Faits :
A.
Le 9 février 2019, B._ (propriétaire) et A._ Sàrl (promettante-acquéreuse et constructrice) ont mis à l'enquête publique deux projets de construction, sur les parcelles n° 1017 et 1030 de la commune d'Echichens dans le village de Colombier, de part et d'autre de la place Henri-de-Colombier. Le premier prévoit la transformation du bâtiment rural ECA n° 1054 sur la parcelle n° 1017 (future parcelle n° 3709) et la construction de cinq logements avec dix places de stationnement sur la parcelle n° 1030; le second porte sur la démolition, sur la parcelle n° 1030, du bâtiment ECA n° 1186 et la transformation du bâtiment ECA n° 1057 pour y créer dix logements, seize places de parc en souterrain (dont cinq pour le premier projet) et dix-sept places extérieures (dont cinq pour le premier projet). Le projet a fait l'objet de deux préavis négatifs de la Direction générale des immeubles et du patrimoine, Division monuments et sites (DGIP-MS). Celle-ci relevait que le village de Colombier figurait à l'Inventaire des sites à protéger en Suisse (ISOS) et que le bâtiment ECA n° 1054 avait obtenu la note 3 (importance locale, méritant d'être conservé) au recensement architectural. Le projet de transformation était particulièrement lourd et destructeur; les structures intérieures et les façades (notamment les percements) n'étaient pas respectées. Le bâtiment ECA n° 1057 avait reçu la note 4 (bien intégré) au recensement, et la fontaine de 1899 avait été notée 3. Le projet portait atteinte à l'identité du bâtiment et au site.
Le projet a fait l'objet de l'opposition de la part de Patrimoine Suisse Vaud, ainsi que de divers voisins, lesquels ont par la suite retiré leurs oppositions. Par décisions du 30 juillet 2019, la Municipalité d'Echichens a levé les oppositions et délivré les permis de construire requis: le règlement communal autorisait la transformation des ruraux en habitations et l'état de vétusté des bâtiments justifiait leur transformation. Bien que lourds, les travaux étaient nécessaires afin de respecter les exigences actuelles en matière de logements. Le projet s'intégrait convenablement dans le secteur.
B.
Patrimoine suisse et Patrimoine suisse Vaud (ci-après: les associations) ont recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la CDAP).
Par arrêt du 7 juillet 2020, après avoir procédé à une coordination de jurisprudence auprès des juges de la section, la CDAP a déclaré le recours irrecevable, changeant ainsi la pratique suivie jusque-là. A défaut de tâche fédérale, les recourantes ne pouvaient fonder leur qualité pour recourir sur l'art. 12 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN, RS 451). Les immeubles concernés étaient recensés en notes 3 et 4 du recensement architectural et n'étaient ni classés ni portés à l'inventaire; ils ne bénéficiaient pas de la protection instaurée par la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS, RS/VD 451.11), et la DGIP-MS n'avait pas pris de mesure conservatoire ou recouru contre l'octroi des autorisations de construire. En l'absence de mesure de protection particulière fondée sur cette loi, les recourantes ne pouvaient se prévaloir de l'art. 90 LPNMS.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Patrimoine Suisse Vaud et Patrimoine Suisse demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que leur recours est recevable, l'instruction de la cause étant reprise sur le fond; subsidiairement, ces associations concluent au renvoi de la cause à la CDAP afin que celle-ci statue sur la légalité des permis de construire. Elles demandent l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 2 octobre 2020.
La cour cantonale se réfère à son arrêt. La Municipalité d'Echichens conclut au rejet du recours. La DGIP s'est déterminée dans le sens de l'admission du recours en relevant notamment que si le département cantonal concerné avait su que la qualité pour agir serait déniée aux associations recourantes, elle aurait elle-même recouru. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de la culture (OFC) considère sur le fond (et pour le cas où l'affaire serait renvoyée à la DCAP afin qu'elle statue sur le fond) que les dispositions cantonales de préservation des bâtiments et les recommandations de l'ISOS auraient été ignorées lors de la délivrance des permis de construire. La Municipalité d'Echichens, puis les recourantes, ont ensuite persisté par deux fois dans leurs conclusions respectives. Les intimées A._ Sàrl et B._ ne se sont pas déterminées.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un arrêt d'irrecevabilité rendu en dernière instance cantonale dans le cadre d'une contestation portant au fond sur l'octroi de deux permis de construire, le recours est recevable comme recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF.
Les associations recourantes peuvent se prévaloir d'un intérêt digne de protection à recourir contre un arrêt qui leur dénie la qualité pour agir (cf. ATF 129 II 297 consid. 2.3; 124 II 124 consid. 1b). Elles ont donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur la question de la recevabilité du recours au niveau cantonal.
2.
Les recourantes se plaignent principalement d'un déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.) et d'une application arbitraire de l'art. 90 LPNMS. Elles estiment que la nouvelle jurisprudence instaurée par l'arrêt attaqué aurait pour effet de priver les associations de protection du patrimoine de leur droit de recourir en limitant ce droit aux cas de classements, de mises à l'inventaire ou de mesures conservatoires, et en l'excluant comme en l'espèce lorsqu'il s'agit d'objets soumis à la protection générale de la LPNMS.
2.1. Les recourantes invoquent aussi l'art. 12 LPN en relevant que Colombier figure à l'ISOS et en soutenant que la reprise de l'objectif de protection de l'inventaire fédéral constituerait une tâche fédérale. L'habilitation prévue par l'art. 12 al. 1 LPN concerne exclusivement le recours contre des décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN; l'art. 12 LPN est en effet inclus dans le chapitre premier de cette loi, intitulé "Protection de la nature et du paysage lors de l'accomplissement de tâches de la Confédération" (ATF 138 II 281 consid. 4.4; 121 II 190 consid. 2c; 120 Ib 27 consid. 2c). Comme le relève la jurisprudence, en dehors d'exceptions qui ne sont pas réalisées ici (cf. arrêt 1C_700/ 2013 du 11 mars 2014 consid. 2.2), l'octroi par une autorité communale d'une autorisation de construire en zone à bâtir ne relève pas d'une tâche de la Confédération quand bien même le projet devrait prendre place dans un site inscrit à l'ISOS (ATF 135 II 209 consid. 2.1). C'est dès lors à juste titre que la cour cantonale a examiné la qualité pour agir des recourantes exclusivement sous l'angle du droit cantonal.
2.2. Sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal ou communal ne constitue pas un motif de recours. Il est néanmoins possible de faire valoir que l'application des dispositions cantonales ou communales consacre une violation d'une norme de droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, telle que l'art. 9 Cst. garantissant la protection contre l'arbitraire (ATF 138 V 67 consid. 2.2; 134 II 349 consid. 3. Appelé à revoir l'application faite d'une norme cantonale ou communale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 145 II 32 consid. 5.1; 145 I 108 consid. 4.4.1).
Les recourantes font certes valoir être ici victimes d'un déni de justice au sens de l'art. 29 al. 1 Cst. Cependant, la question de savoir si une partie est dotée ou privée de la qualité pour recourir dépend du droit de procédure pertinent. Il n'est pas contesté que la matière est en l'occurrence régie exclusivement par le droit cantonal de procédure. Pour ce motif, le grief de violation de l'art. 29 al. 1 Cst. n'a, pour l'issue du présent litige, pas de portée propre par rapport au grief d'arbitraire.
2.3. Selon l'art. 75 al. 1 let. b de la loi vaudoise sur la procédure administrative (LPA-VD, RS/VD 173.36), outre les personnes atteintes par la décision attaquée (let. a), a également qualité pour agir toute autre personne ou autorité qu'une loi autorise à recourir. Tel est notamment le cas des associations d'importance cantonale qui, aux termes de leurs statuts, se vouent à la protection de la nature, des monuments et des sites pour recourir contre les décisions prises en application de la LPNMS et susceptibles de recours (art. 90 LPNMS).
Comme le relève l'arrêt attaqué, la LPNMS instaure une protection générale notamment des objets immobiliers méritant d'être sauvegardés (art. 4 et 46 LPNMS). Les mesures de protection instituées par la loi sont la mise à l'inventaire (art. 49), le classement (art. 52) ou les mesures conservatoires en faveur d'objets répondant aux critères de l'art. 46 al. 1 LPNMS et que l'on aurait omis de mettre à l'inventaire. Dans ce cadre, le recensement architectural instauré à l'art. 30 du règlement d'application de la LPNMS (RLPNMS, RS/VD 450.11.1) sert à mettre en évidence les bâtiments dignes d'intérêt de manière à permettre à l'autorité de prendre les mesures de protection prévues par la loi (Etat de Vaud, Département des travaux publics de l'aménagement et des transports, Recensement architectural du canton de Vaud, mai 2002. Les bâtiments sont classés par le Département selon la notation suivante: 1: monument d'importance nationale; 2: monument d'importance régionale; 3: objet intéressant au niveau local; 4: objet bien intégré; 5: objet présentant des qualités et des défauts; 6: objet sans intérêt; 7: objet altérant le site. Selon la pratique cantonale, seuls les objets notés 1 et 2 sont inscrits à l'inventaire. Les objets notés 3 ne le sont pas systématiquement; ils méritent d'être conservés mais peuvent subir des modifications pour autant qu'elles n'altèrent pas leurs qualités spécifiques (arrêt AC.2009.0209 du 26 mai 2010 consid. 2).
2.4. Dans sa jurisprudence relative à l'art. 90 LPNMS valant jusqu'à l'arrêt attaqué, la cour cantonale considérait qu'étaient prises en application de la LPNMS les décisions sur les plans d'affectation ou les autorisations de construire "qui doivent tenir compte des impératifs de protection résultant de cette législation" (AC.2009.0001 du 26 février 2010, et les autres arrêts cités par PFEIFFER, La qualité pour recourir en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement, thèse Lausanne 2013, p. 233 ss; voir également les arrêts cités par Wiedler, La protection du patrimoine bâti, thèse Lausanne 2019, p. 333; cf. en dernier lieu, AC.2018.0042 du 21 février 2019). Il en allait ainsi de toutes les décisions touchant un objet méritant d'être protégé ou classé. Une association vouée à la protection de la nature, des monuments et des sites pouvait donc recourir contre une autorisation de démolir un objet lorsqu'elle considérait que celui-ci devait être conservé en raison de son intérêt architectural, en particulier à l'égard des bâtiments ayant reçu la note 3 au recensement architectural, considérant que cette note était attribuée aux bâtiments méritant d'être conservés et placés sous la protection générale de l'art. 46 LPNMS (PFEIFFER, op. cit., p. 234 note 1097; Wiedler, op. cit., p. 333 note 1628).
A son considérant 2c, l'arrêt attaqué part désormais du principe qu'un objet qui n'est ni classé ni porté à l'inventaire et pour lequel le Département a renoncé à prendre des mesures conservatoires n'est pas protégé par la LPNMS. En conséquence, à suivre les juges cantonaux, la protection générale du patrimoine bâti instituée par l'art. 46 LPNMS "n'a pas de portée juridique" et les objets qui présentent uniquement une telle protection n'entrent en principe pas dans la catégorie de ceux qui "méritent d'être conservés". Ainsi, en présence d'immeubles ayant obtenu des notes 3 et 4 selon le recensement, ne figurant pas à l'inventaire et n'ayant pas fait l'objet de mesures conservatoires en application de l'art. 47 LPNMS, "aucune décision n'a été prise en application de la LPNMS". De l'avis des juges cantonaux, dans une telle situation, "il n'y a pas d'application stricto sensu de la LPNMS", ce qui exclut d'ouvrir le recours idéal prévu à l'art. 90 LPNMS.
2.5. La jurisprudence instituée par l'arrêt attaqué se heurte de manière flagrante au texte et au but des dispositions de procédure applicables.
Au niveau légal, la combinaison des art. 75 al. 1 let. b LPA-VD et 90 LPNMS confère un droit de recours aux associations d'importance cantonale vouées à la protection de la nature, des monuments et des sites contre les décisions fondées sur la LPNMS. Ces textes ne prévoient aucune limitation du droit de recours à certains types particuliers de décisions. Ils ne mentionnent notamment pas la distinction, prévue par le législateur vaudois pour les monuments historiques et les antiquités, entre protection générale (art. 46 LPNMS) et protection spéciale (art. 49 et 52 LPNMS); ils ne renvoient pas non plus à une classification - au demeurant de niveau réglementaire - des objets entrant en considération. A lire les règles de procédure rappelées ci-dessus, le droit de recours des associations est ouvert contre toutes les décisions portant sur des objets qui présentent un intérêt archéologique, historique, scientifique ou éducatif (art. 46 al. 1 LPNMS).
A cette interprétation littérale et systématique, s'ajoute un argument historique. Lorsqu'il a conçu la LPNMS, adoptée le 10 décembre 1969, le législateur vaudois s'est référé à la LPN du 1er juillet 1966. Il a notamment précisé que la loi cantonale, à l'instar de la loi fédérale, reconnaissait la qualité pour recourir aux associations pour la protection de la nature et des sites ou pour la conservation des monuments historiques et des antiquités (Bulletin du Grand Conseil vaudois, séance du 2 décembre 1969, p. 788). Or l'art. 12 LPN ouvre le recours contre toutes les décisions des autorités cantonales et fédérales, que celles-ci portent sur des objets d'importance nationale, régionale ou locale (art. 4 LPN).
2.6. En l'espèce, l'un des objets destinés à être démolis a été placé selon le recensement cantonal en note 3, c'est-à-dire considéré comme intéressant au niveau local et digne d'une certaine protection. Un tel objet n'est certes ni porté à l'inventaire (art. 49 LPNMS), ni classé (art. 52 LPNMS). Il n'en présente pas moins un intérêt patrimonial au sens de l'art. 46 LPNMS, ce qui lui confère une protection générale au sens de la loi. En considérant qu'une telle protection ne suffisait pas pour ouvrir le droit de recours à la recourante, la cour cantonale s'est écartée de manière choquante du texte de l'art. 90 LPNMS. Or, ce texte ne procède comme on l'a vu à aucune distinction entre protection générale et protection spéciale et ne fait pas non plus référence à un recensement des objets dignes de protection.
Lorsqu'elle restreint désormais la portée du droit de recours aux seuls objets classés ou portés à l'inventaire, la cour cantonale parvient à un résultat insoutenable au vu du but du recours idéal, tel qu'il est prévu à l'art. 90 LPNMS et tel qu'il a été inspiré par l'art. 12 LPN. En affirmant que la décision de démolir un bâtiment "digne d'une certaine protection" n'est pas prise en application de la LPNMS, la cour cantonale procède par un raccourci choquant. De même, exclure tout recours des associations de protection du patrimoine lorsqu'une décision porte sur le maintien - ou la destruction - d'objets "méritant d'être sauvegardés" (art. 4 et 46 LPNMS) revient à nier de manière complète et sans motifs objectifs la fonction du recours idéal prévu généralement dans ces domaines. Enfin, prétendre que la protection générale prévue par la loi n'a pas de portée juridique fait fi de façon manifeste et grossière du but essentiel de la LPNMS. On ne conçoit en effet pas raisonnablement que le législateur cantonal ait adopté des dispositions légales qui n'auraient pas de portée juridique. S'il a prévu un système de protection générale et introduit, pour s'assurer de la correcte application de la loi, un recours idéal des associations, en particulier de celles de protection du patrimoine bâti, la solution de l'arrêt attaqué apparaît en contradiction manifeste avec ce programme législatif.
Par conséquent, l'arrêt querellé qui dénie aux recourantes la qualité pour recourir contre une décision de démolir un bâtiment ayant obtenu la note 3 au recensement architectural est arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat.
3.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, sans qu'il y ait à examiner les griefs relatifs aux art. 8 et 9 Cst. (conditions d'un changement de jurisprudence) et à l'art. 30 Cst. (composition de la cour appelé à statuer). L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour examen du fond.
Les recourantes, qui ont agi par l'entremise d'un avocat, ont droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF). Les intimés A._ Sàrl et B._ n'ont pas procédé. En outre, le recours a son origine dans un changement de jurisprudence opéré à tort par la cour cantonale. Il y a lieu par conséquent de mettre les dépens allouées aux recourantes à la charge du canton de Vaud. Il n'est en revanche pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision au sens des considérants.
2.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée aux recourantes, à la charge du canton de Vaud.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au mandataire de la Municipalité d'Echichens, à la Direction générale des immeubles et du patrimoine du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de la culture.
Lausanne, le 22 mars 2022
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Kurz