Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Bern führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen diverser Konkursdelikte. Am 11. November 2005 stellte die Kantonspolizei beim Betreibungs- und Konkursamt Berner Oberland eine Festplatte sicher, welche X._ im Rahmen eines Konkursverfahrens abgegeben hatte. In der Folge konnte die Festplatte nicht mehr aufgefunden werden, bis sie X._ selbst bei einer Akteneinsicht am 25. Oktober 2010 entdeckte. Anlässlich der Einvernahme, welche der Akteneinsicht vorangegangen war, hatte X._ geltend gemacht, auf der Festplatte befänden sich Daten, die ihn entlasten würden. Mit Schreiben vom 27. Oktober 2010 beantragte er die Auswertung aller darauf gespeicherten Daten. Da die Festplatte über 30'000 Dateien enthielt, forderte ihn die Staatsanwaltschaft in der Folge auf, die Daten im Beisein der Kantonspolizei selber zu sichten, die entlastenden Elemente zu bezeichnen und dafür eine geeignete Software zur Verfügung zu stellen. Gegen diese Verfügung erhob X._ Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern, welches das Rechtsmittel teilweise guthiess. Daraufhin setzte die Staatsanwaltschaft am 31. Oktober 2011 ein neues Schreiben auf. Sie fragte X._ nunmehr an, ob er bei der Sichtung der Dateien seine (freiwillige) Mithilfe anbiete und die zum Lesen der Dateien geeignete Software zur Verfügung stellen könne. Gleichzeitig setzte sie ihm eine Frist zur Antwort bis am 16. November 2011. Am letzten Tag vor Ablauf der Frist verlangte X._ von der Staatsanwaltschaft, die Festplatte sei zu versiegeln. Dieses Gesuch wurde von der Staatsanwaltschaft am 4. Mai 2012 abgewiesen. Es sei verspätet erfolgt; zudem fehle X._ die Legitimation und sei sein Verhalten rechtsmissbräuchlich, da er zuvor die Auswertung der Daten verlangt habe. Eine gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern mit Beschluss vom 6. August 2012 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 12. September 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts und die Verfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben und es sei die Versiegelung der Festplatte anzuordnen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht und die Generalstaatsanwaltschaft haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 4. Oktober 2012 hat das Bundesgericht das Gesuch des Beschwerdeführers um Erlass einer vorsorglichen Massnahme gutgeheissen und die vorläufige Versiegelung der Festplatte angeordnet.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft die Abweisung eines Siegelungsgesuchs gemäss Art. 248 Abs. 1 StPO durch die Staatsanwaltschaft. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG gegeben. Dem Beschwerdeführer, der geltend macht, er sei Inhaber der Festplatte und auf dieser befänden sich unter anderem persönliche Daten (Tagebücher, Bilder, persönliche Mitteilungen etc.), droht infolge der Ablehnung der Siegelung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Es verhält sich insofern gleich wie bei einem Entsiegelungsentscheid (vgl. Urteil 1B_27/2012 vom 27. Juni 2012 E. 1 mit Hinweisen). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Unzulässig ist indessen der Antrag des Beschwerdeführers, auch die Verfügung der Staatsanwaltschaft sei aufzuheben. Diese ist durch den Entscheid des Obergerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, Art. 248 Abs. 1 StPO sehe keine Befristung für den Siegelungsantrag vor. Zudem habe noch keine Auswertung der Festplatte stattgefunden, sondern erst eine Sichtung. Von ihm unter diesen Umständen zu verlangen, in zeitlich nahem Zusammenhang zur Einvernahme vom 25. Oktober 2010 den Siegelungsantrag zu stellen, verletze neben Art. 248 Abs. 1 StPO auch das Verbot der Willkür (Art. 9 BV) und des überspitzten Formalismus (Art. 29 Abs. 1 BV). Zudem sei ihm nie die Möglichkeit gegeben worden, sich vorgängig zum Inhalt der Aufzeichnungen zu äussern, wie dies Art. 247 Abs. 1 StPO verlange. Die Vorinstanz lasse diesbezüglich genügen, dass er sich faktisch habe äussern können, insbesondere anlässlich der Einvernahme vom 25. Oktober 2010. Zu diesem Zeitpunkt habe er aber noch gar keine Kenntnis vom erfolgten Beizug der Festplatte haben müssen, zumal er sie ja erst im Anschluss an die Einvernahme gefunden habe. Es dürfe von ihm auch nicht erwartet werden, sich spontan zu äussern, ohne eine Aufforderung gemäss Art. 247 Abs. 1 StPO erhalten zu haben. Zu beachten sei auch, dass es im Oktober 2010 keineswegs klar gewesen sei, ob der rund zehnjährige Datenträger überhaupt noch gelesen werden könnte. Der angefochtene Entscheid verletze schliesslich Art. 264 Abs. 1 lit. c StPO, da sich auf der Festplatte Korrespondenz mit seinem früheren Rechtsvertreter befinde.
2.2 Das Obergericht führte zur Begründung seines Entscheids aus, es erscheine fraglich, ob der Beschwerdeführer Inhaber der Festplatte gewesen sei, zumal er diese im Rahmen eines Konkursverfahrens der Y._ an das Konkursamt übergeben habe, wo sie in der Folge sichergestellt worden sei. Die Frage könne jedoch offen bleiben, da sein Siegelungsantrag am 16. November 2011 offensichtlich verspätet erfolgt sei. Der Beschwerdeführer sei von Anfang an anwaltlich vertreten gewesen und habe mehrfach die Gelegenheit gehabt, sich zum Inhalt der Festplatte zu äussern. Dies habe er auch getan. So habe er bereits anlässlich seiner Einvernahme vom 25. Oktober 2010 konkrete Angaben zum Inhalt des Datenträgers gemacht, obwohl dieser in diesem Moment noch vermisst wurde. Auch am 27. Oktober 2010, als er die sofortige Auswertung verlangte, habe er sich zu den Daten äussern können. Nachdem am 8. Dezember 2010 der Auftrag an die Kantonspolizei zur Durchsuchung des Datenträgers ergangen sei, sei es nur noch um die Modalitäten gegangen, insbesondere um die Frage der Mitwirkung des Beschwerdeführers.
2.3 Art. 248 Abs. 1 StPO sieht vor, dass Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, zu versiegeln sind und von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden dürfen. Das Gesetz enthält jedoch keine Frist, innert welcher die Siegelung verlangt werden muss; auch die Botschaft äussert sich dazu nicht (Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1239 Ziff. 2.5.4.3). Die Literatur geht, soweit ersichtlich, einhellig davon aus, dass dies sofort zu geschehen hat, das heisst in unmittelbarem zeitlichem Zusammenhang mit der Sicherstellung der Aufzeichnungen oder Gegenstände (OLIVIER THORMANN/BEAT BRECHBÜHL, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 11 zu Art. 248 StPO; CATHERINE CHIRAZI, in: Commentaire Romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, N. 6 zu Art. 248 StPO; ANDREAS J. KELLER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2010, N. 11 zu Art. 248 StPO; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung [StPO], 2009, N. 4 zu Art. 248 StPO). KELLER geht davon aus, dass dem Berechtigten die Möglichkeit eingeräumt werden müsse, sich von einem Anwalt beraten zu lassen und deshalb die Einwendungen gegen eine Durchsuchung allenfalls auch noch einige Stunden nach deren Abschluss vorzubringen (a.a.O.). Die Auffassung, wonach der Antrag auf Siegelung unmittelbar zu stellen ist, entspricht dem Beschleunigungsgebot (Art. 5 StPO). Sie steht zudem in Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 69 Abs. 3 des (durch Art. 446 Abs. 1 und Anhang 1 StPO) aufgehobenen Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (AS 50 685) und zu Art. 50 Abs. 3 VStR (SR 313.0) und wurde vom Bundesgericht unlängst auch in Bezug auf Art. 248 Abs. 1 StPO bestätigt (BGE 127 II 151 E. 4b S. 154; 114 Ib 357 E. 4 S. 360; Urteil 1B_320/2012 vom 14. Dezember 2012 E. 4; je mit Hinweisen).
2.4 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, spätestens am 25. Oktober 2010 Kenntnis von der Sicherstellung der Festplatte und in groben Zügen auch von deren Inhalt gehabt zu haben. Insbesondere ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet, dass er erst später von Gründen, welche der Durchsuchung oder Beschlagnahme entgegenstehen würden, erfahren hat. Wenn er unter diesen Umständen am 27. Oktober 2010 die sofortige Auswertung aller auf der Festplatte vorhandenen Daten verlangte, nahm er damit zum einen sein Recht auf Äusserung gemäss Art. 247 Abs. 1 StPO wahr, zum anderen verzichtete er damit unzweideutig auf die Siegelung gemäss Art. 248 Abs. 1 StPO. Eine zusätzliche förmliche Aufforderung durch die Staatsanwaltschaft an den Beschwerdeführer, sich zum Inhalt der Aufzeichnungen zu äussern, wäre ein leerer Formalismus gewesen. Weder der Wortlaut von Art. 247 Abs. 1 StPO noch dessen Sinn und Zweck, der in der Gewährung des rechtlichen Gehörs liegt, erforderten ein derartiges Vorgehen. Die Vorinstanz verletzte kein Bundesrecht, wenn sie das über ein Jahr später erfolgte Gesuch des Beschwerdeführers auf Siegelung als verspätet ansah.
2.5 Aus den genannten Gründen ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden und es kann offen bleiben, wie es sich mit der Rüge des Beschwerdeführers verhält, das Obergericht habe ihm zu Unrecht Rechtsmissbrauch vorgeworfen. Ob der Beschwerdeführer das Recht auf Siegelung nicht nur wegen Verzicht, sondern auch wegen Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot verwirkt hatte, ist nicht wesentlich. Offen bleiben kann auch die vom Obergericht andiskutierte Frage, ob der Beschwerdeführer überhaupt Inhaber der Daten war.
Bei der Durchsuchung und allfälligen Beschlagnahme der Daten wird die Staatsanwaltschaft insbesondere den Grundsatz der Verhältnismässigkeit (Art. 5 Abs. 2 BV, Art. 197 Abs. 1 lit. c und d, Abs. 2 StPO) und die in Art. 264 StPO genannten Einschränkungen der Beschlagnahme zu beachten haben.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold