Faits :
A.
A.a. Z._ Sàrl (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) est une société sise à Genève, active dans l'acquisition, la détention et le financement de sociétés de tout genre en Suisse et à l'étranger. Elle fait partie d'un groupe qui est actif dans la gestion des déchets et dispose de nombreuses filiales en Europe.
X._ (ci-après: l'employé ou le demandeur), qui travaillait en qualité de secrétaire général auprès d'une de ces filiales en France, depuis le 1er février 2006, a été transféré d'abord à Z1._ (dite aussi Z2._ France) le 1er mai 2006, puis à la succursale lucernoise de Z3._ Amsterdam le 1er janvier 2007.
A.b. En 2011, il lui a été proposé de se localiser à Genève où Z1._ voulait créer une nouvelle structure, devenue Z._ Sàrl. Le 21 mars 2011, il a reçu une proposition de transfert qui couvrait son salaire de base de 300'000 fr. brut, un bonus garanti de 100'000 euros et une indemnité forfaitaire pour frais de " relocation " de 60'000 USD, la question de bonus complémentaires en relation avec l'acquisition future de sociétés devant faire l'objet d'avenants. Le 25 mars 2011, il a signé cette proposition. Le 18 mai 2011, Z2._ France a confirmé les trois montants précités.
La possibilité de percevoir des bonus complémentaires en relation avec l'acquisition de sociétés par l'employeuse a été discutée par les parties. Le fait qu'il ne s'agisse que d'une possibilité et non d'une promesse de salaire est contesté par l'employé.
A.c. Par courrier du 21 juin 2011, l'employeuse a confirmé à l'employé qu'elle avait décidé de lui octroyer un bonus dans l'hypothèse où deux opérations d'acquisition de sociétés seraient réalisées, de 120'000 euros pour la première (A._) et de 300'000 euros pour la seconde (B._). Elle y a précisé que le paiement du bonus était subordonné à la condition que l'employé soit toujours présent dans l'effectif de la société à la date de sa perception au 31 décembre, que le bonus restait dû si l'employé était licencié, mais qu'il n'était pas dû en cas de démission de celui-ci; en outre, le bonus garanti de 100'000 euros serait déductible des bonus sur acquisitions qui seraient perçus au 31 décembre par l'employé.
L'employé ayant manifesté le 25 juin 2011 son désaccord avec les montants prévus, escomptant des bonus de 1'000'000 euros, l'employeuse lui a précisé, le 8 juillet 2011, que pour le dossier B._, elle était d'accord de porter le montant du bonus total à 400'000 euros, même si elle n'y était aucunement tenue, soit un premier versement de 140'000 euros à la signature de l'acte d'acquisition, un deuxième versement de 130'000 euros à l'issue de la première année d'intégration réussie et un dernier versement de 130'000 euros après l'atteinte de l'ensemble des indicateurs fixés au moment de l'acquisition. Elle lui a indiqué qu'il n'avait jamais été question d'atteindre un minimum de 1'000'000 euros, que le bonus garanti de 100'000 euros visait à lui assurer au minimum ce montant pour les années où il ne percevrait aucun bonus d'acquisition et que les bonus liés aux futures acquisitions seraient déterminés en fonction des dossiers et au cas par cas.
A.d. Le 6 octobre 2011, les parties ont signé un contrat de travail. L'employé a été engagé en qualité de secrétaire général de la société et du groupe et chargé de l'achat et de l'intégration des nouvelles sociétés, de la gestion de la communication et des relations publiques. Le contrat est de durée indéterminée et avec effet rétroactif au 1er septembre 2011. Il est soumis au droit suisse. Il y est fait référence aux courriel et courrier des 21 mars 2011 et 18 mai 2011. La rémunération annuelle de l'employé s'élève à 300'000 fr. bruts, à laquelle s'ajoute un bonus garanti de 100'000 euros, une indemnité forfaitaire de transfert de 60'000 USD, un bonus discrétionnaire en cas d'atteinte des objectifs et des bonus " complémentaires " (ci-après: bonus sur acquisitions) spécifiques à certains dossiers, selon l'annexe 5 (qui renvoie au courrier du 8 juillet 2011, et qui devaient faire l'objet d'avenants selon accord entre les parties. L'employé avait encore droit au versement d'une indemnité de départ, qui est litigieux.
A.e. A partir de novembre 2011, l'employé a déployé une intense activité en vue de l'acquisition du groupe C._, qui a réussi en mars 2012.
Le montant global du bonus d'acquisition de 500'000 euros pour cette opération n'est pas litigieux, mais le nombre de versements (deux versements de 250'000 euros selon l'employé; trois versements, soit un montant de 200'000 euros à la signature de l'acte d'acquisition, de 150'000 euros après la 1ère année d'intégration et de 150'000 euros après l'atteinte des indicateurs, selon l'employeuse).
Par courriers des 10 mai 2012 et 28 mai 2012, l'employé a été informé que le bonus serait payé au 31 décembre de chaque année, à la condition qu'il soit toujours présent dans l'effectif de la société à cette date, que le bonus demeurait dû en cas de licenciement, mais qu'il n'était pas dû en cas de démission.
A.f. Le 30 août 2013, l'employé a donné sa démission pour le 30 novembre 2013, au motif que son contrat avait été vidé de sa substance par l'attribution à d'autres personnes de certaines de ses fonctions, ainsi qu'en raison de sa mise à l'écart, du non-paiement de la rémunération convenue et de ses actions, ainsi que des allégations infondées formulées à son encontre qui avaient porté atteinte à son intégrité.
A.g. En décembre 2011, en relation avec deux dossiers d'acquisitions (A._ et B._), l'employé avait droit (en sus de son salaire) à un bonus de 288'299 fr. 45, dont le montant de 33'000 euros (correspondant à la déduction du bonus garanti de 100'000 euros, sur trois mois) a été déduit. Le recourant conteste cette déduction.
En décembre 2012, l'employé a perçu un bonus de 299'124 fr. 30, un montant de 90'000 euros en ayant été déduit au titre du bonus garanti (art. 105 al. 2 LTF), déduction que le recourant conteste.
L'employé a touché des rémunérations totales (salaire de base compris) de 428'300 fr. en 2011, de 719'100 fr. en 2012 et d'environ 385'000 fr. en 2013.
L'intégration de B._ et celle de C._ ont été réalisées. La troisième tranche de 130'000 euros liée à la première de ces sociétés n'a pas été payée, puisque l'employé n'était plus dans les effectifs de l'employeuse au 31 décembre et qu'il avait démissionné; le recourant conteste cette condition. Les deux dernières tranches liées à la seconde société n'ont pas été payées, pour le même motif, le recourant alléguant un paiement en deux tranches et contestant la condition.
A.h. En quittant son emploi, l'employé a emporté des documents.
Il a en outre enregistré des conversations de ses collègues, enregistrements qu'il a produits dans le cadre d'une procédure pénale pour escroquerie, ouverte en France contre une filiale du groupe et plusieurs dirigeants de celui-ci, dans le but de démontrer que sa responsabilité à lui n'était pas engagée.
A.i. L'employé a fait notifier à son employeuse un commandement de payer le montant de 3'043'610 fr. 50, auquel celle-ci a fait opposition.
B.
Le 4 février 2014, l'employé a ouvert action en paiement, par requête de conciliation, contre son employeuse et, ensuite de l'échec de la conciliation, a déposé sa demande devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève le 13 mai 2014. Il conclut à la condamnation de la défenderesse au paiement d'un montant global de 2'387'998 euros au titre de bonus pour les années 2011 à 2013, d'indemnité de départ et d'indemnité pour licenciement abusif, ainsi que d'un montant de 25'000 fr. pour tort moral.
La défenderesse a formé une demande reconventionnelle tendant à ce que l'employé soit condamné à lui restituer tous les documents et enregistrements contenant des données relatives aux affaires de la société, ainsi que tous autres documents, informations et données confidentielles, sous quelque forme que ce soit, sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP; elle conclut également à ce que l'employé soit condamné à lui restituer le certificat de travail remis et à ce que celui-ci soit modifié.
Par jugement du 11 mai 2016, le tribunal des prud'hommes a partiellement admis la demande et condamné la défenderesse à payer au demandeur les quatre montants suivants, sous déduction des charges sociales, légales et usuelles, la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer étant prononcée à due concurrence: 33'333 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012, 140'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013, 380'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 et 1'460'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2013. Il a rejeté les conclusions reconventionnelles de la défenderesse.
Statuant sur l'appel de l'employeuse le 12 avril 2017, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève l'a admis et, réformant le jugement attaqué, a rejeté la demande en paiement et, sur reconvention, condamné l'employé à restituer certains documents et son certificat de travail, et condamné la défenderesse à lui en délivrer un nouveau dont elle a précisé le contenu.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié pendant les féries de Pâques, l'employé a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 23 mai 2017, réclamant en substance que la défenderesse soit condamnée à lui payer les montants qu'avait admis le Tribunal des prud'hommes et que l'arrêt soit annulé en ce qui concerne d'une part les documents qu'il a été condamné à remettre à la défenderesse et d'autre part le certificat de travail; subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il invoque essentiellement que la cour cantonale a violé les art. 18 CO et 322d CO en qualifiant les bonus de gratifications et l'art. 18 CO dans l'interprétation de la clause contractuelle relative à l'indemnité de départ.
L'employeuse intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit :
1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de contrat de travail (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
Les faits nouveaux sont irrecevables devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Sont litigieux les montants de bonus suivants, pour, en bref, les raisons suivantes, ainsi que le montant de l'indemnité de départ:
1) 33'333 euros, déduit des bonus d'acquisition dus pour 2011 au titre du bonus de 100'000 euros garanti (condition de la déduction du bonus garanti);
2) 90'000 euros, déduit des bonus d'acquisition dus pour 2012 au titre du bonus de 100'000 euros garanti (condition de la déduction du bonus garanti);
3) 50'000 euros au titre du solde de bonus dû sur la première tranche du bonus d'acquisition C._ (fin 2012) (question du versement en deux ou trois tranches);
4) 250'000 euros au titre de la deuxième tranche du bonus d'acquisition C._ (fin 2013) (condition de la présence de l'employé dans l'effectif à fin 2013);
5) 130'000 euros au titre de la troisième tranche du bonus d'acquisition B._ (fin 2013) (condition de la présence de l'employé dans l'effectif à fin 2013);
6) 1'460'000 euros à titre d'indemnité de départ.
4.
En ce qui concerne les bonus sur acquisition réclamés de 50'000 euros, 250'000 euros et 130'00 euros, avec intérêts, la cour cantonale a qualifié ces bonus de gratifications. Le recourant soutient qu'il s'agit de salaires (variables), se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et de violation des art. 18 CO, 322 et 322d CO.
4.1. Il s'impose de rappeler préalablement la jurisprudence en matière de bonus, résumée dans l'arrêt 4A_714/2016 du 29 août 2017.
Le droit suisse ne contient aucune disposition qui traite spécifiquement du bonus, lequel peut consister dans le versement d'une somme d'argent ou encore dans la remise d'actions ou d'options (ATF 141 III 407 consid. 4.1).
Il faut donc déterminer dans chaque cas, par interprétation des manifestations de volonté des parties lors de la conclusion du contrat ou de leur comportement ultérieur au cours des rapports de travail (accord par actes concluants, c'est-à-dire tacite), s'il s'agit d'un élément du salaire (art. 322 s. CO) ou d'une gratification (art. 322d CO) (ATF 142 III 381 consid. 2.1 et 2.2 p. 383 ss). En outre, il découle de la nature de la gratification qu'elle doit rester accessoire par rapport au salaire de base, à défaut de quoi il faudra procéder à une conversion en salaire.
4.1.1. Le salaire est la rémunération que l'employeur est tenu de payer à l'employé pour le temps ou le travail que celui-ci a consacré à son service, et qui est fixé soit directement par contrat individuel, soit indirectement par un contrat-type de travail ou par une convention collective (art. 322 al. 1 CO).
La gratification, aux termes de l'art. 322d al. 1 CO, est une rétribution spéciale que l'employeur accorde en sus du salaire à certaines occasions, par exemple une fois par année. Selon la volonté des parties, il peut y avoir un droit à la gratification (art. 322d al. 1 CO) ou, au contraire, aucun droit lorsqu'elle est stipulée facultative, expressément ou par actes concluants (ATF 131 III 615 consid. 5.2 p. 620). Une gratification peut aussi être soumise à des conditions: en particulier, elle n'est due (au pro rata temporis), en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui donne lieu à son paiement, que s'il en a été convenu ainsi (art. 322d al. 2 CO; arrêt 4C.426/2005 du 28 février 2006 consid. 5.1).
La gratification se distingue en outre du salaire par son caractère accessoire par rapport au salaire de base. Dans certaines circonstances, un bonus qualifié de facultatif peut ainsi devoir être requalifié en salaire en vertu du principe de l'accessoriété (ATF 141 III 407 consid. 4.3 p. 408 ss). Si la gratification est ainsi convertie en élément du salaire, elle n'est pas soumise à l'art. 322d al. 2 CO et, en cas d'extinction des rapports de travail, elle doit être payée en fonction de la durée de ces rapports (ATF 109 II 447 consid. 5c).
4.1.2.
4.1.2.1. Lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur, il doit être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; ATF 141 III 407 consid. 4.1; 136 III 313 consid. 2 p. 317; 129 III 276 consid. 2 p. 278; 109 II 447 consid. 5c p. 448).
4.1.2.2. En revanche, lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, c'est-à-dire que son versement dépend du bon vouloir de l'employeur et que sa quotité dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de celui-ci en ce sens qu'elle n'est pas fixée à l'avance et qu'elle dépend de l'appréciation subjective de la prestation du travailleur par l'employeur, il doit être qualifié de gratification (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; 139 III 155 consid. 3.1 p. 157; arrêt 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).
4.1.3. Lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, il faut distinguer entre les deux situations suivantes:
4.1.3.1. Si, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant, il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF 136 III 313 consid. 2 p. 317; 131 III 615 consid. 5.2 p. 620; arrêt 4A_172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit ( Anspruch auf die Gratifikation; ATF 129 III 276 consid. 2.1; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt 4A_172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Dans les deux situations, encore faut-il que l'employé établisse que les parties sont convenues du versement d'un bonus en dépit de la résiliation des rapports de travail (art. 322d al. 2 CO).
4.1.3.2. Si, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus, il s'agit d'une gratification facultative: le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. infra consid. 4.1.4).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies ( jahrzehntelang), lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs, lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.3 p. 280 s.).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêt 4A_172/2012 déjà cité consid. 8.2).
4.1.4. Lorsque l'employeur a réservé le caractère facultatif du bonus, dans son principe et dans son montant, et que l'employé n'a donc pas un droit contractuel au versement du bonus (qui est une gratification) (cf. supra consid. 4.1.3.2), il faut encore examiner si le bonus a un caractère accessoire par rapport au salaire de base. En effet, il ne faut pas oublier que la gratification ne peut avoir qu'une importance secondaire dans la rétribution du travailleur: il n'est pas concevable que dans le cadre d'un contrat de travail, la rétribution du travailleur consiste uniquement ou principalement en une gratification. La gratification, qui doit rester un élément accessoire du salaire de base, ne peut aller au-delà d'un certain pourcentage de ce salaire de base convenu (ATF 129 III 276 consid. 2.1 p. 279 s.; 141 III 407 consid. 4.3.2 p. 409; 139 III 155 consid. 5.3 p. 159). Le besoin de protection du travailleur doit l'emporter sur la liberté contractuelle des parties; l'application du principe de l'accessoriété peut enlever toute portée à la réserve et le bonus peut devoir être requalifié en salaire (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2).
4.1.4.1. Le critère de l'accessoriété, en vertu duquel le bonus doit être requalifié en salaire, ne s'applique toutefois que pour les salaires modestes et les salaires moyens et supérieurs (pour plus de détails, cf. l'arrêt 4A_714/2016 précité consid. 3.3.2 et 3.3.3).
4.1.4.2. Pour les très hauts revenus, le Tribunal fédéral a considéré que le principe de la liberté contractuelle doit primer, car il n'y a pas dans ce cas de besoin de protection du travailleur qui justifierait une requalification du bonus ou d'une part du bonus en salaire en vertu du principe de l'accessoriété (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2 et 5.3.1). Le bonus est donc toujours une gratification facultative à laquelle l'employé n'a pas droit.
Le Tribunal fédéral a fixé le seuil du très haut revenu à un montant équivalent à cinq fois (5x) le salaire médian suisse (secteur privé), soit, pour l'année 2009 (à titre d'exemple), un montant de 354'000 fr. (ATF 141 III 407 consid. 5.4 p. 415).
Pour déterminer si l'employé réalise un très haut revenu dans le cas concret, le Tribunal fédéral a tenu compte, en s'inspirant des principes du droit fiscal, de la rémunération totale perçue par celui-ci de la part de son employeur durant l'année litigieuse. Ainsi, dans une affaire concernant un employé de banque, le revenu déterminant pour l'année litigieuse (en 2009) correspondait à la totalité de la rémunération perçue par celui-ci, à savoir le salaire de base de l'année 2009 plus le bonus effectivement versé en 2009 et calculé sur la base des données de l'exercice 2008. Si cette rémunération totale atteint ou dépasse le seuil du très haut revenu (3 354'000 fr. en l'espèce), le bonus demeure une gratification facultative à laquelle l'employé n'a pas droit et une requalification en salaire est exclue (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2 et 5.3.1).
4.2. Il ne faut pas confondre le salaire (variable), la gratification à laquelle l'employé a droit et la gratification à laquelle il n'a pas droit. Pour déterminer dans un cas concret si le montant du bonus sur acquisition est un salaire (variable) ou une gratification, il faut examiner si, selon la volonté des parties, le bonus est déterminé (ou objectivement déterminable) ou indéterminé (ou objectivement indéterminable).
4.2.1. Selon les faits constatés par la cour cantonale, l'employé a accepté la proposition d'être transféré à Genève sur la base des seuls éléments figurant dans la proposition du 21 mars 2011, soit du salaire de 300'000 fr. bruts, du bonus garanti de 100'000 euros, de l'indemnité pour frais de " relocation " de 60'000 USD et de la possibilité d'obtenir des bonus en cas d'acquisition (s); par courrier du 8 juillet 2011, l'employeuse lui a signifié clairement qu'aucun montant ne pouvait lui être assuré et que les bonus à venir seraient déterminés en fonction des dossiers, au cas par cas; le contrat de travail prévoit la possibilité de bonus sur acquisitions en renvoyant à l'annexe 5, qui elle-même renvoie au courrier du 8 juillet 2011, et dont il résulte que les bonus d'acquisition doivent faire l'objet d'avenants, selon accord entre les parties.
Les critiques du recourant à cet égard ne révèlent aucun arbitraire dans la constatation des faits. Lorsqu'il soutient qu'il est arbitraire de retenir qu'il s'est engagé à venir en Suisse sur la base (de son salaire et) de la seule possibilité d'obtenir des bonus d'acquisition, il se limite à une pure affirmation: en effet, si le 25 juin 2011, il a manifesté son désaccord avec le courrier de l'employeuse du 21 juin 2011, il passe sous silence que celle-ci lui a répondu le 8 juillet 2011 ce que la cour cantonale a retenu ci-dessus. On ne voit pas non plus comment un courrier antérieur non signé du 18 mars 2011 permettrait de taxer d'arbitraire le fait que seul un bonus de 100'000 euros lui était garanti, alors que l'e-mail du 21 mars 2011 et le courrier du 18 mai 2011 déterminants sont clairs sur ce point.
4.2.2. On déduit des faits constatés, sans arbitraire, qu'à part le bonus garanti de 100'000 euros, les bonus sur acquisitions discutés dans le courrier du 8 juillet 2011 (auquel renvoie l'annexe 5 du contrat) n'ont pas été déterminés sur la base de critères objectifs, ni dans le contrat de travail du 6 octobre 2011, ni lors des négociations qui ont précédé la décision de l'employé de déménager en Suisse, ni par modification tacite du contrat, de sorte que la seconde condition (cf. supra consid. 4.1.2.1) pour que le montant du bonus soit déterminé ou objectivement déterminable et, partant, qualifié de salaire variable n'est pas remplie. Partant, les bonus sur acquisitions ne sont que des gratifications au sens de l'art. 322d CO.
Si des " avenants " devaient être et ont été conclus, ils ont simplement déterminé alors le montant des bonus/gratifications. Comme le retient la cour cantonale, la clause (i.e. 5.3 du contrat) " suggère un accord des parties sur les conditions (sic) d'octroi desdits bonus... ", mais " l'employeur dispose d'un large pouvoir discrétionnaire dans la quotité qu'il entend allouer pour chaque dossier ". Un contrat de travail et le salaire convenu peuvent certes être modifiés par les parties au cours de la relation contractuelle, mais il ne faut pas confondre une modification du salaire convenu par un accord ultérieur des parties avec la fixation du montant de la gratification dans un cas concret, au cas par cas. La gratification prévue en principe ne peut pas changer de nature du seul fait que le montant en est discuté et fixé ultérieurement.
Par ailleurs, le fait que l'octroi de ces bonus sur acquisitions est soumis à la condition que l'employé soit toujours dans les effectifs de la société et n'ait pas démissionné au moment où le paiement sera dû, est typique d'une gratification, et non d'un salaire. Le recourant semble ignorer qu'il existe des gratifications auxquelles l'employé a droit et des gratifications auxquelles celui-ci n'a pas droit, ces dernières demeurant facultatives, sous réserve d'une conversion en salaire par application du principe de l'accessoriété, qui n'entre pas en jeu en l'espèce au vu de la très haute rémunération perçue par l'employé (cf. supra consid. 4.1.4.2). Toutes les autres critiques du recourant, notamment le fait qu'il a rempli tous les objectifs qui lui étaient fixés, sont sans objet puisqu'elles reposent sur la prémisse que les bonus fixés par avenants seraient des salaires.
4.3. Il y a lieu d'examiner désormais les différents montants de bonus réclamés par le recourant.
4.3.1. Il n'est pas contesté que le bonus garanti de 100'000 euros (payé par mensualités en cours d'année), qui devait servir à compenser l'augmentation du coût de la vie genevois et d'autres inconvénients liés au déplacement de l'employé et de sa famille à Genève, était dû de manière inconditionnelle, en d'autres termes qu'il s'agissait d'un salaire. Les deux montants de 33'333 euros (à fin 2011) et de 90'000 euros (à fin 2012) versés en cours d'année ont été déduits des bonus sur acquisitions dus, au motif que le bonus garanti de 100'000 euros était déductible des bonus sur acquisitions qui seraient perçus au 31 décembre de chaque année. Le recourant conteste que le bonus garanti de 100'000 euros puisse être porté en déduction des bonus d'acquisitions et réclame donc la restitution de ces deux montants.
La cour cantonale a retenu que cette condition avait été posée par l'employeuse le 21 juin 2011 lorsque celle-ci a décidé d'accorder à l'employé un bonus d'acquisition pour deux acquisitions de sociétés, dont B._, que l'employé avait bien compris cette condition dans son courrier du 25 juin 2011, que sa justification n'a plus été remise en cause par la suite, que ce soit lors de la signature du contrat du 6 octobre 2011, qui renvoie au courrier du 8 juillet 2011, ou lors des déductions à opérer par l'employeuse en fin d'années 2011 et 2012, que l'employé lui-même avait aussi effectué une telle déduction dans son calcul du 23 décembre 2011 et que, dans l'échange de mails relatifs au bonus 2012, la déduction du bonus garanti a également été déduite. Elle en a conclu que les parties avaient la volonté réelle et commune de déduire le bonus garanti des bonus sur acquisitions.
Le recourant ne taxe pas d'arbitraire cette détermination de la volonté réelle des parties. Il se limite à affirmer qu'il ne saurait y avoir de compensation des bonus sur acquisitions avec le bonus garanti, qui est un salaire. Comme toute son argumentation repose sur le fait que ces bonus sur acquisitions sont, selon lui, des éléments de salaire variable et ne sauraient donc être réduits car cela équivaudrait à une diminution du salaire stipulé sans l'accord de l'employé, elle est non pertinente puisqu'il a été admis qu'il ne s'agit pas de salaire et donc que cette déduction ne touche pas à celui-ci. Le bonus sur acquisition étant indéterminé (ou objectivement indéterminable) et donc une gratification, rien n'empêche l'employeuse de poser des conditions à son octroi, ce que l'employé a d'ailleurs accepté dans le cas concret.
4.3.2. En ce qui concerne l'acquisition de C._, le demandeur faisait valoir un montant de 50'000 euros à fin 2012 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013. L'employeuse a en effet payé 200'000 euros à la fin de l'année 2012. Le demandeur lui a réclamé 50'000 euros supplémentaires, estimant que la tranche due était de 250'000 euros, montant que le tribunal lui avait alloué, mais que la cour cantonale a supprimé. Celle-ci a écarté la thèse de l'employé selon laquelle le bonus devait être payé en deux tranches de 250'000 euros. Le recourant maintient que le montant du bonus d'acquisition était dû en deux versements.
La cour cantonale n'a pas ignoré que le recourant soutenait que le versement de 500'000 euros devait intervenir en deux tranches. Par appréciation des preuves, elle a toutefois retenu qu'il n'y avait pas d'éléments suffisants pour admettre qu'un accord définitif avait été trouvé sur un versement en deux tranches, les parties ayant abandonné le projet initial d'acquisition du début 2011. Après que le projet avait été repris à fin 2011, l'employé s'est enquis du bonus qui lui serait versé, précisant dans un courriel du 4 février 2012, que le montant de 500'000 euros devait lui être payé en deux tranches de 250'000 euros. La cour cantonale a considéré que l'employé ne pouvait déduire de ses déclarations que la thèse des deux versements, qui s'écartait de ce qui avait été prévu pour l'acquisition de B._, avait été acceptée par l'employeuse. D'ailleurs, celle-ci a augmenté par la suite le premier versement à 200'000 euros, mais maintenu sa position de principe de trois versements, le premier de 200'000 euros à la signature, le deuxième de 150'000 euros à l'issue de la première année d'intégration réussie et le troisième de 150'000 euros après l'atteinte de l'ensemble des indicateurs fixés. La cour cantonale a donc retenu que l'existence d'un accord sur deux versements de 250'000 euros chacun n'était pas établi, que l'employeuse n'avait aucune obligation d'octroyer à l'employé des conditions plus favorables que celles prévues dans le dossier B._. Le paiement de 200'000 euros à fin 2012 était donc correct, de sorte que le montant de 50'000 euros devait être annulé.
Il est vrai que les termes selon lesquels l'employé ne pouvait comprendre " de bonne foi " que son employeuse avait accepté un versement en deux tranches sont ambigus. La cour n'a toutefois pas procédé là à une interprétation de la volonté objective des parties: elle est partie de l'ensemble des circonstances et du fait que M. T._ avait indiqué le 3 avril 2012 qu'il n'avait jamais entendu effectuer deux versements pour retenir, par appréciation des diverses déclarations, qu'il n'y avait jamais eu d'accord de l'employeuse sur ce point et que par la suite, celle-ci avait accepté d'augmenter le premier versement, mais maintenu sa position sur le principe de trois versements.
Le recourant qui se plaint de violation des art. 18, 1 et 2 CO et de constatation arbitraire de l'absence d'accord formule une critique essentiellement appellatoire et ne démontre aucun arbitraire. La cour n'a pas omis dans son appréciation que M. T._ avait écrit le 1er mars 2012 que " c'était ok " et qu'" il avait les modalités ", mais elle a tenu compte de l'ensemble des déclarations successives des parties et des modalités de paiement de la précédente acquisition pour décider ce qui avait été accepté par l'employé. De surcroît, le recourant ne s'en prend même pas à la motivation de la cour selon laquelle l'employeuse n'avait aucune obligation de lui octroyer pour ce bonus des modalités plus favorables que celles appliquées pour l'acquisition de la société B._. Il s'ensuit que son grief est irrecevable. La cour ayant déterminé sans arbitraire la volonté réelle des parties, il n'y a pas lieu de rechercher une volonté objective.
4.3.3. En ce qui concerne le bonus dû pour l'acquisition de B._, l'employeuse a payé les tranches de fin 2011 et de fin 2012, mais a refusé le paiement de la troisième tranche de 130'000 euros à fin 2013. Le demandeur concluait au paiement de 130'000 euros brut avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 (bonus pour l'année 2013). Le tribunal des prud'hommes lui a alloué ce montant. La cour cantonale l'a supprimé car la condition de la présence de l'employé dans l'effectif de la société au 31 décembre 2013 n'était pas remplie. Le recourant veut se voir allouer ce montant.
La cour cantonale a retenu que les conditions du bonus avaient été fixées le 21 juin 2011 et que le versement avait été subordonné au fait que l'employé soit toujours présent dans l'effectif de la société à la date de fin décembre de l'année à laquelle le paiement serait dû, l'employé n'ayant pas formé d'objection le 25 juin 2011 de sorte que cette condition n'avait pas à être reprise dans le courrier de l'employeuse du 8 juillet 2011 (qui n'était qu'une réponse à son courrier du 25 juin 2011). La cour cantonale a donc retenu que la condition de la présence de l'employé dans les effectifs de la société au 31 décembre avait été clairement annoncée par l'employeuse et acceptée par l'employé. Par conséquent, comme le demandeur n'était plus employé de la société au 31 décembre 2013, la cour cantonale a considéré que la dernière tranche qui devait être versée à cette date ne lui était pas due et, partant, a supprimé la condamnation prononcée par le tribunal des prud'hommes.
Le recourant s'en prend de manière appellatoire à cette appréciation.
Lorsqu'il soutient que la cour déduit ainsi de son silence une acceptation de la condition de sa présence, violant l'art. 6 CO, le recourant méconnaît qu'il s'agit là d'une gratification, que l'employeuse accorde à bien plaire et qu'elle peut subordonner à des conditions. Le fait que l'employeuse ait exposé les motifs de son calcul, cherchant à convaincre son employé du bien-fondé de sa position ne démontre pas en quoi l'appréciation de la cour cantonale, qui a retenu que la condition était même acceptée par l'employé, serait arbitraire.
4.3.4. En ce qui concerne l'acquisition de C._, le demandeur réclame encore un montant de 250'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 pour la tranche due à fin 2013, la deuxième tranche selon sa thèse, que le tribunal lui avait alloué.
La cour cantonale a écarté, sans arbitraire, la thèse du paiement en deux versements, comme on vient de le voir (cf. supra consid. 4.3.2). Elle a refusé le paiement de la tranche à fin 2013, pour le même motif que celui pour lequel elle avait refusé le paiement de la troisième tranche du bonus lié à l'acquisition de la société B._.
La cour cantonale a retenu que l'employeuse n'a pas donné de garantie sur les modalités de ce bonus en 2011 et que ce n'est qu'une fois que l'acquisition est devenue imminente que l'employé s'est inquiété des modalités d'octroi de cette gratification. Elle a constaté que, par courrier du 10 mai 2012, l'employeuse a indiqué les conditions auxquelles elle entendait soumettre ce bonus, notamment la présence dans les effectifs à fin décembre et l'absence de démission. Elle a estimé que l'employeuse a posé des conditions similaires à celles prévues auparavant pour le bonus lié à l'acquisition de B._. Même si l'employé n'a jamais accepté expressément cette condition, la cour a considéré que le contrat de travail du 6 octobre 2011 prévoit que les conditions d'octroi doivent faire l'objet d'un accord des parties et que l'employeuse n'avait aucune obligation d'accepter d'octroyer un bonus après la démission du travailleur, ce d'autant que la même condition avait été prévue pour l'acquisition de B._. L'employé ayant démissionné, elle a considéré qu'il n'avait pas droit au paiement des deux dernières tranches de 150'000 euros chacune à fin 2013 pour l'une et plus tard pour l'autre.
Le recourant ne s'en prend pas spécialement à cette appréciation. On ne voit d'ailleurs pas en quoi, celle-ci violerait le droit fédéral (art. 322d al. 2 CO) ou serait arbitraire (art. 97 al. 1 LTF et art. 9 Cst.)
5.
En ce qui concerne l'indemnité de départ, l'employé demandeur a fait valoir un montant de 1'460'000 euros brut avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2013, montant que le tribunal des prud'hommes lui avait alloué et que la cour cantonale a supprimé. Dans son recours, il reprend cette prétention et, sur 16 pages, se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits, de violation du devoir de motivation en relation avec l'interprétation de la clause contractuelle d'indemnité de départ et de violation de l'art. 18 CO.
5.1. Aux termes de l'art. 18 al. 1 CO, pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la convention.
Pour déterminer le contenu d'une clause contractuelle, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (arrêt 4A_635/2016 du 22 janvier 2018 consid. 5.2, destiné à la publication; ATF 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; 131 III 606 consid. 4.1).
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 du 17 janvier 2018 consid. 4.2; 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1).
Il n'y a pas place ici pour une application de la règle sur le fardeau de la preuve de l'art. 8 CC, car si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (principe de la confiance; arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 déjà cité consid. 4.2; 4A_508/2016 déjà cité consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 déjà cité consid. 5.1).
L'art. 8 CC ne joue de rôle que dans l'établissement des circonstances concrètes nécessaires pour l'interprétation de la volonté des parties (subjective ou objective) (arrêt 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.1.1).
5.2. La cour cantonale a constaté que le texte de la clause d'indemnité de départ de l'art. 10.3 n'exclut pas formellement l'indemnité en cas de démission du travailleur, contrairement aux contrats précédents. Elle a toutefois retenu, sur la base d'un témoignage, que l'employeuse voulait garantir à son employé le maintien des mêmes conditions d'octroi que celles dont il jouissait avant son transfert à Genève. Si la clause a été demandée par l'employé, celui-ci n'indique pas de raisons convaincantes pour lesquelles l'indemnité de départ serait plus avantageuse que celle qu'il avait avant son transfert. Il avait déjà obtenu un montant garanti de 100'000 euros pour compenser certains désavantages liés à son transfert à Genève et disposait de la possibilité d'obtenir d'importants bonus d'acquisition. Or rien ne permettait de retenir que l'employeuse aurait accepté d'octroyer une indemnité de départ de l'ordre de 1'438'248 fr. de manière inconditionnelle, également en cas de démission, contrairement à l'accord antérieur qui liait l'employé à la filiale française. Il n'a pas non plus été démontré que l'employeuse octroie usuellement un tel avantage. La cour cantonale a donc considéré, qu'en dépit de la lettre du contrat, il résulte des circonstances une volonté concordante des parties d'exclure l'indemnité de départ prévue à l'art. 10.3 en cas de démission de l'employé.
5.3. Lorsque le recourant invoque que la cour cantonale n'aurait pas motivé sa décision conformément à l'art. 29 al. 2 Cst., parce qu'elle n'aurait pas constaté factuellement l'absence de preuve d'une volonté concordante, il méconnaît qu'il n'y a pas de défaut de motivation du seul fait que la cour cantonale n'a pas adopté son point de vue.
5.4. Il résulte bien de la motivation de la cour cantonale que celle-ci a déterminé la volonté concordante des parties, c'est-à-dire leur réelle et commune intention selon les termes de l'art. 18 al. 1 CO ou encore leur volonté réelle, laquelle relève du fait. Le recourant l'a d'ailleurs bien compris. Le Tribunal fédéral ne peut donc examiner que si l'interprétation de la volonté réelle a été déterminée de manière arbitraire par la cour cantonale (art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, art. 9 Cst.).
Le recourant se méprend sur le sens de la jurisprudence. Le juge doit d'abord rechercher la volonté réelle des parties - c'est le sens de l'art. 18 al. 1 CO -, cette volonté dite subjective devant être recherchée en premier lieu (priorité de la volonté subjective). Si la cour cantonale ne devait pas la rechercher d'abord, sautant immédiatement à l'interprétation objective, il appartiendrait effectivement au recourant d'alléguer et de prouver le contenu de la volonté subjective; mais tel n'est pas le cas en l'espèce, puisque la cour cantonale a respecté l'ordre légal. Si la cour cantonale a déterminé la volonté réelle, il n'y a plus place pour une interprétation objective. Si la cour cantonale n'y était pas parvenue, le juge devrait rechercher la volonté objective, et non pas mettre le fardeau de la preuve de l'échec de la volonté réelle à la charge du demandeur; la règle du fardeau de la preuve de l'art. 8 CC ne concerne que les faits qui doivent servir de base à l'interprétation (subjective ou objective).
La cour cantonale ayant déterminé la volonté réelle, le seul grief (recevable) qui peut lui être fait est d'avoir déterminé arbitrairement cette volonté.
Or, en tant qu'il insiste sur la lettre de la clause contractuelle, le recourant méconnaît que la lettre est toujours un indice dans l'interprétation de la volonté réelle des parties. La teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances du cas concret sont déterminantes pour la recherche de la volonté réelle.
En estimant que la lettre de la clause 10.3, qui ne dit rien en cas de démission, n'est pas déterminante et en se fondant sur les différents contrats conclus précédemment avec l'employé, qui excluaient une indemnité en cas de démission, sur un témoignage et sur l'absence d'explications du recourant qui auraient pu justifier une modification de régime, la cour cantonale a correctement pris en compte tous les indices que la jurisprudence lui impose de prendre en considération. Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale n'a pas mis le fardeau de la preuve à sa charge puisqu'elle a positivement retenu une volonté réelle. S'il insiste sur la rédaction de la clause par un avocat suisse, qui a préparé une version commentée du contrat, sur le fait que plusieurs membres de la société ont vu ce texte, et dont il entend déduire que la clause valait également en cas de démission, le recourant ne fournit pas la moindre explication sur les motifs qui auraient justifié - même de son seul point de vue - un changement par rapport aux conditions de ses précédents contrats. Il s'ensuit qu'il n'a pas démontré en quoi la volonté réelle retenue par la cour cantonale serait arbitraire. La comparaison avec des arrêts rendus dans d'autres situations qu'il estime similaires n'apporte rien pour l'appréciation du cas concret. Il n'y a pas déjà arbitraire du seul fait qu'une autre solution serait aussi plausible.
La volonté réelle des parties ayant été retenue, sans arbitraire, par la cour cantonale, il n'y a pas lieu de passer à l'étape subsidiaire de la volonté objective.
6.
Selon le dispositif de l'arrêt attaqué, admis sur appel de la défenderesse, le certificat de travail délivré doit être complété par la phrase suivante: " Z._ Sàrl émet des réserves quant à la fiabilité de M. X._ en termes de confidentialité des données concernant les collaborateurs ". Le recourant refuse cet ajout et, partant, de restituer le certificat de travail du 17 décembre 2013 pour qu'il soit modifié dans ce sens.
6.1. Il ressort des faits constatés que le demandeur a enregistré ses proches collègues à leur insu lors de réunions professionnelles, que dans le cadre d'une procédure pénale ouverte en France, il a remis à la police les enregistrements de ses collègues, dans le but, selon lui de prouver que sa responsabilité pénale ne pouvait pas être engagée. La cour cantonale n'a pas retenu une violation de son devoir de fidélité en ce sens qu'il aurait dû d'abord s'adresser à ses supérieurs hiérarchiques. Mais elle a considéré qu'en enregistrant ses collègues à leur insu, le demandeur avait violé leur droit à la personnalité (art. 28 CC) et commis en outre un manquement à son devoir de fidélité. La manifestation de la vérité ne l'autorisait pas à prendre de sa seule initiative de telles mesures. A supposer que ces enregistrements aient été véritablement nécessaires, le demandeur aurait dû s'adresser aux autorités compétentes. Il n'allègue pas que cette voie ne lui aurait pas été ouverte. La cour en a conclu qu'il se justifiait que le certificat fasse état d'une réserve à ce sujet.
6.2. Contrairement à ce que soutient le recourant, la motivation de la cour cantonale n'est pas contradictoire. La cour a simplement retenu qu'en s'adressant directement à la police, et non préalablement à ses supérieurs, l'employé n'a pas violé son devoir de fidélité à l'égard de son employeuse. En revanche, les enregistrements violaient le droit à la personnalité des collaborateurs, puisqu'ils avaient été enregistrés à leur insu - ce que prohibe d'ailleurs l'art. 179ter CP -, et que cela justifiait une modification du certificat de travail.
Le grief du recourant doit donc être rejeté.
7.
L'employé a été condamné à la restitution des documents qu'il a produits sous pièces 42, 46, 47, 52, 53, 77 et 78, ainsi que de toutes les copies papier en sa possession. Le recourant s'y oppose.
Examinant le contenu de chacune de ces pièces, la cour cantonale a retenu qu'elles sont couvertes par le secret des affaires. Même si ces pièces étaient pertinentes pour démontrer son activité auprès de son employeuse, et justifier ses prétentions, l'employé n'était pas autorisé à conserver ces documents dont il aurait pu réclamer la production par sa partie adverse en procédure. La cour cantonale a donc ordonné au demandeur de restituer ces pièces, ainsi que toutes les copies papier en sa possession.
Le recourant se borne à faire valoir que c'est à l'employeuse qu'il incombait de fournir la preuve que ces pièces étaient confidentielles, méconnaissant par là que le fardeau de la preuve n'intervient qu'en cas d'échec de la preuve. Or, la cour cantonale a retenu en fait que ces pièces étaient couvertes par le secret des affaires, ce qui entraîne le rejet de son grief de violation de l'art. 8 CC.
Lorsqu'il soutient que ces pièces ne seraient pas confidentielles car elles font partie des comptes annuels du groupe qui sont publics ou, pour la pièce 77, sont accessibles sur internet, il se limite à une pure affirmation, sans indiquer la moindre référence à des passages de l'arrêt ou à des pièces du dossier permettant de s'en assurer. Appellatoire, sa critique est irrecevable.
8.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant sera condamné à payer les frais judiciaires et une indemnité de dépens à l'intimée (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 20'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 12 mars 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget