Sachverhalt:
A.
A.a. A._ reichte am 10. November 2014 gegen X._ Strafantrag wegen Nötigung sowie Drohung ein, konstituierte sich als Privatkläger und machte Zivilansprüche geltend.
A.b. Die Staatsanwaltschaft 3 des Kantons Luzern erklärte X._ mit Strafbefehl vom 24. Februar 2015 der Nötigung für schuldig, bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 80.-- sowie einer Busse von Fr. 800.--, auferlegte ihm die Verfahrenskosten sowie eine Entschädigung für A._ und verwies diesen mit seiner Zivilforderung auf den Zivilweg (Ziff. 1-5). Dabei ging die Staatsanwaltschaft zusammengefasst davon aus, X._ habe sich am 20. August 2014, zwischen 08.00 und 09.00 Uhr, in das Büro der B._ AG in C._ begeben und der am Empfang anwesenden D._ gesagt, er werde Herrn E._ und die Geschäftsleitung erschiessen, wenn er nicht bis spätestens um 17.00 Uhr von Herrn A._ oder jemandem von der Geschäftsleitung zurückgerufen werde. Dadurch habe er D._ in Angst und Schrecken versetzt. Diese habe A._ und einen weiteren Mitarbeiter über die Drohung informiert. A._ und einer seiner Mitarbeiter hätten X._ gleichentags zurückgerufen. Dieser habe mit seinem Verhalten D._ dazu genötigt, unverzüglich jemanden von der Geschäftsleitung zu einem Anruf an ihn zu bewegen. Ebenfalls habe er A._ dazu bewegt, ihn gleichentags zurückzurufen.
A.c. Im gleichen Strafbefehl stellte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren wegen Drohung ohne separate Kostenfolge in Anwendung von Art. 319 Abs. 1 lit. b StPO ein, da A._ durch die Drohung von X._ gemäss eigenen Angaben nicht in Angst oder Schrecken versetzt worden sei (Ziff. 6). Sie wies darauf hin, dass A._ gegen die Teileinstellung betreffend Drohung innert 10 Tagen Beschwerde bei der Beschwerdeinstanz erheben könne (Ziff. 7).
A.d. Auf Einsprache von X._ hin erliess die Staatsanwaltschaft am 17. Juli 2015 einen neuen Strafbefehl mit geringfügig angepasstem Anklagesachverhalt, aber gleichem Schuldspruch und gleicher Bestrafung. Sie hielt fest, dass dieser Strafbefehl jenen vom 24. Februar 2015 ersetze, mit Ausnahme der teilweisen Verfahrenseinstellung in Ziffer 6. Diese Teileinstellung blieb unangefochten.
A.e. Am 28. Juli 2015 erhob X._ erneut Einsprache, woraufhin die Staatsanwaltschaft am Strafbefehl festhielt und die Akten dem Bezirksgericht zur Beurteilung überwies.
B.
Das Bezirksgericht Willisau sprach X._ am 17. März 2016 der Nötigung zum Nachteil von D._ und der versuchten Nötigung zum Nachteil von A._ schuldig. Vom Vorwurf der Nötigung zum Nachteil eines weiteren Mitarbeiters der B._ AG sprach es ihn frei. Es bestrafte ihn anstelle einer Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu je Fr. 90.-- mit 160 Stunden gemeinnütziger Arbeit. Deren Vollzug schob es auf. Es verwies A._ mit seiner Zivilklage auf den Zivilweg und regelte die Kosten- und Entschädigungsfolgen.
Das Kantonsgericht Luzern stellte am 13. Juni 2017 die Rechtskraft des Freispruchs fest und bestätigte im Übrigen das erstinstanzliche Urteil.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen im Hauptpunkt, das kantonsgerichtliche Urteil sei aufzuheben und er sei von den Vorwürfen der Nötigung und der versuchten Nötigung freizusprechen. Er ersucht darum, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zu gewähren.
D.
Das Kantonsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde und verzichtet unter Verweis auf das angefochtene Urteil auf eine Vernehmlassung. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Luzern beantragt in ihrer Stellungnahme zur Beschwerde, dieser sei die aufschiebende Wirkung nicht zu gewähren, und sie sei abzuweisen.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer macht ein Prozesshindernis geltend. Er argumentiert, dem Vorwurf der Drohung und jenem der (versuchten) Nötigung liege der gleiche Lebenssachverhalt zu Grunde. Da das Strafverfahren wegen Drohung rechtskräftig eingestellt worden sei, dürfe das Gericht das Strafverfahren wegen (versuchter) Nötigung wegen des Grundsatzes "ne bis in idem" und der Sperrwirkung der materiellen Rechtskraft der Einstellungsverfügung nicht weiterführen. Zur Begründung beruft er sich auf Urteile des Bundesgerichts, des Obergerichts des Kantons Zürich und des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) sowie mehrere Lehrmeinungen.
1.2. Die Vorinstanz gelangt gestützt auf das Urteil des Bundesgerichts 6B_1056/2015 vom 4. Dezember 2015 zum Schluss, die Teileinstellung in Bezug auf eine rechtliche Qualifikation sei unbeachtlich. Sei eine Teileinstellung in Bezug auf die rechtliche Würdigung ein und desselben Lebensvorgangs denklogisch unmöglich, könne ebenso gut angenommen werden, sie sei nicht rechtswirksam und daher unbeachtlich. Entscheidend sei, dass das Argument, der Grundsatz "ne bis in idem" schütze den Einzelnen vor den Belastungen, die mit einer erneuten Verfolgung und Bestrafung einer bereits abgeurteilten Sache einhergehe, und diene der Rechtssicherheit und dem Rechtsfrieden, bei einer Teileinstellung nicht überzeuge. Im zu beurteilenden Fall habe die Staatsanwaltschaft im selben Strafbefehl, mit welchem der Beschwerdeführer der Nötigung schuldig gesprochen worden sei, auch die Verfahrenseinstellung betreffend Drohung verfügt. Dem Beschwerdeführer müsse damit klar gewesen sein, dass das Verfahren betreffend der ihm vorgeworfenen Äusserungen gegenüber D._ nicht eingestellt worden sei, sondern dass es seinen Fortgang nehme. Es hätten demzufolge auch keine Gründe für ein Vertrauen in die Rechtsbeständigkeit der Teileinstellung bestanden (Urteil S. 8 f.).
1.3.
1.3.1. Die Staatsanwaltschaft verfügt die Einstellung des Verfahrens (Art. 319 Abs. 1 StPO), wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a) oder wenn kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b). Mit der Einstellung schliesst die Staatsanwaltschaft das Verfahren ab. Eine rechtskräftige Einstellungsverfügung kommt einem freisprechenden Endentscheid gleich (Art. 320 Abs. 4 StPO). Einer erneuten strafrechtlichen Verfolgung wegen der gleichen Tat stehen die materielle Rechtskraft der Einstellung und der Grundsatz "ne bis in idem" entgegen (BGE 143 IV 104 E. 4.2 S. 110; Urteile 6B_654/2017 vom 27. Februar 2018 E. 2.3; 6B_653/2013 vom 20. März 2014 E. 3.1 mit Hinweisen). Die Staatsanwaltschaft kann das Verfahren vollständig oder teilweise einstellen (vgl. Art. 319 Abs. 1 StPO). Von einer teilweisen Einstellung spricht man, wenn einzelne Komplexe eines Verfahrens zu einer Anklageerhebung führen oder durch einen Strafbefehl beurteilt, andere Komplexe des Verfahrens hingegen mit einer Einstellung abgeschlossen werden. Eine solche Teileinstellung kommt grundsätzlich nur in Betracht, wenn mehrere Lebensvorgänge oder Taten im prozessualen Sinn zu beurteilen sind, die einer separaten Erledigung zugänglich sind. Soweit es sich hingegen lediglich um eine andere rechtliche Würdigung ein und desselben Lebensvorgangs handelt, scheidet eine teilweise Verfahrenseinstellung aus. Wegen ein und derselben Tat im prozessualen Sinn kann nicht aus einem rechtlichen Gesichtspunkt verurteilt und aus einem anderen das Verfahren eingestellt werden. Es muss darüber einheitlich entschieden werden (Urteile 6B_654/2017 vom 27. Februar 2018 E. 2.3; 6B_756/2017 vom 20. September 2017 E. 5.2.1; 6B_1056/2015 vom 4. Dezember 2015 E. 1.3; 6B_653/2013 vom 20. März 2014 E. 3.2 mit Hinweisen; siehe auch BGE 142 IV 378 E. 1.3 S. 381 betreffend Teilfreisprüche).
1.3.2. Der Grundsatz "ne bis in idem" ist in Art. 11 Abs. 1 StPO geregelt. Er ist auch in Art. 4 des Protokolls Nr. 7 zur EMRK (SR 0.101.07) sowie in Art. 14 Abs. 7 UNO-Pakt II (SR 0.103.2) verankert und lässt sich nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung direkt aus der Bundesverfassung ableiten (BGE 137 I 363 E. 2.1 S. 365 mit Hinweisen). Demnach darf, wer in der Schweiz rechtskräftig verurteilt oder freigesprochen worden ist, wegen der gleichen Straftat nicht erneut verfolgt werden. Eine rechtskräftige Einstellungsverfügung kommt einem freisprechenden Endentscheid gleich (Art. 320 Abs. 4 StPO; BGE 143 IV 104 E. 4.2 S. 110). Tatidentität liegt vor, wenn dem ersten und dem zweiten Strafverfahren identische oder im Wesentlichen gleiche Tatsachen zugrundeliegen. Auf die rechtliche Qualifikation dieser Tatsachen kommt es nicht an (vgl. BGE 137 I 363 E. 2.2 S. 366; Urteile 6B_1053/2017 vom 17. Mai 2018 E. 4; 6B_453/2017 vom 16. März 2018 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 144 IV 172; 6B_503/2015 vom 24. Mai 2016 E. 1.1, nicht publ. in: BGE 142 IV 276; je mit Hinweisen; zur Auslegung des Begriffs "derselben Tat" durch den EuGH und den EGMR: Urteil 6B_482/2017 vom 17. Mai 2017 E. 4.2 mit Hinweisen). Das Verbot der doppelten Strafverfolgung stellt ein Verfahrenshindernis dar, das in jedem Verfahrensstadium von Amtes wegen zu berücksichtigen ist (BGE 143 IV 104 E. 4.2 S. 110; Urteile 1B_56/2017 vom 8. März 2017 E. 2.1; 6B_482/2017 vom 17. Mai 2017 E. 4.1; je mit Hinweisen; ausführlich zum Grundsatz "ne bis in idem": Urteil 6B_1053/2017 vom 17. Mai 2018 E. 4).
1.4.
1.4.1. Der vorliegend zur Anzeige gebrachte Lebenssachverhalt besteht zusammengefasst in einem am 20. August 2014 zwischen 08.00 und 09.00 Uhr zwischen dem Beschwerdeführer und D._ beim Empfang der B._ AG geführten Gespräch. Obwohl im Strafbefehl der der Teileinstellung wegen Drohung zugrunde liegende Sachverhalt nicht umschrieben ist, kann es sich auch hierbei nur um das vorgenannte Gespräch handeln. Dieses bildet demnach sowohl Grundlage für die Anklage beziehungsweise die Schuldsprüche wegen (versuchter) Nötigung als auch für die Teileinstellung wegen Drohung. Es handelt sich um denselben Lebenssachverhalt; es liegt Täter- und Tatidentität vor.
1.4.2. Damit ist zu prüfen, ob und gegebenenfalls welche Wirkung die Teileinstellung auf das vorliegende Verfahren zeitigt. Während sich der Beschwerdeführer in erster Linie auf das Urteil des Bundesgerichts 6B_653/2013 vom 20. März 2014 beruft, folgt die Vorinstanz - und in ihrer Vernehmlassung auch die Beschwerdegegnerin - dem Urteil des Bundesgerichts 6B_1056/2015 vom 4. Dezember 2015. Die Ausgangslage beider Urteile ist vergleichbar mit der vorliegenden. Während jedoch im Verfahren 6B_653/2013 die Teileinstellungsverfügung Anfechtungsobjekt bildete, war diese im Verfahren 6B_1056/2015 nicht angefochten worden; vielmehr machte der damalige Beschwerdeführer - wie vorliegend - geltend, die Sperrwirkung der Teileinstellung stehe einer Verurteilung entgegen. In beiden Urteilen gelangte das Bundesgericht übereinstimmend zum Schluss, dass für die Teileinstellungsverfügung kein Raum blieb und diese nicht hätte erlassen werden dürfen (Urteile 6B_1056/2015 vom 4. Dezember 2015 E. 1.4; 6B_653/2013 vom 20. März 2014 E. 3.3). Dies gilt auch für den vorliegend zu beurteilenden Fall. Während die vorgenannte Feststellung im Urteil 6B_653/2013 vom 20. März 2014 E. 3.3 (vgl. auch die Urteile 6B_756/2017 vom 20. September 2017 E. 5.2; 6B_425/2015 vom 12. November 2015 E. 1.4 f.; 6B_856/2013 vom 3. April 2014 E. 2.3) dazu führte, dass die angefochtene Teileinstellungsverfügung letztlich als bundesrechtswidrig aufgehoben werden konnte, stellte das Bundesgericht im Urteil 6B_1056/2015 vom 4. Dezember 2015 E. 1.4 fest, dass die Einstellungsverfügung dem Strafbefehl nicht entgegenstehen könne. Dieser Feststellung kann vorliegend nicht gefolgt werden.
1.4.3. Zwar blieb kein Raum für eine Teileinstellung, dennoch ist sie nicht einfach unbeachtlich oder inexistent. Wie in der Lehre zutreffend argumentiert wird, kennt das Strafprozessrecht in der vorliegend zu beurteilenden Konstellation einzig die Anfechtbarkeit und die Nichtigkeit der Teileinstellungsverfügung (vgl. JÜRG-BEAT ACKERMANN, Unzulässige Teileinstellung bei gleichem Lebenssachverhalt - von unzulässiger Eröffnung, Teileinstellung und Nichtigkeit, forumpoenale 01/2017, S. 48). Fehlerhafte amtliche Verfahrenshandlungen sind in der Regel nicht nichtig, sondern anfechtbar und werden durch Nichtanfechtung rechtsgültig (vgl. BGE 137 I 273 E. 3.1 S. 275; Urteile 6B_440/2015 vom 18. November 2015 E. 1.2; 6B_968/2014 vom 24. Dezember 2014 E. 1.4). Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit eines Entscheides ist jederzeit und von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden von Amtes wegen zu beachten (BGE 138 II 501 E. 3.1 S. 503; 137 I 273 E. 3.1 S. 275; 133 II 366 E. 3.1 f. S. 367; je mit Hinweisen).
Es wird vorliegend nicht in Frage gestellt, dass der unterzeichnende Staatsanwalt der Staatsanwaltschaft 3 des Kantons Luzern sachlich, örtlich und funktionell für den Erlass der Teileinstellungsverfügung zuständig war. Auch wurde der Strafbefehl beziehungsweise die darin enthaltene Teileinstellung vom stellvertretenden Oberstaatsanwalt visiert. Dabei wurde "lediglich" nicht berücksichtigt, dass kein Raum für eine Teileinstellung des Verfahrens besteht, da es sich nur um eine andere rechtliche Würdigung ein und desselben Lebensvorgangs handelt. Die Staatsanwaltschaft hat das Recht falsch angewandt. Obwohl die Einstellung in den Strafbefehl integriert war, kann nicht von einem offensichtlichen oder leicht erkennbaren Mangel gesprochen werden. Kommt hinzu, dass im Bereich des Strafrechts die Rechtssicherheit von besonderer Bedeutung ist. Nach der Rechtsprechung kann es deshalb nicht angehen, allenfalls noch nach Jahren ein unangefochten gebliebenes und in formelle Rechtskraft erwachsenes Strafurteil nichtig zu erklären (Urteile 6B_968/2014 vom 24. Dezember 2014 E. 1.4; 6B_744/2008 vom 23. Januar 2009 E. 1.3). Gleiches hat für freisprechende Urteile und Einstellungen zu gelten, die gemäss Art. 320 Abs. 4 StPO einem freisprechenden Endentscheid gleichkommen (vgl. JÜRG-BEAT ACKERMANN, a.a.O., S. 48). Nimmt man Nichtigkeit einer in Rechtskraft erwachsenen Einstellungsverfügung an und lässt eine (erneute) strafrechtliche Beurteilung desselben Lebenssachverhalts zu, wird dadurch die Beständigkeit eines rechtskräftigen verfahrenserledigenden Entscheids unterlaufen und damit die Rechtssicherheit gefährdet (vgl. Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich SU150121 vom 10. Mai 2016 E. 3.10.3).
Unbehelflich ist auch der von der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin angeführte Umstand, dass dem Beschwerdeführer aufgrund des Schuldspruchs wegen Nötigung und der Einstellung wegen Drohung im gleichen Strafbefehl klar sein musste, dass das Verfahren betreffend der ihm vorgeworfenen Äusserungen nicht eingestellt, sondern weitergeführt wurde. Das mag zwar grundsätzlich zutreffen, ändert jedoch nichts daran, dass im gleichen Dokument - fälschlicherweise - zwei prozessuale Erkenntnisse über den gleichen Sachverhalt ergingen, wovon nur eines - die Verfahrenseinstellung - in Rechtskraft erwuchs. Da keine Nichtigkeit vorliegt und die Einstellung nicht angefochten wurde, wurde damit der staatliche Strafanspruch durch einen Fehler der Staatsanwaltschaft getilgt; dass der Fehler für den Beschwerdeführer allenfalls erkennbar war, ändert nichts daran, dass die mit der materiellen Rechtskraft einer Einstellungsverfügung verbundene Sperrwirkung die Tat unter jedem rechtlichen Gesichtspunkt erfasst (vgl. JÜRG-BEAT ACKERMANN, a.a.O., S. 50).
1.4.4. Nach dem Gesagten wurde der Lebenssachverhalt, der Gegenstand des gegen den Beschwerdeführer geführten Strafverfahrens bildete, rechtskräftig eingestellt. Die Sperrwirkung der rechtskräftigen (Teil-) Einstellung steht einer Verurteilung wegen (versuchter) Nötigung entgegen. Es liegt daher ein Verfahrenshindernis im Sinne von Art. 329 Abs. 1 lit. c und Art. 339 Abs. 2 lit. c StPO vor, weshalb die Vorinstanz das Strafverfahren wegen (versuchter) Nötigung in Anwendung von Art. 379 i.V.m. Art. 329 Abs. 4 StPO hätte einstellen müssen. Die Verurteilung des Beschwerdeführers verstösst gegen den Grundsatz "ne bis in idem".
2.
Da die Beschwerde bezüglich des geltend gemachten Verfahrenshindernisses begründet ist, braucht auf die Kritik an der Sachverhaltsfeststellung und der rechtlichen Würdigung der Vorinstanz nicht mehr eingegangen zu werden.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, das kantonsgerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Luzern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Luzern vom 13. Juni 2017 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Luzern hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres