Faits :
A.
A.a. Une autorisation de procéder leur ayant été délivrée le 10 mars 2015, les deux sociétés B._ SA (ci-après: la première société demanderesse ou l'intimée) et E._ SA (ci-après: la seconde société demanderesse), toutes deux cessionnaires de la masse en faillite de la société F._ Sàrl (ci-après: F._) (art. 260 LP), ont déposé, le 9 juin 2015, une demande en paiement contre les organes gérants de la faillie, soit C._ et D._, et contre son organe de révision, soit la Fiduciaire A._ SA, devant le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz. Invoquant les art. 752 ss CO (recte: art. 827 CO, renvoyant par analogie aux art. 752 ss et 725 CO), les demanderesses ont conclu à ce que les trois défendeurs soient condamnés à leur payer différents montants.
La seconde société demanderesse E._ n'ayant pas été valablement représentée à l'audience de conciliation, les défendeurs ont conclu à l'irrecevabilité de la demande, en raison de l'invalidité de l'autorisation de procéder, ce que le tribunal civil a admis par jugement du 19 septembre 2017.
A.b. Le tribunal a imparti à la première demanderesse un délai pour modifier sa demande, dans la mesure où la seconde demanderesse n'était plus partie à la procédure.
Par demande modifiée du 7 mars 2018, la première demanderesse a conclu à ce que les trois défendeurs soient condamnés à lui payer solidairement le montant de 272'766 fr. et à ce que les deux défendeurs gérants soient condamnés solidairement à lui payer le montant de 43'492 fr. Elle précisait qu'elle avait éliminé tous les allégués qui concernaient la seconde demanderesse, ainsi que ceux relatifs à la procédure de conciliation et remanié les bordereaux de pièces et les listes de témoins.
A.c. Les parties défenderesses ont soulevé deux moyens: l'irrecevabilité de la demande modifiée, pour défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable, et le rejet pour défaut d'allégation suffisante.
Par ordonnance du 6 mai 2020, le tribunal civil a rejeté ces moyens.
A.d. Les deux parties défenderesses ont chacune formé appel contre cette ordonnance.
Statuant le 28 septembre 2020, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté les deux appels et confirmé l'ordonnance querellée. Elle a ainsi confirmé la recevabilité de l'action de la demanderesse et le rejet du moyen des défendeurs tiré de l'allégation insuffisante.
En ce qui concerne en particulier les organes gérants défendeurs, après avoir longuement exposé le contenu des écritures, la cour cantonale a examiné le grief des appelants, organes gérants, tiré de l'absence d'allégations des faits permettant de calculer le prétendu dommage, relevant que, selon eux, la demande devrait être déclarée irrecevable au motif que la demanderesse n'avait pas allégué la date - postérieure au surendettement - où la faillite aurait été prononcée si les administrateurs avaient respecté leurs obligations.
Examinant le manquement aux devoirs des organes gérants, allégué par la demanderesse, à savoir l'insuffisance du financement initial, autrement dit une sous-dotation de la société dès sa constitution en 2004 et le reproche adressé aux organes gérants de n'avoir pris aucune mesure pour augmenter les fonds propres de la société, la cour cantonale a considéré qu'elle pouvait déduire de la comparaison que la demanderesse fait entre sa situation au 27 janvier 2011 et celle au 31 décembre 2008, qu'elle avait allégué que la faillite de la société F._ aurait dû être prononcée à cette dernière date.
B.
Contre cet arrêt, qui leur a été notifié le 1er octobre 2020, les défendeurs, organes gérants, ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 29 octobre 2020. Ils concluent à sa réforme principalement en ce sens que la demande soit déclarée irrecevable et, subsidiairement, à ce qu'elle soit rejetée; plus subsidiairement encore ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils soutiennent que la demande est irrecevable pour cause d'absence d'allégué et de preuve relatifs à la conciliation et que la demande doit être rejetée pour cause d'allégation insuffisante sur la date à laquelle la faillite aurait dû être prononcée.
La demanderesse conclut à l'irrecevabilité du recours, contestant que les conditions de l'art. 93 al. 1 let. b LTF soient remplies, et subsidiairement à son rejet sur le fond.
La cour cantonale se réfère à son arrêt.
Considérant en droit :
1.
Comme on l'a vu dans l'affaire 4A_568/2020, il ne s'impose pas de joindre les recours, dès lors que les défendeurs font valoir non seulement des motifs communs, mais aussi des motifs propres. Les recours sont donc traités séparément, mais en parallèle.
2.
2.1. Le recours en matière civile au Tribunal fédéral n'est recevable que contre les décisions finales (art. 90 LTF), contre les décisions partielles (art. 91 LTF) et, sous réserve des cas visés par l'art. 92 LTF, contre les décisions incidentes (art. 93 al. 1 LTF) si celles-ci peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
2.2. La recevabilité du recours de l'art. 93 al. 1 let. b LTF suppose la réalisation de deux conditions cumulatives.
2.2.1. La première condition suppose que l'admission du recours conduirait immédiatement à une décision finale. Il faut que le Tribunal fédéral lui-même puisse mettre fin définitivement à la procédure dans l'hypothèse où il parviendrait à la solution inverse de celle retenue par l'autorité cantonale, c'est-à-dire en jugeant différemment la question tranchée dans la décision incidente attaquée (ATF 133 III 629 consid. 2.4.1; 132 III 785 consid. 4.1 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral doit pouvoir rendre lui-même la décision finale (cf. art. 107 al. 2 LTF).
2.2.2. Quant à la seconde condition posée par l'art. 93 al. 1 let. b LTF, elle suppose que la décision finale permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Il appartient à la partie recourante d'établir la réalisation de cette condition, sauf si elle découle manifestement de la décision attaquée ou de la nature de la cause; le recourant doit en particulier indiquer de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être administrées et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF 133 III 629 consid. 2.4.2). Tout complément d'instruction entraîne nécessairement des frais et un prolongement de la procédure, de sorte qu'une telle mesure ne suffit pas en soi pour ouvrir le recours immédiat. La procédure probatoire, par sa durée et son coût, doit s'écarter notablement des procès habituels. Si l'administration des preuves doit se limiter à l'audition des parties, à la production de pièces et à l'interrogatoire de quelques témoins, un recours immédiat n'est pas justifié. Il en va différemment s'il faut envisager une expertise complexe, plusieurs expertises, l'audition de très nombreux témoins ou l'envoi de commissions rogatoires dans des pays lointains (arrêts 4A_295/2020 du 28 décembre 2020 consid. 1.2, non publié in ATF 147 III 78; 4A_441/2020 du 1er octobre 2020 consid. 2; 4A_436/2015 du 17 mai 2016 consid. 1.3.1).
2.2.3. La réglementation de l'art. 93 al. 1 let. b LTF, à la différence de celle de l'art. 237 al. 2 CPC, repose sur le principe que le Tribunal fédéral ne doit en principe s'occuper d'une affaire qu'une seule fois, lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif. Les deux conditions de cette disposition doivent donc être examinées de manière restrictive, le recours immédiat revêtant un caractère exceptionnel (ATF 134 III 426 consid. 1.3.2; arrêt 4A_210/2010 du 1er octobre 2010 consid. 3.3.1, non publié in ATF 136 III 502; Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 19 ad art. 93 LTF; pour l'ancien recours en réforme, cf. ATF 122 III 254 consid. 2a).
3.
En l'occurrence, l'arrêt attaqué contient en réalité deux décisions: la première sur le prétendu défaut d'allégation et de preuve d'une conciliation préalable, que la cour cantonale a nié; la deuxième sur le prétendu défaut d'allégation des autres éléments, que la cour cantonale a également écarté.
Ces deux décisions ne peuvent être potentiellement que des décisions au sens de l'art. 93 al. 1 let. b LTF. Elles doivent être examinées indépendamment l'une de l'autre s'agissant de la recevabilité du recours au Tribunal fédéral à leur encontre.
4. Décision d'irrecevabilité pour défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable
4.1. La première décision rejette le moyen de l'irrecevabilité de la demande que les défendeurs recourants déduit du défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable, décision confirmée en appel par la cour cantonale. La recourante fait valoir que la nouvelle demande ne fait mention d'aucune conciliation ou autorisation de procéder, de sorte qu'elle doit être déclarée irrecevable.
La première condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF est remplie en l'espèce. En effet, s'il devait admettre ce moyen, le Tribunal fédéral pourrait prononcer immédiatement l'irrecevabilité de la demande introduite par la société demanderesse.
La seconde condition est également remplie, car en cas d'irrecevabilité, c'est tout le procès et donc toute l'administration des preuves qui deviennent superflus.
Il y a donc lieu d'entrer en matière.
4.2.
4.2.1. Sous réserve des exceptions énumérées à l'art. 198 CPC, la procédure au fond doit être précédée d'une tentative de conciliation devant une autorité de conciliation (art. 197 CPC). Cette obligation a été introduite par le législateur dans le but de décharger les tribunaux des affaires qui sont susceptibles d'être conciliées. Ce but ne peut être atteint que si les parties comparaissent personnellement à l'audience de conciliation, ce à quoi l'art. 204 al. 1 CPC les oblige, et, s'il s'agit de personnes morales, que si les personnes physiques qui comparaissent pour elles ont qualité pour les représenter (ATF 141 III 159 consid. 1.2.2 et 2.3; 140 III 70 consid. 4.3 s.).
Si la tentative de conciliation n'aboutit pas, l'autorité de conciliation consigne l'échec au procès-verbal et délivre l'autorisation de procéder (art. 209 al. 1 CPC). Cette autorisation de procéder est une condition de recevabilité de la demande. Le demandeur doit joindre l'autorisation de procéder à sa demande (art. 221 al. 2 let. b CPC). Le tribunal doit vérifier d'office son existence (art. 60 CPC; ATF 146 III 185 consid. 4.4.2 et les arrêts cités). Le moyen tiré de l'invalidité de l'autorisation de procéder doit être soulevé en temps utile devant le tribunal, sous peine de violation des règles de la bonne foi (art. 52 CPC).
4.2.2. La cour cantonale a constaté que la demande initiale de 2015 formée au nom des deux sociétés demanderesses a été déclarée irrecevable en tant qu'elle concernait la seconde. La demanderesse restante a expressément demandé au juge qu'un délai lui soit imparti afin de " modifier [sa demande] et d'y écarter les allégués (y compris les moyens de preuve y relatifs) " qui concernent la société dont la demande a été déclarée irrecevable. Le juge a imparti à cette demanderesse un délai pour " modifier " sa demande et celle-ci a déposé une " demande en paiement modifiée ", laquelle est largement un copier/coller de la première demande.
La cour cantonale en a déduit qu'il s'agit d'une demande modifiée au sens de l'art. 227 CPC, laquelle présente un lien de connexité extrêmement fort avec la première demande: la demanderesse prend les mêmes conclusions, soulève le mêmes prétentions contre les mêmes parties adverses, sur la base des mêmes faits et en vertu des mêmes disposions légales. La modification visait à simplifier le travail du tribunal et des parties par la suppression des allégués, moyens de preuve et considérations qui concernaient la seconde société. Il ne s'agit pas d'un élargissement mais d'un rétrécissement de l'objet de la procédure. Les défendeurs ont eux-mêmes expressément demandé cette modification. Exiger que la demande modifiée contienne l'allégation de l'obtention d'une autorisation de procéder et la production de celle-ci constituerait un formalisme excessif.
4.2.3. Sur la base des faits susmentionnés, il est évident que la demande du 7 mars 2018 est liée à la demande de 2015, celle-ci ayant été expurgée des conclusions et allégués concernant la seconde société demanderesse, qui n'était plus partie à la procédure. Au vu du dispositif du jugement du 19 septembre 2017 (art. 105 al. 2 LTF), qui a déclaré l'irrecevabilité la demande de la seconde société demanderesse (invalidité de l'autorisation de procéder) et dit que la demande de la première société demanderesse contre les trois défendeurs était recevable, la demande modifiée pouvait omettre les allégués relatifs la procédure de conciliation.
La critique des recourants est manifestement infondée. Le but de la production de l'autorisation de procéder est de s'assurer que la conciliation a bien eu lieu. Or, les parties savent qu'elle a eu lieu et, indépendamment de tout allégué à ce sujet dans l'écriture du 7 mars 2018, il est notoire pour le tribunal que la conciliation a eu lieu. Soutenir que la demande est irrecevable, faute d'allégation et de preuve de la conciliation, par une argumentation alambiquée, est non seulement en contradiction avec les faits, mais également en contradiction avec le but visé par l'exigence formelle de la production de l'autorisation de procéder prévue par l'art. 221 al. 2 let. b CPC, qui doit permettre au tribunal de vérifier qu'il y a bien eu conciliation préalable entre les parties.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté en tant qu'il s'en prend à cette décision.
5. Décision de rejet de l'exception de défaut d'allégation
La seconde décision de l'arrêt attaqué rejette le moyen des défendeurs tiré du défaut d'allégation des éléments permettant de calculer le dommage, considérant qu'au vu des manquements allégués, la demanderesse a allégué que les défendeurs auraient dû communiquer au juge l'avis de surendettement le 30 septembre 2008 et que la faillite aurait dû être prononcée au 31 décembre 2008.
5.1. L'allégation des faits pertinents nécessaires pour l'application du droit matériel repose sur deux principes fondamentaux.
5.1.1. Dans les procès soumis à la maxime des débats (Verhandlungs maxime; massima dispositiva), les parties supportent le fardeau de l'allégation subjectif des faits pertinents (premier principe; art. 55 al. 1 CPC; subjektive Behauptungslast; onere di allegazione), le juge n'ayant qu'un devoir d'interpellation limité selon l'art. 56 CPC. Cette maxime délimite les rôles respectifs, d'une part, des parties et, d'autre part, du juge. Il incombe donc aux parties, et non au juge, de réunir les éléments du procès. Le juge peut ainsi se baser, pour statuer, sur tous les faits allégués par les parties, sans égard à la personne de l'allégant (demandeur ou défendeur); autrement dit, il suffit que les faits fassent partie du cadre du procès pour que le juge puisse en tenir compte (ATF 143 III 1 consid. 4.1; arrêts 4A_288/2018 du 29 janvier 2019 consid. 3.1.2; 4A_11/2018 du 8 octobre 2018 consid. 6.1, non publié in ATF 144 III 519; 4A_559/2016 du 18 janvier 2017 consid. 3.1; 4A_555/2015 du 18 mars 2016 consid. 2.3; 4A_566/2015 du 8 février 2016 consid. 4.2.1; cf. Hans-Peter Walter, Berner Kommentar, 2012, n° 183in fine ad art. 8 CC; Paul-Henri Steinauer, Le titre préliminaire du Code civil, TDPS vol. II/1, 2009, n. 640; Fabienne Hohl, Procédure civile, t. I, 2e éd. 2016, n. 1291 s.).
5.1.2. La partie qui supporte le fardeau de la preuve ( Beweislast; onere della prova) selon, en principe, la règle générale de l'art. 8 CC, supporte, sauf exceptions, également le fardeau de l'allégation objectif (deuxième principe; objektive Behauptungslast; onere di allegazione oggettivo). Si un fait pertinent n'a pas été allégué par elle ou par sa partie adverse, il ne fait pas partie du cadre du procès et le juge ne peut pas en tenir compte, ni ordonner l'administration de moyens de preuve pour l'établir. La partie qui supporte les fardeaux de l'allégation objectif et de la preuve d'un fait supporte l'échec de l'allégation, respectivement de la preuve de ce fait. Cette partie a donc toujours intérêt à alléguer elle-même tous les faits justifiant sa prétention, ainsi qu'à indiquer au juge les moyens propres à les établir (ATF 143 III 1 consid. 4.1; cf. Hohl, op. cit., n. 1231, 1257 et 1291 s.). Autrement dit, elle ne devrait pas compter sur le fait que sa partie adverse le fasse à sa place. Si toutefois, celle-ci le fait, les allégués font alors partie du cadre du procès sur lequel le juge doit se baser pour rendre son jugement.
Les recourants, organes gérants, reprochent à la demanderesse de n'avoir pas allégué le moment auquel la faillite aurait dû être prononcée et d'avoir indiqué plusieurs dates, qualifiant cette allégation d'insuffisante parce qu'inconsistante et imprécise, d'avoir allégué plusieurs dates de surendettement, mais pas la date à laquelle la faillite aurait dû être prononcée; ils estiment qu'ils n'avaient pas l'obligation d'invoquer dans leur réponse que l'allégation était insuffisante, que la date du 31 décembre 2008 ne ressort que de la partie en droit de l'arrêt, et n'est donc pas un allégué, qu'il n'est pas expliqué comment la date de surendettement pourrait coïncider avec la date de la faillite et enfin, que la situation des gérants et de l'organe de révision n'est pas suffisamment distinguée alors que leurs obligations en matière d'avis au juge sont différentes (art. 725 al. 2 et 729c CO) et contestent la motivation qu'on ne verrait pas en quoi le fait que la date est la même pour les deux groupes de défendeurs serait rédhibitoire sous l'angle du devoir d'allégation.
Comme on l'a vu dans l'affaire 4A_568/2020, examinant le seul grief des appelants, la cour cantonale n'a examiné l'affaire que sous l'angle des allégués de la demande. Dans la mesure où elle n'a pas évoqué les faits introduits au procès par les défendeurs et n'a donc statué que sur une partie seulement du cadre du procès (soit sur les seuls faits allégués dans la demande), il ne serait pas possible au Tribunal fédéral de rejeter immédiatement la demande pour défaut d'allégation.
Il s'ensuit que le recours doit être déclaré irrecevable en tant qu'il s'en prend à cette seconde décision, la première condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'étant pas remplie. Il est, partant, superflu d'examiner la seconde condition prévue par cette disposition.
6.
Le recours étant, respectivement, rejeté et déclaré irrecevable, les recourants, qui succombent, prendront solidairement à leur charge les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 5 LTF) et les dépens (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
En tant qu'il tend à l'irrecevabilité de la demande pour défaut d'allégation et de preuve de la conciliation, le recours est rejeté.
2.
En tant qu'il tend au rejet de la demande pour défaut d'allégation de conditions de fond, le recours est irrecevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 9'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
4.
Les recourants verseront solidairement à l'intimée une indemnité de 10'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Fiduciaire A._ SA et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 27 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz