Sachverhalt:
A.
A.a. B._ war einziger Verwaltungsrat und Alleinaktionär der A._ AG (frühere Firma: C._ SA) mit Sitz in U._. Die A._ AG war im An- und Verkauf von Edelmetallen bzw. deren Wiederverwertung tätig, wobei sie in Europa von Geschäfts- und Privatkunden Gold und andere Edelmetalle kaufte und an dieD._ SA mit Sitz in V._ verkaufte. B._ verstarb im Jahr 2011. Die Aktien an der A._ AG erbten seine drei im Ausland wohnhaften Töchter. Mit Schreiben vom 27. September 2011 reichte die A._ AG bei der zuständigen Dienstabteilung des Steueramts des Kantons Zürich eine straflose Selbstanzeige bezüglich unvollständiger Verbuchung und Deklarierung von Einnahmen, Ausgaben und Vermögen ein. Weiter teilte sie mit, dass höchstwahrscheinlich geldwerte Leistungen an den verstorbenen Alleinaktionär geflossen seien. In der Folge wurde am 11. Oktober 2011 ein Nachsteuerverfahren für die Steuerperioden 2001-2009 eröffnet.
In den Jahren 2012 bis 2014 fanden diverse Besprechungen zur Bestimmung der massgeblichen Steuerfaktoren zwischen dem Steueramt und der A._ AG statt. Da die Nachsteuergrundlagen strittig blieben, nahm das Steueramt am 20. Januar 2014 eine steuerliche Buchprüfung bei der Pflichtigen vor. Parallel dazu fand ein Arrestverfahren gegenüber der A._ AG statt. Gestützt auf die Ergebnisse der Buchprüfung bestätigte der Revisor den mit der Selbstanzeige dargelegten Sachverhalt der nicht ordnungsgemäss geführten und nicht vollständigen Buchhaltung. Demnach waren mehrere Bank- und diverse Edelmetallkonten nicht in den Buchhaltungen abgebildet sowie grosse Bargeldbezüge durch den verstorbenen Alleinaktionär nicht lückenlos belegt. Den anhand des Buchprüfungsberichts vom 21. Februar 2014 erstellten Nachsteuergrundlagen stimmte die A._ AG nicht zu. Mit Verfügung vom 15. Juli 2014 erliess das Steueramt gestützt auf die Erkenntnisse des Buchprüfungsberichts Nachsteuerverfügungen in Form von Ermessenstaxationen. Dagegen erhob die A._ AG fristgerecht Einsprache.
Weil das Steueramt die Ermessenstaxation nicht ordnungsgemäss angedroht hatte und die Nachsteuerverfügung vom 15. Juli 2014 folglich an einem schwerwiegenden formellen Mangel litt, hiess das Steueramt die Einsprache am 19. August 2015 teilweise gut und wies die Sache in das erstinstanzliche Verfahren zurück. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos (vgl. Urteil 2C_1032/2015 / 2C_1033/2015 vom 24. November 2015).
Seit Mai 2014 befindet sich die A._ AG in Liquidation.
A.b. Am 9. Dezember 2015 sowie am 18. Mai 2016 forderte das Steueramt die A._ AG (in Liquidation) auf, eine ordnungsgemäss geführte und vollständige Buchhaltung (unter anderem sämtliche Post-, Bank- und Metalor-Konten und ein ordnungsgemäss geführtes Kassabuch) für die Geschäftsjahre 2001-2009 (samt chronologisch geordneten Belegsammlungen) einzureichen und drohte für den Säumnisfall eine Ermessenstaxation an. Mit Schreiben vom 9. November 2016 teilte die A._ AG (in Liquidation) dem Steueramt mit, dass der Sachverhalt anders sei als bei der Selbstanzeige angenommen. Wie sich aus weiteren Recherchen ergeben habe, habe ihr Geschäftsmodell nicht im Eigenhandel, sondern in Kommissionsgeschäften bestanden. Sie sei somit nie wirtschaftlich Berechtigte der nicht deklarierten Bankkonten gewesen. Ausserdem vertrat die A._ AG (in Liquidation) die Auffassung, dass ihre Buchhaltung immer schon ordnungsgemäss geführt und vollständig gewesen sei, weshalb gar keine Unterbesteuerung vorliege. Hierauf forderte das Steueramt die A._ AG (in Liquidation) mit Mahnung vom 22. November 2016 erneut auf, die vollständige und ordnungsgemässe Buchhaltung einzureichen, ansonsten es die Nachsteuern nach pflichtgemässem Ermessen festsetze.
Am 21. Dezember 2016 überbrachte der Liquidator der A._ AG (in Liquidation) dem Steueramt die Buchhaltungen und Belegsammlungen für die Geschäftsjahre 2001-2009. In der Folge nahm der Revisor des Steueramts am 30. März 2017 erneut eine Buchprüfung vor. Er stellte fest, dass die A._ AG (in Liquidation) die Auflage vom 18. Mai 2016 nicht gehörig erfüllt habe und eine ordnungsgemäss geführte Buchhaltung selbst unter Berücksichtigung einer Kommissionärsstruktur nicht vorliege.
B.
B.a. Mangels einer ordnungsgemäss geführten und vollständigen Buchhaltung wurde die Pflichtige mit Verfügung vom 7. Dezember 2017 androhungsgemäss nach pflichtgemässem Ermessen veranlagt. Ihr wurden Nachsteuern samt Zins von Fr. 1'537'623.65 (Staats- und Gemeindesteuern 2001-2009) und Fr. 788'502.-- (direkte Bundessteuer 2001-2009) auferlegt. Die hiergegen erhobene Einsprache vom 29. Januar 2018 hiess das kantonale Steueramt am 11. August 2020 teilweise gut und setzte die Nachsteuer bei der Staats- und Gemeindesteuer auf Fr. 1'248'973.20 und bei der direkten Bundessteuer auf Fr. 697'209.30 herab. Zugleich stellte es das Nachsteuerverfahren für die Steuerperioden 2001-2004 infolge Verjährung ein.
B.b. Hiergegen erhob A._ AG (in Liquidation) am 30. September 2020 Rekurs und Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. In prozessualer Hinsicht beantragte die A._ AG (in Liquidation), dass ihr der Revisionsbericht des Steueramts vom 30. März 2017 zur allfälligen Ergänzung ihrer Rechtsmitteleingaben zuzustellen sei. Mit Eingabe vom 30. Oktober 2020 ergänzte A._ AG (in Liquidation) ihre Rekurs- und Beschwerdeschrift und bat darum, das Beweisverfahren für weitere Nachforschungen offenzuhalten. Mit Rekurs- bzw. Beschwerdeantwort vom 20. November 2020 beantragte das Steueramt die Abweisung der Rechtsmittel. Am 24. November 2020 setzte das Verwaltungsgericht der A._ AG (in Liquidation) Frist bis am 24. Dezember 2020 für eine freiwillige Vernehmlassung zur Rekurs- und Beschwerdeantwort des Steueramts und zum Revisionsbericht vom 30. März 2017. Die Frist wurde anschliessend aufgrund eines Fristerstreckungsgesuchs bis zum 31. März 2021 erstreckt. Mit Poststempel vom 6. April 2021 reichte die A._ AG (in Liquidation) schliesslich eine Stellungnahme (datierend vom 31. März 2021) mit weiteren Beweismitteln ein. Das Verwaltungsgericht hielt diese Eingabe für verspätet.
Mit Urteil vom 16. Juni 2021 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Rechtsmittel der A._ AG (in Liquidation) in Bezug auf die Steuerjahre 2006-2009 ab. Bezüglich das Steuerjahr 2005 hiess es die Rechtsmittel infolge Verjährung gut. Es setzte die Nachsteuern für die Staats- und Gemeindesteuern 2006-2009 neu auf Fr. 1'097'257.05 (samt Zins) und für die direkte Bundessteuer 2006-2009 neu auf Fr. 613'203.90 (samt Zins) fest.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. September 2021 beantragt die A._ AG (in Liquidation) die (ersatzlose) Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 16. Juni 2021.
Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Das Steueramt des Kantons Zürich stellt denselben Antrag und zusätzlich den Eventualantrag, dass die Nachsteuern aufgrund des Verjährungseintritts der Steuerperiode 2006 per 31. Dezember 2021 auf die Steuerperioden 2007 bis 2009 zu beschränken seien. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragt die Abweisung der Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer, soweit darauf eingetreten werde.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Die Vorinstanz hat ein einziges Urteil für die Staats- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer erlassen, was zulässig ist, soweit die zu entscheidenden Rechtsfragen im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind (BGE 135 II 260 E. 1.3.1). Unter diesen Umständen ist der Beschwerdeführerin nicht vorzuwerfen, nicht zwei getrennte Beschwerden eingereicht zu haben; aus ihrer Eingabe geht deutlich hervor, dass sie beide Steuerarten betrifft (BGE 135 II 260 E. 1.3.2; Urteil 2C_332/2020 vom 25. November 2020 E. 1.3).
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 143 IV 241 E. 2.3.1; 140 III 115 E. 2). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Sie hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1).
2.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 141 V 234 E. 1; 139 II 404 E. 3). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (BGE 143 II 459 E. 2.1; 134 II 207 E. 2). Mit freier Kognition ist zu prüfen, ob das kantonale Recht mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteil 2C_1081/2015 vom 12. Dezember 2016 E. 1.4, nicht publ. in BGE 143 II 33). In Bezug auf die Verletzung der verfassungsmässigen Rechte gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG eine gesteigerte Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 143 II 283 E. 1.2.2; 139 I 229 E. 2.2; 138 I 274 E. 1.6).
II. Formelle Rügen
3.
Die Beschwerdeführerin rügt in formeller Hinsicht, dass die Vorinstanz ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt habe, indem sie ihre Vernehmlassung vom 31. März 2021 und die ihr beiliegenden Beweismittel (insbesondere Unterlagen zu einer Buchprüfung der ESTV) nicht berücksichtigt habe. Entgegen der Annahme der Vorinstanz sei diese Eingabe auch nicht verspätet gewesen.
3.1. Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dieser Anspruch ist formeller Natur. Seine Verletzung führt ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (BGE 144 I 11 E. 5.3; 137 I 195 E. 2.2 mit Hinweis). Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines solchen Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen und Einsicht in die Akten zu nehmen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (BGE 144 I 11 E. 5.3; 140 I 99 E. 3.4; 135 II 286 E. 5.1).
3.2. Die Vorinstanz hat die Stellungnahme der Beschwerdeführerin und die beiliegenden Beweismittel - mit einer Ausnahme ("Agent agreement" vom 20. Juli 1997; vgl. angefochtenes Urteil E. 3.3.2) - nicht eingehend gewürdigt. In Bezug auf die Beweismittel hielt sie fest, dass der Aktenstand zum Zeitpunkt des Endes der Einsprachefrist massgebend sei. Erst nach Ablauf der Rechtsmittelfrist nachgereichte Aktenstücke seien aus dem Recht zu weisen und bei der Entscheidfällung nicht zu berücksichtigen (vgl. angefochtenes Urteil E. 1.1). Was die Stellungnahme vom 31. März 2021 angehe, so sei diese verspätet eingereicht worden. Es könne aber offen bleiben, inwieweit diese Stellungnahme berücksichtigt werden könne, weil sie ohnehin nichts am Verfahrensausgang zu ändern vermöge (vgl. angefochtenes Urteil E. 1.1).
3.3. Ob die Vorinstanz davon ausgehen durfte, dass sie die Stellungnahme vom 31. März 2021 und die beiliegenden Beweismittel nicht würdigen musste, ist zumindest fraglich. Wie sich der Aktenstand am Ende der Einsprachefrist präsentiert, ist dann von Bedeutung, wenn die Einspracheinstanz auf die Einsprache nicht eingetreten ist, insbesondere weil die Einsprache nicht fristgerecht begründet und mit Beweismittelangeboten versehen worden war (vgl. Art. 132 Abs. 3 DBG und § 140 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1]; BGE 131 II 548 E. 2.3; 123 II 552 E. 4c; Urteil 2C_61/2021 vom 22. Dezember 2021 E. 4.1). Denn in diesem Fall hat die Rechtsmittelinstanz nur noch zu beurteilen, ob der Nichteintretensentscheid zu Recht ergangen ist (vgl. Urteil 2C_36/2017 vom 30. Januar 2017 E. 2.4.2). Vorliegend ist das Steueramt jedoch auf die Einsprache eingetreten. Zudem macht die Beschwerdeführerin geltend, die Voraussetzungen für ein Nachsteuerverfahren und damit auch für die Ermessensveranlagung seien nicht gegeben gewesen. Für eine solche Rüge gelten die Einschränkungen von Art. 132 Abs. 3 DBG und § 140 Abs. 2 StG/ZH ohnehin nicht (vgl. Urteile 2C_61/2021 vom 22. Dezember 2021 E. 4.1; 2C_404/2019 vom 29. Januar 2020 E. 2.4; 2C_551/2018 vom 11. Juni 2019 E. 3.2.1, in StE 2019 B 23.45.1 Nr. 6; vgl. auch BGE 137 I 273 E. 3.5; FENNERS/LOOSER, Besonderheiten bei der Anfechtung der Ermessensveranlagung, AJP 2013 S. 33, S. 40; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Teil III, 2015, N. 53 zu Art. 132 DBG). Zweifelhaft ist auch, ob die Beschwerdeführerin mit ihrer Stellungnahme die (erstreckte) Frist wirklich verpasst hat. Vor Bundesgericht reicht die Beschwerdeführerin nämlich Belege der Post ein, die nahelegen, dass sie die Sendung rechtzeitig aufgegeben hatte.
3.4. Ob die Vorinstanz die Stellungnahme vom 31. März 2021 und die beiliegenden Beweismittel aus dem Recht weisen durfte, kann hier letztlich offenbleiben. Denn zumindest subeventualiter hat sie sich zur Stellungnahme geäussert und sie antizipierend gewürdigt. Aus der betreffenden Stelle im angefochtenen Urteil (vgl. E. 1.1 am Ende: "Da die verspätet eingereichte Stellungnahme im Sinne der nachfolgenden Erwägungen ohnehin nichts am Verfahrensausgang zu ändern vermag, kann offengelassen werden, inwieweit diese zu berücksichtigen ist.") wird für sich genommen nicht klar, ob die antizipierte Würdigung nur die Ausführungen in der Stellungnahme selbst oder auch die ihr beiliegenden Beweismittel betrifft. Das angefochtene Urteil lässt in diesem Punkt also an Deutlichkeit zu wünschen übrig. Zumindest aus dem Zusammenhang ergibt sich aber, dass die antizipierte Würdigung auch die Beweismittel umfasste. Es ist nicht willkürlich, dass die Vorinstanz davon ausging, die angebotenen Beweismittel würden nichts an ihrer Überzeugung ändern. Dasselbe gilt für die beantragte Einvernahme eines früheren Verwaltungsratsmitglieds der Beschwerdeführerin. Die antizipierte Beweiswürdigung hält mithin also in beiden Fällen der bundesgerichtlichen Überprüfung stand (vgl. zur antizipierten Beweiswürdigung BGE 144 II 427 E. 3.1.3; 141 I 60 E. 3.3).
Auch in Bezug auf die in der Stellungnahme vom 31. März 2021 vorgebrachten Argumente lässt sich der Vorinstanz keine Gehörsverletzung vorwerfen. Insoweit ist Art. 29 Abs. 2 BV nämlich bereits Genüge getan, wenn die Vorinstanz die Vorbringen der Beschwerdeführerin hört, prüft und in ihrer Entscheidfindung berücksichtigt, auch wenn sie in ihrer Begründung nur diejenigen Überlegungen nennt, von denen sie sich leiten liess und auf die sie ihren Entscheid stützt. Art. 29 Abs. 2 BV verschaffte der Beschwerdeführerin keinen Anspruch darauf, dass sich die Vorinstanz mit jedem ihrer Vorbringen einlässlich auseinandersetzen würde (vgl. BGE 146 IV 297 E. 2.2.7; 146 II 335 E. 5.1; 141 IV 249 E. 1.3.1).
4.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Unter der Hypothese des Geschäftsmodells "Kommission" sei nämlich gar keine Unterbesteuerung eingetreten, womit die Voraussetzungen für die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens entfallen seien und folglich auch keine Ermessensveranlagung Platz greifen dürfe. Die nicht deklarierten Bankkonten, auf denen die Zahlungen der Geschäftspartnerin der Beschwerdeführerin eingegangen waren, haben zwar auf den Namen der Beschwerdeführerin gelautet. Sie habe diese Konten jedoch nur treuhänderisch - zunächst für ihren früheren Aktionär und später für eine Gesellschaft mit Sitz in Frankreich - gehalten.
4.1. Praxisgemäss sind die Steuerbehörden berechtigt, Rechtsverhältnisse und Rechtsgeschäfte - unter Vorbehalt des Gegenbeweises - demjenigen zuzuschreiben, auf dessen Namen sie lauten. Denn nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge wird beispielsweise ein auf den eigenen Namen lautendes Bankkonto auch auf eigene Rechnung gehalten. Da es sich regelmässig um eine steuermindernde Tatsache handelt, trägt der Steuerpflichtige nach den allgemeinen Beweisregeln die objektive Beweislast dafür, dass er ein Rechtsverhältnis bzw. ein Rechtsgeschäft lediglich treuhänderisch unterhalten bzw. abgeschlossen habe. Die Behauptung, ein im eigenen Namen abgeschlossenes Rechtsgeschäft oder eingegangenes Rechtsverhältnis (z.B. Bankkonto) sei treuhänderisch für einen Dritten abgeschlossen bzw. unterhalten worden, darf nach der Praxis unberücksichtigt gelassen werden, wenn das Treuhandverhältnis nicht einwandfrei nachgewiesen ist (Urteile 2C_987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 4.1, in: StR 76/2021 S. 721; 2C_864/2020 vom 8. März 2021 E. 5.2; 2C_631/2017 vom 30. Januar 2019; 2C_416/2013 vom 5. November 2013 E. 10.3.2, nicht publ. in: BGE 140 I 68; je mit Hinweisen). Nach der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung (vgl. "Merkblatt: Treuhandverhältnisse" vom Oktober 1967, Nachdruck 1993; im Folgenden: Merkblatt ESTV) müssen für die Anerkennung eines Treuhandverhältnisses folgende formellen Voraussetzungen (lit. A) erfüllt sein: 1) Es müssen schriftliche Abmachungen aus der Zeit der Begründung der Treuhand vorliegen; 2) Das Treugut muss im Vertrag genau umschrieben sein; 3) Dem Treuhänder dürfen aus der Anlage, Verwaltung und Veräusserung des Treuguts keine Risiken erwachsen; 4) Der Treuhänder soll vom Treugeber eine Entschädigung (Treuhandkommission) erhalten, die den für derartige Dienstleistungen handelsüblichen Ansätzen entspricht und im Vertrag genau festzuhalten ist; 5) Das Treugut muss in der Bilanz des Treuhänders klar als solches ersichtlich sein; 6) Über das Treugut sowie die Ansprüche und Verpflichtungen des Treugebers sind in der Buchhaltung des Treuhänders besondere Konti zu eröffnen und zu führen.
Die Erfüllung dieser formellen Voraussetzungen ist nach der Rechtsprechung zwar nicht unabdingbare Voraussetzung für die steuerliche Anerkennung eines Treuhandverhältnisses. Ein Nachweis ist dem Pflichtigen somit auch auf andere Weise möglich. Doch ist in jedem Fall ein eindeutiger Nachweis erforderlich (Urteile 2C_987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 4.1, in: StR 76/2021 S. 721; 2C_864/2020 vom 8. März 2021 E. 5.2; 2C_631/2017 vom 30. Januar 2019 E. 2.1).
4.2. Basierend auf dieser Rechtsprechung hat die Vorinstanz untersucht, ob die fraglichen Konten und die Zahlungseingänge darauf der Beschwerdeführerin zuzurechnen sind oder diese lediglich treuhänderisch agiert hatte. Zu diesem Zweck hat sich die Vorinstanz ein ihrem Urteil eingehend mit den Vorbringen der Beschwerdeführerin und mit zahlreichen der von ihr angebotenen Beweismitteln auseinandergesetzt. Insbesondere hat sie festgehalten, dass es an einem schriftlichen Vertrag über das Treuhandverhältnis fehle. Namentlich könne weder das Formular A noch das "Agent agreement" vom 20. Juli 1997 als ein solcher schriftlicher Vertrag betrachtet werden. Die Vorinstanz kam zum Schluss, es sei nicht eindeutig nachgewiesen, dass die nicht deklarierten Konten von der Beschwerdeführerin lediglich treuhänderisch gehalten worden seien. Folglich seien ihr diese Konten zuzurechnen.
4.3. Die Darstellung der Beschwerdeführerin, wonach sie lediglich als Kommissionärin für ihren früheren Aktionär und eine Gesellschaft mit Sitz in Frankreich aufgetreten sei, ist zwar nicht unplausibel. Sie bringt aber nichts vor, was die Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig erscheinen lassen würde. Sie macht etwa geltend, dass die ESTV im Rahmen einer Buchprüfung im Jahr 2005 zum Schluss gekommen sei, die Beschwerdeführerin sei bloss Kommissionärin gewesen. Erkenntnisse aus einer Buchprüfung der ESTV können für die Beurteilung, ob für die direkten Steuern ein Treuhandverhältnis vorliegt, von Bedeutung sein und sollten von den kantonalen Steuerbehörden berücksichtigt werden. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin präjudizieren Befunde der ESTV aber die gewinnsteuerliche Beurteilung durch die kantonalen Steuerbehörden nicht. Ohnehin ergibt sich aus den eingereichten Unterlagen nicht in der gebotenen Deutlichkeit (vgl. oben E. 4.1), ob die ESTV die Beschwerdeführerin tatsächlich als Kommissionärin betrachtete: Der Zwischenbericht der ESTV vom 14. Juni 2005 gibt hauptsächlich die Darstellung der Beschwerdeführerin wieder (vgl. Beilage Nr. 53 zum Rekurs und zur Beschwerde vor der Vorinstanz, Aktennummer 15). Zudem scheint dieser Bericht die Darstellung der Beschwerdeführerin betreffend die Verbuchung der Umsätze und Provisionen zu bestätigen. Aber selbst wenn die Umsätze und Provisionen tatsächlich gemäss der Darstellung der Beschwerdeführerin im Einklang mit dem Geschäftsmodell "Kommission" verbucht worden wären, wäre noch nicht ausgeschlossen, dass die Buchhaltung materiell unrichtig war und die Beschwerdeführerin in Wahrheit das Geschäftsmodell "Marge" verfolgte. Die Würdigung der Vorinstanz, dass die Konten und die Zahlungseingänge darauf der Beschwerdeführerin als Inhaberin der Konten zuzurechnen seien, lässt sich deshalb nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnen.
4.4. Die Sachverhaltsrügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet. Für die materielle Beurteilung der Beschwerde ist vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat (vgl. oben E. 2.1).
III. Direkte Bundessteuer
5.
Das angefochtene Urteil betrifft die Steuerperioden 2006-2009. Noch nicht rechtskräftig veranlagte Steuerforderungen für die Steuerperiode 2006 sind Ende des Jahres 2021 absolut verjährt (Art. 120 Abs. 4 DBG). In Bezug auf die Steuerperiode 2006 ist die Beschwerde demgemäss gutzuheissen.
6.
6.1. Die Beschwerdeführerin war für die Steuerperioden 2007-2009 bereits rechtskräftig veranlagt worden, als sie dem Steueramt die nicht deklarierten Bankkonten mittels Selbstanzeige vom 11. Oktober 2011 offenlegte. Für den Fall, dass ihr die Bankkonten zuzurechnen sind, bestreitet die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht zu Recht nicht mehr, dass es sich bei diesen Bankkonten um eine neue Tatsache handelte, die dem Steueramt gemäss Art. 151 Abs. 1 DBG die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens für die Steuerperioden 2007-2009 erlaubte.
6.2. Die Vorinstanz hat erwogen, dass die Buchhaltung der Beschwerdeführerin formell nicht ordnungsgemäss geführt und unvollständig gewesen sei. Die Beschwerdeführerin habe diesen Mangel auch durch die im weiteren Verfahren nachgereichten Unterlagen nicht behoben, obschon das Steueramt sie ordnungsgemäss gemahnt habe. Aufgrund des resultierenden Untersuchungsnotstands habe das Steueramt zu Recht eine Teilermessensveranlagung vorgenommen (vgl. angefochtenes Urteil E. 6.1.2). Die Beschwerdeführerin geht von einem anderen Sachverhalt aus als die Vorinstanz (vgl. oben E. 4). Hingegen bestreitet sie nicht, dass ihre Buchhaltung auf der Basis des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts als formell nicht ordnungsgemäss und unvollständig erscheint. Sie macht auch nicht geltend, dass sie diesen Missstand ausgeräumt hätte oder nicht ordnungsgemäss gemahnt worden wäre. Folglich ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass das Steueramt die Nachsteuerfaktoren gemäss Art. 130 Abs. 2 DBG teilweise nach pflichtgemässem Ermessen festsetzen durfte.
6.3. Der Steuerpflichtige muss nach Art. 132 Abs. 3 DBG die offensichtliche Unrichtigkeit der Veranlagung nachweisen, wenn im Rechtsmittelverfahren von den nach pflichtgemässem Ermessen festgesetzten Steuerfaktoren abgewichen werden soll. Er kann diesen Nachweis auf zwei Arten erbringen, nämlich indem er entweder die bisherige Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts vollständig beseitigt oder dartut, dass die angefochtene Veranlagung offensichtlich übersetzt ist (vgl. dazu eingehend Urteil 2C_61/2021 vom 22. Dezember 2021 E. 4.1.1 und 4.1.2 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht bloss geltend, bei der ermessensweisen Festsetzung des steuerbaren Gewinns sei zu berücksichtigen, dass sie am Edelmetall lediglich treuhänderisch berechtigt gewesen sei, selbst wenn ihr die Bankkonten zuzurechnen seien. Damit wird sie den strengen Anforderungen an den Unrichtigkeitsnachweis offensichtlich nicht gerecht.
6.4. Nach dem Gesagten erweist es sich als bundesrechtskonform, dass die Vorinstanz unter der Annahme des Geschäftsmodells "Marge" die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens und die teilweise Festsetzung der Steuerfaktoren nach pflichtgemässem Ermessen durch das Steueramt geschützt hat.
IV. Staats- und Gemeindesteuern
7.
Auch in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern sind die Nachsteuerforderungen für die Steuerperiode 2006 verjährt (§ 130 Abs. 4 StG/ZH; vgl. auch Art. 47 Abs. 4 StHG). Insoweit ist die Beschwerde also auch betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gutzuheissen.
8.
Für die übrigen Steuerperioden (2007-2009) kann auf die Erwägungen zur direkten Bundessteuer verwiesen werden, da die anwendbaren kantonalen Bestimmungen (§ 139 Abs. 2, § 140 Abs. 2 und § 160 Abs. 1 StG/ZH) im Wesentlichen mit denjenigen des DBG übereinstimmen und durch das StHG harmonisiert sind (vgl. Art. 46 Abs. 3, Art. 48 Abs. 2 und Art. 53 Abs. 1 StHG).
V. Verfahrensausgang und Kosten
9.
9.1. Die Beschwerde erweist sich insoweit als begründet, als die Nachsteuerforderungen für die Steuerperiode 2006 sowohl für die direkte Bundessteuer als auch für die Staats- und Gemeindesteuern verjährt sind. Insoweit ist die Beschwerde gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen.
9.2. Aus dem angefochtenen Urteil und auch aus den Akten erschliesst sich nicht, auf welcher Basis und nach welcher Methode die Vorinstanz die Beträge der Nachsteuerforderungen für die Steuerperioden 2006-2009 sowie die Beträge für die Steuerperiode 2005 ermittelt hat, die sie infolge Verjährung von den Gesamtbeträgen gemäss dem Einspracheentscheid des Steueramts abgezogen hat. Die Beschwerdeführerin äussert sich hierzu nicht. Angesichts dessen, dass die Vorinstanz bereits Berechnungen in Bezug auf die Steuerperiode 2005 vorgenommen hat, und im Lichte der fortgeschrittenen Verfahrensdauer ist das Verfahren an die Vorinstanz - und nicht an das Steueramt - zurückzuweisen, damit sie den nicht verjährten Nachsteuerbetrag (samt Zins) für die Steuerperioden 2007-2009 - d.h. unter Ausschluss der Steuerperiode 2006 - neu berechnet.
9.3. Die Gerichtskosten sind nach Massgabe ihres Unterliegens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Weil die konkreten Nachsteuerbeträge für die einzelnen Steuerperioden von der Vorinstanz neu zu berechnen sein werden, ist für die Bemessung davon auszugehen, dass der Gesamtbetrag zu gleichen Teilen auf die einzelnen Perioden entfällt. Der Kanton Zürich unterliegt zwar teilweise. Aufgrund der Umstände rechtfertigt es sich jedoch, ihn ausnahmsweise von Kosten- und Entschädigungsfolgen zu befreien (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 1 und 2 BGG). Der Kanton Zürich hat selbst keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird betreffend die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2006 gutgeheissen. Insoweit wird das angefochtene Urteil aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen. Das Verfahren wird zur Neuberechnung der Nachsteuern für die Steuerperioden 2007-2009 an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird betreffend die Staats- und Gemeindesteuern für die Steuerperiode 2006 gutgeheissen. Insoweit wird das angefochtene Urteil aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen. Das Verfahren wird zur Neuberechnung der Nachsteuern für die Steuerperioden 2007-2009 an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden im Umfang von Fr. 5'250.-- der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Es werden keine Parteientschädigungen gesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Januar 2022
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: F. Aubry Girardin
Der Gerichtsschreiber: Seiler