Sachverhalt:
A.
A.a. Die 1976 geborene A._ erlernte den Beruf einer Reprografin. Am 3. Juni 1999 zog sie sich bei einem Unfall mit dem Fahrrad eine okzipitale Schädelkalotten-Fraktur, frontale und temporale Hirnkontusionen sowie einen Abriss der Fila olfactoria zu. Die Zürich-Versicherungs-Gesellschaft gewährte Leistungen aus der obligatorischen Unfallversicherung. Am 17. Dezember 2002 verunfallte A._ erneut mit dem Fahrrad. Es wurden eine Commotio cerebri, eine laterale Claviculafraktur links, eine nicht dislozierte Basisfraktur des Metacarpale des rechten Daumens und eine HWS-Distorsion diagnostiziert. Die zu jenem Zeitpunkt zuständige Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Allianz) gewährte Heilbehandlung und richtete Taggelder der obligatorischen Unfallversicherung aus. A._ meldete sich am 7. Juli 2003 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau zog die Akten der beiden Unfallversicherungen bei, holte ein polydisziplinäres Gutachten der Ärztliches Begutachtungsinstitut GmbH, Basel, (ABI) vom 4. Juli 2005 ein und gewährte berufliche Massnahmen in Form von Berufsberatung sowie einer vom 11. September 2007 bis 14. Dezember 2007 dauernden beruflichen Abklärung am Zentrum für berufliche Abklärung für Menschen mit Hirnschädigung (ZBA), Luzern. Mit Verfügungen vom 17. Dezember 2008 sprach die IV-Stelle A._ ab 1. Juni 2003 eine Viertelsrente und ab 1. September 2003 eine ganze Rente zu. Diese erwuchsen in Rechtskraft. Mit Verfügung vom 20. Januar 2009 gewährte auch die Allianz der Versicherten nebst einer Integritätsentschädigung eine Invalidenrente auf Grund eines Invaliditätsgrades von 89 % ab dem 1. Februar 2008.
A.b. Am 19. März 2009 wurde die IV-Stelle von anonymer Seite darüber informiert, dass A._ eine erfolgreiche Marathonläuferin sei. Die Allianz traf in der Folge weitere Abklärungen in medizinischer Hinsicht und holte unter anderem ein interdisziplinäres Gutachten der Firma IB-Bern Interdisziplinäre Begutachtungen B._ vom 15. März 2012 ein. Mit Verfügung vom 14. Juni 2012 zog die Unfallversicherung ihre Rentenverfügung vom 20. Januar 2009 in pozessuale Revision, da neue erhebliche Tatsachen entdeckt worden seien. Gestützt auf das Gutachten der IB-Bern sei es der Versicherten zumutbar, in ihrer angestammten und vergleichbaren Tätigkeit eine Leistung von 80 % zu erbringen. Der Unfallversicherung folgend zog auch die IV-Stelle ihre Verfügung vom 17. Dezember 2008 in prozessuale Revision, hob sie diese auf und sprach der Versicherten vom 1. Juni 2003 bis zum 31. August 2003 wiederum eine Viertelsrente und vom 1. September 2003 bis 30. September 2004 eine ganze Rente zu. Ab 1. Oktober 2004 bis zum 30. April 2008 habe sie noch Anspruch auf eine halbe Rente (Verfügung vom 19. Februar 2013). Mit mehreren Verfügungen vom 17. Mai 2013 modifizierte die IV-Stelle ihre Verfügung vom 19. Februar 2013 insofern, als sie festhielt, dass die Versicherte in den Monaten Oktober und November 2007 anstelle des verfügten Anspruchs auf eine halbe Rente einen solchen auf Taggeld hatte. Am 4. Juni 2013 erliess die IV-Stelle eine Rückerstattungsverfügung über zu Unrecht ausgerichtete Rentenleistungen im Betrag von Fr. 177'195.-. Schliesslich verneinte die IV-Stelle mit einer weiteren Verfügung vom 24. Juni 2013 den Anspruch der A._ auf berufliche Massnahmen.
B.
B.a. Die Versicherte erhob gegen die Verfügungen der IV-Stelle vom 19. Februar 2013, vom 17. Mai 2013, vom 4. Juni 2013 und vom 24. Juni 2013 Beschwerden. Mit Schreiben vom 24. Juni 2013 vereinigte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau die verschiedenen Verfahren.
B.b. Im parallel laufenden Verfahren betreffend die Verfügung der Allianz vom 14. Juni 2012 erkannte das Bundesgericht mit Urteil vom 6. Juni 2014, die Unfallversicherung habe ihre Rentenverfügung vom 20. Januar 2009 in prozessuale Revision ziehen dürfen. Betreffend die zumutbare berufliche Leistungsfähigkeit der Versicherten sei die Sache durch ein neurologisches Gerichtsgutachten weiter abzuklären (Verfahren 8C_734/2013). Das Verwaltungsgericht holte in der Folge ein Gutachten der Dres. med. C._, Facharzt für Neurologie sowie Psychiatrie und Psychotherapie und D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, beide vom Zentrum für Begutachtung der Klinik E._, vom 6. Juli 2016 ein. Das Gutachten wurde unter Einbezug eines neuropsychologischen Berichts der lic. phil. F._, Psychologin FSP, Klinik E._, vom 11. März 2016 und eines Berichts über eine Magnet-Resonanz-Untersuchung (MRI) des Gehirns inklusive Schädelkalotte der Klinik für Neuroradiologie des Spitals G._ vom 23. Dezember 2015 erstellt. Die Parteien erhielten Gelegenheit dazu Stellung zu nehmen, wovon beide Gebrauch machten. A._ legte zusätzlich ein neurologisches Gutachten des Dr. med. H._, Facharzt Neurologie FMH sowie Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH, vom 5. November 2016 auf.
B.c. Mit Schreiben vom 17. November 2017 teilte das Verwaltungsgericht der Versicherten mit, es erachte das Gerichtsgutachten E._ als beweistauglich. Da ihr Rentenanspruch gemäss der daraus gewonnenen Erkenntnis geringer ausfalle als in den angefochtenen Verfügungen, erhalte sie Gelegenheit, ihre Beschwerden innert 10 Tagen zurückzuziehen. Die Versicherte verzichtete darauf. Das Verwaltungsgericht bestätigte mit Entscheid vom 6. Dezember 2017 die Verfügung vom 19. Februar 2013 insofern, als diese die Verfügung vom 17. Dezember 2008 revisionsweise aufhob. Es stellte fest, die Versicherte habe vom 1. Mai 2003 bis zum 30. September 2004 Anspruch auf eine halbe Rente der Invalidenversicherung. Darüber hinaus bestehe kein Rentenspruch. Die Verfügung vom 4. Juni 2013 bezüglich Rückerstattung werde aufgehoben und die Sache zur Neufestsetzung des Rückerstattungsanspruchs für die ab dem 1. September 2003 zu viel ausgerichteten Rentenleistungen an die IV-Stelle zurückgewiesen. Schliesslich wies es auch die Beschwerde gegen die Verfügung vom 24. Juni 2013 betreffend berufliche Massnahmen ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides seien die Verfügung der IV-Stelle vom 19. Februar 2013 und die darauf beruhenden weiteren Verfügungen aufzuheben. Es sei ihr ab dem 1. Juni 2003 eine Viertelsrente und ab 1. September 2003 und weiterhin eine ganze Rente zuzusprechen. Eventualiter sei der Anspruch auf eine Rente bis Ende Mai 2013 zu terminieren.
Die IV-Stelle, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.
D.
Mit heutigem Datum fällt das Bundesgericht auch das Urteil in den vereinigten Verfahren 8C_115/2018 (Beschwerde der Allianz) und 8C_129/2018 (Beschwerde der Versicherten) bezüglich des Anspruchs von A._ auf eine Rente der Unfallversicherung.
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
Streitig und zu prüfen ist vorab, ob das kantonale Gericht die prozessuale Revision der IV-Stelle betreffend ihrer Rentenverfügung vom 17. Dezember 2008 zu Recht bestätigte. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie die prozessuale Revision als fristgerecht beurteilte.
2.1. Gemäss Art. 53 Abs. 1 ATSG müssen formell rechtskräftige Verfügungen und Einspracheentscheide in Revision gezogen werden, wenn die versicherte Person oder der Versicherungsträger nach deren Erlass erhebliche neue Tatsachen entdeckt oder Beweismittel auffindet, deren Beibringung zuvor nicht möglich war. Diese sog. prozessuale Revision kommt auch bei formlosen, rechtsbeständig gewordenen Leistungszusprechungen zur Anwendung (Urteil 8C_469/2013 vom 24. Februar 2014 E. 2, nicht publ. in: BGE 140 V 70, aber in: SVR 2014 UV Nr. 14 S. 44; SVR 2012 UV Nr. 17 S. 63, 8C_434/2011 E. 3; 2007 ALV Nr. 24 S. 75, C 119/06 E. 3.2; vgl. auch BGE 138 V 324 E. 3.1 S. 327; je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel im Sinne von Art. 53 Abs. 1 ATSG sind innert 90 Tagen nach ihrer Entdeckung geltend zu machen; nebst dieser relativen Frist gilt eine absolute 10-jährige Frist, die mit der Eröffnung der Verfügung resp. des Einspracheentscheides zu laufen beginnt (BGE 143 V 105 E. 2.1 S. 106 f. mit Hinweisen).
2.2. Umstritten ist, ob mit der Verfügung vom 19. Februar 2013 der IV-Stelle die 90-tätige relative Frist zur prozessualen Revision eingehalten wurde. Das kantonale Gericht hielt dafür, die Sachlage präsentiere sich im Wesentlichen gleich wie im Verfahren zwischen der Beschwerdeführerin und der Allianz. Demnach hätte das tatsächliche Aktivitätsniveau der Versicherten in gravierendem Widerspruch zu den gegenüber den Gutachtern der ABI gemachten Angaben über ihr Freizeitverhalten gestanden. Das Bundesgericht habe in seinem diesbezüglichen Urteil 8C_734/2013 vom 6. Juni 2014 bestätigt, dass erhebliche neue Tatsachen im Sinne von Art. 53 Abs. 1 ATSG vorlägen und eine prozessuale Revision damit begründet sei. Dasselbe gelte auch für das Verfahren mit der Invalidenversicherung. Zur Einhaltung der 90 Tage Frist äusserte es sich nicht.
2.2.1. Grundsätzlich bestimmt sich der Zeitpunkt, in welchem die Partei den angerufenen Revisionsgrund hätte entdecken können, nach dem Prinzip von Treu und Glauben. Praxisgemäss beginnt die relative 90-tägige Revisionsfrist zu laufen, sobald bei der Partei eine sichere Kenntnis über die neue erhebliche Tatsache oder das entscheidende Beweismittel vorhanden ist. Blosse Vermutungen oder gar Gerüchte genügen dagegen nicht und vermögen den Lauf der Revisionsfristen nicht in Gang zu setzen (BGE 143 V 105 E. 2.4 S. 108 mit Hinweisen).
Ein Observationsbericht, ein anonymer Hinweis auf bestimmte Aktivitäten oder Ähnliches bilden für sich allein keine sichere Basis für Sachverhaltsfeststellungen betreffend den Gesundheitszustand und die Arbeitsfähigkeit der versicherten Person. Sie können diesbezüglich höchstens Anhaltspunkte liefern oder Anlass zu Vermutungen geben. Sichere Kenntnis des Sachverhalts kann in dieser Hinsicht erst die ärztliche Beurteilung des Observationsmaterials liefern. Die relative 90-tägige Revisionsfrist beginnt somit grundsätzlich erst zu laufen, wenn diese ärztliche Beurteilung vorliegt. Die Verwaltung hat die erforderlichen medizinischen Abklärungen innert angemessener Frist durchzuführen. Tut sie dies nicht, darf sich ihre Säumnis nicht zu ihren Gunsten und zuungunsten der versicherten Person auswirken. In einem solchen Fall ist der Beginn der relativen 90-tägigen Frist vielmehr auf den Zeitpunkt festzusetzen, in welchem die Verwaltung ihre unvollständige Kenntnis mit dem erforderlichen und zumutbaren Einsatz hätte hinreichend ergänzen können (BGE 143 V 105 E. 2.4 S. 109). Das Bundesgericht hat in BGE 143 V 105 erkannt, im beurteilten Fall der Unfallversicherung habe die für den Beginn der 90-tägigen Frist massgebliche Kenntnis des Revisionsgrundes aufgrund der bis dahin gegebenen grossen rechtlichen Unsicherheit erst vorgelegen, nachdem das Bundesgericht Gericht in einem parallelen Verfahren der Invalidenversicherung über den revisionsrelevanten Umstand entschieden habe (BGE 143 V 105 E. 2.5.2 S. 110).
2.2.2. Bereits im Urteil 8C_734/2013 hat das Bundesgericht im Verfahren der Versicherten gegen die Allianz entschieden, dass es nicht zu beanstanden ist, wenn die Leistungserbringerinnen im Umstand, dass die Versicherte wiederholt an Marathon, Waffenläufen und ähnlichen Veranstaltungen teilnahm und diese zum Teil mit gutem Erfolg abschloss, eine Tatsache erblickten, die bei der Beurteilung der Leistungsfähigkeit eine wichtige Rolle spielen könnte. In den Akten fand eine sportliche Betätigung zwar hin und wieder Erwähnung. Hingegen wurde der Umfang (Marathon, Extremmarathon in der Wüste) soweit ersichtlich vor Erlass der Rentenverfügung nicht erwähnt. Es handelte sich demnach für die verfügende Unfallversicherung um eine neue Tatsache mit eventueller erheblicher Auswirkung auf den Leistungsanspruch. Dasselbe gilt für die IV-Stelle.
2.2.3. Vorliegend war die Frage, ob die hervorragenden Laufleistungen der Beschwerdeführerin einerseits und die mittels ABI-Gutachten vom 4. Juli 2005 sowie einer beruflichen Abklärung vom 11. September 2007 bis 14. Dezember 2007 am ZBA erhobenen Ergebnisse andererseits in Einklang zu bringen sind, Gegenstand eines Gerichtsverfahrens zwischen der Versicherten und der Allianz. Mit Urteil vom 6. Juni 2014 (Verfahren 8C_734/2013) gelangte das Bundesgericht zur Erkenntnis, dass die bis dahin vorhandenen Akten keine genügende Grundlage für die Beantwortung dieser Frage boten. Entsprechend wies es das kantonale Gericht an, ein umfassendes neurologisches Gutachten in Auftrag zu geben. Dieses liegt nunmehr in Form des Gutachtens E._ vom 6. Juli 2016 vor. Erst ab Kenntnis dieses Gutachtens beziehungsweise ab dem mit heutigem Datum gefällten Urteil 8C_115/2018 in Sachen der Beschwerdeführerin gegen die Allianz hatte die IV-Stelle ein auf sicheren Grundlagen beruhendes Wissen über die wahre Leistungsfähigkeit der Versicherten. Die 90-tägige Frist für die Revision hatte daher im Zeitpunkt des Erlasses der Verfügung vom 19. Februar 2013 noch gar nicht zu laufen begonnen.
3.
Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin ist nicht klar, inwiefern die IV-Stelle willkürlich oder wider Treu und Glauben gehandelt haben sollte, indem sie sich der Einschätzung der Allianz anschloss, es sei mittels ärztlichen Gutachtens abzuklären, ob das Verhalten und die Äusserungen der Versicherten in früheren Abklärungssituationen mit den im gleichen Zeitraum erbrachten sportlichen Leistungen und dem Alltagsverhalten in Einklang zu bringen sind.
Ebensowenig liegt ein Fall einer Verletzung des Vertrauensschutzes vor, weil die IV-Stelle der Beschwerdeführerin im Rahmen eines ordentlichen Revisionsverfahrens am 11. März 2011 mitteilte, ihr Anspruch auf eine ganze Rente bleibe bestehen, da sich die Verhältnisse nicht geändert hätten. Wie dargelegt, hatte die Beschwerdegegnerin zu jenem Zeitpunkt noch keine Kenntnis über die medizinische Einschätzung über die wahre Leistungsfähigkeit der Versicherten.
4.
Zu prüfen bleibt damit die Frage, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie vom 1. Mai 2003 bis zum 30. September 2004 auf einen Invaliditätsgrad von 50 % und damit einen Anspruch auf eine halbe Rente erkannte und darüber hinaus einen Rentenanspruch der Beschwerdeführerin verneinte.
Im angefochtenen Entscheid legte die Vorinstanz die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung dazu entwickelten Grundsätze, namentlich diejenigen zu den Begriffen der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG) sowie zum Rentenanspruch (Art. 28 Abs. 2 IVG) zutreffend dar. Korrekt sind auch die Erwägungen zur ärztlichen Aufgabe bei der Invaliditätsbemessung (BGE 140 V 193 E. 3.2 S. 195 f.; 132 V 93 E. 4 S. 99 f.) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten, insbesondere eine Gerichtsgutachtens (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis). Darauf wird verwiesen.
5.
Die Vorinstanz hat die medizinische Aktenlage umfassend wiedergegeben und sorgfältig gewürdigt. Sie stellte fest, die formellen Einwände gegen die Gutachter der Klinik E._ seien nicht stichhaltig. Diese hätten die ihnen unterbreiteten Fragen umfassend beantwortet und insbesondere auch zu den von der Beschwerdeführerin vorgelegten ärztlichen Berichten und Gutachten umfassend Stellung genommen und überzeugend dargelegt, weshalb die darin festgehaltenen Einschätzungen in der Regel nicht zutreffen. Es sei daher davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin in ihrer angestammten Tätigkeit als Reprografin ab dem Zeitpunkt der Abheilung der körperlichen Verletzungen aufgrund des ersten Unfalls zu 80 % arbeitsfähig gewesen sei. Die durch den zweiten Unfall verursachte Verminderung der Leistungsfähigkeit zufolge einer psychiatrischen Störung sei spätestens ab Mitte des Jahres 2004 abgeheilt gewesen. Danach hätten sich alle gesundheitlichen Unfallfolgen bis heute stabilisiert. Zum frühestmöglichen Zeitpunkt des Rentenbeginns (Mai 2003) habe der Invaliditätsgrad 50 % betragen. Da es der Versicherten möglich sei mit einer um 20 % reduzierten Leistung in ihrer angestammten Tätigkeit zu arbeiten, sei der Invaliditätsgrad spätestens ab Juli 2004 mit dem Grad der Erwerbsunfähigkeit identisch. Demgemäss bestehe ab Oktober 2004 kein Rentenanspruch mehr. Die zu viel ausgerichteten Leistungen seien zurückzuerstatten. Berufliche Massnahmen seien nicht geschuldet, da die Beschwerdeführerin sich selbst eingliedern könne und es ihr an Eingliederungswillen fehle.
6.
Im Wesentlichen bringt die Beschwerdeführerin vor, auf das von ihr als willkürlich bezeichnete Gutachten E._ vom 6. Juli 2016 dürfe nicht abgestellt werden.
6.1.
6.1.1. Bei der Beurteilung der Arbeits (un) fähigkeit stützt sich die Verwaltung und im Beschwerdefall das Gericht auf Unterlagen, die von ärztlichen und gegebenenfalls auch anderen Fachleuten zur Verfügung zu stellen sind. Ärztliche Aufgabe ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352 mit Hinweis).
6.1.2. Das Gericht weicht bei Gerichtsgutachten nicht ohne zwingende Gründe von der Einschätzung der medizinischen Experten ab, deren Aufgabe es ist, ihre Fachkenntnisse der Gerichtsbarkeit zur Verfügung zu stellen, um einen bestimmten Sachverhalt medizinisch zu erfassen. Ein Grund zum Abweichen kann vorliegen, wenn die Gerichtsexpertise widersprüchlich ist oder wenn ein vom Gericht eingeholtes Obergutachten in überzeugender Weise zu anderen Schlussfolgerungen gelangt. Eine divergierende Beurteilung kann ferner gerechtfertigt sein, wenn gegensätzliche Meinungsäusserungen anderer Fachexperten dem Gericht als triftig genug erscheinen, die Schlüssigkeit des Gerichtsgutachtens in Frage zu stellen, sei es, dass es die Überprüfung durch einen Oberexperten für angezeigt hält, sei es, dass es ohne Oberexpertise vom Ergebnis des Gerichtsgutachtens abweichende Schlussfolgerungen zieht (BGE 125 V 351 E. 3b/aa S. 352 f. mit Hinweis; SVR 2015 UV Nr. 4 S. 13, 8C_159/2014 E. 3.2; Urteil 9C_278/2016 vom 22. Juli 2016 E. 3.2.3).
6.1.3. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (BGE 132 V 393 E. 3.2 S. 397 ff.), welche das Bundesgericht seiner Urteilsfindung zugrunde zu legen hat (E. 1). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln (BGE 132 V 393 E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen) frei überprüfbare Rechtsfrage.
6.2. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin bezüglich der vorinstanzlich festgestellten Arbeits- und Leistungsfähigkeit beschränken sich auf eine umfassende Kritik am Gutachten E._ vom 6. Juli 2016, ohne dass sie sich mit den dazu ergangenen vorinstanzlichen Feststellungen und Ergänzungen im Einzelnen befassen würde. Sie sind nicht geeignet, die Rechtmässigkeit der vorinstanzlichen Betrachtungsweise in Zweifel zu ziehen, beziehungsweise das Gerichtsgutachten zu erschüttern. Nicht stichhaltig ist die von der Beschwerdeführerin vorgebrachte Darlegung ihrer eigenen Sicht der Dinge und ihrer eigenen Diskussion medizinischer Sachverhalte, wonach sie an einem Frontalhirnsyndrom mit einer erheblichen frontalen Läsion und damit einhergehend an einer Persönlichkeitsveränderung, psychischen Defiziten und einem organischen Psychosyndrom leide. Das kantonale Gericht hat die bereits vorinstanzlich angeführten Argumente umfassend diskutiert und rechtskonform erkannt, weshalb diese nicht zutreffen. Insbesondere hat es auch das vorinstanzlich eingereichte Parteigutachten des Dr. med. H._ vom 5. November 2016 sehr eingehend gewürdigt und festgestellt, dieses genüge den Anforderungen an ein voll beweistaugliches Gutachten nicht. Die Expertise setzte sich mit den Ergebnissen der im Rahmen des Gerichtsgutachtens eingeholten neuropsychologischen Zusatzuntersuchung nicht ernsthaft auseinander und sei inhaltlich mangelhaft.
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig bzw. unvollständig sein sollen oder inwiefern das kantonale Gericht Bundesrecht verletzt habe. Auf solche appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geht das Bundesgericht nicht ein (BGE 141 IV 249 E. 1.3.1 S. 253; 140 III 264 E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen; Urteil 8C_709/2017 vom 27. April 2018 E. 4.2). Damit hat es bei den vorinstanzlichen Feststellungen sein Bewenden.
6.3. Schliesslich argumentiert die Versicherte, der kantonale Entscheid verletze hinsichtlich den Ausführungen über Beweislast und Beweismass Bundesrecht.
6.3.1. Die Parteien tragen im Sozialversicherungsrecht in der Regel eine Beweislast nur insofern, als im Fall der Beweislosigkeit der Entscheid zu Ungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes auf Grund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (BGE 138 V 218 E. 6 S. 221; 117 V 261 E. 3b S. 264).
6.3.2. Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin liegt hier nicht ein Fall einer Revision aufgrund veränderter Verhältnisse im Sinne von Art. 17 ATSG vor. Wie in Erwägung 2 dargelegt, durfte die IV-Stelle ihre Rentenverfügung vom 17. Dezember 2008 in prozessuale Revision gemäss Art. 53 Abs. 1 ATSG ziehen. Diese wirkt in zeitlicher Hinsicht zurück (ex tunc), das heisst, die ursprünglich Verfügung besteht nicht mehr. Der Invaliditätsgrad und der allfällige Anspruch auf eine Rente der Versicherten sind daher von Grund auf neu zu bestimmen. Die Beweislast einer Invalidität liegt bei dieser ursprünglichen Prüfung eines Rentenanspruchs daher bei der Versicherten und nicht - wie bei einer Revision infolge anspruchserheblicher Änderung - bei der Leistungserbringerin.
6.4. Zusammenfassend sind die Einwendungen der Beschwerdeführerin nicht geeignet, die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder sonst wie bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Die Vorinstanz hat die medizinischen Akten und insbesondere auch das Gerichtsgutachten umfassend gewürdigt und ihre Sachverhaltsfeststellungen willkürfrei begründet. Eine Bundesrechtsverletzung liegt nicht vor. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde.
7.
Die unterliegende Beschwerdeführerin hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 1 und 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Juni 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer