Faits :
A.
A.a. A._ SA a son siège à Martigny et a pour but l'"exploitation des branches d'assurances non vie". Cette société a repris, par contrats de transfert de patrimoine du 20 avril 2011, avec effet au 1er janvier 2011, les activités d'assurance-maladie complémentaire de neuf fondations, à savoir B._ - C._, D._, E._, F._, G._, H._, I._ et J._. Durant les périodes fiscales 2006 à 2010, ces fondations avaient soit leur siège soit leur administration effective en Valais, de sorte qu'elles y étaient assujetties de manière illimitée. Elles l'étaient de façon limitée notamment dans les cantons de Vaud et de Genève, du fait de l'existence d'établissements stables ou d'immeubles.
Entre 2009 et 2011, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a procédé aux répartitions intercantonales des éléments imposables de ces fondations, ainsi qu'aux taxations ordinaires du bénéfice et capital pour les périodes fiscales 2006 à 2010. Sur la base de ces répartitions, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt des personnes morales) a émis, entre 2009 et mars 2013, des décisions de taxation définitives concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital des fondations pour ces mêmes périodes fiscales, tel que décrit à la lettre B de l'arrêt attaqué auquel il est renvoyé. Ces décisions de taxation sont entrées en force.
A.b. Le 27 novembre 2013, la Conférence suisse des impôts a adopté la circulaire n°12 sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur l'assurance-maladie (LAMaI [ci-après: la Circulaire n°12]) qui a remplacé celle du 23 mars 2000. Ce document modifie les règles de répartition intercantonale du bénéfice et du capital des caisses-maladie. Elle précise être applicable "aux exercices commerciaux bouclés durant l'année civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures encore ouvertes à la date de sa publication", à savoir le 27 novembre 2013.
A._ SA a alors proposé au Service des contributions une modification de la répartition intercantonale pour l'imposition des neuf fondations pour les périodes 2006 à 2010. Par décisions du 25 juillet 2014, ledit service a ainsi "rectifié" les décisions de taxation susmentionnées (let. A.a) concernant l'impôt cantonal sur le bénéfice et le capital des fondations. Il en résultait des montants d'impôts supplémentaires en faveur du canton du Valais, la nouvelle circulaire ayant modifié la répartition à l'avantage du canton du siège ou de l'administration effective. Ces décisions de taxation sont entrées en force.
Le 8 septembre 2014, A._ SA a retiré le recours dont elle avait saisi la Cour de Justice du canton de la République et canton Genève le 17 octobre 2013 relatif à la taxation dans ce canton des neufs fondations pour les périodes fiscales 2006 à 2008.
Le 17 novembre 2014, A._ SA a demandé à l'Office d'impôt des personnes morales de rectifier des taxations concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital des fondations en cause pour les périodes 2006 à 2010, afin de tenir compte de la nouvelle clé de répartition intercantonale et des décisions du 25 juillet 2014 du Service des contributions. Ledit office a, en date du 22 avril 2015, répondu que ni la voie de la réclamation contre des décisions de taxation entrées en force ni celle de la révision ne lui semblait ouverte; de toute façon, la demande de révision aurait été tardive. Puis, par décision du 18 janvier 2018, l'Office d'impôt des personnes morales a formellement rejeté la demande tendant à la révision des décisions de taxation des fondations pour les périodes 2006 à 2010. L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a fait de même, dans une décision sur réclamation du 9 juillet 2018; elle a considéré que les décisions de taxation du 25 juillet 2014 du Service des contributions fondées sur la Circulaire n°12 ne constituaient pas un motif de révision; même si cela avait été le cas, la demande de révision avait été déposée au-delà de l'échéance du délai légal de 90 jours à compter de la découverte du motif de révision, de sorte qu'elle était tardive.
B.
Par arrêt du 9 avril 2020, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ SA. Ladite cour a en substance jugé que les décisions de taxation litigieuses de l'Office d'impôt des personnes morales étaient entrées en force indépendamment des prononcés du canton du Valais et, a fortiori, de ceux du canton de Genève; dès lors, ces décisions litigieuses ne pouvaient être modifiées en faveur de A._ SA qu'aux conditions de la révision; or, selon le Tribunal cantonal, "le prononcé ultérieur d'une décision de taxation par un autre canton ne représente pas en tant que tel un motif de révision"; l'Administration cantonale des impôts n'était donc pas tenue de réviser les décisions de taxation en cause, après que le Service des contributions valaisan eut modifié celles qu'il avait précédemment effectuées; en outre, ledit office n'avait pas violé le principe de la bonne foi en refusant de modifier ces décisions de taxation.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 9 avril 2020 du Tribunal cantonal en acceptant pour l'impôt cantonal et communal vaudois la révision des taxations 2006 à 2010 s'agissant des fondations reprises par contrat de transfert de patrimoine, subsidiairement, renvoyer la cause à l'une des autorités précédentes pour une nouvelle décision dans le sens des griefs invoqués.
L'Administration cantonale des impôts conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Tribunal cantonal fait de même, tout en se référant aux considérants de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations.
A._ SA s'est encore prononcée par écriture du 17 septembre2020.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF, en lien avec l'ordonnance fédérale du 20 mars 2020 sur la suspension des délais dans les procédures civiles et administratives pour assurer le maintien de la justice en lien avec le coronavirus [COVID-19; RS 173.110.4]) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final (art. 90 LTF) rendu, dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), est recevable (cf. également art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il examine librement l'application du droit fédéral et y procède sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 142 III 782 consid. 3).
3.
Le litige porte sur le point de savoir si les décisions de taxation vaudoises des neuf fondations pour les périodes fiscales 2006 à 2010 peuvent être remises en cause par le biais de la révision, à la suite des nouvelles répartitions intercantonales et décisions de taxation établies par le Service des contributions valaisan en date du 25 juillet 2014 en remplacement de celles qu'il avait effectuées entre 2009 et 2011 (cf. "Faits" let. A.a). La recourante ne conteste pas que les décisions de taxation vaudoises en cause sont entrées en force; tel est, au demeurant, également le cas des décisions de taxations valaisannes susmentionnées.
4.
4.1. La recourante avance que les conditions d'une "révision d'office" par l'Office d'impôt des personnes morales de ses décisions de taxation entrées en force étaient remplies, après que le Service des contributions valaisan eut modifié les siennes et en eut établi de nouvelles, à savoir celles du 25 juillet 2014. Elle décrit, dans ce cadre, les règles de répartition intercantonales applicables et mentionne les précisions apportées par la circulaire n°16 du 31 août 2001 de la Conférence suisse des impôts sur l'Ordonnance du Conseil fédéral du 9 mars 2001 sur l'application de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs dans les rapports intercantonaux sur la façon dont procèdent les cantons concernés par une répartition intercantonale. L'intéressée ne cite néanmoins aucune disposition qui prévoirait une telle "révision d'office" ou une obligation à cet égard pour le canton dans lequel le contribuable est assujetti de façon limitée ou encore un éventuel droit correspondant pour le contribuable. En outre, comme le souligne l'autorité intimée, la révision anticipée de taxations, qui repose sur la participation volontaire des administrations cantonales, est réservée aux affaires claires ne prêtant pas à contestation, ce qui n'est pas le cas en l'espèce. Partant, le grief tombe à faux.
4.2. En revanche, la recourante mentionne les art. 51 al. 1 LHID et 203 al. 1 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11) et estime qu'une double imposition intercantonale peut constituer un motif de révision.
4.2.1. L'art. 51 LHID prévoit:
" 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a. lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b. lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître, ou qu'elle a violé de quelque autre manière une règle essentielle de procédure;
c. (...).
2 (...)
3 La demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé.
(...)."
L'art. 203 LI traitant des motifs de révision et l'art. 204 LI concernant le délai pour déposer une demande de révision ont une teneur similaire.
4.2.2. Le point de savoir si une double imposition effective constitue un motif de révision peut rester ouvert pour la raison suivante.
Selon les art. 51 al. 3 LHID et 204 LI, une demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision. La recourante prétend, à cet égard, que le motif de révision découle des nouvelles décisions de taxation valaisannes du 25 juillet 2014. Selon elle, ces décisions sont entrées en force au plus tôt le 25 août 2014 et cette date est donc déterminante pour calculer le délai de 90 jours: avant l'entrée en force de celles-ci, il n'y avait pas encore de double imposition intercantonale et elle pouvait escompter recevoir dans les 30 jours dès leur notification des décisions de taxation vaudoises rectifiées; l'intéressée soutient, en conséquence, que sa demande de rectification du 17 novembre 2014 a été déposée dans le délai légal de 90 jours.
Le Tribunal fédéral ne saurait suivre cette argumentation. Le prétendu motif de révision consiste dans les décisions de taxation valaisannes du 25 juillet 2014. Or, une demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision. Dès lors, la découverte de ce motif coïncide avec la notification des décisions. Il n'y a aucune raison de considérer, dans le cadre de la révision, que le point de départ du délai en cause est l'entrée en force de celles-ci. En effet, l'établissement de nouvelles décisions de taxation par le fisc valaisan a eu pour effet une double imposition effective, dès lors que le fisc vaudois avait déjà taxé définitivement les fondations concernées pour les mêmes périodes fiscales. On ne voit d'ailleurs pas pour quelle raison, contrairement à ce qu'avance la recourante, le fisc vaudois aurait dû réagir dans les 30 jours suivant l'émission des nouvelles décisions de taxation valaisannes. Ce délai est celui qui s'applique aux contribuables qui entendent déposer une réclamation à l'encontre de telles décisions et ne concerne pas les autorités fiscales.
Dans le cadre de son argumentation, la recourante mentionne la date du 25 août 2014 comme constituant l'entrée en force des taxations valaisannes; cela implique qu'elle considère que le premier jour du délai de réclamation est le 28 juillet 2014 et, partant, que celles-ci ont été notifiées le 27 juillet 2014. Certes, la recourante fait état d'une entrée en force le 25 août 2014 "au plus tôt". Cela étant, il appartient au requérant d'établir les circonstances déterminantes pour la vérification du respect du délai (arrêts 4A_247/2014 du 23 septembre 2014 consid. 2.3; 4A_570/2011 du 23 juillet 2012 consid. 4.1). En conséquence de ce qui précède, en requérant la "rectification" des décisions de taxation vaudoises seulement le 17 novembre 2014, la recourante n'a pas agi en temps utile, c'est-à-dire dans les 90 jours après la découverte du prétendu motif de révision.
4.3. A l'image des juges précédents, on peut se demander si c'est à bon droit que le fisc valaisan a établi, à la demande de la recourante, les décisions de taxation du 25 juillet 2014 en remplacement de celles qui l'avaient été entre 2009 et 2011 en application de la Circulaire n°12 qui modifiait les règles de répartition entre les cantons à l'avantage du canton du siège. En effet, ladite circulaire mentionne être "applicable jusqu'à nouvel ordre aux exercices commerciaux bouclés durant l'année civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures encore ouvertes à la date de sa publication". Or, il semble que les décisions de taxation valaisannes des périodes fiscales 2006 à 2010 des fondations concernées étaient entrées en force le 27 novembre 2013, date de la publication de cette dernière.
Quoi qu'il en soit, d'une part, l'objet du litige a trait à la question de la révision uniquement. D'autre part, lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, le recours est dirigé exclusivement contre la décision d'un canton, le Tribunal fédéral n'examine pas d'office si les taxations concurrentes qui n'ont pas été attaquées violent également l'interdiction de la double imposition. Le Tribunal fédéral considère cependant que le contribuable qui forme un recours pour double imposition ne veut pas être imposé dans deux cantons, de sorte qu'il y a lieu d'admettre que, même s'il ne le dit pas expressément, ses conclusions en annulation de l'arrêt attaqué visent également la taxation définitive de l'autre canton, sans égard au fait que les instances cantonales n'ont pas été épuisées. Une telle volonté doit toutefois ressortir, à tout le moins implicitement, de la motivation du recours (arrêt 2C_1165/2014 du 3 avril 2017 consid. 1.3, non publié in ATF 143 II 396 et les nombreuses références citées). Or, in casu, la recourante s'en prend seulement aux décisions de taxation vaudoises, à l'exclusion de celles effectuées par le canton de Valais. Elle ne remet aucunement en cause - même implicitement - celles-ci. L'intéressée se contente au contraire d'approuver la solution valaisanne, sans proposer de motivation subsidiaire, au cas où l'arrêt du Tribunal cantonal vaudois devait être confirmé par la Cour de céans. Dans ces conditions, il y a lieu de considérer que l'objet du litige porté devant le Tribunal fédéral ne peut concerner que l'imposition des fondations dans le canton de Vaud.
5.
Invoquant l'art. 127 al. 3 Cst., la recourante reproche à l'instance précédente d'avoir violé le principe de l'interdiction de la double imposition intercantonale.
Il suffit à cet égard de constater que c'est à bon droit que les autorités fiscales du canton de Vaud, compétentes pour procéder à la taxation des fondations en raison du rattachement économique de celles-ci audit canton, ont refusé de modifier les décisions de taxation litigieuses, pour écarter le grief de la recourante. La double imposition est, en effet, le résultat du manque de diligence de la recourante, qui n'a pas non plus remis en cause, ne serait-ce qu'implicitement devant le Tribunal fédéral (cf. consid. 4.3), les décisions de taxation valaisannes du 25 juillet 2014.
6.
La recourante invoque encore une violation du principe de la bonne foi. Figuraient sur certaines décisions de taxation litigieuses vaudoises les mentions suivantes:
"Décision définitive sans décision canton du siège. Sans changement. Taxation définitive sur la base des éléments déclarés. En cas de modification ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle décision pourra être rendue" ou "Sans changement. Taxation sur la base des éléments déclarés. En cas de modification ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle décision pourra être rendue".
Cette réserve lui aurait fait croire que le fisc vaudois allait modifier les décisions de taxation, compte tenu de la nouvelle répartition intercantonale émise par le Service des contributions valaisan.
6.1. Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 141 V 530 consid. 6.2; 131 II 627 consid. 6). Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (ATF 118 Ib 312 consid. 3b).
6.2. Il faut tout d'abord noter que ce texte est pour le moins laconique et qu'il est hasardeux de la part du contribuable de s'en contenter pour prétendre, par la suite, à la modification de décisions de taxation entrées en force. Ce libellé nécessite, en effet, une interprétation et il n'en ressort aucunement que l'administration fiscale se serait engagée à réviser des décisions dans le complexe de faits ressortant du présent cas. Quoi qu'il en soit, le Tribunal fédéral constate que ces mentions ne contiennent aucune garantie quant à une révision des décisions en cause, puisqu'elles sont rédigées en la forme potestative; cet élément conduit à conclure que la recourante ne peut rien en tirer sous l'angle du principe de la bonne foi. Dès lors, le grief relatif à la violation de ce principe tombe à faux.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 13'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 février 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon