Faits :
A.
A.a. A la suite de la plainte pénale déposée le 14 février 2013 par la société A._ - active dans le négoce de matières premières sur le marché physique -, une instruction pénale a été ouverte contre d'anciens employés de cette société, soit B._ pour faux dans les titres, suppression de titres, escroquerie et gestion déloyale, C._ pour complicité d'escroquerie et gestion déloyale, ainsi que D._ pour gestion déloyale. Il est en particulier reproché à B._ d'avoir, en 2011 et 2012, abusé de son pouvoir de représentation en concluant seul, au moyen de contrats dont il avait occulté l'existence et le contenu à son employeur, diverses opérations d'achat de lots de café physique auprès de différents fournisseurs. Lors des transactions, le prévenu aurait notamment fixé, d'entente avec les fournisseurs, des prix à des valeurs au-dessus du marché, vraisemblablement dans un but d'enrichissement personnel. La société plaignante fait valoir un dommage estimé à plusieurs millions de dollars américains.
A.b. En parallèle à cette instruction, A._ est opposée, devant la Chambre patrimoniale cantonale vaudoise, à C._. Dans le cadre de cette procédure civile, une expertise judiciaire a été confiée à E._, ancien trader de café ayant exercé cette activité durant de nombreuses années; celui-ci a rendu un rapport d'expertise au mois de janvier 2019; ce document fait l'objet d'une contestation devant l'autorité civile précitée.
A.c. Au cours de la procédure pénale, le Ministère public central vaudois - Division criminalité économique - a, le 25 septembre 2018, interpellé les parties pour qu'elles proposent des personnes susceptibles de fonctionner en qualité d'expert.
Le 15 octobre suivant, A._ a proposé que E._ soit désigné. C._, par l'intermédiaire de son avocat, a fait de même le 15 novembre 2018. Le 12 décembre suivant, le Procureur a informé les parties qu'il envisageait d'ordonner une expertise portant sur la question des transactions de café physique à prix fixe s'écartant des prix du marché au détriment de A._ et de désigner E._ en qualité d'expert. Le Ministère public leur a en outre soumis une liste de neuf questions qu'il entendait poser à l'expert et leur a fixé un délai pour se déterminer tant sur le choix de l'expert que sur les questions à lui poser. B._ s'est opposé, par courrier du 21 janvier 2019, à la nomination de cet expert, exposant en substance que l'expertise réalisée par celui-ci dans le cadre civil était entachée de graves manquements, ce qui faisait douter de l'impartialité de l'expert; B._ a également contesté la formulation de la question 8 dans la mesure où elle laissait présupposer un dommage et a demandé de préciser certains termes utilisés ("différentiel", "hedge", "hedge partiel", "cours Coffee" et "cours ICE/Coffee"). Ce même jour, C._ s'est aussi opposé à cette désignation, relevant la qualité douteuse de l'expertise civile et la contestation qu'il entendait faire à cet égard.
Le 22 janvier 2019, le Procureur a indiqué aux parties ne pas avoir connaissance de l'expertise civile, leur soumettant plusieurs propositions, soit que l'expertise civile lui soit transmise afin qu'il puisse se déterminer sur l'opportunité de désigner E._ ou un autre expert, que l'issue de la contestation civile soit attendue ou que les parties s'entendent sur la nomination d'un autre expert. S'agissant de la question 8 contestée, le Ministère public a déclaré qu'elle serait maintenue, mais serait reformulée; elle tomberait si l'expert répondait par la négative à la question 7. Le Procureur a encore précisé qu'il envisageait une question supplémentaire afin de connaître la différence entre le "cours COFFEE" et le "cours ICE/COFFEE" si celle-ci existait.
B._ a confirmé le 12 février 2019 qu'il s'opposait à la désignation de E._ en tant qu'expert.
Le 20 mars 2019, le Ministère public a informé les parties qu'après examen de l'expertise civile - transmise par l'avocat de A._ le 15 février 2019 -, il estimait les reproches formulés à son encontre infondés et avait décidé d'adresser un mandat d'expertise à E._, ce qu'il a fait le jour suivant, en adaptant le contenu des questions 7, 8 et 9. C._ et B._ ont déposé un recours contre ce mandat, le second précité concluant notamment à la désignation de F._ en qualité d'expert. C._ a retiré son recours.
Le 25 mars 2019, D._ a déposé une demande de récusation de l'expert désigné par ce mandat, requête cependant ensuite retirée.
B.
Le 29 avril 2019, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours formé par B._ contre le mandat d'expertise (ch. I). Elle a annulé ce mandat en tant qu'il désignait E._ comme expert, le confirmant pour le surplus (dispositif ch. II); la cause a été renvoyée au Ministère public pour désignation d'un nouvel expert (ch. III).
En substance, la cour cantonale a considéré que E._ ne pouvait pas être désigné vu le rapport rendu par celui-ci dans la cause civile; elle a également écarté la nomination de F._ en raison de son domicile en France et de ses éventuels liens avec les prévenus (consid. 2.3). Elle a ensuite rejeté la violation du droit d'être entendu soulevée par B._ en lien avec la formulation des questions (consid. 2.3).
C.
Par acte du 11 juillet 2019, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation (ch. 2) et à la confirmation du mandat d'expertise confié à E._, le cas échéant, en tant qu'expert pour une seconde expertise (ch. 3). A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants (ch. 7).
La cour cantonale a renoncé à déposer des déterminations et s'est référée à sa décision. Le Ministère public en a fait de même. B._ a conclu à l'irrecevabilité du recours; il s'en remet à justice s'agissant des conclusions subsidiaires prises par la recourante, relevant qu'un éventuel manquement des autorités cantonales ne sauraient lui être imputé. Dans le délai prolongé demandé, C._ a renoncé à former des déterminations. Quant à D._, il n'a déposé aucune écriture. Le 27 novembre 2019, le recourant a persisté dans ses conclusions, produisant le courrier du Ministère public du 27 août 2019; dans celui-ci, il est en particulier relevé qu'une nouvelle désignation d'expert n'interviendra pas avant que la procédure incidente relative à la nomination de E._ ne soit définitive. Le 6 janvier 2020, B._, par l'intermédiaire de son mandant, a renoncé à déposer des observations supplémentaires.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office (art. 29 al. 1 LTF) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 145 I 239 consid. 2 p. 241).
1.1. Le recours en matière pénale est en principe ouvert contre une décision rendue dans une cause pénale (art. 78 ss LTF). Cela suffit pour exclure le "recours constitutionnel" invoqué par l'avocat du recourant (cf. ad V/1 p. 11 du recours), dans la mesure d'ailleurs où cette brève mention suffirait pour considérer qu'un recours au sens des art. 113 ss LTF aurait été déposé.
1.2. Dans le cadre du recours fédéral, seule est contestée la décision de la cour cantonale d'écarter l'expert désigné par le Ministère public. Dans la mesure où l'une des raisons retenues pour ce faire constitue en principe un motif qui aurait pu être invoqué dans le cadre d'une procédure formelle de récusation (cf. le défaut d'indépendance de l'expert), cette problématique spécifique doit pouvoir être portée directement devant le Tribunal fédéral en application de l'art. 92 LTF (arrêts 1B_605/2019 du 8 janvier 2020 consid. 2; 1B_431/2016 du 25 novembre 2016 consid. 1; dans ce sens, JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2e éd. 2018, n° 13'010 in fine p. 319; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016, n° 6 in fine ad art. 184 CPP; MARIANNE HEER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Art. 1-195 StPO, 2e éd. 2014, n° 38 in fine ad art. 184 CPP; voir également en matière d'assurances sociales ATF 138 V 271 consid. 2 ss p. 277 s., BERNARD CORBOZ, in CORBOZ/WURZBURGER/FERRARI/FRÉSARD/AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 15 ad art. 92 LTF).
La doctrine considère de plus que la voie du recours au sens de l'art. 393 al. 1 let. a CPP est ouverte contre la désignation d'un expert par le Ministère public (JOËLLE VUILLE, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2e éd. 2019, n° 31 ad art. 182 CPP; JEANNERET/KUHN, op. cit., n° 13'010 p. 319; SCHMIDT/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3e éd. 2018, n° 3 ad art. 184 CPP; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, op. cit., n° 6 ad art. 184 CPP; HEER, op. cit., n° 38 ad art. 184 CPP). On ne saurait donc faire le reproche à l'intimé B._ d'avoir avancé l'ensemble de ses griefs contre la nomination de l'expert au cours de la procédure cantonale de recours contre le mandat d'expertise, que ce soit ceux en lien avec la prétendue absence de connaissances professionnelles (art. 183 al. 1 CPP) ou ceux relatifs au défaut allégué d'indépendance (art. 183 al. 3 et 56 CPP). Cette manière de procéder est au demeurant conforme à l'obligation de célérité et au principe de la bonne foi qui prévalent en matière de récusation, à savoir invoquer sans délai tous les motifs de récusation connus (cf. art. 58 al. 1 CPP; arrêt 6B_1424/2017 du 18 juin 2018 consid. 3.2). Si les motifs de récusation sont connus au moment de la communication du mandat d'expertise, la nécessité de procéder en parallèle par le biais d'une requête de récusation pour invoquer des motifs au sens de l'art. 56 CPP semble d'autant moins s'imposer que l'autorité appelée à statuer sur le recours contre le mandat et sur une requête de récusation est la même, à savoir la Chambre de recours pénale en tant qu'autorité de recours au sens des art. 20 CPP et 13 al. 1 de la loi vaudoise d'introduction du Code de procédure pénale suisse du 19 mai 2009 [LVCPP; RSV 312.01]). La recourante ne saurait d'ailleurs soutenir le contraire, puisque cela équivaudrait à déclarer irrecevable son recours sous l'angle de l'art. 92 LTF.
Cela étant, seuls les griefs en lien avec les motifs de récusation proprement dits peuvent faire l'objet du recours en matière pénale en application de l'art. 92 LTF. S'agissant des autres problématiques qui pourraient être soulevées dans un recours cantonal contre un mandat d'expertise - dont les modalités d'exécution et/ou les questions soumises à l'expert -, les conditions ordinaires de recevabilité du recours fédéral s'appliquent, à savoir l'existence d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (arrêts 1B_605/2019 du 8 janvier 2020 consid. 2; 1B_19/2016 du 19 janvier 2016; 1B_414/2015 du 30 novembre 2015 consid. 2.3; 1B_200/2015 du 4 juin 2015 consid. 2). Celui-ci ne saurait être réalisé du seul fait que la procédure pourrait être rallongée en cas de difficultés à trouver une autre personne compétente à désigner en tant qu'expert. Si la recourante se prévaut aussi de la prescription de l'action pénale, elle ne donne toutefois aucune information temporelle à cet égard. On peine enfin à comprendre en quoi le défaut de nomination de l'expert E._ priverait la recourante de demander, le cas échéant, une seconde expertise, la seule conséquence de la présente procédure pouvant être que celle-ci serait réalisée par un tiers. C'est le lieu d'ailleurs de rappeler à la recourante qu'elle ne dispose d'aucun droit à la nomination par l'autorité de la personne qu'elle a proposée (VUILLE, op. cit., n° 33 ad art. 182 CPP).
1.3. Pour le surplus, les autres questions de recevabilité sont réunies et, partant, dans les limites susmentionnées, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant des violations des art. 30 al. 1 Cst., 6 CEDH, 107 et 390 CPP, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche en substance à l'autorité cantonale de ne pas l'avoir interpellée au cours de la procédure de recours cantonal, ce malgré sa qualité de partie plaignante.
2.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1 p. 103). Il appartient aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (ATF 139 I 189 consid. 3.2 p. 192).
S'agissant en particulier du droit de répondre, il s'exerce contre une demande (principale ou reconventionnelle), un appel (principal ou joint) ou un recours; le juge doit fixer un délai (ou impartir le délai légal) à la partie adverse pour déposer sa réponse (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1 p. 53 s.).
2.2. En l'occurrence, la qualité de partie plaignante - demandeur au pénal et au civil - de la recourante n'est pas remise en cause (cf. p. 2 du rubrum des parties sur le plan cantonal). C'est de plus la recourante qui a proposé E._ en tant qu'expert au Ministère public (cf. son courrier du 15 octobre 2015) et le mandat d'expertise à l'origine de la présente procédure lui a été notifié. Ces considérations suffisent pour établir l'intérêt de la recourante à participer à une éventuelle procédure de contestation de l'expert E._.
Or, aucun élément ne permet de considérer que la recourante aurait été interpellée par la cour cantonale au cours de la procédure de recours (cf. en particulier le procès-verbal des opérations); une telle constatation ne ressort d'ailleurs pas de l'arrêt attaqué et/ou des observations déposées par la cour cantonale au cours de la procédure fédérale. Dans la mesure où aucun échange d'écritures ne serait intervenu et que le recours aurait été manifestement irrecevable ou mal fondé (cf. art. 390 al. 2 CPP), cette manière de procéder ne prêterait pas le flanc à la critique. Tel n'est cependant pas le cas, puisque le recours a été admis et que des échanges d'écritures ont eu lieu, le Ministère public, ainsi que l'avocate d'une "personne concernée" par la procédure s'étant vus inviter à déposer des observations. Vu l'intérêt manifeste de la recourante à cette procédure, ainsi que sa qualité de partie connue des autorités, on peine à comprendre pourquoi elle n'a pas été également interpellée; on ne se trouve en effet pas dans la situation particulière où l'autorité ignore qui pourraient être les parties intéressées et à qui il incombe ainsi, le cas échéant, de se manifester lorsqu'elles ont connaissance de la procédure (cf. pour un exemple dans ce sens en matière de scellés, arrêt 1B_91/2019 du 11 juin 2019 consid. 2.2). Le fait que l'avocat de l'intimé B._ et le Ministère public lui aient communiqué directement une copie de leurs écritures ne permet donc pas de pallier l'absence de transmission formelle par le juge (arrêt 1B_485/2017 du 7 février 2018 consid. 3.2 et les références citées). La recourante invoque encore qu'elle aurait pu produire l'ordonnance des autorités civiles écartant les griefs invoqués contre le rapport d'expertise afin d'étayer ses dires notamment quant aux connaissances de E._; cette affirmation n'est pas formellement remise en cause par l'intimé B._, en particulier quant à la date de ladite décision, celui-ci s'en remettant à justice sur cette question particulière.
Partant, en omettant d'interpeller la recourante au cours de la procédure de recours cantonale, l'autorité précédente a violé son droit d'entendue.
2.3. Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226 s.).
Le Tribunal fédéral ne disposant pas d'une pleine cognition en fait et en droit, le vice constaté ne peut pas être réparé au cours de la procédure fédérale. La violation du droit d'être entendu entraîne donc l'annulation de la décision entreprise, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226 s.; arrêt 1B_221/2019 du 11 octobre 2019 consid. 2.3).
3.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué du 29 avril 2019 est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle invite la recourante à déposer des observations, ordonne, le cas échéant, un second échange d'écritures, puis rende une nouvelle décision.
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 LTF). L'intimé B._ s'en est remis à justice sur la question qui a conduit à l'admission du recours et, pour le surplus, a conclu principalement à l'irrecevabilité du recours; il n'y a pas lieu de lui accorder de dépens. Il en va de même des intimés C._ et D._ qui ne se sont pas déterminés. Vu la violation du droit d'être entendu retenue, il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF; arrêt 5A_107/2019 du 19 juin 2019 consid. 3 et les arrêts cités).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 29 avril 2019 de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle procède au sens des considérants.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'500 fr., est allouée à la recourante à la charge du canton de Vaud.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public central du canton de Vaud - Division criminalité économique - et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 27 mars 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf