Sachverhalt:
A.
Die B._ AG (Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdegegnerin) verantwortete als Totalunternehmerin das Projekt X._. Am 29. August 2011 schloss sie einen Werkvertrag mit der A._ AG (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin). Diese übernahm sämtliche Elektroinstallationsarbeiten gemäss Leistungsverzeichnis und Angebot vom 5. Mai 2011 zu einem pauschalen Werkpreis von Fr. 5'750'000.02.
In der Folge entstand Streit, ob gewisse Leistungen der A._ AG zusätzlich zu vergüten oder durch den pauschalen Werkpreis gedeckt sind. Die A._ AG behauptete offene Forderungen aus dem Werkvertrag sowie für Nachtrags- und Regiearbeiten. Die B._ AG machte gestützt auf ihre Schlussrechnung einen Saldo zu ihren Gunsten geltend.
B.
B.a. Mit Klage vom 14. August 2014 beantragte die A._ AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich, die B._ AG sei zu verpflichten, ihr Fr. 2'899'220.75 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2014 zu bezahlen.
Mit Widerklage vom 28. November 2014 beantragte die B._ AG, die A._ AG sei zu verpflichten, ihr Fr. 5'560'456.13 nebst Zins zu 5 % seit 11. November 2014 zu zahlen. In der Widerklagereplik vom 10. Februar 2017 beantragte die B._ AG, es sei die A._ AG zu verpflichten, ihr Fr. 5'644'290.35 nebst Zins zu 5 % seit 28. November 2014 zu zahlen.
Am 12. März 2015 teilte die streitberufene C._ AG mit, dass sie als Nebenintervenientin am Verfahren teilnehme.
B.b. Das Handelsgericht hiess die Hauptklage am 15. November 2019 teilweise gut und verpflichtete die B._ AG, der A._ AG Fr. 1'430'380.20 inkl. MWST nebst Zins zu 5 % auf Fr. 1'103'990.70 ab 18. Oktober 2013 sowie auf Fr. 326'389.50 ab 14. August 2014 zu bezahlen. In teilweiser Gutheissung der Widerklage verpflichtete es die A._ AG, der B._ AG Fr. 932'441.30 inkl. MWST nebst Zins zu 5 % ab 28. November 2014 zu bezahlen.
C.
Die A._ AG beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts sei teilweise aufzuheben und die Widerklage der B._ AG kostenfällig abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die B._ AG trägt auf Abweisung der Beschwerde an, während die C._ AG sowie das Handelsgericht auf eine Vernehmlassung verzichten.
Erwägungen:
1.
Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) einer einzigen kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG. Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen, gemäss Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG unabhängig vom Streitwert (BGE 139 III 67 E. 1.2).
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht der beschwerdeführenden Partei (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie ein erstinstanzliches Gericht alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116; 137 III 580 E. 1.3; 135 III 397 E. 1.4 S. 400).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 135 III 397 E. 1.5). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von Art. 106 Abs. 2 BGG (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18).
3.
Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die teilweise Gutheissung der Widerklage. Sie rügt zunächst, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie zugelassen habe, dass die Beschwerdegegnerin ihre Widerklage geändert habe.
3.1.
3.1.1. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdegegnerin habe mit der Widerklagereplik ihr Rechtsbegehren erhöht von Fr. 5'560'456.13 nebst Zins zu 5 % seit 11. November 2014 auf Fr. 5'644'290.35 nebst Zins zu 5 % seit 28. November 2014. Dies habe sie mit einer neuen Berechnung der behaupteten Minderleistungen begründet. Diese Klageänderung sei gemäss Art. 227 Abs. 1 lit. a ZPO zulässig, weil der geänderte Anspruch nach der gleichen Verfahrensart zu beurteilen sei und mit dem bisherigen Anspruch in einem sachlichen Zusammenhang stehe.
3.1.2. Weiter führte die Vorinstanz aus, die Beschwerdegegnerin mache neu Ansprüche aus dem Abrechnungsverhältnis und aus einer Schuldanerkennung geltend. Aus dem Abrechnungsverhältnis fordere sie Akontozahlungen von Fr. 1'457'492.33 zurück. Aus der Schuldanerkennung verlange sie Fr. 932'441.30. Insgesamt ergebe dies vertragliche Rückerstattungsansprüche von Fr. 2'389'933.63. Auf der Grundlage des Bereicherungsrechts fordere die Beschwerdegegnerin Fr. 2'568'734.13 infolge Bezahlung ungerechtfertigter Nachträge und Fr. 687'381.70 wegen ungerechtfertigter Regien. Dabei berufe sie sich auf einen Konformitätsvorbehalt, eine Putativänderung, eine absichtliche Täuschung oder einen Grundlagenirrtum. In der Summe ergebe dies bereicherungsrechtliche Ansprüche von Fr. 3'256'115.83. Addiere man diese Einzelbeträge, ergäben sich Fr. 5'646'049.46. Im Rechtsbegehren beantrage die Beschwerdegegnerin lediglich Fr. 5'644'290.35, worauf sie zu behaften sei. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdegegnerin mache den Betrag von Fr. 2'389'933.63 neu unter dem Titel vertraglicher Rückerstattungsansprüche geltend statt wie ursprünglich auf der Grundlage von Bereicherungsrecht. Das Begehren der Widerklage laute auf Bezahlung einer Geldforderung und sei nicht individualisierend. Die Beschwerdegegnerin äussere sich nicht eindeutig zur Frage, auf welchen Lebenssachverhalt sie die Widerklage genau stütze. Sie mache neu Ansprüche aus dem Abrechnungsverhältnis und aus einer Schuldanerkennung geltend, die sie nunmehr als vertragliche Rückerstattungsansprüche qualifiziere. Diese Ansprüche habe sie bereits in der Widerklage abgehandelt und dort gestützt auf Bereicherungsrecht eingefordert. Es treffe daher nicht zu, dass die Beschwerdegegnerin auf fast 100 Seiten neuen Prozessstoff ausgebreitet habe, um den neu auf Vertrag gestützten Widerklageanspruch zu begründen. Vielmehr habe die Beschwerdegegnerin gestützt auf den gleichen Lebenssachverhalt, nämlich die Rückforderung von Geldleistungen für Elektroinstallationsarbeiten rund um das Projekt X._, die rechtliche Begründung angepasst, indem gewisse Rückforderungsansprüche auf Vertragsrecht statt Bereicherungsrecht gestützt würden. Demnach liege keine Änderung der Widerklage vor, wenn man von der bereits abgehandelten ziffernmässigen Anpassung absehe (vgl. oben, Erwägung 3.1.1).
Die Vorinstanz fügte schliesslich in einer Eventualbegründung an, selbst wenn der Beschwerdeführerin insoweit zu folgen wäre, dass auch im Übrigen eine Widerklageänderung vorliegt, diese ohnehin zulässig wäre.
3.2. Gemäss Art. 227 Abs. 1 ZPO ist eine Klageänderung zulässig, wenn der geänderte oder neue Anspruch nach der gleichen Verfahrensart zu beurteilen ist und mit dem bisherigen Anspruch in einem sachlichen Zusammenhang steht (lit. a) oder die Gegenpartei zustimmt (lit. b).
Keine Klageänderung im Sinne von Art. 227 Abs. 1 ZPO liegt vor, wenn gestützt auf die vorgetragenen Tatsachen ein neuer Rechtsgrund geltend gemacht wird. Denn das Gericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 57 ZPO). Die rechtliche Begründung der Klage kann bis zum erstinstanzlichen Urteil und selbst im Rechtsmittelverfahren geändert werden. Keine Klageänderung liegt daher vor, wenn eine Schadenersatzklage zunächst mit vertraglicher und später mit ausservertraglicher Haftung begründet wird. Ebenso wenig liegt eine Klageänderung vor, wenn die klagende Partei gestützt auf den gleichen Lebensvorgang im Rahmen des Rechtsbegehrens neben Schadenersatz nachträglich eine Genugtuung geltend macht (vgl. LAURENT KILLIAS, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. I, 2012, N. 10 f. zu Art. 227 ZPO mit Hinweisen).
3.3. Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, soweit sie in ihrer Hauptbegründung eine Klageänderung verwarf, ist unbegründet. Nach dem Gesagten ist eine Klageänderung gemäss Art. 227 Abs. 1 ZPO auch dann zu verneinen, wenn wie im vorliegenden Fall ein Rückforderungsanspruch aus demselben Lebenssachverhalt auf eine vertragliche statt auf eine bereicherungsrechtliche Grundlage gestellt wird.
3.4. Es stimmt, dass der Sachverhalt, welcher BGE 142 III 683 zugrunde lag, eine objektive Klagehäufung darstellte und dass dies in BGE 144 III 452 nicht relativiert wurde, so wie dies die Beschwerdeführerin vorträgt. Auch bringt sie zutreffend vor, dass sich mit Rücksicht auf das materielle Recht beurteilt, ob bei teilbarem Leistungsbegehren mit dem behaupteten Lebenssachverhalt aus objektiver Sicht mehrere Streitgegenstände zur Beurteilung gestellt werden. Doch damit ist für die Beschwerdeführerin nichts gewonnen. Denn vorliegend wurden nicht mehrere Ansprüche gehäuft geltend gemacht, sondern das nicht individualisierende Rechtsbegehren auf eine andere rechtliche Grundlage gestellt. Da von einer objektiven Klagehäufung im Sinne von Art. 90 ZPO keine Rede sein kann, ruft die Beschwerdeführerin die zitierte Rechtsprechung vergebens an.
3.5.
3.5.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, bei der Verteidigung gegen die Widerklage habe sie entscheiden müssen, inwieweit die Behauptungen der Beschwerdegegnerin rechtlich erheblich und damit zu bestreiten gewesen seien. Es liege auf der Hand, dass die Relevanz einer Behauptung davon abhänge, ob sie einen bereicherungsrechtlichen oder einen vertraglichen Anspruch begründen solle. Darum habe sie sich in der Widerklageantwort und der Widerklageduplik mit anderen Fragen auseinandersetzen müssen. Das relevante Tatsachenfundament sei durch den Wechsel der rechtlichen Anspruchsgrundlage von Bereicherungsrecht auf Vertragsrecht massgeblich geändert worden. Als Konsequenz seien in der Widerklagereplik neu Ansprüche gehäuft worden. Damit habe die Beschwerdegegnerin gleichzeitig eine Widerklageänderung vorgenommen.
3.5.2. Dies trifft nicht zu. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, passte die Beschwerdegegnerin in der Widerklagereplik bloss die rechtliche Begründung an, indem sie den Forderungsbetrag im Umfang von Fr. 2'389'933.63 auf eine vertragliche statt auf eine bereicherungsrechtliche Grundlage stellte. Der zugrundeliegende Lebenssachverhalt blieb der gleiche. Nach wie vor ging es um die Rückforderung von Geldleistungen für Elektroinstallationsarbeiten im Rahmen des Projekts X._. Die Vorinstanz schloss ohne Verletzung von Bundesrecht, dass die Anpassung der rechtlichen Begründung keine Klageänderung gemäss Art. 227 ZPO darstellte und erst recht nicht zu einer objektiven Klagehäufung nach Art. 90 ZPO führte.
3.6.
3.6.1. Die Beschwerdeführerin rügt die vorinstanzliche Feststellung des Prozesssachverhalts. Sie macht im Wesentlichen geltend, es sei falsch, dass die Beschwerdegegnerin ihre Ausführungen zum Abrechnungsverhältnis und zur Schuldanerkennung bereits in der Begründung der Widerklage gemacht habe. Vielmehr fänden sich die fraglichen Ausführungen bei den Bestreitungen zur Klage. Sie seien nicht unter der Überschrift "G. Begründung der Widerklage", sondern bei "C. Der Werkvertrag, seine Bestandteile und deren Reihenfolge" sowie "F. Die korrigierte Schlussrechnung der Beklagten" zu finden.
3.6.2. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (vgl. oben, Erwägung 2.2). Für den Ausgang des vorliegenden Rechtsstreits ist es unerheblich, ob die fraglichen Ausführungen bereits in der Begründung der Widerklage enthalten waren, da ohnehin keine Änderung der Widerklage im Sinne von Art. 227 Abs. 1 ZPO vorliegt. Im Übrigen waren die Klageantwort und die Widerklage in derselben Rechtsschrift enthalten und es ist fraglich, ob der Beschwerdegegnerin zum Nachteil gereichen könnte, dass sie die entsprechenden Ausführungen unter den Überschriften "C." und "F." statt "G." platzierte.
3.7. Nachdem sich erwiesen hat, dass keine Änderung der Widerklage vorliegt, ist nicht auf die weitere Rüge einzugehen, wonach die Widerklageänderung unzulässig sei. Es kann dahingestellt bleiben, ob die Vorinstanz in ihrer Eventualbegründung zu Recht schloss, die Anforderungen von Art. 227 Abs. 1 lit. a ZPO wären ohnehin erfüllt.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe unter Verletzung von Art. 17 OR eine Verrechnungserklärung als Schuldanerkennung aufgefasst. Sodann habe die Vorinstanz unter falscher Anwendung von Art. 8 ZGB verkannt, dass diese Schuldanerkennung auf keinem gültigen Grundgeschäft basiere. Schliesslich habe sie Art. 67 Abs. 1 OR und Art. 135 Ziff. 2 OR verletzt, indem sie die Verjährung der Ansprüche übersehen habe.
4.1. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdegegnerin habe der Beschwerdeführerin Zahlungen von Fr. 11'477'951.62 geleistet. Darin seien Doppelzahlungen von Fr. 932'441.30 enthalten. Am 18. Februar 2014 habe die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin fünf Rechnungen für angebliche Forderungen aus Mehrkosten zugestellt. Die Beschwerdeführerin habe auf den Rechnungen vermerkt, sie verrechne ihre Forderungen aus Mehrkosten mit den Rückerstattungsansprüchen aus den Doppelzahlungen. Die Vorinstanz erwog, die Verrechnung sei gescheitert, denn die Gegenforderung der Beschwerdeführerin aus Mehrkosten sei unbegründet. Doch habe die Beschwerdeführerin gleichzeitig mit ihren wirkungslosen Verrechnungserklärungen anerkannt, dass die Beschwerdegegnerin Fr. 932'441.30 doppelt bezahlt habe. Die Vorinstanz stützte ihre Erwägungen auf folgenden Satz, der sich auf allen Rechnungen findet: " Bezahlung erfolgt durch Verrechnung mit Ihrem Rückforderungsanspruch für geleistete Doppelzahlungen." Die Vorinstanz erwog, diese Worte zeigten eindeutig, dass die Beschwerdeführerin den Rückforderungsanspruch der Beschwerdegegnerin akzeptiert habe. Sie habe den vorbehalts- und bedingungslosen Willen geäussert, der Beschwerdegegnerin die Doppelzahlungen mittels Verrechnung zurückzuerstatten. Bedeutungslos sei dagegen, dass die beabsichtigte Verrechnung fehlgeschlagen sei. Denn daraus könne nicht geschlossen werden, der Beschwerdeführerin habe es an einem Anerkennungswillen gefehlt. Somit lägen gültige Schuldanerkennungen vor.
4.2. Nach Art. 17 OR ist ein Schuldbekenntnis auch ohne die Angabe eines Verpflichtungsgrunds gültig. Gemäss der Rechtsprechung stehen dabei dem Schuldner, der durch Schuldanerkennung eine neue Forderung begründet hat, gegenüber dem Gläubiger grundsätzlich sämtliche Einreden und Einwendungen aus dem Grundgeschäft offen (BGE 131 III 268 E. 3.2 S. 273; 127 III 559 E. 4a S. 564; 105 II 183 E. 4a S. 187; vgl. auch Art. 67 Abs. 2 OR). Nur ausnahmsweise ist mit der Schuldanerkennung eine zusätzliche Abrede verbunden, dass der Schuldner bezüglich der anerkannten Schuld auf bestimmte Einreden verzichte. Ein solcher Einredeverzicht ist nicht leichthin anzunehmen und muss eindeutig sein, da er für den Schuldner von grosser Tragweite ist (BGE 65 II 66 E. 8b S. 82; Urteile 5A_480/2019 vom 2. März 2020 E. 2.3.1; 4A_147/2014 vom 19. November 2014 E. 4.4.1).
4.3. Die Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet. Die Vorinstanz hiess die Widerklage zu Recht teilweise gut, indem sie der Beschwerdegegnerin aus Schuldanerkennung Fr. 932'441.30 zusprach.
4.4. Die Doppelzahlungen ergeben sich aus den Rechnungen Nr. 140351 über Fr. 180'360.--, Nr. 140334 über Fr. 261'360.--, Nr. 140347 über Fr. 122'040.--, Nr. 140352 über Fr. 112'320.-- sowie Nr. 140344 über Fr. 261'360.--. Die Vorinstanz berücksichtigte, dass die Beschwerdeführerin bei der Rechnung Nr. 140347 einen "Restbetrag" von Fr. 4'998.70 vorbehalten hatte. Diesen zog die Vorinstanz vom Gesamtbetrag von Fr. 122'040.-- ab, womit Fr. 117'041.30 verblieben. Addiert man die Beträge der restlichen vier Rechnungen, resultieren Fr. 932'441.30.
4.5.
4.5.1. Die Beschwerdeführerin trägt zunächst vor, die Schuldanerkennungen seien im Rahmen von Verrechnungen erfolgt. Sowohl die Beschwerdegegnerin als auch die Vorinstanz seien davon ausgegangen, dass die Verrechnungen gescheitert seien. Wenn nun aber die Verrechnungen wirkungslos seien, könnten sie auch keine Schuldanerkennungen beinhalten. Wer erkläre, nur mittels Verrechnung leisten zu wollen, gebe kein bedingungsloses Schuldbekenntnis ab, sondern knüpfe die Erklärung an eine gültige Verrechnung. Sei die Verrechnung wirkungslos, sei auch die in den Erklärungen der Beschwerdeführerin enthaltene Bedingung nicht erfüllt.
4.5.2. In diesem Zusammenhang bringt die Beschwerdeführerin auch vor, die Vorinstanz würdige den Sachverhalt willkürlich, indem sie die Verrechnungserklärung als Schuldanerkennung qualifiziere, ohne die Umstände zu würdigen. Hier verfehlt die Beschwerdeführerin die Begründungsanforderung an eine Willkürrüge (vgl. oben, Erwägung 2.2), zumal sie nicht erklärt, welche Umstände die Vorinstanz ausser Acht gelassen haben soll. Ohnehin kann der Vorinstanz keine Willkür vorgeworfen werden, soweit sie mangels anderslautender Anhaltspunkte bereits aus dem eindeutigen Wortlaut der Rechnungen auf einen vorbehalts- und bedingungslosen Anerkennungswillen schloss.
4.5.3. In rechtlicher Hinsicht erwog bereits die Vorinstanz zutreffend, dass die Gültigkeit der Verrechnungen keinen Einfluss auf die Schuldanerkennungen hat. Die Verrechnungen scheiterten daran, dass die Gegenforderungen der Beschwerdeführerin aus Mehrkosten unbegründet waren. Die gescheiterten Verrechnungen führten nicht zur Ungültigkeit der Schuldanerkennungen. Die Vorinstanz legte überzeugend dar, dass die Beschwerdeführerin mit der Ausstellung der fünf Rechnungen eine Schuld gegenüber der Beschwerdegegnerin anerkannt hatte (vgl. oben, Erwägung 4.1). Als die Beschwerdeführerin die Hauptforderungen der Beschwerdegegnerin aus den Doppelzahlungen anerkannt hatte, erklärte sie die Verrechnung. Dass sodann die Verrechnung am Fehlen der Gegenforderungen scheiterte, konnte der bereits erfolgten Anerkennung nichts mehr anhaben. Denn bei der Verrechnung handelte es sich bloss um eine Zahlungsmodalität.
4.6.
4.6.1. Die Beschwerdeführerin verweist auf die Urteile 5A_83/2011 vom 2. September 2011 und 5A_458/2012 vom 7. Februar 2013. Darin habe das Bundesgericht festgehalten, es bestehe kein vorbehaltloser und bedingungsloser Zahlungswille, wenn der Schuldner in der Schuldanerkennung die Verrechnung mit einer Gegenforderung erkläre oder sich dieses Recht vorbehalte. Die Beschwerdeführerin ruft den Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung an und macht geltend, diese Ausführungen zur Schuldanerkennung gemäss Art. 82 SchKG seien auch auf die Schuldanerkennung nach Art. 17 OR anwendbar.
4.6.2. Eine Schuldanerkennung im Sinne von Art. 82 Abs. 1 SchKG liegt vor, wenn daraus der vorbehaltlose und bedingungslose Wille des Betriebenen hervorgeht, dem Betreibenden eine bestimmte oder leicht bestimmbare Geldsumme zu zahlen (BGE 136 III 627 E. 2 S. 629; 132 III 480 E. 4.2 S. 481). Das Bundesgericht entschied, dass kein solcher Zahlungswille besteht, wenn der Schuldner in der Schuldanerkennung die Verrechnung mit einer Gegenforderung erklärt oder sich dieses Recht vorbehält (Urteile 5A_458/2012 vom 7. Februar 2013 E. 3.2; 5A_83/2011 vom 2. September 2011 E. 5.1).
4.6.3. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass Art. 82 Abs. 1 SchKG eine qualifizierte Schuldanerkennung betrifft, welche die provisorische Rechtsöffnung ermöglicht, wenn die Forderung auf einer durch öffentliche Urkunde festgestellten oder durch Unterschrift bekräftigten Schuldanerkennung beruht. Liegt ein provisorischer Rechtsöffnungstitel vor, urteilt zunächst nicht das ordentliche Gericht über die Schuldpflicht, sondern das Rechtsöffnungsgericht. Die Entscheidung über eine Rechtsöffnung hat rein vollstreckungsrechtlichen Charakter. Es wird nur entschieden, ob der Rechtsvorschlag bestehen bleibt oder nicht. Das Schuldverhältnis als solches wird dadurch nicht rechtskräftig festgelegt (BGE 136 III 583 E. 2.3 mit Hinweisen).
4.6.4. Nach dem Gesagten ist fraglich, ob die bundesgerichtlichen Erwägungen zur Schuldanerkennung gemäss Art. 82 SchKG unbesehen auf die Schuldanerkennung gemäss Art. 17 OR übertragen werden können. Letztlich kann die Frage aber offen bleiben. Denn das Bundesgericht wies darauf hin, dass der Schuldner eine Schuld einseitig anerkennen und unabhängig davon ankündigen könne, diese Schuld durch Verrechnung mit einer Gegenforderung zu tilgen. In diesem Fall liege eine Schuldanerkennung im Sinne von Art. 82 Abs. 1 SchKG vor (vgl. Urteil 5A_83/2011 vom 2. September 2011 E. 5.1). Auch im vorliegenden Fall wurde die Verrechnung nicht als Bedingung der Schuldanerkennung erklärt, sondern als Zahlungsmodalität (vgl. oben, E. 4.5).
4.7.
4.7.1. Die Beschwerdeführerin trägt vor, sie habe in ihrer Widerklageduplik behauptet und dargelegt, dass kein Vertrag bestehe, aus dem das Schuldbekenntnis herrühre. Aus dem Werkvertrag betreffend das X._ vom 29. August 2011 könne kein Rückforderungsanspruch abgeleitet werden. Auch habe sie weder in der vermeintlichen Verrechnungserklärung noch anderswo von einem vertraglichen Rückforderungsanspruch gesprochen. Damit habe sie aufgedeckt, dass kein Verpflichtungsgrund bestehe, und sei ihrer aus Art. 17 OR folgenden Behauptungsobliegenheit nachgekommen. Sie habe die Einrede des nicht bestehenden Vertrags substanziiert und explizit erhoben. Das Nichtbestehen eines Vertrags lasse sich nicht beweisen. Sie habe aber positiv beweisbare Hilfstatsachen, die auf das Nichtbestehen eines Vertrags schliessen liessen, benannt und damit substanziiert behauptet. Namentlich habe sie aufgezeigt, dass die Beschwerdegegnerin, welche in ihren Rechtsschriften keine vertragliche Grundlage benenne, selbst der Auffassung sei, dass keine bestehe.
4.7.2. Soweit die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang zumindest implizit geltend macht, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt, genügt sie auch hier den erhöhten Begründungsanforderung an eine Willkürrüge nicht (vgl. oben, Erwägung 2.2).
4.7.3. Ob die Schuldanerkennung der Beschwerdeführerin abstrakt oder kausal ist (vgl. BGE 96 II 383 E. 4), kann offen bleiben, weil sie im einen wie im anderen Fall mindestens eine Umkehr der Beweislast bewirkte, der zufolge nunmehr der Beschwerdeführerin oblag, fehlende rechtsbegründende oder verwirklichte rechtsaufhebende Tatsachen zum Anspruch zu beweisen. Im Ergebnis liegt der Unterschied zwar darin, dass die Beschwerdeführerin bei Bestreitung der rechtsbegründenden Tatsachen gegenüber dem kausalen Schuldbekenntnis einzig den angegebenen Schuldgrund zu entkräften, gegenüber dem abstrakten dagegen den Schuldgrund vorerst zu offenbaren und danach zu entkräften hat, doch ist die Anerkennungsschuld im einen wie im andern Fall kausal (Urteil 4C.433/1999 vom 22. Februar 2000 E. 3).
4.7.4. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass die Beschwerdeführerin keine Einreden oder Einwendungen zu erheben vermochte, welche die Schuldanerkennung in Frage gestellt hätten. Im Einzelnen erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin wende bloss ein, der von der Beschwerdegegnerin als causa genannte Vertrag bestehe nicht. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, spielt es keine Rolle, ob die Beschwerdegegnerin als causaeinen Vertrag nennen kann, da es sich bei der Schuldanerkennung um ein Beweismittel handelt, das den Bestand sämtlicher rechtsbegründender Tatbestandselemente ausweist (BGE 131 III 268 E. 3.2 S. 273; Urteile 4C.30/2006 vom 18. Mai 2006 E. 3.2; 4C.326/2004 vom 19. April 2005 E. 3.2.1; 4C.367/2004 vom 22. März 2005 E. 3.2; 4C.53/2001 vom 17. August 2001 E. 2b). Die Beschwerdeführerin durfte sich nicht damit begnügen, die Schuldanerkennung oder den Werkvertrag betreffend das X._ als deren Grundlage pauschal zu bestreiten. Vielmehr hätte sie konkrete Einreden oder Einwendungen aus dem Grundverhältnis erheben müssen. Die Vorinstanz schloss zu Recht, dass ihr dies nicht gelang.
4.8.
4.8.1. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, der Anspruch sei verjährt. Die Vorinstanz habe Art. 67 Abs. 1 OR und Art. 135 Ziff. 2 OR verletzt. Da es sich um keinen vertraglichen Anspruch handle, betrage die Verjährungsfrist ein Jahr und habe spätestens am 18. Februar 2014 ihren Lauf genommen. Der Anspruch aus Schuldanerkennung sei erst mit der Widerklagereplik vom 10. Februar 2017 geltend gemacht worden. Mit der Widerklage vom 28. November 2014 sei kein Anspruch aus Schuldanerkennung, sondern einer aus Art. 62 ff. OR eingeklagt worden, und das Klagefundament sei ein anderes gewesen. Daher habe die Verjährung mit der Widerklage noch nicht unterbrochen werden können.
4.8.2. Gemäss Art. 135 Ziff. 2 OR wird die Verjährung unterbrochen durch Schuldbetreibung, durch Schlichtungsgesuch, durch Klage oder Einrede vor einem staatlichen Gericht oder einem Schiedsgericht sowie durch Eingabe im Konkurs. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, blieb die Verjährung selbst unter Annahme einer einjährigen Frist aus. Denn der Fristenlauf begann frühestens, als die Beschwerdeführerin am 18. Februar 2014 Rechnung stellte. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass die Beschwerdegegnerin die Forderung mit der Klageantwort und Widerklage vom 28. November 2014 geltend gemacht hatte. Dass sie dies unter dem Titel der ungerechtfertigten Bereicherung tat, ist ohne Belang. Es genügt, dass sie die fragliche Forderung im Betrag von Fr. 932'441.30 widerklageweise erhob.
4.9. Nach dem Gesagten verletzte die Vorinstanz kein Bundesrecht, als sie zum Schluss kam, die Beschwerdeführerin habe gültig eine Schuld der Beschwerdegegnerin anerkannt, als sie auf den fünf Rechnungen vom 18. Februar 2014 schrieb, die Bezahlung erfolge " durch Verrechnung mit Ihrem Rückforderungsanspruch für geleistete Doppelzahlungen ".
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat der Beschwerdegegnerin, die sich mit einer Beschwerdeantwort vernehmen liess, eine Parteientschädigung zu leisten (Art. 68 Abs. 2 BGG). Der C._ AG ist im bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand erwachsen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 13'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin mit Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der C._ AG und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug