Fatti:
A.
A._ lavora dal 1° luglio 1996 presso l'Istituto per anziani B._ con un grado di occupazione del 45%. Dalla stessa data, l'interessato beneficia di una rendita dell'assicurazione invalidità e dell'assicurazione contro gli infortuni per un grado d'invalidità del 55%. Con petizione del 3 giugno 2016 A._ ha chiesto al Tribunale cantonale delle assicurazioni del Cantone Ticino di accertare il suo obbligo di affiliazione presso la Fondazione collettiva LPP Swiss Life - quale istituto di previdenza del suo datore di lavoro (di seguito Fondazione) - dal 1° luglio 1996 e di condannare il datore di lavoro a versare alla Fondazione la totalità dei contributi dovuti da tale data. Con risposta di causa e domanda riconvenzionale del 28 giugno 2016, il datore di lavoro ha dichiarato la propria acquiescenza per quanto riguarda l'affiliazione e il relativo pagamento dei contributi, ma solo a partire dal 1° gennaio 2010, chiedendo riconvenzionalmente all'interessato il pagamento della sua parte di contributi che per il periodo dal 1° gennaio 2010 al 31 dicembre 2015 ammonta a fr. 9'277.-. Con replica e risposta convenzionale del 19 agosto 2016, A._ ha confermato le conclusioni della petizione e respinto la domanda riconvenzionale. Dal 1° settembre 2015, il datore di lavoro conteggia i contributi LPP.
B.
Dopo avere chiamato in causa la Fondazione e dato alle parti la possibilità di esprimersi, il Tribunale cantonale, con giudizio del 7 dicembre 2017, ha accolto parzialmente la petizione, nel senso che ha accertato l'obbligo del datore di lavoro di assicurare A._ con effetto retroattivo dal 1° luglio 1996 ma con obbligo di versare alla Fondazione i contributi previdenziali dal 1° marzo 2001 al 31 agosto 2015 (dispositivo n. 1). Il Tribunale cantonale ha inoltre accolto la domanda riconvenzionale condannando A._ a versare al suo datore di lavoro la sua quota parte dei contributi previdenziali dal 1° marzo 2001 al 31 agosto 2015 per un importo di fr. 19'964.35 (dispositivo n. 2).
C.
A._ inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, cui chiede, previo riconoscimento dell'effetto sospensivo, di riformare il dispositivo n. 2 del giudizio cantonale, nel senso che la quota parte dei suoi contributi LPP dovuti ammonta a fr. 9'277.- per il periodo dal 1° gennaio 2010 al 31 dicembre 2015.
Il datore di lavoro e la Fondazione hanno presentato delle osservazioni, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali vi ha rinunciato.
Diritto:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF), non essendo vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Quanto ai fatti, in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF) e vi si può scostare solo se è stato eseguito in modo manifestamente inesatto (DTF 140 III 16 consid. 2.1 pag. 18, rispettivamente 137 I 58 consid. 4.1.2 pag. 62 seg.) o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2.
Oggetto della lite è il pagamento della quota parte a carico dell'assicurato per i contributi dovuti dal datore di lavoro alla Fondazione in seguito alla sua affiliazione dal 1° luglio 1996. Per il Tribunale cantonale questi contributi sono dovuti dal 1° marzo 2001, mentre per il ricorrente lo sono solo dal 1° gennaio 2010, in quanto i precedenti sono prescritti e non possono essere più richiesti.
Il giudizio impugnato espone correttamente le norme e la prassi in materia, rammentando in particolare gli obblighi del datore di lavoro relativi all'affiliazione degli assicurati e le norme relative alla prescrizione dei diritti e dei contributi arretrati (art. 41 LPP). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
3.
3.1. Limitandosi a quanto qui litigioso, il Tribunale cantonale ha ritenuto che il credito del datore di lavoro nei confronti del lavoratore in restituzione dei contributi della previdenza professionale non dedotti dal salario sottostanno a un termine di prescrizione di 5 anni conformemente all'art. 41 cpv. 2 LPP (cfr. anche DTF 142 V 118 consid. 6 pag. 126 segg.). Tuttavia, trattandosi di un'eccezione procedurale, la prescrizione dell'art. 41 cpv. 2 LPP non va esaminata d'ufficio dal giudice, ma spetta all'interessato sollevarla (DTF 134 V 223 consid. 2 pag. 226; 129 V 237 consid. 4 pag. 241). Avendo omesso di fare valere questa eccezione, la prescrizione non può essere opposta alla domanda riconvenzionale, da cui risulta l'ammissione di questa domanda.
3.2. Il ricorrente presenta due censure a sostegno delle sue conclusioni. In primo luogo asserisce, contrariamente a quanto ritenuto dal Tribunale cantonale, di avere sollevato l'eccezione di prescrizione. In particolare, il ricorrente rinvia a un passaggio della sua petizione in cui viene riferito che l'affiliazione retroattiva è sottoposta a prescrizione (n. 4 a pag. 4 della petizione del 3 giugno 2016). In secondo luogo, il ricorrente fa valere che il Tribunale cantonale ha violato il suo diritto di essere sentito concedendo al datore di lavoro più di quanto aveva richiesto. In effetti, con la domanda riconvenzionale del 28 giugno 2016 veniva postulato il versamento dei contributi arretrati dal 1° gennaio 2010 al 31 dicembre 2015 pari a fr. 9'277.- mentre il Tribunale cantonale lo ha condannato a pagare fr. 19'964.35 per il periodo dal 1° marzo 2001 al 31 agosto 2015.
3.3. Il datore di lavoro si rimette a giustizia, precisando tuttavia di non avere rinunciato a chiedere all'assicurato la restituzione dei contributi dovuti. La Fondazione, pur rimettendosi anch'essa al giudizio del Tribunale federale, sottolinea che a suo parere il ricorrente non ha obiettato la prescrizione alla richiesta di contributi arretrati.
4.
4.1. Dall'estratto della petizione, cui si riferisce il ricorrente, non si evince che egli abbia sollevato l'eccezione di prescrizione dei contributi dovuti per la sua quota parte. Questa passaggio, peraltro formulato prima della domanda riconvenzionale, non riguarda i contributi dovuti ma si riferisce all'affiliazione del ricorrente alla Fondazione. In nessun altro scritto susseguente, vedi in particolare, la replica e la risposta alla domanda riconvenzionale del 19 agosto 2016, la duplica riconvenzionale del 23 settembre 2016, le lettere del 13 ottobre 2016 e del 31 luglio 2017, l'eccezione della prescrizione è stata presentata. Tuttavia, per la risoluzione del caso, determinante non è sapere se il ricorrente abbia sollevato l'eccezione della prescrizione, ma se ne ha avuto materialmente la possibilità, ciò che porta ad annullare il giudizio impugnato per il motivo illustrato qui di seguito.
4.2. La seconda censura si rivela fondata. Il Tribunale cantonale si è discostato dalla conclusione della domanda riconvenzionale del 28 giugno 2016 senza avere interpellato la controparte. Negli scritti che si sono succeduti tra le parti, il datore di lavoro non ha mai preteso il rimborso dei contributi anteriori al 1° gennaio 2010, ciò che forse potrebbe spiegare perché il ricorrente non ha mai sollevato l'obiezione della prescrizione per i contributi anteriori a quella data. Ad ogni modo, l'iter seguito dal Tribunale cantonale viola il diritto di essere sentito del ricorrente sancito dall'art. 29 cpv. 2 Cost. (tra le altre DTF 122 V 166), su cui peraltro si fonda l'art. 20 cpv. 2 della legge di procedura per le cause davanti al Tribunale cantonale delle assicurazioni (Lptca) del 23 giugno 2008 citato dal ricorrente, giusta il quale "se il Tribunale intende modificare un provvedimento a detrimento del ricorrente, gli assegna un termine di 10 giorni per esprimersi e per determinarsi sul mantenimento o sul ritiro del ricorso; se intende accordagli più di quanto ha domandato, deve dare alla controparte la possibilità di esprimersi in merito". Non avendo interpellato l'interessato, prima di decidere sui contributi dovuti prima del 1° gennaio 2010, il Tribunale cantonale è incorso in un errore che comporta - secondo la giurisprudenza costante (cfr. DTF 129 II 385 consid. 4.4.3 pag. 395) - l'annullamento del giudizio e il rinvio della causa per nuova decisione. In tale occasione le parti avranno la possibilità di pronunciarsi sul seguito che intendono dare alle proprie richieste.
5.
Il ricorso deve pertanto essere parzialmente accolto, il giudizio impugnato annullato, con motivazione sommaria in applicazione dell'art. 109 cpv. 2 lett. b LTF, e la causa rinviata al Tribunale cantonale per nuova decisione ai sensi dei considerandi.
6.
Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico dell'opponente (art. 66 cpv. 1 LTF). Il ricorrente ha diritto a un'indennità per le spese ripetibili (art. 68 cpv. 1 LTF). L'emanazione di questa sentenza rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dal ricorrente.
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è parzialmente accolto e il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 7 dicembre 2017 annullato. La causa è rinviata all'autorità inferiore per nuova decisione ai sensi dei considerandi.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1100.- sono poste a carico dell'opponente.
3.
L'opponente verserà al ricorrente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti, alla Fondazione Collettiva LPP Swiss Life, rappr. da Swiss Life SA, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.