Faits :
A.
A.a. A._, ressortissant camerounais né le 18 février 1975, est arrivé en Suisse le 26 janvier 2004 et y a déposé une demande d'asile, laquelle a été définitivement rejetée sur recours le 14 avril 2005. Le 6 décembre 2006, à Genève, l'intéressé a épousé B._, ressortissante suisse née le 8 février 1960. Une autorisation de séjour lui a été octroyée au titre du regroupement familial.
Le 15 mars 2010, A._ a introduit une demande de naturalisation facilitée.
Les 6 juillet 2010 et 2 janvier 2013, A._ et son épouse ont complété et signé le formulaire "Déclaration concernant la communauté conjugale"; l'intéressé a certifié que sa conjointe était domiciliée à la même adresse que lui et qu'ils faisaient ménage commun.
Par décision du 21 janvier 2013, entrée en force le 22 février 2013, la nationalité suisse a été accordée à l'intéressé en vertu d'une naturalisation facilitée.
A.b. A._ a deux enfants nés d'une première union en 1995 et 1998, tous deux au bénéfice d'une autorisation de séjour au titre du regroupement familial. Il a trois autres enfants nés au Cameroun d'une même mère: C._ née le 12 octobre 2010 et qui réside en Suisse depuis le mois de décembre 2014, D._ né le 16 septembre 2013, ainsi que E._ née le 27 mars 2015.
A.c. Le 13 mars 2015, les époux A._ et B._ ont déposé une demande en divorce sur requête commune avec accord complet auprès du Tribunal civil de Genève. Cette demande a été retirée par les époux le 16 juin 2015. Le 19 juin 2015, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale le Tribunal civil a donné acte aux époux de ce qu'ils vivaient séparés. Par jugement du 30 août 2017, le Tribunal civil a prononcé le divorce des époux A._ et B._.
B.
Par décision du 12 septembre 2017, le Secrétariat d'Etat aux migrations (SEM) a annulé la naturalisation facilitée accordée à A._.
Statuant sur recours de l'intéressé, le Tribunal administratif fédéral (TAF) a confirmé cette décision par arrêt du 22 mars 2019.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision contestée, subsidiairement de l'annuler et de renvoyer la cause au TAF fédéral pour nouvelle décision. Il conclut en outre à l'allocation de dépens et demande à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Le SEM renonce à déposer une réponse et conclut au rejet du recours. Le TAF se détermine et propose le rejet du recours. Copie de ces écritures ainsi qu'une invitation à se déterminer à leur propos ont été adressées au recourant. L'envoi en courrier recommandé n'ayant pas été retiré à deux reprises, il lui a été adressé par pli simple.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre la décision du Tribunal administratif fédéral, qui confirme l'annulation de la naturalisation facilitée accordée au recourant, le recours est recevable comme recours en matière de droit public (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. a LTF). Le motif d'exclusion de l'art. 83 let. b LTF n'entre pas en ligne de compte dès lors qu'il s'agit en l'espèce de la naturalisation facilitée et non de la naturalisation ordinaire. Pour le surplus, le recourant a la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF et les conditions formelles de recevabilité sont remplies. Il y a lieu d'entrer en matière.
2.
L'entrée en vigueur, au 1er janvier 2018, de la nouvelle loi sur la nationalité suisse du 20 juin 2014 (LN; RS 141.0) a entraîné l'abrogation de la loi fédérale du 29 septembre 1952 sur l'acquisition et la perte de la nationalité suisse (aLN), conformément à l'art. 49 LN (en relation avec le ch. I de son annexe). En vertu de la réglementation transitoire prévue par l'art. 50 al. 1 LN, l'acquisition et la perte de la nationalité suisse sont régies par le droit en vigueur au moment où le fait déterminant s'est produit. Dans la présente cause, les faits se sont déroulés sous l'empire de l'ancien droit, de sorte que l'aLN s'applique.
3.
Le recourant se plaint d'un "violation du droit suisse", dès lors que l'arrêt attaqué consacrerait un abus du pouvoir d'appréciation. Il ne se prévaut d'aucune règle légale particulière mais l'on comprend qu'il conteste l'appréciation des dispositions légales relatives à l'annulation de la nationalité, à savoir principalement l'art. 41 al. 1 aLN.
3.1.
3.1.1. A teneur de l'art. 27 al. 1 aLN, un étranger peut, ensuite de son mariage avec un ressortissant suisse, former une demande de naturalisation facilitée si, notamment, il a résidé en Suisse pendant cinq ans en tout (let. a), y réside depuis une année (let. b) et vit depuis trois ans en communauté conjugale avec un ressortissant suisse (let. c).
Conformément à l'art. 41 al. 1 aLN, le SEM peut, avec l'assentiment de l'autorité du canton d'origine, annuler la naturalisation facilitée obtenue par des déclarations mensongères ou par la dissimulation de faits essentiels. Pour qu'une naturalisation facilitée soit annulée, il ne suffit pas qu'elle ait été accordée alors que l'une ou l'autre de ses conditions n'était pas remplie; il faut qu'elle ait été acquise grâce à un comportement déloyal et trompeur. S'il n'est point besoin que ce comportement soit constitutif d'une escroquerie au sens du droit pénal, il est nécessaire que l'intéressé ait donné sciemment de fausses informations à l'autorité ou qu'il l'ait délibérément laissée dans l'erreur sur des faits qu'il savait essentiels (ATF 140 II 65 consid. 2.2 p. 67). Tel est notamment le cas si le requérant déclare vivre en communauté stable avec son conjoint alors qu'il envisage de se séparer une fois obtenue la naturalisation facilitée; peu importe que son mariage se soit ou non déroulé jusqu'ici de manière harmonieuse (arrêts 1C_272/2009 du 8 septembre 2009 consid. 3.1, in SJ 2010 p. 69; 1C_142/2019 du 27 juin 2019 consid. 4.1; 1C_98/2019 du 3 mai 2019 consid. 3.1).
La nature potestative de l'art. 41 al. 1 aLN confère une certaine liberté d'appréciation à l'autorité compétente qui doit toutefois s'abstenir de tout abus dans l'exercice de celle-ci. Commet un abus de son pouvoir d'appréciation l'autorité qui se fonde sur des critères inappropriés, ne tient pas compte de circonstances pertinentes ou rend une décision arbitraire, contraire au but de la loi ou au principe de la proportionnalité (ATF 129 III 400 consid. 3.1 p. 403).
D'après la jurisprudence, la notion de communauté conjugale suppose non seulement l'existence formelle d'un mariage, mais encore une véritable communauté de vie des conjoints; tel est le cas s'il existe une volonté commune et intacte de ceux-ci de maintenir une union conjugale stable; une séparation survenue peu après l'octroi de la naturalisation constitue un indice de l'absence de cette volonté lors de l'obtention de la citoyenneté suisse (ATF 135 II 161 consid. 2 p. 165; 130 II 482 consid. 2 p. 484; 128 II 97 consid. 3a p. 98).
3.1.2. La procédure administrative fédérale est régie par le principe de la libre appréciation des preuves (art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273], applicable par renvoi de l'art. 19 PA). Ce principe vaut également devant le Tribunal administratif fédéral (art. 37 LTAF [RS 173.32]). L'administration supporte le fardeau de la preuve lorsque la décision intervient, comme en l'espèce, au détriment de l'administré. Cela étant, la jurisprudence admet dans certaines circonstances que l'autorité puisse se fonder sur une présomption. C'est notamment le cas pour établir que le conjoint naturalisé a menti lorsqu'il a déclaré former une union stable, dans la mesure où il s'agit d'un fait psychique lié à des éléments relevant de la sphère intime, souvent inconnus de l'administration et difficiles à prouver (ATF 135 II 161 consid. 3 p. 166; 130 II 482 consid. 3.2 p. 485). Partant, si l'enchaînement rapide des événements fonde la présomption de fait que la naturalisation a été obtenue frauduleusement, il incombe alors à l'administré de renverser cette présomption en raison, non seulement de son devoir de collaborer à l'établissement des faits (art. 13 al. 1 let. a PA; cf. ATF 135 II 161 consid. 3 p. 166; 132 II 113 consid. 3.2 p. 115 s.), mais encore de son propre intérêt (ATF 130 II 482 consid. 3.2 p. 485 s.). Le fait de taxer de plus ou moins rapide un enchaînement de circonstances pertinentes pour l'issue d'un litige relève du pouvoir d'appréciation du juge, opération dans le cadre de laquelle le Tribunal fédéral n'intervient qu'en cas d'excès de ce pouvoir (arrêts 1C_142/2019 du 27 juin 2019 consid. 4.2; 1C_172/2012 du 11 mai 2012 consid. 2.3).
S'agissant d'une présomption de fait, qui ressortit à l'appréciation des preuves et ne modifie pas le fardeau de la preuve (cf. ATF 135 II 161 consid. 3 p. 166), l'administré n'a pas besoin, pour la renverser, de rapporter la preuve contraire du fait présumé, à savoir faire acquérir à l'autorité la certitude qu'il n'a pas menti; il suffit qu'il parvienne à faire admettre l'existence d'une possibilité raisonnable qu'il n'ait pas menti en déclarant former une communauté stable avec son conjoint. Il peut le faire en rendant vraisemblable, soit la survenance d'un événement extraordinaire susceptible d'expliquer une détérioration rapide du lien conjugal, soit l'absence de conscience de la gravité de ses problèmes de couple et, ainsi, l'existence d'une véritable volonté de maintenir une union stable avec son conjoint lorsqu'il a signé la déclaration (ATF 135 II 161 consid. 3 p. 165 s. et les arrêts cités).
3.2. En l'espèce, le TAF a constaté qu'il s'était écoulé 19 mois entre la signature de la déclaration de vie commune en janvier 2013 et la première séparation des époux en août 2014. Cette durée faisait naître la présomption que la communauté conjugale n'était plus stable et orientée vers l'avenir. Dite présomption était en outre renforcée par d'autres éléments ressortant du dossier. Les premiers juges ont ainsi constaté que les époux n'avaient fait appel à aucune aide extérieure ni entrepris aucune mesure particulière pour sauver leur union, qu'à teneur des déclarations de l'épouse la relation s'était détériorée en 2009 déjà, que l'intéressé était père de cinq enfants, dont trois nés d'une autre femme pendant le mariage litigieux (en 2010, 2013 et 2015), qu'en particulier, l'enfant né en 2013 avait été conçu à l'insu de son épouse peu de temps avant les déclarations certifiant la stabilité du mariage et que la relation extra-conjugale de l'intéressé pouvait être qualifiée de suivie et durable. Le TAF en a déduit qu'il existait un faisceau d'indices suffisants que la communauté conjugale des intéressés n'était ni stable ni tournée vers l'avenir au moment de l'octroi de la naturalisation facilitée. En outre, aucun élément ne venait renverser cette appréciation, aucun événement extraordinaire postérieur à la naturalisation n'ayant précipité la rupture du lien conjugal et le couple étant manifestement conscient de la gravité de ses problèmes au moment de la signature de la déclaration de vie commune.
Le recourant concède que "l'obtention de [la] progéniture [du couple]" s'est certes faite de manière peu conventionnelle. Mais il s'agissait toutefois d'un projet commun, qui n'a pas été imposé à son ex-épouse. Ce faisant, si le recourant revient sur les circonstances de la conception de son enfant C._, née en 2010, il ne donne aucune explication s'agissant des deux autres enfants nés, pendant son mariage, de la relation extra-conjugale durable qu'il entretenait au Cameroun. Il n'apporte ainsi aucun élément qui justifierait de s'écarter de l'appréciation des premiers juges. En bref, il demeure constant que le recourant a conçu un enfant hors mariage, à l'insu de son épouse, peu avant les déclarations de stabilité du couple destinées à lui assurer l'octroi de la naturalisation facilitée.
Le recourant se prévaut ensuite des "efforts entrepris pour surmonter les dissensions de l'été 2014 et les reprises de la vie commune", dont le TAF n'aurait, de manière incompréhensible selon le recourant, pas tenu compte. Outre que le TAF a au contraire expressément tenu compte de la tentative de reprise de vie commune, ici encore, le recourant élude complètement les autres aspects pris en considération pour l'évaluation de son cas, en particulier, comme on l'a rappelé ci-dessus, la relation extraconjugale qu'il a entretenue dans la durée au Cameroun et dont sont issus trois enfants.
Dans ces circonstances, le recourant ne démontre aucun abus d'appréciation de la part du TAF s'agissant du fait que la communauté conjugale n'était plus ni stable ni tournée vers l'avenir lorsque l'intéressé a obtenu la naturalisation facilitée. L'art. 41 al. 1 aLN n'a ainsi pas été violé.
4.
Le recourant se prévaut par ailleurs en vain du fait qu'il aurait dû renoncer à sa nationalité camerounaise. Comme l'a retenu le TAF, le risque que le recourant devienne apatride ne fait pas obstacle à l'annulation de la naturalisation facilitée. Si celle-ci a été obtenue frauduleusement, l'intéressé doit en effet supporter les conséquences qui résultent pour lui de la perte de la nationalité suisse. Admettre qu'il en aille autrement reviendrait à conférer aux apatrides potentiels une protection absolue contre une éventuelle annulation de la naturalisation facilitée, ce qui contreviendrait au principe de l'égalité de traitement (cf. ATF 140 II 65 consid. 4.2.1 p. 72 s.; arrêts 1C_98/2019 du 3 mai 2019 consid. 4; 1C_214/2015 du 6 novembre 2015 consid. 2.2.4).
Ceci exposé, et vu que n'est qu'à titre superfétatoire que le TAF s'est référé aux dispositions du droit camerounais, il n'y a pas lieu d'en examiner plus avant la teneur.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté. Dans la mesure où le recours paraissait d'emblée voué à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 64 al. 1 et 2 LTF). A titre exceptionnel, il est renoncé à percevoir des frais judiciaires pour tenir compte de la situation financière du recourant (art. 66 al. 1, 2 ème phrase, LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Secrétariat d'Etat aux migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour VI.
Lausanne, le 18 octobre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali