Faits :
A.
A._ SA est une société anonyme inscrite au Registre du commerce du canton de Genève; son but statutaire est notamment la détention, l'acquisition, la vente et la gestion d'immeubles ou tout autre actif immobilier ainsi que toute activité en relation avec ce but. Elle a pour administrateur B._.
C._ SA, également inscrite au registre du commerce du canton de Genève, poursuit, statutairement, l'étude, la promotion et la réalisation de projets, principalement dans le domaine immobilier. Elle a pour administratrice I._ depuis juin 2018. Précédemment, E._ et F._ en étaient administrateurs.
Quant à la société D._ SA, également inscrite au registre du commerce du canton de Genève, elle a pour but statutaire les opérations en rapport avec la construction, l'achat, la vente et la gérance d'objets immobiliers, ainsi que le courtage. Elle a pour administrateurs E._, avec la fonction de président, ainsi que B._ et F._.
B.
Le 13 septembre 2006, C._ SA a acquis la parcelle n o 2795 d'une surface de 2'374 m2 sise sur la Commune de Vernier, en 5 ème zone de développement 3, pour un montant de 1'775'000 fr.; ce bien-fonds supportait une centrale de télécommunication comprenant un appartement de fonction.
En fin d'année 2006, C._ SA a déposé auprès du Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement, devenu depuis lors le Département du territoire (ci-après: DT ou le département), deux demandes d'autorisations de construire: l'une portait sur la construction d'un immeuble destiné au logement en PPE prévu au 12A, rue Jean-Simonet (ci-après: immeuble PPE); l'autre concernait le changement d'affectation de la parcelle et la construction de logements au 12, rue Jean-Simonet, sous la forme d'un immeuble d'habitation mixte (ci-après: immeuble HM).
En juin 2007, C._ SA a vendu à A._ SA une copropriété pour moitié de la parcelle n o 2795, pour un montant de 950'000 fr.
Le 2 septembre 2008, l'Office cantonal du logement, devenu depuis lors l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (ci-après: OCLPF), a donné à A._ SA et C._ SA son accord de principe à l'opération portant sur l'immeuble HM, indiquant que le plan financier du 11 juillet 2008 faisait partie intégrante de cet accord. Cette opération était en outre en lien avec l'opération portant sur l'immeuble PPE, pour laquelle elle faisait office de compensation. Selon ce plan financier, le prix de revient maximal de l'immeuble HM était fixé à 6'151'720 fr., tandis que le prix de revient déterminant à son élaboration était de 4'988'339 fr., compte tenu du report de la différence de 1'163'381 fr. dans le prix de revient de l'opération relative à l'immeuble PPE. La valeur résiduelle du bâtiment préexistant était arrêtée à 707'600 fr.
Le même jour, l'OCLPF a donné aux deux sociétés prénommées son accord de principe à l'opération portant sur l'immeuble PPE, indiquant que le plan financier du 11 juillet 2008 faisait partie intégrante de cet accord. Cette opération était en outre liée à l'opération portant sur l'immeuble HM, pour laquelle cette dernière faisait office de compensation. Ce second plan financier arrêtait le prix de revient maximal de l'immeuble PPE à 7'908'205 fr., dont un montant de péréquation maximal de 1'163'381 fr. en faveur de l'immeuble HM.
Ces accords et leurs annexes ont été transmis au Conseil d'Etat de la République et canton de Genève.
Ils ont par ailleurs été signés et retournés à l'OCLPF par A._ SA et C._ SA, avec la mention "bon pour accord".
C.
Par arrêtés du 29 septembre 2008, le Conseil d'Etat a autorisé l'application des normes de la troisième zone de développement aux projets relatifs aux immeubles HM et PPE, les conditions particulières des autorisations de construire demeurant réservées.
Le 10 octobre 2008, le département a délivré à A._ SA et C._ SA les autorisations de construire requises (DD 101'096 et DD 101'059); les conditions figurant dans les préavis rendus en faisaient partie intégrante et devaient être strictement respectées.
N'ayant pas été contestées, ces autorisations sont entrées en force.
D.
Le 25 septembre 2009, A._ SA et C._ SA ont remis à l'OCLPF un plan financier intermédiaire portant sur l'immeuble PPE, ainsi que son plan de vente et de location détaillés. Le prix de revient de l'immeuble PPE était de CHF 7'908'205 fr. compte tenu d'un montant de péréquation maximal de CHF 1'163'381 fr. en faveur de l'immeuble HM. Le 2 octobre 2009, l'OCLPF a délivré à A._ SA et C._ SA l'accord provisoire de vente de l'immeuble PPE sur la base du plan financier intermédiaire du 25 septembre 2009.
Par acte notarié, signé les 17 décembre 2009 et 12 janvier 2010 par A._ SA, C._ SA et G._ SA, les cédules hypothécaires grevant la parcelle n o 2795 ont été réunies et portées à 3'050'000 fr. La parcelle a en outre été divisée en deux: la parcelle n o 5373 (immeuble HM), à l'adresse 12, rue Jean-Simonet; la parcelle n o 5374 (immeuble PPE), sise au 12A, rue Jean-Simonet, et constituée en PPE à cette occasion.
Le 11 janvier 2010, A._ SA, C._ SA, E._ et G._ SA ont conclu un contrat de crédit hypothécaire sur la parcelle n° 5373 portant sur un montant de 3'038'000 fr., lequel a été subdivisé en un prêt de 1'875'000 fr. avec un taux d'intérêt de 3,38% jusqu'au 13 août 2013, et un prêt de 1'163'000 fr. avec un taux d'intérêt de 3,6% jusqu'au 2 mai 2016.
E.
En février 2010, A._ SA et C._ SA ont sollicité de l'OCLPF la délivrance de l'autorisation de mise en location de l'immeuble HM, lui remettant un plan financier intermédiaire du 5 février 2010. Ce plan financier était identique à celui du 11 juillet 2008 quant au prix de revient de l'immeuble HM, à la péréquation avec l'immeuble PPE et à la valeur résiduelle du bâtiment existant. Il différait toutefois du précédent s'agissant de la répartition du financement et des charges financières et d'exploitation.
Le 3 mars 2010, le Conseil d'Etat a arrêté à 291'948 fr. l'état locatif total provisoire à appliquer à l'immeuble HM sur la base du plan financier du 5 février 2010.
Le chantier de construction des immeubles HM et PPE s'est achevé dans le courant de l'année 2010.
F.
Le 18 octobre 2013, A._ SA et C._ SA, d'une part, et D._ SA, d'autre part, ont conclu un contrat de prêt pour un montant de 1'500'000 fr., au taux de 3,34% pour une durée de vingt ans; la régie se substituait à G._ SA s'agissant du prêt qui était arrivé à échéance le 13 août 2013.
A._ SA et C._ SA en ont informé l'OCLPF le 12 novembre 2013. A cette occasion, elles lui ont également remis un plan financier définitif du 3 novembre 2010 pour l'immeuble HM, indiquant un prix de revient effectif de 6'580'605 fr., réduit à un montant déterminant de 5'304'345 fr. compte tenu du report de la somme de 1'276'260 fr. à titre de péréquation avec l'immeuble PPE. La valeur résiduelle du bâtiment préexistant retenue était de 707'600 fr.; dites sociétés ont également déposé un plan financier définitif du 3 novembre 2010 pour l'immeuble PPE, dont le prix de revient était de 7'786'333 fr. compte tenu d'un montant de péréquation maximal de 1'276'260 fr. en faveur de l'immeuble HM.
Par courriel du 6 novembre 2015, l'OCLPF a requis de A._ SA et C._ SA des renseignements complémentaires. L'office cantonal faisait également part de ses remarques préliminaires: le prix de revient de l'immeuble HM admis était de 4'988'339 fr. et la valeur résiduelle du bâtiment préexistant de 707'600 fr. Seuls des honoraires de promotion à hauteur de 52'240 fr. étaient acceptés, en l'absence de factures détaillées produites pour le solde. La péréquation avec l'immeuble PPE était ainsi de 577'788 fr.
G.
Le 2 mai 2016, A._ SA et C._ SA, d'une part, et D._ SA, d'autre part, ont conclu un contrat de prêt pour un montant de 1'163'000 fr., au taux de 3,34% pour une durée de vingt ans, aux termes duquel la régie se substituait à la banque s'agissant du prêt qui arrivait à échéance le même jour. Ayant constaté que le prêt précédent était échu, l'OCLPF a requis la production du nouveau contrat; une copie de celui-ci lui a été remise le 18 octobre 2016 par les sociétés prénommées.
Le 1 er décembre 2016, l'OCLPF a indiqué à A._ SA et C._ SA que le contrat de prêt du 2 mai 2016, conclu sans son consentement préalable, prévoyait un taux d'intérêt supérieur à ceux du marché. Un délai leur était imparti pour transmettre une proposition de prêt hypothécaire aux conditions alors en vigueur, à défaut le taux de l'office fédéral du logement (ci-après: OFL) serait appliqué.
En réponse, A._ SA et C._ SA ont expliqué qu'à la suite de leur nouvelle demande de financement, à l'échéance, G._ SA leur avait proposé un taux fixe de 4,1% pour une durée de vingt ans. Plus avantageux, le contrat finalement conclu avec D._ SA devait être maintenu.
H.
Le 18 septembre 2017, l'OCLPF a transmis à A._ SA et C._ SA un projet d'arrêté départemental fixant l'état locatif de l'immeuble HM dès le 1 er décembre 2017 à 250'920 fr., s'écartant ainsi du plan financier du 8 août 2017, notamment en raison d'une adaptation des taux hypothécaires aux taux de l'OFL.
Selon ledit plan financier, l'état locatif total annoncé était de 291'948 fr. Le prix de revient effectif de l'immeuble HM était de 5'643'938 fr., réduit à 4'988'339 fr. compte tenu d'un montant de péréquation avec l'immeuble PPE de 655'599 fr. à imputer sur ce der-nier. La valeur résiduelle du bâtiment préexistant était de 707'620 fr. Le financement de l'opération se composait à 60,9% de fonds étrangers, dont 1'163'000 fr. rémunérés au taux de 3,6% et 1'875'000 fr. au taux de 3,85%. Les honoraires de promotion se chiffraient à 84'520 fr. et les charges d'exploitation à 54'436 fr.
A l'issue de l'examen par l'office cantonal, les intérêts hypothécaires ont été réduits de 10,25% (soit 29'916 fr.); les charges d'exploitation ont été ramenées à 43'322 fr., montant correspondant à la moyenne des charges de 2013, 2014 et 2015. Il s'ensuivait une réduction de 14,05% de l'état locatif, ramené à 250'920 fr. La réserve pour entretien était enfin fixée à 86'756 fr., soit 1'838 fr. par pièce théorique avant le mi-terme du contrôle étatique (cf. document "résultat de l'examen du dossier" du 1 er septembre 2017).
Le 23 avril 2018, l'OCLPF a transmis à A._ SA et C._ SA le projet d'accord définitif de vente de l'immeuble PPE pour un montant de 8'009'662 fr., soit une baisse du prix de vente maximum autorisé de 1'322'019 fr., et le plan financier du 29 mars 2018 y relatif arrêtant le prix de revient de cet immeuble à 6'787'849 fr. compte tenu d'un montant de péréquation de 655'599 fr. en lien avec l'immeuble HM.
A._ SA et C._ SA se sont déterminées et ont contesté la teneur de ces deux projets: la péréquation avec l'immeuble PPE devait être ajustée au montant de 1'356'740 fr. afin d'obtenir un prix de revient de cet immeuble de 7'786'333 fr. et, par conséquent, de baisser le prix de revient de l'immeuble HM ainsi que l'état locatif y relatif. Les taux d'intérêts fixés avec D._ SA à 3,34% devaient également être admis.
I.
Par arrêté du 3 avril 2019, le département a fixé les prix de vente autorisés des logements et places de parking de l'immeuble PPE à 8'009'700 fr., la date moyenne de l'entrée dans les logements étant le 1 er septembre 2010. Entrée en force, l'autorisation de construire DD 101'096 imposait le respect de toutes les conditions financières et techniques qu'elle comportait, en particulier le montant de la péréquation liée à l'immeuble HM. Par ailleurs, aucun justificatif pertinent n'avait été produit en vue d'attester les honoraires de promotion allégués.
Par arrêté séparé, daté également du 3 avril 2019, le département a par ailleurs fixé l'état locatif total à 250'920 fr. pour l'immeuble HM, à appliquer dès le 1 er juin 2019, avec une fin du contrôle le 30 avril 2035.
Par acte du 22 mai 2019, A._ SA et C._ SA ont recouru contre ce dernier arrêté à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Par arrêt du 7 avril 2020, la Cour de justice a rejeté le recours. Elle a en substance considéré que les recourantes ne pouvaient pas contester le prix de revient de l'immeuble HM, ni la valeur résiduelle du bâtiment préexistant ou encore le montant de la péréquation avec l'immeuble PPE; ces montants avaient été arrêtés dans l'accord de principe initial ainsi que dans le cadre des autorisations de construire DD 101'096 et DD 101'059, délivrées le 10 octobre 2008, et des arrêtés départementaux du 29 septembre 2008, qui revêtaient la force de chose décidée. Elle a enfin validé la réduction de 14,05% de l'état locatif, estimant en particulier qu'il était justifié d'avoir appliqué à cet égard le taux hypothécaire de l'OFL.
J.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA et C._ SA demandent en substance au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué pour des motifs formels. Subsidiairement, elles concluent à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens - en résumé - que leur recours cantonal est admis et l'arrêté départemental modifié s'agissant des montants déterminants pour la fixation de l'état locatif de l'immeuble HM, la baisse de 14,05% étant infondée; plus subsidiairement, elles invitent le Tribunal fédéral à procéder à ces modifications. Enfin et plus subsidiairement encore, elles concluent au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCLPF conclut au rejet du recours. Les recourantes répliquent et confirment la teneur de leur recours.
Par ordonnance du 19 juin 2020, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale rendue en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourantes ont pris part à la procédure devant la Cour de justice; elles sont particulièrement touchées par l'arrêt attaqué qui confirme l'arrêté départemental du 3 avril 2019, ramenant notamment l'état locatif à un montant de 250'920 fr. Elles ont donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Les recourantes se plaignent d'une constatation manifestement inexacte et incomplète des faits. Elles reprochent en particulier à l'instance précédente d'avoir incomplètement reproduit les déclarations des témoins E._ et B._; elle aurait en particulier ignoré leurs explications en lien avec le caractère avantageux en matière de taux d'intérêt et de facilités de dénonciation anticipée du prêt finalement conclu avec D._ SA.
2.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2 p. 190). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. Des déclarations de E._, la Cour de justice a, sans équivoque, retenu que G._ SA avait proposé des conditions de financement moins favorables que D._ SA. Il ressort de même de l'arrêt attaqué, s'agissant du témoignage de B._, que ce dernier avait négocié avec plusieurs banques; celles-ci avaient toutefois proposé des taux moins avantageux que la régie (cf. arrêt attaqué, En fait, ch. 51 a et b). C'est ainsi à tort que les recourantes reprochent à l'instance précédente d'avoir prétendument ignoré que, selon les témoins auditionnés, D._ SA était en mesure d'offrir des conditions de financement plus avantageuses. L'existence de ces avantages, plus particulièrement les facilités de résiliation offertes par ce contrat, ressort du reste clairement de l'arrêt attaqué; cela demeure toutefois sans influence sur l'issue du litige pour les motifs développés ultérieurement; l'instance précédente pouvait en substance, sans arbitraire, au regard des fonctions occupées par les témoins et faute d'offres comparatives concurrentes concrètes versées au dossier, juger que cet aspect du contrat n'était pas propre à justifier le taux d'intérêt pratiqué (cf. consid. 4.5.1).
Mal fondé, le grief est rejeté.
3.
Les recourantes font encore valoir une violation du droit d'être entendu, du principe de l'égalité des armes ainsi que du principe de la transparence; elles reprochent en substance à l'instance précédente de n'avoir pas ordonné la production des directives administratives appliquées par l'OCLPF.
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 170 s.; 142 III 48 consid. 4.1.1 p. 52 ss; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités).
Le droit d'être entendu se rapporte surtout à la constatation des faits. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171). L'autorité n'a en principe pas à soumettre par avance aux parties, pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171; arrêt 2C_654/2018 du 20 février 2019 consid. 4.2). Cependant, lorsqu'elle envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner aux intéressés la possibilité de se déterminer à ce sujet (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171; 131 V 9 consid. 5.4.1 p. 26; 130 III 35 consid. 5 p. 39 s.; 128 V 272 consid. 5b/bb p. 278).
L'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 p. 171; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299)
3.2. Le principe de l'égalité des armes constitue un élément de la notion plus large de procès équitable, garanti par l'art. 6 CEDH (RS 0.101). Il requiert que chaque partie se voie offrir une possibilité raisonnable de présenter sa cause dans des conditions qui ne la placent pas dans une situation de net désavantage par rapport à son adversaire (cf. ATF 139 I 121 consid. 4.2.1 p. 124; 137 V 210 consid. 2.1.2.1 p. 229; arrêts 1B_481/2019 du 27 novembre 2019 consid. 2.3; 1B_165/2014 du 8 juillet 2014 consid. 2.1).
3.3. Les recourantes font grief à l'instance précédente de n'avoir pas ordonné au DT de produire toutes les directives administratives que l'OCLPF a prises en considération, l'ensemble de celles-ci n'étant pas publiées sur le site internet de cet office cantonal. Cela les placerait dans une situation de net désavantage par rapport à l'OCLPF et au DT. La directive portant sur la question de la péréquation ne serait en particulier pas publiée sur le site Internet de l'office cantonal; or cette notion ne ressortant pas de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; RS/GE L 1 35), les recourantes auraient été empêchées de se déterminer en toute connaissance de cause sur ce point.
3.3.1. La Cour de justice a au contraire considéré que le dossier contenait suffisamment d'éléments pour trancher le litige; l'OCLPF puis le département avaient expliqué de manière circonstanciée les éléments pris en compte pour la détermination des différents montants et leurs calculs. La pratique de l'autorité ressortait de surcroît et en particulier de la jurisprudence de la Chambre administrative de la Cour de justice, librement accessible.
3.3.2. Comme l'explique céans l'OCLPF, les différentes directives sont accessibles sur son site Internet (www.ge.ch/logements-controles-documentation-professionnels/pratiques-administratives-relatives-aux-logements-controles, consulté le 1 er février 2021); les recourantes ne le contestent au demeurant pas; elles affirment cependant qu'on ignorerait depuis quand ces directives seraient ainsi accessibles, sans toutefois prétendre avoir été empêchées de les consulter par ce biais; elles se contentent d'émettre à cet égard des hypothèses et de formuler des interrogations, ce qui est insuffisant au regard des exigences de motivation des griefs constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF). En outre, selon la jurisprudence, les directives tendent à assurer l'application uniforme de certaines dispositions légales. Elles n'ont pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration; elles ne dispensent pas l'administration de se prononcer à la lumière des circonstances du cas particulier (cf. ATF 142 V 442 consid. 5.2 p. 445 s.; 133 II 305 consid. 8.1 p. 315). Or, en l'espèce, à la lumière du dossier, il apparaît que le DT a donné des explications circonstanciées quant aux éléments pris en compte pour la détermination des différents montants retenus dans la décision querellée, spécialement au gré de ses différentes écritures déposées en cours d'instance. De plus, comme l'a retenu la Cour de justice, la pratique des autorités administratives ressort de la jurisprudence cantonale (cf. en particulier arrêt GE ATA/190/2018 du 27 février 2018 consid. 2c); cette pratique a d'ailleurs également fait l'objet d'une analyse par le Tribunal fédéral, notamment dans un arrêt du 4 juillet 2018 (1C_370/2017 consid. 2, publié in SJ 2019 I p. 88). Or, ces précédents sont librement accessibles, voire ont été publiés.
Dans ces circonstances, on ne discerne pas en quoi le refus d'ordonner la production de l'ensemble des circulaires applicables violerait le droit d'être entendues des recourantes ou encore le principe de l'égalité des armes.
3.4. Enfin et toujours en lien avec le refus d'ordonner la production des directives administratives de l'OCLPF, les recourantes invoquent encore une violation du principe de la transparence. Ce faisant, elles se plaignent en réalité - comme elles l'expriment au demeurant en toute lettre dans le développement de leur grief - d'une application arbitraire de la loi cantonale du 5 octobre 2001 sur l'information du public, l'accès aux documents et la protection des données personnelles (LIPAD; RS/GE A 2 08). Or, contrairement aux exigences de motivation découlant de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; arrêt 1C_662/2018 du 7 août 2019 consid. 2; voir également consid. 4.2 ci-après), les recourantes n'expliquent pas en quoi le refus de la Cour de justice d'ordonner la production requise violerait la LIPAD, respectivement consacrerait une application arbitraire de la loi; elles ne démontrent en particulier pas que cette loi s'appliquerait aux autorités judiciaires, à l'instar de la Cour de justice, et pour cause: la LIPAD ne s'applique pas aux procédures civiles, pénales et administratives en cours (cf. art. 3 al. 3 LIPAD; arrêt 1C_604/2015 du 13 juin 2016 consid. 4.4 publié in RDAF 2016 p. 487). Pour le surplus, les recourantes n'ont pas prétendu, devant la Cour de justice, que le DT ou l'OCLPF auraient refusé une demande de production de ces directives en violation de la LIPAD. Dans cette mesure, leur critique constitue un grief nouveau portant sur l'application du droit cantonal; à ce titre, soulevé pour première fois devant le Tribunal fédéral, il est irrecevable (cf. arrêts 1C_222/2019 du 4 septembre 2020; 1C_413/2019 du 24 mars 2020 consid. 4.3.4; 1C_483/2018 du 13 mai 2019 consid. 3.2.2).
3.5. En définitive, mal fondés, les griefs déduits du droit d'être entendu et des principes de l'égalité des armes et de la transparence doivent être rejetés, dans la mesure de leur recevabilité.
4.
Les recourantes remettent en substance en cause la fixation par le département de l'état locatif de l'immeuble HM, de son prix de revient ainsi que de ses charges d'exploitation. Soulevant à cet égard également une constatation inexacte des faits, les recourantes estiment que la Cour de justice aurait à tort retenu que les données financières figurant notamment dans le plan financier initial du 11 juillet 2008 constituaient des plafonds. En lien avec ce grief et matériellement, elles reprochent à l'instance précédente une application arbitraire de la loi cantonale générale sur le logement et la protection des locataires du 4 décembre 1977 (LGL; RS/GE I 4 05); selon elles, la modification de certaines de ces valeurs, spécialement du prix de revient de l'immeuble et du montant de la péréquation, demeurait possible au-delà de la délivrance des permis de construire du 10 octobre 2008 et de l'accord initial de principe. Les sociétés recourantes critiquent encore le taux hypothécaire retenu par l'instance précédente dans le cadre de la détermination de l'état locatif.
4.1. Selon l'art. 1 al. 1 LGL, l'Etat encourage la construction de logements d'utilité publique et s'efforce d'améliorer la qualité de l'habitat dans les limites et selon les critères fixés par la loi. L'encouragement de l'Etat se concrétise en particulier par voie d'octroi de subventions et d'allégement fiscaux (cf. art. 1 al. 2 let. b LGL). Sont notamment admis au bénéfice de la LGL les immeubles d'habitation mixte [HM], comprenant des logements avec subvention proportionnelle aux revenus des locataires et des logements sans subvention (art. 16 al. 1 let. d LGL). L'Etat veille à la qualité des logements et de leur environnement ainsi qu'à l'économie des coûts de production et d'exploitation (art. 1 al. 2 let. d LGL).
A teneur de l'art. 15 al. 2 LGL, l'aide de l'Etat est subordonnée à des critères d'économie des coûts de production et d'exploitation, de qualité des logements et de leur environnement et en matière d'énergie, à des économies d'énergie et à une minimisation du recours aux énergies non renouvelables conformément aux exigences de la législation en la matière. Pour être mis au bénéfice de la LGL, les immeubles doivent - notamment - comprendre essentiellement des logements dont les loyers sont compatibles avec la destination de logements d'utilité publique dans chacune des catégories prévues à l'art. 16 LGL (art. 25 let. a LGL); les immeubles doivent également être conformes aux conditions de l'art. 1 al. 2 let. d LGL (art. 25 let. d LGL). Les plans techniques et financiers, notamment les normes applicables à l'état locatif, doivent être préalablement agréés par le Conseil d'Etat, qui peut déléguer cette compétence à un département. Toute modification qui intervient en cours de construction doit être signalée et faire, le cas échéant, l'objet d'un nouvel agrément (art. 27 LGL).
Aux termes de l'art. 28 al. 1 LGL, les immeubles doivent être maintenus constamment en bon état d'entretien. Le propriétaire doit constituer des réserves pour travaux d'entretien et les déposer en banque sur un compte spécial (art. 3 al. 4 du règlement d'exécution de la LGL du 24 août 1992 [RGL; RS/GE I 4 05]).
4.2. Appelé à revoir l'application ou l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution éventuellement plus judicieuse paraît possible (ATF 144 III 368 consid. 3.1 p. 372 et les arrêts cités). En outre, pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 145 II 32 consid. 5.1 p. 41; 144 III 368 consid. 3.1 et les arrêts cités). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences de motivation accrue de l'art. 106 al. 2 LTF; il lui appartient de citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; arrêt 1C_309/2020 du 5 janvier 2021 consid. 2.3 et les arrêts cités).
4.3. Devant l'instance précédente, les recourantes reprochaient au DT d'avoir fixé un prix de revient de l'immeuble HM, qui fait incontestablement partie de la catégorie 4 au sens de l'art. 16 al. 1 let. d LGL, de 4'988'339 fr., une valeur résiduelle du bâtiment préexistant de 707'620 fr. au lieu de 832'600 fr., ainsi qu'un montant de péréquation avec l'immeuble PPE de 655'599 fr., au lieu de 1'356'740 fr. La Cour de justice a jugé que les montants arrêtés par le DT ressortaient des accords de principe du 2 septembre 2008 de l'OCLPF ainsi que des plans financiers du 11 juillet 2008; ces documents faisaient partie intégrante des autorisations de construire accordées par le département le 10 octobre 2008. Ces autorisations étaient en outre réservées par les arrêtés du Conseil d'Etat du 29 septembre 2008 autorisant l'application des normes de la troisième zone de développement aux projets relatifs aux immeubles HM et PPE. Ni les autorisations de construire ni les arrêtés du Conseil d'Etat n'ayant été contestés, ceux-ci étaient entrés en force de choses décidées et imposaient le respect de toutes les conditions techniques et financières qu'ils contenaient. Il en allait de même de l'état locatif provisoire relatif à l'immeuble HM du 3 mars 2010 se référant au plan financier du 5 février 2010, qui prévoyait les mêmes montants. Selon la jurisprudence cantonale, les postes ainsi arrêtés obligeaient les recourantes à plafonner le prix de revient de l'opération aux montants retenus, lesquels ne pouvaient plus être remis en question au stade de l'accord définitif.
4.4. Se plaignant d'une constatation inexacte et incomplète des faits, les recourantes reprochent à l'instance précédente d'avoir considéré que le prix de revient de l'immeuble HM, arrêté à 4'988'339 fr. selon le plan financier du 11 juillet 2008, lequel faisait partie de l'accord de l'OCLPF du 2 septembre 2008, constituait un montant maximal, à l'instar du montant de péréquation de 1'356'938 fr.
Outre qu'il apparaît d'emblée douteux qu'il s'agisse d'un élément de fait, les recourantes n'expliquent pas où résiderait l'arbitraire; que le caractère maximal de ces montants ne figure pas expressément dans les différents documents, en particulier dans les décisions d'autorisation de construire et les arrêtés départementaux du 29 septembre 2008, ne signifie pas nécessairement que ces sommes pourraient ultérieurement être dépassées; une telle hypothèse apparaîtrait du reste surprenante et on ne comprendrait guère que ces montants soient arrêtés par des décisions formelles. Le Tribunal fédéral a de surcroît eu l'occasion de confirmer le caractère maximal des plafonnements fixés dans les accords de principe initiaux (cf. arrêt 1C_676/2017 du 24 janvier 2019 consid. 3.5), sur lequel il n'y a pas ici lieu de revenir.
C'est également en vain que les recourantes prétendent que ces montants pourraient à ce stade encore être modifiés par le biais d'une révocation, en particulier s'agissant de la valeur résiduelle du bâtiment préexistant (707'600 fr.). En effet, au mépris des exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, les recourantes n'indiquent pas quelle disposition de droit cantonal aurait imposé au DT de revenir sur sa décision. Elles ne prétendent au demeurant pas non plus avoir saisi le département d'une demande en reconsidération dont le refus serait susceptible d'être entrepris devant la Cour de justice (à cet égard cf. art. 48 de la loi cantonale sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 [LPA/GE; RS/GE E 5 10]).
Il s'ensuit que l'argumentaire subséquent des recourantes, en tant qu'il se fonde sur d'autres montants que ceux arrêtés dans l'accord de principe initial et les décisions entrées en force, tombe nécessairement à faux et doit, sans plus ample examen, être écarté. Il en va en particulier ainsi du montant de péréquation - également discuté par les recourantes - qui, sur la base des chiffres arrêtés initialement, reste mathématiquement fixé à 655'599 fr., comme l'a jugé la cour cantonale (cf. En fait, let. H), ce dont rien dans les explications confuses des recourantes ne commande de s'écarter.
4.5. Les recourantes font encore grief à l'instance précédente d'avoir réduit de 14,05% l'état locatif. A cet égard, la Cour de justice aurait versé dans l'arbitraire, d'une part, en ne prenant pas en considération le taux hypothécaire mentionné dans le contrat de prêt du 2 mai 2016 et, d'autre part, en diminuant le montant des charges d'exploitation de 3,81%.
4.5.1. S'agissant du taux hypothécaire, la Cour de justice a reconnu que le taux pratiqué dans le contrat du 2 mai 2016 (3,34%) pour une durée de 20 ans était inférieur à celui du prêt bancaire précédent (3,6%). Toutefois, un tel taux, pour une durée de 20 ans apparaissait excessif, alors même que, de notoriété publique, les taux d'intérêts subissaient déjà, à la période de la conclusion de ce nouveau financement, de fortes baisses et qu'une telle durée n'était plus pratiquée par les banques. Ainsi, en vertu des critères d'économie des coûts, l'autorité intimée était fondée à refuser d'appliquer le taux de 3,34 % - ce dont l'OCLPF avait à plusieurs reprises informé les recourantes - et prendre en compte le taux de l'OFL.
Que l'OCLPF - comme le soutiennent les recourantes - ne se soit pas opposé au taux de 3,34% lors de la conclusion, en 2013, du premier prêt avec D._ SA ne lui imposait pas d'accepter le même taux en 2016. Comme l'a expliqué la Cour de justice, les conditions ont dans l'intervalle évolué. A cet égard, c'est en vain que les recourantes s'évertuent à vouloir démontrer que l'instance précédente aurait à tort retenu que les banques ne pratiquaient plus de financement à 20 ans, en 2016; elles n'expliquent en effet pas en quoi cela devait conduire les autorités cantonales à valider un taux de 3,34%, supérieur aux conditions du marché.
De plus, comme l'a retenu l'instance précédente, hormis un courriel de G._ SA du 7 décembre 2016, selon lequel un prêt à un taux fixe de 4,1% pouvait leur être octroyé, les recourantes n'ont produit aucune offre comparative de financement. Or, la Cour de justice a expliqué que le contenu de cette offre devait être relativisé, dès lors qu'il était postérieur de six mois au prêt concédé par la régie et qu'il se référait de manière générale au financement d'un autre immeuble. Les recourantes affirment certes à cet égard qu'il ne s'agirait pas d'un prêt pour un autre immeuble, mais pour un autre "type d'immeuble", ce qui serait différent; elles n'expliquent cependant pas en quoi cette prétendue différence démontrerait l'arbitraire dans l'appréciation de l'instance précédente.
Au surplus, les recourantes ne contestent pas non plus sérieusement n'avoir pas produit d'autres offres de comparaison, alors que l'OCLPF les avait informées que le taux pratiqué par la régie ne répondait pas aux critères d'économie des coûts (cf. En fait, let. G.). Elles se prévalent à cet égard certes du témoignage de E._, aux termes duquel celui-ci avait également approché H._ SA, dont l'offre était cependant plus élevée que celle de G._ SA; toutefois comme l'a jugé la cour cantonale - sans être contredite sur ce point - les déclarations du prénommé doivent être relativisées au regard des fonctions occupées par celui-ci non seulement au sein de la société créancière, mais également des sociétés recourantes. Les recourantes ne prétendent du reste pas non plus, en dépit des prises de position de l'OCLPF, avoir tenté de renégocier le prêt conclu avec la régie. Quant aux facilités de résiliation prévues par ce contrat, elles ne permettent pas non plus de justifier le taux de 3,34% - supérieur aux conditions du marché -, faute là encore d'offre comparative concrète au dossier. Il n'apparaît dès lors pas critiquable d'avoir ramené le taux d'intérêt au taux de référence de l'OFL, étant précisé - comme le souligne du reste l'OCLPF - que celui-ci résulte de la moyenne des contrats hypothécaires conclus par les banques suisses; il tient ainsi compte de leurs spécificités, qu'il s'agisse de leur durée (court, moyen ou long terme), ou encore d'éventuelles conditions de libération anticipée (cf. art. 2 de l'ordonnance du DEFR sur l'établissement du taux hypothécaire moyen déterminant pour la fixation du loyer du 22 janvier 2008 [RS 221.213.111]).
Dans ces conditions, et dès lors que la mise au bénéfice du régime de la LGL suppose un examen de l'économie des coûts de production et d'exploitation (cf. art. 1 al. 2 let. d LGL), il n'est pas arbitraire d'avoir ramené le taux d'intérêt au taux de référence de l'OFL dans le cadre de la détermination de l'état locatif.
4.5.2. Les recourantes critiquent l'instance précédente pour avoir arrêté le montant des charges d'exploitation sur la base des exercices 2013, 2014 et 2015. La Cour de justice aurait, à les suivre, dû les inviter à produire les exercices des charges d'exploitation des années 2016 à 2018 étant donné que l'état locatif leur a été communiqué un an et demi après le projet d'arrêté du 1 er décembre 2017. Et même, si par impossible, il devait être considéré que les années à prendre en considération étaient celles préalables à ce projet d'arrêté, l'OCLPF aurait dû tenir compte des exercices 2014 à 2016 (et non de 2013 à 2015) et les interpeller quant aux exercices manquants. La Cour de justice était, selon les recourantes, également tenue à cette obligation d'interpellation.
Il est vrai que la maxime d'office, prévue à l'art. 19 LPA/GE, commande à l'autorité d'établir les faits d'office; celle-ci n'est pas limitée par les allégués et les offres de preuves des parties. Ce principe n'est toutefois pas absolu, sa portée étant restreinte par le devoir des parties de collaborer à la constatation des faits (cf. art. 22 LPA/GE; STÉPHANE GRODECKI/ROMAIN JORDAN, Code annoté de procédure administrative genevoise, LPA/GE et lois spéciales, 2017, n. 395 s. ad art. 22 LPA-GE; ATF 128 II 139 consid. 2b p. 142 s.). Or, comme le relève à juste titre l'OCLPF, les recourantes n'ont produit aucun exercice postérieur à 2016; ces pièces étant en leurs mains, il leur appartenait, le cas échéant, de les verser en cause, sous peine de devoir en supporter les conséquences (cf. GRODECKI/JORDAN, op. cit., n. 396 ad art. 22 LPA/GE); on ne perçoit d'ailleurs guère les motifs pour lesquels les recourantes attendaient d'être interpellées sur ce point. Pour ce motif déjà le grief apparaît mal fondé.
En outre, sur la base des données à sa disposition, l'instance précédente a encore examiné la question des budgets pour les charges d'exploitation, en d'autres termes la réserve pour entretien à disposition des recourantes; elle l'a établie à 86'756 fr., soit un montant de 1'838 fr. par pièce théorique. Or, selon la jurisprudence cantonale, que les recourantes ne discutent pas, la réserve par pièce théorique ne devrait pas dépasser 1'000 fr., à mi-terme, l'objectif étant de parvenir à une réserve nulle à l'issue de la période de contrôle (cf. arrêt 1C_370/2017 du 4 juillet 2018 consid. 2.4 publié in SJ 2019 I p. 88); il s'ensuit que l'instance précédente pouvait, sans arbitraire, conclure que la réserve devait en réalité être réduite pour parvenir à cet objectif, et en conséquence écarter les arguments des recourantes tendant à une augmentation de ce poste. Ce dernier peut d'ailleurs ultérieurement, en cas d'évolution des conditions d'exploitation de l'immeuble, faire l'objet d'une réévaluation, comme l'a rappelé la Cour de justice (cf. art. 42 LGL).
Dans ces circonstances, on ne discerne pas que l'instance précédente ait appliqué de manière arbitraire les dispositions cantonales de procédure administrative, en particulier les art. 19 et 22 LPA/GE - ce dernier n'étant au demeurant pas mentionné par les recourantes - en retenant les exercices 2013 à 2015 pour l'établissement de l'état locatif.
4.6. Sur le vu de ce qui précède, c'est sans arbitraire que la Cour de justice a établi l'état locatif sur la base des montants arrêtés dans l'accord de principe initial, de même que dans les autorisations de construire entrées en force, et réduit celui-ci, d'une part, en plafonnant le taux hypothécaire au taux de référence de l'OFL et, d'autre part, en réduisant les charges d'exploitation. Le grief est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourantes, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Département du territoire de la République et canton de Genève, Office cantonal du logement et de la planification foncière, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 16 février 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Alvarez