Sachverhalt:
A.
A._ ist dipl. Pflegefachmann. Ab August 2003 arbeitete er als Krankenpfleger bei einem Arzt. Am 15. Januar 2007 wurde er auf dem Velo von einem Auto angefahren. Er stürzte und verletzte sich. Im Juni 2008 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Im Februar 2009 kündigte der Arbeitgeber das obige Anstellungsverhältnis. Die IV-Stelle holte u.a. ein polydisziplinäres Gutachten des Medizinischen Zentrums Römerhof (MZR), Zürich, vom 12. Dezember 2010/18. April 2011 ein. Mit Verfügung vom 4. Juli 2011 verneinte sie den Rentenanspruch mangels Invalidität des Versicherten. Seine Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. März 2013 ab. In teilweiser Gutheissung seiner Beschwerde hob das Bundesgericht diesen Entscheid auf. Es wies die Sache zu ergänzender Abklärung und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 8C_371/2013 vom 28. November 2013).
B.
Die Vorinstanz holte ein interdisziplinäres (neurologisches/neuropsychologisches/psychiatrisches) Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 ein. Am 8. September 2016 forderte sie das Universitätsspital B._ auf, zu den Eingaben der Parteien zum Gutachten Stellung zu nehmen und zu erklären, ob es dieses gemäss BGE 141 V 281 überarbeiten könne. Das Universitätsspital B._ reichte eine Stellungnahme vom 15. November 2016 ein. Mit Entscheid vom 15. November 2017 wies die Vorinstanz die Beschwerde ab; sie überband die gerichtlich von Fr. 40'752.45 auf Fr. 30'260.- reduzierten Gutachtenskosten der IV-Stelle.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab Januar 2008 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; von der Kürzung der Gutachtenskosten sei abzusehen; eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur beweiskräftigen Abklärung des Invaliditätsgrades zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils BGE 141 V 585).
2.
Das kantonale Gericht hat die Rechtsprechung zur Invaliditätsbeurteilung bei psychischen Erkrankungen (BGE 141 V 281; vgl. auch BGE 143 V 409, 418) richtig dargelegt. Gleiches gilt zum massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 138 V 218 E. 6 S. 221). Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Streitig und zu prüfen ist als Erstes, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzt hat, indem es in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 4. Juli 2011 den Rentenanspruch des Beschwerdeführers verneinte.
3.2. Im interdisziplinären Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 wurde ausgeführt, als Pflegefachmann sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. In einer optimal leidensangepassten Tätigkeit mit regelmässigen Pausen, klar strukturierten Aufgabenstellungen und geringem Geräuschpegel bestehe eine 50%ige Arbeitsfähigkeit. Limitierend seien die neuropsychologischen Defizite, v.a. die Beeinträchtigungen in den Aufmerksamkeits- und Exekutivfunktionen sowie die kognitive und motorisch Verlangsamung. Aus psychiatrischer und neurologischer Sicht sei der Versicherte in der angestammten Tätigkeit als Krankenpfleger nicht eingeschränkt.
Laut dem Gutachten des Universitätsspitals B._ arbeitete der Versicherte seit ca. Januar/Februar 2013 in einem Halbtagespensum in der Logistik im Spital C._. Seit 1. Juli 2014 arbeitet er dort zu 40 % meist montags und donnerstags im Hol- und Bringdienst. Zudem ist er einen Tag pro Woche (10 %; 3,5-4 Stunden) bei einem Nachbarn für Putz- und Gartenarbeiten angestellt.
3.3. Das kantonale Gericht erwog im Wesentlichen, laut den Gutachtern des Universitätsspitals B._ brauche der Beschwerdeführer aus neuropsychologischer Sicht für jegliche Tätigkeiten etwa doppelt so viel Zeit wie ein gesunder Arbeitnehmer. Die Arbeit im Spital C._ sowie die Putz- und Gartenarbeit beim Nachbarn seien vom Arbeitsinhalt und -pensum her leidensangepasst. Im Gutachten vom 27. Februar 2016 sei aber nicht diskutiert worden, dass der Versicherte im Spital C._ ganztägig mit uneingeschränkter Leistung gearbeitet und dabei offenbar ohne erkennbare Unsicherheiten und unfallfrei regelmässig ein Auto in der Innenstadt gelenkt habe. Es dürfe davon ausgegangen werden, dass das Spital ihn nicht während zweier Jahre in seinem Fahrdienst beschäftigt hätte, wenn auch nur geringe Zweifel an seiner Fahrtüchtigkeit bestanden hätten. Die Hypothese der neuropsychologischen Gutachter des Universitätsspitals B._, wonach er an einer sein Arbeitsvermögen pro Zeiteinheit stark einschränkenden allgemeinen kognitiven und motorischen Verlangsamung sowie rascher Ermüdbarkeit leide, habe sich in der durch die psychiatrischen Gutachter erfolgten Befragung seiner Vorgesetzten im Spital C._, D._, nicht erhärten lassen. Auch in der Stellungnahme vom 15. November 2016 seien die Gutachter des Universitätsspitals B._ nicht in der Lage gewesen, diese anamnestische Information adäquat zu berücksichtigen. Zudem sei aus ihrem Gutachten nicht ersichtlich, wie der Versicherte sein 40%iges Pensum an zwei ganzen Arbeitstagen à netto rund acht Arbeitsstunden bewältigen könne, wenn er laut dem neuropsychologischen Teilgutachten doch für jegliche Tätigkeiten etwa doppelt so viel Zeit brauche wie ein gesunder Arbeitnehmer seines Alters. Dass er an seinem Arbeitsplatz ein Schlafzimmer und jeweils mindestens zwei Ruhetage zwischen den Arbeitstagen habe, ändere nichts daran, dass jemand, der tatsächlich für alle Verrichtungen doppelt soviel Zeit benötige wie eine gesunde Person, für die Erledigung eines 40%igen Arbeitspensums nicht zwei, sondern vier ganze Arbeitstage aufwenden müsste. Dies müsse nicht heissen, dass der Versicherte im Rahmen der Begutachtung des Universitätsspitals B._ trotz der unauffälligen Symptomvalidierung aggraviert oder simuliert habe. Denn laut dem neuropsychologischen Gutachten des Universitätsspitals B._ könnten das Verhalten der untersuchten Person und die Messergebnisse durch vom Untersucher nicht immer erkennbare starke psycho-physische Stressreaktionen des Probanden aufgrund der Begutachtungssituation verzerrt werden. Weiter sei aufgrund des psychiatrischen Gutachtens des Universitätsspitals B._ davon auszugehen, dass die authentische Schwere der Symptomatik in erheblichem Ausmass davon abhänge, wie stark der Versicherte gestresst werde durch die situationsbedingte Notwendigkeit, seine vermeintlichen hirnorganischen neuropsychologischen Defizite deutlich zu machen. Indessen sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Gutachter des Universitätsspitals B._ den Stress in der Begutachtungssituation völlig unberücksichtigt gelassen hätten und bei der Festlegung der Arbeitsunfähigkeit ohne Weiteres davon ausgegangen seien, die gezeigten neuropsychologischen Defizite träten auch bei angepasster Arbeit auf, obwohl die arbeitsanamnestischen Informationen dies widerlegt hätten. Von weiteren Abklärungen seien keine neuen Erkenntnisse zu erwarten. Vielmehr liessen sich aufgrund des nicht gelösten Widerspruchs zwischen diesen Informationen und den neuropsychologischen Testergebnissen die funktionellen Auswirkungen der medizinisch festgestellten gesundheitlichen Anspruchsgrundlage nicht schlüssig und widerspruchsfrei nachweisen. Somit sei in Würdigung des gesamten medizinischen Sachverhalts und der normativ vorgeschriebenen Kriterien festzustellen, dass kein invalidisierender Gesundheitsschaden bestehe.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt als Erstes, erst mit Beschluss vom 8. September 2016 habe die Vorinstanz die Gutachter des Universitätsspitals B._ mit der Rechtsprechung BGE 141 V 281 vom 3. Juni 2015 konfrontiert und ihr Gutachten vom 27. Februar 2016 als mangelhaft bezeichnet. Sie hätte sie aber spätestens Ende Juni 2015 auffordern müssen, diese Praxis zu berücksichtigen. Es verstosse gegen Treu und Glauben und sei unfair, den Gutachtern ex post vorzuwerfen, sie hätten diese neue Praxis nicht beachtet. Zudem habe die Vorinstanz gegen den rechtsverbindlichen Auftrag gemäss dem bundesgerichtlichen Rückweisungsurteil 8C_371/2013 vom 28. November 2013 verstossen. Gestützt hierauf sei abzuklären, ob authentische neuropsychologische Funktionsstörungen bestünden, welcher Diagnose sie gegebenenfalls zugeordnet werden könnten und ob sie die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigten. In diesem Urteil sei jedenfalls nicht die Rede davon, dass eine Indikatorenprüfung gemäss BGE 141 V 281 vorgenommen werden müsste.
4.2. Im Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 wurde u. a. eine gemischte dissoziative Störung (Konversionsstörung; ICD-10 F 44.7) diagnostiziert Somit ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Gutachter des Universitätsspitals B._ aufforderte, zusätzlich die Praxis gemäss BGE 141 V 281 zu berücksichtigen, da sie auf hängige Fälle anwendbar ist (Urteil 8C_461/2017 vom 27. September 2017 E. 7.2; vgl. nunmehr auch BGE 143 V 109, wonach das strukturierte Beweisverfahren nach BGE 141 V 281 grundsätzlich auf alle psychischen Erkrankungen anzuwenden ist). Soweit der Versicherte vorbringt, diese vorinstanzliche Aufforderung sei verspätet erfolgt, ist dies unbehelflich. Denn er legt nicht dar, inwiefern ihm hieraus ein rechtlich relevanter Nachteil erwachsen sein soll.
5.
Weiter macht der Beschwerdeführer im Wesentlichen geltend, im Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 seien die vom Bundesgericht im Rückweisungsurteil 8C_371/2013 gestellten Fragen überzeugend beantwortet worden. Demnach bewirkten seine neuropsychologischen Funktionsstörungen eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit als Krankenpfleger und eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit in angepassten Tätigkeiten. In der Stellungnahme des Universitätsspitals B._ vom 15. November 2016 sei die Diagnose der gemischten dissoziativen Störung detailliert gerechtfertigt worden. Die von der Vorinstanz aufgeführten Gründe reichten nicht aus, um vom Gutachten des Universitätsspitals B._ abzuweichen. Sie habe keine Abklärungen zu den Anforderungen des Arbeitsplatzes sowie der Art und Weise, wie er noch in der Lage sei, seiner angepassten Tätigkeit nachzugehen, getroffen. Seine Ehefrau habe am 11. Oktober 2016 angegeben, dass er mit dem Auto bloss eine ca. einen Kilometer lange, ihm bekannte Strecke vom Spital zur Post fahren müsse. Aus dem Alltag bekannte Wege und Strassen könne er gehen und fahren. Für alles, was neu sei, brauche er Unterstützung. In der Arbeitsstelle im Spital könne er jederzeit abliegen und schlafen. Über Mittag schlafe er regelmässig. Wegen starker Ermüdung betrage sein Schlafbedürfnis in der Nacht rund zehn Stunden. Entgegen der Vorinstanz habe seine Vorgesetzte D._ seine Konzentrationsschwierigkeiten und Müdigkeit bestätigt sowie festgehalten, eine kurzzeitige Erhöhung des Arbeitspensums auf 80 % sei erfolglos verlaufen. Ihre Ausführungen deckten sich mit dem Ergebnis des Gutachtens des Universitätsspitals B._. Gleiches gelte für die Angaben seiner Ehefrau gegenüber den Gutachtern des Universitätsspitals B._ vom 19. Juni 2015. Am 15. November 2016 hätten die Gutachter des Universitätsspitals B._ zudem die Bedenken des Dr. med. E._ vom 12. Januar 2010 betreffend seine Fahrtauglichkeit bestätigt. Im Rahmen der freien Beweiswürdigung dürfe sich die Vorinstanz nicht über das Gerichtsgutachten des Universitätsspitals B._ hinwegsetzen.
6.
Bei Gerichtsgutachten weicht das Gericht nicht ohne zwingende Gründe von den Einschätzungen des medizinischen Experten ab (BGE 143 V 269 E. 6.2.3.2 S. 282).
6.1.
6.1.1. Die Vorinstanz stellte zutreffend fest, dass der Beschwerdeführer im Rahmen seiner beruflichen Tätigkeit im Spital C._ regelmässig und ohne Probleme ein Auto in der Innenstadt zu lenken hatte. Zudem geht er gemäss seinen Angaben im Rahmen der Begutachtung des Universitätsspitals B._ weiterhin seinem Hobby Velofahren nach. Dies korrespondiert nicht mit den im Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 festgestellten neuropsychologischen Störungen und der gestützt hierauf attestierten 50%igen Arbeitsunfähigkeit Denn das Lenken eines Motorfahrzeugs oder eines Fahrrads erfordert gerade in der Stadt mit Rücksicht auf den dichten Strassenverkehr besondere Aufmerksamkeit und Konzentration (vgl. auch Urteile 9C_753/2015 vom 20. April 2016 E. 3.1, 8C_905/2014 vom 23. Juli 2015 E. 5.2.2 und 9C_836/2014 vom 23. März 2015 E. 3.3). Hieran ändert nichts, das der Versicherte beruflich anscheinend nur kurze und ihm bekannte Strecken zu fahren hatte.
6.1.2. Zudem hat die Vorinstanz richtig erkannt, dass die Verneinung der Fahreignung durch die Gutachter des Universitätsspitals B._ in der nachträglichen Stellungnahme vom 15. November 2016 nicht überzeugt, zumal sie hinsichtlich der Konsistenzprüfung pauschal auf ihre Ausführungen im Gutachten vom 27. Februar 2016 verwiesen, worin sie zur Fahreignung gar nicht Stellung genommen hatten. Sie begründeten mithin nicht substanziiert, weshalb der Beschwerdeführer trotz der von ihnen beschriebenen neuropsychologischen Störungen ohne Probleme regelmässig beruflich ein Auto lenken und hobbymässig Velo fahren konnte.
6.1.3. Beizupflichten ist der Vorinstanz auch, dass der Versicherte für die Erledigung seines 40%igen Arbeitspensums im Spital C._ nicht zwei, sondern vier ganze Arbeitstage aufwenden müsste, falls er - wie im im Gutachten des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 ausgeführt wurde - für alle Verrichtungen doppelt soviel Zeit benötigte wie eine gesunde Person. Die Gutachter des Universitätsspitals B._ räumten denn auch in der Stellungnahme vom 15. November 2016 ein, ihre letztgenannte Einschätzung sei nicht kompatibel mit der Eignung, ein Motorfahrzeug zu lenken.
6.1.4. Die Vorgesetzte des Versicherten im Spital C._, D._, führte aus, auffällig seien die Konzentrationsschwierigkeiten des Versicherten, was zur Folge habe, dass er Dinge bzw. Aufträge vergesse und dann einen Botengang ein zweites oder drittes Mal machen müsse. Indessen gab sie auch an, dies stelle kein wesentliches Problem dar, weil er körperlich fit sei und dies somit durch seine Schnelligkeit ausgleichen könne.
6.2. Nach dem Gesagten erscheinen die erheblichen Zweifel des kantonalen Gerichts an der gutachterlichen Einschätzung der neuropsychologischen Problematik nicht von vornherein als unbegründet. Indessen kann es mangels medizinischer Kompetenz nicht ohne Weiteres vom Ergebnis des Gutachtens des Universitätsspitals B._ vom 27. Februar 2016 abweichen. Vielmehr hat die Vorinstanz aufgrund des Untersuchungsgrundsatzes und des Gebots der freien und umfassenden Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c ATSG) von Bundesrechts wegen weitere Abklärungen vorzunehmen. Dabei hat sie zumindest eine präzisierende Stellungnahme bei den Gutachtern des Universitätsspitals B._ einzuholen und erforderlichenfalls weitere Abklärungen betreffend seine Arbeitssituation im Spital C._ vorzunehmen. Falls die Beweislage danach in Bezug auf den Verlauf der Arbeitsunfähigkeit während der streitbetroffenen Zeit weiterhin nicht schlüssig ist, hat die Vorinstanz ein klärendes gerichtliches Gutachten zu veranlassen (vgl. auch Urteil 8C_624/2017 vom 6. Februar 2018 E. 9.2). Danach hat sie über die Beschwerde neu zu entscheiden.
7.
Das kantonale Gericht reduzierte die der IV-Stelle auferlegten Kosten des Gutachtens des Universitätsspitals B._ von Fr. 40'752.45 auf Fr. 30'260.-. Der Beschwerdeführer verlangt, auf diese Kostenkürzung sei zu verzichten. Dem ist entgegenzuhalten, dass er durch die Herabsetzung der Gutachtenskosten nicht besonders berührt ist und in diesem Punkt kein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheides hat (Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG). Diesbezüglich ist auf die Beschwerde somit nicht einzutreten.
8.
Die unterliegende IV-Stelle trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; BGE 141 V 281 E. 11.1 S. 312).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird - soweit darauf einzutreten ist - teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 15. November 2017 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Juli 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar