Faits :
A.
A.A._ et B.A._ se sont mariés en 1978. Trois enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de cette union.
Rencontrant des difficultés conjugales, les parties se sont séparées le 13 janvier 2011. Les modalités de leur séparation ont fait l'objet de mesures protectrices de l'union conjugale, respectivement d'une convention homologuée le 19 janvier 2011 par la Juge civile du Tribunal de première instance du canton du Jura (ci-après: Juge civile). Aux termes de ladite convention, le mari s'est notamment engagé à verser une contribution d'entretien de 2'500 fr. en faveur de l'épouse à compter de son départ du domicile conjugal.
B.
B.a. L'époux a saisi le 5 août 2013 la Juge civile d'une requête unilatérale en divorce, formant, le 9 septembre 2015, une requête de mesures provisionnelles tendant à la suppression avec effet immédiat de la contribution d'entretien en faveur de l'épouse. Dans le cadre de l'instruction du dossier, une expertise portant sur la valeur du domaine agricole du mari a notamment été ordonnée. Le rapport d'expertise a été déposé le 28 février 2015 et complété les 29 février et 8 avril 2016. Les parties ont en outre accepté de confier la liquidation de leur régime matrimonial à un notaire, qui a déposé son rapport le 25 octobre 2017, complété le 14 septembre 2018.
B.b. Par jugement du 25 juin 2019, la Juge civile a notamment prononcé le divorce des parties, condamné l'ex-époux à payer à l'ex-épouse la somme de 188'565 fr. à titre de liquidation du régime matrimonial, soit 93'619 fr. à titre de créance compensatrice des propres de l'épouse et 94'946 fr. à titre de partage du bénéfice des acquêts, et fixé à 2'500 fr. la contribution d'entretien due par l'ex-époux à l'ex-épouse jusqu'au 31 décembre 2017, sous déduction des montants déjà versés à ce titre.
S'agissant de la requête de mesures provisionnelles de l'ex-époux du 9 septembre 2015, qui n'avait jusqu'alors pas été traitée, la Juge civile a constaté qu'elle était devenue sans objet.
B.c. Statuant sur appel de l'ex-époux et appel joint de l'ex-épouse, la Cour civile a, par arrêt du 8 septembre 2020, notamment déclaré irrecevables les conclusions de l'ex-épouse relatives à la liquidation du régime matrimonial et, partant, dit qu'il n'était alloué à celle-ci aucun montant à ce titre, dit que l'ex-époux était libéré de son obligation d'entretien envers l'ex-épouse à compter du 1er septembre 2015, la contribution d'entretien fixée à 2'500 fr. par la juge des mesures protectrices de l'union conjugale le 19 janvier 2011 étant ainsi supprimée à compter de cette date, et mis les frais et dépens de deuxième instance à la charge de l'ex-épouse.
C.
Par acte posté le 19 octobre 2020, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 8 septembre 2020. Elle conclut à son annulation (conclusions nos 1 à 3) et à sa réforme (conclusion n° 4) selon les conclusions suivantes:
" 5° Dire et constater que la recourante a droit, à tout le moins, à la somme de CHF 188'565.00 à titre de liquidation du régime matrimonial, soit CHF 93'619.00 à titre de créance compensatrice de ses propres et CHF 94'946.00 à titre de partage du bénéfice des acquêts;
6° Condamner l'intimé à payer à la recourante la somme de CHF 188'565.00 au sens de la conclusion numéro 5;
7° Dire et constater que la recourante a droit à une contribution d'entretien mensuelle de CHF 2'500.00 et ce jusqu'au 31 décembre 2017;
8° Condamner l'intimé au paiement de la contribution d'entretien au sens de la conclusion numéro 7;
9° Dire et constater que la recourante ne doit pas d'indemnité de dépens fixée par la Cour civile du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura à CHF 4'000.00 en faveur de l'intimé;
10° Condamner l'intimé au paiement d'une indemnité de dépens correspondant aux honoraires de la soussignée, par CHF 1'996.20, TVA incluse, pour la procédure de 2ème instance, selon mémoire d'honoraires et rapport d'activités joints au présent mémoire de recours;
11° Mettre les frais de 2ème instance, fixés à CHF 6'000.00, dans leur totalité à charge de l'intimé. "
Subsidiairement, la recourante sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt entrepris est une décision finale (art. 90 LTF) prise par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse requise est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF). La recourante a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF). Déposé par ailleurs dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 al. 1 LTF) prévus par la loi, le recours est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
1.2. Selon un principe général de procédure, les conclusions en constatation de droit ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues. Seules des circonstances exceptionnelles conduisent à admettre l'existence d'un intérêt digne de protection à la constatation de droit lorsqu'une action en exécution est ouverte. Sauf situations particulières, les conclusions constatatoires ont donc un caractère subsidiaire (arrêts 5A_433/2020 du 15 décembre 2020 consid. 2.3; 5A_480/2020 du 19 novembre 2020 consid. 1.3).
Dans cette mesure, les conclusions constatatoires prises par la recourante (conclusions nos 5, 7 et 9) apparaissent d'emblée irrecevables, aucune exception à la règle rappelée ci-avant n'étant remplie.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 142 III 364 consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 142 I 99 consid. 1.7.1; 142 III 364 consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; ATF 146 IV 114 consid. 2.1; 144 II 313 consid. 5.1; 142 II 369 consid. 2.1).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 144 II 246 consid. 6.7; 143 I 310 consid. 2.2 et la référence), doit, sous peine d'irrecevabilité, satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
En l'espèce, la partie " En fait " du recours (p. 3-5) sera ignorée en tant que les éléments qui y sont exposés s'écartent de ceux contenus dans l'arrêt attaqué et que la recourante n'invoque, ni a fortiori ne démontre, leur établissement arbitraire ou que leur correction influerait sur le sort de la cause.
3.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir fait preuve de formalisme excessif (art. 29 al. 1 Cst.), et d'avoir violé le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst., 2 al. 2 CC et 52 CPC) ainsi que les art. 58 et 85 CPC en déclarant irrecevables ses conclusions relatives à la liquidation du régime matrimonial au motif qu'elles n'étaient pas chiffrées. Cet excès de formalisme avait induit une inégalité de traitement entre les parties et était arbitraire. Il démontrait aussi que les juges cantonaux avaient manqué d'impartialité (art. 30 al. 1 Cst.).
3.1. La cour cantonale a constaté qu'au stade de sa réponse à l'appel joint seulement, l'ex-époux s'était prévalu de l'irrecevabilité des conclusions de l'ex-épouse faute d'avoir valablement été chiffrées. Même si l'ex-époux aurait pu soulever ce moyen dans son mémoire d'appel, le chiffrement des conclusions constituait une condition de recevabilité devant être examinée d'office, même au stade de l'appel. Or l'ex-épouse n'avait pas chiffré ses conclusions relatives à la liquidation du régime matrimonial. En dépit des preuves administrées, dont une expertise du domaine agricole, et du " projet de liquidation du régime matrimonial ", elle s'était limitée, lors de l'audience des débats du 29 avril 2019, à confirmer les conclusions de son mémoire de réponse et de demande reconventionnelle du 8 août 2014, lesquelles étaient non chiffrées et donc manifestement insuffisantes. L'ex-épouse, représentée par une avocate, ne pouvait toutefois ignorer qu'elle était tenue de chiffrer sa prétention. Il était vrai que, dans le corps de son mémoire du 8 août 2014, elle avait élevé diverses prétentions chiffrées dont elle réclamait la restitution à l'ex-époux " à titre de liquidation du régime matrimonial " en sus du partage des acquêts de celui-ci. Elle n'avait toutefois pas actualisé ses prétentions à l'issue de l'administration des preuves, parvenue à son terme près de cinq ans plus tard. De plus, les créances dont l'ex-époux serait le débiteur ne pouvaient s'examiner individuellement pour elles-mêmes et devaient faire l'objet d'une appréciation globale, ces créances devant être rattachées à une masse, respectivement aux actifs d'une masse de l'ex-épouse et aux passifs d'une masse de l'ex-époux. Ce faisant, l'ex-épouse avait complètement délégué au premier juge le calcul de ses prétentions, alors que la liquidation du régime matrimonial portait sur de nombreux biens, dont le domaine agricole, et posait diverses questions en lien notamment avec le calcul de créances envers son ex-époux, ce qui n'était pas admissible. Il importait peu que la juge de première instance ait, au final, été en mesure de calculer la part revenant à l'ex-épouse à titre de liquidation du régime matrimonial.
3.2. La recourante soutient que la clôture de la phase d'administration des preuves n'avait jamais été prononcée par la juge de première instance. Les deux témoins dont elle avait requis l'audition n'avaient en effet jamais été entendus et elle avait continué à invoquer des moyens de preuve jusqu'à la dernière audience du 29 avril 2019. Dans ces conditions, la recourante estime n'avoir pas été en mesure de chiffrer ses conclusions. Elle relève que les deux parties n'avaient pas chiffré leurs conclusions et que, ce nonobstant, la juge de première instance, outre qu'elle n'avait pas formellement clos la phase probatoire, n'avait pas interpellé les parties, décidant de procéder elle-même à la liquidation du régime matrimonial. Dès lors que cette magistrate avait, ce faisant, " admis et consacré un droit à cet égard aux deux parties ", la recourante considère qu'elle n'avait pas à s'attendre à ce que les juges d'appel lui nient toute prétention en matière de liquidation du régime matrimonial " ab ovo ". Elle devait encore moins s'y attendre compte tenu de l'attitude adoptée par l'intimé: alors que la procédure de première instance avait duré pas moins de cinq ans, il avait attendu sa réponse à l'appel joint pour invoquer l'irrecevabilité de ses conclusions en liquidation du régime matrimonial, ce qui était contraire à la bonne foi et constituait manifestement un abus de droit. La cour cantonale avait du reste laissé entendre que le moyen était tardif, en indiquant qu'il avait été soulevé au stade de la réponse à l'appel joint " seulement ". La recourante fait enfin grief aux juges cantonaux d'avoir accordé plus que ce que l'intimé demandait. Celui-ci n'avait en effet pas contesté " certaines [de ses] dettes " et n'avait pas conclu à l'irrecevabilité " ab ovo " de ses conclusions dans ses actes d'appel.
3.3.
3.3.1. Aux termes de l'art. 58 al. 1 CPC - applicable aux questions relatives à la liquidation du régime matrimonial (arrêts 5A_18/2018 du 16 mars 2018 consid. 5; 5A_621/2012 du 20 mars 2013 consid. 4.3.1 et les références) -, le tribunal ne peut accorder à une partie ni plus ni autre chose que ce qui est demandé, ni moins que ce qui est reconnu par la partie adverse ( ne eat iudex ultra petita partium). Les conclusions des parties doivent ainsi être suffisamment déterminées. Lorsqu'elles portent sur la liquidation du régime matrimonial, elles doivent indiquer à quel résultat le demandeur prétend (arrêts 5A_368/2018 du 25 avril 2019 consid. 4.3.3, publié in SJ 2019 I p. 391; 5A_618/2012 du 27 mai 2013 consid. 4.3.3, publié in FamPra.ch 2013 p. 722; 5A_621/2012 précité consid. 4.1). Par ailleurs, l'action tendant au paiement d'une somme d'argent doit être chiffrée (art. 84 al. 2 CPC), sous réserve de l'application de l'art. 85 al. 1 CPC (ATF 142 III 102 consid. 3; arrêt 5A_368/2018 précité loc. cit.). Selon cette disposition, le demandeur peut intenter une action non chiffrée s'il est dans l'impossibilité d'articuler d'entrée de cause le montant de sa prétention ou si cette indication ne peut être exigée d'emblée. Une fois les preuves administrées ou les informations requises fournies par le défendeur, le demandeur doit toutefois chiffrer sa demande dès qu'il est en état de le faire (art. 85 al. 2, 1ère phr., CPC), autrement dit, dès que possible. L'art. 85 CPC n'a ainsi pas pour effet de limiter la portée de la maxime de disposition, le demandeur n'étant pas libéré de son obligation de chiffrer ses prétentions, mais pouvant seulement différer le moment auquel il doit y procéder (arrêts 4A_516/2019 du 27 avril 2020 consid. 4.2.2; 5A_368/2018 précité loc. cit.).
Le chiffrement des actions en paiement d'une somme d'argent (art. 84 al. 2 CPC) compte parmi les conditions de recevabilité (art. 59 CPC; ATF 142 III 102 consid. 3), que le tribunal doit examiner d'office (art. 60 CPC; ATF 146 III 290 consid. 4.3.3). Sur le principe, la demande non chiffrée, alors que les conditions de l'art. 85 al. 1 CPC ne sont pas réalisées, est irrecevable, sans qu'il y ait lieu à fixation d'un délai selon l'art. 132 CPC (ATF 140 III 409 consid. 4.3.2; arrêt 4A_618/2017 du 11 janvier 2018 consid. 4.4).
Une partie qui a pris des conclusions insuffisantes en première instance ne peut corriger cette négligence procédurale en appel (arrêt 5A_368/2018 précité loc. cit.).
3.3.2. Il y a formalisme excessif, constitutif d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (ATF 145 I 201 consid. 4.2.1; arrêt 4D_30/2020 du 1er octobre 2020 consid. 4.1.1 et les autres références). En tant que l'interdiction du formalisme excessif sanctionne un comportement répréhensible de l'autorité dans ses relations avec le justiciable, elle poursuit le même but que le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 et 9 Cst.).
3.3.3.
3.3.3.1. Il sera d'emblée constaté que la recourante est forclose à se plaindre dans le présent recours de la prétendue tardiveté - et partant contrariété à la bonne foi procédurale - du grief de l'intimé relatif à l'irrecevabilité de ses conclusions en liquidation du régime matrimonial au motif qu'il n'a été présenté qu'au stade de la réponse à l'appel joint. Il apparaît en effet que la recourante n'a pas fait usage de son droit à la réplique à réception de ladite réponse, laquelle lui avait pourtant été dûment transmise par ordonnance du Président de la Cour civile du 15 janvier 2020 avec l'indication que l'affaire serait mise en délibération le 31 janvier 2020 (cf. arrêt 2C_931/2015 du 12 octobre 2016 consid. 2.2). Par ailleurs, tel que soulevé, l'argum nt selon lequel les juges cantonaux auraient accordé à l'intimé plus que ce qu'il réclamait apparaît insuffisamment motivé et, quoi qu'il en soit, difficilement compréhensible. On ne voit pas comment l'irrecevabilité soulevée par l'intimé aurait pu être comprise autrement que comme valant " ab ovo ". Sauf à affirmer de manière vague que l'intimé n'aurait pas contesté " certaines dettes ", la recourante ne l'explique nullement.
Reste donc uniquement à examiner si la cour cantonale a fait preuve de formalisme excessif dans l'application des art. 58 et 85 CPC en constatant l'irrecevabilité des conclusions de la recourante en liquidation du régime matrimonial, faute d'être chiffrées.
3.3.3.2. S'agissant premièrement des arguments qu'elle entend tirer du prétendu déroulement de la procédure de première instance, la recourante perd de vue que le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2.2), dont relèvent tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références). Or, le recours est dénué de toute critique de l'état de fait répondant au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 et les références), la présentation purement appellatoire des faits de la cause en pages 3 à 5 du recours, dont certaines allégations sont reprises telles quelles dans la partie " En droit " de l'acte, étant à cet égard insuffisante (cf. supra consid. 2.2). Le Tribunal de céans s'en tiendra donc aux faits constatés dans l'arrêt déféré. Or il n'en ressort pas que la juge de première instance aurait omis de clore la procédure probatoire ni que l'intimé aurait négligé de chiffrer ses conclusions en liquidation du régime matrimonial.
Pour le reste, force est de constater que la Cour civile s'en est tenue aux principes énoncés à l'arrêt 5A_368/2018 susmentionné (cf. supra consid. 3.3.1). Dans cette affaire, le Tribunal de céans avait considéré que l'exigence de conclusions chiffrées n'était pas excessivement formaliste, dès lors que la liquidation portait en l'occurrence sur de nombreux biens et comprenait le calcul de créances et récompenses variables (consid. 4.3.4). Or la recourante ne prétend pas qu'en l'espèce, la liquidation du régime matrimonial serait simple. Singulièrement, elle ne discute pas la constatation des juges cantonaux selon laquelle celle-ci porte sur de nombreux biens, dont le domaine agricole, et pose diverses questions, en lien notamment avec le calcul de créances envers l'intimé (arrêt attaqué, consid. 3.4 i.f.). Il s'ensuit que le reproche fait à la cour cantonale d'avoir appliqué les règles de procédure de manière excessivement formaliste et d'avoir, ce faisant, fait preuve de partialité est infondé. Le moyen doit être rejeté.
4.
La recourante se plaint encore d'une violation de l'art. 125 CC et d'arbitraire en tant que la cour cantonale a libéré l'intimé de son obligation d'entretien post-divorce à compter du 1er septembre 2015, motif pris de l'existence d'un concubinage qualifié. Elle rappelle notamment que, selon la jurisprudence, il incombe à la partie débitrice de prouver le concubinage qualifié. Or, en l'espèce, hormis son propre aveu, l'intimé n'avait pas prouvé à satisfaction de droit qu'elle vivait dans une telle relation. Les juges cantonaux ne pouvaient ainsi, sans tomber dans l'arbitraire, se substituer au devoir de l'intimé ni lui reprocher à elle de ne pas s'être déterminée sur ce point. Ils auraient donc dû confirmer le raisonnement du premier juge, qui avait pris en considération les effets du concubinage simple sur l'entretien, décidé que les conditions pour l'octroi d'une pension post-divorce au sens de l'art. 125 CC étaient remplies, et en avait fait dépendre la durée du changement - documenté - de la situation financière de l'intimé au 1er janvier 2018. Dans une argumentation difficilement compréhensible, la recourante soutient encore que la cour cantonale ne pouvait de toute façon entrer en matière sur la modification d'une pension fixée sur mesures protectrices, alors que celle-ci n'existait plus en raison du prononcé du jugement de divorce que les parties n'avaient pas contesté.
Cela étant, il n'apparaît pas que la recourante ait présenté une telle critique dans son appel joint et réponse à l'appel de l'intimé, alors que l'arrêt entrepris constate que la juge de première instance a considéré que la communauté de vie qu'elle formait avec son compagnon constituait un concubinage qualifié (arrêt attaqué, consid. 4.3 p. 8) et que l'intimé contestait dans son appel devoir une contribution d'entretien post-divorce au-delà du 31 juillet 2015 compte tenu dudit concubinage (arrêt attaqué, consid. 4 p. 5). Les juges cantonaux ont du reste expressément constaté que la recourante s'était bornée à alléguer dans ses écritures d'appel que " si l'appelant avait une situation aussi obérée qu'il le prétend[ait], il ne ferait pas durer la procédure et plaiderait au bénéfice de l'assistance judiciaire " (arrêt attaqué, loc. cit.). Dans ces conditions, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce point, faute d'épuisement des griefs (art. 75 al. 1 LTF; ATF 145 III 42 consid. 2.2.2; 143 III 290 consid. 1.1). En effet, lorsque, comme ici, l'autorité de dernière instance cantonale peut se limiter à examiner les griefs régulièrement soulevés, le principe de l'épuisement matériel des instances cantonales veut que les griefs soumis au Tribunal fédéral aient déjà été invoqués devant l'instance précédente (parmi plusieurs: arrêts 5A_489/2019 du 24 août 2020 consid. 16.2; 5A_636/2019 du 11 octobre 2019 consid. 2.4 et les nombreuses références), étant précisé que ce principe s'applique tant lorsqu'une partie est partie recourante dans la procédure cantonale que lorsqu'elle est partie intimée (arrêt 5A_694/2019 du 24 février 2020 consid. 4.3 et les références; pour l'application de ce principe devant le Tribunal fédéral: ATF 140 III 86 consid. 2).
5.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, la recourante devra payer les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF). En revanche, elle n'aura pas à indemniser l'intimé, celui-ci n'ayant pas été invité à déposer une réponse (art. 68 al. 1 LTF). Compte tenu de l'issue de la cause, il n'y a pas lieu de modifier la répartition des frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 15 février 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Feinberg