Fatti:
A.
A.a. A._ SA è stata posta al beneficio di indennità per lavoro ridotto (ILR) per il periodo dal 1° aprile 2015 al 31 dicembre 2016. La Cassa cantonale di assicurazione contro la disoccupazione del Cantone Ticino (in seguito: la Cassa) ha versato al datore di lavoro le ILR per un importo complessivo di fr. 128'065.55.
A.b. Dall'istruzione esperita nell'ambito del procedimento penale aperto su segnalazione della Cassa di disoccupazione è risultato che la A._ SA non ha ottemperato all'obbligo di registrazione ad hoc del tempo di lavoro come anche della relativa perdita. Il procedimento penale si è concluso con l'emanazione di decreti di accusa che hanno proposto la condanna dei responsabili della A._ SA per infrazione all'art. 105 LADI. L'autorità penale ha rimproverato agli amministratori di avere, in correità, mediante indicazioni inveritiere, ottenuto indebitamente a favore della A._ SA prestazioni assicurative per un importo che l'inchiesta non ha potuto definire con precisione, e in particolare per avere chiesto alla Cassa le ILR per vari dipendenti della A._ SA, indicando nei rapporti sulle ore perse per motivi economici un numero di ore perse superiore a quello reale, ottenendo così prestazioni assicurative non dovute. Gli imputati non hanno presentato opposizione al decreto di accusa.
A.c. Con decisione del 28 marzo 2018 la Cassa ha condannato la A._ SA alla restituzione di fr. 128'065.55 di ILR indebitamente percepite nel periodo dal 1° aprile 2015 al 31 dicembre 2016. Con decisione su opposizione del 19 ottobre 2018 la Cassa ha confermato la menzionata decisione.
A.d. Con giudizio del 13 febbraio 2019 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto il ricorso della A._ SA, ha annullato la decisione su opposizione del 19 ottobre 2018 e deciso di trasmettere gli atti alla Segreteria di Stato dell'economia (SECO) per esaminare nel merito la questione ed emettere, se del caso, una nuova decisione. Quest'ultima decisione si sarebbe poi dovuta impugnare dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
A.e. Con sentenza 8C_157/2019 dell'11 settembre 2019 il Tribunale federale ha accolto il ricorso presentato dalla SECO e ha stabilito nella fattispecie la competenza della Cassa per ordinare la restituzione. Infatti, il motivo della stessa era dovuta a una procedura penale, che si è conclusa con l'emanazione di decreti di accusa, e non la conseguenza di un controllo operato dalla SECO. Conseguentemente la causa è stata rinviata al Tribunale cantonale delle assicurazioni per nuovo giudizio.
B.
Il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha ripreso la procedura, annullato la decisione su opposizione e rinviato gli atti alla Cassa per nuovi accertamenti al fine di determinare l'importo preciso che la A._ SA è tenuta a restituire (giudizio del 25 novembre 2019).
C.
La Cassa presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione.
La A._ SA propone in via principale che il ricorso sia dichiarato inammissibile e in via subordinata respinto. La Corte cantonale rinuncia a presentare osservazioni.
Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (DTF 145 V 57 consid. 1 pag. 59; 144 II 184 consid. 1 pag. 186). La Cassa non può vantare la facoltà di ricorso dall'art. 89 cpv. 1 LTF (DTF 140 II 539 consid. 4.2 pag. 542). Tuttavia, la legittimazione della Cassa risulta chiaramente dall'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF in relazione con l'art. 102 cpv. 2 LADI (DTF 140 II 539 consid. 4.5 pag. 544).
1.2. Il giudizio impugnato non pone fine al processo siccome ordina il rinvio della causa alla Cassa per ulteriori accertamenti. Posto che non si è in presenza di una decisione incidentale relativa alla competenza o alla ricusazione, il ricorso è ammissibile contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se esse possono causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF) o se l'accoglimento del ricorso in sede federale dovesse comportare immediatamente una decisione finale, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF).
1.3.
1.3.1. Secondo la giurisprudenza, la nozione di pregiudizio irreparabile secondo l'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF dev'essere interpretata restrittivamente, per evitare che il Tribunale federale debba occuparsi più volte della stessa procedura (DTF 142 III 798 consid. 2.2 pag. 801; 139 IV 113 consid. 1 pag. 115 seg.). Per prassi invalsa, un pregiudizio è irreparabile quando è suscettibile di provocare un danno di natura giuridica, che nemmeno una decisione favorevole nel merito permetterebbe di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale (DTF 141 IV 289 consid. 1.2 pag. 291) : semplici pregiudizi di fatto, come il prolungamento della procedura o un suo conseguente maggior costo, non rappresentano un tale danno (DTF 142 III 798 consid. 2.2 pag. 801), come neppure un rinvio per esperire ulteriori accertamenti (DTF 143 IV 175 consid. 2.3 pag. 177; 137 V 314 consid. 2.1 pag. 316). La ricorrente non si esprime specificatamente su questa condizione di ammissibilità.
1.3.2. È vero, da una decisione incidentale l'autorità amministrativa potrebbe essere obbligata a emettere un nuovo provvedimento ritenuto da lei contrario al diritto. In tale evenienza, può essere ammesso un danno irreparabile. Ciò è però il caso soltanto se la decisione incidentale dell'autorità di ricorso contiene aspetti vincolanti materiali (per esempio la qualificazione di un infortunio; cfr. sentenza 8C_740/2016 del 30 marzo 2017 consid. 2.2). Se invece il rinvio tocca unicamente questioni non sufficientemente accertate e che necessitano di un approfondimento istruttorio, senza che siano connesse indicazioni vincolanti di diritto materiale, l'autorità inferiore non può vantare alcun danno irreparabile (sentenza 8C_122/2014 del 18 agosto 2014 con numerosi riferimenti). In concreto, la Corte cantonale non ha statuito definitivamente su alcuna questione, ma ha semplicemente ritornato la causa all'assicuratore, affinché sia deteminato l'importo preciso da restituire sulla base di tutti i documenti al fascicolo (giudizio impugnato, pag. 24 in fondo). L'ipotesi di cui all'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF chiaramente non è data.
1.4.
1.4.1. Ogni complemento d'istruzione comporta necessariamente spese e un prolungamento del procedimento. Tuttavia, perché siano adempiuti i presupposti dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF è necessario che la procedura probatoria ancora da condurre, per la sua durata e i suoi costi, si scosti significativamente dai comuni procedimenti (in altre parole "lunga e costosa"; cfr. sentenza 4A_480/2010 del 1° dicembre 2010). Per esempio, ciò può essere il caso, a determinate condizioni, ove occorre procedere all'interrogatorio di un gran numero di testimoni, all'esperimento di più perizie o ancora all'invio di commissioni rogatorie in paesi lontani (cfr. sentenze 8C_464/2017 del 20 dicembre 2017 consid. 2.2.2.2, non pubblicato in DTF 144 V 35, e 2C_517/2015 del 30 marzo 2016 consid. 4.3.2).
1.4.2. La ricorrente osserva che benché l'opponente disponesse di un sistema di timbratura del tempo di lavoro, il compito assegnato dalla Corte cantonale di determinare con precisione le ore per le quali le ILR sono state debitamente versate richiederebbe alla Cassa delle verifiche molto complicate o addirittura inattuabili. Dal fascicolo processuale risulterebbe da un lato che non si può affidare al sistema di timbratura della ditta e da un altro lato che le timbrature esistenti non permettono di indicare le ore di lavoro giornaliere prestate, comprese le eventuali ore in esubero e le ore perse per motivi economici. A parere della ricorrente si deve tenere conto che i documenti forniti dall'opponente non sono sufficientemente attendibili al fine di poter constatare l'adeguata controllabilità del tempo di lavoro per i lavoratori per i quali la datrice di lavoro ha richiesto le ILR. Il controllo comporterebbe uno smisurato utilizzo di tempo e risorse (in particolare di personale), rivelandosi l'operazione in sostanza inutile, poiché tutti i calcoli e le verifiche non porterebbero a un risultato chiaro.
1.4.3. L'opponente contesta l'approccio della Cassa e rimprovera a quest'ultima di non volersi minimamente chinare sulla questione. L'opponente rileva che sin dall'inizio si era dimostrata disponibile per un incontro per spiegare i calcoli, che non sarebbero assai facili, tanto che perfino il patrocinatore della resistente sarebbe riuscito a compierli. L'opponente osserva che anche in sede di udienza dinanzi alla Corte cantonale la Cassa ha dimostrato di non voler calcolare il danno. Al dire dell'opponente era sufficiente sentire gli amministratori. La Cassa invece non avrebbe provveduto nemmeno a tale audizione.
1.4.4. A norma dell'art. 31 cpv. 3 lett. a LADI non hanno diritto all'ILR i lavoratori, la cui perdita di lavoro non è determinabile o il cui tempo di lavoro non è sufficientemente controllabile. A tal riguardo l'art. 46b OADI prevede che la perdita di lavoro può essere sufficientemente controllabile solo se le ore di lavoro sono controllate dall'azienda (cpv. 1). Il datore di lavoro conserva durante cinque anni i documenti relativi al controllo delle ore di lavoro (cpv. 2). In tal modo, si vuole garantire che gli organi di esecuzione dell'assicurazione contro la disoccupazione possano verificare le perdite di lavoro. L'onere della prova compete al datore di lavoro, da cui ci si attende una tenuta corretta e completa delle ore. La dimostrazione di una perdita di lavoro è attendibile soltanto se, prescindendo da errori isolati, non emerge alcuna inesattezza (sentenza 8C_1026/2008 del 30 luglio 2009 consid. 2 con riferimenti; da ultimo sentenza 8C_276/2019 del 23 agosto 2019 consid. 3.1 e 5.1). Se è vero che l'accertamento dei fatti compete all'autorità amministrativa (art. 52 LPGA) ed è anche vero che alla datrice di lavoro incombe l'onere della prova, quest'ultima deve per lo meno essere messa nella condizione di provare le proprie pretese, rendendole plausibili, con altri documenti relativi all'attività della società ("anhand anderer betrieblicher Unterlagen"; cfr. sentenza 8C_334/2013 del 15 novembre 2013 consid. 4.2).
1.4.5. Nella fattispecie, l'accertamento dei fatti relativi alla restituzione delle ILR indebitamente percepite non si scosta considerevolmente da analoghe procedure di controllo, né si può definire particolarmente lunga o costosa. Tenuto conto dell'onere della prova della datrice di lavoro, competerà in primo luogo a quest'ultima sostanziare precisamente le proprie pretese, indicando puntualmente le prove (o offrendone di nuove) a suo sostegno. Ad oggi peraltro nemmeno è del tutto chiaro se i "rapporti sulle ore perse per motivi economici", fatti sottoscrivere ripetutamente in bianco dagli amministratori della società, siano nella loro integralità inattendibili o no. Nell'ipotesi in cui la datrice di lavoro non riuscirà a convincere la Cassa, l'amministrazione non potrà che pretendere in restituzione l'intero importo contestato (cfr. sentenza 8C_469/2011 del 29 dicembre 2011 consid. 6.2.2).
2.
Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza, la Cassa agendo a tutela del proprio interesse pecuniario (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). Essa verserà un'adeguata indennità per ripetibili all'opponente (art. 68 cpv. 1 LTF).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico della ricorrente.
3.
La ricorrente verserà al patrocinatore dell'opponente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e alla Segreteria di Stato dell'economia (SECO).