Sachverhalt:
A.
A.a. Die Stiftung A._ ist eine gemeinnützige Stiftung nach Art. 80 ff. ZGB und bezweckt eine umfassende Suchthilfe in der Region U._. Sie entstand 1998 aus dem Zusammenschluss der Arbeitsgemeinschaft B._ sowie dem Verein C._. 2001 schlossen sich ihr der Verein D._ (inkl. der Beratungsstelle E._) und 2007 die Stiftung F._ an.
A.b. Die Vorgängerorganisationen der Stiftung A._ bezogen in den Jahren 1987 bis 2000 für verschiedene ihrer Liegenschaften Beiträge der Invalidenversicherung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) wies in der Mehrheit der leistungszusprechenden Verfügungen auf die Meldepflicht bei einer Änderung der Zweckbestimmung oder einer Übertragung der Liegenschaften auf einen anderen Rechtsträger sowie auf die allfällige Pflicht zur Rückerstattung der Beiträge hin.
A.c. Nachdem die Therapeutische Gemeinschaft G._ dem BSV am 3. Oktober 2002 ihre Überführung in die Stiftung F._ mitgeteilt und um Aufstellung der per 31. Dezember 2002 nicht mehr rückerstattungspflichtigen Beiträge ersucht hatte, teilte das BSV am 28. November 2002 mit, für die Liegenschaften V._ und W._ sei bei einer Zweckentfremdung per 31. Dezember 2002 ein Rückerstattungsbetrag von insgesamt Fr. 1'703'572.- fällig.
Am 27. Juni 2007 informierte die Stiftung A._ das BSV über ihre Pläne, die Therapeutische Gemeinschaft G._ zu übernehmen und deren Einrichtungen zu erhalten resp. das eigene Angebot zu ergänzen; abschliessend stellte sie weitere Informationen in Aussicht.
A.d. Mit Schreiben vom 17. Mai 2013 forderte das BSV die Stiftung A._ sowie zwei der ihr einverleibten Organisationen auf, einen Erhebungsbogen in Zusammenhang mit den in den vergangenen 25 Jahren ausbezahlten Baubeiträgen einzureichen. Am 13. Juni 2013 reichte die Stiftung A._ dem BSV Unterlagen ein und teilte mit, die Liegenschaft V._ sei 2011 zur Rettung des Betriebes und die Liegenschaft X._ 2008 zur Finanzierung der Übernahme der Stiftung F._ verkauft worden.
Am 20. Februar 2014 forderte das BSV weitere Informationen zu den Baubeiträgen an den Verein C._ an. Die Stiftung A._ nahm dazu am 4. April 2014 Stellung. Auf Nachfrage hin präzisierte die Stiftung A._ die Verkaufsdaten der jeweiligen Liegenschaft (Y._: 15. Juli 2005; Z._: 10. Juni 2005; X._: 30. April 2008; V._: 1. November 2011).
A.e. Am 22. Mai 2014 stellte das BSV der Stiftung A._ eine Rückerstattung infolge Zweckentfremdung in der Höhe von Fr. 553'414.-, zahlbar innert 30 Tagen, in Aussicht und gewährte das rechtliche Gehör. Statt der beantragten Fristerstreckung bis 30. Juni 2014 gewährte das BSV am 3. Juni 2014 nur eine solche um eine Woche. Mit Schreiben vom 5. Juni 2014 teilte die Stiftung A._ mit, ihre stationären Einrichtungen würden nicht durch Beiträge des Kantons finanziert. Am 6. Juni 2014 informierte Rechtsanwältin Sarah Wenger das BSV über ihre Mandatierung und ersuchte um angemessene Erstreckung der Frist zur Stellungnahme sowie um Einsicht in die Verfahrensakten. Das BSV erliess am 10. Juni 2014 seine Verfügung, mit welcher es den Betrag von Fr. 553'414.- zurückforderte und eine Zahlungsfrist bis 14. Juli 2014 einräumte. Auf das Wiedererwägungsgesuch der Stiftung A._ vom 10. Juli 2014, mit welchem die Reduktion des Rückerstattungsbetrags auf Fr. 74'369.-- beantragt sowie die Aushandlung einer angemessenen Rückzahlungsmodalität beantragt wurden, trat das BSV mit Verfügung vom 7. August 2014 nicht ein.
B.
Das Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen die Verfügung vom 10. Juni 2014 erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 11. Juli 2017 teilweise gut und reduzierte die Rückerstattung auf Fr. 465'212.--; im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C.
Die Stiftung A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Verfügung vom 10. Juni 2014 dahingehend abzuändern, dass sich der Rückerstattungsbetrag auf Fr. 74'369.-- belaufe und der Stiftung A._ für die Rückzahlung eine angemessene Frist seit Rechtskraft des Urteils einzuräumen sei. Eventualiter seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz, subeventualiter an das BSV, zurückzuweisen. Zudem ersucht sie darum, ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren.
Das BSV schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
D.
Mit Eingabe vom 23. November 2017 äusserte sich die Stiftung A._ zur Vernehmlassung des BSV und hielt an ihrer Beschwerde fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 141 V 234 E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
1.3. Das Gesuch der Stiftung A._ um aufschiebende Wirkung nach Art. 103 BGG erweist sich als gegenstandslos, da gemäss Dispositiv die angeordnete Rückerstattung innert 30 Tagen seit Rechtskraft des vorinstanzlichen Entscheids zu erfolgen hat. Angesichts der vorliegenden Beschwerde kann der vorinstanzliche Entscheid nicht in Rechtskraft erwachsen (BGE 138 II 169 E. 3.3 S. 171 f.; vgl. zum Verhältnis Rechtskraft und aufschiebende Wirkung auch Ulrich Meyer/Johanna Dormann, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 5 zu Art. 103 BGG), weshalb die Rückerstattung während des Verfahrens vor Bundesgericht nicht geltend gemacht werden kann.
2.
Streitig ist, ob das Bundesverwaltungsgericht die Stiftung A._ zu Recht zur Rückzahlung des die anerkannten Fr. 74'369.- übersteigenden Betrags verpflichtet hat. Dabei ist unstrittig, dass durch den Verkauf der entsprechenden Liegenschaften eine Zweckentfremdung stattgefunden hat; die Parteien sind sich aber uneins über das massgebende Recht, welches die Frage der allfälligen Verjährung beantwortet.
3.
3.1. Art. 73 IVG (in Kraft bis 31. Dezember 2007) umriss die Voraussetzungen, unter welchen die Invalidenversicherung Anstalten, Werkstätten und Wohnheimen Betriebsbeiträge gewährte. Art. 104bis IVV (aufgehoben per 31. Dezember 2007), Ausführungsbestimmung zu Art. 73 ff. IVG, lautete:
" 1 Werden Bauten vor Ablauf von 25 Jahren seit der Schlusszahlung zweckentfremdet oder auf eine nicht gemeinnützige Rechtsträgerschaft übertragen, so sind die Beiträge zurückzuerstatten. Der zurückzuerstattende Betrag vermindert sich pro Jahr bestimmungsgemässer Verwendung um 4 Prozent.
2 Die Rückforderung ist vom Bundesamt binnen einer Frist von 5 Jahren seit der Entfremdung geltend zu machen."
3.2. Das am 1. April 1991 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (Subventionsgesetz, SuG; SR 616.1) statuiert in Art. 2 Abs. 2, dass das dritte Kapitel des Gesetzes anwendbar ist, sofern andere Bundesgesetze oder allgemeinverbindliche Bundesbeschlüsse nichts Abweichendes vorschreiben. Das dritte Kapitel des SuG umfasst Art. 11 - 40; demnach fallen auch die Bestimmungen über Zahlung und Rückerstattung von Finanzhilfen und Abgeltungen (Art. 23 - 31 SuG) sowie die Verjährungsregelung nach Art. 32 SuG unter diesen Vorbehalt abweichender Bestimmungen in anderen Bundesgesetzen.
3.3. Im Bericht des Bundesrates vom 14. April 1999 über die Prüfung der Bundessubventionen, zweiter Teil (Subventionsbericht, 2. Teil; BBl 1999 8013 ff.) wird bezüglich der Invalidenversicherung in Zusammenhang mit den Beiträgen an Institutionen und Organisationen festgehalten, die IV bilde Bestandteil des Projekts Neuer Finanzausgleich (NFA), in welchem eine Aufgabenentflechtung zwischen Bund und Kantonen vorgesehen sei. Die Kantone sollten neu die Objekthilfen und kollektiven Leistungen finanzieren; ihr Anteil an den Ausgaben der IV (12.5 %) werde aufgehoben (BBl 1999 8038). Im Anhang zu diesem Bericht wird beim Handlungsbedarf u.a. dargelegt, im Rahmen des NFA sei eine Aufgabenentflechtung vorgesehen: Die Kantone sollen von der Mitfinanzierung der individuellen Versicherungsleistungen entlastet und im Gegenzug die kollektiven Leistungen der IV weitgehend kantonalisiert werden (BBl 1999 8179).
3.4. Der Gesetzgeber hob im Rahmen der Neugestaltung des Finanzausgleiches jene Bestimmungen, welche sich mit Aufgaben befassten, die nunmehr in die kantonale Zuständigkeit fielen, auf und erliess die notwendigen Übergangsbestimmungen. Bezüglich der Verschiebung der Zuständigkeit für Betriebsbeiträge nach Art. 73 IVG an die Kantone hob er somit nicht nur diesen Artikel sowie die bis dahin nicht ausser Kraft gesetzten zugehörigen Ausführungsbestimmungen (Art. 99 - 104bis IVV) auf, sondern übernahm Art. 104bis Abs. 1 - 3 IVV in die Übergangsbestimmungen Abs. 1 - 3 zur Änderung des IVG vom 6. Oktober 2006 (AS 2007 5779, 5810).
Der Bundesrat führte in seiner Botschaft vom 7. September 2005 diesbezüglich aus, auf Grund der Kantonalisierung des Aufgabenbereichs Bau- und Betriebsbeiträge an Wohnheime, Werkstätten und Tagesstätten seien der Art. 73 IVG aufzuheben, die Art. 75 und 75bis IVG anzupassen und in einer Übergangsbestimmung die allfällige Rückerstattung von Beiträgen zu regeln (BBl 2005 6029, 6202 Ziff. 2.9.4.2.2 Umsetzung auf Gesetzesstufe). Weiter hielt der Bundesrat fest, die "Regelung des geltenden Art. 104bis IVV" werde als Übergangsbestimmung übernommen (a.a.O., 6204 Ziff. 2.9.4.3 Kommentar zu den Änderungen im IVG).
Im Rahmen der parlamentarischen Beratung gaben die Aufhebung des Art. 73 IVG und die Überführung des Art. 104bis IVV in die Übergangsbestimmungen zu keinen Diskussionen Anlass (vgl. AB 2006 S. 157, AB 2006 N 1222 f., AB 2006 S 737 und AB 2006 N 1394 f.).
3.5. Mit Urteil 2A.499/1999 vom 2. Mai 2000 (publiziert in ZBl 2001 S. 335) entschied das Bundesgericht, dass das SuG keine allgemeine Regelung enthalte, welche die Zweckentfremdung von subventionierten Bauten betreffe; die Folgen seien nach Massgabe der einschlägigen Spezialerlasse, hier nach dem Bundesgesetz vom 19. April 1978 über die Berufsbildung (BBG; in Kraft bis 31. Dezember 2003), zu beurteilen (E. 2).
Im Urteil 2A.553/2002 vom 22. August 2003 äusserte sich das Bundesgericht in E. 4.7 zum Verhältnis der Verjährungsbestimmungen des SuG und jenen gemäss dem bis zum Inkrafttreten des SuG massgebenden Art. 105 des 1999 durch den aktuell geltenden Erlass abgelösten Bundesgesetzes vom 3. Oktober 1951 über die Förderung der Landwirtschaft und die Erhaltung des Bauernstandes (aLwG). Es fänden sich keine Anhaltspunkte dafür, dass der Gesetzgeber mit dem SuG ein strengeres Regime habe einführen wollen; vielmehr solle nach den Erläuterungen der Botschaft die bisherige Regelung weitergeführt werden. In E. 4.9 prüfte es, ob die bei Inkrafttreten des SuG aufgehobenen spezialgesetzlichen Bestimmungen eine für den Beschwerdeführer günstigere Lösung vorsahen, was nicht der Fall war.
In E. 3.3 des Urteils I 977/06 vom 2. April 2008 stellte das Bundesgericht bezüglich der Rückerstattung von Baubeiträgen nach Art. 73 IVG infolge Zweckentfremdung oder Veräusserung auf das SuG ab. Streitig war die Berücksichtigung eines Härtefalls nach Art. 29 Abs. 1 Satz 3 SuG; massgebend war der Rechtszustand vor Aufhebung des Art. 73 IVG per 31. Dezember 2007. Zur Verjährung bzw. zum Verhältnis von Art. 104bis IVV resp. den Übergangsbestimmungen vom 6. Oktober 2006 und Art. 32 SuG äusserte es sich nicht.
Nach Urteil 2C_88/2012 vom 28. August 2012 E. 4.1 gilt das SuG gemäss Art. 2 Abs. 1 für alle im Bundesrecht vorgesehenen Finanzhilfen und Abgeltungen, insbesondere auch für jene der Landwirtschaft; das 3. Kapitel des SuG ist nach dessen Art. 2 Abs. 2 anwendbar, sofern andere Bundesgesetze und allgemeinverbindliche Bundesbeschlüsse nichts Abweichendes vorschreiben. In der Folge hielt das Bundesgericht fest, Art. 37 - 39 SuG seien gestützt auf Art. 176 des Bundesgesetzes vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.1) nicht anwendbar (E. 4.1). Art. 30 SuG sei nicht anwendbar, da Art. 171 Abs. 2 LwG eine davon abweichende Regelung treffe und als spezielles Recht ohnehin vorgehe (E. 4.2). In E. 4.3.4 bestätigte es das bereits mit Urteil 2A.553/2002 vom 22. August 2003 bezüglich Art. 105 aLwG in E. 4.7 Gesagte.
4.
4.1. Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut. Vom klaren, das heisst eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, unter anderem dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Norm wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Sinn und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben. Eine historisch orientierte Auslegung ist für sich allein nicht entscheidend. Doch vermag nur sie die Regelungsabsicht des Gesetzgebers (die sich insbesondere aus den Materialien ergibt) aufzuzeigen, welche wiederum zusammen mit den zu ihrer Verfolgung getroffenen Wertentscheidungen verbindliche Richtschnur des Gerichts bleibt, auch wenn es das Gesetz mittels teleologischer Auslegung oder Rechtsfortbildung veränderten, vom Gesetzgeber nicht vorausgesehenen Umständen anpasst oder ergänzt (BGE 141 V 197 E. 5.2 S. 203; 140 III 616 E. 3.3 S. 621; 140 IV 162 E. 4.6 S. 166 f., je mit Hinweisen).
4.2. Im Allgemeinen finden die beiden Kollisionsregeln, wonach das speziellere Gesetz dem allgemeineren Gesetz (Vorrang der lex specialis) und das jüngere Gesetz dem älteren Gesetz (Vorrang der lex posterior) vorgeht, Anwendung. Beim Vorrang der lex specialis beinhaltet die Zuordnung zum spezielleren resp. allgemeineren Gesetz bereits eine Wertung (vgl. HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7. Aufl. 2016, Rz. 183 mit Hinweisen).
5.
5.1. Die Vorinstanz stützte sich allein auf die Bestimmungen des SuG. Sie begründete dies damit, dass unter der Geltung von Art. 104bis IVV keine Regelung für jene Fälle, in denen eine Zweckentfremdung nicht gemeldet worden sei, vorgesehen gewesen sei, so dass keine abgestufte Verjährungsregel mit einer relativen und einer absoluten Frist im Sinne von Art. 32 SuG geschaffen worden sei. Als Art. 104bis IVV erlassen worden sei, sei für Fälle der Meldepflichtverletzung keine abgestufte Verjährungsregel mit einer relativen und absoluten Frist wie in Art. 32 SuG geschaffen worden; der Gesetzgeber habe sich in den Schlussbestimmungen Abs. 1 - 3 auch nicht dazu geäussert. Bei der Überführung des bisherigen Art. 104bis IVV in die Schlussbestimmungen handle es sich gemäss den Materialien um die blosse Überführung des bereits vor dem SuG und NFA geltenden Rechts, um die noch andauernden Finanzhilfen des Bundes bis zu deren Auslaufen rechtlich abzusichern. Mit Inkrafttreten des NFA habe der Gesetzgeber durch das Aufheben des Art. 73 IVG die bereits in der Botschaft zum SuG geäusserte Absicht bestätigt, auch die im IVG enthaltenen Finanzhilfen und Abgeltungen dem SuG zu unterstellen. Der Botschaft zum SuG könne entnommen werden, dass Abweichungen in anderen Erlassen nur noch vereinzelt vorkommen sollen und Abweichungen in den Verordnungen innerhalb von zwei Jahren nach Inkrafttreten des SuG anzupassen seien. Das Bundesgericht habe in BGE 122 V 189 ausgeführt, das SuG enthalte eine "allgemeine Ordnung für Bundesbeiträge" und solle das Beitragswesen des Bundes vereinheitlichen. Diese Vereinheitlichungsbestrebung komme u.a. in den Regelungen über den Geltungsbereich und in den Übergangsbestimmungen zum Ausdruck. Im Rahmen der historischen Auslegung ergebe sich die Absicht des Gesetzgebers, die nach Art. 73 IVG gewährten Finanzhilfen an die im SuG geltenden allgemeinen Bestimmungen anzupassen. Zudem sei darin auch eine Schliessung von Lücken zu erkennen, als dass nach Art. 73 IVG begründete Subventionsverhältnisse den spezifischen Bestimmungen über die Meldepflicht und längeren Verjährungspflichten bei deren Nichteinhaltung unterworfen werden sollten. Auch in der Botschaft zum NFA führe der Bundesrat aus, Art. 73 IVG könne ersatzlos gestrichen werden und die Regelung des Art. 104bis IVV sei zu übernehmen. Gestützt auf diesen Botschaftstext sei Art. 104bis IVV in die Schlussbestimmungen übernommen worden. Aus den parlamentarischen Protokollen ergäben sich keine weiteren Ausführungen zur Absicht des Gesetzgebers. Somit sei festzuhalten, dass die gemäss dem BSV wegen Art. 42 Abs. 2 SuG als nicht mehr rechtsgültig bezeichnete Verordnungsnorm von Art. 104bis IVV nie aufgehoben worden sei, obwohl der Bundesrat sie bis 1. April 1993 hätte anpassen müssen. Mit der Übernahme von Art. 104bis IVV in die Schlussbestimmungen sei vergessen gegangen, eine spezifischere Regelung für den Fall der Meldepflichtverletzung oder einen Verweis auf die einschlägigen Bestimmungen nach Art. 32 SuG aufzunehmen. Eine bewusste Nichtregelung oder die Absicht, Subventionsnehmer im Bereich der Invalidenversicherung abweichend zu den übrigen Subventionsverhältnissen regeln zu wollen, gehe aus den Materialien nicht hervor. Daher liege eine Lücke im Gesetz vor, die in dem Sinne zu schliessen sei, dass die bei Meldepflichtverletzungen spezifische Verjährungsregelung in Art. 32 Abs. 2 f. SuG zur Anwendung komme.
5.2. Die Stiftung A._bringt dagegen vor, dass mit den seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Übergangsbestimmungen des IVG vom 6. Oktober 2006 eine speziellere Vorschrift im Bereich der Invalidenversicherung bestehe, welche den Bestimmungen des SuG vorgehe. Es handle sich dabei nicht nur um ein jüngeres Gesetz, sondern im Verhältnis zum SuG auch um eine lex specialis. Der Schluss der Vorinstanz, wonach die strengeren Verjährungsbestimmungen massgebend sein sollen, könne nicht damit begründet werden, dass die Übergangsbestimmungen keine Regelung für den Fall der Meldepflichtverletzung enthielten. Massgebend sei die Auslegung. Dabei sei der Wortlaut klar. So seien Äusserungen von Personen oder Amtsstellen nicht massgebend, soweit sie keinen Niederschlag im Gesetz gefunden hätten. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Vorinstanz eine Auslegung vornehme, obwohl sie selbst den Wortlaut als unmissverständlich bezeichnet habe. Soweit die Vorinstanz eine Lücke annehme, sei dies unzutreffend, da das Gesetz eine Antwort enthalte und diese nicht unhaltbar sei. Dass den Übergangsbestimmungen keine Regelung bei Meldepflichtverletzungen zu entnehmen sei, mache diese nicht unhaltbar, da bis zum Inkrafttreten des SuG Rückerstattungsansprüche - unabhängig von einer Meldepflichtverletzung - stets innert fünf Jahren seit Zweckentfremdung resp. seit dem Verkauf verjährten. Im Übrigen habe nicht nur die Stiftung A._ ihre Meldepflicht, sondern das BSV auch seine Aufsichtspflicht verletzt. Die Begründung der Vorinstanz, wonach Art. 104bis IVV nach Inkrafttreten des SuG hätte aufgehoben werden müssen, sei angesichts von Art. 2 Abs. 2 SuG nicht nachvollziehbar. Dass zuerst eine Anpassung von Art. 104bis IVV vergessen gegangen sei, sei mit Erlass der Übergangsbestimmungen korrigiert worden. Daran ändere auch nichts, dass im Anhang zur Botschaft zum NFA Art. 73 IVG als aufzuhebender Artikel aufgeführt worden sei. Auch das von der Vorinstanz geltend gemachte zweite Vergessen einer Neuregelung bezüglich der Meldepflichtverletzung werde bezweifelt und sei wenig wahrscheinlich. Die seit 1975 unangefochten bestehende Regelung von Art. 104bis IVV sei auch nicht durch das blosse zwischenzeitliche Inkrafttreten des SuG unangemessen geworden. Wenn der Gesetzgeber eine Unterstellung der Verjährungsregelung unter das SuG gewollt hätte, hätte es keines Erlasses der Übergangsbestimmungen bedurft. In der Folge macht die Stiftung A._ geltend, dass gestützt auf die massgebende fünfjährige Frist mit Ausnahme jener der Liegenschaft V._ sämtliche Rückerstattungen verjährt seien. Demnach belaufe sich die Rückerstattung auf Fr. 74'370.-. Eventualiter macht die Stiftung A._ Ausführungen zum Härtefall, welcher ihrer Ansicht nach gegeben sei, sollten die von ihr bestrittenen Rückerstattungen bestätigt werden.
6.
6.1.
6.1.1. Massgebend für die Beurteilung der vorliegend strittigen Frage sind der Sachverhalt und die Rechtssätze im Zeitpunkt des Verfügungserlasses, mithin am 7. August 2014 (BGE 131 V 242 E. 2.1 S. 243). Dannzumal waren Art. 73 IVG sowie die dazugehörigen Ausführungsbestimmungen von Art. 104bis IVV bereits aufgehoben; letztere sind jedoch anlässlich ihrer Aufhebung wortwörtlich in die Übergangsbestimmungen Abs. 1 - 3 zur Änderung des IVG vom 6. Oktober 2006 übernommen worden. Dies entspricht dem Willen des Gesetzgebers, der bei der Neugestaltung des Finanzausgleichs die IV-spezifischen Regelungen beibehalten wollte (vgl. E. 3.4). So ist er den unzweideutigen Ausführungen in der bundesrätlichen Botschaft, wonach die bestehende spezialgesetzliche Regelung von Art. 104bis IVV massgebend sein soll, diskussionslos gefolgt. Hätte der Gesetzgeber - wie es die Vorinstanz geltend macht - eine Vereinheitlichung gewünscht, so hätte er gar keine Übergangsbestimmungen vorsehen müssen und das SuG wäre zur Anwendung gelangt. Offensichtlich entsprach dies aber nicht seinem Willen, sondern er zog eine IV-spezifische Regelung vor.
6.1.2. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, stellen diese Übergangsbestimmungen Normen auf der Stufe Bundesgesetz dar (vgl. die vorinstanzliche E. 6.3.1). Da der Wortlaut der Übergangsbestimmungen auf die strittige Frage der Dauer der Verwirkungsfrist eine klare Antwort gibt, kann entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht von einer echten Lücke ausgegangen werden. Denn eine solche liegt nicht schon vor, wenn der Gesetzgeber eine Frage nicht im erwarteten, von der Verwaltung als vernünftig erscheinenden oder sich nahtlos in die übrige Bundesgesetzgebung einfügenden Sinne regelt. Letzteres stellt vielmehr eine unechte Lücke dar, deren Füllung - mit Ausnahme unhaltbarer Ergebnisse - dem Richter untersagt und dem Gesetzgeber vorbehalten ist (vgl. statt vieler BGE 141 V 481 E. 3.1 S. 485). Die Massgeblichkeit einer fünfjährigen statt einer zehnjährigen Frist ist jedoch nicht als unhaltbar zu bezeichnen, zumal im Rahmen der Baubeiträge nach IVG während Jahrzehnten die fünfjährige Frist unangefochten in Kraft stand.
6.1.3. Daran ändert nichts, dass die Übergangsbestimmungen nicht zwischen Fällen mit und ohne Meldepflichtverletzungen unterscheiden. Denn einerseits galt dies seit Einführung der Baubeiträge im IVG. Andererseits war weder mit dem SuG noch im Rahmen des NFA eine strengere Regelung beabsichtigt (vgl. namentlich Urteil 2A.553/2002 vom 22. August 2003 E. 4.7); vielmehr ergibt sich gerade aus den Materialien zum NFA, dass bezüglich der Baubeiträge nach Art. 73 IVG der frühere Rechtszustand unverändert übernommen werden sollte. Offensichtlich wollte der Gesetzgeber die IV-spezifische Regelung, die keine besonderen Bestimmungen bei Meldepflichtverletzungen vorsah, beibehalten, ansonsten er auf Übergangsbestimmungen hätte verzichten können, so dass die allgemeine Regelung nach SuG zum Tragen gekommen wäre (vgl. zur Zulässigkeit einer von Art. 32 SuG abweichenden spezialgesetzlichen Regelung auch August Mächler, Subventionsrecht, in: Biaggini/Häner/Saxer/Schott [Hrsg.], Verwaltungsrecht, 2015, Rz. 21.59). Es ist nochmals festzuhalten, dass der Gesetzgeber mit Erlass des SuG eine Vereinheitlichung im Rahmen der Abgeltungen und Finanzhilfen zwar fördern, aber nicht erzwingen wollte, andernfalls Art. 2 Abs. 2 SuG, wonach anderslautende Normen in Bundesgesetzen und allgemeinverbindlichen Bundesbeschlüssen vorgehen, sinnlos wäre.
6.2. Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass sich die Regelung der Verwirkungsfrist von fünf Jahren gemäss den Übergangsbestimmungen und jener von zehn Jahren nach Art. 32 SuG gegenüberstehen und keine vom Gericht zu füllende Lücke vorliegt. Da beide Normen auf der Stufe von Bundesgesetzen stehen, ist das Problem nach den allgemeinen Grundsätzen bei sich widersprechenden gesetzlichen Regelungen zu lösen. D.h. es ist nach dem Grundsatz des Vorrangs der lex specialis resp. der lex posterior vorzugehen (E. 4.2).
6.3.
6.3.1. Das SuG ist als generelles Gesetz für sämtliche Finanzhilfen und Abgeltungen auf Bundesebene konzipiert. Da seine Bestimmungen je nach Rechtsgebiet jedoch zu ungewollten Situationen führen könnten, statuiert Art. 2 Abs. 2 SuG den Vorbehalt abweichender Regelungen in den Spezialgesetzen. Damit hat der Gesetzgeber aber auch festgehalten, dass das SuG als lex generalis zu sehen ist und ihm widersprechende Regelungen in anderen Bundesgesetzen als lex specialis zu qualifizieren sind und Priorität haben. Soweit demnach bei den Baubeiträgen nach IVG eine dem SuG widersprechende Regelung auf Stufe Bundesgesetz besteht, geht diese vor. Dies ist vorliegend mit den Übergangsbestimmungen Abs. 1 - 3 zur Änderung des IVG vom 6. Oktober 2006 der Fall. Demnach geht die fünfjährige Frist nach der Übergangsbestimmung Abs. 2 der zehnjährigen nach Art. 32 Abs. 2 SuG vor.
6.3.2. Die Übergangsbestimmungen datieren vom 6. Oktober 2006, das SuG vom 5. Oktober 1990. Damit sind erstere auch nach dem Grundsatz der lex posterior massgebend.
6.3.3. Nach dem Gesagten sind die Übergangsbestimmungen sowohl unter Beachtung des Grundsatzes des Vorrangs der lex posterior als auch nach jenem der lex specialis massgebend. Daran ändert auch Art. 42 Abs. 2 SuG nichts. Denn selbst wenn ab 1. April 1993 gestützt auf Art. 42 Abs. 2 SuG mangels Überführung des Art. 104bis IVV in ein Bundesgesetz die Bestimmungen des SuG massgebend gewesen wären, so wäre diesem Rechtszustand spätestens mit Erlass der Übergangsbestimmungen vom 6. Oktober 2006 ein Ende gesetzt, da nunmehr eine abweichende Regelung auf Stufe Bundesgesetz gegeben war, welche nach Art. 2 Abs. 2 SuG Vorrang hat. Etwas Anderes lässt sich auch nicht aus BGE 122 V 198 und SVR 1997 IV Nr. 107 S. 331 (I 286/96) ableiten, da sich in jenen Fällen eine Norm des SuG und eine spezialrechtliche Norm auf Verordnungsstufe gegenüber standen, so dass offensichtlich jene der höheren Normstufe vorging; vorliegend ist aber das Verhältnis zweier sich widersprechender Normen auf Stufe Bundesgesetz strittig.
Entgegen der Ansicht der Vorinstanz liegt mit dem Vorgehen des Gesetzgebers keine Lücke (vgl. E. 6.1) und auch kein gesetzgeberisches Versehen vor, hat doch der Bundesrat in seiner Botschaft zum NFA - wohl unter Mitwirkung des BSV als zuständigem Bundesamt - sich unzweideutig zu Gunsten der Regelung nach dem aufzuhebenden Art. 104bis IVV geäussert (E. 3.4).
6.3.4. Zu beachten ist weiter, dass die von der Vorinstanz erachtete Massgeblichkeit des Art. 32 Abs. 2 SuG mit seiner längeren Verjährungsfrist die Empfänger der strittigen Baubeiträge bedeutend schlechter stellt als nach der Regelung von Art. 104bis IVV resp. den Übergangsbestimmungen vom 6. Oktober 2006. Nach der Rechtsprechung war mit dem SuG jedoch keine Einführung eines strengeren Regimes beabsichtigt (vgl. Urteil 2A.553/2002 vom 22. August 2003 E. 4.7), weshalb spezialgesetzliche Bestimmungen, die eine weniger strenge Normierung vorsehen, nicht unhaltbar sind.
6.3.5. Auch die Berufung des BSV auf die Botschaft des Bundesrates vom 15. Februar 2017 zur Änderung des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (Weiterentwicklung der IV; BBl 2017 2535, 2677) ändert nichts. Denn das BSV ist darauf hinzuweisen, dass es als zuständiges Bundesamt in dieser Frage schon längst hätte tätig werden können, so es denn diese Übergangsbestimmungen als derart unhaltbar betrachtet hätte, und sich nun nicht darauf berufen kann, der Gesetzgeber habe versehentlich legiferiert. In diesem Zusammenhang bleibt festzuhalten, dass die nunmehr beabsichtigte Aufhebung nach wie vor nicht erfolgt ist, sondern die Übergangsbestimmungen weiterhin in Kraft stehen.
6.3.6. Schliesslich ging das BSV selbst von der Massgeblichkeit der Schlussbestimmungen aus, werden diese doch im Titel der Schreiben vom 17. Mai 2013 und 20. Februar 2014 als gesetzliche Grundlage angegeben und sowohl im Schreiben vom 22. Mai 2014 wie auch in der Verfügung vom 10. Juni 2014 wird explizit auf Abs. 3 der Schlussbestimmungen als gesetzliche Grundlage verwiesen ("Der zurückzuerstattende Betrag vermindert sich pro Jahr bestimmungsgemässer Verwendung um 4 %. Die Rückerstattung ist vom Bundesamt binnen Frist von 5 Jahren seit der Zweckentfremdung geltend zu machen (Abs. 2 und 3 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 6. Oktober 2006 [NFA]). Im Übrigen sind die Bestimmungen des Bundesgesetzes über Finanzhilfen und Abgeltungen vom 5. Oktober 1990 anwendbar."). Bei dieser Sachlage würde sich - sofern Art. 32 Abs. 2 SuG massgeblich wäre - die Frage des Vertrauensschutzes resp. des Vorgehens nach Treu und Glauben stellen.
7.
7.1. Die Stiftung A._ anerkennt die Rückerstattung von Fr. 74'369.- in Zusammenhang mit der Liegenschaft V._. Die vorinstanzliche Reduktion der Rückzahlung bezüglich der Liegenschaft X._ um Fr. 78'333.- bleibt seitens des BSV unangefochten. Streitig sind hingegen Rückerstattungen von insgesamt Fr. 390'842.- in Zusammenhang mit den Liegenschaften Y._ (Fr. 139'620.-), Z._ (Fr. 155'822.-) und X._ (Fr. 95'400.-).
7.2. Massgebend ist die Verfügung vom 10. Juni 2014, mit welcher das BSV den Betrag von Fr. 553'414.- zurückforderte. Die Liegenschaft X._ war am 30. April 2008 verkauft worden, jene Y._ am 15. Juli 2005 und jene an der Z._ am 10. Juni 2005. Damit datieren die Verkäufe mehr als fünf Jahre vor der Verfügung vom 10. Juni 2014. Folglich sind die geltend gemachten Rückerstattungen bezüglich dieser drei Liegenschaften unter Berücksichtigung der nach E. 6 massgebenden Frist verjährt.
7.3. Angesichts des sich seit Jahren hinziehenden Verfahrens ist die Frist zur Rückerstatttung der unbestrittenermassen geschuldeten Fr. 74'369.- innert 30 Tagen seit Rechtskraft angemessen. Die Stiftung A._ hatte ausreichend Zeit, sich auf die Bezahlung des von ihr nicht bestrittenen Betrages vorzubereiten.
8.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Das unterliegende BSV hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Stiftung A._ hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Sie macht mit Schreiben vom 15. Dezember 2017 unter Verweis auf Art. 4 des Reglementes vom 31. März 2006 über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht (SR 173.110.210.3) ein Honorar von Fr. 15'000.- zuzüglich MWSt und Barauslagen in der Höhe von Fr. 211.60 geltend. Dies stellt den maximal zulässigen Betrag bei Streitwerten zwischen Fr. 100'000.- und Fr. 500'000.- dar. Da vorliegend der Streitwert lediglich Fr. 390'842.- beträgt (vgl. E. 7.1) und sich dieselben Rechtsfragen stellen wie im vorinstanzlichen Verfahren ist dieser Betrag zu hoch. Der Beschwerdeführerin wird eine Parteientschädigung von pauschal Fr. 7'500.- (d.h. einschliesslich MWSt und Barauslagen) zugesprochen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Juli 2017 und die Verfügung des Bundesamtes für Sozialversicherungen vom 10. Juni 2014 werden insoweit abgeändert, als die Beschwerdeführerin dem Bundesamt für Sozialversicherungen innert 30 Tagen seit Zustellung dieses Urteils Beiträge in der Höhe von Fr. 74'369.- zurückzuerstatten hat.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7500.- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Juli 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold