Faits :
A.
A.a. Par contrat du 25 septembre 2007, A._ (ci-après: le locataire, le recourant) a signé un contrat de bail avec C._ (ci-après: l'ancien bailleur) portant sur des locaux destinés à l'exploitation d'un café-restaurant.
Le 22 février 2010, l'ancien bailleur et le locataire ont conclu un nouveau contrat de bail portant sur les mêmes locaux et sans en changer la destination. Ce nouveau bail a été conclu pour une durée initiale de cinq ans, soit du 1er mars 2010 au 28 février 2015, renouvelable tacitement d'année en année sauf résiliation respectant un préavis de six mois. L'art. 7 du contrat de bail prévoit que le locataire veillera à prendre toutes les précautions utiles afin de ne pas incommoder ou provoquer de réclamations de locataires ou voisins, par l'exploitation de son établissement. Il veillera notamment à prendre toutes les mesures propres à observer tous les règlements de police ou autres et veillera à ce que le bon ordre règne dans les locaux loués.
Le même jour, les parties ont conclu un contrat de bail portant sur la location d'une place de stationnement au rez extérieur de l'immeuble. Le bail a été conclu pour une durée d'un an, du 1er mars 2010 au 28 février 2011, renouvelable ensuite tacitement d'année en année, sauf résiliation respectant un préavis de trois mois.
En 2015, B._ SA (ci-après: la bailleresse, l'intimée) est devenue propriétaire de l'immeuble. Dès le 6 juillet 2015, les correspondances avec le locataire la désignaient en qualité de bailleresse.
A.b. En date du 10 décembre 2013, le locataire a informé la régie de sa volonté de mettre son restaurant en gérance au 1er janvier 2014, ce dont la régie a pris note.
A partir de cette période, la bailleresse a eu à se plaindre à propos de nuisances sonores provenant du restaurant, ce qui a fait l'objet de courriers en mai 2014, en janvier et en mars 2016. Elle a contesté un changement de destination des locaux en bar le 10 mars 2014 et à plusieurs reprises ensuite, s'est plainte de l'entreposage de déchets et de matériel dans les locaux communs ainsi que sur la place de stationnement en mai et en septembre 2014, en janvier et en août 2015, mars 2016, et en février 2017. En outre la bailleresse a appris par publication dans la FOSC, les changements successifs d'exploitants des locaux, en janvier 2015, décembre 2017, janvier 2018 et avril 2018. A cette dernière date, le but de la société exploitante était " bar, restaurant ".
A.c. Le 6 novembre 2017, la bailleresse et le locataire ont signé un avenant au bail portant notamment sur une nouvelle échéance contractuelle du bail, fixée au 31 janvier 2018. La bailleresse souhaitait aligner les échéances contractuelles de l'ensemble des baux de l'immeuble et a signé un avenant identique avec tous les locataires.
Par avis du 12 juillet 2018, la bailleresse a résilié le contrat de bail pour le 31 janvier 2019 portant sur le commerce et la place de stationnement en invoquant comme motifs le changement de destination des locaux sans l'autorisation de la bailleresse d'un café-restaurant en bar, l'absence d'intention du locataire principal d'exploiter lui-même les locaux (sous-locations en chaîne depuis de nombreux mois), le non-respect du règlement de l'immeuble et des égards dus aux habitants de celui-ci ayant nécessité l'envoi de plusieurs courriers (nuisances émanant de l'établissement, portes d'accès aux caves et la cour intérieure laissées régulièrement ouvertes), ainsi que la rupture du lien de confiance entre la bailleresse et le locataire principal qui n'informait pas cette dernière au sujet du changement de l'identité des sous-locataires.
B.
A la suite de l'échec de la conciliation requise par acte du 27 juillet 2018, le locataire a déposé une demande devant le Tribunal des baux et loyers le 18 janvier 2019, par laquelle il a conclu, principalement, à ce que le tribunal annule les congés, et, subsidiairement, à ce qu'il reporte leurs effets au 28 février 2019, lui accorde une prolongation de six ans et une baisse de loyer pendant la prolongation de bail au vu de l'importante baisse du taux hypothécaire de référence depuis le début du bail, adapte la garantie de loyers en conséquence et ordonne la libération du solde en sa faveur, ainsi qu'à ce qu'il soit autorisé à quitter les locaux en tout temps, moyennant un préavis d'un mois pour le 15 ou la fin d'un mois.
Par décision du 24 juillet 2020, le Tribunal des baux et loyers à déclaré les congés valables, a reporté les effets du congé relatif à la place de parking au 28 février 2019, n'a accordé aucune prolongation de bail au locataire et a débouté les parties de toutes autres conclusions.
Statuant sur appel du locataire, la cour cantonale a confirmé le jugement le 3 mai 2021, a statué gratuitement et n'a pas alloué de dépens.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 5 mai 2021, le locataire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 4 juin 2021. Il conclut principalement à sa réforme en ce sens que les congés soient déclaré nuls, subsidiairement annulés, et plus subsidiairement, à ce qu'il soit ordonné une prolongation des baux d'une durée de six ans échéant le 28 février 2025, ainsi qu'une baisse de loyer fondée sur la baisse du taux hypothécaire de référence depuis le début du bail.
L'intimée a proposé le rejet de la requête d'effet suspensif du recourant le 11 juin 2021. La requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 22 juin 2021.
L'intimée n'a pas été invitée à se prononcer sur le recours.
La cour cantonale se réfère à ses considérants.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire civile de droit du bail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en la matière (art. 74 al. 1 let. a LTF). Le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1; 136 II 304 consid. 2.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 140 III 86 consid. 2, 115 consid. 2; 137 III 580 consid. 1.3). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 139 I 22 consid. 2.3; 137 III 580 consid. 1.3; 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1; 140 III 115 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
3.
Le recourant se plaint sous l'angle de l'art. 8 CC de ce que la cour cantonale aurait retenu à tort que B._ SA était devenue propriétaire des locaux litigieux avant l'envoi du congé, alors qu'elle ne l'avait pas prouvé, ce qui, selon lui, aurait pour conséquence que les congés auraient été communiqués par un non-bailleur et seraient donc nuls. Le recourant considère que le fardeau de la preuve de la qualité de propriétaire incombe à celui qui s'en prévaut, lorsque le propriétaire a changé en cours de bail.
3. A teneur de l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Cette règle est considérée comme le principe de base de la répartition du fardeau de la preuve en droit privé. Selon la conception dominante, qui suit la théorie des normes (Normentheorie), il en découle en principe que le rapport existant entre les normes matérielles applicables est déterminant pour la répartition du fardeau de la preuve. Ce rapport détermine de cas en cas si le fait à prouver fait naître un droit (fait générateur), s'il éteint ou modifie un droit (fait destructeur) ou s'il tient en échec cette naissance ou cette extinction (fait dirimant). Celui qui fait valoir une prétention doit établir les faits dont dépend la naissance du droit. En revanche, celui qui invoque la perte d'un droit ou qui conteste sa naissance ou son applicabilité a le fardeau de la preuve des faits destructeurs ou dirimants. Il sied cependant d'observer qu'il s'agit là d'une règle générale (Grundregel) qui, d'une part, peut être renversée par des règles légales concernant le fardeau de la preuve et qui, d'autre part, doit être concrétisée dans le cas d'espèce (ATF 139 III 13 consid. 3.1.3.1; 130 III 321 consid. 3.1) L'art. 8 CC interdit de tenir pour exactes les allégations non prouvées d'une partie, nonobstant leur contestation par l'autre (ATF 130 III 591 consid. 5.4). Dès lors que la cour cantonale est parvenue à une conviction sur ce point, il n'y a pas de place pour la violation de l'art. 8 CC invoquée par le recourant; en effet, cette disposition ne dicte pas sur quelles bases et comment le juge peut forger sa conviction (ATF 130 III 591 consid. 5.4; 128 II 22 consid. 2d).
3. Le procès en contestation du congé est soumis à la procédure simplifiée, quelle que soit la valeur litigieuse (art. 243 al. 2 let. c CPC). En vertu de l'art. 247 al. 2 let. a CPC, le tribunal doit établir les faits d'office (von Amtes wegen feststellen). Il s'agit là de la maxime inquisitoire simple, ou sociale et non de la maxime inquisitoire llimitée de l'art. 296 al. 3 CPC (von Amtes wegen erforschen) (ATF 125 III 231 consid. 4a). Selon celle-là, les parties doivent recueillir elles-mêmes les éléments du procès. Le tribunal ne leur vient en aide que par des questions adéquates afin que les allégations nécessaires et les moyens de preuve correspondants soient précisément énumérés, mais il ne se livre à aucune investigation de sa propre initiative (ATF 141 III 569 consid. 2.3.1, arrêt 4A_67/2021 du 8 avril 2021 consid. 4.4.1).
3.3. En l'espèce, la cour cantonale a retenu que la bailleresse était propriétaire de l'immeuble depuis 2015, et que les correspondances ainsi que l'avenant signé le 6 novembre 2015 la désignaient comme telle et que, partant, aucun motif objectif ne lui permettait de retenir que la bailleresse n'était pas propriétaire de l'immeuble au moment où elle a notifié les congés le 12 juillet 2018. En outre, la cour cantonale a considéré qu'il appartenait au locataire d'alléguer et de fournir des éléments corroborant l'argument qu'il soulève à l'appui de sa contestation du congé.
3.4. Le locataire tente de faire échec à la résiliation du bail notifiée par l'intimée: il objecte un fait dirimant pour lequel il supporte le fardeau de la preuve. Il lui appartenait en application de l'art. 8 CC de contester et d'apporter la preuve de celui-ci, ce qu'il aurait aisément pu faire en requérant un extrait du registre foncier. La cour cantonale étant parvenue à une conviction sur la base de l'appréciation des preuves, il n'y a plus de place pour une violation de l'art. 8 CC. La cour cantonale n'a en outre pas retenu un fait non prouvé par une partie nonobstant la contestation de l'autre puisque le locataire n'a jamais formellement contesté ce fait. Enfin, dans ces circonstances, il n'appartenait pas à la cour cantonale de se livrer à une quelconque investigation de sa propre initiative. Le moyen tiré de la violation de l'art. 8 CC est ainsi mal fondé.
4.
Dans le cadre de la contestation de son congé, le recourant soutient que la bailleresse s'est conduite de mauvaise foi en concluant avec lui un avenant au contrat de bail, qui prévoyait une nouvelle échéance de bail au 31 janvier 2018. Invoquant une violation de l'art. 8 CC, le recourant reproche à la cour cantonale de s'être contentée de croire la version de la bailleresse sans élément au dossier corroborant ce fait et au seul motif que cette version n'était pas contredite par d'autres éléments du dossier.
4.1.
4.1.1. Lorsque la résiliation est donnée hors d'une période de protection au sens de l'art. 271a let. d et e CO, la violation du principe de la bonne foi n'est pas présumée. Au sens de l'art. 8 CC, il revient donc au destinataire du congé de prouver une telle violation pour en déduire le caractère contestable de la résiliation (ATF 120 II 105 consid. 3c, Le droit suisse du bail à loyer, Commentaire SVIT, 2011, n° 38 ad art. 271 CO). Le principe de la bonne foi étant une notion juridique, le destinataire de la résiliation doit prouver des faits dont on peut déduire une violation de ce principe (arrêt 4A_345/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4.3).
4.1.2. En l'espèce, la cour cantonale s'est justement fondée sur cette règle pour en déduire que les parties ont signé un avenant au bail afin d'y intégrer la mise en fonction d'une chaufferie commune et d'uniformiser les baux de l'immeuble en prévoyant une nouvelle échéance de tous les baux fixée au 31 janvier 2018, ce contre quoi le locataire n'a pas soulevé de faits dont on puisse déduire que cela soit intervenu de mauvaise foi. Le locataire n'a ainsi pas établi de faits soutenant sa thèse selon laquelle la bailleresse aurait agi de mauvaise foi. Ce devoir lui incombant, c'est à juste titre que la cour cantonale ne l'a pas retenu. Le grief du recourant est donc rejeté.
4.2. Dans une argumentation confuse, le recourant invoque que le congé serait abusif en raison du fait que la bailleresse aurait toléré le changement de destination des locaux durant plusieurs années. Il reproche à la cour cantonale de n'avoir pas appliqué la jurisprudence fédérale applicable en cas d'abus de droit du bailleur qui met fin au bail pour un motif qu'il a toléré durant de nombreuses années.
4.2.1. La cour cantonale a retenu au contraire que la bailleresse n'a jamais toléré de changement de destination des locaux. En effet, elle en a demandé le respect dès la mise en gérance des locaux par courrier du 10 mars 2014, puis en janvier 2015 à mesure des changements d'exploitants qu'elle a découverts dans la FOSC.
4.2.2. Le recourant ne conteste pas cette appréciation de la cour cantonale et se contente d'opposer sa propre version à celle retenue par la cour dans l'arrêt. Son argumentation n'atteignant pas le niveau d'exigence de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, son grief pour démontrer l'arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale est irrecevable.
5.
Le recourant conteste encore l'arrêt cantonal en ce qu'il ne lui a pas accordé de prolongation du contrat de bail.
5.1. La cour cantonale a jugé que le locataire n'ayant pas déposé sa déclaration d'impôts, il n'a pas prouvé que l'exploitation des locaux était sa seule source de revenus. Elle a également retenu que le locataire n'a pas non plus établi qu'il exploitait lui-même les locaux. Au contraire, il en a confié l'exploitation à plusieurs exploitants successifs et il n'a pas allégué percevoir de revenu de la mise en gérance. En considérant que le locataire n'a ainsi pas démontré que la fin du bail aurait pour lui ou sa famille des conséquences pénibles, la cour cantonale lui a refusé la prolongation de six ans qu'il requérait.
5.2. En contradiction avec ce qu'il a soutenu jusqu'ici dans son recours et avec l'intégralité de l'état de fait retenu par la cour cantonale, le recourant soutient soudain qu'il exploite lui-même les locaux. Le recourant ajoute qu'à supposer qu'il ne les exploite pas lui-même, il les aurait certainement mis en gérance. Cette version des faits est en contradiction avec la version retenue par la cour cantonale (sur laquelle doit se fonder le Tribunal fédéral selon l'art. 105 al. 1 LTF), sans justifier en quoi elle serait manifestement inexacte ou établie en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et encore moins en quoi la correction d'un tel vice serait susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief du recourant est par conséquent irrecevable.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge de son auteur. L'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer et a succombé sur l'effet suspensif, n'a pas droit à des dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr. sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 12 octobre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron