Erwägungen:
1.
Gegen A._ ist vor dem Bezirksgericht Zofingen ein Strafverfahren wegen betrügerischen Konkurses und Pfändungsbetrugs hängig. Am 14. September 2021 wurde A._ zur Hauptverhandlung am 18. Oktober 2021 vorgeladen. Am 29. September 2021 stellte A._ ein Ausstandsbegehren gegen den Präsidenten des Bezirksgerichts Zofingen bzw. gegen das gesamte Bezirksgericht Zofingen. Er stellte den Antrag, es sei ein unbefangener, neutraler Richter einzusetzen, der eine "christlich human kommunistische Grundhaltung" habe und nicht aus dem Kanton Aargau stamme, hier wohne oder beim Kanton angestellt sei. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau trat mit Entscheid vom 12. Oktober 2021 auf das Ausstandsbegehren nicht ein. Zur Begründung führt die Beschwerdekammer in Strafsachen zusammenfassend aus, dass das Ausstandsbegehren klar verspätet sei. Der Gesuchsteller wisse spätestens seit der Beweisanordnung vom 2. Juli 2019, dass das Strafverfahren von einem Richter des Kantons Aargau bearbeitet und beurteilt werde. Ausserdem erweise sich das Ausstandsgesuch auch in der Sache als verfehlt. Allein der Umstand, dass sich der Kanton Aargau im vorliegenden Strafverfahren als Partei konstituiert habe, könne die Unabhängigkeit des Gerichts nicht in Frage stellen.
2.
A._ führt mit Eingabe vom 15. November 2021 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
Der Beschwerdeführer stellt gegen die Richter der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung, insbesondere gegen diejenigen, die bereits gegen ihn entschieden hätten, ein Ausstandsgesuch. Er begründet sein Ausstandsgesuch, soweit verständlich, damit, dass die I. öffentlich-rechtliche Abteilung immer gegen ihn entschieden hätte. Dazu ist festzuhalten, dass gemäss Art. 34 Abs. 2 BGG die Mitwirkung an einem früheren Verfahren des Bundesgerichts für sich allein keinen Ausstandsgrund bildet. Dies wurde dem Beschwerdeführer im Übrigen bereits mehrfach mitgeteilt. Ein solchermassen begründetes Ausstandsbegehren ist rechtsmissbräuchlich, weshalb darauf ohne Ausstandsverfahren nach Art. 37 Abs. 1 BGG unter Mitwirkung der abgelehnten Gerichtsperson nicht einzutreten ist (BGE 114 Ia 278 E. 1; Urteil 6F_39/2019 vom 10. Januar 2020 E. 3).
4.
Der Beschwerdeführer ersucht um Erstreckung der Beschwerdefrist bzw. um Ansetzung einer Frist, damit er seine am letzten Tag der Beschwerdefrist eingereichte Beschwerde noch ergänzen könne. Die Beschwerdefrist kann als eine gesetzliche Frist nicht erstreckt werden (Art. 47 Abs. 1 BGG). Auch kann eine Frist zur Ergänzung der Beschwerdebegründung nicht gewährt werden, da dies nur bei Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen zulässig ist (vgl. Art. 43 BGG). Dem Gesuch kann somit nicht entsprochen werden.
5.
Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1, 65 E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Grundrechte verstossen soll.
Der Beschwerdeführer vermag mit seinen Ausführungen nicht verständlich aufzuzeigen, dass die Beschwerdekammer in Strafsachen sein Ausstandsgesuch rechtswidrig behandelt hätte. Er legt nicht im Einzelnen und konkret dar, inwiefern die Begründung der Beschwerdekammer in Strafsachen, die zum Nichteintreten auf das Ausstandsgesuch führte, bzw. deren Entscheid selbst rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Formerfordernissen offensichtlich nicht, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten ist.
6.
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung nicht zu entsprechen (Art. 64 BGG). Indessen kann ausnahmsweise auf eine Kostenauflage verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Im Übrigen ist festzuhalten, dass eine Beschwerde gegen einen Entscheid innert 30 Tagen nach der Eröffnung beim Bundesgericht einzureichen ist (Art. 100 Abs. 1 BGG). Als gesetzliche Frist ist die Beschwerdefrist, wie bereits ausgeführt, nicht erstreckbar (Art. 47 BGG). Die vorliegende Beschwerde ist am letzten Tag der Beschwerdefrist eingereicht worden. Einem allfälligen unentgeltlichen Rechtsbeistand hätte somit keine Nachfrist zur Einreichung einer verbesserten Beschwerdeschrift gewährt werden können.
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf das Ausstandsgesuch wird nicht eingetreten.
2.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
3.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4.
Es werden keine Kosten erhoben.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bezirksgericht Zofingen, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2022
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Jametti
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli