Erwägungen:
1.
Die Kreisschulpflege Letzi wies in teilweiser Gutheissung einer Einsprache von A.A._ und B.A._ deren Ende 2013 geborenen Sohn für das Schuljahr 2018/2019 zwar nicht demselben Kindergarten, den der ältere im August 2012 geborene Sohn besuchte, aber dem im gleichen Gebäude gelegenen Kindergarten zu. Auf den gegen diesen Einspracheentscheid erhobenen Rekurs trat der Bezirksrat Zürich mit Beschluss vom 14. August 2018 nicht ein, unter Auferlegung von Verfahrenskosten von Fr. 600.--. Gegen den ihnen am 22. August 2018 ausgehändigten Beschluss gelangten die Eltern mit einer vom 21. September 2018 (Freitag) datierten Beschwerdeschrift an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welche sie erst am 22. September 2018 bei der Post zuhanden des Verwaltungsgerichts aufgaben; vorher hatten sie die Rechtsschrift am frühen Morgen des 22. September 2018 (00.51 Uhr) per Mail an das Verwaltungsgericht verschickt. Mit Verfügung des Einzelrichters der 4. Abteilung vom 1. Oktober 2018 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein, weil sie nicht innert der Frist von 30 Tagen bei ihm eingetroffen oder zu seinen Händen der schweizerischen Post übergeben worden sei, dies in Anwendung von § 70 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) in Verbindung mit §§ 22 und 11 Abs. 1 VRG. Zudem auferlegte es den Betroffenen gestützt auf § 65a VRG die Gerichtskosten von Fr. 560.-- (davon Gerichtsgebühr Fr. 500.--), da das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen sei (§ 16 VRG).
A.A._ und B.A._ haben am 12. November 2018 beim Bundesgericht Beschwerde mit zahlreichen Anträgen gegen die Verfügung des Verwaltungsgerichts eingereicht. Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2.
2.1. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt schweizerisches Recht (Art. 95 BGG) verletze. Rechtsbegehren und Begründung haben sachbezogen zu sein und sich auf den Verfahrensgegenstand zu beziehen und zu beschränken. Die Beschwerde führende Partei muss in gezielter Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen in gedrängter Form plausibel darlegen, inwiefern die Vorinstanz welche Rechte bzw. Rechtsnormen verletzt haben soll (BGE 140 III 86 E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Beruht der angefochtene Entscheid auf kantonalem Recht, kann weitgehend bloss die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, namentlich Willkür, bei dessen Anwendung gerügt werden; entsprechende Rügen bedürfen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG besonderer Geltendmachung und Begründung (BGE 141 I 36 E. 1.3 S. 41 mit Hinweisen).
Angefochten ist ein Nichteintretensentscheid. Vor Bundesgericht kann damit nur geltend gemacht werden, dass das Verwaltungsgericht auf die dort eingereichte Beschwerde hätte eintreten müssen, und es kann entsprechend bloss gerügt werden, dass das Nichteintreten rechtsverletzend sei und dass die Kostenregelung des Nichteintretensentscheids selber rechtsverletzend sei; hierfür ist allein kantonales Recht massgeblich, sodass den beschriebenen besonderen Begründungsanforderungen Genüge getan werden muss. Nicht zu hören sind die Beschwerdeführer mit Ausführungen zum materiellen Rechtsstreit (Kindergartenzuweisung) sowie zu behaupteten Verfahrensfehlern der Vorinstanzen des Verwaltungsgerichts oder zu den von diesen Vorinstanzen getroffenen Kostenregelungen, weil diese Fragen nicht Gegenstand der angefochtenen Verfügung sind.
2.2. Das Verwaltungsgericht ist auf die Beschwerde nicht eingetreten, weil sie nicht fristgerecht eingereicht worden ist. Soweit die Beschwerdeführer dies allenfalls sinngemäss bestreiten, legen sie auch nicht ansatzweise dar, inwiefern die Vorinstanz bei der Anwendung der diesbezüglich einschlägigen kantonalen Rechtsnormen rechtsverletzend gehandelt habe und das Nichteintreten sich beanstanden liesse. Was sodann die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege für das verwaltungsgerichtliche Verfahren betrifft, lässt sich der Beschwerdeschrift nicht entnehmen, worin die Einschätzung einer verspätet eingereichten Beschwerde als aussichtslos schweizerisches Recht verletzte. Dasselbe gilt für die Festsetzung der Gerichtskosten für das verwaltungsgerichtliche Verfahren auf Fr. 560.--.
2.3. Die Beschwerde entbehrt offensichtlich einer hinreichenden Begründung (Art. 108 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG); es ist darauf mit Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter im vereinfachen Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
2.4. Dem auch für das Verfahren vor Bundesgericht gestellten Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann schon darum nicht entsprochen werden, weil die Beschwerde aussichtslos erschien (Art. 64 BGG). Damit sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern nach Massgabe von Art. 65 sowie Art. 66 Abs. 1 erster Satz und Abs. 5 BGG aufzuerlegen.
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Feller