Faits:
A. Le 28 juin 2005, au vu de l'art. 168 Cst./VD, qui prévoit notamment que la charge fiscale ne doit pas présenter des écarts excessifs entre les communes (al. 1) et que la péréquation financière atténue les inégalités de charge fiscale consécutives aux différences de capacité contributive entre les communes (al. 2), le Grand Conseil du canton de Vaud a adopté la loi sur les péréquations intercommunales (LPIC; RS/VD 175.51) et le décret du 28 juin 2005 fixant pour les années 2006, 2007, 2008 et 2009 les modalités d'application de la loi sur les péréquations intercommunales (DLPIC ou Décret du 28 juin 2005; RS/VD 175.515). Le Conseil d'Etat du canton de Vaud a adopté le 11 janvier 2006 un "arrêté fixant les critères applicables pour la classification provisoire des communes pour 2006 (péréquation intercommunale et facture sociale)".
Plusieurs communes, ainsi que des particuliers, ont adressé à la Cour constitutionnelle des requêtes, tendant à l'annulation de l'arrêté. Ces requêtes ont été rejetées, en tant qu'elles étaient recevables, par arrêt du 30 mai 2006 (cause CCST.2006.0002). Par arrêt du 7 novembre 2006, le Tribunal fédéral a rejeté le recours de droit public formé par six communes contre cet arrêt (causes 2P.170/171/172.2006).
Le 9 juillet 2007, le Conseil d'Etat a adopté un arrêté fixant les critères applicables à la classification définitive des communes pour 2006, valables pour la péréquation intercommunale et la facture sociale (ci-après: l'arrêté de 2007). Le 31 juillet 2007, l'Autorité de surveillance des finances communales, dépendant du Département des institutions et des relations extérieures (remplacé depuis par le Département de l'intérieur, ci-après: le Département), a notifié aux communes, notamment de Lonay et de Givrins, le décompte définitif concernant la péréquation pour 2006.
Le 27 août 2008, le Conseil d'Etat a adopté un arrêté fixant les critères applicables à la classification définitive des communes pour 2007, valables pour la péréquation intercommunale et la facture sociale (ci-après: l'arrêté de 2008). Le 29 août 2008, l'Autorité de surveillance des finances communales, dépendant du Département, a notifié aux communes, notamment de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully, le décompte définitif concernant la péréquation pour 2007.
B. Les communes de Lonay et de Givrins ont recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Tribunal cantonal) contre les décisions les concernant, dont elles ont demandé principalement l'annulation et subsidiairement la réforme.
Le 23 juillet 2008, le Tribunal cantonal a rendu un arrêt dans des causes parallèles (GE.2006.0065 et GE.2007.0163). Copie de cet arrêt a été communiquée aux communes de Lonay et de Givrins, lesquelles ont, le 17 novembre 2008, maintenu leur recours et demandé la tenue d'une audience.
A l'audience du 1er avril 2009 du Tribunal cantonal, les communes ont réitéré la demande d'expertise déjà formulée à l'appui de leurs conclusions dans leur mémoire de recours. Par décision incidente du 8 avril 2009, le juge instructeur du Tribunal cantonal a rejeté la demande d'expertise.
C. Les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully ont également recouru auprès du tribunal cantonal contre les décisions les concernant, dont elles ont demandé l'annulation dans la mesure où elles mettaient à leur charge des montants péréquatifs supplémentaires par rapport aux acomptes déjà versés pour l'année 2007.
A l'audience du 30 mars 2009 devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, les communes ont réitéré la demande d'expertise déjà formulée à l'appui de leurs conclusions dans leur mémoire de recours. Par décision incidente du 8 avril 2009, le juge instructeur du Tribunal cantonal a rejeté le demande d'expertise.
D. Par deux arrêts du 1er mai 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours des communes de Lonay et de Givrins dans la mesure où il était recevable et rejeté celui des communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully. A l'appui du refus d'administrer une expertise, il a exposé que le Tribunal et les parties maîtrisaient suffisamment la matière complexe de la péréquation, que les communes avaient pu s'appuyer sur les compétences précises et étendues de Mme Andrea Arn, boursière de Crans-près-Céligny, syndique de Buchillon et membre de la Commission paritaire instituée par l'art. 10 LPIC et que le Département était représenté par ses trois spécialistes, MM. Golaz, Weber et Equey, dont les deux premiers sont également membres de la Commission paritaire. Siégeant régulièrement dans la même composition pour toutes les affaires de péréquation, fort de l'expérience accumulée et renseigné amplement par les écritures jointes au dossier et les débats de l'audience du 1er avril 2009, le Tribunal s'estimait en mesure de statuer en connaissance de cause, sans autre complètement de l'instruction. Se fondant sur le principe de l'autorité de la chose jugée, le Tribunal cantonal a décidé qu'il n'avait pas de raison de s'écarter des principes fixés dans l'arrêt rendu le 30 mai 2006 par la Cour constitutionnelle cantonale et le 23 juillet 2008 par lui-même, dans la mesure où l'argumentation présentée par les communes n'était pas différente ou nouvelle par rapport aux griefs déjà examinés. Cela valait en particulier pour le mécanisme des plafonds et des planchers institué par l'arrêté de 2007 ainsi que pour l'application des critères de l'effort fiscal et de la population qui conduirait, selon les communes, à un résultat arbitraire. Compte tenu de la très grande marge de man?uvre concédée au Conseil d'Etat par l'art. 13 LPIC, l'arrêté de 2007 produisait des résultats conformes à l'art. 168 al. 2 Cst./VD et reposait sur une base légale suffisante. Il en allait de même des décisions attaquées qui appliquaient correctement cet arrêté. Enfin, le droit à l'égalité de traitement n'était pas violé du moment qu'aucune des communes citées pour comparaison ne se trouvait dans une situation identique à celles des recourantes, s'agissant des éléments déterminant la charge péréquative.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_366/2009), la commune de Lonay demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entrepris en ce sens que le montant dû au titre de péréquation pour 2006 soit réduit de 4'784'635 à 2'700'271 fr., ou à 2'863'752 fr., ou à 3'174'735 fr., ou à 4'013'505 fr., ou encore à 4'516'977 fr. ou enfin à 4'763'382 fr. Celle de Givrins demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entreprise en ce sens que le montant dû au titre de péréquation pour 2006 soit réduit de 2'808'304 fr. à 1'447'440 fr., ou à 1'633'652 fr., ou à 2'204'840 fr., ou encore à 2'535'145 fr., ou enfin à 2'796'539 fr. Elles demandent subsidiairement que l'arrêt entrepris soit annulé. Elles se plaignent de la violation des art. 5 al. 1 et 2, 8, 9 et 29 al. 2 Cst.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public (2C_368/2009), les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully demandent au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de réformer l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucun montant péréquatif supplémentaire par rapport aux acomptes déjà versés pour l'année 2007 ne soit mis à leur charge. Elles demandent subsidiairement que l'arrêt entrepris soit annulé. Elles se plaignent de la violation des art. 5 al. 1 et 2, 8, 9 et 29 al. 2 Cst.
Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations dans les deux causes. Le Département de l'intérieur conclut au rejet du recours et propose leur jonction.
F. Le 29 janvier 2010, la IIe Cour de droit public a tenu audience publique. La délibération a été limitée à la question de la recevabilité des recours, singulièrement à la qualité pour recourir des communes en matière de péréquation financière intercommunale.
Considérant en droit:
1. Dirigés contre deux arrêts rendus le même jour par la même instance cantonale, les deux recours, rédigés par le même mandataire professionnel, reposent sur des états de fait similaires et exposent une argumentation comparable. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF; ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60 s.).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 III 1 consid. 1.1 p. 3 et la jurisprudence citée). Toutefois, conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dans la mesure où elles ne sont pas immédiatement données, le recourant doit exposer en quoi les conditions de recevabilité sont réunies, en particulier en quoi il a qualité pour recourir, sous peine d'irrecevabilité (ATF 133 II 353 consid. 1 p. 356 et les références citées; arrêt 1C_20/2009 du 30 janvier 2009).
2.1 D'après l'art. 89 al. 1 LTF, la qualité pour former un recours en matière de droit public est reconnue à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire, est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Selon l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes et autres collectivités publiques ont aussi qualité pour recourir lorsqu'elles invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonales ou fédérale. En pareille hypothèse, la qualité pour recourir est en principe admise et la question de savoir si une commune est réellement autonome dans le domaine considéré examinée au fond (ATF 135 I 43 consid. 1.2 p. 45; 129 I 313 consid. 4.2 p. 319).
2.2 Les communes recourantes se plaignent d'une violation de leur autonomie garantie par la Constitution cantonale et fondent par conséquent leur qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 2 lettre c LTF. En l'espèce toutefois, il est de jurisprudence constante que les communes vaudoises ne sont pas autonomes en matière de péréquation financière intercommunale et que la législation cantonale en matière de péréquation ne touche pas non plus l'autonomie restreinte dont elles bénéficient en matière fiscale (arrêt 2P.170, 171 et 172/2006 du 7 novembre 2006). Comme elles ne soutiennent pas non plus que l'art. 168 Cst./VD ou une autre disposition constitutionnelle fédérale ou cantonale leur conférerait des garanties dont elles pourraient invoquer la violation, elles ont certes qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 2 lettre c LTF, mais leur recours est d'emblée infondé (ATF 135 I 43 consid. 1.2 p. 45 s.).
2.3 Les communes recourantes fondent également leur qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 1 LTF. A l'origine, cette disposition a été prévue pour des particuliers. Cependant, une collectivité publique peut fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 1 LTF si l'acte attaqué l'atteint de la même manière qu'un particulier ou de façon analogue, dans sa situation matérielle (patrimoine administratif ou financier) ou juridique et qu'elle a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (ATF 135 II 156 consid. 3.1 157 s. et les références citées).
En l'espèce, les communes recourantes ne sont pas touchées comme des particuliers par les décomptes définitifs du 31 juillet 2007 fixant les montants dus au titre de la péréquation financière pour l'année 2006. Elles sont concernées par ces décomptes en tant que collectivités publiques détentrices de la puissance publique. En effet, l'un des buts du mécanisme péréquatif, qui consiste pour les communes à verser annuellement un montant au fonds de péréquation directe horizontale tel que prévu par l'art. 7 al. 2 LPIC, est de réduire les écarts fiscaux entre les communes (art. 1 al. 2 LPIC). Or seules les collectivités publiques, à l'exclusion des particuliers, peuvent être investies de la souveraineté fiscale. Les recourantes ne peuvent par conséquent se prévaloir de la qualité pour recourir qui est reconnue aux particuliers.
2.4 La collectivité publique peut aussi fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 1 LTF lorsqu'elle est touchée dans ses prérogatives de puissance publique ("hoheitlichen Befugnissen berührt") et qu'elle dispose d'un intérêt public propre digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'acte attaqué (ATF 135 II 156 consid. 3 p. 157 ss; ATF 135 I 45 consid. 1.3 p. 46 s.; 133 II 400 consid. 2.4.2 p. 406). En délibération, la IIe Cour de droit public a décidé de s'en tenir à la jurisprudence publiée et a déclaré recevable le recours en matière de droit public lorsque, comme en l'espèce, une commune s'en prend à la péréquation financière intercommunale imposée par le canton (ATF 135 I 43 consid. 1.3 p. 46 s.; 135 II 156 consid. 3 p. 157 ss; arrêt 2C_756/2008 du 15 décembre 2008). Les recourantes ont donc qualité pour recourir sous cet angle.
2.5 Déposés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues (art. 42 LTF) contre des décisions finales (art. 90 LTF) rendues dans des causes de droit public (art. 82 let. a LTF) par un tribunal cantonal supérieur de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), les recours en matière de droit public sont en principe recevables.
3. 3.1 Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Selon l'art. 95 LTF, le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (let. a). Sous réserve des droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. c LTF), des dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires (art. 95 let. d LTF) et du droit intercantonal (art. 95 let. e LTF), la violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours; le recourant peut uniquement se plaindre de ce que l'application du droit cantonal par l'autorité précédente consacre une violation du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF - notamment du droit à l'égalité (art. 8 Cst.) ou de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) - et du droit international au sens de l'art. 95 let. b LTF (arrêt 9C_517/2009 du 18 janvier 2010, consid. 2; ATF 133 II 249 consid. 1.2.1 p. 252).
3.2 Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal (au sens de l'art. 95 let. c, d et e LTF) que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; arrêt 9C_517/2009 du 18 janvier 2010, consid. 2; ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287). L'acte de recours doit donc, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (ATF 135 III 232 consid. 1.2 p. 234).
3.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF)
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., les recourantes sont d'avis qu'en refusant d'ordonner une expertise le Tribunal cantonal a violé leur droit d'être entendues.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour la partie de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à des offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée). Le droit de faire administrer des preuves suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal (ATF 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505). Par ailleurs, la garantie constitutionnelle n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148).
Le droit d'être entendu ne comprend en revanche pas celui de se prononcer sur les appréciations juridiques émises par l'autorité de jugement. La partie qui s'estime lésée par l'appréciation de cette autorité peut le cas échéant la remettre en cause par la voie du recours; en revanche, elle ne peut pas exiger de participer, de quelque façon que ce soit, au processus de qualification juridique. L'appréciation des faits est en effet un des attributs de la compétence judiciaire; elle ne peut pas être assimilée à l'administration d'un moyen de preuve, notamment à une expertise (arrêt 2P.26/1999 du 26 avril 1999, consid. 2b).
4.2 En l'espèce, les recourantes estiment qu'une expertise était nécessaire pour éclairer de nombreux points de faits techniques liés au mécanisme mis en place par le canton en matière de péréquation. Selon elles, l'expertise devait confirmer "des affirmations factuelles" en particulier que "contrairement à l'art. 168 Cst./VD [...], la péréquation financière n'atténue pas les inégalités de charges fiscales consécutives aux différences de capacité contributive entre les communes, mais les augmentent". Elle devait confirmer aussi que "le système plafond-plancher introduit par l'arrêté du 9 juillet 2007 a pour effet pervers d'aggraver et d'augmenter les différences pour les communes situées au milieu de l'échelle", qu'il "ne corrige nullement les effets mathématiques indésirables", qu'il "concerne et touche presque toutes les communes et pas seulement une minorité d'entre elles", que "le système de péréquation de la Confédération et des cantons n'utilise pas le système du plafond-plancher, ce qui confirme qu'il ne s'agit nullement d'un correctif quasiment inévitable" et enfin que la "[..] moyenne pondérée des trois critères et du classement qui s'ensuit [...] donne [...] des résultats, qui eux, sont faussés". Il s'agissait en résumé d'établir "les effets pervers du mécanisme [...] de la péréquation et notamment des plafonds-planchers", en particulier de l'incidence supplémentaire d'un plafond et d'un plancher sur le classement final. Enfin, l'expertise visait à démontrer que les recourantes payaient davantage en application de la péréquation, alors qu'à s'en tenir aux trois critères effectifs d'effort fiscal, de capacité financière et de population, elles auraient dû moins payer que d'autres communes de comparaison (cf. mémoires de recours, let. E.b).
4.2.1 Dans l'arrêt attaqué concernant les communes de Lonay et Givrins, le Tribunal cantonal a pris acte du prétendu effet de distorsion dénoncé par les recourantes et illustré par deux tableaux qui montraient que le mécanisme accroissait sensiblement leur charge péréquative. Il a aussi retenu que le Département n'avait pas contesté ce point. Il a précisé que l'effet re-distributeur était illustré par un autre tableau produit par le Conseil d'Etat (cf. arrêt attaqué, consid. 10c relatif au grief d'égalité de traitement). Enfin, il ressort de l'arrêt attaqué que le Tribunal cantonal a pris connaissance du mémoire intitulé "Réforme de la péréquation vaudoise (face à la RPT) - un modèle pratique pour 2010" rédigé par Fabrice Weber, chef de l'autorité de surveillance des finances cantonales en vue de l'obtention d'un diplôme auprès de l'Institut des hautes études en administration publique et dont se sont prévalues les recourantes (cf. arrêt attaqué, consid. 5b). Il a aussi eu en mains un graphique produit par les recourantes, illustrant sous forme de courbe les conséquences de la modification du plancher, ainsi qu'un tableau illustrant l'effet cumulé de la double pondération des critères, dont la validité a été admise par le Département (cf. arrêt attaqué, consid. 9c/aa), ainsi que le tableau du classement de l'ensemble des communes établi par le Département.
Dans les développements à l'appui de leur grief, les communes recourantes de Lonay et Givrins font certes référence à de nombreux éléments techniques, mais elles n'exposent pas concrètement en quoi les divers tableaux et documents - rappelés ci-dessus -, dont disposait le Tribunal cantonal, ne suffisaient pas mettre en évidence les faits qu'elles souhaitaient démontrer. Elles ne font pas état d'autres précisions ne figurant par hypothèse pas dans les documents précités, qui auraient nécessité d'ordonner une expertise. En réalité, les recourantes ne se plaignent pas tant de la violation de leur droit d'être entendues ni d'une appréciation anticipée des preuves, dont elles ne démontrent du reste pas le caractère éventuellement arbitraire, mais bien plutôt de la mauvaise application du droit, ce qu'il convient d'examiner sur le fond.
4.2.2 Dans l'arrêt attaqué concernant les communes de Crans-près-Céligny, de Coppet et de Dully, le Tribunal cantonal fait référence aux pièces produites par le Département à son intention: il s'agit notamment des fiches techniques de calcul concernant les recourantes, d'un document d'explication de la péréquation, d'un tableau des éléments déterminants pour la fixation des plafonds et planchers applicables au critère de la capacité financière selon l'arrêté du 22 novembre 2006 et selon l'arrêté du 16 novembre 2008, les éléments de calcul retenus pour la fixation des acomptes pour 2007 ainsi que le tableau de classification finale des communes vaudoises pour 2007. Il mentionne également les documents produits par les recourantes lors de l'audience, démontrant les effets des plafonds et des planchers.
Dans leur grief, les communes de Crans-près-Céligny, de Coppet et de Dully ne font référence à aucun allégué de fait précis dont elles souhaitent établir l'existence au moyen d'une expertise. Elles se contentent de formuler de manière générale leur grief sans expliquer concrètement ce que l'expertise qu'elles ont demandée en audience devant le Tribunal cantonal devrait démontrer qui n'est pas déjà établi par les documents figurant au dossier à disposition du Tribunal cantonal.
Le grief de violation du droit d'être entendu doit par conséquent être rejeté.
5. 5.1 L'art. 168 Cst./VD, entré en vigueur le 14 avril 2003, a la teneur suivante :
« La loi détermine le pouvoir fiscal des communes. La charge fiscale ne doit pas présenter des écarts excessifs entre les communes.
La péréquation financière atténue les inégalités de charge fiscale consécutives aux différences de capacité contributive entre les communes ».
5.2 En application de cette disposition, le Grand Conseil a adopté, le 28 juin 2005, la loi sur les péréquations intercommunales aux fins d'instaurer des mécanismes de péréquation financière ayant notamment pour but de réduire les écarts fiscaux entre les communes et de répartir certaines charges, telles celles qui sont particulières aux villes-centres (art. 1 LPIC). Cette loi contient notamment les dispositions suivantes:
Art. 2 Classification
1Les communes font l'objet d'une classification sur une échelle de 0 à 20, au dixième de point, selon les critères suivants :
1. Effort fiscal : rapport existant entre, d'une part, l'impôt et certaines taxes communales tels que définis à l'article 4, et, d'autre part, l'impôt cantonal.
2. Capacité financière : montant des recettes communales moyennes perçues par habitant, au taux d'imposition moyen des communes et montant par habitant des recettes conjoncturelles, telles que définies à l'article 5.
3. Population communale.
2Ces critères sont pris en considération dans une proportion définie par décret.
Art. 3 impôts communaux déterminants pour le rendement communal du point d'impôt
1Les impôts communaux suivants sont pris en considération pour déterminer le rendement communal du point d'impôt :
- impôt sur le revenu et impôt complémentaire sur la fortune des personnes
physiques, y compris bénéfice et prestations en capital;
- impôt spécial affecté à des dépenses déterminées;
- impôt personnel;
- impôt sur le bénéfice net et sur le capital des personnes morales, y compris
l'impôt minimum;
- impôt spécial des étrangers;
- impôt à la source;
- impôt complémentaire sur les immeubles appartenant à des personnes
morales;
- impôt foncier.
Art. 4 Impôts communaux et taxes déterminants pour la capacité financière des communes
1Les impôts communaux et les taxes suivants sont pris en considération pour déterminer l'effort fiscal (art. 2, ch. 1) :
- les impôts prévus à l'article 3 de la présente loi;
- les taxes annuelles de fonctionnement, à l'exclusion de celles liées à l'équipement et de la taxe communale de séjour.
Art. 5 Impôts communaux et taxes déterminants pour la capacité financière des communes
1Les impôts communaux, les taxes et les parts communales aux impôts cantonaux suivants sont pris en considération pour déterminer la capacité financière (art. 2, ch. 2) :
- les impôts et taxes prévus aux articles 3 et 4 de la présente loi;
- l'impôt sur les frontaliers;
- l'impôt sur les successions et donations;
- l'impôt sur les droits de mutation;
- l'impôt sur les gains immobiliers.
Art. 6 Péréquation indirecte
1Les participations des communes à certaines charges partagées entre le Canton et les communes sont calculées d'après la classification prévue à l'article 2.
2La part à charge de chaque commune est déterminée par sa population pondérée par sa classification.
Art. 7 Péréquation directe : alimentation
1Il est créé un fonds de péréquation directe horizontale.
2Chaque commune verse annuellement au fonds un montant équivalent au rendement communal d'un nombre de points d'impôt fixé par décret.
Art. 8 Péréquation directe: redistribution
1 Le montant du fonds de péréquation est redistribué intégralement aux communes. Il est affecté, par ordre de priorité:
1. à prendre en charge la part des dépenses des communes dépassant un plafond déterminé par décret, dans des domaines précisés et à concurrence d'un nombre de points d'impôt défini par le même décret
2. à limiter l'effort péréquatif total des communes qui ne pourra pas dépasser un plafond, déterminé en points d'impôt, défini par décret
3. à limiter la charge fiscale maximale des communes à un plafond défini par décret
4. à être redistribué aux communes en fonction de la classification prévue à l'article 2. La part que touche chaque commune est déterminée par sa population pondérée par sa classification.
Le Département gère les mécanismes péréquatifs et classe les communes (art. 9 LPIC). Une Commission paritaire comprenant des représentants de l'Etat et des communes contrôle les calculs en matière de classification et préavise au sujet des décisions du Conseil d'Etat (art. 10 LPIC). La classification est calculée annuellement (art. 11 LPIC). Un décret détermine les modalités d'application (art. 12 LPIC) et un arrêté du Conseil d'Etat détermine les modalités annuelles de calcul de la classification, tandis que les modalités techniques d'application peuvent être définies par un règlement (art. 13 LPIC).
5.3 D'après l'art. 2 DLPIC, les critères de classification des communes sont pris en considération dans la proportion respective de 30% pour l'effort fiscal, 50% pour la capacité financière et 20% pour la population. Ils sont précisés par voie d'arrêté. D'après l'art. 3 DLPIC, chaque commune verse annuellement un montant équivalent à 13 points d'impôt communal. Il faut essentiellement retenir ici que les critères qui servent à la pondération doivent être précisés par voie d'arrêté (art. 2 DLPIC). Le Conseil d'Etat détermine par voie d'arrêté les modalités de calcul de la classification des communes et par voie de règlement les dispositions d'application des mécanismes péréquatifs (art. 7 DLPIC). Le calcul de la classification provisoire pour 2006 est basé sur la moyenne des rendements des impôts 2003 et 2004. La classification pour 2007 est basée sur le rendement des impôts de l'année 2005, la classification définitive devant être basée sur les résultats et taux effectifs de l'exercice (art. 8 DLPIC).
5.4 Le 9 juillet 2007, le Conseil d'Etat a adopté l'Arrêté (ci-après l'Arrêté 2007) fixant les critères applicables pour la classification définitive des communes pour 2006 (péréquation intercommunale et facture sociale). L'art. 3 al. 1 de l'Arrêté 2006 prévoit que les planchers et plafonds suivants sont appliqués aux critères de classification des communes :
Critères de classification
Base: rendement 2006
Plafond
Plancher
Critère 1 : effort fiscal
72.00%
41.00%
Critère 2 : capacité contributive
fr. 1'300.-
fr. 7'550.-
Critère 3 : population
Critère 3 : population
4.7 2
Classement final
16.17
16.17
4.4
Le 2 septembre 2008, le Conseil d'Etat a adopté l'Arrêté (ci-après l'Arrêté 2008) fixant les critères applicables pour la classification définitive des communes pour 2007 (péréquation intercommunale et facture sociale). L'art. 3 al. 1 de l'Arrêté 2008 prévoit que les planchers et plafonds suivants sont appliqués aux critères de classification des communes :
Critères de classification
Base: rendement 2007
Plafond
Plancher
Critère 1 : effort fiscal
71.50%
42.50%
Critère 2 : capacité contributive
fr. 8'700.-
fr. 1'400.-
Critère 3 : population
Critère 3 : population
4.6 2
Classement final
16.35
3.65
Les art. 3 al. 2 des Arrêtés 2007 et 2008 prévoient tout deux que les communes dont la classification se situe au-delà du plancher ou du plafond reçoivent respectivement le minimum ou le maximum des points pour le critère considéré. L'art. 5 de ces mêmes arrêtés prévoit que "la répartition de la facture sociale suit une échelle constituée pour moitié d'une classification arithmétique et pour moitié d'une répartition géométrique".
5.5 L'autorité de surveillance des finances communales du canton de Vaud a publié en novembre 2006 un dépliant intitulé: "Péréquation intercommunale - Pour bien comprendre le calcul détaillé - Document d'information" (ci-après: le document de calcul détaillé) auquel le Tribunal cantonal fait également référence dans les arrêts attaqués. Ce document expose en détail, à l'aide d'un exemple, les processus arithmétiques qu'impliquent les dispositions régissant la péréquation directe et indirecte.
5.6 Par arrêt du 30 mai 2006 (CCST.2006/0002), auquel le Tribunal cantonal et les recourantes font référence, la Cour constitutionnelle du canton de Vaud a jugé que la lettre de l'art. 168 Cst./VD ne limitait pas les critères de classification d'une commune dans la péréquation financière. Rien n'empêchait de tenir compte de ce que les "différences" dont il était fait état à l'art. 168 al. 2 Cst./VD se trouvaient d'une part accentuées eu égard à la population communale et d'autre part réduites eu égard à la « réserve passive » que représentait un taux d'impôt communal bas tel que l'exprimait le critère de l'effort fiscal (consid. 4). La capacité financière n'était par conséquent pas à elle seule déterminante en matière de péréquation, puisque les critères de l'effort fiscal et de la population étaient non seulement conformes à l'art. 168 Cst./VD, mais aussi prévus par le législateur cantonal auquel il appartenait d'adopter des normes appropriées. La proposition de suppression des critères de l'effort fiscal et de la population avait d'ailleurs été rejetée à une large majorité (consid. 5). Examinant l'art. 5 de l'Arrêté du Conseil d'Etat du 11 janvier 2006, selon lequel "la répartition de la facture sociale suit une échelle constituée pour moitié d'une classification arithmétique et pour moitié d'une répartition géométrique", la Cour constitutionnelle a jugé qu'une répartition uniquement géométrique aurait eu un effet pervers en ce sens que certaines communes à forte capacité financière auraient vu leurs factures péréquatives augmentées dans une mesure supérieure à une recette d'impôt supplémentaire. Pour éviter cet effet, la répartition géométrique pouvait être atténuée par une répartition arithmétique, dont l'adoption entrait dans la compétence du Conseil d'Etat en application des art. 2 et 13 LPIC (consid. 7). Enfin, les plafonds et les planchers constituaient des "modalités annuelles de calcul de la classification" au sens de l'art. 13 LPIC et avaient pour but d'éliminer les valeurs s'écartant excessivement des valeurs des autres communes, selon la règle des trois écarts-type, dont la détermination était décidée par la commission paritaire (consid. 8).
5.7 Dans l'arrêt attaqué concernant les communes de Lonay et Givrins, se fondant sur le tableau du classement de l'ensemble des communes produit par le Département pour 2007, le Tribunal cantonal a constaté les faits suivants: Sur l'échelle de classification allant de zéro à vingt points, douze communes, regroupant au total 8'563 habitants et dont le taux d'imposition moyen était de 54,31%, recevaient la note zéro. Seize communes recevaient entre 0,2 et 3,8 points. Au total, vingt-huit communes, regroupant 27'708 habitants et dont le taux d'imposition moyen était de 64,4 %, présentaient un écart positif de quatre points. A l'autre extrémité du classement, se trouvaient cent communes à quatre points d'écart négatifs (soit entre 16 et 19,9 points); elles regroupaient 236'588 habitants et leur taux d'imposition moyen était de 81,45%. Enfin, six communes avaient reçu la note 20; elles regroupaient 38'632 habitants et leur taux d'imposition moyen était de 81,25%. Il a ensuite reproduit le tableau suivant dont les recourantes ne contestent pas le contenu chiffré:
Hab.
taux fiscal
(%)
Valeur du point (fr.)
Effort fiscal
(crit. 1)
(%)
Capacité financière (crit. 2)
Population (crit. 3)
Montant total à payer
Montant par hab.
Nombre de points pour payer
classe finale
Lonay
2291
60
106844
45.65
4739
3.36
4784635
2088
45
45
5.1 Givrins
872
64
60738
45.61
5790
2.94
2808304
3220
46
46
1.2 Mex
571
50
46480
36.95
6344
2.76
2120779
3714
45
0
Coppet
2542
60
217656
43.98
6384
3.41
9415121
3703
43
43
0.2 Crans-sur-Céligny
1804
60
162517
44.01
6571
3.26
6889226
3818
42
0
Bursinel
371
59
31763
43.25
6852
2.57
1395221
3760
44
0
Mies
1486
60
137048
42.89
7223
3.17
5716146
3846
42
0
Bougy-Villars
434
57
38652
42.95
7504
2.64
1651591
3805
43
0
Chéserex
1163
40
164721
28.18
10419
3.07
5220688
4488
32
0
Dully
497
50
62824
34.45
11228
11228
2.7 2132639
4291
34
0
Coinsins
388
39
96138
26.97
18185
2.59
2227725
5741
23
0
Vaux-sur-Morges
166
53
62376
37.73
27141
2.22
1250413
7532
20
0
6. Invoquant l'art. 5 Cst., selon lequel le droit est le fondement et la limite de l'activité de l'Etat, ainsi que les art. 35 et 36 Cst., les recourantes se plaignent de la violation du principe de la légalité sur plusieurs points.
6.1 Selon elles, le raisonnement de la Cour constitutionnelle vaudoise tel que repris par le Tribunal cantonal dans les arrêts attaqués aurait validé l'atténuation de la courbe de répartition géométrique applicable à la facture sociale pour tenir compte d'un effet pervers, mais sans se prononcer sur le bien-fondé de cette répartition. Elles considèrent que l'introduction du facteur géométrique est incompatible avec l'art. 168 al. 2 Cst./VD et aboutit à ce que les communes situées aux extrémités du classement voient augmenter leur facture sociale. En d'autres termes, ce seraient non seulement les communes riches situées dans le classement entre 0 et 7.6, mais aussi les communes pauvres qui en pâtiraient. Le système serait donc inapproprié.
6.2 Le Tribunal cantonal a fait sienne la constatation de la Cour constitutionnelle du canton de Vaud (arrêt du 30 mai 2006) selon laquelle les art. 2 et 13 LPIC constituaient les fondements légaux qui autorisaient le Conseil d'Etat à adopter l'art. 5 de l'Arrêté du 11 janvier 2006 (cf. arrêt concernant les communes de Lonay et Givrins, consid. 3b). Cette disposition a été reprise sans changement dans les Arrêtés 2007 et 2008 en cause en l'espèce. En tant qu'elles se plaignent de ce que le Conseil d'Etat ne disposait pas de base légale, les recourantes n'exposent pas concrètement en quoi l'interprétation et l'application du droit cantonal par le Tribunal cantonal sous cet angle serait arbitraire ou insoutenable. Insuffisamment motivé au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, le grief est irrecevable.
6.3 Dans la mesure où les recourantes entendent se plaindre non pas de l'absence de base légale, mais des effets de la règle de répartition, leur grief revient à se plaindre de l'interprétation ou de l'application du droit cantonal, notamment en relation avec l'art. 168 al. 2 Cst./VD. A cet effet, les recourantes se bornent à comparer le système retenu par le Conseil d'Etat avec un système de répartition purement mathématique. Cette motivation est appellatoire et ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF relatives au droit cantonal (cf. consid. 3.2 ci-dessus). Dans cette mesure, le grief est irrecevable.
6.4 Les griefs de violation des art. 35 et 36 Cst. ne sont quant à eux nullement motivés, ne serait-ce que parce que les recourantes ne précisent pas quel droit fondamental, dont elles pourraient se prévaloir en tant que collectivité publique, serait le cas échéant restreint par la réglementation cantonale. Ces griefs sont par conséquent irrecevables.
7. Invoquant les art. 5 al. 2 et 9 Cst., les recourantes soutiennent que la répartition en partie géométrique de la facture sociale dans la péréquation indirecte est arbitraire et viole le principe de proportionnalité.
7.1 Une norme cantonale viole le principe de l'interdiction de l'arbitraire si elle ne repose pas sur des motifs objectifs sérieux, si elle est dépourvue de sens et de but ou si elle viole gravement un principe juridique incontesté. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité précédente paraît concevable, voire préférable (ATF 134 I 263 consid. 1 p. 265; 134 II 124 consid. 4.1 p. 133; 134 I 140 consid. 5.4 p. 148).
Le principe de la proportionnalité figurant à l'art. 5 al. 2 Cst. n'est pas un droit fondamental, mais simplement un principe constitutionnel. Comme le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral en général (art. 95 let. a LTF), il est possible d'invoquer le principe de la proportionnalité directement et indépendamment d'un droit fondamental (ATF 134 I 153 consid. 4.1 p. 156 s. et les références; arrêts 2C_81/2008 du 21 novembre 2008, consid. 5.1; 2C_444/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2). Le Tribunal fédéral a toutefois précisé que, lorsqu'il examine le droit cantonal indépendamment de toute atteinte à un droit fondamental, il ne revoit pas le respect du principe de la proportionnalité librement, mais seulement sous l'angle de l'arbitraire (ATF 134 I 153 consid. 4.3 p. 158; arrêts 2C_81/2008 du 21 novembre 2008, consid. 5.1; 2C_444/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2 in fine). L'atteinte au principe de la proportionnalité soulevée ici se confond donc avec le grief d'arbitraire.
7.2 Les recourantes exposent que la répartition pour moitié géométrique de la facture sociale confère un avantage aux communes dont le classement se situe entre 7.6 et 18.2 par rapport aux communes situées aux extrémités. Elles qualifient cet avantage d'indû et se plaignent, chiffres et tableaux à l'appui, de ce qu'elles seraient de la sorte amenées à payer plus que si le législateur avait choisi une répartition uniquement arithmétique. Une répartition arithmétique, selon elles, répondrait mieux aux règles d'aptitude et de nécessité sous-jacentes au principe de proportionnalité.
Cette argumentation est insuffisante au regard des exigences de l'art. 106 al.2 LTF. Elle n'expose pas en quoi la répartition choisie par le législateur cantonal serait arbitraire: Le simple fait qu'une répartition arithmétique serait éventuellement préférable pour répartir la facture sociale entre les communes vaudoises ne permet pas encore de qualifier la répartition pour moitié géométrique et pour moitié mathématique choisie par le Conseil d'Etat d'insoutenable au regard des art. 168 al. 2 Cst./VD et 13 LPIC. Il importe peu par conséquent que, selon les recourantes, l'arrêt du 30 mai 2006 de la Cour constitutionnelle, dont les motifs ont été repris par le Tribunal cantonal, se soit limité à valider l'atténuation du système de répartition, sans examiner la validité du critère de répartition géométrique.
Le grief est par conséquent rejeté dans la mesure où il est recevable.
8. Invoquant l'art. 8 Cst., les recourantes sont d'avis que les mécanismes péréquatifs choisis par le Conseil d'Etat violent le droit à l'égalité.
8.1 Un arrêté de portée générale viole le droit à l'égalité ancré à l'art. 8 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente; cela suppose que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (ATF 135 I 130 consid. 6.2 p. 137; 131 I 377 consid. 3 p. 382 s.). La question de savoir s'il existe un motif raisonnable pour une distinction peut recevoir des réponses différentes suivant les époques et les idées dominantes. Le législateur dispose toutefois d'un large pouvoir d'appréciation dans le cadre de ces principes et de l'interdiction de l'arbitraire (ATF 135 I 130 consid. 6.2 p. 137; 131 I 1 consid. 4.2 p. 6 et la jurisprudence citée).
8.2 Réitérant l'argumentation qu'elles avaient déjà formulée en instance cantonale de recours, les communes recourantes de Givrins et Lonay sont d'avis qu'elles "supportent des charges péréquatives exprimées conformément au mécanisme de péréquation vaudoise en nombre de points d'impôts (= charge fiscale) supérieures aux communes de comparaison", alors qu'elles auraient à la fois l'effort fiscal le plus élevé, la capacité financière la plus basse, la population la plus élevée et le classement final le moins élevé, ce qui serait contraire au but de l'art. 168 al. 2 Cst./VD et de l'art. 2 ch. 1, 3 et 5 LPIC. A l'appui de son grief, la Commune de Givrins compare sa situation à celle de Bougy-Villars, Mex, Montricher, Vaux-sur-Morges, Coinsins, Bursinel et Dully alors que la Commune de Lonay compare la sienne à celle de Bougy-Villars, Montricher, Paudex, Vaux-sur-Morges, Chéserex, Coinsins, Crans-près-Céligny. Mies, Bursinel et Dully (mémoire de recours, p. 18). L'examen du Tribunal fédéral se limitera à la comparaison avec les communes citées par les recourantes (art. 106 al. 2 LTF) pour autant que les éléments chiffrés qui concernent les communes de comparaison ressortent des arrêts attaqués respectifs (art. 105 al. 1 LTF).
8.3 Les communes recourantes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully soulèvent un grief identique. A l'appui de son grief, la Commune de Crans-près-Céligny compare sa situation à celle de Bougy-Villars, Vaux-sur-Morges, Chéserex, Coinsins et Mies, la Commune de Coppet à celle de Bougy-Villars, Vaux-sur-Morges, Chéserex, Coinsins, Crans-près-Céligny, Mies et Dully tandis que la Commune de Dully compare la sienne à celle de Vaux-sur-Morges, Coinsins, Crans-près-Céligny et Mies.
Toutefois, dans l'arrêt concernant les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully, le Tribunal cantonal avait comparé la situation de celles-ci avec celle des communes de Pizy, Genolier, Rougemont, Founex, Trélex, Corseaux, Lutry, Jouxtens-Mézery, Chavannes-de-Bogis, Borex, Henniez, Commugny, Bogis-Bossey, Perroy, Begnins, St-Saphorin-sur-Morges, Grandvaux, Vich, Pully, Le Mont-sur-Lausanne, Arzier, Ormont-Dessus, La Tour-de-Peilz, Gryon, Tolochenaz, Gland, Veytaux, Denens, Ollon et Lausanne (cf. arrêt attaqué, consid. 7d). Il n'a en revanche nullement examiné les communes citées pour comparaison par les recourantes devant le Tribunal fédéral. Ces communes de comparaison et les données chiffrées qui les concernent constituent donc des faits nouveaux prohibés par l'art. 99 LTF.
9. 9.1 Dans l'arrêt concernant les Communes de Lonay et Givrins, le Tribunal cantonal a jugé que le "nombre de points d'impôt nécessaires pour payer" la facture de la péréquation ne pouvait être retenu pour établir une violation du droit à l'égalité, "dans la mesure où la péréquation au sens de l'art. 168 Cst./VD avait pour but d'atténuer les différences de charge fiscale entre les contribuables, et non point entre communes" (arrêt attaqué, consid. 12). Il convenait dans cette logique d'utiliser le critère du "coût par habitant" qui permettait de constater que les communes recourantes payaient moins par habitant que les communes avec lesquelles elles demandaient à être comparées (cf. consid. 5.7 ci-dessus), de sorte que le grief de violation du droit à l'égalité devait être écarté.
9.2 Les communes recourantes de Givrins et Lonay reprochent au Tribunal cantonal de fonder la comparaison sur des facteurs étrangers au mécanisme voulu et adopté par le législateur. A leur avis, la comparaison devrait se fonder sur le "nombre de points d'impôt nécessaires pour payer", parce qu'il tiendrait compte des quatre critères légaux que sont l'effort fiscal, la capacité financière, la population et le classement final.
9.3 Ce raisonnement ne saurait être suivi. Le critère de comparaison utilisé par les recourantes se fonde sur le (nombre de) points d'impôt (nécessaire à payer la facture sociale ou totale). Or, le point d'impôt n'est calculé qu'en fonction des impôts communaux énumérés par l'art. 3 LPIC et du taux d'impôt communal. Il n'est nullement le reflet, quoiqu'en disent les recourantes, de l'ensemble des critères résultant de l'art. 2 LPIC ni d'ailleurs de l'ensemble des indices et données statistiques combinés pour calculer la charge péréquative de chacune des communes. Il est par conséquent également vain pour établir la violation alléguée du droit à l'égalité de tenter de tirer argument de trois voire quatre critères pris ensemble, séparément ou de manière combinée et de s'arrêter sur la valeur avantageuse ou désavantageuse - selon le point de vue - pour les recourantes de l'effort fiscal, de la capacité financière, de la population et du classement final par rapport aux autres communes. Ces éléments à eux seuls ne rendent pas compte de l'ensemble des indices qui ont servi au calcul de la charge péréquative totale tel qu'il ressort du document de calcul détaillé (cf. consid. 5.5 ci-dessus) et dont le choix entre dans la très grande latitude que confère l'art. 168 al. 2 Cst./VD ainsi que les dispositions de la loi sur les péréquations intercommunales au Conseil d'Etat. Ni l'art. 168 al. 2 Cst./VD ni l'art. 1 LPIC, qui définissent ensemble directement et indirectement les buts des mécanismes péréquatifs, n'exigent du Conseil d'Etat, comme le voudraient les recourantes, qu'il établisse une échelle des communes vaudoises de la plus pauvre à la plus riche et s'y tienne strictement pour calculer la charge péréquative. Il s'agit plutôt d' "atténuer" (art. 168 al. 2 Cst./VD), de "réduire" les écarts (art. 1 al. 2 ch. 1 LPIC), de leur "assurer certaines ressources" (art. 1 al. 2 ch. 2 LPIC), de "répartir" voire de "compenser" (art. 1 al. 2 ch. 3 à 4 LPIC). En revanche, il ressort de l'art. 168 al. 1 Cst./VD que les communes du canton de Vaud sont des collectivités publiques qui détiennent en tant que telles un certain pouvoir fiscal (souveraineté), dans les limites fixées par la loi, de sorte qu'il n'est pas insoutenable de considérer, avec le Tribunal cantonal, que les inégalités de charges fiscales que l'art. 168 al. 2 Cst./VD veut atténuer sont celles qui touchent les contribuables et non pas les communes elles-mêmes. Il n'est par conséquent pas arbitraire de fonder l'examen du respect du droit à l'égalité sur le coût par habitant de la charge péréquative totale. Sous cet angle, il ressort du tableau de comparaison, sur lequel s'est fondé le Tribunal cantonal (cf. consid. 5.7 ci-dessus) que le grief de violation du droit à l'égalité soulevé par les communes de Givrins et Lonay doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, tandis que le même grief soulevé par les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully est irrecevable (cf. consid. 8.3 ci-dessus).
10. Succombant, les communes recourantes, qui défendent un intérêt patrimonial, doivent supporter un émolument de justice (art. 66 al. 1 et 4 LTF), de 3'500 pour les communes de Lonay et de Givrins, solidairement entre elles et de 3'500 fr. pour les communes de Crans-près-Céligny, Coppet et Dully également solidairement entre elles. Aucune indemnité de partie n'est allouée (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_366/2009 et 2C_368/2009 sont jointes.
2. Le recours 2C_366/2009 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours 2C_368/2009 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Les frais judiciaires de la cause 2C_366/2009, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
5. Les frais judiciaires de la cause 2C_368/2009, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des parties, au Département de l'intérieur et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Juge instructeur de la Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 3 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey