Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1984) wurde anlässlich der Rekrutierung am 24. August 2004 durch die Untersuchungskommission (UC) für militärdienstuntauglich, jedoch für schutzdiensttauglich erklärt. Auf Beschwerde hin bestätigte der militärärztliche Dienst des Führungsstabs der Armee diesen Entscheid am 26. November 2004, wobei als Ausmusterungsleiden eine frühere Oberschenkelfraktur angegeben wurde. X._ wurde in die Personalreserve des Zivilschutzes eingeteilt. Die Wehrpflichtersatzabgaben für die Jahre 2004, 2005 und 2007 bezahlte er widerspruchslos, ebenso die provisorisch veranlagte Ersatzabgabe für das Jahr 2008.
Am 16. Dezember 2009 setzte das Amt für Militär und Zivilschutz des Kantons Zürich, Wehrpflichtersatzverwaltung (nachfolgend: Wehrpflichtersatzverwaltung), die Ersatzabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. 1'065.-- fest. In der dagegen erhobenen Einsprache vom 27. Januar 2010 machte X._ geltend, gesund und dienstwillig zu sein, weshalb die Auferlegung der Abgabe diskriminierend sei. Das nachfolgend gestellte Gesuch um Neubeurteilung der Diensttauglichkeit wurde am 3. März 2011 von der Logistikbasis der Armee, Sanität, gutgeheissen und der Entscheid vom 26. November 2004 betreffend Dienstuntauglichkeit aufgehoben. X._ rückte am 4. Juli 2011 als Durchdiener Rettungsgerätewart in die Rekrutenschule ein, wurde jedoch bereits am 8. Juli 2011 wegen psychischer Probleme erneut für militärdienstuntauglich, jedoch schutzdiensttauglich erklärt. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Mit Einspracheentscheid vom 28. Februar 2012 bestätigte die Wehrpflichtersatzverwaltung ihre Verfügung vom 16. Dezember 2009.
B. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (nachfolgend: Steuerrekursgericht) wies die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 28. Februar 2012 am 5. Juli 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. September 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und festzustellen, dass er keine Wehrpflichtersatzabgabe schulde; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Steuerrekursgericht, die Wehrpflichtersatzverwaltung und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. X._ lässt sich mit Replik vom 28. Januar 2013 vernehmen.
Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts im Sinn von Art. 82 lit. a BGG. Der Entscheid des Steuerrekursgerichts kann gemäss Art. 31 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 12. Juni 1959 über die Wehrpflichtersatzabgabe (WPEG; SR 661) beim Bundesgericht angefochten werden. Demgemäss entscheidet das Steuerrekursgericht kantonal letztinstanzlich über die Pflicht zur Leistung der Wehrpflichtersatzabgabe (vgl. § 42 lit. a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959, VRG; LS 175.2) und gilt damit - im Sinn einer Ausnahme vom Erfordernis eines oberen Gerichts (Art. 86 Abs. 2 BGG) - als letzte kantonale Instanz im Sinn von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG (vgl. auch Urteil 2C_221/2009 vom 21. Januar 2010 E. 1.2). Der Ausschlussgrund nach Art. 83 lit. i BGG ist vorliegend nicht anwendbar, da von dieser Bestimmung Streitigkeiten betreffend die Dienstpflicht, nicht aber solche betreffend die Pflicht zur Ersatzabgabe erfasst sind. Dies ergibt sich auch aus Art. 31 Abs. 3 WPEG. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig.
1.2 Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, so dass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden, ist gleichzusetzen mit der Willkürrüge (BGE 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62; 133 II 249 E. 1.2.2 S. 252) und entsprechend rechtsgenüglich substanziiert vorzubringen (BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254).
2.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.3.1 Tatsachen oder Beweismittel, welche sich auf das vorinstanzliche Prozessthema beziehen, sich jedoch erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben oder entstanden sind, können von vornherein nicht durch das angefochtene Urteil veranlasst worden sein (vgl. Urteil 2C_833/2011 vom 6. Juni 2012 E. 1.2 mit Hinweis). Diese so genannten "echten Noven" sind im bundesgerichtlichen Verfahren in jedem Fall unzulässig (BGE 133 IV 342 E. 2.1 S. 344).
Die als Beweismittel eingereichte Verfügung des Amts für Militär und Zivilschutz des Kantons Zürich vom 20. Juli 2012 und das Schreiben des Beschwerdeführers an die Wehrpflichtersatzverwaltung vom 21. August 2012 datieren nach dem angefochtenen Entscheid vom 5. Juli 2012. Sie sind daher im vorliegenden Verfahren unbeachtlich.
2.3.2 Art. 99 Abs. 1 BGG zielt auf Tatsachen ab, die erst durch das angefochtene Urteil rechtserheblich werden. So kann sich die beschwerdeführende Partei vor Bundesgericht auf Tatsachen stützen, die nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens gebildet hatten, wenn die Vorinstanz ein neues rechtliches Argument anführt, mit dem die Partei zuvor nicht konfrontiert worden war (vgl. Urteil 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.4.2). Unzulässig sind hingegen neue Tatsachen, die bereits der Vorinstanz hätten vorgelegt werden können (BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 129).
2.3.3 Unter den neu eingereichten Beweismitteln, welche bis zum 5. Juli 2012 entstanden sind, befindet sich ein Gesuch an die Wehrpflichtersatzverwaltung vom 18. Juni 2012, in dem der Beschwerdeführer darum ersucht, 25 anrechenbare Diensttage im Zvilschutz leisten zu dürfen (das Gesuch wurde von der zuständigen Abteilung Zivilschutz des Amts für Militär und Zivilschutz am 20. Juli 2012 wegen überschrittener Altersgrenze abgewiesen).
Dem Beschwerdeführer ist darin zuzustimmen, dass es sich beim Gesuch vom 18. Juni 2012 im bundesgerichtlichen Verfahren um ein unechtes Novum handelt. Unrichtig ist die Auffassung der Eidgenössichen Steuerverwaltung, das Gesuch hätte im Verfahren vor der Vorinstanz, wäre es eingereicht worden, ein unzulässiges echtes Novum dargestellt: Gemäss Art. 110 BBG gewährleisten die Kantone, dass letzte kantonale Instanzen im Sinn von Art. 86 Abs. 2 BGG (oder eine vorgängig zuständige andere richterliche Behörde) den Sachverhalt frei überprüfen können. Daraus folgt, dass es im kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren keine unzulässige (echte oder unechte) Noven geben kann, es sei denn, das kantonale Gericht urteile als zweite Gerichtsinstanz (vgl. als Beispiel § 52 Abs. 2 VRG). Wenn jedoch - wie hier - ein einziges kantonales Gericht urteilt, hat dieses den Sachverhalt vollständig zu prüfen und bis zum Erlass des Entscheids mitzuberücksichtigen (BGE 135 II 369 E. 3.3 S. 374). Das Gesuch vom 18. Juni 2012 wäre somit im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht ein zulässiges Beweismittel gewesen. Ob es im vorliegenden Verfahren als unechtes Novum gestützt auf Art. 99 Abs. 1 BGG zulässig ist, kann offen gelassen werden, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt.
3. Streitgegenstand bildet die Frage, ob der Beschwerdeführer zu Recht verpflichtet worden ist, für das Jahr 2006 eine Wehrpflichtersatzabgabe von Fr. 1065.-- zu leisten.
3.1 Gemäss Art. 59 Abs. 1 BV ist jeder Schweizer wehrpflichtig; das Gesetz sieht einen zivilen Ersatzdienst vor. Nach Art. 1 des Bundesgesetzes über den zivilen Ersatzdienst vom 6. Oktober 1995 (Zivildienstgesetz, ZDG; SR 824.0) wird dieser (länger dauernde) Zivildienst auf Gesuch hin von Militärdienstpflichtigen geleistet, die den Militärdienst mit ihrem Gewissen nicht vereinbaren können. Nach Art. 59 Abs. 3 erster Satz BV schulden Schweizer, die weder Militär- noch Ersatzdienst leisten, eine Abgabe. Gestützt auf diese Bestimmung erklärt Art. 2 Abs. 1 lit. a WPEG diejenigen Wehrpflichtigen für ersatzpflichtig, die im Ersatzjahr, das dem Kalenderjahr entspricht, während mehr als sechs Monaten nicht in einer Formation der Armee eingeteilt sind und nicht der Zivildienstpflicht unterstehen. In Art. 4 und 4a WPEG sind die (hier nicht einschlägigen) Voraussetzungen für eine Befreiung von der Ersatzpflicht niedergelegt.
3.2 Gemäss Art. 13 Abs. 1 WPEG (in der für die Jahre 2006 bis 2009 massgeblichen Fassung vom 4. Oktober 2002 [AS 2003 3707]) beträgt die Ersatzabgabe drei Franken je 100 Franken des taxpflichtigen Einkommens, mindestens aber 200 Franken. Ist der Ersatzpflichtige im Zivilschutz eingeteilt, so ermässigt sich die Ersatzabgabe für jeden Tag Schutzdienst, den er im Ersatzjahr geleistet hat, um 4 Prozent (Art. 5a der Verordnung vom 30. August 1995 über die Wehrpflichtersatzabgabe [WPEV; SR 661.1]).
Nach Art. 18 des Bevölkerungs- und Zivilschutzgesetzes vom 4. Oktober 2002 (BZG; SR 520.1, in der hier massgeblichen Fassung vom 4. Oktober 2002, AS 2003 4191) können Schutzdienstpflichtige der Personalreserve zugeteilt werden; diesfalls müssen sie nicht ausgebildet werden und haben keinen Anspruch, Schutzdienst zu leisten. Die in die Personalreserve eingeteilten schutzdienstpflichtigen Personen werden in Art. 15 BZG (freiwilliger Schutzdienst) nicht explizit erwähnt. Jedoch können nach Art. 15 Abs. 1 lit. b BZG Wehrpflichtige, die nicht mehr militärdienstpflichtig und zivildienstpflichtig sind, und nach Art. 15 Abs. 1 lit. c BZG Männer, die aus der Wehr- oder Zivildienstpflicht entlassen sind, freiwillig Schutzdienst leisten. Es spricht daher nichts dagegen, dass auch in der Personalreserve Eingeteilte freiwillig Schutzdienst leisten können (vgl. auch Urteil 2C_285/2011 vom 1. Dezember 2011 E. 4.3.3), wobei auch für sie kein Rechtsanspruch besteht (Art. 15 Abs. 2 zweiter Satz BZG).
3.3 Der Europäische Gerichtshof für Menschrechte (EGMR) hat die Schweiz im Urteil Glor gegen Schweiz vom 30. April 2009 (Nr. 13444/04) wegen Verletzung von Art. 14 EMRK in Verbindung mit Art. 8 Ziff. 1 EMRK verurteilt. Der Gerichtshof erwog, die von den Schweizer Behörden vorgenommene Unterscheidung zwischen abgabebefreiten und abgabepflichtigen militärdienstuntauglichen Personen sei - trotz der damit beabsichtigten Wehrgerechtigkeit (vgl. a.a.O. § 81-85) - diskriminierend. Er erblickte die Diskriminierung insbesondere darin, dass der Betroffene zwar infolge einer Behinderung als militärdienstuntauglich erklärt, aber - anders als andere, schwerer behinderte Personen - nicht von der Ersatzpflicht befreit wurde, weil seine Behinderung nicht als erheblich eingestuft wurde. Ferner beanstandete der Gerichtshof, dass dem Betroffenen keine Möglichkeit eines zivilen Ersatzdienstes offen gestanden hatte, obwohl er sich stets bereit erklärt hatte, Militärdienst oder einen zivilen Ersatzdienst zu leisten (a.a.O. § 85, § 95).
Der Beschwerdeführer macht unter Berufung auf dieses Urteil des EGMR geltend, die Auferlegung einer Ersatzabgabe sei diskriminierend, denn er sei immer dienstwillig gewesen. Dies habe er mehrfach unter Beweis gestellt: Gegen die Verfügung der UC vom 24. August 2004 habe er erfolglos Beschwerde erhoben. Sodann habe er am 16. April 2010 die Revision der Verfügung vom 26. November 2004 erwirkt, und schliesslich habe er am 18. Juni 2012 erfolglos um Zulassung zum Zivilschutzdienst ersucht. Klarer und unmissverständlicher könne man seinen Willen zur Erfüllung der Dienstpflicht nicht zum Ausdruck bringen.
Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführer habe - im Gegensatz zum Betroffenen im EGMR-Urteil Glor, welcher sowohl militärdienst- als auch zivilschutzdienstuntauglich gewesen sei - die Möglichkeit gehabt, sich zwecks Bekundung des erweiterten Dienstwillens um die Leistung von Zivilschutz zu bemühen. Er behaupte jedoch nicht, jemals ein entsprechendes Gesuch gestellt zu haben. Nachdem der Beschwerdeführer in der Rekrutenschule der psychischen Drucksituation im Zusammenhang mit Erinnerungen an frühere Kriegserlebnisse im Kosovo nicht gewachsen gewesen sei, wirke seine Beteuerung, gleichwohl Militärdienst leisten zu wollen, nicht überzeugend. Vielmehr sei diese Aussage widersprüchlich und erscheine als reines Lippenbekenntnis.
4. Der Beschwerdeführer macht eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz geltend.
4.1 Es treffe nicht zu, dass er sich nie darum bemüht habe, Zivilschutz zu leisten. Er habe am 18. Juni 2012 ein entsprechendes Gesuch gestellt. Er habe keine Veranlassung gehabt, dieses Gesuch vor dessen Beantwortung der Vorinstanz mitzuteilen, da ihm gar nie vorgeworfen worden sei, er habe sich nicht um die Leistung von Zivilschutzdienst bemüht.
Das Gesuch vom 18. Juni 2012 lag der Vorinstanz nicht vor, wie der Beschwerdeführer selbst einräumt. Andere Bemühungen, Zivilschutzdiensttage zu absolvieren, sind nicht aktenkundig. Die Vorinstanz ist daher zu Recht davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer sich bis zum angefochtenen Entscheid nicht darum bemüht hat, Zivilschutzdienst leisten zu können. Die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung ist unbegründet.
4.2 In sachverhaltlicher Hinsicht ist zudem festzuhalten, dass der Beschwerdeführer am 24. August 2004, also bei der erstmaligen Rekrutierung, für den Schutzdienst tauglich befunden worden war. Die Darstellung des Beschwerdeführers im Gesuch vom 18. Juni 2012, er sei am 3. Juli 2011 neu für den Zivilschutzdienst tauglich erklärt worden, trifft nicht zu.
5. Vorliegend ist die Abgabepflicht für das Ersatzjahr 2006 streitig. Der Beschwerdeführer erachtet die Auferlegung dieser Abgabe als diskriminierend und macht geltend, er sei "immer dienstwillig" gewesen (vgl. E. 3.3).
5.1 Wer Rechte aus einer Tatsache ableitet, muss nachweisen, dass die Tatsache in jenem Zeitpunkt vorliegt, in dem die Rechtswirkung eintreten soll. Wenn also der Beschwerdeführer geltend macht, er schulde für das Jahr 2006 keine Ersatzabgabe, weil diese mit Blick auf seine Dienstwilligkeit diskriminierend sei, muss er nachweisen, dass er spätestens ab dem Jahr 2006 dienstwillig war. Nach der Rechtsprechung wäre hierfür zumindest erforderlich, dass er sich aktiv um die Leistung von Militärdienst oder Schutzdienst bemüht hat (Urteile 2C_396/2012 vom 23. November 2012 E. 4.3.1; 2C_285/2011 vom 1. Dezember 2011 E. 4.3.2; 2C_226/2010 vom 29. November 2010 E. 5.4).
5.2 In der Beschwerde gegen den Entscheid der UC vom 24. August 2004 wehrte sich der Beschwerdeführer gegen die Einteilung in den Zivilschutz. Damit brachte er zum Ausdruck, Militärdienst leisten zu wollen, und führt dies nun als Argument für seine Dienstwilligkeit an. Der Beschwerdeführer verkennt jedoch, dass die schweizerische Rechtsordnung kein Recht vorsieht, Militärdienst zu leisten. Eine allfällige Diskriminierung liegt nicht darin, dass die betroffene Person keinen Militärdienst leisten darf, sondern darin, dass sie abgabepflichtig wird, obwohl sie Dienst leisten möchte und dazu infolge eines Gesundheitsschadens nicht in der Lage ist. Der Beschwerdeführer war jedoch immer fähig, Schutzdienst zu leisten. Deswegen kann er nichts daraus ableiten, dass er den Entscheid der UC vom 24. August 2004 angefochten hat: Nach der Bestätigung der Dienstuntauglichkeit durch den militärärztlichen Dienst am 26. November 2004 hätte er die Möglichkeit gehabt, sich um die Absolvierung von Zivilschutzdiensttagen zu bemühen. Dem Beschwerdeführer musste bekannt sein, dass die Abgabe durch die Leistung von Schutzdienst reduziert wird, befindet sich doch auf den Veranlagungsverfügungen der Wehrpflichtersatzverwaltung ein entsprechender Vermerk.
5.3 Der Beschwerdeführer machte von der Möglichkeit, die Einteilung in den freiwilligen Schutzdienst zu beantragen, keinen Gebrauch. Er blieb untätig und bezahlte die Wehrpflichtersatzabgabe während mehrerer Jahre widerspruchslos, bis ihm am 16. Dezember 2009 die Abgabe für das Jahr 2006 auferlegt wurde. In der Einsprache vom 27. Januar 2010 machte er unter Bezugnahme auf das (am 6. November 2009 endgültig gewordene) Urteil Glor erstmals geltend, er sei dienstwillig.
Dem Beschwerdeführer war es grundsätzlich nicht verwehrt, in diesem Zeitpunkt noch vorzubringen, er sei seit dem Jahr 2006 dienstwillig gewesen. Dieser Nachweis ist ihm jedoch nicht gelungen: Seine Bemühungen, Dienst zu leisten, setzten erst mit dem im Zusammenhang mit der Einsprache vom 27. Januar 2010 eingeleiteten Revisionsgesuch betreffend Diensttauglichkeit, also im Frühjahr 2010, ein. Der zum Ausdruck gebrachte Dienstwille kann - bezogen auf den Militärdienst - durchaus als ernsthaft bezeichnet werden. Dies ist jedoch hier nicht rechtserheblich: Dadurch, dass der Beschwerdeführer im Frühjahr 2010 die Revision der Dienstuntauglichkeit erwirkt und im Sommer 2010 die Rekrutenschule angetreten hat, kann er dartun, dass er ab dem Jahr 2010 dienstwillig war. Für das massgebliche Jahr 2006 haben diese Bemühungen keine Aussagekraft. Im Unterschied zum Betroffenen im Fall Glor hat der Beschwerdeführer im relevanten Zeitraum (spätestens bis Mitte 2006) nichts unternommen, um Zivilschutzdienst zu leisten. Vielmehr hat er akzeptiert, nicht in einer Formation der Armee eingeteilt zu sein (die Leistung von Zivildienst stand ihm infolge der - nur während weniger Tage unterbrochenen - Dienstuntauglichkeit nicht offen). In diesem Fall kommt die sogenannte Wehrgerechtigkeit zum Tragen: Das Gesetz verlangt einen Ausgleich zwischen jenen, die Militärdienst leisten müssen, und jenen, die davon befreit sind (vgl. Urteil 2C_221/2009 vom 21. Januar 2010 E. 4.2 und E. 5). Dieser Lastenausgleich ist sachlich gerechtfertigt, wenn die "faktische" Befreiung von der Dienstpflicht, hier in Form der Einteilung in die Personalreserve des Zivilschutzes, hingenommen wird: Der Wehrpflichtige muss den Vorteil, der ihm durch den Zeitgewinn erwächst, durch die Abgabe ausgleichen. Wie in E. 5.2 erwähnt, ist diese Pflicht nur dann diskriminierend, wenn sie infolge eines Gesundheitsschadens nicht abgewendet werden kann. Dies war hier wie dargelegt nicht der Fall. Eine Befreiung von der Abgabe ist daher in Bezug auf das streitige Ersatzjahr ausgeschlossen.
5.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass der Beschwerdeführer von Beginn an, d.h. seit der Rekrutierung im August 2004, die Möglichkeit hatte, ein Gesuch um Leistung von Zivilschutz zu stellen und - bei Gutheissung des Gesuchs - die Abgabe durch Leistung von Zivilschutz zu tilgen. Bei Abweisung des Gesuchs wäre zu prüfen gewesen, ob der Dienstwille im massgeblichen Zeitpunkt intensiv genug war, um die Auferlegung der Abgabe diskriminierend im Sinn der Rechtsprechung des EGMR erscheinen zu lassen. Diese Frage stellt sich jedoch nicht, nachdem der Beschwerdeführer sich erst Anfang 2010 um eine Revision der Dienstuntauglichkeit bemüht hat. Zudem wartete er nach der Dienstuntauglichkeitserklärung vom 8. Juli 2011 wiederum fast ein Jahr, bis er ein Gesuch um Zulassung zum freiwilligen Schutzdienst stellte. Welche Schlussfolgerungen daraus zu ziehen sind, muss hier mit Blick auf den Streitgegenstand ebenfalls nicht entschieden werden.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG); eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner