Faits :
A.
B._ AG s'est acquittée, pendant les années fiscales 2000 à 2009, d'un montant annuel d'impôt complémentaire sur les immeubles de 4'513 fr. 50, en lien avec l'immeuble n° **** du registre foncier de la commune de Lausanne. Le 3 décembre 2009, A._ AG a absorbé par voie de fusion la société B._ AG. A._ AG s'est acquittée d'un montant de 4'513 fr. 50 à titre d'impôt complémentaire sur les immeubles en lien avec le bien-fonds n° **** pour la période fiscale 2010. Le 4 mai 2011, C._ AG, dont la raison sociale est devenue A._ AG à cette occasion, a absorbé A._ AG. Sous sa nouvelle raison sociale, A._ AG s'est acquittée, pendant les années fiscales 2011 à 2014, d'un impôt complémentaire sur les immeubles de respectivement 4'513 fr. 50, 4'537 fr. 50, 4'537 fr. 50 et 0 fr., en lien avec le bien-fonds n° ****.
Le 13 février 2014, A._ AG a vendu l'immeuble n° **** à un tiers qui s'est acquitté d'un droit de mutation de 136'640 fr., calculé sur une assiette fiscale de 4'080'000 fr., selon une décision de taxation du 3 avril 2014.
B.
Le 22 janvier 2015, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a accordé à A._ AG le remboursement de l'impôt complémentaire sur les immeubles payé de 2011 à 2014 sur l'immeuble n° ****, pour un total de 13'588 fr. 50.
A._ AG a formé une réclamation contre la décision précitée du 22 janvier 2015, en sollicitant également le remboursement de l'impôt complémentaire payé sur l'immeuble n° **** pour les années 2000 à 2010.
Le 4 janvier 2017, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation de A._ AG.
Le 4 août 2017, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par A._ AG, devenue en janvier 2017 X._ AG, contre la décision sur réclamation du 4 janvier 2017. Les juges cantonaux ont retenu, en substance, que A._ AG ne pouvait pas prétendre au remboursement de l'impôt complémentaire sur les immeubles payé par les sociétés absorbées sur l'immeuble n° **** et que cette appréciation ne contrevenait pas à l'art. 103 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301), qui prohibe la perception de droits de mutation en cas de restructuration.
C.
Par acte du 4 septembre 2017, X._ AG dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du Tribunal cantonal du 4 août 2017. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme de cet arrêt, en ce sens que l'impôt complémentaire sur les immeubles payé de 2000 à 2014 en lien avec l'immeuble n° ****, pour un montant total de 63'237 fr., lui soit remboursé.
Le Tribunal cantonal s'est référé aux considérants de l'arrêt attaqué et a renoncé à se déterminer sur le recours. L'Administration cantonale s'est prononcée sur le recours et a conclu à son rejet.
D.
Le 16 avril 2018, la Cour de céans a délibéré sur le présent recours en séance publique.
Considérant en droit :
1.
1.1. D'après l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours doivent être rédigés dans une langue officielle. Selon l'art. 54 al. 1 LTF, la procédure devant le Tribunal fédéral est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Le recourant peut rédiger le mémoire de recours dans la langue (officielle) de son choix, qui ne doit pas nécessairement correspondre à celle de la procédure devant le Tribunal de céans (cf. arrêts 2C_1056/2016 du 22 novembre 2017 consid. 1 et 2C_228/2015 du 7 juin 2016 consid. 1). En l'occurrence, l'intéressée a recouru contre l'arrêt du 4 août 2017, rendu en langue française, au moyen d'un mémoire rédigé en allemand, procédé qui est admissible. Elle ne fait toutefois valoir aucun motif qui justifierait de s'écarter de la règle de l'art. 54 al. 1 LTF. Partant, la présente décision est rendue en français, langue de la décision attaquée (cf. arrêts 2C_1056/2016 du 22 novembre 2017 consid.1 et 2C_228/2015 du 7 juin 2016 consid. 1).
1.2. Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Au surplus, le recours, qui respecte les autres conditions de forme de l'art. 42 LTF ( supra consid. 1.1), a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Il est par conséquent, sous réserve de ce qui suit ( infra consid. 1.3), recevable.
1.3. Les autorités fiscales ne contestent pas le droit de la recourante au remboursement de l'impôt complémentaire pour les années 2011 à 2014, mais le lui refusent pour les années 2000 à 2010. Seule cette dernière période est donc litigieuse. Dans la mesure où les conclusions de la recourante portent sur les années 2011 à 2014, elles sont irrecevables faute d'intérêt digne de protection (art. 89 al.1 let. c LTF).
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), mais n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 135 III 232 consid. 1.2 p. 234). Le Tribunal fédéral vérifie toutefois librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale, à moins que les dispositions de cette loi ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'interprétation de la loi cantonale n'est examinée que sous l'angle restreint de l'arbitraire. Il appartient alors au recourant d'invoquer et de motiver ses griefs conformément à l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêt 2C_567/2016 et 2C_568/2016 du 10 août 2017 consid. 2 et références).
2.2. En l'occurrence, est litigieux devant le Tribunal fédéral, le droit de la recourante au remboursement de l'impôt complémentaire sur les immeubles payé de 2000 à 2010 (cf. supra consid. 1.3) par les sociétés absorbées par fusion en 2009 et en 2011, en lien avec l'immeuble n° ****, conformément à l'art. 129 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11). La teneur de cette disposition en vigueur depuis le 1er janvier 2001 est identique à celle de l'art. 68 de la loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI/VD; recueil des lois 1956, p. 359 ss), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000. Partant, le point de savoir si le droit au remboursement litigieux pour 2000 repose sur l'ancien ou le nouveau droit n'a pas à être examiné.
2.3. L'impôt immobilier complémentaire ne fait pas partie du droit fiscal harmonisé (cf. arrêts 2C_290/2014 du 9 septembre 2014 consid. 1.1 et 2C_734/2008 du 29 janvier 2009 consid. 1.1). L'interprétation de l'art. 129 LI/VD, respectivement de l'art. 68 aLI/VD, ne sera ainsi examinée que sous l'angle de l'arbitraire et de l'égalité de traitement, ces deux griefs ayant été invoqués et motivés à suffisance par la recourante (cf. art. 106 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral examinera en revanche librement la violation alléguée de l'art. 103 LFus, disposition de droit fédéral (cf. art. 106 al. 1 LTF).
3.
Il sera statué sur la base des faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), car ceux-ci ne sont pas contestés par la recourante (art. 97 LTF) et n'apparaissent, au surplus, pas avoir été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (105 al. 2 LTF).
4.
La recourante critique la faible motivation de l'arrêt attaqué, mais indique que la question d'une éventuelle violation de son droit d'être entendue peut être laissée ouverte. En agissant de la sorte, elle renonce à invoquer le grief précité et il ne peut, partant, pas être entré en matière sur ce dernier (cf. art. 106 al. 2 LTF).
5.
La recourante fait valoir une application arbitraire (art. 9 Cst.) de l'art. 129 LI/VD par le Tribunal cantonal. Elle est d'avis que cette dernière disposition est clairement formulée et ne limite le remboursement de l'impôt complémentaire qu'à concurrence de quinze fois le montant annuel de celui-ci. Selon elle, il ne ressort ni de la loi, ni des travaux préparatoires que le remboursement devrait se restreindre à la période qui suit une restructuration fiscalement neutre.
5.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 p. 177, 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 137 I 1 consid. 2.4 p.5).
La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme au regard notamment de la volonté du législateur telle qu'elle ressort en particulier des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant ces différentes interprétations, sans les soumettre à un ordre de priorité (ATF 143 II 202 consid. 8.5 p. 215; 143 I 109 consid. 6 in initio p. 118).
5.2. L'art. 128 LI/VD prévoit que les personnes morales sont astreintes à un impôt complémentaire annuel de 1°/ oo de l'estimation fiscale des immeubles dont elles sont propriétaires. Sont exceptés : les immeubles ou parties d'immeubles qu'elles utilisent elles-mêmes pour l'exploitation d'un commerce ou d'une industrie et les immeubles d'habitation à caractère social (al. 1). L'impôt est dû par les personnes morales propriétaires de l'immeuble au début de l'année, pour l'année civile entière (al. 2). Il n'est pas tenu compte d'un changement de l'affectation de l'immeuble en cours d'année (al. 3). Selon l'art. 129 LI/VD, en cas d'aliénation d'un immeuble ou d'une partie d'immeuble entraînant le paiement d'un droit de mutation, l'impôt complémentaire est remboursé à l'aliénateur, mais au plus jusqu'à concurrence de quinze fois son montant annuel. En aucun cas la somme à rembourser ne pourra excéder le montant du droit de mutation payé. Comme déjà évoqué, l'impôt complémentaire sur les immeubles appartenant aux personne morales, avec possibilité de remboursement, était déjà prévu, dans la même teneur, sous l'ancien droit, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000 (cf. art. 67 et 68 aLI/VD).
5.3. Dans l'arrêt querellé, le Tribunal cantonal a retenu que, d'un point de vue historique et téléologique, l'impôt complémentaire sur les immeubles avait été introduit comme substitut au droit de mutation, que de nombreuses sociétés tentaient d'éluder. Il a ajouté que le législateur, voulant éviter le cumul des deux impôts, avait prévu le remboursement de l'impôt complémentaire en cas de paiement d'un droit de mutation et que, dans ces circonstances, il n'y avait pas de remboursement si le transfert était exonéré dudit droit. Après avoir constaté qu'aucun droit de mutation n'avait été perçu lors des aliénations opérées par les deux fusions successives de 2009 et 2011, le Tribunal cantonal a estimé que le remboursement de l'impôt complémentaire sur les immeubles payé par les sociétés reprises ne pouvait entrer en ligne de compte.
5.4. Contrairement à ce que soutient la recourante, le texte de l'art. 129 LI/VD (comme celui de l'art. 68 aLI/VD) ne s'oppose pas à l'appréciation de l'autorité précédente. En effet, cette disposition précise qu'un remboursement de l'impôt complémentaire n'est possible que si l'aliénation de l'immeuble entraîne le paiement d'un droit de mutation. A contrario, il est donc soutenable de prétendre, même s'il s'agit d'une interprétation restrictive, qu'en cas de transfert d'immeuble sans prélèvement de droit de mutation, l'impôt complémentaire n'est pas remboursé et est définitivement acquis au fisc. Seul l'impôt complémentaire payé depuis le transfert pourra être remboursé en cas d'aliénation future entraînant le paiement d'un droit de mutation. Au surplus, il n'est pas non plus choquant de retenir que l'aliénation visée par l'art. 129 LI/VD comprend également le transfert de propriété effectué dans le cadre d'une fusion.
Sous l'angle historique et téléologique, l'appréciation des Juges cantonaux est également soutenable, en effet, le remboursement (total ou partiel) de l'impôt complémentaire pour éviter le cumul de deux impôts en cas de transfert d'immeuble (objectif non remis en question par la recourante) n'a évidemment de sens que si un droit de mutation doit être acquitté. Le but visé par l'impôt complémentaire, en 1930 déjà, était d'éviter que des sociétés, notamment immobilières, n'échappent au droit de mutation en transférant la totalité des actions en lieu et place des immeubles. Ce nouvel impôt est ainsi venu compléter par une taxe annuelle les droits de mutation grevant la propriété foncière (arrêt 2P.285/2005 du 24 avril 2006 consid. 3.2 et référence citée). En l'occurrence, aucun droit de mutation n'a été prélevé lors des fusions de 2009 et 2011 en raison de l'art. 103 LFus, qui, comme déjà mentionné, prévoit l'exonération de cet impôt en présence de telles restructurations (voir également infra consid. 6.3), ce que la recourante ne remet pas en question. Dès lors, considérer, comme l'ont fait les autorités cantonales, que l'impôt complémentaire acquitté par les sociétés reprises avant les fusions restait acquis au fisc, puisqu'aucun droit de mutation n'avait pu être perçu lors du transfert à la société reprenante ne procède pas d'une interprétation arbitraire de l'art. 129 LI/VD. Il n'existe en effet pas de cumul des deux impôts précités.
5.5. La simple allégation de la recourante selon laquelle aucun indice sur le plan historique ne permettait d'exclure qu'en cas de fusion, l'impôt complémentaire payé par la société reprise ne pouvait être remboursé ne suffit pas à rendre l'approche des autorités cantonales insoutenable. L'art. 103 LFus, qui a conduit à l'exonération des droits de mutation en cas de restructuration, est entré en vigueur après les art. 68 aLI/VD et 129 LI/VD, de sorte qu'il s'agit d'une situation qui ne pouvait être envisagée expressément par lesdites dispositions. Par ailleurs, il faut relever que l'art. 103 LFus entraîne une exonération définitive du droit de mutation en cas de restructuration, sans report de celui-ci (STEFAN OESTERHELT, Basler Kommentar Fusionsgesetz, 2e éd. 2015, n° 27 ad art. 103). On ne peut donc faire de parallèle avec le système prévalant en matière d'impôt sur le gain immobilier, comme le fait la recourante (recours p. 7), en invoquant que, puisque ce dernier prévoit qu'en cas de report, la durée de possession antérieure au transfert doit également être prise en compte (cf. notamment art. 65 et 68 LI/VD), il devrait en aller de même pour l'impôt complémentaire payé avant la fusion.
En pareilles circonstances, en admettant que la recourante ne pouvait pas prétendre au remboursement de l'impôt complémentaire acquitté pour l'immeuble en cause durant les années 2000 à 2010 par les sociétés reprises, le Tribunal cantonal n'a pas appliqué arbitrairement l'art. 129 LI/VD, respectivement l'art. 68 aLI/VD. Le fait qu'une autre interprétation de ces dispositions aurait aussi été possible ne suffit pas à retenir l'arbitraire (cf. supra consid. 5.1).
6.
6.1. Indépendamment d'une application arbitraire de l'art. 129 LI/VD, la recourante fait également valoir une violation de l'art. 103 LFus. Elle considère en substance que le montant d'impôt complémentaire qui a été payé avant la fusion et qui ne peut pas être remboursé selon les autorités cantonales équivaut au prélèvement différé dans le temps d'un droit de mutation, prohibé par l'art. 103 LFus. Elle est d'avis que le législateur fédéral n'a pas interdit aux cantons de percevoir un droit de mutation en cas de fusion par le biais de l'art. 103 LFus, pour que ces derniers introduisent ou prélèvent un autre impôt économiquement équivalent. La recourante ne conteste pas qu'une restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), comme en l'espèce, ne peut pas donner lieu à la perception d'un droit de mutation conformément à l'art. 103 LFus et que, partant, un remboursement de l'impôt complémentaire à ce stade n'est pas possible. En revanche, elle estime qu'en raison du transfert à titre universel des actifs et passifs de la société reprise à la société reprenante (art. 22 LFus), le droit au remboursement de l'impôt complémentaire payé avant la fusion devrait être transféré à cette dernière.
6.2. D'emblée, il faut relever que la question de savoir si la recourante peut s'appuyer sur une violation de l'art. 103 LFus pour prétendre au remboursement de l'impôt complémentaire pour les années 2000 à 2008, qui sont antérieures à l'entrée en vigueur de cette disposition le 1er juillet 2009, peut être laissée indécise, dès lors que l'examen d'une éventuelle violation de l'art. 103 LFus doit de toute façon être effectué pour les années 2009 et 2010.
6.3. Selon l'art. 103 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
La loi ne définit pas ce qu'il faut entendre par "droits de mutation" au sens de cette disposition. Selon la jurisprudence et la doctrine, il s'agit d'un impôt indirect perçu par les cantons sur les transferts de propriété immobilière, qui englobe tous les impôts qui se réfèrent exclusivement au transfert de propriété d'un immeuble, sans constituer de pures taxes (cf. ATF 138 II 557 consid. 4.1 p. 559; VOGEL/HEIZ/BEHNISCH/ SIEBER/OPEL, Fusionsgesetz, Kommentar, 3e éd. 2017, n° 1 ad art. 103 LFus; OESTERHELT, op. cit., n° 24 ad art. 103; OLIVIER SCHMID, in Fusionsgesetz, Handkommentar, 2e éd. 2015, n° 7 ss ad art. 103 LFus; ERWIN R. GRIESSHAMMER, Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2e éd. 2012, n° 6 ad art. 103 LFus). L'objectif visé par l'art. 103 LFus était d'éviter que les droits de mutation n'entravent les restructurations, voulues en principe comme des opérations neutres du point de vue fiscal (Message du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine, FF 2000 3995 p. 4028 et 4035 ch. 1.3.9.5.2 et 1.3.9.7; VOGEL/HEIZ/BEHNISCH/SIEBER/OPEL, op. cit., n° 1a ad art. 103 LFus; SCHMID, op. cit., n° 2 et 3 ad art. 103 LFus).
6.4. L'impôt complémentaire sur les immeubles est prévu dans la aLI/VD et la LI/VD dans le chapitre consacré à l'imposition des personnes morales. Cet impôt annuel a pour objet les immeubles qui sont propriété de la personne morale et est calculé en fonction de la valeur fiscale de l'immeuble. L'objet de l'impôt complémentaire ne concerne donc pas le transfert de la propriété d'un immeuble. De plus, le moment déterminant prévu par l'art. 103 LFus est celui de la restructuration. L'impôt complémentaire n'intervient pas à ce stade, mais est dû chaque année par le propriétaire d'un immeuble, tant que dure la propriété. L'impôt complémentaire, même s'il peut jouer un rôle de substitut aux droits de mutation, ne peut donc pas être assimilé à de tels droits au sens de l'art. 103 LFus. Il ne faut en outre pas perdre de vue que cette dernière disposition constitue une ingérence fédérale dans les compétences fiscales des cantons et que la conformité de l'art. 103 LFus à la Constitution est discutée en doctrine (cf. VOGEL/HEIZ/BEHNISCH/SIEBER/OPEL, op. cit., n° 1a ad art. 103 LFus; OESTERHELT, op. cit., n° 4 ss ad art. 103; SCHMID, op. cit., n° 4 ad art. 103 LFus et références citées). Le Parlement fédéral avait en effet fondé l'interdiction de percevoir des droits de mutation en cas de fusion sur l'art. 122 Cst. qui donne la compétence à la Confédération de légiférer en matière de droit civil (voir en ce sens les interventions Baumann, Maître, Baader, BO 2003 N 248 à 249), alors que, dans son message du 13 juin 2000, le Conseil fédéral avait nié une telle compétence fondée sur l'art. 122 Cst., du fait qu'avec des taux compris entre 1 et 3 %, les droits de mutation n'étaient pas suffisamment restrictifs pour influencer massivement ou pour vider de son sens la réalisation des objectifs de la loi sur la fusion (FF 2000 3995 p. 4035 s. ch. 1.3.9.7). Ces éléments imposent de ne pas étendre le champ d'application de l'art. 103 LFus à un autre impôt indirect de compétence cantonale, comme l'impôt complémentaire, en particulier, lorsque, comme en l'espèce, celui-ci n'empêche pas l'application du droit civil (cf. ci-après).
Enfin, si les prétentions en remboursement de l'impôt complémentaire d'une société qui acquiert des immeubles dans le cadre d'une restructuration sont potentiellement réduites, il faut relever que cette perte potentielle est sans commune mesure, sur le plan économique, avec la charge qu'aurait représentée l'acquittement d'un droit de mutation pour chaque immeuble transféré au moment de la restructuration et dont l'art. 103 LFus interdit le prélèvement: le droit de mutation se calcule sur la valeur vénale de l'immeuble au taux de 2,2% pour l'impôt cantonal (art. 6 al. 1 et 10 al. 1 LMSD) et de 1,1 % au maximum pour l'impôt communal (art. 24 de la loi cantonale vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux [LICom; RS/VD 650.11]; cf. OESTERHELT, op. cit., n° 141 ss ad art. 103); l'impôt complémentaire se base quant à lui sur la valeur fiscale de l'immeuble avec un taux de 1 o/oo pour l'impôt cantonal (art. 128 LI/VD) et de 0,5o/oo au maximum pour l'impôt communal (29 al. 2 LICom). De plus, alors que les droits de mutation sont dus sur la totalité de la propriété immobilière transférée lors de la fusion, une éventuelle perte liée à l'absence de remboursement ne survient que si un immeuble de la société reprise est vendu dans les 15 ans qui suivent la restructuration, puisqu'un remboursement d'un montant supérieur à quinze fois le montant annuel de l'impôt complémentaire n'est pas possible (art. 129 LI/VD). Au vu de ces éléments, l'éventuelle perte d'un remboursement ne saurait représenter un obstacle à la restructuration.
L'interprétation de l'art. 129 LI/VD faite par les autorités cantonales n'est ainsi contraire ni à la lettre, ni à l'esprit de l'art. 103 LFus.
6.5. L'art. 22 al. 1 deuxième phrase LFus prévoit le transfert à titre universel de l'ensemble du patrimoine actif et passif de la société transférante à la société reprenante. Le transfert porte sur l'ensemble des droits et obligations de la ou des sociétés transférantes (cf. RITA TRIGO TRINDADE, Commentaire LFus, 2005, n° 11 ad art. 22 LFus). Le transfert universel ne peut toutefois porter que sur des droits existants.
En l'occurrence, comme cela a déjà été précisé, les autorités cantonales pouvaient sans arbitraire retenir que, dans le cadre d'une fusion, le transfert d'un immeuble à la société reprenante entraînait la perte du droit au remboursement de l'impôt complémentaire payé par la société reprise (cf. supra consid. 5.4 et 5.5). Ce droit étant éteint, il ne peut pas être transféré à la société reprenante. Dans ces circonstances, l'arrêt attaqué ne viole pas l'art. 22 LFus.
7.
La recourante se plaint également d'une violation du principe de l'égalité de traitement consacré aux art. 8 al. 1 et 127 al. 2 Cst. Elle fait tout d'abord valoir une différence de traitement injustifiée entre une société qui a acquis un immeuble par le biais d'une fusion et qui ne peut plus prétendre au remboursement de l'impôt complémentaire antérieur à la restructuration et une société qui, propriétaire d'un immeuble, n'a pas fait l'objet d'une fusion et qui peut prétendre au remboursement dudit impôt dans les limites de l'art. 129 LI/VD (quinze fois le montant annuel de l'impôt complémentaire, sans dépassement du montant du droit de mutation payé). Dans son cas, la recourante indique être, sur le plan économique, propriétaire de l'immeuble en cause depuis 1999, en raison de la succession universelle, et estime qu'il n'y a partant pas lieu de la traiter différemment qu'une société, qui sans avoir fait l'objet d'une restructuration, a été propriétaire de son bien pendant la même période. La recourante voit une autre inégalité de traitement entre une société qui était propriétaire de l'immeuble concerné avant la fusion et celle qui ne l'est devenue qu'après, puisque, contrairement à la première, la seconde société ne pourra pas obtenir le remboursement de l'impôt complémentaire payé avant la fusion.
7.1. Le principe d'égalité consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de l'universalité, de l'égalité de l'imposition et de la capacité économique figurant à l'art. 127 al. 2 Cst. Selon le principe de l'égalité de l'imposition, les personnes dont les situations sont semblables doivent être imposées de la même manière. A l'inverse, de réelles différences dans les situations de fait doivent mener à des charges fiscales différentes (ATF 137 I 145 consid. 2.1 p. 147; 136 I 49 consid. 5.2 p. 59 s.; arrêt 2C_775/2014 et 2C_776/2014 du 31 août 2015 consid. 12.1, in RDAF 2015 II 483).
7.2. En l'occurrence, dans le premier cas de figure présenté par la recourante, la propriété de l'immeuble en cause a été transférée de la société reprise à la société reprenante à l'occasion de la restructuration (art. 22 al. 1 LFus; VOGEL/HEIZ/BEHNISCH/SIEBER/OPEL, op. cit., n° 6 ad art. 22 LFus; TSCHÄNI/GABERTHÜEL/ERNI, Basler Kommentar Fusionsgesetz, 2e éd. 2015, n° 6 ad art. 22), alors, qu'en l'absence de fusion, l'immeuble est resté en main de la même société jusqu'à sa vente. Les deux sociétés concernées n'ont ainsi pas été propriétaires ni payé l'impôt complémentaire sur les mêmes périodes. Il ne s'agit donc pas de situations semblables et on ne peut pas y voir d'inégalité de traitement. Par ailleurs, il faut relever que si l'immeuble avait été transféré dans le cadre d'une fusion avant l'entrée en vigueur de l'art. 103 LFus le 1er juillet 2009, un droit de mutation aurait été perçu, avec la possibilité d'obtenir le remboursement de l'impôt complémentaire (le 1er juillet 2009 correspond également à l'entrée en vigueur de l'art. 3 al. 1 let. i de la loi vaudoise du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations [LMSD; RS/VD 648.11], prévoyant aussi l'exonération de droit de mutation en cas de restructuration). Il n'y aurait ainsi pas eu d'inégalité de traitement avec une société qui aurait transféré au même moment la propriété de son immeuble dans le cadre d'une vente. Après l'entrée en vigueur de l'art. 103 LFus, la société reprenante ne peut certes plus obtenir le remboursement de l'impôt complémentaire payé par la société reprise, mais il n'existe plus de droit de mutation lors de la restructuration. Sur le plan économique, au moment de la fusion, la situation n'est donc pas défavorable à la société reprenante, puisque le montant du droit de mutation aurait été en principe supérieur ou au minimum équivalent au montant de l'impôt qui aurait été remboursé (cf. art. 129 LI/VD).
Le deuxième cas de figure exposé par la recourante, concernant la différence existant entre un immeuble qui, au moment de la fusion, est propriété de la société reprise et un autre qui est propriété de la société reprenante, ne correspond pas non plus à des situations identiques imposant un traitement semblable. En effet, dans ce cas également, les périodes pendant lesquelles les sociétés précitées disposent de la propriété et durant lesquelles elles payent l'impôt complémentaire ne sont pas identiques.
Le grief de violation de l'égalité de traitement doit être ainsi rejeté.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 16 avril 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : de Chambrier