Erwägungen:
1.
Der Regierungsrat des Kantons Zürich erliess am 22. September 2021 die Verordnung über Massnahmen zur Bekämpfung der Covid-19-Epidemie im Bildungsbereich (V Covid-19 Bildungsbereich; LS 818.14), die am 4. Oktober 2021 in Kraft trat. Mit einem "Antrag auf Erlass einer einstweiligen Verfügung zur Unterlassung" vom 30. September 2021 (Postaufgabe) wandte sich A._ an das Bundesgericht und beantragte, die Antragsgegner (u.a. Direktion der Justiz und des Innern, Staatskanzlei, Gesundheitsdirektion und Bildungsdirektion des Kantons Zürich sowie alle öffentlichen Schulen) seien aufzufordern, den Massnahmen der Verordnung nicht Folge zu leisten. Das Bundesgericht hat keine Instruktionsmassnahmen verfügt.
2.
2.1. Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen kantonale Erlasse (Art. 82 lit. b BGG). Dabei ist die Beschwerde unmittelbar zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (Art. 87 Abs. 1 BGG). Sieht das kantonale Recht ein Rechtsmittel vor, muss der kantonale Instanzenzug durchlaufen werden und kann erst gegen den Entscheid der letzten kantonalen Instanz Beschwerde beim Bundesgericht erhoben werden (Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Art. 87 Abs. 2 BGG). Der Kanton Zürich sieht gegen kantonale Erlasse - mit Ausnahme der Verfassung und der Gesetze - ein kantonales Rechtsmittel vor (Art. 79 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005). Zuständige Instanz gegen Verordnungen des Regierungsrats ist das Verwaltungsgericht (§ 41 Abs. 1 i.V.m. § 19 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 lit. a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes [des Kantons Zürich] vom 24. Mai 1959 [VRG/ZH; LS 175.2]; vgl. REGINA KIENER, in: Alain Griffel [Hrsg.], Kommentar zum VRG/ZH, 3. Aufl. 2014, § 41 N. 18 ff.).
2.2. Der Beschwerdeführer bezeichnet die Verordnung vom 22. September 2021 über Massnahmen zur Bekämpfung der Covid-19-Epidemie im Bildungsbereich als Anfechtungsobjekt (S. 2 Ziff. II/1 der Beschwerde). Ein anderes mögliches Anfechtungsobjekt ergibt sich nicht aus der Beschwerde und ist auch nicht ersichtlich. Nach den vorstehenden Erwägungen muss die Verordnung daher zuerst beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich angefochten werden, bevor der Weg ans Bundesgericht offensteht. Dies ergibt sich auch aus der Rechtsmittelbelehrung (Ziff. III des Regierungsratsbeschlusses vom 22. September 2021) und ist dem Beschwerdeführer bekannt, führt er doch auf der letzten Seite der Beschwerde aus, dass er gegen "die Verfügung (Entscheid) des Regierungsrats" wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte Beschwerde beim Verwaltungsgericht führen werde. Damit ist das Bundesgericht nicht zuständig, um eine einstweilige Anordnung zu erlassen. Diese Kompetenz liegt beim für die Beschwerde zuständigen Verwaltungsgericht. Auf das offensichtlich unzulässige Gesuch kann nicht eingetreten werden; dies geschieht im vereinfachten Verfahren durch den Einzelrichter (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG). Die Eingabe ist an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zu überweisen.
3.
Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf das Gesuch wird nicht eingetreten.
2.
Die Eingabe wird dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich überwiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2021
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger