Faits :
A.
X._ SA a pour but l'achat et la vente d'immeubles, ainsi que leur exploitation. Cette société est détenue à 100 % par A._ SA. Toutes deux ont leur siège à I._. Par contrat de fusion du 21 avril 2015, fondé sur le bilan des sociétés fusionnées au 31 décembre 2014, X._ SA a repris, avec effet rétroactif au 1er janvier 2015, les actifs et passifs de B._ SA, de C._ SA, de D._ SA, de E._ SA, toutes sises à F._ (NE), et de G._ SA, dont le siège se situe à H._; chacune de ces sociétés détenait un immeuble de placement. Elles avaient pour but le commerce et l'exploitation d'immeubles et étaient également détenues par A._ SA. Elles ont été radiées du registre du commerce.
Le 15 avril 2015, X._ SA a requis du Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) la neutralité fiscale de la fusion par absorption des cinq sociétés soeurs au 1er janvier 2015, à savoir l'admission des gains de fusions (1'359'338 fr.) en tant qu'apports en capitaux et celle des pertes reportées fiscalement déductibles provenant de D._ SA SA (31'022 fr), de E._ SA (74'629 fr.) et de G._ SA (639'449 fr.). Le 11 septembre 2015, le Service des contributions a octroyé son ʺbon pour accordʺ.
Dans le cadre de l'examen du projet de déclaration d'impôt 2015 de X._ SA, le Service des contributions a constaté que seul l'immeuble provenant de E._ SA était toujours en possession de ladite société au 31 décembre 2015: quatre des cinq immeubles qui avaient appartenu aux sociétés absorbées avaient été vendus avant cette date, dont celui provenant de la société G._ SA qui l'avait été pour 0 fr. peu après la fusion. Figuraient dans les comptes de l'exercice 2015 joints à la déclaration une provision de 340'000 fr. pour la remise en état de ce bien, ainsi qu'une charge de 2'132'250 fr. résultant de la perte engendrée par la vente de cet immeuble. En outre, la perte reportable de cette société, à savoir 639'449 fr., était également mentionnée dans la déclaration d'impôt 2015. La vente des immeubles respectifs de B._ SA, de C._ SA et de D._ SA, intervenue pour les deux premières le 16 décembre 2015 et le 18 décembre suivant pour la troisième, avait engendré des gains de 220'462 fr. respectivement 221'120 fr. et 224'883 fr. La perte reportée de D._ SA, d'un montant de 31'022 fr., n'était pas revendiquée dans la déclaration d'impôt 2015, en raison de la cessation de l'activité de celle-ci à la suite de la vente de son immeuble. B._ SA et C._ SA n'avaient pas de pertes reportables. Ladite déclaration montrait un bénéfice net de 650'704 fr. après la déduction des pertes reportées (y compris celle de X._ SA) s'élevant au total à 3'001'954 fr.
Le 5 mai 2017, le Service des contributions a informé X._ SA qu'il entendait réintégrer dans le bénéfice net de 650'704 fr. le montant de la provision de remise en état de l'immeuble de G._ SA, à savoir 340'000 fr., la perte de 2'132'250 fr. résultant de la vente de cet immeuble, ainsi que la perte reportée de 639'449 fr. provenant de cette société. En conséquence, le bénéfice net s'élèverait à 3'762'403 fr. Le capital total serait porté à 87'888'000 fr., compte tenu de la reprise de la provision susmentionnée de 340'000 fr. L'autorité fiscale a relevé que, dans le cadre de la demande d'accord du 15 avril 2015 sur la restructuration par fusion de sociétés détenues par A._ SA, X._ SA n'avait pas indiqué tous les éléments essentiels relatifs à cette opération et en particulier le fait qu'à l'exception de l'immeuble provenant de E._ SA, l'ensemble des immeubles propriétés des entreprises absorbées serait vendu avant le 31 décembre 2015. Ledit service a confirmé ces reprises dans la décision de taxation définitive du 16 mai 2017 pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux de la période fiscale 2015, ainsi que dans la décision sur réclamation du 7 juin 2018.
B.
Par arrêt du 15 novembre 2018, la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA. Elle a en substance jugé que les démarches ayant abouti aux ventes de quatre des cinq immeubles ayant appartenu aux sociétés transférantes n'avaient pas été signalées au Service des contributions, alors que celle de l'immeuble de G._ SA était envisagée et en pourparlers avant que X._ SA n'obtienne le ruling le 11 septembre 2015. Ainsi, l'état de fait tel que décrit dans la requête du 15 avril 2015 ne correspondait pas à ce qui s'était effectivement réalisé et ce qui avait prévalu lors de la taxation 2015. Or, les éléments initialement prévus avaient joué un rôle causal dans l'accord signé par cette autorité. Dès lors, celui-ci ne pouvait être contraignant. En outre, le Tribunal cantonal a estimé que, X._ SA ayant vendu quatre des cinq immeubles transférés lors de la fusion, cette société n'avait rien acquis de l'opération; la nécessité de rationaliser les coûts de fonctionnement du groupe ne constituait pas à elle seule un motif justifiant une fusion et aucun autre motif commercial n'apparaissait. La neutralité d'une fusion étant subordonnée à une certaine continuité économique qui faisait défaut en l'espèce. La perte reportée de D._ SA (dont la déduction avait été requise dans la réclamation à l'encontre de la décision de taxation du 16 mai 2017) et celle de G._ SA, la provision de remise en état de l'immeuble provenant de celle-ci, comptabilisée en 2015, ainsi que la perte générée par la vente de cet immeuble ne pouvaient pas être admises en déduction du bénéfice imposable de X._ SA. Au surplus, les conditions de l'évasion fiscale étaient réalisées.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 15 novembre 2018 du Tribunal cantonal en ce sens que les reports de pertes de D._ SA SA et G._ SA, ainsi que la perte sur la cession de l'immeuble G._ SA et la provision pour remise en état de cet immeuble doivent être admises en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonaux et communaux neuchâtelois et, par voie de conséquence, de renvoyer le dossier à l'instance précédente, respectivement au Service des contributions, pour l'émission de nouveaux bordereaux; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'instance précédente, respectivement au Service des contributions, pour d'éventuels compléments et nouvelle décision dans le sens des considérants tant du point de vue de l'impôt fédéral direct que des impôts cantonaux et communaux.
Le Service des contributions, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais.
X._ SA s'est encore prononcée par écriture du 4 mars 2019.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), est recevable.
2.
Le litige porte sur la déductibilité des pertes reportées de G._ SA (639'449 fr.) et de D._ SA SA (31'022 fr.), sociétés absorbées par la recourante le 1er janvier 2015, ainsi que de la provision de 340'000 fr. pour la remise en état de l'immeuble qui appartenait à G._ SA et de la perte de 2'132'250 fr. résultant de la vente de celui-ci, comptabilisées en 2015.
3.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. art. 106 al. 2 LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 133 IV 286 consid. 6.2 p. 288).
3.1. Dans la partie "En fait" de son mémoire, la recourante souligne que certains faits n'ont pas été repris correctement dans l'arrêt attaqué; ces éléments ressortiraient de pièces produites devant l'autorité précédente. Puis, elle poursuit en complétant l'état de faits retenu par celle-ci et en mentionnant certains éléments qui lui paraissent importants, "clarifiant" la situation quant à la vente de l'immeuble G._ SA. Une telle façon de procéder ne répond pas aux exigences en la matière, telles que susmentionnées. Partant, il ne sera pas tenu compte de ces éléments.
3.2. Dans la partie "En droit" de son écriture, la recourante allègue que les juges précédents ont retenu des faits de façon arbitraire.
Selon l'arrêt attaqué, la vente de l'immeuble de G._ SA était envisagée avant que la recourante n'obtienne le bon pour accord de l'autorité de taxation du 11 septembre 2015; des pourparlers y relatifs avaient en effet eu lieu avant cette date. Le Tribunal cantonal a abouti à cette conclusion, en se fondant sur l'acte de vente du bien immobilier en cause du 12 novembre 2015 entre la recourante et la Commune de H._ qui mentionne: "In Anbetracht des Zustands des Gebäudes und der Tatsache, dass eine Veräusserung an Dritte (Platzierung bei einem Investor usw.) trotz mehreren Versuchen erfolglos war, sieht die X._ SA sich veranlasst, die vorliegende Abtretung unentgeltlich zu vollziehenʺ; ʺEs ist davon auszu-gehen, dass Gebäudegifte zum Vorschein kommen werden. Dies ist in der Offerte De Luca vom 08.09.2015 entsprechen berücksichtigtʺ.
La recourante prétend que l'acte de vente susmentionné fait référence aux tentatives de vendre l'immeuble intervenues jusqu'au mois de février 2015; un changement de stratégie aurait été opéré au mois de mars 2015, avec une volonté de gérer l'immeuble en cause à plus long terme et d'inclure G._ SA dans le projet de fusion. L'intéressée en voudrait pour preuve des pièces qu'elle annexe à son recours mais dont elle ne décrit pas le contenu dans son écriture.
On ne peut conclure des arguments avancés par la recourante que les faits ont été constatés de façon manifestement inexacte par les juges précédents. Il est établi que la recourante a cherché à vendre son immeuble à tout le moins, selon elle, jusqu'en février 2015 et que le contrat de vente y relatif date du 12 novembre 2015. Un contrat de vente est forcément précédé de négociations. D'ailleurs, l'intéressée mentionne que des discussions ont eu lieu avec la ville de H._ "à partir du mois de septembre 2015". Dans ces conditions, il n'apparaît en tout cas pas insoutenable de retenir que ladite vente avait été envisagée avant que la recourante n'obtienne le bon pour accord de l'autorité de taxation le 11 septembre 2015. Au regard de ces éléments, le grief relatif à la constatation manifestement inexacte des faits est rejeté.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. Comme le soulève la recourante, il faut distinguer la question du report des pertes des sociétés absorbées, déductibles du bénéfice de la société reprenante, de celle de la provision pour remise en état de l'immeuble ayant appartenu à G._ SA et de la perte engendrée par la vente de celui-ci, comptabilisées lors de l'exercice 2015 de la recourante. En effet, dans le cadre de la fusion, seule la reprise des pertes reportées est en cause et elle seule a d'ailleurs fait l'objet du ruling: cette reprise est en principe autorisée si les conditions d'une restructuration neutre fiscalement sont remplies, à savoir la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la poursuite de l'assujettissement de la personne morale à l'impôt en Suisse (cf. art. 61 al. 1 LIFD). La reprise des pertes reportées est toutefois refusée en cas d'absence de continuité économique (notion qui a remplacé celle de l'exigence de la continuité d'exploitation) de l'activité des sociétés concernées (arrêt 2C_351/2011 du 4 janvier 2012 consid. 3, in RDAF 2012 II 288 = Archives de droit fiscal 81 390; certains auteurs contestent, à cet égard, que cette absence soit suffisante en elle-même: ils sont d'avis que le report de pertes ne peut être refusé qu'en cas d'évasion fiscale [cf. not. HÖHN/WALDBURGER, Steuerrecht, 9e éd., vol. II p. 544; Obrist/ Hänni, Report de pertes, continuité économique et rattachement des facteurs fiscaux, in RDAF 2012 II 387]; cf. également arrêt 2C_1088/2014 du 26 octobre 2015 consid. 4, in RitD 2016 I 504; 2C_1027/2011 du 14 juin 2012 consid. 4.2, in RF 2012 593).
En revanche, les montants de la provision et de la perte sur la vente de l'immeuble qui ont été passés dans les comptes de l'exercice 2015 de la recourante ne peuvent pas être ajoutés au bénéfice imposable sur la base de l'absence de continuité économique qui n'est applicable qu'aux pertes reportées des sociétés transférantes. Le refus de prendre en considération ces charges comptabilisées, avec pour conséquence leur réintégration au bénéfice net de la recourante pour l'impôt fédéral direct 2015, n'est possible que si l'on aboutit à la conclusion que l'opération en cause constitue une évasion fiscale.
4.2. En conséquence, le présent cas sera tout d'abord examiné sous l'angle de l'évasion fiscale, contestée par la recourante, puisque si l'on arrive à la conclusion que les conditions en sont remplies, cela vaudra non seulement pour la provision de la remise en l'état de l'immeuble G._ SA et pour la perte relative à la vente de celui-ci, mais également a fortiori pour le report des pertes des sociétés absorbées qui est bien évidemment aussi subordonné à la condition de l'absence d'une telle évasion.
5.
5.1. L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD). Selon l'art. 58 al. 1 let. a LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années (art. 67 al. 1 LIFD).
Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice (art. 61 al. 1 LIFD).
5.2. Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale lorsque les conditions suivantes sont réunies: a) la forme juridique choisie par le contribuable paraît insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi (élément objectif); b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été opéré abusivement, dans le seul but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée (élément subjectif); c) le procédé conduirait effectivement à une notable économie d'impôt s'il était admis par l'autorité fiscale (ATF 142 II 399 consid. 4.2 p. 408). Lorsque ces conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme juridique choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait été appropriée au but économique poursuivi par celui-ci (ATF 138 II 239 consid. 4.1 p. 243 ss; 131 II 627 consid. 5.2 p. 635 s.).
5.3. Les faits de l'arrêt attaqué démontrent que plusieurs opérations se sont superposées: cinq sociétés soeurs, qui détenaient chacune un seul immeuble, ont transféré leurs actifs et passifs à une société anonyme (détenue par le même actionnaire) qui a pour but l'achat et la vente d'immeubles; elles ont donc cessé leur activité. Plus particulièrement, une de ces sociétés, à savoir G._ SA, était une société surendettée qui détenait un immeuble vétuste qu'elle a transféré à une société dont le bénéfice net se montait, sans prendre en compte les éléments résultant de la fusion, à 3'652'658 fr. (avant les reprises); ce montant comprenait notamment les rendements élevés d'un immeuble, sis à Zurich, acquis le 27 novembre 2014 par la recourante (art. 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire peu de temps avant la fusion. La recourante, à savoir la société absorbante, a repris la gestion des immeubles, puis les a tous vendus, sauf un, quelques mois plus tard. Le laps de temps durant lequel ces événements se sont déroulés a été bref, puisqu'il s'agit de moins d'une année. L'intéressée a, en effet, requis du Service des contributions la neutralité fiscale de la fusion par absorption des cinq sociétés soeurs avec effet rétroactif au 1er janvier 2015, en date du 15 avril 2015. Ladite autorité a donné son accord le 11 septembre suivant. Les immeubles provenant des sociétés absorbées ont été vendus le 12 novembre 2015 en ce qui concerne l'immeuble ayant appartenu à G._ SA, respectivement les 16 décembre 2015 pour ceux de B._ SA et de C._ SA et le 18 décembre 2015 pour D._ SA. Il est ici souligné que, contrairement à ce que prétend la recourante, il n'y a pas lieu de faire abstraction de la vente des immeubles autres que celui ayant appartenu à G._ SA dans le cadre de l'examen des conditions de l'évasion fiscale. Etaient en effet en cause des sociétés soeurs dont la fusion avec une autre société du même groupe a eu lieu de façon coordonnée et dans le but déclaré d'en rationaliser la gestion.
La recourante avance qu'il n'y a rien d'insolite dans cette fusion, puisqu'elle avait pour vocation de devenir la société immobilière du groupe. Il est, effectivement, compréhensible de vouloir simplifier la structure d'un groupe et en rationaliser la gestion. Ces arguments entrent cependant en contradiction avec la vente des immeubles en cause dans les mois qui ont suivi la restructuration. Avec ces événements, la fusion a perdu son intérêt; aucune raison économique ne la légitimait plus. Il en va plus particulièrement ainsi de la fusion avec G._ SA, société qui était surendettée, que la recourante qualifie de mesure pérenne de réorganisation, répondant à un but économique évident: si une telle mesure se justifiait effectivement de ce point de vue, la vente de l'immeuble en cause lui a fait perdre toute sa raison d'être. Il apparaît de la sorte que l'opération ne répond à aucun motif d'ordre économique. La volonté de fusionner cette société surendettée qui ne détenait qu'un seul immeuble qui ne valait plus rien et dont la vente avait été envisagée à tout le moins jusqu'en février 2015 et avait à nouveau fait l'objet de négociations qui se sont tenues au mois de septembre 2015, pour le vendre rapidement après la restructuration, ne s'explique que par la volonté de profiter fiscalement de la perte que la vente du bien allait induire; cette perte, la charge résultant de la création de la provision pour remise en état, ainsi que les pertes reportées de la société auraient, sans la fusion, été perdues sous l'angle fiscal.
Compte tenu de ce qui précède, la construction, dans son ensemble, au regard de la vente des quatre immeubles doit être qualifiée d'insolite. A cet égard, la recourante prétend que les juges précédents ne pouvaient pas procéder à une analyse générale a posteriori de la situation. On ne saurait la suivre, puisqu'une telle limitation ouvrirait la porte aux abus. Seule l'économie d'impôt engendrée a pu motiver une telle restructuration, puisque les divers éléments litigieux ont permis de diminuer d'autant le bénéfice imposable de la recourante qui venait d'acquérir un immeuble à Zurich générant des revenus élevés et qui avait également réalisé des gains lors de la vente des trois autres immeubles provenant des sociétés absorbées.
Quant à l'économie effective d'impôts, elle n'est pas contestée par l'intéressée. L'opération de fusion a permis de déduire la perte reportée provenant de G._ SA de 639'449 fr., ainsi que la charge relative à la provision pour remise en état de l'immeuble d'un montant de 340'000 fr. et la perte de 2'132'250 fr. résultant de la vente de celui-ci aboutissant à un bénéfice net ressortant de la déclaration d'impôt 2015 de 650'704 fr. au lieu de 3'762'403 fr.
5.4. Il résulte ainsi de ce qui précède que les conditions de l'évasion fiscale sont réunies. Partant, il convient de s'écarter de la fusion opérée et de faire abstraction des pertes reportées des sociétés transférantes D._ SA et G._ SA se montant à respectivement 31'022 fr. et 639'449 fr., ainsi que de la provision pour la remise en état de l'immeuble ayant appartenu à G._ SA de 340'000 fr. et de la perte résultant de la vente de cet immeuble s'élevant à 2'132'250 fr.
6.
La recourante invoque la protection du ruling qu'elle a obtenu le 11 septembre 2015 du Service des contributions.
Dès lors que l'opération de fusion décrite ci-dessus, pour laquelle la recourante a requis la neutralité fiscale, est constitutive d'évasion fiscale, la recourante ne peut rien déduire de ce ruling (sur cette notion, cf. RDAF 2015 II 563, 2C_123/2014; RDAF 2014 II 442 = RF 69/2014 557, 2C_664/2013; ATF 126 II 514 consid. 3e p. 520) ni du principe de la bonne foi (art. 9 Cst.).
II. Impôts cantonaux et communaux
7.
Les art. 83, 84 al. 1 let. a, 87 al. 1 et 93 de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes (LCdir; RS/NE 631.0), qui sont conformes aux art. 24 al. 1 et 3 et 25 al. 2 LHID, règlent de la même manière que la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, la détermination du bénéfice imposable et le report de pertes, notamment en cas de restructuration. En outre, s'agissant d'évasion fiscale, la jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application du droit cantonal harmonisé (arrêt 2C_1088/2014 du 26 octobre 2015 consid. 7). Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent mutatis mutandis à l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice de la période fiscale 2015.
La reprise de la provision pour la remise en état de l'immeuble en cause affecte, au niveau cantonal et communal, le montant du capital imposable (cf. art. 102 ss LCdir; art. 29 LHID). C'est ainsi à bon droit que le capital total a été augmenté de 340'000 fr. pour se monter à 87'888'000 fr.
8.
Au regard de ce qui précède, le recours est rejeté tant ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonaux et communaux sur le bénéfice et la capital de la période fiscale 2015. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonaux et communaux.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des contributions et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 7 juin 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon