Faits :
A.
X._ a exercé la profession de médecin de 1977 à fin décembre 2011 en qualité d'indépendant au sein de son cabinet médical sis à l'avenue de Y._ à Genève. Dès 1980, il a exploité en parallèle une entreprise individuelle à l'enseigne «Laboratoire A._», dont le but était l'exploitation d'un laboratoire d'analyses médicales. Il est également actionnaire majoritaire des sociétés anonymes B._ SA (94 %), dont le but statutaire est l'exploitation d'un laboratoire d'analyses biologiques, pharmacologiques et médicales, et C._ SA (51 %), dont le but statutaire est la gestion et la conservation de données et d'informations archivées sur tout support.
En février 1988, il a acquis les parcelles nos ***1 et ***2 à la route de Z._ comprenant des locaux commerciaux, d'une surface de 910 m2, ainsi que des parkings. Au 31 décembre 2009, les surfaces commerciales étaient occupées par le Laboratoire A._ (300 m2), B._ SA (50 m2) et C._ SA (125 m2); le solde, de 435 m2, n'était pas occupé. Quant aux parkings, ils étaient loués à la société D._ SA.
Dans ses déclarations fiscales pour les années 2007, 2008 et 2009, le contribuable a déclaré avoir encaissé des loyers de respectivement 8'640 fr., 8'640 fr. et 7'160 fr. pour la location des parkings de l'immeuble, indiqués comme "immeuble locatif ou loué". Les comptes du Laboratoire A._ annexés à ces déclarations indiquaient des charges à titre de loyer de 25'596 fr. 45 en 2007, 23'446 fr. en 2008 et 34'523 fr. 95 en 2009. Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2010, le contribuable a déclaré avoir encaissé des loyers de 24'000 fr. pour l'immeuble, mentionné dans la rubrique «immeubles commerciaux, industriels». Les comptes du Laboratoire A._ annexés à cette déclaration mentionnaient une perte de 33'920 fr. 51 durant l'exercice 2010. Aucun loyer n'avait été payé en 2010. Il indiquait en outre dans les observations de la déclaration que le Laboratoire A._ avait cessé ses activités au 31 décembre 2009 en raison des pertes subies.
B.
Par décisions du 10 septembre 2013, l'Administration fiscale du canton de Genève a procédé à la taxation du contribuable pour la période fiscale 2010, arrêtant l'impôt cantonal et communal à 133'817 fr. 45 et l'impôt fédéral direct à 45'426 fr. 95. Une reprise de bénéfice en capital de 362'900 fr., provenant du transfert de l'immeuble de la fortune commerciale à la fortune privée intervenu lors de la cessation de l'activité du Laboratoire A._ en 2010, était ajoutée aux revenus imposables du contribuable. Ce montant correspondait à la différence entre la valeur de l'immeuble arrêtée par le service des estimations immobilières de l'Administration fiscale du canton de Genève, de 2'520'000 fr., et celle de 2'157'100 fr. qu'avait déclarée le contribuable au 31 décembre 2009.
Le 8 octobre 2013, le contribuable a déposé une réclamation contre les décisions de taxation du 10 septembre 2013. Les 30 mai et 15 octobre 2014, il a précisé par écrit qu'une surface d'environ 400 m2 de l'immeuble était inoccupée depuis plus de vingt-cinq ans, qu'il avait directement versé les loyers que lui devait le Laboratoire A._ auprès de la régie immobilière pour un montant de 34'523 fr. 95 en 2009. Il a produit notamment un extrait de son compte bancaire privé au 31 décembre 2011 indiquant le versement, le 5 décembre 2011, d'un montant de 48'000 fr. en sa faveur par C._ SA comme loyer 2010-2011, un avis de crédit bancaire d'un montant de 24'000 fr. en sa faveur versé par C._ SA comme loyer 2012 le 8 janvier 2013, divers extraits de son compte bancaire privé indiquant le versement d'un montant total de 7'160 fr. en sa faveur par D._ SA en 2009, ainsi que sa déclaration fiscale 2011 d'où il ressortait qu'il avait encaissé des loyers de 48'000 fr. pour l'immeuble. Il a enfin indiqué que la vente effective de l'immeuble avait eu lieu en juin 2013 au prix de 5'280'000 fr.
Le 19 décembre 2014, l'Administration fiscale cantonale a informé le contribuable qu'elle entendait rectifier en sa défaveur la taxation. L'immeuble avait une prépondérance commerciale, des locaux ayant été gratuitement mis à la disposition du Laboratoire A._, qui s'était acquitté auprès de la régie des charges de l'immeuble, par 34'523 fr. 95, sans compensation correspondante. Au 31 décembre 2009, le ratio entre la part privée, correspondant au paiement des loyers par D._ SA, de 7'160 fr., et la part commerciale, de 34'523 fr. 95, était de 82,82 % en faveur d'une prépondérance commerciale. Sur la base d'une expertise qu'elle avait menée, la valeur vénale de l'immeuble était nouvellement estimée à 4'060'000 fr. Il en résultait que la plus-value réalisée lors du transfert de celui-ci dans la fortune privée était désormais de 1'902'900 fr.
Le 20 février 2015, le contribuable a expliqué à l'Administration fiscale cantonale que le Laboratoire A._ ne s'était acquitté que d'une partie du loyer de 30'000 fr. durant plusieurs années et de 34'523 fr. en 2009, y compris une partie des arriérés dus. Il a produit un contrat de reprise du Laboratoire A._ par B._ SA le 15 décembre 2010, avec effet au 1er janvier 2010. Suite à cette reprise, un nouveau contrat de bail avait été conclu avec B._ SA portant sur des locaux de 125 m2 pour un loyer de 15'000 fr.-, que cette société n'avait toutefois pas pu payer en raison de son surendettement, raison pour laquelle un montant de 63'000 fr. (anciens loyers impayés à concurrence de 48'000 fr. par B._ SA et augmenté du loyer de 2010 par 15'000 fr.) figurait au passif du bilan de B._ SA. Un hypothétique transfert dans la fortune privée du contribuable ne pouvait avoir eu lieu en 2010, puisque ce dernier avait poursuivi l'activité de son cabinet médical jusqu'en 2011 et que l'immeuble n'avait été vendu qu'en 2013. Il a notamment joint à son courrier un contrat du 15 décembre 2010 entre B._ SA et la raison individuelle Laboratoire A._, concernant la reprise de la totalité de la patientèle, du mobilier, du personnel, des contrats et des leasings de la seconde par la première à compter du 1er janvier 2010 pour 1 fr. symbolique.
Par décisions du 23 décembre 2015, l'Administration fiscale cantonale a partiellement admis la réclamation du contribuable sur des points mineurs, la rejetant pour le surplus et modifiant en sa défaveur la taxation contestée. Les déclarations fiscales pour les années 2007 à 2009 du contribuable ne mentionnaient l'encaissement d'aucun loyer ni l'existence d'une créance correspondante de la part du Laboratoire A._, seules B._ SA et D._ SA ayant versé, en 2010, respectivement 15'000 fr. et 9'000 fr. à ce titre. L'absence de tout contrat de bail à loyer confirmait également la mise à disposition à titre gratuit des locaux au Laboratoire A._. Les documents produits au stade de la réclamation seulement apparaissaient insolites et n'avaient pas été produits pour les taxations 2007 à 2009, entrées en force. Les bordereaux rectifiés pour l'année 2010, arrêtaient l'impôt cantonal et communal à 609'148 fr.10 et l'impôt fédéral direct à 209'472 fr. 50.
Par jugement du 6 février 2017, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a rejeté le recours que X._ avait déposé contre les décisions sur réclamation rendues le 23 décembre 2015 par l'Administration fiscale cantonale.
C.
Par arrêt du 20 février 2018, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours que le contribuable avait déposé contre le jugement rendu le 6 février 2017 par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. L'affectation mixte de l'immeuble n'était pas contestée. Selon les déclarations fiscales du contribuable pour les années 2007 à 2009, seuls les loyers versés par D._ SA, pour des montants de 8'640 fr. en 2007 et 2008 et de 7'160 fr. en 2009 ont été annoncés en tant que rendement de l'immeuble, sans mention d'aucun autre revenu provenant de la location de celui-ci ni d'une créance correspondante. Ce n'était qu'en 2010 que le contribuable avait déclaré, en sus du loyer payé par D._ SA, de 9'000 fr., un loyer de 15'000.- provenant de B._ SA. Durant ces périodes fiscales, le caractère commercial de l'immeuble était ainsi prépondérant. Les documents produits au stade de la réclamation n'étaient pas probants. La surface utilisée pour l'activité du Laboratoire A._, de 300 m2, était largement supérieure à celles occupées par B._ SA et C._ SA au 31 décembre 2009, soit respectivement 50 m2 et 125 m2, la surface inoccupée, de 435 m2, ne pouvant entrer en ligne de compte pour ce calcul.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 20 février 2018 par la Cour de justice du canton de Genève et de dire en substance qu'il n'y a pas eu de bénéfice en capital durant la période fiscale 2010. Il soutient que l'instance précédente a constaté les faits de manière manifestement inexacte et violé les art. 18 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et l'art. 8 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14).
La Cour de justice du canton de Genève persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
L'instance précédente a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonaux et communaux du contribuable, ce qui est en principe admissible, dès lors qu'il ressort clairement de ladite décision que le litige porte sur les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher au recourant d'avoir formé un seul recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Il faut cependant qu'il ressorte de la motivation du recours, comme c'est bien le cas en l'espèce, qu'il s'en prend tant à l'impôt fédéral direct qu'à l'impôt cantonal et communal pour que ces deux catégories d'impôts puissent être revues par le Tribunal fédéral (ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.; arrêt 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 2.1).
2.
Le recourant se plaint de la constatation inexacte des faits par l'instance précédente.
2.1. Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (ATF 134 V 53 consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il appartient à la partie recourante d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 332 consid. 2.1 p. 334). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Il n'y a arbitraire dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560).
Pour démontrer le caractère manifestement inexact, conformément aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF en matière d'interdiction de l'arbitraire, la partie recourante doit désigner avec précision le ou les faits pertinents qui auraient été établis de manière manifestement inexacte, en citant les termes de l'arrêt attaqué, ou qui auraient été écartés à tort, en se référant expressément aux pièces du dossier de la procédure précédente. A cet effet, la partie recourante doit établir qu'elle a dûment et correctement, en application du droit de procédure cantonal ou fédéral applicable devant l'instance précédente, allégué le ou les faits litigieux ainsi que les preuves à leur appui ou que l'instance précédente a violé la maxime inquisitoire. Puis, elle doit exposer concrètement en quoi l'autorité a admis, nié ou ignoré ce fait en se mettant en contradiction évidente avec ce qui résulte de ses allégations en procédure précédente. Le cas échéant, elle doit exposer concrètement en quoi, dans l'appréciation, anticipée ou non, des preuves, le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (arrêts 2C_912/2015 du 20 septembre 2016 consid. 2.3; 2C_649/2015 du 1er avril 2016 consid. 2.1; 2C_694/2015 du 15 février 2016 consid. 2.3 et les références citées).
2.2. En premier lieu, le recourant reproche à l'instance précédente d'avoir retenu qu' " en février 1988, il a acquis les parcelles nos ***1 et ***2 à la route de Z._ comprenant des locaux commerciaux, d'une surface de 910 m2, ainsi que des parkings ", alors que, selon lui, il en aurait acquis 15 (en PPE) à des dates différentes, entre avril 1988 et octobre 1992, ce qui aurait une influence sur la prépondérance commerciale ou privée de ceux-ci et donc sur son imposition.
Ce grief doit être écarté. Il ne suffit pas de citer les termes de l'arrêt attaqué dont le contenu serait inexact. Il faut aussi se référer aux pièces qui ont été versées au dossier de l'instance précédente et démontrer que les faits litigieux qui en ressortent ont été dûment et correctement allégués devant elle, ce qu'en l'espèce, le recourant n'a pas fait et ne peut du reste faire, puisqu'il s'agit en réalité de faits nouveaux au sens de l'art. 99 LTF, qui sont irrecevables. Au demeurant, force est de constater que le recourant lui-même a toujours considéré l'immeuble comme un tout puisqu'il l'a vendu en bloc en 2013.
2.3. En second lieu, le recourant reproche à l'instance précédente d'avoir retenu qu' " il indiquait en outre dans les observations que le Laboratoire A._ avait cessé ses activités au 31 décembre 2009 en raison des pertes qu'elle avait subies ", alors qu'il aurait écrit dans dites observations que " mon laboratoire A._, créé il y a 29 ans, a fermé le 31.12.2009 à cause des pertes, suite à la chute massive des prix des analyses médicales imposée par M. Couchepin. Le bilan 2010 du Laboratoire A._ ci-joint concerne le reliquat des factures des années précédentes encaissées en 2010 ainsi que des factures des années précédentes payées en 2010". Il serait, selon lui, clair et évident que l'activité de A._ a continué en 2010, qu'elle a fait l'objet de comptes annuels 2010 et d'un résultat dûment reporté dans sa déclaration 2010. La correction du vice, c'est-à-dire dater la cessation de l'activité du Laboratoire A._ en fin 2010, aurait une influence sur le sort du litige, puisque la prépondérance commerciale a été établie sur des faits survenus en 2009 et non pas sur les faits survenus en 2010.
Ce grief doit aussi être écarté dans la mesure où il peut être examiné. Le recourant s'en prend en réalité à l'appréciation des preuves par l'instance précédente, qui a jugé que la remarque figurant dans les observations de la déclaration fiscale 2010 devait être comprise comme une cessation de l'activité du Laboratoire A._ au 31 décembre 2009. Le recourant n'invoque pas l'interdiction de l'arbitraire et n'expose pas en quoi l'appréciation de l'instance précédente serait insoutenable. Son grief ne répond pas aux exigences de motivation accrue en matière de violation des droits constitutionnels telles qu'elles sont prévues par l'art. 106 al. 2 LTF. A cela s'ajoute que le recourant a lui-même produit le contrat du 15 décembre 2010 entre B._ SA et la raison individuelle Laboratoire A._, concernant la reprise de la totalité de la patientèle, du mobilier, du personnel, des contrats et des leasings de la seconde par la première à compter du 1er janvier 2010 pour 1 fr. symbolique. Il est indifférent qu'ensuite la raison individuelle ait ultérieurement poursuivi ses opérations de liquidation.
2.4. Il résulte des considérants qui précédent que l'état de fait de l'arrêt attaqué ne peut pas être corrigé ni complété sur ces points. Les griefs sont rejetés.
3.
Les griefs du recourant tendant à démontrer la violation du droit fédéral, en particulier des art. 18 LIFD et 8 LHID, reposent sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué (cf. consid. 2 ci-dessus). Il n'est par conséquent pas possible d'en examiner l'éventuel bien fondé, puisque les prémisses sur lesquels ils reposent ne peuvent pas être prises en compte.
4.
Pour le surplus, il peut être renvoyé aux considérants de l'arrêt attaqué qui exposent correctement le contenu des art. 18 LIFD et 8 LHID ainsi que la jurisprudence applicable. C'est le lieu de rappeler avec l'instance précédente que la prépondérance peut être établie à l'aide d'autres critères, tels que la superficie, le volume intérieur ou l'octroi d'amortissements dans des cas limites (arrêt du Tribunal fédéral 2C_728/2015 du 1er avril 2016 consid. 6.1 et les références citées), et que la prise en considération d'une sous-utilisation effective n'entre pas en ligne de compte (ch. 2.1 de la notice annexée à la circulaire de l'administration fédérale des contributions du 12 novembre 1992).
En l'espèce, non seulement le critère des rendements permet de conclure à la prépondérance commerciale des locaux, mais également le critère relatif aux surfaces occupées, puisque les activités du Laboratoire A._ s'étalait sur 300 m2, soit sur une surface largement supérieure à celles de B._ SA et C._ SA au 31 décembre 2009, soit respectivement 50 m2 et 125 m2, la surface vacante, de 435 m2, ne pouvant entrer en ligne de compte pour ce calcul.
En confirmant que le bénéfice en capital d'un montant de 1'902'900 fr. réalisé lors du transfert des locaux de la fortune commerciale du recourant dans sa fortune privée devait être ajouté au revenu imposable de la période fiscale 2010, l'instance précédente n'a pas violé les art. 18 LIFD et 8 LHID.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct et en matière d'impôt cantonal et communal. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al.1 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 11'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 24 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey