Faits :
A.
X._ est actif dans le commerce de vins. Il a créé en 1995 une société à responsabilité limitée qui, en 1999, a été transformée en société anonyme sous la raison sociale Xa._ SA puis Xb._ SA. Elle est inscrite depuis le 22 juillet 2016 sous la raison de commerce Y._ SA (désignée ci-après sous Xb._ SA).
Entre 2007 et 2009, Xb._ SA était active dans le commerce de raisins, de moûts et de vins. Elle était assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA). X._ en était l'administrateur unique et le directeur avec signature individuelle.
X._ était également titulaire du capital-actions de Z._ AG, sise à Zoug, aujourd'hui radiée. Bien qu'il ne fût pas formellement l'administrateur de cette société, il prenait les décisions relatives à son administration. Cette société était également assujettie à la TVA.
Entre 2007 et 2009, Z._ AG s'est acquittée en espèces de vingt-sept factures de Xb._ SA. Ces factures et les recettes correspondantes n'apparaissaient pas dans la comptabilité de Xb._ SA. De la sorte, X._ a réduit la créance fiscale en matière de TVA de cette société envers l'Etat d'un montant de 142'503 fr. 15.
Durant la même période, Z._ AG s'est également acquittée en espèces de quatorze factures d'entreprises tierces établies indûment par X._. Ces recettes n'ont pas non plus été enregistrées dans la comptabilité de Xb._ SA, alors même que le vin vendu provenait de cette société. De la sorte, X._ a réduit la créance fiscale en matière de TVA de cette société envers l'Etat d'un montant supplémentaire de 160'419 fr. 05.
La quasi-totalité de ces montants de TVA ont été facturés à Z._ AG sous une forme qui lui a permis de récupérer la TVA payée en la déduisant de sa dette fiscale relative à cette taxe.
B.
Par prononcé pénal du 30 janvier 2015, l'Administration fédérale des contributions (ci-après AFC) a reconnu X._ coupable d'escroquerie en matière de contributions (art. 14 al. 2 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif ; ci-après DPA; RS 313.0) et de faux dans les titres (art. 15 ch. 1 DPA) et l'a condamné à une peine pécuniaire de 180 jours-amende, à 120 fr. le jour avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de 6'600 francs.
C.
A la suite de la demande de X._ d'être jugé par un tribunal, l'AFC a transmis son dossier le 7 septembre 2015 au Ministère public du canton du Valais, par un courrier tenant lieu d'acte d'accusation (art. 73 DPA).
D.
Par jugement du 23 février 2016, le Juge itinérant pour le district de Sierre a confirmé les prononcés de culpabilité précités et condamné X._ à une peine pécuniaire de 150 jours-amende, à 300 fr. le jour, peine complémentaire à celle de 180 jours-amende à 300 fr. le jour prononcée avec sursis le 16 juillet 2014 par le Ministère public central du canton de Vaud, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 7'200 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 24 jours.
E.
Par jugement du 15 décembre 2017, la Cour pénale II du Tribunal cantonal du canton du Valais a admis partiellement l'appel formé par X._ et l'appel-joint formé par l'AFC contre ce jugement. Elle a en conséquence condamné le précité pour escroquerie en matière de contributions (art. 14 al. 2 DPA) et faux dans les titres (art. 15 ch. 1 al. 1 DPA) à une peine pécuniaire de 150 jours-amende, à 300 fr. le jour, peine complémentaire à celle de 180 jours-amende à 300 fr. le jour prononcée avec sursis le 16 juillet 2014 par le Ministère public central du canton de Vaud, avec sursis pendant deux ans.
F.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut préalablement à la jonction de la cause avec les causes 2C_12/2017 et 2C_13/2017 alors pendantes auprès du Tribunal fédéral. Il sollicite principalement son acquittement, subsidiairement l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente, voire à l'autorité inférieure, pour nouvelle décision.
Par ordonnance du 20 février 2018, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté la demande de jonction.
Considérant en droit :
1.
Les pièces produites à l'appui du recours sont irrecevables dès lors qu'elles ne résultent pas du jugement attaqué (art. 99 al. 1 LTF).
2.
En premier lieu, le recourant invoque qu'il serait poursuivi et qu'il aurait été condamné pour les mêmes faits dans plusieurs procédures, sans qu'il n'existe un lien temporel et matériel suffisamment étroit entre elles. Il invoque une violation du principe " ne bis in idem ".
2.1. Nul ne peut être poursuivi ou puni pénalement par les juridictions du même Etat en raison d'une infraction pour laquelle il a déjà été acquitté ou condamné par un jugement définitif conformément à la loi et à la procédure pénale de cet Etat. Ce principe, exprimé par l'adage " ne bis in idem ", est garanti par l'art. 4 al. 1 du Protocole n° 7 à la CEDH ainsi que par l'art. 14 par. 7 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques. La règle découle en outre implicitement de la Constitution fédérale. Elle figure également à l'art. 11 al. 1 CPP (ATF 144 IV 136 consid. 10.1 p. 155, arrêt statuant sur les causes 2C_12/2017 et 2C_13/2017 précitées). Aux termes de cette disposition, aucune personne condamnée ou acquittée en Suisse par un jugement entré en force ne peut être poursuivie une nouvelle fois pour la même infraction.
L'existence d'une même infraction (" idem ") constitue la condition de base du principe " ne bis in idem ". Le point de savoir si les infractions en question sont les mêmes au sens de l'art. 4 al. 1 du Protocole n° 7 à la CEDH dépend d'une analyse axée sur les faits plutôt que par exemple d'un examen formel consistant à comparer les " éléments essentiels " des infractions. L'interdiction vise l'inculpation ou le jugement pour une seconde " infraction " pour autant que celle-ci a pour origine des faits identiques ou des faits qui sont en substance les mêmes (arrêtEDH Zolotouhkine contre Russie du 10 février 2009, § 82; A et B contre Norvège du 15 novembre 2016, § 108; ATF 144 IV 136 consid. 10.5 p. 157; également arrêt 6B_1053/2017 du 17 mai 2018 consid. 4.1 et la jurisprudence citée).
Ce n'est qu'en présence d'une même infraction qu'il convient de se demander s'il y a eu répétition des poursuites (volet " bis " du principe). Sous cet angle, la jurisprudence de la CourEDH admet néanmoins que s'il existe un lien matériel et temporel suffisamment étroit entre les procédures concernées visant la même constellation de faits, de sorte qu'elles peuvent être considérées comme deux aspects d'un système unique, il n'y a pas de dualité de la procédure contraire au principe " ne bis in idem " (cf. sur ce point arrêtEDH A et B contre Norvège du 15 novembre 2016, qui fait la synthèse de la jurisprudence à cet égard; également ATF 144 IV 136 consid. 10.5 p. 157 s.).
2.2. Le recourant invoque l'existence de plusieurs procédures. En l'occurrence, la seule ayant donné lieu au moment du recours à une décision entrée en force est celle objet de l'ordonnance pénale du 16 juillet 2014. Seule cette décision pouvait, eu égard au principe " ne bis in idem ", empêcher une nouvelle poursuite et un nouveau jugement du recourant pour la même infraction. L'objet du litige étant de plus circonscrit par le jugement attaqué, on ne saurait non plus examiner si cette ordonnance pénale du 16 juillet 2014 s'opposerait à la poursuite d'autres procédures que celle objet du jugement attaqué. Les considérations que le recourant développe concernant d'autres procédures sont ainsi sans pertinence.
2.3. Concentrant son exposé sur l'absence de lien matériel et temporel suffisamment étroit, le recourant part de la prémisse, qu'il affirme sans l'étayer, qu'il s'agirait des " mêmes faits ".
2.3.1. Par ordonnance pénale du 16 juillet 2014, le Ministère public central du canton de Vaud a reconnu le recourant coupable d'usage de faux au sens de l'art. 186 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et l'a condamné à une peine pécuniaire de 180 jours-amende, à 300 fr. le jour et avec sursis pendant deux ans. Ce prononcé est en force.
Cette ordonnance pénale retient que le recourant, en tant que directeur et président du conseil d'administration de Xb._ SA, a produit, à l'appui des déclarations d'impôts de cette entité concernant les exercices fiscaux 2005 à 2009, des états financiers inexacts, en ce sens essentiellement que des revenus avaient été sciemment omis, à hauteur de 8'461'947 francs. A cela s'ajoutait que, pour parvenir à ses fins, le recourant avait établi des fausses factures au nom de différents producteurs valaisans. En transmettant ou en faisant transmettre cette documentation erronée à l'autorité fiscale, le recourant avait fait usage de titre faux au sens de l'art. 186 al. 1 LIFD (art. 105 al. 2 LTF).
Aux termes de l'art. 186 al. 1 LIFD, se rend coupable d'usage de faux celui qui, dans le but de commettre une soustraction d'impôt au sens des art. 175 (soustraction consommée), 176 (tentative de soustraction) et 177 LIFD (instigation, complicité, participation), fait usage de titres faux, falsifiés ou inexacts quant à leur contenu, tels que des livres comptables, des bilans, des comptes de résultat ou des certificats de salaire et autres attestations de tiers dans le dessein de tromper l'autorité fiscale.
2.3.2. Dans la présente procédure, le recourant a été reconnu coupable, en relation avec ses agissements en matière de TVA pour deux sociétés, d'escroquerie en matière de contributions au sens de l'art. 14 al. 2 DPA. Aux termes de cette disposition, lorsque l'attitude astucieuse de l'auteur aura eu pour effet de soustraire aux pouvoirs publics un montant important représentant une contribution, un subside ou une autre prestation, ou de porter atteinte d'une autre manière à leurs intérêts pécuniaires, la peine sera l'emprisonnement pour un an au plus ou l'amende jusqu'à concurrence de 30'000 francs. Le recourant a également été reconnu coupable de faux dans les titres au sens de l'art. 15 ch. 1 al. 1 DPA. Cette disposition sanctionne celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite selon la législation administrative fédérale ou de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou à d'autres droits des pouvoirs publics, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelle d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou aura, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, celui qui, en induisant en erreur l'administration ou une autre autorité, ou un officier public, l'aura amené à constater faussement dans un titre authentique un fait important pour l'exécution de la législation administrative fédérale ou qui aura fait usage d'un titre ainsi obtenu pour tromper l'administration ou une autre autorité.
2.3.3. Il résulte de ce qui précède (cf. supra let. A, respectivement consid. 2.3.1) que les faits reprochés au recourant dans les deux procédures ne sont pas les mêmes : dans la procédure ayant abouti à l'ordonnance pénale du 16 juillet 2014, il était en effet reproché au recourant, en tant qu'organe de Xb._ SA, d'avoir produit, à l'appui des déclarations d'impôts de cette société concernant les exercices fiscaux 2005 à 2009 des états financiers inexacts, respectivement faux, à l'attention des autorités compétentes en matière d'impôt fédéral direct, afin de réduire le montant de cet impôt. Le comportement réprimé était ainsi uniquement l'usage de faux en rapport avec un type d'impôt particulier, l'impôt fédéral direct. Dans la présente procédure, le recourant était en revanche poursuivi pour avoir mis en place un système qui visait, in fine, à ce que d'une part Xb._ SA paie un montant moindre d'un autre impôt, la taxe sur la valeur ajoutée, et que d'autre part Z._ AG puisse, grâce aux factures préparées par le recourant - qui n'étaient pas intégrées aux états financiers de Xb._ SA - déduire un montant de TVA payé plus important. Outre que l'impôt visé est différent, le recourant a également agi à des titres distincts, organe de Xb._ SA seulement pour l'impôt fédéral direct, organe de cette société et organe de fait de Z._ AG pour la TVA. Cette taxe, contrairement à l'impôt fédéral direct, est de plus perçue sur la base d'un système reposant sur l'auto-taxation, en vertu duquel l'assujetti est lui-même responsable de l'établissement correct et complet de ses décomptes, l'administration fédérale n'intervenant qu'à des fins de contrôle (ATF 140 II 202 consid. 5.4 p. 206). Les documents remis aux autorités fiscales compétentes n'étaient ainsi pas les mêmes : déclarations d'impôts pour l'impôt fédéral direct, décomptes trimestriels pour la TVA. De plus, dans la procédure ayant abouti à l'ordonnance pénale du 16 juillet 2014, les titres dont l'usage était reproché au recourant étaient les états financiers de Xb._ SA. Dans la présente procédure, les titres dont la confection était reprochée au recourant étaient non pas les états financiers de Xb._ SA mais quatorze factures que le recourant avait indûment établies au nom de sociétés tierces (cf. jugement attaqué, p. 25 consid. 6 et consid. 6.2).
Ainsi, faute que les procédures litigieuses portent sur les mêmes infractions au sens rappelé ci-dessus, le principe " ne bis in idem " ne s'opposait pas à la poursuite et à la condamnation du recourant du chef d'escroquerie en matière de contributions et de faux dans les titres au sens de l'art. 15 ch. 1 al. 1 DPA. Les développements relatifs à l'absence de lien matériel et temporel suffisant entre les procédures sont sans portée.
Le grief de violation du principe " ne bis in idem " est infondé.
2.4. Pour être exhaustif, on relèvera encore que la procédure dans laquelle un prononcé d'amende rendu par le Service cantonal valaisan des contributions et invoqué par le recourant dans son recours en matière pénale a donné lieu à l'arrêt 2C_12/2017 et 2C_13/2017 du 23 mars 2018, partiellement publié aux ATF 144 IV 136. Cet arrêt met partiellement fin à la procédure. Le recourant invoque à l'appui de son grief de violation du principe " ne bis in idem " cette première décision. Il n'expose toutefois aucunement en quoi celle-ci aurait porté sur des faits identiques ou en substance les mêmes que la présente procédure. Il résulte de son recours et de l'arrêt précité que le prononcé d'amende en question porte sur l'impôt fédéral direct et l'impôt communal et cantonal dus et a été rendu à l'encontre du recourant lui-même. A l'instar de ce qui a été exposé ci-dessus s'agissant de la procédure ayant abouti à l'ordonnance pénale du 16 juillet 2014, la nature de ces impôts, leur mode de prélèvement et les autorités différentes impliqués ne sont pas les mêmes que ceux ici concernés. Il ne s'agit donc pas des mêmes faits qui auraient pu conduire à l'application dans la présente procédure du principe " ne bis in idem ".
3.
Le recourant critique le montant du jour-amende retenu à hauteur de 300 fr. le jour, et réclame que celui-ci soit réduit à 120 fr. le jour.
3.1. Aux termes de l'art. 34 al. 2 CP dans sa teneur au moment des faits, le jour-amende est de 3'000 fr. au plus. Le juge en fixe le montant selon la situation personnelle et économique de l'auteur au moment du jugement, notamment en tenant compte de son revenu et de sa fortune, de son mode de vie, de ses obligations d'assistance, en particulier familiales, et du minimum vital. Cette disposition est applicable en l'espèce sans égard à la modification entrée en vigueur le 1er janvier 2018, qui n'est pas plus favorable à l'intéressé (cf. art. 2 al. 2 CP).
Les critères pertinents pour déterminer le montant du jour-amende ont été rappelés dans l'arrêt publié aux ATF 142 IV 315 consid. 5.3 p. 320 ss, auquel on peut se référer. Le montant du jour-amende doit être fixé en partant du revenu que l'auteur réalise en moyenne quotidiennement, quelle qu'en soit la source, car c'est la capacité économique réelle de fournir une prestation qui est déterminante (ATF 142 IV 315 consid. 5.3.2 p. 320). La situation à prendre en compte est celle existant au moment où le juge du fait statue (ATF 142 IV 315 consid. 5.3.2 p. 321). La loi mentionne la fortune parmi les critères d'évaluation. Toutefois, comme la peine pécuniaire tend avant tout à toucher l'auteur dans ses revenus et non dans les sources de ces derniers, elle ne doit être prise en compte qu'à titre subsidiaire, lorsque la situation patrimoniale, particulière, contraste avec un revenu comparativement faible. Ainsi, elle constitue un élément pertinent dans la mesure où l'auteur en tire sa subsistance quotidienne (ATF 142 IV 315 consid. 5.3.3 p. 321 s. et les arrêts cités). Enfin, il n'y a pas lieu de prendre en considération les obligations qui sont la conséquence directe ou indirecte des faits, tels que dommages-intérêts, tort moral, frais judiciaires, etc. (ATF 142 IV 315 consid. 5.3.4 p. 322).
Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation, lui permettant de procéder à une estimation du montant du jour-amende en fonction des informations dont il dispose (arrêt 6B_568/2012 du 16 novembre 2012 consid. 2.1).
3.2. En l'espèce, l'autorité précédente a constaté que le recourant avait réalisé un revenu annuel net de 312'016 fr. en 2016. Elle a déduit de ce montant 142'978 fr. de charges. Le solde mensuel déterminant pour arrêter le montant du jour-amende s'élevait ainsi à 14'086 fr. conduisant à un montant de jour-amende de 469 fr. (14'086 fr. / 30 jours). L'autorité précédente a refusé de retenir la diminution invoquée par le recourant de sa fortune par 7'195'000 fr., faute de preuve l'établissant. Elle a en revanche tenu compte que le recourant faisait l'objet de poursuite - rappel d'impôt - pour plusieurs millions de francs, se référant aux pièces 384 ss du dossier, et estimé que le paiement de ces créances devrait être de nature à réduire sa fortune et partant le revenu de celle-ci. Elle a en conséquence réduit le montant du jour-amende à la quotité fixée par le juge de première instance, soit 300 francs.
3.3. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir motivé en détail son raisonnement lui permettant d'aboutir au montant précité de 469 fr. mais de ne pas avoir fait de même s'agissant du montant de 300 francs. Il y voit une violation du devoir de motivation du juge.
Au vu de la jurisprudence qui précède, l'autorité précédente devait tenir compte de la situation du recourant au moment du jugement attaqué. Elle n'aurait en revanche pas dû prendre en considération une réduction future et hypothétique du rendement de la fortune du recourant. Partant, on ne saurait retenir un défaut de motivation sur un point qui n'avait pas à être pris en compte et qui l'a été en faveur du recourant.
Dans ces circonstances, il est également exclu de retenir que l'autorité précédente aurait abusé de son pouvoir d'appréciation ou excédé celui-ci en ne réduisant que de 169 fr. le montant du jour-amende, l'affirmation du recourant que " les poursuites dont fait état le jugement entrepris sont bien réelles et se chiffrent en millions " (recours, p. 11), non étayée, étant au demeurant insuffisante pour fonder un tel grief.
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, par 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 27 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod