Faits :
A.
A._ SA (ci-après: la fermière ou la demanderesse), dont U._ est administratrice unique avec pouvoir de signature individuelle, a pour but l'exploitation de pépinières et la commercialisation de tous produits horticoles.
Le 12 juillet 1996, A._ SA, alors dénommée M._ SA, en formation a conclu avec X._, propriétaire des parcelles nos 1, 2 et 3 de la Commune de V._, une convention aux termes de laquelle celui-ci remettait à celle-là son entreprise de pépiniériste avec effet au 1er juillet 1996. La remise comprenait, en substance et sous réserve de quelques exceptions, la location des terrains et bâtiments sis sur les parcelles précitées, la vente des plantations en pleine terre, la mise à disposition du matériel d'arrosage et des tunnels, ainsi que la clientèle et le fonds de commerce. Le bail était conclu pour douze ans et, faute de résiliation dans un délai de quatre ans, était reconduit pour quatre ans et ainsi de suite. Le loyer annuel s'élevait à 58'010 fr. La convention prévoyait la possibilité pour la fermière de construire une serre d'environ 600 m2 sur la parcelle no 3, par ses soins et à ses frais, un droit de superficie de douze ans inscrit au registre foncier lui étant concédé gratuitement à cet effet.
Le 15 septembre 1998, X._ et l'Etat de Vaud ont signé une convention intitulée " charge foncière ", d'où il ressort que le permis de construire une serre sur la parcelle no 3 était soumis à la constitution d'une charge foncière au bénéfice de l'Etat de Vaud pour une durée de trente ans. La charge foncière ainsi constituée a pour objet le " maintien d'usage du bien-fonds et des constructions à des fins de production principalement en relation directe avec le sol ".
Par convention des 13 octobre et 10 novembre 1998, X._ a constitué une servitude personnelle de superficie en faveur de la fermière grevant la parcelle no 3. A teneur de ce document, le superficiaire, à savoir la fermière, était autorisé à construire et à maintenir une serre horticole sur la surface grevée, afin d'y poursuivre et d'y développer ses activités. Le droit de superficie entrait en vigueur dès l'inscription de la servitude au registre foncier et durait jusqu'au 30 juin 2010. A son expiration, le superficiaire avait droit à une indemnité égale à la valeur d'expertise de la construction, le superficiant conservant la faculté d'exiger la remise des lieux dans leur état antérieur, soit la démolition de la construction aux frais du superficiaire.
Le 7 juin 2006, U._ a manifesté son intérêt pour acquérir la parcelle no 3. X._ lui a cependant opposé un refus.
Le 24 juin 2008, X._ et sa fille, X.A._, qui a reçu en donation de son père la parcelle no 2, ont résilié le bail à ferme les liant à la fermière pour le 30 juin 2012.
B.
B.a. Par requête du 11 juillet 2008, puis ensuite de l'échec de la conciliation, par demande du 20 janvier 2009, la fermière a ouvert action en annulation de la résiliation devant le Tribunal civil d'arrondissement de La Côte. Les dernières conclusions qu'elle a prises tendent, en substance, à ce que la résiliation soit déclarée nulle voire annulée, subsidiairement à ce que l'échéance du bail soit reportée au 30 juin 2014 et que le bail à ferme soit prolongé pour six ans dès cette date, soit jusqu'au 30 juin 2020. Elles tendent également à ce que l'objet du bail soit limité à la parcelle no 3 dès le 1er juillet 2014 ainsi qu'à la réduction du montant du fermage.
X._ et X.A._ ont pour leur part, notamment et en dernier lieu, conclu au rejet des conclusions prises par la fermière et à ce qu'ordre soit donné à celle-ci d'évacuer à ses frais, à l'échéance du bail, toutes les plantes se trouvant sur les parcelles affermées, souches comprises, et de faire procéder à l'enlèvement de la serre implantée sur la parcelle no 3 dans un délai à dire de justice et à ce que le fermage soit augmenté de 900 fr. par mois.
X._ est décédé le 1er mars 2010. X.A._ et X.B._, ses enfants, ont pris sa place en qualité de défendeurs au procès, de même que Z._, notaire, exécuteur testamentaire de feu X._.
Par jugement du 26 octobre 2017, le tribunal a en substance dit que la résiliation signifiée le 24 juin 2008 était valable avec effet au 30 juin 2014 (ch. I), que le bail à ferme agricole était prolongé de quatre ans, soit jusqu'au 30 juin 2018 (ch. II), que dès le 1er janvier 2013 le fermage relatif à la parcelle no 2 était réduit proportionnellement à la surface affermée (ch. III) et a ordonné à la demanderesse de faire procéder à l'enlèvement de la serre implantée sur la parcelle no 3 dans un délai échéant au 30 juin 2018 (ch. IV).
B.b. Parallèlement à la procédure en annulation de la résiliation, la fermière a saisi, le 18 décembre 2012, la Commission foncière d'une requête tendant à la fixation du prix licite des parcelles nos 1 et 3 qu'elle souhaitait acquérir. Cette procédure a fait l'objet de recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal et du Tribunal fédéral.
B.c. Statuant par arrêt du 31 octobre 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal a rejeté les appels interjetés par les parties et confirmé le jugement du 26 octobre 2017. Les motifs retenus par la cour cantonale seront exposés, dans la mesure utile, lors de l'examen des différents griefs articulés dans le recours.
C.
Contre cet arrêt, la demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 10 décembre 2018, concluant à sa réforme en ce sens que le bail à ferme agricole est prolongé de six ans, soit de deux ans supplémentaires jusqu'au 30 juin 2020 (ch. II du jugement de première instance), et qu'elle est libérée de son obligation de procéder à l'enlèvement de la serre implantée sur la parcelle no 3 (ch. IV du jugement de première instance). Elle se plaint de violation de l'art. 27 al. 4 LBFA et de la LAT.
Ni les défendeurs intimés ni la cour cantonale n'ont été invités à se prononcer.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF), par la fermière qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF), dans une affaire de bail à ferme (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF; ATF 136 III 196 consid. 1.1 p. 197), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Dans un premier grief, la recourante se plaint de violation de l'art. 27 al. 4 LBFA.
3.1. Aux termes de l'art. 27 LBFA, lorsque la continuation du bail peut raisonnablement être imposée au défendeur, le juge prolonge le bail (al. 1). Le juge prolonge le bail de trois à six ans. Il apprécie les situations personnelles et tient compte notamment de la nature de la chose affermée et d'une éventuelle réduction de la durée du bail (al. 4). Est généralement déterminante l'importance de la chose affermée pour les parties (Studer/Hofer, Das landwirtschaftliche Pachtrecht, 2e éd. 2014, n. 607 p. 417).
Le Tribunal fédéral ne contrôle qu'avec retenue une décision de dernière instance cantonale prise dans l'exercice du pouvoir d'appréciation. Il intervient lorsque le prononcé s'écarte sans raison des règles établies en la matière par la doctrine et la jurisprudence, ou lorsqu'il repose sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore lorsqu'il méconnaît des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; en outre, le Tribunal fédéral redresse les décisions d'appréciation qui aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 143 III 261 consid. 4.2.5 i.f. p. 269; 137 III 303 consid. 2.1.1 p. 305; 130 III 28 consid. 4.1 p. 32).
3.2. Le Tribunal civil a arrêté la durée de la prolongation du bail à quatre ans, tenant compte, d'un côté, du fait qu'il ne serait certes pas aisé pour la fermière de retrouver de nouvelles surfaces à exploiter, mais, de l'autre, du fait que celle-ci n'exploitait plus qu'une partie des terres affermées, qui plus est de manière non conforme à l'usage de la branche. La cour cantonale a tout d'abord écarté les circonstances pénibles de la fin du bail invoquées par la demanderesse. Elle a retenu que celle-ci n'avait pas établi être dans l'impossibilité de trouver une autre pépinière à exploiter dans la région et n'indiquait pas quelle démarche elle aurait entreprise à cette fin. La liquidation de l'exploitation en deux mois ne justifiait au demeurant pas une prolongation de deux années supplémentaires, dans la mesure où le bail avait été résilié en juin 2008 et que la demanderesse, assistée d'un avocat dès fin 2008, ne pouvait partir de l'idée que la résiliation serait assurément déclarée nulle ou annulée, ni qu'elle obtiendrait nécessairement la prolongation maximale prévue par la loi à l'issue du délai de congé. Cela était d'autant moins légitime qu'elle s'était désinvestie de l'exploitation des terres affermées depuis 2016 au moins. La perte des capitaux investis et des investissements effectués en raison de la liquidation, outre qu'elle n'était pas établie, n'imposait pas non plus une prolongation plus longue du bail.
La cour cantonale a ensuite laissé ouverte la question de savoir si les circonstances pénibles de la fin du bail pour l'administratrice devaient être prises en compte, étant donné la forme choisie pour conclure le contrat. Ces circonstances ne justifiaient en tout état pas de prolongation plus importante. L'exploitation des terres affermées comme seule source de revenus de l'administratrice avait suffisamment été prise en compte, ce d'autant que la demanderesse ne démontrait pas les mesures entreprises pour trouver une source de revenus alternative. Au dire de l'expert judiciaire, la source de revenus actuelle ne provenait d'ailleurs pas de l'exploitation du sol, mais du négoce et de la vente de plantes hors sol. L'âge de l'administratrice, également pris en compte par l'autorité précédente, ne justifiait pas une prolongation plus longue, vu celle déjà accordée et la date à partir de laquelle l'administratrice a su qu'elle devait quitter les terres litigieuses. Il en allait de même du logement de l'administratrice sur les terres affermées, puisque, en vertu de la jurisprudence en matière de bail ordinaire, les désagréments nécessairement liés à toute résiliation, telle l'obligation de déménager, ne constituaient pas en eux-mêmes des conséquences pénibles du congé. Si le but de la prolongation était de permettre au locataire de disposer de temps supplémentaire pour trouver des locaux de remplacement ou d'adoucir les conséquences pénibles de l'extinction du contrat, une prolongation de quatre ans paraissait amplement suffisante, cette durée étant d'ailleurs le maximum prévu pour les locaux d'habitation par l'art. 272b CO, en l'espèce inapplicable.
La cour cantonale a enfin retenu que l'existence de procédures administratives pendantes et le droit de préemption légal dont disposait la demanderesse ne justifiaient pas une prolongation, sauf à accorder automatiquement une prolongation maximale à tout fermier titulaire d'un tel droit, ce qui ne correspondait pas à la volonté du législateur. Au demeurant, la demanderesse n'avait manifesté son intérêt à acheter qu'une seule des parcelles affermées (no 3), laquelle n'était, selon l'expert judiciaire, plus exploitée ni entretenue selon l'usage de la branche en Suisse romande, ce qui empêchait qu'elle puisse se prévaloir d'un droit de préemption au regard des conditions posées par l'art. 47 al. 1 let. a LDFR.
3.3.
3.3.1. La demanderesse se plaint d'abord de ce que la cour cantonale l'aurait artificiellement différenciée de son administratrice, violant ainsi les principes tirés de la théorie de la transparence (Durchgriff). Il apparaît toutefois que la cour cantonale, bien qu'elle ait émis un doute sur la pertinence d'examiner les circonstances personnelles de l'administratrice pour déterminer la durée de la prolongation, en a tenu compte dans son appréciation. Elle s'est ainsi largement prononcée sur l'exploitation des terres affermées comme seule source de revenus de l'administratrice, l'âge de celle-ci et le fait que son logement se trouve sur les terres litigieuses (cf. consid. 3.2 supra). La demanderesse, au-delà de sa critique sur la violation du principe de la transparence, ne s'en prend pas précisément à ces motivations. Tout au plus se contente-t-elle d'énoncer que les conséquences de la résiliation sont différentes en matière de bail à ferme agricole et de bail d'habitation et que la LBFA a le pas sur le CO en qualité de réglementation spéciale. Elle oublie ce faisant que la cour cantonale n'a aucunement fait primer les règles du CO, dont elle précise qu'elles sont inapplicables, mais qu'elle les a utilisées uniquement par analogie pour répondre à l'argument de la situation personnelle de l'administratrice ayant son logement sur les terres affermées.
3.3.2. La demanderesse reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir retenu le mauvais entretien des terres et l'intérêt des bailleurs à pouvoir récupérer celles-ci dans un état convenable, respectivement les remettre en état, pour ne pas accorder une prolongation maximale de six ans. Elle affirme de manière péremptoire que le mauvais entretien des terres n'a pas été établi, l'expertise judiciaire diligentée par N._ en 2016 n'ayant pas été considérée comme suffisante pour retenir qu'elle violait ses obligations d'exploitation et d'entretien et qu'elle devait réparation du préjudice allégué par les bailleurs à hauteur de 250'000 fr. Or, si la cour cantonale a rejeté la prétention en réparation du préjudice des bailleurs - question distincte de celle de la prolongation du bail - ce n'est pas parce que le mauvais entretien des terres n'était pas établi, mais parce que l'état des parcelles en début de bail n'était pas établi. La limitation de la prolongation du bail à quatre ans et le rejet concomitant de la prétention en indemnisation ne procèdent donc d'aucun raisonnement contradictoire. A cela s'ajoute que la demanderesse ne conteste pas que la procédure a démontré qu'elle a modifié sa manière d'exploiter les terres à la suite de la résiliation, en se désinvestissant sensiblement depuis 2016 au moins. Tout au plus se justifie-t-elle à ce propos en exposant qu'il ne pouvait être attendu d'elle qu'elle soit encline à procéder, postérieurement à la résiliation, à des investissements dont les fruits ne pourraient être récoltés que plus tard, peut-être à un moment où elle aurait déjà dû quitter les lieux.
3.3.3. La demanderesse se plaint également de ce que la cour cantonale a retenu qu'elle n'avait pas démontré être dans l'impossibilité de trouver une autre pépinière à exploiter dans la région. En guise d'argumentation, elle se réfère à la procédure en fixation du prix licite qu'elle a introduite devant les juridictions administratives vaudoises (cf. consid. B.b). Elle soutient que, dans le cadre de cette procédure, les juridictions auraient dû comparer le prix d'acquisition à celui payé en moyenne pour des entreprises ou des immeubles agricoles comparables de la même région au cours des cinq dernières années (cf. art. 66 al. 1 LDFR), mais qu'aucune comparaison n'a en l'occurrence été possible, faute de statistiques sur les ventes en bloc d'entreprises agricoles, rares et jamais comparables dans le canton de Vaud. Cet élément serait selon elle " de nature à démontrer qu'acquérir une autre pépinière à exploiter dans la région n'est tout simplement pas possible "dans la mesure où " il existe peu, voire pas du tout d'objet du type de celui qui est loué ". Contrairement à ce que semble penser la demanderesse, ce n'est pas parce qu'il n'aurait pas été possible d'effectuer une comparaison directe entre des objets similaires dans une même région, aux fins de déterminer un prix licite d'acquisition, qu'il lui était nécessairement impossible de trouver un site de remplacement. Cette seule circonstance, empruntée à une procédure étrangère à celle en cause, ne lui permettait en tous les cas pas de faire l'économie de démontrer, dans le procès civil en prolongation du bail à ferme agricole, qu'elle a entrepris de vaines démarches pour trouver un site de remplacement, ou qu'une situation de pénurie sévirait sur le marché. La cour cantonale était donc parfaitement fondée à retenir que la demanderesse n'avait pas établi qu'elle serait dans l'impossibilité de trouver une autre pépinière à exploiter dans la région, faute d'indiquer les démarches qu'elle aurait entreprises à cette fin.
3.3.4. La demanderesse reproche enfin à la cour cantonale d'avoir considéré que les désagréments invoqués sont ceux liés à toute résiliation du contrat et ne constituent pas en eux-mêmes des conséquences pénibles du congé. Elle soutient qu'elle exploite les terres affermées depuis 22 ans, que le fermage payé à ce jour, soit près de 1'300'000 fr., représente pratiquement la valeur du site et qu'elle a effectué un apport de 400'000 fr. pour améliorer et rénover celui-ci dans la perspective de l'exploiter conformément aux besoins de la branche et de l'habiter. Par la résiliation, elle se dit non seulement contrainte de déménager, mais aussi de liquider la société, avec pour effet de perdre sa source de revenus, son habitation et les capitaux investis. Hormis les investissements prétendument effectués, que la demanderesse ne conteste pas n'avoir pas établis, les désagréments invoqués s'avèrent inéluctables et on ne voit guère ce qu'une prolongation de six ans au lieu de quatre pourrait y changer. Cela vaut d'autant plus que, de son propre aveu, la demanderesse n'entreprend aucune démarche pour trouver d'autres terres à exploiter.
3.3.5. Dans ces circonstances, le grief de violation de l'art. 27 al. 4 LBFA s'avère mal fondé.
4.
Dans un second grief, la recourante se plaint de violation de la LAT en rapport avec l'obligation d'enlever la serre.
4.1. La cour cantonale a retenu que la charge foncière constituée visait à garantir le maintien de l'usage du bien-fonds et des constructions à des fins de production principalement en relation directe avec le sol, mais n'obligeait pas les bailleurs à conserver la serre. La demanderesse ne pouvait donc rien déduire en sa faveur de l'existence de la charge foncière. Elle ne pouvait pas plus se prévaloir de ce qu'un permis de démolir devrait être obtenu pour enlever la serre, puisque cela ne changeait rien au droit accordé aux bailleurs d'exiger la démolition de celle-ci.
4.2. Dans son recours, la demanderesse reproche à la cour cantonale de s'être immiscée dans la relation de droit public liant les défendeurs à l'Etat par le biais de la charge foncière de droit public constituée le 15 septembre 1998 pour une durée de trente ans. Elle plaide que l'ordre donné de procéder à l'enlèvement de la serre viole l'art. 22 LAT, lequel prévoit que toute démolition d'une construction n'est ordonnée que sur autorisation de l'autorité compétente, et que seule une décision administrative adressée aux titulaires de la charge foncière, soit les défendeurs, pourrait donner ordre de démolir la serre.
4.3. Contrairement à ce que semble penser la demanderesse, il ne s'agit pas, dans le cadre de la présente procédure, de statuer sur l'octroi d'un permis de démolir la serre, mais de statuer sur les rapports civils liant les parties. Or, ces rapports donnent - ce qui n'est pas contesté - le droit aux défendeurs d'exiger la remise des lieux dans leur état antérieur, soit la démolition de la serre aux frais de la fermière. Les démarches administratives à entreprendre à cette fin, par hypothèse l'obtention d'un permis de démolir par les propriétaires, n'y changent rien. N'y change rien non plus la charge foncière, constituée dans le seul but de garantir le maintien de l'usage du bien-fonds et des constructions à des fins de production principalement en relation directe avec le sol, ce qui ne requiert aucunement que la serre soit conservée. En tout état, dès lors qu'il n'est pas fait droit à la prolongation supplémentaire requise (cf. consid. 3 supra), la demanderesse n'a aucun intérêt au maintien de la serre au-delà de la fin du bail.
Le grief de violation de la LAT tombe donc à faux.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté.
Compte tenu de cette issue, les frais de procédure seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens aux intimés, qui n'ont pas été invités à se déterminer.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 18 juillet 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt