Faits :
A.
La société X._ SA (ci-après: la société), de siège à Genève et inscrite au registre du commerce depuis le 28 septembre 2007, a pour but, entre autres, le développement, la fabrication, la production et la vente d'équipements audio haut de gamme, tels que des amplificateurs et des haut-parleurs. Depuis le 1 er octobre 2007, elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale).
B.
B.a. Le 26 juin 2014, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle de la société, au terme duquel elle a conclu que l'assujettie avait renoncé à l'imposition de prestations sans établir leur réalisation à l'étranger durant les périodes allant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2013.
Le 11 septembre 2014, l'Administration fédérale a adressé à la société une notification d'estimation confirmant la créance fiscale pour les périodes fiscales susmentionnées (5'798 fr. en 2010, 9'281 fr. en 2011, 26'850 fr. en 2012 et 8'303 fr. en 2013) et le montant de la correction de l'impôt en sa faveur (90'729 fr.).
La société a contesté, le 2 octobre 2014, la reprise d'impôt à hauteur de 81'687 fr. 75, en alléguant que les opérations concernées avaient été réalisées à l'étranger et devaient partant échapper à l'imposition. Le 16 février 2015, l'Administration fédérale a imparti au conseil de l'assujettie un délai pour lui faire parvenir des preuves pouvant étayer ses allégations. Il n'a pas été donné suite à cette requête.
B.b. Par décision du 9 avril 2015, l'Administration fédérale a confirmé la reprise d'impôt par 90'729 fr. Contre cette décision, l'assujettie a formé une réclamation. Au cours de la procédure, le mandataire de la société a adressé à l'Administration fédérale une série de factures destinées à prouver la réalisation à l'étranger d'une partie des chiffres d'affaires (10 opérations comptabilisées sur le compte 6001 "ventes") imposés. Le 6 avril 2016, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation.
L'assujettie a formé, le 9 mai 2016, un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, en répétant que les opérations taxées s'étaient déroulées à l'étranger et en ajoutant que, pour certaines, il s'agissait d'exportations exonérées.
Dans sa réponse du 30 juin 2016, l'Administration fédérale a conclu à l'admission partielle du recours, en ce sens que la reprise d'impôt devait être réduite à 60'277 fr.
Par arrêt du 16 juin 2017, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours, dans la mesure de sa recevabilité. Il a arrêté le montant de la reprise d'impôt à 69'690 fr. 30.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre son recours et de réformer l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 16 juin 2017 en ce qui concerne les montants de TVA qui lui sont encore réclamés notamment aux considérants 7.1, 7.2 et 7.4 de l'arrêt entrepris.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la société directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
1.2. Il sera d'emblée précisé qu'en tant que la recourante dénonce une erreur dans les montants retenus dans la décision sur réclamation de l'Administration fédérale du 6 avril 2016 (90'729 fr. au lieu de 83'834 fr. 25), sa critique tombe à faux, car l'arrêt querellé a remplacé cette décision (effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral, cf. art. 54 PA [RS 172.021] par le renvoi de l'art. 37 LTAF [RS 173.32]; ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543) et la recourante n'allègue pas que le montant de la reprise d'impôt finalement arrêté dans cet arrêt (69'690 fr. 30) comporterait la même erreur que celle dénoncée dans la décision sur réclamation.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, à savoir exposé de manière claire et détaillée (cf. ATF 141 I 36 consid. 1.3 p. 41).
2.2. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), hormis dans les cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377). Il n'y a arbitraire dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2.3. En l'occurrence, la recourante, tout en indiquant ne pas contester les constatations retenues dans l'arrêt querellé, expose différents faits relatifs à son modèle d'affaires (notamment fabrication à l'étranger de ses produits). Elle produit en outre ses décomptes TVA pour les trimestres litigieux (2010 à 2013), afin de démontrer que la quasi-exclusivité de son chiffre d'affaires est "étranger-étranger" et qu'elle n'a pas de clients suisses.
Comme la recourante ne formule pas de grief relatif à une constatation manifestement inexacte des faits, les éléments qu'elle avance et qui ne figurent pas dans l'arrêt entrepris ne peuvent pas être pris en considération. En outre, il ne peut être tenu compte des pièces produites par la recourante. En effet, ces pièces ne figurent pas dans les dossiers transmis par le Tribunal administratif fédéral, ainsi que l'autorité intimée, au Tribunal fédéral et l'intéressée ne prétend pas les avoir produites ou demandé à ce qu'elles soient produites devant le Tribunal administratif fédéral. Il s'agit donc de pièces nouvelles irrecevables. Dans ce qui suit, le Tribunal fédéral se fondera partant exclusivement sur les faits retenus dans l'arrêt querellé.
3.
La recourante allègue que les opérations faisant l'objet des reprises d'impôt confirmées par le Tribunal administratif fédéral auraient été réalisées à l'étranger ou consisteraient en des exportations, qui ne seraient partant pas imposables ou seraient exonérées de l'impôt. Elle fait valoir que le Tribunal administratif fédéral aurait violé l'art. 81 al. 3 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20) relatif à la libre appréciation des preuves et commis un excès ou abus de son pouvoir d'appréciation en n'admettant pas ses allégations sur la base des pièces produites au cours de la procédure.
3.1. Sont soumises à l'impôt les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation, à moins que la loi ne l'exclue (cf. art. 1 al. 2 let. a et 18 LTVA; cf. ATF 142 II 488 consid. 2.3.1 p. 492). Les opérations qui sont intégralement réalisées à l'étranger échappent donc à la TVA suisse.
Par ailleurs, conformément à l'art. 23 al. 2 ch. 1 LTVA, la livraison de biens transportés ou expédiés directement à l'étranger, excepté la mise de biens à la disposition de tiers à des fins d'usage ou de jouissance, est exonérée de l'impôt.
3.2. En matière fiscale, le principe de l'art. 8 CC s'exprime dans le sens où il appartient à l'autorité d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 en matière de TVA).
Conformément à ce principe, il appartient à l'assujetti qui se prévaut de la réalisation d'une opération à l'étranger (non soumise à la TVA) ou de l'exportation d'un bien ou d'un service (exonérée de la TVA) d'en établir la réalité (cf. arrêts 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.4; 2A.478/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.4, in RF 61 2006 821; cf. aussi ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158). Ce point n'est pas contesté par la recourante.
3.3. L'art. 81 al. 3 LTVA prévoit que le principe de la libre appréciation des preuves est applicable et que l'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis. Cette règle, qui consacre le principe procédural de la libre appréciation des preuves, implique que certains moyens de preuve précis ne peuvent pas être imposés, contrairement à ce qui prévalait sous l'empire de l'ancienne loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée (cf. arrêts 2C_850/2014 du 10 juin 2016 consid. 6.1 non publié in ATF 142 II 388; 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 3.2). L'appréciation des preuves est libre avant tout en ce qu'elle n'est pas régie par des règles rigides sur la preuve qui prescriraient exactement au juge la manière dont se constitue une preuve valable ni la valeur probante des différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres (ATF 130 II 482 consid. 3.2 p. 485; voir aussi ATF 133 I 33 consid. 2.1 p. 36; arrêts 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 7.2.1; 2C_244/2010 du 15 novembre 2010 consid. 3.3). A noter que la preuve documentaire directe demeure néanmoins le moyen probatoire principal, notamment lorsqu'il s'agit de localiser une prestation de service ou la livraison d'un bien à l'étranger (cf. arrêt 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 7.2.4). Par ailleurs, le principe de la libre appréciation des preuves ne dispense pas l'assujetti de se procurer les documents requis par d'autres dispositions légales; tel est notamment le cas du document d'exportation que l'Administration fédérale prescrit pour l'exportation de biens (cf. arrêts 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 6.3.1; 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.3.1; message du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA, FF 2008 6277, p. 6395).
3.4. La recourante relève tout d'abord que le Tribunal administratif fédéral a confirmé trois reprises, alors que l'Administration fédérale était, dans sa réponse du 30 juin 2016, prête à les annuler en tout ou partie (annulation de la reprise de 4'459 fr. 25, en lien avec l'opération A._, Tokyo; annulation partielle [8'888 fr. 90, recte: 10'524 fr. selon la réponse de l'Administration] de la reprise de 14'488 fr. 90 en lien avec l'opération B._ Ltd, New Zealand, et annulation de la reprise de 7'046 fr. 30, en lien avec l'opération C._ for D._). Selon la recourante, le Tribunal administratif fédéral aurait de la sorte fait preuve d'un formalisme contraire à l'art. 81 al. 3 LTVA.
3.4.1. Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a estimé qu'il n'était pas établi que les pièces produites par la recourante étaient en lien avec la contre-prestation "A._, Tokyo" (pour la livraison de biens à E._ Corp. Tokyo) figurant dans le compte 6001 "ventes". Il en a conclu que la recourante n'avait pas démontré la réalisation à l'étranger de l'opération ou l'exportation de biens et que, par conséquent, la reprise de 4'459 fr. 25 devait être confirmée. De même, il a considéré qu'il était impossible de vérifier si les différents documents produits par la recourante étaient en lien avec la contre-prestation "B._ LTD, New Zealand" (pour la vente de hauts-parleurs à F._ Corp. Taiwan) et en a déduit que la reprise d'un montant total de 14'488 fr. 90 devait être confirmée. C'est également au motif qu'il n'était pas convaincu que les pièces produites se rapportaient à la contre-prestation "C._ for D._" (pour la vente d'équipement audio, tels que hauts-parleurs et câbles à G._ Co. Ltd) que le Tribunal administratif fédéral a confirmé la reprise de 7'046 fr. 30.
3.4.2. La recourante n'explique pas en quoi le Tribunal administratif fédéral aurait méconnu l'art. 81 al. 3 LTVA en retenant ce qui précède. Elle ne fait notamment pas valoir que l'autorité précédente aurait refusé de prendre en compte ou ignoré des moyens de preuve qu'elle avait produits en lien avec les opérations susmentionnées. Par ailleurs, l'art. 81 al. 3 LTVA (cf. supra consid. 3.3) n'impose nullement au Tribunal administratif fédéral de suivre la position de l'Administration fédérale. Au contraire, il appartient au Tribunal administratif fédéral d'établir d'office les faits pertinents (cf. art. 81 al. 2 LTVA, qui reprend l'art. 12 PA, applicable à la procédure devant le Tribunal administratif fédéral par le renvoi de l'art. 37 LTAF [RS 173.32]; cf. arrêt 2C_411/2014 du 15 septembre 2014 consid. 2.3.3) et il n'est pas lié à cet égard par ceux constatés et retenus par l'autorité précédente. A cela s'ajoute que le présent cas ne soulève pas de question de reformatio in pejus, puisque le Tribunal administratif fédéral ne s'est pas écarté, en défaveur de l'assujettie, de la décision sur réclamation du 6 avril 2016. Le grief de la recourante tiré de la violation de l'art. 81 al. 3 LTVA s'agissant des trois opérations décrites ci-avant ne peut partant qu'être rejeté.
3.4.3. En réalité, en reprochant au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir suivi la position qu'elle a soutenue dans son recours et que l'Administration fédérale était prête à accepter s'agissant des trois opérations susmentionnées, la recourante s'en prend à l'appréciation des preuves. Or, le Tribunal fédéral ne revoit dite appréciation que si elle est manifestement inexacte ou arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer (cf. supra consid. 2). Comme la recourante, qui n'invoque du reste pas l'art. 9 Cst., ne fait pas valoir, ni ne démontre que l'autorité précédente aurait arbitrairement apprécié les différents documents qu'elle a produits, l'appréciation du Tribunal administratif fédéral n'a en l'occurrence pas à être examinée plus avant (cf. art. 105 al. 1 LTF).
3.5. Pour ce qui a trait aux autres reprises effectuées par l'Administration fédérale et que le Tribunal administratif fédéral a confirmées, la recourante demande au Tribunal fédéral de reconnaître que les pièces qu'elle a produites devant l'autorité précédente sont probantes en ce sens qu'elles démontreraient la réalisation à l'étranger et/ou l'exportation des opérations en cause, contrairement à ce qui a été retenu. Elle fait valoir que ces pièces doivent être examinées à la lumière de la structure de son activité, laquelle ressortirait de ses décomptes TVA et de sa comptabilité. Elle relève également que le Tribunal administratif fédéral lui aurait à tort reproché un manque de collaboration, alors qu'elle aurait perdu sans sa faute de nombreux documents pour les périodes 2009 à 2013 à la suite d'un problème informatique.
3.5.1. Le premier argument de la recourante revient à discuter de l'appréciation des preuves effectuée par le Tribunal administratif fédéral. Or, ainsi qu'il a déjà été relevé (cf. supra consid. 3.4.3), la recourante n'invoque pas, ni ne démontre l'arbitraire dans l'appréciation des preuves. Elle ne fait en particulier pas valoir que le Tribunal administratif fédéral aurait procédé à une analyse partiale et incomplète du dossier, qui se serait arrêtée à l'examen de certaines pièces. Elle ne fait qu'opposer son interprétation desdites pièces à celle retenue par les juges précédents, confondant le Tribunal fédéral avec une instance d'appel. Le Tribunal fédéral n'a partant pas à examiner plus avant l'appréciation de l'instance précédente.
3.5.2. Le deuxième argument de la recourante ne lui est d'aucun secours. Ainsi que l'a relevé le Tribunal administratif fédéral, la jurisprudence a en effet déjà souligné que la raison concrète pour laquelle un assujetti ne se trouve plus en possession des documents et pièces comptables indispensables à l'établissement de son droit allégué à une exonération de l'impôt n'est pas pertinente (cf. arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.3.2 et les arrêts cités). Il suffirait sinon à un assujetti d'invoquer la perte non fautive de documents pour obtenir une exonération ou le constat qu'une opération ne s'est pas déroulée sur le territoire suisse.
3.5.3. En définitive, on ne voit pas en quoi le Tribunal administratif fédéral aurait méconnu le droit fédéral, en particulier l'art. 81 al. 3 LTVA invoqué par la recourante, ou excédé son pouvoir d'appréciation en considérant que la société n'était pas parvenue à établir que les opérations ayant fait l'objet de reprises TVA par l'Administration fédérale avaient été réalisées à l'étranger ou qu'il s'agissait d'exportations, de sorte que les reprises effectuées devaient être confirmées.
3.6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
4.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 25 octobre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber