Fatti:
A.
A.a. L'8 febbraio 2008 il Municipio di X._ ha indetto un pubblico concorso, retto dal Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500) e impostato secondo la procedura selettiva per aggiudicare le opere da impresa generale concernenti l'edificazione della parte pubblica del C._; il bando è stato pubblicato sul Foglio ufficiale (FU)... Gli atti di gara prevedevano la facoltà di subappaltare parte dei lavori, alle seguenti condizioni:
"3.5 Subappalto
3.5.1 Principi generali
È ammesso il subappalto delle opere deliberate. L'imprenditore generale o il Consorzio è l'unico responsabile dell'operato dei suoi subappaltatori anche se questi ultimi sono stati proposti o accettati dal Committente.
Come le imprese generali e i consorzi di imprese generali, anche le imprese subappaltatrici devono fornire le dichiarazioni comprovanti l'avvenuto pagamento dei contributi di legge.
Con l'inoltro dell'offerta, i concorrenti devono allegare la lista dei subappaltatori (per ogni subappalto potrà essere indicato un solo nominativo) - da inserire nell'allegato 11.12 del classificatore 11.
Ogni subappaltatore deve rispettare i requisiti richiesti dalla LCPubb. (...)
La sostituzione dei subappaltatori deve essere sottoposta per approvazione al Committente.
3.5.2 Sostituzione di un subappaltatore
La sostituzione di un subappaltatore ad opera del deliberatario deve essere sottoposta per approvazione al committente.
(...) "
A.b. Al concorso ha partecipato, tra gli altri, il Consorzio composto dalle ditte A.A._ S.A.U., B.A._ SA e D._ SA (in seguito: Consorzio A._ oppure A._), indicando 13 subappaltatori, tra i quali E._ SA per le opere di impianti elettrici, di condizionamento, idrico e sanitario.
A.c. L'8 aprile 2009, il committente ha deliberato al Consorzio A._ le opere da impresa generale per un importo di fr. 128'687'614.--. Il 26 novembre 2009 il Comune di X._ e A._ hanno concluso il contratto di appalto che, tra le altre cose, riprendeva e specificava le clausole concorsuali in merito al subappalto, come segue:
"12. Subappaltatori
12.1 In generale
Il Deliberatario riporta nel contratto con il subappaltatore tutte le clausole del suo contratto di appalto con il Committente necessarie alla salvaguardia degli interessi di quest'ultimo.
La lista dei subappaltatori è allegata al presente contratto quale Allegato 18 e deve essere approvata dal Committente prima della sottoscrizione del presente contratto. (...)
In ogni caso il Deliberatario è responsabile per l'attività svolta dai suoi subappaltatori e per le forniture dei suoi fornitori e questo, in deroga a quanto previsto dall'art. 29 cpv. 2 Norma SIA 118, anche quando il Committente ha approvato la scelta del subappaltatore o del fornitore o ne ha espressamente richiesto la scelta.
12.2 Sostituzione del subappaltatore
12.2.1 Sostituzione del subappaltatore su iniziativa del Deliberatario
La sostituzione del subappaltatore su iniziativa del Deliberatario in corso d'opera deve essere notificata e autorizzata dal Committente.
(...)
12.3 Clausole contrattuali per subappaltatori e fornitori
Il Deliberatario si impegna ad estendere le condizioni di cui alla cifra 12.1 ad eventuali suoi subappaltatori e fornitori. In particolare modo il Deliberatario si impegna ai sensi dell'art. 5 LCPubb ad obbligare i mandatari, le imprese subappaltatrici e le ditte fornitrici da esso incaricate, a rispettare le disposizioni vigenti in materia di sicurezza sul lavoro, i contratti collettivi di lavoro vigenti o i contratti individuali di lavoro, o in loro assenza, a rispettare le prescrizioni vigenti nel singolo settore, di impiegare e assicurare soltanto personale con valido permesso di lavoro, nonché a rispettare il principio della parità di trattamento tra uomini e donne.
In relazione a quanto sopra il Deliberatario dichiara di avere preso atto del tenore dell'art. 11 lett. e-f del Concordato intercantonale sugli acquisti pubblici (CIAP)."
Al contratto era allegato anche l'elenco dei subappaltatori tra cui figurava anche la E._ SA per i già annunciati impianti elettrici, di condizionamento, idrico e sanitario.
B.
Successivamente, A._ e F.F._ SA (in precedenza E._ SA) hanno siglato un Contratto di appalto (subappalto) per la somma di fr. 28'100'000.-- per l'esecuzione e la fornitura degli impianti elettrici e meccanici per il C._; lo stesso conteneva un divieto di subappaltare a terzi lavori oggetto del contratto salvo accordo scritto preventivo di A._, ma autorizzava F.F._ SA ad avvalersi della collaborazione, del concorso e delle sinergie di tutte le società e strutture presenti all'interno della propria organizzazione (Gruppo F._), previa comunicazione a A._.
Il 28 settembre 2010, F.F._ SA e G.F._ S.p.A., società anch'essa appartenente al gruppo F._, hanno costituito un consorzio, il cui regolamento interno ribadiva nuovamente il divieto di principio del subappalto, riservata la facoltà di fare capo a entità del Gruppo F._. La società che si fosse avvalsa di prestazioni di terzi senza il consenso scritto di F.F._ SA e del Consorzio A._ ne avrebbe risposto direttamente nei confronti del Deliberatario.
C.
C.a. Il 27 agosto 2014, esperiti i necessari accertamenti a seguito di segnalazioni ricevute dall'Associazione Interprofessionale di Controllo (AIC) in merito alla presenza sul cantiere C._ di operai non notificati della ditta italiana H._ s.r.l. (incaricata da G.F._ S.p.A. dello svolgimento in subappalto di opere specialistiche di insonorizzazione per l'impianto di ventilazione) e della ditta spagnola I._ SA (incaricata da A._ di eseguire dei lavori di scavo), l'allora Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti (ULSA, ora Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche [UVCP]) ha notificato alle tre consorziate A.A._ S.A.U., B.A._ SA e D._ SA (nel frattempo fallita) l'apertura nei loro confronti di un procedimento amministrativo per violazione delle normative legali vigenti in materia di appalti pubblici. Con scritto del 9 luglio 2015 ha poi esteso il procedimento anche ai fatti che hanno interessato presunti interventi sul cantiere non conformi alla legislazione sulle commesse pubbliche da parte di altre tre ditte (F.F._ SA, G.F._ S.p.A. e J._).
C.b. H._ s.r.l. e I._ SA sono state sanzionate con decisioni del Consiglio di Stato del 15 luglio 2015, cresciute in giudicato. Le cause che interessano J._ e F.F._ SA (poi divenuta K.F._ AG ed ora L.L._ SA) per il subappalto non autorizzato dal committente delle opere di installazione elettrica nel campo della corrente forte e di posa della fibra ottica, dopo essere arrivate al Tribunale federale, sono state rinviate al Tribunale cantonale amministrativo (sentenze 2C_1184/2016 e 2C_1185/2016 entrambe del 7 giugno 2018), il quale si è pronunciato con due corrispondenti decisioni del 4 gennaio 2021, che sono ora di nuovo sub iudice dinanzi al Tribunale federale (cause 2C_175/2021 e 2C_177/2021). G.F._ S.p.A. (ora M.L._ SA) è stata a sua volta sanzionata per il subappalto non autorizzato delle opere di insonorizzazione dell'impianto di ventilazione e per le prestazioni di progettazione e direzione lavori con decisione del 21 agosto 2019 (n. 3762) del Consiglio di Stato, parzialmente riformata dal Tribunale cantonale amministrativo con decisione sempre del 4 gennaio 2021, anch'essa impugnata dinanzi al Tribunale federale (causa 2C_176/2021).
D.
D.a. Con decisione del 21 agosto 2019 il Consiglio di Stato ha invece escluso A.A._ S.A.U. e B.A._ SA dalla partecipazione a tutti gli appalti assoggettati alla legge del 20 febbraio 2001 sulle commesse pubbliche (LCPubb; RL/TI 730.100) o al CIAP per un periodo di 24 mesi e le ha condannate al pagamento di una pena pecuniaria di fr. 109'000.-- ciascuna, in relazione alla cessione o subappalto senza autorizzazione del committente delle opere di scavo per la realizzazione di muri e percorsi (eseguite da I._ SA), delle opere specialistiche di insonorizzazione dell'impianto di ventilazione (eseguite da H._ s.r.l.), delle opere di installazione elettrica (eseguite da J._) e per le prestazioni di progettazione e direzione lavori (eseguite da G.F._ S.p.A.).
D.b. Il 4 gennaio 2021 il Tribunale cantonale amministrativo, accogliendo parzialmente il ricorso delle due consorziate, ha annullato la loro esclusione dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per 24 mesi ed ha ridotto le rispettive pene a fr. 100'000.-- ciascuna.
E.
Il 12 febbraio 2021 A.A._ S.A.U. (causa 2C_155/2021) e B.A._ SA (causa 2C_157/2021), patrocinate dal medesimo avvocato, hanno inoltrato al Tribunale federale due distinti (ma nel tenore identici) ricorsi in materia di diritto pubblico, da trattare in subordine come ricorsi sussidiari in materia costituzionale, con i quali chiedono che anche la sanzione pecuniaria ridotta dal Tribunale cantonale amministrativo venga annullata e che le spese processuali delle precedenti istanze vengano poste a carico del Cantone. Invocano la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio, nonché dei principi della buona fede e della proporzionalità.
Chiamati ad esprimersi, l'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche ha chiesto di respingere il ricorso, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e conclusioni della sentenza impugnata.
Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la propria competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità del rimedio proposto (DTF 146 IV 185 consid. 2 e rinvii).
1.1. Le memorie delle due ricorrenti sono redatte dal medesimo avvocato, poggiano sulla stessa fattispecie e sono rivolte contro la stessa decisione del Tribunale cantonale amministrativo, che peraltro si era già espresso con un'unica decisione. In tali circostanze, si giustifica pertanto di congiungere le cause anche in questa sede ed emanare un giudizio unico (art. 71 LTF in relazione con l'art. 24 cpv. 2 lett. b PC [RS 273]; sentenza 2C_302/2020 dell'11 novembre 2021 consid. 1 e richiamo).
1.2. Le ricorrenti impugnano con atti formalmente corretti (art. 42 LTF) e tempestivi (art. 100 cpv. 1 LTF) la decisione di un'autorità cantonale di ultima istanza pronunciata in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF), di cui sono destinatarie dirette (art. 89 cpv. 1 LTF) e contro la quale non è ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF).
1.3. La sentenza impugnata si fonda sull'art. 45 LCPubb nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019 (di seguito: vLCPubb; BU 2019, 211) e costituisce pertanto una decisione in materia di acquisti pubblici ai sensi dell'art. 83 lett. f LTF (DTF 140 I 252 consid. 2.2).
1.3.1. Giusta l'art. 83 lett. f LTF, come modificato a seguito dell'entrata in vigore - il 1° gennaio 2021 - della nuova legge federale del 21 giugno 2019 sugli appalti pubblici (LAPub; RS 172.056.1), il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in ambito di acquisti pubblici se, salvo eccezioni che qui non ricorrono, non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale (cifra 1) o se il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale sugli appalti pubblici (cifra 2). I due motivi di esclusione sono cumulativi (DTF 146 II 276 consid. 1.2 e riferimenti); incombe alla parte ricorrente dimostrarne l'esistenza (art. 42 cpv. 2 LTF), pena l'inammissibilità dell'impugnativa (sentenza 2C_355/2021 del 19 ottobre 2021 consid. 1.2.1 e rinvii), a meno che la questione di principio si imponga con evidenza (DTF 141 II 113 consid. 1.4.1 e riferimenti). Quando le due condizioni di ammissibilità non sono adempiute, resta da verificare se sia aperta la via del ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 LTF).
1.3.2. L'esistenza di una questione giuridica d'importanza fondamentale va ammessa in maniera restrittiva (DTF 141 II 113 consid. 1.4 e richiami). Per ritenere adempiuto il presupposto dell'art. 83 lett. f cifra 1 LTF non è sufficiente che il Tribunale federale non abbia mai avuto modo di pronunciarsi sulla domanda che gli viene sottoposta, ma occorre inoltre che il problema giuridico sollevato sia suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini in altri casi analoghi, e che quindi la sua soluzione possa fungere da riferimento per la prassi. La questione aperta o controversa, che dev'essere inerente all'ambito degli acquisti pubblici, deve poi avere portata tale da richiedere un chiarimento da parte della più alta istanza federale (DTF 141 II 113 consid. 1.4.1; sentenze 2C_1060/2017 del 29 ottobre 2020 consid. 1.2 non pubblicato in DTF 147 II 264 e 2C_1184/2016 del 7 giugno 2018 consid. 1.2). Se il ricorso solleva effettivamente una questione di principio, l'esame operato dal Tribunale federale non si limita alla stessa ma si estende a tutto il ricorso, conformemente agli artt. 95 segg. e 105 segg. LTF (DTF 143 II 425 consid. 1.3.2 e rinvio).
1.3.3. Nel concreto caso, occorre convenire con le ricorrenti che la determinazione del termine di prescrizione dell'azione sanzionatoria nell'ambito del diritto cantonale in materia di commesse pubbliche costituisce una questione di diritto d'importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 lett. f cifra 1 LTF. Da un lato, in effetti, come si vedrà, una regolamentazione esplicita della prescrizione manca nel diritto positivo delle commesse pubbliche. D'altro lato, la questione non è nemmeno ancora stata affrontata dal Tribunale federale e, anche se ora viene sollevata in riferimento all'applicazione della normativa ticinese, essa è suscettibile di ripresentarsi in un numero indeterminato di futuri casi analoghi, anche rispetto a diversi altri Cantoni che hanno introdotto un regime sanzionatorio simile. A ciò si aggiunga che nel diritto delle commesse pubbliche si assiste ad un processo di sistematizzazione e rafforzamento dell'apparato sanzionatorio inteso ad assicurare il rispetto del diritto delle commesse pubbliche (in tal senso, il Messaggio del Consiglio federale del 15 febbraio 2017 concernente la revisione totale della legge federale sugli acquisti pubblici, FF 2017 1587 segg., segnatamente 1606 seg.). In particolare, il rivisto Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 15 novembre 2019 (in seguito: CIAP 2019) prevede ora esplicitamente anche la multa e l'esclusione dagli appalti futuri per un periodo determinato (cfr. infra consid. 4.5.4.2 e 4.5.4.4), per cui è pensabile che tali provvedimenti entreranno a far parte delle prassi dei Cantoni che aderiranno al concordato in questione. Occorre quindi ammettere che la soluzione della questione nel concreto caso possa altresì contribuire ad assicurare in futuro un'interpretazione uniforme delle normative cantonali in materia di appalti pubblici.
Inoltre, anche il secondo requisito necessario per l'ammissibilità del ricorso, attinente al raggiungimento del valore soglia di cui all'art. 83 lett. f cifra 2 LTF è soddisfatto, giacché già il solo valore del subappalto nell'ambito del quale sono avvenuti i fatti che hanno provocato le sanzioni contestate ammonta a fr. 28'100'000.--.
1.3.4. Essendo proponibili i ricorsi ordinari (art. 82 segg. LTF) e non essendovi spazio per i ricorsi sussidiari in materia costituzionale (art. 113 LTF), questi devono di conseguenza essere dichiarati inammissibili.
2.
2.1. Con il ricorso in materia di diritto pubblico può tra l'altro essere censurata la violazione del diritto federale, internazionale e intercantonale (art. 95 lett. a, b, f LTF). Salvo che per i casi particolari di cui all'art. 95 lett. c e d LTF, la violazione del diritto cantonale non può venir eccepita in quanto tale, ma soltanto se integra nel contempo una violazione del diritto federale e, segnatamente, del divieto d'arbitrio o di altri diritti costituzionali (DTF 142 II 369 consid. 2.1 e riferimenti).
2.2. Di principio, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso, né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. La violazione del diritto cantonale, intercantonale e dei diritti fondamentali è invece esaminata unicamente se la parte ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Nella sua impugnativa, è necessario che quest'ultima specifichi quali diritti ritiene lesi ed esponga le critiche in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da un'argomentazione esaustiva. Il Tribunale federale non entra invece nel merito di critiche formulate in maniera puramente appellatoria (DTF 146 IV 88 consid. 1.3.1 e richiami). Nel caso lamenti una violazione del divieto d'arbitrio, la parte ricorrente deve in particolare spiegare perché la decisione impugnata è - non solo a livello di motivazione ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (DTF 146 IV 88 consid. 1.3.1 e rinvio).
2.3. Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda, di regola, il suo ragionamento giuridico sugli accertamenti svolti dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene se sono stati eseguiti in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF), ovvero arbitrario, profilo sotto il quale viene esaminato anche l'apprezzamento delle prove (DTF 140 III 115 consid. 2; 137 III 226 consid. 4.2 e rispettivi richiami). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Vi è arbitrio nell'accertamento dei fatti o nell'apprezzamento delle prove quando il giudice non ha manifestamente colto il senso e la portata di un mezzo di prova, non ha tenuto conto di un mezzo di prova importante, suscettibile di modificare la decisione impugnata, o se, sulla base degli elementi raccolti, ha tratto conclusioni insostenibili (DTF 143 IV 500 consid. 1.1). Incombe alla parte ricorrente dimostrare l'arbitrio, con una motivazione che risponda alle esigenze poste dall'art. 42 cpv. 2 LTF, rispettivamente dall'art. 106 cpv. 2 LTF (DTF 146 III 73 consid. 5.2.2); il Tribunale federale non entra nel merito di critiche puramente appellatorie (DTF 142 I 99 consid. 1.7.1 e 1.7.2; 142 III 364 consid. 2.4 e rispettivi richiami).
3.
3.1. Le ricorrenti formulano una serie di censure di natura formale, tutte legate alla violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost., che occorre esaminare in via prioritaria (DTF 144 I 11 consid. 5.3 e rinvio).
3.2. Da un lato, esse rimproverano alla Corte cantonale di non aver sufficientemente sostanziato il proprio ragionamento che l'ha condotta a ricercare la soluzione alla questione della prescrizione dell'azione sanzionatoria nella legge federale del 6 ottobre 1995 sui cartelli e altre limitazioni della concorrenza (LCart; RS 251) invece che nella legge ticinese sulle commesse pubbliche stessa ciò che, a loro avviso, avrebbe portato a dover applicare l'art. 109 del Codice penale svizzero del 21 dicembre 1937 (CP; RS 311.0) e la relativa prescrizione più corta, oppure in altre normative che avrebbero implicato l'applicazione di una procedura contravvenzionale, anche in questo caso con il relativo termine di prescrizione più breve.
È vero che tra gli aspetti tutelati dal diritto di essere sentiti ancorato nell'art. 29 cpv. 2 Cost. vi è anche quello legato all'esigenza di una motivazione sufficiente; esso risulta nondimeno violato soltanto quando l'autorità omette di pronunciarsi su censure di una certa pertinenza o di prendere in considerazione allegazioni e argomenti importanti per la decisione da prendere (DTF 143 III 65 consid. 5.2 e riferimenti), mentre è soddisfatto se dalla decisione impugnata emergono con sufficiente chiarezza i motivi su cui essa fonda il suo ragionamento (DTF 142 II 154 consid. 4.2 e richiami). Nel concreto caso, al di là del fatto che le critiche delle ricorrenti sono semplicemente abbozzate, ragione per cui il rispetto dell'art. 106 cpv. 2 LTF è per lo meno dubbio (cfr. supra consid. 2.2), la violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost. non risulta data. In effetti, il ragionamento adottato dalla Corte cantonale risulta lineare e comprensibile per le ricorrenti, tant'è che, con le loro impugnative, esse sono state in grado di contestarne le varie componenti. Il fatto poi che queste non condividano le argomentazioni dei giudici cantonali è una questione che riguarda il merito, non il diritto ad una motivazione sufficiente (sentenza 2C_1041/2019 del 10 novembre 2020 consid. 3.2.1 e rinvii).
3.3. D'altro lato, a più riprese, le ricorrenti lamentano che il rifiuto di ascoltare tre funzionari del committente e dei membri dell'esecutivo comunale in qualità di testi, a loro dire perfettamente informati dell'attività delle tre aziende del gruppo F._ sul cantiere, configurerebbe una violazione del loro diritto di essere sentite. Quest'ultimo comprende effettivamente anche il diritto dell'interessato di offrire prove pertinenti e di ottenerne l'assunzione (DTF 145 I 167 consid. 4.1; 140 I 99 consid. 3.4). Tuttavia, come si vedrà anche nel merito, contestata in concreto non è tanto la circostanza che dei rappresentanti del committente fossero o meno a conoscenza della presenza di subappaltatori sul cantiere, quanto piuttosto la questione della forma necessaria per l'autorizzazione al subappalto, la quale, secondo la sentenza impugnata, doveva essere espressa per iscritto, in una risoluzione municipale apposita. Sulla base di queste premesse, ammettere, come hanno fatto i giudici cantonali, che il rifiuto di sentire i testi non potesse supplire la mancanza di tale atto ufficiale non è criticabile dal profilo della garanzia del diritto di essere sentito. Ne consegue che la censura relativa alla violazione dell'art. 29 cpv. 2 Cost. va respinta anche nella misura in cui si riferisce alla questione del dies a quo del termine di prescrizione, questione che va tutt'al più affrontata nel merito.
4.
4.1. I ricorsi sollevano innanzitutto la questione della prescrizione dell'azione sanzionatoria del committente. In effetti, constatando che la legislazione in materia di commesse pubbliche non prevede termini di prescrizione e considerando che in simili circostanze il giudice debba fondarsi sulle norme stabilite dal legislatore in casi analoghi, il Tribunale cantonale amministrativo si è ispirato all'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart, che libera l'impresa che ha preso parte ad una limitazione della concorrenza da ogni sanzione se il comportamento illecito ha cessato di esplicare i suoi effetti da oltre cinque anni prima dell'apertura dell'inchiesta. A supporto della sua tesi, la precedente istanza ha fatto riferimento anche alla DTF 140 II 384 nella quale il Tribunale federale aveva preso in considerazione la medesima norma in relazione ad una sanzione amministrativa (pena pecuniaria) pronunciata nei confronti del gestore di un casinò per violazione degli obblighi di diligenza impostigli dalla legislazione in materia di case da gioco. I giudici cantonali hanno quindi concluso che la sanzione sarebbe stata prescritta se il comportamento illecito delle ricorrenti si fosse concluso da oltre cinque anni dall'avvio della procedura amministrativa, ciò che in concreto non era il caso, siccome i lavori effettuati dai subappaltatori senza la debita autorizzazione erano terminati al più presto da dicembre 2012 in poi e le procedure amministrative nei confronti delle ricorrenti erano state aperte il 27 agosto 2014, rispettivamente il 9 luglio 2015.
4.2. Le ricorrenti sostengono che tale ragionamento violi gli artt. 5, 9 e 36 cpv. 3 Cost. In particolare, esse concordano con la constatazione dei giudici cantonali secondo cui la normativa cantonale in materia di appalti pubblici non disciplina la prescrizione dell'azione sanzionatoria intrapresa in applicazione dell'art. 45 vLCPubb; tuttavia ravvisano nell'analogia da essi operata una violazione del divieto dell'arbitrio e della buona fede. A loro avviso questa deduzione non sarebbe sorretta da alcun valido appiglio e paragonerebbe tra loro fatti non pertinenti. Il tenore degli artt. 45 cpv. 1 e 45b vLCPubb, come pure le considerazioni formulate dal Consiglio federale nell'ambito della revisione del diritto in materia di commesse pubbliche del 2019 avrebbero invece dovuto confermare la natura penale o quasi-penale della sanzione in questione e condurre di conseguenza " eo ipso " all'applicazione del termine di prescrizione di tre anni dettato dall'art. 3 della legge ticinese del 20 aprile 2010 di procedura per le contravvenzioni (LPContr; RL/TI 311.100) - alla quale rinviava espressamente anche l'art. 45b cpv. 2 vLCPubb - e quindi in definitiva all'art. 109 CP. D'altro canto, secondo le ricorrenti, l'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart non regolerebbe la prescrizione dell'azione, bensì i casi di esenzione da sanzione e questo quando il comportamento limitativo della concorrenza (ovvero l'atto illecito) è cessato 5 anni prima dell'apertura dell'inchiesta, ciò che avrebbe a loro avviso semmai dovuto indurre la precedente istanza a considerare come riferimento temporale non tanto la fine dei lavori effettuati in virtù del subappalto illecito, bensì il momento della conclusione del contratto di subappalto e della sua mancata notifica al committente: tali circostanze, che costituiscono l'atto illecito, risalirebbero all'aprile 2010, ossia ad oltre cinque anni dall'apertura del procedimento, che è avvenuta il 9 luglio 2015 quindi quando i 5 anni erano già trascorsi.
4.3. Un diritto si prescrive quando il suo titolare perde la facoltà di esigerne l'esecuzione forzata (THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2a ed. 2018, pag. 261). In diritto amministrativo non è raro che la prescrizione non sia espressamente disciplinata (PIERRE LOUIS MANFRINI, Les embûches de la prescription, in: Le insidie della prescrizione, 2019, pag. 101 segg., segnatamente pag. 103; THOMAS MEIER, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, 2013, pag. 157). Il Tribunale federale ha nondimeno riconosciuto che, in quanto istituzione generale del diritto, il principio della prescrittibilità delle pretese di diritto pubblico si impone anche in assenza di una base legale esplicita in virtù dei principi della sicurezza del diritto e della buona fede, che appaiono irrinunciabili in uno Stato fondato sul diritto (DTF 140 II 384 consid. 4.2; 126 II 49 consid. 2a, 54 consid. 7; 125 V 396 consid. 3a e rispettivi riferimenti; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 8a ed. 2020, n. 764 segg.; TANQUEREL, op. cit., pag. 261). La prescrizione non si applica solo ai crediti pecuniari, ma anche al diritto di pronunciare una sanzione amministrativa avente carattere penale (DTF 140 II 384 consid. 4.2). Nel silenzio del diritto positivo, è il giudice che deve decidere secondo la regola che egli adotterebbe come legislatore (art. 1 cpv. 2 CC), applicando per analogia il termine previsto da un'altra legge di diritto pubblico in una situazione assimilabile a quella che lo occupa o, se non ne esistono, facendo ricorso ai principi generali del diritto, segnatamente del diritto civile in materia di prescrizione (DTF 140 II 384 consid. 4.2 con i relativi riferimenti giurisprudenziali e dottrinali). Trattandosi in particolare di pretese derivanti da atti illeciti, la dottrina e la giurisprudenza tendono ad ammettere che il termine vada di regola fissato in cinque anni (DTF 126 II 54 consid. 7; JACQUES DUBEY/JEAN-BAPTISTE ZUFFEREY, Droit administratif général, 2014, n. 1252; più in generale vedasi MEIER, op. cit., pag. 158 segg.).
4.4. In concreto, come già sottolineato, applicando il diritto cantonale delle commesse pubbliche, il Tribunale cantonale amministrativo ha fatto ricorso per analogia all'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart, ispirandosi alla soluzione che il Tribunale federale aveva trovato nella DTF 140 II 384 consid. 4.3 in relazione ad una pena pecuniaria pronunciata in virtù dell'art. 51 dell'ora abrogata legge federale del 18 dicembre 1998 sul gioco d'azzardo e sulle case da gioco (vLCG; RU 2018 5103 segnatamente 5145). Questa disposizione, intitolata "Sanzione amministrativa", prevedeva che al concessionario che commetteva a proprio vantaggio un'infrazione alla concessione o a una decisione passata in giudicato fosse addebitato un importo fino a tre volte il guadagno ottenuto con l'infrazione, oppure fino al 20 per cento del prodotto lordo dei giochi realizzato nell'ultimo anno d'esercizio. Il Tribunale federale ha ammesso che tale provvedimento andava considerato alla stregua di una sanzione amministrativa con carattere penale ai sensi dell'art. 6 CEDU, poiché, oltre ad avere un effetto preventivo, possedeva una componente penale e repressiva che si rifletteva nel fatto che il relativo importo non si limitava alla confisca del provento dell'infrazione ma - in funzione della gravità dell'infrazione e della colpa - poteva essere ben più elevato (DTF 140 II 384 consid. 3.2.2). Ha quindi giudicato che, stante la forte analogia che esso presentava con la sanzione di cui all'art. 49a LCart, la possibilità di adottare il provvedimento sanzionatorio in questione fosse prescritta se, al momento dell'avvio dell'inchiesta, il comportamento che doveva essere sanzionato era cessato da oltre cinque anni, come previsto appunto all'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart (DTF 140 II 384 consid. 4.3.1).
Occorre quindi ora esaminare se la deduzione operata dal Tribunale amministrativo cantonale nel giudizio impugnato regga ad un esame sotto il profilo dell'arbitrio (cfr. supra consid. 2.2).
4.5. A tal fine, e sempre con un potere di cognizione limitato all'arbitrio, è opportuno dapprima analizzare se il provvedimento contestato dalla ricorrente possa effettivamente essere qualificato come sanzione amministrativa con carattere penale, alla stessa stregua della sanzione comminata dal diritto in materia di case da gioco nella sentenza evocata nonché dal diritto della concorrenza.
4.5.1. L'art. 45 vLCPubb, nella versione applicabile alla presente fattispecie, portava il titolo marginale "Sanzioni amministrative" e il suo primo capoverso era del seguente tenore: "In caso di gravi violazioni della presente legge, il Consiglio di Stato infligge una congrua pena pecuniaria e/o può escludere il contravventore da ogni aggiudicazione per un periodo massimo di 5 anni." Il secondo capoverso enumerava le fattispecie che configuravano gravi violazioni ai sensi del precedente capoverso; tra queste figurava anche il subappalto senza l'accordo del committente. Il terzo capoverso fissava il limite massimo della pena pecuniaria al 20 % del valore della commessa e il quarto capoverso disciplinava la pubblicazione delle decisioni di esclusione.
D'altra parte, l'art. 45a vLCPubb, che portava il titolo marginale "Sanzioni al committente", comminava una multa sino ad un massimo di fr. 20'000.-- per atti illeciti intenzionali commessi dai membri dell'autorità committente e dai suoi ausiliari (cpv. 1) e l'art. 45b vLCPubb stabiliva che per le contravvenzioni era applicabile la legge ticinese di procedura per le contravvenzioni del 20 aprile 2010.
Questa formulazione era il frutto di una modifica della legge cantonale, entrata in vigore nel 2012, che intendeva rafforzare il sistema delle "sanzioni amministrative in caso di gravi violazioni della legge" introducendo nell'art. 45 vLCPubb "la possibilità di comminare una pena pecuniaria" accanto alla possibilità dell'esclusione da appalti futuri, già prevista dall'assetto preesistente (cfr. Messaggio del Consiglio di Stato n. 6455 dell'8 febbraio 2011 concernente la modifica dell'articolo 45 della Legge cantonale sulle commesse pubbliche relativo alle sanzioni amministrative, pag. 1). Con l'art. 45a vLCPubb, invece, è stata introdotta "la facoltà per il Consiglio di Stato di punire tramite contravvenzione i membri della committenza rei di aver violato le prescrizioni della legge" (Messaggio n. 6455 citato, pag. 2; corsivo aggiunto). L'art. 45b vLCPubb - che dal profilo sistematico risulta sotto il medesimo titolo marginale dell'art. 45a vLCPubb - si riferiva unicamente alle contravvenzioni comminate ai membri della committenza, ai quali (ma solo a loro, contrariamente a quanto sostengono le ricorrenti) si applicava la LPContr.
4.5.2. Il Tribunale federale ha già in passato statuito che la pena pecuniaria pronunciata in applicazione dell'art. 45 vLCPubb ha carattere amministrativo e ciò in ragione sia del titolo marginale della disposizione in questione ("Sanzioni amministrative"), sia del fatto che l'esclusione dai mercati pubblici futuri, che è contemplata dalla stessa disposizione quale misura alternativa o aggiuntiva, costituisce a sua volta una sanzione amministrativa; ha quindi scartato il ricorso in materia penale degli art. 78 segg. LTF (DTF 140 I 252 consid. 1.1). A medesima conclusione era giunto rispetto all'ammenda che, in virtù della legge vodese sui mercati pubblici, può essere pronunciata in maniera cumulativa o alternativa alle altre sanzioni previste dalla legge cantonale, quali l'avvertimento o la revoca dell'aggiudicazione, l'esclusione da ogni nuovo mercato per una durata massima di cinque anni e l'esclusione dalla lista permanente degli offerenti qualificati. Il Tribunale federale aveva stabilito che, indipendentemente dal termine utilizzato - che può riferirsi tanto ad una sanzione di diritto amministrativo, quanto ad una sanzione di diritto penale - essa costituisce una misura amministrativa, come conferma anche il fatto che è pronunciata da un'autorità amministrativa e che, per di più, non può essere convertita in una pena privativa della libertà (DTF 138 I 367 consid. 1). In quel contesto aveva ulteriormente precisato che una simile qualificazione non pregiudica l'applicabilità delle garanzie degli art. 6 e 7 CEDU anche alle sanzioni del diritto delle commesse pubbliche, ove l'entità della sanzione sia tale da conferire loro carattere penale (DTF 138 I 367 consid. 5.2).
Questa Corte non vede ragioni fondate per scostarsi dalla propria giurisprudenza, che continua ad essere coerente non solo con la sistematica del diritto cantonale delle commesse pubbliche applicabile alla presente fattispecie (cfr. supra consid. 4.5.1), ma pure con la sua successiva modifica (cfr. infra consid. 4.5.3). Va peraltro rilevato che la qualifica del provvedimento litigioso alla stregua di una sanzione amministrativa è coerente pure con le categorizzazioni operate sia dalla nuova legislazione federale e intercantonale in materia di commesse pubbliche, sia dalla dottrina (cfr. infra consid. 4.5.4). Come si vedrà, in tutti questi ambiti, l'eventuale carattere penale del provvedimento ai sensi dell'art. 6 CEDU non ne cambia la natura di fondo amministrativa.
4.5.3. L'attuale LCPubb, profondamente rivista ed entrata in vigore il 1° gennaio 2020, ha riorganizzato le disposizioni relative all'impianto sanzionatorio come segue: l'art. 25 LCPubb, che già prevedeva l'esclusione dall'aggiudicazione della commessa oggetto della procedura degli offerenti che hanno adottato comportamenti contrari al diritto delle commesse pubbliche, ha aggiunto la possibilità di pronunciare la revoca di un'aggiudicazione già avvenuta. L'art. 45 vLCPubb, diventato l'art. 45a LCPubb, ha mantenuto il titolo marginale "Sanzioni amministrative", ha modificato la denominazione "pena pecuniaria" in "sanzione pecuniaria" ed ha ampliato la lista dei comportamenti passibili di una sanzione pecuniaria o di un'esclusione da appalti futuri. Inoltre un nuovo art. 45b LCPubb, che porta il titolo marginale "Sanzioni penali", al suo primo capoverso commina una multa fino a fr. 50'000.-- per la commissione intenzionale da parte di membri sia del committente che degli aggiudicatari di una serie di atti illeciti particolarmente gravi e al secondo capoverso stabilisce che "[s]i applica la legge di procedura per le contravvenzioni del 20 aprile 2010 e la sanzione è di competenza del Consiglio di Stato".
4.5.4.
4.5.4.1. D'altro canto, in generale, malgrado la mancanza d'uniformità nella terminologia utilizzata per indicare le varie tipologie di strumenti di vigilanza esistenti nel diritto amministrativo (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, op.cit., n. 1440 segg. pag. 331 segg.; T OBIAS JAAG, Sanktionen, in: Fachhandbuch Verwaltungsrecht: Expertenwissen für die Praxis, 2015, pag. 933 segg., segnatamente pag. 936 segg.; TANQUEREL, op. cit., n. 1237 segg. pag. 419 seg.; DUBEY/ZUFFEREY, op. cit., n. 2243 segg.), nel diritto delle commesse pubbliche è sostanzialmente possibile individuare tre categorie di sanzioni: le misure amministrative intese a ripristinare la legalità e, indirettamente, anche a sanzionare la violazione di una prescrizione amministrativa ed a tutelare l'interesse pubblico minacciato; le sanzioni amministrative con carattere repressivo che, in ragione del loro effetto deterrente e punitivo, possono avere natura penale; ed infine le sanzioni penali in senso proprio (cfr., ad esempio, NICOLAS DIEBOLD/ALWIN KELLER/MANUEL KREIS/ANNE-CATHRINE TANNER, Aufsichtsinstrumente im revidierten Beschaffungsrecht, in: Marchés publics, 2020, pag. 315 segg.). Il nuovo diritto federale delle commesse pubbliche (segnatamente la legge federale del 21 giugno 2019 sugli appalti pubblici [LAPub], entrata in vigore il 1° gennaio 2021), che ha parallelamente comportato una riformulazione integrale del CIAP 2019 per quanto possibile armonizzata con la legge federale, ha rafforzato e sistematizzato l'impianto sanzionatorio del diritto delle commesse pubbliche in maniera più chiara e coerente con la tipizzazione appena evocata. Ancorché non direttamente applicabili alla fattispecie, ai fini della causa appare utile illustrarne le principali caratteristiche.
4.5.4.2. Da un lato, gli artt. 44 LAPub e 44 CIAP 2019 (che hanno identico tenore e sono intitolati "Esclusione dalla procedura e revoca dell'aggiudicazione") contemplano la possibilità di escludere un offerente dalla procedura di aggiudicazione, di radiarlo da un elenco o di revocare l'aggiudicazione. Si tratta di misure orientate al ripristino della legalità e quindi alla tutela immediata dell'interesse pubblico minacciato dal comportamento illecito dell'offerente, quindi di misure amministrative di natura restitutoria (DIEBOLD/ KELLER/ KREIS/TANNER, op. cit., pag. 321 seg.; ASTRID WASER, Verschärfung der Sanktionen im Vergaberecht, in: Jusletter del 28 settembre 2020, n. 5 segg.). Nella legge ticinese, misure corrispondenti sono previste all'art. 25 LCPubb (cfr. supra consid. 4.5.3).
4.5.4.3. D'altro lato, gli artt. 45 LAPub e 45 CIAP 2019 (intitolati "Sanzioni") prevedono l'esclusione da future commesse pubbliche per un periodo massimo di cinque anni o, nei casi meno gravi, l'ammonimento; è inoltre istituito un elenco centrale (non pubblico) degli offerenti e dei subappaltatori esclusi da future commesse pubbliche. Tali misure vanno qualificate come sanzioni amministrative intese a punire l'avvenuta violazione di determinati doveri da parte dell'offerente (carattere repressivo), con l'obiettivo di evitare che questa si riproponga (effetto preventivo), senza per contro mirare a ristabilire la legalità (DIEBOLD/ KELLER/ KREIS/ TANNER, op. cit., pag. 322 seg.; WASER, op. cit., n. 35). In virtù della loro incisività e della loro natura deterrente e punitiva, il legislatore ha inteso riconoscere a simili provvedimenti un carattere penale (cfr. Messaggio del Consiglio federale del 15 febbraio 2017 già citato, FF 2017 pag. 1587 segg. [" equivalgono alle sanzioni penali "; " haben strafähnlichen Charakter "; " sont comparables à des sanctions pénales"]. Per la dottrina si veda JAAG, op. cit., pag. 956; WASER, op. cit., n. 20 segg.; contra: DIEBOLD/KELLER/KREIS/TANNER, op. cit., n. 31, secondo i quali invece va qualificata quale misura disciplinare adottata nell'ambito della vigilanza sull'esercizio delle libere professioni, senza carattere penale, dato che l'esclusione dagli appalti futuri è addirittura meno grave del divieto di esercitare una professione che, in ambito finanziario, secondo la giurisprudenza del Tribunale federale [DTF 142 II 243 consid. 3.4] costituisce, per sua natura e gravità, una misura dettata da motivi di polizia economica che restringe la libertà economica e non un'accusa di carattere penale ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU). Ciò nonostante, questi provvedimenti non costituiscono sanzioni penali in senso proprio ( strafrechtliche Sanktionen; WASER, op. cit., n. 22); sono decisi da autorità amministrative, nel quadro di un procedimento amministrativo (KERSTIN NOËLLE VOKINGER, in: Handkommentar zum Schweizerischen Beschaffungsrecht, 2020, n. 8 all'art. 45), ponendo tuttavia attenzione alle esigenze più elevate derivanti dall'art. 6 CEDU in materia processuale penale (JAAG, op. cit., pag. 958 segg.). È proprio in ragione di tale loro carattere che il legislatore federale ha previsto che nei ricorsi contro simili sanzioni l'applicazione diretta delle disposizioni speciali della legislazione sugli appalti pubblici destinate a garantire la celerità dei procedimenti e la certezza del diritto non si giustifica (cfr. Messaggio del Consiglio federale del 15 febbraio 2017 già citato, FF 2017 pag. 1715; si veda anche MARTIN ZOBL, in: Handkommentar zum Schweizerischen Beschaffungsrecht, 2020, n. 26 all'art. 53). Nella legge ticinese, misure analoghe sono previste all'art. 45a LCPubb (corrispondente all'art. 45 vLCPubb; cfr. supra consid. 4.5.3).
4.5.4.4. In aggiunta, rispetto alla nuova LApub che non la contempla, il nuovo art. 45 CIAP 2019 prevede poi il diritto per il committente di infliggere all'offerente o al subappaltatore inadempiente una "multa" fino al 10 % della somma dell'offerta. A prescindere dalla sua denominazione ( amende; Busse) che richiama il diritto penale (vedasi l'art. 103 CP) la multa, pronunciata in una procedura amministrativa, va considerata una sanzione amministrativa pecuniaria (DIEBOLD/KELLER/ KREIS/TANNER, op. cit., n. 18 segg.; VOKINGER, op. cit., n. 5 e 8 all'art. 45; WASER, op. cit., n. 22) e non una sanzione del diritto penale, la quale viene invece emanata nel quadro di un procedimento penale (sulla difficile delimitazione tra i due istituti: DIEBOLD NICOLAS/RÜTSCHE BERNHARD/ KELLER ALWIN, Instrumente der laufenden Marktaufsicht, in: 7. Forum für Verwaltungsrecht: staatliche Aufsicht über die Wirtschaft und ihre Akteure, 2019, pag. 68 segg.). Certo, il carattere repressivo e di prevenzione generale di questa sanzione, come pure l'effetto incisivo che essa può esplicare sulla situazione finanziaria, se non sull'esistenza stessa dell'offerente sanzionato, la rendono analoga ad una sanzione penale, nei suoi effetti (si veda anche Revisione totale del Concordato intercantonale sugli appalti pubblici (CIAP) del 15 novembre 2019, Modello di messaggio del 16 gennaio 2020, pag. 110) e comportano quindi l'esigenza di applicare le garanzie minime fondamentali degli artt. 6 e 7 CEDU nonché degli artt. 30 e 32 Cost. (DTF 140 II 384 consid. 3; 139 I 72 consid. 2; WASER, op. cit., n. 20 segg.; della stessa opinione DIEBOLD/KELLER/KREIS/TANNER, op. cit., n. 32; con riferimento alle sanzioni analoghe in materia di diritto della concorrenza cfr., ad esempio, DTF 144 II 194 consid. 5.1). Ciò non significa tuttavia, come invece pretendono le ricorrenti, che essa debba essere considerata una sanzione penale, ritenuto anche che non ogni sanzione che non abbia un semplice effetto restitutorio o esecutorio, bensì repressivo, deve essere automaticamente qualificata come una sanzione penale (DTF 147 I 57 consid. 4.3 con riferimenti dottrinali). Appare chiaro che la "pena pecuniaria" oggetto del presente ricorso, già prevista da diversi anni nel diritto ticinese in materia di commesse pubbliche ed ora denominata "sanzione pecuniaria" ( supra consid. 4.5.3), debba essere attribuita a questa categoria di misure.
4.5.5. Occorre quindi concludere che il provvedimento contestato costituisce una sanzione amministrativa (DTF 140 I 252 consid. 1.1) con carattere penale ma che, contrariamente a quanto sostengono le ricorrenti, per i motivi esposti in precedenza, il suo carattere penale non la rende automaticamente una contravvenzione ai sensi dell'art. 103 CP e non comporta quindi automaticamente l'applicabilità né della LPContr (cui rinvia l'art. 45b vLCPubb, ma solo per le procedure di contravvenzione aperte nei confronti dei membri della committenza; cfr. supra consid. 4.5.1), né del termine di prescrizione di due anni previsto dall'art. 11 cpv. 1 della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo federale (DPA; RS 313.0) per l'azione penale per le contravvenzioni. Su questo punto, i ricorsi si rivelano quindi infondati.
4.6.
4.6.1. Assodato che la sanzione pecuniaria in questione debba essere qualificata alla stregua di una sanzione amministrativa con carattere penale, va ora esaminato se, come sostengono le ricorrenti, il ricorso analogico al termine di cinque anni previsto per l'azione sanzionatoria dell'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart possa essere considerato arbitrario (art. 9 Cost.). Al riguardo va rammentato che una decisione è arbitraria quando è in manifesta contraddizione con la situazione di fatto, e gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso, oppure quando urta in modo scioccante il sentimento di giustizia ed equità (DTF 144 I 170 consid. 7.3; 141 III 564 consid. 4.1). La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. II semplice fatto che un'altra soluzione, diversa da quella adottata dall'autorità precedente, potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile non costituisce arbitrio (DTF 144 I 318 consid. 5.4, 170 consid. 7.3, 113 consid. 7.1 e rispettivi riferimenti).
4.6.2. Come illustrato in precedenza (cfr. supra consid. 4.4), il Tribunale federale ha già stabilito che la sanzione amministrativa pecuniaria dell'art. 51 vLCG rientrava nel campo di applicazione delle garanzie procedurali penali dell'art. 6 n. 1 CEDU e che la sua natura, simile alla sanzione di cui all'art. 49a LCart, giustificava un'analogia tra queste due sanzioni amministrative con carattere penale (DTF 140 II 384 consid. 3.2) anche per quanto riguarda la questione della prescrizione dell'azione (DTF 140 II 384 consid. 4.3.1), sottolineando che comunque non sarebbe stata contestabile nemmeno l'applicazione del termine di prescrizione più lungo (sette anni) per le contravvenzioni di cui all'art. 57 cpv. 2 vLCG (DTF 140 II 384 consid. 4.3.2). Invero, va precisato che la dottrina non è unanime sulla natura dell'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart quale norma di prescrizione (si veda MARCEL ALEXANDER NIGGLI/ CHRISTOF RIEDO, Vorbemerkungen zu Art. 49a - 53 KG in: Basler Kommentar, Kartellegesetz, 2010, n. 163 segg. con ulteriori riferimenti dottrinali; CHRISTOPH TAGMANN/BEAT ZIRLICK, in: Basler Kommentar, Kartellegesetz, n. 239 segg. all'art. 49a). La questione non deve però essere risolta in questa sede, ritenuto che in casu questa Corte deve limitarsi ad esaminare se l'analogia a cui ha fatto ricorso il Tribunale cantonale amministrativo nel colmare una lacuna presente nel diritto cantonale delle commesse pubbliche sia, come affermano le ricorrenti, arbitraria. Ora, alla luce del fatto che, da un lato, la sanzione pecuniaria oggetto della presente procedura ha effettivamente una natura analoga a quella comminata dall'art. 49a LCart e che, d'altro lato, la giurisprudenza e la dottrina tendono in generale a considerare che, in assenza di disposizioni contrarie, il termine di prescrizione nel diritto amministrativo debba essere di cinque anni (DTF 126 II 54 consid. 7; per la dottrina vedasi NIGGLI/RIEDO, op. cit., n. 164 segg. con i relativi riferimenti), occorre concludere che il ragionamento seguito dai giudici cantonali non è insostenibile né contrasta con il sentimento di giustizia ed equità. Quando le ricorrenti invocano l'analogia con la prescrizione triennale dell'azione penale in materia di diritto tributario cantonale o con la prescrizione biennale contemplata dall'art. 11 DPA si limitano invero ad opporre la loro opinione a quella dei giudici cantonali, senza tuttavia mostrarne il carattere arbitrario. Le impugnative vanno quindi respinte anche su questo punto.
4.7.
4.7.1. Le ricorrenti censurano poi la modalità con cui il Tribunale cantonale amministrativo ha applicato il termine di cinque anni dedotto dall'applicazione analogica dell'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart, in particolare il dies a quo della prescrizione dell'azione. A loro avviso, esso dovrebbe decorrere a partire dalla conclusione del contratto di subappalto, nell'aprile 2010, mentre i giudici cantonali l'hanno fatto partire dal momento in cui i lavori effettuati dai subappaltatori senza autorizzazione del committente sono stati portati a termine.
4.7.2. Le ricorrenti non possono essere seguite nemmeno su questo punto. In effetti, l'art. 49a cpv. 3 lett. b LCart fissa il decorso dei cinque anni a partire da quando "la limitazione della concorrenza ha cessato di esplicare i suoi effetti". I giudici cantonali hanno constatato (art. 105 LTF) che i lavori effettuati dai subappaltatori senza autorizzazione del committente sono stati portati a termine al più presto nel dicembre 2012 da una delle ditte subappaltatrici, successivamente dalle altre, ed hanno conseguentemente dedotto che al momento dell'apertura delle procedure amministrative nei confronti delle ricorrenti, avvenuta il 27 agosto 2014 e il 9 luglio 2015, il termine di 5 anni per l'azione sanzionatoria non era ancora scaduto. Tale ragionamento non presta il fianco a critiche. D'altro canto, non trova fondamento nel testo legale l'opinione delle ricorrenti secondo cui sarebbe stato necessario considerare come riferimento temporale il momento della conclusione del contratto di subappalto di primo grado (cfr. supra C) e della sua mancata notifica al committente, ovvero l'inizio dell'atto illecito.
5.
5.1. Le ricorrenti ravvisano una violazione del principio della buona fede (artt. 5 e 9 Cost.) nel fatto che la Corte cantonale avrebbe tutelato un comportamento contraddittorio dell'esecutivo comunale. Quest'ultimo, a loro avviso, pur affermando di non aver mai autorizzato il subappalto oggetto della presente sanzione, ne sarebbe stato in realtà perfettamente informato attraverso i suoi funzionari presenti sul cantiere ed avrebbe tacitamente accettato senza obiezioni le attività delle tre ditte del gruppo F._ per un periodo prolungato, creando così l'aspettativa legittima nelle ricorrenti che il subappalto fosse stato implicitamente avallato anche dal committente. Per di più, sostengono che il Tribunale cantonale amministrativo sarebbe incorso in arbitrio ammettendo che il subappalto del subappalto (ovvero la sostituzione di un subappaltatore), benché al momento della sua conclusione non fosse ancora vietato dalla legge, era possibile solo all'imprescindibile condizione di venir preventivamente notificato e autorizzato in forma scritta dal committente. A loro dire, l'esigenza di un'autorizzazione scritta non sarebbe in effetti imposta né dalla legge né dalle clausole contrattuali.
5.2. Ora, ci si potrebbe invero chiedere se gli artt. 45 lett. b vLCPubb e 51 cpv. 5 del regolamento del 12 settembre 2006 di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici (RLCPubb/CIAP), nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019 (BU 2019, 218) o i patti contrattuali impongano effettivamente la forma scritta per l'autorizzazione da parte del committente alla sostituzione del subappaltatore. L'interrogativo può nondimeno rimanere aperto - anche se ammetterlo, in concreto, non appare comunque arbitrario, stante l'entità dei lavori subappaltati e la complessità dell'opera - poiché decisivo è in realtà l'aspetto della notifica formale della sostituzione, che invece risulta imprescindibile. Essa, infatti, oltre ad essere espressamente richiesta dal contratto d'appalto (punto 12.2.1: "La sostituzione del subappaltatore su iniziativa del deliberatario in corso d'opera deve essere notificata e autorizzata dal Committente.", cfr. supra A.c), è anche implicitamente necessaria affinché il committente possa procedere al controllo del rispetto di tutti i requisiti richiesti dalla legge e dagli atti di gara in capo ai subappaltatori (ad esempio, in relazione alle dichiarazioni comprovanti l'avvenuto pagamento dei contributi di legge: punto 3.5. atti di gara, cfr. supra A.a) ed è evidentemente la deliberataria che deve procedervi, ciò che incontestabilmente non è avvenuto per quanto concerne la sostituzione del subappalto (mentre il subappalto di primo rango era stato regolarmente annunciato dalla deliberataria ed implicitamente autorizzato dal committente con la delibera e con il successivo contratto di appalto: si veda la sentenza qui impugnata, consid. 7.3 pag. 18). Anche su questo punto, quindi, i ricorsi si rivelano infondati e vanno respinti.
6.
Le ricorrenti contestano altresì l'entità della sanzione pecuniaria inflitta, sostenendo che l'importo di fr. 100'000.-- ciascuna sarebbe lesivo degli artt. 5 cpv. 2 e 36 cpv. 3 Cost. Al riguardo, esse si limitano tuttavia a ribadire il proprio parere, diverso da quello della Corte cantonale, presentando per lo più critiche generiche e di natura appellatoria. Tali argomentazioni non adempiono i requisiti di motivazione posti dagli artt. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF e non devono essere esaminate oltre in questa sede, tanto più che la decisione impugnata ha già soppesato con attenzione tutti gli elementi oggettivi e soggettivi della fattispecie, ha già considerato i fattori di riduzione invocati dalle ricorrenti stesse (tra cui: il lungo tempo trascorso; il fatto che i responsabili del progetto C._ del committente non fossero completamente all'oscuro dell'intervento di terzi non autorizzati ma non ne abbiano preteso la regolarizzazione; il fatto che lo svolgimento di una parte dei lavori da parte di I._ SA non costituisse per finire una violazione dell'art. 45 vLCPubb) e ha conseguentemente annullato la sanzione consistente nell'esclusione da ogni aggiudicazione per 24 mesi, riducendo nel contempo leggermente anche l'importo della sanzione pecuniaria, che resta così abbondantemente al di sotto del massimo fissato dalla legge. La decisione impugnata va quindi confermata anche in merito alla fissazione della sanzione.
7.
Per finire, essendo manifestamente insufficientemente motivata (art. 42 cpv. 2 LTF), sfugge ad un esame di merito anche la censura con la quale le ricorrenti lamentano il fatto che il Tribunale cantonale amministrativo non si sarebbe espresso sull'esigenza di "individuare tutti i reali contravventori" passibili di sanzioni in virtù degli artt. 45 segg. vLCPubb, né sugli effetti delle modifiche della LCPubb intervenute nel frattempo.
8.
8.1. Premesse queste considerazioni ne discende che i presenti ricorsi, nella misura in cui sono ammissibili, vanno respinti.
8.2. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono poste a carico delle ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF). Non vengono assegnate ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Le cause 2C_155/2021 e 2C_157/2021 sono congiunte.
2.
Causa 2C_155/2021
2.1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2.2. Il ricorso in materia di diritto pubblico, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2.3. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Causa 2C_157/2021
3.1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
3.2. Il ricorso in materia di diritto pubblico, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
3.3. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione al patrocinatore rispettivamente al rappresentante delle parti, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e, per informazione, alla Segreteria della Commissione della concorrenza (COMCO).