Faits :
A.
Domaine X._ SA, sise à A._, a pour but la production et le commerce de vins, de spiritueux et de boissons de toute nature. Cette société est propriétaire de plusieurs parcelles de vignes du cadastre de A._. B._ en était l'actionnaire unique et l'administrateur président avec signature individuelle de novembre 2005 à novembre 2011. Il était également propriétaire du "Domaine C._" constitué de plusieurs parcelles du cadastre de la commune de D._ d'une surface totale de 104'465 m2 composées essentiellement de vignes, ainsi que de pré-champs, de vergers, de forêts et de bâtiments. B._ s'occupait, en qualité d'indépendant, du domaine viticole C._, activité pour laquelle il n'était pas inscrit au registre du commerce. Par contrat de vente immobilière du 1er avril 2011, il a vendu à Domaine de X._ SA le "Domaine C._" pour un montant de 3'045'773 fr.
Par décision du 27 avril 2011, l'autorité de taxation a fixé le montant des droits de mutation en matière cantonale et communale relatif à cette vente à 100'510 fr. Domaine de X._ SA a requis l'exonération de ces droits au motif que l'acte de vente immobilière du 1er avril 2011 devait être assimilé à une restructuration d'entreprise, ce que le Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) a refusé d'accorder, par décision sur réclamation du 22 avril 2016.
B.
La Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de Domaine de X._ SA, en date du 25 avril 2017. Elle a en substance jugé que le transfert de patrimoine opéré le 1er avril 2011 entre B._ et Domaine de X._ SA ne constituait pas une restructuration au sens de l'art. 103 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (loi sur la fusion, LFus; RS 221.301); elle a notamment constaté que B._ n'employait pas de personnel et qu'en conséquence les conditions de l'art. 8 al. 3 let. b de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou la loi sur l'harmonisation; RS 642.14; applicable par renvoi de l'art. 103 LFus) n'étaient pas remplies. En outre, l'opération concernée ne relevait pas de la fusion, pas plus que de la scission ou de la transformation. Finalement, le transfert de patrimoine n'entrait pas en considération, B._ n'étant pas inscrit au registre du commerce.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Domaine de X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 25 avril 2017 du Tribunal cantonal et de l'exonérer des droits de mutation; subsidiairement, d'annuler ledit arrêt et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour instruction complémentaire et octroi du droit d'être entendu.
Le Service des contributions, le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), est recevable (art. 82 let. a et 90 LTF).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par la recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 142 III 782 consid. 3 p. 783).
3.
Sous la rubrique "Materielles - Sachverhalt", la recourante présente sa propre version des faits, en complétant celle de l'arrêt attaqué. Elle ne prétend toutefois pas que les faits auraient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF; elle ne cite au demeurant pas l'art. 97 al. 1 LTF. Partant, le Tribunal fédéral statuera sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve de ceux complétés d'office (art. 105 al. 2 LTF).
4.
La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue. Le Tribunal cantonal aurait retenu qu'elle n'avait pas de personnel, élément sur lequel elle n'aurait jamais eu l'occasion de se déterminer.
4.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 140 I 99 consid. 3.4 p. 102; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 et les arrêts cités). Il ne saurait y avoir violation du droit d'être entendu si une partie renonce ou néglige de s'exprimer en temps utile (arrêt 2C_463/2013 du 26 août 2013 consid. 4.2).
4.2. Il apparaît que, dans ses observations du 26 juillet 2016 devant le Tribunal cantonal, le Service des contributions a souligné qu'il ne ressortait pas des déclarations d'impôt de B._ que du personnel était employé pour travailler sur le Domaine C._ et que, partant, une des conditions posées pour conclure à l'existence d'une exploitation n'était pas réalisée. La recourante a eu l'occasion de répliquer, ce qu'elle a fait le 19 août 2016 (art. 105 al. 2 LTF). Elle n'a alors pas pris position sur l'allégation du Service des contributions. Le Tribunal cantonal en a conclu que l'intéressée n'avait pas de personnel. Au regard de l'obligation des parties de collaborer à la constatation de faits dont elles entendent déduire des droits ou qui sont nécessaires à la qualification fiscale d'un état de fait (art. 42 LHID; cf. également circulaire no 19 de l'Administration fédérale des contributions du 7 mars 1995 sur l'obligation de renseigner, d'attester et d'informer dans la LIFD) et compte tenu du fait que la recourante a eu l'occasion de se prononcer sur ce point lors de la réplique dont elle a bénéficié, on ne saurait considérer que son droit d'être entendue a été violé. De plus, le service concerné a précisé que l'absence de personnel découlait des déclarations d'impôt que B._ avait complétées et qui comprennent les comptes de l'exploitation. Partant, le grief relatif à la violation du droit d'être entendu est rejeté.
5.
Est litigieuse la question de savoir si le transfert des immeubles composant le "Domaine C._" de B._ à la recourante peut bénéficier de l'exonération des droits de mutation en application de l'art. 103 LFus en relation avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID.
5.1. Selon l'art. 103 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID.
L'art. 103 LFus est une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal. Les cantons restent cependant libres de prévoir un allégement supplémentaire, dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal. En revanche, depuis l'entrée en vigueur de l'art. 103 LFus, celui-ci fait obstacle à l'application de règles cantonales plus restrictives. Tant que les dispositions cantonales se contentent de reprendre la teneur de l'art. 103 LFus, la règle cantonale n'a pas d'effet juridique propre (ATF 138 II 557 consid. 4.2 et 4.3 p. 559). Tel est le cas de l'art. 8 al. 1 let. h de la loi neuchâteloise du 20 novembre 1991 concernant la perception de droits de mutation sur les transferts immobiliers (LDMI; RS/NE 635.0) qui prévoit que les transferts d'immeubles d'exploitation ou de parts d'immeubles d'exploitation, en cas de restructuration d'entreprises au sens, notamment, de l'article 8 al. 3 LHID ne sont pas soumis aux lods. Dans ces conditions, le présent cas doit être examiné exclusivement sous l'angle de l'art. 103 LFus et des dispositions de la loi sur l'harmonisation auxquelles il fait référence.
5.2. Comme susmentionné, l'art. 103 LFus renvoie aux art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et 3quater LHID. L'art. 8 LHID, relatif à l' "Activité lucrative indépendante" et ici applicable, prévoit à son al. 3:
"Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:
a. en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b. en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c. en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions."
Il sied de mentionner que, dans l'ATF 138 II 557, le Tribunal fédéral a jugé qu'il convenait de comprendre le renvoi de l'art. 103 LFus à l'art. 24 al. 3 et 3quater LHID (qui est l'équivalent de l'art. 8 al. 3 LHID pour les personnes morales) en ce sens que seule la notion de "restructuration" doit être retenue en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la loi sur l'harmonisation pour permettre l'exonération des impôts directs (i.e. le maintien de l'assujettissement en Suisse et la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu).
5.3. In casu, un indépendant a transféré des immeubles à une société anonyme par le biais d'un contrat de vente immobilière. Cette configuration relève de l'art. 8 al. 3 let. b LHID. En conséquence, deux conditions principales doivent être remplies pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation de l'art. 103 LFus en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID: il faut que l'on soit en présence, premièrement, d'une restructuration et, secondement, d'une exploitation. Il convient donc d'examiner en premier lieu si le transfert opéré respecte les conditions du type de restructuration visé par la loi sur la fusion (PETER LOCHER, Steuerrechtliche Folgen des Fusionsgesetzes im Recht der direkten Steuern, Zur Einführung [cité ci-après: Fusionsgesetz], Archives 2003 p. 673ss, p. 681 et 682).
5.4. L'art. 103 LFus suppose, pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation, que l'on soit en présence d'une restructuration; cette loi comporte des chapitres relatifs à la fusion (art. 3 ss LFus), la scission (art. 29 ss LFus), la transformation (art. 53 ss LFus) et le transfert de patrimoine (art. 69 ss LFus); elle régit les restructurations de sociétés sous l'angle du droit civil et contient également des dispositions de droit fiscal. La notion de restructuration n'est cependant définie dans aucune disposition de la législation fiscale ou civile. Quant aux dispositions fiscales auxquelles renvoie la loi sur la fusion, elles sont conçues de façon large et énumèrent une liste exemplative de ce qui est considéré comme des restructurations ou des transactions assimilables à des restructurations (cf. art. 8 al. 3 et 24 al. 3 LHID, ainsi que art. 19 al. 1 et 61 al. 1 LIFD; MERLINO/MORAND, Fusions, acquisitions et restructurations d'entreprises, 2009, p. 52; NICOLAS MERLINO, Les aspects fiscaux de la nouvelle loi sur la fusion, Revue suisse de droit des affaires 2004 p. 269 ss, p. 275). Ces dispositions, dont l'art. 8 al. 3 LHID, mentionnent ainsi que le privilège fiscal s'applique "...lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation...". Plusieurs types de restructurations outre la fusion, la scission ou la transformation peuvent se présenter et être opérés en neutralité fiscale; il en va, notamment, ainsi des quasi-fusions et des scissions horizontales (parmi la nombreuse doctrine: LOCHER/AMONN, Vermögensübertragungen im Recht der direkten Steuern [cité ci-après: Vermögensübertragungen], Archives 2003, p. 763 ss, p. 769, MERLINO/MORAND, op. cit., p. 9 et 52; STEFAN OESTERHELT, in: Martin Zweifel et al. [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Umstrukturierungen, 2016, § 16, n° 31 ss, p. 1148). Au regard de l'art. 8 al. 3 LHID, la notion de restructuration comprend également le transfert de patrimoine des art. 69 ss LFus.
5.5. Le transfert de patrimoine est une institution juridique autonome de la loi sur la fusion et complémentaire à celles de la fusion, de la scission et de la transformation (Message du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [Loi sur la fusion; LFus], FF 2000 ch. 1.3.2.4.4 [ci-après: Message]; RALPH MALACRIDA, in: Watter et al. [éd.], Basler Kommentar, Fusiongesetz, 2è éd., n° 3 et 9 ss ad art. 69 LFus; sur la genèse de cette institution: AMSTUTZ/MABILLARD, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2e éd., n° 309 ss ad Intro à la loi sur la fusion). Ce transfert vise plusieurs types d'opérations dont la neutralité fiscale est possible de par la loi sur la fusion (OBERSON/GLAUSER, in: Noël/Aubry Girardin [éd.], Commentaire romand LIFD, 2è éd., n°7 ad art. 19 LIFD), pour autant que le procédé soit analogue, au plan économique, à une fusion, une scission ou une transformation (Message, ch. 1.3.2.4.2).
Selon l'art. 69 al. 1 LFus, les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. L'art. 69 al. 1 LFus détermine donc quels sujets peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine et à quels sujets ce patrimoine peut être transféré. Cette disposition permet, de la sorte, de dresser la liste des transferts de patrimoine autorisés (cf. Message, tableau au ch. 7.3.5). Ainsi, en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID, le transfert d'une raison individuelle à une personne morale ou l'aliénation d'une partie de l'entreprise de personne est autorisé (Message, ch. 1.3.2.4.4; PETER LOCHER, Fusionsgesetz, p. 681; LOCHER/AMONN, Vermögensübertragungen, p. 767 ss; XAVIER OBERSON, L'Expert-comptable suisse 2004, p. 975; OBERSON/GLAUSER, op. cit., n°22 ad art. 19 LIFD; REICH/VON AH, in Zweifel/Beusch [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3e éd., n. 46 ad art. 19 LIFD).
Co ntrairement à la fusion, la scission et la transformation, le transfert de patrimoine est admis presque sans restriction relativement à la forme juridique des sujets qui y participent, à la condition toutefois que le sujet transférant soit inscrit au registre du commerce (NICHOLAS TURIN, Le transfert de patrimoine selon le projet de loi sur la fusion, 2003, not. p. 64 et 89). Tel que cela ressort en effet de l'art. 69 al. 1 LFus, la raison individuelle doit être inscrite au registre du commerce (Message, ch. 2.1.5.1). Cette exigence est confirmée par l'art. 2 let. a LFus, qui précise que cette loi entend par sujets les sociétés, les fondations, les entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif, les sociétés d'investissement à capital variable et les instituts de droit public. Lorsque l'inscription n'est pas une condition de l'existence du sujet, celui-ci doit, s'il n'est pas déjà inscrit, requérir son inscription (NICHOLAS TURIN, op. cit., p. 97), pour que l'opération envisagée soit considérée comme un transfert de patrimoine au sens de la loi sur la fusion. Cette loi n'a pas prévu d'exception à l'inscription au registre du commerce et l'art. 69 LFus est de nature impérative (RALPH MALACRIDA, op. cit., n° 18 ad art. 69 LFus).
Cette inscription est indispensable car le transfert de patrimoine doit, pour des raisons de publicité, obligatoirement faire l'objet d'une inscription au registre du commerce au siège du sujet transférant (art. 73 al. 1 LFus). Le transfert de patrimoine permet, en effet, de transférer un ensemble d'actifs et passifs, donc des droits, sans que les règles de forme ordinaires propres au transfert de chacun des biens concernés soient observées (cf. Message, ch. 1.3.2.4.3 et ch. 2.1.5.1) : l'inscription constitutive au registre foncier n'est pas requise pour qu'un transfert d'immeubles déploie ses effets (il peut donc y avoir une discrépance entre le registre du commerce et le registre foncier pendant un certain temps); il en est de même de l'endossement pour les papiers-valeurs à ordre et de la cession civile pour les créances (Message, ch. 2.1.5.3). L'abandon de ces règles de forme présuppose donc nécessairement que la publicité relative au transfert des droits soit garantie d'une autre manière; l'inscription du transfert de patrimoine au registre du commerce est dès lors indispensable. Elle a un effet constitutif (art. 73 al. 2 LFus; RALPH MALACRIDA, op. cit., n° 11 ad art. 69 LFus). Il en découle que la condition préalable à l'inscription du transfert de patrimoine au registre du commerce est que le sujet transférant y soit lui-même déjà inscrit (AMSTUTZ/MABILLARD, op. cit., n° 342 ss ad Intro à la loi sur la fusion; NICHOLAS TURIN, op. cit., p. 101).
5.6. En l'espèce, B._, qui exploitait le "Domaine C._" en tant qu'indépendant, n'était pas inscrit au registre du commerce pour l'activité viticole qu'il déployait. Partant, le transfert d'immeubles du 1er avril 2011 ne peut pas être considéré comme un transfert de patrimoine au sens de l'art. 69 al. 1 LFus et il n'est pas nécessaire d'examiner si les autres conditions posées au transfert de patrimoine (procédé économiquement analogue à une fusion, scission ou transformation; contrat de transfert [art. 70 ss LFus]; inscription au registre du commerce du transfert [art. 73 LFus], etc.) sont réalisées, ce qui paraît a priori douteux. Ne constituant pas une "restructuration" au sens large, le transfert d'immeuble en cause ne peut pas bénéficier de l'exonération des droits de mutation prévue par l'art. 103 LFus en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b LHID. Par conséquent, il n'y a pas lieu d'examiner si le "Domaine C._" constituait une exploitation au sens de cette dernière disposition.
En conclusion, c'est à bon droit que la vente des parcelles ayant fait l'objet du contrat du 1er avril 2001 pour un montant de 3'045'773 fr., qui doit être considérée comme une aliénation à titre onéreux imposable, a été soumise aux droits de mutation cantonaux et communaux s'élevant à 100'510 fr.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Service des contributions, office des impôts immobiliers et de succession, et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 8 octobre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon