Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 9. November 2007 lehnte die IV-Stelle des Kantons Thurgau das am 3. Januar 2007 bei ihr eingereichte Gesuch des 1953 geborenen G._ betreffend berufliche Massnahmen und Zusprechung einer Rente der Invalidenversicherung ab (Invaliditätsgrad von 8,28 %).
B. Die von G._ hiegegen angehobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 20. August 2008 in dem Sinne teilweise gut, als es die Sache zu weiterer Abklärung und Neuverfügung an die IV-Stelle zurückwies.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, die Verfügungen vom 9. November 2007 seien, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids, zu bestätigen.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Art. 90 BGG). Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig (Art. 92 Abs. 1 BGG). Gegen andere selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde nach Art. 93 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a); oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Als Endentscheide gelten Entscheide, die das Verfahren prozessual abschliessen, sei es mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten. Beim Teilentscheid handelt es sich um eine Variante des Endentscheids. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheide sind; sie können formell- oder materiellrechtlicher Natur sein. Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab und ist somit nach der Regelung des BGG kein Endentscheid, sondern ein Zwischenentscheid (BGE 133 V 477 E. 4.3 S. 482).
2. 2.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Rückweisungsentscheid, mit welchem das kantonale Gericht die Verwaltung verhalten hat, nach weiterer Abklärung neu zu verfügen. Dieser schliesst das Verfahren mithin nicht ab, weshalb sich das Eintreten auf die Beschwerde vorab danach bestimmt, ob der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), wobei die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu ergänzender oder weiterer Abklärung und neuer Entscheidung in der Regel keinen im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt (BGE 133 V 645 E. 2.1 S. 647).
2.2 Die IV-Stelle äussert sich zur verfahrensrechtlichen Eintretensfrage nicht, sie trägt hingegen vor, selbst wenn ab Sommer 2007 auf der Grundlage der im vorinstanzlichen Verfahren eingereichten Arztberichte eine erheblichere Einschränkung in einer leidensangepassten Tätigkeit bestünde als bisher angenommen, wäre diesfalls die einjährige Wartezeit gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG (in der bis zum 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) im Verfügungszeitpunkt vom 9. November 2007 noch am Laufen gewesen, und das Ende des Wartejahres fiele frühestens auf den Sommer 2008. Die Verfügung vom 9. November 2007 - worin die Verwaltung von einem Wartezeitbeginn ab 15. August 2006 ausgeht - bestehe somit auch dann mit Recht, falls auf die neuen Arztberichte abgestellt werde. Die im angefochtenen Entscheid erwähnten veränderten gesundheitlichen Verhältnisse seien unter diesen Umständen im Rahmen einer Neuanmeldung zu prüfen und die Beschwerde hätte abgewiesen werden müssen. Auch wenn diese Ausführungen zutreffen mögen, erleidet indes die IV-Stelle durch den angefochtenen Entscheid keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil. Denn unabhängig davon, ob die Prüfung unter dem Titel der Neuanmeldung oder infolge der Rückweisung wegen ergänzender Klärung des entscheiderheblichen Sachverhaltes erfolgt, hat sie sich nochmals mit der Sache zu befassen, wobei sie nach getätigter Abklärung und im Rahmen einer pflichtgemässen Beweiswürdigung über Höhe und Beginn des Leistungsanspruches eine Verfügung erlassen kann, ohne dass der angefochtene Entscheid präjudizierende Wirkung entfaltet (BGE 133 V 477 E. 5.2.4 S. 484).
2.3 Auch in Bezug auf den Eintretensgrund von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme, die restriktiv zu handhaben ist. Dies gilt umso mehr, als die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid nicht selbst anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG). Das Bundesgericht prüft nach freiem Ermessen, ob bei einer Gutheissung der Beschwerde ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, und damit die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt sind (BGE 133 IV 288 E. 3.2 S. 292; Urteil 9C_19/2007 vom 28. Januar 2008 E. 3).
Die IV-Stelle äussert sich weder zu den Eintretensvoraussetzungen gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, noch ist ein mit der Rückweisung einhergehender zeitlich oder kostenmässig bedeutender Aufwand offenkundig, handelt es sich doch bei den vorzunehmenden Abklärungen nicht um ein weitläufiges Beweisverfahren (vgl. Urteil 9C_446/2007 vom 5. Dezember 2007 E. 3), weshalb auch unter diesem Gesichtswinkel auf die Beschwerde nicht einzutreten ist (BGE 133 III 629 E. 2.4.2 S. 633).
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin