Faits :
A.
A.a. Par contrat de bail à loyer du 5 janvier 2014, A._ SA (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à B._ SA (ci-après: la locataire) des locaux commerciaux pour un loyer annuel, charges non comprises, de 77'058 fr., du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2018, renouvelable tacitement d'année en année, avec préavis de résiliation de douze mois.
Selon le contrat et le plan annexé, la mise en location porte sur trois locaux, une surface extérieure, une parcelle à l'usage de parking (signalée en rouge sur le plan) et une surface de parking dans la cour intérieure de l'immeuble (signalée en bleu sur le plan). Celle-ci devait rester libre de tout matériel et les véhicules qui y étaient garés ne devaient pas être placés devant les portes fenêtres des autres locataires. L'art. 19 du contrat de bail prévoit qu'une place de parking est réservée à l'usage de la bailleresse.
A.b. La locataire s'est plainte de plusieurs défauts dès le mois de mai 2014, en lien notamment avec le bouilleur, la chaudière, les toilettes, le portail d'entrée, la climatisation, l'éclairage et les mauvaises herbes dans la cour. Elle a ensuite sollicité la création de trois places de parc supplémentaires pour les visiteurs.
Entre février et novembre 2015, elle s'est plainte de divers défauts résultant du stationnement des véhicules dans la cour intérieure et à l'extérieur, de l'installation de caméras de surveillance par la bailleresse et de l'entreposage de déchets.
A.c. De son côté, la bailleresse a adressé à la locataire, dès le mois de juin 2014, plusieurs reproches portant notamment sur une enseigne publicitaire et un robinet installés sans autorisation, le stationnement des véhicules, ainsi que l'entreposage de déchets et de matériel en dehors des surfaces louées.
A.d. Le 9 novembre 2015, la régie a informé la locataire que le marquage des places de parking dans la cour allait être réalisé le 11 novembre 2015. La locataire a alors requis la remise des plans de traçage et relevé que le marquage des places de parking extérieures, réalisé à son insu durant le week-end des 7 et 8 novembre 2015, avait eu pour conséquence de réduire de 57,40 m2 la surface de parking extérieur dont elle avait l'usage exclusif.
Le 30 novembre 2015, la régie a mis en demeure la locataire de supprimer un robinet extérieur et de n'utiliser que les neuf places de parking dont elle avait la jouissance. Elle lui a également indiqué que les travaux de marquage dans la cour intérieure allaient être réalisés le 7 décembre 2015.
La locataire a alors signalé qu'il s'agissait d'une modification du bail à son détriment, ce qui impliquait l'emploi d'une formule officielle. Elle a noté que les places de parc à sa disposition avaient ainsi été réduites de treize à neuf places sans aucune compensation, que, si le contrat de bail signé par les parties ne réservait qu'une seule place à la bailleresse, le nouveau marquage avait pour effet de lui en octroyer six (donc cinq de plus pour la bailleresse), et que le projet de la bailleresse prévoyait une perte de deux places supplémentaires dans la cour intérieure.
A.e. La locataire a également sollicité le retrait des caméras de surveillance qui avaient été installées par la bailleresse.
Le 11 avril 2016, elle s'est plainte de ce que le cylindre du local de citerne avait été changé, sans qu'elle en soit informée et sans qu'on lui transmette une nouvelle clef.
B.
B.a. Le 13 avril 2016, la bailleresse a résilié le bail pour le 31 décembre 2018. Elle a indiqué que le congé était motivé par le fait que la locataire ne respectait pas les règles du bail portant sur le parcage des véhicules et l'entreposage du matériel.
La tentative de conciliation s'étant soldée par un échec, la locataire a porté l'affaire devant le Tribunal des baux et loyers le 2 novembre 2016. Elle a conclu à l'annulation du congé et, subsidiairement, à une prolongation de bail de six ans, soit jusqu'au 31 décembre 2024. Elle a également sollicité une réduction du loyer à 6'234 fr. 60, charges comprises, dès le 1er janvier 2019.
Parallèlement, par demande du 2 novembre 2016 introduite après échec de la conciliation au Tribunal des baux et loyers, la locataire a conclu à ce qu'elle soit autorisée à consigner le loyer jusqu'à ce que la bailleresse procède à la suppression du marquage effectué les 7 et 8 novembre 2015, que ladite zone soit délimitée entièrement en sa faveur et qu'une surface de 228 m2 soit mise à sa disposition sous le tunnel arrière du bâtiment, sous peine d'une condamnation de la bailleresse à une amende d'ordre de 200 fr. par jour d'inexécution. Elle a également conclu à ce qu'elle soit autorisée à entreprendre elle-même les modifications, aux frais de la bailleresse, faute d'exécution dans les 30 jours suivant l'entrée en force de la décision, et à une réduction de loyer de 7,75% dès le 9 novembre 2015, jusqu'à complète suppression du marquage et mise à disposition de l'intégralité de la zone parking. Les loyers consignés par la locataire depuis septembre 2016 devaient être libérés en sa faveur, à due concurrence, une fois les modifications effectuées.
La bailleresse s'est opposée aux deux demandes.
B.b. Par jugement du 21 décembre 2017, le Tribunal a annulé le congé donné le 13 avril 2016 pour le 31 décembre 2018 (ch. 1 du dispositif), débouté la locataire de toutes ses conclusions (ch. 2), ordonné la restitution du loyer consigné à la bailleresse (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 4). En substance, les premiers juges se sont prononcés sur trois objets : premièrement, ils ont retenu que le motif du congé (soit le non-respect du bail en lien avec le parcage de véhicules et l'entreposage de matériel) invoqué par la bailleresse n'était qu'un prétexte et que la résiliation devait être annulée; deuxièmement, ils ont nié l'existence d'un défaut en lien avec la surface du parking et la surface de stockage; troisièmement, ils ont rejeté les prétentions de la locataire en suppression des défauts et en réduction du loyer et libéré les loyers consignés en faveur de la bailleresse.
B.c. Par arrêt du 25 février 2019, rendu sur appels de la bailleresse et de la locataire, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a annulé le ch. 2 du dispositif du jugement entrepris et, statuant à nouveau sur ce point, condamné la bailleresse à procéder à la suppression du marquage au sol des places de parc situées dans l'aile droite du bâtiment, dans un délai de 30 jours dès l'entrée en force de l'arrêt. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 1er avril 2019, concluant principalement à sa réforme, en ce sens que le congé est déclaré valable et que la locataire est déboutée de toutes ses conclusions, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.) ainsi que de violation des art. 18, 259 ss et 266 CO.
La locataire intimée a conclu au rejet du recours.
Chacune des parties a encore déposé des observations.
Par ordonnance présidentielle du 4 juin 2019, l'effet suspensif a été conféré au recours.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant sur appel (art. 75 LTF), dans une affaire de contestation de la résiliation de bail (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours est recevable.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
1.3. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
La cour cantonale a constaté que, pour le parking, le contrat de bail n'indiquait aucune surface précise en mètres carrés, mais mentionnait que la locataire disposait d'un emplacement, délimité sur le plan, avec la précision qu'une place était réservée à la bailleresse. Le plan annexé au bail et les surfaces qui y étaient délimitées étant peu précis, l'usage entrepris par la locataire depuis le début du bail était, à défaut d'une opposition de la bailleresse, déterminant. Il a en outre été établi que le nombre de places de parc à disposition de la locataire avait été réduit, suite au marquage, de treize à neuf places, sans aucune compensation, tandis que la bailleresse, qui disposait selon le contrat d'une seule place, en avait dorénavant six. La cour cantonale a relevé que, dans ces circonstances, la surface de parking à disposition de la locataire n'était plus la même et que, dans les faits, l'art. 19 du contrat avait été modifié en défaveur de la locataire. Elle a conclu à l'existence d'un défaut et d'une modification au détriment de la locataire qui rendait impératif l'emploi d'une formule officielle (art. 269d al. 1 et 3 CO). La modification étant nulle de plein droit, la situation prévalant avant le marquage des 7 et 8 novembre 2015 devait être rétablie. Une baisse de loyer n'était par contre pas justifiée puisque la locataire avait continué à garer ses véhicules comme par le passé et, partant, que l'usage qu'elle faisait de sa surface de parking n'était pas perdue (ni même diminuée).
La bailleresse a expliqué avoir notifié son congé au motif que la locataire n'avait pas respecté les règles du bail relatives au parcage de véhicules et à l'entreposage de matériel. La cour cantonale a retenu qu'il ne s'agissait que d'un prétexte qui faisait suite aux tensions survenues entre les parties, en lien avec la question des places de parc, qui avait atteint son paroxysme suite au marquage au sol réalisé à l'insu de la locataire durant le week-end des 7 et 8 novembre 2015. La cour cantonale a ajouté que les autres locataires des locaux n'avaient jamais rencontré de problèmes avec la locataire, ce qui démontrait que le conflit était limité aux administrateurs des parties, ceux-ci en faisant une affaire de principe. Selon l'autorité précédente, les diverses oppositions de la locataire (notamment au projet de marquage au sol de la bailleresse, à l'installation de caméras de surveillance et au changement du cylindre du local citerne, sans la remise de nouvelles clés, entre novembre 2015 et avril 2016), qui ont amené la bailleresse à résilier le contrat, représentent le véritable motif du congé intervenu le 13 avril 2016. La cour cantonale a relevé que l'opposition de la locataire était justifiée, en particulier s'agissant de la surface du parking, élément déterminant à l'origine du litige.
3.
3.1. La recourante considère que la cour cantonale, en procédant à l'interprétation du contrat signé par les parties en application de l'art. 18 CO, a fait preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.) en retenant des indices en contradiction avec les pièces du dossier et en omettant de prendre en compte des éléments pertinents, pourtant régulièrement versés à la procédure. Elle soutient n'avoir pas modifié l'objet du contrat au détriment du locataire et nie l'existence de tout défaut consécutif au sens de l'art. 259 CO.
Par les éléments qu'elle avance pêle-mêle et de manière essentiellement appellatoire, elle ne démontre toutefois pas que la cour cantonale aurait erré en arrivant à cette conclusion.
En particulier, elle ne saurait se contenter de soutenir que le contrat de bail et la surface figurant sur le plan annexé étaient parfaitement clairs et que les parties s'accordaient sur la surface ainsi délimitée, alors qu'il est établi que la documentation contractuelle ne contenait aucune mention de la surface en mètres carrés ou du nombre de places de parking à disposition de la locataire. Cela vaut d'autant plus que la recourante admet explicitement que la documentation contractuelle ne fait aucune mention d'un passage à disposition d'une société tierce (qui permettait à celle-ci d'accéder à ses stocks), qui venait pourtant diminuer l'emplacement réservé à la locataire.
Elle ne démontre en outre pas qu'il était arbitraire pour la cour cantonale de retenir que l'usage fait par la locataire depuis le début du bail était déterminant, l'affirmation selon laquelle elle s'y serait " immédiatement " opposée ne trouvant aucun appui dans les pièces citées dans le recours. Force est d'ailleurs de constater que la première pièce évoquée par la recourante ne date que du 25 juin 2014, alors que le bail a débuté le 1er janvier 2014.
C'est enfin de manière appellatoire et sans référence précise à l'appui que la recourante affirme que les espaces sont demeurés les mêmes, le marquage au sol venant uniquement " structurer " les surfaces attribuées à chacune des parties, et que la locataire savait devoir demander l'accord de toutes les parties pour obtenir un espace supplémentaire à celui attribué dans le plan annexé au bail.
Le moyen tiré de la transgression de l'art. 9 Cst. est, pour autant qu'il soit recevable, infondé et la (prétendue) violation des art. 18 et 259 ss CO, qui repose sur la version des faits alléguée par la recourante, se révèle sans consistance.
3.2. Sur la question du congé, la recourante estime que le motif réel retenu par la cour précédente découle d'un raisonnement arbitraire (art. 9 Cst.) et, partant, que celle-ci a violé l'art. 266 CO [recte : les art. 266a ss et 271 s. CO].
La première critique de la recourante repose sur la prémisse - incorrecte (cf. supra consid. 3.1) - selon laquelle les modifications du bail qu'elle a apportées seraient légitimes et en aucun cas entreprises au détriment de la locataire. Elle est dès lors sans consistance.
C'est en vain que la recourante affirme, dans une critique distincte, que la cour cantonale aurait (arbitrairement) ignoré que les photos produites au moment de la résiliation du bail (qui démontreraient que la locataire n'avait pas enlevé, à la fin du mois d'octobre 2015, le matériel qu'elle avait déposé hors des zones de stockage, contrairement au constat dressé par les juges cantonaux) étaient datées (ce que les juges précédents avaient refusé d'admettre). Une éventuelle correction sur ce point n'aurait en effet aucune influence sur le sort de la cause puisqu'il résulte des constatations cantonales que le matériel concerné n'appartenait pas à la locataire et que la recourante ne tente pas de démontrer l'arbitraire de ce constat.
S'agissant de l'installation de caméras de surveillance, la recourante considère qu'il s'agissait d'une action légitime et nécessaire. Force est toutefois de constater, d'une part, que cette mesure n'entre pas dans les motifs initialement invoqués par la bailleresse pour expliquer le congé (non-respect des règles du bail relatives au parcage de véhicules et à l'entreposage de matériel). D'autre part, même si l'on admettait la recevabilité de cette critique, essentiellement de nature appellatoire, elle serait impropre à démontrer l'arbitraire de la cour cantonale : la bailleresse se borne à insister sur la légitimité de la mesure prise (installation de caméras), alors qu'il s'agissait de démontrer, dans une perspective différente, qu'il était arbitraire de retenir que le congé avait été donné au motif que la locataire s'était opposée à l'installation de ces caméras.
La recourante revient sur le fait, établi par la cour cantonale, que le conflit opposait exclusivement les administrateurs des parties et non les autres usagers des locaux, avec qui l'intimée n'avait aucun problème. Son argumentation ne convainc toutefois pas. On ne voit en particulier pas en quoi le fait qu'elle (la bailleresse) s'entendait bien avec les autres locataires permettrait de démontrer l'arbitraire de la cour cantonale. Quant aux déclarations des trois témoins cités par la recourante, qui démontreraient que la locataire serait seule responsable de la mauvaise entente entre les parties, la cour cantonale ne les a pas ignorées (en particulier celles des témoins C._ et D._); elle a jugé qu'elle pouvait en inférer que les relations entre les parties étaient " détériorées " et " très tendues ", mais non déterminer laquelle des parties endossait la responsabilité prépondérante. Sur ce point, la recourante se limite à présenter sa propre appréciation de différents extraits des déclarations de ces témoins, ce qui ne revient pas à démontrer que l'appréciation entreprise par la cour cantonale serait arbitraire.
S'agissant enfin de l'affirmation relative au changement de cylindre, qui serait " purement gratuite " (soit une " pure invention " si l'on comprend bien la recourante), il n'y a pas lieu d'examiner ce point de fait de manière approfondie. D'une part, il est étranger au motif initialement invoqué par la bailleresse. D'autre part, il ne suffirait de toute façon pas, à lui seul, à remettre en question le fait, établi par la cour cantonale, selon lequel le motif invoqué par la recourante à l'appui de la résiliation est un prétexte (vu les nombreuses critiques qui viennent d'être écartées).
Le moyen est infondé dans la mesure où il est recevable.
4.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 9 décembre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget