Erwägungen:
1.
1.1. Mit Verfügung vom 27. November 2018 auferlegte das Steueramt des Kantons Zürich A._ eine Ordnungsbusse von Fr. 100.-- wegen nicht fristgerechten Einreichens der Steuererklärung für die Steuerperiode 2017. Nachdem das Steueramt die Ordnungsbusse mit Einspracheentscheid vom 12. April 2019 bestätigt hatte, erhob A._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses forderte ihn mit Verfügung vom 16. Mai 2019 auf, einen Kostenvorschuss von Fr. 750.-- zu leisten, weil er der Zürcher Justiz noch Kosten von Fr. 32'617.85 aus früheren Verfahren schulde, ansonsten auf die Beschwerde nicht eingetreten würde.
1.2. Mit einer als "Beschwerde in Strafsachen" bezeichneten Eingabe vom 15. Juni 2019 beantragt A._ dem Bundesgericht, die angefochtene Verfügung und die verhängte Ordnungsbusse seien aufzuheben, eventualiter sei die Sache zum Neuentscheid zurückzuweisen. Das Bundesgericht hat weder die vorinstanzlichen Akten beigezogen noch andere Instruktionsmassnahmen verfügt.
2.
2.1. Die vom Steueramt des Kantons Zürich verhängte Ordnungsbusse stützt sich auf Art. 174 DBG (SR 642.11). Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide ist deshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu ergreifen, während die Strafgerichtsbarkeit ausgeschlossen ist (Art. 182 Abs. 2 DBG). Dies ist dem Beschwerdeführer aus früheren Verfahren bekannt (Urteil 2C_817/2016 vom 10. November 2016). Seine Eingabe ist deshalb als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen.
2.2. Angefochten ist eine verfahrensleitende Verfügung des Verwaltungsgerichts. Die Beschwerde ist deshalb nur zulässig, wenn der vorinstanzliche Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung können Zwischenentscheide, mit denen ein Kostenvorschuss verlangt wird, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken, wenn die Zahlungsaufforderung mit der Androhung verbunden wird, dass im Säumnisfall auf die Klage oder das Rechtsmittel nicht eingetreten werde (BGE 133 V 402 E. 1.2 S. 403; 128 V 199 E. 2b und 2c S. 202 ff.). Dies gilt jedenfalls dann, wenn sich der Beschwerdeführer gleichzeitig auf seine Mittellosigkeit beruft (Urteil 2C_1058/2016 vom 5. Dezember 2016 E. 3). Im vorliegenden Fall wurde dem Beschwerdeführer in der angefochtenen Verfügung im Säumnisfall das Nichteintreten auf die Beschwerde angedroht. Der Beschwerdeführer beruft sich allerdings nicht darauf, dass er mittellos sei und den Vorschuss nicht bezahlen könne. Die Frage nach dem nicht wieder gutzumachenden Nachteil muss indessen nicht abschliessend entschieden werden, weil sich die Beschwerde als offensichtlich unbegründet erweist und im vereinfachten Verfahren erledigt werden kann (Art. 109 Abs. 2 lit. a BGG).
3.
3.1. Streitgegenstand ist ausschliesslich die Zulässigkeit des von der Vorinstanz geforderten Kostenvorschusses. Auf den Antrag auf Aufhebung der Ordnungsbusse sowie die übrigen nicht sachbezogenen Vorbringen in der Beschwerde kann deshalb nicht eingetreten werden.
3.2. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass das steuerrechtliche Ordnungsbussenverfahren ein Strafverfahren sei. Vom Beschuldigten dürfe deshalb kein Kostenvorschuss verlangt werden. Andernfalls werde der Anspruch auf Zugang zum Gericht verletzt.
3.2.1. Das Bundesgericht hat entschieden, dass im Strafverfahren von der beschuldigten Person im kantonalen Rechtsmittelverfahren kein Kostenvorschuss verlangt werden dürfe. Dies ergebe sich aus Art. 383 Abs. 1 StPO, der lediglich die Vorschusspflicht der Privatklägerschaft vorsehe. Der Gesetzgeber wolle der beschuldigten Person den Zugang zu einer Rechtsmittelinstanz nach Art. 6 EMRK nicht erschweren (vgl. BGE 144 IV 17 E. 2.3 S. 20 f.; Urteil 1B_332/2012 vom 15. August 2012 E. 3.4). Auf diese Rechtsprechung kann sich der Beschwerdeführer indessen nicht berufen, weil die StPO im steuerrechtlichen Ordnungsbussenverfahren nicht anwendbar ist. Gemäss Art. 1 Abs. 2 StPO bleiben die Verfahrensvorschriften anderer Bundesgesetze vorbehalten. Das DBG verweist beim Steuerstrafverfahren auf die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze und das Veranlagungs- und Beschwerdeverfahren, die sinngemäss gelten (Art. 182 Abs. 3 DBG). Dies schliesst nicht aus, dass strafprozessuale Grundsätze im Verfahren Anwendung finden, wie z.B. das Aussageverweigerungsrecht der beschuldigten Person (Art. 113 Abs. 1 StPO) oder die Unschuldsvermutung (Art. 10 StPO), besonders wenn diese Grundsätze bereits kraft höherrangigem Recht gelten (vgl. ROMAN J. SIEBER/JASMIN MALLA, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar DBG, 3. Aufl. 2017, N. 4 der Vorb. zu Art. 182-183 DBG). Ansonsten finden aber ausschliesslich die Verfahrensvorschriften des DBG Anwendung (ANDREAS DONATSCH, Im Labyrinth des Steuerstrafrechts, recht 2/2019 S. 125) und, soweit diese keine Regelung enthalten, das kantonale Verwaltungsverfahrensrecht (Urteil 2C_109/2011 vom 26. Mai 2011 E. 2; vgl. zum Kostenvorschuss Urteil 2A.260/1997 vom 7. August 1998 E. 2b).
3.2.2. Auch wenn der Gesetzgeber in der StPO darauf verzichtet hat, die beschuldigte Person im kantonalen Rechtsmittelverfahren mit Kostenvorschüssen zu belasten, bedeutet dies nicht, dass die Vorschusspflicht der beschuldigten Person per se unzulässig wäre. So kann das Bundesgericht bei Beschwerden in Strafsachen gestützt auf Art. 62 Abs. 1 BGG von der beschuldigten Person einen Kostenvorschuss verlangen (BGE 144 IV 17 E. 2.3 S. 20 f.). Und vor Inkrafttreten der Eidgenössischen StPO hat das Bundesgericht die Erhebung eines Kostenvorschusses von der beschuldigten Person gestützt auf kantonales Strafprozessrecht als vereinbar mit den verfassungs- und konventionsrechtlichen Garantien erachtet (BGE 128 I 237 E. 3 S. 238 f.; Urteil 1B_39/2010 vom 30. März 2010 E. 4). Dies gilt auch in Bezug auf den Anspruch auf Zugang zum Gericht, der bei Mittellosigkeit durch den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege gewährleistet wird (vgl. BGE 135 I 1 E. 7.1 S. 2; 131 I 350 E. 3.1 S. 355). Nachdem der Beschwerdeführer wie erwähnt nicht geltend macht, dass er mittellos und nicht in der Lage sei, den Kostenvorschuss zu bezahlen, ist nicht ersichtlich, inwieweit dieser Anspruch verletzt sein könnte. Angesichts der moderaten Höhe von Fr. 750.-- kann auch keine Rede davon sein, dass die Vorinstanz einen krass übersetzten Kostenvorschuss verlangt hat. Somit verstösst der gestützt auf kantonales Prozessrecht (§ 15 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes [des Kantons Zürich] vom 24. Mai 1959 [VRG/ZH; LS 175.2]) erhobene Kostenvorschuss nicht gegen übergeordnetes Recht. Die Beschwerde erweist sich insoweit als unbegründet.
3.3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Voraussetzungen zur Erhebung eines Kostenvorschusses seien nicht erfüllt. Das Verwaltungsgericht hat den Kostenvorschuss erhoben, weil der Beschwerdeführer der Zürcher Justiz Fr. 32'617.85 aus früheren Verfahren schulde (§ 15 Abs. 2 lit. b VRG/ZH). Der Beschwerdeführer bestreitet diese Schulden nicht. Er macht geltend, die Forderung des Kantons stamme aus Verfahren, in denen seine verfassungsmässigen Rechte willkürlich verweigert worden seien, und er verrechne deshalb die Forderung des Kantons mit einer Gegenforderung von Fr. 19'559'202.45 aus Schadenersatz für widerrechtliche Handlungen staatlicher Organe. Diese unsubstanziierten Vorbringen genügen weder den allgemeinen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG noch dem bei der Verletzung von Grundrechten geltenden strengen Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG). Darauf ist nicht einzutreten. Ohnehin können gemäss Art. 125 Ziff. 3 OR Verpflichtungen gegen das Gemeinwesen aus öffentlichem Recht nicht gegen den Willen des Gläubigers durch Verrechnung getilgt werden.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juli 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger