Faits :
A.
A.a. A.X._ est l'actionnaire unique de Y._ SA, actuellement en liquidation, dont le but social était l'achat, la vente, le courtage et la régie d'immeubles, ainsi qu'accessoirement la gestion de fortunes, l'exploitation d'un portefeuille d'assurances et la "remise des commerces". Son époux, B.X._, était l'unique administrateur de la société, avec signature individuelle, depuis sa fondation en 1996, et en est devenu le liquidateur unique depuis le 1er juin 2010. A.X._ et B.X._ vivent séparés depuis le 15 novembre 1990.
Par décision de taxation du 28 janvier 2011, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a fixé, pour la période fiscale 2009 et compte tenu de la répartition internationale, les impôts cantonaux et communaux sur le revenu et la fortune (ci-après: ICC) de A.X._ à 116'682 fr., sur la base d'un revenu et d'une fortune imposables de respectivement 102'798 fr. et 8'814'833 fr.; l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) se montait à 7'958 fr. pour un revenu imposable de 148'600 fr.
A.X._ a contesté la valeur des actions de Y._ SA arrêtée à 2'988'000 fr. dans les décisions de taxation susmentionnées; selon elle, la société était insolvable et la valeur des actions était nulle. L'Administration fiscale cantonale a alors constaté que Y._ SA (ci-après: la société) avait amorti dans ses comptes 2009 un prêt de 3'948'254 fr. en faveur de B.X._ qu'elle a considéré comme un proche. Elle a estimé que ce prêt simulé constituait une prestation appréciable en argent imposable auprès de l'actionnaire A.X._, ce qui a abouti à la reprise d'un rendement de participation s'élevant à 2'368'952 fr. (montant représentant le 60% de la prestation, compte tenu de la réduction pour participation) intégré dans le revenu imposable de celle-ci. En conséquence, les décisions sur réclamation du 17 novembre 2014, tout en fixant la valeur des actions de la société à 0 fr., faisaient état d'un montant total pour les ICC de la période fiscale 2009 de 847'185 fr. correspondant à un revenu et une fortune imposables de respectivement 2'472'118 fr. et 5'837'122 fr. L'IFD de la même période était arrêté à 289'558 fr. sur la base d'un revenu imposable de 2'517'900 fr.
A.b. Le 12 octobre 2015, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté le recours de A.X._.
B.
Par arrêt du 28 mars 2017, la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de A.X._. Elle a en substance jugé que l'opération en cause avait été possible uniquement en raison des liens qui unissaient A.X._ et son époux; cet élément justifiait une imposition en application de la théorie du triangle.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice en ce sens que le montant de 3'948'254 fr. doit être retranché de son revenu imposable tant au titre de l'IFD que des ICC pour la période fiscale 2009 et de renvoyer, en tant que besoin, la cause à l'autorité de taxation pour une nouvelle décision de taxation; subsidiairement, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure, voire auprès de l'Administration fiscale cantonale, pour un complément éventuel et une nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration fiscale cantonale, ainsi que l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
A.X._ s'est encore prononcée par écriture du 6 septembre 2017.
Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a LTF); cette voie de droit est confirmée par l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la détermination du revenu imposable étant une matière harmonisée à l'art. 7 LHID.
Déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d LTF) par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), la reprise opérée augmentant l'assiette de son impôt sur le revenu, le recours en matière de droit public est recevable (art. 90 LTF).
2.
La recourante remet en cause la qualification du prêt de 3'948'254 fr. octroyé, en faveur de B.X._, par la société qui l'a totalement amorti lors de l'exercice comptable 2009: elle estime que ce prêt ne saurait être considéré comme une prestation appréciable en argent.
3.
3.1. En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours (cf. ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426; 125 V 413 consid. 1a p. 414 et les arrêts cités).
L'objet du litige dans la procédure administrative subséquente est le rapport juridique qui - dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision - constitue, d'après les conclusions du recours, l'objet de la décision effectivement attaqué. L'objet de la contestation et l'objet du litige sont donc identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige (ATF 125 V 413 consid. 1b et 2 p. 414 ss). L'objet du litige peut donc être réduit par rapport à l'objet de la contestation. Il ne peut en revanche en principe s'étendre au-delà de celui-ci (ATF 136 II 457 consid. 4.2 p. 463; 136 II 165 consid. 5 p. 174). En procédure fédérale, les questions qui ne sont plus litigieuses d'après les conclusions du recours ne sont pas examinées (cf. art. 107 al. 1 LTF).
3.2. L'intimée souligne que la Cour de justice a précisé dans son arrêt du 28 mars 2017 que l'existence d'une prestation appréciable en argent n'était pas contestée par la recourante; le seul point litigieux avait trait à la question de savoir si cette prestation devait être intégrée dans les revenus imposables de celle-ci en vertu de la théorie du triangle ou de ceux de son conjoint selon la théorie du bénéficiaire direct.
En matière fiscale, la décision de taxation constitue l'objet de la contestation qui comprend le montant de la créance due à la collectivité publique, ainsi que les éléments de la taxation. Comme susmentionné, l'objet du litige correspond aux rapports juridiques contestés dans la procédure administrative subséquente; celui-ci n'inclut cependant pas la motivation juridique de la décision. En l'espèce, est litigieux le montant des éléments de revenu imposables auprès de la recourante pour la période fiscale 2009: celle-ci conteste que le montant du prêt, à savoir 3'948'254 fr. lui soit imputé (sous déduction de la réduction pour participation). Déterminer si le prêt en cause constitue une distribution dissimulée de bénéfice relève de la motivation juridique. Ce point peut donc être remis en question devant le Tribunal fédéral même s'il ne l'a pas été devant l'instance précédente.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. L'autorité précédente a exposé le droit applicable (art. 20 al. 1 let. c LIFD), la notion de prestation appréciable en argent (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les arrêts cités), ainsi que la théorie du triangle (ATF 138 II 57 consid. 4.2 p. 61; 131 II 722 consid. 4.1 et les arrêts cités) et celle dite du bénéficiaire direct (RDAF 2017 II 284, 2C_177/2016/2C_178/2016 consid. 5.3; StR 70 2015 811 = RDAF 2016 II 110, 2C_16/2015 consid. 2.4.4) de façon correcte, de sorte qu'il y est renvoyé.
4.2. En l'espèce, la recourante est actionnaire unique de la société Y._ SA. Son époux, dont elle est séparée depuis novembre 1990, en était l'administrateur unique depuis la fondation de celle-ci et en est aujourd'hui le liquidateur. Celui-ci s'est octroyé un prêt se montant à 3'948'254 fr., ce qui représente le 99% des actifs de la société. Ce prêt n'a pas été remboursé et a été passé comme "perte sur débiteurs" lors l'exercice 2009. La recourante allègue avoir été victime des agissements de son époux, agissements dont elle prétend avoir ignoré l'existence et qui seraient constitutifs d'abus de confiance (art. 138 ch. 1 CP), ainsi que de gestion déloyale (art. 158 ch. 1 CP). L'intéressée explique qu'elle a cependant renoncé d'une part à une procédure pénale car, bien que séparée de son époux, celui-ci reste le père de ses enfants et d'autre part à une procédure civile car une telle procédure relèverait de la compétence du conseil d'administration et que, de toute façon, son époux est insolvable.
4.3. Les juges précédents n'ayant pas eu à examiner la qualification de prestation appréciable en argent du prêt en cause, l'arrêt attaqué ne contient que peu de renseignements au sujet de la comptabilisation du prêt: il ne mentionne notamment pas depuis quand ce prêt figurait dans les comptes de la société, pas plus que les circonstances dans lesquelles il a été passé comme "perte sur débiteurs" lors l'exercice 2009. Le Tribunal fédéral ne dispose dès lors pas des informations qui lui permettraient d'appliquer l'art. 20 al. 1 let. c LIFD et il convient, en conséquence, de renvoyer la cause à la Cour de justice, afin qu'elle les établisse et se prononce sur la question de la prestation appréciable en argent. Il n'est notamment pas possible pour le tribunal de céans de déterminer dans quelle mesure la recourante pouvait effectivement ignorer, au regard de sa fonction d'actionnaire, que son mari, administrateur unique de la société, s'était octroyé un prêt. L'assemblée générale des actionnaires a, en effet, le devoir (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2e éd., 2017, n° 10 ad art. 698 CO), en tant que pouvoir suprême de la société, d'approuver les comptes annuels, où apparaissait potentiellement le prêt, et de donner décharge au conseil d'administration (art. 698 al. 2 ch. 4 et 5 CO). S'il apparaît que le prêt était comptabilisé depuis quelques années, se posera la question du prêt simulé, compte tenu notamment du fait que la recourante savait que son époux était insolvable.
4.4. Cela étant, la recourante prétend avoir été victime de son époux et ne pas avoir eu d'"animus donandi".
La notion de distribution dissimulée suppose l'implication de l'actionnaire. Lorsque celle-ci est niée, le lien entre l'actionnaire et le tiers qui permet de qualifier l'avantage octroyé de distribution dissimulée de bénéfice est constitué par l'inaction judiciaire de la société. La doctrine estime que cette absence de poursuite judiciaire constitue la distribution dissimulée de bénéfice (PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMAN, in Zweifel/Beusch (éd.), Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 3è éd., 2017, n° 270 ad art. 58 LIFD; ROBERT DANON, in Yersin/Noël [éd.], Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2è éd., 2017, n° 208 ad art. 57-58 LIFD; PIERRE-MARIE GLAUSER, Apports et impôt sur le bénéfice, 2005, p. 110 s et 417 (cf. aussi p. 409); RETO HEUBERGER, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, p. 211). Selon cette analyse, à laquelle le Tribunal fédéral souscrit, l'absence d'action judiciaire supplée en quelque sorte le prétendu manque de volonté de donner de l'actionnaire, à tout le moins lorsque l'administrateur unique et l'actionnaire unique sont des proches.
Ainsi, la Cour de justice examinera dans quelle mesure la recourante avait la possibilité de conduire l'assemblée générale de la société (cf. art. 701 CO), qui possède la légitimation active pour intenter action en enrichissement illégitime pour absence de cause (art. 62 ss CO; arrêt 4A_474/2014 du 9 juillet 2015 consid. 16.1), à ce faire à l'encontre de l'ancien administrateur.
4.5. Si cette autorité judiciaire devait arriver à la conclusion qu'il y a eu prestation appréciable en argent, celle-ci devra être prise en compte dans le revenu imposable de la période fiscale 2009 de la recourante en tant que rendement de participation pour un montant de 2'368'952 fr. (60% du montant total de la prestation de 3'948'254 fr., compte tenu de la réduction pour participation). Dans ces conditions, et contrairement à ce que prétend la recourante, il n'y a aucune raison pour renoncer à appliquer la théorie du triangle au bénéfice de celle du bénéficiaire direct. Il a, en effet, été jugé récemment que seule la théorie du triangle devait entrer en ligne de compte, à l'exclusion de la théorie du bénéficiaire direct, en matière d'impôt fédéral direct (RDAF 2017 II 284, 2C_177/2016/2C_178/2016 consid. 5.4). Selon cette théorie, la prestation appréciable en argent passe pendant un bref instant de la société effectuant la prestation au détenteur de parts, auprès duquel elle est tenue pour un rendement de la fortune mobilière, puis à la personne considérée comme proche du détenteur de parts (ATF 138 II 57 consid. 4.2 p. 61; 131 II 722 consid. 4.1 p. 726). Au demeurant, compte tenu du fait qu'il est considéré que l'avantage passe de la société à l'actionnaire, imposer celle-ci sur le montant en cause ne viole ni la capacité contributive (art. 127 al. 2 Cst.) ni la garantie de la propriété (art. 21 al. 1 Cst.).
5.
Au regard de ce qui précède, le recours est partiellement admis au sens des considérants en ce qui concerne l'IFD de la période fiscale 2009. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il a trait à cet impôt et la cause renvoyée à la Cour de justice pour une nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 LTF).
II. Impôts cantonal et communal
6.
La notion d'avantage appréciable en argent de l'art. 6 al. 1 let. c de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personne physiques / Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt (aLIPP-I), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009, et applicable à la présente affaire qui se rapporte à une période fiscale antérieure à 2010 (cf. art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP; RS/GE D 3 08]), est identique à celle prévue à l'art. 20 al. 1 let. c LIFD et est conforme à l'art. 7 al. 1 LHID. En outre, en droit cantonal genevois, la notion de prestation appréciable en argent en matière d'impôts directs cantonal et communal, et partant l'application de la théorie du triangle, est traitée de manière identique à celle qui prévaut en matière d'IFD, ce qui n'est pas remis en cause par la recourante. Partant, la motivation développée en matière d'IFD s'applique mutatis mutandis aux ICC de la période fiscale 2009.
En conséquence, le recours est également est partiellement admis au sens des considérants en ce qui concerne les ICC de ladite période. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il a trait à ces impôts et la cause renvoyée à la Cour de justice pour une nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 LTF).
7.
Il découle de ce qui précède que le recours est partiellement admis tant pour l'IFD que pour les ICC de la période fiscale 2009 et l'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice est annulé, la cause lui étant renvoyée, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al.2 LTF).
Outre que le recours n'est que partiellement admis, cette admission partielle est due à un état de faits incomplet de l'arrêt attaqué dont ne se plaignait pas la recourante. Ces circonstances justifient de répartir les frais judiciaires entre les parties. La recourante a droit à une indemnité de dépens réduite à charge de la République et canton de Genève (art. 68 al. 1 LTF). Ce canton n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis au sens des considérants en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2009. L'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice est annulé dans cette mesure et la cause lui est renvoyée, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Le recours est partiellement admis au sens des considérants en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2009. L'arrêt du 28 mars 2017 de la Cour de justice est annulé dans cette mesure et la cause lui est renvoyée, afin qu'elle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à raison de 4'000 fr. à la charge la République et canton de Genève et de 8'000 à la charge de la recourante.
4.
Une indemnité de 4'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens réduits, est mise à la charge de la République et canton de Genève.
5.
Le présent a rrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 6 mars 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon