Faits :
A.
La société en commandite A._ (ci-après: la société) a sollicité une autorisation définitive de construire des immeubles de logements avec garage souterrain à Meyrin, sur les parcelles n os 14'367 et 14'368 (1 et 1A chemin du Jardin-Alpin), ainsi que sur les parcelles n os 14'369 et 14'370 (3 et 3A chemin du Jardin-Alpin) de la commune de Meyrin, sises en zone 5 de développement 3.
Par courrier du 2 octobre 2006, contresigné par la société le 6 octobre 2006, la direction du logement, devenue depuis lors l'office cantonal du logement et de la planification foncière (OCLPF), rattaché au département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (DALE), a donné son accord de principe à la construction d'un immeuble de catégorie 2, immeuble d'habitation à loyers modérés (HLM), ou de catégorie 4, immeuble d'habitation mixte (HM), sur la base du plan financier initial du 24 août 2006.
Par arrêté du 22 novembre 2006, le Conseil d'État a autorisé l'application des normes de la zone de construction 3 aux bâtiments à construire. Par autorisation du 1er décembre 2006, complétée le 5 septembre 2008, le DALE a autorisé le projet de construction.
Par arrêté du 14 janvier 2009, suite à la demande de mise en location de la société, le Conseil d'État a fixé l'état locatif provisoire des immeubles, sis 1 et 1A chemin du Jardin-Alpin, à 531'084 fr., soit cent pièces (vingt logements) au montant arrondi de 4'669 fr./pièce, vingt-huit places de parc intérieur à 1'980 fr./place et huit places de parc extérieur à 1'092 fr./place.
Les 9 mai 2011 et 29 janvier 2014, la société a sollicité la délivrance de l'arrêté définitif. Elle a pu se déterminer sur le projet d'arrêté du 5 avril 2016, transmis par l'OCLPF. Le DALE a, par arrêté du 1 er novembre 2016, confirmé les éléments contenus dans le projet d'arrêté, sous réserve de la date d'entrée en vigueur du nouvel état locatif fixée au 1 er janvier 2017. Le DALE retenait que les logements en question étaient de catégorie 4 HM. Il approuvait le plan financier définitif du 14 mars 2016 et le résultat d'examen du 14 octobre 2016. L'état locatif était fixé, dès le 1er janvier 2017, à 514'620 fr. (4'524 fr./pièce, 1'920 fr./place de parc intérieur et 1'056 fr./place de parc extérieur). Pour les immeubles en question, le DALE accordait à la société une exonération fiscale de l'impôt immobilier complémentaire et un taux d'imposition réduit pour une période de 20 ans, ainsi que des subventions personnalisées aux locataires pendant 25 ans.
B.
La société a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice contre l'arrêté du 1 er novembre 2016. Elle critiquait la réduction du budget des charges d'exploitation de 117'484 à 101'000 fr. dès le 1er janvier 2017 (soit une différence de 16'464 fr.), ce qui conduisait à une diminution de l'état locatif de 531'084 à 514'620 fr. Elle contestait dans ce contexte la pratique de l'autorité administrative selon laquelle, au terme du contrôle étatique, la réserve d'entretien devait être entièrement absorbée, ce qui menait l'autorité à réduire progressivement la réserve d'entretien.
Dans ses déterminations du 16 janvier 2017, le DALE a expliqué que, selon la pratique de l'autorité administrative, le budget pour les charges d'exploitation devait permettre de couvrir les charges courantes et de constituer des réserves pour l'entretien de l'ordre de 1'000 fr./pièce à mi-terme de la période de protection et devait faire en sorte que, pour un immeuble normalement entretenu, la réserve tende vers zéro à la fin de la période de contrôle. Un éventuel bénéfice d'exploitation devait être réduit à néant avant la fin du contrôle étatique. En l'occurrence, le budget pour les charges d'exploitation fixé à 101'000 fr. était déterminé par la moyenne des trois derniers exercices comptables (2013-2015); par ailleurs, la réserve pour travaux d'entretien s'élevait à 167'484 fr. au 31 décembre 2015, de sorte qu'elle excédait le plafond de 1'000 fr./pièce prévu à mi-terme de la période de contrôle étatique, soit en 2021.
Par arrêt du 23 mai 2017, la Cour de justice a rejeté le recours de la société recourante. Elle a en substance confirmé la conformité de la pratique administrative à la loi cantonale générale sur le logement et la protection des locataires du 4 décembre 1977 (LGL; RS/GE I 4 05).
C.
Par acte du 6 juillet 2017, la société forme un recours en matière de droit public par lequel elle demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice et de modifier la décision du DALE en tant que le plan financier définitif comprend un état locatif de 531'084 fr., à savoir 46'908 fr. (rect.: 466'908 fr.) pour les logements subventionnables, 55'440 fr. pour les parkings intérieurs et 8'736 fr. pour les parkings extérieurs. La société recourante conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle sollicite également l'effet suspensif, ce qui a été accordé par ordonnance du 30 août 2017.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Aux termes de ses observations, le DALE conclut au rejet du recours. Dans son ultime écriture du 23 octobre 2017, la société recourante maintient ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale rendue en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant la Cour de justice; elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme la diminution de l'état locatif provisoire agréé le 14 janvier 2009. Elle a donc la qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Pour le surplus, le recours est formé dans le délai utile, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante fait valoir que la décision entreprise procède d'une application arbitraire de l'art. 42 LGL et viole la garantie de la propriété, en raison du non-respect du principe de la proportionnalité. Elle critique pour l'essentiel la réduction du budget des charges d'exploitation et celle de l'état locatif agréé qui en découle.
2.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (ATF 142 II 369 consid. 4.3 p. 380; 141 III 564 consid. 4.1 p. 566; 141 I 49 consid. 3.4 p. 53).
2.2. La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst., qui protège les droits patrimoniaux tel que celui de conserver sa propriété, d'en jouir et de l'aliéner (ATF 131 I 333 consid. 3.1 p. 338), n'est pas absolue. Conformément à l'art. 36 Cst., une restriction à ce droit fondamental est admissible à condition de reposer sur une base légale, d'être justifiée par un intérêt public et, selon le principe de proportionnalité, de se limiter à ce qui est nécessaire et adéquat à la réalisation des buts d'intérêt public poursuivis, sans violer l'essence du droit en question.
Selon la jurisprudence, le principe de la proportionnalité exige que les mesures mises en oeuvre soient propres à atteindre le but visé (règle de l'aptitude) et que celui-ci ne puisse être atteint par une mesure moins contraignante (règle de la nécessité); il doit en outre y avoir un rapport raisonnable entre ce but et les intérêts compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; ATF 140 I 218 consid. 6.7.1 p. 235). Le Tribunal fédéral examine en principe librement les questions d'intérêt public et de la proportionnalité, en s'imposant toutefois une certaine réserve lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 140 I 168 consid. 4.2.1 p. 173).
2.3. La LGL a pour but d'encourager la construction de logements d'utilité publique et d'améliorer la qualité de l'habitat, notamment par des prestations d'ordre financier (art. 1 LGL). Cette loi prévoit que l'Etat instaure un contrôle des loyers sur tous les logements construits par ou avec l'aide de l'Etat de Genève; les logements ou locaux situés dans des immeubles construits avec l'aide de l'Etat sont soumis à ce contrôle aussi longtemps qu'ils bénéficient de l'aide (art. 1 al. 3 LGL).
Dans l'arrêté de base fixant le montant de l'aide étatique, le Conseil d'État détermine l'état locatif initial autorisé en fonction des plans financiers qui lui sont soumis, cette compétence pouvant être déléguée à un département (art. 27 LGL). Pendant toute la durée du contrôle des loyers, l'état locatif agréé de l'immeuble ne peut être modifié qu'en raison de la diminution légale des prestations de l'Etat et de l'évolution des conditions d'exploitation des immeubles, notamment des variations du taux des intérêts des dettes hypothécaires et du coût des travaux d'entretien et de réparation, sans préjudice des besoins d'alimentation des réserves pour l'entretien (art. 42 al. 1 LGL). Le service compétent peut diminuer l'état locatif agréé, en cas de réduction des charges d'exploitation, du taux des intérêts des dettes hypothécaires, ou d'un rendement des fonds propres supérieur à celui fixé par le Conseil d'Etat (art. 42 al. 5 LGL).
2.4. Dans le cas d'espèce, la Cour de justice a exposé qu'il ressort de la pratique de l'autorité administrative concernant l'établissement de l'état locatif que les budgets pour les charges d'exploitation doivent permettre de couvrir les charges courantes et de constituer des réserves pour l'entretien de l'ordre de 1'000 fr. par pièce à mi-terme de la période légale et que ces budgets doivent également faire en sorte que, pour un immeuble normalement entretenu, la réserve tende vers zéro à la fin de la période de contrôle. La Cour de justice a rappelé qu'elle avait déjà constaté la conformité à la loi de cette pratique, qui repose sur le fait que la constitution d'une provision pour travaux d'entretien et de réparation, même autorisée par l'arrêté de base, ne doit pas permettre au propriétaire d'obtenir par des voies détournées, à la fin du contrôle officiel, un rendement des fonds propres excédant celui autorisé (cf. arrêt entrepris consid. 10). Par ailleurs, l'instance précédente a retenu que le budget des charges d'exploitation fixé à 101'000 fr. était fondé sur la moyenne des dépenses d'entretien effectuées les trois années précédant le prononcé de l'arrêté litigieux (2013 à 2015) et la recourante n'avait pas démontré l'insuffisance d'un tel budget pour les prochaines années. Elle relevait également que la recourante disposait, à fin 2015, d'une réserve pour entretien de 167'484 fr., correspondant à un montant 1'469 fr. pour chacune des cent-quatorze pièces théoriques; il n'était donc pas nécessaire de tenir compte d'un besoin de constituer une réserve, la réserve déjà créée étant au contraire vouée à être réduite, afin de parvenir à l'objectif de réserve nulle à la fin de la période de contrôle. Au vu des dépenses d'entretien des années précédentes et de la réserve accumulée, l'autorité intimée n'avait pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en fixant le budget des charges à 101'000 fr. et, par conséquent, en réduisant l'état locatif de 16'464 fr. à compter du 1 er janvier 2017.
2.5. La recourante conteste la réduction du budget des charges de 117'484 à 101'000 fr. et la réduction de l'état locatif de 16'464 fr. qui en découle, fondées sur la pratique développée par l'autorité administrative exigeant que la réserve pour travaux d'entretien soit de l'ordre de 1'000 fr./pièce à mi-terme de la période de contrôle, respectivement tende vers zéro à la fin de cette période; cette pratique serait contraire au droit cantonal qui permettrait la constitution de réserves pour travaux d'entretien ainsi qu'au principe de la proportionnalité, car elle limiterait de façon excessive la constitution de réserves pour faire face au vieillissement de l'immeuble, y compris après la fin du contrôle de l'État. La recourante ajoute qu'elle doit conserver une réserve d'entretien raisonnable pour faire face à ses obligations à la sortie de cette période de contrôle.
2.6. Comme évoqué par la recourante, il ressort de l'art. 42 al. 1 LGL que l'état locatif agréé de l'immeuble tient compte de l'existence d'une réserve pour l'entretien. Cette notion n'est toutefois pas définie par la législation générale sur le logement et la protection des locataires. Pour les instances précédentes, une telle réserve est destinée à financer des travaux liés à l'usure et au vieillissement dans les années qui précèdent la sortie du régime de contrôle, puisque les dépenses effectives sont en principe inférieures aux dépenses budgétées durant les premières années suivant la construction de l'immeuble; elle n'est en revanche pas vouée à financer des travaux postérieurement à la période de contrôle et doit donc être absorbée à la fin de celle-ci. Selon les instances précédentes, cette réserve ne doit en effet pas permettre au propriétaire d'obtenir par des voies détournées, à la fin du contrôle officiel, un rendement des fonds propres excédant celui autorisé (cf. art. 42 al. 5 LGL; cf. RICHARD BARBEY, Le contrôle officiel des loyers à Genève in RDAF 1981 p. 208 ss, spéc. p. 216 s.). La recourante ne démontre pas que la pratique de l'administration cantonale - qui limite la constitution de réserves pour travaux d'entretien durant la période de contrôle - serait arbitraire. Elle n'apparaît en effet pas incompatible avec le texte de l'art. 42 al. 1 et 5 LGL, étant en particulier rappelé que cette loi a pour objectif de garantir des loyers aussi bas que possible (cf. art. 1 LGL; cf. arrêt 1P.664/1999 du 1er septembre 2000 consid. 11b in RDAF 2002 I 25).
La mesure litigieuse, fondée sur la pratique administrative contestée, n'apparaît pas non plus disproportionnée. Elle est en effet limitée à la durée de la période de contrôle et elle est justifiée par un intérêt public évident tendant à garantir des loyers aussi bas que possible (cf. arr êt 1P.664/1999 du 1er septembre 2000 consid. 11b in RDAF 2002 I 25). Le contrôle sur le prix des loyers apparaît en outre comme la contrepartie de l'aide financière de l'Etat accordée à la société recourante. Par ailleurs, comme relevé par l'instance précédente, la recourante conserve la possibilité de formuler une demande de modification de l'état locatif auprès de l'OCLPF, conformément à l'art. 42 LGL, si les charges d'entretien devait évoluer. L'intéressée ne prétend pas qu'elle ne serait pas en mesure d'entretenir correctement son immeuble durant la période de contrôle; elle dispose à cet égard au 31 décembre 2015 d'une réserve d'entretien confortable d'un montant de 167'484 fr. vouée à diminuer et elle pourra enfin dès la fin de cette période constituer à nouveau une telle réserve.
3.
Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie ainsi qu'à la Chambre administrative, 1 ère section, de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 4 juillet 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Arn