Erwägungen:
1.
Die Vorinstanz verurteilte den Beschwerdeführer am 15. März 2017 im Berufungsverfahren wegen diverser Delikte zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten, wovon es 18 Monate bedingt aussprach, einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 10.- und einer Busse von Fr. 300.- respektive 3 Tagen Ersatzfreiheitsstrafe im Falle schuldhafter Nichtbezahlung. Die hiergegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil vom 1. Dezember 2017 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_634/2017).
Auf ein erneutes Revisionsgesuch des Beschwerdeführers trat die Vorinstanz am 16. April 2018 nicht ein. Auch auf ein drittes Revisionsgesuch gegen die Urteile vom 15. März 2017 und 16. April 2018 trat sie mit Entscheid der Einzelrichterin vom 9. April 2019 nicht ein.
2.
Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Strafsachen zusammengefasst, der Entscheid der Vorinstanz vom 9. April 2019 sei aufzuheben und es sei auf sein Revisionsbegehren einzutreten. Er rügt u.a., der Nichteintretensentscheid hätte gemäss § 92 Abs. 1 Ziff. 3 Gerichtsorganisationsgesetz des Kantons Basel-Stadt (GOG; SG 154.100) nicht durch die Einzelrichterin, sondern das Dreiergericht gefällt werden müssen.
3.
Gemäss § 92 Abs. 1 Ziff. 3 GOG/BS ist ein Dreiergericht des Appellationsgerichts zuständig für Revisionsgesuche betreffend Urteile eines Dreiergerichts oder eines Einzelgerichts des Strafgerichts oder des Appellationsgerichts.
Die Rüge erweist sich als begründet, was auch die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung einräumt und die Gutheissung der Beschwerde aus formellen Gründen beantragt. Auf die weiteren Rügen ist nicht einzugehen.
4.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (vgl. Art. 66 Abs. 1, 4 BGG) und keine Entschädigungen auszurichten (Art. 68 Abs. 1, 2 BGG), womit das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos wird.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 9. April 2019 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held