Sachverhalt:
A.
Mit öffentlich beurkundetem Vertrag vom 2. Juli 2010 verkaufte die B._ AG mit Sitz in Hergiswil NW (Verkäuferin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) der A._ AG mit Sitz in U._ (Käuferin, Klägerin, Beschwerdeführerin) das Grundstück Grundbuch Nr. xxx (Hausplatz und Garten, V._). Die Verkäuferin hat sich in diesem Kaufvertrag u.a. dazu verpflichtet, bis zum 31. Oktober 2010 (Übergang Nutzen und Gefahr per 1. November 2010) neue Ablaufleitungen bis zum Sammelschacht erstellen zu lassen und zu bezahlen. Die Ablaufleitungen sind nicht erneuert worden.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 15. Januar 2015 beim Kantonsgericht Nidwalden, ergänzt mit Replik vom 30. November 2015, beantragte die Klägerin im Wesentlichen, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 27'240.40 nebst Zins und von Fr. 7'895.25 nebst Zins zu verpflichten.
Mit Urteil vom 11. Mai 2016 verpflichtete das Kantonsgericht die Beklagte zur Zahlung von Fr. 27'240.40 nebst Zins zu 5 % seit 1. November 2010 und von Fr. 7'695.25 nebst Zins von 5 % auf Fr. 5'349.50 seit 5. Mai 2014, Zins zu 5 % auf Fr. 2'0 30.40 seit 1. Oktober 2014 und Zins zu 5 % auf Fr. 315.35 seit 4. Mai 2015.
B.b. In Gutheissung der von der Beklagten erhobenen Berufung hob das Obergericht des Kantons Nidwalden das Urteil des Kantonsgerichts auf und wies die Klage ab (Disp. Ziff. 1). Ebenso wies es die Anschlussberufung der Klägerin ab (Disp. Ziff. 2).
Mit dem Kantonsgericht qualifizierte das Obergericht den Vertrag vom 2. Juli 2010 als reinen Kaufvertrag und nicht als Kauf-/Werkvertrag und beurteilte die fehlende Erstellung der Ablaufleitungen anhand der Regeln über die Sachgewährleistung gemäss Art. 197 ff. OR. Das Fehlen der Ablaufleitungen sei ein versteckter Mangel. Die Mängelrüge vom 21. Januar 2014 sei verspätet erfolgt, womit ein Anspruch aus Sachgewährleistung entfalle. Die Beklagte habe die Klägerin auch nicht absichtlich im Sinn von Art. 203 OR getäuscht. Da die Mängelrüge zu spät erfolgt sei, entfalle auch ein Anspruch auf Schadenersatz gemäss Art. 97 ff. OR.
Mit dem Kantonsgericht qualifizierte das Obergericht den Vertrag vom 2. Juli 2010 als reinen Kaufvertrag und nicht als Kauf-/Werkvertrag und beurteilte die fehlende Erstellung der Ablaufleitungen anhand der Regeln über die Sachgewährleistung gemäss Art. 197 ff. OR. Das Fehlen der Ablaufleitungen sei ein versteckter Mangel. Die Mängelrüge vom 21. Januar 2014 sei verspätet erfolgt, womit ein Anspruch aus Sachgewährleistung entfalle. Die Beklagte habe die Klägerin auch nicht absichtlich im Sinn von Art. 203 OR getäuscht. Da die Mängelrüge zu spät erfolgt sei, entfalle auch ein Anspruch auf Schadenersatz gemäss Art. 97 ff. OR.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts Nidwalden vom 21. November 2017 aufzuheben und die Streitsache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Eventualiter hält sie an ihren erstinstanzlich gestellten Anträgen fest.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.
Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 135 III 397 E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von Art. 106 Abs. 2 BGG (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (BGE 140 III 86 E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18).
2.
Umstritten ist namentlich die Qualifikation des Vertrages vom 2. Juli 2010 bzw. der darin enthaltenen Pflicht zur Erstellung der Ablaufleitungen.
2.1. Die Beschwerdeführerin beruft sich erneut darauf, der Vertrag sei teilweise Kauf- und teilweise Werkvertrag.
Sie macht geltend, der Vertrag enthalte zwei verschiedene Leistungen, nämlich zum einen die Übertragung von Grundeigentum und zum anderen die Durchführung von konkret umschriebenen, umfangreichen Renovationsarbeiten. Es habe sich nicht um kleinere Reparaturen oder Nachtragsarbeiten gehandelt, sondern um eine umfassende Gesamtrenovation eines Mehrfamilienhauses. Die Herstellungspflicht sei ein wesentliches Kriterium zur Abgrenzung, ob der Kauf einer künftigen Sache oder ein gemischter Kauf-/Werkvertrag vorliege. Eine solche Herstellungspflicht enthalte der Vertrag. Der werkvertragliche Teil des Vertrags sei nicht erfüllt worden, weshalb die Beschwerdegegnerin in Verzug geraten sei. Die Rechtsfolgen seien somit gemäss Art. 102 ff. OR zu beurteilen und nicht wie von den beiden kantonalen Gerichten gestützt auf Gewährleistungsrecht.
2.2. Das Bundesgericht hat sich vor allem im Zusammenhang mit dem Verkauf eines Grundstückes mit einer Neubaute zur Abgrenzung zwischen einem reinen Kaufvertrag (Grundstückkaufvertrag über eine künftige Sache) und einem gemischten Grundstückkauf-/Werkvertrag (Grundstückkauf mit Bauleistungspflicht) geäussert. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist das entscheidende Abgrenzungskriterium die Herstellungspflicht. Während der Verkäufer nur zur Übereignung der künftigen Sache verpflichtet ist, ist der Unternehmer zur Herstellung einer künftigen Baute verpflichtet. Ein Kauf über eine künftige Sache ist etwa dann anzunehmen, wenn der Erwerber keinen Einfluss auf den Herstellungsprozess ausübt, d.h. der Neubau nicht eigens für ihn hergestellt wird. Demgegenüber ist von einem gemischten Grundstückkauf mit Bauleistungspflicht auszugehen, wenn dem Erwerber ein Einfluss auf den Arbeitsprozess eingeräumt wird, und zwar auch bei einer bloss teilweisen Herstellung eines Neubaus nach den individuellen Wünschen des Erwerbers (Urteil 4C.301/2002 vom 22. Januar 2003 E. 2.1 mit Hinweisen auf die Lehre; bestätigt in Urteil 4A_702/2011 vom 20. August 2012 E. 5).
Auch vorliegend ist entscheidend, ob die Beschwerdeführerin als Käuferin des Grundstückes wie eine Bestellerin Einfluss auf die Renovationsarbeiten nehmen konnte. Die Vorinstanz verwies diesbezüglich auf die Erwägungen der Erstinstanz (dort E. 4.3 Abs. 3). Die Erstinstanz stellte an der angegebenen Stelle fest, die im Vertrag aufgelisteten Renovationsarbeiten seien zwar keine geringfügigen Änderungen, allerdings überwiege das kaufrechtliche Element deutlich. Die Parteien würden auch nicht behaupten, die Beschwerdeführerin hätte Einfluss auf die Renovationsarbeiten nehmen oder Handwerker auswählen können. Aus dem Vertrag ergebe sich, dass die Renovationsarbeiten bis zum 31. Oktober 2010 und damit vor Übergang von Nutzen und Schaden am 1. November 2010 hätten ausgeführt und bezahlt sein sollen. Schliesslich hätten die Parteien für das renovierte Haus einen pauschalen Kaufpreis bezahlt, ohne dass die Renovationsarbeiten gesondert aufgeführt worden wären. Die Vorinstanz stellte fest, diese erstinstanzlichen Ausführungen seien von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet worden.
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass diese Feststellung zum prozessualen Sachverhalt willkürlich wäre. Es ist somit mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass die erstinstanzlichen Ausführungen unbeanstandet blieben (vgl. E. 1 hiervor). Um der in Art. 311 Abs. 1 ZPO verankerten Pflicht zur Begründung der Berufung Genüge zu tun, muss eine Berufungsklägerin aufzeigen, inwiefern sie den angefochtenen Entscheid als fehlerhaft erachtet (BGE 138 III 374 E. 4.3.1 S. 375; Urteil 4A_397/2016 vom 30. November 2016 E. 3.1). Diese Begründungsanforderungen gelten sinngemäss auch für die Berufungsantwort (Urteil 4A_580/2015 vom 11. April 2016 E. 2.2, nicht publ. in: BGE 142 III 271). Lag somit nach den Feststellungen der Vorinstanz keine genügende Rüge vor, musste sie nicht weiter darauf eingehen und ist auch hier nicht weiter darauf einzugehen. Im Übrigen macht die Beschwerdeführerin auch im Beschwerdeverfahren nur geltend, vorhandene Offerten, Auftragsbestätigungen usw. seien dem Vertrag beigelegt und von beiden Parteien ebenfalls unterzeichnet worden (Ziffer. IV/3 S. 6 des Kaufvertrages); dies deute auf einen Werkvertrag hin (unter Hinweis auf PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, S. 49, N. 128). Es trifft zu, dass unter Ziffer IV.3 des Kaufvertrages die verschiedenen Renovationsarbeiten aufgeführt waren, zu deren Erbringung sich die Beschwerdeführerin verpflichtet hatte, gefolgt von einem Detailbeschrieb für einzelne (grössere) Arbeiten (Küche, Sanitär, Boden, Elektrische Installationen, Dacharbeiten Holz, Ziegeleindeckung und Isolation sowie Gipserarbeiten aussen, Maler- und Gipserarbeiten innen, Umgebungsarbeiten) und dem Hinweis, die dazugehörigen Beilagen (zwei Offerten, eine Auftragsbestätigung) bildeten Vertragsbestandteil und würden von den Parteien unterzeichnet werden. Daraus ergibt sich aber gerade nicht, dass die Beschwerdeführerin jenen Einfluss auf den Arbeitsprozess gehabt hätte, der für einen Werkvertrag sprechen würde. Vielmehr wurden damit im Kaufvertrag im Voraus die Eigenschaften des Kaufobjekts (nach der Renovation) definiert.
2.3. Für den Fall, dass von einem Kaufvertrag ausgegangen wird, macht die Beschwerdeführerin geltend, es hätten jedenfalls zwei selbstständige Leistungen vorgelegen: zum einen die Übertragung von Grundeigentum und zum anderen die Durchführung und Bezahlung von konkret umschriebenen Renovationsarbeiten. Bei Letzteren handle es sich um eigentliche Nebenleistungspflichten, die selbstständig einklagbar seien, nicht um blosse Nebenpflichten. Die Vorinstanz habe diese Frage vermischt mit der Qualifikation des Vertragstyps und damit Bundesrecht verletzt. Der Pflicht zur Erstellung und Bezahlung von neuen Ablaufleitungen sei die Beschwerdegegnerin nicht nachgekommen, weshalb sie diesbezüglich im (kaufrechtlich zu beurteilenden) Verzug sei.
Die Vorinstanz hat die Frage selbstständiger Leistungspflichten nicht unzulässig mit der Qualifikation des Vertrages vermischt. Die Beschwerdeführerin hat - mit Übergang von Nutzen und Gefahr am 1. November 2010, zu welchem Zeitpunkt die Renovation abgeschlossen sein musste (Ziff. IV.1 und IV.3 des Kaufvertrages) - ein fertig umgebautes Mehrfamilienhaus gekauft. Die Renovationsarbeiten sind geknüpft an die Übertragung des Eigentums. An der Ausführung der Renovationsarbeiten bestand für die Beschwerdeführerin nur ein Interesse, wenn der eigentliche Vertragsgegenstand, die Übertragung des Eigentums am Kaufobjekt, zustande kam. Sinn und Zweck der Renovationsarbeiten war, bestehende Mängel am Kaufobjekt vor der Übertragung zu beseitigen. Wäre diese Leistungspflicht zur Übertragung des Eigentums nicht eingehalten worden, beispielsweise wenn die Beschwerdeführerin den Kaufpreis nicht bezahlt hätte, wäre der Vertrag insgesamt dahingefallen (Ziff. III.3 des Kaufvertrages). Die Verpflichtung zur Erbringung der Renovationsarbeiten war daher Bestandteil der Eigentumsübertragung; die fehlende Renovation der Ablaufleitungen wurde von der Vorinstanz zu Recht unter dem Titel der Sachgewährleistung beurteilt.
3.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, falls von den Bestimmungen über die Sachgewährleistung ausgegangen werde, sei die Mängelrüge - wie vom Kantonsgericht angenommen und entgegen der Vorinstanz - rechtzeitig erfolgt.
3.1. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hatte die Beschwerdeführerin am 6. Januar 2014 aufgrund eines Rückstaus der Abwasserleitungen die C._ AG beigezogen, um die Leitungen zu spülen und zu entstopfen. Die Vorinstanz ging in tatsächlicher Hinsicht sodann davon aus, die Beschwerdeführerin habe am 10. Januar 2014 Kenntnis vom Mangel gehabt, und zwar gestützt auf die Abklärungen der C._ AG vom 6. Januar 2014. Diese habe ihr bestätigt, dass die Grundleitungen ab Fallstrang bis Kontrollschacht alte, ausgewaschene Betonleitungen seien, die offene Muffen aufweisen würden, was immer wieder zu Verstopfungen führen könne. Da es sich beim Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin um deren einzigen, seit yyy amtierenden Verwaltungsrat mit Einzelunterschrift gehandelt habe, habe es keiner langwierigen Mandatierung bedurft. Überdies müsse einem Anwalt die rechtliche Notwendigkeit des sofortigen Handelns in einer solchen Situation klar sein. Die erst elf Tage später erfolgte Mängelrüge sei somit verspätet.
3.2. Der Käufer muss den Mangel " sofort " (Art. 201 Abs. 3 OR) melden. Was darunter zu verstehen ist, hängt von den Umständen ab, namentlich von der Natur des Mangels. Bei der Beurteilung, ob eine Rüge rechtzeitig erfolgt ist, muss zwar auf die konkreten Umstände des Einzelfalls, insbesondere die Art der Mängel, abgestellt werden. Entscheide in anderen Fällen sind deshalb nur mit Zurückhaltung heranzuziehen. Allgemein kann aber gesagt werden, dass die Rügefrist kurz zu bemessen ist, wenn es sich um einen Mangel handelt, bei dem die Gefahr besteht, dass ein Zuwarten zu einem grösseren Schaden führen kann (BGE 118 II 142 E. 3b S. 148; Urteile 4A_251/2018 vom 11. September 2018 E. 3.3 und 4A_245/2018 vom 4. Juli 2018 E. 2.2.1 je mit Hinweisen). In Fällen eines sich nicht fortentwickelnden Mangels anerkannte die Rechtsprechung eine Frist von einer Woche als angemessen (Urteil 4C.82/2004 vom 3. Mai 2004 E. 2.3) während Mängelrügen als verspätet beurteilt wurden, die erst nach 14 Tagen (Urteil 4A_336/2007 vom 31. Oktober 2007 E. 4.4) bzw. 18 Tagen (zit. Urteil 4A_251/2018 E. 5.2.3) bzw. einem Monat (zit. Urteil 4A_245/2018 E. 2.2.2) oder fünf Wochen (BGE 118 II 142 E. 3b S. 148) erfolgten. Als verspätet wurde auch eine Erklärung nach 20 Tagen erachtet im Fall eines Motorschadens, der das Leben der Mitfahrer gefährden konnte (Urteil 4C.205/2003 vom 17. November 2003 E. 3.3.1).
Die Vorinstanz hat vorliegend nicht festgestellt, es hätte sich um einen Schaden gehandelt, der sich hätte verschlimmern können, und solches ist auch nicht ersichtlich. Sie berief sich denn auch auf den zitierten Entscheid 4C.82/2004, der einen sich nicht fortentwickelnden Mangel betraf. Es trifft zu, dass in diesem und weiteren Entscheiden ausgeführt wurde, das Bundesgericht erachte eine siebentägige Rügefrist grundsätzlich als angemessen (zit. Urteil 4C.82/2004 E. 2.3 unter Hinweis auf 4C.143/1996 vom 12. November 1996 E. 2d; Urteile 4C.130/2006 vom 8. Mai 2007 E. 4.2.2; 4A_51/2007 vom 11. September 2007 E. 4.5 und 4A_252/2010 vom 25. November 2010 E. 6.4) bzw. es wurde eine Erklärungsfrist von "etwa einer Woche" zugestanden (Urteil 4C.159/1999 vom 28. Juli 2000 E. 1b.bb), wobei es sich im letztgenannten Urteil um einen sich fortentwickelnden Schaden handelte. Konkret spielte diese allgemeine Formulierung dann aber oft keine Rolle, da es nicht um Sachverhalte ging, bei denen diese Frist knapp überschritten und deshalb die Rüge als verspätet bezeichnet worden wäre. So erfolgte im zitierten Entscheid 4A_252/2010 E. 6.4 die Rüge beispielsweise nach rund fünfeinhalb bzw. rund sieben Monaten. Im Entscheid 4C.130/2006 konnte die Frist nicht genau bestimmt werden; gleichzeitig wurde aber auf die Lehre hingewiesen, welche für eine grosszügigere Handhabung der Rügefrist plädiert und festgehalten, bei der Anwendung solle man eine gewisse Flexibilität ("souplesse") an den Tag legen (zit. Urteil 4C.130/2006 E. 4.2.2). In der Tat erachtet insbesondere die neuere Lehre die bundesgerichtliche Rechtsprechung als streng (bzw. als zu streng) und betont zu Recht, dass es keine ratio legis gibt, welche zum Schutz des Verkäufers oder Unternehmers eine starre Beschränkung auf eine Woche rechtfertigt (FRANÇOIS CHAIX, in: Commentaire romand, Code des obligations I, 2. Aufl. 2012, N. 17 zu Art. 370 OR; PETER GAUCH, a.a.O., S. 786 und S. 788, N. 2177 und N. 2181; SCHMID/STÖCKLI/KRAUSKOPF, Schweizerisches Obligationenrecht, Besonderer Teil, 2. Aufl. 2016, S. 266 f., Rz. 1755a; ALFRED KOLLER, Schweizerisches Werkvertragsrecht, 2015, S. 227 f., Rz. 610; THEODOR BÜHLER, Zürcher Kommentar, 1998, N. 48 zu Art. 370 OR).
Vorliegend kann berücksichtigt werden, dass zwischen dem 10. Januar 2014 und dem 21. Januar 2014 zwei Wochenenden lagen und somit letztlich nur sechs Arbeitstage (bzw. acht, falls man den ersten und den letzten Tag mitzählt) zur Verfügung standen. Die alten Leitungen waren zudem schon über drei Jahre im Gebrauch. Vor allem aber spricht die Interessenlage vorliegend gegen eine allzu grosse Strenge. Zwar stellte die fehlende Renovation - wie dargelegt - einen Mangel der verkauften Liegenschaft dar und beinhaltete nicht eine vom Verkauf unabhängige selbstständige Leistungspflicht, deren Nichterfüllung gestützt auf die Verzugsregeln zu beurteilen wäre. Doch kann berücksichtigt werden, dass der Mangel nicht entstand, weil die Renovation der Leitungen schlecht ausgeführt wurde, sondern weil die Beschwerdegegnerin eine im Kaufvertrag klar zugesicherte Verpflichtung schlicht ignorierte. Insgesamt erscheint daher die Rügefrist als noch eingehalten.
4.
Der Beschwerdeführer rügt, wie bereits vor der Vorinstanz, das Kantonsgericht habe zu Unrecht eine Kürzung der Parteientschädigung wegen Prozessierens in eigener Sache vorgenommen.
Gemäss Art. 96 ZPO setzen die Kantone die Tarife für die Prozesskosten fest. Der Kanton Nidwalden hat die Entschädigung der Anwälte in den Art. 31 ff. des Gesetzes des Kantons Nidwalden vom 19. Oktober 2011 über die Kosten im Verfahren vor den Gerichten und den Justizbehörden (Prozesskostengesetz [PKoG]; NG 261.2) geregelt. Handelt ein Anwalt in eigener Sache, besteht für die eigenen Bemühungen ein Anspruch auf höchstens drei Viertel des Honorars, das als Parteivertretung beansprucht werden könnte (Art. 32 Abs. 3 PKoG). Entgegen der Ansicht der Vorinstanz ist die pauschale Aussage des Kantonsgerichts unzutreffend, wonach es sich um ein Prozessieren in eigener Sache handle, wenn der Rechtsvertreter gleichzeitig Organ der Partei sei, die er vertritt. Es ist vielmehr mit Blick auf die Umstände des Einzelfalls zu prüfen, ob die Tätigkeit des Rechtsvertreters als freiberufliche Anwaltstätigkeit oder aber als Organhandeln zu qualifizieren ist. Wenn ein freiberuflich tätiger Anwalt, der gleichzeitig Organ einer juristischen Person ist, diese in einem Zivilprozess vertritt, kann nicht ohne Weiteres von einem analogen Anwendungsfall des Prozessierens in eigener Sache ausgegangen werden. Es gehört denn auch grundsätzlich nicht zu den Aufgaben eines Verwaltungsrates einer juristischen Person, diese in Zivilprozessen anwaltlich zu vertreten.
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Da die Vorinstanz die Folgen der rechtzeitigen Geltendmachung der Mängel noch nicht beurteilt hat, ist die Sache an sie zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Tätigkeit von Rechtsanwalt Dr. Marc Kaeslin im bundesgerichtlichen Verfahren qualifiziert sich als berufsmässige Vertretung im Rahmen seiner freiberuflichen Anwaltstätigkeit und nicht als Organhandeln. Er war somit als beauftragter Rechtsanwalt der Beschwerdeführerin und nicht als Anwalt in eigener Sache tätig bzw. Organ einer Prozesspartei (vgl. hiervor E. 4). Die Beschwerdegegnerin schuldet der Beschwerdeführerin somit eine volle Parteientschädigung.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Februar 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross