Sachverhalt:
A.
Der 1967 geborene A._ war seit 4. Dezember 1989 als Bauarbeiter tätig. Am 8. Mai 2012 verletzte er sich bei dieser Arbeit am linken Knie. Am 4. März 2013 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Diese holte u. a. ein polydisziplinäres Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 1. Februar 2017 ein. Mit Verfügung vom 12. Juni 2017 verneinte sie einen Rentenanspruch.
B.
Hiergegen erhob der Versicherte beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Dieses holte eine ergänzende Stellungnahme des psychiatrischen MEDAS-Gutachters vom 7. November 2017 ein. Mit Entscheid vom 4. Februar 2019 wies das kantonale Gericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab September 2013 eine Invalidenrente (mindestens Dreiviertelsrente) auszurichten. Eventuell seien weitere Abklärungen und Beweise einzuholen bzw. einholen zu lassen. Für das bundesgerichtliche Verfahren sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Als Rechtsfrage gilt, ob die rechtserheblichen Tatsachen vollständig festgestellt und ob der Untersuchungsgrundsatz bzw. die Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG beachtet wurden. Gleiches gilt für die Frage, ob den medizinischen Gutachten und Arztberichten im Lichte der rechtsprechungsgemässen Anforderungen Beweiswert zukommt (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils BGE 141 V 585). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist hingegen, ob und in welchem Umfang die ärztlichen Feststellungen anhand der Indikatoren nach BGE 141 V 281 auf Arbeitsunfähigkeit schliessen lassen (BGE 141 V 281 E. 7 S. 308; Urteil 8C_613/2018 vom 22. Januar 2019 E. 1.1).
2.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG), die Voraussetzungen des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG), die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG) und den Beweiswert ärztlicher Berichte (vgl. E. 1 hiervor) zutreffend dargelegt. Richtig ist auch, dass grundsätzlich sämtliche psychischen Erkrankungen einem strukturierten Beweisverfahren nach BGE 141 V 281 zu unterziehen sind (BGE 143 V 418). Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, indem es in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 12. Juni 2017 einen Rentenanspruch des Beschwerdeführers verneinte.
3.2. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, laut dem polydisziplinären (internistischen, rheumatologischen, neurologischen und psychiatrischen) MEDAS-Gutachten vom 1. Februar 2017 könne dem Beschwerdeführer somatischerseits die angestammte Tätigkeit als Bauarbeiter nicht mehr zugemutet werden. In leichten bis mittelschweren angepassten Tätigkeiten sei er hingegen voll arbeitsfähig. Diese Einschätzung sei nachvollziehbar und unbestritten. Der psychiatrische MEDAS-Gutachter habe eine chronische Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F45.41) und eine Akzentuierung von Persönlichkeitszügen bei soziokulturellem Hintergrund (ICD-10 F45.41, richtig Z73.1) diagnostiziert. Er sei von einer 50%igen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in leidensangepassten Tätigkeiten ausgegangen. Zur Schwere des Gesundheitsschadens habe er ausgeführt, das Beschwerdebild sei insofern komplex, als sich eine psychiatrische Diagnose im engeren Sinn mit dem Migrationshintergrund und der innerfamiliären Rolle, die der Versicherte sich selber zuteile, vermische. Zur Schmerzintensität sei dem Gutachten lediglich zu entnehmen, dass sie wandere und es keine schmerzfreien Intervalle gebe. Weitere Angaben, welche die Schmerzen nachvollziehbar erscheinen liessen, habe der psychiatrische Gutachter nicht gemacht. Den Komplex Persönlichkeit betreffend habe er eine Akzentuierung von Persönlichkeitszügen auf soziokulturellem Hintergrund erwähnt. Der Versicherte könne die Bedeutung der eigenen Anstrengungen beim Genesungsprozess nicht gelten lassen und erhoffe in einer passiven Erwartungshaltung die Heilung, so dass er sich nie mit dem Gedanken einer beruflichen Neuausrichtung habe befassen können. Diese Feststellung stehe im Widerspruch zu seiner motivierten Teilnahme an den Therapien, dem positiven Verhalten bezüglich Rehabilitation in der Klinik B._ vom 6. September bis 11. Oktober 2012 und zu seiner am 4. März 2013 angegebenen Gewohnheit, zu Fuss zur Therapie zu gehen, um seine Durchblutung zu fördern. Was den sozialen Kontext betreffe, könne dem Gutachten nur wenig entnommen werden. Der Versicherte sei 1988 in die Schweiz emigriert. Trotz Analphabetismus sei er in der Lage gewesen, schon kurz nach der Einreise eine Stelle anzutreten, aufgrund seiner Erfahrung den Status B (gelernter Bauarbeiter) zu erlangen und die Arbeit von Dezember 1989 bis zum Unfall im Mai 2012 zu halten. Bei dieser Erwerbsbiographie auf mangelnde persönliche Ressourcen zu schliessen, lasse sich nicht nachvollziehen. Weiter falle auf, dass der MEDAS-Psychiater abgesehen von der Prozentangabe nicht dargelegt habe, inwiefern der Versicherte in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt sei. Zusammenfassend ergebe sich, dass von den psychosozialen und soziokulturellen Faktoren psychiatrisch unterscheidbare Befunde aus den Akten nicht erkennbar seien. Damit genüge die gutachterliche Beurteilung der Arbeitsfähigkeit nicht den normativen Rahmenbedingungen. Eine die Arbeitsfähigkeit einschränkende psychische Störung sei deshalb nicht ausgewiesen und die diagnostizierte chronische Schmerzstörung nicht zu berücksichtigen. Die IV-Stelle sei daher zu Recht von 100%iger Arbeitsfähigkeit des Versicherten in einer körperlich leichten Tätigkeit ausgegangen.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer legt letztinstanzlich neu Berichte des Spitals C._ vom 3. Dezember 2018 sowie vom 4. und 23. Januar 2019 auf. Da diese Berichte vor dem angefochtenen Gerichtsentscheid vom 4. Februar 2019 datieren, handelt es sich um unechte Noven, deren Einreichung nur im Rahmen von Art. 99 Abs. 1 BGG zulässig ist. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (nicht publ. E. 1.3 des Urteils BGE 138 V 286, in SVR 2012 FZ Nr. 3 S. 7, 8C_690/2011). Der Versicherte legt nicht dar, dass ihm die vorinstanzliche Beibringung dieser Berichte trotz hinreichender Sorgfalt prozessual unmöglich und objektiv unzumutbar war. Sie sind somit unbeachtlich (Urteil 8C_716/2018 vom 26. November 2018 E. 3.2).
4.2. Weiter beruft sich der Beschwerdeführer auf Berichte des Spitals C._ vom 13. Februar 2019 und des Hausarztes D._, FMH Allgemeine Innere Medizin, vom 16. März 2019 sowie auf das Zeugnis des Augenarztes Dr. med. E._ vom 13. März 2019. Hierbei handelt es sich, da erst nach dem angefochtenen Gerichtsentscheid vom 4. Februar 2019 entstanden, um unzulässige echte Noven (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 139 III 120 E. 3.1.2 S. 123; Urteil 8C_95/2019 vom 3. Juni 2019 E. 4).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, das kantonale Gericht habe seinen Entscheid am 4. Februar 2019, also erst rund zwei Jahre nach dem MEDAS-Gutachten vom 1. Februar 2017 und somit auf einer veralteten Grundlage gefällt. Sein psychischer Gesundheitszustand und seine chronischen Schmerzstörungen hätten sich in den letzten beiden Jahren verschlimmert. Die Vorinstanz habe somit neue Beschwerden und Diagnosen ausgeklammert, die in den letzten beiden Jahren neu hinzugekommen seien und seine Arbeitsfähigkeit wesentlich einschränkten.
5.2. Dem ist entgegenzuhalten, dass das Sozialversicherungsgericht bei der Beurteilung eines Falles grundsätzlich auf den bis zum Zeitpunkt des Erlasses der streitigen Verfügung - hier 12. Juni 2017 - eingetretenen Sachverhalt abstellt (BGE 132 V 215 E. 3.1.1 S. 220). Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf und es ist auch nicht ersichtlich, dass sich sein Gesundheitszustand seit dem MEDAS-Gutachten vom 1. Februar 2017 bis zum Verfügungszeitpunkt am 12. Juni 2017 erheblich verschlechtert hätte.
6.
Der Beschwerdeführer bringt weiter im Wesentlichen vor, die Vorinstanz sei in psychischer Hinsicht ohne triftigen Grund und ohne genügende Begründung von der im MEDAS-Gutachten festgestellten 50%igen Arbeitsunfähigkeit abgewichen, was bundesrechtswidrig sei. Der Gutachter habe klar zwischen Diagnosen mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit (chronische Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren, ICD-10 F45.41) und solchen ohne Auswirkungen auf diese (Akzentuierung von Persönlichkeitszügen, soziokultureller Hintergrund, ICD-10 Z73.1) unterschieden. Er habe nachgewiesen, dass praktisch alle Kriterien dieser Schmerzstörung erfüllt seien. Auch die relativ hohe Punktzahl im Mini-ICF-Ratingbogen untermauere dies. Die Schmerzstörung sei zwar von soziokulturellen bzw. IV-fremden Faktoren begünstigt worden, habe laut dem MEDAS-Gutachter aber - entgegen der Ansicht des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) der IV-Stelle - klar Krankheitswert. Wie der MEDAS-Gutachter auch am 7. November 2017 ausgeführt habe, sei er zu einer IV-relevanten Arbeitsunfähigkeit in angepasster Tätigkeit von 50 % gekommen, indem er IV-fremde Faktoren bereits ausgeschieden habe. Es sei unverständlich und unhaltbar, dass die Vorinstanz hiervon abgewichen sei. Dies gelte erst recht, weil Dr. med. F._ am 18. Januar 2018 ebenfalls eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit in angepasster Tätigkeit bescheinigt habe. Die Vorinstanz sei auf diesen Bericht mit keinem Wort eingegangen, womit sie seinen Gehörsanspruch verletzt und ihre willkürliche Haltung bekräftigt habe.
7.
7.1. Gemäss BGE 141 V 281 ergibt sich hinsichtlich der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit, dass sich sowohl die medizinischen Sachverständigen als auch die Organe der Rechtsanwendung bei ihrer Einschätzung des Leistungsvermögens an den normativen Vorgaben zu orientieren haben; die Gutachter im Idealfall gemäss der entsprechend formulierten Fragestellung (BGE 141 V 281 E. 5.2 S. 306 f.). Die Rechtsanwender prüfen die medizinischen Angaben frei insbesondere daraufhin, ob die Ärzte sich an die massgebenden normativen Rahmenbedingungen gehalten haben und ob und in welchem Umfang die ärztlichen Feststellungen anhand der rechtserheblichen Indikatoren auf Arbeitsunfähigkeit schliessen lassen (BGE 143 V 418 E. 6 S. 426 f.). Im Rahmen der Beweiswürdigung obliegt es den Rechtsanwendern zu überprüfen, ob in concreto ausschliesslich funktionelle Ausfälle bei der medizinischen Einschätzung berücksichtigt wurden und ob die Zumutbarkeitsbeurteilung auf einer objektivierten Grundlage erfolgte (BGE 141 V 281 E. 5.2.2; Art. 7 Abs. 2 ATSG). Die rechtsanwendenden Behörden haben mit besonderer Sorgfalt zu prüfen, ob die ärztliche Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit auch invaliditätsfremde Gesichtspunkte (insbesondere psychosoziale und soziokulturelle Belastungsfaktoren) mitberücksichtigt, die vom sozialversicherungsrechtlichen Standpunkt aus unbeachtlich sind (vgl. BGE 140 V 193; 130 V 352 E. 2.2.5 S. 355). Wo psychosoziale Einflüsse das Bild prägen, ist bei der Annahme einer rentenbegründenden Invalidität Zurückhaltung geboten (BGE 141 V 281 E. 4.3.3 S. 303; 127 V 294 E. 5a S. 299 f.). Es soll keine losgelöste juristische Parallelüberprüfung nach Massgabe des strukturierten Beweisverfahrens stattfinden (BGE 141 V 281 E. 5.2.3), sondern überprüft werden, ob die funktionellen Auswirkungen medizinisch anhand der Indikatoren schlüssig und widerspruchsfrei festgestellt wurden und somit den normativen Vorgaben Rechnung tragen (BGE 141 V 281 E. 6 S. 307 f.). Entscheidend bleibt letztlich immer die Frage der funktionellen Auswirkungen einer Störung, welche im Rahmen des Sozialversicherungsrechts abschliessend nur aus juristischer Sicht beantwortet werden kann. Nach BGE 141 V 281 kann somit der Beweis für eine lang andauernde und erhebliche gesundheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit nur dann als geleistet betrachtet werden, wenn die Prüfung der massgeblichen Beweisthemen im Rahmen einer umfassenden Betrachtung ein stimmiges Gesamtbild einer Einschränkung in allen Lebensbereichen (Konsistenz) für die Bejahung einer Arbeitsunfähigkeit zeigt. Fehlt es daran, ist der Beweis nicht geleistet und nicht zu erbringen, was sich nach den Regeln über die (materielle) Beweislast zuungunsten der rentenansprechenden Person auswirkt (BGE 144 V 50 E. 4.3 S. 54, 143 V 418 E. 6 S. 427; SVR 2019 IV Nr. 40 S. 127, 8C_635/2018 E. 6.1 mit weiteren Hinweisen).
7.2.
7.2.1. Hinsichtlich der Indikatorenprüfung ist zu den vorinstanzlichen Erwägungen (vgl. E. 3.2 hiervor) aufgrund des MEDAS-Gutachtens vom 1. Februar 2017 zusätzlich festzuhalten, dass keine rechtlich relevante psychische Komorbidität zur diagnostizierten chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F45.41) vorliegt. Insbesondere ist auch nicht anzunehmen, dass eine solche in der diagnostizierten Akzentuierung von Persönlichkeitszügen bei soziokulturellem Hintergrund (ICD-10 Z73.1) bestehen könnte.
7.2.2. Der psychiatrische MEDAS-Gutachter stellte in seinem Gutachten vom 3. Januar 2017 zudem fest, die Biographie des Versicherten umfasse zahlreiche schwerwiegende Stressfaktoren. Er sei Flüchtling gewesen und als Angehöriger einer benachteiligten und oft ungebildeten Minderheit aufgewachsen. Er habe in der Schweiz eine geringe Assimilationsleistung erbracht. Die soziokulturellen Faktoren seien also relevant und hätten die Entwicklung einer chronischen Schmerzstörung sicher begünstigt. Der ganze soziokulturelle Hintergrund mache einen sehr wesentlichen Teil der Problematik aus. In der Stellungnahme vom 7. November 2017 führte der psychiatrische Gutachter aus, er sei zu einer IV-relevanten Arbeitsunfähigkeit von 50 % gekommen, indem er die Problematik je hälftig auf IV-fremde und IV-relevante Faktoren abgebucht habe. Bei dieser Einschätzung handle es sich klar um eine Ermessensfrage, und es bleibe dem Rechtsanwender überlassen, eine andere Aufteilung vorzunehmen.
Der Indikatorenkomplex "Sozialer Kontext" bezieht sich ebenfalls auf den funktionellen Schweregrad und bildet einen wesentlichen Teil des Grundgerüsts der Folgenabschätzung (BGE 141 V 281 E. 4.3 S. 298). Soweit soziale Belastungen direkt negative funktionelle Folgen zeitigen, bleiben sie nach wie vor ausgeklammert (a.a.O., E. 4.3.3 S. 303; 8C_628/2018 vom 31. Oktober 2018 E. 4.5.1.1). Gestützt auf die gutachterlichen Angaben - wonach der ganze soziokulturelle Hintergrund einen sehr wesentlichen Teil der Problematik ausmacht - ist vorliegendenfalls von einer eher geringen Ausprägung der diagnoserelevanten Befunde und Symptome auszugehen.
7.2.3. Sodann ist auf den Verlauf und Ausgang von Therapien (und damit auf Behandlungserfolg bzw. -resistenz) als wichtige Indikatoren für den funktionellen Schweregrad einzugehen (BGE 141 V 281 E. 4.3.1.2 S. 299 f.). Im MEDAS-Gutachten vom 1. Februar 2017 wurde aufgrund der Angaben des Versicherten festgestellt, er gehe alle vier bis sechs Wochen zum Psychiater Dr. med. F._. Diese eher niedrige Therapiefrequenz spricht jedenfalls nicht für einen grossen Leidensdruck (vgl. auch Urteil 8C_449/2017 vom 7. März 2018 E. 4.3.2 und 4.3.5).
7.3. Zum soeben Gesagten fügen sich die vorinstanzlichen Erwägungen hinsichtlich der durch die Erwerbsbiografie bestätigten Ressourcen des Beschwerdeführers einerseits sowie zu den verschiedentlich bestehenden Inkonsistenzen anderseits hinzu. Zusammenfassend lässt es sich daher unter den gegebenen Umständen aus Sicht des Bundesrechts nicht beanstanden, wenn das kantonale Gericht zum Ergebnis gelangte, die vom MEDAS-Psychiater diagnostizierten psychischen Störungen (vgl. E. 7.2.1 hiervor) wirkten sich nicht derart einschneidend aus, dass sie eine rechtlich bedeutsame Einschränkung der Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers in leidensangepassten Tätigkeiten zu begründen vermöchten.
Die Einwände des Beschwerdeführers vermögen hieran nichts zu ändern. Insbesondere kann er aus dem Bericht des Dr. med. F._ vom 18. Januar 2018 nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal nur der Sachverhalt bis zum Verfügungserlass am 12. Juni 2017 zu berücksichtigen ist (vgl. E. 5.2 hiervor). Hiervon abgesehen hat das kantonale Gericht diesen Bericht zusammenfassend wiedergegeben. Aus seinem Entscheid ergibt sich, dass es ihm nicht folgte. Damit genügt der angefochtene Entscheid den Anforderungen an die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör folgenden Begründungspflicht (hierzu vgl. BGE 142 II 49 E. 9.2 S. 65, 138 I 232 E. 5.1 S. 237).
8.
Gegen den vorinstanzlichen Einkommensvergleich, der ausgehend von einer 100%igen Arbeitsfähigkeit in leidensangepassten Tätigkeiten einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad ergab, bringt der Beschwerdeführer keine substanziierten Einwände vor. Weiterungen hierzu erübrigen sich somit.
9.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden (Art. 64 BGG). Er hat der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Rechtsanwalt Jürg Federspiel wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Juli 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar