Sachverhalt:
A.
A._ GmbH hat in den Steuerperioden 2005-2013 eine Liegenschaft (Loft-Wohnung) gemietet, die ihr als Geschäftssitz diente. Diese wurde von ihrem Gesellschafter und vorsitzenden Geschäftsführer B._ auch privat genutzt, ohne dass A._ GmbH einen Privatanteil ausgeschieden hätte.
Im Einschätzungsverfahren für die Steuerperiode 2013 stellte das Kantonale Steueramt Zürich die private Nutzung der Loft-Wohnung durch B._ fest. Für die Steuerperiode 2013 rechnete das Steueramt der A._ GmbH sowohl bei den Staats- und Gemeindesteuern als auch bei der direkten Bundessteuer 75 % der verbuchten Mietaufwendungen als geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand auf. Der Einschätzungs- bzw. Veranlagungsentscheid vom 20. Oktober 2014 erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Für die Steuerperioden 2005-2012 wurden anschliessend am 14. Juli 2015 Nachsteuer- und Bussenverfahren eröffnet. Das kantonale Steueramt anerkannte dabei lediglich 28.6 % der Mietaufwendungen als geschäftsmässig begründet und rechnete den Rest (71.4 %) auf. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2016 wurde der A._ GmbH für die Staats- und Gemeindesteuern 2005-2012 eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 49'869.60 sowie eine Busse von Fr. 22'650.-- und Verfahrenskosten von Fr. 1'825.-- auferlegt. Betreffend die direkte Bundessteuer 2005-2012 wurde ihr eine Nachsteuer (samt Zins) von Fr. 27'960.10 sowie eine Busse von Fr. 11'900.-- auferlegt.
B.
Die hiergegen erhobene Einsprache der A._ GmbH blieb erfolglos, soweit sie die Nachsteuern betraf. Hingegen reduzierte das Steueramt in seinem Einspracheentscheid vom 7. Juli 2017 die Bussen auf Fr. 20'490.-- (Staats- und Gemeindesteuern) und Fr. 10'800.-- (direkte Bundessteuer) sowie die Verfahrenskosten des Bussenverfahrens auf Fr. 1'690.--, da die Strafverfolgung betreffend die Steuerperiode 2005 bereits verjährt gewesen war.
Gegen den Einspracheentscheid ergriff die A._ GmbH am 27. Juli 2017 Rekurs und Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht wies die Rechtsmittel in Bezug auf das Nachsteuerverfahren mit Urteil vom 6. April 2018 ab. Die Bussen behandelte das Verwaltungsgericht in separaten Verfahren.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. Mai 2018 beantragt die A._ GmbH, dass auf die Erhebung von Nachsteuern bei der direkten Bundessteuer und den Staats- und Gemeindesteuern zu verzichten sei. Eventualiter beantragt sie, dass die Mietaufwendungen nur im Umfang von 55.1 % aufzurechnen seien.
Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) haben sich vernehmen lassen. Die Vorinstanz beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die ESTV stellt denselben Antrag betreffend die direkte Bundessteuer, verzichtet jedoch darauf, bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern einen Antrag zu stellen.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin ist nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht nach Art. 106 Abs. 1 BGG von Amtes wegen an, prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots (BGE 143 II 459 E. 2.1 S. 465; 134 II 207 E. 2 S. 210).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil nach Art. 105 Abs. 1 BGG den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen können gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 137 II 353 E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Die beschwerdeführende Partei hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18). Soweit Feststellungen oder Schlüsse allerdings nicht auf der beweismässigen Würdigung von vorgebrachten Umständen oder konkreten Anhaltspunkten beruhen, sondern ausschliesslich aufgrund von Erfahrungssätzen getroffen wurden, die sich aus der allgemeinen Lebenserfahrung ableiten, und daher allgemein für gleich gelagerte Fälle Geltung beanspruchen, mithin die Funktion von Normen übernehmen, können sie vom Bundesgericht im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten frei überprüft werden (BGE 140 I 285 E. 6.2.1 S. 296 f.; 140 III 115 E. 2 S. 117; 136 III 486 E. 5 S. 489).
1.4. Die Vorinstanz behandelte die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern in einem einzigen Urteil, was zulässig ist, soweit die betroffenen Rechtsfragen im Bundesrecht und harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind. Die Beschwerdeführerin ficht das Urteil in einer einzigen Rechtsschrift an, in der sie zwischen den beiden Steuerarten unterscheidet und separate Anträge stellt. Dieses Vorgehen ist ebenfalls nicht zu beanstanden. Auch das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. zum Ganzen BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296; Urteil 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1, in: StE 2017 B 27.5 Nr. 21).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 151 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) verletzt, weil sie den Umstand, dass die Loft-Wohnung von ihrem Gesellschafter und vorsitzenden Geschäftsführer privat genutzt worden war, zu Unrecht als neue Tatsache behandelt habe. Namentlich hätte der Vorinstanz laut der Beschwerdeführerin auffallen müssen, dass sie und ihr Gesellschafter und vorsitzender Geschäftsführer Wohn- bzw. Sitz am selben Ort hatten, zumal sie und ihr Gesellschafter und vorsitzender Geschäftsführer spätestens ab 2008 von derselben Einheit innerhalb des Kantonalen Steueramts Zürich veranlagt worden seien.
2.2. Nach der Rechtsprechung darf die Steuerbehörde grundsätzlich davon ausgehen, dass die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ist. Solange ihr keine Indizien für die Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der Steuererklärung vorliegen, ist die Steuerbehörde nicht gehalten, ergänzende Informationen einzuholen. Hingegen muss die Steuerbehörde aufgrund der Untersuchungsmaxime zu einer gründlicheren Prüfung schreiten, wenn es sich aus den Akten offensichtlich ergibt, dass die Steuererklärung die relevanten Tatsachen unvollständig oder unklar wiedergibt. Wenn die Steuerbehörde diese Unvollständigkeit oder Ungenauigkeit hätte erkennen müssen, ist der in Art. 151 Abs. 1 DBG vorausgesetzte adäquate Kausalzusammenhang zwischen der lückenhaften Deklaration und der Unterbesteuerung unterbrochen. Unter diesen Umständen kann folglich kein Nachsteuerverfahren mehr eingeleitet werden, da sich die Unterbesteuerung nicht erst aus einer neuen Tatsache ergibt (Urteile 2C_676/2016 vom 5. Dezember 2017 E. 4.1; 2C_1018/2015 / 2C_1019/2015 vom 2. November 2017 E. 6.1, in: RDAF 2017 II S. 630, StR 73/2018 S. 255; 2C_662/2014 / 2C_663/2014 vom 25. April 2015 E. 6.3, in: RDAF 2015 II S. 267; 2C_1023/2013; 2C_12 5/2012 / 2C_1226/2012 vom 7. Juni 2013 E. 3.1, je mit Hinweisen). Von einer solchen Unterbrechung des Kausalzusammenhangs wird indessen praxisgemäss nur ausgegangen, wenn der Steuerbehörde grobe Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist (Urteile 2C_676/2016 vom 5. Dezember 2017 E. 4.1; 2C_1023/2013 / 2C_1024/2013 vom 8. Juli 2014 E. 3.2, in: StE 2014 B 97.41 Nr. 27, StR 69/2014 S. 735; 2C_123/2012 / 2C_124/2012 vom 8. August 2012 E. 5.3.4, je mit Hinweisen).
3.
Im Lichte dieser Praxis könnte dem Hauptvorbringen der Beschwerdeführerin nur dann Erfolg beschieden sein, wenn dem Kantonalen Steueramt Zürich bereits vor Rechtskraft der Veranlagungen der Jahre 2005-2012 Indizien für die private Nutzung der Loft-Wohnung durch den Gesellschafter und vorsitzenden Geschäftsführer der Beschwerdeführerin vorgelegen hätten, die es dann im Rahmen der Veranlagung vorsätzlich oder grob fahrlässig übersehen haben müsste.
3.1. Die Vorinstanz hat hierzu ausgeführt, die Steuerbehörden seien nicht generell verpflichtet, die Steuererklärungen einer Gesellschaft mit denjenigen ihrer hauptsächlichen oder alleinigen Beteiligungsinhaber abzugleichen (unter Hinweis auf ZWEIFEL UND ANDERE, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2. Aufl. 2018, § 26 N. 28 und Urteil 2A.108/2004 vom 31. August 2005 E. 4.2). Folglich habe sich das Steueramt auf die Steuerdeklarationen der Beschwerdeführerin verlassen dürfen und sei nicht gehalten gewesen, diese mit dem Steuerdossier ihres Gesellschafters abzugleichen. Folglich brauchte dem Steueramt auch nicht aufzufallen, dass die Beschwerdeführerin und ihr Gesellschafter mit derselben Adresse registriert gewesen seien. Aber selbst wenn dem Steueramt dies aufgefallen wäre, hätte es aufgrund der Deklaration der Beschwerdeführerin davon ausgehen dürfen, dass die Beschwerdeführerin und ihr Gesellschafter separate Räumlichkeiten innerhalb desselben Wohnblocks benutzt hätten. Überhaupt müsse der statutarische Sitz einer Gesellschaft nicht zwangsläufig identisch mit (all) ihren Geschäftsräumlichkeiten sein, weswegen es selbst bei einem Abgleich der Steuerdossiers nicht offenkundig gewesen wäre, dass die Beschwerdeführerin nur an der Wohnadresse ihres Gesellschafters Geschäftsräumlichkeiten hatte.
3.2. Was die Beschwerdeführerin hiergegen vorbringt, überzeugt nicht:
3.2.1. Soweit sie geltend macht, sie sei ab 2008 von derselben Verwaltungseinheit veranlagt worden wie ihr Gesellschafter, ist ihr entgegen zu halten, dass die Vorinstanz derlei nicht festgestellt hat. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, dass die Feststellungen der Vorinstanz in diesem Zusammenhang offensichtlich unrichtig gewesen wären (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. oben E. 1.3). Aber selbst wenn ihr diesbezüglich noch gefolgt und dem Steueramt auf dieser Grundlage Kenntnis der übereinstimmenden Adressen unterstellt werden könnte, läge in dieser Übereinstimmung kein Indiz, aufgrund dessen das Steueramt die deklarierten Mietaufwendungen der Beschwerdeführerin zwingend hätte hinterfragen und näher hätte untersuchen müssen. Wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, bestanden nämlich durchaus alternative Erklärungsansätze für die Mietaufwendungen, welche die Steuerehrlichkeit der Beschwerdeführerin und die Wahrheit und Vollständigkeit ihrer Deklaration nicht in Frage gestellt hätten. In Anbetracht dieser Erklärungsansätze war es jedenfalls nicht grob fahrlässig seitens des Steueramts, sich auf die Deklarationen der Beschwerdeführerin zu verlassen und keine weiteren Abklärungen zu unternehmen.
3.2.2. Die Beschwerdeführerin behauptet weiter, ihre Mietaufwendungen seien bereits "im Verhältnis zum Umsatz auch aus wirtschaftlicher Betrachtung zu hoch" - d.h. offensichtlich nicht geschäftsmässig begründet - gewesen. Dieses Missverhältnis hätte vom Steueramt bereits zu einem früheren Zeitpunkt erkannt werden müssen, sei aber nie beanstandet worden. Damit stellt sich die Beschwerdeführerin sinngemäss auf den Standpunkt, dass die Unrichtigkeit ihrer Steuererklärungen offensichtlich gewesen sei und das Steueramt grob fahrlässig gehandelt habe, indem es sich hierauf verlassen habe.
3.2.3. Die Beschwerdeführerin übersieht, dass im Steuerverfahren nicht nur die Steuerbehörden, sondern auch sie als Steuerpflichtige gehalten ist, sich nach Treu und Glauben zu verhalten (Art. 5 Abs. 3 BV; vgl. BGE 97 I 125 E. 3 S. 130; Urteil 2C_475/2008 vom 1. Juli 2009 E. 3.3). Soweit ihr Verhalten missbräuchlich ist, verdient sie deshalb keinen Rechtsschutz (Rechtsmissbrauchsverbot; Art. 2 Abs. 2 ZGB analog). Ein Verhalten gilt namentlich dann als missbräuchlich, wenn es widersprüchlich ist (venire contra factum proprium; vgl. Urteil 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5 mit zahlreichen Hinweisen). Da sich die Beschwerdeführerin das Wissen ihres Geschäftsführers zurechnen lassen muss (Art. 55 Abs. 2 ZGB; vgl. Urteil 2C_245/2018 vom 21. November 2018 E. 6.1, mit zahlreichen Hinweisen), ist ihr zu unterstellen, dass sie stets um die private Nutzung der Loft-Wohnung durch ihren Geschäftsführer und deshalb um die teilweise fehlende geschäftsmässige Begründetheit ihrer Mietaufwendungen wusste. Dennoch zog sie die Mietaufwendungen Jahr für Jahr von ihrem steuerbaren Gewinn ab, ohne einen Privatanteil auszuscheiden. Wenn die Beschwerdeführerin dem Steueramt nunmehr vorwirft, ihre falsche Angabe nicht früher hinterfragt zu haben, will sie aus ihrer eigenen Steuerunehrlichkeit einen Vorteil ableiten. Die Beschwerdeführerin setzt sich damit in Widerspruch zu ihren Handelsbilanzen und Steuererklärungen, für welche sie zu Unrecht das Vertrauen der Steuerbehörden beansprucht hat. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, die fehlende geschäftsmässige Begründetheit sei offensichtlich gewesen, ist deshalb missbräuchlich und unbeachtlich. Ob die Mietaufwendungen tatsächlich offensichtlich übersetzt waren, kann folglich offenbleiben. Ebenso wenig braucht geklärt zu werden, wie zu verfahren wäre, wenn das Steueramt die fehlende geschäftsmässige Begründetheit der Mietaufwendungen nicht nur hätte erkennen müssen, sondern erwiesenermassen erkannt gehabt hätte.
3.2.4. Dies bedeutet allerdings nicht, dass das Steueramt die deklarierte Höhe der Mietaufwendungen für sich genommen zum Anlass hätte nehmen dürfen, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten. Diese Tatsache war dem Steueramt im Zeitpunkt der Veranlagung schliesslich durchaus bekannt gewesen. Allerdings hat das Steueramt das Nachsteuerverfahren für die Steuerperioden 2005-2012 nicht wegen der Höhe der Mietaufwendungen, sondern wegen der privaten Nutzung der Loft-Wohnung durch den Gesellschafter der Beschwerdeführerin eingeleitet. Von dieser Tatsache erlangte das Kantonale Steueramt Zürich erst im Rahmen des Einschätzungs- bzw. Veranlagungsverfahrens für die Steuerperiode 2013 Kenntnis.
3.3. Da das Steueramt vor der Rechtskraft der Veranlagungen über keine Indizien verfügte, infolge derer sie die Mietaufwendungen der Beschwerdeführerin hätte hinterfragen müssen, blieb der adäquate Kausalzusammenhang zwischen unrichtiger Deklaration und Unterbesteuerung intakt. Die Unterbesteuerung der Beschwerdeführerin ergab sich erst aus der privaten Nutzung der Loft-Wohnung durch den Gesellschafter der Beschwerdeführerin und somit aus einer dem Steueramt unbekannten Tatsache im Sinne von Art. 151 Abs. 1 DBG. Gestützt hierauf durfte das Steueramt ein Nachsteuerverfahren einleiten. Das Urteil der Vorinstanz erweist sich in diesem Punkt also als bundesrechtskonform.
4.
4.1. Eventualiter macht die Beschwerdeführerin geltend, dass die Vorinstanz die Quote der privaten Nutzung zu hoch angesetzt habe. Namentlich hätten auch der Eingangsbereich und der als "Wohnzimmer" bezeichnete Teil der Loft-Wohnung als zumindest teilweise geschäftlich genutzt betrachtet werden müssen. Deshalb habe der privat genutzte Teil bloss 55.1 % der Wohnfläche betragen, weswegen nur 55.1 % der Mietaufwendungen nicht geschäftsmässig begründet gewesen seien.
4.2. Ob Mietaufwendungen geschäftsmässig begründet sind, ist eine Rechtsfrage (vgl. Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG). Das Steueramt und die Vorinstanz haben den Mietaufwendungen im Verhältnis zwischen privater und geschäftlicher Nutzung der Loft-Wohnung die geschäftsmässige Begründetheit abgesprochen. Dieses Vorgehen beanstandet die Beschwerdeführerin zu Recht nicht.
4.3. Die Beschwerdeführerin stösst sich lediglich am Umfang der privaten (bzw. geschäftlichen) Nutzung, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat. Hierbei handelt es sich indessen um eine Tatfrage. Von den Feststellungen der Vorinstanz zu diesem Punkt kann das Bundesgericht gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur abweichen, soweit sie sich als offensichtlich unrichtig erweisen (vgl. oben E. 1.3 mit Hinweisen).
4.4. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin lassen nicht den Schluss zu, dass die aufgrund diverser Indizien festgestellte Quote der privaten Nutzung von 71.4 % offensichtlich unrichtig ist. Zuzugestehen ist der Beschwerdeführerin lediglich, dass die vom Steueramt vorgenommene und von der Vorinstanz bestätigte Aufteilung der Wohnung anhand des Flächenverhältnisses der primär geschäftlich und der primär privat genutzten Teile notwendigerweise gewisse Unschärfen mit sich brachte. Diese dürften sich aber teilweise auch zu Gunsten der Beschwerdeführerin ausgewirkt haben. Ausserdem wurden ihr die Mietaufwendungen für die Parkplätze nicht aufgerechnet, obschon offenbar auch diesbezüglich eine private Nutzung im Raum gestanden hatte. Folglich bleibt es bei der Quote der privaten Nutzung von 71.4 %, wie sie die Vorinstanz festgestellt hat.
III. Staats- und Gemeindesteuern
5.
5.1. Art. 53 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und die Umsetzungsvorschrift § 160 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 des Kantons Zürich (StG/ZH; LS 631.1) entsprechen in allen relevanten Teilen der Regelung des DBG. Es kann betreffend die Auslegung der und die Subsumtion unter die gesetzlichen Voraussetzungen für die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens für die Staats- und Gemeindesteuern auf die vorstehenden Ausführungen zur direkten Bundessteuer verwiesen werden.
5.2. Da die Voraussetzungen für die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens erfüllt waren und die Quote der privaten Nutzung von 71.4 % auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig war, erweist sich das angefochtene Urteil als konform mit Bundes- und harmonisiertem kantonalen Steuerrecht.
IV. Kosten und Entschädigung
6.
Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen. Die Kosten sind der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Kanton Zürich steht keine Parteientschädigung zu (Art. 66 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler