Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Bern eröffnete gegen X._ ein Strafverfahren wegen mehrfacher Vergewaltigung, sexueller Nötigung, mehrfacher Tätlichkeiten respektive mehrfacher einfacher Körperverletzungen und mehrfacher Drohung zum Nachteil seiner damaligen Ehefrau (nachfolgend: Privatklägerin). Nach Abschluss der Untersuchung stellte sie das Verfahren wegen mehrfacher Vergewaltigung sowie einiger Tätlichkeiten teilweise ein und erhob wegen der übrigen Vorwürfe Anklage.
Das Regionalgericht Bern-Mittelland sprach X._ am 1. Juli 2014 von den Vorwürfen der mehrfachen Tätlichkeit teilweise frei. Es verurteilte ihn wegen sexueller Nötigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher Tätlichkeiten zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 20 Monaten, einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 90. - sowie einer Busse von Fr. 600.-. Es auferlegte ihm die Verfahrenskosten und verpflichtete ihn zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 8'000.- an seine Exfrau.
B.
Am 17. April 2015 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ im Berufungsverfahren wegen sexueller Nötigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher Tätlichkeiten zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten, einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 90. - und einer Busse von Fr. 600.-. Es verpflichtete ihn zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 5'000.- an die Privatklägerin. Darüber hinaus stellte es die Rechtskraft der Verfahrenseinstellungen und Freisprüche fest.
Die hiergegen von X._ erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 2. November 2016 gut, soweit es darauf eintrat, und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurück (Urteil 6B_1068/2015).
C.
Mit Urteil vom 31. Mai 2017 stellte das Obergericht fest, dass das erstinstanzliche Urteil u.a. in Bezug auf die Einstellungen und Freisprüche in Rechtskraft erwachsen ist. Darüber hinaus verurteilte es X._ wegen sexueller Nötigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher Tätlichkeiten zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten und einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 90. - sowie einer Busse von Fr. 600.- respektive sechs Tagen Ersatzfreiheitsstrafe bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse. Zudem verurteilte es ihn zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 5'000.- an die Privatklägerin.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt zusammengefasst, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und er sei von den Vorwürfen der sexuellen Nötigung, der mehrfachen Drohung und der mehrfachen Tätlichkeit freizusprechen. Die Zivilklage der Privatklägerin sei abzuweisen. Eventualiter sei das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Nach Zugang der Eingangsanzeige gelangte die Privatklägerin unaufgefordert ans Bundesgericht und ersuchte um unentgeltliche Rechtspflege. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unhaltbare und mit der tatsächlichen Situation in Widerspruch stehende Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung der Unschuldsvermutung. Entgegen der Vorinstanz seien die Aussagen der Privatklägerin insgesamt nicht glaubhaft und könnten nicht als Basis für einen Schuldspruch dienen. Die Erinnerung der Privatklägerin an den ihm vorgeworfenen erzwungenen Analverkehr sei bereits an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung karg gewesen. Der Privatklägerin sei es auch in der Berufungsverhandlung nicht möglich gewesen, den Vorfall zeitlich grob einzuordnen. Zudem habe die Privatklägerin nach Ansicht der Vorinstanz in der Berufungsverhandlung nachweislich gelogen und bestritten, dem Beschwerdeführer nach der Anzeigeerstattung SMS geschickt zu haben, in denen sie ihm sowohl ihre Liebe bekundet als auch mit weiteren Strafanzeigen gedroht habe. Dass die Vorinstanz darin keinen Grund erkenne, der gegen die Glaubwürdigkeit der Privatklägerin spreche, sei mit einer ordnungsgemässen Beweiswürdigung nicht zu vereinbaren. Die Vorinstanz nehme eine einseitige Beweiswürdigung vor, wenn sie einerseits den Umstand, dass der Beschwerdeführer die Privatklägerin angeblich in ein schlechtes Licht stelle, als Lügensignal deute, andererseits das gleiche Aussageverhalten der Privatklägerin unberücksichtigt lasse. Die Vorinstanz ignoriere sämtliche Indizien, die bei objektiver Betrachtung auf eine Falschanschuldigung hinweisen würden. So habe die Privatklägerin wiederholt ausgeführt, sie wolle unbedingt, dass der Beschwerdeführer ausgewiesen werde. Auch für die ihm vorgeworfenen Tätlichkeiten lägen keine objektiven Beweise vor. Dass die Privatklägerin laut IRM-Gutachten und den Aussagen von Drittpersonen blaue Flecken aufgewiesen habe, sei kein Beweis, dass der Beschwerdeführer der Privatklägerin allfällige Verletzungen zugefügt habe. Zudem lasse die Vorinstanz die Aussagen des Hausarztes der Privatklägerin unberücksichtigt, wonach diese anlässlich der Konsultationen im Dezember 2011 keine Übergriffe erwähnt habe und er solche auch nicht habe feststellen können.
Dass der Beschwerdeführer die gegen ihn erhobenen Vorwürfe abstreite, dürfe nicht zu seinem Nachteil verwendet werden, sondern zeige vielmehr, dass er sich keiner Schuld bewusst sei. Aus den von der Vorinstanz angeführten Einvernahmeprotokollen ergebe sich nicht, dass der Beschwerdeführer zunächst von mehrmaligem und anschliessend einmaligem Analverkehr gesprochen und seine Aussagen damit denjenigen der Beschwerdeführerin angepasst habe.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil grundsätzlich den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 144 V 50 S. 52 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist eine Sachverhaltsfeststellung, wenn der angefochtene Entscheid unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (BGE 143 IV 500 E. 1.1, 241 E. 2.3.1; je mit Hinweis). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Sachverhaltsrügen müssen explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden. Hierfür genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern. Auf ungenügend begründete Rügen oder eine bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie vor den kantonalen Instanzen mit voller Sachkognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 143 IV 241 E. 2.3.1; 141 IV 369 E. 6.3; Urteil 6B_986/2017 vom 26. Februar 2018 E. 2.4.1).
2.2. Liegen keine direkten Beweise vor, ist nach der Rechtsprechung auch ein indirekter Beweis zulässig. Indizien sind Tatsachen, von denen auf das Vorliegen einer unmittelbar entscheiderheblichen Tatsache geschlossen werden kann. Eine Mehrzahl von Indizien, welche für sich allein betrachtet nur mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit auf eine bestimmte Tatsache oder Täterschaft hindeuten und insofern Zweifel offen lassen, können in ihrer Gesamtheit ein Bild erzeugen, das den Schluss auf den vollen rechtsgenügenden Beweis von Tat oder Täter erlaubt (Urteile 6B_1053/2018 vom 16. Februar 2019 E. 1.2; 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 12.1 f. mit Hinweisen, nicht publ. in BGE 143 IV 214).
2.3. Dem Sachgericht wird bei der Würdigung der Beweise ein weiter Beurteilungsspielraum zuerkannt. Es hat die Beweise frei nach seiner aus dem gesamten Verfahren gewonnenen Überzeugung zu würdigen (Art. 10 Abs. 2 StPO). Bleiben bei der Auswertung der Beweise Unsicherheiten haften oder lässt das Beweisergebnis verschiedene Deutungen bzw. Sachverhaltsalternativen zu, so ergibt sich aus dem Grundsatz "in dubio pro reo", nach welcher Entscheidungsregel zu verfahren ist. Das Sachgericht verstösst namentlich gegen die Unschuldsvermutung und den daraus abgeleiteten Grundsatz "in dubio pro reo", wenn es die beschuldigte Person mit der Begründung verurteilt, diese habe ihre Unschuld nicht nachgewiesen oder trotz offensichtlich erheblicher bzw. schlechterdings nicht zu unterdrückender Zweifel an der Schuld der beschuldigten Person zu einer Verurteilung gelangt. Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (BGE 144 IV E. 2.2.3.3; Urteil 6B_1248/2017 vom 21. Februar 2019 E. 4.2.3; je mit Hinweisen).
3.
Die Sachverhaltsrügen erweisen sich als unbegründet, soweit auf sie eingetreten werden kann.
3.1. Hinsichtlich des Vorwurfs der sexuellen Nötigung rügt der Beschwerdeführer in erster Linie, die Vorinstanz hätte nicht auf die Aussagen der Privatklägerin abstellen dürfen. Diese habe hinsichtlich ihrer Urheberschaft der SMS gelogen und sei nicht glaubwürdig. Er verkennt insoweit, dass der allgemeinen Glaubwürdigkeit einer einvernommenen Person im Sinne einer dauerhaften personalen Eigenschaft gegenüber der Glaubhaftigkeit der konkreten Aussage, welche durch methodische Analyse ihres Inhalts darauf überprüft wird, ob die auf ein bestimmtes Geschehen bezogenen Angaben einem tatsächlichen Erleben des Zeugen entspringen, für die Wahrheitsfindung nur noch untergeordnete Bedeutung zukommt (vgl. BGE 133 I 33 E. 4.3 S. 45 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer zeigt auch nicht auf, inwieweit die Beweiswürdigung der Vorinstanz "hinsichtlich der Glaubwürdigkeit der Privatklägerin" offensichtlich unrichtig sein soll. Die Vorinstanz hat das hartnäckige Bestreiten der Privatklägerin, dem Beschwerdeführer nach der Anzeigeerstattung und der Trennung SMS geschickt zu haben, im Rahmen der Beweiswürdigung berücksichtigt und ausgeführt, dass es für deren Glaubwürdigkeit besser gewesen wäre, wenn sie den Versand der Textnachrichten zugegeben hätte. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass der Inhalt der SMS-Nachrichten nicht gegen die Glaubhaftigkeit der Aussagen der Privatklägerin sprechen, insbesondere weil diese offensichtlich davon ausgehe, die Urheberschaft bestreiten zu müssen, damit man ihr glaube.
Die Vorinstanz nimmt eine umfassende inhaltliche Würdigung der Aussagen der Privatklägerin vor, namentlich hinsichtlich der logischen Konsistenz und des Vorliegens von Realkennzeichen. Sie berücksichtigt zudem die Entstehungsgeschichte und thematisiert eine (mögliche) Falschbezichtigung, namentlich aufgrund der geleugneten Urheberschaft der SMS. Hiermit setzt sich der Beschwerdeführer inhaltlich allenfalls punktuell und oberflächlich auseinander. Der Beschwerdeführer beschränkt sich im Wesentlichen darauf, seine Sicht der Dinge zu schildern und zu erklären, warum ein Rachemotiv nicht auszuschliessen sei. Er unterbreitet dem Bundesgericht seine eigene, von derjenigen der Vorinstanz weitgehend losgelöste Beweiswürdigung zur Beurteilung und verkennt insoweit, dass das Bundesgericht als oberste Recht sprechende Behörde (Art. 1 Abs. 1 BGG) keine Appellationsinstanz ist, die eine freie Prüfung in tatsächlicher Hinsicht vornimmt oder die vorinstanzliche Beweiswürdigung mit freier Kognition überprüft (vgl. Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 140 III 264 E. 2.3). Das Bundesgericht überprüft im Rahmen einer Sachverhaltsrüge lediglich - aber immerhin -, ob das erkennende Sachgericht unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder solche willkürlich ausser Acht gelassen hat (vgl. BGE 140 III 264 E. 3.2; Urteile 6B_800/2016 vom 25. Oktober 2017 E. 10.3.1, nicht publ. in: BGE 143 IV 397; 6B_986/2017 vom 26. Februar 2018 E 2.4.1; je mit Hinweisen). Hierfür genügt es nicht, eine eigene, wenn auch schlüssige und nachvollziehbare Beweiswürdigung vorzutragen, zumal sich daraus nicht ergibt, dass und inwieweit die Feststellungen der Vorinstanz weniger plausibel oder gar schlechterdings unhaltbar sein sollen. Mangels Sachkompetenz hat das Bundesgericht nicht zu entscheiden, welche von zwei (oder mehreren) unterschiedlichen Beweiswürdigungen und -ergebnissen es für überzeugender hält, solange die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz mit der Beweisgrundlage vereinbar und nicht schlechterdings unhaltbar sind. Dies ist vorliegend der Fall. Dass nach Ansicht des Beschwerdeführers die Lüge sehr wohl gegen die Glaubwürdigkeit der Privatklägerin spreche und es Indizien für eine Falschaussage gäbe, zumal auch die Vorinstanz ein Rachemotiv thematisiere, genügt nicht, um die Beweiswürdigung der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig und damit als rechtsfehlerhaft im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung erscheinen zu lassen.
3.2. Was der Beschwerdeführer gegen die Beweiswürdigung hinsichtlich der ihm zur Last gelegten Tätlichkeiten vorbringt, erschöpft sich weitgehend in appellatorischer Kritik, auf die praxisgemäss nicht einzutreten ist. Er setzt sich auch hier nicht umfassend mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander, sondern plädiert frei zum Beweisergebnis. Die Vorinstanz gelangt aufgrund der Würdigung sämtlicher Aussagen zum Schluss, der Beschwerdeführer habe die Privatklägerin körperlich misshandelt und ihr die blauen Flecken, Blutergüsse etc. zugefügt. Dabei trägt sie insbesondere dem Umstand Rechnung, dass es sich bei den weiteren, den Beschwerdeführer belastenden Aussagen lediglich um solche von Zeugen vom Hörensagen handelt und auch die ärztlichen Gutachten lediglich Indizien und keine Beweise darstellen. Dass die Vorinstanz aufgrund der gesamten Indizien und Beweislage ausschliesst, die Privatklägerin habe sich die Verletzungen selbst zugeführt, ist nicht zu beanstanden, auch wenn das hypothetisch möglich gewesen wäre. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers verlangt die Vorinstanz damit nicht, er müsse einen solchen Beweis liefern oder sich entlasten. Insbesondere aus den sich dem Untersuchungsergebnis insoweit anpassenden Aussagen des Beschwerdeführers, der letztlich selbst nicht mehr ausschliesst, dass er der Privatklägerin die Verletzungen (einvernehmlich beim Sex) zugefügt haben könne, ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz nicht zu beanstanden.
4.
Der Beschwerdeführer beantragt auch eine Aufhebung des Schuldspruchs wegen Drohung, äussert sich hierzu jedoch weder in tatsächlicher noch rechtlicher Hinsicht. Hierauf ist nicht einzutreten (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG).
Dies gilt auch für die Abweisung der der Privatklägerin zugesprochenen Genugtuung, die der Beschwerdeführer ausschliesslich aus den beantragten Freisprüchen ableitet.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da die Privatklägerin im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zur Einreichung einer Vernehmlassung eingeladen wurde, wird ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held