Faits :
A.
Le chapitre 6 de la loi genevoise sur les constructions et installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI, RS/GE L 5 05) est consacré à la cinquième zone (zone villas). Sa section 1 traite du rapport des surfaces et de l'ordre des constructions. L'art. 59 LCI (rapport des surfaces) prévoit en particulier (al. 1) que la surface de la construction, exprimée en m2 de plancher, doit représenter entre 25% et 30% de la surface de la parcelle. L'art. 59 al. 4 LCI, dans sa teneur au 26 janvier 2013, est formulé comme suit:
Lorsque les circonstances le justifient et que cette mesure est compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, le département:
a) peut autoriser, après consultation de la commune et de la commission d'architecture, un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé dont la surface de plancher habitable n'excède pas 40 % de la surface du terrain, 44 % lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, 48 % lorsque la construction est conforme à un standard de très haute performance énergétique, reconnue comme telle par le service compétent;
b) peut autoriser exceptionnellement, lorsque la surface totale de la parcelle ou d'un ensemble de parcelles contiguës est supérieure à 5000 m2, avec l'accord de la commune exprimé sous la forme d'une délibération municipale et après la consultation de la commission d'architecture, un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé dont la surface de plancher habitable n'excède pas 50 % de la surface du terrain, 55 % lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, 60 % lorsque la construction est conforme à un standard de très haute performance énergétique, reconnue comme telle par le service compétent.
B.
Le 28 novembre 2019, la Chancellerie d'Etat du canton de Genève a fait paraître sur le site Internet de l'Etat de Genève, un communiqué de presse du département cantonal du territoire (ci-après: DT) intitulé "Zone villas: gel des dérogations concernant la densité". Il est ainsi rédigé:
"Le département du territoire (DT) n'accordera plus de dérogations pour les projets de densification en zone villas au sens de l'article 59 al. 4 LCI. Cette mesure, qui concerne la zone villas appelée à le rester, entre en vigueur le 28 novembre 2019. Elle sera levée lorsque la stratégie de densification de ces périmètres sera achevée, afin que les conditions et critères qualitatifs et environnementaux soient évalués et définis. Cela passe notamment par l'établissement systématique d'une vision urbanistique à l'échelle communale. Le canton souhaite ainsi établir les conditions-cadre pour plus de durabilité au développement de cette zone".
Il est ensuite expliqué qu'environ 160 hectares de zone villas ont été consommés ces cinq dernières années. Dans le but de mieux encadrer la densification de cette zone, le DT voulait mettre en place une démarche confirmant le dispositif en vigueur depuis l'adoption de l'article 59 al. 4 LCI en 2013, tout en conditionnant directement son application à l'existence d'une stratégie de densification communale. Le traitement des demandes de dérogation reprendrait une fois réunies les conditions suivantes: mise à jour des plans directeurs communaux; mise en place d'un groupe de travail canton-communes sur les impacts en termes d'équipement de la densification de la zone 5; mise à jour des fiches (A03 et A04) du plan directeur cantonal en lien avec la zone 5. Ce plan de mesures à moyen et long termes devait permettre d'assurer un développement plus harmonieux de ces précieux périmètres. Une présentation informatique a été mise en lien avec ce communiqué.
C.
La société A._ SA a pour but, selon le registre du commerce, tous travaux d'architecture et d'informatique, ainsi que toutes transactions, activités et promotions immobilières. Elle a recouru auprès de la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du canton de Genève contre ce communiqué qu'elle considérait être une ordonnance administrative interprétative. Elle estimait que cette mesure violait l'art. 59 al. 4 LCI, les principes de parallélisme des formes, de la proportionnalité et de la bonne foi, ainsi que la liberté économique.
Par acte du 23 décembre 2020 (cause 1C_676/2019), A._ SA a également formé directement un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral dirigé contre la même mesure. Elle conclut à son annulation. Subsidiairement, elle demande qu'un régime transitoire soit aménagé pour les projets de constructions déposés par la recourante jusqu'au 30 janvier 2020.
Cette procédure a été suspendue par ordonnance du 30 décembre 2019 jusqu'à droit connu sur le recours cantonal.
Par arrêt du 19 juin 2020, la Chambre constitutionnelle a déclaré le recours irrecevable. L'acte attaqué ne constituait pas une ordonnance administrative destinée aux services de l'Etat, mais une simple communication au sujet d'un changement de pratique. Les décisions de refus de dérogation pouvaient être contestées par les voies de droit ordinaires. Même s'il s'agissait d'une ordonnance administrative, elle ne pouvait donc pas être soumise à la Chambre constitutionnelle dont les compétences se limitaient aux actes normatifs cantonaux.
Par acte du 26 août 2020, A._ SA recourt également auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle (cause 1C_454/2020). Elle conclut à l'annulation de cet arrêt et de l'acte publié le 28 novembre 2019. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la Chambre constitutionnelle.
La cause 1C_676/2019 a été reprise par ordonnance du 25 juin 2020. Le Conseil d'Etat conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. La recourante a à nouveau demandé la suspension de la cause jusqu'à droit connu dans la cause 1C_454/2020. La société B._, recourante dans une cause connexe, s'est opposée à cette suspension, qui a été refusée par ordonnance du 13 octobre 2020. Dans ses écritures du 16 novembre 2020, la recourante se prononce notamment sur l'existence d'un intérêt actuel au recours et persiste dans ses conclusions. Les parties se sont encore déterminées les 14 décembre 2020 (Conseil d'Etat) et 18 janvier 2021 (recourante).
Dans la cause 1C_454/2020, la Chambre constitutionnelle se réfère à son arrêt. Elle relève que le 30 juin 2020, le DT a annoncé la fin du gel des dérogations en zone villas, ce qui remettrait en cause l'intérêt actuel au recours. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. La recourante s'est déterminée, notamment sur la question de son intérêt à recourir. Les parties se sont encore déterminées les 14 décembre 2020 (Conseil d'Etat) et 18 janvier 2021 (recourante).
Considérant en droit :
1.
Les deux recours sont formés dans le même contexte par la même partie recourante, et posent des questions similaires. Il se justifie de les joindre afin qu'il soit statué à leur sujet par un seul et même arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
1.1. Le premier recours est dirigé directement contre un acte que la recourante qualifie d'ordonnance administrative. Il serait recevable à condition que cet acte puisse être considéré comme un acte normatif au sens de l'art. 82 let. b LTF. Le second recours est formé contre un arrêt d'irrecevabilité rendu par la Chambre constitutionnelle pour des motifs ayant également trait à la nature de l'acte attaqué. Cette question, pertinente dans les deux causes car elle concerne la recevabilité du premier recours et le bien-fondé du second, sera examinée ci-dessous (consid. 2).
1.2. Compte tenu de la réponse apportée à cette question, il n'y a pas lieu de s'interroger sur la qualité pour agir de la recourante (qui n'explique guère en quoi elle serait directement concernée par le gel des dérogations), ni sur son intérêt actuel au recours (compte tenu de la levée du gel des dérogations, envisagée par le DT dans un communiqué du 20 juin 2020, et de la modification législative entrée en vigueur le 28 novembre 2020).
Le recours formé contre un arrêt cantonal d'irrecevabilité est par ailleurs recevable, la recourante ne pouvant toutefois conclure dans ce cadre qu'au renvoi de la cause à la Chambre constitutionnelle afin qu'elle statue sur le fond (ATF 143 I 344 consid. 4).
2.
La recourante considère que la mesure annoncée le 28 novembre 2019 constituerait une ordonnance administrative déployant des effets externes, assimilable à un acte normatif. Cette mesure préciserait à l'attention des autorités le sens des notions indéterminées figurant à l'art. 59 al. 4 LCI et supprimerait ainsi le pouvoir d'appréciation reconnu par cette disposition. Elle déploierait des effets directs sur la situation juridique des particuliers puisqu'elle les empêcherait d'obtenir des dérogations en zone villas. La recourante relève que la mesure en question ne donnera pas lieu à une décision concrète rendue à son égard, susceptible d'être contestée, puisqu'elle n'a pas encore déposé de dossier impliquant une demande de dérogation. En tant que bureau d'architectes, elle n'aurait pas qualité pour agir contre un refus. Les administrés auraient besoin de savoir immédiatement s'ils doivent ou non adapter leur projet.
Dans le recours dirigé contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle, la recourante relève que le recours est ouvert, selon l'art. 124 let. a Cst./GE (RS 131.234), contre les actes normatifs cantonaux. En l'occurrence, sous la forme d'un communiqué de presse, le DT a annoncé un changement de pratique dans l'interprétation de l'art. 59 al. 4 LCI. La recourante relève que tout document par lequel une autorité synthétise et récapitule sa propre pratique, sous quelque forme que ce soit, serait une ordonnance administrative. Elle estime que le destinataire principal de cette communication serait l'administration, chargée d'appliquer la disposition en cause. Le recours abstrait serait ouvert, dès lors que la communication litigieuse déploierait des effets externes sans donner lieu à une décision formelle attaquable.
2.1. Selon l'art. 82 let. b LTF, le recours en matière de droit public est ouvert à l'encontre des actes normatifs cantonaux. La notion d'acte normatif correspond à celle d'arrêté cantonal qui prévalait sous l'empire de l'ancienne loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (art. 84 aOJ). Il s'agit d'un acte général (destiné à s'appliquer à un nombre indéterminé de personnes) et abstrait (se rapportant à un nombre indéterminé de situations) qui affecte d'une façon quelconque la situation juridique des particuliers, notamment en leur imposant une obligation de faire, de s'abstenir ou de tolérer ou en réglant de toute autre manière et de façon obligatoire leur relation avec l'Etat, ou encore qui a trait à l'organisation des autorités (ATF 136 II 415 consid. 1.1; 135 II 328 consid. 2.1; 121 I 42 consid. 2a; 173 consid. 2a).
2.2. Ne sont en revanche pas considérées comme actes normatifs les ordonnances administratives. Il s'agit d'actes servant à régler le fonctionnement de l'administration, destinés aux employés et services de l'Etat. Elles peuvent régir l'organisation et l'exécution des tâches de l'administration, ou viser à une application uniforme du droit en agissant sur l'exercice du pouvoir d'appréciation et l'application de dispositions contenant des notions juridiques indéterminées (ATF 128 I 167 consid. 4.3). En vertu de la jurisprudence, une ordonnance administrative peut toutefois exceptionnellement être attaquée par la voie du recours en matière de droit public lorsque, d'une part, elle déploie des effets externes - c'est-à-dire qu'elle porte atteinte au moins indirectement à la position juridique des administrés - et que, d'autre part, son application ne peut pas se traduire dans une décision formelle contre laquelle l'administré pourrait recourir de manière efficace et raisonnable en invoquant ses droits fondamentaux (ATF 136 II 415 consid. 1.1; 128 I 167 c. 4.3; 125 I 313 consid. 2a; 122 I 44 consid. 2a; arrêt 2C_613/2015 du 7 mars 2017 consid. 2.2.1).
2.3. Selon la teneur essentielle du communiqué du 28 novembre 2019, le DT déclare qu'il n'accordera plus de dérogations pour les projets de densification en zone villas au sens de l'art. 59 al. 4 LCI. Cette communication n'est pas adressée aux services subordonnés de l'administration puisque c'est le DT lui-même qui est compétent pour accorder les dérogations en question. Davantage qu'une directive, l'acte en question est une information sur la manière dont sera à l'avenir appliquée la disposition cantonale. Les justiciables sont ainsi informés d'un changement de pratique d'ores et déjà décidé par l'autorité compétente. Si le DT a décidé, pour des motifs de prévisibilité et de transparence, de publier une telle information, la volonté de l'autorité de changer sa propre pratique ne paraît pas constituer en tant que telle un acte assimilable à un acte normatif attaquable.
La question peut toutefois demeurer indécise - comme l'a également estimé la cour cantonale -, car la seconde condition posée par la jurisprudence pour admettre un recours contre une ordonnance administrative n'est, de toute façon, à l'évidence pas satisfaite.
2.4. En effet, un refus du département cantonal d'accorder une dérogation sur la base de l'art. 59 al. 4 LCI, en vertu de sa nouvelle pratique, est évidemment susceptible de faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif de première instance conformément à l'art. 145 LCI, puis de la Chambre administrative de la Cour de justice (art. 149 LCI). Il en va de même de tout refus ou retard à statuer sur ce point (art. 4 al. 4 de la loi genevoise sur la procédure administrative - LPA, RS/GE E 5 10), de sorte que les justiciables disposent d'une protection juridique immédiate et efficace, y compris le cas échéant jusqu'au Tribunal fédéral. La recourante relève qu'il ne serait pas raisonnable d'exiger du justiciable qu'il dépose une demande d'autorisation vouée d'emblée à l'échec. Il n'en demeure pas moins qu'une protection juridique suffisante est à disposition des particuliers ayant déposé une demande de dérogation, ou ayant l'intention de le faire. Il n'est pas non plus déterminant que la recourante, en tant que prestataire de services, n'ait pas qualité pour recourir contre un éventuel refus. Le cas échéant, un recours pourrait être déposé par l'un de ses mandants destinataire d'une décision de refus, ce qui satisfait à l'exigence d'un recours concret effectif.
Les conditions restrictives posées pour un contrôle d'une ordonnance administrative n'étant pas réunies, le recours formé directement contre le communiqué de presse du 28 novembre 2019 (cause 1C_676/2019) est irrecevable.
3.
Dans son recours dirigé contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle (cause 1C_454/2020), la recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits et d'une violation de son droit d'être entendue. Contrairement à ce que relève l'arrêt attaqué, elle avait fait valoir des observations complémentaires le 15 mai 2020, mais l'instance précédente n'en aurait pas tenu compte.
3.1. L'indication de l'arrêt cantonal selon laquelle la recourante aurait renoncé à formuler des observations dans le délai fixé (ch. 10 des considérants en fait), apparaît manifestement inexacte. Dans sa réponse au recours, la cour cantonale admet en effet que l'écriture de la recourante du 15 mai 2020 a bien été reçue et transmise pour information au Conseil d'Etat. Même si, comme l'affirme la Chambre constitutionnelle, la mention de l'absence d'une réplique de la recourante constitue une simple erreur de plume, l'état de fait peut être corrigé dans ce sens, conformément à l'art. 105 al. 2 LTF.
3.2. Contrairement toutefois à ce que soutient la recourante, la Chambre constitutionnelle n'a pas totalement ignoré la dernière écriture de la recourante: celle-ci a été transmise au Conseil d'Etat, pour information. Ce dernier a ensuite déposé une duplique spontanée, mais cette écriture lui a été retournée au motif qu'elle n'avait pas été autorisée. La recourante, qui s'était opposée au dépôt de cette écriture, en a d'ailleurs été informée. Pour sa part, la Chambre constitutionnelle affirme avoir pris connaissance de la dernière écriture de la recourante avant de statuer le 19 juin suivant. Elle n'est évidemment pas en mesure de prouver formellement ce fait, mais il ressort de la lecture de son arrêt que l'ensemble des points pertinents soulevés en réplique ont été traités, conformément au droit d'être entendue de la recourante et à l'obligation de motiver: la cour cantonale a en effet examiné la nature du communiqué de presse (consid. 4-5), ses effets externes (consid. 6) et la protection juridique accordée aux personnes concernées. Les griefs de fond (violation du pouvoir d'appréciation de l'autorité administrative et du principe de séparation des pouvoirs) n'ont en revanche pas été abordés, mais ils n'avaient pas à l'être puisque la cour cantonale n'est pas entrée en matière. Il n'y a dès lors pas de violation du droit d'être entendue de la recourante.
4.
Sur le fond, dans la procédure 1C_454/2020, la recourante se plaint d'arbitraire dans l'application de l'art. 130B al. 1 let. a de la loi genevoise d'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 (OJ/GE, RS/GE E 2 05). Elle relève que l'art. 124 let. a Cst./GE mentionne les "normes cantonales" et considère là aussi que le communiqué de presse du département cantonal constituerait une ordonnance administrative interprétative susceptible de faire l'objet d'un contrôle abstrait.
4.1. Dans la mesure où le grief se rapporte à l'interprétation d'une norme de procédure cantonale, c'est avec raison que la recourante invoque uniquement le grief d'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 170 consid. 7.3; arrêt 1C_228/2018 du 18 juillet 2019 consid. 9.1). Dans ce contexte, les recourants sont soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
4.2. Contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'a pas exclu qu'une ordonnance administrative puisse faire l'objet d'un contrôle abstrait. Elle a toutefois considéré que la communication du 28 novembre 2019, quel que soit son intitulé, ne constituait pas une telle ordonnance faute d'être destinée aux services subordonnés de l'administration. Même s'il devait s'agir d'une telle ordonnance, la possibilité d'obtenir des décisions d'application pouvant être contestée par leurs destinataires excluait un contrôle abstrait de cet acte. Ces considérations sont, comme on l'a vu, conformes à la jurisprudence (consid. 2). A fortiori, elles échappent donc au grief d'arbitraire.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours 1C_676/2019 dirigé contre le communiqué du 28 novembre 2019 est irrecevable. Le recours 1C_454/2020 formé contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe, conformément à l'art. 66 al. 1 LTF. La recourante ne saurait prétendre - comme elle le fait en réplique - qu'elle a recouru contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle uniquement en raison de la violation du droit d'être entendue dont elle se prétend victime (absence de prise en compte de sa réplique; cf. consid. 3). Comme cela est relevé ci-dessus, il n'y a pas de violation du droit d'être entendu sur ce point et l'absence de mention de la réplique déposée le 15 mai 2020 ne saurait être considérée comme un motif essentiel du recours. Il n'y a donc pas lieu de mettre tout ou partie des frais judiciaires à la charge de l'Etat de Genève. La société B._ ne s'est déterminée que sur la demande de suspension de la procédure déposée par la recourante. Ni elle, ni le Conseil d'Etat (art. 68 al. 3 LTF) n'ont droit à des dépens.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1C_676/2019 et 1C_454/2020 sont jointes.
2.
Le recours formé contre le communiqué du 28 novembre 2019 (cause 1C_676/2019) est irrecevable.
3.
Le recours formé contre l'arrêt de la Chambre constitutionnelle du canton de Genève du 19 juin 2020 (cause 1C_454/2020) est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr. pour les deux procédures, sont mis à la charge de la recourante. Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Conseil d'Etat de la République et canton de Genève, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre constitutionnelle, ainsi qu'à Mes Paul Hanna et Yannick Fernandez.
Lausanne, le 23 mars 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Kurz