Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné notamment X._ pour escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et blanchiment d'argent à une peine privative de liberté de 37 mois et à une peine pécuniaire de 205 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans et l'a acquitté de l'accusation de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre X._ d'un montant de 3'908'086 fr., mis une part des frais s'élevant à 60'000 fr. à sa charge et alloué une indemnité au défenseur d'office de X._ de 219'955 fr. 75 TVA non comprise.
B.
Par arrêt du 22 décembre 2017, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par X._ contre le jugement précité, annulé celui-ci et renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision (6B_695/2014). Il en a fait de même s'agissant de deux autres co-prévenus, soit U._ (6B_688/2014) et V._ (6B_659/2014).
C.
C.a. A la suite du renvoi des causes par le Tribunal fédéral, le TPF a repris, dans le cadre d'un même dossier, les causes concernant X._, U._ et V._ (SK.2017.76).
C.b. Le 17 janvier, respectivement le 26 janvier 2018, U._ et V._ ont requis la tenue de nouveaux débats. Le 14 février 2018, le TPF a imparti un délai au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC), aux deux prénommés et à X._ pour se déterminer sur l'ouverture d'un échange d'écritures en lieu et place d'une nouvelle audience de jugement. Le 21 février 2018, le MPC a déclaré s'en remettre à justice. Par écriture du 28 février 2018, U._ a confirmé sa requête, déjà formulée le 17 janvier 2018, tendant à la tenue de nouveaux débats. Le 19 mars 2018, X._ s'est exprimé à son tour en faveur d'une nouvelle audience de jugement. Le 22 mars, respectivement le 5 avril 2018, le TPF a avisé les parties que le réexamen des peines et des questions accessoires requis par le Tribunal fédéral pouvait être effectué sur la base du dossier. A cette occasion, le TPF a fixé un délai au MPC pour déposer des déterminations écrites sur les points devant être réexaminés. Par écriture du 26 avril 2018, le MPC a conclu au maintien des peines prononcées par le TPF selon son jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Il s'en est remis à justice s'agissant du sort des questions accessoires et a requis que les frais de procédure soient mis à la charge des prévenus. Le 30 avril 2018, le TPF a communiqué aux prévenus la détermination écrite du MPC et ils ont été invités à se déterminer par écrit sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. U._ et V._ ont chacun déposé une détermination écrite le 11 juin 2018. Quant à X._, il s'est déterminé par écrit le 20 juin 2018. Il a conclu à ce qu'il soit condamné à une peine privative de liberté assortie du sursis complet et que les frais de procédure soient mis à la charge de l'Etat. Il a également requis l'octroi d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice de ses droits de procédure. Le 12 juin, respectivement le 21 juin 2018, le TPF a notifié au MPC les déterminations écrites des prévenus pour une réplique éventuelle. Le MPC ayant renoncé à répliquer, le TPF a prononcé la clôture de l'échange d'écritures le 3 juillet 2018. Le 17 juillet 2018, le TPF a imparti un délai aux défenseurs des prévenus pour qu'ils déposent une note d'honoraires indiquant précisément l'activité accomplie dans la présente procédure, afin que le TPF puisse se prononcer sur les indemnités pour les frais de défense requises par les prévenus. Différents échanges ont eu lieu à ce sujet. S'agissant du conseil de X._ (désigné conseil d'office par le TPF le 9 mai 2018), celui-ci a déposé le 26 septembre 2018 une note d'honoraires détaillée, chiffrant à 14'308 fr. 70 (TVA et débours compris) les frais de son activité dans la procédure. Le 3 octobre 2018, le TPF a avisé les parties qu'il disposait désormais de toutes les informations nécessaires pour rendre son jugement.
C.c. Le TPF a rendu son jugement le 11 décembre 2018. Il a notamment condamné X._ pour escroquerie, blanchiment d'argent simple et aggravé à une peine privative de liberté de 36 mois, peine partiellement suspendue à concurrence de 18 mois, avec un délai d'épreuve de deux ans, et à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 35 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté d'au maximum 20 mois, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une peine pécuniaire de 180 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause au TPF pour nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé, se référant au jugement attaqué cependant que le MPC a conclu à son rejet. Ces écritures ont été communiquées à titre de renseignements à X._.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ouvert contre les décisions rendues, en première instance, par le TPF avant l'entrée en vigueur, le 1 er janvier 2019, de la modification du 17 mars 2017 de la LOAP prévoyant la création d'une Cour d'appel au TPF, et ce même si le délai de recours est arrivé à échéance postérieurement à cette entrée en vigueur (arrêt 6B_523/2019 du 4 juin 2019 consid. 1.3). Les autres conditions de recevabilité étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière sur le fond du recours.
2.
Invoquant les art. 29 al. 2 Cst., 6 par. 1 CEDH et 66 CPP, le recourant conteste le refus du TPF de tenir une audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral.
2.1. Aux termes de l'art. 66 CPP, la procédure devant les autorités pénales est orale, à moins que le code ne prévoie la forme écrite.
2.2. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi découle du droit fédéral non écrit (ATF 143 IV 214 consid. 5.3.3 p. 222). Conformément à ce principe, l'autorité précédente à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès (ATF 143 IV 214 consid. 5.2.1 p. 220; 131 III 91 consid. 5.2 p. 94). La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure l'autorité précédente est liée à la première décision et fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335).
2.3. La jurisprudence a déduit du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi et de l'art. 406 CPP que, si le Tribunal fédéral casse le jugement sur appel et renvoie la cause à l'autorité précédente, la question du caractère écrit ou oral de la procédure devant la juridiction d'appel sera résolue en considération du cadre du renvoi défini par le Tribunal fédéral. Ainsi, la procédure pourra être écrite lorsque le renvoi porte exclusivement sur des questions de droit (arrêts 6B_1220/2013 du 18 septembre 2014 consid. 1.4; 6B_4/2014 du 28 avril 2014 consid. 4; 6B_76/2013 du 29 août 2013 consid. 1.1). En revanche, des débats doivent être tenus dès qu'une question de fait est litigieuse, sous réserve de l'accord des parties avec une procédure écrite. En cas de doute sur la distinction des questions de fait et de droit, la juridiction d'appel doit tenir des débats (ATF 139 IV 290 consid. 1.1 p. 292).
2.4. Conformément à l'art. 35 LOAP, les cours des affaires pénales du TPF statuent en première instance sur les affaires pénales relevant de la juridiction fédérale, décisions qui pouvaient ensuite, selon le droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018, être soumises directement au Tribunal fédéral (ancien art. 80 al. 1 LTF). Les cours des affaires pénales appliquent les règles du CPP relatives à la procédure de première instance (art. 1 LOAP; art. 328 ss CPP). Celle-ci se déroule, en principe, par oral (art. 66 CPP). Le CPP ne contient, en effet, pas de règle équivalant à l'art. 406 CPP qui permettrait de traiter, en première instance, certaines affaires en procédure écrite uniquement. Ni la LOAP, ni le CPP ne prévoient de règle quant à la procédure à suivre lorsque le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie le dossier au TPF, soit à l'autorité de première instance. Avant l'entrée en vigueur du CPP, le Tribunal fédéral avait jugé que l'ancienne loi fédérale du 15 juin 1934 sur la procédure pénale (ci-après : PPF) n'octroyait pas à l'accusé un droit absolu à de nouveaux débats à la suite d'un arrêt de renvoi. En revanche, le TPF devait veiller au respect du droit d'être entendu de l'accusé ce qui impliquait qu'il devait lui donner une nouvelle occasion de s'exprimer. Il ne pouvait être fait exception à ce principe que lorsque l'autorité inférieure ne disposait d'aucune latitude quant à la décision à rendre (arrêt 6B_745/2009 du 12 novembre 2009 consid. 2.1 et 2.2). Dans les cas où la possibilité d'exercer son droit d'être entendu devait être offerte à l'accusé, des déterminations écrites pouvaient suffire lorsqu'il s'agissait de questions de droit ou de questions de fait qui pouvaient être aisément tranchées sur la base du dossier et qui n'obligeaient pas à une appréciation directe de la personnalité de l'accusé (ATF 119 Ia 316 consid. 2b p. 318; arrêt 6B_745/2009 précité consid. 2.1 et 2.2). On relèvera que l'ancienne PPF ne contenait pas de disposition équivalant à l'art. 66 CPP, la jurisprudence développée sous son empire se fondant uniquement sur le droit d'être entendu.
2.5. Le TPF a rejeté la requête du recourant tendant à la tenue d'une nouvelle audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral. En substance, il a retenu que, compte tenu des arrêts de renvoi du 22 décembre 2017 du Tribunal fédéral, les infractions dont le recourant, U._ et V._ avaient été reconnus coupables étaient définitives. Seules les peines et certaines questions accessoires devaient être revues. Les faits pertinents ayant été définitivement arrêtés par le Tribunal fédéral, il n'y avait pas lieu de procéder à une nouvelle instruction, respectivement à l'administration de nouvelles preuves, ce qui justifiait en principe de renoncer à une nouvelle audience de jugement. Le TPF a relevé que, durant les débats du jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, il avait procédé à l'audition de U._ et V._, étant précisé que l'un et l'autre avaient refusé, après avoir invoqué leur droit de refuser de déposer et de collaborer, de répondre à la plupart des questions qui leur avaient été adressées. S'agissant du recourant, il n'avait pas donné de suite aux citations à comparaître qui lui avaient été adressées et il n'avait pas comparu aux débats. Le TPF a souligné que, dans son jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, il avait estimé que le prénommé avait eu suffisamment l'occasion de s'exprimer en cours de procédure sur les faits qui lui étaient reprochés et que les preuves réunies permettaient de rendre un jugement en son absence, de sorte qu'il avait été jugé par défaut. Le recourant n'avait pas contesté la réalisation des conditions du défaut dans son recours au Tribunal fédéral. Le TPF a encore indiqué qu'à la suite des arrêts de renvoi du 22 décembre 2017, il avait invité les trois prévenus à un échange d'écritures sur le réexamen des peines et des questions accessoires. Après réception de la détermination écrite du MPC, il avait communiqué celle-ci aux prévenus. Il leur avait fixé un délai d'un mois pour déposer à leur tour des conclusions écrites motivées et les avait enjoints d'actualiser leur situation personnelle et financière. U._, V._ et le recourant avaient déposé des déterminations écrites le 11 juin 2018, respectivement le 20 juin 2018, et un délai complémentaire leur avait été donné pour le dépôt des notes d'honoraires de leurs défenseurs. Selon le TPF, les prévenus avaient donc eu la possibilité et le temps nécessaire pour se prononcer sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. Le TPF a ainsi estimé que, dans ces circonstances, leur droit d'être entendu avait été respecté et qu'il disposait de tous les éléments nécessaires pour rendre son nouveau jugement sur la base du dossier.
Le TPF a encore relevé qu'à l'appui de sa requête tendant à la tenue d'une nouvelle audience de jugement, le recourant avait invoqué le changement de la composition du tribunal depuis le jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Son audition par le TPF aurait été nécessaire pour permettre à celui-ci, dans sa nouvelle composition, de se forger sa propre conviction et de rendre son jugement. Selon le TPF, il ne résultait toutefois pas de l'art. 335 al. 1 CPP que l'autorité de première instance à laquelle la cause était renvoyée dût statuer dans la même composition que celle dans laquelle elle avait rendu le premier jugement. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les débats qui avaient lieu ensuite du renvoi ne pouvaient être considérés comme une simple reprise des débats initiaux mais constituaient de nouveaux débats dont l'objet était délimité par la décision de renvoi. Ce qui importait était que le nouveau juge appelé à statuer soit en mesure de forger son intime conviction sur les points sur lesquels il était appelé à statuer. Dans le cas d'espèce, les arrêts de renvoi du 22 décembre 2017 délimitaient clairement le cadre du nouveau jugement à rendre, en ce sens que seules les peines et certaines questions accessoires devaient être revues, les faits pertinents ayant été définitivement arrêtés. En l'absence d'une nouvelle instruction, une audition complémentaire du recourant ne s'imposait pas. A cela s'ajoutait que le TPF avait permis au recourant de le renseigner sur sa situation personnelle et financière actuelle grâce à l'échange d'écritures intervenu durant la procédure. Conformément au principe de la libre appréciation des preuves, le TPF pouvait, dans sa nouvelle composition, se forger sa propre conviction sur les points devant faire l'objet du nouveau jugement sur la base du dossier ainsi complété, sans qu'il eût été besoin d'entendre le recourant. Le TPF a estimé que, dans ces conditions, le changement de la composition après le 29 novembre 2013 n'apparaissait pas déterminant et il ne justifiait pas la tenue d'une nouvelle audience.
2.6. Le recourant soutient, en substance, que le TPF aurait dû, pour refixer sa peine, se placer au jour du nouveau jugement, soit cinq ans après le précédent arrêt. Une nouvelle instruction aurait ainsi été nécessaire pour traiter des questions de fait en relation avec la personne de l'accusé. De plus, le renvoi aurait impliqué d'examiner si une peine compatible avec le sursis ou le sursis partiel était envisageable, partant de formuler un pronostic concernant le recourant, soit de statuer sur une question de fait. En outre, afin de se forger une conviction sur la personne à juger et la peine à prononcer, le juge devrait absolument voir le prévenu devant lui, ce d'autant plus lorsque la composition du tribunal serait différente de celle ayant statué lors du premier jugement annulé. Le TPF aurait ainsi violé l'art. 66 CPP en refusant de tenir une audience et en limitant le droit d'être entendu du recourant au dépôt d'écritures.
Le CPP ne résout pas expressément le point de savoir si de nouveaux débats doivent être tenus après un arrêt de renvoi rendu par le Tribunal fédéral. L'art 406 CPP en lien avec le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi règle la question lorsque l'affaire est renvoyée devant une autorité d'appel (cf. supra consid. 2.3). En l'absence d'une règle équivalant à l'art. 406 CPP concernant la procédure de première instance, une application stricte du principe de l'oralité prévu à l'art. 66 CPP pourrait conduire à l'obligation de tenir une audience dans tous les cas de renvoi de la cause par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance (cf. art. 107 al. 2, 2 e phrase LTF), y compris lorsque seules des questions de droit doivent être réexaminées. Le point de savoir si une audience de débats doit être tenue dans tous les cas de renvoi par le Tribunal fédéral à une autorité de première instance peut toutefois souffrir de demeurer indécis en l'espèce. En effet, à tout le moins lorsque des questions de fait doivent être réexaminées par l'autorité de première instance, une audience doit être tenue. Dès lors qu'une telle exigence existe pour l'autorité d'appel, il se justifie de l'imposer également lorsque la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance. Cette solution se justifie également au regard de l'entrée en vigueur (le 1 er janvier 2019) de la modification du 17 mars 2017 de la LOAP prévoyant la création d'une Cour d'appel au TPF (RO 2017 5769), qui implique l'application de l'art. 406 CPP et de la jurisprudence y relative (cf. supra consid. 2.3) au renvoi devant la cour d'appel du TPF.
En l'espèce, la cause a été renvoyée au TPF pour qu'il fixe à nouveau la peine concernant le recourant. En particulier, le TPF devait examiner l'application de la circonstance atténuante du long temps écoulé (art. 48 let. e CP) s'agissant des actes de blanchiment simple et aggravé. En outre, si dans le cadre de la fixation de la nouvelle peine, le TPF arrivait à la conclusion que celle-ci devait être proche de la limite permettant l'octroi du sursis ou du sursis partiel, il était invité à se demander si une peine compatible avec le sursis intégral ou partiel restait dans son pouvoir d'appréciation et motiver ce point (cf. arrêt 6B_695/2014 du 22 décembre 2017 consid. 18.9 et 18.10). Le TPF a en outre été rendu attentif au fait que, conformément à la jurisprudence, il devrait tenir compte, dans le cadre de la nouvelle fixation de la peine, de la situation personnelle du recourant au moment du nouveau prononcé (cf. arrêt 6B_695/2014 du 22 décembre 2017 consid. 18.8 in fine). Ainsi, même si le renvoi de la cause concernait essentiellement des questions de droit, l'application de celles-ci nécessitait l'établissement de certains faits, en particulier la situation personnelle et actuelle du recourant. Au demeurant, l'examen de l'octroi éventuel d'un sursis ou d'un sursis partiel implique de formuler un pronostic. Conformément à la jurisprudence, le juge doit se livrer à une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste (ATF 135 IV 180 consid. 2.1 p. 185 s.; ATF 134 IV 1 consid. 4.2.1 p. 5). Concernant ce dernier critère, soit l'état d'esprit qu'il manifeste, il doit également s'établir au moment du nouveau prononcé. Il apparaît délicat d'établir ce fait sans avoir entendu l'auteur. Au vu de ce qui précède, il incombait au TPF de tenir une nouvelle audience. Bien fondé, le grief du recourant doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales du TPF pour qu'elle tienne une nouvelle audience avant de statuer à nouveau.
3.
Au vu de l'admission du recours, le TPF devra fixer à nouveau la peine. Toutefois, par économie de procédure, il convient de relever les éléments suivants.
3.1. Le recourant fait grief au TPF d'avoir fixé une peine de base pour l'infraction d'escroquerie plus élevée dans le jugement attaqué que dans celui rendu en 2013.
3.1.1. Le but de la prohibition de la reformatio in pejusest de permettre au prévenu d'exercer son droit de recours sans craindre de voir le jugement modifié en sa défaveur (ATF 143 IV 469 consid. 4.1 p. 472; 142 IV 89 consid. 2.1 p. 90). L'existence d'une reformatio in pejus doit être examinée à l'aune du dispositif (ATF 143 IV 469 consid. 4.1 p. 472; 142 IV 129 consid. 4.5 p. 136).
3.1.2. En substance, le TPF a fixé la peine de base pour l'infraction d'escroquerie à 36 mois, peine qu'il a réduite à 30 mois en raison de la circonstance atténuante du long temps écoulé au sens de l'art. 48 let. e CP (cf. jugement attaqué, consid. 4.9 p. 59 ss). Il a ensuite fixé une peine complémentaire de cinq mois pour le blanchiment aggravé (cf. jugement attaqué, consid. 5.3 p. 75 ss) et d'un mois pour le blanchiment (cf. jugement attaqué, consid. 5.4 p. 79 ss).
3.1.3. Le recourant reproche au TPF d'avoir fixé la peine de base pour l'escroquerie à 36 mois alors qu'il l'avait fixée à 35 mois dans son premier jugement en 2013 et d'avoir réduit celle-ci de 6 mois en raison de la circonstance atténuante du long temps écoulé alors qu'il l'avait réduite de 7 mois en 2013, fixant ainsi la peine pour l'escroquerie à 30 mois alors qu'elle avait été fixée à 28 mois en 2013.
Dans le cadre du renvoi de la cause au TPF, celui-ci devait revoir la fixation de la peine dans son ensemble (cf. arrêt 6B_695/2014 du 22 décembre 2017 consid. 18.8 in fine, 18.9 et 18.10). Il pouvait ainsi librement apprécier les éléments pertinents à cet égard, dans la mesure où la peine globale finalement fixée ne violait pas le principe de la prohibition de la reformatio in pejus. En l'occurrence, le TPF a fixé la peine globale à 36 mois, soit 30 mois pour l'escroquerie augmentée de cinq mois pour le blanchiment aggravé et un mois pour le blanchiment alors que la peine globale avait été fixée à 37 mois dans le premier jugement. Dès lors que le TPF n'a pas violé le principe de la prohibition de la reformatio in pejus, les arguments du recourant tendant à comparer les différentes peines hypothétiques tombent à faux.
3.2. Le recourant fait grief au TPF de ne pas avoir fait application de l'art. 41 CP dans sa teneur en vigueur depuis le 1 er janvier 2018, qui aurait dû, selon lui, conduire à fixer les peines complémentaires visant à sanctionner le blanchiment aggravé et le blanchiment simple sous forme de jours-amende et non de peine privative de liberté.
3.2.1. Conformément à l'art. 2 CP, lorsque la loi est modifiée, le juge applique, en principe, la loi en vigueur au moment où l'acte a été commis, à moins que la nouvelle loi ne soit plus favorable à l'auteur.
3.2.2. Les faits litigieux se sont déroulés de 1999 à 2007. La révision de la partie générale du Code pénal du 13 décembre 2002, entrée en vigueur le 1 er janvier 2007 (RO 2006 3459), a modifié les dispositions relatives aux sanctions. En outre, le régime des sanctions a été, à nouveau, modifié avec effet au 1 er janvier 2018 (RO 2016 1249).
3.2.3. Depuis le 1 er janvier 2018, la peine pécuniaire est, sauf disposition contraire, de trois jours-amende à 180 jours-amende (art. 34 al. 1 CP). Quant à la peine privative de liberté, sa durée est de trois jours à 20 ans (art. 40 al. 1 et 2 CP). En outre, l'art. 41 CP prévoit que le juge peut prononcer une peine privative de liberté à la place d'une peine pécuniaire si une peine privative de liberté paraît justifiée pour détourner l'auteur d'autres crimes ou délits (let. a) ou s'il y a lieu de craindre qu'une peine pécuniaire ne puisse pas être exécutée (let. b).
3.2.4. Aux termes de l'art. 49 al. 1 CP - qui n'a pas été modifié en 2018 - si, en raison d'un ou de plusieurs actes, l'auteur remplit les conditions de plusieurs peines de même genre, le juge le condamne à la peine de l'infraction la plus grave et l'augmente dans une juste proportion. Il ne peut toutefois excéder de plus de la moitié le maximum de la peine prévue pour cette infraction. Il est en outre lié par le maximum légal de chaque genre de peine.
L'exigence, pour appliquer l'art. 49 al. 1 CP, que les peines soient de même genre, implique que le juge examine, pour chaque infraction commise, la nature de la peine à prononcer pour chacune d'elle. Le prononcé d'une peine d'ensemble en application du principe de l'aggravation contenu à l'art. 49 CP n'est ensuite possible que si le juge choisit, dans le cas concret, le même genre de peine pour sanctionner chaque infraction commise. Que les dispositions pénales applicables prévoient abstraitement des peines de même genre ne suffit pas. Si les sanctions envisagées concrètement ne sont pas du même genre, elles doivent être prononcées cumulativement. La peine privative de liberté et la peine pécuniaire ne sont pas des sanctions du même genre (ATF 144 IV 313 consid. 1.1.1 p. 316 et les références citées).
Lorsqu'il s'avère que les peines envisagées concrètement sont de même genre, l'art. 49 al. 1 CP impose au juge, dans un premier temps, de fixer la peine pour l'infraction abstraitement - d'après le cadre légal fixé pour chaque infraction à sanctionner - la plus grave, en tenant compte de tous les éléments pertinents, parmi lesquels les circonstances aggravantes ou atténuantes. Dans un second temps, il augmentera cette peine pour sanctionner chacune des autres infractions, en tenant là aussi compte de toutes les circonstances y relatives (ATF 144 IV 313 consid. 1.1.2 p. 317 et les références citées).
La jurisprudence avait admis que le juge puisse s'écarter de cette méthode concrète dans plusieurs configurations (cf. ATF 144 IV 217 consid. 2.4 p. 222 s.; 144 IV 313 consid. 1.1.2 p. 317 s. et les références citées), notamment lorsque les différentes infractions étaient étroitement liées sur les plans matériel et temporel, de sorte qu'elles ne pouvaient être séparées et être jugées pour elles seules (arrêt 6B_1216/2017 du 11 juin 2018 consid. 1.1.1). Au vu des critiques formulées quant à l'insécurité que ces exceptions créaient et afin d'assurer une application uniforme de l'art. 49 al. 1 CP, le Tribunal fédéral est toutefois revenu sur ce point en soulignant que cette disposition ne prévoyait aucune exception (cf. ATF 144 IV 217 consid. 3.5.4 p. 235 ss; 144 IV 313 consid. 1.1.2 p. 317 s.).
3.2.5. S'agissant du genre de peine, le TPF a retenu que la peine de base de 30 mois pour l'infraction d'escroquerie excédait le maximum légal prévu pour la peine pécuniaire (art. 34 al. 1 CP, dans sa version en vigueur avant et après le 1 er janvier 2018), de sorte qu'elle ne pouvait être prononcée que sous la forme d'une peine privative de liberté. En ce qui concernait les peines de cinq mois pour l'infraction de blanchiment d'argent aggravé (art. 305 bis ch. 2 CP) et d'un mois pour l'infraction de blanchiment d'argent simple (art. 305 bis ch. 1 CP), elles auraient pu chacune être prononcées sous la forme d'une peine pécuniaire, car elles n'excédaient pas le plafond de l'art. 34 al. 1 CP, que cela fût dans sa version en vigueur avant ou après le 1 er janvier 2018. Le TPF a toutefois estimé que seule une peine privative de liberté était appropriée pour sanctionner les infractions de blanchiment d'argent simple et aggravé dont le recourant s'était rendu coupable. Les valeurs patrimoniales qu'il avait blanchies au moyen de nombreux actes de blanchiment s'étaient chiffrées à une valeur totale équivalente à 745 millions de francs pour le cas aggravé et à 26 millions de francs pour le cas simple. Les nombreux actes de blanchiment que le recourant avait commis sur plusieurs années et l'importance des sommes qu'il avait blanchies suffisaient déjà à justifier le prononcé d'une peine privative de liberté. A cela s'ajoutait que l'infraction de blanchiment d'argent était indissociable de celle d'escroquerie commise notamment par le recourant, les valeurs patrimoniales blanchies tirant en partie leur origine de cette infraction. De surcroît, il avait commis les nombreux actes de blanchiment dans le but de pouvoir conserver le produit de son activité criminelle. Compte tenu de son importante culpabilité, seule une peine privative de liberté apparaissait donc apte à sanctionner adéquatement sa faute. Sous l'angle de la prévention, une peine pécuniaire aurait également été insuffisante pour lui faire prendre conscience de la gravité de ses actes, l'intéressé ayant commis de très nombreux actes de blanchiment sur plusieurs années et nié toute faute en la matière. Dans ces circonstances, une peine pécuniaire n'aurait pas permis de sanctionner sa culpabilité dans une mesure appropriée. Dès lors, les peines de respectivement cinq mois et un mois devaient, selon le TPF, être prononcées sous la forme de peines privatives de liberté. Dans la mesure où ces deux peines étaient de même genre que celle de 30 mois précitée, elles pouvaient former une peine d'ensemble. Il s'ensuivait que la peine privative de liberté d'ensemble constituée par les différentes peines privatives de liberté destinées à sanctionner les infractions d'escroquerie, de blanchiment d'argent simple et aggravé, était de 36 mois. Si le droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006 était appliqué, cette peine d'ensemble de 36 mois devrait être prononcée sous la forme de l'emprisonnement, étant précisé que cette peine ne présentait aucune différence matérielle avec la réclusion de l'ancien droit. Si le droit en vigueur à partir du 1 er janvier 2007 était appliqué, la peine d'ensemble devait être prononcée sous la forme d'une peine privative de liberté. Il en découlait qu'il n'existait aucune différence matérielle entre l'ancien et le nouveau droit pour la peine d'ensemble, de sorte que le nouveau droit n'apparaissait pas plus favorable pour le genre de peine à prononcer. En revanche, le droit en vigueur à partir du 1 er janvier 2007 apparaissait plus favorable que l'ancien pour l'octroi du sursis. Tandis que, sous l'empire du droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006, la peine d'ensemble de 36 mois ne pouvait pas être assortie du sursis, le nouveau droit permettait l'octroi du sursis partiel à l'exécution de cette peine (art. 43 al. 1 CP, dans sa version en vigueur avant et après le 1 er janvier 2018). Dès lors que le recourant pouvait être mis au bénéfice du sursis partiel à l'exécution de la peine d'ensemble, le nouveau droit apparaissait concrètement plus favorable.
3.2.6. Dans le cadre de son nouvel examen, le TPF devra, dans un premier temps, veiller à appliquer la jurisprudence exposée ci-dessus (cf. supra consid. 3.2.5 in fine) s'agissant des différents actes de blanchiment simple. En effet, il a fixé une peine globale d'un mois pour sanctionner tous les actes de blanchiment simple. Or conformément à la jurisprudence récente (cf. ATF 144 IV 313 consid. 1.1.2 et 1.1.3 p. 317 ss), chaque acte doit être sanctionné pour lui-même, les exceptions permettant de fixer une peine d'ensemble sans qu'une peine hypothétique ait été préalablement arrêtée pour chaque infraction commise ayant été abandonnées.
3.2.7. Le recourant soutient que les peines complémentaires de cinq mois et un mois auraient dû être prononcées sous la forme de jours-amende et non de peine privative de liberté en application de l'art. 41 CP (dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2018). Avec le recourant, il convient d'admettre que le TPF n'a pas évoqué, dans son examen de la lex mitior, l'éventuelle application de l'art. 41 CP dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2018. Dans le cadre de son nouveau jugement, le TPF devra ainsi examiner si l'art. 41 CP est plus favorable au recourant, en particulier s'il permet le prononcé d'une peine pécuniaire s'agissant des peines complémentaires.
4.
Vu le sort du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet. Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (art. 66 al. 1 LTF). Il peut prétendre à de pleins dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera au conseil du recourant une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 6 août 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet