Faits :
A.
A._ a été victime d'un accident le 20 février 2001, lors duquel il a été éjecté de son véhicule sorti de la chaussée, puis écrasé par celui-ci. Les lésions subies - principalement des fractures au niveau du cotyle droit, du sacrum, de l'omoplate droite et du mur antérieur de L1 - ont entraîné une incapacité totale de travail dans son activité de pharmacien. La Vaudoise Générale, Compagnie d'Assurances SA (ci-après: la Vaudoise), auprès de laquelle il était assuré obligatoirement contre le risque d'accident, a pris en charge le cas. Par décision du 27 janvier 2006, elle lui a alloué une rente d'invalidité, fondée sur un taux d'incapacité de gain de 70 %, à partir du 1er février 2006.
Par décision du 9 mai 2016, confirmée sur opposition le 21 mars 2017, la Vaudoise a informé l'assuré qu'elle l'estimait apte à reprendre son activité de pharmacien à un taux d'activité de 70 % et qu'en conséquence, elle réduirait la rente dès le 31 août 2016 pour tenir compte d'un taux d'invalidité de 30 %. Par ailleurs, hormis les médicaments, elle mettait fin à la prise en charge des frais de traitement avec effet au 31 mars 2015. Dites décisions se fondaient sur les résultats d'une expertise interdisciplinaire mise en oeuvre par la Clinique X._, dont le rapport final avait été délivré le 8 septembre 2015.
B.
Par jugement du 7 juin 2018, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a partiellement admis le recours de l'assuré. Elle a annulé la décision sur opposition du 21 mars 2017 en tant qu'elle portait sur le droit à la rente d'invalidité et l'a réformée dans la mesure mentionnée dans les considérants en tant qu'elle portait sur le traitement médical. Concrètement, la cour cantonale a ordonné le maintien de la rente d'invalidité au taux initial et condamné la Vaudoise à prendre en charge un suivi psychothérapeutique sous forme de séances de groupe, associées à quatre séances individuelles par année au maximum.
C.
La Vaudoise interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt en concluant à son annulation. En outre, elle demande au Tribunal fédéral de constater qu'une révision de la rente d'invalidité est admise avec effet au 1 er septembre 2016 et que le suivi psychothérapeutique n'est pas à sa charge.
Le Tribunal fédéral n'a pas ordonné d'échange d'écritures.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le litige porte sur la réduction de la rente LAA allouée à l'intimé depuis le 1 er février 2006 dans le contexte d'une procédure de révision (art. 17 LPGA [RS 830.1]), ainsi que sur la prise en charge d'un suivi psychothérapeutique pour la période postérieure au 31 mars 2015.
3.
Le jugement entrepris expose de manière complète les règles légales et les principes jurisprudentiels en matière de révision au sens de l'art. 17 LPGA; il suffit d'y renvoyer.
4.
4.1. Les premiers juges ont nié que les conditions d'une révision (au sens de l'art. 17 LPGA) soient réalisées. Ils ont relevé en particulier les similitudes entre le rapport d'expertise de la Clinique X._ et un rapport du 11 mars 2003 du docteur B._, spécialiste en médecine interne générale et en rhumatologie, lequel avait retenu que l'incapacité de travail reposait essentiellement sur des troubles subjectifs et souligné un hiatus entre les constatations objectives et le retentissement des douleurs. En outre, les atteintes mises en évidence par les médecins de X._ ne divergeaient guère de celles des docteurs C._ et D._, spécialistes en neurologie, dans leurs rapports des 16 décembre 2003 et 26 août 2004. Seule l'appréciation des répercussions fonctionnelles de ces atteintes était différente sans qu'elle ne repose sur des faits nouveaux par rapport à ceux qui prévalaient à l'époque de la décision du 27 janvier 2006. En particulier, le diagnostic de trouble somatoforme douloureux retenu par les médecins de X._ ne constituait pas un fait nouveau qui pouvait justifier une révision, mais traduisait une différence d'appréciation diagnostique de faits demeurés inchangés. A cet égard, le docteur E._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie à la Clinique X._, avait expressément souligné qu'à l'époque, le docteur F._, également spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, avait décrit pratiquement les mêmes symptômes qu'actuellement.
4.2. La recourante fait valoir qu'à l'époque de l'octroi de la rente d'invalidité, seul le docteur B._ avait émis un doute sur l'intensité des douleurs mais que d'un point de vue neurologique, l'octroi et la fixation de la rente d'invalidité n'étaient pas critiquables. Or, dix ans plus tard, les médecins de la Clinique X._ ont relevé des comportements et des attitudes incompatibles avec les douleurs décrites (rapport d'expertise p. 56 ss) ainsi qu'une utilisation injustifiée de béquilles. De l'avis de la recourante, il s'agit-là de constatations et non d'une simple divergence d'appréciation. Comme les douleurs décrites par l'intimé en 2006 étaient probablement véridiques, il y aurait lieu de constater que l'on est désormais en présence de constatations différentes indiquant une évolution favorable de l'état de santé.
4.3. Le déséquilibre entre les douleurs alléguées et le comportement de l'intimé ne saurait constituer dans le cas d'espèce un point de comparaison pertinent et suffisant pour admettre un motif de révision au sens de l'art. 17 LPGA. En effet, à l'époque, en sus du docteur B._, les médecins du service médical régional de l'assurance-invalidité avaient également évoqué une discordance entre les plaintes et les constatations objectives (rapports des 14 et 22 septembre 2004 figurant au dossier de la recourante). En ce sens, la recourante n'expose ni ne démontre en quoi l'état de santé de l'intimé aurait subi une modification notable depuis l'octroi de la rente. On ajoutera que, dans le rapport d'expertise de la Clinique X._, le spécialiste en neurologie a mis en évidence un syndrome douloureux d'origine léger à modéré lié à des lésions essentiellement des nerfs périphériques sensoriels au niveau du bassin et indiqué en particulier que les déficits de sensibilité identifiés sont les mêmes que ceux constatés en 2003 et 2009. Enfin, dès lors que la recourante ne remet pas en cause la décision du 27 janvier 2006 et soutient, au contraire, qu'elle l'a rendue sur la base d'un dossier suffisamment instruit, il n'y a pas lieu d'examiner la situation sous l'angle d'une éventuelle reconsidération (art. 53 al. 2 LPGA). La recourante ne le demande du reste pas.
5.
5.1. La cour cantonale a retenu que l'intimé participait depuis de nombreuses années à des séances de groupe, mises en place au commencement par le docteur G._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, associées à quelques consultations annuelles, dans un but, notamment, de gestion des douleurs. Comme ce dernier souffrait de douleurs chroniques, d'origine neurogène selon certains médecins et en partie d'origine psychique selon le rapport d'expertise de la Clinique X._, le suivi psychothérapeutique précité constituait une mesure thérapeutique à même d'éviter une péjoration supplémentaire de l'état de santé. Les médecins de la Clinique X._ ne prétendaient pas le contraire. En outre, une modification proposée par le psychiatre traitant devrait, le cas échéant, faire l'objet d'une nouvelle évaluation par la recourante.
5.2. La recourante conteste en substance que le traitement psychothérapeutique soit susceptible de maintenir l'état de santé de l'intimé, de sorte qu'elle ne devrait pas le prendre en charge au sens de l'art. 21 al. 1 let. c LAA. Le grief est mal fondé, dans la mesure où la recourante ne pouvait mettre fin au traitement médical qu'en présence d'un motif de révision (cf. arrêt 8C_62/2018 du 19 septembre 2018 consid. 3.3, destiné à la publication).
5.3. En définitive, le recours, manifestement mal fondé, autant que recevable en regard des exigences minimales de motivation (art. 42 al. 2 LTF), doit être rejeté selon la procédure simplifiée prévue à l'art. 109 al. 2 LTF.
6.
La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 12 octobre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Castella