Fatti:
A.
A._ Sagl è una società a garanzia limitata avente per scopo fra l'altro l'esecuzione di lavori edilizi nel campo della gessatura, intonaci, stabiliture, stucchi, soffitti ribassati, pareti divisorie in cartongesso, isolazioni esterne ed interne, rivestimenti, pavimenti, pittura, l'assunzione di lavori in subappalto dello stesso genere e ogni altra attività direttamente o indirettamente connessa allo scopo sociale. Nei mesi di gennaio 2017, dicembre 2017, maggio 2018 e novembre 2018 alla società sono state versate indennità per intemperie per un importo complessivo di fr. 113'479.75.
Il 23-24 gennaio 2019 la SECO ha eseguito un controllo presso A._ Sagl per verificare la legittimità del diritto alle indennità per intemperie versate. In base all'analisi dei documenti messi a disposizione la SECO ha ordinato la restituzione di fr. 113'479.75 in favore della Cassa di disoccupazione OCST con decisione del 30 aprile 2019, confermata su opposizione il 26 agosto 2019.
B.
Con sentenza del 1° settembre 2021 il Tribunale amministrativo federale, Corte II, ha respinto il ricorso di A._ Sagl contro la decisione su opposizione.
C.
A._ Sagl presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo sostanzialmente, previa concessione dell'effetto sospensivo, in via principale di ridurre la condanna alla restituzione a fr. 9921.-. In via subordinata propone il rinvio della causa al Tribunale amministrativo federale per nuovo giudizio.
La SECO postula la reiezione del ricorso e della domanda di effetto sospensivo, mentre il Tribunale amministrativo federale rinuncia a presentare osservazioni.
Diritto:
1.
1.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti operato dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto oppure in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF; DTF 142 I 135 consid. 1.6).
1.2. Nell'ambito dell'accertamento dei fatti il giudice di merito dispone di un ampio margine di apprezzamento. Per la censura di accertamento manifestamente inesatto dei fatti vige il principio dell'allegazione. Il ricorrente deve esporre in maniera chiara e dettagliata le sue censure, in caso contrario il Tribunale federale non può entrare nel merito del ricorso (art. 106 cpv. 2 LTF; DTF 144 V 50 consid. 4.1 con riferimento). Un accertamento di fatto non è già manifestamente inesatto quando sorgono dubbi, ma solo quando è chiaramente e vistosamente errato. Non si realizza una manifesta inesattezza solo perché non viene presa in considerazione un'altra soluzione, anche se quest'ultima sembra essere quella più plausibile. Questi principi valgono anche per la valutazione concreta delle prove. Il Tribunale federale interviene in questa evenienza solo in caso di arbitrio, in particolare se l'istanza inferiore trae conclusioni palesemente insostenibili, trascura prove significative o ignora tali prove senza motivo (DTF 144 V 50 consid. 4.2 con riferimenti).
2.
Oggetto del contendere è sapere se la sentenza impugnata, che conferma l'obbligo integrale di restituzione ordinato dalla SECO, sia lesiva del diritto federale.
3.
3.1. Secondo l'art. 83 cpv. 1 LADI, l'ufficio di compensazione dell'assicurazione contro la disoccupazione fra l'altro verifica i pagamenti delle casse o ne affida la revisione, in tutto o in parte, ai Cantoni o a un altro ente (lett. d) e sorveglia le decisioni del servizio cantonale (lett. l). La SECO dirige l'ufficio di compensazione (art. 83 cpv. 3 LADI). Secondo l'art. 110 cpv. 4 OADI, l'ufficio di compensazione e gli uffici fiduciari da esso incaricati controllano per sondaggio presso i datori di lavoro le indennità pagate per lavoro ridotto e per intemperie. A norma dell'art. 83a LADI, l'ufficio di compensazione, se accerta che le prestazioni legali non sono state applicate o non sono state applicate correttamente, impartisce alla cassa o al servizio cantonale competente le istruzioni necessarie (cpv. 1). In materia di controllo dei datori di lavoro decide l'ufficio di compensazione; la cassa si occupa dell'incasso (cpv. 3). L'art. 83a LADI è stato introdotto con la revisione legislativa del 22 marzo 2002, entrata in vigore il 1° luglio 2003 (RU 2003 1755). Con questa normativa, il legislatore ha inteso rendere più razionale, più trasparente e più chiaro il processo di controllo dei datori di lavoro e introdurre una competenza dell'ufficio di compensazione, dal momento che nella disciplina previgente tale operazione era svolta dalle casse su istruzione vincolante della SECO (FF 2001 1967, 2018; sentenze 8C_157/2019 dell'11 settembre 2019 consid. 7.1 e 7.2 e 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 3.1; BORIS RUBIN, Commentaire de la loi sur l'assurance-chômage, 2014, n. 4 segg. e 12 ad art. 83a LADI; THOMAS NUSSBAUMER, Arbeitslosenversicherung, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, 2016, nota marginale n. 936).
3.2. A norma dell'art. 42 cpv. 1 LADI, i lavoratori occupati in rami in cui sono usuali perdite di lavoro dovute ad intemperie hanno diritto all'indennità per intemperie se: sono soggetti all'obbligo di contribuzione all'assicurazione contro la disoccupazione o non hanno ancora raggiunto l'età minima per l'obbligo di contribuzione nell'AVS (lett. a) e subiscono una perdita di lavoro computabile (lett. b; art. 43). Prescindendo dai casi di esclusione dell'art. 43a LADI, secondo l'art. 43 cpv. 1 LADI la perdita di lavoro è computabile se: è causata esclusivamente da condizioni meteorologiche (lett. a), la continuazione dei lavori, pur con misure protettive sufficienti, è tecnicamente impossibile o economicamente insostenibile o non si può ragionevolmente esigerla dai lavoratori (lett. b) ed è annunciata regolarmente dal datore di lavoro (lett. c). Per l'art. 44 LADI il calcolo dell'indennità si conforma all'art. 34 LADI (relativo all'indennità per lavoro ridotto [ILR]) : essa ammonta all'80 per cento della perdita di guadagno computabile. Sempre per analogia all'ILR, non hanno diritto all'indennità per intemperie i lavoratori, la cui perdita di lavoro non è determinabile o il cui tempo di lavoro non è sufficientemente controllabile (art. 31 cpv. 3 lett. a LADI). In esecuzione dell'art. 31 cpv. 3 lett. a LADI, l'art. 46b OADI prevede che la perdita di lavoro può essere sufficientemente controllabile solo se le ore di lavoro sono controllate dall'azienda (cpv. 1). Il datore di lavoro conserva durante cinque anni i documenti relativi al controllo delle ore di lavoro (cpv. 2).
3.3. A diverse riprese il Tribunale federale ha stabilito che l'esigenza della sufficiente controllabilità del tempo di lavoro, riservate eccezioni non realizzate in concreto (cessazione dell'attività per ordine dell'autorità; sentenza C 59/01 del 5 novembre 2001 consid. 2b), è adeguatamente garantita solo con una registrazione giornaliera continua ("fortlaufend") e in tempo reale ("echtzeitlich") del tempo di lavoro sulle ore di lavoro prestate effettivamente, senza che tali circostanze possano essere sostituite da documenti allestiti a posteriori. Al riguardo le ore di lavoro non devono necessariamente essere registrate con un sistema meccanizzato, elettronico o informatico. Determinanti sono soltanto una presentazione sufficientemente dettagliata e una rilevazione giornaliera dei dati avvenuta simultaneamente (in tempo reale) al momento in cui le ore sono svolte (sentenze 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 5.1; 8C_26/2015 del 5 gennaio 2016 consid. 4.2.2; 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 4.2; sentenza C 269/03 del 25 maggio 2004 consid. 3.1; C 35/03 del 25 marzo 2004; C 260/00 del 22 agosto 2001; C 229/00 del 30 luglio 2001; NUSSBAUMER, n. 550; RUBIN, n. 35 ad art. 31 LADI; BARBARA KUPFER BUCHER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum AVIG, 2019, pag. 260 seg.). A posteriori l'allestimento di piani di lavoro o la sottoscrizione di dichiarazioni scritte dei dipendenti sull'effettiva presenza sul luogo di lavoro non hanno la medesima valenza di una rilevazione simultanea del tempo di lavoro. La sufficiente controllabilità del tempo di lavoro di cui all'art. 31 cpv. 3 lett. a LADI in quest'ultima evenienza non è soddisfatta (sentenze 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 5.1; 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 4.2; C 115/06 del 4 settembre 2006 consid. 2.2; C 64/04 del 19 agosto 2004 consid. 2.1; C 61/01 del 10 marzo 2003 consid. 2; C 277/98 del 15 febbraio 1999 consid. 2, pubblicata in ARV 1999 n. 34 pag. 200; KUPFER BUCHER, pag. 263 seg.).
3.4. Tale normativa vuole così assicurare che le perdite di lavoro siano effettivamente verificabili in ogni momento per gli organi di esecuzione dell'assicurazione contro la disoccupazione (sentenze 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 3.1; 8C_26/2015 del 5 gennaio 2016 consid. 2.3; 8C_334/2013 del 15 novembre 2013 consid. 2; 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 5 e 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 2; C 140/02 dell'8 ottobre 2002 consid. 3.1 e C 59/01 del 5 novembre 2001 consid. 2b; KUPFER BUCHER, pag. 262; una lista presenze dei dipendenti non è sufficiente: NUSSBAUMER, n. 550). Si tratta di una situazione simile all'obbligo della contabilità commerciale (art. 957 CO). Infatti, chi è tenuto alla contabilità commerciale deve rispettare i principi della tenuta regolare dei conti (art. 957a cpv. 2 CO), in caso contrario, stravolgerebbe il suo scopo intrinseco, ossia esporre la situazione economica dell'impresa in modo tale da consentire ai terzi di farsene un'opinione attendibile (art. 958 cpv. 1 CO). Trasponendo in maniera figurata questi principi, la controllabilità della perdita di lavoro può essere attendibile soltanto se, prescindendo da errori isolati, i quali possono succedere, non emerge alcuna inesattezza (sentenze 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 3.1 e 5.1 e 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 4.2.2 con riferimenti; RUBIN, n. 36 ad art. 31 LADI).
3.5. Nel sistema dell'assicurazione contro la disoccupazione, il datore di lavoro non può comunque dedurre alcunché dalla concessione (senza riserve) delle prestazioni. È vero, secondo l'art. 48 cpv. 1 LADI la cassa verifica i presupposti per il pagamento dell'indennità per intemperie (art. 42 e 43). Compete invece al servizio cantonale (art. 45 cpv. 4 LADI), se ha dubbi sulla computabilità della perdita di lavoro, procedere agli adeguati chiarimenti. Se non considera computabile la perdita di lavoro o se l'annuncio è tardivo, si oppone mediante decisione al pagamento dell'indennità per intemperie. Il servizio cantonale informa, in ogni caso, il datore di lavoro e la cassa da questo designata. Nella prassi, dall'esame del servizio cantonale non ci si attende un'opposizione (DTF 124 V 75 consid. 4b/bb; 119 V 370 consid. 4a). Motivi per ulteriori accertamenti possono quindi sorgere da un controllo a campione del datore di lavoro ordinato dall'ufficio di compensazione dell'assicurazione contro la disoccupazione. In modo particolare, la legalità delle prestazioni percepite si può accertare unicamente alla luce di documenti relativi all'attività dell'azienda, ossia sostanzialmente solo da un sufficiente sistema di registrazione delle ore di lavoro (sentenze 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 6.2.1.2; 8C_1026/2008 del 30 giugno 2009 consid. 4.2.2; C 64/04 del 19 agosto 2004 consid. 2.1).
3.6. Inoltre, compete ai datori di lavori (cioè a chi chiede le prestazioni) informarsi presso le casse sulle condizioni per il versamento di prestazioni, procurandosi e leggendo attentamente i relativi opuscoli informativi (e i formulari per la richiesta prestazioni; sentenza 8C_26/2015 del 5 gennaio 2016 consid. 5.3 con riferimenti) con la dovuta diligenza e in caso di dubbio di rivolgersi agli uffici competenti con domande circostanziate. Se il datore di lavoro non lo fa o vi rinuncia, sopporta gli svantaggi connessi al suo agire (sentenze 8C_121/2012 dell'11 giugno 2012 consid. 3.4; C 115/06 del 4 settembre 2006 consid. 3; C 82/04 del 30 dicembre 2004 consid. 4 und C 269/03 del 25 maggio 2004 consid. 3.2). Occorre anche ricordare che né le casse né i servizi cantonali sono tenuti a effettuare controlli regolari e sistematici al momento dell'inoltro della domanda di prestazioni o mentre sono versate (proprio perché non si deve fare subire qualsiasi ritardo nel pagamento di prestazioni a danno dei lavoratori e degli impiegati interessati). Le autorità nemmeno sono obbligate a dovere indicare al datore di lavoro che i conteggi prodotti non sono sufficienti a fronte delle condizioni legali del diritto alle prestazioni (sentenze 8C_26/2015 del 5 gennaio 2016 consid. 5.3 e C 208/02 del 27 ottobre 2003 consid. 4.2 e 4.3). Il versamento ripetuto di prestazioni non quindi permette al datore di lavoro di credere di essere tutelato nella sua buona fede e con ciò che sia esclusa una successiva restituzione in presenza di irregolarità (sentenza 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 6.2.1.2).
3.7. È proprio nella natura stessa delle ILR o delle indennità per intemperie che l'onere della prova compete al datore di lavoro, da cui ci si attende una tenuta corretta, completa delle ore e possibilmente senza inesattezze (sentenze 8C_26/2015 del 5 gennaio 2016 consid. 2.3; 8C_334/2013 del 15 novembre 2013 consid. 2; 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 5; 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 2; C 140/02 dell'8 ottobre 2002 consid. 3.1 e C 59/01 del 5 novembre 2001 consid. 2b; RUBIN, n. 37 ad art. 31 LADI).
Riassumendo, in altre parole, il datore di lavoro deve costantemente tenere aggiornate giornalmente e in tempo reale le perdite di lavoro, poiché l'ufficio di compensazione potrebbe effettuare un controllo a campione in ogni momento. È vero l'accertamento dei fatti compete all'autorità amministrativa (art. 52 LPGA), ma è anche vero che al datore di lavoro incombe l'onere della prova (cfr. art. 43 cpv. 2 e 3 LPGA e anche art. 13 lett. a PA). Logica conseguenza di tutto ciò è che il datore di lavoro deve conservare con cura tutti i documenti, allestiti in tempo reale, per cinque anni e su richiesta dell'ufficio di compensazione debba presentarli senza indugio. Nell'ipotesi in cui il datore di lavoro non riuscirà a convincere nel suo complesso, analogamente a una corretta contabilità, l'amministrazione non potrà che pretendere in restituzione la globalità dell'importo contestato, dato che la condizione legale della controllabilità non è adempiuta (cfr. sentenze 8C_16/2020 del 30 marzo 2020 consid. 1.4.5 e sentenza 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 6.2.2; RUBIN, n. 38 ad art. 31 LADI).
4.
4.1. Il Tribunale amministrativo federale, convenendo con l'osservazione della SECO, ha constatato che la copia dei rapporti orari fosse di scarsa qualità. In conformità con le spiegazioni della SECO, le giornate per le quali è stata rivendicata la perdita di lavoro per intemperie sono state contrassegnate con un evidenziatore. Sulla fotocopia in bianco e nero non è però possibile verificare eventuali alteramenti di un testo originale preesistente sotto l'evidenziazione. Già questa situazione fa sollevare dubbi sull'attendibilità del rapporto orario corrispondente.
4.2. La ricorrente contesta la scarsa qualità dei bollettini. Essi sarebbero ordinati, puliti, chiari e di immediata comprensione. Si sarebbe provveduto a fotocopiare gli stessi proprio perché l'originale sarebbe stato spesso compilato direttamente sul cantiere dagli operai al termine dell'orario di lavoro. Trattasi di persone che hanno l'abitudine di allestire rapporti sui cantieri, su fogli spesso improvvisati, i quali sono poi riposti stropicciati, sdruciti o lisi. Proprio per questa ragione la ricorrente li avrebbe fotocopiati e poi avrebbe conservato la copia. La ricorrente contesta che i bollettini di lavoro originali presentassero evidenziature, queste ultime non riscontrabili su una copia bianca e nera: o non hanno evidenziatura o essa è riscontrabile. Ciò che non è possibile verificare è tutt'al più il colore dell'evidenziatura.
4.3. L'accertamento del Tribunale amministrativo federale non è in alcuna maniera insostenibile. Infatti, agli atti vi sono soltanto fotocopie in bianco e nero da cui risultano evidenziature, peraltro visivamente in parte ripassate più volte. Non di rado poi la tonalità dell'evidenziatura in alto (stante a indicare le intemperie) è diversa da quella poi effettivamente indicata nei calendari. Non si può sostenere che sia manifestamente inesatta la conclusione della Corte federale di primo grado secondo cui la qualità dei rapporti orari sia scarsa (intesa come qualità dell'informazione). A dire il vero mal si comprende perché anche il foglio originale, ancorché in pessimo stato, non sia stato conservato. Così facendo invece, non si possono escludere manomissioni successive. Il dubbio sull'attendibilità del rapporto orario confermato dai primi giudici permane.
5.
5.1. Il Tribunale amministrativo federale ha riconosciuto la restituzione di indennità versate per motivi estranei alle condizioni meteorologiche (art. 42 cpv. 1 lett. b e 43 cpv. 1 lett. a LADI). La ricorrente in parte non contesta la restituzione di alcuni importi, ma solleva alcune contestazioni puntuali per alcuni dipendenti.
5.2.
5.2.1. Per il dipendente B._, il Tribunale amministrativo federale ha osservato che il certificato medico deposto agli atti dimostra che egli si trovava in infortunio dal 21 novembre 2017 fino al 3 dicembre 2017. Per quanto attiene alle indennità richieste dal 5 al 22 dicembre 2017, i primi giudici hanno obiettato che non si trova agli atti preliminari il rapporto orario del dipendente menzionato. Di conseguenza, non è possibile verificare la realtà e l'ampiezza delle ore perse dovute ad intemperie indicate nei rapporti delle ore perse e nei conteggi per il mese di dicembre 2017 e, contrariamente a quanto fatto valere dalla ricorrente, il diritto all'indennità non può essere riconosciuto.
5.2.2. La ricorrente fa notare come la SECO nella decisione su opposizione del 26 agosto 2019 ammetterebbe che l'indennità per intemperie del 4 dicembre 2017 debba essere riconosciuta, visto che il collaboratore è rientrato al lavoro il 4 dicembre 2017. Le 107 ore vanno quindi accettate.
5.2.3. È vero, la SECO nella decisione su opposizione del 26 agosto 2019 afferma che "l'indennità per intemperie del 4 dicembre 2017 (...) deve essere riconosciuta". Tuttavia, la ricorrente non si confronta con l'accertamento del Tribunale amministrativo federale secondo cui non è possibile ricavare la realtà e l'ampiezza degli atti (consid. 1.2). In tali condizioni, non è possibile dare seguito alla critica della ricorrente.
5.3.
5.3.1. Per quanto attiene al dipendente C._ per il quale era stata richiesta un'indennità per intemperie tra il 21 e il 31 maggio 2018, il Tribunale amministrativo federale ha accertato che dagli atti preliminari fosse ravvisabile che la persona interessata non poteva svolgere alcuna attività lavorativa a partire dal 21 maggio 2018. Secondo la conferma dell'istituto medico responsabile, le cure previste avrebbero avuto una durata indicativa dai 4 ai 6 mesi. Lo stesso lavoratore aveva dichiarato l'impossibilità al lavoro nel formulario "Indicazioni della persona assicurata per il mese di maggio 2018" dal 21 al 31 maggio 2018. Oltretutto risulta dal fascicolo della SECO che la sorella dell'interessato, munita di procura, aveva autorizzato l'Ufficio regionale di collocamento (URC) ad annullare il dossier corrispondente a partire dal 21 maggio 2018 a causa di malattia di lunga durata. Contrariamente alle affermazioni della ricorrente, secondo i primi giudici nel dossier relativo al lavoratore in questione manca il rapporto orario per il mese di maggio 2018. Non sarebbe quindi possibile controllare la realtà e l'ampiezza delle ore perse. La dichiarazione di presenza del dipendente, depositata dalla ricorrente con il ricorso precedente, oltre ad essere in completa contraddizione con i giustificativi contenuti negli atti della SECO, non può essere considerata, dal momento che il rilevamento dell'orario di lavoro non può, per prassi costante, essere sostituito con documenti esibiti soltanto a posteriori. Il mancato riconoscimento al diritto all'indennità risulta pertanto difendibile per il Tribunale amministrativo federale.
5.3.2. La ricorrente sottolinea che agli atti della SECO sarebbe presente una dichiarazione di un'organizzazione non lucrativa di utilità sociale italiana con la quale due medici dichiarano che C._ avrebbe preso parte a un percorso di disintossicazione e riabilitazione presso il loro centro dal 21 maggio 2018. La ricorrente fa notare come tale documento non rechi data e preveda un periodo indicativo del percorso riabilitativo. A ciò si aggiunga che l'autorizzazione dell'URC per la chiusura dell'incarto è stata concessa dal 21 maggio 2018 e non prima. La ricorrente non comprende perché le indennità da lei rivendicate almeno fino al 21 maggio 2018 non debbano esserle riconosciute.
5.3.3. Nuovamente la ricorrente non si confronta compiutamente con i considerandi della sentenza impugnata. Non contesta (consid. 1.2) l'accertamento del Tribunale amministrativo federale che ha constatato l'assenza del rapporto orario per il mese di maggio 2018. Dinanzi ai giudici precedenti, la ricorrente ha tentato di colmare tale mancanza con una dichiarazione scritta di C._. Il documento non è stato allestito simultaneamente alla richiesta di prestazioni, ma più di un anno dopo il periodo determinante. Dal successivo ricovero in clinica di C._ la ricorrente non può dedurre alcunché al riguardo. I primi giudici potevano quindi, senza ledere il diritto federale, concludere che anche per tale dipendente l'orario di lavoro non fosse rilevabile.
5.4.
5.4.1. Per il dipendente D._, la ricorrente aveva chiesto l'indennità per intemperie nei giorni 2, 3, 7, 8, 11, 14, 22, nonché 28 e 29 maggio 2018. Secondo il Tribunale amministrativo federale, i certificati medici di cui all'incarto SECO attestano un'inabilità al lavoro del lavoratore dal 15 al 27 maggio 2018. A fronte di ciò, la ricorrente ammette la restituzione delle indennità percepite il 22 maggio 2018, ma non delle rimanenti indennità versate. Tuttavia, secondo la sentenza impugnata il rapporto orario del lavoratore in questione, oltre ad essere difficilmente leggibile ed impedire in questo modo la verifica di eventuali modifiche del testo preesistente, lascia supporre che il 2 e il 3 maggio 2018 egli abbia svolto la sua attività lavorativa, poiché nelle caselle riferite a queste date manca l'evidenziatura "intemperie". I primi giudici hanno rilevato che gli annunci della perdita di lavoro dovuta ad intemperie per il mese di maggio 2018, conformemente ai rispettivi formulari, riguardavano i cantieri di S._ e T._, mentre nel rapporto orario del dipendente per i giorni 28 e 29 maggio 2018 è riportato ''U._". A mente della Corte federale di primo grado, il ragionamento della ricorrente di insistere ad ammettere la restituzione dell'indennità per il 22 maggio 2018 non può dunque essere seguito, perché si trova in contrasto con l'obbligo del datore di lavoro di stabilire, in modo preciso e pressoché esatto, l'entità della riduzione che ha dato luogo ad indennizzare ciascun dipendente beneficiario dell'indennità. È perciò sostenibile, alla luce delle contraddizioni tra i giorni per cui era stata chiesta l'indennità e il rapporto orario del dipendente, che l'amministrazione abbia negato il diritto anche a tutte le altre indennità rivendicate per lo stesso periodo.
5.4.2. La ricorrente afferma di avere già ampiamente ammesso il rimborso pari a fr. 357.65, ovvero dell'indennità per intemperie ricevuta per il giorno 22 maggio 2018, ritenuto che il dipendente si trovava in malattia dal 17 al 27 maggio 2018. Sarebbe però lesivo del diritto pretendere la restituzione di tutte le indennità richieste per il dipendente e il periodo in questione, per il solo fatto che la ricorrente abbia commesso un errore, rivendicando l'indennità per un giorno non dovuto. Il Tribunale amministrativo federale sbaglierebbe inoltre quando dichiara che la domanda per l'ottenimento delle indennità di intemperie presentata dalla ricorrente per il mese di maggio 2018 toccava esclusivamente i cantieri di S._ e T._. Nella domanda a cui fanno riferimento i primi giudici sono indicati altresì i cantieri di V._, W._ e X._. Il documento sarebbe presente nel fascicolo della SECO e riguarda la domanda di indennità per intemperie per il mese di novembre 2018, mentre il periodo che interessa è maggio 2018. Già da qui vi sarebbe un errore nell'analisi dei fatti. Infatti, nell'incarto della SECO sarebbe presente la richiesta presentata dalla ricorrente per il mese di maggio 2018; in essa non sono indicati i luoghi di lavoro. La Corte federale di primo grado si dilungherebbe poi criticando il sistema di controllo, senza però affermare positivamente come si dovrebbe comportare il datore di lavoro.
5.4.3. Le evidenziature sul rapporto orario del mese di maggio 2018 di D._ hanno tonalità differenti. Le prime (7, 8, 11 e 14 maggio 2018) sono più scure e apparentemente ripassate più volte, mentre le altre (22, 28 e 29 maggio 2018) sono più chiare e identiche quelle dell'evidenziatura in alto con l'indicazione "intemperie". Non è quindi insostenibile concludere che il documento sia difficilmente leggibile. Anzi, permangono insopprimibili dubbi sulla corretta compilazione. L'incongruenza sui luoghi di lavoro tra rapporto orario del mese e la decisione concernente l'indennità per intemperie è stata anche accertata senza arbitrio. Rettamente i primi giudici non hanno dedotto alcunché dal riconoscimento dell'errore per il 22 maggio 2018, poiché è irrilevante. Anche in questa eventualità, i primi giudici non hanno leso il diritto federale stabilendo la non controllabilità del tempo di lavoro.
5.5.
5.5.1. Per il dipendente E._ il Tribunale amministrativo federale ha osservato che dall'incarto emerge come egli abbia prestato servizio militare dal 13 novembre 2017 all'8 dicembre 2017 e dal 12 al 30 novembre 2018. Se sul rapporto orario del mese di novembre 2017 l'assenza per servizio militare è indicata in modo evidente, nei rapporti orari relativi ai mesi di dicembre 2017 e novembre 2018 vengono invece dichiarate, mediante marcatura, perdite di lavoro dovute ad intemperie. Alla luce di queste incongruenze i primi giudici non hanno ritenuto criticabile l'operato della SECO che non ha riconosciuto il diritto alle indennità per questo dipendente. Secondo loro l'inaffidabilità del controllo del tempo di lavoro è tale che non possono essere ammesse le perdite di lavoro fatte valere nei periodi successivi o precedenti la prestazione del servizio militare.
5.5.2. La ricorrente osserva che la premessa del Tribunale amministrativo federale non collimerebbe in alcun modo con le dichiarazioni espresse dal dipendente. I primi giudici non indicherebbero che la marcatura non sia chiara o non permetta di verificare l'assenza del dipendente sul cantiere, limitandosi a mettere in luce che l'indicazione delle ore perse per intemperie viene effettuata mediante marcatura (cosa peraltro sempre fatta dalla ricorrente e riscontrata anche negli altri casi). La ricorrente non comprende dunque per quale motivo sulla base di queste premesse si arrivi a negare totalmente il suo diritto alle indennità. La ricorrente ricorda che ha già ammesso l'errore in sede di opposizione: la stessa avrebbe dunque dovuto rivendicare indennità per intemperie soltanto per 75 ore; la medesima ha ammesso dunque un rimborso limitato pari a fr. 686.40. Per l'anno 2018, la ricorrente avrebbe rivendicato indennità per intemperie per 96 ore: in realtà, è già stato dichiarato che la stessa avrebbe potuto rivendicare solo 40 ore, ritenuto che dal 12 al 30 novembre 2018 il dipendente prestava servizio militare: la ricorrente ammette dunque un rimborso pari ad un massimo di fr. 550.15. Ad esclusione dei periodi sopra indicati dunque le indennità per intemperie per E._ devono essere riconosciute.
5.5.3. La ricorrente non nega di avere chiesto indennità per intemperie mentre E._ era impegnato a svolgere servizio militare. Di nuovo le dichiarazioni a posteriori del dipendente non sono di soccorso alla ricorrente e non sono atte a ritenere insostenibili gli accertamenti del Tribunale amministrativo federale. Le numerose incongruenze per il dipendente E._ portano infatti a concludere legittimamente che la controllabilità del suo orario di lavoro non sia in alcun modo adempiuto.
5.6. Il Tribunale amministrativo federale, seguendo l'operato della SECO, ha messo in luce ulteriori episodi atti a confortare l'inattendibilità del controllo del tempo di lavoro svolto dalla ricorrente.
5.7.
5.7.1. Il Tribunale amministrativo federale ha preso atto che secondo le fatture emesse dalla società che rifornisce di carburante alla ricorrente, il 2, 7, 8, 11, 22 e 29 maggio 2018 e il 8, 12, 13, 20 e 22 novembre 2018 hanno avuto luogo diversi pieni di carburante. Queste date corrispondono ampiamente a quelle per le quali la ricorrente ha rivendicato perdite di lavoro dovute ad intemperie nei mesi di maggio e novembre 2018 e successivamente percepito le relative indennità. Tali perdite di lavoro sono state annunciate ed indennizzate per 15 dipendenti nel mese di maggio 2018 e per 16 dipendenti nel mese di novembre 2018. I primi giudici hanno affermato che i rifornimenti di carburante, da considerare tempo di lavoro, non sono evincibili dai rispettivi rapporti orari. Le domande sollevate dalla ricorrente se i dipendenti, una volta saliti sui vari veicoli e constatato la necessità di un rifornimento di carburante, non avrebbero dovuto utilizzarli o avrebbero dovuto invece recarsi al lavoro ed avvedersi se fosse o meno possibile svolgere l'attività lavorativa, non convincono e non fanno altro che distrarre dal vero nocciolo del problema. Inoltre, la ricorrente non menziona se i 15 rispettivamente 16 lavoratori interessati formano la totalità dei dipendenti oppure se ve ne erano altri per i quali non era stata rivendicata l'indennità per intemperie, non riuscendo quindi a ridimensionare la portata della contraddizione constatata dall'amministrazione. Al riguardo la Corte federale di primo grado ha ricordato che per prassi le dichiarazioni a posteriori formulate dai dipendenti, secondo cui essi non avrebbero prestato alcuna attività lavorativa, non possono essere considerate poiché sono insufficienti per colmare le lacune risultanti da un sistema di controllo del tempo di lavoro impreciso ed inattendibile. Resta pertanto fermo che la ricorrente fino ad oggi non è riuscita a dissipare i dubbi sulle incongruenze tra i rapporti orari dei collaboratori interessati e la situazione di fatto riscontrata dall'autorità inferiore. Sommate alle irregolarità già tematizzate e a quelle a venire, non è criticabile che la SECO abbia concluso alla mancata affidabilità del controllo del tempo di lavoro.
5.7.2. La ricorrente ritiene del tutto infondate le recriminazioni del Tribunale amministrativo federale. Il nocciolo della questione non sarebbe quella di sapere a che ora i rifornimenti di carburante sono stati effettuati, bensì se, nei giorni in cui sono stati effettuati i rifornimenti, i dipendenti hanno lavorato e se dunque alla ricorrente spettasse o no il diritto alle indennità per intemperie dalla stessa rivendicato. Le dichiarazioni dei dipendenti, allegate nella procedura precedente, non hanno lo scopo di colmare lacune di un sistema di controllo del tempo impreciso e inattendibile, bensì quello di comprovare quanto preteso. La ricorrente ha dato prova, con ogni mezzo a sua disposizione, delle ore perse, rispettivamente lavorate dai suoi dipendenti. La ricorrente rileva che sarebbe stato ragionevolmente impossibile ricostruire l'esatto orario in cui sono avvenuti i rifornimenti, se non su base indicativa. Non va infatti dimenticato che la ricorrente ha prodotto agli atti ben 18 pagine di dichiarazioni dei dipendenti che hanno confermato la sua versione. I primi giudici si limiterebbero peraltro a ritenere le prove addotte dalla ricorrente insufficienti, senza spiegare per quale motivo le definisca tali. Come già ampiamente asserito durante le procedure precedenti, gli operai si sarebbero recati a fare il pieno di carburante e solo successivamente avrebbero scoperto di non poter lavorare a causa delle condizioni climatiche avverse. Le indennità per intemperie rivendicate per i giorni 2, 7, 8, 11, 22, 29 maggio 2018, nonché quelle rivendicate per i giorni 8, 12, 13, 20, 22 novembre 2018 andrebbero quindi integralmente riconosciute alla ricorrente.
5.7.3. La ricorrente non contesta che in 11 giorni in cui sono state chieste e ottenute indennità per intemperie vi siano stati pieni di carburante. La ricorrente non si confronta con il principio secondo cui i pieni di carburante sono considerati tempo di lavoro. Nemmeno si confronta sul rimprovero mosso dalla Corte federale di primo grado sull'organico dell'azienda, a sapere se fossero tutti i dipendenti o solo una parte. Contrariamente all'assunto della ricorrente non è irrilevante sapere tale informazione. Le dichiarazioni successive dei dipendenti, allestite in serie e dal testo pressoché identico, non sono sufficienti a sovvertire le conclusioni dei primi giudici. In queste condizioni non lede il diritto federale concludere per l'inaffidabilità del controllo del tempo di lavoro.
5.8.
5.8.1. Il Tribunale amministrativo federale ha fatto proprio l'accertamento della SECO secondo cui alla ricorrente erano state inflitte due multe di parcheggio il 12 e 22 novembre 2018 nei pressi di un cantiere per il quale la ricorrente aveva annunciato una perdita di lavoro per intemperie. L'orario di impartizione delle multe (09.30 e 11.15) si troverebbe ben oltre il consueto inizio del lavoro nel settore edile ed entrerebbe in contraddizione con la dichiarazione della mancata attività a causa di intemperie. Secondo i primi giudici tale conclusione corrisponde del resto ai documenti inseriti negli atti preliminari. Le date delle multe coincidono anche con quelle per le quali la ricorrente ha fatto valere ore perse dovute ad intemperie per 16 collaboratori, conformemente all'annuncio da lei effettuato e percependo poi le rispettive indennità. Le multe sono state inflitte nello stesso Comune in cui sorgeva un cantiere della ricorrente per il quale la medesima aveva annunciato una perdita di lavoro. Al riguardo è stato rimproverato alla ricorrente di non precisare se i 16 lavoratori interessati formassero la totalità dei dipendenti oppure se ve ne fossero altri per i quali non era stata rivendicata l'indennità per intemperie. Alla luce delle incoerenze già trattate e di quelle successive, secondo il Tribunale amministrativo federale gli argomenti della ricorrente non sono in grado di fugare i dubbi sulla contraddittorietà accertata e l'affidabilità del sistema di controllo del tempo di lavoro).
5.8.2. La ricorrente sostiene che sulle multe ricevute durante i giorni per i quali sono state rivendicate indennità per intemperie, l'orario in cui le stesse sono state inflitte non può inficiare il diritto della ricorrente alle indennità per intemperie. Ciò in virtù del fatto che gli operai durante quei giorni non hanno lavorato, indipendentemente dal fatto che gli stessi si siano recati a casa immediatamente dopo aver constatato l'impossibilità di lavorare o dopo essersi bevuti (per una mezz'oretta al massimo) un caffè. Il fatto che le infrazioni siano state commesse a W._, luogo nel quale la ricorrente aveva aperto un cantiere, comproverebbe ancora di più che i dipendenti si trovavano nei pressi del luogo di lavoro e dopo aver constatato l'impossibilità di lavorare, a causa delle condizioni climatiche, gli stessi si siano recati a casa. Inoltre, la circostanza che la ricorrente abbia presentato la domanda di indennità per intemperie per taluni dipendenti imporrebbe di dimostrare l'autenticità e la correttezza della richiesta solo per quei dipendenti. La questione toccherebbe solo la ricorrente stessa. Le indennità per intemperie rivendicate nei giorni 12 e 22 novembre 2018 vanno pertanto riconosciute.
5.8.3. Le critiche della ricorrente non tentano di dimostrare in alcun modo l'insostenibilità degli accertamenti di fatto del Tribunale amministrativo federale. A ciò si aggiunga che la contravvenzione del 12 novembre 2018 alle 11.15 menziona quale motivo della multa "superamento della durata di parcheggio fino a due ore". Questo sta a significare che quel giorno l'autoveicolo era stato posteggiato al più tardi verso le ore 09.00. Ciò non collima in alcun modo con le ragioni addotte in sede federale dalla ricorrente. Nuovamente il ricorso è destinato all'insuccesso.
5.9.
5.9.1. Il Tribunale amministrativo federale ha stabilito, rinviando al fascicolo, che le date degli interventi fatturati dalla ricorrente corrispondono ampiamente a quelle per le quali ha fatto valere, e le è stata riconosciuta dalla Cassa, una perdita di lavoro per un totale di 15 dipendenti. Si tratta della fattura (313) per l'azienda F._ SA per interventi del 2 maggio 2018 e della fattura (320) per l'azienda G._ SA riguardo a opere svolte il 25 maggio 2018 (2 operai) e il 28 maggio 2018 (1 operaio). I primi giudici hanno poi scartato le dichiarazioni presentate a posteriori. Visto che i collaboratori H._ e C._ non disponevano di un rapporto orario per quel periodo, occorreva concludere come non fosse possibile stabilire quali collaboratori avrebbero effettuato quelle ore di lavoro. Secondo la Corte federale di primo grado, invano la ricorrente si è prevalsa di documenti che non possono evidentemente essere parificati a un sistema di controllo del tempo di lavoro adeguato, il quale permetterebbe di verificare le indicazioni date sulla perdita di lavoro annunciata a causa di intemperie. Si doveva quindi concludere per l'inaffidabilità del controllo del tempo di lavoro in considerazione di tutte le incongruenze.
5.9.2. La ricorrente tiene a sottolineare ancora, come nelle precedenti procedure, che una data di fatturazione non debba necessariamente corrispondere al momento del lavoro in cantiere. Non è infatti inusuale che un appaltatore fatturi un determinato giorno una prestazione eseguita prima o che verrà successivamente realizzata. Qualora dovessero rimanere degli interrogativi, ogni dubbio sarebbe comunque stato dissipato dalle dichiarazioni, impropriamente scartate dai primi giudici perché posteriori, delle committenti stesse, le quali hanno entrambe confermato che il giorno della fatturazione non vi erano operai della ricorrente sul cantiere. Anzi, sarebbe proprio il maltempo che ha permesso alla ricorrente, o meglio al suo socio e gerente, di ritagliarsi il tempo per fatturare. Sia per contratto sia per pagamenti tramite credito costruzione, è possibile, come nella fattispecie, che il datore di lavoro abbia incassato acconti mensili dal committente ma, allo stesso tempo, non abbia effettuato tutto il lavoro richiesto, per ritardi sul cantiere e/o per impossibilità metereologica. La ricorrente rimprovera al Tribunale amministrativo federale di non avere differenziato la fatturazione dall'operatività in cantiere. I dipendenti H._ e C._ hanno oltretutto confermato di non aver lavorato nei giorni 2, 25 e 28 maggio 2018.
5.9.3. La ricorrente si limita sostanzialmente a formulare ipotesi, ma non cerca di dimostrare l'insostenibilità degli accertamenti del Tribunale amministrativo federale. Non c'è alcun elemento oggettivo atto a sostenere tale assunto, se non le oltremodo succinte dichiarazioni di G._ SA del 29 maggio 2019 e di F._ SA del 31 maggio 2019 allestite un anno dopo gli interventi. Alla luce di tale accertamento non manifestamente inesatto, la Corte federale di primo grado poteva concludere per l'inaffidabilità del sistema di controllo del tempo della ricorrente.
5.10.
5.10.1. Il Tribunale amministrativo federale ha dato atto delle incongruenze accertate dalla SECO tra gli acconti ricevuti dalla ricorrente dai rispettivi committenti per i cantieri a Y._, Z._ e V._ e il numero di ore lavorate risultanti dai rapporti orari. Le ore di lavoro dichiarate sui rapporti orari sarebbero troppo esigue per spiegare l'ammontare degli importi relativi agli acconti trasmessi. Tali indizi erano suscettibili di nuovamente confermare la mancata affidabilità del sistema di controllo del tempo di lavoro. La dichiarazione dell'architetto I._ del 29 maggio 2019 con cui veniva confermato il fermo cantiere per i giorni 9 e 27 gennaio 2017 non è stata considerata siccome rilasciata a posteriori e non atta a sostituire la mancanza o l'inaffidabilità di un sistema di controllo del tempo di lavoro. I primi giudici hanno ritenuto troppo debole la possibilità evocata dalla ricorrente che il datore di lavoro abbia incassato acconti mensili dal committente, senza aver effettuato allo stesso tempo tutto il lavoro richiesto per ritardi sul cantiere e/o per impedimenti metereologici.
5.10.2. La ricorrente sottolinea come il fatto che ella abbia ricevuto taluni acconti in determinati periodi non significa che il lavoro sia stato effettivamente svolto da lei in quel determinato periodo. Infatti, in qualunque ambito/settore lavorativo, soprattutto in quello edilizio, è possibile (e spesso doveroso) richiedere acconti nonostante il lavoro non sia ancora stato effettivamente svolto. Gli importi degli acconti di fr. 10'000.-,15'000.-, 20'000.- o 25'000.- non sarebbero eccessivi. Nessuna base legale imporrebbe il pagamento degli acconti a prestazione fornita. I primi giudici e la SECO con il loro ragionamento imporrebbero una modalità unica di pagamento. Il Tribunale amministrativo federale obbligherebbe alla restituzione aprioristica dell'intero importo solo perché sono stati commessi errori, peraltro dalla ricorrente.
5.10.3. La ricorrente si accontenta di contestare i fatti accertati dal Tribunale amministrativo federale con la sola dichiarazione dell'architetto I._. Questo solo elemento, assai succinto, non sovverte in alcuna maniera tale accertamento. Per il resto, la ricorrente non fa altro che proporre riflessioni personali, ma non dimostra in maniera minimamente credibile per quale ragione vi sarebbero stati acconti così elevati rispetto al lavoro effettivamente svolto. Anche sotto questo profilo il ricorso è infondato.
5.11.
5.11.1. Il Tribunale amministrativo federale ha inoltre ricordato che la SECO ha accertato differenze tra i conteggi di salario trasmessi alla cassa, comprendenti il numero di ore perse dichiarate e pagate all'80%, e i conteggi messi a disposizione nel corso del controllo riferiti agli stipendi effettivamente pagati. In quest'ultimo caso tutte le ore sarebbero state pagate al 100%, il numero delle ore prestate sarebbe differente e taIvolta superiore in confronto ai conteggi consegnati alla Cassa. Da tali circostanze l'amministrazione poteva trarre un'ulteriore incoerenza tra i giorni in cui l'attività era stata dichiarata interrotta a causa di intemperie e le indicazioni nei rapporti orari. Le diversità tra i due tipi di conteggio risultano anche dagli atti preliminari e sono suscettibili di giustificare ulteriori indizi a scapito della mancata affidabilità del sistema di controllo del tempo di lavoro. Secondo la Corte federale di primo grado, il fatto che la ricorrente non si chini sui rimproveri mossi dalla SECO già di per sé fa permanere i dubbi sull'attendibilità del sistema di controllo del tempo di lavoro.
5.11.2. La ricorrente rileva che la sua scelta di versare il salario al 100% anziché all'80% ai dipendenti dovrebbe essere condivisa ed apprezzata dagli organi giudicanti e non criticata, cosa che viene fatta anche dal Tribunale amministrativo federale. Nessuna spiegazione verrebbe fornita dai primi giudici al riguardo.
5.11.3. La ricorrente si limita a esprimere una propria opinione, ma non pretende che l'accertamento del Tribunale amministrativo federale sia manifestamente inesatto. Non dà alcuna indicazione oggettiva per giustificare la differenza del 20% (cfr. consid. 3.2) tra le ore perse e gli stipendi effettivamente pagati. Non si tratta solo di una scelta dell'azienda, come lascerebbe intendere la ricorrente, ma comporta maggiori uscite, che in qualche maniera vanno finanziate. I motivi della ricorrente addotti sono inconsistenti e portano a concludere una volta di più per l'assenza di controllabilità del tempo di lavoro. La Corte federale di primo grado non ha leso il diritto federale.
5.12.
5.12.1. In definitiva, il Tribunale amministrativo federale ha ritenuto che il controllo del tempo di lavoro sulla base dei rapporti orari non è affidabile nel suo complesso, perché i rapporti orari messi a disposizione erano di scarsa qualità, perché certi dipendenti, per i quali era stata rivendicata la perdita di lavoro per intemperie, erano invece assenti per altri motivi, perché il confronto di diverse fatture (rifornimenti di benzina, multe, acconti) con i rapporti di lavoro e le indicazioni differenti tra i conteggi di salario trasmessi alla Cassa e quelli effettivamente versati hanno messo in risalto notevoli incoerenze e dubbi sull'attendibilità del controllo del tempo di lavoro. Dubbi che la ricorrente non è riuscita a dissolvere né con le sue argomentazioni perlopiù pretestuose e nemmeno con i giustificativi presentati a posteriori.
5.12.2. La ricorrente insiste che le dichiarazioni dei dipendenti e dei committenti allegate all'opposizione hanno confermato diversi punti della sua tesi e non certo solo gli orari di lavoro: i collaboratori hanno dichiarato di non aver lavorato in certi cantieri durante determinate giornate e hanno altresì confermato di essersi recati sui cantieri a verificare le condizioni metereologiche e poi di essere tornati a casa. Inoltre, lamenta il fatto che le autorità precedenti abbiano tenuto scrupolosamente conto di alcune dichiarazioni del datore di lavoro (ad esempio della dichiarazione con cui afferma di aver fatto lui personalmente rifornimento ai veicoli), mentre ritenga irrilevanti quelle dei dipendenti, perché a suo dire, è impossibile che gli stessi si ricordino. Infine, mal si comprende perché i dipendenti della ricorrente dovrebbero dichiarare il falso, avendo percepito il salario.
5.12.3. La ricorrente persiste nel dare valenza alle dichiarazioni fatte sottoscrivere ai dipendenti, ma non si confronta con le condizioni sviluppate dalla prassi relativa alla controllabilità del tempo di lavoro (consid. 3.3). Le numerose imprecisioni non possono portare ad affermare che la tenuta delle ore fosse corretta e completa. Al contrario, è la stessa ricorrente che non cerca nemmeno con documenti relativi all'attività della società di dimostrare le proprie pretese, rendendole per lo meno plausibili. Invece, a più riprese le tesi della ricorrente si scontrano chiaramente con le prove agli atti. Il rimborso integrale delle indennità per intemperie può apparire di primo acchito come una misura estremamente severa, ma è perfettamente in linea con la giurisprudenza. Infatti, compete al datore di lavoro garantire l'affidabilità del controllo del tempo di lavoro. Del resto, di fronte alla richiesta di prestazioni finanziate anche con i contributi dei lavoratori, ci si può e ci si deve attendere la massima precisione. Pertanto, la sentenza impugnata non è lesiva del diritto federale.
6.
6.1. Il Tribunale amministrativo federale ha ricordato che la decisione della SECO riguarda unicamente la restituzione di prestazioni indebitamente percepite. L'eventuale procedura di condono, ove la buona fede potrebbe giocare un ruolo, è di pertinenza dell'autorità cantonale competente.
6.2. La ricorrente lamenta che non si sia tenuto conto della buona fede che ha caratterizzato il suo agire. Infatti, da sempre ha fotocopiato i bollettini. Il socio e gerente della ricorrente è stato collaborativo e ha preteso dai dipendenti una compilazione giornaliera dei rapporti di lavoro.
6.3. A norma dell'art. 25 cpv. 1 LPGA, le prestazioni indebitamente riscosse devono essere restituite. La restituzione non deve essere chiesta se l'interessato era in buona fede e verrebbe a trovarsi in gravi difficoltà. La restituzione e il suo eventuale condono sono decisi in due fasi separate (art. 3 e 4 OPGA). Nella fattispecie, l'oggetto della lite riguarda unicamente il tema della restituzione delle prestazioni. Come rettamente rilevato dal Tribunale amministrativo federale, l'esame della buona fede è quindi prematuro, perché si tratta di una condizione del condono, aspetto che sarà oggetto di un'ulteriore procedura.
7.
7.1. Ne discende che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Esse, anche in presenza di un valore litigioso considerevole, sono fissate secondo la tariffa ridotta dato che la controversia verte sulla restituzione, ossia sulla legittimità del diritto alle prestazioni (art. 65 cpv. 4 lett. a LTF; cfr. sentenze 8C_527/2010 del 1° novembre 2010 consid. 3.3 e C 115/06 del 4 settembre 2006 consid. 4; THOMAS GEISER, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2018, n. 20 ad art. 65 LTF). Secondo l'art. 65 cpv. 5 LTF, se motivi particolari lo giustificano, il Tribunale federale può aumentare gli importi della tariffa, ma al massimo fino a fr. 10'000.- nei casi di cui all'art. 65 cpv. 4 LTF. Visto l'importante onere causato, si giustifica di fissare le spese giudiziarie in fr. 2000.- (cfr. sentenza 8C_114/2020 del 3 giugno 2020 consid. 8, non pubblicato in DTF 146 V 195).
7.2. Con l'emanazione della presente sentenza la richiesta di effetto sospensivo perde di interesse giuridico.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2000.- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale.