Faits :
A.
A.a. A._ était en 2006 directeur général de A._ SA. En septembre 2005, A._ Holding SA a été inscrite au registre du commerce de Genève, notamment afin de détenir le 70 % du capital social de A._ SA, le contribuable étant déjà directement propriétaire de 30 % du capital social de cette dernière. Le 4 octobre 2005, l'assemblée générale extraordinaire de A._ SA a décidé la distribution d'un dividende extraordinaire de 6'175'000 fr. Le 7 février 2006, l'assemblée générale ordinaire de A._ SA a approuvé les comptes 2005 et décidé l'attribution d'un dividende de 7'225'000 fr., dont le 30 %, soit 2'167'500 fr., a été versé au contribuable en date du 13 mars 2006. Selon un procès-verbal authentique de l'assemblée générale extraordinaire de A._ Holding SA du 28 avril 2006, ainsi qu'un contrat d'apport signé et daté du même jour, le contribuable a transféré ses six mille actions A._ SA de 1'000 fr. chacune à A._ Holding SA pour le prix de 12'078'000 fr. Il a reçu en contrepartie 50'730 actions de type A et 9'270 actions de type B de A._ Holding SA. Le 10 octobre 2006, le contribuable a fondé B._ Holding SA, à laquelle il a transféré ses actions A._ Holding SA.
A.b. Le 23 janvier 2008, le contribuable et son épouse ont déposé leur déclaration fiscale 2006 préparée et signée par leur fiduciaire.
Par demande du 19 novembre 2009, réitérée le 15 janvier 2010 sous peine de taxation d'office et d'amende, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après : l'Administration fiscale) a prié les contribuables de lui fournir diverses pièces justificatives, notamment le bordereau d'encaissement d'un dividende de 2'167'500 fr., échu le 13 mars 2006, correspondant aux six mille actions A._ SA transférées à A._ Holding SA selon contrat du 28 avril 2006.
Par courrier du 13 juillet 2010, l'Administration fiscale a informé le contribuable de l'ouverture d'une procédure pénale pour tentative de soustraction d'impôt concernant les impôts cantonal et communal (ICC) et l'impôt fédéral direct (IFD) 2006. Le dividende de 2'167'500 fr. découlant des actions A._ SA n'avait pas été mentionné dans la déclaration fiscale 2006. Un délai était accordé au contribuable pour formuler d'éventuelles observations. Le courrier indiquait que l'amende serait infligée une fois que la procédure de taxation serait terminée et entrée en force.
Dans sa détermination, le contribuable a nié toute tentative de soustraction fiscale. Lors d'une réunion ayant eu lieu le 23 mars 2010 entre le directeur de la fiduciaire qui s'était chargée de la déclaration d'impôt 2006 et un taxateur de l'Administration fiscale, il avait été convenu que cette déclaration serait corrigée sans autres suites, du fait de la bonne foi et des explications fournies par le mandataire. Cette correction devait aussi prendre en compte la retenue de l'impôt anticipé de 35 %, imputée et non récupérée.
Le 11 octobre 2011, l'Administration fiscale a émis les bordereaux de taxation ICC et IFD 2006, lesquels incluaient le dividende de 2'167'500 fr. Le bordereau ICC 2006 prévoyait l'imputation de l'impôt anticipé y relatif de 761'575.55 fr. Les contribuables ont élevé réclamation à l'encontre de ces bordereaux de taxation ICC et IFD 2006. Leur contestation ne portait pas sur le dividende susmentionné.
Par décision du 20 janvier 2015, l'Office cantonal de l'impôt anticipé de l'Administration fiscale a indiqué que, dans le cadre de l'instruction de la réclamation, elle refusait le remboursement de l'impôt anticipé précité, au motif que les contribuables ne l'avaient pas déclaré spontanément. Les contribuables ont également formé réclamation contre cette décision en concluant à la constatation de sa nullité et, subsidiairement, à son annulation.
Par bordereaux datés du 27 février 2015, l'Administration fiscale a fixé les amendes ICC et IFD 2006 à 334'208 fr., respectivement à 124'631 fr., pour tentative de soustraction fiscale, aux motifs que le contribuable n'avait pas mentionné le dividende de 2'167'500 fr., distribué par A._ SA, société dont il était alors employé et actionnaire à 30 %. Étant donné la bonne collaboration du contribuable, la quotité était fixée à 3/4 de l'impôt soustrait. En cas de tentative, l'amende était fixée aux deux tiers de la peine infligée en cas de soustraction intentionnelle consommée. En conséquence, la pénalité était ramenée à 1/2 (2/3 de 3/4).
Par décisions du 27 mai 2015, l'Administration fiscale a partiellement admis la réclamation déposée par les contribuables à l'encontre des bordereaux de taxation ICC et IFD 2006 et remis aux contribuables des bordereaux rectificatifs ICC et IFD 2006, qui imputaient l'impôt anticipé. La décision accompagnant les bordereaux indiquait toutefois que cette imputation était refusée. Le 11 juin 2015, l'Administration fiscale, estimant avoir commis une erreur de plume sous la position «imputation» du bordereau ICC rectifié, précisait que la décision de non-remboursement de l'impôt anticipé demeurait inchangée et que l'Office cantonal de l'impôt anticipé «confirmait sa décision sur réclamation du 20 janvier 2015». Des nouveaux bordereaux, excluant l'imputation de l'impôt anticipé, étaient annexés. Les contribuables ont recouru contre cette nouvelle décision auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après : le TAPI), concluant principalement au constat de sa nullité. Par courrier du 8 décembre 2015, l'Administration fiscale a remis aux contribuables un nouveau bordereau rectificatif ICC 2006, qui allait «dans le sens de [leurs] conclusions». Considérant que le litige était ainsi clos, elle leur a suggéré de retirer leur recours. Par courrier du 14 décembre 2015, les contribuables ont relevé que le bordereau rectificatif précité ne mentionnait pas l'imputation de l'impôt anticipé. Ils ont déclaré que, dès lors que le retrait de leur recours était «gravement préjudiciable» à leurs intérêts, celui-ci était maintenu. Par bordereaux rectificatifs du 18 décembre 2015, l'Administration fiscale a imputé l'impôt anticipé litigieux. À la suite de cette rectification, les contribuables ont retiré leur recours, de sorte que celui-ci a été déclaré sans objet par jugement du 5 février 2016.
A.c. Par décision sur réclamation du 27 mars 2017, l'Administration fiscale a maintenu les amendes ICC et IFD 2006. Par jugement du 29 janvier 2018, le TAPI a rejeté le recours interjeté par l'intéressé contre la décision sur réclamation précitée.
Par arrêt du 27 novembre 2018, la Chambre administrative de la Cour de Justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a admis partiellement le recours formé par le contribuable contre le jugement précité du 29 janvier 2018 en ce qui concerne la quotité des amendes et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale afin qu'elle fixe à nouveau le montant des amendes en les réduisant au tiers des impôts éludés. Cette réduction était motivée par le comportement adopté par l'Administration fiscale au cours de la procédure.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt précité du 27 novembre 2018, de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants et pour fixation des frais et dépens de la procédure menée devant elle.
La Cour de Justice renonce à se prononcer sur le recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions a, dans un premier temps, renoncé à prendre position et, dans un second temps, s'est ralliée à l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux conclusions de l'Administration fiscale. Le recourant a répliqué.
Considérant en droit :
I. Recevabilité
1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant tant pour l'ICC que pour l'IFD du recourant, ce qui est en principe admissible, dès lors qu'il ressort clairement dudit arrêt et du recours que le litige porte sur les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 et 1.3.2 p. 262 ss; arrêt 2C_576/2016 du 6 mars 2017 consid. 1.1, non publié in ATF 143 IV 130).
2.
Bien que son dispositif renvoie la cause à l'instance intimée, l'arrêt attaqué constitue une décision finale au sens de l'art. 90 LTF (cf. ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; arrêts 2C_777/2014 du 13 octobre 2014 consid. 5.2; 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 2.2.1). Ledit arrêt a au surplus été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte (cf. également les art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le contribuable destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
II. Pouvoir d'examen du Tribunal fédéral
3.
3.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358; 139 II 373 consid. 1.6 p. 377 s.). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
En l'occurrence, le recourant invoque une constatation manifestement inexacte des faits. Cette critique sera examinée ci-dessous (infra consid. 6.6).
3.2. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 LTF). En particulier, la décision du 3 mai 2019 relative à l'ICC 2016, produite par le recourant, est une pièce nouvelle qui ne peut pas être prise en compte.
3.3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêt 2C_797/2017 du 19 mars 2018 consid. 2).
III. Objet du litige
4.
L'objet du litige porte uniquement sur les bordereaux d'amende ICC et IFD 2006 pour tentative de soustraction fiscale et non sur les procédures de taxation ICC et IFD 2006 ou sur celle relative au remboursement de l'impôt anticipé retenu sur le dividende non déclaré en cause.
IV. Prescription
5.
Avant de traiter les griefs soulevés par le recourant à l'encontre de l'arrêt attaqué, il convient de vérifier la question de la prescription de la poursuite pénale, que le Tribunal fédéral examine d'office, tant pour l'IFD que pour l'ICC (arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 4 et les références citées).
5.1. En matière d'IFD, l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, modifié le 26 septembre 2014, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2017 (cf. la loi fédérale du 26 septembre 2014 sur l'adaptation de la LIFD et de la LHID aux dispositions générales du code pénal [RO 2015 779]), prévoit notamment que, en cas de tentative de soustraction d'impôt, la poursuite pénale se prescrit par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. Sous l'ancien droit, le délai de prescription était de huit ans (cf. art. 184 al. 1 let. a LIFD [dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016] cum art. 333 al. 6 let. b CP). Conformément au principe de la lex mitiorexprimé à l'art. 205f LIFD, le nouveau droit de la prescription est applicable aux infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014, s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 4.2.1; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.1 non publié in ATF 144 IV 136).
Les considérations développées pour l'IFD sont transposables au domaine de l'ICC (cf. art. 58 al. 1 a LHID; art. 58 al. 1, 72s et 78f LHID; art. 77 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 [LPFisc/GE; RS/GE D 3 17]; arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 4.2.3).
5.2. En l'espèce, les décisions de taxation IFD et ICC 2006 sont devenues définitives à l'échéance du délai de recours (non utilisé) contre le jugement du TAPI du 5 février 2016. Le délai de prescription de six ans, respectivement de huit ans, qui a commencé à courir à ce moment-là (cf. arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 4.2.2 s.), n'est dès lors échu ni sous l'angle de l'ancien droit ni sous l'angle du nouveau droit. La poursuite pénale pour tentative de soustraction fiscale en matière d'IFD et d'ICC concernant la période fiscale 2006 n'est donc pas prescrite.
V. Impôt fédéral direct
6.
6.1. Selon l'art. 176 al. 1 LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende. La tentative de soustraction (art. 176 LIFD) se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175 LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond, sur le plan objectif, à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD (cf. arrêts 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 10.3; 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.2). Dans la procédure de taxation, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car, ensuite, la soustraction est consommée (arrêts 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 10.3; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.1).
6.2. Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction suppose, contrairement à la soustraction consommée, qui peut être commise par négligence, un agissement intentionnel de l'auteur (arrêts 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; 2C_1221/2013 du 4 septembre 2014 consid. 3.2). Il faut donc que le contribuable ait agi avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP). Le dol éventuel suffit (arrêts 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 9.4; 2C_1007/2012 du 15 mars 2013 consid. 5.1; 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2.2, in RF 67/2012 700). Il n'est toutefois pas aisé de distinguer le dol éventuel de la négligence consciente. Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; tous deux avec les références citées) S'agissant de savoir si une tentative de soustraction est intentionnelle ou procède d'une négligence non punissable, l'importance des montants en cause joue un rôle non négligeable, dès lors que l'absence d'un montant sur la déclaration d'impôt peut d'autant plus difficilement échapper au contribuable que la somme est élevée (arrêts 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5; 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2.2 et les références citées, in RDAF 2012 II 324).
Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement. Selon la jurisprudence constante, la preuve d'un comportement intentionnel en relation avec une tentative de soustraction fiscale doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes, ce qui doit s'établir en fonction de l'ensemble du comportement de l'intéressé lors de la déclaration. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel, afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; tous deux avec les références citées).
6.3. Lorsqu'il mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt, le contribuable n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales, mais doit supporter les inconvénients d'une telle intervention; il répond en particulier des erreurs de l'auxiliaire qu'il n'instruit pas correctement ou dont il ne contrôle pas l'activité, du moins s'il était en mesure de reconnaître ces erreurs (cf. arrêts 2C_814/2017 du 17 septembre 2018 consid. 9.4; 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324). Il ne faut pas que le contribuable qui se fait représenter soit favorisé par rapport au contribuable qui remplit sa déclaration fiscale lui-même, par la possibilité de se soustraire à sa responsabilité en se retranchant derrière son représentant pour des fautes qui lui sont imputables. Pour retenir l'intention, à tout le moins par dol éventuel, il faut toutefois que le contribuable ait pu reconnaître le caractère erroné de la déclaration fiscale s'il avait agi avec la diligence requise et qu'il ait ainsi été en mesure de la faire corriger (arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références citées, in RDAF 2012 II 324).
6.4. En l'espèce, il a été constaté que la déclaration d'impôt du recourant était incomplète au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD, car elle ne mentionnait pas le dividende de 2'167'500 fr. perçu par celui-ci le 13 mars 2006. L'Administration fiscale s'est aperçue de l'absence de cet élément de revenu avant que la taxation définitive 2006 n'entre en force. Par conséquent, les éléments objectifs de la tentative de soustraction réprimée à l'art. 176 al. 1 LIFD sont réunis.
6.5. Le recourant conteste le caractère intentionnel de la soustraction et se plaint à cet égard d'un établissement arbitraire des faits. Sur ce point, il reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir pris en compte le fait qu'il était actionnaire et directeur général de A._ SA et que cette société avait rempli les formulaires 103 et 106, retenu l'impôt anticipé sur le dividende en question et versé celui-ci à l'Administration fédérale des contributions. En outre, il ajoute "qu'en tant que directeur général et actionnaire de sa société, il a mandaté des experts qui ont approché l'Administration fiscale pour clarifier les conséquences de la restructuration de la structure de détention" et que, dans ce cadre, parmi les documents remis figuraient les états financiers 2005, lesquels indiquaient le nombre d'actions qu'il détenait et la distribution du dividende litigieux. Selon lui, l'Administration fiscale avait ainsi été informée de façon transparente. Le recourant fait également valoir que, dans l'examen de l'intention, l'Administration fiscale aurait dû "démontrer que l'esprit de transparence et de loyauté fiscale qui [l']animait [...] en tant que directeur général de sa société changeait radicalement lorsqu'il déposait sa déclaration d'impôt en tant qu'actionnaire". Il estime aussi qu'il incombait à l'autorité précédente d'établir "comment tout en sachant que l'impôt potentiellement soustrait était faible en rapport avec sa fortune, un contribuable pouvait tenter une soustraction dont il connaissait la probabilité certaine de l'échec pour avoir lui-même fourni toute l'information utile à l'administration".
6.6. En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris que la déclaration fiscale 2006 du recourant et de son épouse a été préparée et signée par leur fiduciaire et que le montant non déclaré était très important et constituait, en 2006, une partie substantielle de leurs revenus (le dividende en cause de 2'167'500 fr. représentait un peu plus de 60 % du revenu imposable IFD 2006 qui était de 3'457'700 fr; cf. bordereau rectificatif du 11 juin 2015; art. 105 al. 2 LTF). En outre, l'autorité précédente a également retenu qu'au vu de l'implication personnelle du recourant dans l'entreprise, de par sa position de directeur général, celui-ci ne pouvait pas ne pas se souvenir des décisions prises en 2006, notamment de celle de verser un dividende très important et de procéder ensuite au transfert des actions. Sur le vu de ces éléments, l'absence de déclaration du dividende en cause par la fiduciaire n'aurait pas dû échapper au recourant s'il avait procédé à un contrôle adéquat de sa déclaration d'impôt 2006. Il ne prétend d'ailleurs pas, ni n'explique pourquoi, une vérification de cette déclaration ne lui aurait pas permis de constater l'erreur en question et de la faire corriger. Dans ces circonstances, l'autorité précédente ne prête pas le flanc à la critique lorsqu'elle retient qu'au regard de l'importance du montant non déclaré, le recourant, qui doit se voir imputer les actes de sa fiduciaire et qui n'a pas contrôlé, à tout le moins de façon adéquate, la déclaration en cause, a agi par dol éventuel en s'accommodant de la réalisation d'une éventuelle infraction fiscale au cas où les éléments déclarés seraient incomplets ou inexacts (cf. supra consid. 6.2 s.; cf. arrêt 2C_908/2011 précité du 23 avril 2012 consid. 3.6). Les éléments mentionnés par le recourant concernant les démarches effectuées auprès de l'Administration fiscale dans le cadre de la restructuration ou la retenue de l'impôt anticipé par la société dont il était directeur général et actionnaire ne viennent pas modifier la conclusion qui précède, ce qui permet déjà en soi d'écarter le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits (cf. supra consid. 3.1). En effet, ces éléments concernent au premier plan la situation de la société et non celle du contribuable et ne permettent pas d'exclure, dans les présentes circonstances, le caractère intentionnel de l'omission. En particulier, ils ne changent rien au fait que le recourant doit se voir opposer les erreurs de la fiduciaire qu'il a mandatée pour remplir sa déclaration d'impôt, ni au fait que le caractère incomplet de celle-ci n'aurait pas pu lui échapper s'il l'avait contrôlée de façon adéquate. Contrairement à ce que soutient le recourant, un risque même important de voir l'infraction commise découverte, notamment à la suite d'un échange d'informations entre les autorités fiscales, ne permet pas d'écarter le caractère intentionnel de l'acte en cause (cf. arrêts 2C_1221/2013 du 4 septembre 2014 consid. 3.5.2 et les références cités; 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 3.2). Le contribuable peut par ailleurs toujours compter avec la possibilité qu'un tel échange d'informations n'aura pas lieu ou que l'autorité fiscale s'en tienne à sa déclaration sans l'examiner de manière plus approfondie (cf. arrêt 2C_336/2010 du 7 octobre 2010 consid. 4.1). Cette jurisprudence reste valable en dépit des progrès réalisés entre les autorités sur le plan de la collaboration.
6.7. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, la Cour de justice ne prête pas le flanc à la critique lorsqu'elle retient que les éléments objectif et subjectif de la tentative de soustraction fiscale sont réalisés.
7.
Le recourant se prévaut du principe " res judicata pro veritate habetur ". Il fait valoir que la question du remboursement a acquis l'autorité de la chose jugée et que l'autorité fiscale ne peut pas infliger une amende pour soustraction fiscale après avoir admis que la déclaration du dividende était correcte dans la procédure en matière d'impôt anticipé. Selon lui, l'omission de reporter un dividende dans la déclaration d'impôt ne peut pas recevoir une qualification différente dans la procédure du droit au remboursement et dans celle du droit pénal fiscal.
7.1. En vertu du principe res judicata pro veritate habetur, une décision entrée en force ne peut être réexaminée (" ne bis in idem "), si ce n'est dans le cadre étroit de la procédure de révision (cf. ATF 127 III 496 consid. 3a p. 498). Le principe ne bis in idem, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, interdit qu'une personne soit pénalement poursuivie deux fois pour les mêmes faits. L'autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem supposent qu'il y ait identité de l'objet de la procédure, de la personne visée et des faits retenus (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; 120 IV 10 consid. 2b p. 12 s.; 118 IV 269 consid. 2 p. 271; arrêt 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 6).
7.2. En l'occurrence, la procédure liée au remboursement de l'impôt anticipé et la procédure pénale pour tentative de soustraction fiscale sont des procédures distinctes qui n'ont pas le même objet. Les principes res judicata pro veritate habeturet ne bis in idem ne s'appliquent donc pas au présent cas (cf. arrêt 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 6, in RF 71/2016 p. 16).
Par ailleurs, sous l'angle de la sécurité du droit, qui aurait pu s'opposer au fait que l'autorité pénale administrative s'écarte des faits constatés par l'autorité administrative, dans une décision entrée en force et portant sur les mêmes faits (cf. mutatis mutandis, ATF 139 II 95 consid. 3.2 p. 101 s.; 136 II 447 consid. 3.1 p. 451), il ne ressort pas de l'arrêt querellé que l'Administration fiscale se serait prononcée sur la conscience et la volonté du recourant, ni sur le caractère intentionnel de l'omission lorsqu'elle a décidé d'admettre le droit au remboursement en décembre 2015. Sur ce point, il ressort de cet arrêt, qu'après avoir, dans un premier temps, admis le remboursement en octobre 2011, puis l'avoir refusé en janvier 2015, l'Administration fiscale l'a finalement admis en décembre 2015, mais sans motiver son revirement d'attitude (arrêt attaqué consid. 6b p. 15). Selon l'arrêt attaqué, l'Administration fiscale a expliqué dans sa réponse au recours formé devant la Cour de justice que "l'imputation de l'impôt anticipé découlait d' "un cumul d'irrégularités" dans cette procédure, qui l'avait empêchée de maintenir devant les instances judiciaires son refus du remboursement de l'impôt anticipé prononcé le 20 janvier 2015". Elle n'avait ainsi pas tranchée la question du caractère intentionnel de l'omission. Le recourant prétend certes que l'Administration fiscale a pris la décision du 18 décembre 2015 après avoir constaté que l'état de fait consacrait une négligence non coupable (recours ch. 3.2 p. 12). Il se contente toutefois sur ce point d'opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, sans démontrer en quoi les constatations incriminées seraient arbitraires. Une telle argumentation, de nature appellatoire, ne peut être prise en compte par le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 3.1). Par ailleurs, il faut relever qu'en contestant les décisions de taxation par le biais de réclamations, le recourant a remis en question l'ensemble de la taxation, soit l'impôt dû pour l'ICC et l'IFD 2006, y compris sous l'angle du remboursement de l'impôt anticipé, puisque ce dernier point était intégré à la décision de taxation, comme le permet l'art. 52 al. 2 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21). La question du remboursement de l'impôt anticipé n'avait donc pas fait l'objet d'une décision séparée et n'était dès lors pas entrée en force avant l'arrêt du TAPI du 5 février 2016, qui faisait suite à la décision précitée du 18 décembre 2015. La sécurité du droit ne s'opposait donc pas à ce que l'Administration fiscale retienne, dans le cadre de la procédure pénale fiscale, que le recourant avait conscience que la déclaration d'impôt n'était pas correcte et, ainsi, que l'omission était intentionnelle.
Le grief du recourant est ainsi infondé.
8.
Le recourant invoque également une violation de la protection de bonne foi, en reprochant à l'Administration fiscale une attitude contradictoire. Il indique que celle-ci a d'abord admis le remboursement de l'impôt anticipé en octobre 2011, en créant chez lui l'impression que l'aspect pénal du dossier ne serait pas poursuivi, avant de revenir sur sa décision sur le remboursement en 2015 et de le condamner dans la foulée à une amende.
8.1. En droit public, le principe de la bonne foi est explicitement consacré par l'art. 5 al. 3 Cst., en vertu duquel les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi (ATF 144 II 49 consid. 2.2 p. 52). De ce principe général découle notamment le droit fondamental du particulier à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'Etat, consacré à l'art. 9 in fine Cst., dont le Tribunal fédéral contrôle librement le respect (ATF 138 I 49 consid. 8.3.1 p. 53; arrêt 1C_587/2017 du 19 mars 2018 consid. 3.1).
Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (1) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (2) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (3) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 141 V 530 consid. 6.2 p. 538; arrêt 1C_587/2017 du 19 mars 2018 consid. 3.1).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 7.2).
8.2. En l'espèce, il ne ressort pas des faits constatés dans l'arrêt attaqué (qui lient le Tribunal fédéral; cf. supra consid. 3.1) que l'Administration fiscale aurait donné des assurances au recourant qu'il n'y aurait pas de poursuite de la procédure sur le plan pénal. En outre, le recourant indique, dans ses observations, que le retrait de son recours devant le TAPI constituerait la disposition prise à la suite des assurances reçues. Il n'explique toutefois pas quel préjudice il aurait eu à subir de ce qui précède. En effet, il a obtenu gain de cause dans la procédure de taxation pour ce qui concerne le remboursement de l'impôt anticipé et, comme déjà mentionné, l'Administration fiscale n'avait pas statué sur le caractère intentionnel de l'omission dans le cadre de cette procédure. Le retrait de son recours ne l'a donc pas empêché de contester ultérieurement, dans le cadre de la procédure pénale fiscale, les faits portant sur ce dernier point. Les conditions cumulatives du droit à la protection de la bonne foi ne sont ainsi pas remplies. Le grief du recourant doit être écarté.
9.
Le recourant conteste également le montant des amendes en cause.
9.1. Le Tribunal fédéral n'examine le montant de l'amende pour soustraction d'impôt que sous l'angle de l'excès ou de l'abus du pouvoir d'appréciation et, par conséquent, n'annule une amende que si l'instance précédente a abusé ou excédé le cadre pénal, qu'elle s'est écartée de considérations juridiques pertinentes ou qu'elle a arbitrairement fixé une peine trop légère ou trop lourde (cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références citées).
9.2. Selon l'art. 175 al. 2 LIFD, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
9.2.1. Le montant de l'impôt soustrait constitue le premier élément de fixation de la peine. Celle-ci doit ensuite être fixée selon le degré de faute de l'auteur. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en règle générale au montant de l'impôt soustrait. En cas de faute grave, l'amende doit donc en principe être supérieure à une fois l'impôt soustrait et peut être au plus triplée (cf. art. 175 al. 2 in fine LIFD) (cf. ATF 144 IV 136 consid. 7.2.1 p. 147 et les références citées).
9.2.2. La quotité précise de l'amende doit par ailleurs être fixée en tenant compte des dispositions de la partie générale du Code pénal suisse (CP; RS 311.0) qui ont vocation à s'appliquer en droit pénal fiscal, à moins que la LIFD ne contiennent des dispositions sur la matière (cf. art. 333 al. 1 CP).
Conformément à l'art. 106 al. 3 CP, l'amende doit être fixée en tenant compte de la situation de l'auteur, afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principes régissant la fixation de la peine prévus à l'art. 47 CP s'appliquent. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur (cf. ATF 144 IV 136 consid. 7.2.2 p. 147 s. et les références citées).
Les circonstances atténuantes de l'art. 48 CP sont aussi applicables par analogie en droit pénal fiscal (cf. ATF 144 IV 136 consid. 7.2.2 p. 148 et les références citées).
9.3. En l'espèce, le recourant conteste tout d'abord le montant de l'impôt soustrait qui a été retenu par l'autorité précédente et se plaint à cet égard d'une violation des art. 175 et 176 LIFD et du principe de l'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.). Il fait valoir que la base de calcul aurait dû prendre en compte l'imputation de l'impôt anticipé et qu "une amende fixée au rapport d'un impôt calculé sur une base brute viole le principe de l'imposition selon la capacité économique". Selon le recourant, l'impôt soustrait, soit la perte potentielle de ressources pour l'administration, correspond en l'espèce à un montant d'au maximum 159'053 fr. Dans son recours, le recourant ne détaille pas comment il arrive à un tel résultat. Dans sa réponse, l'Administration fiscale indique que ce montant représenterait la différence entre une imposition sans déclaration du dividende en question, ni remboursement de l'impôt anticipé et une imposition prenant en compte ce dividende, ainsi que le remboursement qui y est lié.
La Cour de justice a retenu que "le paiement de l'impôt anticipé n'a pas à être déduit du calcul du montant qui aurait été dû si le dividende avait été déclaré. En effet, c'est le revenu qui est taxé, soit en l'occurrence le revenu incluant le dividende. L'impôt payé de manière anticipée ne fait que diminuer la somme restant due sur le montant total, mais ne modifie pas la détermination de ce dernier".
L'Administration fiscale indique que "la seule manière de comparer le supplément d'impôt découlant de l'intégration du dividende dans le revenu imposable afin de déterminer la base de la fixation de l'amende, consiste à comparer des montants d'impôts de même nature (ou plus exactement au même stade de leur calcul) à savoir dans une comparaison après imputation de l'impôt anticipé et une fois avant imputation de l'impôt anticipé". Elle précise que le montant du supplément d'impôt, calculé par comparaison entre l'impôt dû avec le dividende et sans le dividende, calculé après imputation de l'impôt anticipé, est identique au montant du supplément d'impôt calculé par comparaison entre l'impôt dû avec le dividende et sans le dividende, calculé avant l'imputation de l'impôt anticipé.
En l'occurrence, le recourant semble perdre de vue que l'impôt anticipé est conçu comme un paiement anticipé de l'impôt sur le revenu et qu'il a ainsi une fonction de garantie pour le prélèvement des impôts directs sur le revenu et la fortune des contribuables suisses (EPITAUX/MELLER/ROCHAT, Déchéance du droit au remboursement de l'impôt anticipé selon l'art. 23 LIA in RDAF 2018 II p. 243; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 2012, p. 308 s.). Le remboursement de l'impôt anticipé ne modifie donc pas le revenu imposable, sur lequel il faut se baser pour déterminer l'impôt soustrait, mais a en revanche une incidence sur le montant de la créance fiscale. Comme le relève l'autorité précédente, il convient donc de déterminer l'impôt soustrait sans prendre en compte le remboursement de l'impôt anticipé lié au dividende non déclaré.
Les considérations du recourant concernant les distributions dissimulées de bénéfice et la détermination de l'impôt soustrait sur une base nette, avec notamment le devoir de prendre en compte la provision pour impôt (cf. arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015), sont sans pertinence dans le présent cas, puisqu'elles concernent l'imposition des personnes morales et qu'elles portent sur la détermination du bénéfice imposable et non sur une éventuelle imputation pouvant être effectuée sur le montant d'impôt dû.
On peine en outre à suivre le recourant lorsqu'il indique qu' "en vertu de la théorie de l'accroissement de fortune net et du principe de l'imposition selon la capacité contributive, la base de calcul ne peut être au plus que le dividende net, correspondant à 65% du dividende distribué, dès lors que 35% du revenu se trouvent dans les mains de l'Administration". En effet, dans le cas présent, l'impôt anticipé a été remboursé au recourant si bien que, sur le plan économique, il ne s'est pas trouvé dessaisi du montant de l'impôt anticipé. Par ailleurs, il est rappelé que le contribuable qui ne déclare pas ses revenus est privé, en principe, définitivement, du montant de l'impôt anticipé, bien qu'il ne s'agisse pas d'un prélèvement libératoire. L'impôt anticipé devient ainsi un impôt véritable pour le contribuable qui n'a pas rempli correctement ses devoirs de déclaration et ce dernier doit alors en supporter la conséquence, à savoir la double charge de l'impôt anticipé et des impôts directs (cf. arrêt 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.7, in RDAF 2013 II 197). Il s'agit ainsi de charges différentes et on ne saurait calculer l'impôt soustrait en matière d'impôt sur le revenu en prenant en compte la charge que représente l'impôt anticipé, respectivement, le remboursement de celui-ci. La capacité contributive est de plus indirectement prise en compte, dans la mesure où le montant de l'impôt soustrait sert de base de calcul de l'amende (cf. arrêt 2A.481/2003 du 18 août 2004 consid. 4.3) et que la situation financière du fautif peut jouer un rôle dans la fixation de la peine (SANSONETTI/HOSTETTLER, in Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2017, n° 41 ad art. 175 LIFD). On ne voit ainsi pas en quoi l'amende prononcée serait contraire au principe de l'imposition selon la capacité contributive. Enfin, le raisonnement du recourant ne peut être pris en compte lorsqu'il se fonde sur l'affirmation que l'amende a été fixée "en raison d'un dividende ouvert parfaitement déclaré". En effet, une telle déclaration se heurte aux faits constatés dans l'arrêt attaqué (cf. supra consid. 6.4) et le recourant n'indique pas en quoi l'état de fait retenu par l'autorité précédente aurait été établi de manière arbitraire sur ce point (cf. supra consid. 3.1).
9.4. Dans un dernier grief, le recourant se plaint de la quotité de l'amende. Il estime qu'en réduisant l'amende en raison du comportement de l'administration, la Cour de justice a fixé celle-ci selon des "prétendus critères d'équité qui lui sont propres et donc abusifs". Selon lui, le calcul de l'amende réalisé par l'autorité précédente est arbitraire et doit être annulé. Dans le cas contraire, il fait valoir que la durée de la procédure et les coûts engendrés par celle-ci doivent être pris en compte au titre de réduction de l'amende. Il relève à ce titre que le montant de l'impôt anticipé retenu en 2006 n'a été remboursé, sans intérêt, qu'à fin 2015.
L'Administration fiscale avait retenu que l'amende devait être fixée à la moitié de l'impôt soustrait. La Cour de justice a estimé que cette autorité avait dûment tenu compte de la bonne collaboration du recourant, de l'importance du dividende non déclaré, des compétences professionnelles et de la situation économique de celui-ci, mais qu'il convenait également de tenir compte, à titre de facteur de réduction, de la manière dont l'administration fiscale avait conduit la procédure. Il a ainsi fixé l'amende au tiers de l'impôt soustrait.
En l'occurrence, le montant de l'amende a été fixé par la Cour de justice au montant minimum incompressible prévu par l'art. 175 al. 2 LIFD (cf. arrêt 2C_907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.5, in RF 68/2013 p. 714; Archives 82 p. 70; RDAF 2013 II 505). A l'instar du recourant, on peut se demander si le critère d'un comportement non irréprochable de l'autorité fiscale dans la procédure de taxation et de remboursement de l'impôt anticipé peut justifier une réduction de la sanction sur le plan pénal, dans la mesure où ce critère n'est pas en lien avec la faute commise ou la situation du contribuable. Cela étant, on ne voit pas quel intérêt le recourant peut avoir à soulever un tel grief, si bien que celui-ci est irrecevable. Par ailleurs, on ne saurait voir dans le cas d'espèce un abus du pouvoir d'appréciation de la Cour de justice dans la fixation d'une amende au tiers de l'impôt soustrait, en particulier, au regard du temps écoulé depuis l'infraction (art. 48 let. e CP) et de la bonne collaboration du recourant.
VI. Impôts cantonal et communal
10.
Les dispositions légales applicables en matière d'ICC ont un contenu analogue aux art. 124, 175 et 176 LIFD (cf. art. 42 et 56 LHID, ainsi qu'aux art. 26 ss et 69 s. LPFisc/GE). Les considérations développées ci-dessus en matière d'IFD s'appliquent donc mutatis mutandis à l'ICC (cf. aussi arrêt 2C_476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 12). Partant, pour ce qui est de l'ICC, le recours devra également être rejeté.
VII. Issue du litige; frais et dépens
11.
Le recours doit ainsi être rejeté, tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'amende prononcée en lien avec l'IFD.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'amende prononcée en lien avec l'ICC.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à l'Administration fiscale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 20 septembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
Le Greffier : de Chambrier