Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft Bischoffszell nahm mit Verfügung vom 12. Oktober 2011 eine Strafuntersuchung wegen Diebstahls nicht an die Hand. Dagegen erhob der Anzeigeerstatter X._ Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Thurgau setzte ihm mit Schreiben vom 20. Oktober 2011 eine Frist bis 31. Oktober 2011, um einen Beschwerdeantrag und eine nachvollziehbare Begründung nachzureichen. Dabei wurde er darauf hingewiesen, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werde, sollte innert Frist keine den Anforderungen genügende Eingabe eingereicht werden.
X._ liess dem Obergericht am 21. Oktober 2011 eine Faxmitteilung zukommen, worauf ihm das Obergericht am 24. Oktober 2011 mitteilte, dass die Eingabe den Anforderungen gemäss Schreiben vom 20. Oktober 2011 nicht zu genügen vermöge. Am 26. Oktober 2011 faxte X._ dem Obergericht eine weitere Eingabe. Das Obergericht des Kantons Thurgau trat mit Entscheid vom 10. November 2011 zufolge Nichteinreichens von Beschwerdeantrag und Beschwerdebegründung auf die Beschwerde nicht ein. Es führte dabei aus, dass die Eingabe vom 26. Oktober 2011 keinen erkennbaren Zusammenhang mit der angefochtenen Nichtanhandnahmeverfügung vom 12. Oktober 2011 aufweise.
2. Am 14. November 2011 traf beim Bundesgericht eine Eingabe von X._ ein, welche auch an verschiedene andere Amtsstellen adressiert war. Da der Eingabe der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau beigelegt war, ist die Eingabe als Beschwerde gegen diesen Entscheid entgegenzunehmen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer, der keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, legt mit seinen nicht verständlichen Ausführungen nicht dar, inwiefern der angefochtene Entscheid rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) klarerweise nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob die Beschwerde die weiteren Eintretensvoraussetzungen erfüllt. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Bischofszell und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli