Sachverhalt:
A.
Für das Steuerjahr 2005 deklarierte A._ Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit als Verkaufsleiter bei B._ SA in Höhe von Fr. 128'726.--. Mit Verfügung vom 19. Februar 2007 wurde er rechtskräftig veranlagt.
Am 29. Januar 2013 eröffnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren gegen A._. Hintergrund dieses Verfahrens waren Einkünfte, die A._ von C._ GmbH (heute D.C._ AG) im Jahr 2005 erhalten hat. Namentlich bezahlte C._ GmbH in diesem Jahr eine Familienreise ins Disneyland Paris, die Leasingraten für ein Fahrzeug der Marke BMW, das die damalige Lebenspartnerin des Beschwerdegegners privat nutzte, und je eine Bang & Olufsen-Anlage für den Beschwerdegegner und seine damalige Lebenspartnerin. Mit Verfügung vom 10. Februar 2015 auferlegte die Steuerverwaltung des Kantons Bern A._ Nachsteuern in der Höhe von Fr. 14'277.70 (kantonale und kommunale Steuern) und Fr. 2'051.70 (direkte Bundessteuer) sowie Bussen von Fr. 17'133.25 (kantonale und kommunale Steuern) und Fr. 2'462.05 (direkte Bundessteuer). Mit Verzugszins und Gebühren belief sich der gesamte Betrag auf Fr. 41'044.--.
B.
Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Bern die Einsprache A._s am 4. September 2015 abgewiesen hatte, gelangte er mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern (nachfolgend Steuerrekurskommission). Mit prozessleitender Verfügung vom 5. Oktober 2015 trennte die Steuerrekurskommission die Nachsteuerverfahren ab und sistierte sie bis zum rechtskräftigen Abschluss des Steuerhinterziehungsverfahrens. Mit Entscheid vom 20. September 2016 hiess die Steuerrekurskommission den Rekurs und die Beschwerde gegen die Steuerbussen gut, soweit sie darauf eintrat. Überdies wies sie die Akten zur weiteren Behandlung an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurück.
Hiergegen erhob die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 26. Oktober 2016 Beschwerden beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Urteil des Einzelrichters vom 23. März 2017 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerden ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. Mai 2017 beantragt die Steuerverwaltung des Kantons Bern Aufhebung der Entscheide der Vorinstanz und Bestätigung der Einspracheentscheide vom 4. September 2015, eventualiter Aufhebung und Rückweisung an die Beschwerdeführerin zur Neubeurteilung.
Der Beschwerdegegner, die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben sich vernehmen lassen. Der Beschwerdegegner und die Vorinstanz beantragen Abweisung der Beschwerde; die ESTV beantragt Aufhebung des Urteils der Vorinstanz und Bestätigung der Einspracheentscheide vom 4. September 2015, eventualiter Aufhebung und Rückweisung zur Neubeurteilung an die Beschwerdeführerin.
Erwägungen:
1.
1.1. Nach Art. 90 BGG ist die Beschwerde ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz abschliessen (Endentscheide). Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde demgegenüber nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Als End- und nicht als Zwischenentscheide gelten Entscheide, die das Verfahren zwar an eine untere Instanz zurückweisen, dieser aber kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und sie bloss noch das oberinstanzlich Angeordnete umsetzen kann (BGE 142 II 20 E. 1.2 S. 24; 134 II 124 E. 1.3 S. 127 f.).
1.2. Vorliegend ging die Vorinstanz davon aus, dass es sich bei den bei ihr angefochtenen Entscheiden der Steuerrekurskommission um Rückweisungs- und Zwischenentscheide handelte. Die Beschwerdeführerin führt demgegenüber aus, dass die Vorinstanz und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern in Wahrheit Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG gefällt hätten, da mit diesen Entscheiden das Steuerhinterziehungsverfahren abgeschlossen worden sei. Selbst wenn es sich bei den Entscheiden der Steuerrekurskommission um Rückweisungsentscheide gehandelt hätte, wäre ihr als unterer Instanz kein Entscheidungsspielraum mehr verblieben. Auch dann wäre im Sinne der zitierten Rechtsprechung von End- und nicht von Zwischenentscheiden auszugehen.
1.3. Handelte es sich beim Urteil der Vorinstanz entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht um einen Endentscheid, so wäre sie gezwungen, infolge der Rückweisung des Verfahrens eine neue Verfügung zu erlassen, in welcher sie die rechtliche Qualifikation der Leistungen zu übernehmen hätte, die ihr die Steuerrekurskommission und die Vorinstanz vorgegeben haben. Diese neue Verfügung könnte die Beschwerdeführerin in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, die allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrige neue Verfügung als Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Beschwerdeführerin führen (BGE 138 V 1.2 S. 109 f.; Urteil 2C_941/2016 vom 3. April 2017 E. 2.2). Selbst wenn das vorinstanzliche Urteil also kein End-, sondern ein Vorentscheid sein sollte, wäre auf die Beschwerde dagegen nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG einzutreten, sodass in Bezug auf das Steuerhinterziehungsverfahren in jedem Fall ein gültiges Beschwerdeobjekt vorliegt.
1.4. In Bezug auf die Nachsteuerverfahren ist hingegen zu konstatieren, dass diese von der Steuerrekurskommission des Kantons Bern abgetrennt und für die Dauer des Steuerhinterziehungsverfahrens sistiert worden sind. Die prozessleitende Verfügung vom 5. Oktober 2015 hat die Beschwerdeführerin offenbar nicht angefochten. Die Nachsteuerverfahren bildeten folglich nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens. Es ist deshalb davon auszugehen, dass die Rechtsmittelverfahren in Sachen Nachsteuern für das Steuerjahr 2005 weiterhin bei der Steuerrekurskommission pendent und von dieser an die Hand zu nehmen sind, sobald das Steuerhinterziehungsverfahren abgeschlossen ist.
1.5. Die Entscheide der Vorinstanz betreffen eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Bei der Vorinstanz handelte es sich um die letzte kantonale Instanz im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG, Art. 182 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Soweit die direkte Bundessteuer betroffen ist, ergibt sich die Legitimation der Beschwerdeführerin aus Art. 182 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 146 DBG und Art. 2 der Verordnung des Regierungsrats des Kantons Bern vom 18. Oktober 2000 über den Vollzug der direkten Bundessteuer (BStV/BE; BSG 668.11). In Bezug auf die kantonalen Steuern ist die Beschwerdeführerin nach Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit Art. 9 Abs. 1 lit. h der Verordnung vom 18. Oktober 1995 über die Organisation und die Aufgaben der Finanzdirektion des Regierungsrats des Kantons Bern (Organisationsverordnung FIN/BE, OrV FIN/BE; BSG 152.221.171) als nach kantonalem Recht zuständige Behörde zur Beschwerde legitimiert. Die gesetzlichen Form- und Fristvorschriften (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) sind eingehalten. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.6. Das Bundesgericht wendet das Recht nach Art. 106 Abs. 1 BGG von Amtes wegen an, prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). Es legt seinem Urteil nach Art. 105 Abs. 1 BGG den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen können gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 137 II 353 E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Die beschwerdeführende Partei hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18). Soweit Feststellungen oder Schlüsse allerdings nicht auf der beweismässigen Würdigung von vorgebrachten Umständen oder konkreten Anhaltspunkten beruhen, sondern ausschliesslich aufgrund von Erfahrungssätzen getroffen wurden, die sich aus der allgemeinen Lebenserfahrung ableiten, und daher allgemein für gleich gelagerte Fälle Geltung beanspruchen, mithin die Funktion von Normen übernehmen, können sie vom Bundesgericht im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten frei überprüft werden (BGE 140 I 285 E. 6.2.1 S. 296 f.; 140 III 115 E. 2 S. 117; 136 III 486 E. 5 S. 489).
1.7. Die beiden Entscheide der Vorinstanz in Bezug auf die direkte Bundessteuer und die kantonalen und kommunalen Steuern ergingen in einer einzigen Urteilsschrift, was zulässig ist, soweit die betroffenen Rechtsfragen im Bundesrecht und harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind. Die Beschwerdeführerin ficht die Entscheide in einer einzigen Rechtsschrift an, in der sie zwischen den beiden Steuerarten unterscheidet und separate Anträge stellt. Dieses Vorgehen ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Auch das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. zum Ganzen BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296; Urteil 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1 in: StE 2017 B 27.5 Nr. 21).
Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Nach Art. 175 Abs. 1 DBG erfüllt den objektiven Tatbestand der (vollendeten) Steuerhinterziehung unter anderem, wer als Steuerpflichtiger bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist und damit ein zu geringer Steuerbetrag erhoben wird, mithin also eine Steuerverkürzung eintritt (Urteile 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 2.1 in: StE 2014 B 101.2 Nr. 27; 2C_656/2013 vom 17. September 2013 E. 2.2.2 in: StE 2014 B 101.2 Nr. 26; 2A.583/2004 vom 21. April 2005 E. 3.1).
2.2.
2.2.1. Der Steuerrekurskommission zufolge fehlte es im vorliegenden Fall an einer Steuerverkürzung und damit am tatbestandsmässigen Erfolg der Steuerhinterziehung. Die fraglichen Leistungen der C._ GmbH seien wegen der sogenannten Dreieckstheorie nicht dem Beschwerdegegner, sondern seiner Schwester als ihm nahestehende Beteiligungsinhaberin zuzurechnen. Die Steuerrekurskommission sprach den Beschwerdegegner deshalb - jedenfalls laut ihrer Erwägungen - vom Vorwurf der Steuerhinterziehung der kantonalen Steuern und direkten Bundessteuer für das Steuerjahr 2005 frei, liess aber offen, ob ihm die Leistungen allenfalls als Schenkungen seiner Schwester oder aus einem anderen Grund als Einkommen zuzurechnen gewesen wären.
2.2.2. Die Vorinstanz wies die Rechtsmittel gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission ab. Ihrer Auffassung nach hatte die Steuerrekurskommission den Beschwerdegegner aber nicht freigesprochen, sondern in Wahrheit das Hinterziehungsverfahren an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Die Leistungen seien dem Beschwerdegegner zwar nicht als Erträge aus Beteiligungen im Sinne von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG, aber zumindest teilweise aus anderen Gründen - namentlich als Schenkungen seiner Schwester - zuzurechnen. Er hätte deshalb jedenfalls einen Teil der Leistungen deklarieren müssen.
2.2.3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz und die Steuerrekurskommission hätten zu Unrecht einen (direkten) Vermögenszugang beim Beschwerdegegner aus den Leistungen der C._ GmbH und die daraus resultierende Verkürzung seiner Einkommenssteuerlast für das Steuerjahr 2005 verneint. Die Leistungen der C._ GmbH waren nach Auffassung der Beschwerdeführerin nämlich nicht im Nahestehendenverhältnis zur Schwester, welche im Unterschied zum Beschwerdegegner selbst an der C._ GmbH beteiligt war, sondern in seiner Stellung als faktischer Geschäftsführer der C._ GmbH begründet. Deshalb hätte richtigerweise nicht die Dreieckstheorie, sondern die Direktbegünstigungstheorie Anwendung finden und dem Beschwerdegegner steuerbares Einkommen zugerechnet werden müssen. Weil er dieses vorsätzlich nicht deklariert habe, habe er den Tatbestand von Art. 175 DBG erfüllt.
2.3. Gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG unterliegen geldwerte Vorteile aus Beteiligungen beim Inhaber des Beteiligungsrechts der Einkommenssteuer. Geldwerte Vorteile aus Beteiligungen charakterisieren sich dadurch, dass 1) die leistende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft für ihre Leistung keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, 2) der Beteiligungsinhaber der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft direkt oder indirekt einen Vorteil erlangt, 3) die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft diesen Vorteil einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugestanden hätte (Drittvergleich) und 4) der Charakter dieser Leistung für die Organe der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erkennbar war (BGE 140 II 88 E. 4.1 S. 92 f.; 138 II 57 E. 2.2 S. 59 f.; 131 II 593 E. 5.1 S. 607). Stets vorauszusetzen ist dabei, dass die Zuwendung ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis hatte (ROBERT DANON, in: Commentaire Romand, LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 209 zu Art. 57, 58 DBG; YVES NOËL, in: Commentaire Romand, LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 83 zu Art. 20 DBG). Letzteres wird nach der Praxis des Bundesgerichts vermutet, wenn die geldwerte Leistung dem Drittvergleich nicht standhält (Urteil 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.5 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811 mit Hinweisen).
2.4. Richtet eine Gesellschaft aufgrund eines Beteiligungsverhältnisses geldwerte Vorteile nicht an einen Anteilsinhaber, sondern an eine Drittperson aus, die einem Anteilsinhaber nahesteht, stellt sich die Frage, wem diese Leistungen einkommenssteuerlich zuzurechnen sind.
2.4.1. Nach der Dreieckstheorie werden geldwerte Vorteile, die eine Gesellschaft aufgrund eines Beteiligungsverhältnisses einer Drittperson zuwendet, die einem Beteiligungsinhaber nahesteht, steuerlich in einem ersten Schritt als Ertrag aus beweglichem Vermögen (verdeckte Gewinnausschüttung) auf der Ebene des Beteiligungsinhabers erfasst. Von dort fliessen sie weiter an die nahestehende Drittperson (BGE 138 II 57 E. 4.2 S. 61 f.; Urteil 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.4.2 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811).
2.4.2. Der Direktbegünstigungstheorie zufolge wird der Beteiligungsinhaber hingegen von vornherein ausgeblendet und die Aufrechnung auf Ebene der dem Beteiligungsinhaber nahestehenden Person vorgenommen. Diese Theorie ist primär im Recht der Verrechnungssteuer gebräuchlich (Urteile 2C_177/2016 vom 30. Januar 2017 E. 5.3 in: RDAF 2017 II S. 284; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.4.4 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811).
2.4.3. Die von der Vorinstanz ebenfalls diskutierte modifizierte Dreieckstheorie ist hier unstreitig nicht einschlägig und braucht deshalb an dieser Stelle nicht weiter thematisiert zu werden (siehe dazu etwa Urteil 2C_177/2016 vom 30. Januar 2017 E. 5.2.2 in: RDAF 2017 II S. 284; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.4.3 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811).
2.5. Vorliegend hat C._ GmbH dem Beschwerdegegner diverse geldwerte Leistungen ausgerichtet. Erstellt ist ausserdem, dass der Beschwerdegegner einem der beiden Beteiligungsinhaber der C._ GmbH - nämlich seiner Schwester - nahestand. Weil überdies die Leistungen einem Drittvergleich nicht standhielten, sah sich die Vorinstanz zur Vermutung veranlasst, dass die Leistungen im Beteiligungsverhältnis der Schwester begründet gewesen waren. Demzufolge seien die Leistungen infolge Anwendung der Dreieckstheorie zunächst seiner Schwester als Beteiligungsinhaberin zuzurechnen. Dem Beschwerdegegner seien in der Folge aber gewisse Vermögenszuflüsse von der Schwester zuzurechnen, die er hätte deklarieren müssen.
2.5.1. Ihren Schluss aus dem Missverhältnis der Leistungen bzw. aus dem Fehlen einer Gegenleistung auf die Begründung der Leistungen der C._ GmbH im Beteiligungsverhältnis zur Schwester des Beschwerdegegners leitet die Vorinstanz nicht aus den konkreten Umständen des vorliegenden Falles ab. Vielmehr stützt sie sich dafür auf eine Literaturstelle (RETO HEUBERGER, Die Verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, S. 181 ff. und S. 215), welche sich wiederum auf die bereits erwähnte Praxis des Bundesgerichts bezieht (siehe oben E. 2.3; Urteil 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.5 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811). Damit verlässt sich die Vorinstanz auf einen Erfahrungssatz aus der allgemeinen Lebenserfahrung, dessen Anwendung das Bundesgericht frei überprüfen kann (BGE 140 I 285 E. 6.2.1 S. 296 f.; 140 III 115 E. 2 S. 117; 136 III 486 E. 5 S. 489).
2.5.2. Die allgemeine Tauglichkeit dieses Erfahrungssatzes wird im vorliegenden Fall von keiner Seite in Zweifel gezogen; sie braucht hier trotz gewisser Kritik in der Literatur (ROBERT DANON, in: Commentaire Romand, LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 209 zu Art. 57, 58 DBG) nicht weiter thematisiert zu werden. Da er als natürliche Vermutung aber jedenfalls nicht unwiderlegbar ist, darf dann nicht auf diesen Erfahrungssatz abgestellt werden, wenn die Tatsache, auf die geschlossen werden soll (Vermutungsfolge), bereits bewiesen bzw. widerlegt ist.
2.5.3. Dies ist hier der Fall: Wie die Vorinstanz und zuvor die Steuerrekurskommission unter Berufung auf das Strafurteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 10. Juni 2013 festgestellt haben, war der Beschwerdegegner der faktische Geschäftsführer der C._ GmbH und hat in dieser Funktion die fraglichen, vom Obergericht des Kantons Bern als verdeckte Gewinnausschüttungen bezeichneten Leistungen getätigt bzw. veranlasst. Diese Funktion erlaubte es ihm namentlich, die Rechnungen für die Reise ins Disneyland Paris und die Bang & Olufsen-Anlagen an C._ GmbH zu adressieren und von ihr bezahlen zu lassen. Was das geleaste Fahrzeug angeht, so hatten zwar die formellen Geschäftsführer und nicht der Beschwerdegegner den Leasingvertrag für C._ GmbH unterzeichnet. Mit der blossen Vertragsunterzeichnung hatte C._ GmbH allerdings noch niemandem eine geldwerte Leistung erbracht. Erst die anschliessende unentgeltliche Überlassung des Fahrzeugs zur privaten Nutzung an die Lebenspartnerin des Beschwerdegegners bedeutete einen geldwerten Vorteil. Urheber dieser unentgeltlichen Nutzungsüberlassung war wiederum der Beschwerdegegner als faktischer Geschäftsführer.
2.5.4. Die Schwester des Beschwerdegegners als Beteiligungsinhaberin und formelle Geschäftsführerin der C._ GmbH war sich gemäss den Feststellungen der Vorinstanz zwar darüber im Klaren, dass die Leistungen falsch verbucht waren, als sie die Jahresrechnung der C._ GmbH unterzeichnete. Deswegen ist auch sie vom Obergericht des Kantons Bern wegen Falschbeurkundung und Steuerbetrug verurteilt worden. Treibende Kraft hinter sämtlichen Leistungen war aber zweifellos der Beschwerdegegner, zumal er seine Schwester und den anderen Beteiligungsinhaber den Feststellungen der Vorinstanz zufolge als Strohleute eingesetzt hatte. Angesichts der Machtfülle, die der Beschwerdegegner dank seiner Stellung als faktisches Organ der C._ GmbH genoss, erscheint es deshalb für die Zurechnung der Leistungen als zweitrangig, dass zwischen ihm und seiner Schwester als Beteiligungsinhaberin gleichzeitig ein Nahestehendenverhältnis bestanden hat.
2.6. In der Begründung ihres Urteils setzt sich die Vorinstanz vertieft mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu geldwerten Leistungen an nahestehende Personen auseinander. Darauf ist näher einzugehen.
2.6.1. Die Vorinstanz kritisiert namentlich das Urteil 2A.315/1991, 2A.320/1991 vom 22. Oktober 1992 (in ASA 63 S. 145, StE 1993 B 24.4 Nr. 33, StR 50/1995 S. 542). Diese Kritik geht fehl. Gegenstand dieses Urteils war ein Steuerhinterziehungsverfahren gegen den Hauptaktionär einer Gesellschaft, bei welcher seine beiden Söhne als Arbeitnehmer bzw. Geschäftsführer beschäftigt waren. Vater und Söhne liessen sich von der Gesellschaft in erheblichem Umfang für Spesen entschädigen. Dabei hielt das Bundesgericht die Auffassung der Vorinstanz für vertretbar, dass die Leistungen der Gesellschaft an die Söhne nicht im Nahestehendenverhältnis zum Vater, sondern in ihrem Arbeitsverhältnis zur Gesellschaft begründet waren.
Entgegen der Vorinstanz und der von ihr zitierten Literaturstellen begründete das Bundesgericht sein Urteil jedoch nicht mit der verrechnungssteuerlichen Direktbegünstigungstheorie, welche die Qualifikation des Vermögenszugangs bei den Söhnen als Beteiligungsertrag zur Folge gehabt hätte. Vielmehr sah das Bundesgericht davon ab, den Vermögenszugang bei den Söhnen - z.B. als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit - abschliessend zu charakterisieren. Denn dies war für das Steuerstrafverfahren gegen den Vater irrelevant, solange diesem die Leistungen nicht im Dreieck als Beteiligungsertrag zugerechnet werden konnten (Urteil 2A.315/1991, 2A.320/1991 vom 22. Oktober 1992 E. 4.b) in ASA 63 S. 145, StE 1993 B 24.4 Nr. 33, StR 50/1995 S. 542).
2.6.2. Die Vorinstanz verweist weiter auf die Kritik in der Lehre, welche dieses Urteil und das damit zusammenhängende Urteil 2A.324/1991 vom 22. Oktober 1992 (in: ASA 63 S. 208, StE 1993 B 101.21 Nr. 12), welches das Steuerstrafverfahren gegen die betreffende Gesellschaft zum Gegenstand hatte, erfahren haben. Insbesondere bemängelten gewisse Autoren, dass es widersprüchlich sei, den Leistungsgrund beim Empfänger in dessen Arbeitsverhältnis zu sehen, gleichzeitig aber bei der Gesellschaft nicht von abzugsfähigem geschäftsmässig begründetem Lohnaufwand, sondern von einer verdeckten Gewinnausschüttung bzw. von geldwerten Leistungen an Dritte im Sinne von Art. 58 Abs. 1 lit. b letzter Spiegelstrich DBG auszugehen (BRÜLISAUER/ MÜHLEMANN, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, DBG, 3. Aufl. 2017, N. 326 zu Art. 58 DBG; THOMAS GEHRIG, Der Tatbestand der verdeckten Gewinnausschüttung an einen nahestehenden Dritten, 1998, S. 300 f.; RETO HEUBERGER, Die Verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, S. 219 f.; MARKUS NEUHAUS, Verdeckte Gewinnausschüttungen aus steuerlicher Sicht, in: Neuhaus und andere [Hrsg.], Verdeckte Gewinnausschüttungen, 1997, S. 28). Wie es sich damit im Allgemeinen verhält, braucht an dieser Stelle nicht entschieden zu werden. Immerhin sei darauf hingewiesen, dass das Bundesgericht im betreffenden Fall die Leistungen an die selbst nicht beteiligten Söhne des Hauptaktionärs bei der Gesellschaft gerade nicht als verdeckte Gewinnausschüttungen behandelte, sondern die Frage ihrer geschäftsmässigen Begründetheit ausdrücklich offenliess (Urteil 2A.324/1991 vom 22. Oktober 1992 E. 2.c) in: ASA 63 S. 208, StE 1993 B 101.21 Nr. 12).
2.6.3. Sodann beruft sich die Vorinstanz auf mehrere neuere Urteile, in welchen das Bundesgericht seine Praxis für Fälle wie den Vorliegenden zugunsten der Dreieckstheorie geändert haben soll (Urteile 2C_177/2016, 2C_178/2016 vom 30. Januar 2017 E. 5.4 in: RDAF 2017 II S. 284; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.4 und E. 3.4.2 in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16, StR 70/2015 S. 811; 2P.128/2003, 2A.235/2003 vom 13. August 2004 E. 5.3 in: StE 2004 B 24.4 Nr. 71; 2P.129/2003, 2A.236/2003 vom 13. August 2004 E. 5.3 in: StR 60/2005 S. 24). Ungeachtet der teilweise in diesen Urteilen am Urteil 2A.315/1991, 2A.320/1991 vom 22. Oktober 1992 (in ASA 63 S. 145) geäusserten Kritik ist zu konstatieren, dass keines davon eine mit jenem Urteil vergleichbare Situation zum Gegenstand hatte. In jedem dieser neueren Fälle war nämlich entweder direkt bewiesen oder nach der allgemeinen Lebenserfahrung zumindest zu vermuten, dass die fraglichen geldwerten Leistungen ihren Rechtsgrund im Beteiligungsverhältnis eines Anteilsinhabers hatten, der dem Leistungsempfänger nahestand. Damit kann diesen Urteilen von vornherein keine präjudizielle Wirkung für den hier zu beurteilenden Sachverhalt zukommen.
2.6.4. Zu unterscheiden ist der vorliegende Fall schliesslich von der Konstellation, die dem Urteil 2C_377/2014, 2C_378/2014 vom 26. Mai 2015 (in: RDAF 2015 II S. 294) zugrunde lag. Dort ging es um einen faktischen Geschäftsführer einer GmbH, der diese konkurrenzierte, wodurch ihr Gewinne entgingen. Alleinige Anteilsinhaber der GmbH waren der Vater und die Schwester des faktischen Geschäftsführers. Das Bundesgericht erkannte, dass den faktischen Geschäftsführer als Gesellschaftsorgan eine gesellschaftsrechtliche Treuepflicht und damit ein Konkurrenzverbot traf. In der Folge unterliess es die GmbH, vom faktischen Geschäftsführer die Herausgabe der Gewinne zu fordern. In diesem Verzicht lag eine geldwerte Leistung der GmbH, welche sie einem den Gesellschaftern fernstehenden Geschäftsführer nicht erbracht hätte. Deshalb konnte letztlich offenbleiben, ob die von ihm vereinnahmten Gewinne teilweise von vornherein der GmbH zugestanden hätten oder der Rückforderungsanspruch alleine in der Verletzung der Treuepflicht begründet war (Urteil 2C_377/2014, 2C_378/2014 vom 26. Mai 2015 E. 9.6 in: RDAF 2015 II S. 294; siehe auch Urteile 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 4.3, nicht publ. in: BGE 139 I 64, aber in: StE 2013 A 24.44.1 Nr. 3, StR 68/2013 S. 212; 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.3.2 in: StR 67/2012 S. 127; 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 3.1 in: StE 2010 B 72.13.22 Nr. 52, StR 64/2009 S. 915).
Anders als im vorliegenden Fall war die der GmbH aufgerechnete geldwerte Leistung alleine im Beteiligungsverhältnis des Vaters und der Schwester begründet, weswegen von einer verdeckten Gewinnausschüttung auszugehen war (Urteil 2C_377/2014, 2C_378/2014 vom 26. Mai 2015 E. 9.4.2 und E. 9.6 in: RDAF 2015 II S. 294; siehe auch ROBERT DANON, in: Commentaire Romand, LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 208 und N. 227 zu Art. 57, 58 DBG). Freilich ist die Aussagekraft dieses Urteils für den vorliegenden Fall nicht absolut, zumal es einzig die Gewinnsteuer der GmbH zum Gegenstand hatte und sich das Bundesgericht deshalb nicht zur einkommenssteuerlichen Behandlung der Einkünfte beim faktischen Geschäftsführer zu äussern brauchte, die dieser durch seine konkurrenzierende Tätigkeit erzielt hatte.
2.7. Für eine Zurechnung der Leistungen an die Schwester des Beschwerdegegners unter dem Titel der Dreieckstheorie bleibt nach dem Gesagten kein Raum. Aber auch die im Verrechnungssteuerrecht beheimatete Direktbegünstigungstheorie ist vorliegend nicht einschlägig. Unabhängig von der Frage, ob ihr im Einkommenssteuerrecht überhaupt noch ein eigener Anwendungsbereich zukommt (siehe dazu Urteil 2C_177/2016, 2C_178/2016 vom 30. Januar 2017 E. 5.4 in: RDAF 2017 II 284), würde nämlich auch diese Theorie voraussetzen, dass die geldwerten Leistungen der C._ GmbH durch ein Beteiligungsverhältnis motiviert waren und der resultierende Vermögenszugang deshalb objektiv betrachtet als Ertrag aus Beteiligungen im Sinne von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG zu charakterisieren ist. Daran fehlt es hier. Es sind überdies auch keine anderen Rechtsgrundlagen ersichtlich, aufgrund derer die fraglichen Leistungen den Beteiligungsinhabern und nicht unmittelbar dem Beschwerdegegner zugerechnet werden könnten.
2.8. Somit sind die Leistungen der C._ GmbH einkommenssteuerlich direkt beim Beschwerdegegner zu erfassen, bei dem sie zu einem Vermögenszugang geführt haben. Ob sich der Beschwerdegegner die Leistungen als Erwerbseinkommen nach Art. 17 ff. DBG oder aus anderen Gründen als Einkommen anzurechnen lassen hat, spielt für das Steuerhinterziehungsverfahren keine Rolle, solange nur ihre Steuerbarkeit erstellt ist. Dies ist der Fall, zumal die Leistungen beim Beschwerdegegner einen Reinvermögenszugang bewirkt haben und damit jedenfalls als Einkünfte im Sinne der Generalklausel von Art. 16 Abs. 1 DBG erscheinen, keinen steuerfreien Kapitalgewinn nach Art. 16 Abs. 3 DBG darstellen und keinen der Ausnahmetatbestände in Art. 24 DBG erfüllen (BGE 140 II 353 E. 2 S. 355 mit Hinweisen). Insbesondere ist mangels Schenkungsabsicht seitens der gewinnstrebigen C._ GmbH nicht davon auszugehen, dass sie die Leistungen dem Beschwerdegegner geschenkt hat (Art. 24 lit. a DBG; siehe Urteile 2C_224/2008 vom 1. April 2009 E. 2.2 in: StE 2009 B 28 Nr. 8; 2C_120/2008, 2C_121/2008 vom 13. August 2008 E. 2.3 in: StE 2009 B 21.1 Nr. 18; 2A.668/2004 vom 22. April 2005 E. 3.3 in ASA 76 S 675, StE 2006 B 26.25 Nr. 2; StR 60/2005 S. 676).
2.9. Das Gesagte gilt im Übrigen gleichermassen für jene unter den Leistungen der C._ GmbH, die letztlich nicht der Beschwerdegegner, sondern seine damalige Lebenspartnerin konsumierte bzw. nutzte (eine der beiden Bang & Olufsen-Anlagen, ein Teil der Reise ins Disneyland Paris und das geleaste Fahrzeug). Wie die übrigen Leistungen sind sie auf die Stellung des Beschwerdegegners als faktisches Organ zurückzuführen. Diese Funktion hat er missbraucht, um seiner Lebenspartnerin Zuwendungen machen zu können. Dabei spielt es für die steuerliche Zurechnung keine Rolle, ob er sich diese Zuwendungen zunächst physisch selbst hat ausrichten lassen, um sie eigenhändig weiterzuleiten, oder er C._ GmbH im Sinne einer Anweisung (Art. 466 OR) zur direkten Ausrichtung an seine damalige Lebenspartnerin angehalten hat.
2.10. Somit erweist sich, dass die Veranlagung der direkten Bundessteuer beim Beschwerdegegner im Steuerjahr 2005 um den Geldwert der von C._ GmbH bezogenen Leistungen zu tief ausgefallen und eine Steuerverkürzung eingetreten ist. Dadurch wurde der Erfolg einer vollendeten Steuerhinterziehung nach Art. 175 Abs. 1 DBG verwirklicht.
3.
3.1. Der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung nach Art. 175 Abs. 1 DBG setzt weiter voraus, dass der Steuerpflichtige die Steuerverkürzung durch sein Verhalten bewirkt hat. Mithin muss zwischen dem Verhalten des Steuerpflichtigen und der Steuerverkürzung ein Kausalzusammenhang bestanden haben (Urteile 2C_11/2018 vom 10. Dezember 2018 E. 10.1; 2C_1018/2015 vom 2. November 2017 E. 9.2 m.w.H. in: ASA 86 S. 407, StR 73/2018 S. 255, RDAF 2017 II S. 630). Bestand das Verhalten in einem aktiven Tun, muss es einerseits "conditio sine qua non" für den Taterfolg gewesen sein (sog. natürliche Kausalität; BGE 125 IV 195 E. 2.b S. 197; 122 IV 17 E. 2.c) aa) S. 23 139 V 176 E. 8.4.1; zum Begriff ausserhalb des Strafrechts: BGE 139 V 176 E. 8.4.1 S. 189 f.; 133 III 462 E. 4.4.2 S. 470 m.w.H.). Andererseits muss das Verhalten nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung geeignet gewesen sein, den eingetretenen Erfolg zu bewirken, sodass der Eintritt dieses Erfolgs als durch die fragliche Bedingung wesentlich begünstigt erscheint (sog. Adäquanz; BGE 131 IV 145 E. 5.1 S. 147; 120 IV 300 E. 3.e S. 311 f.; zum Begriff ausserhalb des Strafrechts: BGE 143 III 242 E. 3.7 S. 249 f.; 142 III 433 E. 4.5 S. 438 m.w.H.).
3.2. Der Beschwerdegegner hat mit der falschen Verbuchung der Leistungen bei C._ GmbH und der anschliessenden unvollständigen Deklaration seines Einkommens in seiner Steuererklärung für das Steuerjahr 2005 Ursachen gesetzt, die nicht weggedacht werden können, ohne dass auch die Einkommenssteuerverkürzung entfiele. Überdies war dieses Verhalten nach der allgemeinen Lebenserfahrung und dem gewöhnlichen Lauf der Dinge ohne Weiteres geeignet, eine Einkommenssteuerverkürzung in der Art der Eingetretenen herbeizuführen. Zwischen dem Verhalten des Beschwerdegegners und der Steuerverkürzung bestand somit ein adäquater Kausalzusammenhang.
4.
4.1. Den subjektiven Tatbestand der Steuerhinterziehung nach Art. 175 Abs. 1 DBG erfüllt, wem Vorsatz oder Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist. Die Begriffe des Vorsatzes und der Fahrlässigkeit in Art. 175 Abs. 1 DBG entsprechen jenen des Strafgesetzbuches in Art. 12 Abs. 2 und Abs. 3 StGB, die in Verbindung mit Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB auch für Übertretungen des Nebenstrafrechts Anwendung finden (Urteil 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.3 in: StR 67/2012 S. 759; spezifisch zur Fahrlässigkeit siehe BGE 135 II 86 E. 4.3 S. 91). Nach Art. 12 Abs. 2 StGB handelt vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt, wobei es genügt, wenn er die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (sog. Eventualvorsatz; BGE 138 V 74 E. 8.2 S. 83; 137 IV 1 E. 4.2.3 S. 4; 133 IV 222 E. 5.3 S. 225).
4.2. Die Beschwerdeführerin hat in ihrer Einspracheverfügung vom 4. September 2015 festgestellt, dass sich der Beschwerdegegner die Leistungen als faktischer Geschäftsführer wissentlich und willentlich ausrichtete, sie in der Folge bei C._ GmbH falsch verbuchte und sie in seiner persönlichen Steuererklärung für das Steuerjahr 2005 nicht deklarierte, obschon er ihre Steuerbarkeit und die deshalb drohende Verkürzung der von ihm geschuldeten Einkommenssteuern erkannt hatte. Für diese Feststellungen stützte sie sich im Wesentlichen auf das Strafurteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 10. Juni 2013, in welchem der Beschwerdegegner wegen Falschbeurkundung und Steuerbetrug verurteilt worden war.
4.3. Vom dergestalt festgestellten Sachverhalt sind die nachfolgenden Instanzen nicht abgewichen, auch wenn sie den objektiven Tatbestand und namentlich die Steuerbarkeit der bezogenen Leistungen rechtlich teilweise anders beurteilt haben. Insbesondere hat sich auch die Vorinstanz wesentlich auf die Feststellungen im Strafurteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 10. Juni 2013 gestützt. Es hat deshalb für das Bundesgericht als verbindlich festgestellt zu gelten, dass der Beschwerdegegner um sämtliche der objektiven Tatbestandsmerkmale gewusst und deren Verwirklichung gewollt hat. Da dem Beschwerdegegner deshalb Vorsatz vorzuwerfen ist, hat er auch die Merkmale des subjektiven Tatbestands der Steuerhinterziehung gemäss Art. 175 Abs. 1 DBG erfüllt.
5.
5.1. Die vollendete Steuerhinterziehung wird nach Art. 175 Abs. 1 DBG mit Busse bestraft. Nach Art. 175 Abs. 2 DBG beträgt die Busse im Regelfall das Einfache der hinterzogenen Steuer, kann bei leichtem Verschulden aber bis auf einen Drittel ermässigt und bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
5.2. Ausgehend vom Regelstrafmass (Bussenfaktor 1) hat die Beschwerdeführerin den Bussenfaktor auf 1.2 festgelegt. Sie hat dabei strafschärfend berücksichtigt, dass der Beschwerdegegner ein ausgeklügeltes System zur Erlangung von Steuervorteilen verwendet hat, indem er C._ GmbH private Aufwendungen belastet und Strohleute eingesetzt hat, um finanzielle Vorteile (insbesondere Steuervorteile) zu erlangen. Die Verurteilung des Beschwerdegegners wegen Urkundenfälschung und Steuerbetrug aufgrund desselben Sachverhalts hat sich in der Beurteilung der Beschwerdeführerin strafmildernd ausgewirkt. Der psychischen Belastung, der sich der Beschwerdegegner wegen des Verfahrens ausgesetzt sah, und den hohen Unterhaltszahlungen zugunsten seiner Kinder und Ex-Frauen trug die Beschwerdeführerin Rechnung, indem sie den Bussenfaktor um 0.1 auf schliesslich 1.2 reduzierte.
5.3. Ist den beurteilenden Behörden bei der Strafzumessung lediglich ein Strafrahmen gesetzt und verbleibt ihnen deshalb erhebliches Rechtsfolgeermessen, greift das Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (Urteil 6B_559/2018 vom 26. Oktober 2018 E. 1.2, zur Publikation vorgesehen; BGE 134 IV 17 E. 2.1 S. 20; Urteil 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 1.5 in: StR 67/2012 S. 759). Diese Rechtsprechung ist aufgrund von Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB auch für Übertretungen des Nebenstrafrechts zu beachten, soweit das Nebenstrafrecht keine widersprechenden Bestimmungen aufstellt.
5.4. Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) und des Bundesgerichts verletzt es die EMRK nicht, wenn Verwaltungsbehörden strafrechtliche Sanktionen aussprechen, solange gegen solche Entscheide ein gerichtliches Rechtsmittelverfahren offensteht, das den Anforderungen von Art. 6 EMRK gerecht wird (Urteil des EGMR Menarini Diagnostics S.R.L. gegen Italien vom 27. September 2011 § 59; BGE 139 I 72 E. 4.4 S. 81 f.). Das bedeutet insbesondere, dass dem überprüfenden Gericht sowohl in tatsächlicher als auch rechtlicher Hinsicht volle Kognition zukommen muss (BGE 139 I 72 E. 4.5 S. 82). Das schliesst zwar nicht aus, dass sich das überprüfende Gericht in Bereichen des Sachverständigenermessens - vor allem in besonderen Rechtsgebieten - eine gewisse Zurückhaltung auferlegt (Urteil des EGMR Sigma Radio Television Ltd gegen Zypern vom 21. Juli 2011 § 153; BGE 139 I 72 E. 4.5 S. 83). Die Strafzumessung im Rahmen einer Verurteilung wegen vollendeter Steuerhinterziehung stellt jedoch keine Rechtsfrage dar, in der der Verwaltungsbehörde gegenüber den Gerichtsbehörden eine überlegene Fachkenntnis zukommt, sodass sich das überprüfende Gericht nicht zurückzuhalten hat.
5.5. Da die beiden mit dem Fall befassten kantonalen gerichtlichen Instanzen die Strafzumessung in ihren Urteilen nicht thematisiert haben, ist es nach Art. 6 EMRK am Bundesgericht, die Strafzumessung uneingeschränkt zu prüfen.
5.6. Die Beschwerdeführerin hat eingehend begründet, weshalb sie die Strafschärfung über das Regelstrafmass hinaus für angezeigt hält. Sie ist dabei vom Regelstrafmass (Bussenfaktor 1.0) gemäss Art. 175 Abs. 2 DBG ausgegangen. Das ausgeklügelte System der Verbuchung privater Aufwendungen bei der C._ GmbH unter Zuhilfenahme von Strohleuten haben sie dazu bewogen, die Strafe zu schärfen. Strafmildernd hat sie berücksichtigt, dass der Beschwerdegegner bereits wegen Urkundenfälschung und Steuerbetrug verurteilt worden war. Auch die hohen Unterhaltszahlungen, die der Beschwerdegegner an seine Kinder und Ex-Frauen leisten musste, sowie die psychische Belastung durch das Verfahren fielen strafmildernd ins Gewicht. Auf Basis dieser Elemente hielt die Beschwerdeführerin einen Bussenfaktor von 1.2 für angemessen.
5.7. Die Überlegungen der Steuerverwaltung sind stringent und nachvollziehbar. Insbesondere sind keine weiteren Sachverhaltselemente ersichtlich, die strafmildernd hätten berücksichtigt werden können. Die von der Beschwerdeführerin vorgenommene Strafschärfung ist nicht zu beanstanden, sodass die Strafzumessung einer uneingeschränkten gerichtlichen Überprüfung standhält.
6.
6.1. Nach dem Gesagten erweist sich das angefochtene Urteil der Vorinstanz als bundesrechtswidrig, soweit sie darin erkannt hat, dass die von C._ GmbH im Steuerjahr 2005 ausgerichteten Leistungen beim Beschwerdegegner nicht der direkten Bundessteuer unterstanden und dem Beschwerdegegner deshalb keine Steuerhinterziehung vorzuwerfen ist.
6.2. Die Einspracheverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 4. September 2016 rechnete dem Beschwerdegegner die Leistungen der C._ GmbH zwar fälschlicherweise als Beteiligungsertrag auf. Sie ist im Resultat aber dennoch im Sinne der vorstehenden Erwägungen zu bestätigen, soweit sie die Busse wegen Hinterziehung der direkten Bundessteuer betrifft.
Kantonale und kommunale Steuern
7.
7.1. Nach Art. 7 Abs. 1 StHG unterliegt Ertrag aus Beteiligungen beim Beteiligungsinhaber der Einkommenssteuer. Sind Einkünfte einer natürlichen Person aus Leistungen einer Gesellschaft nicht auf ein Beteiligungsverhältnis dieser Person oder eines ihr nahestehenden Beteiligungsinhabers zurückzuführen, lässt es Art. 7 Abs. 1 StHG ebenso wenig wie Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG zu, sie im Dreieck zunächst dem Beteiligungsinhaber zuzurechnen. Vielmehr sind sie auch im Bereich der harmonisierten kantonalen Einkommenssteuern direkt als Einkommen beim Leistungsempfänger zu erfassen, soweit sie bei diesem zu einem Reinvermögenszugang geführt haben und keine der Ausnahmen in Art. 7 Abs. 4 StHG gegeben ist.
7.2. Im Übrigen entspricht der Tatbestand der Steuerhinterziehung, wie ihn das Steuerharmonisierungsgesetz in Art. 56 Abs. 1 StHG den kantonalen Gesetzgebern vorschreibt, im Wesentlichen der Bestimmung von Art. 175 Abs. 1 DBG. Da sich die Rechtslage nach Steuerharmonisierungsgesetz somit mit jener bei der direkten Bundessteuer deckt, kann insoweit auf die vorstehenden Ausführungen verwiesen werden.
7.3. Gilt von Harmonisierungsrechts wegen dasselbe wie bei der direkten Bundessteuer, erübrigt sich eine Prüfung, ob das Urteil der Vorinstanz allenfalls mit kantonalem Recht im Einklang steht. Insoweit würde das harmonisierungsrechtswidrige kantonale Recht nämlich nach Art. 72 Abs. 2 StHG vom Steuerharmonisierungsgesetz durchbrochen.
8.
8.1. Damit verletzt das Urteil der Vorinstanz auch das harmonisierte Recht der kantonalen Einkommenssteuern, soweit sie darin erkannt hat, dass die von C._ GmbH im Steuerjahr 2005 ausgerichteten Leistungen beim Beschwerdegegner nicht den kantonalen und kommunalen Einkommenssteuern unterstanden und dem Beschwerdegegner deshalb keine Steuerhinterziehung vorzuwerfen ist.
8.2. Die Einspracheverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 4. September 2016 rechnete dem Beschwerdegegner die Leistungen der C._ GmbH zwar fälschlicherweise als Beteiligungsertrag auf. Sie ist im Resultat aber dennoch im Sinne der vorstehenden Erwägungen zu bestätigen, soweit sie die Busse wegen Hinterziehung der kantonalen und kommunalen Einkommenssteuern betrifft.
Prozessuale Rügen, Kosten und Entschädigung
9.
9.1. Die Beschwerde erweist sich als begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Einspracheverfügung vom 4. September 2015 ist zu bestätigen, soweit sie das Steuerhinterziehungsverfahren betreffend die direkte Bundessteuer und kantonalen Steuern betrifft. Die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, welche die Beschwerdeführerin neben ihren Vorbringen zum materiellen Recht geltend macht, braucht bei diesem Verfahrensausgang nicht mehr geprüft zu werden.
9.2. Die Kosten sind nach dem Unterliegerprinzip dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin vertritt den Kanton Bern; ihr ist nach Art. 68 Abs. 3 BGG keine Entschädigung zuzusprechen. Die Vorinstanz wird die Kosten des kantonalen Verfahrens im gleichen Sinne zu verlegen haben (Art. 67 BGG e contrario).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 23. März 2017 wird aufgehoben. Die Einspracheverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 4. September 2015 wird bestätigt, soweit sie die Bussen wegen Hinterziehung der direkten Bundessteuer und der kantonalen und kommunalen Einkommenssteuern betrifft.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens wird die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Seiler