Sachverhalt:
A.
A._ war zuletzt als Maurer erwerbstätig gewesen, als er sich im März 2013 bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau zum Leistungsbezug anmeldete. Nach beruflichen und medizinischen Abklärungen und Erlass der entsprechenden Vorbescheide verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 15. August 2016 einen Anspruch auf berufliche Massnahmen und sprach ihm mit Verfügung vom 20. Oktober 2016 für die Zeit vom 1. November 2013 bis 31. Mai 2016 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu; für die Zeit ab 1. Juni 2016 verneinte sie bei einem Invaliditätsgrad von 36 % einen Rentenanspruch des Versicherten.
B.
Nach Vereinigung der beiden Verfahren hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 5. Juli 2017 die von A._ gegen die Verweigerung beruflicher Massnahmen erhobene Beschwerde gut, während es die von ihm betreffend der Invalidenrente erhobene Beschwerde abwies.
C.
Mit Beschwerde beantragt A._, ihm sei unter Anpassung der Verfügung vom 20. Oktober 2016 und von Ziffer 3 des kantonalen Entscheides auch für die Zeit ab 1. Juni 2016 eine ganze (eventuell eines Dreiviertels-, subeventuell eine halbe und subsubeventuell eine Viertels-) Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen; subsubsubeventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.
D.
Den Parteien wurde vom Bundesgericht die Möglichkeit eingeräumt, sich zu allfälligen Folgerungen, welche sich aus dem Urteil 8C_841/2016 vom 30. November 2017 für die vorliegend streitige Sache ergeben, zu äussern. Während A._ an seinem Antrag festhält, verzichtet die IV-Stelle auf eine entsprechende Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 141 V 234 E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer für die Zeit vom 1. November 2013 bis 31. Mai 2016 Anspruch auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung hat. Streitig und zu prüfen ist demgegenüber, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, als sie die Befristung der ganzen Rente auf den 31. Mai 2016 bestätigte.
3.
3.1. Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
3.2. Zur Bestimmung des Invaliditätsgrades wird gemäss Art. 16 ATSG das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der unfallbedingten Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte (sog. Invalideneinkommen), in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (sog. Valideneinkommen).
3.3. Für die Festsetzung des Invalideneinkommens können nach der Rechtsprechung unter anderem Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) herangezogen werden (BGE 129 V 472 E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen). Kann eine versicherte Person ihre gesundheitsbedingt eingeschränkte Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt mutmasslich nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichen Erfolg verwerten, so ist von den Tabellenlöhnen der LSE gegebenenfalls ein Abzug vorzunehmen. Die Frage, ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, hängt von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalles ab (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad). Der Einfluss sämtlicher Merkmale auf das Invalideneinkommen ist nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen, wobei der Abzug auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen ist (BGE 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481; 126 V 75 E. 5b/bb S. 80).
4.
4.1. Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere unter Berücksichtigung des Gutachtens des Ärztliche Begutachtungsinstituts (ABI), Basel, vom 7. März 2016 für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass der Versicherte seit spätestens Februar 2016 in der Lage war, einer angepassten Tätigkeit vollzeitlich mit einer Leistungsfähgikeit von 80 % nachzugehen. Was der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie - wie nachstehende Erwägungen zeigen - nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Auf ein im Verfahren nach Art. 44 ATSG eingeholtes Gutachten ist rechtsprechungsgemäss abzustellen, wenn nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (BGE 135 V 465 E. 4.4 S. 470).
4.2. Soweit der Versicherte sich zunächst auf den Schlussbericht der BEFAS-Abklärung Appisberg vom 11. Juni 2015 beruft, ist festzuhalten, dass sich dieser Bericht auf einen Zeitraum bezieht, für welchen Vorinstanz und Verwaltung eine vollständige Arbeitsunfähigkeit für jegliche Tätigkeiten anerkannt haben. Zudem wird auch in diesem Bericht dem Versicherten die Fähigkeit bescheinigt, in einer angepassten Tätigkeit während 5 bis maximal 6 Stunden eine Normarbeitsleistung zu erbringen. Dies entspricht einer Leistungsfähigkeit von ungefähr 70 %, womit entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers keine grössere Diskrepanz zu den Ergebnissen der Gutachter des ABI (geschätzte Leistungsfähigkeit: 80 %) besteht. Keine eigenständige Bedeutung kommt im Weiteren dem "Beobachtungsbogen SNL" vom 2. Juli 2015 der B._ bezüglich seiner Schnupperlehre als "Mechanikpraktiker Elektro" zu, übernimmt doch dieses Schreiben bezüglich der Leistungsfähigkeit offenkundig lediglich die Eigendarstellung des Versicherten.
4.3. Wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, ist nicht ersichtlich, inwiefern der rheumatologische ABI-Experte fachlich nicht resp. ungenügend qualifiziert sein soll, dem Leiden des Versicherten in somatischer Hinsicht Rechnung zu tragen. (Chronische) Schmerzen des Bewegungsapparates bilden Gegenstand sowohl der Rheumatologie als auch der Orthopädie (Urteile 9C_644/2015 vom 3. Mai 2016 E. 3.4; 9C_320/2015 vom 25. August 2015 E. 3.3.3). Somit hat das kantonale Gericht kein Bundesrecht verletzt, als es dem Gutachten des ABI in somatischer Hinsicht folgte, obwohl in diesem auf eine orthopädische Begutachtung verzichtet wurde.
4.4. Die Frage, ob fremdanamnestische Auskünfte einzuholen sind oder solche verzichtbar sind, unterliegt praxisgemäss der Fachkenntnis und dem Ermessensspielraum des Experten (vgl. Urteil 9C_275/2016 vom 19. August 2016 E. 4.3.2 mit weiteren Hinweisen). Dass den ABI-Gutachtern kein Bericht des behandelnden Psychiaters vorlag, schmälert daher die Beweiskraft des Gutachtens nicht. Die vom ABI-Gutachten abweichende Diagnose des Dipl. Arzt C._, Facharzt Psychiatrie/Psychotherapie, einer rezidivierenden depressiven Episode (vgl. Verlaufsbericht vom 21. August 2016), stellt für sich alleine noch kein konkretes Indiz gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens des ABI dar. Dies gilt umso mehr, als die ABI-Gutachter die Möglichkeit einer solchen Diagnose ausdrücklich in Betracht gezogen, dann aber verworfen haben. Zudem besagt der Bericht des behandelnden Arztes lediglich, dass eine ambulante supportive Therapie weiterhin indiziert sei, äussert sich aber nicht zu einer allfälligen Arbeitsunfähigkeit.
4.5. Somit durfte die Vorinstanz, ohne gegen Bundesrecht zu verstossen, davon ausgehen, dass der Versicherte ab Februar 2016 in der Lage war, einer angepassten Tätigkeit vollzeitlich bei einer Leistungsfähigkeit von 80 % nachzugehen. Die Vorinstanz hat im Weiteren die Frage aufgeworfen, ob durch den Bericht des behandelnden Psychiaters eine relevante Verschlechterung des Gesundheitszustandes in der Zeit nach der Begutachtung glaubhaft gemacht worden sei, diese Frage aber unter Hinweis auf die damals geltende bundesgerichtliche Rechtsprechung zur fehlenden invalidenversicherungsrechtlichen Relevanz mittelgradiger depressiver Episoden verneint. Auch wenn die vom kantonalen Gericht angeführte Rechtsprechung im Lichte des Urteils 8C_841/2016 vom 30. November 2017 als überholt zu gelten hat, so kann eine relevante Verschlechterung dennoch ausgeschlossen werden: Der Versicherte hat seine Behandlung bereits vor der Begutachtung wieder aufgenommen und weder er selber noch sein behandelnder Psychiater haben von einer solchen Verschlechterung im hier relevanten Zeitraum zwischen der Begutachtung und der Verfügung vom 20. Oktober 2016 berichtet. Somit erübrigen sich Weiterungen zur Frage, ob mit Blick auf die revidierte Rechtsprechung eine Depression des Beschwerdeführers invalidenversicherungsrechtlich relevant wäre.
5.
5.1. Vorinstanz und Verwaltung haben das Valideneinkommen des Versicherten ausgehend von seiner zuletzt ausgeübten Tätigkeit bei der D._ AG ermittelt. Entgegen seinen Vorbringen verstösst dies nicht gegen Bundesrecht, hat er doch seine vorgängig bei der E._ AG ausgeübte Tätigkeit gemäss den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen des kantonalen Gerichts nicht aus gesundheitlichen Gründen aufgegeben. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern diese Feststellung gegen Art. 105 Abs. 2 BGG verstossen sollte; insbesondere liegt ein solcher Verstoss gegen Bundesrecht praxisgemäss nicht bereits dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (BGE 127 I 54 E. 2b S. 56; vgl. auch BGE 135 V 2 E. 1.3 S. 4 f.). Da zudem das Abstellen auf den Verdienst bei der D._ AG gegenüber einer Bemessung des Valideneinkommens nach den Tabellenlönnen der LSE zu Gunsten des Versicherten erfolgte, erübrigen sich Weiterungen zur Frage, ob auf den tatsächlich erzielten Verdienst abgestellt werden kann, obwohl es sich bei diesem Arbeitsverhältnis um eine Temporäranstellung handelte.
5.2. Entgegen den Vorbringen des Versicherten ermittelte die Vorinstanz das Valideneinkommen gemäss dem von ihr verbindlich festgestellten Lohnzahlen für das Jahr 2013. Diesen Wert passte sie alsdann an die Nominallohnentwicklung bis zum Jahr 2015 an. Entsprechend hat sie auch das Invalideneinkommen bezogen auf das Jahr 2015 ermittelt. Zwar wäre es, da die Leistungen ab 2016 im Streit liegen, korrekter gewesen, die Vergleichseinkommen bezogen auf das Jahr 2016 zu ermitteln; da diese Ungenauigkeit jedoch auf beiden Seiten der Vergleichsrechnung mit demselben Wert korrigiert werden müsste, hatte sie keinen Einfluss auf das Endergebnis.
5.3. Das Invalideneinkommen hat das kantonale Gericht ausgehend vom Tabellenlohn der LSE ermittelt, die entsprechende Berechnung blieb dem Grundsatz nach unwidersprochen. Der Beschwerdeführer moniert einzig, dass die Vorinstanz keinen höheren als einen zehnprozentigen Abzug vom Tabellenlohn zugestanden hat. Die Frage nach der Höhe des Abzuges im Sinne von BGE 129 V 472 ist eine Ermessensfrage, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (BGE 137 V 71 E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis auf BGE 132 V 393 E. 3.3 S. 399; SVR 2015 IV Nr. 22 S. 65, Urteil 8C_693/2014 E. 2.2). Der Umstand, dass bei der vorinstanzlichen Invaliditätsbemessung ein (knapp nicht rentenbegründender) Invaliditätsgrad von 39,2 % resultiert, lässt für sich alleine noch nicht den Schluss zu, die Vorinstanz habe den Abzug ergebnisorientiert festgesetzt und sich somit von einem sachfremden Kriterium leiten lassen. Praxisgemäss ist im Weiteren bei grundsätzlich vollzeitlich arbeitsfähigen versicherten Personen, welche krankheitsbedingt lediglich reduziert leistungsfähig sind, einzig aufgrund der eingeschränkten Leistungfähigkeit kein über die Berücksichtigung des Rendements hinausgehender Abzug gerechtfertigt (vgl. Urteile 8C_68/2016 vom 3. März 2016 E. 4.3 und 8C_20/2012 vom 4. April 2012 E. 3). Eine rechtsfehlerhafte Ermessensausübung ist demnach nicht ersichtlich. Somit muss es beim vorinstanzlich auf 10 % festgesetzten Abzug sein Bewenden haben. Entsprechend ist die Beschwerde des Versicherten abzuweisen.
6.
Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. März 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Nabold