Faits :
A.
Les 5 septembre 2008 et 4 février 2009, la société A._Sàrl (ci-après: la société) a requis auprès du département cantonal genevois compétent (actuellement: le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie - DALE) deux autorisations de construire visant la réalisation de 20 et 15 villas sur des parcelles situées à Chancy, dans le périmètre d'un plan localisé de quartier (PLQ). Par décisions des 17 et 24 juin 2010, le département a délivré les autorisations de construire en se fondant sur les accords donnés le 6 mai précédent par l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (OCLPF) fixant notamment le montant des prix de vente (27'066'693 fr. pour l'ensemble de la promotion), compte tenu d'un prix du terrain fixé à 531 fr. par m2. Deux accords provisoires de vente ont ensuite été accordés par l'OCLPF sur la base de plans financiers déterminant le prix de revient en fonction du prix du terrain, des frais de construction et d'aménagement et des honoraires, et fixant une marge de bénéfices et risques de 18%.
En vue de la délivrance de l'accord de vente définitif, l'OCLPF a constaté que les montants payés pour le terrain et les honoraires ne respectaient pas les montants admis dans les plans financiers. Les divers aménagements exigés (douches et rangements supplémentaires) ainsi que les places de parking devaient être inclus dans le prix de revient et ne pouvaient être facturés en sus des prix de vente autorisés.
Par décision du 2 février 2015, l'OCLPF a délivré l'accord définitif de vente. Celui-ci comporte un prix de revient d'ensemble (y compris la marge de bénéfice et risque) inférieur à celui mentionné par la société (soit 24'901'232 fr. au lieu de 26'272'732 fr.), les postes liés au prix du terrain et au contrat d'entreprise générale ayant été diminués. Un tableau indique le prix de vente admis pour chaque villa.
Les acquéreurs des 35 villas, regroupés en association, ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (TAPI), demandant que les surcoûts mis à leur charge (frais liés à des procédures d'hypothèques légales en raison de la faillite de la société d'entreprise générale, coûts relatifs aux drainages défectueux) soient déduits de la marge de bénéfice et risques. La société a elle aussi recouru en relevant qu'elle n'avait pas pu produire de plan financier définitif, en estimant que le prix du terrain ne pouvait être contrôlé par l'Etat et en relevant que les villas avaient été vendues à un prix inférieur à celui autorisé.
B.
Par jugement du 13 décembre 2016, le TAPI a admis partiellement le recours de la société et renvoyé la cause au DALE pour nouvelle décision. L'art. 5 de la loi générale sur les zones de développement (LGZD, RS/GE L 1 35) constituait une base légale permettant la fixation du prix du terrain par voie de directives, lesquelles ne faisaient que définir les éléments de la loi. La société avait produit en cours de procédure, le 29 février 2016, un plan financier définitif dont certains postes avaient été admis. Le recours formé par les acquéreurs a été rejeté: le contrôle institué par la LGZD ne permettait pas d'obtenir réparation des défauts de construction ou des frais liés aux hypothèques légales, questions qui relevaient du droit privé.
C.
Par arrêt du 31 octobre 2017, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise a partiellement admis le recours de la société. Les décisions du 6 mai 2010 étaient définitives s'agissant des plans, et notamment du prix maximum pour le terrain. Dans le cadre de l'accord définitif de vente, seules les différences de coûts effectifs de construction pouvaient être prises en compte sur la base de justificatifs; le droit d'être entendu de la société avait de toute façon pu être exercé - ou sa violation être réparée - devant le TAPI. Le prix du terrain constituait un élément essentiel du prix de revient des logements, de sorte que son contrôle était conforme à l'art. 5 LGZD; le promoteur ne pouvait augmenter ce prix dans son plan financier en y intégrant des frais supplémentaires à ceux autorisés. Le montant de 823'771 fr. avait été écarté à juste titre puisqu'il ne figurait pas dans les plans financiers intermédiaires et qu'il s'agissait de prestations d'architecte déjà comprises dans le contrat d'entreprise générale. La déduction pour les équipements non réalisés (douches et rangements) était également justifiée; en définitive, les différents montants retenus ou écartés par le TAPI ont été confirmés, mais la Chambre administrative a modifié elle-même les montants figurant dans l'accord définitif du 2 février 2015, sans renvoi de la cause au Département. Le recours des acquéreurs a par ailleurs été rejeté, les griefs soulevés relevant des rapports de droit privé.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._Sàrl demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et d'annuler la décision du 2 février 2015, subsidiairement de renvoyer la cause à la Chambre administrative pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt, sans autres observations. Les intimés (parmi lesquels les consorts C-D._, qui n'ont toutefois pas participé à la procédure devant l'instance cantonale et ne sauraient dès lors se constituer comme parties dans la présente procédure) concluent au rejet du recours. L'OCLPF conclut également au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Les parties ont renoncé à des observations supplémentaires.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.1. La recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme une diminution du prix de vente autorisé. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
1.2. Au contraire du jugement du TAPI qui comportait un renvoi au département pour nouvelle décision, l'arrêt attaqué statue définitivement sur le prix de vente approuvé et constitue donc une décision finale au sens de l'art. 90 LTF.
Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant l'art. 105 al. 2 LTF, la recourante estime que l'état de fait de l'arrêt attaqué devrait être complété sur deux points: d'une part, les actes de vente auraient été passés entre les acquéreurs et les propriétaires du terrain, la recourante n'y figurant que comme intervenant; d'autre part, le prix de vente comportait le prix du terrain et les honoraires de mise en valeur payés à la recourante, avec un contrat d'entreprise générale.
2.1. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 139 II 404 consid. 10.1 p. 444; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
2.2. En l'occurrence, la recourante présente certains faits, mais omet d'indiquer en quoi ceux-ci auraient été arbitrairement méconnus, et n'indique pas quelle serait la pertinence de ces faits sur l'appréciation juridique retenue. A défaut d'un grief suffisamment développé, il n'y a pas lieu de procéder au complément voulu par la recourante. Au demeurant, comme on le verra ci-dessous (consid. 4), la question des parties à la vente du terrain et au contrat d'entreprise n'est pas pertinente pour l'issue de la cause.
3.
Invoquant la garantie de la propriété et la liberté économique (art. 26 al. 1 et 27 Cst.), la recourante soutient que l'art. 5 al. 3 LGZD ne permet que le contrôle des prix et des loyers des bâtiments en zone de développement, et non le prix du terrain lui-même; en l'occurrence, les prix maximum fixés pour les logements ont été respectés de sorte que le contrôle du terrain ne reposerait sur aucune base légale. La recourante critique aussi la pratique consistant à remettre en cause l'accord provisoire de vente dans le cadre du plan financier définitif; cette pratique ne reposerait pas non plus sur une base légale suffisante et violerait le principe de la proportionnalité puisqu'elle pourrait aussi s'appliquer au détriment des acquéreurs.
3.1. La garantie de la propriété et la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. ne sont pas absolues. Comme tout droit fondamental, elles peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst., soit notamment en vertu d'une base légale. Dans le cadre de l'examen de l'existence de cette base légale, les griefs de violation de la garantie de la propriété et d'atteinte à la liberté économique se confondent généralement (cf. ATF 111 Ia 23 consid. 4a p. 29); ils peuvent être examinés ensemble (arrêt 1C_496/2012 du 12 février 2013 in SJ 2013 I 492). Lorsque l'atteinte est grave, outre que la base légale doit être une loi au sens formel, celle-ci doit être claire et précise (ATF 140 I 168 consid. 4 p. 170; 119 Ia 362 consid. 3a p. 366; 115 Ia 333 consid. 2a p. 336). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (ATF 140 I 168 consid. 4 p. 170; 135 III 633 consid. 4.3 p. 637; 131 I 333 consid. 4.2 p. 340). En cas d'atteinte grave, le Tribunal fédéral examine librement la légalité de la mesure de protection (ATF 126 I 219 consid. 2c p. 222 et les arrêts cités). Si la restriction n'est pas grave, il se borne à examiner si la juridiction cantonale a interprété de manière arbitraire la norme invoquée comme base légale (cf. ATF 130 I 360 consid. 1.2 p. 362; 126 I 213 consid. 3a p. 218, 126 I 219 consid. 2c p. 221 et les arrêts cités).
3.2. Bien que la recourante n'aborde pas cette question, on ne saurait voir dans le contrôle du prix du terrain ou dans le réexamen du prix de vente dans le cadre du plan financier définitif des atteintes graves aux droits constitutionnels précités. Le contrôle de l'Etat sur le prix des logements constitue en effet une contrepartie au droit de construire en zone de développement, après déclassement du terrain et adoption préalable d'un plan localisé de quartier. Le promoteur ne se trouve ainsi nullement privé d'un attribut essentiel de son droit de propriété. Faute d'une atteinte grave, l'existence d'une base légale doit être examinée sous l'angle restreint de l'arbitraire.
3.3. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous cet angle, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible. En outre, pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 113 consid. 7.1 p. 124).
3.4. L'art. 5 LGZD est intitulé "Besoins d'intérêt général". Il prévoit notamment que les bâtiments d'habitation destinés à la vente, quel que soit le mode d'aliénation, doivent répondre par le nombre, le type et le prix des logements prévus, à un besoin prépondérant d'intérêt général (al. 1 let. b). Des garanties doivent être fournies pour assurer le respect des restrictions dont l'autorisation de construire est assortie (let. d). Selon l'alinéa 2 de cette disposition, les plans techniques et financiers, notamment les normes applicables au plan de vente et aux réserves pour entretien, doivent être préalablement agréés par le département. Toute modification qui intervient en cours de construction doit être signalée et faire, le cas échéant, l'objet d'un nouvel agrément. La loi prévoit ainsi clairement un contrôle des prix de vente (al. 3) afin que les logements correspondent à un besoin d'intérêt général en évitant notamment la spéculation sur le prix des terrains.
Selon l'art. 13 al. 1 du règlement d'application de la LGZD (RGZD, RS/GE L 1 35), le requérant doit fournir, avec la demande d'autorisation de construire: a) l'estimation du prix de revient de l'opération; b) les modalités du financement et de son coût; c) le plan financier d'exploitation. Le requérant peut en outre être astreint à fournir tous renseignements complémentaires et à produire toutes pièces justificatives nécessaires à l'application de la loi et du présent règlement (al. 2). A juste titre, la recourante ne prétend pas que cette disposition d'exécution irait au-delà de ce que prévoit la loi, dès lors que cette dernière ne pose pas de critère précis permettant d'apprécier le caractère admissible du prix de vente. Dans l'estimation par le requérant du prix de revient de la promotion, le prix du terrain constitue le premier poste. C'est donc sans arbitraire que les instances cantonale ont estimé que le contrôle étatique devait aussi se rapporter à cet élément essentiel.
3.5. La loi prévoit expressément qu'après l'approbation du PLQ permettant l'application des règles sur la zone de développement, le requérant présente un plan financier (art. 4 LGZD). L'art. 25 al. 1 RGZD renvoie aux dispositions du règlement d'application de la loi générale sur le logement et la protection des locataires (RGL, RS/GE I 4 05.01) s'agissant notamment de la procédure (art. 66 ss RGL). La recourante n'indique nullement en quoi un tel renvoi serait inadmissible, la cour cantonale ayant pris soin de préciser qu'il y a lieu de tenir compte, dans l'application par analogie de la réglementation, des différences entre logements destinés à la vente et à la location. Le requérant doit dès lors présenter tous les justificatifs requis concernant le prix du terrain et les frais d'acquisition éventuels (art. 67 let. j RGL). Si l'autorité accepte la demande préliminaire, elle rend un accord de principe qui permet la mise au bénéfice de la loi (art. 68 RGL). Le bénéficiaire de l'accord de principe doit présenter une demande au service compétent (art. 75 al. 1 RGL). Il doit fournir notamment un plan financier définitif complet ainsi que tous les justificatifs requis concernant le prix de revient définitif de l'opération (art. 76 let. b et c RGL). Avant la décision définitive, le requérant peut conclure des ventes, pour autant que l'autorité donne son accord provisoire (art. 73 al. 1 RGL par analogie avec la mise en location provisoire), sur la base également d'un plan financier et de pièces à l'appui (art. 74 RGL). Il apparaît ainsi clairement que plusieurs décisions doivent être successivement rendues au gré de l'avancement du projet (accord de principe, autorisation provisoire et définitive de vente) et en fonction de l'évolution des coûts de la construction, mais dans le respect des plafonnements fixés dans l'accord de principe initial; l'argument selon lequel le promoteur pourrait, en cas de dépassement selon le plan financier définitif, réclamer la différence aux acquéreurs, est ainsi mal fondé. La procédure suivie en l'espèce repose dès lors sur une base légale suffisante.
3.6. La recourante reprend également en vain son argumentation fondée sur l'art. 78 LGL. La cour cantonale a en effet laissé indécise la question de savoir si une discussion préalable devait avoir lieu avec le promoteur avant l'accord définitif de vente; elle a considéré que la recourante avait été invitée à présenter un plan financier définitif, mais que sa représentante n'avait pas réagi malgré plusieurs rappels. De toute façon, la recourante avait pu produire son propre projet de plan financier durant la procédure devant le TAPI, instance qui disposait d'un plein pouvoir d'examen; une éventuelle violation du droit d'être entendu avait pu être réparée à ce stade. Ces considérations sont conformes à la jurisprudence qui permet de guérir une éventuelle violation du droit d'être entendu en procédure de recours (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 p. 226).
4.
Invoquant la force dérogatoire du droit fédéral, la recourante estime que l'obligation de rembourser les acquéreurs serait contraire aux dispositions du droit civil dans la mesure où les vendeurs du terrain ont reçu l'intégralité du prix et où l'entreprise a également été payée.
4.1. Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (ATF 143 I 109 consid. 4.2.2 et la jurisprudence citée).
4.2. De même que le contrôle des loyers, le contrôle du prix de vente des logements construits en zone de développement n'est en principe pas contraire aux règles du droit civil fédéral qui régissent la vente (ATF 116 Ia 401; 113 Ia 126). La recourante était tenue par les plafonnements par postes ressortant des décisions qui ont été rendues en sa faveur, en contrepartrie desquels la recourante était autorisée à percevoir une marge de bénéfice et risques de 18%. Ainsi, même si elle n'était pas partie aux contrats de vente du terrain et d'entreprise générale, la recourante était liée par les décisions dont elle était destinataire et qu'elle n'a pas contestées. Le grief est manifestement mal fondé.
4.3. Il en va de même du grief d'arbitraire formulé en rapport avec l'obligation de rembourser les acquéreurs; dans la mesure où cette obligation se rapporte au trop-perçu par rapport au plan financier définitif, cette obligation est conforme aux décisions déjà rendues ainsi qu'au but même de la loi. Elle ne saurait être qualifiée d'arbitraire. Les considérations de la cour cantonale à l'appui du rejet du recours des acquéreurs sont sans pertinence dans ce cadre puisqu'elles portent sur des points (frais de procédures relatives aux hypothèques légales et responsabilité contractuelle des intervenants) qui ne faisaient pas en tant que tel objet du contrôle de l'Etat.
5.
Invoquant encore l'arbitraire, la recourante se plaint de ce que la cour cantonale aurait indûment limité son pouvoir d'appréciation, tout en statuant sur le fond alors que le TAPI avait renvoyé la cause au Département, la privant également d'un degré de juridiction. La recourante n'indique toutefois par en vertu de quelle disposition du droit cantonal l'instance précédente devait disposer d'un libre pouvoir d'appréciation. En définitive, la cour cantonale a confirmé les calculs de l'OCLPF ainsi que les modifications apportées par le TAPI; elle a considéré que le plan financier définitif pouvait être modifié directement, sans qu'il soit nécessaire de renvoyer la cause au département, et c'est sur ce seul point que le recours a été considéré comme admis puisqu'il impliquait une modification du dispositif de l'instance précédente. On ne voit dès lors pas en quoi résiderait l'arbitraire dont se plaint la recourante.
6.
La recourante considère enfin que les calculs et raisonnements de la cour cantonale seraient faux; elle estime avoir le droit de faire figurer dans le plan financier définitif les droits de mutation et d'acquisition ainsi que la rémunération des promoteurs, dans la mesure où ces montants ne pouvaient être intégrés dans le prix d'acquisition du terrain. Il serait aussi erroné d'affirmer que les honoraires d'architecte seraient contenus dans les contrats d'entreprise. La déduction de 487'000 fr. pour les équipements non réalisés serait également choquante dès lors que les contrats d'entreprise ne comprenaient pas ces équipements. Enfin, la somme de 640'000 fr. versée directement aux acquéreurs devrait être prise en compte puisqu'il s'agit d'une dépense effective.
Comme le rappelle la cour cantonale, le prix de vente ressortant des accords provisoires constitue un plafond qui ne peut être dépassé. C'est donc à juste titre qu'il a été ramené au montant autorisé par l'OCLPF et la recourante se plaint en vain, comme on l'a vu, de ce qu'un contrôle du prix du terrain ne serait pas possible. Les frais d'acquisition et de mutation ont été admis par le TAPI et la cour cantonale. Le montant de 823'771 fr. (poste 114, "autorisations et divers") représentait selon la recourante la rémunération des promoteurs; il n'était toutefois pas mentionné dans les plans financiers intermédiaires et les instances précédentes ont considéré que les honoraires de promotion figuraient déjà sous le poste 16 voire, selon la cour cantonale, dans la marge de bénéfices et risques. Faute notamment pour la recourante d'expliquer les raisons pour lesquelles le montant en question ne figurait pas dans les plans financiers intermédiaires, ces considérations ne sauraient être qualifiées d'arbitraire. Il en va de même pour la déduction des montants correspondant aux équipements non réalisés, dès lors que les plans déposés, qui liaient le promoteur, prévoyaient les équipements en question. Enfin, la recourante juge "incompréhensible" le fait que la somme de 640'000 fr. versée directement aux acquéreurs ne soit pas prise en compte. Les instances cantonales ont toutefois expliqué que ce montant, versé à bien plaire, ne faisait pas non plus partie du plan financier et ne correspondait à aucun élément du prix de revient. Cela suffit pour exclure, sans arbitraire, sa prise en compte.
7.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Une indemnité de dépens, également à la charge de la recourante, est allouée aux intimés B._ et consorts, qui ont procédé avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de dépens de 8'000 fr. est allouée aux intimés B._ et consorts, à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 24 janvier 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Kurz