Faits :
A.
Par ordonnances pénales rendues les 3 avril, 19 mai, 12 juin, et 26 juin 2017, la Commission de police de la Commune de Lausanne (ci-après: la commission de police) a condamné X._ à des peines d'amende de respectivement 410 fr., 370 fr., 370 fr. et 450 francs à la suite d'amendes d'ordre demeurées impayées. L'autorité a, à chaque fois, informé l'intéressé qu'en cas de non-paiement et sans résultat de poursuite, la peine d'amende pourrait être convertie en peine privative de liberté de substitution de trois jours.
Par actes des 7 novembre et 5 décembre 2017, X._ a notamment conclu à ce que la commission de police constate la nullité absolue des ordonnances précitées et a requis la suspension des peines privatives de liberté de substitution au sens de l'art. 106 al. 5 en lien avec l'art. 36 al. 3 aCP. Les amendes impayées n'avaient pas encore été converties.
Par deux ordonnances du 15 décembre 2017, la commission de police a, d'une part, converti les amendes impayées résultant des ordonnances des 3 avril et 19 mai 2017 en peine privative de liberté de substitution de six jours, et a, d'autre part, converti les amendes impayées résultant des ordonnances des 12 juin et 26 juin 2017 en peine privative de liberté de substitution de six jours. La commission de police a notamment retenu que les conditions de l'art. 36 al. 3 aCP n'étaient pas réalisées.
X._ a fait opposition aux deux ordonnances du 15 décembre 2017. Par courrier du 19 janvier 2018, la commission de police a transmis l'opposition au Juge d'application des peines - autorité compétente avant le 1er janvier 2018 pour connaître des oppositions aux ordonnances rendues en application de l'art. 36 al. 3 aCP par le Ministère public ou l'autorité compétente en matière de contraventions (cf. art. 27 al. 2 de l'ancienne loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales; RSV 340.01).
Par décision du 26 février 2018, le Juge d'application des peines a notamment pris acte du retrait de l'opposition formée par X._ contre les ordonnances du 15 décembre 2017 et dit que lesdites ordonnances étaient exécutoires.
Lors de l'audience du même jour, X._ a déclaré ce qui suit: " Vous m'expliquez que le Juge d'application des peines ne peut pas faire application de l'art. 36 al. 3 [a]CP s'il n'y a pas de péjoration de la situation financière depuis le moment du jugement, à savoir depuis janvier 2017. J'en prends note et je retire mon opposition en vue d'essayer de trouver un arrangement de paiement avec la Commission de police ".
B.
Par arrêt du 7 avril 2018, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._ contre la décision du 26 février 2018 et sa requête d'assistance judiciaire pour la procédure de recours.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Préalablement, il conclut notamment à la " nullité absolue " de l'arrêt du 7 avril 2018, à la restitution du délai d'opposition, et à ce que l'assistance judiciaire gratuite complète lui soit accordée. Principalement, il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation des ordonnances pénales et à la diminution de la peine en application de l'art. 36 al. 3 aCP ou à la suspension de son exécution. Il sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire pour ce qui est de la procédure fédérale.
Considérant en droit :
1.
L'objet du litige est circonscrit par l'arrêt AP18.002146-VCR à l'application de l'art. 386 al. 3 CPP, de sorte que toutes autres considérations, en particulier celles ayant trait à l'arrêt AP18.006848-VCR et faisant l'objet de la procédure distincte 6B_754/2018, sont irrecevables (cf. art. 80 al. 1 LTF).
2.
Se plaignant en substance d'une violation de l'art. 386 al. 3 CPP, le recourant soutient qu'il a retiré à tort son " recours " parce qu'il aurait été induit en erreur par le juge d'application des peines.
2.1. Selon l'art. 386 al. 3 CPP, le retrait est définitif, à moins que la partie ait été induite à faire sa déclaration par une tromperie, une infraction ou une information inexacte des autorités. Cette disposition est applicable par analogie au retrait d'opposition (cf. GILLIÉRON/KILLIAS, in Commentaire Romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, KUHN/JEANNERET [éd.], 2011, n° 10 et 12 ad art. 353 CPP). La preuve des vices du consentement doit être apportée par celui qui s'en prévaut (ATF 141 IV 269 consid. 2.2.1 p. 271; arrêt 6B_847/2015 du 13 juin 2016 consid. 2).
2.2. En l'espèce, le recourant soutient que le juge d'application des peines l'aurait simplement informé que l'art. 36 al. 3 aCP avait été abrogé. Celui-ci aurait ainsi commis un dol et induit le recourant en erreur, de sorte qu'il aurait retiré son opposition sur la base de cette tromperie. Comme le soutient à juste titre la cour cantonale, le recourant n'apporte aucune preuve qui laisserait penser que le premier juge l'aurait " trompé ". Au contraire, il ressort du procès-verbal que le recourant a retiré son opposition après que le premier juge l'eut correctement renseigné sur les conditions d'application de l'art. 36 al. 3 aCP. C'est dès lors à bon droit que la cour cantonale a confirmé que le recourant n'avait pas été induit à retirer son opposition par une tromperie, une infraction ou une information inexacte des autorités. Le grief du recourant est rejeté.
2.3. Le retrait de son opposition étant définitif, c'est en vain que le recourant reproche aux autorités de ne pas avoir examiné les conditions d'application de l'art. 36 al. 3 aCP.
3.
Le recourant se plaint encore de ne pas avoir pu " participer aux diverses procédures de contraventions " pour des raisons médicales et en raison de sa détention et demande une restitution du délai ainsi que l'assistance d'un avocat. Il se prévaut également de la nullité absolue des ordonnances pénales et des ordonnances de conversion au motif que leur motivation ne serait pas suffisante. Il prétend également que les ordonnances pénales n'auraient pas été valablement notifiées. Aucun de ces points n'a été examiné dans l'arrêt attaqué, lequel concernait exclusivement la validité du retrait de l'opposition du recourant au sens de l'art. 386 al. 3 CPP. Les motifs invoqués par le recourant ne constituent pas un cas de nullité (sur cette notion, ATF 138 II 501 consid. 3.1 p. 503 s.) mais d'annulation que le recourant aurait dû invoquer dans le cadre des voies de droit cantonales à disposition. Les griefs du recourant sont ainsi irrecevables (cf. art. 80 al. 1 LTF).
4.
Pour le surplus, le recourant invoque une violation du droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 3 Cst., en se contentant de soutenir qu'il " n'a pas été en mesure de remettre les pièces dans le cadre de la procédure, comme il en a la possibilité légale ". Ce faisant, son argumentation ne remplit manifestement pas les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Il en va de même des griefs de violation du principe de l'égalité de traitement au sens de l'art. 8 Cst., de violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., de violation du principe du formalisme excessif et de la proportionnalité ainsi que d'abus du pouvoir d'appréciation, que le recourant se contente d'énoncer, sans indiquer en quoi l'arrêt attaqué aurait violé ces principes.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme il était dénué de chances de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière, laquelle n'apparaît pas favorable.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 24 août 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Thalmann