Faits :
A.
A.a. Par contrat de bail à loyer du 16 décembre 2008, X._ SA (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), représentée par la régie U._ SA, a remis à bail à A._ SA, B._ et C._ (ci-après: les locataires ou les défendeurs) une arcade commerciale d'environ 364 m2 au rez-de-chaussée d'un immeuble sis à Genève. Le loyer mensuel net était initialement de 11'400 fr. par mois, puis de 11'433 fr. par mois à compter du 1er janvier 2010. Les conditions générales annexées au contrat prévoyait en leur art. 1 ch. 4 que " le loyer et les provisions ou forfaits pour les frais accessoires sont payables par mois d'avance ". Le 6 janvier 2009, les parties ont encore conclu un contrat de bail à loyer portant sur un garage au sous-sol du même immeuble, pour un loyer mensuel de 250 fr.
A.b. Tout au long du bail, le loyer a été payé à des dates irrégulières et les retards ont systématiquement été suivis d'un premier rappel au milieu du mois, puis, lorsque le loyer demeurait impayé, d'un deuxième rappel une dizaine de jours après. Plus de cinquante rappels ont ainsi été notifiés aux locataires au cours du bail.
A.c. Par avis comminatoires du 9 septembre 2014, adressés par courriers recommandés, les locataires ont été mis en demeure de régler, dans les trente jours, les arriérés de loyer suivants pour l'arcade commerciale, faute de quoi le bail serait résilié en application de l'art. 257d al. 2 CO:
- Loyer du mois de décembre 2013 Frs. 11'433.00
- Loyer du mois d'août 2014 Frs. 11'433.00
- Loyer du mois de septembre 2014 Frs. 11'433.00
Total en notre faveur Frs. 34'299.00
Il en est allé de même pour le bail du garage par avis comminatoire du 9 septembre 2014:
- Loyer du mois de décembre 2013 Frs. 250.00
- Loyer du mois d'août 2014 Frs. 250.00
- Loyer du mois de septembre 2014 Frs. 250.00
Total en notre faveur Frs. 750.00
Ces courriers ont été retirés le 10 septembre 2014, de sorte que le délai comminatoire est arrivé à échéance le 10 octobre 2014.
Les 15 et 25 septembre 2014, soit dans le délai comminatoire, les locataires n'ont versé que la somme de 22'866 fr., correspondant à deux mois de loyer de l'arcade commerciale.
Aucun versement n'a été effectué, dans le délai comminatoire, pour le garage.
A.d. Par avis officiel du 15 octobre 2014, la bailleresse a résilié les baux pour le 30 novembre 2014, au motif que les arriérés de loyer réclamés dans les mises en demeure du 9 septembre 2014 n'avaient pas été réglés dans leur intégralité.
Le 16 octobre 2014, soit après l'échéance du délai comminatoire, les locataires ont versé la somme de 11'433 fr. pour le local commercial. Par courrier de la même date rédigé par B._, ils ont informé la bailleresse qu'ils avaient effectué le paiement d'une mensualité le jour même. Ils s'excusaient d'avoir pris du retard dans le paiement du loyer et précisaient qu'ils verseraient une prochaine mensualité le 21 octobre 2014 pour mettre la situation à jour.
A cette date, ils ont également versé 750 fr. correspondant à trois mensualités pour le garage.
Le 20 octobre 2014, les locataires ont versé 11'433 fr. pour le local commercial. Par courrier du même jour à la régie, B._ a encore écrit que:
" Je savais que nous avions des retards pour nos loyers et je faisais mon maximum pour revenir à jour avec les deux paiements au courant du mois de septembre. Ce que je ne savais pas était que la somme était due dans son intégralité, car je n'étais pas présent pour réceptionner la mise en demeure ".
Le 22 octobre 2014, les locataires ont versé 250 fr. pour le garage.
B.
B.a. Le 14 novembre 2014, les locataires ont contesté le congé devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers. Après l'échec de la conciliation, ils ont porté la cause devant le Tribunal des baux et loyers le 10 février 2015, concluant principalement à l'inefficacité des congés, subsidiairement à leur annulation. Ils se prévalaient du fait qu'ils s'étaient acquittés du loyer de décembre 2013 avant la mise en demeure et qu'ils avaient versé les deux loyers restants les 15 et 25 septembre 2014, soit dans le délai comminatoire.
La bailleresse a conclu à la validité des congés, invoquant notamment que seuls deux loyers avaient été acquittés durant la période comminatoire, le troisième ayant été acquitté trop tard, soit le 16 octobre 2014, alors que le délai comminatoire était arrivé à échéance le 10 octobre 2014.
B.b. Par jugement du 7 septembre 2015, le Tribunal des baux et loyers a déclaré valables les congés notifiés aux locataires le 15 octobre 2014 pour le 30 novembre 2014 concernant l'arcade commerciale et le garage.
Statuant le 18 juin 2018 sur appel des locataires, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a confirmé le jugement de l'instance précédente. Les motifs qu'elle a retenus à l'appui de son arrêt seront discutés dans la partie en droit.
C.
Contre cet arrêt, les locataires ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 17 août 2018, concluant à sa réforme en ce sens que celui-ci soit annulé et, principalement, qu'il soit constaté que les congés du 15 octobre 2014 avec effet au 30 novembre 2014 concernant le local commercial et le garage sont inefficaces, subsidiairement, qu'il soit dit que les congés précités sont annulés. Plus subsidiairement, ils ont conclu à l'annulation du congé portant sur le local commercial et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. Les locataires se plaignent d'arbitraire dans la constatation des faits, ainsi que de violation des art. 87, 257d al. 1, 271 al. 1 CO et de l'art. 2 CC.
La bailleresse intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par les locataires qui ont succombé dans leurs conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF); il est dirigé contre une décision rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF), dans une cause relevant du droit du bail à loyer dont la valeur litigieuse atteint le seuil déterminant de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF; cf. ATF 137 III 389 consid. 1.1 p. 390 s.; 136 III 196 consid. 1.1 p. 197). Le recours en matière civile est recevable, sous réserve de l'examen des griefs particuliers.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). "Manifestement inexactes" signifie ici "arbitraires" (ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1 p. 253; 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.2. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 141 III 86 consid. 2; 140 III 115 consid. 2; 137 III 580 consid. 1.3). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel, tel que la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.), que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
3.
Les recourants se plaignent de la violation de l'art. 87 CO.
3.1. Selon l'art. 86 CO, le débiteur qui a plusieurs dettes à payer au même créancier a le droit de déclarer, lors du paiement, laquelle il entend acquitter (al. 1); faute de déclaration de sa part, le paiement est imputé sur la dette que le créancier désigne dans la quittance, si le débiteur ne s'y oppose immédiatement (al. 2). Lorsqu'il n'existe pas de déclaration valable du débiteur, ou que la quittance ne porte aucune imputation, l'art. 87 al. 1 CO dispose que le paiement s'impute sur la dette exigible; si plusieurs dettes sont exigibles, sur celle qui a donné lieu aux premières poursuites contre le débiteur; s'il n'y a pas eu de poursuites, sur la dette échue la première.
Ainsi, en cas de demeure dans le versement du loyer ou de frais accessoires au sens de l'art. 257d CO, faute de déclaration du locataire sur la dette qu'il entend éteindre par son paiement et faute de communication écrite du bailleur sur l'imputation de ce paiement sur la dette la plus récente, le paiement du locataire doit être imputé sur la dette de loyer qui a donné en premier lieu à des poursuites ou, en l'absence de poursuites, sur la dette de loyer échue la première (Daniel Reudt, in Das schweizerische Mietrecht - SVIT Kommentar, 4e éd., 2018, n. 36 ad art. 257 d CO).
3.2. Dans la mesure où ni les locataires ni la bailleresse n'avaient déclaré à quels mois se référaient les versements effectués pour la location du local commercial, la cour cantonale a considéré qu'il convenait de retenir, en application de l'art. 87 al. 1 CO, que les loyers en retard au moment de l'avis comminatoire étaient les " derniers mois échus ", soit ceux de juillet, août et septembre 2014 et que ce sont les loyers de juillet et août 2014 qui ont été acquittés durant le délai comminatoire.
Les recourants soutiennent que l'application par la cour cantonale de l'art. 87 CO est erronée, puisque rien au dossier ne permet de retenir que le loyer du mois de juillet 2014 n'a pas été payé, ce d'autant qu'il ressort du décompte de la régie que cette mensualité avait été créditée en date du 18 juillet 2014. Aucun des paiements effectués pendant le délai comminatoire ne devrait donc être affecté au mois de juillet 2014, mais devrait être affecté au mois d'août ou septembre 2014, indiqués dans la mise en demeure. En tout état, l'application de l'art. 87 CO par la cour cantonale démontrerait que la situation était tout sauf claire et que les locataires ne pouvaient comprendre de quels mois ils devaient s'acquitter.
L'intimée maintient que le loyer du mois de décembre 2013 est resté impayé et qu'elle pouvait, en vertu de l'art. 86 al. 2 CO, attribuer le double paiement des loyers en mars 2014 aux mois de mars et avril 2014, le loyer se payant d'avance. Elle soutient en outre que peu importe les mois auxquels les paiements ont été imputés, puisque seul comptait le fait qu'il existait encore des arriérés à régler à l'échéance du délai comminatoire.
3.3. Il est établi que, durant la période litigieuse de décembre 2013 à septembre 2014, les paiements effectués par les locataires n'indiquaient pas à quels mois ils se référaient, et que la bailleresse n'a pas communiqué aux locataires les mois sur lesquels elle avait imputé ces paiements. Il en résulte qu'en vertu de l'art. 87 CO, ces paiements ont éteint les mois de loyer échus en premier et que, par conséquent, les loyers demeurés impayés sont ceux échus en dernier. Les sept paiements effectués pendant la période de dix mois considérée (entre décembre 2013 et septembre 2014) ont donc éteint les loyers de décembre 2013 à juin 2014.
Les griefs de violation de l'art. 87 CO sont donc infondés.
4. Au moment de l'envoi de l'avis comminatoire pour le local commercial le 9 septembre 2014, les mois de loyers impayés étaient donc ceux des mois de juillet, août et septembre 2014, comme l'a retenu la cour cantonale. C'est au regard de cette conclusion qu'il y a lieu d'examiner si les locataires ont été induits en " erreur " par l'avis comminatoire les mettant en demeure de payer les loyers des mois de décembre 2013, août et septembre 2014, sous peine de résiliation du bail en vertu de l'art. 257d CO. Les recourants se plaignent de violation de l'art. 257d al. 1 CO et d'arbitraire dans la constatation des faits.
4.1. A teneur de l'art. 257d al. 1 CO, lorsque, après réception de la chose, le locataire a du retard pour s'acquitter d'un terme ou de frais accessoires échus, le bailleur peut lui fixer par écrit un délai de paiement et lui signifier qu'à défaut de paiement dans ce délai, il résiliera le bail. Le délai doit être d'au moins trente jours pour les baux d'habitations ou de locaux commerciaux. L'art. 257d al. 2 CO dispose qu'à défaut de paiement dans le délai fixé, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitations ou de locaux commerciaux peuvent être résiliés moyennant un délai de congé minimum de trente jours pour la fin d'un mois.
L'avis comminatoire doit indiquer le montant arriéré à payer dans le délai de façon suffisamment claire et précise pour que le locataire puisse reconnaître clairement quelles dettes il doit payer pour éviter un congé. Le montant de l'arriéré doit être déterminé (par une indication chiffrée) ou, tout au moins, déterminable (arrêts 4A_306/2015 du 14 octobre 2015 consid. 2; 4A_134/2011 du 23 mai 2011 consid. 3). Ainsi, lorsque l'avis comminatoire désigne précisément les mois de loyers impayés, le montant de l'arriéré est déterminable et une indication chiffrée du montant impayé n'est alors pas indispensable (arrêts précités et arrêt 4C.123/2000 du 14 juin 2000 consid. 3b, in CdB 2000 109). Si les mois de loyers impayés ne sont pas mentionnés et que le montant de l'arriéré indiqué est sans rapport avec la somme effectivement en souffrance, l'avis comminatoire ne satisfait pas aux exigences de clarté et de précision permettant au locataire de reconnaître de combien de mois de loyers il doit s'acquitter dans le délai comminatoire (arrêt 4A_134/2011 précité consid. 3 in fine). En revanche, l'indication d'un arriéré trop élevé n'entraîne pas nécessairement l'inefficacité de l'avis comminatoire: le locataire qui constate une erreur doit la signaler au bailleur, à défaut de quoi il ne mérite pas d'être protégé (arrêt 4A_330/2017 du 8 février 2018 consid. 3.1 et les arrêts cités).
4.2. En ce qui concerne le local commercial, la cour cantonale a retenu qu'il était établi que les locataires n'avaient pas été induits en erreur par les mises en demeure du 9 septembre 2014, lesquelles indiquaient comme loyers arriérés celui de décembre 2013 plutôt que celui de juillet 2014 (tant pour le local commercial que pour le garage), puisque le locataire qui s'était occupé de verser les loyers arriérés avait écrit à la régie pour l'informer qu'il n'avait pas eu personnellement connaissance des mises en demeure et qu'il ne réglait pas l'entier de l'arriéré en raison de difficultés financières rencontrées par l'entreprise, en promettant de se mettre à jour rapidement.
4.2.1. Les locataires recourants se prévalent de ce qu'une confusion régnait dans l'esprit de B._ à réception de l'avis comminatoire, ce qu'ils entendent démontrer par les déclarations de celui-ci en procédure. Selon ses déclarations, B._ était certain qu'il avait payé le loyer de décembre 2013, ce qu'il avait vérifié sur ses décomptes. Il était également certain qu'il était complètement à jour à fin mars 2014, mais savait qu'il n'avait pas payé les loyers des mois d'août et septembre 2014. Il avait appelé la régie à réception de l'avis de résiliation et lui avait ensuite demandé des décomptes (pièces 10bis et 10ter), au motif qu'il ne comprenait pas ce qu'il en était du mois resté impayé. Les recourants se prévalent également de l'interprétation erronée que la cour cantonale aurait faite du courrier de B._ du 20 octobre 2014.
4.2.2. Par cette critique purement appellatoire, les recourants ne démontrent pas que la cour cantonale aurait arbitrairement retenu qu'ils savaient être en retard pour le paiement de trois mois de loyer au jour de l'avis comminatoire. Par courrier du 16 octobre 2014, ils s'excusaient d'avoir pris du retard dans le paiement du loyer: or, en payant ce jour là une mensualité et une seconde le 21 octobre 2014 " pour mettre la situation à jour ", ils se sont certainement mis à jour (pour les loyers de septembre et d'octobre 2014), mais il n'en demeure pas moins que le loyer de septembre n'a pas été payé dans le délai comminatoire échéant le 10 octobre 2014. Quant à leur courrier du 20 octobre 2014, il confirme qu'ils savaient avoir du retard pour le paiement de leurs loyers.
D'ailleurs, même en cas d'incertitude quant aux mois demeurés impayés, alors qu'il est établi que sur la période de 10 mois (de décembre 2013 à septembre 2014), ils ne se sont acquittés que de 7 mensualités pour le local commercial, les locataires ne pouvaient pas se contenter de payer deux mois de loyers au lieu des trois requis, mais devaient prendre contact avec la régie de la bailleresse en vue de clarifier la prétendue erreur de celle-ci. Ayant laissé passer le délai comminatoire et attendu la réception de l'avis de résiliation pour se renseigner auprès de la régie, ils ne méritent aucune protection.
Leurs griefs d'arbitraire dans la constatation des faits et de violation de l'art. 257d al. 1 CO sont donc, pour autant qu'ils sont recevables, infondés.
4.3. En ce qui concerne l'arriéré de trois mois de loyers pour le garage, il résulte des constatations de fait qu'aucun versement n'a été effectué après la réception de l'avis comminatoire du 9 septembre 2014 dans le délai au 10 octobre 2014. Ce n'est en effet que le 16 octobre 2014 que les locataires ont versé le montant de 750 fr. Il s'ensuit que la cour cantonale a correctement appliqué l'art 257d al. 1 CO.
5.
Les recourants se plaignent encore d'une violation de l'art. 271 al. 1 CO en lien avec l'art. 2 CC.
5.1. La jurisprudence admet, mais seulement à titre très exceptionnel, que le congé prononcé conformément à l'art. 257d CO peut contrevenir aux règles de la bonne foi. La notion doit être interprétée très restrictivement, afin de ne pas mettre en question le droit du bailleur à recevoir le loyer à l'échéance. La résiliation peut être contestable lorsque le montant impayé est insignifiant, notamment lorsqu'il ne porte que sur les intérêts moratoires, que le paiement intervient très peu de temps après l'écoulement du délai, à savoir au plus un jour ou deux (DAVID LACHAT, Le bail à loyer, 2008, p. 672 ch. 2.3.6), ou lorsque le bailleur ne résilie le contrat que longtemps après l'expiration du délai. Il a été jugé qu'un montant correspondant à un loyer mensuel, fût-il modeste, ou à des frais accessoires de 165 fr. n'est pas insignifiant à ce titre, et qu'il en va de même d'un retard de huit jours dans le paiement du montant dû. Le fardeau de la preuve d'une résiliation contraire à la bonne foi incombe au locataire (ATF 140 III 591 consid. 1 et 2; arrêts 4A_306/2015 précité consid. 2; arrêt 4A_641/2011 du 27 janvier 2012 consid. 7; arrêt 4A_549/2013 du 7 novembre 2013 consid. 4, in SJ 2014 I 105; LACHAT, op. cit., p. 672 s. ch. 2.3.6 et p. 669 ch. 2.3.1).
5.2. Les locataires recourants se prévalent de ce que les résiliations litigieuses sont contraires à la bonne foi au sens de l'art. 271 al. 1 CO et 2 CC, parce que la bailleresse les a maintenues alors que les loyers d'août et septembre 2014 - seuls loyers impayés selon eux - ont été acquittés dans le délai comminatoire, en faisant fi des recherches de solutions initiées par les locataires et du caractère disproportionné des résiliations au regard des intérêts des locataires à la poursuite du bail. Ils reprochent à la cour cantonale d'avoir uniquement examiné ce grief sous l'angle du droit à la preuve, alors qu'elle aurait dû l'examiner sous l'angle des art. 271 al. 1 CO et 2 CC.
5.3. Dès lors qu'il a été retenu, sans arbitraire, que les locataires savaient qu'ils étaient en retard pour le paiement de trois mois de loyer au jour de l'avis comminatoire, leur grief de violation des art. 271 al. 2 et 2 CC repose sur des faits non constatés. Le montant de 11'433 fr. non payé dans le délai comminatoire pour le local commercial n'est pas insignifiant et son règlement 6 jours plus tard ne saurait faire apparaître la résiliation comme contraire à la bonne foi. Pour le garage, aucun versement n'a été effectué dans le délai comminatoire.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours des locataires doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires et les dépens doivent être mis solidairement à la charge des recourants (art. 66 al. 1 et 5 et 68 al. 1 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Les recourants sont condamnés, solidairement entre eux, à verser à l'intimée une indemnité de dépens de 7'000 fr.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 17 janvier 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt