Faits :
A.
Le 26 juin 2007, C._ SA (ci-après : C._), société avec siège à... active notamment dans la représentation et l'achat d'avions, et D._ AG, société avec siège à... active en particulier dans l'acquisition et la gestion d'avions commerciaux, ont conclu un contrat de vente ayant pour objet un avion de la marque " xxx ", modèle yyy. La première s'engageait à remettre l'avion à la seconde, qui promettait de payer le prix de 3'480'000 USD, ensuite porté à 4'375'952 USD, des options supplémentaires ayant été commandées par D._ AG.
Le 28 mai 2008, C._ a été radiée du registre du commerce à la suite de sa fusion (par absorption) avec B._ (ci-après, pour simplifier : la venderesse).
Le 25 mars 2009, D._ AG a transféré à A._ AG (ci-après, pour simplifier : l'acheteuse) l'ensemble de ses droits et obligations découlant du contrat de vente du 26 juin 2007.
Le 15 mai 2009, la venderesse a adressé à l'acheteuse une facture (no...) d'un montant de 4'375'952 USD, sous déduction d'un acompte déjà versé par l'acheteuse.
Le 18 mai 2009, l'acheteuse a contresigné le certificat d'acceptation de l'avion, considérant celui-ci comme " en bon ordre " et conforme aux exigences contractuelles. Le certificat précisait que l'avion était provisoirement accepté, jusqu'à l'acceptation finale à Genève.
Un second certificat d'acceptation a été établi à Genève le 23 juin 2009 et, depuis, l'acheteuse utilise l'avion.
L'acheteuse s'est acquittée de la facture no... les 22 et 25 mai 2009.
Par courriers des 12 et 31 mai 2010, la venderesse a informé l'acheteuse de ce que la TVA avait été omise lors de l'émission de la facture du 15 mai 2009. La vente, qui ne pouvait être assimilée à une exportation, était soumise à la TVA. La venderesse a adressé à l'acheteuse une facture complémentaire de TVA no... d'un montant de 332'572.35 USD, correspondant au montant de 358'679 fr. qu'elle avait elle-même versé au titre de l'impôt TVA au taux de change de USD/CHF 1.0785.
Le 14 août 2010, la venderesse a mis l'acheteuse en demeure de s'acquitter du montant précité jusqu'au 30 août 2010.
Le 30 août 2010, l'acheteuse a informé, pour la première fois, la venderesse qu'elle n'avait pas reçu les sièges qu'elle avait pourtant commandés (ce qui avait immobilisé l'avion et causé des coûts qu'elle avait dû supporter) et que divers systèmes pourtant demandés n'avaient toujours pas été installés. Elle a indiqué à la venderesse qu'elle n'examinerait le " problème de TVA " qu'après que celle-ci se soit exécutée. Le 24 septembre 2010, elle a ajouté que deux nouveaux problèmes avaient été constatés, en lien avec le radar météo et les cartes d'approche installés sur l'appareil.
Le 25 juillet 2011, la venderesse a mis l'acheteuse en demeure de s'acquitter d'un montant de 345'072 fr.40 en sa faveur, correspondant à la facturation de la TVA (332'572.35 USD), de laquelle il convenait de déduire un montant de 14'731 fr.80 déjà versé.
B.
Le 15 décembre 2011, la venderesse a formé une demande en paiement contre l'acheteuse devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant à ce que celle-ci soit condamnée à lui payer le montant de 319'246 fr.65 USD, intérêts en sus, à titre de TVA et de 27'333 fr.85, intérêts en sus, au titre du dommage supplémentaire lié à la dépréciation du dollar américain.
La défenderesse a conclu au déboutement de sa partie adverse et, subsidiairement, à ce qu'il soit dit que la créance de la demanderesse est éteinte par compensation de sa propre créance envers celle-ci, résultant des défauts de l'appareil.
Par jugement du 19 décembre 2018, le Tribunal de Genève a condamné la défenderesse à verser à la demanderesse le montant de 344'307 fr.50, intérêts en sus, et débouté celle-ci de sa conclusion en paiement de 27'333 fr.85.
Par arrêt du 6 septembre 2019, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement entrepris.
C.
La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. Elle conclut à sa réforme en ce sens que la demanderesse soit déboutée de l'intégralité de ses conclusions, subsidiairement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et la cause renvoyée à la cour précédente pour nouvelle décision.
L'intimée conclut à ce que le recours soit déclaré " partiellement irrecevable " et qu'il soit rejeté.
Les parties n'ont pas déposé d'autres observations.
Par ordonnance du 7 novembre 2019, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a admis la demande de sûretés en garantie des dépens déposée par l'intimée et invité la recourante à verser à la Caisse du Tribunal fédéral le montant de 8'000 fr. Les sûretés requises ont été versées dans le délai imparti.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a (partiellement) succombé dans ses conclusions libératoires et compensatoires (art. 76 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
En ce qui concerne les exigences de motivation du recours, l'intimée observe que plusieurs parties de celui-ci ne font que reprendre à l'identique l'écriture d'appel de la recourante, ce qui fonderait l'irrecevabilité (partielle) du recours. La question peut ici rester ouverte puisque celui-ci doit de toute façon être déclaré mal fondé (dans la mesure de sa recevabilité), comme on va le voir.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62), ou établies en violation du droit comme l'entend l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 129 I 8 consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal.
3.
S'agissant de la TVA, la cour cantonale a procédé à l'interprétation du contrat liant les parties. Elle a retenu, sous l'angle subjectif, que les parties avaient convenu d'un prix hors TVA et que celle-ci serait payée (ensuite) en sus par la défenderesse. Elle a signalé que le résultat serait le même s'il convenait d'entreprendre une interprétation objective puisque le contrat prévoyait un prix " hors TVA " et que les deux cocontractants, rompus aux affaires, auraient compris qu'il s'agissait de verser la TVA en sus du prix (net) de vente.
En ce qui concerne les prétendus défauts évoqués par la défenderesse, les juges cantonaux ont retenu que celle-ci avait payé intégralement l'avion au plus tard le 25 mai 2009 (le solde du prix devant être payé, selon le contrat, à la livraison), que, selon le contrat toujours, ce paiement valait acceptation, que la livraison définitive a été effectuée le 23 juin 2009, que la défenderesse n'a jamais mis en demeure la demanderesse de lui remettre l'avion et, partant, que le délai de garantie d'un an applicable était échu au moment de la notification des courriers de la défenderesse énumérant de prétendus défauts en août et septembre 2010.
4.
La recourante conteste l'interprétation du contrat effectuée par la cour cantonale.
4.1. Dans ce cadre, elle rappelle notamment que la venderesse ne lui a initialement pas facturé la TVA, que la cour cantonale a évoqué les Instructions 2008 sur la TVA publiées par l'administration fiscale fédérale (qui lui seraient - prétendument - favorables), qu'elle croyait de bonne foi que la TVA était incluse dans le prix figurant sur la facture du 15 mai 2009 et que, dans la pratique commerciale, le prix de vente d'un bien comprend la TVA. Ces éléments sont toutefois dénués de toute pertinence. La (seule) question déterminante en lien avec l'interprétation effectuée par la cour cantonale est de savoir si celle-ci a - ou non - sombré dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) en établissant la volonté subjective des parties.
Dans cette perspective, la recourante se borne à affirmer que " la constatation de la volonté des parties [est] une constatation de fait " et à faire " valoir à cet égard le grief de l'arbitraire dans l'établissement des faits ". Elle ne fournit, conformément aux exigences strictes posées par la LTF (cf. supra consid. 2.1), toutefois aucune motivation circonstanciée qui permettrait de comprendre en quoi la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire. Les brèves explications qu'elle donne en lien avec sa bonne foi vise l'application du principe de la confiance, qui n'entrerait en ligne de compte que si la volonté subjective des parties n'avait pas pu être établie, et elles ne répondent pas aux exigences de motivation requises.
La critiqueest irrecevable.
4.2. C'est en vain que la recourante se prévaut d'une violation de son droit d'être entendue (évoquée, si on la comprend bien, dans le sens d'une violation de son droit à obtenir une décision motivée) en observant que la facture " mentionnait en haut à gauche le numéro de la TVA " et que la cour cantonale aurait dû tenir compte de cette indication primordiale. Cet élément figure dans l'arrêt entrepris et l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale de l'avoir ignoré. Quant au constat dressé par la cour cantonale (soit l'établissement de la volonté réelle et commune des parties), l'arrêt entrepris permet parfaitement de comprendre comment les juges précédents se sont forgés leur opinion et on ne saurait y voir une violation du droit de la recourante à obtenir une décision motivée. Autre est la question de savoir si la décision de la cour cantonale est convaincante. Sur ce point, comme on l'a vu, il appartenait à la recourante de démontrer en quoi l'autorité précédente aurait versé dans l'arbitraire, ce qu'elle n'a pas fait (cf. supra consid. 4.1).
5.
La recourante revient sur la garantie des défauts, en alléguant que toutes les conditions y relatives sont remplies et que la somme correspondant aux défauts est supérieure aux conclusions de la demande, de sorte qu'elle ne devrait rien. Elle considère avoir agi dans le délai de garantie d'une année, puisque, à ce jour, il n'y a jamais eu de réception définitive : selon elle, l'avion n'a fait l'objet que d'une réception provisoire par l'acheteuse (le 18 mai 2009), le certificat d'acceptation émis à cette date n'était que temporaire et l'arrêt cantonal est manifestement inexact lorsqu'il retient que la défenderesse a elle-même produit un certificat de livraison définitive, le document étant inexistant. Elle ajoute que la cour cantonale ne pouvait retenir, sous peine de sombrer dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) que le second document établi le 23 juin 2009 était un certificat d'acceptation définitif, à défaut d'avoir été signé par la partie devant réceptionner l'avion.
L'argumentation ne convainc pas.
Il résulte de l'arrêt cantonal que la défenderesse a elle-même produit le certificat de livraison définitive au pied duquel il est inscrit : " Aircraft accepted by final Inspection/Acceptance in GVA " (cf. pièce 6 mentionnée par l'intimée). L'argument, selon lequel ce document n'a formellement pas été signé, n'est pas décisif. Il s'inscrit dans la suite des arguments pour le moins fantaisistes évoqués par la défenderesse en cours de procédure : en première instance et en appel, elle a soutenu que la livraison définitive de l'appareil n'avait jamais eu lieu, alors même qu'elle en bénéficiait depuis plusieurs années déjà (sic); en appel, toujours pour démontrer l'absence de toute livraison définitive (sic), elle a ajouté que le certificat y relatif n'avait jamais été produit, alors même qu'elle l'avait elle-même remis au premier juge.
Devant la Cour de céans, la recourante semble faire preuve de la même imagination lorsqu'elle soutient que, en l'absence de signature, le certificat d'acceptation définitive n'a " pas de portée juridique " et qu'elle en infère que l'appareil n'aurait jamais été accepté définitivement. Force est de constater que cette affirmation ne s'appuie, à nouveau, sur aucun fondement sérieux. La recourante ne prétend en particulier pas que le contrat conclu avec l'intimée subordonnerait la validité de l'acceptation définitive à la signature manuscrite du certificat correspondant. Elle ne remet pas non plus en question que, le 25 mai 2009, elle a payé intégralement la facture de l'appareil et que, selon l'art. 7 du contrat, ce paiement valait acceptation de l'avion. A cela s'ajoute que la défenderesse a explicitement admis avoir pris possession de l'appareil le 3 juillet 2009 et qu'il n'est pas contesté qu'elle utilise l'avion depuis plus de dix ans. Cela étant, il n'était en tout cas pas arbitraire de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, que la défenderesse avait donné son acceptation définitive.
Si l'on retient que l'acceptation définitive a eu lieu en juillet 2009 (au plus tard), le délai de garantie d'un an applicable était effectivement échu au moment où la défenderesse a notifié à la demanderesse ses courriers énumérant les prétendus défauts en août et septembre 2010.
La critique est infondée.
6.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, s'acquittera des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et versera une indemnité à titre de dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF), laquelle sera prélevée sur les sûretés qu'elle a fournie.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens. Cette indemnité sera acquittée au moyen des sûretés payées par la recourante à la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 5 août 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget