Faits :
A.
A.a. La société A._ SA (ci-après: la société), créée en 1976 et inscrite au registre du commerce du canton de Genève, a pour but les "prestations de nettoyage, d'hygiène et de services dans le domaine de l'entretien, de la maintenance et de l'exploitation de bâtiments, de matériels et de leur environnement; les prestations de services aux utilisateurs de locaux et à leur environnement; les prestations de désinfection et de traitement des déchets; les prestations de conseil et de formation professionnelle dans le domaine du nettoyage et de services".
A.b. La société a acquis, le 1 er janvier 2005, la totalité des actions de C._ AG (ci-après: C._) au prix de 5'284'200 fr., le 1 er janvier 2006 de D._ AG (ci-après: D._) pour un prix de 4'281'376 fr. et, le 24 juillet 2009, de E._ SA (ci-après: E._) pour un prix de 5'762'000 fr.
B.
B.a. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2011, la société a déclaré comme suit les participations dans les trois sociétés (montants en francs suisses) :
Nbre Désignation Brut Amortiss./ provision Net 250 C._ 2'477'550 467'775 2'009'775 200 D._ 3'253'816 217'672 3'036'144 100 E._ 4'732'000 500'000 4'232'000 Total 10'463'366 1'185'447 9'277'919
A la suite d'une demande de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale), la société a indiqué avoir calculé "l'amortissement" sur les participations de la manière suivante:
date achat coût achat valeur fiscale selon propre estimation (méthode des praticiens) différence à amortir amortiss. annuel C._ 01.01.2005 5'284'200 1'542'000 3'742'200 467'775 D._ 01.01.2006 4'281'376 2'540'000 1'741'376 217'672 E._ 24.07.2009 5'762'000 1'126'718 4'635'282 500'000
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a fixé, pour 2011, les impôt s cantonal et communal sur le bénéfice (ci-après: ICC) à 910'645 fr. 35 et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 697'770 fr. 15. Elle a procédé à une reprise de 6'080'457 fr. dans le bénéfice (montant du "fonds d'amortissement" figurant au bilan de la société, correspondant à l'amortissement annuel de 1'185'447 fr. et aux amortissements cumulés 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]) et dans le capital (dissolution des réserves latentes).
Par décisions du 12 décembre 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation formée par la société contre les bordereaux du 17 août 2017, en ce sens qu'elle a tenu compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise effectuée. Elle a fixé les ICC à 755'705 fr. 80 et l'IFD à 572'752 fr. 15.
B.b. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2012, la société a déclaré les participations dans les trois sociétés de la manière suivante:
Nbre Désignation Brut Amortiss./ provision Net 250 C._ 2'009'775 467'775 1'542'000 200 D._ 3'036'144 257'672 ( recte: 217'672) 2'778'472 ( recte: 2'818'472) 100 E._ 4'232'000 500'000 3'732'000 Total 9'277'919 1'225'447 ( recte: 1'185'447) 8'052'472 ( recte: 8'092'472)
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a procédé, pour 2012, à un redressement de 1'225'447 fr. dans le bénéfice imposable (montant annuel de l'amortissement déclaré), ainsi qu'à une reprise de 7'305'904 fr. dans le capital imposable (réserves latentes constituées par les amortissements depuis l'acquisition des participations). Elle a fixé les ICC à 470'046 fr. 05 et l'IFD à 298'790 fr. 40.
Statuant sur réclamation, l'Administration cantonale a, le 19 décembre 2017, admis partiellement celle-ci, afin de tenir compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise. Elle a fixé les ICC à 431'279 fr. 50 et l'IFD à 273'633 fr. 40.
B.c. Contre les décisions sur réclamation des 12 et 19 décembre 2017, la société a formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance), en concluant à leur annulation. Devant cette autorité, elle a produit une étude de valorisation réalisée par B._ SA en janvier 2018 en application de la méthode " Discounted Cash Flow " (DCF) et corroborée par la méthode "des multiples", démontrant selon elle que les corrections de valeur annoncées n'étaient pas exagérées.
Par jugement du 26 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance a très partiellement admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour 2011, il a confirmé la reprise d'un montant de 6'080'457 fr. dans le bénéfice et le capital. En ce qui concerne 2012, il a fixé la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr., au lieu de 1'225'447 fr., et a renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule l'IFD et les ICC 2012 en conséquence.
B.d. La société a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Par arrêt du 17 décembre 2019, la Cour de justice a rejeté le recours. En substance, elle a retenu que les "amortissements/provisions" déclarés par la contribuable en 2011 et 2012 sur les participations dans les trois sociétés n'étaient pas justifiés par l'usage commercial, ce qui autorisait les reprises effectuées par l'autorité fiscale.
C.
Contre l'arrêt du 17 décembre 2019, la société A._ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt querellé et à sa réforme en ce sens que les ICC et l'IFD 2011 et 2012 soient fixés d'après les éléments qu'elle avait déclarés pour chaque période fiscale (en tenant compte, pour 2012, du rectificatif résultant du jugement du Tribunal administratif de première instance du 26 novembre 2018).
Subsidiairement, elle conclut, pour l'IFD 2011 et pour les ICC 2011 et 2012 à l'annulation de la reprise d'un montant de 4'895'010 fr., correspondant à la dissolution du "fonds d'amortissement" constitué par les amortissements déclarés entre 2005 et 2010. Plus subsidiairement, la société sollicite le renvoi à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale se rallie aux considérants de l'arrêt de la Cour de justice et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours, sous suite de frais. La société A._ SA a déposé des observations, tout en maintenant ses conclusions.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et cognition du Tribunal fédéral
1.
1.1. Le recours porte sur l'IFD et les ICC 2011 et 2012. Il est dirigé contre une décision rendue par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) et dans une cause de droit public qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est par conséquent ouverte (cf. aussi art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
1.2. L'instance précédente a traité dans un seul arrêt de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce.
1.3. Le recours est dirigé contre un arrêt par lequel la Cour de justice a rejeté le recours formé à l'encontre du jugement du Tribunal administratif de première instance qui, pour sa part, admettait très partiellement le recours s'agissant de l'IFD et des ICC 2012, en fixant la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr. au lieu du montant de 1'225'447 fr. retenu par l'Administration cantonale. Il renvoyait la cause à celle-ci pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Dans la mesure où il confirme ce jugement, l'arrêt attaqué constitue également un arrêt contenant un renvoi partiel. Dès lors que le Service cantonal doit se limiter à recalculer l'IFD et les ICC 2012 sur la base de la reprise d'amortissement modifiée, le renvoi ne lui laisse aucune marge de manoeuvre. Malgré ce renvoi, l'arrêt attaqué doit donc être considéré, dans son ensemble, comme une décision finale au sens de l'art. 90 LTF (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148).
1.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 al. 1 et 2 LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID lorsque les dispositions de cette loi ne laissent pas de marge de manoeuvre aux cantons (cf. arrêt 2C_147/2019 du 20 août 2019 consid. 2.1). Tel est le cas en l'occurrence s'agissant de la reprise d'amortissements sur des participations qualifiées non justifiés par l'usage commercial (cf. art. 24 al. 1 let. a LHID; art. 28 al. 1ter LHID). Le Tribunal fédéral examinera partant librement la cause tant sous l'angle de l'IFD que des ICC.
2.2. Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée ("principe d'allégation", art. 106 al. 2 LTF; ATF 144 II 313 consid. 5.1 p. 319; 142 II 369 consid. 2.1 p. 372).
2.3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le Tribunal fédéral n'examine pas librement l'état de fait comme une instance d'appel (ATF 144 V 50 consid. 4.1 p. 52). Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 145 V 188 consid. 2 p. 190; 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377 s.).
II. Griefs formels
3.
La recourante dénonce une violation de l'art. 112 LTF et de l'art. 29 al. 2 Cst., ainsi que de l'art. 6 CEDH. Elle reproche à la Cour de justice de ne pas avoir établi les faits, mais d'avoir uniquement procédé à un résumé procédural dans la partie "en fait" de son arrêt. Elle lui fait également grief de ne pas avoir effectué les constatations de fait pertinentes sur plusieurs points, à savoir: l'historique des taxations 2005 à 2010 et l'admission des amortissements sur les participations déclarés ces années, le chiffre d'affaires imputable à C._ pour l'année 2004, l'évolution des bénéfices et fonds propres des trois sociétés depuis leur acquisition en procédant au retraitement des chiffres, les motifs ayant présidé à l'acquisition des participations dans les trois sociétés et les déclarations du "Chief of Executive Officer" (ci-après: CEO) de la recourante faites lors de l'audience devant la Cour de justice.
3.1. Le présent litige est purement fiscal; il porte sur le bénéfice et le capital imposables de la recourante et ne comprend pas d'aspect pénal. L'art. 6 CEDH ne trouve partant pas application (ATF 140 I 68 consid. 9.2 p. 74; 132 I 140 consid. 2.1 p. 146).
3.2. Aux termes de l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral doivent indiquer les motifs déterminants de fait et de droit sur lesquels l'autorité s'est fondée. Si la décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF). La LTF concrétise par cette disposition le droit constitutionnel d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), qui comprend l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 135 V 65 consid. 2.6 p. 73; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88).
3.3. En l'occurrence, on relèvera en premier lieu qu'aucune disposition légale n'impose aux juges d'énumérer les faits de manière exhaustive dans la partie en fait de l'arrêt attaqué; les faits considérés comme pertinents peuvent figurer dans la partie en droit en fonction des questions juridiques à trancher (arrêts 2C_391/2017 du 19 septembre 2017 consid. 3.2; 2C_642/2014 du 22 novembre 2015 consid. 2, non publié in ATF 142 II 9). Il n'est donc pas contraire à l'art. 112 al. 1 let. b LTF que la Cour de justice n'ait pas indiqué tous les faits retenus dans la partie "en fait" de son arrêt.
3.4. En second lieu, il découle de la lecture complète de l'arrêt querellé que tous les points de fait qui, selon la recourante, manqueraient, y figurent, dans la mesure où ils sont pertinents pour le litige.
3.4.1. Ainsi, on comprend parfaitement que l'Administration cantonale n'a, avant 2011, pas procédé à des reprises en lien avec les amortissements déclarés chaque année par la recourante sur les participations dans les trois sociétés. Le fait qu'une partie du recours porte précisément sur le traitement différent des amortissements durant les périodes fiscales antérieures et durant les périodes fiscales litigieuses démontre au demeurant que l'arrêt entrepris contient les faits nécessaires et est suffisamment motivé sur ce point. Sans quoi, la recourante n'aurait pas pu développer une telle argumentation.
3.4.2. Le chiffre d'affaires imputable à C._ en 2004, ainsi que l'évolution des bénéfices et fonds propres de C._, D._ et E._ depuis leur acquisition par la recourante figurent en détail en pages 9 (point 20 de la partie en fait) et 19 (consid. 4b) de l'arrêt attaqué. La Cour de justice a par ailleurs expliqué de manière circonstanciée quels éléments chiffrés elle considérait comme pertinents pour évaluer si les participations dans C._ avaient perdu de la valeur. Dans ce contexte, elle a expressément soulevé et traité la question du chiffre d'affaires de C._ en 2004 et de son évolution les années suivantes en lien avec le fait, souligné par la recourante, que les trois filiales de C._ avaient été absorbées par voie de fusion en 2005.
3.4.3. Enfin, l'arrêt entrepris contient des considérations sur le contexte et les circonstances de l'acquisition des participations par la recourante (p. 5 point 14 de l'arrêt), ainsi que sur les déclarations de son CEO devant la Cour de justice et ce que celle-ci en a déduit (p. 16 s. consid. 3 en particulier de l'arrêt).
3.5. On ne voit donc aucune violation de l'art. 112 al. 1 let. b LTF et du devoir de motivation découlant plus généralement de l'art. 29 al. 2 Cst. en lien avec les faits retenus dans l'arrêt entrepris. Les conclusions des précédents juges déduites de ces faits relèvent pour leur part du droit et seront examinées ci-après.
4.
La recourante, qui invoque une violation de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst., se plaint d'un déni de justice formel et d'un défaut de motivation en lien avec la confirmation par la Cour de justice de la reprise liée à la dissolution du fonds constitué par les amortissements 2005 à 2010. Selon la recourante, la Cour de justice, dont le raisonnement serait difficilement compréhensible, n'aurait en particulier pas répondu à ses critiques relatives à l'application de l'art. 62 al. 4 LIFD, en particulier à l'argument selon lequel cette disposition ne serait applicable qu'en cas de rétablissement durable de la valeur des participations.
4.1. Aux termes de l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement, viole l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 144 II 184 consid. 3.1 p. 192). Par ailleurs, la jurisprudence a déduit du droit d'être entendu le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient (cf. supra consid. 3.2). Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 p. 565; 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183).
4.2. En l'occurrence, il est vrai que le raisonnement de la Cour de justice n'est pas des plus clairs et qu'elle n'a pas expressément traité chacune des critiques de la recourante s'agissant des conditions de l'art. 62 al. 4 LIFD.
Cela étant, la Cour de justice y a répondu implicitement. En effet, elle a retenu que les amortissements effectués par la recourante n'étaient pas justifiés par l'usage commercial. Elle a ensuite confirmé l'intégralité des reprises, ce qui revient nécessairement à écarter l'ensemble des arguments de la recourante, qui plaidait que l'art. 62 al. 4 LIFD n'était pas applicable et qu'il n'y avait pas d'autre base légale autorisant la dissolution des amortissements 2005 à 2010. La conclusion subsidiaire prise et la longue partie du recours consacrée à critiquer la reprise découlant de la dissolution des amortissements 2005 à 2010 démontrent au reste que la recourante a pu saisir la portée de l'arrêt querellé et l'attaquer en connaissance de cause. Il en résulte que la motivation de la Cour de justice est suffisante et que l'on ne voit pas en quoi pourrait consister le déni de justice. Le grief de la recourante tiré de la violation des art. 29 al. 1 et 2 Cst. est donc rejeté.
III. Grief tiré d'un établissement des faits arbitraire
5.
La recourante se plaint d'un établissement arbitraire des faits.
5.1. Il n'y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 144 II 281 consid. 3.6.2 p. 287; 142 II 355 consid. 6 p. 358). Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 318 consid. 5.4 p. 326 s.; 140 I 201 consid. 6.1 p. 205).
5.2. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante qui entend critiquer les faits retenus ne peut se limiter à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 255). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2 p. 190; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). Le Tribunal fédéral n'entre en particulier pas en matière sur des critiques appellatoires portant sur l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits par l'autorité précédente (cf. ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266).
5.3. La recourante dénonce, dans une rubrique intitulée "divers", plusieurs erreurs dans les faits qui relèvent de l'inadvertance manifeste et qui seront partant corrigées d'office par la Cour de céans (cf. art. 105 al. 2 LTF), sans plus d'examen (indication à un endroit des périodes fiscales 2010 et 2011 au lieu de 2011 et 2012; montant total de la reprise dans le bénéfice 2011 de 1'185'447 fr. au lieu de 6'080'457 fr.; indication d'un chiffre d'affaires de 8'551'4267 fr. au lieu de 8'551'427 fr. pour C._; reproduction inversée des montants figurant dans l'étude produite par la recourante).
5.4. La recourante considère qu'à la lecture de l'arrêt entrepris, on ne parviendrait "pas à comprendre si les faits ont été expressément admis" s'agissant du chiffre d'affaires imputable à C._ pour l'exercice 2004.
La Cour de justice a fait état de tous les éléments avancés par la recourante en lien avec le chiffre d'affaires de C._ pour 2004 (cf. supra consid. 3.4.2). Elle a ensuite noté que ces chiffres n'étaient pas contestés par l'Administration cantonale. Puis, elle s'est prononcée sur l'argument juridique que la recourante entendait tirer de ces chiffres (p. 19 consid. 4b de l'arrêt attaqué) et elle l'a rejeté. Il est donc clair que la Cour de justice a admis ces faits: sans cela, elle n'aurait pas eu de raison de se prononcer à leur sujet. Qu'elle n'ait pas tiré la conclusion souhaitée par la recourante ne signifie aucunement une appréciation arbitraire de ces faits.
5.5. La recourante formule un grief d'arbitraire concernant l'évolution des bénéfices et fonds propres des trois sociétés depuis leur acquisition jusqu'aux périodes fiscales litigieuses.
5.5.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a repris tel quel le tableau qui figurait dans le jugement du Tribunal administratif de première instance répertoriant le chiffre d'affaires, le bénéfice et les fonds propres annuels de chacune des sociétés depuis la date de leur acquisition jusqu'à 2012. S'agissant de C._, elle a en outre corrigé le montant relatif au chiffre d'affaires 2004 pour tenir compte des chiffres d'affaires des trois filiales de l'entreprise, comme l'avait sollicité la recourante (montant de 8'551'427 fr. au lieu de 891'000 fr.).
5.5.2. Selon la recourante, certains des bénéfices et certains des montants relatifs aux fonds propres retenus seraient inexacts, car, pour les premiers, la Cour de justice n'aurait pas soustrait les impôts et, pour les seconds, elle aurait omis de déduire les dividendes déclarés sur les exercices considérés. La recourante présente ensuite ses propres chiffres.
5.5.3. D'après le recours et les autres écritures figurant au dossier (cf. art. 105 al. 2 LTF), la recourante n'avait émis aucune critique devant la Cour de justice s'agissant des montants retenus par le Tribunal administratif de première instance en lien avec les bénéfices et fonds propres des trois sociétés. Elle n'avait en effet critiqué que le chiffre d'affaires retenu pour C._ pour l'année 2004, puis discuté l'évolution des chiffres d'affaires des trois sociétés, en se référant aux montants du jugement de première instance.
Dans ces conditions, on ne voit pas qu'on puisse reprocher à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire, puisqu'elle s'est fondée sur les montants qui figuraient dans le jugement du Tribunal administratif de première instance et qui n'étaient pas contestés devant elle. Par ailleurs, la recourante ne démontre pas que la Cour de justice aurait établi les faits en violation du droit en prenant en compte ces montants. Le grief de la recourante est partant rejeté. Dans ce qui suit, le Tribunal fédéral se fondera uniquement sur les montants figurant dans l'arrêt querellé en lien avec les bénéfices et fonds propres des trois sociétés.
5.6. La recourante allègue avoir payé un prix surfait pour l'acquisition des participations, ce que la Cour de justice aurait arbitrairement nié.
5.6.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a retenu que la recourante avait acquis au prix du marché les participations et que ce prix n'était pas surfait.
5.6.2. Selon la recourante, la Cour de justice aurait omis de prendre en considération les circonstances l'ayant conduite à acquérir les participations.
Contrairement à ce que la recourante prétend, les circonstances qu'elle invoque sont toutes mentionnées dans l'arrêt entrepris. Il ressort en effet de celui-ci que la recourante a fait valoir déjà devant le Tribunal administratif de première instance qu'elle avait acquis auprès de tiers l'intégralité du capital-actions de sociétés concurrentes actives en Suisse, afin d'accroître ses parts de marché sur le territoire et assurer sa visibilité à long terme et qu'elle avait prétendu que la poursuite de ces objectifs l'avait amenée à payer des montants particulièrement élevés (p. 5 point 14 de l'arrêt attaqué).
Ces circonstances ne démontrent toutefois pas en quoi la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en retenant que le prix payé pour les participations n'était pas surfait. En effet, les facteurs cités par la recourante expliquent qu'elle ait été prête à payer les prix convenus pour les participations, mais ne prouvent pas encore que ces prix auraient été surévalués.
5.6.3. D'après la recourante, les précédents juges n'auraient pas correctement retranscrit et apprécié les déclarations de son CEO faites lors de l'audience, alors que celles-ci établiraient le caractère surfait du prix payé.
Les déclarations du CEO de la recourante n'apparaissent pas propres à démontrer que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en retenant que la recourante n'avait pas acquis à un prix surfait les participations. En effet, il ne s'agit que des déclarations d'une personne intéressée au constat d'un prix surfait, puisque les amortissements litigieux seraient, selon la recourante, justifiés par la survaleur payée au moment de l'achat (cf. infra consid. 8.4). Au demeurant, pour l'acquisition de E._, selon l'arrêt entrepris, qui n'est pas contesté sur ce point, le CEO de la recourante a expressément déclaré lors de son audition que le vendeur lui avait indiqué qu'il hésitait entre la proposition d'une société italienne et la sienne. Ces propos ne vont pas dans le sens du paiement d'un prix surévalué pour emporter le marché.
5.6.4. La recourante fait valoir que la concurrence intensive dans le secteur du nettoyage aurait entraîné une hausse du prix de vente; le fait qu'elle ait emporté la vente démontrerait qu'elle a payé trop et qu'en cas de revente, elle aurait obtenu un prix inférieur.
Le fait d'emporter un marché ne signifie pas encore que le prix payé est surfait, ni que l'acheteur n'obtiendrait pas un prix semblable, voire supérieur en cas de revente. L'argumentation de la recourante est en outre contradictoire: si la concurrence est aussi intensive dans le secteur du nettoyage qu'elle le prétend, on ne voit pas pourquoi ce facteur influencerait le prix d'achat, mais pas le prix de vente en cas de revente. Partant, l'allégation de la recourante ne démontre pas que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire en niant le caractère surfait du prix payé.
5.6.5. La recourante expose avoir payé pour C._ et D._ neuf fois et pour E._ quatorze fois le bénéfice annuel attendu, alors que, selon ses propres calculs, la valeur des sociétés correspondait à un multiple de cinq à six fois le bénéfice annuel attendu. Elle souligne que le prix d'achat des participations excédait largement la valorisation des sociétés selon la méthode dite des praticiens, ce qui démontrerait son caractère surfait. L'évaluation de la valeur des sociétés selon la méthode "Discounted Cash Flow" ("DCF") et celle des multiples le confirmerait.
Une évaluation des participations selon la méthode des praticiens n'a pas lieu d'être lorsqu'une transaction survient entre tiers indépendants et que le prix du marché est considéré comme représentatif de la valeur vénale (cf. infra consid. 8.1.3). Partant, l'évaluation des participations selon la méthode des praticiens ne démontre pas en soi que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en considérant que la recourante, en ayant acquis les participations au prix du marché, n'avait pas payé un prix surfait.
Quant à la méthode "DCF", il s'agit certes d'une méthode reconnue d'évaluation des titres (cf. arrêt 2C_309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346). En l'occurrence, la recourante ne démontre toutefois pas que la Cour de justice serait tombée dans l'arbitraire en ne retenant pas l'évaluation des participations résultant de cette méthode. La recourante elle-même ne se fonde au reste pas directement sur cette méthode. Elle ne s'y réfère en effet que pour appuyer son allégation selon laquelle la valeur des participations à retenir en l'espèce est celle découlant de la méthode des praticiens.
5.7. En définitive, la recourante n'est pas parvenue à démontrer que la constatation de la Cour de justice selon laquelle le prix d'acquisition des participations n'était pas surfait serait manifestement inexacte ou arbitraire. Le constat de la Cour de justice n'apparaît en outre pas insoutenable dans son résultat, de sorte qu'il lie le Tribunal fédéral.
5.8. La recourante reproche encore à la Cour de justice, sous l'angle de l'arbitraire, de ne pas avoir tenu compte du traitement par l'Administration cantonale des déductions annoncées dans les déclarations fiscales 2005 à 2010. Cette critique a déjà été examinée, et rejetée, sous l'angle de la violation alléguée de l'art. 112 LTF (cf. supra consid. 3.4.1).
Le seul point en lien avec les taxations 2005-2010 qui ne figure effectivement pas dans l'arrêt de la Cour de justice est le fait que l'Administration cantonale avait sollicité, dans une demande de renseignements du 21 octobre 2010 relative à la période fiscale 2007, des explications au sujet des participations de la recourante dans les trois sociétés et des amortissements y relatifs déclarés. Ce fait, que la recourante invoque à l'appui de la protection de la bonne foi, n'a toutefois pas d'incidence sur l'issue du litige (cf. infra consid. 10.5.2), de sorte que la critique de la recourante doit être rejetée (cf. art. 97 al. 1 LTF in fine).
5.9. En définitive, la recourante n'a pas démontré que la Cour de justice aurait établi les faits de façon manifestement inexacte ou en violation du droit et on ne voit pas que tel serait le cas. Ses griefs sont donc rejetés. Dans ce qui suit, la Cour de céans se fondera uniquement sur les faits établis dans l'arrêt entrepris.
IV. Objet du litige
6.
Le litige porte sur la reprise, au niveau de l'impôt sur le bénéfice pour l'IFD et de l'impôt sur le bénéfice et le capital pour les ICC, des amortissements annuels que la recourante a annoncés dans les déclarations fiscales 2011 et 2012 sur les participations qu'elle détient dans les sociétés C._, D._ et E._, ainsi que sur la reprise découlant de la dissolution du fonds d'amortissement constitué par les amortissements 2005 à 2010 effectués sur ces participations.
6.1. Dans son arrêt, la Cour de justice a en substance retenu que les déductions annoncées par la recourante n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. Elle a partant confirmé la reprise dans le bénéfice 2011 d'un montant de 6'080'457 fr. (amortissement annuel de 1'185'447 fr. et cumul des montants 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]), et dans le bénéfice 2012 d'un montant de 1'185'447 fr. (amortissement annuel), ainsi que l'imposition, en 2011 et 2012, des réserves latentes correspondantes au titre de capital propre imposable.
6.2. La recourante fait valoir que les amortissements sur les participations dans les trois sociétés étaient justifiés par l'usage commercial. En tout état, elle considère à titre subsidiaire qu'une reprise ne pourrait être effectuée que sur le montant annuel d'amortissement (1'185'447 fr.), car la dissolution des réserves constituées par les amortissements opérés entre 2005 et 2010 ne reposerait sur aucune base légale. La recourante invoque la violation des art. 57, 58 al. 1 let. a et let. b et 62 al. 4 LIFD en matière d'IFD, et, pour les ICC, des art. 24 al. 1 let. a et b et 28 al. 1ter LHID, ainsi que des art. 11, 12 al. 1 let. e et 21 al. 6 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15), dans leur version en vigueur pour les périodes fiscales litigieuses.
6.3. Eu égard aux arguments de la recourante, il convient d'examiner, d'abord pour l'IFD, dans un premier temps le principe de la reprise des amortissements déclarés, puis, dans un second temps, la question de l'étendue de cette reprise.
V. Impôt fédéral direct
7.
7.1. Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 2 ème tiret).
7.2. Les comptes, et notamment le compte de résultats, établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; cf. notamment ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.; 136 II 88 consid. 3.1 p. 92). L'autorité du bilan commercial tombe lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.). L'art. 58 al. 1 let. b LIFD fait partie de ces règles fiscales correctrices (cf. arrêts 2C_484/2019 du 6 novembre 2019 consid. 7.1; 2C_520/2015 du 28 décembre 2015 consid. 3.1; 2C_766/2014 du 31 août 2015 consid. 9).
7.3. En l'occurrence, il n'a pas été allégué par l'autorité fiscale que la recourante aurait violé des normes impératives du droit commercial. En revanche, l'autorité fiscale a estimé qu'il convenait de s'écarter du bilan commercial, car les amortissements annoncés n'étaient pas justifiés par l'usage commercial.
8.
Pour déterminer si c'est à juste titre que la Cour de justice a estimé que les déductions opérées par la recourante en 2011 et 2012 à titre d'amortissements sur les participations qu'elle détient dans E._, C._ et D._ n'étaient pas justifiées par l'usage commercial (consid. 8.3), il convient au préalable d'exposer les principes applicables à l'estimation fiscale de participations dans des sociétés non cotées (consid. 8.1) et ceux relatifs à la justification commerciale d'amortissements (consid. 8.2).
8.1.
8.1.1. Alors que le droit commercial impose pour l'évaluation des actifs des valeurs maximales et que la gestion d'entreprise cherche les "véritables" valeurs, le droit fiscal vise les bénéfices réels de la période; à cette fin, il impose des limites à l'évaluation des actifs ( Bewertungsuntergrenzen; cf. arrêts 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.1, in RDAF 2015 II 34 [rés.]; 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.2, in RDAF 2014 II 346 [tous deux avec un exposé des règles de l'ancien droit comptable, applicables aux périodes 2011 et 2012] et les arrêts cités). En matière d'impôt sur la fortune des personnes physiques, la valeur vénale est en principe déterminante pour l'estimation (art. 14 al. 1 LHID). Il n'y a pas de règle équivalente pour l'impôt sur le bénéfice. En la matière, le principe directeur est l'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.; cf. arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.2, in RDAF 2014 II 346).
8.1.2. S'agissant de l'évaluation de participations dans des sociétés non cotées, le Tribunal fédéral se réfère et applique la circulaire no 28 de la Conférence suisse des impôts contenant des instructions concernant l'estimation des titres non cotés en vue de l'impôt sur la fortune (disponible sur: https://www.steuerkonferenz.ch; éditée pour la dernière fois le 28 août 2008, ci-après: la circulaire no 28), non seulement pour l'impôt sur la fortune, mais également lorsqu'il s'agit de procéder à l'estimation de la valeur vénale de titres non cotés dans le contexte de l'impôt sur le bénéfice et de l'impôt sur le revenu (cf. arrêt 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432 et les nombreux arrêts cités).
En tant que directive, ladite circulaire ne constitue certes pas du droit fédéral ou intercantonal, ne crée aucun droit ni aucune obligation et ne lie donc pas le juge (cf. arrêts 2C_321/2019 du 1er octobre 2019 consid. 2.3; 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.6, in RDAF 2015 II 34 [rés.]; 2C_504/2009 du 15 avril 2010 consid. 3.3). La circulaire no 28 est toutefois reconnue, de jurisprudence constante, comme présentant une méthode adéquate et fiable pour l'estimation de la valeur vénale des titres non cotés, même s'il n'est pas exclu que d'autres méthodes d'évaluation reconnues puissent, isolément, s'avérer appropriées (arrêts 2C_953/2019 du 14 avril 2020 consid. 4.2; 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C_309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346).
8.1.3. La circulaire n o 28 prévoit que la méthode d'estimation générale des titres non cotés des sociétés commerciales, industrielles et de services, dans la mesure où ils n'ont jamais été transférés, s'effectue par la moyenne pondérée entre la valeur de rendement doublée et la valeur intrinsèque déterminée selon le principe de la continuation (circulaire n o 28, chap. A/2, ch. 2 et chap. B/3.2, ch. 34 de l'édition du 28 août 2008). Cette méthode est généralement appelée "méthode des praticiens" (cf. arrêts 2C_1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.3.1, in RF 70 2015 432; 2C_309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RDAF 2014 II 346).
En revanche, pour les titres qui ont fait l'objet d'un transfert substantiel entre tiers indépendants, la valeur vénale correspond généralement au prix d'acquisition (circulaire n° 28 chap. A/2, ch. 5). Le prix obtenu lors d'un tel transfert n'est toutefois à prendre en considération que s'il permet de déterminer une valeur vénale représentative et plausible de la société, situation qui doit être examinée selon l'ensemble des circonstances (circulaire n o 28 chap. A/2, ch. 5 et commentaire de la circulaire, p. 4, version 2019 également disponible sur le site de la Conférence). Si tel est le cas, la jurisprudence a précisé que la détermination par le biais de la méthode dite "des praticiens" n'a pas lieu d'être (arrêt 2C_953/2019 du 14 avril 2020 consid. 4.3).
8.1.4. La valeur vénale déterminée conformément à ce qui précède est conservée aussi longtemps que la situation économique de la société n'aura pas considérablement changé (circulaire n o 28 chap. A/2, ch. 5). Selon le commentaire accompagnant la circulaire n o 28, les critères déterminants permettant de juger d'un changement de la situation économique d'une entreprise sont le bénéfice, le chiffre d'affaires, les fonds propres et les rapports de participation. En règle générale, doivent être qualifiés de considérable une variation du chiffre d'affaires de 20 %, une variation du capital de 10 % qui ne résulterait pas du bénéfice ordinaire ou un changement dans les rapports de participations à hauteur de 10 %. Si l'une de ces conditions est remplie, l'estimation doit être revue (p. 4).
8.2.
8.2.1. Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut d'une comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements (art. 62 al. 1 LIFD). Un amortissement est justifié par l'usage commercial dans la mesure où il permet de tenir compte d'une véritable moins-value d'un poste au bilan (ATF 137 II 353 consid. 6.4.1 p. 361; arrêt 2C_520/2015 du 28 décembre 2015 consid. 3.2; pour les amortissements sur des participations: ATF 119 Ib 116 consid. 3c p. 122).
8.2.2. Un amortissement sur une participation suppose ordinairement une baisse de valeur de la société (ROBERT DANON, in Noël/Aubry Girardin [éd.]., Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, no 44 ad art. 57-58 LIFD). Toutefois, de l'avis de certains auteurs, l'amortissement d'une participation peut dans certains cas aussi être possible fiscalement indépendamment d'une baisse de valeur, soit indépendamment de la situation et des pertes de la société achetée (cf. PIERRE-MARIE GLAUSER, Goodwill et acquisition d'entreprises. Une analyse sous l'angle du droit fiscal et comptable, in Droit des sociétés, Mélanges en l'honneur de Roland Ruedin, 2006, p. 421 ss, p. 435 s., citant deux autres avis dans le même sens). Par exemple, l'acquéreur qui recherche de nouvelles parts de marché devrait, selon ces auteurs, pouvoir amortir la part du prix des actions correspondant à son investissement et comptabiliser l'amortissement comme une charge de marketing (GLAUSER, op. cit., p. 436 et les auteurs cités).
8.2.3. En ce qui concerne le fardeau de la preuve, conformément au principe général exprimé à l'art. 8 CC, il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors qu'il incombe au contribuable d'apporter la preuve des faits de nature à réduire ou éteindre son obligation fiscale (cf. ATF 143 II 661 consid. 7.2 p. 672; 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266).
S'agissant des personnes morales, le bénéfice imposable est celui qui ressort du compte de résultats, si les comptes ont été établis conformément aux règles du droit commercial, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (cf. supra consid. 7.2; principe d'autorité du bilan commercial; cf. art. 58 LIFD; ATF 141 II 83 consid. 3.1 p. 85; 140 I 114 consid. 3.3.1 p. 122). S'il existe une présomption selon laquelle une comptabilité établie conformément aux dispositions du droit commercial est exacte (cf. arrêt 2C_554/2013 du 30 janvier 2014 consid. 2.1), il n'en demeure pas moins que l'autorité de taxation est habilitée à demander des renseignements à la personne morale contribuable, afin de vérifier que l'imposition peut bien avoir lieu sur la base des comptes produits (arrêts 2C_544/2018 du 21 décembre 2018 consid. 3.2; 2C_554/2013 du 30 janvier 2014 consid. 2.2). En effet, dans la procédure de taxation, le contribuable est soumis à un devoir étendu de collaboration (système de procédure de taxation mixte; art. 124 ss LIFD; cf. ATF 142 II 69 consid. 5.1 et 5.1.1 p. 76).
8.3. En l'espèce, il n'est pas contesté que la recourante a acquis la totalité des participations des trois sociétés auprès de tiers indépendants. Dans un tel cas, le prix d'acquisition représente en principe la valeur vénale. Un amortissement n'est envisageable qu'en cas de perte de valeur des participations ou, selon la doctrine, d'achat à un prix surfait.
8.4. La recourante fait valoir qu'elle aurait payé un surcoût pour acquérir les participations, ce qui justifierait les amortissements annoncés, conformément à ce que préconise la doctrine, mais aussi à ce que retiendrait l' "International Accounting Standards Board" dans sa pratique (cf. " Basis for conclusions on IFRS 3 business combinations"), relative aux normes " International Financial Reporting Standards/IFRS " (anciennement: " International Accounting Standards/ IAS ", ci-après: normes IFRS).
La Cour de justice a constaté, de manière non arbitraire, que la recourante n'avait pas acquis les participations dans les trois sociétés à un prix surfait (cf. supra consid. 5.7). L'argumentation de la recourante tombe partant d'emblée à faux et la référence aux normes IFRS ne lui est d'aucun secours.
Au surplus, on relèvera que la recourante n'a pas établi le montant du surcoût dont elle se prévaut, alors que la charge de la preuve lui incombait, s'agissant de justifier une déduction, propre à diminuer sa charge fiscale (cf. supra consid. 8.2.3). En effet, elle a seulement allégué que la survaleur à amortir en l'espèce correspondait à la différence entre le prix d'acquisition (5'284'200 fr. pour C._, 4'281'376 fr. pour D._ et 5'762'000 fr. pour E._) et la valeur des sociétés déterminée selon la méthode des praticiens (1'542'000 fr. pour C._, 2'540'000 fr. pour D._ et 1'126'718 fr. pour E._), ce qui aboutit à une survaleur de 3'742'200 fr. pour C._, 1'741'376 fr. pour D._ et 4'635'282 fr. pour E._ (total de 10'118'858 fr.). Or, on ne saurait suivre la recourante s'agissant de cette évaluation de la survaleur puisque, comme indiqué, la méthode des praticiens suppose qu'il n'y ait pas eu de transactions entre tiers permettant d'établir un prix reflétant une valeur représentative et plausible. Le montant de la survaleur auquel aboutit la recourante, de 10'118'858 fr., est au reste insolite tant il est disproportionné.
8.5. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir considéré que le prix du marché reflétait la valeur vénale des participations.
Il est exact que le prix de vente convenu entre tiers, soit le prix du marché, n'est pas de manière systématique représentatif de la valeur vénale (cf. supra consid. 8.1.3). A l'appui de son argument, la recourante cite toutefois à mauvais escient l'arrêt 2A.213/1994 du 8 octobre 1996 (in RDAF 1998 II 351). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral devait en effet se prononcer sur les principes applicables pour déterminer la valeur de titres non cotés en bourse pour lesquels il n'était pas possible d'établir un prix du marché représentatif de la valeur vénale, car des circonstances spéciales avaient influencé le prix de vente lors des transactions successives qui avaient eu lieu sur ces titres. De telles circonstances spéciales n'ont pas été alléguées en l'occurrence s'agissant de précédentes ventes sur les participations dans les trois sociétés. Concernant le prix payé par la recourante, la Cour de justice a en outre considéré qu'il avait été dicté par le marché et n'a pas retenu qu'il avait été influencé par des circonstances particulières. Savoir si un élément est ou non établi est une question de fait. Le Tribunal fédéral est donc lié par les constatations de la Cour de justice sur ce point (cf. art. 105 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2.2), étant relevé que la recourante n'a pas démontré l'arbitraire des constats des précédents juges.
En l'absence de circonstances spéciales, on ne peut reprocher à la Cour de justice de s'en être tenue au principe selon lequel un prix d'acquisition correspondant au prix du marché reflète la valeur vénale.
8.6. Dans l'hypothèse où il serait retenu que le prix d'acquisition reflétait la valeur vénale des participations, la recourante fait valoir, à titre subsidiaire, qu'il faut admettre que les participations dans les trois sociétés ont perdu de la valeur, ce qui permettrait de justifier les amortissements effectués.
En l'occurrence, sur la base des chiffres retenus de manière non arbitraire par la Cour de justice (cf. supra consid. 5.5.3), on ne constate pas, en tenant compte du chiffre d'affaires, des bénéfices et des fonds propres des trois sociétés, de perte de valeur significative des participations depuis leur acquisition. La recourante l'admet du reste s'agissant de E._, puisqu'elle relève elle-même que la valeur de la société est restée stable depuis son acquisition. Pour les deux autres sociétés, la recourante adopte une argumentation appellatoire, perdant de vue que le Tribunal fédéral n'est pas une instance d'appel. Ainsi, elle se fonde, pour démontrer les pertes de valeur alléguées, sur d'autres chiffres que ceux retenus dans l'arrêt attaqué, ce qui n'est pas admissible.
Dès lors que la recourante n'a pas établi une perte de valeur des participations, les amortissements annoncés ne sont pas non plus justifiés de ce point de vue.
8.7. Sur le vu de ce qui précède, c'est à bon droit que la Cour de justice a confirmé que les amortissements déclarés par la recourante n'étaient pas justifiés par l'usage commercial.
8.8. Il convient d'examiner les deux types de reprises effectuées par l'autorité fiscale et confirmées en dernier lieu par la Cour de justice à l'aune de cette conclusion.
9.
L'autorité fiscale a tout d'abord repris les amortissements annuels annoncés par la recourante en 2011 et 2012 dans le bénéfice annuel correspondant.
9.1. En vertu de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, les amortissements et provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial sont ajoutés au bénéfice net imposable.
9.2. En l'espèce, dès lors que la recourante n'a pas démontré la justification commerciale des amortissements annuels annoncés en 2011 et 2012 (cf. supra consid. 8) et conformément à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, c'est à bon droit que l'autorité fiscale a procédé à la reprise de ces amortissements dans le bénéfice annuel correspondant et que la Cour de justice a confirmé ces reprises. La recourante l'admet au demeurant, dans la mesure où la justification commerciale des amortissements déclarés sur les participations serait niée.
10.
L'autorité fiscale a par ailleurs procédé à une reprise dans le bénéfice 2011 de la recourante correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 (montant de 4'895'010 fr.). C'est essentiellement à cette reprise que la recourante s'oppose.
10.1. Selon l'art. 62 al. 4 LIFD, les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations qui remplissent les conditions prévues à l'art. 70, al. 4, let. b sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés (cf. arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.1, in RDAF 2014 II 346). Les participations visées à l'art. 70 al. 4 let. b LIFD sont celles égales à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou donnant droit à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de la filiale (ci-après: participations qualifiées; avant le 1er janvier 2011: 20 % [RO 1998 669 677]). La recourante détient 100 % des participations dans les sociétés C._, D._ et E._, de sorte que cette condition est remplie en l'espèce.
L'art. 62 al. 4 LIFD, entré en vigueur le 1 er janvier 1998, a été introduit à l'occasion de la réforme de 1997 de l'imposition des sociétés et est en lien avec l'application de la réduction pour participations (art. 69-70 LIFD). Il s'agit d'une règle fiscale correctrice (cf. arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.1, in RDAF 2014 II 346; cf. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, n o 1 ad art. 62 DBG). Elle permet à l'autorité de s'écarter du bilan commercial et entraîne une augmentation du bénéfice imposable indépendamment de toute réévaluation ou aliénation des participations par la société (cf. DANON, op. cit., n o 43 ad art. 62 LIFD). L'autorité est autorisée à réévaluer l'action en question avec incidence fiscale jusqu'à concurrence du coût d'investissement y relatif (cf. ANGELO DIGERONIMO, Le traitement fiscal des participations selon la réforme 1997 de l'imposition des sociétés, Archives 66, p. 693 ss, p. 708).
Pour les corrections de valeur, qui sont équivalentes sur le plan fiscal à des provisions (cf. arrêt 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 4.1.1, in Archives 85 p. 379), le principe énoncé à l'art. 62 al. 4 LIFD figure déjà à l'art. 63 al. 2 LIFD (DANON, op. cit., no 43 ad art. 62 LIFD; KUHN/DUBACH, in Zweifel/Beusch [éd.], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 3e éd. 2017, no 32 ad art. 62 LIFD). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD en effet, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable (cf., sur cette disposition, arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 2.3.2, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.1, in Archives 85 p. 379; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.4, in RDAF 2011 II 70). En revanche, l'art. 62 al. 4 LIFD est particulier et exceptionnel en ce qu'il assimile les amortissements sur les participations qualifiées aux corrections de valeur, enlevant aux premiers leur caractère définitif (sur le caractère en principe définitif des amortissements, cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.1 p. 361; arrêt 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.1, in Archives 85 p. 379). Compte tenu de cette équivalence, la distinction entre amortissement et provision (correction de valeur) n'a pas d'incidence sous l'angle de l'art. 62 al. 4 LIFD (cf. LOCHER, op. cit., no 41 ad art. 62 al. 4 LIFD, selon lequel il aurait été plus judicieux de ne plus autoriser aucun amortissement sur les participations qualifiées, mais seulement des corrections de valeur; cf. aussi KUHN/DUBACH, op. cit., no 29 ad art. 62).
10.2. L'art. 62 al. 4 LIFD permet la réévaluation et reprise d'amortissements et corrections de valeur antérieurs à la période fiscale sous revue, qui avaient donc été acceptés par l'autorité fiscale, dans la mesure où ils portent sur des participations qualifiées et ne sont pas justifiés par l'usage commercial. Cette réévaluation a pour effet d'augmenter l'impôt, raison pour laquelle l'autorité fiscale supporte le fardeau de la preuve (cf. supra consid. 8.2.3; cf. arrêts 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 4.1.1, in Archives 85 379; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II 70; cf. aussi rapporteur Adriano Cavadini, BO 1997 CN 1925 et rapporteur Eugen David, BO 1997 CN 1926 à propos de l'introduction de l'art. 62 al. 4 LIFD).
10.3. En l'espèce, la recourante n'a pas acquis à un prix surfait les participations qu'elle détient dans les trois sociétés et ces participations n'ont pas perdu de valeur, de sorte que les amortissements annoncés depuis l'acquisition n'ont jamais été justifiés par l'usage commercial. Dès lors que ces "amortissements" n'ont jamais été justifiés et compte tenu de la règle fiscale correctrice de l'art. 62 al. 4 LIFD, l'autorité fiscale était fondée à reprendre dans le bénéfice 2011 de la recourante le montant correspondant à la dissolution du fonds constitué par les amortissements déclarés entre 2005 et 2010.
10.4. Les objections de la recourante relatives à l'interprétation de l'art. 62 al. 4 LIFD ne sont pas propres à modifier cette conclusion.
10.4.1. Se fondant notamment sur l'adverbe "plus" qui est employé dans le texte de la disposition ("dans la mesure où ils ne sont plus justifiés"; en allemand: " soweit sie nicht mehr begründet sind "; en italien: " per quanto non siano più giustificati "), la recourante considère que l'art. 62 al. 4 LIFD ne pourrait trouver application que lorsqu'un amortissement perd sa justification, c'est-à-dire lorsqu'une participation récupère, durablement, de la valeur. Selon la recourante, il résulterait notamment de l'arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 que l'art. 62 al. 4 LIFD ne concernerait en revanche pas les amortissements injustifiés ab initio. En l'occurrence, l'autorité fiscale n'aurait pas prouvé la récupération de valeur des participations, ce qui exclurait toute reprise. La Cour de justice aurait violé l'art. 8 CC en admettant le contraire. En outre, d'après la recourante, l'application de l'art. 62 al. 4 LIFD serait subordonnée à la condition de la preuve d'un abus de droit.
10.4.2. Pour ce qui a trait à la première remarque de la recourante, on relèvera que le Tribunal fédéral a déjà exposé qu'un contribuable ne pouvait pas se soustraire au redressement prévu à l'art. 63 al. 2 LIFD relatif à la reprise de provisions en faisant valoir que la provision n'était pas justifiée initialement et qu'elle aurait donc dû être imposée lors de sa constitution (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 3.3.5, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; principe énoncé dans l'arrêt 2A.465/2006 du 19 janvier 2007 consid. 3.3, in RDAF 2007 II 263).
Cette jurisprudence, qui est claire contrairement à ce que prétend la recourante, est transposable en l'espèce. On ne voit en effet aucune raison d'interpréter différemment l'art. 62 al. 4 LIFD et l'art. 63 al. 2 LIFD, qui emploient la même terminologie et qui se chevauchent. Par ailleurs, si l'art. 62 al. 4 LIFD autorise la reprise d'amortissements et corrections de valeur sur des participations qualifiées qui ont été justifiés à un moment donné et ont perdu leur justification, a fortiori cette règle fiscale correctrice permet la reprise d'amortissements et corrections de valeur sur des participations qualifiées qui n'ont jamais été justifiés.
L'arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 auquel se réfère la recourante n'est en outre pas déterminant. Cet arrêt portait en effet sur un amortissement comptabilisé pour la première fois durant la période fiscale sous revue et non sur la réévaluation d'amortissements antérieurs. Le Tribunal fédéral a relevé que, dans un tel cas, la reprise devait être effectuée sur la base de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD et non de l'art. 62 al. 4 LIFD (consid. 3.9; cf. également supra consid. 10.2). Il est vrai que le Tribunal fédéral a aussi noté à cette occasion que l'art. 62 al. 4 LIFD concerne les amortissements qui ne sont plus justifiés et que dans le cas d'espèce il n'était pas question d'un amortissement qui n'était plus justifié mais d'un amortissement qui n'avait jamais été justifié (consid. 3.9). Compte tenu de la jurisprudence récente et détaillée relative à l'art. 63 al. 2 LIFD qui vient d'être évoquée, transposable à l'art. 62 al. 4 LIFD, il n'y a toutefois pas lieu de se fonder sur cet obiter dictum, non étayé.
10.4.3. Retenir que l'art. 62 al. 4 LIFD s'applique aussi bien aux amortissements et corrections de valeur sur des participations qualifiées qui n'ont jamais été justifiés qu'à ceux qui ne le sont plus conduit à écarter la seconde remarque de la recourante, relative au fait que l'autorité fiscale aurait dû prouver que les participations avaient repris de la valeur pour que l'art. 62 al. 4 LIFD puisse entrer en considération. En effet, l'examen du rétablissement de la valeur des participations (cf., pour déterminer ce rétablissement, les critères de la circulaire no 27 de l'Administration fédérale des contributions relative à la réduction d'impôt sur les rendements de participations à des sociétés de capitaux et sociétés coopératives du 17 décembre 2009, disponible sur: https://www.estv.admin.ch/estv; cf. ANNE WIDMER, La réduction pour participations, thèse 2002, p. 75 ss) fait sens lorsque l'amortissement constate, de manière justifiée, à un moment donné, une moins-value de la participation. Cette condition n'a toutefois pas lieu d'être en l'espèce, dès lors qu'il a été retenu que les participations détenues par la recourante n'ont pas perdu de valeur depuis leur acquisition.
10.4.4. Enfin, s'il a été effectivement relevé lors des travaux préparatoires que l'ajout de l'art. 62 al. 4 LIFD a été considéré comme nécessaire pour éviter des comportements assimilables à une évasion fiscale de la part du contribuable (Rapporteur Eugen David, BO 1997 CN 1926; cf. aussi KUHN/DUBACH, op. cit., no 24 ad art. 62 LIFD; cf. aussi arrêt 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 4.3.1, in Archives 85 p. 379 répertoriant les critiques de la doctrine sur l'art. 62 al. 4 LIFD et évoquant l'idée d'une clause visant à éviter l'abus de droit), force est de souligner que ni la condition d'une évasion fiscale, ni celle d'un abus de droit en lien avec la réduction pour participation, ne ressortent du texte de la disposition, qui n'a pas été remis en cause depuis son entrée en vigueur en 1998.
10.5. La recourante tente par ailleurs de s'opposer à la dissolution du fonds d'amortissement en se prévalant du principe de la bonne foi et du principe de périodicité. Elle souligne que l'autorité fiscale a admis les amortissements litigieux durant les périodes fiscales 2005 à 2010, qu'elle lui a demandé des renseignements en 2010 concernant la période fiscale 2007 à ce sujet et a accepté, à la suite des informations fournies, les déductions en toute connaissance de cause. Selon la recourante, une reprise ne saurait en outre être admise, car l'absence de justification commerciale était aisément reconnaissable par l'autorité fiscale.
10.5.1. En matière fiscale, en application du principe de l'étanchéité (ou de l'indépendance) des exercices comptables et des périodes fiscales, l'autorité n'est pas liée pour l'avenir par une taxation notifiée pour une période fiscale déterminée; à ce défaut, elle risquerait de se trouver indéfiniment liée par une erreur ou une omission qu'elle aurait pu commettre initialement (cf. arrêts 2C_888/2014 du 7 juin 2015 consid. 7.2; 2C_383/2011 du 31 octobre 2011 consid. 3.3).
Selon la jurisprudence rendue à propos de l'art. 63 al. 2 LIFD, qui est tout aussi pertinente dans le contexte de l'art. 62 al. 4 LIFD, il n'y a ainsi pas de droit au maintien d'une provision au motif que l'autorité fiscale a renoncé à une reprise au cours des années précédentes ou l'a à tort accordée (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 3.3.5, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II 70). Il n'y a par ailleurs pas de violation du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3, art. 9 Cst.) lorsque l'administration fiscale procède à un examen de la justification commerciale de la provision, alors qu'un tel examen n'a pas eu lieu l'année précédente (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 3.3.5, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II 70). Ce n'est que si le fisc promet expressément un certain traitement fiscal que peut se poser la question de la bonne foi (cf. arrêts 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.3.1; 2C_383/2011 du 31 octobre 2011 consid. 3.3; 2C_596/2007 du 24 juin 2008 consid. 5).
10.5.2. Il découle de ce qui précède que la recourante ne peut pas s'opposer aux reprises litigieuses en faisant valoir que l'autorité fiscale n'avait pas remis en cause les amortissements/provisions déclarés sur les participations les années fiscales précédentes. Contrairement à ce qu'elle prétend, cela ne revient pas à admettre que l'autorité puisse choisir le moment de l'imposition d'amortissements ou corrections de valeur sur des participations qualifiées, mais seulement à reconnaître que l'autorité peut réexaminer la situation à chaque période fiscale.
Par ailleurs, la recourante n'a pas prétendu, ni démontré que l'autorité fiscale lui aurait donné l'assurance que les amortissements déclarés seraient admis les années suivantes à la suite de la demande de renseignements relative à la période fiscale 2007. Enfin, l'affirmation que l'absence de justification commerciale était aisément reconnaissable n'engage que la recourante.
10.6. La recourante prétend que la reprise correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 permet à l'autorité de contourner les règles sur le rappel d'impôt. A tort. En effet, l'autorité fiscale n'est en l'espèce nullement revenue sur les taxations des périodes fiscales antérieures et n'a fait qu'appliquer l'art. 62 al. 4 LIFD.
10.7. En définitive, l'autorité fiscale était fondée à reprendre dans le bénéfice 2011 de la recourante un montant correspondant à la dissolution des amortissements 2005 à 2010 en vertu de l'art. 62 al. 4 LIFD. C'est partant à bon droit que la Cour de justice a confirmé l'intégralité des reprises effectuées.
11.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
VI. Impôts cantonal et communal
12.
Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. D'après l'art. 28 al. 1ter LHID (art. 28 al. 1bis LHID jusqu'au 1er janvier 2011, RO 1998 669 677), les corrections de valeur et les amortissements effectués sur le coût d'investissement des participations de 10 % au moins sont ajoutés au bénéfice imposable dans la mesure où ils ne sont plus justifiés.
L'imposition des personnes morales est régie dans le canton de Genève par la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15). Diverses modifications de cette loi ont été adoptées le 29 janvier 2016 et sont entrées en vigueur au 30 mars 2016. A défaut de dispositions expresses contraires, le droit applicable à la taxation est toutefois celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (arrêt 2C_660/2014 du 6 juillet 2015 consid. 5). Il n'est pas fait état de telles dispositions, de sorte que l'ancien droit est applicable. L'art. 12 aLIPM, relatif au bénéfice net imposable, correspond à l'art. 58 al. 1 LIFD et est conforme à l'art. 24 al. 1 let. a LHID. L'art. 21 al. 6 aLIPM contenait une règle identique à l'art. 62 al. 4 LIFD, conformément au principe fixé à l'art. 28 ter LHID. Compte tenu de l'identité des dispositions, les considérations valables pour l'IFD peuvent être transposées pour les ICC sur le bénéfice. Le fait que l'ancienne LIPM ne contenait pas de disposition analogue à l'art. 63 al. 2 LIFD, souligné par la recourante, n'est pas pertinent, puisque les reprises ne sont pas fondées sur cette disposition, mais sur les art. 58 al. 1 let. b et 62 al. 4 LIFD, dont l'équivalent étaient les art. 12 aLIPM et l'art. 21 al. 6 aLIPM.
S'agissant de l'impôt sur le capital, l'art. 29 al. 2 let. a LHID et l'art. 28 aLIPM prévoient que le capital propre imposable des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives comprend le capital-actions et le capital-participation ou le capital social libéré, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés. Il convient partant également de confirmer l'arrêt entrepris en ce qui concerne les reprises dans le capital imposable.
Il s'ensuit que le recours doit également être rejeté en matière d'impôts cantonal et communal.
VII. Conclusion, frais et dépens
13.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4 ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 novembre 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber