Faits :
A.
Par décisions du 31 mars 2010 et du 1 er avril 2010, le Département du territoire du canton de Genève a délivré à B._ SA trois autorisations de construire portant sur sept immeubles de logements soumis au régime de la propriété par étages ainsi qu'un immeuble locatif de logements à vocation socio-médicale sur plusieurs parcelles de la commune de Thônex (GE) appartenant à A._ SA, sises en zone de développement 4A et régies par un plan de quartier. Selon le plan financier initial, le prix de revient était fixé à 55'950'000 fr. Conformément à une décision de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (OCLPF) du 16 octobre 2009, il s'agissait d'un prix de revient forfaitaire fin de chantier (FFC) à l'exception de deux postes. Selon l'accord de principe de vente du 22 février 2010, toute modification du projet devait faire l'objet d'une approbation préalable de l'OCLPF, faute de quoi l'accord de principe deviendrait caduc de plein droit.
Le 10 juin 2010, A._ SA a établi un plan financier intermédiaire indiquant un prix de revient de 55'20 0'000 fr. sur la base duquel l'OCLPF a donné son accord provisoire de vente. Par décisions du 27 juin 2016 et du 18 juillet 2016, le Département du territoire a délivré des autorisations complémentaires de construire requises par B._ SA. Le 17 octobre 2016, A._ SA a établi un plan financier définitif au prix de revient de 56'860'000 fr. ramené par la suite à 56'120'000 fr. Par accord définitif de vente du 25 mai 2018, l'OCLPF a approuvé le plan financier définitif établi le 16 avril 2018 au prix de revient à 49'901'028 fr. ainsi que le plan de vente de la même date. Le prix du terrain s'élevait à 9'000'000 fr., celui de la construction à 33'676'832 fr. Les intérêts intercalaires étaient nuls et les frais de notaire et de création de cédules étaient de 619'304 fr.
B.
Par jugement rendu le 9 mai 2019, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a partiellement admis le recours déposé contre cette décision par A._ SA et dit que l'accord définitif de vente devait être modifié: le poste n° 112 (droits de mutation et frais d'acquisition) était fixé à 461'527 fr., le poste n° 154 (cahier de la PPE et du géomètre) à 57'500 fr. et le poste n° 18 (coût total) était augmenté de 519'027 fr. La décision attaquée a été confirmée pour le surplus.
Par arrêt du 6 octobre 2020, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a partiellement admis le recours formé par A._ SA. La recourante ne pouvait se prévaloir du prix de revient forfaitaire arrêté en 2010 car elle avait apporté, sans demander d'accord préalable, des modifications au projet ayant nécessité des demandes complémentaires d'autorisations de construire. La recourante ne pouvait réclamer un prix du terrain supérieur à celui qui avait été arrêté dans l'accord définitif. Le montant des intérêts intercalaires effectivement payés n'avait pas été prouvé. Le poste n° 152 (frais de notaire et création de cédules) a toutefois été augmenté de 319'659,45 fr. correspondant aux remboursements de frais de cédules aux acheteur. Tenant compte de cette modification, de celles apportées par le TAPI, de la décision de l'OCLPF du 25 mai 2018 et d'un accord survenu entre les parties en novembre 2018, la Chambre administrative a elle-même établi un nouveau plan financier. Dans son dispositif, elle a annulé le jugement du TAPI concernant le poste n° 152 du plan financier, ce poste étant porté à 938'963 fr., et confirmé pour le surplus le jugement du TAPI. Elle a constaté la teneur finale du plan financier au sens des considérants et renvoyé le dossier à l'OCLPF pour adaptation du plan de vente du 16 avril 2018 par rapport à la teneur finale du plan financier définitif.
C.
Agissant le 9 novembre 2020 par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt.
La Chambre administrative persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCLPF conclut au rejet du recours. Les parties ont ensuite persisté dans leurs conclusions.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement les recours qui lui sont soumis.
1.1. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF), qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (art. 91 let. a LTF) ou qui mettent fin à la procédure à l'égard d'une partie (art. 91 let. b LTF). Il l'est également contre certaines décisions préjudicielles et incidentes. Il en va ainsi de celles qui concernent la compétence et les demandes de récusation (art. 92 LTF). Quant aux autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément, elles peuvent faire l'objet d'un recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.2. Dans son arrêt, la Chambre administrative a annulé le jugement du TAPI et la décision de l'OCLPF du 25 mai 2018 en ce qui concerne le poste n° 152 du plan financier définitif qu'elle a porté à 938'963 fr. Elle a confirmé le jugement de première instance pour le surplus et constaté la teneur finale du plan financier définitif, arrêtant le prix de revient à 51'033'714 fr. Elle a renvoyé le dossier à l'OCLPF pour qu'il adapte en conséquence le plan de vente du 16 avril 2018. L'arrêt attaqué s'analyse ainsi comme une décision de renvoi quand bien même il arrête définitivement le plan financier définitif figurant dans l'accord définitif de vente (ATF 139 V 99 consid. 1.3 p. 101). De telles décisions revêtent en règle générale un caractère incident et, sous réserve de celles qui tombent dans le champ d'application des art. 92 et 93 LTF, ne sont pas susceptibles d'être attaquées immédiatement alors même qu'elles tranchent de manière définitive certains aspects de la contestation. Elles sont toutefois tenues pour finales lorsque le renvoi a lieu uniquement en vue de son exécution par l'autorité inférieure sans que celle-ci ne dispose encore d'une liberté d'appréciation notable (ATF 144 V 280 consid. 1.2 p. 283).
1.3. La Chambre administrative a renvoyé le dossier à l'OCLPF pour qu'il adapte le plan de vente du 16 avril 2018 en fonction du plan financier définitif fixé dans son arrêt. Ce plan fixe, pour les 63 logements prévus, le prix de vente autorisé en fonction du prix de vente global admis par l'autorité. L'OCLPF devra ainsi procéder à une nouvelle répartition. La recourante estime, dans un premier temps, que l'arrêt attaqué de la Chambre administrative serait une "décision finale partielle" au sens de l'art. 91 let. a LTF. Il ne s'agit toutefois pas d'une décision qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause. Dans un second temps, la recourante affirme que l'arrêt attaqué doit être qualifié de décision incidente et qu'elle subirait un préjudice juridique irréparable si elle devait attendre que l'OCLPF rende une décision finale suite à l'arrêt de renvoi de la Cour de justice. Par ces explications, la recourante ne parvient pas à démontrer que les conditions de recevabilité de l'art. 93 al. 1 LTF sont remplies, alors que cette démonstration lui incombe (ATF 141 IV 284 consid. 2.3). On pourrait certes se demander si l'on ne se trouve pas plutôt en présence d'une décision finale au sens de l'art. 90 LTF au motif que l'OCLPF ne disposerait plus d'une liberté d'appréciation notable. Cette question, qu'il n'est pas évident de résoudre en l'état, peut demeurer indécise compte tenu de ce qui suit. Il en va de même de la question de savoir si les conclusions formulées par la recourante - qui se limite en définitive à demander formellement l'annulation de l'arrêt attaqué - satisfont aux exigences de l'art. 42 al. 1 LTF et de la jurisprudence y afférente (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3; 136 IV 131 consid. 1.2).
2.
La recourante demande que l'état de fait retenu par la cour cantonale soit complété sur trois points. Premièrement, son représentant aurait affirmé en audience du 16 juin 2020 que les intérêts hypothécaires étaient établis dans le plan financier initial selon le taux de référence majoré de 1%; ils pouvaient être revus selon les intérêts effectivement payés en fonction de l'évolution du taux hypothécaire lors du plan financier définitif. L'allégation de la recourante selon laquelle le prix du terrain de 9'000'000 fr. n'était pas conforme à l'évaluation du 25 août 2008 aurait également été ignorée. L'arrêt attaqué passerait enfin sous silence différentes pièces (trois études établies en août 2019) produites par la recourante le 22 août 2019.
2.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. En l'occurrence, la recourante se plaint certes du défaut de prise en compte de certaines pièces et allégations par la cour cantonale. Elle omet toutefois d'expliquer, à l'appui de son grief, en quoi ces éléments seraient susceptibles de modifier l'appréciation juridique du cas. En outre, les éléments en question ne sont pas des faits proprement dits mais pour l'essentiel des allégués de parties; s'ils ne sont pas expressément mentionnés dans l'arrêt attaqué, ils n'ont pas non plus été contestés ou niés par la cour cantonale et, dans la mesure où ces allégués ressortent du dossier, rien n'empêche la recourante de les reprendre à l'appui de son recours. En tant qu'il est recevable, le grief doit donc être rejeté.
3.
Se plaignant d'arbitraire, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que le prix de revient forfaitaire fin de chantier ne s'appliquait plus en raison des modifications apportées au projet, alors qu'aucune décision formelle de révocation n'avait été prononcée. Les préavis de l'OCLPF du 3 juin 2016 ne mentionnaient pas clairement que le forfait avait été modifié. Les conditions d'une révocation n'étaient de toute manière pas remplies, en présence de droits acquis et faute d'intérêts prépondérants.
3.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions cantonales applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 170 consid. 7.3). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.2. L'art. 5 de la loi générale sur les zones de développement du canton de Genève du 29 juin 1957 (LGZD, RS/GE L 1 35) prévoit notamment que les bâtiments d'habitation destinés à la vente, quel que soit le mode d'aliénation, doivent répondre par le nombre, le type et le prix des logements prévus, à un besoin prépondérant d'intérêt général (al. 1 let. b). Des garanties doivent être fournies pour assurer le respect des restrictions dont l'autorisation de construire est assortie (let. d). Les plans techniques et financiers, notamment les normes applicables au plan de vente et aux réserves pour entretien, doivent être préalablement agréés par le département (al. 2). Toute modification qui intervient en cours de construction doit être signalée et faire, le cas échéant, l'objet d'un nouvel agrément. La loi prévoit ainsi clairement un contrôle des prix de vente (al. 3) afin que les logements correspondent à un besoin d'intérêt général.
Selon l'art. 13 al. 1 du règlement d'application de la LGZD du 20 décembre 1978 (RGZD, RS/GE L 1 35.01), le requérant doit fournir, avec la demande d'autorisation de construire: a) l'estimation du prix de revient de l'opération; b) les modalités du financement et de son coût; c) le plan financier d'exploitation. Le requérant peut en outre être astreint à fournir tous renseignements complémentaires et à produire toutes pièces justificatives nécessaires à l'application de la loi et du règlement (al. 2). Le règlement prévoit expressément qu'après l'approbation du plan localisé de quartier (PLQ) permettant l'application des règles sur la zone de développement, le requérant présente un plan financier (art. 4 RGZD). L'art. 25 al. 1 RGZD renvoie aux dispositions du règlement d'application du 24 août 1992 de la loi générale sur le logement et la protection des locataires (RGL, RS/GE I 4 05.01) s'agissant notamment de la procédure (art. 66 ss RGL). Si l'autorité accepte la demande préliminaire, elle rend un accord de principe qui permet la mise au bénéfice de la loi (art. 68 RGL). Le bénéficiaire de l'accord de principe doit, pour obtenir définitivement le bénéfice de la loi, présenter une demande au service compétent (art. 75 al. 1 RGL). Il doit fournir notamment un plan financier définitif complet ainsi que tous les justificatifs requis concernant le prix de revient définitif global de l'opération (art. 76 let. b et c RGL). Avant la décision définitive, le requérant peut conclure des ventes, pour autant que l'autorité donne son accord provisoire (art. 73 al. 1 RGL par analogie avec la mise en location provisoire), sur la base également d'un plan financier et de pièces à l'appui (art. 74 RGL). Plusieurs décisions doivent ainsi être successivement rendues au gré de l'avancement du projet (accord de principe, autorisation provisoire et définitive de vente) et en fonction de l'évolution des coûts de la construction, mais dans le respect des plafonnements fixés dans l'accord de principe initial (arrêt 1C_676/2017 du 24 janvier 2019 consid. 3.5).
Selon la pratique cantonale non contestée par la recourante, la fixation d'un prix de revient forfaitaire fin de chantier (FFC) permet de simplifier la procédure de contrôle. La demande de prix de revient FFC doit être faite avant la délivrance de l'accord de principe et peut être acceptée au plus tard au moment de l'entrée en force de l'autorisation de construire. Certains postes peuvent en être exclus et sont donc revus ultérieurement en fonction des dépenses effectives.
3.3. Dans son accord de principe, l'office cantonal a arrêté un prix de revient de 55'950'000 fr. pour les immeubles, précisant qu'il s'agissait d'un prix forfaitaire fin de chantier. Deux postes (115 et 151) devaient encore être revus pour l'accord provisoire de vente. Cette décision indique que la validité de l'accord est liée à celle de l'autorisation de construire et que tout changement apporté au plan financier ou au projet de construction devra faire l'objet d'un nouvel accord.
Il ressort ainsi clairement du système légal et des décisions prises en l'espèce que la mise au bénéfice du prix de revient FFC était subordonné à la condition qu'aucun changement ne soit apporté au projet. Or, la recourante ne conteste pas avoir modifié son projet en cours de route sans requérir d'accord préalable, sur des points qui ont nécessité de nouvelles autorisations de construire. Dans ses trois préavis sur ces demandes, du 7 août 2015, l'OCLPF relève qu'au vu de ces modifications importantes, le forfait fin de chantier accordé le 22 février 2010 n'est plus d'actualité, la recourante étant invitée à produire un décompte final détaillé et certifié conforme. Dans trois nouveaux préavis du 3 juin 2016, le même office relève que par rapport aux plans soumis pour la mise en vente, le volume des garages a été réduit, la largeur des immeubles et la surface des attiques ont été augmentées et des avants-toits ont été supprimés. Les salles de douche avec WC ont été remplacées par des réduits dans 49 logements, certaines fenêtres coulissantes remplacées par des fenêtres à vantaux pour 90 pièces et des armoires supprimées dans 160 pièces. La moins-value était estimée à 284'562 fr. Il est à nouveau précisé que le prix de revient forfaitaire n'est plus d'actualité.
La caducité de l'accord initial en raison de la violation d'une des conditions fixées dans celui-ci est conforme aux dispositions légales. Elle a été clairement rappelée à plusieurs reprises dans les décisions de l'autorité et ne nécessitait nullement une décision formelle de révocation. Il n'y a aucun arbitraire sur ce point.
3.4. La recourante ne peut non plus prétendre, sur le vu de ce qui précède, avoir reçu des assurances quant au maintien du prix de revient forfaitaire. L'accord de principe du 22 février 2010 était assorti d'une condition, soit le respect des autorisations de construire, respectivement la soumission préalable de tout changement à l'OCLFP. Contrairement à ce que soutient la recourante, aucune des décisions rendues par la suite n'évoque le maintien du prix forfaitaire, celui-ci ayant au contraire été clairement exclu dans les préavis rendus aux mois d'août 2015 et juin 2016. La condition essentielle pour la protection de la bonne foi, soit une assurance de la part de l'autorité (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2; 137 I 69 consid. 2.5.1), fait ainsi défaut. Le bénéfice du prix de revient forfaitaire ayant été exclu à juste titre, la recourante ne saurait non plus se plaindre d'une motivation insuffisante des autorisations complémentaires de construire délivrées en 2016.
Les griefs relatifs au prix de revient FFC doivent par conséquent être écartés.
4.
4.1. La recourante conteste ensuite différents postes du plan financier définitif, en premier lieu le prix du terrain. Elle relève s'être trompée en indiquant un prix de 9'000'000 fr. au lieu de 10'652'000 fr., et considère que cette erreur pourrait être réparée dans la mesure où cela n'affecte pas le prix global et les montants payés par les acheteurs. La recourante estime qu'il serait contradictoire de revoir l'ensemble des postes à l'occasion du plan financier définitif, mais de refuser un ajustement du prix de vente du terrain.
Le prix de 9'000'000 fr. est celui qui figurait dans les plans financiers initiaux, ainsi que dans le plan financier du 28 mars 2016, établi par la recourante après que la caducité du prix FFC lui a été confirmée. La recourante se contente d'affirmer qu'il serait "assez choquant" de refuser de revoir le prix du terrain, sans toutefois démontrer où résiderait l'arbitraire. Le prix du terrain constitue en effet une donnée de base qui doit être établie dès le plan financier initial (arrêt 1C_676/2017 du 24 janvier 2019 consid. 3.4) et que la recourante ne saurait donc modifier par la suite en invoquant une simple erreur.
4.2. S'agissant de la suppression des intérêts intercalaires forfaitaires de 4% (poste 151), la recourante estime qu'elle ne serait pas motivée. Selon les déclarations du directeur de l'OCLPF, les intérêts seraient établis lors du plan financier initial sur la base du taux de référence majoré de 1%, de sorte qu'ils auraient dû en l'occurrence être fixés au minimum à 2,5%. Se plaignant d'une violation du principe d'égalité de traitement, la recourante relève que pour les postes 113 et 153 ainsi que le poste 151 de la partie sociale de la promotion, un forfait de 4% a été admis. D'un point de vue formel, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que les attestations produites par la banque différaient légèrement, alors qu'elle devait, selon le droit de procédure applicable (art. 9 de la loi genevoise sur la procédure administrative - LPA, RS/GE E 5 10), établir les faits d'office.
Comme cela est relevé ci-dessus, la révocation du prix forfaitaire a pour conséquence que différents postes pouvaient être réévalués selon les coûts effectifs. La recourante ne peut donc se prévaloir ni du montant retenu pour la partie de la promotion toujours soumise au forfait, ni des déclarations du représentant de l'OCLPF qui s'exprimait sur la fixation du budget lors de l'élaboration du plan financier initial. Tant la décision de l'OCLPF que le jugement du TAPI considèrent que les intérêts intercalaires liés au projet litigieux n'ont pas été établis. Dans la procédure devant la Chambre administrative ont été produits un courriel d'un employé de la banque ne précisant ni la nature des intérêts, ni le projet de construction concerné, un courrier de la banque (produit en réplique) ne précisant pas non plus que les comptes de construction seraient liés au projet concerné et comportant des montants différents du premier document, et enfin un second courrier du 16 août 2020 de même contenu que le précédent mais ne mentionnant qu'un seul compte, sans toutefois établir qu'il s'agissait du compte relatif au projet en question. Dans son arrêt, la Chambre administrative relève que lors de l'audience du 16 juin 2020, la recourante avait admis elle-même qu'il était difficile de comprendre quels intérêts avaient été effectivement acquittés, et avait indiqué qu'elle documenterait dans le détail les intérêts payés, les périodes, le capital et les taux appliqués. Force est de constater que la recourante n'a pas donné suite à cet engagement et ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale de ne pas avoir suffisamment instruit la question, d'autant plus qu'il s'agissait d'éléments ressortant de la sphère de la recourante.
S'il a en définitive été constaté que le montant des intérêts intercalaires n'avait pas été établi, ce n'est d'ailleurs pas seulement en raison des différences de montants figurant dans les documents produits, mais aussi par le fait qu'il n'était pas possible de rattacher ces montants au projet concerné. L'appréciation de la cour cantonale ne saurait dès lors être considérée comme arbitraire.
5.
Dans un dernier grief, la recourante se plaint d'une atteinte disproportionnée à la garantie de la propriété et à la liberté économique. Elle relève que son plan financier se retrouverait amputé d'environ 5 millions de francs, soit presque 10% du montant de la promotion qu'elle devrait rembourser aux acquéreurs. La cour cantonale aurait méconnu trois études versées au dossier par la recourante démontrant que les modifications apportées au projet étaient mineures. Elle critique l'application à la cause de pratiques et de directives non publiées.
5.1. La garantie de la propriété et la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst., soit notamment en vertu d'une base légale. Dans le cadre de l'examen de cette base légale, les griefs de violation de la garantie de la propriété et d'atteinte à la liberté économique se confondent généralement (cf. ATF 111 Ia 23 consid. 4a p. 29) et peuvent être examinés ensemble (arrêt 1C_496/2012 du 12 février 2013 consid. 3 in SJ 2013 I 492). Lorsque l'atteinte est grave, outre que la base légale doit être une loi au sens formel, celle-ci doit être claire et précise (ATF 140 I 168 consid. 4 p. 170; 119 Ia 362 consid. 3a p. 366; 115 Ia 333 consid. 2a p. 336). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (ATF 140 I 168 consid. 4 p. 170; 135 III 633 consid. 4.3 p. 637; 131 I 333 consid. 4.2 p. 340). Le Tribunal fédéral examine alors librement la légalité de la mesure en question (ATF 126 I 219 consid. 2c p. 222 et les arrêts cités). Si la restriction n'est pas grave, il se borne à examiner si la juridiction cantonale a interprété de manière arbitraire la norme invoquée comme base légale (cf. ATF 130 I 360 consid. 1.2 p. 362; 126 I 213 consid. 3a p. 218, 126 I 219 consid. 2c p. 221 et les arrêts cités).
5.2. Selon la jurisprudence, on ne saurait voir dans le contrôle exercé par l'Etat une atteinte grave aux droits constitutionnels précités. Ce contrôle constitue en effet une contrepartie au droit de construire en zone de développement, après déclassement du terrain et adoption préalable d'un plan localisé de quartier. Le promoteur ne se trouve ainsi nullement privé d'un attribut essentiel de son droit de propriété. Faute d'une atteinte grave, l'application de la réglementation cantonale doit être examinée sous l'angle restreint de l'arbitraire (arrêt 1C_676/2017 du 24 janvier 2019 consid. 3.2). Le grief se confond ainsi avec les griefs examinés précédemment, et doit être rejeté dans la même mesure. Comme cela est relevé ci-dessus, les modifications apportées au projet sans accord préalable sur des points qui ont nécessité de nouvelles autorisations de construire, ne peuvent être considérées comme négligeables. Enfin, la pratique de l'administration est fondée sur les dispositions légales et réglementaires précitées et la recourante ne prétend pas que cette pratique s'écarterait de ce cadre. Le grief s'avère lui aussi mal fondé.
6.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 5 mai 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Kurz