Faits :
A.
A._ est domicilié en Valais. Il détient un parc immobilier qu'il exploite en raison individuelle avec l'aide d'employés qui oeuvrent aux divers travaux effectués sur les immeubles.
En 2003, il a acquis l'immeuble X._ à B._, d'une surface de 7'011 m2, pour le prix de 1'150'000 fr. Entre les années 2003 et 2012, des travaux d'un montant de 3'000'000 fr. ont été entrepris. Les factures ont été réparties selon qu'il s'agissait d'entretien ou d'investissement, ce qui aboutissait à une part de déduction proche de 70% en 2009 et 2010, de 100% en 2011 et de 64% en 2012.
En 2010, il a acquis l'immeuble Y._ à C._ pour le prix de 1'500'000 fr. Cet immeuble d'une surface de 5'216 m2 abritait les activités commerciales de la coopérative Y._. Une partie du bâtiment a été immédiatement louée à la coopérative. Une rénovation en vue de louer tout l'immeuble a été planifiée pour les années 2013 et suivantes. Au cours des années 2011 et 2012, divers travaux portant sur le toit et l'intérieur ont été effectués. Pour la période fiscale 2011, une part de 57% des frais a été activée, qui correspondait à l'entier des salaires versés par la raison individuelle. La part de 43% restante, soit 54'327 fr., a été admise en déduction à titre de frais d'entretien. Pour la période fiscale 2012, une part de 90% des frais, qui correspondait aux coûts des études menées par des ingénieurs et des architectes, a été activée. Un amortissement de 7% pour chaque période a été comptabilisé.
B.
Se fondant sur une expertise des comptes 2009 à 2012 de la raison individuelle établie par son inspectorat fiscal, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a notifié au contribuable, le 12 février 2015, des décisions de rappels d'impôts pour les périodes fiscales 2009 à 2012. En lien avec l'immeuble X._, il a repris au titre de plus-values 353'034 fr. pour 2009, 432'352 fr. pour 2010 et 360'763 fr. pour 2011 ainsi que des parts de salaire de 132'332 fr. pour 2011 et de 94'975 fr. pour 2012. L'expert a considéré que le 90% des frais engagés dans l'immeuble X._ représentait des plus-values et seul le 10% des frais d'entretien. En lien avec l'immeuble Y._, il a repris au titre d'amortissement non admis et de plus-values 167'487 fr. pour 2011 et 126'005 fr. pour 2012.
Par décisions sur réclamations du 17 octobre 2016, après plusieurs échanges de courriers et une entrevue avec le contribuable, le Service cantonal des contributions a partiellement admis la réclamation déposée par le contribuable pour les périodes fiscales 2009 à 2012. Considérant que les pièces figurant au dossier ne permettaient pas de ventiler de manière claire les frais d'entretien déductibles et les dépenses apportant une plus-value, il a décidé que seule une part (comprenant l'amortissement) de 30% pour chaque période fiscale devait être considérée comme des frais d'entretien justifiés commercialement. Les reprises sur les immeubles étaient par conséquent rectifiées comme suit:
Repr. sur le revenu en fr. 2009 2010 2011 2012 Immeuble Y._ 112'740 au lieu de 167'487 83'703 au lieu de 126'005 Immeuble X._ 274'582 au lieu de 353'034 336'273 au lieu de 432'352 383'518 au lieu de 493'095 73'869 au lieu de 94'975
C.
Par arrêt du 23 mai 2019, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a partiellement admis le recours que le contribuable avait déposé contre les décisions sur réclamations rendues le 17 octobre 2016 par le Service cantonal des contributions du canton du Valais et a renvoyé la cause à ce dernier pour nouvelles décisions dans le sens des considérants. S'agissant de l'immeuble Y._, elle a jugé que la méthode de ventilation du contribuable devait être privilégiée à la méthode forfaitaire de l'autorité intimée pour la période fiscale 2011 et admis un amortissement de 7% pour les périodes fiscales 2011 et 2012. S'agissant de l'immeuble X._, elle a considéré que l'achat de l'immeuble avait eu lieu à bas prix en 2003 lors d'une faillite et qu'après une période d'inoccupation de 13 ans, le contribuable l'avait vidé pour procéder à une rénovation complète. La ventilation du contribuable entre dépenses d'entretien et de plus-values n'étant pas convaincante, elle a jugé que la proportion de 30% retenue par l'autorité intimée se justifiait parce qu'elle correspondait à la proportion entre le prix d'achat de 1'150'000 fr. et les frais de transformation de 3'000'000 fr. Il fallait également prendre en considération 30% des salaires activés à hauteur de 161'657 fr. pour 2009 et de 177'863 fr. pour 2010. Les reprises s'élevaient ainsi à 226'085 fr. pour 2009, 282'914 fr pour 2010, 383'518 pour 2011 et 73'869 fr. pour 2012.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 23 mai 2019 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais en tant qu'il concerne l'immeuble X._ tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal en fixant le pourcentage des frais d'entretien déductibles conformément aux déclarations déposées. Il se plaint de l'établissement arbitraire des faits, de la violation de son droit d'être entendu ainsi que de la violation du droit fédéral en matière de déduction des frais d'entretien d'immeuble.
Le Service cantonal des contributions a conclu au rejet du recours, après avoir expliqué pourquoi les factures relatives aux travaux effectués sur l'immeuble X._ ne pouvaient pas être ventilées en plus-values ou frais d'entretien. La Commission cantonale de recours en matière fiscale n'a pas déposé d'observations. L'Administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours. Le contribuable a dupliqué.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
1.2. Dans son dispositif, l'instance précédente renvoie la cause au Service cantonal des contributions pour nouvelle décision au sens des considérants. Il s'agit donc d'un arrêt de renvoi, qui constitue en principe une décision incidente (ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148) contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92 et 93 LTF, à moins que l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'ait aucune marge de manoeuvre (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 135 V 141 consid. 1.1 p. 143). En l'espèce, en tant qu'il concerne l'immeuble X._, les considérants de l'arrêt attaqué fixent précisément les reprises qui doivent être effectuées dans le chapitre fiscal du recourant de sorte que l'autorité intimée n'a aucune marge de manoeuvre à cet égard. Il s'ensuit que l'arrêt attaqué constitue dans cette mesure une décision finale au sens de l'art. 90 LTF qui peut faire directement l'objet d'une recours en matière de droit public.
1.3. Formé en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF), le recours est recevable. En particulier, telle qu'elle est formulée la conclusion demandant au Tribunal fédéral de fixer "le pourcentage des frais d'entretien déductibles conformément aux déclarations déposées" est recevable, puisque les pourcentages auxquels il est fait référence ressortent de l'état de fait de la décision attaquée ("une part de déduction proche de 70% en 2009 et 2010, de 100% en 2011 et de 64% en 2012"; cf. ch. 8, p. 3).
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. art. 106 al. 2 LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
2.2. Sous le titre "en fait", le mémoire de recours résume les circonstances de la cause sans toutefois exposer en quoi les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF seraient réunies. Par conséquent les faits qui y sont présentés et qui s'écartent de ceux retenus dans l'arrêt attaqué ne peuvent pas être pris en considération.
2.3. A l'appui de son grief dirigé contre l'établissement des faits par l'instance précédente, le recourant invoque la violation de l'interdiction de l'arbitraire dont il expose le contenu. Il est d'avis que l'instance précédente a arbitrairement passé sous silence le pourcentage des frais d'entretien admis les années précédentes (70% et même plus pour les années 2007 et 2008) sur l'immeuble X._ alors que ce pourcentage avait été fixé après discussion annuelle avec le taxateur sur la base de l'analyse détaillée des frais, facture par facture. Il est également d'avis que l'instance précédente a arbitrairement passé sous silence le fait que les travaux effectués depuis 2003 n'avaient entraîné aucune plus-value ou moins-value dès lors qu'aucune augmentation des taxes cadastrales n'étaient intervenues depuis 2003 en lien avec ces travaux. Ces omissions arbitraires ont permis à l'instance précédente de confirmer le pourcentage de 30% de frais de rénovation décidé par l'autorité intimée en lui évitant de justifier l'écart des pourcentages entre les périodes fiscales antérieures à 2009 et celles en cause en l'espèce. Selon lui, la correction de ces vices a par conséquent une influence sur le sort du litige, en ce que l'instance précédente aurait été contrainte d'examiner en détail les factures produites en lieu et place de confirmer abstraitement une part forfaitaire.
Ce grief doit être rejeté. Il ressort de la partie en fait de l'arrêt attaqué (p. 6) que l'instance précédente a pris en considération les pourcentages des années antérieures et l'absence d'augmentation de la valeur cadastrale. Le fait qu'elle fonde le rejet du recours sur un raisonnement qui ne tient pas compte de ces faits n'équivaut pas à une constatation manifestement inexacte des faits au sens de l'art. 97 al. 1 LTF.
3.
Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Il reproche à l'instance précédente, qui disposait de l'ensemble des factures relatives aux travaux effectués sur l'immeuble X._, au demeurant par lui ventilées en frais d'entretien et frais apportant une plus-value, de n'avoir pas expliqué pourquoi cette ventilation ne la convainquait pas. Il lui reproche de n'avoir pas motivé sa position et de n'avoir fait référence ni aux tableaux de ventilation ni aux descriptifs fournis dans le cadre du complément d'instruction, alors qu'une telle démarche a été admise pour l'immeuble Y._.
3.1. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) l'obligation pour le juge de motiver ses décisions. Le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (cf. ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; 137 II 266 consid. 3.2 p. 270).
3.2. En l'espèce, en se bornant à affirmer, d'une part, que " les pièces figurant au dossier ne permettaient pas de ventiler de manière claire les frais d'entretiens déductibles fiscalement des dépenses apportant une plus-value devant être activées au bilan " et, d'autre part, que " la ventilation opérée par le recourant ne convainc pas [...]." L'arrêt attaqué ne fournit aucune explication concrète qui permette au recourant de comprendre ce qui a guidé le raisonnement de l'instance précédente. L'autorité intimée est du reste du même avis puisqu'elle expose dans ses observations sur recours pour quelles raisons les factures relatives aux travaux effectués sur l'immeuble X._ ne pouvaient pas être ventilées en plus-values ou frais d'entretien. Il ne suffisait pas à cet égard d'affirmer de manière toute générale, que " divers travaux effectués ne sont pas déductibles eu égard au catalogue établi pour les frais d'entretien par le SCC " (arrêt attaqué, consid. 7 p. 15) sans examiner chaque facture et explications y relatives, au demeurant dûment produites, contrairement à ce qui avait eu lieu, à juste titre, pour les périodes fiscales antérieures à 2009 et pour les frais relatifs à l'immeuble Y._ pour les périodes fiscales en cause. Il s'ensuit que l'instance précédente a violé le droit d'être entendu de recourant. Comme il s'agit d'un grief formel, qui conduit à l'admission immédiate du recours, il n'est pas nécessaire d'examiner les autres griefs du recourant.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. L'arrêt rendu le 23 mai 2019 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulé en tant qu'il concerne le régime fiscal des frais relatifs aux travaux effectués sur l'immeuble X._. Succombant, le canton du valais, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, le recourant a droit à des dépens à charge du canton du Valais (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal.
2.
L'arrêt rendu le 23 mai 2019 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulé en tant qu'il concerne le régime fiscal des frais relatifs aux travaux effectués sur l'immeuble X._ pour les périodes fiscales 2009 à 2012. La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais.
4.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 fr., est allouée au recourant à charge du canton du Valais.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions
Lausanne, le 25 mai 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey