Faits:
A. En 2007, les autorités jurassiennes ont lancé un appel d'offres en vue de l'attribution d'un marché de construction portant sur des travaux à réaliser dans le cadre de la Transjurane. La société X._ SA a présenté une offre de même que l'"Association Y._ SA/ Z._ SA". Par décision du 10 décembre 2007, le Gouvernement jurassien a adjugé les travaux à ces deux dernières sociétés pour un montant de 5'564'720,70 fr. Contre cette décision, X._ SA a recouru auprès de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal), en demandant la restitution de l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal a rejeté la demande de restitution de l'effet suspensif par arrêt du 25 mars 2008, notifié le 28 mars 2008. Le 24 avril 2008, X._ SA a recouru contre cet arrêt au Tribunal fédéral (cause 2D_42/2008). La cause a été rayée du rôle par ordonnance du 20 mai 2008, en raison du retrait du recours.
Par lettre du 18 août 2008 au Tribunal cantonal, X._ SA a déclaré retirer son recours contre la décision d'adjudication du 10 décembre 2007 et demandé une réduction des frais de justice.
Par décision du 12 janvier 2009, le Tribunal cantonal a notamment pris acte du retrait du recours, constaté que la procédure était devenue sans objet et mis à la charge de X._ SA les frais de procédure par 2'345 fr. ainsi qu'une indemnité de 23'137,85 fr. à titre de dépens à verser aux deux sociétés appelées en cause, Y._ SA et Z._ SA.
B. Le 12 février 2009, X._ SA a formé un recours constitutionnel subsidiaire contre la décision du Tribunal cantonal du 12 janvier 2009. Elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision attaquée et soit de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants, soit d'ordonner la compensation des dépens, subsidiairement, d'ordonner la réduction des dépens et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée. Y._ SA et Z._ SA concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Gouvernement jurassien n'a pas répondu au recours dans le délai imparti.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 94 consid. 1 p. 96).
1.1 Le présent litige a trait aux dépens alloués dans une affaire de marché public. Or, le type de recours ouvert sur le fond l'est en principe sur les questions accessoires (cf. ATF 134 I 159 consid. 1.1 p. 160 au sujet des frais et 134 V 138 consid. 3 p. 144 au sujet des dépens).
Dans le domaine des marchés publics, le recours en matière de droit public suppose notamment que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (cf. art. 83 let. f ch. 2 LTF), ce qu'il appartient au recourant de démontrer (ATF 133 II 396 consid. 2.1 et 2.2 p. 398 s.). Dès lors que la recourante admet elle-même que la décision entreprise ne soulève pas une question juridique de principe, c'est à bon droit qu'elle a formé un recours constitutionnel subsidiaire.
1.2 La décision attaquée, qui prend acte du retrait du recours et statue sur les frais et dépens, doit être qualifiée de finale, puisqu'elle met fin à l'instance (cf. art. 117 et 90 LTF); elle a en outre été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 114 et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt juridique à son annulation ou à sa modification (art. 115 LTF) en tout cas s'agissant des dépens mis à sa charge, le présent recours est en principe recevable.
1.3 Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que pour se plaindre de la violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine que les griefs soulevés et suffisamment motivés par le recourant (art. 117 et 106 al. 2 LTF; ATF 135 IV 43 consid. 4 p. 47). Il n'a donc pas à vérifier de lui-même si la décision entreprise est en tous points conforme au droit et à l'équité (ATF 134 V 138 consid. 2.1 p. 143 et la jurisprudence citée). Lorsque le grief d'arbitraire est soulevé, il appartient au recourant d'expliquer clairement en quoi consiste l'arbitraire (cf. ATF 134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.). Dans la mesure où le recours remplit ces exigences, il convient d'entrer en matière.
2. La décision attaquée n'est contestée qu'en ce qu'elle condamne la recourante à verser des dépens aux sociétés Y._ SA et Z._ SA. A cet égard, se fondant sur les art. 221 et 228 de la loi jurassienne du 30 novembre 1978 de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle (Code de procédure administrative; ci-après: Cpa; RSJU 175.1) ainsi que sur la jurisprudence constante, le Tribunal cantonal a appliqué le principe selon lequel il incombe à la partie qui retire son recours de supporter les frais de la procédure, ses propres dépens et ceux de la partie adverse. Par conséquent, il a mis à la charge de la recourante un montant de 23'137,85 fr. à titre de dépens dus aux deux sociétés appelées en cause. Ledit montant a été réduit par rapport à la somme réclamée par ces dernières, le Tribunal cantonal considérant qu'il y avait une disproportion manifeste entre les dépens fixés en fonction de la valeur du marché litigieux et le travail effectif de l'avocat.
3. La recourante soutient en premier lieu que les faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 116 LTF et invite le Tribunal fédéral à les rectifier en application de l'art. 118 al. 2 LTF.
3.1 Dans la mesure où X._ SA s'en prend aux circonstances dans lesquelles le marché public a été passé avec les intimées, ses critiques sont irrecevables, parce qu'elles dépassent l'objet de la présente procédure tel que défini dans la décision attaquée.
3.2 La recourante reproche aussi au Tribunal cantonal d'avoir ignoré des faits pertinents, en ne tenant pas compte des circonstances l'ayant conduite à retirer son recours, qui justifieraient de réduire voire de supprimer les dépens. En vertu de l'art. 116 LTF, cette critique ne peut être examinée que dans la mesure où elle se confond avec la violation d'un droit constitutionnel, en l'occurrence avec celle de l'interdiction de l'arbitraire.
4. Soulevant une violation de son droit d'être entendue, la recourante fait valoir que le Tribunal cantonal a enfreint son obligation de motivation issue de l'art. 29 al. 2 Cst., en ne se prononçant pas sur les possibilités offertes par les art. 227 et 228 Cpa, qui permettent de réduire les dépens lorsque l'équité l'exige.
4.1 Le droit d'être entendu implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Il ne lui impose cependant pas d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties; l'autorité peut, au contraire, se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (ATF 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 III 439 consid. 3.3 p. 445 et la jurisprudence citée). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée (arrêt 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1).
4.2 Il ressort clairement de la décision entreprise que le Tribunal cantonal, se fondant sur l'art. 228 Cpa et la jurisprudence, a considéré que la recourante qui retirait son recours devait supporter les dépens de la partie adverse. Le Tribunal cantonal n'a toutefois pas fixé les dépens selon la méthode préconisée par les sociétés appelées en cause, car celle-ci aboutissait à un montant excessivement élevé par rapport au travail effectivement réalisé par l'avocat de ces deux sociétés. En pareilles circonstances, on ne voit manifestement pas que les possibilités de réduction des dépens offertes par le droit cantonal auraient été occultées. Au contraire, le Tribunal cantonal en a fait usage pour réduire le montant réclamé par les deux sociétés appelées en cause et en a expliqué les raisons. Le fait que le montant de 23'137,85 fr. finalement retenu ne réponde pas aux attentes de la recourante, qui aurait souhaité une compensation des dépens, ne relève pas du droit d'être entendu, mais d'une éventuelle application arbitraire des art. 227 et 228 Cpa, grief du reste aussi soulevé dans le présent recours. On ne discerne donc aucune violation du droit de la recourante d'obtenir une décision motivée.
5. Se réclamant de l'art. 9 Cst., la recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'application du droit cantonal.
5.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté ou encore qu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (ATF 134 I 140 consid. 5.4 p. 148; 133 I 149 consid. 3.1 p. 153). En matière d'application du droit cantonal, l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17 s.; 131 I 217 consid. 2.1 p. 219).
5.2 S'agissant des faits, la recourante reproche en substance au Tribunal cantonal d'avoir arbitrairement omis de prendre en compte les circonstances dans lesquelles elle avait été amenée à retirer son recours. Elle soutient avoir été victime d'un "abus de droit" de la part des sociétés appelées en cause, qui ont conclu le contrat d'entreprise résultant de la décision d'adjudication du 10 décembre 2007 avant que le Tribunal fédéral ne statue sur le rejet de la demande de restitution de l'effet suspensif prononcé le 25 mars 2008. Elle soutient que ces sociétés auraient provoqué elles-mêmes le retrait du recours, ce dont le Tribunal cantonal a fait abstraction lorsqu'il a fixé les frais et dépens.
5.3 Dans son arrêt du 25 mars 2008, le Tribunal cantonal a rejeté la demande de restitution de l'effet suspensif présentée par X._ SA parce que le recours de cette société contre la décision d'adjudication du 10 décembre 2007 paraissait manifestement dépourvu de chance de succès sur la base d'un examen prima facie. Cet arrêt a été notifié le 28 mars 2008. Le contrat d'entreprise a été conclu entre l'adjudicateur et les intimées quelques jours après la notification de l'arrêt cantonal refusant l'effet suspensif. X._ SA, pour sa part, a attendu jusqu'au 24 avril 2008 pour recourir au Tribunal fédéral (cause 2D_42/2008) contre cet arrêt.
Il ressort de cette chronologie des événements qu'en concluant le contrat faisant l'objet du marché public litigieux en cours de procédure, les intimées n'ont pas adopté un comportement abusif, ni incité la recourante à retirer son recours. Tout d'abord, le fait que l'arrêt du Tribunal cantonal sur l'effet suspensif n'était pas définitif ne peut être opposé aux intimées. En effet, un recours au Tribunal fédéral n'a en principe pas d'effet suspensif (art. 103 LTF). Or, la conclusion du contrat est intervenue après que le Tribunal cantonal eut rejeté, le 25 mars 2008, l'effet suspensif demandé par la recourante, mais avant que cette dernière n'ait recouru auprès du Tribunal fédéral. Si celle-ci voulait s'opposer à la conclusion du contrat, elle devait déposer le plus rapidement possible un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 25 mars 2008 et demander à l'Autorité de céans que l'effet suspensif soit accordé à titre superprovisoire (cf. Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 22 et 23 ad art. 104 LTF). Au lieu de cela, X._ SA a attendu presque quatre semaines depuis la réception de l'arrêt cantonal du 25 mars 2008 avant de recourir au Tribunal fédéral (cf. ordonnance 2D_42/2008 du 20 mai 2008). Elle ne saurait dès lors imputer la conclusion du contrat d'entreprise et le démarrage des travaux de construction à un comportement abusif des sociétés appelées en cause. Ensuite, contrairement à ce que soutient la recourante, le fait que le contrat ait été conclu ne la conduisait pas de facto à retirer son recours, mais seulement à modifier ses conclusions, en passant de l'exécution du contrat à la constatation de l'illicéité de la décision d'adjudication, afin de pouvoir, le cas échéant, obtenir des dommages-intérêts (cf. ATF 134 II 192 consid. 1.4 p. 196; 131 I 153 consid. 1.2 p. 157). On ne peut donc reprocher au Tribunal cantonal d'avoir arbitrairement omis de tenir compte d'un comportement abusif des intimées lors de la fixation des dépens.
5.4 La recourante se plaint également d'une application insoutenable des art. 227 et 228 Cpa, faisant grief au Tribunal cantonal de ne pas avoir procédé à la compensation des dépens.
Pour mettre les dépens à la charge de la recourante, le Tribunal cantonal s'est référé à la législation jurassienne et à la jurisprudence. D'une part, il s'est basé sur l'art. 228 Cpa aux termes duquel "l'autorité décide si et dans quelle mesure des dépens sont alloués, lorsqu'une procédure devient sans objet, par suite notamment de retrait ou de désistement". D'autre part, il s'est fondé sur le principe général consacré par la jurisprudence selon lequel la partie qui retire son recours supporte les frais et dépens (cf. décision du Tribunal fédéral 2P.294/2006 du 20 juin 2007 consid. 6). En revanche, il n'a pas fait application de l'art. 227 al. 2 Cpa qui prévoit notamment que, lorsque la partie qui succombe pouvait de bonne foi se croire fondée à recourir, l'autorité peut, selon les circonstances, compenser les dépens totalement ou partiellement.
Lorsqu'elle se prévaut de l'art. 227 al. 2 Cpa, la recourante perd de vue que c'est le retrait du recours qu'elle avait interjeté sur le plan cantonal à l'encontre de la décision d'adjudication du 10 décembre 2007 qui est à l'origine de la répartition des dépens litigieuse et non pas le retrait de son recours devant le Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt cantonal du 25 mars 2008 sur l'effet suspensif. L'application de l'art. 227 al. 2 Cpa ne se justifierait donc que s'il apparaissait que la recourante avait de bonne foi pu se croire fondée à recourir au Tribunal cantonal à l'encontre de la décision d'adjudication. Or, la décision attaquée ne contient aucun élément en ce sens. En revanche, il apparaît que le Tribunal cantonal a rejeté la demande de restitution de l'effet suspensif en considérant, prima facie, que le recours de X._ SA à l'encontre de la décision du 10 décembre 2007 n'avait pas de chance de succès. En outre, comme déjà indiqué, la conclusion du contrat d'adjudication n'a contrevenu à aucune décision judiciaire en matière d'effet suspensif et rien n'obligeait la recourante à retirer son recours cantonal, puisqu'elle aurait pu continuer la procédure devant le Tribunal cantonal en modifiant ses conclusions (cf. supra consid. 5.3 in fine). En pareilles circonstances, le Tribunal cantonal n'avait aucun motif de s'écarter du principe général en matière de répartition des dépens au profit de la règle spéciale figurant à l'art. 227 al. 2 Cpa. En n'envisageant pas la compensation des dépens sur cette base, il n'a donc pas appliqué arbitrairement le droit jurassien.
5.5 Reste à examiner le montant des dépens mis à la charge de la recourante, que cette dernière reproche au Tribunal cantonal d'avoir fixé de manière insoutenable.
Pour établir ce montant, le Tribunal cantonal s'est fondé sur l'ordonnance jurassienne du 19 avril 2005 fixant le tarif des honoraires d'avocat (ci-après: l'ordonnance; RSJU 188.61) dont l'art. 6 prévoit que les honoraires sont fixés selon le tarif horaire quelle que soit la procédure (pénale, civile ou administrative), les art. 9, 11 et 13 de l'ordonnance étant réservés. L'art. 11 de l'ordonnance dispose que, si l'affaire a une valeur litigieuse, l'autorité compétente fixe les honoraires dus en fonction de cette valeur, selon un barème figurant à l'art. 13 de l'ordonnance.
Le Tribunal cantonal a constaté que, si l'on tenait compte de la valeur du marché public, comme le demandaient les sociétés appelées en cause, le montant des honoraires serait de 167'534,25 fr. Avec la réduction à 25 % applicable en vertu de l'art. 13 al. 1 let. d de l'ordonnance puisque le litige avait été liquidé sans jugement, on aboutissait encore à plus de 40'000 fr.
Le Tribunal cantonal a ensuite comparé ce montant à celui obtenu sur la base du tarif horaire figurant à l'art. 7 de l'ordonnance. Il a pris comme base le total de 76,2 h. que le mandataire des sociétés appelées en cause avait indiqué pour son activité devant lui, en précisant que ce montant, qui pouvait paraître élevé, était justifié par une note d'honoraires détaillée et par l'importance de la cause. Sur cette base, le Tribunal cantonal est parvenu à la somme de 20'574 fr. (76,2 h. à 270 fr./h.), à laquelle il a ajouté les débours et la TVA pour aboutir au total de 23'137,85 fr.
Le Tribunal cantonal est arrivé à la conclusion qu'il y avait disproportion manifeste entre les dépens de plus de 40'000 fr. demandés par les sociétés appelées en cause sur la base de la valeur litigieuse et les 23'137,85 fr. d'honoraires de l'avocat calculés en fonction de son travail effectif. Appliquant par analogie le règlement du 31 mars 2006 sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral (RS 173.110.210.3), le Tribunal cantonal s'est fondé uniquement sur le tarif horaire pour fixer les dépens à la charge de la recourante.
En procédant de la sorte, le Tribunal cantonal n'est pas tombé dans l'arbitraire. Il a tenu compte du caractère disproportionné des dépens réclamés par les sociétés appelées en cause et les a réduits considérablement, en prenant comme base le travail effectif de l'avocat. Contrairement à ce que soutient la recourante, la somme de 23'137,85 fr. allouée n'apparaît nullement insoutenable, compte tenu non seulement du temps consacré par l'avocat, mais aussi de l'importance de la cause. Le fait que la réduction opérée par le Tribunal cantonal soit insuffisante par rapport à ce que la recourante estime dû ne saurait permettre de qualifier d'arbitraire le montant finalement alloué par le Tribunal cantonal, qui dispose, en cette matière, d'un large pouvoir d'appréciation.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et sera condamnée à verser des dépens aux intimées, créancières solidaires (art. 68 al. 1 et 4 LTF). Le Gouvernement jurassien, qui a du reste formé des déterminations tardives, ne peut prétendre à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimées, créancières solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties ainsi qu'au Gouvernement et à la Chambre administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 18 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Dupraz