Sachverhalt:
A.
A.C._ war im Jahr 2007 für die D._ AG, U._, unselbständig erwerbstätig. Daneben übte er weitere unselbständige Nebenerwerbstätigkeiten aus und war unter anderem Teilhaber an der E._ GmbH, V._ (nachfolgend: die Gesellschaft). Im Jahr 2007 war er mit einem Stammanteil von Fr. 18'000.-- und B.C._ mit einem solchen von Fr. 2'000.-- an dieser Gesellschaft beteiligt.
In seiner Steuererklärung 2007 deklarierte A.C._ ein steuerbares Einkommen von Fr. 49'109.-- und ein steuerbares Vermögen von Fr. 345'742.--. In den Veranlagungen der Kantons- und Gemeindesteuern 2007 sowie der direkten Bundessteuer 2007 vom 18. Juni 2014 rechnete das Kantonale Steueramt aufgrund einer steueramtlichen Meldung betreffend einer verdeckten Gewinnausschüttung der Gesellschaft Einkommen in Höhe von Fr. 982'446.-- auf (nicht verbuchter Kapitalgewinn aus der Veräusserung von Liegenschaften Fr. 969'000.-- und doppelte Abrechnung von Malerarbeiten Fr. 13'446.--).
B.
Die gegen die Veranlagungen gerichteten Einsprachen hiess das Kantonale Steueramt mit Einspracheentscheiden vom 27. April 2017 teilweise gut. An der Aufrechnung von Fr. 982'446.-- hielt es jedoch fest. Bei den Kantons- und Gemeindesteuern 2007 wurden das steuerbare Einkommen auf Fr. 1'210'400.-- und das steuerbare Vermögen auf Fr. 2'023'000.--, bei der direkten Bundessteuer 2007 das steuerbare Einkommen auf Fr. 1'211'300.-- festgesetzt. Während die Verwaltungsrekurskommission die Einspracheentscheide mit Entscheid vom 12. Dezember 2017 noch bestätigt hatte, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerden mit Entscheid vom 15. März 2018 gut und hob die angefochtenen Entscheide auf und wies die Angelegenheit zu weiterer Abklärung des Sachverhalts im Sinne der Erwägungen und zu neuer Entscheidung an das Kantonale Steueramt zurück.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. April 2018 beantragt das Kantonale Steueramt St. Gallen Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 15. März 2018 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern 2007 sowie direkte Bundessteuer 2007 und Bestätigung des Entscheids der Verwaltungsrekurskommission vom 12. Dezember 2017.
Die Vorinstanz und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) haben sich vernehmen lassen. Die Vorinstanz beantragt Abweisung, die ESTV Gutheissung der Beschwerde.
Erwägungen:
1.
1.1. Nach Art. 90 BGG ist die Beschwerde ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz abschliessen (Endentscheide). Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde demgegenüber nach Art. 93 Abs. 1 BGG nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Als End- und nicht als Zwischenentscheide gelten Entscheide, die das Verfahren zwar an eine untere Instanz zurückweisen, dieser aber kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und sie bloss noch das oberinstanzlich Angeordnete umsetzen kann (BGE 142 II 20 E. 1.2 S. 24; 134 II 124 E. 1.3 S. 127 f.).
Vorliegend hat die Vorinstanz die Sache an das Kantonale Steueramt zurückgewiesen, ohne seinen Entscheidungsspielraum einzuschränken. Es handelt sich folglich um einen Zwischenentscheid.
1.2. Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE 135 II 30 E. 1.3.2 S. 34; 135 I 261 E. 1.2 S. 263; 134 III 188 E. 2.2 S. 191; 133 III 629 E. 2.1 S. 631). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbstständig anfechten können, weil sie sich immer noch mit Beschwerde gegen den Endentscheid beim Bundesgericht zur Wehr setzen können (Art. 93 Abs. 3 BGG; BGE 144 III 475 E. 1.2 S. 479; 133 IV 288 E. 3.2). Es obliegt der beschwerdeführenden Partei darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu BGE 144 III 475 E. 1.2 S. 479 f.; 137 III 324 E. 1.1 S. 328 f.; 134 III 426 E. 1.2 S. 429; 133 III 629 E. 2.3.1 S. 632 und 2.4.2 S. 633).
1.3. Zu prüfen ist, ob dem Kantonalen Steueramt ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG droht, wenn es den Zwischenentscheid der Vorinstanz nicht anfechten kann.
1.3.1. Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne dieser Vorschrift wird gesprochen, wenn der Nachteil rechtlicher Natur ist und auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (BGE 144 III 475 E. 1.2 S. 479; 141 III 80 E. 1.2 S. 80; 135 I 261 E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Ein Rückweisungsentscheid, mit dem eine Sache zu neuer Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, sondern führt bloss zu einer Verlängerung des Verfahrens (BGE 144 V 280 E. 1.2 S. 283; 137 III 380 E. 1.2.1; 136 II 165 E. 1.2.1 S. 170; 133 V 477 E. 5.2.1 S. 483). Allerdings erleidet die Behörde ausnahmsweise einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, wenn die Rechtsmittelinstanz ihr materiell-rechtliche Vorgaben macht und sie so zwingt, eine ihrer Ansicht nach rechtswidrige Verfügung zu erlassen, die sie in der Folge mangels formeller Beschwer nicht mehr anfechten kann (Urteil 8C_530/2018 vom 7. Juni 2019 E. 3.3, zur Publikation vorgesehen; BGE 144 IV 377 E. 1 S. 379 f.; 142 V 26 E. 1.2 S. 28 f.; 141 V 330 E. 1.2 S. 332; 140 V 321 E. 3.7 S. 327; 134 II 124 E. 1.3 S. 128).
1.3.2. Die Vorinstanz hat die Angelegenheit sowohl für die Kantons- und Gemeindesteuern 2007 als auch für direkte Bundessteuer 2007 zu ergänzender Sachverhaltsabklärung an das Kantonale Steueramt zurückgewiesen. Materiell-rechtliche Vorgaben lassen sich dem Urteil der Vorinstanz nicht entnehmen. Vielmehr bleibt das Kantonale Steueramt frei, wieder in demselben Sinne zu entscheiden, wenn der ergänzte Sachverhalt dies zulässt. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht dem Kantonalen Steueramt folglich nicht.
1.4. Auf die Beschwerde des Kantonalen Steueramts könnte deshalb nur eingetreten werden, wenn die Gutheissung seiner Beschwerde unmittelbar zu einem Endentscheid führen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
1.4.1. Letztere dieser beiden Voraussetzungen dient der Prozessökonomie (BGE 139 V 42 E. 3.2 S. 48). Sie ist einschränkend auszulegen, sodass nur mit Zurückhaltung von einer Ersparnis eines bedeutenden Aufwands auszugehen ist (BGE 143 III 290 E. 1.4 S. 295; 134 III 426 E. 1.3.2 S. 430 f.). Eine im Zwischenentscheid angeordnete ergänzende Sachverhaltsabklärung stellt grundsätzlich keinen bedeutenden Aufwand dar (Urteile 6B_872/2018 vom 12. Oktober 2018 E. 1.3; 8C_862/2017 vom 23. April 2018 E. 4.2 mit Hinweisen).
1.4.2. Das Kantonale Steueramt hat in seiner Beschwerde nicht dargelegt, inwiefern die von der Vorinstanz angeordneten Sachverhaltsabklärungen einen bedeutenden Aufwand verursachen würden. Es begründet dieses Versäumnis damit, dass aus dem angefochtenen Entscheid nicht mit der gebotenen Klarheit hervorgehe, welche Sachverhaltselemente im Einzelnen näher abzuklären seien. Dies mag zwar zutreffen, doch hat sich das Kantonale Steueramt diese Unklarheit zumindest teilweise selbst zuzuschreiben. Denn auch aus der Lektüre seiner Veranlagungen und Einspracheentscheide wird nicht klar, worin denn genau die geldwerte Leistung der Gesellschaft an den Beschwerdegegner bestanden haben soll. Aus diesen Verfügungen bzw. Entscheiden ergibt sich nämlich nur, dass das Steueramt aus der Aufrechnung eines nicht verbuchten Kapitalgewinns bei der Gesellschaft auf einen steuerbaren Vermögenszugang beim Beschwerdegegner geschlossen hat.
1.4.3. Haben die Steuerbehörden im Rahmen der Veranlagung der Gesellschaft festgestellt, dass die Gesellschaft einem Anteilsinhaber eine geldwerte Leistung ausgerichtet hat, dürfen sie nach der Rechtsprechung im Rahmen der Veranlagung des Anteilsinhabers zwar vermuten, dass diese geldwerte Leistung dem Anteilsinhaber oder einer ihm nahestehenden Person zugeflossen ist und deshalb bei ihm der Einkommenssteuer untersteht. Wie das Bundesgericht aber stets betont hat und auch die Vorinstanz hervorhebt, besteht kein Aufrechnungsautomatismus, d.h. diese natürliche Vermutung ist weder unwiderlegbar, noch entfaltet die rechtskräftige Veranlagung der Gesellschaft Bindungswirkung für die Veranlagung ihrer Anteilsinhaber (vgl. Urteile 2C_312/2019 vom 23. April 2019 E. 2.3.4 und 2.3.5; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.7, in: StE 2015 A 21.12 Nr. 16; StR 70/2015 S. 811).
Damit diese Vermutung gegenüber dem Beschwerdegegner zur Anwendung gelangen hätte dürfen, hätte sich der Veranlagung der Gesellschaft die Feststellung entnehmen lassen müssen, dass die Gesellschaft den nicht verbuchten Kapitalgewinn im Steuerjahr 2007 an den Beschwerdegegner oder eine ihm nahestehende Person ausgeschüttet hatte. Vorliegend spricht der Steuerkommissär in den Berechnungen für die Steuerveranlagung der Gesellschaft vom 9. November 2012 zwar von einer verdeckten Gewinnausschüttung der Gesellschaft an den Beschwerdegegner. Aus seinen erklärenden Schilderungen ergeben sich jedoch keine Anhaltspunkte dafür, dass die Gesellschaft den nicht verbuchten Kapitalgewinn aus dem Verkauf des Grundstücks tatsächlich an den Beschwerdegegner ausgeschüttet hätte.
Folglich wird das Steueramt nach dem angefochtenen Urteil zu untersuchen haben, ob die Gesellschaft den nicht verbuchten Kapitalgewinn im Steuerjahr 2007 tatsächlich an den Beschwerdegegner ausschüttete und ihm so eine geldwerte Leistung ausrichtete. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern diese Abklärungen einen bedeutenden Aufwand im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG verursachen könnten. Eine Abweichung vom Grundsatz, wonach sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (vgl. oben E. 1.2 und dortige Hinweise), rechtfertigt sich also nicht.
1.5. Ob das Bundesgericht die Beschwerde in der Sache gutheissen und einen Endentscheid herbeiführen könnte, ist angesichts des offensichtlich illiquiden Sachverhalts zweifelhaft. Ob diese erste Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG erfüllt ist, kann indessen offenbleiben, da es nach dem Gesagten jedenfalls an der zweiten Voraussetzung fehlt. Die Beschwerde gegen den Zwischenentscheid der Vorinstanz erweist sich somit als unzulässig.
2.
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Kantonalen Steueramt St. Gallen aufzuerlegen, welches Vermögensinteressen verfolgt (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Der Beschwerdegegner hat sich vor Bundesgericht nicht vernehmen lassen. Ihm steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 7'500.-- werden dem Kanton St. Gallen auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung III, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler