établi les faits en violation du droit fédéral, c'est-à-dire en violation des art. 123 LIFD ainsi que 29 al. 1 Cst. A son avis, les autorités auraient dû rechercher elles-même certains renseignements auprès de l'Office de la circulation et auraient dû agir plus rapidement afin d'éviter qu'il ne se sépare de certaines preuves.
4.1 Dans une procédure judiciaire ou administrative, l'art. 29 al. 1 Cst. confère à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
4.2 Selon l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (procédure de taxation mixte). Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD) et fournir les documents nécessaires (art. 125 LIFD). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent à propos des revenus, des frais d'acquisition, de l'évolution de la fortune, etc. (cf. art. 126 al. 2 LIFD) Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration (arrêt 2C_47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).
La taxation incombe à l'autorité, laquelle contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1 LIFD). En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut: l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. L'autorité de taxation doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire. Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (arrêt 2C_47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).
Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment. Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures; on ne peut pas demander au contribuable de prouver un fait négatif, par exemple qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés. Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération. Ces règles s'appliquent également à la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD), comme l'a récemment jugé le Tribunal fédéral (arrêt 2C_47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 et les références citées).
4.3 Le recourant soutient en vain que le Tribunal administratif, aurait dû opérer des vérifications auprès de l'Office cantonal de la circulation routière et constater qu'il disposait de deux véhicules en 2001, comme le démontrerait le document établi le 8 septembre 2009. Il perd de vue que ce document est irrecevable (cf. consid. 2.2 ci-dessus) et surtout qu'il lui appartenait de donner toutes les précisions nécessaires sur ses frais d'acquisition du revenu lorsque les autorités fiscales lui ont refusé la déduction des frais de transport entre A._ et Lausanne, à tout le moins, au plus tard, lorsqu'elles lui ont demandé à deux reprises de produire les pièces justificatives. Il n'y a pas répondu. Par conséquent, il est malvenu de se plaindre de la violation de l'art. 123 LIFD.
Il ne peut davantage faire état d'une violation de l'art. 29 al. 1 Cst. Le recourant savait en effet dès le dépôt de sa réclamation qu'il devrait être en mesure de prouver la réalité et le montant de ses frais de déplacement et par conséquent, qu'il devrait conserver les preuves à cet effet. Le temps qui s'est écoulé entre le dépôt de la réclamation et les demandes de précisions de l'Intendance des impôts n'y changeait rien.
Ce grief doit également être rejeté.
5. 5.1 Selon l'art. 26 al. 1 LIFD, le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante peut déduire les frais de déplacement nécessaires entre le domicile et le lieu de travail. Les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle, ne peuvent toutefois pas être déduits (art. 34 let. a LIFD).
Selon l'art. 26 al. 2 LIFD, les frais de déplacement sont estimés forfaitairement; le contribuable peut néanmoins justifier de frais de déplacement plus élevés. La réglementation de l'art. 26 LIFD est complétée par l'ordonnance du 10 février 1993 sur la déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'Ordonnance; RS 642.118.1), par l'Appendice des 22 juillet 2004 et 23 septembre 2005 à l'Ordonnance (ci-après: l'Appendice; RO 2004 3559 s. et 2005 4815 s.) et par la Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 22 septembre 1995: Déduction des frais professionnels des personnes exerçant une activité lucrative dépendante (Archives 64, p. 701 ss).
D'après l'art. 2 al. 2 de l'Ordonnance, les frais que l'employeur ou qu'un tiers a pris à sa charge et les dépenses privées résultant de la situation professionnelle du contribuable (dépenses privées dites de représentation), notamment, ne sont pas déductibles. Au sens de l'art. 5 de l'Ordonnance, le contribuable qui utilise les transports publics pour les déplacements entre le domicile et le lieu de travail peut déduire ses dépenses effectives. En cas d'utilisation d'un véhicule privé, il peut déduire les dépenses qu'il aurait eues en utilisant les transports publics. Exceptionnellement, si l'on ne peut raisonnablement exiger du contribuable qu'il utilise un moyen de transport public lorsqu'il établit qu'il ne dispose d'aucun moyen de transport public ou qu'il n'est pas en mesure de les utiliser, il peut déduire les frais d'utilisation d'un véhicule privé d'après les forfaits de l'art. 3 de l'Ordonnance ou justifier de frais professionnels plus élevés (art. 5 al. 3 de l'Ordonnance). Tel est notamment le cas lorsque le contribuable dépend d'un véhicule pour l'exercice de sa profession (arrêts 2C_441/2009 du 8 janvier 2010, consid. 4.3; 2C_445 du 26 novembre 2008, consid. 5.3 in RDAF 2008 II p. 528; 2A.479/1995 du 14 mai 1996, consid. 2 et les références citées).
5.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a admis, sur la foi des déclarations du recourant, que ce dernier avait parcouru le même nombre de kilomètres en 2001 qu'au cours des années suivantes, c'est-à-dire en moyenne 50'000 km, comme cela ressortait d'ailleurs des carnets antipollution 2002 et 2003 produits. Il a par ailleurs retenu que le recourant avait son domicile à A._ et son lieu de travail à Lausanne et que ce trajet correspondait à 46'200 km par année. Il en a déduit que l'indemnité de déplacement versée par l'employeur au recourant d'un montant de 18'730 fr., bien que présentée comme un remboursement de frais de transport entre Lausanne et les succursales de l'employeur, servait en réalité aussi à dédommager les trajets du recourant entre son domicile et Lausanne, faute de quoi le recourant aurait dû parcourir plus de 85'000 km par an, ce qu'il n'a pas démontré.
5.3 Le recourant soutient au moins implicitement que le Tribunal administratif ne pouvait pas confirmer la reprise des 3'000 fr. d'indemnité versée par son employeur au titre d'autres frais. Il est vrai que l'arrêt attaqué a confirmé que seuls 3'680 fr. (soit 25'410 - 21'730) pouvaient être déduits du revenu imposable du recourant. Le montant de 21'730 fr. comprend l'indemnité de transport de 18'730 fr. ainsi que celle de 3'000 fr. pour autres frais non compris dans le salaire. Cette reprise est justifiée. En effet, le recourant a obtenu une déduction de 3'000 fr. pour frais de repas pris à l'extérieur. Ces frais de repas ne sont déductibles du revenu imposable que s'ils ne sont pas pris en charge par l'employeur (art. 2 al. 2 de l'Ordonnance). Le certificat de salaire prouve que ces frais ont été pris en charge par l'employeur. Ils doivent par conséquent être repris, comme l'a jugé le Tribunal administratif.
Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a confirmé que seuls 3'380 fr. pouvaient être déduits du revenu imposable du recourant pour calculer l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal.
6. 6.1 Le recourant se plaint de l'établissement des faits en violation de l'art. 29 al. 1 Cst. Contrairement à ce qu'il a écrit en matière d'impôt fédéral direct, il n'expose en revanche pas, comme il lui appartenait de la faire (art. 106 al. 2 LTF), en quoi des dispositions de procédure de droit cantonal, ayant un contenu similaire aux art. 123 LIFD, auraient été appliquées de manière arbitraire. Le grief de violation de l'art. 29 al. 1 Cst. peut quant à lui être rejeté pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus.
6.2 D'après l'art. 9 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LIHD; RS 642.149), les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables.
L'art. 31 al. 1 et 2 de la loi bernoise du 21 mai 2000 sur les impôts (LI/BE; RSBE 661.11) contient des dispositions conformes à l'art. 9 LHID dont le contenu est similaire à celles de l'impôt fédéral direct, notamment en ce qui concerne les frais de déplacements entre le domicile et le lieu de travail et la possibilité d'en obtenir la déduction forfaitaire, le détail des forfaits admissibles étant précisé par l'ordonnance cantonale du 18 octobre 2000 sur les frais professionnels (OFrP; RSBE 661.312.56), comme l'a aussi constaté le Tribunal administratif (arrêt attaqué, consid. 2.4)
Dans ces conditions, les considérants qui ont été exposés en matière d'impôt fédéral direct trouvent également application en matière de droit cantonal. Le recours est donc rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal 2001.
7. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 LTF). Il n'a pas droit à une indemnité à titre de dépens (art. 68 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, à l'Intendance des impôts, à la Commission des recours en matière fiscale et à la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 21 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey