Faits :
A.
A.a. X._ SA a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A._ en est l'unique administrateur et actionnaire. B._ Promotions Immobilières SA (ci-après: B._, désormais en liquidation) avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X._ SA en détenait la moitié du capital-actions et A._ en était membre du conseil d'administration jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B._ a donné à bail à X._ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C._ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. A._ y réside depuis le 4 mai 1999.
B.
B.a. Dans son compte de résultat de l'exercice 2009, X._ SA a comptabilisé un montant de 50'251 fr. 85 dans le poste "loyer et charges". Le 2 décembre 2010, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration cantonale) a demandé à X._ SA des justificatifs concernant cette charge. La contribuable n'ayant pas donné suite à cette demande en dépit d'un rappel et d'une sommation, l'Administration cantonale a, le 6 avril 2011, procédé à une taxation d'office de la période fiscale 2009, en reprenant dans le bénéfice de X._ SA notamment le montant de 50'251 fr. 85 tant pour l'impôt cantonal et communal (ICC) que pour l'impôt fédéral direct (IFD).
Le 9 mai 2011, X._ SA a formé réclamation contre cette décision de taxation, produisant à l'appui de son écriture l'extrait des comptes "loyers" (charges), "électricité", "chauffage", "nettoyage", "entretien des locaux" et "autres charges", dont la somme équivalait à 50'251 fr. 85. L'Administration cantonale a sollicité d'autres pièces; le 22 août 2011, la contribuable a notamment fourni les factures correspondant au poste de 50'251 fr. 85, qui concernaient la maison d'habitation susmentionnée sise sur la commune de C._. Le compte "loyer encaissé" également transmis ne faisait état d'aucun versement de la part de A._.
Le 31 juillet 2013, l'Administration cantonale a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier la taxation en sa défaveur en procédant à une reprise de 63'063. fr. 15 dans le compte "loyer encaissé" et à une reprise de 9'543 fr. dans son chiffre d'affaires. Le 30 septembre 2013, X._ SA a fourni des justificatifs concernant le compte "loyer encaissé" et contesté la reprise de 9'543 francs.
Par décision sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation sur des points qui ne sont plus litigieux, mais maintenu la reprise de 50'251 fr. 85 au titre de distribution dissimulée de bénéfice accordée à A._ et modifié la taxation en défaveur de la contribuable en reprenant un montant de 9'543 fr. au titre de chiffre d'affaires non comptabilisé.
B.b. Le 21 octobre 2011, l'Administration cantonale a informé X._ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, pour avoir accordé des distributions dissimulées de bénéfice à A._ en mettant gratuitement à sa disposition la villa de C._. Elle convoquait les représentants de la société dans ses locaux, en les priant d'apporter diverses pièces. N'ayant pas obtenu de réponse, l'Administration cantonale a indiqué à la contribuable le 18 octobre 2012 qu'à défaut de lui fournir les documents requis le 2 novembre 2012, elle statuerait en l'état du dossier. La contribuable a sollicité en vain la suspension de la procédure en raison d'un litige avec l'ancien associé de A._.
Le 21 août 2013, l'Administration cantonale a notifié à X._ SA des bordereaux de rappel d'impôt (taxation d'office) pour l'IFD et l'ICC. Les reprises s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 27'020 fr. pour 2006, à 27'288 fr. pour 2007 et à 3'327 fr. pour 2008. A la même date, l'Administration cantonale a notifié à X._ SA deux bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt, d'un montant de 15'491 fr. pour l'IFD et de 42'264 fr. pour l'ICC. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 23 septembre 2013, X._ SA a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. Elle faisait en substance valoir que la villa de C._ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles elle participait.
Par décisions sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes.
B.c. Le 10 juin 2014, X._ SA a recouru contre les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 concernant les périodes 2001 à 2004 et 2006 à 2009 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
S'agissant de la période fiscale 2009, elle demandait l'annulation de la décision sur réclamation en tant qu'elle maintenait la reprise de 50'502 fr. (recte: 50'251 fr. 85). S'agissant des périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, elle concluait à l'annulation des décisions entreprises.
Au cours de la procédure, l'Administration cantonale a précisé que, pour 2001 et 2002, la reprise correspondait au poste "loyer et charges", soit 27'849 francs. Pour 2003, la reprise s'élevait au même montant de 27'849 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 69'868 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 24'951 francs. Pour les périodes 2004, 2006 et 2007, le montant de la reprise correspondait au poste "loyer et charges", qui s'élevait à 31'822 fr. pour 2004, 27'020 fr. pour 2006 et 27'288 fr. pour 2007. Pour la période fiscale 2008, la reprise correspondait au poste "loyer et charges" de 16'430 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 80'000 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 3'327 francs.
L'Administration cantonale a par ailleurs précisé que le poste "loyer et charges" comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture, qui concernaient la villa.
B.d. Par jugement du 24 mars 2016, le Tribunal administratif a rejeté les recours. Il a confirmé que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice était réalisées en lien avec la mise à disposition de la villa à A._ et a d'emblée confirmé le montant des amendes fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que X._ SA ne les avait pas expressément contestées dans ses recours.
B.e. Le 9 mai 2016, X._ SA a recouru contre le jugement du 24 mars 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). En substance, elle a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'elle n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'elle avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son bénéfice n'étaient pas justifiées, car elle n'avait pas procédé à des distributions dissimulées de bénéfice.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé que X._ SA avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en lien avec la mise à disposition de la villa à A._ et a jugé que les conditions de la soustraction d'impôt étaient réalisées. La période fiscale 2001, qui avait fait l'objet d'une taxation d'office, n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant cette même période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans ses décisions du 8 mai 2014 soient annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. La recourante a répliqué.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La décision attaquée est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par la destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3 p. 176; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).
3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).
II. Griefs formels
4.
La recourante reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Elle y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50 LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3 LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.
4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 117 Ia 116 en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C_326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in ATF 144 II 41; 2C_1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in ATF 140 I 271).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de la recourante et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment de la recourante.
4.2. Selon l'art. 50 al. 3 LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'Administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3 LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57bis al. 3 LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, la recourante n'en formule aucun. Elle se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Elle n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.
4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50 LHID sont partant rejetés.
III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription
5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a conclu que la période fiscale 2001 n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4 LIFD), car il fallait considérer qu'elle était entrée en force le 8 mai 2014.
5.1. La recourante soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente pour parvenir à cette conclusion est erroné et arbitraire Elle invoque une violation de l'art. 120 al. 4 LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a Cst.).
5.2. La période fiscale 2001 a fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt qui a été ouverte le 21 octobre 2011. Comme la contribuable n'a pas fourni les pièces requises par l'Administration cantonale malgré rappel et sommation, cette dernière a fixé d'office les éléments imposables pour établir le bordereau de rappel de l'impôt 2001, daté du 21 août 2013. La recourante a contesté la décision y afférente par réclamation du 23 septembre 2013. La décision sur réclamation est intervenue le 8 mai 2014 et la Cour de justice a statué sur le recours interjeté par la recourante à son encontre le 2 août 2017.
5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4 LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont estimé que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation par cette disposition arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, la recourante n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la décision de taxation d'office du 21 août 2013 dans sa réclamation, et l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (consid. 16, 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation des décisions sur réclamation du 8 mai 2014. Dès lors, l'ensemble des décisions de taxation (...) sont entrées en force avec effet au 8 mai 2014, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 16, 2e paragraphe). Le droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 n'était donc pas prescrit, car l'entrée en force était intervenue rétroactivement le 8 mai 2014, soit avant le délai de prescription de quinze ans échéant le 31 décembre 2016.
5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.
5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant la période fiscale 2001 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 16) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.
5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4 LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120 LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte, puisque la période fiscale 2001 ici litigieuse avait déjà fait l'objet d'une taxation, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour cette période fiscale. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152 LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3 LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3 en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3 LIFD; cf. arrêt 2C_304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par la recourante dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3 LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force à titre rétroactif ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.
5.4.3. Ce qui précède conduit au constat que l'arrêt attaqué a violé l'art. 152 al. 3 LIFD en ne retenant pas que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si la recourante a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF les griefs d'ordre constitutionnels qu'elle fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription de la période fiscale 2001 (cf. supra consid. 5).
5.5. Pour les mêmes raisons, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017, comme le relève à juste titre la recourante dans sa réplique.
6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.
6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in ATF 144 IV 136; 2C_1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1 et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b CP (arrêt 2C_173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).
Selon l'art. 205f LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C_844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C_12/2017 précité consid. 4.1 non publié).
6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 21 août 2013, soit plus de dix ans après la fin de la période fiscale 2002.
7.
Les périodes fiscales 2001 et 2002 sont ainsi prescrites tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. Restent seules litigieuses les périodes fiscales 2003 et 2004 et 2006 à 2009.
III.2 Griefs relatifs à l'existence de distributions dissimulées de bénéfice
8.
La recourante soutient que la Cour de justice a violé les art. 57 et 58 al. 1 let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à disposition de la villa sise à C._ à A._ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises des charges y afférentes dans son bénéfice imposable. Le litige ne porte donc que sur ces reprises fiscales.
8.1. L'impôt sur le bénéfice des personnes morales a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD). Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
8.1.1. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice si: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607).
8.1.2. Les dépenses qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial doivent être réintégrées au bénéfice imposable si elles ont été portées en déduction. Selon la jurisprudence, la justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (arrêt 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C_276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C_795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C_543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C_124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C_795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office), constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C_795/2015 consid. 4.5 et 4.6).
8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a constaté que la recourante était liée par un contrat de bail avec B._, à qui elle versait un loyer de 18'000 fr. par année, charges non comprises, pour une villa sise à C._ qu'elle mettait à disposition de A._, qui l'occupait comme logement depuis 1999. Le poste "loyer et charges" que la recourante avait comptabilisé comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, d'autres factures liées à l'utilisation de la villa, à savoir des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture. Selon les constatations de la Cour de justice qui lient le Tribunal fédéral, A._ était un des actionnaires et l'unique administrateur de la recourante.
La Cour de justice a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée et qu'il incombait à la recourante de démontrer le contraire. Or, elle avait échoué à le faire. La recourante avait allégué en vain que la villa représentait son siège. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C._. La recourante n'avait par ailleurs pas prouvé avoir conclu le contrat de bail auprès de B._ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressortait des allégations de la recourante que A._ utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de A._ et ne pouvait pas justifier une déduction dans le chef de la recourante. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par la recourante, lequel avait été abaissé en conséquence. La recourante n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que la recourante soutenait que si A._ n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide,et qu'elle aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.
8.3. La recourante soutient que ce raisonnement viole les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD. La villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale lui permettait d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par A._. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'une distribution dissimulée de bénéfice. A._ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à la recourante les frais de gardiennage de la villa.
8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure au caractère commercialement justifié des charges déduites.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée dans les circonstances d'espèce. Les dépenses qu'une société anonyme encourt en payant le loyer ainsi qu'à tout le moins une partie des charges d'entretien du logement privé de son actionnaire et administrateur, qui l'occupe gratuitement, ne constitue a priori manifestement pas une dépense justifiée par l'usage commercial.
Les arguments développés par la recourante dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient la recourante, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la recourante se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence de A._ lui aurait permis d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, la recourante échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que A._ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la recourante des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, la recourante n'a pas démontré que le travail prétendument effectué à domicile par A._ justifiait une prise en charge du loyer par la recourante.
Finalement, en tant que la recourante soutient qu'elle s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucune distribution dissimulée de bénéfice ne pourrait être retenue, elle perd de vue que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si la recourante a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec l'actionnaire/administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.
8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en niant le caractère justifié commercialement des charges litigieuses.
Les autres conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice sont au surplus réunies: la prestation de la recourante a été fournie à un actionnaire, et les organes de la recourante ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs de la recourante sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées.
9.
La recourante conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Elle soutient qu'elle n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. La recourante avait du reste toujours été transparente tant avec l'Administration fiscale qu'avec sa fiduciaire, car elle n'avait jamais caché que la villa était occupée par A._. La production d'un rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B._ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve de la recourante garanti à l'art. 29 al.2 Cst.
9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). La recourante n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble n'avoir jamais existé, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.
9.2. Selon l'art. 181 al. 1 LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition renvoie à l'art. 175 al. 1 LIFD pour définir l'infraction de soustraction fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90).
Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
9.3. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).
9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que l'administrateur de la recourante ne pouvait pas ignorer les avantages fiscaux, pour cette dernière, que représentaient le fait de passer en charges déductibles le loyer et des frais liés à l'entretien de la villa, alors que ces dépenses n'avaient pas de caractère commercial, la villa servant au logement privé de A._. Ce dernier étant administrateur de la recourante, il ne pouvait pas ignorer que la jouissance de cette maison lui était accordée à titre gratuit. L'avantage accordé à A._ est si manifeste qu'il ne pouvait procéder que d'une démarche intentionnelle. Quoi qu'en dise la recourante, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence de A._ dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait que la recourante a diminué son bénéfice imposable en prenant à sa charge des dépenses privées de son administrateur et actionnaire. On ne voit au surplus pas que le fait qu'elle ait aussi été transparente avec sa fiduciaire jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1 LIFD est partant rejeté.
9.5. Au surplus, la recourante ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).
IV. Impôt cantonal et communal
10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).
11.
S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3 LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3 LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 et 2002, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3 LHID; cf. arrêt 2C_760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C_12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
12.
Concernant la reprise des charges dans le bénéfice de la recourante, l'art. 12 let. d de la loi sur l'imposition des personnes morales (LIPM, RSGE D 3 15), dans sa version en vigueur jusqu'au 30 mars 2016 applicable au cas d'espèce prévoit que les sommes qui sont prélevées, avant le calcul du bénéfice net, sur les résultats de l'exercice, pour couvrir les dépenses qui ne peuvent pas être considérées comme des frais d'exploitation sont considérés comme bénéfice net imposable. Cette disposition correspond matériellement à l'art. 24 let. a LHID, selon lequel le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par l'usage commercial. Le droit cantonal harmonisé prévoit donc également la non-déductibiltié des charges non justifiées par l'usage commercial, comme l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.
Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les art. 56 et 57 LHID et correspondant aux art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD.
V. Conséquences, ainsi que frais et dépens
13.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est périmé s'agissant des périodes fiscales 2001 et 2002 et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour la période fiscale 2002, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
14.
Comme la recourante obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, elle ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). La recourante a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge de la recourante et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
La Greffière : Vuadens