Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in C._ wurde im Mai 2008 ins Handelsregister eingetragen. Die Gesellschaft verwaltet in erster Linie das in ihrem Eigentum stehende Mehrfamilienhaus an der Strasse D._in C._. Gemäss Jahresrechnung 2012 war sie sodann zu 10,43 % am Aktienkapital der E._ AG beteiligt.
Seit Juli 2009 ist F._ Delegierter des Verwaltungsrates der A._ AG und für diese Gesellschaft einzelzeichnungsberechtigt.
Die A._ AG deklarierte für das Steuerjahr 2010 einen Reinverlust von Fr. 98'107.--, für das Steuerjahr 2011 einen solchen von Fr. 4'724.-- und für das Steuerjahr 2012 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 24'300.--.
Mit Verfügungen vom 3. Juni 2016 veranlagte das Kantonale Steueramt St. Gallen die A._ AG hinsichtlich der direkten Bundessteuer sowie der Staats- und Gemeindesteuern der genannten Steuerjahre. Dabei nahm sie diverse Aufrechnungen vor.
B.
Hiergegen erhobene, allein die Gewinnsteuern betreffende Einsprachen hiess das Kantonale Steueramt St. Gallen am 4. August 2016 teilweise gut. Es hielt dabei daran fest, dass steuerbare Erträge von Fr. 10'500.-- (2010), Fr. 21'000.-- (2011) und Fr. 8'750.-- (2012) aufzurechnen seien, weil die A._ AG von Juli 2010 bis Mai 2012 der "G._ AG bzw. F._" eine Wohnung der Liegenschaft an der Strasse D._in C._ unentgeltlich zur Verfügung gestellt habe. Überdies qualifizierte es für (angeblichen) Liegenschaftsunterhalt verbuchte Aufwendungen von Fr. 54'000.-- zugunsten der H._ AG, einer Tochtergesellschaft der E._ AG, als nicht geschäftsmässig begründet und damit steuerpflichtig. Schliesslich berücksichtigte es von Amtes wegen Steuerrückstellungen von Fr. 2'700.--. Daraus resultierte für die Steuerjahre 2010 und 2011 jeweils kein steuerbarer Reingewinn (Verlust 2010 Fr. 87'607.--, Gewinn 2011 Fr. 16'276.--, verbleibender nicht verrechneter Verlust Fr. 71'331.--) und für das Steuerjahr 2012 ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 13'019.-- (Gewinn Fr. 84'350.-- abzüglich noch nicht verrechneter Verlust 2010 von Fr. 71'331.--).
Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen wies mit Entscheid vom 20. Juni 2017 gegen die Einspracheentscheide vom 4. August 2016 erhobene Rechtsmittel ab. Dagegen erhob die A._ AG mit Eingabe vom 14. Juli 2017 Beschwerden beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Das Verwaltungsgericht vereinigte die Verfahren betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern und wies mit Entscheid vom 13. Juli 2018 beide Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 29. August 2018 beantragt die A._ AG, sie sei unter Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 13. Juli 2018 entsprechend den von ihr eingereichten Steuererklärungen 2010 bis 2012 zu veranlagen. Eventualiter stellt die Gesellschaft das Begehren, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 13. Juli 2018 sei aufzuheben und es sei bei der Veranlagung der direkten Bundessteuer 2010-2012 sowie der Kantons- und Gemeindesteuern 2010-2012 auf die Aufrechnungen der Mieterträge bezüglich "G._ AG bzw. F._" sowie der zugunsten der H._ AG verbuchten Aufwendungen für Liegenschaftsunterhalt zu verzichten. Subeventualiter beantragt die A._ AG, die Angelegenheit sei zur Ergänzung des Sachverhalts sowie zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen oder an das Kantonale Steueramt St. Gallen zurückzuweisen. Die Gesellschaft fordert im Übrigen, die "ASU-Akten", d.h. die bei den kantonalen Vorakten liegenden Akten der Abteilung Strafsachen und Untersuchungen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (im Folgenden: ASU), seien aus dem Recht zu weisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und das Steueramt dieses Kantons beantragen, die Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern seien abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) schliesst auf Abweisung der Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer.
Das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts wies mit Verfügung vom 4. September 2018 ein Gesuch der A._ AG um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ab.
Erwägungen:
I. Formelles
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14] und Art. 146 Satz 1 DBG [SR 642.11]). Die Beschwerdeführerin ist als steuerpflichtige Adressatin des angefochtenen Entscheids ohne Weiteres zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf das innert der Beschwerdefrist (vgl. Art. 100 Abs. 1 BGG i.V.m. mit Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG) formgerecht (vgl. Art. 42 BGG) eingereichte Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten (vgl. aber E. 1.2 hiernach).
1.2. Hat eine Partei bei Anfechtung einer steuerlichen Veranlagung bestimmte Positionen weder im Einsprache- noch im Beschwerdeverfahren beanstandet oder geltend gemacht, kann sie grundsätzlich nicht verlangen, dass sich die obere Instanz nun damit auseinandersetzt (vgl. BGE 103 Ib 366 E. 1 S. 368 ff.; Urteile 2C_929/2014 vom 10. August 2015 E. 2.4; 2C_446/2007 vom 22. Januar 2008 E. 3.1).
Die Beschwerdeführerin fordert sinngemäss, der angefochtene Entscheid sei auch in Bezug auf andere Positionen als die in Erwägung 6 des angefochtenen Entscheids thematisierten Aufrechnungen (von Mieterträgen bezüglich der "G._ AG bzw. F._" und Aufwendungen für angeblichen Liegenschaftsunterhalt durch die H._ AG) zu ihren Gunsten zu korrigieren. Insoweit ist aber auf ihre Beschwerde nicht einzutreten. Denn es ist nicht ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin die entsprechenden Positionen im vorinstanzlichen Verfahren bestritten hätte. Zudem erscheint der Entscheid der Vorinstanz diesbezüglich nicht als offensichtlich unrichtig bzw. liegen diesbezüglich rechtliche Mängel nicht geradezu auf der Hand, so dass das Bundesgericht von vornherein keine Veranlassung hat, diese Positionen von Amtes wegen zu überprüfen (vgl. BGE 142 I 99 E. 1.7.1 S. 106; 103 Ib 366 E. 1b S. 370).
1.3. Das Bundesgericht prüft die Anwendung von Bundesrecht von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 143 V 19 E. 2.3 S. 23 f.) und mit uneingeschränkter (voller) Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 141 V 234 E. 2 S. 236).
Der angeblichen Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) und rein kantonalen Rechts geht das Bundesgericht nur nach, falls eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit; BGE 143 II 283 E. 1.2.2 S. 286).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117; 135 III 397 E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substantiiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18, mit Hinweisen; Urteil 4A_574/2015 vom 11. April 2016 E. 2.2). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (BGE 140 III 86 E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor dem Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE 143 V 19 E. 1.2 S. 22 f., mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin ergänzt an vielen Stellen den Sachverhalt, ohne eine genügende Sachverhaltsrüge im hiervor dargelegten Sinn zu erheben. Darauf ist, soweit erforderlich, im Sachzusammenhang zurückzukommen.
1.5. Insoweit, als die Beschwerdeführerin vorliegend auf Ausführungen in früheren Rechtsschriften verweist und damit sinngemäss eine Berücksichtigung der darin enthaltenen inhaltlichen Ausführungen fordert, genügt die Beschwerdeschrift nicht den Begründungsanforderungen von Art. 42 BGG (vgl. BGE 140 III 115 E. 2 S. 116, mit Hinweis). Diese Verweisungen sind daher im Folgenden nicht zu berücksichtigen.
2.
Die Beschwerdeführerin macht verschiedene Verletzungen ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend: Sie habe nicht in ordnungsgemässer Weise vollständige Akteneinsicht erhalten. Insbesondere hätten die kantonale Verwaltungsrekurskommission und die Vorinstanz zu ihrem Nachteil ein E-Mail des Beschwerdegegners an die ASU vom 29. September 2015 unter Verschluss gehalten. Zudem hätten ihr der Beschwerdegegner und die kantonale Verwaltungsrekurskommission Aktenstücke immer erst auf wiederholtes Nachfassen hin herausgegeben. Auch habe die Vorinstanz von ihr angebotene Beweise unzulässigerweise nicht abgenommen.
Die Beschwerdeführerin stellt sodann nach dem Wortlaut der Beschwerde einen (an sich zulässigen) Antrag auf Akteneinsicht im bundesgerichtlichen Verfahren (Beschwerde, S. 4). Aus dem Gesamtzusammenhang ergibt sich indessen, dass es ihr dabei sinngemäss nur um eine allfällige Heilung der von ihr gerügten Gehörsverletzung geht. Eine derartige Heilung kommt hier aber nicht in Betracht, da das Bundesgericht den Sachverhalt nicht frei überprüfen kann (vgl. E. 1.4). Auch würde eine Gewährung der Akteneinsicht vor Bundesgericht nach Ablauf der Beschwerdefrist keine Ergänzung der Beschwerdeschrift mehr erlauben. Da die Voraussetzungen einer Heilung - wie gesehen - ohnehin nicht gegeben wären, bleibt zu prüfen, ob die Rüge der Gehörsverletzung als solche begründet ist. Sollte es sich als erforderlich erweisen, der Beschwerdeführerin die Möglichkeit einzuräumen, sich einlässlich zu den Beweismitteln des Beschwerdegegners zu äussern und Beweisanträge zu stellen, müsste die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen werden (vgl. zum Ganzen Urteil 4A_453/2016 vom 16. Februar 2017 E. 2.5).
2.1.
2.1.1. Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV umfasst als Mitwirkungsrecht all jene Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (BGE 135 II 286 E. 5.1 S. 293, mit Hinweisen).
Das aus dem Gehörsanspruch fliessende Akteneinsichtsrecht (zu dessen Konkretisierung auf Gesetzesstufe vgl. Art. 114 DBG, Art. 41 Abs. 1 StHG sowie Art. 165 des Steuergesetzes des Kantons St. Gallen vom 9. April 1998 [SGS 811.1; im Folgenden: StG/SG]) bezieht sich auf sämtliche Akten eines Verfahrens, die für dieses erstellt oder beigezogen wurden, ohne dass ein besonderes Interesse geltend gemacht werden müsste (BGE 129 I 249 E. 3 S. 253 f.). Die effektive Wahrnehmung des Akteneinsichtsrechts setzt notwendigerweise voraus, dass die Akten vollständig sind (Urteil 6B_403/2018 vom 14. Januar 2019 E. 2.3.1).
Der Anspruch auf Akteneinsicht gilt nicht absolut; er kann aus überwiegenden Interessen durch Abdeckung und nötigenfalls Aussonderung eingeschränkt werden (vgl. BGE 115 Ia 293 E. 5c S. 304; Art. 114 Abs. 2 und 3 DBG, Art. 41 Abs. 1 Satz 2 StHG sowie Art. 165 Abs. 1 und 2 StG/SG).
Damit die Einsicht gewährt oder verweigert werden kann, hat die betroffene Person ein Gesuch um Akteneinsicht zu stellen. Dies bedingt die Pflicht der Behörde, über den Beizug neuer Akten zu informieren (BGE 132 V 387 E. 6.2; Urteile 4A_233/2017 vom 28. September 2017 E. 2.1; 5A_339/2017 vom 8. August 2017 E. 2.2; 2C_1066/2015 vom 18. Januar 2016 E. 2.1.2; 5A_115/2015 vom 1. September 2015 E. 3.4).
2.1.2. Die Beschwerdeführerin stützt ihre Rüge, ihr Akteneinsichtsrecht sei verletzt worden, in erster Linie auf die Behauptung, das erwähnte E-Mail des Beschwerdegegners an die ASU vom 29. September 2015 sei ihr bloss zufällig in die Hände gefallen und ihr nicht zur Einsicht offen gelegt worden. Ferner macht sie geltend, aufgrund des E-Mails müsse davon ausgegangen werden, dass es einen weiteren Mailverkehr zwischen den involvierten Behörden gegeben habe.
2.1.3. Die Beschwerdeführerin hat das genannte E-Mail mit einer Eingabe vom 25. Juni 2018 beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen eingereicht. Nach der grundsätzlich für das Bundesgericht bindenden Feststellung der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid (vgl. Art. 105 Abs. 1 BGG; E. 1.4) waren die Beilagen zu dieser Eingabe damals Teil der bereits bekannten Vorakten (vgl. Bst. C und E. 3 des angefochtenen Urteils). Letzteres wird zwar seitens der Beschwerdeführerin bestritten. Indessen hat sie nicht in der erforderlichen Weise klar und substantiiert aufgezeigt, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz in diesem Punkt willkürlich sein soll oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen soll (vgl. E. 1.4). Aus diesem Grund ist nicht davon auszugehen, dass der Beschwerdeführerin die Akteneinsicht in das E-Mail vom 29. September 2015 verweigert worden ist. Dies gilt selbst dann, wenn man berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin unter Hinweis auf ein mit dem vorliegenden Rechtsmittel eingereichtes Schreiben des Beschwerdegegners an die I._ AG vom 13. Dezember 2017 behauptet, sie habe das fragliche E-Mail vom Beschwerdegegner nur aufgrund des USB-Sticks in der Beilage zu diesem Schreiben und in einem gänzlich anderen Verfahren erhalten (vgl. dazu Beschwerde, S. 13, sowie Beschwerdebeilage 5). Auf diese Sachdarstellung der Beschwerdeführerin mit dem zugehörigen Schreiben des Beschwerdegegners kann nämlich vorliegend schon deshalb nicht abgestellt werden, weil die Beschwerdeführerin nicht mit präzisen Aktenhinweisen dargelegt hat, dass sie die entsprechenden rechtsrelevanten Tatsachen und das Schreiben als Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen in prozesskonformer Weise eingebracht hat (vgl. E. 1.4).
Wie gesehen, ist hinsichtlich des E-Mails des Beschwerdegegners an die ASU vom 29. September 2015 eine Verletzung des Akteneinsichtsrechts zu verneinen. Unter diesen Umständen ist nicht erkennbar, inwiefern dieses Recht im Übrigen missachtet worden sein sollte. Zwar behauptet die Beschwerdeführerin wie ausgeführt, sie habe jeweils erst nach wiederholter Nachfrage Einsicht in die vorliegenden Akten erhalten. Freilich macht sie ausser mit Bezug auf das E-Mail vom 29. September 2015 nicht geltend, dass sie keine Gelegenheit gehabt habe, die nunmehr dem Bundesgericht zur Verfügung stehenden Akten im vorinstanzlichen Verfahren zur Kenntnis zu nehmen und sich dazu zu äussern. Auch legt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend substantiiert dar, weshalb es mit Blick auf dieses E-Mail - wie von ihr behauptet - eine weitere, für das vorliegende Steuerverfahren durchgeführte oder beigezogene, aber nicht offen gelegte Korrespondenz zwischen den involvierten Behörden gegeben haben soll oder Aktenstücke "auf einem Geheimweg" von der ASU an den Beschwerdegegner gelangt sein sollen (vgl. Beschwerde, S. 13 und 44). Insbesondere lässt sich solches nicht der Formulierung des E-Mails entnehmen, deutet doch just die darin an die ASU gerichtete Frage, ob sie Kenntnis von der Beschwerdeführerin habe (vgl. Akten Beschwerdegegner, act. III [2012]/13 letztes Blatt; Beschwerde, S. 27), darauf hin, dass in der Sache der Beschwerdeführerin zuvor keine Kommunikation zwischen dem Beschwerdegegner und der ASU bestand.
Die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid, wonach keine Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass der Beschwerdegegner über nicht offen gelegte Akten verfügt, welche für den Standpunkt der Beschwerdeführerin sprechen (E. 3 des angefochtenen Entscheids), erscheint vor diesem Hintergrund nicht als willkürlich und ist demgemäss für das Bundesgericht bindend (vgl. E. 1.4).
2.2. Der Richter kann das Beweisverfahren schliessen, wenn die Anträge nicht erhebliche Tatsachen betreffen. Gleichermassen kann er Beweisanträge ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs ablehnen, wenn er aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener antizipierter Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 141 I 60 E. 3.3 S. 64, mit Hinweis).
Zu ihrer Rüge, die Vorinstanz habe von ihr offerierte Beweise zu Unrecht nicht abgenommen, führt die Beschwerdeführerin aus, es sei unrichtigerweise auf die Befragung von verschiedenen Zeugen (namentlich die Befragung einer langjährigen früheren Eigentümerin der Liegenschaft an der Strasse D._in C._ [J._]), auf die Einholung einer Auskunft beim Dachdeckerunternehmen K._ oder einem anderen Handwerksbetrieb, auf die Einholung von Amtsauskünften verschiedener Behörden (insbesondere der Schlichtungsstelle für Miet- und Pachtverhältnisse) und auf die Vornahme eines Augenscheines bei der streitbetroffenen Liegenschaft verzichtet worden.
Unter den Voraussetzungen der antizipierten Beweiswürdigung war es in den vorangegangenen kantonalen Verfahren zulässig, Beweisanträgen der Beschwerdeführerin nicht stattzugeben (vgl. auch Art. 115 DBG, Art. 41 Abs. 2 StHG sowie Art. 166 StG/SG). Ob diese Voraussetzungen erfüllt waren, ist aber im Zusammenhang mit der Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts und der Beweiswürdigung zu beurteilen, welche ihrerseits von der materiellen Rechtslage abhängen. Somit wird darauf bei der materiellrechtlichen Beurteilung zurückzukommen sein (siehe hinten E. 8.2 und 8.5; vgl. zum Ganzen Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2018 E. 3.4.2).
3.
Die Beschwerdeführerin fordert, die "ASU-Akten" seien aus dem Recht zu weisen. Sie rügt in diesem Zusammenhang im Wesentlichen, die ASU habe vorliegend eine unzulässige Doppelfunktion ausgeübt, indem sie sowohl im (vorliegenden) Verwaltungsverfahren, als auch in einem Verwaltungsstrafverfahren gegen F._ mitgewirkt habe. Durch die Beteiligung der ASU sei die Beschwerdeführerin vom Verfahren gegen F._ massgeblich tangiert worden, weshalb strafprozessuale Regeln einzuhalten seien. Im vorliegenden "ASU-Verfahren" seien diese Regeln und die Verfahrensrechte der Beschwerdeführerin - insbesondere die strafprozessualen Parteirechte - verletzt worden. Namentlich sei die Beschwerdeführerin zu keinem Zeitpunkt seitens der ASU befragt worden und sei unklar, ob Einvernahmeprotokolle vorlägen. Auch sei der Beschwerdeführerin kein ASU-Bericht eröffnet worden. Es stelle sich die Frage, ob die ASU überhaupt betreffend die Beschwerdeführerin in der gebotenen Weise einen Bericht erstellt habe. Mit ihrer Tätigkeit bzw. ihren "subjektiven und spekulativen Mutmassungen" und ihrer "hemmungslosen Kommunikation" mit dem Beschwerdegegner habe die ASU gegen Art. 29 und 30 BV sowie Art. 6 Abs. 1 EMRK verstossen (vgl. Beschwerde, S. 19 f.). Folglich würden die vorliegenden "ASU-Akten" einem absoluten Beweisverwertungsverbot unterliegen und seien sie aus dem Recht zu weisen.
3.1. Ein ASU-Verfahren kann bei begründetem Verdacht auf schwere Steuerwiderhandlungen angehoben werden (Art. 190 DBG). Dessen Untersuchungsmassnahmen richten sich nach den Art. 19-50 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht vom 22. März 1974 (VStrR; SR 313.0; Art. 191 und 192 DBG). In einem solchen Verfahren sind somit die Garantien und Regeln des Verwaltungsstrafrechts einzuhalten, die es im Lichte von Art. 6 EMRK auszulegen gilt (Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2018 E. 2.1.1).
3.2. Das Verwaltungsstrafrecht, das auf das ASU-Verfahren anwendbar ist, sieht Zwangsmittel vor. Solche strafprozessuale Zwangsmassnahmen stellen keine Form von unverhältnismässig ausgeübtem Zwang dar (BGE 140 II 384 E. 3 S. 388 ff.). Vielmehr handelt es sich um Beweismassnahmen, welche dem Staat zwecks Abklärung des Verdachts einer Straftat zur Verfügung stehen und auf die er jederzeit zurückgreifen kann (Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2018 E. 2.1.1).
3.3. Das ASU-Verfahren wird mit einem Bericht der ESTV abgeschlossen (Art. 193 DBG). Dieser Bericht hält die Einstellung der Untersuchung fest, wenn keine Widerhandlung vorliegt (Art. 193 Abs. 2 DBG). Wenn die ESTV aber zum Ergebnis gelangt, dass eine Steuerwiderhandlung zu ahnden ist, verlangt sie von der kantonalen Verwaltung im Falle einer Steuerhinterziehung die Durchführung eines Hinterziehungsverfahrens (Art. 194 Abs. 1 DBG). Bei einem Steuervergehen wird Anzeige bei der kantonalen Strafverfolgungsbehörde erstattet (Art. 194 Abs. 2 DBG).
3.4. Vorliegend wurde gegen F._ ein Untersuchungsverfahren der ASU eingeleitet. Selbst wenn angenommen würde, dass dieses ASU-Verfahren auch gegen die Beschwerdeführerin gerichtet ist, könnte sie daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten. Gegebenenfalls wäre es zwar insoweit zu einer Vermischung des Straf- und des Veranlagungsverfahrens gekommen, als das letztere Verfahren vorgezogen wurde, ohne dass es (soweit ersichtlich) zu einem Strafverfahren gegen die Beschwerdeführerin wegen versuchter oder vollendeter Hinterziehung oder zu einer Strafanzeige wegen entsprechender Delikte gekommen wäre (vgl. Urteil 2C_505/2017 vom 21. November 2018 E. 2.2.2 und 2.3). Für das hier zu beurteilende Steuerverfahren ist eine solche Vermischung von Straf- und Veranlagungsverfahren aber rechtsprechungsgemäss nicht problematisch. Denn die hypothetische Möglichkeit, dass die Behörden später im Strafverfahren die gültigen Gesetzesbestimmungen bzw. die anwendbaren Verfahrensgarantien missachten, kann für das Veranlagungsverfahren nicht schädlich sein (BGE 144 II 427 E. 2.3.3 S. 434, mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin legt sodann nicht klar und substantiiert dar, dass im Verfahren der ASU in der von ihr geltend gemachten Weise tatsächlich Vorschriften verletzt worden sind.
Auch das Vorbringen, die ASU habe lediglich "subjektive und spekulative Mutmassungen" angestellt, ist nicht hinreichend substantiiert. Ferner kann keine Rede sein von einer "hemmungslosen Kommunikation" der ASU mit dem Beschwerdegegner, zumal die ASU nach Art. 111 Abs. 1 i.V.m. Art. 195 Abs. 1 DBG (namentlich) den Steuerbehörden der Kantone kostenlos Auskunft erteilt und Akteneinsicht gewährt. Aufgrund dieser Bestimmungen war die vorliegend seitens der ASU dem Beschwerdegegner gewährte Amtshilfe - unabhängig vom Stadium des gegen F._ geführten Verfahrens - zulässig; eine Geheimhaltungspflicht der ASU bestand insoweit nicht (vgl. Art. 110 Abs. 2 DBG).
Eine Verwertung der Erkenntnisse der ASU im vorliegenden Steuerverfahren erscheint nach dem Gesagten als zulässig (vgl. zur in der Regel unproblematischen Verwendung von im Strafverfahren sichergestellten Beweismitteln im Verwaltungsverfahren auch Urteile 2C_112/2010 vom 30. September 2010 E. 5.2; 2A.701/2006 vom 3. Mai 2007 E. 5.1; ALFRED KÖLZ et al., Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl. 2013, N. 2037).
4.
Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss, der in ihrem Fall zuständig gewesene Steuerkommissär des Beschwerdegegners, L._, sei voreingenommen gewesen. Sie verweist in diesem Kontext auf die (angeblich) "sonderbare, abschätzige Tonalität" im E-Mail dieses Steuerkommissärs an die ASU vom 29. September 2015 (Beschwerde, S. 26 ff.).
4.1. Art. 30 Abs. 1 BV garantiert für gerichtliche Verfahren einen Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Auch in Verfahren vor nicht gerichtlichen Behörden - wie hier dem Beschwerdegegner - besteht insofern ein Anspruch auf Unparteilichkeit der Behörde, als am Entscheid kein befangenes Behördenmitglied mitwirken darf. In Analogie zu Art. 30 Abs. 1 BV verpflichtet Art. 29 Abs. 1 BV eine Amtsperson zum Ausstand, wenn Umstände vorliegen, die nach objektiven Gesichtspunkten geeignet sind, den Anschein der Befangenheit zu erwecken (vgl. BGE 139 I 121 E. 5.1 S. 125; Urteile 2C_382/2018 vom 15. März 2019 E. 2.3; 2C_142/2018 vom 3. August 2018 E. 3.2).
Gemäss der Rechtsprechung haben nicht richterliche Amtspersonen im Wesentlichen nur dann in den Ausstand zu treten, wenn sie an der zu behandelnden Sache ein persönliches Interesse haben, zu einem früheren Zeitpunkt gegenüber der Partei ihre persönliche Geringschätzung oder Abneigung zum Ausdruck gebracht haben oder wenn ihnen Verfahrens- oder Ermessensfehler unterlaufen sind, die nach ihrer Natur oder wegen ihrer aussergewöhnlichen Häufung besonders schwer wiegen und auf eine gravierende Verletzung ihrer Amtspflichten gegenüber dem Betroffenen hinauslaufen (vgl. Urteile 2C_382/2018 vom 15. März 2019 E. 3; 2C_238/2018 vom 28. Mai 2018 E. 4.2; 2C_433/2011 vom 1. Juni 2012 E. 2.3.1).
Ungeschickte Äusserungen eines untersuchenden Beamten kommen als Ausstandsgrund nur in Frage, wenn es sich dabei um eine schwere Verfehlung gegenüber der betroffenen Partei handelt (vgl. zu ungeschickten Äusserungen von Untersuchungsrichtern bzw. Staatsanwälten BGE 141 IV 178 E. 3.2.3 S. 180; 127 I 196 E. 2d S. 200; 116 Ia 14 E. 6 S. 21 f.; Urteil 1B_535/2018 vom 16. April 2019 E. 3).
4.2. Die Beschwerdeführerin betrachtet die im E-Mail vom 29. September 2015 enthaltenen Wendungen "bekannte Masche bei <F._-Gesellschaften>", "<bekannte> Herren" und "dahinter steckt z.T. wiederum M._" als genügend, um eine Voreingenommenheit des Steuerkommissärs L._ zu bejahen.
Die erwähnten Formulierungen finden sich in einem Abschnitt des E-Mails, in welchem der Steuerkommissär die anlässlich einer Besprechung mit F._ gemachten Feststellungen darlegt und von der Beschwerdeführerin getätigte Aufwendungen zugunsten nahestehender Personen thematisiert. Dabei erschöpfen sich die Formulierungen nicht darin, objektiv darauf hinzudeuten, dass die gleichen Beteiligten mehrfach ein gleiches Verhaltensmuster an den Tag gelegt hätten. Vielmehr weisen sie in ihrem Kontext in dem Sinne eine negative Konnotation auf, als damit implizit unterstellt wird, die jeweils gleichen Personen hätten wiederholt einen "Trick" angewendet, um Steuern einzusparen.
Der Steuerkommissär ersuchte aber im Anschluss an die genannten Formulierungen die ASU um eine steuerliche Beurteilung der im E-Mail genannten Aufwendungen und tat damit kund, dass er sich noch keine definitive Meinung gebildet hat. Deshalb sind die erwähnten Formulierungen, obschon sie ungeschickt sind, nicht derart, dass auf einen Ausstandsgrund zu schliessen wäre.
4.3. Die Ausführungen in der Beschwerde, wonach nicht nur der Steuerkommissär L._ befangen gewesen sei, sondern sämtliche vorliegend involvierten kantonalen Behörden parteiisch zu Ungunsten der Beschwerdeführerin gehandelt hätten, erscheinen nicht als stichhaltig. Namentlich verfängt das Vorbringen nicht, die kantonalen Behörden hätten früher als von ihnen behauptet Kenntnis vom Verfahren der ASU betreffend F._ gehabt und die Beschwerdeführerin hierüber getäuscht. Wie ausgeführt, bestehen keine genügenden Anhaltspunkte, dass in der Angelegenheit der Beschwerdeführerin eine ihr nicht offen gelegte Korrespondenz zwischen dem Beschwerdegegner und der ASU bestand (vgl. E. 2.1.3). Ob der Beschwerdegegner und die kantonalen Rechtspflegebehörden - anders als nach dem angefochtenen Entscheid - bereits vor dem 4. Juni 2015 Kenntnis vom ASU-Verfahren gegen F._ hatten, ist für den Ausgang des Verfahrens nicht relevant, weil die Beschwerdeführerin nicht substantiiert darlegt, inwiefern eine solche allfällige Kenntnis vorliegend in täuschender Weise einseitig zu ihren Ungunsten genutzt worden wäre.
II. Direkte Bundessteuer
5.
5.1. Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss Art. 58 Abs. 1 DBG zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b), sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand gehören gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG insbesondere: Kosten für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Gegenständen des Anlagevermögens; geschäftsmässig nicht begründete Abschreibungen und Rückstellungen; Einlagen in die Reserven; Einzahlungen auf das Eigenkapital aus Mitteln der juristischen Person, soweit sie nicht aus als Gewinn versteuerten Reserven erfolgen; sowie offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte. Zum steuerbaren Reingewinn gehören praxisgemäss namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Masse gewährt würden. Solche geldwerten Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Anteilsinhaber oder eine ihm nahestehende Person einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (BGE 131 II 593 E. 5.1 S. 607; Urteil 2C_795/2015 / 2C_796/2015 vom 3. Mai 2016 E. 2.1; 2C_273/2013 / 2C_274/2013 vom 16. Juli 2013 E. 3.1, mit Hinweisen, in: StE 2013 B 93.5 27).
5.2. Die Frage, ob ein Aufwand geschäftsmässig begründet ist, beantwortet die Betriebs- oder Unternehmungswirtschaftslehre. Geschäftsmässig begründet sind Kosten, wenn sie aus unternehmungswirtschaftlicher Sicht vertretbar erscheinen; nach der Rechtsprechung sind Aufwendungen dann geschäftsmässig begründet, wenn sie mit dem erzielten Erwerb unternehmungswirtschaftlich in einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang stehen (BGE 124 II 29 E. 3c S. 33; 113 lb 114 E. 2c S. 118 f.; Urteile 2C_795/2015 /2C_796/2015 vom 3. Mai 2016 E. 2.2; 2C_104/2010 vom 23. Juni 2010 E. 2.2.1, in: StE 2010 B 27.6 Nr. 16).
5.3. Im Bereich der geldwerten Leistungen und Vorteile gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen trägt, die steuerpflichtige Gesellschaft dagegen diejenige für all das, was die Steuer aufhebt oder mindert. Der Behörde obliegt insbesondere der Nachweis dafür, dass die Gesellschaft eine Leistung erbracht hat und dieser keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Hat die Behörde ein solches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung dargetan, so ist es Sache der steuerpflichtigen Gesellschaft, die damit begründete Vermutung zu entkräften. Gelingt ihr das nicht, trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit (vgl. BGE 133 II 153 E. 4.3 S. 158; 121 II 257 E. 4c/aa S. 266; 119 Ib 431 E. 2c S. 435; ASA 68 246 E. 2b; 65 397 E. 2b; 63 145 E. 4).
6.
6.1. Gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG; E. 1.4 hiervor) hat die Beschwerdeführerin der G._ AG oder F._ vom Juli 2010 bis Ende Mai 2012 ein Nutzungsrecht an einer Wohnung im 3. Obergeschoss der Liegenschaft an der Strasse D._ in C._ eingeräumt, ohne dass dafür ein Entgelt bezahlt worden wäre. F._ war im fraglichen Zeitraum sowohl bei der Beschwerdeführerin, als auch bei der G._ AG Delegierter des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift.
Es ist unbestritten, dass vorliegend mit der Einräumung des erwähnten Nutzungsrechts eine Leistung an einen Aktionär der Beschwerdeführerin oder eine solche an eine einem Aktionär der Beschwerdeführerin nahestehende Person erbracht wurde.
Die Vorinstanz bejahte vor diesem Hintergrund das Vorliegen einer verdeckten Gewinnausschüttung in Form der Einräumung eines unentgeltlichen Nutzungsrechts. Sie erklärte, die Beschwerdeführerin mache zwar geltend, die Einräumung des Nutzungsrechts sei geschäftsmässig begründet gewesen, weil sie als Gegenleistung Aufsichtsarbeiten der G._ AG bzw. F._s zur Verhinderung von Gebäudeschäden und Unfällen erhalten habe, die G._ AG für diese Aufsichtsarbeiten kein Honorar geltend gemacht habe und die Beschwerdeführerin im Gegenzug auf eine Raummiete verzichtet habe. Die angeblichen Aufsichtsarbeiten zur Vermeidung unkontrollierter Wassereintritte infolge eines undichten Daches seien aber nicht nachgewiesen. Insbesondere seien solche Aufsichtstätigkeiten nicht in der gebotenen Weise in der Erfolgsrechnung ausgewiesen. Eine Verletzung der Untersuchungspflicht könne dem Beschwerdegegner in diesem Kontext nicht vorgeworfen werden. Vielmehr sei die Beschwerdeführerin ihrer Mitwirkungspflicht nicht nachgekommen, indem sie es unterlassen habe, weitere Unterlagen einzureichen, um die Werthaltigkeit der angeblichen Aufsichtstätigkeiten darzulegen.
Vor dem Bundesgericht wendet die Beschwerdeführerin ein, der Beschwerdegegner sei seiner Untersuchungspflicht nicht nachgekommen. Eine Verletzung dieser Pflicht sei umso mehr anzunehmen, als sich der Beschwerdegegner über Jahre hinweg weitgehend passiv verhalten und das Verfahren nicht vorangetrieben habe. Demgegenüber könne man der Beschwerdeführerin keine Missachtung der Mitwirkungspflicht vorwerfen. Abgesehen davon, dass sie bis am 29. September 2015 in gutem Glauben habe damit rechnen dürfen, dass ihrerseits keine weitere Mitwirkung erforderlich sei, habe sie verschiedene Beweismittel offeriert, auf deren Abnahme namentlich die Vorinstanz in gehörsverletzender Weise verzichtet habe. Was die Gewichtung der Mitwirkungspflicht betreffe, müsse zu Gunsten der Beschwerdeführerin berücksichtigt werden, dass sie seit einer am 30. April 2014 erfolgten Beschlagnahme ihrer Akten durch die ASU auf keine Unterlagen mehr zurückgreifen könne.
6.2.
6.2.1. Der Untersuchungsgrundsatz wird insbesondere durch die Mitwirkungspflicht der Parteien eingeschränkt (vgl. BGE 138 V 86 E. 5.2.3 S. 97; 125 V 193 E. 2 S. 195).
6.2.2. Hätte es sich vorliegend tatsächlich so zugetragen, wie die Beschwerdeführerin behauptet, wäre sie wegen des Grundsatzes der Klarheit und Vollständigkeit der Jahresrechnung (Art. 958 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 OR) verpflichtet gewesen, in ihrer Buchhaltung zum einen die kalkulatorischen Kosten für das Zurverfügungstellen der Wohnung und zum anderen die empfangenen Aufsichtstätigkeiten separat auszuweisen. Schon dadurch, dass dies unbestrittenermassen nicht geschehen ist, war die behördliche Untersuchungspflicht relativiert (vgl. E. 6.2.1 hiervor).
Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin gemäss den für das Bundesgericht bindenden Feststellungen im vorinstanzlichen Entscheid (Art. 105 Abs. 1 BGG; E. 1.4) die Aufrechnung eines kalkulatorischen Mietzinses für die unentgeltliche Einräumung eines Nutzungsrechts an der Wohnung bereits im Veranlagungsverfahren anerkannt hatte (vgl. E. 6.2 Abs. 2 des angefochtenen Entscheids). Es bestand bei dieser Sachlage kein Anlass für die Behörden, in diesem Punkt weitere Sachverhaltserhebungen zu tätigen. Selbst wenn der Beschwerdeführerin keine Verletzung der Mitwirkungspflicht vorzuwerfen wäre, wäre die von der Vorinstanz bestätigte Aufrechnung eines kalkulatorischen Mietzinses prinzipiell zulässig. Denn aufgrund der fehlenden Verbuchung einer seitens der nahestehenden Person (G._ AG oder F._) erbrachten Gegenleistung bestand die begründete Vermutung einer verdeckten Gewinnausschüttung (vgl. E. 5.3). Ihrer Obliegenheit, diese Vermutung zu entkräften, ist die Beschwerdeführerin nicht nachgekommen.
6.2.3. Am hier gezogenen Schluss kann auch der von der Beschwerdeführerin erhobene Vorwurf, es seien verschiedene, von ihr offerierte Beweismittel zu Unrecht nicht abgenommen worden, nichts ändern. Die Beschwerdeführerin hat nämlich nicht substantiiert dargetan, dass sie im Verfahren vor den kantonalen Behörden (namentlich im vorinstanzlichen Verfahren) die in der Beschwerde im Zusammenhang mit der bestrittenen Aufrechnung eines kalkulatorischen Mietzinses genannten Beweise angeboten hätte. Ohnehin behauptet die Beschwerdeführerin lediglich, mit diesen Beweisen lasse sich erkennen, dass das Dach der Liegenschaft an der Strasse D._ in C._ im Jahr 2010 in einem katastrophalen Zustand gewesen sei. Selbst wenn Letzteres der Fall gewesen wäre, würde daraus nicht folgen, dass die Beschwerdeführerin als Gegenleistung für die Einräumung des Nutzungsrechts an der Wohnung Aufsichtstätigkeiten erhalten hat.
Was die Behauptung der Beschwerdeführerin betrifft, sie habe infolge einer Aktenbeschlagnahme durch die ASU vom 30. April 2014 keine Unterlagen mehr beibringen können, fand der entsprechende Sachumstand keine Erwähnung im angefochtenen Entscheid und macht die Beschwerdeführerin keine unrichtige Sachverhaltsfeststellung im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG geltend. Anlass für eine Berichtigung oder Ergänzung des Sachverhalts gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG besteht nicht. Deshalb sind die Aktenbeschlagnahme durch die ASU und die damit für die Beschwerdeführerin angeblich verbundenen Einschränkungen des Aktenzuganges als neue Tatsachen im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG zu qualifizieren (vgl. BGE 136 V 362 E. 3.3.1 und E. 3.3.2 S. 364 f.). Die Beschwerdeführerin legt nicht näher dar, weshalb diese Noven ausnahmsweise zulässig sein sollten. Mit dem blossen Hinweis darauf, dass die Vorinstanz der Beschwerdeführerin vorgeworfen hat, keine genügenden Angaben zu den Mietverträgen gemacht zu haben (Beschwerde, S. 17), ist nämlich nicht aufgezeigt, dass die angebliche Beschlagnahme und die damit verbundenen, behaupteten Einschränkungen der Mitwirkungsmöglichkeiten der Beschwerdeführerin erst durch den angefochtenen Entscheid - etwa aufgrund einer neuen überraschenden rechtlichen Argumentation der Vorinstanz (vgl. BGE 136 III 123 E. 4.4.3 S. 129; Urteil 4A_36/2008 vom 18. Februar 2008 E. 4.1) - rechtserheblich wurden (vgl. E. 1.4).
6.3. Es ist nach dem Gesagten grundsätzlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die vorgenommene Aufrechnung eines kalkulatorischen Mietzinses für die Zeitspanne vom Juli 2010 bis Ende Mai 2012 bestätigt hat.
7.
Zu klären ist indessen, ob die Höhe des kalkulatorischen Mietzinses korrekt ermittelt wurde.
7.1. Die Vorinstanz nahm mit dem Beschwerdegegner und der Steuerrekurskommission des Kantons St. Gallen an, dass sich der unter unabhängigen Dritten geschuldete Mietzins auf monatlich Fr. 1'750.- (inkl. Nebenkosten) belaufen hätte. Sie stützte sich hierbei auf aktenkundige Erkenntnisse der ASU. Die Vorinstanz führte dazu im Wesentlichen aus, der mit den Nachmietern per 1. Juli 2012 abgeschlossene Mietvertrag, auf welchen sich der Beschwerdegegner und die Steuerrekurskommission bezogen hätten, liege zwar nicht bei den Akten. Indessen habe die Beschwerdeführerin die Höhe des mit diesen Nachmietern vereinbarten Mietzinses nicht unter Vorlage des fraglichen Mietvertrages bestritten, obschon ihr dies als Eigentümerin und Vermieterin der Wohnung ohne Weiteres hätte möglich sein müssen.
7.2. Die genannten Erwägungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden:
Die Beschwerdeführerin bringt zwar vor, ein von ihr mit Schreiben vom 12. Juli 2011 beim Beschwerdegegner eingereichter Mieterspiegel sei seitens der Vorinstanz zu Unrecht nicht berücksichtigt worden (Beschwerde, S. 33). Indessen trifft das nicht zu, hat doch die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid ausgeführt, auf diesen Mieterspiegel könne unter anderem deshalb nicht abgestellt werden, weil die Beschwerdeführerin nicht dargelegt habe, dass das darin genannte Mietverhältnis bis im Juli 2010 Bestand gehabt habe und wann die Wohnung restauriert worden sei (E. 6.2 Abs. 3 des angefochtenen Entscheids in fine).
Die Darstellung der Beschwerdeführerin, wonach die Wohnung zuerst habe grundsaniert werden müssen, bevor sie ab Juni 2012 für monatlich Fr. 1'750.-- an die neuen Mieter habe vermietet werden können (Beschwerde, S. 34), erscheint ebenfalls nicht als stichhaltig. Denn im angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz in für das Bundesgericht bindender Weise (vgl. Art. 105 Abs. 1 BGG; E. 1.4) festgestellt, die Sanierungsbedürftigkeit der Wohnung, welche sich nicht im Dachstock, sondern im 3. Stock befinde, ergebe sich nicht aus dem von der Beschwerdeführerin angerufenen Umstand, dass das Dach der Liegenschaft undicht gewesen sei (E. 6.2 Abs. 3 des angefochtenen Entscheids). Die Beschwerdeführerin hat vor dem Bundesgericht nicht substantiiert dargelegt, dass die Wohnung sanierungsbedürftig war und wann genau die Sanierung tatsächlich stattfand. Eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz ist in diesem Punkt nicht geltend gemacht, geschweige denn erstellt.
Im angefochtenen Entscheid berücksichtigt wurde im Übrigen die Tatsache, dass ein Mieter Ende Juni 2008 einen Betrag von Fr. 1'100.-- mit dem Vermerk "Miete Strasse D._" zugunsten der Beschwerdeführerin bei der Post eingezahlt hat (E. 6.2 Abs. 3 des angefochtenen Entscheids). An dieser Stelle nicht weiter einzugehen ist auf das Vorbringen in der Beschwerde, dieser Mieter habe bis zum Ende des Mietverhältnisses im März 2010 vom abgemachten Mietzins abweichende Monatsbeträge an die Beschwerdeführerin überwiesen (Beschwerde, S. 33). Die Beschwerdeführerin legt nämlich nicht näher dar, dass sie die als Beleg für diese Darstellung beim Bundesgericht eingereichten Zahlungsbelege (Beschwerdebeilage 11) bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat. Auch ist nicht ersichtlich, dass erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gegeben hat, diese Dokumente vorzulegen. Mit anderen Worten beruft sich die Beschwerdeführerin auf eine neue Tatsache und neue Beweismittel, die im vorliegenden Beschwerdeverfahren nicht zu berücksichtigen sind (vgl. E. 1.4 hiervor).
8.
8.1. Streitig ist sodann, ob der Beschwerdegegner zu Recht einen von der Beschwerdeführerin im Geschäftsjahr 2012 als Liegenschaftsunterhalt verbuchten Aufwand von Fr. 54'000.-- als verdeckte Gewinn-ausschüttung aufgerechnet hat. Nach der Darstellung im angefochtenen Entscheid liegt zu diesem Aufwand eine Rechnung der H._ AG betreffend Renovationsarbeiten in einer 4-Zimmerwohnung im 2. Obergeschoss der Liegenschaft an der Strasse D._in C._ vor. Es ist unbestritten, dass bei im Zusammenhang mit dieser Rechnung erbrachten Leistungen der Beschwerdeführerin aufgrund der vorliegenden Beteiligungsverhältnisse von Zuwendungen der Beschwerdeführerin an einen Anteilsinhaber oder eine ihm nahestehende Person auszugehen ist.
8.2. Die Vorinstanz kam im angefochtenen Entscheid gestützt auf verschiedene Indizien zum Schluss, dass die H._ AG die in der erwähnten Rechnung genannten Arbeiten gar nicht erbracht habe und es damit an einer Gegenleistung für den verbuchten Aufwand fehle. Infolgedessen bejahte sie das Vorliegen einer verdeckten Gewinnausschüttung.
Als Indizien für die fehlende tatsächliche Leistungserbringung durch die H._ AG erachtete die Vorinstanz namentlich einen ihrer Ansicht nach bestehenden Widerspruch zwischen den geltend gemachten Renovationsarbeiten und der statutarischen Umschreibung des Zwecks der H._ AG, das Vorliegen einer weiteren Rechnung über denselben Betrag betreffend (angeblich) dieselbe Angelegenheit sowie das Fehlen von verbuchten Personalaufwendungen oder Fremdarbeiten in der Buchhaltung der H._ AG. Auf eine Abnahme der in diesem Kontext offerierten Beweise (Durchführung eines Augenscheins, Befragung von J._ und Einholung einer Amtsauskunft bei der Schlichtungsstelle für Miet- und Pachtverhältnisse) sei in antizipierter Beweiswürdigung zu verzichten. Es sei nämlich nicht ersichtlich, inwiefern diese Beweismittel schlüssige Antworten zur Frage, ob die H._ AG die fakturierten Arbeiten ausgeführt habe, liefern könnten.
8.3.
8.3.1. Der statutarische Zweck der H._ AG bestand im Jahr 2012 gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. Art. 105 Abs. 1 BGG; E. 1.4) im "Contracting" und der "Förderung ökologischer Heiz- und Stromeinspeisesysteme" (vgl. E. 6.3 Abs. 3 des angefochtenen Entscheids). Die Vorinstanz hat damit richtigerweise angenommen, dass die in Frage stehenden Renovationsarbeiten, die in der Rechnung der H._ AG im Einzelnen mit "Ausbruch und Entsorgung Küche und Bad/WC; Parkett schleifen und versiegeln, Stein-Plattenboden neu Küche und Bad/WC, Steinplatten, teilweise in Parkett einfügen; ganze Wohnung neuer Abrieb weiss; Mauerwerk, Neuaufbau schadhafter Stellen; Ausbesserung schadhafter Stellen in der Decke; Material und Arbeit sowie Bereitstellung Bauschutt für Entsorgung" umschrieben wurden (vgl. E. 6.3 Abs. 4 des angefochtenen Entscheids), nicht dem damaligen statutarischen Zweck der H._ AG entsprachen. Auch hat die Vorinstanz diesen Umstand zu Recht als Indiz gewertet, das grundsätzlich gegen eine tatsächliche Erbringung dieser Leistungen spricht.
Hierbei bleibt es auch, wenn die Ausführungen der Beschwerdeführerin zu angeblichen Werkunternehmerarbeiten der H._ AG im Jahr 2014 und das in diesem Zusammenhang angerufene Schreiben der ASU vom 30. Juni 2014 mit einbezogen würden (vgl. Beschwerde, S. 43). Denn damit vermochte die Beschwerdeführerin nicht nachzuweisen, dass die H._ AG (bereits) im Jahr 2012 vom statutarischen Zweck abweichende Tätigkeiten ausübte. Ohnehin bestanden die für das Jahr 2014 geltend gemachten Arbeiten der H._ AG im Ersatz einer alten durch eine neue Heizanlage, was unter Umständen - anders als die hier interessierenden Renovationsarbeiten - unter den statutarischen Zweck der Förderung ökologischer Heizsysteme subsumiert werden kann.
Nicht geklärt zu werden braucht bei dieser Sachlage, ob die erwähnten, im Jahr 2014 durchgeführten Arbeiten im vorliegenden Verfahren unzulässige neue Tatsachen bilden.
8.3.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet sodann nicht, dass die H._ AG keinen Aufwand für Personal oder Fremdarbeiten im Jahr 2012 auswies. Vielmehr anerkennt sie dies an einer Stelle ihrer Beschwerde ausdrücklich (vgl. Beschwerde, S. 48; siehe dazu auch hinten E. 8.5). Entgegen ihrer Auffassung kann über die Tatsache, dass in der Jahresrechnung der H._ AG kein entsprechender Aufwand verbucht wurde, nicht hinweggesehen werden. Stattdessen bildet diese Tatsache ein gewichtiges Indiz dafür, dass die Renovationsarbeiten von dieser Gesellschaft gar nicht erbracht worden sind. Schon deshalb und aufgrund des erwähnten Umstandes, dass die Renovationsarbeiten nicht dem damaligen Zweck der H._ AG entsprachen, muss mit der Vorinstanz davon ausgegangen werden, dass eine tatsächliche Leistungserbringung bzw. eine Gegenleistung der H._ AG nicht nachgewiesen ist.
Bei dieser Sachlage erübrigt es sich, auf die Argumente der Beschwerdeführerin einzugehen, mit welchen sie die weiteren, von der Vorinstanz ins Feld geführten Indizien für das Fehlen einer Gegenleistung zu entkräften sucht. Was die Beschwerdeführerin darüber hinaus vorbringt, stellt die Würdigung der Vorinstanz - wie im Folgenden ersichtlich wird - ebenfalls nicht ernstlich in Frage.
8.4.
8.4.1. Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, die Vorinstanz habe eine Offerte der H._ AG vom 23. Juli 2012 in willkürlicher Weise nicht berücksichtigt. Allerdings hat die Beschwerdeführerin nicht hinreichend substantiiert dargelegt, dass die Vorinstanz diese Offerte ohne sachlichen Grund oder in Verkennung ihres Sinnes und ihrer Tragweite als nicht entscheidwesentlich ausser Acht gelassen hat. Soweit die Beschwerdeführerin meint, die Offerte hätte für die Prüfung der Angemessenheit von Leistung und Gegenleistung herangezogen werden müssen, ist ihr entgegenzuhalten, dass vorliegend mangels erstellter Gegenleistung eine Angemessenheitsprüfung bzw. ein Drittvergleich entbehrlich war.
Im Übrigen ist nicht schlüssig dargelegt, weshalb der blosse Umstand, dass der Beschwerdegegner die Offerte (anders als die Rechnung) während des gesamten Veranlagungsverfahrens nicht in Frage gestellt haben soll, ein nach Treu und Glauben schutzwürdiges Vertrauen der Beschwerdeführerin in die Abzugsfähigkeit des streitbetroffenen Aufwandes begründet haben soll (in diesem Sinne jedoch Beschwerde, S. 50).
8.4.2. Eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung bzw. willkürliche Beweiswürdigung durch die Vorinstanz wurde vorliegend sodann auch insoweit nicht in hinreichend substantiierter Weise gerügt, als die Beschwerdeführerin geltend macht, die Vorinstanz sei nicht auf die Möglichkeit einer "Verortung der Handwerkerrechnungen" eingegangen (vgl. Beschwerde, S. 52 f.). Die Beschwerdeführerin hat nämlich nicht aufgezeigt, dass sie bei der Vorinstanz zumindest ansatzweise dargelegt hat, wie die angeblich vorliegenden Handwerkerrechnungen ihrer Ansicht nach im Einzelnen zu würdigen gewesen wären und inwiefern sich daraus tatsächlich (sowie entgegen den in eine andere Richtung weisenden Indizien) ergeben soll, dass die H._ AG die fraglichen Renovationsarbeiten erbracht hat. Unter diesen Umständen ist auch nicht erkennbar, dass die Vorinstanz in diesem Punkt die aus dem Gehörsanspruch (Art. 29 Abs. 2 BV) fliessende Begründungspflicht verletzt hat, darf sich das Gericht doch rechtsprechungsgemäss auf die wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (vgl. zur Begründungspflicht BGE 142 III 433 E. 4.3.2; 141 III 28 E. 3.2.4; 139 IV 179 E. 2.2; 139 V 496 E. 5.1; 138 IV 81 E. 2.2; je mit Hinweisen).
8.5. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz in bundesrechtskonformer Weise darauf geschlossen, dass dem verbuchten Aufwand von Fr. 54'000.-- keine Gegenleistung der H._ AG gegenüberstand und dieser Betrag folglich als verdeckte Gewinnausschüttung steuerlich bei der Beschwerdeführerin aufzurechnen ist. An diesem Ergebnis nichts zu ändern vermag das Vorbringen der Beschwerdeführerin, man habe in den vorangegangenen Verfahren zu Unrecht die angebotenen Beweise nicht abgenommen:
Zum einen war die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz hinsichtlich der beantragten Durchführung eines Augenscheins, der Befragung von J._ und der Einholung einer Amtsauskunft bei der Schlichtungsstelle für Miet- und Pachtverhältnisse zulässig. Denn die Beschwerdeführerin konzediert selbst zu Recht, dass diese Beweismittel nicht geeignet sind, die tatsächliche Leistungserbringung durch die H._ AG nachzuweisen (Beschwerde, S. 51). Zwar macht sie geltend, es hätte sich aufgrund dieser Beweismittel erstellen lassen, dass die Liegenschaft an der Strasse D._ in C._ - wie angeblich in der Buchhaltung der Beschwerdeführerin festgehalten - in den Jahren 2010 bis 2012 für insgesamt Fr. 742'619.-- grundsaniert wurde. Allerdings legt sie nicht näher dar, wie die letztere Tatsache mit den genannten Beweismitteln konkret nachgewiesen werden könnte, und wäre diese Tatsache für sich allein nicht hinreichend für den Nachweis einer Gegenleistung der H._ AG. Die entsprechenden Beweisanträge bezogen sich damit auf einen nicht rechtserheblichen Sachumstand, so dass das Beweisverfahren ohne Weiteres geschlossen werden durfte (vgl. E. 2.2).
Zum anderen nennt die Beschwerdeführerin zwar auch weitere Beweismittel, welche in den vorangegangenen Verfahren zu Unrecht nicht abgenommen worden sein sollen. Abgesehen davon, dass nicht substantiiert dargetan ist, dass die Beschwerdeführerin die entsprechenden Beweisanträge bei der Vorinstanz ohne Erfolg gestellt und/oder wiederholt hätte, betreffen diese grösstenteils nur die Sanierungsbedürftigkeit der Liegenschaft und der fraglichen Wohnung. Im Übrigen stellt sich die Beschwerdeführerin zwar auf den Standpunkt, die angeblich beantragte Einholung von Amtsauskünften des Kantonalen Steueramtes Zürich und der Hauptabteilung Mehrwertsteuer der ESTV hätte "Klarheit darüber geschaffen, dass [die] H._ AG den Werklohn korrekt und vollständig deklariert hat in ihrem eigenen Rechnungswesen" (Beschwerde, S. 49). Sie hat aber - wie ausgeführt - an anderer Stelle der Beschwerde selbst erklärt, dass die H._ AG keinen Aufwand für Personal oder Fremdarbeiten im Jahr 2012 verbucht hat (Beschwerde, S. 48). Überdies hat sie nicht in der erforderlichen Weise klar und substantiiert aufgezeigt, dass die mit dieser Erklärung übereinstimmende Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz in diesem Punkt offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht. Bei dieser Sachlage ist nicht ersichtlich, inwiefern die kantonalen Steuerbehörden vorliegend zu weiteren Sachverhaltserhebungen betreffend die Verbuchung der Renovationsarbeiten bei der H._ AG verpflichtet gewesen wären.
9.
Der angefochtene Entscheid betreffend die direkte Bundessteuer 2010 bis 2012 ist nach dem Ausgeführten, soweit hier zu überprüfen, bundesrechtskonform. Die hiergegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit, soweit darauf einzutreten ist, abzuweisen.
III. Staats- und Gemeindesteuern
10.
Art. 82 Abs. 1 StG/SG harmoniert mit Art. 24 Abs. 1 lit. a StHG und entspricht vollständig Art. 58 Abs. 1 DBG. Auch die übrigen im vorliegenden Fall für die Staats- und Gemeindesteuern massgeblichen Regelungen stimmen - abgesehen von den nur im Bereich der direkten Bundessteuer bestehenden Vorschriften zu den besonderen Untersuchungsmassnahmen der ESTV (Art. 190 ff. DBG) - im Wesentlichen mit den vorgenannten einschlägigen Vorschriften des DBG überein (vgl. zur Untersuchungsmaxime insbesondere Art. 46 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 4 StHG bzw. Art. 178 Abs. 1 und Art. 182 Abs. 1 Satz 1 StG/SG; zu den Mitwirkungspflichten des Steuerpflichten namentlich Art. 42 Abs. 1 und 2 StHG bzw. Art. 170 StG/SG). Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer auch für die Staats- und Gemeindesteuern zutreffen, und es ergibt sich dasselbe Ergebnis.
Die Beschwerde ist damit auch in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern, soweit darauf einzutreten ist, abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigungen
11.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG). Insbesondere steht dem Kanton St. Gallen, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, Steuerperioden 2010-2012, wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons St. Gallen, Steuerperioden 2010-2012, wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
3.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Januar 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: König