Sachverhalt:
A.
Die A._ AG, Zürich, bezweckt gemäss Handelsregistereintrag die Erbringung von Beratungen im Versicherungs-, Vorsorge- und Finanzbereich für Firmen (KMU) und Privatpersonen. Im Jahr 2013 waren im Handelsregister der Alleinaktionär B._ als einziger Verwaltungsrat mit Einzelunterschrift, C._ und D._ als Direktoren mit Kollektivunterschrift zu zweien sowie E._ ohne Funktionsangabe mit Kollektivunterschrift zu zweien eingetragen. Ende 2012 schloss A._ AG mit der Stiftung F._ zwei Vorsorgepläne ab. Mit dem Anschlussvertrag Nr. 72'240/00 (VP 1), in Kraft seit dem 1. Dezember 2012, wurden diejenigen Arbeitnehmenden, welche dem Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40) unterstanden, mit Ausnahme der Geschäftsleitung versichert. Der versicherte Jahreslohn entspricht dem massgebenden Jahreslohn, begrenzt auf Fr. 250'000.-- und reduziert um den Koordinationsabzug gemäss BVG, mindestens jedoch dem BVG-Mindestlohn. Die Altersgutschriften sind abhängig vom Alter. Die Finanzierung erfolgt zu 40 % durch den Arbeitnehmer und zu 60 % durch den Arbeitgeber. Im Anschlussplan Nr. 72'240/001 (VP 2), gültig ab 1. Dezember 2012, sind alle Mitglieder der Geschäftsleitung ab einer Jahreslohnsumme von Fr. 150'000.-- versichert. Die Altersgutschriften sind unabhängig vom Alter und betragen 25 %. Die Finanzierung erfolgt ebenfalls zu 40 % durch den Arbeitnehmer und zu 60 % durch den Arbeitgeber. Daneben besteht seit dem 2. November mit Wirkung per 1. Dezember 2011 mit der Stiftung G._ für die ausserordentliche berufliche Vorsorge (VP 3) ein Vorsorgeplan, wonach sämtliche Mitglieder der Geschäftsleitung versichert sind, welche über einen gemeldeten, nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1946 über die Alters- und Hinterlassenenversicherung (AHVG; SR 831.10) massgeblichen Lohn von mindestens 565 % der maximalen AHV-Rente verfügen. Als massgeblicher Lohn gilt der gemeldete AHV-Jahreslohn, limitiert auf 3'000 % der maximalen AHV-Rente. Der versicherte Lohn entspricht dem massgeblichen Lohn, abzüglich dem Koordinationsabzug, welcher 565 % der maximalen AHV-Rente entspricht. Die Sparbeiträge sind unabhängig vom Alter und betragen 25 % des versicherten Lohns. Die Sparbeiträge werden zu 70 % vom Arbeitgeber und zu 30 % vom Arbeitnehmer finanziert.
Am 7. Dezember 2015 wurde A._ AG für die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2013 veranlagt, wobei die Arbeitgeberbeiträge für B._ betreffend den Anschlussplan VP 2 und den Vorsorgeplan VP 3 nicht zum Abzug zugelassen wurden. Die dagegen erhobene Einsprache hiess das kantonale Steueramt in vorliegend nicht mehr strittigen Punkten gut, liess jedoch die Arbeitgeberbeiträge für B._ weiterhin nicht zum Abzug zu und veranlagte A._ AG für die Staats- und Gemeindesteuern wie auch die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 181'000.-- und einem steuerbaren Eigenkapital von Fr. 201'000.--.
B.
Mit Entscheid vom 27. April 2017 wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich die dagegen gerichtete Beschwerde bzw. den Rekurs ab. Die Einzelrichterin am Verwaltungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die Verfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuer und direkte Bundessteuer und wies die Beschwerden betreffend die Staats- und Gemeindesteuern und betreffend die direkte Bundessteuer 2013 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Juli 2018 an das Bundesgericht beantragt A._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sei kostenfällig aufzuheben und die Sache sei zur Neuverlegung im Sinne der Erwägungen an das kantonale Steueramt Zürich zurückzuweisen.
Die Vorinstanz, das kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde soweit Eintreten.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz hat betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich der Steuerperiode 2013 und die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2013 ein einziges Urteil gefällt, was bei - wie vorliegend, vgl. unten, E. 4. - inhaltlich übereinstimmender Regelung der zu beurteilenden Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten Recht zulässig ist. Die Beschwerdeführerin hat zulässigerweise nur eine einzige Beschwerdeschrift eingereicht. Das anhängig gemachte Beschwerdeverfahren kann auch vom Bundesgericht in einem einzigen Urteil entschieden werden (BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296; 135 II 260 E. 1.3.1 S. 262; Urteil 2C_380/2010 vom 26. Oktober 2010 E. 1.2, E. 4).
1.2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Beschwerdeschrift einen Antrag zu enthalten. Der gestellte Antrag auf Rückweisung an das kantonale Steueramt zur Festsetzung der Steuerfaktoren ist schon deswegen zulässig, weil das Bundesgericht mangels Festsetzung der massgeblichen Steuerfaktoren im angefochtenen Urteil ohnehin nicht in der Lage wäre, reformatorisch zu entscheiden (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG; BGE 133 III 489 E. 3.1 S. 490, mit weiteren Hinweisen).
1.3. Die Beschwerdeführerin, die am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat und mit ihren Anträgen unterlegen ist, hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung und Abänderung des angefochtenen Urteils (Art. 89 Abs. 1 BGG). Sie ist zur Beschwerde legitimiert und darauf ist einzutreten.
1.4. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und Art. 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280, mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254). Als spezialgesetzliche Bestimmung ermöglicht Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) dem Bundesgericht nicht nur die Prüfung der Vereinbarkeit der kantonalen Gesetzgebung mit den bundesrechtlichen Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes mit freier Kognition (wozu es sich bereits auf Art. 95 BGG stützen könnte), sondern, zur Herstellung der Konkordanz mit dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11), auch die freie Überprüfung der Auslegung und Anwendung von harmonisiertem kantonalem Gesetzesrecht. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteile 2C_693/2014, 2C_694/2014 vom 4. März 2015 E. 2.1; 2C_153/2014 vom 4. September 2014 E. 1.2).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung, die Verletzung von Bundesrecht sowie die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht. Die Vorinstanz habe in ihrer Sachverhaltsfeststellung ausgeführt, im VP 1 seien die BVG-pflichtigen Arbeitnehmer versichert worden, jedoch ohne Mitglieder der Geschäftsleitung. Obwohl die Beschwerdeführerin bereits im Einspracheverfahren darauf hingewiesen habe, dass nur die Mitglieder der Geschäftsleitung mit Lohn grösser als Fr. 150'000.-- ausgeschlossen seien, habe die Vorinstanz die falsche Sachverhaltsfeststellung unreflektiert übernommen. Weiterhin sei die Feststellung der Vorinstanz, im VP 1 sei der versicherte Jahreslohn auf eine Risikoleistung von Fr. 250'000.-- sowie auf eine Altersleistung beschränkt, ebenfalls offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich. Die korrekte Feststellung des Sachverhalts sei wesentlich, weil die Vorinstanz erwogen habe, dass C._ und D._ gar nicht im VP 1 hätten versichert werden dürfen bzw. weil dies im Sinne der Beschwerdeführerin interpretiert bedeute, dass auch für alle anderen Mitarbeiter dieselben Bedingungen betreffend dem versicherten Lohn für die Altersleistung galten wie für den versicherten Herr B._. Die massgeblichen Vorsorgepläne würden sämtliche Voraussetzungen, welche die Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVV 2; SR 831.441.1) aufstelle, erfüllen. Im Übrigen würden auch betriebliche Gründe dafür vorliegen, dass zeitweilig nur Herr B._ in den VP 2 und VP 3 versichert werden konnte. Die Vorinstanz habe anerkannt, dass Herr C._ entgegen den Behauptungen der Steuerrekurskommission sehr wohl die Lohngrenze von Fr. 150'000.-- in der Vergangenheit erreicht habe. So habe er bereits ein Jahr nach Inkrafttreten der Vorsorgepläne VP 1 und VP 2, nämlich im Jahr 2013, diese Grenze überschritten. Der Grund dafür sei, dass in diesen Jahren vorübergehend die Beschwerdeführerin die Autokosten für Herrn C._ übernommen habe und ihm aus diesem Grund unter der Position Privatanteile "Auto" von jeweils Fr. 5'946.-- als AHV-pflichtiger Lohn hinzugerechnet wurde. Da diese Lohnbestandteile nicht regelmässig, sondern nur in diesem Jahr und im Jahr 2011 ausgerichtet worden seien, seien sie gestützt auf die geltenden Vorsorgereglemente, wonach Lohnbestandteile, die nur gelegentlich oder nur vorübergehend anfallen würden, nicht zum massgeblichen Lohn zählten, nicht versichert worden. Deshalb habe Herr C._ die Grenze von Fr. 150'000.-- für die Zwecke der zweiten Säule nicht erreicht und sei dementsprechend auch nicht im VP 2 versichert worden. Im Jahre 2014 habe Herr C._ aufgrund einer Auszahlung eines Bonus die Grenze von Fr. 150'000.-- ebenfalls überschritten; angesichts dessen, dass im Zeitpunkt, zu welchem der massgebliche Lohn berechnet wurde, die Höhe des Bonus noch nicht feststand, sei ein Lohn unter Fr. 150'000.-- gemeldet worden. Aufgrund einer Umstellung der Bonusregelung habe Herr C._ im Jahr 2015 keinen Bonus erhalten und deshalb die massgebliche Schwelle auch nicht überschritten. Im Jahr 2016 habe der Lohn von Herr C._ aber über Fr. 150'000.-- gelegen, weshalb er auch in die neu ausgestaltete Kadervorsorge aufgenommen worden sei. Die Schwelle von Fr. 150'000.-- als massgeblichem Lohn sei aus betrieblichen und sachlichen Gründen gewählt worden, habe doch die Beschwerdeführerin qualifizierte neue Mitarbeiter gesucht, und sollten die neu aufgestellten Kaderpläne einen Anreiz dafür schaffen, Mitarbeiter anzuziehen, welche diesen Lohn erreichen wollten. Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz sei keine auf Herr B._ zugeschnittene Sonderlösung im Sinne einer "à la carte"-Versicherung getroffen worden. Durch die Verneinung der Abzugsfähigkeit der Arbeitgeberbeiträge habe die Vorinstanz die Art. 58 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 59 Abs. 1 lit. b DBG verletzt und § 64 Abs. 1 Ziff. 1 in Verbindung mit § 65 Abs. 1 lit. b des Steuergesetz des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) willkürlich angewandt.
I. Direkte Bundessteuer
3.
3.1. Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn (Art. 57 DBG). Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand einer juristischen Person gehören die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist (Art. 59 Abs. 1 lit. b DBG). Ebenso hält Art. 81 Abs. 1 BVG fest, dass die Beiträge der Arbeitgeber an die Vorsorgeeinrichtung und die Einlagen in die Arbeitgeberbeitragsreserven, einschliesslich derjenigen nach Artikel 65e, bei den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und Gemeinden als Geschäftsaufwand gelten. Als Vorsorgeeinrichtungen im Sinne dieser Bestimmungen sind ausschliesslich Rechtsträger anzusehen, die der kollektiven beruflichen Vorsorge dienen (Urteil 2A.408/2002 vom 13. Februar 2004 E. 2.2). Berufliche Vorsorge umfasst alle Massnahmen auf kollektiver Basis, die den älteren Menschen, den Hinterbliebenen und Invaliden beim Eintreten eines Versicherungsfalles (Alter, Tod oder Invalidität) zusammen mit den Leistungen der eidgenössischen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (AHV/IV) die Fortsetzung der gewohnten Lebenshaltung in angemessener Weise erlauben (Art. 1 Abs. 1 BVG). Gemäss Art. 1 Abs. 3 BVG präzisiert der Bundesrat die Grundsätze der Angemessenheit, der Kollektivität, der Gleichbehandlung, der Planmässigkeit sowie des Versicherungsprinzips. Die Präzisierung dieser Grundsätze ist in den Art. 1-1 h BVV 2 enthalten.
3.2. Keine berufliche Vorsorge in diesem Sinn stellt das blosse Ansammeln eines den Vorsorgenehmern individuell zugeteilten Sparkapitals dar, das im Vorsorgefall ausbezahlt wird (Urteile 2C_745/2016, 2C_748/2016 vom 6. Februar 2017 E. 5.3; 2A.554/2006 vom 7. März 2007; 2A.408/2002 vom 13. Februar 2004 E. 2.2). In einer solchen Konstellation fehlt es regelmässig an einer beruflichen Vorsorge, welche die Grundsätze der Kollektivität und der Gleichbehandlung erfüllt. Um den Grundsatz der Kollektivität einzuhalten, muss die Vorsorgeeinrichtung oder das Vorsorgewerk in ihrem Reglement eines oder mehrere Kollektive von Versicherten vorsehen, und hat die Zugehörigkeit zu einem Kollektiv sich nach objektiven Kriterien zu richten wie insbesondere nach der Anzahl der Dienstjahre, der ausgeübten Funktion, der hierarchischen Stellung im Betrieb, dem Alter oder der Lohnhöhe (Art. 1c Abs. 1 BVV 2). Zwar kann der Grundsatz der Kollektivität auch im Fall der Versicherung einer einzelnen Person eingehalten sein; dies setzt jedoch voraus, dass gemäss Reglement die Aufnahme weiterer Personen grundsätzlich möglich ist (Art. 1c Abs. 2 BVV 2; virtuelle Kollektivität). Die Einhaltung des Grundsatzes der Gleichbehandlung erfordert, dass für alle Versicherten eines Kollektivs die gleichen reglementarischen Bedingungen im Vorsorgeplan gelten (Art. 1f BVV 2).
3.3. Hat eine juristische Person Zuwendungen an Rechtsträger vom Gewinn in Abzug gebracht, welche die oben genannten Anforderungen nicht erfüllen und somit nicht der kollektiven beruflichen Vorsorge dienen, stellt sich die Frage, ob diese Abzüge als nicht geschäftsmässig begründete Zuwendungen an Dritte zum steuerbaren Reingewinn zu zählen sind (Art. 59 Abs. 1 lit. b e contrario DBG; BGE 131 II 593 E. 5.2 S. 609) : Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. b fünfter Spiegelstrich DBG sind Abzüge für offene und verdeckte Gewinnausschüttungen sowie geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte beim steuerbaren Reingewinn aufzurechnen.
3.4. Im angefochtenen Urteil hat die Vorinstanz insbesondere erwogen, VP 2 und VP 3 würden grundsätzlich das Kriterium der (virtuellen) Kollektivität erfüllen, sei doch von einer bestehenden Möglichkeit der Aufnahme weiterer Mitarbeiter in die Kaderpläne auszugehen. Im vorliegenden Fall habe es aber im Machtbereich des Aktionärsdirektors gelegen, die Zusatzleistungen und Bonuszahlungen so zu regeln bzw. den Lohn der übrigen Geschäftsleistungsmitglieder so hoch festzulegen, dass sie ebenfalls in die VP 2 und VP 3 aufgenommen würden, oder die Lohnschwelle für die Aufnahme tiefer anzusetzen. Der Umstand, dass nur Herr B._ angeschlossen gewesen sei, sei auf eine solche im Machtbereich des Aktionärsdirektors liegende Lohnfestsetzung zurückzuführen und somit nicht durch betriebliche Gründe gerechtfertigt gewesen, weshalb diese Vorsorgepläne die Voraussetzung der (effektiven, virtuellen) Kollektivität nicht erfüllen würden. Vielmehr sei aufgrund des Vorgehens darauf zu schliessen, dass eine allein auf ihn zugeschnittene Sonderlösung im Sinne einer "à la carte-Versicherung" abgeschlossen worden sei.
3.5. Das Bundesgericht hat kürzlich entschieden, dass Vorsorgepläne, welche Kriterien enthalten, deren Erfüllung alleine vom Willen des Arbeitgebers abhängen, nicht als objektiv im Sinne von Art. 1c Abs. 1 Satz 2 BVV 2 qualifizieren würden, weshalb in solchen Konstellationen die Voraussetzung der Kollektivität regelmässig nicht erfüllt sei (Urteile 2C_745/2016, 2C_748/2016 vom 6. Februar 2017 E. 6.3, E. 6.5). Die Beschwerdeführerin macht zwar geltend, die Löhne hätten nicht einseitig durch die Gehaltspolitik eines Alleinaktionärs festgelegt werden können, sondern hätten einer vertraglichen Regelung unterstanden, stellt in ihrer Beschwerde aber nicht ansatzweise in Abrede, dass die letztlich für das Erreichen der massgeblichen Schwelle entscheidende Ausrichtung von "Lohnbestandteilen" (wie die Übernahme von Privatanteilen "Auto") von ihrem Willen, handelnd durch den (im massgeblichen Zeitpunkt) Alleinaktionär B._ als einzigem Verwaltungsrat mit Einzelunterschrift, abhing. Ungeachtet dessen, dass die "Lohnhöhe" im weiten Sinne von Art. 1c Abs. 1 Satz 2 BVV 2 (zur arbeitsrechtlichen Qualifikation vgl. hingegen BGE 142 III 381 E. 2.1 S. 383; 139 III 155 E. 3.1 S. 156) grundsätzlich ein objektives Kriterium darstellt und ein darauf fussender Vorsorgeplan die Voraussetzung der Kollektivität erfüllt, fehlt es den Vorsorgeplänen VP 2 und VP 3 deswegen an Kollektivität, weil das Erreichen des Kriteriums "Lohnhöhe" im weiten Sinne von Art. 1c Abs. 1 Satz 2 BVV 2 im Ermessen des Arbeitgebers liegt. Der Abzug für die Zuwendung an den betreffenden Rechtsträger, der hinsichtlich der erwähnten Vorsorgepläne und in der vorliegend zu beurteilenden Steuerperiode 2013 nicht der kollektiven beruflichen Vorsorge diente, ist nicht im Sinne von Art. 59 Abs. 1 lit. b DBG geschäftsmässig begründet (oben, E. 3.1), weshalb er beim steuerbaren Reingewinn der Steuerperiode 2013 aufzurechnen ist (oben, E. 3.3). Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer erweist sich bereits aus diesem Grund als unbegründet und ist abzuweisen, ohne dass auf die weiteren Vorbringen noch weiter einzugehen wäre.
II. Staats- und Gemeindesteuer
4.
In Übereinstimmung mit Art. 25 Abs. 1 lit. b StHG hält § 65 Abs. 1 lit. b StG/ZH fest, dass als geschäftsmässig begründeter Aufwand insbesondere Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals gelten, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist. Auch übereinstimmend mit Art. 24 Abs. 1 lit. a StHG sieht § 64 Ziff. 2 lit. e StG/ZH vor, dass offene und verdeckte Gewinnausschüttungen sowie geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte zum steuerbaren Reingewinn zählen. Diese Regelungen stimmen mit denjenigen der direkten Bundessteuer (Art. 59 Abs. 1 lit. b und Art. 58 Abs. 1 lit. b fünfter Spiegelstrich DBG) überein (Urteil 2C_380/2010 vom 26. Oktober 2010 E. 4), weshalb für die Begründung betreffend die Staats- und Gemeindesteuer auf diejenige zur direkten Bundessteuer verwiesen werden kann.
5.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen werden nicht gesprochen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Das Bundesgericht erkennt:
1.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuer wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, Einzelrichterin, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Januar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall