Erwägungen:
1.
Am 7. Dezember 2020 erhob die Beschwerdeführerin Strafanzeige gegen den Beschwerdegegner 2 wegen Nötigung und Diskriminierung. Sie macht geltend, zuerst durch eine Verkäuferin und dann durch den Beschwerdegegner 2 unter Hinweis auf die Maskentragpflicht in Läden am "freien Einkaufen" im Geschäft des Beschwerdegegners 2 gehindert worden zu sein. Obschon sie auf das Vorliegen einer gesundheitlichen Einschränkung/Behinderung und eines ärztlichen Attests, wonach sie keine Gesichtsmaske tragen könne, hingewiesen habe, sei ihr der Zugang zum Ladenlokal ohne Maske verwehrt worden.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen nahm eine Strafuntersuchung am 16. Dezember 2020 nicht an die Hand. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies die Vorinstanz mit Entscheid vom 16. April 2021 ab.
Dagegen wendet sich die Beschwerdeführerin am 19. Mai 2021 mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie verlangt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Einleitung eines Strafverfahrens wegen Nötigung gegen alle Personen, die sie am 2. Dezember 2020 genötigt hätten, eine Gesichtsmaske zu tragen (bzw. dies versuchten hätten). Zudem beantragt sie die Feststellungen, dass sie als behinderte Person durch die Zutrittsverweigerung zu einem (existenziellen) Lebensmittelfachgeschäft bzw. durch versuchten Zwang, eine Maske tragen zu sollen, diskriminiert worden sei und eventualiter, dass "eine ausnahmslose Maskenpflicht in einem öffentlich zugänglichen Betrieb oder bei einer öffentlich zugänglichen Veranstaltung generell rechtswidrig und insbesondere auch nicht im Rahmen des Hausrechts zulässig" sei.
2.
Die Beschwerde muss die Begehren und die Begründung enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Beschwerde an das Bundesgericht in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt.
3.
Nicht einzutreten ist auf die Feststellungsbegehren der Beschwerdeführerin, welche im Zusammenhang mit der von ihr postulierten Anwendbarkeit des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 2002 (BehiG; SR 151.3) stehen. Im vorliegenden Strafverfahren, wo es ausschliesslich um die Frage der Nichtanhandnahme einer Strafanzeige wegen Nötigung geht, besteht dafür kein Raum. Abgesehen davon sind Feststellungsbegehren gegenüber Leistungsbegehren ohnehin subsidiär, bedürfen eines spezifischen Feststellungsinteresses und können nicht abstrakte, theoretische Rechtsfragen zum Gegenstand haben (vgl. BGE 137 II 199 E. 6.5). Worin vorliegend ein besonderes Feststellungsinteresse erblickt werden könnte, ist weder ansatzweise dargetan noch ersichtlich. Im Übrigen trägt die Beschwerdeführerin die fraglichen Feststellungsbegehren erstmals vor Bundesgericht vor. Sie wären damit auch neu und folglich unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
4.
Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde gegen eine Nichtanhandnahmeverfügung nur legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Als Privatklägerin gilt die Geschädigte, die ausdrücklich erklärt, sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilkläger zu beteiligen (Art. 118 Abs. 1 StPO). Geschädigt ist, wer durch die angezeigte Straftat in ihren Rechten unmittelbar verletzt wurde (Art. 115 Abs. 1 StPO). In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss Art. 41 ff. OR.
5.
Die Beschwerdeführerin führt hierzu aus, am Verfahren vor Vorinstanz teilgenommen zu haben und durch den angefochtenen Entscheid unmittelbar betroffen zu sein. Sie habe sich in ihrer Strafanzeige als Privatklägerin im Strafpunkt konstituiert und ihre Zivilansprüche im Untersuchungsverfahren, welches aber gar nicht erst eröffnet worden sei, geltend machen wollen. Die Verweigerung des Zutritts zum Laden und die Nötigung bzw. der Nötigungsversuch, eine Maske tragen zu müssen, sei aufgrund ihrer Behinderung erfolgt. Infolge Diskriminierung sei sie gestützt auf Art. 6 i.V.m. Art. 8 Abs. 3 BehiG zu entschädigen. Zusätzlich mache sie aufgrund der ihr zugefügten (öffentlichen) Demütigung eine Genugtuung gemäss Art. 28a Abs. 3 ZGB i.V.m. Art. 49 OR geltend.
6.
Ob die Beschwerdeführerin, die sich im kantonalen Verfahren im Strafpunkt, nicht aber im Zivilpunkt konstituiert hat, mit ihren Ausführungen unmittelbare, aus der angeblichen Straftat resultierende Zivilansprüche im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG geltend macht und sie insofern als Privatklägerin zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert ist, erscheint fraglich, kann aber offengelassen werden, weil der Beschwerde so oder anders kein Erfolg beschieden ist.
7.
Die Staatsanwaltschaft verfügt die Nichtanhandnahme, sobald aufgrund der Strafanzeige oder des Polizeirapports feststeht, dass die fraglichen Straftatbestände oder die Prozessvoraussetzungen eindeutig nicht erfüllt sind (Art. 310 Abs. 1 lit. a StPO). Nach dem aus dem strafprozessualen Legalitätsprinzip abgeleiteten Grundsatz "in dubio pro duriore" (Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 StPO i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; BGE 138 IV 86 E. 4.2) darf die Nichtanhandnahme gestützt auf Art. 310 Abs. 1 lit. a StPO nur in sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen ergehen, so bei offensichtlicher Straflosigkeit, wenn der Sachverhalt mit Sicherheit nicht unter einen Straftatbestand fällt, oder bei eindeutig fehlenden Prozessvoraussetzungen. Die Strafverfolgungsbehörde und die Beschwerdeinstanz verfügen in diesem Rahmen über einen gewissen Ermessensspielraum, in welchen das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung eingreift. Im Zweifelsfall, wenn die Nichtanhandnahmegründe nicht mit absoluter Sicherheit gegeben sind, muss das Verfahren eröffnet werden (vgl. BGE 143 IV 241 E. 2.2.1; 137 IV 219 E. 7; je mit Hinweisen).
8.
Dass und inwiefern der angefochtene Beschluss, mit dem die Vorinstanz die Nichtanhandnahme der Staatsanwaltschaft schützt, geltendes Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzen soll, ist nicht ersichtlich, soweit in der Beschwerde überhaupt hinlänglich dargetan. Zwar steht fest, dass der Beschwerdeführerin am 2. Dezember 2020 der Zutritt zum Ladenlokal des Beschwerdegegners 2 ohne Schutzmaske - trotz ihres Hinweises auf den ärztlich attestierten Maskendispens - nicht gewährt wurde. Der Grund für die Verweigerung des Ladenzutritts lag, wie sich aus den im angefochtenen Entscheid willkür- und rechtsfehlerfrei dargelegten Umständen ergibt, indessen nicht in der gesundheitlichen Behinderung der Beschwerdeführerin, sondern im Bestreben des Beschwerdegegners 2, die vom Bund angeordneten Massnahmen zur Eindämmung des Corona-Virus nach bestem Wissen und Gewissen umzusetzen und seine Mitarbeiter/ Mitarbeiterinnen sowie allfällige Kunden/Kundinnen im Ladenlokal vor einer allfälligen Corona-Infektion und deren möglichen Folgen bestmöglich zu schützen. Dies zeigt sich nicht zuletzt darin, dass der Beschwerdegegner 2 der Beschwerdeführerin angeboten hat, ihr die gewünschten Ladenartikel selber zusammenzustellen und zur Regelung der Bezahlung nach draussen zu bringen, was die Beschwerdeführerin jedoch ablehnte. Vor diesem Hintergrund ist weder ersichtlich, inwiefern hinreichende Anhaltspunkte für ein strafrechtlich relevantes Verhalten mit Nötigungsvorsatz gegeben sein sollen, noch ist erkennbar, dass und inwiefern der Beschwerdegegner 2 die Beschwerdeführerin mit der Zutrittsverweigerung in irgendeiner Weise hätte diskriminieren wollen. Dass die Verordnung über Massnahmen in der besonderen Lage zur Bekämpfung der Covid-19-Epidemie vom 19. Juni 2020 (Covid-19-Verordnung besondere Lage, SR 18.101.26) verschiedene Ausnahmen von der Maskentragpflicht vorsieht und die Betreiber von öffentlich zugänglichen Einrichtungen und Betrieben gehalten sind, ihre Schutzkonzepte auf die Anwesenheit von Personen, die keine Maske tragen können, abzustimmen, vermag an dieser rechtlichen Beurteilung nichts zu ändern. Es ist mithin nicht zu beanstanden, dass eine Strafuntersuchung nicht an die Hand genommen wurde. Zufolge eindeutiger Nichterfüllung des subjektiven Tatbestands braucht auf die in der Beschwerde erhobene Kritik an der vorinstanzlichen Verneinung des objektiven Tatbestands von Art. 181 StGB nicht eingegangen zu werden. Zudem ist weder dargetan noch ersichtlich, inwiefern den angerufenen Grundrechten (Art. 7, Art. 8 Abs. 2, Art. 10 Abs. 2 BV) und der UNO-Behindertenrechtskonvention (BRK) unter diesen Umständen eigenständige Bedeutung im vorliegenden Verfahren zukommen soll.
9.
Dem Antrag, die Kosten des Beschwerdeverfahrens vor Vorinstanz seien vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen, fehlt es an einer Begründung, weshalb darauf nicht einzutreten ist (Art. 42 Abs. 2 BGG).
10.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde, ohne dass sich das Bundesgericht zu allen Ausführungen, Vorbringen und Rügen der Beschwerdeführerin ausdrücklich äussern müsste, im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Gründe für eine andere Kostenverteilung sind nicht ersichtlich. Eine Parteientschädigung ist weder der unterliegenden Beschwerdeführerin noch dem Beschwerdegegner 2, welchem im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe oder Aufwendungen entstanden sind, zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. September 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill