Faits :
A.
A.a. Par jugement du 27 janvier 2014, le Tribunal de première instance de Genève (ci-après: Tribunal de première instance) a prononcé la faillite de D._ SA. La Cour de justice du canton de Genève (ci-après: Cour de justice) a, par arrêt du 14 juillet 2014, confirmé la déclaration de faillite et fixé ses effets au même jour à 12h00. Par arrêt du 30 septembre 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours formé contre cette décision (5A_576/2014). La liquidation sommaire de la faillite a été ordonnée par jugement du 4 décembre 2014.
A.b. Le 5 mai 2015, l'Office des faillites du canton de Genève (ci-après: Office) a déposé l'inventaire et l'état de collocation dans la faillite de D._ SA et imparti aux intéressés un délai au 15 mai 2015 pour les contester.
La première version de l'inventaire comportait, sous rubriques C1 à C9, diverses participations de la société faillie dans des sociétés tierces, au nombre desquelles E._ Sàrl (ci-après: E._) et F._, estimées à 1 fr. chacune. Sous rubrique C11 était inventoriée, pour une valeur estimée à 1 fr., une prétention en responsabilité contre les organes de la faillie, parmi lesquels G._ et H._, à hauteur du montant prévisible du découvert dans la faillite, soit 29'155'422 fr. L'argent comptant, pour un montant total de 1'692 fr. 69, faisait l'objet des rubriques A1 et A2. La valeur totale estimée des biens inventoriés s'élevait ainsi à 1'702 fr. 69 ([10 x 1 fr.] + 1'692 fr. 69).
Par courriers adressés à l'Office les, respectivement, 13 et 15 mai 2015, l'inventaire a été contesté par G._ ainsi que par A._, créancier admis à l'état de collocation pour une créance de 2'839'394 fr. 94 en troisième classe.
A.c. Le 28 mai 2015, l'Office a déposé une nouvelle version de l'inventaire, contre laquelle G._ a formé une plainte au sens de l'art. 17 LP. Par décision du 20 août 2015, la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice (ci-après: Chambre de surveillance) a admis la plainte sur certains points mais l'a rejetée en tant qu'elle concernait l'estimation des postes C1 à C9 de l'inventaire. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.
A.d. Par circulaire du 18 avril 2016, adressée le même jour aux créanciers admis à l'état de collocation, l'Office a notamment invité les créanciers intéressés à formuler des offres d'achat pour certains actifs de la masse (postes C1 à C3 et C7 à C9 de l'inventaire) consistant en des participations dans des sociétés tierces, parmi lesquelles E._ et F._, précisant que, dans l'hypothèse où plusieurs offres seraient formulées, des enchères seraient organisées pour les actifs concernés. La circulaire n'a fait l'objet d'aucune plainte au sens de l'art. 17 LP.
A.e. Le 25 avril 2016, B._ SA, société admise à l'état de collocation pour une créance de 150'827 fr. 94 en troisième classe, postposée, et dont G._ est administrateur, a communiqué à l'Office une offre de rachat portant sur les diverses participations inventoriées (postes C1 à C9 de l'inventaire), pour un montant total de 15'000 fr. Invitée par l'Office à préciser le montant offert pour chaque participation, B._ SA a notamment indiqué offrir un montant de 5'000 fr. pour la totalité du capital social de E._ et un montant de 1'000 fr. pour la moitié des parts sociales de F._. Selon procès-verbal de vente de gré à gré du 15 juillet 2016, l'Office, agissant en sa qualité d'administration de la masse en faillite, a cédé à B._ SA, seule offrante, les participations inventoriées sous rubriques C2 à C9 de l'inventaire pour un prix global de 10'000 fr. La participation inventoriée sous rubrique C1 a été cédée à un autre créancier, qui avait offert un prix supérieur à celui proposé par B._ SA.
A.f. Le tableau de distribution a été établi le 3 octobre 2016. Le même jour, l'Office a établi et adressé à A._ un acte de défaut de biens pour un montant de 2'838'303 fr. 65.
A.g. La clôture de la faillite de D._ SA en liquidation a été prononcée par jugement du 13 octobre 2016. Le 18 octobre suivant, la société a été radiée d'office du registre du commerce.
A.h. Le 22 novembre 2016, B._ SA a cédé à C._ SA, société de droit luxembourgeois faisant partie du groupe G._, la totalité du capital social de E._ pour le prix de 1'000 Euros. L'art. III du contrat de cession indique que ce prix a été fixé sur la base du bilan de E._ arrêté au 31 décembre 2015.
A.i. Sur requête de A._, le Tribunal de première instance a ordonné par jugement du 11 mai 2017 la réinscription au registre du commerce de D._ SA en liquidation, laquelle est intervenue le 18 mai 2017.
B.
B.a. Par acte daté du 1er mai 2017 mais adressé le 1er juin 2017 seulement à la Chambre de surveillance, A._ a déclaré former une dénonciation au sens de l'art. 22 al. 1 LP ainsi qu'une plainte au sens de l'art. 17 LP contre la vente de gré à gré des actifs inventoriés sous rubriques C2 à C9, intervenue le 15 juillet 2016 en faveur de B._ SA (cause A/2425/2017).
A l'appui de cette dénonciation/plainte, A._ expliquait avoir obtenu, dans le courant du mois de mars 2017, les comptes annuels de F._ pour les exercices 2015 et 2016. Or, il ressortait de ces documents que cette société avait réalisé un bénéfice au cours de l'année 2015 et disposait au 31 décembre 2015 de fonds propres à hauteur de 55'682 Euros, de telle sorte que la valeur de la moitié de ses parts sociales était largement supérieure à celle estimée par l'Office (1 fr.) et au prix pour lequel B._ SA l'avait acquise (1'000 fr.). Dans la mesure où G._ avait accès à cette comptabilité mais s'était abstenu de la communiquer à l'Office, indiquant même qu'elle n'existait pas, il fallait retenir qu'il avait volontairement induit ce dernier en erreur afin de permettre à B._ SA, dont il était administrateur, d'acquérir à vil prix la moitié des parts sociales de F._. Ce dol entraînait la nullité de la vente intervenue de gré à gré le 15 juillet 2016; subsidiairement, cette vente devait être annulée sur plainte.
L'Office, se ralliant pour l'essentiel aux arguments du plaignant, a conclu à la constatation de la nullité de la vente intervenue le 15 juillet 2016, subsidiairement à son annulation, et à ce qu'instruction lui soit donnée de procéder à une nouvelle réalisation des biens concernés.
B._ SA a conclu à l'irrecevabilité de la plainte, subsidiairement à son rejet.
B.b. Au vu de la réinscription le 18 mai 2017 de D._ SA en liquidation au registre du commerce, de la dénonciation/plainte formée le 1er juin 2017 par A._ et des pièces annexées, en particulier des bilans aux 31 décembre 2015 et 2016 de F._, l'Office, considérant que ces éléments faisaient apparaître des prétentions nouvelles de la masse en faillite, a décidé le 23 mai 2017 d'ouvrir une procédure de réalisation et de distribution complémentaire au sens de l'art. 269 al. 1 LP.
Par acte adressé le 7 août 2017 à la Chambre de surveillance, B._ SA, E._, C._ SA et G._ ont formé une plainte au sens de l'art. 17 LP contre la décision de l'Office d'ouvrir une procédure complémentaire en application de l'art. 269 LP, concluant à la constatation de sa nullité, subsidiairement à son annulation, ainsi qu'à celle des mesures subséquentes prises par l'Office (cause A/3280/2017).
Invité à se déterminer sur la plainte, l'Office a notamment conclu à son irrecevabilité de la plainte et à ce que l'existence d'un actif nouvellement découvert au sens de l'art. 269 LP soit constatée.
B.c. Par décision du 13 septembre 2018, expédiée le lendemain, la Chambre de surveillance a, " à la forme ", ordonné la jonction des causes A/2425/2017 et A/3280/2017, déclaré irrecevable la plainte formée le 1er juin 2017 par A._ contre l'adjudication à B._ SA de divers actifs en date du 15 juillet 2016, déclaré irrecevable, en tant qu'elle a été déposée par G._ et E._, la plainte formée le 7 août 2017 contre la décision de l'Office de procéder à la réalisation complémentaire des actifs cédés le 15 juillet 2016, et déclaré cette plainte recevable en tant qu'elle avait été déposée par B._ SA et par C._ SA. Sur le fond, la Chambre de surveillance a notamment constaté que l'adjudication intervenue le 15 juillet 2016 en faveur de B._ SA n'était pas nulle et a annulé la décision de l'Office de procéder à la réalisation complémentaire des actifs cédés le 15 juillet 2016.
C.
Par acte posté le 28 septembre 2018, A._ exerce un recours en matière civile contre la décision du 13 septembre 2018. Il conclut à son annulation et à sa réforme en ce sens que la nullité de l'acte de vente de gré à gré du 15 juillet 2016 passé entre l'Office et la société B._ SA dans le cadre de la faillite de D._ SA en liquidation est constatée et qu'une nouvelle réalisation des participations détenues par D._ SA en liquidation dans les sociétés I._ SA, J._ SA, K._ SA, L._ Sàrl, M._ Sàrl, E._, F._ et N._ (postes C2 à C9 de l'inventaire) est ordonnée. Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Des déterminations sur le fond n'ont pas été requises.
D.
Par ordonnance présidentielle du 23 octobre 2018, l'effet suspensif a été attribué au recours.
Considérant en droit :
1.
Interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 2 let. a LTF) par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de surveillance de dernière (unique) instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable, et ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2.
2.1. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 143 V 19 consid. 2.3; 140 III 86 consid. 2). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (ATF 140 III 86 consid. 2 et les références), sauf en présence d'une violation du droit évidente (ATF 142 I 99 consid. 1.7.1; 140 III 115 consid. 2; 138 I 274 consid. 1.6). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 142 II 369 consid. 2.1; 142 III 364 consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 143 I 310 consid. 2.2 et la référence), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1). Il ne peut en particulier pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1 et la référence).
En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient que si l'autorité cantonale n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
3.
La Chambre de surveillance a constaté que le motif de contestation de la vente de gré à gré invoqué par le plaignant consistait dans l'estimation à ses yeux trop basse de la valeur de l'une des huit participations cédées de gré à gré à B._ SA le 15 juillet 2016. Il y voyait un vice de la volonté en ce sens que l'Office se serait trouvé dans l'erreur sur la véritable valeur de cette participation, et ce en raison d'un comportement dolosif de G._. Or, selon ses propres déclarations, le plaignant avait eu connaissance des pièces établissant selon lui cette sous-estimation (soit les bilans et comptes de résultat de F._ pour les exercices 2015 et 2016) en mars 2017 déjà. C'était du reste en se fondant sur ces pièces, et avec une argumentation pour l'essentiel similaire à celle soutenue dans le cadre de sa plainte, qu'il avait requis le 5 avril 2017 du Tribunal de première instance la réinscription au registre du commerce de D._ SA en liquidation. Il fallait donc retenir qu'au plus tard au début du mois d'avril 2017, le plaignant avait connaissance non seulement de l'adjudication intervenue le 15 juillet 2016 mais également du motif justifiant selon lui la contestation de cet acte. Déposée le 1er juin 2017 seulement, la plainte était donc tardive, et partant irrecevable.
Nonobstant l'irrecevabilité de la plainte, la Chambre de surveillance a examiné si la vente de gré à gré du 15 juillet 2016 était frappée de nullité (art. 22 al. 1 LP). En résumé, elle a jugé que l'examen du dossier ne permettait pas de retenir l'existence d'une tromperie intentionnelle de la part de H._ et, surtout, de G._, portant sur la valeur de la participation dans F._. La procédure d'estimation et de réalisation de cet actif, ainsi que des autres actifs vendus de gré à gré le 15 juillet 2016, s'était déroulée conformément aux règles prévues en la matière. Une éventuelle inexactitude de l'estimation faite par l'Office de la participation dans F._ aurait dû être invoquée dans le cadre d'une plainte contre l'inventaire ou contre la circulaire du 18 avril 2016 en proposant la vente de gré à gré, et ne pouvait par voie de conséquence entraîner la nullité de l'adjudication du 15 juillet 2016.
4.
Invoquant, sous des angles qui se recoupent largement, tant la violation du droit d'être entendu que la constatation et l'appréciation arbitraires des faits, le recourant fait grief à la Chambre de surveillance d'avoir omis, sans aucune justification, d'examiner la question de la qualité de G._ d'organe de fait non seulement de la faillie mais également des sociétés cédées le 15 juillet 2016, notamment E._ et F._. Il s'agissait là pourtant d'un élément de fait décisif pour l'issue de la cause, qui avait été allégué à plusieurs reprises dans la plainte du 1er juin 2017, preuves à l'appui. La reconnaissance de sa qualité d'organe de fait signifiait que G._ décidait de la conduite de la société et avait ainsi accès à toutes les informations pertinentes pour l'établissement des comptes et l'évaluation des actifs. Partant, au moment de la vente de gré à gré du 15 juillet 2016 des sociétés E._ et F._ à la société B._ SA, ce dernier savait parfaitement que les participations dans ces sociétés avaient été acquises à vil prix. Or, à l'instar de H._, il avait volontairement trompé l'administration de la faillite en la maintenant dans l'ignorance de la comptabilité des sociétés tierces détenues par la faillie.
On ne voit cependant pas en quoi cet élément de fait serait pertinent et pourrait influer sur l'issue de la cause. Tant le recourant dans ses écritures cantonales que la Chambre de surveillance dans sa décision dont est recours se sont basés sur un arrêt ancien aux termes duquel le Tribunal fédéral a jugé que la tardiveté de la plainte n'est pas opposable au plaignant lorsque la vente a été faussée par le dol du débiteur (arrêt du 30 mars 1937 publié in SJ 1937 p. 513). Il apparaît à la lecture de cet arrêt qu'il s'agissait d'éviter que des manoeuvres frauduleuses du débiteur faussent la procédure d'enchères et conduisent à ce que des intéressés - non poursuivants - formulent des offres qu'ils n'auraient pas faites en l'absence de dol. Cette jurisprudence - qui vise expressément et uniquement le (tiers) adjudicataire - n'a donc pas vocation à s'appliquer à un créancier admis à l'état de collocation qui, comme en l'espèce, n'a non seulement pas porté plainte devant l'autorité de surveillance contre l'estimation des actifs considérés mais n'a pas non plus formulé d'offre d'achat dans le délai imparti à cet effet par l'Office. Dès lors que le créancier admis à l'état de collocation participe à la procédure, l'éventuelle nullité, qui au demeurant ne doit être admise qu'exceptionnellement, est limitée à la violation des dispositions légales impératives édictées dans l'intérêt public (art. 22 al. 1 LP; cf. s'agissant expressément d'une vente de gré à gré dans le cadre d'une faillite: ATF 128 III 104 consid. 3b et 4). Tel est le cas en principe des dispositions de procédure et de celles traitant de la compétence matérielle des autorités (cf. arrêt 5A_403/2017 du 11 septembre 2017 consid. 7.2.1 et les références). Or, pas plus qu'en instance cantonale, le recourant n'expose à satisfaction en quoi les faits qu'il met en exergue permettraient, s'ils étaient retenus, de conclure que l'on se trouve ici en présence d'opérations contraires à de telles dispositions. Il suit de là que le recourant ne pouvait échapper aux conséquences de la tardiveté de sa plainte, dont il ne conteste au demeurant pas le constat. Autant que recevable, le moyen doit par conséquent être rejeté.
5.
Le recourant se plaint en outre d'une violation de l'art. 269 LP. Nonobstant la jonction des causes ordonnée par la Chambre de surveillance, on peut se demander s'il est autorisé à s'en plaindre tant il est vrai que sa critique est dirigée contre les motifs de la décision querellée en lien avec la plainte déposée par B._ SA, E._, C._ SA et G._ contre la décision de l'Office du 23 mai 2017 (cf. supra let. B.b). Quoi qu'il en soit, dès lors qu'il le lie à la question de la qualité d'organe de fait de G._, ce moyen dépend entièrement de son précédent grief, qui a toutefois été rejeté dans la mesure de recevabilité. Point n'est donc besoin d'encore examiner, comme le voudrait le recourant, si c'est à bon droit que la Chambre de surveillance a considéré que le caractère " nouvellement découvert " au sens de l'art. 269 LP ne pouvait s'appliquer aux actifs considérés, dès lors qu'ils étaient connus de l'Office pour avoir été inventoriés et réalisés.
6.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., doivent par conséquent être mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Les intimées, qui n'ont pas été invitées à répondre sur le fond et qui n'ont pas été suivies sur effet suspensif, n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Masse en faillite de D._ SA en liquidation, à l'Office des faillites du canton de Genève et à la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 10 décembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Hildbrand