Sachverhalt:
A. Am 20. Dezember 2005 verkaufte die Burgergemeinde Thun das Grundstück Heimberg Gbbl. Nr. 1818 im Halte von 980 m2 zum Preis von Fr. 360'000.--.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, veranlagte die Burgergemeinde Thun daraufhin mit Verfügung vom 31. August 2006 für einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 107'100.-- und einen geschuldeten Steuerbetrag von Fr. 32'965.70.
B. Nach erfolglos durchgeführtem Einsprache- und Rekursverfahren beschwerte sich die Burgergemeinde Thun beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, welches die Beschwerde mit Urteil vom 28. August 2009 abwies, soweit es darauf eintrat.
C. Gegen dieses Urteil führt die Burgergemeinde Thun mit Eingabe vom 2. Oktober 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für den mit der Veräusserung des Grundstücks Heimberg Gbbl. Nr. 1818 erzielten Gewinn nicht steuerpflichtig sei. Sie rügt sinngemäss eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts, eine rechtsungleiche Behandlung sowie eine Verletzung der Eigentumsgarantie und der im kantonalen Verfassungsrecht gewährleisteten Vermögensgarantie. Sodann beanstandet sie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs.
Während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag verzichtet, schliessen die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Steuerpflichtige durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; sie ist daher zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die fristgerecht (Art. 100 BGG) eingereichte Eingabe ist daher grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.2 und E. 1.3 hiernach).
1.2 Zwar wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 S. 1.4.1 S. 254). Noch weiter eingeschränkt ist der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen, wenn eine Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht geltend gemacht wird (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG): Diesbezüglich muss die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe präzise und in Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid widerrechtlich sein soll ("qualifizierte Rügepflicht"; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_119/2009 vom 29. Mai 2009 E. 1.2.1).
Diesen Anforderungen genügt die vorliegende Eingabe nur teilweise: Die Beschwerdeführerin begründet nicht, weshalb die ihr auferlegte Grundstückgewinnsteuer gegen die Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) bzw. gegen das kantonale verfassungsmässige Recht der Vermögensgarantie für Gemeinden (Art. 108 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Bern vom 6. Juni 1993 [KV/BE]) verstossen soll. In diesem Umfang ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3 Soweit die Beschwerdeführerin neben einem rechtsgestaltenden Sachurteil auch die ausdrückliche Feststellung des Nichtbestehens einer Steuerpflicht beantragt, kann auf die Beschwerde ebenfalls nicht eingetreten werden, zumal in diesem Zusammenhang kein schutzwürdiges (Feststellungs-)Interesse ersichtlich ist (statt vieler: BGE 126 II 300 E. 2c S. 303 f.; vgl. E. 2 hiernach).
2. Die Beschwerdeführerin behauptet vorab eine formelle Rechtsverweigerung durch das Verwaltungsgericht, da dieses zu Unrecht auf das von ihr - nebst einem rechtsgestaltenden Antrag - gestellte Feststellungsbegehren nicht eingetreten sei: Sie, die Beschwerdeführerin, habe nicht nur an der Aufhebung der angefochtenen Verfügung ein schützenswertes Interesse, sondern auch an der Feststellung, dass die fragliche Transaktion nicht steuerpflichtig sei; ohne diese Feststellung könne die kantonale Steuerverwaltung die beanstandete Besteuerung ohne weiteres neu veranlagen. Aus diesem Grund sei ein gesondertes Feststellungsbegehren immer dann notwendig, wenn nicht nur eine Abänderung des veranlagten Steuerbetrages beantragt werde, sondern die steuerliche Relevanz eines Vorgangs an sich in Frage stehe.
Die Rüge geht fehl: Hebt ein Gericht eine bei ihm angefochtene Veranlagungsverfügung mit der Begründung auf, dass die betreffende Steuer nicht geschuldet sei, so steht die materielle Rechtskraft dieses Urteils einer erneuten Veranlagung derselben Steuer entgegen. Das von der Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren gestellte Hauptbegehren um Aufhebung der beanstandeten Veranlagungsverfügung machte daher das entsprechende Feststellungsbegehren überflüssig, und das Verwaltungsgericht ist auf letzteres mangels eines schutzwürdigen (Feststellungs-)Interesses zu Recht nicht eingetreten.
3. 3.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen von Bundesrechts wegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstückes des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG).
Gemäss Art. 12 Abs. 4 StHG können die Kantone der Grundstückgewinnsteuer auch Gewinne aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen unterstellen. Von dieser Möglichkeit hat der Kanton Bern Gebrauch gemacht, indem er die Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens nicht mit der ordentlichen Einkommens- oder Gewinnsteuer erfasst, sondern sich für ein sogenanntes monistisches System der Grundstückgewinnbesteuerung entschieden hat, in welchem sowohl natürliche als auch juristische Personen für sämtliche Grundstückgewinne einer besonderen Steuerpflicht unterstehen (Art. 126 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 [StG/BE]).
Bezüglich Ausnahmen von der subjektiven Steuerpflicht schreibt das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen lediglich vor, dass die gemäss Art. 23 Abs. 1 lit. d-g und lit. i StHG steuerbefreiten juristischen Personen (insb. Vorsorgeeinrichtungen, Sozialversicherungs- und Ausgleichskassen, juristische Personen mit öffentlichen, gemeinnützigen oder Kultuszwecken) in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen seien (Art. 23 Abs. 4 StHG; vgl. Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Züricher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 1 zu § 218 StG/ZH). Im Übrigen steht dem kantonalen Gesetzgeber diesbezüglich ein grosser Gestaltungsspielraum zu (Bernhard Zwahlen, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, Rz. 2 zu Art. 12 StHG). Insbesondere sind die Kantone frei, die Grundstückgewinnsteuer auch bei anderen steuerbefreiten Institutionen - namentlich solchen gemäss Art. 23 lit. c StHG, d.h. Gemeinden, Kirchgemeinden und anderen Gebietskörperschaften - zu erheben (Marco Greter, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], a.a.O, Rz. 45 zu Art. 23 StHG). Dieser weite Gestaltungsspielraum wird freilich durch die Grundrechte, insbesondere das Gebot der rechtsgleichen Behandlung (Art. 8 Abs. 1 BV), und die daraus abgeleiteten steuerrechtlichen Prinzipien begrenzt (BGE 133 I 206 E. 5 in fine S. 215).
3.2 Burgergemeinden sind öffentlich-rechtliche Körperschaften mit eigener Rechtspersönlichkeit und gehören zu den vier im Kanton Bern anerkannten Gemeindearten (Art. 107 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b KV/BE; vgl. auch Art. 2 Abs. 1 lit. b und Art. 2 Abs. 2 des Gemeindegesetzes des Kantons Bern vom 16. März 1998 [GG/BE]). Sie bestehen aus der Gesamtheit der das betreffende Burgerrecht besitzenden Personen (Daniel Arn, Kommentar zum Gemeindegesetz des Kantons Bern, Rz. 1 zu Art. 112 GG/BE) und gelten daher als Personalkörperschaften (Urs Bolz, in: Kälin/Bolz, [Hrsg.], Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, Ziff. 2 zu Art. 107 Abs. 2 KV/BE). Weil grundsätzlich nur die in der Burgergemeinde wohnhaften Burgerinnen und Burger stimmberechtigt sind (vgl. Art. 113 Abs. 1 GG/BE), verfügen sie aber auch über ein "territoriales Element", welches für Gebietskörperschaften typisch ist (zur Unterscheidung von Personal- und Gebietskörperschaft: Häfelin/ Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl. 2006, Rz. 1295 ff. S. 280 f.; vgl. auch BGE 125 II 177 E. 3 S. 179 ff.). Ihren Finanzbedarf decken die Burgergemeinden, die über keine Steuerhoheit verfügen, weitgehend aus den Erträgen ihres Vermögens, welches überwiegend aus Grundeigentum besteht (Arn, a.a.O., Rz. 3 zu Art. 112 GG/BE). Gemäss Art. 119 Abs. 1 KV/BE und Art. 112 Abs. 1 Satz 2 GG/BE setzen sich die Burgergemeinden nach Massgabe ihrer Mittel zum Wohl der Allgemeinheit ein. Traditionellerweise sind die Burgergemeinden im Vormundschafts-, Sozial- und Kulturbereich tätig (Kälin/Bolz, a.a.O., Ziff. 3a zu Art. 119 KV/BE; vgl. auch Art. 47 des Gesetzes des Kantons Bern vom 11. Juni 2001 über die öffentliche Sozialhilfe [SHG/BE] bzw. Art. 28 des Gesetzes des Kantons Bern vom 28. Mai 1911 betreffend die Einführung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [EG ZGB/BE]).
3.3 Als öffentlich-rechtliche Körperschaften mit eigener Rechtspersönlichkeit unterliegen die Burgergemeinden grundsätzlich der Gewinn- und Kapitalsteuer. Dieser Grundsatz wird allerdings durch Art. 83 Abs. 1 lit. h StG/BE eingeschränkt. Gemäss dieser Bestimmung sind von der Steuerpflicht (betr. die Gewinn- und Kapitalsteuer) u.a. befreit:
"Die bernischen Burgergemeinden und die burgerlichen Korporationen für den Gewinn und das Reinvermögen, soweit diese durch Gesetz oder Gemeindereglement der Vormundschafts- oder Armenpflege gewidmet sind oder der Unterstützung von Kanton oder Gemeinden bei der Erfüllung öffentlicher Aufgaben unmittelbar dienen."
Betreffend die Ausnahmen von der Grundstückgewinnsteuerpflicht sieht das kantonale Steuergesetz indes eine anderslautende Regelung vor, welche die Burgergemeinden nicht erwähnt. Gemäss Art. 127 lit. c StG/BE sind für Grundstückgewinne nicht steuerpflichtig:
"Die Einwohnergemeinden und ihre Unterabteilungen, die Kirchgemeinden der anerkannten bernischen Landeskirchen, die nach dem Gesetz über die jüdischen Gemeinden anerkannten Körperschaften sowie die Gemeindeverbände für Gewinne, die sie im eigenen Gemeinde- oder Verbandsgebiet erzielt haben."
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin hält dafür, dass der Wortlaut von Art. 127 lit. c StG/BE zu eng sei und eine richtige Auslegung dieser Bestimmung zum Ergebnis führe, dass auch die Burgergemeinden für Grundstückgewinne nicht steuerpflichtig seien. Eventualiter müsse von einer echten Gesetzeslücke ausgegangen werden, welche vom Richter in diesem Sinne zu schliessen sei. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz verstosse gegen das Willkürverbot.
4.2 Diesbezüglich führte das Verwaltungsgericht in nachvollziehbarer Weise aus, es ergebe sich aus Wortlaut, Entstehungsgeschichte sowie unter Heranziehung systematischer und teleologischer Gesichtspunkte, dass Art. 127 lit. c StG/BE die Burgergemeinden nicht von der subjektiven Steuerpflicht bei der Grundstückgewinnsteuer ausnehme:
Der Wortlaut, welcher die Begriffe des kantonalen Gemeindegesetzes verwende, erwähne die Burgergemeinden nicht und enthalte auch keinen Hinweis auf eine nicht abschliessende Regelung. Unter der Herrschaft des alten kantonalen Gesetzes vom 29. Oktober 1944 über die direkten Staats- und Gemeindesteuern (aStG/BE), dessen Art. 79 Abs. 2 nahezu gleich gelautet habe wie gegenwärtig Art. 127 StG/BE, sei die Grundstückgewinnsteuerpflicht der Burgergemeinden unbestritten gewesen und aus den entsprechenden Materialien ergebe sich, dass man an diesem Umstand auch unter dem neuen Recht nichts habe ändern wollen. Zudem deuteten die unterschiedlichen Formulierungen hinsichtlich der Steuerbefreiung bei der Gewinn- und Kapitalsteuer einerseits (Art. 83 Abs. 1 lit. h StG/BE) und bei der Grundstückgewinnsteuer andererseits (Art. 127 lit. c StG/BE) ebenfalls auf einen bewussten gesetzgeberischen Entscheid hin.
Zweck der Steuerbefreiung einer Körperschaft sei sodann, dass diese das steuerberechtigte (übergeordnete) Gemeinwesen bei seinen öffentlichen Aufgaben unterstütze und die gegenseitige Besteuerung von verschiedenen Gemeinwesen nicht sinnvoll erscheine. Daher seien die Burgergemeinden teilweise von der Gewinn- und Kapitalsteuer befreit worden. Dass aus demselben Grund an sich auch eine Befreiung von der Grundstückgewinnsteuer naheliegend wäre, treffe zwar zu; der Gesetzgeber habe jedoch für die gewinn- und kapitalsteuerbefreiten Institutionen keinen Anreiz schaffen wollen, sich mittels spekulativer Gewinne aus Liegenschaftsgeschäften zu finanzieren, weshalb er die Befreiung von der Grundstückgewinnsteuer auf jene öffentlichen Körperschaften beschränkt habe, bei denen solche Geschäfte kaum vorstellbar seien.
4.3 Die Beschwerdeführerin stützt ihre abweichende Meinung demgegenüber vor allem auf den gemeinsamen Antrag zum Steuergesetz 2001 des Regierungsrats des Kantons Bern und der parlamentarischen Kommission. Aus diesem ergebe sich, dass unter den Begriff der in Art. 127 lit. c StG/BE ausdrücklich genannten "Gemeindeverbände" auch die weiteren nach Gemeindegesetz zulässigen Organisationsformen zur Erfüllung öffentlich-rechtlicher Aufgaben zu subsumieren seien.
Mit diesem Einwand der Beschwerdeführerin hat sich indes bereits die Steuerrekurskommission des Kantons Bern in ihrem Urteil vom 9. Dezember 2008 umfassend auseinandergesetzt: Sie, die Steuerrekurskommission, weist überzeugend nach, dass ein Gemeindeverband stets einen Zusammenschluss verschiedener Gemeinden voraussetze, was auf die bernischen Burgergemeinden nicht zutreffe. Unter die "weiteren nach Gemeindegesetz zulässigen Organisationsformen" im Sinne des gemeinsamen Antrags des Regierungsrats und der parlamentarischen Kommission falle gemäss Art. 7 GG/BE einzig eine Zusammenarbeit verschiedener Gemeinden in Form eines Vertragsverhältnisses bzw. in Form der Gründung eines öffentlich-rechtliches Unternehmens oder einer juristischen Person des Privatrechts, weswegen sich auch hieraus nichts zu Gunsten der Burgergemeinden ableiten lasse.
Die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführte Fundstelle in den Gesetzesmaterialien ist demzufolge nicht geeignet, eine Steuerbefreiung für die Burgergemeinden zu erreichen.
4.4 Bei dieser Sachlage ist die von der Vorinstanz gezogene Schlussfolgerung, dass Art. 127 lit. c StG/BE die Burgergemeinden nicht von Grundstückgewinnsteuerpflicht befreie, jedenfalls unter den hier massgeblichen Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden.
5. 5.1 Sodann rügt die Beschwerdeführerin, dass die Regelung von Art. 127 lit. c StG/BE - soweit Burgergemeinden nicht unter diese Bestimmung zu subsumieren seien - gegen das Gleichbehandlungsgebot von Art. 8 BV verstosse: Wie eine Einwohner- oder eine Kirchgemeinde sei auch eine bernische Burgergemeinde im Bereich des Vormundschafts- und Sozialwesens tätig. Mindestens im Umfang ihres für diesen Zweck ausgeschiedenen Vermögens sei demzufolge kein Unterschied zwischen der Beschwerdeführerin bzw. deren "Armengütern" einerseits und einer Einwohner- bzw. Kirchgemeinde andererseits festzustellen. Eine sachgerechte und willkürfreie Behandlung der Beschwerdeführerin erfordere deshalb, dass auch sie wenigstens insoweit in den Genuss einer Befreiung von der Grundstückgewinnsteuer komme, als Grundstücke des Armenguts betroffen seien. Andernfalls würden Vermögenswerte, welche im Dienste der Sozialhilfe des Kantons Bern stünden, zugunsten von anderen Staatsaufgaben "entwidmet".
5.2 Der Einwand der Beschwerdeführerin vermag nicht zu überzeugen:
Soweit sie sich auf ihre gemeinnützige Tätigkeit im Sozialwesen beruft, vermengt sie die Gesichtspunkte, die für eine Befreiung von der Gewinn- und Kapitalsteuer (Art. 83 Abs. 1 lit. h StG/BE) gelten, mit jenen, die im Bezug auf die Grundstückgewinnsteuer (Art. 127 lit. c StG/BE) massgebend sind: Wie ausgeführt, ist eine Burgergemeinde von der Gewinn- und Kapitalsteuer nur soweit befreit, als der Gewinn und das Reinvermögen durch Gesetz oder Gemeindereglement der Vormundschafts- oder Armenpflege gewidmet sind oder der Unterstützung von Kanton oder Gemeinden bei der Erfüllung öffentlicher Aufgaben unmittelbar dienen (vgl. E. 3.3); in diesem Umfang erfüllt die Beschwerdeführerin einen öffentlichen oder gemeinnützigen Zweck im Sinne von Art. 23 Abs. 1 lit. f StHG (Greter, a.a.O., Rz. 10 zu Art. 23 StHG). Gerade für diesen Fall schreibt aber Art. 23 Abs. 4 StHG vor, dass auch eine solche juristische Person stets der Grundstückgewinnsteuer unterliege. Mithin bildet die subjektive Steuerpflicht für Grundstückgewinne gewissermassen das Gegenstück zur Steuerbefreiung bei der Gewinn- und Kapitalsteuer.
Im Weitern übersieht die Beschwerdeführerin, dass zwischen ihr selbst und einer Einwohner- bzw. Kirchgemeinde im Hinblick auf die Grundstückgewinnsteuerpflicht sehr wohl bedeutsame Unterschiede bestehen: Während den letztgenannten öffentlich-rechtlichen Körperschaften hauptsächlich Verwaltungsvermögen gehört, das unmittelbar öffentlichen Zwecken dient (Verwaltungsgebäude, Werkhöfe, Schulhäuser, Spitäler, Kirchen, etc.), gehört der Burgergemeinde Thun überwiegend Finanzvermögen, das nur mittelbar - d.h. durch seinen Ertrag - öffentlichen Zwecken zukommt (vgl. Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl. 2009, Rz. 12 zu § 47 S. 448 f.). Dies erhellt ohne weiteres aus dem Liegenschaftsverzeichnis gemäss Beilage 6 zur Beschwerde: Zwar betreibt die Beschwerdeführerin ein Alters- und Pflegeheim (Burgerheim) und hält Seniorenwohnungen. Grösstenteils handelt es sich bei ihrem Grundbesitz jedoch um teils unbebaute, teils mit Wohn- oder Bauernhäusern überbaute Parzellen und vielfach um Waldgrundstücke. Bei der hier fraglichen Parzelle Heimberg Gbbl. Nr. 1818 beispielsweise handelt es sich gemäss Grundbuchmeldung um 834 m2 Acker, Wiese und Wald und um 146 m2 Strasse, Weg, Trottoir und Verkehrsinsel. Dass eine solche Parzelle dem öffentlichen Zweck nicht unmittelbar dient, ist offensichtlich. Damit erscheint aber auch die Grundstückgewinnbesteuerung in einem andern Licht. Schon aus Gründen der Wettbewerbsneutralität, welche das Bundesgericht vermehrt im Zusammenhang mit Steuerbefreiungen berücksichtigt (Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil, Rz. 3 zu Art. 56 DBG) drängt sich hier eine Besteuerung auf (vgl. auch Markus Langenegger, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, Rz. 2 zu Art. 127 StG/BE).
5.3 Von einem Verstoss gegen das Gleichbehandlungsgebot kann gemäss den obenstehenden Erwägungen keine Rede sein. Daran vermag nichts zu ändern, dass der kantonale Gesetzgeber im Rahmen des ihm zustehenden Gestaltungsspielraums (vgl. E. 3.1) auch eine andere Regelung hätte vornehmen können (vgl. beispielsweise die entsprechende Gesetzesbestimmung des Kantons Tessin [Legge tributaria ticinese del 21 giugno 1994, Art. 126 lit. c; Soldini/Pedroli, L'imposizione degli utili immobiliari, Ziff. 2.3 zu Art. 126]).
6. Schliesslich ist hervorzuheben, dass die Beschwerdeführerin im vorliegenden Fall selbst dann der Grundstückgewinnsteuer unterliegen würde, wenn sie direkt unter Art. 127 lit. c StG/BE zu subsumieren wäre, oder wenn sie einer Einwohner- oder Kirchgemeinde gleichgestellt werden müsste: Wie bereits die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, sind die in Art. 127 lit. c StG/BE aufgeführten öffentlich-rechtlichen Körperschaften ausschliesslich für Grundstückgewinne befreit, die sie im eigenen Gemeinde- oder Verbandsgebiet erzielt haben. Verfügt eine Burgergemeinde wie im Kanton Bern auch über territoriale Elemente (vgl. E. 3.2), dann deckt sich das Gebiet der Burgergemeinde mit jenem der Einwohnergemeinde, ungeachtet des Umstands, dass die Burgergemeinde auch ausserkommunalen Burgerinnen und Burgern Leistungen der Vormundschafts- und Armenpflege erbringt. Die Befreiung der Burgergemeinde Thun von einer Grundstückgewinnsteuer, welche aus dem Verkauf eines in der Gemeinde Heimberg gelegenen Grundstücks resultiert, ist deshalb so oder anders ausgeschlossen.
Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin handelt es sich hierbei keineswegs um ein überspitzt formalistisches Argument: Vielmehr sind in diesem Zusammenhang die finanziellen Interessen des jeweiligen Belegenheitsortes, hier der Einwohnergemeinde Heimberg, mit zu berücksichtigen: Dieser ist nicht zuzumuten, die auf ihrem Gemeindegebiet erzielten Grundstückgewinne einer auswärtigen öffentlich-rechtlichen Körperschaft steuerfrei zu belassen, zumal vom so entstehenden Steuerausfall ausschliesslich die benachbarte Burgergemeinde profitieren würde, wogegen die Einnahmen aus der Grundstückgewinnsteuer (kommunaler Anteil) der Gemeinde Heimberg zugute kämen (vgl. Art. 251 Abs. 2 StG/BE).
7. Nach dem Ausgeführten durfte das Verwaltungsgericht die Pflicht der Beschwerdeführerin zur Entrichtung der beanstandeten Grundstückgewinnsteuer bejahen, ohne hierdurch die angerufenen verfassungsmässigen Rechte zu verletzen. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich daher als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler