Faits :
A.
A.a. Par titre d'exécution directe notarié du 8 août 2011, A._, se référant à quatorze contrats de prêt conclus avec B._ SA, a déclaré accepter l'exécution directe, au sens des art. 347 ss CPC, des prestations convenues dans ces contrats, à savoir l'obligation de rembourser le montant en capital total des prêts, soit la somme de 5'618'190 fr. 40, lors de l'exécution de la vente du Château de V._, et l'obligation d'acquitter les intérêts des dettes d'un montant total de 398'458 fr. 85 au 8 août 2011. Il était précisé que ces deux prestations deviendraient exigibles le 8 août 2011. A._ reconnaissait expressément devoir à B._ SA les sommes précitées en capital " avec intérêts correspondant[s] arrêtés au 8 août 2011 ", et le notaire attirait son attention sur le fait que le caractère exécutoire de l'acte autorisait sa créancière à le faire valoir comme titre de mainlevée définitive.
A.b. Par ordonnance du 1 er juin 2017, le Tribunal de première instance du canton de Genève, à la requête de B._ SA, a prononcé le séquestre de cinquante actions au porteur d'une valeur nominative de 1'000 fr. chacune de la société C._ SA, propriété de A._. L'Office des poursuites du district de Lausanne (ci-après: office) a exécuté le séquestre.
A.c. Le 28 juin 2017, à la réquisition de B._ SA, l'office a notifié à A._, dans la poursuite n° x'xxx'xxx, un commandement de payer les montants en capital, sans intérêt, de 1) 4'298'190 fr. 40, 2) 63'507 fr. 80, 3) 1'500 fr., 4) 10'000 fr., 5) 1'500 fr. et 6) 567 fr. 90, indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation: " 1) Validation du séquestre n° y'yyy'yyy du 02.06.2017: Titre d'exécution directe du 8 août 2011. 2) Intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011. 3) Frais judiciaires. 4) Frais de dépens. 5) Emoluments et débours. 6) Frais du procès-verbal de séquestre n° y'yyy'yyy adressé le 15.06.2017. "
La poursuivie a formé opposition totale.
B.
B.a. Le 21 juillet 2017, B._ SA a requis du Juge de paix du district de Lausanne (ci-après: juge de paix) la mainlevée définitive de l'opposition précitée, " à concurrence de la somme de 4'298'190 fr. 40, avec intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011 correspondant à 63'507 fr. 80".
Par prononcé du 7 décembre 2017, dont les motifs ont été adressés aux parties le 9 mars 2018, le juge de paix a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de 4'298'190 fr. 40 sans intérêt et de 63'507 fr. 80 sans intérêt.
B.b. Statuant sur le recours de A._, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis celui-ci. Elle a réformé en conséquence le prononcé du 7 décembre 2017 en ce sens que l'opposition formée par la poursuivie au commandement de payer n° x'xxx'xxx est définitivement levée à concurrence de 3'502'649 fr. 25 sans intérêt.
C.
Par acte expédié le 9 octobre 2018 (5A_842/2018), B._ SA exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la mainlevée définitive de l'opposition est prononcée à concurrence de la somme de 4'298'190 fr. 40 sans intérêt et de 63'507 fr. 80 sans intérêt, et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. En substance, elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits.
Par acte expédié le 10 octobre 2018 (5A_861/2018), A._ exerce également un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la requête de mainlevée définitive de l'opposition est rejetée, et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. En substance, elle se plaint de la violation des art. 80 al. 2 ch. 1 biset 81 LP.
D.
Par ordonnance du 13 novembre 2018, l'effet suspensif a été attribué au recours exercé par A._.
Considérant en droit :
1.
1.1. Les deux recours sont dirigés contre la même décision, reposent sur les mêmes faits et opposent les mêmes parties; dans ces conditions, il y a lieu, par économie de procédure, de les joindre et de statuer à leur sujet par un seul arrêt (art. 24 PCF, applicable par analogie vu le renvoi de l'art. 71 LTF; ATF 131 V 59 consid. 1).
1.2. Les deux recours ont été interjetés en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF; ATF 134 III 115 consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF, en relation avec l'art. 80 LP; ATF 134 III 520 consid. 1.1) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF). La valeur litigieuse est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF). Chaque recourante a en partie succombé devant l'autorité précédente, de sorte qu'elles ont qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF). Les recours en matière civile sont ainsi recevables au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Contre un prononcé de mainlevée définitive, le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF (cf. ATF 135 III 670 consid. 1.3.2; 133 III 399 consid. 1.5). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 139 II 404 consid. 3; 135 III 397 consid. 1.4). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus critiquées devant lui (ATF 140 III 86 consid. 2; 137 III 580 consid. 1.3; 135 III 397 consid. 1.4). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 140 III 86 consid. 2 et les références). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; ATF 139 I 229 consid. 2.2; 137 II 305 consid. 3.3; 135 III 232 consid. 1.2, 397 consid. 1.4 in fine), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 140 III 264 consid. 2.3; 139 II 404 consid. 10.1 et les références).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte - soit de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 140 III 115 consid. 2; 137 III 226 consid. 4.2; 135 III 397 consid. 1.5; 134 IV 36 consid. 1.4.1; 133 II 249 consid. 1.2.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte doit soulever ce grief en présentant une argumentation conforme au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3.
L'autorité cantonale a tout d'abord jugé que la condition de l'identité entre la créance déduite en poursuite et celle ressortant du titre était remplie. Elle a constaté à cet égard que le commandement de payer mentionnait, comme titre de la créance, un " titre d'exécution du 8 août 2011" et que l'intimée avait précisément produit, pour valoir titre de mainlevée définitive, un acte authentique exécutoire passé devant notaire le 8 août 2011. Elle a précisé que la différence entre les montants dus selon ce titre (5'618'190 fr. 40 en capital et 398'458 fr. 85 en intérêts capitalisés au 8 août 2011) et les montants réclamés (4'298'190 fr. 40 et 63'507 fr. 80) s'expliquait par le fait que l'intimée admettait avoir reçu des paiements dans l'intervalle.
Elle a ensuite jugé qu'aucune disposition du titre authentique du 8 août 2011 ne permettait de considérer que, en cas de remboursement partiel de la dette lors de la vente du château, le solde résiduel ferait l'objet d'une remise de dette, de sorte qu'on ne pouvait admettre que le titre serait éteint suite à cette vente. Elle a précisé que le titre ne mentionnait nullement que le montant de la dette reconnue serait réduit, respectivement limité à ce que l'intimée pourrait effectivement percevoir sur le prix de vente du château.
En revanche, l'autorité cantonale a considéré qu'il ressortait du décompte établi le 4 octobre 2011 que le montant total de 2'514'000 fr. avait bien été versé à l'intimée, soit 600'000 fr. le 7 juillet 2011 et 1'914'000 fr. le 1 er septembre 2011. Elle a ajouté à cet égard que l'intimée n'avait pas contesté avoir reçu ces montants ni soutenu qu'ils lui étaient dus à un autre titre que le remboursement de la dette reconnue dans le titre authentique du 8 août 2011. En conséquence, elle a considéré que la recourante avait établi l'existence d'un paiement partiel à concurrence de 2'514'000 fr, de sorte que la mainlevée définitive de l'opposition ne pouvait être octroyée que pour le solde de 3'502'649 fr. 25.
Recours de B._ SA (5A_842/2018)
4.
La recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits. Elle prétend que c'est à tort que l'autorité cantonale a déduit de la créance mise en poursuite le montant de 600'000 fr.
4.1. Elle soutient que l'autorité cantonale a opposé sa version des faits à celle du premier juge en ignorant qu'elle avait contesté avoir reçu le montant de 600'000 fr. à titre de remboursement des prêts selon le titre authentique du 8 août 2011 et soutenu que ce montant lui était dû à titre de commission de courtage lors de la vente du château.
Elle avance que l'intimée n'a jamais allégué que les faits auraient été mal établis par la justice de paix et qu'il ressort du jugement sur opposition à séquestre du Tribunal de première instance du canton de Genève, dont l'intimée a demandé elle-même qu'il en soit tenu compte dans son recours cantonal, que le montant de 600'000 fr. correspondait à une commission de courtage en lien avec la vente du château. Elle ajoute que l'acte de vente à terme concernant le château du 6 juillet 2011, que l'intimée a produit, précise ce point en page 5 et qu'il est difficilement imaginable que l'intimée ait accepté d'inclure un montant de 600'000 fr. dans le titre d'exécution directe du 8 août 2011 si ce montant avait déjà été remboursé le 7 juillet 2011.
4.2. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (ATF 143 IV 500 consid. 1.1 et les références).
4.3. En l'espèce, en tant qu'elle invoque que l'intimée n'a pas contesté les faits retenus en première instance, la recourante ne se plaint pas d'arbitraire dans l'établissement des faits au sens de l'art. 9 Cst. Elle oppose à l'autorité cantonale d'avoir violé les art. 320 s. CPC, et l'obligation de motivation qui en découle pour les plaideurs tant en appel qu'en recours (cf. ATF 142 III 413 consid. 2.2.4; arrêt 5A_247/2013 du 15 octobre 2013 consid. 3.1), en s'étant saisie d'un grief que l'intimée n'aurait pas soulevé. Or il ressort du recours de l'intimée que celle-ci s'est plainte que le premier juge n'avait pas examiné ses exceptions et que, au vu de ce grief, l'autorité cantonale a repris l'analyse des moyens de l'intimée, dont le versement de 600'000 fr. antérieur à l'établissement du titre.
S'agissant du reste de la critique de la recourante, celle-ci doit être déclarée irrecevable en raison de son caractère appellatoire: les faits tels qu'arrêtés par le juge du séquestre ne lient pas le juge de la mainlevée. En outre, la recourante n'expose pas avoir allégué précisément que l'acte de vente clarifiait la cause du paiement de 600'000 fr. et précisait que ce montant n'était pas compris dans le prix de vente pour contester les moyens avancés par l'intimée.
Il suit de là que le grief de la recourante doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Recours de A._ (5A_861/2018)
5.
La recourante se plaint de la violation de l'art. 80 al. 2 ch. 1 bis LP. Elle soutient qu'il n'y a pas d'identité entre la prétention déduite en poursuite et la créance contenue dans le titre de mainlevée.
5.1. La recourante expose que la prétention déduite en poursuite se monte à 4'298'190 fr. 40 en capital et à 63'507 fr. 80 en intérêts, alors que la créance établie dans le titre d'exécution directe du 8 août 2011 se monte à 5'618'190 fr. 40 et 398'458 fr. 40 et qu'il appartenait à l'intimée de justifier cette différence pour démontrer l'identité précitée. Elle prétend que l'intimée n'a jamais démontré les paiements intervenus en sa faveur. Elle ajoute que l'intimée n'a pas expliqué non plus la date et la manière de calculer les intérêts de 63'507 fr. 80.
5.2. Le commandement de payer doit contenir, notamment, le titre de la créance, par quoi il faut entendre par exemple le jugement exécutoire ou les titres assimilés, ou, à défaut, la cause de l'obligation, soit la source de la créance (art. 69 al. 1 ch. 1 et 67 al. 1 ch. 4 LP). Ces dispositions ont pour but de renseigner le poursuivi sur la créance alléguée et doivent lui permettre de prendre position (ATF 141 III 173 consid. 2.2.2; arrêts 5A_8/2016 du 21 juin 2016 consid. 4.2; 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1). La mainlevée ne peut être prononcée par le juge que s'il y a, entre autres, identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre présenté (ATF 139 III 444 consid. 4.1.1; arrêt 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4).
5.3. En l'espèce, il ressort du commandement de payer en validation du séquestre, poursuite n° x'xxx'xxx, que l'intimée a indiqué comme titre de la créance ou cause de l'obligation " titre d'exécution directe du 8 août 2011" et " intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011". Elle a produit devant le juge de la mainlevée le titre d'exécution directe passé devant notaire le 8 août 2011. Il y a donc identité entre les prétentions déduites en poursuite et le titre. L'intimée a mis en poursuite un montant moins élevé que celui ressortant du titre, de sorte que la mainlevée pouvait, au maximum, être accordée pour ce montant-là.
Il suit de là que le grief de la recourante doit être rejeté.
6.
La recourante se plaint de la violation de l'art. 81 al. 1 LP. Elle soutient que le titre d'exécution directe est éteint.
6.1. La recourante expose que, si le montant de 2'514'000 fr. a été correctement déduit à titre de paiement, l'autorité cantonale aurait dû admettre que par les termes " lors de l'exécution de la vente du Château de V._ ", le titre contient une limitation temporelle, de sorte que, la vente ayant eu lieu et les remboursements effectués sur cette base également, la prestation prévue dans le titre est totalement éteinte.
6.2. La procédure de mainlevée est une pure procédure d'exécution forcée, un incident de la poursuite. Le juge se limite à examiner le jugement exécutoire ou les titres y assimilés, ainsi que les trois identités - l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans ce titre (ATF 140 III 372 consid. 3.1), l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre qui lui est présenté - et à statuer sur le droit du créancier de poursuivre le débiteur, c'est-à-dire à décider si l'opposition doit ou ne doit pas être maintenue (ATF 139 III 444 consid. 4.1.1; arrêt 5A_58/2015 du 28 avril 2015 consid. 3, non publié in ATF 141 III 185, publié in Pra 2016 (16) p. 120). Il n'a ni à revoir ni à interpréter le titre qui lui est produit; il ne lui appartient pas non plus de trancher de délicates questions de droit matériel ou pour la solution desquelles le pouvoir d'appréciation joue un rôle important, la décision sur de telles questions étant réservée au juge du fond (ATF 143 III 564 consid. 4.3.1; 140 III 180 consid. 5.2.1; 124 III 501 consid. 3a et les références).
6.3. En l'espèce, l'argumentation de l'autorité cantonale ne prête pas flanc à la critique. On peut intégralement y renvoyer en ajoutant que, outre que les créances étaient exigibles le 8 août 2011 lors de la vente du bien immobilier, le texte du titre authentique répète encore, après l'exposé des modalités d'exécution, que la recourante " reconnaît devoir à la société anonyme B._ S.A. la sommeen capital de CHF 5'618'190.40 (cinq millions six cent dix-huit mille cent nonante francs quarante centimes) avec intérêts correspondant à CHF 398'458.85 (trois cent nonante-huit mille quatre cent cinquante-huit francs huitante cinq centimes), arrêtés au 8 août 2011". C'est donc à raison que l'autorité cantonale a considéré, à la lecture du titre, qu'aucune disposition ne permettait de retenir qu'en cas de remboursement partiel lors de la vente, le solde de la dette ferait l'objet d'une remise.
Il suit de là que le grief doit être rejeté.
7.
En définitive, les causes 5A_842/2018 et 5A_861/2018 sont jointes. Le recours de B._ SA doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Le recours de A._ doit être rejeté. Les frais judiciaires, arrêtés au total à 16'000 fr., sont mis à raison de 8'000 fr. à la charge de chaque partie (art. 66 al. 1 LTF). Aucuns dépens ne sont dus, les parties n'ayant pas été invitées à se déterminer sur le fond du recours interjeté par l'autre.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 5A_842/2018 et 861/2018 sont jointes.
2.
Le recours de B._ SA est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours de A._ est rejeté.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 16'000 fr., sont mis à raison de 8'000 fr. à la charge de chaque partie.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 12 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari