Sachverhalt:
A.
Die A._ AG bezweckt den Betrieb von Hotels und Restaurants sowohl als Gastronomiebetriebe als auch als Kurhäuser für rekonvaleszente Personen und generell als Erholungs- und Rehabilitationszentren im weitesten Sinne. Alleinaktionär der Gesellschaft sowie Präsident ihres Verwaltungsrats ist B._ (nachfolgend: der Alleinaktionär oder der Verwaltungsratspräsident).
Am 10. Dezember 2007 ersuchte die Steuerverwaltung des Kantons Bern den Alleinaktionär für die weitere Bearbeitung seiner persönlichen Steuerveranlagung 2005 um Übermittlung folgender Belege und Auskünfte:
- die Bauabrechnung 2005 betreffend die von ihm ausgewiesenen Grundstücksunterhaltskosten von Fr. 1'043'686.-- für die in seinem Eigentum stehende Hotelliegenschaft C._,
-einen Auszug des Kontokorrentkontos lautend auf die A._ AG betreffend die Periode vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2005 sowie
- Angaben über den Guthabensstand per 31. Dezember 2004 bei einer Privatperson bzw. den Beleg für die Rückzahlung des betreffenden Darlehens.
Im gleichen Schreiben bat die Steuerverwaltung des Kantons Bern den Alleinaktionär, dass er seine persönliche Steuererklärung 2006 sowie diejenige der A._ AG baldmöglichst einreichen möge, damit die ganze Steuersituation 2005 und 2006 rasch geklärt werden könne. Die Steuerverwaltung wiederholte ihre Bitte mit Schreiben vom 14. März 2008 und drohte für den Fall des Nichteinreichens der Unterlagen eine Veranlagung nach Ermessen an.
Am 30. April 2008 fand ein Treffen zwischen der Treuhänderin des Alleinaktionärs und der A._ AG einerseits und der Steuerverwaltung des Kantons Bern andererseits statt; Besprechungsnotizen wurden indessen keine gemacht. Am 18. Juli 2008 reichte die A._ AG über die Treuhänderin eine berichtigte Steuererklärung und eine berichtigte Jahresrechnung für das Jahr 2005 sowie verschiedene, damit konnexe Dokumente ein und teilte unter anderem mit, dass bei der A._ AG im "Betrieb C._" zusätzlich Fr. 235'000.-- Bruttoumsatz für das Jahr 2005 nachgebucht worden seien.
Mit interner Meldung vom 17. Juni 2009 informierte die für die Veranlagung zuständige Einheit innerhalb der Steuerverwaltung die für Nachsteuern zuständige Einheit (heute: Zentraler Veranlagungsbereich Nachsteuer, ZVB-N) über einen Nachsteuerfall betreffend die A._ AG. Anlässlich der Überprüfung der Selbstdeklaration des Alleinaktionärs hätten sich Differenzen beim Vermögensvergleich ergeben. Aufgrund dieser Situation habe die Treuhänderin die Steuererklärung 2005 der A._ AG neu eingereicht. Daraus sei ersichtlich, dass die rechtskräftige Veranlagung der A._ AG auf einem zu geringen Umsatz basiere (Nachtrag Restaurationsumsatz von Fr. 235'000.--). Im Rahmen dieser Meldung brachte die für die Veranlagung zuständige Einheit der ZVB-N zur Kenntnis, dass sich die A._ AG selbst angezeigt habe.
Am 7. Oktober 2009 leitete die ZVB-N ein Nachsteuer- und Steuerstrafverfahren gegen die A._ AG ein.
B.
Mit Verfügung vom 15. April 2015 setzte die Steuerverwaltung des Kantons Bern Nachsteuern und Bussen für die Steuerjahre 2003 (Kantons- und Gemeindesteuern) sowie 2004 und 2005 (Kantons- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer) fest. Die dagegen erhobene Einsprache der A._ AG wies sie mit Entscheiden vom 7. Januar 2016 ab. Daraufhin gelangte die A._ AG mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese sistierte das Nachsteuerverfahren bis zum Abschluss des Steuerstrafverfahrens. Mit Entscheiden vom 20. September 2016 hiess die Steuerrekurskommission Rekurs und Beschwerde teilweise gut. Abgewiesen wurden die Rechtsmittel, soweit sie die Bussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung 2005 betrafen. Die Steuerrekurskommission wies die Sache zur Neuberechnung der Bussen im Sinn der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurück.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerden der A._ AG gegen die Entscheide der Steuerrekurskommission mit Urteil vom 19. Dezember 2017 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Februar 2018 beantragt die Beschwerdeführerin (ersatzlose) Aufhebung der Entscheide der Vorinstanz. Eventualiter beantragt sie, dass die Entscheide der Vorinstanz aufzuheben seien und die Bussen auf die Hälfte der hinterzogenen Steuer herabzusetzen sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern und die Vorinstanz beantragen Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
I. Zulässigkeit der Beschwerde
1.
1.1. Nach Art. 90 BGG ist die Beschwerde ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz abschliessen (Endentscheide). Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde demgegenüber nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Als End- und nicht als Zwischenentscheide gelten Entscheide, die das Verfahren zwar an eine untere Instanz zurückweisen, dieser aber kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und sie bloss noch das oberinstanzlich Angeordnete umsetzen kann (BGE 142 II 20 E. 1.2 S. 24; 134 II 124 E. 1.3 S. 127 f.). Das Urteil der Steuerrekurskommission lautete auf Rückweisung der Verfahren an das Steueramt. Die Vorinstanz bestätigte dieses Urteil, indem es die Beschwerden abwies. Bei Rückweisungsentscheiden handelt es sich grundsätzlich um Zwischenentscheide, gegen welche die Beschwerde ans Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 BGG zulässig ist. Im vorliegenden Fall hat die Steuerrekurskommission die Steuerstrafverfahren für das Jahr 2005 zur Neuberechnung der Bussen im Sinne der Erwägungen an die Steuerverwaltung zurückgewiesen. Dabei hat sich die Steuerverwaltung mit rein rechnerischen Fragen zu befassen, für deren Beantwortung ihr kein Beurteilungsspielraum verbleibt. Das angefochtene Urteil ist deshalb als Endentscheid zu behandeln. Dagegen kann nach Art. 90 BGG beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden.
1.2. Das Urteil der Vorinstanz betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Bei der Vorinstanz handelte es sich um die letzte kantonale Instanz im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG, Art. 182 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Die Beschwerdeführerin ist nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Die gesetzlichen Form- und Fristvorschriften (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) sind eingehalten. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.3. Die Vorinstanz behandelte die direkte Bundessteuer und die Kantons- und Gemeindesteuern in einem einzigen Urteil, was zulässig ist, soweit die betroffenen Rechtsfragen im Bundesrecht und harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind. Die Beschwerdeführerin ficht das Urteil in einer einzigen Rechtsschrift an, in der sie zwischen den beiden Steuerarten unterscheidet und separate Anträge stellt. Dieses Vorgehen ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Auch das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. zum Ganzen BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296; Urteil 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1 in: StE 2017 B 27.5 Nr. 21).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Der Sachverhalt hat sich vor Inkrafttreten von Art. 181a DBG zugetragen. Die Vorinstanz hat den Fall dennoch nicht nach altem Recht beurteilt, da sie zum Schluss gekommen war, dass das neue Recht für die Beschwerdeführerin milder sei (Grundsatz der lex mitior).
2.2. Nach der Praxis des Bundesgerichts zur Beschwerde in Strafsachen (Art. 78 ff. BGG) findet neues Recht vor Bundesgericht ungeachtet Art. 2 Abs. 2 StGB keine Anwendung, wenn es erst während des Verfahrens vor Bundesgericht in Kraft tritt (BGE 145 IV 137 E. 2.8 S. 142 f. mit Hinweisen). Ob diese Praxis auch für strafrechtliche Fragen gilt, welche mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vor das Bundesgericht getragen werden, kann vorliegend offenbleiben. Denn hier hat bereits die Vorinstanz das neue Recht angewendet, sodass auch das Bundesgericht den Fall nach neuem Recht zu beurteilen hat, soweit es sich als milder erweist (Art. 2 Abs. 2 i.V.m. Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB; 2A.719/2004 vom 11. Mai 2005 E. 2, in: ASA 75 S. 483).
3.
3.1. Vor Bundesgericht umstritten ist primär, ob die Beschwerdeführerin die Voraussetzungen einer straflosen Selbstanzeige nach Art. 181a Abs. 1 DBG erfüllte und deshalb von einer Strafe abzusehen ist. Konkret rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, dass die Selbstanzeige aus eigenem Antrieb erfolgen müsse. Dieses Erfordernis lasse sich Art. 181a Abs. 1 DBG nicht entnehmen.
3.2. Nach Art. 181a Abs. 1 DBG wird von der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung abgesehen, wenn eine steuerpflichtige juristische Person erstmals eine in ihrem Geschäftsbetrieb begangene Steuerhinterziehung selbst anzeigt, die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist, sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt und sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht. Laut der Vorinstanz ist darüber hinaus in Anlehnung an Art. 13 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0) vorauszusetzen, dass die straflose Selbstanzeige aus eigenem Antrieb ("de son propre mouvement") erfolgte. Nach dem Leiturteil des Bundesgerichts zu Art. 13 VStrR erfolgt die Selbstanzeige nur dann aus eigenem Antrieb, wenn sich der Täter aus Reue ("dans un esprit de repentir") anzeigt (BGE 119 IV 330 E. 4 S. 338). Das Bundesgericht stützte sich dabei auf den Wortlaut der Bestimmung und auf die Materialien, worin die (tätige) Reue als Voraussetzung der Straflosigkeit nach Art. 13 VStrR unmissverständlich hervorgehoben worden war (vgl. Botschaft des Bundesrates vom 21. April 1971 an die Bundesversammlung zum Entwurf eines Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht, BBl 1971 I S. 1007).
3.3. Ob angesichts der abweichenden Wortlaute der Bestimmungen auch für die Selbstanzeige nach Art. 181a DBG (tätige) Reue seitens der Steuerpflichtigen vorausgesetzt werden darf, kann vorliegend dahingestellt bleiben. Jedenfalls befreit die erstmalige Anzeige einer Steuerhinterziehung die juristische Person nicht unter allen Umständen von der Strafe. Dies kommt besonders gut in den romanischen Fassungen von Art. 181a Abs. 1 Ingress DBG zum Ausdruck, wonach die Anzeige "spontan" (spontanément, spontaneamente) erfolgen muss, um strafbefreiende Wirkung zu entfalten. Diese Spontaneität - und damit der Charakter einer Selbstanzeige im Sinne von Art. 181a Abs. 1 Ingress DBG - geht der Anzeige einer Steuerhinterziehung ab, wenn die Steuerbehörden im selben Zusammenhang bereits untersuchen und die juristische Person nach allgemeiner Lebenserfahrung davon ausgehen muss, dass die Steuerbehörden die Steuerhinterziehung nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge auch ohne Anzeige von sich aus entdecken werden (vgl. Urteile 2C_370/2019 vom 19. September 2019 E. 5.4.2 mit Hinweisen auf die Literatur; 2C_476/2014 / 2C_477/2014 vom 21. November 2014 E. 9.1).
3.4. Wie sich aus den Feststellungen der Vorinstanz ergibt, verlangte die Steuerverwaltung mit Schreiben vom 10. Dezember 2007 vom Alleinaktionär der Beschwerdeführerin unter anderem die Baukostenabrechnung, aus der sich die von ihm geltend gemachten Grundstücksunterhaltskosten von Fr. 1'043'686.-- ergeben sollten, sowie einen Auszug des Kontokorrentkontos des Alleinaktionärs bei der Beschwerdeführerin betreffend die Periode vom 1. Januar 2004 und 31. Dezember 2005. Ausserdem ersuchte die Steuerverwaltung den Alleinaktionär, seine und die Steuererklärung der Beschwerdeführerin für das Jahr 2006 baldmöglichst einzureichen.
Die Beschwerdeführerin bemerkt zu Recht, dass die Steuerverwaltung die Hinterziehung der Restaurationsumsätze im Steuerjahr 2005 alleine aufgrund des Kontokorrentauszugs und der Steuererklärung der Beschwerdeführerin für das Folgejahr 2006 kaum entdeckt hätte. Anders verhält es sich aber bezüglich der Baukostenabrechnung: Dieses Dokument hätte die Steuerverwaltung aller Wahrscheinlichkeit nach veranlasst, sich nach der Herkunft der Mittel zu erkundigen, mit denen der Beschwerdeführer die darauf ausgewiesenen Rechnungen beglichen hatte. Schliesslich hatte die Steuerverwaltung bereits Unstimmigkeiten beim Vermögensabgleich beim Alleinaktionär ausgemacht. Ausserdem belegt die Frage nach dem Kontokorrent des Alleinaktionärs bei der Beschwerdeführerin zumindest, dass sich die Steuerverwaltung von Anfang an für das Verhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und ihrem Alleinaktionär interessiert hatte. Nach der allgemeinen Lebenserfahrung hätte die Steuerverwaltung deshalb in der Folge von sich aus zu Tage gefördert, dass der Alleinaktionär die Rechnungen zum Teil mit Barmitteln aus der Kasse der Beschwerdeführerin beglichen und die Beschwerdeführerin die zugrundeliegenden Restaurationsumsätze nicht deklariert hatte.
Dieser Kausalverlauf war für die Beschwerdeführerin absehbar, sobald ihr Alleinaktionär Kenntnis vom Schreiben der Steuerverwaltung genommen hatte. Denn dessen Wissen ist der Beschwerdeführerin zuzurechnen, hatte er doch als Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin mithilfe des Treuhänders für die steuerlichen Belange der Beschwerdeführerin verantwortlich gezeichnet (vgl. zur Wissensvertretung bzw. Wissenszurechnung Urteil 2C_1082/2013 vom 14. Januar 2015 E. 6.2, in: StR 70/2015 S. 432 mit Hinweisen). Demnach musste die Beschwerdeführerin bereits Ende des Jahres 2007 davon ausgehen, dass die Steuerverwaltung aufgrund der bereits laufenden Untersuchungen die hinterzogenen Restaurationsumsätze auch ohne Anzeige entdecken würde. Dem Mitte 2008 eingereichten Rektifikat der Steuererklärung und der Jahresrechnung fehlte unter diesen Umständen die nach Art. 181a Abs. 1 Ingress DBG gebotene Spontaneität. Es tut deshalb nichts zur Sache, ob die Steuerhinterziehung den Steuerbehörden im Zeitpunkt der Anzeige bereits bekannt und die straflose Selbstanzeige deshalb nach Art. 181a Abs. 1 lit. a DBG ausgeschlossen war.
3.5. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz der Eingabe der Treuhänderin der Beschwerdeführerin vom 18. Juli 2008 zu Recht den Charakter einer Selbstanzeige im Sinne von Art. 181 Abs. 1 Ingress DBG abgesprochen.
4.
Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, dass die Busse auf die Hälfte der hinterzogenen Steuern reduziert werde, da ihr Verschulden nur leicht wiege.
4.1. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Alleinaktionär in seiner Funktion als Verwaltungsratspräsident die Steuererklärung unterzeichnet hatte. Dabei habe er es unterlassen, die Angaben in der Steuererklärung nicht oder jedenfalls nicht ausreichend auf deren Richtigkeit hin zu überprüfen. Da er sich ausserdem im betreffenden Jahr immer wieder Bargeld hätte aushändigen lassen, habe der Alleinaktionär eventualvorsätzlich gehandelt. Sein Verhalten sei der Beschwerdeführerin zuzurechnen.
4.2.
4.2.1. Nach Art. 181 DBG werden juristische Personen gebüsst, wenn mit Wirkung für sie Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht werden. Für die Umschreibung des Tatbestands der Hinterziehung verweist diese Bestimmung auf Art. 175 DBG. Die dort in Abs. 1 und Abs. 2 verwendeten Begriffe Verschulden, Vorsatz und Fahrlässigkeit setzen mentale Fähigkeiten voraus, die juristischen Personen abgehen. Wenn Art. 181 in Verbindung mit Art. 175 Abs. 2 DBG für die Bemessung der Höhe der Busse dennoch an das Verschulden der juristischen Person anknüpfen, muss damit das Verschulden einer natürlichen Person - namentlich dasjenige eines Organs der juristischen Person - gemeint sein. Folglich hat sich die juristische Person das Verhalten ihrer Organe zurechnen zu lassen (BGE 135 II 86 E. 4.2 S. 90 f.; Urteile 2C_11/2018 vom 10. Dezember 2018 E. 10.2; 2C_1018/2015 / 2C_1019/2015 vom 2. November 2017 E. 9.4.4, in: RDAF 2017 II S. 630, StR 73/2018 S. 255).
4.2.2. Für die Strafzumessung stellt Art. 175 Abs. 2 DBG auf den Betrag der hinterzogenen Steuer ab (Regelstrafmass). Je nach Verschulden ist dieser Betrag bis auf einen Drittel zu reduzieren oder bis zum Dreifachen zu erhöhen. Das Regelstrafmass kommt zur Anwendung für die vorsätzlich begangene Steuerhinterziehung, es sei denn, es lägen Strafschärfungs- oder Strafmilderungsgründe vor (BGE 144 IV 136 E. 7.2.1 S. 147 mit Hinweisen). Der Begriff des Vorsatzes Art. 175 Abs. 1 DBG entspricht dabei jenem von Art. 12 Abs. 2 StGB, der in Verbindung mit Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB auch für Übertretungen des Nebenstrafrechts Anwendung findet (Urteil 2C_449/2017 vom 26. Februar 2019 E. 4.1, in: StE 2019 B 24.4 Nr. 90; 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.3 in: StR 67/2012 S. 759). Nach Art. 12 Abs. 2 StGB handelt vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt, wobei es genügt, wenn er die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (sog. Eventualvorsatz; BGE 138 V 74 E. 8.2 S. 83; 137 IV 1 E. 4.2.3 S. 4; 133 IV 222 E. 5.3 S. 225).
4.2.3. Ob die Strafe zu schärfen oder zu mildern ist, bestimmt sich nach den allgemeinen Strafzumessungsregeln des Strafgesetzbuches (Art. 106 Abs. 3 und Art. 47 ff. StGB; BGE 144 IV 136 E. 7.2.2 S. 147 ff.; 143 IV 130 E. 3.2 S. 135). Zu berücksichtigen sind dabei insbesondere der hinterzogene Betrag, die Vorgehensweise, die Beweggründe sowie die persönlichen und wirtschaftlichen Umstände des Täters. Ausserdem gelten die Strafmilderungsgründe gemäss Art. 48 StGB analog auch für das Steuerstrafrecht (BGE 144 IV 136 E. 7.2.2 S. 147 f. mit Hinweisen).
4.3. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass ihr kein Vorsatz vorgeworfen werden könne.
Dieses Vorbringen ist unbegründet. Zwar ist der Beschwerdeführerin darin zuzustimmen, dass die Fehlerhaftigkeit der Steuererklärung nicht indiziert, dass der Verwaltungsratspräsident die Fehler und die daraus resultierende Steuerverkürzung im Zeitpunkt der Überprüfung und Unterzeichnung der Steuererklärung gewollt oder auch nur in Kauf genommen hatte, könnte es sich dabei doch ebenso gut um ein allenfalls fahrlässiges Versehen handeln. Es ist indessen nicht zu übersehen, dass der Verwaltungspräsident nicht nur die Steuererklärung nicht korrigiert, sondern selbst die Ursache für die Fehlerhaftigkeit der Steuererklärung gesetzt hatte. Schliesslich hatte er aus der Kasse der Beschwerdeführerin Barmittel in erheblichem Umfang bezogen, um damit Bauhandwerkerrechnungen zu bezahlen, die er gegenüber der Steuerverwaltung als private Baukosten ausgewiesen hatte und zumindest teilweise von seinem eigenen Einkommen zum Abzug hatte bringen wollen. Dieses Vorhaben hätte er konterkariert, wenn er die ihm vorgelegte Jahresrechnung nachträglich um die fehlenden Restaurationsumsätze ergänzt und auf diese Weise einen Fehlbetrag in der Kasse der Beschwerdeführerin und damit indirekt die geldwerte Leistung offengelegt hätte, die er von ihr empfangen bzw. an sich genommen hatte. Derselbe Fehlbetrag wäre im Übrigen schon aus den Büchern der Beschwerdeführerin ersichtlich gewesen, wenn die Umsätze bereits registriert gewesen wären, als der Verwaltungsratspräsident die Barmittel bezogen hatte. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, der Verwaltungsratspräsident hätte geglaubt, die Barmittel seien "wie üblich" bereits als Umsatz erfasst worden, erscheint unter diesen Umständen nicht als glaubwürdig.
Die Vorinstanz hat zwar nicht direkt festgestellt, dass der Verwaltungsratspräsident gewusst hatte, dass die Barmittel noch nicht als Umsatz registriert gewesen waren und die Entnahme dieser Mittel deshalb zu einer Steuerverkürzung bei der Beschwerdeführerin führen würde, sofern er die Jahresrechnung und die Steuererklärung nicht korrigieren würde. Diese innere Tatsache lässt sich jedoch mit hinreichender Sicherheit aus den übrigen Feststellungen der Vorinstanz ableiten. Der Sachverhalt ist entsprechend zu ergänzen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Hatte der Verwaltungspräsident also Gewissheit über den Eintritt der Steuerverkürzung bei der Beschwerdeführerin als logische Folge seines Verhaltens, handelte er nicht bloss mit Eventual-, sondern mit direktem Vorsatz (zur Unterscheidung vgl. BGE 129 IV 230 E. 5.2 S. 235 f.; 126 IV 60 E. 2.b S. 63; 105 IV 12 E. 4.b S. 14; 98 IV 65 E. 4 S. 66). Dies wäre im Übrigen selbst dann der Fall, wenn ihm die Steuerverkürzung bei der Beschwerdeführerin gleichgültig oder sogar unerwünscht gewesen und es ihm alleine um die Verkürzung seiner privaten Steuern gegangen wäre (sog. direkter Vorsatz zweiten Grades; vgl. Urteil 6B_1248/2017 vom 21. Februar 2019 E. 4.5.3). Die Beschwerdeführerin hat sich den Vorsatz ihres Verwaltungsratspräsidenten zurechnen zu lassen (vgl. oben E. 4.2.1).
4.4. Abgesehen vom vermeintlich fehlenden Vorsatz des Verwaltungsratspräsidenten bringt die Beschwerdeführerin keine Tatsachen vor, die eine Strafmilderung unter das Regelstrafmass begründen könnten. Solche sind denn auch nicht ersichtlich. Das Urteil der Vorinstanz ist somit auch hinsichtlich der Strafzumessung nicht zu beanstanden.
III. Kantons- und Gemeindesteuern
5.
5.1. Die Regelungen des Steuerharmonisierungsgesetzes zur straflosen Selbstanzeige juristischer Personen des StHG (Art. 57b Abs. 1 StHG), zur Strafbarkeit juristischer Personen für Steuerdelikte (Art. 57 Abs. 1 StHG) und zur Strafzumessung bei Steuerhinterziehung (Art. 56 Abs. 1 StHG) entsprechen in allen relevanten Teilen jenen des DBG. Da sich die Rechtslage nach Steuerharmonisierungsgesetz somit mit jener bei der direkten Bundessteuer deckt, kann insoweit auf die vorstehenden Ausführungen verwiesen werden.
5.2. Gilt für die Kantons- und Gemeindesteuern schon von Harmonisierungsrechts wegen dasselbe wie bei der direkten Bundessteuer, erübrigt sich eine Prüfung, ob das angefochtene Urteil allenfalls kantonales Recht verletzt. Insoweit würde das harmonisierungsrechtswidrige kantonale Recht nämlich nach Art. 72 Abs. 2 StHG vom Steuerharmonisierungsgesetz durchbrochen.
IV. Verfahrensausgang und Kosten
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Demnach wird die Kantonale Steuerverwaltung die Bussen gemäss den Erwägungen des Urteils der Steuerrekurskommission zu berechnen haben (vgl. oben E. 1.1). Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird betreffend die direkte Bundessteuer 2005 abgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler