Faits :
A.
A.a. L'ASLOCA, qui est une association au sens des art. 60 ss CC, à but idéal et non lucratif, a recouru au Tribunal administratif de première instance de Genève les 2 janvier et 12 mars 2012 contre deux autorisations d'aliénation de deux appartements délivrées par l'Office de l'urbanisme le 14 novembre 2011, respectivement le 6 février 2012, soutenant en substance que la vente de ces deux appartements violait l'art. 39 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR; L 5 20). Ces recours ont été rejetés par jugement dudit Tribunal du 15 mai 2012, confirmé par arrêt de la Cour de justice du 30 avril 2013 (entré en force le 8 juin 2013).
Les propriétaires de ces deux appartements, réunis en société simple, dont les membres ont changé depuis l'achat et la construction de l'immeuble, ont introduit contre l'Asloca une première action en responsabilité fondée sur l'art. 41 CO, par requête de conciliation du 27 février 2014, puis une seconde action, modifiée en ce qui concerne les personnes agissant comme membres de la société simple, sur le même objet, par requête de conciliation du 2 juin 2015. Ils concluent au paiement de dommages-intérêts d'un montant de 360'980 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 8 juin 2013, faisant valoir qu'ils ont subi un dommage du fait que les deux appartements en question sont restés vides et invendables entre la date du dépôt des recours et l'entrée en force de la décision de la Cour de justice le 8 juin 2013.
A.b. Initialement les deux appartements litigieux appartenaient à une société simple de 7 personnes, qui ont acheté la parcelle et construit un bâtiment de 19 appartements.
Depuis le 9 novembre 2004, les deux appartements appartiennent à 5 des membres de cette première société simple, formant une nouvelle et deuxième société simple. Les membres n° (1) A._ SA (dont l'administratrice avec pouvoir de signature individuelle est I._ et dont deux administrateurs, avec signature collective à deux, sont J._ et K._), (2) H._ (4) D._ (auquel ont succédé ultérieurement ses héritiers (4a) E._ et (4b) F._) et (5) G._ étaient et sont toujours propriétaires.
En revanche, le membre n° (3) C._, société en commandite, a cédé l'ensemble de ses actifs et passifs, et donc ses droits sur les deux appartements litigieux, à B._ SA le 28 juin 2012; B._ SA a ainsi succédé à C._ au sein de la seconde société simple (p. 4 e). Les trois administrateurs avec pouvoir de signature collective à deux, soit L._, M._ et N._, sont les mêmes pour les deux sociétés et ont le même pouvoir de signature dans les deux.
A.c. La première action, introduite par requête de conciliation du 27 février 2014, a été déposée au nom des quatre propriétaires incontestés et par C._, alors même que cette dernière n'était déjà plus propriétaire en commun des deux appartements.
La conciliation ayant échoué, une autorisation de procéder a été délivrée et les demandeurs ont déposé leur demande devant le Tribunal de première instance de Genève le 18 août 2014.
Cette première action, qui a donné lieu à un jugement du 11 août 2015, confirmé par arrêt de la Cour de justice du 22 avril 2016, s'est terminée par arrêt du Tribunal fédéral du 8 novembre 2016 (arrêt 4A_357/2016 du 8 novembre 2016, partiellement publié aux ATF 142 III 782), lequel a rejeté le recours, de sorte que l'arrêt cantonal attaqué qui rejetait la demande pour défaut de qualité pour agir était confirmé.
Le Tribunal fédéral a constaté que la requête de conciliation du 27 février 2014, valant ouverture d'action, n'a pas été déposée par les cinq membres de la deuxième société simple ensemble, puisque C._ n'en faisait plus partie, mais y avait été remplacée par B._ SA vingt mois auparavant. La requête de conciliation n'avait donc pas été déposée par tous les membres de la société simple ensemble (ou conjointement) (art. 70 al. 1 CPC; ATF 142 III 782 consid. 3.1.2), en tant que consorts matériels nécessaires (art. 544 al. 1 CO; 142 III 782 consid. 3.1.1; 137 III 455 consid. 3.4), ce qui est pourtant exigé lorsque la conciliation est obligatoire (laquelle entraîne la litispendance et l'interruption de la prescription, respectivement le respect du délai de péremption (3.1.3). Cela affectait la qualité pour agir des demandeurs (condition matérielle de l'action). Par conséquent, c'est à raison que la cour cantonale avait rejeté l'action, faute de qualité pour agir (ATF 142 III 782 consid. 3.1.4; arrêt précité consid. 4, non publié aux ATF 142 III 782). Le Tribunal fédéral a ensuite réfuté les griefs de violation de la bonne foi, de violation de l'économie de la procédure, de l'interdiction du formalisme excessif et de violation de l'art. 56 CPC soulevés par les recourants (art. 105 al. 2 LTF).
B.
B.a. Le 2 juin 2015, avant même de connaître l'issue de cette première action, les mêmes demandeurs, membres originaires de la deuxième société simple, auxquels s'est joint B._ SA, ont ouvert, par requête de conciliation, une nouvelle action en responsabilité civile contre l'Asloca, prenant les mêmes conclusions en paiement.
L'autorité de conciliation a convoqué les parties à l'audience de conciliation du 21 août 2015.
L'avocat mandataire des associés a sollicité une dispense de comparaître pour ses mandants, fondée sur l'art. 204 al. 3 let. c CPC. L'autorité de conciliation n'a pas formellement répondu à cette requête; elle ne s'est pas exprimée sur son acceptation ou son rejet, et la défenderesse n'a pas allégué s'être opposée à la dispense demandée.
A l'audience de conciliation qui s'est tenue le 21 août 2015, seul l'avocat mandataire des demandeurs a représenté ceux-ci et un avocat-stagiaire de l'étude représentant la défenderesse a représenté l'avocat de celle-ci. Aucun accord n'a été trouvé et une autorisation de procéder a été délivrée à l'issue de l'audience.
B.b. Les demandeurs ont déposé leur demande en justice contre la défenderesse devant le Tribunal de première instance de Genève le 23 novembre 2015, concluant au paiement de 360'980 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 8 juin 2013.
La défenderesse a requis la suspension de la procédure jusqu'à droit jugé dans la première procédure, suspension qui a été prononcée d'entente entre les parties lors de l'audience du tribunal du 20 avril 2016. La procédure a été reprise le 2 mai 2017, soit après le prononcé du Tribunal fédéral dans la première procédure.
La défenderesse a conclu à l'invalidité de l'autorisation de procéder, dans la mesure notamment où aucun des demandeurs n'était présent à l'audience de conciliation et que ni les vacances, ni le fait que la demande soit très semblable à celle qui avait fait l'objet de la tentative de conciliation dans la première action, ne constituent des motifs de dispense au sens de l'art. 204 al. 3 CPC. Toute dispense de comparaître à l'audience de conciliation aurait été accordée à tort. La défenderesse a également soulevé l'exception de prescription.
Le Tribunal a limité la procédure à la question de la validité de l'autorisation de procéder et à la question de la prescription.
Les demandeurs ont conclu à la constatation de la validité de l'autorisation de procéder et à ce qu'il soit dit que l'action n'est pas prescrite, soutenant que l'autorité de conciliation avait tacitement admis leur demande de dispense de comparution personnelle en leur délivrant l'autorisation de procéder, que la défenderesse ne s'y était à aucun moment opposée et que l'autorisation de procéder avait donc été valablement délivrée.
Par jugement sur incident du 7 décembre 2017, le Tribunal a déclaré la demande recevable. En ce qui concerne l'autorisation de procéder, les parties devaient avoir compris de bonne foi que le juge conciliateur avait admis la requête de dispense de comparaître; celui-ci avait d'ailleurs admis l'empêchement de deux demandeurs pour raison d'âge; quant aux autres, si l'empêchement pour cause de vacances n'était en principe pas admissible sans justification, il fallait faire preuve de plus de souplesse pour une audience fixée en août. Le Tribunal a également rejeté l'exception de prescription soulevée par la défenderesse.
Statuant sur appel de la défenderesse le 4 mars 2019, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement entrepris et déclaré irrecevable la demande du 23 novembre 2015. La cour cantonale a constaté que l'autorité de conciliation n'avait pas répondu à la demande de dispense de comparaître, de sorte que les raisons pour lesquelles celle-ci avait admis une dispense lui demeuraient inconnues. Elle a envisagé plusieurs motifs possibles, au nombre desquels le fait qu'une telle conciliation avait déjà eu lieu suite au dépôt de la première requête de conciliation. Elle a considéré que quelles que soient les raisons, elles ne sauraient être considérées comme valables, que rien ne justifiait que les parties ne se soient pas présentées personnellement pour trois motifs: les vacances n'étaient pas un motif, faute de pièce justificative; les sociétés demanderesses disposaient également d'organes avec signature collective à deux qui auraient pu comparaître ou elles auraient pu déléguer un mandataire commercial. Quant au caractère superflu de la comparution en raison de l'existence d'une conciliation antérieure, la cour cantonale l'a écarté également pour trois motifs: l'art. 204 al. 3 let. b CPC ne confère aucun pouvoir d'appréciation à l'autorité de conciliation quant à l'opportunité de la tenue d'une audience de conciliation; il ne prévoit pas la possibilité d'accorder une dispense à une partie pour ce motif; enfin, comme elle ne disposait d'aucune voie de recours contre l'autorisation de procéder, la défenderesse ne pouvait se voir reprocher d'avoir agi contrairement aux règles de la bonne foi en contestant la validité de l'autorisation de procéder dans sa réponse à la demande.
Ayant déclaré la demande irrecevable, la cour cantonale n'a pas statué sur le grief de la défenderesse appelante relatif au rejet de l'exception de prescription.
C.
Contre cet arrêt qui leur a été notifié le 25 mars 2019, les demandeurs ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 9 mai 2019, concluant à sa réforme en ce sens que leur demande soit déclarée recevable. Ils invoquent la violation de leur droit d'être entendus (art. 53 al. 1 CPC et 29 al. 2 Cst.), la violation de l'art. 204 CPC, la violation par la partie adverse et la Cour de justice des principes de la bonne foi et de la proportionnalité, ainsi que la violation de l'art. 132 CPC et de l'interdiction du formalisme excessif. En particulier, ils font valoir que, puisqu'il y a déjà eu une audience de conciliation en 2014, ils pouvaient, vu la ratio legis, exclure avec certitude la nécessité d'une seconde audience de comparution personnelle.
L'Asloca intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour statuer sur l'exception de prescription; plus subsidiairement, elle conclut à ce que le Tribunal fédéral déclare la demande prescrite ou que la prescription n'a été valablement interrompue qu'à concurrence de la créance (contestée) telle qu'elle existait à la date du 28 juin 2012.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties ont encore chacune déposé des observations.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF), par les demandeurs qui ont vu leur demande déclarée irrecevable, faute de tentative de conciliation préalable (art. 76 al. 1 LTF), et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation en matière de responsabilité civile dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
3.
Le CPC a adopté le système de la conciliation préalable obligatoire devant une autorité de conciliation (art. 197 CPC), sous réserve des exceptions prévues aux art. 198 et 199 CPC. Le demandeur ne peut déposer valablement sa demande en justice sans avoir au préalable requis la conciliation devant cette autorité de conciliation et obtenu la délivrance d'une autorisation de procéder (art. 209, 221 al. 2 let. b et 244 al. 3 let. b CC).
3.1. Cette obligation de la tentative de conciliation préalable a été introduite par le législateur dans le but de décharger les tribunaux des affaires qui sont susceptibles d'être conciliées. Ce but ne peut être atteint que si les parties comparaissent personnellement à l'audience de conciliation, ce à quoi l'art. 204 al. 1 CPC les oblige, et, s'il s'agit de personnes morales, que si les personnes physiques qui comparaissent pour elles ont qualité pour les représenter (ATF 140 III 79 consid. 4-5). Il est interdit aux parties de renoncer d'un commun accord à la procédure de conciliation, sous réserve des cas visés par l'art. 199 CPC (arrêt 4A_416/2019 du 5 février 2020 consid. 1.1, 4.1.3 et 4.1.4, destiné à la publication; cf. infra consid. 3.2).
Cette obligation a encore été renforcée par la possibilité pour l'autorité de conciliation de citer les parties à comparaître personnellement, sous la menace d'une amende en cas de non-comparution (ATF 141 III 265 consid. 5.1; arrêt 4A_416/2019 déjà cité consid. 3.3).
En outre, la jurisprudence a fait interdiction à l'autorité de conciliation de dispenser les parties de comparaître personnellement, sous réserve des cas de l'art. 204 al. 3 CPC. Si une partie ne comparaît pas personnellement, alors même qu'elle ne peut se prévaloir d'un des motifs de dispense prévu dans cette disposition, elle est considérée comme défaillante (arrêt 4A_416/2019 déjà cité consid. 3.2).
Les conséquences du défaut de comparution, respectivement du demandeur, du défendeur ou des deux parties sont réglées différemment par l'art. 206 CPC. Une autorisation de procéder délivrée par l'autorité de conciliation alors que les deux parties n'ont pas comparu en personne n'est pas valable en vertu de l'art. 206 al. 3 CPC (la procédure devenant sans objet) et le tribunal saisi de la demande au fond ne pourra que déclarer celle-ci irrecevable pour ce motif (arrêt 4A_416/2019 déjà cité consid. 3.2).
3.2. Les cas dans lesquels le législateur a renoncé à imposer la conciliation préalable obligatoire sont exhaustivement énumérés par les art. 198 et 199 CPC (arrêt 4A_176/2019 du 2 septembre 2019 consid. 4.3). Il s'agit notamment des affaires soumises à la procédure sommaire et des actions relevant de la LP, qui, par nature, doivent être traitées avec célérité (art. 198 let. a CPC; Message CPC ad art. 195 p. 6936 s.). Il s'agit également des demandes reconventionnelles (art. 198 let. g CPC) et des actions précédées d'une requête de mesures provisionnelles (art. 263 CPC) lorsque le tribunal a fixé un délai pour le dépôt de la demande (art. 198 let. h CPC). Dans ces dernières, l'exclusion de la tentative de conciliation préalable est justifiée non seulement par la rapidité avec laquelle l'affaire doit être traitée, mais aussi par l'inutilité d'une telle procédure lorsque les parties ont déjà effectivement participé à une conciliation sur la demande principale, respectivement ont déjà été opposées, sans trouver un accord, dans une procédure indépendante portant sur le même complexe de faits dans le cadre de mesures provisionnelles.
Le législateur n'a pas voulu imposer une double tentative de conciliation, de sorte qu'il y a lieu d'admettre qu'il y a dans une telle situation un juste motif de dispense au sens de l'art. 204 al. 3 let. b in fine CPC.
3.3. En l'espèce, il ressort de l'arrêt attaqué que la tentative de conciliation dans la première procédure a échoué et qu'une autorisation de procéder a été délivrée aux demandeurs, ce que la Cour de céans a constaté dans son précédent arrêt du 8 novembre 2016 (arrêt 4A_357/2016 Faits B.a.). L'intimée ne soutient pas avoir soulevé dans la procédure précédente, ni en appel, ni devant le Tribunal fédéral, que la demande aurait dû être déclarée irrecevable pour défaut de comparution personnelle, seule la question de fond de la qualité pour agir des demandeurs ayant été thématisée par les parties. Force est donc de retenir qu'il y a autorité de la chose jugée quant à la régularité de la conciliation dans cette première procédure.
Dès lors que les sociétés C._ et B._ SA sont représentées par les mêmes organes, soit les trois administrateurs L._, M._ et N._, avec pouvoir de signature collective à deux, que ceux-ci ont comparu à l'audience de conciliation dans la première procédure en 2014 et qu'ils auraient pu transiger tant au nom de C._ que de B._ SA en ce qui concerne les deux appartements litigieux, il y a lieu d'admettre que la conciliation a été tentée entre les personnes qui auraient pu liquider le litige alors et que la répéter dans cette seconde action est dépourvu de sens. L'intention du législateur n'est certainement pas d'exiger de tenter deux fois la conciliation. Autre était évidemment la question du défaut de qualité pour agir, la société B._ SA, membre de la société simple, n'étant pas indiquée comme partie demanderesse et, partant, le tribunal ne pouvant allouer leurs conclusions aux demandeurs; en tant que l'intimée met l'accent sur cet aspect, son grief tombe donc à faux.
4.
Le recours doit donc être admis, par substitution des motifs qui précèdent, et la cause doit être renvoyée à la cour cantonale pour décision sur la question de la prescription (question de fond), qu'elle n'avait pas eu besoin de traiter après avoir déclaré la demande irrecevable (question de procédure). Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner les autres griefs soulevés par les recourantes.
Les frais judiciaires et les dépens doivent être mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la demande déposée par les demandeurs le 23 novembre 2015 est recevable.
2.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale, ainsi que pour suite de la procédure.
3.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4.
L'intimée versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève Chambre civile.
Lausanne, le 30 janvier 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget