Sachverhalt:
A.
A.a. Zweck der A._ Group AG in der relevanten Zeitspanne (Steuerperiode 2009) ist die Durchführung von Immobiliengeschäften aller Art, die Erstellung und Planung von Bauten als Bauherrin oder Generalunternehmerin sowie der Erwerb, die Finanzierung und Verwaltung von Beteiligungen. Sie war 1985 unter der Firma "B._ AG, Gipsergeschäft" mit Sitz in C._ gegründet worden. Ende 2007 erfolgten die Änderung der Firma in "A._ AG" und Verlegung des Sitzes nach D._ (ZG). Im Januar 2011 wurde die Firma in die heutige Fassung geändert und im Februar 2013 der Sitz nach E._ (SZ) verlegt. Seit Ende 2015 befindet sich der Sitz in F._. G._ ist Eigentümer sämtlicher Aktien und zumindest seit Ende Dezember 2007 Präsident des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift der Beschwerdeführerin.
A.b. Zur A._ Group AG gehören die (heutige) A._ AG (Zweck 2009: Betrieb eines Gipsergeschäfts), die A._ Immobilien AG (Zweck 2009: Durchführung von Maler- und Tapeziererarbeiten) sowie die H._ AG (Zweck 2009: Verwertung von Erfindungen und Patenten), alle domiziliert in C._ (nachfolgend auch als "A._-Gesellschaften" bezeichnet).
A.c. Am 25. Januar 2011 deklarierte die A._ Group AG in der Steuererklärung 2009 des Kantons Zürich für die Staats- und Gemeindesteuern einen im Kanton Zürich steuerbaren Reingewinn von Fr. 0.-- (satzbestimmend Fr. 1'029'756.--) und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 8'874'363.-- (satzbestimmend Fr. 10'151'574.--).
B.
B.a. Am 7. Dezember 2011 erging seitens des Kantonalen Steueramtes Zürich (nachfolgend: "Steueramt ZH"), da noch weitere Abklärungen für die Steuereinschätzung 2009 nötig seien, eine Auflage bezüglich Verbuchungs- und Zahlungsnachweis einer Rechnung der A._ Group AG (Firma 2009: A._ AG) für Unternehmensberatung gegenüber einer Gesellschaft in C._ über Fr. 100'000.--. Am 1. März 2012 folgte eine weitere Auflage, mit welcher das Steueramt ZH eine detaillierte Aufstellung über die Kapitalerträge und die diversen Erträge pro 2009 von insgesamt Fr. 1'619'691.16 inkl. Rechnungskopien verlangte. Mit Schreiben vom 10. April 2012 formulierte das Steueramt ZH eine dritte, relativ umfangreiche Auflage an die Adresse der A._ Group AG, mit welcher, da im Kanton Zürich Erträge von Fr. 1'469'544.95 erzielt worden seien, unter anderem sämtliche Originalbelege der Buchhaltung 2009, der Mietvertrag betreffend das Domizil im Kanton Zug sowie Angaben über die Anzahl Sitzungen im Kanton Zug inkl. Nachweis einverlangt wurden. Dieser Auflage wurde mit Schreiben vom 15. Juni 2012 Folge geleistet. Am 21. März 2013 erging seitens des Steueramtes ZH ein Einschätzungsvorschlag für die Staats- und Gemeindesteuern (Steuergemeinde C._) der Steuerperiode 2009. Da im Kanton Zug lediglich ein Mietvertrag über Fr. 100.-- pro Monat bestehe, kein Personal angestellt sei und die Telefone nach C._ umgeleitet würden, wo die eigentliche Geschäftsführung stattfinde, werde die Steuerhoheit im Kanton Zürich beansprucht. Es wurde ein im Kanton Zürich steuerbarer Reingewinn von Fr. 1'094'200.-- (gesamter Reingewinn Fr. 1'109'081.--) sowie ein im Kanton Zürich steuerbares Eigenkapital von Fr. 8'962'000.-- (gesamtes Eigenkapital Fr. 10'151'574.--, davon 88.29 % steuerbar im Kanton Zürich) eingeschätzt. Am 22. März 2013 erfolgte zudem eine weitere Auflage, mit welcher unter anderem die Buchhaltung, die Originalbelege (jeweils für das Jahr 2009) und der Generalunternehmervertrag für die Überbauung I._ einverlangt wurden.
B.b. Nach weiterer Korrespondenz zwischen der A._ Group AG und dem Steueramt ZH folgte am 30. Mai 2014 ein erneuter Einschätzungsvorschlag mit kaum geänderten Steuerfaktoren (der nicht akzeptiert wurde), wobei das Steueramt ZH neu von einer Betriebsstätte im Kanton Zürich ausging, in Ergänzung der bisherigen Begründung auch deshalb, weil sich die übrigen Gruppen-Gesellschaften im Kanton Zürich befänden. Am 11. Juli 2014 erging der darauf basierende Einschätzungsentscheid. Die dagegen gerichtete Einsprache vom 28. Juli 2014 blieb im Wesentlichen erfolglos, ebenso der gegen den Einspracheentscheid vom 25. November 2015 eingelegte Rekurs vom 23. Dezember 2015. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs entschied das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich nämlich am 12. Dezember 2016, im Kanton Zürich befände sich nicht nur eine Betriebsstätte, sondern der Hauptsitz der A._ Group AG. Der im Kanton Zürich steuerbare Reingewinn wurde mit Fr. 1'090'900.-- (von total Fr. 1'105'764.--) und das im Kanton Zürich steuerbare Eigenkapital mit Fr. 9'030'000.-- (von total Fr. 10'227'000.--) festgesetzt. Die dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 19. April 2017 abgewiesen.
C.
C.a. Mit Beschwerde vom 9. Juni 2017 wegen interkantonaler Doppelbesteuerung bzw. in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht beantragt die A._ Group AG (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils, die Anerkennung der Adresse in F._ als ihren steuerlichen Sitz für die Steuerperiode 2009 sowie die Festsetzung des im Kanton Zürich steuerbaren Gewinns und Kapitals (für die Steuerperiode 2009) auf Fr. 9'410.-- (Gewinn) und Fr. 8'874'000.-- (Kapital). Eventualiter sei die definitive Veranlagung der Beschwerdegegnerin 2 [Kantonale Steuerverwaltung Zug] vom 1. Mai 2013 aufzuheben und Letztere zu verpflichten, die im Kanton Zug für die Steuerperiode 2009 entrichtete Gewinn- und Kapitalsteuer der Beschwerdeführerin verzinst zurückzuerstatten.
C.b. Das Steueramt ZH und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde soweit darauf einzutreten sei. Die Kantonale Steuerverwaltung Zug (nachfolgend: "Steuerverwaltung ZG") beantragt mit ihrer Vernehmlassung vom 25. Juli 2017 die Abweisung der Beschwerde infolge Verwirkung des Beschwerderechts der Beschwerdeführerin, soweit darauf einzutreten sei. Eventualiter sei die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich gutzuheissen, gegenüber dem Kanton Zug jedoch infolge Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Zürich abzuweisen. In ihrer Vernehmlassung macht die Steuerverwaltung ZG Ausführungen zum Sachverhalt bezüglich Verwirkung des Beschwerderechts (der Beschwerdeführerin) und des Besteuerungsrechts (des Kantons Zürich) und legt als Beweismittel zum ersten Punkt sechs Beilagen vor.
Das Steueramt ZH beantragt in seiner weiteren Vernehmlassung vom 4. September 2017, der Eventualantrag des Kantons Zug respektive der Steuerverwaltung ZG, wonach die Beschwerde infolge Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Zürich gegenüber diesem gutzuheissen sei, sei abzuweisen, insbesondere da die Verwirkungsfrist durch Zustellung der Steuererklärung zufolge Grundeigentum im Kanton Zürich am 23. Februar 2010 gewahrt worden sei. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme vom 13. September 2017 an ihren Anträgen fest und führt im Wesentlichen aus, sie habe im Mai 2013 nach der (bzw. während der Rechtsmittelfrist der) Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung ZG vom 1. Mai keine Kenntnis von einem kollidierenden Steueranspruch gehabt, weshalb ihr Recht, die rechtskräftige Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung ZG anzufechten, nicht verwirkt sei. Im Übrigen schliesst sich die Beschwerdeführerin den Ausführungen der Steuerverwaltung ZG bezüglich deren Eventualantrag (Verwirkung Besteuerungsrecht Kanton Zürich) mit gewissen Ergänzungen an.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt, (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]), weshalb auf die Beschwerde - mit nachfolgender Einschränkung (E. 1.2) - einzutreten ist.
1.2. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung auch eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt. Der Instanzenzug muss nur in einem Kanton durchlaufen werden (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 379; 133 I 300 E. 2.4 S. 306 f.; 133 I 308 E. 2.4 S. 312 f.; vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG). Die Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung ZG vom 1. Mai 2013 betreffend die Beschwerdeführerin für die Steuerperiode 2009 ist deshalb vorliegend mitangefochten.
Aus dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) folgt allerdings nicht die Verpflichtung zur Leistung eines Zinses auf bereits eingenommenen und zurückzuzahlenden Steuern. Eine solche Verpflichtung müsste sich aus dem kantonalen Recht ergeben. Dass ein solcher Anspruch nach dem Recht des Kantons Zug besteht, wurde in der Beschwerde nicht dargelegt, weshalb auf den entsprechenden Teil des Antrags der Beschwerdeführerin nicht eingetreten werden kann (Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist aber nicht gehalten, alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese in seinem Verfahren nicht mehr thematisiert werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254; Urteil 2C_386/2016 vom 22. Mai 2017 E. 1.3). Deshalb prüft das Bundesgericht unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 136 II 304 E. 2.5 S. 314).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ist von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2 BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1 BGG) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig, sprich willkürlich sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Für eine entsprechende Rüge gilt ebenfalls eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung geht das Gericht nicht ein (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 139 II 404 E. 10.1 S. 444 f.). Ausserdem gilt vor Bundesgericht grundsätzlich ein Novenverbot, das heisst neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die Bindungswirkung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts und das Novenverbot sind jedoch bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung zu relativieren, wenn der Kanton, dessen Veranlagung bereits rechtskräftig ist und für den die Bindungswirkung nicht gilt, die Sachverhaltsfeststellung bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, zu denen sich die Beschwerdeführerin noch nicht äussern konnte. In diesem Fall kommt das Bundesgericht nicht umhin, den dadurch betroffenen Sachverhalt frei zu prüfen und die vorgebrachten Noven zu berücksichtigen (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 378 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 3 mit Hinweisen). Dasselbe muss gelten, wenn der betreffende Kanton wie vorliegend der Kanton Zug den Sachverhalt um Themenbereiche wie die Verwirkung des Beschwerderechts und des Besteuerungsrechts ergänzt, welche vorzubringen die Beschwerdeführerin entweder keinen Anlass hat oder nicht berechtigt ist. Die Verwirkung des Besteuerungsrechts kann nur durch den anderen Kanton, nicht durch die Steuerpflichtige bzw. die Beschwerdeführerin, geltend gemacht werden (BGE 139 I 64 E. 3.2 S. 67 mit Hinweisen; 137 I 273 E. 3.3.4 S. 279; Urteile 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 5.1; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 3.2). Der Sachverhalt bezüglich Verwirkung des Beschwerderechts (der Beschwerdeführerin) und des Besteuerungsrechts (des Kantons Zürich) ist deshalb vorliegend vom Bundesgericht, unter Berücksichtigung der von der Steuerverwaltung Zug in ihrer Vernehmlassung vorgelegten Noven (soweit die entsprechenden Tatsachen und Beweismittel überhaupt Noven und nicht bereits in den Akten enthalten sind), frei zu prüfen. Im Übrigen ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung gebunden.
1.5. Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung; Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.1). Vorliegend beansprucht der Kanton Zug aufgrund des statutarischen Sitzes der Beschwerdeführerin im selben Kanton gemäss der rechtskräftigen Veranlagungsverfügung und Steuerausscheidung vom 1. Mai 2013 für die Steuerperiode 2009 die Besteuerung von Fr. 1'014'900.-- (von total Fr. 1'238'800.--) Reingewinn und von Fr. 88'000.-- (von total Fr. 10'151'000.--) Kapital, während dem Kanton Zürich ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 13'800.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 164'000.-- zugewiesen wird. Auf den Kanton Schwyz entfallen gemäss dieser Steuerausscheidung ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 14'800.-- und ein steuerbares Kapital von Fr. 1'189'000.--. Gemessen am vorinstanzlichen Entscheid, wonach der Kanton Zürich für die Steuerperiode 2009 das Besteuerungsrecht bezüglich Fr. 1'090'900.-- (von total Fr. 1'105'764.--) Reingewinn und Fr. 9'030'000.-- (von total Fr. 10'227'000.--) Kapital geltend macht, liegt zumindest bezüglich des Reingewinns unbestrittenermassen eine aktuelle Doppelbesteuerung vor.
2.
2.1. Da die Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Zürich unmittelbar zur Gutheissung der Beschwerde führen würde, ist diese Verwirkungseinrede zuerst zu prüfen.
Ein Kanton, der die für die Steuerpflicht erheblichen Tatsachen kennt oder kennen kann und dessen ungeachtet mit der Erhebung des Steueranspruchs ungebührlich lange zuwartet, verwirkt sein Besteuerungsrecht, wenn aufgrund des entsprechenden Steuerbezugs ein anderer Kanton (vorliegend Zug) zur Rückerstattung von Steuern verpflichtet werden müsste, die er formell korrekt, in guten Treuen und in Unkenntnis des kollidierenden Steueranspruchs bezogen hat (BGE 139 I 64 E. 3.2 S. 67; 137 I 273 E. 3.3.4 S. 279; Urteile 2C_301/2017 vom 13. November 2017 E. 7.1; 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 5.2; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 3.2). In zeitlicher Hinsicht ("ungebührlich lange zuwartet") tritt die Verwirkung bei periodischen Steuern unter der heute herrschenden Postnumerandobesteuerung mit einjähriger Gegenwartsbemessung am Ende des Jahres, das der Veranlagungsperiode folgt, ein. Fällt die Steuerperiode auf das Jahr "n", erstreckt sich die Veranlagungsperiode auf das Jahr "n + 1" und tritt somit die Verwirkung am Ende des Jahres "n + 2" ein (BGE 139 I 64 E. 3.3 S. 67 f.; Urteile 2C_301/2017 vom 13. November 2017 E. 7.1; 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 5.2; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 3.2).
Für die Wahrung der Verwirkungsfrist ist weder der Erlass eines anfechtbaren Entscheides noch eine erstinstanzliche Veranlagung innerhalb der Verwirkungsfrist erforderlich. Vielmehr genügt die Einleitung des Veranlagungsverfahrens, was in der Regel durch die erste nach aussen wirksame, d. h. in der Regel schriftliche, auf die Veranlagung gerichtete Handlung der Steuerbehörde erfolgt. Als Veranlagungseinleitung und damit fristwahrend gilt praxisgemäss bereits die Zustellung der Steuererklärung an die Steuerpflichtige. Ob sich die Veranlagungshandlung anfänglich nur auf Umstände, welche eine wirtschaftliche Zugehörigkeit begründen wie Grundstücke, bezieht, ist unerheblich. Es liegt im Wesen der gemischten Veranlagung, dass die Steuerbehörde bei Einleitung der Veranlagung noch nicht umfassend darüber Bescheid weiss, welche Einkommensquellen die steuerpflichtige Person im betreffenden Jahr hatte und welche Vermögenswerte ihr zur Verfügung standen. Auch die Ankündigung einer Buchprüfung oder weiterer Abklärungen zur Prüfung der konkreten Steuerpflicht wahrt die Verwirkungsfrist (BGE 139 I 64 E. 3.4 f. S. 68 ff.; Urteile 2C_505/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 5.2; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 3.3).
2.2. Vorliegend ist die Steuerperiode 2009 ("n") betroffen, weshalb das Besteuerungsrechts des Kantons Zürich am 31. Dezember 2011 ("n + 2") verwirkt ist, sollten nicht fristwahrende Handlungen erfolgt sein. Letzteres ist der Fall. Die Steuerklärung 2009 wurde der Beschwerdeführerin am 23. Februar 2010 zugestellt. Dass sie als Anknüpfungspunkt "per Grundeigentum C._" erwähnte, ändert nichts an der fristwahrenden Wirkung. Im Übrigen hätte auch die erste Auflage vom 7. Dezember 2011, mit welcher weitere Abklärungen für die Steuereinschätzung vorgenommen wurden, nämlich der Verbuchungs- und Zahlungsnachweis in Bezug auf eine bestimmte Rechnung der Beschwerdeführerin einverlangt wurde, die Frist gewahrt. Dass mit dieser ersten Auflage das Steuerdomizil im Kanton Zug noch nicht unmittelbar in Frage gestellt wurde, spielt entgegen der Beschwerdeführerin keine Rolle. Das Besteuerungsrecht des Kantons Zürich ist somit nicht verwirkt. Demzufolge ist zu klären, wo für die Steuerperiode 2009 das Hauptsteuerdomizil der Beschwerdeführerin lag.
3.
3.1. Gemäss Art. 20 Abs. 1 StHG sind Kapitalgesellschaften aufgrund persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sich ihr (statutarischer und gemäss Handelsregistereintrag bestimmter) Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton befindet. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung wird nicht auf den statutarischen bzw. zivilrechtlichen Sitz abgestellt, wenn ihm in einem anderen Kanton ein Ort gegenübersteht, an dem die normalerweise am statutarischen Sitz sich abspielende Geschäftsführung und Verwaltung, d.h. die leitende Tätigkeit, in Wirklichkeit vor sich geht (Urteile 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 2.1; 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1). Massgebend ist die Führung der laufenden Geschäfte im Rahmen des Gesellschaftszwecks; bei mehreren Orten ist der Schwerpunkt der Geschäftsführung entscheidend. Das Hauptsteuerdomizil liegt an dem Ort, wo eine Gesellschaft ihren wirtschaftlichen und tatsächlichen Mittelpunkt hat (BGE 54 I 301 E. 2 S. 308 ff.; Urteile 2C_1086/2012 vom 16. Mai 2013, E. 2.2, in: StE [Der Steuerentscheid] 2013 B 11.1 Nr. 24; 2A.321/2003 vom 4. Dezember 2003 E. 2 und 3.1; 2A.560/2002 vom 8. September 2003 E. 5.2.2). Weniger ins Gewicht fallen dagegen ausschliesslich untergeordnete, administrative Tätigkeiten, wogegen die Erledigung der gewöhnlichen, laufenden administrativen Arbeiten der Gesellschaft ein Indiz für das Hauptsteuerdomizil darstellt. Nicht entscheidend ist der Ort, an welchem die obersten Gesellschaftsorgane lediglich die Kontrolle über die Geschäftsleitung ausüben oder Grundsatzentscheide fällen sowie lediglich die Verwaltungsratssitzungen oder Generalversammlungen stattfinden (Urteile 2C_1086/2012 vom 16. Mai 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 11.1 Nr. 24; 2A.321/2003 vom 4. Dezember 2003 E. 3; P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3, in: StE 1986 A 24.22 Nr. 2). Praxisgemäss ist ein Indiz für das Hauptsteuerdomizil dagegen der Ort, an welchem die Post effektiv bearbeitet und die Gesellschaft telefonisch erreichbar ist, wogegen der Ort, an welchem zwar die Postadresse und Telefonverbindung registriert sind, die Post und eingehende Telefone jedoch regelmässig weitergeleitet werden, auf ein sog. Briefkastendomizil hindeutet (Urteil P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3.a, in: StE 1986 A 24.22 Nr. 2). Letzteres bezeichnet einen Sitz, welcher den wirklichen Verhältnissen in keiner Weise entspricht und als künstlich erschaffen erscheint und deshalb nicht als Hauptsteuerdomizil in Frage kommt (Urteile 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1; P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3.a, in: StE 1986 A 24.22 Nr. 2). Kaum denkbar ist zudem, dass die tatsächliche Verwaltung einer Gesellschaft von Dritten im Auftragsverhältnis ausgeübt wird, weshalb der Sitz des Dritten praxisgemäss nicht als Hauptsteuerdomizil in Frage kommt (Urteile 2C_1086/2012 vom 16. Mai 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 11.1 Nr. 24; 2A.560/2002 vom 8. September 2003 E. 5.2.2). Entscheidend sind letztlich die gesamten Umstände des Einzelfalles (Urteil 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1 mit Hinweisen).
3.2. Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin im Kanton Zug nur ein 12 m2 umfassendes Büro zu einem jährlichen Mietzins von Fr. 2'000.-- gemietet hatte, dort kein Personal tätig war und die Post und eingehende Telefone nach C._ umgeleitet wurden. Die langjährige Buchhalterin, welche eine Vertrauensperson von G._ ist und neben der Buchhaltung der Beschwerdeführerin auch die Buchhaltungen der weiteren A._-Gesellschaften führte, hatte ihren Arbeitsplatz in C._. Weiter ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin zumindest in den Jahren 2008 und 2009 als Generalunternehmerin und damit auch Bauleiterin des Projekts I._ tätig war, gemäss Akten eine Überbauung in C._, wobei der Verkauf der Gebäude an die H._ AG in C._ delegiert wurde und Rechnungen dieses Projekts ebenfalls in C._ verarbeitet wurden. In den Räumlichkeiten in F._ fanden keine Sitzungen statt. Der entsprechende Büroraum diente lediglich als Aufbewahrungsort gewisser Akten, wobei Akten der Beschwerdeführerin auch in C._ aufbewahrt wurden. Die Vorinstanz hat aufgrund der genannten Umstände den Schluss gezogen, dass das Hauptsteuerdomizil der Beschwerdeführerin in C._ bzw. im Kanton Zürich liegt.
3.3. Die dagegen vorgebrachten Argumente der Beschwerdeführerin überzeugen nicht. Letztere macht geltend, sie sei nicht in die Gruppe der A._-Gesellschaften eingebettet gewesen und habe sich vor allem auf die Investition in Bauprojekte und Vermittlungsgeschäfte konzentriert, um kurz darauf auszuführen, dass sie die Gesellschaften in C._ teilweise mit den Ausführungen der akquirierten Projekte beauftragte, was für eine gewisse "Einbettung" und jedenfalls eine intensive Zusammenarbeit spricht. Ausserdem war die Geschäftstätigkeit zumindest 2008 und 2009 nachweislich nicht auf die Investition und Vermittlung beschränkt, war doch die Beschwerdeführerin auch als Generalunternehmerin und Bauleiterin eines Projekts in C._ tätig, und auch diesbezüglich wurden gewisse Arbeiten durch eine A._-Gesellschaft in C._, die H._ AG, ausgeführt. Gerade die Tätigkeit als Generalunternehmerin und Bauleiterin erfordert regelmässig eine ständige Präsenz am Ort des Bauprojekts, vorliegend C._, und zwar bis zu dessen Abschluss. Ebenfalls nicht stichhaltig ist das Argument, die Beschwerdeführerin habe aus Geheimhaltungsgründen ihren Sitz in den Kanton Zug verlegt, damit die A._-Gesellschaften keinen Einblick in die Akquisitionsaktivitäten und Investitionsentscheide hätten nehmen können, wurden doch sämtliche Telefone und Post nach C._ weitergeleitet, sodass die Geheimhaltung gar nicht gewährleistet werden konnte. Wenn ausserdem, wie die Beschwerdeführerin darlegt, G._ entsprechende Entscheide alleine und ausserhalb der Räumlichkeiten in F._, mittels Gesprächen bei Geschäftspartnern oder am Mobiltelefon, fällte, war eine Sitzverlegung nach F._ aus Geheimhaltungsgründen weder nötig noch plausibel. Bei der Tätigkeit der langjährigen Buchhalterin, welche von der Beschwerdeführerin als Vertraute von G._ bezeichnet wird und die Buchhaltung der Beschwerdeführerin und sämtlicher A._-Gesellschaften mit Arbeitsplatz in C._ führte, handelt es sich zudem nicht um eine untergeordnete administrative Tätigkeit, sondern um eine zentrale administrative Funktion für sämtliche betroffenen Gesellschaften. Unbehelflich ist auch der Verweis der Beschwerdeführerin auf das Urteil 2P.6/2007 vom 22. Februar 2008, denn in diesem Fall war lediglich ein einziges Kleinunternehmen betroffen, welches vom Alleinaktionär, Geschäftsführer und einzigen Verwaltungsrat geführt wurde, wogegen es hier um ein Unternehmen geht, welches in enger Zusammenarbeit mit anderen Unternehmen derselben Gruppe Projekte bearbeitete, wobei der Schwerpunkt der geschäftlichen Tätigkeit, der wirtschaftliche und tatsächliche Mittelpunkt der Beschwerdeführerin, in C._ oder zumindest im Kanton Zürich lag. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Beschwerdeführerin mit der J._ AG mit Sitz im Kanton Zug zusammenarbeitete, denn letztere ist eine unabhängige, dritte Gesellschaft. Es ist davon auszugehen, dass die tatsächliche Verwaltung und Geschäftsführung der Beschwerdeführerin nicht durch eine Dritte wahrgenommen wurde. Im Weiteren ergibt sich aus dem vorinstanzlichen Entscheid, dass G._ Verwaltungsratspräsident mit Einzelunterschrift der A._ AG und A._ Immobilien AG sowie Präsident und Delegierter des Verwaltungsrates der H._ AG war, welche alle in C._ domiziliert sind. Aufgrund sämtlicher Umstände des Einzelfalles ist davon auszugehen, dass die Führung der laufenden Geschäfte der Beschwerdeführerin im Rahmen des Gesellschaftszwecks schwerpunktmässig in C._ stattfand. Der Entscheid, wonach das Hauptsteuerdomizil der Beschwerdeführerin im Kanton Zürich liegt und der Sitz im Kanton Zug als Briefkastendomizil zu qualifizieren ist, steht somit im Einklang mit Art. 127 Abs. 3 BV und Art. 20 Abs. 1 StGH und erweist sich als bundesrechtskonform.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Legalitätsprinzips. Da die Tätigkeit von G._ bzw. dessen Geschäftsführung keiner bestimmten Lokalität zugewiesen werden könne, verstosse ein vom statutarischen Sitz abweichendes Hauptsteuerdomizil gegen Art. 20 Abs. 1 StHG, Art. 50 des Bundesgesetzes über die direkten Steuern (DBG; SR 642.11) sowie § 55 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG ZH; LS 631.1).
Das Legalitätsprinzip besagt im Allgemeinen, dass jedes staatliche Handeln einer gültigen gesetzlichen Grundlage bedarf (Art. 5 Abs. 1 BV; TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4. Aufl. 2014, § 19 N. 1). Im Steuerrecht gelten zudem erhöhte Anforderungen, wonach zumindest der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung einer Grundlage in einem formellen Gesetz bedürfen (Art. 127 Abs. 1 BV). Die rechtliche Würdigung hat vorliegend ergeben, dass von der tatsächlichen Verwaltung und Geschäftsführung der Beschwerdeführerin im Kanton Zürich auszugehen ist, weshalb die Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit im Kanton Zürich besteht. Für diese Anknüpfung besteht eine formell-gesetzliche Grundlage, nämlich in Art. 20 Abs. 1 StHG und § 55 StG ZH für die direkten kantonalen Steuern und in Art. 50 DBG für die direkte Bundessteuer. Das Legalitätsprinzip ist damit nicht verletzt.
5.
5.1. Die Steuerverwaltung ZG beantragt vorliegend die Abweisung der Beschwerde, insbesondere des Eventualantrags der Beschwerdeführerin, welcher eine Aufhebung der definitiven Veranlagung der Steuerverwaltung ZG vom 1. Mai 2013 und eine Rückerstattung der für die Steuerperiode 2009 bezahlten Gewinn- und Kapitalsteuer verlangt, weil das entsprechende Beschwerderecht verwirkt sei. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Verwirkung.
5.2. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung verwirkt die Steuerpflichtige ihr Beschwerderecht bzw. das Recht zur Anfechtung der (rechtskräftigen) kantonalen Veranlagung, wenn sie ihre dortige Steuerpflicht in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines anderen Kantons vorbehaltlos anerkennt, z. B. wenn sie sich der Veranlagung ausdrücklich oder stillschweigend unterwirft (vorbehaltlose Abgabe einer Steuererklärung), die geforderten Steuerbeträge vorbehaltlos bezahlt und die Einsprache bzw. Einlegung weiterer Rechtsmittel unterlässt sowie der Kanton (vorliegend Zug), dessen Steueranspruch in diesem Sinne anerkannt wurde, die Verwirkung geltend macht (BGE 137 I 273 E. 3.3.3 S. 278; 123 I 264 E. 2d S. 267; Urteile 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.3.2; 2C_27/2009 vom 9. Juli 2009 E. 1.2; 2P.246/1998 vom 20. Mai 1999 E. 1b, in: StE 2000 A 24.5 Nr. 4).
5.3. Die Steuerverwaltung ZG macht geltend, die Beschwerdeführerin habe bereits vor der zugerischen Veranlagungsverfügung vom 1. Mai 2013 infolge Einschätzungsvorschlag des Steueramtes ZH vom 21. März 2013 vom konkurrierenden Steueranspruch des Kantons Zürich gewusst und trotzdem die Steuerrechnung in Raten, zuletzt am 30. Mai 2013, vorbehaltlos bezahlt. Ausserdem seien keine Rechtsmittel gegen die zugerische Veranlagung ergriffen worden. Erst nach dem zürcherischen Einschätzungsentscheid vom 11. Juli 2014 sei ein Revisionsgesuch gegenüber der zugerischen Veranlagung deponiert worden. Das Beschwerderecht sei deshalb verwirkt. Die Beschwerdeführerin bringt demgegenüber vor, das Steueramt ZH habe am 22. März 2013 an die Beschwerdeführerin eine weitere Auflage mit dem Betreff "per Grundeigentum" verschickt, weshalb die Beschwerdeführerin von einer beschränkten Steuerpflicht habe ausgehen dürfen. Nach Beantwortung dieser Auflage sei während eines Jahres nichts geschehen. Da die Beschwerdeführerin vom Hauptsteuerdomizil im Kanton Zug habe ausgehen dürfen, habe sie keinen Grund gesehen, die zugerische Veranlagung vom 1. Mai 2013 anzufechten. Den Einschätzungsvorschlag des Steueramtes Zürich vom 21. März 2013 habe sie als gegenstandslos betrachten dürfen. Ausserdem habe sie nach Erhalt des zürcherischen Einschätzungsentscheids vom 11. Juli 2014 ein Revisionsgesuch eingereicht. Sie (Beschwerdeführerin) habe somit zum Zeitpunkt des Erhalts der Veranlagung vom 1. Mai 2013 und bei Bezahlung der Zinsen (letzte zugerische Steuerrate) am 30. Mai 2013 keine Kenntnis von einem kollidierenden Steueranspruch gehabt, weshalb ihr Beschwerderecht nicht verwirkt sei.
5.4. Die Beschwerdeführerin hat vorliegend am 1. März 2012 eine (zweite) Auflage des Steueramts ZH erhalten, womit eine Aufstellung über den erzielten Ertrag mit Angabe der Zahlenden und des Zahlungsgrundes verlangt wurde. Schon aufgrund dieser Auflage musste sie davon ausgehen, dass das Hauptsteuerdomizil im Kanton Zug zumindest in Zweifel gezogen wird. Spätestens aufgrund der dritten Auflage vom 10. April 2012 (vgl. oben Sachverhalt lit. B.a) musste die Beschwerdeführerin damit rechnen, dass der Kanton Zürich einen kollidierenden Steueranspruch geltend macht, wurden doch die gesamte Buchhaltung 2009, der Mietvertrag für das Domizil im Kanton Zug, der Nachweis über Sitzungen im Kanton Zug sowie Angaben über die Anzahl Sitzungen im Kanton Zürich einverlangt. Mit dem zürcherischen Einschätzungsvorschlag vom 21. März 2013 wurde denn auch ausdrücklich die Steuerhoheit des Kantons Zürich beansprucht, weil die eigentliche Geschäftsführung in C._ stattfinde. Als die Beschwerdeführerin rund eineinhalb Monate später, Anfang Mai 2013, die zugerische Veranlagung erhielt, wusste sie somit um den kollidierenden Steueranspruch des Kantons Zürich. Dass die genannten Auflagen und der genannte Einschätzungsvorschlag in der Adresse jeweils den Vermerk "per Grundeigentum" enthielten, ändert nichts am Inhalt dieser Mitteilungen, wonach der Kanton Zürich das Hauptsteuerdomizil beanspruchte. Gründe, um den zürcherischen Einschätzungsvorschlag als gegenstandslos zu betrachten, gab es Anfang Mai 2013 nicht - vielmehr musste die Beschwerdeführerin aufgrund der Situation alarmiert sein, da aufgrund des Einschätzungsvorschlags eine Doppelbesteuerung bestand. Indem sie trotz dieser Ausgangslage die Steuerverwaltung ZG in den Monaten März und April 2013 nicht über den zürcherischen Steueranspruch informierte und abgesehen davon auch noch die dritte zugerische Steuerrate (Zinsen) vorbehaltlos beglich, handelte sie treuwidrig, weshalb ihr Verhalten schon deshalb keinen Rechtsschutz verdient (vgl. Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.3.4 und 2.4). Eine Information der Steuerverwaltung ZG über den kollidierenden Steueranspruch vor deren definitiver Veranlagung vom 1. Mai 2013 und Bezahlung der Zuger Steuerrechnung unter Vorbehalt hätte nicht nur den Anforderungen von Treu und Glauben Genüge getan, sondern damit wäre im Übrigen auch die vorbehaltlose Anerkennung des Zuger Steueranspruchs abgewendet worden (vgl. E. 5.2 oben). Die Beschwerdeführerin hat demzufolge ihr Beschwerderecht in Bezug auf die Veranlagung der Steuerverwaltung ZG vom 1. Mai 2013 bezüglich der Steuerperiode 2009 verwirkt, weshalb die Konsequenzen der Doppelbesteuerung hinzunehmen sind. Die Beschwerde erweist sich demzufolge als unbegründet und ist abzuweisen.
6.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Quinto