Faits :
A.
A._ Sàrl est propriétaire des parcelles nos 9'571 et 9'572 du registre foncier de la commune de Collonge-Bellerive, situées chemin U._. Ces bien-fonds, sis en cinquième zone de construction, ont une surface totale de 2'947 m2.
Le 10 mai 2017, A._ Sàrl a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur la construction d'un immeuble de trois niveaux et dont la surface de plancher était de 1'104 m2; quatre appartements avec balcons/terrasses étaient prévus au rez-de-chaussée, trois avec balcons au premier étage et deux avec balcons au niveau supérieur; un couvert à vélo devait être édifié; en toiture, deux terrasses étaient prévues.
Dans le cadre de l'instruction de cette requête, diverses modifications ont été demandées par l'autorité compétente. La commune a émis un préavis défavorable, au motif notamment que l'immeuble ne serait pas compatible avec le quartier sis au coeur de la zone villas. Les autres préavis étaient favorables, cas échéant sous condition ou avec observation.
Par décision du 13 septembre 2018, le Département de l'urbanisme du canton de Genève (devenu depuis lors le Département du territoire, ci-après: le Département) a délivré à A._ Sàrl l'autorisation de construire sollicitée, laquelle était assortie d'un certain nombre de conditions et de réserves.
B.
La commune de Collonge-Bellerive a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI) contre la décision précitée, concluant à l'annulation de l'autorisation. Par jugement du 20 mai 2019, le TAPI a admis le recours de la commune et annulé l'autorisation de construire contestée. Il a en substance considéré que le total des surfaces de constructions de peu d'importance (ci-après: CDPI), soit 128.50 m2 (13.60 m2 pour le couvert à vélos + 18.90 m2 pour les balcons/terrasses de la façade nord + 96 m2 pour les balcons/terrasses de la façade sud), était supérieur à la limite de 100 m2 prévu par l'art. 3 al. 3 du règlement d'application sur la loi des constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI).
A._ Sàrl a interjeté un recours contre le jugement du 20 mai 2019 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 11 février 2020, la cour cantonale a rejeté le recours, en retenant un total des surfaces de CDPI de 125.80 m2 (13.60 m2 pour le couvert à vélos + 16.20 m2 pour les balcons/terrasses de la façade nord + 96 m2 pour les balcons/terrasses de la façade sud).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ Sàrl demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 11 février 2020, ainsi que, principalement, de renvoyer la cause au TAPI pour nouvelle décision au sens des considérants et, subsidiairement, de confirmer l'autorisation de construire du 13 septembre 2018.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité des recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La commune conclut au rejet du recours. Le Département du territoire conclut à l'admission du recours et renonce à faire valoir des observations supplémentaires sur la détermination de la commune. Au terme d'un second échange d'écritures, les parties persistent dans leurs conclusions respectives.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui confirme un refus d'autorisation. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Dans un grief d'ordre formel, la recourante se plaint d'une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), sous deux angles différents.
2.1. La recourante reproche, d'une part, aux juges cantonaux de n'avoir que laconiquement indiqué, sans discuter ses arguments, que le balcon sud ne pouvait pas être divisé en tranches comme l'a fait l'Office des autorisations de construire (ci-après: OAC), rattaché au Département. Elle se prévaut ce faisant d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué.
2.1.1. Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157 et les arrêts cités).
2.1.2. Dans l'arrêt entrepris, la Cour de justice a, quant au balcon sud, motivé son jugement ainsi: "La saillie que constitue l'ensemble du balcon sud ne peut être divisée en tranches, en liant ces tranches aux appartements édifiés au premier étage. Si cette hypothèse devait être suivie, il n'aurait pas fallu retenir trois, mais quatre balcons, dès lors qu'il y a quatre appartements au rez-de-chaussée".
L'argumentation de la Cour de justice est certes sibylline et très peu étoffée. La lecture de l'arrêt attaqué permet cependant de comprendre que la cour cantonale a décidé de suivre la motivation du TAPI à laquelle elle a implicitement renvoyé (cf. arrêt attaqué consid. 4 i. i. et 4a 2ème paragraphe) et qu'elle estimerait illogique de scinder les balcons/terrasses du rez-de-chaussée en 4 tranches alors que la surface de la saillie doit être calculée en référence au premier étage composé de 3 appartements. Cela est suffisant, sous l'angle du droit d'être entendu. La réflexion suivie par la Cour de justice et le TAPI n'a d'ailleurs pas échappé à la recourante, qui dans son écriture de recours au Tribunal fédéral a précisément attaqué l'arrêt de la cour cantonale sur ce point. Dans la mesure où la recourante critique la pertinence de ces motifs, elle soulève une question de fond qui sera examinée ci-après (cf. infra consid. 4).
2.2. La recourante reproche d'autre part aux juges cantonaux d'avoir refusé l'offre de preuve qu'elle a proposée, soit l'audition d'une architecte de l'OAC.
2.2.1. Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1 p. 103 et les références citées). Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées).
2.2.2. En l'occurrence, la Cour de justice a exposé qu'elle disposait des informations nécessaires pour trancher le litige et que le Département s'était exprimé par écrit sans requérir son audition. Procédant ainsi à une appréciation anticipée des preuves, la cour cantonale n'a pas violé le droit d'être entendu de la recourante. En tout état de cause, la preuve requise tend moins à rapporter l'authenticité d'un fait qu'à établir de quelle manière il convient d'interpréter la directive topique de l'OAC. Or, cette question, si tant est qu'elle soit pertinente (cf. infra consid. 4.3.2), ressortit au droit, sur lequel l'administration des preuves ne saurait porter.
2.3. Partant, les griefs de la violation du droit d'être entendu doivent être rejetés.
3.
La recourante fait ensuite valoir une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 al. 1 LTF).
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).
3.2. La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir indiqué que le balcon sud devait être pris en compte dans son ensemble plutôt que divisé comme l'a fait l'OAC et d'avoir retenu que la surface totale des CDPI s'élevait à 125.8 m2.
La question de savoir si le balcon/terrasse sud doit être considéré dans son ensemble ou divisé et celle de savoir à combien s'élève la surface totale des CDPI du projet en cause relèvent exclusivement du droit et non des faits.
Ce grief est donc irrecevable.
4.
Sur le fond enfin, la recourante reproche à l'instance précédente d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 3 al. 3 RCI en ce qui concerne tant les balcons/terrasses de la façade nord que les balcons/terrasses de la façade sud. Elle ne conteste en revanche pas la surface de 13.60 m2 prise en compte pour le couvert à vélos.
4.1. Sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (ATF 142 II 369 consid. 2.1 p. 372).
Appelé à revoir l'application ou l'interprétation d'une norme sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution éventuellement plus judicieuse paraît possible (ATF 144 III 368 consid. 3.1 p. 372 et les arrêts cités). En outre, pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 144 III 368 consid. 3.1 et les arrêts cités).
4.2. Aux termes de l'art. 3 al. 3 1 ère phrase RCI, sont réputées constructions de peu d'importance (CDPI), à la condition qu'elles ne servent ni à l'habitation, ni à l'exercice d'une activité commerciale, industrielle ou artisanale, celles dont la surface n'excède pas 50 m2et qui s'inscrivent dans un gabarit limité par une ligne verticale dont la hauteur n'excède pas 2,50 m (let. a), une ligne oblique faisant avec l'horizontale partant du sommet de la ligne verticale un angle de 30° (let. b) et une ligne horizontale de faîtage située à 4,50 m du sol au maximum (let. c). Dans le cadre d'un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé, et afin d'améliorer l'insertion dans le site et pour autant qu'il n'en résulte pas de gêne pour le voisinage, le Département peut autoriser, après consultation de la Commission d'architecture, des CDPI groupées d'une surface de plus de 50 m2 au total (2ème phrase). Dans tous les cas, la surface totale des CDPI ne doit pas excéder 8% de la surface de la parcelle et au maximum 100 m2 (3ème phrase).
Le 3 février 2014, l'OAC a édicté une directive relative aux CDPI portant sur l'art. 3 al. 3 RCI. Les types de constructions pouvant être considérés comme CDPI sont les "garages, ateliers non professionnel, couverts à voitures, couverts de plaisance, couverts à bois, abris ou cabanes de jardin, pool-house". D'après les cinquième et sixième croquis de la rubrique "Prise en compte des éléments en saillies du bâtiment principal" de la directive (p. 4), lorsqu'un balcon/terrasse ne repose sur aucun pilier, seule la partie excédent 1.5 m est comptabilisée alors que, lorsqu'un balcon/terrasse repose sur un pilier, il est comptabilisé dans sa totalité.
4.3.
4.3.1. En l'espèce, la Cour de justice a d'abord rappelé la jurisprudence cantonale constante selon laquelle les surfaces déterminantes pour l'application de l'art. 3 al. 3 RCI étaient celles de l'emprise au sol. Elle a ensuite précisé que seules les terrasses du rez-de-chaussée devaient être prises en compte, à l'inverse des balcons/terrasses des étages superposés. Enfin, en ce qui concerne les balcons/terrasses de la façade nord, la cour cantonale a estimé que les deux porches d'entrée devaient être pris en compte intégralement jusqu'au droit de la façade, attendu qu'ils sont entourés de murs, mais que la partie en saillie ne devait pas être comptabilisée, dans la mesure où elle a une profondeur de moins de 1.5 m. S'agissant des balcons/terrasses de la façade sud, elle a exposé qu'elle n'entendait pas suivre l'argumentation du Département et de la recourante, mais bien plutôt celle du TAPI, selon laquelle il n'y avait pas lieu d'opérer une distinction entre les balcons/terrasses centraux et ceux des extrémités dans la mesure où il s'agit d'un seul balcon continu. Elle a ainsi retenu que le balcon/terrasse sud devait être comptabilisé intégralement. Les juges cantonaux ont dès lors abouti à un total des surfaces de CDPI de 125.80 m2 (13.60 m2 pour le couvert à vélos + 16.2 m2 pour les balcons/terrasses de la façade nord + 96 m2 pour les balcons/ terrasses de la façade sud), valeur dépassant la limite de 100 m2 fixée par l'art. 3 al. 3 RCI.
4.3.2. La recourante, s'agissant des balcons/terrasses de la façade nord, considère que seule la surface excédant 1.5 m doit être prise en considération, puisque lesdites constructions ne reposent sur aucun pilier. Elle soutient par ailleurs, concernant les balcons/terrasses de la façade sud, qu'une distinction doit être opérée entre les balcons/ terrasses centraux - qui reposent sur des piliers et doivent dès lors être totalement comptabilisés - et les balcons/terrasses sis aux extrémités de la façade - qui ne reposent pas sur des piliers et doivent dès lors être comptabilisés sous déduction de 1.5 m dans la largeur et la longueur. Selon son calcul, le total des surfaces de CDPI est dès lors de 100.66 m2 (13.60 m2 pour le couvert à vélos + 15.66 m2 pour les balcons/terrasses de la façade nord + 71.4 m2 pour les balcons/terrasses de la façade sud), valeur respectant la limite de 100 m2 posée par l'art. 3 al. 3 RCI, dans la mesure où celle-ci doit être augmentée de la marge admissible de 3% prévue par la jurisprudence cantonale topique (notamment l'arrêt ATA/1064/2018 du 9 octobre 2018 de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève consid. 7c et 8).
Ce faisant, la recourante propose une autre interprétation de l'art. 3 al. 3 RCI, ou bien plutôt de la directive relative aux CDPI édictée par l'OAC. En effet, la disposition réglementaire en question ne définit pas de méthode de calcul des CDPI, en particulier des balcons/terrasses. On ne voit donc pas en quoi la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire dans l'application de cette norme cantonale.
Quant à la directive de l'OAC, il sied de souligner qu'elle n'a pas force de loi et ne lie ni les administrés, ni les tribunaux; elle ne saurait ainsi être appliquée à la lettre et ne dispense pas les autorités de tenir compte des circonstances du cas d'espèce (cf. ATF 145 II 2 consid. 4.3 p. 6; 133 II 305 consid. 8.1 p. 315). Elle sert tout au plus à créer une pratique administrative uniforme (ATF 133 V 346 consid. 5.4.2 p. 352 et les références). La recourante ne saurait dès lors valablement invoquer uniquement l'application arbitraire d'une directive administrative, sans par exemple soutenir que l'interprétation retenue contredit le texte ou l'esprit du système légal voire réglementaire qui la sous-tend et qu'elle aboutit à un résultat arbitraire.
En tout état de cause, il n'y a, d'une part, rien d'insoutenable à considérer que les deux porches d'entrée de la façade nord doivent être pris en compte intégralement jusqu'au droit de la façade, vu qu'ils sont entourés de murs. Au contraire, c'est même la solution retenue par la directive de l'OAC pour les surplombs d'étage avec poteau ou mur, ainsi que cela ressort du huitième croquis de la rubrique "Prise en compte des éléments en saillies du bâtiment principal" de la directive (p. 4). Il apparaît, d'autre part, défendable de se fonder sur la nature et la surface des balcons/terrasses du premier étage pour déterminer la nature et la surface des CDPI à prendre en compte au rez-de-chaussée, attendu que la surface bâtie est généralement définie comme la projection horizontale au sol de l'ensemble des parties fermées d'une construction qui en augmentent l'emprise au sol (arrêt 1C_103/2008 du 23 septembre 2008 consid. 2.5 et les références citées). Cela étant, il n'est pas non plus dénué de pertinence de retenir qu'un balcon/terrasse continu - d'un seul tenant - et sur lequel ont été installés des brises-vues pour séparer les appartements soit, pour le calcul des CDPI, considéré comme un unique balcon/terrasse plutôt que comme trois constructions distinctes. Le fait que les piliers ne se situent pas aux extrémités du balcon ne change rien à ce qui précède, la directive de l'OAC ne faisant d'ailleurs aucune distinction à cet égard. L'interprétation retenue par la Cour de justice n'est donc pas arbitraire et n'aboutit pas à un résultat arbitraire.
4.4. Partant, ce grief est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5.
Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la commune de Collonge-Bellerive (art. 68 al. 3 LTF; cf. arrêt 1C_122/2007 du 24 juillet 2007 consid. 6).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la commune de Collonge-Bellerive, au Département du territoire et à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 5 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller