Erwägungen:
1.
Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau entzog A._ mit Vollstreckungsentscheid vom 28. Januar 2021 den Führerausweis für die Dauer von zwei Monaten vom 26. März 2021 bis und mit 25. Mai 2021. Dagegen erhob A._ am 11. Februar 2021 Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau forderte sie mit Verfügung vom 15. Februar 2021 zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 800.-- auf. Da innert Frist der Kostenvorschuss nicht geleistet wurde, setzte das Verwaltungsgericht A._ mit Verfügung vom 3. März 2021 eine letzte Frist zur Bezahlung des Kostenvorschusses, ansonsten auf ihre Beschwerde nicht eingetreten werde. Mit Schreiben vom 9. März 2021 beantragte A._, es sei ihr der Kostenvorschuss zu erlassen oder allenfalls der einverlangte Betrag zu reduzieren bzw. eine Ratenzahlung zu bewilligen. Der instruierende Verwaltungsrichter teilte ihr mit Schreiben vom 10. März 2021 mit, dass ihrem Gesuch nicht entsprochen werden könne. Sie sei verpflichtet, entweder den Kostenvorschuss innert Frist zu bezahlen oder ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege zu stellen, ansonsten auf die Beschwerde nicht eingetreten werde. Da innert Frist weder der Kostenvorschuss geleistet noch ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wurde, trat das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau androhungsgemäss mit Urteil vom 16. April 2021 auf die Beschwerde nicht ein und legte den Vollzugstermin neu auf den 24. Mai 2021 fest.
2.
A._ führt mit Eingabe vom 29. April 2021 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 136 I 49 E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Grundrechte verstossen soll.
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit der Begründung, die zum Nichteintreten auf ihre Beschwerde führte, überhaupt nicht auseinander. Sie vermag somit nicht aufzuzeigen, inwiefern diese Begründung des Verwaltungsgerichts bzw. dessen Urteil selbst rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Formerfordernissen offensichtlich nicht, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten ist.
4.
Auf eine Kostenauflage ist zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli