Erwägungen:
1.
1.1. A._ ist Staatsangehöriger von Afghanistan. Er reiste am 9. Juni 2016 in die Schweiz ein und ersuchte erfolglos um Asyl. Das Bundesverwaltungsgericht bestätigte den Vollzug der Wegweisung mit Urteil vom 18. Juli 2018. In der Folge wurde A._ in Ausschaffungshaft genommen. Das Zwangsmassnahmengericht des Bezirksgerichts Zürich bestätigte die Fortsetzung der Ausschaffungshaft am 11. September 2019 und bewilligte die Haft bis zum 18. Dezember 2019. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 11. Oktober 2019 ab.
1.2. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. November 2019 beantragt A._ dem Bundesgericht, er sei umgehend aus der Haft zu entlassen. Zudem sei seine vorläufige Aufnahme zu beantragen, ein Vollzugsstopp für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens anzuordnen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. Das Bundesgericht hat keine Instruktionsmassnahmen verfügt. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen gegenstandslos.
2.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten steht gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide betreffend ausländerrechtliche Haft zur Verfügung (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG; vgl. BGE 142 I 135 E. 1.1.3 S. 139 f. mit Hinweisen). Streitgegenstand vor Bundesgericht ist dabei ausschliesslich die Rechtmässigkeit der Haft. Soweit der Beschwerdeführer beantragt, es sei seine vorläufige Aufnahme zu beantragen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
3.
3.1. Im Haftverfahren ist grundsätzlich nicht über den Vollzug der Wegweisung zu entscheiden; hierfür sind die Asyl- und Ausländerbehörden zuständig. Weil die Haft aber beendet wird, wenn der Wegweisungsvollzug aus rechtlichen oder tatsächlichen Gründen undurchführbar ist (Art. 80 Abs. 6 lit. a AIG [SR 142.20]), müssen Vollzugshindernisse vorfrageweise geprüft werden (BGE 127 II 168 E. 2c S. 172). Als rechtliche Vollzugshindernisse kommen dabei die Unzulässigkeit des Vollzugs (Art. 3 EMRK, Art. 25 Abs. 3 BV sowie Art. 83 Abs. 3 AIG) sowie die Unzumutbarkeit des Vollzugs (Art. 83 Abs. 4 AIG) infrage. Das Haftgericht ist bei Vollzugsfragen an den Entscheid der zuständigen Sachbehörde gebunden, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist (BGE 125 II 217 E. 2 S. 220 f.). Dies gilt insbesondere für im Asylverfahren ergangene Wegweisungsentscheide der hierfür eingesetzten Fachbehörden (BGE 128 II 193 E. 2.2.2 S. 198). Das Gericht muss eine nachträgliche Änderung der Sachlage berücksichtigen, doch obliegt es primär den Fachbehörden, über den Vollzug - allen-falls im Rahmen eines Revisions- bzw. Wiedererwägungsgesuchs - zu befinden (Urteil 2C_445/2007 vom 30. Oktober 2007 E. 4.2 f.).
3.2. Der Beschwerdeführer erachtet eine Rückkehr nach Kabul aufgrund der dort herrschenden Lage als unzulässig.
3.2.1. Das Verwaltungsgericht hat erwogen, dass sowohl im Wegweisungsentscheid wie auch im Beschwerdeentscheid des Bundesverwaltungsgerichts eingehend die Zulässigkeit des Wegweisungsvoll-zugs bezogen auf die konkrete Situation des Beschwerdeführers geprüft worden sei. Der Entscheid wirke nicht offensichtlich unrichtig. In den zahlreichen Hinweisen des Beschwerdeführers auf die Situation in Afghanistan bzw. Kabul seien keine massgeblichen neuen Sachumstände zu erblicken. Es sei nicht ersichtlich, dass sich die Situation tatsächlich anders präsentiere als im Zeitpunkt des Wegweisungs- bzw. Beschwerdeentscheids. Der vom Beschwerdeführer vorgelegte Bericht belege keine massive Zuspitzung, sondern eine Stagnation der zivilen Opfer auf sehr hohem Niveau (vgl. E. 4.3 des angefochtenen Urteils).
3.2.2. Der Beschwerdeführer bringt dagegen zusammengefasst vor, dass sich die Sicherheitslage in Kabul massiv verschlechtert habe. Seit Ende 2017 würden gezielte Anschläge stattfinden. Dabei seien die zivilen Opfer stark angestiegen. Es sei eine Zunahme an Entführungen, Raubüberfällen und Drogenkriminalität festzustellen. Zudem fehle es an infrastrukturellen Kapazitäten und an einer hinreichenden Versorgung. Es sei von einer generellen Unzulässigkeit von Rückführungen nach Kabul auszugehen. Das Bundesverwaltungs-gericht habe bei der Wegweisung des Beschwerdeführers die Ver-schlechterung der Sicherheitslage und der humanitären Situation nicht berücksichtigt.
3.2.3. Das Bundesverwaltungsgericht hat sich im Urteil D-5800/2016 vom 13. Oktober 2017 eingehend mit der Lage in Afghanistan befasst. Dabei hat es zahlreiche Quellen ausgewertet (vgl. die Auflistung in E. 6.3.2) und sich detailliert mit den Anschlägen dort auseinandergesetzt (E. 8.2.2). Es hat erwogen, dass die Sicherheitslage in Kabul äusserst prekär sei (E. 8.2.3), eine Mehrheit der Bevölkerung in Siedlungen lebe, die einen schlechten oder keinen Zugang zur grundlegenden Infrastruktur (Strom, Trinkwasser etc.) hätten (E. 8.3.1), die Gesundheitsversorgung mangelhaft sei (E. 8.3.2) und der starke Bevölkerungszuwachs die bestehenden Probleme weiter verschärfe (E. 8.3.3). Die Sicherheitslage wie auch die humanitäre Situation habe sich klar verschlechtert und die Lage in Kabul sei grundsätzlich als existenzbedrohend und deshalb unzumutbar zu qualifizieren. Nur beim Vorliegen besonders günstiger Voraussetzungen könne von der Zumut-barkeit des Vollzugs ausgegangen werden (E. 8.4).
3.2.4. Im Wegweisungsverfahren des Beschwerdeführers hat das Bundesverwaltungsgericht auf diese Rechtsprechung Bezug genommen (vgl. Urteil des Bundesverwaltungsgerichts D-3318/2018 vom 18. Juli 2018). Es hat erwogen, dass es keine Hinweise gebe, wonach dem Beschwerdeführer bei der Rückkehr nach Afghanistan Folter oder eine unmenschliche Behandlung drohe; der Vollzug der Wegweisung sei deshalb zulässig (E. 4.2). Weiter hat es besonders begünstigende Umstände beim Beschwerdeführer bejaht und den Vollzug nach Kabul trotz der prekären Lage auch als zumutbar erachtet (E. 4.3). Der Vorwurf, das Bundesverwaltungsgericht habe die Situation in Kabul im Urteilszeitpunkt verkannt, ist durch nichts belegt. Der vorher zitierte Leitentscheid des Gerichts war im Juli 2018 erst neun Monate alt, und das Bundesverwaltungsgericht hat keinen Anlass gesehen, darauf zu-rückzukommen. Mit dem blossen Hinweis, dass sich die Situation seit Ende 2017 verschlechtert habe, ist die offensichtliche Unrichtigkeit der Beurteilung durch das Bundesverwaltungsgericht nicht dargetan.
3.2.5. Auch die vom Beschwerdeführer detailliert dargelegte Entwicklung seit dem Beschwerdeentscheid führt nicht dazu, dass die Beurteilung des Bundesverwaltungsgerichts aus heutiger Sicht als offensichtlich überholt qualifiziert werden müsste. Was die Zulässigkeit des Vollzugs betrifft, so hat das Bundesgericht in einem neueren Ent-scheid betreffend Afghanistan bzw. Kabul erwogen, dass die Rückkehr in eine Situation, die in einem Staat allgemein üblich sei, ohne Hin-weise auf eine konkrete Gefährdung der Einzelperson grundsätzlich nicht gegen Art. 3 EMRK verstosse (vgl. Urteil 2C_915/2017 vom 24. November 2017 E. 5.2 f.).
Auch der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte geht in einem aktuellen Urteil davon aus, dass Rückführungen nach Afghanistan aufgrund der dort herrschenden Lage nicht generell unzulässig seien (Urteil des EGMR A.A. gegen die Schweiz vom 5. November 2019 [Nr. 32218/17], Rz. 46). Betreffend die Zumutbarkeit des Vollzugs ist unbestritten, dass die Lage in Kabul kritisch und instabil ist. Wie erwähnt hat das Bundesverwaltungsgericht die prekäre Sicherheitslage und die schlechte humanitäre Situation im damaligen Grundsatz-urteil berücksichtigt und ist davon ausgegangen, dass der Vollzug nach Kabul grundsätzlich unzumutbar ist, wenn nicht besondere Verhältnisse vorliegen. An dieser Rechtsprechung hält es nach wie vor fest (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts E-4365/2018 vom 21. Oktober 2019 E. 7.2).
Dies ist auch dem Beschwerdeführer bekannt. Er hat davon abgesehen, ein Wiedererwägungs- bzw. Revisionsgesuch bei den zuständigen Behörden einzureichen (vgl. S. 22 f. Ziff. 67 der Beschwerde). Vor diesem Hintergrund ist die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen, dass die in der Beschwerde vorgebrachte Verschlechterung der Sicherheitslage (z.B. Anstieg der zivilen Opfer um 5 % im Jahr 2018; vgl. S. 6 Ziff. 12 der Beschwerde) und die nach wie vor prekäre humanitäre Situation nicht genügen, um den Vollzug der Wegweisung als offensichtlich unzulässig oder unzumutbar erscheinen zu lassen.
3.3. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, dass die Rückkehr nach Kabul aufgrund seiner individuellen Umstände unzumutbar sei. Seine Familie sei nicht mehr wohlhabend und er könne auf keine finanzielle Unterstützung zählen.
3.3.1. Das Bundesverwaltungsgericht hat erwogen, der Beschwerdeführer sei ein junger und gesunder Mann. Es könne ihm zugemutet werden, sich in Kabul eine neue Existenz aufzubauen. Er verfüge über eine mehrjährige Schulbildung, Auslanderfahrung und Berufser-fahrung. Er stamme aus äusserst wohlhabenden Verhältnissen und könne auf die finanzielle Unterstützung seiner Familie zählen. Seine Familie besitze Liegenschaften und über siebzig Verkaufsgeschäfte. Neben dem Vermögen entspreche bereits das Einkommen seiner Familie einem Vielfachen des Durchschnittseinkommens in Afghani-stan. Der Beschwerdeführer kehre in keinen ihm unbekannten Kultur-kreis zurück, sondern in sein Heimatland, in dem er den grössten Teil seines Lebens verbracht habe (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts D-3318/2018 vom 18. Juli 2018 E. 4.3.5).
3.3.2. Der Beschwerdeführer stellt diese Ausführungen nicht substanziiert infrage, wie die Vorinstanz zu Recht erwogen hat. Angesichts der weitreichenden Mitwirkungspflichten im asyl- und ausländerrechtlichen Verfahren (Art. 8 AsylG [SR 142.31] bzw. Art. 90 AIG) und vor dem Hintergrund des rechtskräftigen Wegweisungsentscheids kann sich der Beschwerdeführer nicht darauf beschränken, lediglich pauschal einen veränderten Sachverhalt zu behaupten. Der Vorwurf in der Beschwerde, der strikte Beweis für die nicht mehr vorhandenen Finanzressourcen sei nicht möglich, geht an der Sache vorbei. Aus den Ausführungen des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich, weshalb die Familie ihre Liegenschaften und zahlreichen Verkaufsgeschäfte innerhalb von knapp eineinhalb Jahren verloren haben soll. Der Tod des Vaters alleine vermag dies nicht zu erklären. Auch fehlen jegliche Belege für diese Behauptung. Ist somit nach wie vor davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer in Kabul auf finanzielle Mittel zurückgreifen kann, relativiert dies auch die unklare Wohn- und Arbeitssituation. Eine massgebliche Änderung des Sachverhalts ist deshalb offensichtlich nicht glaubhaft gemacht.
3.4. Zusammenfassend ist das Verwaltungsgericht unter Berücksichtigung der beschränkten Kognition des Haftgerichts (vgl. vorne E. 3.1) zu Recht davon ausgegangen, dass der Durchführbarkeit des Wegweisungsvollzugs keine rechtlichen Hindernisse entgegenstehen. Nachdem die übrigen Haftvoraussetzungen nicht bestritten werden, ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren als offensichtlich unbegründet abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann (Art. 109 Abs. 2 lit. a und Abs. 3 BGG).
4.
Es rechtfertigt sich, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos. Das Gesuch um unent-geltliche Verbeiständung ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG e contrario).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um Beigabe eines unentgeltlichen Rechtsbeistands wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, Einzelrichter, und dem Staatssekre-tariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. November 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger