Sachverhalt:
M._ (geboren 1961) war vom 1. September 1993 bis 30. Oktober 1998 als Bauarbeiter beim Baugeschäft O._ tätig und damit bei der Stiftung R._ (heute: Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft) vorsorgeversichert. Mit Verfügungen vom 3. Dezember 2004 und 7. Januar 2005 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Zürich bei einem Invaliditätsgrad von 55 % mit Wirkung ab 1. November 2001 eine halbe Rente zu (bestätigt mit Einspracheentscheid vom 17. Mai 2005).
Die gegen die Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft am 27. März 2007 erhobene Klage auf Ausrichtung einer Invalidenrente spätestens ab 1. November 2001 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. September 2008 ab.
M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und die vorinstanzlich gestellten Rechtsbegehren erneuern.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Anspruch auf Invalidenleistungen aus beruflicher Vorsorge haben Personen, die im Sinne der Invalidenversicherung zu mindestens 50 % resp. 40 % invalid sind und bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert waren (Art. 23 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen resp. Art. 23 lit. a in der ab 1. Januar 2005 gültigen Fassung).
Der Leistungsanspruch gegenüber einer Vorsorgeeinrichtung, der ein Arbeitnehmer beim Eintritt der Arbeitsunfähigkeit angeschlossen war, für das erst nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses eingetretene Invaliditätsrisiko setzt voraus, dass zwischen Arbeitsunfähigkeit (zum Begriff vgl. Urteil B 49/00 vom 7. Januar 2003 E. 3, in: SZS 2003 S. 521) und Invalidität ein enger sachlicher und zeitlicher Zusammenhang besteht. Die hinreichende sachliche Konnexität ist zu bejahen, wenn der Gesundheitsschaden, wie er der Invalidität zugrunde liegt, im Wesentlichen bereits Ursache der früheren Arbeitsunfähigkeit war (BGE 123 V 262 E. 1c S. 265; 120 V 112 E. 2c/aa und bb S. 117 f.). Der zeitliche Zusammenhang zur später eingetretenen Invalidität als weitere Voraussetzung für den Anspruch auf Invalidenleistung gegenüber der früheren Vorsorgeeinrichtung beurteilt sich nach der Arbeitsfähigkeit in einer der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepassten zumutbaren Tätigkeit. Diese Beschäftigung muss jedoch bezogen auf die angestammte Tätigkeit die Erzielung eines rentenausschliessenden Einkommens ermöglichen (BGE 134 V 20 E. 5.3 S. 27).
2.2 Feststellungen der Vorinstanz, als Ergebnis der Beweiswürdigung, zum Gesundheitszustand (Befund, Diagnose etc.), zur Art des Gesundheitsschadens und zur Arbeitsfähigkeit sind für das Bundesgericht verbindlich, soweit sie nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung eines solchen Mangels für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend ist (Art. 97 Abs. 1 BGG sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397). Dies gilt auch für den Zeitpunkt des Eintritts des berufsvorsorgerechtlichen Versicherungsfalles nach Art. 23 BVG (seit 1. Januar 2004: Art. 23 lit. a BVG; Urteil 9C_182/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 4.1.1), d.h. der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung des medizinischen Dossiers, der SUVA- und der IV-Akten festgehalten, dass der Beschwerdeführer während der versicherten Zeit bei der Beschwerdegegnerin in der angestammten Tätigkeit als Bauhilfsarbeiter zumindest teilweise arbeitsunfähig geworden sei. Eine angepasste Tätigkeit sei jedoch einhellig als zumutbar erachtet worden, mit welcher er ohne weiteres ein rentenausschliessendes Einkommen erzielen konnte. Im Jahr 2000 habe sich der Gesundheitszustand insofern verschlechtert, als der Beschwerdeführer neu über einen intermittierenden Schwindel sowie Konzentrationsstörungen klagte. Im Februar 2001 erwähnten die Ärzte des Spitals X._ erstmals eine Schmerzverarbeitungsstörung (Gutachten vom 20. Februar 2001) bei nach wie vor einer vollumfänglichen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit. Erst mit dem Einsetzen der psychischen Problematik - welche in relevantem Ausmass im Gutachten der MEDAS vom 15. März 2004 auf November 2002 terminiert worden sei - sowie den als erheblich taxierten neuropsychologischen Einschränkungen sei der Beschwerdeführer auch in einer adaptierten Tätigkeit zu 50 % arbeitsunfähig geworden. Ein sachlicher Zusammenhang zwischen der Arbeitsunfähigkeit nach dem Unfall (vom 19. Dezember 1997) und der ab 1. November 2001 eingetretenen Invalidität bestehe nicht.
3.2 Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz sind nicht mangelhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG. Namentlich hat das kantonale Gericht eingehend begründet, weshalb zwischen der nach beendigter Versicherteneigenschaft bei der Beschwerdegegnerin aufgetretenen Arbeitsunfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit und der Arbeitsunfähigkeit nach dem Unfall vom 19. Dezember 1997 der von der Rechtsprechung geforderte enge sachliche Zusammenhang nicht besteht. Diese Schlussfolgerung ist nach der Aktenlage nicht offensichtlich unrichtig noch ist darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes zu erblicken. Die Verneinung eines Anspruchs auf Invalidenleistungen aus der obligatorischen und der weitergehenden Vorsorge verletzt schliesslich auch nicht Bundesrecht. Daran vermögen die weitgehend appellatorischen Vorbringen in der Beschwerde nichts zu ändern. Namentlich kann der Beschwerdeführer nichts aus dem im Rahmen der freien Kognition (vgl. Art. 132 OG) ergangenen Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 21. Januar 2005 (B 32/03, erwähnt in SZS 2005 S. 550) ableiten; denn in diesem Fall war - anders als hier - der enge sachliche Konnex zwischen dem ursprünglichen, die grundsätzliche Leistungspflicht der Vorsorgeeinrichtung begründenden Gesundheitsschaden und der später eingetretenen Erhöhung des Invaliditätsgrades aus psychischen Gründen zu beurteilen. Unbehelflich ist auch der Einwand, Anzeichen einer psychischen Fehlentwicklung seien bereits sehr früh vorhanden gewesen. So bestätige die Rehaklinik Y._ im Austrittsbericht vom 19. August 1998 erstmals eine Symptombetonung und eine leichte depressive Episode und im Austrittsbericht vom 24. Dezember 1998 ein depressives Zustandsbild mit zunehmend dysphorischer Verfärbung. In diesem Zusammenhang kommt es indessen nicht auf die Diagnose, sondern entscheidend auf die Arbeitsunfähigkeit an. Das kantonale Gericht hat in willkürfreier Beweiswürdigung aus den Akten geschlossen, dass eine rentenbegründende Arbeitsunfähigkeit aus psychischen Gründen in relevantem Ausmass erst auf November 2002 terminiert wurde. Die IV-Stelle hat in ihrer Rentenverfügung die Eröffnung der einjährigen Wartezeit ebenfalls rund zwei Jahre nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses als Bauarbeiter festgesetzt. Die SUVA ihrerseits hat den Unfall vom 19. Dezember 1997 auf 1. Februar 1999 abgeschlossen. Von einer unhaltbaren Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann deshalb nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 127 I 54 E. 2b S. 56).
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegende Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer