Erwägungen:
1.
Das Bezirksgericht Höfe schrieb mit Verfügung vom 12. September 2018 das Rechtsöffnungsverfahren zwischen den Parteien infolge Tilgung der Forderung als gegenstandslos ab, auferlegte der Beschwerdeführerin die Gerichtskosten und verpflichtete sie zur Bezahlung einer Parteientschädigung.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin am 2. Oktober 2018 Beschwerde an das Kantonsgericht Schwyz. Mit Verfügung vom 25. Oktober 2018 trat das Kantonsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
Gegen diese Verfügung hat die Beschwerdeführerin am 30. November 2018 (Postaufgabe) Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Am 17. Dezember 2018 (Postaufgabe) hat sie um unentgeltliche Rechtspflege ersucht. Am 7. Januar 2019 hat sie eine weitere Eingabe eingereicht.
2.
Aufgrund des tiefen Streitwerts (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und mangels Vorliegens einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG) ist die Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen (Art. 113 ff. BGG). In einer subsidiären Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 116 BGG). Verfassungsrügen müssen gemäss dem strengen Rügeprinzip von Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden. Demnach ist anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399; 142 III 364 E. 2.4 S. 368).
3.
Das Kantonsgericht ist auf die Beschwerde nicht eingetreten, da sie offenkundig verspätet sei und die Beschwerdeführerin nicht glaubhaft mache, dass sie an der Säumnis kein oder nur ein leichtes Verschulden treffe (Art. 148 Abs. 1 ZPO), da sich die Beschwerdeführerin zudem nicht mit den bezirksgerichtlichen Erwägungen auseinandersetze und die Beschwerde schliesslich nicht rechtsgültig unterzeichnet und eine entsprechende Nachfrist ungenutzt und unentschuldigt verstrichen sei.
Vor Bundesgericht macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe alle Akten immer mit klarer Unterschrift und rechtzeitig eingereicht. Sie hält an der Beschwerde fest und "bestreitet alles". Damit fehlt jegliche Auseinandersetzung mit den Erwägungen der angefochtenen Verfügung und die Beschwerdeführerin zeigt nicht ansatzweise auf, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen. Die Beschwerde enthält demnach offensichtlich keine hinreichende Begründung. Auf sie ist im vereinfachten Verfahren durch den Abteilungspräsidenten nicht einzutreten (Art. 117 i.V.m. Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
4.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Entgegen ihrer Auffassung besteht kein Recht, schweizweit gratis Beschwerde zu führen. Ihr als juristischer Person steht das Recht auf unentgeltliche Rechtspflege sodann grundsätzlich nicht zu. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, war ihre Beschwerde ausserdem von Anfang an aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 3 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2019
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Zingg