Faits :
A.
A.a. La société A._, inscrite au registre du commerce du canton de Lucerne depuis 2007, a notamment pour but l'importation et l'exportation de marchandises diverses, en particulier de tabac. Selon ses déclarations, elle a conclu en 2014 trois contrats de durée indéterminée avec trois sociétés en Suisse selon lesquels elle s'engageait à leur fournir en exclusivité du tabac pour pipe à eau.
A._ a constitué un stock de tabac pour pipe à eau au port franc d'Embrach. D'après ses indications, ce stock s'élevait, en avril 2015, à 132'594 kg de tabac pour pipe à eau de différentes marques en emballages déjà conditionnés pour le marché suisse de 50 gr., 250 gr. et 1 kg. En outre, 684 kg relatifs à d'autres commandes seraient arrivés après le 1er mai 2015. A._ avait également un stock à Flühli.
A.b. La société B._ SA, inscrite au registre du commerce de la République et canton de Genève depuis 2014, est active dans la vente et l'achat (import-export) de tabac, de cigarettes et de marchandises diverses.
Selon ses déclarations, B._ a passé trois commandes en mars et avril 2015 de tabac pour pipe à eau auprès d'une société sise aux Emirats Arabes Unis: le 21 mars, une commande de 21'990 kg, le 19 avril de 6'760 kg et le 22 avril de 3'042 kg. Elle aurait annulé par la suite la commande du 22 avril 2015. La marchandise, destinée à une société genevoise active dans le commerce du tabac (C._ Sàrl), avait été entreposée dans les Ports Francs et Entrepôts de Genève SA.
A.c. L'art. 10 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 1969 sur l'imposition du tabac (LTab; RS 641.3), dans sa version en vigueur jusqu'au 31 août 2017 (RO 2009 5561), prévoyait que l'impôt était fixé: "pour les cigarettes, cigares et cigarillos, par pièce et en pour-cent du prix de vente au détail (let. a); pour le tabac à coupe fine, par kilogramme et en pour-cent du prix de vente au détail (let. b) et pour le tabac à fumer autre que le tabac à coupe fine et pour les autres tabacs manufacturés, ainsi que pour le tabac à mâcher et à priser, en pour-cent du prix de vente au détail (let. c) ". Le tarif d'impôt diffère pour chacune de ces catégories (cf. art. 11 al. 1 LTab et annexes fixant les tarifs).
La loi donne pour tâche au Conseil fédéral de définir la notion de "tabacs manufacturés" (art. 1 al. 2 LTab), ce qu'il a fait à l'art. 2 de l'ordonnance du 14 octobre 2009 sur l'imposition du tabac (OITab; RS 641.311).
Le 29 avril 2015, le Conseil fédéral a modifié l'art. 2 OITab. Il a ajouté l'art. 2 al. 6 OITab, qui a assimilé le tabac pour pipe à eau au tabac à coupe fine. Alors que l'imposition du tabac pour pipe à eau était de l'ordre de 5 fr. environ par kg (12 % sur un prix de vente au détail de l'ordre de 43 fr.), l'assimilation a eu pour conséquence que l'impôt s'élève désormais à environ 80 fr. par kg (cf. annexe III LTab: "l'impôt se monte à 38 fr. 00 par kg et à 25 % du prix de vente au détail, mais à 80 fr. 00 au moins par kg").
L'ordonnance relative à cette modification a été publiée le 30 avril 2015, selon la procédure extraordinaire (cf. art. 7 al. 3 de la loi fédérale du 18 juin 2004 sur les recueils du droit fédéral et la Feuille fédérale [loi sur les publications officielles, LPubl; RS 170.512] dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2015 [RO 2004 4929]). L'art. 2 al. 6 OITab est entré en vigueur le 1er mai 2015 (RO 2015 1249).
En 2014, les importations de tabac pour pipe à eau en Suisse se sont élevées à 856 tonnes. Au moment de l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab, la consommation indigène annuelle de tabac pour pipe à eau était estimée à 60 tonnes.
B.
B.a. Le 6 août 2015, A._ a importé 960 kg de tabac pour pipe à eau. Par décision du 12 août 2015, confirmée le 12 janvier 2016 par la Direction d'arrondissement douanière, le bureau de douane compétent a taxé cette importation pour un montant de 86'226 fr. 70, en application notamment de l'art. 2 al. 6 OITab tel qu'adopté par le Conseil fédéral le 29 avril 2015. SGT a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral.
B.b. Le 20 août 2015, B._ a importé 18 kg de tabac pour pipe à eau. Taxée par décision du 20 août 2015, confirmée le 22 juin 2016 par la Direction d'arrondissement douanière, pour un montant de 1'616 fr. 75 correspondant au nouveau calcul de l'impôt en application de l'art. 2 al. 6 OITab, la société B._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral.
B.c. Le 17 juin 2016, le Conseil fédéral a adopté le message relatif à la modification de la loi sur l'imposition du tabac (FF 2016 4971). Il a notamment proposé d'imposer dans la loi le tabac pour pipe à eau de la même manière que le tabac à coupe fine. Le 17 mars 2017, le Parlement a adopté la modification de la loi sur l'imposition du tabac (RO 2017 4041).
B.d. Par arrêt du 6 avril 2017 (A-882/2016), le Tribunal administratif fédéral a admis le recours formé par A._ contre la taxation fondée sur l'art. 2 al. 6 OITab. Il a retenu que cette disposition, en tant qu'elle assimilait le tabac pour pipe à eau au tabac à coupe fine, sortait du cadre législatif en vigueur au moment de l'importation.
B.e. Le 1er septembre 2017, la modification de la loi sur le tabac est entrée en vigueur (RO 2017 4041). L'art. 10 al. 1 let. b LTab prévoit dorénavant que l'impôt est fixé: "pour le tabac à coupe fine et le tabac pour pipe à eau, par kilogramme et en pour-cent du prix de vente au détail". Le titre de l'annexe III de la LTab relative aux tarifs a également été changé en "Tarif d'impôt pour le tabac à coupe fine et le tabac pour pipe à eau". L'art. 2 al. 6 OITab a été maintenu dans l'ordonnance.
B.f. Par arrêt du 5 mars 2018 (A-5193/2016), le Tribunal administratif fédéral a admis le recours formé par B._ contre la décision de taxation des 18 kg de tabac pour pipe à eau au taux prescrit par l'art. 2 al. 6 OITab, pour les mêmes motifs que ceux exposés dans son arrêt du 6 avril 2017 relatif à la société A._.
B.g. Contre les arrêts des 6 avril 2017 et 5 mars 2018 du Tribunal administratif fédéral, l'Administration fédérale des douanes a recouru au Tribunal fédéral.
Par arrêt du 11 octobre 2018 rendu dans la cause relative à la société B._ (2C_343/2018), le Tribunal fédéral a rejeté le recours. Il a confirmé qu'"en assimilant le tabac pour pipe à eau au tabac à coupe fine, alors que le premier ne présent[ait] pas les caractéristiques du second, le Conseil fédéral a[vait] outrepassé les limites des pouvoirs qui lui [étaient] conférés par la loi sur le tabac" (consid. 4.6) et que c'était à bon droit que le Tribunal administratif fédéral avait "considéré que l'imposition de l'importation de 18 kg de tabac pour pipe à eau en 2015 ne pouvait pas être effectuée sur la base du tarif de l'annexe III relatif au tabac à coupe fine, mais devait l'être sur la base du tarif de l'annexe IV relatif aux autres tabacs manufacturés" (consid. 4.7).
B.h. A la suite de cet arrêt, l'Administration fédérale des douanes a retiré son recours dans la cause relative à la société A._, ce dont le Tribunal fédéral a pris acte par ordonnance du 13 novembre 2018 (ordonnance 2C_454/2017 du 13 novembre 2018).
B.i. Les importations de 960 kg de tabac pour pipe à eau par A._, respectivement de 18 kg par B._, effectuées en août 2015, ont été imposées selon l'ancien taux et l'Administration fédérale des douanes a remboursé la différence aux sociétés. Pour A._, l'imposition s'est élevée à 11'385 fr. 10 (remboursement de 74'841 fr.) et pour B._ à 172 fr. 80 (remboursement de 1'435 fr. 85).
C.
C.a. Le 10 avril 2019, A._ a requis que ses stocks de tabac encore entreposés au port franc à Embrach soient taxés selon le taux d'imposition en vigueur avant le 1er mai 2015. Elle avait déjà formulé des requêtes similaires le 25 avril 2017 et le 7 juillet 2017, qui n'avaient pas abouti (cf. en dernier lieu arrêt du Tribunal administratif fédéral A-601/2018 du 6 novembre 2018).
Par décision en constatation du 10 juillet 2019, confirmée sur opposition par l'Administration fédérale des douanes le 11 septembre 2020, la Direction d'arrondissement douanière a décidé que la taxation des 59'468.4 kg de tabac pour pipe à eau encore entreposés serait effectuée conformément à la législation en vigueur le jour de l'acceptation de la déclaration en douane, respectivement au moment de la sortie du dépôt franc sous douane, soit sur la base de la LTab révisée. A._ a formé un recours contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif fédéral (cause A-5106/2020). La cause est pendante.
C.b. Le 26 février 2019, B._ a requis que les 28'732 kg de tabac pour pipe à eau encore entreposés dans les Ports Francs & Entrepôts de Genève SA soient taxés selon le taux d'imposition en vigueur avant le 1er mai 2015. Par décision du 23 novembre 2020 rendue sur opposition, l'Administration fédérale des douanes a confirmé que la taxation serait effectuée selon la législation en vigueur le jour de l'acceptation de la déclaration en douane, respectivement au moment de la sortie du dépôt franc sous douane. Le recours formé par B._ contre ce prononcé est pendant auprès du Tribunal administratif fédéral (A-231/2020).
D.
D.a. Le 13 novembre 2019, A._ a déposé auprès du Département fédéral des finances une demande de dommages-intérêts et d'indemnité pour tort moral contre la Confédération suisse pour un montant de 43'087'625 fr., avec intérêts, dirigée contre l'activité des membres du Conseil fédéral, d'une part, et contre l'activité de l'Administration fédérale des douanes, d'autre part. En substance, A._ reprochait au Conseil fédéral d'avoir adopté l'art. 2 al. 6 OITab et à l'Administration fédérale des douanes d'avoir appliqué cette disposition à sa situation.
Par décision incidente du 6 décembre 2019, le Département fédéral des finances a disjoint la demande en responsabilité et a suspendu l'instruction de la demande en tant qu'elle visait l'activité de l'Administration fédérale des douanes, jusqu'à droit connu sur la demande en responsabilité dirigée contre le Conseil fédéral.
D.b. Le 10 octobre 2019, B._ a déposé devant le Tribunal fédéral une demande de dommages-intérêts et d'indemnité pour tort moral à l'encontre du Conseil fédéral, chiffrée à 3'709'621 fr., avec intérêts. Cette demande repose sur la responsabilité alléguée du Conseil fédéral du fait de l'adoption et de la mise en vigueur de l'art. 2 al. 6 OITab. A la même date, B._ a déposé devant le Département fédéral des finances une demande de dommages-intérêts et d'indemnité pour tort moral, d'un même montant, dirigée contre l'Administration fédérale des douanes et reprochant à celle-ci d'avoir appliqué l'art. 2 al. 6 OITab.
Le 23 octobre 2019, le Tribunal fédéral a transmis au Département fédéral des finances comme objet sa compétence la demande de B._ (arrêt 2E_3/2019 du 23 octobre 2019). Le 5 novembre 2019, B._ a augmenté devant le Département fédéral des finances le montant de sa demande à 8'377'390 fr. Elle a par ailleurs sollicité la jonction des deux demandes en responsabilité. Par décision incidente du 6 décembre 2019, le Département fédéral des finances a refusé de joindre la demande en responsabilité dirigée contre l'Administration fédérale des douanes avec celle dirigée contre le Conseil fédéral et a suspendu l'instruction de la première jusqu'à droit connu sur la deuxième.
D.c. Le 12 février 2020, le Conseil fédéral a adopté les prises de position (cf. art. 3 de l'ordonnance du 30 décembre 1958 relative à la loi sur la responsabilité [ci-après: OLRCF]; RS 170.321) sur les demandes formées par A._ et B._ en tant qu'elles visaient l'activité de ses membres. Il a indiqué aux deux sociétés ne pas pouvoir donner une suite favorable.
E.
En parallèle, A._ et B._ ainsi qu'une troisième société, D._, ont déposé une plainte contre inconnu auprès du Ministère public de la Confédération suisse pour abus d'autorité, gestion déloyale contre les intérêts publics et violation du secret de fonction, du fait de l'introduction de l'art. 2 al. 6 OITab. Le 24 janvier 2020, le Ministère public de la Confédération suisse a rendu une ordonnance de non-entrée en matière. Celle-ci a été confirmée par la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral le 12 mai 2020. Cette décision est définitive.
F.
F.a. Le 12 août 2020, A._ (ci-après: la demanderesse 1) a déposé devant le Tribunal fédéral une demande de dommages-intérêts et tort moral contre la Confédération suisse, dirigée à l'encontre des membres du Conseil fédéral, en concluant principalement au paiement de la somme de 16'915'674 fr. 75, avec intérêt à 5 % l'an dès le 12 août 2020 (cause référencée 2E_3/2020).
F.b. A la même date, B._ (ci-après: la demanderesse 2) a aussi déposé devant le Tribunal fédéral une demande de dommages-intérêts et tort moral contre la Confédération suisse, dirigée contre les membres du Conseil fédéral, en concluant principalement au paiement de 4'405'964 fr., avec intérêt à 5 % l'an dès le 12 août 2020 (cause référencée 2E_4/2020).
F.c. Les demanderesses ont pris diverses conclusions préalables et requis plusieurs mesures d'instruction. Au fond, chaque demande repose sur la même base, à savoir la responsabilité alléguée des membres du Conseil fédéral du fait de l'introduction le 29 avril 2015 de l'art. 2 al. 6 OITab sans base légale suffisante et de sa mise en vigueur immédiate au 1er mai 2015, qui les aurait empêchées d'importer leurs stocks de tabac au taux en vigueur précédemment.
F.d. Par ordonnance du 2 février 2021, la Juge déléguée a joint les causes 2E_3/2020 et 2E_4/2020, comme demandé par les demanderesses, tout en rejetant les autres demandes de jonction présentées. Elle a par ailleurs rejeté la requête de suspension de l'instruction jusqu'à droit connu sur les causes A-5106/2020 et A-231/2020 (cf. point C supra) formée par la Confédération suisse, agissant par le Département fédéral des finances (ci-après: la Confédération ou la défenderesse).
F.e. Le 8 mars 2021, la Confédération a conclu au rejet des actions des demanderesses, sous suite de frais.
F.f. Les demanderesses ont répliqué le 3 mai 2021, en persistant dans leurs conclusions et réquisitions de preuve et en formulant en outre une nouvelle demande d'audition. La Confédération a dupliqué le 11 juin 2021, en concluant au rejet des demandes, sous suite de frais.
F.g. Le 11 mai 2021, A._ a adressé au Tribunal fédéral une requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles tendant à être autorisée à importer et à mettre sur le marché la totalité de son stock de tabac pour pipe à eau déposé au port franc d'Embrach avec une taxation selon le régime applicable avant la modification de l'art. 2 al. 6 OITab. Par ordonnance du 14 mai 2021, la Juge déléguée a déclaré cette requête irrecevable dans la mesure où elle n'était pas sans objet. Par arrêt du 19 août 2021, la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre cette ordonnance (2E_2/2021).
G.
G.a. L'audience de débats préparatoires a eu lieu le 24 août 2021. Lors de cette audience, la Juge déléguée a notamment décidé, en accord avec les parties, de limiter dans un premier temps la procédure à la question du principe de la responsabilité.
Les demanderesses ont persisté dans leurs réquisitions de preuve et dans leurs conclusions.
A l'exception de l'audition des demanderesses, la Confédération s'est opposée aux réquisitions de preuve. Elle a persisté dans ses conclusions.
G.b. Par ordonnance du 13 septembre 2021, la Juge déléguée a renoncé en l'état à procéder à d'autres actes d'instruction, en indiquant les motifs, et a prononcé la clôture de la procédure préparatoire.
Le 30 septembre 2021, les demanderesses ont persisté dans leur demande d'administration de diverses preuves.
Par ordonnance du 11 octobre 2021, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a indiqué aux demanderesses que les réquisitions de preuve seraient traitées par le Tribunal lors de l'audience de débats principaux. Il a convoqué les parties à cette audience.
H.
H.a. L'audience de débats principaux, limitée, d'entente avec les parties, au principe de la responsabilité, a eu lieu le 11 novembre 2021.
H.b. Les demanderesses ont maintenu sept des neuf réquisitions de preuve formulées dans leur courrier du 30 septembre 2021. La défenderesse a conclu au rejet des réquisitions.
Après avoir délibéré, le Tribunal fédéral a rejeté les réquisitions de preuve, renvoyant pour la motivation complète au présent arrêt.
H.c. Les parties ont plaidé. Les demanderesses et la défenderesse ont maintenu leurs conclusions respectives.
Considérant en droit :
1.
La présente action est formée contre les membres du Conseil fédéral, auxquels les demanderesses reprochent d'avoir commis un acte illicite en adoptant le 29 avril 2015 l'art. 2 al. 6 OITab et en fixant son entrée en vigueur au 1er mai 2015.
1.1. D'après l'art. 120 al. 1 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît par voie d'action en instance unique des prétentions portant sur des dommages-intérêts ou sur une indemnité à titre de réparation morale résultant de l'activité officielle de personnes visées à l'art. 1 al. 1 let. a à cbis de la loi fédérale du 14 mars 1958 sur la responsabilité de la Confédération, des membres de ses autorités et de ses fonctionnaires (Loi sur la responsabilité; LRCF; RS 170.32). L'art. 10 al. 2 LRCF a la même teneur que l'art. 120 al. 1 let. c LTF.
Selon l'art. 1 al. 1 let. b LRCF, cette loi est applicable à l'activité officielle des membres du Conseil fédéral. Il n'est pas nécessaire de désigner spécifiquement les membres du Conseil fédéral auxquels est reproché un comportement illicite; la responsabilité du Conseil fédéral en tant qu'autorité collégiale peut être engagée (cf. ATF 93 I 67; 91 I 449 consid. 1; cf. arrêt 2A.511/2005 du 16 février 2009 consid. 5.6).
1.2. La procédure d'action est régie, selon l'art. 120 al. 3 LTF, par la loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale (PCF; RS 273). Cette loi est pour sa part complétée par les chapitres 1, 2 et 6 LTF, sauf disposition contraire (art. 1 al. 2 PCF).
1.3. Les demandes ont été déposées dans les formes prévues par la loi (art. 23 PCF; art. 42 LTF) et dans le délai de péremption de six mois dès les prises de position du 12 février 2020, par lesquelles le Conseil fédéral a contesté la demande déposée le 13 novembre 2019 (demanderesse 1) et celle du 10 octobre, complétée le 5 novembre 2019 (demanderesse 2) (cf. art. 20 al. 3 LRCF et art. 3 al. 1 et 2 OLRCF).
Partant, les actions sont en principe recevables.
2.
Statuant en instance unique dans le cadre de la procédure d'action selon l'art. 120 LTF, le Tribunal fédéral dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait comme en droit (cf. ATF 129 I 419 consid. 1, confirmé in ATF 136 IV 139 consid. 1.4; 131 I 266 consid. 2.3).
3.
Les demanderesses ont introduit leur demande en dommages-intérêts et réparation du tort moral le 10 octobre 2019 (demanderesse 2), respectivement le 13 novembre 2019 (demanderesse 1).
3.1. Selon l'ancien art. 20 al. 1 LRCF (RO 1958 1483), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2019, l'action contre la Confédération était soumise à un délai relatif d'un an depuis la connaissance du dommage et absolu de dix ans à compter de l'acte dommageable. Ces délais étaient qualifiés de délais de péremption et devaient être examinés d'office (ATF 136 II 187 consid. 6; 133 V 14 consid. 6; arrêt 2C_245/2018 du 21 novembre 2018 consid. 4.1). Depuis le 1er janvier 2020 (RO 2018 5343), l'action contre la Confédération est soumise aux délais de prescription du code des obligations (art. 20 al. 1 LRCF; RO 2018 5343; art. 60 al. 1 CO, trois ans depuis la connaissance du dommage et dix ans à compter du fait dommageable).
3.2. En l'espèce, les demanderesses ont introduit leur demande dans un délai d'un an à compter de l'arrêt du Tribunal fédéral constatant le caractère illégal de l'art. 2 al. 6 OITab dans la cause B._ (arrêt du 13 octobre 2018), respectivement de l'ordonnance du Tribunal fédéral prenant acte du retrait du recours de l'Administration fédérale des douanes dans la cause A._ (ordonnance du 13 novembre 2018). Ce faisant, elles ont sauvegardé le délai relatif d'un an applicable. Ce point n'est au demeurant pas remis en cause par la défenderesse.
4.
4.1. Dans leur demande en responsabilité des 10 octobre et 13 novembre 2019, les demanderesses se sont prévalues de l'arrêt du Tribunal fédéral du 11 octobre 2018 (2C_343/2018) constatant que l'art. 2 al. 6 OITab ne reposait pas sur une base légale suffisante. En substance, elles ont allégué que les membres du Conseil fédéral étaient responsables des dommages et tort moral qu'elles avaient subis en raison de l'augmentation illégale des tarifs taxant l'importation de tabac pour pipe à eau.
4.2. Dans ses prises de position du 12 février 2020, le Conseil fédéral a exposé n'avoir méconnu aucune des prescriptions importantes de ses devoirs de fonction dans l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab. Il a relevé que la modification de l'OITab avait fait l'objet d'une consultation des offices et d'une procédure de co-rapport. Avant d'ouvrir la consultation des offices, la Communauté du commerce suisse en tabacs avait été consultée et ne s'était pas opposée à la modification. Lors de la consultation, l'Office fédéral de la justice avait émis des réserves quant à la constitutionnalité de la modification prévue, réserves qui avaient été signalées lors de la procédure de co-rapport. Tout en étant conscient de ces réserves, le Conseil fédéral avait finalement adopté la modification de l'OITab, pour protéger la santé publique, pour mettre un terme au plus vite à la contrebande liée au tabac pour pipe à eau et pour éviter que la Suisse ne devienne la plaque tournante du trafic illégal de cette marchandise.
Le Conseil fédéral a par ailleurs nié tout dommage, en relevant, d'une part, que les kilos de tabac importés en août 2015 par les demanderesses avaient été taxés à l'ancien taux et, d'autre part, que les intéressées ne sauraient se prévaloir d'un dommage en lien avec les marchandises qui n'ont pas été importées.
4.3. Dans leur demande du 12 août 2020 adressée au Tribunal fédéral, les demanderesses font valoir que le Conseil fédéral a commis un acte illicite. Pour elles, le fait que le Conseil fédéral ait décidé d'adopter l'art. 2 al. 6 OITab nonobstant l'avis très clair de l'Office fédéral de la justice selon lequel cet article ne respectait pas le principe de la légalité constituerait une violation des devoirs de fonction d'une gravité suffisante pour admettre l'engagement de la responsabilité de l'Etat. Les buts d'intérêt public évoqués pour justifier la nouvelle disposition, à savoir protéger la santé publique, mettre fin au commerce illégal de tabac pour pipe à eau et protéger la réputation de la Suisse, n'auraient en outre pas été atteints. Les demanderesses voient également dans les agissements du Conseil fédéral un abus de droit et une fraude à la loi.
S'agissant des atteintes causées par le prétendu acte illicite, les demanderesses estiment que la modification de l'OITab décidée par le Conseil fédéral a entraîné une violation de leur droit à la vie privée tel que consacré à l'art. 8 CEDH, qui garantirait selon elles le droit d'exercer librement une activité économique, de leur liberté économique (art. 27 Cst.) et du droit de propriété (art. 26 al. 1 Cst.). D'après elles, la modification de l'OITab aurait eu un effet confiscatoire en vidant de sa substance, tant du point de vue de leur valeur que de leur finalité, leurs stocks de tabac, et les aurait privées de leur activité économique, ce qui reviendrait à une expropriation matérielle sans indemnité. Les demanderesses se prévalent également de l'art. 17 CEDH, d'après lequel "aucune des dispositions de la présente Convention ne peut être interprétée comme impliquant pour un Etat, un groupement ou un individu, un droit quelconque de se livrer à une activité ou d'accomplir un acte visant à la destruction des droits ou libertés reconnus dans la présente Convention ou à des limitations plus amples de ces droits et libertés que celles prévues à ladite Convention".
Par ailleurs, selon les demanderesses, le choix du Conseil fédéral de publier la modification de l'OITab par la procédure extraordinaire, conduisant à l'application immédiate de l'OITab, ne leur aurait laissé aucune possibilité de réagir et de s'organiser. Elle estiment que cette entrée en vigueur immédiate a emporté violation du principe d'égalité de traitement entre concurrents et une discrimination interdite par la Constitution et la CEDH (art. 8, 27 et 94 Cst., art. 14 CEDH), car les membres de la Communauté suisse du tabac avaient, contrairement à elles, été tenus informés de la modification envisagée. La demanderesse 1 voit en outre dans l'adoption et la mise en vigueur immédiate de l'art. 2 al. 6 OITab une mesure la ciblant directement, étant donné qu'elle était un des plus grands importateurs de tabac pour pipe à eau et que la Direction générale des douanes avait été informée de ses intentions commerciales fin janvier 2015.
En ce qui concerne le préjudice, la demanderesse 1 estime que son dommage correspond aux coûts d'entreposage de la marchandise jusqu'à présent, ses stocks de tabac pour pipe à eau s'élevant à 61'831 kg au jour de la demande, à la valeur de la marchandise, à la pénalité contractuelle qu'elle a dû supporter du fait de l'annulation d'une commande auprès de E._, à une perte de gains futurs, à la diminution de son chiffre d'affaires depuis le 1er mai 2015, aux intérêts générés par un prêt hypothécaire, à une ligne de crédit qu'elle a dû contracter et à ses frais administratifs et d'avocat. Elle chiffre en outre son tort moral à 30'000 fr.
La demanderesse 2 estime que son dommage correspond aux coûts d'entreposage jusqu'à présent, à la valeur de la marchandise, aux frais générés par l'annulation de la dernière commande du 22 avril 2015, à la diminution de son chiffre d'affaires depuis le 1er mai 2015, à la valeur des contrats d'exclusivité qu'elle avait conclus avec C._ Sàrl et qui ont été résiliés, aux intérêts qu'elle a dû payer avec le remboursement de la caution en faveur de cette société, aux intérêts générés par le prêt qu'elle a contracté pour payer la marchandise et à ses frais administratifs et d'avocat. Elle chiffre en outre son tort moral à 30'000 fr.
D'après les demanderesses, les prétendus actes illicites (adoption, puis mise en vigueur immédiate de l'art. 2 al. 6 OITab) seraient en rapport de causalité avec tous les postes allégués de leur préjudice. Elles soutiennent en effet qu'elles auraient été dans l'impossibilité de dédouaner la marchandise au nouveau taux ou de s'acquitter des sûretés exigées par l'Administration fédérale des douanes. La demanderesse 1 expose qu'elle aurait dû, pour 96'042 kg de tabac, s'acquitter d'un impôt de 7'683'360 fr. au lieu de 635'632 fr. 60 sous l'ancien droit. La demanderesse 2 allègue pour sa part que, pour ses stocks, l'imposition serait passée de 300'000 fr. environ à plus de 2,5 millions de francs et que l'Administration fédérale des douanes avait exigé d'elle des sûretés à hauteur de 100 % du prix de la marchandise.
4.4. Dans sa réponse, la Confédération souligne que la question de savoir si le tabac pour pipe à eau pouvait être assimilé au tabac à coupe fine dépendait d'une interprétation. Le Conseil fédéral avait outrepassé son pouvoir d'appréciation en procédant à cette assimilation. Cela ne constituait pas encore un manquement caractérisé à ses obligations ou à ses devoirs de service.
La défenderesse relève que le Tribunal fédéral n'a mentionné dans son arrêt d'octobre 2018 aucune violation du principe de l'égalité, de l'interdiction des discriminations, de la garantie de la propriété, de la liberté économique, de l'interdiction de l'abus de droit et du droit au respect de la vie privée. Elle rappelle en outre que l'art. 2 al. 6 OITab est toujours en vigueur, les chambres fédérales ayant ancré dans la loi le principe de l'imposition identique du tabac pour pipe à eau et du tabac à coupe fine.
La défenderesse conteste en outre les autres conditions de responsabilité.
4.5. Dans leur réplique, les demanderesses soutiennent que le Conseil fédéral a violé le principe de proportionnalité (art. 5 Cst.) en adoptant l'art. 2 al. 6 OITab, car les buts annoncés (protection de la santé publique, arrêt de la contrebande et protection de la réputation du pays) n'auraient pas été atteints. En outre, l'adoption de la disposition, sans préavis et sans faire de distinction entre les marchandises d'ores et déjà achetées et acheminées vers la Suisse et celles achetées après l'entrée en vigueur de la nouvelle norme, aurait violé l'exigence d'un rapport raisonnable entre les intérêts privés et le but poursuivi.
Selon elles, le Conseil fédéral aurait eu la volonté d'agir en violation du principe de la légalité, ce que le message du Conseil fédéral du 17 juin 2016 en vue de la modification de la LTab et les interventions du Conseiller fédéral Ueli Maurer devant le Parlement démontreraient.
4.6. Dans sa duplique, la défenderesse souligne que la modification de l'art. 2 al. 6 OITab a mis fin aux importants écarts de taxation existant entre la Suisse et ses pays voisins, protégeant ainsi la réputation de la Suisse, et permis de mettre en oeuvre les recommandations de l'OMS pour la lutte anti-tabac, soit l'harmonisation des taux pour les produits du tabac à fumer et du tabac sans fumée.
La défenderesse nie toute violation du principe de proportionnalité, en notant que l'art. 2 al. 6 OITab est toujours en vigueur, d'une part, et que le Tribunal fédéral et le Tribunal administratif fédéral n'ont constaté aucune violation de ce principe dans leurs arrêts relatifs à l'art. 2 al. 6 OITab, d'autre part.
5.
Les réquisitions de preuve présentées par les demanderesses dans leur courrier du 30 septembre 2021 et confirmées à l'audience doivent être rejetées pour les motifs qui suivent.
5.1. La preuve n'est admise que pour établir des faits pertinents; elle ne porte que sur des faits contestés (art. 36 al. 1 PCF). Le juge n'est pas lié par les offres de preuves des parties; il ne retient que les preuves nécessaires (art. 37 PCF).
5.2. Les demanderesses ont sollicité leur audition, soit pour elles, celles de F._ (demanderesse 1) et G._ (demanderesse 2).
Les demanderesses ont pu s'exprimer tout au long de la procédure par écrit et oralement par la voix de leur conseil lors des débats principaux, de sorte qu'il n'était pas utile de les entendre personnellement en sus. Les demanderesses n'ont d'ailleurs pas expliqué ce que leur audition personnelle aurait apporté de plus.
5.3. Les demanderesses ont réitéré leur demande d'audition de H._, chef de la division redevance de l'Administration fédérale des douanes, dans la mesure où il était le fonctionnaire spécialiste dans le cadre de la procédure de consultation, au cours de laquelle il avait informé la Communauté du commerce suisse en tabacs du changement à intervenir, et où il suivait personnellement les activités de la demanderesse 1.
Il n'est pas contesté que la Communauté du commerce suisse en tabacs a été consultée lors de la modification de l'art. 2 al. 6 OITab. L'audition de H._ n'ajouterait donc aucun élément pertinent de ce point de vue. Pour le surplus, les reproches formulés par les demanderesses à l'égard des membres de l'Administration fédérale des douanes relèvent des actions en responsabilité dirigées contre celle-ci, pour lesquelles des procédures sont actuellement en cours et suspendues devant le Département fédéral des finances. Il n'y a pas lieu d'établir les faits qui en relèvent dans le cadre de la présente procédure.
5.4. Les demanderesses ont réitéré leur réquisition de preuve tendant à la production du dossier complet relatif à la procédure d'approbation de la modification de l'Ordonnance sur l'imposition du tabac du 29 avril 2015, y compris les documents de la procédure de co-rapport, au motif que ces documents contiendraient les éléments nécessaires à l'établissement des motifs qui ont conduit à l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab et de la connaissance qu'avait le Conseil fédéral du caractère illégal de la disposition.
En vertu des art. 15 et 21 de la loi du 21 mars 1997 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration (LOGA; RS 172.010), ainsi que de l'art. 8 al. 1 de la loi fédérale du 17 décembre 2004 sur le principe de la transparence dans l'administration (Loi sur la transparence; LTrans; RS 152.3), les délibérations du Conseil fédéral ainsi que la procédure de co-rapport ne sont pas publiques (cf. ATF 136 II 399 consid. 2.3).
Il n'y a en l'espèce pas de motifs de s'écarter de ce principe. Les pièces relatives à la consultation des offices figurent au dossier et permettent de se prononcer sur la question de la responsabilité du Conseil fédéral en lien avec l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab. Les demanderesses n'ont du reste aucunement motivé leur réquisition de preuve.
5.5. Les demanderesses ont requis l'audition d'un représentant de la Communauté du commerce suisse en tabacs, dans la mesure où cette organisation a été informée du changement réglementaire à l'avance et ne s'y est pas opposé.
Cette requête d'audition porte sur un fait non contesté. Elle n'est donc d'aucune utilité.
5.6. Les demanderesses ont requis la mise en oeuvre d'une expertise, afin de déterminer s'il y a eu un effondrement brutal de leurs activités à la suite de l'entrée en vigueur de l'art. 2 al. 6 OITab et si elles étaient dans l'impossibilité de dédouaner leur marchandise au nouveau taux, et d'une expertise portant sur le marché du tabac pour pipe à eau avant et après le changement de l'art. 2 al. 6 OITab pour déterminer si, en cas d'importation effective de leur marchandise au nouveau taux, elles pouvaient la vendre sur le marché suisse au prix répercutant la hausse des taxes.
Les expertises demandées portent essentiellement sur l'étendue du dommage. Elles ne sont donc pas pertinentes à ce stade du litige, limité au principe de la responsabilité.
6.
Le litige porte sur la responsabilité alléguée du Conseil fédéral du fait de l'adoption le 29 avril 2015 de l'art. 2 al. 6 OITab et de sa mise en vigueur au 1er mai 2015.
6.1. Aux termes de l'art. 3 al. 1 LRCF, la Confédération répond du dommage causé sans droit à un tiers par un fonctionnaire dans l'exercice de ses fonctions, sans égard à la faute du fonctionnaire.
Ainsi qu'il a déjà été relevé, cette disposition s'applique aux membres du Conseil fédéral (cf. supra consid. 1.1; art. 1 al. 1 let. b LRCF).
L'adoption d'actes juridiques (décision ou acte réglementaire) par le Conseil fédéral compte parmi les activités officielles pouvant tomber sous le coup de l'art. 3 LRCF (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 8e éd., 2020, p. 479). Lorsque l'acte juridique en cause est une décision, l'art. 12 LRCF, d'après lequel la légalité des décisions, d'arrêtés et de jugements ayant force de chose jugée ne peut pas être revue dans une procédure en responsabilité, peut s'opposer à la procédure en responsabilité (ATF 93 I 67 niant la possibilité d'une action en responsabilité contre une ordonnance du Conseil fédéral licenciant un fonctionnaire; ATF 91 I 449 admettant le principe d'une action en responsabilité dirigée contre une décision du Conseil fédéral de porter plainte contre une personne et de publier un communiqué de presse à ce sujet).
En l'occurrence, est en cause non pas une décision du Conseil fédéral, mais une ordonnance législative. L'art. 12 LRCF n'entre donc pas en considération.
6.2. L'art. 3 al. 1 LRCF consacre une responsabilité primaire, exclusive et causale de l'Etat, en ce sens que le tiers lésé ne peut rechercher que l'Etat, à l'exclusion du fonctionnaire ou de l'agent responsable, et qu'il n'a pas à établir l'existence d'une faute de ce dernier; il lui suffit d'apporter la preuve d'un acte illicite, d'un dommage ainsi que d'un rapport de causalité entre ces deux éléments (cf. ATF 139 IV 137 consid. 4.1; 106 Ib 354 consid. 2b). Ces conditions doivent être remplies cumulativement (ATF 139 IV 137 consid. 4.1; 118 Ib 473 consid. 25).
7.
Il convient de commencer par vérifier la condition de l'illicéité.
7.1. La condition de l'illicéité suppose que l'Etat, au travers de ses organes ou de ses agents, ait violé des prescriptions destinées à protéger un bien juridique. Selon les circonstances, un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation conféré par la loi peut la réaliser (ATF 139 IV 137 consid. 4.2; 132 II 305 consid. 4.1; 118 Ib 473 consid. 2b). De jurisprudence constante, si le fait dommageable consiste dans l'atteinte à un droit absolu, l'illicéité est d'emblée réalisée, sans qu'il soit nécessaire de rechercher si et de quelle manière l'auteur a violé une norme de comportement spécifique; on parle à ce propos d'illicéité par le résultat (" Erfolgsunrecht "). Si, en revanche, le fait dommageable constitue une atteinte à un autre intérêt (par exemple le patrimoine), l'illicéité suppose qu'il existe un "rapport d'illicéité", soit que l'auteur ait violé une norme de comportement ayant pour but de protéger le bien juridique en cause; c'est ce que l'on appelle l'illicéité par le comportement (" Verhaltensunrecht "). La simple lésion du droit patrimonial d'un tiers n'emporte donc pas, en tant que telle, la réalisation d'un acte illicite; il faut encore qu'une règle de comportement de l'ordre juridique interdise une telle atteinte et que cette règle ait pour but la protection du bien juridique en cause (ATF 144 I 318 consid. 5.5; 139 IV 137 consid. 4.2; 135 V 373 consid. 2.4; 132 II 305 consid. 5.1; 118 Ib 473 consid. 2b).
7.2. Dans le contexte du droit de la responsabilité, on entend par droits absolus ceux dont le respect s'impose à tout tiers: la vie, la santé, l'intégrité corporelle et psychique, les droits de la personnalité, la liberté personnelle, la propriété et autres droits réels, la possession (cf. ATF 132 II 449 consid. 3.3; 123 II 577 consid. 4d; 112 II 118 consid. 5e; cf. TOBIAS JAAG, in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Band I, Organisationsrecht, Teil 3, Staats-und Beamtenhaftung, 3e éd. 2017, p. 39, n. 101 [cité: Staatshaftung]; MOOR/POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3e éd. 2011, p. 857).
7.3. En l'espèce, l'atteinte dont les demanderesses se plaignent est uniquement patrimoniale. Aucun droit absolu au sens qui précède n'est en cause. Les demanderesses citent au demeurant à tort les art. 8, 14 et 17 CEDH. L'art. 8 CEDH ne protège pas le droit des personnes morales "d'exercer librement une activité économique" et l'art. 14 CEDH n'interdit la discrimination que dans la jouissance des droits et libertés reconnus par la Convention. Quant à l'art. 17 CEDH, qui interdit l'abus de droit dans la Convention, on ne voit pas que cette disposition aurait un rapport avec la présente cause et les demanderesses ne parviennent pas à le démontrer.
Dès lors qu'il n'a pas été porté atteinte à un droit absolu, l'illicéité n'est pas d'emblée donnée; il faut qu'une norme de comportement spécifique destinée à protéger le patrimoine des demanderesses ait été méconnue (rapport d'illicéité). A noter que, sur le principe, la garantie de la liberté économique et celle de la propriété ne constituent pas des règles de comportement destinées à protéger le patrimoine (cf. ATF 118 Ib 473 consid. 3). En outre, les demanderesses n'invoquent que des principes généraux (légalité, égalité, proportionnalité). Il convient néanmoins d'examiner si l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab et sa mise en vigueur immédiate sont constitutifs d'un acte illicite.
8.
La particularité du présent cas tient à ce qu'il est allégué que le Conseil fédéral a commis un acte illicite en adoptant et en mettant en vigueur immédiatement l'art. 2 al. 6 OITab, soit une disposition législative.
8.1. Sur le principe, l'acte illicite visé à l'art. 3 al. 1 LRCF peut consister en un acte général et abstrait (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, op. cit., p. 479; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, p. 557, n. 1637; BALZ GROSS, Die Haftplicht des Staates, thèse, 1996, p. 484). En raison de l'immunité des lois fédérales (art. 190 Cst.), les actes législatifs qui émanent du Parlement ne peuvent toutefois pas engager la responsabilité de la Confédération (TANQUEREL, op. cit., p. 557, n. 1637; TOBIAS JAAG, Staatsfaftung, p. 30 n. 77a, p. 31, n. 80; TOBIAS JAAG, La responsabilité de l'Etat en tant que législateur en Suisse, in Rapports suisses présentés au XVème Congrès international de droit comparé, 1998, p. 258 [cité: responsabilité]; RHONA FETZER, die Haftung des Staates für legilsatives Unrecht, thèse 1993, p. 203 s.; voir toutefois en cas d'inactivité du législateur: FELIX UHLMANN, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, 2017, p. 50 à 52; JOST GROSS, Schweizerisches Staatshaftungsrecht, 2e éd. 2001, p. 218 ss).
En revanche, la responsabilité du Conseil fédéral du fait d'une ordonnance législative peut, sur le principe, être engagée à certaines conditions si cette ordonnance est illégale ou inconstitutionnelle (JAAG, Responsabilité, p. 261). A titre d'exemple, un automobiliste avait attaqué en responsabilité la Confédération du fait d'une disposition d'une ordonnance du Conseil fédéral imposant le port de la ceinture de sécurité, ce qui avait causé, lors d'un accident, des dommages plus importants que si le conducteur n'avait pas été attaché. Le principe de la responsabilité n'avait pas été admis, car l'ordonnance était conforme au droit (JAAC 44/1980 no 41, p. 187-189).
8.2. Le caractère illégal d'une disposition d'une ordonnance du Conseil fédéral ou de la décision relative à la mise en vigueur de ladite disposition ne saurait cependant suffire à conclure à son illicéité.
En effet, de jurisprudence constante, lorsque l'illicéité reprochée procède d'un acte juridique (une décision ou un jugement par exemple), seule la violation d'une prescription importante des devoirs de fonction (en all.: " Verletzung einer wesentlichen Amtspflicht ") par l'autorité est susceptible d'engager la responsabilité de la Confédération (ATF 139 IV 137 consid. 4.2; 132 II 305 consid. 4.1; 123 II 577 consid. 4d/dd; 118 Ib 163). Le fait de rendre une décision qui se révèle par la suite inexacte, contraire au droit ou même arbitraire ne suffit pas (cf. ATF 139 IV 137 consid. 4.2; 132 II 305 consid. 4.1; 123 II 577 consid. 4d/dd; 120 Ib 248 consid. 2b; arrêts 2C_856/2017 du 13 mai 2019 consid. 5.3.1; 2C_397/2012 du 19 novembre 2012 consid. 3.3; 2C_158/2010 du 18 août 2010 consid. 3.1; 2A.578/2003 du 10 mai 2004 consid. 5.2). La responsabilité d'une collectivité publique en raison de l'illicéité d'une décision n'est admise qu'à des conditions restrictives. Ainsi, le comportement d'un magistrat ou d'un agent n'est illicite que lorsque celui-ci viole un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction ou commet une erreur grave et manifeste qui n'aurait pas échappé à un homologue consciencieux (ATF 132 II 449 consid. 3.3; arrêt 2C_856/2017 du 13 mai 2019 consid. 5.3.3).
Ces conditions doivent trouver à plus forte raison encore application dans le cadre d'une action en responsabilité fondée sur l'activité législative du Conseil fédéral. En effet, l'activité législative est une part importante de l'activité du Conseil fédéral (art. 182 al. 1 Cst.: "Le Conseil fédéral édicte des règles de droit sous la forme d'une ordonnance dans la mesure où la Constitution ou la loi l'y autorisent"), qui ne doit pas être paralysée par la perspective d'une action en responsabilité (cf., en ce sens, ETIENNE POLTIER, La responsabilité de l'Etat pour acte illicite: l'exigence de l'illicéité, in Favre/Martenet/Poltier [éd.], La responsabilité de l'Etat, Genève 2012, p. 45 ss, p. 70 s.). Par ailleurs, si le contrôle abstrait des ordonnances du Conseil fédéral n'est pas prévu, celles-ci peuvent en revanche faire l'objet d'un contrôle incident à titre préjudiciel dans un cas concret (ATF 144 V 138 consid. 2.4; 139 II 460 consid. 2.3; 133 II 450 consid. 2.1). C'est du reste à l'occasion d'un tel contrôle qu'il a été constaté que l'art. 2 al. 6 OITab ne reposait pas sur une base légale suffisante. Le fait qu'à l'occasion d'un tel contrôle l'absence de base légale et partant l'illégalité d'une ordonnance aient été retenues par une autorité judiciaire ne suffit pas à qualifier d'illicite l'acte du Conseil fédéral. En effet, du fait de la marge d'erreur inhérente à tout processus d'interprétation et d'application de la loi, l'irrégularité d'une ordonnance du Conseil fédéral constatée a posteriori ne saurait d'emblée engager la responsabilité de son auteur. La question de la régularité d'un acte juridique ne se confond pas avec celle de la responsabilité du fait de cet acte (cf. MOOR/POLTIER, op. cit., p. 867). Seule une violation particulièrement crasse des devoirs de fonction ou une erreur particulièrement grave est ainsi susceptible d'engager la responsabilité du Conseil fédéral du fait d'une ordonnance législative.
Il convient d'examiner si un tel manquement peut être reproché au Conseil fédéral en lien avec l'adoption et la mise en vigueur de l'art. 2 al. 6 OITab.
9.
Dans un premier temps, la décision du Conseil fédéral d'adopter l'art. 2 al. 6 OITab sera analysée (consid. 9.1 à 9.6), puis, dans un second temps, celle de faire entrer en vigueur cette disposition immédiatement (consid. 9.7).
9.1. La loi confie au Conseil fédéral le soin de définir l'expression "tabacs manufacturés et produits de substitution" (art. 1 al. 2 LTab; cf. arrêt 2C_343/2018 du 11 octobre 2018 consid. 4.2). Le Conseil fédéral a ainsi reçu la compétence d'édicter et d'adapter l'ordonnance sur l'imposition du tabac et en particulier l'art. 2 OITab. Il n' a donc pas agi en dehors de tout cadre légal en adoptant l'art. 2 al. 6 OITab, mais a interprété la délégation de manière extensive, ce qui n'a pas été admis par les autorités judiciaires.
9.2. De manière générale, le processus d'adoption ou de modification d'une ordonnance du Conseil fédéral est le suivant. L'Administration prépare une proposition pour le Conseil fédéral. Cette proposition fait l'objet d'une consultation des offices, puis d'une procédure de co-rapport (Département fédéral de justice et police, Office fédéral de la justice, Guide de la législation, 4e éd. 2019, disponible sur: www.bj.admin.ch > Etat & Citoyen > Légistique > Instruments de légistique [ci-après: OFJ, Guide de la législation], p. 23 s.). Ces procédures sont régies par les 14 et 15 de la loi du 21 mars 1997 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration (LOGA; RS 172.010) et par les art. 3 à 5 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 du même nom (OLOGA; RS 172.010.1). Au cours de la consultation des offices, l'office chargé d'un projet de proposition au Conseil fédéral le soumet aux services intéressés (offices fédéraux, secrétariats généraux des autres départements, Chancellerie fédérale; cf. art. 4 al. 1 OLOGA). Il prend en compte leurs avis dans la mesure de ce qu'il juge pertinent. Il adresse ensuite la proposition au département pour signature, tout en signalant le cas échéant les divergences qui subsistent (OFJ, Guide de la législation, p. 24; art. 4 al. 2 OLOGA). Dans le cadre de la procédure de co-rapport, la proposition au Conseil fédéral, signée par le chef de département, est soumise aux autres départements et à la Chancellerie fédérale qui peuvent rendre un avis (OFJ, Guide de la législation p. 24; art. 15 LOGA; art. 5 OLOGA). Cette procédure n'est pas publique (art. 15 et 21 LOGA). Le Conseil fédéral prend sa décision après la conclusion de la procédure de co-rapport (art. 3 al. 1 OLOGA).
9.3. En l'espèce, le processus qui a conduit à l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab ressort des pièces au dossier.
9.3.1. Le 12 mars 2015, le Département fédéral des finances, Administration fédérale des douanes, a soumis à la consultation des offices la modification envisagée de l'OITab. Il a adressé sa proposition à la Chancellerie fédérale, aux secrétaires généraux (SG) de tous les autres départements, ainsi qu'à l'Office fédéral de la santé publique (OFSP; BAG), à l'Office fédéral de la justice (BJ; OFJ), au SECO, à l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires et, dans son propre Département, à l'Administration fédérale des finances (EFV; AFF), en les invitant à prendre position jusqu'au 30 mars 2015 et en précisant qu'une absence de rapport dans le délai imparti serait considéré comme un accord avec la proposition.
A ce courrier étaient joints le texte de la modification envisagée, soit l'art. 2 al. 6 OITab, ainsi que le projet de proposition pour le Conseil fédéral (ci-après: le projet). Ce projet prend pour point de départ le constat d'une augmentation massive d'importation de tabac pour pipe à eau les dernières années, avec un pic en 2013 et 2014, non imputable à la consommation indigène, mais à un trafic de contrebande vers l'Allemagne et la France, dont le régime d'imposition était plus élevé (respectivement 35 fr. par kg et 70 fr. par kg contre un impôt d'environ 5 fr. par kg en Suisse). Le projet évoque aussi une utilisation de l'argent de ce trafic à des fins de financement de la criminalité organisée ou d'organisations terroristes. D'après le projet, le but annoncé de la modification proposée est de stopper ce trafic illégal, afin que la Suisse ne devienne pas la plaque tournante de l'Europe du trafic de tabac pour pipe à eau.
Il est ensuite relevé que différentes mesures ont été testées (autorisations, contingents), sans succès lorsque dès le départ le trafic envisagé est un trafic illégal, et qu'un moyen efficace de mettre un terme à ce commerce illégal est une augmentation sensible du taux d'impôt. D'après le projet, cette augmentation passe par l'élargissement de la définition du tabac à coupe fine, afin que le tabac pour pipe à eau relève de ladite définition. Le projet note que l'approche est justifiée car ces formes de consommation de tabac sont directement comparables et présentent des risques similaires pour la santé. La manière de mettre en oeuvre cette augmentation d'impôt est ensuite expliquée, à savoir en assimilant à l'art. 2 OITab le tabac pour pipe à eau au tabac à coupe fine (imposition passant de 12 % du prix de vente au détail à minimum 80 fr. par kg) (point 3 du projet).
Du point de vue des conséquences (point 4 du projet), il est indiqué que l'imposition prévue permettra de réduire les importations à la consommation indigène effective, à savoir environ 60 tonnes, au lieu des 856 tonnes importées en 2014. D'un point de vue individuel, il est relevé que l'augmentation d'impôt entrainera une légère diminution de la consommation de tabac pour pipe à eau compte tenu de l'augmentation du prix, ce qui serait à saluer dès lors que la plus grande partie des consommateurs de tabac pour pipe à eau sont des jeunes entre 15 et 19 ans et que le tabac pour pipe à eau n'est pas moins nocif que celui des cigarettes.
S'agissant de la procédure (point 5 du projet), il est précisé qu'il est exceptionnellement renoncé à une procédure de consultation au vu des circonstances décrites. Il est toutefois ajouté que, dans la mesure où l'augmentation de l'imposition pourrait avoir des répercussions sur le commerce régulier, la communauté du commerce suisse en tabacs, principal acteur dans le domaine, a été consultée au préalable. Sans pour autant se réjouir de l'augmentation, celle-ci n'avait pas émis de réserve.
Le projet demande la mise en vigueur de la modification au 1er mai 2015, avec une publication extraordinaire au sens de l'art. 7 al. 3 LPubl, afin de ne pas retarder inutilement l'effet du changement (point 6).
9.3.2. Le 25 mars 2015, l'Office fédéral de la justice a pris position.
En substance, l'avis retient que le tabac à pour pipe à eau ne peut pas être confondu avec le tabac à coupe fine en raison de sa consistance (mélange de tabac, de glycérine et d'additif) et qu'il relève de la catégorie des "autres tabacs", envisagée à l'art. 10 al. 1 let. c LTab (dans sa version en vigueur à l'époque). Selon cet Office, la proposition émise consistant à traiter de la même manière le tabac pour pipe à eau et le tabac à coupe fine ne concernerait pas la définition des produits, mais l'imposition. Dès lors qu'elle affecterait la base de calcul de l'impôt, la modification ne pourrait être effectuée que par le législateur. Il y aurait en outre une contradiction avec le traitement douanier du tabac pour pipe à eau. Pour l'Office fédéral de la justice, la modification proposée violerait les principes constitutionnels relatifs à l'impôt.
Aucun autre Département n'a soumis de prise de position dans le délai imparti au 30 mars 2015 pour contester le projet proposé.
9.3.3. Par document daté du 8 avril 2014 [recte: 2015], le Département fédéral des finances a adressé sa proposition au Conseil fédéral. Le projet correspond pour l'essentiel à celui soumis à la consultation des Départements et offices.
S'agissant des résultats de la procédure de consultation, le projet relève que la Chancellerie fédérale, les Départements fédéraux (SG) et les offices concernés sont d'accord avec la proposition, sous réserve de l'Office fédéral de la justice. Il est souligné que cet office est d'avis que l'adaptation de l'ordonnance ne résisterait pas à un contrôle juridictionnel, car l'assimilation du tabac pour pipe à eau au tabac à coupe fine pourrait être considérée comme arbitraire. L'Administration fédérale des douanes note qu'elle est pour sa part convaincue qu'il y a suffisamment de bons arguments pour une telle classification. En outre, d'après elle, le risque d'atteinte à la réputation de la Suisse justifie la démarche.
9.3.4. Selon la feuille d'accompagnement des affaires du Conseil fédéral figurant au dossier, un co-rapport du Département fédéral de la justice et une réponse ont été émis le 28 avril 2015. Le 29 avril 2015, le Conseil fédéral a approuvé la modification selon la proposition.
La modification a été publiée au RO le 30 avril 2015. L'entrée en vigueur a été fixée au 1er mai 2015 (publication extraordinaire).
9.4. Le 17 juin 2016, le Conseil fédéral a adopté le message relatif à la modification de la loi sur l'imposition du tabac (FF 2016 4971). Il a notamment proposé d'imposer dans la loi le tabac pour pipe à eau de la même manière que le tabac à coupe fine. Dans ce message, le Conseil fédéral revient sur les raisons qui l'ont poussé à adopter l'OITab. Selon le message, "l'importation de tabac pour pipe à eau a fortement augmenté ces dernières années. Pour éviter que les jeunes ne soient incités à passer à ce produit, dont le prix est plus avantageux que celui des cigarettes mais dont les effets sur la santé ne sont pas moins néfastes, le Conseil fédéral a décidé, par la modification du 29 avril 2015 de l'ordonnance du 14 octobre 2009 sur l'imposition du tabac, de traiter le tabac pour pipe à eau de la même manière que le tabac à coupe fine pour la confection de cigarettes roulées à la main. Ce changement a consolidé l'assiette fiscale et a en outre supprimé l'incitation à revendre à l'étranger le tabac pour pipe à eau, qui était jusqu'ici importé en Suisse à des conditions plus avantageuses. Il est donc maintenant judicieux de citer nommément ces tabacs manufacturés dans la LTab. La clarification et l'attribution univoque des tabacs manufacturés à leur tarif d'impôt respectif sont dans l'intérêt de l'application correcte du droit" (Message, point 1.2.2 4974).
Ainsi que l'a relevé le Tribunal fédéral dans son arrêt du 11 octobre 2018 (arrêt 2C_343/2018 consid. 4.6), durant les débats devant le Conseil national le 14 décembre 2016 (cf. BO 2016 N 2237 et BO 2016 N 2239), Dominique de Buman, membre rapporteur de la commission de l'économie et des redevances du Conseil national, et le Conseiller fédéral Ueli Maurer ont laissé entendre que l'art. 2 al. 6 OITab pouvait être contraire à la loi, raison pour laquelle celle-ci devait être modifiée. Certains parlementaires ont en outre expressément souligné l'absence de base légale (intervention du conseiller national Louis Schelbert; BO 2016 N 2238).
9.5. Il ressort de l'exposé relatif au déroulement de la procédure d'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab que toutes les étapes prévues par la loi en vue de l'adoption d'une modification d'une ordonnance du Conseil fédéral ont été respectées.
Le Conseil fédéral s'est vu soumettre un projet de modification motivé, avec l'indication que la Communauté du commerce du tabac n'avait pas émis de réserve et que tous les Départements et offices consultés acquiesçaient à la modification, à l'exception de l'Office fédéral de la justice. Le projet soumis ne cache pas le fait que cet office doutait de la constitutionnalité du projet. Il relève qu'il existe toutefois de bonnes raisons de procéder à la modification.
Ces raisons, qui ressortent du projet, sont de deux types.
D'une part, il existe une similitude entre le tabac pour pipe à eau et le tabac à coupe fine quant à ses effets nocifs pour la santé. D'autre part, il importait de modifier l'ordonnance pour limiter le commerce illégal et protéger la réputation de la Suisse, alors que les pays voisins connaissaient des taux d'imposition beaucoup plus élevés.
Comme l'a souligné la défenderesse, il faut relever qu'à l'époque de la modification de l'OITab, il était reconnu sur le plan international que la consommation de tabac pour pipe à eau n'était pas moins nuisible que celle des cigarettes et que le fiscalité pouvait être un outil utile pour réduire la consommation de ce produit (Organisation mondiale de la santé, Lutte contre les produits du tabac pour pipe à eau, Rapport du Secrétariat de la Convention, 18 juillet 2014, doc. FCTC/COP/6/11).
Par ailleurs, du point de vue du trafic illégal, l'écart constaté entre la consommation annuelle indigène, soit 60 tonnes, et les importations en 2014, soit 856 tonnes, suffit à se convaincre que les importations en Suisse à cette époque n'avaient pas pour seul objectif de répondre à la demande légale indigène. On relèvera qu'à lui seul le stock de la demanderesse 1 avant la modification de l'OITab, soit 130 tonnes environ, n'aurait en tout état pas pu être écoulé sur le marché suisse sur une année.
La modification de l'art. 2 al. 6 OITab reposait donc sur des motifs fondés. Ceux-ci ne sauraient de toute façon être remis en cause dans la mesure où ils ont également guidé la modification de la loi.
9.6. Il ne s'agit pas de justifier la violation du principe de la légalité par la poursuite des intérêts susmentionnés, mais ceux-ci permettent de comprendre le contexte de cette modification. A cela s'ajoute qu'il ne pouvait pas être absolument évident pour le Conseil fédéral qu'il outrepassait la compétence législative qui lui est conférée par l'art. 1 al. 2 LTab s'agissant de la définition des tabacs manufacturés en adoptant l'art. 2 al. 6 OITab, dès lors que le tabac pour pipe à eau présente certaines similitudes avec le tabac à coupe fine, notamment quant à ses effets. Du reste, par la suite, le législateur a entériné l'imposition identique des deux produits. La modification de la loi par le Parlement a ainsi confirmé matériellement l'action entreprise par le Conseil fédéral. Quant au processus d'adoption, il a été respecté.
Il découle de ce qui précède que si le Conseil fédéral a certes outrepassé ses compétences en adoptant l'art. 2 al. 6 OITab, méconnaissant de la sorte le principe de la légalité, on ne peut en revanche lui reprocher aucune violation crasse de ses devoirs de fonction dans l'adoption de cette disposition, ni aucune erreur particulièrement grave. La condition d'un acte illicite n'est partant pas réalisée en ce qui concerne l'adoption de l'art. 2 al. 6 OITab.
9.7. Reste à examiner la mise en vigueur immédiate de l'art. 2 al. 6 OITab.
9.7.1. La loi sur les publications officielles, tant dans sa teneur en vigueur en 2015 (RO 2004 4929) que dans celle du 1er janvier 2016 (RO 2015 3977), prévoit sur le principe que les actes de la Confédération sont à publier au Recueil officiel au moins cinq jours avant leur entrée en vigueur (art. 7 al. 1 LPubl), mais qu'un acte peut être publié au préalable si cela s'avère nécessaire (art. 7 al. 3 LPubl). Les effets juridiques naissent dès que les textes sont publiés (art. 8 al. 1 LPubl).
9.7.2. L'ordre juridique suisse peut être modifié à tout moment, conformément aux principes régissant la démocratie. Il n'existe pas de droit au maintien d'une certaine législation (cf. ATF 130 I 26 consid. 8.1; arrêt 2C_158/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.4 et 3.5 et les arrêts cités).
Dans certaines circonstances, la jurisprudence a toutefois déduit des principes de l'égalité de traitement, de la bonne foi, de la proportionnalité et de l'interdiction de l'arbitraire, l'obligation pour le législateur de prévoir un régime transitoire (ATF 145 II 140 consid. 4; 134 I 23 consid. 7.6.1; 130 I 26 consid. consid. 8.1; 128 I 92 consid. 4; arrêts 2C_83/2016 du 23 mai 2016 consid. 4.2.2; 2C_158/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.7). Un tel régime doit permettre aux administrés de s'adapter à la nouvelle réglementation et non pas de profiter le plus longtemps possible de l'ancien régime plus favorable (ATF 145 II 140 consid. 4; 134 I 23 consid. 7.6.1).
Un régime transitoire peut s'imposer notamment pour éviter que des investissements effectués de bonne foi ne deviennent inutiles ou pour permettre un amortissement adéquat des investissements déjà réalisés (cf. ATF 133 V 96 consid. 4.4.6; 118 Ib 241 consid. 5e; arrêt 2C_158/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.8). Il n'y a toutefois pas de droit constitutionnel à cet égard (ATF 118 Ib 241 consid. 5e et 9b). L'auteur de la réglementation dispose d'une large marge d'appréciation (ATF 128 I 92 consid. 4; arrêt 2C_482/2020 du 28 septembre 2021 consid. 7.2). Il faut, le cas échéant, procéder à une pesée des intérêts entre la protection de la bonne foi et le principe de la légalité qui exige que, sauf motif particulier, les lois ou ordonnances entrent en vigueur sans retard (arrêts 2C_158/2012 du 20 avril 2012 consid. 3.8; 1A.196/1999 du 24 novembre 1999 consid. 6a). La question de savoir quand le nouveau droit doit entrer en vigueur et selon quelles modalités dépend du but poursuivi par la norme. Une entrée en vigueur immédiate se justifie lorsqu'il s'agit d'éviter qu'à la faveur de certains délais, les intéressés ne se hâtent de faire ce que le nouveau droit tend à interdire, privant ainsi la loi de son effet (ATF 114 Ib 17 consid. 4 et 6b; 104 Ib 205 consid. 5b). En revanche, lorsque le changement de législation conduit les particuliers à des sacrifices trop importants au regard du but visé, il peut se justifier d'aménager l'entrée en vigueur, par exemple en publiant la loi assez tôt pour permettre aux personnes visées de prendre leurs dispositions, ou en prévoyant une entrée en vigueur par paliers, la possibilité d'octroyer des autorisations exceptionnelles ou encore des délais d'adaptation. Il convient toutefois de faire preuve de retenue à cet égard et de n'agir qu'en présence d'intérêts dignes de protection, car, outre l'intérêt public à une application immédiate du nouveau droit, les principes de l'égalité de traitement et de la sécurité du droit commandent que les anciens rapports juridiques soient rendus conformes au nouveau droit dans les meilleurs délais (cf. ATF 123 II 433 consid. 9; arrêt 1A.196/1999 du 24 novembre 1999 consid. 6a).
9.7.3. En l'espèce, le Conseil fédéral était habilité sur le principe à choisir la voie de la publication extraordinaire, afin d'éviter précisément que le marché ne soit envahi par l'importation de stocks de tabac qui auraient déjà été constitués. Il n'a méconnu à cet égard aucune prescription légale.
En revanche, dans la mesure où le tabac pour pipe à eau était étiqueté avec le prix de vente à l'avance, car les taxes sont calculées sur ce prix de vente au détail (cf. art. 10 LTab), il aurait néanmoins paru opportun en l'espèce d'aménager un bref délai pour permettre aux commerçants de tabac pour pipe à eau de s'adapter à la nouvelle réglementation s'agissant des stocks déjà commandés. Le choix du Conseil fédéral de ne pas prévoir de régime transitoire apparaît ainsi discutable. Cela étant, ce choix n'est pas si indéfendable ou si gravement en contradiction avec les principes applicables, étant relevé la forte augmentation des quantités importées en Suisse depuis début 2014 qui dépassaient largement la capacité d'absorption du marché suisse, qu'il faille le qualifier de manquement grave du Conseil fédéral à ses devoirs de fonction susceptible d'entraîner la responsabilité de la Confédération.
9.7.4. Sur le vu de ce qui précède, la condition d'un acte illicite n'est pas réalisée, ni s'agissant de l'adoption, ni s'agissant de la mise en vigueur immédiate de l'art. 2 al. 6 OITab.
10.
Les objections des demanderesses ne modifient pas la conclusion qui précède.
10.1. Les demanderesses insistent en premier lieu sur le fait que l'Office fédéral de la justice avait émis un préavis négatif. D'après elles, le Conseil fédéral savait qu'il agissait illégalement. Certes, l'avis de l'Office fédéral de la justice était assez tranché quant à la constitutionnalité du projet proposé par l'Administration fédérale des douanes. Cependant, il n'est nulle part dans la loi fait obligation au Conseil fédéral de suivre l'avis de cet office. A cela s'ajoute qu'aucun autre office n'avait émis d'objection, pas plus que l'organisation faîtière du tabac consultée. Le Conseil fédéral n'a ainsi violé aucune obligation en se ralliant à la proposition soumise, à laquelle aucun autre Département ne s'opposait, au lieu de celle défendue par l'Office fédéral de la justice.
10.2. Les demanderesses voient par ailleurs dans le message du Conseil fédéral en vue de la modification de la loi et dans les propos tenus par le Conseiller fédéral Ueli Maurer devant le Conseil national l'aveu que le Conseil fédéral savait qu'il avait adopté une disposition contraire à la loi. Il ressort toutefois plutôt du message et des propos tenus que le Conseil fédéral a considéré qu'il était préférable que le Parlement s'occupe dans la loi du traitement du tabac pour pipe à eau. Cela ne signifie pas qu'il estimait que son action était illégale jusqu'alors.
10.3. Les demanderesses font valoir que la publication par la voie de la procédure extraordinaire, conduisant à une application immédiate de l'art. 2 al. 6 OITab ne leur a laissé aucune possibilité de réagir et de s'organiser. Selon les demanderesses, elles auraient perdu du jour au lendemain toute maîtrise et pouvoir de décision sur leur marchandise du fait de cette modification.
En tant que les demanderesses entendent s'en prendre par cette critique à l'absence de régime transitoire, il est relevé qu'elles n'indiquent à aucun moment quel délai aurait été adéquat pour qu'elles s'organisent et importent leurs stocks déjà constitués. Les demanderesses n'exposent pas en quoi le dommage allégué (prix de la marchandise commandée avant l'entrée en vigueur de l'art. 2 al. 6 OITab, coûts d'entreposage, pénalité du fait de l'annulation de contrats ou commandes, perte de gains futurs ou encore diminution de leur chiffre d'affaires) est en relation avec l'entrée en vigueur immédiate sans régime transitoire. Elles n'ont en particulier pas indiqué de date précise de livraison pour les marchandises commandées. Les demanderesses ont au contraire prétendu qu'elles étaient dans l'impossibilité d'importer leurs stocks au nouveau taux. Le dommage allégué se serait ainsi de toute façon produit, avec ou sans régime transitoire, de sorte qu'à supposer que l'on puisse reprocher au Conseil fédéral un manquement grave à cet égard, on ne voit pas que celui-ci serait en lien de causalité avec le préjudice allégué en l'espèce.
10.4. Les demanderesses se plaignent aussi d'inégalité de traitement. Elles reprochent à la Direction générale des douanes d'avoir averti la Communauté du commerce suisse en tabacs de la modification envisagée, alors qu'elles-mêmes n'en savaient rien.
Il ressort effectivement du processus de modification de l'art. 2 al. 6 OITab et du dossier que la Communauté du commerce suisse en tabacs a été avertie, début mars 2015, de ce qu'une modification de l'art. 2 al. 6 OITab était envisagée.
Cet acte n'est toutefois pas imputable au Conseil fédéral, mais à l'Administration fédérale des douanes. Il ne ressortit pas au présent litige de savoir si celle-ci a respecté les exigences d'égalité de traitement en procédant de la sorte et si un éventuel manquement à cet égard serait susceptible d'engager la responsabilité de la Confédération. En tout état, on ne voit pas en quoi le dommage allégué par les demanderesses en est relation de causalité avec cette information.
10.5. La demanderesse 1 allègue aussi que la modification de l'art. 2 al. 6 OITab a été proposée par l'Administration fédérale des douanes en réaction à ses projets d'importation, dont elle avait fait part à la Direction générale des douanes. Cette critique ne concerne pas non plus l'activité des membres du Conseil fédéral.
Quant à l'allégation de la demanderesse 1 selon laquelle le Conseil fédéral aurait adopté l'art. 2 al. 6 OITab dans le but délibéré de stopper son activité, elle est démentie par le fait que l'art. 2 al. 6 OITab a eu des répercussions sur d'autres sociétés, soit à tout le moins la demanderesse 2 et la société D._, qui faisait partie des plaignantes dans l'affaire portée devant le Tribunal pénal fédéral (cf. supra point E en fait).
10.6. Enfin, en tant que les demanderesses font valoir que leur dommage découle de l'application constante de l'art. 2 al. 6 OITab par l'Administration fédérale des douanes, elles formulent une critique qui sort du présent litige.
11.
Sur le vu de ce qui précède, la condition d'un acte illicite fait défaut. Les actions en responsabilité doivent partant être rejetées, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres conditions cumulatives (cf. supra consid. 6.2) de responsabilité.
12.
Les demanderesses doivent supporter les frais judiciaires (art. 69 al. 1 PCF, renvoyant aux art. 65, 66 et 68 LTF). Ceux-ci seront fixés par tête (art. 69 al. 2 PCF). La demanderesse 1 s'acquittera ainsi de frais judiciaires à hauteur de 45'000 fr. et la demanderesse 2 à hauteur de 20'000 fr. (cf. art. 65 al. 3 LTF et tarif des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral du 31 mars 2006 [RS 173.110.210.1]).
Il n'est pas alloué de dépens à la Confédération (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
La demande de A._ est rejetée.
2.
La demande de B._ SA est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 65'000 fr., sont mis à hauteur de 45'000 fr. à la charge de A._ et à hauteur de 20'000 fr. à la charge de B._ SA.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire des demanderesses et à la Confédération Suisse, agissant par le Département fédéral des finances, Service juridique.
Lausanne, le 11 novembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber