Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (heute A._ AG in Liquidation) mit Sitz in U._ (ZH) bezweckte Entwicklung, Handel und Vertrieb von fototechnischem Material. Seit 2002 leiteten die drei Verwaltungsräte C._ (Präsident), D._ (Vizepräsident) und E._ die Gesellschaft (bei der sie seit 1. Januar 2003 auch als Arbeitnehmer angestellt waren). Die beiden Ingenieure C._ und D._ entwickelten für die A._ AG die Software "F._" (nachfolgend Software) zur vollautomatischen Qualitätsverbesserung von digitalen Bildern. E._ war für die Administration und Verwaltung, einschliesslich Buchhaltung, verantwortlich. 2009 waren die drei Verwaltungsräte zu unterschiedlichen Teilen Eigentümer sämtlicher Aktien der Gesellschaft.
Während zunächst verschiedene Kunden die von der A._ AG entwickelte Software gegen eine jährliche Lizenzgebühr nutzten, interessierte sich 2009 die G._ Co., Ltd. für eine exklusive Lizenzierung. Am 28. September 2009 konkretisierten die A._ AG und die G._ Co., Ltd. ihre Zusammenarbeit mit einem Vertrag über die verbesserte Version der Software für Webserver; im November 2009 reiste der stellvertretende Generaldirektor der G._ Co., Ltd. erneut für einige Tage nach U._. Am 17. und 18. Juni 2010 fanden in V._ Vertragsverhandlungen zwischen der A._ AG, handelnd durch C._ und D._, und der G._ Co., Ltd. statt. Dabei kamen die beiden Gesellschaften überein, dass der G._ Co., Ltd. keine Exklusivlizenz verliehen werden solle. Stattdessen veräusserte die A._ AG mit Vertrag vom 1. Juli 2010 ("Technology Purchase Agreement, Software - Know How") den Source Code der Software zum Preis von Fr. 2.38 Mio. an die G._ Co., Ltd.
Bereits mit Statutenänderung vom 23. April 2010 (Handelsregistereintrag vom 10. Mai 2010) hatte die A._ AG ihren Sitz nach W._/ZG verlegt, mit neuem Domizil c/o B._, X._, W._. Mit Handelsregistereintrag vom 10. Mai 2010 schieden D._ und E._ aus dem Verwaltungsrat aus; gleichzeitig wurden deren Arbeitsverträge per 30. Mai 2010 beendet. Neben dem verbleibenden Verwaltungsrat und Präsidenten C._, wohnhaft in Y._, einer Aussenwacht der Gemeinde Z._/ZH, wurde neu B._ als Verwaltungsrat eingetragen.
Nach Veräusserung des Source Code führte die A._ AG die bestehenden Lizenzverträge mit Drittkunden bis zu deren Beendigung durch Zeitablauf weiter. Dabei schuldete sie der G._ Co., Ltd. gemäss separatem License Agreement vom 1. Juli 2010 10 % der Lizenzeinnahmen. Die Buchhaltung und die Administration der Gesellschaft (Fakturierung, Inkasso) wurden durch die H._ AG (einziger Verwaltungsrat B._) bzw. die I._ GmbH (Geschäftsführer B._), beide mit Sitz in der S._-Strasse in T._/TG, besorgt.
Am 16. Juni 2010 beschloss der Verwaltungsrat der A._ AG, den Geschäftsabschluss 2010 auf den 31. Mai 2010 zu erstellen. Am 20. August 2010 bestätigte die Steuerverwaltung des Kantons Zug ein ihr von der A._ AG vorgelegtes sog. Steuerruling. Danach ist die Gesellschaft für die Steuerperiode vom 1. Januar 2010 bis 10. Mai 2010 in U._/ZH sowie vom 11. Mai 2010 bis 31. Mai 2010 und die folgenden Steuerperioden als gemischte Gesellschaft in W._/ZG unbeschränkt steuerpflichtig.
Nachdem das Kantonale Steueramt Zürich am 21. Mai 2014 die Steuerverwaltung des Kantons Zug informiert hatte, es sei abzuklären, im welchem Kanton das Hauptsteuerdomizil der A._ AG liege, beanspruchte es mit Vorentscheid vom 3. März 2015 die Steuerhoheit über die A._ AG für den Kanton Zürich und die Gemeinde Z._/ZH ab 1. Juni 2010.
B.
Kantonale Rechtsmittel der A._ AG gegen diese Verfügung blieben erfolglos. Am 12. Mai 2015 wies das Steueramt Zürich eine Einsprache der A._ AG gegen den Vorentscheid vom 3. März 2015 ab. Einen von der A._ AG gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 17. Dezember 2018 ab. Eine Beschwerde der A._ AG gegen den Rekursentscheid wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, am 17. April 2019 ebenfalls ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Juni 2019 beantragt die A._ AG, die Entscheide der Vorinstanzen seien aufzuheben und es sei festzustellen, dass sie seit ihrer Sitzverlegung am 23. April 2010 (Statusänderung) respektive am 10. Mai 2010 (Eintragung im Handelsregister) nicht mehr der Steuerhoheit des Kantons Zürich unterstehe; eventualiter seien die Veranlagungsverfügungen des Kantons Zug für die Zeiträume 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011, 1. Juni 2011 bis 31. Mai 2012 sowie 1. Juni 2012 bis 31. Mai 2013 aufzuheben und es sei der Kanton Zug zu verpflichten, die bereits bezahlten Steuerbeträge zuzüglich bezahlter Zinsen der A._ AG zurückzuerstatten; subeventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz und das Kantonale Steueramt Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; die Eidg. Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug beantragt, die Beschwerde, soweit sie den Kanton Zug betrifft und soweit darauf einzutreten sei, abzuweisen. In einer weiteren Stellungnahme vom 18. September 2019 hält die A._ AG an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Die rechtzeitig (Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereichte Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt, (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]), weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
1.2. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung auch eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt. Der Instanzenzug muss nur in einem Kanton durchlaufen werden (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 379; 133 I 300 E. 2.4 S. 306 f.; 133 I 308 E. 2.4 S. 312 f.; vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG). Die Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung Zug betreffend die Beschwerdeführerin vom 26. Juni 2013 und vom 8. April 2014 (zwei Veranlagungsverfügungen) hinsichtlich der Zeiträume 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011, 1. Juni 2011 bis 31. Mai 2012 sowie 1. Juni 2012 bis 31. Mai 2013 gelten deshalb als mitangefochten.
Aus dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) folgt allerdings keine Verpflichtung zur Leistung eines Zinses auf bereits eingenommenen und zurückzuzahlenden Steuern. Eine solche Verpflichtung müsste sich aus dem kantonalen Recht ergeben. Dass ein solcher Anspruch nach dem Recht des Kantons Zug besteht, wurde in der Beschwerde nicht dargelegt, weshalb auf den entsprechenden Teil des Antrags der Beschwerdeführerin nicht eingetreten werden kann (Urteil 2C_533/2018 vom 30. Oktober 2019 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.3.
1.3.1. Nicht zulässig ist der Antrag der Beschwerdeführerin, das Bundesgericht habe festzustellen, dass sie seit ihrer Sitzverlegung nicht mehr der Steuerhoheit des Kantons Zürich unterstehe. Solche Begehren sind nur zulässig, soweit ein schutzwürdiges Interesse dargetan wird, das nicht ebenso gut mit einem rechtsgestaltenden Begehren gewahrt werden kann (BGE 126 II 300 E. 2c S. 303). Vorliegend schliesst das Aufhebungsbegehren die Feststellung ein, dass die Beschwerdeführerin seit ihrem Sitzwechsel nach W._/ZG nicht mehr der Steuerhoheit des Kantons Zürich untersteht. Das Feststellungsbegehen hat damit keine selbständige Bedeutung und es ist darauf nicht einzutreten (Urteil 2C_603/2014 vom 21. August 2015 E. 1.2).
1.3.2. Der Antrag der Beschwerdeführerin ist so formuliert, dass nebst dem angefochtenen Entscheid der Vorinstanz auch der Entscheid des Steuerrekursgerichts und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramts Zürich aufzuheben seien. Der zuletzt genannte Entscheid ist indessen durch jenen des Steuerrekursgerichts und dieser wiederum durch den Entscheid der Vorinstanz ersetzt worden (Devolutiveffekt), welcher vor Bundesgericht angefochten werden kann (BGE 134 II 142 E. 1.4; Urteil 2C_274/2019 vom 13. September 2019 E. 1.3).
Diese Formulierung des Hauptantrags stellt jedoch ein offensichtliches Versehen dar. Der fachkundige und in der Beschwerdeführung vor Bundesgericht erfahrene Rechtsvertreter macht in der übrigen Beschwerdeschrift (vgl. dazu insb. S. 4 Rz. 2) deutlich, dass gegenüber dem Kanton Zürich in Wirklichkeit um die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils ersucht wird. In diesem Sinne kann auf die Beschwerde eingetreten werden (Urteil 2C_274/2019 vom 13. September 2019 E. 1.3).
1.4. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 141 V 234 E. 1 S. 236; 139 II 404 E. 3 S. 415). Doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 141 V 234 E. 1 S. 236; 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.). Die Verletzung von Grundrechten untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246).
1.5.
1.5.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; 136 II 304 E. 2.5 S. 314).
1.5.2. Ausserdem gilt vor Bundesgericht grundsätzlich ein Novenverbot, das heisst neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Bindungswirkung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts und das Novenverbot sind jedoch bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung zu relativieren, wenn der Kanton, dessen Veranlagung bereits rechtskräftig ist und für den die Bindungswirkung nicht gilt, die Sachverhaltsfeststellung bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, zu denen sich die Beschwerdeführerin noch nicht äussern konnte. In diesem Fall kommt das Bundesgericht nicht umhin, den dadurch betroffenen Sachverhalt frei zu prüfen und die vorgebrachten Noven zu berücksichtigen (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 378 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 3). Dasselbe muss gelten, wenn der betreffende Kanton - wie vorliegend der Kanton Zug - den Sachverhalt um Themenbereiche wie die Verwirkung des Beschwerderechts ergänzt, welche vorzubringen die Beschwerdeführerin keinen Anlass hat (Urteil 2C_592/2018 vom 1. Oktober 2019 E. 2.2 mit Hinweisen). Der Sachverhalt bezüglich Verwirkung des Beschwerderechts (der Beschwerdeführerin) ist deshalb vorliegend vom Bundesgericht unter Berücksichtigung der von der Steuerverwaltung Zug in ihrer Vernehmlassung vorgelegten Noven frei zu prüfen. Im Übrigen ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung gebunden.
2.
2.1. Juristische Personen sind nach Art. 20 Abs. 1 StHG einem Kanton gegenüber persönlich zugehörig und deshalb unbeschränkt steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung auf dem Gebiet dieses Kantons befindet. Als Sitz einer Aktiengesellschaft gilt der Ort, den die Statuten als solchen bezeichnen (Art. 626 Ziff. 1 OR in Verbindung mit Art. 56 ZGB). Die tatsächliche Verwaltung liegt am Ort, wo die Fäden der Geschäftsführung zusammenlaufen, die wesentlichen Unternehmensentscheide fallen, die normalerweise am Sitz sich abspielende Geschäftsführung besorgt wird und die Gesellschaft den wirklichen, tatsächlichen Mittelpunkt ihrer ökonomischen Existenz hat. Die so verstandene tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person ist abzugrenzen von der blossen administrativen Verwaltung einerseits und der Tätigkeit der obersten Gesellschaftsorgane andererseits, soweit sie sich auf die Ausübung der Kontrolle über die eigentliche Geschäftsleitung und gewisse Grundsatzentscheide beschränkt (Urteile 2C_539/2017 vom 7. Februar 2019 E. 3.1 und 2C_627/2017 vom 1. Februar 2019 E. 2.2, je mit Hinweisen). Es ist kaum denkbar, dass die tatsächliche Verwaltung einer Gesellschaft von Dritten im Auftragsverhältnis ausgeübt wird, weshalb der Sitz des Dritten praxisgemäss nicht als Hauptsteuerdomizil in Frage kommt. Entscheidend sind letztlich die gesamten Umstände des Einzelfalles (Urteil 2C_539/2017 vom 7. Februar 2019 E. 3.1 mit Hinweisen).
2.2. Befinden sich der Sitz und die tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person in unterschiedlichen Kantonen und beanspruchen deshalb mehrere Kantone die Steuerhoheit wegen persönlicher Zugehörigkeit der juristischen Person im Sinne von Art. 20 Abs. 1 StHG, ist der Konflikt nach den Grundsätzen des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung zu lösen. Diese Grundsätze sind der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV bzw. Art. 46 Abs. 2 aBV zu entnehmen. Danach liegt das Hauptsteuerdomizil einer juristischen Person am Ort der tatsächlichen Verwaltung. Das bedeutet, dass die juristische Person zwar nach kantonalem Steuerrecht an ihrem Sitz nach Art. 20 Abs. 1 StHG unbeschränkt steuerpflichtig ist, selbst wenn sie dort nur einen Briefkasten unterhält. Das Hauptsteuerdomizil nach interkantonalem Steuerrecht liegt hingegen immer und ausschliesslich am Ort der tatsächlichen Verwaltung (Urteil 2C_151/2017, 2C_152/2017, 2C_178/2017, 2C_179/2017 vom 16. Dezember 2019 [zur Publikation bestimmt] E. 2.3.6 mit Hinweisen).
2.3. In Bezug auf das Hauptsteuerdomizil juristischer Personen gilt der Sitz in der Regel aufgrund des Handelsregistereintrags als bewiesen. Der andere Kanton, welcher ein Briefkastendomizil geltend macht, hat die Umstände darzutun und zu beweisen, aus welchen sich ergibt, dass der ausserkantonale Sitz einer juristischen Person nur formeller Art ist und die tatsächliche Verwaltung im betreffenden Kanton besorgt wird. Erscheint aber der durch den anderen Kanton geltend gemachte Ort der tatsächlichen Verwaltung als sehr wahrscheinlich, genügt dies in der Regel als Hauptbeweis und obliegt es der steuerpflichtigen juristischen Person, den Gegenbeweis für den von ihr behaupteten Ort der tatsächlichen Verwaltung ausserhalb des Kantons zu erbringen (Urteil 2C_549/2018 vom 30. Januar 2019 E. 2.3 mit Hinweis; siehe auch Urteil 2C_592/2018 vom 1. Oktober 2019 E. 5.2, ebenfalls mit Hinweis).
3.
3.1. Die Vorinstanz hat mit Bezug auf den Sachverhalt zwischen vier Phasen unterschieden:
- In einer ersten Phase von Sommer 2009 bis ca. Ende März 2010 sei die Gesellschaft noch aktiv gewesen, die Arbeitsverhältnisse und der Mietvertrag in U._ hätten noch bestanden, es seien aber bereits Verhandlungen mit der G._ Co., Ltd. geführt worden im Hinblick auf eine exklusive Lizenzierung der von der Beschwerdeführerin hergestellten Software.
- In einer zweiten Phase von April bis zum Sommer 2010 sei die betriebliche Tätigkeit in U._ eingestellt worden (Kündigung des Mietvertrags sowie der Arbeitsverträge mit den Beteiligten). Sämtliche Dokumente der Beschwerdeführerin seien ins Büro von B._ überführt worden. Gleichzeitig seien die Verhandlungen mit der G._ Co., Ltd. intensiviert worden. Es habe eine Einigung darüber erzielt werden können, dass anstelle einer exklusiven Lizenzierung die Software verkauft werden solle. In die Verkaufsverhandlungen sei dann auch noch B._ mit einbezogen worden und schliesslich habe der Kaufvertrag unterzeichnet werden können.
- In einer dritten Phase ab Juli 2010 seien der Beschwerdeführerin noch administrative Aufgaben wie die Rechnungsstellung für Drittlizenzen und die Überwachung des Zahlungseingangs sowie die Buchhaltung der Gesellschaft und der Verkehr mit den Ämtern verblieben. Darüber hinaus sei die Gesellschaft in einem sehr beschränkten Rahmen auch noch operativ tätig geblieben. Zu den essentialia negotii des Kaufvertrags habe der Know-How-Transfer gehört, welcher erst am 21. September bzw. am 1. Oktober 2010 habe abgeschlossen werden können. Während dieser Phase sei die Beschwerdeführerin verpflichtet gewesen, dafür zu sorgen, das C._ und D._ vollumfänglich für Fragen und für die Ausbildung der G._ Co., Ltd. und ihres Teams zur Verfügung gestanden hätten.
- In einer vierten Phase ab Oktober 2010 habe sich die Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin schliesslich primär auf die Einnahme der Gebühren aus Drittlizenzen beschränkt. Auch während dieser Phase habe indessen während eines Jahres die vertragliche Pflicht bestanden, "[to] assist and help the Purchaser in solving and fixing any possible bugs and/or failures which could arise and/or affect the Software [....]". Ferner habe sich C._ im Kaufvertrag persönlich zu sechs Jahren Telefonsupport verpflichtet. Auch während der vierten Phase habe somit eine, wenn auch sehr beschränkte, operative Tätigkeit bestanden. Diese habe C._, welcher einzig über das technische Wissen verfügt habe, im Wesentlichen von seinem Wohnort aus ausgeführt.
Aufgrund dieser Feststellungen gelangte die Vorinstanz zum Ergebnis, dass, wenn - wie hier - die Leitung einer Gesellschaft derart eng mit einer Person verknüpft sei, davon ausgegangen werden müsse, dass das Hauptsteuerdomizil an deren Wohnort, d.h. hier in Y._, liege und nicht in W._.
3.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet die Sachverhaltfeststellungen in verschiedener Hinsicht als unhaltbar. So habe es bei ihr entgegen der Vorinstanz nur eine grosse Zäsur gegeben, nämlich den Beschluss, die Library nicht mehr weiterzuentwickeln, sondern nur noch Lizenzen zu verwalten. Dieser Beschluss sei im Zusammenhang mit dem altersbedingten Ausscheiden von D._ und von E._ sowie dem Auslaufen des Mietvertrags gefasst worden. In der Folge sei die Beschwerdeführerin eine reine Lizenzverwertungsgesellschaft gewesen. Die Lizenzverwaltung als einzig operative Tätigkeit habe B._ wahrgenommen. Es seien keine neuen Lizenzen mehr vergeben worden. Selbst die finale Vertragsbereinigung mit der G._ Co., Ltd. habe im Kanton Zug stattgefunden. Es habe keine "Fäden der Geschäftsführung" gegeben, die bei C._ zusammengelaufen seien. Es handle sich insoweit um eine reine Behauptung der Vorinstanz, die durch nichts gestützt werde.
Beim Verkauf des Hauptaktivums mit beschränkter Rücklizenzierung handle es sich um einen aussergewöhnlichen, einmaligen Vorgang ausserhalb des ordentlichen Geschäftsgangs. Es hätte auch sein können, dass die G._ Co., Ltd. und die Beschwerdeführerin sich nicht über den Verkauf geeinigt hätten und es nicht dazu gekommen wäre. In diesem Fall hätte die Beschwerdeführerin weiterhin die bestehenden Lizenzen verwertet und die kontinuierlichen Einnahmen wären eindeutig im Kanton Zug angefallen.
Das Verwaltungsgericht habe aus dem Vertrag mit der G._ Co., Ltd. geschlossen, dass der Verkauf der Rechte technisch habe begleitet werden müssen. Ein technischer Support sei aber tatsächlich nicht erforderlich gewesen. Die einzige Tätigkeit sei die Freischaltung des Source-Codes durch D._ und eine einzige Skype-Konferenz gewesen. Das anerkenne das Verwaltungsgericht ausdrücklich; ebenso gehe es selbst davon aus, dass es sich bei der angeblichen technischen Begleitung nur um eine sehr eingeschränkte operative Tätigkeit handle; aus einer solchen untergeordneten Tätigkeit könne kein Sitz abgeleitet werden.
Bei der Library, welche die Beschwerdeführerin entwickelt habe, handle es sich um ein Industriebauteil, welches, wenn es einmal verbaut sei, nicht mehr angerührt werden müsse. Entgegen der Annahme der Vorinstanz habe dementsprechend kein Support stattgefunden. Die vom Verwaltungsgericht in den Vordergrund gestellten Supportleistungen existierten nicht und wären von vornherein ungeeignet gewesen, eine Ansässigkeit im Kanton Zürich zu begründen.
3.3.
3.3.1. Die Vorinstanz hat im Wesentlichen allein aus dem Text des Vertrags mit der G._ Co., Ltd. in dem der Käuferin Support bei der Implementierung der erworbenen Software zugesichert wurde, abgeleitet, dass die Beschwerdeführerin nach dem Verkauf der Software noch eine - untergeordnete - operative Tätigkeit ausgeübt habe. Über den Vertragstext hinaus hat sich die Vorinstanz für diese Annahme allein darauf berufen, dass der Source Code freigeschaltet wurde und eine Skype Konferenz mit D._ stattfand. Abgesehen vom Know-How-Transfer, welcher gemäss den Feststellungen der Vorinstanz am 21. September bzw. am 1. Oktober 2010 abgeschlossen wurde, macht die Vorinstanz indessen keine einzige Support-Dienstleistung namhaft, welche die Beschwerdeführerin, vor allem (in der vierten Phase) seit Herbst 2010, noch erbracht haben soll. Allein der Umstand, dass C._ gemäss den im Kaufvertrag getroffenen Vereinbarungen noch während sechs Jahren telefonischen Support erbringen musste, ist kein Beleg dafür, dass tatsächlich entsprechende Leistungen erbracht wurden.
3.3.2 Das ändert indessen nichts daran, dass die Gesellschaft nicht etwa - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - zu einer Lizenzverwertungsgesellschaft mutierte, die ab dem Sitzwechsel in den Kanton Zug kein operatives Geschäft mehr betrieb. Aus dem Ablauf der Ereignisse ergibt sich vielmehr klar, dass bereits im Zuge der Verhandlungen über die Vergabe einer Exklusivlizenz oder die Veräusserung der von der Beschwerdeführerin erstellten Software, ihres einzigen substanziellen Aktivums, klar wurde, dass eine Weiterführung der aktiven Geschäftstätigkeit nicht mehr geplant war. Der bestehende Mietvertrag wurde gekündigt und die drei Mitarbeiter und gleichzeitig massgebenden Aktionäre verliessen das Unternehmen als Arbeitnehmer (und zum Teil auch als Verwaltungsräte). Spätestens seit Beginn des Jahres 2010, d.h. noch Monate vor der Sitzverlegung war damit klar, dass der wesentliche Zweck allein noch in der Liquidation des wesentlichen Vermögensbestandteils der Beschwerdeführerin bestand.
Die damit im Zusammenhang stehenden Aktivitäten hatten keinen massgebenden Bezug zum neuen Sitzkanton. Aus dem gesamten Ablauf der Ereignisse ergibt sich vielmehr klar, dass der Entschluss zum Verkauf des einzigen Hauptaktivums der Gesellschaft (noch) im Kanton Zürich gefasst wurde. Zwar wurde in der Folge beim Verkauf zwecks Beratung und zur Verfügungstellung eines neuen Domizils ein Berater beigezogen. Nach den Feststellungen der Vorinstanz, welche die Beschwerdeführerin insoweit nicht, jedenfalls nicht ausreichend substanziiert (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; Urteil 2C_350/2019 vom 29. Januar 2020 E. 2.2), als unhaltbar bestreitet, kam diesem jedoch - trotz seiner Mitgliedschaft im Verwaltungsrat - nie eine leitende Rolle im Unternehmen der Beschwerdeführerin zu und er nahm insbesondere bei ihr keine operativen Aufgaben wahr. Er wurde vielmehr lediglich mit administrativen Aufgaben betraut, nämlich dem Inkasso des Kaufpreises, der Lizenzgebühren aus den auslaufenden Lizenzverträgen mit Drittkunden sowie der Buchhaltung und der steuerlichen Betreuung der Gesellschaft. Unter diesen Umständen ist es, und zwar trotz Fehlens einer operativen Tätigkeit nach dem Sitzwechsel, jedenfalls im Ergebnis keineswegs unhaltbar, wenn die Vorinstanz zum Ergebnis gelangt ist, die tatsächliche Leitung der Beschwerdeführerin sei - nach dem Austritt der beiden bisherigen Verwaltungsräte und dem Verkauf des einzigen Hauptaktivums - allein beim Präsidenten des Verwaltungsrats der Gesellschaft gelegen. Es ist daher auch nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz von einem Weiterbestehen des Hauptsteuerdomizils im Kanton Zürich, und zwar für das Abwicklungsstadium der Gesellschaft am Wohnsitz von C._ in Y._, ausgegangen ist.
3.3.3 An diesem Ergebnis ändern auch die übrigen Einwendungen der Beschwerdeführerin nichts. Entgegen ihrer Interpretation der Ereignisse wechselte die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem Sitzwechsel nicht etwa lediglich ihren Zweck, indem sie von einer Softwareentwicklungs- und Vertriebsgesellschaft zu einer reinen Lizenzverwer-tungsgesellschaft mutierte und insoweit ein anderes operatives Geschäft als bisher betrieb. Wie auch der Gang der weiteren Ereignisse zeigt (so insbesondere auch der Umstand, dass die Gesellschaft inzwischen in Liquidation versetzt wurde), wurde vielmehr im Zusammenhang mit den Vertragsverhandlungen mit der G._ Co., Ltd. beschlossen, das Hauptaktivum der Gesellschaft zu versilbern und diese, da noch weitere Lizenzverträge bestanden, die nicht unmittelbar zusammen mit dem Softwareverkauf beendet werden konnten, "auslaufen" zu lassen. Nur so lässt sich auch der Austritt der beiden bisherigen Verwaltungsräte, der Beizug eines Beraters mit gleichzeitigem Domizilwechsel an dessen Privatadresse und die Betrauung des Beraters mit der administrativen Abwicklung der Gesellschaft in tatsächlicher Hinsicht sinnvoll interpretieren.
Deshalb spielt es auch keine Rolle, ob die veräusserte Software, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, ein nicht betreuungsbedürftiges Standardprodukt darstellt. Auch wenn diese Sachdarstellung zutreffen sollte (was zumindest nicht als unplausibel erscheint), folgt gerade daraus, dass zwar weder der zurückgetretene Verwaltungsrat D._ noch der verbleibende Verwaltungsratspräsident C._ Supportleistungen bei der Implementierung der veräusserten Software bei der Käuferin leisten mussten. Ein eigentliches operatives Geschäft gab es dann aber nach der Veräusserung der Gesellschaft gar nicht mehr, sondern diese sollte nur noch die Erlöse aus dem Verkauf des Hauptaktivums sowie die auslaufenden Lizenzen vereinnahmen. Soweit bei einer Gesellschaft in einem solchen Stadium, bei der auch keine eigentlichen fortgesetzten Liquidationshandlungen mehrerforderlich sind, überhaupt (noch) von einer tatsächlichen, operativen Leitung gesprochen werden kann, lag diese jedenfalls nicht beim für die Erledigung der administrativen Belange engagierten Berater, sondern beim Verwaltungsratspräsidenten. Auch deshalb rechtfertigt es sich, mit der Vorinstanz den Sitz der Gesellschaft auch nach der Sitzverlegung im Kanton Zürich anzusiedeln.
Unbegründet ist auch der Einwand der Beschwerdeführerin, wonach es sich beim Verkauf der Software um einen einmaligen - auf der strategischen Ebene anzusiedelnden - Vorgang gehandelt habe und sie, wäre es nicht zum Verkauf gekommen, ihre Existenz an ihrem neuen Sitz als Lizenzverwertungsgesellschaft fortgesetzt hätte. Zum einen wurde der Verkauf des einzigen wesentlichen Aktivums der Beschwerdeführerin tatsächlich abgeschlossen und abgewickelt, so dass es schon deshalb müssig ist, über die Rechtsfolgen kontrafaktischer Sachverhaltsvarianten zu spekulieren. Zum andern liegt in tatsächlicher Hinsicht auf der Hand, dass im Zeitpunkt des Domizilwechsels nach Beendigung des Mietvertrags, der Arbeitsverträge und des Ausscheidens von D._ und E._ aus dem Verwaltungsrat schon klar war, dass es zum Verkauf und zur - wenn auch bis zum Auslaufen der Lizenzen verzögerten - Abwicklung der Gesellschaft kommen würde.
3.4 Aus dem Vorstehenden ergibt sich, dass der von der Beschwerdeführerin vollzogene Sitzwechsel in den Kanton Zug in steuerlicher Hinsicht unbeachtlich war und die Steuerhoheit des Kantons Zürich auch darüber hinaus für die Phase der Abwicklung der Beschwerdeführerin weiter fortbestanden hat. Die Beschwerde erweist sich daher mit Bezug auf den Hauptantrag als unbegründet und ist insoweit abzuweisen.
4.
4.1. Zu prüfen bleibt der Eventualantrag der Beschwerdeführerin, wonach die definitiven Veranlagungsverfügungen des Kantons Zug für die Zeiträume 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011 vom 26. Juni 2013, 1. Juni 2011 bis 31. Mai 2012 vom 8. April 2014 sowie 1. Juni 2012 bis 31. Mai 2013 vom 8. April 2014 aufzuheben seien und der Kanton Zug zu verpflichten sei, die bereits bezahlten Steuerbeiträge zurückzuerstatten.
4.2.
4.2.1. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung verwirkt der Steuerpflichtige das Beschwerderecht bzw. das Recht zur Anfechtung der (rechtskräftigen) kantonalen Veranlagung, wenn er seine Steuerpflicht in einem Kanton in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs des anderen Kantons vorbehaltslos anerkennt. Von einer vorbehaltlosen Anerkennung ist insbesondere auszugehen, wenn sich der Steuerpflichtige der Veranlagung ausdrücklich oder stillschweigend unterwirft (vorbehaltlose Abgabe einer Steuererklärung), die geforderten Steuerbeträge vorbehaltslos bezahlt und die Einsprache bzw. Einlegung weiterer Rechtsmittel unterlässt (BGE 137 I 273 E. 3.3.3 S. 278; Urteile 2C_592/2018 vom 1. Oktober 2019 E. 6.1; 2C_274/2019 vom 13. September 2019 E. 4.3.1, je mit Hinweisen). Eine solche Verwirkung wird indessen nicht von Amtes wegen berücksichtigt, sondern muss von den betroffenen Behörden/Kantonen geltend gemacht werden (BGE 137 I 273 E. 3.3.3 S. 279).
Über die Konstellation hinaus, in welcher der Steuerpflichtige den Anspruch eines Kantons in Kenntnis des kollidierenden Anspruchs eines anderen Kantons, d.h. wenn der andere Kanton im Zeitpunkt der Veranlagung des ersten Kantons seinen Anspruch bereits konkret erhoben hat oder zumindest mit diesem Ziel gegenüber dem Steuerpflichtigen aktiv geworden ist, anerkennt, ist eine Verwirkung des Beschwerderechts entsprechend dem Charakter des Doppelbesteuerungsverbots als verfassungsmässiges Recht nur mit Zurückhaltung anzunehmen, nämlich dann, wenn sich das Verhalten der Steuerpflichtigen als geradezu rechtsmissbräuchlich bzw. treuwidrig darstellt. Ein treuwidriges Verhalten hat das Bundesgericht bisher z.B. angenommen, wenn der Steuerpflichtige wegen des Fortbestehens einer Betriebsstätte im anderen Kanton weiss oder wissen muss, dass der Betriebsstättenkanton einen kollidierenden Anspruch erheben wird und dennoch in der Steuererklärung des Kantons des ersten Kantons keinen Hinweis auf die Existenz einer Betriebsstätte im anderen Kanton anbringt (Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.4.2) oder wenn der Steuerpflichtige gegenüber dem ersten Kanton bewusst falsche Angaben gemacht hat (Urteil 2C_592/2018 vom 1. Oktober 2019 E. 6.4 und 6.6).
4.2.2. Von der Verwirkung durch den Steuerpflichtigen zu unterscheiden ist die Verwirkung des Besteuerungsanspruchs durch einen Kanton. Sie greift dann, wenn ein Kanton, der die für die Steuerpflicht massgeblichen Tatsachen kennt oder kennen kann, trotzdem mit der Erhebung des Steueranspruchs ungebührlich lange zuwartet und wenn bei Gutheissung des erst nachträglich erhobenen Anspruchs ein anderer Kanton zur Rückerstattung von Steuern verpflichtet werden müsste, die er formell ordnungsgemäss in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs bezogen hat (BGE 137 I 273 E. 3.3.4 S. 279 m.H.).
Diese Verwirkung ist aber ein Institut zugunsten der steuererhebenden Kantone und nicht der Pflichtigen. Ihr Sinn und Zweck liegt darin, den betroffenen Zweitkanton davor zu bewahren, schon bezogene Steuern auf Grund eines an sich vorrangigen, aber erst ungebührlich spät erhobenen Steueranspruches rückerstatten zu müssen. Deshalb kann - und muss - auch diese Verwirkung nur durch den anderen Kanton und nicht durch den Pflichtigen selbst geltend gemacht werden (vgl. BGE 137 I 273 E. 3.3.4 S. 279 m.H.).
4.3. Hier geht es um eine Verwirkung des ersten Typs, indem die Steuerverwaltung des Kantons Zug namentlich geltend macht, die damals fachkundig vertretene Beschwerdeführerin (durch die H._ AG; diese handelnd durch B._, der gleichzeitig Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin gewesen sei) habe rechtsmissbräuchlich gehandelt und am 18. August 2010 eine Rulinganfrage gestellt, in der wichtige Sachverhaltselemente unterschlagen worden seien, so u.a., dass der Vertragsabschluss mit der G._ Co., Ltd. bereits mehr als einen Monat zurückgelegen habe; in der Anfrage sei auch nicht erwähnt worden, dass der Beschwerdeführerin im Wesentlichen nur erlaubt gewesen sei, die bereits bestehenden Lizenzverträge mit Drittkunden bis zum Ablauf weiter zu bedienen. Sodann sei auch der Verkaufserlös in der eingereichten Erfolgsrechnung vom 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011 zusammen mit den Lizenzeinnahmen in der Position "Umsatz CSPRodukte" aufgeführt und nicht separat ausgewiesen worden. Die Steuerverwaltung schliesst insbesondere aus diesen Umständen, dass die Sitzverlegung im vorliegenden Fall als rechtsmissbräuchlich betrachtet werden müsse, weshalb die Beschwerdeführerin die Konsequenzen einer Doppelbesteuerung hinnehmen müsse. Der sich gegen den Kanton Zug richtende Eventualantrag sei daher abzuweisen.
4.4.
4.4.1. Es kann offenbleiben, ob die Sitzverlegung als solche rechtsmissbräuchlich war. Der entsprechende Vorwurf des Kantons Zug ist jedenfalls als Verwirkungseinrede gegenüber der Steuerpflichtigen zu interpretieren. Selbst wenn die Sitzverlegung rechtsmissbräuchlich gewesen sein sollte, hat das jedenfalls nicht zur Konsequenz, dass entgegen dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ausnahmsweise in beiden Kantonen eine Steuerpflicht besteht. Zu beantworten ist allein die Frage, ob die Beschwerdeführerin durch ihr Verhalten im Zusammenhang mit der Veranlagung im Kanton Zug ihr Recht, sich gegenüber dem Kanton Zug auf das Doppelbesteuerungsverbot zu berufen, verwirkt hat.
Die Zürcherischen Steuerbehörden sind erst lange nach Rechtskraft der im Kanton Zug vorgenommenen Veranlagungen tätig geworden. Eine Verwirkung wegen Anerkennung der Steuerforderung, obwohl der andere Kanton im Zeitpunkt der Veranlagung seinen Anspruch bereits konkret erhoben hat oder zumindest mit diesem Ziel gegenüber dem Steuerpflichtigen aktiv geworden ist, fällt damit ausser Betracht. Es kann sich damit nur noch fragen, ob das Verhalten der Beschwerdeführerin als treuwidrig bezeichnet werden muss.
4.4.2. Mit der Steuerverwaltung des Kantons Zug und entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist dabei zunächst festzustellen, dass deren Rulinganfrage nicht eine in jeder Hinsicht transparente und zutreffende Sachverhaltsschilderung enthielt. In der Rulinganfrage vom 18. August 2010 (Beilage 4 zur Stellungnahme der Kantonalen Steuerverwaltung Zug) fehlten vielmehr für die Beurteilung des Sachverhalts wesentliche Sachverhaltselemente. So wurde zwar darauf hingewiesen, dass die Beschwerdeführerin über kein Personal und keine eigenen Räumlichkeiten (mehr) verfügte. Hingegen wird aus der Rulinganfrage in keiner Weise erkennbar, dass die Gesellschaft im Zeitpunkt der Rulinganfrage bereits ihr einziges wesentliches Aktivum veräussert und sich gleichzeitig verpflichtet hatte, die noch bestehenden Lizenzverträge auslaufen zu lassen. Zwar wurde erwähnt, dass "im zweiten Halbjahr 2010 zudem ein Teil des entwickelten Technologie-Know Hows - anstelle in Lizenz vergeben - gleich an einen in Japan ansässigen grösseren Technologiekonzern veräussert wird". Verschwiegen wurde jedoch, dass der entsprechende Kaufvertrag schon abgeschlossen worden und die Gesellschaft danach nur noch dazu bestimmt war, die Lizenzgebühren während der Restlaufdauer der an Dritte vergebenen Lizenzen zu vereinnahmen, und dann abgewickelt werden sollte. Aus der Rulinganfrage ergibt sich damit der Eindruck, dass die Gesellschaft zwar beabsichtige, einen erheblichen Teil ihres Vermögens zu veräussern, jedoch auch in Zukunft noch über nicht unerhebliche ertragbringende Rechte verfügen werde, mit andern Worten als eine auf einen dauernden Betrieb ausgerichtete Lizenzverwertungsgesellschaft im Kanton Zug ihren Sitz genommen habe.
Auch wenn die Rulinganfrage damit nicht als in jeder Hinsicht transparent und vollständig bezeichnet werden kann, enthält sie doch keine eigentlichen Unwahrheiten und stellt damit kein treuwidriges Verhalten im Veranlagungsverfahren dar, welches für sich allein eine Verwirkung des Rechts, beschwerdeweise die Doppelbesteuerung geltend machen zu können, bewirkt (im Unterschied etwa zum Urteil 2C_592/2018 vom 1. Oktober 2019 E. 6.4, wo die Steuerpflichtige der Steuerverwaltung des Kantons Appenzell eine unwahre Auskunft erteilt hatte).
4.4.3. Zu beantworten bleibt damit, ob das Verhalten der Beschwerdeführerin in anderer Hinsicht als treuwidrig bezeichnet werden kann. So hat es etwa das Bundesgericht schon als treuwidrig angesehen, wenn eine Gesellschaft, deren Verwaltungsratspräsident wie auch der Rechtsvertreter Anwälte und diplomierte Steuerexperten sind, trotz Bestehens einer Betriebsstätte im anderen Kanton in der Steuererklärung des Hauptsteuerdomizils diese Betriebsstätte nicht deklariert (Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.4.2). Im Ergebnis kann somit gegebenenfalls bei steuerkundigen und/oder steuerkundig vertretenen Steuerpflichtigen schon das Wissen um den kollidierenden Steueranspruch des anderen Kantons zusammen mit dem Umstand, dass der erste Kanton nicht auf das (mögliche) Bestehen eines solchen Anspruchs aufmerksam gemacht wird, für die Annahme der Treuwidrigkeit ausreichen (vgl. dazu auch das Urteil 2C_539/2017 vom 7. Februar 2019 E. 5.4, wo der Steuerpflichtigen vorgeworfen wurde, dass sie die Steuerverwaltung des ersten Kantons nicht über den kollidierenden Anspruch des anderen Kantons in Kenntnis gesetzt hatte).
Ohne sichere Kenntnis entweder des Umstands, dass die Steuerbehörden des anderen Kantons im Hinblick auf die Geltendmachung eines kollidierenden Steueranspruchs bereits tätig geworden sind oder zumindest sichere Kenntnis, dass ein solcher Anspruch besteht (so in der Konstellation des Weiterbestehens einer Betriebsstätte), ginge es im Hinblick auf die einschneidende Rechtsfolge der Verwirkung des Beschwerderechts (und damit im Ergebnis die Hinnahme einer aktuellen Doppelbesteuerung) indessen zu weit, immer schon dann, wenn der Steuerpflichtige mit einem kollidierenden Steueranspruch eines anderen Kantons rechnen muss und den ersten Kanton nicht darauf hinweist, auf ein treuwidriges Verhalten zu schliessen.
In der vorliegend zu beurteilenden Angelegenheit muss zwar davon ausgegangen werden, dass der Sitzwechsel vor allem im Hinblick auf die Liquidation der Beschwerdeführerin erfolgte, um dadurch die im Zusammenhang damit entstehende Steuerlast zu minimieren. Dem fachkundigen Steuervertreter (sowie Domizilgeber und Verwaltungsrat) der Beschwerdeführerin, der gleichzeitig für die Erledigung von deren administrativen Belangen und damit auch die Prüfung der Steuerveranlagungen sowie die Bezahlung der Steuerrechnungen verantwortlich war, musste damit das Risiko, dass die Zürcher Steuerbehörden den Sitzwechsel nicht akzeptieren würden, bewusst sein. Allein daraus lässt sich indessen noch nicht ableiten, dass das Verhalten der Beschwerdeführerin bzw. das ihr zuzurechnende Verhalten ihres Steuervertreters treuwidrig war, indem sie bzw. ihr Steuervertreter den Kanton Zug nicht auf einen möglicherweise mit dessen Besteuerungsanspruch kollidierenden Anspruch des Kantons Zürich hinwies. Das Beschwerderecht der Beschwerdeführerin mit Bezug auf die Doppelbesteuerung im Kanton Zug ist daher nicht verwirkt.
5.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde gegen das Urteil der Vorinstanz, welches allein den Kanton Zürich betrifft, als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dagegen ist die Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, mit Bezug auf den Kanton Zug gutzuheissen; die Veranlagungsverfügungen des Kantons Zug für die Zeiträume 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011, 1. Juni 2011 bis 31. Mai 2012 sowie 1. Juni 2012 bis 31. Mai 2013 sind aufzuheben, da insoweit ein Verstoss gegen Art. 127 Abs. 3 BV vorliegt. Die bereits bezahlten Steuern sind der Beschwerdeführerin zurückzuerstatten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens alleine der Beschwerdeführerin aufzuerlegen, die mit ihrem Hauptantrag unterliegt (Art. 66 Abs. 1 BGG; Urteil 2C_627/2017 vom 1. Februar 2019 E. 6 m.H.). Dem Kanton Zürich als obsiegender Partei steht nach Art. 68 Abs. 3 BGG keine Parteientschädigung zu.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde gegen den Kanton Zürich wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Beschwerde gegen den Kanton Zug wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Kanton Zug wird angewiesen, die Veranlagungen der kantonalen und kommunalen Steuern der Beschwerdeführerin für die Zeiträume 1. Juni 2010 bis 31. Mai 2011, 1. Juni 2011 bis 31. Mai 2012 sowie 1. Juni 2012 bis 31. Mai 2013 aufzuheben und die bereits bezogenen Steuern zurückzuerstatten.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein