Faits :
A.
Le 14 décembre 2015, le Tribunal correctionnel de la République et canton de Genève a condamné X._, né en 1993, à une peine privative de liberté de 18 mois sous déduction de 327 jours de détention avant jugement et à une amende de 300 francs. Il a ordonné son placement dans un établissement pour jeunes adultes ainsi qu'un traitement psychothérapeutique ambulatoire (art. 61 et 63 CP), l'exécution de la peine étant suspendue au profit du placement dans l'établissement pour jeunes adultes.
B.
B.a. X._ a été détenu, successivement, à la prison A._ et à l'établissement fermé B._, du 18 octobre 2014 au 30 juin 2016 - date à laquelle il a été libéré à la suite d'une erreur -, puis du 13 juillet 2016 au 11 novembre 2016.
B.b. Le 22 décembre 2015, le Service d'application des peines et mesures (SAPEM) a adressé au Centre éducatif fermé de C._ une demande d'admission concernant X._. Le centre précité a répondu le 4 janvier 2016 que l'établissement était complet, que X._ avait été placé sur liste d'attente, que le délai était relativement long et que l'admission pourrait ne pas avoir lieu en 2016. Par courrier du 9 mars 2016, le Centre de C._ a précisé qu'il n'y avait pas de possibilité d'accueil avant août 2016, bien qu'il fût difficile de donner un délai fiable; il invitait le SAPEM à reprendre contact durant l'été 2016, sous réserve de la libération d'une place dans l'intervalle. Informé, ultérieurement, que l'État de Valais avait décidé de ne plus accueillir de jeunes adultes au sein de l'établissement de C._ avant de nombreux mois, le SAPEM a contacté deux autres foyers. Ces derniers ayant tous refusé d'entrer en matière sur une admission de X._, le SAPEM a constaté, dans un préavis du 21 octobre 2016, l'absence d'établissement approprié à l'exécution de la mesure applicable aux jeunes adultes au sens de l'art. 61 CP; il a ainsi préconisé la levée de la mesure et préavisé un traitement ambulatoire assorti d'une probation et de règles de conduite.
C.
X._ s'est adressé à plusieurs reprises aux autorités pénales pour se plaindre de sa détention.
C.a. Les 2 et 3 mars 2016, X._ a demandé au SAPEM son transfert dans un établissement au sens de l'art. 61 CP ou sa mise en liberté, après un constat formel de l'illicéité de sa détention, et a imparti au SAPEM un délai de 10 jours pour rendre une décision motivée. Par courrier du 7 mars 2016, le SAPEM a rappelé avoir effectué une demande d'admission au Centre de C._ et rejeté sa compétence pour se prononcer sur la mise en liberté, respectivement l'illicéité de la détention. Par arrêt du 29 juin 2016 (ACPR/396/2016), la Chambre pénale de recours de la Cour de justice a déclaré irrecevable le recours de X._ contre le courrier du SAPEM du 7 mars 2016.
C.b. Par arrêt du même jour (ACPR/397/2016), la Chambre pénale de recours a partiellement admis le recours de X._ contre un jugement du Tribunal d'application des peines et mesures (TAPEM) du 26 avril 2016. Le TAPEM avait refusé la demande de libération conditionnelle, respectivement la levée de la mesure de traitement pour jeunes adultes formée par X._ (art. 61 CP), ordonné la poursuite de cette mesure, ainsi que de celle de l'art. 63 CP jusqu'au prochain contrôle annuel, et constaté que la demande de libération conditionnelle de la peine était irrecevable. La cause était retournée au TAPEM pour qu'il rende une nouvelle décision compte tenu du fait - survenu durant l'instruction du recours - que l'État du Valais refusait désormais d'accueillir de jeunes adultes au sein de l'établissement de C._. Le recours au Tribunal fédéral de X._ contre cet arrêt a été déclaré irrecevable (arrêt 6B_846/2016 du 12 septembre 2016).
Le 10 novembre 2016, le TAPEM a ordonné la levée de la mesure de traitement pour jeunes adultes et la mise en liberté immédiate de X._, assortie de la poursuite du traitement ambulatoire au sens de l'art. 63 CP, d'une assistance de probation et de règles de conduite. Le TAPEM a en revanche décliné sa compétence s'agissant des conclusions tendant au constat de l'illicéité de la détention et en indemnisation de la détention à la suite de la ré-arrestation de X._ intervenue le 13 juillet 2016.
Le recours de X._ a été rejeté par la Chambre pénale de recours (ACPR/279/2017 du 2 mai 2017) dans la mesure de sa recevabilité, aux motifs notamment que la demande d'indemnisation aurait dû être soumise au Département de la sécurité et de l'économie (DSE) et que le grief relatif à la violation du principe de célérité était mal fondé.
C.c. Le 25 juillet 2016, X._ a recouru contre son interpellation du 13 juillet 2016 - intervenue ensuite de sa remise en liberté par erreur du 30 juin 2016 - et la réincarcération qui s'est ensuivie, ordonnées par le TAPEM. Par arrêt ACPR/714/2016 du 11 novembre 2016, la Chambre pénale de recours a déclaré le recours irrecevable.
Par arrêt rendu le 10 mai 2017 (dans les causes jointes 6B_842/2016 et 6B_1377/2016), le Tribunal fédéral a partiellement admis les recours formés par X._ contre les arrêts de la Chambre pénale de recours ACPR/396/2016 du 29 juin 2016 et ACPR/714/2016 du 11 novembre 2016, et renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement.
Le 26 septembre 2017, la Chambre pénale de recours, statuant sur renvoi, a rejeté le grief de violation du principe de célérité et déclaré les recours formés contre les arrêts ACPR/396/2016 et ACPR/714/2016 irrecevables pour le surplus (ACPR/659/2017).
D.
Contre l'arrêt du 2 mai 2017 (ACPR/279/2017), X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral (6B_578/2017). Il conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme de cet arrêt en ce sens qu'il soit constaté l'illicéité de la détention subie à la prison A._ et à l'établissement fermé B._ ainsi que la violation du principe de la célérité, et qu'il lui soit alloué une indemnité de 24'400 fr. en raison de sa détention illicite, avec intérêts de 5% dès le 24 décembre 2015. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvel arrêt dans le sens des considérants.
X._ dépose également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral (6B_1254/2017) contre l'arrêt du 26 septembre 2017 (ACPR/659/2017). Il conclut, avec suite de frais et dépens, à la constatation de la violation du principe de célérité et à ce qu'il soit dit que la Chambre pénale de recours est compétente pour statuer sur l'indemnisation de sa détention illicite. Subsidiairement, il conclut à ce qu'il soit dit que le TAPEM est compétent pour statuer sur l'indemnisation de sa détention illicite. Plus subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvel arrêt dans le sens des considérants.
A l'appui de ses recours, X._ sollicite l'assistance judiciaire ainsi que la nomination de son conseil en qualité d'avocat d'office.
Considérant en droit :
1.
Les deux recours en matière pénale adressés au Tribunal fédéral ont trait à un même complexe de faits et posent des questions connexes. Il y a donc lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (art. 24 al. 2 PCF et 71 LTF).
2.
La conclusion prise par le recourant à l'encontre de l'arrêt de la cour cantonale du 2 mai 2017 (ACPR/279/2017) tendant à ce qu'il soit constaté l'illicéité de sa détention n'a plus d'objet dès lors qu'un tel constat lui a été donné dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 10 mai 2017 (6B_842/2016 et 6B_1377/2016).
Par ailleurs, les conclusions sur le fond ne sont pas recevables si la décision attaquée est une décision d'irrecevabilité. En effet, s'il annule un arrêt d'irrecevabilité, le Tribunal fédéral ne statue pas lui-même sur le fond, mais renvoie la cause à l'autorité d'appel afin que le justiciable ne soit pas privé d'un degré de juridiction (ATF 138 III 46 consid. 1.2). Partant, la demande du recourant tendant à l'allocation d'un montant de 24'400 fr. à titre d'indemnisation pour la détention illicite est irrecevable.
Dans la mesure où le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir refusé d'entrer en matière sur sa demande d'indemnisation, il a un intérêt actuel et pratique à l'annulation des arrêts attaqués en relation avec ce grief (ATF 137 I 296 consid. 4.3.3 p. 302; arrêt 6B_842/2016/ 6B_1377/2016 du 10 mai 2017 consid. 2.1), de même qu'en lien avec le constat de violation du principe de célérité (en vue d'une éventuelle indemnisation, cf. arrêt 1B_369/2012 du 4 juillet 2012 consid. 1.2).
3.
Le recourant soutient que la cour cantonale devait admettre sa compétence pour statuer sur sa demande d'indemnisation de la détention illicite. Subsidiairement, la cour cantonale aurait dû désigner le TAPEM en tant qu'autorité compétente.
3.1. Dans un premier moyen, le recourant reproche à la cour cantonale de s'être affranchie des motifs de l'arrêt de renvoi et d'avoir de la sorte commis un déni de justice prohibé par les art. 5, 6 et 13 CEDH, ainsi que par les art. 29, 29a et 30 Cst.
3.1.1. Aux termes de l'art. 107 al. 2 1ère phrase LTF, si le Tribunal fédéral admet un recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi découle du droit fédéral non écrit (ATF 143 IV 214 consid. 5.3.3 p. 222; 135 III 334 consid. 2.1 p. 335). Conformément à ce principe, l'autorité cantonale à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès (ATF 131 III 91 consid. 5.2 p. 94; 104 IV 276 consid. 3d p. 277 s.; cf. aussi arrêt 6B_111/2017 du 17 octobre 2017 consid. 2.1). La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure la cour cantonale est liée à la première décision, décision de renvoi qui fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335).
3.1.2. Dans l'arrêt du 10 mai 2017 rendu dans les causes 6B_842/2016 et 6B_1377/2016, le Tribunal fédéral a retenu que compte tenu du droit du recourant à obtenir une décision sur la légalité de sa détention en établissement carcéral pour l'ensemble de la période en cause (cf. art. 5 ch. 4 CEDH) et attendu que, sous réserve des normes fédérales, il incombait aux cantons de régler les questions d'organisation des autorités pénales cantonales d'exécution, il y avait lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle désigne l'autorité compétente pour examiner les griefs du recourant tendant à son indemnisation pour l'illicéité de sa détention du 24 décembre 2015 au 11 novembre 2016 et à la constatation d'une éventuelle violation du principe de célérité, cela après avoir interpellé le DSE sur sa compétence (arrêt précité consid. 3.2.3).
3.1.3. Il ressort de l'arrêt ACPR/659/2017 du 26 septembre 2017 que la cour cantonale a interpellé le DSE sur sa compétence. Celui-ci s'est déterminé en concluant au constat de l'absence de sa compétence tant pour statuer sur l'indemnisation pour l'illicéité de la détention du recourant que sur l'éventuelle violation du principe de célérité. Selon lui, le recourant devait déposer sa demande en indemnisation pour détention illicite devant le Tribunal de première instance, conformément à l'art. 7 al. 1 de la loi sur la responsabilité de l'État et des communes (LREC; RS/GE A 2 40). La cour cantonale a considéré que selon sa pratique, admise par le Tribunal fédéral (cf. arrêt 6B_1317/2015 du 18 juillet 2016), la compétence pour statuer sur l'indemnité pour une détention subie dans des conditions illicites postérieurement au jugement revenait au DSE et que la nature de l'indemnité requise en l'espèce par le recourant - pour détention illicite dans l'attente de l'exécution de la mesure ordonnée par le Tribunal correctionnel - s'apparentait à celle visée par ladite pratique. C'est pourquoi, dans son arrêt ACPR/279/2017 du 2 mai 2017, elle avait renvoyé le recourant à saisir le DSE. Toutefois, dans la mesure où le DSE paraissait rejeter l'analogie de la cause avec la pratique précitée puisqu'il déclinait sa compétence au profit de celle du Tribunal de première instance, découlant de l'art. 7 al. 1 LREC, la cour cantonale déclarait en prendre acte et décliner sa compétence, ainsi que celle du TAPEM, pour statuer sur la demande d'indemnité formée par le recourant, celle-ci portant sur la période postérieurement au jugement du Tribunal correctionnel. Elle retenait en conséquence qu'il appartenait au recourant d'agir devant les juridictions civiles compétentes, conformément à la disposition précitée.
3.1.4. La cour cantonale s'est conformée à l'arrêt du Tribunal fédéral en interpellant le DSE sur sa compétence et, cela fait, en indiquant quelle autorité devait être saisie de la demande en indemnisation du recourant, en vertu de la disposition légale citée. Le recourant estime que cette indication est insuffisante dans la mesure où elle ne lie pas les juridictions civiles. Or la Chambre pénale de recours n'a pas le pouvoir de lier l'instance civile quant à sa compétence. En déclarant qu'il appartenait au recourant d'agir devant les juridictions civiles compétentes conformément à l'art. 7 LREC/GE, la cour cantonale a désigné l'autorité compétente pour examiner le grief du recourant tendant à son indemnisation, de sorte que la portée de l'arrêt de renvoi n'a pas été méconnue. Dans la mesure où elle rejetait sa propre compétence ainsi que celle du TAPEM pour statuer sur l'indemnisation - ce que l'arrêt du Tribunal fédéral du 10 mai 2017 n'interdisait pas, puisqu'il se limitait à requérir de la cour cantonale qu'elle désigne l'autorité qu'elle estimait compétente - la cour cantonale ne pouvait que déclarer les recours de l'intéressé irrecevables. Il s'ensuit que le grief de déni de justice formel est infondé.
3.2. Le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu dans la mesure où la cour cantonale n'a pas pris position sur l'argumentation développée dans ses observations, à savoir que dans l'arrêt 6B_846/2016, au considérant 6, le Tribunal fédéral avait considéré que la question du caractère illicite de la détention et de l'indemnisation ne pouvait pas être considérée comme indépendante de celle de la levée de la mesure.
3.2.1. L'obligation de motiver, telle qu'elle découle du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; cf. aussi art. 3 al. 2 let. c et 107 CPP), est respectée lorsque le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 143 IV 40 consid. 3.4.3 p. 47 et les références citées). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157).
3.2.2. La cour cantonale a expliqué pourquoi elle considérait que la compétence de statuer sur l'indemnisation pour la détention illicite du recourant devait revenir au DSE ou, à son défaut, aux tribunaux civils. Dans ce cadre, elle n'avait pas à tenir compte des motifs de l'arrêt 6B_846/2016. En effet, cet arrêt n'avait pas pour objet de déterminer la compétence pour statuer sur la levée de la mesure et le caractère illicite de la détention; il se limitait à déterminer si la décision de la cour cantonale niant le caractère illicite de la détention constituait une décision partielle ou incidente, attendu que par la même décision (cf. ACPR/397/2016), la cause avait été renvoyée au TAPEM pour qu'il statue sur la levée de la mesure. Le Tribunal fédéral a retenu que la décision du TAPEM était susceptible d'influer sur la durée de la détention à prendre en compte et sur l'indemnisation consécutive, de sorte que la décision sur l'illicéité de la détention était incidente. Le caractère incident de cette décision au regard de l'art. 93 al. 1 LTF est sans influence sur la compétence ratione materiae pour trancher la demande d'indemnisation formulée par le recourant, qui se détermine selon les normes de droit cantonal sur la compétence. Faute d'être pertinente, la cour cantonale n'avait pas l'obligation de discuter l'argumentation du recourant. Le grief de violation du droit d'être entendu est infondé.
3.3. Le recourant invoque une violation de principe de la bonne foi. Selon lui, la cour cantonale a adopté un comportement contradictoire quant à la question de l'autorité compétente pour statuer sur ses demandes de constatation d'illicéité et d'indemnisation.
3.3.1. Le principe de la bonne foi, concrétisé à l'art. 3 al. 2 let. a CPP, implique que le recourant n'a pas à subir de préjudice en raison de l'erreur de l'autorité de jugement (notamment: arrêt 6B_472/2012 du 13 novembre 2012 consid. 4.2).
3.3.2. Par arrêt du 29 juin 2016 (ACPR/396/2016), la cour cantonale a déclaré le recours contre le courrier du SAPEM du 7 mars 2016 irrecevable, celui-ci ne contenant qu'une affirmation de réalités qui n'étaient pas de nature à modifier la situation juridique de l'intéressé. De même a-t-elle considéré que le recours contre l'interpellation et la réincarcération de l'intéressé était irrecevable dans la mesure où ces événements ne constituaient pas des décisions susceptibles de recours (ACPR/714/2016 du 11 novembre 2016). Dans l'arrêt ACPR/397/2016 du 29 juin 2016, la cour cantonale a renvoyé la cause au TAPEM pour qu'il se prononce sur la levée de la mesure, ce que celui-ci a fait, et qui constituait un préalable à l'examen de la légalité de la détention en établissement carcéral et à l'éventuelle indemnisation (cf. arrêt 6B_846/2016). Si la cour cantonale a indiqué, dans son arrêt ACPR/279/2017 du 2 mai 2017, que le DSE était compétent pour statuer sur la demande d'indemnisation, elle a ensuite pris acte du fait que le DSE déclinait sa compétence et enjoint le recourant à saisir les instances civiles dans son arrêt ACPR/659/2017 du 26 septembre 2017.
Il en découle que les arrêts de l'autorité précédente ne sont contradictoires sur la question de l'autorité compétente pour connaître de la requête d'indemnisation que dans la mesure où elle a tout d'abord désigné le DSE comme étant l'autorité compétente, avant de renvoyer le recourant à agir devant les juridictions civiles. Le recourant n'indique pas quel préjudice il aurait subi du fait de ce revirement consécutif à l'arrêt du Tribunal fédéral rendu dans l'intervalle (6B_842/2016 et 6B_1377/2016 du 10 mai 2017), de sorte que son grief paraît en tous les cas insuffisamment motivé (art. 106 al. 2 LTF). Il n'établit pas, en particulier, avoir saisi le DSE en se fiant aux indications erronées de la cour cantonale. Dans ces conditions, il ne démontre pas avoir été victime d'une erreur de l'autorité, d'où il découlerait la nécessité de protéger sa bonne foi. Le grief est infondé dans la mesure où il est recevable.
3.4. Invoquant la violation du principe de célérité, le recourant fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas statué elle-même sur sa demande d'indemnisation, voire désigné le TAPEM pour le faire.
3.4.1. Les art. 29 al. 1 Cst. et 5 al. 1 CPP garantissent notamment à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. L'autorité viole cette garantie lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (cf. ATF 130 I 312 consid. 5.1 p. 331 s.). Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard notamment à la complexité de l'affaire, à l'enjeu du litige pour l'intéressé, à son comportement ainsi qu'à celui des autorités compétentes (ATF 135 I 265 consid. 4.4 p. 277). On ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut (ATF 130 I 312 consid. 5.2 p. 332; arrêt 6B_934/2016 du 13 juillet 2017 consid. 1.3.1 destiné à la publication).
3.4.2. L'autorité saisie de la question du caractère illicite des conditions de détention n'a pas l'obligation d'accorder elle-même une satisfaction équitable pour des motifs d'économie de procédure, mais elle peut renvoyer la cause à une autre autorité, notamment celle compétente en matière de responsabilité de l'État (ATF 141 IV 349 consid. 4.3 p. 359 et la jurisprudence citée). Il peut en aller de même de la détention illicite effectuée dans un établissement inapproprié.
En l'espèce, on ne voit pas que le respect du principe de célérité exigeât de la cour cantonale, au motif que plusieurs décisions avaient déjà été rendues en relation avec l'exécution de la mesure et la détention du recourant, qu'elle statue elle-même sur la question de l'indemnisation, plutôt que d'inviter le recourant à saisir les juridictions civiles. En effet, si les décisions des 29 juin 2016 (ACPR/396/2016) et 11 novembre 2016 (ACPR/714/2016) ont été annulées par le Tribunal fédéral dans le cadre de l'arrêt du 10 mai 2017, la cour cantonale s'est ensuite conformée aux instructions de l'arrêt du Tribunal fédéral en interpellant le DSE sur sa compétence pour statuer sur l'indemnisation du recourant et en désignant l'autorité compétente par arrêt du 26 septembre 2017 (consid. 3.1 supra). L'annulation de ces décisions par le Tribunal fédéral ne rend pas encore la procédure excessivement longue au regard de la nature de l'affaire et des circonstances, étant encore précisé qu'elle n'était pas dénuée de toute complexité compte tenu notamment des multiples griefs constitutionnels et conventionnels soulevés par le recourant. Pour le surplus, le recourant n'allègue pas que la cour cantonale aurait tardé à statuer sur les différents recours dont il l'a saisie, et il ne soutient pas non plus que la procédure dans son ensemble aurait connu des temps morts ou des lenteurs injustifiées. Pour ces motifs, il y a lieu de rejeter le grief invoqué.
3.5. Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 3 de la Loi d'application du code pénal suisse et d'autres lois fédérales en matière pénale (RS GE E 4 10; LaCP/GE), qui prévoit que le TAPEM est compétent pour statuer dans toutes les procédures postérieures au jugement. L'art. 3 LaCP/GE propose une trentaine d'exemples, dont aucun toutefois ne vise l'indemnisation de la détention illicite.
Selon la jurisprudence, l'indemnisation relative à des conditions de détention illicites après jugement ne peut guère relever que du droit cantonal régissant la responsabilité de l'Etat (ATF 141 IV 349 consid. 4.3 p. 359 s.). La cour cantonale a considéré que la situation d'espèce était assimilable à l'indemnisation des conditions illicites de détention et que les instances civiles disposaient de la compétence pour statuer sur la responsabilité de l'Etat en vertu de l'art. 7 LREC/GE. Le recourant ne démontre pas en quoi il en résulterait une application arbitraire de la disposition légale précitée. Insuffisamment motivé, le grief est irrecevable (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF).
3.6. En définitive, le renvoi du recourant à agir par-devant les instances civiles ne viole pas le droit fédéral. Cela étant, il y a lieu d'inviter les autorités cantonales à clarifier leur pratique et l'interprétation des normes cantonales de compétence en lien avec l'indemnisation de la détention illicite postérieure au jugement, de façon à éviter que de telles demandes soient transmises à plusieurs autorités qui déclinent tour à tour leur compétence. Il convient, en effet, de veiller à ne pas entrer dans un conflit de compétence négatif (cf. ATF 141 IV 349 consid. 4.3 p. 359).
4.
Le recourant invoque une violation du principe de célérité en ce qui concerne la constatation du caractère illicite de sa détention et sa mise en liberté.
4.1.1 L'art. 5 par. 4 CEDH garantit à toute personne privée de sa liberté par arrestation ou détention le droit d'introduire un recours devant un tribunal, afin qu'il statue à bref délai sur la légalité de sa détention et ordonne sa libération si la détention est illégale (Message du 21 septembre 1998 concernant la modification du code pénal suisse, FF 1999 1787 ss, 1894 ch. 213.435).
4.1.2 Le recourant soutient qu'en juin 2016 déjà, le principe de la célérité était violé et la cour cantonale aurait dû le constater dans son arrêt ACPR/397/2016 du 29 juin 2016. Elle aurait également dû le libérer par ce même arrêt. Or l'arrêt ACPR/397/2016 ne fait pas l'objet des présents recours, qui sont dirigés à l'encontre des décisions ACPR/279/2017 et ACPR/659/2017, ce dernier arrêt remplaçant les arrêts annulés ACPR/396/2016 et ACPR/714/2016. Le recourant ne peut en conséquence soulever des griefs à l'encontre de cette décision.
Le recourant affirme que le SAPEM aurait dû ordonner sa libération mais il ne formule aucune critique à l'encontre du raisonnement de la cour cantonale qui a écarté ce grief dans l'arrêt ACPR/659/2017. Faute de motivation suffisante, son grief est irrecevable (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF). Il en va de même en tant que le recourant soutient que la cour cantonale " a refusé à chaque fois qu'elle a été saisie, d'exercer une compétence qui lui en plus reconnue par le droit cantonal, à savoir de constater l'illicéité et d'y mettre fin en libérant ", dès lors qu'il n'identifie pas les décisions qu'il attaque par ce grief.
Quoi qu'il en soit, en faisant valoir qu'il ne pouvait être placé dans un établissement pénitentiaire pendant plusieurs mois dans l'attente d'une place disponible dans un établissement au sens de l'art. 61 CP, le recourant ne soulève pas un grief différent de celui fondé sur la détention illicite, sur lequel il a déjà été statué (cf. arrêt 6B_842/2016 et 6B_1377/2016).
Le grief tiré d'une violation du principe de célérité est ainsi infondé dans la mesure de sa recevabilité.
5.
Les recours doivent ainsi être rejetés dans la mesure où ils sont recevables. Ils étaient d'emblée dénués de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, laquelle n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_578/2017 et 6B_1254/2017 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 16 février 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy