Faits :
A.
A.a. Par contrat du 27 avril 2011, A._, née en 1978, a été engagée comme juriste au centre B._ par la Confédération suisse, représentée par la Chancellerie fédérale, dès le 1 er juillet 2011. Par contrats des 23 octobre 2013 et 28 août 2015, sa fonction a été modifiée en juriste, pour une durée indéterminée, et cheffe de projet spécialisée, jusqu'au 31 décembre 2016.
A.b. De 2012 à 2015, A._ a obtenu une évaluation globale de 3. En 2016, elle a obtenu une évaluation globale de 2, qu'elle a contestée en relevant certains dysfonctionnements au sein des projets informatiques de la Chancellerie fédérale. A la suite de deux entretiens avec l'intéressée, le vice-chancelier a, par décision du 7 mars 2017, augmenté l'évaluation de l'un des sous-critères sans modifier l'évaluation globale. Par courrier du 31 mars 2017, A._ a contesté cette décision et a indiqué faire l'objet de harcèlement psychologique de la part de son supérieur. A l'occasion d'une séance début mai 2017, des solutions orientées vers l'avenir ont été trouvées puis précisées par courriel du vice-chancelier le 29 juillet 2017. A._ s'est en particulier vu confier la tâche d'offrir un oeil critique sur les projets informatiques de l'employeur. Elle a salué le courriel du vice-chancelier tout en regrettant qu'il ne reconnaisse pas sans équivoque un préjudice et un comportement inadéquat du supérieur.
A.c. Par courriel du 16 octobre 2017 et en réponse à une demande de la responsable des ressources humaines, A._ a confirmé qu'elle souhaitait maintenir sa contestation de l'évaluation de 2016 et a requis l'ouverture d'une procédure destinée à établir l'existence d'un harcèlement psychologique de la part de deux de ses supérieurs. Le 26 octobre et le 1 er novembre 2017, deux séances ont réuni l'employée, la responsable des ressources humaines, le vice-chancelier et les deux supérieurs concernés. Le 1 er décembre 2017, la responsable des ressources humaines a communiqué l'ouverture d'une enquête externe relative aux allégations de harcèlement psychologique. Le 28 février 2018, l'experte mandatée a rendu son rapport et a écarté une situation de harcèlement psychologique. A la suite d'une séance organisée le 13 mars 2018 pour discuter du rapport de l'experte, A._ a été invitée à déclarer si elle souhaitait obtenir une décision formelle ou retirer ses allégations de harcèlement psychologique. Par courrier daté du 6 avril 2017, elle a informé être représentée par un mandataire et a demandé une prolongation du délai pour se déterminer. Elle n'a pas déposé de prise de position dans le nouveau délai. Par décision du 1 er mai 2018, la Chancellerie fédérale a constaté que A._ n'avait pas été victime de harcèlement psychologique de la part de sa hiérarchie. Cette décision est entrée en force sans faire l'objet d'un recours.
A.d. Dès le 24 avril 2018, A._ s'est trouvée en arrêt maladie en raison d'une résurgence de sa sclérose en plaques. Par courriel du 15 mai 2018, l'employeur l'a informée que le certificat médical couvrant la période du 9 au 22 mai 2018, transmis le 14 mai 2018, n'avait pas été remis à temps. Il lui a rappelé que les certificats médicaux devaient être remis sans délai, à défaut de quoi l'absence était qualifiée d'injustifiée. Il l'a en outre invitée à prendre contact avec la responsable des ressources humaines pour discuter de son avenir. Par SMS des 24 et 25 mai 2018, le supérieur de A._ s'est enquis de son état de santé et a requis la production d'un certificat médical. Par retour de message, celle-ci a transmis la photo d'un certificat pour la période du 22 mai au 5 juin 2018.
A.e. Par courrier recommandé du 21 juin 2018 et avec référence au courriel du 15 mai 2018, l'employeur a constaté avoir reçu le certificat médical relatif à la période du 19 juin au 3 juillet 2018 en retard et a considéré l'absence de A._ comme injustifiée. Il a en outre noté que celle-ci n'avait pas pris contact avec la responsable des ressources humaines, comme demandé dans le courriel du 15 mai 2018; il a qualifié ces comportements de violations graves du devoir de collaboration. Compte tenu de ces circonstances et de la conduite de A._ dans la procédure de harcèlement psychologique, l'employeur a considéré que le lien de confiance était rompu et a ouvert une procédure de résiliation immédiate des rapports de travail. Le 9 juillet 2018, il lui a remis un projet de décision de résiliation immédiate des rapports de travail en allemand et lui a imparti un délai au 20 juillet 2018 pour exercer son droit d'être entendue. Puis, le 16 juillet 2018, il lui a remis un projet de décision en français, sans prolonger le délai pour exercer son droit d'être entendue. Par décision du 25 juillet 2018, la Chancellerie fédérale a résilié les rapports de travail avec effet immédiat au 31 juillet 2018. La décision retenait notamment que A._ avait durablement et irrémédiablement ébranlé le lien de confiance en raison de son comportement dans la procédure pour harcèlement psychologique, de la remise tardive des certificats médicaux et de son omission de prendre contact avec son employeur dans la procédure "Health & Medical".
A.f. Le 2 août 2018, l'employeur a remis un certificat de travail à A._. Par courrier du 28 décembre 2018, il a exprimé son intention de refuser de le modifier. Après un échange d'écritures, il a notifié le 29 janvier 2019 un projet de décision avec un délai au 20 février 2019 pour détermination.
B.
Le 14 septembre 2018, A._ a recouru contre la décision de résiliation des rapports de travail auprès du Tribunal administratif fédéral (procédure A-5307/2018), en concluant à la prolongation des rapports jusqu'au délai de résiliation ordinaire et au paiement d'indemnités. Par acte du 4 février 2019, elle a interjeté recours contre le courrier de la Chancellerie fédérale du 28 décembre 2018 concernant le certificat de travail (procédure A-620/2019). Le 15 avril 2019, elle a requis la jonction des deux procédures. Par arrêt du 18 juin 2019, le Tribunal administratif fédéral a ordonné la jonction des causes, a rejeté le recours du 14 septembre 2018 relatif à la résiliation des rapports de travail et a très partiellement admis le recours du 4 février 2019 en lien avec le certificat de travail.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public contre ce jugement en concluant principalement à sa réforme en ce sens que la Chancellerie fédérale soit condamnée à lui verser l'intégralité de son salaire jusqu'à l'expiration du délai de congé ordinaire, soit un montant net de 59'331 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 1 er août 2018, ainsi qu'une indemnité pour résiliation immédiate injustifiée des rapports de travail équivalant à dix mois de salaire, soit 92'697 fr. 60, avec intérêt à 5 % l'an dès le 25 juillet 2018, et à lui délivrer un certificat de travail révisé selon les termes de ses conclusions. A titre subsidiaire, elle requiert l'annulation du jugement entrepris et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
L'intimée conclut au rejet du recours. La recourante a répliqué.
Considérant en droit :
1.
Le jugement entrepris porte sur la résiliation immédiate de rapports de travail de droit public et sur l'établissement d'un certificat de travail. Il s'agit de contestations pécuniaires, de sorte que le motif d'exclusion de l'art. 83 let. g LTF n'entre pas en considération (en ce qui concerne le certificat de travail, cf. ATF 116 II 379 consid. 2b p 380). La valeur litigieuse dépasse par ailleurs le seuil de 15'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 85 al. 1 let. b LTF).
Le recours est pour le reste dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 140 III 264 consid. 2.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des conclusions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 précité et les références).
3.
Le litige porte, d'une part, sur l'existence ou non de justes motifs de résiliation immédiate des rapports de travail et, d'autre part, sur le contenu du certificat de travail.
3.1. Selon l'art. 10 LPers, l'employeur peut résilier un contrat de durée indéterminée en cas de motifs objectivement suffisants (al. 3); les parties peuvent par ailleurs résilier avec effet immédiat les contrats de durée déterminée ou indéterminée en cas de justes motifs (al. 4).
Conformément aux principes dégagés par la jurisprudence en droit privé, mais qui peuvent être appliqués par analogie au droit de la fonction publique (ATF 143 II 433 consid. 7.3 p. 456; arrêts 8C_501/2013 du 18 novembre 2013 consid. 3.1; 8C_468/2019 du 28 février 2020 consid. 4.1), la résiliation immédiate pour justes motifs, en tant que mesure exceptionnelle, doit être admise de manière restrictive. Seul un manquement particulièrement grave du travailleur justifie son licenciement immédiat; lorsqu'il est moins grave, le manquement ne peut entraîner une résiliation immédiate que s'il a été répété malgré un avertissement (ATF 142 III 579 consid. 4.2 p. 579 et les arrêts cités). Par manquement du travailleur, on entend en règle générale la violation d'une obligation découlant du contrat de travail, mais d'autres incidents peuvent également justifier une résiliation immédiate (ATF 130 III 28 consid. 4.1 p. 31; 129 III 380 consid. 2.2 p. 382 s.). Ce qui est déterminant, c'est que les faits invoqués à l'appui du congé immédiat aient entraîné la perte du rapport de confiance qui constitue le fondement du contrat de travail (ATF 137 III 303 consid. 2.1.1 p. 304; arrêt 8C_468/2019 précité consid. 4.1). Savoir si le comportement incriminé atteint la gravité nécessaire dépend des circonstances du cas concret (ATF 142 III 579 précité consid. 4.2 p. 580). Il est donc difficile d'établir un catalogue de comportements susceptibles de justifier un congé immédiat. Dans son appréciation, le juge doit notamment prendre en compte la position et la responsabilité du travailleur (arrêts 8C_800/2016 du 12 décembre 2017 consid. 3.4; 4A_112/2017 du 30 août 2017 consid. 3.2 et les nombreuses références citées).
3.2. L'art. 34b al. 1 LPers prévoit que si l'instance de recours approuve le recours contre une décision de résiliation des rapports de travail prise par l'employeur et que, exceptionnellement, elle ne renvoie pas le dossier à l'instance précédente, elle est tenue en cas de résiliation immédiate en l'absence de justes motifs d'allouer une indemnité au recourant (let. a) et d'ordonner le versement du salaire jusqu'à l'expiration du délai de congé ordinaire (let. b). Selon l'art. 34b al. 2 LPers, l'instance de recours fixe l'indemnité visée à l'al. 1 let. a en tenant compte des circonstances; le montant de l'indemnité correspond en règle générale à six mois de salaire au moins et à un salaire annuel au plus.
4.
4.1. En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a admis l'existence de justes motifs permettant la résiliation immédiate du contrat de travail. Il a tout d'abord considéré que la remise tardive par la recourante de ses certificats médicaux - en dépit de son obligation de justifier ses absences en temps et en heure - lui était entièrement imputable. En effet, le courriel du 15 mai 2018 de son employeur l'informant que ses absences pourraient être considérées comme injustifiées était suffisamment explicite pour que la recourante comprenne les conséquences de la remise tardive des certificats médicaux. Il en allait de même de l'ouverture formelle d'une procédure de résiliation des rapports de travail en raison de ces retards, notifiée par courriel le 21 juin 2018 et par pli recommandé le 26 juin 2018. Les premiers juges ont par ailleurs noté qu'à la suite de cette notification, la recourante avait transmis, le 11 juillet 2018, un certificat médical daté du 4 juillet 2018 après avoir indiqué qu'elle se rendrait chez le médecin le 6 juillet 2018; elle avait ainsi soit menti soit produit un faux à son employeur (certificat médical antidaté). Puis le Tribunal administratif fédéral a considéré que la remise tardive des certificats médicaux était de nature à rompre ou ébranler suffisamment le lien de confiance compte tenu des circonstances de l'espèce liées à la procédure antérieure pour harcèlement psychologique. En effet, après qu'une experte mandatée à la suite des allégations de la recourante avait conclu que celles-ci étaient infondées et avait invité la recourante à les retirer, cette dernière avait engagé un mandataire peu avant l'échéance du délai pour se déterminer sur l'expertise et avait requis une prolongation dudit délai, sans toutefois se déterminer ensuite, ni contester la décision. Selon l'instance précédente, la recourante avait ainsi adopté une attitude chicanière envers son employeur et les personnes impliquées. En outre, en ne retirant pas ses accusations, elle aurait adopté un comportement qui n'était pas de nature à restaurer un climat de confiance.
4.2. S'agissant du certificat de travail, le Tribunal administratif fédéral a retenu que la recourante avait réduit l'objet du litige à la seule question de savoir si le certificat de travail pouvait comporter la phrase "capable d'imposer son point de vue". Il a partiellement admis le recours, dans la mesure où l'employeur s'était déclaré d'accord avec la nouvelle formulation proposée par la recourante "capable d'imposer son point de vue quand il le faut".
5.
5.1. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue à double titre (art. 29 al. 2 Cst. et 6 § 1 CEDH). D'une part, le jugement attaqué se fonderait sur un élément sur lequel elle ne pouvait pas s'attendre et n'avait pas pu s'exprimer, à savoir une accusation de faux dans les titres ou de mensonge (cf. consid. 5.2 infra). Cette motivation serait en outre d'autant plus surprenante que la jurisprudence empêcherait l'employeur d'invoquer après coup des faits qu'il connaissait à l'appui du licenciement immédiat. D'autre part, le jugement attaqué ne traiterait pas certains de ses griefs qui pouvaient avoir une incidence décisive sur l'issue du litige, en particulier ses griefs relatifs à la célérité avec laquelle la décision de résiliation immédiate devait intervenir et l'impossibilité de licencier immédiatement "pour la fin d'un mois" un employé, à tout le moins sans que cela soit dans son intérêt (cf. consid. 5.3 infra). Selon la recourante, le fait que le licenciement était intervenu à 6 jours et non pas immédiatement aurait pourtant permis de démontrer qu'une continuation des rapports de travail était subjectivement possible et qu'il n'y avait ainsi pas de motif de licenciement immédiat. Elle se fonde à cet égard sur un arrêt paru aux ATF 140 I 320 consid. 7.3.
5.2. Il découle notamment du droit d'être entendu que, à titre exceptionnel, les parties doivent être interpellées lorsque le juge envisage de fonder sa décision sur une norme ou une considération juridique qui n'a pas été évoquée au cours de la procédure et dont les parties ne pouvaient pas supputer la pertinence (ATF 131 V 9 consid. 5.4.1 p. 26; 130 III 35 consid. 5 p. 39; 128 V 272 consid. 5b/bb p. 278 et les références; arrêt 2C_695/2018 du 27 mars 2019 consid. 6.1).
En l'espèce, contrairement à ce que soutient la recourante, on ne se trouve pas dans une telle situation. En effet, ce n'est pas la suspicion de faux dans les titres ou de mensonge qui a conduit la juridiction précédente a retenir qu'il existait de justes motifs de résiliation immédiate du contrat de travail, mais la remise tardive des certificats médicaux dont elle a considéré qu'elle avait fragilisé un lien de confiance déjà affecté par les accusations de harcèlement psychologique. Le Tribunal administratif fédéral a d'ailleurs relevé que le certificat médical en cause avait été remis après l'ouverture de la procédure de résiliation immédiate des rapports de travail (consid. 6.3.2.3 de l'arrêt attaqué). Au demeurant, en admettant l'existence de justes motifs, le Tribunal administratif fédéral n'a pas donné au litige une tournure que la recourante n'était pas susceptible d'anticiper.
5.3. Le droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. impose en outre à l'autorité le devoir de motiver sa décision afin que le justiciable puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause. Pour satisfaire à cette exigence, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision (ATF 143 III 65 consid. 5.2; 142 III 433 consid. 4.3.2). Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 142 III 433 consid. 4.3.2; 142 II 154 consid. 4.2). L'art. 6 CEDH ne confère pas une protection plus étendue que celle qui découle, sur le plan interne, de l'art. 29 al. 2 Cst. (ATF 121 I 306 consid. 1b).
En l'occurrence, le Tribunal administratif fédéral a indiqué en détail les motifs qui l'ont conduit à retenir l'existence de justes motifs suffisants de résiliation immédiate des rapports de service (cf. consid. 5.1 à 5.7.3 et 6.1 à 6.7, p. 16 à 27 de l'arrêt entrepris). Au demeurant, l'arrêt auquel la recourante se réfère pour fonder son argumentation selon laquelle le licenciement à 6 jours aurait permis de démontrer que la continuation des rapports de travail était possible n'est pas pertinent puisque celui-ci arrive à la conclusion qu'un employeur de droit public peut octroyer un délai à caractère social ("Sozialfrist") en cas de résiliation immédiate pour justes motifs, pour autant que ce délai demeure clairement inférieur au délai de congé ordinaire et qu'il ne viole pas les intérêts publics (ATF 140 I 320 consid. 7.6, RDFA 2015 I p. 447 s.; ég. résumé in JdT 2015 II p. 120).
5.4. Vu ce qui précède, le grief de violation du droit d'être entendu apparaît mal fondé et doit être écarté.
6.
La recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé le principe de la libre appréciation des preuves (art. 40 PCF en relation avec 19 PA) et d'avoir constaté les faits de manière manifestement inexacte et arbitraire, en considérant le licenciement litigieux comme immédiat alors qu'il était intervenu avec un délai de 6 jours.
Compte tenu de la jurisprudence susmentionnée selon laquelle un employeur de droit public peut octroyer un délai à caractère social en cas de résiliation immédiate des rapports de travail pour justes motifs (ATF 140 I 320 consid. 7.6, RDFA 2015 I p. 447 s.; ég. résumé in JdT 2015 II p. 120), ces griefs doivent être rejetés.
7.
La recourante se plaint ensuite d'une constatation manifestement incomplète et inexacte des faits pertinents ayant conduit le Tribunal administratif fédéral à confirmer la résiliation immédiate des rapports de service. Ses critiques à cet égard se rapportent en résumé au contenu de l'expertise du 28 février 2018 sur les allégations de harcèlement psychologique, au contenu des échanges de SMS de mai et juin 2018 avec son supérieur, au fait qu'elle aurait souhaité réintégrer son équipe et initier une procédure de médiation ainsi qu'à la référence par l'employeur dans son courrier du 21 juin 2018 à l'absence de recours contre la décision concernant les allégations de harcèlement.
Compte tenu de l'issue du litige devant le Tribunal fédéral, les critiques de la recourante n'apparaissent pas de nature à influencer le sort de la cause. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter des faits établis par le Tribunal administratif fédéral.
8.
La recourante se plaint d'une violation de l'art. 10 al. 3 et 4 LPers, en tant que le Tribunal administratif fédéral a considéré qu'il existait un juste motif de licenciement tant sur le plan subjectif qu'objectif, et qu'un avertissement n'était pas nécessaire en l'espèce avant la résiliation des rapports de service.
8.1. En ce qui concerne d'abord les allégations de harcèlement psychologique, il ressort de l'arrêt attaqué que la recourante a fait valoir ses préoccupations auprès de ses supérieurs et que, après l'établissement d'une expertise externe à ce sujet, elle a mandaté un avocat et a demandé une prolongation de délai, mais qu'elle a renoncé à recourir contre la décision de son employeur. Ce faisant, la recourante a certes légèrement retardé la procédure; son comportement ne saurait cependant être qualifié de chicanier. Dès lors que, sur le plan juridique, l'existence d'un harcèlement psychologique au travail est admise à des conditions précises qui n'incluent pas toutes les situations subjectivement stressantes, il apparaît au contraire légitime de solliciter l'avis professionnel d'un mandataire et une décision motivée de l'employeur. S'il est vrai que des allégations de harcèlement psychologique et la procédure qui s'ensuit ne sont pas neutres sur les relations de travail, elles ne constituent pas en l'espèce à elles seules un motif suffisant pour résilier le contrat avec effet immédiat.
8.2. S'agissant ensuite de la remise tardive des certificats médicaux, il convient de relever que, selon les constatations des juges précédents, c'est une résurgence de sa sclérose en plaques qui a causé l'incapacité de travail de la recourante dès le 24 avril 2018 (consid. 4.2.2.1 de l'arrêt attaqué). Il est notoire que cette maladie, dont l'existence était semble-t-il connue de l'employeur ou du moins n'a pas été contestée, est incurable et est susceptible de déclencher des symptômes sur des périodes plus ou moins longues. Entre le 15 mai 2018, jour où l'employeur a rappelé à la recourante que les certificats médicaux devaient être remis sans délai, et le 21 juin 2018, jour où il a ouvert la procédure pour résiliation immédiate, la recourante a remis ses certificats avec un retard de 1 à 3 jours. Compte tenu des caractéristiques de la maladie dont la recourante souffre et de ses évaluations annuelles satisfaisantes depuis le 1 er juillet 2011, ces retards revêtent une importance mineure et ne remplissent pas les conditions pour une résiliation immédiate des rapports de travail selon l'art. 10 al. 4 LPers. Le contexte particulier lié à la tenue d'une procédure pour harcèlement psychologique peu de temps auparavant n'y change rien.
8.3. Compte tenu de ce qui précède, les griefs relatifs à l'art. 10 al. 3 et 4 LPers doivent être admis et l'arrêt du Tribunal administratif fédéral doit être annulé en ce qu'il confirme l'existence de justes motifs de résiliation immédiate des rapports de service. Il convient dès lors de renvoyer la cause à l'instance précédente afin qu'elle statue sur l'octroi du salaire et de l'indemnité pour résiliation immédiate en l'absence de justes motifs (art. 34b LPers).
9.
Il convient encore d'examiner les griefs de la recourante en lien avec son certificat de travail. Celle-ci soutient que le Tribunal administratif fédéral aurait constaté les faits de façon manifestement inexacte en considérant qu'elle avait retiré les conclusions principales de son recours du 4 février 2019 (consid. 3.3.3 et 7 de l'arrêt attaqué), et qu'il aurait ainsi statué ultra petita et violé l'art. 330a al. 1 CO. La recourante n'aurait en effet jamais souhaité retirer les conclusions tendant à la suppression du dernier paragraphe du certificat. A l'appui de ces griefs, elle met en avant ses déterminations sur l'objet du litige dans lesquelles elle indiquait que l'intimée avait très largement abondé dans le sens de ses conclusions subsidiaires, mais pas en totalité; celles-ci n'étaient pas devenues sans objet en raison du différend sur la phrase "qui sait imposer son point de vue quand il le faut".
Alors qu'elle était appelée à se déterminer de façon spécifique sur l'objet du litige à la suite d'échanges avec l'employeur et de la modification du certificat de travail par celui-ci, on pouvait attendre de la recourante, représentée par un mandataire professionnel, qu'elle persiste pour le reste de façon expresse dans ses conclusions principales si telle était sa volonté. Les juges précédents pouvaient ainsi, sans tomber dans l'arbitraire, déduire des déterminations de la recourante relatives à l'objet du litige que celui-ci se limitait désormais à la seule question de savoir si l'employeur pouvait inclure la phrase litigieuse dans le certificat de travail. Il n'y a par conséquent pas lieu de s'écarter de l'appréciation des premiers juges.
10.
Vu l'issue du litige, il se justifie de répartir les frais judiciaires à raison de trois quarts à la charge de l'intimée et d'un quart à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée versera à la recourante une indemnité de dépens réduite dans la même proportion (art. 68 al. 1 LTF). En l'absence de motivation particulière à cet égard et compte tenu du fait que la recourante était représentée par le même mandataire devant l'instance précédente, il n'y a pas lieu de s'écarter du montant usuellement alloué à titre de dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour I du Tribunal administratif fédéral du 18 juin 2019 est annulé en tant qu'il confirme l'existence de justes motifs de résiliation immédiate des rapports de travail. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de l'intimée pour trois quarts, soit 2250 fr., et à la charge de la recourante pour un quart, soit 750 fr.
3.
L'intimée versera à la recourante la somme de 2100 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lucerne, le 2 novembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Paris