Faits :
A.
A._ a reçu à titre d'indemnités de chômage 35'059 fr. en 2009 et 14'599 fr. en 2010. Par décisions de taxation des 2 novembre 2010 et 17 février 2012, ces indemnités ont été imposées au titre de revenu en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 2009 et 2010. En mai 2012, exécutant une décision de restitution rendue le 30 décembre 2011 par la caisse de chômage, il a remboursé un montant de 34'790 fr. 65.
Dans sa déclaration fiscale pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2012, déposée le 5 août 2013, le contribuable a demandé la déduction du montant de 34'791 fr. reversé à la caisse de chômage. A l'appui de cette déduction, il a produit une attestation de revenu " négatif " de 34'791 fr. établie le 14 janvier 2013 par la caisse de chômage. Par décision du 12 septembre 2013, le Service cantonal des contributions du canton du Valais a refusé la déduction pour la période fiscale 2012.
Le 20 mars 2014, le contribuable a demandé la révision des taxations des périodes fiscales 2009 et 2010, puisqu'il avait remboursé les indemnités de chômage.
Par décision du 26 janvier 2015, le Service cantonal des contributions a refusé de réviser les taxations des périodes fiscales 2009 et 2010, parce que le contribuable n'avait pas respecté le délai de 90 jours pour déposer ses demandes en révision. Par décision sur réclamation du 26 janvier 2015, il a confirmé sa décision de refuser la déduction pour la période fiscale 2012.
Le 5 février 2015, le contribuable a déposé un seul recours auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais contre les deux décisions du 26 janvier 2015; il a conclu à ce que la déduction soit accordée pour la période fiscale 2012, subsidiairement à ce que les taxations des périodes fiscales 2009 et 2010 soient corrigées dans le sens d'une déduction des indemnités reçues à l'époque.
B.
Par décision du 19 octobre 2016, notifiée le 6 juillet 2017, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais a admis le recours du contribuable et accordé la déduction du montant remboursé en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2012. Elle a considéré que la demande de révision des taxations des périodes fiscales 2009 et 2010 était devenue sans objet.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Service cantonal des contributions du canton du Valais demande au Tribunal fédéral d'admettre son recours et, au moins implicitement, d'annuler la décision rendue le 19 octobre 2016 par la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais.
La Commission de recours en matière fiscale renonce à déposer des observations. Le contribuable intimé conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF), rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, la voie du recours en matière de droit public est ouverte. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. Cette voie de droit est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) s'agissant de matières harmonisées. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par le Service cantonal des contributions, qui a qualité pour recourir (art. 141 al. 1 LIFD et 73 al. 2 LHID). Le présent recours est donc recevable.
I. Impôt fédéral direct
2.
Le litige porte sur le régime fiscal résultant du remboursement en 2012 par le contribuable des indemnités de chômage perçues en 2009 et 2010 en exécution de la décision de la caisse de chômage du 30 décembre 2011. L'instance précédente a jugé, en application d'une " pratique " cantonale, que la déduction devait être effectuée sur le revenu imposable de la période fiscale durant laquelle le contribuable a remboursé le montant en cause, soit la période fiscale 2012, ce que conteste le Service cantonal des contributions.
3.
Le Service cantonal des contributions se plaint de la violation du principe de la légalité tiré de l'art. 127 al. 1 Cst. ainsi que de celle du droit fédéral, en particulier de l'art 34 let. c LIFD.
3.1. Il résulte de la lettre de l'art. 34 let. c LIFD que les dépenses affectées au remboursement de dettes ne constituent pas des frais et dépenses déductibles. Plus particulièrement, le remboursement d'un enrichissement obtenu de manière illégitime auprès d'une assurance sociale ne constitue pas des frais d'acquisition déductibles du revenu ni des déductions générales (MARKUS REICH, Die ungerechtfertigte Bereicherung und andere rechtsgrundlose Vermögenübergänge im Einkommenssteuerrecht, in FStR 2004, p. 3 ss, p. 11).
3.2. En l'espèce, la fortune du contribuable était grevée depuis le 30 décembre 2011, date de la décision de remboursement, d'une dette de 34'790 fr. 65 à l'endroit de la caisse de chômage. Cette dette n'a été remboursée qu'en mai 2012. Le remboursement a provoqué, dans le patrimoine du contribuable, la disparition d'un passif, soit de la dette due à la caisse de chômage, par une diminution des actifs de ce dernier, vraisemblablement par un prélèvement de liquidités déposées sur un compte bancaire ou postal lui appartenant : seule la composition de la fortune nette de ce dernier a été modifiée par le versement du montant réclamé par la caisse de chômage, raison pour laquelle, comme le prévoit l'art. 34 let. c LIFD, pareil remboursement ne diminue pas le revenu imposable (cf. en détail, YVES NOËL, Commentaire romand de la LIFD, Noël/Aubry-Girardin éditeurs, 2e éd., Bâle 2017, n° 11 ad art. 34 LIFD). C'est par conséquent à bon droit que le Service cantonal des contributions a refusé de déduire le montant de 34'791 fr. du revenu du contribuable soumis à l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2012.
3.3. Il n'est pas nécessaire d'examiner le grief de violation du principe de la légalité tiré de l'art. 127 al. 1 Cst., selon lequel les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, doivent être définis par la loi (ATF 143 I 220 consid. 5.1.1 p. 224), car il se confond en l'espèce avec le grief de violation de l'art. 34 let. c LIFD et n'a dès lors pas de portée propre.
3.4. En jugeant que le montant restitué des indemnités de chômage perçues en 2009 et 2010 était déductible du revenu imposable de la période fiscale 2012, l'instance précédente a violé le droit fédéral. Le recours est par conséquent admis sur ce point. Il s'ensuit qu'elle ne pouvait pas déclarer sans objet les conclusions tendant à la révision des taxations des périodes fiscales 2009 et 2010 formulées dans le mémoire de recours déposé devant elle. Cette question doit être examinée.
4.
4.1. L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD), parmi lesquels figurent les revenus acquis en lieu et place du revenu d'une activité lucrative (art. 23 let. a LIFD), tels que les indemnités journalières de l'assurance-chômage (ZIGERLIG/JUD, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], vol. I/2a, 2e éd. 2008, n° 9 ad art. 23 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Therwil/Bâle 2001, n° 22 ad art. 23 LIFD).
La créance d'impôt naît sitôt que les faits générateurs prévus par la loi sont réalisés. La créance fiscale prend naissance ex lege, sans aucune autre intervention extérieure : la doctrine parle de la naissance immédiate de la créance fiscale. La taxation n'a aucun effet constitutif, elle n'est pas une condition de l'existence de la créance d'impôt. L'existence et le contenu de la créance fiscale sont fixés par la loi, raison pour laquelle dite créance est en principe irrévocable : dès l'instant où une créance fiscale est née, elle ne peut être réduite à néant par une opération destinée à effacer les faits générateurs lui ayant donné naissance (arrêts 2C_152/2015 du 31 juillet 2015 4.2 in Archives 84 334 et RADF 2017 II 34; 2C_692/2013 du 24 mars 2014 consid. 4.2 in Archives 82 740 et les références citées).
Selon la jurisprudence, un revenu est réalisé lorsqu'une prestation est faite au contribuable ou que ce dernier acquiert une prétention ferme sur laquelle il a effectivement un pouvoir de disposition. En règle générale, l'acquisition d'une prétention est déjà considérée comme un revenu dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine. Ce n'est que si cette exécution paraît d'emblée peu probable que le moment de la perception réelle de la prestation est pris en considération (arrêts 2C_152/2015 du 31 juillet 2015 4.3 in Archives 84 334 et RADF 2017 II 34; 2C_692/2013 du 24 mars 2014 consid. 4.2 in Archives 82 740; 2C_683/2013 du 13 février 2014 consid. 6.4 et les références citées; ATF 95 I 21 consid. 5a p. 23 s.; 73 I 135 consid. 1 p. 140 ss).
4.2. En l'espèce, c'est à juste titre que les indemnités de chômage perçues par le contribuable durant les années 2009 et 2010 ont été soumises à l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2009 et 2010, parce qu'elles ont été réalisées à ce moment-là, contrairement à ce que laisse entendre l'instance précédente pour qui ces revenus n'auraient, semble-t-il, pas été effectivement perçus (arrêt attaqué, consid. 1b, p. 9).
4.3. Le remboursement en 2012 des indemnités de chômage, exigé par décision du 30 décembre 2011, n'a en l'espèce aucun effet sur les créances fiscales nées en 2009 et 2010, qui demeurent irrévocables, sous réserve de l'existence d'un motif de révision au sens de l'art. 147 LIFD, ce que le Tribunal fédéral examine d'office (art. 106 al. 1 LTF).
5.
5.1. Selon l'art. 147 al. 1 let. a LIFD, une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office, lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts. La révision est exclue lorsque le requérant a invoqué des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui (art. 147 al. 2 LIFD). La demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé (art. 148 LIFD). La révision d'une décision ou d'un prononcé est de la compétence de l'autorité qui a rendu cette décision ou ce prononcé (art. 149 al. 1 LIFD).
Les faits nouveaux importants ne doivent en principe pas être postérieurs à la décision dont la révision est demandée; lorsqu'ils se sont déroulés postérieurement à la décision, mais existaient de manière latente dès le début, ils peuvent toutefois justifier une révision en ce qu'ils rétroagissent au jour où la décision a été prise et font apparaître l'appréciation des faits effectuée à cette époque comme inexacte (arrêt 2A.530/2004 du 9 novembre 2004 consid. 4.2 et les références citées; cf. également : ZWEIFEL/CASANOVA/BEUSCH/HUNZIKER, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht 2e éd., 2018, p. 436 s.; MARTIN E. LOOSER, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 3e éd., in Zweifel/Beusch Ed., Bâle 2017 n° 10 ad art. 147 LIFD, p. 2458; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 3 éd., Zurich 2016, n° 18 ad art. 147 LIFD). Tel est le cas, selon une partie de la doctrine, lorsqu'un revenu, imposé au moment de sa réalisation, est soumis ultérieurement à une obligation de restitution ou à une mesure de confiscation. Ce n'est que si la restitution n'a pas lieu que le revenu reste imposable : un accroissement de fortune ne constitue un revenu imposable que si son acquéreur peut en disposer définitivement. En revanche, lorsque elle est effective, la restitution constitue une circonstance nouvelle qui doit être prise en compte par le fisc au moyen d'une révision au sens des art. 147 ss LIFD, même si elle ne constitue pas une nova improprement dite, mais bien une pure nova : c'est en effet une circonstance qui rétroagit au jour de la décision de taxation en ce qu'elle met en lumière une erreur dans l'appréciation juridique initiale des faits (sur la question de la neutralisation de l'imposition de l'enrichissement illégitime et de la révision : cf. notamment PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, n° 14 ad art. 16 LIFD et n° 15 ad art. 147 LIFD; MARKUS REICH, Die ungerechtfertigte Bereicherung und andere rechtsgrundlose Vermögenübergänge im Einkommenssteuerrecht, in FStR 2004, p. 3 ss, p. 11 ss; REICH/WEIDMANN, in: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Zweifel/Beusch [Ed.], 3e éd., 2017, n° 17d ad art. 16 LIFD et les références citées).
5.2. En l'espèce, le contribuable a perçu des indemnités de chômage en 2009 et 2010, qui ont été dûment imposées par décisions de taxation entrées en force. La survenance d'une décision de restitution des indemnités en cause, rendue le 30 décembre 2011 par la caisse de chômage, puis la restitution effective d'un montant de 34'791 fr. en mai 2012 sont des faits nouveaux au sens de l'art. 147 al. 1 let. a LIFD qui constituent un motif de révision des décisions de taxation des périodes fiscales 2009 et 2010 entrées en force.
6.
6.1. Une décision ou un prononcé entré en force peut d'office être révisé en faveur du contribuable (art. 147 al. 1 LIFD). Lorsqu'elle est formulée par le contribuable, la demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé (art. 148 LIFD).
La possibilité pour l'autorité fiscale de procéder d'office à la révision d'une décision ou un prononcé entré en force n'a pas pour effet que le contribuable n'est plus tenu de respecter le délai de l'art. 148 LIFD. Selon la doctrine, l'autorité fiscale doit procéder d'office à la révision d'une décision ou un prononcé entré en force lorsqu'elle découvre un motif de révision par elle-même que le contribuable n'a pas encore découvert ou n'a pas pu découvrir. Il faut éviter que le contribuable qui connaissait ou pouvait connaître le motif de révision ne laisse passer le délai de l'art. 148 LIFD et fasse ensuite grief à l'autorité fiscale de n'avoir pas procédé d'office à la révision d'une manière contraire au principe de la bonne foi ancré à l'art. 9 Cst. (MARTIN E. LOOSER, op. cit., n° 1a ad art. 148 LIFD; ZWEIFEL/CASANOVA/ BEUSCH/HUNZIKER, op. cit., p. 444 s.; PETER LOCHER, op. cit., n° 4 ad art. 148 LIFD).
6.2. En l'espèce, c'est au plus tôt à la réception de la décision du 30 décembre 2011 mais au plus tard en mai 2012 au moment où il a procédé effectivement à la restitution des indemnités de chômage perçues indûment que le contribuable a découvert ce fait nouveau.
Sous l'angle de la bonne foi, on ne peut toutefois considérer que la révision des taxations 2010-2012 ne peut intervenir d'office, car le contribuable ne l'a pas requise dans le délai de l'art. 148 LIFD. En effet, il ne peut être reproché à celui-ci de ne pas avoir envisagé la possibilité d'une révision de ses taxations 2009 et 2010 au plus tard lorsqu'il a remboursé les indemnités de chômage en 2012, alors que la caisse de chômage elle-même estimait que les montants restitués par l'intimé devaient être portés en déduction du revenu sur la déclaration fiscale 2012 et a fourni au contribuable une attestation à cet effet, qui portait la mention " joindre un exemplaire à la déclaration d'impôt ".
Pour sa part, le Service cantonal n'a eu connaissance que le 5 août 2013, lors de dépôt par l'intimé de sa déclaration fiscale pour la période 2012, de l'existence du remboursement par le contribuable en 2012 d'indemnités de chômage perçues indûment entre 2009 et 2010. Celui-ci a en effet produit l'attestation de la caisse de chômage établie le 14 janvier 2013 qui portait la mention " joindre un exemplaire à la déclaration d'impôt " et qui faisait état d'un revenu négatif de 34'791 fr. pour la période du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2012. Il appartenait ainsi au Service cantonal, lorsqu'il a refusé, à bon droit, le 12 septembre 2013, la déduction du montant en cause pour la période fiscale 2012, d'envisager d'office la révision des décisions de taxations des périodes fiscales 2009 et 2010 et ce même si le contribuable ne l'avait pas requise.
La cause est par conséquent renvoyée au Service cantonal des contributions pour qu'il procède à la révision des taxations des périodes fiscales 2009 et 2010 en matière d'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
7.
En application des art. 7 al. 1 et 9 al. 2 et 4 ainsi que 51 LHID et, de la même manière que les dispositions légales de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct précitées (consid. 2 à 6 ci-dessus), la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LI/VS; RSVS 642.1) prévoit que l'impôt sur le revenu a pour objet l'ensemble des revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 12 LI/VS) et, en particulier, tout revenu acquis en compensation du produit d'une activité lucrative, y compris les prestations fondées sur la réglementation sur les caisses de chômage (art. 19 al. let. a LI/VS). Elle précise aussi que les dépenses affectées au remboursement des dettes ne peuvent pas être déduites du revenu brut (art. 30 al. 1 let. c LI/VS) et qu'une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts (art. 154 al. 1 let. a LI/VS).
Il s'ensuit que les considérations qui ont conduit à l'admission du recours en matière d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2012 et au renvoi de la cause au Service cantonal des contributions pour les périodes fiscales 2009 et 2010 valent également en matière d'impôt cantonal et communal.
8.
Les considérants qui précédent conduisent à l'admission du recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal dans le sens des considérants. La décision du 19 octobre 2016 de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulée. La cause est renvoyée au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour révision des décisions de taxation des périodes fiscales 2009 et 2010 en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal. Au vu des circonstances particulières du cas d'espèce, les frais judiciaires sont mis à la charge du canton du Valais dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Celui-ci versera en sus une indemnité pour les dépens du contribuable (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis en matière d'impôt fédéral direct dans le sens des considérants. La cause est renvoyée au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour révision des décisions de taxation des périodes fiscales 2009 et 2010.
2.
Le recours est admis en matière d'impôt cantonal et communal dans le sens des considérants. La cause est renvoyée au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour révision des décisions de taxation des périodes fiscales 2009 et 2010.
3.
La décision du 19 octobre 2016 de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulée.
4.
Les frais de justice, arrêtés 2'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais.
5.
Le canton du Valais versera à A._ une indemnité de dépens de 2'000 fr.
6.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante du contribuable, au Service cantonal des contributions, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 30 janvier 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey