Faits :
A.
La société Les Grands Magasins B._ SA est propriétaire notamment des parcelles n os 10102, 10103 et 10855 à Lausanne où elle exploite un magasin sur plusieurs niveaux ainsi qu'un restaurant exploité durant les heures d'ouverture du magasin. L'on accède au magasin depuis la rue Saint-Laurent, la place Grand-Saint-Jean ou encore la rue de la Louve, situées en zone piétonne.
Il ressort d'une note du 14 juin 2010 de la Direction des travaux de la ville de Lausanne (actuellement: Direction de la culture et du développement urbain), adressée à la Municipalité, que B._ SA souhaite assainir, transformer et agrandir son magasin. Après plusieurs études, le bureau d'architecte consulté a conclu à la nécessité de démolir et de reconstruire une partie des bâtiments. Une procédure de plan de quartier Saint-Laurent (ci-après: PQ ou plan de quartier) a par la suite été ouverte.
B.
Le périmètre du plan de quartier, d'une surface totale de 4'779 m 2, est délimité au nord par la rue Saint-Laurent, à l'est par la rue de la Louve, au sud par la ruelle Grand-Saint-Jean et, dans son prolongement, par la place Grand-Saint-Jean; à l'ouest, la délimitation du plan de quartier suit la rue Adrien-Pichard, pour aboutir, au nord-ouest à l'intersection entre la rue William-Haldimand et l'entrée de la rue Saint-Laurent. Le plan de quartier prend place dans la zone de Centre historique définie par le plan général d'affectation de la ville de Lausanne (ci-après: PGA), adopté le 22 novembre 2005 et approuvé par le département cantonal compétent le 4 mai 2006, et les art. 83 ss de son règlement (ci-après: RPGA).
L'art. 1 du règlement du 19 janvier 2016 relatif au plan de quartier (ci-après: RPQ) en fixe les objectifs. Le PQ a ainsi notamment pour but la démolition et la reconstruction, avec rehaussement, des bâtiments sis sur la parcelle no 10122 (rue de la Louve 8 et ruelle Grand-Saint-Jean 4) et dans la partie sud-est de la parcelle no 10855 (rue de la Louve 6 et ruelle Grand-Saint-Jean 6); il porte également sur l'agrandissement et la surélévation partielles (sic) des bâtiments implantés sur les parcelles nos 10855 (rue Saint-Laurent 5-7 et place Grand-Saint-Jean 7) et 10103 (rue de la Louve 4). Le plan de quartier tend encore à la conservation d'une série de bâtiments figurant au recensement architectural cantonal et situés sur les parcelles nos 10102 (rue de la Louve 2; note *3*), 10111 (Temple Saint-Laurent, rue Saint-Laurent 13; note *1*), 10115 (rue Adrien-Pichard 7; note *4*), 10116 (rue Adrien-Pichard 9; note *2*), 10118 (place Grand-Saint-Jean 1; note *2*) et 10855 (rue Saint-Laurent 9 - rue Adrien-Pichard 1; note *4*).
A l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (ci-après: ISOS), mis en vigueur le 1 er octobre 2015 pour Lausanne, l'entier du périmètre du plan de quartier fait partie de la ville basse (secteur n o 2). Ce recensement ne contient de mention particulière ni pour la ruelle Grand-Saint-Jean ni pour la rue Grand-Saint-Jean; il en est de même des autres rues démarquant le périmètre du plan. Sont toutefois mentionnés, le temple Saint-Laurent et sa remarquable façade de style classique aux éléments baroques ainsi que la place Grand-Saint-Jean, décrite comme "espace au caractère intime délimité par trois immeubles respectivement résidentiel, commercial et administratif, six niveaux, 1909/2 e m. 20 e s., fontaine au bassin octogonal daté de 1777 [...], grand arbre". L'ISOS prévoit pour la ville basse un objectif de sauvegarde "A".
C.
Le plan de quartier Saint-Laurent, accompagné de son règlement (RPQ), a été mis à l'enquête publique du 24 novembre au 23 décembre 2014. Il a notamment suscité l'opposition de la société Hôtel A._ SA.
Cette société a pour but l'exploitation de l'hôtel garni A._, implanté sur les parcelles n os 10884 et 10885, dont elle est propriétaire. L'hôtel dispose d'accès donnant sur la rue Grand-Saint-Jean (parcelle n o 10885) ainsi que sur la ruelle Grand-Saint-Jean (parcelle n o 10884). Ces parcelles se trouvent à l'extérieur du périmètre du plan de quartier, au sud-ouest de celui-ci, de l'autre côté de la ruelle Grand-Saint-Jean. En revanche, à l'instar des bien-fonds compris dans le plan de quartier, elles sont affectées à la zone de Centre historique au sens des art. 83 ss RPGA; elles sont également comprises dans le secteur de la ville basse défini par l'ISOS.
La façade nord-est de l'Hôtel A._ donne directement sur certains des bâtiments de B._ SA situés de l'autre côté de la ruelle Grand-Saint-Jean, dont la largeur est d'environ 6 m. Il s'agit des édifices implantés sur les parcelles n os 10122 et 10855, aux n os 4 et 6 de la ruelle (ci-après également: bâtiments 4 et 6). Le bâtiment de l'hôtel A._ culmine à une altitude d'environ 514 m; quant aux bâtiments 4 et 6, leurs cotes d'altitude respectives sont actuellement de 504,90 m et de 507,60 m.
Dans ce secteur faisant directement face à la parcelle n o 10884, propriété d'Hôtel A._ SA, le plan de quartier prévoit une cote d'altitude maximale de 510 m pour la petite partie de la construction nouvelle prenant place sur la parcelle n o 10122; il est en particulier prévu que la pente de la toiture à la Mansart débute au niveau 505,50 m pour aboutir à 509 m; elle présente ensuite un léger replat pour atteindre, en son centre, la cote maximale de 510 m (cf. plan de quartier, coupe C-C). Au niveau de la parcelle n o 10855, la pente de la toiture du bâtiment nouveau prend naissance à 509 m, pour plafonner à 514 m, où le toit devient plat (plan de quartier, coupe D-D). S'agissant précisément des toitures plates, l'art. 18 al. 1 RPQ prévoit, en substance, que celles-ci sont accessibles, à l'exclusion toutefois de la toiture supérieure, dont l'altitude maximale est fixée à 520 m (en particulier au nord, sur la partie la plus étendue et large du fonds n o 10588).
Au regard de ces éléments, Hôtel A._ SA se plaignait essentiellement, dans son opposition du 17 décembre 2014, que le PQ autorisait la réalisation de nouvelles constructions dépassant les volumes des bâtiments 4 et 6 actuels, en contradiction avec les règles du PGA applicables au centre historique et au mépris de la stabilité des plans au sens de l'art. 21 al. 2 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700). L'hôtel perdrait en outre un atout important dès lors que certaines chambres seraient privées de la vue dont elles bénéficient actuellement sur la Cathédrale de Lausanne.
D.
Le plan de quartier Saint-Laurent et son règlement (RPQ) ont été adoptés par le Conseil communal de la ville de Lausanne le 19 janvier 2016. Le Département cantonal du territoire et de l'environnement (DTE) a rendu sa décision d'approbation préalable du PQ, le 16 mars 2016.
Le 22 avril 2016, Hôtel A._ SA a recouru contre ces décisions à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Dans le cadre de l'instruction, une inspection locale a été mise en oeuvre, le 9 novembre 2016. Par arrêt du 13 avril 2017, la cour cantonale a rejeté le recours. Elle a en substance estimé que le plan de quartier pouvait s'écarter des normes du PGA notamment en prévoyant d'autres volumes de construction. L'instance précédente a également considéré que ces nouveaux volumes permettaient de rétablir une certaine harmonie dans la ruelle Grand-Saint-Jean. Le Tribunal cantonal a encore jugé que le PQ ne contrevenait pas à l'ISOS et, enfin, que la recourante ne pouvait se prévaloir d'un droit au maintien de la vue sur la Cathédrale de Lausanne.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Hôtel A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué, la cause étant renvoyée à l'instance précédente pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Subsidiairement, la société recourante conclut à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que le recours cantonal est admis, la décision municipale du 19 janvier 2016 ainsi que la décision d'approbation préalable du 16 mars 2016 sont annulées.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et rappelle les compétences professionnelles en matière d'architecture et d'urbanisme des assesseurs ayant siégé. Le Service cantonal du développement territorial (ci-après: SDT) n'a pas de remarques à formuler et s'en remet à justice. Le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique (ci-après: SIPAL) déclare n'avoir pas d'éléments complémentaires à apporter à ses écritures déposées au stade de la procédure de recours cantonal, auxquelles elle se réfère. L'Office fédéral de la culture (ci-après: OFC) renonce, après examen du dossier, à prendre position. La Commune de Lausanne conclut au rejet du recours. La société recourante a répliqué.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Propriétaire d'un hôtel situé à proximité immédiate de bâtiments dont le plan de quartier litigieux permet notamment le rehaussement, la recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui confirme la validité de cette planification; elle peut dès lors se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière.
2.
A titre de mesure d'instruction, la recourante sollicite la mise en oeuvre d'une inspection locale. Il n'y a pas lieu de donner suite à cette requête, le Tribunal fédéral s'estimant suffisamment renseigné pour statuer en l'état du dossier, lequel comporte non seulement le plan litigieux lui-même - et les différentes coupes qui le composent -, mais également les déterminations des différents services de l'Etat concernés, ainsi qu'une série de photographies prises à l'occasion du transport sur place diligenté par l'instance précédente.
3.
Dans une première partie de son écriture, la recourante présente sa propre version des faits et demande au Tribunal fédéral de compléter les constatations cantonales sur certains points.
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 313 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
3.2. A l'appui de ses allégations, la recourante invoque certes les art. 97 et 105 LTF. Elle ne cherche cependant aucunement à démontrer que les constatations cantonales procéderaient d'une appréciation arbitraire. Tel est en particulier le cas des allégations liées aux pertes financières que subirait l'hôtel en cas de réalisation du PQ: la recourante se contente en effet à ce sujet d'affirmer, sans autre forme d'explication, que l'état de fait cantonal serait lacunaire sur ce point et qu'il devrait, pour ce motif, être complété par les résultats de l'expertise financière privée produite devant la cour cantonale ainsi que par les déclarations formulées à ce propos par le Président d'Hôtellerie lausannoise. Ce faisant, elle ne démontre pas qu'il serait insoutenable d'avoir, comme l'a fait le Tribunal cantonal, relativisé le préjudice allégué, après avoir constaté que seules quelques chambres de l'hôtel étaient concernées par la perte de vue, qu'il ne s'agissait pas du seul attrait de l'hôtel - celui-ci pouvant se targuer de sa situation centrale - et que la perte d'ensoleillement n'était que marginale (cf. consid. 4.5). Il est également sans pertinence d'exiger de la Cour de céans qu'elle complète l'état de fait par l'adjonction de certains passages du préavis de la municipalité du 3 septembre 2015 confirmant l'intérêt privé de l'exploitant du centre commercial. La cour cantonale n'a en effet pas nié l'existence d'un tel intérêt; elle a cependant jugé que le projet poursuivait aussi un intérêt public lié à la revitalisation du centre ville commandant l'adoption du plan de quartier. Cet aspect relève toutefois du fond et sera examiné ultérieurement (cf. consid. 4.3).
3.3. En définitive, de nature largement appellatoire, les critiques liées à l'établissement des faits doivent être écartées dans la faible mesure de leur recevabilité.
4.
4.1.
Sur le fond, la recourante se plaint d'une violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), des principes de proportionnalité et d'intérêt public des restrictions à la propriété (art. 36 Cst.), de la loi fédérale sur la protection de la nature du 1 er juillet 1966 (LPN; RS 451) et de l'ISOS, du droit fédéral de l'aménagement du territoire, en particulier des art. 2, 6, 9, 17, 21 et 25a LAT.
Ses reproches portent essentiellement sur la conformité du plan de quartier avec les objectifs de protection poursuivis par l'ISOS pour le secteur de la ville basse; à suivre la recourante, il n'en aurait tout simplement pas été tenu compte lors de l'élaboration du plan litigieux. Elle soutient par ailleurs que le plan de quartier ne répondrait qu'aux seuls intérêts privés de l'exploitante du centre commercial existant. L'adoption du PQ contreviendrait en outre à la stabilité des plans, celui-ci dérogeant à la réglementation du PGA (zone du centre historique; art. 83 ss RPGA), sans qu'un changement de circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT ne le justifie. Elle se prévaut enfin d'une application arbitraire de l'art. 66 LATC ainsi que des art. 83 ss, en particulier 94 RPGA, estimant que le plan de quartier ne répondrait pas aux objectifs d'aménagement poursuivis par la commune.
4.1.1. En droit vaudois, le plan de quartier est défini comme un plan d'affectation communal ou intercommunal limité à une portion déterminée du territoire et fixant des conditions détaillées d'urbanisme, d'implantation et de construction dans ce périmètre (art. 64 al. 1 LATC). Son contenu est défini par la même règle que celle régissant le plan d'affectation (art. 47 LATC par renvoi de l'art. 64 al. 2 LATC), des précisions complémentaires pouvant y figurer (art. 69 LATC). Matériellement, le plan de quartier occupe le même rang hiérarchique que le plan d'affectation (cf. MARC-OLIVIER BESSE, Le régime des plans d'affectation, en particulier le plan de quartier, thèse, 2010, p. 51 s.). Il peut toutefois être reconnu une prééminence fonctionnelle au plan d'affectation dans la mesure où c'est bien cet instrument qui sert en premier lieu à mettre en oeuvre les orientations décidées dans les plans directeurs sur l'ensemble du territoire communal (cf. arrêt 1C_424/2014 du 26 mai 2015 consid. 4.1.2; BESSE, op. cit., p. 345). Avec le plan de quartier, l'attention des autorités communales est en revanche concentrée sur les problématiques de proximité (cf. arrêt 1C_800/2013 du 29 avril 2014 consid. 2.2.2). Le plan de quartier peut s'écarter des normes du plan d'affectation, à condition de respecter les objectifs d'aménagement de la ou des communes et les principes applicables à l'extension des zones à bâtir; il abroge dans le périmètre les règles générales du plan d'affectation qui lui sont contraires (art. 66 al. 1 LATC). Le législateur vaudois admet ainsi que le plan de quartier fasse l'objet d'une pesée des intérêts propre, pouvant parvenir à un résultat différent de celui ayant présidé à l'adoption du plan général. Cela peut notamment s'expliquer par un changement de circonstances, mais aussi par la spécificité du plan de quartier (cf. BESSE, op. cit., p. 346).
4.1.2. Lorsqu'elles adoptent, comme en l'espèce, un plan d'affectation spécial, les autorités en charge de l'aménagement du territoire bénéficient d'une importante liberté d'appréciation dans l'accomplissement de leurs tâches (art. 2 al. 3 LAT). Cette liberté d'appréciation n'est toutefois pas totale. L'autorité de planification doit en effet se conformer aux buts et aux principes d'aménagement du territoire tels qu'ils résultent de la Constitution (art. 75 Cst.) et de la loi (art. 1 et 3 LAT). Elle doit également prendre en considération les exigences découlant des autres dispositions du droit fédéral de la protection de l'environnement au sens large, notamment la LPN (cf. ATF 129 II 63 consid. 3.1 p. 68; 121 II 72 consid. 1d p. 76; arrêt 1C_425/2008 du 26 janvier 2009 consid. 3.2). Une appréciation correcte de ces principes implique une pesée globale de tous les intérêts en présence (art. 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 [OAT; RS 700.1]).
4.1.3. Aux termes de l'art. 6 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates. Cette protection ne souffre aucune exception lorsqu'elle intervient dans le cadre de l'accomplissement d'une tâche fédérale, au sens de l'art. 2 LPN (cf. art. 6 al. 2 LPN; arrêt 1C_488/2015 du 24 août 2016 consid. 4.3). Lorsqu'il n'est, comme en l'espèce, pas question de l'exécution d'une telle tâche, la protection des objets inventoriés est concrétisée par le droit cantonal conformément à l'art. 78 al. 1 Cst. (cf. ATF 135 II 209 consid. 2.1 p. 212 s.; arrêt 1C_488/2015 précité consid. 4.3).
L'inventaire ISOS doit être pris en considération dans la pesée des intérêts de chaque cas d'espèce - y compris lors de l'accomplissement de tâches purement cantonales et communales -, en tant que manifestation d'un intérêt fédéral (THIERRY LARGEY, La protection du patrimoine, in RDAF 2012 p. 295). Une atteinte demeure possible lorsqu'elle n'altère pas l'identité de l'objet protégé ni le but assigné à sa protection; celui-ci découle du contenu de la protection mentionné dans l'inventaire et les fiches qui l'accompagnent (LARGEY, op. cit., p. 292; JÖRG LEIMBACHER, Commentaire LPN, n. 5 ss ad art. 6 LPN).
4.1.4. Dans un litige relatif à l'adoption d'un plan d'affectation, les critiques portant sur l'application des règles d'aménagement du territoire et le résultat de la pesée des intérêts relèvent ainsi du contrôle de la légalité, les intérêts à prendre en compte étant protégés par des normes du droit fédéral ou cantonal, dans le domaine de l'aménagement du territoire proprement dit ou dans d'autres domaines juridiques (ATF 132 II 408 consid. 4.3 p. 416). Le Tribunal fédéral examine en principe librement si les mesures d'aménagement du territoire répondent à un intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales, d'aspects techniques ou de trancher de pures questions d'appréciation, notamment en matière de protection des monuments et des sites (cf. ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 182; 132 II 408 consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités).
4.2. Au chapitre de la justification du projet, le rapport 47 OAT rappelle que l'agrandissement des bâtiments du centre commercial existant par transformation et surélévation ou démolition et reconstruction n'est pas conforme aux art. 93 (Bâtiments à conservés) et 94 (Bâtiments pouvant être reconstruits dans le même gabarit) RPGA, raison pour laquelle l'élaboration d'un plan de quartier est nécessaire (cf. rapport 47 OAT, ch. 3.1.1 p. 8). Il ressort non seulement de l'arrêt attaqué (cf. arrêt attaqué, consid. 3), mais surtout du rapport 47 OAT, qu'une démolition des bâtiments situés respectivement au n os 4 et 6 de la ruelle Grand-Saint-Jean et 6 et 8 de la rue de la Louve est nécessaire en raison de leur insalubrité (cf. rapport 47 OAT, ch. 3.1.6 p. 13; préavis municipal du 3 septembre 2015, ch. 3.4 p. 3). Il apparaît en outre que le rehaussement prévu par le plan de quartier est justifié par la mise en adéquation des derniers étages, d'une hauteur actuellement très faible, avec leur affectation (cf. rapport 47 OAT, ch. 3.1.6 p. 14; préavis municipal du 3 septembre 2015, ch. 3.4 p. 3).
Devant le Tribunal fédéral cette justification ne fait l'objet d'aucune discussion de la part de la recourante, de sorte que, s'agissant d'aspects techniques, rien ne commande de s'en écarter (cf. ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 182; 132 II 408 consid. 4.3 p. 416; voir également, THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 508 p. 168 et les arrêts cités). Rien ne permet non plus de retenir qu'une construction d'une hauteur moindre, devant le bâtiment de l'hôtel, permettrait d'atteindre cet objectif tout en ne réduisant que de 2% la surface du futur du centre commercial: la recourante ne pointe à cet égard aucune pièce du dossier, sous réserve de ses propres déterminations déposées devant l'instance précédente, ce qui est insuffisant (art. 42 al. 2 LTF; cf. ATF 138 IV 47 consid. 2.8.1 p. 54; arrêt 1C_188/2016 du 20 octobre 2016 consid. 3.1).
4.3. Il n'y a pas non plus lieu de nier au projet tout intérêt public. Il faut certes concéder à la recourante que le PQ a été établi à la demande de l'exploitante du centre commercial afin de renforcer son offre, en valorisant les surfaces de vente actuelles, en profitant du potentiel non exploité et en créant de nouvelles surfaces nécessaires au bon fonctionnement d'un commerce de cette importance (cf. préavis municipal du 3 septembre 2015, ch. 1 p. 1). S'il est ainsi indéniable que le projet sert effectivement des intérêts privés, il poursuit également, comme l'a, à juste titre, retenu la cour cantonale, un intérêt public lié au renforcement des fonctions d'agglomération et d'attractivité du centre-ville, ainsi qu'au développement de son rôle de destination commerciale; cet objectif est du reste expressément prévu par le plan directeur communal (Plan directeur communal 2015, Partie 2, programme d'action O-1 let. A). Un tel objectif figure d'ailleurs également à l'échelon du plan directeur cantonal (PDCn) : celui-ci préconise le renforcement de la vitalité des centres (PDCn, troisième adaptation, 1er janvier 2016, stratégie B, p. 37), notamment dans le cadre du projet d'agglomération Lausanne-Morges (cf. PDCn, 1er janvier 2016, mesure R11 p. 351 ss). L'instance précédente a en outre jugé, sans que cela ne soit discuté, qu'en renforçant ainsi l'attractivité du centre le PQ permet d'éviter de nouvelles constructions, en particulier commerciales, en dehors du centre, contribuant ainsi à la protection du paysage, consacrée, à l'échelon communal, par l'art. 1 let. b RPGA.
4.4. Par ailleurs, contrairement à ce que soutient la recourante, l'ISOS, bien qu'entré en vigueur, pour la ville de Lausanne, postérieurement à l'adoption du plan litigieux, a bien été pris en considération par les différents services compétents de l'Etat (cf. a contrario, arrêt 1C_276/2015 du 29 avril 2016, invoqué par la recourante). Le SIPAL a en particulier émis un préavis négatif, au terme du premier examen préalable (art. 56 LATC), se fondant à cet égard expressément sur l'inventaire fédéral. Ledit service a en particulier considéré que le plan de quartier, dans sa version alors examinée, ne cherchait aucunement à s'insérer harmonieusement dans un contexte urbain d'intérêt national (rapport préalable du 11 décembre 2013, p. 13). Le SIPAL a ainsi exigé le maintien, sans surélévation, de l'immeuble sis rue Saint-Laurent 9 et la recherche, s'agissant des toitures, d'articulations volumétriques respectant mieux le tissu avoisinant et les ruptures caractéristiques du tissu historique de ce secteur de la ville ( ibidem); il a estimé que la surélévation telle que proposée ne répondait pas à une indispensable valorisation de l'état existant ( ibid., p. 14). Le projet révisé sur la base de ces considérations a finalement obtenu l'assentiment de l'ensemble des services concernés, y compris celui du SIPAL (cf. rapport préalable du 14 mai 2014, p. 5). Ce dernier a en substance considéré que le projet modifié tenait compte de la plupart des demandes formulées par le Conservateur cantonal. Il a par ailleurs qualifié de positif le résultat de la démarche de concertation modifiant la volumétrie, estimant que le PQ révisé permettait une meilleure intégration des volumes tout en assurant l'augmentation des surfaces commerciales ( ibidem). Quant à l'OFC, invité à se déterminer devant le Tribunal fédéral, il n'a émis aucune remarque s'agissant de la compatibilité du PQ finalement mis à l'enquête avec les impératifs de protection déduits de l'ISOS.
4.4.1. Le Tribunal cantonal a pour sa part constaté que l'état actuel de la ruelle Grand-Saint-Jean ne présentait pas un milieu harmonieux du fait de la présence de constructions datant de la deuxième moitié du 20e siècle, plus spécifiquement en raison de la hauteur et des façades de celles-ci. La cour cantonale a estimé que le PQ permettait de rectifier cette situation en l'adaptant aux volumes et hauteurs prépondérants dans cette ruelle, les bâtiments 4 et 6 présentant une taille et une hauteur restreinte par rapport aux autres constructions de la ruelle. Le Tribunal cantonal a encore considéré que les espaces libérés par la destruction de ces immeubles permettront une correction d'une situation particulièrement peu satisfaisante par rapport aux grands espaces de façades nues du bâtiment principal du centre commercial qui se détachent, telle une plaie, de manière négative du reste du bâti environnant. Le PQ permettra en outre, selon l'instance précédente, une meilleure harmonie des toitures et façades en prévoyant des niveaux différents, voire un décalage des hauteurs, en fonction de la morphologie du terrain. A cela s'ajoutent les toitures à la Mansart prescrites. Le PQ prévoit en outre que des aménagements en toiture (tel que les systèmes de ventilation ou d'air conditionné) soient en grande partie cachés au centre du bloc dans un îlot plus bas que la toiture qui l'entoure, alors qu'actuellement, ces installations sont visibles, en particulier depuis une partie des chambres de l'hôtel de la recourante.
4.4.2. La recourante ne critique pas réellement cette appréciation ni au demeurant celle du SIPAL. Le recours contient essentiellement des considérations d'ordre général portant sur la contrariété du projet au parcellaire, aux volumes existants, aux proportions entre les vides et les pleins. La recourante ne discute en particulier pas la question de l'adéquation des toitures et l'altimétrie projetées à la morphologie du terrain. Or les développements de l'arrêt attaqué sont, sur ce point, en adéquation avec l'opinion du SIPAL, qui a estimé que les surélévations bordant les rues étaient prévues dans des gabarits simplifiés, dont la forme correspond à celle du tissu avoisinant, notamment le long de la rue de la Louve et de la ruelle Grand-Saint-Jean (rapport préalable du 14 mai 2014, p. 5). Par ailleurs, en ce qui concerne les autres éléments d'intégration et d'harmonisation du quartier identifiés par le Tribunal cantonal, spécialement s'agissant du caractère actuellement disparate liés aux dimensions des bâtiments 4 et 6 voués à la destruction, la recourante affirme qu'il ne s'agirait que de considérations subjectives; elle ne fournit cependant aucun indice plaidant en faveur de la conservation de ces bâtisses, se contentant d'invoquer, dans l'abstrait, la protection général de l'ISOS pour le secteur de la ville basse, ce qui s'avère insuffisant, tout spécialement en raison du fait que ni la commune ni les services concernés - en particulier le SIPAL - ne se sont opposés à la démolition. Il faut à cet égard également rappeler que l'objectif de protection A attribué par l'ISOS au secteur de la ville basse n'emporte pas une interdiction absolue de démolir (cf. LARGEY, op. cit., p. 292), en particulier lorsque, comme en l'espèce, les bâtiments concernés ne font l'objet d'aucune mention particulière à l'inventaire fédéral, pas plus, d'ailleurs que la ruelle qui les supporte; sur le plan cantonal, ils n'ont d'ailleurs été recensés qu'en qualité d'objets présentant une bonne intégration (note *4* au recensement architectural établi en application de la loi cantonale du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites ([LPNMS; RS/VD 450.11]).
Dans ces circonstances, compte tenu de la retenue que s'impose le Tribunal fédéral lorsqu'il s'agit d'apprécier les circonstances locales et les considérations liées à la préservation du patrimoine (cf. ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 182), on ne discerne pas de motif de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente s'agissant de l'intégration du projet et son adéquation avec les exigences de protection de l'inventaire fédéral, celle-ci procédant d'un examen circonstancié de la situation.
4.5. La cour cantonale a enfin examiné le projet à la lumière des intérêts privés dont se prévaut la recourante. Dans ce cadre, l'instance précédente a tout d'abord considéré que la recourante ne pouvait se prévaloir du maintien de la planification existante pour justifier son droit à la vue sur la cathédrale. Elle a par ailleurs mis en doute l'importance des pertes financières qu'engendrerait, selon la recourante, la privation de cette vue. La cour cantonale a en particulier relevé que le rehaussement des bâtiments 4 et 6 ne privera de vue que quelques chambres de l'hôtel ainsi qu'un appartement attenant, les autres chambres en étant déjà dépourvues. Le Tribunal cantonal a également tenu compte de l'étude d'ensoleillement versée au dossier, dont il ressort que les gabarits prévus par le PQ n'auront, dans ce domaine, que peu d'impact sur l'hôtel de la recourante, si ce n'est sur une partie de l'immeuble, en été, entre 7 et 9 heures du matin environ. Sur le vu de l'ensemble de ces éléments, le Tribunal cantonal a jugé que les intérêts privés de la recourante devaient céder le pas à l'intérêt public poursuivi par le plan de quartier (à ce sujet, cf. consid. 4.3 ci-dessus).
4.5.1. La recourante conteste ce point de vue. Elle soutient que l'adoption du PQ serait contraire à la stabilité des plans et qu'aucun changement de circonstances n'imposerait une adaptation de la planification générale, adoptée en 2006, seulement. Elle ignore ce faisant que le SDT a précisé, à ce propos, que le renforcement de l'offre commerciale du centre répondait aux planifications s'étant succédées depuis 2008 en particulier au Plan directeur cantonal visant à renforcer la vitalité des centres (PDCn, troisième adaptation, 1er janvier 2016, stratégie B, p. 37), notamment dans le cadre du projet d'agglomération Lausanne-Morges (cf. PDCn, 1er janvier 2016, mesure R11 p. 351 ss). Le SDT a en définitive considéré que les circonstances et plus particulièrement les besoins avaient sensiblement changé (cf. rapport préalable du 11 décembre 2013, ch. 2 p. 3; la jurisprudence n'exclut du reste pas qu'un changement législatif soit propre à entraîner une adaptation du plan; à ce sujet, cf. arrêt 1C_326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 5.1, destiné à publication), ce dont on ne voit pas de raison de douter. La recourante ne se prévaut en effet, à cet égard, que du laps de temps inférieur à quinze ans (cf. art. 15 al. 1 LAT), écoulé depuis l'adoption du PGA, perdant de vue que celui-ci ne constitue que l'un des facteurs à prendre en considération lors de l'examen de la nécessité d'une adaptation de la planification (cf. THIERRY TANQUEREL, Commentaire pratique LAT: Planifier l'affectation, 2016, n. 38 ss ad art. 21 LAT; ATF 128 I 190 consid. 4.2 p. 198 s.). En outre, au vu de leur caractère marginal, les modifications apportées en l'espèce par le PQ à la planification générale ne heurte quoi qu'il en soit pas le principe de la stabilité des plans (cf. ATF 124 II 391 consid. 4b p. 396) : l'accroissement mesuré des volumes des constructions - compatible avec les exigences de protection du patrimoine de l'ISOS (cf. consid. 4.4) - n'est en effet prévu que dans un unique îlot de la zone de centre historique, la réglementation du PGA étant pour le surplus maintenue, en particulier s'agissant de la protection des bâtiments présentant un intérêt patrimonial.
4.5.2. La recourante prétend encore avoir démontré, devant l'instance précédente, que la réduction de la hauteur des futures constructions aux nos 4 et 6 de la ruelle Grand-Saint-Jean ne réduirait que de 2% la surface du futur centre commercial. Cette faible réduction pèserait peu par rapport aux pertes considérables qu'entraînerait la suppression de la vue pour l'hôtel, lesquelles conduiraient à sa faillite, aux dires de la recourante.
Outre que la faible réduction de la surface alléguée n'est pas établie, le rehaussement des gabarits procède, comme cela a également été exposé ci-dessus, de contingences techniques liées à la hauteur des étages supérieurs, actuellement insuffisante (cf. consid. 4.2). Tout comme la cour cantonale, on ne discerne d'ailleurs pas en quoi le maintien d'une hauteur plus réduite, à l'adresse de la ruelle Grand-Saint-Jean 4 et 6 serait plus respectueux de l'ISOS que le plan de quartier, dont l'harmonie a été reconnue tant par les juges précédents que par le SIPAL (cf. consid. 4.4 ci-dessus). Par ailleurs, s'agissant des pertes financières, la cour cantonale a estimé qu'il n'était pas certain que celles-ci se réalisent, surtout dans les proportions avancées par la recourante. On comprend de l'arrêt attaqué, que les conséquences économiques liées à la réalisation du PQ ont été relativisées au motif notamment que la perte de vue ne concernera que quelques chambres de l'hôtel. Devant le Tribunal fédéral, la recourante se prévaut à cet égard certes - et exclusivement - du rapport d'expertise financière privé déposé devant l'instance précédente. Elle ne prétend cependant pas que le Tribunal cantonal aurait apprécié arbitrairement cette preuve en s'affranchissant des conséquences qui s'y trouvent décrites. Dans la mesure où il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'examiner cette question d'office (art. 106 al. 2 LTF; cf. ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266), il n'y a pas de raison de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente sur ce point. Celle-ci a d'ailleurs, à juste titre, rappelé que le droit à la vue n'était en tant que tel pas protégé en droit public (cf. arrêts 1C_337/2015 du 21 décembre 2015 consid. 6.2.2; 1C_162/2015 du 15 juillet 2016 consid. 7). Le Tribunal cantonal a également souligné, sans que cela ne soit discuté, que l'attrait de l'hôtel exploité par la recourante n'était pas exclusivement lié à la vue sur la Cathédrale de Lausanne - la majeure partie des chambres n'en disposant déjà actuellement pas -, mais à sa situation centrale; selon les constatations cantonales, qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), la recourante évoque du reste elle-même sur son site Internet, respectivement dans sa publicité, cette situation centrale avec la proximité des commerces.
4.6. C'est ainsi au terme d'une pesée complète des intérêts, particulièrement étayée et conforme au droit, que le Tribunal cantonal a confirmé la validité du plan de quartier litigieux, au détriment de l'intérêt privé restreint de la recourante à conserver la vue sur la cathédrale depuis une partie de ses locaux. Par ailleurs, dans la mesure où ce plan tient dûment compte, non seulement des exigences liées à la protection du centre historique (consid. 4.4-4.4.2), mais répond également aux objectifs de revitalisation du centre prévus tant par le plan directeur communal que par le PDCn (consid. 4.3), il n'apparaît pas arbitraire (sur cette notion, en matière d'examen du droit cantonal, cf. ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 p. 177) d'avoir jugé que la planification spéciale s'inscrivait dans les objectifs d'aménagement de la commune, condition supplémentaire imposée par le droit cantonal à l'art. 66 al. 1 LATC.
4.7. Il s'ensuit que l'ensemble des critiques formulées par la recourante doivent être écartées.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Commune de Lausanne, au Département du territoire et de l'environnement du canton de Vaud, au Service Immeubles, Patrimoine et Logistique du canton de Vaud, à B._, à C._ SA, à D._ AG, à E._, à F._, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de la culture.
Lausanne, le 27 mars 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez