Faits :
A.
Le 13 mai 2013, Y._, qui était propriétaire de nombreux immeubles dans le canton de Genève, a fait inscrire une entreprise individuelle sous son nom au registre du commerce de la République et canton de Genève. Le but de cette entreprise était l'achat, la vente, la location, la gérance, la construction et la revente d'immeubles ainsi que toutes opérations y relatives.
Le 9 octobre 2013, il a fait une demande de ruling auprès de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) pour procéder à une restructuration de son patrimoine immobilier. L'intéressé désirait transférer ses immeubles privés et commerciaux à trois sociétés à responsabilité limitée nouvellement créées, la société A._ Sàrl pour les immeubles privés, ainsi que les sociétés B._ Sàrl et X._ Sàrl pour les immeubles ou parts d'immeubles commerciaux. La société C._ Sàrl serait quant à elle détentrice des parts sociales des trois nouvelles sociétés, Y._ détenant l'entier des parts sociales de celle-ci dans sa fortune privée. La demande de ruling comportait une énumération des immeubles faisant partie de la fortune commerciale, respectivement privée de l'intéressé, ainsi que de ceux faisant l'objet du transfert aux trois sociétés.
Par courrier du 11 octobre 2013, l'Administration fiscale a donné son accord aux incidences fiscales de cette restructuration, notamment l'absence de perception de droits de mutation.
Le 22 novembre 2013, la société X._ Sàrl a été inscrite au registre du commerce et les actifs et passifs de Y._ ont été transférés à cette société au début du mois de décembre 2013, conformément à la demande du 9 octobre 2013. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 12 décembre 2013.
Le 9 juillet 2015, Y._ a réinscrit l'entreprise individuelle précédemment radiée au registre du commerce. Le 2 septembre 2015, il a vendu à la société X._ Sàrl des immeubles qu'il détenait dans sa fortune commerciale, en copropriété à raison d'un tiers avec une autre société, au prix de 3'588'144 fr. (actifs de 19'574'227 fr. moins des passifs de 15'986'083 fr.). Le 29 septembre 2015, le notaire de Y._ a requis l'exonération des droits de mutation relatifs à ce transfert, ces immeubles ayant fait l'objet d'une promotion immobilière récente et ayant été oubliés par son client lors de la première restructuration. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 4 janvier 2016.
B.
Par décision de taxation du 2 février 2016, l'Administration fiscale a fixé les droits d'enregistrement (droits de mutation) à 587'231 fr. 10, sur la base d'une valeur de transfert de 19'574'227 francs. Y._, son notaire et la société X._ Sàrl ont tous trois élevé réclamation contre cette décision le 1 er mars 2016, estimant qu'aucun montant n'était dû au titre des droits de mutation pour le transfert intervenu le 2 septembre 2015. Cette réclamation a été rejetée par l'Administration fiscale dans une décision du 30 mars 2016. Le 2 mai 2016, les trois mêmes personnes ont contesté cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève qui, par jugement du 2 mai 2017, a rejeté le recours. Le 6 juin 2017, Y._, son notaire et la société X._ Sàrl ont interjeté recours contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 12 juin 2018, la Cour de justice a rejeté leur recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ Sàrl et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2018 et d'exempter de droits de mutation la transaction du 2 septembre 2015; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X._ Sàrl et Y._ ont confirmé leurs conclusions.
Considérant en droit :
1.
Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité judiciaire cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) en matière de droits de mutation, soit un domaine qui ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par les destinataires de l'arrêt entrepris qui ont qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Le recours est partant recevable.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.
Les recourants invoquent une violation de l'art. 103 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301) en relation avec l'art. 8 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). Ils sont d'avis qu'il ne doit pas être perçu de droits de mutation sur la vente d'immeubles intervenue le 2 septembre 2015.
3.1. Selon l'art. 103 phr. 1 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3 quater LHID.
L'art. 103 LFus est une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal. Les cantons restent cependant libres de prévoir un allégement supplémentaire, dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal. En revanche, depuis l'entrée en vigueur de l'art. 103 LFus, celui-ci fait obstacle à l'application de règles cantonales plus restrictives. Tant que les dispositions cantonales se contentent de reprendre la teneur de l'art. 103 LFus, la règle cantonale n'a pas d'effet juridique propre (cf. ATF 138 II 557 consid. 4.2 et 4.3 p. 559). Tel est le cas de l'art. 61A al. 1 de la loi genevoise du 9 octobre 1969 sur les droits d'enregistrement (LDE/GE; RSGE D 3 30), en relation avec l'art. 33 LDE/GE, qui prévoit qu'il n'est perçu aucun droit pour le transfert de biens immobiliers en cas de restructuration en franchise d'impôts au sens de l'art. 20 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP/GE; RSGE D 3 08), dont la teneur est semblable à celle de l'art. 8 al. 3 LHID (cf. consid. 3.2 ci-dessous), et de l'art. 24 al. 3 et 3 quater LHID. Dans ces conditions, le présent cas doit être examiné exclusivement sous l'angle de l'art. 103 LFus et des dispositions de la loi sur l'harmonisation auxquelles celui-ci fait référence.
3.2. Comme on l'a vu, l'art. 103 LFus renvoie aux art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3 quater LHID. L'art. 8 LHID, intitulé "Activité lucrative indépendante" et applicable, s'agissant en l'espèce de la restructuration d'une personne physique et pas d'une personne morale, prévoit à son al. 3:
"Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:
a. en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b. en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c. en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions."
Il sied de mentionner que, dans l'ATF 138 II 557 consid. 5.2 p. 562, le Tribunal fédéral a jugé qu'il convenait de comprendre le renvoi de l'art. 103 LFus à l'art. 24 al. 3 et 3 quater LHID (qui est l'équivalent de l'art. 8 al. 3 LHID pour les personnes morales) en ce sens que seule la notion de "restructuration" doit être retenue en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la loi sur l'harmonisation pour permettre l'exonération des impôts directs (c'est-à-dire le maintien de l'assujettissement en Suisse et la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu). Cette conséquence tient compte des caractéristiques du droit de mutation qui est un impôt indirect frappant les transactions juridiques (arrêt 2C_744/2017 du 16 avril 2018 consid. 6.3, in RDAF 2018 II 259).
3.3. D'emblée il faut relever qu'en tant que les recourants estiment que la vente du 2 septembre 2015 est intervenue en prolongement du transfert de 2013, ils ne sauraient être suivis. En effet, sur la base des faits retenus par l'autorité précédente et qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 2 ci-dessus), le transfert de 2013, à la suite duquel la raison individuelle du recourant 2 a été radiée du registre du commerce, portait sur des immeubles définis précisément dans la procédure de ruling, à l'exclusion des immeubles ayant fait l'objet de la vente de 2015. Ces derniers immeubles ont d'ailleurs été transférés séparément à la recourante 1, le recourant 2 ayant au demeurant réinscrit sa raison individuelle au registre du commerce dans ce seul but. Le fait que le recourant 2 ait prétendument oublié d'inclure les immeubles du transfert de 2015 dans la liste soumise à l'Administration fiscale dans le cadre du ruling de 2013 ne permet pas d'arriver à une autre conclusion, pas plus que sa volonté de transférer l'ensemble de son patrimoine commercial.
Ainsi, on doit retenir que, le 2 septembre 2015, le recourant 2, indépendant inscrit au registre du commerce, a transféré des immeubles à la recourante 1, société à responsabilité limitée, par le biais d'un contrat de vente immobilière. Cette configuration relève de l'art. 8 al. 3 let. b LHID. En conséquence, deux conditions principales doivent être remplies pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation de l'art. 103 LFus en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID: il faut que l'on soit en présence, premièrement, d'une restructuration et, secondement, d'une exploitation (cf. arrêt 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.3).
3.4. L'art. 103 LFus suppose, pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation, que l'on soit en présence d'une restructuration; cette loi comporte des chapitres relatifs à la fusion (art. 3 ss LFus), la scission (art. 29 ss LFus), la transformation (art. 53 ss LFus) et le transfert de patrimoine (art. 69 ss LFus); elle régit les restructurations de sociétés sous l'angle du droit civil et contient également des dispositions de droit fiscal. La notion de restructuration n'est cependant définie dans aucune disposition de la législation fiscale ou civile. Quant aux dispositions fiscales auxquelles renvoie la loi sur la fusion, elles sont conçues de façon large et énumèrent une liste exemplative de ce qui est considéré comme des restructurations ou des transactions assimilables à des restructurations (cf. art. 8 al. 3 et 24 al. 3 LHID, ainsi que art. 19 al. 1 et 61 al. 1 LIFD [RS 642.11]). Ces dispositions, dont l'art. 8 al. 3 LHID, mentionnent ainsi que le privilège fiscal s'applique "[...] lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation [...]". Plusieurs types de restructurations outre la fusion, la scission ou la transformation peuvent se présenter et être opérées en neutralité fiscale; il en va, notamment, ainsi des quasi-fusions et des scissions horizontales. Au regard de l'art. 8 al. 3 LHID, la notion de restructuration comprend également le transfert de patrimoine des art. 69 ss LFus (cf. arrêt 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.4 et les références).
Le transfert de patrimoine est une institution juridique autonome de la loi sur la fusion et complémentaire à la fusion, la scission et la transformation (Message du Conseil fédéral du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [Loi sur la fusion; LFus], FF 2000 3995 p. 4018 s., ch. 1.3.2.4.4; arrêt 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références). Ce transfert vise plusieurs types d'opérations dont la neutralité fiscale est possible de par la loi sur la fusion, pour autant que le procédé soit analogue, au plan économique, à une fusion, une scission ou une transformation. Selon l'art. 69 al. 1 LFus, les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. L'art. 69 al. 1 LFus détermine donc quels sujets peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine et à quels sujets ce patrimoine peut être transféré. Cette disposition permet, de la sorte, de dresser la liste des transferts de patrimoine autorisés. Ainsi, en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID, le transfert d'une raison individuelle à une personne morale ou l'aliénation d'une partie de l'entreprise de personnes est autorisé (arrêt 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références). Contrairement à la fusion, la scission et la transformation, le transfert de patrimoine est admis presque sans restriction relativement à la forme juridique des sujets qui y participent, à la condition toutefois que le sujet transférant soit inscrit au registre du commerce (cf. au sujet de l'obligation d'inscription au registre du commerce: arrêt 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références).
3.5. Quant à la notion d'exploitation, le Tribunal fédéral l'a définie dans l'ATF 142 II 283 en relation avec l'art. 19 al. 1 LIFD (dont la teneur est semblable à celle de l'art. 8 al. 3 LHID). Il n'y a pas de raison de se distancier de cette définition, comme le voudraient les recourants, puisque l'art. 103 LFus renvoie expressément à l'art. 8 al. 3 LHID et plus particulièrement à la notion de "restructuration" (cf. consid. 3.2 ci-dessus; ATF 138 II 557 consid. 5.2 p. 562), notion qui comprend celle de transfert d'une "exploitation" (cf. art. 8 al. 3 let. b LHID). Ainsi, constitue une exploitation tout complexe organisationnel et technique de valeurs patrimoniales qui représente une certaine indépendance. L'exploitation se caractérise par un degré élevé d'autonomie et se présente comme une organisation capable de subsister par elle-même. Dans une exploitation, le capital et le travail sont mis en oeuvre dans le but de réaliser des bénéfices, étant toutefois précisé que l'engagement de la force de travail ne se limite pas au prélèvement des plus-values ou à la récupération de bénéfices (ATF 142 II 283 consid. 3.2 p. 287 s. et le références).
Le Tribunal fédéral a plus concrètement examiné l'existence d'une exploitation dans les cas d'administration de biens immobiliers (ATF 142 II 283 consid. 3.4.1 p. 291), respectivement de commerce de tels biens (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 291 s.). Il a tout d'abord jugé que l'administration de biens immobiliers ne présentait que rarement les caractéristiques d'une exploitation. Pour que tel soit le cas, il est nécessaire que l'activité dépasse la simple gestion de patrimoine et qu'elle porte sur un grand nombre d'immeubles (cf. ATF 142 II 283 consid. 3.4.1 p. 291; 115 Ib 263 consid. 2c p. 267; arrêt 2C_107/2011 du 2 avril 2012 consid. 3.3 et les références). Quant au commerce de biens immobiliers, le Tribunal fédéral a considéré qu'il n'était pas possible d'admettre systématiquement l'existence d'une exploitation pour chaque activité indépendante relative à un tel commerce, mais qu'il fallait examiner dans chaque cas d'espèce si les conditions étaient remplies (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 291 s.).
4.
4.1. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt contesté que l'entreprise individuelle inscrite au registre du commerce le 9 juillet 2015 était copropriétaire pour un tiers de plusieurs immeubles (huit adresses différentes). Le but de cette entreprise individuelle était l'achat, la vente, la location, la gérance, la construction et la revente d'immeubles, et d'une façon générale toutes opérations se rattachant directement ou indirectement à son but principal. Lors du transfert, le 2 septembre 2015 pour un montant de 3'588'144 fr., les immeubles ne produisaient aucun rendement.
4.2. Ni les recourants, ni l'autorité précédente ne mettent en doute l'existence d'un transfert de patrimoine au sens de l'art. 8 al. 3 let. b LHID, respectivement de l'art. 69 al. 1 LFus. On ne peut effectivement que confirmer ce transfert, puisque la raison individuelle ayant transféré son patrimoine était inscrite au registre du commerce et que le transfert a été effectué au bénéfice d'une société à responsabilité limitée. Seule se pose en définitive la question de savoir si le recourant 2, au travers de sa raison individuelle, a transféré une "exploitation" ou une partie distincte d'une "exploitation" à la recourante 1.
4.3. L'arrêt entrepris ne permet que difficilement de déterminer l'importance du parc immobilier cédé par la raison individuelle à la recourante 1. Néanmoins, compte tenu du nombre d'adresses, on peut constater qu'il ne s'agit tout au plus que de huit immeubles, dont la raison individuelle n'était copropriétaire que d'un tiers. Dans un tel cas de figure, il ne saurait être question d'un grand nombre de biens immobiliers. Par conséquent, l'activité de l'entreprise individuelle du recourant 2, inscrite en 2015, en relation avec ces immeubles ne saurait s'étendre au-delà d'une simple administration de biens-fonds, ce d'autant moins que, comme on l'a vu, la notion d'exploitation s'entend restrictivement lorsqu'elle est en lien avec du commerce ou de la gestion d'immeubles. Il n'est donc nullement question d'exploitation au sens de l'art. 8 al. 3 let. b LHID. De plus et surtout, les immeubles cédés ne produisaient aucun rendement lors de leur vente, si bien qu'il n'est pas possible de considérer qu'ils présentaient un degré élevé d'autonomie et constituaient une organisation capable de subsister par elle-même, caractéristiques essentielles à la notion d'exploitation. Le fait que le recourant 2 ait précédemment été propriétaire d'autres immeubles n'est pas pertinent, seul le transfert des immeubles en cause devant être examiné (cf. ATF 142 II 283 consid. 4.3 p. 293).
4.4. Sur le vu de ce qui précède, il sied de retenir que le transfert du 2 septembre 2015 ne constitue pas le transfert d'une exploitation et ainsi d'écarter le grief de violation de l'art. 103 LFus, respectivement de l'art. 8 al. 3 let. b LHID. Il convient donc de rejeter le recours. Au demeurant, sur le vu de ce qui précède, il n'est pas nécessaire d'examiner l'application faite par la Cour de justice de la Circulaire n° 5 du 1 er juin 2004 de l'Administration fédéral des contributions sur les restructurations (cf. ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 292).
5.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataire et représentant des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 18 décembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette