Erwägungen:
1. X._ erhob mit Eingabe vom 23. August 2011 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau vom 29. Juni 2011. Der Beschwerdeführer wurde mit Verfügung vom 25. August 2011 aufgefordert, spätestens am 9. September 2011 einen Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- einzuzahlen. Die Verfügung wurde als Gerichtsurkunde an die in der Beschwerde angegebene Adresse in Brugg gesandt, wo sie am 26. August 2011 zur Abholung gemeldet wurde. Am 5. September 2011 wurde die Verfügung als nicht abgeholt an das Bundesgericht zurückgesandt; diese Verfügung gilt gemäss Art. 44 Abs. 2 BGG als zugestellt.
Da der Kostenvorschuss innert Frist nicht eingegangen war, wurde dem Beschwerdeführer mit neuer Verfügung vom 23. September 2011 eine nicht erstreckbare Nachfrist zur Vorschussleistung bis zum 4. Oktober 2011 angesetzt; unter Hinweis auf Art. 62 Abs. 3 BGG wurde der Beschwerdeführer darauf aufmerksam gemacht, dass das Bundesgericht bei Säumnis auf das Rechtsmittel nicht eintreten würde. Die Verfügung wurde ebenfalls als Gerichtsurkunde versandt und am 26. September 2011 zur Abholung gemeldet. Am 4. Oktober 2011 wurde die Verfügung als nicht abgeholt an das Bundesgericht zurückgesandt; die Verfügung gilt gemäss Art. 44 Abs. 2 BGG als zugestellt.
Bis zum Ablauf der nicht erstreckbaren Nachfrist hat der Beschwerdeführer keine Zahlung geleistet.
2. Die Partei, die das Bundesgericht anruft, hat einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten zu leisten (Art. 62 Abs. 1 BGG). Gemäss Art. 62 Abs. 3 BGG setzt ihr der Instruktionsrichter bzw. der Abteilungspräsident (vgl. Art. 32 Abs. 1 BGG) eine angemessene Frist zur Leistung des Vorschusses und bei deren unbenützten Ablauf eine Nachfrist, wobei das Bundesgericht auf die Eingabe nicht eintritt, wenn der Vorschuss auch innert der Nachfrist nicht geleistet wird.
Nachdem der Kostenvorschuss auch innerhalb der Nachfrist nicht bezahlt worden ist, ist auf die Beschwerde gestützt auf Art. 62 Abs. 3 BGG im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 BGG nicht einzutreten.
3. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli