Faits :
A.
A._ SA, par son administrateur C._, a déposé plainte le 12 octobre 2016 à l'encontre de B._. Ce dernier a été renvoyé en jugement devant le tribunal de première instance pour avoir, en sa qualité d'administrateur de la société D._ Sàrl, actuellement D._ SA, confectionné de toute pièce huit documents à l'en-tête de A._ SA et portant la signature de C._. Ces quittances attestaient que dans le cadre de leurs relations commerciales, D._ Sàrl avait versé diverses sommes, à hauteur de 207'915 fr. 45, à A._ SA, pour des travaux de chantiers que la première société aurait sous-traités à la seconde. D._ Sàrl avait produit les huit documents à l'Office des impôts du canton de son siège. Dès lors, dans le cadre d'une procédure de rappel fiscal, l'Administration cantonale vaudoise des impôts (ci-après: ACI) avait adressé à A._ SA, en date du 31 mars 2016, une demande de clarifications au sujet du débiteur D._ Sàrl et des prétendus versements de cette société à son contribuable.
Par jugement du 19 juillet 2018, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré B._ du chef d'accusation de faux dans les titres.
B.
Par jugement du 8 avril 2019, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par A._ SA à l'encontre du jugement précité. Elle a considéré qu'il existait des doutes importants et irréductibles quant aux circonstances de l'établissement des documents litigieux, lesquels devaient profiter à B._.
C.
A._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à la réforme de l'arrêt de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois du 8 avril 2019 en ce sens que B._ est condamné pour faux dans les titres à une peine fixée à dire de justice, subsidiairement à ce qu'il soit dit que C._ n'est pas le signataire des quittances litigieuses et au renvoi de l'affaire à la Cour d'appel pénale vaudoise afin qu'elle statue à nouveau, plus subsidiairement à ce que la Cour d'appel pénale soit invitée à ordonner un complément d'expertise confié au Dr. E._ ainsi qu'une expertise comptable du rapport de l'exercice du 17 novembre 2006 au 21 décembre 2007 de D._ Sàrl, et à ce qu'il soit fait ordre à B._ et D._ Sàrl de fournir tous documents relatifs aux employés de D._ Sàrl pour 2007. Encore plus subsidiairement, elle conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à la Cour d'appel pénale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Considérant en droit :
1.
La recourante a fait parvenir une pièce nouvelle au Tribunal fédéral hors du délai de recours. Cette pièce est irrecevable (cf. art. 100 al. 1 LTF).
2.
La recourante présente plusieurs pièces nouvelles à l'appui de son argumentation sur la recevabilité de son recours.
2.1. Selon l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal de céans, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. L'exclusion des faits et moyens de preuve nouveaux est la règle. Celle-ci connaît une exception - dont il appartient au recourant de démontrer que les conditions sont remplies (arrêt 6B_342/2018 du 6 février 2019 consid. 1.1) - lorsque c'est la décision de l'autorité précédente qui, pour la première fois, a rendu pertinents ces faits ou moyens de preuve (ATF 139 III 120 consid. 3.1.2 p. 123; arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3). Il peut s'agir de faits et moyens de preuve qui se rapportent à la régularité de la procédure devant l'instance précédente (par exemple une violation du droit d'être entendu lors de l'instruction) ou qui sont déterminants pour la recevabilité du recours au Tribunal fédéral (par exemple la date de notification de la décision attaquée) ou encore qui sont propres à contrer une argumentation de l'autorité précédente objectivement imprévisible pour les parties avant la réception de la décision (cf. arrêt 5A_910/2017 du 6 mars 2018 consid. 2.3 et les références citées). En revanche, le recourant ne peut pas alléguer des faits ou produire des moyens de preuve nouveaux qu'il a omis d'alléguer ou de produire devant l'autorité précédente; pour contester l'état de fait retenu par l'autorité précédente, il ne saurait se fonder sur des faits ou moyens de preuve nouveaux qu'il était en mesure de présenter à cette autorité et dont il devait discerner la pertinence éventuelle (ATF 139 III 120 consid. 3.1.2 p. 123). Par ailleurs, le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement au prononcé de la décision entreprise, c'est-à-dire de véritables nova (cf. ATF 139 III 120 consid. 3.1.2 p. 123).
2.2. La recourante produit une lettre de l'ACI du 26 avril 2019, soit postérieure à la notification du dispositif du jugement querellé. Dans la mesure où le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte de véritables nova, ce document est irrecevable.
La recourante produit également pour la première fois des courriers de son conseil à l'ACI des 21 octobre 2016, 17 avril 2018, 22 décembre 2017, 10 octobre 2018 et 18 décembre 2018, ainsi que des courriers de l'ACI à la recourante des 14 décembre 2017 et 24 avril 2018, cela pour établir qu'elle a régulièrement tenu l'ACI informée de l'évolution de la procédure pénale. Selon elle, cet échange laisse entrevoir qu'une éventuelle condamnation de l'intimé aurait pour conséquence l'abandon de la procédure de reprise fiscale pour ce qui concerne les quittances faisant l'objet de la procédure pénale et établirait ainsi son intérêt juridique à la modification de la décision cantonale attaquée. Cependant, la recourante ne démontre pas en quoi il lui était impossible de produire ces pièces devant la cour cantonale, l'exception permettant de présenter des faits ou des moyens de preuve nouveaux en instance de recours fédérale ne devant pas servir à corriger des omissions antérieures (cf. jurisprudence citée ad consid. 2.1 supra).
La recevabilité de ces pièces n'est quoi qu'il en soit pas décisive, le jugement querellé constatant déjà (cf. consid. 5.2) que la recourante fait l'objet d'une procédure de reprise fiscale portant sur les montants qu'elle aurait perçus en cash de D._ Sàrl en 2007 à teneur des factures arguées de faux. Le lien entre la procédure pénale et la procédure de reprise fiscale, que la recourante cherche à établir par ces pièces, ressort ainsi déjà du jugement cantonal (voir aussi consid. 3.2 infra). La question de leur recevabilité peut donc rester ouverte.
3.
3.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Les prétentions civiles envisagées sous l'angle de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF sont celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4). En cas d'acquittement du prévenu, cela suppose que la partie plaignante fasse valoir dans la procédure pénale, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, des prétentions civiles découlant de l'infraction (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1 p. 247 s.), étant rappelé que les prétentions civiles peuvent être élevées au plus tard lors des plaidoiries devant le tribunal du premier degré (art. 123 al. 2 CPP; arrêts 6B_200/2019 du 15 juillet 2019 consid. 1.1; 6B_928/2018 du 26 mars 2019 consid. 1.1; 6B_282/2017 du 14 septembre 2017 consid. 1.1). Si la partie plaignante n'est pas à même de le faire, notamment parce que son dommage n'est pas encore ou pas entièrement établi, par hypothèse dans le cas d'un dommage évolutif (cf. Christian Denys, Le recours en matière pénale de la partie plaignante, in SJ 2014 II 255), elle doit indiquer quelles sortes de prétentions civiles elle entend faire valoir et demander qu'elles lui soient allouées dans leur principe (ATF 127 IV 185 consid. 1a p. 187; arrêts 6B_928/2018 précité consid. 1.1 et 6B_1156/2015 du 27 juillet 2016 consid. 2.1). La partie plaignante ne saurait en tous les cas se limiter à demander la réserve de ses prétentions civiles ou, en d'autres termes, à signaler simplement qu'elle pourrait les faire valoir ultérieurement, dans une autre procédure. Ce faisant, elle ne prend pas de conclusions civiles sur le fond (ATF 127 IV 185 consid. 1b p. 188). Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4 et les références citées; arrêt 6B_880/2019 du 17 septembre 2019 consid. 1.2).
L'art. 251 CP protège, en tant que bien juridique, d'une part, la confiance particulière placée dans un titre ayant valeur probante dans les rapports juridiques et, d'autre part, la loyauté dans les relations commerciales (ATF 142 IV 119 consid. 2.2 p. 121 s. et les références citées). Le faux dans les titres peut également porter atteinte à des intérêts individuels, en particulier lorsqu'il vise précisément à nuire à un particulier (ATF 140 IV 155 consid. 3.3.3 p. 159; 119 Ia 342 consid. 2b p. 346 s. et les références citées). Tel est le cas lorsque le faux est l'un des éléments d'une infraction contre le patrimoine, la personne dont le patrimoine est menacé ou atteint ayant alors la qualité de lésée (ATF 119 Ia 342 consid. 2b p. 346 s.; arrêts 6B_655/2019 du 12 juillet 2019 consid. 4.3.3; 6B_1274/2018 du 22 janvier 2019 consid. 2.3.1).
3.2. En l'espèce, la procédure pénale a été menée jusqu'au stade du jugement, ce qui aurait dû permettre à la recourante, en tant que partie plaignante, d'articuler ses prétentions civiles. Elle s'est cependant limitée à demander la réserve de ses droits. Dans cette mesure, conformément à la jurisprudence précitée, la recourante n'a pas pris de conclusions civiles sur le fond.
Dans son recours au Tribunal fédéral, la recourante s'attache à démontrer qu'elle a un intérêt à obtenir la condamnation de l'intimé, car cela lui permettrait d'obtenir gain de cause dans la procédure fiscale la concernant, actuellement suspendue. Elle explique qu'elle n'a pas été en mesure de déposer des conclusions civiles car son dommage n'était pas connu et qu'elle ne disposait d'aucun titre concrétisant la reprise d'impôt.
Cependant, le lien entre la procédure pénale pour faux dans les titres et la procédure de reprise fiscale est connu depuis le début de la procédure pénale. En effet, à l'appui de sa plainte pénale du 12 octobre 2016, la recourante expliquait déjà que l'ACI lui avait adressé une demande de clarifications au sujet d'un débiteur " D._ Sàrl " à propos de quittances à hauteur de 207'915 fr., dont l'ACI avait pris connaissance (pièce 5, p. 2 et son annexe 5). Dans la mesure où le dommage peut notamment prendre la forme d'une mise en danger du patrimoine telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (ATF 129 IV 124 consid. 3.1 p. 125; 123 IV 17 consid. 3d p. 22; 122 IV 279 consid. 2a p. 281), il n'était pas exclu que la condamnation de l'intimé pour faux dans les titres par l'autorité de première instance permette déjà à la recourante de faire valoir à son encontre des prétentions en réparation au sens de l'art. 41 CO (cf. arrêts 6B_1151/2014 du 16 décembre 2015 consid. 1.2; 6B_96/2014 du 30 juin 2014 consid. 1.4). La recourante connaissait ainsi le principe du risque fiscal encouru. Si elle l'estimait probable, elle devait en tenir compte dans son bilan sous la forme d'une provision (cf. ATF 123 IV 17 consid. 3d p. 22; Chambre fiduciaire, Manuel suisse d'audit, Tome " tenue de la comptabilité et présentation des comptes ", 2014, p. 213-218). En tout état, on ne voit pas en quoi l'impossibilité de chiffrer ses prétentions avec exactitude, ou encore l'absence de titre concrétisant la reprise fiscale, empêchait la recourante d'indiquer quelle sorte de prétentions civiles elle entendait élever et de demander qu'elles lui soient allouées à tout le moins dans leur principe.
3.3. Il s'ensuit que la recourante ne démontre pas à satisfaction de droit la réalisation des conditions permettant de lui reconnaître la qualité pour recourir sur le fond. Dans ce contexte, la question de savoir si les infractions prétendument commises par l'intimé étaient de nature à causer à la recourante un préjudice direct et individuel peut demeurer ouverte.
4.
L'hypothèse visée à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF n'entre pas en considération, la recourante ne soulevant aucun grief quant à son droit de porter plainte.
5.
Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 LTF, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 5 et les références citées).
5.1. La recourante se plaint de la violation de son droit d'être entendue et d'un déni de justice formel au motif que le rejet de sa requête en complément de l'expertise graphologique du 4 février 2019 est insuffisamment motivé.
5.2. L'obligation de motiver, telle qu'elle découle du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; cf. aussi art. 3 al. 2 let. c et 107 CPP), est respectée lorsque le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 143 III 65 consid. 5.2 p. 70; 142 I 135 consid. 2.1 p. 145; 141 III 28 consid. 3.2.4 p. 41). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157; 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 p. 565; arrêts 6B_330/2019 du 5 septembre 2019 consid. 2.1; 6B_398/2019 du 19 juillet 2019 consid. 4.1).
5.2.1. La cour cantonale a considéré que l'expertise graphologique privée du 19 février 2018 du Dr E._, qui avait conclu à l'authenticité des signatures litigieuses, pouvait faire l'objet de mesures d'instruction complémentaires, raison pour laquelle elle a ordonné une nouvelle expertise portant sur l'authenticité des signatures et des factures litigieuses, également confiée au Dr E._. Elle a constaté que, s'agissant de ce rapport d'expertise établi le 4 février 2019, les résultats de la recherche de foulages effectuée sur les factures litigieuses indiquaient que celles-ci avaient toutes été signées au même moment et qu'aucun trait sous-jacent ou sillon, ni aucune trace d'altération du papier qui aurait été l'indice d'un traçage préalable dans le but de produire une imitation indirecte de la signature au nom de C._, n'avaient été observés. L'expert avait par ailleurs relevé des concordances entre les signatures indiciaires d'une part et les spécimens de référence d'autre part, tant au niveau de l'aspect général que des caractéristiques graphiques particulières (jugement entrepris consid. 6.1 p. 37). Selon les conclusions de ce rapport, les analyses effectuées soutenaient très fortement la proposition selon laquelle la signature au nom de C._ figurant sur les huit factures contestées était de la main de C._, plutôt que de la main d'une tierce personne. L'expert avait en outre indiqué ne pas avoir observé de différence entre l'écartement de la typographie au début des signatures indiciaires et référentielles sur la base de toutes les pièces remises (jugement entrepris consid. 2.4 p. 23).
La cour cantonale a considéré que la réquisition de la recourante tendant à la mise en oeuvre d'un complément d'expertise devait être rejetée dans la mesure où, contrairement à ce que soutenait celle-ci, les conclusions de l'expertise du 4 février 2019 étaient parfaitement claires, où le rapport répondait à toutes les questions posées, y compris à celles formulées par la recourante elle-même dans son courrier du 20 décembre 2018, et où l'exactitude des conclusions formulées par un expert reconnu et mandaté dans un premier temps par la partie plaignante elle-même ne saurait être remise en cause, dès lors qu'elle n'avait décelé aucun défaut évident et reconnaissable sans connaissances spécifiques du domaine (jugement entrepris consid. 3.3 p. 27).
5.2.2. La recourante rappelle que dans sa requête en complément d'expertise, elle demandait qu'il soit ordonné à l'expert de clarifier les termes " signatures de comparaison ", " signatures indiciaires ", " spécimens de référence " et " signature de question ". Elle faisait également valoir que le rapport d'expertise ne répondait pas à toutes les questions posées dans la mesure où l'expert s'était contenté de comparer les signatures litigieuses et les signatures de référence produites par l'intimé, et non celles produites par elle-même. Elle soutenait enfin que le rapport d'expertise se contredisait gravement dans la mesure où il concluait d'une part que " le soussigné n'a pas observé de différence entre l'écartement de la typographie au début des signatures indiciaires et référentielles " pour retenir ensuite que " les signatures du deuxième groupe sont plus " aérées " que celles du premier groupe ". La recourante demandait qu'il soit procédé à une comparaison spécifique de l'une des signatures litigieuses avec l'une des signatures remises par elle-même, et non par l'intimé.
La recourante se plaint de ce que la cour cantonale n'a pas motivé le rejet des motifs invoqués dans sa requête.
5.2.3. Il ressort cependant de l'argumentation de la recourante que celle-ci a compris la signification des différents termes employés, en ce sens que les " signatures de comparaison " et " spécimens de référence " désignaient les signatures transmises à l'expert par les parties pour les comparer avec les signatures litigieuses, ces dernières étant désignées comme les " signatures de question " ou " signatures indiciaires ". La cour cantonale pouvait dès lors se limiter à constater que l'expertise était claire.
Par ailleurs, l'autorité précédente a constaté que l'expert avait indiqué ne pas avoir observé de différence entre l'écartement de la typographie au début des signatures indiciaires et référentielles " sur la base de toutes les pièces remises ", confirmant ainsi que l'expert ne s'était pas uniquement fondé sur les signatures de référence remises par l'intimé mais avait également examiné celles remises par la recourante. Il ressort également du rapport que l'expert n'a pas exclu les signatures de référence produites par la recourante de son analyse comparative (cf. rapport d'expertise du 4 février 2019, p. 4 et 7-8). Enfin, la contradiction soulevée par la recourante n'est à tout le moins pas flagrante puisque, d'une part, l'expert ne compare pas les mêmes groupes de signatures et, d'autre part, il est question tout d'abord de l'écartement au début de la signature, et ensuite de savoir si la signature est " aérée ".
Par conséquent, la motivation de la cour cantonale, quoique sommaire, était suffisante pour rejeter la requête en complément d'expertise de la recourante portant sur la clarification de la nomenclature utilisée et sur l'examen spécifique des signatures produites par elle. Le droit d'être entendue de la recourante n'a ainsi pas été violé.
6.
La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir donné suite à ses réquisitions de preuve. Ses développements à cet égard ne visent qu'à démontrer en quoi ces mesures étaient nécessaires afin d'établir ses accusations. Elle ne fait ainsi valoir aucun moyen qui peut être séparé du fond. La recourante se plaint par ailleurs de l'établissement manifestement inexact des faits (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF) et invoque la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Ce faisant, la recourante s'en prend à l'appréciation des moyens de preuve, mais n'expose pas en quoi ses droits de procédure auraient été violés. Dans la mesure où les griefs invoqués relèvent du fond de la cause, aspect sur lequel elle n'a pas qualité pour recourir (cf. supra consid. 3), ils sont irrecevables.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 octobre 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy