Sachverhalt:
A.
A.D._, verheiratet mit B.D._, war in U._ wohnhaft und übte eine selbstständige Erwerbstätigkeit als Landwirt aus. Mit Kaufvertrag vom 20. November 2003 übertrug er seinen Landwirtschaftsbetrieb auf seinen Sohn C.D._, wobei er das Grundstück Grundbuch (GB) U._ Nr. aaa, Parzelle bbb ("E._"), das Grundstück GB U._ Nr. ccc, Parzelle ddd ("F._"), und das Grundstück GB U._ Nr. eee, Parzelle fff ("G._") für sich zurückbehielt.
Am 27. Mai 2013 veranlagte die Steuerkommission U._ die Steuerpflichtigen für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'572'000.-- und mit einem steuerbaren Vermögen von Fr. 1'499'000.--. Die Steuerkommission ermittelte einen steuerbaren Kapitalgewinn von Fr. 1'764'879.-- und brachte einen AHV-Beitrag von Fr. 153'300.-- in Abzug. Sie hiess mit Einspracheentscheid vom 11. November 2014 eine von den Steuerpflichtigen gegen die Veranlagungsverfügung erhobene Einsprache teilweise gut und reduzierte den Steuerfaktor Einkommen um den Kapitalgewinn aus Überführung von Geschäftsvermögen, indem sie feststellte, der steuerbare Kapitalgewinn in Höhe von Fr. 1'763'741.-- unterliege separat der privilegierten Liquidationsbesteuerung nach § 45 Abs. 1 lit. f des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG/AG). Auf einen dagegen erhobenen Rekurs der Steuerpflichtigen trat das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau mangels Rechtsschutzinteresse nicht ein und wies die Steuerpflichtigen auf die Rechtsmittel gegen die separate Veranlagungsverfügung hin. Am 13. Oktober 2015 veranlagte die Steuerkommission U._ die Steuerpflichtigen für das Steuerjahr 2003 (separate Jahressteuer) mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'763'700.-- und wies die dagegen von den Steuerpflichtigen geführte Einsprache am 8. Dezember 2015 ab.
B.
Mit Urteil vom 22. September 2016 wies das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau den von den Steuerpflichtigen gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rekurs ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die von den Steuerpflichtigen dagegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 10. Februar 2017 ebenfalls ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. März 2017 an das Bundesgericht beantragen die Steuerpflichtigen, es sei festzustellen, dass die Verjährung eingetreten sei. Eventualiter beantragen sie, die Sache sei im Sinne der Begründungen und des vorstehenden Sachverhalts kostenfällig an die Vorinstanzen zurückzuweisen und eine allfällige Besteuerung sei nach § 44a oder § 43 StG/AG vorzunehmen.
Die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das kantonale Steueramt schliesst sich dem angefochtenen Urteil an und schliesst implizit auf Abweisung der Beschwerde. In je einer weiteren Eingabe lassen sich die Beschwerdeführer und das kantonale Steueramt nochmals zur Sache vernehmen.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführer haben frist- (Art. 100 Abs. 1 BGG) und formgerecht (Art. 42 BGG) eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Diese richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz auf dem Gebiet der direkten Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2009. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [StHG; SR 642.14]).
1.1.
1.1.1. Die Beschwerdeführer haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind mit ihren Anträgen unterlegen. Sie haben im Sinne des unten Stehenden ein schutzwürdiges Interesse (Art. 89 Abs. 1 BGG) an der Aufhebung bzw. an der Abänderung des angefochtenen Urteils.
1.1.2. In Auslegung nach Treu und Glauben können die im bundesgerichtlichen Verfahren gestellten Anträge (vgl. oben, Sachverhalt C.) in dem Sinne entgegen genommen werden, dass das angefochtene Urteil kostenfällig aufzuheben, eventualiter kostenfällig aufzuheben und im Sinne der Begründung und des Sachverhaltes an die Vorinstanz zurückzuweisen sei bzw. die Vorinstanz anzuweisen sei, eine Besteuerung nach den §§ 44a oder 43 StG/AG vorzunehmen. Auf die in diesem Sinn verstandenen Anträge kann eingetreten werden. Auf Grund der Möglichkeit, das angestrebte Ziel mit einem Leistungs- bzw. einem Gestaltungsbegehren zu erreichen, fehlt es den Beschwerdeführern hingegen an dem für ein Feststellungsbegehren vorausgesetzten schutzwürdigen Feststellungsinteresse (zur Subsidiarität von Feststellungsbegehren vgl. BGE 126 II 300 E. 2b, E. 2c S. 303 f.; Urteil 2C_620/2016 vom 30. November 2016 E. 1.2; zu Art. 25 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren [VwVG; SR 172.021] ausdrücklich ISABELLE HÄNER, Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2. Aufl. 2016, N. 21 f. zu Art. 25 VwVG), weshalb auf den Feststellungsantrag nicht eingetreten wird.
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und Art. 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Als spezialgesetzliche Bestimmung ermöglicht Art. 73 StHG dem Bundesgericht nicht nur die Prüfung der Vereinbarkeit der kantonalen Gesetzgebung mit den bundesrechtlichen Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes mit freier Kognition (wozu es sich bereits auf Art. 95 BGG stützen könnte), sondern, zur Herstellung der Konkordanz mit dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG, SR 642.11), auch die freie Überprüfung der Auslegung und Anwendung von harmonisiertem kantonalem Gesetzesrecht. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteile 2C_693/2014 / 2C_694/2014 vom 4. März 2015 E. 2.1; 2C_153/2014 vom 4. September 2014 E. 1.2).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zu Grunde (Art. 105 Abs. 1, Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die dem Bundesgericht durch Art. 105 Abs. 2 BGG eingeräumte Befugnis, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz zu berichtigen oder zu ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung von Art. 95 BGG beruht, entbindet den Beschwerdeführer nicht von seiner Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 42 Abs. 2 bzw. mit Art. 9 BV und Art. 106 Abs. 2 BGG); rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- bzw. Rügeanforderungen nicht (vgl. BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen). Obwohl nicht ausdrücklich im Gesetz erwähnt, beruht auch eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung auf einer Rechtsverletzung. Was rechtserheblich ist, bestimmt das materielle Recht. Eine in Verkennung der Rechtserheblichkeit unvollständige Erstellung der für die rechtliche Beurteilung massgeblichen Tatsachen stellt demzufolge eine Verletzung materiellen Rechts dar (BGE 136 II 65 E. 1.4 S. 68, 135 II 145 E. 8.2 S. 153; 134 V 53 E. 4.3 S. 62; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, 2008, N. 3759 zu Art. 97 BGG, N. 4468 zu Art. 112 BGG).
2.
Die Beschwerdeführer rügen, die erste Veranlagung der separaten Jahressteuer sei am 13. Oktober 2015 und damit rund 12 Jahre nach dem steuerbaren Tatbestand erfolgt, weshalb die Veranlagungsverjährung eingetreten sei. Eventualiter machen sie geltend, beim im Jahre 2003 übergebenen Landwirtschaftsbetrieb habe es sich eindeutig um ein landwirtschaftliches Gewerbe gehandelt; trotz der Verpachtung desselben sei der Betrieb für die Kantons- und Gemeindesteuern als Geschäftsvermögen zu qualifizieren gewesen, was von den Steuerbehörden auch anerkannt gewesen sei. Zuletzt müsse auch noch auf die Verschleppung des Verfahrens hingewiesen werden. Es sei ein Verhalten gegen Treu und Glauben und eine Verletzung der Verfahrensvorschriften, wenn eine Veranlagung für das Jahr 2003 erst im Mai 2013 und erst noch falsch durchgeführt werde.
3.
Der vorliegende Entscheid betrifft die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2003. Der steuerbare Tatbestand (in Form der Liquidation eines Teils des Geschäftsvermögens eines Landwirtschaftsbetriebs und dessen Überführung in das Privatvermögen) wurde gestützt auf die in diesem Punkt unbestritten gebliebene vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung in der Steuerperiode 2003 erfüllt. Der grundsätzlich steuerbare Liquidationsgewinn (Art. 8 Abs. 1 StHG) wurde jedoch erstmals am 27. Mai 2013 und ein weiteres Mal separat am 13. Oktober 2015 veranlagt. In zulässiger Ergänzung des unvollständig festgestellten rechtserheblichen Sachverhalts von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. oben, E. 1.3) ist davon auszugehen, dass das kantonale Steueramt den Lauf der Veranlagungsverjährung mit Schreiben vom 24. Dezember 2008, welches sich ausdrücklich auf die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2003 bezieht und auf die Geltendmachung des Steueranspruchs gerichtet war (BGE 126 II 1 E. 2/f S. 4 f.), ein erstes Mal unterbrochen hat (Art. 47 Abs. 1 StHG; vgl. dazu BGE 142 II 182 E. 3.2.1 S. 193 f.; 139 I 64 E. 3.3 S. 67 f.). Auf Grund des weiten Begriffs der verjährungsunterbrechenden Einforderungshandlung (vgl. ausführlich BGE 137 I 273 E. 3.4.3 S. 281 f.) vermochte die erstmalige Veranlagung vom 27. Mai 2013, die den Beschwerdeführern unbestrittenermassen eröffnet worden ist, den Lauf der Verjährungsfrist ein weiteres Mal zu unterbrechen. Im Zeitpunkt der separaten Veranlagung vom 13. Oktober 2015 war die Veranlagungsverjährung (Art. 47 StHG) somit noch nicht eingetreten, weshalb die Beschwerde sich in diesem Punkt als unbegründet erweist. Konkrete Anzeichen dafür, dass das Verfahren in einer Treu und Glauben widersprechenden Weise verschleppt worden wäre, wurden keine in das Verfahren eingebracht, weshalb auf dieses Vorbringen nicht weiter einzugehen ist.
4.
4.1. Die Vorinstanz ging davon aus, die streitbetroffenen Grundstücke seien in der Steuerperiode 2003 vom Geschäfts- ins Privatvermögen überführt worden. Umstritten sei nur, ob es sich dabei um land- oder forstwirtschaftliche Grundstücke gehandelt habe, so dass die privilegierte Besteuerung (Art. 8 Abs. 1, Art. 12 Abs. 4 StHG) zur Anwendung käme (was sie verneinte). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer lässt der Umstand, dass die drei streitbetroffenen Grundstücke vor der Hofübergabe im Jahr 2003 Teil des Geschäftsvermögens eines Landwirtschaftsbetriebs gebildet haben, noch nicht zwingend darauf schliessen, dass es sich bei diesen drei Grundstücken auch um land- und forstwirtschaftliche Grundstücke im engen Sinne von Art. 8 Abs. 1 und Art. 12 Abs. 4 StHG gehandelt hat.
4.2. Der Begriff des land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes wird im harmonisierten Recht nicht definiert. Das Bundesgericht hat in freier Prüfung dieses harmonisierten Begriffs erkannt, dass er nicht isoliert aus dem Steuerrecht heraus, sondern in gesetzessystematischer Hinsicht unter Berücksichtigung der Zwecksetzung des BGBB, des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG; SR 700) und des Bundesgesetzes über die Landwirtschaft vom 29. April 1998 (LwG; 910.1) auszulegen sei (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 36; Urteile 2C_873/2011 vom 22. Oktober 2012 E. 5.1; 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 3.2; vgl. zur Kritik an dieser Rechtsprechung FELIX RICHNER, Landwirtschaftliche Grundstücke im Recht der harmonisierten Steuern, ZStP 4/2012, S. 288). Die steuerliche Privilegierung von landwirtschaftlichen Grundstücken rechtfertigt sich grundsätzlich nur, wenn die für die Anwendbarkeit des BGBB aufgestellten Voraussetzungen erfüllt sind (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 36, E. 2.3.1 S. 38 f.; Urteile 2C_873/2011 vom 22. Oktober 2012 E. 5.1; 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 3.2). Dies ist hauptsächlich der Fall, wenn das Grundstück ausserhalb der Bauzone im Sinne von Art. 15 RPG liegt und eine landwirtschaftliche Nutzung zulässig ist (Art. 2 Abs. 1 BGBB) oder wenn einer der vier weiteren, spezifisch in Art. 2 Abs. 2 BGBB genannten Fälle vorliegt (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 37, E. 2.3.2 S. 39; WERNER SALZMANN, BGE 2C_11/2011: Urteil des Bundesgerichts vom 2. Dezember 2011 i.S. Besteuerung von Kapitalgewinn aus der Veräusserung von Bauland im Geschäftsvermögen von Landwirten, Blätter für Agrarrecht, 2015 [Heft 1/3], S. 8). Die herrschende bundesgerichtliche Praxis führt somit dazu, dass die Liegenschaften im Geschäftsvermögen eines Landwirtschaftsbetriebs in land- oder forstwirtschaftliche und nicht land- oder forstwirtschaftliche Grundstücke zu unterteilen sind (Urteil 2C_502/2016 vom 24. Mai 2017 E. 2.1; SALZMANN, a.a.O., S. 9). Der Umstand alleine, dass die betreffenden Grundstücke zum Geschäftsvermögen eines Landwirtschaftsbetriebs zu zählen waren, bedeutet somit noch nicht, dass sie deswegen zwingend auch als land- oder forstwirtschaftliche zu qualifizieren waren.
5.
5.1. Die Vorinstanz hat, unter Verweis auf ihr Urteil vom 22. April 2016 betreffend direkte Bundessteuer in derselben Angelegenheit, erwogen, sämtliche streitbetroffenen Grundstücke würden keine land- oder forstwirtschaftliche Grundstücke in diesem engen Sinne darstellen.
5.2.
5.2.1. Hinsichtlich der Überführung der Parzelle "F._" erwog die Vorinstanz, das nicht mit landwirtschaftlichen Gebäuden überbaute, später aufgeteilte und mehrheitlich veräusserte Grundstück liege vollumfänglich in der Bauzone und falle somit nicht in den sachlichen Anwendungsbereich des BGBB (Art. 2 Abs. 2 lit. a e contrario BGBB), was in den unterinstanzlichen Verfahren unbestritten geblieben sei. Eine Qualifikation als land- oder forstwirtschaftliches Grundstück und damit eine privilegierte Besteuerung sei deshalb ausgeschlossen.
5.2.2. Gemäss Einspracheentscheid der Steuerkommission U._ vom 11. November 2014 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern Steuerperiode 2003, S. 4, war das Grundstück Nr. ddd "F._" am Bewertungsstichtag erschlossen und baureif; sämtliche Werkleitungen waren vorhanden. Das Grundstück "F._" sei parzelliert und die Grundstücke Nr. ggg-hhh an diverse Verkäufer für gesamthaft Fr. 902'350.-- verkauft worden. Für die Besteuerung seien zusätzlich Wege und Strassen in der Höhe von Fr. 11'360.-- sowie der Verkehrswert der privat überbauten Parzelle iii von Fr. 315'810.-- zu berücksichtigen. Angesichts dessen, dass der gesamte Erlös somit Fr. 1'229'520.-- betrage und der Verkehrswert im Zeitpunkt der Privatentnahme mit Fr. 1'154'080.-- zu berücksichtigen sei, resultiere ein Gewinn von Fr. 75'440.--. Das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau erwog in seinem Urteil vom 22. September 2016, E. 5.6.3, die Parzelle "F._" liege vollumfänglich in der Bauzone, weshalb sie - unabhängig vom Stand der Erschliessung - nicht als land- oder forstwirtschaftliches Grundstück qualifiziere. Die Vorinstanz hielt fest, das vollumfänglich in der Bauzone liegende Grundstück "F._" unterstehe bereits deswegen nicht dem sachlichen Anwendungsbereich des BGBB, weil es nicht mit landwirtschaftlichen Gebäuden überbaut sei (Art. 2 Abs. 2 lit. a e contrario BGBB); wegen fehlenden eröffneten Anwendungsbereichs des BGBB könne es auch nicht als land- oder forstwirtschaftliches Grundstück qualifiziert werden.
Die Beschwerdeführer tragen in ihrer Beschwerdeschrift an das Bundesgericht zum Grundstück "F._" vor, es sei immer landwirtschaftlich bewirtschaftet worden (S. 4), verweisen auf Art. 4 BGBB (S. 4), beantragen eine Entlassung des vollständig in der Bauzone liegenden Grundstückes aus dem Geltungsbereich des BGBB (S. 5), verweisen auf dessen "gemischte Nutzung" und der späteren Einzonung der "Restparzelle" (S. 6) und rügen schliesslich, die Nutzungsänderung der Parzelle selbst dadurch herbeigeführt zu haben, dass sie das Grundstück mit der Hofübergabe ins Privatvermögen überführt hätten, was Voraussetzung für die Erschliessung gewesen sei und die Einbringung in den Baubereich ermöglicht habe (S. 7). Sie stellen jedoch nicht in Frage, dass das Grundstück "F._" im massgeblichen Zeitpunkt nicht mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen überbaut gewesen sei, weshalb der sachliche Anwendungsbereich des BGBB nicht eröffnet ist (Art. 2 Abs. 2 lit. a e contrario BGBB). Gründe dafür, weshalb das für insgesamt Fr. 1'229'520.-- verkaufte Grundstück "F._" als land- oder forstwirtschaftlich zu qualifizieren wäre, bestehen nicht. Die Beschwerde erweist sich somit in diesem Punkt als unbegründet.
5.3.
5.3.1. Hinsichtlich der Überführung des Grundstückes "E._" verwies die Vorinstanz auf ihr Urteil vom 22. April 2016 zur direkten Bundessteuer. Dort hatte die Vorinstanz zur Privatentnahme erwogen, das Grundstück umfasse 1'236m2 und liege zum Teil in der Bauzone (699m2) und in der Landwirtschaftszone (Rebland, 537m2). Aus den Akten sei nicht ersichtlich, dass das Grundstück gemäss seiner Zonenzuweisung aufgeteilt worden wäre, weshalb das Grundstück, soweit es zum Betrieb der Beschwerdeführer gezählt habe, Teil eines landwirtschaftlichen Gewerbes (im Sinne von Art. 7 BGBB) gebildet habe. Das betreffende Grundstück sei demnach qua Zugehörigkeit zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe und ungeachtet dessen, dass es weniger als 15 Aren Rebland umfasse, vom sachlichen Anwendungsbereich des BGBB erfasst gewesen, weshalb auf eine Abtrennung vom landwirtschaftlichen Gewerbe das Realteilungsverbot (Art. 58 Abs. 1 BGBB) anwendbar gewesen wäre und dafür eine Ausnahmebewilligung (Art. 60 BGBB) hätte erteilt werden müssen (angefochtenes Urteil, E. 2.2.1). Das Verhalten der Beschwerdeführer, die bei der Betriebsübergabe an den Sohn das betreffende Grundstück bewilligungslos für sich zurückbehalten hätten und sich nun für die steuerliche Privilegierung auf den eröffneten Anwendungsbereich des BGBB berufen würden, sei widersprüchlich und damit rechtsmissbräuchlich, weshalb das Grundstück nicht privilegiert, sondern ordentlich zu besteuern sei (angefochtenes Urteil, E. 2.2.4).
5.3.2. Das vorliegende bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren betrifft die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2003. Gewinne aus Veräusserung auf land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet (Art. 8 Abs. 1 StHG zur Staatssteuer); der Wertzuwachsgewinn wird im Kanton mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst (Art. 12 Abs. 1 StHG; § 27 Abs. 4 und § 106 StG/AG). Die bundesgerichtliche Praxis zum Begriff des land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes (vgl. oben, E. 4.2) wurde im Zusammenhang mit der Besteuerung von Gewinnen begründet, die aus der Veräusserung von unüberbauten, vollumfänglich in der Bauzone gelegenen und nicht zum angemessenen Umschwung eines Grundstückes mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen gehörenden Grundstücken resultieren (BGE 138 II 32 E. 2.3.2 S. 39). Inhaltlich beruht sie auf der Überlegung, dass ein im Zusammenhang mit so genannten "Baulandreserven" (unüberbaute und vollständig in der Bauzone gelegene Grundstücke) im Anlagevermögen eines Landwirtschaftsbetriebs erzielter Veräusserungsgewinn nicht durchwegs mit einem privaten Kapitalgewinn gleichgesetzt werden kann (BGE 138 II 32 E. 2.3.1 S. 39; vgl. zu dieser Problematik auch MARIANNE KLÖTI-WEBER, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 7c zu § 95 StG/AG; ZWAHLEN/NYFFENEGGER, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3. Aufl. 2016, N. 20 zu Art. 12 StHG). In dieser Situation wird denn auch beim Verkauf eines Grundstücks regelmässig der Baulandpreis erzielt. Eine Ausnahme gilt für Grundstückteile, die - obwohl in der Bauzone gelegen - noch dem BGBB unterstellt sind (Art. 2 Abs. 2 lit. a und lit. c BGBB) und den entsprechenden Restriktionen im Verkauf (Art. 61 ff. BGBB) unterliegen. In dieser Konstellation wurde erwogen, dass von einem steuerlich privilegierten Grundstück nur dann gesprochen werden könne, wenn die für die Anwendung des BGBB gültigen Voraussetzungen erfüllt seien (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 37).
5.3.3. Daraus ist nicht zwangsläufig umgekehrt zu folgern, dass auch bei Grundstücken, die ausserhalb der Bauzone liegen, die formale Unterstellung unter das BGBB das einzige Kriterium sei für die Definition des landwirtschaftlichen Grundstücks (Urteil 2C_561/2016 vom 24. Mai 2017 E. 2.4). So hat das Bundesgericht etwa entschieden, dass Grundstücke, die in der Landwirtschaftszone liegen, für die landwirtschaftliche Nutzung geeignet (vgl. Art. 6 Abs. 1 BGBB) und einzig wegen ihrer zu geringen Grösse dem BGBB nicht unterstellt sind (Art. 2 Abs. 3 BGBB), auch im Sinne der bundesgerichtlichen Praxis (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 36 f.) als land- und forstwirtschaftliche Grundstücke im Sinne von Art. 8 Abs. 1 bzw. Art. 12 Abs. 1 StHG zu qualifizieren seien (Urteil 2C_561/2016 vom 24. Mai 2017 E. 2.7) : Die Ausnahme aus dem sachlichen Anwendungsbereich des BGBB alleine aus Verhältnismässigkeitsgründen ändere nichts daran, dass auch kleinere Grundstücke im Sinne von Art. 2 Abs. 3 BGBB, sofern sie ausserhalb der Bauzone liegen würden, grundsätzlich nur landwirtschaftlich genutzt werden könnten und somit von der dem BGBB, dem RPG und dem LwG gemeinsamen Zielsetzung - dem Erhalt des landwirtschaftlichen Bodens als einem volkswirtschaftlich wesentlichen Produktionsfaktor - erfasst würden (Urteil 2C_561/2016 vom 24. Mai 2017 E. 2.6).
5.3.4. Ausschlaggebend für die Besteuerung des zum Teil in der Bauzone und zum Teil in der Landwirtschaftszone gelegenen Grundstückes "E._" ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung somit grundsätzlich, ob es vom sachlichen Anwendungsbereich des BGBB erfasst und damit als land- oder forstwirtschaftliches Grundstück qualifiziert wird. Das Kriterium der Unterstellung unter den sachlichen Anwendungsbereich des BGBB ist dabei jedoch nicht als alleine ausschlaggebend, sondern stets unter Berücksichtigung des Gesetzeszwecks (Erhalt des landwirtschaftlichen Bodens als einem volkswirtschaftlich wesentlichen Produktionsfaktor) anzuwenden (Urteil 2C_561/2016 vom 24. Mai 2017 E. 2.5) (vgl. dazu unten, E. 5.3.6).
5.3.5. Auszugehen ist davon, dass das teilweise in der Bauzone liegende und nicht nach Nutzungszonen aufgeteilte Grundstück "E._", dessen Besteuerung vorliegend strittig ist, grundsätzlich unter den sachlichen Anwendungsbereich des BGBB fällt (Art. 2 Abs. 2 lit. c BGBB). Aufgrund seiner geringen Gesamtfläche von 12,36 Aren bzw. dem weit unter 15 Aren liegenden Anteil an Rebland würde das Grundstück "E._" jedoch nur vom sachlichen Anwendungsbereich des BGBB erfasst werden, falls es Teil eines landwirtschaftlichen Gewerbes gebildet hätte (Art. 2 Abs. 3 BGBB), womit die Abtrennung von diesem landwirtschaftlichen Gewerbe auf Grund des anwendbaren Realteilungsverbots (Art. 58 Abs. 1 BGBB) vorbehältlich einer Ausnahme (im Sinne von Art. 59 BGBB) einer Bewilligung (Art. 60 BGBB) bedurft hätte (vgl. allgemein BEAT STALDER, Die öffentlich-rechtlichen Verfügungsbeschränkungen im bäuerlichen Bodenrecht - Ein Werkstattbericht nach 20 Jahren BGBB, in: Landwirtschaftliches Bodenrecht - eine Standortbestimmung aus der Sicht des Praktikers nach 20 Jahren BGBB, 2013, S. 14 f.; zum Tatbestand der Veräusserung mehrerer Grundstücke eines landwirtschaftlichen Betriebs und dem Verbleib einzelner Grundstücke beim Veräusserer JÜRG FLÜCK, Die Grundbuchpraxis zum landwirtschaftlichen Bodenrecht, in: Landwirtschaftliches Bodenrecht - eine Standortbestimmung aus der Sicht des Praktikers nach 20 Jahren BGBB, 2013, S. 99). Der Umstand, dass die Abtrennung des Grundstückes "E._" vom landwirtschaftlichen Gewerbe anlässlich der Übergabe des Landwirtschaftsbetriebs der Beschwerdeführer an den Sohn erfolgte (angefochtenes Urteil, E. 2.2.2), vermag nichts an der Bewilligungspflicht der Abtrennung vom landwirtschaftlichen Gewerbe zu ändern; eine Ausnahme von der Bewilligungspflicht kann insbesondere nicht mit Hinweis auf Art. 62 BGBB (der den Erwerb und nicht die Abtrennung betrifft), begründet werden (zur Anwendbarkeit des Realteilungsverbots selbst auf Übertragungen aus dem Gesamteigentum der Erbengemeinschaft in das Alleineigentum eines Erben siehe Urteil 5A_522/2013 vom 23. April 2014 E. 3.2). Unstrittig haben die Beschwerdeführer anlässlich der Betriebsübergabe an den Sohn unter gleichzeitiger Zurückbehaltung insbesondere des Grundstückes "E._" wegen angeblich fehlender Anwendbarkeit des BGBB keine Bewilligung für eine Abtrennung vom landwirtschaftlichen Gewerbe eingeholt. Somit würden sich die Beschwerdeführer für den Fall, dass ihr Landwirtschaftsbetrieb als landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 BGBB und folglich das kleine Grundstück "E._" als landwirtschaftliches Grundstück (Art. 2 Abs. 3 e contrario BGBB) zu qualifizieren wäre, in ihrer Haltung zur Besteuerung (privilegierte Besteuerung wegen Qualifikation als landwirtschaftliches Grundstück auf Grund der Anwendbarkeit des BGG) in Widerspruch zu ihrem früheren Verhalten setzen und sich rechtsmissbräuchlich verhalten (Urteil 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5.1, mit zahlreichen Hinweisen). Ein solches rechtsmissbräuchliches Verhalten wird durch die Rechtsordnung nicht geschützt (Urteil 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5.2), weshalb die Vorinstanz den Beschwerdeführern die Berufung auf den eröffneten Anwendungsbereich des BGBB zwecks Erreichung einer privilegierten Besteuerung zu Recht verweigert hat.
5.3.6. Nicht ausgeschlossen hat die Vorinstanz auf Grund der Aktenlage, dass das Grundstück "E._" bei der Betriebsübergabe an den Sohn nicht Teil eines landwirtschaftlichen Gewerbes gebildet hat (angefochtenes Urteil, E. 2.2.3). Auch für diese Konstellation ist in einem ersten Schritt davon auszugehen, dass das teilweise in der Bauzone liegende und nicht nach Nutzungszonen aufgeteilte Grundstück "E._" grundsätzlich unter den sachlichen Anwendungsbereich des BGBB fällt (Art. 2 Abs. 2 lit. c BGBB), aufgrund seiner geringen Gesamtfläche von 12,36 Aren bzw. dem weit unter 15 Aren liegenden Anteil an Rebland und fehlender Zugehörigkeit zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe in einem zweiten Schritt jedoch wieder von dessen Geltungsbereich auszunehmen wäre (Art. 2 Abs. 3 BGBB). Angesichts dessen, dass nach der bundesgerichtlichen Praxis für die Qualifikation als landwirtschaftliches Grundstück im Sinne von Art. 12 Abs. 1 StHG nicht alleine auf den sachlichen Anwendungsbereich des BGBB abzustellen, sondern auch der Gesetzeszweck mitzuberücksichtigen ist, ist weiter zu eruieren, ob das Grundstück "E._" von der dem BGBB, dem RPG und dem LwG gemeinsamen Zielsetzung - dem Erhalt des landwirtschaftlichen Bodens als einem volkswirtschaftlich wesentlichen Produktionsfaktor - erfasst wird (siehe dazu oben, E. 5.3.3). Dies ist für das Grundstück "E._" im Sinne der gefestigten bundesgerichtlichen Praxis zu verneinen, kam doch das Überwiegen des Elements Bauland gegenüber dem landwirtschaftlichen Element beim Verkauf deutlich im Kaufpreis zum Ausdruck: Der Kaufpreis wurde für den Baulandanteil auf Fr. 400.-- pro m2 bzw. auf total Fr. 279'600.-- festgesetzt, wobei die übrigen Quadratmeter (Rebland) im Kaufpreis inbegriffen waren (angefochtenes Urteil, Sachverhalt A./1). In Präzisierung der bisherigen Rechtsprechung ist festzuhalten, dass falls beim Verkauf eines zum Teil innerhalb einer Bauzone liegenden und nicht nach Nutzungszonen aufgeteilten Grundstückes (im Sinne von Art. 2 Abs. 3 BGBB) das Baulandelement insbesondere beim Kaufpreis überwiegt, sich eine Gleichsetzung dieses im Anlagevermögen eines Landwirtschaftsbetriebs realisierten Gewinnes mit einem privaten Kapitalgewinn nicht rechtfertigt. Die privilegierte Besteuerung für landwirtschaftliche Grundstücke (Art. 18 Abs. 4 DBG) findet somit in solchen Konstellationen keine Anwendung. Zusammenfassend ist die Beschwerde der Beschwerdeführer auch unbegründet, falls ihr Landwirtschaftsbetrieb anlässlich der Übergabe an den Sohn nicht als landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 BGBB zu qualifizieren war und die Zurückbehaltung des Grundstückes "E._" aufgrund der fehlenden Anwendbarkeit des Realteilungsverbots (Art. 58 Abs. 1 BGBB) keiner Bewilligungspflicht unterstand.
5.4.
5.4.1. Hinsichtlich der Privatentnahme des Grundstückes "G._" hat die Vorinstanz entscheidend auf das Verhalten der Beschwerdeführer abgestellt. Sie erwog, die Beschwerdeführer könnten sich angesichts ihres Verhaltens im Zusammenhang mit der Hofübergabe - ausdrückliche Behauptung, dass das gesamte Gewerbe übereignet werde und das Realteilungsverbot nicht verletzt sei - für die Frage der steuerlichen Behandlung allfälliger Einkünfte nicht darauf berufen, dass die Parzelle dem BGBB unterliege; einer solchen Argumentation stehe das Rechtsmissbrauchsverbot entgegen.
5.4.2. Aus den Akten ergibt sich folgendes: Im Einspracheentscheid vom 8. Dezember 2015 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2003 verwies die Steuerkommission U._ auf das Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 24. September 2015 betreffend die direkte Bundessteuer, worin das Grundstück "G._" nicht als dem BGBB unterstehend und somit als nicht land- oder forstwirtschaftliches Grundstück qualifiziert wurde. Die grössere Distanz zum Milchviehbetrieb und der Umstand, dass auf dem Milchviehbetrieb genügend Wohnraum vorhanden sei, habe es erlaubt, das mit einem Stöckli überbaute Grundstück dem Geschäftsvermögen des Landwirtschaftsbetriebs zu entnehmen. In seinem Urteil vom 22. September 2016 erwog das Spezialverwaltungsgericht unter Verweis auf das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 22. April 2016 betreffend die direkte Bundessteuer, dieses Grundstück könne deswegen nicht als land- oder forstwirtschaftlich qualifiziert werden, weil es mitten in der Wohnzone von U._ liege und nicht an eine Hofparzelle angrenze. Einer Qualifikation als land- oder forstwirtschaftlich stehe aber grundsätzlich das Rechtsmissbrauchsverbot entgegen. Die Vorinstanz verwies im angefochtenen Urteil auf ihr Urteil vom 22. April 2016 betreffend die direkte Bundessteuer. Darin hatte die Vorinstanz erwogen, das mit einem Einfamilienhaus überbaute Grundstück "G._" liege mitten in der Wohnzone von U._ und schliesse nicht an eine Hofparzelle an; es liege auch nicht etwa in der unmittelbaren Nähe der auf den Sohn übertragenen Hofparzelle. Folgerichtig könne das auf dem betreffenden Grundstück erstellte Einfamilienhaus nicht als landwirtschaftliches Gebäude oder landwirtschaftliche Anlage betrachtet werden, weshalb das Grundstück bereits aus diesem Grund nicht dem sachlichen Anwendungsbereich des BGBB unterstehe (Art. 2 Abs. 2 lit. a BGBB e contrario; angefochtenes Urteil, E. 3.2.2 in fine). Darüber hinaus bilde das Grundstück "G._" auch nicht Teil eines landwirtschaftlichen Gewerbes im Sinne von Art. 7 BGBB und sei folgerichtig während der Privatentnahme auch keine Ausnahmebewilligung (Art. 60 BGBB) für eine Realteilung (Art. 58 Abs. 1 BGBB) eingeholt worden; einer Anrufung der Eröffnung des sachlichen Geltungsbereichs des BGBB bei der Besteuerung sei wegen des Verbots rechtsmissbräuchlichen Verhaltens unbeachtlich (angefochtenes Urteil, E. 3.2.3).
5.4.3. Die Beschwerdeführer rügen in ihrer Beschwerdeschrift, das Grundstück sei Teil des landwirtschaftlichen Gewerbes gewesen (S. 3) und das Bundesgericht würde normalerweise solche Einfamilienhäuser - insbesondere wenn sie der Betriebskontrolle dienten - als zumutbares Bauernhaus anerkennen (S. 4). Die dem Bundesgericht eingereichte Beschwerdeschrift setzt sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen zum Rechtsmissbrauchsverbot nicht ansatzweise auseinander. Die Beschwerdeführer zeigen insbesondere nicht auf, aus welchem sachlichen Grund sie sich in ihrer Haltung zur Besteuerung (privilegierte Besteuerung wegen Qualifikation als landwirtschaftliches Grundstück auf Grund der Anwendbarkeit des BGG) in Widerspruch zu ihrem früheren Verhalten setzen (keine Einholung einer Ausnahmebewilligung [Art. 60 BGBB] für eine Abtrennung eines Grundstückes vom landwirtschaftlichen Gewerbe [Art. 58 Abs. 1 BGBB]). Ihr Verhalten qualifiziert somit als venire contra factum proprium und damit als rechtsmissbräuchlich (Urteil 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5.2), weshalb es durch die Rechtsordnung nicht geschützt und dem Beschwerdeführer die Anrufung des Arguments, der sachliche Anwendungsbereich des BGBB sei nun bei der Besteuerung doch eröffnet, verwehrt wird. Das Grundstück "G._" kann somit wegen fehlender Unterstellung unter das BGBB steuerlich nicht als land- und forstwirtschaftlich im Sinne von Art. 8 Abs. 1 StHG qualifiziert werden (BGE 138 II 32 E. 2.2.1 S. 36, E. 2.3.1 S. 38 f.; Urteile 2C_873/2011 vom 22. Oktober 2012 E. 5.1; 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 3.2), weshalb in diesem Zusammenhang realisierte Liquidationsgewinne nicht der privilegierten, sondern der normalen Besteuerung unterliegen.
6.
Als unzutreffend erweist sich auch eine Besteuerung des Liquidationsgewinnes nach § 43 und § 44a StG/AG (in der Fassung vom 1. Januar 2010, Beschlussdatum 10. November 2009).
Wie das kantonale Steueramt in seiner Vernehmlassung vom 28. April 2017 geltend macht, ist die Bestimmung von § 44a StG/AG erst am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. In zeitlicher Hinsicht anwendbar ist jedoch dasjenige Recht, welches im Zeitpunkt der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes in Kraft stand (BGE 139 V 335 E. 6.2 S. 338; Urteile 2C_195/2016 vom 26. September 2016 E. 2.2.2; 8C_451/2013 vom 20. November 2013 E. 5.2.2; vgl. bereits BGE 111 II 186 E. 6 S. 190 ff.; MARKUS WEIDMANN, Das intertemporale Steuerrecht in der Rechtsprechung, ASA 76 S. 638). Der vorliegend steuerbare Tatbestand - die Liquidation eines Teils des Geschäftsvermögens eines Landwirtschaftsbetriebs und dessen Überführung in das Privatvermögen - wurde unbestrittenermassen im Jahr 2003 und damit zu einem Zeitpunkt erfüllt, in welchem § 44a StG/AG noch nicht in Kraft stand. Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet und ist vollumfänglich abzuweisen.
7.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG). Parteientschädigungen werden nicht gesprochen (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall