Erwägungen:
1. Im Strafverfahren gegen X._ betreffend qualifizierte Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz ersuchte das Bezirksamt Münchwilen mit Schreiben vom 18. August 2008 um Genehmigung, die im Strafverfahren der mazedonischen Staatsanwaltschaft gegen diverse Personen auf Grund einer verdeckten Ermittlung gewonnen Erkenntnisse im Sinne von Art. 21 Abs. 3 BVE im vorliegenden Verfahren verwenden zu können. Der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau erteilte mit Entscheid vom 25. November 2008 die Zustimmung, die Ergebnisse aus der verdeckten Ermittlung der mazedonischen Strafverfolgungsbehörden, nämlich eine schriftliche Zusammenfassung eines Gesprächs betreffend den Angeschuldigten im vorliegenden Strafverfahren zu verwenden. Das Bezirksamt wurde angewiesen, die übermittelten Unterlagen, welche mit 3, 4, 5, 6, 7 8, 9 und 10 bezeichnet worden sind, nicht zu den Strafverfahrensakten zu nehmen, sondern separat aufzubewahren. Weiter wurde das Bezirksamt angewiesen, die CD, auf welcher das Gespräch über den Angeschuldigten gespeichert ist, nicht zu den Untersuchungsakten zu nehmen, sondern separat aufzubewahren. Dieser Entscheid wurde dem Angeschuldigten am 12. Dezember 2008 eröffnet; ein Rechtsmittel wurde nicht ergriffen.
Nachdem die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau Anklage gegen X._ beim Bezirksgericht Weinfelden erhoben hatte, stellte der Angeschuldigte am 22. Juni 2009 den Beweisantrag, dass die CD wortgetreu in die deutsche Sprache zu übersetzen und ihm dazu das rechtliche Gehör zu gewähren sei. Weiter seien alle rechtshilfeweise eingeholten Akten und das Abklärungsergebnis zu den Akten zu nehmen und ihm das rechtliche Gehör zu gewähren. Die Vizepräsidentin des Bezirksgerichts Weinfelden verfügte am 10. September 2009 wie folgt:
"Nachdem die mazedonischen Behörden um Vertraulichkeit der Unterlagen gebeten haben und der Präsident der Anklagekammer diese Vertraulichkeit teilweise genehmigt hat, befinden sich die Unterlagen (act. 3 bis 10 sowie die CD) nicht in den Akten. Das Gespräch auf der CD wurde aber von der Übersetzerin abgehört und die wichtigsten Passagen mit einer Zeitangabe zusammengefasst. Damit haben nicht Untersuchungsbehörden, sondern die Übersetzerin beurteilt, was wesentlich sein könnte, womit weder sie selber noch viel weniger der Angeklagte wissen, ob allenfalls Passagen ausgelassen worden sind. Die CD ist dementsprechend wortgetreu zu übersetzen. Sind darauf allenfalls Passagen, die Rückschlüsse auf den verdeckten Ermittler erlauben würden, wäre es wiederum Sache der Anklagekammer, darüber zu befinden, wieweit der Angeklagte darin Einsicht hat."
2. Das Bezirksamt Münchwilen ersuchte am 5. Januar 2010 die Anklagekammer, ihm die Verwendung einer Zusammenfassung des Gesprächsauszuges der auf der CD festgehaltenen Gespräche zwischen Minute 47 und 56 gutzuheissen; die übrigen Gespräche und Gesprächspassagen der erwähnten CD seien der Geheimhaltung zu unterstellen. Mit Eingabe vom 8. Februar 2010 widersetzte sich X._ diesem Antrag und forderte Einsichtnahme in den ganzen Inhalt der CD. Der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau erteilte mit Verfügung vom 14. September 2010 dem Bezirksamt Münchwilen die Zustimmung, die schriftliche Zusammenfassung des Bezirksamtes Münchwilen vom 23. Dezember 2009 im Strafverfahren gegen den Angeschuldigten zu verwenden. Demgegenüber verweigerte er die Bewilligung, die CD und die in die deutsche Sprache übersetzten Wortprotokolle im Strafverfahren gegen den Angeschuldigten zu verwenden. Der Präsident bestätigte dabei, dass in den in die deutsche Sprache übersetzten Gesprächsprotokollen nur in den Gesprächen der Minuten 47 bis 56 über den Angeschuldigten gesprochen werde, und dass die Zusammenfassung, welche der Untersuchungsrichter am 23. Dezember 2009 erstellt hat, die geführten Gespräche - mit Ausnahme einer gemachten Präzisierung - richtig wiedergebe.
3. X._ führt mit Eingabe vom 15. Oktober 2010 Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung des Präsidenten der Anklagekammer des Kantons Thurgau vom 14. September 2010. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Die angefochtene Verfügung ist im Rahmen eines Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer ergangen. Sie schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab. Es handelt sich daher um einen Zwischenentscheid.
4.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide - die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand zum Gegenstand haben (vgl. Art. 92 BGG) - ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder - was indes hier von vornherein ausser Betracht fällt - wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
4.2 Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34 f.).
4.3 Im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen setzt Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG das Vorliegen eines Nachteils rechtlicher Natur voraus, der auch durch einen günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 134 IV 43 E. 2.1 S. 45). Es obliegt dabei dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind (BGE 134 III 426 E. 1.2; 133 III 629 E. 2.3.1). Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, hierzu von Amtes wegen Nachforschungen anzustellen. Vorliegend äussert sich der Beschwerdeführer nicht zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG. Die Beschwerde enthält somit insoweit keine hinreichende Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG. Hinzu kommt, dass ein rechtlich nicht wieder gutzumachender Nachteil auch nicht ersichtlich ist.
4.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten ist.
5. Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Beiordnung eines Rechtsbeistandes nicht zu entsprechen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit dem vorliegenden Urteil wird das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Münchwilen, dem Bezirksgericht Weinfelden und dem Präsidenten der Anklagekammer des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli