Faits :
A.
A.a. En 1922, A._ SA a constitué la Fondation sociale de A._ SA, non inscrite au registre de la prévoyance professionnelle du canton de Berne. En 1989, A._ SA a été intégrée à l'entreprise B._ SA du groupe C._ en même temps que l'usine D._ AG. En 1994, la Fondation sociale de A._ SA a changé de raison sociale pour devenir la Fondation en faveur du personnel de l'usine A._, succursale de B._ SA (ci-après: la fondation).
Après une restructuration des activités du groupe C._ en 2005, les caisses de pension des usines D._ et A._ ont été fusionnées avec l'approbation de l'office chargé de la prévoyance professionnelle et de la surveillance des fondations du canton de Soleure. Les fondations patronales des usines D._ et A._ sont toutefois restées autonomes.
A.b. A la suite de difficultés économiques et structurelles importantes, B._ AG a procédé à de nombreux licenciements. Le 10 juillet 2007, elle a signé avec les représentants de ses ouvriers et de ses employés un plan social, prévoyant diverses prestations en faveur des employés, ouvriers et cadres ayant fait l'objet d'un licenciement pour motifs économiques ou structurels ou n'ayant pas accepté une offre de reclassement proposée par l'employeur.
Le 18 juillet 2007, le conseil de la fondation a décidé de financer, par prélèvements sur les fonds libres, des prestations prévues dans le plan social à hauteur d'environ deux millions de francs. Il s'agissait en particulier d'indemnités de départ et de financement de retraites anticipées octroyées aux employés des usines D._ et A._.
Par lettre du 29 février 2008, le conseil de fondation a précisé à l'intention de l'Office des assurances sociales et de la surveillance des fondations du canton de Berne (actuellement: Autorité bernoise de surveillance des institutions de prévoyance et des fondations; ci-après: l'autorité de surveillance), que la fondation avait décidé de financer, en application de l'art. 3.1 let. a de ses statuts, des indemnités de départ (art. B13 du plan social), des prestations supplémentaires pour les cas de rigueur et les cas sociaux (art. B14 du plan social) ainsi que des versements de primes uniques et de cotisations AVS dans les cas de retraites anticipées (art. C1 ch. 2 et 3 du plan social). Le montant total devait s'élever à 1'894'154 fr., soit 1'891'320 fr. pour les indemnités de départ et 2'834 fr. pour le paiement de cotisations AVS.
A.c. Par décision du 25 novembre 2008, l'autorité de surveillance a enjoint à la fondation d'exiger de C._ le remboursement immédiat du montant de 1'891'320 fr. versé pour le financement des indemnités de départ au sens de l'art. B13 du plan social du 10 juillet 2007 et de lui en apporter la preuve écrite (ch. 1 du dispositif), ainsi qu'à lui faire parvenir un règlement de liquidation partielle jusqu'au 31 décembre 2008 (ch. 2); elle a mis les frais de ladite décision par 818 fr. à charge de la fondation (ch. 3).
B.
La fondation a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral en concluant à l'annulation des ch. 1 et 3 de son dispositif.
A la suite de l'octroi par le juge F._ d'un sursis concordataire à C._ SA, nouvelle raison sociale de B._ SA depuis le 18 juin 2008, ainsi que de la possibilité de trouver un arrangement entre les parties, le Tribunal administratif fédéral a ordonné la suspension de la procédure par décision incidente du 3 avril 2012.
Le 10 janvier 2013, C._ SA a changé une nouvelle fois de raison sociale pour devenir E._ AG, qui a obtenu un concordat par abandon d'actif le 11 septembre 2013.
Par décision incidente du 10 février 2014, le Tribunal administratif fédéral a levé la suspension de la procédure. Après avoir donné l'occasion aux parties de se déterminer une dernière fois, il a rejeté le recours de la fondation par jugement du 23 juillet 2014.
C.
La fondation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation sous suite des frais et dépens.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (cf. art. 97 al. 2 LTF).
2.
Le litige porte sur la validité de l'obligation faite à la recourante d'exiger de C._ le remboursement immédiat du montant qu'elle a versé au moyen de ses fonds libres, dans le cadre du plan social de B._ SA, pour financer des indemnités de départ et des retraites anticipées. Le fait que seuls les ouvriers et retraités de l'usine A._ puissent bénéficier des prestations de la recourante n'est plus contesté.
3.
Le Tribunal administratif fédéral a invalidé la substitution de débiteur décidée unilatéralement par la recourante car elle porte atteinte aux intérêts futurs des travailleurs et des rentiers. En ce qui concerne les bénéficiaires potentiels de prestations de la recourante, les premiers juges ont admis qu'il ne pouvait s'agir que des ouvriers et retraités de l'usine A._. Ils ont également nié que le montant de 325'150 fr., dont la recourante a allégué qu'il s'agissait de prestations de prévoyance stricto sensu, puisse faire l'objet d'un versement de la part de la recourante, faute d'existence d'une clause de porte-fort ou de débiteur solidaire valablement introduite dans le plan social. Ainsi, le Tribunal administratif fédéral a confirmé l'obligation faite par l'intimée à la recourante d'exiger la restitution du montant versé dans le cadre du plan social par 1'673'420 fr. 30, dont à déduire 250'000 fr. s'il était établi que ce montant avait déjà été remboursé.
4.
La recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir constaté les faits de manière manifestement erronée en ayant admis qu'elle avait payé des prestations découlant du droit du travail en lieu et place de l'employeur. Elle soutient qu'elle a payé des prestations résultant du plan social et de cas de rigueur nées à la suite de la restructuration de C._. La recourante considère qu'elle était en droit de payer des indemnités de départ et de retraites anticipées, car cela faisait partie de ses buts statutaires. En admettant le contraire, l'intimée a appliqué l'art. 84 al. 2 CC de manière erronée et fait abstraction du pouvoir d'appréciation accordé au conseil de fondation.
5.
La question de savoir si et à quelles conditions la recourante pouvait prendre en charge des prestations que l'employeur s'était engagé à payer dans le cadre d'un plan social, peut être laissée ouverte au vu de ce qui suit (consid. 6).
6.
6.1. Les buts de la prévoyance professionnelle sont définis à l'art. 1 LPP comme l'ensemble des mesures prises sur une base collective pour permettre aux personnes âgées, aux survivants et aux invalides de maintenir, conjointement avec l'AVS, leur niveau de vie de manière appropriée lors de la réalisation d'un cas d'assurance vieillesse, décès ou invalidité. Certaines mesures, prévues dans un plan social et destinées à alléger les conséquences d'un licenciement, peuvent être considérées comme servant à l'exécution des obligations de l'employeur liées à la prévoyance professionnelle ( HERMANN WALSER, SBVR, 2 e éd., n. 106 p. 2120). Une telle manière de procéder ne doit cependant pas permettre à l'employeur de récupérer l'argent de la fondation (arrêt 2A.224/1997 du 27 août 1998, consid. 3b publié in RSAS 1999 p. 324; HANS-ULRICH Stauffer, Die berufliche Vorsorge BVG/FZG/ZGB/OR/FusG/ZPO, 3eed. 2013, n. 7 ad art. 53d al. 4 LPP). Le fait qu'une fondation bénéficie d'une exonération d'impôt conformément à l'art. 80 al. 2 LPP lui impose de limiter ses buts statutaires à la prévoyance professionnelle à l'exclusion de toutes autres fins (cf. ATF 138 V 346 consid. 5.5.2 p. 361).
6.2. L'art. 3.1 des statuts précise que la recourante a pour but la prévoyance professionnelle des salariés et des retraités de la société fondatrice, respectivement de l'employeur, et qu'elle fournit, en particulier, des prestations et des secours au salarié et au retraité en cas de vieillesse, d'invalidité ou s'il est dans une situation de nécessité telle que maladie, accident ou chômage (let. a). L'art. 4.3 des statuts prévoit que la fortune de la fondation ne peut servir qu'à fournir des prestations ayant pour but la prévoyance; elle ne saurait être utilisée pour le versement de prestations auxquelles l'employeur est tenu légalement ou qui sont habituellement dues en contrepartie de services rendus (p. ex. allocations de renchérissement, allocations familiales ou pour enfants, gratifications, etc.). Aucune contribution n'est perçue de la part des salariés (art. 4.5 des statuts).
Ainsi que le Tribunal administratif fédéral l'a retenu, la recourante est une fondation qui accorde des prestations discrétionnaires, c'est-à-dire des prestations auxquelles les bénéficiaires n'ont aucun droit.
6.3. En l'espèce, le conseil de fondation de la recourante a décidé de financer au moyen de ses fonds libres des " zusätzlichen, nicht arbeitsvertraglichen Leistungen" pour environ deux millions de francs (décision du 18 juillet 2007). Ce montant était destiné à payer des indemnités de départ (art. B13 du plan social), des indemnités de déménagement (art. B4 du plan social) et le financement de retraites anticipées (art. C1 du plan social).
La recourante a admis avoir versé à C._ un montant de 1'894'154 fr. pour financer des indemnités de départ (art. B13), des versements uniques pour préretraites (art. C1) et des prestations supplémentaires pour les cas de rigueur et les cas sociaux (art. B14). Dans le montant versé, une somme de 2'834 fr. a servi à payer des cotisations AVS en cas de retraite anticipée. L'intimée a admis que cette somme avait bien servi à des buts de prévoyance professionnelle et a renoncé à en exiger le remboursement par l'employeur. C'est ainsi un montant de 1'891'320 fr. dont elle a exigé la restitution.
La décision du 18 juillet 2007 du conseil de fondation est basée sur un plan social chiffré, qui prévoit la prise en charge d'indemnités de départ, d'indemnités de retraites anticipées, de primes d'ancienneté, de cotisations AVS (qui ne sont plus l'objet du litige) et d'indemnités de déménagement.
Les indemnités de départ ont été octroyées à tous les employés licenciés selon des critères d'âge et d'ancienneté sans qu'il soit possible de savoir s'il existait un but de prévoyance professionnelle et, le cas échéant, lequel. Les indemnités pour retraite anticipée ont été versées sous une forme inconnue à des salariés dont on ne connaît pas l'âge. De plus, le plan social chiffré ne permet pas de dire si les bénéficiaires ont pris ou non une retraite anticipée (cf. la rubrique "remarques" du plan social chiffré). Par ailleurs, il n'est fait état d'aucun versement de prestations supplémentaires pour les cas de rigueur et les cas sociaux.
6.4. La recourante s'est limitée à se référer aux chiffres du plan social sans dire à quoi ces montants avaient servi et à quelles conditions ils avaient été octroyés. Ainsi, elle n'a pas prouvé ni même rendu vraisemblable que ces différents versements avaient un but de prévoyance professionnelle.
Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral pouvait, sans violer le droit fédéral et sans arbitraire, confirmer l'obligation faite à la recourante d'exiger la restitution du montant de 1'891'320 fr. de la part de l'employeur.
Le recours est dès lors infondé.
7.
La recourante, qui succombe, supporte les frais de la procédure (art. 65 al. 3 let. b, 66 al. 1 LTF; ch. 1 du Tarif des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 16'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 décembre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kernen
Le Greffier : Berthoud