Faits :
A.
Par contrat de fusion du 12 décembre 2013, la société A._SA (ci-après aussi: la Société), alors sise dans le canton de Fribourg, a repris, avec effet rétroactif au 1er juillet 2013, les actifs et passifs de trois sociétés anonymes genevoises dont elle détenait l'entier du capital-actions, à savoir B._SA, C._SA et D._ SA (ci-après collectivement: les Filiales), lesquelles étaient propriétaires d'immeubles comptabilisés à hauteur de respectivement 5'674'917 fr., 5'783'255 fr. et 2'286'600 francs. Les participations de A._SA dans les Filiales étaient comptabilisées pour un montant total de 25'650'562 francs. Dans le bilan de fusion du 1er juillet 2013, un goodwill de fusion de 26'943'476 fr. a été activé.
Dans l'annexe aux comptes de la Société pour l'exercice arrêté au 30 septembre 2014, il est indiqué, au sujet du goodwill de fusion, que "le montant de 26'033'300 fr. au 31 décembre 2013 correspond à la différence entre la valeur comptable des participations B._SA, C._SA et D._SA et les fonds propres de celles-ci, suite à la fusion intervenue avec effet au 30 juin 2013, déduction faite de l'amortissement y relatif. Ce montant représente essentiellement les réserves latentes sur les biens immobiliers détenus par les sociétés filles absorbées".
En 2015, la Société a vendu les immeubles provenant des Filiales et réalisé à cette occasion un bénéfice comptable de 42'282'119 francs. En 2015 également, elle a entièrement amorti le goodwill de fusion, qui s'élevait alors à 25'642'800 francs.
Le 17 décembre 2015, la Société a transféré son siège à E._.
Dans sa déclaration fiscale du 16 janvier 2017 pour l'impôt cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct 2015, elle a déclaré un bénéfice net de 31'035'050 fr., composé de son bénéfice comptable (5'392'250 fr.) et, sous la rubrique "amortissement non autorisé sur des actifs réévalués", de l'amortissement du goodwill de fusion (25'642'800 fr.). Le 8 août 2017 toutefois, elle a déposé une seconde version de sa déclaration d'impôts, dans laquelle le goodwill de fusion amorti n'était, cette fois, pas inclus dans le bénéfice imposable.
B.
Par décision de taxation du 16 juillet 2018, le Service des contributions du canton de Neuchâtel a refusé la déduction de l'amortissement du goodwill de fusion et fixé le bénéfice imposable de la Société à 29'665'700 fr., tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal 2015. La contribuable a formé en vain réclamation contre cette décision (décision sur réclamation du 4 février 2019). Par arrêt du 29 juin 2020, le Tribunal cantonal, Cour de droit public, du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par la Société contre la décision sur réclamation du 4 février 2019.
C.
A._S A forme un recours auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 29 juin 2020 du Tribunal cantonal. Elle demande en substance que le goodwill de fusion soit considéré comme une perte de fusion proprement dite, fiscalement déductible de son bénéfice imposable, tant au plan de l'impôt fédéral direct que de l'impôt cantonal et communal.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit :
1.
La recourante n'a pas indiqué par quelle voie de droit elle recourait devant le Tribunal fédéral, ce qui ne lui nuit pas si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui est ouverte en l'espèce (cf. ATF 138 I 367 consid. 1.1).
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 [LHID; RS 642.14]). La recourante, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF), a par ailleurs agi en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b LTF et art. 100 al. 1 LTF), et dans les formes requises (art. 42 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Selon l'art. 106 al. 2 LTF toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4; 141 I 36 consid. 1.3).
2.2. Le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite aux griefs constitutionnels, en particulier à l'arbitraire, pour autant qu'ils aient été invoqués et motivés de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF qui viennent d'être rappelées (ATF 144 II 313 consid. 5.3; 134 II 207 consid. 2).
3.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des situations visées à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6; 139 II 373 consid. 1.6). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui figure dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1).
4.
La présente affaire concerne l'impôt sur le bénéfice de la recourante pour la période fiscale 2015. Est litigieux le point de savoir si c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a refusé à la recourante le droit de déduire de son bénéfice imposable l'amortissement du goodwill de fusion auquel elle avait procédé.
Impôt fédéral direct
5.
Il convient au préalable de présenter certaines caractéristiques de la restructuration qui a été opérée en vertu du contrat de fusion du 12 décembre 2013 (cf. infra consid. 5.1).
5.1. Par ce contrat, la recourante a repris l'entier des actifs et passifs des Filiales, qui ont ensuite été radiées. Cette concentration a représenté une fusion par absorption au sens de l'art. 3 al. 1 let. a de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301).
5.1.1. Lorsque la fusion concerne le cas particulier d'une société qui absorbe une filiale, cette restructuration conduit en principe, chez la société reprenante, soit à un bénéfice de fusion, soit à une perte de fusion, en fonction de la valeur à laquelle la participation dans la filiale était comptabilisée au bilan de la société reprenante. Il y a bénéfice de fusion si la valeur comptable de la participation dans la filiale est inférieure à celle de la valeur comptable des actifs et passifs repris de ladite filiale. Il y a à l'inverse perte de fusion si la valeur comptable des actifs et passifs de la filiale est inférieure à la valeur à laquelle la participation dans la filiale était comptabilisée au bilan de la société reprenante (cf. le Message du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine, FF 2000 3995 4030 ch. 1.3.9.5.4; ci-après: Message LFus; cf. aussi l'arrêt du Tribunal fédéral du 15 novembre 1985 consid. 3, in Archives 56 p. 177, traduit in RDAF 1989 p. 169). En cas de perte de fusion, celle-ci est soit directement comptabilisée au débit des réserves de la société reprenante, soit activée comme goodwill de fusion pour faire par la suite l'objet d'amortissements (PIERRE-MARIE GLAUSER/XAVIER OBERSON, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 24 ad art. 61 LIFD et les références).
5.1.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que l'absorption des Filiales par la recourante a conduit à une perte de fusion, dès lors que les participations dans les Filiales, comptabilisées à 25'650'562 fr. au bilan de la recourante, avaient une valeur supérieure à la valeur comptable des immeubles transférés (5'674'917 fr. + 5'783'255 fr. + 2'286'600 fr.). L'arrêt attaqué constate par ailleurs que la recourante n'a pas directement comptabilisé cette perte de fusion, mais qu'elle a procédé par activation d'un goodwill de fusion qui, avant son amortissement complet durant l'exercice 2015, s'élevait à 25'642'800 francs. Est litigieux le point de savoir si cet amortissement peut être déduit du bénéfice imposable de la recourante.
5.2. Au plan fiscal, le traitement des pertes et des bénéfices de fusion consécutifs à l'absorption d'une filiale par la société mère est réglé à l'art. 61 al. 5 LIFD. Selon cette disposition, la société qui, ensuite de la reprise des actifs et passifs d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, subit une perte comptable sur la participation qu'elle détient dans cette société, ne peut déduire cette perte sur le plan fiscal; tout bénéfice comptable sur la participation est imposable.
5.2.1. L'art. 61 al. 5 LIFD prévoit ainsi que les pertes "comptables" qu'une société réalise ensuite de l'absorption d'une filiale ne sont pas déductibles. Il est admis que cette formulation doit être comprise en ce sens que seules les pertes purement comptables ("pertes de fusion improprement dites"; "unechte Fusionsverluste") ne peuvent pas être déduites du bénéfice de la société reprenante, alors que les pertes de fusion correspondant à une réelle perte au plan économique ("pertes de fusion proprement dites"; "echte Fusionsverluste") sont, elles, déductibles. Il y a perte de fusion improprement dite non déductible lorsque la présence de réserves latentes dans les actifs provenant de la filiale absorbée compense la perte de fusion, qui apparaît dès lors comme étant purement comptable. Il y a perte de fusion proprement dite déductible lorsque cette perte provient du fait que la participation dans la filiale était en réalité surévaluée par rapport à la valeur vénale de la filiale. Cette distinction entre pertes de fusion proprement et improprement dites est admise de longue date. Le Tribunal fédéral l'a reconnue dans une affaire rendue sous l'empire de l'AIFD (arrêt du 15 novembre 1985 consid. 3, in Archives 56 p. 177, traduit in RDAF 1989 p. 169), ainsi que dans un contexte de droit cantonal (arrêts 2P.177/2004 du 17 octobre 2005 consid. 4.1; 2P.55/1999 du 3 septembre 1999 consid. 6a, partiellement publié in RDAF 2000 II 221). Elle apparaît par ailleurs dans le Message LFus, qui relève que, "malgré une perte de fusion comptable, il n'y a pas économiquement réalisation de perte lorsque des réserves latentes de la filiale ont passé à la société mère dans une mesure équivalente à la différence comptable (perte de fusion impropre). Mais s'il n'y a pas ou trop peu de réserves latentes, cela veut dire que la participation était surestimée déjà avant la fusion et que sa valeur aurait dû être rectifiée" (FF 2000 3995 4030 ch. 1.3.9.5.4). La distinction entre les deux types de pertes de fusion est aussi reconnue par la doctrine (cf., entre autres, REICH/TADDEI/OESTERHELT, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, 3e éd. 20 17, n° 280 s. ad art. 61 DBG; GLAUSER/OBERSON, in op. cit., n° 24 s. ad art. 61 LIFD; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd. 2016, n° 101-102 ad art. 61 DBG; NICOLAS MERLINO/DOMINIQUE MORAND, Fusions, acquisitions et restructurations d'entreprises, 2009, p. 360 s.; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, n° 69 s. ad art. 61 aDBG) et par la pratique (cf. la Circulaire n° 5 de l'Administration fédérale des contributions du 1er juin 2004 sur les restructurations, ch. 4.1.5.2.2; ci-après: la Circulaire).
5.2.2. Admettre la déductibilité d'une perte de fusion proprement dite est justifié, car on est alors en présence d'une perte effective affectant la capacité contributive économique de la société, soit d'une charge justifiée par l'usage commercial, déductible en vertu de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. A l'inverse, la perte de fusion improprement dite n'est que comptable et n'affecte pas la capacité contributive de la société (pour un autre exemple de perte comptable non déductible, cf. l'arrêt 2C_768/2014 du 31 août 2015 consid. 11.1, in RF 70/2015 p. 880 au sujet des pertes de conversion). Si la société reprenante procède à l'activation d'un goodwill de fusion représentant une perte de fusion improprement dite, l'Administration fédérale considère que ce goodwill a une valeur nulle au bilan fiscal, et refuse son amortissement consécutif (Circulaire, ch. 4.1.5.2.3; GLAUSER/OBERSON, in op. cit., n° 24 ad art. 61 LIFD; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n° 102 ad art. 61 DBG; AGNER/DIGERONIMO/NEUHAUS/STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Complément, 2001, n° 16a ad art. 61 aLIFD; MERLINO/MORAND, in op. cit., note n° 295). Comme le relèvent GLAUSER/OBERSON (in op. cit., n° 24 ad art. 61 LIFD), l'activation d'un goodwill de fusion en cas de perte de fusion improprement dite fait ressortir les réserves latentes dans les comptes de la société, ce qui justifie que cette activation ne soit pas reconnue au plan fiscal et que l'amortissement consécutif soit également refusé (plus réservés, REICH/TADDEI/OESTERHELT, in op. cit., n° 282 ad art. 61 DBG).
5.3. En l'espèce, après avoir dûment rappelé la distinction à opérer entre pertes proprement et improprement dites, les juges précédents ont estimé que la perte de fusion était une perte de fusion improprement dite, parce que des réserves latentes avaient été transférées à la recourante lors de la fusion et que, partant, les participations n'étaient pas surévaluées. Pour parvenir à cette conclusion, ils ont relevé, d'une part, que l'annexe aux comptes 2014 de la recourante indiquait elle-même que la perte de fusion correspondait aux réserves latentes sur les immeubles détenus par les Filiales et que, d'autre part, la réalisation d'un bénéfice comptable de 42'282'119 fr. lors de la vente des immeubles transférés en 2015 avait confirmé l'existence de telles réserves latentes.
5.4. A l'encontre de l'arrêt attaqué, la recourante soutient d'abord que le Tribunal cantonal a violé l'art. 61 al. 5 LIFD en refusant de retenir l'existence d'une perte de fusion proprement dite. Elle allègue que la valeur marchande des immeubles pouvait rapidement varier et que la perte provenait d'une surévaluation des participations.
5.4.1. La recourante remet ici en question le constat des juges précédents selon lequel des réserves latentes ont été transférées à la recourante lors de la fusion. Pareille critique concerne l'établissement des faits et l'appréciation des preuves. Devant le Tribunal fédéral, ces points ne peuvent être remis en cause que sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.; cf. supra consid. 3). Selon la jurisprudence, il n'y a arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 144 II 281 consid. 3.6.2; 142 II 355 consid. 6; 140 III 264 consid. 2.3). Il incombe au recourant de démontrer en quoi ces conditions sont réunies (cf. art. 106 al. 2 LTF; supra consid. 2.1). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire (ATF 141 IV 369 consid. 6.3; 140 III 264 consid. 2.3; 137 I 58 consid. 4.1.2).
5.4.2. En l'occurrence, la recourante se limite à opposer sa propre appréciation à celle des juges précédents, de sorte que l'on peut douter de la recevabilité du grief. Au demeurant, on peine à voir en quoi les juges précédents auraient fait preuve d'arbitraire en constatant l'existence de réserves latentes sur les immeubles. En effet, la recourante a elle-même reconnu leur existence dans son annexe aux comptes 2014 de même que, du reste, dans la première version de sa déclaration d'impôt 2015 (cf. supra consid. A). En outre, la présence de réserves latentes a été confirmée dans les faits lors de la vente des immeubles en 2015, puisque celle-ci a fait apparaître une différence positive de plus de 42 millions de francs entre le prix de vente des immeubles et leur valeur comptable.
5.4.3. Sur la base des faits constatés par les juges précédents, il apparaît que l'on est en présence d'une perte de fusion improprement dite, soit d'une perte comptable au sens de l'art. 61 al. 5 LIFD, puisque le transfert des immeubles à la recourante s'est accompagné d'un transfert de réserves latentes qui a compensé la perte de fusion. Il s'ensuit que l'amortissement du goodwill de fusion auquel la recourante avait procédé en 2015 ne pouvait pas être déduit du bénéfice imposable.
5.5. La recourante soutient aussi que le refus de déduire l'amortissement du goodwill de fusion conduirait à une "double imposition" des réserves latentes, inadmissible. Ce grief est manifestement infondé. En effet, dès lors que la perte de fusion n'a été que purement comptable, refuser la déduction de l'amortissement effectué en 2015 sur le goodwill de fusion, tout en imposant les réserves latentes réalisées lors de la vente des immeubles, n'aboutit pas à imposer deux fois lesdites réserves latentes.
5.6. Il découle de ce qui précède que les juges précédents ont correctement appliqué le droit fédéralen refusant d'admettre la déduction de l'amortissement du goodwill de fusion que la recourante avait comptabilisé en 2015. Le recours est par conséquent rejeté s'agissant de l'impôt fédéral direct.
Impôt cantonal et communal
6.
La recourante formule, sous l'angle de l'impôt cantonal et communal, les mêmes griefs qu'en matière d'impôt fédéral direct, tout en invoquant une violation de l'art. 87 al. 7 de la loi cantonale neuchâteloise du 21 mar s 2000 sur les contributions directes (LCdir; RS/NE 631.0).
6.1. Dans la LHID, les conséquences fiscales des restructurations au plan de l'impôt sur le bénéfice sont réglées à l'art. 24 al. 3 à 3 quinquies LHID. On n'y trouve toutefois pas de disposition correspondant à l'art. 61 al. 5 LIFD. En revanche, la LHID contient une disposition concernant le traitement fiscal des pertes à l'art. 10 al. 1 let. c LHID, qui s'applique par analogie en matière d'impôt sur le bénéfice en vertu de l'art. 24 al. 4 LHID. Selon cette disposition, les pertes "effectives" comptabilisées sur des éléments de la fortune commerciale, sont déductibles du bénéfice. Cela signifie a contrario que les pertes qui ne sont pas effectives ne sont pas déductibles. L'art. 10 al. 1 let. a LHID ne laisse pas de marge de manoeuvre aux cantons, de sorte que le Tribunal fédéral peut librement revoir la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (cf. supra consid. 2.2; cf. MARKUS REICH/JULIA VON AH, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, StHG, 3e éd. 2017, n° 7 s. et 25a ad. art. 10 StHG).
6.2. L'art. 87 al. 7 LCdir prévoit que la société qui, ensuite de la reprise des actifs et passifs d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, subit une perte comptable sur la participation qu'elle détient dans cette société, ne peut déduire cette perte sur le plan fiscal; la déduction d'une perte effective est réservée; tout bénéfice comptable sur la participation est imposable.
A la différence de l'art. 61 al. 5 LIFD, cette disposition distingue expressément les pertes comptables et les pertes effectives de fusion, en réservant le caractère déductible des secondes. Le droit neuchâtelois codifie ainsi la pratique décrite ci-dessus en matière d'impôt fédéral direct, qui distingue les pertes de fusion improprement dites, non déductibles, des pertes de fusion proprement dites, déductibles (cf. supra consid. 5.2.1). Au plan de l'harmonisation fiscale, refuser la déduction des pertes comptables et admettre celle des pertes effectives est ainsi conforme à l'art. 10 al. 1 let. c LHID en lien avec l'art. 24 al. 4 LHID.
6.3. La solution juridique étant ainsi la même pour l'impôt cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, il convient de renvoyer à ce qui a été dit pour celui-ci (cf. supra consid. 5).
6.4. Il en découle que le recours doit également être rejeté s'agissant de l'impôt cantonal et communal.
7.
Au vu de l'issue du recours, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté s'agissant de l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté s'agissant de l'impôt cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, au Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel, au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit pub lic, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 avril 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens