Faits :
A.
A.a. A._, né le 7 juillet 2009 et scolarisé à Genève, s'est vu diagnostiquer le 2 octobre 2013 un trouble spécifique de l'acquisition de l'articulation, classé sous la référence F80.0 dans la classification internationale des maladies dans sa dixième édition (ci-après: CIM-10), ainsi qu'un trouble du développement de la parole et du langage, sans précision (CIM-10 F80.9).
Le 27 janvier 2015, le diagnostic de troubles spécifiques de l'acquisition de l'articulation a été confirmé (CIM-10 F80.0). Le 14 décembre 2016, un diagnostic a été posé de trouble spécifique mixte du développement (CIM-10 F83), soit un trouble dans lequel il existe à la fois des signes d'un trouble spécifique du développement, de la parole et du langage, des acquisitions scolaires et des fonctions motrices, mais sans qu'aucun de ces éléments ne prédomine suffisamment pour constituer le diagnostic principal, soit une catégorie mixte réservée aux cas de chevauchement important de troubles spécifiques du développement, s'accompagnant habituellement, mais pas toujours, d'un certain degré d'altération des fonctions cognitives.
Le 25 août 2017, le Secrétariat à la pédagogie spécialisée de l'Office de l'enfance et de la jeunesse (ci-après: le Secrétariat à la pédagogie spécialisée) auprès du D épartement de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse du canton de Genève (ci-après: le Département) a attesté que A._ souffrait d'un trouble de la coordination motrice nécessitant un suivi psychomoteur.
A.b. Le Secrétariat à la pédagogie spécialisée a octroyé à A._ des prestations de logopédie, sous forme de séances hebdomadaires individuelles de quarante-cinq minutes, du 2 octobre 2013 au 28 janvier 2014, du 28 janvier 2015 au 23 août 2015 et du 24 août 2015 au 23 novembre 2015. Il lui a par la suite octroyé des prestations de psychomotricité ambulatoire, sous forme de séances hebdomadaires individuelles de soixante minutes, du 14 décembre 2016 au 23 décembre 2017, puis du 1er janvier 2018 au 10 juillet 2018.
A.c. Le 15 juillet 2019, un trouble spécifique de l'acquisition de l'arithmétique a été diagnostiqué chez l'enfant (CIM-10 F81.2), soit une altération spécifique des performances en arithmétique, non imputable exclusivement à un retard mental global ou à une scolarisation inadéquate, l'altération concernant la maîtrise des éléments de base du calcul comme l'addition, la soustraction, la multiplication et la division, soit n'étant pas limitée aux capacités mathématiques plus abstraites impliquées par l'algèbre, la trigonométrie, la géométrie ou le calcul différentiel et intégral.
B.
Le 3 décembre 2019, les parents de A._ ont adressé au Secrétariat à la pédagogie spécialisée une demande initiale de mesures de pédagogie spécialisée portant sur des séances de logopédie. Ils ont joint à leur demande un rapport d'évaluation de logopédie daté du même jour et effectué par D._, mentionnant le diagnostic établi le 15 juillet 2019 de trouble spécifique de l'acquisition de l'arithmétique (F81.2) et relevant dans les conclusions des progrès de l'enfant dans certains domaines comme le calcul ou les opérations logiques d'inclusion simple, mais également une stagnation de la pensée dans d'autres, comme les classifications multiplicatives, ainsi qu'un retard d'acquisition entraînant des difficultés à manipuler les connecteurs logiques et à intégrer le sens des techniques opératoires enseignées en classe. D'après le rapport, le retard de l'enfant ne pouvait se combler totalement de manière spontanée, et une prise en charge logopédique était nécessaire, afin de l'aider à pallier ces difficultés. Le diagnostic demeurait celui d'un retard d'acquisition sur les opérations logiques aux mathématiques et d'une dyscalculie, ce trouble des apprentissages étant, comme c'était souvent le cas, conséquent à la dyspraxie déjà connue. En accord avec les parents, une prise en charge logopédique à raison d'une séance hebdomadaire individuelle de quarante-cinq minutes serait mise en place dès la rentrée scolaire.
Après un préavis négatif le 22 janvier 2020, le Secrétariat à la pédagogie spécialisée a, par décision du 25 février 2020, refusé d'octroyer à A._ la prestation de logopédie sollicitée, au motif que le diagnostic F81.2 n'entrait pas dans la liste des diagnostics CIM-10 donnant droit aux prestations de logopédie selon la réglementation cantonale.
A._, représenté par ses parents C._ et B._, a formé un recours auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), en concluant à l'annulation de la décision du 25 février 2020 et à la prise en charge des séances de logopédie dispensées par D._ pour la période allant du 29 août 2019 au 28 août 2021. Par arrêt du 4 août 2020, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Contre l'arrêt de la Cour de justice du 4 août 2020, A._, agissant par ses parents, forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce qu'il soit ordonné au Secrétariat à la pédagogie spécialisée de prendre en charge le traitement de la dyscalculie dispensé par D._ pour la période allant du 29 août 2019 au 28 août 2021.
La Cour de justice ne formule pas d'observations, s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Direction du pôle de coordination des prestations déléguées et de la surveillance du Département conclut au rejet du recours, en renvoyant à ses arguments développés devant la Cour de justice.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le litige porte sur le refus d'octroi de prestations de logopédie, en tant que mesure de pédagogie spécialisée. Il relève donc du droit public (art. 82 let. a LTF) et ne tombe pas sous le coup des exceptions visées à l'art. 83 LTF. En particulier, il échappe à la clause d'irrecevabilité de l'art. 83 let. t LTF, à teneur de laquelle le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession, dès lors que n'est pas en cause l'évaluation des capacités du recourant, mais son droit à des mesures de pédagogie spécialisée. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
1.2. Pour le surplus, le recours, dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), a été formé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par le recourant, mineur représenté par ses parents (art. 304 CC; ATF 129 III 55 consid. 3.1.2), qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il est donc recevable.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, y compris les droits de nature constitutionnelle, et le droit intercantonal (art. 95 let. a et e LTF; art. 106 al. 1 LTF), qui comprend les conventions intercantonales (art. 48 al. 1 Cst.) et les normes juridiques édictées par les organisations intercantonales ou les institutions mises en place par les accords intercantonaux (ATF 138 I 435 consid. 1.1; arrêt 2C_927/2017 du 29 octobre 2018 consid. 2.1, non publié in ATF 145 I 142). Toutefois, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF), ce qui implique que l'acte de recours doit contenir un exposé succinct des droits ou des principes violés et exposer de manière claire et détaillée en quoi consiste leur violation (ATF 142 III 364 consid. 2.4).
3.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas visés à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 145 V 188 consid. 2; 137 II 353 consid. 5.1).
3.2. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (cf. art. 99 al. 1 LTF). Partant, dans la mesure où elles ne résulteraient pas déjà de la procédure cantonale, les pièces produites par le recourant à l'appui de son recours ne seront pas prises en considération.
4.
Le litige porte sur le refus de prise en charge par le Secrétariat à la pédagogie spécialisée d'une prestation de logopédie pour traiter le trouble de dyscalculie du recourant.
4.1. La loi genevoise sur l'instruction publique du 17 septembre 2015 (LIP; RS/GE C 1 10) et le règlement du 21 septembre 2011 sur l'intégration des enfants et des jeunes à besoins éducatifs particuliers ou handicapés (RIJBEP; RS/GE C 1.12.01; ci-après également: le règlement) prévoient ce qui suit en matière de pédagogie spécialisée et plus particulièrement au sujet des prestations de logopédie.
Selon l'art. 30 LIP, de la naissance à l'âge de 20 ans révolus, les enfants et les jeunes qui ont leur domicile dans le canton ont droit à des prestations de pédagogie spécialisée s'il est établi qu'ils sont entravés dans leurs possibilités de développement et de formation au point qu'ils ne pourront pas ou ne peuvent plus suivre l'enseignement régulier sans soutien spécifique, ou lorsqu'un autre besoin éducatif particulier a été constaté. D'après l'art. 31 al. 3 LIP, la détermination des besoins de pédagogie spécialisée se fait dans le cadre d'une procédure d'évaluation standardisée, confiée par l'autorité compétente à des structures d'évaluation reconnues. Selon l'art. 31 al. 4 LIP, les critères d'octroi des prestations individuelles sont définis par voie réglementaire. Le Secrétariat à la pédagogie spécialisée statue sur les demandes de mesures individuelles renforcées en pédagogie spécialisée et attribue les prestations (cf. art. 31 al. 5 LIP; art. 5, 19 al. 1 et 23 RIJBEP).
La logopédie est une des prestations de pédagogie spécialisée (art. 33 al. 1 let. a LIP; art. 10 al. 6 RIJBEP). Il s'agit d'une mesure renforcée (art. 12 al. 2 lu conjointement avec l'art. 10 al. 6 RIJBEP). Cette prestation comprend l'évaluation, le conseil ou le traitement dispensé à des enfants ou des jeunes jusqu'à l'âge de 20 ans à besoins éducatifs particuliers ou handicapés, souffrant de graves troubles de l'élocution (art. 10 al. 6 RIJBEP). Sont considérés comme souffrant de graves troubles de l'élocution les enfants ou jeunes affectés de troubles du langage parlé ou écrit qui, comme tels, représentent une atteinte à leur santé physique ou mentale de nature à entraîner une limitation, présumée permanente ou d'assez longue durée, de la capacité de formation scolaire (art. 16 al. 1 RIJBEP). Les affections correspondant à cette définition sont répertoriées dans l'annexe III du règlement (art. 16 al. 2 RIJBEP). L'annexe III du règlement dresse une liste exhaustive des diagnostics de la CIM-10 donnant droit aux prestations de logopédie. Au titre des troubles spécifiques des acquisitions scolaires (F81) figurent les diagnostics de dyslexie de développement, retard de lecture, retard spécifique de lecture, troubles de l'orthographe associés à des difficultés de lecture (F81.0), de retard spécifique de l'orthographe sans trouble de la lecture (F81.1) et les autres troubles des acquisitions scolaires et troubles de l'expression écrite (F81.8).
Le trouble spécifique de l'acquisition de l'arithmétique (F 81.2) n'est pas mentionné dans les diagnostics donnant droit aux prestations de logopédie, de même que les deux autres troubles listés dans la CIM-10 sous la rubrique F81 (trouble mixte des acquisitions scolaires, F 81.3, et trouble du développement, des acquisitions scolaires, sans précision, F 81.9).
4.2. En l'espèce, le Secrétariat à la pédagogie spécialisée a relevé que le trouble F 81.2 ayant motivé la demande d'une prestation de logopédie en faveur du recourant ne figurait pas dans la liste des troubles de l'annexe III du règlement cantonal genevois et a partant refusé la mesure sollicitée. La Cour de justice a confirmé ce refus, en retenant que le résultat auquel aboutissait l'application stricte du règlement n'était pas contraire à la loi, ni ne consacrait un abus ou un excès du pouvoir d'appréciation de l'autorité, d'autres aménagements étant possibles.
4.3. Le recourant ne conteste pas, sous l'angle de l'arbitraire, l'interprétation et l'application du droit cantonal, mais fait valoir qu'en confirmant le refus de la prestation sollicitée, la Cour de justice a méconnu les garanties conventionnelles, ainsi que constitutionnelles fédérales et cantonales en matière d'éducation et d'égalité pour les personnes en situation de handicap et les dispositions de l'Accord sur la collaboration dans le domaine de la pédagogie spécialisée du 25 octobre 2007 (AICPS; ci-après également: l'Accord intercantonal), auquel la République et canton de Genève est partie (RS/GE C 1 08).
Le recourant dénonce à cet égard la violation des art. 5 et 24 de la Convention du 13 décembre 2006 relative aux droits des personnes handicapées (RS 0.109; ci-après: la Convention ou CDPH), ainsi que des art. 8 al. 2, 19 et 62 Cst. Il cite aussi les art. 15 al. 2 et 24 de la Constitution de la République et canton de Genève (Cst. GE; RS 131.234) et les règles découlant de l'Accord intercantonal.
5.
Les dispositions invoquées par le recourant prévoient ce qui suit.
5.1. A teneur de l'art. 24 par. 1 CDPH, les Etats parties reconnaissent le droit des personnes handicapées à l'éducation. En vue d'assurer l'exercice de ce droit sans discrimination et sur la base de l'égalité des chances, les Etats parties font en sorte que le système éducatif pourvoie à l'insertion scolaire à tous les niveaux et offre, tout au long de la vie, des possibilités d'éducation qui visent: a) le plein épanouissement du potentiel humain et du sentiment de dignité et d'estime de soi, ainsi que le renforcement du respect des droits de l'homme, des libertés fondamentales et de la diversité humaine; b) l'épanouissement de la personnalité des personnes handicapées, de leurs talents et de leur créativité ainsi que de leurs aptitudes mentales et physiques, dans toute la mesure de leurs potentialités; c) la participation effective des personnes handicapées à une société libre.
Selon le Message du Conseil fédéral du 19 décembre 2012 portant approbation de la Convention (FF 2013 601, 639), l'art. 24 CDPH est une disposition de nature globalement programmatoire. L'interdiction des discriminations en ce qui concerne l'exercice du droit à l'éducation, exprimée à l'alinéa 1 de la disposition, est toutefois directement applicable, en ce sens que si l'Etat propose des offres dans le domaine de l'éducation, il doit concevoir un accès non discriminatoire et ne doit exclure personne de leur utilisation pour des motifs discriminatoires (FF 2013 601, 639; cf. ATF 145 I 142 consid. 5.1). L'interdiction de la discrimination est aussi énoncée de manière générale à l'art. 5 de la Convention.
5.2. Selon l'art. 8 al. 2 Cst., nul ne doit subir de discrimination du fait notamment d'une déficience corporelle, mentale ou psychique. Cette règle interdit toute mesure étatique défavorable à une personne et fondée sur le handicap de cette personne, si cette mesure ne répond pas à une justification qualifiée (cf. ATF 145 I 142 consid. 5.2; 143 I 129 consid. 2.3.1). L'art. 15 al. 2 Cst./GE contient également une interdiction de la discrimination, dont le recourant ne prétend pas qu'elle irait au-delà de celle inscrite à l'art. 8 al. 2 Cst.
D'après l'art. 8 al. 4 Cst., la loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées. L'élimination des inégalités factuelles qui frappent ces personnes fait ainsi l'objet d'un mandat constitutionnel spécifique, dont la mise en oeuvre incombe au législateur (cf. ATF 145 I 142 consid. 5.2; 141 I 9 consid. 3.1; 139 II 289 consid. 2.2.1; 134 I 105 consid. 5). Celui-ci a adopté la loi fédérale du 13 décembre 2002 sur l'élimination des inégalités frappant les personnes handicapées (loi sur l'égalité pour les handicapés, LHand; RS 151.3).
5.3. L'art. 19 Cst. garantit, pour sa part, le droit à un enseignement de base suffisant et gratuit. L'instruction publique ressortit aux cantons (art. 62 al. 1 Cst.). Ceux-ci pourvoient à un enseignement de base suffisant ouvert à tous les enfants (art. 62 al. 2 première phrase Cst.). L'enseignement visé à l'art. 19 Cst. doit être approprié et adapté à chacun; il doit suffire à préparer les écoliers à une vie responsable dans le monde moderne (cf. ATF 146 I 20 consid. 4.2; 145 I 142 consid. 5.3; 138 I 162 consid. 3.1). En ce sens, un droit à un enseignement spécialisé adéquat pour les personnes handicapées découle aussi de l'art. 19 Cst. (cf. ATF 145 I 142 consid. 5.3; 138 I 162 consid. 3.1; 130 I 352 consid. 3.3). En outre, d'après l'art. 62 al. 3 Cst. (entré en vigueur le 1er janvier 2008 [RO 2007 5765]), les cantons pourvoient à une formation spéciale suffisante pour les enfants et adolescents handicapés, au plus tard jusqu'à leur 20e anniversaire.
Selon l'art. 20 al. 1 LHand, les cantons veillent à ce que les enfants et adolescents handicapés bénéficient d'un enseignement de base adapté à leurs besoins spécifiques. L'art. 20 LHand concrétise les principes constitutionnels (art. 8 al. 2, 19 et 62 al. 3 Cst.), mais ne va guère au-delà (ATF 141 I 9 consid. 3.2; 138 I 162 consid. 3.1). Les cantons jouissent d'une grande liberté d'organisation dans le domaine de l'enseignement spécialisé (ATF 138 I 162 consid. 3).
L'art. 24 Cst./GE garantit le droit à l'éducation (al. 1.), le droit à une formation initiale publique gratuite (al. 2) et prévoit le droit à un soutien de l'Etat en cas de manque de ressources financières nécessaires à une formation reconnue (al. 3). Le recourant n'indique pas en quoi cette disposition lui offrirait dans le cas d'espèce des garanties plus étendues que celles découlant de la Constitution fédérale.
5.4. L'Accord intercantonal sur la pédagogie spécialisée met en oeuvre l'art. 62 al. 3 Cst. Il a pour finalité la collaboration entre cantons signataires dans le domaine de la pédagogie spécialisée (cf. art. 1 et 2 let. a AICPS). Les cantons s'entendent en particulier sur une définition commune des ayants droit, ainsi que sur l'offre de base en pédagogie spécialisée (art. 1 let. a, 3 et 4 AICPS; cf. Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique [CDIP], Accord intercantonal sur la collaboration dans le domaine de la pédagogie spécialisée du 25 octobre 2007, Commentaire des dispositions [ci-après: commentaire des dispositions de l'Accord intercantonal], p. 2 ad art. 1 AICPS, disponible sur: www.edk.ch/dyn/14642.php, consulté le 9 mars 2021; cf. ATF 145 I 142 consid. 5.6).
Selon l'art. 3 AICPS, "de la naissance à l'âge de vingt ans révolus, les enfants et les jeunes qui habitent en Suisse ont droit à des mesures appropriées de pédagogie spécialisée dans les conditions suivantes: (...) b. durant la scolarité obligatoire: s'il est établi qu'ils sont entravés dans leurs possibilités de développement et de formation au point de ne pas ou de ne plus pouvoir suivre l'enseignement de l'école ordinaire sans soutien spécifique, ou lorsqu'un autre besoin éducatif particulier a été constaté". L'art. 30 de la loi sur l'instruction publique genevoise, précité (cf. supra consid. 4.1), a pratiquement le même contenu que cette disposition.
L'art. 4 al. 1 let. a AICPS définit l'offre de base en pédagogie spécialisée. Celle-ci comprend notamment la logopédie (art. 4 al. 1 let. a AICPS), ainsi que le droit genevois le prévoit (cf. art. 33 al. 1 let. a LIP; art. 10 al. 6 RIJBEP). La terminologie uniforme pour le domaine de la pédagogie spécialisée adoptée par la CDIP le 25 octobre 2007 (disponible sur: www.edk.ch/dyn/17509.php, consulté le 9 mars 2021), à laquelle les cantons concordataires sont tenus de se référer (cf. art. 1 let. c et 7 let. a AICPS), contient sous l'entrée "logopédie" la définition suivante: "Dans le cadre de la logopédie sont diagnostiqués les troubles du langage oral et écrit, de la communication, du débit de parole, de la voix, de la déglutition et de la dyslexie, et sont planifiées, conduites et évaluées les mesures thérapeutiques correspondantes".
L'art. 5 al. 1 AICPS prévoit que lorsque les mesures octroyées avant l'entrée en scolarité ou dans le cadre de l'école ordinaire s'avèrent insuffisantes, une décision quant à l'attribution de mesures renforcées doit être prise sur la base de la détermination des besoins individuels. La détermination de ces besoins se fait au moyen de la procédure d'évaluation standardisée (PES) (art. 6 al. 3 et 7 al. 1 let. c AICPS). Ainsi qu'il a été vu, le droit cantonal genevois reprend aussi ces principes (art. 31 al. 3 LIP; art. 13 et 20 al. 1 RIJBEP; cf. aussi ATF 145 I 142 consid. 7.1 et 7.2).
6.
Le recourant allègue que l'exclusion de la dyscalculie du catalogue des troubles donnant droit à une prestation de logopédie par le règlement cantonal genevois exclut les enfants atteints de ce trouble de l'enseignement de base, ce qui est contraire aux dispositions susmentionnées. L'exécutif genevois n'aurait reconnu aucune valeur à ce trouble, alors qu'il entraverait de manière significative la réussite scolaire. Le recourant estime qu'il a droit à une mesure de logopédie pour y remédier.
6.1. En l'espèce, le recourant a notamment été diagnostiqué comme souffrant d'un trouble spécifique de l'acquisition de l'arithmétique, classifié F81.2 dans la CIM-10. Selon l'arrêt entrepris, il s'agit d'une "altération spécifique des performances en arithmétique, non imputable exclusivement à un retard mental global ou à une scolarisation inadéquate" (cf. supra point A.c). Le Secrétariat à la pédagogie spécialisée n'a pas contesté ce diagnostic.
En vertu de l'art. 3 let. b de l'Accord intercantonal (cf. aussi art. 30 LIP), l'enfant qui est entravé dans ses possibilités de développement et de formation au point de ne pas pouvoir suivre l'enseignement de l'école ordinaire sans soutien spécifique a droit à des mesures de pédagogie spécialisée (cf. supra consid. 5.4). Sur le vu de la description du trouble du recourant, celui-ci paraît avoir le droit, sur le principe, à des mesures de pédagogie spécialisée en lien avec sa dyscalculie. A tout le moins, le Secrétariat à la pédagogie spécialisée n'a pas prétendu le contraire. Le refus de la mesure sollicitée est en effet uniquement fondé sur la constatation que la dyscalculie ne figure pas dans la liste des troubles donnant droit à une prestation de logopédie selon le règlement cantonal. En revanche, l'autorité intimée n'a jamais soutenu que le recourant ne nécessiterait pas de soutien spécifique, ni que ce soutien ne serait pas envisagé, ayant même souligné que la dyscalculie était prise en charge par d'autres mesures que la logopédie.
Reste à savoir si la logopédie peut être spécifiquement exigée en tant que mesure pour remédier au trouble de la dyscalculie, comme le prétend le recourant.
6.2. Un tel droit à une mesure spécifique en lien avec un trouble donné ne se déduit pas de la Convention relative aux droits des personnes handicapées ou de la Constitution. Ces textes garantissent en effet le droit à l'éducation et l'accès à celle-ci sans discrimination pour les personnes en situation de handicap, mais ne prescrivent pas la manière dont tel ou tel trouble entravant les possibilités de développement et de formation doit être pris en charge.
L'Accord intercantonal ne confère pas non plus un droit à une mesure de pédagogie spécialisée déterminée. Le droit aux mesures de pédagogie spécialisée est un droit à des mesures appropriées (cf. art. 3 AICPS; ATF 145 I 142 consid. 7.6.2) et non un droit aux mesures de son choix. Par ailleurs, d'après la terminologie uniforme accompagnant l'Accord intercantonal, la logopédie concerne les mesures thérapeutiques correspondant aux troubles du langage oral et écrit, de la communication, du débit de parole, de la voix, de la déglutition et de la dyslexie (cf. supra consid. 5.4). Il ressort de cette définition que la logopédie n'a pas pour champ d'activité traditionnel les troubles spécifiques d'apprentissage en mathématiques.
En conclusion, on ne voit pas que le recourant puisse prétendre à une mesure spécifique de logopédie en lien avec son trouble de la dyscalculie. Le refus de la mesure de logopédie sollicitée, en application du droit cantonal genevois, n'apparaît ainsi pas en soi incompatible avec les garanties invoquées par le recourant.
Du point de vue de ces garanties, l'essentiel est que le recourant ait accès à des mesures appropriées, ce qu'il convient encore de vérifier.
6.3. Le recourant estime, en se fondant sur le rapport de D._, que la logopédie est la mesure adéquate pour remédier à son trouble.
Ainsi qu'il a été exposé, en vertu de l'Accord intercantonal et du droit cantonal genevois qui le reprend, l'autorité se fonde en principe sur la procédure d'évaluation standardisée pour évaluer les besoins de l'enfant et ensuite décider des mesures appropriées à octroyer (cf. supra consid. 5.4). En l'occurrence, il ne ressort pas de l'arrêt entrepris qu'une procédure d'évaluation standardisée a été effectuée pour déterminer les besoins individuels du recourant. Le besoin d'une mesure de logopédie pour traiter la dyscalculie n'est ainsi pas attesté autrement que par le rapport de la logopédiste produit à l'appui de la demande. En revanche, d'après l'arrêt entrepris, la dyscalculie diagnostiquée chez le recourant est une conséquence d'une dyspraxie et c'est la dyspraxie qui doit être traitée par une ergothérapie. Selon l'arrêt attaqué, il faut ainsi accorder au recourant une autre prise en charge que la logopédie. Dès lors que d'autres mesures doivent être envisagées à teneur de l'arrêt querellé, le refus de la prise en charge des prestations d'une logopédiste pour le traitement spécifique de la dyscalculie ne viole ni l'Accord intercantonal, ni les garanties conventionnelles et constitutionnelles invoquées par le recourant.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse, Office de l'enfance et de la jeunesse, Secrétariat à la pédagogie spécialisée et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section.
Lausanne, le 9 avril 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber