Faits :
A.
A.a. B._ SA a déposé plainte pénale le 1er janvier 2018 pour occupation illicite des locaux vides et en cours de rénovation lui appartenant, sis rue C._ à D._, durant la nuit du 31 décembre 2017 au 1er janvier 2018. Une centaine de personnes avaient pris part à une fête non autorisée en ce lieu, initiée par le mouvement " E._ ", malgré la présence d'affiches visibles signalant la dangerosité du site ainsi que l'interdiction d'y pénétrer.
A.b. A._, prévenu dans la procédure P/23561/2018, a ainsi été condamné pour violation de domicile par ordonnance pénale du Ministère public genevois du 14 janvier 2019, à l'instar de onze autres co-prévenus. Quatre d'entre eux ont formé opposition à leur condamnation. D'autres prévenus, également condamnés pour les mêmes faits dans d'autres procédures, ont aussi formé opposition. A._ y a renoncé, de sorte que l'ordonnance pénale prononcée à son encontre est entrée en force.
A.c. Le 13 février 2019, B._ SA a retiré sa plainte pénale en lien avec les faits susmentionnés, dans toutes les procédures ouvertes à cet égard. Le 18 mars 2019, le Ministère public a joint l'ensemble des procédures ouvertes sous la procédure P/10567/2018. Le 20 mars 2019, il a rendu, vu le retrait de plainte, une ordonnance de classement à l'encontre des prévenus ayant été condamnés par ordonnances pénales et y ayant formé opposition ainsi que contre ceux n'ayant pas encore fait l'objet d'une ordonnance pénale.
A.d. Par courrier du même jour, A._ a demandé au Ministère public, vu le retrait de plainte intervenu, d'annuler, respectivement de rétracter l'ordonnance pénale rendue à son encontre le 14 janvier 2019 ainsi que d'étendre à sa personne le bénéfice du classement réservé à ses co-prévenus. Par courrier du 21 mars 2019, le Ministère public a répondu que faute de base légale, il ne pouvait faire droit à sa requête, qu'il interprétait dès lors comme une demande de révision et transmettait à la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise.
B.
Par arrêt du 28 mai 2019, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A._ à l'encontre du courrier du Ministère public du 21 mars 2019 ainsi qu'à l'encontre de l'ordonnance de classement rendue par cette autorité le 20 mars 2019.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'ordonnance pénale rendue par le Ministère public le 14 janvier 2019 à son encontre dans la procédure P/23561/2018, ultérieurement jointe à la procédure P/10567/2018, à l'annulation de l'ordonnance de classement rendue par le Ministère public le 20 mars 2019 dans la procédure P/10567/2018 et au classement de la procédure P/23561/2018, ultérieurement jointe à la procédure P/10567/2018, à son encontre. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt du 28 mai 2019 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice et au renvoi de la cause à cette autorité pour nouvelle décision.
Considérant en droit :
1.
A l'encontre de la décision de la cour cantonale portant sur la contestation du courrier du 21 mars 2019 du ministère public, le recourant se plaint de déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.) et de violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst), considérant essentiellement que l'autorité précédente ne s'est pas prononcée sur ses griefs fondés sur les art. 392 et 356 al. 7 CPP.
1.1. A teneur de l'art. 392 CPP, lorsque, dans une même procédure, un recours a été interjeté par certains des prévenus ou des condamnés seulement et qu'il a été admis, la décision attaquée est annulée ou modifiée également en faveur de ceux qui n'ont pas interjeté recours aux conditions suivantes: a. l'autorité de recours juge différemment les faits; b. les considérants valent aussi pour les autres personnes impliquées (al. 1). Avant de rendre sa décision, l'autorité de recours entend s'il y a lieu les prévenus ou les condamnés qui n'ont pas interjeté recours, le ministère public et la partie plaignante (al. 2). Le but poursuivi par l'art. 392 CPP, dont l'application est obligatoire, est d'éviter des demandes de révision ultérieures (Moreillon/Parein-Reymond, Petit commentaire CPP, 2016, n° 3 ad art. 392; Schmid/ Jositsch, Schweizerische Strafprozessordnung: Praxiskommentar, 3e éd. 2018, n° 3 ad art. 392). Ainsi, la révision, en tant que moyen de droit subsidiaire, cède le pas à l'application de l'art. 392 CPP, de sorte que certains auteurs l'appellent une " révision sui generis " (Thomas Fingerhuth, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 31 ad art. 410; Ziegler/Keller, n° 1 ad art. 392 et Marianne Heer, n° 90 ad art. 410, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2e éd. 2014; Schmid/Jositsch, Handbuch des Schweizerischen Strafprozessrechts, 3e éd. 2017, n° 1590 p. 711).
Selon l'art. 356 al. 7 CPP qui régit la procédure devant le tribunal de première instance après une opposition à l'ordonnance pénale, lorsque des ordonnances pénales portant sur les mêmes faits ont été rendues contre plusieurs personnes, l'art. 392 est applicable par analogie.
1.2. La cour cantonale a considéré que la question de la recevabilité pouvait rester ouverte, vu l'issue du recours. Elle a retenu que ce recours tendait en substance à l'annulation de l'ordonnance pénale prononcée le 14 janvier 2019 à l'encontre du recourant dans la procédure P/23561/2018 jointe ultérieurement à la procédure P/10567/2018, et au classement de la procédure pénale diligentée contre lui ensuite du retrait de plainte survenu le 13 février 2019. Le ministère public n'avait pas refusé d'étendre au prévenu le bénéfice du classement prononcé le 20 mars 2019 à l'encontre de ses co-prévenus, mais considéré que cette requête, qui devait être interprétée comme une demande de révision, ressortait de la compétence de la Chambre pénale d'appel et de révision et la lui avait transmise. Selon la cour cantonale, la contestation de cet acte devant elle ne faisait pas naître en sa faveur une compétence de révision sui generis découlant des art. 392 et 356 al. 7 CPP, puisqu'elle n'était pas juge du fond ni autorité de recours contre des ordonnances pénales entrées en force. Il ne lui appartenait dès lors pas d'examiner si les motifs avancés à l'appui de la demande de révision étaient réalisés, cette compétence revenant à la Chambre pénale d'appel et de révision (arrêt attaqué, consid. 2 p. 4).
1.3. La cour cantonale s'est ainsi prononcée sur sa propre compétence et l'a rejetée, mettant définitivement fin à la contestation du courrier du 21 mars 2019 portée devant elle. Il ne s'agit donc pas d'une décision préjudicielle ou incidente sur la compétence (art. 92 al. 1 LTF; cf. arrêts 6B_1298/2018 du 21 mars 2019 consid. 1; 6B_161/2019 du 6 mars 2019 consid. 1.1), mais d'une décision finale, de sorte que le recours en matière pénale au Tribunal fédéral est recevable sur ce point.
1.4. La cour cantonale a écarté le recours, motif pris de son incompétence pour traiter une demande de révision. Or le recourant faisait précisément valoir devant elle l'argument selon lequel il n'avait pas saisi le ministère public d'une demande de révision de l'ordonnance pénale entrée en force, mais demandait son annulation sur la base d'une application par analogie des art. 392 al. 1 et 356 al. 7 CPP. Aussi, avant de nier sa compétence en matière de révision, la cour cantonale devait dire si le moyen de droit dont se prévalait le recourant pour agir existait, ou si, à l'inverse, c'était à bon droit que le ministère public avait considéré que la requête formée par le recourant ne reposait sur aucune base légale, de sorte qu'elle devait être interprétée comme une demande de révision ressortant de la compétence de la Chambre pénale d'appel et de révision. En d'autres termes, la cour cantonale devait préalablement résoudre la problématique que lui soumettait le recourant avant de pouvoir déterminer sa propre compétence.
Cet examen préalable du droit invoqué par l'intéressé ne préjugeait en rien de la question de savoir si les motifs avancés à l'appui de la demande justifiaient l'annulation de l'ordonnance pénale entrée en force; ainsi, à supposer que le recourant puisse se prévaloir d'une application analogique des art. 392 et 356 al. 7 CPP auprès du ministère public, il y aura alors lieu de déterminer si un retrait de plainte intervenu après l'entrée en force de l'ordonnance pénale doit conduire à l'annulation de cette dernière.
En bref, en tenant pour acquis que le recourant sollicitait la révision de son ordonnance pénale et en se prononçant dès lors uniquement sur sa propre compétence pour statuer sur une demande de ce type, la cour cantonale ne s'est pas saisie des griefs qui lui étaient soumis, autrement dit n'a pas examiné s'il existait une voie de droit devant le ministère public permettant l'annulation d'une ordonnance pénale en vertu des art. 392 et 357 al. 7 CPP. En rejetant le recours sans traiter des questions posées, la cour cantonale a contrevenu à l'art. 29 al. 1 Cst (interdiction du déni de justice formel).
Le recours est par conséquent admis pour ce motif, ce qui rend sans objet les autres griefs soulevés par le recourant. En particulier, nul n'est besoin de déterminer si le recourant avait la qualité pour recourir contre l'ordonnance de classement du 20 mars 2019.
2.
L'arrêt entrepris doit être annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Au regard de la nature procédurale du vice examiné, et dès lors que le Tribunal fédéral n'a pas traité la cause sur le fond, ne préjugeant ainsi pas de l'issue de la cause, il peut être procédé au renvoi sans ordonner préalablement un échange d'écritures (cf. ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2 p. 296; arrêt 6B_248/2019 du 29 mars 2019 consid. 3).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 4 février 2020
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy