Faits :
A.
A._ SA est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Genève. Elle a pour but l'exploitation, le traitement, le transport et la vente de graviers et de sables provenant de la région de U._, ainsi que tous autres matériaux de construction, de même que l'achat et la vente de tout matériel d'exploitation de gravière.
B.
Dans son compte de résultat annexé à sa déclaration fiscale 2016, A._ SA a fait état d'une charge extraordinaire se montant à 2'969'956 fr., laquelle se décomposait en un rattrapage d'intérêts sur des dettes à long terme pour les périodes 2010 à 2015 (2'855'425 fr.), auquel s'ajoutaient diverses autres charges concernant les exercices antérieurs (114'531 fr.).
Par bordereaux de taxation du 13 décembre 2018 concernant respectivement les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a taxé A._ SA pour l'année 2016, en refusant de prendre en déduction le rattrapage d'intérêts, au motif que la comptabilisation de cette charge ne respectait pas le principe de périodicité.
Par décisions du 15 août 2019, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation formée par A._ SA contre les décisions du 13 décembre 2018.
Par jugement du 4 mai 2020, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours interjeté par A._ SA contre les décisions sur réclamation du 15 août 2019.
Par arrêt du 29 juin 2021, la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formé par A._ SA contre le jugement du 4 mai 2020 du Tribunal administratif de première instance.
C.
A._ SA dépose un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 29 juin 2021 de la Cour de justice et au renvoi de la cause à cette autorité pour nouvel arrêt dans le sens des considérants.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris. La recourante maintient ses conclusions.
Considérant en droit:
I. Recevabilité et cognition
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 147 I 333 consid. 1).
1.1. Le présent recours est dirigé contre un arrêt confirmant le refus de prendre en déduction le rattrapage d'intérêts invoqué par la recourante concernant les ICC et l'IFD pour la période fiscale 2016. Il s'agit d'une cause de droit public (art. 82 let. a LTF). Comme aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF est dès lors ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
1.2. L'instance précédente a traité dans un seul jugement de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2).
1.3. Pour le reste, le jugement attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La recourante qui est destinataire de l'arrêt attaqué dispose d'un intérêt digne de protection à la modification de celui-ci. Partant, la qualité pour recourir doit lui être reconnue (art. 89 al. 1 LTF). En outre, le recours a été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF). Il convient dès lors d'entrer en matière.
2.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. En matière fiscale, il examine en principe librement l'application du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID lorsque les dispositions de cette loi ne laissent pas de marge de manoeuvre aux cantons (cf. ATF 134 II 207 consid. 2; arrêt 2C_132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 2.1, non publié in ATF 147 II 155). Tel est le cas en l'occurrence s'agissant de la reprise de charges non justifiées par l'usage commercial portées au débit du compte de résultats (cf. art. 24 al. 1 let. a LHID; arrêt 2C_894/2020 du 27 janvier 2022 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examinera partant librement la cause tant sous l'angle de l'IFD que des ICC.
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 145 V 188 consid. 2; 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2; 137 II 353 consid. 5.1).
2.3. En l'occurrence, dans une partie "Faits" de son mémoire de recours, la recourante présente sa propre vision des événements qui diverge de l'état de fait retenu par la Cour de justice. En tant que les faits ainsi allégués ne sont pas constatés dans l'arrêt attaqué, sans que la recourante ne s'en plaigne de manière circonstanciée, il n'en sera pas tenu compte. Dans un grief concernant l'établissement des faits, la recourante expose que la Cour de justice aurait dû relativiser les déclarations faites dans la procédure de réclamation par sa fiduciaire, laquelle avait indiqué que les intérêts pour les années précédant 2016 n'avaient pas été comptabilisés par erreur. La recourante n'invoquant pas, ni a fortiori ne démontrant pas l'arbitraire dans l'établissement de ces faits, il ne sera pas tenu compte de ses critiques à ce propos. Seul les griefs suffisamment motivés en lien avec l'établissement des faits par la Cour de justice seront donc examinés (cf. infra consid. 3).
II. Grief relatif à l'établissement des faits
3.
La recourante invoque un établissement manifestement inexact des faits et une appréciation arbitraire des preuves.
3.1. Il y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 144 II 281 consid. 3.6.2). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires (cf. supra consid. 2.2; ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).
3.2. D'après la recourante, la Cour de justice aurait arbitrairement considéré qu'elle n'avait pas réussi à établir des circonstances permettant de retenir l'existence de conditions suspensives en lien avec les contrats de prêt conclus avec ses actionnaires, en vertu desquelles le versement des intérêts était conditionné au fait que l'exercice de la société devait rester bénéficiaire une fois les intérêts payés. Si la recourante s'était acquittée des intérêts dus à ses créanciers pour les périodes fiscales 2010 à 2015, ses résultats financiers pour ces années auraient été largement déficitaires. Selon elle, en se fondant sur l'expérience générale de la vie et le bon sens, la Cour de justice aurait dû admettre des circonstances justifiant l'existence de conditions suspensives, car il n'était pas vraisemblable qu'elle se soit engagée envers ses actionnaires d'une manière qui aurait pu mettre en péril sa solvabilité au regard des tiers. La recourante soutient également qu'il ressort des données comptables au dossier plusieurs éléments qui confirmeraient l'existence de conditions suspensives grevant le paiement des intérêts afférents aux prêts de ses actionnaires, soit, depuis l'exercice 2010, la présence d'investissements et de fonds étrangers importants, ainsi qu'une forte augmentation des charges d'exploitation.
3.3. La notion de condition suspensive résulte du droit (cf. infra consid. 4.3). Par contre, l'existence de circonstances permettant de retenir une telle condition relève bien des faits.
3.4. Les critiques de la recourante ne sauraient cependant être suivies. Comme l'a expliqué l'autorité précédente dans son arrêt, dans un premier temps, la fiduciaire de la recourante, qui la représentait, a indiqué que les intérêts pour les années 2010 à 2015 n'avaient pas été comptabilisés par erreur. Puis, dans un deuxième temps, la recourante a soutenu qu'il existait des conditions suspensives liées au versement des intérêts. Ces conditions ne ressortent pas des contrats de prêt conclus, bien que ceux-ci contiennent un article qui fixe le taux d'intérêt annuel à 3%. La seule pièce au dossier qui corrobore l'existence de telles conditions est une attestation des prêteurs datée du jour du dépôt du recours devant le Tribunal administratif de première instance, pièce qui a été établie pour les besoins de la procédure. En outre, contrairement à ce que soutient la recourante, on ne saurait déduire l'existence de conditions suspensives pour le versement des intérêts du fait que le paiement régulier de ceux-ci durant les années 2010 à 2015 aurait eu pour conséquence de rendre ses résultats financiers déficitaires. La présence d'investissements importants et de fonds étrangers ou encore une augmentation des charges d'exploitation dans les données comptables pour les années en question ne permettent pas de parvenir à une conclusion contraire. Sur la base de ces éléments, la Cour de justice pouvait donc, sans arbitraire, considérer que la recourante n'avait pas réussi à démontrer des circonstances de fait permettant de retenir l'existence de conditions suspensives liées aux contrats de prêt conclus avec ses actionnaires.
Le Tribunal fédéral statuera donc exclusivement sur la base des faits retenus par la Cour de justice.
III. Impôt fédéral direct
4.
La recourante soutient que la Cour de justice aurait dû admettre la déductibilité des intérêts dus pour les années 2010 à 2015 s'agissant des prêts contractés auprès de ses actionnaires, dans le cadre de la taxation pour l'exercice fiscal 2016.
4.1. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial (ou principe de déterminance; " Massgeblichkeitsprinzip "), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut donc s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 141 II 83 consid. 3.1; 137 II 353 consid. 6.2; arrêt 2C_857/2020 du 11 février 2021 consid. 4.1). Selon ce principe, le contribuable est lié à la situation patrimoniale de la période fiscale, telle qu'elle ressort des livres de compte régulièrement établis (arrêts 2C_857/2020 du 11 février 2021 consid. 4.1; 2C_98/2019 du 23 septembre 2019 consid. 5.2; 2C_490/2016 du 25 août 2017 consid. 5.1 et les références).
Selon l'art. 958 CO (pour la société anonyme, plus particulièrement, les art. 662 ss CO), toute personne astreinte à tenir des livres doit dresser un inventaire, un compte d'exploitation et un bilan à la fin de chaque exercice annuel. Le principe de périodicité implique que la totalité du bénéfice et des frais tombant dans une période donnée lui soit attribuée temporellement (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4; arrêts 2C_281/2019 du 26 septembre 2019 consid. 6; 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.4.2). Ce principe défend à l'entreprise assujettie à l'impôt sur le bénéfice net de compenser entre eux, à son bon vouloir, les résultats des différentes périodes de calcul, de sorte à augmenter ou diminuer ceux afférents à une période déterminée en faveur ou à charge d'une autre période fiscale (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4; arrêts 2C_972/2018 du 2 octobre 2019 consid. 4.5; 2C_281/2019 du 26 septembre 2019 consid. 6).
Le principe, selon lequel les frais fonctionnellement rattachés à un exercice doivent être imputés au bénéfice de cet exercice, est lié au principe de réalisation qui détermine le moment où un revenu peut et doit être comptabilisé (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4). Un produit est ainsi inscrit au compte de résultats lorsque la société acquiert une prétention juridique ferme et exécutable envers sa contrepartie (arrêt 2C_907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2; sur le principe de réalisation en lien avec les impôts sur le revenu, cf. ATF 146 II 97 consid. 2.2.3; arrêts 2C_1035/2020 du 12 novembre 2021 consid. 5.1; 2C_710/2017 du 29 octobre 2018 consid. 5.3 et les références citées). Selon la jurisprudence, le moment de l'échéance des intérêts est en principe déterminant du point de vue de la réalisation d'un revenu, puisque le créancier acquiert dès ce moment-là une prétention ferme à l'endroit du débiteur (cf. arrêt 2C_710/2017 du 29 octobre 2018 consid. 5.4). Par contre, lorsque l'acte juridique générateur de droits et d'obligations, auquel le contribuable est partie, est soumis à une condition suspensive, les actifs et passifs qui en découlent ne peuvent être comptabilisés que lorsque la condition suspensive est réalisée (cf. arrêt 2C_705/2017 du 10 août 2018 consid. 2.2.2).
4.2. Le défaut de comptabilisation d'un élément nécessaire revient, en principe, à violer une norme impérative du droit commercial et justifie une correction du bilan par les autorités fiscales (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4; 136 II 88 consid. 3.1; arrêt 2C_972/2018 du 2 octobre 2019 consid. 4.5).
4.3. Une créance est grevée d'une condition suspensive lorsque sa validité ou certains de ces effets découlent d'un fait futur incertain dans l'esprit des parties; le principe même de l'obligation qui en découle pour le débiteur, ainsi que la date de son exécution sont donc également incertains (cf. 151 al. 1 CO; ATF 135 III 433 consid. 3.1; arrêts 2C_195/2016 du 26 septembre 2016 consid. 2.2.3; 5A_328/2013 du 4 novembre 2013 consid. 5.4.3). La créance ne produit d'effets qu'à compter du moment où la condition suspensive s'accomplit, si les parties n'ont pas manifesté une intention contraire (cf. art. 151 al. 2 CO). La condition n'est, en principe, soumise à aucune forme et peut donc être expresse ou tacite, c'est-à-dire résulter de l'interprétation du contrat, des circonstances ou du contexte (cf. PASCAL PICHONNAZ, in Commentaire romand, Code des obligations I, 3e éd. 2021, no 2 ad art. 151; MARKUS WIDMER / RENATO COSTANTINI / FELIX R. EHRAT, in Basler Kommentar Obligationenrecht I, 7e éd. 2020, no 15 ad "Vor Art. 151-157"; HEINRICH HONSELL, in Kurzkommentar Obligationenrecht, 2014, no 9 ad art. 151).
4.4. En matière fiscale, les règles générales relatives à la répartition du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, impliquent que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 146 II 6 consid. 4.2 et les références; 144 II 427 consid. 8.3.1; 140 II 248 consid. 3.5; 133 II 153 consid. 4.3). Savoir si un fait est ou non prouvé relève de l'établissement des faits, alors que la répartition du fardeau de la preuve est une question de droit (cf. arrêts 2C_1087/2018 du 29 juillet 2019 consid. 4.1; 2C_582/2017 du 23 février 2018 consid. 5.1; 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 11.1; 5A_118/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.2).
4.5. La charge de la preuve d'éléments propres à établir l'existence d'une condition suspensive en l'espèce incombait à la recourante. Il ressort des faits retenus par la Cour de justice d'une manière dénuée d'arbitraire (cf. supra consid. 3) que les intérêts étaient dus durant les années 2010 à 2015, comme la fiduciaire de la recourante l'avait du reste elle-même soutenu dans un premier temps. Aucun élément de fait ne permettait de retenir que les parties aux contrats de prêt avaient eu la volonté de soumettre le principe du paiement des intérêts annuels à un quelconque événement futur incertain (cf. art. 1 al. 1 CO). Partant, la naissance de l'obligation de payer les intérêts dus pour les années 2010 à 2015 était ainsi intervenue au terme de chaque exercice comptable y relatif. Conformément au principe de la périodicité précédemment exposé, c'est à juste titre que la Cour de justice s'est écartée des documents comptables dressés par la recourante et a refusé d'autoriser pour l'exercice fiscal 2016 la déduction des intérêts dus pour les années 2010 à 2015.
4.6. Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté en tant qu'il concerne l'IFD.
IV. Impôts cantonal et communal
5.
S'agissant de l'imposition sur le bénéfice, la teneur des art. 57 et 58 al. 1 LIFD correspond à celle de l'art. 24 al. 1 LHID, ainsi que des art. 11 et 12 al. 1 let. d de la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM/GE; RS/GE D 3 15).
Partant, les considérations développées pour l'IFD s'appliquent aussi aux ICC.
Le recours doit ainsi également être rejeté en tant qu'il concerne les ICC.
V. Frais et dépens
6.
La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la 4ème section de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 mars 2022
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : F. Aubry Girardin
Le Greffier : A. Wiedler