Faits :
A.
A.A._ exploitait sur la commune de D._ un domaine agricole qu'il a remis à son fils, C.A._, dans le courant de l'année 2010. Il a cependant conservé la propriété des immeubles exploités, qu'il a affermés à son fils. Ces immeubles sont demeurés dans sa fortune commerciale d'agriculteur exploitant. Dans le courant de l'année 2005, A.A._ a fractionné la parcelle n° ** de la commune de D._, dont il était propriétaire. De cette division est issue la parcelle n° ***, d'une surface de 824 m2, à l'époque non bâtie et en nature de pré-champ, sise en zone d'habitation de très faible densité.
Par acte du 14 octobre 2011, A.A._ a vendu cette dernière parcelle pour un montant de 480'000 francs. Le 22 décembre 2011, A.A._ a déclaré un gain immobilier imposable de 448'229 fr.75; il a revendiqué la déduction de l'estimation fiscale, 584 fr. 40, des impenses pour 30'335 fr.85 et des frais de vente par 850 francs.
Par décision du 30 janvier 2012, l'Office d'impôt du district du Jura-Nord (ci-après: l'office d'impôt) a imposé le gain immobilier déclaré à hauteur de 448'229 fr.; un montant d'impôt de 31'376 fr.05 a été réclamé au contribuable. Cette décision, non contestée, est entrée en force.
Pour la période fiscale 2011, les époux A.A._ et B.A._ ont déclaré pour l'impôt cantonal et communal un revenu de2'200 fr., imposable au taux de 67'800 fr. et une fortune imposable de 1'227'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, ils ont déclaré un revenu imposable de 132'400 francs. Le 6 mai 2014, l'office d'impôt a notifié aux contribuables une décision de taxation arrêtant à 127'800 fr. leur revenu et à 1'409'000 fr. leur fortune imposables pour l'impôt cantonal et communal. Pour l'impôt fédéral direct, cette décision arrête leur revenu imposable à 544'900 francs. Conformément à l'arrêt rendu le 2 décembre 2011 par le Tribunal fédéral dans la cause 2C_11/2011 (publié en début mai 2012 aux ATF 138 II 32 et traduit in : RDAF 2012 II 117) et en application de la Circulaire n° 38 de l'Administration fédérale des contributions, du 17 juillet 2013, intitulée «Imposition des bénéfices en capital résultant de l'aliénation d'immeubles sis en zone à bâtir et faisant partie de la fortune commerciale d'agriculteurs» (ci-après: circulaire AFC n°38), cette taxation incluait dans le revenu des contribuables le gain immobilier provenant de la vente de la parcelle n° ***, à hauteur de 449'064 fr., sous déduction d'une provision pour cotisations aux assurances sociales (AVS-AI-APG) de 10%.
A.A._ et B.A._ ont déposé une réclamation contre cette décision. Le 19 juin 2014, l'office d'impôt a maintenu la taxation contestée. Le 18 juillet 2014, les contribuables ont, par la plume de leur conseil, maintenu leur réclamation; celle-ci a été transmise à l'Administration cantonale des impôts, comme objet de sa compétence. L'instruction de la réclamation a été suspendue dans l'attente de l'issue des travaux parlementaires portant sur une modification éventuelle de la législation fédérale, permettant de revenir à l'imposition des immeubles agricoles telle qu'elle était pratiquée avant l'ATF 138 II 32 (sur motion du Conseiller national Leo Müller). A l'issue de la séance du Conseil national du 14 juin 2017, les Chambres fédérales ont refusé d'entrer en matière sur ce projet. Le 17 janvier 2018, l'Administration cantonale des impôts a repris l'instruction de la réclamation; elle a indiqué aux époux A._ que la position des Chambres fédérales la contraignait à maintenir la décision de taxation du 6 mai 2014. L'Administration cantonale des impôts a ajouté que seule demeurait litigieuse dans le cas d'espèce la taxation, au titre de l'impôt fédéral direct, du gain réalisé ensuite de la vente de la parcelle n° ***, parce que ce transfert avait fait l'objet, sur le plan de l'impôt cantonal et communal, d'une imposition du gain immobilier par décision du 30 janvier 2012, non contestée et entrée en force.
Par décision du 8 mai 2018, l'Administration cantonale des impôts a admis partiellement la réclamation - la provision pour cotisations aux assurances sociales étant portée à 12 % -, en ce sens que, s'agissant de l'impôt fédéral direct, le revenu imposable des époux A._ pour la période fiscale 2011 a été arrêté à 535'900 fr.; la taxation du 6 mai 2014 a été maintenue pour le surplus.
B.
Par arrêt du 2 avril 2019, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours que les contribuables avaient déposé contre la décision rendue le 8 mai 2018 par l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud. Depuis l'ATF 138 II 32 du 2 décembre 2011, un immeuble non bâti qui ne remplissait pas les conditions d'application de la LDFR était soumis en cas de vente au régime fiscal ordinaire des immeubles faisant partie de la fortune commerciale. La jurisprudence du 2 décembre 2011 était en principe applicable à tous les cas pendants, même si l'immeuble concerné avait été aliéné avant cette date. Selon la jurisprudence, l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal constituaient des impôts distincts, qui revenaient à des collectivités différentes et faisaient l'objet de procédures et de taxations séparées, de sorte que la décision relative à l'impôt cantonal et communal ne liait pas l'autorité de taxation en ce qui concernait l'impôt fédéral direct. Même si la décision du 30 janvier 2012 avait constitué une sorte d'assurance quant à la taxation de l'impôt fédéral - ce que le Tribunal fédéral avait nié dans l'arrêt 2C_957/2017 -, on ne voyait pas, sous l'angle de la protection de la bonne foi et de l'interdiction du comportement contradictoire, quelles dispositions - sur lesquelles ils ne pourraient revenir sans subir de préjudice - les contribuables auraient prises sur la foi de la décision en question. Les recourants invoquaient par conséquent en vain le principe de la bonne foi.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les contribuables demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 2 avril 2019 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud et de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal et l'Administration fiscale cantonale du canton de Vaud, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Les recourants ont répliqué.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale qui concerne l'impôt fédéral direct. Déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des art. 82 ss LTF et 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11).
2.
Le litige porte sur le régime fiscal du gain provenant de l'aliénation par le recourant, le 14 octobre 2011, de la parcelle de la parcelle n° ***, correspondant à une surface non bâtie et en nature de pré-champ, sise en zone d'habitation de très faible densité, appartenant à sa fortune commerciale d'agriculteur exploitant.
3.
3.1. En matière d'impôt fédéral direct, tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante imposable (art. 18 al. 1 et 2 LIFD). Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont toutefois ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement (art. 18 al. 4 LIFD).
3.2. En matière d'impôt cantonal et communal harmonisé, à l'instar de l'art. 18 LIFD, les art. 8 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; LHID, RS 642.14) prévoit que le produit de l'activité lucrative indépendante soumis à l'impôt sur le revenu comprend tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. La part du produit d'aliénation supérieure aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses) d'un immeuble agricole ou sylvicole, soit la plus-value, est quant à elle soumise à l'impôt sur les gains immobiliers (art. 12 al. 1 LHID).
En conformité avec la loi sur l'harmonisation fiscale, la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11) prévoit que tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante imposable (art. 21 al. 1 et 2 LI/VD). Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont toutefois ajoutés au revenu imposable que pour la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu. La plus-value obtenue sur de tels immeubles est en revanche imposée conformément aux articles 61 ss LI/VD (art. 21 al. 4 LI/VD) sur l'impôt sur les gains immobiliers.
3.3. En résumé, les gains provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles bénéficient de l'exception selon laquelle seuls les amortissements récupérés sont soumis à l'impôt fédéral et cantonal sur le revenu, alors que le gain issu d'une augmentation de valeur à proprement parler est soumis exclusivement à l'impôt sur le gain immobilier cantonal et communal et n'est pas assujetti à une imposition au plan fédéral (ATF 138 II 32). Comme le souligne à juste titre l'instance précédente, l'imposition limitée des immeubles agricoles et sylvicole équivaut à une exonération partielle de l'impôt sur le revenu, du moment que le gain provenant de l'aliénation de tout autre immeuble faisant partie de la fortune commerciale est soumis entièrement à l'impôt sur le revenu.
3.4. Selon la jurisprudence issue de l'arrêt 2C_11/2011 du 2 décembre 2011, ce privilège est limité puisque la notion d' "immeuble agricole et sylvicole" doit être interprétée en conformité avec le champ d'application et de protection ainsi que les restrictions d'aliénation prévus par le droit foncier rural. L'exception ne s'applique donc pas à un terrain non bâti situé intégralement en zone à bâtir qui ne constitue pas l' "aire environnante appropriée" d'un bien-fonds comprenant des bâtiments et installations agricoles (ATF 138 II 32 consid. 2.2. et 2.3 p. 36 ss).
4.
4.1. En l'espèce, contrairement à l'arrêt du Tribunal fédéral du 2 décembre 2011 (publié au recueil officiel des arrêts du Tribunal fédéral en début mai 2012), l'Office d'impôt de district a, par décision du 30 janvier 2012, qualifié d' "immeuble agricole" la parcelle n° *** et soumis le gain provenant de l'aliénation de la parcelle le 14 octobre 2011 à l'impôt sur les gains immobiliers en application de l'art. 21 al. 4 LI/VD. Cette décision, non contestée, est entrée en force. Bien qu'erronée, puisque les recourants ne remettent pas en cause le fait que la parcelle aliénée n'est pas soumise à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), elle ne peut pas faire l'objet d'une révision en leur défaveur dont le motif serait une erreur dans l'application du droit (cf. arrêts 2C_495/2018 du 7 mai 2019, consid. 2.2.2; 2C_200/2014 du 4 juin 2015, consid. 2.4.4.2; 2P.198/2003 du 12 décembre 2003, consid. 3.2 et les références).
La décision de taxation d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2011 du 6 mai 2014 de l'office d'impôt, qui a arrêté à 127'800 fr. le revenu et à 1'409'000 fr. la fortune imposables des recourants tient en outre dûment compte de la décision du 30 janvier 2012, en ce qu'elle n'a, à bon droit et conformément à la jurisprudence (ATF 93 I 689), pas ajouté de revenus provenant de l'aliénation du 14 octobre 2011 (art. 61 al. 3 LI/VD) au revenu imposable sur le plan cantonal des recourants, le bénéfice de celle-ci ayant été déjà soumis à l'impôt cantonal sur les gains immobiliers.
4.2. C'est en revanche de manière conforme à la jurisprudence mise en place par l'ATF 138 II 32 et donc au droit fédéral que, pour l'impôt fédéral direct, le revenu des recourants a été fixé à 535'900 fr., l'immeuble en cause devant être qualifié d'immeuble commercial non agricole. La taxation et la perception de l'impôt sur les gains immobiliers effectuées par l'autorité intimée n'ont au demeurant, à l'égard de l'impôt fédéral direct, pas le caractère exclusif que leur confère le droit cantonal (art. 61 al. 3 LI/VD).
5.
5.1. Les recourants contestent ce résultat. Ils soutiennent en substance que l'instance précédente a violé le principe de l'harmonisation verticale confirmant une imposition de l'immeuble en matière d'impôt fédéral direct différente de celle adoptée en matière d'impôt cantonal direct et d'impôt sur les gains immobiliers. Ils affirment que le législateur aurait édicté une norme spécifique s'il avait voulu que la qualification de l'immeuble en matière d'impôt sur les gains immobiliers ne soit pas opposable en matière d'impôt cantonal et fédéral direct. Enfin, ils font valoir que l'instance précédente a violé l'interdiction du comportement contradictoire en qualifiant le terrain d'immeuble agricole en matière d'impôt sur les gains immobiliers et d'immeuble commercial non agricole en matière d'impôt fédéral direct.
5.2. Tous ces griefs tendent globalement, mais sous diverses approches, à prolonger les effets de l'erreur commise lors de la taxation de l'impôt sur le gain immobilier. Les recourants perdent de vue qu'en droit suisse, le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi. Il faut encore que l'autorité n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés, et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (ATF 139 II 49 consid. 7.1 p. 61 et les références citées).
5.3. En l'espèce, la taxation de l'impôt sur les gains immobiliers résulte de l'application par l'autorité intimée d'une solution juridique que le Tribunal fédéral a jugé contraire au droit et non pas d'une pratique constante dans laquelle elle aurait persévéré, puisqu'elle a corrigé cette erreur lors de la taxation de l'impôt fédéral direct. Les recourants ne peuvent par conséquent pas se prévaloir du droit à l'égalité dans l'illégalité. Le grief de violation de l'interdiction du comportement contradictoire ne revêt pas de portée propre par rapport au droit à l'égalité dans l'illégalité en l'espèce. En particulier, contrairement à ce qu'affirment les recourants, l'interdiction jurisprudentielle du dualisme de méthodes dans l'interprétation d'une même notion juridique, qui relève de l'interdiction du comportement contradictoire (ATF 103 Ia 20), ne leur est d'aucun secours en l'espèce. En effet, ni l'instance précédente ni l'autorité intimée n'ont usé de méthodes d'interprétations, toutes valides pour elle-mêmes mais dont l'usage successif dans la même affaire est prohibé, puisqu'elles se sont bornées à appliquer la notion juridique d'immeuble contenue dans la loi, une première fois, de façon erronée par méconnaissance de la jurisprudence la plus récente et, une deuxième fois en matière d'impôt fédéral direct, de façon correcte et conforme à dite jurisprudence. Le grief doit par conséquent également être rejeté.
5.4. Il n'y a pas non plus de violation du postulat d'harmonisation verticale puisqu'en l'espèce, ce ne sont pas les règles de droit qui ne sont pas harmonisées, la jurisprudence résultant de l'ATF 138 II 32 étant une interprétation de ces règles valable tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, mais uniquement leur application, accidentellement différente en raison d'une erreur de droit. En réalité, le postulat d'harmonisation verticale invoqué par les recourants vaut pour les règles contenues dans la loi et non pas devant la loi, domaine dans lequel il est sauvegardé par le droit à l'égalité précisément devant la loi, qui, on l'a vu, n'est en l'espèce pas violé (cf. consid. 5.3 ci-dessus).
5.5. A cela s'ajoute enfin que, par analogie au régime applicable aux mandataires professionnels en matière de responsabilité contractuelle (cf. ATF 134 III 534), il est en principe exclu de reprocher à l'Administration fiscale la méconnaissance de la jurisprudence résultant de l'arrêt 2C_11/2011 du 2 décembre 2011, qui n'a été publiée au Recueil officiel des arrêts du Tribunal fédéral qu'en début mai 2012, lorsqu'elle a procédé, en janvier 2012, à la taxation de l'impôt cantonal sur les gains immobiliers.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, les recourants supportent les frais de la procédure fédérale, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr. sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 24 janvier 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey