Faits :
A.
A.a. Fin 2008, A._, né en 1950 et ingénieur de profession, a repris l'entreprise B._ SA, dont il a ensuite modifié la raison sociale en C._ SA. Il en est devenu administrateur unique et seul employé. A ce titre, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
Le 13 juin 2009, A._ a été victime d'un accident de la circulation qui a nécessité un traitement médical et a entraîné une incapacité de travail. L'employeur a annoncé cet accident à la CNA, qui a pris en charge le cas. Le salaire annuel de A._ inscrit sur le formulaire y relatif était de 40'000 fr., avec la précision "salaire à déterminer depuis le 01.01.2009"; sous la rubrique "Cas spéciaux" dudit formulaire figurait la mention "Membre de la famille, associé (e) ". Lors d'un entretien qui s'est tenu le 27 août 2009, l'assuré a remis à un inspecteur de la CNA la copie d'une attestation destinée à la Caisse de compensation AVS/AI/APG, selon laquelle la masse salariale annuelle prévue pour 2009 de la société C._ SA était de 40'000 fr.
Par communication du 19 octobre 2009 (intitulée "Décision relative à l'accident non professionnel du 13.6.09"), la CNA a informé A._ qu'il avait droit à une indemnité journalière s'élevant à 87 fr. 70 par jour calendaire dès le 16 juin 2009.
A.b. Au mois de mai 2011, la CNA a procédé à un nouveau calcul des primes d'assurance-accidents dues pour le personnel de l'entreprise C._ SA. Par convention du 10 mai 2011, compte tenu de la qualité d'actionnaire de A._, le gain assuré du prénommé a été fixé à 96'000 fr. dès le 1er janvier 2011. Ce montant a été déterminé en application de la dérogation de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA, qui prévoit que pour les membres de la famille de l'employeur travaillant dans l'entreprise, les associés, les actionnaires ou les membres de sociétés coopératives, il est au moins tenu compte du salaire correspondant aux usages professionnels et locaux.
Par lettre du 7 juin 2011 à la CNA, A._ a confirmé l'accord intervenu entre eux relativement à la reconnaissance d'une incapacité de travail de 70 % dès le 1er décembre 2009, en lieu et place du 1er mars 2010, et a sollicité l'envoi d'un décompte récapitulatif des indemnités journalières. Il a également demandé à la CNA "de revoir le montant de ces indemnités journalières en application de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA" et "de porter à CHF 210.40 les [prestations] dues", faisant référence à la convention du 10 mai 2011 par laquelle l'assureur-accidents avait reconnu que dans son cas, le salaire correspondant aux usages professionnels et locaux était au minimum de 96'000 fr. en 2011.
La CNA lui a transmis un décompte récapitulatif par courrier du 9 juin 2011. Concernant le deuxième point soulevé, elle lui a fait connaître sa position dans une lettre du 28 février 2012. Elle y indiquait que pour examiner la plausibilité d'un revenu de 96'000 fr. tel qu'il le requérait dans sa demande d'adaptation du salaire assuré dès le 1er janvier 2011, elle avait besoin de documents complémentaires sur les résultats provenant de l'activité de la société; elle l'a invité également à répondre à un certain nombre de questions. En réponse à ce courrier, l'assuré s'est déclaré surpris par cette demande de renseignements et a précisé qu'il requérait l'application de la dérogation de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA par rapport à la règle habituelle régissant la détermination du gain assuré (lettre du 12 mars 2012). Quelques mois plus tard, il a néanmoins fourni à la CNA les documents sollicités et a réitéré, dans une lettre du 22 août 2014, sa demande visant à une "correction à la hausse des indemnités journalières [versées] sur la base d'un salaire assuré de 96'000 fr. conformément à la disposition règlementaire".
A.c. Par décision du 19 novembre 2014, la CNA a mis fin aux prestations d'assurance au 13 juillet 2014. Dans cette décision, elle a également indiqué ce qui suit: "Concernant la question du salaire assuré, la vraisemblance d'une telle augmentation des revenus n'est pas établie à satisfaction vu notamment l'extrait du compte AVS individuel. La convention d'une base autre de perception de primes et d'indemnisation pour des cas ultérieurs n'y change rien."
A._ a formé opposition contre cette décision. Dans une lettre du 30 janvier 2015, la CNA lui a expliqué qu'elle avait examiné sa demande à l'aune de l'art. 23 al. 7 OLAA, qui prévoit les conditions dans lesquelles le salaire déterminant doit être à nouveau fixé pour l'avenir; ces conditions n'étaient pas réunies, ce qui avait motivé son refus. A._ a répondu qu'en l'état, le litige ne portait pas sur cette question, mais bien sur l'application de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA.
Le 2 juin 2017, la CNA, après avoir circonscrit le litige à "la question de l'application avec effet ex tunc de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA", a écarté l'opposition dans la mesure de l'entrée en matière.
B.
Par jugement du 6 décembre 2019, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par l'assuré contre la décision sur opposition de la CNA.
C.
A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant principalement à sa réforme en ce sens qu'il a droit à des indemnités journalières calculées sur un salaire assuré de 96'000 fr. du 16 juin 2009 au 13 juillet 2014 ou, à tout le moins, du 1er mars 2011 au 13 juillet 2014, le montant correspondant à la différence entre les prestations demandées et celles perçues devant lui être payé avec un intérêt à 5 % dès le 16 juin 2009, respectivement dès le 1er mars 2011. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
La CNA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Est litigieux le point de savoir si la cour cantonale a confirmé à bon droit le refus de la CNA de revoir le montant des indemnités journalières versées au recourant pour la période du 16 juin 2009 au 13 juillet 2014.
Un litige qui porte sur le refus de l'assureur-accidents d'entrer en matière sur une requête de réexamen du cas ne concerne pas en soi l'octroi ou le refus de prestations en espèces (JOHANNA DORMANN, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3 e éd., 2018, n.b.p. 178 ad art. 105 LTF). Par conséquent, l'exception prévue à l'art. 105 al. 3 LTF, qui doit être interprétée de manière restrictive (ATF 140 V 136 consid. 1.2.2 p. 138), ne s'applique pas, indépendamment du fait que l'octroi ou le refus de prestations en espèces peut dépendre de la solution de la question litigieuse (ATF 135 V 412 consid. 1.2.1 p. 413). Le Tribunal fédéral est donc lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF a contrario) et ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 ou de manière manifestement inexacte (art. 105 al. 2 LTF), à savoir arbitraire (ATF 145 V 188 consid. 2 p. 190; 140 III 115 consid. 2 p. 117).
3.
3.1. En vertu de l'art. 51 al. 1 LPGA [RS 830.1], les prestations, créances et injonctions qui ne sont pas visées à l'art. 49 al. 1 de cette loi, peuvent être traitées selon une procédure simplifiée. Tel est le cas des indemnités journalières (art. 124 OLAA [RS 832.202] a contrario; ATF 138 V 140 consid. 5.3.3 p. 144). Une communication effectuée conformément au droit sous la forme simplifiée de l'art. 51 al. 1 LPGA peut produire les mêmes effets qu'une décision entrée en force si l'assuré n'a pas, dans un délai d'examen et de réflexion convenable, manifesté son désaccord avec la solution adoptée par l'assureur social et exprimé sa volonté que celui-ci statue sur ses droits dans un acte administratif susceptible de recours (cf. ATF 134 V 145 consid. 5.2 p. 150 s.; 129 V 110 consid. 1.2.2 p. 111). En matière d'indemnités journalières, la jurisprudence du Tribunal fédéral a fixé le délai d'examen et de réflexion convenable à 3 mois ou 90 jours à compter de la communication d'un décompte d'indemnités journalières (SVR 2007 AlV n° 24 p. 75, consid. 3.2 [arrêt C 119/06 du 24 avril 2007]; arrêt 8C_14/2011 du 13 avril 2011, consid. 5).
3.2. Les décisions et les décisions sur opposition formellement passées en force sont soumises à révision si l'assuré ou l'assureur découvre subséquemment des faits nouveaux importants ou trouve des nouveaux moyens de preuve qui ne pouvaient pas être produits auparavant (révision procédurale; art. 53 al. 1 LPGA). Par ailleurs, l'assureur peut revenir sur les décisions ou les décisions sur opposition formellement passées en force lorsqu'elles sont manifestement erronées et que leur rectification revêt une importance notable (reconsidération; art. 53 al. 2 LPGA). Cela vaut aussi pour les prestations qui ont été accordées sans avoir fait l'objet d'une décision formelle, mais d'une décision implicite prise dans le cadre d'une procédure simplifiée au sens de l'art. 51 al. 1 LPGA (cf. arrêt 8C_434/2011 du 8 décembre 2011 consid. 3 et les références).
4.
4.1. A l'instar de la CNA, la cour cantonale a retenu que la communication du 19 octobre 2009 fixant le montant de l'indemnité journalière à 87 fr. 70, valablement rendue selon la procédure simplifiée de l'art. 51 al. 1 LPGA, était entrée en force, faute d'avoir été contestée par l'assuré dans le délai de réflexion de trois mois. Elle a écarté l'argument du recourant selon lequel le décompte récapitulatif que la CNA lui avait, à sa demande, adressé le 9 juin 2011, et qui intégrait la modification convenue entre eux sur le taux de l'incapacité de travail, avait remplacé et annulé toutes les communications concernant les indemnités journalières rendues jusque-là. En conséquence, la prise de position de la CNA du 19 octobre 2009 ne pouvait être remise en cause que par la voie de la révision ou de la reconsidération au sens de l'art. 53 LPGA. Cela étant, les juges cantonaux ont constaté que le recourant a demandé à la CNA de revoir le montant de ces prestations par courrier du 7 juin 2011, en se fondant sur la convention du 10 mai 2011. Ils ont donc examiné cette requête sous l'angle d'une demande de révision pour faits nouveaux ou nouveaux moyens de preuve au sens de l'art. 53 al. 1 LPGA et sont arrivés à la conclusion qu'il n'existait pas de motif de révision. Dans ce contexte, ils ont précisé que même si la CNA était tout de même entrée en matière sur le fond dans sa décision du 19 novembre 2014, elle avait constaté à bon droit que les conditions d'une augmentation du salaire déterminant pour l'avenir selon l'art. 23 al. 7 OLAA n'étaient pas réunies en l'espèce, vu les revenus du recourant déclarés à l'AVS. En outre, toujours selon les juges cantonaux, à supposer que le recourant entendait également demander la reconsidération au sens de l'art. 53 al. 2 LPGA, ce qui ne ressortait pas de la procédure, la CNA avait refusé d'entrer en matière sur celle-ci dans sa décision sur opposition du 2 juin 2017 et le juge ne pouvait pas l'y contraindre.
4.2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir considéré qu'il n'aurait formé qu'une demande de révision par son courrier du 7 juin 2011. Il soutient que les termes qu'il y a employés correspondraient à une demande de reconsidération et qu'il s'agissait à l'évidence de corriger matériellement le montant de l'indemnité journalière dès l'ouverture de son droit à cette prestation. D'ailleurs, selon lui, si la CNA avait réellement considéré sa requête comme une demande de révision, elle l'aurait classée sans suite. Or elle avait instruit le dossier durant plusieurs années en lui demandant des informations complémentaires et était entrée en matière sur la demande de reconsidération en prenant position sur le fond dans sa décision du 19 novembre 2014, ce que les juges cantonaux avaient au demeurant également relevé. Cette entrée en matière aurait dû conduire ces derniers à examiner si les conditions d'une reconsidération de la communication du 19 octobre 2009 étaient réunies. Tel était bien le cas selon le recourant, puisqu'en 2009 déjà, il avait la qualité d'actionnaire de C._ SA, ce qui justifiait que son gain assuré fût fixé en application de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA.
A titre subsidiaire, le recourant soutient que les indemnités journalières devraient être augmentées au plus tard dès le 1er mars 2011 et pour toutes les périodes suivantes. En effet, dès lors qu'il avait exprimé son désaccord sur leur montant en date du 7 juin 2011, il était à ce moment-là encore dans le délai pour contester les décomptes des mois de mars, avril, mai et juin 2011 et la CNA aurait dû rendre une décision formelle y relative. A cet égard, il fait valoir qu'un premier décompte d'indemnités journalières ne saurait constituer une décision générale fixant de manière définitive le montant de la prestation pour toutes les périodes suivantes. Ainsi, la communication du 19 octobre 2009 devrait être considérée comme une décision entrée en force uniquement pour la période du 16 juin au 13 juillet 2009.
5.
5.1. On rappellera que selon la jurisprudence, l'administration n'est pas tenue de reconsidérer les décisions qui remplissent les conditions fixées; elle en a simplement la faculté et ni l'assuré ni le juge ne peuvent l'y contraindre (ATF 133 V 50 consid. 4.1 p. 52; 119 V 475 consid. 1b/cc p. 479; 117 V 8 consid. 2a p. 12 s.; arrêt 8C_866/2009 du 27 avril 2010 consid. 2.2). Cependant, lorsque l'administration entre en matière sur une demande de reconsidération et examine si les conditions requises sont remplies, avant de statuer au fond par une nouvelle décision de refus, celle-ci est susceptible d'être attaquée en justice; le contrôle juridictionnel dans la procédure de recours subséquente se limite alors au point de savoir si les conditions d'une reconsidération - à savoir inexactitude manifeste de la décision initiale et importance notable de la rectification - sont réunies (ATF 119 V 475 consid. 1b/cc p. 479; 117 V 8 consid. 2a p. 13; 116 V 62 consid. 3a p. 63; arrêt 8C_789/2012 du 16 septembre 2013 consid. 4.4.1).
5.2. En l'occurrence, à l'inverse de ce que prétend le recourant, ses références à la règle dérogatoire de l'art. 22 al. 2 let. c OLAA et à la convention du 10 mai 2011 dans son courrier du 7 juin 2011 ne permettent nullement de se faire une idée claire du cadre juridique dans lequel s'inscrivait sa requête visant à "revoir" le montant des indemnités journalières ni du moment à partir duquel il convenait de "porter [ce montant] à CHF 210.40". Cela étant, en tant que le recourant, qui était déjà à l'époque représenté par un mandataire professionnel, s'est prévalu de la convention portant le gain assuré à 96'000 fr. à partir du 1er janvier 2011, la CNA a interprété sa démarche comme une demande d'adaptation du montant des prestations pour l'avenir et non pas comme une demande de reconsidération de sa décision informelle du 19 octobre 2009. Les mots qu'elle a employés dans sa réponse du 28 février 2012 ("Votre client demande, dès le 1.1.2011, une adaptation du salaire assuré à Fr. 96'000.-"), ainsi que les questions auxquelles elle l'a invité à répondre - dont celle de savoir si le recourant avait augmenté ses activités et comment il pouvait prétendre un salaire annuel de 96'000 fr. en dépit de son incapacité de travail résultant de l'accident -, ne pouvaient pas être compris autrement par le recourant. Or ce dernier s'est contenté d'exprimer son étonnement et de réitérer sa demande dans les mêmes termes que précédemment (voir ses lettres des 12 mars 2012 et 22 août 2014). Par décision du 19 novembre 2014, la CNA, après examen des documents fournis, a refusé de donner suite à la requête du recourant, considérant qu'il n'avait pas rendu plausible une augmentation de son salaire déterminant à partir du 1er janvier 2011. C'est en vain que le recourant tente de donner une autre portée à cette décision. Sur opposition de celui-ci, la CNA a expressément refusé d'entrer en matière sur une reconsidération de sa communication informelle du 19 octobre 2009, et la cour cantonale ne pouvait pas l'y contraindre (cf. consid. 5.1 supra).
5.3. Le recourant ne saurait par ailleurs être suivi lorsqu'il prétend que la force de chose décidée de cette communication serait limitée à la période du 16 juin au 13 juillet 2009. Comme on l'a dit plus haut (consid. 3.1 supra), à l'échéance du délai de réflexion de 90 jours, la communication d'un décompte d'indemnités journalières non contesté produit les mêmes effets qu'une décision entrée en force, étant précisé que l'entrée en force s'étend également au montant du gain assuré figurant sur le décompte de prestations (arrêt C 7/02 du 14 juillet 2003 consid. 3). Dans la mesure où le recourant entend, par sa requête du 7 juin 2011, remettre en cause la force de chose décidée du décompte initial quant au gain assuré en contestant les décomptes ultérieurs à partir du 1er mars 2011, il doit pouvoir se prévaloir d'un titre de révocation. Or la CNA lui a signifié son refus d'entrer en matière sur une reconsidération de la communication du 19 octobre 2009 pour toute la période du droit aux prestations fondées sur l'accident du 13 juin 2009.
5.4. Il s'ensuit que le jugement n'est pas critiquable et que le recours se révèle mal fondé.
6.
Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales au Tribunal cantonal vaudois et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 12 mars 2021
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : von Zwehl