Sachverhalt:
A.
A.a. Das Landgericht Uri verurteilte X._ am 24. Oktober 2012 wegen versuchten Mordes, Gefährdung des Lebens und mehrfacher Widerhandlung gegen das Waffengesetz zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren und einer Busse von Fr. 1'000.--. Zudem widerrief es den bedingten Vollzug der mit Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 17. Juli 2009 bedingt ausgesprochenen Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 50.--. Die Genugtuungsforderung von A._ hiess es im Umfang von Fr. 10'000.-- (zzgl. Zins) und diejenige von B._ im Umfang von Fr. 500.-- (zzgl. Zins) gut. Zudem sprach es der D._-Versicherung Fr. 15'382.75 Schadenersatz zu. Die Schadenersatzforderung von A._ verwies es auf den Zivilweg. Gegen das Urteil vom 24. Oktober 2012 erhoben X._ und A._ Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung.
A.b. Das Obergericht des Kantons Uri sprach X._ am 11. September 2013 des versuchten Mordes, der versuchten Tötung und der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 15 Jahren sowie einer Busse von Fr. 1'000.--. Es widerrief den bedingten Vollzug der Geldstrafe gemäss Urteil vom 17. Juli 2009 und sprach A._ eine Genugtuung von Fr. 25'000.-- (zzgl. Zins) zu. Im Übrigen bestätigte es im Zivilpunkt das erstinstanzliche Urteil.
A.c. Das Bundesgericht hiess am 10. Dezember 2014 die von X._ gegen das Urteil vom 11. September 2013 erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_529/2014).
A.d. Mit Urteil vom 18. April 2016 erklärte das Obergericht des Kantons Uri X._ der Gefährdung des Lebens und der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz schuldig. Von den Vorwürfen des versuchten Mordes und des Übertragens einer Waffe an einen Staatsangehörigen, der keine Waffe erwerben darf, sprach es ihn frei. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 28 Monaten, zu einer Geldstrafe von 80 Tagessätzen zu Fr. 10.-- sowie einer Busse von Fr. 900.-- und widerrief den bedingten Vollzug der Geldstrafe gemäss Urteil vom 17. Juli 2009. Die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung von A._ und die Schadenersatzforderung der D._-Versicherung verwies es auf den Zivilweg. Die Genugtuungsforderung des zwischenzeitlich verstorbenen B._ hiess es im Umfang von Fr. 500.-- (zzgl. Zins) gut. Gegen dieses Urteil erhoben sowohl die Staatsanwaltschaft als auch A._ und X._ Beschwerde in Strafsachen.
A.e. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde der Staatsanwaltschaft am 10. April 2017 teilweise gut und wies sie im Übrigen ab, soweit darauf einzutreten war. Die Beschwerde von A._ hiess es gut, soweit darauf einzutreten war. Es hob das Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 18. April 2016 teilweise auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Die Beschwerde von X._ wies es ab, soweit darauf einzutreten war (Urteil 6B_824/2016, 6B_844/2016, 6B_946/2016 und 6B_960/2016 vom 10. April 2017).
B.
Das Obergericht des Kantons Uri fällte am 22. Januar 2018 ein neues Urteil. Es stellte darin zunächst fest, dass die Schuldsprüche wegen mehrfacher Widerhandlung gegen das Waffengesetz (AKS 1.5-1.10) gemäss Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 11. September 2013 und wegen Gefährdung des Lebens gemäss Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 18. April 2016 in Rechtskraft erwachsen sind. Es erklärte X._ des versuchten Mordes, begangen am 12. November 2010 in Erstfeld, sowie der Widerhandlung gegen das Waffengesetz durch Übertragen einer Waffe an einen Staatsangehörigen, der keine Waffe erwerben darf, begangen zu einem Zeitpunkt zwischen dem 4. Januar 2010 und dem 12. November 2010 in Erstfeld oder anderswo, schuldig. Es verurteilte X._ für diese Taten sowie in Berücksichtigung der bereits in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche gemäss den Urteilen des Obergerichts des Kantons Uri vom 11. September 2013 und 18. April 2016 zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren, einer Geldstrafe von 70 Tagessätzen zu Fr. 30.-- sowie einer Busse von Fr. 800.-- und widerrief den bedingten Vollzug der Geldstrafe gemäss Urteil vom 17. Juli 2009. Bezüglich der Zivilforderungen von A._ und der D._-Versicherung bestätigte es sein Urteil vom 11. September 2013.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, er sei vom Vorwurf des versuchten Mordes sowie vom mit diesem Vorwurf zusammenhängenden Vorwurf der Widerhandlung gegen das Waffengesetz freizusprechen und die Angelegenheit sei zur Neufestsetzung des Strafmasses bezüglich der in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche sowie zur Neuregelung der Kostenfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er für die in Rechtskraft erwachsenen Schuldpunkte mit einer Freiheitsstrafe von 28 Monaten, einer Geldstrafe von 80 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und einer Busse von Fr. 900.-- zu bestrafen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer beanstandet in seiner Vorbemerkung, das Bundesgericht habe die Angelegenheit mit Urteil vom 10. April 2017 mit dem Auftrag an die Vorinstanz zurückgewiesen, die Beweise neu und diesmal willkürfrei zu würdigen. Die seinerzeitige vorinstanzliche Begründung des Freispruchs sei in der Tat extrem mangelhaft sowie in zentralen Punkten lückenhaft und widersprüchlich gewesen. Es sei daher nachvollziehbar, dass das Bundesgericht den Freispruch aufgehoben habe. Das angefochtene Urteil mache den Eindruck, die Vorinstanz habe sich von der falschen Prämisse leiten lassen, dass nach einer bundesgerichtlichen Aufhebung des Freispruchs zwingend ein Schuldspruch zu ergehen habe. Die Vorinstanz habe die Beweise nicht unvoreingenommen, sondern resultatorientiert gewürdigt, dies in der falschen Annahme, das Resultat sei vom Bundesgericht vorgegeben.
1.2. Das Bundesgericht verwarf im Urteil vom 10. April 2017 die Komplotttheorie des Beschwerdeführers (vgl. Urteil, a.a.O., E. 15.3.2). Im Übrigen ist jedoch zutreffend, dass es im erwähnten Entscheid keine abschliessende Beurteilung vornahm und der Vorinstanz nicht vorschrieb, wie sie die Beweise zu würdigen hatte. Es verlangte von der Vorinstanz vielmehr eine neue Beweiswürdigung und wies diese insbesondere an, ihren Entscheid nachvollziehbar zu begründen. Anhaltspunkte, dass die Vorinstanz den Bundesgerichtsentscheid vom 10. April 2017 falsch interpretierte und davon ausging, es müsse ein Schuldspruch ergehen, liegen nicht vor. Diese stellt denn auch keineswegs einfach auf angeblich verbindliche Vorgaben des Bundesgerichts ab. Sie nimmt für die Begründung ihres Entscheids vielmehr auf die Akten Bezug, wobei sie nach dem Bundesgerichtsurteil vom 10. April 2017 zusätzlich verschiedene Beweisergänzungen vornahm (vgl. angefochtenes Urteil E. 4.2 S. 16 ff.), welche sie ebenfalls in die Beweiswürdigung miteinfliessen liess (vgl. dazu auch hinten E. 2.10.1). Die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe sich von der falschen Annahme leiten lassen, es habe zwingend ein Schuldspruch zu ergehen, ist unbegründet.
2.
Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung.
2.1. Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 143 IV 500 E. 1.1 S. 503, 241 E. 2.3.1 S. 244). Willkür liegt vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (BGE 143 IV 241 E. 2.3.1 S. 244; 141 IV 369 E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von Art. 9 BV hinausgehende Bedeutung zu (BGE 143 IV 500 E. 1.1 S. 503; 138 V 74 E. 7 S. 82; Urteil 6B_804/2017 vom 23. Mai 2018 E. 2.2.3.3, zur Publikation vorgesehen).
Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 143 IV 500 E. 1.1 S. 503). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie z.B. im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 143 IV 347 E. 4.4 S. 354 f.; 142 III 364 E. 2.4 S. 368; 141 IV 369 E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
2.2. Die Vorinstanz hält für erwiesen, dass Y._ im Auftrag des Beschwerdeführers auf A._ schoss. Der Beschwerdeführer und Y._ hätten die Tat gemeinsam geplant. Der Beschwerdeführer habe bei Y._ nicht lediglich den Tatentschluss hervorgerufen. Er habe diesem vor der Tat auch ein Auto zur Auskundschaftung von A._ überlassen, diesem die Tatwaffe zur Verfügung gestellt und nach der Tatausführung dessen Rückführung organisiert (angefochtenes Urteil E. 8.5.3 S. 45 f.).
2.3.
2.3.1. Der Beschwerdeführer rügt zur Hauptsache, die Aussagen der Zeugin M._ hätten bei der Beweiswürdigung nicht berücksichtigt werden dürfen. Deren Hass auf Y._ sei belegt. Die Zeugin habe ihren Willen bekundet, Y._ zu zerstören. Sie habe bewusst falsche Aussagen gemacht, dies in der Absicht, eine Verurteilung von Y._ - und damit als Kollateralschaden notgedrungen auch von ihm (dem Beschwerdeführer) - zu bewirken.
2.3.2. Die Vorinstanz übergeht entgegen den weitschweifigen Ausführungen des Beschwerdeführers nicht, dass M._ gegenüber Y._ aus Eifersucht und enttäuschter Liebe Rachegedanken äusserte. Sie erwägt indessen willkürfrei, auf die Aussagen von M._ betreffend die Täterschaft von Y._ könne dennoch abgestellt werden. Es lägen keine Hinweise vor, dass sie ihr Tatwissen über den Ex-Freund der Beschwerdegegnerin 2, V._, aus den Strafverfahrensakten erlangt haben könnte (angefochtenes Urteil S. 31 f.). Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet, erschöpft sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik. Dieser stellt zwar den Verdacht in den Raum, das von der Zeugin M._ u.a. anlässlich der Einvernahme vom 28. Januar 2011 deponierte Tatwissen stamme nicht - wie von der Zeugin geltend gemacht - von Y._, sondern sei aus den der Rechtsanwältin der Beschwerdegegnerin 2 am 10. Januar 2011 zugestellten Akten über den Ex-Freund der Beschwerdegegnerin 2 zur Zeugin gelangt. Damit will der Beschwerdeführer die Glaubwürdigkeit von M._ infrage stellen. Konkrete Hinweise, dass es sich so zugetragen haben könnte, können der Beschwerde jedoch nicht entnommen werden. Teilweise entbehren die Ausführungen des Beschwerdeführers vielmehr gar jeder Logik. Dass V._ am 24. Februar 2011 um die Zeugenaussage von M._ vom 28. Januar 2011 wusste, obschon die Staatsanwaltschaft der Rechtsanwältin der Beschwerdegegnerin 2 die Verfahrensakten bereits am 10. Januar 2011 und danach erst wieder am 25. Februar 2011 zustellte, liesse sich z.B. einfach damit erklären, dass die Beschwerdegegnerin 2 und damalige Freundin von V._ an der erwähnten Einvernahme anwesend war (vgl. Akten Staatsanwaltschaft, act. 2/67/1). Nicht nachvollziehbar ist auf jeden Fall, weshalb der Umstand, dass V._ Kenntnisse von den Aussagen von M._ vom 28. Januar 2011 hatte, welche er nicht aus den Akten der Rechtsanwältin der Beschwerdegegnerin 2 haben konnte, ein Indiz dafür sein soll, dass die Zeugin M._ ihr Tatwissen über V._ aus den der Rechtsanwältin am 10. Januar 2011 zugestellten Verfahrensakten hatte (vgl. Beschwerde S. 33 f.). Der Beschwerdeführer behauptet denn auch nicht explizit, M._ selber habe V._ von ihren Aussagen vom 28. Januar 2011 erzählt. Er zeigt auch sonst nicht auf, welche Verbindung zwischen den beiden Personen bestanden haben könnte. M._ selber gab zu Protokoll, sie kenne V._, sie habe diesen jedoch nie mehr gesehen (Akten Staatsanwaltschaft, act. 2/89/1 S. 16; angefochtenes Urteil S. 31 f.).
2.3.3. M._ gab zudem an, Y._ habe ihr gesagt, er handle im Auftrag des Beschwerdeführers, welcher ihm Geld für die geplante Beseitigung der Beschwerdegegnerin 2 gebe. Die Vorinstanz legt in diesem Zusammenhang u.a. dar, es gebe keine Hinweise, dass M._ den Beschwerdeführer zu Unrecht belastet haben könnte, zumal sie mit diesem grundsätzlich gut ausgekommen sei. Die Aussage von M._, Y._ habe sich viel mit dem Beschwerdeführer getroffen, die Sache aus Angst vor einer Telefonüberwachung jedoch nicht am Telefon besprochen, werde auch durch die auffällig kurzen Telefonate zwischen Y._ und dem Beschwerdeführer gestützt. Die den Beschwerdeführer belastenden Aussagen von M._ seien im Kerngehalt durchaus nachvollziehbar und glaubhaft (angefochtenes Urteil S. 32 f.). Der Beschwerdeführer zeigt auch insofern nicht auf, was an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar sein könnte. Seine Kritik geht an der Sache vorbei, da einerseits davon ausgegangen werden muss, dass M._ in Bezug auf die Täterschaft von Y._ die Wahrheit sagte, und andererseits nicht ersichtlich ist, weshalb sie den Beschwerdeführer zu Unrecht hätte belasten sollen, nur weil sie Rachegedanken gegenüber einer anderen Person, nämlich Y._, hegte.
2.3.4. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers trifft es auch nicht zu, dass die Vorinstanz im Urteil vom 11. September 2013 nach einer Analyse der Aussagen von M._ noch zur Erkenntnis gelangte, darauf könne nicht abgestellt werden bzw. dass sie an der Glaubwürdigkeit von M._ zweifelte. Das Obergericht stufte die Glaubwürdigkeit von M._ im Urteil vom 11. September 2013 unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil vielmehr als relativ hoch ein und ihre Aussagen bezüglich der Täterschaft von Y._ als nachvollziehbar und glaubhaft (Urteil, a.a.O., E. 9.10.1 S. 66). Es verwarf zudem die Argumentation des Beschwerdeführers, die Erinnerungen von M._ betreffend der Gespräche mit Y._ vor der Tat würden auf einem "False Memory"-Effekt beruhen (Urteil, a.a.O., E. 9.10.2 f. S. 67). Die Aussagen von M._ betreffend des Auftrags des Beschwerdeführers an Y._ qualifizierte das Obergericht im Urteil vom 11. September 2013 als sehr vage. Es erwog dazu, gestützt auf den Inhalt dieser Aussagen auf eine Beauftragung zu schliessen, sei nicht ohne Weiteres möglich. Dies sei unabhängig von einem allfälligen "False Memory"-Effekt so, da die Aussagen inhaltlich zu wenig konkret seien (Urteil, a.a.O., E. 9.10.4 S. 67 f.). M._ sagte auch aus, der Beschwerdeführer habe ihr gegenüber angedeutet, die Beschwerdegegnerin 2 umbringen zu wollen. Das Obergericht führte dazu im Urteil vom 11. September 2013 aus, die Aussage, eine andere Person umzubringen, sei immer mit Vorsicht zu werten. Die Wertung einer solchen Andeutung sei äusserst schwierig. Im Nachhinein seien Rückschlüsse einfacher zu machen, da die entsprechende Tat ausgeführt worden sei. Vorliegend seien daher weniger die Zweifel an der Glaubwürdigkeit von M._ im Verhältnis zum Beschwerdeführer, oder die Frage, ob derartige Andeutungen gemacht wurden, ausschlaggebend, als vielmehr die übrigen Beweise und Indizien für eine Tatbeteiligung des Beschwerdeführers (Urteil, a.a.O., E. 9.10.6 S. 68 f.).
Daran hält die Vorinstanz auch im angefochtenen Entscheid fest. Das Obergericht entschied im Urteil vom 11. September 2013 nicht, die Aussagen von M._, wonach Y._ ihr gegenüber angedeutet bzw. gesagt habe, er handle im Auftrag des Beschwerdeführers, seien unglaubhaft oder beweisrechtlich irrelevant. Es wies lediglich darauf hin, dass alleine gestützt darauf eine Verurteilung des Beschwerdeführers nicht möglich sei. Weshalb die den Beschwerdeführer belastenden Aussagen von M._ gänzlich hätten unberücksichtigt gelassen werden müssen, ist nicht ersichtlich und zeigt der Beschwerdeführer auch nicht rechtsgenügend auf.
2.4. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz würdige auch die übrigen Indizien willkürlich bzw. aktenwidrig. So werte sie zu Unrecht die 59 Telefonkontakte zwischen ihm und Y._ in den sechs Monaten vor der Tat als belastendes Indiz. Dabei lasse sie unberücksichtigt, dass es sich bei den 59 Anrufen nur um einen kleinen Bruchteil der von ihm (mehrere Tausend) und Y._ (rund 4'000) in dieser Zeit insgesamt geführten Telefonate handle. In den 59 Kontakten seien zudem auch sämtliche Kontaktversuche, d.h. Anrufversuche eingerechnet, bei welchen keine Verbindung zustande gekommen sei.
Fraglich ist, was der Beschwerdeführer daraus zu seinen Gunsten ableiten will. Aufgrund der rückwirkenden Randdatenauswertung hat als erstellt zu gelten, dass dieser und Y._ in der Zeit vor der Tat öfters telefonischen Kontakt hatten, u.a. auch am 9. und 10. November 2010, wobei die Kontakte jeweils nur maximal 33 Sekunden dauerten. Die Vorinstanz stellt fest, es habe viele kurze Telefonate gegeben, welche der Beschwerdeführer und Y._ nicht glaubhaft hätten erklären können (angefochtenes Urteil E. 8.4.3 S. 33 f.). Der Beschwerdeführer setzt sich damit zu Unrecht nicht auseinander. Für die vorinstanzliche Würdigung war nicht die exakte Anzahl der Telefonate entscheidend, sondern dass der Beschwerdeführer und Y._ vor der Tat regelmässig telefonischen Kontakt hatten und dass sie falsche Gründe für die vielen und kurzen Telefongespräche angaben. Wie bereits erwähnt, bestätigen die vielen und kurzen Telefongespräche zudem die Aussage von M._, wonach sich Y._ oft persönlich mit dem Beschwerdeführer traf und die beiden die Angelegenheit, für welche sie sich trafen (d.h. die geplante Tat), nicht am Telefon besprachen. Unerheblich ist, dass die telefonischen Kontakte zwischen dem Beschwerdeführer und Y._ nur einen Bruchteil der von diesen insgesamt geführten Telefongespräche betrafen.
2.5.
2.5.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass für die Taten vom 4. Januar 2010 und 12. November 2010 die gleiche Tatwaffe verwendet worden sei, sei ein starkes Indiz gegen einen Mordauftrag und dafür, dass der Täter bewusst den Verdacht auf ihn habe lenken wollen. Niemand verschaffe einem Auftragsmörder eine Waffe, von der er wisse, dass er sofort damit in Verbindung gebracht werde. Es sei allgemein bekannt, dass man sofort feststellen könne, ob zwei an verschiedenen Tatorten gefundene Hülsen aus derselben Waffe stammen. Dafür brauche man entgegen der Vorinstanz die Waffe nicht. Entsprechend sei auch bereits am 15. November 2010 und damit lange vor dem Fund der Waffe bekannt gewesen, dass am 4. Januar 2010 und am 12. November 2010 die gleiche Waffe verwendet worden sei.
2.5.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe am 4. Januar 2010 mit der gleichen Waffe in die ungefähre Richtung von B._ geschossen, mit welcher Y._ am 12. November 2010 die Schüsse auf die Beschwerdegegnerin 2 abgefeuert habe. Die Waffe sei daher vom Beschwerdeführer zu Y._ gelangt, was als erheblich belastendes Indiz zu werten sei. Der Argumentation des Beschwerdeführers hält die Vorinstanz entgegen, dieser könnte das Risiko, dass die Waffe aufgrund von gefundenen Hülsen identifiziert werden könne, falsch eingeschätzt haben. Auch sei wohl kaum geplant gewesen, dass Y._ und die Waffe gefunden würden. Sicher sei es unklug von diesem gewesen, die Tatwaffe zu behalten. Darauf habe der Beschwerdeführer jedoch keinen Einfluss mehr gehabt (angefochtenes Urteil S. 36 f.).
2.5.3. Dass bereits der Vergleich der an den Tatorten aufgefundenen Patronenhülsen einen Zusammenhang zwischen den beiden Straftaten erkennen liess, mag zutreffen. Ein solcher Vergleich war jedoch nur möglich, weil am Tatort auch entsprechende Hülsen mit individuellen Spuren aufgefunden wurden. Der Beschwerdeführer behauptet in seiner Beschwerde nicht, er habe Kenntnis davon gehabt, dass nach der Tat vom 4. Januar 2010 eine Patronenhülse am Tatort sichergestellt wurde (siehe dazu bereits Urteil 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 15.3.2 mit Hinweis auf das Urteil des Obergerichts des Kantons Uri vom 18. April 2016 E. 13.4.4). Die Vorinstanz verfällt daher nicht in Willkür, wenn sie festhält, der Beschwerdeführer könnte das Risiko, anhand einer am Tatort vom 4. Januar 2010 aufgefundenen Patronenhülse mit der Tat vom 12. November 2010 in Verbindung gebracht zu werden, falsch eingeschätzt haben. Eine solche Verbindung zur Tat vom 4. Januar 2010 liess sich zudem nicht nur anhand der am Tatort vom 12. November 2010 ebenfalls aufgefundenen Patronenhülsen, sondern auch durch den Fund der Tatwaffe vom 12. November 2010 nachweisen. Zu überzeugen vermögen daher auch die übrigen Erwägungen der Vorinstanz, wonach nicht geplant war, dass Y._ und die Tatwaffe gefunden würden.
Der Beschwerdeführer war der frühere Besitzer der Tatwaffe, da er diese für die Tat vom 4. Januar 2010 zum Nachteil von B._ verwendete. Die Vorinstanz durfte dies ohne Willkür als ein den Beschwerdeführer erheblich belastendes Indiz werten. Die Verwendung der gleichen Tatwaffe ist klar ein belastendes und nicht etwa ein entlastendes Indiz, wie dies der Beschwerdeführer glauben machen will.
2.6.
2.6.1. Der Beschwerdeführer kritisiert zudem die Ausführungen der Vorinstanz zur von ihm veranlassten Rückführung von Y._ durch Q._. Die Vorinstanz erwägt, Q._ habe knapp vier Minuten Zeit gehabt, um aufzustehen, sich anzuziehen, in die Taverne hinunterzugehen, die Schlüssel für das Fahrzeug zu behändigen, die Barriere zu öffnen und mit Y._ wegzufahren. Sie stellt hierfür auf den Telefonanruf des Beschwerdeführers an Q._ ab, der um 01.00.15 Uhr stattfand, und das von der Polizei vor ihrem Eintreffen am Tatort um 01.04 Uhr gemachte Foto des wegfahrenden Fahrzeugs. Die Vorinstanz geht angesichts der widersprüchlichen Aussagen von Q._ zudem davon aus, dieser sei zumindest teilweise instruiert worden, was er aussagen solle. Eine Fluchtplanung, bei der Y._ nach der Tat in die Taverne zurückkehre, dort allenfalls vom Beschwerdeführer und vom Personal ein Alibi erhalte und innert Minuten von einem Chauffeur wie ein normaler Gast abgeholt und nach Hause gefahren werde, sei durchaus realistisch. Zur Vermeidung von Wiederholungen verweist die Vorinstanz auf das erstinstanzliche Urteil (angefochtenes Urteil E. 8.4.6 S. 37 f.).
2.6.2. Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, der Zeitpunkt der Aufnahme des wegfahrenden Fahrzeugs sei von der Polizei lediglich geschätzt worden. Es müsse daher mit erheblichen Ungenauigkeiten von mehreren Minuten bis zu zehn Minuten gerechnet werden. Damit falle das Argument der Vorinstanz, die Chauffeurdienste von Q._ hätten vorbereitet sein müssen, ins Wasser. Wäre dies der Fall gewesen, stelle sich zudem die Frage, warum Q._ überhaupt von ihm aufgeboten werden musste, da es sinnvoller und schneller gewesen wäre, wenn jener bereits in der Taverne bei einem Bier gewartet hätte. Im Übrigen sei unklar, warum die angebliche Geschwindigkeit, mit der Q._ zur Verfügung gestanden sei, für eine Tatbeteiligung sprechen solle. Gleichzeitig stehe fest, dass sich Y._ erst über 20 Minuten nach der Tat auf die Flucht gemacht habe und es offenbar daher doch nicht so schnell habe gehen müssen.
2.6.3. Der Beschwerdeführer legt nicht rechtsgenügend dar, weshalb die vorinstanzliche Würdigung willkürlich sein soll. Die Vorinstanz stellt nicht nur auf die kurze Zeitspanne zwischen dem Telefonanruf des Beschwerdeführers an Q._ und der Rückführung von Y._ ab, sondern auf die gesamten Umstände (Telefongespräch von lediglich sieben Sekunden, widersprüchliche Aussagen von Q._). Der Beschwerdeführer verhalf Y._ nach der Tat zur Flucht. Die Vorinstanz wertet dies nicht als Beweis für die Tatbeteiligung des Beschwerdeführers, sondern lediglich als eines von mehreren Indizien. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, Q._ hätte besser bereits in der Taverne gewartet, setzt er sich mit den Erwägungen der Vorinstanz, welche hierzu auf das erstinstanzliche Urteil verweist, nicht auseinander. Die Vorinstanz erachtet das Argument mit der ersten Instanz als nicht stichhaltig, da Q._ damit über das Vorhaben in Kenntnis hätte gesetzt werden müssen, was diesem nicht nachweislich angelastet werden könne. Zudem hätten selbst die Beteiligten den genauen zeitlichen Verlauf der Aktion nicht im Voraus gekannt (vgl. erstinstanzliches Urteil E. 4.6.2.2.9 S. 167 f.). Die Vorinstanz begründet zudem willkürfrei, weshalb es durchaus plausible Gründe gab, dass Y._ den Tatort nach der Tat nicht fluchtartig verliess.
2.7. Der Beschwerdeführer verfügte gemäss der Vorinstanz für den Tatzeitpunkt über ein Alibi, da vier Tänzerinnen bestätigten, dass er zur Tatzeit immer in der Taverne war (angefochtenes Urteil E. 8.4.7 S. 38 f.). Die Vorinstanz wertet dies zu Recht nicht als Indiz für die Täterschaft des Beschwerdeführers. Sie widerlegt im angefochtenen Entscheid lediglich die Behauptung des Beschwerdeführers, ein Auftraggeber eines Mordes hätte sich um ein besseres Alibi bemüht. Weder dargetan (vgl. Beschwerde S. 42) noch ersichtlich ist, weshalb die vorinstanzlichen Erwägungen gegen das Willkürverbot verstossen könnten.
2.8. Die Vorinstanz geht weiter davon aus, das Verhältnis zwischen dem Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin 2 sei im Tatzeitpunkt äusserst angespannt gewesen. Daran ändert gemäss der Vorinstanz nichts, dass zwischenzeitlich ein (nicht rechtskräftiges) Urteil des Landgerichts Uri vom 31. Oktober 2017 vorliege, gemäss welchem der Beschwerdeführer von Vorwürfen der Gewalt bzw. Drohung bzw. Nötigung gegenüber der Beschwerdegegnerin 2 freigesprochen worden sei. Die Vorinstanz erwähnt zudem verschiedene mögliche finanzielle Tatmotive und folgert daraus, von einem fehlenden Tatmotiv könne beim Beschwerdeführer nicht ausgegangen werden. Was der Beschwerdeführer dagegen vorträgt, geht ebenfalls nicht über eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid hinaus. Dieser macht nicht geltend, es habe ihm entgegen der Vorinstanz an einem Tatmotiv gefehlt. Er zeigt daher nicht auf, inwiefern die vorinstanzliche Würdigung auch im Ergebnis willkürlich sein könnte. Er bestreitet insbesondere nicht, dass sein Verhältnis zur Beschwerdegegnerin 2 im Tatzeitpunkt äusserst angespannt war, dass die Beschwerdegegnerin 2 und weitere Personen massive Vorwürfe gegen ihn betreffend häusliche Gewalt mit Todesdrohungen erhoben (vgl. angefochtenes Urteil E. 8.4.8.1 S. 39 unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil), dass die Scheidung bevorstand und dass er vom Tod der Beschwerdegegnerin 2 aufgrund des Wegfalls der Unterhaltspflicht und des ihm zustehenden Todesfallkapitals von Fr. 36'000.-- auch finanziell profitiert hätte.
2.9. In der Schussrekonstruktion sieht die Vorinstanz weder ein belastendes noch ein entlastendes Indiz, was gemäss dem Beschwerdeführer nicht willkürlich ist (vgl. Beschwerde Ziff. 62 f. S. 38 f.). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer an anderer Stelle ohne nachvollziehbare Begründung dennoch geltend macht, er werde durch die Schussrekonstruktion entlastet.
2.10.
2.10.1. Die Vorinstanz nimmt entgegen der Kritik des Beschwerdeführers auch eine rechtsgenügende Gesamtwürdigung vor. Sie führt in diesem Zusammenhang insbesondere aus, ausser finanziellen Gründen im Sinne eines Entgelts für den Anschlag sei bei Y._ kein Motiv für die Schüsse auf die Beschwerdegegnerin 2 erkennbar. Es sei somit davon auszugehen, dass dieser im Auftrag oder in Zusammenarbeit mit einer Drittperson gehandelt habe. Die Vorinstanz legt im Folgenden die Indizien für die Tatbeteiligung des Beschwerdeführers dar (Besuch von Y._ im Auftrag des Beschwerdeführers im Restaurant L._, dem Arbeitsort der Beschwerdegegnerin 2, vor der Tat; Aussagen der Zeugin M._; telefonische Kontakte zwischen dem Beschwerdeführer und Y._ vor der Tat; Tatwaffe; Umstände der Rückführung von Y._ nach der Tat; Tatmotiv). Sie erwägt, auch wenn einzelne Indizien nur mehr oder weniger stark für die Tatbeteiligung des Beschwerdeführers sprächen, würden sie gesamthaft betrachtet derart wiegen, dass sie nur zum Schluss führen könnten, der Beschwerdeführer habe zusammen mit Y._ den Entschluss zur Tötung der Beschwerdegegnerin 2 gefasst, die Tat mit diesem geplant, ihm die Tatwaffe dafür verschafft und ihm ein Entgelt dafür versprochen (vgl. angefochtenes Urteil E. 8.4.9.1 S. 42 f.). Ein anderer Tatbeteiligter als der Beschwerdeführer sei nicht ersichtlich. Sowohl im Verfahren gegen Y._ als auch im Verfahren gegen den Beschwerdeführer seien Hypothesen aufgestellt worden, wie sich das Ganze sonst abgespielt haben könnte. Keine der angedachten Sachverhaltsvarianten habe einer genaueren Prüfung anhand der Akten Stand gehalten. Die sogenannte Komplotttheorie sei vom Obergericht im Verfahren OG S 14 8 bereits als unlogisch, unplausibel, wenig glaubhaft und äusserst unwahrscheinlich beurteilt und vom Bundesgericht im Urteil vom 10. April 2017 verworfen worden, da durch nichts belegt. Daran hätten auch die Beweisergänzungen im vorliegenden Verfahren OG S 17 3 nichts geändert. Weder aus den Akten der Untersuchung durch den ausserordentlichen Staatsanwalt noch aus der Kurzsichtung von versiegelten Unterlagen und Aufzeichnungen der SRG oder aus dem Schreiben von VV._ (ehemaliger Vizedirektor der Strafanstalt WW._) ergäben sich Hinweise, welche die Komplotttheorie in einem anderen Licht erscheinen liessen oder sonst Anhaltspunkte für andere Varianten liefern würden. Selbst wenn - wie dies seitens der Verteidigung vorgebracht worden sei - nicht Y._, sondern dessen Bruder letztlich die Schüsse auf die Beschwerdegegnerin 2 abgegeben hätte (wovon aufgrund der Akten klar nicht auszugehen sei), wäre nicht einzusehen, inwiefern dies bezüglich der Tatbeteiligung des Beschwerdeführers als Auftraggeber eine Rolle spielen würde (angefochtenes Urteil E. 8.4.9.2 S. 43).
2.10.2. Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich einerseits geltend, die vorliegenden Indizien würden für eine Verurteilung nicht ausreichen, womit er jedoch keine Willkür dartut. Andererseits führt er in seiner Beschwerde aus, es seien durchaus Varianten eines etwas anders gearteten Komplotts denkbar, als es Y._ geschildert habe, insbesondere eine Variante eines Komplotts, bei welchem das Opfer nicht mitgewirkt und nichts gewusst habe. Nähere Erklärungen, wie sich dieses Komplott konkret abgespielt haben soll, bleibt der Beschwerdeführer jedoch schuldig. Zu keiner Kritik Anlass geben zudem die Ausführungen der Vorinstanz, wonach für die Frage der Tatbeteiligung des Beschwerdeführers unerheblich ist, ob Y._ selber schoss oder ob er hierfür seinen Bruder beizog.
2.11. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung hält nach dem Gesagten einer Willkürprüfung stand. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer gestützt auf ihre willkürfreien und damit verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen zu Recht des versuchten Mordes zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 schuldig.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, weil die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. November 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld