Erwägungen:
1. 1.1 Mit Urteil vom 16. Juni 2009 hiess das Bundesgericht die Beschwerde von X._ gegen einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2008 teilweise gut. Es hob in Ziffer 1 des Dispositivs das angefochtene Urteil insofern auf, als darin mit Bezug auf X._ die Ziffern V.26 und V.27 des Dispositivs der Verfügung der Eidgenössischen Bankenkommission (EBK) vom 30. August 2007 bestätigt worden waren. Diese hatte dort die Verfahrenskosten von Fr. 50'000.-- (Ziff. V.26 des Dispositivs) sowie die gesamten Untersuchungskosten von Fr. 372'880.-- allen Verfügungsadressaten unter Solidarhaft auferlegt (Ziff. V.27 des Dispositivs; vgl. BGE 135 II 356 ff.).
1.2 Am 24. August 2009 auferlegte die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) X._ erneut Verfahrenskosten von Fr. 3000.-- für das "rechtskräftig verfügte Werbeverbot". Hiergegen gelangte dieser an das Bundesverwaltungsgericht, welches seine Beschwerde am 14. Dezember 2009 guthiess und die Verfügung der FINMA aufhob. Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben; sie halte an ihrer Verfügung vom 24. August 2009 vollumfänglich fest. Aufgrund von Art. 11 in Verbindung mit Art. 12 lit. h der Verordnung über die Erhebung von Abgaben und Gebühren durch die Eidgenössische Bankenkommission vom 2. Dezember 1996 (aEBK-Gebührenverordnung, EBK-GebV; AS 1997 38 ff., 2003 3701 ff.) habe für ein verfügtes Werbeverbot eine Gebühr bis Fr. 30'000.-- erhoben werden können. Die X._ auferlegten Kosten seien nicht zusätzlich erhoben, sondern von den ursprünglichen Fr. 50'000.-- ausgeschieden worden. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. X._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
2. Die Eingabe der FINMA ist offensichtlich unbegründet und kann ohne Behandlung der formellen Fragen (vgl. hierzu das Urteil 2C_570/2009 vom 1. März 2010 E. 1) im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten ist:
2.1 Das Bundesgericht hat die Beschwerde von X._ teilweise gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2008 insofern aufgehoben, als darin bezüglich des Beschwerdegegners die Ziffern V.26 und V.27 des Dispositivs der Verfügung der EBK vom 30. August 2007 bestätigt worden sind und sich das Urteil auf den Kostenentscheid des Bundesverwaltungsgerichts auswirkte. Das Bundesgericht lud dieses ein, über die Kosten seines Verfahrens neu zu entscheiden, was es am 6. Juli 2009 tat. Das Bundesgericht hat die Sache - anders als in anderen Fällen (BGE 136 II 43 E. 8.1) - somit nicht an die FINMA zurückgewiesen, weshalb diese nicht befugt war, ihrerseits in der gleichen Sache noch einmal zu verfügen.
2.2 Materiell hat das Bundesgericht in BGE 135 II 356 ff. ausgeführt, dass es sich beim Werbeverbot gegen den Beschwerdeführer nach den Ausführungen der EBK selber im Resultat nicht um eine eigenständige Massnahme, sondern um eine Warnung bzw. blosse Ermahnung gehandelt habe. Die EBK halte in ihrer Vernehmlassung ausdrücklich fest, dass das Werbeverbot lediglich die Funktion einer "Warnung" habe, inskünftig bewilligungspflichtige Tätigkeiten zu unterlassen. Dem Beschwerdeführer, der als Verwaltungsrat der Y._ AG tätig war, sei nicht vorgeworfen worden, selber gewerbsmässig eine Effektenhändlertätigkeit ausgeübt und gegen das Börsengesetz verstossen zu haben. Zwar sei es korrekt, wenn die EBK ihm die entsprechenden gesetzlichen Verbote in Erinnerung rufe; die Verfahrenskosten könnten ihm aber nicht auferlegt werden, da er nur mittelbar an der Gruppenaktivität beteiligt gewesen sei. Aufgrund der diesbezüglich wenig gesicherten Beweislage rechtfertige sich der von der EBK hinsichtlich der Kosten vorgenommene "Durchgriff" durch die in Konkurs versetzte Y._ AG auf X._ als Mitglied von deren Verwaltungsrat aufsichtsrechtlich nicht. Diese Vorgabe war für die FINMA verbindlich; hieran ändert nichts, dass nach der Gebührenverordnung in anderen Situationen, in denen Werbeverbote ausgesprochen werden, Kosten bis zu Fr. 30'000.-- erhoben werden können.
3. Für alles Weitere wird auf die zutreffenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG). Nach Art. 66 Abs. 3 BGG hat unnötige Kosten zu tragen, wer sie verursacht. Unter diesem Titel könnte die FINMA vorliegend kostenpflichtig erklärt werden. Es rechtfertigt sich jedoch trotz allfälliger Vermögensinteressen nicht, von der Grundregel der Kostenlosigkeit für Bundesbehörden, die mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraut sind, abzuweichen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Abs. 4 BGG). Die FINMA hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren jedoch angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Die FINMA hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'200.-- zu entschädigen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. September 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Hugi Yar