Faits :
A.
Le 29 juin 2018, la société E._ Sàrl a requis du Département du territoire de la République et canton de Genève (ci-après: le Département) l'autorisation de construire un habitat groupé de neuf logements en propriété par étage, à haute performance énergétique, avec un parking souterrain, sur la parcelle n° 1'084 de la commune de Cologny (ci-après: la commune). Ce terrain, d'une surface de 2'222 m2, est situé à l'adresse 15, chemin des Buclines, à Cologny.
Selon les plans déposés, la surface de sous-sol prévue était de 557.17 m2. Les constructions de peu d'importance décomptées selon la requête d'autorisation de construire, d'un total de 94.13 m2, étaient les suivantes: au rez-de-chaussée, le local poubelles/vélos de 21.20 m2, le couvert de la rampe d'accès au sous-sol de 31.50 m2 et l'auvent surplombant l'entrée de 9.91 m2; au 1er étage, les balcons de 15.76 m2; au 2ème étage, les balcons de 15.76 m2.
La commune a émis un préavis défavorable, considérant que la densification était trop importante et ne laissait pas suffisamment de surface en pleine terre. La commission d'architecture, après avoir demandé une modification du projet, l'a préavisé favorablement, y compris la dérogation permettant un taux d'utilisation du sol de 44 % selon l'art. 59 al. 4 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI; RS/GE L 5 05). Les autres préavis recueillis étaient également favorables, le cas échéant avec des conditions ou des souhaits.
Le 1er mars 2019, le Département a délivré à la constructrice l'autorisation de construire requise.
B.
Au terme d'un jugement rendu le 12 décembre 2019 sur recours de notamment des opposants A._, B._, ainsi que C.C._ et D.C._, le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI) a annulé cette autorisation au motif que la surface des constructions en sous-sol dépassait les limites prévues par l'art. 59 al. 8 et ss LCI.
Saisie d'un recours de la constructrice, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé ce jugement et a rétabli l'autorisation de construire délivrée par le Département le 1er mars 2019 en y ajoutant la condition suivante: " l'ouverture du chantier ne pourra pas avoir lieu avant l'obtention d'un accord de la commune de Chêne-Bougeries concernant la suppression des places de parking situées sur le chemin des Buclines, face à l'entrée prévue pour les véhicules de secours incendie " (arrêt ATA_1 du 29 mai 2020).
C.
Par arrêt du 16 octobre 2020 (1C_398/2020), la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral, retenant une violation du droit d'être entendus des opposants, a annulé l'arrêt cantonal et renvoyé la cause à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau en tenant compte des observations spontanées des recourants du 4 juin 2020.
Après avoir invité les opposants à se déterminer, la Cour de justice a derechef annulé le jugement du 12 décembre 2019 du TAPI, rétabli l'autorisation de construire délivrée par le Département le 1er mars 2019 en y ajoutant la condition relative à l'ouverture du chantier (arrêt ATA/156/2021 du 9 février 2021).
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._, ainsi que C.C._ et D.C._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 29 mai 2020 [ recte: 9 février 2021] de la Cour de justice, ainsi que, principalement, d'annuler l'autorisation de construire délivrée par le Département le 1er mars 2019 et, subsidiairement, de renvoyer la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction au sens des considérants puis nouvelle décision.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'intimée et le Département du territoire concluent au rejet du recours. Les recourants ont répliqué. La constructrice, le Département et la Cour de justice ont renoncé à déposer des observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
1.1. Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est recevable comme recours en matière de droit public, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.2. En vertu de l'art. 89 al. 1 LTF, peut former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c).
Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (ATF 121 II 171 consid. 2b; plus récemment arrêt 1C_46/2017 du 21 novembre 2018 consid. 1.1 non publié aux ATF 145 II 32). Tel est notamment le cas des recourants, propriétaires de parcelles contigües ou situées à proximité immédiate du projet de construction litigieux qu'ils tiennent pour non conforme, entre autres, à la législation cantonale en matière constructions en sous-sol. Ayant par ailleurs pris part à la procédure devant la cour cantonale, les recourants ont qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.3. Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un grief d'ordre formel tout d'abord, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus (art. 29 al. 2 Cst.), plus précisément de leur droit d'obtenir une décision motivée.
2.1. Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment le devoir pour l'autorité de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 145 IV 99 consid. 3.1; 143 III 65 consid. 5.2; 141 IV 244 consid. 1.2.1). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision. En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel lorsqu'elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1).
Devant le Tribunal fédéral, les griefs de violation des droits fondamentaux et du droit cantonal ou communal sont soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). La partie recourante doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal ou communal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (ATF 136 II 489 consid. 2.8).
2.2. Les recourants reprochent à la Cour de justice, d'une part, d'avoir fondé son interprétation de l'art. 59 al. 10 LCI sur quatre de ses arrêts - qui ne tranchent en réalité pas la question spécifiquement posée dans la présente occurrence -, sur un arrêt du TAPI, qui date de 2014, ainsi que sur la pratique du Département - qui n'a pas été établie et est infirmée par l'instauration en novembre 2019 d'un moratoire des dérogations en zone villa. Ils font valoir, d'autre part, que la cour cantonale n'a aucunement explicité les motifs la conduisant à nier l'applicabilité immédiate de l'art. 59 al. 4bis LCI.
La lecture de l'arrêt attaqué a manifestement permis aux recourants de comprendre les motifs qui ont conduit la cour cantonale à s'écarter de la motivation du TAPI. En réalité, les recourants critiquent la pertinence de ces motifs et soulèvent ainsi une question de fond, qui sera examinée ci-après (cf. infra consid. 4).
Par ailleurs, en ce qui concerne l'applicabilité immédiate de l'art. 59 al. 4bis LCI, les juges cantonaux ont laconiquement exposé que les modifications de l'art. 59 LCI étaient "valables uniquement à compter du dépôt de nouvelles autorisations de construire". Cette motivation est certes lacunaire. Toutefois, dans la mesure où, comme on le verra (cf. infra consid. 5), les juges cantonaux ont écarté le grief soulevé par les recourants par deux motivations alternatives, l'arrêt cantonal ne saurait être annulé au motif qu'une de ces deux motivations est insuffisante.
Par conséquent, ce grief est écarté.
3.
Les recourants se plaignent ensuite d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 LTF).
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3).
3.2. Les recourants estiment que la Cour de justice aurait: d'une part, retenu à tort que le Département avait indiqué qu'il appliquait l'art. 59 al. 10 LCI selon une pratique constante; d'autre part, omis de se déterminer sur la volonté exprimée par le chef du Département de modifier la pratique administrative à la suite de l'introduction en novembre 2019 du moratoire sur l'octroi des dérogations selon l'art. 59 al. 4 LCI, et omis de se prononcer sur l'applicabilité immédiate du nouvel art. 59 al. 4bis LCI adopté le 1er octobre 2020.
La question de savoir si le Département a octroyé l'autorisation de construire litigieuse en application d'une pratique constante ou non n'est pas pertinente. En effet, la question déterminante en l'espèce est celle de savoir si la dernière instance cantonale a versé dans l'arbitraire en interprétant l'art. 59 al. 10 LCI ainsi qu'elle l'a fait (cf. infra consid. 4). Dans leur motivation, les juges cantonaux ne se sont d'ailleurs référés à la pratique constante du Département qu'à titre subsidiaire.
Par ailleurs, eu égard au sort réservé aux griefs d'application contradictoire de l'art. 59 al. 4 LCI et d'application arbitraire de l'art. 59 al. 4bis et de l'art. 156 al. 5 LCI (cf. infra consid. 5), les faits invoqués par les recourants en lien avec ces dispositions ne sont pas pertinents.
Il s'ensuit que le grief de la constatation arbitraire des faits est rejeté.
4.
Les recourants invoquent ensuite une application arbitraire de l'art. 59 al. 10 LCI.
4.1.
4.1.1. Aux termes de l'art. 59 al. 8 LCI, la surface des constructions en sous-sol, exprimée en m2 de plancher brut, ne doit pas excéder la surface de plancher hors sol qui peut être autorisée. Dans tous les cas, la surface du sous-sol, y compris celle du sous-sol des constructions de peu d'importance, ne peut excéder le 20 % de la surface de la parcelle; cette surface peut être portée à 22 % lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, respectivement à 24 % lorsque la construction est conforme à un standard de très haute performance énergétique, reconnue comme telle par le service compétent (art. 59 al. 9 LCI). Le département peut toutefois admettre une surface de sous-sol non comprise dans le calcul du rapport des surfaces, tel que défini aux alinéas 8 et 9 de l'art. 59 LCI, si la construction de garages au sous-sol permet de renoncer à l'édification de constructions de peu d'importance à destination de garages en surface (art. 59 al. 10 LCI).
4.1.2. Selon la jurisprudence, les dispositions dérogatoires ne doivent pas nécessairement être interprétées de manière restrictive, mais selon les méthodes d'interprétation ordinaires. Une dérogation importante peut ainsi se révéler indispensable pour éviter les effets rigoureux de la réglementation ordinaire. En tous les cas, la dérogation doit servir la loi ou, à tout le moins, les objectifs recherchés par celle-ci: l'autorisation exceptionnelle doit permettre d'adopter une solution reflétant l'intention présumée du législateur s'il avait été confronté au cas particulier. L'octroi d'une dérogation suppose une situation exceptionnelle et ne saurait devenir la règle, à défaut de quoi l'autorité compétente pour délivrer des permis de construire se substituerait au législateur cantonal ou communal par le biais de sa pratique dérogatoire. Il implique une pesée entre les intérêts publics et privés de tiers au respect des dispositions dont il s'agirait de s'écarter et les intérêts du propriétaire privé à l'octroi d'une dérogation. Des raisons purement économiques ou l'intention d'obtenir une utilisation optimale du terrain ne suffisent pas à elles seules pour justifier une dérogation (cf. arrêts 1C_447/2020 du 5 juillet 2021 consid. 3.1; 1C_104/2020 du 23 septembre 2020 consid. 3.2; 1C_603/2018 du 13 janvier 2020 consid. 4.3; 1C_279/2018 du 17 décembre 2018 consid. 4.1.3 et les références).
4.1.3. Le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal (art. 95 LTF); il examine en revanche sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation et l'application des autres règles du droit cantonal ou communal (ATF 141 I 36 consid. 5.4; 138 V 67 consid. 2.2; 134 II 349 consid. 3). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (ATF 145 I 108 consid. 4.4.1; 144 IV 136 consid. 5.8; 144 I 170 consid. 7.3).
Dans ce contexte, les recourants sont soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
4.2.
4.2.1. Dans sa réponse, le Département a exposé douter de la recevabilité même de ce grief, dans la mesure où la qualité pour recourir est en principe déniée au voisin lorsque seules des constructions en sous-sol sont concernées.
Dans deux affaires (arrêts 1C_565/2012 du 23 janvier 2013 consid. 2.3, in SJ 2013 I p. 526; 1C_476/2015 du 3 août 2016 consid. 3.3), le Tribunal fédéral, constatant l'absence d'intérêt pratique à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée, a par deux fois refusé d'entrer en matière sur le grief d'application arbitraire de l'art. 59 al. 10 LCI invoqué. Il a dans les deux cas concrètement constaté que la modification de la surface en sous-sol destinée à la création de places de parking n'était pas de nature à entraîner une modification du projet en surface. En l'occurrence, le TAPI et la Cour de justice ont, de façon respectivement explicite et implicite, admis l'existence d'un intérêt pratique au recours et sont entrées en matière sur le fond. Devant le Tribunal fédéral, les recourants se bornent dans leur mémoire de recours à alléguer que la qualité pour recourir découle "du fait que la nécessité de revoir la dimension du sous-sol du projet aura, par ricochet, des incidences importantes sur l'ensemble du projet, notamment en ce qui concerne sa densité, ou la présence de constructions de peu d'importance en surface". Avec cette assertion laconique, les recourants n'établissent pas concrètement, notamment, que l'emprise de la surface en sous-sol ne pouvait être réduite aux 24 % prévus par l'art. 59 al. 9 LCI sans entraîner de modification du projet hors sol. Il est ainsi douteux que leur argumentation remplisse les exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, alors que la question de l'intérêt pratique au recours a été discutée tant devant le TAPI que devant la Cour de justice.
La question de la recevabilité du grief peut cependant être laissée indécise, dans la mesure où celui-ci doit de toute façon être rejeté au fond.
4.2.2. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'art. 59 al. 10 LCI doit être interprété selon les méthodes d'interprétation ordinaires (cf. supra consid. 4.1.2).
Certes, une approche strictement littérale de l'art. 59 al. 10 LCI conduit à l'interprétation opérée par le TAPI et les recourants: cette norme ne permet en effet au Département d'aller au-delà des maxima prévus aux alinéas précédents que si la construction de garages au sous-sol permet de renoncer à l'édification de constructions de peu d'importance à destination de garages en surface. Or, pour pouvoir littéralement "renoncer" à de telles constructions en surface, il faut d'abord effectivement pouvoir les réaliser, ce qui n'est pas le cas en l'espèce, puisque, en surface, le potentiel de constructions de peu d'importance est déjà presque totalement utilisé par le local à poubelles, le garage à vélos, des balcons et un auvent.
Toutefois, l'approche téléologique conduit à un autre résultat, à savoir celui auquel aboutit la Cour de justice: celle-ci a considéré que le but de la norme concernée n'était pas tant de fixer une limite à l'utilisation du sous-sol, mais plutôt d'éviter que la surface des terrains concernés soit occupée par des voitures. C'est dans cet esprit qu'elle a justement renvoyé à plusieurs de ses précédents arrêts. Le renvoi à la jurisprudence fédérale (arrêts 1A.105/2005 du 29 novembre 2005 consid. 6 et 1C_476/2015 du 3 août 2016 consid. 3.3) n'est en revanche pas pertinent, dans la mesure où le Tribunal fédéral n'examine que les griefs qui lui sont soumis et où l'on ne saurait ainsi déduire quelque argument du fait que la problématique ici litigieuse n'ait pas été abordée. L'approche suivie par les juges cantonaux va d'ailleurs dans le sens de la LAT, qui préconise le développement de l'urbanisation vers l'intérieur du milieu bâti (art. 1 al. 2 let. a bis LAT), la création d'un milieu bâti compact (art. 1 al. 2 let. b LAT) et la densification des surfaces de l'habitat (art. 3 al. 3 let. a bis LAT). Partant, cette approche n'est pas arbitraire, en tout cas pas dans son résultat.
Les arguments avancés par les recourants ne changent rien à ce qui précède. En particulier, il importe peu que le Département n'ait pas déclaré appliquer une pratique constante dans ce domaine ou que la décision du TAPI citée par la Cour de justice date de 2014. De plus, comme l'a constaté la cour cantonale, le moratoire institué par le Chef du Département et les modifications apportées à l'art. 59 LCI ne concernent pas l'art. 59 al. 10 LCI.
Ainsi, pour autant que recevable, ce grief est rejeté.
5.
Les recourants se plaignent enfin d'une application contradictoire de l'art. 59 al. 4 LCI, ainsi que d'une application arbitraire de l'art. 59 al. 4bis et de l'art. 156 al. 5 LCI.
En substance, ils considèrent que la Cour cantonale a occulté le fait que le Chef du Département avait, le 28 novembre 2019, manifesté la volonté de modifier sa pratique administrative et ainsi ordonné un moratoire sur l'octroi de dérogations à la densité pouvant ordinairement être autorisées par le Département en application de l'art. 59 al. 4 LCI; ils soutiennent par ailleurs que l'art. 59 al. 4bis LCI, entré en vigueur immédiatement au moment de son adoption selon l'art. 156 al. 5 LCI pris a contrario, exige un préavis communal favorable pour toutes les demandes d'autorisation de construire déposées avant le 1er janvier 2023, ce qui fait précisément défaut in casu.
5.1. Le Tribunal fédéral n'examine pas d'office la violation de droits fondamentaux, en particulier l'application arbitraire du droit cantonal, mais seulement dans la mesure où un tel grief est invoqué et suffisamment motivé dans le recours (art. 106 al. 2 LTF; ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 et les références).
Lorsque la décision attaquée se fonde sur plusieurs motivations alternatives, chacune de ces motivations doit être dûment attaquée (arrêt 1C_22/2019 du 6 avril 2020 consid. 2 non publié in ATF 146 II 304).
5.2.
5.2.1. Au considérant 3 de l'arrêt entrepris, la Cour de justice a retenu, d'une part, que le grief "appara[issait]" tardif dans la mesure où il n'a été formulé qu'au stade de la duplique du 18 décembre 2020 et, d'autre part, qu'il était infondé, puisque les recourants s'étaient limités à invoquer des motifs d'ordre général et que les modifications de l'art. 59 LCI n'étaient valables qu'à compter du dépôt de nouvelles autorisations de construire.
Contrairement à ce que soutiennent les recourants dans leur réplique du 30 juin 2021, la formulation utilisée par la Cour cantonale n'indique pas que la question de la tardiveté ait été laissée ouverte: l'utilisation du verbe "apparaître", plutôt que celle du verbe "paraître", démontre en effet que les juges cantonaux ont bel et bien considéré que le grief avait été invoqué tardivement. En outre, quoiqu'en disent les recourants, le reproche de la tardiveté portait également sur le grief fondé sur l'application immédiate du nouvel art. 59 al. 4bis LCI; ceux-là ne pouvaient l'ignorer, dans la mesure où ce dernier grief a effectivement été invoqué au stade de la duplique du 18 décembre 2020 seulement et où toute la motivation de la Cour de justice relative à la tardiveté, à l'art. 59 al. 4 LCI et aux modifications de l'art. 59 LCI a été formulée dans un même considérant ainsi que dans un même paragraphe.
5.2.2. En somme, la Cour de justice a écarté les griefs fondés sur l'art. 59 al. 4 et 4bis et l'art. 156 al. 5 LCI par deux motivations alternatives, en les considérant comme tardifs et infondés. Or, l'une des deux motivations alternatives retenues par la Cour de justice, soit celle selon laquelle les griefs relatifs à l'application de l'art. 59 al. 4 LCI et des modifications de l'art. 59 LCI ont été invoqués tardivement, n'a pas été attaquée dans le recours.
Le fait que les recourants l'aient fait dans leur mémoire de réplique du 30 juin 2021, ne change rien à ce qui précède. En effet, le droit de réplique déduit des art. 6 CEDH et 29 al. 2 Cst. n'a pas vocation de permettre aux recourants de présenter ainsi des arguments nouveaux ou des griefs qui auraient déjà dû figurer dans l'acte de recours (cf. ATF 143 II 283 consid. 1.2.3; 135 I 19 consid. 2.1; arrêt 1C_445/2019 27 du août 2020 consid. 3). Les recourants ne sauraient, par ce biais, remédier à une motivation défaillante ou encore compléter les motifs de leur recours (cf. arrêt 1C_442/2020 du 4 mars 2021 consid. 2).
Partant, les griefs d'application contradictoire de l'art. 59 al. 4 LCI et d'application arbitraire de l'art. 59 al. 4bis et de l'art. 156 al. 5 LCI doivent être déclarés irrecevables, sans que la question de la tardiveté de l'invocation de ces griefs devant la Cour de justice n'ait à être tranchée; celle-ci n'ayant pas été expressément soulevée et moins encore motivée par les recourants dans leur acte de recours au Tribunal fédéral.
6.
Vu ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourants, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). L'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au Département (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à l'intimée, à la charge des recourants solidairement entre eux.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 13 janvier 2022
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali