Erwägungen:
1.
1.1. A.C._ ist an mehreren Gesellschaften beteiligt. In den hier interessierenden Steuerjahren war er Alleinaktionär der D._ AG und hielt u.a. 24 von 25 Stammanteilen an der E._ GmbH. Letztere wurde im Jahr 2004 gegründet und verfügt seither über einen Kontokorrentkredit der D._ AG. Beide Gesellschaften gewährten A.C._ sowie weiteren durch ihn und seine Ehefrau B.C._ beherrschten Unternehmen Darlehen.
1.2. Mit Einspracheentscheiden vom 20. Mai 2011 für die Steuerjahre 2005 bis 2007 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern bei A.C._ und B.C._ sowohl bei der direkten Bundessteuer als auch bei den Kantons- und Gemeindesteuern diverse geldwerte Leistungen aus den Beteiligungen an der E._ GmbH und der D._ AG auf. Nachdem die Steuerrekurskommission des Kantons Bern diese Entscheide aus formellen Gründen aufgehoben hatte, erliess die Steuerverwaltung am 9. Juni 2015 neue Einspracheentscheide und hielt an den Aufrechnungen fest. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel hiess die Steuerrekurskommission am 14. März 2017 teilweise gut und wies die Sache zur Neuveranlagung zurück. Das daraufhin von der Steuerverwaltung angerufene Verwaltungsgericht hiess die Rechtsmittel am 11. März 2019 gut, bestätigte die Aufrechnung der Darlehen und wies die Sache zur Berechnung des steuerbaren Einkommens an die Steuerverwaltung zurück.
1.3. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. April 2019 beantragen A.C._ und B.C._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen, eventualiter seien die Darlehen nicht als verdeckte Gewinnausschüttungen mit der Einkommenssteuer zu erfassen. Das Bundesgericht hat die vorinstanzlichen Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.
2.
2.1. Gegen das angefochtene Urteil ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 146 DBG [SR 642.11] und Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Trotz der Rückweisung liegt ein Endentscheid nach Art. 90 BGG vor, weil der Steuerverwaltung lediglich die rechnerische Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten verbleibt (BGE 140 V 321 E. 3.2 S. 325). Die Beschwerdeführer sind als Steuerpflichtige zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 StHG) und die Beschwerde wurde form- und fristgerecht eingereicht (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
2.2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist ein reformatorisches Rechtsmittel (Art. 107 Abs. 2 BGG), weshalb auch das Rechtsbegehren reformatorisch gestellt sein muss. Ein kassatorisches Begehren ist jedoch zulässig, wenn das Bundesgericht nicht in der Sache entscheiden könnte, namentlich bei einer vor Bundesgericht nicht heilbaren Gehörsverletzung (Urteil 2C_1109/2018 vom 13. Februar 2019 E. 1.2). Eine solche machen die Beschwerdeführer geltend, weshalb das kassatorische Hauptbegehren zulässig ist.
2.3. Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.4. Das Urteil der Vorinstanz wird sowohl in Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch die kantonalen Steuern in derselben Rechtsschrift angefochten, was zulässig ist. Das Bundesgericht behandelt die aufgeworfenen Fragen in einem Urteil, da sie auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. Urteil 2C_479/2016 und 2C_480/2016 vom 12. Januar 2017 E. 1.1).
3.
Die Beschwerdeführer bringen vor, die Vorinstanz habe eine Gehörsverletzung begangen, weil sie das Vorliegen einer Simulation nicht entsprechend den bundesgerichtlichen Kriterien geprüft habe.
3.1. Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs leitet das Bundesgericht in ständiger Rechtsprechung die Pflicht der Behörden ab, ihre Verfügungen und Entscheide zu begründen. Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Der Betroffene soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat. Die Begründung eines Entscheids muss deshalb so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt (BGE 129 I 232 E. 3.2 S. 236).
3.2. Das Verwaltungsgericht hat eingehend begründet, weshalb es die Auffassung vertritt, dass die Darlehen simuliert und als verdeckte Gewinnausschüttung zu qualifizieren seien (vgl. E. 3.2 ff. des angefochtenen Urteils). Weiter hat es erwogen, dass es sich bei diesem klaren Ergebnis erübrige, auf die Meinungsverschiedenheit zwischen der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission über die massgeblichen Kriterien bei der Aufrechnung von Darlehen näher einzugehen (vgl. E. 4.3 des angefochtenen Urteils). Somit kann keine Rede davon sein, dass die Vorinstanz das Vorliegen einer Simulation nicht geprüft habe. Ob sie diese Prüfung korrekt vorgenommen hat, ist keine Frage des rechtlichen Gehörs, sondern der materiellen Beurteilung. Aus der umfangreichen Begründung des angefochtenen Urteils ergibt sich ohne Weiteres, von welchen Überlegungen sich das Verwaltungsgericht hat leiten lassen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
I. Direkte Bundessteuer
4.
In materieller Hinsicht ist die Aufrechnung der Darlehen umstritten.
4.1. Gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art steuerbar.
4.1.1. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die sogenannten "verdeckten Gewinnausschüttungen", d.h. Zuwendungen der Gesellschaft an den Anteilsinhaber, denen keine oder keine genügende Gegenleistung gegenübersteht und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich (sog. Prinzip des "dealing at arm's length"), bei dem alle konkreten Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen sind (BGE 138 II 57 E. 2.2 S. 59 f.).
4.1.2. Das Bundesgericht hat eine Anzahl von Kriterien entwickelt, bei deren Vorliegen ein Aktionärsdarlehen als geldwerte Leistung zu qualifizieren ist. Das ist u.a. dann der Fall, wenn das gewährte Darlehen durch den Gesellschaftszweck nicht abgedeckt oder im Rahmen der gesamten Bilanzstruktur ungewöhnlich ist (d.h. wenn das Darlehen durch die vorhandenen Mittel der Gesellschaft nicht abgedeckt werden kann oder es im Vergleich zu den übrigen Aktiven übermässig hoch erscheint und dann ein sog. Klumpenrisiko verursacht), weiter bei fehlender Bonität des Schuldners oder dann, wenn keine Sicherheiten und keine Rückzahlungsverpflichtungen bestehen, die Darlehenszinsen nicht bezahlt, sondern dem Darlehenskonto laufend belastet werden und schriftliche Vereinbarungen fehlen (BGE 138 II 57 E. 3.2 S. 60 f.).
4.1.3. Diese ursprünglich für Darlehen an Aktionäre herausgearbeiteten Kriterien sind nicht ohne Weiteres für die Beurteilung von Darlehen zwischen Schwestergesellschaften relevant (Urteil 2C_843/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 3.1). Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil an sich unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen. Die an den Gesellschaften beteiligten Aktionäre sind mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an die Aktionäre einerseits und als (verdeckte) Kapitaleinlagen der Aktionäre an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen. Dabei ist ebenfalls aufgrund eines Drittvergleichs zu untersuchen, ob die zu beurteilende Leistung im Vergleich zu üblichem Geschäftsgebaren derart ungewöhnlich ist, dass der Schluss naheliegt, sie wäre so nicht erbracht worden, wenn der Leistungsempfänger dem Anteilsinhaber nicht nahestehen würde. Der Beteiligungsinhaber ist somit auch für Zuwendungen der Gesellschaft zu besteuern, die einer von ihm beherrschten weiteren Gesellschaft zufliessen, wenn eine geschäftsmässige Begründetheit für ein solches Vorgehen fehlt (BGE 138 II 57 E. 4.2 S. 61 f. mit Hinweisen).
4.1.4. Nach Art. 312 OR ist ein Darlehensnehmer zur Rückzahlung des Darlehens verpflichtet. Soweit der Aktionär bzw. eine weitere von ihm beherrschte Gesellschaft wie jeder aussenstehende Darlehensnehmer das von seiner (Schwester-) Gesellschaft ausgerichtete Darlehen zurückerstatten muss, fehlt es an einer unentgeltlichen Zuwendung. Anders verhält es sich dann, wenn mit der Rückzahlung des Darlehens nicht zu rechnen ist, weil ein solches nach dem Willen der Parteien nicht gewollt oder die Rückerstattung der erbrachten Leistung nicht beabsichtigt ist. In diesem Fall wird die äussere Form des Darlehens nur simuliert, d.h. bloss zum Schein gewählt oder gewahrt, und handelt es sich bei der Zuwendung nicht um Fremdkapital (BGE 138 II 57 E. 5 S. 62 mit Hinweisen).
4.2.
4.2.1. Das Verwaltungsgericht hat den Sachverhalt betreffend die streitigen Darlehen in den Steuerjahren 2005 bis 2007 ausführlich dargestellt (vgl. E. 3.2 und E. 3.3 des angefochtenen Urteils). Es hat erwogen, dass die Kreditvergabe der D._ AG bzw. E._ GmbH an die Schwesterngesellschaften nicht auf schriftlichen Verträgen beruht habe, ausgenommen ein Darlehen zugunsten der F._ AG. Ebensowenig seien Zins- und Rückzahlungskonditionen vereinbart worden. Die Darlehensnehmer hätten in der hier interessierenden Zeitspanne weder Zins- noch Amortisationszahlungen geleistet; vielmehr seien die Kredite laufend weiter erhöht worden. Sowohl die D._ AG wie auch die E._ GmbH hätten sich in einer angespannten finanziellen Lage befunden, da ihre Aktiven das Fremdkapital nicht mehr habe decken können. Keine der beiden Gesellschaften habe über nennenswerte stille Reserven verfügt, weshalb auch eine wirtschaftliche Überschuldung vorgelegen habe. Bei der E._ GmbH hätten die Darlehen zudem den grösseren Teil der gesamten Aktiven ausgemacht. Weiter seien sämtliche Darlehen ohne Sicherheiten eingeräumt worden, obwohl die darlehensnehmenden Gesellschaften ebenfalls überschuldet bzw. in einer prekären finanziellen Situation gewesen seien. Die Gewährung von Krediten habe zudem nicht dem Gesellschaftszweck entsprochen und es sei keine wirtschaftliche Verflechtung erkennbar, die das finanzielle Engagement habe rechtfertigen können. Anhand der Geldflüsse werde deutlich, dass die D._ AG und die E._ GmbH dem Beschwerdeführer 1 dazu gedient hätten, die verlustbringende Geschäftstätigkeit seiner weiteren Unternehmen zu finanzieren. Vor diesem Hintergrund könne nicht (mehr) ernsthaft von einem Rückzahlungs- bzw. Rückforderungswillen der beteiligten Gesellschaften ausgegangen werden. Die Darlehen seien simuliert gewesen und den Beschwerdeführern zu Recht als geldwerte Leistungen aufgerechnet worden (E. 4.1 des angefochtenen Urteils).
4.2.2. Bezüglich den Kontokorrentkrediten der D._ AG und der E._ GmbH an den Beschwerdeführer 1 hat die Vorinstanz ausgeführt, dass es ebenfalls an schriftlichen Vereinbarungen fehle. Eine Amortisation oder Verzinsung sei in der streitigen Periode nie erfolgt; im Gegenteil seien die Kontokorrente laufend erhöht worden. Für die Forderungen seien keinerlei Sicherheiten bestellt worden, obwohl die finanzielle Situation der Beschwerdeführer dies erfordert hätte. Schliesslich sei auch hier die Kreditgewährung angesichts der Übschuldung der darlehensgebenden Gesellschaften ungewöhnlich. Die gesamten Umstände liessen auf einen fehlenden Rückzahlungs- bzw. Rückforderungswillen der Beteiligten schliessen; die Darlehenserhöhungen seien deshalb als simuliert zu qualifizieren und stellten eine verdeckte Gewinnausschüttung dar (E. 4.2 des angefochtenen Urteils).
4.3. Die Beschwerdeführer führen unter Verweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung aus, dass die von der Vorinstanz herangezogenen Indizien - fehlende schriftliche Verträge, keine Zins- und Amortisationszahlungen, fehlender Gesellschaftszweck, angespannte finanzielle Situation der beteiligten Gesellschaften - für die Annahme einer Simulation untauglich seien.
4.3.1. Das Bundesgericht hat bezüglich fehlender schriftlicher Verträge erwogen, dass dieser Umstand für sich allein wenig aufschlussreich sei, um auf eine Simulation zu schliessen (BGE 138 II 57 E. 5.1.1 S. 63). Im vorliegenden Fall stützt sich die Vorinstanz indessen nicht ausschliesslich auf die fehlenden schriftlichen Verträge ab, sondern würdigt sie zu Recht als zusätzliches Indiz. Dasselbe gilt für den Umstand, dass die Gewährung von Krediten vom statutarischen Zweck der darlehensgebenden Gesellschaft nicht umfasst wird (BGE 138 II 57 E. 5.1.2 S. 63). Was die fehlenden Zins- und Amortisationszahlungen betrifft, so kann daraus nicht von vornherein auf das Vorliegen einer Simulation geschlossen werden. Sie können aber ebenfalls als zusätzliches Indiz hinzutreten. Soweit die Beschwerdeführer in dieser Hinsicht rügen, sie hätten Amortisationszahlungen geleistet, stellen sie die voristanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht substanziiert infrage. Die Vorinstanz hat berücksichtigt, dass sich der Kontokorrent bei der D._ AG im Jahr 2007 um rund Fr. 60'000.-- verringert hat. Weil sich aber gleichzeitig der Kontokorrent bei der E._ GmbH um über Fr. 95'000.-- erhöht hat (vgl. die Tabelle auf S. 14 und E. 4.2 des angefochtenen Urteils), kann netto von einer Amortisation keine Rede sein.
4.3.2. Bezüglich der Vermögenssituation der am Darlehen Beteiligten nimmt das Bundesgericht eine differenzierte Betrachtungsweise vor. Alleine aus dem Umstand, dass der Kredit im Verhältnis zum Vermögen des Darlehensgebers ausserordentlich hoch ist oder dieser die Mittel bei einem Dritten beschaffen muss, lässt sich nicht auf eine Simulation schliessen. Anderes gilt hingegen, wenn sich der Darlehensschuldner in einer äusserst angespannten finanziellen Lage befindet (BGE 138 II 57 E. 5.1.3 S. 63 f.). Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz ausführlich dargelegt, dass sich sowohl die Darlehensgeber in einer sehr schwierigen finanziellen Lage befunden hätten wie auch die Darlehensnehmer, was die Gewährung von Krediten - zumal noch ohne entsprechende Sicherheiten - in jeder Hinsicht als merkwürdig erscheinen lasse. Die Beschwerdeführer bringen in diesem Zusammenhang lediglich vor, dass sie entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen in der Lage seien, die Darlehen zu amortisieren. Mit dem blossen Verweis auf ihr steuerbares Vermögen in der streitigen Periode lassen sie indessen die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zu ihrer finanziellen Lage (E. 4.2 des angefochtenen Urteils), gerade was die Liquidität betrifft, nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen.
4.3.3. Schliesslich bringen die Beschwerdeführer vor, unabhängige Dritte hätten den Gesellschaften ebenfalls ein Darlehen gewährt, weshalb die Darlehen dem Drittvergleich standhalten würden. Die Vorinstanz hat sich mit diesem Einwand auseinandergesetzt und zu Recht erwogen, dass die entsprechenden Darlehen den Darlehensgebern - der D._ AG und der E._ GmbH - und nicht den Darlehensnehmern gewährt worden seien und sich deshalb für den Drittvergleich nichts daraus ableiten lasse (vgl. E. 4.1 des angefochtenen Urteils). Soweit die Beschwerdeführer auf das Darlehen von G._ an die H._ AG Bezug nehmen, ist zu bemerken, dass dieser an der H._ AG ebenfalls beteiligt und somit kein unbeteiligter Dritter war.
4.4. Zusammenfassend liegen mit den fehlenden schriftlichen Abmachungen, den fehlenden Sicherheiten trotz der schwierigen finanziellen Situation der Darlehensnehmer, der schlechten finanziellen Situation der Darlehensgeber, der fehlenden Abdeckung durch den Gesellschaftszweck sowie den fehlenden Zins- und Amortisationszahlungen genügend Indizien vor, die den Schluss zulassen, dass die Rückzahlung der Darlehen nicht ernsthaft beabsichtigt war bzw. ist. Die Beschwerdeführer bringen nichts vor, das die Darlehensgewährung trotz der vorher genannten Indizien als geschäftsmässig begründet oder auch nur als einigermassen plausibel erscheinen lässt. Die Vorinstanz hat die Darlehen zu Recht als simuliert eingestuft. Die Aufrechnung bei den Beschwerdeführern ist deshalb nicht zu beanstanden.
II. Kantons- und Gemeindesteuern
5.
Die massgeblichen kantonalen Bestimmungen (Art. 24 Abs. 1 lit. c des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 [BSG 661.11]) stimmen mit denjenigen bei der direkten Bundessteuer (Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG) überein. Folglich kann auf die vorstehenden Ausführungen verwiesen werden. Auch bei den Kantons- und Gemeindesteuern erweist sich die Aufrechnung als rechtmässig.
6.
Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet und ist im vereinfachten Verfahren abzuweisen (Art. 109 Abs. 2 lit. a und Abs. 3 BGG). Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2005 bis 2007 abgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 bis 2007 abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger