Faits :
A.
A.a. La société A._ SA, domiciliée à B._, dans le canton de Genève, et ayant pour but l'exploitation d'une entreprise générale de construction, est inscrite au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) depuis le 1er janvier 1999. Jusqu'en 2015, C._ - depuis lors décédé - en était l'administrateur unique.
A.b. En date du 13 mars 2012, la société A._ SA a conclu un contrat d'entreprise générale avec la société D._ SA qui portait sur l'étude et la réalisation d'un immeuble "clef en mains" à Carouge, à la rue E._. Il y était stipulé que la société A._ SA réaliserait l'ouvrage à livre ouvert avec un prix plafond fixé à 9'100'000 fr., TVA incluse.
A.c. Un crédit de construction s'élevant à 11'500'000 fr. a été contracté le 25 novembre 2013 auprès de la Banque cantonale de Genève par la société D._ SA et son administrateur unique, F._, ainsi que par C._ et G._. Entre le 12 décembre 2013 et le 7 octobre 2014, des acomptes d'un montant total de 8'084'646 fr. 51 ont été versés par débit dudit compte à la société A._ SA pour la construction de l'immeuble de Carouge. Après chaque virement, la société d'entreprise générale a émis des notes de crédit sur acompte à l'attention de F._, C._, G._ et D._ SA et a procédé à des versements correspondants - pour un total de 3'868'000 fr. - sur un compte bancaire détenu par les trois premières personnes précitées. Elle a par ailleurs porté un montant de 3'544'444 fr. 45 en déduction de son chiffre d'affaires.
A.d. En date du 26 septembre 2014, un contrat de courtage immobilier a été conclu pour l'immeuble construit à Carouge. Ce contrat mentionnait comme mandants la société D._ SA, G._ et C._.
B.
B.a. En mai 2016, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) a effectué un contrôle des décomptes TVA de la société A._ SA portant sur une période allant du 1er trimestre 2011 au 4e trimestre 2014. A la suite de ce contrôle, elle a adressé à la société une notification d'estimation fixant le montant de ses différentes créances de TVA pour les années 2011 à 2014, aboutissant à une correction de l'impôt en sa faveur de 409'241 fr. (cf. art. 105 al. 2 LTF).
Par courrier du 29 mai 2017, A._ SA a contesté devant l'AFC plusieurs points de la reprise fiscale susmentionnée. Par décision du 23 avril 2018, l'AFC a très partiellement admis cette contestation et réduit le montant de la correction d'impôt pour les périodes fiscales contrôlées à 337'786 fr. (cf. art. 105 al. 2 LTF). Statuant sur réclamation de la société, l'AFC a confirmé sa décision en date du 28 septembre 2018.
B.b. A._ SA a recouru auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation de l'AFC, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
Durant l'instruction, le Tribunal administratif fédéral a, par lettre du 30 juin 2020, demandé à F._ de produire divers documents. Par courrier du 1er septembre 2020, l'intéressé a fourni des états financiers relatifs aux années 2012, 2014 et 2015 intitulés "H._". Par arrêt du 7 septembre 2020, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de A._ SA.
A._ SA a recouru auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt précité, se plaignant notamment du fait que le Tribunal administratif fédéral aurait violé son droit d'être entendue en ne lui laissant pas la possibilité de se prononcer sur les dernières pièces produites par F._. Constatant que l'autorité précédente avait effectivement omis d'informer l'intéressée du versement de ces nouvelles pièces au dossier avant de rendre son arrêt, la Cour de céans a admis le recours en date du 27 avril 2021 (arrêt 2C_845/2020). Partant, elle a annulé l'arrêt attaqué, qui se fondait partiellement sur lesdites pièces, et renvoyé la cause au Tribunal administratif fédéral, afin que cette autorité permette à la société de se déterminer sur les documents en question avant de se prononcer à nouveau en la cause.
B.c. A la suite de ce renvoi, le Tribunal administratif fédéral a permis à la société A._ SA ainsi qu'à l'AFC de se déterminer sur les pièces versées au dossier. Dans ses observations du 3 juin 2021, la société a demandé au tribunal qu'il ordonne à la fiduciaire "I._" de produire toute la comptabilité de la société simple "J._". Par arrêt du 28 juin 2021, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours déposé devant lui et confirmé la décision sur réclamation de l'AFC du 28 septembre 2018.
C.
La société A._ SA (ci-après: la recourante) dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 28 juin 2021. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance précédente, afin de pouvoir exercer son droit d'être entendue sur les pièces requises et dans le but que le Tribunal administratif fédéral procède à une instruction complémentaire de la cause, avant de rendre une nouvelle décision. Subsidiairement, elle demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que la "décision de l'AFC du 28 avril 2018" (recte: la décision du 23 avril 2018 ou la décision sur réclamation du 28 septembre 2018).
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations sur le recours, se référant intégralement à l'arrêt attaqué. L'AFC a répondu au recours, concluant à son rejet.
La recourante a répliqué.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt entrepris, qui concerne le domaine de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA), a été rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune exception figurant à l'art. 83 LTF. Il s'ensuit que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
Pour le surplus, le recours a été interjeté dans les formes requises (art. 42 LTF) et en temps utile, compte tenu des féries estivales (art. 100 al. 1 en lien avec art 46 al. 1 let. b LTF), par la société destinataire de l'arrêt attaqué qui, sous cet angle, a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Il est donc recevable.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Ce faisant, il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf exceptions prévues à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6; 139 II 373 consid. 1.6). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. art. 106 al. 2 LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1; 133 IV 286 consid. 6.2).
2.2. L'arrêt attaqué fait suite à l'arrêt 2C_845/2020 du 27 avril 2021 dans lequel le Tribunal fédéral a constaté que le Tribunal administratif fédéral avait violé le droit d'être entendue de la recourante en rendant son précédent arrêt du 7 septembre 2020 sans lui permettre de se prononcer sur l'ensemble des pièces du dossier, ce qui a entraîné le renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle guérisse ce vice.
Selon la jurisprudence, les considérants de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral (art. 107 al. 2 et 117 LTF) lient les parties et le Tribunal fédéral lui-même (ATF 125 III 421 consid. 2a). Il s'ensuit que ce dernier ne peut pas se fonder sur des motifs qu'il avait écartés ou dont il avait fait abstraction dans sa précédente décision. Quant aux parties, elles ne peuvent plus faire valoir, dans un nouveau recours contre la seconde décision, des moyens que le Tribunal fédéral avait rejetés dans son arrêt de renvoi (ATF 133 III 201 consid. 4.2) ou qu'il n'avait pas eu à examiner, faute pour les parties de les avoir invoqués dans la première procédure de recours, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire (ATF 135 III 334 consid. 2; 111 II 94 consid. 2). L'autorité précédente est tenue pour sa part de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt de renvoi; elle est liée par ce qui a déjà été tranché par le Tribunal fédéral, ainsi que par les constatations de fait qui n'ont pas été critiquées devant lui; des faits nouveaux ne peuvent être pris en considération que sur les points ayant fait l'objet du renvoi, lesquels ne peuvent être ni étendus, ni fondés sur une base juridique nouvelle (ATF 135 III 334 consid. 2).
En l'espèce, comme le Tribunal fédéral ne s'est saisi que du grief de violation du droit d'être entendue dans l'arrêt 2C_845/2021 du 27 avril 2021, à l'exclusion des autres griefs de fonds, et que l'arrêt attaqué reproduit l'intégralité du précédent arrêt du Tribunal administratif fédéral du 7 septembre 2020, la recourante peut formuler une nouvelle fois les moyens qu'elle avait exposés dans la procédure précédente et ajouter ceux qu'elle entend formuler à l'encontre du second arrêt rendu.
3.
Le litige porte sur le point de savoir si, comme l'a décidé l'AFC et confirmé le Tribunal administratif fédéral, l'imposition de la recourante au titre de la TVA entre le 1er trimestre 2011 et le 4e trimestre 2014 doit être augmentée d'un montant de 337'786 fr. La recourante le conteste, considérant que son chiffre d'affaires déterminant pour le calcul de la TVA due durant cette période est en réalité moins élevé que ce qu'ont retenu les instances précédentes, en raison des notes de crédit sur acompte - c'est-à-dire des réductions de factures - octroyées à hauteur de 3'868'000 fr. dans le cadre de la construction de l'immeuble de la rue E._, à Carouge.
4.
Dans son mémoire, la recourante reproche tout d'abord au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé les art. 9 al. 1 et 29 al. 2 Cst. en établissant les faits de la cause de manière arbitraire, de même qu'en violation de son droit d'être entendue.
4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. confère à tout administré le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 II 218 consid. 2.3 et les références citées). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 et les références citées). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (ATF 143 IV 500 consid. 1.1 et les références citées).
4.2. La recourante reproche en l'occurrence à l'instance précédente d'avoir procédé à une lecture manifestement inexacte des pièces du dossier et d'avoir refusé d'exiger de la fiduciaire "I._" la production de la comptabilité de la société simple "J._", comme elle l'avait pourtant requis. Selon elle, une administration des preuves non empreinte d'arbitraire et respectueuse du droit d'être entendu aurait dû conduire le Tribunal administratif fédéral à conclure que la société simple susmentionnée représentait le maître d'ouvrage de l'immeuble construit à Carouge et qu'elle était aussi la bénéficiaire des différentes notes de crédits sur acompte émises pour ce chantier. De tels griefs concernent cependant uniquement la question de savoir si la recourante a réalisé l'immeuble de Carouge sur commande d'une société simple appelée "J._" - et non du contractant formellement indiqué sur le contrat, à savoir la société D._ SA - et si cette société simple a été la véritable bénéficiaire des 3'868'000 fr. versés par la recourante au motif prétendu de "notes de crédit". Or, comme on le verra, les réponses qui pourraient être apportées sur ces points ne sont pas susceptibles d'influencer le sort du litige et, partant, de conduire à l'admission du recours (cf. infra consid. 5.5 et 5.6). Non pertinentes pour l'issue de la cause, elles ne permettraient pas de démontrer que l'arrêt attaqué repose sur un établissement des faits manifestement inexact et que l'autorité précédente s'est fondée sur une appréciation anticipée des preuves arbitraire pour refuser d'administrer la preuve requise par la recourante. Dans ce contexte, on ne voit pas qu'il puisse être reproché à l'arrêt attaqué de violer les art. 9 al. 1 ou 29 al. 2 Cst., quoi qu'en dise la recourante.
5.
La recourante prétend que l'arrêt attaqué viole la loi fédérale du 12 juin 2009 sur la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) et, plus particulièrement, son art. 41 al. 1. Le Tribunal administratif fédéral aurait refusé à tort que les notes de crédits sur acompte émises lors de la construction de l'immeuble à Carouge, soient déduites de son chiffres d'affaires pour le calcul de la TVA des années 2011 à 2014.
5.1. La Confédération perçoit une taxe sur la valeur ajoutée (TVA) à chaque stade du processus de production et de distribution (art. 1 al.1 LTVA). Sont notamment soumises à TVA les prestations fournies sur le territoire suisse par des entreprises assujettis moyennant une contre-prestation (art. 18 al. 1 LTVA). Une prestation consiste dans le fait d'accorder à un tiers un avantage économique consommable dans l'attente d'une contre-prestation (art. 3 let. c LTVA). Elle peut aussi bien prendre la forme de livraisons de biens que de prestations de services (art. 3 let. d et e LTVA). Quant à la contre-prestation, elle représente la valeur patrimoniale que le destinataire de cette prestation, ou un tiers à sa place, remet en contrepartie (art. 3 let. d à f LTVA). La TVA se calcule sur la contre-prestation effective, qui comprend notamment la couverture de tous les frais, qu'ils soient facturés séparément ou non, ainsi que les contributions de droit public dues par l'assujetti (art. 24 al. 1 LTVA).
5.2. La contre-prestation remise en échange d'une prestation - déterminante pour le calcul de la TVA (cf. supra consid. 5.1) - est en règle générale acquittée sous la forme d'une somme d'argent. Elle peut cependant revêtir d'autres formes, telles que la livraison d'un bien ou la fourniture d'un service en échange, ainsi la reprise d'une dette du prestataire. En d'autres termes, la contre-prestation peut être tout avantage patrimonial accordé par le destinataire (arrêt 2C_307/2016 du 8 décembre 2016 consid. 5.4). Elle peut selon les circonstances être versée à une autre personne que le prestataire: c'est notamment le cas lorsque le destinataire paie une dette de ce dernier (cf. notamment AFC, Info TVA 07 - Calcul de l'impôt et taux de l'impôt, ch. 1.3.1, consulté le 13 octobre 2021 sur www.estv.admin.ch; BOSSART/CLAVADETSCHER, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2015, n° 81 ad art. 18 LTVA). Ainsi, lorsque le destinataire d'une prestation paie lui-même les sous-traitants de l'entreprise prestataire, ses versements constituent en principe autant de contre-prestations - ou avantages patrimoniaux - offertes à celle-ci, qui devrait sinon rétribuer elle-même de tels sous-traitants. Peu importe que ces coûts n'apparaissent dès lors pas dans la facture que l'entreprise assujettie adresse à son client (cf. arrêt 2A.215/2003 du 20 janvier 2005 consid. 7).
5.3. La problématique des rabais, escomptes et autres remises sur le prix d'une prestation est pour sa part réglée à l'art. 41 al. 1 LTVA. Selon cette disposition, si la contre-prestation acquittée par le destinataire de la prestation ou convenue avec lui est corrigée, le chiffre d'affaires imposable de l'entreprise assujettie doit être adapté au moment de la comptabilisation de la correction ou de l'encaissement effectif de la contre-prestation corrigée. Cela signifie que les remises accordées lors de la conclusion du contrat ou postérieurement à celle-ci (réductions de contre-prestation accordées ensuite de rabais, d'escomptes ou autres) peuvent être déduites de la contre-prestation convenue pour le calcul de la TVA. Une telle déduction n'est cependant admissible, d'après la jurisprudence, que si elle se trouve dans un rapport direct avec l'opération à la base de la contre-prestation initiale (arrêt 2C_307/2016 du 8 décembre 2016 consid. 5.4; voir également ATF 136 II 441 consid. 3.2 et 2C_928/2010 du 28 juin 2011 consid. 2.3 rendu en application de l'ancienne LTVA).
5.4. S'agissant du fardeau de la preuve, conformément au principe général de l'art. 8 CC, il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. ATF 143 II 661 consid. 7.2, 140 II 248 consid. 3.5; 121 II 257 consid. 4c/aa).
5.5. En l'occurrence, dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a constaté qu'entre le 12 décembre 2013 et le 7 octobre 2014, la recourante avait perçu des acomptes d'un montant total de 8'084'646 fr. 51 pour la construction d'un immeuble "clef en main" à la rue E._ à Carouge. Il a également établi qu'après réception desdits acomptes, l'intéressée avait émis des notes de crédit pour une somme cumulée de 3'868'000 fr., avant d'effectuer divers versements d'une valeur correspondante sur un compte bancaire détenu par F._, C._ et G._. Le Tribunal administratif fédéral n'a en revanche pas déterminé si ces trois personnes représentaient les véritables maîtres de l'ouvrage, le cas échéant organisés sous la forme d'une société simple, sachant que le contrat d'entreprise avait été formellement conclu par une société anonyme tierce, soit D._ SA. Il n'est de toute manière pas parvenu à établir les motifs des versements effectués en leur faveur, ni la manière dont leurs montants avaient été fixés, de sorte qu'il n'a pas discerné en quoi de tels versements auraient pu entretenir un lien direct avec la construction commandée à la recourante. En l'absence d'un tel lien, le Tribunal administratif fédéral a retenu que ces versements ne constituaient en aucun cas des réductions de la contre-prestation reçue par la recourante au sens de l'art. 41 al. 1 LTVA.
5.6. On ne voit pas que le raisonnement suivi dans l'arrêt attaqué, tel qu'il vient d'être présenté, violerait le droit fédéral. Sans connaître la justification et la finalité exactes des notes de crédit émises par la recourante, il est impossible de considérer qu'elles se trouveraient dans un lien direct avec la construction de l'immeuble de Carouge et, partant, qu'elles auraient diminué la contre-prestation obtenue par l'intéressée pour la réalisation de cet ouvrage en application de l'art. 41 al. 1 LTVA. Le simple fait que ces notes de crédit aient donné lieu à divers versements en faveur des personnes ayant prétendument commandé et financé l'immeuble sous la forme d'une société simple ne suffit pas à démontrer un tel lien, quoi que répète la recourante dans son mémoire. Comme le relève l'AFC dans sa réponse, il est tout à fait envisageable que de tels versements aient servi à rétribuer des prestations effectués sur ou en dehors dudit chantier par les récipiendaires, qui étaient alors tous actifs d'une manière ou d'une autre dans l'immobilier, ou qu'ils aient représenté des dividendes dissimulés en faveur de ces mêmes personnes, sachant qu'elles étaient toutes actionnaires de sociétés impliquées dans le projet de Carouge (et notamment de la recourante). Il incombait à la recourante, en tant qu'entreprise prestataire assujettie à la TVA, de démontrer le contraire et d'apporter les éléments permettant de déterminer la véritable raison des versements qu'elle a opérés. Elle doit supporter les conséquences de cette absence de preuve, laquelle empêche d'admettre l'existence d'un rapport direct entre les notes de crédit et sa prestation d'entreprise générale et, partant, toute réduction de la contre-prestation obtenue pour ce travail en application de l'art. 41 al. 1 LTVA.
5.7. La recourante ne prétend nullement que le Tribunal administratif fédéral serait tombé dans l'arbitraire en constatant qu'il était impossible d'établir la justification et la finalité exacts des versements opérés sur la base du dossier. Elle affirme tout au plus de manière lapidaire, à la toute fin de son mémoire et dans sa réplique, que les versements qu'elle aurait effectués sur la base des notes de crédits auraient servi à compenser certains travaux directement assumés par le maître d'ouvrage. Elle renvoie ce faisant à une écriture déposée devant l'instance inférieure où elle déclare plus précisément que le maître d'ouvrage aurait payé lui-même une partie des sous-traitants engagés par l'architecte du chantier, lequel se trouvait sous la responsabilité de la recourante selon le contrat d'entreprise (cf. art. 105 al. 2 LTF). Cette allégation n'est toutefois pas propre à conduire à l'admission du recours. Elle est tout d'abord contredite par les faits constatés dans l'arrêt attaqué: le Tribunal administratif fédéral a expressément retenu, d'une manière qui lie la Cour de céans (cf. art. 105 al. 1 LTF), que les notes de crédits avaient été imputés sur des acomptes qui ne se rapportaient pas - pour leur majeure partie - à des travaux devant être exécutés par des tiers selon le devis. A cela s'ajoute que le paiement de sous-traitants par le maître d'ouvrage ne justifierait en principe aucune réduction de la contre-prestation reçue par la recourante pour la construction d'un immeuble "clef en mains". D'un point de vue fiscal, de tels paiements devraient être considérés comme des avantages patrimoniaux accordées à l'entreprise générale en contrepartie de la livraison de l'ouvrage et s'additionnant à son prix final, dans la mesure où ils auraient eu pour effet d'éteindre des dettes que l'entreprise aurait normalement dû régler elle-même d'après le contrat (cf. supra consid. 5.2). Sous cet angle, la valeur globale des contre-prestations reçues par l'intéressée pour la construction de l'immeuble se révélerait la même que celle retenue par les instances précédentes.
5.8. Il s'ensuit que les instances précédentes n'ont pas violé le droit fédéral en refusant de tenir compte du montant de 3'868'000 fr. versé par la recourante à F._, C._ et G._ pour fixer la correction de TVA due par l'intéressée s'agissant de la période 2011 à 2014.
6.
Partant, le recours doit être rejeté. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 1er novembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Jeannerat