Erwägungen:
1.
1.1. Die B._ AG (Beschwerdegegnerin) erhob gegen die A.a_ Inc., die A.b_ Ltd. und die A.c_ GmbH (Beschwerdeführerinnen) beim Bundespatentgericht eine Patentverletzungsklage, die sechs Rechtsbegehren umfasste und sich ausschliesslich auf den Schweizer Teil des Europäischen Patents EP xxx stützte. Am 6. Juli 2021 reichte sie eine Replik ein, die 54 Rechtsbegehren umfasst, wobei das ursprüngliche Klagerechtsbegehren Nr. 6 dem Replikbegehren Nr. 54 entspricht. Bei den Replikrechtsbegehren Nrn. 2 bis 49 handelt es sich um Eventualbegehren, jeweils zum eventualiter vorangehenden Rechtsbegehren, alle gestützt auf EP xxx. Mit den Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 verlangt die Beschwerdegegnerin neu - eventualiter - die Feststellung der Verletzung eines weiteren Patents, des Schweizer Teils des Europäischen Patents EP yyy.
Das Bundespatentgericht erkannte mit Beschluss vom 22. Oktober 2021 u.a., die Beschwerdegegnerin ändere damit ihre Klage im Sinne von Art. 227 ZPO. Da namentlich ein sachlicher Zusammenhang zwischen den mit der Klage eingereichten und den neuen Rechtsbegehren bestehe, sei die Klageänderung zulässig. Demgemäss wies das Bundespatentgericht den Antrag der Beschwerdeführerinnen ab, wonach auf die Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 nicht einzutreten sei (Dispositiv-Ziffer 1). Sodann setzte es den Beschwerdeführerinnen u.a. Frist, um die Duplik zu den Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 zu erstatten (Dispositiv-Ziffer 4, 1. Satz).
1.2. Hiergegen erhoben die Beschwerdeführerinnen mit Eingabe vom 4. November 2021 Beschwerde in Zivilsachen, mit dem Antrag, es sei in Aufhebung der Ziffern 1 und 4, 1. Satz des Beschlusses des Bundespatentgerichts vom 22. Oktober 2021 auf die Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 nicht einzutreten. Ferner stellten sie die prozessualen Anträge, es sei der Beschwerde im Umfang von Ziffer 4, 1. Satz des Beschlusses vom 22. Oktober 2021 superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zu erteilen, eventuell sei das Bundespatentgericht anzuweisen, das vor ihm hängige Verfahren O2020_014 im Umfang der Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 zu sistieren, bis das Bundesgericht über die vorliegende Beschwerde entschieden habe.
Mit Verfügung vom 5. November 2021 wies das präsidierende Mitglied der I. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab, da die Beschwerde prima vista als aussichtslos erscheine.
Mit Beschwerdeergänzung vom 25. November 2021, innert der noch laufenden Beschwerdefrist, erklärten die Beschwerdeführerinnen, ihr Beschwerdebegehren habe sich erübrigt, soweit es sich gegen Ziffer 4, 1. Satz des Beschlusses vom 22. Oktober 2021 richte, da sie in der Zwischenzeit gehalten gewesen seien, ihre Duplik zu den Replikbegehren Nrn. 50 und 51 beim Bundespatentgericht zu erstatten. Sie halten indessen an ihren Anträgen fest, es sei auf die Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 nicht einzutreten und das Bundespatentgericht superprovisorisch anzuweisen, das vor ihm hängige Verfahren zu sistieren.
2.
Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Endentscheide, worunter solche Entscheide zu verstehen sind, die den Prozess beenden, sei es insgesamt (Art. 90 BGG), sei es hinsichtlich eines Teils der gestellten Begehren, die unabhängig von den anderen beurteilbar sind (Art. 91 lit. a BGG; vgl. BGE 146 III 254 E. 2.1 S. 256), sei es nur für einen Teil der Streitgenossen (Art. 91 lit. b BGG). Ebenfalls zulässig ist die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, welche die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (Art. 92 BGG). Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die sofortige Beschwerde nur unter den alternativen Voraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG zulässig (BGE 144 III 475 E. 1 mit Hinweisen).
2.1. Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid des Obergerichts handelt es sich unbestrittenermassen um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG, mit dem das vor dem Bundespatentgericht hängige Verfahren weder vollständig (Art. 90 BGG) noch teilweise (Art. 91 BGG) abgeschlossen wird (vgl. dazu BGE 141 III 395 E. 2.2; 135 III 212 E. 1.2, 329 E. 1.2; 135 V 141 E. 1.1 mit Hinweis; s. auch BGE 144 III 253 E. 1.3; 143 III 290 E. 1.4).
Ein solcher Zwischenentscheid kann nur direkt mit Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden, wenn er entweder einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen bildet eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 144 III 475 E. 1.2; 141 III 80 E. 1.2 S. 81; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1). Diese Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 144 III 475 E. 1.2; 138 III 94 E. 2.2 S. 95; 135 I 261 E. 1.2; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1; 133 IV 288 E. 3.2). Dementsprechend obliegt es der beschwerdeführenden Partei darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (BGE 142 III 798 E. 2.2 S. 801; 141 III 80 E. 1.2 S. 81; 137 III 324 E. 1.1 S. 329; 134 III 426 E. 1.2 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
2.2. Die Beschwerdeführerinnen berufen sich für die Zulässigkeit ihrer Beschwerde zunächst auf die Bestimmung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG.
2.2.1. Diese Bestimmung verlangt als erste kumulative Voraussetzung, dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerinnen teilen, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen könnte. Der Begriff des verfahrensabschliessenden Endentscheids im Sinne dieser Norm umfasst zwar auch den Teil-Endentscheid im Sinne von Art. 91 lit. a BGG (Urteil 4A_406/2019 vom 20. Februar 2020 E. 2.2 mit Hinweisen). Dass ein solcher durch das Bundesgericht gefällt werden kann, setzt voraus, dass dieses einen Teil der im Verfahren gestellten Rechtsbegehren, die unabhängig von den anderen beurteilt werden können, endgültig behandeln könnte (BGE 146 III 254 E. 2.1 S. 256).
Inwiefern diese Voraussetzung im vorliegenden Fall erfüllt sein soll, legen die Beschwerdeführerinnen nicht dar, indem sie sich diesbezüglich mit dem blossen Vorbringen begnügen, der Prozess könnte durch den beantragten Nichteintretensentscheid betreffend die Replikrechtsbegehren 50 und 51 abgeschlossen werden. Dass und weshalb diese Begehren unabhängig von den übrigen Replikrechtsbegehren beurteilt werden könnten, legen sie nicht dar und ist auch nicht ohne weiteres ersichtlich. Dies zumal die Vorinstanz feststellte, es bestehe ein sachlicher Zusammenhang zwischen den Klagebegehren und den in der Replik gestellten neuen Rechtsbegehren, sie mithin auch von einem sachlichen Zusammenhang zwischen allen gestellten Replikbegehren einschliesslich der Begehren 50 und 51 ausging. Schon aus diesem Grund ist nicht dargetan, dass die alternative Eintretensvoraussetzung nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt wäre.
2.2.2. Der Vollständigkeit halber sei weiter festgehalten, dass vorliegend auch die zweite kumulative Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, nicht dargetan ist.
Macht der Beschwerdeführer geltend, die Voraussetzung des Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, sei erfüllt, ist zu differenzieren: Geht es bereits aus dem angefochtenen Urteil oder der Natur der Sache hervor, dass ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich sein wird, darf auf lange Ausführungen verzichtet werden. Andernfalls hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzutun, welche Tatfragen offen sind und welche weitläufigen Beweiserhebungen in welchem zeit- oder kostenmässigen Umfang erforderlich sind. Zudem hat er unter Aktenhinweisen darzulegen, dass er die betreffenden Beweise im kantonalen Verfahren bereits angerufen oder entsprechende Anträge in Aussicht gestellt hat (BGE 133 IV 288 E. 3.2; 118 II 91 E. 1a S. 92 mit Hinweis; Urteile 4A_288/2021 vom 13. Juli 2021 E. 2.1; 4A_172/2011 vom 28. Juni 2011 E. 2.1).
Das Bundesgericht prüft nach freiem Ermessen, ob die Voraussetzung, dass bei einer Gutheissung der Beschwerde ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, erfüllt ist (vgl. BGE 118 II 91 E. 1a S. 92; Urteile 4A_288/2021 vom 13. Juli 2021 E. 2.1; 4A_48/2010 vom 9. Juli 2010 E. 1.3.3).
Die Beschwerdeführerinnen machen dazu geltend, die von ihnen eingereichte Duplik zu den Replikrechtsbegehren 50 und 51 entspreche einer vollständigen Klageantwort, in der sämtliche vorliegend patentrechtlich relevanten Themen neu analysiert und dargelegt werden mussten. Die Rechtsschrift umfasse gut 100 Seiten und führe 38 neue Beweismittel ein sowie den Antrag auf Befragung eines Zeugen. Dass eine solche Duplik ein mit hohem Aufwand und hohen Kosten verbundenes weitläufiges Beweisverfahren erforderlich mache, sei gerichtsnotorisch.
Damit vermögen die Beschwerdeführerinnen das Vorliegen der zweiten kumulativen Voraussetzung nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG nicht darzutun. Weder ist es gerichtsnotorisch, dass ein Verfahren wie dasjenige vor der Vorinstanz über die Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich macht, noch legen die Beschwerdeführerinnen dar, welche konkreten Beweismittel vorliegend beantragt wurden, deren Abnahme einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten verursachen würde. Entsprechendes ist auch nicht ohne weiteres ersichtlich.
2.2.3. Auf die Beschwerde kann demnach nicht gestützt auf Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG eingetreten werden.
2.3. Die Beschwerdeführerinnen machen auch geltend, es sei die Eintretensvoraussetzung nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG erfüllt.
2.3.1. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er durch einen späteren günstigen Entscheid nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 144 III 475 E. 1.2 S. 479; 141 III 80 E. 1.2; 136 IV 92 E. 4 S. 95; 134 III 188 E. 2.1 S. 190; 133 III 629 E. 2.3.1, je mit Hinweisen). Rein tatsächliche Nachteile wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens reichen nicht aus (BGE 142 III 798 E. 2.2 S. 801; 141 III 80 E. 1.2; 138 III 190 E. 6 S. 192; 137 III 380 E. 1.2.1 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, ihnen drohe durch die Zulassung der Replikrechtsbegehren 50 und 51 ein nicht wieder gutzumachender Nachteil, weil ihnen - was die Vorinstanz anerkenne - die Möglichkeit genommen werde, Nichtigkeits-Widerklage gegen das EP yyy zu erheben. Die Möglichkeit, eine selbständige Nichtigkeitsklage zu erheben, sei nicht gleichwertig.
2.3.1.1. Sie bringen dazu zum einen vor, die "Verbannung" der Nichtigkeitsklage in ein zeitlich nachgelagertes, separates Nichtigkeitsklageverfahren wäre nicht prozessökonomisch, da dies dazu führte, dass sich das Bundespatentgericht und die Parteien in zwei Verfahren mit der Nichtigkeit des Patents EP yyy auseinandersetzen müssten. Ausserdem entstünden erhebliche Probleme, um die beiden Verfahren zu koordinieren.
Damit vermögen die Beschwerdeführerinnen indessen von vornherein keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur darzutun, reichen doch rein tatsächliche Nachteile wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens für die Annahme eines solchen nicht aus.
2.3.1.2. Zum anderen argumentieren die Beschwerdeführerinnen, es werde durch das Vorgehen der Vorinstanz ihre formelle Rechtsstellung beeinträchtigt, indem ihnen eine zweimalige unbeschränkte Stellungnahme zur Verletzung und Rechtsbeständigkeit des neu geltend gemachten EP yyy sowie die Möglichkeit einer Instruktionsverhandlung genommen werde. Diesem Einwand könne nicht, wie die Vorinstanz erwäge, "mit entsprechender Gestaltung des Schriftenwechsels begegnet werden", da es im Verfahren nach der ZPO - vom unbedingten Replikrecht abgesehen - nach der Duplik keinen weiteren Schriftenwechsel gebe und die Vorinstanz nicht frei sei, wie sie das Verfahren gestalte.
Auch damit vermögen die Beschwerdeführerinnen nicht darzutun, inwiefern ihnen durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur droht. Sowohl die Frage, ob die Klageänderung mit Bezug auf die Replikrechtsbegehren 50 und 51 zu Recht zugelassen wurde, als auch diejenige, ob sich die Beschwerdeführerinnen in diesem Zusammenhang hinreichend zur Sache äussern konnten bzw. ihnen zu Unrecht eine Instruktionsverhandlung dazu verwehrt wurde, kann nach Massgabe von Art. 93 Abs. 3 BGG im Rahmen einer späteren Beschwerde gegen den Endentscheid der Vorinstanz überprüft werden, falls letzterer zu Ungunsten der Beschwerdeführerinnen ausgehen sollte. Gegebenenfalls könnte der Entscheid ganz oder teilweise aufgehoben werden. Den Beschwerdeführerinnen droht damit durch die angebliche Beeinträchtigung ihrer formellen Rechtsstellung kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG.
2.3.2. Die Zulässigkeit der Beschwerde lässt sich demnach auch nicht auf diese Bestimmung stützen.
2.4. Die Beschwerdeführerinnen bringen schliesslich vor, ein Eintreten auf die Beschwerde bedeute nicht, dass sich das Bundesgericht zweimal mit der Sache befassen müsse. "Sache" sei die Frage, ob die in den Replikrechtsbegehren Nrn. 50 und 51 durch Einführung von EP yyy vorgenommene Klageänderung zulässig sei oder nicht. Mit dieser Frage müsse sich das Bundesgericht nur einmal befassen, sei es jetzt im Rahmen des vorliegenden Beschwerdeverfahrens oder - bei Nichteintreten - auf Beschwerde gegen das Sachurteil der Vorinstanz.
Ziel der Regelung von Art. 90 ff. BGG ist es, dass sich das Bundesgericht grundsätzlich nur einmal mit jeder Angelegenheit befassen müssen soll, womit der Prozess als Ganzes gemeint ist und nicht bloss die Frage, die Gegenstand eines Zwischenentscheids ist. Vorliegend gilt es zu beachten, dass im heutigen Zeitpunkt nicht feststeht, dass sich das Bundesgericht mit der Frage der Zulässigkeit der Klageänderung in Zukunft überhaupt je befassen muss. Ob dies der Fall ist, hängt u.a. davon ab, wie der Prozess bezüglich der strittigen Rechtsbegehren 50 und 51 ausgeht und ob das Endurteil seitens der unterliegenden Partei beim Bundesgericht angefochten wird.
3.
Die Beschwerde erweist sich demnach als offensichtlich unzulässig, weshalb darauf im Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG nicht einzutreten ist.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind diesem Ausgang entsprechend den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da ihr aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand entstanden ist (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Das Gesuch der Beschwerdeführerinnen, es sei das Bundespatentgericht (superprovisorisch) anzuweisen, das vor ihm hängige Verfahren zu sistieren, wird mit diesem Entscheid über die Beschwerde gegenstandslos.
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Widmer