Erwägungen:
1.
1.1. Am 31. Oktober 2017 eröffnete das Bezirksgericht Rheinfelden über die Beschwerdeführerin den Konkurs mit Wirkung ab 31. Oktober 2017, 09.05 Uhr. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin am 13. November 2017 (Postaufgabe) Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau. Das Obergericht erteilte der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung. Nachdem die Beschwerdeführerin den Kostenvorschuss nicht geleistet hatte, trat das Obergericht auf die Beschwerde mit Entscheid vom 24. Januar 2018 nicht ein. Das Obergericht eröffnete den Konkurs neu mit Wirkung ab 24. Januar 2018, 16.00 Uhr.
1.2. Gegen diesen Entscheid hat die Beschwerdeführerin am 26. Februar 2018 Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie verlangt, dass auf ihre Beschwerde an das Obergericht einzutreten sei. Zudem ersucht sie um aufschiebende Wirkung.
Mit Verfügung vom 27. Februar 2018 hat das Bundesgericht der Beschwerde superprovisorisch in dem Sinne die aufschiebende Wirkung zuerkannt, als der Konkurs eröffnet bleibt, jedoch vorläufig Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, mit anderen Worten das Konkursverfahren nicht gefördert werden darf, bereits getroffene Sicherungsmassnahmen aber aufrecht erhalten bleiben. Die Beschwerdegegnerin hat in der Sache und zum Gesuch um aufschiebende Wirkung keine Stellung genommen. Das Obergericht hat sich der Gewährung der aufschiebenden Wirkung nicht widersetzt, jedoch Abweisung der Beschwerde beantragt.
Ebenfalls mit Verfügung vom 27. Februar 2018 hat das Bundesgericht der Beschwerdeführerin Frist angesetzt zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 5'000.-- (Art. 62 BGG). Mit Verfügung vom 19. März 2018 ist der Beschwerdeführerin gemäss Art. 62 Abs. 3 BGG eine Nachfrist zur Leistung des Kostenvorschusses bis zum 16. April 2018 angesetzt worden (unter Androhung des Nichteintretens auf die Beschwerde bei nicht fristgerechter Bezahlung).
Die Beschwerdeführerin hat den Kostenvorschuss binnen der Nachfrist nicht bezahlt. Androhungsgemäss ist demnach gestützt auf Art. 62 Abs. 3 BGG im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG durch das präsidierende Mitglied der Abteilung auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Nichteintretensentscheid gegenstandslos.
2.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die reduzierten Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin sind keine zu entschädigenden Aufwendungen entstanden (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Rheinfelden, dem Konkursamt Aargau, Amtsstelle Brugg, dem Handelsregisteramt des Kantons Aargau, dem Grundbuchamt Laufenburg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zingg