Faits :
A.
La société X._ SA a pour but, entre autres, la création, le développement et la production d'articles en matières naturelles et synthétiques destinés en particulier au monde de l'horlogerie. Depuis le 8 avril 2002, elle est immatriculée au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA). Le 19 octobre 2009, la société a envoyé à l'Administration fédérale un courrier contenant une copie de son ancienne déclaration d'adhésion au taux de la dette fiscale nette. Elle y déclarait exercer l'activité d'" achat et vente de services de polissages de gants en microfibre pour le monde horloger - pas de production!! ". Le 4 décembre 2009, l'Administration fédérale a autorisé l'usage du taux de la dette fiscale nette de 2% pour le " commerce d'achat et vente de pièces d'horlogerie " à partir du 1 er janvier 2010. Lors d'un contrôle portant sur les périodes de décompte allant du 1 er semestre 2010 au 2 e semestre 2014, l'Administration fédérale a notamment constaté des erreurs d'imposition. Le taux de la dette fiscale nette appliqué par la société, limité pour l'achat et la vente de textiles, ne correspondait que partiellement à ses activités.
B.
Le 24 novembre 2015, l'Administration fédéral a adressé à l'assujettie une notification d'estimation fixant les montants de la créance fiscale pour les années 2010 à 2014 et la correction de l'impôt en sa faveur. Le 23 décembre 2015, la société a contesté la reprise d'impôt effectuée. Le 18 janvier 2016, elle a demandé à l'Administration fédérale de rendre une décision formelle. En date du 24 mai 2016, après avoir encore obtenu diverses informations, l'Administration fédérale a fait part à la société intéressée de sa volonté de procéder à une reformatio in peiuset lui a fait parvenir une nouvelle notification d'estimation augmentant la correction d'impôt en sa faveur, remplaçant et annulant celle du 24 novembre 2015. Par décision du 18 novembre 2016, l'Administration fédérale a confirmé sa dernière notification d'estimation, rejetant ainsi la contestation de la société X._ SA.
Le 4 janvier 2017, la société X._ SA a formé réclamation à l'encontre de la décision du 18 novembre 2016 auprès de l'Administration fédérale, demandant que sa réclamation soit déférée au Tribunal administratif fédéral pour être traitée comme un recours omisso medio. Par arrêt du 3 mai 2017, le Tribunal administratif fédéral n'est pas entré en matière sur le recours omisso medio de la société X._ SA et a renvoyé la cause à l'Administration fédérale comme objet de sa compétence.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 3 mai 2017, de constater que les conditions d'un recours omisso medio sont données et de renvoyer la cause à ce dernier, afin qu'il se prononce sur le fond. Elle se plaint de violation du droit fédéral et en particulier de constatation manifestement inexacte des faits.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X._ SA maintient implicitement ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
1.1. La présente cause, qui concerne l'irrecevabilité d'un recours contre une décision rendue par l'Administration fédérale en matière de taxe sur la valeur ajoutée en application de la LTVA (RS 641.20), soit une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), a été rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF). Le présent recours en matière de droit public, qui remplit les conditions de forme (art. 42 LTF) et a été déposé dans les délais (art. 100 al. 1 LTF), par l'assujettie destinataire de l'arrêt entrepris qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), ne tombe sous aucune des exceptions de l'art. 83 LTF.
1.2. Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF), ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence (art. 92 al. 1 LTF). L'arrêt entrepris, qui déclare irrecevable le recours déposé par la recourante à l'encontre de la décision du 18 novembre 2016 et transmet la cause à l'Administration fédérale pour qu'elle se prononce sur la réclamation, est une décision incidente par laquelle l'autorité précédente a décliné sa compétence. Contre une telle décision, en application de l'art. 92 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est en principe ouvert (cf. arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 1). Lorsque l'autorité précédente n'entre pas en matière sur le recours, sans même en traiter matériellement de manière subsidiaire, seule la question de l'irrecevabilité peut être portée devant le Tribunal fédéral. Dans la mesure où le recours devrait être admis, le Tribunal fédéral renverrait la cause à l'autorité précédente pour un examen sur le fond (cf. ATF 139 II 233 consid. 3.2 p. 236; 135 II 38 consid. 1.2 p. 41). Pour cette raison, la conclusion purement cassatoire de la recourante, qui demande le renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral, est recevable (cf. arrêt 2C_1014/2015 du 21 juillet 2016 consid. 1.2).
1.3. En revanche, selon un principe général de procédure, les conclusions en constatation de droit ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues. Sauf situations particulières, les conclusions constatatoires ont donc un caractère subsidiaire (cf. ATF 141 II 113 consid. 1.7 p. 123 et les références citées). Dans la mesure où la recourante conclut, parallèlement à l'annulation de l'arrêt du 3 mai 2017 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente, à ce qu'il soit constaté "que les conditions d'un recours omisso medio, au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA, sont données", elle formule une conclusion "préparatoire" puisqu'elle porte sur une question qui doit être tranchée en vue d'examiner les conclusions condamnatoires. Une telle conclusion constatatoire est irrecevable (cf. arrêt 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 2.1).
2.
Citant l'art. 97 LTF, la recourante fait en premier lieu valoir un établissement inexact des faits par le Tribunal administratif fédéral.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF; ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (ATF 136 II 304 consid. 2.4 p. 314), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques relatives aux faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. La recourante estime que l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral se méprennent sur sa volonté, exprimée dans sa réclamation du 4 janvier 2017, d'interjeter un recours omisso medio auprès de ce dernier. A cette occasion, elle aurait déclaré: "Dans la mesure où la décision attaquée est motivée en détail, la réclamation peut être transmise à titre de recours au Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 83 alinéa 4 LTVA". Elle mentionne avoir désiré laisser le soin à l'Administration fédérale de décider si sa décision était motivée en détail, comme la loi le prescrit pour permettre la transmission de la réclamation au Tribunal administratif fédéral à titre de recours. Elle ne souhaitait pas procéder sans aucune réserve à un recours omisso medio. Selon elle, la décision de l'autorité précédente "a pour conséquence de rendre irrecevable la réclamation de la recourante et de renvoyer la cause à l'intimé, la privant ainsi d'un examen au fond et lui occasionnant une procédure plus longue et plus coûteuse".
2.3. En premier lieu, on relèvera qu'il ressort de l'arrêt entrepris que la recourante a demandé à ce que sa réclamation soit déférée au Tribunal administratif fédéral pour être traitée comme un recours omisso medio au sens de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. consid. I. et 3.2.1 de l'arrêt entrepris). Il n'est aucunement fait référence à une quelconque volonté de laisser la possibilité de transmettre la réclamation au Tribunal administratif fédéral, dans la mesure où la décision de l'Administration fédérale serait motivée en détail. La recourante ne conteste pas directement les faits tels qu'établis par l'autorité précédente sur ce point, si bien que, pour cette raison déjà, on ne saurait donner suite à son grief d'établissement inexact des faits. Pour le surplus, on ne voit pas en quoi une appréciation différente de la prétendue volonté de la recourante par le Tribunal administratif fédéral aurait eu une incidence sur l'issue de l'arrêt entrepris. En effet, considérant que la décision de l'Administration fédérale n'était pas suffisamment motivée pour faire l'objet d'un recours omisso medio, la volonté de la recourante n'était pas pertinente. Selon l'art. 83 al. 4 LTVA, la question de la volonté (condition formelle) et celle de la motivation en détail (condition matérielle) sont des conditions cumulatives à la procédure omisso medio. Que la recourante ait voulu ou non procéder par cette voie aurait, en l'absence de motivation en détail, de toute façon conduit l'autorité précédente à déclarer le recours irrecevable. Le grief d'établissement inexact des faits doit par conséquent être écarté.
2.4. Pour le surplus, on relèvera qu'en tant que la recourante demande à plusieurs reprises l'"audition des parties", il ne saurait être donné suite à sa requête. En effet, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rectifier ou compléter des faits qui n'ont pas été constatés de façon manifestement inexacte (cf. JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, Corboz et al. [éd.], 2e éd. 2014, n. 9 ad art. 55 LTF) et que celui-ci n'ordonne des mesures probatoires (cf. art. 55 LTF) que de manière exceptionnelle (ATF 136 II 101 consid. 2 p. 104) et à condition que la partie qui les requiert motive sa requête (art. 42 al. 1 LTF). Or, le mémoire de recours ne contient aucune motivation à l'appui de cette conclusion.
3.
La recourante fait en définitive valoir une violation de l'art. 83 al. 4 LTVA en ce que le Tribunal administratif fédéral a refusé d'entrer en matière sur son recours omisso medio.
3.1. En matière de TVA, l'art. 82 al. 2 LTVA dispose que les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours. L'art. 83 al. 1 et 2 LTVA prévoit quant à lui notamment que les décisions de l'Administration fédérale peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification et que la réclamation doit être adressée par écrit à l'Administration fédérale. Finalement, selon l'art. 83 al. 4 LTVA, si la réclamation est déposée contre une décision de l'Administration fédérale motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral. Le recours omisso medio prévu par l'art. 83 al. 4 LTVA est soumis à deux conditions cumulatives, l'une formelle, la volonté de l'assujetti, et l'autre matérielle, à savoir une décision motivée en détail.
3.2. Le principe général découlant de l'art. 83 al. 1 LTVA est que la décision de l'Administration fédérale doit faire l'objet d'une réclamation auprès de cette autorité avant d'être susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral. L'art. 83 al. 2 et 3 LTVA fixe les modalités de cette procédure. Le recours omisso medio prévu par l'art. 83 al. 4 LTVA constitue quant à lui l'exception. Par conséquent toute décision de l'Administration fédérale ne saurait d'emblée faire l'objet d'un tel recours. Seules des décisions présentant une motivation qualifiée sont susceptibles d'être directement portées devant le Tribunal administratif fédéral (arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.1). Comme l'a expliqué le Conseil fédéral dans le message du 25 juin 2008 sur la simplification de la TVA (FF 2008 6277 p. 6396), en supprimant la décision sur réclamation qui est prise par la même autorité que la décision (manque d'effet dévolutif), la procédure peut être menée plus rapidement et de manière plus efficace. La possibilité de déposer un recours omisso medio suit donc un but d'économie de procédure, mais uniquement dans les cas où la procédure de réclamation constituerait un allongement inutile de la procédure (" Verfahrensleerlauf "; cf. arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.2 et les références citées). Un tel risque d'allongement inutile de la procédure n'existe que lorsque l'autorité décisionnelle, c'est-à-dire en l'occurrence l'Administration fédérale, a déjà traité exhaustivement de la cause, dans une décision "motivée en détail" (dans le texte en allemand: " einlässlich begründete Verfügung "; dans le texte en italien: " decisione già esaustivamente motivata "), prenant en particulier position sur les arguments juridiques de l'assujetti et excluant de ce fait la nécessité d'explications supplémentaires. Cela a pour corollaire l'intérêt de l'autorité de recours qui, sur la base de la décision entreprise et portée devant elle au moyen d'un recours omisso medio, doit pouvoir aisément déterminer l'objet du litige et comprendre l'argumentation de l'autorité décisionnelle. S'il s'avère nécessaire, pour l'autorité de recours, de requérir une prise de position détaillée auprès de l'autorité administrative, il ne saurait être question d'une accélération significative de la procédure (arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.2). Sur le vu des développements qui précèdent, on peut donc conclure que l'art. 83 al. 4 LTVA pose des exigences de motivation accrues par rapport à celles prévues à l'art. 82 al. 2 LTVA (cf. arrêt 2C_659/2012 du 21 novembre 2012 consid. 3.3.3; MARTIN KOCHER, in Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, Zweifel et al. [éd.], 2015, n. 28 s., ad art. 82 LTVA; FELIX GEIGER, in MWSTG Kommentar, Geiger/Schluckebier [éd.], 2012, n. 19 ad art. 83 LTVA).
3.3. Le Tribunal administratif fédéral a retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF), que le document du 18 novembre 2016 notifié par l'Administration fédérale à l'assujettie constitue une décision, dès lors qu'il fixe la créance fiscale de cette dernière pour les années 2010 à 2014 et qu'il constate l'existence et l'étendue de ses obligations fiscales. Au demeurant, ce document porte la mention "décision" et contient la désignation des destinataires, de l'autorité qui l'a rendue et de la cause en laquelle celle-ci intervient. Il comporte en outre un résumé des faits pertinents, les motifs de l'autorité et un dispositif. Le document est signé et les voies de droit sont indiquées. Le Tribunal administratif fédéral a constaté pour le surplus que la décision de l'Administration fédérale présentait une certaine densité, cette dernière comptant douze pages, dans lesquelles les faits et le droit applicable étaient exposés. Les arguments de la recourante ont également été intégrés par l'autorité de première instance. Malgré ce qui précède, l'autorité précédente a toutefois dénié à la décision du 18 novembre 2016 la qualité de "décision motivée en détail", puisqu'elle a considéré que la constatation des faits qui y figurait n'était "manifestement pas complète, dès lors que la recourante n'a à aucun moment, avant le dépôt de son recours omisso medio, fait valoir que les travaux de gaufrage et de sérigraphie effectués par elle ne constitueraient pas des travaux d'ennoblissement mais une opération marginale ne pouvant répondre à cette notion". Le Tribunal administratif fédéral a encore relevé que "ce n'est qu'au moment du dépôt du recours que l'assujettie a fait état de sa conception juridique divergente, selon laquelle l'impression de logo doit être, à l'instar de ce qui est prévu par le protocole n°3 de l'accord CH-EU relatif à la notion de "produits originaires" et aux méthodes de coopération administrative (cf. RS 0.632.401.3), considérée comme un travail marginal ne rentrant pas dans la notion d'ennoblissement de textiles".
3.4. La procédure de réclamation a pour but de permettre à l'autorité décisionnelle, par économie de procédure, de prendre en considération les objections de fait et de droit du contribuable et ainsi de préserver l'autorité de recours de devoir statuer sur des contestations élevées contre des décisions qui n'ont pas encore été traitées exhaustivement. Dès lors qu'en l'espèce, dans sa réclamation, la recourante a fait valoir aussi bien de nouveaux allégués de fait que de droit, en particulier en relation avec le protocole n°3 relatif à la notion de produits originaires précité, on ne saurait parler de décision exhaustive, même si celle-ci présente une certaine densité de motivation. La procédure de réclamation sert justement à permettre à l'autorité administrative de traiter des nouveaux griefs avant que d'autres instances ne s'en saisissent.
3.5. Sur le vu de ce qui précède, on doit retenir que l'une des deux conditions posées par l'art. 83 al. 4 LTVA, à savoir la condition matérielle de la décision motivée en détail, permettant d'interjeter un recours omisso medio devant le Tribunal administratif fédéral, n'est pas réunie en l'espèce. La recourante a certes exprimé sa volonté de transmettre sa réclamation au Tribunal administratif fédéral pour que celui-ci en traite comme un recours. La décision de l'Administration fédérale du 18 novembre 2016 ne saurait toutefois être considérée comme étant motivée en détail par cette autorité, la recourante ayant fait valoir de nouveaux griefs de fait et de droit avec son recours omisso medio. Il convient donc de rejeter le recours, dans la mesure où il est recevable.
4.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 1er février 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette