Erwägungen:
1.
Die A._ AG (Beschwerdeführerin) reichte am 21. Februar 2019 beim Kreisgericht Rheintal eine negative Feststellungsklage gemäss Art. 85a SchKG ein und ersuchte gleichzeitig im Sinn von Art. 85a Abs. 2 SchKG um vorläufige Einstellung der zwei Betreibungen Nrn. xxx und yyy des Betreibungsamts U._ über einen Gesamtbetrag von rund Fr. 9 Mio. Die Einzelrichterin des Kreisgerichts trat mit Entscheid vom 16. Juli 2020 auf das Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung nicht ein, da die Beschwerdeführerin den angeordneten Kostenvorschuss auch innerhalb der angesetzten Nachfrist nicht geleistet habe.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin am 13. August 2020 "Beschwerde" beim Kantonsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses nahm die Beschwerde als Berufung entgegen und trat darauf mit Entscheid vom 20. August 2020 nicht ein, da diese verspätet erhoben worden sei.
Die Beschwerdeführerin erhob dagegen mit Eingabe vom 27. September 2020 (Postaufgabe am 28. September 2020) Beschwerde in Zivilsachen und ersuchte gleichzeitig darum, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Dieses Gesuch wurde von der Präsidentin der I. zivilrechtlichen Abteilung mit Verfügung vom 29. September 2020 wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen.
Die Beschwerdeführerin ergänzte die Beschwerdebegründung mit zwei vom 30. September 2020 datierten Eingaben, in denen sie erneut darum ersuchte, es sei der Beschwerde, vorab superprovisorisch, die aufschiebende Wirkung zu erteilen; die vom Kreisgericht Rheintal auf den 29. September 2020 (sic!) vorgesehenen Konkurseröffnungen seien abzusetzen bzw. das Kreisgericht sei für den Fall, dass an diesem Tag die Konkurseröffnungen erfolgt sein sollten, zu beauftragen, die entsprechenden Entscheide zurückzuhalten bzw. "gewissermassen in der Schwebe zu halten". Ferner beantragte sie, es sei über die Beschwerde in einer öffentlichen Beratung zu entscheiden. Am 1. Oktober 2020 reichte sie ein nachträgliches Begleitschreiben zu den Beschwerdeergänzungen ein.
Mit Verfügung vom 6. Oktober 2020 wies die Präsidentin der I. zivilrechtlichen Abteilung das erneute Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab, auch soweit es als Gesuch um Anordnung von vorsorglichen Massnahmen zu behandeln sei.
Mit Schreiben vom 14. Oktober 2020 ersuchte die Beschwerdeführerin darum, es sei ihr die Frist zur Leistung des verlangten Kostenvorschusses zu erstrecken oder es sei auf den Kostenvorschuss zu verzichten bzw. ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren; weil das Bundesgericht die aufschiebende Wirkung verweigert habe, sei über sie der Konkurs eröffnet worden und sei sie ausserstande, den Vorschuss zu bezahlen.
Mit Schreiben vom 19. Oktober 2020 teilte das Konkursamt des Kantons St. Gallen mit, dass über die Beschwerdeführerin mit Wirkung ab 29. September 2020 der Konkurs eröffnet worden sei, und bat um Sistierung des Verfahrens nach Art. 207 SchKG.
2.
Das bundesgerichtliche Verfahren ist vorliegend ungeachtet des Umstandes, dass über die Beschwerdeführerin das Konkursverfahren hängig ist, nicht in Anwendung von Art. 207 SchKG zu sistieren. Denn zum einen kann der Ausgang des Beschwerdeverfahrens im Fall einer Weiterführung durch die Konkursmasse oder einzelner Gläubiger nicht beeinflusst werden, da - wie nachfolgend aufzuzeigen ist - die gegen das Nichteintreten auf das Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung gerichtete Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, soweit sie mit der Konkurseröffnung über die Beschwerdeführerin nicht gegenstandslos wurde. Und zum anderen wird die Konkursmasse durch den vorliegenden Entscheid nicht berührt, da er ohne Einladung der Gegenpartei zu einer Beschwerdeantwort und ohne Zusprechung einer Parteientschädigung an diese erfolgt und darin keine Gerichtsgebühr erhoben wird (vgl. Urteile 4A_136/2020 vom 26. Mai 2020; 4D_53/2019 vom 25. November 2019; 4A_64/2016 vom 3. Juni 2016; 5A_539/2008 vom 2. Oktober 2008 und 5A_398/2008 vom 4. September 2008).
3.
Die Beschwerdeführerin stellt den Antrag, es sei über die Beschwerde in einer öffentlichen Verhandlung zu entscheiden.
Vor Bundesgericht findet eine Parteiverhandlung nur ausnahmsweise statt (Art. 57 BGG). Gründe, aus denen im vorliegenden Fall nach übergeordnetem Recht eine Parteiverhandlung geboten wäre, werden von der Beschwerdeführerin nicht genannt und sind nicht ersichtlich. Insbesondere kann das Bundesgericht den Sachverhalt nicht frei überprüfen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) und stellen sich im vorliegenden Beschwerdeverfahren keine sachverhaltlichen oder rechtlichen Fragen, die nicht aufgrund der vorliegenden Akten entschieden werden könnten und daher die Anordnung einer Parteiverhandlung angezeigt erscheinen liessen (vgl. BGE 125 V 37 E. 3; 121 I 30 E. 5e; Urteil 2C_347/2012 vom 28. März 2013 E. 3.1, nicht publ. in: BGE 139 II 185). Insbesondere ist es nicht erforderlich, einen Amtsbericht des Kreisgerichts Rheintal darüber einzuholen, dass das Verfahren über die negative Feststellungsklage noch hängig ist, wie die Beschwerdeführerin beantragt.
Auch die Voraussetzungen für eine mündliche Urteilsberatung nach Art. 58 Abs. 1 BGG sind nicht erfüllt, weshalb auf dem Weg der Aktenzirkulation zu entscheiden ist (Art. 58 Abs. 2 BGG).
4.
Das Verfahren hatte vor der ersten Instanz ein Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung nach Art. 85a Abs. 2 SchKG zum Gegenstand. Es ist fraglich, ob das Interesse an einer Behandlung der vorliegenden Beschwerde nicht dahingefallen ist und das Verfahren als gegenstandslos abzuschreiben ist, nachdem die betreffende Betreibung zur Konkurseröffnung über die Beschwerdeführerin geführt hat (vgl. Urteil 4A_96/2012 vom 7. Mai 2012 E. 4). Es rechtfertigt sich indessen, die Frage offen zu lassen bzw. von einer Abschreibung des Verfahrens abzusehen, da einerseits die Beschwerde ohnehin offensichtlich unbegründet ist, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann, und andererseits die Gesuche der Beschwerdeführerin, es sei ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren, in den vorgenannten Präsidialverfügungen wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen wurden, ohne dass dies näher begründet wurde.
5.
Eine Beschwerde an das Bundesgericht ist - abgesehen von der hier nicht gegebenen Ausnahme nach Art. 43 BGG - innert der Beschwerdefrist mit einem Antrag und vollständig begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Eine Ergänzung der Beschwerdebegründung kann nach Ablauf der Beschwerdefrist nicht zugelassen werden (BGE 134 II 244 E. 2.4; 133 III 489 E. 3.3).
Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts wurde der Beschwerdeführerin unbestrittenermassen am 31. August 2020 zugestellt. Die Frist für eine Beschwerde an das Bundesgericht lief damit am 30. September 2020 ab (Art. 44 Abs. 1, Art. 48 Abs. 1 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdeergänzungen vom 30. September 2020 wurden von der Beschwerdeführerin mit zwei separaten Briefsendungen an das Bundesgericht verschickt. Die zweite Ergänzung wurde dabei lediglich per A-Post an das Bundesgericht versandt und der Briefumschlag ist mit einem Poststempel vom 1. Oktober 2020, dem Tag nach dem Fristablauf, versehen.
Die 30-tägige Frist nach Art. 100 Abs. 1 BGG ist nur gewahrt, wenn die Beschwerde spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben wird (Art. 48 Abs. 1 BGG). Der Rechtssuchende trägt die Beweislast für die Rechtzeitigkeit der Beschwerdeerhebung, die mit Gewissheit feststehen muss. Dem Absender obliegt somit der Nachweis, dass er seine Eingabe bis um 24 Uhr des letzten Tages der laufenden Frist der Post übergeben hat. Die Aufgabe am Postschalter und der Einwurf in den Postbriefkasten sind einander gleichgestellt. Hier wie dort wird vermutet, dass das Datum des Poststempels mit demjenigen der Übergabe an die Post übereinstimmt. Wer behauptet, er habe einen Brief schon am Vortag seiner Abstempelung in einen Postbriefkasten eingeworfen, hat das Recht, die sich aus dem Poststempel ergebende Vermutung verspäteter Postaufgabe mit allen tauglichen Beweismitteln zu widerlegen (BGE 142 V 389 E. 2.1 und 2.2 mit zahlreichen Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin wandte sich mit einem nachträglichen Begleitschreiben vom 1. Oktober 2020 an das Bundesgericht und erklärte, die Aufgabe der letzten Beschwerdeergänzung, die mit dem Datum vom 30. September 2020 und der Ergänzung "19.00 Uhr" versehen ist, sei etwa eine Stunde nach der eingeschrieben aufgegebenen ersten Beschwerdeergänzung erfolgt und sie habe nur noch per A-Post aufgegeben werden können.
Mit dieser blossen sinngemässen Behauptung über die Einreichung der zweiten Beschwerdeergänzung durch fristgerechten Einwurf in einen Briefkasten wird der Beweis über die rechtzeitige Postaufgabe in keiner Weise erbracht. Im Rahmen der Begründung der Beschwerde wären indessen die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde an das Bundesgericht, wie namentlich die Fristwahrung, darzutun, soweit diese nicht ohne Weiteres ersichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. BGE 141 IV 1 E. 1.1 S. 4; 133 II 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404). Da die Beschwerdeführerin keinerlei Beweise für die Rechtzeitigkeit der Beschwerdeergänzung anbot, ist aufgrund des Poststempels vom 1. Oktober 2020 von der verspäteten Einreichung der zweiten Beschwerdeergänzung auszugehen und kann diese nicht berücksichtigt werden.
Unabhängig davon würde deren Berücksichtigung nichts am Ausgang des Beschwerdeverfahrens ändern. So bestehen die darin vorgenommenen Ergänzungen bloss darin, dass am Ende verschiedener Abschnitte eine Verletzung von "Art. 9 BV und Art. 6 EMRK" geltend gemacht wird, was der Beschwerde nicht zum Durchbruch verhelfen könnte, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt.
6.
Hinsichtlich der ersten, fristgerecht eingereichten Beschwerdeergänzung vom 30. September 2020 ist zu bemerken, dass die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Einreichung derselben nicht mehr über das Prozessführungsrecht verfügte, da dieses, nachdem über sie am Vortag der Konkurs eröffnet worden war, an die Konkursmasse, vertreten durch die Konkursverwaltung übergegangen war (Art. 204 und 240 SchKG; BGE 121 III 28 E. 3 S. 30). Die Beschwerdeergänzung ist indessen nicht von vornherein ungültig, sondern könnte von der Konkursverwaltung bzw. den Konkursgläubigern genehmigt werden (BGE 132 III 89 E. 1.3). Da vorliegend davon abgesehen wird, das Verfahren nach Art. 207 SchKG zu sistieren und eine allfällige Genehmigung abzuwarten, rechtfertigt es sich, die erste Beschwerdeergänzung beim vorliegenden Entscheid zu berücksichtigen.
7.
Die Beschwerdeführerin geht irrtümlicherweise davon aus, beim angefochtenen Entscheid handle es sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG. Das von ihr vor der Erstinstanz gestellte Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung nach Art. 85a Abs. 2 SchKG zielte indessen lediglich auf Anordnung einer vorsorglichen Massnahme ab (vgl. BGE 136 III 587 E. 2 S. 590), die nur für die Dauer des Hauptprozesses bestand haben kann und das Hauptverfahren auf Feststellung des Nichtbestehens der Schuld und auf Einstellung der Betreibung nicht abschliesst. Die Beschwerdeführerin ersuchte demnach um Erlass eines Zwischenentscheids (vgl. BGE 144 III 475 E. 1.1.1; 138 III 76 E. 1.2, 333 E. 1.2; 137 III 324 E. 1.1 S. 327 f.). Auch der Entscheid der Erstinstanz, auf das Gesuch nicht einzutreten, und der Rechtsmittelentscheid der Vorinstanz betreffend diesen Entscheid bilden demnach Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG (vgl. BGE 144 III 475 E. 1.1.2; 139 V 604 E. 2.1 und Urteil 4A_542/2009 vom 27. April 2010 E. 3).
Gegen solche Zwischenentscheide ist die Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG; BGE 144 III 475 E. 1.2). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 144 III 475 E. 1.2; 141 III 80 E. 1.2 S. 81; 134 III 188 E. 2.2; 133 III 629 E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben (BGE 138 III 94 E. 2.2 S. 95; 135 I 261 E. 1.2). Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (BGE 142 III 798 E. 2.2 S. 801; 141 III 80 E. 1.2 S. 81; 137 III 324 E. 1.1 S. 329; 134 III 426 E. 1.2 in fine; 133 III 629 E. 2.3.1 und 2.4.2).
Ausgehend von der irrtümlichen Annahme, es handle sich beim angefochtenen Entscheid um einen Endentscheid, legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern ihr durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohen soll. Immerhin machte die Beschwerdeführerin zur Begründung ihrer Gesuche um aufschiebende Wirkung geltend, es drohe ihr ein nicht wieder gutzumachender Nachteil, wenn die Betreibungen nicht eingestellt würden; sie werde in Konkurs fallen und ihr Obsiegen nicht mehr erleben. Es fragt sich zudem, ob es nicht ins Auge springt, dass ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht, wenn die Partei von der Konkurseröffnung bedroht ist (vgl. in diesem Sinne der Entscheid 4A_652/2016 vom 30. Januar 2017 E. 5). Immerhin könnte allerdings von einem Schuldner, der behauptet, vom Konkurs bedroht zu sein, erwartet werden, dass er dartut, dass er finanziell nicht in der Lage ist, den Konkurs durch Zahlung der Schuld abzuwenden, was die Beschwerdeführerin vorliegend unterliess. Wie es sich damit verhält und ob demnach die Beschwerde unter dem Gesichtswinkel von Art. 93 BGG zulässig ist, kann vorliegend offen bleiben, da sie sich ohnehin als unbegründet erweist, soweit darauf eingetreten werden kann.
8.
In Zivilsachen, wie hier eine vorliegt, ist die Beschwerde an das Bundesgericht nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, des Bundesverwaltungsgerichts und des Bundespatentgerichts zulässig (Art. 75 Abs. 1 BGG). Beim Kreisgericht Rheintal handelt es sich nicht um eine solche Instanz, weshalb auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann, soweit die Beschwerdeführerin darin ihre Kritik direkt gegen dessen Entscheid vom 16. Juli 2020 und dessen Verfahrensführung richtet.
9.
Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 98 BGG). Die Verletzung solcher Rechte kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 140 III 571 E. 1.5; 138 I 171 E. 1.4; 136 I 65 E. 1.3.1; 134 II 244 E. 2.2). Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (BGE 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 396 E. 3.1 S. 399 f.). Macht die beschwerdeführende Partei eine Verletzung des Willkürverbots von Art. 9 BV geltend, genügt es nicht, wenn sie einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Sie hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Urteils im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (BGE 137 V 57 E. 1.3 S. 60; 134 II 349 E. 3 S. 352).
10.
Die Vorinstanz stellte im angefochtenen Entscheid zur strittigen Frage der Rechtzeitigkeit der bei ihr erhobenen Berufung fest, der erstinstanzliche Entscheid des Kreisgerichts Rheintal, mit dem auf das Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung nicht eingetreten wurde, sei der Beschwerdeführerin am 28. Juli 2020 zugestellt worden. Die zehntägige Rechtsmittelfrist habe somit am 29. Juli 2020 zu laufen begonnen und am 7. August 2020 geendet. Die Berufung sei jedoch erst am 13. August 2020 und damit verspätet erfolgt. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin habe sich die Berufungsfrist weder durch die im vorliegenden Verfahren ohnehin nicht relevanten Betreibungsferien gemäss Art. 56 SchKG noch durch den Fristenstillstand nach Art. 145 Abs. 1 ZPO verlängert.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie auf die Berufung nicht eingetreten sei. Sie bringt dazu sinngemäss vor, der Entscheid des Kreisgerichts bzw. dessen Zustellung gelte nach dem bundesgerichtlichen Entscheid 5A_448/2011 vom 31. Oktober 2011, E. 2.5, als Betreibungshandlung, auf welche die Betreibungsferien nach Art. 56 SchKG anwendbar seien, so dass der Entscheid erst am 3. August 2020 als zugestellt gelte und die Berufung am 13. August 2020 rechtzeitig erhoben wurde.
Es ist fraglich, ob die Beschwerdeführerin mit der blossen sinngemässen Behauptung, der Entscheid der Vorinstanz stehe mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung im Widerspruch, soweit er den erstinstanzlichen Entscheid betreffend Nichteintreten auf das Gesuch um vorläufige Einstellung der Betreibung und dessen Zustellung nicht als Betreibungshandlung qualifiziert habe, überhaupt rechtsgenügend eine willkürliche Anwendung von Bundesrecht (Art. 56 SchKG) geltend macht (vgl. BGE 133 III 439 E. 3.3). Wie es sich damit verhält kann offen bleiben. Die Vorinstanz ist jedenfalls nicht in Willkür verfallen und hat damit auch den Gehörsanspruch der Beschwerdeführerin nicht verletzt, indem sie den Entscheid des Kreisgerichts nicht als Betreibungshandlung im Sinne von Art. 56 SchKG qualifizierte. Aus dem angerufenen Entscheid 5A_448/2011 vom 31. Oktober 2011, E. 2.5, ergibt sich jedenfalls nichts Entsprechendes, sondern eher das Gegenteil. So geht es in diesem Entscheid darum, dass Entscheide der Aufsichtsbehörden über die Betreibungsämter, die sich bloss über die Begründetheit einer Beschwerde aussprechen, ohne den Vollstreckungsorganen eine bestimmte Betreibungshandlung vorzuschreiben oder eine solche selbst anzuordnen, keine Betreibungshandlungen darstellen, die dem Rechtsstillstand nach Art. 56 SchKG unterliegen. Eine willkürliche Anwendung von Art. 56 SchKG durch die Vorinstanz, die zu einer Gehörsverletzung führt, kann schon deshalb ausgeschlossen werden, da sich ihre Auffassung auf eine überzeugende Kommentarstelle abstützen lässt, wonach selbst ein Entscheid über die (endgültige) Einstellung oder Aufhebung der Betreibung nach Art. 85a SchKG und seine Zustellung an den Schuldner keine Betreibungshandlungen nach Art. 56 SchKG darstellen, da dadurch das eigentliche Betreibungsverfahren nicht weitergeführt wird (THOMAS BAUER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 32 zu Art. 56 SchKG). Das Bundesgericht fällte überdies einen entsprechenden Entscheid im vergleichbaren Fall der Abweisung eines Gesuchs um Sistierung der Betreibung durch das Betreibungsamt; auch dabei handle es sich nicht um eine Betreibungshandlung im Sinne von Art. 56 SchKG, weil sie den Betreibenden seinem Ziel nicht näher bringt (Urteil 5A_471/2013 vom 17. März 2014 E. 2.1).
11.
Die Beschwerde ist damit offensichtlich unbegründet und abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
Auf die Erhebung von Gerichtskosten ist ausnahmsweise zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG). Die Beschwerdegegner haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da ihnen aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand entstanden ist (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben und es wird keine Parteientschädigung gesprochen.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichterin im Obligationenrecht, und dem Konkursamt des Kanton St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Widmer