Faits :
A.
Le 22 juin 2012, A._, B._ et C._ (ci-après: les bailleresses, les défenderesses, les recourantes) ont acquis par donation de leur père, la copropriété à parts égales, d'une parcelle sise à l'avenue... à xxx. Elles y ont bâti un immeuble de quatorze appartements ainsi qu'un parking couvert accueillant autant de places de parc. Le montant total investi dans l'immeuble s'élève à 7'862'470 fr. dont 1'723'000 fr. d'acquisition initiale du terrain par leur père, et 6'139'470 fr. pour la construction du bâtiment. Ce dernier montant comprend 3'440 fr. de frais d'avocat et 754'000 fr. d'honoraires du bureau E._ Sàrl.
Par contrat du 11 janvier 2016, les bailleresses ont remis à bail à D._ (ci-après: le locataire, le demandeur, l'intimé) un appartement de 114,6 m2 de quatre pièces et un vestibule au quatrième étage de leur immeuble, ainsi qu'une place de parc dans le garage. Le contrat a été conclu pour une durée déterminée du 1er février 2016 au 30 juin 2018. Le loyer mensuel net de l'appartement était de 2'750 fr. auquel s'ajoutait un acompte de " chauffage et eau chaude et frais accessoires " de 300 fr, ainsi qu'un loyer de 250 fr. pour un " garage, parking ".
Le 28 février 2017, le locataire a restitué l'appartement et les parties ont établi un état des lieux de sortie le même jour.
B.
Le 12 mars 2018, le locataire a saisi la commission de conciliation en matière de baux à loyers d'une requête en conciliation contre les bailleresses. La conciliation ayant échoué, il a introduit une demande devant le Tribunal des baux le 18 juin 2018 concluant, au dernier état de ses conclusions, à ce que le loyer mensuel net initial soit fixé à 1'500 fr. pour l'appartement, et à 120 fr. pour la place de parc. Il a également conclu à la condamnation des bailleresses, solidairement entre elles, au remboursement d'un trop-perçu de 15'000 fr. pour l'appartement et de 1'560 fr. pour la place de parc et le trop-perçu des frais accessoires à hauteur de 3'600 fr.
Par réponse et demande reconventionnelle, les bailleresses ont conclu au rejet de la demande principale, et à ce que le locataire soit reconnu leur débiteur de la somme de 919 fr. 60 pour les charges 2016-2017.
Par jugement du 10 septembre 2019, le Tribunal des baux a rejeté la demande reconventionnelle, et a condamné les bailleresses à payer au locataire la somme de 13'572 fr. à titre de loyer perçu en trop pour l'appartement et de 1'690 fr. pour la place de parc, ainsi que de 3'600 fr. pour les frais accessoires. En substance les juges ont retenu que la formule de notification de loyer présentée par les bailleresses n'a pas fait l'objet d'un agrément du canton, que le loyer initial est en conséquence nul et que le locataire ne commettait pas d'abus de droit à soulever l'exception de nullité du loyer initial pour obtenir le remboursement des parts de loyer versées en trop. Les juges ont fixé le loyer initial en recourant à la méthode du rendement brut. Au taux hypothécaire de référence de 1.75%, le Tribunal des baux a ajouté deux points de pourcent pour tenir compte du prix relativement élevé du terrain par rapport au coût de construction pour le porter à 3.75%, fixant ainsi le loyer mensuel à 1'706 fr. pour l'appartement et à 120 fr. pour la place de parc.
Statuant sur l'appel des bailleresses, la cour cantonale l'a partiellement admis et réformé le jugement. La cour cantonale a rejeté le grief des appelantes qui soulevaient la prescription de l'action en nullité du loyer, faute pour elles de l'avoir soulevé en première instance. Statuant sur la contestation des bailleresses, du calcul de rendement effectué par le Tribunal des baux, la cour cantonale a ajouté au taux retenu par la première instance de 3.75%, deux points de pourcent supplémentaires en se référant à l'ATF 147 III 14, et a plafonné celui-ci à 5% compte tenu des conclusions des bailleresses. Procédant à un nouveau calcul de rendement sur la base de ces paramètres, la cour cantonale a fixé le loyer mensuel initial au niveau du loyer admissible le plus élevé, à savoir 2'275 fr. pour l'appartement et 150 fr. pour la place de parc. Elle a condamné les bailleresses à rembourser le trop-perçu à hauteur de 6'175 fr. pour l'appartement et à 1'300 fr. pour la place de parc.
C.
Contre cet arrêt qui leur a été notifié le 17 mai 2021, les bailleresses ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 14 juin 2021. Elles concluent principalement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. En substance, elles contestent la composition de la cour cantonale, allèguent une constatation arbitraire des faits, ainsi qu'une violation du droit par l'autorité intimée qui aurait omis de relever d'office la prescription de l'action du locataire.
Le locataire intimé n'a pas été invité à se déterminer.
Par ordonnance du 16 juin 2021, la requête d'effet suspensif a été rejetée.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions (art. 76 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire civile de droit du bail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en la matière (art. 74 al. 1 let. a LTF).
S'agissant de la demande de récusation, si le motif de récusation est découvert après la clôture de la procédure (i.e. une fois la décision attaquable rendue) mais avant l'écoulement du délai de recours au Tribunal fédéral, il doit être invoqué dans le cadre de ce recours (ATF 139 III 120 consid. 3.1.1; 138 III 702 consid. 3.4).
Les recourantes ayant découvert le motif de révision qu'elles invoquent à réception de l'arrêt du 6 mai 2021, c'est à juste titre qu'elles l'invoquent dans leur recours en matière civile. Dans ces conditions, l'arrêt déféré constitue une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance, au sens de l'art. 75 al. 1 LTF.
Le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1; 136 II 304 consid. 2.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 140 III 86 consid. 2, 115 consid. 2; 137 III 580 consid. 1.3). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 139 I 22 consid. 2.3; 137 III 580 consid. 1.3; 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 140 III 115 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2.3. En l'espèce, les recourantes contestent le fait retenu par la cour cantonale, qu'elles aient invoqué un taux de rendement brut admissible de la chose louée, de 5%. Il ressort pourtant de leurs écritures en instance d'appel que les recourantes ont soutenu sous le titre " fixation du loyer selon le [Tribunal des baux] ", que " ainsi, le taux de rendement brut selon les règles fixées par le TF, est de 5% et non le taux articulé par le [Tribunal des baux] de 3.75% qui est arbitraire ". Elles ne démontrent ainsi pas en quoi la constatation de la cour cantonale, de l'invocation d'un taux de 5% par les recourantes, serait arbitraire. Il apparaît que leur grief ne satisfait pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et est par conséquent irrecevable.
3.
Les recourantes contestent la composition de la cour cantonale ayant statué, en raison du fait que ses trois membres semblent liés avec l'associé de l'avocat de la partie adverse, par le fait qu'ils sont membres de l'" alliance rose-verte ", à savoir le parti des verts et le parti socialiste.
3.1. La garantie minimale d'un tribunal indépendant et impartial, telle qu'elle résulte des art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH - lesquels ont, de ce point de vue, la même portée - permet, indépendamment du droit de procédure (en l'occurrence l'art. 47 CPC), de demander la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à susciter des doutes quant à son impartialité. Elle vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, parce qu'une disposition relevant du for intérieur ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence d'une prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Cependant, seules les circonstances objectivement constatées doivent être prises en compte, les impressions purement subjectives de la partie qui demande la récusation n'étant pas décisives (ATF 140 III 221 consid. 4.1; 139 III 433 consid. 2.1.2; 139 III 120 consid. 3.2.1; 138 I 1 consid. 2.2 et les arrêts cités). Plus généralement, pour être à même de trancher un différend avec impartialité, un juge ne doit pas se trouver dans la sphère d'influence des parties (ATF 139 I 121 consid. 5.1; arrêts 5A_283/2014 du 3 septembre 2014 consid. 4; 5A_756/2008 du 9 septembre 2009 consid. 2.1 et les références).
Le Tribunal fédéral a déjà jugé que le fait qu'un juge et un avocat se connaissent, notamment du fait qu'ils sont membres du même parti politique, ne saurait suffire pour constituer un motif de récusation. Une relation d'amitié ou d'inimitié entre un juge et un avocat ne peut constituer un motif de récusation que dans des circonstances spéciales, qui ne peuvent être admises qu'avec retenue; il faudrait qu'il y ait un lien qui, par son intensité et sa qualité, soit de nature à faire craindre objectivement qu'il influence le juge dans la conduite de la procédure et dans sa décision (ATF 138 I 1, consid. 2.4).
3.2. En l'espèce, les recourantes n'invoquent pas que les membres de la cour cantonale ayant statué auraient des liens avec l'avocat de la partie adverse d'une intensité et d'une qualité telle qu'il faille craindre objectivement qu'ils les influencent. Ceux-ci n'ont qu'une connaissance en commun, en la personne de l'associé de l'avocat de la partie adverse avec qui l'une des juges de la composition siège au comité d'un parti politique. Les deux autres juges n'appartiennent pas au même parti politique que la première et le seul reproche d'impartialité que les recourantes formulent à leur encontre, tient au fait qu'elles sont membres du parti socialiste, lequel serait, selon elles, généralement favorable aux locataires.
Les recourantes ne démontrent pas que l'avocat de la partie adverse puisse influencer les juges de la cour cantonale en raison de ce fait dans la conduite de la procédure et dans leur décision. Ainsi ne démontrent-elles pas que les juges composant la cour cantonale saisie de leur affaire ne puissent rendre une décision objective dans le cas d'espèce. Leur grief doit donc être rejeté.
4.
Les recourantes invoquent que la cour cantonale a violé le droit en ne relevant pas d'office la prescription de l'action du locataire demandeur au stade de l'examen de la rec evabilité.
4.1. La prescription est une exception, soit un droit formateur particulier qui donne au débiteur le droit de refuser totalement ou partiellement la prestation due (TERCIER/PICHONNAZ, Le droit des obligations, 6e éd. 2019, n. 314). L'acquisition de la prescription ressortit aux faits et non au droit. Il s'agit en outre d'une institution de droit matériel et non de droit de procédure (TERCIER/PICHONNAZ, op. cit., n. 1654). A teneur de l'art. 142 CO, le juge ne peut suppléer d'office le moyen résultant de la prescription. Le débiteur doit donc soulever l'exception de prescription dans le procès, en la forme et au stade définis par le droit procédural (ATF 119 III 108 consid. 3a; 94 II 26 consid. 4c; 80 III 41 consid. 2; arrêt 4A_512/2019 du 12 novembre 2020 consid. 4.1.1).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a confirmé à juste titre le jugement de première instance, qui n'avait pas examiné d'office l'éventuelle prescription de l'action du demandeur, dès lors que celle-ci n'était pas invoquée par les bailleresses.
La cour cantonale n'a ainsi pas violé le droit en considérant que la prescription ne se constatait pas d'office. Elle n'avait pas non plus à examiner ce grief des bailleresses en appel, puisqu'il ne répondait pas aux conditions de l'art. 317 CPC, ce que les bailleresses n'avaient en outre pas allégué. Ce grief est donc rejeté.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté aux frais des recourantes. L'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer, ne perçoit pas de dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr. sont mis à la charge des recourantes.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 9 décembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron