Erwägungen:
1.
Die Baukommission der Gemeinde U._ verweigerte A._ mit Beschluss vom 20. September 2016 die baurechtliche Bewilligung für eine bereits erstellte Natursteinmauer in U._ und verfügte die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Gleichzeitig wurde die Verfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 8. September 2016 eröffnet, welche die gewässerschutzrechtliche sowie die wasserbaupolizeiliche (Ausnahme-) Bewilligung verweigerte. A._ erhob am 27. Oktober 2016 Rekurs und beantragte die Aufhebung der angefochtenen Entscheide. Das Baurekursgericht des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Entscheid vom 21. März 2018 ab. Dagegen erhob A._ am 7. Mai 2018 Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 27. Juni 2019 teilweise guthiess, den Entscheid des Baurekursgerichts vom 21. März 2018 aufhob und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückwies. Zur Begründung führte das Verwaltungsgericht zusammenfassend aus, das Baurekursgericht habe die Bewilligungsfähigkeit der Natursteinmauer lediglich unter gewässerschutzrechtlichen Aspekten geprüft. Bezüglich des Mauerabschnitts, welcher den Gewässerabstand einhalte, sei die Baurechswidrigkeit nicht rechtsgenüglich erstellt. Die Sache sei hinsichtlich diesem Mauerabschnitt zur Neubeurteilung an das Baurekursgericht zurückzuweisen.
2.
A._ führt mit Eingabe vom 16. September 2019 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
3.1. Mit dem angefochtenen Entscheid hat das Obergericht nicht abschliessend über die baurechtliche Bewilligung für die bereits erstellte Natursteinmauer befunden, sondern die Sache bezüglich des Mauerabschnitts, welcher den Gewässerabstand einhält, zu neuer Entscheidung an das Baurekursgericht zurückgewiesen. Ein derartiger Rückweisungsentscheid schliesst das Baubewilligungsverfahren nicht ab und ist daher grundsätzlich kein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG (auch nicht bezüglich des Mauerabschnitts im Gewässerabstandsbereich, wie das Verwaltungsgericht offenbar annimmt), sondern ein Zwischenentscheid.
3.2. Zwischenentscheide sind, von hier nicht gegebenen Ausnahmen gemäss Art. 92 BGG abgesehen, nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG beim Bundesgericht anfechtbar. Anders verhält es sich nur dann, was indessen vorliegend nicht zutrifft, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (BGE 138 I 143 E. 1.2 S. 148 mit Hinweisen).
Die Beschwerde gegen den vorliegend selbständig eröffneten Zwischenentscheid ist nur zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder, was vorliegend von vornherein nicht zutrifft, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten, dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34). Ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, bleibt der Zwischenentscheid im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, sofern er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG).
Nach konstanter Rechtsprechung hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (BGE 137 III 324 E. 1.1; 136 IV 92 E. 4; je mit Hinweisen)
3.3. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss der Nachteil rechtlicher Natur sein, der auch durch einen für die rechtsuchende Partei günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (BGE 140 V 321 E. 3.6 S. 326 f.; 139 IV 113 E. 1 S. 115; je mit Hinweisen). Die blosse Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt generell nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (135 II 30 E. 1.3.4 S. 36).
Die Beschwerdeführerin erachtet es als unzweckmässig, dem Zwischenentscheid die Beschwerdefähigkeit abzusprechen. Indessen vermag sie mit ihren Ausführungen nicht aufzuzeigen, inwiefern ihr ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG drohen sollte. Somit erweist sich die Beschwerde mit Blick auf Art. 93 Abs. 1 BGG als offensichtlich unzulässig.
4.
Demnach ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Auf eine Kostenauflage ist zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache selbst wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung sowie um Sistierung des Verfahrens gegenstandslos.
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baukommission U._, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. September 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli