Faits :
A.
La société A._ Sàrl a son siège dans le canton de Vaud où elle est inscrite au registre du commerce. Son capital social de 20'000 fr. a été augmenté à 100'000 fr. en 2011. Elle a pour but le commerce de ferraille, la récupération des vieux métaux et la vente de matériel d'occasion. B._ en est l'associé gérant et possède l'entier du capital social de la société.
B. Par décisions des 15 août 2005, 23 février 2006, 8 mars 2007, 27 mars 2008 et 15 avril 2009, la société A._ Sàrl a été taxée pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) des périodes fiscales 2003, 2004, 2005, 2006, respectivement 2007.
C. Le 19 septembre 2012, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a ouvert à l'encontre de la société A._ Sàrl une procédure de rappel et soustraction d'impôt relative aux périodes fiscales 2003 à 2011 en raison de ventes qui n'auraient pas été comptabilisées dans le chiffre d'affaires de la société. En outre, le 2 décembre 2013, l'Administration cantonale a ouvert à l'encontre de B._ une procédure de rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2003 à 2007 en raison de soupçons de prestations appréciables en argent obtenues de la société intéressée. Une procédure séparée, relative aux périodes fiscales 2008 à 2011, a été ouverte pour les mêmes raisons à l'encontre de l'administrateur et sa femme, en raison du mariage du couple, intervenu en 2008. Ces deux procédures ouvertes à l'encontre de l'associé gérant ont fait l'objet de recours jusque devant le Tribunal fédéral (causes 2C_532/2019 et 2C_533/2019).
D. Dans le cadre de la procédure ouverte à l'encontre de la société A._ Sàrl, l'Administration cantonale a demandé à cette société de produire diverses pièces, qui lui sont parvenues après plusieurs rappels et sommations.
E.
Par décision de rappel d'impôt (périodes fiscales 2003 à 2007), de taxation définitive (périodes fiscales 2008 à 2011) et de prononcé d'amendes rendue le 8 décembre 2016, l'Administration cantonale a fixé le montant du complément d'impôt (IFD et ICC) à 121'937 fr. 15 et des amendes (IFD et ICC) à 110'800 fr. pour toutes les périodes en cause. La société A._ Sàrl a formé réclamation à l'encontre de cette décision le 23 décembre 2016. Après avoir procédé à des mesures d'instruction complémentaires, l'Administration cantonale, par décision du 26 juin 2018, a partiellement admis la réclamation de la société contribuable, abandonnant les reprises relatives à la période fiscale 2003 en raison de la péremption du droit de taxer, ainsi que quelques reprises pour les périodes 2004 à 2008, à défaut de pouvoir être justifiées par pièces. Elle a également annulé les amendes prononcées pour les périodes fiscales 2003 à 2005 en raison de la prescription de l'action pénale et adapté les amendes pour les périodes 2006 à 2011 en raison de l'abandon de certaines reprises. Le 26 juillet 2018, la société A._ Sàrl a contesté cette décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Celui-ci, par arrêt du 10 mai 2019, a partiellement admis le recours, constatant la prescription de l'action pénale de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt relative aux périodes fiscales 2008 et 2009.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_531/2019), la société A._ Sàrl demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de modifier l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 en annulant les reprises et amendes liées au bénéfice prétendument soustrait; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
G. Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_526/2019), l'Administration cantonale demande pour sa part au Tribunal fédéral, sous suite de frais, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 en renonçant à annuler les amendes prononcées pour tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 et de confirmer l'arrêt précité pour le surplus.
H. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur les recours. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours de la société A._ Sàrl. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux considérations et conclusions de l'Administration cantonale.
Considérant en droit :
1.
Les deux recours déposés devant le Tribunal fédéral sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Ils concernent des faits de même nature et portent sur des questions juridiques connexes. Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.
Les recours concernent une décision rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. Il en découle que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art. 146 LIFD [RS 642.11] et 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Pour le surplus, le recours de l'Administration cantonale a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF), étant précisé que cette autorité a qualité pour recourir en application du droit fédéral (cf. art. 146 LIFD, 73 al. 2 LHID et 89 al. 2 let. d LTF). Il est donc recevable. Quant à la société contribuable, elle a participé à la procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Son recours a en outre également été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF), si bien qu'il est recevable.
3.
La société recourante se plaint exclusivement d'établissement inexact des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.2. Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (ATF 144 I 170 consid. 7.3 p. 174 s. et les références). Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358).
3.3. Le Tribunal cantonal a procédé à une appréciation des faits et moyens de preuve globale pour arriver à la conclusion que les reprises effectuées par l'Administration cantonale pour les périodes 2004 à 2011 étaient fondées. Il a ainsi constaté que, sur la base d'attestations remises par une société (ci-après: la société acheteuse) ayant acheté des produits à la société recourante, les ventes effectuées n'avaient pas été intégralement comptabilisées dans le chiffre d'affaires de celle-ci, une différence de 441'527 fr. ayant été constatée pour les années 2004 à 2009. Devant le Tribunal cantonal, la recourante a nié avoir procédé aux ventes litigieuses.
3.4. Pour arriver à la conclusion que la société recourante avait bel et bien perçu de l'argent sur des livraisons, l'autorité précédente a pris en compte le fait que la signature de son administrateur figurait sur des notes de crédit libellées au nom de la société. Certes, devant l'autorité précédente, la contribuable a contesté l'authenticité des signatures de son administrateur sur ces documents, relevant que ces signatures ne ressemblaient pas à l'originale et ajoutant qu'un employé de la société acheteuse avait été licencié en raison de soupçons de malversation. Le Tribunal cantonal a constaté que les signatures étaient différentes, mais a jugé qu'aucune plainte pénale n'avait été déposée par la société recourante pour faux dans les titres et qu'il était peu probable qu'une personne ayant pour dessein de falsifier la signature de l'administrateur de la société procède d'une manière aussi grossière. A ces éléments, il a encore ajouté le fait que, pour certaines des transactions contestées, il était mentionné que la livraison avait été effectuée avec le camion de la contribuable, prenant en exemple un cas concret de livraison. L'autorité précédente a ajouté que l'un des employés de la recourante, un certain "C._" a également signé divers ordres de transport. Outre que la société recourante employait une personne nommée C._, le Tribunal cantonal a jugé que celle-ci n'avait apporté aucune explication convaincante en relation avec cet élément, si ce n'est qu'elle s'était contentée de relever que cette personne ne travaillait pas pour elle durant les années sous revue, mais uniquement depuis 2011. Le Tribunal cantonal a également examiné la fortune de l'administrateur de la contribuable et constaté que les éléments de revenu et de fortune déclarés par celui-ci étaient clairement insuffisants, voire négatifs pour couvrir ses dépenses mensuelles. La société et son administrateur ont été interpellés à plusieurs reprises à ce propos et l'administrateur a finalement affirmé avoir vendu des pièces de monnaie de collection et des voitures, sans toutefois fournir de justificatifs, ce qui a conduit l'autorité précédente a retenir que l'existence de ces biens n'était pas démontrée. Finalement, le Tribunal cantonal a encore relevé que la contribuable avait déjà fait l'objet d'un contrôle fiscal, qui s'était soldé par une proposition de règlement avec l'Administration cantonale en raison de l'absence de déclaration de chiffre d'affaires réalisé avec la même société acheteuse.
3.5. Appréciant tous ces éléments, le Tribunal cantonal a admis l'existence de distributions dissimulées de bénéfice de la société recourante en faveur de son administrateur.
3.6. En l'occurrence, la société recourante conteste l'établissement des faits sous quatre points différents.
3.7. En premier lieu, elle mentionne que les responsables de la société acheteuse ont reconnu qu'ils avaient eu des soupçons de malversation à l'encontre de l'un de leurs employés, celui-ci ayant par la suite été licencié. Selon la contribuable, cet élément corrobore ses déclarations tendant à démontrer qu'elle a été victime d'une tromperie. Elle estime ensuite que c'est de manière contradictoire que l'autorité précédente a retenu qu'il était possible que la signature de son administrateur ait été imitée et, plus loin dans son arrêt, qu'il était néanmoins peu probable qu'une personne désirant falsifier une signature procède d'une manière aussi grossière. La société recourante se plaint également de ce que le Tribunal cantonal se soit fondé sur deux états de fait précis pour arriver à la conclusion qu'elle n'a pas déclaré le chiffre d'affaires lié à des transactions qu'elle aurait passées avec la société acheteuse. Elle est d'avis qu'aucun document au dossier ne permet de prouver que son administrateur a personnellement procédé à la livraison du 2 décembre 2005 et déplore que la personne nommée "C._", qui a signé plusieurs ordres de transport, n'ait pas été entendue par l'autorité précédente. Finalement, la société recourante estime qu'il est arbitraire de se servir de son précédent contrôle fiscal comme preuve de sa culpabilité. Pour elle, une telle manière de faire ne tient pas compte du principe de la présomption d'innocence.
3.8. En l'espèce, la recourante critique divers éléments de l'appréciation effectuée par l'autorité précédente, sans toutefois contester cette appréciation dans son ensemble et dire en quoi les éléments qu'elle avance auraient une incidence sur l'appréciation globale. On peut donc déjà douter que sa motivation remplisse les conditions de l'art. 106 al. 2 LTF. Quand bien même il faudrait examiner le grief, force serait de toute façon de l'écarter. En effet, on doit relever que la recourante ne conteste en rien les constatations de l'autorité précédente en lien avec l'évolution de la fortune de son administrateur. Or, il s'agit-là d'un élément déterminant. Il faut rappeler à ce propos que dans ses déclarations pour les années 2005 à 2007, celui-ci a annoncé un revenu mensuel de 5'000 fr., sur lequel il ne prélevait que 1'500 fr., le solde étant comptabilisé en remboursement de son compte courant et, en 2006 et 2007, en augmentation de son épargne privée. Ce seul élément, en l'absence d'explications convaincantes, suffit déjà à lui seul, dans les circonstances du cas d'espèce, pour retenir sans arbitraire que l'administrateur de la société recourante a vécu grâce aux prestations appréciables en argent obtenues de celle-ci. La recourante reconnaît d'ailleurs elle-même implicitement que l'appréciation des faits effectuée par le Tribunal cantonal n'est pas arbitraire, puisqu'elle affirme que ses propres conclusions "ne sont pas moins plausibles" que celles de cette autorité. Les autres éléments qu'elle avance (cf. consid. 3.3 ci-dessus) ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion.
3.9. Dans ces conditions, il convient d'écarter le grief d'établissement inexact des faits. Le Tribunal fédéral vérifiera donc la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente. En outre, il ne saurait être question de violation du principe de la présomption d'innocence car celui-ci, en l'occurrence, se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41; arrêt 2C_806/2017 du 19 octobre 2017 consid. 4.1).
4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136). Par ailleurs, l'autorité recourante se prévalant d'une mauvaise application, par le Tribunal cantonal, des règles relatives à la prescription de la poursuite pénale des périodes fiscales 2008 et 2009, le Tribunal fédéral examinera également cette question.
4.1. S'agissant tout d'abord de la prescription de la procédure de rappel d'impôt, l'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1 p. 73). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et l'ICC.
4.2. En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en septembre 2012 pour l'IFD et l'ICC 2003 à 2007. Le délai de péremption de dix ans des art. 152 al. 1 LIFD, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. S'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003 (art. 152 al. 3 LIFD, 208 al. 3 LI/VD et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2018, si bien que c'est à juste titre que l'Administration cantonale a abandonné les reprises pour cette période. Pour le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2004 à 2007, celui-ci n'est ni prescrit, ni périmé.
4.3. Quant au droit de taxer les années fiscales 2008 à 2011, l'art. 120 al. 1 phr. 1 LIFD, respectivement les art. 170 al. 1 phr. 1 LI/VD et 47 al. 1 LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Selon les art. 120 al. 3 let. a et d LIFD et 170 al. 3 let. a et d LI/VD, un nouveau délai de prescription commence à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal. Le Tribunal fédéral a jugé que la question de savoir si l'art. 120 al. 3 let. d LIFD s'appliquait également au cas de tentative de soustraction pouvait être laissée ouverte lorsque le contribuable a été informé de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt. Cette information constitue en effet une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi de toute façon d'un cas d'application de l'art. 120 al. 3 let. a LIFD, respectivement de l'art. 170 al. 3 let. a LI/VD (arrêt 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.2 et les références).
4.4. En l'occurrence, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2008 à 2011 le 19 septembre 2012, l'Administration cantonale a fait courir un nouveau délai de prescription, raison pour laquelle aucune de ces quatre périodes n'est prescrite à ce jour.
4.5. Avant le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b LIFD [RO 1991 1184 p. 1242 s.] cum art. 333 al. 6 let. b CP, en relation avec l'ATF 134 IV 328). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien art. 184 al. 1 let. a et al. 2 LIFD [RO 1991 1184 p. 1242 s.]). Depuis le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (art. 184 al. 1 let. a LIFD). Selon l'art. 184 al. 2 LIFD actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 254 LI/VD). En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1 er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8.2; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136).
4.5.1. En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas prescrite, dès lors que l'Administration cantonale a rendu une décision le 8 décembre 2016 pour les années 2003 à 2011, soit avant le délai de dix ans après la fin des périodes fiscales en cause (les amendes pour les années 2003 à 2005 ayant été annulées par l'Administration cantonale en raison de la prescription de l'action pénale). En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 19 septembre 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure (cf. ancien art. 184 al. 2 LIFD).
4.5.2. Finalement, l'autorité recourante critique l'arrêt du Tribunal cantonal en tant qu'il constate la prescription de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2008 et 2009.
4.5.3. Etant donné qu'en l'espèce les autorités cantonales ont statué simultanément sur la taxation des périodes précitées et sur les amendes pour tentative de soustraction d'impôt relatives à ces mêmes périodes, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir. Cela ne sera en effet le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure, c'est-à-dire avec le présent arrêt (arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références). Par conséquent, il convient d'admettre le recours de l'autorité recourante en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2008 et 2009. La suite à donner à cette admission sera examinée ci-après (cf. consid. 6.2), lorsque l'issue du recours de la contribuable aura été déterminée, c'est-à-dire lorsqu'il aura été statué sur les amendes des années 2006 à 2011.
5.
5.1. S'agissant du rappel d'impôt et de la distribution dissimulée de bénéfice, le Tribunal cantonal a correctement rappelé le droit fédéral et cantonal harmonisé applicable (art. 58 al. 1 let. b et 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 LHID, 94 al. 1 let. b et 207 al. 1 LI/VD), ainsi que la jurisprudence y relative (parmi d'autres ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 p. 364 s. et les références; 138 II 545 consid. 3.2 p. 549). Il peut donc y être renvoyé.
5.2. Dans la mesure où il ressort des faits retenus sans arbitraire par le Tribunal cantonal que la recourante, durant les années 2004 à 2011, a procédé à des distributions dissimulées en faveur de son administrateur, dans le but de diminuer son bénéfice imposable, sans les avoir déclarées à l'Administration cantonale, qui a donc taxé la contribuable sur une base incomplète, le rappel d'impôt doit être confirmé. Il convient également de confirmer les taxations des années 2008 à 2011, les distributions effectuées durant ces années devant être ajoutées au bénéfice imposable. La recourante ne conteste au demeurant pas l'application du droit faite par l'autorité précédente à ce propos.
6.
6.1. A teneur de l'art. 181 al. 1 LIFD, respectivement 57 al. 1 LHID et 248 al. 1 LI/VD lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. La soustraction d'impôt est quant à elle prévue à l'art. 175 LIFD (cf. également art. 56 al. 1 LHID et 242 LI/VD). Selon cette disposition, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier.
6.2. En l'absence de contestation topique de la part de la recourante, le Tribunal cantonal n'a pas traité des amendes prononcées pour soustraction d'impôt, se limitant à constater à tort que celles pour les années 2008 et 2009 étaient prescrites (cf. consid. 4.4 ci-dessus) et à confirmer celles prononcées par l'Administration cantonale pour les années 2006, 2007 (amendes pour soustractions consommées), 2010 et 2011 (amendes pour tentative de soustraction). Si l'on peut regretter cette façon de procéder, s'agissant de droit fédéral, respectivement de droit cantonal harmonisé devant être appliqué d'office, on peut malgré tout confirmer les amendes prononcées par l'Administration cantonale pour les années 2006 à 2011, la recourante ne les ayant pas non plus contestées devant le Tribunal fédéral et reconnaissant, dans ses conclusions devant le Tribunal cantonal, qu'une amende devait être prononcée à son encontre pour les reprises qui n'ont pas été contestées. On doit retenir que les éléments objectif et subjectif fondant la condamnation sont réunis. La recourante n'a pas déclaré une partie de ses bénéfices et ses taxations pour les années 2006 et 2007, entrées en force étaient incomplètes, respectivement ses déclarations pour les années 2008 à 2011 ont été déposées en ne mentionnant pas une partie du bénéfice. En outre, compte tenu des éléments de fait qui ont été présentés ci-dessus (cf. consid. 3), il ne saurait être retenu autre chose qu'un comportement intentionnel de la part de la recourante. Par conséquent, l'arrêt entrepris doit être confirmé en tant qu'il concerne les amendes des années 2006, 2007, 2010 et 2011 et annulé en tant qu'il concerne celles des années 2008 et 2009, la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 devant être confirmée en tant qu'elle traite des amendes de ces deux dernières années.
7.
Sur le vu des considérants qui précèdent, le recours de la contribuable doit être rejeté aussi bien en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Le recours de l'Administration cantonale doit pour sa part être admis pour les deux catégories d'impôt. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé en tant qu'il concerne les amendes pour tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 prononcées à l'encontre de la contribuable recourante et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 doit être confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
8.
Succombant, la contribuable recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF). Compte tenu de la répartition des frais et dépens pour la procédure qui s'est déroulée devant le Tribunal cantonal (en l'occurrence la contribuable a supporté l'entier des frais et n'a pas obtenu de dépens), il ne se justifie pas de renvoyer la cause à celui-ci pour qu'il procède à une nouvelle répartition (cf. art. 67 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_526/2019 et 2C_531/2019 sont jointes.
2.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de soustraction d'impôt prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années 2008 et 2009 et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
5.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de soustraction d'impôt prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années 2008 et 2009 et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la contribuable recourante.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la société recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette