Erwägungen:
1.
Das Kommando Ausbildung verfügte am 28. August 2018 den Ausschluss von A._ aus der Armee. A._ erhob dagegen mit Schreiben vom 30. August 2018 Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht wies mit Zwischenverfügung vom 9. Oktober 2018 das Gesuch von A._ um unentgeltliche Prozessführung und um Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsvertreters wegen Aussichtslosigkeit ab und forderte A._ gleichzeitig auf, einen Kostenvorschuss von Fr. 800.-- zu leisten, ansonsten auf das Rechtsmittel nicht eingetreten werde. Mit Urteil vom 6. November 2018 trat das Bundesverwaltungsgericht auf das Ausstandsbegehren und auf die Beschwerde mangels Leistung des Kostenvorschusses nicht ein.
2.
A._ führt gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. November 2018 Beschwerde. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. November 2018 wie auch die Zwischenverfügung vom 9. Oktober 2018 sind Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Art. 83 lit. i BGG schliesst die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes aus. Die vorliegend umstrittenen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts sind im Zusammenhang mit der Militärdienstpflicht des Beschwerdeführers ergangen. Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. i BGG kommt somit zum Tragen, weshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig ist. Da als Vorinstanz das Bundesverwaltungsgericht und nicht eine kantonale Instanz entschieden hat, ist auch die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht gegeben (Art. 113 BGG). Auf die Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten.
4.
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem sinngemäss gestellten Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (Art. 64 BGG). Der Beschwerdeführer ist bereits mit Urteil 1C_647/2017 vom 17. Januar 2018 auf den Ausschlussgrund von Art. 83 lit. i BGG hingewiesen worden. Vorliegend kann deshalb nicht mehr davon abgesehen werden, für das Verfahren entsprechend dem Beschwerdeausgang Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kommando Ausbildung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli