Faits :
A.
Par ordonnance pénale du 14 avril 2016, le Ministère public genevois a condamné X._ pour blanchiment aggravé d'argent à une peine privative de liberté de six mois avec sursis pendant cinq ans et a ordonné la confiscation de l'intégralité des avoirs se trouvant sur le compte n° xxx dont la fondation A._ était titulaire auprès de la banque B._ (environ 3'100'000 USD).
B.
Le 25 avril 2016, la fondation A._ et X._ ont formé opposition à l'ordonnance pénale du 14 avril 2016.
Par mandat de comparution adressé le 11 juillet 2016 à son domicile élu, chez son conseil, à Genève, la fondation A._ a été convoquée à une audience, fixée au lundi 5 septembre 2016 pour être entendue en qualité de tiers saisi; il était précisé que sa présence était facultative.
A la suite d'une demande de report d'audience de la part de l'avocate de la fondation A._, le ministère public genevois a convoqué la fondation A._ à une nouvelle audience, fixée au 13 septembre 2016, par mandat de comparution adressé au domicile élu du conseil de la fondation A._. Il précisait que cette audience remplaçait celle du 5 septembre 2016 et que la présence de la fondation A._ était indispensable; il n'était pas mentionné qu'en cas d'absence non excusée de la fondation A._ à l'audience, l'opposition serait réputée retirée. L'avis d'audience adressé le même jour à l'avocate de la fondation A._ mentionnait que la présence de sa mandante était indispensable.
Le 13 septembre 2016, le conseil de la fondation A._, elle-même comparant par une autre avocate, a déclaré représenter la fondation A._. Cette avocate a présenté une procuration de l'Ordre des avocats de Genève, précisant qu'elle transmettrait dès que possible une résolution de sa mandante qui allait lui accorder un pouvoir de représentation limité à la présente procédure pénale. Le 27 septembre 2016, le conseil de la fondation A._ a transmis au Procureur genevois une " Board Resolution " de sa mandante qui donnait à son étude tous pouvoirs de comparaître en son nom et pour son compte dans le cadre de la procédure diligentée contre X._; le document transmis précisait que l'étude du conseil de la fondation A._ avait le pouvoir de représenter son conseil d'administration dès le 13 septembre 2016.
C.
Par ordonnance du 27 septembre 2016, le Ministère public genevois a constaté le retrait de l'opposition que la fondation A._ avait formée contre l'ordonnance pénale.
D.
Par arrêt du 6 avril 2017, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par la fondation A._.
E.
Contre ce dernier arrêt, la fondation A._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à ce que son opposition soit déclarée valable et à ce qu'il soit ordonné au Ministère public genevois d'entrer en matière sur dite opposition. A titre subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. En outre, elle sollicite l'effet suspensif.
Par ordonnance du 29 mai 2017, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a refusé l'effet suspensif.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale y a renoncé, alors que le ministère public a déposé des observations et conclu au rejet du recours. Celles-ci ont été communiquées à la recourante qui a répliqué.
Considérant en droit :
1.
Selon l'art. 81 al. 1 LTF, quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b) a qualité pour former un recours en matière pénale. Cette disposition donne une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale. La liste figurant sous la let. b énumère les cas ordinaires où la condition de l'intérêt juridique à recourir est en principe réalisée. Elle n'est toutefois pas exhaustive (FF 2001 p. 4115 s.). Le Tribunal fédéral a reconnu la qualité pour former un recours en matière pénale à celui qui s'opposait à la confiscation d'avoirs bancaires lui appartenant, admettant qu'il avait un intérêt juridiquement protégé à ce que la décision fut annulée ou modifiée (ATF 133 IV 278 consid. 1.3 p. 282; sous l'ancien droit, cf. ATF 108 IV 154 consid. 1a p. 155 s.; 122 IV 365 consid. 1a/bb p. 368; 128 IV 145 consid. 1a p. 148). La recourante a ainsi la qualité pour recourir.
2.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu qu'elle avait fait défaut lors de l'audience du 13 septembre 2016.
2.1. La cour cantonale a considéré que l'avocate, employée de l'étude, qui n'avait présenté qu'une procuration de l'Ordre des avocats de Genève, mais qui avait exposé qu'elle transmettrait dès que possible une résolution de sa mandante lui accordant un pouvoir de représentation limité à la présente procédure pénale, n'avait pas valablement représenté la recourante le 13 septembre 2016, de sorte que celle-ci devait être considérée comme défaillante. A titre subsidiaire, elle a ajouté que la façon d'agir de la recourante était constitutive d'un abus de droit, car la comparution personnelle avait pour but d'interroger une personne, qu'elle soit physique ou morale, sur sa connaissance spécifique et directe des faits et non son conseil, qui n'en avait qu'une connaissance indirecte. Enfin, elle a mentionné que, par son comportement, la recourante avait démontré son désintérêt pour la suite de la procédure. En effet, la recourante avait eu connaissance de la convocation et des conséquences d'un défaut; même si la convocation ne mentionnait pas ces conséquences, son conseil ne pouvait l'ignorer et devait l'en informer, étant précisé qu'il est établi que ce dernier avait été en contact avec elle avant l'audience.
La recourante conteste que l'employée de l'étude ne disposât pas des pouvoirs pour la représenter. En effet, selon la recourante, conformément aux art. 154 ss LDIP et au droit en vigueur à C._, la résolution du conseil d'administration ratifiait tous les actes entrepris par l'employée de l'Etude mandatée, y compris sa participation à l'audience du 13 septembre 2016, de sorte que l'employée en question, agissant en tant qu'organe de la recourante, avait exprimé la volonté de la recourante de maintenir l'opposition faite à l'ordonnance pénale. La recourante nie que sa façon d'agir ait été constitutive d'un abus de droit. Elle explique qu'une personne morale doit être représentée par ses organes et que la qualité d'organe, reconnue à une personne physique, n'implique pas forcément que celle-ci ait une connaissance spécifique et directe des faits en cause. Elle conteste avoir démontré par son comportement son désintérêt pour la suite de la procédure et avoir été consciente des conséquences du défaut. Enfin, selon la recourante, en faisant valoir la fiction de l'art. 355 al. 2 CPP, la cour cantonale aurait, de toute façon, contrevenu au droit fédéral, dès lors que la recourante a son siège à l'étranger et que, dans un tel cas, cette fiction est sans portée.
2.2. Selon l'art. 355 CPP, en cas d'opposition à l'ordonnance pénale, le ministère public administre les autres preuves nécessaires au jugement de l'opposition (al. 1). Si l'opposant, sans excuse, fait défaut à une audition malgré une citation à comparaître, son opposition est réputée retirée (al. 2). On ne saurait parler de défaut non excusé au sens de l'art. 355 al. 2 CPP lorsque l'opposant n'a pas été convoqué conformément à la loi (cf. arrêt 6B_652/2013 du 26 novembre 2013 consid. 1.4.1; 6B_552/2015 du 3 août 2016 consid. 2.2).
L'ordonnance pénale est une proposition de résolution extrajudiciaire d'une affaire pénale, qui ne respecte pas les garanties minimales de procédure, en particulier l'accès à un juge indépendant. Elle n'est admissible que si le prévenu l'accepte en ne formulant pas d'opposition et qu'il renonce par là à son droit à un examen par un tribunal. Compte tenu de l'importance fondamentale de l'opposition, la fiction de son retrait posée à l'art. 355 al. 2 CPP doit être interprétée de manière restrictive (ATF 140 IV 82 consid. 2.3 p. 84; arrêt 6B_152/2013 du 27 mai 2013, consid. 4.5; cf. CHRISTIAN DENYS, Ordonnance pénale: questions choisies et jurisprudence récente, in SJ 2016 II 125, 132 s.).
Selon la jurisprudence, il faut d'abord que le prévenu ait eu une connaissance effective de la convocation à l'audience et des conséquences du défaut, l'abus de droit étant réservé (ATF 140 IV 82 consid. 2.7 p. 86; arrêt 6B_397/2015 du 26 novembre 2015 consid. 1.2). En outre, selon une interprétation conforme à la Constitution, la fiction légale du retrait de l'opposition ne peut s'appliquer que si l'on peut déduire du défaut non excusé un désintérêt pour la suite de la procédure pénale (ATF 140 IV 86 consid. 2.6; ATF 140 IV 82 consid. 2.5; arrêt 6B_152/2013 du 27 mai 2013 consid. 4.5.4).
La jurisprudence a précisé, en outre, que l'art. 355 al. 2 CPP n'avait pas d'effet à l'étranger. Lorsque le prévenu est domicilié à l'étranger, les autorités suisses ne peuvent pas lui faire parvenir une citation à comparaître assortie de menaces de sanctions; si elles le font, elles violent la souveraineté de l'Etat étranger. Ce que les personnes résidant dans un autre Etat doivent faire ou éviter de faire est défini par l'Etat en question. Dans la mesure où les autorités suisses veulent atteindre un prévenu séjournant à l'étranger, elles ne peuvent le faire qu'avec la collaboration et l'accord de l'Etat étranger. Elles doivent par conséquent demander l'entraide judiciaire (cf. ATF 140 IV 86 consid. 2.4 p. 89; arrêt 6B_404/2014 du 5 juin 2015 consid. 1.3, in SJ 2016 I 61). Les citations que les autorités suisses font parvenir à un prévenu séjournant à l'étranger représentent une invitation dans la procédure à laquelle le prévenu peut donner suite ou non sans en subir de préjudice; la fiction de retrait de l'opposition à l'ordonnance pénale est ainsi inopérante (cf. ATF 140 IV 86 consid. 2.4 et 2.5 p. 91; arrêt 6B_404/2014 du 5 juin 2015 consid. 1.3, in SJ 2016 I 61). Une notification par voie édictale (cf. art. 88 CPP) ne permet pas de déroger à cette solution en cas de domicile à l'étranger, sans compter qu'un tel mode de citation n'implique pas une connaissance effective de la convocation et des conséquences du défaut (cf. arrêt 6B_404/2014 du 5 juin 2015 consid. 1.3, in SJ 2016 I 61).
2.3. En l'espèce, la recourante a son siège à C._. Partant, la fiction de retrait de l'opposition à l'ordonnance pénale fondée sur l'art. 355 al. 2 CPP est inopérante, quel que soit le mode de communication. C'est à tort que la cour cantonale a considéré que le mandat de comparution assorti de menaces de sanctions était valable, au motif qu'il n'avait pas été notifié à l'étranger, mais qu'il avait été envoyé à l'adresse de notification de l'étude genevoise. En effet, la souveraineté de l'Etat étranger est violée, non pas parce qu'une citation à comparaître a franchi la frontière, mais parce que la personne qui séjourne à l'étranger est soumise à une contrainte. Ainsi, le Tribunal fédéral a jugé qu'une notification par voie édictale ne permettait pas de déroger aux principes posés à l'ATF 140 IV 86, alors même que, dans ce cas, aucune citation à comparaître n'avait, par définition, franchi la moindre frontière. Pour le surplus, l'arrêt cité par la cour cantonale (arrêt 6B_673/2016 du 19 octobre 2016) n'est pas pertinent, car, en l'espèce, l'opposant était sans domicile fixe, et non domicilié à l'étranger. Le recours doit donc être admis déjà pour ce motif.
En outre, c'est à tort que la cour cantonale a retenu que la recourante, assistée d'un conseil, devait connaître les conséquences de son défaut et qu'en ne se faisant pas représenter valablement à l'audience du 13 septembre 2016, elle avait manifesté son désintérêt pour la suite de la procédure pénale. En effet, lorsqu'elle a pris connaissance du mandat de comparution pour l'audience du 5 septembre 2016, l'avocate de la recourante a demandé le report de l'audience, précisant qu'elle tenait absolument à défendre les intérêts de la recourante. Par courrier du 31 août 2016, elle a appuyé la demande de report d'audience formée par le conseil de X._, au motif qu'il était essentiel pour sa mandante de participer aux auditions de ce dernier afin de défendre ses intérêts. Lors de l'audience du 13 septembre 2016, la recourante a envoyé une représentante, qui avait pour tâche de comparaître en son nom et pour son compte. Enfin, le conseil d'administration de la recourante a émis une résolution qui ratifiait, pour le bon ordre, les actes accomplis par l'employée de l'Etude et qui autorisait cette dernière à mener ce procès pour son compte. Dans ces circonstances, on ne peut pas affirmer que la recourante s'est désintéressée de la procédure pénale dirigée contre elle et faire application de l'art. 355 al. 2 CPP. En confirmant le constat du retrait d'opposition au motif que la recourante ne s'est pas présentée à l'audience du 13 septembre 2016, la cour cantonale a violé l'art. 355 al. 2 CPP. Le recours doit donc également être admis pour ce second motif.
3.
Le recours doit être admis pour ces deux motifs, sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
La recourante qui obtient gain de cause ne supporte pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera à la recourante la somme de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 2 mai 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin