Sachverhalt:
A. Das Statthalteramt Arlesheim setzte X._ mit Haftbefehl vom 25. Mai 2009 in Untersuchungshaft. Es wirft ihm unter anderem Betrug, Urkundenfälschung, Diebstahl, Zechprellerei und Sachentziehung vor. Neben dringendem Tatverdacht bestehe Flucht-, Fortsetzungs- und Kollusionsgefahr. Mit Schreiben vom 26. Mai 2009 erhob X._ Beschwerde gegen den Haftbefehl. Das Statthalteramt beantragte in seiner Stellungnahme neben der Abweisung der Beschwerde die Verlängerung der Untersuchungshaft um vier Monate. Mit Beschluss vom 8. Juni 2009 wies die Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft die Haftbeschwerde ab und ordnete die Fortsetzung der Untersuchungshaft um vier Monate bis zum 8. Oktober 2009 an. Sie bejahte das Vorliegen von Fortsetzungsgefahr und liess offen, ob auch Flucht- und Kollusionsgefahr bestehen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 19. Juni 2009 beantragt X._, der Beschluss der Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen vom 8. Juni 2009 sei aufzuheben und er selbst sei aus der Haft zu entlassen, eventualiter unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen. Subeventualiter sei die Untersuchungshaft auf acht Wochen zu begrenzen. Mit Eingabe vom 24. Juni 2009 stellt X._ zudem ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nach Art. 64 BGG.
Das Statthalteramt Arlesheim und die Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu im Wesentlichen an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. Art. 130 Abs. 1 BGG zulässig. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG zur Beschwerde berechtigt. Das Bundesgericht kann nach Art. 107 Abs. 2 BGG bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Haftentlassung zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägung einzutreten.
1.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe von der beantragten mündlichen Verhandlung abgesehen, obwohl es einer solchen gemäss § 85 Abs. 5 des Gesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 3. Juni 1999 betreffend die Strafprozessordnung (StPO/BL; SGS 251) bedurft hätte. Der Beschwerdeführer macht in dieser Hinsicht jedoch keinen Beschwerdegrund nach Art. 95 ff. BGG geltend. Auf seine Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Untersuchungshaft schränkt die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers ein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 BV, Art. 5 EMRK). Eine Einschränkung dieses Grundrechts ist zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem darf sie den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (Art. 36 BV). Im vorliegenden Fall steht ein Freiheitsentzug und damit eine schwerwiegende Einschränkung der persönlichen Freiheit in Frage. Es bedarf deshalb sowohl nach Art. 36 Abs. 1 Satz 2 BV als auch nach Art. 31 Abs. 1 BV einer Grundlage im Gesetz selbst.
Nach § 77 Abs. 1 StPO/BL ist die Verhaftung einer Person nur zulässig, wenn diese eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird, deshalb gegen sie ein Strafverfahren eröffnet worden ist und einer der in lit. a bis c aufgezählten besonderen Haftgründe vorliegt. Der Beschwerdeführer bestreitet den dringenden Tatverdacht nicht. Er wendet sich jedoch gegen die Annahme des besonderen Haftgrundes der Fortsetzungsgefahr und macht in diesem Zusammenhang implizit eine Verfassungsverletzung geltend.
2.2 Gemäss § 77 Abs. 1 lit. c StPO/BL besteht Fortsetzungsgefahr, wenn aufgrund konkreter Indizien ernsthaft zu befürchten ist, die betroffene Person werde die Freiheit zur Fortsetzung ihrer deliktischen Tätigkeit benützen, sofern diese eine erhebliche Gefahr für Leib, Leben, Freiheit oder Eigentum anderer Personen darstellt.
Nach der Praxis des Bundesgerichts kann die Anordnung von Haft wegen Fortsetzungsgefahr dem strafprozessualen Ziel der Beschleunigung dienen, indem verhindert wird, dass sich das Verfahren durch immer neue Delikte kompliziert und in die Länge zieht. Auch die Wahrung des Interesses an der Verhütung weiterer Delikte ist nicht verfassungs- oder konventionswidrig. Vielmehr anerkennt Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich die Notwendigkeit, Angeschuldigte an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, somit Spezialprävention, als Haftgrund (BGE 135 I 71 E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen).
Bei der Annahme, dass der Angeschuldigte weitere Verbrechen oder erhebliche Vergehen begehen könnte, ist allerdings Zurückhaltung geboten. Die Aufrechterhaltung von strafprozessualer Haft wegen Fortsetzungsgefahr ist nur dann verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte von schwerer Natur sind. Schliesslich gilt auch bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten - dass sie nur als "ultima ratio" angeordnet oder aufrecht erhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine dieser Ersatzmassnahmen verfügt werden (BGE 135 I 71 E. 2.3 S. 73 mit Hinweisen).
2.3 Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 BV, Art. 5 EMRK) wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuches erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 135 I 71 E. 2.5 S. 73 f. mit Hinweis).
2.4 Die Vorinstanz erwog, das Statthalteramt Arlesheim habe gegen den Beschwerdeführer zwölf Verfahren eröffnet, vor allem wegen Betrug, Diebstahl und Urkundenfälschung. In einem Verfahren sei bereits die Verfolgungsverjährung eingetreten. Es lägen einschlägige Vorstrafen vor, wie aus dem Strafregisterauszug vom 6. Juli 2004 ersichtlich sei. Zudem sei der Beschwerdeführer zurzeit mehrfach im automatisierten Polizeifahndungssystem (RIPOL) ausgeschrieben. Das Untersuchungsrichteramt I in Biel führe gegen ihn ein Verfahren wegen Betrug durch (Tatzeit: 15. August 2001). Ebenfalls wegen Betrug sei er vom Untersuchungsrichteramt Oberwallis ausgeschrieben (Tatzeit: 1. Oktober 2001 bis 30. November 2001). Der Juge d'instruction de l'arrondissement de l'est vaudois habe den Beschwerdeführer wegen Diebstahl, Veruntreuung, Betrug und Urkundenfälschung ausgeschrieben (Tatzeit: 1. Mai 2006 bis 31. Oktober 2007). Die bis in die 1970er-Jahre zurückreichenden Vorstrafen und die hängigen Verfahren liessen auf eine sehr ungünstige Rückfallprognose schliessen. Zudem sei das Unternehmen des Beschwerdeführers nicht im Handelsregister eingetragen, weshalb zu befürchten sei, dass er auch in dieser Hinsicht Falschangaben gemacht haben könnte. Schliesslich habe sich der Beschwerdeführer erst Anfang März 2009 bei den Behörden in Camorino angemeldet, obwohl er nach eigenen Angaben bereits seit fünf Jahren dort wohne.
2.5 Diese Ausführungen der Vorinstanz überzeugen nicht. Zunächst ist festzuhalten, dass gemäss Art. 369 Abs. 7 Satz 2 StGB aus dem Strafregister entfernte Urteile dem Betroffenen nicht mehr entgegengehalten werden dürfen. Das Bundesgericht hat in BGE 135 I 71 dargelegt, dass Art. 369 StGB auch vom Haftrichter zu beachten ist. Aus dem Strafregister entfernte Vorstrafen sind deshalb bei der Prüfung des strafprozessualen Haftgrundes der Fortsetzungsgefahr grundsätzlich nicht zu berücksichtigen (a.a.O., E. 2.11 S. 76 f.). Die Vorinstanz hätte sich zur Begründung der Fortsetzungsgefahr nicht auf den Strafregisterauszug vom 6. Juli 2004 stützen dürfen, da dessen Einträge in einem aktuellen Auszug nicht mehr ausgewiesen würden (vgl. dazu die Fristen in Art. 369 Abs. 1 StGB sowie Ziff. 3 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002).
Zur Beurteilung stehen somit strafrechtliche Vorwürfe, die sich auf die Jahre 1995 bis 1998 und 2004 beziehen. Hinzu kommen Ausschreibungen im RIPOL durch Strafverfolgungsbehörden der Kantone Bern, Wallis und Waadt, welche mutmassliche Straftaten aus den Jahren 2001, 2006 und 2007 zum Gegenstand haben. Die Delikte können als von mittlerer Schwere bezeichnet werden. In den vom Statthalteramt Arlesheim geführten Verfahren beläuft sich der Deliktsbetrag laut dem Haftverlängerungsantrag vom 29. Mai 2009 auf ca. Fr. 75'000.--, wovon die Vorinstanz indessen Fr. 6'000.-- als nicht nachvollziehbar bezeichnete. Der Deliktsbetrag, welcher den in den anderen Kantonen geführten Untersuchungen zu Grunde liege, betrage Fr. 63'000.--. Bedeutsam ist, dass es für die Zeit seit November 2007 keine Hinweise mehr auf eine deliktische Tätigkeit des Beschwerdeführers gibt.
Ob der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit seinem Immobilienunternehmen gegen eine firmen- oder handelsregisterrechtliche Bestimmung verstossen hat, scheint für die Frage der Fortsetzungsgefahr nicht ausschlaggebend. Aus der von der Vorinstanz angeführten Stelle des Einvernahmeprotokolls vom 25. Mai 2009 lassen sich im Übrigen auch keine klaren Schlüsse ziehen, zumal der Beschwerdeführer nicht zu einer Präzisierung seiner Antwort aufgefordert wurde. Auf die Frage nach seiner finanziellen Situation wies der Beschwerdeführer damals auf das Unternehmen hin, welches er mit einem Geschäftspartner führe und das unter "A._ und X._" firmiere. Es handle sich um "separate Einzelfirmen" (vgl. zur Firma von Einzelunternehmen Art. 945 Abs. 3 OR und zur vom Jahresumsatz abhängigen Eintragungspflicht Art. 36 der Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 [HRegV; SR 221.411]).
Auch die verspätete Anmeldung bei den Behörden in Camorino, wo der Beschwerdeführer gemäss eigenen Angaben schon seit fünf Jahren wohnt, ist für die Beurteilung der Fortsetzungsgefahr nicht entscheidend. Zwischen der Anmeldung und der Verhaftung, welche gut zweieinhalb Monate später stattfand, gibt es keinen ersichtlichen Zusammenhang. Es ist deshalb davon auszugehen, dass die Anmeldung nicht unter dem Eindruck des Strafverfahrens erfolgte.
Vor diesem Hintergrund und in Anbetracht der erhöhten Anforderungen, welche an die Aufrechterhaltung von strafprozessualer Haft wegen Fortsetzungsgefahr gestellt werden (E. 2.2 hiervor), erweist sich der angefochtene Entscheid als nicht verfassungsmässig.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz die Fortsetzungsgefahr zu Unrecht als gegeben erachtete. Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Es erübrigt sich, auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers einzugehen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben.
Daraus folgt indes nicht, dass auch das Haftentlassungsgesuch gutzuheissen ist. Die Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen liess im angefochtenen Entscheid offen, ob andere besondere Haftgründe vorliegen. Sie führte in ihrer Vernehmlassung im bundesgerichtlichen Verfahren jedoch aus, es sei auch Fluchtgefahr gegeben. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, diesen besonderen Haftgrund im jetzigen Zeitpunkt zu prüfen. Die Angelegenheit ist deshalb zur unverzüglichen Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen wird insbesondere auch die Möglichkeit von Ersatzmassnahmen zu prüfen haben.
Diesem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit erweist sich das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege als gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten wird. Der Beschluss der Präsidentin des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft vom 8. Juni 2009 wird aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Haftentlassungsgesuch wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Basel-Landschaft hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Statthalteramt Arlesheim und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft, Präsidentin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold