Faits :
A.
Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolleybus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1 ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.
B.
Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1"). En cours de procédure, les TL ont demandé d'intégrer à la concession une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin (ci-après: liaison Vigie-Gonin). Après consultation des autorités fédérales, cantonales et communales, dite liaison routière a été intégrée à la concession.
Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n o 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1 er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (art. 6 al. 2 LCdF; cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9 s.).
C.
Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après: BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT).
Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après également: PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours.
L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions, dont celles de la société A._ SA ainsi que de B._, C._ SA, D._ SA, E._ Sàrl et F._ Sàrl (ci-après: B._ et consorts).
Le 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations ainsi que celles de l'ensemble des services compétents. Ne remettant pas en cause la conformité du projet à son plan directeur cantonal, le canton de Vaud a cependant demandé que la construction de la bibliothèque communale (Maison du livre et du Patrimoine, ci-après également: MLP), prévue sous la liaison Vigie-Gonin, soit retirée de la PAP, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'art. 18 LCdF. Les TL ont en conséquence été invités, le 19 novembre 2012, à examiner une variante au projet et, le cas échéant, de soumettre une modification de celui-ci à l'OFT.
Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]).
Les 25 septembre 2013 et 7 juillet 2014, la société de transports a indiqué à l'OFT envisager certaines modifications de son projet, notamment s'agissant de la suppression de la MLP. Ces modifications ont fait l'objet de deux enquêtes publiques complémentaires distinctes, dans le cadre desquelles différents intéressés ont formé opposition.
D.
Par décision du 7 mars 2016, l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016. En ce qui concerne plus particulièrement la présente cause, l'office fédéral a rejeté l'opposition de la société A._ SA.
Différents opposants, dont la société A._ SA, ont recouru contre cette décision au Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 2 février 2018, après avoir joint les causes, le tribunal a notamment rejeté le recours formé par la société A._ SA. Il a en substance considéré que la liberté économique de la recourante n'était pas atteinte de manière disproportionnée par le projet litigieux, plus particulièrement par les conséquences de la fermeture au trafic motorisé individuel (ci-après: TIM) du Grand-Pont et de la rue de Genève.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué. Elle requiert également que la décision d'approbation des plans soit annulée, respectivement qu'elle soit rejetée. Subsidiairement, la société recourante conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle sollicite par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral conclut au rejet du recours. L'OFT demande également le rejet du recours, pour autant qu'il soit recevable. Il en va de même des TL. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV), renonce à se prononcer, estimant irrecevable le grief fondé sur l'art. 44 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01). La recourante a répliqué et s'est encore exprimée en dernier lieu le 30 novembre 2018.
Par ordonnance du 8 mai 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a partiellement admis la requête d'effet suspensif, sous réserve - en résumé - de certains secteurs situés dans la région de Renens.
Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF est ouverte contre une décision finale (art. 90 LTF) du Tribunal administratif fédéral relative à l'approbation de plans ferroviaires rendue dans une procédure combinée où sont également traitées les oppositions contre les expropriations (cf. arrêts 1C_342/2011 du 15 mars 2012 consid. 1; 1A.1/1998 du 22 décembre 1998 consid. 1a). Aucune des exceptions de l'art. 83 LTF n'est par ailleurs réalisée. La société recourante a pris part à la procédure devant l'instance précédente. Elle est particulièrement touchée par la décision attaquée, qui confirme notamment la fermeture de certains axes routiers, ayant pour effet d'augmenter la charge du trafic au droit de l'établissement hôtelier qu'elle exploite. Elle bénéficie donc de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière sur le recours.
2.
Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci (art. 42 al. 1 LTF). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Pour satisfaire à cette exigence, la partie recourante doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il doit exister un lien entre la motivation du recours et la décision litigieuse (arrêt 1C_273/2012 du 7 novembre 2012 consid. 2.3 non publié in ATF 139 I 2; cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n. 30 ad art. 42 LTF). Il faut encore qu'à la lecture du recours, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été transgressées par l'autorité cantonale (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 89 et les références).
Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). La partie recourante doit alors indiquer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 133 IV 286 consid. 1.4).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle reproche à l'instance précédente de n'avoir pas mis en oeuvre une expertise portant non seulement sur "la question de l'augmentation du trafic, et les variantes entrant en ligne de compte pour cas échéant éviter la fermeture du Grand-Pont, mais également [sur] les mesures d'accompagnement qui permettraient d'atténuer les effets de l'augmentation du trafic, soit en limitant ce dernier [...], soit en permettant d'en atténuer les effets secondaires en termes d'accessibilité pour [son] établissement".
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 135 II 286 consid. 5.1 p. 293; 135 I 279 consid. 2.3 p. 282). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299; 137 III 208 consid. 2.2 p. 210).
3.2. Devant l'instance précédente, la recourante remettait en cause la valeur probante des expertises produites par la société de transports intimée en lien avec la charge de trafic liée au projet. Le Tribunal administratif fédéral a souligné que les différents rapports versés au dossier d'approbation avaient été considérés comme fiables tant par l'Office fédéral des routes (OFROU), que par les autorités cantonales spécialisées. Le tribunal a estimé qu'il ne lui appartenait pas de remettre en cause les expertises produites, lesquelles requéraient des connaissances techniques.
La recourante ne discute pas réellement l'appréciation de l'instance précédente. Elle se contente d'affirmer que les expertises au dossier ne revêtiraient pas de valeur probante du fait qu'elles émanent de la constructrice. Elle perd toutefois de vue - comme l'a souligné l'instance précédente - que ces documents, de nature technique, ont été soumis aux différentes autorités spécialisées, qui n'ont pas formulé de critiques commandant de s'en écarter (cf. ATF 139 II 185 consid. 9.3 p. 199; arrêt 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 3.2; voir également THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, n. 508 p. 176 et les références). La recourante ne cherche pas non plus à démontrer que les conclusions de ces différents rapports techniques seraient entachées d'incohérences ou empreintes de contradictions; elle erre en particulier lorsqu'elle affirme que l'intimée aurait reconnu que le tronçon routier longeant son hôtel serait d'ores et déjà saturé: en évoquant dans leurs écritures l'axe Chauderon - St-François, les TL se réfèrent non pas à l'artère routière s'écoulant devant l'hôtel de la recourante, mais à l'axe passant par le Grand-Pont, sur lequel est projeté la mise en site propre du BHNS. Enfin, s'agissant des ultimes observations de la recourante du 30 novembre 2018, plus particulièrement ses considérations nouvelles concernant les études de trafic versées au dossier d'approbation, celles-ci, exprimées au-delà du délai de recours, sont irrecevables (cf. ATF 143 II 283 consid. 1.2.3 p. 286).
3.3. En ce qui concerne le trafic pendant le chantier, le Tribunal administratif fédéral a estimé qu'il n'était pas concevable de maintenir un accès par le Grand-Pont tout au long du chantier, de manière alternée ou par étape. En effet, dans la mesure où il s'agissait de détruire et remplacer le tablier (soit la structure porteuse qui supporte la charge de trafic) actuel du pont sur une longueur de 250 m, le maintien d'un accès par le Grand-Pont était incompatible avec une réalisation rationnelle - tant du point de vue technique, économique et sécuritaire - du projet.
La recourante qualifie cette appréciation de personnelle et sommaire. Il ressort pourtant de l'arrêt attaqué que l'instance précédente s'est fondée sur le Mémoire technique relatif à l'ouvrage du Grand-Pont (TB-J-2.3). Celui-ci indique que les travaux d'élargissement du Grand-Pont nécessitent de gros moyens au milieu de la ville; il a partant été décidé qu'une intervention intensive, mais limitée dans le temps, était préférable à une intervention de longue durée. De ce fait, le Grand Pont devait être totalement fermé au trafic (Mémoire, p. 13 et 16). Ce document référence en outre les risques d'accidents en lien avec ce chantier, au nombre desquels figurent les accidents liés au trafic (Mémoire, p. 15). L'intimée a quant à elle précisé, devant le Tribunal administratif fédéral, que le maintien partiel de la circulation sur le Grand-Pont pendant les travaux aurait pour conséquence une forte augmentation de la durée de ceux-ci, donc des nuisances y relatives. Sur le plan technique, il serait très difficile de maintenir une partie de la circulation pendant les travaux et cela poserait également des problèmes de sécurité importants. Quoi qu'en dise la recourante, ces déclarations apparaissent compatibles et conformes aux conclusions du Mémoire technique relatif au Grand-Pont. Elles ne consacrent aucune contradiction avec ce rapport commandant de s'en écarter et de sanctionner les conclusions qu'en a tiré l'instance précédente; cette dernière n'avait par conséquent pas de motif d'ordonner un complément d'instruction sur cet aspect du litige.
3.4. S'agissant du défaut d'expertise sur les "mesures d'accompagnement qui permettraient d'atténuer les effets de l'augmentation du trafic, soit en limitant ce dernier [...], soit en permettant d'en atténuer les effets secondaires en termes d'accessibilité", la recourante faillit également à démontrer le caractère arbitraire de l'arrêt attaqué. Elle se contente pour toute argumentation d'affirmer appellatoirement qu'une expertise sur ces questions aurait permis au tribunal de disposer des outils pour requérir des mesures constructives (giratoire, feux de signalisation, etc.); cela est toutefois insuffisant au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.5. Enfin, pour les motifs qui seront exposés ci-après, l'instance précédente n'avait pas non plus à mettre en oeuvre une expertise portant sur d'éventuelles variantes à la fermeture du Grand-Pont au TIM (cf. consid. 5).
3.6. Dans ces circonstances, il n'est pas arbitraire de s'être référé aux documents techniques contenus dans le dossier d'approbation et de n'avoir pas réservé une suite favorable aux réquisitions d'expertise de la recourante. Les griefs formulés en ce sens doivent être rejetés dans la faible mesure de leur recevabilité.
4.
La recourante se plaint d'une violation de l'art. 18 al. 4 de la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF; RS 742.101).
4.1. Aux termes de l'art. 18 al. 1 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. art. 18 al. 2 LCdF). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (art. 18 al. 4 LCdF).
4.2. A comprendre la société recourante, le Tribunal administratif fédéral aurait violé l'art. 18 al. 4 LCdF en ne tenant pas compte du droit cantonal. Elle soutient en particulier que, s'agissant de la fermeture du Grand-Pont au TIM, l'art. 18 al. 4 LCdF imposerait l'application de l'art. 13 al. 3 de la loi cantonale sur les routes du 10 décembre 1991 (LRou; RS/VD 725.01) prescrivant - selon ses termes - l'adoption d'un plan de route par le législatif communal. La recourante perd cependant de vue que la procédure d'approbation des plans prévues par les art. 18 ss LCdF vise précisément à la simplification, à l'accélération et à la coordination des procédures d'adoption des plans portant sur de grands projets d'équipement (cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2224 et 2227), comme l'a du reste rappelé la Cour de céans, dans l'affaire connexe 1C_125/2018, délibérée le 8 mai 2019 (cf. arrêt 1C_125/2018 consid. 4.3.3). Le texte de l'art. 18 al. 4 LCdF est d'ailleurs explicite: il précise que, dans le cadre d'une procédure fédérale d'approbation de plans ferroviaires - dont la recourante ne conteste pas l'application au cas d'espèce -, aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis. La critique de la recourante, en tant qu'elle se prévaut de la nécessité d'un plan routier communal, s'avère partant mal fondée.
A l'appui de son grief, la recourante mentionne encore la nécessité, lors de l'adoption des plans, de tenir compte de la protection des eaux, de la nature et du paysage. Elle ne précise cependant pas quels principes ou dispositions du droit cantonal régissant ces matières auraient été transgressés - évoquant le "droit cantonal pertinent"-, au mépris des exigences de motivation du recours fédéral (art. 42 al. 2, respectivement 106 al. 2 LTF). C'est également sans satisfaire aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF - comme le souligne du reste l'OFEV dans ses observations - que la recourante se prévaut encore de la nécessité d'un plan de mesures au sens de l'art. 44 LPE.
Il s'ensuit que le grief doit être écarté.
5.
Invoquant principalement l'art. 2 al. 1 let. b de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1), la recourante fait grief à l'instance précédente de n'avoir pas étudié de variante à la fermeture du Grand-Pont au TIM.
5.1. En vertu notamment de l'art. 2 al. 1 let. b OAT, les autorités doivent examiner, compte tenu du développement spatial souhaité, quelles possibilités et variantes entrent en ligne de compte. Bien que certains choix de l'autorité soient guidés par une logique de l'action ou de l'opportunité, la concrétisation d'un projet doit quant à elle toujours s'inscrire dans un cadre juridique, qui peut impliquer une réflexion sur les variantes à envisager (ANNE-CHRISTINE FAVRE, L'examen des variantes d'un projet en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement - Entre opportunité et légalité, in Mélanges Pierre Moor, Berne 2005, p. 691 s.).
5.2. Comme l'a souligné l'instance précédente, les art. 8 et 9 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RS/VD 700.11) instituent le Grand Conseil et le Conseil d'Etat comme autorités planificatrices. Or ces derniers ont approuvé le plan directeur cantonal, qui prévoit notamment la création d'axes forts de transports publics urbains dans l'agglomération Lausanne-Morges, en particulier un tramway Lausanne-Renens-Villars-Ste-Croix et des lignes de bus à haut niveau de service (PDCn, Mesure R11). En outre, dans le cadre du PALM, les différents intervenants ont procédé à une étude de variantes pour finalement retenir les axes forts tels que prévus par le projet litigieux (cf. PALM, Axes forts de transports publics urbains, Mise au point des variantes, choix d'un réseau préférentiel à l'horizon 2020 et d'une 1ère étape, 26 mai 2008, p. 109 ss; détermination des TL du 22 juillet 2014, DRPJ-NO-125, p. 3 s.). Il paraît dès lors douteux que ces choix stratégiques puissent être remis en cause au stade de l'approbation des plans du projet litigieux.
Cette question peut quoi qu'il en soit demeurer indécise. En effet, la recourante se méprend lorsqu'elle sous-entend que le droit fédéral imposerait, de façon générale, à l'auteur du projet d'élaborer des projets alternatifs (cf. arrêts 1C_109/2010 du 8 septembre 2010 consid. 4.2; 1C_330/2007 du 21 décembre 2007 consid. 9.4 et l'arrêt cité). Elle n'explique par ailleurs pas en quoi une telle étude serait en l'occurrence nécessaire; elle n'expose en particulier pas, au mépris des exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, quelles normes contraignantes protégeant expressément des intérêts menacés par le projet seraient en l'occurrence violées, et justifieraient, voire imposeraient une étude approfondie de variantes (à titre d'exemple, cf. ATF 137 II 266 consid. 4; arrêt 1C_648/2013 du 4 février 2014 consid. 4, in DEP 2014 p. 309). Dans le cadre de sa décision d'approbation, l'OFT avait d'ailleurs rappelé à quelles conditions une telle étude devait être menée (cf. décision d'approbation, ch. 7.7.8.4 "Variantes" p. 79); l'office fédéral soulignait qu'il ne voyait cependant, en l'espèce, pas de motif d'approfondir les études de variantes menées par la constructrice, compte tenu de leurs résultats ( ibidem). Or, devant le Tribunal fédéral, la recourante ne prend ni la peine de discuter les motifs - figurant pourtant dans le dossier - pour lesquels d'autres variantes ont été écartées (cf. notamment détermination des TL du 22 juillet 2014, DRPJ-NO-125, p. 3 s.), ni n'expose quelle variante pourrait, selon elle, entrer en ligne de compte; elle se limite à exiger, sans explication convaincante, une expertise sur ce point, ce qui est également insuffisant sous l'angle de la motivation du recours fédéral.
5.3. Insuffisamment motivé, le grief est irrecevable. Il n'y a dès lors pas de motif de revenir sur le choix de la fermeture du Grand-Pont au TIM pour assurer la mise en site propre de la ligne de transport public projetée.
6.
En lien avec sa liberté économique garantie par l'art. 27 Cst., la recourante se plaint d'une violation du principe de la proportionnalité. Elle critique spécialement - et exclusivement - la fermeture du Grand-Pont au TIM; cette mesure augmentera le trafic routier devant son établissement hôtelier et pourrait, selon elle, décider sa clientèle à se rendre auprès de la concurrence.
Il est vrai, à la lumière des chiffres retenus par le Tribunal administratif fédéral - non valablement contestés (cf. consid. 3.2) -, que le projet, plus spécifiquement la fermeture du Grand-Pont et de la rue de Genève, portera le nombre de véhicules par jour circulant sur l'avenue Jules-Gonin de 14'500 (jour moyen ouvrable en 2010) à 15'900 (cf. note Accessibilité au centre-ville de Lausanne, DRPJ-NO-081+04, du 27 mai 2013, p. 17 et 18). A la lecture des explications de la recourante, on ne perçoit cependant pas en quoi cette fermeture, prévue par la planification cantonale (cf. consid. 5.2), viderait sa liberté économique de sa substance ou encore poursuivrait des objectifs économiques étrangers à l'aménagement du territoire (cf. ATF 142 I 162 consid. 3.3 p. 165 ss; arrêt 1P.501/2005 du 24 février 2006 consid. 2 et les arrêts cités). La fuite de la clientèle vers la concurrence, que craint la recourante - pour peu qu'elle soit pertinente -, est en effet décrite de manière purement appellatoire et relève de la pure conjecture. La recourante ne prend d'ailleurs pas la peine de détailler "les préjudices graves, fussent-ils seulement économiques", qui en découleraient pour elle, nonobstant les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
En définitive, insuffisamment motivé, le grief est irrecevable.
7.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). La société de transports intimée exerçant une tâche de droit public n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à la Transports publics de la région lausannoise SA, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 4 juin 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez