Faits :
A.
A.a. Par jugement du 15 octobre 2009, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Broye et du Nord vaudois a libéré X._ des accusations de tentative de meurtre et mise en danger de la vie d'autrui, a constaté que X._ s'était rendue coupable de lésions corporelles simples qualifiées et violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, a révoqué le sursis de 2 ans assortissant la condamnation à 20 jours-amende à 10 fr. le jour, prononcée le 2 mai 2007 par le Juge d'instruction du Nord vaudois, a condamné X._ à la peine d'ensemble de 13 mois de privation de liberté, sous déduction de 332 jours de détention avant jugement, et a ordonné un traitement institutionnel.
A.b. Le 7 décembre 2009, l'Office d'exécution des peines (ci-après: OEP) a ordonné l'exécution du traitement institutionnel de X._ à la prison A._. Depuis lors, le lieu d'exécution de la mesure, qui a été prolongée pour une durée de quatre ans à compter du 15 octobre 2014, a varié à plusieurs reprises entre la prison et les foyers, en raison de fugues ou de manquements aux règles des établissements de la part de la prénommée. Depuis le 16 octobre 2016, X._ exécute sa mesure en milieu carcéral.
B.
B.a. Par requête adressée le 16 août 2017 à l'OEP, X._ a demandé à ce que la mesure de traitement institutionnel soit exécutée désormais dans un établissement psychiatrique approprié ouvert, au sens de l'art. 59 al. 2 CP. Elle a en outre sollicité l'octroi de l'assistance judiciaire et la désignation de Me Mathias Keller comme défenseur d'office.
B.b. L'OEP a statué par décision du 6 octobre 2017.
C.
Par arrêt du 21 novembre 2017, la Chambre des recours pénale du tribunal cantonal vaudois a déclaré le recours formé par X._ contre la décision du 6 octobre 2017 irrecevable.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 21 novembre 2017. Elle conclut, principalement, à sa réforme en ce sens que l'assistance judiciaire lui est accordée, Me Mathias Keller, avocat à Lausanne, lui étant désigné comme défenseur d'office, qu'un délai d'un mois est imparti à l'OEP pour statuer sur la conclusion principale de la requête du 16 août 2017, qu'une indemnité de 2000 fr. est allouée à son défenseur pour la procédure de recours cantonal et que les frais judiciaires sont laissés à la charge de l'Etat. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants. Elle requiert par ailleurs l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
Par ordonnance du 4 janvier 2018, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté la requête de mesures provisionnelles formée par X._.
Considérant en droit :
1.
Selon l'art. 78 al. 2 LTF, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions sur l'exécution des peines et des mesures (art. 78 al. 2 LTF). La recevabilité du recours en matière pénale dépend notamment de l'existence d'un intérêt juridique actuel à l'annulation de la décision entreprise (art. 81 al. 1 let. b LTF). Un intérêt général ou de fait est insuffisant (ATF 133 IV 228 consid. 2.3 p. 230 s.). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (ATF 136 I 274 consid. 1.3 p. 276). En l'espèce, invoquant son droit à un recours effectif, son droit à obtenir une décision et son droit d'être entendue, la recourante fait valoir que la cour cantonale n'a pas statué sur l'une de ses conclusions et sur les moyens développés à cet égard. Dans cette mesure, elle a un intérêt juridique à la modification ou à l'annulation de l'arrêt attaqué et, partant, la qualité pour recourir.
2.
Invoquant les art. 6 et 13 CEDH, 29 al. 1 et 2, 29a et 30 al. 1 Cst., la recourante reproche à la cour cantonale une violation de son droit à un recours effectif, de son droit à obtenir une décision et de son droit d'être entendue.
2.1. Le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus par l'arrêt entrepris (art. 105 al. 1 LTF), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion v. ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 244; 140 I 201 consid. 6.1 p. 205) dans la constatation des faits. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368 et les références citées). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
2.2. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinent pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157; 135 I 6 consid. 2.1 p. 9). De même, la jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et exercer son droit de recours à bon escient (ATF 142 I 135 consid. 2.1 p. 145). Pour satisfaire à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. Elle ne doit pas se prononcer sur tous les moyens des parties, mais peut au contraire se limiter aux questions décisives (ATF 142 II 154 consid. 4.2 p. 157). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 p. 565).
2.3. Il ressort de l'arrêt attaqué (p. 3, consid. C.) que, par acte du 16 octobre 2017, la recourante a, par son défenseur, recouru auprès de la cour cantonale contre la décision de l'OEP du 6 octobre 2017, en concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que l'assistance judiciaire lui soit accordée dans le cadre de la procédure ouverte ensuite de sa requête adressée le 16 août 2017 à l'OEP et que Me Mathias Keller soit désigné en qualité de défenseur d'office, un délai d'un mois étant imparti à l'OEP pour statuer sur la conclusion principale de la requête du 16 août 2017. Subsidiairement, elle avait conclu à l'annulation de la décision attaquée, le dossier de la cause étant renvoyé à l'OEP pour nouvelle décision dans le sens des considérants à intervenir. Elle avait en outre sollicité la désignation de Me Mathias Keller en qualité de défenseur d'office pour la procédure de recours.
La cour cantonale a retenu, dans sa motivation, que la recourante contestait la décision de l'OEP uniquement en tant qu'elle rejetait la requête tendant à la désignation de Me Mathias Keller comme défenseur d'office. Elle ne contestait en revanche pas le fond, soit le rejet de sa requête tendant à ce que la mesure thérapeutique institutionnelle soit exécutée dans un établissement psychiatrique approprié au sens de l'art. 59 al. 2 CP, décision désormais définitive, faute de recours. Force était ainsi de constater que la recourante ne disposait pas d'un intérêt actuel et pratique à l'examen du refus de désignation d'un défenseur d'office. La cour cantonale a ainsi déclaré le recours de la recourante irrecevable.
2.4. Avec la recourante, il convient d'admettre que la cour cantonale a arbitrairement retenu qu'elle n'avait pas recouru contre le rejet de sa requête tendant à l'exécution de la mesure thérapeutique dans un établissement psychiatrique approprié. En effet, il ressort de l'arrêt attaqué lui-même que la recourante a conclu à la réforme de la décision attaquée en ce sens qu'un délai d'un mois devait être imparti à l'OEP pour statuer sur la conclusion principale de la requête du 16 août 2017. A la lecture du mémoire de recours du 16 octobre 2017 (pièce 3/1 dossier cantonal, p. 10), on constate que la recourante a développé un grief de déni de justice estimant que la décision de l'OEP du 6 octobre 2017 ne statuait pas clairement sur sa conclusion tendant à l'exécution de la mesure thérapeutique institutionnelle dans un milieu ouvert. Elle ajoute que, pour le cas où il devrait être considéré que la décision de l'OEP rejette sa requête, elle invoque une violation de son droit d'être entendue en ce sens que la décision de l'OEP ne comporte aucune motivation quant aux éléments justifiant un refus de son transfert en établissement psychiatrique approprié ouvert. Au vu de ces éléments, il ressort manifestement du recours déposé par la recourante qu'elle contestait non seulement le refus de l'octroi de l'assistance judiciaire mais également l'absence de décision concernant sa requête tendant à une modification des modalités d'exécution de sa mesure, voire son rejet. La cour cantonale a ainsi violé l'interdiction de l'arbitraire et le droit d'être entendue de la recourante en n'examinant pas les griefs, pourtant dûment soulevés par la recourante à cet égard. En outre, la motivation quant au rejet de l'assistance judiciaire se fondant sur l'absence de contestation de la recourante de la question de fond, la cour cantonale devra également revoir cette question. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine les griefs de la recourante soulevés en relation avec l'exécution de sa mesure et qu'elle réexamine sa requête tendant à l'octroi de l'assistance judiciaire.
3.
Au vu du sort du recours, les autres griefs soulevés par la recourante deviennent sans objet. Vu la nature procédurale du motif d'admission du recours, il peut être statué sans qu'il y ait lieu de demander des observations (cf. arrêt 6B_744/2017 du 27 février 2018 consid. 2).
Le recours doit être admis. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (art. 66 al. 4 LTF) et le canton de Vaud versera au conseil de la recourante une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La demande d'assistance judiciaire de la recourante est ainsi sans objet (art. 64 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera au conseil de la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 25 juin 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet