Faits :
A.
La société A._ SA, dont le siège se trouve dans le canton de Genève où elle exploite un restaurant au sein d'un centre sportif, a notamment pour but l'acquisition et l'exploitation d'établissements publics et de commerces. Elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA).
B.
Durant l'année 2016, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle de la société assujettie portant sur les périodes de décompte allant du 1 er trimestre 2011 au 4 e trimestre 2015. A cette occasion, elle a constaté des manquements dans la comptabilité (absence de livre de caisse et compte caisse présentant des soldes négatifs et ajustements par le biais d'apports) ayant conduit à des omissions dans l'imposition du chiffre d'affaires. Elle a par conséquent procédé à la reconstitution du chiffre d'affaires par estimation. Par notification d'estimation du 12 janvier 2017, l'Administration fédérale a arrêté le montant de la correction de l'impôt pour les périodes précitées à 80'366 fr., plus intérêts moratoires dès le 30 avril 2014. Sur demande du 10 février 2017, l'Administration fédérale a confirmé ce montant dans une décision formelle du 21 février 2017. Le 27 février 2017, la société assujettie a formé réclamation et demandé à l'Administration fédérale des précisions quant à la façon dont celle-ci a calculé la marge brute retenue pour l'estimation du chiffre d'affaires. L'Administration fédérale a répondu le 15 mars 2017. Le 5 avril 2017, la société a complété sa réclamation. Par décision sur réclamation du 2 juin 2017, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation de la société A._ SA. Celle-ci a contesté ce prononcé le 6 juillet 2017 auprès du Tribunal administratif fédéral qui, par arrêt du 24 avril 2019, a rejeté le recours, pour autant que recevable.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 24 avril 2019; subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour que celle-ci rende une nouvelle décision.
Le Tribunal administratif fédéral se réfère à l'arrêt entrepris. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (ATF 132 V 387 consid. 5.1 p. 390), la recourante, citant les. 29 al. 2 Cst. et 29 PA, se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle considère en bref ne pas avoir eu accès au détail des calculs ayant conduit l'Administration fédérale à retenir une marge de bénéfice brute de 65% pour effectuer le redressement en cause.
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1 p. 52 s.; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les références). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 299 et les références).
Selon la jurisprudence, la violation du droit d'être entendu peut être réparée, en particulier lorsque la décision entachée est couverte par une nouvelle décision qu'une autorité supérieure - jouissant d'un pouvoir d'examen au moins aussi étendu - a prononcée après avoir donné à la partie lésée la possibilité d'exercer effectivement son droit d'être entendu (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226 et les références). Toutefois, la réparation de la violation du droit d'être entendu doit rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée. Si, en revanche, l'atteinte est importante, il n'est en règle générale pas possible de remédier à la violation. Cela étant, une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure (" formalistischer Leerlauf "; cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226 s. et les références). En aucun cas, il ne saurait néanmoins être admis que l'autorité parvienne, par le biais d'une violation du droit d'être entendu, à un résultat qu'elle n'aurait jamais obtenu en procédant de manière correcte (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285 et les références).
3.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt entrepris que la recourante n'a jamais requis la production des coefficients d'expérience dans le détail, demandant en revanche à l'Administration fédérale si la marge brute de 65% était fondée sur des statistiques nationales ou cantonales et si les spécificités de son restaurant avaient été prises en compte. L'autorité précédente a constaté que l'Administration fédérale n'avait jamais répondu à cette demande, mais avait rendu sa décision du 21 février 2017. Elle a néanmoins expliqué la marge retenue dans un courrier du 15 mars 2017, antérieur à la décision sur réclamation du 2 juin 2017.
La recourante relève pour sa part que, tel que cela ressort de la décision sur réclamation du 2 juin 2017, les explications figurant dans le courrier du 15 mars 2017 n'étaient que brèves et ce n'est que dans la décision sur réclamation du 2 juin 2017 qu'elle a reçu des explications détaillées. Elle considère ainsi ne jamais avoir été en mesure de s'exprimer sur les coefficients retenus par l'Administration fédérale.
3.3. Pour tenter de démontrer la violation de son droit d'être entendue, la recourante se fonde sur des faits qui n'ont pas été retenus par le Tribunal administratif fédéral, sans expliquer à suffisance, conformément à ce qui a été exposé ci-avant (cf. consid. 2 ci-dessus), en quoi ces faits auraient été établis de manière inexacte. Pour cette raison déjà, on ne saurait admettre une violation du droit d'être entendu, l'autorité précédente ayant retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF), que la recourante n'avait jamais requis la production des coefficients d'expérience dans le détail et que ceux-ci avaient été expliqués de manière détaillée dans un courrier du 15 mars 2017. En tout état de cause, la recourante reconnaît elle-même que l'Administration fiscale lui a expliqué de manière détaillée la justification de la marge retenue dans sa décision sur réclamation du 2 juin 2017. Or, en recourant contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, autorité judiciaire qui dispose d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit, la recourante a valablement pu s'exprimer et la violation de son droit d'être entendue devrait de toute façon être considérée comme étant réparée. Partant, ce grief doit être écarté.
4.
La recourante se plaint au fond d'une violation de l'art. 79 al. 1 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20).
4.1.
4.1.1. Dans le système de la TVA prévaut le principe de l'auto-taxation: la taxation et le paiement de l'impôt sont en principe assurés par l'assujetti lui-même. Celui-ci doit décompter de manière spontanée vis-à-vis de l'Administration fédérale dans le délai légal prévu, et en la forme prescrite, la créance fiscale (art. 71 al. 1 LTVA). Il doit tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 70 al. 1 LTVA).
4.1.2. Selon l'art. 79 al. 1 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
4.1.3. L'Administration fédérale a le droit et le devoir de procéder à une estimation des chiffres d'affaires ainsi que de l'impôt et de l'impôt préalable dans le cadre de son pouvoir d'appréciation (taxation par voie d'estimation) dans deux hypothèses: premièrement, lorsque la personne assujettie n'a pas observé son devoir d'enregistrer et de conserver les pièces ou lorsque les éléments nécessaires à la taxation ne ressortent pas de ses livres comptables et documents ou lorsque la comptabilité pour d'autres raisons (formelles) n'offre aucune garantie quant à sa véracité; deuxièmement lorsque les résultats découlant de la comptabilité même tenue correctement du point de vue formel ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêts 2C_595/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.3; 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2).
4.1.4. Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, comme le prescrit l'art. 79 al. 1 LTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance. En ce sens elle doit certes procéder à une estimation prudente, mais n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir les hypothèses les plus favorables à l'assujetti. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêts 2C_595/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.4; 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3).
4.1.5. Lorsque les conditions d'une taxation par voie d'estimation sont remplies, le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes; c'est à la partie recourante qu'il revient de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêts 2C_595/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.5; 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.5).
4.2. En l'espèce, il ressort des faits retenus par l'autorité précédente que la recourante, durant les périodes sous revue, ne tenait pas de livre de caisse. Par ailleurs, aucune comparaison des soldes avec les espèces en caisse n'a été effectuée, aucune documentation attestant d'un contrôle régulier du fond de caisse n'ayant été produit. Le Tribunal administratif fédéral a également constaté que le compte caisse n'était pas tenu de manière irréprochable, puisque les écritures passées par ce compte n'étaient pas saisie de manière chronologique, certaines étant enregistrées une fois par mois sur la base d'indications du gérant. De plus, le compte caisse en question présentait de nombreux soldes négatifs et parfois des soldes positifs très importants, de plus de 100'000 francs. Finalement, l'autorité précédente a encore retenu que certains paiements de factures fournisseurs effectués au guichet de la poste n'ont pas été comptabilisés au crédit du compte de caisse (sortie de caisse), mais comme paiement par compte postal, respectivement par compte bancaire. Les écarts de concordance entre ces deux comptes ont été corrigés par une écriture indiquant des clients inexistants.
4.3.
4.3.1. Sur le vu des éléments de fait qui précèdent, on ne saurait contester l'avis du Tribunal administratif fédéral lorsqu'il juge que les conditions de la taxation par voie d'estimation sont réunies. En effet, l'activité de restauration, telle celle qui est proposée par la recourante, est une activité dans laquelle les contre-prestations se font le plus souvent en liquide. Or, dans ce cas de figure, il est attendu du contribuable qu'il tienne avec rigueur son compte caisse en y inscrivant systématiquement les mouvements de liquidités et en en vérifiant quotidiennement le contenu. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, celui qui exploite une entreprise dont l'activité présente des mouvements intensifs de liquidités et qui n'effectue pas de contrôle quotidien de sa caisse, ni ne tient avec rigueur un compte caisse, accepte qu'il en résulte une imposition inférieure à la réalité (cf. arrêt 2C_261/2019 du 15 août 2019 consid. 2.3.1 et les références; arrêt 2C_950/2015 du 11 mars 2016 consid. 4.3 et les références).
4.3.2. La recourante affirme que son livre de caisse était tenu par sa caisse enregistreuse. Sans examiner plus avant si un enregistrement par une caisse enregistreuse suffit, ni si la caisse de la recourante a bel et bien effectué les enregistrements litigieux, on doit constater que l'autorité précédente a retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral, que la recourante n'a pas tenu de compte caisse. Quand bien même il faudrait admettre que la caisse enregistreuse a noté l'ensemble des mouvements de liquidité, force serait de toute façon de constater que la recourante, malgré une activité présentant des mouvements intensifs de liquidités, n'a pas effectué de contrôles réguliers du fond de caisse. Pour le surplus, la recourante se limite à présenter ses propres vision et appréciation des faits et à les opposer à ceux du Tribunal administratif fédéral, ce qui ne saurait être admis (cf. consid. 2 ci-dessus).
4.4.
4.4.1. La recourante estime ensuite que " l'application de coefficients d'expérience ne tient manifestement pas compte de circonstances particulières propres entourant " son activité, ce qui ne respecte pas l'art. 79 LTVA. Elle estime avoir produit la preuve du caractère associatif et sportif de son établissement, qui présente donc des spécificités dont il n'a pas été tenu compte. Elle affirme par ailleurs avoir offert pour plus de 100'000 fr. de repas, élément que le Tribunal administratif fédéral n'a pas pris en considération.
4.4.2. En l'occurrence, la recourante ne fait que remettre en question l'appréciation des preuves à laquelle l'autorité précédente a procédé, sans expliquer à suffisance en quoi cette appréciation aurait été effectuée de manière arbitraire. Elle n'explique pas non plus concrètement en quoi, dans le cas d'espèce, la prise en compte des éléments qu'elle allègue de manière appellatoire aurait une quelconque incidence sur l'issue de la cause. Elle est au contraire bien mal venue d'affirmer que l'estimation confirmée par l'autorité précédente ne prend pas suffisamment en compte les spécificités de son établissement, alors qu'elle n'a pas tenu son compte caisse de manière irréprochable et n'a pas été capable de fournir un livre de caisse. Il convient de lui rappeler que, dans un tel cas de figure, l'Administration fédérale bénéficie d'un certain pouvoir d'appréciation. Or, la façon dont celle-ci a déterminé le bénéfice brut de 65%, clairement expliqué par le Tribunal administratif fédéral dans son arrêt, ne prête pas le flanc à la critique. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, les spécificités de son établissement dont l'autorité avait connaissance au moment de statuer, ont été dûment prises en compte par celle-ci. Ainsi, pour les années en cause, l'Administration fédérale a déterminé le prix de revient d'achat des marchandises en déduisant des charges directes ressortant de la comptabilité, les ristournes et les achats destinés à la fabrication de certains mets, pour arriver à la conclusion que la marge de bénéfice brute était de 65%. Il est d'ailleurs à noter que les chiffres d'expérience issus de l'ensemble des données nationales applicables aux restaurants de quartiers et bistrots de campagne sont supérieurs à 65% et que suite aux reproches de la recourante, l'Administration fédérale, comme l'a relevé l'autorité précédente, a procédé à une détermination plus précise, prenant plus spécifiquement en compte les établissements du canton de Genève. Cette façon de procéder ne saurait être remise en cause, faute notamment de démonstration par la recourante du caractère manifestement faux de l'estimation, ce malgré le grief qui suit.
5.
Dans un dernier grief, la recourante invoque en effet une violation des art. 81 LTVA et 12 PA, considérant que l'estimation réalisée par l'Administration fédérale ne correspond manifestement pas à la réalité. En outre, elle est d'avis qu'en n'ordonnant aucune mesure probatoire, tant l'Administration fédérale que le Tribunal administratif fédéral ont violé la maxime inquisitoire, ce en dépit du fardeau de la preuve leur incombant.
5.1. A teneur de l'art. 81 al. 2 LTVA, les autorités établissent les faits pertinents. Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Quant à l'art. 12 PA, il dispose que l'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par divers moyens. En droit fiscal, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC impliquent que l'autorité fiscale doive établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.4 et les références). Il n'en demeure pas moins que dans une procédure de taxation par voie d'estimation, s'il revient effectivement à l'administration de prouver l'existence des conditions d'une telle taxation, il appartient toujours au contribuable de démontrer le caractère incorrect de l'estimation (cf. arrêt 2C_812/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.3 et les références).
5.2. Tout d'abord, force est de constater qu'en tant que la recourante s'en prend à la décision de l'Administration fédérale, en reprochant à celle-ci d'avoir procédé à une estimation qui ne correspond manifestement pas à la réalité et d'avoir renoncé à ordonner des mesures probatoires, son grief doit d'emblée être écarté. Elle ne saurait en effet se plaindre d'une violation de la répartition du fardeau de la preuve, respectivement du principe de la maxime inquisitoire devant l'Administration fédérale dans le présent recours dirigé contre l'arrêt ultérieur du Tribunal administratif fédéral, la saisine de ce dernier ayant un effet dévolutif entraînant le dessaisissement de l'autorité précédente (cf. arrêt 2C_312/2011 du 26 juillet 2011 consid. 4). En outre, le Tribunal administratif fédéral a effectivement pris en compte les moyens de preuve produits par la recourante, il ne leur a toutefois pas reconnu une valeur probante suffisante pour attester d'un caractère manifestement inexact de la taxation par voie d'estimation. Contester cette appréciation revient à nouveau à contester l'appréciation des faits (cf. consid. 2 ci-dessus). En présence d'une situation de taxation par voie d'estimation, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le principe de répartition du fardeau de la preuve en faisant supporter celui-ci à la recourante quant à la preuve du caractère inexact de la taxation par voie d'estimation. Ce grief doit par conséquent également être écarté.
6.
Compte tenu de l'ensemble des motifs qui précèdent, le recours doit être rejeté. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions et à la Cour I du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 23 janvier 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette