Sachverhalt:
A.
Die B._ AG plant den Neubau einer Zufahrt mit Brücke zu ihrem Einkaufszentrum in Pfäffikon (Seedamm-Center), mit direktem Anschluss an die Nationalstrasse N3 (Anschluss Pfäffikon). Das Bauvorhaben kommt teilweise auf einem Grundstück der Eidgenossenschaft (verwaltet durch das Bundesamt für Strassen ASTRA) zu liegen.
Die A._ AG ist Eigentümerin und Baurechtsnehmerin von Parzellen in unmittelbarer Nachbarschaft zur neu vorgesehenen Brücke.
B.
Auf Anfrage des Amts für Raumentwicklung des Kantons Schwyz (ARE/SZ) äusserte sich das ASTRA am 30. August 2016 wie folgt zum Baugesuch [Hervorhebung im Original]:
1. Das ASTRA hat als Grundeigentümerin dem erwähnten Bauvorhaben zugestimmt. Dennoch handelt es sich um ein rein privates Bauvorhaben. Das ASTRA ist nicht Bauherrin.
2. Sämtliche Auflagen und Bedingungen, welche sich aus dem kantonalen/ kommunalen Baurecht sowie aus anderen einschlägigen Bestimmungen ergeben, sind daher gegenüber der privaten Bauherrin zu formulieren, und nicht gegenüber dem ASTRA, selbst wenn sich die Auflagen gegen Projektbestandteile innerhalb des Grundeigentums des ASTRA richten.
3. Das Einverständnis des ASTRA als Grundeigentümerin bezieht sich auf die baulichen Aspekte des Projekts. Das ASTRA als Nationalstrassenbetreiberin hat indessen auch hoheitliche und betriebliche Interessen in dieser Angelegenheit. Diese sind zum Teil noch nicht ganz - oder noch nicht in der nötigen Detailtreue - im vorliegenden Projekt abgebildet und formuliert. Diesbezüglich wird das ASTRA nach Erteilung der kantonalen/kommunalen Baubewilligung mit der Bauherrin eine Nutzungsbewilligung und Vereinbarung abschliessen, um die hoheitlichen Aspekte im Detail zu regeln. Die Bauherrin ist im Rahmen der Baubewilligung daher zu verpflichten, vor Baubeginn beim ASTRA eine Nutzungsbewilligung und -vereinbarung abzuschliessen.
C.
Am 27. April 2017 erliess das ARE/SZ den kantonalen Gesamtentscheid. In Dispositiv Ziff. 2 hielt es fest, dass die Stellungnahme des Bundesamtes für Strassen ASTRA vom 30. August 2016 der Gemeinde Freienbach zur Eröffnung an die Gesuchstellerin zugestellt werde.
Mit Beschluss vom 24. Mai 2017 erteilte der Gemeinderat Freienbach die Baubewilligung mit diversen Auflagen, Bedingungen und Vorbehalten. Gemäss Dispositiv Ziff. 5 der kommunalen Bewilligung werde der Bauherrschaft der Gesamtentscheid des ARE/SZ und (u.a.) die Stellungnahme des ASTRA vom 30. August 2016 eröffnet; die darin enthaltenen Auflagen bildeten Bestandteil der Bewilligung und seien in allen Teilen zu beachten.
D.
Die A._ AG erhob gegen die Baubewilligung und den Gesamtentscheid des ARE/SZ Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Dieses Verfahren ist noch hängig.
Am 26. Juni 2017 erhob die A._ AG auch Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag, die Verfügung des ASTRA vom 30. August 2016 sei aufzuheben und dieses sei anzuweisen, die Zustimmung zu den baulichen Aspekten des Bauvorhabens zurückzuziehen. Die Beschwerdeführerin machte geltend, über das streitige Bauprojekt müsse im Plangenehmigungsverfahren nach Art. 26 des Bundesgesetzes vom 8. März 1960 über die Nationalstrassen (NSG; SR 725.11) vom ASTRA und nicht im kommunalen und kantonalen Baubewilligungsverfahren entschieden werden.
Mit Zwischenverfügung vom 12. Juli 2017 beschränkte der Instruktionsrichter das Beschwerdeverfahren vorab auf die Frage des Eintretens.
Am 1. Februar 2018 trat das Bundesverwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein. Es ging davon aus, dass es sich beim Schreiben des ASTRA vom 30. August 2016 nicht um eine Verfügung, sondern um eine blosse Stellungnahme handle, die nicht anfechtbar sei.
E.
Dagegen hat die A._ AG am 16. März 2018 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen.
F.
Die B._ AG (Beschwerdegegnerin) beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das ASTRA verweist auf seine vorinstanzliche Eingabe. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beteiligten, soweit sie sich noch äussern, an ihren Anträgen und Vorbringen fest.
Erwägungen:
1.
Gegen den angefochtenen Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. a und 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch das Nichteintreten auf ihre Beschwerde besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weshalb sie insoweit zur Beschwerde befugt ist (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich einzutreten.
Der Streitgegenstand beschränkt sich auf die Frage, ob das Bundesverwaltungsgericht zu Recht auf die Beschwerde nicht eingetreten ist. Auf Sachverhalts- und Verfahrensrügen ist daher nur insoweit einzutreten, als sie für die Qualifikation der Stellungnahme des ASTRA und damit für die Eintretensfrage massgeblich sind.
2.
Das Bundesverwaltungsgericht erwog, das Schreiben des ASTRA vom 30. August 2016 sei in Briefform verfasst. Ziff. 1 enthalte lediglich eine allgemeine Sachverhaltsfeststellung, und in Ziff. 2 folge ein Hinweis an die verfügende Behörde. Dabei handle es sich nicht um hoheitliche Anordnungen, welche auf Rechtswirkung ausgerichtet seien. In Ziff. 3 präzisiere das ASTRA den Umfang seines Einverständnisses zum Bauvorhaben als Grundeigentümer und stelle fest, dass seine hoheitlichen und betrieblichen Interessen mit der Bauherrin noch im Detail zu regeln seien, weshalb diese mit der Baubewilligung zum Abschluss einer Nutzungsbewilligung und -vereinbarung vor Baubeginn zu verpflichten sei. Zwar sei anzunehmen, dass sich diese Formulierung auf öffentliches Recht des Bundes stütze (vgl. Art. 24 und Art. 44 NSG, Art. 30 der Nationalstrassenverordnung vom 7. November 2007 [NSV, SR 725.111]), weshalb insoweit eine hoheitliche Anordnung vorliege. Diese richte sich aber nur an die kantonale Baubewilligungsbehörde und entfalte keine unmittelbare Rechtswirkung für die Baugesuchstellerin. Erst wenn die Bewilligungsbehörde die Anweisung umsetze, ergäben sich daraus konkrete Rechte und Pflichten für die Baugesuchstellerin.
3.
Die Beschwerdeführerin erhebt verschiedene Sachverhalts- und Gehörsrügen und macht geltend, für die Qualifikation des Schreibens des ASTRA sei es unabdingbar, das umstrittene Bauprojekt und dessen Vorgeschichte zu kennen. Das Bundesverwaltungsgericht habe deshalb zu Unrecht keine Sachverhaltsfeststellungen getroffen und auf den beantragten Aktenbeizug verzichtet. Stattdessen habe es die haltlose Beschreibung des Projekts als blosse "Strassenanpassung der Nationalstrasse N3 Abschnitt 60" (gemäss Baugesuch und -bewilligung) übernommen, ohne sich mit den diesbezüglichen Einwänden der Beschwerdeführerin auseinanderzusetzen. In Wirklichkeit handle es sich um den Neubau eines Autobahnanschlusses, sehe das Bauprojekt doch den sukzessiven Abbruch und anschliessenden Wiederaufbau des Anschlusses Pfäffikon zwischen dem Knoten Etzelpark und der Einfahrt Zürich bzw. der Ausfahrt Chur vor.
Die Beschwerdeführerin verweist auf ein Vorgängerprojekt, für welches das UVEK am 28. November 2014 eine Plangenehmigungsverfügung für den Ersatzneubau des Anschlusses erlassen habe. Diese Verfügung sei indessen am 28. November 2014 aufgehoben und das Plangenehmigungsgesuch vom ASTRA zurückgezogen worden, weil der Kanton seiner Pflicht zur Planung der kantonalen Anschlussstrassen nicht nachgekommen sei. Das gleiche Bauvorhaben solle nunmehr als "rein privates Bauwerk" im kommunalen und kantonalen Baubewilligungsverfahren bewilligt werden. Mit seiner Anfrage habe das ARE/SZ vom ASTRA verbindlich wissen wollen, ob das ASTRA diesem Vorgehen zustimme.
Erst vor diesem Hintergrund werde verständlich, weshalb das ASTRA in Ziff. 1 des Schreibens vom 30. August 2016 ausdrücklich festhalte, dass ein rein privates Bauvorhaben vorliege und das ASTRA nicht Bauherr sei. Hinsichtlich der streitigen verfahrensrechtlichen Aspekte handle das ASTRA hoheitlich. Mit seinem Schreiben vom 30. August 2016 habe es verbindlich festgestellt, dass das vorgesehene kommunale und kantonale Baubewilligungsverfahren genüge und keine Plangenehmigung erforderlich sei. Dies sei als Verfügung zu qualifizieren. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz verletze nicht nur Art. 5 VwVG, sondern auch die Zuständigkeitsbestimmungen des NSG (Art. 2 lit. c und Art. 26 NSG).
Im Übrigen enthalte auch der fettgedruckte letzte Satz von Ziff. 3 eine verbindliche Auflage. Dass diese (wie sämtliche Nebenbestimmungen) nur Rechtswirkung entfalte, wenn die Baubewilligung in Rechtskraft erwachse, ändere nichts an ihrem Verfügungscharakter.
4.
Das ASTRA verweist auf seine Stellungnahme im vorinstanzlichen Verfahren. Dort hatte es ausgeführt, es handle sich um eine (private) bauliche Umgestaltung im Bereich der Nationalstrasse, für die keine Plangenehmigung, wohl aber eine Bewilligung nach Art. 44 NSG erforderlich sei. Diese Bewilligung werde aber erst erteilt, wenn das Baubewilligungsverfahren abgeschlossen sei. Das Schreiben vom 30. August 2016 habe sich an die zuständige Baubewilligungsbehörde gerichtet und stelle lediglich ein Entscheidungselement im Rahmen der Prüfung zur Erteilung der Baubewilligung dar, ohne Rechte oder Pflichten für Private zu begründen.
5.
Die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht steht gegen Verfügungen offen (Art. 37 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [VGG; SR 173.32] i.V.m. Art. 44 VwVG), die von einer der in Art. 33 VVG genannten Vorinstanzen erlassen worden sind. Dazu gehören die Departemente und die ihnen zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung wie das ASTRA (Art. 33 lit. d VGG). Dagegen unterliegen Verfügungen kantonaler Instanzen nur ausnahmsweise der Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht, wenn dies gesetzlich vorgesehen ist (Art. 33 lit. i VVG).
Als Verfügung gelten gemäss Art. 5 VwVG Anordnungen der Behörde im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und entweder die Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten (lit. a), die Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten (lit. b) oder die Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder das Nichteintreten auf solche Begehren (lit. c) zum Gegenstand haben.
5.1. Mit der Beschwerdeführerin ist davon auszugehen, dass das ASTRA in den Ziffern 1 und 2 seines Schreibens sein Einverständnis zur Qualifikation des Bauprojekts als privates Bauvorhaben und zum gewählten Verfahren (kommunales/kantonales Baubewilligungsverfahren statt Plangenehmigungsverfahren) signalisiert hat. Diese Einschätzung stützt sich auf Bundesrecht, nämlich auf die Vorschriften des NSG und der NSV, die bestimmen, wann ein Ausführungsprojekt für eine Nationalstrasse vorliegt, für das eine Plangenehmigung erforderlich ist, und wann es sich um private Bauvorhaben oder Nutzungen im Bereich einer Nationalstrasse handelt, die vom ASTRA lediglich nach Art. 44 Abs. 1 NSG zu bewilligen sind bzw. für die eine Nutzungsvereinbarung abzuschliessen ist (Art. 29 f. NSV).
Allerdings fehlt es an der weiteren Voraussetzung einer Verfügung, wonach mit der Anordnung Rechte oder Pflichten begründet oder eine verbindliche Feststellung getroffen werden. Es handelt sich vielmehr um eine Stellungnahme zu Zuständigkeitsfragen, vergleichbar der Stellungnahme in einem Meinungsaustauschverfahren. Gehen die beteiligten Behörden des Bundes und des Kantons (wie hier) im Anschluss an einen Meinungsaustausch übereinstimmend von einer kantonalen Zuständigkeit aus (hier: Baubewilligungsverfahren), und entscheidet daher die kantonale Behörde über ein Gesuch (hier: Gesamtentscheid des ARE/SZ mit anschliessender Baubewilligung der Gemeinde), so liegt eine kantonale Verfügung vor. Die Stellungnahme der Bundesbehörde ist in diesem Fall lediglich ein unselbstständiges Element der Entscheidfindung im Baubewilligungsverfahren und keine selbstständige Verfügung, die vor Bundesverwaltungsgericht angefochten werden könnte. Einsprechern steht vielmehr der Rechtsweg an die kantonalen Gerichte und letztinstanzlich an das Bundesgericht offen, um die Zuständigkeit der kantonalen Behörden und die Zulässigkeit des Baubewilligungsverfahrens überprüfen zu lassen.
5.2. Analoges gilt für Ziff. 3 des Schreibens des ASTRA. Wie das Bundesverwaltungsgericht überzeugend ausführt, handelt es sich um eine Aufforderung an die für das Baubewilligungsverfahren zuständigen Behörden, um sicherzustellen, dass nicht mit dem Bau begonnen wird, bevor nicht die (aus Sicht des ASTRA) nötigen Nutzungsbewilligung und -vereinbarung abgeschlossen worden sind. Diese Aufforderung wurde (trotz der missverständlichen Formulierung der Gemeinde) in Disp.-Ziff. 5 der Baubewilligung umgesetzt, d.h. es handelt sich formell um eine Nebenbestimmung zur kommunalen Baubewilligung und nicht um eine Verfügung des ASTRA.
5.3. Damit fehlt es vorliegend an einem Anfechtungsobjekt für die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Dies gilt auch dann, wenn auf den von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Sachverhalt zum Bauvorhaben und seiner Vorgeschichte abgestellt wird. Insofern war das Bundesverwaltungsgericht nicht verpflichtet, den Sachverhalt weiter abzuklären und die beantragten Akten beizuziehen. Die entsprechenden Rügen sind daher abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten ist. Damit erübrigt sich auch der beantragte Aktenbeizug vor Bundesgericht.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Strassen und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber