Sachverhalt:
A.
A.a. Im Handelsregister des Kantons Aargau ist unter der Firma "A._ AG" eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Baden eingetragen. Gemäss Handelsregistereintrag bezweckt die Gesellschaft die Förderung des preisgünstigen Wohnungsbaues und Verhinderung der Spekulation auf dem Wohnungsmarkt, insbesondere durch Erwerb von Grundstücken und Baurechten sowie Erstellung von Miet- und Eigentumswohnungen. Im Steuerjahr 2013 erzielte sie einen Reingewinn von Fr. 9'667'949.-, wobei aus den Liegenschaften in den Kantonen Aargau, Freiburg, St. Gallen, Schaffhausen, Thurgau und Zürich ein Gewinn von Fr. 11'061'124.- und aus den Liegenschaften in den Kantonen Bern, Basel-Landschaft und Luzern ein Verlust von Fr. 1'383'175.- resultierte. Mit Verfügung vom 5. Mai 2015 veranlagte das Steueramt des Kantons Aargau die Gesellschaft für das Steuerjahr 2013 mit einem im Kanton Aargau steuerbaren Reingewinn von Fr. 2'556'282.- (und damit unter Berücksichtigung einer Verlustumlage von Fr. 356'345.-) bei einem Steuersatz von Fr. 9'667'949.-. Die Gesellschaft erhob gegen diese Verfügung vorsorglich Einsprache; das Einspracheverfahren ist nach ihren Angaben sistiert.
A.b. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hatte die Veranlagungsverfügung zur Steuerperiode 2013 bereits am 20. April 2015 erlassen. Auf Einsprache der Gesellschaft hin passte sie die Faktoren geringfügig an und setzte mit Entscheid vom 17. Mai 2016 den im Kanton Thurgau steuerbaren Reingewinn auf Fr. 1'141'534.- bei einem Steuersatz von Fr. 9'677'949.- fest. Damit lehnte sie es insbesondere ab, die von der Gesellschaft geltend gemachte Verlustumlage von Fr. 142'747.- anzurechnen, da Verluste aus Spezialsteuerdomizilen vollumfänglich vom Sitzkanton zu übernehmen seien. Den gegen diesen Entscheid erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 15. Juni 2017 ab, soweit sie darauf eintrat.
B.
Die von der A._ AG hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 7. Februar 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde an das Bundesgericht beantragt die A._ AG, es sei unter Aufhebung des thurgauischen Gerichtsentscheides der im Jahr 2013 in diesem Kanton zu versteuernde Gewinn um Fr. 142'747.- auf Fr. 998'787.- herabzusetzen, eventuell sei unter Aufhebung der aargauischen Steuerveranlagung der im Kanton Aargau für das Jahr 2013 zu versteuernde Gewinn um Fr. 142'747.- herabzusetzen.
Während das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau auf Abweisung der Beschwerde schliesst, beantragt das Steueramt Aargau deren Gutheissung.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]), weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist aber nicht gehalten, alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese in seinem Verfahren nicht mehr thematisiert werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; Urteil 2C_386/2016 vom 22. Mai 2017 E. 1.3). Deshalb prüft das Bundesgericht unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144).
1.3. Im Unterschied dazu prüft das Bundesgericht die Frage einer Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; qualifizierte Rüge- und Be-gründungsobliegenheit; BGE 143 II 283 E. 1.2.2 S. 286). In der Beschwerde ist daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, dass und inwiefern verfassungsmässige Individualrechte verletzt worden sein sollen (BGE 143 I 1 E. 1.4 S. 5). Zu den verfassungsmässigen Individualrechten zählt auch das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung nach Art. 127 Abs. 3 BV (vgl. BGE 131 I 409 E. 3.1 S. 412; Urteil 2C_415/2017 vom 2. Juni 2017 E. 1.2.3, in: ASA 86 S. 51).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ist von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2 BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1 BGG) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig, sprich willkürlich sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Für eine entsprechende Rüge gilt ebenfalls eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung geht das Gericht nicht ein (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 139 II 404 E. 10.1 S. 444 f.). Ausserdem gilt vor Bundesgericht grundsätzlich ein Novenverbot, das heisst neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
1.5. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung auch eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt. Der Instanzenzug muss nur in einem Kanton durchlaufen werden (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 379; 133 I 300 E. 2.4 S. 306 f.; 133 I 308 E. 2.4 S. 312 f.; vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG). Deshalb ist vorliegend der Eventualantrag auf Anpassung der Veranlagungsverfügung des Steueramts des Kantons Aargau vom 5. Mai 2015 betreffend die Beschwerdeführerin für die Steuerperiode 2013 ebenfalls zulässig.
2.
Streitig und zu prüfen ist im Hauptpunkt, ob die Vorinstanz im Einklang mit Art. 127 Abs. 3 BV zum Ergebnis gelangt, der bei proportionaler Verlustumlage (nach Massgabe der positiven Ergebnisse in den Kantonen) rechnerisch auf den Kanton Thurgau entfallende Anteil von Fr. 142'747.-- sei nicht von ihm (sondern vom Hauptsteuerdomizil) zu übernehmen.
3.
Ein Verstoss gegen das Verbot der interkantonalen Dop-pelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3 BV liegt vor, wenn ein Steuersubjekt von zwei oder mehreren Kantonen (Steuerhoheiten) für das gleiche Steuerobjekt und dieselbe Steuerperiode zur Besteuerung herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsregeln seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton ein Steuersubjekt grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil es nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge seiner territorialen Beziehungen auch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; BGE 140 I 114 E. 2.3.1 S. 117 f.; 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.).
4.
4.1. Es steht fest und ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin, die als Immobiliengesellschaft qualifiziert, im Jahre 2013 insgesamt einen Reingewinn von Fr. 9'667'949.- erzielte, wobei den Gewinnen unter anderem in den hier streitbetroffenen Kantonen Aargau und Thurgau Verluste in anderen Kantonen gegenüberstanden. Weiter ist allseitig anerkannt, dass die Summe der steuerbaren Gewinne aller Kantone den tatsächlich erzielten Reingewinn nicht übersteigen darf, widrigenfalls eine verbotene interkantonale Doppelbesteuerung resultieren würde. Das thurgauische Verwaltungsgericht hat dazu erwogen, die in den weiteren Kantonen erlittenen Verluste seien in erster Linie mit dem Gewinn am Hauptsteuerdomizil zu verrechnen; eine Verrechnung mit dem Gewinn an Nebensteuerdomizilen wie dem Kanton Thurgau würde nur dann in Frage kommen, wenn der Gewinn am Hauptsteuerdomizil zur Verrechnung dieser Verluste nicht ausreichen würden (was hier nicht der Fall ist). Es stützt sich dafür auf die Thurgauer Steuerpraxis zur Besteuerung von Immobiliengesellschaften, auf Stimmen in der Literatur (PETER LOCHER, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 4. Aufl. 2015, S. 91 f.; RENÉ MATTEOTTI, in Zweifel et al [Hrsg.], Interkantonales Steuerrecht 2011, § 34 Rn. 4) und auf das Argument, es würde zu einem nicht wünschenswerten Methodenmix führen, wenn die Verlegung der Verluste quotal erfolgte, während der Gewinn in den einzelnen Kantonen objektmässig ermittelt wird. Im Gegensatz dazu werden nach der Praxis der Aargauer Steuerbehörden die in einzelnen Kantonen erzielten Verluste proportional mit den Gewinnen in den anderen Kantonen verrechnet; dies unabhängig davon, ob die Gewinne an einem Haupt- oder einem Nebensteuerdomizil erzielt wurden. Das Steueramt des Kantons Aargau stützt diese Auffassung auf das Kreisschreiben 27 der Schweizerischen Steuerkonferenz, das auch für Immobiliengesellschaften anwendbar sei, auf andere Stimmen in der Literatur (OERTLI/ZIGERLIG, in Zweifel, a.a.O., § 33 Rn. 30) sowie auf die Überlegung, dass ein Methodenmix ohnehin unvermeidlich sei, wenn ein Kanton Gewinnungskostenüberschüsse eines anderen Kantons übernehmen müsse.
4.2. Die Praxen der Kantone bezüglich der Anwendbarkeit des Kreisschreibens 27 auf Immobiliengesellschaften sind offenbar uneinheitlich (vgl. REINER DENNER/CHRISTOPH FREY, Interkantonale Ver-lustverrechnung bei Immobiliengesellschaften, Erfahrungen aus der Praxis - Anwendbarkeit des SSK-Kreisschreibens 27, StR 2010 S. 274 ff.). Sowohl die Berechnungsweise der Thurgauer als auch jene der Aargauer Steuerbehörden führten dazu, würden sich alle Kantone auf die jeweilige Praxis einigen, dass das jeweilige Unternehmen insgesamt lediglich einen Gewinn in der Höhe des tatsächlichen Reingewinns zu versteuern hat; keine dieser Praxen führt für sich alleine zu einem Ausscheidungsverlust. Somit verstösst keine dieser Berechnungsweisen per se gegen das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3 BV. Wendet jedoch jeder Kanton seine eigene Praxis an, und gelangen damit auf eine einzelne steuerpflichtige Person im gleichen Fall unterschiedliche Berechnungsweisen zur Anwendung, so kann dies - wie die Be-schwerdeführerin für den vorliegenden Fall klar und detailliert darlegt (vgl. E. 1.3 hievor) - zu einem Ausscheidungsverlust und damit zu einer nach Art. 127 Abs. 3 BV verbotenen interkantonalen Doppelbesteuerung führen.
4.3. Gemäss Art. 127 Abs. 3 Satz 2 BV trifft der Bund die erforderlichen Massnahmen zur Vermeidung einer interkantonalen Doppelbesteuerung. Der Gesetzgebung des Bundes kann jedoch weder aus ihrem Wortlaut noch durch Auslegung eine Vorschrift entnommen werden, wie die sich hier stellende Rechtsfrage zu beantworten ist. Da die Praxen der Kantone uneinheitlich sind, kann für deren Beantwortung auch nicht auf Gewohnheitsrecht zurückgegriffen werden. Entsprechend hat das Bundesgericht nach der Regel zu entscheiden, die es als Gesetzgeber aufstellen würde (vgl. Art. 1 Abs. 2 ZGB sowie BGE 143 II 694 E. 4.3 S. 697). Damit ist die Frage nach der Methodenwahl unabhängig von den Eigenheiten des konkret zu beurteilenden Einzelfalls zu entscheiden (vgl. Urteil 2C_249/2018 vom 25. Juni 2019 E. 4.3).
4.4. Die Praxis der Thurgauer Behörden bleibt näher am Grundsatz, wonach Liegenschaftsgewinne am Ort der gelegenen Sache zu versteuern sind. Zudem ist in der Tat ein Methodenmix (objektmässige Ermittlung der Gewinne bei gleichzeitiger quotaler Verlegung der Verluste) so weit möglich zu vermeiden. Zwar trifft es zu, dass auch bei einer Anwendung der "Thurgauer Praxis" ein solcher Methodenmix nicht in jedem Fall verhindert wird; aus diesem Blickwinkel als problematisch erscheinen aber nach dieser Berechnungsweise nur jene Fälle, in denen die kumulierten Verluste aus den verschiedenen Kantonen höher sind, als der am Hauptsteuerdomizil ausgewiesene Gewinn. Bei einer Vorgehensweise modo legislatoris ist demnach dieser Praxis den Vorrang zu geben: Somit sind Verluste in erster Linie mit dem Gewinn am Hauptsteuerdomizil zu verrechnen; nur wenn der Gesamtverlust höher ist als der Gewinn am Hauptsteuerdomizil, ist der überschiessende Teil quotal auf die Gewinne der anderen Kantone umzulegen.
4.5. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hat im angefochtenen Entscheid zur Berechnung des in seinem Kanton steuerbaren Gewinns demnach zu Recht eine quotale Anrechnung der Verluste aus anderen Kantonen abgelehnt; die Beschwerde gegen diesen Entscheid ist demgemäss abzuweisen. Das Hauptsteuerdomizil der Beschwerdeführerin befindet sich im Kanton Aargau. Demzufolge wäre das Steueramt des Kantons Aargau in seiner Verfügung vom 5. Mai 2015 gehalten gewesen, die in anderen Kantonen erlittenen Verluste vollumfänglich anzurechnen. In Gutheissung des Eventual-antrags ist demzufolge diese Verfügung aufzuheben und die Sache zu Neuverfügung an das Steueramt des Kantons Aargau zurück-zuweisen.
5.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Aargau aufzuerlegen, der in seiner Eigenschaft als Abgabegläubiger Vermögensinteressen verfolgte (Art. 66 Abs. 4 BGG e contrario). Er hat der Beschwerdeführerin überdies für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 und Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde gegen den Kanton Thurgau wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde gegen den Kanton Aargau wird gutgeheissen und die Veranlagungsverfügung des Steueramtes des Kantons Aargau für das Steuerjahr 2013 vom 5. Mai 2015 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an das Steueramt des Kantons Aargau zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.- werden dem Kanton Aargau auferlegt.
4.
Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.- zu bezahlen.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau, dem Kantonalen Steueramt Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Nabold