Faits :
A.
A.a. A.A._ est l'actionnaire unique de X._ SA (ci-après: la société), actuellement en liquidation, dont le but social était l'achat, la vente, le courtage et la régie d'immeubles, ainsi qu'accessoirement la gestion de fortunes, l'exploitation d'un portefeuille d'assurances et la "remise des commerces". Son époux, B.A._, était l'unique administrateur de la société, avec signature individuelle, depuis sa fondation en 1996, et en est devenu le liquidateur unique depuis le 1er juin 2010. A.A._ et B.A._ vivent séparés depuis le 15 novembre 1990.
Par décision de taxation du 28 janvier 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a fixé, pour la période fiscale 2009 et compte tenu de la répartition internationale, les impôts cantonaux et communaux sur le revenu et la fortune (ci-après: ICC) de A.A._ à 116'682 fr. sur la base d'un revenu et d'une fortune imposables de respectivement 102'798 fr. et 8'814'833 fr.; l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) se montait à 7'958 fr. pour un revenu imposable de 148'600 fr.
A.A._ a contesté la valeur des actions de X._ SA arrêtée à 2'988'000 fr. dans les décisions de taxation susmentionnées; selon elle, la société était insolvable et la valeur des actions était nulle. L'Administration fiscale cantonale a alors constaté que X._ SA (ci-après: la société) avait amorti dans ses comptes 2009 un prêt de 3'948'254 fr. en faveur de B.A._ qu'elle a considéré comme un proche. Elle a estimé que ce prêt simulé constituait une prestation appréciable en argent imposable auprès de l'actionnaire A.A._, ce qui a abouti à la reprise d'un rendement de participation s'élevant à 2'368'952 fr. (montant représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation) intégré dans le revenu imposable de celle-ci. En conséquence, les décisions sur réclamation du 17 novembre 2014, tout en fixant la valeur des actions de la société à 0 fr., faisaient état d'un montant total pour les ICC de la période fiscale 2009 de 847'185 fr. correspondant à un revenu et une fortune imposables de respectivement 2'472'118 fr. et 5'837'122 fr. L'IFD de la même période était arrêté à 289'558 fr. sur la base d'un revenu imposable de 2'517'900 fr.
A.b. Le 12 octobre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté le recours de A.A._.
La Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a fait de même, dans un arrêt du 28 mars 2017. Elle a en substance jugé que l'opération en cause avait été possible uniquement en raison des liens qui unissaient celle-ci et son époux; cet élément justifiait une imposition en application de la théorie du triangle.
A.c. Par arrêt du 6 mars 2018, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours de A.A._ en tant qu'il concernait l'IFD et les ICC de la période fiscale 2009. Il a annulé l'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice et lui a renvoyé la cause, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. Ladite cour n'ayant pas eu à examiner la qualification de prestation appréciable en argent du prêt en cause contestée devant le Tribunal fédéral, l'arrêt attaqué ne contenait que peu de renseignements au sujet de la comptabilisation du prêt: il incombait à la Cour de justice de les établir et de se prononcer sur la question de la prestation appréciable en argent. Si la Cour de justice arrivait à la conclusion qu'il y avait bel et bien eu prestation appréciable en argent, la théorie du triangle devait s'appliquer et la somme en cause, à savoir 2'368'952 fr., devait être intégrée dans le revenu imposable de A.A._.
B.
Après avoir auditionné l'intéressée et entendu en qualité de témoin C._, réviseur de X._ SA, la Cour de justice a rejeté le recours de celle-ci, par arrêt du 4 décembre 2018. Elle a jugé que le prêt litigieux devait être qualifié de prestation appréciable en argent; celui-ci figurait dans les comptes en 2000 pour un montant de 11'649 fr. et avait augmenté au cours des années pour atteindre 3'948'254 fr. en 2008; il était passé à 0 fr. en 2009. A.A._, en qualité d'actionnaire unique, avait le devoir d'approuver les comptes annuels et de donner décharge au conseil d'administration; si elle ne s'était pas désintéressée de ses affaires, elle aurait constaté que son mari s'était octroyé un prêt qu'il n'avait pas l'intention de rembourser; elle devait assumer le fait d'avoir laissé son mari gérer la société et les conséquences de la confiance aveugle qu'elle avait manifesté à son égard; elle ne pouvait se dédouaner en prétendant n'avoir été qu'un prêt-nom.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 4 décembre 2018 de la Cour de justice en ce sens que le montant de 3'948'254 fr. doit être retranché de son revenu imposable tant au titre de l'IFD que des ICC pour la période fiscale 2009 et de renvoyer, en tant que besoin, la cause à l'autorité de taxation pour une nouvelle décision de taxation; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, voire auprès de l'Administration fiscale cantonale, pour un complément éventuel et une nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
A.A._ s'est encore prononcée par écriture du 9 mai 2019.
Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a LTF; cf. également art. 146 LIFD [RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], la détermination du revenu imposable étant une matière harmonisée à l'art. 7 LHID). Déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final, rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d LTF), par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable (art. 90 LTF).
2.
Le point litigieux porte sur le prêt de 3'948'254 fr. octroyé, en faveur de B.A._, par la société X._ SA qui l'a totalement amorti lors de l'exercice comptable 2009. La recourante conteste que celui-ci constitue une prestation appréciable en argent.
I. Impôt fédéral direct
3.
3.1. L'autorité précédente a exposé le droit applicable (art. 20 al. 1 let. c LIFD), dont la notion de prestation appréciable en argent et la jurisprudence y relative (ATF 143 IV 228 consid. 4.1 p. 231; 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les arrêts cités), de façon correcte, de sorte qu'il y est renvoyé.
3.2. A la suite de l'arrêt de renvoi du 6 mars 2018 du tribunal de céans, les juges précédents devaient établir si la recourante pouvait effectivement ignorer que son mari s'était octroyé un prêt. Ils ont procédé à des actes d'instruction relativement à la comptabilisation du prêt de 3'948'254 fr. Ils ont relevé que les auditions de témoins n'avaient apporté aucun élément nouveau permettant de remettre en question la qualification de prestation appréciable en argent. Le prêt avait été comptabilisé sous la dénomination "C/C débiteurs" et avait augmenté de 11'649 fr. en 2000 à 3'948'254 fr. en 2008, pour passer à 0 fr. en 2009. Selon lesdits juges, si la recourante ne s'était pas désintéressée de sa société, elle aurait dû constater que son époux s'était octroyé un prêt qu'il n'avait pas l'intention de rembourser (cf. infra consid. 4).
La Cour de justice devait aussi établir dans quelle mesure la recourante avait la possibilité de mener la société à intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à l'encontre de son époux. L'arrêt attaqué ne dit rien à ce sujet (cf. infra consid. 5).
4.
La recourante ne conteste pas l'existence du prêt mais elle soutient qu'elle en ignorait l'existence. Elle prétend n'avoir en aucune manière participé aux décisions de la société "dont elle n'était pas réellement l'actionnaire": son mari la gérait seul. Elle n'avait jamais participé aux assemblées générales et elle n'aurait pas non plus eu "la possibilité de conduire" ces assemblées. On ne pouvait dès lors lui reprocher de n'avoir pas eu connaissance du prêt en cause. Au regard de son absence d'implication, les conditions d'une prestation appréciable en argent ne seraient pas remplies.
4.1. Il convient de tout d'abord relever que le mari de la recourante doit être considéré comme une personne proche de l'actionnaire. En effet, bien qu'ils soient séparés depuis 1990, les intéressés ont fondé de concert la société X._ SA en 1996, la recourante en étant l'actionnaire unique et son époux l'administrateur unique. Il ressort, en outre, de l'audition de l'intéressée devant l'instance précédente, que celle-ci, prétendant n'avoir été qu'un prête-nom, a laissé son époux gérer la société comme il l'entendait. De plus, non seulement celui-ci en est resté l'administrateur jusqu'à sa dissolution, mais il a ensuite endossé la qualité de liquidateur, malgré les malversations dont se plaint la recourante. Une telle constellation ne s'explique que par le fait que l'unique membre du conseil d'administration était un proche de la recourante.
4.2. Il est ensuite rappelé que l'assemblée générale des actionnaires possède le droit intransmissible d'approuver les comptes annuels, qui se composent du bilan, du compte de résultat et de l'annexe (art. 958 al. 2 CO), ainsi que de déterminer l'emploi du bénéfice résultant du bilan (art. 698 al. 2 ch. 4 CO). Elle détient également le droit intransmissible de donner décharge aux membres du conseil d'administration (art. 698 al. 2 ch. 5 CO). Ces droits sont inaliénables; cette caractéristique doit être comprise comme excluant toute délégation, en particulier en faveur du conseil d'administration; il s'agit d'un principe impératif du droit de la SA qu'est la séparation des pouvoirs entre l'assemblée générale et le conseil d'administration; en d'autres termes, la décision relative à la décharge doit impérativement et matériellement être prise par l'assemblée générale (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, Commentaire romand, Code des obligations II, 2e éd., 2017, n° 2 et 10 ad art. 698 CO; cf. également DIETER DUBS/ROLAND TRUFFER, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 5e éd, n° 4 et 8 ss ad art. 698).
En outre, si l'actionnaire peut se faire représenter à l'assemblée générale (art. 689 al. 2 et 689c CO), il ne peut pas s'y faire représenter par l'administrateur lorsque cette assemblée doit se prononcer sur la décharge à donner au conseil d'administration, et ce même si celui-ci représente les voix d'un actionnaire qui n'a pas coopéré à la gestion de la société (cf. art. 695 al. 1 CO; ATF 128 III 142 consid. 3 p. 143); cet exclusion du droit de vote prévue à l'art. 695 al. 1 CO tend notamment à éviter les conflits d'intérêts dans le but de sauvegarder la capacité de fonctionner de la société et de protéger la minorité (ATF 128 III 142 consid. 3b p. 145). Les décisions de décharge auxquelles ont participé des personnes sans droit de vote sont donc attaquables au sens de l'art. 706 CO (arrêt du 29 juin 2005 4C.107/2005 consid. 2.2).
4.3. Il ressort de l'instruction menée par la Cour de justice que le prêt en cause figurait dans les comptes depuis 2000. Il y était comptabilisé dans les actifs, sous "C/C débiteurs"; il a augmenté au cours des ans pour passer de 11'649 fr. en 2000 à 3'948'254 fr. en 2008, ce qui représentait alors le 99,8% des actifs de la société, pour finalement être totalement amorti en 2009. Par conséquent, la recourante, actionnaire unique qui devait approuver les comptes de la société, tel que le lui impose la loi, pouvait constater l'existence de ce poste dans la comptabilité. Elle ne saurait, en conséquence, exciper du fait qu'elle n'était pas au courant des agissements de son mari, en particulier du prêt qu'il s'était accordé. En outre, un actionnaire qui remplit correctement son devoir légal et constate la présence d'un tel actif n'aurait pas approuvé les comptes ni donné décharge au conseil d'administration. Ce d'autant plus que la décharge peut avoir pour effet d'éteindre d'éventuelles prétentions en dommages et intérêts de la société à l'égard des personnes à qui elle est accordée pour le dommage causé à celle-ci (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, op. cit., n° 30 ad art. 698 CO).
De plus, au regard du principe de la séparation des pouvoirs entre l'assemblée générale et le conseil d'administration, la recourante ne pouvait pas abandonner le devoir d'approuver les comptes et de donner décharge à l'administrateur, à celui-ci. Elle ne pouvait pas non plus se faire représenter par lui à l'assemblée générale qui décidait cette décharge (cf. consid. 4.2) : B.A._, administrateur unique, n'était pas en droit de participer, en tant que représentant de l'actionnaire unique, à la décision de l'assemblée générale lui donnant décharge.
4.4. En ce qui concerne la société, sous l'angle du droit fiscal, lorsqu'un organe se fait verser ou fait verser à un tiers des prestations appréciables en argent, ces actes sont imputables à celle-ci (art. 55 CC), indépendamment de leur licéité et du point de savoir s'ils ont été effectués avec ou sans la volonté des autres organes ou des actionnaires (arrêts 2C_245/2018 c. 6.6.1; 2A.305/1993 in StE 1996 B 24.4 Nr. 40, traduit in RDAF 1997 II 594). A l'instar de ce qui vaut pour la société, il faut considérer que l'actionnaire qui abandonne ses droits intransmissibles à un membre unique du conseil d'administration, qui est un proche, doit se laisser imputer les décisions et les agissements de celui-ci. Dès lors, il ne saurait tirer argument de son ignorance et de son absence de volonté de retirer la totalité de la substance de la société. Il faut, ainsi, conclure de ces éléments que le prêt en cause repose sur le rapport de participation (causa societatis).
5.
Quant à la possibilité pour la recourante d'intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à l'encontre de son époux, il est relevé ce qui suit.
Est en cause un dommage subi par la société (et seulement indirectement par l'actionnaire dont les actions ne valent plus rien). S'il fallait considérer, in casu, qu'il en découlait des prétentions hors faillite, l'art. 756 CO octroie la légitimation active pour intenter action, non seulement à la société, mais également à l'actionnaire (qui ne peut agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société). En pratique, les actionnaires agissent lorsque les administrateurs omettent de le faire (HARALD BÄRTSCHI, in Jung/Kunz/Bärtschi, Gesellschaftsrecht, 2e éd., n° 347, p. 516; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4e éd., n° 225 s, p. 2446; CORBOZ/AUBRY GIRARDIN, Commentaire romand, n° 5 ss ad art. 756 CO p. 1452; GERICKE/ WALLER, Basler Kommentar, n° 5 ss ad art. 756 CO). S'il s'agissait de prétentions dans la faillite, l'art. 757 al. 2 CO prévoit également la compétence de l'actionnaire, dans la mesure où l'administration de la faillite renonce à exercer le droit de demander le paiement à la société de dommages-intérêts. Partant, dès lors qu'in casu l'administrateur unique n'allait pas intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause à son propre égard, la recourante, actionnaire unique, pouvait agir. Peu importe les raisons pour lesquelles la recourante n'a pas procédé devant la justice; seul est relevant en l'espèce, en ce qui concerne la prestation appréciable en argent, le fait qu'elle se soit abstenue de poursuivre son époux. Une décision inverse ouvrirait la porte à tous les abus.
6.
Finalement, contrairement à ce que soutient la recourante, le caractère insolite du prêt était manifeste. Le prêt se montait à 3'948'254 fr. au 31 décembre 2008, ce qui représentait le 99,8% des actifs de la société. N'importe quel actionnaire unique qui doit approuver les comptes aurait demandé des explications sur un tel actif, ainsi que des pièces justificatives. La recourante aurait alors appris que le débiteur de ce prêt était son époux et que ce prêt n'avait pas fait l'objet d'un contrat avec des modalités de remboursement, ni de garantie. Le prêt a été totalement amorti en 2009 ce qui le rendait pour le moins insolite, puisqu'il a entraîné la liquidation de la société.
7.
Au regard de ce qui précède, les conditions d'une prestation appréciable en argent sont remplies. Partant, c'est à bon droit que le prêt accordé par la société à un proche de l'actionnaire unique a été repris et intégré dans le revenu imposable de cet actionnaire, à savoir la recourante, pour un montant de 2'368'952 fr. (somme représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation). Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'IFD.
II. Impôts cantonal et communal
8.
La notion d'avantage appréciable en argent de l'art. 6 al. 1 let. c de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personne physiques / Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt (aLIPP-I), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009, et applicable à la présente affaire qui se rapporte à une période fiscale antérieure à 2010 (cf. art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP; RS/GE D 3 08]), est identique à celle prévue à l'art. 20 al. 1 let. c LIFD et est conforme à l'art. 7 al. 1 LHID. En outre, en droit cantonal genevois, la notion de prestation appréciable en argent en matière d'impôts directs cantonal et communal est traitée de manière identique à celle qui prévaut en matière d'IFD, ce qui n'est pas remis en cause par la recourante. Partant, la motivation développée en matière d'IFD s'applique mutatis mutandis aux ICC de la période fiscale 2009.
En conséquence, le recours est également rejeté en ce qui concerne les ICC de ladite période.
9.
Il découle de ce qui précède que le recours est rejeté tant pour l'IFD que pour les ICC de la période fiscale 2009.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2009.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2009.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 20 février 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon