Faits :
A.
Par jugement du 28 janvier 2015, le Tribunal criminel du Littoral et du Val-de-Travers a condamné X._ à une peine privative de liberté de six ans, dont à déduire 272 jours de détention provisoire subis, pour lésions corporelles (art. 123 ch. 2 CP), voies de fait (art. 126 al. 2 let. b CP), menaces (art. 180 CP), contrainte (art. 181 CP), séquestration (art. 183 CP), contraintes sexuelles (art. 189 CP) et viol (art. 190 CP). Il a ordonné l'arrestation immédiate du condamné et sa mise en détention pour des motifs de sûreté. Sur le plan civil, il a arrêté l'indemnité pour tort moral due à la victime à 15'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 23 juin 2013.
B.
B.a. Par jugement d'appel du 3 février 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a partiellement admis l'appel formé par X._ et modifié le jugement attaqué en ce sens qu'elle a reconnu X._ coupable de lésions corporelles (art. 123 ch. 2 CP), de voies de fait (art. 126 al. 2 let. b CP), de contrainte (art. 181 CP), de séquestration (art. 183 CP) et de viol (art. 190 CP) et l'a condamné à une peine privative de liberté de cinq ans, dont à déduire 272 jours de détention provisoire subis, maintenant le jugement de première instance pour le surplus.
En bref, elle a retenu les faits suivants:
X._ a exercé sur son épouse des violences conjugales et des sévices sexuels et corporels, à réitérées reprises, pendant près de 18 mois. Il lui a fait subir de nombreux actes de contrainte, de lésions corporelles simples et de viols. Les actes de violence ont atteint leur paroxysme le 29 mai 2013. Après avoir rêvé qu'elle le trompait, X._ a séquestré son épouse au domicile conjugal. Il l'a attachée, frappée et fait subir des lésions corporelles simples, notamment en lui plantant des aiguilles à coudre dans la tête, sur les bras et dans le dos. Le 22 juin 2013, il l'a forcée à entretenir un rapport sexuel auquel elle s'était clairement refusée. Le lendemain, il s'est rendu sur son lieu de travail, à A._. Estimant qu'un client se trouvait trop près d'elle, il lui a téléphoné pour lui ordonner de quitter son travail dans les dix minutes. Ensuite, il a obligé sa femme à suivre avec lui ce client qui s'en allait de son côté. Il a appelé ce dernier, puis l'a menacé de se battre avec lui, le laissant finalement partir après cinq ou six minutes d'altercation.
Par arrêt du 24 janvier 2017 (arrêt 6B_335/2016), la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours en matière pénale formé par X._ sur la question de la peine, a annulé le jugement d'appel et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Le jugement d'appel était en effet critiquable sur plusieurs points. La cour cantonale n'avait pas exposé pourquoi l'abandon de plusieurs chefs d'inculpation (menaces, contrainte et contrainte sexuelle) n'entraînait aucune diminution de peine; elle avait fixé une peine privative globale de cinq ans, alors qu'elle aurait dû cumuler cette sanction avec une amende pour tenir compte de la condamnation pour voies de fait; elle n'avait pas respecté les règles applicables en cas de diminution de la responsabilité et, enfin, s'agissant de la violation du principe de la célérité, elle devait calculer la réduction de la peine au vu de l'ensemble des circonstances (gravité de l'atteinte aux droits du prévenu, gravité des infractions, intérêts du lésé, complexité de l'affaire) et non réduire la peine de la durée de la prolongation de la procédure.
B.b. A la suite de cet arrêt de renvoi, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rendu un nouveau jugement d'appel le 20 septembre 2017. Par ce jugement, elle a admis partiellement l'appel de X._ et modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle a reconnu ce dernier coupable de lésions corporelles simples (art. 123 ch. 2 CP), de voies de fait (art. 126 ch. 2 let. b CP), de contrainte (art. 181 CP), de séquestration (art. 183 CP) et de viol (art. 190) et l'a condamné à une peine privative de liberté de quatre ans et demi, dont à déduire 272 jours de détention provisoire subis, et à une amende de 300 fr., la peine de substitution en cas de non-paiement fautif de l'amende étant de trois jours.
Par arrêt du 11 juin 2017 (arrêt 6B_1216/2017), la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours en matière pénale formé par X._ sur la question de la peine, a annulé le jugement d'appel et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. La cour cantonale avait certes mentionné les raisons qui l'avaient amenée à maintenir la même peine qu'en première instance malgré l'abandon de divers chefs d'inculpation, mais les explications données étaient inadaptées. Ainsi, elle avait renoncé à réduire la peine privative de liberté au motif que les infractions de menaces et de contrainte entraient en concours avec la séquestration et estimé que l'abandon de ces deux préventions, en raison d'un concours imparfait entre les dispositions précitées, n'avait pas d'incidence sur la fixation de la peine, alors que l'absorption de ces deux infractions par le séquestre excluait l'application de l'art. 49 CP et impliquait nécessairement une réduction de peine; elle avait également refusé de réduire la peine malgré l'abandon des infractions de contrainte et de contrainte sexuelle au motif qu'il s'agissait d'infractions de peu d'importance au regard de l'ensemble des faits reprochés; enfin, comme la cour cantonale avait infligé une amende pour tenir compte du concours avec les voies de fait, elle devait réduire la peine privative de liberté prononcée antérieurement (qui tenait compte du concours avec les voies de fait). Pour le surplus, elle avait rejeté les autres griefs sur la fixation de la peine.
B.c. A la suite de ce nouvel arrêt de renvoi, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rendu un nouveau jugement d'appel le 10 septembre 2018. Par ce jugement, elle a admis partiellement l'appel formé par X._. Elle l'a reconnu coupable de lésions corporelles (art. 123 ch. 2 CP), de voies de fait (art. 126 ch. 2 let. b CP), de contrainte (art. 181 CP), de séquestration (art. 183 CP) et de viol (art. 190 CP) et l'a condamné à une peine privative de liberté de trois ans et dix mois, sous déduction de 272 jours de détention provisoire subis, et à une amende de 300 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à trois jours.
C.
Contre ce dernier jugement, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à la réforme du jugement attaqué en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté de vingt-quatre mois, à une peine pécuniaire de 360 jours-amende et à une amende, la peine privative de liberté et la peine pécuniaire étant suspendue pendant deux ans. Subsidiairement, il demande que le jugement attaqué soit réformé dans le sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté de trente-six mois au plus, dont 272 jours ferme et le solde avec sursis pendant deux ans, à une peine pécuniaire de 360 jours-amende au plus avec sursis pendant deux ans et à une amende. Enfin, plus subsidiairement, il requiert l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
L'autorité de l'arrêt de renvoi, que prévoyaient expressément l'art. 66 al. 1 aOJ et l'art. 277ter al. 2 aPPF, est un principe juridique qui demeure applicable sous la LTF (ATF 135 III 334 consid. 2.1 p. 335).
Conformément à ce principe, l'autorité cantonale à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès (ATF 143 IV 214 consid. 5.2.1 p. 220; 131 III 91 consid. 5.2 p. 94; 104 IV 276 consid. 3d p. 277/278; cf. aussi arrêt 6B_440/2013 du 27 août 2013 consid. 1.1). La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure la cour cantonale est liée à la première décision et fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335). Les parties ne peuvent plus faire valoir, dans un nouveau recours de droit fédéral contre la nouvelle décision cantonale, des moyens que le Tribunal fédéral avait expressément rejetés dans l'arrêt de renvoi (ATF 133 III 201 consid. 4.2 p. 208) ou qu'il n'avait pas eu à examiner, les parties ayant omis de les invoquer dans la première procédure de recours, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire (ATF 111 II 94 consid. 2 p. 95/96; arrêt 6B_187/2015 du 28 avril 2015 consid. 1.1.2).
2.
2.1. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir affirmé que la révision du droit des sanctions n'introduisait pas un régime plus favorable dans le cas concret, sans examiner de manière plus approfondie cette question lors de la fixation de la peine.
La réforme du droit des sanctions du 19 juin 2015 est entrée en vigueur le 1er janvier 2018 (RO 2016 1249). Elle concerne avant tout la peine pécuniaire et le sursis. Le recourant n'explique pas sur quels points les nouvelles dispositions lui seraient plus favorables. Le grief soulevé ne satisfait donc pas aux exigences de motivation posées à l'art. 42 al. 2 LTF. Il est irrecevable.
2.2. Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir respecté les règles sur le concours. Il lui fait notamment grief de ne pas avoir motivé la peine conformément aux exigences de la jurisprudence.
Le Tribunal fédéral a renvoyé la cause à la cour cantonale pour que celle-ci explique les raisons pour lesquelles la peine prononcée par l'autorité de première instance demeurait inchangée malgré l'abandon de certains chefs d'accusation ou pour qu'elle réduise la peine infligée. La cour cantonale devait se prononcer uniquement sur cette question, le Tribunal fédéral ayant rejeté les autres griefs relatifs à la peine. La cour cantonale a corrigé ce point, en fixant une nouvelle peine à trois ans et dix mois. Le recourant ne peut pas maintenant se plaindre que la cour cantonale n'aurait pas respecté les règles sur le concours. Il devait soulever ce grief dans son premier recours. Ce grief est à ce stade irrecevable.
2.3. Le recourant se plaint que la réduction de peine opérée par la cour cantonale est trop basse. En particulier, la peine hypothétique (à savoir la peine fixée avant de prendre en compte les éléments constitutifs subjectifs et ceux propres à l'auteur) serait trop sévère.
Suivant les considérants de l'arrêt de renvoi, la cour cantonale a fixé une nouvelle peine en tenant compte de l'abandon des différentes infractions. Elle a admis que la prévention de contrainte sexuelle ne portait que sur quelques cas, en comparaison avec les actes de violences conjugales, commis à réitérées reprises, pendant 18 mois, et réduit la peine en raison de son abandon. Elle a également tenu compte de l'abandon des préventions de menace et de contrainte (infractions absorbées par l'infraction de séquestration), de l'abandon de la prévention de contrainte (l'élément constitutif de la menace faisant défaut) et du fait que les voies de fait étaient dorénavant punies d'une amende. En conséquence, elle a réduit la peine privative de liberté et fixé la peine hypothétique à cinq ans et quatre mois au lieu de six ans. Tenant compte encore de la diminution de la responsabilité pénale et de la violation du principe de la célérité, elle a considéré qu'une peine de trois ans et dix mois était adéquate. Au vu de l'ensemble des circonstances et notamment de la gravité et de la durée des actes de violence commis sur son épouse, cette peine privative de liberté n'apparaît pas sévère au point que l'on puisse conclure à un abus du pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Les griefs soulevés doivent donc être rejetés.
3.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 28 novembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin