Sachverhalt:
A.
X._ wird vorgeworfen, Y._ zwischen Januar 2007 und Mai 2009 beim Verkauf von falsch deklarierten Schlachtschweinen unterstützt zu haben. Dabei soll er auf den Begleitdokumenten wahrheitswidrig bescheinigt haben, dass die Schlachttiere nach den Produktionsrichtlinien des Schweizerischen Bauernverbandes (QM-Schweizer Fleisch) produziert worden seien. Zudem habe er kranke und verletzte Schweine aus den von ihm betreuten Betrieben misshandelt bzw. vernachlässigt.
B.
Das Kreisgericht See-Gaster sprach X._ am 14. Oktober 2015 von den Vorwürfen der Gehilfenschaft zu mehrfachem Betrug, der mehrfachen Urkundenfälschung und der mehrfachen Tierquälerei (Delikte Nr. 1.04 Ziff. 30-47, 51-53, Nr. 1.05/2, 1.08, 1.09 und 1.10 der Anklageschrift) frei. Es erklärte ihn der mehrfachen Tierquälerei (Delikt Nr. 1.05/2 der Anklageschrift) schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 110.--. Gegen diesen Entscheid erhoben die Staatsanwaltschaft Berufung und X._ Anschlussberufung.
C.
Das Kantonsgericht St. Gallen sprach X._ am 2. März 2017 vom Vorwurf der mehrfachen Tierquälerei frei (Delikte Nr. 1.04 Ziff. 30-47, 51-53 und Nr. 1.05/2 der Anklageschrift). Es erklärte ihn der Gehilfenschaft zu mehrfachem Betrug, der mehrfachen Urkundenfälschung und der mehrfachen Tierquälerei (Delikte Nr. 1.05/2, 1.08, 1.09 und 1.10 der Anklageschrift) schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 270 Tagessätzen zu Fr. 110.--.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 2. März 2017 sei aufzuheben und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache an die erste Instanz zurückzuweisen zur Neuentscheidung in Fünferbesetzung.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Schuldspruch wegen Urkundenfälschung. Er rügt eine willkürliche Beweiswürdigung und eine unvollständige Erstellung des Sachverhalts. Die Vorinstanz habe unberücksichtigt gelassen, aus welchem Betrieb die Schweine an die Fleischverarbeitungsbetriebe geliefert worden seien. Ebenso wenig halte sie fest, in Bezug auf welche Schweine er wann eine Falschbeurkundung begangen habe. Eine Identifikation der Schweine wäre aufgrund der Ohrmarke ohne Weiteres möglich gewesen. Die deklarierte Herkunftsangabe habe zudem mit dem "Absendeort" übereingestimmt. Sämtliche Ställe, in denen sich die Schweine aufgehalten hätten, hätten den QM-Vorgaben entsprochen, dies ungeachtet des Umstands, ob der Stall formell zertifiziert gewesen sei oder nicht. Die Zertifizierung des Stalls selber habe keinen Einfluss auf die Qualität des Fleisches. Die Fleischqualität der gelieferten Schweine sei nicht minderwertig gewesen.
Die von ihm erstellten Begleitdokumente seien nicht unwahr gewesen. Sämtliche Schweine hätten sich vor dem Transport zum Fleischverarbeiter auch tatsächlich in den Ställen "A._" und "B._" aufgehalten. Sie seien auf den Begleitdokumenten daher korrekt deklariert worden. Von den Ställen "A._" und "B._" habe es nur Vignetten mit dem vorgedruckten QM-Vermerk gegeben. Er habe folglich gar keine anderen Vignetten verwenden können. Dass sich die Tiere ausschliesslich in QM-zertifizierten Ställen aufgehalten hätten, habe er nirgends deklariert. Der Kerngehalt des Begleitdokuments betreffe die Anzahl Tiere und die Bestätigung der Seuchenfreiheit oder über einen Medikamenteneinsatz. Solange dieser Kerngehalt stimme, sei das Dokument als korrekt ausgefüllt zu betrachten. In subjektiver Hinsicht mangle es ihm zudem am Vorsatz. Er sei sich nie bewusst gewesen, mit dem anweisungsgemässen Ausfüllen der Begleitdokumente Unrechtes zu tun. Er habe auch keine Schädigungs- oder Vorteilsabsicht gehabt. Der Profit sei nur an Y._ gegangen. Die Vorinstanz stelle selber fest, er habe von den möglicherweise unlauteren Machenschaften von Y._ erst ab einem gewissen Zeitpunkt gewusst. Vor diesem Zeitpunkt, den die Vorinstanz nicht präzisiere, könne ihm mit Sicherheit kein vorsätzliches Handeln vorgeworfen werden.
1.2. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer vor, er habe auf Geheiss von Y._ inhaltlich unwahre QM-Vignetten auf die Begleitdokumente aufgeklebt, und dadurch mindestens 9'713 Schweine fälschlicherweise als aus einer QM-Fleischproduktion stammend deklariert. Konkret seien in der angeklagten Zeitspanne 533 Schweine unter der Herkunftsangabe "C._" als QM-Schweizer Fleisch verkauft worden, obwohl der Betrieb "C._" seit 2006 nicht mehr bewirtschaftet worden sei. Die 533 angelieferten Schweine hätten daher nicht vom Betrieb "C._" gestammt (angefochtenes Urteil E. 2a/aa S. 14). Zudem seien insgesamt 10'382 Schweine mit den QM-Etiketten des Stalls "A._" sowie 5'913 Schweine unter der Herkunftsangabe des ebenfalls QM-zertifizierten Stalls "B._" an verschiedene fleischverarbeitende Betriebe geliefert worden, obschon die Anzahl gelieferter Schweine weit über der möglichen Produktion (ca. 2'820 Schweine pro Jahr) der beiden Ställe gelegen habe. Damit seien zahlreiche Schweine von anderen, nicht QM-zertifizierten Betrieben von Y._ und/oder von Dritten über die Ställe "A._" und "B._" zur Schlachtung überführt worden (angefochtenes Urteil E. 2a/bb-ee S. 14 ff., E. 3b/aa S. 22 f.). Die fleischverarbeitenden Betriebe, namentlich die D._ AG sowie die E._ AG, hätten im Deliktszeitraum nur Schweine mit dem Mindeststandard QM-Schweizer Fleisch bezogen. Tiere, die nach den Produktionsrichtlinien von QM-Schweizer Fleisch produziert wurden, hätten einen mindestens 10 Rappen/kg Schlachtgewicht höheren Preis erzielt bzw. ein QM-Mastschwein habe ungefähr Fr. 9.-- mehr Gewinn abgeworfen (angefochtenes Urteil E. 3b/aa S. 22 f., E. 3c/dd S. 26, E. 3h/bb S. 30). Die Mastschweine hätten daher die den fleischverarbeitenden Betrieben zugesicherten Eigenschaften bezüglich der Produktionsweise nicht aufgewiesen und seien zur angestrebten Weiterverarbeitung bzw. zum Weiterverkauf nicht geeignet gewesen (angefochtenes Urteil E. 3c/dd S. 26, E. 3d S. 27). Gemäss der "Produktionsrichtlinie Rindvieh, Schweine, Schafe, Ziegen" von QM-Schweizer Fleisch werde mit dem Qualitätsmanagement insbesondere die Stärkung des Vertrauens bei den Konsumenten und die Verbesserung des Images von Fleisch und Fleischwirtschaft angestrebt. Vom Tierhalter werde deshalb verlangt, dass er alle Vorschriften und Regeln, welche für die Produktion von Fleisch wichtig seien, kenne. Er müsse zudem das "strenge Schweizer Tierschutzgesetz" konsequent einhalten. Es sei sodann vorgeschrieben, dass sämtliche Ferkel aus Zuchtbetrieben stammen müssen, welche für das QM-Schweizer Fleisch anerkannt seien. Würden Mastschweine mit QM-Auszeichnung zur Schlachtung geliefert, müssten sie während der gesamten Mastdauer auf einem anerkannten QM-Betrieb gehalten worden sein (angefochtenes Urteil E. 3b/bb S. 23). Für die fleischverarbeitenden Betriebe sei der QM-Schweizer Fleisch-Mindeststandard von Bedeutung gewesen, da die zertifizierten Betriebe nicht bloss die ohnehin gesetzlich vorgeschriebene, tierschutzgerechte Haltung gewährleisten, sondern sich auch einer Eintrittskontrolle sowie regelmässigen Kontrollen unterziehen müssten. Die entsprechende Deklaration diene vorab der besseren Information des Konsumenten über eine für dessen Kaufentscheid nicht unbedeutsame Frage (angefochtenes Urteil E. 3d S. 27).
Dem Beschwerdeführer sei bekannt gewesen, dass die Abnehmer in der genannten Periode nur Schweine bezogen, welche nach den Produktionsrichtlinien von QM-Schweizer Fleisch produziert worden seien (angefochtenes Urteil E. 3b/aa S. 23). Er habe Y._ bei dessen Täuschungshandlungen zumindest eventualvorsätzlich unterstützt, indem er auf den Begleitdokumenten zur Herkunftsverschleierung falsche Vignetten angebracht und die entsprechenden Formulare eigenhändig unterzeichnet habe. Zwar habe er nach eigenen Angaben Y._ gegenüber mehrmals kundgetan, er wolle keine Begleitdokumente mehr unterzeichnen und nicht den Kopf hinhalten. Er habe Y._ sogar auf eine bestehende Vorstrafe hingewiesen. Doch selbst als er in Bezug auf die möglicherweise unlauteren Machenschaften von Y._ Verdacht geschöpft habe, habe er sich von diesem dazu bewegen lassen, die Begleitdokumente weiterhin tatsachenwidrig auszufüllen und zu unterzeichnen (angefochtenes Urteil E. 3h/bb S. 30). Der Beschwerdeführer habe in unrechtmässiger Vorteilsabsicht gehandelt, da er versucht habe, durch sein Vorgehen (für Y._) einen höheren Verkaufserlös zu erzielen. Er habe in Kenntnis der Sache und nicht "in einer irrigen Vorstellung über den Sachverhalt" gehandelt (angefochtenes Urteil E. 4c/bb S. 34).
1.3. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 143 IV 241 E. 2.3.1 S. 244; 143 I 310 E. 2.2 S. 313; je mit Hinweis). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (BGE 143 IV 241 E. 2.3.1 S. 244 mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie z.B. im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 141 IV 369 E. 6.3 S. 375, 317 E. 5.4 S. 324; je mit Hinweisen).
1.4.
1.4.1. Den Tatbestand der Urkundenfälschung nach Art. 251 Ziff. 1 StGB erfüllt u.a., wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen (Abs. 1), eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt (Abs. 2).
1.4.2. Die Falschbeurkundung betrifft die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nur angenommen, wenn dem Schriftstück eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihm daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt (BGE 142 IV 119 E. 2.1 S. 121; 138 IV 130 E. 2.1 S. 134; je mit Hinweisen).
1.5. Die Vorinstanz erwägt, den Begleitdokumenten nach Art. 15 des Tierseuchengesetzes vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40) komme eine erhöhte Glaubwürdigkeit im Sinne der erwähnten Rechtsprechung zu. Art. 15 Abs. 1 TSG, Art. 12 Abs. 2 lit. a der Tierseuchenverordnung vom 27. Juni 1995 (TSV; SR 916.401; Fassung in Kraft ab 1. Januar 2007) und Art. 22 Abs. 1 der Verordnung über das Schlachten und die Fleischkontrolle vom 23. November 2005 (aVSFK; Fassung in Kraft ab 1. Januar 2007 [AS 2005 5493]) würden im Hinblick auf die erforderliche Rückverfolgbarkeit inhaltlich zutreffende Angaben zur Herkunft des Tieres gewährleisten. Die Beschuldigten wären dementsprechend gehalten gewesen, auf den Begleitdokumenten die korrekte Tierverkehrsdatenbank-Nummer anzugeben. Sie wären auch gemäss Art. 18 Abs. 1 und 3 sowie Art. 48 Abs. 1 lit. h des Bundesgesetzes über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände vom 17. Juni 2005 (aLMG; Fassung in Kraft ab 1. Januar 2007 [AS 2006 2197]) und Art. 10 Abs. 1 und 2 lit. e der Lebensmittel- und Gebrauchsgegenständeverordnung vom 23. November 2005 (aLGV; Fassung in Kraft ab 1. Januar 2007 [AS 2006 4909]) verpflichtet gewesen, die verkauften "konventionellen" Mastschweine korrekt als solche zu deklarieren (angefochtenes Urteil E. 4b/aa und bb S. 32 f.). Nicht ersichtlich ist entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers, weshalb den Begleitdokumenten lediglich hinsichtlich der Anzahl Tiere und der Bestätigung der Seuchenfreiheit bzw. der Angabe über einen Medikamenteneinsatz, nicht jedoch bezüglich der Herkunftsangabe erhöhte Glaubwürdigkeit zukommen soll. Der Beschwerdeführer begründet dies auch nicht näher. Er setzt sich mit den Erwägungen der Vorinstanz und den von dieser zitierten Gesetzesbestimmungen nicht auseinander. Auf die Frage der Urkundenqualität der Begleitdokumente ist mangels einer rechtsgenügenden Rüge daher nicht weiter einzugehen (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG).
1.6.
1.6.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe sämtliche Schweine als QM-Schweine qualifizieren dürfen, da sie ab seinen QM-zertifizierten Ställen "A._" und "B._" an die entsprechenden Schlachtbetriebe geliefert worden seien. Damit übergeht er jedoch, dass gemäss den Produktionsrichtlinien für QM-Schweizer Fleisch nur Schweine, welche die gesamte Mastdauer in einem QM-Betrieb gehalten wurden, mit der QM-Auszeichnung zur Schlachtung geliefert werden durften. Die QM-Vignetten, welche dem Nachweis der QM-Tauglichkeit der Tiere dienten, hätten daher nur für Tiere verwendet werden dürfen, welche dieses Erfordernis erfüllten. Die Begleitdokumente bezüglich der angeblich vom Stall "C._" gelieferten Schweine waren inhaltlich unwahr, da die Schweine nachweislich nie im betreffenden Stall waren. Für die Herkunftsangabe "A._" konnte zudem nicht genügen, dass die Tiere vor der Schlachtung von anderen, nicht QM-zertifizierten Betrieben zu diesem Betrieb gebracht und von dort verkauft wurden (vgl. angefochtenes Urteil S. 20), oder dass die Tiere, welche bereit für die Schlachtung waren, noch für "eine Minute oder drei Tage oder eine Stunde oder was auch immer" bzw. noch "für einen Moment" zum Betrieb "A._" gebracht wurden (vgl. angefochtenes Urteil S. 21; Akten Kreisgericht, Befragung Y._, act. 49 Fragen 118 und 120). Von einer korrekten Deklaration der Tiere in den Begleitdokumenten kann daher keine Rede sein. Indem der Beschwerdeführer die Tiere als QM-Schweine deklarierte, machte er sinngemäss auch geltend, die Tiere hätten sich entsprechend den Richtlinien von QM-Schweizer Fleisch immer in QM-zertifizierten Ställen aufgehalten.
1.6.2. Unbehelflich sind die Einwände des Beschwerdeführers, alle Ställe von Y._, auch die nicht QM-zertifizierten, hätten den QM-Vorschriften entsprochen, und zwischen QM-Schweizer Fleisch und "konventionellem" Fleisch gebe es keinen Qualitätsunterschied. Ausschlaggebend ist, dass Y._ gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz nur für die Ställe "A._" und "B._" Vereinbarungen für die Teilnahme am Qualitätssicherungsprogramm QM-Schweizer Fleisch abschloss, nicht jedoch für seine übrigen Betriebe, in welchen entsprechend auch keine QM-Kontrollen stattfanden.
1.6.3. Nicht erforderlich war, dass die Vorinstanz präzisiert, welche Schweine unter Angabe der entsprechenden Tiernummer gemäss Ohrmarke im Einzelnen zu Unrecht als QM-Schweizer Fleisch deklariert wurden. Da die als QM-Schweizer Fleisch bezeichneten Schweine die in den Ställen "A._" und "B._" mögliche Produktion bei weitem überstiegen, stellt die Vorinstanz willkürfrei fest, es seien Schweine, die nicht den QM-Richtlinien entsprachen, als QM-Schweizer Fleisch verkauft worden. Indem sie annimmt, in den Ställen "A._" und "B._" seien die jährlich möglichen ca. 2'820 Schweine korrekt als QM-Schweizer Fleisch produziert worden (vgl. angefochtenes Urteil S. 24), geht sie "in dubio pro reo" vom günstigsten Sachverhalt aus.
1.6.4. In subjektiver Hinsicht stellt die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer habe gewusst, dass der Stall "C._" in der fraglichen Zeitspanne keine Schweinemast betrieb (angefochtenes Urteil E. 2b/aa S. 19 und E. 3h/bb 30). Als Verantwortlicher des Stalls "A._" wusste er auch, wann Schweine in diesen Stall verbracht und von dort wieder abtransportiert wurden. Der Beschwerdeführer gab im Untersuchungsverfahren zudem an, er sei von Y._ angewiesen worden, die Vignetten vom Stall "B._" für Schweine des Stalls "F._" und der anderen Ställe zu nehmen. Es seien Schweine von anderen Ställen mit Begleitdokumenten vom Stall "B._" in den Verkehr gebracht worden (angefochtenes Urteil E. 2b/aa S. 18 f.). Der Beschwerdeführer wusste demnach, dass die Herkunftsangabe auf den Begleitdokumenten nicht korrekt war. Gegenteiliges kann auch dem angefochtenen Entscheid nicht entnommen werden. Missverstanden werden könnte zwar der Hinweis der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe sich, "selbst als er in Bezug auf die möglicherweise unlauteren Machenschaften von Y._ Verdacht geschöpft habe", von diesem dazu bewegen lassen, die Begleitdokumente weiterhin tatsachenwidrig auszufüllen und zu unterzeichnen (angefochtenes Urteil E. 3h/bb S. 30). Aus dem Gesamtkontext der vorinstanzlichen Erwägungen ergibt sich jedoch, dass der Beschwerdeführer Y._ lediglich zu einem späteren Zeitpunkt darauf hinwies, er wolle aus Angst, entdeckt zu werden, keine Begleitdokumente mehr unterzeichnen und nicht den Kopf hinhalten (angefochtenes Urteil E. 3h/bb S. 30). Nicht willkürlich ist daher, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, er habe vorsätzlich gehandelt sowie in der Absicht, Y._ einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Dass und weshalb die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein könnte, legt der Beschwerdeführer nicht dar.
1.7. Der Schuldspruch wegen mehrfacher Urkundenfälschung verstösst nicht gegen Bundesrecht.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer ficht den Schuldspruch wegen Gehilfenschaft zu mehrfachem Betrug an. Mangels einer Urkundenfälschung sei das Tatbestandsmerkmal der Arglist nicht erfüllt. Durch die Zertifizierung der Abgangsbetriebe sei es den Kontrollinstanzen zudem stets uneingeschränkt möglich gewesen zu überprüfen, ob die QM-Vorgaben konkret erfüllt waren. Auch ein Vermögensschaden liege nicht vor. Beanstandungen oder Ansprüche Dritter aufgrund der Fleischqualität seien nicht festgestellt worden. Würde auf einen Schaden erkannt und auf dem Zivilweg sogar abgegolten, wären die Fleischverarbeitungsbetriebe aufgrund der Doppelentschädigung durch die Konsumenten und die Beschuldigten in einem erheblichen Ausmass bereichert. Die von Y._ erbrachte Leistung sei vollwertig und für die Fleischverarbeitungsbetriebe objektiv und subjektiv zu hundert Prozent brauchbar gewesen. Diese seien daher nicht - auch nicht vorübergehend - geschädigt worden. Von einer Täuschung und Schädigung der Konsumenten könne ebenfalls nicht ausgegangen werden. Das QM-Label sei für den Alltagskonsumenten nicht ersichtlich. Die Konsumenten hätten nicht die Wahl zwischen QM-Fleisch und nicht-QM-Fleisch. Schliesslich habe er auch nie einen Vorsatz zur Täuschung oder Schädigung gehabt.
2.2.
2.2.1. Gemäss Art. 146 Abs. 1 StGB macht sich des Betrugs schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
2.2.2. Angriffsmittel beim Betrug ist die Täuschung des Opfers. Als Täuschung gilt jedes Verhalten, das darauf gerichtet ist, bei einem andern eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung hervorzurufen (BGE 140 IV 11 E. 2.3.2 S. 14; 135 IV 76 E. 5.1 S. 78 mit Hinweisen). Die Täuschung muss zudem arglistig sein. Arglist ist nach ständiger Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Bei einfachen falschen Angaben ist das Merkmal erfüllt, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, sowie dann, wenn der Täter den Getäuschten von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieser die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde. Arglist scheidet aus, wenn der Getäuschte den Irrtum mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit hätte vermeiden können. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist ist lediglich zu verneinen, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet (zum Ganzen BGE 142 IV 153 E. 2.2.2 S. 154 f.; 135 IV 76 E. 5.2 S. 79 ff. mit Hinweisen).
Eine mit gefälschten Urkunden verübte Täuschung ist grundsätzlich arglistig, da im geschäftlichen Verkehr grundsätzlich auf die Echtheit von Urkunden vertraut werden darf. Urkunden wird gerade wegen ihrer Beweisbestimmung ein höheres Vertrauen entgegengebracht (BGE 133 IV 256 E. 4.4.3 S. 264 mit Hinweisen). Anders kann es sich verhalten, wenn sich aus den vorgelegten Urkunden selbst ernsthafte Anhaltspunkte für deren Unechtheit ergeben (Urteile 6B_163/2016 vom 25. Mai 2016 E. 3.4.2; 6B_447/2012 vom 28. Februar 2013 E. 2.3; 6S.74/2006 vom 3. Juli 2006 E. 2.4.2 mit Hinweis).
2.2.3. Y._ täuschte die Schlachtbetriebe bzw. die Abnehmer der Schweine über deren Herkunft und über die Qualifikation der Tiere als QM-Schweizer Fleisch. Da die betroffenen Fleischverarbeitungsbetriebe nur Schweine bezogen, welche mindestens nach den Produktionsrichtlinien von QM-Schweizer Fleisch produziert worden waren, betraf die Täuschung eine für diese wesentliche Tatsache. Die Täuschung war zudem arglistig, da sich die Abnehmer ohne klare Hinweise auf Ungereimtheiten auf die Deklaration in den Begleitdokumenten verlassen durften. Unabhängig davon wäre das Merkmal der Arglist auch gegeben, weil für die Abnehmer eine systematische Überprüfung der Herkunftsangabe der Schweine unmöglich bzw. unzumutbar war (vgl. angefochtenes Urteil E. 3b/cc S. 25). Ob sich die einzelnen Schweine die ganze Zeit, gar nicht oder lediglich zuletzt in den Ställen "A._" oder "B._" aufhielten, war für die Abnehmer nicht leicht überprüfbar.
2.3.
2.3.1. Ein Vermögensschaden liegt vor, wenn das Vermögen des Täuschungsopfers nach Vornahme der irrtumsbedingten Vermögensverfügung in seinem Gesamtwert - durch Verringerung der Aktiven oder Vermehrung der Passiven - tatsächlich verringert ist (BGE 129 IV 124 E. 3.1 S. 125 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung genügt ein bloss vorübergehender Schaden (BGE 122 II 422 E. 3b/aa S. 430; 120 IV 122 E. 6b/bb S. 135; Urteil 6B_173/2014 vom 2. Juli 2015 E. 2.3.1). Der Schaden als Vermögensnachteil muss der Bereicherung als Vermögensvorteil entsprechen (BGE 134 IV 210 E. 5.3 S. 213 f. mit Hinweisen).
2.3.2. Die Vorinstanz stellt verbindlich fest, Tiere aus einer QM-Schweizer Fleisch-Produktion hätten einen höheren Marktpreis gehabt. Die abnehmenden Fleischverarbeitungsbetriebe waren daher zumindest insoweit geschädigt, als sie für die Tiere von Y._ einen zu hohen Preis bezahlten. Für die Verwirklichung des Tatbestands von Art. 146 Abs. 1 StGB genügt wie dargelegt ein bloss vorübergehender Schaden. Vorliegend konnten die Fleischverarbeitungsbetriebe ihren Schaden auf die Konsumenten abwälzen, weil die Täuschung vorerst unentdeckt blieb und die zu Unrecht als QM-Schweizer Fleisch deklarierten Schweine daher als solche an die Konsumenten verkauft wurden. Dass die Abnehmer das Fleisch als QM-Schweizer Fleisch verkaufen und den Schaden somit weitergeben konnten, ändert indes nichts daran, dass ihnen aufgrund der Täuschung durch die Beschuldigten ein Schaden entstand. Entscheidend ist einzig, dass Fleisch aus einer nicht QM-Schweizer Fleisch-Produktion im Vergleich zu QM-Schweizer Fleisch einen tieferen Marktpreis hat und Y._ bei einer korrekten Deklaration der Mastscheine daher einen geringeren Preis erhalten hätte. Das QM-Schweizer Fleisch-Label sichert dem Konsumenten eine konsequente Einhaltung der geltenden Vorschriften und regelmässige Kontrollen durch Dritte zu. Fleischproduzenten werben regelmässig mit verschiedenen Qualitätsstandards. Es kann daher auch nicht gesagt werden, für den Konsumenten sei unerheblich, ob es sich um QM-Schweizer Fleisch handle oder nicht.
2.4. Der Beschwerdeführer unterstützte Y._ bei dessen Täuschungshandlungen zumindest eventualvorsätzlich, da er auf den Begleitdokumenten zur Herkunftsverschleierung falsche Vignetten anbrachte und die entsprechenden Formulare eigenhändig unterzeichnete (vgl. angefochtenes Urteil E. 3h/bb S. 30). Nicht zu hören ist er, soweit er auch im Zusammenhang mit dem Vorwurf der Gehilfenschaft zu Betrug geltend macht, er habe nicht vorsätzlich gehandelt (vgl. Beschwerde S. 14-16). Dass er um die falschen Angaben in den Begleitdokumenten wusste, wurde bereits dargelegt. Die entsprechenden Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz sind nicht willkürlich (vgl. oben E. 1.6.4).
2.5. Der Schuldspruch wegen Gehilfenschaft zu mehrfachem Betrug ist bundesrechtskonform.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe bei der Schadensberechnung den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt, da sie auf einen Mittelwert von Fr. 9.-- pro falsch deklariertes Tier abstelle.
3.2. Auf die Rüge ist mangels eines gültigen Antrags in dieser Sache nicht einzutreten. Anders als Y._ wurde der Beschwerdeführer nicht verpflichtet, dem Staat für den nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil (überhöhter Verkaufserlös der falsch deklarierten Schlachtschweine) eine Ersatzforderung zu bezahlen. Die geltend gemachte falsche Schadensberechnung könnte sich daher höchstens auf die Strafzumessung auswirken. Diese ficht der Beschwerdeführer indes nicht an.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer kritisiert, er habe sich mangels Vorsatz nicht der Tierquälerei schuldig gemacht. Für ihn sei nicht erkennbar gewesen, dass ein Schwein verladen wurde, das nicht hätte verladen werden dürfen (Anklagepunkt Nr. 1.05/2). Die Vorinstanz präzisiere zudem nicht, um welches Schwein es sich dabei gehandelt habe. Er sei in den Ferien gewesen, als anlässlich von Kontrollen Verletzungen bei mehreren Schweinen festgestellt worden seien. Da er nicht vor Ort gewesen sei, habe er keine Tatmacht gehabt. Aktenwidrig und willkürlich sei der Vorwurf, er sei nicht für eine gehörige Instruktion von "Personen" besorgt gewesen. In Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" sei davon auszugehen, dass er die Stallmitarbeiter genügend instruiert habe und nicht über aussergewöhnliche Vorkommnisse informiert worden sei (Anklagepunkte Nr. 1.08, 1.09 und 1.10).
4.2. Die Vorinstanz hält für erwiesen, dass Y._ und der Beschwerdeführer am 16. Oktober 2008 den Transport eines nicht transportfähigen (gehunfähigen) Schweines anordneten. Durch den Transport trotz fehlender Separierung seien dem verletzten bzw. kranken Schwein weitere Schmerzen, Leiden und Ängste zugefügt worden. Die Vorinstanz geht gestützt auf die Aussagen des am Transport vom 16. Oktober 2008 beteiligten Fahrers davon aus, der Beschwerdeführer sei beim Verladen der Tiere persönlich anwesend gewesen. Er habe diese mit den Helfern zum Lastwagen getrieben (Anklageschrift Ziff. 1.5/2; angefochtenes Urteil E. 1a S. 35, E. 4a/bb S. 40, E. 4a/dd S. 41 f.). Dass und inwiefern diese Feststellung der Vorinstanz willkürlich sein könnte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Nicht zu hören ist dieser daher, soweit er sinngemäss geltend macht, er habe nicht wissen können, dass ein nicht transportfähiges Schwein verladen worden sei. Nicht verlangt werden kann, dass die Vorinstanz anhand der Ohrmarke präzisiert, welches Schwein von der Misshandlung betroffen war. Als erstellt zu gelten hat, dass am 16. Oktober 2008 ein nicht transportfähiges Tier transportiert wurde.
4.3. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer zudem der mehrfachen Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a TSG durch Vernachlässigung schuldig. Sie wirft diesem vor, in den von ihm betreuten Ställen hätten sich erkennbar kranke und verletzte Schweine befunden, welche nicht von den übrigen Schweinen separiert und nicht angemessen gepflegt worden seien. Die Überwachung des Gesundheitszustands von Schweinen sei ein wichtiger Bestandteil der Betreuung (angefochtenes Urteil E. 4b/cc S. 43). Als Halter der Tiere seien der Beschwerdeführer und Y._ verpflichtet gewesen, dafür zu sorgen, dass in ihrer Abwesenheit die Vorschriften über die Tierhaltung eingehalten wurden. Dieser Pflicht seien sie nicht hinreichend nachgekommen. Indem sie Personen nicht bzw. ungenügend instruiert hätten, hätten sie die Vorschriften über die Tierhaltung in eigener Person missachtet (angefochtenes Urteil E.3c S. 39). Die Vorinstanz macht dem Beschwerdeführer zum Vorwurf, dass er als Tierhalter nicht für die angemessene Pflege (Art. 6 Abs. 1 des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 [TSchG; SR 455]; Art. 3 ff. der Tierschutzverordnung vom 23. April 2008 [TSchV; SR 455.1]; Urteil 6S.378/2003 vom 26. Januar 2004 E. 2.3) der Tiere durch Dritte sorgte. Inwiefern die vorinstanzliche Feststellung, er habe Drittpersonen für die Zeit seiner Ferienabwesenheit nicht gehörig instruiert, willkürlich sein könnte, zeigt dieser nicht auf. Auf die Willkürrüge ist mangels einer hinreichenden Begründung nicht einzutreten. Dass der Schuldspruch wegen mehrfacher Tierquälerei durch Vernachlässigung aus anderen Gründen gegen Bundesrecht verstossen könnte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG) und ist auch nicht ersichtlich.
5.
5.1. In seiner Eventualbegründung rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 30 Abs. 1 BV, da das erstinstanzliche Gericht zu Unrecht in Dreierbesetzung entschieden habe. Er habe auf den Mangel bereits zu Beginn der erstinstanzlichen Hauptverhandlung hingewiesen. Angesichts der abstrakt möglichen Höchststrafe hätte das Kreisgericht gemäss Art. 6 Abs. 2 des Gerichtsgesetzes des Kantons St. Gallen vom 2. April 1987 (GerG/SG; sGS 941.1) in der Besetzung mit fünf Mitgliedern urteilen müssen. Das Abstellen auf die beantragte Strafhöhe sei mit Art. 6 Ziff. 1 EMRK nicht vereinbar.
5.2. Gemäss Art. 19 Abs. 2 lit. a und b StPO können Bund und Kantone für die Beurteilung von Übertretungen und von gewissen Verbrechen und Vergehen als erstinstanzliches Gericht ein Einzelgericht vorsehen. Gelangt das Gericht zum Schluss, in einem bei ihm hängigen Verfahren komme eine Strafe oder Massnahme in Frage, die seine Urteilskompetenz überschreitet, so überweist es den Fall spätestens nach Abschluss der Parteivorträge dem zuständigen Gericht (Art. 334 Abs. 1 Satz 1 StPO).
Gemäss Art. 16 Abs. 2 lit. a des Einführungsgesetzes des Kantons St. Gallen vom 3. August 2010 zur Schweizerischen Straf- und Jugendstrafprozessordnung (EG-StPO/SG; sGS 962.1) beurteilt der Einzelrichter strafbare Handlungen, wenn nicht eine Freiheitsstrafe von mehr als zwölf Monaten oder eine freiheitsentziehende Massnahme in Betracht kommt. Sind strafbare Handlungen zu beurteilen, die über den Kompetenzbereich des Einzelrichters hinausgehen, so spricht das Kreisgericht Recht in der Besetzung von drei Mitgliedern (Art. 6 Abs. 2 Satz 2 GerG/SG). Kommt in Straffällen eine Freiheitsstrafe von mehr als fünf Jahren in Betracht, spricht es Recht in der Besetzung von fünf Mitgliedern (Art. 6 Abs. 2 Satz 3 GerG/SG).
Die Vorinstanz geht davon aus, für die Frage, welche Strafe im Sinne von Art. 6 Abs. 2 Satz 3 GerG/SG "in Betracht kommt", sei nicht der abstrakte Strafrahmen, sondern die konkret drohende Strafe massgebend. Die abstrakte Möglichkeit einer Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von über fünf Jahren genüge nicht. Für die Beurteilung durch ein Kollegialgericht mit fünf Mitgliedern müssten Gründe vorliegen, wie z.B. ein entsprechender Antrag der Staatsanwaltschaft. Wolle das Gericht über den Antrag der Staatsanwaltschaft hinausgehen und eine Freiheitsstrafe von über fünf Jahren aussprechen, müsse die Strafsache spätestens nach Abschluss der Parteivorträge dem zuständigen Kollegialgericht mit fünf Mitgliedern überwiesen werden (vgl. angefochtenes Urteil S. 7 ff.).
5.3. Das Bundesgericht überprüft die Anwendung kantonalen Rechts - von hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - nur auf Willkür (vgl. Art. 95 BGG; BGE 141 IV 305 E. 1.2 S. 308 mit Hinweisen).
5.4. Die vorinstanzliche Auslegung von Art. 6 Abs. 2 Satz 3 GerG/SG ist nicht willkürlich. Der Begriff "in Betracht kommt" gemäss Art. 6 Abs. 2 Satz 3 GerG/SG ist - wie in Art. 16 Abs. 2 lit. a EG-StPO/SG - dahingehend zu verstehen, dass nicht die abstrakte Strafdrohung der anwendbaren Strafnormen, sondern die konkret drohende Strafe massgebend ist. Für die Frage, welche Strafe konkret droht, darf bei Verbrechen und Vergehen wie in Art. 19 Abs. 2 lit. b StPO auf den Strafantrag der Staatsanwaltschaft (vgl. Art. 326 Abs. 1 lit. f StPO) abgestellt werden bzw. darauf, welche Strafe für das Gericht konkret infrage kommt (Art. 334 Abs. 1 StPO). Da vorliegend eine Freiheitsstrafe von mehr als fünf Jahren weder von der Staatsanwaltschaft beantragt noch vom Kreisgericht ausgesprochen wurde, durfte Letzteres in der Besetzung mit drei Mitgliedern urteilen. Damit entfällt auch eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK oder Art. 30 Abs. 1 BV, da das Urteil in der vom Gesetz vorgesehenen Besetzung erging. Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld