Sachverhalt:
A.
Mit Urteil vom 21. November 2016 sprach das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt B._ unter anderem der mehrfachen qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung (in Bereicherungsabsicht) für schuldig. Wegen des gleichen Tatbestands verurteilt wurden auch zwei weitere Beschuldigte. Das Strafgericht verurteilte die drei Beschuldigten solidarisch zur Bezahlung diverser Schadenersatzzahlungen. Weiter entschied es, die zugesprochenen Schadenersatzzahlungen würden in Anwendung von Art. 73 Abs. 1 StGB aus den sichergestellten Vermögenswerten der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 1 C._ AG (Konto bei der D._ AG; Betrag von Fr. 740'000.--) und der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 2 E._ AG (Konto bei der Bank F._ AG; Betrag von Fr. 3'910'000.--) beglichen. Der Saldo der darüber hinaus beschlagnahmten Vermögenswerte der C._ AG und der E._ AG werde, nach Rückstellung der voraussichtlich noch offenen Forderung der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt gegenüber der Verfahrensbeteiligten Dritten Nr. 3 A._ AG betreffend Handänderungssteuer, in Anwendung von Art. 70 Abs. 1 und Art. 71 Abs. 1 StGB sowie Art. 33 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland vom 16. Dezember 1983 (BewG; SR 211.412.41) eingezogen.
In Bezug auf die Vermögenseinziehung erwog das Strafgericht unter anderem, die C._ AG und die E._ AG gehörten der A._ AG, welche ihrerseits von den drei Beschuldigten geführt und / oder kontrolliert werde. Die drei Beschuldigten hätten sich mehrfach der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht. Gegeben sei auch der kausale Zusammenhang zwischen Anlasstat und einzuziehendem Vermögen (eingehend: Urteil des Strafgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 21. November 2016, S. 164 ff.).
Die drei Beschuldigten wie auch die drei Verfahrensbeteiligten Dritten meldeten beim Appellationsgericht Basel-Stadt Berufung an.
B.
Mit Gesuch an das Appellationsgericht Basel-Stadt vom 11. Juli 2018 und Ergänzung vom 7. August 2018 ersuchte der Rechtsvertreter der drei Verfahrensbeteiligten Dritten um Reduktion der Kontosperre auf dem Konto bei der Bank F._ AG, lautend auf E._ AG, um Fr. 353'619.80.
Mit Verfügung vom 15. November 2018 erwog der Präsident des Appellationsgerichts Basel-Stadt, da die sichergestellten Vermögenswerte vom Strafgericht mit Urteil vom 21. November 2016 einerseits in Anwendung von Art. 73 Abs. 1 StGB den Geschädigten als Schadenersatz zugesprochen und, soweit zur Schadensdeckung nicht erforderlich, eingezogen worden seien, andererseits aber die laufenden Verpflichtungen der betroffenen Gesellschaften zuerfüllen seien, wobei das Vermögen zu erhalten und der Aufwand auf das absolut Erforderliche zu beschränken sei, werde verfügt, was folgt:
1. Folgende Positionen rechtfertigen zum derzeitigen Zeitpunkt eine Freigabe:
a) Pauschalbudget Verwaltung 2. Semester 2018 Fr. 4'000.--
b) Mieten 2. Semester 2018 Fr 5'346.--
c) Kosten Generalversammlung 2018 Fr 3'000.--
d) Kosten Revision 2017/2018 Fr 6'500.--
e) VR-Honorar 2018/2019 Fr. 6'000.--
f) Steuern E._ AG 2016 Fr. 263'744.45
g) Rechtsvertretungskosten im Umfang von Fr. 3'616.95
2. Die Kontosperre auf Konto [...] bei der Bank F._ AG, lautend auf E._ AG, wird demgemäss um den Betrag von Fr. 292'207.40 reduziert.
3. Das Gesuch um Zusprechung von Rechtskosten für das Strafverfahren in Basel im Umfang von Fr. 62'616.80 wird abgewiesen.
Zur Begründung führte der Präsident des Appellationsgerichts aus, Miete, Generalversammlungs-, Revisions- und Verwaltungsrats-Kosten sowie die Pauschale von Fr. 4'000.-- seien dem Grundsatz nach geschäftsmässig begründet, wenn auch zum Teil für eine im Wesentlichen inaktive Gesellschaft im oberen Bereich angesiedelt. Die Rechtsvertretungskosten, die im Zusammenhang mit den Steuern erwachsen seien, dienten unmittelbar der Gesellschaft und damit zumindest mittelbar auch den Geschädigten. Anders verhalte es sich mit den Rechtsvertretungskosten im Strafverfahren. Die entsprechenden Bemühungen lägen ausschliesslich im Interesse der Beschuldigten, die ihrerseits bereits verteidigt seien. Der Kostenentscheid im Strafverfahren sei ferner dem Gesamtberufungsgericht vorbehalten und solle nicht durch eine Freigabeverfügung des Instruktionsrichters präjudiziert werden.
C.
Mit Eingabe vom 19. Dezember 2018 führt die A._ AG Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung des Präsidenten des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 15. November 2018 insoweit aufzuheben, als die Reduktion der Kontosperre im Umfang von Fr. 62'616.90 (eventualiter im Umfang von Fr. 50'538.02) für die Bezahlung der Rechtskosten für das Strafverfahren (Berufungsverfahren) abgewiesen worden sei.
Der Präsident des Appellationsgerichts Basel-Stadt beantragt mit Stellungnahme vom 3. Januar 2019, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Eingabe vom 8. Februar 2019 an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein Entscheid des Appellationsgerichts, mit welchem dieses die Beschwerde in Zusammenhang mit einer Kontosperre teilweise abgewiesen hat. Es handelt sich dabei um einen Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Er schliesst das Strafverfahren nicht ab, ist mithin ein Zwischenentscheid. Als solcher ist er nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken kann.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe ihr durch die Nichtfreigabe der geltend gemachten Rechtsvertretungskosten den wirksamen Rechtsschutz gegen die Beschlagnahme verwehrt. Die gerügte Verweigerung eines ausreichenden Rechtsschutzes gegenüber einer von einer strafprozessualen Zwangsmassnahme betroffenen (juristischen) Person begründet nach der Praxis des Bundesgerichts grundsätzlich einen drohenden nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG (vgl. Urteil 1B_410/2015 vom 14. Juli 2016 E. 1.3 mit Hinweisen).
2.
2.1. Im erstinstanzlichen Urteil vom 21. November 2016 wurde die Einziehung der beschlagnahmten Vermögenswerte angeordnet (vgl. im Einzelnen Sachverhalt lit. A. hiervor). Das Berufungsverfahren ist noch hängig und eine Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils fällt in Betracht. Bei dieser Sachlage rechtfertigt sich die grundsätzliche Aufrechterhaltung der Kontosperre, was von der Beschwerdeführerin auch nicht substanziiert in Frage gestellt wird (vgl. insoweit auch Urteil 1C_798/2013 vom 12. November 2013 E. 4).
2.2. Durch Verfahrenshandlungen beschwerten und in ihren Rechten unmittelbar betroffenen Dritten stehen (als sogenannten "anderen Verfahrensbeteiligten", Art. 105 Abs. 1 lit. f StPO) die zur Wahrung ihrer Interessen erforderlichen Verfahrensrechte einer Partei zu (Art. 105 Abs. 2 StPO). Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör; sie haben namentlich das Recht, einen Rechtsbeistand beizuziehen (Art. 107 Abs. 1 lit. c StPO). Die beschuldigte Person, die Privatklägerschaft und die anderen Verfahrensbeteiligten können zur Wahrung ihrer Interessen einen Rechtsbeistand bestellen (Art. 127 Abs. 1 StPO; vgl. auch Urteil 1B_410/2015 vom 14. Juli 2016 E. 4.5).
2.3. Die Beschwerdeführerin erachtet diese StPO-Bestimmungen als verletzt. Weiter macht sie in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 9 BV (Willkür) geltend.
Sie führt aus, indem die Vorinstanz die Reduktion der Kontosperre im Umfang von Fr. 62'616.80 zur Bezahlung der Rechtskosten im Strafverfahren (Berufungsverfahren) ablehne, missachte sie ihren Anspruch auf rechtsgenügende Vertretung. Entgegen der unhaltbaren Auffassung der Vorinstanz nehme sie ganz offensichtlich ihre eigenen Rechte wahr und nicht jene der Beschuldigten.
2.4. In ihrer Vernehmlassung im bundesgerichtlichen Verfahren vom 3. Januar 2019 hält die Vorinstanz demgegenüber fest, der vom Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin betriebene Aufwand erscheine übersetzt und liege primär im Interesse der bereits separat anwaltlich vertretenen Beschuldigten und nicht in jenem der gemäss erstinstanzlichem Urteil geschädigten "Aktionäre".
2.5. Die Beschwerdeführerin ist formell eine durch eine Verfahrenshandlung beschwerte Dritte und folglich andere Verfahrensbeteiligte (Art. 105 Abs. 1 lit. f StPO). Sie ist durch die Beschlagnahme in ihren Rechten unmittelbar betroffen, weshalb ihr die zur Wahrung ihrer Interessen erforderlichen Verfahrensrechte einer Partei zustehen (Art. 105 Abs. 2 StPO). Sie hat daher insbesondere das Recht, einen Rechtsbeistand beizuziehen (Art. 107 Abs. 1 lit. c StPO und Art. 127 Abs. 1 StPO). Soweit sie sich gegen die Beschlagnahme zur Wehr setzt, wahrt sie eigene Interessen und nicht ausschliesslich oder primär jene der Beschuldigten.
Nach den Akten wurden sämtliche Vermögenswerte der Beschwerdeführerin beschlagnahmt. Die Möglichkeit, ihre rechtlichen Interessen in Zusammenhang mit der Aufrechterhaltung der Kontosperre wahrzunehmen, kann der Beschwerdeführerin grundsätzlich nur gegeben werden, wenn der insoweit notwendige Betrag ab dem gesperrten Konto freigegeben wird. Wollte man anders entscheiden, wäre der Anspruch der Beschwerdeführerin auf den Rechtsweg (Art. 29a BV) nicht gewährleistet. Dieser fordert einen wirksamen Rechtsschutz. Ebenso wenig wäre der Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) gewahrt (Urteil 1A.183/2006 vom 1. Februar 2007 E. 2.4, in: Pra 2007 Nr. 98 S. 652 mit Hinweisen). Zugleich wären Art. 107 Abs. 1 lit. c StPO und Art. 127 Abs. 1 StPO verletzt.
Aus dem Verhältnismässigkeitsgebot und dem bundesrechtlichen Anspruch auf wirksamen Rechtsschutz und private Rechtsvertretung (eigener Wahl) ergibt sich im vorliegenden Fall, dass die Kontosperre insoweit zusätzlich teilweise aufzuheben ist, dass die von der Beschlagnahme direkt betroffene Beschwerdeführerin als andere Verfahrensbeteiligte den Rechtsweg wirksam beschreiten und eine private Rechtsvertretung aus ihren Mitteln mandatieren kann (vgl. Urteil 1B_410/2015 vom 14. Juli 2016 E. 4.6).
2.6. Eine andere Frage ist, ob die von der Beschwerdeführerin in Rechnung gestellten Beträge der Höhe nach gerechtfertigt oder ob sie übersetzt sind (vgl. insoweit die Vernehmlassung der Vorinstanz in E. 2.4 hiervor). Dies zu überprüfen, ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts. Die Sache ist insoweit an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird nach dem Gesagten davon auszugehen haben, dass - soweit gerechtfertigt und der Höhe nach angemessen - auch die Beträge für die Aufwendungen im Zusammenhang mit dem Strafverfahren (Berufungsverfahren) grundsätzlich freizugeben sind (vgl. Urteil 1A.183/2006 vom 1. Februar 2007 E. 2.5, in: Pra 2007 Nr. 98 S. 652 mit Hinweisen).
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, Ziffer 3 der angefochtenen Verfügung vom 15. November 2018 aufzuheben und die Sache insoweit im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Gerichtskosten sind nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der im bundesgerichtlichen Verfahren nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG; vgl. auch Urteil 1B_410/2015 vom 14. Juli 2016 E. 5).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, Ziffer 3 der angefochtenen Verfügung des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt, Präsident, vom 15. November 2018 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Präsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Stohner