Sachverhalt:
A.
A.a. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau veranlagte die B._ AG mit Einspracheentscheid vom 5. Oktober 2015 für das Steuerjahr 2013 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 256'389.-- (direkte Bundessteuer sowie Staats- und Gemeindesteuern) und einem steuerbaren Kapital von Fr. 1'300'600.-- (Staats- und Gemeindesteuern), indem sie dem deklarierten Reingewinn von Fr. 59'089.-- namentlich den Betrag von Fr. 189'000.-- für die "Abschreibung Nonvaleur (A._) " hinzurechnete. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 7. Februar 2017 und das Bundesgericht mit Urteil vom 7. September 2019 schützten die Vorgehensweise der Steuerverwaltung (Urteil 2C_385/2017 / 2C_386/2017 vom 7. September 2019).
A.b. Mit Verfügung vom 23. Februar 2016 auferlegte das Kantonale Steueramt Zürich der A._ AG in Liquidation Nachsteuern für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern 2014. Dieser Entscheid blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
Am 12. Juni 2017 reichte die A._ AG in Liquidation ein Revisionsbegehren ein. Zur Begründung führte sie aus, dass im Rahmen eines Steuerverfahrens betreffend die B._ AG bei dieser eine Rechnung der A._ AG in Liquidation als Nonvaleur qualifiziert worden sei. Deshalb sei die Zahlung der B._ AG bei der A._ AG in Liquidation als verdeckte Kapitaleinlage zu behandeln. Das Kantonale Steueramt Zürich wies das Revisionsgesuch am 26. Juli 2018 mit der Begründung ab, dass die A._ AG in Liquidation keine neue Tatsache vorbringe, sondern eine andere rechtliche Würdigung einer anderen Instanz im Verfahren einer anderen steuerpflichtigen Person.
B.
Mit Einspracheverfügung vom 29. August 2018 wies das Kantonale Steueramt eine Einsprache der A._ AG in Liquidation ab. In der Begründung erwähnte das Kantonale Steueramt, dass der Revisionsantrag der A._ AG in Liquidation ohnehin rechtsmissbräuchlich sei, nachdem sie der B._ AG offensichtlich eine fiktive Leistung in Rechnung gestellt habe (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. Verfügung vom 29. August 2018).
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies eine Beschwerde der A._ AG in Liquidation mit Urteil vom 8. Mai 2019 ab.
C.
Die A._ AG in Liquidation führt Beschwerde vor Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts (und die vorinstanzlichen Verfügungen) aufzuheben und die Sache zwecks Neuveranlagung an das Kantonale Steueramt zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht, das Kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung (diese nur betreffend die direkte Bundessteuer) beantragen Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin hat am 30. August 2019 repliziert.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2.
1.2.1. Die Beschwerdeführerin beantragt, die Verfügung des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 23. Februar 2016, den Einspracheentscheid vom 29. August 2018 und das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. Mai 2019 aufzuheben und festzustellen, "dass vorliegendenfalls ein Revisionsgrund gegeben ist".
1.2.2. Im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren ist einzig das Urteil des Verwaltungsgerichts Zürich vom 8. Mai 2019 (taugliches) Anfechtungsobjekt. Soweit die Beschwerdeführerin die formell rechtskräftige Nachsteuerverfügung vom 23. Februar 2016, die eine Revision ablehnende Verfügung vom 26. Juli 2018 und den Einspracheentscheid der Unterinstanz vom 29. August 2018 (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) anficht, ist auf die Beschwerde aufgrund des Devolutiveffekts nicht einzutreten (vgl. etwa BGE 134 II 142 E. 1.4).
1.2.3. Feststellungsbegehren sind unzulässig, wenn ein Leistungsbegehren möglich ist (BGE 142 V 2 E. 1.1). Der von der Beschwerdeführerin gestellte Antrag, es sei festzustellen, dass ein Revisionsgrund gegeben sei, ist im Lichte der Beschwerdebegründung als Antrag auf Revision der Nachsteuerverfügung (Reduktion des steuerbaren Gewinns) zu interpretieren und als solcher zulässig.
1.3. Die Beschwerde kann vom Bundesgericht somit entgegengenommen werden, soweit die Beschwerdeführerin sinngemäss verlangt, dass ihre Veranlagung zu revidieren sei (Reduktion des steuerbaren Gewinns um Fr. 189'000.--).
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (BGE 143 II 459 E. 2.1; 134 II 207 E. 2). Mit freier Kognition ist zu prüfen, ob das kantonale Recht mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteil 2C_1081/2015 vom 12. Dezember 2016 E. 1.4, nicht publ. in: BGE 143 II 33). In Bezug auf die Verletzung der verfassungsmässigen Rechte gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 143 II 283 E. 1.2.2; 139 I 229 E. 2.2; 138 I 274 E. 1.6). Das Bundesgericht ist weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 141 V 234 E. 1 mit Hinweisen).
3.
Die Vorinstanz verneinte einen zulässigen Revisionsgrund. Sie erwog, dass das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kanton Thurgau vom 8. Februar 2017, auf das sich die Beschwerdeführerin berufe, keine neue Tatsache darstelle. Eine rechtliche Würdigung eines Sachverhalts stelle nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung keine einer Revision zugänglichen Tatsache dar und vermöge demnach keine Revision zu begründen.
Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber einen Revisionsgrund der Primärberichtigung geltend und bemängelt, dass die Vorinstanz sich damit nicht auseinandergesetzt habe. Es sei verfassungsrechtlich nicht zulässig, dass bei verbundenen Unternehmen bei der einen Gesellschaft ein bestimmter Aufwand nicht zum Abzug zugelassen und bei der leistungserbringenden Gesellschaft dieser Betrag dennoch als Ertrag besteuert werde.
Da die sich stellenden Rechtsfragen für die direkte Bundessteuer und die zürcherischen Staats- und Gemeindesteuern eng miteinander verbunden sind, werden sie nachfolgend gemeinsam behandelt.
3.1. Nach Art. 147 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und § 155 Abs. 1 lit. a des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1), der Art. 51 Abs. 1 lit. a StHG umsetzt, kann die rechtskräftige Veranlagung zugunsten eines Steuerpflichtigen unter anderem dann revidiert werden, wenn erhebliche Tatsachen oder entscheidende Beweismittel entdeckt werden. Die Revision ist ausgeschlossen, wenn der Antragsteller als Revisionsgrund vorbringt, was er bei der ihm zumutbaren Sorgfalt schon im ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können (Art. 147 Abs. 2 DBG; § 155 Abs. 2 StG/ZH).
3.2. Derselbe Steuerpflichtige darf für dieselbe Einkunft und dieselbe Steuerperiode nur einmal mit der direkten Bundessteuer belastet werden (vgl. Urteil 2C_974/2019 vom 17. Dezember 2020 E. 15, in: RDAF 2021 II S. 304). In Bezug auf die kantonalen Steuern hat der Steuerpflichtige einen verfassungsrechtlichen Anspruch (Art. 127 Abs. 3 BV), für dasselbe Steuerobjekt und dieselbe Zeit nicht von mehreren Kantonen mit gleichartigen Steuern belastet zu werden. Art. 127 Abs. 3 BV verbietet grundsätzlich nicht nur die aktuelle Doppelbesteuerung, sondern ist bereits verletzt, wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (sog. virtuelle Doppelbesteuerung; vgl. BGE 134 I 303 E. 2.1 S 306; Urteile 2C_350/2018 vom 17. Juni 2019 E. 2; 2C_627/2017 vom 1. Februar 2019 E. 2.1, in: StR 74/2019). Dabei ist grundsätzlich vorauszusetzen, dass die Doppelbesteuerung dasselbe Steuersubjekt betrifft. Darauf verzichtet das Bundesgericht jedoch praxisgemäss, wenn wirtschaftlich identische Steuerobjekte bei wirtschaftlich in besonderer Weise miteinander verbundenen Subjekten besteuert werden (BGE 121 I 150 E. 1c; 118 Ia 277 E. 2; 115 Ia 157 E. 3c mit Übersicht der beurteilten Konstellationen). So kann es sich verhalten, wenn eine Gesellschaft ihrer Schwestergesellschaft einen Vorteil zuwendet, bei der zuwendenden Gesellschaft dieser Vorteil als verdeckte Gewinnausschüttung steuerlich aufgerechnet wird und die Empfängerin in ihrem Sitzkanton für den aufgerechneten Vorteil ebenfalls besteuert wird. Die Doppelbesteuerung muss jedoch aktuell und nicht bloss virtuell sein, das heisst, die Empfängerin muss für den empfangenen Vorteil bereits veranlagt worden sein (BGE 115 Ia 157 E. 3g; Urteil 2C_153/2021 vom 25. August 2021 E. 1.4.1, in: StE 2022 A 24.5 Nr. 11).
3.3. Wie das Bundesgericht kürzlich entschieden hat, kann eine bevorteilte Schwestergesellschaft eine (im erstveranlagenden Kanton) bereits in Rechtskraft erwachsene Veranlagung in Revision ziehen und eine sogenannte Gegenberichtigung verlangen, falls der Vorteil bei der zuwendenden Gesellschaft (im zweitveranlagenden Kanton) aufgerechnet worden ist. Die Aufrechnung bei der zuwendenden Gesellschaft (sog. Primärberichtigung) bedeutet für die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft nämlich eine erhebliche Tatsache im Sinne von Art. 51 Abs. 1 lit. a StHG, die sie im ordentlichen Verfahren nicht hätte geltend machen können. Denn erst die aus der Aufrechnung resultierende aktuelle und nicht wie ansonsten im interkantonalen Steuerrecht üblich bereits die virtuelle Doppelbesteuerung verleiht der bevorteilten Schwestergesellschaft einen Anspruch aus Art. 127 Abs. 3 BV (BGE 115 Ia 157 E. 3g; Urteil 2C_153/2021 vom 25. August 2021 E. 1.4.3, in: StE 2022 A 24.5 Nr. 11; vgl. BRUNNER/SEILER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2. Aufl. 2021, § 46 N. 6).
3.4. Eine revisionsweise Gegenberichtigung setzt jedoch in jedem Fall voraus, dass sich das Verhalten der beteiligten Gesellschaften nicht als geradezu rechtsmissbräuchlich bzw. treuwidrig darstellt. Für die kantonalen Steuern folgt dies aus der Praxis zur Verwirkung des Beschwerderechts der steuerpflichtigen Person (vgl. dazu BGE 147 I 325 E. 4.2.1; vgl. auch BRUNNER/SEILER, a.a.O., § 46 N. 15). Nichts anderes kann für die direkte Bundessteuer gelten.
3.5. Die Vorinstanz hat in ihrem Urteil Bezug genommen auf das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 8. Februar 2017, mit welchem die Aufrechnung bei der B._ AG bestätigt worden war. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz kann eine Primärberichtigung bei einer Schwestergesellschaft nach der Rechtsprechung zwar eine neue Tatsache und einen Revisionsgrund darstellen (vgl. oben E. 3.3). Aus dem aktenkundigen Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 8. Februar 2017 (bestätigt in Urteil 2C_385/2017 vom 7. September 2017) ergibt sich jedoch (Art. 105 Abs. 2 BGG), dass der Betrag von Fr. 189'000.--, den die Beschwerdeführerin der B._ AG für ihre Leistungen in Rechnung gestellt hatte, ganz offensichtlich übersetzt und lediglich im Umfang von Fr. 15'000.-- geschäftsmässig begründet war, weswegen die Abschreibung auf den aktivierten Leistungen von den Thurgauer Steuerbehörden steuerlich nicht akzeptiert wurde. Dieses Verhalten der Beschwerdeführerin und der B._ AG - Vereinbarung und Bezahlung eines offensichtlich übersetzten Preises mit anschliessender Abschreibung der aktivierten Leistungen - diente offenkundig einzig dazu, Gewinne von der B._ AG auf die Beschwerdeführerin zu verlagern und so die Steuerlast der B._ AG in unzulässiger Art und Weise zu schmälern. Wenn die Beschwerdeführerin nun nach Scheitern dieser Gestaltung eine Gegenberichtigung erwirken will, muss ihr Vorgehen als rechtsmissbräuchlich und treuwidrig bezeichnet werden, wie das Kantonale Steueramt bereits in seinem Einspracheentscheid erwogen hatte und in seiner Beschwerdeantwort zu Recht wiederholt (vgl. Beschwerdeantwort Ziff. 4). Selbst wenn also ansonsten die Voraussetzungen für eine Revision nach Art. 147 DBG und § 155 StG/ZH erfüllt wären, könnte dem Ersuchen der Beschwerdeführerin nicht stattgegeben werden. Das angefochtene Urteil ist deshalb jedenfalls im Ergebnis nicht zu beanstanden. Ob die Beschwerdeführerin und die B._ AG überhaupt in einer Art und Weise miteinander verbunden waren, die nach der Rechtsprechung einen Anspruch auf eine revisionsweise Gegenberichtigung begründen könnte, braucht daher nicht näher geprüft zu werden.
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Verfahrensausgang entsprechend trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 1 und Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Verfahrenskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2022
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: F. Aubry Girardin
Der Gerichtsschreiber: Seiler