Faits :
A.
Par jugement du 22 septembre 2020, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné A.A._ pour viol et infraction à loi fédérale sur les armes, les accessoires d'armes et les munitions (LArm; RS 514.54) à une peine privative de liberté de 36 mois, dont 18 mois fermes et 18 mois avec sursis durant 4 ans, sous déduction de 29 jours de détention provisoire, a ordonné son arrestation immédiate et sa mise en détention pour des motifs de sûreté, a dit qu'il était le débiteur de B._ de la somme de 10'000 fr., avec intérêt à 5 % l'an dès le 10 avril 2014, à titre d'indemnité pour tort moral, a statué sur le sort des pièces à conviction, a fixé les indemnités du conseil et du défenseur d'office des parties, a mis les frais de la cause, par 26'494 fr., à la charge de A.A._, ce montant comprenant les indemnités du conseil et du défenseur d'office des parties et a dit que le remboursement à l'État de ces indemnités ne serait exigé que si la situation financière du condamné le permettait.
B.
Par jugement du 5 février 2021, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel formé par A.A._ ainsi que l'appel joint du ministère public.
En substance, il en ressort les éléments suivants.
B.a. Né en 1983 à V._, au Kosovo, pays dont il est ressortissant, A.A._ a été élevé dans son pays d'origine par ses parents avec deux frères et cinq soeurs. Il a suivi la scolarité obligatoire, puis a intégré la faculté d'économie à l'université de W._, où il a terminé un Bachelor et suivi la moitié d'un Master. Il est venu en Suisse en septembre 2015, avant de s'y marier. Il est au bénéfice d'un permis de séjour de type B et a deux filles. II travaille dans sa propre entreprise dans la construction.
B.b. B._, née C._ en 1994, ressortissante suisse, est la fille de D.C._ et de E.C._, née A._. Cette dernière est issue d'une famille de huit enfants, dont ses frères F.A._ et A.A._ et ses soeurs G.A._, H.A._ et I.A._. La famille A._ possède une maison à V._ au Kosovo, dans laquelle vivaient au moment des faits les grands-parents maternels, ainsi que I.A._ et A.A._.
A X._, le 29 mars 2014, B._, qui entretenait une relation avec J._, ressortissant italien, non acceptée par sa famille, a été attirée au domicile de son oncle F.A._ sous le prétexte fallacieux que sa mère était à l'hôpital. En cet endroit, B._ a mangé et bu une boisson qui a entraîné son assoupissement. Elle a par la suite été obligée de rejoindre la voiture de son père stationnée devant l'immeuble, sans pouvoir emmener ses effets personnels, tels que son téléphone portable et son sac. Malgré ses protestations, elle a été mise de force dans le véhicule par F.A._ et son épouse. Le véhicule a ensuite pris la direction du Kosovo avec à l'intérieur son oncle, son père et elle-même, ce dernier lui déclarant que J._ ne ferait jamais partie de la famille. Au cours du trajet, D.C._ a obligé sa fille à consommer une pilule. Cette dernière s'est réveillée le 30 mars 2014 au Kosovo. Dans ce pays, elle a vécu au domicile de son père à Y._, puis au domicile de la famille A._ à V._, sans avoir à sa disposition ses papiers d'identité, son téléphone portable et son porte-monnaie. Durant son séjour au Kosovo, elle a été constamment surveillée par les membres de sa famille. Si elle était libre de se déplacer dans l'enceinte de la propriété familiale, elle était constamment accompagnée par un membre de sa famille à l'extérieur. B._ n'a pas eu accès librement à un moyen de communication. Elle a pu alerter J._ en l'appelant au moyen des téléphones que ses tantes avaient laissés sans surveillance. Tant D.C._ que F.A._ ont été condamnés pour séquestration et enlèvement aggravés, ces condamnations étant définitives et exécutoires (cf. arrêt 6B_222/2020 du 10 juin 2020).
B.c. A V._, au Kosovo, au domicile de la famille A._, dans la nuit du 9 au 10 avril 2014, vers 02h00, alors qu'elle dormait dans la chambre de sa tante I.A._ les jours précédents, B._ a dû aller dormir dans la chambre de son oncle A.A._, soit le frère de sa mère. B._ allait s'endormir quand A.A._ est entré dans la pièce et s'est installé dans le lit qu'elle occupait. Il a alors commencé à la caresser et a tenté de l'embrasser. Elle lui a clairement déclaré qu'elle ne voulait pas. A.A._ a poursuivi ses caresses à même la peau sur tout le corps de B._, y compris la poitrine, le ventre et le sexe, la pénétrant avec les doigts. Puis, il a réussi à déshabiller le bas du corps de sa nièce, malgré que celle-ci se débattait. Il s'est ensuite couché sur B._ qui s'est alors figée de peur. Enfin, il l'a pénétrée vaginalement sans préservatif, lui déclarant qu'elle devait se laisser faire, que c'était pour son bien. Totalement surprise par ce qui lui arrivait, B._ était tétanisée et terrorisée. De guerre lasse, B._ n'a ensuite plus résisté comme elle l'aurait voulu, notamment en raison des circonstances de son arrivée forcée au Kosovo et parce qu'elle estimait que la parole d'une femme n'avait que peu de valeur dans ce pays. A.A._ s'est endormi après l'acte.
B.d. A Z._, le 12 octobre 2017, A.A._ a été contrôlé au volant d'une voiture immatriculée à son nom dans laquelle se trouvait un bâton tactique, alors qu'il n'était pas titulaire d'un permis de port d'arme.
C.
A.A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 5 février 2021. Il conclut avec suite de frais et dépens, principalement, à la réforme du jugement en ce sens qu'il est libéré du chef d'accusation de viol et d'infraction à la loi sur les armes et les munitions, que les conclusions civiles sont rejetées et que les frais judiciaires sont mis à la charge de l'État. Une indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. a CPP lui est allouée à hauteur de 13'220 fr., ainsi qu'une indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. b CPP d'un montant de 45'000 fr. et une indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. c CP d'un montant de 56'200 francs. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause dans le sens des considérants.
Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste sa condamnation pour viol (art. 190 CP). Il fait grief à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves et établi les faits de manière arbitraire et d'avoir violé le principe " in dubio pro reo ".
1.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat (ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 145 IV 154 consid. 1.1; 143 IV 241 consid. 2.3.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables. Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2; 146 IV 114 consid. 2.1).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 10 CPP, 32 al. 1 Cst., 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe " in dubio pro reo ", concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves au sens large (ATF 144 IV 345 consid. 2.2.3.1; 127 I 38 consid. 2a). En tant que règle sur le fardeau de la preuve, elle signifie, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter au prévenu. Comme règle d'appréciation des preuves (sur la portée et le sens précis de la règle sous cet angle, cf. ATF 144 IV 345 consid. 2.2.3.3), la présomption d'innocence signifie que le juge ne doit pas se déclarer convaincu de l'existence d'un fait défavorable à l'accusé si, d'un point de vue objectif, il existe des doutes quant à l'existence de ce fait. Il importe peu qu'il subsiste des doutes seulement abstraits et théoriques, qui sont toujours possibles, une certitude absolue ne pouvant être exigée. Il doit s'agir de doutes sérieux et irréductibles, c'est-à-dire de doutes qui s'imposent à l'esprit en fonction de la situation objective. Lorsque l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe " in dubio pro reo ", celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 145 IV 154 consid. 1.1).
Les déclarations de la victime constituent un élément de preuve. Le juge doit, dans l'évaluation globale de l'ensemble des éléments probatoires rassemblés au dossier, les apprécier librement, sous réserve des cas particuliers où une expertise de la crédibilité des déclarations de la victime s'impose (cf. ATF 129 IV 179 consid. 2.4 p. 184). Les cas de "déclarations contre déclarations", dans lesquels les déclarations de la victime en tant que principal élément à charge et les déclarations contradictoires de la personne accusée s'opposent, ne doivent pas nécessairement, sur la base du principe " in dubio pro reo ", conduire à un acquittement. L'appréciation définitive des déclarations des participants incombe au tribunal du fond (ATF 137 IV 122 consid. 3.3 p. 127; arrêts 6B_94/2021 du 29 septembre 2021 consid. 1.1; 6B_330/2021 du 15 septembre 2021 consid. 2.3; 6B_1271/2020 du 20 août 2021 consid. 1.1.1).
1.2. Le recourant soutient que les déclarations de l'intimée auraient été arbitrairement tenues pour crédibles et conteste les faits retenus par la cour cantonale. A cet égard, il invoque une violation du principe " in dubio pro reo ".
1.2.1. En substance, la cour cantonale a retenu que les déclarations de l'intimée avaient certes varié sur certains éléments, mais restaient constantes sur les points essentiels. L'intimée n'avait pas évoqué de pénétration digitale lors de sa première audition par les autorités kosovares. Reste qu'elle avait déjà évoqué ces faits avant son audition de première instance, lors de son examen du mois d'avril 2014 par le Centre universitaire de médecine légale du CHUV. En outre, certains souvenirs de l'intimée lors des débats de première instance étaient moins précis - comme notamment le nombre de nuits passées seule avec son oncle, le fait de savoir si elle était descendue au salon, etc. -, ce qui pouvait toutefois aisément s'expliquer compte tenu de l'écoulement du temps. La cour cantonale a considéré que le témoignage de l'intimée restait constant sur le fait qu'elle avait été violée par son oncle, dans le lit de ce dernier, les faits s'étant déroulés rapidement, après quelques caresses. Elle ne voyait pas pour quel motif, l'intimée aurait continué à porter de telles accusations, alors qu'elle était en Suisse, à l'abri de sa famille. Une fois de retour du Kosovo, elle avait spontanément expliqué avoir menti au sujet de la drogue avant le viol et indiqué les motifs de son mensonge, soit d'être prise au sérieux par les autorités du Kosovo. La cour cantonale a estimé que ces explications étaient compréhensibles au regard de sa situation de l'époque, de même que le peu de confiance que l'intimée pouvait avoir dans la police kosovare, au vu des difficultés rencontrées par la police suisse dans le cadre de la coopération avec les autorités de ce pays dans cette affaire et le rôle pour le moins trouble joué par l'enquêteur de police de ce pays qui renseignait le père de l'intimée et auteur de son enlèvement et de sa séquestration, sur le déroulement de l'enquête dans son pays. La cour cantonale a tiré la conclusion que ce mensonge ne permettait pas de mettre en doute l'ensemble de ses déclarations. Suite à son audition en appel, la cour cantonale a retenu que ses déclarations étaient authentiques, que l'intimée était crédible, en étant sincèrement touchée lorsqu'elle avait dû se remémorer les faits. Par ailleurs, le fait qu'elle avait persisté dans ses accusations près de sept ans plus tard et qu'elle en reste émotionnée attestait encore de sa crédibilité. De plus, le fait que l'intimée avait téléphoné à son ami en pleurs très rapidement après les faits pour lui indiquer qu'il s'était passé quelque chose de grave et qu'elle avait confirmé avoir été violée attestait encore sa crédibilité. K._ qui s'était présentée à un poste de police le 11 avril 2014 pour annoncer sa disparation, avait dans ce cadre mentionné chronologiquement les événements concernant l'intimée et précisé que, la nuit du 9 au 10 avril, J._ avait reçu un appel de courte durée de l'intimée lui indiquant qu'elle était séquestrée chez ses grands-parents au Kosovo et qu'il fallait l'aider, puis un second appel la nuit du 10 au 11 avril 2014 pour lui dire qu'elle avait été violée. Ces révélations avaient d'ailleurs déclenché l'ouverture de la procédure pénale. La cour cantonale a également retenu que l'intimée était désormais crue et soutenue par ses deux parents.
1.2.2. Le recourant s'attaque à la crédibilité de l'intimée, dès lors qu'elle aurait livré des versions divergentes et menti. Cependant, il ne fait que livrer sa propre lecture des déclarations de l'intimée, sans exposer en quoi l'appréciation opérée par la cour cantonale serait entachée d'arbitraire. Il en va ainsi lorsqu'il soutient que l'intimée ne serait pas crédible, car elle avait admis avoir menti en indiquant avoir été droguée avant l'agression, que dans un premier temps elle avait omis de mentionner une pénétration digitale, qu'elle ne se souvenait plus si, en sus de protestations verbales, elle avait entrepris quelque chose pour s'opposer à l'agression, qu'elle aurait déclaré avoir remis se culotte après l'acte pour ensuite indiquer ne pas avoir remis de sous-vêtement, qu'elle aurait indiqué avoir dormi plusieurs nuits avec le recourant pour ensuite indiquer ne plus s'en rappeler, qu'elle ne se souvenait pas de la date de l'agression. De même, le recourant se borne à opposer sa propre appréciation des déclarations de l'intimée et à présenter sa propre version des faits de manière purement appellatoire en soutenant que l'intimée aurait déclaré avoir été violée uniquement pour pouvoir être rapatriée en Suisse et rejoindre son ami et qu'une fois en Suisse elle aurait préféré maintenir sa version, pour éviter, d'une part, les conséquences pénales d'une dénonciation calomnieuse et, d'autre part, les répercussions familiales dévastatrices en raison notamment du lien fraternel entre sa mère et le recourant. Il en va de même lorsqu'il soutient qu'elle se serait rétractée sur le fait d'avoir été droguée avant l'agression uniquement, car il s'agirait du seul élément prouvable dans le cadre de l'instruction et qu'il serait totalement infondé de retenir qu'elle n'avait pas confiance en la police kosovare, car cette dernière aurait collaboré dans cette affaire. Au demeurant, dans son appréciation des déclarations de l'intimée, la cour cantonale a relevé certaines variations et son mensonge, qu'elle a discutés en détail et a conclu, à juste titre, que ceux-ci n'entachaient pas la crédibilité de son récit.
Au vu de ce qui précède, le recourant ne démontre nullement qu'il était manifestement insoutenable de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, que les déclarations de l'intimée étaient crédibles s'agissant du viol commis par son oncle, et ce, malgré son mensonge au sujet de la drogue et des quelques variations dans ses déclarations. Conformément à la jurisprudence (cf. supra consid. 1.1), le principe " in dubio pro reo " n'a ici pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire. Partant, le grief est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
1.3. En substance, le recourant soutient que la cour cantonale aurait arbitrairement retenu que ses déclarations corroboraient le récit de l'intimée. En l'espèce, la cour cantonale a retenu que certaines déclarations de l'intimée étaient corroborées par les dires du recourant. Les propos de l'intimée sur les interrogatoires subis de la part de son oncle au sujet de sa relation avec J._ étaient corroborés par le recourant qui avait expliqué que "[s]on comportement laissait à désirer et [qu'il avait] essayé de la conseiller en lien avec sa liaison" et qu'il lui avait fait bénéficier "d'une attention plus soutenue". Au regard du contexte particulier de cette affaire, il ne paraît pas arbitraire d'avoir retenu que ces propos édulcorés confirmaient bien les dires de l'intimée au sujet des interrogatoires menés par son oncle. En outre, le recourant avait reconnu que l'intimée avait dormi quasiment toute la semaine dans son lit et qu'ils avaient dormi ensemble. Ainsi, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a retenu que les dires du recourant corroboraient certaines déclarations de l'intimée.
1.4. Le recourant soutient que la cour cantonale aurait arbitrairement écarté les témoignages, selon lesquels le comportement de l'intimée n'aurait pas changé consécutivement à "la prétendue agression", au motif qu'ils émanaient de membres de la famille du recourant et que certains membres auraient peu de considération pour l'intimée. En l'espèce, la cour cantonale a estimé qu'il fallait apprécier ces déclarations avec une grande retenue. En effet, plusieurs de ces membres avaient procédé ou participé à l'enlèvement et à la séquestration de l'intimée et avaient rejeté la faute sur elle. En outre, ils avaient que peu de considération pour l'intimée, dont ils critiquaient le comportement, à savoir le fait qu'elle ait une liaison avec une personne qu'ils n'avaient pas eux-mêmes choisie et la traitant même de "pute" dans le cadre d'une conversion téléphonique. En outre, la cour cantonale a également mis en avant que dans le cadre de la première procédure liée à l'enlèvement et à la séquestration de l'intimée, les membres concernés avaient beaucoup menti. Au vu de ces éléments, il n'était pas arbitraire de ne pas accorder une force probante à ces témoignages. De surcroit, le recourant critique de manière purement appellatoire le fait que la cour cantonale se réfère à certaines déclarations du père de l'intimée, notamment au motif qu'il n'était pas présent lors des faits.
1.5. Le recourant soutient que la cour cantonale aurait omis arbitrairement des éléments de preuve ayant une influence sur le sort de la décision. La cour cantonale n'aurait pas pris en compte la motivation du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne en lien avec la demande d'autorisation d'une surveillance de la correspondance par poste et télécommunication du 26 juillet 2017, à savoir que le contrôle téléphonique sollicité constituerait "le seul moyen d'obtenir des éléments utiles à l'enquête". Il lui reproche également d'avoir arbitrairement omis le fait que le rapport d'investigation établi par la Police de sûreté à Lausanne, le 8 janvier 2018, indiquerait que consécutivement à l'analyse de l'ensemble des conversations téléphoniques auxquelles le recourant a pris part, aucun élément factuel ne se trouverait en relation directe avec le viol de sa nièce. En l'espèce, la cour cantonale n'est aucunement liée par l'avis du Ministère public quant à la nécessité d'une surveillance des télécommunications pour récolter des preuves en cours d'investigation. De plus, contrairement à ce que semble penser le recourant, le fait que les conversations téléphoniques surveillées n'ont pas fait mention du viol, ne signifie aucunement que ce viol n'aurait pas pu avoir lieu. Ainsi, le recourant ne démontre pas en quoi - pour autant que ces éléments soient avérés - la décision serait arbitraire dans son résultat.
En outre, le recourant soutient que la déclaration de J._ indiquant qu'il n'avait "aucune certitude quant à savoir si c'était vrai" aurait été omise dans le jugement entrepris. Or, le jugement retranscrit précisément cette déclaration. En effet, la cour cantonale retient que lors de son audition du 12 avril 2014, J._ avait relaté ce qui suit: "hier matin, vers 11h 20, B._ a de nouveau pu m'appeler. Elle pleurait. Elle m'a dit qu'il s'était passé quelque chose de grave. Je lui ai posé plein de questions et à un moment donné je lui ai demandé si elle avait été violée. Elle m'a répondu en pleurs que oui. J'ajoute que c'est elle qui me l'a dit et je n'ai aucune certitude quant à savoir si c'est vrai". Cette déclaration replacée dans son contexte, montre que le témoin indique, par précaution, qu'il répète les dires de son amie, sans pouvoir certifier qu'ils sont vrais. Contrairement à ce que semble suggérer le recourant, le témoin ne remet pas en cause les dires de son amie. Dès lors, outre que la déclaration mentionnée ressort précisément du jugement attaqué, il n'était nullement arbitraire de retenir, comme la cour cantonale l'a fait, que le fait que l'intimée ait téléphoné à son ami en pleurs très rapidement après les faits pour indiquer qu'il s'était passé quelque chose de grave et qu'elle ait confirmé avoir été violée atteste encore de sa crédibilité.
1.6. Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu pour crédible sa propre version des faits. En tant que l'argumentation du recourant consiste uniquement à opposer sa propre appréciation des moyens de preuve et sa version des faits à celles de la cour cantonale, elle est purement appellatoire. Il en va notamment ainsi lorsqu'il prétend que ses déclarations, selon lesquelles il n'avait jamais eu de relation sexuelle avec sa nièce, étaient cohérentes et constantes, contrairement à celles de l'intimée. Il en va de même lorsqu'il prétend, à sa décharge, que tout bruit relatif à une agression sexuelle aurait été entendu par les occupants de la maison familiale. Or, à cet égard, la cour cantonale a précisément retenu que l'intimée était tétanisée lors de l'acte, raison pour laquelle elle n'avait pas crié à l'aide auprès des autres membres de la famille présents dans la maison. Purement appellatoires, les critiques du recourant doivent être rejetées.
1.7. Le recourant prétend que l'appréciation par la cour cantonale des examens médicaux, des analyses ADN et des certificats médicaux serait arbitraire.
1.7.1. La cour cantonale a retenu que les examens médicaux et les analyses ADN ne permettaient ni de confirmer, ni d'infirmer la version de la victime. L'examen gynécologique de l'intimée effectué au Kosovo n'avait révélé aucune lésion. L'examen effectué en Suisse n'avait révélé que des lésions peu spécifiques dont l'origine exacte n'était pas déterminable. Pour la cour cantonale, le fait qu'il n'y avait pas de lésion n'était pas étonnant, l'intimée n'ayant jamais affirmé que le recourant aurait usé de violences physiques à son encontre et qu'elle n'était pas vierge au moment des faits. S'agissant des analyses ADN, aucune trace de sperme d'origine humaine n'avait été identifiée sur la taie d'oreiller, le drap de lit, les draps du duvet et le bas de pyjama. En revanche, du sperme avait été retrouvé sur une couverture éponge et deux mouchoirs usagés, le profil ADN correspondant à celui du recourant. La cour cantonale a ainsi retenu qu'il était difficile d'en tirer des conclusions. Des traces de sperme avaient bien été retrouvées, mais il s'agissait de la chambre du recourant. De plus, l'intimée pensait qu'il n'avait pas éjaculé. S'agissant des certificats médicaux de la psychologue et de la psychiatre produits, la cour cantonale a retenu qu'ils mentionnaient non seulement l'état de stress post-traumatique de l'intimée, mais également le viol comme étant l'une des causes des troubles psychologiques de l'intimée. Elle a ainsi retenu que ces certificats attestaient d'un état de stress post-traumatique, de l'évocation en thérapie du viol par l'oncle et de la crédibilité de la victime.
1.7.2. Le recourant soutient que la cour cantonale se serait manifestement trompée dans son appréciation des preuves scientifiques en retenant que les examens médicaux et les analyses ADN ne permettaient ni de confirmer, ni d'infirmer la version de l'intimée. Il prétend que ces preuves seraient en contradiction avec les déclarations de l'intimée. Selon lui, alors même que les examens médicaux ne relèvent pas de lésion, l'intimée aurait indiqué avoir subi des violences physiques de la part du recourant, dès lors qu'elle avait indiqué qu'il s'était "jeté" sur elle et qu'elle n'avait pas pu l'en empêcher, faute de force, et qu'elle aurait indiqué avoir été maintenue au niveau des poignets. En réalité, le recourant s'écarte des faits retenus en prétendant que l'intimée aurait indiqué avoir subi des violences physiques, de plus il se contente d'opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale, sans démontrer en quoi celle-ci serait arbitraire. Au demeurant, contrairement à ce qu'il semble penser, le fait qu'un individu se jette sur sa victime de telle sorte qu'elle soit empêchée de résistance, faute de force, et qu'elle soit maintenue au poignet n'implique pas forcément des violences physiques, qui plus est, laissant des traces de lésion. S'agissant des analyses ADN, le recourant se borne à rediscuter l'appréciation de la cour cantonale de manière purement appellatoire en affirmant que même en l'absence d'éjaculation à proprement parler, une quantité de sperme, ne serait-ce qu'infime, aurait dû être retrouvée sur le lit s'il y avait eu effectivement un rapport sexuel.
Pour le surplus, le recourant prétend que la cour cantonale aurait arbitrairement retenu que les attestations de la psychologue et de la psychiatre permettaient d'attester d'un état de stress post-traumatique, de l'évocation en thérapie du viol par l'oncle et de la crédibilité de la victime. Le recourant rediscute, de manière purement appellatoire, l'appréciation de la cour cantonale, en particulier lorsqu'il soutient que l'attestation de la psychiatre datée du 18 septembre 2020 aurait été produite uniquement en vue de l'audience en première instance, que les attestations médicales ne permettraient aucunement de retenir que le stress post-traumatique serait consécutif à une agression sexuelle et que les certificats se baseraient uniquement sur les déclarations de l'intimée. Au demeurant, on ne voit pas en quoi le fait que l'attestation de la psychiatre puisse avoir été établie peu avant l'audience de première instance pourrait avoir une quelconque incidence sur le crédit à lui donner. D'autant plus que l'intimée, lors de l'audience d'appel a expliqué qu'elle était toujours suivie par une psychiatre et qu'elle a produit un certificat médical attestant que le suivi était continu et régulier. En outre, les certificats mettent clairement en lien l'état de stress post-traumatique avec le viol qu'elle avait subi. Finalement, le recourant perd de vue que bien que le travail psychothérapeutique se base sur les déclarations de la patiente, il n'en reste pas moins que la psychiatre a pu apprécier et porter un jugement sur la crédibilité du récit de sa patiente. En effet, il ressort de l'attestation de la Dresse L._ que "durant le suivi psychiatrique et psychothérapeutique, [l'intimée] évoque à plusieurs reprises l'épisode de viol avec une importante souffrance psychique et un vécu d'impuissance constant et superposable au fil du temps, ce qui rend son récit crédible". Partant, la cour cantonale pouvait, sans arbitraire, retenir que l'intimée souffrait d'un état de stress post-traumatique dont le viol était l'une des causes et qu'elle était crédible.
Au vu de ce qui précède, le grief du recourant est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1.8. Vu ce qui précède et quoi qu'en dise le recourant, on ne saurait, sous l'angle de l'arbitraire reprocher à la cour cantonale de s'être convaincue qu'il avait imposé une relation sexuelle à l'intimée alors qu'elle avait clairement indiqué son refus et tenté de le repousser sans y parvenir. La cour cantonale a fondé son intime conviction sur les déclarations de l'intimée et un ensemble d'indices convergents que les dénégations du recourant ne permettent pas de renverser. En particulier, elle s'est fondée sur les déclarations de l'intimée jugées crédibles et confirmées par le fait qu'elle avait directement appelé son ami après les faits, ce dernier ayant ensuite parlé du viol à K._, laquelle avait dénoncé les faits. Sa crédibilité était également attestée par les certificats médicaux la concernant. Enfin, son père, qui avait pourtant participé à son enlèvement, la croyait et la soutenait désormais. L'absence de doute à l'issue d'une appréciation des preuves exempte d'arbitraire exclut la violation de la présomption d'innocence en tant que règle sur le fardeau de la preuve (cf. supra consid. 1.1).
1.9. Le recourant conteste sa condamnation pour viol au motif que les conditions constitutives objectives d'acte sexuel et de contrainte feraient défaut, dès lors qu'il n'y aurait eu aucune relation sexuelle avec sa nièce. Ce faisant, le recourant conteste le viol non sur la base des faits retenus, dont il n'a pas démontré l'arbitraire, mais sur la base des faits qu'il invoque librement. De la sorte, il n'articule aucun grief recevable tiré de l'application erronée du droit matériel. Insuffisamment motivées, les critiques du recourant sont irrecevables.
2.
Le recourant conteste sa condamnation pour infraction à la LArm. Il fait grief à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves et établi les faits de manière arbitraire.
2.1. Aux termes de l'art. 33 al. 1 LArm, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque, intentionnellement, sans droit, notamment offre, aliène, acquiert, possède, fabrique, modifie, transforme, porte des armes.
2.2. La cour cantonale a condamné le recourant pour violation de l'art. 33 al. 1 LArm, dès lors qu'il avait été contrôlé au volant de sa voiture dans laquelle se trouvait un bâton tactique, alors qu'il n'était pas titulaire d'un permis de port d'arme et qu'il était au courant qu'il était en possession de cette arme.
2.3. Déterminer si le recourant savait que cette arme était dans sa voiture est une constatation de fait, qui lie la Cour de céans, à moins que le recourant ne démontre que celle-ci était manifestement inexacte (ATF 141 IV 369 consid. 6.3; cf. ATF 142 IV 137 consid. 12). En l'espèce, la cour cantonale a retenu que selon le rapport de police, l'arme se trouvait dans le vide-poche de la porte conducteur, manche prêt à l'emploi. L'objet était donc à la vue de chacun, il n'était donc pas plausible que le recourant, propriétaire de la voiture, n'ait pas été au courant qu'il était en possession de cette arme. Dans son argumentation, le recourant n'établit pas que la constatation de la cour cantonale est arbitraire, il se borne à affirmer que ses propres déclarations, selon lesquelles il n'était pas propriétaire d'un tel objet et ignorait sa présence dans son véhicule, auraient été convaincantes, que le rapport de police ne retranscrirait pas fidèlement les faits tels qu'ils se seraient déroulés et qu'un tel objet n'aurait pas été visible aux yeux du conducteur. Purement appellatoire, cette argumentation est irrecevable.
2.4. Le recourant invoque une violation de l'art. 33 al. 1 let. a LArm au motif qu'il n'y avait ni acquisition, ni possession de l'arme. Il argue qu'il n'avait pas pu exercer une maitrise de fait sur le bâton tactique, car il aurait ignoré que cette arme se trouvait dans son véhicule. Ce faisant, le recourant conteste sa condamnation non sur la base des faits retenus, dont il n'a pas démontré l'arbitraire, mais sur la base des faits qu'il invoque librement. Ainsi, il n'articule aucun grief recevable tiré de l'application erronée du droit matériel. Insuffisamment motivées, les critiques du recourant sont irrecevables.
3.
En tant que le recourant conteste l'admission des conclusions civiles de l'intimée en se prévalant de son acquittement de l'infraction réalisée au préjudice de celle-ci, son grief est sans objet. Il en va de même dans la mesure où le recourant conclut à l'octroi d'indemnités fondées sur l'art. 429 CPP en lien avec l'acquittement qu'il réclame.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à procéder (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 décembre 2021
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Jacquemoud-Rossari
La Greffière : Meriboute