Sachverhalt:
A.
A._ arbeitete u. a. vom 17. Juli 1997 bis 31. Oktober 2006 als Lagerist im Betrieb B._. Am 10. Januar 2007 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Leistungsbezug an. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 29. Mai 2007 verneinte sie den Anspruch auf berufliche Massnahmen.
Vom 1. Januar 2012 bis 31. Juli 2015 arbeitete der Versicherte als Logistiker bei der C._ AG. Am 14. September 2015 meldete er sich erneut bei der IV-Stelle zum Leistungsbezug an. Diese veranlasste u. a. ein bidisziplinäres Gutachten des D._, Facharzt FMH für Rheumatologie und Innere Medizin sowie des Psychiaters PD Dr. med. E._, vom 13./16. Juni 2017 mit Ergänzung vom 13. November 2017. Mit Verfügung vom 7. März 2018 verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch.
B.
Die hiergegen geführte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 29. November 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab 1. März 2106 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zwecks ergänzender medizinischer Abklärung, insbes. der Anordnung eines psychiatrischen Obergutachtens, an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen; danach sei über sein Leistungsbegehren neu zu entscheiden.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils BGE 141 V 585). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist hingegen, ob und in welchem Umfang die ärztlichen Feststellungen anhand der Indikatoren nach BGE 141 V 281 auf Arbeitsunfähigkeit schliessen lassen (BGE 141 V 281 E. 7 S. 308; Urteil 8C_613/2018 vom 22. Januar 2019 E. 1.1).
2.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG; Art. 4 Abs. 1 IVG), die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG) und die Voraussetzungen des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 IVG) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend die bei der Neuanmeldung analog anwendbaren Revisionsregeln (Art. 17 Abs. 1 ATSG; BGE 134 V 131 E. 3 S. 132, 117 V 198 E. 3a), den massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (BGE 138 V 218 E. 6 S. 221) und den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (vgl. E. 1 hiervor; BGE 135 V 465 E. 4.4 S. 470, 125 V 351 E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen ist, dass grundsätzlich sämtliche psychischen Erkrankungen einem strukturierten Beweisverfahren nach BGE 141 V 281 zu unterziehen sind (BGE 143 V 418).
3.
3.1. Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, indem es in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 7. März 2018 den Rentenanspruch des Beschwerdeführers verneinte.
Unbestritten ist die Feststellung der Vorinstanz, der Versicherte sei somatischerseits in leidensangepassten Tätigkeiten zu 100 % arbeitsfähig. Hierzu erübrigen sich Weiterungen.
3.2. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, hinsichtlich des bidisziplinären Gutachtens vom 13./16. Juni 2017 gebe die rheumatologische Beurteilung des D._ zu keinen Bemerkungen Anlass und werde vom Beschwerdeführer auch nicht gerügt. Somit sei einzig auf seine Einwände gegen das psychiatrische Teilgutachten des PD Dr. med. E._ einzugehen. Anzeichen für dessen Befangenheit bestünden nicht. Er habe keine Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit gestellt. Ohne Auswirkung auf diese bestünden eine leichte depressive Episode (ICD-10 F32.0), akzentuierte Persönlichkeitszüge (ICD-10 Z73.1) und Anpassungsprobleme bei Veränderungen der Lebensumstände (ICD-10 Z60.0). Der Umstand, dass PD Dr. med. E._ den Versicherten nur einmal während 45 Minuten untersucht und keine Fremdanamnese eingeholt habe, vermöge den Beweiswert seines Gutachtens nicht zu entkräften. Er habe den Versicherten umfassend in Kenntnis und Würdigung sämtlicher Vorakten beurteilt, eine ausführliche Anamnese erhoben und alle von ihm geklagten Beschwerden berücksichtigt. Weiter habe er sich in der Stellungnahme von 13. November 2017 eingehend mit der Kritik der behandelnden Fachpersonen auseinandergesetzt. Deren Berichte erwiesen sich nicht als schlüssig und überzeugend. Insgesamt sprächen keine konkreten Indizien gegen die Zuverlässigkeit des bidisziplinären Gutachtens vom 13./16. Juni 2017. Gestützt hierauf sei der Versicherte in einer angepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig.
4.
4.1. Der Versicherte rügt erneut, der psychiatrische Gutachter PD Dr. med. E._ sei befangen gewesen. Er habe in der Stellungnahme vom 13. November 2017 durch seinen Tonfall aufgezeigt, dass er seine Position nicht neutral vertreten könne, sondern auf persönlicher Ebene gegen die behandelnden Ärzte und den Rechtsvertreter antrete. Zudem habe er sich mit zahlreichen fachlichen Einwänden nicht auseinandergesetzt und diese nicht widerlegt.
4.2. Ausstands- und Befangenheitsgründe sind umgehend geltend zu machen, d.h. grundsätzlich sobald die betroffene Person Kenntnis von den entsprechenden Tatsachen erhält. Wer den Mangel nicht unverzüglich vorbringt, wenn er davon Kenntnis erhält, sondern sich stillschweigend auf ein Verfahren einlässt, verwirkt den Anspruch auf spätere Anrufung der vermeintlich verletzten Ausstandsbestimmung (BGE 143 V 66 E. 4.3 S. 69, 138 I 1 E. 2.2. S. 4, 132 II 485 E. 4.3 S. 496). Unverzüglich bedeutet ein Geltendmachen binnen maximal sechs bis sieben Tagen; ein zwei- bis dreiwöchiges Zuwarten ist bereits unzulässig (Urteil 8C_456/2018 vom 12. September 2018 E. 4.2). Die Vorinstanz stellte somit zu Recht fest, der Versicherte habe nach der ergänzenden Stellungnahme des PD Dr. med. E._ vom 13. November 2017 erst mit Schreiben vom 31. Januar 2018 seine Befangenheit gerügt. Dies ist unbestritten. Die Rüge war somit verspätet, weshalb sich Weiterungen hierzu erübrigen.
5.
Nicht stichhaltig ist der Einwand des Beschwerdeführers, die von PD. Dr. med. E._ gestellten Diagnosen stünden in einem nicht nachvollziehbaren Widerspruch zum Taggeldanspruch, den er bei seiner privaten Krankentaggeldversicherung gehabt habe. Denn es besteht keine Bindung des Invalidenversicherers an die Ermittlung der Arbeitsunfähigkeit durch den Krankenversicherer (BGE 114 V 281 E. 4b; Urteil 8C_701/2018 vom 28. Februar 2019 E. 4.2). Zudem ist nicht ersichtlich, worauf sich dieser bei seiner Beurteilung stützte.
6.
Der Versicherte bringt weiter vor, sein Gespräch mit dem psychiatrischen Gutachter PD Dr. med. E._ habe keine 45 Minuten gedauert, was angesichts der Schwere der von der F._ diagnostizierten Krankheiten absolut unzureichend sei. Für den Aussagegehalt eines medizinischen Gutachtens kommt es nicht in erster Linie auf die Untersuchungsdauer an. Zwar muss der zu betreibende zeitliche Aufwand der Fragestellung und der zu beurteilenden Pathologie angemessen sein; zuvorderst hängt der Aussagegehalt einer Expertise aber davon ab, ob sie inhaltlich vollständig und im Ergebnis schlüssig ist (Urteile 9C_96/2018 vom 19. März 2018 E. 3.2.5 und 8C_71/2017 vom 20. April 2017 E. 6). Wie das kantonale Gericht eingehend aufzeigte und die folgenden Erwägungen ergeben, kann auf das Gutachten des PD Dr. med. E._ in den massgebenden Belangen abgestellt werden. Es kann daher dahingestellt bleiben, wie lange die Begutachtung genau dauerte.
7.
7.1. Der Beschwerdeführer beruft sich auf die Berichte der Psychiatrischen F._ Rheinfelden, vom 8. Juni 2015, 15. Dezember 2015, 19. September 2016, 31. August 2017 und 30. Januar 2018. Er macht im Wesentlichen geltend, die Diagnosen des PD Dr. med. E._ stünden in einem derartigen Widerspruch zu denjenigen dieser Klinik, dass sie nicht nachvollziehbar seien. Die fundierten Berichte der F._ erfüllten die Kriterien an medizinische Beurteilungsgrundlagen, weshalb er zu 100 % arbeitsunfähig sei.
7.2. Eine Einschränkung der Leistungsfähigkeit kann nur dann anspruchserheblich sein, wenn sie Folge einer Gesundheitsbeeinträchtigung ist, die fachärztlich einwandfrei diagnostiziert wurde (BGE 141 V 281 E. 2.1 S. 285). Es fällt auf, dass die F._ in ihren Berichten divergierende psychiatrische Diagnosen nach ICD-10 stellte. In der Stellungnahme vom 30. Januar 2018 legte sie dar, alte Diagnosen aus alten Berichten seien nicht einfach mitgetragen, sondern im Verlauf regelmässig kritisch hinterfragt, evaluiert und angepasst worden. Ob diese Begründung verfängt, kann letztlich offen bleiben. Die Vorinstanz hat nämlich nicht offensichtlich unrichtig festgehalten, dass die von der F._ im Bericht vom 19. September 2016 mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit erstmals diagnostizierte narzisstische Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.80) nicht bestätigt werden kann. Denn die hierfür in der einschlägigen Literatur geforderten Merkmale wurden von der F._ weder im Bericht vom 19. September 2016 noch in anderen Berichten festgestellt und liegen auch gemäss dem Gutachter PD Dr. med. E._ nicht vor (zu diesen Merkmalen vgl. Internationale Klassifikation psychischer Störungen, ICD-10 Kapitel V (F), Klinisch-diagnostische Leitlinien, Dilling/Mombour/Schmidt [Hrsg.], 10. Aufl. 2015, S. 283; Dilling/Freyberger [Hrsg.], Taschenführer zur ICD-10-Klassifikation psychischer Störungen, 8. Aufl. 2016, S. 247, S. 349). Somit überzeugt die Einschätzung der F._ diesbezüglich bereits in diagnostischer Hinsicht nicht. Zudem ist festzuhalten, dass der vom Versicherten selbst ins Feld geführte med. pract. G._, Facharzt Psychiatrie und Psychotherapie FMH, praktischer Arzt FMH, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD) der IV-Stelle, die Ausführungen des Gutachters PD Dr. med. E._ allesamt als schlüssig erachtete und ihm folgend - entgegen der F._ - auch eine relevante depressive Störung des Versicherten verneinte (vgl. E. 11.1 hiernach).
7.3. Letztlich ist aber für die Bestimmung des Rentenanspruchs grundsätzlich unabhängig von der Diagnose und unbesehen der Ätiologie ausschlaggebend, ob und in welchem Ausmass eine Beeinträchtigung der Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit vorliegt (nicht publ. E. 4.2.3 des Urteils BGE 141 V 585, veröffentlicht in SVR 2016 IV Nr. 102, 8C_590/2015; Urteil 8C_29/2018 vom 6. Juli 2018 E. 3.2.2). PD Dr. med. E._ nahm bei seiner Beurteilung der Arbeitsfähigkeit des Versicherten auf die massgebenden Standardindikatoren nach BGE 141 V 281 Bezug (vgl. E. 1 f. hiervor), während hierzu in den Berichten der F._ nicht Stellung genommen wurde. Unter diesen Umständen kann der Versicherte daraus, dass in der F._ ein BDI (Beck-Depressions-Inventar) und ein SKID-II (strukturiertes klinisches Interview für DSM-IV) durchgeführt wurden, nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal PD Dr. med. E._ auch hierzu nachvollziehbar Stellung nahm.
Nach dem Gesagten vermögen die Berichte der F._ das Gutachten des PD Dr. med. E._ vom 16. Juni 2017 nicht in Zweifel zu ziehen, wobei auch zu beachten ist, dass behandelnde Arztpersonen bzw. Therapiekräfte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung im Zweifelsfall eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (BGE 135 V 465 E. 4.5 S. 470 f.).
8.
8.1. Weiter beruft sich der Beschwerdeführer auf den Bericht des Psychiaters H._, Vertrauensarzt der AXA Winterthur, vom 27. September 2015. Dieser habe eine Anpassungsstörung mit gemischter Störung von Gefühlen und Sozialverhalten bei Arbeitskonflikt (ICD-10 F43.25, Z56) mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit diagnostiziert. Er sei davon ausgegangen, dass der Versicherte aufgrund eines Arbeitsplatzkonflikts (bei der C._ AG) bis zum Ende der Kündigungsfrist (Ende August 2015) zu 100 % arbeitsunfähig bleiben werde. Danach sei eine rasche Wiedereingliederung mit Unterstützung der IV indiziert, um eine Chronifizierung der Beschwerden zu vermeiden. Eine weitere Verlaufsuntersuchung sei in drei bis vier Monaten indiziert. Es sei somit willkürlich und unhaltbar - so der Beschwerdeführer weiter -, dass PD Dr. med. E._ angenommen habe, laut H._ habe aus psychiatrischer Sicht keine Arbeitsunfähigkeit bestanden.
8.2. PD Dr. med. E._ hat zu Recht auf die Einschätzung des H._ verwiesen, wonach der Versicherte nicht an einer langfristig relevanten psychischen Erkrankung leide; seine psychischen Beschwerden seien reaktiv auf eine Arbeitsplatz-Konfliktsituation entstanden. Wenn PD Dr. med. E._ diese Aussage dahingehend interpretierte, dass ausserhalb des konkreten Arbeitsplatzes keine Arbeitsunfähigkeit bestehe, ist dies korrekt. An dieser Einschätzung ändert nichts, dass Dr. med. H._ eine Abklärung in drei bis vier Monaten als indiziert erachtete.
9.
9.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, RAD-Arzt med. pract. G._ habe in den Stellungnahmen vom 24. Februar 2016 und 20. Februar 2017 den Befund der F._ einer mittelgradig depressiven Episode als nachvollziehbar erachtet. Somit sei ihre Einschätzung geeignet, die Überzeugungskraft des Gutachtens des PD Dr. med. E._ in Frage zu stellen.
Diesem Einwand ist entgegen zu halten, dass med. pract. G._ in der Stellungnahme vom 20. Februar 2017 ausführte, die Fragen der IV-Stelle könnten zur Zeit noch nicht beantwortet werden. Es werde ein bidisziplinäres psychiatrisches und orthopädisches oder rheumatologisches Gutachten empfohlen. In der Stellungnahme vom 13. Dezember 2017 erachtete er das Gutachten des PD Dr. med. E._ vom 16. Juni 2017 samt Ergänzung vom 13. November 2017 als schlüssig (zur Aufgabe des RAD, die Leistungsfähigkeit der versicherten Person zu beurteilen vgl. Art. 59 Abs. 2 und 2 bis IVG; Art. 49 IVV; BGE 137 V 210 E. 1.2.1 S. 219, 135 V 254 E. 3.3.2 S. 257; SVR 2011 IV Nr. 2 S. 7, 9C_904/2009 E. 2.2).
9.2. In diesem Lichte vermag der Versicherte auch aus dem Bericht des Eingliederungsberaters I._ über das Gespräch vom 10. März 2016 nichts zu seinen Gunsten abzuleiten. Gleiches gilt für sein Vorbringen, die behandelnden Psychotherapeuten hätten ihm nicht derart starke Medikamente (Trittico, Cymbalta und Prazine) verschrieben, wenn er nicht unter eine schweren Depression leiden würde. Auch der Bericht der K._ AG, vom 11. Oktober 2016 über das von der IV-Stelle finanzierte, vom 11. April bis 9. Oktober 2016 dauernde Belastbarkeitstraining- und Aufbautraining des Versicherten vermag das Gutachten des PD Dr. med. E._ nicht zu entkräften, zumal er diesen Bericht berücksichtige.
10.
Da von weiteren Abklärungen keine entscheidrelevanten Ergebnisse zu erwarten sind, durfte die Vorinstanz darauf verzichten. Dies verstösst weder gegen den Untersuchungsgrundsatz (Art. 61 lit. c ATSG) noch gegen die Ansprüche auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie freie Beweiswürdigung und Beweisabnahme (antizipierte Beweiswürdigung; BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236; Urteil 8C_553/2018 vom 12. Dezember 2018 E. 10). Nach dem Gesagten ist es im Ergebnis weder in tatsächlicher Hinsicht offensichtlich unrichtig noch anderweitig bundesrechtswidrig, dass die Vorinstanz hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers auf das Gutachten des PD Dr. med. E._ und des D._ vom 13./16. Juni 2017 abstellte (vgl. E. 3.2 hiervor; nicht publ. E. 6.3 des Urteils BGE 141 V 25, veröffentlicht in: SVR 2015 KV Nr. 8 S. 29, 9C_535/2014; Urteil 8C_701/2018 vom 28. Februar 2019 E. 6.4). Eine willkürliche Beweiswürdigung der Vorinstanz liegt ebenfalls nicht vor.
11.
Den vorinstanzlichen Einkommensvergleich, der einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 29 % ergab, bemängelt der Versicherte nicht. Weiterungen hierzu erübrigen sich somit.
12.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Sammelstiftung L._ schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Mai 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar