Sachverhalt:
A.
A._ ist Gesellschafter und Vorsitzender der Geschäftsführung der B._ GmbH. B._ GmbH hat in den Steuerperioden 2005-2013 eine Liegenschaft (Loft-Wohnung) gemietet, die ihr als Geschäftssitz diente. Diese wurde von A._ auch privat genutzt, ohne dass B._ GmbH einen Privatanteil ausgeschieden hätte. A._ hat die kostenlose Überlassung der Wohnung in seinen Steuererklärungen nicht deklariert.
Im Einschätzungsverfahren für die Steuerperiode 2013 betreffend die B._ GmbH stellte das Kantonale Steueramt Zürich die private Nutzung der Loft-Wohnung durch A._ fest. Für die noch offenen Steuerperioden 2012 und 2013 rechnete das Steueramt A._ jeweils 75 % der Mietaufwendungen als geldwerte Leistung auf. Diese Entscheide blieben unangefochten und erwuchsen in Rechtskraft.
Für die Steuerperioden 2005-2011 wurden anschliessend am 14. Juli 2015 Nachsteuer- und Bussenverfahren eröffnet. Da das Kantonale Steueramt Zürich feststellte, dass die Loft-Wohnung zu 71.4 % privat genutzt worden war, rechnete es A._ 71.4 % der Mietaufwendungen als geldwerte Leistung auf. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2016 wurden ihm für die Staats- und Gemeindesteuern 2005-2011 eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 67'033.-- sowie eine Busse von Fr. 29'700.-- und Verfahrenskosten von Fr. 2'165.-- auferlegt. Für die direkte Bundessteuer 2005-2011 betrug die Nachsteuer (samt Zins) Fr. 42'596.90 und die Busse Fr. 17'350.--.
B.
Die hiergegen erhobene Einsprache von A._ blieb erfolglos, soweit sie die Nachsteuern betraf. Hingegen reduzierte das Steueramt in seinem Einspracheentscheid vom 7. Juli 2017 die Bussen auf Fr. 24'150.-- (Staats- und Gemeindesteuern) und Fr. 14'310.-- (direkte Bundessteuer) sowie die Verfahrenskosten des Bussenverfahrens auf Fr. 1'960.--, da die Strafverfolgung betreffend die Steuerperiode 2005 bereits verjährt gewesen war.
Gegen den Einspracheentscheid ergriff A._ am 27. Juli 2017 Rekurs und Beschwerde am Verwaltungsgericht. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Rechtsmittel in Bezug auf das Nachsteuerverfahren mit Urteil vom 6. April 2018 ab. Die Bussen behandelte das Verwaltungsgericht in separaten Verfahren.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. Mai 2018 beantragt A._, dass auf die Erhebung von Nachsteuern bei der direkten Bundessteuer und den Staats- und Gemeindesteuern zu verzichten sei. Eventualiter beantragt er, dass ihm die Mietaufwendungen der B._ GmbH nur im Umfang von 55.1 % als verdeckte Gewinnausschüttung aufzurechnen seien.
Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) haben sich vernehmen lassen. Die Vorinstanz beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die ESTV stellt denselben Antrag betreffend die direkte Bundessteuer, verzichtet jedoch darauf, bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern einen Antrag zu stellen.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer ist nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht nach Art. 106 Abs. 1 BGG von Amtes wegen an, prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots (BGE 143 II 459 E. 2.1 S. 465; 134 II 207 E. 2 S. 210).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil nach Art. 105 Abs. 1 BGG den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen können gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 137 II 353 E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Die beschwerdeführende Partei hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18). Soweit Feststellungen oder Schlüsse allerdings nicht auf der beweismässigen Würdigung von vorgebrachten Umständen oder konkreten Anhaltspunkten beruhen, sondern ausschliesslich aufgrund von Erfahrungssätzen getroffen wurden, die sich aus der allgemeinen Lebenserfahrung ableiten, und daher allgemein für gleich gelagerte Fälle Geltung beanspruchen, mithin die Funktion von Normen übernehmen, können sie vom Bundesgericht im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten frei überprüft werden (BGE 140 I 285 E. 6.2.1 S. 296 f.; 140 III 115 E. 2 S. 117; 136 III 486 E. 5 S. 489).
1.4. Die Vorinstanz behandelte die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern in einem einzigen Urteil, was zulässig ist, soweit die betroffenen Rechtsfragen im Bundesrecht und harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind. Der Beschwerdeführer ficht das Urteil in einer einzigen Rechtsschrift an, in der er zwischen den beiden Steuerarten unterscheidet und separate Anträge stellt. Dieses Vorgehen ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Auch das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. zum Ganzen BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296; Urteil 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1, in: StE 2017 B 27.5 Nr. 21).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 151 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) verletzt, weil sie den Umstand, dass die Loft-Wohnung vom Beschwerdeführer privat genutzt worden war, zu Unrecht als neue Tatsache behandelt habe. Namentlich hätte der Vorinstanz laut dem Beschwerdeführer auffallen müssen, dass er und die B._ GmbH Wohn- bzw. Sitz am selben Ort hatten, zumal er und die B._ GmbH spätestens ab 2008 von derselben Einheit innerhalb des Kantonalen Steueramts Zürich veranlagt worden seien.
2.2. Nach der Rechtsprechung darf die Steuerbehörde grundsätzlich davon ausgehen, dass die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ist. Solange ihr keine Indizien für die Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der Steuererklärung vorliegen, ist die Steuerbehörde nicht gehalten, ergänzende Informationen einzuholen. Hingegen muss die Steuerbehörde aufgrund der Untersuchungsmaxime zu einer gründlicheren Prüfung schreiten, wenn es sich aus den Akten offensichtlich ergibt, dass die Steuererklärung die relevanten Tatsachen unvollständig oder unklar wiedergibt. Wenn die Steuerbehörde diese Unvollständigkeit oder Ungenauigkeit hätte erkennen müssen, ist der in Art. 151 Abs. 1 DBG vorausgesetzte adäquate Kausalzusammenhang zwischen der lückenhaften Deklaration und der Unterbesteuerung unterbrochen. Unter diesen Umständen kann folglich kein Nachsteuerverfahren mehr eingeleitet werden, da sich die Unterbesteuerung nicht erst aus einer neuen Tatsache ergibt (Urteile 2C_676/2016 vom 5. Dezember 2017 E. 4.1; 2C_1018/2015 / 2C_1019/2015 vom 2. November 2017 E. 6.1, in: RDAF 2017 II S. 630, StR 73/2018 S. 255; 2C_662/2014 / 2C_663/2014 vom 25. April 2015 E. 6.3, in: RDAF 2015 II S. 267; 2C_1023/2013; 2C_1225/2012 / 2C_1226/2012 vom 7. Juni 2013 E. 3.1, je mit Hinweisen). Von einer solchen Unterbrechung des Kausalzusammenhangs wird indessen praxisgemäss nur ausgegangen, wenn der Steuerbehörde grobe Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist (Urteile 2C_676/2016 vom 5. Dezember 2017 E. 4.1; 2C_1023/2013 / 2C_1024/2013 vom 8. Juli 2014 E. 3.2, in: StE 2014 B 97.41 Nr. 27, StR 69/2014 S. 735; 2C_123/2012 / 2C_124/2012 vom 8. August 2012 E. 5.3.4, je mit Hinweisen).
3.
Im Lichte dieser Praxis könnte dem Hauptvorbringen des Beschwerdeführers nur dann Erfolg beschieden sein, wenn dem Kantonalen Steueramt Zürich bereits vor Rechtskraft der Veranlagungen der Jahre 2005-2011 Indizien für die private Nutzung der Loft-Wohnung durch den Beschwerdeführer vorgelegen hätten, die es dann im Rahmen der Veranlagung vorsätzlich oder grob fahrlässig übersehen haben müsste.
3.1. Die Vorinstanz hat hierzu ausgeführt, die Steuerbehörden seien nicht generell verpflichtet, die Steuererklärungen einer Gesellschaft mit denjenigen ihrer hauptsächlichen oder alleinigen Beteiligungsinhaber abzugleichen (unter Hinweis auf ZWEIFEL UND ANDERE, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2. Aufl. 2018, § 26 N. 28 und Urteil 2A.108/2004 vom 31. August 2005 E. 4.2). Folglich habe sich das Steueramt auf die Steuererklärungen des Beschwerdeführers verlassen dürfen und sei nicht gehalten gewesen, diese mit dem Steuerdossier der B._ GmbH abzugleichen. Folglich brauchte dem Steueramt auch nicht aufzufallen, dass der Beschwerdeführer und die B._ GmbH mit derselben Adresse registriert gewesen seien. Aber selbst wenn dem Steueramt dies aufgefallen wäre, hätte es aufgrund der Deklaration des Beschwerdeführers davon ausgehen dürfen, dass der Beschwerdeführer und die B._ GmbH separate Räumlichkeiten innerhalb desselben Wohnblocks benutzt hätten. Überhaupt müsse der statutarische Sitz einer Gesellschaft nicht zwangsläufig identisch mit (all) ihren Geschäftsräumlichkeiten sein, weswegen es selbst bei einem Abgleich der Steuerdossiers nicht offenkundig gewesen wäre, dass die B._ GmbH nur an der Wohnadresse des Beschwerdeführers Geschäftsräumlichkeiten hatte.
3.2. Was der Beschwerdeführer hiergegen vorbringt, überzeugt nicht.
3.2.1. Soweit er geltend macht, er sei ab 2008 von derselben Verwaltungseinheit veranlagt worden wie die B._ GmbH, ist ihm entgegen zu halten, dass die Vorinstanz derlei nicht festgestellt hat. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass die Feststellungen der Vorinstanz in diesem Zusammenhang offensichtlich unrichtig gewesen wären (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. oben E. 1.3). Aber selbst wenn ihm diesbezüglich noch gefolgt und dem Steueramt auf dieser Grundlage Kenntnis der übereinstimmenden Adressen unterstellt werden könnte, läge in dieser Übereinstimmung kein Indiz, aufgrund dessen das Steueramt die deklarierten Mietaufwendungen der B._ GmbH zwingend hätte hinterfragen und näher hätte untersuchen müssen. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, bestanden nämlich durchaus alternative Erklärungsansätze für die hohen Mietaufwendungen, welche die Steuerehrlichkeit des Beschwerdeführers und die Wahrheit und Vollständigkeit seiner Deklaration nicht in Frage gestellt hätten. In Anbetracht dieser Erklärungsansätze war es jedenfalls nicht grob fahrlässig seitens des Steueramts, sich auf die Deklarationen des Beschwerdeführers zu verlassen und keine weiteren Abklärungen zu unternehmen.
3.2.2. Der Beschwerdeführer behauptet weiter, die Mietaufwendungen der B._ GmbH seien "im Verhältnis zum Umsatz auch aus wirtschaftlicher Betrachtung zu hoch" - d.h. offensichtlich nicht geschäftsmässig begründet - gewesen. Dieses Missverhältnis hätte vom Steueramt bereits zu einem früheren Zeitpunkt erkannt werden müssen, sei aber nie beanstandet worden. Damit stellt sich der Beschwerdeführer sinngemäss auf den Standpunkt, dass die Unrichtigkeit der Steuererklärungen der B._ GmbH offensichtlich gewesen sei und das Steueramt grob fahrlässig gehandelt habe, indem es sich auf die Deklaration dieser Gesellschaft verlassen habe.
3.2.3. Unter dem Gesichtspunkt des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV; vgl. BGE 97 I 125 E. 3 S. 130; Urteil 2C_475/2008 vom 1. Juli 2009 E. 3.3) und des Rechtsmissbrauchsverbots (Art. 2 Abs. 2 ZGB analog: vgl. Urteil 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5 mit zahlreichen Hinweisen) ist es zumindest fragwürdig, wenn sich der Beschwerdeführer auf die offensichtliche Unrichtigkeit der Steuererklärungen der B._ GmbH berufen will, für die er doch als Vorsitzender der Geschäftsführung stets verantwortlich gezeichnet hat. Aber selbst wenn dem Beschwerdeführer gestattet würde, sich hierauf zu berufen, indizierte die Übersetztheit bzw. teilweise fehlende geschäftsmässige Begründetheit der Mietaufwendungen nicht zwangsläufig, dass die Räumlichkeiten vom Beschwerdeführer privat genutzt wurden und ihm in dieser Form geldwerte Leistungen zuflossen. Es ist durchaus denkbar, dass sich die B._ GmbH angesichts drohender Untersuchungshandlungen des Steueramts rasch mit einer teilweisen Aufrechnung der Mietaufwendungen einverstanden gezeigt hätte und die private Nutzung ihrer vermeintlichen Geschäftsräumlichkeiten durch den Beschwerdeführer in der Folge unentdeckt geblieben wäre. Die Höhe der Mietaufwendungen der B._ GmbH ist deshalb nicht geeignet, den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den unvollständigen Steuererklärungen des Beschwerdeführers und der bei ihm eingetretenen Unterbesteuerung zu unterbrechen. Ob die Mietaufwendungen tatsächlich offensichtlich übersetzt waren und das Steueramt die teilweise fehlende geschäftsmässige Begründetheit vor Rechtskraft der Veranlagungen hätte erkennen müssen, kann deshalb offengelassen werden.
3.3. Es bestanden somit keine Indizien, aufgrund derer das Kantonale Steueramt Zürich bereits vor Rechtskraft der Veranlagungen betreffend die Steuerjahre 2005-2011 hätte erkennen müssen, dass B._ GmbH dem Beschwerdeführer geldwerte Leistungen ausgerichtet hatte und seine Steuererklärungen unvollständig waren. Die Unterbesteuerung erschloss sich dem Steueramt erst, als es im Rahmen des Einschätzungs- bzw. Veranlagungsverfahrens betreffend die B._ GmbH für die Steuerperiode 2013 die private Nutzung der Loft-Wohnung durch den Beschwerdeführer festgestellt hatte. Hierbei handelte es sich um eine dem Steueramt unbekannte Tatsache im Sinne von Art. 151 Abs. 1 DBG, aufgrund derer das Steueramt ein Nachsteuerverfahren einleiten durfte. Das Urteil der Vorinstanz erweist sich in diesem Punkt also als bundesrechtskonform.
4.
4.1. Eventualiter macht der Beschwerdeführer geltend, dass die Vorinstanz die Quote der privaten Nutzung zu hoch angesetzt habe. Namentlich hätten auch der Eingangsbereich und der als "Wohnzimmer" bezeichnete Teil der Loft-Wohnung als zumindest teilweise geschäftlich genutzt betrachtet werden müssen. Deshalb habe der privat genutzte Teil bloss 55.1 % der Wohnfläche betragen, weswegen ihm auch nur 55.1 % der Mietaufwendungen aufzurechnen seien.
4.2. Wie die geldwerten Leistungen zu bemessen sind, welche dem Beschwerdeführer infolge der privaten Nutzung der Loft-Wohnung in den betroffenen Steuerjahren zugeflossen sind, ist eine Rechtsfrage. Das Steueramt und die Vorinstanz haben hierfür auf die tatsächlichen Mietaufwendungen der B._ GmbH und den Umfang der privaten Nutzung durch den Beschwerdeführer abgestellt. Dieses Vorgehen beanstandet der Beschwerdeführer zu Recht nicht.
4.3. Der Beschwerdeführer stösst sich lediglich am Umfang der privaten Nutzung, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat. Hierbei handelt es sich indessen um eine Tatfrage. Von den Feststellungen der Vorinstanz zu diesem Punkt kann das Bundesgericht gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur abweichen, soweit sie sich als offensichtlich unrichtig erweisen (vgl. oben E. 1.3 mit Hinweisen).
4.4. Die Ausführungen des Beschwerdeführers lassen nicht den Schluss zu, dass die aufgrund diverser Indizien festgestellte Quote der privaten Nutzung von 71.4 % offensichtlich unrichtig ist. Zuzugestehen ist dem Beschwerdeführer lediglich, dass die vom Steueramt vorgenommene und von der Vorinstanz bestätigte Aufteilung der Wohnung anhand des Flächenverhältnisses der primär geschäftlich und der primär privat genutzten Teile notwendigerweise gewisse Unschärfen mit sich brachte. Diese dürften sich aber teilweise auch zu Gunsten des Beschwerdeführers ausgewirkt haben. Die Vorinstanz hat denn auch offengelassen, ob aufgrund der von ihr festgestellten Umstände - u.a. ausschliesslich private Nutzung der gesamten Loft-Wohnung ausserhalb der Geschäftszeiten, teilweise Verwendung des Büros im Rahmen der unselbständigen Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers - nicht vielmehr auf eine noch weitergehende private Nutzung der Loft-Wohnung hätte geschlossen werden können. Nicht aufgerechnet wurden dem Beschwerdeführer sodann die von B._ GmbH gemieteten Parkplätze, obschon offenbar auch diesbezüglich eine private Nutzung durch den Beschwerdeführer im Raum gestanden hatte. Folglich bleibt es bei der Quote der privaten Nutzung von 71.4 %, wie sie die Vorinstanz festgestellt hat.
III. Staats- und Gemeindesteuern
5.
5.1. Art. 53 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und die Umsetzungsvorschrift § 160 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 des Kantons Zürich (StG/ZH; LS 631.1) entsprechen in allen relevanten Teilen der Regelung des DBG. Es kann betreffend die Auslegung der und die Subsumtion unter die gesetzlichen Voraussetzungen für die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens für die Staats- und Gemeindesteuern auf die vorstehenden Ausführungen zur direkten Bundessteuer verwiesen werden.
5.2. Da die Voraussetzungen für die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens erfüllt waren und die Quote der privaten Nutzung von 71.4 % auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig war, erweist sich das angefochtene Urteil als konform mit Bundes- und harmonisiertem kantonalen Steuerrecht.
IV. Kosten und Entschädigung
6.
Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen. Die Kosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Kanton Zürich steht keine Parteientschädigung zu (Art. 66 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler