Faits :
A.
Une enquête a été ouverte contre X._ par le ministère public de l'arrondissement de l'Est vaudois pour les faits suivants.
A Montreux, le 13 mars 2008, vers 23h00, X._ et Y._ (déféré séparément) se sont introduits dans la villa d'A._ en brisant une fenêtre du garage puis en forçant une porte. X._ était armé d'un revolver et d'un couteau et équipé du matériel nécessaire au cambriolage. Les deux hommes savaient par Z._ (déférée séparément), qui habitait non loin de là, que l'octogénaire vivait seul chez lui. C'est par elle qu'ils avaient appris que A._ était fortuné, qu'il détenait de l'argent liquide dans un coffre à son domicile et qu'il possédait plusieurs oeuvres d'art et des bijoux. Les deux hommes ont réveillé A._ puis l'ont attaché et bâillonné pour l'empêcher de crier. X._ s'est mis à fouiller la maison et, frustré de ne pas découvrir le butin espéré, s'en est pris à A._, le giflant et lui donnant de petits coups de poing au visage pour qu'il leur indique où étaient l'argent et les clefs des coffres. Il a également menacé de l'égorger ou de lui couper les doigts s'il ne leur donnait pas les renseignements escomptés. Après plus de quatre heures de fouille, les deux hommes sont repartis avec un butin comprenant notamment, environ 3'000 fr. en espèces, des tableaux, des figurines en ivoire, 2 montres de luxe, un petit diamant et un pistolet 6 mm. Quant à A._, ils l'ont abandonné sur son lit, toujours ligoté, position dans laquelle il est resté près de 6 heures avant d'être secouru.
A.a. Y._ et Z._ ont été condamnés par le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois le 8 juillet 2009 pour ces faits. Ce jugement a été confirmé par la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois le 3 septembre 2009.
A.b. Le 13 mars 2009, l'Office fédéral de la justice (ci-après: OFJ) a demandé aux autorités slovaques compétentes de reprendre l'enquête dirigée contre X._, ressortissant slovaque, en raison de ces faits.
Par courrier du 18 mars 2010, sur demande du juge d'instruction, l'OFJ a indiqué retirer la demande de délégation de la poursuite pénale du 13 mars 2009 et a invité les autorités slovaques compétentes à retourner le dossier de la procédure à la Suisse.
Le 30 mars 2010, le juge d'instruction de l'arrondissement de l'Est vaudois a décerné un mandat d'arrêt international à l'encontre de X._.
Le 25 octobre 2011, les autorités slovaques ont requis l'entraide judiciaire en matière pénale de la Suisse à l'encontre de X._, dans le cadre de leur procédure interne. Le 17 avril 2014, le Procureur vaudois y a répondu en transmettant quatre documents (copies du PV d'audition de Y._, du rapport du centre universitaire de médecine légale, du rapport de police et de l'acte de décès d'A._ du 11 avril 2014).
A.c. Les autorités slovaques ont diligenté contre X._ une procédure pénale au terme de laquelle, le Parquet du District de Vranov nad Topl'ou a, par décision du 28 octobre 2015, libéré X._ des chefs d'accusation de vol, violation de domicile, port d'arme non autorisé et trafic d'armes, s'agissant des faits survenus à Montreux le 13 mars 2008.
A.d. Interpellé en Ukraine le 14 mai 2016, X._ a été extradé en Suisse le 30 août suivant. Il a fait l'objet d'une détention extraditionnelle du 14 mai au 29 août 2016 (108 jours). Il a ensuite été détenu en Suisse du 30 août 2016 au 9 mai 2017 (253 jours).
B.
Par jugement du 9 mai 2017, le Tribunal criminel de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré X._ du chef d'accusation de brigandage, a ordonné sa mise en liberté immédiate, lui a alloué une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. c CPP de 10'000 fr. et a laissé les frais à la charge de l'Etat, y compris l'indemnité du défenseur d'office.
En substance, les premiers juges ont laissée indécise la question de savoir si la décision slovaque du 28 octobre 2015 était définitive. Dans la négative, X._, dont l'accusation reposait principalement sur les dépositions de Y._ et Z._, devait être mis au bénéfice de la présomption d'innocence, dès lors que ces derniers s'étaient rétractés devant les enquêteurs slovaques.
C.
Statuant sur appels du ministère public et de X._ (sur le montant de l'indemnité), la cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis le premier et rejeté le second par jugement du 16 janvier 2018. Elle a condamné X._ pour brigandage qualifié à une peine privative de liberté de sept ans, sous déduction de 361 jours de détention préventive (en Suisse et à l'étranger) et a mis les frais à sa charge.
D.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre la décision cantonale et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa libération de tout chef d'accusation et à l'allocation d'une indemnité de 72'200 fr. pour détention injustifiée au sens de l'art. 429 CPP. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de la décision et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Le Tribunal fédéral a constaté que sa demande d'effet suspensif était sans objet en vertu de l'art. 103 al. 2 let. b LTF.
Invités à se déterminer sur le mémoire de recours, la cour cantonale y a renoncé en se référant aux considérants de sa décision, cependant que le ministère public a formulé des observations sur trois points. Les déterminations ont été communiquées à X._, lequel a présenté de brèves déterminations.
Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste la compétence des autorités suisses de se saisir à nouveau de cette cause et invoque une violation du principe ne bis in idem, tel qu'il ressort du droit suisse et international.
1.1. Selon le principe ne bis in idem, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, nul ne peut être poursuivi ou puni pénalement par les juridictions du même Etat en raison d'une infraction pour laquelle il a déjà été acquitté ou condamné par un jugement définitif conformément à la loi et à la procédure pénale de cet Etat (ATF 137 I 363 consid. 2.1 p. 364, arrêt 6B_1053/2017 du 17 mai 2018 consid. 4.1). L'autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem supposent qu'il y ait identité de la personne visée et des faits retenus (ATF 125 II 402 consid. 1b p. 404; 120 IV 10 consid. 2b p. 13; arrêts 6B_1053/2017 du 17 mai 2018 consid. 4.1; 6B_1269/2016 du 21 août 2017 consid. 3.3; 6B_857/2013 du 7 mars 2014 consid. 5.5; 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 6).
L'interdiction de la double poursuite suppose la présence de deux procédures: une première, par laquelle l'intéressé a été condamné ou acquitté par un jugement définitif, doté à ce titre de l'autorité de chose jugée et non passible de remise en cause selon les voies de recours ordinaires, et une seconde, ultérieure, au cours de laquelle il aurait été à nouveau poursuivi ou puni (arrêt 6B_1186/2014 du 3 décembre 2015 consid. 4.2 et les références citées; sur l'entrée en force matérielle et formelle, cf. ATF 127 III 496 consid. 3b/bb p. 501; arrêt 4A_292/2017 du 29 janvier 2018 consid. 3.1).
Le principe ne bis in idemest garanti par l'art. 4 par. 1 du Protocole additionnel n° 7 à la CEDH du 22 novembre 1984 (RS 0.101.07; ci-après: Protocole n° 7), ainsi que par l'art. 14 par. 7 du Pacte international relatif aux droits civils et politiques, conclu à New York le 16 décembre 1966 (Pacte ONU II; RS 0.103.2). La règle ne bis in idem découle en outre implicitement de la Constitution fédérale (ATF 137 I 363 consid. 2.1 p. 365). Sous la note marginale " interdiction de la double poursuite ", l'art. 11 CPP prévoit également qu'aucune personne condamnée ou acquittée en Suisse par un jugement entré en force ne peut être poursuivie une nouvelle fois pour la même infraction (al. 1).
1.2. En matière de délégation de poursuite, la règle ne bis in idem ressort notamment des art. 3 al. 3 CP et 89 de la loi fédérale du 20 mars 1981 sur l'entraide internationale en matière pénale (Loi sur l'entraide pénale internationale, RS 351.1; EIMP). Dans les rapports internationaux, l'art. 54 de la Convention d'application du 19 juin 1990 de l'Accord de Schengen du 14 juin 1985 entre les gouvernements des États de l'Union économique Benelux, de la République fédérale d'Allemagne et de la République française relatif à la suppression graduelle des contrôles aux frontières communes (CAAS; Journal officiel EU L 239 du 22 septembre 2000 p. 19 à 62), interdit la double poursuite.
1.2.1. L'art. 3 CP règle la compétence du juge pénal suisse en vertu du principe de la territorialité. Selon le principe de liquidation (Erledigungsprinzip) tel qu'il ressort de l'art. 3 al. 3 CP, sous réserve d'une violation grave des principes fondamentaux du droit constitutionnel et de la CEDH, l'auteur poursuivi à l'étranger à la requête de l'autorité suisse ne peut plus être poursuivi en Suisse pour le même acte s'il a été acquitté à l'étranger par un jugement définitif (let. a) ou s'il a subi la sanction prononcée contre lui à l'étranger, que celle-ci lui a été remise ou qu'elle est prescrite (let. b).
1.2.2. Les 88 ss EIMP règlent la délégation de la poursuite pénale de la Suisse à l'étranger. A teneur de l'art. 89 al. 1 EIMP, lorsqu'un Etat étranger accepte la poursuite pénale, les autorités suisses s'abstiennent de toute autre mesure à raison du même fait contre la personne poursuivie tant que l'Etat requis n'a pas fait connaître qu'il lui est impossible de mener la procédure pénale à chef (let. a), s'il ressort de la décision rendue dans cet Etat que le juge a prononcé, statuant au fond, un acquittement ou un non-lieu (let. b, mis en relation avec l'art. 5 al. 1 let. a ch. 1 EIMP), ou s'il a renoncé à infliger une sanction ou s'est abstenu provisoirement de la prononcer (let. b, mis en relation avec l'art. 5 al. 1 let. a ch. 2 EIMP), voire encore si la sanction infligée a été exécutée ou ne peut plus l'être selon le droit de l'Etat qui a statué (let. b, mis en relation avec l'art. 5 al. 1 let. b EIMP).
1.2.3. Les dispositions de la CAAS sont mises en oeuvre et appliquées en Suisse en vertu de l'art. 2 ch. 1 en lien avec l'annexe A partie 1 de l'Accord du 26 octobre 2004 entre la Confédération suisse, l'Union européenne et la Communauté européenne sur l'association de la Confédération suisse à la mise en oeuvre, à l'application et au développement de l'acquis de Schengen (RS 0.362.31; ci-après: Accord sur l'acquis Schengen). La République slovaque, membre de l'Union européenne, est partie à la CAAS.
Selon l'art. 54 CAAS, une personne qui a été définitivement jugée par une partie contractante ne peut, pour les mêmes faits, être poursuivie par une autre partie contractante, à condition que, en cas de condamnation, la sanction ait été subie ou soit actuellement en cours d'exécution ou ne puisse plus être exécutée selon les lois de la partie contractante de condamnation. Conformément à l'art. 55 par. 1 et 2 CAAS, la Confédération suisse a émis une réserve en déclarant n'être pas liée par l'art. 54 CAAS, notamment lorsque les faits visés par le jugement étranger ont eu lieu soit en tout, soit en partie sur son territoire; dans ce dernier cas, cette exception ne s'applique cependant pas si ces faits ont eu lieu en partie sur le territoire de la Partie contractante où le jugement a été rendu (Déclarations et communications de la Suisse relatives à l'Accord sur l'acquis Schengen).
1.3. En l'espèce, la cour cantonale a admis la compétence des autorités suisses. D'une part elle a considéré que le retrait de la délégation de la poursuite à la République slovaque du 18 mars 2010 fondait la compétence suisse en laissant toutefois cette question ouverte. D'autre part, elle a considéré que la décision slovaque du 28 octobre 2015 n'avait pas force de chose jugée, de sorte que la Suisse pouvait se saisir à nouveau de la cause et condamner le recourant pour les faits commis le 13 mars 2008 à Montreux.
1.4. Dans la mesure où les art. 4 par. 1 Protocole n° 7, 14 par. 7 Pacte ONU II et 11 al. 1 CPP n'interdisent la double poursuite que dans le cadre national (cf. ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; arrêt 1B_56/2017 du 8 mars 2017 consid. 2.1), il n'y a pas lieu d'examiner les griefs du recourant - qui se prévaut d'une décision d'un Etat étranger - sous cet angle.
Par ailleurs, dès lors qu'en l'espèce, les faits reprochés au recourant se sont entièrement déroulés en Suisse, le recourant ne saurait se prévaloir de l'art. 54 CAAS pour échapper à une poursuite par les autorités de ce pays, compte tenu de la réserve exprimée par la Suisse sur ce point (cf. supra consid. 1.2.3).
Il résulte de ce qui précède que seuls les art. 3 al. 3 CP et 89 EIMP, invoqués par le recourant, peuvent entrer en ligne de compte.
2.
Dans un premier grief, le recourant soutient que la poursuite ayant fait l'objet d'une délégation de la Suisse à la République slovaque, les autorités de poursuite pénale suisses ne pouvaient pas unilatéralement retirer cette demande et n'étaient dès lors pas compétentes pour le poursuivre.
2.1. Le principe de liquidation au sens de l'art. 3 al. 3 CP ne trouve application qu'à la condition que soit intervenue une requête officielle de la Suisse (cf. ATF 111 IV 1 consid. 2b p. 3 s.).
L'Office fédéral décide de la délégation de la procédure pénale à l'étranger (art. 30 al. 2 EIMP, mis en relation avec l'art. 88 de la même loi). L'acte de délégation constitue une décision sujette à recours (cf. art. 25 al. 2 EIMP; ATF 118 Ib 269 consid. 2 p. 274; arrêt 1A.153/2002 du 10 septembre 2002 consid. 2.1).
Une requête adressée par la Suisse à l'étranger, mais non acceptée par l'Etat étranger n'est pas suffisante, de sorte que, tant que l'Etat étranger n'a pas fait part de ce qu'il accepte la poursuite, l'auteur peut être poursuivi en Suisse (TRECHSEL/VEST, in Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, Trechsel/Pieth [éd.], 3e éd. 2018 Praxiskommentar, n° 8 ad art. 3 CP; POPP/KESHELAVA, in Basler Kommentar, Strafrecht I, vol. I, 3e éd. 2013, n° 7 ad art. 3 CP; HARARI/LINIGER GROS, in Commentaire romand, Code pénal, vol. I, 2009, n° 53 à 55 ad art. 3 CP).
Selon le message du Conseil fédéral à l'appui de l'EIMP, la loi fédérale ne prévoit pas les effets d'une révocation éventuelle de la demande de délégation par l'Etat étranger à la Suisse, puisque c'est à la législation nationale de définir les conséquences de l'acceptation pour l'Etat requérant (message du 8 mars 1976 à l'appui d'une loi sur l'entraide internationale en matière pénale et d'un arrêté fédéral sur les réserves relatives à la convention européenne d'extradition; FF 1976 II 430 ss p. 453 en lien avec l'art. 86 du projet; ci-après: message à l'appui de l'EIMP). Or le droit suisse prévoit expressément les conséquences de l'acceptation de la délégation de la poursuite en ce sens que les autorités suisses sont dessaisies (à tout le moins momentanément) de leur compétence en vertu de l'art. 89 EIMP (cf. ATF 129 II 449 consid. 2.1 p. 451: dès l'entrée en force de la décision de délégation, les autorités chargées de la poursuite pénale s'en trouvent dessaisies, au profit des autorités de l'Etat requis).
D'après la doctrine, la compétence déléguée repose sur un accord entre deux Etats, lequel doit être assimilé à un traité international (HARARI/JAKOB/JENNI, La délégation de la poursuite pénale à la Suisse, in SJ 2013 II p. 389, 392, 394; NIKLAUS WITSCHI, Die Übernahme der Strafverfolgung nach künftigem schweizerischem Recht, thèse 1977, p. 115; dans ce sens, STEFAN HEIMGARTNER, in Basler Kommentar, Internationales Strafrecht, 2015, n° 15 ad art. 30 EIMP). Une fois admise par l'Etat requis, la demande de délégation de la poursuite par la Suisse ne peut être retirée qu'avec l'accord de l'Etat requis ou à tout le moins, en respectant le principe de la bonne foi dans les rapports internationaux (LEA UNSELD, in Basler Kommentar, Internationales Strafrecht, 2015, n° 2 ad art. 89 EIMP).
2.2. En l'espèce, bien que le document ne figure pas au dossier, il est établi et non contesté que la Suisse a introduit une demande officielle de délégation de poursuite à la République slovaque le 13 mars 2009, s'agissant des faits survenus à Montreux le 13 mars 2008. L'acceptation formelle de la délégation ne figure pas au dossier et le jugement entrepris n'en fait aucune mention. Toutefois, le courrier de l'OFJ du 18 mars 2010 adressé au Ministère de la Justice de la République slovaque annonçant le retrait de la demande de délégation - sur lequel se fonde la cour cantonale - fait expressément référence à la demande de délégation de poursuite pénale du 13 mars 2009 et à un courrier des autorités slovaques du 12 juin 2009 (pce 5; art. 105 al. 2 LTF).
Dans un courrier du 26 mars 2013 adressé à l'OFJ dans le cadre de sa demande d'entraide à la Suisse, la " Procurature générale de la République slovaque, Département international " rappelle avoir décidé d'accepter la demande d'exercer des poursuites à l'encontre du recourant le 12 juin 2009, " par rapport au vol aggravé et à d'autres infractions commises (...) le 13/14 mars 2008 " (cf. pce 47/3; art. 105 al. 2 LTF). Différents documents des autorités slovaques suggèrent qu'elles diligentaient une procédure pénale à l'encontre du recourant depuis le 4 mars 2010 (annexe du ministère public de Vranoc Nad Topl'ou du 10 octobre 2011 et demande d'entraide pour l'audition d'A._ et de Z._ et différents rappels, pce 47 p. 12; décision du parquet du district de Vranov nad Topl'ou du 28 octobre 2015, pce 59/2 p. 2; art. 105 al. 2 LTF), ce qui est confirmé par le ministère public de l'Est vaudois (courrier du 21 avril 2016 à l'OFJ, pce 52; art. 105 al. 2 LTF).
Dans ses observations, le ministère public fait état de deux documents relatifs au courrier d'annonce de retrait de la délégation de poursuite du 18 mars 2010. Le jugement entrepris ne fait aucune mention de ces pièces, lesquelles ne figurent pas dans le dossier cantonal. Le ministère public ne saurait se fonder sur des faits ou moyens de preuve nouveaux qu'il était en mesure de présenter à l'autorité précédente et dont il devait discerner la pertinence éventuelle, dès lors que la question du retrait de la délégation de poursuite s'est déjà posée devant le tribunal de première instance (cf. arrêts 5A_291/2013 du 27 janvier 2014 consid. 2.2; 4A_36/2008 du 18 février 2008 consid 4.1). Le ministère public n'explique d'aucune manière en quoi ces pièces ne tomberaient pas sous le coup de l'interdiction de produire des moyens de preuve nouveaux (art. 99 al. 1 LTF). Partant, elles sont irrecevables. Il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur l'argumentation du ministère public, selon laquelle les autorités slovaques auraient accepté le retrait de délégation, dès lors qu'elle se fonde sur des moyens de preuve irrecevables.
Dans la mesure où il est établi et incontesté que les autorités slovaques ont accepté la délégation de la poursuite, le raisonnement de la cour cantonale selon lequel l'annonce de retrait de la requête équivaudrait à une absence de requête ne saurait être suivi. Ce d'autant que la déclaration de retrait est intervenue près de 10 mois après l'acceptation de la délégation de la poursuite et postérieurement à l'ouverture de l'enquête slovaque. Ainsi, la cour cantonale ne pouvait pas exclure l'application de l'art. 3 al. 3 CP, respectivement de l'art. 89 al. 1 EIMP, au motif que la délégation de poursuite aurait été retirée.
Dès lors que la cour cantonale a laissé ouverte la question de savoir si la déclaration de retrait de la délégation avait pour effet de l'annuler et considéré qu'en tout état l'art. 3 al. 3 CP n'était pas violé pour d'autres motifs, il y a lieu d'examiner le second grief du recourant.
3.
Dans un grief d'ordre formel, le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu dès lors que la cour cantonale aurait fondé tout son raisonnement visant à exclure l'application de l'art. 3 al. 3 CP sur une pièce qui n'avait jamais été évoquée auparavant et au sujet de laquelle il n'a pas eu la possibilité de se déterminer.
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 II 218 consid. 2.3 p. 222 s.; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299).
Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait (arrêts 6B_111/2017 du 17 octobre 2017 consid. 1.1; 6B_2/2014 du 26 juin 2014 consid. 2.1). De manière générale, en vertu de la règle " jura novit curia ", le juge n'a ainsi pas à soumettre à la discussion des parties les principes juridiques sur lesquels il va fonder son jugement. Il peut appliquer d'office, sans avoir à attirer préalablement l'attention des parties sur l'existence de tel ou tel problème juridique, une disposition de droit matériel. Selon la jurisprudence, les parties doivent cependant être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales ou des motifs dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue et dont les parties ne pouvaient supputer la pertinence (ATF 130 III 35 consid. 5 p. 39; 128 V 272 consid. 5b/bb p. 278; arrêts 6B_111/2017 du 17 octobre 2017 consid. 1.1; 6B_1335/2015 du 23 septembre 2016 consid. 2.2).
3.2. Les juges de première instance ont expressément indiqué qu'ils ignoraient si la décision du 28 octobre 2015 du parquet du district de Vranov nad Topl'ou était entrée en force, cette question n'ayant pas été instruite (jugement de première instance, p. 12 et 14 s'agissant de la pce 59/2).
Traitant cette question, la cour cantonale tire un extrait d'une lettre adressée le 3 juin 2016 par le Parquet général de la République slovaque à l'OFJ dans le cadre de l'extradition du recourant (pce 59/1 p. 2), à teneur duquel " (...) les poursuites pénales du prévenu (...) ont été classées dans la République slovaque (sans force de chose jugée pour le moment) et (...) cette décision va poser un obstacle au principe ne bis in idem dans la République slovaque ". Sur cette base et relevant que le délai d'appel (de trois jours) contre la décision du 28 octobre 2015 était largement échu au 3 juin 2016, la cour cantonale a considéré que la décision slovaque ne déployait pas les effets d'un jugement entré en force. Pour ce motif, elle a exclu l'application de l'art. 3 CP (jugement entrepris consid. 6.2 p. 12 s.).
3.3. La cour cantonale s'est ainsi écartée du jugement de première instance s'agissant de la compétence des autorités suisses de poursuivre le recourant, en se fondant exclusivement sur un courrier qui n'a, de l'aveu même des juges cantonaux, pas été mis en évidence tant par les premiers juges que par le procureur.
Il n'apparaît pas que le recourant ait été rendu attentif à ce courrier par la cour cantonale, laquelle a statué à huis clos en procédure écrite. Dans la configuration d'espèce, il est douteux que la cour cantonale pût traiter l'appel en procédure écrite au motif que la présence du prévenu aux débats n'était pas indispensable (art. 406 al. 2 let. a CPP). Faute de grief sur ce point et compte tenu de l'issue de la cause, il n'y a pas lieu de l'examiner. En tout état, le courrier du 3 juin 2016 constituait un élément essentiel de nature à influer sur la décision à rendre (classement ou condamnation) touchant directement la situation juridique du recourant, de sorte que ce dernier devait être amené à se prononcer sur cette pièce. Faute d'avoir entendu le recourant sur ce point, la cour cantonale a violé l'art. 29 al. 2 Cst.
Pour ce motif, le jugement cantonal doit être annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle entende les parties au sujet du courrier du 3 juin 2016, qu'elle en clarifie la portée (formulation ambivalente entre la non-entrée en force et l'obstacle au principe ne bis in idem) et qu'elle détermine, sur la base des éléments recueillis, si la décision slovaque du 28 octobre 2015 est entrée en force. Le recourant requiert expressément la production du dossier slovaque afin de trancher cette question, ce que suggère également le ministère public dans ses déterminations.
3.3.1. Dans l'hypothèse où la cour cantonale parvient à la conclusion que la décision slovaque est entrée en force, elle devra examiner si et dans quelle mesure la décision du procureur slovaque entre dans le champ d'application de l'art. 3 al. 3 CP, respectivement de l'art. 89 EIMP et fait obstacle à de nouvelles poursuites en vertu du principe ne bis in idem (cf. supra consid. 1.2 et notamment arrêt de la Cour de justice des Communautés européennes Turansky C-491/07 du 22 décembre 2008, par. 35 ss). Dans l'affirmative, la cour cantonale devra classer l'affaire et statuer sur les conclusions du recourant relatives à son indemnisation pour détention injustifiée en vertu de l'art. 429 CPP (cf. art. 15 EIMP et arrêt 2C_397/2012 du 19 novembre 2012 consid. 3 sur l'indemnisation de la détention extraditionnelle; notamment arrêt 6B_909/2015 du 22 juin 2016 consid. 2 sur le montant de l'indemnisation).
3.3.2. Dans l'hypothèse où la cour cantonale considère que la décision slovaque ne fait pas obstacle à de nouvelles poursuites en Suisse, respectivement à une condamnation, il lui appartiendra d'examiner la culpabilité du recourant dans le respect des règles de procédure (cf. notamment art. 343 al. 3 CPP; ATF 140 IV 196 consid. 4.4.1 et 4.4.2 p. 198 ss et arrêt 6B_1422/2017 du 5 juin 2018 consid. 3.1 s'agissant de l'immédiateté des preuves lorsque la déposition d'un témoin constitue le seul moyen de preuve direct ou lorsque la cour d'appel souhaite s'écarter de l'état de fait retenu en première instance). En cas d'acquittement, il appartiendra à la cour cantonale de statuer sur les conclusions du recourant relatives à son indemnisation en vertu de l'art. 429 CPP.
4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis, le jugement cantonal annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau. Le recourant, qui obtient gain de cause, ne supportera pas de frais judiciaires et peut prétendre à des dépens à la charge du canton (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF). Cela rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera au mandataire du recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 27 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke