Faits :
A.
A.a. C.X._, né le 29 juillet 1941, dont l'épouse est D.X._, est formellement titulaire du bail portant sur l'appartement de quatre pièces au 3ème étage de l'immeuble situé au n° 82 d'un chemin à xxx, appartenant à A._, et ce depuis le 1er décembre 1966. Le loyer de cet appartement est actuellement de 812 fr. par mois, charges en sus. Selon l'art. 6 du contrat de bail, il est interdit au locataire de céder son bail ainsi que de sous-louer ou de mettre à disposition d'un tiers, même à titre gratuit, tout ou partie des locaux loués, y compris les dépendances.
Leur fille B.X._, née le 9 mai 1972, est devenue formellement titulaire du bail d'un appartement de deux pièces au rez-de-chaussée d'un immeuble sis au n° 72 du même chemin dans la même commune, appartenant à la même propriétaire, depuis le 16 octobre 1997. Le loyer de cet appartement est actuellement de 800 fr. par mois, charges en sus. Selon l'art. 9 des conditions générales annexées au contrat de bail, le transfert du bail n'est pas autorisé.
A.b. Depuis la conclusion du bail de l'appartement de deux pièces par leur fille en 1997, les parents ont en réalité occupé l'appartement de deux pièces et leur fille celui de quatre pièces, ce qui n'est pas contesté.
Les parents sont en outre propriétaires depuis 1975 d'une maison en Haute-Savoie, qu'ils ont rénovée progressivement et dans laquelle ils passent plus de temps depuis leur retraite.
A.c.
A.c.a. Il a été retenu par la cour cantonale que la bailleresse était au courant (" consciente ") depuis le début, dès la conclusion du second contrat en 1997, de cette inversion des occupations des appartements. Elle a toléré d'emblée que l'appartement de deux pièces pris à bail par la fille soit occupé par les parents et que celle-ci habite seule dans l'appartement de quatre pièces dont ceux-ci étaient locataires depuis 1966. Elle n'a émis aucune objection à ce sujet avant 2010.
En août 2010, lorsque la famille X._ a demandé à la régie de mettre, par écrit, le bail de l'appartement de quatre pièces au nom de la fille et l'appartement de deux pièces au nom du père, la régie a refusé, par courrier du 26 août 2010, en leur proposant " de rester aux conditions contractuelles actuelles ".
En octobre 2010, la famille X._ a informé la régie d'un sinistre survenu dans l'appartement de deux pièces. La régie a répondu aux parents X._ à l'adresse du n° 72 et une indemnité équivalant à un mois de loyer (800 fr.) a été versée sur le compte du père.
Et en novembre 2010, la régie a adressé plusieurs courriers à la fille au n° 82 concernant des travaux dans l'appartement de quatre pièces.
La bailleresse recourante conteste l'appréciation de ces faits par la cour cantonale.
A.c.b. Il a également été retenu par la cour cantonale que la bailleresse ne prétend pas qu'elle aurait ignoré que les parents, respectivement leur fille ont payé chacun le loyer de l'appartement qu'ils occupaient. Elle a aussi constaté que la bailleresse appelante a toléré d'emblée l'inversion des occupations des appartements et qu'elle n'a pas démontré ne l'avoir acceptée qu'à titre provisoire, en ce sens qu'il aurait été convenu que les parents réintègrent, à terme, leur appartement d'origine.
A.d. C'est par courrier du 30 mai 2016, soit 19 ans après la modification dans l'occupation des appartements, que la régie a, pour la première fois, mis la locataire en demeure de réintégrer l'appartement de deux pièces, ses parents étant priés de réintégrer l'appartement de quatre pièces.
Le 19 octobre 2016, la bailleresse a mis en demeure la fille de réintégrer l'appartement de deux pièces et le père de réintégrer l'appartement de quatre pièces, sous menace de résiliation.
B.
Par avis officiel du 25 novembre 2016, la bailleresse a résilié de manière anticipée le bail de chacun des locataires pour le 31 janvier 2017, en se fondant sur l'art. 257f al. 3 CO et invoquant une sous-location non autorisée et abusive de l'appartement. Elle a communiqué la résiliation du bail de l'appartement de quatre pièces au père et à la mère à l'adresse du n° 82 et celle du bail de l'appartement de deux pièces à la fille à l'adresse du n° 72.
Par mémoires séparés, les parents d'une part et la fille d'autre part ont déposé chacun une requête de conciliation, puis ont introduit une demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 10 mai 2017, concluant à la nullité du congé, subsidiairement à son inefficacité et plus subsidiairement à son annulation.
Le tribunal a entendu les parties, ainsi que la gérante de l'immeuble comme témoin.
Par jugements du 7 décembre 2018, le tribunal a annulé les congés notifiés aux locataires formels de chacun des appartements.
Parallèlement, les actions que le père et sa fille ont également déposées en vue de faire constater que les deux baux étaient à leurs deux noms, comme colocataires, ont été déclarées irrecevables par jugements du même jour.
Statuant le 8 juillet 2019 sur les appels de la bailleresse dirigés contre les jugements d'annulation des congés, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a ordonné la jonction des causes et, rejetant les appels, a confirmé les jugements entrepris. Admettant en quelque sorte un consentement de la bailleresse à la sous-location croisée (art. 262 CO), elle n'a examiné que les griefs soulevés par la bailleresse appelante et elle les a réfutés.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 11 juillet 2019, la bailleresse A._ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 10 septembre 2019. Elle conclut à sa réforme en ce sens que les congés notifiés pour chacun des appartements soient déclarés valables et que les locataires de chacun des appartements soient condamnés à les évacuer; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 271 CO et l'art. 257f al. 3 CO.
Les locataires intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué, subsidiairement à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause au tribunal des baux et loyers pour complément d'instruction. Subsidiairement, pour le cas où les congés seraient déclarés valables, ils invoquent le fait que la bailleresse connaissait l'inversion des occupations et, partant, que si elle avait voulu revenir sur son consentement à la sous-location après toutes ces années, elle aurait dû procéder selon l'art. 269d CO et notifier une formule officielle pour retirer son consentement (modification unilatérale des conditions des baux). Ils se plaignent également de violation de leur droit d'être entendu et du fait que la demande d'évacuation de la bailleresse ne soit pas motivée dans son recours.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire de contestation de résiliation de bail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 II 353 consid. 5.1; 137 I 58 consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1). Il ne suffit pas qu'une appréciation différente puisse être tenue pour également concevable, ou apparaisse même préférable (ATF 144 I 170 consid. 7.3; 142 II 369 consid. 4.3; 140 III 167 consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 et les références citées). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références citées). Il lui appartient de démontrer précisément, pour chaque constatation de fait incriminée, comment les preuves administrées auraient dû, selon elle, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (ATF 129 I 113 consid. 2.1; 128 I 295 consid. 7a; 125 I 492 consid. 1b et les arrêts cités). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 130 I 258 consid. 1.3).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
3.1. Dans la mesure où on peut comprendre sa motivation, il semble que la cour cantonale, traitant uniquement les trois griefs de la bailleresse appelante, ait examiné les faits selon deux périodes (1997-2010 puis 2010-2016), admettant en droit l'existence d'une sous-location croisée durant ces deux périodes, pour conclure finalement, sur un troisième grief de la bailleresse (qui qualifiait la sous-location d'abusive parce qu'elle serait permanente), que les sous-locataires n'avaient pas eu l'intention de réintégrer à terme leurs appartements respectifs, mais que l'on pouvait laisser ouverte la question de savoir s'ils abusent de leurs droits (et donc la question de la conformité des congés avec l'art. 257f al. 3 CO), car la bailleresse a adopté un comportement contradictoire, en violation de l'art. 271 al. 1 CO.
3.2. Pour peu qu'on la comprenne, la bailleresse recourante semble considérer qu'il aurait été admis ainsi un transfert de bail, qui aurait dû être soumis à la forme écrite, vu la clause d'interdiction stipulée dans le contrat, et que, même si la forme écrite n'était pas nécessaire, son silence ne pourrait équivaloir à une autorisation tacite de modification de cette clause. Puis elle s'en prend à la licéité de la sous-location croisée admise par la cour cantonale.
4.
Il y a lieu d'examiner en premier lieu les griefs de fait. La bailleresse recourante confond manifestement les questions de fait et les questions de droit. Dans ses 122 premiers " allégués ", elle reproche en réalité à la cour cantonale une constatation des faits et une appréciation des preuves arbitraires (art. 97 al. 1 LTF et art. 9 Cst.).
4.1. Tout d'abord, pour la période de 1997 à 2010, la cour cantonale a retenu que la bailleresse était au courant (" consciente ") depuis le début, soit dès la conclusion du second contrat de bail (appartement de deux pièces) en 1997, de l'inversion des occupations des appartements, qu'elle n'avait émis aucune objection à ce sujet avant 2010 et qu'elle n'a même pas prétendu qu'elle aurait ignoré que les locataires s'acquittaient chacun du loyer de l'appartement qu'ils occupaient en réalité.
4.1.1. Premièrement, la recourante conteste qu'elle ait su que les occupants avaient inversé leurs appartements depuis 1997.
La cour cantonale a retenu cet élément de fait en se basant sur les déclarations des parties en audience. Lorsque la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir admis ce fait sur la base des seuls allégués des locataires formulés devant le tribunal, et non dans leurs requêtes introductives, elle méconnaît, d'une part, que la maxime inquisitoire s'applique à la procédure simplifiée à laquelle sont soumis les litiges portant sur les résiliations de bail (art. 243 al. 2 let. c et 247 al. 2 let. a CPC; ATF 141 III 569 consid. 2.3) et que le juge n'est donc pas lié par les faits allégués dans la demande et la réponse et, d'autre part, à supposer que la cour cantonale ne se soit basée que sur les déclarations des locataires, comme la bailleresse recourante l'affirme, que ce procédé n'est en soi pas critiquable puisque l'interrogatoire des parties est un moyen de preuve prévu par le CPC (art. 191 CPC). La recourante ne démontre aucun arbitraire à cet égard; au contraire, retenir l'inverse, à savoir que pendant 13 ans, la bailleresse, respectivement sa régie dont la connaissance lui est imputable (ATF 140 III 86 consid. 4.1), ne savait pas qui occupait les appartements, serait arbitraire car contraire à l'expérience générale de la vie.
L'appréciation de la cour cantonale ayant abouti à un résultat, le grief de violation de l'art. 8 CC est infondé.
4.1.2. Deuxièmement, la recourante fait valoir qu'elle a contesté le fait que le loyer était payé par la fille pour l'appartement de quatre pièces et par les parents (ou le père) pour celui de deux pièces.
Dans sa réponse en première instance, elle a certes contesté, mais sans aucune autre précision, l'allégué 5 de la demande selon lequel le nom de la fille était apposé sur les bulletins de versement du loyer de l'appartement de quatre pièces et que le versement du loyer pour le logement de deux pièces était effectué par virement bancaire du père. Au ch. 10 p. 8 de sa réponse qu'elle invoque, elle n'a fait qu'affirmer que les bulletins de versement ont toujours été émis par elle avec le nom du locataire formel, offrant pour preuve " l'absence de preuve contraire ".
Ce faisant, elle n'a pas offert de moyens de preuve avec sa réponse. Elle a certes produit en audience les pièces 122 et 123, dont il résulte que des bulletins de versement imprimés portaient l'adresse de la fille pour le n° 72 et des parents pour le n° 82, mais les locataires ont produit les récépissés sur lesquels ils avaient corrigé le nom " à la main ", comme l'indique la recourante. Se limitant à affirmer qu'il ne s'agit que de copies de récépissés produits par les locataires, qu'il n'est pas allégué qu'une copie des bulletins ainsi modifiés était envoyée à la régie et donc que celle-ci ne pouvait pas s'apercevoir que l'auteur du paiement n'était pas celui indiqué, elle ne démontre pas en quoi il était arbitraire pour la cour cantonale de retenir sur cette base que les locataires avaient payé le loyer correspondant à l'appartement qu'ils occupaient. Une telle appréciation des preuves, fondée sur la seule version des locataires, peut certes être discutée, mais on ne saurait par contre la qualifier d'insoutenable.
Il en va de même du grief similaire pour l'appartement de deux pièces. L'appréciation de la cour cantonale qui a accordé foi aux déclarations du père et à la pièce 93 produite par lui n'est pas insoutenable. En se limitant à affirmer qu'elle ne pouvait s'apercevoir que le paiement était effectué par le père, la recourante ne démontre pas l'arbitraire.
4.1.3. Troisièmement, la cour cantonale n'ayant tiré aucune conclusion du fait que la fille aurait dit que la régie avait dit que c'était plus simple, les griefs tirés de l'absence de preuve et affirmant que l'explication est incohérente, sont sans objet.
4.2. La cour cantonale a encore examiné la période 2010 à 2016. Vu ce qui vient d'être admis pour la précédente période (cf. supra consid. 4.1), il est superflu d'examiner en détail les griefs de la recourante concernant cette seconde période, pour les motifs qui suivent.
5.
5.1. Le contrat de bail à loyer des art. 253 ss CO, notamment lorsqu'il porte, comme en l'espèce, sur une habitation, est soumis, pour sa formation et son contenu, aux art. 1 ss et 18 CO.
Le contrat est parfait lorsque les parties ont, réciproquement et d'une manière concordante, manifesté leur volonté (art. 1 al. 1 CO). Le contrat suppose donc un échange de manifestations de volonté réciproques, qui sont normalement une offre et une acceptation (art. 3 ss CO); le contrat est conclu si l'offre et l'acceptation sont concordantes (arrêt 4A_69/2019 du 27 septembre 2019 consid. 3.1; TERCIER/PICHONNAZ, Le droit des obligations, 6e éd. 2019, n° 644 ss; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, tome I, 10e éd. 2014, n° 286, 357 et 478).
Les manifestations de volonté peuvent aussi être tacites (art. 1 al. 2 CO). Ainsi, la jurisprudence a admis qu'un contrat de bail à ferme agricole soit conclu tacitement, par actes concluants, dès lors que le fermier fauchait librement le pré en cause et rémunérait le bailleur pour le foin qu'il emportait (ATF 118 II 441 consid. 1).
Tant pour déterminer si un contrat a été conclu que pour l'interpréter, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO; ATF 144 III 93 consid. 5.2.2; 132 III 626 consid. 3.1; 132 III 268 consid. 2.3.2; 131 III 606 consid. 4.1 et les arrêts cités). Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, qu'il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance. D'après ce principe, la volonté interne de s'engager du déclarant n'est pas seule déterminante; une obligation à sa charge peut découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait, de bonne foi, déduire une volonté de s'engager. Le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 144 III 93 consid. 5.2.3; 130 III 417 consid. 3.2 et les arrêts cités).
5.2. La modification du contrat n'est qu'une modalité particulière de la formation du contrat et, partant, obéit aux mêmes règles que celles qui régissent la formation du contrat, soit aux art. 1 ss et 18 CO (TERCIER/PICHONNAZ, op. cit., n° 607).
5.3. La conclusion d'un contrat n'est subordonnée à l'observation d'une forme particulière que si une disposition spéciale de la loi le prévoit (art. 11 al. 1 CO) ou si les parties en sont convenues (art. 16 al. 1 CO). Lorsqu'aucune forme particulière n'est prescrite, les manifestations de volonté peuvent être tacites (art. 1 al. 2 CO).
La loi ne prescrit aucune forme pour la conclusion du contrat de bail, qui peut donc être conclu par actes concluants (ATF 119 III 78 consid. 3c; LACHAT/RUBLI, Le bail à loyer, 2019, p. 203 n° 4.1.1; TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n° 1691), sous réserve de l'utilisation de la formule officielle dans les cantons qui en ont rendu l'usage obligatoire pour la conclusion d'un nouveau bail (art. 270 al. 2 CO).
Les parties qui ont réservé la forme écrite sont réputées en avoir fait une condition de la validité du contrat (art. 16 al. 1 CO). Il faut toutefois considérer que les parties ont renoncé à la forme écrite lorsque les prestations contractuelles sont fournies et acceptées sans réserve, malgré l'inobservation de la forme écrite (ATF 105 II 75 consid.1; arrêt 4A_416/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3-3.4; LACHAT/RUBLI, op. cit., p. 204 n° 4.1.3; TERCIER/BIERI/CARRON, op. cit., n° 1692).
5.4. Au vu des faits constatés, sans arbitraire (cf. supra consid. 4), la bailleresse, ou tout au moins l'employé de la régie en charge des appartements en question, connaissait la situation des occupations inversées et savait que les loyers étaient payés par les locataires qui occupaient effectivement les appartements.
Sur cette base, il y a lieu d'admettre en droit que la bailleresse, respectivement par sa représentante, la régie, a accepté, par actes concluants, une modification des contrats de bail des locataires formels en ce sens qu'en sont désormais locataires les occupants effectifs.
L'inobservation de la forme écrite dont se plaint la bailleresse recourante - qu'elle ne démontre pas avoir invoquée en première instance - ne saurait être opposée à une modification du contrat qui a été exécutée pendant 13 ans au seul motif que la régie aurait refusé le transfert des baux aux noms de leurs réels occupants en 2010.
Il s'ensuit que les congés donnés au titre de l'art. 257f al. 3 CO étaient infondés et que le recours de la bailleresse doit donc être rejeté par substitution des motifs qui précèdent.
Il n'y a donc pas lieu d'examiner les griefs de la recourante en relation avec l'illicéité de la sous-location.
6.
Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et dépens de la procédure fédérale sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 27 février 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget