Faits :
A.
A.a. Z._ Ltd (ci-après: Z._ ou l'employeuse ou la défenderesse), société de droit singapourien, dont le siège est à Singapour et qui dispose à Genève d'une succursale inscrite au registre du commerce, est une société active dans le négoce international de produits pétroliers, le transport maritime et le hedging (couverture).
X._ a été engagé comme traderen pétrole brut par Z._, qui lui avait fait une offre le 9 février et que celui-là avait acceptée le 10 février 2010. Le contrat était de durée indéterminée et débutait le 24 février 2010. Le salaire annuel brut était fixé à 220'000 fr., versé en treize mensualités. Le salaire versé s'est élevé à 177'107 fr. brut en 2010, à 241'068 fr. brut en 2011, à 295'826 fr. brut en 2012 et à 330'000 fr. brut en 2013.
A.b. Selon le ch. 2 de son contrat de travail, un bonus annuel sera versé à l'employé en fonction de la performance réalisée, celle-ci étant mesurée sur la base des pertes et profits de l'entreprise (ainsi que des buts et objectifs convenus, ces derniers critères n'étant ici pas déterminants).
Quelques mois plus tard, en mars/avril 2010, les dirigeants de la société ont approuvé le manuel de l'employé ( employee handbook), dont l'art. 2 dispose ce qui suit:
- le bonus dépend de la performance et de la rentabilité de l'entreprise, ainsi que de la performance individuelle de l'employé (art. 2.4.1);
- le paiement du bonus, y compris mais non limité à son montant, est à la seule et entière discrétion du conseil d'administration et de la direction de la société (art. 2.4.2);
- tous les bonus versés par la société ne peuvent créer un précédent pour un futur paiement de bonus et il n'existe aucun droit juridique à son paiement (art. 2.4.3);
- la prime de performance discrétionnaire, le cas échéant, est communiquée aux employés au cours de la première moitié de l'année suivante et payée au plus tard au mois de juillet suivant l'année qualifiée (art. 2.4.4);
- le paiement du bonus de performance discrétionnaire est soumis à plusieurs conditions, notamment la condition que les employés ne doivent pas avoir démissionné ni avoir reçu une résiliation du contrat au moment du paiement du bonus (art. 2.4.5).
A.c. Pour l'année 2010 (i.e. calculé sur les chiffres 2010), l'employé a perçu un bonus de 120'000 fr. versé en octobre 2011.
Pour l'année 2011, il a perçu un bonus de 1'764'893 fr., dont 662'765 fr. versés en novembre 2012 et 1'102'128 fr. en janvier 2013.
Pour l'année 2012, le bonus s'est élevé à 1'567'020 fr., dont 783'510 fr. versés en novembre 2013 et 783'510 fr. en janvier 2014.
A.d. L'employé a résilié son contrat de travail le 25 février 2014 pour le 30 avril 2014. Son employeuse l'a alors libéré de son obligation de travailler avec effet immédiat le 27 février 2014.
A.e. L'employé réclame, comme faisant partie intégrante de son salaire (et non comme gratifications), les bonus qui, selon lui, doivent lui être attribués pour l'année 2013 et la partie de l'année 2014.
Après lui avoir signifié que, conformément à l' employee handbook, elle n'avait pas l'intention d'allouer un bonus à un ancien employé ayant donné son congé, l'employeuse lui a proposé, le 25 novembre 2014, le versement d'un bonus de 850'000 fr. à titre de solde de tout compte, lequel concluait définitivement la fin de leurs relations de travail.
L'employé ayant refusé cette proposition, l'employeuse ne lui a effectivement pas versé les bonus qu'il réclamait au motif que la condition que l'employé n'ait pas démissionné ni reçu une résiliation de son contrat au moment du paiement du bonus n'était pas remplie, l'employé ayant démissionné le 25 février 2014, soit avant la date de paiement des bonus en question.
B.
Le 29 avril 2015, par requête de conciliation adressée au Tribunal des prudhommes du canton de Genève, X._ a ouvert action contre Z._, puis, après l'échec de la conciliation, a déposé sa demande devant ledit tribunal le 7 juillet 2015, concluant au paiement du montant total de 2'062'327 fr. 80 (contre-valeur de 2'158'334 USD) au titre de bonus pour les années 2013 et 2014. Il fait valoir un bonus de 1'767'699 fr. 80 (contre-valeur de 1'850'000 USD) pour l'année 2013 et un bonus de 294'628 fr. (contre-valeur de 308'334 USD) pour l'année 2014.
Le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a rejeté la demande par jugement du 13 septembre 2016.
Statuant le 11 juillet 2017, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel de l'employé et confirmé le jugement attaqué. Se fondant sur le dossier et le résultat des enquêtes, la cour cantonale conclut de manière surprenante tout d'abord que la volonté réelle des parties ne peut pas être dégagée dans le sens d'un salaire variable et qu'une volonté selon le principe de la confiance ne peut pas être déterminée et ensuite, comme le Tribunal des prud'hommes, que le bonus qui n'est pas déterminé ou objectivement déterminable doit être qualifié de gratification. Elle a également exclu une conversion du bonus en salaire en raison du critère de l'accessoriété, considérant - curieusement - qu'en 2012, l'employé a perçu une rémunération totale de 958'591 fr., alors que c'est la période entre 2013 et 2014 (4 mois) qui est déterminante.
C.
Contre cet arrêt, l'employé a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 12 septembre 2017, concluant à sa réforme en ce sens que sa demande soit admise et que la défenderesse soit condamnée à lui payer les montants qu'il avait réclamés dans sa demande, soit 1'767'699 fr. 80 (bonus 2013) et 294'628 fr. (bonus 2014), sans intérêts; subsidiairement, il conclut au paiement du montant de 812'186 fr. 39 (bonus 2013), plus subsidiairement, de 212'928 fr. 62 (bonus 2013), et plus subsidiairement encore à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'employeuse intimée conclut curieusement " à la forme " à l'irrecevabilité du recours, à l'irrecevabilité des griefs et à l'irrecevabilité des conclusions nouvelles et " au fond " au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Selon elle, les conclusions 6 à 11 du recours sont nouvelles et, partant, irrecevables et les griefs ne satisfont pas aux exigences des art. 42 al. 2, 97 al. 1, 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), compte tenu de la notification de l'arrêt cantonal pendant les féries d'été (art. 46 al. 1 let. b LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de contrat de travail (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
Contrairement à ce que soutient l'intimée, les conclusions 6 à 11 du recourant ne sont pas nouvelles au sens de l'art. 99 al. 2 LTF, dès lors qu'il ne s'agit que de conclusions (subsidiaires) réduites par rapport aux conclusions principales et aux conclusions prises en appel.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261 s.).
Les faits nouveaux sont irrecevables devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Dans l'arrêt 4A_714/2016 du 29 août 2017, le Tribunal fédéral a résumé sa jurisprudence en matière de bonus. Il a encore repris ce résumé dans l'arrêt 4A_290/2017 du 12 mars 2018, les griefs soulevés lui donnant l'occasion d'en expliciter certains passages. Il s'impose de rappeler les principes développés par la jurisprudence, dès lors que ni les parties, ni la cour cantonale ne semblent les avoir bien compris.
3.1. Le droit suisse ne contient aucune disposition qui traite spécifiquement du bonus, lequel peut consister dans le versement d'une somme d'argent ou encore dans la remise d'actions ou d'options (ATF 141 III 407 consid. 4.1).
Il faut donc déterminer dans chaque cas, par interprétation des manifestations de volonté des parties lors de la conclusion du contrat ou de leur comportement ultérieur au cours des rapports de travail (accord par actes concluants, c'est-à-dire tacite), s'il s'agit d'un élément du salaire (art. 322 s. CO) ou d'une gratification (art. 322d CO) (ATF 142 III 381 consid. 2.1 et 2.2 p. 383 ss). En outre, il découle de la nature de la gratification qu'elle doit rester accessoire par rapport au salaire de base, à défaut de quoi il faudra procéder à une conversion en salaire.
3.1.1. Le salaire est la rémunération que l'employeur est tenu de payer à l'employé pour le temps ou le travail que celui-ci a consacré à son service, et qui est fixé soit directement par contrat individuel, soit indirectement par un contrat-type de travail ou par une convention collective (art. 322 al. 1 CO).
La gratification, aux termes de l'art. 322d al. 1 CO, est une rétribution spéciale que l'employeur accorde en sus du salaire à certaines occasions, par exemple une fois par année. Selon la volonté des parties, il peut y avoir un droit à la gratification (art. 322d al. 1 CO) ou, au contraire, aucun droit lorsqu'elle est stipulée facultative, expressément ou par actes concluants (ATF 131 III 615 consid. 5.2 p. 620). Une gratification peut aussi être soumise à des conditions: en particulier, elle n'est due (au pro rata temporis), en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui donne lieu à son paiement, que s'il en a été convenu ainsi (art. 322d al. 2 CO; arrêt 4C.426/2005 du 28 février 2006 consid. 5.1).
La gratification se distingue en outre du salaire par son caractère accessoire par rapport au salaire de base. Dans certaines circonstances, un bonus qualifié de facultatif peut ainsi devoir être requalifié en salaire en vertu du principe de l'accessoriété (ATF 141 III 407 consid. 4.3 p. 408 ss). Si la gratification est ainsi convertie en élément du salaire, elle n'est pas soumise à l'art. 322d al. 2 CO et, en cas d'extinction des rapports de travail, elle doit être payée en fonction de la durée de ces rapports (ATF 109 II 447 consid. 5c).
3.1.2.
3.1.2.1. Lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur, il doit être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; ATF 141 III 407 consid. 4.1; 136 III 313 consid. 2 p. 317; 129 III 276 consid. 2 p. 278; 109 II 447 consid. 5c p. 448).
3.1.2.2. En revanche, lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, c'est-à-dire que son versement dépend du bon vouloir de l'employeur et que sa quotité dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de celui-ci en ce sens qu'elle n'est pas fixée à l'avance et qu'elle dépend de l'appréciation subjective de la prestation du travailleur par l'employeur, il doit être qualifié de gratification (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; 139 III 155 consid. 3.1 p. 157; arrêt 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).
3.1.3. Lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, il faut distinguer entre les deux situations suivantes:
3.1.3.1. Si, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant, il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF 136 III 313 consid. 2 p. 317; 131 III 615 consid. 5.2 p. 620; arrêt 4A_172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit ( Anspruch auf die Gratifikation; ATF 129 III 276 consid. 2.1; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt 4A_172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Il convient d'ajouter que, dans les deux situations, le travailleur, aux termes de l'art. 322d al. 2 CO, n'a droit à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail (avant l'occasion qui y donne lieu) que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8 CC.
3.1.3.2. Si, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus, il s'agit d'une gratification facultative: le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. infra consid. 3.1.4).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies ( jahrzehntelang), lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs, lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.3 p. 280 s.).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêt 4A_172/2012 déjà cité consid. 8.2).
3.1.4. Lorsque l'employeur a réservé le caractère facultatif du bonus, dans son principe et dans son montant, et que l'employé n'a donc pas un droit contractuel au versement du bonus (qui est une gratification) (cf. supra consid. 3.1.3.2), il faut encore examiner si le bonus a un caractère accessoire par rapport au salaire de base. En effet, il ne faut pas oublier que la gratification ne peut avoir qu'une importance secondaire dans la rétribution du travailleur: il n'est pas concevable que, dans le cadre d'un contrat de travail, la rétribution du travailleur consiste uniquement ou principalement en une gratification. La gratification, qui doit rester un élément accessoire du salaire de base, ne peut aller au-delà d'un certain pourcentage de ce salaire de base convenu (ATF 129 III 276 consid. 2.1 p. 279 s.; 141 III 407 consid. 4.3.2 p. 409; 139 III 155 consid. 5.3 p. 159). Le besoin de protection du travailleur doit l'emporter sur la liberté contractuelle des parties; l'application du principe de l'accessoriété peut enlever toute portée à la réserve et le bonus peut devoir être requalifié en salaire (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2).
3.1.4.1. Le critère de l'accessoriété, en vertu duquel le bonus doit être requalifié en salaire, ne s'applique toutefois que pour les salaires modestes et les salaires moyens et supérieurs (pour plus de détails, cf. l'arrêt 4A_714/2016 précité consid. 3.3.2 et 3.3.3).
3.1.4.2. Pour les très hauts revenus, le Tribunal fédéral a considéré que le principe de la liberté contractuelle doit primer, car il n'y a pas dans ce cas de besoin de protection du travailleur qui justifierait une requalification du bonus ou d'une part du bonus en salaire en vertu du principe de l'accessoriété (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2 et 5.3.1). Le bonus est donc toujours une gratification facultative à laquelle l'employé n'a pas droit.
Le Tribunal fédéral a fixé le seuil du très haut revenu à un montant équivalent à cinq fois (5x) le salaire médian suisse (secteur privé), soit, pour l'année 2009 (à titre d'exemple), un montant de 354'000 fr. (ATF 141 III 407 consid. 5.4 p. 415).
Pour déterminer si l'employé réalise un très haut revenu dans le cas concret, le Tribunal fédéral a tenu compte, en s'inspirant des principes du droit fiscal, de la rémunération totale effectivement perçue par celui-ci de la part de son employeur durant l'année litigieuse. Ainsi, dans une affaire concernant un employé de banque, le revenu déterminant pour l'année litigieuse (en 2009) correspondait à la totalité de la rémunération perçue par celui-ci, à savoir le salaire de base de l'année 2009 plus le bonus effectivement versé en 2009 et calculé sur la base des données de l'exercice 2008. Si cette rémunération totale atteint ou dépasse le seuil du très haut revenu (3 354'000 fr. en l'espèce), le bonus demeure une gratification facultative à laquelle l'employé n'a pas droit et une requalification en salaire est exclue (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2 et 5.3.1).
Si, en règle générale, on prend en considération les revenus effectivement perçus par l'employé durant l'année, il convient, exceptionnellement, de tenir compte de la rémunération effectivement perçue durant toute la période litigieuse, si la représentativité est ainsi mieux assurée. La prise en considération de cette dernière période est en particulier plus adaptée lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, l'employé a exercé son activité professionnelle seulement pendant quelques mois durant la seconde année litigieuse (ATF 142 III 456 consid. 3.2; arrêt 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.3).
3.2. Ces principes ont encore été explicités dans le second de ces arrêts (arrêt 4A_290/2017 déjà cité consid. 4.2.2) sur quatre points:
1° Il ne faut pas confondre le salaire (variable), la gratification à laquelle l'employé a droit et la gratification à laquelle il n'a pas droit. Pour déterminer dans un cas concret si le montant du bonus est un salaire variable ou une gratification, il faut examiner si, selon la volonté des parties, le bonus est déterminé (ou objectivement déterminable) ou indéterminé (ou objectivement indéterminable).
2° Un contrat de travail et le salaire convenu peuvent certes être modifiés par les parties au cours de la relation contractuelle, mais il ne faut pas confondre une modification du salaire convenu par un accord ultérieur des parties avec la fixation du montant de la gratification dans un cas concret. La gratification prévue en principe ne peut pas changer de nature du seul fait que le montant en est discuté et fixé ultérieurement.
3° Le fait que l'octroi du bonus est soumis à la condition que l'employé soit toujours dans les effectifs de la société et n'ait pas démissionné au moment où le paiement sera dû, est typique d'une gratification, et non d'un salaire.
4° Ce n'est que pour les gratifications (bonus) auxquelles l'employé n'a pas de droit contractuel que se pose la question d'une conversion du bonus en salaire par application du principe de l'accessoriété, principe qui ne s'applique toutefois pas lorsque l'employé perçoit un très haut revenu (cf. supra consid. 3.1.4.2).
4.
En l'espèce, les parties divergent au sujet de la première distinction, soit entre la qualification de salaire variable (art. 322a CO) et celle de gratification (art. 322d CO) (cf. supra consid. 3.1.2). Savoir si les parties sont convenues d'un bonus déterminé ou objectivement déterminable et, partant, d'un salaire variable, comme le soutient l'employé en se basant sur le ch. 2 de son contrat de travail ou, au contraire, d'un bonus indéterminé ou objectivement indéterminable et, partant, d'une gratification, comme le prétend l'employeuse, est affaire d'interprétation de leurs manifestations de volonté, selon les principes jurisprudentiels usuels.
4.1. Aux termes de l'art. 18 al. 1 CO, pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la convention.
Pour déterminer le contenu d'une clause contractuelle, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (arrêt 4A_635/2016 du 22 janvier 2018 consid. 5.2, destiné à la publication; ATF 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; 131 III 606 consid. 4.1).
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 du 17 janvier 2018 consid. 4.2; 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1).
Il n'y a pas place ici pour une application de la règle sur le fardeau de la preuve de l'art. 8 CC, car si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (principe de la confiance; arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 déjà cité consid. 4.2; 4A_508/2016 déjà cité consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 déjà cité consid. 5.1).
L'art. 8 CC ne joue de rôle que dans l'établissement des circonstances concrètes nécessaires pour l'interprétation de la volonté des parties (subjective ou objective) (arrêt 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.1.1).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a commencé par examiner si les parties sont convenues d'un salaire variable et a conclu qu'une réelle et commune intention des parties ne peut pas être dégagée, de sorte que le bonus ne peut être considéré comme une partie variable du salaire; puis, elle a estimé que la volonté des parties ne peut pas non plus être déterminée selon le principe de la confiance (sic). Ensuite, en quelques lignes, elle a conclu, pour des motifs obscurs, que le bonus doit être qualifié de gratification.
Cette motivation n'est pas conforme aux principes jurisprudentiels sus-rappelés: lorsque, comme ici, il n'y a que deux thèses (salaire variable ou gratification) en présence, il y a lieu de trancher en faveur de l'une ou de l'autre, en recherchant tout d'abord la volonté réelle des parties et, si cette recherche n'aboutit pas, en recherchant leur volonté objective; si l'interprétation subjective peut échouer, il n'en va pas de même de l'interprétation objective. Selon la jurisprudence, la recherche de la volonté réelle est une question de fait, que le juge tranche, selon son expérience générale de la vie, par appréciation des preuves, appréciation que le Tribunal fédéral ne peut corriger que si elle est arbitraire, alors que la recherche de la volonté objective est une question de droit, que le juge tranche en appliquant les règles de la bonne foi (principe de la confiance), appréciation juridique que le Tribunal fédéral revoit librement.
Il est vrai que, dans son recours, le recourant reprend, à plusieurs reprises, " mot pour mot " son mémoire d'appel. Vu la motivation cantonale, qu'il était difficile de comprendre et donc d'attaquer, on ne saurait se montrer trop strict à l'égard du recourant et déclarer son recours irrecevable, comme le réclame l'intimée. D'ailleurs, contrairement à ce que celle-ci soutient, la détermination de la volonté réelle n'est pas une question d'opportunité ou de pouvoir d'appréciation (au sens de l'art. 4 CC); le juge doit être convaincu par l'appréciation des preuves.
4.3. En dépit des termes qu'elle a utilisés, force est de constater que la cour cantonale a recherché la volonté réelle (subjective) des parties en se basant sur le texte du contrat, le manuel de l'employé et les témoignages recueillis en procédure, sans jamais se référer à la compréhension qu'en aurait un destinataire de bonne foi, et qu'elle a retenu (pour des motifs peu clairs) que les parties étaient convenues d'une gratification.
Il y a donc lieu d'examiner si cette constatation est arbitraire, comme le soutient le recourant.
4.3.1. Il ressort des constatations de fait que le ch. 2 du contrat de travail du 10 février 2010 prévoit qu'un bonus annuel sera versé à l'employé en fonction de la performance réalisée, celle-ci étant mesurée sur la base des pertes et profits de l'entreprise (ainsi que des buts et objectifs convenus, ce dernier élément ayant été écarté, faute de fixation d'objectifs). Quelques mois plus tard, en mars/avril 2010, les dirigeants de la société ont approuvé le manuel de l'employé ( employee handbook), dont les dispositions sont explicites: le bonus dépend de la performance et de la rentabilité de l'entreprise, ainsi que de la performance individuelle de l'employé (art. 2.4.1); le paiement du bonus, y compris et non limité à son montant, est à la seule et entière discrétion du conseil d'administration et de la direction de la société (art. 2.4.2); tous les bonus versés par la société ne peuvent créer un précédent pour un futur paiement de bonus et il n'existe aucun droit juridique à son paiement (art. 2.4.3); la prime de performance discrétionnaire, le cas échéant, est communiquée aux employés au cours de la première moitié de l'année suivante et payés au plus tard au mois de juillet suivant l'année qualifiée (art. 2.4.4); le paiement du bonus de performance discrétionnaire est soumis à plusieurs conditions, notamment la condition que les employés ne doivent pas avoir démissionné ni avoir reçu une résiliation du contrat au moment du paiement du bonus (art. 2.4.5).
Le ch. 2 du contrat de travail stipule effectivement que le bonus dépend de la performance, laquelle doit être mesurée sur la base des pertes et profits de l'entreprise, mais il n'indique aucun pourcentage des profits, ni aucune clé de répartition de ceux-ci entre les employés qui permettrait à l'employé de déterminer lui-même quel est le montant de son bonus. Ce pourcentage ou clé de répartition dépend bien de la seule appréciation de l'employeuse. La disposition contractuelle ne remplit ainsi pas la seconde condition posée par la jurisprudence pour que le bonus soit qualifié de salaire variable, à savoir que le montant soit déterminé ou doive l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés et qu'il ne dépende pas de l'appréciation de l'employeur. C'est à tort que le recourant soutient que les conditions au versement du bonus posées par le manuel serait un indice en faveur d'une qualification du bonus en salaire variable, de telles conditions étant typiques de l'allocation de gratifications (cf. supra consid. 3.2 ch. 3°).
Puisqu'il ne ressort d'aucun autre indice constaté (déclarations orales établies, circonstances concomitantes et postérieures, fiches de versement des bonus) qu'un pourcentage des profits pour cet employé ou une clé de répartition des profits entre les employés aurait été fixé et convenu, ce motif est décisif pour la qualification du bonus comme gratification.
4.3.2. S'il insiste sur le fait que le manuel de l'employé est postérieur de quelques mois à son engagement, le recourant ne conteste pas qu'il lui a été communiqué et ne prétend pas qu'il l'aurait refusé, de sorte qu'il n'est pas arbitraire d'admettre, avec la cour cantonale, qu'il a été accepté par lui, au moins tacitement, et qu'il lie donc les parties. Le recourant ne s'en prend d'ailleurs pas à la constatation de la cour cantonale selon laquelle " le manuel fait partie intégrante du contrat de travail, ce que les parties ne contestent pas en tant que tel ", si ce n'est pour dire qu'il est en contradiction avec le contrat de travail qui prévoit un salaire variable. Il se limite à soutenir que " la société employeur n'a pas respecté les termes et conditions de ce manuel, de sorte que ce dernier ne doit pas être pris en compte ", évoquant le montant de 850'000 fr. qui lui aurait été proposé (i.e. par courrier du 25 novembre 2014) et le cas d'une autre employée qui aurait perçu un bonus après avoir quitté la société. Or, comme la cour cantonale l'a constaté, le bonus de 850'000 fr. lui était proposé à titre de solde de tout compte, de sorte que l'employé qui a refusé cette proposition ne peut rien en déduire; quant à l'exception qui aurait été faite en faveur d'une employée, elle ne permet pas de considérer que l'application de la clause du manuel dans le cas concret serait arbitraire.
D'ailleurs, dans la perspective de l'art. 322d al. 2 CO (cf. supra consid. 3.1.3.1 dernier par.), le contrat de travail ne contient aucune clause prévoyant le maintien d'un droit à la gratification même en cas d'extinction des rapports de travail.
4.3.3. Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas commis d'arbitraire en retenant que les parties avaient la volonté réelle de convenir d'une gratification discrétionnaire, à laquelle l'employé n'a donc pas de droit et à laquelle s'applique la condition de la non-démission (ou non-résiliation) au moment du paiement, condition qui n'est pas réalisée en l'espèce pour les bonus invoqués pour les années 2013 et 2014 (les bonus devant être payés au plus tard au moins de juillet de l'année suivante selon le manuel et les bonus 2011 et 2012 ayant été versés en novembre de l'année suivante et en janvier de l'année d'après).
4.4. Les autres critiques du recourant ne démontrent aucun arbitraire de la cour cantonale dans la qualification du bonus comme gratification, et non comme salaire variable.
Lorsqu'il soutient qu'il ne se serait pas engagé à déménager à Genève pour travailler pour la société s'il n'avait pas eu la garantie d'un salaire variable, le recourant ne donne aucune indication sur un pourcentage ou une clé de répartition. La cour cantonale a d'ailleurs retenu que l'employé n'a pas étayé son allégation et, dans son recours, celui-ci se borne à affirmer, de manière appellatoire, qu'un salaire variable était essentiel pour lui.
Un pourcentage ou une clé de répartition des profits ne résulte pas non plus du handbook adopté quelques mois plus tard par la société, ce qui ne démontre donc pas que celle-ci aurait voulu accorder à l'employé un salaire variable, bien au contraire. Le fait que des gratifications lui aient été accordées chaque année (2010 à 2012) ne permet en aucun cas de considérer qu'il s'agissait de salaires variables: la fixation d'un montant de bonus par l'employeuse pour une année concrète, ce que le recourant prétend en se basant sur les chiffres qui lui avaient été indiqués pour l'année 2013, ne transforme évidemment pas la gratification prévue par le contrat en un salaire variable.
Rien ne ressort non plus des enquêtes dans le sens soutenu par le recourant, qui taxe d'ailleurs les témoignages de non crédibles.
Ni l'intérêt général des parties dans le domaine du trading de pétrole, ni l'usage au sein des entreprises actives dans ce domaine, ni les bonus perçus de 2010 à 2012 ne suffisent à qualifier d'arbitraire la qualification de gratification selon la volonté réelle des parties dans le cas concret. Il en va de même du fait que le bonus était calculé sur la base d'une évaluation annuelle et d'une formule mathématique, aucun des chiffres cités par le recourant ne permettant de déduire que son bonus était toujours fixé selon le même pourcentage et qu'il serait donc un salaire variable.
Enfin, le recourant méconnaît la jurisprudence concernant les hauts revenus. Le principe de l'accessoriété s'applique lorsque l'employé n'a pas de droit à la gratification (cf. supra consid. 3.1.4) et qu'il perçoit un revenu modeste ou un revenu moyen à supérieur, mais non lorsqu'il perçoit un très haut revenu. En l'espèce, dès lors que l'employé a manifestement touché en 2013 et 4 mois en 2014 (sur la prise en considération de l'entier de la période litigieuse, cf. supra consid. 3.1.4.2) un montant total de 2'215'638 fr. (soit un salaire de 330'000 fr., un bonus [calculé sur les chiffres 2011] versés en janvier 2013 de 1'102'128 fr. et un bonus [calculé sur les chiffres 2012] de 783'510 fr. versés en novembre 2013), à quoi s'ajoutent les quatre mois de salaire de 2014 et le bonus (calculé sur les chiffres 2012) versé en janvier 2014 de 783'510 fr., il a perçu un très haut revenu et une conversion en salaire est exclue.
Il est superflu d'examiner s'il était arbitraire de retenir que le bonus qu'il a perçu en 2010 était de 120'000 fr., ce point n'étant pas pertinent pour le sort de l'interprétation de la volonté réelle des parties.
Le bonus étant une gratification, il n'y a pas lieu d'examiner le grief du recourant tendant à la production du compte de pertes et profits, comprenant l'activité de la société genevoise et celle de la société off-shore. D'ailleurs, contrairement à ce qu'il a compris, la cour cantonale n'a pas écarté cette production par appréciation anticipée des preuves, mais simplement parce qu'elle n'était pas pertinente pour le sort de la cause.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, tant en ce qui concerne le chef de conclusions principal que les chefs de conclusions subsidiaires.
Les frais de la procédure et les dépens seront mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 19'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 4 mai 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget