Faits :
A.
Par contrat du 18 novembre 2015, V._ et W._ (ci-après: les locataires ou les demandeurs ou les intimés) ont pris à bail un appartement en duplex, de 4,5 pièces au rez-de-chaussée d'une surface de 121,3 m2, dans un complexe immobilier comprenant 19 bâtiments locatifs (149 logements, 4 surfaces commerciales et 4 dépôts) et deux parkings souterrains à Rolle, qui a été construit en deux étapes entre mars 2004 et fin septembre 2007 et qui appartient à la société A._ SA (ci-après: la bailleresse ou la défenderesse ou la recourante) depuis 2009.
Le loyer initial convenu est de 2'490 fr. par mois, auquel s'ajoute un acompte de 250 fr. pour le chauffage, l'eau chaude et les frais accessoires. Selon la formule officielle de notification de loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail du même jour, le précédent locataire de l'appartement payait un loyer de même montant depuis le 1er juillet 2011. Il y était indiqué que le loyer proposé se situait dans les limites des loyers usuels du quartier.
Les locataires ont conclu un second contrat de bail le même jour, portant sur une place de parc intérieure à compter du 15 janvier 2016 et pour une durée de cinq ans renouvelable. Le loyer initial convenu est de 130 fr. net par mois. La formule officielle de notification de loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail, également établie le 18 novembre 2016, indique que le précédent locataire de la place de parc payait un loyer de même montant depuis le 1er février 2008. Il y était également indiqué que le loyer se situait dans les limites des loyers usuels du quartier.
B.
Les locataires ont contesté leur loyer initial par requête déposée devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de Nyon, puis, ayant refusé la proposition de jugement qui leur a été faite et ayant obtenu une autorisation de procéder, ils ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 22 mai 2017.
Requérant que le loyer soit fixé sur la base du rendement net, les locataires ont conclu, dans leurs dernières conclusions, que le loyer initial de leur appartement soit réduit de 2'490 fr. par mois à 1'071 fr. par mois, à la réduction de la garantie de loyer à un montant qui ne soit pas supérieur à trois mois de loyer nouvellement fixé et à la restitution du trop-perçu. Concernant le loyer de la place de parc, ils ont conclu à ce que celui-ci soit réduit de 130 fr. à 80 fr. par mois, à la restitution du trop-perçu et le tout avec intérêts.
La bailleresse a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 8 janvier 2019, le Tribunal des baux a fixé le loyer net initial des demandeurs à 1'280 fr. dès le 15 janvier 2016 pour l'appartement, et à 80 fr. dès le 15 janvier 2016 également pour la place de parc. Il a réduit le montant de la garantie de loyer de l'appartement à 3'840 fr.
Statuant le 2 décembre 2019, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel de la bailleresse et a confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 6 décembre 2019, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 17 janvier 2020, concluant à sa réforme en ce sens que, en substance, le loyer net initial de l'appartement des locataires soit fixé à 2'490 fr. par mois, que le loyer net initial de la place de parc soit fixé à 130 fr. par mois et que le montant de la garantie de loyer demeure fixé à 7'470 fr. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
Les locataires intimés concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
La bailleresse recourante a déposé des observations, auxquelles les locataires intimés ont déclaré n'avoir rien à ajouter.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. c LTF et 100 al. 1 LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire de contestation du loyer initial du bail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'art. 42 al. 2 LTF, il n'examine pas, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (ATF 141 III 86 consid. 2 p. 88; 137 III 241 consid. 5; 137 III 580 consid. 1.3 p. 584), à moins que la violation du droit ne soit manifeste (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 116; arrêt 5A_621/2013 du 20 novembre 2014 consid. 2.2, non publié aux ATF 141 III 53). Dès lors qu'une question est soulevée, le Tribunal fédéral entre en matière, mais il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
3.1. La cour cantonale a examiné les seuls griefs de la bailleresse appelante, au nombre de cinq.
Premièrement, elle a considéré que le sort des prétendus faits omis est lié à celui des moyens de droit, et que ceux-là s'avèrent non pertinents au regard de ceux-ci.
Deuxièmement, elle a estimé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de la jurisprudence sur la priorité du critère du rendement net de l'art. 269 CO par rapport à celui des loyers usuels de la localité ou du quartier de l'art. 269a let. a CO.
Troisièmement, elle a estimé que la ventilation du rendement net entre les différents logements du complexe pouvait être effectuée sur la base de la clé de répartition qu'est la surface habitable par m2, écartant les griefs de la bailleresse à cet égard.
Quatrièmement, bien qu'elle ait constaté que la bailleresse n'avait produit qu'une partie infime des pièces requises, elle a jugé que les pièces prises en considération par le tribunal pour calculer le rendement net étaient suffisantes, de sorte que le recours à des statistiques n'entrait pas en ligne de compte.
Cinquièmement, elle a jugé qu'il n'était pas possible de substituer aux coûts d'investissement des valeurs abstraites et que les valeurs prises en considération pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier n'étaient pas critiquées, ni non plus le calcul du rendement net de l'appartement effectué par les premiers juges.
3.2. Du recours déposé, la Cour de céans retient que la bailleresse recourante invoque l'absence de prise en considération des loyers payés par les précédents locataires des objets loués (lesquels avaient été fixés sur la base des loyers du marché, et non du rendement net) en violation d'une liste de dispositions constitutionnelles, l'interprétation des notions de loyer abusif et de rendement excessif en violation d'une liste de dispositions constitutionnelles, un établissement de fait lacunaire (art. 105 al. 2 LTF), l'absence de prise en compte dans la fixation du loyer des spécificités et caractéristiques des objets loués, le fait qu'aucune violation de son devoir de collaboration ne lui est imputable, la prise en compte de valeurs irréalistes pour l'appréciation du prix de revient, la lésion au vu de la prestation fournie par elle aux locataires et l'absence de prédominance de l'art. 269 CO sur l'art. 269a CO.
3.3. Les intimés estiment que les conditions d'un changement de jurisprudence s'agissant du critère de la priorité de l'art. 269 sur l'art. 269a let. a CO ne sont pas remplies.
4.
Dans deux griefs, portant des titres différents, la bailleresse recourante critique en réalité, d'une part, la prédominance de l'art. 269 sur l'art. 269a let. a CO et requiert un changement de la jurisprudence adoptée dans l'ATF 124 III 310, soit de la priorité du critère des coûts sur le critère des loyers usuels. D'autre part, elle critique la méthode suivie par la jurisprudence pour contrôler si le loyer initial convenu était abusif (interprétation inconstitutionnelle de la notion de loyer abusif au sens des art. 269-269a CO).
4.1. Avant d'examiner la question de la priorité des critères, il s'impose de rappeler les règles légales et les principes jurisprudentiels applicables en cas de contestation du loyer initial.
4.1.1. En vertu de l'art. 270 al. 1 CO, le locataire peut contester le loyer initial qu'il estime abusif au sens des art. 269 et 269a CO. Selon l'art. 269 CO, le loyer est abusif lorsqu'il permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée et selon l'art. 269a let. a CO, il est présumé non abusif lorsqu'il se situe dans les limites des loyers usuels dans la localité ou dans le quartier.
Le contrôle de l'admissibilité du loyer initial ne peut s'effectuer qu'à l'aide de la méthode absolue, laquelle sert à vérifier concrètement que le loyer ne procure pas un rendement excessif au bailleur compte tenu des frais qu'il doit supporter ou des prix du marché. Dans l'application de la méthode absolue, les deux critères absolus que sont le critère du rendement net (fondé sur les coûts) et le critère des loyers du marché (i.e. les loyers comparatifs appliqués dans la localité ou le quartier) sont antinomiques, et partant exclusifs l'un de l'autre. Ainsi, le critère fondé sur un calcul concret et individuel du coût (soit le rendement net) ne peut pas être mélangé avec des facteurs liés au marché, tel qu'une valeur objectivée de l'immeuble (ATF 139 III 13 consid. 3.1.2 p. 15; 120 II 240 consid. 2 p. 242; arrêts 4A_581/2018 du 9 juillet 2019 consid. 3.1.1; 4A_191/2018 du 26 mars 2018 consid. 3.1; 4A_400/2017 du 13 septembre 2018 consid. 2.1 non publié à l'ATF 144 III 514; 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.2).
4.1.2. Le critère absolu du rendement net de l'art. 269 CO se base sur le rendement net des fonds propres investis. Le loyer doit, d'une part, offrir un rendement raisonnable par rapport aux fonds propres investis et, d'autre part, couvrir les charges immobilières (ATF 141 III 245 consid. 6.3 et les références citées). Le loyer est ainsi contrôlé sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné, sans égard aux accords antérieurs passés avec le locataire, lesquels ne sont pris en considération que dans l'application de la méthode relative (arrêts 4A_581/2018 précité consid. 3.1.1; 4A_191/2018 précité consid. 3.1; 4A_239/2018 du 19 février 2019 consid. 5.2; sur la méthode de calcul du rendement net, cf. consid. 5.1 ci-dessous).
4.1.3. Le critère absolu des loyers usuels de la localité ou du quartier de l'art. 269a let. a CO est fondé sur les loyers du marché. L'art. 11 OBLF [RS 221.213.11] détermine les loyers déterminants pour le calcul de ceux-là: il s'agit des loyers de logements comparables à la chose louée quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction (al. 1), à l'exclusion des loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché (al. 3). Les statistiques officielles doivent être prises en considération (al. 4). Ces prescriptions correspondent à celles de l'ancien droit, qui figuraient à l'art. 15 al. 1 let. a AMSL (seul le critère de la dimension y a été expressément ajouté; cf. ATF 123 III 317 consid. 4 p. 319 et la référence à la doctrine).
La preuve des loyers usuels dans la localité ou le quartier (art. 269a let. a CO) peut être dès lors apportée au moyen de deux méthodes (cf. art. 11 al. 1 et 4 OBLF; cf. ATF 141 III 569 consid. 2.2.1 p. 572; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2).
4.1.3.1. Premièrement, il est possible de se baser sur des logements de comparaison, lesquels doivent être au nombre minimal de cinq et présenter, pour l'essentiel, les mêmes caractéristiques que le logement litigieux quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction, tout en tenant compte de l'évolution récente de leurs loyers au regard du taux hypothécaire et de l'indice suisse des prix à la consommation (IPC) (ATF 141 III 569 consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.3 p. 574; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2 et 2.2.2.2). L'art. 11 al. 3 OBLF prescrit d'exclure les loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché.
4.1.3.2. Deuxièmement, le juge peut appliquer la méthode des statistiques officielles (art. 11 al. 4 OBLF). Celles-ci doivent satisfaire aux exigences de l'art. 11 al. 1 OBLF, et partant contenir des données chiffrées suffisamment différenciées et dûment établies sur les critères précités (ATF 141 III 569 consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.2; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2.1).
4.2. Depuis l'ATF 124 III 310 consid. 2, qui reprend la jurisprudence rendue sous l'empire de l'AMSL et dont la portée avait encore été étendue en ce sens que le moyen de défense du locataire fondé sur le rendement exagéré de la chose louée devait pouvoir être invoqué sans qu'il ait à démontrer la présence d'indices d'abus (ATF 121 III 163, p. 168 et 123 III 76 consid. 4c p. 83), le Tribunal fédéral a adopté le principe de la priorité du critère absolu du rendement net (art. 269 CO) sur celui des loyers usuels de la localité ou du quartier (art. 269a let. a CO), en ce sens que le locataire peut toujours tenter de prouver que le loyer permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif.
Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a considéré qu'il résulte du texte même de l'art. 269a CO que cette disposition pose des présomptions. Les exceptions qui y sont prévues ne sont que subsidiaires, en ce sens qu'elles ne déploient leurs effets que si le demandeur ne parvient pas à renverser la présomption légale, en l'occurrence de la let. a en prouvant que le loyer est abusif au sens de l'art. 269 CO, soit selon le critère du rendement net. Ce n'est donc qu'en cas d'échec du renversement de la présomption ou en cas de difficulté ou d'impossibilité de déterminer le caractère excessif du rendement net, notamment lorsqu'il s'agit d'immeubles anciens, qu'il pourra être fait application du critère des loyers usuels de la localité ou du quartier. Cette jurisprudence n'a ensuite plus varié (cf. les nombreux arrêts cités dans l'arrêt 4A_276/2011 cité ci-après au consid. 5.2.1 in fine).
Dans l'arrêt 4A_276/2011 du 11 octobre 2011 consid. 5, publié in JdT 2012 II 113, constatant que l'ATF 124 III 310 avait soulevé des critiques, l'une d'elles étant que la prééminence donnée au critère du rendement net irait contre la lettre de la loi et la volonté du législateur, le Tribunal fédéral a relevé qu'il est communément admis qu'il existe un antagonisme de fond entre le critère des coûts et celui du marché, chacun répondant à une philosophie différente (avec référence notamment aux ATF 118 II 130 consid. 3a et 117 II 452 consid. 4a, qui parlent de tension entre les deux critères), qu'il s'est penché à maintes reprises sur le rapport entre ces deux critères de fixation, en se référant aux travaux législatifs, et que, vu la difficulté à coordonner ces deux critères, le législateur a cherché une solution pour finalement se résoudre au statu quo. Le Tribunal fédéral a donc adopté une solution en accord avec les travaux législatifs, faisant une exception pour les immeubles anciens pour lesquels les pièces comptables pour calculer le rendement net n'existent souvent plus ou font apparaître que les montants ne sont plus en phase avec la réalité économique. Le Tribunal fédéral a ainsi rejeté le recours au motif qu'il n'existait pas de motifs objectifs sérieux qui justifiaient de modifier la jurisprudence consacrée à l'ATF 124 III 310 (consid. 5.4).
Cette jurisprudence a été reprise, sans discussion, dans les arrêts ultérieurs. L'ATF 144 III 514 a ensuite précisé ce qu'il faut entendre par immeuble ancien: est ancien un immeuble dont la construction ou la dernière acquisition est de 30 ans au moins au début du bail (consid. 3).
4.3. En l'espèce, les conditions strictes posées pour un changement de jurisprudence ne sont pas remplies (ATF 144 III 175 consid. 2 p. 177; 136 III 6 consid. 3).
En effet, la bailleresse recourante qui est représentée par le même mandataire que celui qui avait rédigé le recours dans l'affaire 4A_276/2011, ne se prévaut d'aucun nouveau motif sérieux qui imposerait de procéder à un nouvel examen et d'écarter le principe de la priorité du rendement net. Ainsi, elle expose sa propre interprétation littérale, historique et systématique des art. 269 et 269a CO pour contester toute priorité du critère du rendement net fondé sur les coûts par rapport au critère des loyers usuels fondés sur les loyers du marché, mais elle ne discute pas la motivation de l'arrêt 4A_276/2011 consid. 5.4, dans lequel le Tribunal fédéral a relevé s'être penché sur ces deux critères de fixation antagonistes, et avoir tranché en faveur de la solution qui est en accord avec les travaux législatifs.
Elle ne critique pas non plus le fait que l'art. 269a CO institue des présomptions légales, qui, conformément à leur définition (qui ne sont pas des fictions) peuvent être renversées par la preuve du contraire.
Lorsque la recourante soutient qu'une interprétation conforme à la Constitution doit conduire à mettre sur pied d'égalité le loyer fondé sur les coûts et le loyer du marché et que le contrôle du rendement excessif ne doit se faire qu'en cas d'indices d'abus caractérisé (par ex. seulement en cas de hausse de plus de 10% par rapport au loyer du précédent locataire), elle préconise d'en revenir à la jurisprudence antérieure des ATF 108 II 137 consid. 1a et 112 II 149 consid. 1c, qui ne permettait au juge de s'écarter de la présomption légale de l'art. 269a let. a CO (qui a succédé à l'art. 15 al. 1 let. b et d AMSL) que si le locataire démontrait la présence d'indices d'abus (par ex. l'absence de toute adaptation des loyers lors des différentes baisses du taux de l'intérêt hypothécaire). Ce faisant, elle ne remet pas réellement en cause la priorité de l'art. 269 CO sur l'art. 269a let. a CO, mais entend la subordonner à une condition de façon à rendre plus difficile son invocation.
Or, puisque les deux critères sont antagonistes, il est inévitable que l'un doive prévaloir sur l'autre; or, le critère des loyers usuels ne saurait prévaloir sur celui des coûts, dès lors qu'il serait choquant que le locataire puisse invoquer les loyers usuels pour contester le loyer convenu lorsque le loyer usuel ne garantirait pas un rendement équitable au bailleur.
En tant que la bailleresse propose de prendre en compte la valeur réaliste de l'immeuble (soit le prix du marché actuel pour acquérir un bien équivalent permettant une rentabilité plus élevée, tenant compte ainsi de ce qu'elle qualifie de " coût d'opportunité ", qui correspondrait aux loyers usuels de statistiques non officielles), elle méconnaît que le calcul fondé sur les coûts ne peut pas être mélangé avec des facteurs liés au marché, puisque ces deux critères sont antinomiques.
Au demeurant, en tant qu'elle veut prendre pour référence les statistiques communales, elle méconnaît que celles-ci ne satisfont pas aux exigences de statistiques officielles au sens de l'art. 10 al. 4 OBLF.
Enfin, elle ne soutient pas que l'appartement en cause ferait partie d'un immeuble ancien, ni ne conteste la jurisprudence qui a fixé à plus de 30 ans la durée déterminante pour la qualification d'immeuble ancien.
Pour le reste, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de remettre en cause le système de couplage des loyers avec le taux hypothécaire de référence voulu par le législateur, quand bien même ce dernier terme ne figure pas dans le texte légal (art. 13 OBLF; ATF 133 III 61 consid. 3.2.3). Il ne lui appartient pas non plus d'instaurer un contrôle des loyers de façon à maintenir une égalité entre les locataires de logements comparables, respectivement de bailleurs propriétaires d'immeubles comparables, ni d'assurer la rationalité du marché immobilier.
Au vu de ce qui précède, il est superflu d'examiner les autres griefs d'omission de faits et d'absence de prise en considération des loyers payés par les précédents locataires.
5.
La bailleresse recourante critique ensuite le calcul du rendement net effectué par les instances cantonales en soulevant quatre griefs.
5.1. Il s'impose de rappeler préalablement les principes et le calcul du rendement net développés par la jurisprudence.
Le calcul du rendement net au sens de l'art. 269 CO s'effectue sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné. Seul est déterminant le rendement de la chose louée, soit celui du logement ou du local commercial en cause, à l'exclusion du rendement de l'immeuble entier, voire d'un groupe d'immeubles (ATF 125 III 421 consid. 2d; 120 II 100 consid. 6c). En effet, en cas de disparité entre les loyers des différents appartements ou locaux, résultant par exemple de hausses de loyers intervenues à l'occasion de changements successifs de locataires ou à la suite de rénovations de certains logements, le calcul du rendement sur l'immeuble entier conduirait à des résultats choquants. Dans la pratique toutefois, comme les comptes sont établis pour l'immeuble entier, on commence par déterminer la situation financière de l'immeuble et ce n'est qu'ensuite qu'on ventile le résultat appartement par appartement selon une clé de répartition (arrêt 4A_239/2018 du 19 février 2019 consid. 5.2 et la référence).
Conformément à la jurisprudence, il y a lieu de procéder en 7 étapes pour déterminer le rendement net (arrêt 4A_239/2018 précité consid. 5.2.2) et de tenir compte désormais des deux changements que le Tribunal fédéral vient d'y apporter dans son arrêt 4A_554/2019 du 26 octobre 2020 consid. 8, destiné à la publication:
1° Il faut déterminer tous les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble.
2° Il faut en déduire les fonds empruntés (fonds étrangers), ce qui permet d'obtenir le montant des fonds propres investis.
3° Le 100% des fonds propres investis doit être réévalué pour tenir compte du renchérissement (art. 269a let. e CO), par adaptation au coût de la vie selon l'indice suisse des prix à la consommation (arrêt 4A_554/2019 précité consid. 8.3).
4° Il y a lieu d'appliquer à ces fonds propres investis réévalués le taux de rendement admissible de 2% en sus du taux hypothécaire de référence lorsque celui-ci est égal ou inférieur à 2% (arrêt 4A_554/2019 précité consid. 8.4).
5° Au rendement admissible des fonds propres ainsi obtenu, il faut ajouter les charges immobilières.
6° Il s'agit ensuite de ventiler ce résultat appartement par appartement pour obtenir le loyer admissible de la chose louée en cause.
7° Il faut enfin comparer le loyer admissible pour la chose louée ainsi obtenu avec le loyer actuel, ce qui permettra de déterminer si une majoration du loyer était possible ou non.
5.2. La bailleresse recourante reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir pris en compte des valeurs irréalistes, sans rapport avec la réalité économique, pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier (1ère étape).
5.2.1. Pour déterminer les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble, il convient de prendre en compte le prix d'acquisition et le coût de la construction ou le prix d'achat de l'immeuble construit, ainsi que les travaux à plus-value (à l'exclusion des coûts d'entretien, qui sont intégrés dans les charges, cf. ATF 141 III 245 consid. 6.6). Il n'est pas possible de substituer aux coûts d'investissement d'autres valeurs plus ou moins abstraites, telles que la valeur vénale de l'immeuble, sa valeur fiscale ou sa valeur d'assurance-incendie, celles-ci se référant à des valeurs objectives liées au marché et non aux coûts concrets (ATF 142 III 568 consid. 2.1; 122 III 257 consid. 3b p. 259 s.). Un prix d'achat manifestement exagéré doit être réduit au prix normal (cf. art. 269 in fine CO et art. 10 OBLF; arrêt 4A_465/2015 du 1er mars 2016 consid. 4.2; ATF 125 III 421 consid 2b). La jurisprudence admet également un correctif au prix d'acquisition lorsque le bailleur a acquis le bien à un prix préférentiel, par exemple dans le cadre d'une donation mixte, au motif que l'avantage consenti à celui-ci est destiné exclusivement à le favoriser lui, et non pas ses locataires (arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.4.4 et les arrêts cités).
5.2.2. La cour cantonale a jugé qu'il n'était pas possible de substituer aux coûts d'investissement des valeurs abstraites et que les valeurs prises en considération par le tribunal pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier n'étaient pas critiquées.
C'est à raison que la cour cantonale a confirmé le calcul des premiers juges, fondé sur les coûts d'investissement effectifs, et non sur la valeur vénale ou sur la valeur correspondant au prix actuel du marché.
5.3. Il y a toutefois lieu d'admettre qu'en se plaignant de valeurs irréalistes, de loyers dérisoires ne correspondant plus à la valeur de la mise à disposition des objets loués, de lésion au vu de la prestation qu'elle fournit, la recourante conteste implicitement la revalorisation, limitée à 40%, du prix de revient investi par elle lors de la construction entre 2004 et 2007 (3ème étape) et le taux de rendement admissible de seulement 0,5% en sus du taux hypothécaire de référence (4ème étape) pris en considération dans les calculs du tribunal.
La cause sera donc renvoyée à la cour cantonale pour effectuer le calcul du rendement net en tenant compte du changement de jurisprudence sur ces deux points introduit par l'arrêt 4A_554/2019 consid. 8.3 et 8.4, destiné à la publication, soit en déterminant le rendement net par la revalorisation des fonds propres investis à 100% (et non à 40%) et l'application à ceux-ci d'un taux de rendement admissible de 2% (et non 0,5%) en sus du taux hypothécaire de référence lorsque celui-ci est égal ou inférieur à 2%.
5.4. Pour ventiler le rendement admissible (6ème étape), la cour cantonale a tout d'abord retenu que le tribunal n'a pas constaté de grandes différences de qualité entre les différents logements. Puis, elle a constaté que les premiers juges se sont basés sur l'état locatif, qui contient comme seule clé de répartition la surface habitable par m2 et ne tient aucun compte des autres caractéristiques et spécificités de l'objet litigieux, et elle a reproché à la bailleresse de n'avoir pas démontré l'existence d'une autre clé de répartition qui tiendrait compte d'autres facteurs.
La recourante ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait procédé à des constatations arbitraires ou aurait violé le droit.
En effet, selon la jurisprudence, il appartient au locataire qui conteste le loyer initial d'apporter la preuve que le loyer convenu procure au bailleur un rendement excessif. Mais, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui n'a pas la charge de la preuve (soit le bailleur) doit néanmoins collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'elle est seule à détenir (ATF 142 III 568 consid. 2.1; arrêts 4A_461/2015 du 15 février 2016 consid. 3.2 et 3.3; 4A_17/2017 du 7 septembre 2017 consid. 2.2 et les arrêts qui y sont cités). Il appartenait donc bien à la bailleresse de fournir la clé de répartition qu'elle voulait voir appliquer si elle n'était pas d'accord avec celle résultant de l'état locatif qu'elle avait elle-même appliquée pour la mise en location.
Ainsi, lorsqu'elle soutient qu'il aurait fallu prendre en compte les spécificités et les caractéristiques de l'appartement en duplex, la recourante méconnaît non seulement que c'est le critère des m2 qu'elle a utilisé pour la mise en location, mais encore que la cour cantonale a mis à sa charge le défaut d'établissement d'une autre clé de répartition. Ce n'est ni le tribunal, ni la cour cantonale " qui ont changé la règle du jeu ", mais bien la bailleresse qui avait la charge de fournir les éléments nécessaires au calcul de rendement conformément à une jurisprudence bien établie et qui a violé son devoir de collaboration. Elle ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir ventilé le rendement admissible sur la base du seul critère fourni par elle, soit la surface habitable par m2. C'est ainsi à tort que la recourante soutient qu'un calcul de rendement était impossible.
On relève en outre que si elle a elle-même fixé les loyers sur la base des surfaces des logements, elle n'a donc pas tenu compte ni des spécificités des différents logements, ni des coûts différents d'acquisition des terrains, de sorte qu'elle ne saurait légitimement reprocher à la cour cantonale d'avoir procédé comme elle dans la ventilation du rendement admissible.
Il s'ensuit le rejet de ce grief dans la mesure où il est recevable. Il est par conséquent superflu d'examiner les griefs d'omission de faits en relation avec ce point de droit.
6.
En tant que la bailleresse recourante soutient de manière générale qu'aucune violation de son devoir de collaboration dans l'établissement du rendement net ne lui est imputable, son grief est sans objet dès lors que la cour cantonale a considéré que les pièces prises en considération par le tribunal étaient suffisantes pour calculer le rendement net. Est réservée la violation de son devoir de collaboration admise en relation avec la clé de répartition du rendement admissible entre les différents logements, dont le sort a été scellé au consid. 5.4 ci-dessus.
7.
Au vu des considérants qui précèdent, le recours doit donc être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouveau calcul du rendement net. Dès lors que les griefs de la recourante sont rejetés pour autant que recevables et que le recours est admis en raison du changement de la jurisprudence en matière de calcul du rendement net, il se justifie de répartir les frais judiciaires par moitié entre les parties et de compenser les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis par moitié à la charge des locataires, débiteurs solidaires, et de la bailleresse.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 13 janvier 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron