Faits :
A.
A._, née en 1977, travaillait en qualité d'assistante technique et administrative auprès de B._ SA depuis le 5 janvier 2015 à U._ et était assurée à ce titre contre le risque d'accidents auprès de Helvetia Compagnie d'assurances SA (ci-après: Helvetia). Le 9 mars 2016, l'assurée a été victime d'un accident de la voie publique. Alors qu'elle était à l'arrêt sur une route, un véhicule sortant en marche arrière d'un parking a percuté l'avant de son véhicule. Le jour même de l'accident, l'assurée a consulté la doctoresse C._, spécialiste en médecine générale et médecine du sport, laquelle a posé le diagnostic d'entorse cervicale nécessitant le port d'une minerve et de contusions dorsale et des genoux. L'assurée a pu reprendre son travail à temps complet le 21 mars 2016 (cf. certificat du 9 mars 2016 et rapport initial LAA du 25 mars 2016).
En raison de douleurs hémifaciales gauches constantes, maxillaires et sous-mandibulaires, une IRM cervicale a été effectuée le 16 juin 2016 et le médecin radiologue a conclu à la perte de la lordose cervicale physiologique avec rectitude rachidienne ainsi que de discrets pincements intersomatiques étagés du rachis cervical. Une IRM cérébrale et du massif facial effectuée le 17 juin 2016 n'a pas permis de déceler d'anomalie, hormis une discrète asymétrie de signal en regard du faisceau pyramidal gauche, aspécifique, à recontrôler par prudence 3 à 6 mois plus tard par une nouvelle IRM cérébrale (cf. rapports du 21 juin 2016 de la clinique D._). Les 7 et 14 juillet 2016, A._ a consulté le docteur E._, spécialiste en rhumatologie et médecine interne, lequel a fait état de cervicalgies post-traumatiques ainsi que d'un état de stress avec surmenage professionnel. L'évolution du cas était marquée par la persistance d'une contracture paravertébrale. L'incapacité de travail était totale (cf. rapports intermédiaires du 20 août 2016). L'assurée a été adressée au docteur F._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, qui l'a examinée pour la première fois le 19 juillet 2016. Les diagnostics étaient alors ceux de trouble dépressif récurrent, épisode actuel moyen (F 33.1) et burn-out, évoluant depuis l'accident du 9 mars 2016. Les symptômes étaient en lien de causalité probable avec l'accident assuré.
Le cas a été soumis au docteur G._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin-conseil de l'assureur-accidents. Dans son rapport établi sur dossier le 3 octobre 2016, ce médecin a considéré que l'accident du 9 mars 2016 ne présentait pas un degré de gravité objective. Selon lui, l'ensemble des troubles observés au mois de juin 2016, tant sur le plan somatique que sur le plan psychologique, ne pouvaient être considérés comme étant en lien de causalité avec l'accident de manière hautement vraisemblable. S'agissant des troubles cervicaux consécutifs à l'accident, ils étaient guéris peu de temps après la reprise du travail. Le cas pouvait ainsi être clôturé pour la fin du mois de mars 2016.
Par décision du 3 octobre 2016, confirmée sur opposition le 16 mars 2017, Helvetia a refusé d'allouer toute prestation à l'assurée au-delà du 15 juin 2016, considérant que les troubles apparus en juin 2016 n'étaient pas en lien de causalité naturelle avec l'accident du 9 mars 2016. En ce qui concerne d'éventuels troubles psychiques, elle a considéré qu'il n'existait pas de lien de causalité adéquate s'agissant d'un accident de peu de gravité et même s'il fallait admettre qu'on était en présence d'un accident de gravité moyenne à la limite des accidents de peu de gravité, aucun des critères établis par la jurisprudence pour l'examen du caractère adéquat du lien de causalité n'était réalisé.
B.
A._ a recouru contre cette décision devant la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève, en concluant à l'annulation de celle-ci et à l'allocation des prestations d'assurance-accidents en espèces et en nature au-delà du 15 juin 2016.
Par arrêt du 12 juin 2018, la juridiction cantonale a partiellement admis le recours, annulé la décision sur opposition du 16 mars 2017 et renvoyé la cause à l'assureur-accidents pour instruction complémentaire au sens des considérants.
C.
Helvetia forme un recours en matière de droit public en concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la confirmation de sa décision sur opposition du 16 mars 2017.
Le Tribunal fédéral n'a pas ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 142 IV 196 consid. 1.1 p. 197).
2.
Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF), n'est recevable que contre les décisions finales (art. 90 LTF), contre les décisions partielles (art. 91 LTF) et, sous réserve des cas visés par l'art. 92 LTF, contre les décisions incidentes (art. 93 al. 1 LTF) si celles-ci peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure, le Tribunal fédéral ne devant en principe s'occuper d'une affaire qu'une seule fois, lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif (ATF 134 III 188 consid. 2.2).
3.
Dans la mesure où la juridiction cantonale renvoie la cause à la recourante pour qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision sur le droit à des prestations de l'assurance-accidents, force est de constater qu'il s'agit d'une décision incidente.
4.
4.1. Un préjudice au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un dommage de nature juridique qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (ATF 133 IV 139 consid. 4 p. 141). En revanche, un dommage économique ou de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (ATF 131 I 57 consid. 1 p. 59 et les références; cf. aussi BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2ème éd. 2014, n° 16 ad art. 93). C'est pourquoi un jugement de renvoi pour instruction complémentaire et nouvelle décision ne cause en principe pas de dommage irréparable à l'administration; le fait que celle-ci soit confrontée, lorsque le renvoi n'est pas justifié, à une charge de travail supplémentaire ou supporte, cas échéant, le risque que l'expertise administrative nouvellement mise en oeuvre ne soit pas considérée comme un moyen de preuve suffisant ne constitue pas un tel dommage (ATF 139 V 99 consid. 2.4 p. 103; 137 III 380 consid. 1.2.1 p. 382; arrêt 9C_449/2017 du 31 janvier 2018 consid. 3.2.1). En revanche, si le jugement de renvoi contient des instructions impératives ne laissant plus aucune latitude de jugement à l'administration pour la suite de la procédure, celle-ci subit un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (ATF138 I 143 consid. 1.2 p. 148, 133 V 477 consid. 5.2.4 p. 484).
4.2. En l'espèce, la recourante soutient que la décision attaquée lui cause un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, au motif que les premiers juges ont qualifié l'accident comme étant de gravité moyenne. Liée par l'appréciation faite par la juridiction cantonale quant au degré de gravité de l'accident du 9 mars 2016, la recourante fait valoir qu'elle serait tenue de rendre une décision qu'elle considère contraire au droit et qu'elle ne pourrait pas attaquer ensuite.
4.3. Les premiers juges ont constaté que la recourante avait fondé son refus de prester sur l'appréciation du docteur G._, lequel concluait à l'absence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident assuré et les troubles dont avait souffert l'intimée à partir de la mi-juin 2016. Selon la juridiction cantonale, le rapport du docteur G._ présentait cependant certaines lacunes. Il ne décrivait pas les plaintes de l'assurée et ne se prononçait pas non plus sur les atteintes dégénératives, lesquelles pouvaient avoir été décompensées par l'accident. Ce médecin n'avait pas non plus examiné la rectitude cervicale qui avait cependant été évoquée à plusieurs reprises et qui avait peut-être même été entraînée par l'accident. Le docteur G._ n'évoquait pas non plus les quinze séances de physiothérapie prescrites lors de la reprise de l'activité professionnelle de l'assurée, lesquelles s'étaient terminées le 3 juin 2016. Enfin, les conclusions auxquelles parvenait le docteur G._ n'étaient pas motivées. S'il n'appartenait certes pas à la recourante d'amener la preuve négative qu'aucune atteinte à la santé ne subsistait plus ou que l'intimée était dorénavant en parfaite santé, la juridiction cantonale a retenu que la recourante devait prouver, au degré de la vraisemblance prépondérante, que les causes accidentelles, mêmes indirectes, de l'atteinte à la santé dont souffrait l'intimée ne jouaient plus de rôle. Cependant, le rapport du docteur G._ ne constituait pas une base suffisante pour trancher cette question. En résumé, les premiers juges ont conclu que le dossier ne contenait aucun rapport médical circonstancié et probant permettant de trancher la question du lien de causalité entre les troubles présentés par l'intimée et l'accident assuré. Si le docteur G._ s'était certes prononcé dans une appréciation, au demeurant lacunaire, il n'avait pas motivé sa position. Dans ces circonstances, les juges cantonaux ont considéré qu'ils n'étaient pas en mesure de se prononcer de manière définitive sur l'inexistence d'un lien de causalité entre l'accident du 9 mars 2016 et les troubles présentés par l'intimée dès le 15 juin 2016, singulièrement sur la date d'un éventuel retour au statu quo. Les premiers juges ont également considéré que les critères en matière de causalité adéquate avaient été examinés prématurément en l'absence de troubles psychiques prédominants. Force était ainsi de constater, selon la juridiction cantonale, que la recourante avait constaté les faits de manière sommaire sur la base des rapports de son médecin-conseil, très peu motivé et n'ayant pas une valeur probante suffisante. Les juges cantonaux étaient d'avis qu'il ne leur appartenait pas de suppléer aux carences administratives, de sorte que le dossier devait être renvoyé à la recourante pour instruction complémentaire sur le lien de causalité naturelle entre les plaintes de l'intimée et les douleurs cervicales, ainsi que sur la date d'un éventuel statu quo. Dans ce contexte, il appartenait également à la recourante de déterminer si, et dans l'affirmative, à partir de quelle date les troubles psychiques étaient devenus prédominants.
4.4. Lorsque l'autorité de recours statue, comme en l'espèce, par une décision de renvoi, l'autorité à laquelle la cause est renvoyée, de même que celle qui a rendu la décision sur recours sont tenues de se conformer aux instructions du jugement de renvoi. En l'occurrence, il y a lieu de constater, à la lecture des considérants précités, que le renvoi concerne uniquement l'instruction complémentaire portant sur l'existence ou non d'un lien de causalité naturelle entre les troubles de l'intimée et l'accident assuré. Certes, la juridiction cantonale a constaté, dans la perspective de la causalité adéquate examinée prématurément par la recourante, que l'accident litigieux était un accident de gravité moyenne. Cette affirmation n'est toutefois pas visée par le dispositif de l'arrêt de renvoi du 12 juin 2018 (cf. ch. 3: "Renvoie la cause à l'intimée pour instruction complémentaire au sens des considérants"), lequel ne porte pas sur la question de la causalité adéquate mais se rapporte exclusivement à l'instruction complémentaire sur le lien de causalité naturelle entre les troubles présentés par l'intimée et l'accident. Un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF doit par conséquent être nié.
5.
La recourante allègue encore que les conditions de l'art. 93 al. 1 let. b LTF sont également remplies. Elle affirme que le Tribunal fédéral pouvait trancher directement l'affaire au fond dès lors que les faits étaient, à ses yeux, suffisamment clarifiés.
Les deux conditions posées par cette disposition sont cumulatives (ATF 133 III 629 consid. 2.4.1); il incombe à la partie recourante d'en démontrer la réalisation (ATF 138 III 46 consid. 1.2 et les arrêts cités).
En l'espèce, la question de savoir si la première condition est réalisée peut rester ouverte dès lors que la deuxième condition n'est de toute façon pas remplie. Attendu que la juridiction cantonale a, comme on l'a vu, renvoyé la cause à l'administration pour instruction complémentaire sur la causalité naturelle ainsi que sur la date du retour à un éventuel statu quo, on peut partir de l'idée que le complément d'instruction se limitera à la mise en oeuvre d'une expertise médicale, de sorte que l'hypothèse d'une procédure probatoire longue et coûteuse doit d'emblée être écartée (cf. arrêt 8C_691/2016 du 30 novembre 2016 consid. 4; voir aussi BERNARD CORBOZ, op. cit., n° 34 ad art. 93 LTF).
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours est irrecevable, aucune des deux hypothèses prévues par l'art. 93 al. 1 LTF n'étant réalisée. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 20 septembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin