Faits :
A.
Par jugement du 13 avril 2017, le Tribunal de police du canton de Genève a acquitté A._ du chef de lésions corporelles graves par négligence (art. 125 al. 1 CP), a condamné l'Etat de Genève à lui verser 28'350 fr. à titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure, a débouté X._ et B._ de leurs conclusions civiles et a laissé les frais de la procédure à la charge de l'Etat.
B.
Par arrêt du 26 février 2018, la Chambre pénale d'appel et de révision a rejeté l'appel de X._ contre ce jugement.
Elle a retenu les faits suivants.
B.a. Le 24 février 2014 à Genève, X._ et son fils C._ ont rencontré A._, spécialiste FMH en urologie exerçant en qualité de médecin indépendant à la Permanence D._ (ci-après: la Permanence), lors d'un rendez-vous d'information au sujet d'une circoncision rituelle.
Le 31 juillet 2014, vers 20h00, A._ et E._, infirmière au sein de la Permanence, ont reçu X._ et C._ en vue de procéder à l'opération de circoncision prévue sur C._, alors âgé de quatre ans. Ils leur ont rappelé les étapes de l'opération et le fait qu'il était préférable que X._ maintienne son garçon des deux mains, reste assis près de lui pour le rassurer et s'abstienne de prendre des photos lors de l'incision, l'enfant n'étant que localement anesthésié. Ce nonobstant, X._ a pris de nombreux selfies avec son fils et immortalisé la plupart des étapes de la circoncision, sur lesquels l'enfant apparaît toujours calme et immobile. Au moment précis où, tenant le bistouri de la main droite, A._ a initié le geste chirurgical, qui n'a duré qu'une ou deux secondes, l'enfant a bougé son bassin, de sorte que le gland a échappé à la prise gauche du médecin, qui l'a lâché, le coupant complètement de la main droite. Le gland et le prépuce sectionnés sont restés attachés à la pince Kocher utilisée par le médecin pour tenir le prépuce.
B.b. A._ a immédiatement entrepris une chirurgie reconstructive. Il a effectué une anastomose circonférentielle de l'urètre aux quatre points cardinaux, avant de procéder à la suture du gland lui-même. Ne disposant pas de sonde urinaire Foley de taille adaptée, la Permanence étant en rupture de stock, A._ l'a remplacée par un fin tuyau Butterfly, qu'il a temporairement inséré dans l'extrémité du pénis pour servir de tuteur lors de la reconstruction. Après avoir suturé, il a expliqué au père qu'une complication était survenue et qu'il fallait transporter l'enfant à l'Hôpital G._, afin de poser la sonde servant à drainer l'urine, ce que X._ n'a pas voulu, préférant attendre l'arrivée de son épouse. Dans l'intervalle, A._ a pratiqué une autre circoncision pendant 30 minutes dans la salle attenante. La mère de l'enfant n'arrivant pas, A._ s'est rendu aux urgences pédiatriques de l'Hôpital G._ afin d'obtenir la sonde adéquate, en vain, la recommandation lui ayant été faite de venir avec l'enfant. Ce matériel n'étant pas disponible à la pharmacie H._, A._ est retourné à la Permanence vers 22h00 et a finalement convaincu X._ de se rendre à l'Hôpital G._, où l'enfant a été hospitalisé le 1er août 2014 peu après minuit. Selon la fiche d'admission aux urgences pédiatriques de l'Hôpital G._ du 1er août 2014, C._ présentait un bon état général, était alerte et eupnéique.
B.c. C._ est resté hospitalisé du 1er au 27 août 2014. Selon l'avis et la lettre de sortie de l'Hôpital G._ du 27 août 2014, des points de suture séparés sur tout le périmètre de ce qui semblait être la base du gland étaient observés au status d'entrée. Il n'y avait pas de globe vésical. Le diagnostic principal était une lésion de la verge de type amputation du gland avec suture directe survenue au cours d'une circoncision. Le patient avait présenté des complications, soit une fistule urétrale au niveau du sillon balanopréputial, face ventrale de la verge, ligne médiane, ainsi qu'une suspicion de sténose du méat avec jet urinaire bifide, voire trifide. C._ avait subi quatre interventions, à savoir la pose d'une sonde urinaire transurétrale Charrière 10 et confection d'un pansement sous anesthésie générale le 1er août 2014 à 02h30, suivie d'une réfection du pansement sous anesthésie générale à 15h00, la pose d'un Cystofixet vérification de la position de la sonde urétrale le 12 août 2014, ainsi que l'ablation de la sonde urétrale le 20 août 2014, sous anesthésie générale. Au status de sortie, les médecins notaient une verge avec une impression de saut de calibre au niveau de l'ancien sillon balanopréputial, avec un gland réépithélialisé, rosé, comportant quelques traces de fibrine. La plaie circonférentielle des sutures ne suintait pas. Le méat à l'apex était difficilement visualisable, compte tenu de la présence de deux orifices millimétriques donnant l'impression d'une sténose secondaire du méat. La fistule n'était pas visible en dehors des mictions. C._ nécessitait de pouvoir se rendre aux toilettes dès qu'il en ressentait le besoin, la possibilité de bénéficier d'un WC individuel à l'école étant souhaitée.
B.d. S'agissant du suivi postopératoire de C._, les médecins ont confirmé, à l'automne 2014, que l'évolution de la cicatrisation était satisfaisante. A l'examen clinique, le gland était parfaitement coloré, mais il existait une fistule punctiforme. Par ailleurs, l'enfant présentait un rythme mictionnel de type pollakiurie (une quinzaine de mictions par jour) et avait du mal à uriner debout.
Environ 16 mois après l'amputation, l'évolution de C._ était stable. La vascularisation du gland était satisfaisante. Le déficit volumique du membre sur le côté latéral droit n'évoluerait certainement plus. La fistule située au niveau du sillon balanopréputial persistait. L'enfant avait pris des habitudes mictionnelles favorables.
B.e. C._ a été hospitalisé du 28 octobre au 3 novembre 2016 à la suite de l'intervention chirurgicale du Dr I._, visant à fermer la fistule urétro-cutanée post amputation du gland. Selon ce médecin, depuis l'intervention, C._ allait plutôt bien. D'un point de vue urologique, l'évolution était favorable, dès lorsqu'il n'y avait plus de fistule et que l'enfant avait un bon jet urinaire, ce qui signifiait qu'il n'y avait pas de sténose. Il n'était pas encore possible de quantifier précisément une éventuelle perte de sensibilité du gland. S'agissant de la forme générale de son pénis, il y avait une petite perte de substance latérale du gland qui donnait une forme un peu " carré-bossue " à celui-ci, mais l'aspect était globalement satisfaisant et le problème était relativement discret. Quant à l'évolution future des lésions physiologiques, la réapparition de fistules était possible, le risque de récidive étant usuellement de 5 à 10%, voire moins. Le problème de sténose devrait être suivi tout au long de la croissance et de la puberté car, le tissu cicatriciel n'étant pas de même nature, il y avait un risque de resserrement.
B.f. Par ailleurs, C._ faisait l'objet d'un suivi psychologique. Selon les déclarations de J._ lors de l'audience de jugement, l'évolution psychologique de l'enfant était positive, dans la mesure où elle avait pu distinguer une diminution de la symptomatologie, soit des troubles du sommeil et du comportement, ainsi que de l'anxiété. La poursuite du suivi était nécessaire car la santé psychologique de C._ restait fragile et la symptomatologie réapparaissait ponctuellement.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut principalement, avec suite de frais et dépens, à ce que la cause soit retournée devant l'instance cantonale pour qu'elle complète l'instruction, à ce que A._ soit déclaré coupable de lésions corporelles graves par négligence au sens de l'art. 125 CP et à ce qu'il soit condamné au paiement de 60'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 31 janvier 2014, subsidiairement à ce que la cause soit retournée à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur l'assistance judiciaire. Il sollicite également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
En vertu de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
En l'espèce, le recourant a participé à la procédure cantonale en tant que partie et a fait valoir des conclusions civiles motivées et chiffrées. Ces conclusions ont été rejetées dans la mesure où l'intimé a été acquitté. Le recourant a ainsi un intérêt juridique à la modification de l'arrêt attaqué dans la mesure où il soutient que l'infraction de lésions corporelles graves par négligence doit être retenue à l'encontre de l'intimé, et ce dernier condamné à lui verser la somme de 60'000 francs conformément à ses conclusions civiles. Il dispose dès lors de la qualité pour recourir au Tribunal fédéral.
2.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté ses réquisitions de preuve tendant à l'audition de K._, du Dr L._ et de la Prof. M._.
2.1. Selon l'art. 389 al. 1 CPP, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'art. 389 al. 3 CPP règle les preuves complémentaires. Ainsi, la juridiction de recours administre, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Conformément à l'art. 139 al. 2 CPP, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité ou déjà suffisamment prouvés. Cette disposition codifie, pour la procédure pénale, la règle jurisprudentielle déduite de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'appréciation anticipée des preuves (arrêts 6B_1387/2017 du 26 avril 2018 consid. 1.1; 6B_1370/2017 du 3 avril 2018 consid. 2.1). Le refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 141 I 60 consid. 3.3 p. 64 et les références citées).
2.2. Le recourant soutient que l'audition de K._, qui avait assisté à l'opération de son fils par l'intimé, aurait permis d'établir que A._ ne s'opposait jamais à la prise de photos pendant l'opération, qu'il ne donnait aucune information sur les risques découlant de la circoncision et que le chirurgien procédait lentement et prudemment, de sorte que l'intimé ne disait pas la vérité en affirmant que la circoncision devait aller très vite et que si quelque chose se passait, il ne pouvait plus arrêter ou rectifier son geste.
Le recourant admet que les informations que K._ pourraient apporter en lien avec la vitesse d'exécution de la circoncision ressortent également de l'expertise judiciaire. On ne voit pas, dès lors, en quoi son audition serait utile sur ce point. Pour le reste, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a considéré que, dès lors que K._ n'était pas un témoin direct des faits de la cause, son audition n'était pas nécessaire. En effet, cette personne n'était pas en position de confirmer que l'intimé aurait manqué d'informer les parents de C._ quant aux risques de l'intervention et aurait permis au père de prendre des photos au moment de l'incision.
2.3. Le recourant fait valoir que l'audition du Dr L._ aurait permis de démontrer l'absence de professionnalisme de l'intervention de l'intimé auprès de l'hôpital, la panique dans laquelle il se trouvait, et le fait qu'il avait menti à l'Hôpital G._ en affirmant qu'il avait besoin d'une sonde " pour l'enfant d'un ami qui [était] en globe vésical à domicile [sic!] ".
Comme la cour cantonale l'a relevé, ce médecin, qui n'était pas présent au cabinet de l'intimé, ne pouvait pas se prononcer sur la question de savoir si, comme le recourant le soutient, A._ voulait à tout prix éviter que l'enfant soit amené à l'hôpital. Pour le reste, l'intervention de l'intimé auprès de l'Hôpital G._ était consignée dans la note du Dr L._ du 1er août 2014 dont la cour cantonale a fait mention. Il n'était dès lors pas insoutenable de retenir que son audition n'était pas pertinente pour l'issue de la cause.
2.4. De la même manière, la Prof. M._ avait consigné son entretien téléphonique avec l'intimé quelques jours après les faits dans une note du 5 août 2014 versée à la procédure. Le recourant ne dit pas quels éléments supplémentaires utiles à l'instruction de la cause cette personne aurait pu apporter lors d'une audition.
Sur le vu de ce qui précède, l'appréciation anticipée de la pertinence des moyens de preuve offerts, à laquelle les juges cantonaux ont procédé, n'apparaît pas arbitraire. Le grief est rejeté.
3.
Le recourant invoque l'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
3.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 244). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
3.2. Le recourant conteste la crédibilité accordée aux déclarations de l'intimé. Ce dernier avait voulu dissimuler l'ampleur de l'amputation lors de son audition devant la police en affirmant que seule une partie de la tête du gland avait été sectionnée, alors que selon l'expertise, le gland a été entièrement amputé. En outre, il avait prétendu que le père de l'enfant refusait de l'emmener à l'hôpital, ce qui était faux. Le recourant avait déclaré à cet égard que le médecin lui avait dit qu'il fallait attendre que l'enfant " fasse pipi ". L'assistante de l'intimé, E._, avait démenti la version des faits de l'intimé en affirmant être allée régulièrement vérifier si l'enfant " faisait pipi ".
3.3. On ne voit pas en quoi les déclarations de l'infirmière contrediraient celles de l'intimé, dès lors qu'on peut comprendre qu'aussi longtemps que le recourant refusait de se rendre à l'hôpital en attendant l'arrivée de son épouse, l'infirmière prenait soin de vérifier régulièrement l'état de l'enfant. L'infirmière avait par ailleurs déclaré que l'intimé avait informé le recourant qu'il fallait emmener C._ à l'hôpital et avait voulu appeler une ambulance, ce que le recourant avait refusé à plusieurs reprises (arrêt attaqué, consid. B. e.a., p. 16). Les déclarations de l'infirmière concordent donc avec celles de l'intimé.
La cour cantonale a retenu que dans l'ensemble, les déclarations de l'intimé jouissaient d'une plus grande crédibilité que celles de la partie plaignante dès lors que le médecin avait tenu un discours constant, circonspect et détaillé au cours de ses nombreuses auditions. Il n'avait par ailleurs aucunement contesté, sur les points essentiels, le déroulement des faits décrits dans l'acte d'accusation. Ses explications étaient corroborées par celles du témoin E._, notamment concernant le respect du protocole opératoire. Les photographies prises par la partie plaignante illustraient encore, autant que faire se peut, ce propos. En revanche, la cour cantonale a considéré que le récit délivré par le recourant avait été fluctuant, qu'il s'était contredit sur un point significatif en affirmant n'avoir pris conscience de la gravité de la situation que plusieurs heures après l'opération, vers minuit, tout en déclarant dans sa plainte, puis à réitérées reprises par la suite, avoir lui-même ramassé le gland de son fils sur le champ opératoire, ou par terre, ce qui n'était pas plausible vu les photos. Les clichés versés à la procédure démentaient également son allégation selon laquelle l'enfant aurait perdu beaucoup de sang.
Le fait que l'intimé n'ait parlé à la police que d'une amputation partielle du gland, alors qu'il a été retenu que le gland avait été entièrement sectionné, ne rend pas encore insoutenable l'appréciation de la cour cantonale sur la crédibilité des parties, qui se fonde sur l'ensemble de leurs déclarations au cours de la procédure. Partant, le grief est infondé.
4.
Le recourant fait grief à la cour cantonale de s'être écartée sans fondement des conclusions de l'expertise sur la question du consentement éclairé des parents, de la violation des règles de l'artet du lien de causalité entre cette violation et les lésions.
4.1. Selon la jurisprudence, le juge apprécie en principe librement une expertise et n'est pas lié par les conclusions de l'expert. Toutefois, il ne peut s'en écarter que lorsque des circonstances ou des indices importants et bien établis en ébranlent sérieusement la crédibilité; il est alors tenu de motiver sa décision de ne pas suivre le rapport d'expertise. Inversement, si les conclusions d'une expertise judiciaire apparaissent douteuses sur des points essentiels, le juge doit recueillir des preuves complémentaires pour tenter de dissiper ses doutes. A défaut, en se fondant sur une expertise non concluante, il pourrait commettre une appréciation arbitraire des preuves et violer l'art. 9 Cst. (ATF 142 IV 49 consid. 2.1.3 p. 53).
Il appartient au juge de résoudre les questions juridiques qui se posent dans le complexe de faits faisant l'objet de l'expertise (ATF 118 Ia 144 consid. 1c; arrêts 6B_1297/2015 du 22 mars 2017 consid. 3.1, 6B_289/2016 du 28 décembre 2016 consid. 4.1.3 in fine).
4.2. En rapport avec le consentement éclairé du patient, le recourant souligne que selon le rapport d'expertise médical, "[i] l n'existe pas de documentation écrite permettant d'affirmer que les informations données par le Dr A._ aux parents et à l'enfant C._ eurent été adéquates " (rapport d'expertise du 6 janvier 2016, p. 11).
La cour cantonale a retenu que le recourant et son fils avaient rencontré l'intimé lors d'un rendez-vous d'information au sujet d'une circoncision rituelle, ce qui résultait de son dossier, durant lequel l'intimé avait ausculté l'enfant et avait expliqué aux intéressés, pendant plus d'une demi-heure, le déroulement de l'intervention, l'attitude à adopter durant l'acte ainsi que les risques et les complications, y compris ceux liés aux lésions du gland et de l'urètre. Selon la cour cantonale, bien qu'il eût été préférable d'ajouter à ces démarches la signature de la formule usuelle de consentement de la Permanence, les déclarations de l'intimé, en particulier lors des débats de première instance, rendaient vraisemblable que l'information fournie l'avait été de façon satisfaisante.
En ce sens, la cour cantonale ne remet pas en cause la constatation de l'expert selon laquelle il n'existe aucune documentation écrite attestant des informations données aux parents de C._. Elle ne s'écarte donc pas de l'expertise, mais se limite à apprécier les moyens de preuve à sa disposition, soit ici la crédibilité des déclarations de l'intimé s'agissant de l'entretien d'information avant l'opération, pour en conclure que le médecin a rendu vraisemblable qu'il avait suffisamment renseigné le père de l'enfant. Le recourant ne démontre pas l'arbitraire de cette appréciation, étant souligné que si la signature d'un document écrit est évidemment souhaitable, cela n'exclut pas que l'existence d'un consentement éclairé puisse être établie d'une autre façon.
4.3. Le recourant reproche à la cour cantonale de s'être écartée des conclusions de l'expert judiciaire selon lesquelles la réimplantation du gland pratiquée par l'intimé avait été insuffisante et était à l'origine de la fistule urétro-cutanée dont avait souffert son fils.
4.3.1. Selon le rapport d'expertise du Dr N._ du 6 janvier 2016, la prise en charge de l'enfant à la Permanence, à la suite de la lésion, avait compromis sa santé. L'expert déduisait de la note de la Prof. M._ du 5 août 2014 que l'intimé n'avait pas pratiqué une anastomose circonférentielle de l'urètre par plusieurs points séparés comme il aurait dû le faire, mais s'était contenté d'un seul point sur l'urètre. L'impression de marche d'escaliers qu'avaient eue les chirurgiens pédiatres de l'Hôpital G._ lors de la pose de la sonde urinaire suggérait que le canal avait été " mal aligné " et que la réimplantation n'avait pas été faite dans les règles de l'art, ce qui était d'autant plus probable vu l'introduction préalable du dispositif Butterfly. En effet, un dispositif Butterfly n'était pas adapté à l'anastomose dans la mesure où il ne s'agissait pas d'une sonde mais d'une aiguille destinée à la ponction veineuse. Une sonde Foley de taille adaptée aurait dû être posée dès que A._ avait constaté la lésion du gland. L'intervention se prolongeant, il était inadéquat de tenter ce genre de geste en anesthésie locale. C._ aurait dû être emmené à l'Hôpital G._ dès la lésion du gland, ou au plus tard lorsque A._ s'était rendu compte qu'il ne disposait pas d'une sonde urinaire adéquate. L'amputation du gland comprenant donc une lésion concomitante de l'urètre et la tentative de réimplantation étaient les causes de la fistule urétro-cutanée séquellaire (rapport d'expertise, pp. 14 à 18 et 27 et arrêt attaqué, consid. B.d.a p. 10 ss).
4.3.2. L'intimé a produit une expertise privée rendue par le Dr O._, spécialiste FMH en chirurgie pédiatrique, critiquant le choix de l'expert, les conclusions de l'expertise judiciaire ainsi que les références citées à l'appui. Il en ressortait notamment que pour pallier l'absence d'une sonde urinaire, l'utilisation d'une tubulure Butterfly était un " truc intelligent " qui, en l'espèce, avait rempli la fonction qu'en attendait A._. Après l'amputation, A._ ne disposait que de quelques secondes pour choisir la meilleure option entre la réimplantation immédiate du gland ou le transfert en milieu hospitalier. La survie et la viabilité de l'amputa, de même que l'évolution favorable du patient lui avaient donné raison. Il avait effectué la réparation selon les règles qu'imposaient les circonstances particulières de l'événement. A aucun moment, à partir de l'instant où l'accident était survenu, A._ n'avait eu un geste qui aurait compromis le résultat de son intervention (arrêt attaqué, consid. B.d.c p. 12).
4.3.3. Entendu à deux reprises devant le ministère public, l'expert judiciaire a expliqué que l'anastomose était une opération rare et compliquée, qui devait être pratiquée par un médecin hautement qualifié, sous anesthésie générale, dans un bloc opératoire d'un centre de référence pour assurer la stérilité. Dès le moment où la complication était survenue, la seule attitude adéquate eût été de transférer l'enfant à l'Hôpital G._, compte tenu du type de lésion, du manque d'expérience de A._ et de la proximité de l'hôpital. Le dossier ne contenait cependant pas d'élément permettant d'affirmer que la prise en charge à l'Hôpital G._ aurait été meilleure que celle de A._, ou aurait conduit à un meilleur résultat.
La note de suite de l'Hôpital G._ du 5 août 2014 n'était pas " suffisamment claire " pour dire si A._ avait pratiqué une anastomose adéquate, dans la mesure où on ignorait si la phrase " fixer les deux bouts " se référait au pénis ou à l'urètre. Un certain nombre d'éléments " indirects " laissait supposer que la reconstruction n'avait pas été faite dans les règles de l'art, à savoir le fait que le médecin de l'Hôpital G._ avait décrit une " marche d'escalier " au sondage de l'urètre, même s'il était toujours normal de ressentir une " petite résistance ", ainsi que le développement de fistules.
Toute lésion de l'urètre présentait un risque important de développer des fistules. Même correctement effectuée, une anastomose comportait ce risque. Une réimplantation correcte du gland diminuait ce risque. En l'espèce, l'expert n'était pas certain que la fistule de C._ fusse liée à l'anastomose; elle était liée à l'amputation.
La sonde vésicale aurait dû être placée comme tuteur dès que A._ avait décidé de pratiquer l'anastomose. Le dispositif Butterfly était une sonde veineuse plus rigide qu'une sonde classique, impropre à drainer l'urine et inadaptée à une introduction dans l'urètre, pouvant engendrer des blessures supplémentaires. Aucun élément ne permettait d'affirmer, ni d'infirmer que l'insertion de la sonde Butterfly avait été traumatique (arrêt attaqué, consid. B.d.d p. 13 ss).
4.3.4. La cour cantonale a retenu que l'intimé avait effectué une anastomose circonférentielle de l'urètre aux quatre points cardinaux avant de procéder à la suture du gland lui-même, dans la mesure où il n'y avait pas d'éléments contraires au dossier et que la sensation de " marche d'escaliers ", dont on ignorait l'ampleur, ne constituait pas un indice suffisant pour en douter, l'expert ayant confirmé qu'il était normal de sentir une petite résistance au sondage de l'urètre. A cela s'ajoutait que l'expert avait expliqué pourquoi la note de suite de la Prof. M._ du 5 août 2014 n'était pas claire à cet égard et qu'une anastomose simple était suffisante chez les enfants. Selon le Dr I._, le repositionnement avait d'ailleurs été bien fait (arrêt attaqué, consid. 2.4.2 p. 29-30).
L'expert n'avait pas été en mesure d'affirmer que le dispositif Butterfly, utilisé par le médecin pour servir de tuteur, bien qu'inadéquat, avait aggravé les lésions de l'enfant, ni même que l'insertion de ce tuyau avait été traumatique. L'exposition à des lésions supplémentaires n'était qu'une simple hypothèse formulée par l'expert. Ce qui précède était d'autant plus convaincant que, selon les déclarations de Dr I._, certains urologues pédiatriques ne posaient dorénavant plus de sonde urinaire, mais un tuteur, ce qui relativisait quelque peu l'inadéquation du procédé utilisé par l'intimé. Les conclusions de l'expert privé allaient également dans ce sens.
De surcroît, l'expert judiciaire n'avait pas établi qu'une prise en charge immédiate en milieu hospitalier, selon la règle qu'il préconisait, aurait conduit à un meilleur résultat que celui de l'espèce, pas plus qu'il n'avait établi en quoi la prise en charge de l'enfant à la Permanence aurait compromis sa santé. Peu importe, dès lors, qu'une admission plus rapide à l'Hôpital G._ eût diminué le risque de fistule, s 'agissant d'une simple hypothèse, étant rappelé que même le respect scrupuleux des règles de l'art ne supprimait pas totalement ce risque (arrêt attaqué, consid. 2.4.5 p. 31).
4.3.5. Il apparaît ainsi que lors de ses auditions, l'expert n'a pas confirmé les conclusions initiales de son rapport en ce sens que l'intimé n'aurait pas effectué une anastomose circonférentielle de l'urètre, mais a indiqué que la note de l'Hôpital G._ était trop imprécise pour en tirer une conclusion dans un sens ou dans l'autre et que la résistance constatée au sondage de l'urètre, même si elle laissait supposer que la reconstruction n'avait pas été faite dans les règles de l'art, ne permettait pas non plus d'aboutir à un résultat certain à cet égard. En conséquence, la cour cantonale ne s'est pas écartée de manière insoutenable des conclusions de l'expert en retenant, au bénéfice du doute, que le médecin avait pratiqué une anastomose circonférentielle de l'urètre avant de suturer le gland, ainsi que préconisé par l'expert.
Comme la cour cantonale l'a relevé, l'expert n'avait été en mesure ni d'affirmer que le dispositif Butterfly avait causé des lésions à l'enfant, ni d'établir qu'une prise en charge immédiate en milieu hospitalier aurait conduit à un meilleur résultat que celui de l'espèce, pas plus qu'il n'avait établi en quoi la prise en charge de l'enfant à la Permanence aurait compromis sa santé. Lors de ses auditions, l'expert avait nuancé les conclusions de son rapport d'expertise et finalement retenu que la fistule de C._ était liée à l'amputation, mais pas nécessairement à l'anastomose pratiquée par l'intimé. Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas fait fi de la force probante de l'expertise ni procédé à une appréciation arbitraire de celle-ci en considérant que le dossier ne permettait pas d'établir quelles conséquences propres auraient été causées au patient par la manière dont l'intimé avait soigné l'enfant après l'amputation.
5.
Le recourant soutient que l'analyse de la cour cantonale conduisant à exclure un lien de causalité naturelle et adéquat entre les actes post amputation et les lésions n'est pas conforme au droit. Dans la mesure où l'intimé a procédé à l'anastomose sans le consentement du recourant, il n'incombait pas à ce dernier d'apporter la preuve que son fils aurait été mieux soigné à l'Hôpital G._.
5.1. L'infraction de lésions corporelles par négligence, sanctionnée par l'art. 125 CP, suppose la réalisation de trois conditions: une négligence, une atteinte à l'intégrité physique et un lien de causalité naturelle et adéquate entre ces deux éléments. Les interventions médicales réalisent les éléments constitutifs objectifs d'une lésion corporelle en tout cas si elles touchent à une partie du corps (par exemple lors d'une amputation) ou si elles lèsent ou diminuent, de manière non négligeable et au moins temporairement, les aptitudes ou le bien-être physiques du patient. Cela vaut même si ces interventions étaient médicalement indiquées et ont été pratiquées dans les règles de l'art (ATF 124 IV 258 consid. 2 p. 260 s.).
Toute atteinte à l'intégrité corporelle, même causée par une intervention chirurgicale, est ainsi illicite à moins qu'il n'existe un fait justificatif. Dans le domaine médical, la justification de l'atteinte ne peut en principe venir que du consentement du patient, exprès ou que l'on peut présumer (ATF 124 IV 258 consid. 2 p. 260). L'exigence de ce consentement découle ainsi du droit à la liberté personnelle et à l'intégrité corporelle. Il suppose, d'une part, que le patient ait reçu du médecin, en termes clairs, intelligibles et aussi complets que possible, une information sur le diagnostic, la thérapie, le pronostic, les alternatives au traitement proposé, les risques de l'opération, les chances de guérison, éventuellement sur l'évolution spontanée de la maladie et les questions financières, notamment relatives à l'assurance (ATF 133 III 121 consid. 4.1.2 p. 129). Il faut, d'autre part, que la capacité de discernement du patient lui permette de se déterminer sur la base des informations reçues (ATF 134 II 235 consid. 4.1 p. 237).
En procédure pénale, il incombe à l'accusation de prouver une violation du devoir d'information du médecin. Le fardeau de la preuve du consentement éclairé du patient, en tant qu'il constitue un fait objectif justificatif, incombe au prévenu, qui y satisfait déjà en rendant vraisemblables ses allégations (arrêt 6B_910/2013 du 20 janvier 2014 consid. 3.3 et les arrêts cités).
5.2. La cour cantonale a distingué la circoncision du prépuce de la prise en charge subséquente. Elle a retenu que les atteintes subies par C._ (amputation du gland, fistule, risque de sténose, hospitalisation et soins nécessités pour la santé physique et psychique de l'enfant) ne résultaient pas des actes du médecin pratiqués post amputation, mais de la circoncision qui ne s'était pas déroulée comme prévu. Dans la mesure où le lien de causalité naturelle et adéquat entre les actes du médecin pratiqués post amputation et les atteintes à la santé du patient faisait défaut, la question de savoir si le recourant avait donné son accord à l'anastomose, ou, en l'absence d'un tel consentement, s'il aurait accepté l'opération en ayant été dûment informé, pouvait souffrir de rester indécise. Il n'était pas davantage nécessaire de déterminer si ces divers actes étaient constitutifs d'imprévoyances coupables.
5.3. L'approche de la cour cantonale n'est pas critiquable. C'est en se fondant sur une appréciation des moyens de preuve dénuée d'arbitraire qu'elle a conclu à l'absence de lien de causalité naturelle entre les lésions de l'enfant et les actes du médecin pratiqués post amputation (cf. consid. 4.3). Etant établi que seule la circoncision est en lien de causalité avec les atteintes subies, c'est à raison que la cour cantonale a considéré que la question de savoir s'il existait un fait justificatif n'était pertinente qu'en ce qui concernait cette seule intervention. A cet égard, comme vu ci-dessus, l'intervention de circoncision a fait l'objet d'un consentement éclairé (consid. 4.2). Il s'ensuit, d'une part, que l'acte qui a atteint l'intégrité physique et psychique de C._ repose bien sur un fait justificatif; d'autre part, qu'il est sans objet de savoir si le recourant a consenti à l'anastomose pratiquée par l'intimé sur son fils, ou encore de déterminer si les gestes post ablation relèvent d'une imprévoyance coupable, puisqu'ils n'ont pas causé l'atteinte à l'intégrité corporelle.
En conclusion, l'analyse du lien de causalité ne viole pas le droit fédéral, de sorte que le grief du recourant doit être écarté.
6.
Le recourant soutient que l'intimé a fait preuve d'imprévoyance coupable lors de la circoncision, qui n'a pas été effectuée dans des conditions de sécurité suffisantes.
6.1. Selon l'art. 12 al. 3 CP, agit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, commet un crime ou un délit sans se rendre compte des conséquences de son acte ou sans en tenir compte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu et dû, au vu des circonstances, de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte qu'il mettait en danger des biens juridiquement protégés de la victime et qu'il excédait les limites du risque admissible (ATF 143 IV 138 consid. 2.1 p. 140; 135 IV 56 consid. 2.1 p. 64 et les références citées).
6.2. La cour cantonale a constaté que le recourant avait pris beaucoup de photographies et qu'il semblait que ce soit le geste de son bras, à l'évidence pour prendre un cliché, qui avait causé le mouvement de bassin de son fils. Cela étant, l'intimé avait d'emblée déclaré que s'il permettait aux parents de photographier l'avant et l'après d'une circoncision rituelle, il leur interdisait expressément de le faire durant la phase délicate de l'incision, ce qu'il avait clairement expliqué au recourant, qui l'avait bien compris. Dans la mesure où l'attention du père avait été spécifiquement attirée sur la nécessaire immobilité du patient durant l'excision, à réitérées reprises par l'intimé et son assistante, l'anesthésie n'étant que locale, il n'apparaissait pas que le médecin avait violé les règles de la prudence en décidant de pratiquer son acte nonobstant l'excitation du père, étant rappelé qu'il s'agissait d'un acte hautement symbolique aux yeux de ce dernier. Aussi, le bon sens pouvait raisonnablement suffire à donner au médecin l'assurance que l'intéressé allait se plier à ses instructions, dans l'intérêt de son fils, et cesser, ne fût-ce que l'espace d'une seconde, de prendre des clichés. La cour cantonale d'en conclure que l'amputation du gland était le résultat fortuit - bien qu'hautement regrettable - d'une conjonction de facteurs, qui ne pouvait être mise en relation avec aucune violation des règles de l'art ou d'un devoir de prudence du médecin (arrêt attaqué, consid. 2.4.6 p. 32-33).
6.3. A l'encontre de ce qui précède, le recourant fait valoir que le médecin aurait dû stopper l'intervention dès lors qu'il voyait que le père continuait de prendre des photos et que la sécurité de l'opération était dès lors compromise. Il ne conteste cependant pas que l'intimé et son assistante lui avaient demandé à plusieurs reprises de ne pas prendre de photos lors de l'incision, et qu'il avait bien compris ces consignes. Dans ces circonstances, la cour cantonale pouvait retenir que le risque que l'enfant bouge au moment de l'incision était imprévisible pour l'intimé, qui ne pouvait pas s'attendre à ce que le recourant prenne une photo au moment même de l'incision. Elle n'a dès lors pas violé le droit fédéral en excluant une imprévoyance coupable.
7.
Dans la mesure où les griefs soulevés à l'encontre de l'acquittement de l'intimé sont rejetés, les prétentions civiles du recourant doivent également être écartées. Le recourant ne saurait en particulier y voir un déni de justice de la cour cantonale.
8.
Le recourant se plaint de la violation de son droit à l'assistance judiciaire, consacré par l'art. 29 al. 3 Cst.
8.1. Selon l'art. 136 al. 1 CPP, la direction de la procédure accorde, entièrement ou partiellement, l'assistance judiciaire à la partie plaignante pour lui permettre de faire valoir ses prétentions civiles lorsqu'elle est indigente (let. a) et que l'action civile ne paraît pas vouée à l'échec (let. b). Aux termes de l'art. 137 CPP, les art. 133 et 134 s'appliquent par analogie à la désignation, à la révocation et au remplacement du conseil juridique gratuit. L'art. 134 CPP prévoit que si le motif à l'origine de la défense d'office disparaît, la direction de la procédure révoque le mandat du défenseur désigné (al. 1). Si la relation de confiance entre le prévenu et le défenseur d'office est gravement perturbée ou si une défense efficace n'est plus assurée pour d'autres raisons, la direction de la procédure confie la défense d'office à une autre personne (al. 2).
Si l'autorité a désigné un défenseur d'office, le prévenu peut néanmoins opter à tout moment de la procédure pour une défense privée, qu'il devra alors rémunérer lui-même (arrêt 1B_394/2014 du 27 janvier 2015 consid. 2 in SJ 2015 I 389). Celui qui renonce à l'assistance judiciaire comprenant la désignation d'un défenseur d'office et mandate un défenseur de son choix ne peut pas, après coup, demander à l'État le paiement de ses frais de défense, dont il avait confirmé à l'autorité qu'il les prendrait en charge. Si, dans le cours de la procédure, le justiciable change d'avis, il lui est loisible de résilier le mandat de son défenseur de choix et de présenter une nouvelle requête d'assistance judiciaire. Il ne peut pas en revanche jouer sur les deux tableaux en désignant un défenseur de son choix puis réclamer à l'Etat le paiement des frais de sa défense (arrêt 1P.310/2001du 29 juin 2001 consid. 2).
8.2. Par ordonnance du 31 octobre 2017, la cour cantonale a rejeté la demande d'assistance judiciaire formée par Me Jacques Emery au nom du recourant. Il ressort de cette décision que le ministère public a, par décision du 15 septembre 2014, mis le recourant au bénéfice de l'assistance judiciaire, compte tenu de son indigence, et désigné Me P._ en tant que conseil juridique gratuit, selon le souhait exprimé par le recourant. En date du 2 mars 2017, Me P._ a adressé au Tribunal pénal son état de frais pour l'activité déployée au titre de conseil juridique gratuit, le recourant ayant dans l'intervalle confié la défense de ses intérêts à Me Jacques Emery, lequel a assisté le recourant devant le premier juge. Aucune demande de changement du conseil juridique gratuit n'avait été adressée à la direction de la procédure du Tribunal pénal, Me Jacques Emery étant intervenu en tant que conseil de choix du recourant.
La cour cantonale a considéré que dans ces conditions, elle ne saurait nommer Me Jacques Emery en tant que conseil juridique gratuit du recourant, lequel avait renoncé à l'assistance judiciaire en désignant un avocat de choix.
8.3. Alors qu'il avait été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire, le recourant a opté pour un avocat de choix. Par courrier du 8 mai 2017 adressé à la cour cantonale, Me Jacques Emery a déposé une demande d'assistance judiciaire en indiquant représenter les intérêts du recourant avec élection de domicile en son étude. Ce dernier a ainsi mandaté un conseil de choix tout en réclamant à l'État le paiement de ses frais de défense. Cette manière de faire est proscrite par la jurisprudence, dans la mesure où elle revient à contourner les règles applicables au remplacement du défenseur d'office (cf. art. 134 CPP). Partant, la décision de refus de l'assistance judiciaire visant à couvrir les frais du conseil de choix du recourant est justifiée.
9.
Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable. Il était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 25 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy