Faits :
A.
A.a. A._ SA (anciennement: B._ SA; ci-après: la société), de siège à C._, est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud depuis le 30 octobre 1974. Elle a pour administrateur avec signature individuelle D._, qui est également l'actionnaire unique. Depuis le 1 er mars 2011, elle a pour but l'organisation et la tenue de comptabilité, la gérance et l'administration d'immeubles, ainsi que la prise de participations immobilières. Jusqu'alors, son but était l'importation, l'exportation et le commerce de toute denrée alimentaire, notamment de poissons de mer, ainsi que l'organisation et la tenue de comptabilité, travaux de gérance et mandats fiduciaires.
A.b. La société tient un inventaire des véhicules qu'elle utilise dans le cadre de son activité. Pour les périodes 2003 à 2010, elle a répertorié entre sept et huit véhicules par année. En sus, la société a loué, entre 2003 et 2008, un véhicule à l'épouse de l'actionnaire, puis, entre 2009 et 2010, une voiture de livraison à l'actionnaire.
Selon les extraits du Service des automobiles et de la navigation, la société détenait deux plaques d'immatriculation pour les véhicules et une troisième pour une remorque. Les autres plaques d'immatriculation utilisées étaient au nom de l'épouse de l'actionnaire (trois plaques), d'un des fils de l'actionnaire (une plaque) et de celui-ci (trois plaques). L'actionnaire et son épouse étaient en sus titulaires chacun d'une plaque d'immatriculation, dont l'utilisation n'est pas connue. Les véhicules mentionnés dans l'inventaire bénéficiaient de plaques interchangeables avec des véhicules de tourisme non répertoriés.
A.c. Pour les années 2003 à 2010, la société a déclaré les bénéfices et capitaux imposables suivants:
bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 19'931 153'903 2004 36'003 89'906 2005 33'443 73'350 2006 5'917 79'267 2007 31'607 101'541 2008 32'709 134'249 2009 10'716 154'298 2010 11'935 166'233
B.
B.a. Le 2 juin 2005, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé pour 2003 le bénéfice et le capital imposables de la société pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC). Celle-ci a élevé une réclamation contre cette décision, qu'elle a maintenue ensuite de la proposition de règlement de l'Office d'impôt. Le dossier a été transmis à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale). Le 10 juin 2009, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2004 à 2007, tant en matière d'IFD que d'ICC. La société a déposé des réclamations contre ces décisions, que l'Office d'impôt a indiqué maintenir le 15 octobre 2009. Le 2 septembre 2013, l'Office d'impôt a notifié à la société les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2008 à 2010 en matière d'IFD et d'ICC. La société a formé des réclamations.
Le 30 avril 2015, l'Administration cantonale a établi une proposition de règlement portant sur les années 2003 à 2010, dans laquelle, pour chaque année fiscale, elle n'a admis en déduction que 4/9e de l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la société. Celle-ci a contesté cette proposition.
B.b. Le 26 août 2016, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation portant sur la période fiscale 2003 et a rejeté celles relatives aux périodes fiscales 2004 à 2007, ainsi que 2008 à 2010. Elle a retenu les éléments imposables suivants:
bénéfice imposable (fr.) capital imposable (fr.) 2003 58'879 173'000 2004 80'960 209'000 2005 72'026 93'000 2006 30'807 99'000 2007 50'682 130'000 2008 68'231 163'000 2009 21'384 174'000 2010 45'760 186'000
Pour les frais de véhicules, l'Administration cantonale a procédé à une reprise auprès de la société d'une part privée correspondant à 3/9e de l'ensemble des frais comptabilisés pour 2003, de 5/9e pour 2004, de 4/9e pour 2005, de 3/9e pour 2006, de 4/9e pour 2007 et de 5/9e pour 2008, 2009 et 2010.
B.c. Contre la décision sur réclamation du 26 août 2016, la société a formé un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal).
Par arrêt du 5 avril 2019, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours et partiellement annulé la décision sur réclamation du 26 août 2016. Il a constaté que le droit de taxer la période fiscale 2003 était prescrit et renvoyé, pour les périodes fiscales 2004 à 2010, le dossier à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal cantonal a confirmé le principe des reprises au titre de frais privés de véhicules dans le chef de la société, ainsi que, dans son principe, la méthode de calcul de l'Administration cantonale, mais lui a renvoyé le dossier pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt tenant compte d'un ratio de 4/9e à titre de part privée pour les périodes fiscales 2004 à 2010, 5/9e des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement.
Par ailleurs, le Tribunal cantonal ayant, dans le cadre de l'affaire connexe relative à l'imposition des époux D._ pour les périodes fiscales 2004 à 2010 et faisant également l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral (2C_485/2019), refusé la déduction de frais d'administration d'immeubles par la société, il a retenu qu'il convenait de réduire le bénéfice imposable de la société à concurrence du montant de ces frais d'administration.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, outre l'effet suspensif, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 5 avril 2019 dans le sens que la reprise de la part non justifiée par l'usage commercial sur les frais de véhicules corresponde à l'addition des frais de réparation et d'exploitation directement attribuables au véhicule privé et d'une quote-part des frais d'exploitation non directement attribuables, calculée proportionnellement aux kilomètres roulés à titre privé par rapport au total des kilomètres, subsidiairement à la proportion entre le véhicule privé et tous les véhicules considérés dans les frais de véhicules.
Le Tribunal cantonal, se référant aux considérants de son arrêt, a renoncé à se déterminer sur le recours, ainsi que sur la demande d'effet suspensif. L'Administration cantonale ne s'est pas déterminée sur la requête d'effet suspensif et a conclu, sous suite de frais, au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée en substance à la réponse de l'Administration cantonale et a conclu dans le même sens au rejet du recours, sous suite de frais. A._ SA a déposé des observations finales, en maintenant ses conclusions.
L'effet suspensif a été accordé au recours par ordonnance présidentielle du 13 juin 2019.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et pouvoir d'examen
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision rendue par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. Bien que l'arrêt querellé ne distingue pas, dans son dispositif, l'IFD de l'ICC, il ressort de ses motifs que l'admission partielle du recours qui est prononcée concerne les deux catégories d'impôts, ce qui est en principe admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).
1.2. D'après l'art. 90 LTF, le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (décisions finales). Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente (ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148) contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92 et 93 LTF. Un tel arrêt est néanmoins considéré comme final si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre, notamment lorsqu'il ne lui reste plus qu'à calculer le montant de l'impôt, en appliquant les règles définies dans la décision de renvoi (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148).
En l'occurrence, le Tribunal cantonal a renvoyé la cause à l'Administration cantonale avec pour instruction de recalculer l'impôt pour les périodes fiscales 2004 à 2010, en tenant compte d'une part privée de 4/9e des charges comptabilisées à titre de frais de véhicules et en réduisant le bénéfice imposable des montants de frais d'administration d'immeubles dont la déduction avait été refusée à l'actionnaire et son épouse. L'Administration cantonale ne dispose donc d'aucune marge de manoeuvre dans le cadre du renvoi; elle n'a plus qu'à calculer les montants d'impôts dus par la recourante en fonction des reprises fixées dans l'arrêt attaqué, qui doit partant être qualifié de décision finale.
1.3. Le dépôt d'un seul acte de recours est autorisé dans la mesure où, comme en l'espèce, la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). L'arrêt attaqué ayant omis de distinguer, dans son dispositif, les deux catégories d'impôts, on ne peut reprocher à la recourante de ne pas avoir formulé de conclusions séparées (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 3.2). Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF.
II. Prescription
3.
A titre liminaire et dès lors que la prescription est une question de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office (pour l'IFD: ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171; pour les ICC: arrêt 2C_276/2014 du 22 janvier 2015 consid. 5.1), il sera relevé que la prescription absolue du droit de procéder à la taxation, acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale (pour l'IFD: art. 120 al. 4 LIFD; pour l'ICC: art. 47 al. 1 LHID; art. 170 de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 [LI/VD; RS/VD 642.11]), n'est pas encore atteinte s'agissant des périodes fiscales encore en cause, soit 2004 à 2010. Pour 2004, elle sera atteinte le 31 décembre 2019.
III. Objet du litige
4.
Le litige porte exclusivement sur les reprises auprès de la société recourante de la part privée des frais de véhicules comptabilisés pour les périodes fiscales 2004 à 2010.
IV. Grief formel - reformatio in peius
5.
Invoquant l'art. 143 al. 1 LIFD, ainsi que l'art. 89 al. 2 et 3 de la loi vaudoise sur la procédure administrative du 28 octobre 2008 (LPA/VD; RS/VD 173.36), la recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir procédé à une reformatio in peius pour la période fiscale 2006 sans l'entendre préalablement.
5.1. Conformément à l'art. 143 al. 1 LIFD, la commission cantonale de recours prend sa décision après instruction du recours. Après avoir entendu le contribuable, elle peut également modifier la taxation au désavantage de ce dernier. L'art. 89 al. 2 et 3 LPA/VD prévoit que l'autorité peut modifier la décision à l'avantage ou au détriment du recourant, mais que, dans ce dernier cas, elle l'en informe et lui impartit un délai pour se déterminer ou pour retirer son recours.
L'obligation, pour l'autorité de recours qui envisage de procéder à une reformatio in peius de la décision attaquée, d'avertir le recourant de son intention et de lui donner l'occasion de s'exprimer résulte directement de la garantie constitutionnelle du droit d'être entendu (ATF 122 V 166 consid. 2a p. 167). Conformément à la jurisprudence, cette obligation s'applique chaque fois que l'autorité de recours entend modifier la décision attaquée devant elle au détriment du contribuable, sans égard aux raisons de la modification envisagée (cf. arrêt 2A.403/2002 du 24 mars 2003 consid. 2.2, in RDAF 2003 II 369 [à propos de l'art. 143 al. 1 LIFD]).
5.2. En l'occurrence, dans sa décision sur réclamation du 26 août 2016, l'Administration cantonale avait retenu pour la période fiscale 2006 que les 3/9e des frais totaux de véhicules comptabilisés dans les charges de la société devaient être repris à titre de part privée. En arrêtant à 4/9e des frais de véhicules totaux la part privée devant être reprise dans le bénéfice de la recourante, le Tribunal cantonal a effectivement réformé au détriment de la recourante la décision sur réclamation du 26 août 2016 en tant qu'elle portait sur la période fiscale 2006.
Contrairement à ce que soutient l'autorité intimée, cette modification défavorable à la recourante pour la période fiscale 2006 n'est pas neutralisée et/ou compensée par le fait que pour toutes les autres périodes fiscales le Tribunal cantonal a retenu une part privée (4/9e) moins élevée que celle résultant de la décision sur réclamation contestée devant lui. Il est en effet exclu d'envisager globalement le bénéfice et le capital imposables: ceux-ci se déterminent, conformément au principe de périodicité (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 p. 364), pour chaque période fiscale, quand bien même l'autorité peut joindre, sur le plan procédural, des réclamations relatives à différentes périodes fiscales et rendre une seule décision, ainsi que l'a fait en l'espèce l'autorité avec la décision du 26 août 2016.
5.3. Il ne résulte pas de l'arrêt entrepris et il n'est pas allégué que le Tribunal cantonal aurait informé la recourante qu'il envisageait de prononcer une reformatio in peiusen procédant à une reprise supplémentaire pour la période fiscale 2006. Partant, il faut admettre que le Tribunal cantonal a violé le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. et concrétisé à l'art. 143 al. 1 LIFD, ainsi qu'à l'art. 89 al. 2 et 3 LPA/VD, en modifiant au détriment de la recourante la décision de l'autorité fiscale s'agissant de l'IFD et de l'ICC de la période fiscale 2006 sans lui donner la possibilité de s'exprimer préalablement.
5.4. Il convient d'examiner les conséquences de cette violation. Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation entraîne, en principe, l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226; cf. arrêt 2A.403/2002 du 24 mars 2003 consid. 2.3, in RDAF 2003 II 369 à propos d'une violation de l'art. 143 al. 1 LIFD). Une réparation de cette violation dans le cadre de la procédure fédérale n'entre pas en considération en l'espèce, puisqu'elle est en lien avec l'établissement des faits, que le Tribunal fédéral ne revoit pas librement (cf. supra consid. 2). Il convient donc d'annuler l'arrêt attaqué en tant qu'il porte sur la période fiscale 2006 et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour qu'il donne la possibilité à la recourante de s'exprimer, avant de rendre une nouvelle décision. A noter qu'au cas où la recourante, avertie de la reformatio in peius, entendrait retirer son recours, dite reformatio in peius ne pourrait primer qu'à certaines conditions restrictives (cf. ATF 144 IV 136 consid. 7.1 p. 145 s.; arrêt 2A.286/2004 du 31 août 2004 consid. 2.1).
5.5. Il suit de ce qui précède que le recours doit être admis en tant qu'il porte sur la période fiscale 2006 tant en matière d'IFD que d'ICC. Eu égard à cette conclusion, il n'y a pas lieu de considérer les autres griefs (matériels) de la recourante relatifs à cette période. En revanche, dès lors que la reformatio in peius à laquelle le Tribunal cantonal a procédé en violation du droit d'être entendu ne concerne que la période fiscale 2006, l'arrêt entrepris n'est pas affecté par ce qui précède en tant qu'il porte sur les périodes fiscales 2004, 2005, ainsi que 2007 à 2010. Il convient donc d'examiner les griefs matériels de la recourante y relatifs.
V. Grief relatif aux faits
6.
Invoquant l'art. 97 al. 1 LTF, la recourante estime que le Tribunal cantonal a fixé de manière arbitraire le nombre de véhicules utilisés par l'entreprise pour les périodes fiscales 2004, 2005, 2007 et 2008.
6.1. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377 s.). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 139 II 404 consid. 10.1 p. 445).
Il y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 144 II 281 consid. 3.6.2 p. 287; 142 II 355 consid. 6 p. 358).
6.2. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a examiné combien de véhicules pouvaient être considérés comme utiles à la recourante en se fondant sur un total initial de neuf véhicules et plaques d'immatriculation par année, ce qui correspond à ce qui a été déclaré par la société dans ses comptes. Ce point n'est pas contesté.
6.3. Au terme d'une appréciation des preuves, le Tribunal cantonal a estimé que cinq véhicules et plaques d'immatriculation avaient été affectés au but de la société pour les périodes fiscales 2004, 2005, ainsi que 2007 à 2010. On ne voit pas que cette appréciation soit insoutenable. En effet, il ressort de l'arrêt entrepris que la recourante n'a pas démontré que les livraisons effectuées nécessitaient plus de cinq chauffeurs simultanément. A cela s'ajoute que, selon les faits constatés, plusieurs véhicules n'ont pas roulé aux cours des années considérées alors que, dans le même temps, les plaques d'immatriculation qui y étaient associées étaient interchangeables avec des véhicules privés. La recourante aurait pu apporter des précisions sur l'utilité pour elle d'avoir des véhicules ne roulant pas et munis de plaques d'immatriculation interchangeables avec des véhicules privés, ce qu'elle n'a pas fait, laissant planer une grande confusion s'agissant de l'utilisation des véhicules et des plaques d'immatriculation. Dans ces conditions, on ne voit pas que le Tribunal cantonal soit tombé dans l'arbitraire en retenant que cinq véhicules avaient été utilisés par l'entreprise chaque année considérée.
Le grief tiré d'un établissement des faits arbitraire doit donc être rejeté et il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation du Tribunal cantonal selon laquelle cinq véhicules, respectivement plaques d'immatriculation, sur les neuf véhicules/plaques d'immatriculation déclarés étaient utiles à la société durant chaque période fiscale.
VI. Impôt fédéral direct
7.
La recourante se plaint de la violation de l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD et estime que la proportion retenue à titre de part privée sur les frais de véhicules est arbitraire.
7.1. D'après l'art. 58 al. 1 let. a LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Cette disposition énonce le principe de l'autorité du bilan commercial, selon lequel les comptes, et notamment le compte de résultats, établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.). L'autorité du bilan commercial tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 141 II 83 consid. 3 p. 85; 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.).
L'art. 58 al. 1 let. b LIFD constitue une telle règle fiscale correctrice (cf. arrêt 2C_766/2014 du 31 août 2015 consid. 9). Selon cette disposition, le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD dresse une liste exemplative des éléments dont la déduction n'est pas admise. En font notamment partie les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b 5e tiret LIFD).
Selon la jurisprudence, sont justifiées par l'usage commercial les dépenses qui apparaissent comme acceptables du point de vue commercial (cf. ATF 142 II 488 consid. 3.6.8 p. 503; 124 II 29 consid. 3c p. 33; 113 lb 114 consid. 2c p. 118 s.; arrêt 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3). La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (cf. arrêts 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3; 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les arrêts cités; 2C_697/2014 du 1 er mai 2015 consid. 2.2, in RDAF 2016 II 413). Lorsque des frais s'expliquent pour des raisons en partie commerciales, en partie privées, il faut procéder à une répartition entre une part commerciale et une part privée (cf. arrêts 2C_509/2019 du 3 octobre 2019 consid. 4.3; 2C_374/2014 du 30 juillet 2015 consid. 2.3, in RDAF 2016 II 70). L'estimation de la part privée relève du pouvoir d'appréciation de l'autorité de taxation, qui peut retenir des solutions forfaitaires (cf. YVES NOËL, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/ Aubry Girardin [édit.], 2 e éd., 2017, n o 28 ad art. 27 LIFD). Le Tribunal fédéral ne la revoit que sous l'angle de l'arbitraire (cf. arrêts 2C_374/2014 du 30 juillet 2015 consid. 2.3; 2C_807/2009 du 19 avril 2010 consid. 2.1 [arrêts relatifs à des contribuables exerçant une activité lucrative indépendante]).
De jurisprudence constante, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92).
7.2. En ce qui concerne le fardeau de la preuve et selon le principe général de l'art. 8 CC, il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 121 II 257 consid. 4c) aa) p. 266). C'est partant à la société qui fait valoir une dépense d'apporter la preuve de son existence, ainsi que de sa justification commerciale (arrêts 2C_232/2015 du 20 août 2015 consid. 5.1; 2C_697/2014 du 1 er mai 2015 consid. 2.3). En revanche, il appartient en principe au fisc de prouver l'existence de prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (cf. arrêts 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.2; 2C_589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 7.2; 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.1; 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3).
7.3. En l'espèce, il n'est pas contesté que des frais relatifs à neuf véhicules, respectivement neuf plaques d'immatriculation, ont été portés en tant que charges commerciales dans les comptes de la société recourante (comptes "véhicules", "frais d'exploitation véhicules" [carburant et huile; pneumatique; taxes et ass. auto] et "frais de réparation véhicules") durant les périodes fiscales en cause.
La recourante admet en outre que, parmi ces frais, certains étaient privés. Il résulte en effet de l'arrêt entrepris que la recourante a reconnu qu'un des véhicules (Mercedes SLK) n'avait qu'une utilisation privée, par l'épouse de l'actionnaire, alors que les frais y relatifs avaient été portés à la charge de la société. Elle a par ailleurs admis que de nombreux frais de réparation enregistrés dans les comptes de la société se rapportaient à des véhicules de tourisme privés.
Dès lors que des frais privés ont été portés en charge des comptes de la société, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a confirmé le principe d'une reprise. Il convient en outre de qualifier la prise en charge des frais privés de véhicules par la société de distribution dissimulée de bénéfice. En effet, il résulte de l'arrêt entrepris que la recourante n'a pas contesté que la prise en charge de certains frais privés avait bénéficié à son actionnaire unique ou à ses proches (épouse et fils). Il est en outre certain que la société n'aurait pas payé sans contre-prestation ainsi qu'elle l'a fait les frais de véhicules privés de tiers.
7.4. Reste à déterminer les montants à reprendre dans le bénéfice de la société.
7.4.1. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a relevé la grande confusion des comptes de la recourante entre frais privés et commerciaux, l'interchangeabilité des plaques des véhicules de l'entreprise avec des véhicules de tourisme et l'absence d'indications précises quant à l'utilisation des véhicules privés. Pour ces motifs, il a confirmé la méthode de l'Administration cantonale consistant à considérer comme justifiée commercialement une quote-part sur l'ensemble des frais relatifs aux neuf véhicules et plaques d'immatriculation comptabilisés par la société, correspondant au nombre de véhicules et plaques d'immatriculation utiles à l'entreprise, et à reprendre en tant que part privée le solde. Etant donné qu'il avait fixé à cinq véhicules et plaques d'immatriculation sur neuf le nombre de véhicules utiles à l'entreprise, le Tribunal cantonal a arrêté, pour l'ensemble des frais, à 5/9e la part des frais commerciaux et à 4/9e la part des frais privés devant être reprise dans le bénéfice de la société.
7.4.2. La recourante s'oppose à cette méthode. Elle estime tout d'abord que la part privée ne peut correspondre qu'aux frais liés au véhicule Mercedes SLK, dont il est admis qu'il était utilisé par l'épouse de l'actionnaire. On ne pourrait en revanche retenir une part privée en lien avec les véhicules utilitaires écartés par le Tribunal cantonal, ceux-ci n'ayant aucune utilité pour l'actionnaire ou sa famille. Par ailleurs, la recourante s'oppose à une application indifférenciée du ratio de 4/9e à l'ensemble des frais de véhicules. Elle estime que les frais privés à reprendre doivent correspondre, pour les frais de réparation, aux frais directement attribuables au véhicule privé. Pour les frais de circulation (carburant, pneumatique), les véhicules n'ayant pas roulé ne devraient pas être pris en compte.
7.4.3. Il est indéniable que les montants à reprendre dans le bénéfice de la recourante doivent correspondre aux frais privés comptabilisés à tort. En l'occurrence cependant, il est impossible de déterminer avec précision quels sont les frais privés et quels sont les frais commerciaux parmi l'ensemble des frais comptabilisés. En effet, de l'aveu même de la recourante, sa comptabilité est erronée en ce qu'elle comprend de nombreux frais privés de véhicules au titre des charges commerciales. Il est donc justifié de ne pas se fier aux comptes produits par la contribuable pour calculer la part de frais privés à reprendre. Par ailleurs, il a été constaté que les véhicules utilitaires de l'entreprise étaient munis de plaques interchangeables, utilisables sur des véhicules de tourisme, au sujet desquels la recourante n'a fourni aucune indication. Les frais enregistrés en lien avec ces plaques d'immatriculation peuvent donc être aussi bien privés que commerciaux. Contrairement à ce que prétend la recourante, il ne s'agit donc pas de retenir une part privée sur des véhicules utilitaires de l'entreprise qui n'ont pas roulé, mais en lien avec les plaques de ces véhicules.
Compte tenu de la grande confusion constatée dans la comptabilité de la recourante entre les frais privés et les frais commerciaux, du fait que les plaques d'immatriculation utilisées pour les véhicules de l'entreprise pouvaient être employées sur des véhicules de tourisme et que la recourante n'a pas donné d'indications au sujet de ces véhicules de tourisme privés, manquant à son devoir de collaboration, l'application d'une méthode schématique retenant comme frais justifiés commercialement une quote-part de l'ensemble des frais équivalente au nombre de véhicules utiles commercialement n'apparaît pas critiquable.
Il se justifie en outre d'appliquer ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules. Pour ce qui a trait aux frais de réparation, on ne saurait en effet suivre la recourante lorsqu'elle indique qu'il faudrait uniquement tenir compte des frais qu'elle-même désigne comme étant privés, puisqu'il a été retenu que sa comptabilité n'était pas probante. Pour ce qui a trait aux frais liés au nombre de kilomètres parcourus par un véhicule (frais d'essence, de pneus, d'huile), l'application du ratio n'aboutit pas comme le prétend la recourante à imputer des frais de carburant à des véhicules qui n'ont pas roulé, mais aux véhicules privés pouvant être munis de plaques d'immatriculation interchangeables et au sujet desquels la recourante n'a fourni aucune information.
En résumé, l'utilisation d'une méthode schématique retenant le principe d'un ratio pour déterminer les frais justifiés ou non commercialement et l'application de ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés par la recourante doivent être confirmées.
7.4.4. Sur le vu de ce qui précède et dans la mesure où le Tribunal cantonal a constaté sans arbitraire qu'il fallait retenir que cinq véhicules/plaques d'immatriculation sur neuf étaient utiles commercialement à la recourante durant les périodes litigieuses, c'est à bon droit que l'instance précédente a fixé la part justifiée commercialement à 5/9e et la part privée à 4/9e de l'ensemble des frais. On soulignera au surplus que si la recourante critique la méthode suivie, à aucun moment elle ne prétend, ni a fortiori ne démontre que le ratio retenu aboutirait un résultat arbitraire en ce sens que des charges justifiées commercialement seraient à tort considérées en tant que frais privés.
7.5. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté en tant qu'il porte sur l'IFD des périodes fiscales 2004-2005, ainsi que 2007 à 2010. S'agissant de la période fiscale 2006, il est renvoyé au considérant 5 supra.
VII. Impôt cantonal et communal
8.
Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats (art. 24 al. 1 let. a LHID). Les art. 94 al. 1 let a. et b ainsi que 100 LI/VD prévoient des dispositions conformes à l'art. 24 al. 1 let. a LHID (cf. arrêt 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 7). Comme l'art. 24 al. 1 LHID correspond lui-même à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD, il est possible de se référer également aux principes dégagés en matière d'IFD pour l'ICC (ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101).
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus en lien avec l'IFD s'appliquent mutatis mutandis à l'ICC. Par conséquent, le recours doit également être rejeté en ce qui concerne l'ICC des périodes fiscales 2004 et 2005, ainsi que 2007 à 2010. S'agissant de la période fiscale 2006, il est renvoyé au considérant 5 supra.
VIII. Conclusion, frais et dépens
9.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est admis en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2006. L'arrêt rendu le 5 avril 2019 par le Tribunal cantonal est annulé en tant qu'il renvoie la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle fixe à 4/9e de l'ensemble des frais de véhicules la part privée pour la période fiscale 2006. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants et, si nécessaire, nouvelle répartition des frais et dépens en lien avec cette période.
Le recours est rejeté tant en matière d'IFD que d'ICC s'agissant des périodes fiscales 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 et 2010.
La recourante a ainsi très partiellement gain de cause. Il s'ensuit que le canton de Vaud, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu, supportera une part réduite des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 4 LTF), le solde étant à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci, qui obtient partiellement gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, a droit à des dépens réduits qui seront supportés par le canton de Vaud dans la même mesure (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2006.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 et 2010.
3.
Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2006.
4.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2004, 2005, 2007, 2008, 2009 et 2010.
5.
L'arrêt du Tribunal cantonal du 5 avril 2019 est annulé dans la mesure où il porte sur la période fiscale 2006. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'arrêt du 5 avril 2019 est confirmé pour le surplus.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à raison de 3'500 fr. à la charge de la recourante et de 500 fr. à la charge du canton de Vaud.
7.
Le canton de Vaud versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 500 fr.
8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 6 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber