Faits :
A.
La société X._ SA a pour but le commerce de lait, la fabrication et le commerce de tous produits et sous-produits laitiers, ainsi que de tous produits alimentaires et diététiques. Une de ses activités consiste notamment en la transformation de lait de non-ensilage en Vacherin fribourgeois.
Avant le 1 er mai 2006, l'intéressée pasteurisait le lait de non-ensilage utilisé pour la production du Vacherin fribourgeois. Elle annonçait ce procédé sur le formulaire idoine (sous le code 424 [référence 30/036/01] intitulé "Bactofugation/pasteurisation de lait de non-ensilage") destiné au Service administratif chargé de la gestion des suppléments et de la notification des données laitières (ci-après: le Service administratif) pour l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) et ne percevait aucun supplément pour l'utilisation du lait de non-ensilage. Dès le 1 er mai 2006, à la suite de l'adoption du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), la société X._ SA a remplacé la pasteurisation du lait de non-ensilage par sa bactofugation. Elle n'a alors plus indiqué les quantités de lait concernées sur le formulaire précité et a perçu un supplément de non-ensilage de la part de l'Office fédéral.
Entre les mois de mai 2006 et d'août 2015, l'intéressée a bactofugé 90'708'281 kg de lait de non-ensilage qu'elle a transformé en Vacherin fribourgeois et qu'elle n'a pas déclaré sous le code 424 du formulaire du Service administratif. Pendant la période concernée, la Confédération suisse, par l'intermédiaire de l'Office fédéral, a versé un montant total de 2'801'863 fr. 45 au titre du supplément de non-ensilage pour les 90'708'281 kg de lait de non-ensilage bactofugé et transformé en Vacherin fribourgeois (AOP).
B.
Le 16 octobre 2015, le service d'inspection de l'Office fédéral a procédé à un contrôle de la société X._ SA. Il a constaté qu'entre les mois de mai 2006 et d'août 2015, la société avait bactofugé le lait de non-ensilage pour en faire du Vacherin fribourgeois (AOP) et qu'elle n'avait pas dûment annoncé cette bactofugation. Après que l'intéressée se fut déterminée, l'Office fédéral, par décision du 29 février 2016, a prononcé un avertissement à l'encontre de la société X._ SA et a condamné celle-ci à restituer la somme de 2'801'863 fr. 45 indûment perçue. Le 14 avril 2016, la société X._ SA a contesté ce prononcé devant la Cour II du Tribunal administratif fédéral qui, par arrêt du 10 juillet 2018, a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle, subsidiaire, du recours constitutionnel, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 10 juillet 2018 et la décision de l'Office fédéral du 29 février 2016; subsidiairement d'annuler la décision de l'Office fédéral précitée et de renvoyer la cause à l'autorité précédente, respectivement à l'Office fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Par ordonnance du 1 er octobre 2018, le Juge présidant de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. L'Office fédéral conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La société X._ SA a encore confirmé ses conclusions dans des observations complémentaires et l'Office fédéral a transmis des déterminations spontanées.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le présent recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Il ne tombe sous aucune des exceptions mentionnées à l'art. 83 LTF et en particulier pas sous celle de l'art. 83 let. k LTF, dans la mesure où l'art. 39 al. 1 de la loi du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr; RS 910.1), respectivement l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance du 25 juin 2008 concernant les suppléments et l'enregistrement des données dans le domaine du lait (OSL; RS 916.350.2) donnent un droit au supplément de non-ensilage (cf. arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 1.1), la restitution de subventions ne tombant de toute façon pas sous l'exception de l'art. 83 let. k LTF (arrêt 2C_717/2015 du 13 décembre 2015 consid. 1 et les références). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte, ce qui rend par conséquent le recours constitutionnel subsidiaire formé par la recourante irrecevable, ce d'autant plus que cette voie de droit est de toute façon exclue contre les arrêts du Tribunal administratif fédéral (art. 113 LTF a contrario). Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par la destinataire de l'arrêt entrepris qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Le recours est partant recevable, sous réserve de ce qui suit.
1.2. Dans la mesure où la recourante demande l'annulation de la décision de l'Office fédéral du 29 février 2016, sa conclusion est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal administratif fédéral (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543).
2.
A titre liminaire et pour la bonne compréhension, il convient de mentionner que, selon le Grand dictionnaire encyclopédique Larousse (éd. 1982), la bactofugation est un procédé de traitement du lait consistant en une épuration centrifuge à grande vitesse, à la température de pasteurisation, qui permet d'éliminer une partie importante des bactéries sporulées.
3.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'établissement inexact des faits. Elle estime que le Tribunal administratif fédéral a faussement retenu qu'elle avait connaissance d'un guide (" Wegleitung ") établi par le Service administratif, qu'il ne s'est pas penché sur le contenu d'un entretien téléphonique intervenu le 26 juin 2006 avec le Service administratif et qu'il n'a pas retenu que l'Office fédéral avait connaissance de la bactofugation du lait de non-ensilage effectuée entre mai 2006 et août 2015.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.2. La recourante se plaint en premier lieu de ce que le Tribunal administratif fédéral aurait considéré de manière manifestement inexacte qu'elle avait connaissance du document intitulé " Wegleitung zur Erhebung der Daten über die Milchverwertung und die Administration der Zulagen und Beihilfen für Milchpreisstützung ". Elle estime que l'autorité précédente a jugé que c'était en raison du fait qu'elle n'avait pas suivi ce guide qu'elle avait déclaré de manière erronée le lait de non-ensilage utilisé dès le mois de mai 2006 pour la production de Vacherin fribourgeois. Elle fait référence au considérant 6.3 page 16 de l'arrêt entrepris.
En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a retenu qu'afin de communiquer chaque mois au Service administratif comment l'utilisateur de lait met en valeur les matières premières, ce service avait établi le guide précité, " qui précise les informations qui doivent figurer sous le code 424 (référence 30/036/01) du formulaire de demande [...] pour l'octroi du supplément de non-ensilage ". Il a par ailleurs présenté le contenu dudit guide. Au considérant cité par la recourante, il n'a fait aucune référence au guide, mais expliqué que celle-ci, alors qu'elle en avait l'obligation, n'avait pas déclaré correctement dans les formulaires de demande du Service administratif les quantités de lait de non-ensilage utilisées pour la fabrication du Vacherin fribourgeois (AOP) durant la période de mai 2006 à août 2015.
Il ne saurait par conséquent être question d'établissement inexact des faits, dès lors que rien dans le considérant en cause ne laisse entendre que c'est parce que la recourante n'a pas suivi le guide du Service administratif que celle-ci a faussement déclaré le lait concerné. L'établissement des faits est d'autant moins arbitraire que les dispositions légales figurant dans la loi et l'ordonnance prévoient expressément les obligations posées à l'octroi du supplément de non-ensilage, ce que la recourante ne pouvait ignorer, et que le guide en cause ne prévoit rien de plus.
3.3. Dans ses deuxième et troisième griefs d'établissement inexact des faits, dont la motivation se recoupe en grande partie, la recourante se plaint de ce que l'autorité précédente a retenu qu'elle remplissait les demandes de suppléments de manière erronée et que l'Office fédéral l'ignorait. A ce propos, elle fait référence à un entretien téléphonique intervenu le 26 juin 2006 entre l'un de ses employés et un collaborateur du Service administratif et au fait que le Tribunal administratif fédéral a refusé ses moyens de preuve en relation avec cet entretien. Elle estime que celui-ci a omis de constater que le Service administratif et l'Office fédéral avaient tous deux parfaitement compris qu'elle appliquait le procédé de bactofugation. Le fait que le collaborateur du Service administratif l'ait appelé le démontrait. Son employé aurait d'ailleurs expliqué qu'elle n'appliquait plus la pasteurisation, mais que le procédé de fabrication respectait entièrement le cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP).
Le Tribunal administratif fédéral a considéré que rien ne permettait de retenir que le Service administratif ou l'Office fédéral savaient que la recourante procédait à la bactofugation du lait. Il a ajouté qu'en " tant que la recourante se prévaut de l'entretien téléphonique du 26 juin 2006, il faut relever que celle-ci n'a nullement établi avoir informé le [Service administratif] ou l' [Office fédéral] de ce qu'elle utilisait la bactofugation. Elle se contente en effet d'alléguer avoir déclaré "nous ne pratiquons plus la pasteurisation, nous respectons le cahier des charges", de sorte qu'il était impossible pour l' [Office fédéral] de déduire de cette seule affirmation que la recourante procédait à la bactofugation ".
En l'occurrence, s'agissant de l'entretien téléphonique, la recourante en mentionne en substance son contenu. Or, comme l'a relevé l'autorité précédente, son collaborateur s'est limité à expliquer que le lait n'était plus pasteurisé. Il n'a pas dit qu'il était dorénavant bactofugé. En outre, comme on le verra ci-après, le fait de respecter ou non le cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP) n'est pas pertinent pour prétendre au supplément de non-ensilage. Ce n'est donc pas ce cahier des charges, mais bien les dispositions légales qui en conditionnent l'octroi. Par conséquent, c'est sans arbitraire que le Tribunal administratif fédéral a retenu que ni le Service administratif, ni l'Office fédéral ne savaient que la recourante bactofugeait le lait de non-ensilage. Il faut ici relever que si le Service administratif a appelé la recourante, c'est bien pour s'enquérir de l'absence d'annonce de pasteurisation du lait entraînant le versement du supplément de non-ensilage. Sur le vu de la réponse de la recourante, qui a uniquement confirmé l'arrêt de la pasteurisation et le respect du cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP), il n'est pas arbitraire d'avoir renoncé à l'audition des personnes intéressées par appréciation anticipée des moyens de preuve, ce d'autant moins qu'environ douze ans se sont écoulés depuis l'entretien téléphonique précité. En outre, c'est également de manière pleinement soutenable que l'autorité précédente a considéré que la recourante remplissait les formulaires à remettre au Service administratif de manière erronée. C'est en effet sans arbitraire qu'on peut admettre que bactofuger le lait et ne pas remplir un formulaire dont la teneur est " Bactofugation/pasteurisation de lait de non-ensilage " constitue une déclaration erronée. Au demeurant, la recourante se limite à relever qu'en " écartant sans motif admissible ce moyen de preuve (la conversation téléphonique), le Tribunal administratif fédéral s'est mis en position de retenir un état de fait inexact, ce qui a évidemment des conséquences sur la solution du litige ". Or, une telle motivation n'est de toute façon pas suffisante, au sens de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.4. Sur le vu de ce qui précède, les griefs d'établissement inexact des faits élevés par la recourante doivent être écartés. Le Tribunal fédéral vérifiera donc la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
4.
4.1. Aux termes de l'art. 39 al. 1 LAgr, un supplément est versé aux producteurs pour le lait produit sans ensilage et transformé en fromage. L'art. 39 al. 2 LAgr prévoit pour sa part que le Conseil fédéral fixe le montant du supplément, les conditions d'octroi et les degrés de consistance des fromages ainsi que les sortes de fromage qui donnent droit à un supplément. Il peut refuser d'octroyer un supplément pour les fromages à faible teneur en matière grasse. Avant le 1 er janvier 2014, l'ancienne version de cette disposition avait la teneur suivante: " Le Conseil fédéral fixe les sortes de fromage donnant droit au supplément, le montant de celui-ci et les conditions d'octroi " (RO 1998 3033). Sur la base de cette délégation législative, le Conseil fédéral, à l'art. 2 al. 3 OSL, a arrêté que le supplément n'est versé que pour le lait qui a été transformé sans les additifs visés par la législation relative aux denrées alimentaires, à l'exception des cultures, de la présure et du sel, et qui n'a pas été pasteurisé, bactofugé ni traité par un autre procédé équivalent.
En outre, conformément à l'art. 43 al. 1 LAgr, le transformateur de lait est tenu d'annoncer au service désigné par le Conseil fédéral la quantité de lait que lui ont livrée les producteurs (let. a) et la manière dont il a utilisé le lait (let. b). Les demandes de versement des suppléments visés notamment à l'art. 2 OSL sont établies par les utilisateurs de lait. Elles sont adressées tous les mois au service administratif (cf. art. 12 OSL) qui traite donc ces demandes (art. 12 al. 2 let. a OSL), avant de les transmettre à l'Office fédéral (art. 12 al. 2 let. b OSL). C'est ensuite celui-ci qui statue sur les demandes et verse les suppléments (art. 5 OSL). Les utilisateurs de lait sont tenus de verser les suppléments visés notamment à l'art. 2 OSL aux producteurs auxquels ils ont acheté le lait transformé en fromage, dans le délai d'un mois (art. 6 let. a OSL). L'art. 9 OSL traite plus particulièrement de l'enregistrement et de la communication des données de mise en valeur. Ainsi, selon l'al. 1 de cette disposition, les utilisateurs de lait effectuent un contrôle quotidien de l'utilisation et en présentent sur demande les résultats aux organes de contrôle de l'Office fédéral. Il doit ressortir du contrôle d'utilisation quelles quantités de matière première ont été achetées (let. a), vendues non transformées (let. b) et transformées dans l'entreprise (let. c). Pour la matière première transformée dans l'entreprise, il faut indiquer: la quantité transformée; le type de produits fabriqués; la quantité de produits fabriqués (art. 9 al. 2 let. a à c OSL). Selon l'art. 9 al. 3 OSL, les utilisateurs de lait communiquent au service administratif chaque mois, le 10 du mois suivant au plus tard, comment ils ont mis en valeur les matières premières. Les données sont communiquées conformément à la structure de saisie prédéfinie par le service administratif.
L'OSL est entrée en vigueur le 1 er janvier 2009, respectivement le 1 er mai 2009 s'agissant de ses art. 7, 8 et 10 (cf. art. 16 OSL). Conformément à l'art. 15 OSL, cette ordonnance a remplacé l'ancienne ordonnance du 7 décembre 1998 sur le soutien du prix du lait (RO 1999 1226; ci-après: aOSL), ainsi que l'ancienne ordonnance du Département fédéral de l'économie du 7 décembre 1998 concernant le montant des aides pour les produits laitiers et les dispositions relatives à l'importation de poudre de lait entier (RO 1999 1220). L'art. 3 al. 2 aOSL avait la même teneur que l'art. 2 al. 3 OSL, excluant en particulier le versement du supplément de non-ensilage pour le lait bactofugé.
4.2. Le Tribunal administratif fédéral a retenu que la délégation législative sur laquelle repose l'OSL n'est pas exclue par la Constitution fédérale et est prévue dans une loi au sens formel, en l'occurrence l'art. 39 al. 2 LAgr. Il a ajouté que cette disposition circonscrit de manière suffisamment précise la matière déléguée, de même que le cercle des destinataires. Il a ainsi jugé que le degré de précision de cette clause de délégation était approprié, compte tenu de la technicité et des exigences à prendre en considération dans le domaine du soutien du prix du lait. Eu égard au large pouvoir d'appréciation que l'art. 39 al. 2 LAgr laisse au délégataire, l'autorité précédente a ensuite considéré que l'art. 2 al. 3 OSL ne sortait pas du cadre de la délégation législative et réalisait objectivement le but de la loi, sans porter atteinte à la Constitution fédérale. Le Tribunal administratif fédéral a ensuite écarté les autres griefs de la recourante, notamment quant à l'interprétation à donner à l'art. 2 al. 3 OSL, jugeant que cette disposition définissait explicitement les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage. Il a en outre considéré qu'il n'existait aucun lien entre l'octroi d'un éventuel supplément de non-ensilage et le respect du cahier des charges pour les AOP fromagères ou la réglementation sur la sécurité alimentaire. Il a exclu toute violation du principe de la bonne foi par l'Office fédéral et retenu que la recourante ne pouvait ignorer qu'en remplissant le formulaire du Service administratif comme elle l'avait fait, elle obtiendrait le supplément de non-ensilage, alors que celui-ci n'était pas dû en cas de bactofugation du lait. Finalement, l'autorité précédente a exclu l'application de l'art. 30 al. 2 de la loi du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (LSu; RS 616.1) et a conclu qu'une quantité de 90'708'281 kg de lait bactofugé transformé en Vacherin fribourgeois (AOP) durant la période de mai 2006 à août 2015 n'avait pas été déclarée comme telle et que des suppléments de non-ensilage à hauteur de 2'801'863 fr. 45 avaient été indûment versés à la recourante. Celle-ci ayant commis de fausses déclarations, à tout le moins par négligence, c'était à bon droit que l'Office fédéral l'avait condamnée à rembourser les suppléments payés à tort et lui avait adressé un avertissement.
4.3. Pour sa part, la recourante est d'avis que l'arrêt du Tribunal administratif fédéral viole l'art. 39 al. 2 LAgr, dès lors que cette disposition ne constitue pas une délégation législative suffisante, permettant au Conseil fédéral d'adopter l'art. 2 al. 3 OSL. Selon elle, en s'appuyant sur la jurisprudence rendue en application de l'art. 164 al. 1 Cst., qui prévoit notamment à sa let. e que toutes les dispositions importantes qui fixent des règles de droit relatives aux tâches et aux prestations de la Confédération doivent être édictées sous la forme d'une loi fédérale, les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage doivent figurer dans une loi au sens formel et le Conseil fédéral ne saurait en ajouter. La recourante relève qu'il n'est pas possible de se contenter d'une interprétation littérale de l'art. 39 al. 2 LAgr, même si cette disposition paraît claire. Elle mentionne à ce propos les versions allemande et italienne de l'art. 39 al. 2 LAgr, dont la portée n'est à son sens pas identique et qui doivent prendre le pas sur la version française. Elle en conclut que le Conseil fédéral ne pouvait pas introduire de nouvelles conditions à l'octroi du supplément de non-ensilage et que, partant, l'art. 2 al. 3 OSL va au-delà de la norme de l'art. 39 al. 2 LAgr. S'agissant encore de l'art. 2 al. 3 OSL, la recourante estime que le but de l'interdiction du procédé de la bactofugation n'est pas d'assurer la pureté de la matière première ou de fixer des critères de qualité du produit fini, mais bien de s'assurer que ce procédé ne permettrait pas de rendre "fromageable" du lait d'ensilage, c'est-à-dire éviter que, grâce à la bactofugation, on puisse percevoir le supplément prévu par l'art. 39 al. 1 LAgr en utilisant du lait d'ensilage. La recourante invoque finalement la protection de la bonne foi, en ce que l'Office fédéral savait qu'elle procédait à la bactofugation sans qu'il n'ait réagi d'aucune façon, et une violation de l'art. 30 al. 2 LSu. Quant à cette dernière disposition, elle demande au Tribunal fédéral de revoir sa jurisprudence rendue dans l'arrêt 2C_88/2012 du 28 août 2012, dans lequel il a été jugé que l'art. 171 al. 2 LAgr ne laissait pas de place à l'application de l'art. 30 LSu.
4.4. Le litige porte principalement sur le remboursement d'un montant de 2'801'863 fr. 45 de suppléments de non-ensilage versés à la recourante entre le mois de mai 2006 et le mois d'août 2015.
5.
Le supplément de non-ensilage figure dans la LAgr. Le titre 8 de cette loi est intitulé "Voies de droit, mesures administratives et dispositions pénales". Les mesures administratives sont prévues aux art. 169 ss LAgr. Plus particulièrement, l'art. 169 LAgr contient une liste de mesures administratives "générales", dont notamment l'avertissement (art. 169 al. 1 let. a LAgr). En outre, à teneur de l'art. 171 al. 2 LAgr, les contributions, tels les suppléments de non-ensilage (cf. FF 2012 1857 p. 1861), et les avantages pécuniaires indûment obtenus doivent être restitués ou compensés, indépendamment de l'application des dispositions pénales.
Il convient donc en premier lieu de déterminer si les suppléments versés à la recourante ont été obtenus indûment par celle-ci, c'est-à-dire si, par la bactofugation du lait de non-ensilage obtenu auprès des producteurs de lait, elle a créé une situation qui excluait le paiement du supplément et si elle a procédé de manière indue pour obtenir ledit supplément. Si tel est le cas, alors il conviendra d'examiner le bien-fondé de l'avertissement prononcé par l'Office fédéral et confirmé par le Tribunal administratif fédéral.
6.
6.1. En présence d'une ordonnance dépendante prise en vertu d'une réglementation législative, le Tribunal fédéral examine si le Conseil fédéral est resté dans les limites des pouvoirs qui lui ont été conférés par la loi. Dans la mesure où la délégation législative n'autorise pas le Conseil fédéral à déroger à la Constitution fédérale, le Tribunal fédéral est également habilité à revoir la constitutionnalité des règles conte-nues dans l'ordonnance en cause. Lorsque la délégation législative accorde au Conseil fédéral un très large pouvoir d'appréciation pour fixer les dispositions d'exécution, cette clause lie le Tribunal fédéral. Dans un tel cas, le Tribunal fédéral ne saurait substituer sa propre appréciation à celle du Conseil fédéral et doit se borner à examiner si l'ordonnance en question sort manifestement du cadre de la délégation législative octroyée au Conseil fédéral ou si, pour d'autres raisons, elle apparaît contraire à la loi ou à la Constitution fédérale (ATF 144 II 313 consid. 5.2 p. 319 et les références). D'autre part, lorsque se posent des questions d'ordre technique, le Tribunal fédéral fait, en principe, preuve de retenue (arrêt 2C_465/2014 du 27 juillet 2015 consid. 8.2 et les références).
6.2. L'art. 39 al. 2 LAgr délègue en particulier au Conseil fédéral la tâche de fixer le montant du supplément de non-ensilage, les conditions d'octroi et les degrés de consistance des fromages ainsi que les sortes de fromage qui donnent droit à un supplément. Les versions allemande et italienne de cette disposition ont la teneur suivante: " Der Bundesrat legt die Höhe der Zulage, die Voraussetzungen und die Festigkeitsstufen der Käse sowie die Käsesorten, die zu einer Zulage berechtigen, fest "; " Il Consiglio federale stabilisce l'importo del supplemento, le condizioni e i gradi di consistenza dei formaggi nonché i formaggi che danno diritto a un supplemento ". Comme on l'a vu précédemment, cette norme de délégation figure dans la LAgr depuis le 1 er janvier 2014 (RO 2013 3463). Avant cette date, la délégation avait toutefois la même portée puisque l'ancien art. 39 al. 2 LAgr prévoyait plus simplement que le Conseil fédéral fixait les sortes de fromage donnant droit au supplément, le montant de celui-ci et les conditions d'octroi (RO 1998 3033). Les versions allemande et italienne avaient la teneur suivante: " Der Bundesrat legt die Käsesorten, die zu einer Zulage berechtigen, die Zulage und die Voraussetzungen fest "; " Il Consiglio federale stabilisce i formaggi che danno diritto a un supplemento, il supplemento e le condizioni ".
Dans le projet initial du Conseil fédéral, il était tout d'abord prévu que celui-ci réglementerait l'octroi d'un supplément pour le lait produit sans ensilage et transformé en sortes de fromage déterminées pour une période transitoire de cinq ans au plus suivant l'entrée en vigueur de la LAgr (art. 185 al. 2 let. d du projet de loi sur l'agriculture, FF 1996 IV 1 p. 365). Durant les débats parlementaires, le Conseil national s'est opposé à cette solution et a suivi une proposition d'une minorité de ce conseil (cf. BO 1997 N 2042) tendant au maintien du supplément de non-ensilage qui existait déjà dans l'ancienne loi du 3 octobre 1951 sur l'amélioration de l'agriculture et le maintien de la population paysanne (cf. RO 1953 1095). Cette proposition, soumise au Conseil national, prévoyait que " un supplément est versé aux producteurs pour le lait produit sans ensilage et transformé en fromage " (al. 1) et que " le Conseil fédéral fixe les sortes de fromage donnant droit au supplément, le supplément et les conditions " (al. 2). Le Conseil des Etats a également suivi l'avis de la minorité (cf. BO 1998 E 138). Par la suite, cette disposition n'a plus fait l'objet de discussions et a été adoptée dans sa forme présentée ci-dessus (cf. FF 1998 II 2112) lors du vote final au Conseil national (cf. BO 1998 N 968 s.) et au Conseil des Etats (cf. BO 1998 E 502).
Lors de la modification de la LAgr du 22 mars 2013 (RO 2013 3463), le Conseil fédéral a notamment expliqué dans son message du 1 er février 2012 concernant l'évolution future de la politique agricole dans les années 2014 à 2017 (FF 2012 1857) qu'il était prévu qu'il " définisse de manière exhaustive, dans l'ordonnance sur le soutien du prix du lait, les matières premières pour la transformation en fromage qui donnent droit à un supplément. Ainsi, seul le lait (lait entier, lait écrémé, lait standardisé) donnera droit au supplément pour le lait transformé en fromage et au supplément de non-ensilage, comme cela est prévu à l'art. 38, al. 1, et à l'art. 39, al. 1, LAgr. Aucun supplément pour le lait transformé en fromage ne sera donc plus versé pour la crème transformée en mascarpone. Cela exclut en outre implicitement le droit à un supplément pour la production de fromage à partir de poudre de lait écrémé, de poudre de lait entier ou de concentrés de protéine " (FF 2012 1857 p. 1959). Le message précité mentionne encore qu'en " vertu de la compétence qui lui est donnée aux art. 38, al. 2, et 39, al. 2, LAgr, le Conseil fédéral complétera et précisera le droit aux suppléments au 1 er janvier 2014 dans l'ordonnance sur le soutien du prix du lait " (FF 2012 1587 p. 1959 s.). La proposition du Conseil fédéral quant à la nouvelle teneur de l'art. 39 al. 2 LAgr n'a pas donné lieu à discussion, ni au Conseil national (cf. BO 2012 N 1533 s.), ni au Conseil des Etats (cf. BO 2012 E 1176).
6.3. A l'instar de la recourante, il faut constater que la lettre de la version française de l'art. 39 al. 2 LAgr, que ce soit la version antérieure au 1 er janvier 2014 ou la version actuelle, diverge quelque peu de celle des versions allemande et italienne. La recourante ne saurait cependant être suivie lorsqu'elle affirme que la notion de "conditions" (" Voraussetzungen "; " condizioni ") se rapporte au mot "fromages" (" Käse "; " formaggi "). Certes, on peut regretter que les versions allemande et italienne ne soient pas aussi précises que la version française et ne fassent pas expressément référence à l'octroi du supplément de non-ensilage lorsqu'elles parlent de conditions. Toutefois, ce que cherche à expliquer la recourante, c'est-à-dire que le mot "conditions" se rapporte au mot "fromages", respectivement que le Conseil fédéral doit fixer "les conditions des fromages" (" die Voraussetzungen der Käse "; " le condizioni dei formaggi "), ne signifie rien. Cela ne saurait d'autant moins exprimer la signification voulue par le législateur que l'art. 39 al. 2 LAgr prévoit également que le Conseil fédéral peut fixer les sortes de fromages donnant droit au supplément. Or, on ne voit pas en quoi les "conditions des fromages" pourraient avoir une portée différente de la détermination des sortes de fromages. Au contraire, la solution voulant que les "conditions" soient liées à l'octroi du supplément doit s'imposer. Tout d'abord sur le vu des circonstances ayant conduit à l'adoption de l'art. 39 al. 2 LAgr. Le texte de la proposition soumise initialement par la minorité du Conseil national prévoyait en effet que " le Conseil fédéral fixe les sortes de fromage donnant droit au supplément, le supplément et les conditions". Cette construction exclut que le terme "conditions" se rapporte au mot "fromages". De plus, dans le message du Conseil fédéral du 1 er février 2012, celui-ci explique qu'il est prévu qu'il définisse les matières premières pour la transformation en fromage qui donnent droit à un supplément et qu'il complétera et précisera le droit aux suppléments. Cette explication fait ainsi référence aux conditions posées à l'octroi dudit supplément, contrairement à ce que semble penser la recourante. Finalement, il convient encore de mentionner que, dans l'avant-projet de la loi sur l'agriculture développé dans le cadre de la politique agricole pour les années 2022 et suivantes (PA 22+) et disponible sur le site internet de l'Office fédéral de l'agriculture, les versions du nouvel art. 39 al. 2 phr. 2 LAgr ont été reformulées. Celles-ci prévoient dorénavant: " Le Conseil fédéral fixe les conditions régissant l'octroi du supplément ", " Der Bundesrat legt die Voraussetzungen für die Ausrichtung der Zulage fest ", respectivement " Il Consiglio federale stabilisce le condizioni per il versamento del supplemento ". On relèvera à toutes fins utiles que le Tribunal fédéral, même s'il n'a jamais examiné en détail cette question, a également déjà confirmé que la notion de "conditions" de l'art. 39 al. 2 LAgr se rapportait à celle d'"octroi" (cf. arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 3.1).
6.4. On peut retenir de ce qui précède que le législateur, conformément au texte clair de la version française de l'art. 39 al. 2 LAgr, a donné mandat au Conseil fédéral de déterminer les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage. Que ni dans le message, ni durant les débats parlementaires, il ne soit fait référence au principe de la bactofugation n'est de ce fait nullement surprenant. En outre, il est erroné de penser, à l'instar de la recourante, que les conditions d'octroi du supplément de non-ensilage seraient déjà exhaustivement prévues par la loi. Certes, celle-ci arrête qu'il faut que le lait soit produit sans ensilage et qu'il soit transformé en fromage pour prétendre à ce supplément. Il s'agit toutefois du principe même du supplément, décidé par le législateur lors de la réforme agricole 2002 en 1996 (texte soumis au vote, cf. FF 1998 II 2112) et confirmé depuis lors.
6.5. Il convient encore d'examiner si le texte arrêté par le Conseil fédéral à l'art. 2 al. 3 OSL reste dans le cadre de la délégation législative de l'art. 39 al. 2 LAgr.
Il ressort en substance des débats au Conseil national que le supplément de non-ensilage est prévu pour soutenir une production de fromages à base de lait naturel produit grâce à de l'herbe qui n'a pas été traitée (cf. intervention du Conseiller national Josef Kühne, représentant de la minorité ayant proposé le maintien du supplément de non-ensilage, devant le Conseil national [BO 1997 N 2034 s.]). Le Conseiller national Rémy Scheurer a quant à lui expliqué que " par le maintien du supplément de non-ensilage, nous donnons un appui mérité à des paysans qui travaillent dans des conditions difficiles d'altitude, de relief du sol et de climat pour récolter le meilleur fourrage possible, afin d'obtenir le lait de qualité nécessaire à d'excellents fromages. Plus encore, nous tenons par là à manifester notre attachement à des valeurs culturelles " (BO 1997 N 2037). Sans passer en revue l'ensemble des interventions devant le Conseil national, on peut retenir pour l'essentiel que le supplément de non-ensilage vise à soutenir la production de fromage à base de produit naturel ayant subi le moins de traitement possible. Partant, le fait que le Conseil fédéral ait prévu à l'art. 2 al. 3 OSL que le lait transformé en fromage ne devait pas contenir d'additifs visés par la législation relative aux denrées alimentaires (à l'exception des cultures, de la présure et du sel, nécessaires à la fabrication du fromage) ni être pasteurisé, bactofugé ou traité par un autre procédé équivalent n'est aucunement contraire à l'idée de la loi. Par l'interdiction de ces procédés, qui ne sont pas nécessaires à la fabrication du fromage, le Conseil fédéral tend à promouvoir un fromage le plus artisanal et naturel possible. L'art. 2 al. 3 OSL n'est ainsi aucunement contraire à l'art. 39 al. 2 LAgr. Le fait, comme l'affirme la recourante, que des raisons sanitaires plaident en faveur d'une bactofugation du lait n'est ici pas pertinent. Ces considérations, aussi louables soient-elles, ne sont pas prises en compte aux art. 28 ss LAgr relatifs à l'économie laitière.
6.6. Comme on l'a vu ci-dessus, les dispositions légales applicables lors de la période en cause, c'est-à-dire entre 2006 et 2015, excluaient l'octroi du supplément de non-ensilage lors de la bactofugation du lait. Cependant, à partir du mois de mai 2006, la recourante a systématiquement bactofugé le lait de non-ensilage pour le transformer en Vacherin fribourgeois (AOP). Elle n'a plus indiqué les quantités de lait concernées sous le code 424. Or, le formulaire en cause, qu'elle remplissait correctement jusqu'au mois de mai 2006 et la fin de la pasteurisation du lait qui excluait la perception du supplément de non-ensilage, contient la référence "Bactofugation/pasteurisation de lait de non-ensilage". Avec une telle référence, la recourante ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme qu'elle était d'avis qu'elle avait droit au supplément dans le cadre de la production du Vacherin fribourgeois (AOP), car elle respectait le cahier des charges pour la production de ce fromage. Que ce cahier des charges ait ou non prévu la bactofugation du lait n'est aucunement pertinent, dès lors que ni la LAgr, ni l'OSL ne réservent d'exception à l'octroi du supplément. Compte tenu du fait que la référence du formulaire utilisé par le Service administratif fait une mention claire de la pasteurisation et de la bactofugation, que la recourante savait que la pasteurisation excluait toute perception dudit supplément et que l'art. 2 al. 3 OSL exclut expressément tout supplément en cas de bactofugation, il pouvait à tout le moins être attendu de la recourante qu'elle se renseigne sur la possibilité de bactofuger le lait pour produire du Vacherin fribourgeois (AOP). Certes, elle fait à maintes reprises référence au contenu de l'entretien téléphonique intervenu entre l'un de ses collaborateur et le Service administratif. Toutefois, comme on l'a vu, les faits relatifs à cet entretien ont été constatés sans arbitraire par le Tribunal administratif fédéral. En tout état de cause, la recourante ne mentionne à aucun moment avoir demandé au Service administratif si elle pouvait bénéficier du supplément de non-ensilage en bactofugeant le lait. En revanche, comme elle l'explique, cet entretien avait pour contenu le fait qu'elle n'appliquait plus la pasteurisation, mais que le procédé de fabrication respectait entièrement le cahier des charges de la fabrication du Vacherin fribourgeois (AOP), ce qui est peut être correct, mais qui n'est pas pertinent en l'espèce.
6.7. Il convient en définitive de retenir qu'en demandant le supplément de non-ensilage pour du lait qu'elle a bactofugé, alors qu'il ressortait clairement aussi bien de l'art. 2 al. 3 OSL que du formulaire qu'elle adressait chaque mois au Service administratif (cf. art 3 al. 1 OSL) que la bactofugation excluait l'octroi de ce supplément, la recourante a indûment obtenu une contribution de la part de l'Office fédéral. Il est ici le lieu de relever que rien n'indique que cet office (ou le Service administratif) ait eu connaissance de la pratique de la recourante et l'aurait tolérée, ce qui exclut ainsi toute violation du principe de la bonne foi. Que le cahier des charges du Vacherin fribourgeois (AOP) oblige l'utilisation de lait produit sans ensilage (art. 6 ss du cahier des charges, disponible sur le site Internet de l'Office fédéral de l'agriculture), mais permette (à tout le moins dans une disposition transitoire qui n'est plus en vigueur) la bactofugation, n'a pas d'incidence sur le droit au supplément. La LAgr et l'OSL réglemente ce droit pour tous les fromages et ne réservent aucune exception, qu'il s'agisse d'un fromage AOP au bénéfice d'un cahier des charges ou non.
7.
La recourante se plaint d'une violation de l'art. 30 al. 2 LSu, estimant que le Tribunal administratif fédéral et, avant lui, l'Office fédéral auraient dû renoncer à demander la restitution du montant des suppléments versés.
7.1. Aux termes de l'art. 2 al. 1 LSu, cette loi s'applique à toutes les aides financières et indemnités prévues par le droit fédéral. A teneur de l'art. 2 al. 2 LSu, le chapitre 3 de la LSu est applicable sauf dispositions contraires d'autres lois ou arrêtés fédéraux de portée générale. Le chapitre 3 (art. 11 ss LSu) traite des dispositions générales applicables aux aides et aux indemnités. Sa section 3 est intitulée "Versement et restitution des aides et indemnités".
7.2. Comme on l'a vu précédemment, la base légale fondant la restitution du supplément de non-ensilage est contenue à l'art. 171 al. 2 LAgr. Dans ces conditions, contrairement aux aides octroyées à des biens immobiliers ou mobiliers au sens de l'art. 29 LSu (cf. arrêt 2A.553/2002 du 22 août 2003 consid. 3.1), l'art. 30 LSu, qui concerne la révocation de décisions ouvrant le droit à une aide ou une indemnité, ne saurait s'appliquer. L'art. 171 al. 2 LAgr constitue en effet une disposition spéciale, contraire à l'art. 30 LSu, qui l'emporte sur celui-ci (cf. arrêt 2C_88/2012 du 28 août 2012 consid. 4.2; cf. également ATF 144 V 224 consid. 3.5 p. 228). Il ne permet en particulier pas à l'autorité compétente de renoncer à la restitution des contributions obtenues indûment, mais l'oblige à cette restitution ("doivent être restitués"). C'est par conséquent à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a exclu l'application de l'art. 30 al. 2 LSu, rien ne justifiant de renoncer à appliquer la jurisprudence contenue dans l'arrêt 2C_88/2012 du 28 août 2012 consid. 4.2, la recourante se contentant au demeurant d'affirmer péremptoirement que celle-ci est contraire à la loi. Ce grief doit en conséquent être écarté. On ajoutera que dans la mesure où, citant l'art. 8 Cst., la recourante se prévaut d'une inégalité de traitement envers d'autres bénéficiaires de contributions publiques, elle ne saurait être suivie. Il faut en effet relever que tous les bénéficiaires du supplément de non-ensilage se trouvent dans une même situation et, le cas échéant, devront restituer les contributions perçues indûment en application de l'art. 171 al. 2 LAgr, à l'exclusion de l'art. 30 al. 2 LSu. D'éventuels autres bénéficiaires de contributions publiques, fondées sur d'autres bases légales, se trouveraient dans une situation différente, excluant de ce fait tout cas d'inégalité de traitement (cf. ATF 142 I 195 consid. 6.1 p. 213 et les références).
8.
Les suppléments ayant été indûment obtenus dès le mois de mai 2006, il convient de s'assurer que le droit de l'Office fédéral d'en demander la restitution n'était pas prescrit, la question de la prescription en droit public devant être examinée d'office lorsque l'Etat est créancier (ATF 133 II 366 consid. 3.3 p. 368 et les références).
8.1. La LAgr ne contient aucune disposition relative à la prescription de la restitution des contributions obtenues indûment. Dans son arrêt 2C_88/2012 du 28 août 2012 consid. 4.3, le Tribunal fédéral a déjà examiné la question de savoir dans quel délai se prescrivait la prétention en restitution de l'art. 171 al. 2 LAgr. Il a considéré qu'en l'absence de disposition relative à la prescription dans la LAgr, c'est les dispositions de la LSu qui devaient s'appliquer. Ainsi, en application de l'art. 32 al. 2 LSu, le droit au remboursement d'aides ou d'indemnités se prescrit par un an à compter du jour où l'autorité de décision ou l'autorité partie au contrat en a eu connaissance, mais au plus tard dix ans après sa naissance. A teneur de l'art. 33 LSu, la prescription est interrompue par toute sommation de paiement formulée par écrit. Elle est suspendue aussi longtemps que le débiteur ne peut être poursuivi en Suisse.
Le début du délai d'un an prévu à l'art. 32 al. 2 LSu ne commence à courir qu'à partir du moment où le créancier a une connaissance certaine de son droit et du montant devant être restitué. Il ne suffit donc pas qu'il puisse avoir eu connaissance de ces éléments en portant une attention suffisante aux circonstances (arrêt 2C_88/2012 du 28 août 2012 consid. 4.3.1 et les références).
8.2. En l'occurrence, avant le mois de mai 2006, la recourante n'a pas obtenu de suppléments de non-ensilage pour le lait qu'elle pasteurisait. Dès le mois de mai 2006, la recourante a demandé à obtenir ces suppléments, mais a bactofugé le lait de non-ensilage, ce qui excluait pourtant le droit à de telles contributions (cf. consid. 6 ci-dessus). Le délai de prescription absolu de dix ans a donc commencé à courir dès cette date. L'Office fédéral a eu une connaissance certaine de son droit à restitution lors du contrôle qu'il a effectué le 16 octobre 2015 auprès de la recourante, c'est-à-dire un peu moins de dix ans après le versement des premiers suppléments. En condamnant la recourante a restituer la somme de 2'801'863 fr. 45 le 29 février 2016, l'Office fédéral a procédé dans le délai relatif d'un an dès la connaissance de son droit et avant les dix ans suivant sa naissance (cf. art. 32 al. 2 LSu). Cette demande de paiement formulée par écrit a interrompu la prescription (cf. art. 33 LSu), si bien qu'il convient de constater que le montant demandé par l'Office fédéral et litigieux dans la présente cause n'est pas prescrit à ce jour.
9.
La recourante a encore fait valoir ne plus être enrichie, dès lors qu'après les avoir perçus, elle a versé les suppléments aux producteurs de lait.
9.1. Dans un arrêt récent (arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018), le Tribunal fédéral a jugé, en application de l'art. 6 let. a OSL, que le supplément devait être versé aux producteurs auxquels les utilisateurs ont acheté le lait transformé en fromage. Citant le message du Conseil fédéral, il a expliqué que ce mode de paiement, c'est-à-dire un versement de l'Office fédéral à l'utilisateur qui reverse lui-même au producteur, n'était motivé que par des motifs administratifs visant à faciliter le paiement. Le Tribunal fédéral en a conclu que le paiement en main de l'utilisateur ne libérait pas l'Office fédéral de sa dette envers le producteur (arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 3.2). A la suite de cet arrêt, il convient de se demander s'il revient effectivement à la recourante de restituer les contributions en cause, dès lors qu'elle n'est qu'utilisatrice du lait obtenu auprès des producteurs et qu'elle devrait leur avoir reversé les suppléments perçus.
9.2. Pour répondre à cette question, il convient de se demander qui est le débiteur du montant à restituer car, comme on l'a vu ci-dessus, en application de la jurisprudence développée dans l'arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 3.2, l'utilisateur de lait ne constitue qu'une aide administrative permettant à l'Office fédéral de verser les suppléments aux producteurs. Or, cette activité de l'utilisateur de lait ne permet pas de conclure d'emblée à sa situation de débiteur de l'obligation de restitution, respectivement, en l'espèce, à l'obligation pour la recourante de restituer le montant des suppléments perçus.
En application des art. 38 s. LAgr, ce sont les producteurs de lait qui sont débiteurs/bénéficiaires des suppléments versés par l'Office fédéral pour le lait transformé en fromage, respectivement pour le lait produit sans ensilage. L'Office fédéral verse les suppléments aux utilisateurs de lait, qui sont tenus de les reverser aux producteurs (art. 6 OSL). Cette activité des utilisateurs de lait a été considérée comme étant purement une aide administrative fournie à la Confédération. Elle doit permettre de faciliter le paiement des suppléments, les risques liés à cette façon de procéder étant d'ailleurs à supporter par la Confédération et pas par les producteurs (arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 3.2). On devrait ainsi conclure de ce qui précède que, dans la mesure où ce sont les producteurs qui sont les bénéficiaires des suppléments, ce sont en principe également eux qui devraient être tenus de les restituer lorsque les conditions de l'art. 171 al. 1 LAgr sont réunies. Une telle solution ne saurait toutefois emporter conviction. En effet, les suppléments de l'art. 39 LAgr sont acquittés pour le lait de non-ensilage transformé en fromage. Or, les producteurs de lait ne transforment pas eux-même le lait en fromage, mais le transmettent aux utilisateurs de lait dans ce but. Ce n'est ainsi qu'ensemble, avec les utilisateurs de lait, que les producteurs peuvent réunir les conditions de l'art. 39 LAgr permettant d'obtenir les suppléments. Les demandes sont d'ailleurs à déposer par les utilisateurs/ transformateurs, qui doivent expliquer au Service administratif la manière dont ils ont utilisé le lait (art. 43 al. 1 let. b LAgr, art. 3 al. 1 OSL). D'un point de vue matériel, les conditions pour l'obtention de suppléments de non-ensilage sont donc aussi bien à réunir auprès des producteurs (production de lait de non-ensilage, art. 39 al. 1 LAgr, art. 2 al. 1 OSL) que des utilisateurs de lait (production de certaines sortes de fromage présentant un certain degré de consistance, art. 39 al. 2 LAgr, art. 2 OSL). Si, après s'être acquitté des suppléments de non-ensilage, l'Office fédéral constate que les producteurs ont fourni du lait d'ensilage, il est alors justifié de leur demander la restitution du supplément perçu à tort. En revanche, lorsque, comme en l'espèce, les suppléments ont été versés à tort en raison d'une condition devant être réunie dans la personne de l'utilisateur de lait que celui-ci n'a pas remplie, il serait injuste d'en demander la restitution aux producteurs, qui n'ont aucune influence sur la condition en cause. Pour cette raison, il convient de préciser la jurisprudence de l'arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 en ce sens que l'utilisateur de lait exerce une double fonction. S'agissant du paiement des suppléments, il agit en tant qu'aide de la Confédération (arrêt 2C_403/2017 du 4 décembre 2018 consid. 3.2). S'agissant en revanche de la fonction de transformateur de lait en fromage, il agit comme aide du producteur pour l'obtention du supplément. Celui-ci ne peut en effet obtenir ce supplément qu'avec le concours de l'utilisateur/transformateur de lait.
Par conséquent, lorsque l'utilisateur de lait fait de fausses déclarations en relation avec les conditions qu'il doit remplir pour que le producteur puisse percevoir un supplément de la part de la Confédération, respectivement qu'il ne se tient pas aux déclarations qu'il a faites, alors c'est à lui qu'incombe la responsabilité du versement indu. L'art. 171 LAgr ne nomme d'ailleurs pas expressément le débiteur de la prestation. Ainsi, lorsque des conditions ou des charges n'ont pas été respectées et qu'elles constituent les raisons de l'obligation de restitution, c'est le transformateur de lait qui, en violation de l'art. 43 al. 1 let. b LAgr, doit être considéré comme étant débiteur de l'obligation de restitution, indépendamment du fait de savoir s'il a redistribué les prestations aux producteurs.
9.3. En l'occurrence, la recourante a annoncé au Service administratif l'utilisation de lait de non-ensilage pour la production de Vacherin fribourgeois (AOP). Elle ne s'est cependant pas tenue aux déclarations qu'elle a faites, puisque à travers le formulaire de ce service, elle a annoncé que ce lait n'avait été ni pasteurisé, ni bactofugé. Or, en bactofugeant le lait de non-ensilage la recourante ne remplissait plus les conditions donnant droit au supplément qui lui était versé en faveur des producteurs, ce qui conduit à son obligation de restitution. Le fait qu'elle ait reversé ce supplément aux producteurs de lait n'est ainsi pas pertinent.
10.
Sur le vu de ce qui précède, c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a confirmé la restitution d'un montant de 2'801'863 fr. 45 de suppléments de non-ensilage obtenus indûment par la recourante entre le mois de mai 2006 et le mois d'août 2015.
11.
En outre, et même si la recourante ne conteste pas directement l'avertissement qui lui a été adressé, il convient également de confirmer cette mesure. En effet, l'art. 169 al. 1 LAgr prévoit une liste de mesures administratives pouvant être prises à l'encontre de personnes violant la LAgr. Compte tenu du fait que l'avertissement est la mesure la moins incisive et que la recourante a perçu indûment des contributions durant plus de neuf ans, cette mesure se justifie pleinement.
12.
Le recours en matière de droit public est ainsi à rejeter, dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Office fédéral de l'agriculture et à la Cour II du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 23 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette