Faits:
A. Le 29 octobre 2007, l'Ambassade d'Ukraine en Suisse a remis à l'Office fédéral de la justice (OFJ) une demande d'extradition du citoyen ukrainien A._, né en 1982. Selon la demande, le 17 août 2005, A._ se serait rendu dans un appartement occupé par B._, à la recherche de sa femme avec laquelle il s'était disputé, et de son fils. Avec deux comparses, il aurait enfoncé la porte d'entrée, menacé les personnes présentes et frappé l'une d'entre elles à la tête avec un pistolet. A l'arrivée de la police, il aurait sauté du balcon. Blessé au dos, il se serait ensuite évadé de l'hôpital.
B. A._ a été arrêté le 18 mars 2008, sur la base d'un mandat d'arrêt émis le 7 novembre 2007, contre lequel il a recouru en vain. Il s'est opposé à son extradition. Dans ses déterminations, des 7 et 14 avril 2008, il exposait avoir été détenu durant deux ans en Ukraine, période durant laquelle il aurait été torturé; il produisait à ce sujet des rapports d'Amnesty International, ainsi qu'un certificat médical. Il relevait que les mauvais traitements et décès en prison étaient courants en Ukraine. Le dossier pénal présentait en outre des incohérences. Il invoquait son état de santé (hépatite C et traitement de substitution à la méthadone), incompatible avec une incarcération en Ukraine.
C. Par décision du 18 juin 2008, l'OFJ a accordé l'extradition. La demande était suffisamment claire et les faits décrits ne constituaient pas un cas bagatelle. Le 8 novembre 2007, le Procureur général de l'Ukraine avait fourni les garanties suivantes:
a) L'Ukraine s'engage à accorder à A._ les garanties de procédure reconnues par la CEDH et le Pacte ONU II, spécialement en ses articles 2 ch. 3, 9, 14, 15 et 26.
b) Aucun tribunal d'exception ne pourra être saisi des actes délictueux imputés à la personne réclamée.
c) La peine de mort ne sera ni requise, ni prononcée, ni appliquée à l'égard de la personne réclamée. Une telle mesure n'est pas prévue en général par la législation ukrainienne.
d) A._ ne sera en outre soumis à aucun traitement portant atteinte à son intégrité physique et psychique (CEDH et art. 7, 10 et 17 Pacte ONU II). Sa situation ne pourra pas être aggravée lors de sa détention au cours de l'instruction préliminaire ou de l'exécution de la peine conformément à la sentence du tribunal ukrainien, en raison de considérations fondées sur ses opinions ou ses activités politiques, son appartenance à un groupe social déterminé, sa race, sa religion ou sa nationalité (art. 2 let. b EIMP).
e) (principe de la spécialité).
f) Toute personne représentant la Suisse en Ukraine pourra rendre visite à A._, sans que les rencontres ne fassent l'objet de mesures de contrôle. La personne réclamée pourra en tout temps s'adresser à ce représentant. En outre, ledit représentant pourra s'enquérir de l'état de la procédure et assister aux débats judiciaires. Un exemplaire de la décision mettant fin à la procédure pénale concernant la personne extradée lui sera remis.
g) Les conditions de détention ne seront pas inhumaines ou dégradantes au sens de l'art. 3 CEDH. Tout traitement portant atteinte à l'intégrité physique ou psychique du détenu sera exclu. La santé du prévenu sera assurée de manière adéquate, notamment par l'accès à des soins médicaux suffisants, dans un établissement pénitentiaire aussi bien qu'en dehors de cet établissement, en cas de besoin.
Ces garanties avaient été complétées, le 13 mai 2008, par des assurances concernant le droit de visite de la représentation suisse, l'information concernant le lieu de détention et d'éventuels transferts, le droit de la personne extradée de communiquer en tout temps et sans surveillance avec l'avocat de son choix, ainsi que le droit de visite des proches. Selon la jurisprudence récente, l'octroi de ces garanties suffisait à pallier les risques de violation des droits fondamentaux ou d'autres vices graves. En dépit des mauvais traitements allégués par l'intéressé, il y avait lieu de se fier aux engagements des autorités ukrainiennes.
D. Par arrêt du 2 octobre 2008, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a confirmé cette décision. Selon la jurisprudence, l'Ukraine, en dépit d'une situation peu favorable du point de vue des droits de l'homme, faisait partie des Etats pour lesquels l'obtention de garanties était propre à prévenir des traitements contraires aux droits humains. L'autorité requérante avait été invitée à se déterminer sur les allégations de mauvais traitement: lors de l'arrestation du recourant en septembre 2000, celui-ci avait tenté de s'enfuir, de sorte qu'il avait été fait recours à la force et à l'usage des menottes; en cours de détention dans la prison de Vinnytsia, le recourant avait fait l'objet de mesures disciplinaires en juin 2002, pour des actes d'insoumission; aucune enquête pénale n'avait été ouverte à raison de ces faits. Les explications fournies par l'autorité requérante sur les circonstances de l'arrestation et les raisons du traitement infligé en détention étaient plausibles; la réaction des autorités n'apparaissait pas disproportionnée, compte tenu de la propension de l'intéressé à la violence. Les allégations de mauvais traitements avaient donné lieu à un examen médical ainsi qu'à des inspections, ce qui satisfaisait aux obligations découlant des art. 3 et 13 CEDH; les irrégularités de procédure avaient été réparées, et le recourant, ainsi que son avocat, avaient retiré leur appel contre le jugement du 27 décembre 2002. Il n'y avait pas lieu de déroger à la pratique instaurée avec les Etats dont la situation était précaire en matière de droits de l'homme.
E. Par acte du 10 octobre 2008, A._ forme un recours en matière de droit public. Il conclut à l'annulation du mandat d'arrêt extraditionnel du 18 mars 2008 et à sa remise en liberté. Il requiert l'assistance judiciaire.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. L'OFJ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejeté. Le recourant a répliqué.
Considérant en droit:
1. Les conclusions du recours concernent uniquement la détention extraditionnelle, qui ne fait pas directement l'objet de l'arrêt attaqué. On comprend toutefois aisément que le recourant entend remettre en cause son extradition, telle qu'elle est confirmée par le TPF. Le fait que ses conclusions soient mal formulées ne prête donc pas à conséquence.
2. Selon l'art. 84 al. 1 LTF, le recours est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'extradition, pour autant qu'il s'agisse d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'art. 42 al. 2 LTF, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces exigences sont satisfaites. Le but de l'art. 84 LTF n'est pas d'assurer systématiquement un double degré de juridiction, mais de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans les domaines de l'entraide judiciaire et de l'extradition, en ne permettant de recourir que dans un nombre limité de cas jugés particulièrement importants (ATF 133 IV 125, 129, 131, 132 et les références citées).
2.1 Le recourant invoque les art. 2 et 37 al. 1 EIMP, ainsi que l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 al. 1 Cst.). Il évoque son incarcération dans une affaire précédente en Ukraine, durant laquelle il aurait été torturé à plusieurs reprises. Il estime que les assurances diplomatiques ne permettraient pas de contourner l'interdiction de renvoyer une personne vers un lieu où il existe un risque réel de traitement contraire aux droits de l'homme; ces assurances seraient dépourvues d'effet juridique contraignant; les mécanismes de contrôle seraient inefficaces; les victimes n'auraient aucune possibilité d'agir juridiquement, et les visites en prison ne seraient pas effectuées par des spécialistes.
2.2 Le TPF n'a pas méconnu qu'il existe, dans l'Etat requérant, des risques de violation des principes fondamentaux concernant notamment la condition des détenus. Il a toutefois considéré que les garanties obtenues de la part de l'Etat requérant étaient propres à prévenir un traitement contraire aux droits de l'homme, en se référant au dernier arrêt rendu par le Tribunal fédéral sur cette question (ATF 134 IV 156). En dépit des critiques de la doctrine, le Tribunal fédéral a considéré que les garanties diplomatiques constituaient en général un moyen efficace d'assurer aux personnes extradées un traitement conforme à la CEDH , en dehors de cas particuliers (appartenance à un groupe social déterminé particulièrement menacé, répression de caractère politique; arrêt précité, consid. 6.8 et 6.11) pour lesquels l'extradition devrait de toute façon être refusée en application des art. 2 let. b et c et 3 EIMP.
Dans les deux cas récents où la Suisse a accordé l'extradition à l'Ukraine (arrêts 1C_301/2007 du 2 octobre 2007 et 1C_224/2008 du 30 mai 2008), moyennant des garanties analogues, aucun mauvais traitement n'a été rapporté, alors qu'un droit de regard avait été reconnu à la représentation suisse ainsi que, dans le dernier cas, aux proches de la personne extradée. Le seul cas dans lequel un Etat requérant n'a pas respecté les garanties posées par la Suisse à l'extradition concernent l'Inde; il ne s'agissait pas de traitements prohibés par l'art. 3 CEDH, mais d'une violation du principe de célérité. Ce cas isolé ne saurait remettre en cause la pratique des assurances diplomatiques (ATF 134 IV 156 consid. 6.12).
2.3 Comme l'a relevé la Cour des plaintes, le recourant se prévaut en vain de la résolution 1547 de l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe, laquelle se rapporte au cas spécifique de la lutte contre le terrorisme. Le recourant prétend que l'Etat requérant tenterait d'obtenir son extradition "par tous les moyens pour des raisons qui semblent pour le moins obscures". Le recourant n'avance toutefois pas la moindre explication sur les raisons réelles pour lesquelles il serait, selon lui, recherché. Il apparaît au contraire que les délits poursuivis sont de pures infractions de droit commun; qu'il s'agisse d'une querelle familiale n'enlève rien à leur caractère pénal.
2.4 Les conditions posées à l'extradition par l'OFJ, et confirmées par le TPF, correspondent donc strictement à la jurisprudence actuelle. Il apparaît ainsi que, compte tenu des assurances exigées de la part de l'Etat requérant, il n'y a pas de raison de supposer que la procédure à l'étranger violera les principes fondamentaux ou comportera d'autres vices graves au sens de l'art. 84 al. 2 LTF. L'intervention d'une seconde instance judiciaire ne se justifie donc pas.
3. Le recours est par conséquent déclaré irrecevable, selon la procédure de l'art. 109 al. 1 LTF. Le recourant a demandé l'assistance judiciaire, et les conditions en sont réunies; Me de Riedmatten est désigné comme avocat d'office du recourant, rétribué par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Hildebrand de Riedmatten est désigné comme avocat d'office du recourant et une indemnité de 1500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Office fédéral de la justice (B 206 389) et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 28 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz