Faits :
A.
La société A._ SA a pour but l'importation, l'exportation, l'achat, la vente et le commerce en gros et en détail de tous produits de la branche du tabac, ainsi que de tout article de nature diverse. Elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) depuis le 1er janvier 1995. Elle est en particulier active dans le circuit de commercialisation des cartes téléphoniques à prépaiement et des crédits d'appels.
Le 23 décembre 2008, la société A._ SA a été informée par l'Administration fédérale d'un changement de pratique dans le traitement fiscal des cartes téléphoniques à prépaiement et des crédits d'appels. Dès le 1er janvier 2009, ceux-ci seraient assimilés à des moyens de paiement électroniques et les intermédiaires du circuit de commercialisation devraient uniquement imposer la commission ou la marge perçue. L'Administration fédérale a également mentionné qu'une période transitoire avait été instaurée jusqu'au 31 décembre 2009, au terme de laquelle toutes les caisses enregistreuses et programmes informatiques devaient être adaptés à la nouvelle pratique.
A la suite de divers échanges de courriers entre la société intéressée et l'Administration fédérale en lien avec les périodes fiscales 2005 à 2009, celle-ci a entrepris un contrôle fiscal de celle-là en août 2013, portant sur les périodes 2008 à 2012. A cette occasion, l'Administration fédérale a en particulier constaté que l'assujettie n'avait pas procédé à des corrections qu'elle avait requises pour l'année 2009.
B.
Par acte nommé "notification d'estimation/décision" du 17 septembre 2013, l'Administration fédérale a arrêté, pour l'année 2009, un montant de créance fiscale de 1'498'185 fr. et un montant de correction d'impôt de 852'700 fr. La société A._ SA a formé réclamation à l'encontre de cette décision le 18 octobre 2013, demandant que sa créance fiscale pour 2009 soit réduite à 645'550 fr. Par décision sur réclamation, l'Administration fédérale a confirmé sa décision initiale. L'assujettie a interjeté recours contre cette décision sur réclamation le 14 septembre 2018 auprès de la Cour I du Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 10 septembre 2020, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 10 septembre 2020 et de renvoyer la cause à celui-ci pour complément d'instruction.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer sur le sort de la cause. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours. Dans des observations finales, la société A._ SA confirme ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'un établissement inexact des faits.
2.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. La recourante se prévaut d'un établissement inexact de faits de la part du Tribunal administratif fédéral sous plusieurs points. Elle estime tout d'abord que c'est à tort qu'il a été retenu que l'un de ses fournisseurs a continué de facturer ses prestations en 2009, comme il le faisait de manière incorrecte de 2005 à 2008 (1). Elle fait ensuite valoir que l'autorité précédente n'a à tort pas tenu compte de la commercialisation des cartes à prépaiement dans son ensemble, car si elle l'avait fait, elle aurait constaté que les opérateurs de télécommunication ont continué à soumettre à l'impôt la valeur faciale de ces cartes (2). La recourante se plaint de plus de ce que le Tribunal administratif fédéral n'a pas déterminé si son fournisseur avait payé la taxe sur la valeur ajoutée, malgré sa facturation incorrecte pour les années 2005 à 2008, respectivement si ce fournisseur avait ou non décompté cette taxe dans son système comptable pour 2009 (3). Finalement, la recourante estime encore que, malgré la demande du Tribunal administratif fédéral, l'Administration fédérale n'a pas versé au dossier certaines pièces, ce qui aurait dû conduire celui-ci a constater que le dossier n'était pas complet (4).
2.3. Il convient en tout premier lieu de mentionner qu'il est fort douteux que le grief d'établissement inexact des faits soulevé par la recourante remplisse les conditions posées par l'art. 106 al. 2 LTF. Elle ne fait en effet que présenter ses propres vision est appréciation des faits de manière purement appellatoire, ce qui ne saurait être admis. Il en va de même des faits qu'elle a présentés sur plus de dix pages au début de son recours. Quand bien même il faudrait considérer ce grief comme étant suffisamment motivé, celui-ci amènerait les considérations suivantes.
2.3.1. S'agissant de la première critique d'établissement inexact des faits, le Tribunal administratif fédéral, au considérant 9.1 de l'arrêt entrepris, a retenu que les factures émises par les fournisseurs de la recourante (y compris celui dont celle-ci parle dans son recours) durant l'année 2009 n'indiquent la taxe sur la valeur ajoutée que sur la marge octroyée à la recourante, conformément à la pratique relative aux cartes téléphoniques à prépaiement alors en vigueur. On ne voit donc pas où désire en venir la recourante, lorsqu'elle indique que son fournisseur n'a procédé à aucun ajustement de sa facturation entre les périodes 2005 à 2008 et la période 2009. Il faut en effet relever que s'agissant des périodes 2005 à 2008, comme le mentionnent la recourante et l'Administration fédérale (cf. consid. B.c de l'arrêt entrepris), la taxe était déjà perçue par le fournisseur sur la marge de l'assujettie. En ne changeant pas sa facturation entre 2008 et 2009, le fournisseur de la recourante s'est ainsi retrouvé en 2009 à facturer de manière conforme à la pratique applicable à cette année. Savoir si cette facturation était également conforme à la pratique applicable aux années précédentes ne relève pas du présent litige. Sur ce premier point, on ne saurait donc critiquer l'établissement de faits effectué par l'autorité précédente, celui-ci se révélant exempt d'arbitraire.
2.3.2. En ce que la recourante reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir tenu compte de la commercialisation des cartes à prépaiement dans son ensemble, son grief d'établissement inexact des faits doit également être écarté. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, le Tribunal administratif fédéral a clairement déterminé le traitement, au titre de la taxe sur la valeur ajoutée, de la commercialisation des cartes à prépaiement dans l'entier de la chaîne, pour arriver à la conclusion que la recourante se trouvait dans un cas prévu par la période transitoire. Cette autorité a en effet présenté la situation de la recourante, notamment le fait que ses fournisseurs, en 2009, n'indiquaient la taxe que sur la marge octroyée à la recourante et que par la suite, celle-ci déduisait à titre d'impôt préalable cette taxe calculée sur le montant total des factures émises par lesdits fournisseurs. Il n'est par conséquent à tout le moins pas arbitraire de renoncer à déterminer dans le détail la situation des autres prestataires du circuit de commercialisation des cartes téléphoniques à prépaiement, les fournisseurs de la recourante n'ayant pas soumis à l'impôt la valeur faciale de ces cartes, contrairement à ce que celle-ci affirme péremptoirement.
2.3.3. Avec sa troisième critique d'établissement inexact de faits, la recourante tente de démontrer que la Confédération n'a pas subi de pertes fiscales. Or, outre qu'elle fait référence à la comptabilité de tiers, qui plus est relative à une année qui n'est pas concernée par le présent litige, on ne voit pas en quoi le Tribunal administratif fédéral aurait faussement établi un fait à ce propos. Il ressort en effet clairement de l'arrêt entrepris, et la recourante le reconnaît elle-même, que les factures des fournisseurs décomptaient la taxe sur la valeur ajoutée uniquement sur la marge octroyée à la recourante, ce qui était correcte. Il est par conséquent inutile d'examiner plus avant la comptabilité des fournisseurs pour la présente cause.
2.3.4. Finalement, en tant que la recourante se plaint que l'Administration fédérale n'a pas versé certaines pièces au dossier, force est de constater qu'elle n'indique pas de quelles pièces il s'agit. Or, à ce propos, dans sa réponse, le Tribunal administratif fédéral a indiqué qu'il n'avait pas demandé la production de pièces à l'Administration fédérale, mais des éclaircissements, éclaircissements qui ont été fournis, comme le reconnaît d'ailleurs la recourante.
2.4. Sur le vu des considérations qui précèdent, et pour autant que l'on considère qu'il est suffisamment motivé, le grief d'établissement des faits doit être écarté.
3.
Sur le fond, la recourante se plaint uniquement de violation du principe de proportionnalité. Elle estime en bref que "dans la mesure où les faits constateraient que c'est [son fournisseur] qui a appliqué de manière incorrecte la pratique transitoire (et de ce fait, s'est retrouvé dans une situation plus favorable que celle préconisée par dite pratique), la décision de l'AFC de pénaliser la situation TVA de la Recourante n'est pas nécessaire ni apte à rétablir une situation correcte".
La recourante part de la prémisse erronée que son fournisseur a faussement appliqué la pratique transitoire de l'Administration fédérale durant l'année 2009. Or, comme on l'a vu ci-avant, celui-ci n'a justement indiqué la taxe sur la valeur ajoutée que sur la marge octroyée à la recourante, ce qui était conforme à la pratique pour l'année 2009. Il ne saurait donc être question de violation du principe de proportionnalité. Par ailleurs, même si la recourante ne forme aucun grief à ce propos, on peut encore constater qu'il n'est pas non plus question de violation du droit fédéral en l'espèce, applicable d'office par le Tribunal fédéral (cf. art. 106 al. 1 LTF).
Le Tribunal administratif fédéral a en effet valablement présenté les bases légales applicables (cf. en particulier les art. 37, 38 et 39 de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [aLTVA; RO 2000 1300] et 45a de l'ancienne ordonnance fédérale du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA [aOLTVA; RO 2000 1347]), ainsi que la jurisprudence relative notamment aux exigences de forme posées à la facturation en vue de la déduction de l'impôt préalable (cf. ATF 131 II 185) et le régime fiscal nouvellement applicable, dès le 1er janvier 2009, aux cartes à prépaiement et aux crédits d'appel (cf. Brochure de l'Administration fédérale des contributions n° 13 Télécommunications, de décembre 2007, ch. 5.1). Il en a fait une application correcte, considérant en bref que, dans la mesure où la taxe sur la valeur ajoutée n'avait pas été facturée à la recourante par un autre assujetti, respectivement ne l'avait été que sur la marge octroyée à celle-ci, la recourante n'avait pas droit à la déduction de l'impôt préalable sur l'entier de la valeur des factures de ses fournisseurs. Faute de motivation topique de la recourante quant à l'application du droit, on ne peut que confirmer la correcte application qu'en a fait le Tribunal administratif fédéral.
4.
Compte tenu de l'ensemble des motifs qui précèdent, le recours doit être rejeté. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée de l'Administration fédérale des contributions et à la Cour I du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 3 mars 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette