Faits :
A.
A.a. Inscrite au Registre du commerce du canton de Genève, A._ SA (ci-après: A._ ou la société) est une société anonyme dont le but est "toutes prestations médicales au chevet du patient", 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7. Au bénéfice d'une autorisation d'exploiter un établissement médical, A._ s'est vu délivrer de la part de l'association d'assureurs-maladie santésuisse un code (n° RCC xxx) au registre du code-créanciers (RCC), géré par Sasis SA. Le médecin répondant de A._ est le docteur B._, qui est également administrateur-président de la société.
En janvier 2004, la société a repris les actifs et passifs de C._ SA, qui avait pour but notamment la mise à disposition d'infrastructures administratives et scientifiques pour les professions médicales et paramédicales. Sous la dénomination D._, cette structure continue à fournir des prestations médicales et dispose de son propre code RCC (n° RCC yyy).
Entre juin 2006 et juillet 2017, la Direction générale de la santé du canton de Genève (ci-après: DGS) a autorisé différents médecins travaillant pour A._ à exercer la profession de médecin à titre indépendant ou à titre dépendant sous leur propre responsabilité dans le canton de Genève. Cette autorisation a été limitée en ce sens que les médecins n'étaient pas admis à prodiguer des soins à la charge de l'assurance-maladie obligatoire dans le cadre de l'exercice de leur profession à titre indépendant ou à titre dépendant sous leur propre responsabilité; référence était faite dans les arrêtés respectifs de la DGS à la législation sur la limitation de l'admission des fournisseurs de prestations à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire.
A.b. Le 24 février 2017, le Médecin cantonal genevois a informé les institutions de santé du canton de Genève de la prolongation du moratoire sur la délivrance des autorisations de pratique à charge de l'assurance-maladie obligatoire pour une nouvelle période de trois ans à partir du 1er juillet 2016. Il a précisé que la limitation s'appliquait tant aux cabinets médicaux qu'aux institutions de santé délivrant des prestations ambulatoires et que les médecins n'ayant pas obtenu d'autorisation de pratiquer à la charge de l'assurance-maladie recevaient un arrêté leur signifiant cette non-autorisation, dont une copie était adressée aux assurances. Ces médecins ne pouvaient pas facturer des prestations ambulatoires à la charge de l'assurance obligatoire des soins, ni sous leur propre identité, ni sous celle d'un médecin répondant d'une institution, d'un autre médecin ou du code créancier d'une institution; toute infraction à la loi était susceptible d'être poursuivie par les assureurs-maladie. En outre, le Médecin cantonal demandait aux institutions de santé du canton de lui adresser une liste des médecins qu'elles employaient, afin de mettre à jour le registre des médecins au bénéfice d'une autorisation de facturer à charge de l'assurance-maladie obligatoire et pratiquant auprès d'elles.
Le 9 mai 2018, le Médecin cantonal a transmis à santésuisse la liste de médecins non autorisés à facturer à la charge de la LAMal qui travaillaient dans les institutions de santé. Le 5 juin suivant, Helsana Assurances SA (ci-après: Helsana) a indiqué à A._ que des irrégularités en termes d'autorisation de pratiquer au sein du service médical d'urgence de celle-ci avaient été portées à sa connaissance. Elle lui demandait de lui communiquer la liste de médecins ayant, respectivement n'ayant pas l'autorisation de facturer des prestations sous le n° RCC xxx pour la période courant à partir du 1er janvier 2013; elle suspendait provisoirement la facturation émanant dudit numéro. Il s'en est suivi un échange de correspondance entre A._ et Helsana, ainsi qu'avec le Président du Conseil d'Etat genevois et le Conseiller d'Etat en charge du Département genevois de l'emploi et de la santé (ci-après: DES), respectivement interpellé par la société (courrier du 10 août 2018) et l'assureur-maladie (courrier du 23 août 2018) en vue de clarifier si les médecins concernés de la société avaient le droit de facturer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire sous le n° RCC de A._.
B.
Saisie le 23 août 2018 d'une requête en conciliation présentée par Helsana et Progrès Assurances SA (ci-après: Progrès) concernant une action en paiement contre A._, la Présidente du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève a suspendu la procédure jusqu'à "décision connue du Conseil d'Etat dans le cadre de la requête du 23 août 2018 des demanderesses" (ordonnance du 5 septembre 2018). Une fois connue la réponse du Chef du DES (courrier du 1er octobre 2018), la procédure a été reprise et une conciliation entre les parties tentée sans succès. Les assureurs-maladie ont conclu à ce que A._ soit condamnée à leur rembourser un montant total de 2'342'322 fr., avec intérêts à 5 % l'an à partir du 30 août 2019 sur 2'307'119 fr. et dès "réception de la présente par la partie défenderesse sur le solde" (soit 2'061'782 fr. à Helsana et 174'710 fr. à Progrès). A._ a conclu au rejet de la demande et, à titre reconventionnel, à ce que Helsana et Progrès soient condamnées à lui verser "l'entier des montants dus au titre de l'exécution conforme de ses obligations d'assureur-maladie", avec intérêts à 5 % dès la date d'exigibilité des sommes correspondantes.
Par jugement du 3 juillet 2019, le Tribunal arbitral a partiellement admis la demande principale (ch. 2 du dispositif) et condamné A._ au paiement de 1'952'132 fr. à Helsana et Progrès, prises conjointement et solidairement, sous réserve de la compensation avec les prestations dues par les deux assureurs-maladie à la société (ch. 3 du dispositif). Il a également admis partiellement la demande reconventionelle, dans la mesure où elle était recevable (ch. 4 du dispositif); elle a condamné Helsana et Progrès à rembourser à A._, "aux conditions de la LAMal, les honoraires relatifs aux prestations fournies par les Drs E._ et F._ depuis juin 2018 dans le cadre de leurs activités pour la défenderesse, sous réserve de la compensation" (ch. 5 du dispositif). Il a mis les frais de la procédure et un émolument de justice, pour un total de 5600 fr., à la charge de A._ à concurrence de 4704 fr. et des assureurs-maladie, pris conjointement et solidairement, à concurrence de 896 fr. (ch. 6 du dispositif).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler les ch. 2, 3 et 6 du dispositif de l'arrêt du Tribunal arbitral du 3 juillet 2019 et de débouter Helsana et Progrès de toutes leurs conclusions. A titre subsidiaire, la société conclut au renvoi de la cause au Tribunal arbitral dans le sens des considérants.
Helsana et Progrès concluent au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
A._ et les assureurs-maladie se sont encore exprimés sur leurs écritures respectives.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente. Eu égard toutefois à l'exigence de motivation qu'impose l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine d'ordinaire que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (ATF 141 V 234 consid. 1 p. 236). Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 143 V 9 consid. 2.3 p. 23 et les références).
2.
2.1. Le litige porte sur le bien-fondé de l'obligation de la recourante de restituer la somme de 1'952'132 fr. aux intimées, à titre de prestations prodiguées par les médecins de A._ non autorisés à facturer à la charge de la LAMal du 1er septembre 2013 au 25 juillet 2018, sous réserve de la compensation avec les prestations qui sont dues par celles-ci à la société (à titre de prestations fournies depuis le mois de juin 2018 par les docteurs E._ et F._, médecins ayant travaillé au service de la société).
2.2. La juridiction arbitrale a fondé l'obligation de paiement sur l'art. 56 LAMal qui prévoit la restitution à raison d'un traitement non économique et est applicable par analogie à d'autres situations où des prestations de l'assurance-maladie obligatoire ont été touchées de manière indue (arrêt 9C_258/2010 du 30 novembre 2011 consid. 5.4 et la référence; EUGSTER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum KVG, 2e éd. 2018, n° 28 ad art. 56 LAMal). Le jugement entrepris expose la teneur de cette disposition, ainsi que celle de l'art. 25 al. 2 LPGA sur le délai de péremption de la demande en restitution de prestations indûment touchées. Il suffit d'y renvoyer, en précisant que sont applicables à cet égard les dispositions légales en vigueur pendant la période du 1er septembre 2013 au 25 juillet 2018 durant laquelle les prestations litigieuses ont été facturées aux intimées et prises en charge par celles-ci (cf. ATF 132 V 215 consid. 3.1.1 p. 220).
3.
3.1. En ce qui concerne tout d'abord le caractère indû des prestations, le Tribunal arbitral a retenu que les prestations effectuées par les médecins en cause de la recourante n'étaient pas à la charge de l'assurance obligatoire des soins. Les praticiens n'étaient pas au bénéfice d'une autorisation de facturer à la charge de la LAMal, alors qu'une telle autorisation était expressément requise pour les médecins ayant obtenu l'autorisation de pratiquer leur profession pendant le moratoire au sens de l'art. 55a LAMal, introduit à nouveau à partir du 1er juillet 2013. Il résultait en effet de la législation fédérale qu'à partir de cette date, les médecins devaient obtenir, outre l'autorisation de pratiquer leur profession, une autorisation pour facturer à la charge de l'assurance obligatoire des soins, sauf exception prévue par la loi. La première autorisation relevait de la police sanitaire et avait pour but de garantir que seules les personnes qui ne mettaient pas en danger la santé publique travaillaient pour l'assurance obligatoire des soins. La seconde autorisation, régie par le droit des assurances sociales, visait à maîtriser les coûts de la santé. A cet égard, il n'y avait pas lieu de faire une distinction entre le fait de prodiguer des soins à la charge de l'assurance-maladie obligatoire dans le cadre de l'exercice de la profession de médecin à titre indépendant ou à titre dépendant, sous sa propre responsabilité ou sous la responsabilité d'un médecin tiers; une telle distinction n'était prévue ni par l'art. 55a LAMal, ni par l'art. 3 du règlement du Conseil d'Etat genevois du 16 avril 2014 d'application de l'ordonnance fédérale sur la limitation de l'admission des fournisseurs de prestations à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire (RaOLAF; RSG J 3 05.50).
3.2. La recourante se plaint d'une violation des art. 55a et 56 LAMal, de l'art. 1 de l'ordonnance du 3 juillet 2013 sur la limitation de l'admission des fournisseurs de prestations à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire (OLAF; RS 832.103), des art. 5 al. 3 et 9 Cst., ainsi que de l'art. 9 Cst. en relation avec les art. 3 et 5 du RaOLAF. Elle reproche au Tribunal arbitral d'avoir admis que les arrêtés délivrés aux médecins qu'elle employait n'autorisaient pas ceux-ci à prodiguer des soins à charge de l'assurance-maladie de base dans le cadre de leur activité pour elle. Le tribunal aurait manqué à ce sujet d'effectuer une "analyse d'interprétation" et une "interprétation sous l'angle du principe de confiance", alors qu'il lui aurait incombé d'examiner et d'interpréter les arrêtés en cause "selon le sens que le destinataire peut et doit lui attribuer de bonne foi, en fonction de l'ensemble des circonstances". L'unique interprétation conforme au principe de la bonne foi des actes en question est, selon la recourante, que la mise en oeuvre de la limitation prévue par l'art. 55a LAMal dans le canton de Genève a conduit, dans le cas des médecins concernés ayant travaillé pour elle, à ce que ceux-ci fussent autorisés à facturer à la charge de la LAMal "dans le cadre des activités non mentionnées [dans les arrêtés]" (à savoir l'activité de médecin exerçant sous la responsabilité du médecin répondant de l'institution de soins pour laquelle l'autorisation était sollicitée [en l'occurrence A._]). Pour la recourante, en plus de violer les art. 5 al. 3 et 9 Cst., l'interprétation contraire au principe de la confiance du Tribunal arbitral relèverait d'une interprétation arbitraire des art. 3 et 5 RaOLAF, le texte du droit cantonal ne permettant pas de conclure que l'autorité cantonale ne pouvait pas "choisir de délivrer des arrêtés précisant exactement pour quelles activités le médecin n'était pas autorisé à facturer à charge de l'assurance-maladie obligatoire". Une telle interprétation aboutirait dans son résultat à mettre à néant l'autonomie cantonale reconnue par la législation fédérale.
4.
4.1. En vertu des art. 35 al. 1 LAMal, les fournisseurs de prestations qui remplissent les conditions des art. 36 à 40 sont admis à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins. Au nombre de ceux-ci figurent en particulier les médecins (art. 35 al. 2 let. a LAMal) et les institutions de soins ambulatoires dispensés par des médecins (art. 35 al. 2 let. n LAMal). Conformément à l'art. 36a LAMal, ces institutions sont admises lorsque les médecins qui dispensent les soins ambulatoires remplissent les conditions fixées à l'art. 36 LAMal. Aux termes de l'al. 1 de cette disposition, les médecins titulaires du diplôme fédéral et d'une formation postgraduée reconnue par le Conseil fédéral sont admis. L'art. 38 OAMal définit quelle formation postgrade est exigée, tandis que l'art. 39 al. 1 OAMal (en relation avec l'art. 36 al. 2 LAMal) précise quels certificats scientifiques étrangers sont reconnus comme équivalents.
L'art. 36a LAMal règle seulement l'admission des institutions de soins en tant que fournisseur de prestations sous l'angle du droit de l'assurance-maladie. Les conditions d'autorisation à pratiquer du droit de la santé publique sont du ressort des cantons et prévues par la législation sanitaire cantonale (arrêt 2P.231/2006 du 10 janvier 2007 consid. 5.4).
4.2. Afin d'empêcher l'augmentation du nombre des fournisseurs de prestations et la hausse des coûts de la santé qui y est liée, le législateur a adopté l'art. 55a LAMal (initialement entré en vigueur le 1er janvier 2001 [RO 2000 2305]), prévu pour une durée de trois ans, puis prolongé jusqu'au 31 décembre 2011, modifié à plusieurs reprises [RO 2005 2353, 2008 3165 et 2009 5339] et réintroduit au 1er juillet 2013; cf. sur la réintroduction en particulier, arrêt du Tribunal administratif fédéral C-3592/2018 du 11 décembre 2018 consid. 5.4 et 7.3; ALEXANDER DUSS, in Basler Kommentar, Krankenversicherungsgesetz und Krankenversicherungsaufsichtsgesetz, 2020, n° 3 ad art. 55a LAMal). Dans sa teneur en vigueur du 1er juillet 2013 au 30 juin 2016 (RO 2013 2065) qui correspond à celle en vigueur du 1er juillet 2016 au 30 juin 2019 (RO 2016 2265), cette disposition prévoit que :
"1 Le Conseil fédéral peut faire dépendre de l'établissement de la preuve d'un besoin l'admission des personnes suivantes à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins:
a. les médecins visés à l'art. 36, qu'ils exercent une activité dépendante ou indépendante;
b. les médecins qui exercent au sein d'une institution au sens de l'art. 36a ou dans le domaine ambulatoire d'un hôpital au sens de l'art. 39.
(...)
3 Le Conseil fédéral fixe les critères permettant d'établir la preuve du besoin après avoir consulté les cantons, les fédérations de fournisseurs de prestations, les fédérations des assureurs et les associations de patients.
4 Les cantons désignent les personnes visées à l'al. 1. Ils peuvent assortir leur admission de conditions.
(...) "
Selon les dispositions transitoires relatives à la modification de la LAMal du 21 juin 2013 (Réintroduction temporaire de l'admission selon le besoin), les médecins qui ont été admis en vertu de l'art. 36 et ont pratiqué dans leur propre cabinet à la charge de l'assurance obligatoire des soins avant l'entrée en vigueur de la modification du 21 juin 2013 ne sont pas soumis à la preuve du besoin (al. 1). Les médecins qui ont exercé au sein d'une institution au sens de l'art. 36a ou dans le domaine ambulatoire d'un hôpital au sens de l'art. 39 avant l'entrée en vigueur de la modification du 21 juin 2013 ne sont pas soumis à la preuve du besoin s'ils continuent d'exercer au sein de la même institution ou dans le domaine ambulatoire du même hôpital (al. 2).
Les dispositions transitoires de la modification du 17 juin 2016 (Prolongation de la limitation de l'admission à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie) sont identiques (sous réserve d'une adaptation relative à la date de la modification).
Faisant usage de la compétence prévue par l'art. 55a al. 1 et 3 LAMal, le Conseil fédéral a édicté l'OLAF, dont l'art. 1 al. 1, dans sa version en vigueur à partir du 1er juillet 2013, prévoit que les médecins visés à l'art. 36 LAMal et les médecins qui exercent au sein des institutions au sens de l'art. 36a LAMal ne sont admis à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins que si le nombre maximum fixé dans l'annexe 1 pour le canton et le domaine de spécialité concernés n'est pas atteint. Selon l'art. 1 al. 2 OLAF, les personnes visées notamment dans les dispositions transitoires de la modification du 21 juin 2013 (respectivement du 17 juin 2016 [version en vigueur du 1er juillet 2016 au 30 juin 2019]) ne sont pas soumises à la limitation prévue à l'al. 1.
4.3. Dans le canton de Genève, le RaOLAF, entré en vigueur au 23 avril 2014, a pour objet de mettre en oeuvre la limitation de l'admission des fournisseurs de prestations à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins au sens de l'art. 55a LAMal et de l'ordonnance y relative (art. 1 RaOLAF). En vertu de l'art. 2 RaOLAF, la Direction générale de la santé a été chargée de l'exécution de l'ordonnance fédérale, sous réserve d'une attribution de compétences à une autre instance.
Selon l'art. 3 RaOLAF, les fournisseurs de prestations visés par la limitation de l'admission sont les médecins au bénéfice d'un titre postgrade fédéral ou jugé équivalent au sens de l'article 36 de la loi fédérale qui exercent dans un cabinet une activité dépendante ou indépendante, au sein d'une institution au sens de l'article 36a de la loi fédérale, ou dans le domaine ambulatoire d'un hôpital au sens de l'article 39 de la loi fédérale.
En vertu de l'art. 5 al. 2 RaOLAF, une admission à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins ne peut être délivrée que si le nombre maximum de médecins par domaine de spécialité, fixé par l'annexe 1 de l'ordonnance fédérale, n'est pas atteint. Selon l'al. 2 de la disposition, en fonction des besoins en soins de la population, la direction générale a la possibilité de délivrer des admissions supplémentaires à pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins. La commission quadripartite consultative peut, à cet égard, émettre des préavis.
L'art. 18 RaOLAF (" Dispositions transitoires") règle des situations de droit transitoire, qui ne sont pas invoquées ni partant en cause en procédure fédérale.
4.4.
4.4.1. En relation avec son argumentation relative à l'interprétation des arrêtés de la DGS prononcés à l'égard des médecins concernés, la société se réfère pour l'essentiel à la teneur des décisions qui ont été rendues postérieurement au 1er juillet 2013. Le dispositif de ces arrêtés est formulé de la manière suivante:
"A R R Ê T E:
Madame A., née le xx.yy.zz, est autorisée à exercer la profession de médecin à titre indépendant ou à titre dépendant sous sa propre responsabilité, en qualité de médecin praticien, dans le canton de Genève, conformément aux lois, règlements et instructions relatifs à cette profession.
Cette autorisation ne concerne pas l'admission à prodiguer des soins à la charge de l'assurance-maladie obligatoire ou pas, dont la décision fait l'objet d'un autre arrêté départemental.
[compétence de la DGS pour authentifier le document; émolument]" (exemple daté du 20 juin 2014).
Le dispositif de cet autre arrêté départemental, daté du même jour que l'autorisation d'exercer la profession pour chacun des médecins encore concernés dans la procédure fédérale, a la teneur suivante:
"A R R Ê T E:
Madame X., née le xx.yy.zz, n'est pas admise à prodiguer des soins à la charge de l'assurance-maladie obligatoire dans le cadre de l'exercice de la profession de médecin à titre indépendant ou à titre dépendant sous sa propre responsabilité, en qualité de médecin praticien, dans le canton de Genève, conformément aux lois, règlements et instructions relatifs à cette profession.
[indication des voies de droit; absence d'émolument]" (exemple daté du 20 juin 2014).
4.4.2. Le contenu et la portée d'une décision administrative ressortent en premier lieu de son dispositif. Lorsque celui-ci n'est pas clair, incomplet, équivoque ou contradictoire, l'insécurité doit être levée par une interprétation, en se référant à la motivation de la décision. Comme la décision doit être conforme à la loi et au principe de l'égalité de traitement, il convient aussi de prendre en considération, pour son interprétation, quelle solution est conforme à la loi et correspond aux critères sur lesquels se fonde habituellement l'autorité. Il s'agit de dégager le sens véritable de la décision, conformément à sa signification juridique concrète, en s'écartant au besoin du sens littéral (ATF 120 V 496 consid. 1a p. 497 et la référence). Le principe de la confiance limite toutefois cette interprétation: une décision doit être comprise dans le sens que son destinataire pouvait et devait lui attribuer selon les règles de la bonne foi, compte tenu de l'ensemble des circonstances qu'il connaissait ou qu'il aurait dû connaître (ATF 121 III 118 consid. 4b/aa p. 123; 118 Ia 294 consid. 2a p. 297; 115 II 415 consid. 3a p. 421; arrêts 1A.42/2006 du 6 juin 2006 consid. 2.3; 2A.471/2002 du 6 décembre 2002 consid. 3.1).
5.
5.1. A la lecture des arrêtés en cause, on constate à l'instar du Tribunal arbitral que le premier concerne l'autorisation de pratiquer la profession de médecin dans le canton de Genève (réglée par les art. 74 ss de la Loi genevoise du 7 avril 2006 sur la santé [LS; RSG K 1 03]), tandis que le second a pour objet l'admission à fournir, ou plus précisément la limitation de fournir, des prestations à la charge de l'assurance-maladie obligatoire au sens de l'art. 55a LAMal et du droit cantonal d'exécution.
Selon la seconde décision (réservée par la première), le droit de pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins (au sens de l'art. 35 al. 1 LAMal) n'est pas admis "dans le cadre de l'exercice de la profession de médecin à titre indépendant ou à titre dépendant sous sa propre responsabilité, en qualité de médecin praticien, dans le canton de Genève", soit dans le cadre pour lequel le médecin a été autorisé à exercer son activité conformément au premier arrêté.
5.2. La recourante ne conteste pas que les médecins travaillant pour elles sont des "médecins qui exercent au sein d'une institution au sens de l'art. 36a [LAMal]", conformément à l'art. 55a al. 1 LAMal, et sont dès lors visés par la limitation prévue par cette disposition. Elle soutient en revanche qu'avec les arrêtés en cause, le canton de Genève a utilisé la marge de manoeuvre dont il disposait pour autoriser les médecins travaillant pour elle à facturer à charge de la LAMal "en qualité de médecin exerçant sous la responsabilité du médecin répondant d'une institution au sens de l'art. 36a LAMal", la limitation décidée par la DGS ne concernant que l'activité du médecin "sous sa propre responsabilité".
5.3. Les termes "sous sa propre responsabilité» utilisés par la DGS reprennent ceux qui sont prévus par la réglementation cantonale sur les professions de la santé, comme l'indique du reste la recourante en mentionnant expressément l'art. 72 LS (cf. aussi le courrier du Conseil d'Etat du 17 octobre 2018). Les normes de droit fédéral et cantonal sur la limitation de l'admission à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire invoquées par la recourante et exposées ci-avant (consid. 4.2 et 4.3 supra) ne comprennent pas des termes identiques.
5.3.1. Dans sa teneur initiale, entrée en vigueur le 1er septembre 2006, l'art. 72 LS prévoyait qu'"au sens de la présente loi, pratique à titre dépendant le professionnel de la santé qui oeuvre sous la responsabilité et la surveillance d'un autre professionnel autorisé de la même branche (al. 1). Dans le cadre de sa formation, le professionnel de la santé pratique à titre dépendant (al. 2). Le Conseil d'Etat fixe la durée de formation admise selon la profession et la spécialisation ainsi que le nombre de personnes en formation dont peut être responsable un professionnel autorisé, en distinguant la formation en pratique privée de celle en institution de santé. Il peut charger le département de régler le détail de cette matière (al. 3) ".
En ce qui concerne la distinction entre pratique indépendante et pratique dépendante, des précisions ont été apportées au cours des travaux préparatoires. Selon ceux-ci, en relation avec les professionnels de la santé en formation, considérés comme exerçant à titre dépendant, le fait qu'ils soient en formation démontre qu'ils n'ont pas la formation et l'expérience nécessaires pour fournir les soins que précisément, ils apprennent à fournir, d'où la nécessité d'exiger qu'ils travaillent à titre dépendant, à savoir sous la responsabilité et la surveillance d'un autre professionnel autorisé de la même branche. Les conditions d'octroi de l'autorisation de pratiquer, au bénéfice de laquelle doit être tout professionnel de la santé qui entend exercer sa profession à titre dépendant ou indépendant, répondent à un souci de protection des patients, mais aussi des professions de la santé, de telles exigences étant garantes de la confiance que le public doit pouvoir accorder aux professionnels de la santé (PL 9328, Projet du Conseil d'Etat déposé le 2 juillet 2004, Projet de loi sur la santé [K 1 03], Exposé des motifs, p. 92 s. ad art. 79, 81 et 82 du projet).
La législation genevoise retenait dès lors que les professionnels de la santé qui exerçaient sans surveillance et sous leur propre responsabilité étaient des professionnels de la santé indépendants, quels qu'aient pu être leurs rapports contractuels avec un éventuel employeur (cf. JEAN-FRANÇOIS DUMOULIN, in Loi sur les professions médicales [LPMéd], Commentaire, 2009, ad art. 34 n° 15).
5.3.2. L'art. 72 LS a été adapté avec effet au 25 novembre 2008, en raison de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les professions médicales universitaires (LPMéd; RS 811.11), le 1er septembre 2007. Selon l'art. 72 al. 1 LS, la présente loi s'applique aux trois catégories de professionnels de la santé suivantes: a) ceux qui exercent à titre indépendant; b) ceux qui exercent à titre dépendant sous leur propre responsabilité; c) ceux qui exercent à titre dépendant sous la responsabilité d'un professionnel de la santé cité aux lettres a ou b. Selon l'art. 72 al. 2 LS, les notions d'indépendance et de dépendance s'entendent au sens de la législation en matière d'assurances sociales.
L'adaptation a été justifiée par le fait que la LPMéd considérait la notion d'exercice à titre indépendant essentiellement sous un angle administratif et économique, indépendamment de la responsabilité "médicale" des actes, de sorte qu'il fallait "formuler différemment (art. 72) cette notion de responsabilité qui seule a un sens en matière de santé publique" (PL 10228, Projet du Conseil d'Etat déposé le 11 mars 2008, Exposé des motifs, p. 9). Les notions d'exercice à titre indépendant/dépendant contenues jusqu'alors dans la loi sur la santé se rattachaient à la responsabilité du professionnel, étant considéré comme indépendant celui qui pouvait exercer seul, sans la surveillance ou le contrôle d'un tiers et qui, de fait, devait répondre légalement de ses actes. Il convenait de reprendre l'approche de la LPMéd - dimension essentiellement économique, au sens de la législation applicable en matière d'assurance sociales, des notions d'indépendance et de dépendance -, même si en matière de responsabilité médicale, le fait d'être employé ou non s'avérait souvent peu pertinent. Pour cette raison, il était nécessaire de considérer trois catégories de professionnels "en combinant ces notions": les professionnels exerçant à titre indépendant, les professionnels exerçant à titre dépendant sous leur propre responsabilité et les professionnels exerçant à titre dépendant sous la responsabilité d'une personne visée par les deux catégories précédentes, comme par exemple le médecin en formation postgrade (Projet cité, p. 10 ad art. 72 du projet).
5.3.3. De manière générale, dans le contexte du droit de la santé et en relation avec l'exercice de la profession de médecin, l'expression "sous sa propre responsabilité" - telle que prévue par exemple à l'art. 72 LS, dans sa teneur en vigueur à partir du 25 novembre 2008 - vise les activités médicales exercées de manière indépendante du point de vue des compétences professionnelles. L'exercice libre - ou indépendant au sens de "fachlich selbstständige Ausübung" - de la profession médicale doit être réservé à une personne disposant des qualifications professionnelles nécessaires. Au moyen des exigences concernant la formation que doit avoir suivie le médecin pour exercer son art "sous sa propre responsabilité", prévues par la législation fédérale et cantonale, il s'agit de garantir qu'il dispose des qualifications et compétences professionnelles adéquates pour assurer la protection de l'intégrité et de la vie des patients. Pour ceux-ci, il est essentiel que le traitement médical soit fourni par une personne suffisamment qualifiée, sous sa propre responsabilité, ou, lorsque les compétences professionnelles ne sont pas encore complètement acquises, par une personne placée sous la surveillance d'un tiers suffisamment qualifié (cf. THOMAS GÄCHTER, Selbstständige Berufsausübung im Sinn des Medizinalberufegesetzes [MedBG] und des Psychologieberufegesetzes [PsyG], Jusletter du 19 janvier 2009, n. 21). En particulier, la formation postgrade dans le domaine de la médecine, réglée par la LPMéd, a pour objectif de permettre aux personnes qui l'ont suivie d'être à même d'exercer leur activité professionnelle sous leur propre responsabilité dans le domaine considéré (art. 17 al. 1 LPMéd).
En revanche, lorsqu'une personne travaille sous la surveillance d'un tiers autorisé, il faut partir de l'idée que la surveillance par un tiers disposant de la formation nécessaire offre un contrôle suffisant pour assurer la sécurité des patients. La responsabilité du traitement incombe donc toujours à un professionnel titulaire de la formation correspondante (et d'une autorisation de pratiquer), qui dispose des connaissances nécessaires pour protéger la santé des patients (cf. Message du Conseil fédéral du 3 juillet 2013 concernant la modification de la LPMéd, FF 2013 5583 ss, p. 5591 ch. 2; GÄCHTER/WERDER, Gesundheitsberufe 2020 - eine stille Revolution?, Pflegerecht 1/2019, p. 2 ss, 7). Le médecin qui agit sous sa propre responsabilité est tenu au respect des devoirs professionnels (cf. art. 40 LPMéd).
5.3.4. Compte tenu de ces éléments, que ce soit sous l'angle de l'art. 72 LS ou de manière plus générale du droit de la santé, on entend par l'exercice de la profession médicale "sous sa propre responsabilité" - ou "sous propre responsabilité professionnelle" (cf. art. 34 al. 1 LPMéd, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2018 [RO 2015 5081, 2017 2703]) - l'activité exercée par un médecin sans le contrôle d'un membre de la même profession, que cette activité soit salariée ou indépendante (cf. Message du Conseil fédéral du 18 novembre 2015 concernant la loi fédérale sur les professions de la santé, FF 2015 7925 ss, p. 7956 ch. 2 ad art. 11 du projet et p. 7973 ad Modification LPMéd; voir aussi GÄCHTER/RÜTSCHE, Gesundheitsrecht, 4e éd. 2018, n. 186). On peut penser au médecin installé à son propre compte et exerçant dans son cabinet mais aussi au médecin salarié qui accomplit son travail seul et sans le contrôle d'un pair.
Or, lorsque la recourante indique dans ce contexte que les médecins qui travaillent pour elle exercent leur art "sous la responsabilité du médecin répondant d'une institution de soins au sens de l'art. 36a LAMal", elle ne donne aucune précision ni sur ce qu'elle entend par cette responsabilité, ni sur les modalités concrètes selon lesquelles les médecins prodiguant les soins exercent leur activité, ni sur un éventuel contrôle de celle-ci de la part du docteur B._ voire des directives quant au choix du traitement. La recourante ne fait état d'aucun élément qui inciterait à penser que les médecins ne travaillaient pas de manière autonome, en disposant d'une grande liberté dans le cadre de l'activité médicale proprement dite, mais auraient pratiqué sous surveillance au sens dégagé ci-avant. Par son argumentation, la société se réfère en réalité à la fonction spécifique de médecin répondant réglée par la législation sanitaire cantonale.
5.3.5. La fonction de médecin responsable ou "médecin répondant" est liée à l'exploitation d'une institution de soins (au sens de l'art. 36a LAMal) qui relève du droit cantonal (sur les conditions généralement prévues, cf. ARIANE AYER, Les autorisations d'exploitation et de pratique, in Les nouveaux modèles de fourniture de soins, 24e Journée de droit de la santé, IDS, 2017, p. 112). La personne qui assume la charge de médecin répondant est en quelque sorte le garant, à l'égard des autorités sanitaires, du fonctionnement régulier de l'institution, en conformité avec le droit cantonal (DUMOULIN, op. cit., ad art. 34 n° 11).
En l'occurrence, la législation genevoise exige notamment qu'une telle institution soit dirigée par une ou des personnes responsables qui possèdent la formation ou les titres nécessaires (art. 101 al. 2 let. a LS), la demande d'autorisation devant être signée par le futur exploitant et le professionnel désigné comme responsable (art. 2 al. 1 du Règlement genevois du 22 août 2006 sur les institutions de santé [RISanté; RSG K 2 05.06]). L'employeur a par ailleurs l'obligation de vérifier que tout professionnel de la santé qu'il emploie est au bénéfice d'un droit de pratiquer cantonal (art. 8 al. 1 RISanté).
5.3.6. En ce qui concerne précisément le droit de pratiquer cantonal, chacun des médecins concernés s'est vu délivré une autorisation de pratiquer au sens de l'art. 74 LS. Selon l'art. 74 LS, dans sa version en vigueur au 1er janvier 2006, une personne n'a le droit de pratiquer une profession de la santé que si elle bénéficie d'une autorisation de pratique délivrée par le département. Dans sa version en vigueur dès le 17 novembre 2018, cette disposition prévoit qu'une personne n'a le droit de pratiquer une profession de la santé que si elle est au bénéfice d'une autorisation de pratiquer délivrée par le département ou a suivi le processus d'annonce prévu par la loi fédérale sur les professions médicales universitaires (al. 1); les personnes exerçant une profession médicale universitaire sous la surveillance professionnelle d'un professionnel de la santé autorisé à pratiquer la même discipline et qui suivent une formation postgrade n'ont pas besoin d'obtenir un droit de pratiquer (al. 2).
La recourante ne prétend pas que les médecins auraient été dispensés de requérir une autorisation de pratiquer conformément à l'art. 72 LS, parce qu'ils auraient exercé leur profession sous la surveillance professionnelle d'un tiers autorisé dans le cadre d'une formation postgrade (cf. 74 al. 2 LS, en relation avec l'art. 72A LS). Les médecins réalisaient dès lors les exigences pour pratiquer sous leur propre responsabilité, sans recevoir d'instructions ni se soumettre à la surveillance d'un pair autorisé. Le fait qu'ils ont exercé leur profession pour le compte d'une institution de soins au sens de l'art. 36a LAMal, soit dans une structure soumise selon le droit cantonal à l'exigence qu'un médecin répondant se fût porté garant de son fonctionnement, n'impliquait pas une pratique sous la surveillance professionnelle de celui-ci. Qualifiés pour et autorisés à pratiquer sous leur propre responsabilité, ils fournissaient les soins sans que leur activité médicale proprement dite dût être contrôlée par le médecin répondant.
5.4. Dans ces circonstances, l'interprétation souhaitée par la recourante ne peut pas être suivie: les termes "sous sa propre responsabilité", formulés tant dans la décision portant sur l'autorisation de pratiquer que dans celle sur la non-admission à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire, se réfèrent à l'exercice de la profession par un médecin qui dispose de l'ensemble des diplômes, qualités et compétences requis pour pratiquer librement sa profession, sans devoir être soumis à la surveillance et au contrôle d'un tiers. Il n'y a pas place pour une déduction "a contrario" de ces termes, selon laquelle les médecins auraient été autorisés à pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire en relation avec une autre activité - non "mentionnée" dans les décisions - exercée sous la surveillance professionnelle du médecin répondant de la société. Dès lors que les médecins réalisaient les exigences pour pratiquer sous leur propre responsabilité professionnelle (et étaient autorisés à le faire), leur activité médicale proprement dite n'avait pas à être mise sous surveillance.
Par conséquent, la décision de non-autorisation de pratiquer à la charge de l'assurance-maladie obligatoire ne devait pas être comprise par son destinataire (ou toute personne concernée) comme permettant une telle pratique pour une situation qui n'entrait pas dans le cadre défini par l'arrêté et correspondant précisément à celui pour lequel l'autorisation d'exercer a été accordée. Les deux arrêtés portaient sur l'exercice de la profession médicale sous la propre responsabilité du médecin, ce qui englobait la pratique de la médecine pour l'institution de soins recourante. Ils réglaient de manière exhaustive l'admission, respectivement la non-admission, du médecin à pratiquer à la charge de l'assurance-obligatoire des soins.
5.5. Au regard tant des développements législatifs survenus en relation avec la délivrance des autorisations de pratiquer des médecins (consid. 5.3 supra) que des pratiques cantonales divergentes quant à l'application de l'art. 55a LAMal, dont se prévaut chacune des parties, on admettra cependant que l'interprétation des arrêtés litigieux ne revêtait pas un caractère évident.
A cet égard, l'argumentation de la recourante sur le comportement des intimées ne paraît pas dénuée de pertinence. Elle fait valoir que les assureurs-maladie avaient accepté pendant des années de prendre en charge les prestations facturées, nonobstant les autorisations de pratiquer (respectivement de ne pas pratiquer) à la charge de l'assurance obligatoire des soins dont ils avaient ou auraient dû avoir connaissance. Elle pouvait partir de l'idée qu'elle agissait de manière conforme au droit en leur demandant le remboursement des prestations prodiguées par les médecins en cause. Ce faisant, la recourante invoque le droit à la protection de la bonne foi. Sur ce point, le Tribunal arbitral s'est limité à indiquer qu'une éventuelle violation du principe de la bonne foi ne pouvait pas être reprochée aux intimées, sans motiver sa conclusion ni procéder à aucune constatation en relation avec le comportement de celles-ci. Les premiers juges ont en effet examiné les conditions du droit à la protection de la bonne foi seulement en relation avec le comportement des autorités cantonales, ce qui n'est pas déterminant en l'espèce.
A ce stade, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de pallier l'absence de constatations de l'instance inférieure et d'examiner si l'intervention concrète des intimées, qui ont pris en charge les prestations médicales facturées par la recourante sur une période prolongée, a créé une assurance dans laquelle celle-ci a placé une confiance légitime (sur les conditions du principe de la protection de la bonne foi, cf. ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 p. 103). En conséquence, il convient de renvoyer la cause à la juridiction cantonale afin qu'elle en reprenne l'instruction, puis statue à nouveau. Dans ce contexte, où il s'agit de déterminer si le remboursement par les caisses-maladie des prestations facturées sous le n° RCC de son médecin répondant, permettait à la recourante de croire que les médecins travaillant pour elle n'avaient pas besoin de l'autorisation de pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins, les circonstances dans lesquelles les caisses-maladie ont eu connaissance ou auraient dû avoir connaissance des autorisations de pratiquer concernant lesdits médecins, cas échéant en relation avec le n° RCC (au sujet de l'attribution d'un n° RCC aux institutions de soins ambulatoires dispensés par des médecins, cf. ATF 135 V 237 consid. 4 p. 242 ss), pourraient jouer un rôle.
6.
En conséquence de ce qui précède, le recours est partiellement bien fondé. Compte tenu du renvoi, le Tribunal fédéral n'a pas à examiner les autres griefs soulevés par la recourante, en particulier en lien avec la péremption des prétentions des intimées prévue par l'art. 25 al. 2 LPGA, dont les conditions pourraient également dépendre des circonstances dans lesquelles les intimées ont remboursé les prestations en cause.
7.
Vu l'issue de la procédure, les intimées supporteront les frais y afférents (art. 66 al. 1 LTF), ainsi que les dépens que peut prétendre la recourante (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Les ch. 2, 3 et 6 du dispositif du jugement du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève du 3 juillet 2019 sont annulés. La cause lui est renvoyée pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis à la charge des intimées solidairement entre elles.
3.
Les intimées verseront à la recourante la somme de 5000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 23 juillet 2020
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
La Greffière : Perrenoud