Faits :
A.
Le 25 août 1993, un permis de construire a été délivré par le Service des constructions de la République et Canton du Jura à l'hoirie A._ (formée aujourd'hui de B._ et C._) pour la reconstruction d'une ferme après incendie, sise sur la parcelle n° 527 de la commune des Bois. L'autorisation de construire était assortie d'une autorisation délivrée par l'Office cantonal des eaux et de la protection de la nature du 14 juin 1993 pour le déversement des eaux usées dans une station d'épuration (STEP) "Purafil" pour huit équivalents-habitants.
Depuis 1993, les propriétaires disposent ainsi d'une station d'épuration des eaux privée. Il s'agit d'une installation à lit bactérien anaérobie, composée de quatre cuves enterrées, contenant des billes favorisant l'activité bactérienne. Les eaux usées pénètrent dans une première cuve de décantation, puis se déversent successivement dans les trois autres, par gravité naturelle. La quatrième cuve est pourvue en son point bas d'un exutoire conduisant aux nappes d'infiltration. Les boues de décantation de la première cuve sont régulièrement vidangées. Elles sont ensuite diluées dans un important volume de purin de ferme, avant épandage.
B.
Par décision du 31 octobre 2017, la Commune des Bois a imparti un délai de six mois aux propriétaires pour adapter leur installation d'épuration des eaux afin que des analyses des eaux de sortie soient réalisables. Elle leur a également imposé de fournir une analyse des eaux usées de leur immeuble chaque année et leur a interdit de manière immédiate d'épandre des boues d'épuration. Les propriétaires ont fait opposition, si bien qu'une séance du Conseil communal a été organisée sur place, à l'issue de laquelle il a été constaté que l'installation n'a pas besoin d'être adaptée, le prélèvement d'eau étant possible.
Après avoir recueilli l'avis de l'Office cantonal de l'environnement, l'autorité communale a rendu le 6 mars 2018 la décision sur opposition dont le dispositif comporte notamment les points suivants:
1. Il est renoncé à l'adaptation de la station d'épuration [...].
2. L'hoirie A._ doit produire un résultat d'analyses relatives à la qualité de l'eau épurée de la station jusqu'au 30 avril 2018.
3. L'épandage des boues d'épuration est interdit avec effet immédiat.
4. Conformément à l'art. 42 al. 3 du Règlement communal concernant les eaux usées, une analyse de la qualité de l'eau rejetée sera présentée chaque année.
5. A l'occasion de chaque vidange, [l'hoirie A._] fera parvenir une copie du bon de transport des boues d'épuration.
6. En cas de non-respect de [la] décision, le Conseil communal décidera de l'exécution par substitution des mesures ordonnées, soit la réalisation d'une analyse, la vidange périodique de la station d'épuration aux frais de [l'hoirie A._].
7. En application de l'art. 292 CP, le Conseil communal se réserve le droit de déposer plainte pénale pour non observation d'une décision de l'autorité.
Par décision du 3 juin 2019, la Juge administrative du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura a rejeté le recours formé par les propriétaires contre la décision communale.
Saisie à son tour, la Cour administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a confirmé ces décisions par arrêt du 10 mars 2020 et imparti un nouveau délai aux propriétaires au 30 avril 2020 pour produire un résultat d'analyses relatives à la qualité de l'eau épurée de la station.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 10 mars 2020 par le Tribunal cantonal. Ils requierent en outre l'octroi de l'effet suspensif.
La cour cantonale renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours. La commune conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Consulté l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) fait valoir que la commune était légitimée à statuer dans le sens de la décision querellée.
Dans un second échange d'écritures, les recourants, la commune et l'OFEV se déterminent à nouveau et confirment leurs conclusions.
Par ordonnance du 11 juin 2020, le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la demande d'effet suspensif.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause relevant du droit de la protection de l'environnement (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'instance cantonale; ils sont particulièrement atteints par l'arrêt attaqué et ont un intérêt digne de protection à sa modification, celui-ci confirmant diverses obligations et interdictions qui leur sont imposées en lien avec leur station d'épuration. Ils ont ainsi qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité sont réunies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Les recourants contestent l'interdiction d'épandage qui leur a été signifiée. Ils font valoir que les résidus provenant de leur installation de traitement des eaux ne sont pas des boues d'épuration, mais des "digestats" - dont l'épandage n'est ni proscrit ni soumis à autorisation - dès lors qu'il s'agirait d'une station d'épuration agricole.
2.1.
2.1.1. A teneur de l'art. 6 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer; l'infiltration de telles substances est également interdite (al. 1); de même, il est interdit de déposer et d'épandre de telles substances hors d'une eau s'il existe un risque concret de pollution de l'eau (al. 2). Les eaux polluées doivent être traitées; leur déversement dans une eau ou leur infiltration sont soumis à une autorisation cantonale (art. 7 al. 1 LEaux). Dans les régions retirées ou dans celles qui ont une faible densité de population, on traitera les eaux polluées par d'autres systèmes que les stations centrales d'épuration, pour autant que la protection des eaux superficielles et souterraines soit assurée (art. 10 al. 2 LEaux). L'art. 13 LEaux précise qu'hors du périmètre des égouts publics, les eaux usées sont évacuées selon l'état de la technique (al. 1), les cantons veillant à ce que la qualité des eaux réponde aux exigences fixées (al. 2).
L'ordonnance du 10 janvier 2001 sur la mise en circulation des engrais (Ordonnance sur les engrais, OEng; RS 916.171) réglemente l'utilisation d'engrais, à l'exception, notamment, des engrais de ferme destinés à être utilisés dans l'exploitation (art. 1 al. 1 et 2 OEng). Les engrais sont des substances servant à la nutrition des plantes (art.5 al. 1 OEng). L'art. 5 al. 2 OEng précise que cela comprend notamment les engrais de ferme et les engrais de recyclage, qui sont définis comme suit au sens de la loi:
- Engrais de ferme: lisier, fumier, produits issus de la séparation du purin, coulage du tas de fumier et des silos et autres résidus provenant d'élevages d'animaux de rente dans des entreprises agricoles ou commerciales, ou de la production végétale de sa propre exploitation agricole ou d'autres exploitations, avec au maximum 20 % de matériel d'origine non agricole, sous une forme traitée ou non traitée (art. 5 al. 2 let. a OEng)
- Engrais de recyclage: engrais d'origine végétale, animale, microbienne ou minérale ou provenant de l'épuration des eaux, tels que: (1) le compost (matières végétales, animales ou microbiennes décomposées de manière appropriée en conditions aérobies), (2) les digestats solides ou liquides (matières végétales, animales ou microbiennes fermentées de manière appropriée en conditions anaérobies; les digestats sont liquides lorsque la teneur en matière sèche n'est pas supérieure à 20 %), (3) les matières végétales non décomposées, telles que sous-produits de l'épluchage de légumes, de distilleries et de cidreries ou tourteaux d'extraction enfouis dans le sol, (4) les boues d'épuration (boues traitées ou non, provenant de l'épuration communale des eaux) (art. 5 al. 2 let. b OEng).
L'art. 1 al. 2 OEng précise que l'utilisation des engrais est au demeurant également régie par les dispositions de l'annexe 2.6 de l'ordonnance du 18 mai 2005 sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim; RS 814.81). L'annexe 2.6 ORRChim précise, à son ch. 1 al. 1, qu'elle reprend les termes employés dans l'OEng.
L'ORRChim interdit ou restreint l'utilisation des substances, préparations et objets mentionnés dans les annexes, qui sont particulièrement dangereux (art. 1 al. 1 let. a ORRChim). L'annexe 2.6 ORRChim édicte les prescriptions applicables aux engrais au sens de l'OEng. Elle prévoit qu'il est interdit de remettre ou d'épandre des boues d'épuration (ch. 2.1 al. 2 et ch. 3.3.1 al. 4 annexe 2.6 ORRChim), celles-ci étant considérées comme des déchets (cf. code 7301 annexe 1 de l'ordonnance du 4 décembre 2015 sur la limitation et l'élimination des déchets [Ordonnance sur les déchets, OLED; RS 814.600]. S'agissant des autres engrais de recyclage (à l'exception des engrais minéraux de recyclage) et des engrais de ferme, leur remise n'est autorisée que si les exigences de qualité, définies par des valeurs limites de teneurs admissibles en polluants, sont satisfaites (ch. 2.1 al. 1 et 2.2.1 annexe 2.6 ORRChim). L'épandage de digestats est autorisé pour un maximum, sur trois ans, de 25 tonnes par hectare pour les digestats solides et de 200 m3 par hectare pour les digestats liquides, à condition que ces volumes n'excèdent pas les besoins des plantes en azote et en phosphore (ch. 3.2.2 al. 1 annexe 2.6 ORRChim), d'autres limitations s'y ajoutant sur une période de dix ans (ch. 3.2.2 al. 2 annexe 2.6 ORRChim). Les résidus provenant de stations d'épuration non agricoles de 200 équivalents-habitants au maximum ainsi que de fosses d'eaux usées non agricoles sans écoulement peuvent être épandus en dehors des zones de protection des eaux souterraines sur des surfaces fourragères dans des endroits reculés ou dont les voies d'accès sont difficilement carrossables, avec l'autorisation des autorités cantonales (ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim).
2.1.2. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales. Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; en particulier, il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (ATF 147 V 35 consid. 7.1; 146 IV 249 consid. 1.3; 145 III 133 consid. 6).
2.2.
2.2.1. Au contraire de ce que font valoir les recourants, l'ORRChim est applicable en l'espèce, vu le renvoi de l'art. 1 OEng et en tant qu'elle réglemente de façon générale la remise et l'épandage d'engrais. Que l'art. 1 al. 1 let. a ORRChim fasse expressément référence aux substances "particulièrement dangereuses" ne saurait exclure d'emblée l'application de cette ordonnance, qui sert précisément à définir ce qui est dangereux - et doit par conséquent être proscrit ou limité - et ce qui ne l'est pas. Au demeurant, les recourants se réfèrent eux-mêmes aux dispositions de cette ordonnance pour soutenir leurs conclusions.
2.2.2. Les opinions des autorités compétentes (en particulier celle de l'OFEV) et des recourants divergent quant à la qualification des résidus de la station d'épuration - digestats ou boues d'épurations. La cour cantonale a laissé cette question indécise.
2.2.2.1. Les sens communs donnés aux boues d'épuration et aux digestats peuvent se recouper lorsque, comme en l'espèce, un traitement bactérien est opéré sur les résidus des effluents ménagers. L'OFEV décrit l'installation litigieuse comme un système de décantation suivi d'un traitement biologique au moyen d'un lit bactérien puis d'une décantation secondaire. Il considère que le procédé est un traitement biologique secondaire faisant suite à une première opération de décantation, un lit bactérien permettant un traitement aérobie - et non anaérobie comme le soutiendraient les recourants. Il en déduit qu'il s'agit d'une petite station d'épuration qui produit des boues d'épuration au sens de l'art. 5 al. 2 let. b ch. 4 OEng. Les recourants ne contestent pas que les boues soient issues d'une décantation primaire. Ils n'exposent en particulier pas en quoi celles-ci seraient d'une composition se rapprochant plus des digestats issus d'une installation de méthanisation que des boues d'épuration issues de stations de traitement des eaux qui intégrerait simplement une étape de traitement anaérobie dans leur fonctionnement. Ils contestent en revanche que leur installation soit de type aérobie, alléguant qu'il s'agit d'un système anaérobie, sans toutefois se référer à des éléments techniques précis en lien avec leur installation ni exposer ce qu'ils entendent déduire de cette distinction. Le Tribunal fédéral s'en tiendra donc à l'avis de l'office fédéral spécialisé sur ces questions.
L'OFEV ajoute qu'au demeurant l'art. 5 al. 2 let. b ch. 4 OEng définirait expressément les boues d'épuration comme les boues traitées ou non provenant de l'épuration des eaux, afin de ne pas prêter à confusion avec les digestats provenant de la fermentation de matière organique d'autres origines. Avec l'OFEV, le Tribunal fédéral constate que l'art. 5 al. 2 let. b OEng, lorsqu'il désigne l'ensemble des engrais de recyclage, vise les "engrais d'origine végétale, animale, microbienne ou minérale ou provenant de l'épuration des eaux ", alors que, lorsque le ch. 2 de cette même disposition définit les digestats, il ne mentionne que les "matières végétales, animales ou microbiennes fermentées de manière appropriée en conditions anaérobies", sans référence aucune aux résidus provenant de l'épuration des eaux. Les recourants ne prennent pas directement position sur cette question. Ils ne défendent en particulier pas l'idée que les boues de leur installation seraient techniquement des matières microbiennes fermentées. Par conséquent, appliquée aux constatations de faits (cf. art. 97 et 105 LTF; ATF 145 V 188 consid. 2; 140 III 267 consid. 2.3) sur l'installation des recourants, la lecture de l'OEng ne permet pas de qualifier les résidus litigieux de digestats au sens de l'art. 5 al. 2 let. b ch. 2 OEng.
Les recourants font valoir en revanche que l'art. 5 al. 2 let. b ch. 4 OEng, applicable aux boues provenant de l'épuration communale des eaux, ne concernerait que les boues issues de stations d'épuration communales, à l'exclusion des stations d'épuration privées. Il y a ainsi lieu d'examiner si, en dépit de l'apparente impossibilité de qualifier de digestat les résidus provenant de l'installation litigieuse, le cas d'espèce présenterait la particularité de ne pas convenir non plus à la définition légale des boues d'épuration, faute pour celles-ci d'être issues de l'épuration communale. Les catégories d'engrais de recyclage de l'art. 5 al. 2 let. b OEng ne sont en effet pas définies exhaustivement, celles-ci comprenant les engrais d'origine végétale, animale, microbienne ou minérale ou provenant de l'épuration des eaux, "tels que" les substances des chiffres 1 à 4, ce qui laisse la porte ouverte à des catégories intermédiaires.
2.2.2.2. Littéralement, comme le font valoir les recourants, la notion "d'épuration communale des eaux" permettant de définir les boues d'épuration fait avant tout penser à une installation appartenant à la commune, par opposition à une installation privée. Le terme utilisé en allemand ( aus der kommunalen Abwasserreinigung) est similaire à l'expression en français, alors qu'en italien ( la depuratione delle acque di scarico comunali) il semble que le caractère communal soit plutôt rattaché à la nature des eaux issues de l'épuration qu'à la nature de l'installation.
Cela étant, comme le relève l'OFEV, la législation en matière de protection des eaux, en particulier l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux; RS 814.201), oppose le terme "communal" ( kommunal[...], communal [e]) à industriel. En effet, l'annexe 3 OEaux, qui fixe les exigences relatives au déversement d'eaux polluées dans les eaux, comprend les trois parties suivantes: l'annexe 3.1 relative au déversement d'eaux polluées communales, l'annexe 3.2 relative au déversement des eaux industrielles et l'annexe 3.3 relative au déversement des autres eaux polluées (eaux de refroidissement en circuit ouvert ou fermé, eaux à évacuer des chantiers, eaux provenant du lavage des façades et des tunnels, eaux de percolation captées provenant des décharges, eaux de lavage du gravier, eaux provenant des installations piscicoles ou des piscines notamment). A teneur du chiffre 1 de l'annexe 3.1 OEaux, les eaux polluées communales comprennent les eaux des ménages, à savoir les eaux provenant effectivement des ménages et les eaux de qualité comparable (let. a) et les eaux de ruissellement s'écoulant des surfaces bâties ou imperméabilisées et évacuées avec les eaux des ménages. En ce sens, les eaux usagées traitées dans l'installation litigieuse étant effectivement des eaux ménagères, il est tentant de considérer pour ce motif que les boues proviennent de "l'épuration communale des eaux" au sens de l'art. 5 al. 2 let. b ch. 4 OEng. La version italienne du texte de cette disposition correspond au demeurant à celle de l'annexe 3.1 OEaux, exprimée en français par l'épuration des eaux usées communales.
A première vue, une approche téléologique confirme la pertinence de distinguer le régime applicable aux résidus en fonction, outre du type de traitement, de la provenance des eaux usées. Ceci va dans le sens d'une opposition entre eaux communales - donc ménagères - et industrielles ou d'autres origines encore.
Toutefois, en dépit de ce qui précède et de la provenance de ménages des eaux usées déversées dans l'installation litigieuse, un examen de la systématique de la loi justifie de ne pas considérer les résidus qui en sont issus comme des boues au sens de l'art. 5 al. 2 let. b ch. 4 OEng, dont l'épandage serait systématiquement proscrit. En effet, conformément au caractère non exhaustif de la liste de l'art. 5 al. 2 let. b OEng, tous les engrais de recyclage ne doivent pas nécessairement être rattachés à l'une des définitions proposées, en particulier lorsqu'il s'agit de cas limites pouvant correspondre à plusieurs de ces définitions.
La législation réserve dans certains cas des sorts différents à des eaux usées qui proviendraient toutes de ménages, et ce, selon des critères qui ne dépendent pas non plus forcément du type d'installation - donc du type de traitement des eaux usées. Par exemple, conformément à l'art. 5 al. 2 let. a OEng, les engrais de ferme peuvent contenir jusqu'à 20 % de matériel d'origine non agricole, sous une forme traitée ou non traitée (cf. toutefois les conditions de l'art. 12 al. 4 LEaux). Au demeurant, les engrais de ferme destinés à être utilisés dans l'exploitation ne sont pas soumis aux restrictions de l'OEng (art. 1 al. 1 et 2 OEng et ch. 2.2.1 al. 4 annexe 2.6 ORRChim). En outre, leur utilisation est privilégiée par rapport à celle d'engrais de recyclage (ch. 3.1 annexe 2.6 ORRChim). Pour le surplus, les engrais de ferme, au même titre que la plupart des engrais de recyclage, peuvent être épandus moyennant le respect de valeurs limites en teneur de certaines substances ainsi que d'autres conditions (cf. en particulier ch. 3 annexe 2.6 ORRChim). En d'autres termes, mélangées à quatre fois leur volume de résidus de l'élevage d'animaux de rentes, les eaux usées ménagères ou boues d'épuration peuvent être épandues, même sans traitement, car elles sont alors assimilées aux engrais de ferme (cf. art. 5 al. 2 let. a OEng précité).
De même, les résidus provenant de stations d'épuration non agricoles de 200 équivalents-habitants au maximum ainsi que de fosses d'eaux usées non agricoles sans écoulement suivent un régime dans l'ORRChim qui leur est propre, indépendamment de leur qualification (boues ou digestats). Ainsi que cela découle des dispositions exposées au consid. 2.1.1, ceux-ci peuvent être épandus en dehors des zones de protection des eaux souterraines sur des surfaces fourragères dans des endroits reculés ou dont les voies d'accès sont difficilement carrossables, avec l'autorisation des autorités cantonales (ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim). Ce régime d'exception n'est ni celui des boues d'épuration (dont l'épandage est interdit; ch. 3.3.2 al. 4 annexe 2.6 ORRChim) ni celui des digestats (dont l'épandage est autorisé, en principe sans autorisation cantonale, aux conditions du ch. 2.2.1 annexe 2.6 ORRChim). Autrement dit, si l'on s'en tenait strictement aux catégories de l'art. 5 OEng, le ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim serait dénué de portée.
En l'espèce, l'installation est une petite station d'épuration de moins de 200 équivalents-habitants. Selon l'appréciation qu'en font les parties et autorités, les résidus qui en sont issus sont, au pire, le résultat d'une simple décantation et, au mieux, celui d'une décantation combinée à un processus de digestion anaérobie. Le régime qui leur est applicable ne saurait être moins favorable que celui applicable, en vertu du ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim, à des résidus de fosses d'eaux usées non agricoles sans écoulement.
Il s'ensuit qu'à l'instar de ce qu'a constaté la cour cantonale, il est vain en l'espèce de déterminer à quelle catégorie d'engrais de recyclage prévue par l'art. 5 OEng les résidus de l'installation doivent être rattachés, un régime juridique propre existant pour des installations similaires à celle des recourants. Cela constaté, il y a lieu de déterminer s'il s'agit d'une station d'épuration non agricole - auquel cas l'épandage, moyennant autorisation cantonale, peut être effectué en dehors des zones de protection des eaux souterraines sur des surfaces fourragères dans des endroits reculés ou dont les voies d'accès sont difficilement carrossables (ch. 3.2.3 annexe 2.6 ORRChim) - ou s'il s'agit d'une installation agricole.
2.2.3.
2.2.3.1. Il est difficile de déterminer sur le plan littéral ce que signifie une station d'épuration agricole. Il n'est pas possible, à la seule lecture du ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim, de définir à quoi se rapporte le caractère agricole. Les parties et autorités s'accordent sur le fait que l'aménagement du territoire ne saurait constituer le critère déterminant. Il y a lieu de suivre cette opinion, dès lors que les parties du territoire habitées mais non affectées à la zone agricole sont en principe des zones à bâtir, pour lesquelles il existe précisément une obligation de se raccorder au réseau public d'eaux usées (art. 10 ss LEaux et 19 LAT), ce qui priverait le ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim de sens.
2.2.3.2. La cour cantonale a jugé que l'installation des recourants était une installation non agricole au sens du ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim: elle a en effet considéré que les différents biens-fonds des recourants, en particulier la parcelle supportant les logements bénéficiant de l'installation de traitement des eaux, n'étaient pas soumis à la LDFR ni ne relevaient d'une entreprise agricole. La commune soutient également cette solution au motif que l'installation dessert des appartements totalement indépendants d'une entreprise agricole. Les recourants auraient au demeurant affirmé en audience que "les habitants n'exploitent pas une entreprise agricole". En outre, aucun des recourants ou membres de leur famille ayant un lien avec l'agriculture n'occupe les logements desservis par l'installation en cause. L'OFEV partage ce point de vue, l'utilisation effective des bâtiments concernés étant selon lui déterminante.
Les recourants en revanche soutiennent que leur installation doit être qualifiée d'agricole, dès lors que "la ferme équipée de la STEP incriminée est un bâtiment agricole reconnu comme tel par l'autorité cantonale". Ils font valoir que le Service cantonal de l'économie rurale a, dans une décision du 7 novembre 2018, maintenu l'affectation agricole des lieux, qualifiant ainsi la ferme de bâtiment agricole. Les activités agricoles de leur ferme seraient d'ailleurs en voie de développement. Les recourants ne prennent toutefois pas la peine de désigner les pièces au dossier qui permettraient d'étayer leur argumentation. On trouve au dossier la décision du 7 novembre 2018 (dont il manque la page 5). Celle-ci constate que les parcelles des recourants ne font pas partie d'une entreprise agricole et que les bâtiments liés à l'installation litigieuse ne sont plus objectivement appropriés à un usage agricole. La décision laisse néanmoins entendre que les biens-fonds litigieux restent soumis au droit foncier rural, vu leur nature principalement agricole.
2.2.3.3. S'agissant de la soumission au droit foncier rural, comme cela découle de la décision dont se prévalent les recourants, ce critère pourrait se rattacher au caractère agricole des bâtiments desservis par la station d'épuration, à l'éventuelle présence d'une exploitation agricole, ou encore au caractère agricole des biens-fonds concernés.
Au contraire de ce que suggèrent les autorités impliquées, il est difficilement justifiable de se référer à l'activité des occupants des logements desservis par la station d'épuration. En effet, qu'un logement soit occupé par un agriculteur ou un non-agriculteur n'a pas d'incidence sur la nature des eaux ménagères qui en proviennent, le même type de substances de la vie quotidienne (lessive, cosmétiques, produits de nettoyages etc.) y étant déversées. En revanche, le lien avec une exploitation agricole a une incidence dans la mesure où l'existence de l'exploitation implique la possibilité d'ajouter du lisier, fumier et autres produits provenant de l'élevage d'animaux de rente aux résidus issus de l'installation.
En ce sens, si l'on revient à la définition des engrais de ferme posée par l'art. 5 al. 2 let. a OEng, on rappelle que celle-ci autorise qu'il soit ajouté aux résidus provenant d'élevages d'animaux de rente un maximum de 20 % de "matériel d'origine non agricole ". Dans le contexte du ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim, c'est donc sous cet angle que doit être appréhendé le terme "agricole". L'origine des substances à évacuer, respectivement épurer, est ici déterminante, de sorte qu'il faut entendre par station d'épuration non agricole l'installation qui ne produit pas des engrais de ferme tels qu'ils sont définis par l'art. 5 al. 2 let. a OEng (et auxquels les résidus de l'installation de traitement des eaux peuvent être mélangés dans des proportions qui respectent cette définition).
Dans le cas d'espèce, cela signifie que savoir si l'installation litigieuse (qui recueille des eaux qui ne sont pas issues de l'activité liée à l'exploitation agricole) est une station d'épuration agricole ou non au sens de l'ORRChim dépend de la possibilité de faire de ses résidus de l'engrais de ferme au sens de l'art. 5 al. 2 let. a OEng. La nature du bien-fonds sur lequel l'installation est située et son éventuelle soumission au droit foncier rural sont sans incidence à cet égard. A teneur de l'arrêt attaqué, les résidus litigieux sont dilués dans "un important volume de purin" avant épandage. Si cet important volume est de quatre fois la masse de résidus ou plus, on se trouve dans le cas d'une station d'épuration agricole; l'engrais peut alors être considéré comme engrais de ferme au sens de l'OEng et être épandu aux conditions légales qui s'y rapportent (consid. 2.1.1 ci-dessus). Si la proportion de résidus provenant de l'élevage d'animaux de rente est moins importante, c'est, comme l'ont retenu les instances cantonales, le ch. 3.2.3 al. 1 annexe 2.6 ORRChim qui s'applique, si bien que l'épandage est conditionné à l'octroi d'une autorisation cantonale et limité aux secteurs décrits par cette disposition.
Les recourants ne faisant pas valoir, dans la présente procédure, qu'il dissolvent les résidus de leur installation dans une proportion de purin de nature à satisfaire à la définition des engrais de ferme selon l'art. 5 al. 2 let. a OEng, il y a lieu de considérer que l'épandage devrait être soumis aux conditions du ch. 3.2.2 al. 1 annexe 2.6 ORRChim, en particulier à l'octroi d'une autorisation cantonale.
2.3. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3.
Les recourants contestent qu'il puisse leur être imposé de produire chaque année une analyse de la qualité de l'eau rejetée dans le sol au sortir de la station d'épuration.
3.1. Ils contestent tout d'abord qu'il existe une base légale suffisante.
3.1.1.
3.1.1.1. Aux termes de l'art. 15 LEaux, les détenteurs d'installations servant à l'évacuation et à l'épuration des eaux usées, d'installations d'entreposage et d'installations de traitement technique des engrais de ferme et de digestats liquides, ainsi que de silos à fourrage veillent à ce que ceux-ci soient construits, utilisés, entretenus et réparés correctement; le fonctionnement des installations servant à l'évacuation et à l'épuration des eaux usées ainsi que de celles servant au traitement des engrais de ferme doit être contrôlé périodiquement (al. 1), l'autorité cantonale assurant ce contrôle (al. 2). L'art. 16 al. 1 LEaux charge le Conseil fédéral de fixer les exigences auxquelles doivent satisfaire les résidus des stations d'épuration des eaux, leur valorisation ou leur évacuation (let. c) ainsi que le contrôle des installations et des équipements (let. d). A teneur de l'art. 3 al. 1 OEaux, l'autorité détermine si, en cas de déversement dans les eaux ou en cas d'infiltration, les eaux à évacuer sont considérées comme polluées ou non, en fonction du type, de la quantité, des propriétés et des périodes de déversement des substances susceptibles de polluer les eaux et présentes dans les eaux à évacuer, ainsi qu'en fonction de l'état des eaux réceptrices. En cas d'infiltration, l'autorité examine également notamment si les eaux à évacuer peuvent être polluées en raison des atteintes existantes au sol ou au sous-sol non saturé et si les eaux à évacuer sont suffisamment épurées dans le sol (art. 3 al. 2 let. a et b OEaux). L'autorité autorise le déversement d'eaux polluées dans les eaux superficielles, les drainages, les rivières et ruisseaux souterrains si les exigences fixées dans l'annexe 3 pour le déversement dans les eaux sont respectées (art. 6 al. 1 OEaux). A teneur de cette annexe 3, c'est l'autorité qui fixe cas par cas, en fonction des conditions locales, les exigences auxquelles doivent satisfaire les eaux polluées communales provenant de stations d'épuration de 200 équivalents-habitants (ch. 1 al. 3 annexe 3.1 OEaux). Enfin, l'art. 45 al. 1 OEaux charge les cantons d'exécuter l'ordonnance, à moins que celle-ci ne confie l'exécution à la Confédération.
L'art. 87 al. 2 de la loi jurassienne du 28 octobre 2015 sur la gestion des eaux (LGEaux; RS JU 814.20) prévoit qu'en dehors des périmètres des égouts publics définis par le plan général d'évacuation des eaux, l'assainissement des eaux polluées incombe aux propriétaires des immeubles et installations dont elles proviennent; la surveillance de ces installations et de l'évacuation des boues de vidange incombe aux communes. Les installations d'assainissement des eaux doivent être établies et maintenues en état conformément aux normes techniques reconnues (art. 88 LGEaux). A teneur de l'art. 18 al. 2 de l'ordonnance jurassienne du 29 novembre 2016 sur la gestion des eaux (OGEaux; RS JU 814.21), l'autorité communale - à qui incombe en grande partie la police des eaux - veille notamment à l'application des prescriptions légales et à la bonne exécution des décisions, pour autant que la loi ne déclare pas compétente une autre autorité (let. a), contrôle la construction, l'exploitation et l'entretien réguliers des ouvrages en lien avec la protection des eaux (let. b), et exécute les autres obligations de contrôle et d'examen telles que la prise d'échantillons dans une station d'épuration à l'intention de l'autorité de surveillance, les analyses simples de la qualité des eaux locales ou les recherches de caractère statistique selon la législation fédérale (let. d).
A teneur de l'art. 34 al. 2 du règlement communal de la Commune des Bois concernant les eaux usées, les stations d'épuration privées seront aménagées de telle manière que le contrôle et la vidange soient possibles en tout temps. Selon l'art. 42 al. 2 du règlement, toutes les installations d'évacuation et d'épuration des eaux usées doivent être maintenues en bon état, tant du point de vue de la construction que du point de vue de l'exploitation. L'alinéa 3 précise que le Conseil communal peut décider que des organes compétents de la commune assureront la surveillance des petites installations d'épuration mécano-biologiques privées, et cela aux frais du propriétaire pour autant qu'aucun contrat à long terme n'ait été conclu avec le fournisseur pour un entretien régulier; le propriétaire fournit un procès-verbal de contrôle des eaux épurées chaque année.
3.1.1.2. Le principe de la légalité consacré à l'art. 5 al. 1 Cst. exige de façon générale que l'ensemble de l'activité étatique se fonde sur la loi et repose ainsi sur une base légale. L'exigence de la base légale signifie que les actes étatiques doivent trouver leur fondement dans une loi au sens matériel, qui soit suffisamment précise et déterminée et qui émane de l'autorité constitutionnellement compétente (ATF 141 II 169 consid. 3.1; 131 II 13 consid. 6.5.1; 128 I 113 consid. 3c). L'exigence de précision de la norme (ou de densité normative) est relative et varie selon les domaines. Elle dépend notamment de la gravité des atteintes qu'elle comporte aux droits fondamentaux (ATF 141 V 688 consid. 4.2.2; 140 I 381 consid. 4.4; 131 II 13 consid. 6.5.1).
3.1.1.3. Le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal (art. 95 LTF). Il examine en revanche sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation et l'application des autres règles du droit cantonal ou communal (ATF 141 I 36 consid. 5.4; 138 V 67 consid. 2.2; 134 II 349 consid. 3). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 138 I 305 consid. 4.3). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. La partie recourante doit alors citer les dispositions du droit cantonal ou communal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (ATF 136 II 489 consid. 2.8).
3.1.2. La cour cantonale a considéré que, vu les différentes dispositions applicables, l'autorité communale était légitimée à exiger la production des analyses des eaux usées, cela étant la seule solution pour vérifier que l'installation assurait une épuration des eaux conforme à la réglementation en vigueur. Elle s'est référée aux dispositions exposées ci-dessus (consid. 3.1.1.1), ainsi qu'aux dispositions relatives au plan général d'évacuation des eaux, en particulier quant à son contenu et quant aux répartitions de compétences en la matière.
3.1.2.1. L'art. 15 LEaux constitue à lui seul une base légale imposant à l'autorité cantonale d'assurer le contrôle périodique du fonctionnement des installations. Les exigences auxquelles doivent satisfaire les résidus des stations d'épuration font partie des aspects de ce contrôle périodique (art. 16 LEaux). Si, comme le relèvent les recourants, le Conseil fédéral a renoncé à fixer lui-même, dans l'OEaux, les exigences auxquelles doivent satisfaire les petites stations d'épuration de moins de 200 équivalents-habitants, la délégation de cette tâche, au ch. 1 al. 3 annexe 3.1 OEaux, à l'autorité cantonale, cas échéant, sur délégation, à l'autorité communale, constitue une base légale suffisante pour exiger la remise d'analyses des eaux. A supposer que, comme l'affirment les recourants, les eaux ménagères traitées par des installations privées comme la leur ne soient pas visées par l'annexe 3.1 OEaux (question qui est laissée indécise, cf. consid. 2.2 ci-dessus), la combinaison des art. 3 al. 1 et 45 al. 1 OEaux crée une base légale de même portée. En outre, l'annexe 3.1 OEaux permet de se rendre compte du type de conditions que doivent respecter les eaux à infiltrer, à savoir principalement la teneur maximum de ces eaux en différentes substances. Un tel contrôle, quoi qu'en disent les recourants, ne peut être assuré que par l'analyse de prélèvements des eaux de sortie. Les mesures alternatives que ceux-ci évoquent - contrôle visuel des cuves et interventions d'entretien -, aussi utiles qu'elles puissent être, ne permettent pas de contrôler l'absence de substances indésirables dans les eaux d'infiltration.
Il n'y a ainsi aucune violation du droit fédéral dans le fait d'exiger des recourants la remise périodique d'analyses d'échantillons d'eau. Il apparaît même au contraire que c'est la meilleure solution, si ce n'est la seule, pour en assurer l'exécution.
Que l'installation ait été légalement autorisée n'y change rien, les règles relatives à des contrôles de qualité des eaux étant précisément destinées à s'assurer du bon fonctionnement d'installations qui ont toutes été construites légalement, l'exploitation d'une installation non autorisée légalement n'étant par principe pas acceptable. De même, l'absence de risque de panne et le faible risque de pollution allégués par les recourants ne saurait justifier que leur installation soit soustraite à toute possibilité de contrôle de la qualité des eaux comme le prévoit pourtant la législation fédérale.
S'il est certes déconcertant que ni, à titre général, la législation cantonale ou communale, ni, à titre individuel, l'autorisation de construire ne contienne de précisions sur d'éventuelles valeurs limites à ne pas dépasser, on ne saurait en déduire une insécurité juridique qui violerait le principe de la base légale dans le fait d'exiger la remise périodique d'analyses. Que ces relevés soient, selon ce qu'affirment appellatoirement les recourants, tout simplement archivés dans un classeur pourrait tout au plus conduire à la constatation d'un manquement des autorités dans l'exécution de la législation fédérale faute d'assurer un contrôle véritable des résidus de l'installation. Cela étant, outre qu'il n'est pas démontré que l'autorité ne traite pas les données récoltées, l'absence de législation cantonale ou communale d'exécution s'agissant de valeurs chiffrées à respecter n'a pas d'incidence sur l'obligation d'opérer ces prélèvements et de produire ces analyses, ne serait-ce que pour disposer d'une base de données précise dont il peut être utile de disposer, même à titre rétroactif. En outre, indépendamment de valeurs limites, et au vu, précisément, du type et de la taille de l'installation litigieuse, on peut concevoir des contrôles plus grossiers qui ne consisteraient par exemple qu'en la vérification qu'aucune substance incongrue n'est présente. Les parties ne débattent pas de cette question, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'y attarder.
En tout état, en l'absence d'atteinte grave à des droits fondamentaux des recourants, les bases légales de la législation fédérale précitées sont suffisantes pour imposer aux recourants la remise d'analyses d'eaux résiduaires de leur installation.
3.1.2.2. Se référant à la législation cantonale, les recourants affirment ensuite de façon appellatoire que l'OGEaux cantonale ne régit pas les stations d'épuration individuelles. Les recourants ne désignent toutefois aucune disposition particulière de l'ordonnance qui limiterait son champ d'application en fonction de la nature publique ou privée des installations visées. Leurs explications sont uniquement fondées sur le caractère allégué inapplicable de l'annexe 3.1 OEaux aux installations privées. Or, ainsi qu'on l'a vu cette question n'est pas décisive. Au demeurant, on le répète, les bases légales fédérales précitées suffisent à ordonner la mesure litigieuse, indépendamment de la teneur des plans généraux d'évacuation des eaux et d'évacuation hors zone dont les recourants relèvent, pour l'un, le caractère inapplicable et, pour l'autre, qu'il est inexistant. Pour le surplus, les recourants ne font pas valoir que le droit cantonal aurait prévu des modalités de contrôle spécifiques qui restreindraient la marge de manoeuvre déléguée à l'autorité communale à l'art. 18 OGEaux, ni que l'art. 42 al. 3 du règlement communal serait contraire ou outrepasserait les droits fédéral et cantonal.
Ils ne démontrent ainsi aucun arbitraire dans l'appréciation du droit cantonal par les premiers juges.
3.2. Les recourants contestent encore la proportionnalité et l'intérêt public de la mesure.
3.2.1. A teneur de l'art. 5 al. 2 Cst., l'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé. Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés - règle de l'aptitude -, que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive - règle de la nécessité -, et qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public - règle de la proportionnalité au sens étroit - (cf. ATF 146 I 157 consid. 5.4; 146 I 70 consid. 6.4; 143 I 403 consid. 5.6.3).
Les griefs de violation des droits fondamentaux sont soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF).
3.2.2. Comme il a déjà été exposé (consid 3.1.2.1), la mesure imposée aux recourants est en rapport avec le but visé, puisqu'elle permet de contrôler l'absence d'introduction dans le sol d'eaux polluées, au sens de la législation. Cette mesure est en outre adéquate, puisque ainsi qu'on l'a déjà relevé également, les solutions proposées par les recourants - contrôle visuel de l'installation et interventions d'entretien - ne permettent pas de s'assurer de la qualité des eaux infiltrées. En outre, au contraire de ce qu'affirment les recourants, le prélèvement et l'analyse réguliers d'échantillons n'est pas dépourvu d'intérêt public: la protection des sols et des nappes phréatiques visée par la législation ne se limite pas aux seuls périmètres de protection des eaux ou secteurs proches de cours d'eau, de telles surfaces étant en réalité soumises à une protection accrue par rapport à la protection générale qui est, elle, applicable à tout le territoire. Or, face à cet intérêt public, les recourants ne démontrent pas que ce qui est exigé de leur part serait excessif. Ils affirment sans autre explication qu'aucun prélèvement n'est possible en sortie de l'installation. Ils ne reviennent toutefois pas sur l'état de fait de l'arrêt attaqué dont il ressort que l'installation n'aurait pas besoin d'être adaptée, le prélèvement d'eau étant possible (let. F p. 2) et qu'ils auraient proposé de fournir une analyse de leurs eaux tous les deux ans (let. F p. 3). Ils n'exposent par ailleurs pas en quoi une modification de l'installation, si une adaptation était nécessaire, serait impossible ou coûteuse au point que ceci ne puisse leur être raisonnablement imposé.
Appellatoire, leur argumentation doit être écartée et la mesure jugée proportionnée.
3.3. Enfin, les recourants font valoir en vrac qu'ils avaient requis une expertise permettant de définir le risque de pollution des eaux et l'éventuelle pollution existante et que le plan général d'évacuation des eaux ne leur a jamais été remis. Ils ne font toutefois pas valoir une violation de leur droit d'être entendus à cet égard et n'exposent pas ce qu'ils auraient souhaité tirer de ce document dont ils affirment eux-même qu'il ne s'applique qu'au périmètre desservi par les égouts publics. Quant à l'expertise requise, l'obligation de procéder au contrôle du bon fonctionnement d'une installation est une mesure minimum de politique générale de la protection des eaux, indépendante, comme on l'a souligné ci-dessus, de la présence de cours d'eau ou nappes phréatiques proches, et indépendante également d'un risque concret de pollution des eaux. Aussi, d'éventuelles informations sur la topographie environnante et le système d'écoulement des eaux souterraines ne seraient pas de nature à justifier qu'il soit renoncé à ce contrôle minimum. Dans la mesure où les recourants contestent le principe des contrôles et non, par exemple, leur fréquence, le degré du risque de pollution n'est ainsi pas décisif. Sans possible incidence sur le sort de la cause, il ne se justifiait par conséquent pas d'ordonner une expertise.
3.4. En définitive, alors que l'obligation de procéder au contrôle du fonctionnement des eaux découle du droit fédéral et que la possibilité d'y procéder par le biais d'analyses des eaux de sortie d'une installation apparaît comme la mesure la plus appropriée, les recourants échouent à démontrer que le droit cantonal ou communal ou les circonstances du cas d'espèce, commanderaient de procéder autrement que conformément à la mesure ordonnée. Le recours étant rejeté sur ce point également, il appartiendra à l'autorité communale compétente de fixer un nouveau délai aux recourants pour la production des analyses d'eaux souhaitées.
4.
Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de ses auteurs, qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). La Commune, quand bien même, représentée pour la majeure partie de la procédure devant le Tribunal fédéral, elle produit la note d'honoraires de son mandataire, n'a pas droit à des dépens puisqu'elle a agi dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Commune municipale des Bois, à la Juge administrative du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 23 juin 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Sidi-Ali