Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in U._ bezweckt das Halten, den Handel und die Verwaltung von Immobilien. Sie schrieb im Geschäftsjahr 2012 ein an die B._ AG gewährtes Darlehen im Umfang von Fr. 260'000.-- und im Geschäftsjahr 2013 ein an die C._ AG gewährtes Darlehen im Umfang von Fr. 1'720'000.-- ab. Gleichzeitig aktivierte sie von der B._ AG für Fr. 160'000.-- erworbene Patente in der Bilanz per 31. Dezember 2013 mit einem Wert von Fr. 40'000.--. Infolgedessen deklarierte die A._ AG in der Steuererklärung 2012 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 102'117.-- und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 45'883.-- sowie in der Steuererklärung 2013 einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 20'966.-- und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 147'614.--.
B.
Am 7. September 2015 wurde die A._ AG abweichend von ihrer Deklaration veranlagt. Die Steuerbehörde begründete die Abweichung damit, dass die Darlehen an die B._ AG bzw. C._ AG einem Drittvergleich nicht standhielten und die Abschreibungen deshalb steuerrechtlich nicht anerkannt werden könnten. Ausserdem sei die Werthaltigkeit der erworbenen Patente nicht nachgewiesen. Die dagegen erhobenen Einsprachen hiess das kantonale Steueramt am 11. Juli 2016 in hier nicht interessierenden Punkten gut. Es setzte den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 148'500.-- und das steuerbare Eigenkapital auf Fr. 4'000.-- (Kantonssteuern 2012) bzw. den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 148'500.-- (direkte Bundessteuer 2012) sowie den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 1'529'500.-- und das steuerbare Eigenkapital auf Fr. 0.-- (Kantonssteuern 2013) bzw. den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 1'529'500.-- (direkte Bundessteuer 2013) fest. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel wiesen die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen am 15. August 2017 und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 1. Mai 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. Juni 2018 beantragt die A._ AG, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen sei aufzuheben und der steuerbare Reinge winn für das Steuerjahr 2012 auf Fr. 0.-- und für das Steuerjahr 2013 auf höchstens Fr. 20'966.-- festzusetzen, eventualiter sei die Sache zum Neuentscheid zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht, das kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Verwaltungsrekurskommission verzichtet auf Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
1.1. Gegen das angefochtene Urteil ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 146 DBG [SR 642.11] und Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 86 Abs. 1 lit. d, Abs. 2 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als steuerpflichtige Gesellschaft zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf die frist- (Art. 100 Abs. 1 BGG) und formgerecht (Art. 42 BGG) eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und lit. b BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten untersucht das Bundesgericht insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 139 II 404 E. 3 S. 415; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Bei Sachverhaltsrügen (Art. 97 Abs. 1 BGG) genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung beruhen (vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.).
Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt bzw. die Beweise willkürlich gewürdigt, sind ihre Rügen nicht rechtsgenügend substanziiert. Der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt ist somit für das Bundesgericht bindend.
1.4. Das Urteil der Vorinstanz wird sowohl in Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch die kantonalen Steuern in derselben Rechtsschrift angefochten, was zulässig ist. Das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. zum ganzen Urteil 2C_479/2016 und 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1).
I. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Zum steuerbaren Reingewinn gehören unter anderem alle vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte (Art. 58 Abs. 1 lit. b fünftes Lemma DBG).
Nach der Rechtsprechung liegt eine verdeckte Gewinnausschüttung vor, wenn kumulativ die folgenden vier Voraussetzungen erfüllt sind: 1) die Gesellschaft tätigt eine Zuwendung, ohne dafür eine adäquate Gegenleistung zu erhalten; 2) die Zuwendung erfolgt an einen Aktionär oder an eine diesem nahestehende Drittperson; 3) die Leistung wäre zu diesen Bedingungen einem aussenstehenden Dritten nicht ausgerichtet worden; 4) Leistung und Gegenleistung stehen offensichtlich in einem Missverhältnis zueinander, so dass die Gesellschaftsorgane den aus der Leistung resultierenden Vorteil hätten erkennen können (vgl. BGE 140 II 88 E. 4.1 S. 92; 138 II 57 E. 2.2 S. 59 f.; 131 II 593 E. 5.1 S. 607; 119 Ib 116 E. 2 S. 119).
2.2. Die Steuerbehörden tragen die objektive Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen, während die steuerpflichtige Person diejenige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen trägt (BGE 133 II 153 E. 4.3 S. 158). Aufgrund der steuermindernden Eigenschaft von Aufwänden obliegt die objektive Beweislast dafür, dass ihrer Leistung überhaupt eine Gegenleistung des Aktionärs bzw. des Gesellschafters gegenübersteht (und die Leistung ihren Ursprung nicht bloss in den engen persönlichen und wirtschaftlichen Beziehungen zwischen Gesellschaft und Leistungsempfänger hat), der steuerpflichtigen Gesellschaft, wobei dieser Nachweis durch die erfolgswirksame Verbuchung eines Aufwandpostens in einer formell ordnungsgemäss geführten Buchhaltung als erbracht anzusehen ist (Massgeblichkeit der Handelsbilanz; BGE 137 II 353 E. 6.2 S. 359 f.). Ist von der grundsätzlichen Massgeblichkeit der Handelsbilanz auszugehen, trägt die Steuerverwaltung die Beweislast dafür, dass die Gegenleistung nicht angemessen ist. Hat die Steuerverwaltung ein solches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung dargetan, so ist es Sache der steuerpflichtigen Gesellschaft, die damit begründete Vermutung zu entkräften und den objektiven Zusammenhang des Aufwandpostens mit der Unternehmenstätigkeit zu beweisen; misslingt dieser Beweis, trägt die steuerpflichtige Gesellschaft die Folgen der Beweislosigkeit (Urteile 2C_51/2016 und 2C_52/2016 vom 10. August 2016 E. 2.1; 2C_30/2010 vom 19. Mai 2010 E. 2.3).
3.
Zwischen den Parteien ist streitig, ob die Abschreibung der Darlehen an die B._ AG bzw. C._ AG als verdeckte Gewinnausschüttung zu qualifizieren ist. Die Beschwerdeführerin bringt vor, dass die B._ AG bzw. C._ AG nicht als ihr bzw. ihrem Anteilsinhaber nahestehende Personen betrachtet werden könnten.
3.1. Das Darlehen einer Aktiengesellschaft an ihren Aktionär oder eine ihm nahestehende Person stellt im Sinne der dargelegten Rechtsprechung (vgl. vorne E. 2.1) eine verdeckte Gewinnauschüttung dar, wenn die Gesellschaft das Darlehen nur aus dem Grund überhaupt gewährt oder es bloss deshalb in einer bestimmten Höhe und zu den konkreten Bedingungen zugestanden hat, weil der Darlehensnehmer Beteiligungsinhaber oder eine diesem nahestehende Person ist (BGE 138 II 57 E. 3 S. 60). Es ist einer Aktiengesellschaft grundsätzlich unbenommen, auch ihrem Alleinaktionär (oder einer ihm nahestehenden Person) ein Darlehen in dem Umfang und zu den Bedingungen zu gewähren, in deren Genuss auch ein unbeteiligter Dritter unter gleichen Umständen gekommen wäre (sog. Prinzip des "dealing at arm's length"). Dabei wird - unter Berücksichtigung aller konkreten Umstände des abgeschlossenen Geschäfts - geprüft, ob die zu beurteilende Leistung im Vergleich zu üblichem und marktgerechtem Geschäftsgebaren als derart ungewöhnlich einzustufen ist, dass sie (so) nicht erbracht worden wäre, wenn der Leistungsempfänger der Gesellschaft oder dem Anteilsinhaber nicht nahestehen würde (BGE 138 II 57 E. 2.3 und 3.1 S. 60). Dies gilt unabhängig davon, ob das Darlehen von Anfang an als simuliert einzustufen und mit dessen Rückerstattung von Beginn weg nicht zu rechnen ist oder weil die Gesellschaft gegenüber ihrem Anteilsinhaber oder der ihm nahestehenden Person erst im Nachhinein auf die Rückerstattung des Darlehens verzichtet (BGE 138 II 545 E. 3.2 S. 549).
3.2. Als dem Beteiligungsinhaber nahestehend betrachtet die Praxis eine natürliche oder juristische Person, die zum beherrschenden Beteiligungsinhaber enge wirtschaftliche oder persönliche, beispielsweise verwandtschaftliche Beziehungen unterhält (BGE 138 II 545 E. 3.4 S. 551; Urteil 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.3.2). Solche wirtschaftlichen oder persönliche Verbindungen können durch die Einflussnahme des beherrschenden Gesellschafters auf den Dritten (z.B. durch ein Zusammenwirken finanzieller oder persönlicher Beziehungen zum Dritten) entstehen (vgl. PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMANN, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 3. Aufl., 2017, N 275 zu Art. 58). Dabei ist stets anhand einer Gesamtbetrachtung zu entscheiden, ob der Empfänger der Leistung als nahestehende Person zu qualifizieren ist. Das Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung (Drittvergleich) ist dabei lediglich ein Indiz dafür, dass die Leistung an eine nahestehende Person erfolgt ist (Urteil 2C_414/2012 vom 19. November 2012 E. 6.1).
3.2.1. Das Verwaltungsgericht hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass D.E._ im massgebenden Zeitraum Alleinaktionär der Beschwerdeführerin war. Zwischen 13. September 2012 und 24. Oktober 2016 war er zudem einziges Mitglied des Verwaltungsrats mit Einzelunterschrift, nachdem in den Jahren zuvor sein Vater F.E._ diese Funktion zuerst allein und danach mit ihm gemeinsam ausgeübt hatte, jeweils ebenfalls mit Einzelunterschrift. In den Jahren 2012 und 2013 war D.E._ zudem einziges Verwaltungsratsmitglied der C._ AG, wobei sein Vater eine Minderheitsbeteiligung von 2 % hielt, nachdem er zuvor Alleinaktionär gewesen war. Die C._ AG wiederum war mit 50 % an der B._ AG beteiligt, deren Geschäftsführer F.E._ war.
3.2.2. Vor diesem Hintergrund kann keine Rede davon sein, dass zwischen der Beschwerdeführerin bzw. ihrem Alleinaktionär einerseits und der B._ AG bzw. C._ AG andererseits keine besonders enge Verflechtung bestanden habe. Im Gegenteil haben der Alleinaktionär D.E._ bzw. sein Vater einen massgeblichen Einfluss auf die C._ AG und die B._ AG ausüben können, und zwar nicht nur indirekt über die beteiligungsrechtlichen Verhältnisse, sondern auch aufgrund ihrer Mandate als Verwaltungsrat bzw. Geschäftsführer. Der Einwand der Beschwerdeführerin, dass die Darlehen letztlich für die Firma G._, bestimmt gewesen seien, ist unbehelflich. Die Vorinstanz hat verbindlich festgehalten, dass als Darlehensnehmerinnen ausschliesslich die C._ AG bzw. B._ AG aufgetreten und zur Rückzahlung verpflichtet gewesen seien. Ebenso geht der Einwand der Beschwerdeführerin fehl, es fehle an einer beteiligungsrechtlichen Beziehung zwischen ihr und der B._ AG, C._ AG oder der Firma G._. Bei der verdeckten Gewinnausschüttung wird nicht vorausgesetzt, dass der Leistungsempfänger selber mit der leistenden Gesellschaft beteiligungsrechtlich verknüpft ist. Vielmehr genügt es, wenn der Leistungsempfänger dem Beteiligungsinhaber der leistenden Gesellschaft nahe steht, was angesichts der vorher dargelegten persönlichen Verflechtung zutrifft. Damit können weder die B._ AG noch die C._ AG als unbeteiligte Drittgesellschaften qualifiziert werden.
3.3. Dass die übrigen Voraussetzungen einer verdeckten Gewinnausschüttung (vgl. vorne E. 2.1) nicht erfüllt sind, wird von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert behauptet und ist auch nicht ersichtlich. Der blosse Hinweis der Beschwerdeführerin, dass die Darlehen ausschliesslich aus betriebswirtschaftlichen Erwägungen gewährt worden seien - unter Verweisung auf diverse Dokumente der Firma G._ - ist unbehelflich. Wie erwähnt ist die Firma G._ nicht am Darlehensvertrag beteiligt und damit gegenüber der Beschwerdeführerin auch nicht rückerstattungspflichtig gewesen. Mit den vorinstanzlichen Erwägungen, wonach sich die B._ AG bereits im Zeitpunkt der Darlehensgewährung in schwierigen finanziellen Verhältnissen befunden habe, was F.E._ gewusst habe, und ein Jahr später überschuldet gewesen sei (vgl. E. 6 des angefochtenen Entscheids), setzt sich die Beschwerdeführerin nicht näher auseinander. Ebenso unterlässt die Beschwerdeführerin jegliche Auseinandersetzung mit den ausführlichen Erwägungen der Vorinstanz, dass und weshalb auch beim Darlehen an die C._ AG auf ein zumindest nachträglich simuliertes Darlehen geschlossen werden müsse (vgl. E. 7 des angefochtenen Entscheids). Damit ist die vorinstanzliche Annahme, dass diese Darlehen einem Drittvergleich nicht standhalten und die Abschreibungen als verdeckte Gewinnausschüttungen zu qualifizieren sind, nicht zu beanstanden. Die steuerliche Aufrechnung der abgeschriebenen Darlehen ist damit zu Recht erfolgt.
4.
Die Beschwerdeführerin wendet sich auch gegen die Aufrechnung in Höhe von Fr. 70'000.-- im Zusammenhang mit dem Kauf von Immaterialgüterrechten von der B._ AG, nachdem die Vorinstanzen die erworbenen Rechte als Nonvaleur qualifiziert haben.
4.1. Die Beschwerdeführerin erwarb am 27. Dezember 2013 von der B._ AG verschiedene Immaterialgüterrechte zum Preis von Fr. 160'000.--, wobei sie Fr. 70'000.-- sofort bezahlte. Bereits am 31. Dezember 2013 - und damit vier Tage später - schrieb sie die Rechte im Umfang von Fr. 30'000.-- ab und aktivierte sie mit lediglich Fr. 40'000.-- in ihrer Bilanz. Vor dem Hintergrund, dass die Beschwerdeführerin die Zahlung an die B._ AG und damit an eine ihrem Anteilsinhaber nahestehende Person leistete (vgl. vorstehend E. 3.2), die B._ AG im fraglichen Zeitpunkt überschuldet sowie auf Sanierungsbeiträge angewiesen war und die Beschwerdeführerin im Geschäftsjahr zuvor gegenüber der B._ AG auf die Rückzahlung eines Darlehens in der Höhe von Fr. 260'000.-- verzichtet hatte, liegt auch angesichts der sofortigen massiven Abschreibung die Vermutung nahe, dass mit einem übersetzten Kaufpreis eine verdeckte Gewinnausschüttung vorgenommen wurde und die erworbenen Rechte keinen oder einen nur geringen Wert aufgewiesen haben.
4.2. Damit obliegt es der Beschwerdeführerin, diese Vermutung zu entkräften (vgl. vorne E. 2.2). Sie unterlässt es indessen auch im bundesgerichtlichen Verfahren, die Umstände des Kaufes - gerade im Hinblick auf ihren Gesellschaftszweck - und die sofortige Abschreibung der Immaterialgüterrechte näher zu erläutern. Weder aus dem Kaufvertrag noch aus der Dokumentation der übertragenen Immaterialgüterrechte oder den unbestrittenen Patentanmeldungen können Schlüsse betreffend die Werthaltigkeit der erworbenen Rechte gezogen werden, was die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat. Hinzu kommt, dass die von der Beschwerdeführerin zum Nachweis der Werthaltigkeit angeführten Dokumente hauptsächlich aus dem Jahr 2014 oder später stammen und damit nicht ohne weiteres Aufschluss über den Wert im Geschäftsjahr 2013 geben können. Vermag die Beschwerdeführerin somit die Vermutung nicht zu entkräften, dass die Immaterialgüterrechte keinen Wert besessen haben und der Kauf einem Drittvergleich nicht standhält, hat sie die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen. Die Vorinstanz ist deshalb zu Recht davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin mit dem Kauf der Immaterialgüterrechte eine verdeckte Gewinnausschüttung vorgenommen hat. Die Aufrechnung erweist sich als rechtmässig.
II. Kantonssteuern
5.
Die massgeblichen Bestimmungen des Steuergesetzes des Kantons St. Gallen vom 9. April 1998 (StG/SG; 811.1) zur Gewinnermittlung (Art. 82 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 StG/SG) stimmen mit Art. 24 Abs. 1 lit. a StHG und den Vorschriften des DBG überein. Folglich kann auf die vorstehenden Ausführungen verwiesen werden. Auch bei den Kantonssteuern erweisen sich die Aufrechnungen als rechtmässig.
6.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2012 und 2013 abgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Kantonssteuern 2012 und 2013 abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung III, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger