Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerdegegnerin 2 erstattete am 10. April 2012 Strafanzeige gegen den Beschwerdeführer wegen Veruntreuung. Mit Verfügung vom 23. August 2012 nahm die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich die Untersuchung nicht anhand. Die Beschwerdegegnerin 2 reichte dagegen Beschwerde ein. Die Vorinstanz hiess diese am 20. Dezember 2012 gut, hob die Nichtanhandnahmeverfügung auf und wies die Angelegenheit zur neuen Entscheidung an die Staatsanwaltschaft zurück. Der Beschwerdeführer erhebt Beschwerde in Strafsachen.
Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid. Gegen einen solchen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Lit. b kommt in Strafverfahren kaum je zur Anwendung (Entscheid des Bundesgerichts 6B_782/2008 vom 12. Mai 2009, E. 1.4) und fällt auch im vorliegenden Fall nicht in Betracht.
Der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG darf nicht bloss tatsächlicher, sondern muss rechtlicher Natur und derart sein, dass er auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (Entscheid des Bundesgerichts 6B_1005/2008 vom 22. Dezember 2008). Eine nicht verfahrensabschliessende Rückweisung eines Strafverfahrens begründet grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG. Dies gilt auch, wenn der Beschwerdeführer die Anzeige als rufschädigend empfindet (vgl. Beschwerde, S. 2).
2. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG). Den ungünstigen finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen.
Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill