Erwägungen:
1.
1.1. Das Stadthalteramt Bezirk Zürich sprach mit Strafbefehl vom 25. Oktober 2017 gegen die Beschwerdeführerin eine Busse von Fr. 120.- wegen Widerhandlung gegen das Abfallgesetz des Kantons Zürich vom 25. September 1994 (AbfG; LS 712.1) unter Auferlegung der Verfahrenskosten aus, da diese Abfall in einem nicht offiziellen Kehrichtsack entsorgt habe.
1.2. Die Beschwerdeführerin erhob am 21. Februar 2018 "Einspruch" gegen den Strafbefehl. Das Stadthalteramt nahm die Eingabe der Beschwerdeführerin als Einspruch gegen den Strafbefehl und Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist entgegen. Das Bezirksgerichts Zürich entschied mit Verfügung vom 10. April 2018, die Einsprache sei verspätet. Das Stadthalteramt nahm das von ihm sistierte Verfahren wieder auf und wies mit Verfügung vom 25. Mai 2018 das Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Einsprachefrist ab. Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 4. September 2018 ebenfalls ab.
2.
Die Beschwerdeführerin gelangt ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss, die Verfügung des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Stadthalteramt zurückzuweisen. Es sei festzustellen, dass das Stadthalteramt seiner Kommunikationspflicht nicht fristgerecht nachgekommen sei, da es die üblichen Kommunikationsfristen von 30 Tagen nicht eingehalten habe. Die Einsprachefrist sei wiederherzustellen. Sie habe das ihr vorgeworfene Vergehen nicht begangen und erachte das Verfahren als unverhältnismässig. Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
3.
3.1. Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die beschwerdeführende Partei kann in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116). Für die Anfechtung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten (vgl. Art. 97 Abs. 2, 105 Abs. 1 BGG; BGE 142 III 364 E. 2.4; 137 II 353 E. 5.1).
3.2. Die Eingabe der Beschwerdeführerin genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht. Aus der Beschwerde geht nicht hervor, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen das Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen soll. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen nicht auseinander und zeigt nicht ansatzweise auf, inwieweit die Vorinstanz die Voraussetzungen zur Wiederherstellung der Frist gemäss Art. 94 StPO zu Unrecht verneint haben soll. Dies ist auch nicht ersichtlich, zumal sich weder aus ihren Ausführungen im bundesgerichtlichen noch im kantonalen Beschwerdeverfahren ergibt, warum ihr die Wahrung der Einsprachefrist unverschuldet nicht möglich gewesen sein soll.
4.
Auf die Beschwerde ist mangels einer tauglichen Begründung im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 Abs. 1 BGG wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen. Der Beschwerdeführerin sind reduzierte Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Der Beschwerdeführerin werden Gerichtskosten in Höhe von Fr. 500.- auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Oktober 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held