Faits :
A.
La société X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante), dont le siège est dans le canton de Genève, avait de juillet 2001 à janvier 2018 pour but la "réalisation d'opérations concernant la vente, la fabrication ou la transformation de produits pharmaceutiques, naturels synthétiques ou chimiques". La Société fait partie du groupe pharmaceutique multinational X._, dont la holding mère est X._ BV (ci-après: la société mère), à Rotterdam, cette société détenant une dizaine de filiales, dont la Société et la société X._ France SAS (ci-après: la société française), à Lyon. Selon les annexes aux comptes, la société mère n'employait aucun collaborateur en 2006, ni en 2007, sur la base d'un contrat de travail à temps plein. En 2010 et 2011, un nombre moyen de trois employés travaillait pour cette société.
Par convention du 5 juillet 2006, la société française s'est engagée à réaliser tous les travaux et études demandés par la société mère moyennant une redevance calculée sur la base de leur coût réel, majorée d'une marge de 15 % pour couvrir les frais fixes. La société française devait communiquer à la société mère toutes découvertes ou tous résultats relatifs aux travaux qui lui étaient confiés. Elle devait également tenir informée la société mère du déroulement des opérations, directement ou par l'intermédiaire de la Société. Les résultats de toutes études devenaient la propriété de la société mère. Par convention du 19 février 2008, la société mère a permis à la Société d'accéder aux activités de recherche et de développement menées par la société française, en échange du versement à la société mère d'une redevance de 2.5 % de tous les revenus générés sur les produits ou enregistrés par la société mère à travers la société française.
B.
Les bordereaux d'impôt 2003 à 2011 notifiés par l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) à la Société sont entrés en force, n'ayant pas fait l'objet de réclamation. La Société bénéficiait du statut de société auxiliaire, selon lequel en particulier les produits de l'activité commerciale de l'exploitation de biens immatériels et de la fourniture de prestations de services étaient taxés à hauteur de 20% lorsqu'ils provenaient de l'étranger.
Le 15 avril 2013, l'Administration fiscale a informé la Société de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt à son encontre pour l'impôt fédéral direct (IFD) et l'impôt cantonal et communal (ICC) des années 2008 à 2010, ainsi que d'une procédure en tentative de soustraction d'impôt pour l'année 2011. Ces procédures découlaient d'une communication de l'Administration fédérale des contributions qui mentionnait l'existence de charges non justifiées par l'usage commercial durant les années en question. S'en est suivi un échange d'écritures. Le 19 décembre 2013, l'Administration fiscale a indiqué à la Société que les procédures en rappel et en soustractions d'impôt étaient étendues aux années 2003 à 2007. Le 6 novembre 2014, elle a notifié à la société quatorze bordereaux de rappel d'impôt et d'amende pour l'IFD et l'ICC pour les périodes fiscales 2003 et 2005 à 2010. Les reprises effectuées en raison des redevances litigieuses versées à la société mère étaient de 73'228 fr. pour 2003, 71'983 fr. pour 2005, 413'694 fr pour 2006, 840'254 fr. pour 2007, 401'433 fr. pour 2008, 278'927 fr. pour 2009 et 365'681 fr. pour 2010. En substance, l'Administration fiscale a estimé que la Société avait versé des redevances à la société mère pour l'utilisation de la recherche et le développement de certaines molécules. Or, cette dernière société n'avait pas de substance ni ne disposait de compétences techniques pour réaliser cette activité. En pratique, la recherche et le développement du groupe X._ étaient pilotés par la Société, qui sous-traitait une partie des tâches à la société française. Le montant des redevances versées par la Société à la société mère, sous déduction des frais effectivement supportés par la société pour la sous-traitance, constituait des charges non justifiées commercialement. L'Administration fiscale a retenu que les soustractions avaient été commises intentionnellement et, compte tenu de la bonne collaboration de la Société durant la procédure, a fixé la quotité des amendes à 0.75 fois l'impôt soustrait.
Par décisions sur réclamation du 26 mai 2015, l'Administration fiscale a maintenu ses bordereaux du 6 novembre 2014.
Par jugement du 23 septembre 2016, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a admis le recours de la Société et annulé les bordereaux de rappel d'impôt et d'amende du 6 novembre 2014.
Par arrêt du 14 novembre 2017, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a admis le recours interjeté par l'Administration fiscale, annulé le jugement du Tribunal administratif de première instance du 23 septembre 2016 et confirmé les décisions sur réclamations IFD et ICC du 26 mai 2015.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, en substance, de réformer l'arrêt de la Cour de justice du 14 novembre 2017, en annulant les reprises fiscales IFD et ICC pour les périodes fiscales 2003 et 2005 à 2010, en lien avec les redevances payées par la Société à la société mère, ainsi que les amendes y afférentes et, subsidiairement, d'annuler l'arrêt entrepris avec renvoi éventuel de la cause à la Cour de justice, voire à l'autorité inférieure pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La recourante indique ne pas avoir de commentaire supplémentaire à formuler.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et pouvoir d'examen
1.
1.1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. Bien que l'arrêt attaqué ne distingue pas, dans son dispositif, l'IFD de l'ICC, il ressort de ses motifs que le rejet du recours concerne les deux catégories d'impôt. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs du canton et des communes (LHID; RS 642.14)
1.2. Le dépôt d'un seul acte de recours est autorisé dans la mesure où, comme en l'espèce, le recourant s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 ss). Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (cf. ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p. 1). Le Tribunal fédéral vérifie toutefois librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale, à moins que les dispositions de cette loi ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'interprétation de la loi cantonale n'est examinée que sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêt 2C_744/2017 du 16 avril 2018 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (cf. ATF 139 III 471 consid. 3 p. 472 s. et les arrêts cités).
3.
3.1. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art.105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas constatés (ATF 142 V 2 consid. 2 p. 5; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 139 II 404 consid. 10.1 p. 445; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).
3.2. En l'espèce, la recourante présente une argumentation partiellement appellatoire, en opposant sa propre version des faits à celle de la Cour de justice et en complétant librement l'état de fait, sans cependant invoquer ni l'arbitraire, ni une constatation manifestement inexacte des faits. Le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte d'une telle argumentation. Il sera donc statué sur la base des faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué, sous réserve de l'art. 105 al. 2 LTF.
II. Objet du litige
L'objet du litige porte sur le point de savoir si la recourante a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice, aussi bien sous l'angle de l'IFD que de l'ICC, en payant une redevance de 2,5% de son chiffre d'affaires à la société mère pour l'utilisation des résultats de l'activité recherche et développement de la société française, en 2003 et 2005 à 2010, de sorte à justifier des reprises pour ces périodes et le prononcé d'amendes pour soustraction fiscale. Devant le Tribunal fédéral, la recourante ne conteste en revanche, à raison, plus que les conditions permettant d'ouvrir une procédure en rappel d'impôt sont remplies.
III. Droit applicable
4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêts 2C_173/2015 du 22 avril 2016 consid. 4 in RF 71/2016 p. 882 et référence).
En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, est ainsi applicable aux périodes litigieuses. L'ICC est régi par la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM; RS/GE D 3 15), par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc; RS/GE D 3 17) et par la LHID, entrée en vigueur le 1er janvier 1993, avec un délai pour les cantons au 31 décembre 2000 pour adapter leur législation (art. 72 al. 1 LHID). Chacune de ces lois s'applique dans sa teneur en vigueur pendant la période fiscale concernée.
IV. Prescription
5.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque la matière est, comme en l'espèce, régie par la LHID (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3 non publié aux ATF 144 IV 136, mais in RDAF 2018 II 298).
5.1. L'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1 p. 73). Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et l'ICC.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en avril 2013 pour l'IFD et l'ICC 2008 à 2010 et en décembre 2013 pour l'IFD et l'ICC 2003 à 2007. Le délai de péremption de 10 ans des art. 152 al. 1 LIFD, 61 al. 1 LPFisc et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté (pour l'année fiscale 2003, le délai échéait à la fin de l'année 2013). Il en va de même du délai concernant le droit de procéder au rappel d'impôt (art. 152 al. 3 LIFD, 61 al. 3 LPFisc et 53 al. 3 LHID), la péremption survenant au plus tôt à la fin de la période fiscale 2018 pour l'année fiscale 2003 et plus tard pour les autres périodes en cause.
5.2. Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par 15 ans (ancien art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b CP; arrêt 2C_12/2017 du 23 mars 2018 précité consid. 4.1). Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3 LHID). En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 précité consid. 4.3).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée commise par la recourante au cours de la période fiscale 2003 s'est prescrite à la fin de la période fiscale 2013, aussi bien pour l'IFD que l'ICC. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration fiscale, qui n'a notifié les amendes pour soustraction fiscale que le 6 novembre 2014, soit plus de dix ans après la fin de la période fiscale 2003. Le nouveau droit est partant applicable en tant que lex mitior pour ladite période. En revanche, la poursuite pour soustraction fiscale consommée pour les périodes fiscales 2005 à 2010 n'est prescrite ni sous l'angle de l'ancien droit ni sous l'angle du nouveau droit.
V. Impôt fédéral direct
6.
Concernant l'existence de prestations appréciables en argent, la recourante fait tout d'abord valoir une violation du principe de la répartition du fardeau de la preuve. La recourante estime qu'il appartenait en premier lieu aux autorités de démontrer qu'elle avait fourni une prestation sans contre-prestation correspondante. Selon elle, une telle preuve n'ayant pas été apportée par l'Administration fiscale, un renversement du fardeau de la preuve ne se justifiait pas et l'on ne pouvait pas attendre de sa part qu'elle démontre que les redevances payées à la société mère étaient justifiées commercialement.
6.1. Selon l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir des renseignements oraux ou écrits, de présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (art. 126 al. 2 LIFD). L'art. 126 LIFD exprime une obligation de collaboration générale de la part du contribuable, dont la limite découle avant tout du caractère nécessaire à une taxation complète et exacte et du principe de proportionnalité (arrêt 2C_594/2015 du 1er mars 2016 consid. 5.1.1 et références).
6.2. Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 2C_66/2014 du 5 novembre 2014 consid. 3.1).
Dans le domaine des prestations appréciables en argent, le fardeau de la preuve se répartit comme suit: les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante; si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (arrêts 2C_1157/2016 du 2 novembre 2017 consid. 4.2.3; 2C_674/2015 du 26 octobre 2017 consid. 7.4 et références). Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêt 2C_605/2014 du 25 février 2015 consid. 6 et références). La répartition du fardeau de la preuve susmentionnée s'applique également dans le cadre de la procédure pénale en matière fiscale (arrêt 2C_1157/2016 du 2 novembre 2017 consid. 4.2.3).
Une fois qu'un fait est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose plus (ATF 137 III 226 consid. 4.3 p. 235; arrêts 2C_674/2015 du 26 octobre 2017 consid. 7.4; 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 7.1).
6.3. En l'espèce, il ressort des faits de l'arrêt entrepris, qui n'ont pas été remis en question par la recourante sous l'angle de l'arbitraire et lient le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 3), que l'activité de recherche et développement était dirigée directement par la recourante qui employait plus de 60 employés, dont le responsable en recherche et développement du groupe, et qui était en mesure de donner les instructions nécessaires au développement de son activité à la société française. La société mère ne disposait pas d'employé à plein temps ni en 2006, ni en 2007 et en moyenne trois employés travaillaient pour elle en 2010 et 2011. L'activité de la société mère dans le cadre de la recherche et développement, y compris sous l'angle du financement, n'a pas été établie par la recourante. En outre, il ressort du dossier que le montant des redevances versées par la recourante à la société mère était largement supérieur aux montants des factures présentées par la société française à la société mère pour les activités de recherche et de développement (la différence entre les factures précitées et les redevances versées allant de plus de 25% pour 2005 [redevances de 241'752 fr et frais facturés de 168'524 fr.] à près de 244% en 2007 [redevances de 1'184'546 fr. et frais facturés de 344'292 fr.]; courrier de l'Administration fiscale du 11 mai 2016; art. 105 al. 2 LTF). Sur le vu de ces éléments, les autorités disposaient de suffisamment d'indices pour retenir que les redevances versées étaient disproportionnées. Dans ces circonstances, l'autorité précédente pouvait à raison estimer que le fardeau de la preuve était renversé et qu'il appartenait à la recourante de démontrer que les prestations en cause étaient justifiées commercialement. Par ailleurs, la recourante semble perdre de vue que son manque de collaboration a empêché les autorités d'étayer davantage leurs soupçons d'une telle disproportion. Or, le fardeau de la preuve et la maxime inquisitoire qu'elle invoque ne la dispensaient pas de remplir son obligation de collaborer, ce qu'elle n'a pas effectué pleinement, notamment, en omettant de produire les états financiers complets de la société mère et de la société française pour les années litigieuses, ainsi que la description détaillée des éléments de propriété intellectuelle concernés par les redevances. La recourante ne saurait donc tirer avantage d'un éventuel manque de preuve de la disproportion retenue par les autorités (cf. supra consid. 6.2). Le grief de violation du principe du fardeau de la preuve est, partant, infondé.
7.
Il convient d'examiner si la Cour de justice a retenu à raison que les conditions d'une prestation appréciable en argent étaient remplies pour les années concernées. La recourante le conteste et fait valoir que la société mère exerce une activité de gestion passive de la propriété intellectuelle et que celle-ci est la propriétaire juridique et économique des travaux de recherche et de développement effectués par la société française. Elle allègue que la société mère assume des risques importants, en particulier, financiers, opérationnels et réglementaires qui exigent une rémunération et que celle-ci est en l'occurrence conforme au marché. Elle estime également avoir démontré que les redevances versées étaient justifiées commercialement.
7.1. Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. D'après l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, au nombre desquels figurent les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
7.2. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et références; arrêt 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et autres références citées).
7.3. La question de savoir s'il existe une correspondance entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes ("Drittvergleich") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length") a été respecté (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 138 II 57 consid. 2.3 p. 60; arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.1). Ce procédé permet d'identifier la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu, avec laquelle la contre-prestation effectivement exigée doit être comparée (arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.1 et références citées). Le droit fiscal suisse ne connaissant pas, sauf disposition légale expresse, de régime spécial pour les groupes de sociétés, les opérations entre sociétés d'un même groupe doivent également intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 93 et références).
7.4. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués dans la transaction examinée. S'il n'existe pas de marché libre permettant une comparaison effective, il convient alors de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (ou méthode du prix comparable), qui consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques, soit en tenant compte de l'ensemble des circonstances déterminantes. A défaut de transaction comparable, la détermination du prix de pleine concurrence s'effectue alors selon d'autres méthodes, telles que la méthode du coût majoré ("cost plus") Cette méthode consiste en particulier à déterminer les coûts supportés par la société qui fournit la prestation, à quoi s'ajoute une marge appropriée de manière à obtenir un bénéfice approprié compte tenu des fonctions exercées et des conditions du marché (cf. ATF 140 II 88 consid. 4.2 p. 94; arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.1; lesquels font notamment référence aux Principes applicables en matière de prix de transfert à l'intention des entreprises multinationales et des administrations fiscales [ci-après: Principes OCDE]).
7.5. La détermination de la valeur vénale de biens ou de services n'est pas qu'une pure question de fait. Elle doit être conforme aux principes du droit fédéral, qui ont été dégagés par la jurisprudence rappelée ci-dessus (cf. supra consid. 7.4). Lorsque l'estimation effectuée par l'autorité inférieure est conforme à ces principes, ce que le Tribunal fédéral revoit librement, elle doit alors être acceptée si elle n'est pas manifestement insoutenable (arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.5 et références, in RF 70/2015 p. 432).
7.6. Concernant la condition de l'existence d'une prestation sans contreprestation correspondante, les juges cantonaux ont retenu que la recourante était la détentrice économique des résultats des travaux de recherche et de développement effectués par la société française et qu'elle n'avait pas établi que les redevances étaient justifiées commercialement. La recourante le nie en contestant les faits de manière appellatoire - notamment en invoquant avoir démontré la justification des redevances par le biais de courriers explicatifs et la production de données sensibles - ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 3).
Cela étant, on ne discerne pas en quoi l'instance précédente aurait versé dans l'arbitraire dans son appréciation. Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que la société mère n'intervenait pas dans l'activité de recherche et de développement du groupe, qu'elle ne disposait pas de personnel qualifié dans ce domaine et n'avait d'ailleurs aucun employé à plein temps jusqu'en 2007 et qu'un nombre moyen de trois employés en 2010 et 2011. C'est en revanche la recourante qui prenait les décisions stratégiques liées à cette activité. Elle employait la direction générale du groupe, dont le directeur de la recherche et du développement, et donnait les instructions à la société française qui avait un rôle d'exécutant. En outre, la société mère ne détenait aucun brevet, ceux-ci étant enregistrés au nom de la recourante. Enfin, la recourante n'avait pas pleinement collaboré en ne produisant pas un certain nombre de documents requis par l'Administration fiscale, qui auraient permis d'établir le caractère justifié commercialement des redevances versées et leur conformité au principe de pleine concurrence, en particulier, les états financiers complets de la société mère et de la société française pour les années litigieuses, la description détaillée des éléments de propriété intellectuelle concernés par les redevances, les justificatifs du travail de comparabilité effectué et la structure de l'actionnariat du groupe. Dans ces circonstances, il n'était donc pas insoutenable de s'écarter des accords contractuels, en estimant que ceux-ci ne correspondaient pas à la réalité économique (concernant l'importance de l'analyse fonctionnelle en matière de comparabilité et les possibilités pour l'administration fiscale de s'écarter de la structure adoptée par le contribuable, cf. Principes OCDE 1995 § 1.20 ss, 1.36 s. p. I-10 ss; 2010 § 1.42 ss, 1.64 s. p. 49 ss; également, JEAN-FRÉDÉRIC MARAIA, Prix de transfert des biens incorporels, 2008, n° 200 ss p. 61 s. et n° 253 p. 77).
La recourante fait valoir que la société mère supportait les risques financiers, opérationnels et réglementaire en matière de recherche et développement. Ces éléments ne ressortent toutefois pas de l'arrêt attaqué et la recourante n'indique pas que la Cour de justice aurait retenu les faits de manière arbitraire sur ce point. Il ne peut donc pas être tenu compte de cette allégation (cf. supra consid. 3). Par ailleurs, si la recourante relève à juste titre que la société principale peut se limiter à donner des lignes directrices et rester titulaire du bien incorporel qui résulterait des travaux de recherche et développement, elle perd de vue que dans un tel cas de figure, elle doit disposer d'un personnel suffisamment qualifié pour diriger les travaux (cf. MARAIA, op. cit., n° 252 et 257 p. 77 et 79; cf. également Principes OCDE 2001 § 7.41 p. VII-15; 2010 § 7.41 p. 240 s.), de même que pour contrôler les risques (cf. Principes OCDE 2010 § 9.22 ss p. 267 s.), ce qui n'était au vu de l'arrêt entrepris pas le cas.
Partant, l'autorité précédente pouvait, sans violer le droit fédéral et sans tomber dans l'arbitraire, retenir que l'activité de la société mère dans le cadre de la recherche et le développement ne justifiait pas la contre-prestation accordée par la recourante correspondant à 2,5% de son chiffre d'affaires. La première condition permettant de retenir l'existence de prestations appréciables en argent est remplie.
7.7. Les deux conditions suivantes sont également réalisées (cf. supra consid.7.2). En effet, les redevances en cause ont été versées par la recourante à la société mère, soit à une actionnaire. De plus, dans les présentes circonstances, il n'était pas infondé de retenir, comme l'a fait la Cour de justice, que, dans une relation entre tiers, la recourante aurait conclu les transactions en question directement avec la société française, sans payer de redevance à une société tierce, de sorte que ce versement n'avait pas de justification économique.
7.8. Concernant le caractère reconnaissable par les organes de la société de l'avantage accordé, la recourante nie la réalisation de cette condition et reproche à la Cour de justice de ne pas s'être prononcée sur ce point.
En l'occurrence, il ressort de l'arrêt entrepris que " les redevances importantes versées à une société non impliquée dans la recherche et le développement faisaient ressortir une disproportion manifeste - et donc reconnaissable par les organes - entre la prestation et la contre-prestation " (p. 6; passage résumant le contenu de la décision sur réclamation). En outre, les juges précédents relèvent, certes sous l'angle de la soustraction, que " A._ et B._ ne pouvaient pas ignorer le versement contestable desdites redevances en leur qualité d'administrateur de [la société mère] et employé respectivement administrateur de [la recourante], étant précisé que B._ a cosigné les conventions précitées des 5 juillet 2006 et 19 février 2008" (p. 23). Contrairement à ce que prétend la recourante, la question du caractère reconnaissable de l'avantage accordé n'a donc pas été ignoré par l'arrêt attaqué.
Au demeurant, l'appréciation des autorités précédentes ne prête pas le flanc à la critique. En effet, selon la jurisprudence, le caractère reconnaissable de la prestation appréciable en argent est présumé si la disproportion entre les prestations est manifeste (ATF 140 II 88 consid. 8 p. 101; arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 6.1). Tel est le cas en l'espèce, puisque la recourante a versé des redevances à la société mère alors que, selon les faits de l'arrêt attaqué, aucune prestation n'a été effectuée par celle-ci en matière de recherche et développement. Au surplus, à tout le moins, il n'est pas insoutenable de considérer qu'une personne, à savoir B._, ne pouvait pas ignorer que le montant important des redevances versées à la société mère ne correspondait pas aux prestations de cette dernière, puisque celui-ci était dans le même temps membre du conseil d'administration de la société mère et de la recourante et avait cosigné la convention entre la société française et la société mère du 5 juillet 2006 et celle entre cette dernière et la recourante du 9 février 2008.
La recourante conteste le caractère reconnaissable pour ses organes de la disproportion entre les prestations en question, en se référant à l'existence de redevances payées par la recourante à des tiers indépendants qui seraient plus élevées que celles versées à la société mère. Une telle argumentation appellatoire est irrecevable. Au demeurant, le fait de payer des redevances plus élevées à des tiers ne veut pas encore dire que les redevances versées à la société mère seraient justifiées commercialement, dès lors que l'on ignore l'activité déployée par lesdits tiers. Par ailleurs, la réalisation de marges importantes après le versement des redevances et l'organisation choisie par le groupe, qui impliquerait une charge fiscale globale supplémentaire (élément non établi selon l'arrêt attaqué), qui sont alléguées par la recourante, ne suppriment pas la disproportion manifeste entre la prestation et la contre-prestation en cause. De telles allégations, qui sont au demeurant également appellatoires, ne sont donc d'aucun secours à la recourante.
7.9. La Cour de justice n'a, partant, pas violé le droit fédéral en retenant que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice étaient remplies.
8.
Reste à se demander si le montant des reprises est justifié.
8.1. Concernant l'ampleur des prestations non justifiées commercialement, la Cour de justice n'indique pas explicitement quelle méthode elle a utilisée pour déterminer le prix de transfert intra-groupe. Elle retient toutefois que la part des redevances non justifiées commercialement correspond " au montant des redevances dépassant les coûts supportés par la [société française] pour effectuer les activités de recherche et développement ". Une telle appréciation correspond à la méthode du coût majoré, dont l'usage ne prête, en l'occurrence, pas le flanc à la critique (cf. MARAIA, op. cit., n° 252 s. et 748 p. 77 et 218, lequel estime notamment que cette méthode peut convenir à la détermination du prix de pleine concurrence de prestations de recherche et de développement). La recourante n'établit pas que le recours à cette méthode ne respecterait pas le principe de pleine concurrence. Elle laisse entendre que la méthode du prix comparable serait applicable, en mentionnant de façon générale que les redevances en cause correspondent à celles versées à des tiers par le groupe et sont conformes au marché. Une telle argumentation qui se fonde sur des faits non constatés n'est pas admissible et doit être écartée (cf. supra consid. 3).
8.2. En outre, la recourante ne prétend pas que "les coûts supportés" par la société française ne comprendraient pas une marge appropriée. Sur ce point, l'art. 6 de la convention du 5 juillet 2006 prévoyait d'ailleurs que la société mère devait payer à la société française une redevance calculée sur la base du coût réel des prestations effectuées majorée d'une marge de 15% pour couvrir les frais fixes (art. 105 al. 2 LTF). De plus, la décision sur réclamation confirmée par la Cour de justice prévoyait que la distribution dissimulée de bénéfice correspondait à la différence qui existait entre les coûts de la société française augmentés de la marge de 15% et les redevances versées par la recourante à la société mère.
8.3. La recourante fait valoir qu'en application de la méthode du coût majoré, une marge appropriée aurait dû être ajoutée aux coûts supportés par la société mère. Elle ne peut pas être suivie sur ce point. En effet, la méthode choisie vise à déterminer le prix que la recourante aurait dû payer si, pour les travaux en matière de recherche et développement, elle avait traité directement avec une entreprise indépendante, sans intervention d'un intermédiaire. Dans un tel cas, la recourante n'aurait pas eu à rémunérer l'activité de ce dernier, soit en l'occurrence, de la société mère. En revanche, il n'est pas contesté qu'elle aurait dû rétribuer l'entreprise en charge des travaux en question en ajoutant une marge.
8.4. Sur le vu de ce qui précède, on ne peut pas reprocher aux autorités précédentes d'avoir calculé les prestations appréciables en argent, en déduisant des redevances versées par la recourante à la société mère, le montant alloué pour la recherche et développement, composé des coûts supportés à ce titre par la société française et d'une marge appropriée pour celle-ci.
L'arrêt attaqué ne prête donc pas le flanc à la critique s'agissant des reprises.
9.
La recourante invoque que les conditions d'une évasion fiscale ne sont pas remplies. Cette question, qui n'a pas été envisagée par la Cour de justice, ne fait pas partie de l'objet du litige et n'a pas à être examinée.
10.
La recourante conteste que les conditions de la soustraction fiscale soient remplies, en particulier les conditions subjectives de l'intention ou de la négligence.
10.1. Selon l'art. 181 al. 1 LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition renvoie à l'art. 175 al. 1 LIFD pour définir l'infraction de soustraction fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90). Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier, ainsi qu'un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la collectivité (arrêt 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.2 et références, in Archives 86 p. 407, RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
Une distribution dissimulée de bénéfice ne constitue pas nécessairement une soustraction fiscale (cf. SANSONETTI/HOSTETTLER, in Commentaire romand, 2017, n° 19 ad art. 175 LIFD et n° 31 ad art. 186 LIFD; MUTOMBO/VON STRENG, Müssen Ermessensfehler bei Transfer Pricing zur Bestrafung führen?, in StR 71/2016 p. 480), dont l'existence des conditions doit être appréciée de cas en cas.
10.2. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci. (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C_508/2014 20 février 2015 consid. 5.4.1, in RF 71/2016 p. 16).
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève par ailleurs des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 4 s.; 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156; arrêt 6B_712/2012 du 26 septembre 2013 consid. 3.4, non publié in ATF 139 IV 282; consid. 3.1 ci-dessus; arrêt 2C_508/2014 20 février 2015 consid. 5.4.1, in RF 71/2016 p. 16).
10.3. En l'espèce, sur le vu des faits de l'arrêt entrepris, les éléments constitutifs objectifs de la soustraction sont donnés pour les années fiscales 2005 à 2010 (2003 n'entrant plus en ligne de compte en raison de la prescription; cf. supra consid. 5.2). Les comptabilités de la recourante et les déclarations déposées par celle-ci pour les années en cause étaient entachées d'irrégularités, respectivement, étaient inexactes, dans la mesure où elles comportaient des charges en déduction du bénéfice qui n'étaient pas justifiées commercialement et qui correspondaient à des distributions dissimulées de bénéfice. Par ce biais, elle a engendré une perte financière à la collectivité publique en cause (en l'occurrence la Confédération).
Par ailleurs, dans les présentes circonstances, le caractère non justifié commercialement d'une partie des redevances versées était manifeste et ne résultait pas d'une erreur d'appréciation de la valeur des prestations effectuées entre sociétés d'un même groupe (cf. sur cette question, MUTOMBO/VON STRENG, p. 487 s.).
10.4. Concernant les éléments constitutifs subjectifs de l'infraction, il ressort des faits retenus par la Cour de justice que A._ et B._, en leur qualité d'administrateur de la société mère, ainsi que d'employé respectivement d'administrateur de la recourante et, pour ce dernier, de cosignataire des conventions susmentionnées de juillet 2006 et février 2009, ne pouvaient pas ignorer le caractère injustifié commercialement d'une part du montant des redevances versées par la recourante à la société mère.
Pour sa part, la recourante explique que la volonté de commettre une infraction ne pourrait être que dans le chef de la société mère, qu'elle a agi avec toute la diligence requise et qu'elle ne pouvait avoir la conscience et la volonté de réaliser une soustraction fiscale, en raison de la complexité des questions liées au prix de transfert intra-groupe et de la structure choisie qui conduisait à une charge fiscale plus importante pour le groupe. Dans la mesure où les critiques de la recourante portent sur l'établissement des faits, sans exposer concrètement, dans le respect des exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi l'instance précédente serait tombée dans l'arbitraire en matière de constatation des faits, ses griefs sont irrecevables (cf. supra consid. 3).
Il en découle que les administrateurs de la recourante, en tout cas deux d'entre eux, ne pouvaient ignorer que les redevances versées n'étaient pas pleinement justifiées commercialement, ni les avantages fiscaux que pouvaient représenter, pour la recourante, de telles déductions. Ces derniers ont ainsi, à tout le moins par dol éventuel, cherché à obtenir une taxation moins élevée. Le caractère technique de la question des prix de transfert et le fait que la société mère décide in fine de l'organisation générale du groupe ne modifient en rien cette appréciation. La recourante est une société distincte, qui dispose de la personnalité morale et doit veiller à respecter les règles fiscales de l'Etat de son siège.
Le grief relatif aux éléments constitutifs subjectifs de l'infraction doit par conséquent également être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
10.5. Il s'ensuit que les conditions de la soustraction fiscale sont réalisées pour les périodes fiscales 2005-2010 et que c'est à bon droit que la Cour de justice a confirmé le prononcé d'une amende, dont la quotité n'est pas litigieuse.
Par ailleurs, on ne voit pas en quoi l'éventuelle charge fiscale supplémentaire pour le groupe, du fait que les Pays-Bas n'autoriseraient pas une correction de l'imposition de la société mère, s'opposerait à une
amende prononcée à l'encontre de la recourante. Il s'agit en effet de personnes distinctes et de procédure ayant des objets différents.
VI. Impôt cantonal et communal
11.
Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. L'art. 12, en particulier 12 let. a et d LIPM, qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD, est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt 2C_768/2014 du 31 août 2015 consid.14, in RF 70/2015 p. 880 et référence). La jurisprudence rendue en matière d'IFD et de répartition du fardeau de la preuve en matière fiscale est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (cf. 2C_660/2014 du 6 juillet 2015 consid. 9, in RF 70/2015 p. 806). Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD.
Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les art. 56 et 57 LHID et correspondant aux art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD (arrêt 2C_813/2017 du 17 septembre 2018 consid. 12).
VII. Issue du litige; frais et dépens
12.
Il ressort de ce qui précède que le recours doit être très partiellement admis en tant qu'il porte sur les amendes pour soustraction d'impôt fédérale, cantonale et communale de la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est ainsi réformé, en ce sens qu'aucune amende n'est infligée à la recourante en lien avec les soustractions d'impôt commises au cours de la période fiscale 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.
13.
13.1. La recourante obtient très partiellement gain de cause. Il s'ensuit que le canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu, supportera une part des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 4 LTF; cf. arrêt 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 11 non publié aux ATF 144 IV 136), le solde étant à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
13.2. La recourante a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis.
2.
L'arrêt attaqué est partiellement annulé en ce sens que l'amende pour soustraction d'impôt fédéral direct est annulée pour la période fiscale 2003. Il est confirmé pour le reste.
3.
L'arrêt attaqué est partiellement annulé en ce sens que l'amende pour soustraction d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003 est annulée. Il est confirmé pour le reste.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à raison de 2'000 fr. à la charge du canton de Genève et à raison de 8'000 fr. à la charge de la recourante.
5.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 3'000 fr.
6.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure devant elle.
7.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 10 décembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : de Chambrier