Faits :
A.
En 2014, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (devenu le 1 er juin 2018 le Département du territoire; ci-après: le Département) a élaboré un avant-projet de loi de modification des limites de zones n° 29'955-507, créant une zone de développement 3 au lieu-dit "Vailly-Sud - Route de Chancy" dans la commune de Bernex (ci-après : la commune). Le périmètre dudit projet se situe à proximité du futur terminus du prolongement de la ligne de tramway Cornavin-Onex-Bernex (TCOB) et en bordure sud de la route de Chancy. Ce secteur, d'une superficie de 57'260 m 2, est situé principalement sur les trois parcelles privées n os 2'347, 2'408 et 7'227, ceinturées par la route de Chancy et la route de Laconnex. Il concerne aussi deux parcelles du domaine public cantonal, soit les parcelles n° 7'556 (chemin de Bonne) et n° 7'750 (chemin du Champ-Manon pour partie). Ces biens-fonds sont sis en zone agricole, en continuité immédiate avec le tissu villageois.
Ce projet de modification de zone a pour but de créer les conditions permettant une extension urbaine sur la zone agricole sur des parcelles enclavées entre le village de Bernex et la ligne du prolongement du tramway TCOB dans le cadre général du "Grand projet Bernex" et des objectifs y afférents, prévus par le plan directeur cantonal 2030 du canton de Genève approuvé par le Conseil fédéral le 29 avril 2015 (ci-après; PDCn 2030). Cette extension tend à réaliser un quartier mixte à forte dominante logements, avec des activités économiques et des services en lien avec la place située au terminus du tram. Ce projet vise, à terme, la création de six cents logements et de cent cinquante emplois pour le seul périmètre de Vailly-Sud.
Le 20 mars 2015, le Département a soumis l'avant-projet de plan de modification de limites de zones à la commune et aux services concernés. Cet avant-projet de plan a fait l'objet de plusieurs préavis techniques, tous favorables ou favorables sous réserves. Le 18 mai 2015, la commune de Bernex s'est déclarée favorable sous réserves; il était nécessaire d'assurer une continuité entre les futures constructions et le bâti actuel; le respect des gabarits actuels, situés en zone 4B protégée, devait être assuré, tout comme les trames végétales et les vues sur le grand paysage; ces éléments devaient conduire à l'élaboration d'une image directrice.
Du 17 novembre au 17 décembre 2015, l'avant-projet de loi a été mis à l'enquête publique. Il a fait l'objet d'observations négatives émanant notamment de la commune. Le 14 juin 2016, le Conseil municipal de Bernex a émis un préavis défavorable audit projet. Il a notamment relevé que le projet de plan directeur de quartier n° 29'948 pour les communes de Bernex et Confignon portait exclusivement sur le secteur de Bernex-Est; aucune image directrice n'avait été développée pour le secteur "Vailly-Sud - Route de Chancy", alors qu'elle était indispensable; le park and ride (P+R) terminus de Vailly devait être localisé sous le périmètre des futures habitations de Vailly-Sud, et non en surface au sud de la route de Chancy comme cela était prévu.
B.
Le 17 octobre 2016, le Conseil d'Etat du canton de Genève a déposé auprès du Grand Conseil le projet de loi 11'985 (ci-après: PL 11'985) modifiant les limites de zones sur le territoire de la commune de Bernex (création d'une zone de développement 3 au lieu-dit "Vailly-Sud - Route de Chancy" conformément au plan n° 29'955-507).
Le PL 11'985 a fait l'objet d'une première procédure d'opposition du 28 octobre au 28 novembre 2016, suivie d'une procédure d'opposition portant sur la déclaration d'utilité publique prévue à l'art. 4 dudit projet de loi, ouverte du 29 novembre au 9 décembre 2016. La commune ainsi que 62 personnes ont formé opposition contre le PL 11'985.
À la suite d'un important amendement à sa clause d'utilité publique, une deuxième procédure d'opposition au PL 11'985, annulant et remplaçant la première, a été ouverte du 24 février au 27 mars 2017, suivie d'une nouvelle procédure d'opposition à la déclaration d'utilité publique, ouverte du 28 mars au 7 avril 2017. Le 27 mars 2017, la commune a réitéré son opposition.
Le 11 mai 2017, le Grand Conseil a adopté la loi 11'985, dans sa teneur à la suite de la modification de la clause d'utilité publique, et avec un article additionnel portant sur le rejet des oppositions formées contre le projet. Par arrêté du 17 mai 2017, le Conseil d'Etat a publié la loi 11'985. Le référendum n'a pas été demandé dans le délai expirant le 28 juin 2017.
Par courrier du 25 juillet 2017, le Grand Conseil a informé la commune de l'adoption de la loi 11'985 et du rejet de son opposition. Par arrêté du 26 juillet 2017, publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève le 28 juillet 2017, le Conseil d'Etat a promulgué la loi 11'985, déclarée exécutoire nonobstant recours dès le lendemain de la publication.
C.
La commune de Bernex a interjeté recours contre la loi 11'985 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après : la Cour de justice) concluant à l'annulation du "projet de loi n° 11'985". Par arrêt du 26 juin 2018, la Cour de justice a rejeté le recours.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Bernex demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 26 juin 2018 et d'annuler le "projet de loi n° 11'985". Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision.
La Cour de justice et le Grand Conseil s'en rapportent à justice quant à la recevabilité du recours et concluent à son rejet. L'Office fédéral du développement territorial et l'Office fédéral de l'agriculture se sont déterminés. La commune a répliqué par courrier du 12 avril 2019.
Considérant en droit :
1.
Selon l'art. 82 let. b LTF, le recours en matière de droit public est ouvert contre les actes normatifs cantonaux. Tel est le cas de la loi 11'985.
1.1. Lorsque le droit cantonal prévoit un recours contre les actes normatifs, l'art. 86 LTF est applicable (art. 87 al. 2 LTF); dans une telle hypothèse, le Tribunal fédéral ne statue qu'après épuisement des instances cantonales, en l'occurrence la Cour de justice.
1.2. Selon l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes ont qualité pour recourir en invoquant la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonale ou fédérale. Sont en particulier visés les cas où les communes peuvent invoquer la garantie de leur autonomie communale, ancrée au niveau fédéral à l'art. 50 al. 1 Cst. Il n'est pas nécessaire que la commune soit réellement autonome pour bénéficier de la qualité pour recourir fondée sur l'art. 89 al. 2 let. c LTF. Il suffit pour cela qu'elle allègue une violation de son autonomie communale et qu'elle soit touchée par l'acte cantonal en tant que détentrice de la puissance publique (ATF 135 I 43 consid. 1.2 p. 45 et les arrêts cités).
Dans le canton de Genève, les communes ne peuvent se prévaloir d'aucune autonomie en matière de police des constructions, le Département cantonal de l'urbanisme étant compétent pour délivrer les autorisations de construire (arrêt 1C_523/2009 du 12 mars 2010 consid. 2.1, in RDAF 2010 I 244 et in SJ 2010 I 474). Une autonomie communale en matière d'aménagement du territoire a cependant été reconnue (arrêt 1C_253/2013 du 1er novembre 2013 consid. 2.2).
En l'espèce, la commune de Bernex fait valoir que son autonomie en matière d'aménagement du territoire est atteinte puisque la loi litigieuse ne serait pas conforme au plan directeur communal - lequel a force obligatoire pour les autorités communales. Elle dispose ainsi de la qualité pour agir. La question de savoir si elle est réellement autonome dans ce domaine relève du fond (ATF 143 I 272 consid. 2.3.2 p. 278; 129 I 313 consid. 4.2 p. 319 et les références).
1.3. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Dans le cadre d'un contrôle abstrait des normes, le Tribunal fédéral examine librement la conformité d'un acte normatif au droit supérieur; il s'impose cependant une certaine retenue eu égard notamment aux principes découlant du fédéralisme et de la proportionnalité. Dans ce contexte, ce qui est décisif, c'est que la norme mise en cause puisse, d'après les principes d'interprétation reconnus, se voir attribuer un sens compatible avec les droits fondamentaux invoqués. Le Tribunal fédéral n'annule dès lors une norme cantonale que lorsque celle-ci ne se prête à aucune interprétation conforme à la Constitution ou au droit supérieur. Pour en juger, il faut notamment tenir compte de la portée de l'atteinte aux droits fondamentaux en cause, de la possibilité d'obtenir ultérieurement, par un contrôle concret de la norme, une protection juridique suffisante, et des circonstances concrètes dans lesquelles ladite norme sera appliquée (ATF 145 I 73 consid. 2 p. 82 s. et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral examine en principe librement si les mesures d'aménagement du territoire répondent à un intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 182; 132 II 408 consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'un établissement incomplet des faits. Elle fait valoir une violation de l'art. 96 al. 1 LTF et de l'art. 97 al. 1 CO (recte: art. 97 al. 1 LTF). Elle reproche à la cour cantonale de ne pas avoir mentionné l'option prise par le canton de Genève d'instaurer un parking park and ride (P+R) à l'extérieur du périmètre concerné par la modification de zones et non à l'intérieur comme souhaité par la commune, solution qui aurait pour conséquence de violer les règles fédérales relatives aux surfaces d'assolement.
Cette critique peut être d'emblée écartée, dans la mesure où la cour cantonale a mentionné à plusieurs reprises que le périmètre concerné par la loi de modification de zones querellée n'incluait pas les terrains sis en zone agricole où était envisagée la réalisation du parking P+R de Vailly. Elle a exposé que, dans son préavis défavorable du 14 juin 2016, le Conseil municipal de la commune avait notamment relevé que le P+R terminus de Vailly devait être localisé sous le périmètre des futures habitations de Vailly-Sud, et non en surface au sud de la route de Chancy comme cela était prévu. En réalité, la commune ne conteste pas l'établissement des faits en tant que tel, mais l'appréciation juridique des faits retenus, ce qui relève de l'application du droit. Cette question sera dès lors examinée ci-dessous (infra consid. 6).
4.
Sur le fond, la recourante rappelle d'abord que le plan directeur communal de Bernex, approuvé par le Conseil d'Etat genevois le 25 juin 2014, propose, pour la place de quartier de Vailly, d'établir un plan directeur de quartier préalablement à toute construction (fiche 5.4). Elle cite aussi le plan directeur cantonal 2030, lequel précise que préalablement à l'élaboration des plans localisés de quartier, des plans directeurs de quartier sont élaborés pour les secteurs les plus étendus (fiche A02). Elle soutient que la modification de zones adoptée par le Grand Conseil en l'absence d'un plan directeur de quartier entre ainsi formellement en contradiction avec le plan directeur communal en vigueur. Elle fait grief à la cour cantonale d'avoir, de cette manière, violé arbitrairement son autonomie communale ainsi que l'art. 10 al. 8 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT; RSG L 1 30).
4.1. Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante (ATF 139 I 169 consid. 6.1 p. 172-173; 138 I 242 consid. 5.2 p. 244).
En droit genevois, en vertu de l'art. 10 al. 1, 2 et 3 LaLAT, les communes sont tenues d'adopter un plan directeur communal, qui doit être compatible avec les exigences de l'aménagement du territoire du canton contenues notamment dans le plan directeur cantonal. Selon l'art. 10 al. 8 LaLAT, le plan directeur localisé (soit les plans directeurs de quartier et les plans directeurs communaux; art. 10 al. 2 LaLAT) a force obligatoire pour les autorités communales et le Conseil d'Etat. Il ne produit aucun effet juridique à l'égard des particuliers, lesquels ne peuvent former aucun recours à son encontre, ni à titre principal, ni à titre préjudiciel. Pour autant que cela soit compatible avec les exigences de l'aménagement cantonal, les autorités cantonales, lors de l'adoption des plans d'affectation du sol relevant de leur compétence, veillent à ne pas s'écarter sans motifs des orientations retenues par le plan directeur localisé.
L'art. 11 al. 1 LaLAT prévoit que conformément à l'art. 2 al. 3 LaLAT, les autorités cantonales et communales appliquent les principes et les objectifs du plan directeur cantonal, notamment en veillant à ce que les plans d'affectation du sol soient conformes au plan directeur cantonal et à son concept de l'aménagement cantonal; l'adoption d'un plan d'affectation du sol n'est pas subordonnée à celle, préalable, d'un plan directeur localisé.
4.2. En l'occurrence, la Cour de justice a considéré que ni la LaLAT, ni sa jurisprudence, confirmée par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_447/2009 du 11 mars 2009), n'empêchait le Grand Conseil d'adopter un plan de zones en l'absence d'un plan directeur de quartier. Elle a ajouté qu'en outre le Grand Conseil n'était pas lié par l'existence d'un plan directeur localisé, tel qu'un plan directeur communal, et pouvait s'en écarter par l'adoption d'une loi formelle modifiant les limites de zones du territoire cantonal.
L'instance précédente a relevé qu'avec l'art. 10 al. 8 LaLAT, le législateur avait exprimé clairement sa volonté de donner au plan directeur communal une portée exclusivement politique et de laisser la sanction de son irrespect aux seules autorités politiques. L'exposé des motifs ayant conduit à l'adoption de cette disposition législative indique d'ailleurs que "les plans directeurs localisés ont le caractère d'un outil de travail consensuel liant les autorités entre elles. Il ne s'agit pas d'un nouvel instrument formel d'aménagement du territoire, venant s'ajouter à ceux existants, pouvant être invoqué par des tiers dans le cadre de la procédure d'adoption des plans d'affectation du sol" (Mémorial des séances du Grand Conseil genevois [MGC] 2001 41/VIII 7366).
La Cour de justice a ajouté que, s'agissant des plans d'affectation du sol, l'art. 11 al. 1 LaLAT prévoit que l'adoption d'un plan d'affectation du sol n'est pas subordonnée à celle, préalable, d'un plan directeur localisé.
4.3. Face à cette argumentation, la recourante reproche uniquement à l'instance précédente d'avoir perdu de vue qu'elle était une autorité politique, liée par le plan directeur communal qui a force obligatoire à son égard. Elle fait valoir que le grief de violation du plan directeur communal n'est pas formulé par un particulier en l'espèce mais par la commune de situation qui l'a adopté, qui est contrainte de le respecter et entend le faire respecter.
Le fait que le grief soit formulé en l'espèce par la commune et que les arrêts cités par la Cour de justice aient été rendus sur la base de recours formés par des particuliers n'y change cependant rien. En effet, l'art. 11 al. 1 dernière phrase LaLAT - qui exclut que l'adoption de plans d'affectation du sol puisse être subordonnée à celle préalable d'un plan directeur localisé tel un plan de quartier - est claire et vaut aussi pour les communes. Il découle de l'art. 10 al. 8 LaLAT que tant le Conseil d'Etat que le Grand Conseil ont la possibilité de s'écarter du plan directeur communal de Bernex. Lors de l'adoption d'une loi formelle modifiant les limites de zones du territoire cantonal, le Grand Conseil n'est donc aucunement lié par l'existence d'un plan directeur de quartier. Si les fiches A02 et A17 du PDCn 2030 encouragent l'élaboration de tels plans pour les grands projets, elles ne contiennent pas de prescription rendant obligatoire l'adoption d'un plan directeur de quartier, conformément à l'art. 11 al. 1 LaLAT.
Au demeurant, le texte du plan directeur communal de Bernex propose, pour la place du quartier de Vailly, "d'établir un plan directeur de quartier préalablement à toute construction". Le plan directeur communal prévoit ainsi un plan directeur de quartier avant toute constructionet non pas avant toute modification des limites de zone du territoire cantonal. Cette étape est à distinguer de la construction proprement dite de bâtiments, nécessitant des étapes ultérieures (plan localisé de quartier et autorisations de construire). L'instance précédente n'a donc ni appliqué arbitrairement les art. 10 al. 8 et 11 al. 1 LaLAT, ni violé l'autonomie communale, en jugeant que la loi litigieuse pouvait être élaborée en l'absence de plan directeur de quartier. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
5.
La recourante se prévaut ensuite d'une violation du PDCn 2030. Elle soutient qu'une application rigoureuse du PDCn 2030 aurait dû conduire le Grand Conseil à déclasser le périmètre dans une zone prévoyant un indice de densité moindre que celui prévu pour la zone de développement 3. En d'autres termes, elle critique le fait que le Grand Conseil a opté pour un déclassement adapté à une zone dont la densité prévue est "intermédiaire à forte", alors que le périmètre en question est destiné par le PDCn 2030 à une densification "modérée à intermédiaire". Elle fait aussi valoir une violation de l'art. 9 al. 1 LAT qui prévoit que les plans directeurs ont force obligatoire pour les autorités.
5.1. La carte n° 1, annexe aux fiches A01 à A08 du PDCn 2030 traitant des principes de densification, prévoit, à teneur de sa légende, pour le périmètre objet de la loi litigieuse, une "densification modérée à intermédiaire: indice de densité minimal = 1 à 1,8".
Selon l'introduction au schéma directeur du PDCn 2030, les zones de développement 3 ont des indices de densité (ID) minimum de 1,8 et des indices d'utilisation du sol (IUS) minimum de 1,2 tandis qu'en zone de développement 4B, les ID et IUS minimum sont moins denses, soit de 0,8, respectivement, 0,6 (p. 42).
Selon l'art. 2A al. 2 de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (RSG L 1 35), l'indice de densité minimal applicable en zone de développement est de 1,8 en zone de développement 3 (let. b) et de 1 en zone de développement 4A (let. c).
5.2. En l'occurrence, la Cour de justice a rappelé que, de jurisprudence cantonale constante, ce n'est qu'au stade de l'adoption des plans localisés de quartier, obligatoires en zone de développement conformément à l'art. 2 al. 1 LGZD, que l'IUS et l'ID seront déterminés et pourront le cas échéant être contestés par les particuliers. Elle a ajouté que le choix de la zone de développement 3, qui n'implique qu'un ID minimal de 1,8, ne viole pas le PDCn 2030, dès lors que ce dernier ne fixe pas d'ID maximal. Elle a en outre précisé qu'il ressort du plan de synthèse urbanisation/transport/paysage du plan directeur communal de Bernex que le périmètre en question fait partie des zones à développer à l'horizon 2015-2020, sans autre réserve quant à sa densification. Elle a enfin relevé que la loi litigieuse peut de toute manière s'écarter du plan directeur communal de Bernex (voir consid. 4.2 supra).
Face à cette argumentation, la recourante se contente d'affirmer qu'on ne voit pas comment une même valeur contraignante et ayant force obligatoire (soit l'indice de densité minimum) peut à la fois être comprise entre 1 et 1,8 selon le PDCn 2030 et être de 1,8 au moins selon les normes de la zone de développement 3.
Son argumentation ne peut être suivie, dans la mesure où les choix de densité préconisés par la carte annexe n° 1 ne doivent pas être conçus de manière trop rigides, dès lors que ces choix de densité correspondent à des minimums. Le PDCn 2030 précise en effet que, "sauf pour la 5 ème zone villa, il n'est pas prévu d'indices ou de fourchettes d'indices maximum, mais seulement des fourchettes d'indices minimum à respecter selon les quartiers. Ainsi, un plan localisé de quartier portant sur un secteur en principe voué à une densification modérée à intermédiaire peut prévoir un IUS supérieur au minimum requis pour un secteur à densification forte ou très forte. À titre d'exemple, en zone de développement 3, un plan localisé de quartier portant sur un secteur périphérique appelé à faire l'objet d'une densification modérée à intermédiaire (IUS minimum de 1,2) peut prévoir un IUS supérieur à celui de 2, correspondant à l'IUS minimum applicable aux secteurs voués à une densification intermédiaire à forte" (Introduction au schéma directeur du PDCn 2030, p. 42). S'y ajoute que la fiche A05 du PDCn 2030, qui traite de la mise en oeuvre des extensions urbaines en zone agricole, précise qu'en périphérie de la structure urbaine, une densité élevée doit le plus souvent être recherchée dans les extensions urbaines sur la zone agricole afin d'en limiter l'emprise (p. 77). La fiche P04 du PDCn 2030, relative au Grand projet de Bernex, prévoit notamment, aux titres des objectifs d'aménagement, de développer une urbanisation compacte, avec une densité élevée et des formes urbaines diversifiées (p. 302).
Par conséquent, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que le choix de la zone de développement 3 est conforme au PDCn 2030.
6.
Enfin, la recourante reproche à la loi litigieuse de ne pas prendre en compte le fait que l'addition du déclassement qu'elle vise au "déclassement de facto" des parcelles sises en zone agricole nécessaires pour le P+R provisoire, outrepasserait les limites strictes fixées par le Conseil fédéral lors de l'adoption du PDCn 2030 en matière de déclassement des surfaces affectées à l'agriculture et comprises dans les surfaces d'assolement. Elle se plaint d'une violation de l'art. 30 al. 1bis let. a de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1) en relation avec l'art. 18 al. 2 LAT.
6.1. En vertu de l'art. 30 al. 1bis OAT, des surfaces d'assolement ne peuvent être classées en zone à bâtir que lorsqu'un objectif, que le canton également estime important, ne peut pas être atteint judicieusement sans recourir aux surfaces d'assolement (let. a) et lorsqu'il peut être assuré que les surfaces sollicitées seront utilisées de manière optimale selon l'état des connaissances (let. b).
A teneur de l'art. 18 al. 2 LAT, le droit cantonal peut régler le cas des territoires non affectés ou de ceux dont l'affectation est différée.
6.2. En l'espèce, la recourante ne conteste pas que le périmètre concerné par la loi de modification de zones querellée n'inclut pas les terrains sis en zone agricole où est envisagée la réalisation du P+R de Vailly. Dès lors, la cour cantonale a retenu, à bon droit, que lesdits terrains n'ont pas à être pris en compte pour déterminer si la loi litigieuse respecte les limites fixées par le Conseil fédéral lors de l'adoption du PDCn 2030 en matière de déclassement des surfaces affectées à l'agriculture et comprises dans les surfaces d'assolement. En effet, la recourante ne saurait par ce biais tenter de remettre en cause la construction du P+R de Vailly au lieu auquel celui-ci est projeté, soit en dehors du secteur visé par la présente cause.
Ensuite, la recourante admet aussi que le plan de zones litigieux figure expressément dans le rapport d'examen de l'Office fédéral du développement territorial du 13 avril 2015, joint à la décision du Conseil fédéral du 29 avril 2015, approuvant le plan directeur cantonal 2030. Ce rapport d'examen énumère de manière exhaustive les surfaces sises en zones agricoles pouvant être déclassées à l'horizon 2023. Dès lors, au stade actuel de la présente modification des limites de zones, il ne peut qu'être constaté que cette emprise agricole a été validée par le Conseil fédéral.
L'utilisation optimale des surfaces d'assolement, au sens de l'art. 30 al. 1bis let. b OAT, sera quant à elle vérifiée au stade ultérieur des plans localisés de quartier. En effet, en droit genevois, avant l'adoption d'un plan localisé de quartier dans le périmètre de la zone litigieuse, les possibilités de construire ne sont pas plus étendues qu'en zone agricole. En d'autres termes, la zone de développement 3 se substituant à une zone agricole peut être assimilée à une zone dont l'affectation est différée au sens de l'art. 18 al. 2 LAT (arrêt 1P.264/1997 du 5 mars 1998 consid. 2 e aa, in SJ 1998 636; cf. ATF 123 I 175 consid. 3b/cc p. 184, 112 Ia 155 consid. 2f p. 160). Par conséquent, la loi qui modifie les limites de zones en substituant de la zone de développement 3 à de la zone agricole n'équivaut pas, à elle seule, à un classement dans la zone à bâtir ordinaire. Elle constitue une mesure d'aménagement du territoire qui représente un changement d'affectation qui n'est pas visé par l'exigence du respect des valeurs de planification dont l'art. 30 al 1bis OAT. Cette disposition ne s'applique que s'il s'agit de classer des surfaces d'assolement en zone à bâtir. L'utilisation optimale de ces surfaces d'assolement ne pourra être mesurée qu'au moment de l'adoption du plan localisé de quartier subséquent, qui matérialise les objectifs des zones créées par la loi litigieuse.
Se référant à l'art. 2 al. 2 LGZD, la recourante fait valoir à cet égard que l'adoption d'un plan localisé de quartier ne serait pas systématique en zone de développement 3. L'éventuel octroi d'une dérogation à l'obligation préalable d'adoption d'un plan localisé de quartier en application de l'art. 2 al. 2 LGZD n'est cependant pas envisageable lorsque la zone de développement 3 se substitue à la zone agricole. Lorsque la zone de fond est agricole, l'octroi d'une dérogation à l'obligation d'adopter un plan localisé de quartier pour délivrer directement une autorisation de construire pour un objet relevant d'une zone à bâtir, contreviendrait à l'obligation de planifier tirée de l'art. 2 LAT (cf. ATF 124 II 252 consid. 3 p. 255). Mal fondé, le grief doit être écarté.
Par conséquent, l'argumentation de la recourante quant à la nature juridique des zones de développement et au respect des art. 30 al. 1bis let. a OAT et 18 al. 2 LAT manque de pertinence.
7.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires, la recourante ayant agi dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial soit en cause (art. 66 al. 4 LTF). Le Grand Conseil n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Grand Conseil du canton de Genève, à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, à l'Office fédéral du développement territorial et à l'Office fédéral de l'agriculture.
Lausanne, le 15 juillet 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller