Faits :
A.
A._ SA est propriétaire de la parcelle n o bbb, feuille ccc, de la Commune de G._. Ce bien-fonds supporte un immeuble d'habitation de trois étages sur rez.
Le 6 mai 2005, un incendie a détruit l'immeuble, le rendant inhabitable. La toiture a été détruite et la cage d'escalier s'est effondrée sur deux niveaux. Les façades ont été épargnées, de même que les structures porteuses verticales.
Le 28 novembre 2005, le Département cantonal des constructions et des technologies de l'information, devenu depuis lors le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: DALE), a ordonné à A._ SA d'effectuer sans délai des travaux urgents, à savoir la mise hors d'eau du bâtiment (étanchéité), l'installation d'un échafaudage et la prise de mesures propres à interdire l'accès au bâtiment.
Par décision du 3 octobre 2006, déclarée exécutoire nonobstant recours, le DALE a ordonné à la société propriétaire de requérir une autorisation de construire dans les trente jours, aux fins de procéder aux travaux destinés à remédier à l'état de dégradation de l'immeuble, ainsi que de procéder à sa mise hors d'eau. En cas de non-exécution, des travaux d'office seraient entrepris aux frais de la propriétaire. Cette décision n'a fait l'objet d'aucun recours.
Le 4 décembre 2006, A._ SA a déposé une requête en autorisation de construire portant sur la transformation, la rénovation et la surélévation de l'immeuble. Après plusieurs modifications du projet dues aux préavis recueillis, l'autorisation a été délivrée le 18 juillet 2008. Contestant la détermination du nombre des pièces, la fixation des loyers et la durée de leur contrôle, la société propriétaire a en vain recouru contre cette autorisation auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (dont les compétences ont été reprises par le Tribunal administratif de première instance [ci-après: TAPI]), puis au Tribunal administratif (depuis le 1 er janvier 2011, Chambre administrative de la Cour de justice), qui rejeta son recours, le 16 février 2010.
Par décision du 16 mars 2007, parallèlement à cette procédure, le DALE est intervenu auprès de A._ SA pour assurer la sécuritéet l'habitabilité du bâtiment. Les travaux de remise en état ne progressant pas, le DALE a imparti à la propriétaire plusieurs délais en vue de terminer l'installation d'un échafaudage et d'un tunnel à piétons, sous la menace d'une exécution d'office. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours.
Le 18 septembre 2007, le DALE a fixé à la société propriétaire un ultime délai pour se conformer à cette décision du 16 mars 2007. Le 10 janvier 2008, le DALE l'a informée qu'il procéderait d'office à l'exécution des travaux nécessaires à la réhabilitation de l'immeuble.
La société propriétaire ayant, par la suite, affiché sa volonté d'exécuter elle-même les travaux, l'exécution d'office a été suspendue. Celle-ci a toutefois été reprise par courriers du DALE des 5 novembre 2008 et 25 juin 2009, désignés sous l'appellation de décision d'exécution.
Le 10 août 2009, A._ SA a transmis au département un "calendrier intentionnel de réalisation des travaux de rénovation et de surélévation". En réponse, le DALE a indiqué, le 24 août 2009, qu'il convenait de distinguer les travaux de sécurisation du bâtiment des travaux de réhabilitation, et que, s'agissant des premiers, il adressait à l'autorité compétente une demande d'assistance des agents de la force publique pour accéder aux locaux.
Le 6 novembre 2009, en présence du mandataire de la propriétaire, des experts ont procédé à une visite de l'immeuble. Un procès-verbal a été établi à cette occasion.
B.
Le 4 janvier 2010, le DALE a imparti à la société propriétaire un délai au 31 janvier 2010 pour évacuer l'immeuble en cause de tous ses effets personnels. Passé ce délai, les objets restants seraient évacués, sans autre préavis, pour être éliminés. En tant qu'elle constituait une décision d'exécution, celle-ci n'était pas susceptible de recours, mais était toutefois déclarée exécutoire nonobstant recours. Le 1 er février 2010, la propriétaire a recouru contre cette décision à la Commission cantonale de recours en matière administrative, assortissant son pourvoi d'une requête de mesures urgentes visant à interdire l'accès au bâtiment et tout acte en rapport avec l'exécution des travaux d'office. Le 2 février 2010, la commission a rejeté la requête de mesures provisionnelles. Le 3 février 2010, la société propriétaire a en vain recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif. Quant au recours proprement dit, la commission l'a déclaré irrecevable par décision du 4 janvier 2010, la décision entreprise ne constituant qu'une décision d'exécution.
Le 4 février 2010, le DALE a invité une dernière fois la propriétaire à évacuer et quitter le bâtiment. Le 9 février 2010, les forces de l'ordre sont intervenues afin d'évacuer l'immeuble et permettre le début des travaux de sécurisation.
C.
Par décision du 26 octobre 2010, le DALE a facturé à A._ SA un montant de 373'329 fr. 95 englobant des frais d'expertise préparatoire (4'509 fr. 20), les travaux d'office (357'926 fr. 25) et le coût des expertises finales (5'423 fr. et 5'471 fr. 50).
Le 25 novembre 2010, la société propriétaire a recouru contre cette décision au TAPI. Par ordonnance du 21 juin 2011, une expertise a été ordonnée. Une avance de frais de 15'000 fr. était requise de la société propriétaire. Sur recours, dite avance a été ramenée à 10'000 francs.
L'expert a rendu son rapport le 23 avril 2012. Les montants des travaux figurant au décompte établi par le bureau d'architecte en charge de la supervision des travaux concordent avec les factures produites et la comptabilité de chantier; les travaux de sécurisation, tels qu'exécutés, étaient manifestement nécessaires; les interventions mises en oeuvre n'avaient été disproportionnées, ni sur le plan technique, ni sur celui de la sécurité. L'examen des montants du décompte n'avait pas révélé d'anomalies au regard du coût des travaux par rapport au marché. L'expert précisait enfin, en réponse à certaines critiques de la propriétaire, que sa mission ne le plaçait pas dans un conflit d'intérêt par rapport aux différentes personnes et entreprises intervenues dans le cadre des travaux d'office.
Par jugement du 25 septembre 2012, le TAPI a rejeté le recours dont il était saisi.
D.
Par acte du 29 octobre 2012, A._ SA a recouru contre ce jugement à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par arrêt du 31 octobre 2017, la cour cantonale a rejeté le recours. Sur le plan formel, elle a nié que le droit d'être entendu de la recourante ait été violé par le TAPI, plus particulièrement que les garanties en matière d'administration des preuves et de droit de réplique aient été ignorées. La Cour de justice a par ailleurs considéré que le principe et la nécessité d'opérer des travaux d'office - discutés par la recourante - sortaient de l'objet du litige, celui-ci étant circonscrit à la décision du DALE du 26 octobre 2010 fixant et facturant les frais liés à ces travaux. L'instance précédente a enfin confirmé le montant de ces frais tel qu'établi par le département dans sa décision précitée.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que la décision du département intimé du 26 octobre 2010 est annulée. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.
La Cour de justice, sans formuler d'observations, persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DALE conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué, confirmant ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt de dernière instance cantonale confirmant sur recours une décision mettant à la charge de la recourante la somme de 373'329 fr. 95, au titre de frais résultant de l'exécution de travaux d'office (exécution par substitution). Cette décision est fondée sur le droit public cantonal, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (art. 82 let. a LTF). La recourante, qui se voit imposer le paiement des frais d'exécution par substitution, a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante estime que le TAPI aurait violé son droit à la réplique, ce que la Cour de justice aurait à tort nié.
2.1. Conformément à l'art. 29 al. 2 Cst., les parties ont le droit d'être entendues. Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable, le droit d'être entendu comprend en particulier le droit, pour une partie à un procès, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit ainsi être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 138 I 484 consid. 2.1 p. 485 s.; 137 I 195 consid. 2.3.1 p. 197). Dans les procédures judiciaires, ce droit existe que la cause soit ou non soumise à l'art. 6 par. 1 CEDH, l'art. 29 Cst. devant, sous cet angle, être interprété de la même manière (ATF 138 I 154 consid. 2.3.3 p. 157; arrêt 2C_862/2016 du 4 novembre 2016 consid. 4.3).
2.2. Les juges du TAPI ont tenu une audience de comparution personnelle, le 13 septembre 2012. Selon les faits - non contestés - établis par l'instance précédente, les parties n'ont à cette occasion pas produit de nouvelles pièces, ni ne se sont prévalues de nouveaux arguments. S'agissant du rapport d'expertise du 23 avril 2012, le TAPI a transmis celui-ci aux parties le 25 avril 2012. Celles-ci se sont déterminées à son sujet, la recourante le 30 avril 2012 et l'intimé le 15 mai 2012. Par courrier du 15 mai 2012, la recourante a sollicité un nouveau délai pour transmettre ses observations, lequel lui a été accordé jusqu'au 18 juin 2012. Sans nouvelles de la recourante, quelques jours après l'échéance, le TAPI l'a relancée pour se voir répondre, le 10 juillet 2012, soit près de trois semaines plus tard, que la recourante renonçait finalement à se déterminer. Cette dernière s'est ensuite contentée de persister dans ses conclusions, lors de l'audience du 13 septembre 2012, se réservant notamment la possibilité de produire une expertise privée. A teneur du dossier, à l'issue de cette audience, les premiers juges ont réservé les suites de la procédure. Le 25 septembre 2012, le TAPI a rendu son jugement.
2.3. A l'appui de son grief, la recourante affirme s'être réservé, lors de l'audience du TAPI, la possibilité de répliquer "et de se déterminer de façon définitive lorsque l'expert [...] aurait été entendu, conformément à la pratique bien établie". Elle déduit de cette réserve qu'elle pouvait légitimement partir du principe que soit cette audition serait ordonnée, soit que les parties seraient informées que la cause était "gardée à juger"; elle aurait, dans cette dernière hypothèse, eu l'occasion de déposer des déterminations finales. En rendant, sans autre communication, son jugement le 25 septembre 2012, le TAPI aurait violé son droit d'être entendue, plus particulièrement son droit à la réplique, ce qu'aurait à tort nié la Cour de justice.
La recourante se méprend lorsqu'elle part du principe qu'au regard de ses réserves elle pouvait légitiment s'attendre à l'audition de l'expert. Outre que la recourante ne documente aucunement la prétendue pratique bien établie dont elle se prévaut, les autorités précédentes pouvaient - comme cela sera exposé ci-après (cf. consid. 3.2) - renoncer à cette mesure d'instruction sans que cela ne soit critiquable sous l'angle de l'appréciation des preuves. La recourante n'explique ensuite pas en quoi il serait contraire au droit cantonal de procédure - en particulier à la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 [LPA; RS/GE E 5 10] - d'avoir rendu son jugement sans avoir préalablement indiqué aux parties que la cause était gardée à juger. Par ailleurs, au regard de la chronologie rappelée ci-dessus, il faut, avec la Cour de justice, reconnaître que la recourante a eu, à plusieurs reprises, l'occasion de se prononcer tant sur les arguments de l'intimé que sur le rapport d'expertise. On ne peut ainsi pas reprocher au TAPI d'avoir omis de soumettre aux parties certains éléments de la procédure et d'avoir privé la recourante de la possibilité de se déterminer en conséquence; cela est d'autant plus vrai que le tribunal s'est d'office adressé à la recourante pour s'enquérir de ses déterminations, alors même que celle-ci n'avait pas observé le délai qui lui avait été imparti à cette fin. La recourante ne le conteste d'ailleurs pas. Or c'est précisément cette possibilité de s'expliquer sur l'ensemble des éléments de la procédure que garantit le droit d'être entendu, dont la Cour de justice a ainsi, à bon droit, nié la violation. Dans ces circonstances, s'agissant des conclusions (techniques) du rapport d'expertise, point n'est besoin d'examiner si une réparation ultérieure du vice était exclue, comme le soutient la recourante, au motif que les membres de la Cour de justice ne disposeraient pas des mêmes connaissances en matière de construction que les juges spécialisés du TAPI (cf. art. 143 LCI).
2.4. Toujours sous l'angle du droit de répliquer, la recourante reproche au TAPI de ne lui avoir transmis la note d'honoraires de l'expert que conjointement à son jugement. Elle estime, pour les mêmes motifs que précédemment, que ce vice ne pouvait être réparé devant la Cour de justice, comme l'a pourtant jugé cette dernière.
Avec l'instance précédente, force est d'admettre que la recourante était informée du montant approximatif du coût de l'expertise; celle-ci a en effet obtenu, sur recours, que l'avance de frais relative à cette mesure soit ramenée de 15'000 fr. à 10'000 fr., montant couvrant les frais effectifs d'expertise, finalement arrêtés à 7'700 francs. Par ailleurs, si tant est que la manière de procéder du TAPI soit constitutive d'une violation du droit d'être entendu, ce vice a, quoi qu'en dise la recourante, été réparé devant l'instance précédente (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.2 p. 197 s.). En effet, la Cour de justice, dont il n'est pas contesté qu'elle jouit d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit, s'est saisie de cette question, jugeant le coût de l'expertise justifié au regard de l'ampleur du travail accompli, en particulier la prise de connaissance du dossier et l'examen, sur place, des travaux exécutés. La recourante avance certes que, selon une jurisprudence cantonale bien établie et la doctrine cantonale - sans toutefois indiquer d'auteur particulier -, une telle réparation serait exclue lorsque l'autorité inférieure est composée de spécialistes susceptibles, à l'instar des membres du TAPI, d'exercer un contrôle plus technique que la Chambre administrative de la Cour de justice. La recourante ne développe cependant cette argumentation qu'en lien avec les conclusions techniques de l'expertise (cf. consid. 2.3 in fine). S'agissant en revanche, et à proprement parler, des honoraires liés à cette expertise, la recourante se contente de renvoyer, en une phrase, à ces premières explications, sans que l'on comprenne en quoi l'examen de la facture de l'expert nécessiterait des connaissances techniques spéciales, au point d'exclure toute réparation ultérieure; on ne discerne au demeurant pas non plus en quoi la procédure cantonale aurait ainsi été violée. Insuffisamment motivé, cet aspect du grief est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
2.5. En définitive, mal fondé et pour partie irrecevable, le grief doit être écarté.
3.
La recourante soutient que la Cour de justice aurait refusé les auditions de MM. D._ et E._, en violation de son droit d'être entendue. Il en serait de même du refus d'entendre l'auteur du rapport d'expertise.
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à des offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités). L'art. 29 al. 2 Cst. n'exclut pas une appréciation anticipée des preuves (ATF 138 III 374 consid. 4.3.1 p. 376). Le juge peut ainsi refuser une mesure probatoire lorsque celle-ci ne serait pas de nature à modifier le résultat des preuves déjà administrées, qu'il tient pour acquis. Un tel refus ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s.; 138 III 374 consid. 4.3.2 p. 376).
3.2. A la lecture du recours, l'audition du témoin D._, ingénieur EPFL chargé de suivre la situation mois par mois, a été requise en lien avec la question de la sécurisation du bâtiment. Or cet aspect n'est plus susceptible d'être remis en cause dans la présente procédure, comme cela sera confirmé ci-après (cf. consid. 4). Quant à l'audition du témoin E._, de la société F._ SA, la recourante n'explique pas en quoi il aurait été arbitraire de l'écarter; il n'est en particulier pas suffisant, sous l'angle des exigences de motivation du recours fédéral (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF), d'affirmer, sans autre précision, que cette personne est un professionnel du bâtiment, ayant travaillé sur place, et que ce témoin serait "de toute évidence en mesure de se prononcer et d'apporter des éléments utiles sur la cause".
La Cour de justice a également refusé l'audition de l'expert; elle a considéré que celui-ci avait répondu aux questions posées dans le mandat d'expertise, le rapport permettant d'établir les faits pertinents sans que l'audition de son auteur soit nécessaire. L'expert s'était ainsi entouré de toutes les pièces nécessaires et s'était rendu sur place pour examiner les travaux. Il avait expliqué les étapes de son analyse. Bien que ces explications soient succinctes, elles permettaient de comprendre comment l'expert avait procédé, et comment il était parvenu aux conclusions de son expertise. Il s'était enfin expressément déterminé, dans son rapport, sur ses éventuels liens avec les parties et mandataires de l'Etat, indiquant que sa mission ne le plaçait " pas dans un conflit d'intérêts par rapport aux différentes personnes et entreprises intervenues dans le cadre des travaux d'office", ce que rien ne permettait de mettre en doute.
Devant le Tribunal fédéral, la recourante ne démontre pas que cette appréciation serait arbitraire. C'est ainsi en vain qu'elle affirme qu'il serait insoutenable d'avoir écarté de l'analyse les rapports D._, dont l'audition a de surcroît été refusée. Ces rapports portent en effet, comme le reconnaît d'ailleurs la recourante, sur la dangerosité, respectivement la sécurisation du bâtiment; or cet aspect ne peut à ce stade plus être discuté (cf. consid. 4). La recourante n'établit pas non plus que la Cour de justice aurait versé dans l'arbitraire en retenant que l'expert avait tenu compte de l'ensemble des éléments pertinents, que l'instance précédente a du reste pris soin de décrire en détail aux termes des considérants de son arrêt. La recourante ne fournit par ailleurs pas d'élément permettant de conclure que le rapport serait empreint d'incohérences ou de contradictions, qui auraient nécessité des éclaircissements; elle ne critique d'ailleurs pas en tant que tel les considérants de l'arrêt attaqué dans lesquels l'instance précédente livre de façon circonstanciée son appréciation quant à la valeur probante du rapport et explique en détail les motifs pour lesquels elle adhère aux explications et conclusions de l'expert (à ce sujet, cf. ATF 141 IV 369 consid. 6.1 p. 373; arrêt 5A_914/2016 du 5 juillet 2017 consid. 3.3 et les arrêts cités). La recourante n'indique enfin pas non plus - pas plus d'ailleurs que devant les instances précédentes - pour quels motifs il s'imposerait de douter des déclarations de l'expert quant à l'absence de conflit d'intérêts et de l'auditionner sur cette question.
Il s'ensuit qu'insuffisamment motivé le grief est irrecevable.
4.
La recourante se plaint simultanément d'un déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) et de l'application arbitraire des art. 129 ss de la loi sur les constructions et installations diverses (LCI; RS/GE L 5 05). Elle reproche en particulier à la Cour de justice d'avoir circonscrit l'objet du litige à la question des frais liés aux travaux d'office et à la garantie de leur remboursement par une hypothèque légale, commettant ainsi un déni de justice formel. Elle affirme qu'elle n'aurait reçu aucune décision ordonnant la reprise des travaux d'office; l'ampleur, le coût et les modalités de ces travaux n'auraient pas non plus fait l'objet d'une décision. A la suivre, le recours prévu à l'art. 140 al. 1 LCI permettrait de critiquer "l'intégralité de la problématique" et non pas uniquement la question du coût des travaux.
Quoi qu'elle en dise, par cette critique, la recourante reproche en réalité uniquement à l'instance précédente d'avoir, en violation des dispositions cantonales applicables, exclu de l'objet du litige certains moyens soulevés en lien notamment avec la nécessité des travaux. C'est sous cet angle que le présent grief sera examiné (cf. ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157; arrêt 5A_409/2014 du 15 septembre 2014 consid. 3, non publié in SJ 2015 I 111), aspect qui seul répond au demeurant aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
4.1. Comme le souligne la Cour de justice, la décision du 3 octobre 2006 - la plus ancienne figurant au dossier - est fondée sur l'art. 42 de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR; RS/GE L 5 20). Cette disposition prévoit qu'en cas de défaut d'entretien mettant en péril une structure ou l'habitabilité d'un immeuble, le département, notamment sur demande d'un locataire, peut ordonner l'exécution des travaux nécessaires, le cas échéant les faire exécuter aux frais du propriétaire selon la procédure des travaux d'office prévus aux art. 133 ss et 140 ss LCI.
Selon l'art. 133 LCI, en cas d'urgence, les mesures qui n'ont pas été exécutées dans les vingt-quatre heures qui suivent la notification sont entreprises d'office par le département (al. 1). Toutefois, en cas de danger imminent, le département peut prendre immédiatement les mesures nécessaires. Il en informe les intéressés dans les délais les plus courts (al. 2). Dans les autres cas, si le délai d'exécution est expiré sans résultat, il n'est procédé d'office aux mesures ordonnées qu'à l'échéance d'un nouveau délai d'au moins cinq jours, imparti par lettre recommandée (al. 3). Les travaux qui ne sont pas exécutés conformément aux mesures prescrites doivent être refaits sur demande du département et sont, au besoin, exécutés d'office (art. 134 LCI).
S'agissant des frais résultant de l'exécution des travaux d'office, l'art. 140 al. 1 LCI dispose que ceux-ci sont mis à la charge des intéressés par la notification d'un bordereau par le département. Ce bordereau peut être frappé d'un recours, conformément aux dispositions de la présente loi. Le remboursement à l'autorité compétente des frais entraînés par l'exécution des travaux d'office, ainsi que le paiement des émoluments administratifs et des redevances prévues par la présente loi, sont garantis par une hypothèque légale (art. 836 du code civil [RS 210]) (art. 142 al. 1 1 ère phrase LCI).
4.2. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; le Tribunal fédéral ne s'écarte ainsi de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 132 I 13 consid. 5.1 p. 17; arrêt 1C_429/2016 du 16 août 2017 consid. 3.1). Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 140 III 167 consid. 2.1 p. 168; 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; arrêt 1C_326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 4.2, non publié in ATF 144 II 41).
Une exigence de motivation accrue prévaut pour la violation des droits constitutionnels tels que la prohibition de l'arbitraire. Selon le principe d'allégation, la partie recourante doit expliquer de façon circonstanciée en quoi consiste la violation, respectivement où réside l'arbitraire (art. 106 al. 2 LTF; cf. ATF 134 II 244 consid. 2.2; 133 II 396 consid. 3.2).
4.3. Selon la jurisprudence, l'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours (ou objet de la contestation), les conclusions de la partie recourante et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'elle invoque. En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours (cf. ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426 et les références; 131 V 164 consid. 2.1 p. 164; 125 V 413 consid. 1a p. 414). Fondé sur cette jurisprudence, dont la recourante ne discute pas réellement l'application au cas particulier, l'arrêt attaqué retient que le DALE a notifié un nombre important de décisions et de courriers entre l'incendie, survenu le 6 mai 2005, et la dernière décision du 26 octobre 2010, dont plusieurs procédures judiciaires ont découlé. La Cour de justice a considéré que l'objet du litige correspondait au contenu de cette dernière décision, confirmée par le TAPI, et rendue en application de l'art. 140 LCI. Elle a estimé que cette décision ne concernait ni les conditions ni la nécessité d'opérer des travaux d'office, en particulier de sécurisation, points qui avaient fait l'objet de décisions antérieures entrées en force, faute de recours.
La recourante conteste cette appréciation. Elle affirme, se référant à l'ATF 140 I 2 consid. 4 p. 14, qu'il ressortirait de la jurisprudence du Tribunal fédéral "rendue en contrôle abstrait" que le recours prévu à l'art. 140 al. 1 LCI devrait permettre à la personne ayant fait l'objet de travaux d'office, forcément ordonnés dans l'urgence, selon elle, de remettre en cause l'ensemble des questions soulevées par la procédure. La recourante précise encore que la décision prévue par l'art. 140 al. 1 LCI constituerait une décision finale, ce dont témoignerait, à la suivre, le fait que l'autorité intimée ait suspendu pendant plusieurs années les travaux.
On cherche en premier lieu en vain, dans l'arrêt cité par la recourante, une quelconque référence à l'art. 140 LCI. Ce précédent traite certes de la question du contrôle abstrait, mais porte au fond sur le concordat instituant des mesures contre la violence lors de manifestations sportives du 15 novembre 2007 (C-MVMS), dont on peine à cerner le lien avec la présente affaire. Les considérants de cet arrêt ne confirment quoi qu'il en soit en aucune manière le prétendu caractère final de la décision prévue par l'art. 140 LCI. La recourante feint par ailleurs d'ignorer que les travaux, dont les coûts sont ici débattus, ont fait l'objet de deux décisions, des 26 octobre 2006 et 16 mars 2007, entrées en force, ainsi que de multiples communications du DALE, dont de nombreux atermoiements destinés à lui permettre d'intervenir elle-même; la recourante ne prétend en outre pas non plus ni a fortiori ne démontre qu'elle aurait été empêchée de faire valoir ses arguments, s'agissant en particulier des motifs de sécurité fondant les travaux, dans le cadre d'éventuels recours contre ces décisions préalables, voies de droit dont elle n'a cependant pas fait usage.
C'est par ailleurs à tort que la recourante affirme qu'elle n'aurait pas pu se prononcer sur les travaux d'office "décidé unilatéralement par l'autorité intimée". Si le principe des travaux d'office était acquis, spécialement au regard des impératifs de sécurisation de l'immeuble, il n'en allait pas de même de la question de savoir si les travaux finalement exécutés, respectivement les frais en découlant, étaient justifiés et nécessaires pour assurer cet objectif, aspect relevant de l'objet du litige (sur l'étendue de la prise en charge des frais d'exécution par substitution, cf. arrêt 1C_462/2014 du 16 octobre 2015 consid. 4.1.1 et les références citées). Le TAPI a du reste expressément requis de l'expert qu'il se détermine sur cette question. La Cour de justice s'est également prononcée sur le sujet, se ralliant à l'avis de l'expert, qui retient que les mesures prises pour assurer la sécurité du bien et des personnes, tant par rapport au bâtiment qu'au domaine public, étaient justifiées et cohérentes. Devant l'instance précédente, la recourante n'a pour sa part pas sérieusement pris le soin de critiquer ce rapport, se bornant à qualifier celui-ci d'incompréhensible et aucunement détaillé; elle n'a notamment pas produit, comme elle se proposait pourtant de le faire devant le TAPI, de contre-expertise privée. La recourante bénéficiait au demeurant de cette même possibilité devant la Cour de justice, dont elle n'a pas non plus fait usage.
4.4. En définitive et pour peu qu'il soit suffisamment motivé, le grief se révèle mal fondé et doit être écarté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires, calculés selon la valeur litigieuse, sont mis à la charge de la recourante, qui succombe. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 31 août 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez