Faits :
A.
Par jugement du 16 novembre 2016, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a constaté que X._ s'était rendu coupable de vol. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 100 fr. le jour avec sursis durant deux ans, ainsi qu'à une amende de 3'600 fr. et a renoncé à révoquer le sursis qui lui avait été accordé le 4 octobre 2012 par le Ministère public de l'arrondissement de La Côte. Ce jugement dit par ailleurs que X._ est débiteur de A.A._ et de B.A._ de la somme de 4'000 fr, à titre de dépens, et met les frais de procédure de 3'775 fr. à la charge de X._.
B.
Par jugement du 1er juin 2017, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel interjeté par X._ contre le jugement du 16 novembre 2016.
La cour cantonale a retenu les faits suivants:
X._ a été employé comme gestionnaire de patrimoine auprès de C._ SA du 1er novembre 2005 au 30 novembre 2013. Licencié en décembre 2012 par C._ SA, X._ n'est plus venu travailler dès le mois de février 2013 à la suite d'un arrêt pour cause de maladie. Le délai de congé a été prolongé à la suite de la présentation de certificats d'incapacité de travail. X._ est venu dans les locaux de la société à deux reprises au printemps 2013 pour apporter un certificat médical. Il est passé lors de la pause de midi, lorsque les bureaux étaient vides et qu'il n'y avait que la réceptionniste au siège de la société.
Dans les locaux de C._ SA, entre le printemps 2013 et le début du mois de juillet 2013, X._ a dérobé les certificats au porteur n° 8 et 9 de cette société. Propriété de A.A._, ces certificats représentaient chacun 100 actions d'une valeur nominale de 1'000 fr., à hauteur de 20% du capital-actions. Ces titres avaient alors été sortis du coffre-fort de C._ SA et se trouvaient sur le bureau de B.A._, administrateur-président de la société et époux de A.A._.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 1er juin 2017. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation du jugement attaqué et à son acquittement. Il demande également à ce que la somme de 19'297 fr. 20 lui soit allouée, au titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure et que les frais des procédures cantonales soient mis à la charge de A.A._ et B.A._. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement attaqué, à son acquittement et au renvoi de la cause à l'instance inférieure pour fixation des frais et indemnités liés aux procédures cantonales. Plus subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision.
Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint d'une violation des art. 112 LTF et 29 al. 2 Cst.
1.1. En vertu de l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral doivent indiquer les motifs déterminants de fait et de droit sur lesquels l'autorité s'est fondée. Si la décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF). Cette disposition concrétise le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst. et art. 6 par. 1 CEDH; arrêt 6B_833/2015 du 30 août 2016 consid. 2.3) dont la jurisprudence a déduit le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre et la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (cf. ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1 p. 253; 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; arrêts 6B_90/2017 du 22 novembre 2017 consid. 3.2; 6B_833/2015 du 30 août 2016 consid. 2.3 et 6B_496/2015 du 6 avril 2016 consid. 2.1).
1.2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que sa version selon laquelle il aurait reçu les certificats d'actions au porteur n° 8 et 9 de C._ SA de B.A._, était " contredit[e] par toutes les dépositions recueillies à l'enquête et aux débats de première instance ", en se contentant de renvoyer à la procédure de première instance. Il lui reproche d'avoir jugé que les témoignages recueillis à l'enquête et aux débats de première instance pouvaient être repris et qu'il suffisait d'y renvoyer. Or, selon le recourant, la cour cantonale n'aurait cité aucun de ces témoignages dans son jugement, ni fait référence aux arguments, documentés par pièces, développés par la défense lors de l'audience de jugement. Elle n'aurait en particulier pas examiné les motifs allégués en lien avec les contrats de travail successifs ainsi que le " Memorandum of understanding ".
1.3. La cour cantonale a certes renvoyé aux témoignages repris dans le jugement de première instance, mais elle a surtout jugé que la thèse du recourant, selon laquelle il aurait reçu les certificats d'actions n° 8 et 9 de C._ SA, de B.A._, était invraisemblable. En effet, la cour cantonale a retenu que les certificats d'actions n° 8 et 9 avaient été rachetés par A.A._, soit l'intimée, à la famille D._, en 2012, avant d'être confiés, à titre fiduciaire, à l'intimé. La cour cantonale a estimé qu'il n'était pas possible de concevoir que l'administrateur-président de la société ait, en 2010-2011, donné à un employé, soit le recourant, des actions qu'il détenait à titre fiduciaire pour ensuite racheter les certificats de ces mêmes titres à la famille D._. La cour cantonale a ensuite relevé que les certificats n° 8 et 9 n'avaient pas été déclarés par le recourant au fisc comme éléments de sa fortune. En outre, elle a constaté que le jugement rendu le 27 octobre 2015 par la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte, entré en force, avait retenu que le recourant, possesseur des certificats d'actions, n'était, faute de titre d'acquisition, pas parvenu à apporter la preuve de sa légitimation d'actionnaire au porteur. La cour cantonale a enfin relevé que le recourant avait accès aux locaux, lesquels n'étaient pas toujours occupés.
En ce qui concerne le " Memorandum of understanding " mentionné par le recourant, c'est à tort que le recourant soutient que la cour cantonale n'a pas examiné cette pièce. En effet, il ressort du jugement attaqué qu'il a été question que le recourant obtienne des droits économiques dans la société, sur la base d'un document intitulé " Memorandum of understanding ".
Il découle de ce qui précède que la motivation sur laquelle la cour cantonale s'est fondée pour parvenir à la conclusion que le recourant avait soustrait les certificats d'actions n° 8 et 9 de C._ SA s'avère suffisante. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
2.
Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et fait grief à la cour cantonale d'avoir violé la présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst., 10 CPP, 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH.
2.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 142 II 369 consid. 4.3 p. 380; 141 IV 305 consid. 1.2 p. 308 s.). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références citées; arrêt 6B_179/2017 du 29 septembre 2017 consid. 3.1). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 10 CPP, 32 al. 1 Cst., 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe « in dubio pro reo », concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40 s.). Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe « in dubio pro reo », celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82).
2.2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir omis de prendre en considération certains faits et d'avoir établi et apprécié les faits de manière arbitraire. Dans la mesure où il énumère un certain nombre de faits, sans expliquer en quoi ces éléments sont propres à modifier le jugement attaqué, ils sont irrecevables. Tel est le cas par exemple du fait que le recourant avait la qualité de " partner ", du fait que deux témoins ont déclaré qu'ils n'avaient jamais vu les certificats d'actions litigieux sur le bureau de l'intimé, ou du fait qu'un témoin a déclaré que le recourant, quand il passait au bureau entre décembre 2012 et juillet 2013, " ne restait jamais longtemps et [qu'il] ne le voyait pas forcément ". Le recourant reproche encore à la cour cantonale d'avoir omis de prendre en considération le fait qu'un troisième contrat, daté du 28 octobre 2010, a été conclu, et que, contrairement aux deux contrats de travail précédents, ce contrat de travail ne prévoyait plus de participation du recourant sur le bénéfice de C._ SA en tant que salarié, au motif, selon lui, qu'il était devenu actionnaire dans l'intervalle. Or, contrairement à ce que semble soutenir le recourant, d'une part, ce contrat de travail ne prévoit pas que le recourant était devenu actionnaire. D'autre part, le fait que ce contrat ne prévoit plus de participation sur le bénéfice, et donc des conditions plus défavorables pour le recourant, ne signifie pas non plus que le recourant était devenu actionnaire. Il en va de même du " Memorandum of understanding ", dont il ressort que " le principe de base est d'assurer la pérennité du management et l'actionnariat de C._ en reconnaissant des droits économiques et décisionnels à E._ et X._ comme s'ils étaient " Associés " à 20% chacun du capital actions", ce qui ne signifie pas encore qu'il était prévu que le recourant devienne actionnaire de la société C._ SA.
Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en niant le fait que l'intimé lui aurait remis, en main propre et sans trace écrite, les deux certificats d'actions au porteur n° 8 et 9, à titre de participation dans la société. En effet, la cour cantonale a relevé que le recourant n'avait jamais participé aux assemblées générales des actionnaires, dont les procès-verbaux mentionnent que 100% des actions étaient représentées. En outre, selon le jugement rendu le 27 octobre 2015 par la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte statuant sur l'action en consultation du rapport de gestion et du rapport de révision de C._ SA introduite par le recourant retient en conclusion que le recourant, possesseur des certificats d'actions, n'était au bénéfice d'aucun " titre d'acquisition " portant sur les papiers-valeurs litigieux et qu'il n'était pas parvenu à apporter la preuve de sa légitimation matérielle d'actionnaire au porteur de C._ SA.
Le recourant conteste encore la conclusion de la cour cantonale selon laquelle, entre le printemps 2013 et le début du mois de juillet 2013, il a dérobé les certificats d'actions au porteur n° 8 et 9, propriétés de l'intimée, alors que ceux-ci se trouvaient sur le bureau de l'intimé. Il soutient qu'il n'existe pas de preuves de sa présence au moment où les certificats auraient été dérobés. Il ressort des faits constatés par la cour cantonale que l'intimé a sorti les titres du coffre-fort au printemps 2013 et les a placés dans une enveloppe sur son bureau en attendant de les transférer sur le compte de son épouse. Le recourant est venu à deux reprises dans les locaux de la société pour apporter un certificat médical, lorsque les bureaux étaient vides. Le 27 août 2014, peu avant la fin de la procédure en annulation des titres, ouverte par l'intimé le 12 février 2014, le recourant, agissant par avocat, a produit les certificats n° 8 et 9 au greffe du Tribunal d'arrondissement et en a réclamé l' "entière propriété ". Il ressort également des faits constatés par la cour cantonale que, le 18 novembre 2013, le recourant a confié spontanément à l'assistante de l'intimé qu'il détenait deux certificats d'actions que celui-ci lui avait donnés, mais qu'elle ne devait en parler à personne. Informée par son assistante des déclarations du recourant, l'intimé a nié avoir remis des certificats d'actions au recourant.
Compte tenu de ces éléments, la cour cantonale pouvait retenir sans arbitraire que le recourant avait dérobé les certificats d'action au porteur n° 8 et 9 de C._ SA entre le printemps 2013 et le début du mois de juillet 2013. Le grief du recourant doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recourant conteste sa condamnation pour vol.
3.1. Conformément à l'art. 139 al. 1 CP, celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura soustrait une chose mobilière appartenant à autrui dans le but de se l'approprier sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3.2. En l'espèce, c'est en vain que le recourant soutient qu'il n'est pas démontré qu'il aurait soustrait une chose mobilière appartenant à autrui, soit les certificats d'action au porteur n° 8 et 9 de C._ SA. En effet, au vu des différents éléments du dossier, la cour cantonale pouvait retenir sans arbitraire que le recourant était bien l'auteur du vol.
Compte tenu de l'ensemble des éléments, la cour cantonal n'a pas violé le droit fédéral en considérant que les conditions de l'infraction réprimée à l'art. 139 CP étaient remplies.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité aux intimés, qui n'ont pas été invités à se déterminer devant le Tribunal fédéral.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 février 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Thalmann