Faits :
A.
La société A._SA a son siège dans le canton de Vaud et a pour but l'exploitation de différents établissements et centres d'enseignement. B._ en est l'administrateur président délégué avec signature individuelle.
Par des décisions du 9 novembre 2009, la société a été taxée sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2005 à 2007, aussi bien en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) que des impôts cantonal et communal (ci-après: les ICC). Le 19 juillet 2010, elle a été taxée, au même titre, pour la période fiscale 2008 et le 26 juillet 2011 pour la période fiscale 2009. Toutes ces décisions sont entrées en force.
Le 29 mars 2011, la société A._SA a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2010. Elle en a fait de même, pour la période fiscale 2011, le 10 février 2012.
B.
Le 7 mai 2012, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: L'Administration cantonale) a averti la société de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2002 à 2011 ( sic). Par décision du 12 novembre 2019, l'Administration cantonale a rendu une décision de rappel d'impôt, respectivement de taxation définitive pour les périodes fiscales 2004 à 2011. Elle a en outre prononcé des amendes pour les périodes fiscales 2010 et 2011 et constaté que la procédure de soustraction d'impôt ouverte à l'encontre de la société pour les périodes 2004 à 2009 s'était prescrite. L'Administration cantonale a fixé le complément d'impôt dû à 364'190 fr. 35 pour les ICC et à 137'844 fr. 80 pour l'IFD. Les amendes ont quant à elles été fixées à 51'500 fr. pour les ICC et à 19'650 fr. pour l'IFD. La réclamation élevée par la société le 13 décembre 2019 a été rejetée par l'Administration cantonale le 12 mai 2020, celle-ci confirmant sa décision du 12 novembre 2019, sous réserve du constat de la prescription de la période fiscale 2004. Par acte du 12 juin 2020, la société A._SA a interjeté recours contre cette décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 31 décembre 2020, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle, subsidiaire, du recours constitutionnel, la société A._SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 31 décembre 2020.
Par ordonnance du 4 février 2021, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut pour sa part à l'admission partielle du recours et au constat de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2005. Dans des observations finales, la société A._SA confirme ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. art. 146 LIFD [RS 642.11], art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 134 II 186 consid. 1.3). Partant, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113 LTF a contrario).
1.2. Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par la contribuable destinataire de l'acte attaqué (art. 89 al. 1 LTF), de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
1.3. En principe, le recours en matière de droit public doit contenir des conclusions réformatoires. Or, la recourante formule une conclusion principale purement cassatoire, sans requérir une nouvelle décision en la cause. Une telle conclusion est néanmoins admise dans le recours en matière de droit public, à condition toutefois que les revendications de la recourante ressortent clairement des motifs (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.4). En l'occurrence, malgré une motivation qui ne distingue pas les procédures de rappel d'impôt des périodes fiscales 2005 à 2009, la taxation des périodes fiscales 2010 et 2011 et les amendes pour soustraction d'impôt relatives à ces deux dernières années, on peut comprendre que la recourante cherche en définitive à ne pas faire l'objet d'un rappel d'impôt, respectivement à payer le moins d'impôt possible. En cela, et malgré l'inconsistance de sa motivation, l'insuffisance de sa conclusion principale ne saurait lui nuire.
2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (ATF 132 V 387 consid. 5.1), la recourante, citant l'art. 29 al. 2 Cst., se plaint de ce qu'elle n'a pas été entendue par l'Administration cantonale avant que celle-ci rende sa décision sur réclamation, décision que la recourante estime par ailleurs insuffisamment motivée.
2.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les références).
Le droit d'être entendu impose également à l'autorité judiciaire de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Pour satisfaire à cette exigence, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 142 II 154 consid. 4.2 et les références). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 et les références).
2.2. En premier lieu, dans la mesure où la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue par le fait que l'Administration cantonale ne l'a pas auditionnée, elle méconnaît le principe de l'effet dévolutif du recours auprès du Tribunal cantonal (ATF 136 II 539 consid. 1.2). Par ailleurs, elle méconnaît le fait que les garanties minimales en matière de droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. ne comprennent en principe pas le droit d'être entendu oralement (ATF 140 I 68 consid. 9.6.1 et les références) et il en va de même de l'art. 135 al. 1 LIFD (cf. arrêt 2C_181/2019 du 11 mars 2019 consid. 2.3.4 et les références). Le droit cantonal peut certes, selon les cas, offrir une protection plus étendue aux justiciables (arrêt 2C_747/2019 du 19 novembre 2019 consid. 3.2). La recourante ne fait toutefois pas valoir que cela serait le cas en l'espèce. Le refus de l'auditionner ne viole donc pas l'art. 29 al. 2 Cst.
Pour le surplus, en tant qu'elle se plaint de motivation insuffisante de la décision sur réclamation de l'Administration cantonale, la recourante méconnaît une fois de plus le principe de l'effet dévolutif complet du recours au Tribunal cantonal. En outre, en se limitant à relever que la " décision sur réclamation est insuffisamment motivée et renvoie à des annexes incompréhensibles ", le grief de violation du droit d'être entendu de la recourante est lui-même insuffisamment motivé au regard du principe d'allégation prévu par l'art. 106 al. 2 LTF.
2.3. Sur le vu de ce qui précède, il convient d'écarter le grief de violation du droit d'être entendu.
3.
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 142 III 782 consid. 3).
3.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
En l'occurrence, la recourante présente certains faits de manière totalement appellatoire, sans aucunement expliquer en quoi ceux-ci auraient une quelconque incidence sur l'issue de la cause. Il ne saurait par conséquent en être tenu compte et le Tribunal fédéral appliquera le droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2) tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêt 2C_3/2019 du 4 juillet 2019 consid. 4 et les références).
4.1. L'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt et soustraction d'impôt a été notifié à la recourante en mai 2012 pour l'IFD et les ICC 2002 à 2011. Le délai de péremption de dix ans des art. 152 al. 1 LIFD, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. En application des art. 152 al. 3 LIFD, 203 al. 3 LI/VD et 53 al. 3 LHID, c'est à juste titre que l'Administration cantonale n'a pas procédé, respectivement a constaté la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes fiscales 2002 à 2004. S'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année 2005, celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2020, si bien que le droit de procéder au rappel d'impôt pour cette période fiscale est également périmé. Le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2006 à 2009, n'est ni prescrit, ni périmé.
4.2. S'agissant du droit de taxer les années fiscales 2010 et 2011 (ces années n'ayant pas fait l'objet d'un rappel d'impôt), l'art. 120 al. 1 phr. 1 LIFD, respectivement les art. 170 al. 1 phr. 1 LI/VD et 47 al. 1 LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Selon les art. 120 al. 3 let. a et d LIFD et 170 al. 3 let. a et d LI/VD, un nouveau délai de prescription commence notamment à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
L'information de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt constitue une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi d'un cas d'application de l'art. 120 al. 3 let. a LIFD, respectivement de l'art. 170al. 3 let. a LI/VD (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.3 et les références; arrêt 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.2). Ainsi, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2010 et 2011 le 7 mai 2012, l'Administration cantonale a fait courir un nouveau délai de prescription. Elle a à nouveau fait partir un tel délai le 20 janvier 2017, lorsqu'elle a informé la recourante qu'elle allait prochainement clôturer son enquête pour soustraction d'impôt relative notamment aux périodes fiscales 2010 et 2011. Compte tenu de ce qui précède, aucune de ces deux années fiscales n'est prescrite à ce jour, le délai de prescription étant suspendu depuis le 13 décembre 2019 et l'introduction des réclamations par la recourante (art. 120 al. 2 let. a LIFD, 170 al. 2 let. a LI/VD).
4.3. Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b LIFD [RO 1991 1184] cum art. 333 al. 6 let. b CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328). La prescription était en outre interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable (ancien art. 184 al. 2 LIFD). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien art. 184 al. 1 let. a et al. 2 LIFD). Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (art. 184 al. 1 let. a LIFD). Selon l'art. 184 al. 2 LIFD actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 254 LI/VD). En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.3; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2004 à 2009 s'est prescrite pour les années 2004 à 2008, dès lors que l'Administration fiscale n' a rendu une décision pour ces années que le 12 novembre 2019, soit après le délai de dix ans suivant la fin des périodes fiscales en cause. C'est en revanche à tort que l'Administration cantonale, dans sa décision du 12 novembre 2019 confirmée implicitement par le Tribunal cantonal, a constaté la prescription de la poursuite pénale de la période fiscale 2009. En application de l'ancien droit, la poursuite pénale de la période fiscale 2009 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 7 mai 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure et qu'il ne s'est pas encore écoulé quinze ans depuis la fin de cette période.
S'agissant de la poursuite pénale pour l'infraction de tentative de soustraction d'impôt reprochée à la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir, puisqu'en cas de litige, cela ne sera le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure (arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références).
5.
5.1. L'art. 112 al. 1 let. b LTF exige que les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral contiennent les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées. Une décision doit ainsi clairement exposer sur quel état de fait le tribunal s'est fondé et quelles réflexions juridiques il en a tiré. En vertu de ce devoir de motivation, le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 141 IV 244 consid. 1.2.1; 138 IV 81 consid. 2.2). Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'art. 112 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF).
5.2. A titre liminaire, il convient de relever que, tel que cela ressort de l'arrêt entrepris, la décision sur réclamation contestée devant l'autorité précédente concernait des procédures de rappel d'impôt (périodes fiscales 2005 à 2009), des taxations (périodes fiscales 2010 et 2011) et des amendes pour tentative de soustraction d'impôt (périodes fiscales 2010 et 2011), puisqu'elle confirmait la décision initiale du 12 novembre 2019 (à l'exception du rappel d'impôt pour la période fiscale 2004 dont la prescription [ recte : péremption] a été constatée par l'Administration cantonale). Or, le Tribunal cantonal n'a à aucun moment examiné la question des amendes pour tentative de soustraction, que ce soit en matière d'IFD ou des ICC, ce qui rend impossible un examen de ce point par le Tribunal fédéral. L'autorité précédente n'a exposé aucun des motifs déterminants de fait et de droit à ce propos, même pas de manière succincte, alors qu'en rejetant le recours du contribuable, qui demandait l'annulation dans son entier de la décision sur réclamation du 12 mai 2020, elle a confirmé cette dernière décision qui traitait de la problématique de la tentative de soustraction d'impôt. Elle ne pouvait ainsi limiter sa cognition à ce propos, même si la contribuable n'avait pas expressément élevé de griefs (cf. art. 110 LTF). Par conséquent, s'agissant de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt, le recours doit être admis et la cause renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision conforme aux exigences de l'art. 112 al. 1 let. b LTF.
5.3. S'agissant ensuite de la procédure de soustraction d'impôt pour la période fiscale 2009, dont l'Administration cantonale a constaté à tort la prescription (cf. consid. 4.3 ci-dessus) et sur laquelle le Tribunal cantonal ne s'est aucunement prononcé, force est de constater que le Tribunal fédéral, outre qu'il ne dispose pas des éléments nécessaires pour statuer (cf. consid. 5.2 ci-dessus), ne saurait de toute façon pas se pencher sur ce point en raison du principe de l'interdiction de la reformatio in peius (cf. art. 107 al. 1 LTF; cf. arrêt 2C_32/2020 du 8 juin 2020 consid. 4.4 et les références).
I. Rappel d'impôt
6.
6.1. Aux termes de l'art. 151 al. 1 LIFD (cf. art. 53 al. 1 phr. 1 LHID et 207 al. 1 LI/VD, dont la teneur est semblable à celle de l'art. 151 al. 1 LIFD), lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'art. 151 al. 1 LIFD envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d'impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (arrêts 2C_803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.1; 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 6.1 et les références).
6.2. A teneur de l'art. 123 al. 1 LIFD (cf. art. 46 al. 1 LHID; art. 172 al. 1 LI/VD), les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD; art. 42 al. 1 LHID). Il doit en particulier remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD; art. 173 al. 1 LI/VD). Pour sa part, l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (art. 130 al. 1 LIFD; art. 46 al. 1 LHID; art. 180 al. 1 LI/VD). L'autorité de taxation peut en principe compter sur le fait que la déclaration d'impôt est complète et exacte. Il n'existe une obligation d'entreprendre des investigations complémentaires que lorsque la déclaration contient des erreurs qui sont clairement reconnaissables, respectivement manifestes. Ce ne sont que ces défauts évidents qui conduisent à reconnaître une violation du devoir d'instruction de l'autorité et qui ont pour conséquence de retenir qu'il n'existe pas de "faits inconnus" au sens de l'art. 151 al. 1 LIFD, respectivement de l'art. 207 al. 1 LI/VD pour justifier un rappel d'impôt (arrêts 2C_803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.2; 2C_94/2010 du 10 février 2011 consid. 4.1 et les références).
6.3. En l'occurrence, le Tribunal cantonal n'a aucunement examiné si les conditions du rappel d'impôt étaient réunies, se limitant à expliquer que la recourante ne les avait pas contestées, alors que sur ce point également, l'autorité précédente devait appliquer le droit d'office (cf. art. 110 LTF). Dans la mesure où il s'agit de droit fédéral (art. 151 al. 1 LIFD), respectivement de droit cantonal harmonisé (art. 53 al. 1 phr. 1 LHID et 207 al. 1 LI/VD; arrêt 2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 10), et même si la recourante n'élève aucun grief à ce propos, le Tribunal fédéral s'en saisira d'office (art. 106 al. 1 LTF; cf. consid. 3.1 ci-dessus), pour autant toutefois qu'il dispose des éléments de fait nécessaires pour ce faire (cf. consid. 5.1 ci-dessus; cf. art. 105 al. 1 LTF).
Il ressort de l'arrêt entrepris que le rappel d'impôt opéré par l'Administration cantonale pour les périodes fiscales 2005 à 2009 avait trait à la part privée de frais de véhicule appartenant à la recourante (uniquement pour les années 2008 et 2009), à des charges de loyer et frais d'immeuble dont celle-ci s'est acquittée en faveur de son actionnaire, à des frais d'entretien d'immeuble (uniquement pour l'année 2008), à divers frais de voyage, à des amortissements (uniquement pour les années 2008 et 2009) et à la réduction du compte-courant créancier d'une société tierce intégralement détenue par la recourante (uniquement pour la période fiscale 2006).
6.4. Quant aux frais de véhicule pour les années 2008 et 2009, le Tribunal cantonal a retenu que la recourante avait mis deux véhicules à disposition de son actionnaire pour les besoins privés de celui-ci. Il a en outre mentionné que la recourante avait comptabilisé une part privée à cet effet, à compter de l'exercice commercial 2008. S'agissant ensuite des charges de loyer et frais d'immeuble dont la recourante s'était acquittée en faveur de son actionnaire majoritaire, l'arrêt entrepris a considéré que celui-ci avait son domicile principal dans l'appartement dont il était propriétaire et qu'il louait à la recourante. Cette dernière n'avait en outre pas été en mesure de fournir des justificatifs pour les frais d'entretien, d'un montant total de 63'800 fr., comptabilisés durant la période fiscale 2008. Le Tribunal cantonal a ensuite constaté que les charges relatives aux frais de voyage et de représentation, reprises dans le bénéfice de la recourante par l'Administration cantonale, concernaient des frais pour lesquels la recourante n'avait pas été en mesure de fournir des justificatifs. Il a par ailleurs jugé que les amortissements effectués par la recourante sur des meubles durant les périodes 2008 et 2009, couvertes par le rappel d'impôt, ne sauraient être admis en raison de l'absence d'éléments probants quant à ce mobilier, notamment en relation avec sa valeur lors de l'acquisition en 2007. Finalement, l'autorité précédente a encore confirmé la reprise, dans le bénéfice de la recourante, de montants de 520'000 fr. (écriture du 30 juin 2005) et 20'000 fr. (écriture du 30 juin 2006) ayant servi à réduire la dette d'une société entièrement détenue par la recourante.
6.5. En l'occurrence, rien dans l'arrêt entrepris ne permet de laisser penser que, lorsque l'Administration cantonale a procédé à l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt en mai 2012, elle ait eu à disposition de nouveaux éléments de fait qui lui permettaient de revenir sur les taxations déjà entrées en force. Au contraire, les faits tels qu'ils ont été établis par le Tribunal cantonal laissent bien plutôt penser que la recourante a établi ses comptes de manière transparente en y indiquant ouvertement les frais (de véhicule, de voyage, d'entretien d'immeuble), les charges, les amortissements et les montants versés à une société tierce, ce qui tendrait plutôt à exclure les conditions permettant de procéder à un rappel d'impôt. Néanmoins, dans la mesure où il n'est pas exclu que certains faits, qui n'auraient à tort pas été retenus par le Tribunal cantonal en raison de la limitation de son pouvoir d'examen, puissent justifier l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt, il convient d'admettre le recours et de renvoyer la cause à l'autorité précédente. Celle-ci procédera, le cas échéant, à une instruction complémentaire et rendra une nouvelle décision qui contiendra des motifs déterminants en fait et en droit (cf. art. 112 al. 1 let. b LTF), aussi bien s'agissant de l'impôt fédéral direct que des impôts cantonal et communal, ces deux catégories d'impôt nécessitant la découverte de moyens de preuve ou de faits inconnus pour permettre l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt.
II. Impôt fédéral direct
7.
Outre la procédure de soustraction et rappel d'impôt, l'arrêt entrepris concerne également la taxation de la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011.
7.1. Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 2e tiret), ainsi que les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5 e tiret).
Les amortissements des actifs justifiés par l'usage commercial sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut d'une comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements (art. 62 al. 1 LIFD). Un amortissement est justifié par l'usage commercial dans la mesure où il permet de tenir compte d'une véritable moins-value d'un poste au bilan (ATF 137 II 353 consid. 6.4.1; arrêt 2C_132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 8.2.1 et les références). Il n'est pas admissible de procéder à l'amortissement d'actifs fictifs, c'est-à-dire d'actifs qui, dès l'origine, n'ont aucune valeur ou une valeur surfaite (arrêt 2C_386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 et les références). La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (" Drittvergleich ") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence (" Dealing at arm's length ") a été respecté (ATF 140 II 88 consid. 4.1 et les références).
7.2. En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 146 II 6 consid. 4.2 et les références).
7.3. En l'occurrence, pour les périodes fiscales 2010 et 2011, le Tribunal cantonal a refusé la déduction de frais de véhicule, de loyers et de frais de voyage. Il a en outre également refusé l'amortissement de mobilier ancien.
7.3.1. S'agissant de l'amortissement du mobilier ancien, le Tribunal cantonal a retenu que la recourante n'avait pas réussi à établir sa valeur, alors qu'il appartenait à celle-ci de démontrer un tel fait susceptible de diminuer sa dette fiscale.
Dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante reconnaît ne pas avoir établi la valeur de ces objets. Elle estime cependant que l'Administration cantonale a retenu un prix surfait et a faussement refusé un amortissement.
On doit ici lui faire remarquer que, pour pouvoir procéder à un amortissement, il est nécessaire de déterminer le prix d'achat des objets en cause. Outre que, comme l'a mentionné l'autorité précédente, il n'est pas exclu qu'un amortissement sur du mobilier ancien soit d'emblée impossible, il appartenait à la recourante d'en démontrer la valeur. En ne le faisant pas, elle supporte l'absence de preuves et ne saurait prétendre à une déduction sur son bénéfice. On ajoutera qu'il ressort des faits que la recourante n'a donné aucune information quant à la nature exacte du mobilier, notamment s'il s'agissait d'antiquités de valeur ou de simple mobilier suranné. Dans ces conditions, on ne peut que confirmer l'arrêt du Tribunal cantonal en tant qu'il refuse l'amortissement des meubles de la recourante pour les périodes fiscales 2010 et 2011.
7.3.2. L'autorité précédente a également refusé la déduction de frais de véhicule, relevant que la recourante n'avait pas produit un décompte kilométrique distinguant l'usage commercial de l'usage privé et qu'il n'était ainsi pas contraire au droit d'évaluer la part privée forfaitairement en retenant un taux de 9,6%.
La recourante se limite à présenter des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente, notamment la façon dont est réglée la mise à disposition des véhicules au sein de la société. Elle ne conteste pas l'absence de décompte kilométrique, ni véritablement l'application d'un forfait.
On ne peut que confirmer l'arrêt entrepris à ce propos. Si la recourante désirait déduire une part privée plus importante que celle retenue par le Tribunal cantonal, il lui incombait d'en démontrer l'existence (cf. consid. 7.2 ci-dessus). Or, en se limitant à des affirmations, la recourante ne saurait critiquer l'application d'une méthode forfaitaire, ce d'autant moins que cette méthode est fondée sur la circulaire 25 de la Conférence suisse des impôts du 18 janvier 2008, intitulée "Modèle de règlement des remboursements de frais pour les entreprises et les organisations à but non lucratif", et que son application a déjà été admise par le Tribunal fédéral, en l'absence de preuve contraire de la part de l'employeur ou de l'employé (cf. arrêt 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 9.2).
7.3.3. Le Tribunal cantonal a refusé la déduction de plus de 25% du loyer acquitté par la recourante à son actionnaire, propriétaire de l'appartement qu'elle affirme utiliser intégralement. Pour arriver à cette conclusion, l'autorité précédente s'est fondée sur le fait que l'actionnaire usait à titre privé de cet appartement, dans lequel il avait son domicile principal et que la recourante disposait en outre de bureaux et de salles de conférence dans d'autres lieux.
La recourante avance pour sa part que l'appartement est intégralement utilisé par elle et qu'il est justifié de lui faire supporter le loyer et les charges. Elle estime que si l'Administration cantonale avait désiré contester son utilisation de l'appartement, cette autorité aurait dû procéder à une inspection.
En l'occurrence, on constate qu'à propos de la prise en charge du loyer de l'appartement appartenant à son actionnaire pour les périodes fiscales 2010 et 2011, la recourante ne fait que présenter ses propres vision et appréciation des faits et les opposer à celles du Tribunal cantonal. Or, comme on l'a vu précédemment (cf. consid. 3.2 ci-dessus), une telle façon de procéder ne saurait être admise. Il convient donc de retenir que l'actionnaire propriétaire de l'appartement en cause y avait son domicile principal et qu'il n'est ainsi pas contraire au droit de n'admettre, comme étant justifié par l'usage commercial, qu'une part de 25% du loyer à la charge de la recourante.
7.3.4. Finalement, le Tribunal cantonal a retenu que les charges relatives aux frais de voyage et de représentation reprises dans le bénéfice de la recourante concernaient des frais pour lesquels la recourante n'avait pas été en mesure de fournir des justificatifs, les relevés de carte de crédit ne permettant pas de savoir si une dépense était justifiée par l'usage commercial. Il a considéré que la recourante ne pouvait pas se limiter à affirmer que les voyages effectués à l'étranger constituaient une nécessité absolue dans le cadre de son activité et a rappelé qu'en cas de prestations à l'étranger, le devoir de collaboration du contribuable était accru (cf. ATF 144 II 427 consid. 2.3.2; arrêt 2C_32/2018 du 11 novembre 2019 consid. 3.2.2 et les références).
A ce propos, la recourante réitère que les frais de représentation et de voyage sont une nécessité absolue pour attirer la clientèle en général et la clientèle étrangère en particulier. Elle affirme ensuite que les justificatifs ont été produits sous la forme de relevés de carte de crédit et qu'une facture justifiant le débit n'ajouterait rien.
A nouveau, la recourante doit supporter l'absence de preuves permettant de réduire sa charge fiscale, c'est-à-dire permettant d'admettre des charges justifiées par l'usage commercial réduisant son bénéfice imposable. En ne fournissant que des relevés de carte de crédit, il ressort des faits de l'arrêt entrepris, qui lient le Tribunal fédéral, qu'il n'est pas possible de savoir si ces frais sont justifiés ou non. Dans ces conditions, il n'est pas contraire au droit de refuser la déduction des frais de voyage pour les périodes fiscales 2010 et 2011.
7.4. Par conséquent, sur le vu de l'ensemble des éléments qui précèdent, il convient de rejeter le recours en tant qu'il a trait à l'IFD des périodes fiscales 2010 et 2011.
III. Impôts cantonal et communal
8.
L'art. 94 al. 1 let. b LI/VD est libellé de manière identique à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD (cf. également art. 24 al. 1 LHID). La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références). Il peut ainsi être renvoyé, s'a gissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. Le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2010 et 2011.
9.
En résumé, il convient de retenir que le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2005 à 2009. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal, afin qu'il procède dans le sens des considérants pour le rappel d'impôt des périodes fiscales 2006 à 2009, la période fiscale 2005 étant prescrite. Le recours est également admis en tant qu'il concerne l'infraction de tentative de soustraction d'impôt pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2010 et 2011 et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine ce point. Le recours est rejeté pour le surplus.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent ainsi à l'admission partielle du recours en matière de droit public, tant en matière d'IFD que des ICC, et à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire. Succombant dans une faible mesure, la recourante doit supporter une partie des frais judiciaire s (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant à la charge du canton de Vaud, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF).
S'agissant des dépens, l'art. 68 al. 1 LTF dispose que le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe. A teneur de l'art. 68 al. 2 LTF, en règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige. Dans la présente procédure, la recourante a certes obtenu gain de cause sur une grande partie de ses conclusions. Néanmoins, si la recourante a certes déposé un recours recevable, sa motivation n'était aucunement pertinente pour la résolution du litige, celle-ci n'ayant en particulier pas constaté l'absence de conditions permettant de procéder au rappel d'impôt, respectivement l'absence de motivation suffisante de la part du Tribunal cantonal et n'ayant en définitive que contesté certains faits de manière totalement appellatoire. Par conséquent, il se justifie de ne lui accorder qu'un montant de dépens fortement réduit, à charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 LTF), aucun dépens n'étant alloué à celui-ci (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. La cause est annulée en tant qu'elle a trait aux périodes fiscales 2005 à 2009, ainsi qu'à l'infraction de tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2010 et 2011 et renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. La cause est annulée en tant qu'elle a trait aux périodes fiscales 2005 à 2009, ainsi qu'à l'infraction de tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2010 et 2011 et renvoyée à l'autorité précédente, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
3.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis pour 2'500 fr. à la charge de la recourante et pour 7'500 fr. à la charge du canton de Vaud.
5.
Le canton de Vaud versera à la recourante un montant de 1'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 8 juillet 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette