Faits :
A.
Par jugement du 15 septembre 2017, le Tribunal de police de la République et canton de Genève a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP) ainsi que de séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr) et l'a condamné à une peine pécuniaire de 150 jours-amende avec sursis pendant trois ans. Il a également rejeté sa demande d'indemnisation fondée sur l'art. 429 CPP.
B.
Par arrêt du 5 mars 2018, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté l'appel formé par X._ contre le jugement du 15 septembre 2017.
En substance, elle a retenu les faits suivants.
X._, né en 1978, a, à Genève, de septembre à fin octobre 2014, régulièrement entretenu des relations sexuelles avec B._, née en 2000.
Le 19 décembre 2014, A._, la mère de B._, a déposé plainte pénale contre inconnu. Deux semaines plus tôt, son autre fille, C._, qui se trouvait au Brésil, lui avait expliqué par téléphone que B._ était enceinte. Un médecin lui avait recommandé d'interrompre la grossesse, son utérus n'étant pas encore complètement formé. Ledit médecin avait dit la même chose à D._, la soeur de A._. A._ pensait que sa fille était enceinte depuis trois mois car celle-ci, habituellement sage, était alors devenue agressive, désobéissante et avait commencé à manquer à l'école, ce qui avait entraîné une baisse de ses résultats. La soeur de B._ avait averti D._. Celle-ci avait accompagné l'intéressée, qui ne désirait pas avorter, dans ses démarches à l'hôpital. L'interruption de grossesse avait finalement eu lieu le 10 ou le 11 décembre 2014. B._ était suivie par un psychologue.
Après avoir d'abord refusé de répondre aux questions de la police, B._ a déclaré qu'elle avait entretenu des relations sexuelles consenties, protégées au début, entre fin août/début septembre 2014 et fin octobre 2014, avec un certain E._, qu'elle avait rencontré lors d'une soirée en 2013 et qui travaillait comme DJ. Celui-ci connaissait son âge et avait été informé de sa grossesse. Il avait une compagne et une fille et vivait dans un appartement à la route F._, au xxx étage. B._ s'était rendue au moins deux fois par semaine à son domicile, pendant la pause de midi, depuis le cycle d'orientation G._, pour y entretenir des relations sexuelles. La compagne de E._ était alors à son travail.
Elle a confirmé ses déclarations devant le ministère public.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 5 mars 2018. Principalement, il conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il est acquitté du chef d'accusation d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, qu'une indemnité de 6'336 fr., incluant une indemnisation de 5'400 fr. pour détention illégale et une somme de 936 fr. pour ses frais de défense lui sont octroyées. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
Invoquant l'art. 97 al. 1 LTF, le principe in dubio pro reo et la présomption d'innocence, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu la version de B._, ce qui l'aurait conduite à appliquer à tort l'art. 187 CP.
1.1. L'art. 187 ch. 1 al. 1 CP réprime le comportement de celui qui aura commis un acte d'ordre sexuel sur un enfant de moins de seize ans. Cette disposition a pour but de permettre aux enfants un développement sexuel non perturbé. Elle protège le jeune en raison de son âge, de sorte qu'il est sans importance qu'il ait ou non consenti à l'acte. Définissant une infraction de mise en danger abstraite, elle n'exige pas que la victime ait été effectivement mise en danger ou perturbée dans son développement (arrêt 6B_103/2011 du 6 juin 2011 consid. 1.1; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3ème éd., 2010, p. 785 n. 4 ad art. 187 CP; ANDREAS DONATSCH, Strafrecht III, 9ème éd., 2008, p. 458; GUIDO JENNY, Kommentar zum schweizerischen Strafgesetzbuch, Bes. Teil., vol. 4, 1997, p. 24, n. 6 ad art. 187 CP).
1.2. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 244). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références citées).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst., 10 CPP, 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant l'appréciation des preuves que le fardeau de la preuve (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40 s.; 120 Ia 31 consid. 2c p. 36 s.; arrêt 6B_58/2016 du 18 août 2016 consid. 2.1). Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82 s.). En tant que règle sur le fardeau de la preuve, la présomption d'innocence signifie, au stade du jugement, que ce fardeau incombe à l'accusation et que le doute doit profiter au prévenu. C'est ainsi à l'accusation d'établir la culpabilité du prévenu, et non à celui-ci de démontrer qu'il n'est pas coupable. La présomption d'innocence est violée lorsque le juge rend un verdict de culpabilité au seul motif que le prévenu n'a pas prouvé son innocence (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40; arrêt 6B_58/2016 du 18 août 2016 consid. 2.1).
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368).
1.3. En l'espèce, la cour cantonale a jugé qu'il existait un faisceau d'indices concordants suffisamment fort pour retenir que le recourant avait entretenu des relations sexuelles à plusieurs reprises avec B._ entre septembre et octobre 2014. Elle s'est notamment fondée sur les déclarations constantes et cohérentes de B._, selon lesquelles elle s'était rendue au moins deux fois par semaine au domicile du recourant pour avoir des relations sexuelles non protégées avec celui-ci, sur le fait qu'elle a pu donner des détails au sujet du lieu de rencontre, tel que le fait qu'il y avait une poussette devant la porte du studio du recourant et qu'elle avait établi un dessin dudit studio, dont l'exactitude avait été confirmée par le recourant et sa compagne. B._ a également spécifié le moment et la fréquence de leurs relations sexuelles ainsi que la manière dont elle se rendait chez le recourant. La cour cantonale s'est aussi fondée sur le fait que l'intéressée était tombée enceinte du recourant et avait subi un avortement en décembre 2014.
1.4. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu que B._ était enceinte, en se basant uniquement sur des conversations que celle-ci avait eues avec ses amies et sa soeur. La personne qui avait assisté à l'avortement de l'intéressée n'avait pas été entendue et ce fait aurait été retenu par la cour cantonale alors qu'il n'existait aucun certificat médical attestant que B._ était enceinte.
Il ressort de l'arrêt attaqué que l'instruction n'a pas permis de préciser la durée de la grossesse ni la date exacte de son interruption. Son existence a toutefois été confirmée par les déclarations constantes de B._, de sa mère, de C._, la soeur de B._, et de H._, une des amies de celle-ci. En outre, il ressort des déclarations concordantes de B._ et de sa mère qu'elle a subi un avortement en décembre 2014, alors qu'elle était enceinte de trois mois. Le fait qu'elle a d'abord dit à sa soeur que le père était mort, puis que celui-ci était un dénommé I._ n'est pas déterminant, dans la mesure où, comme l'a relevé la cour cantonale, elle a déclaré avoir eu des relations non protégées avec cet autre homme seulement à la fin du mois d'octobre 2014, de sorte qu'il paraissait exclu que celui-ci ait été le père de l'enfant. En outre, selon les déclarations de l'intéressée - que la cour cantonale a jugées crédibles - lorsqu'elle a annoncé au recourant qu'elle était enceinte de lui, celui-ci a été inquiet et lui a proposé d'avorter. Contrairement à ce que prétend le recourant, la cour cantonale a tenu compte du fait qu'il n'existait pas de certificat médical. En effet, elle a jugé qu'en l'absence de constat médical, la grossesse de B._ ne constituait qu'un " indice supplémentaire " des relations sexuelles qu'elle affirmait avoir entretenue avec le recourant entre septembre et fin octobre 2014; cet élément n'était cependant pas déterminant à lui seul. Cela étant, compte tenu des déclarations constantes de plusieurs personnes et du fait qu'aucun élément du dossier ne donnait à penser que B._ accuserait le recourant à tort, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant qu'elle avait été enceinte de lui et avait subi un avortement.
1.5. Le recourant conteste ensuite le fait que B._ s'est rendue à son domicile pour avoir des relations sexuelles. En particulier, il soutient qu'il travaillait loin de son domicile " pour une dame à la Place Neuve jusqu'à midi et [...] avait une pause puis il recommençait à 13 heures ", de sorte qu'il ne pouvait pas avoir des relations sexuelles à son domicile pendant la pause de midi. Dans la mesure où il invoque des faits qui n'ont pas été retenus dans l'arrêt attaqué, sans démontrer l'arbitraire de leur omission, ceux-ci sont irrecevables. Le recourant soutient encore que B._ n'avait pas le temps de se rendre à son domicile pendant sa pause déjeuner, dans la mesure où les cours se terminaient à 11h30 et reprenaient à 13h15. Cet argument tombe à faux. La cour cantonale a en effet retenu que, d'une part, il était possible, en 1h45, pour B._ de se rendre au domicile du recourant, d'y entretenir des relations sexuelles et de retourner à l'école. D'autre part, la mère de l'intéressée avait précisément déclaré que sa fille, habituellement sage, avait commencé à manquer l'école en septembre 2014. Pour le surplus, il ressort de l'arrêt attaqué que B._ a déclaré de manière constante qu'elle se rendait en bus au domicile du recourant au moins deux fois par semaine, pendant la pause de midi. Elle a d'ailleurs fourni des détails comme la présence d'une poussette devant la porte du studio et a également établi un dessin du studio, dont l'exactitude a été confirmée par le recourant et sa compagne.
Dans ces conditions, la cour cantonale pouvait sans arbitraire retenir que B._ s'était rendue au domicile du recourant.
Enfin, si, comme le soutient le recourant, il est vrai que le seul fait que B._ se soit rendue à son domicile ne signifie pas encore que celle-ci a eu des relations sexuelles avec lui, ce fait constitue néanmoins un indice supplémentaire en faveur des déclarations de la jeune fille. On relèvera par ailleurs que le recourant ne fournit aucune autre explication quant au fait qu'une fille, âgée de 14 ans, rencontrée dans un bar, se soit rendue régulièrement à son domicile pendant l'absence de sa compagne. Son grief doit être rejeté.
1.6. Le recourant soutient enfin que B._ n'a pas été constante dans ses déclarations.
1.6.1. Dans son arrêt, la cour cantonale a retenu que rien ne permettait de supposer que B._ n'avait pas dit la vérité au sujet des relations sexuelles dénoncées par sa mère. En effet, si celle-ci avait d'abord refusé de s'exprimer, elle avait par la suite expliqué de manière constante avoir entretenu des relations sexuelles avec le recourant entre le mois de septembre et la fin du mois d'octobre 2014. Elle avait précisé que leur relation avait pris fin avant qu'elle eut appris qu'elle était enceinte. Elle avait également décrit de façon constante et cohérente qu'elle avait fait connaissance du recourant lors de soirées dans lesquelles celui-ci travaillait comme DJ. Par ailleurs, elle n'avait pas manifesté de haine ou de rancoeur à son encontre qui pourraient laisser penser qu'elle aurait cherché à se venger. Comme le relève à juste titre la cour cantonale, ceci est notamment attesté par le fait qu'elle n'a pas dénoncé les agissements du recourant de sa propre initiative mais les a seulement dévoilés par la suite, après que sa mère a déposé plainte pénale.
1.6.2. Le recourant soutient, en se référant aux déclarations de la mère de B._ au ministère public du 19 décembre 2014, que cette dernière n'a pas été constante dans ses déclarations, parce qu'elle aurait notamment parlé à sa mère d'un dénommé "J._". Le recourant ne démontre pas en quoi la mention par la mère d'un certain "J._" - qui s'avère n'être qu'un pseudonyme sur Facebook (art. 105 al. 2 LTF) - rendrait les déclarations de sa fille non crédibles.
Le recourant soutient encore que B._ aurait déclaré à sa soeur qu'il ne se serait rien passé avec E._, soit le recourant. Ce fait ne ressort pas de l'arrêt attaqué sans que le recourant ne démontre l'arbitraire de son omission, de sorte qu'il est irrecevable. Au demeurant, le recourant ne démontre pas sa pertinence sur la question de la crédibilité de B._. En effet, il ressort du jugement attaqué que l'intéressée a, dans un premier temps, refusé de s'exprimer sur les faits, et en particulier de mettre en cause le recourant. Enfin, contrairement à ce que prétend le recourant et comme le souligne à juste titre la cour cantonale, B._ n'a jamais déclaré que les relations sexuelles se seraient déroulées en 2013.
Les griefs du recourant doivent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
1.6.3. Pour le surplus, le recourant n'émet pas de critique sur les autres éléments d'appréciation qui ont conduit la cour cantonale à considérer les déclarations de B._ comme crédibles. Par ailleurs, devant le Tribunal de céans, le recourant ne conteste plus le fait qu'il connaissait l'âge de celle-ci au moment des faits.
1.7. Compte tenu de l'ensemble des éléments, la cour cantonale pouvait retenir sans arbitraire et sans violer la présomption d'innocence que le recourant avait commis des actes d'ordre sexuel sur B._ au sens de l'art. 187 CP.
2.
Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 429 CPP.
L'argumentation du recourant repose entièrement sur la prémisse qu'il doit être acquitté du chef d'actes d'ordre sexuel avec un enfant. Dès lors que sa condamnation est confirmée, son grief tiré de la violation de l'art. 429 CPP est irrecevable.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme il était dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit également être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière, laquelle n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 19 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant : Jacquemoud-Rossari
La Greffière : Thalmann