Sachverhalt:
A.
A._ AG wurde am 15. April 2007 in der Stadt Zürich gegründet und wird von den Eheleuten B.C._ und C.C._ beherrscht. Sie bezweckt die Erbringung von Vermögensberatungs-, Vermögensverwaltungs- und Anlageberatungsdienstleistungen, die Entwicklung von Finanzprodukten sowie das Erbringen von unterstützenden Dienstleistungen im Bereich der allgemeinen Finanz- und Vermögensberatung. Am 17. Dezember 2008 verlegte A._ AG ihren zivilrechtlichen Sitz nach U._/OW. Ihre Infrastruktur in Zürich behielt sie bei.
Für die Steuerperioden 2009 und 2010 beantragte A._ AG, dass 32.5 % des Gewinns auf den neuen Sitzkanton auszuscheiden sei. Der Kanton Obwalden entsprach diesem Antrag mit Steuerausscheidungen vom 8. Februar 2011 bzw. vom 6. Februar 2013.
Nach einer Buchprüfung im Januar 2012 deutete das Steueramt des Kantons Zürich an, dass es den Sitz im Kanton Obwalden ignorieren und auf der Besteuerung sämtlicher Steuerfaktoren in Zürich beharren würde. In der Folge reichte A._ AG mehrere Schreiben und Beweismittel (unter anderem Fotografien der Räumlichkeiten in U._) ein. Am 27. März 2013 fand sodann ein vorangekündigter Augenschein in U._ statt. Am 26. August 2013 erliess das Steueramt des Kantons Zürich Einschätzungsentscheide für die Steuerperioden 2009 und 2010, in welchen sie wie angekündigt keine Steuerfaktoren nach Obwalden ausschied, sondern Gewinn und Kapital umfassend besteuerte. Ausserdem rechnete das Steueramt des Kantons Zürich gewisse Aufwandpositionen als geschäftsmässig unbegründet auf.
B.
Am 30. September 2013 erhob A._ AG Einsprache gegen die beiden Einschätzungsentscheide. Kurz darauf reichte A._ AG eine Aufsichtsbeschwerde sowie ein Ausstandsgesuch gegen den verfahrensführenden Steuerkommissär ein. Sowohl die Aufsichtsbeschwerde als auch das Ausstandsgesuch wurden abgewiesen. Auch die anschliessend hiergegen ergriffenen Rechtsmittel blieben erfolglos. Hingegen hiess das Steueramt des Kantons Zürich am 30. Mai 2016 die Einsprache teilweise gut, beharrte aber weiterhin darauf, Gewinn und Kapital der A._ AG umfassend zu besteuern.
Am 4. Juli 2016 erhob A._ AG beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich Rekurs gegen den Einspracheentscheid. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich wies den Rekurs mit Entscheid vom 19. Dezember 2016 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 31. Mai 2017 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Juli 2017 beantragt A._ AG die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Beschränkung der Steuerhoheit des Kantons Zürich für die Steuerperioden 2009 und 2010 auf eine Betriebsstätte (unter Berücksichtigung der durch die Steuerverwaltung Obwalden vorgenommenen interkantonalen Steuerausscheidung). Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Abklärung der tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Veranlagung des Kantons Obwalden für die Steuerperioden 2009 und 2010 aufzuheben und die damit verbundene Doppelbesteuerung zu beseitigen sowie die kantonalen und kommunalen Steuerbehörden anzuweisen, die bezahlten Steuern zurückzuerstatten.
Die Vorinstanz und das Steueramt haben sich vernehmen lassen und beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Die Steuerverwaltung des Kantons Obwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Steuerpflichtige gemäss Art. 73 Abs. 2 Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte kann auch eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mit angefochten werden (Art. 100 Abs. 5 BGG), obwohl es sich dabei in der Regel nicht um ein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt (BGE 133 I 308 E. 2.4 S. 313; 133 I 300 E. 2.4 S. 307). Im vorliegenden Fall richtet sich die Beschwerde gegen ein Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich. Die Beschwerdeführerin stellt den Subeventualantrag, dass die Veranlagung des Kantons Obwalden für die Steuerperioden 2009 und 2010 aufzuheben sei und die im Kanton Obwalden bezahlten Steuern zurückzubezahlen seien. Damit gelten die Veranlagungsverfügungen des Kantons Obwalden für die Steuerperioden 2009 und 2010 als mit angefochten und richtet sich die vorliegende Beschwerde materiell auch gegen den Kanton Obwalden.
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht nach Art. 106 Abs. 1 BGG von Amtes wegen an, prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144; 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Insbesondere ist es nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots (BGE 143 II 459 E. 2.1 S. 465; 134 II 207 E. 2 S. 210).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil nach Art. 105 Abs. 1 BGG den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die vorinstanzlichen Feststellungen können gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig ermittelt worden sind (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 137 II 353 E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.). Die beschwerdeführende Partei hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen. Wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18).
2.
2.1. Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Im vorliegenden Fall beansprucht der Kanton Zürich die ausschliessliche Steuerhoheit für Gewinn und Kapital der Beschwerdeführerin, obschon die Beschwerdeführerin bereits im Kanton Obwalden rechtskräftig veranlagt worden ist. Daraus ergibt sich eine aktuelle Doppelbesteuerung für die Steuerperioden 2009 und 2010.
2.2. Juristische Personen sind nach Art. 20 Abs. 1 StHG einem Kanton gegenüber persönlich zugehörig und deshalb unbeschränkt steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung auf dem Gebiet dieses Kantons befindet. Als Sitz einer Aktiengesellschaft gilt der Ort, den die Statuten als solchen bezeichnen (Art. 626 Ziff. 1 OR in Verbindung mit Art. 56 ZGB). Die tatsächliche Verwaltung liegt am Ort, wo die Fäden der Geschäftsführung zusammenlaufen, die wesentlichen Unternehmensentscheide fallen, die normalerweise am Sitz sich abspielende Geschäftsführung besorgt wird und die Gesellschaft ihren wirklichen, tatsächlichen Mittelpunkt ihrer ökonomischen Existenz hat (BGE 54 I 301 E. 2 S. 308; 50 I 100 E. 2 S. 103; 45 I 190 E. 4 S. 204; Urteile 2C_483/2016, 2C_484/2016 vom 11. November 2016 E. 3; 2C_1086/2012, 2C_1087/2012 vom 16. Mai 2013 E. 2.1 in: StE 2013 B 11.1 Nr. 24; Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBl 1983 III S. 108). Die so verstandene tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person ist abzugrenzen von der blossen administrativen Verwaltung einerseits und der Tätigkeit der obersten Gesellschaftsorgane andererseits, soweit sie sich auf die Ausübung der Kontrolle über die eigentliche Geschäftsleitung und gewisse Grundsatzentscheide beschränkt (Urteile 2C_1086/2012, 2C_1087/2012 vom 16. Mai 2013 E. 2.2 in: StE 2013 B 11.1 Nr. 24; 2A.321/2003 vom 4. Dezember 2003 E. 3.1 in: ASA 75 S. 294, StE 2005 B 71.31 Nr. 1).
2.3. Befinden sich der Sitz und die tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person in unterschiedlichen Kantonen und beanspruchen deshalb mehrere Kantone die Steuerhoheit wegen persönlicher Zugehörigkeit der juristischen Person im Sinne von Art. 20 Abs. 1 StHG, ist der Konflikt nach den Grundsätzen des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung zu lösen. Diese Grundsätze sind der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV bzw. Art. 46 Abs. 2 aBV zu entnehmen.
2.3.1. In seiner frühesten Praxis zu Art. 46 Abs. 2 aBV hatte sich das Bundesgericht dem Problem noch auf der Ebene der Ausscheidung angenommen. So wies es dem Sitzkanton im Rahmen der Ausscheidung 10 Prozent des Gewinns zu, wenn der Verwaltungsratspräsident am Sitz wohnte und dort eine gewisse Geschäftstätigkeit stattfand (BGE 37 I 35 S. 36 f.). Hingegen wurde dem Sitzkanton kein Gewinn zur Besteuerung ausgeschieden, wenn der bloss formelle Sitz für den gewinnträchtigen Geschäftsbetrieb der juristischen Person völlig unerheblich gewesen war (BGE 44 I 123 E. 3 S. 132).
2.3.2. Bald ging das Bundesgericht jedoch dazu über, den Konflikt auf der Ebene der Steuerhoheit und damit des (Haupt-) Steuerdomizils zu lösen (siehe den Leitentscheid in Sachen Aktiengesellschaft Columbus vom 27. Juni 1919, BGE 45 I 190 E. 3 S. 203; sodann BGE 55 I 84 E. 2 S. 94 ff.; 54 I 301 E. 2 S. 308; 50 I 100 E. 2 S. 103 f.; 45 I 190 E. 3 S. 203 und E. 4 S. 204 f.; siehe ferner BGE 85 I 91 E. 2 S. 99). Ähnlich wie bei den natürlichen Personen sollte das Hauptsteuerdomizil der juristischen Personen dort zu liegen kommen, wo sich der wirkliche, tatsächliche Mittelpunkt ihrer ökonomischen Existenz befindet und nicht am willkürlich gewählten formellen Sitz (BGE 54 I 301 E. 2 S. 308; 45 I 190 E. 3 S. 202 f.). Dieser Mittelpunkt befand sich an jenem Ort, an welchem die Geschäftsführung oder Verwaltung tatsächlich lokalisiert war (BGE 45 I 190 E. 4 S. 204). Hiervon war auch dann nicht abzuweichen, wenn die Generalversammlungen und (wenige) Verwaltungsratssitzungen am Sitz durchgeführt worden waren (BGE 50 I 100 E. 2 S. 104). An diesen früh gezogenen Leitlinien hielt das Bundesgericht fortan jahrzehntelang fest (siehe etwa Urteile 2P.135/2001 vom 6. November 2001 E. 2 in: StE 2002 A 24.22 Nr. 4; 2P.160/1997 vom 29. April 1999 E. 2 in: StE 1999 A 24.22 Nr. 3; P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3 in: ASA 56 S. 85, StE 1986 A 24.22 Nr. 2; P.1428/1980 vom 22. Juni 1984 E. 2.b) in: StE 1984 A 24.22 Nr. 1; Urteil vom 16. Mai 1962 E. 3.a) in: ASA 32 S. 174; weitere Urteile auszugsweise zitiert oder zusammengefasst bei LOCHER/ LOCHER, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, Teil III Band 2, § 4 I B).
2.3.3. Seit dem Ablauf der Umsetzungsfrist am 31. Dezember 2000 (Art. 72 Abs. 1 StHG) kann eine juristische Person nach Art. 20 Abs. 1 StHG bloss dann einem Kanton persönlich zugehörig und damit unbeschränkt steuerpfichtig sein, wenn sich entweder ihr (formeller) Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung dort befindet. Anders als noch unter den vorharmonisierten kantonalen Steuerrechtsordnungen kann ein interkantonaler Konflikt um die unbeschränkte Steuerhoheit deshalb heute nur noch auftreten, wenn ein Kanton behauptet, die tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person zu beherbergen, die ihren zivilrechtlichen Sitz in einem anderen Kanton hat. Im Verhältnis zur potentiell steuerpflichtigen juristischen Person ist es gemäss der aus Art. 8 ZGB abgeleiteten Normentheorie (siehe dazu Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2018 E. 8.3.1, zur Publikation vorgesehen; BGE 142 II 488 E. 3.8.2 S. 508; 140 II 248 E. 3.5 S. 252) an diesem letzteren Kanton, die Tatsachen zu beweisen, welche die tatsächliche Verwaltung der juristischen Person auf seinem Gebiet und damit ihre persönliche Zugehörigkeit und subjektive Steuerpflicht ihm gegenüber begründen.
2.3.4. Ungeachtet der Harmonisierung des steuerpflichtbegründenden kantonalen Steuerrechts hat das Bundesgericht seine bisherige Rechtsprechung im Bereich des interkantonalen Steuerrechts auch nach dem 31. Dezember 2000 fortgesetzt (siehe Urteile 2C_848/2017 vom 7. September 2018 E. 3.2; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 2.1; 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1; 2P.6/2007 vom 22. Februar 2008 E. 2.2 in: StE 2009 A 24.22 Nr. 6; 2P.120/2006 vom 15. Dezember 2006 E. 3.1 in: RDAF 2006 II S. 533, StR 62/2007 S. 299; 2P.317/2004 vom 11. Oktober 2005 E. 3.1). Danach befindet sich das Hauptsteuerdomizil weiterhin grundsätzlich am Sitz der juristischen Person. Davon ist abzuweichen, wenn dem Sitz im anderen Kanton ein Ort gegenübersteht, an dem die normalerweise am statutarischen Sitz sich abspielende Geschäftsführung und Verwaltung, d.h. die leitende Tätigkeit, in Wirklichkeit vor sich geht (Urteile 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 2.1; 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1; siehe für dieselbe Formulierung bereits BGE 45 I 190 E. 3 S. 203 f.; siehe auch BGE 55 I 84 E. 1 S. 92; 54 I 301 E. 2 S. 308; 50 I 100 E. 2 S. 103; Urteile 2P.135/2001 vom 6. November 2001 E. 2.a) in: StE 2002 A 24.22 Nr. 4; 2P.160/1997 vom 29. April 1999 E. 2 in: StE 1999 A 24.22 Nr. 3; P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3 in: ASA 56 S. 85, StE 1986 A 24.22 Nr. 2; Urteil vom 16. Mai 1962 E. 3.a) in: ASA 32 S. 17).
2.3.5. Die Lehre hat die bundesgerichtliche Praxis teilweise so verstanden, dass die Steuerhoheit des Sitzkantons im interkantonalen Verhältnis jener des Kantons der tatsächlichen Verwaltung grundsätzlich vorgehe. Davon werde erst und nur dann zugunsten des Kantons der tatsächlichen Verwaltung abgewichen, wenn dem Sitz bloss formelle Bedeutung zukomme und er als gleichsam künstlich geschaffen erscheine (siehe etwa SARAH DAHINDEN, Die Abschirmwirkung ausländischer Gesellschaften im schweizerischen Gewinnsteuerrecht, 2003, S. 58 f.; HEILINGER/MAUTE, Der Begriff der tatsächlichen Verwaltung im interkantonalen und internationalen Verhältnis bei den direkten Steuern, StR 63/2008 S. 747 ["Briefkastendomizil"]; MARCEL R. JUNG, Hauptsteuerdomizil juristischer Personen: International und Interkantonal, EF 2017 S. 171; PETER LOCHER, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 4. Aufl. 2015, S. 47; OESTERHELT/SCHREIBER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, StHG, 3. Aufl. 2017, N. 31 zu Art. 20 StHG; STÉPHANE RIGO, Double imposition intercantonale des personnes morales, un risque?, TREX 2012 S. 357; ZWEIFEL/HUNZIKER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, N. 5 zu § 8; relativierend DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2. Aufl. 2013, S. 131; a.M. PETER ATHANAS, Die Steuerausscheidung bei interkantonalen Fabrikationsunternehmungen, 1988, S. 13; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, N. 12 zu § 9 S. 213; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, L'assujettissement des personnes morales, ASA 61 S. 348).
2.3.6. In einem Einzelfall, der im Übrigen nicht das interkantonale Steuerrecht, sondern den Veranlagungsort für die direkte Bundessteuer zum Gegenstand hatte, hat sich das Bundesgericht zwar tatsächlich in diese Richtung geäussert (Urteil 2A.196/2001 vom 13. Mai 2002 E. 3.2 in: ASA 72 S. 304, StE 2002 B 91.3 Nr. 3); anderswo hat es Ähnliches angedeutet (Urteile 2C_848/2017 vom 7. September 2018 E. 3.2; 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1; 2P.317/2004 vom 11. Oktober 2005 E. 3.3). Eine Gesamtschau der Rechtsprechung zum Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung zeigt jedoch, dass das Bundesgericht das Hauptsteuerdomizil seit BGE 45 I 190 im Konfliktfall nur dann dem Sitzkanton zuerkannte, wenn die juristische Person tatsächlich dort geleitet worden war (Urteil 2P.6/2007 vom 22. Februar 2008 E. 3.4.4 in: StE 2009 A 24.22 Nr. 6) bzw. nicht bewiesen war, dass die Aktivitäten im andern Kanton die Qualität der tatsächlichen Verwaltung erreicht hatten (Urteil P.1428/1980 vom 22. Juni 1984 E. 2.b) in: StE 1984 A 24.22 Nr. 1). War hingegen festgestellt, dass die tatsächliche Verwaltung im andern Kanton besorgt worden war, befand sich das Hauptsteuerdomizil immer dort (Urteile 2C_848/2017 vom 7. September 2018 E. 4.1 und E. 4.2.4; 2C_431/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 2.3; 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.2; 2P.317/2004 vom 11. Oktober 2005 E. 3.3; vor dem Steuerharmonisierungsgesetz: BGE 55 I 84 E. 2 S. 94; 54 I 301 E. 2 S. 311 f.; 50 I 100 E. 2 S. 103 f.; 45 I 190 E. 3 S. 201 ff.; Urteile 2P.135/2001 vom 6. November 2001 E. 2.a) in: StE 2002 A 24.22 Nr. 4; 2P.160/1997 vom 29. April 1999 E. 2.b) in: StE 1999 A 24.22 Nr. 3; P.1457/1984 vom 5. September 1985 E. 3.b) in: ASA 56 S. 85, StE 1986 A 24.22 Nr. 2). Wenn die juristische Person von einem anderen Kanton aus geleitet wurde, aber am Sitz mehr als einen Briefkasten unterhielt, konnte dies unter Umständen ein sekundäres, nicht aber das primäre Steuerdomizil begründen (Urteil vom 16. Mai 1962 E. 3.a) in: ASA 32 S. 174).
Somit ist das Bundesgericht mindestens im Resultat nie vom Grundsatz abgewichen, den es bereits im Leitentscheid vom 27. Juni 1919 in Sachen Aktiengesellschaft Columbus aufgestellt hatte. Danach liegt das Hauptsteuerdomizil einer juristischen Person ähnlich wie bei natürlichen Personen am tatsächlichen Mittelpunkt ihres Eigenlebens (BGE 45 I 190 E. 4 S. 204). Damit kann nunmehr unter der Herrschaft des Steuerharmonisierungsgesetzes nichts anderes mehr gemeint sein als der Ort der tatsächlichen Verwaltung der juristischen Person. Das bedeutet, dass die juristische Person zwar nach kantonalem Steuerrecht an ihrem Sitz nach Art. 20 Abs. 1 StHG unbeschränkt steuerpflichtig ist, selbst wenn sie dort nur einen Briefkasten unterhält. Das Hauptsteuerdomizil des interkantonalen Steuerrechts liegt hingegen immer und ausschliesslich am Ort der tatsächlichen Verwaltung. Wie sich Art. 56 ZGB entnehmen lässt, geht der Gesetzgeber zwar davon aus und entspricht es der allgemeinen Lebenserfahrung, dass dieser Ort mit dem zivilrechtlichen Sitz zusammenfällt. Gelingt einem andern Kanton aber der Beweis, dass sich der Ort der tatsächlichen Verwaltung auf seinem Gebiet und nicht im Sitzkanton befand, ist dem Sitzkanton die unbeschränkte Steuerhoheit über die juristische Person entzogen (PETER ATHANAS, Die Steuerausscheidung bei interkantonalen Fabrikationsunternehmungen, 1988, S. 13; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, N. 12 zu § 9 S. 213; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, L'assujettissement des personnes morales, ASA 61 S. 348).
3.
3.1. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz hatten im vorliegenden Fall in den Steuerperioden 2009 und 2010 sämtliche Angestellten und die beiden Aktionäre ihre Wohnadresse im Raum Zürich. Daraus schloss die Vorinstanz, dass die Angestellten ihre Tätigkeiten in den Geschäftsräumlichkeiten an zentraler und repräsentativer Lage in der Stadt Zürich ausübten. Die Beschwerdeführerin hatte die Räumlichkeiten zunächst im Untermietverhältnis von einer verbundenen Gesellschaft gemietet, sei jedoch am 5. Mai 2010 selbst in das Mietverhältnis zur Hauptvermieterin eingetreten. Zudem habe sie mit Mietvertrag vom 13. April 2010 weitere Büroräumlichkeiten im selben Gebäude hinzugemietet.
In U._/OW hatte die Beschwerdeführerin zwar ebenfalls Räumlichkeiten gemietet, die überdies tatsächlich auch benutzt worden seien. Allerdings sei unklar geblieben, in welchem Ausmass und zu welchem Zweck sie verwendet worden seien. Die Beschwerdeführerin hätte zwar behauptet, dass in U._ Sitzungen strategischer Art und solche mit Kunden stattgefunden hätten. Jedoch sei es der Beschwerdeführerin nicht gelungen, diese Behauptung hinsichtlich der Anzahl der Sitzungen, ihres Inhalts und ihrer Teilnehmer zu substanziieren, geschweige denn zu beweisen. Personal sei in U._ frühestens ab dem 1. Januar 2011, also erst nach den vorliegend relevanten Steuerperioden, tätig gewesen. Die Vorinstanz erachtete es sodann für die Festlegung des Steuerdomizils für unerheblich, dass von U._ aus Einladungen versendet worden seien. Ebenso für nicht entscheidend hielt sie den Umstand, dass die Generalversammlungen und Sitzungen des Verwaltungsrats in U._ abgehalten worden seien.
Die Beschwerdeführerin weicht in ihrer Darstellung des Sachverhalts zwar punktuell von jener der Vorinstanz ab. Da sie aber nicht aufzeigt, dass die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig gewesen wäre, sind diese Abweichungen nach Art. 97 Abs. 1 BGG unbeachtlich und ist das Bundesgericht an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.2. Aus dieser Sachlage schloss die Vorinstanz, dass in Zürich die Fäden der Geschäftsführung der Beschwerdeführerin zusammenliefen und sich die tatsächliche Verwaltung der Beschwerdeführerin deshalb in den relevanten Steuerperioden in Zürich befunden habe. Obschon es sich bei den Räumlichkeiten in U._ um mehr als ein blosses Briefkastendomizil gehandelt habe, genüge die in U._ ausgeübte Geschäftstätigkeit jedenfalls nicht, um ein Hauptsteuerdomizil zu begründen.
3.3. Die Feststellungen der Vorinstanz lassen in der Tat keinen anderen Schluss zu, als dass der Ort der tatsächlichen Verwaltung der Beschwerdeführerin in den Steuerperioden 2009 und 2010 in Zürich lag. Die leitenden und auch sämtliche übrigen Angestellten der Beschwerdeführerin übten zumindest ganz überwiegend ihre Tätigkeiten in Zürich aus, von dort wurden die laufenden Geschäfte geführt und dort befand sich demnach die wirkliche Leitung der Gesellschaft. Die von der Beschwerdeführerin behaupteten und teilweise bewiesenen oder zumindest nicht bestrittenen Aktivitäten in U._ (Generalversammlungen, Verwaltungsratssitzungen, gewisse administrative Tätigkeiten) erreichen keine damit vergleichbare Bedeutung. Stand dem zivilrechtlichen Sitz in U._ ein Ort der tatsächlichen Verwaltung in Zürich gegenüber, hat die Vorinstanz das Hauptsteuerdomizil zu Recht dem Kanton Zürich zuerkannt und brauchte jedenfalls unter diesem Titel dem Kanton Obwalden keine Steuerfaktoren zu überlassen.
4.
4.1. Weiter hat die Vorinstanz erkannt, dass in U._ mangels qualitativer und quantitativer Erheblichkeit der dortigen Aktivitäten keine Betriebsstätte im Sinne des interkantonalen Steuerrechts vorgelegen habe. Dementsprechend hätte sich dort auch kein sekundäres Steuerdomizil befunden und seien auch unter diesem Titel keine Steuerfaktoren an den Kanton Obwalden auszuscheiden.
4.2. Mit diesem Aspekt des vorinstanzlichen Urteils setzt sich die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift nicht auseinander. Sie macht zwar einige Ausführungen zum Thema Betriebsstätte, bezieht diese jedoch ausschliesslich auf den Standort in Zürich. Insbesondere macht sie nicht geltend, dass die Aktivitäten in U._ entgegen dem vorinstanzlichen Urteil quantitativ und qualitativ erheblich gewesen wären und eine Betriebsstätte im Sinne des interkantonalen Steuerrechts begründet hätten. Der Kanton Obwalden, der die Steuerhoheit über die Beschwerdeführerin beansprucht hat und dementsprechend von dieser Rechtsfrage ebenfalls betroffen ist, hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Haben sich weder die Beschwerdeführerin noch der Kanton Obwalden in einer Art. 42 Abs. 2 BGG genügenden Art und Weise mit dieser Rechtsfrage auseinandergesetzt, braucht sich auch das Bundesgericht damit nicht weiter zu befassen. Es bleibt deshalb bei der Erkenntnis der Vorinstanz, zumal ihre rechtliche Argumentation jedenfalls nicht geradezu offensichtlich mangelhaft ist (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254).
5.
Neben ihrem Hauptantrag stellt die Beschwerdeführerin einen Eventualantrag auf Aufhebung und Rückweisung an die Vorinstanz. Wozu dieser angesichts des spruchreifen Sachverhalts dienen soll, begründet die Beschwerdeführerin indes nicht. Darauf ist nach Art. 42 Abs. 2 BGG nicht weiter einzugehen.
6.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde gegen das Urteil der Vorinstanz als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf ein-getreten werden kann. Gutzuheissen ist hingegen die Beschwerde gegen die bereits rechtskräftige Veranlagung des Kantons Obwalden für die Steuerperioden 2009 und 2010, da insoweit ein Verstoss gegen Art. 127 Abs. 3 BV vorliegt. Die bereits bezahlten Steuern sind der Beschwerdeführerin zurückzuerstatten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens alleine der Beschwerdeführerin aufzuerlegen, die mit ihrem Hauptantrag unterliegt (Art. 66 Abs. 1 BGG; Urteil 2C_311/2014 vom 30. April 2015 E. 4.2). Dem Kanton Zürich als obsiegender Partei steht nach Art. 68 Abs. 3 BGG keine Parteientschädigung zu.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde gegen den Kanton Zürich wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde gegen den Kanton Obwalden wird gutgeheissen. Der Kanton Obwalden wird angewiesen, die Veranlagung der kantonalen und kommunalen direkten Steuern der Beschwerdeführerin für die Steuerperioden 2009 und 2010 aufzuheben und die bereits bezogenen Steuern zurückzuerstatten.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, der Kantonalen Steuerverwaltung Obwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler