Faits :
A.
A.a. D.D._ est propriétaire des parcelles nos *****1 et *****2 de la commune de F._, ainsi que de celles nos ****3, *****4 et *****5 de la commune de G._. Les deux premières, d'une surface respective de 8'321 m2 et 10'028 m2, ainsi que les deux dernières, qui s'étendent sur 55'188 m2 et 102'537 m2, sont plantées en vignes. La parcelle no ****3 est sise dans le village de H._; elle comporte des logements, un rural et des hangars.
Le 19 octobre 2006, feu E.D._, d'une part, ainsi que C.A._ et ses enfants A.A._ et B.A._, d'autre part, ont conclu un contrat de bail à ferme portant sur les parcelles susmentionnées. Ces fermiers possèdent en outre leur propre exploitation. C.A._ a saisi, en date du 28 octobre 2013, l'autorité compétente d'une demande de calcul du fermage licite. Il s'agissait, dans ce cadre, de déterminer si le domaine agricole en cause devait être qualifié d'entreprise agricole; si tel devait être le cas, l'approbation du fermage par l'autorité compétente était obligatoire, conformément au droit sur le bail à ferme agricole.
La Commission d'affermage agricole de la République et canton de Genève (ci-après : la Commission d'affermage) a, par décision incidente du 7 avril 2014, constaté que les parcelles en cause formaient une entreprise agricole; la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après : la Cour de justice) a annulé, le 29 juillet 2014, cette décision pour violation du droit d'être entendu de D.D._. L'instruction de la cause a alors repris auprès de ladite commission. Dans ce cadre, le Tribunal fédéral a rejeté, par arrêt du 21 juillet 2017, le recours de D.D._ tendant à la récusation des trois membres de ladite commission (cause 2C_341/2017).
A.b. Le 16 décembre 2016, la Chambre civile de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rendu un arrêt portant sur la résiliation du bail du 19 octobre 2006 : elle a admis la prolongation de ce contrat s'agissant des vignes, à savoir des parcelles nos *****1 et *****2 de la commune de F._ et nos *****4 et *****5 de la commune de G._, jusqu'au 31 octobre 2021; en revanche, elle a refusé de prolonger le bail de la parcelle no ****3 de la commune de G._ qui, en conséquence, arriverait à échéance le 31 octobre 2018.
A.c. Après avoir procédé à une inspection locale, la Commission d'affermage a, par décision incidente du 24 avril 2018, constaté que l'ensemble des terres et bâtiments de D.D._ affermés à C.A._ et ses enfants constituaient une entreprise agricole au sens du droit foncier rural, ce qui avait pour conséquence que le fermage licite de l'entreprise devait être approuvé. Le domaine viticole générait 4,933 unités de main d'oeuvre standard (ci-après : UMOS); les bâtiments agricoles et les immeubles représentaient une unité de production; les volumes des bâtiments étaient suffisants pour abriter l'ensemble du parc machines et du matériel nécessaires pour assurer l'exploitation de la totalité du domaine en cause; en outre, l'entreprise viticole pouvait fonctionner sans transformer sa production de raisin en vin, mais en valorisant sa vendange par d'autres biais.
B.
Par arrêt du 29 octobre 2019, la Cour de justice a admis le recours de D.D._ et jugé que les parcelles litigieuses ne formaient pas une entreprise agricole, mais consistaient uniquement en des immeubles agricoles. Elle a en substance relevé que la parcelle no ****3 de la commune de G._ comportait une habitation de deux logements d'une surface de 167 m2, une habitation d'un logement de 601 m2, une remise pour véhicules et machines agricoles de 272 m2, un entrepôt de stockage et dépôt d'environ 250 m2, un hangar de 25 m2, ainsi qu'un couvert de 17 m2 ne figurant pas au cadastre; ces installations, de par leur nature et caractéristiques, étaient insuffisantes pour exploiter dix-neuf hectares de terres agricoles, dont quinze hectares de vignes; elles ne permettaient pas le stockage et la transformation du raisin récolté (qui est vinifié chez le fermier), compte tenu notamment de l'absence de pressoir et de cuve; ainsi, les installations agricoles ne pouvaient pas servir de base à l'exploitation d'une entreprise agricole et n'étaient pas propres à constituer le centre d'existence de son exploitant.
C.
C.a. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Office fédéral de la justice demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt du 29 octobre 2019 de la Cour de justice et de dire que l'ensemble des terres et bâtiments loués par D.D._ à C.A._, A.A._ et B.A._ constituent une entreprise agricole au sens du droit foncier rural.
D.D._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Les observations des consorts A._ tendent au rejet de celui-ci, tout en se référant à leur propre recours à l'encontre de l'arrêt susmentionné. La Commission d'affermage fait siennes les conclusions du recours. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
Par ordonnance du 22 janvier 2020, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif.
D.D._ a spontanément déposé des observations le 27 février 2020. L'Office fédéral de la justice a persisté dans les griefs et conclusions de son recours le 9 mars 2020.
C.b. A.A._, C.A._ et B.A._ ont également agi par la voie du recours en matière de droit public à l'encontre de l'arrêt du 29 octobre 2019 de la Cour de justice. Leurs conclusions sont identiques à celles du recours de l'Office fédéral de la justice.
D.D._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La Commission d'affermage fait siennes les conclusions de l'Office fédéral de la justice. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
D.D._ a spontanément déposé des observations supplémentaires. A.A._, C.A._ et B.A._ ont persisté dans les griefs et conclusions de leur recours le 9 mars 2020.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt du 29 octobre 2019 de la Cour de justice a fait l'objet de deux recours, à savoir un émanant de A.A._, C.A._ et B.A._ (cause 1034/2019) et l'autre de l'Office fédéral de la justice (cause 1035/2019). Les deux recours se réfèrent au même complexe de faits et leur objet est identique. Partant, il se justifie de joindre les causes 2C_1034/2019 et 2C_1035/2019 et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF applicable par renvoi de l'art. 24 PCF).
2.
2.1. En vertu de l'art. 5 al. 1 de l'ordonnance fédérale du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural (ODFR; RS 211.412.110) en relation avec l'art. 89 al. 2 let. a LTF, l'Office fédéral de la justice a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral contre les décisions sur recours rendues en dernière instance cantonale fondées sur la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11)
2.2. D.D._ prétend qu'aussi bien l'Office fédéral de la justice que A.A._, C.A._ et B.A._ ne revêtiraient pas la qualité pour recourir, faute d'intérêt actuel au recours (art. 89 al. 1 LTF); elle fonde son argumentation sur le fait que, depuis le 1er novembre 2018, la parcelle n° ****3 de la commune de G._ ne fait plus l'objet du bail à ferme; or, selon elle, pour apprécier la qualité d'entreprise agricole, les immeubles agricoles doivent être effectivement loués.
En cela, l'intimée oublie que si ses biens immobiliers doivent être qualifiés d'entreprise agricole, le fermage convenu dans le contrat de bail à ferme du 19 octobre 2006 devra être soumis à l'approbation de la Commission d'affermage (cf. art. 42 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1985 sur le bail à ferme agricole [ci-après : LBFA ou la loi sur le bail à ferme agricole; RS 221.213.2]) qui devra décider si celui-ci est licite (art. 44 al. 1 LBFA). Si tel ne devait pas être le cas, la convention relative au fermage serait nulle dans la mesure où le loyer dépasse le montant licite (art. 45 al. 1 LBFA); en outre, les fermages versés en vertu d'une convention nulle peuvent être répétés dans un délai d'une année à compter de la fixation définitive du fermage, mais au plus tard dans le délai de cinq ans à compter du versement (art. 45 al. 2 LBFA). A.A._, C.A._ et B.A._ pourraient donc intenter une action en restitution du trop-perçu à l'encontre de l'intimée (art. 62 CO). Par conséquent, les intéressés ont un intérêt actuel au recours.
2.3. La Cour de justice a annulé la décision incidente du 24 avril 2018 de la Commission d'affermage; elle a jugé que les parcelles en cause constituaient des immeubles agricoles et que, partant, le bail y relatif n'était pas soumis à l'art. 42 LBFA, cette disposition ne s'appliquant qu'en présence d'une entreprise agricole. Elle a de la sorte mis fin à la procédure relative à la demande de calcul de fermage licite. Partant, est en cause un arrêt final (art. 90 LTF).
2.4. Au surplus, les recours en matière de droit public ont été déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) à l'encontre d'un arrêt rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il convient donc d'entrer en matière
3.
Le litige porte sur la qualification des parcelles appartenant à l'intimée; il s'agit de déterminer si celles-ci constituent une entreprise agricole, ce qui aurait pour conséquence que le fermage y afférent devrait être soumis à l'autorité compétente, afin d'obtenir son accord. Tel ne serait pas le cas, si ces terrains devaient être qualifiés de simples immeubles agricoles.
4.
Selon l'art. 1 al. 1 let. b LBFA, la loi sur le bail à ferme agricole s'applique au bail des entreprises agricoles au sens des art. 5 et 7 al. 1, 2, 3 et 5 LDFR.
L'art. 7 LDFR dispose:
"1 Par entreprise agricole, on entend une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production agricole et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles du pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard. Le Conseil fédéral fixe, conformément au droit agraire, les facteurs et les valeurs servant au calcul de l'unité de main d'oeuvre standard.
"1 Par entreprise agricole, on entend une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production agricole et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles du pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard. Le Conseil fédéral fixe, conformément au droit agraire, les facteurs et les valeurs servant au calcul de l'unité de main d'oeuvre standard.
...
3 Pour apprécier, s'il s'agit d'une entreprise agricole, on prendra en considération les immeubles assujettis à la présente loi (art. 2).
4 Doivent, en outre, être pris en considération:
a. les conditions locales;
b. la possibilité de construire des bâtiments manquants nécessaires à l'exploitation ou de transformer, rénover ou remplacer ceux qui existent, lorsque l'exploitation permet de supporter les dépenses correspondantes;
c. les immeubles pris à ferme pour une certaine durée.
..."
Selon l'art. 5 let. a LDFR, les cantons peuvent soumettre aux dispositions sur les entreprises agricoles les entreprises agricoles qui ne remplissent pas les conditions prévues à l'art. 7 LDFR relatives à l'unité de main d'oeuvre standard; la taille minimale de l'entreprise devant être fixée en une fraction d'UMOS et ne devant pas être inférieur à 0.6 unité.
Le droit cantonal étant ainsi réservé, le Grand conseil de la République et canton de Genève a édicté la loi d'application de la loi fédérale sur le droit foncier rural (LaLDFR; RS/GE M 1 10). L'art. 3A de cette loi dispose que les entreprises agricoles d'une taille égale ou supérieure à 0,6 UMOS sont soumises aux dispositions sur les entreprises agricoles.
4.1. En préambule, il convient de mentionner que seules les parcelles dont l'intimée est propriétaire doivent être évaluées. Les biens-fonds appartenant aux fermiers n'ont aucune influence sur la qualité d'entreprise agricole de l'exploitation appartenant à l'intimée. C'est donc à tort que les juges précédents ont déterminé la qualité d'entreprise agricole de ce domaine viticole en tenant compte de celui appartenant aux fermiers. Ceux-ci sont en charge d'une exploitation qui elle-même peut être potentiellement composées de deux entreprises : celle que le fermier loue (qui fait l'objet du litige) et celle dont il est propriétaire. Pour la présente affaire, seuls sont à examiner les biens-fonds de l'intimée.
4.2. Pour qu'une entreprise agricole soit reconnue comme telle, il faut tout d'abord la présence cumulative d'immeubles (a), de bâtiments (b) et d'installations agricoles (c) qui doivent former une unité (d). De plus, ces éléments doivent servir de base à la production agricole (e) et leur exploitation doit exiger, dans le canton de Genève, au moins 0,6 UMOS (f) (ATF 135 II 313 consid. 5 p. 321).
4.3. In casu, il n'est pas contesté que les terrains en cause (a) constituent des biens-fonds (art. 655 al. 2 ch. 1 CC) appropriés à un usage agricole (art. 6 et 7 al. 3 LDFR) et ce point ne fait aucun doute. La condition des UMOS (f) est également réalisée, puisque la décision incidente du 24 avril 2018 de la Commission d'affermage a conclu que le domaine générait 4,933 UMOS.
4.4. Les recourants s'en prennent à la conclusion des juges précédents selon laquelle les locaux d'exploitation sont insuffisants, de par leur nature et caractéristiques, pour exploiter dix-neuf hectares de terres agricoles, dont quinze de vignes. La Cour de justice a retenu que des machines agricoles plus volumineuses que de simples tracteurs sont nécessaires pour l'exploitation du domaine en cause (faucheuse, char à vendange, cisailleuse) et que celles-ci devraient être parquées sur la parcelle n° ****3; or, selon les juges précédents, il ressortait des photographies que la place dans les hangars était déjà occupée par lesdits tracteurs et du matériel, de sorte qu'il n'y avait pas d'espace libre pour ce type de machines pourtant nécessaires; toujours selon les photographies, les installations présentes sur la parcelle no ****3 de la commune de G._ sont vétustes et peu sécurisées.
4.4.1. Les bâtiments agricoles (b) sont ceux servant, d'une part, à l'habitation et, d'autre part, à l'exploitation - p. ex. les locaux techniques, granges et étables - (ATF 135 II 313 consid. 5.2.1 p. 321 et les auteurs cités; cf. aussi ATF 121 III 75 consid. 3c p. 78). La loi ne définit pas la notion d'installations agricoles (c). Certaines peuvent être de nature immobilière et faire partie des bâtiments d'exploitation. Il en va ainsi des silos ou des hangars. Leur nombre et leur variété dépendent du type d'agriculture, de son implantation géographique et de la grandeur de l'entreprise.
Les éléments principaux des bâtiments et des installations agricoles doivent être convenables (ATF 82 II 4 consid. 2 p. 8). Pour juger si tel est le cas, seuls devraient être pris en compte les besoins normaux au regard des standards prévalant dans le monde agricole. La condition de l'existence de bâtiments d'exploitation, posée pour pouvoir qualifier un domaine d'entreprise agricole, doit être considérée comme remplie même si des réparations sont nécessaires et s'il y a lieu de compléter les bâtiments existants. A cet égard, l'aménagement ou la rénovation d'un bâtiment doit être économiquement supportable. Il faut pour cela prendre en considération uniquement les revenus agricoles créés par l'entité concernée, comme l'impose l'art. 7 al. 4 let. b LDFR, et non des apports extérieurs (héritage, donation, etc.). Les experts jouent un rôle primordial dans cette appréciation. Quant aux locaux d'exploitation, ils doivent être adaptés au type d'agriculture choisi, ainsi qu'à l'étendue de l'entreprise (ATF 135 II 313 consid. 5.2.1 p. 321 et les auteurs cités).
L'exploitation doit former une unité (d) tant sous l'angle économique que géographique. Il faut en principe qu'une seule personne gère et dirige la totalité des immeubles agricoles avec les mêmes moyens humains, financiers et matériels depuis un centre d'exploitation. En outre, les bâtiments et installations, avec les terres qui y sont rattachées, formant le domaine agricole, doivent être propres à constituer le centre d'existence du paysan et de sa famille et la base de l'exploitation de l'entreprise agricole (ATF 135 II 313 consid. 5.3.1 p. 324; 110 II 304 consid. 2a p. 306; 107 II 375 consid. 2c/bb p. 378).
4.4.2. Il sied de commencer par mentionner que les juges précédents ont notamment retenu que, dans le cadre du contrat de bail à ferme du 19 octobre 2006 relatif aux parcelles en cause, feu E.D._ et les consorts A._ n'avaient pas voulu "que la propriété viticole affermée constitue une entreprise agricole au sens de l'art. 7 LDFR et que le fermage [soit] soumis à la commission pour examen". Or, selon le droit fédéral et la jurisprudence y relative, la qualité d'entreprise agricole est déterminée uniquement à l'aide de critères objectifs. Une telle approche objective s'oppose à la prise en considération d'éléments tels que la volonté des parties à un bail ou à celle du propriétaire des terrains. S'il en allait différemment, cela aboutirait à soustraire des biens immobiliers aux dispositions applicables aux entreprises agricoles, ce qui irait à l'encontre de la volonté du législateur.
4.4.3. Il ressort de l'arrêt attaqué que la parcelle n° ****3 de la commune de G._ comporte une habitation de deux logements d'une surface de 167 m 2, une habitation d'un logement de 601 m 2, une remise pour véhicules et machines agricoles de 272 m 2, un entrepôt de stockage et dépôt d'environ 250 m 2, un hangar de 25 m 2, ainsi qu'un couvert de 17 m 2. Les logements sont occupés par des employés agricoles (art. 105 al. 2 LTF). Ainsi, des habitations sont situés sur ces biens-fonds.
Comme susmentionné, les installations agricoles ne sont pas définies par l'art. 7 LDFR. Elles doivent comprendre des locaux destinés à ranger les machines nécessaires à l'exploitation des terres (EDUARD HOFER, in : Das bäuerliche Bodenrecht, 2011, n° 27 ad art. 7 LDFR). Le type et la quantité des machines dépendent de l'exploitation et diffère dans chaque cas d'espèce. Dans ce cadre, l'avis des experts est important (ATF 135 II 313 consid. 5.2.1 p. 321) et la détermination de ce qu'une entreprise doit posséder pour une exploitation rationnelle est souvent affaire de spécialistes (YVES DONZALLAZ, Le droit foncier rural et les exploitations viticoles au regard du statut de l'entreprise agricole, RDAF 2008 121, ch. 1.5). A cet égard, à l'inverse de la Cour de justice, la Commission d'affermage avait estimé, après s'être rendue sur place, que les bâtiments suffisaient à abriter l'ensemble du parc des machines et du matériel dont l'exploitation avait besoin. En outre, la Direction générale de l'agriculture et de la nature de la République et canton de Genève, par le biais de l'oenologue cantonal et une de ses collègues (art. 105 al. 2 LTF), a produit devant l'instance précédente une liste indicative des machines, tracteurs et locaux qu'une exploitation viticole de quinze à vingt hectares (qui ne vinifie pas elle-même son raisin) nécessitait et a estimé, sur cette base, la place qu'il fallait pour ranger un tel matériel; ce document mentionne les tracteurs, broyeur à serments, effeuilleuse, cisailleuse, chars, etc., et leurs dimensions, ainsi que la surface indispensable pour les entreposer; il arrive à un total de 175 m 2 pour ce faire. Or, selon l'arrêt attaqué, les hangar, remise, entrepôt et couvert sis sur la propriété totalisent 564 m 2, ce qui signifie que celle-ci comporte un espace suffisant pour ranger le matériel nécessaire pour l'exploitation du domaine. Ainsi, même si, comme le relève l'intimée, il ne s'agit là que d'une estimation, il reste une marge importante qui permettrait d'abriter les machines éventuellement omises par l'autorité susmentionnée dans la liste élaborée par ses soins. On ne saurait donc suivre les juges précédents lorsqu'ils concluent que la place à disposition dans les hangars est occupée par des tracteurs et que les machines et autre matériel exigés pour l'exploitation des terres ne pourraient pas être entreposés sur cette surface, tout en relevant que pour arriver à cette conclusion, ils se sont basés sur de simples photos. De plus, il est douteux que seuls des tracteurs soient présents sur l'exploitation, ce que semblent d'ailleurs démentir les photos du dossier. Cela étant, il n'est pas obligatoire que toutes les machines indispensables à l'exploitation soient en possession du propriétaire (YVES DONZALLAZ, Pratique et jurisprudence de droit foncier rural, 1999, n° 152 p. 77). Il est notoire que certains paysans ne possèdent pas la totalité des machines nécessaires à l'exploitation de leurs terres, notamment celles qui sont extrêmement couteuses et qui ne sont pas indispensables quotidiennement pour le travail des champs; il en va ainsi, par exemple, des moissonneuses batteuses. On ne renonce pas pour autant à qualifier une exploitation d'entreprise agricole au motif que les bâtiments à disposition ne suffiraient pas à entreposer un tel engin. D'ailleurs, selon Hofer, pour une exploitation viticole, un grand garage dans une maison familiale peut suffire (EDUARD HOFER, op. cit., n° 27 ad art. 7 LDFR). Au regard de ces éléments, on ne saurait s'écarter de l'avis des professionnels qui se sont rendus sur place et qui ont jugé que les installations présentes sur la parcelle en cause étaient suffisantes pour abriter les machines et le matériel requis pour l'exploitation des vignes de l'intimée. Au surplus, il ne fait pas de doute que les éléments susmentionnés servent de base à la production agricole (e) et que l'exploitation forme une unité (d).
La Cour de justice a également retenu que le domaine ne comprenait pas de cuves ou de pressoir pour le raisin et que les installations ne permettaient pas le stockage et la transformation du raisin issu des parcelles affermées. Or, en règle générale, les locaux de stockage d'une partie des produits ne sont pas nécessaires; dans la plupart des cas, les récoltes sont directement transportées du champ vers des entrepôts centraux, des exploitations de traitement ou la gare (EDUARD HOFER, op. cit., n° 27 ad art. 7 LDFR). En matière viticole, il n'est pas rare que des vignerons amènent leur vendange à des tiers qui se chargent de la vinification; dans ce cas, le raisin n'est en principe pas stocké sur l'exploitation. C'était d'ailleurs ce qui se passait avec le produit des vendanges issu des terres de l'intimée avant que celles-ci soient affermées aux consorts A._ : feu E.D._, qui exploitait alors les parcelles, amenait le raisin à la Cave de I._ pour la vinification, puisqu'il ne disposait pas des infrastructures pour ce faire (art. 105 al. 2 LTF).
Les biens immobiliers doivent encore être convenables (cf. consid. 4.4.1). Selon l'intimée, ses bâtiments sont vétustes et nécessitent une rénovation. Comme susmentionné, la nécessité de rénover ceux-ci n'empêche pas de considérer que la condition de l'existence d'installations (c) et de bâtiments agricoles (b) est réalisée. Néanmoins, les travaux doivent être économiquement supportables; il faut pour cela prendre en considération uniquement les revenus agricoles créés par l'entité concernée (cf. art. 7 al. 4 let. b LDFR). En l'espèce, l'intimée a touché des revenus provenant de l'affermage de ses terres pendant des années: la convention du 19 octobre 2006 prévoyait un fermage de 4'000 fr. par hectare et de 24'000 fr. par an pour le "bâtiment d'exploitation du village de H._ et la parcelle attenante n° ****3" (art. 105 al. 2 LTF), ce qui laisse penser que la rénovation est économiquement supportable pour l'exploitation. Au demeurant, l'intimée ne fait que souligner la vétusté de ses biens immobiliers, sans prétendre ne pas disposer des ressources financières pour procéder à celle-ci.
4.5. Au regard des considérations qui précèdent, les biens-fonds de l'intimée constituent une entreprise agricole au sens de l'art. 7 LDFR.
5.
Le recours de A.A._, C.A._ et B.A._ et celui de l'Office fédéral de la justice sont admis. L'arrêt du 29 octobre 2019 de la Cour de justice est annulé et la décision du 24 avril 2018 de la Commission d'affermage est rétablie.
Succombant, D.D._ supportera les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). L'Office fédéral de la justice n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF). En revanche, l'intimée en versera aux consorts A._, représentés par un avocat, dont l'intervention était justifiée (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La cause sera en outre renvoyée à la Cour de justice, afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure cantonale (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_1034/2019 et 2C_1035/2019 sont jointes.
2.
Le recours de A.A._, C.A._ et B.A._ (cause 2C_1034/2019) et celui de l'Office fédéral de la justice (cause 2C_1035/2019) sont admis. L'arrêt du 29 octobre 2019 de la Cour de justice est annulé et la décision du 24 avril 2018 de la Commission d'affermage est rétablie.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de D.D._.
4.
Il n'est pas alloué de dépens à l'Office fédéral de la justice. En revanche, une indemnité de 3'000 fr. octroyée à A.A._, C.A._ et B.A._, créanciers solidaires, est mise à la charge de D.D._ pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice, afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure cantonale.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des consorts A._ et de l'intimée, à l'Office fédéral de la justice, ainsi qu'à l'Office cantonal de l'agriculture et de la nature (OCAN) et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 8 juillet 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon