Faits :
A.
A._ SA est propriétaire des parcelles n° 3354, 3355 et 3356, feuille 24, de la commune de Chêne-Bougeries (GE). Situées dans le quartier de Conches, chemin Naville 24-24b, les parcelles sont colloquées en 5ème zone, dite zone villa (cf. art. 58 ss de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses [LCI]; RS/GE L 5 05).
Le 22 octobre 2013, le Département de l'urbanisme du canton de Genève (devenu depuis lors le Département du territoire, ci-après: le Département) a délivré à A._ SA une autorisation de construire trois villas jumelles avec garages, piscines, locaux annexes et panneaux solaires en toiture. Le 28 novembre 2014, A._ SA a été mise au bénéfice d'une autorisation de construire complémentaire portant sur une modification de la performance énergétique du projet ainsi que sur une modification des sous-sols.
B.
B.a. Après que, le 25 janvier 2016, un tiers avait dénoncé la recourante au Département, un inspecteur dudit Département s'est rendu sur les lieux le 16 février 2016, constatant à cette occasion que, lors de l'édification des villas et de leurs annexes, des murs et des clôtures avaient été construits sans autorisation sur l'ensemble des trois parcelles. Un mur avait ainsi été érigé à front du chemin Naville, dépassant, à certains points, 2 mètres de hauteur. Des aménagements extérieurs avaient aussi été réalisés alors que ces éléments ne figuraient pas au dossier autorisé.
Conformément à l'ordre adressé le 24 mars 2016 par le Département à B._, architecte en charge du projet, A._ SA a déposé le 28 avril 2016 une demande d'autorisation complémentaire pour la construction d'un mur en limite de propriété ainsi que pour les modifications des aménagements extérieurs.
B.b. Lors de l'instruction effectuée par le Département, la demande a fait l'objet de préavis défavorables de la Commission d'architecture du Département ainsi que de la commune de Chêne-Bougeries. La Direction générale de l'agriculture et de la nature (DGAN) a préavisé favorablement la demande, sous conditions. Quant au Service de l'air, du bruit et des rayonnements non ionisants (SABRA) de la Direction générale de l'environnement, il a relevé que les valeurs d'exposition au bruit étaient respectées et que dès lors la construction de murs n'était pas obligatoire au regard des exigences en matière de protection contre le bruit.
Par décision du 28 mars 2017, le Département a refusé l'autorisation de construire sollicitée. Par décision du 14 septembre 2017, il a en outre ordonné à A._ SA la suppression des murs grillagés en limite de propriétés avec les parcelles n° 976 et 1716 ainsi que le long du chemin Naville, lui infligeant par ailleurs une amende administrative de 5000 francs.
B.c. Par jugement du 22 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (TAPI) a rejeté les recours formés par A._ SA contre les décisions des 28 mars 2017 et 14 septembre 2017.
Saisie d'un recours de A._ SA contre ce jugement, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise l'a rejeté par arrêt du 17 décembre 2019.
C.
Par acte du 7 février 2020, A._ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 17 décembre 2019. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que les décisions rendues par le Département les 28 mars 2017 et 14 septembre 2017 sont annulées et que l'autorisation de construire sollicitée lui est délivrée. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Invitée à se déterminer, la Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. Le Département conclut pour sa part au rejet du recours.
Dans ses déterminations du 8 juin 2020, A._ SA persiste dans ses conclusions.
D.
Par ordonnance du 4 mars 2020, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
La recourante a pris part à la procédure devant la Cour de justice. En tant que propriétaire destinataire du refus de permis de construire, de l'ordre de remise en état et du prononcé d'amende administrative, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit annulée. Elle dispose ainsi de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2.
Se prévalant de l'art. 112 al. 1 let. b LTF, la recourante se plaint que l'état de fait contenu dans l'arrêt attaqué ne consiste qu'en un simple résumé de la procédure menée devant les autorités cantonales, sans que ne soient mentionnées les constatations de fait pertinentes s'agissant des caractéristiques et de l'emplacement précis des installations litigieuses ainsi que de la pratique du Département en matière de murs construits en bordure de propriété, singulièrement dans le quartier où étaient situées ses parcelles.
2.1. L'art. 112 al. 1 let. b LTF dispose que les décisions susceptibles d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit. Ces décisions doivent indiquer clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant (cf. ATF 141 IV 244 consid. 1.2.1 p. 246). Sur les points de fait décisifs et litigieux, le Tribunal fédéral doit savoir ce que l'autorité précédente a en définitive retenu, écarté ou considéré comme non prouvé. Un état de fait insuffisant empêche l'application des règles de droit pertinentes à la cause et constitue donc une violation du droit (cf. ATF 135 II 145 consid. 8.2 p. 153; arrêt 1C_663/2019 du 25 mai 2020 consid. 2.1). Par ailleurs, en matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 144 II 281 consid. 3.6.2 p. 287). Les faits en question doivent être pertinents, c'est-à-dire propres à influer sur l'issue du litige. Il appartient au recourant de le démontrer, le Tribunal fédéral n'entrant en matière sur un tel grief que s'il est invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF).
2.2. Dans la partie "En fait" de l'arrêt attaqué (cf. ch. 32, p. 9 s.), il est relevé qu'un transport sur place, en présence de représentants des parties, avait été organisé le 8 avril 2019 dans le cadre de l'instruction menée par la Cour de justice. A cette occasion, le juge délégué avait constaté que, sur le côté nord du chemin permettant d'accéder aux trois villas, en limite de propriété avec deux parcelles voisines, était édifié un muret d'environ 80 centimètres de haut, surmonté d'une cloison constituée de montants verticaux en aluminium laqué, entre lesquels étaient tissés des "roseaux" horizontaux. La hauteur totale était de 2.20 mètres environ. A l'extrémité ouest de cette installation, un mur avait été construit. Il constituait l'arrière de la cabane de jardin située sur la parcelle voisine. Une installation similaire était édifiée le long du chemin Naville. Toutefois, le muret inférieur était de moindre hauteur. A l'angle entre le chemin d'accès et le chemin Naville, un mur isolait la place des poubelles. Directement à côté des parcelles concernées, tant le long du chemin Naville que de celui des Bougeries, un treillis, recouvert d'un tissu noir d'un peu plus de 2 mètres de haut, avait été installé.
Par ailleurs, il avait été constaté que les propriétés situées aux alentours étaient séparées de la route ou des propriétaires voisins par différentes installations, notamment par des murs, des murets ou des barrières parfois doublés d'un grillage ou encore des palissades en bois, d'une hauteur quelquefois supérieure à 2 mètres. Certaines installations étaient en outre recouvertes de crépis, de lichen ou de lierre (cf. arrêt attaqué, ad "En fait", ch. 32 p. 9 s.).
2.3. La recourante n'explique pas dans quelle mesure les constatations effectuées lors de l'inspection locale du 8 avril 2019 et résumées dans l'arrêt entrepris n'étaient pas suffisamment détaillées compte tenu des griefs qu'elle avait formulés dans son recours contre le jugement du TAPI, ni dès lors en quoi les faits retenus seraient empreints d'arbitraire.
De surcroît, la législation cantonale régissant la construction de murs en limite de propriété (en particulier art. 79 et 112 LCI) ainsi que la jurisprudence cantonale et la pratique du Département relativement aux installations assimilées à des murs ("jour fixe", palissade, panneaux de bois installés sur un muret, paroi anti-bruit) font l'objet de développements spécifiquement consacrés dans la partie "En droit" de l'arrêt entrepris (cf. consid. 6 à 9, p. 17 à 21), dont on comprend que les règles en la matière ne trouvaient pas une acception différente s'agissant du quartier en question. Ainsi, après examen, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que les installations édifiées en limite de propriété avec les parcelles voisines et le chemin Naville répondaient à la qualification de murs au sens des art. 79 et 112 LCI, dont le Département pouvait refuser l'autorisation de construire (cf. arrêt attaqué, consid. 9c p. 21). On comprend en outre que, pour la Cour de justice, cette circonstance justifiait une remise en état, dans la mesure décrite dans la décision du Département du 14 septembre 2017, ainsi que le prononcé d'une amende administrative en raison de travaux réalisés sans autorisation et de manière non conforme aux prescriptions légales (cf. sur ce dernier point, arrêt attaqué, consid. 14b p. 24).
Il est déduit de ce qui précède que les motifs déterminants en fait et en droit ressortent de manière suffisamment claire de l'arrêt attaqué en conformité à l'art. 112 al. 1 let. b LTF.
Le grief doit dès lors être rejeté.
3.
La recourante invoque diverses violations de son droit à un procès équitable (art. 6 par. 1 CEDH; art. 29 al. 1 Cst.) ainsi que de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.).
3.1. Faisant valoir un déni de justice formel ainsi qu'une violation de son droit d'être entendue, la recourante reproche en premier lieu à la cour cantonale de ne pas avoir répondu à sa demande tendant à ce que la dénonciation adressée le 25 janvier 2016 au Département soit versée au dossier. A cet égard, elle se prévaut également de l'art. 10A, 2 ème phrase, de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RS/GE E 5 10), lequel interdit à l'autorité de donner suite aux dénonciations anonymes.
3.1.1. Selon l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Il y a déni de justice formel lorsqu'une autorité n'applique pas ou applique d'une façon incorrecte une règle de procédure, de sorte qu'elle ferme l'accès à la justice au particulier qui, normalement, y aurait droit. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement, viole l'art. 29 al. 1 Cst. (cf. ATF 144 II 184 consid. 3.1 p. 192 et les références citées; arrêts 1C_504/2019 du 21 avril 2020 consid. 2.1.1; 1C_475/2019 du 29 janvier 2020 consid. 3.2). Le Tribunal fédéral examine librement le point de savoir s'il y a déni de justice formel. Par contre, il n'examine que sous l'angle de l'arbitraire l'interprétation et l'application des dispositions de droit cantonal topiques (ATF 144 II 184 consid. 3.1 p. 192; ATF 135 I 6 consid. 2.1 p. 9).
Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment le devoir pour l'autorité de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 145 IV 99 consid. 3.1 p. 109; 143 III 65 consid. 5.2 p. 70 s.; 141 IV 244 consid. 1.2.1 p. 246). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision. En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel lorsqu'elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 p. 565).
Le droit d'être entendu comprend également le droit, pour une partie à un procès, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1; 139 I 189 consid. 3.2; 138 I 484 consid. 2.1; 137 I 195 consid. 2.3.1).
3.1.2. Devant le Tribunal fédéral, les griefs de violation des droits fondamentaux et du droit cantonal ou communal sont soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). La partie recourante doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal ou communal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494).
3.1.3. La cour cantonale a relevé que ce n'était pas la dénonciation adressée le 25 janvier 2016 au Département qui avait provoqué l'ouverture de la procédure de régularisation, mais bien le constat effectué par un inspecteur dudit Département lors de sa visite sur les lieux en date du 16 février 2016 (cf. arrêt attaqué, consid. 3 p. 14). Il ne se justifiait pas non plus d'ordonner au Département de produire d'éventuelles directives sur sa pratique relative aux dénonciations anonymes, ces documents n'apportant pas d'élément pertinent pour la résolution de la présente cause, qui portait sur la conformité à la législation en vigueur des installations érigées par la recourante (cf. arrêt attaqué, consid. 2e p. 13). Aussi, si la cour cantonale ne s'est certes pas expressément prononcée sur la demande de la recourante tendant à avoir accès à la dénonciation en question - laquelle n'avait pas été produite au dossier -, il doit être compris de ce qui précède qu'il n'y avait à ses yeux pas lieu d'y donner suite. C'est dès lors en vain que la recourante se prévaut d'un déni de justice formel.
3.1.4. Par ailleurs, la recourante ne prétend pas que la cour cantonale aurait dû fonder son argumentation sur des éléments qui étaient susceptibles d'être déduits de la dénonciation, ni ne démontre en quoi, dans ce contexte, l'absence de celle-ci parmi les documents figurant au dossier cantonal constitue une violation de son droit d'être entendue. Elle n'indique pas non plus sur quelle base elle pourrait, dans ce contexte également, se prévaloir d'un droit à connaître l'identité du dénonciateur. Le grief est dès lors insuffisamment motivé à cet égard (cf. art. 106 al. 2 LTF).
Au demeurant, même à supposer qu'en l'absence d'indications fournies par le Département au sujet de la dénonciation qu'il avait reçue, il devait être considéré que celui-ci avait donné suite à une dénonciation anonyme, ce qui était proscrit par l'art. 10A LPA/GE, la jurisprudence cantonale paraît néanmoins admettre que l'intérêt de la personne dénoncée à connaître l'identité de son dénonciateur peut être limité en fonction des intérêts publics de l'Etat ou des intérêts légitimes du tiers dénonciateur, de sorte que, selon les cas, l'autorité doit être habilitée à contrôler les situations mises en avant par les citoyens, fût-ce de manière anonyme (cf. GRODECKI/ JORDAN, Code annoté de procédure administrative genevoise, 2017, n° 172 p. 49 et les arrêts cantonaux cités). Or, la recourante n'expose nullement en quoi la pesée des intérêts, à laquelle le Département aurait dû se livrer dans cette hypothèse, devait en l'espèce nécessairement conduire à renoncer à la mise en oeuvre d'une procédure de régularisation des travaux effectués sans autorisation. Cela étant, dès lors qu'il a été retenu que le Département avait été en mesure de constater lui-même l'existence de constructions justifiant selon lui l'ouverture d'une telle procédure, on ne discerne pas à cet égard une application arbitraire de l'art. 10A LPA/GE.
3.2. Invoquant une violation de son droit d'être entendue, la recourante reproche à la cour cantonale de s'être référée à ses propres consultations effectuées sur internet pour définir la notion de "mur" contenue aux art. 79 et 112 LCI, sans en informer préalablement les parties, ni les inviter à se déterminer à leur sujet.
3.2.1. Le droit d'être entendu implique certes la faculté de s'exprimer sur les preuves propres à influencer le jugement (ATF 143 IV 380 consid. 1.1 p. 382; 132 V 387 consid. 3.1 p. 388). Cependant, les faits notoires n'ont ni à être allégués, ni à être prouvés. Les faits notoires sont ceux dont l'existence est certaine au point d'emporter la conviction du juge, qu'il s'agisse de faits connus de manière générale du public ou seulement du juge. Le Tribunal fédéral a retenu que pour être notoire, un renseignement ne doit pas être constamment présent à l'esprit; il suffit qu'il puisse être contrôlé par des publications accessibles à chacun (ATF 135 III 88 consid. 4.1 p. 89 s.; 134 III 224 consid. 5.2 p. 233). En ce qui concerne les informations figurant sur Internet, le Tribunal fédéral a précisé qu'il y a lieu de retenir que seules les informations bénéficiant d'une "empreinte officielle" (par ex: Office fédéral de la statistique, inscriptions au registre du commerce, cours de change, horaire de train des CFF, etc.) peuvent en principe être considérées comme notoires (ATF 143 IV 380 consid. 1.2 p. 385).
3.2.2. Aux termes de l'art. 79 LCI, sous réserve des murs de soutènement et des murets de 80 centimètres de hauteur au maximum, le département peut refuser les murs séparatifs qui ne sont pas intégrés à un bâtiment.
Par ailleurs, l'art. 112 LCI dispose que les murs en bordure d'une voie publique ou privée, ou entre deux propriétés ne peuvent, dans la mesure où ils sont autorisés, excéder une hauteur de 2 mètres. Selon cette même disposition, le département peut exiger que les ouvrages autorisés soient distants jusqu'à 1.20 mètres du bord d'une voie publique ou privée et peut, en outre, exiger la plantation de végétation.
3.2.3. Procédant à une interprétation littérale des art. 79 et 112 LCI, dès lors que la législation cantonale ne contenait pas de précision sur ce qu'il fallait entendre par "mur" au sens de ces dispositions, la cour cantonale a notamment relevé que, selon la définition courante du terme, un mur était "un ouvrage élevé sur une certaine longueur pour constituer le côté d'un bâtiment, enclore ou séparer des espaces". Elle s'est référée à cet égard au dictionnaire en ligne TLFi ( Trésor de la langue française informatisé) qu'elle avait consulté le 4 décembre 2019 à l'adresse http://stella.atilf.fr (cf. arrêt attaqué, consid. 6c p. 18).
3.2.4. En tant que la recourante soutient que la définition déduite du site internet consulté par la cour cantonale ne constitue pas un fait notoire, dès lors que ce site ne revêt aucun caractère officiel, on ne voit pas pour autant que la définition du mot "mur" proposée par ce dictionnaire en ligne diverge en une quelconque façon de celle communément admise en français, ni qu'elle est fondamentalement différente de celle contenue dans des dictionnaires en format papier utilisés plus couramment, tels que peuvent l'être Le Petit Larousse ou Le Petit Robert. En cela, la situation doit être distinguée de celle qui s'était présentée dans l'arrêt publié aux ATF 143 IV 380, lors duquel, selon les faits retenus par la cour cantonale, la seule définition disponible du mot "muzz" figurait dans un dictionnaire en ligne (Wiktionnaire), dont les définitions proposées étaient susceptibles d'être modifiées par qui le souhaitait (cf. ATF 143 IV 380 consid. 1.3 p. 385 s.).
Cela étant, il ne saurait être reproché en l'espèce à la cour cantonale de ne pas avoir informé les parties qu'elle entendait se référer à la définition proposée par la version en ligne du dictionnaire TLFi, ni de ne pas les avoir invitées à se déterminer sur la définition en cause.
La recourante ne prétend pas au surplus que l'interprétation des art. 79 et 112 LCI effectuée par la cour cantonale - qui a considéré que les installations litigieuses répondaient à la qualification de murs dès lors qu'elles créaient une séparation visuelle (cf. arrêt attaqué consid. 6d p. 18) - consacrerait une application arbitraire de ces dispositions.
3.3. La recourante se plaint du cumul des fonctions exercées par C._, qui est à la fois signataire du préavis émis le 14 juin 2016 par la Commission d'architecture du Département (CA) et des décisions du Département du 28 mars 2017 et 14 septembre 2017. Elle y voit une violation de son droit à une procédure équitable garanti par l'art. 29 al. 1 Cst.
3.3.1. L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s'imposer même si une prévention effective du membre de l'autorité visée n'est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des personnes impliquées ne sont pas décisives (ATF 127 I 196 consid. 2b p. 198; 125 I 119 consid. 3b p. 123).
De manière générale, les dispositions sur la récusation sont moins sévères pour les membres des autorités administratives que pour les autorités judiciaires. Contrairement aux art. 6 par. 1 CEDH et 30 al. 1 Cst., applicables aux autorités judiciaires, l'art. 29 al. 1 Cst. n'impose pas l'indépendance et l'impartialité comme maxime d'organisation (ATF 137 II 431 consid. 5.2 p. 451; 125 I 119 consid. 3f p. 124; arrêt 2C_110/2019 du 9 décembre 2019 consid. 5.1). Dans ce contexte, le cumul dans une même autorité de deux compétences, de telle manière que l'exercice de l'une peut influer de fait sur l'exercice de l'autre ne crée pas un motif de récusation (arrêt 1C_44/2019 du 29 mai 2019 consid. 4.2 et la référence citée).
3.3.2. En droit genevois, l'art. 15 al. 1 LPA/GE dispose que les membres des autorités administratives appelés à rendre ou à préparer une décision doivent se récuser s'ils ont un intérêt personnel dans l'affaire (let. a), s'ils sont parents ou alliés d'une partie en ligne directe ou jusqu'au troisième degré inclusivement en ligne collatérale ou s'ils sont unis par mariage, fiançailles, par partenariat enregistré, ou mènent de fait une vie de couple (let. b), s'ils représentent une partie ou ont agi pour une partie dans la même affaire (let. c) ou s'il existe des circonstances de nature à faire suspecter leur partialité (let. d).
3.3.3. L'art. 4 al. 1 de la loi cantonale du 24 février 1961 sur les commissions d'urbanisme et d'architecture (LCUA; RS/GE L 1 55) prévoit que la commission d'architecture est consultative; sous réserve des projets d'importance mineure et de ceux qui font l'objet d'un préavis de la commission des monuments, de la nature et des sites, elle donne son avis en matière architecturale au département du territoire, lorsqu'elle en est requise par ce dernier, sur les projets faisant l'objet d'une requête en autorisation de construire. Selon l'art. 5 al. 1 LCUA, la commission d'architecture est composée de 9 membres titulaires, dont 6 architectes, et de 4 suppléants, dont 3 architectes, choisis hors de l'administration publique.
Aux termes de l'art. 5 let. e du règlement cantonal du 10 mars 2010 sur les commissions officielles (RCOf; RS/GE A 2 20.01), la commission d'architecture dépend du département du territoire. Ce dernier pourvoit aux besoins en matière de secrétariat (art. 16 RCOf), lequel secrétariat est assumé en l'occurrence par l'intermédiaire de son office des autorisations de construire (art. 6 al. 6 du règlement du 19 juin 1974 sur les commissions d'urbanisme et d'architecture [RCUA; RS/GE L 1 55.03]).
3.3.4. A l'appui de son grief, la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte que lors de l'audition par le TAPI de D._, président de la CA, en qualité de témoin, celui-ci avait affirmé que C._ "réceptionnait les dossiers, les préparait, les analysait et les présentait en commission" et qu'il "avait un rôle important dans la préparation du dossier et les informations qu'il donnait" (cf. arrêt attaqué, ad "En fait", ch. 24 p. 7).
Il ne ressort pas pour autant de l'arrêt entrepris que C._, alors collaborateur de l'Office des autorisations de construire, aurait activement participé aux délibérations ayant conduit à la délivrance d'un préavis défavorable par la CA, ni même qu'il disposait dans ce cadre d'une voix consultative comme pourrait l'avoir le greffier selon certaines lois d'organisation judiciaire. Il apparaît par ailleurs que le législateur cantonal n'a pas prévu que la CA soit une entité structurellement indépendante du Département et de ses offices subordonnés, l'intervention du personnel de l'Office des autorisations de construire dans le secrétariat de la CA, et partant dans la préparation des séances et des préavis délivrés, étant expressément prévue par les normes régissant son fonctionnement. Il faut également prendre en considération que la CA fonctionne comme autorité de préavis et non de décision, son rôle se bornant à donner un avis sur des questions en matière architecturale, avant que le Département statue, sans en principe être lié par l'opinion émise (cf. art. 3 al. 3 LCI), sur la demande d'autorisation de construire.
On ne voit dès lors pas, compte tenu de l'organisation consacrée par le droit cantonal et en l'absence d'éléments objectifs pouvant laisser supposer une influence concrètement exercée par C._ dans l'appréciation du dossier par les membres de la CA, que la cour cantonale a violé les règles en matière de récusation des membres des autorités administratives en estimant que sa participation aux travaux de secrétariat de la CA et sa signature apposée sur le préavis ne suffisaient pas à faire naître à son égard une suspicion de partialité, qui l'aurait empêché par la suite de rendre, après examen ultérieur du dossier par un architecte qualifié (cf. arrêt attaqué, consid. 4e p. 16), les décisions querellées au nom du Département, en sa qualité de chef de région ad interim de l'Office des autorisations de construire.
3.4. Invoquant également à cet égard une violation de l'art. 29 al. 1 Cst., la recourante fait encore valoir que la CA n'était pas valablement constituée, dès lors qu'elle avait statué en l'absence d'un délégué de la Commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS).
3.4.1. La jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 1 Cst. un droit à ce que l'autorité administrative qui statue, le fasse dans une composition correcte et impartiale (ATF 142 I 172 consid. 3.2 p. 173 ss et les références citées).
La composition de l'autorité est définie selon les règles du droit de procédure ou d'organisation. Celui-ci prévoit généralement des quorum afin d'assurer le fonctionnement des autorités collégiales. L'autorité est ainsi valablement constituée lorsqu'elle siège dans une composition qui correspond à ce que le droit d'organisation ou de procédure dispose. Si l'autorité statue alors qu'elle n'est pas valablement constituée, elle commet un déni de justice formel (ATF 142 I 172 consid. 3.2 p. 173; ATF 137 I 340 consid. 2.2.1 p. 342; ATF 127 I 128 consid. 4b p. 131). Lorsque la composition de l'autorité est prévue par le droit cantonal, le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application de celui-ci que sous l'angle restreint de l'arbitraire. Sous réserve de motivation suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF), il examine en revanche avec une pleine cognition le point de savoir si la composition correcte de l'autorité administrative, telle que prévue, par le droit cantonal remplit les conditions de l'art. 29 al. 1 Cst. Cela signifie que, dans un premier temps, le Tribunal fédéral examinera si l'interprétation et l'application du droit cantonal par le Tribunal cantonal sont ou non arbitraires. Dans une seconde phase, le Tribunal fédéral contrôlera avec une pleine cognition si l'interprétation et l'application du droit cantonal, reconnues non arbitraires, sont compatibles avec la garantie de l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 142 I 172 consid. 3.2 p. 173 ss et les références citées; arrêt 2C_278/2017 du 17 août 2017 consid. 3.2).
Le droit constitutionnel à une composition correcte de l'autorité décisionnelle est de nature formelle. Sa violation, quelles que soient les chances de succès du recours sur le fond, conduit à l'annulation de l'arrêt entrepris. Il est en outre exclu d'admettre la réparation d'un tel vice. Cela conduirait en effet à permettre à une autorité décisionnelle de se passer systématiquement de statuer dans une composition conforme au droit (ATF 142 I 172 consid. 3.2 p. 173 ss et les références citées; arrêt 2C_278/2017 du 17 août 2017 consid. 3.2).
3.4.2. L'art. 6 al. 3 RCUA prévoit qu'un délégué de la commission des monuments, de la nature et des sites participe aux séances de la commission d'architecte avec voix consultative.
L'art. 21 RCOf dispose pour sa part que, sauf disposition légale ou réglementaire contraire, une séance de commission ne peut être valablement tenue que si la moitié des membres sont présents, plus la présidence. Cas échéant, la séance est reportée à une date à fixer ultérieurement dans un délai raisonnable.
3.4.3. Il n'est pas contesté en l'espèce que la séance de la CA, lors de laquelle a été émis son préavis défavorable, a été tenue en l'absence du délégué de la CMNS. Néanmoins, la cour cantonale a estimé que la présence du précité n'était pas une condition nécessaire à la tenue de la séance, le représentant de la CMNS pouvant décider de s'y rendre ou non selon les objets devant être traités, sans que cela touche la validité du préavis émis (cf. arrêt attaqué, consid. 5c p. 17).
Si le raisonnement de la cour cantonale peut certes prêter à discussion, dès lors en particulier que la participation d'un délégué de la CMNS aux séances de la CA, telle que prévue par l'art. 6 al. 3 RCUA, pourrait être interprétée comme une exception, expressément réservée par l'art. 21 RCOf, aux règles de quorum prévues par cette dernière disposition, il ne reflète pas encore une application arbitraire du droit cantonal. Il n'est en effet pas insoutenable de considérer que les exigences de l'art. 6 al. 3 RCUA sont satisfaites pour autant que la CMNS soit informée de l'objet des séances de la CA et qu'un délégué soit invité à y participer comme expert permanent avec voix consultative, sans que celui-ci ne soit toutefois tenu de participer effectivement à toutes les séances - dont certaines pourraient ne pas concerner le champ de compétences de la CMNS -, ni que son éventuelle absence n'ait d'effet sur le quorum de l'art. 21 RCOf, qui vise ainsi exclusivement la présence des membres de la CA, dont la voix est délibérative, à l'exclusion d'autres participants avec voix consultative.
Au reste, alors qu'elle était tenue de le faire (art. 106 al. 2 LTF), la recourante ne démontre pas en quoi l'absence d'un délégué de la CMNS lors de la séance de la CA violerait son droit à une composition impartiale de l'autorité, tel que garanti par l'art. 29 al. 1 Cst., ni dans quelle mesure la CA devrait respecter les exigences découlant de cette disposition alors qu'elle est une autorité de préavis et non de décision.
Le grief doit dès lors être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
4.
La recourante se prévaut enfin d'une violation du principe de l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.), arguant que de nombreux murs similaires existaient dans le quartier.
4.1. Une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (ATF 142 I 195 consid. 6.1 p. 213 et les références).
Le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi. Il faut encore que l'autorité n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés, et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (ATF 139 II 49 consid. 7.1 p. 61 et les références; arrêt 2C_41/2020 du 24 juin 2020 consid. 5.1.2).
4.2. La cour cantonale a estimé que la recourante ne pouvait pas être mise au bénéfice du principe de l'égalité dans l'illégalité, dès lors que le Département avait indiqué avoir ouvert des procédures eu égard à l'édification de murs non conformes à la LCI, qu'il ne tolérerait donc plus à l'avenir (cf. arrêt attaqué, consid. 10b p. 22).
4.3. Si la recourante estime que la cour cantonale ne pouvait pas se satisfaire des seules indications du Département pour retenir que celui-ci entendait ne plus accepter des constructions du même type, elle ne tente nullement de démontrer la réunion des autres conditions présidant à l'application du principe de l'égalité dans l'illégalité. En particulier, elle n'explique pas dans quelle mesure son intérêt privé au maintien de la situation devait en l'espèce être privilégié à l'intérêt public au respect des normes en matière de police des constructions.
Insuffisamment motivé (art. 106 al. 2 LTF), le grief est irrecevable.
5.
Au surplus, la recourante ne revient pas spécifiquement sur les motifs ayant conduit au refus de l'autorisation de construire et à l'ordre de remise en état, pas plus que sur l'amende administrative infligée à son égard.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Le Département, qui a agi dans le cadre de ses attributions officielles, n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3 ème section.
Lausanne, le 23 juillet 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Tinguely