Faits :
A.
D._ est propriétaire de la parcelle n° 1 du registre foncier de la commune du Val-de-Travers et copropriétaire, avec E._ et F._, des biens-fonds n os2et 3. Ces parcelles, situées en zone agricole, forment une communauté d'exploitation agricole gérée par A._, société en nom collectif, dont font partie E._ et F._. Le 5 juin 2009, D._, E._ et F._ ont obtenu l'autorisation de construire sur la parcelle n° 2 une stabulation libre avec silo et fosse à lisier, à la condition que la capacité maximale d'animaux de rente de 204 unités de gros bétail (ci-après: UGB) ne soit pas dépassée. Les dimensions autorisées ayant été dépassées en cours de réalisation, un permis de construire a été octroyé par le Conseil communal de Val-de-Travers (ci-après : le Conseil communal) le 30 août 2011 pour la mise en conformité des constructions.
Le 12 juillet 2011, un permis de construire a été octroyé par le Conseil communal à D._, E._ et F._ pour la construction d'un silo en tranchée et d'un hangar agricole sur la parcelle n° 3.
Constatant des fouilles de grandes dimensions, des remblayages, le goudronnage d'un chemin d'accès et la réalisation d'une place en bitume, travaux non conformes aux autorisations délivrées, le Département a ordonné le 18 juillet 2013, à titre de mesures provisionnelles urgentes, la suspension avec effet immédiat des travaux sur les biens-fonds n os 1, 2 et 3.
B.
En août 2013, les exploitants ont déposé une nouvelle demande de permis de construire pour le hangar agricole et deux silos en tranchée sur la parcelle n° 3. Le 12 décembre 2013, ils ont encore déposé une demande de permis de construire pour la mise en conformité d'un remblayage, d'un accès, d'un mur de soutènement et d'une place en bitume sur les biens-fonds n os 1et 2. Constatant notamment que le nombre d'UGB présentes sur l'exploitation avait considérablement augmenté depuis les autorisations de 2009 et 2011, le Département du développement territorial et de l'environnement du canton de Neuchâtel (ci-après : le Département) a, par décision du 11 octobre 2015, exigé diverses remises en état dans un délai de 6 mois dès l'entrée en force de sa décision. Dans le même délai, il a exigé l'établissement d'une étude d'impact sur l'environnement, le projet sur la parcelle n° 3 présentant une modification notable de l'exploitation. De plus, il a ordonné la réduction du cheptel de l'entreprise à 307 vaches laitières d'ici au 31 mars 2016 et 197 vaches laitières, voire 295, si des contrats de prise en charge d'engrais de ferme valables étaient conclus d'ici le 1 er juillet 2016. Par décision du 28 octobre 2015, le Conseil communal a refusé les permis de construire sollicités en août et décembre 2013.
Par décision du 21 juin 2017, le Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé contre la décision du 28 octobre 2015 et celle du 11 octobre 2015. Il a notamment confirmé les calculs du Département visant la diminution du cheptel en fonction de la charge d'engrais de ferme admissible sur l'exploitation.
C.
Par arrêt du 16 avril 2018, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté le recours déposé contre la décision du 21 juin 2017.
D.
Le 17 mai 2018, agissant par les voies du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, A._ SNC demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 16 avril 2018 et de constater qu'elle ne doit pas réduire le cheptel de son entreprise. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours. Le Département du développement territorial et de l'environnement et le Département de la justice, de la sécurité et de la culture du canton de Neuchâtel concluent au rejet du recours. L'Office fédéral du développement territorial et l'Office fédéral de l'environnement se sont déterminés. B._ SA et C._ SA, admis à intervenir en qualité de tiers intéressés, renoncent à se déterminer. La commune de Val-de-Travers s'en remet à justice. La recourante a répliqué par courrier du 28 mars 2019.
E.
Par ordonnance du 17 juillet 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par la recourante.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause relevant du droit de la police des constructions et de l'aménagement du territoire (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'instance cantonale; elle est particulièrement atteinte par l'arrêt attaqué et a un intérêt digne de protection à sa modification, celui-ci confirmant le refus de l'autorisation de construire qu'elle a sollicitée et imposant une remise en état. Elle a ainsi qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, ce qui entraîne l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
2.
Le 13 juin 2018, dans le prolongement de son recours déposé le 17 mai 2018, la recourante a produit un rapport d'impact sur l'environnement établi par la Chambre neuchâteloise d'agriculture et de viticulture, daté du 8 juin 2018. Cette pièce nouvelle, postérieure à l'arrêt attaqué, doit être déclarée irrecevable (art. 99 al. 1 LTF). Contrairement à ce que soutient la recourante, cette pièce ne résulte pas de l'arrêt attaqué.
3.
Dans la partie de son écriture intitulée "III. En fait", la recourante présente son propre exposé des faits. Or, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La recourante ne peut critiquer la constatation de faits qui importent pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135), ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF. En l'espèce, le recours ne comporte aucune démonstration du caractère arbitraire de l'état de fait de la décision attaquée, de sorte qu'il n'y a pas lieu de prendre en considération d'autres faits que ceux retenus dans ladite décision.
Dans une autre partie de son recours, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir écarté les deux contrats de prise en charge d'engrais, sans procéder à toute autre investigation complémentaire. Elle se plaint à cet égard d'une violation de la maxime inquisitoire ainsi que d'un établissement incomplet et inexact des faits. En réalité, elle ne conteste pas l'établissement des faits en tant que tel, mais l'appréciation juridique des faits retenus, ce qui relève de l'application du droit. Cette question sera dès lors examinée ci-dessous (consid. 4.5).
4.
Sur le fond, la recourante ne conteste plus le refus du permis de construire le hangar et deux silos sur la parcelle n° 3 et la mise en conformité d'un remblayage, d'un accès, d'un mur de soutènement et d'une place en bitume sur les parcelles n os 1et 2. Elle s'en prend uniquement à un aspect de l'arrêt attaqué qui confirme la décision du Département du 11 octobre 2015 de réduire le cheptel en fonction de la charge maximale d'engrais de ferme.
4.1. Le Département a procédé aux calculs de la charge d'engrais de ferme maximale pour déterminer la conformité de l'exploitation à la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20) et à la loi cantonale du 2 octobre 2012 sur la protection et la gestion des eaux (LPGE; RSN 805.10). Il est arrivé à la conclusion que, pour respecter les dispositions y relatives, le cheptel devait être de 197 vaches laitières, voire 295 si des contrats de prise en charge d'engrais de ferme valables étaient conclus.
4.2. L'art. 14 al. 4 LEaux prévoit que la quantité d'engrais par hectare de surface utile ne doit pas dépasser 3 unités de gros bétail-fumure (UGBF). Si une partie de l'engrais de ferme provenant de l'exploitation est épandue hors du rayon d'exploitation normal pour la localité, le nombre d'animaux de rente doit permettre l'épandage, sur la surface utile, en propre ou en fermage, de la moitié au moins de la quantité d'engrais de ferme provenant de l'exploitation.
L'art. 23 de l'ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998 (OEaux; RS 814.201) précise que pour convertir en UGBF le nombre d'animaux de rente d'une exploitation (art. 14 al. 4 LEaux), on se basera sur la quantité d'éléments fertilisants qu'ils produisent annuellement. Cette quantité est, pour une UGBF, de 105 kg d'azote et de 15 kg de phosphore.
L'art. 24 al. 1 OEaux précise que le rayon d'exploitation usuel comprend les surfaces agricoles utiles situées à une distance maximale de 6 km par la route de l'étable où sont produits les engrais de ferme. Pour tenir compte des conditions locales d'exploitation, l'autorité cantonale peut réduire cette distance, ou l'augmenter de 2 km au plus (art. 24 al. 2 OEaux).
Selon l'art. 14 al. 5 LEaux, les exploitations qui cèdent des engrais de ferme doivent enregistrer toutes les livraisons dans le système d'information visé à l'art. 165f de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr; RS 910.1).
A teneur de l'art. 14 al. 6 LEaux, l'autorité cantonale réduit le nombre d'unités de gros bétail-fumure par hectare en fonction de la charge du sol en polluants, de l'altitude et des conditions topographiques.
4.3. En droit neuchâtelois, l'art. 62 al. 1 du règlement d'exécution de la loi cantonale sur la protection et la gestion des eaux du 10 juin 2015 (RLPGE; RSN 805.100) limite le nombre d'unité de gros bétail-fumure (UGBF) par hectare de surfaces agricoles utiles fertilisables en fonction des zones de production selon le droit agricole: il est de 2.5 UGBF/ha pour la zone de plaine, de 2.1 UGBF/ha pour la zone des collines, de 1.8 UGBF/ha pour la zone de montagne I, de 1.5 UGBF/ha pour la zone de montagne II, de 1.2 UGBF/ha pour la zone de montagne III et de 1.1 UGBF/ha pour la zone de montagne IV. L'art. 62 al. 2 RLPGE mentionne que pour tout dépassement de ces valeurs limites, ou, afin de répondre aux exigences des règles techniques en matière de prestations écologiques requises ou d'agriculture biologique, des contrats de prise en charge des engrais de ferme doivent être conclus.
Selon l'art. 63 al. 1 RLPGE, les contrats de prise en charge des engrais de ferme ne peuvent pas dépasser 50 % de la charge maximale d'UGBF/ha définie à l'art. 62 al. 1 et calculée pour l'exploitation. Les contrats de prise en charge des engrais de ferme doivent être conclus à l'intérieur du rayon d'exploitation normal pour la localité (art. 63 al. 2 RLPGE). Le rayon d'exploitation normal pour la localité comprend les surfaces agricoles utiles fertilisables situées dans un rayon maximal de 10 km des bâtiments où sont produits les engrais de ferme (art. 63 al. 3 RLPGE). Pour tenir compte des conditions locales d'exploitation, l'autorité cantonale peut réduire cette distance, ou l'augmenter de 2 km au plus (art. 63 al. 4 RLPGE).
4.4. La recourante soutient d'abord que la quantité d'UGBF/ha admissible est plus restrictive en droit cantonal qu'en droit fédéral. Elle fait valoir que la réduction de la charge maximale d'UGBF/ha en fonction des zones de plaine, colline, montagne I, II, III et IV, opérée s'agissant de la charge maximale à l'art. 62 RLPGE, est contraire au droit fédéral, puisqu'elle limite de manière plus restrictive ce que le droit fédéral prescrit à l'art. 14 LEaux, même avec le dépassement de ces valeurs limites autorisé selon l'art. 62 al. 2 RLPGE, et cela de manière inadmissible.
En l'espèce, le canton de Neuchâtel a édicté des règles générales et abstraites pertinentes à l'art. 62 RLPGE et a ainsi utilisé sa compétence pour réduire la quantité maximale d'engrais de ferme admise selon sa propre appréciation des risques pour les eaux en fonction de la charge du sol en polluants, de l'altitude et des conditions topographiques. En effet, conformément à l'art. 14 al. 6 LEaux, les cantons adaptent et réduisent la valeur limite d'UGBF de la Confédération (3 UGBF/ha) en fonction des conditions locales de l'exploitation. Ils fixent des valeurs limites d'UGBF plus sévères au niveau cantonal (voir Fumure et environnement, commentaire du droit fédéral axé sur la pratique, publié par l'Office fédéral de l'environnement en 2006, p. 33).
Cette quantité maximale d'engrais de ferme ne peut être utilisée en totalité que s'il est expressément établi que le bilan nutritionnel concret dans des cas individuels est équilibré en tenant compte de tous les faits pertinents (art. 14 al. 1 LEaux). L'art. 14 LEaux fixe les exigences que doit remplir la surface agricole utile, c'est-à-dire équilibrer le bilan des engrais (ATF 137 II 182 consid. 3.2.4.2). Par bilan équilibré, on entend un juste équilibre entre les apports d'éléments fertilisants (en particulier ceux de l'azote et du phosphore) par le biais d'engrais de ferme, de recyclage et du commerce, ceux de la paille, des fourrages et aliments achetés (voir Fumure et environnement, op. cit., p. 34) et les besoins en éléments fertilisants de la culture, en tenant compte de l'approvisionnement du sol en éléments nutritifs.
Pour ces motifs, la charge maximale d'engrais de ferme pour la protection des eaux en fonction de la zone où se trouvent des surfaces fertilisables prévue par l'art. 62 RLPGE est conforme à l'art. 14 al. 6 LEaux (voir Fumure et environnement, op. cit., p. 34, tableau 2).
Par conséquent, contrairement à ce que soutient la recourante, les calculs de la charge d'engrais de ferme maximale ne doivent pas exclusivement être entrepris à la lumière de la LEaux. Mal fondé, le grief relatif à la quantité d'UGBF/ha admissible doit être rejeté.
4.5. La recourante reproche ensuite à l'instance précédente d'avoir jugé que le contrat de prise en charge des engrais de ferme conclu avec G._ et le contrat de collaboration entre A._ SNC et H._ ne pouvaient pas être pris en considération. Elle fait valoir que l'art. 63 al. 2 RLPGE est plus restrictif quant au rayon d'exploitation admissible pour l'épandage puisqu'il ne permet pas l'épandage hors du rayon d'exploitation normal pour la localité et qu'il réduit ainsi le rayon usuel d'exploitation au-delà des 2 km autorisés par les art. 14 al. 4 LEaux et 24 al. 1 OEaux.
Le Tribunal cantonal a constaté à cet égard que l'art. 63 al. 2 RLPGE était manifestement plus restrictif que le droit fédéral et que sa conformité à celui-ci se posait. Il a toutefois laissé la question indécise et a jugé que les contrats de prise en charge des engrais de ferme n'étaient pas valables pour d'autres motifs. Il a ainsi retenu que le contrat conclu avec G._ le 7 février 2015 ne permettait pas de déterminer le nombre de tonnes de fumier qui était vendu chaque année, puisqu'il se bornait à mentionner une quantité maximale de 2'000 tonnes de fumier séparateur et de 600 tonnes de fumier au tas. Il a ajouté qu'aucun élément du dossier ne permettait de déterminer l'importance des livraisons qui auraient été effectuées et enregistrées dans le système d'information pour l'enregistrement des flux d'éléments fertilisants dans l'agriculture, nommé Hoduflu et visé à l'art. 165f LAgr, alors que l'art. 14 al. 5 LEaux prévoit que les exploitations qui cèdent des engrais de ferme doivent enregistrer toutes les livraisons dans le système d'information précité.
L'instance précédente a aussi qualifié de non valable le contrat de collaboration entre A._ SNC et H._ qui prévoit une mise en commun des prestations écologiques requises (PER), au motif qu'il n'a pas été approuvé par la commission cantonale de reconnaissance des formes d'exploitation agricole, conformément à l'art. 22 al. 3 de l'ordonnance sur les paiements directs versés dans l'agriculture du 23 octobre 2013 (RS 910.13) et à l'art. 11 du règlement général d'exécution de la loi sur la promotion de l'agriculture (RSN 910.10).
Face à cette argumentation, la recourante se contente simplement d'affirmer que l'instance précédente aurait dû utiliser l'application Hoduflu pour déterminer les livraisons enregistrées. Sur ce point, elle ne répond pas à l'argumentation de la cour cantonale qui a relevé qu'aucun élément du dossier ne permettait de déterminer l'importance des livraisons qui auraient été effectuées et enregistrées dans le système d'information Hoduflu. Elle ne démontre d'ailleurs pas que les livraisons auraient été enregistrées dans le système d'information précité. Quant aux autres arguments avancés par l'instance précédente, la recourante n'en conteste aucun, contrairement à l'obligation qui lui incombait (art. 42 al. 2 LTF). Tout recourant doit en effet discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il faut qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 89 et les références). Le grief doit par conséquent être déclaré irrecevable, faute de motivation.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). A bon droit, les intimés, qui ont renoncé à se déterminer, ne demandent pas de dépens (art. 68 al. 1 LTF). Il n'est pas non plus alloué de dépens au Conseil communal et aux autorités cantonales (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, du Conseil communal de Val-de-Travers et de B._ SA et C._ SA, ainsi qu'au Département du développement territorial et de l'environnement, au Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel, à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, à l'Office fédéral du développement territorial et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 24 juin 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller