Faits :
A.
A.a. B._ SA (anciennement X._ SA) (ci-après: la partenaire locataire ou la défenderesse ou l'intimée), qui est une société active dans le domaine médical et plus particulièrement dans le fonctionnement d'une clinique d'accidents avec service d'urgence (art. 105 al. 2 LTF), est locataire de locaux dans un immeuble appartenant à C._ SA, sis à..., dans lesquels elle exploite une permanence médico-chirurgicale.
A._ SA (ci-après: la partenaire sous-locataire ou la demanderesse ou la recourante) est une société active dans la gestion de spas, de centres de bien-être, de remise en forme et de soins esthétiques, de revitalisation et anti-âge (art. 105 al. 2 LTF).
En 2014, les deux sociétés sont entrées en discussions au sujet d'un partenariat au sein des locaux de la première et ont décidé de collaborer afin de créer une synergie entre elles et fournir un plateau technique médico-esthétique à leurs clientèles respectives. Elles ont convenu de s'assurer de l'acceptation de principe d'une sous-location par la bailleresse principale (art. 105 al. 2 LTF).
La partenaire locataire a ainsi demandé à la bailleresse l'autorisation de sous-louer les locaux du deuxième étage et du rez-de-chaussée. Celle-ci a accepté le principe d'une sous-location pour une durée déterminée d'au maximum deux ans, soit jusqu'au 30 avril 2018 au plus tard, à condition que le projet de contrat de sous-location lui soit transmis pour approbation (art. 105 al. 2 LTF).
A.b. Les parties ont ainsi signé deux contrats de sous-location, un pour chaque étage, et un contrat de partenariat les 30 avril et 3 mai 2016.
A.b.a. Par les contrats de sous-location, la partenaire locataire a mis à disposition de la partenaire sous-locataire des bureaux d'environ 239 m2 au 2e étage et des bureaux de 76 m2 au rez-de-chaussée. L'accès à ces derniers se fait par l'entrée des locaux de la partenaire locataire (art. 105 al. 2 LTF).
Ces contrats prévoyaient une durée de deux ans du 3 mai 2016 au 30 avril 2018 et des loyers respectifs de 86'130 fr. par an (charges comprises) et de 23'816 fr. par an (charges comprises). Il n'est pas contesté que la partenaire sous-locataire s'est vu remettre les clés des locaux au début du contrat (art. 105 al. 2 LTF).
A.b.b. Par le contrat de partenariat, déclaré interdépendant des contrats de sous-location, les parties ont convenu de créer un institut de revitalisation dans une partie des locaux du deuxième étage et d'exploiter une boutique de vente de produits dans les locaux du rez-de-chaussée.
En vertu de sa clause IX, ce contrat de partenariat a été conclu pour une durée déterminée, jusqu'au 30 avril 2021, date d'échéance du futur bail qui liera, sous réserve de son obtention, la partenaire locataire à la bailleresse. Il était également tacitement renouvelable, sauf dénonciation en la forme écrite une année avant l'échéance (art. 105 al. 2 LTF). La partenaire locataire s'est engagée à effectuer toutes les démarches nécessaires afin que le bail principal soit prolongé jusqu'au 30 avril 2021.
Les parties sont également convenues d'un droit d'entrée à charge de la partenaire sous-locataire se montant au total de 250'000 fr., dont 125'000 fr. à verser dès réception de l'acceptation formelle des baux de sous-location par la bailleresse principale et 125'000 fr. au plus tard le 31 août 2016. Ce droit d'entrée était soumis à la clause suivante: " Le non-respect des délais et/ou des montants prévus dans le cadre du droit d'entrée, aura pour effet de rendre la présente convention caduque ". Dans ce cas, la partenaire locataire se réservait le droit de conserver et/ou d'exiger de la partenaire sous-locataire le montant initial du droit d'entrée de 125'000 fr., et ce à titre de dédit et/ou de pénalité.
La partenaire sous-locataire s'est engagée à rénover et aménager les locaux qui lui étaient sous-loués dans un délai de trois mois dès le début raisonnablement possible des travaux, soit au plus tard d'ici au 30 juin 2016 (art. 105 al. 2 LTF).
A.c. Les 31 mai et 8 juin 2016, la bailleresse a accepté la sous-location pour une durée limitée, soit jusqu'au 30 avril 2018, et a requis que tous les travaux devant être effectués dans les locaux lui soient préalablement soumis pour accord.
Le 17 juin 2016, la bailleresse n'a accepté de prolonger la sous-location que jusqu'au 31 octobre 2019.
La partenaire locataire a alors informé sa partenaire sous-locataire qu'elle négocierait la prolongation du bail de sous-location simultanément à la prolongation de son propre bail et que rien ne s'opposait à ce que les parties aillent de l'avant notamment pour les travaux d'aménagement, sollicitant qu'une liste de ces travaux lui soit soumise d'urgence.
Le 27 juin 2016, après avoir reçu la liste des travaux à effectuer, la bailleresse a requis des informations complémentaires à leur sujet, tout en précisant que la partenaire locataire devrait réintégrer les locaux le 1er novembre 2019 et qu'aucune prolongation de la sous-location ne serait accordée.
Un devis pour les travaux d'un montant de 215'314 fr. 33 a été transmis par la partenaire sous-locataire à la partenaire locataire le 18 juillet 2016.
A.d. Des difficultés sont survenues avec la bailleresse et entre les parties au sujet des travaux à effectuer.
Le 28 juin 2016, la partenaire sous-locataire s'est plainte auprès de la partenaire locataire que le projet était freiné depuis deux mois et précisait que le refus de la bailleresse d'accorder une prolongation ne l'encourageait pas à investir de l'argent dans le projet (art. 105 al. 2 LTF).
Une réunion entre les parties a eu lieu le 29 juin 2016. Il y a été décidé que la partenaire sous-locataire communiquerait tous les détails des travaux à la partenaire locataire qui les transmettrait ensuite à la bailleresse. Il a également été constaté que les travaux avaient déjà commencé, sans l'autorisation de la bailleresse, ce qui ne devait toutefois pas poser problème vu qu'il s'agissait de menus travaux. Concernant la durée de la sous-location, la partenaire locataire a proposé qu'en cas de non-renouvellement, la partenaire sous-locataire puisse entrer dans son capital-actions (art. 105 al. 2 LTF).
Le 25 juillet 2016, sur demande de la bailleresse, la partenaire locataire a demandé à la partenaire sous-locataire de stopper immédiatement tous les travaux, d'attendre l'accord formel de la bailleresse avant de les reprendre et notamment de lui verser le montant de 125'000 fr. correspondant au droit d'entrée prévu par le contrat de partenariat. Bien que désapprouvant l'arrêt du chantier, la partenaire sous-locataire a fait stopper les travaux.
Les parties ont eu de nombreux échanges de courriels dans lesquels elles remettaient chacune en cause le respect de leurs obligations contractuelles respectives: transmission du détail des travaux, paiement de la première tranche du droit d'entrée, prolongation de l'échéance du bail, garanties quant à l'homologation du bloc opératoire et à l'autorisation pour l'utilisation de cellules souches.
A.e. A une date indéterminée, la partenaire locataire a fait changer les cylindres des serrures des locaux du 2e étage, ce dont la partenaire sous-locataire s'est plainte le 19 août 2016. Le 23 août 2016, la partenaire locataire lui a répondu que la bailleresse avait donné l'ordre de faire cesser immédiatement les travaux entrepris sans son autorisation, ce dont la partenaire sous-locataire avait été informée le 25 juillet 2016.
Le 24 août 2016, la partenaire sous-locataire a saisi le tribunal des baux et loyers d'une requête de mesures provisionnelles. Par décision du 2 septembre 2016, le tribunal a ordonné à la partenaire locataire de restituer immédiatement à la partenaire sous-locataire la possession exclusive des locaux du 2e étage.
Le 5 septembre 2016, la partenaire locataire a déféré à la décision de mesures provisionnelles et réinstallé les anciens cylindres, ce dont elle a informé la partenaire sous-locataire par fax. Cette réinstallation est contestée par la partenaire sous-locataire recourante.
Le 14 septembre 2016, la partenaire locataire a formé appel contre la décision de mesures provisionnelles.
Le 20 septembre 2016, la partenaire sous-locataire a déclaré résoudre tous les contrats conclus avec sa partenaire locataire, conformément à l'art. 107 al. 2 CO, et a sollicité la réparation du dommage qu'elle a subi du fait de l'inexécution des contrats par celle-ci.
Le 28 septembre 2016, la partenaire locataire a indiqué à la partenaire sous-locataire que les raisons pour lesquelles elle avait résolu les contrats n'étaient pas fondées et que la résolution était inefficace et qu'elle tenait les clés à sa disposition (art. 105 al. 2 LTF).
En l'état, les parties sont en litige essentiellement au sujet de la question de savoir si la partenaire locataire a ainsi violé ses obligations contractuelles et était en demeure le 20 septembre 2016, lorsque la partenaire sous-locataire a résolu les contrats.
A.f. Deux réquisitions de poursuite - pour les loyers et charges des mois de septembre 2016 à mars 2017 et pour le droit d'entrée de 250'000 fr. - ont été formées par la partenaire locataire. Portée jusqu'au Tribunal fédéral, la procédure de poursuite a abouti, par arrêt du 4 mars 2019 (arrêt 5A_867/2018), au prononcé de la mainlevée provisoire de l'opposition formée au commandement de payer à concurrence de 125'000 fr., mais au refus de celle-ci pour les loyers.
A.g. La partenaire locataire a retrouvé un sous-locataire avec lequel les négociations ont débuté environ en mai 2017, mais elle a attendu début 2018 pour entreprendre des travaux.
B.
Par requête de conciliation du 16 août 2017, puis à la suite de l'échec de la conciliation, par demande du 8 décembre 2017, la partenaire sous-locataire a ouvert action contre la partenaire locataire devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève. Elle a conclu (1) à ce qu'il soit dit qu'elle ne doive rien à la partenaire locataire, (2) que les poursuites n'aillent pas leur voie, (3) que tout éventuel montant versé en raison des poursuites lui soit restitué avec intérêts à 5% l'an, et (4) que la partenaire locataire soit condamnée à lui payer des dommages-intérêts (négatifs) de 131'818 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 27 septembre 2016 (au titre des investissements en travaux faits par elle dans les locaux) et (5), subsidiairement, que la partenaire locataire soit condamnée à lui verser des dommages-intérêts (positifs) de 327'675 fr. avec intérêts à 5% l'an dès la même date (notamment à titre de gain manqué).
La partenaire locataire a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, a conclu à la condamnation de la partenaire sous-locataire à lui verser les deux tranches de 125'000 fr. avec intérêts (au titre de droit d'entrée) et le montant de 260'170 fr. 50 (au titre d'arriérés de loyers et charges). En bref, considérant que la résolution des trois contrats était inefficace, elle fondait sa première prétention sur le contrat de partenariat et la seconde sur les deux contrats de bail.
Par jugement du 21 mai 2020, le Tribunal des baux et loyers a notamment condamné la partenaire sous-locataire à payer à la partenaire locataire les montants de 125'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 31 mai 2016 et de 125'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 31 août 2016 (à titre de droit d'entrée), ainsi que de 137'561 fr. 35 (à titre d'occupation illicite (sic), au motif que la partenaire sous-locataire a restitué les locaux de manière anticipée sans fournir de locataire de remplacement). Il a rejeté les prétentions en dommages-intérêts de la partenaire sous-locataire (indemnité pour les investissements effectués dans les locaux et gain manqué). Appliquant exclusivement les règles du droit du bail, le tribunal des baux a examiné en premier lieu, au regard de l'art. 258 al. 1 CO, qui renvoie aux art. 107-109 CO, si la partenaire locataire était en demeure de remettre la possession des locaux à la partenaire sous-locataire au moment de la résolution des contrats par celle-ci le 20 septembre 2016: considérant que la partenaire locataire avait réinstallé les anciens cylindres des serrures le 5 septembre 2016, il a nié que celle-ci fût en demeure au jour de la résolution des contrats par la partenaire sous-locataire; il a estimé que le dépôt d'un appel contre la décision de mesures provisionnelles lui ordonnant de restituer la possession des locaux n'était pas un refus de remplir ses obligations; il en a conclu que la résolution des contrats était inefficace. En second lieu, admettant que le contrat de partenariat et les contrats de bail étaient interdépendants et constituaient donc un contrat composé (la nullité du premier devant entraîner la nullité des deux autres), il a considéré, en se basant sur les art. 156 et 154 al. 2 CO, ainsi que sur l'art. 2 al. 2 CC, que la clause, selon laquelle " le non-respect des délais et/ou des montants prévus dans le cadre du droit d'entrée aura pour effet de rendre la présente convention caduque ", ne confère pas un droit de résolution, mais est une conséquence automatique de l'avènement de cette condition résolutoire; il a considéré que certes le seul fait que le droit d'entrée n'ait pas été payé suffit à rendre la convention caduque et à entraîner également la caducité des contrats de sous-location, mais que, puisque partenaire la sous-locataire n'avait pas considéré que la condition résolutoire était remplie (elle a choisi de résoudre les contrats), elle ne pouvait soutenir, sauf abus de droit, que le contrat de partenariat serait caduc.
Statuant le 9 mars 2020 sur les seuls griefs soulevés par la partenaire sous-locataire recourante, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel de la partenaire sous-locataire et a confirmé le jugement entrepris.
En bref, en premier lieu, sans rediscuter la qualification de contrat composé admis par le tribunal des baux et appliquant l'art. 258 al. 1 CO, la cour cantonale a constaté que la partenaire locataire n'était pas en demeure lors de la résolution des contrats par la partenaire sous-locataire le 20 septembre 2016, celle-ci ayant eu à nouveau accès aux locaux dès le 5 septembre 2016; quant à l'appel interjeté contre la décision de mesures provisionnelles, il ne pouvait en être déduit que la partenaire locataire refusait de remplir ses obligations contractuelles et qu'une mise en demeure aurait été superfétatoire; en effet, indépendamment des motifs invoqués dans l'appel, elle a estimé que la partenaire locataire souhaitait la continuation du rapport contractuel.
En second lieu, subsidiairement, au vu de l'interdépendance des contrats et de l'attitude de la partenaire sous-locataire, elle a confirmé que soulever la caducité des contrats relevait de l'abus de droit.
En troisième lieu, en l'absence de résolution valable des trois contrats, respectivement de caducité de ceux-ci, la cour cantonale a condamné la partenaire sous-locataire à payer à la partenaire locataire 250'000 fr. avec intérêts, soit les deux tranches de 125'000 fr. avec intérêts dues en vertu du contrat de partenariat, et, admettant une restitution anticipée des locaux par la partenaire sous-locataire selon l'art. 264 CO, elle a condamné la partenaire sous-locataire à payer le montant de 137'561 fr. 35 avec intérêts, correspondant aux loyers (avec charges) pour la période du 5 septembre 2016 au 31 décembre 2017 (soit pendant 1 an et 4 mois).
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 11 mars 2020, la partenaire sous-locataire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 11 mai 2020, concluant à sa réforme en ce sens (1) qu'il soit dit qu'elle ne doive rien à la partenaire locataire; (2) que les poursuites n'aillent pas leur voie et soient radiées; (3) que tout éventuel montant versé en raison des poursuites lui soit restitué avec intérêts à 5% l'an; (4) que la partenaire locataire soit condamnée à lui payer le montant de 131'818 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 27 septembre 2016 (dommages-intérêts négatifs pour les investissements en travaux), et subsidiairement (4bis) que la partenaire locataire soit condamnée à lui payer le montant de 327'675 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 septembre 2016 (dommages-intérêts positifs, notamment gain manqué). Plus subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction dans le sens des considérants. Elle se plaint d'établissement manifestement inexact des faits, sur trois points, de la violation des art. 103 et 107-108 CO en relation avec la demeure de la partenaire locataire au moment de la résolution des contrats, respectivement invoque la caducité de ceux-ci et, par conséquent, fait valoir ses prétentions en dommages-intérêts suite à cette résolution, respectivement caducité des contrats.
La partenaire locataire intimée conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Les parties ont encore déposé chacune de brèves observations. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté dans le délai de 30 jours (art. 100 al. 1 LTF), compte tenu des suspensions de Pâques (art. 46 al. 1 let. a LTF) étendues jusqu'au 19 avril 2020 inclus par l'art. 1 al. 1 de l'Ordonnance du Conseil fédéral sur la suspension des délais dans les procédures civiles et administratives pour assurer le maintien de la justice en lien avec le coronavirus [COVID-19; RS 173.110.4], et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (art. 75 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse est suffisante tant sous l'angle du droit du bail à loyer que sous l'angle des autres cas (art. 74 al. 1 LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Le chef de conclusions n° 2 du recours est irrecevable. Le tribunal des baux s'était déclaré incompétent pour statuer sur les conclusions en mainlevée des oppositions formées aux commandements de payer qui avaient été notifiés à la recourante, celle-ci ayant son siège dans le canton de Vaud. L'arrêt attaqué ne revient pas sur ce point, faute de grief. Dans la mesure où le chef de conclusions n° 2 ne fait que réitérer cette prétention, sans aucune critique motivée, il est irrecevable.
Il en va de même du chef de conclusions n° 3 de la recourante tendant à ce que tout éventuel montant versé en raison des poursuites intentées contre elle devrait lui être restitué avec intérêts à 5 % l'an. Celui-ci est dénué de toute motivation, de sorte qu'il est irrecevable (à supposer encore que le Tribunal fédéral puisse entrer en matière sur des faits postérieurs au prononcé de l'arrêt cantonal; cf. art. 99 al. 1 LTF).
1.3. L'état de fait a été complété d'office à l'aide du premier jugement (art. 105 al. 2 LTF).
2.
2.1. Lorsqu'il est saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione; art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation (ATF 133 III 393 consid. 7.1, 638 consid. 2). Pour chaque constatation de fait incriminée, il doit démontrer comment les preuves administrées auraient dû, selon lui, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable.
S'il entend obtenir le complètement de l'état de fait, parce qu'un fait omis est juridiquement pertinent, le recourant doit démontrer qu'en vertu des règles de la procédure civile, l'autorité précédente aurait objectivement pu en tenir compte et, pour ce faire, il doit désigner précisément les allégués et les offres de preuves qu'il lui avait présentés, avec référence aux pièces du dossier (art. 106 al. 2 LTF; ATF 140 III 86 consid. 2).
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié ou complété après examen des griefs du recours). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver (Begründungspflicht; obbligo di motivare) imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties. Celles-ci peuvent toujours soulever de nouveaux moyens de droit matériel, pour autant que l'argumentation juridique nouvelle repose sur les constatations de fait de l'arrêt attaqué, et non sur des faits nouveaux (arrêts 4A_28/2007 du 30 mai 2007 consid. 1.3 non publié in ATF 133 III 421; 4A_188/2007 du 13 septembre 2007 consid. 4.3.5; 4A_223/2007 du 30 août 2007 consid. 3.2). Elles ne peuvent par contre s'en prendre qu'à elles-mêmes si elles abandonnent un grief (ATF 140 III 86 consid. 2; arrêts 5F_1/2014 du 18 février 2014 consid. 3.3 et 4A_132/2014 du 2 juin 2014 consid. 1). Le Tribunal fédéral n'examine donc que les questions qui sont discutées devant lui, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2). En ce qui concerne la violation des droits fondamentaux et, de manière générale, des droits constitutionnels (ATF 133 III 638 consid. 2) ainsi que du droit cantonal, le Tribunal fédéral n'en connaît que si le grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2); si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 133 IV 286 consid. 1.4; 133 II 249 consid. 1.4.2).
3.
Lorsque, comme en l'espèce, il est admis que le contrat de partenariat et les contrats de sous-location sont interdépendants, l'on se trouveen présence de plusieurs contrats liés entre eux.
3.1. Selon la jurisprudence, lorsque, en vertu de la volonté des parties, les divers rapports qui les lient ne constituent pas des contrats indépendants, mais représentent des éléments de leur convention liés entre eux et dépendants l'un de l'autre, on est en présence d'un contrat mixte (gemischter Vertrag) ou d'un contrat composé (ou complexe ou couplé; zusammengesetzter Vertrag), qui doit être appréhendé comme un seul et unique accord. On parle de contrat composé lorsque la convention réunit plusieurs contrats distincts, mais dépendants entre eux. Il y a contrat mixte lorsqu'une seule convention comprend des éléments relevant de plusieurs contrats nommés (ATF 131 III 528 consid. 7; arrêts 4A_129/2017 du 11 juin 2017 consid. 5; 4A_335/2018 du 9 mai 2019 consid. 4; et les arrêts qui y sont cités).
Lorsqu'on se trouve confronté à un contrat mixte ou composé, il n'est généralement pas possible de l'attribuer à un type de contrat aux éléments caractéristiques clairs, ni, partant, de dire une fois pour toutes à quelles normes légales il doit être soumis. Il ne sera que rarement possible de le soumettre entièrement aux règles d'un contrat réglé par la loi (contrat nommé), dès lors qu'en principe les éléments d'un tel contrat ne l'emportent pas au point d'absorber tous les éléments qui lui sont étrangers. Il faudra donc examiner précisément quelle est la question juridique posée et quels sont les dispositions légales ou les principes juridiques auxquels il y a lieu de recourir pour la trancher. Dans la mesure où les éléments du contrat sont de nature différente, il se justifie de les soumettre à des règles de divers contrats nommés (par exemple contrat de travail, contrat de société, contrat de livraison, contrat de mandat, contrat de bail; cf. les mêmes arrêts).
Cela signifie que les différentes questions à résoudre doivent être régies par les normes légales ou les principes juridiques qui sont adaptés à chacune d'elles; chaque question - par exemple la résiliation du contrat - doit être toutefois soumise aux dispositions légales d'un seul et même contrat; en effet, vu la dépendance réciproque des différents éléments du contrat mixte ou composé, il n'est pas possible que la même question soit réglée de manière différente pour chacun d'eux (cf. les mêmes arrêts).
Pour déterminer quelles règles légales sont applicables à chacune des questions litigieuses, il convient de rechercher le " centre de gravité des relations contractuelles ", appréhendées comme un accord global unique. Il faut dès lors examiner quelle est la portée de chacun des éléments du contrat mixte ou composé eu égard à la situation juridique globale. L'intérêt des parties, tel qu'il se déduit de la réglementation contractuelle qu'elles ont choisie, est déterminant pour décider de l'importance de tel ou tel élément par rapport à l'ensemble de l'accord (cf. les mêmes arrêts).
3.2. La cour cantonale s'est limitée à examiner la résolution des contrats [de sous-location] sur la base de l'art. 258 al. 1 CO, puis, alors même qu'elle admettait que la caducité du contrat de partenariat pouvait entraîner la caducité des contrats de sous-location, elle a écarté cette possibilité, parce que la partenaire sous-locataire avait déclaré résoudre les contrats et que celle-ci commettait un abus de droit à invoquer la caducité dans la présente procédure.
Ce faisant, la cour cantonale n'a pas recherché le centre de gravité du contrat composé pour déterminer quelles étaient les règles les plus adaptées à la question de la fin de la relation contractuelle de partenariat/sous-bail liant les parties, respectivement à celles des créances respectives que les parties ont fondées sur l'un ou l'autre.
Un tel mode de procéder constitue une violation du droit fédéral.
3.3. Le Tribunal fédéral peut toutefois se dispenser de renvoyer la cause à la cour cantonale. En effet, même si, s'agissant de la question de la fin de la relation contractuelle, le centre de gravité du contrat composé se trouve du côté du contrat de partenariat par lequel les parties voulaient collaborer pour une longue durée et pour lequel la partenaire devait consentir des investissements importants, à la fois par le paiement d'un droit d'entrée de 250'000 fr. et des travaux d'aménagement, et non du côté du contrat de bail, comme l'a retenu la cour cantonale, ce sont les mêmes dispositions générales des art. 107 à 109 CO relatives à l'inexécution des obligations, plus spécialement aux effets de la demeure, qui sont applicables et que la cour cantonale a appliquées par renvoi de l'art. 258 al. 1 CO.
La question de savoir si la cause relevait bien de la juridiction des baux à loyer peut demeurer indécise dès lors que cette question relève du droit d'organisation judiciaire cantonal (art. 4 CPC) et n'exerce aucune influence sur la compétence fonctionnelle du Tribunal fédéral en tant qu'autorité de recours contre un arrêt rendu sur appel par l'autorité cantonale supérieure dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF).
4.
Pour statuer sur la validité de la résolution des trois contrats constituant le contrat composé, qui a été notifiée par la partenaire sous-locataire le 20 septembre 2016, il s'impose d'examiner le comportement respectif des parties.
4.1. Selon l'art. 107 al. 1 CO, lorsque, dans un contrat bilatéral (i.e. synallagmatique), l'une des parties est en demeure, l'autre peut lui fixer un délai convenable pour s'exécuter. Cette demeure dite qualifiée suppose une interpellation (ou sommation), par laquelle le créancier invite le débiteur à exécuter sa prestation, et la fixation d'un délai déterminé convenable pour cette exécution. Selon la jurisprudence, l'exigence de toute interpellation a pour but d'épargner au débiteur un traitement trop rigoureux, lorsqu'il ignore l'époque de l'exécution ou que cette époque est indéterminée; font exception le cas où l'échéance a été fixée conventionnellement et les autres cas dans lesquels il serait inéquitable que la demeure fût subordonnée à une interpellation, comme dans l'hypothèse où il est clair qu'en dépit de l'interpellation, le débiteur ne s'exécutera pas (ATF 97 II 58 consid. 5 p. 64). Quant à l'exigence de fixer un délai convenable au débiteur, le créancier en est dispensé dans les hypothèses de l'art. 108 CO; tel est le cas notamment lorsqu'il ressort de l'attitude du débiteur que cette mesure serait sans effet (art. 108 ch. 1 CO). Autrement dit, lorsqu'il est clair que le débiteur ne s'exécutera pas, ni ne le fera dans le délai, le créancier est dispensé de l'interpeller et de lui fixer un délai convenable et peut exercer le droit d'option que lui confère l'art. 107 al. 2 CO, en particulier déclarer résoudre le contrat et demander la réparation de l'intérêt négatif.
4.2. Dans un contrat complexe comme le présent contrat, pour apprécier si le débiteur est en demeure qualifiée au sens des art. 107 al. 1 et 108 ch. 1 CO, il faut tenir compte de l'ensemble des obligations du débiteur eu égard à l'interdépendance des trois contrats et, en particulier, en ayant en vue la collaboration envisagée par les parties visant à créer une synergie entre elles et fournir dans les locaux un plateau technique médico-esthétique à leurs clientèles respectives. N'ayant examiné la question que sous l'angle du bail et de la demeure de la partenaire locataire dans la remise des locaux loués à la partenaire sous-locataire, on peut se demander si la cour cantonale a appliqué correctement ces dispositions légales.
Dès lors que les parties ne rediscutent, de manière suffisamment motivée, que la demeure de la partenaire locataire dans la remise de la possession des locaux à la partenaire sous-locataire, il n'y a pas lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour élargir le débat aux autres obligations à ce contrat complexe (cf. consid. 2.2 ci-dessus). Quant à savoir si la partenaire sous-locataire était elle-même en demeure au moment de la résolution des contrats, la partenaire locataire intimée relève que la cour cantonale n'a pas raisonné avec l'art. 82 CO. Elle se limite à affirmer que la partenaire sous-locataire avait été relancée à de nombreuses reprises pour qu'elle règle notamment les deux tranches du droit d'entrée, ce dont elle déduit qu'elle-même ne pouvait être en demeure lorsqu'elle a changé les cylindres. Elle ne démontre toutefois pas, avec référence à ses écritures de première instance, offres de preuve à l'appui, avoir invoqué et établi la demeure de sa partenaire sous-locataire pour ce motif au regard de la clause IX ch. 3 du contrat de partenariat sur le non-respect des délais (cf. consid. 2.1 ci-dessus).
4.3. Il y a donc lieu d'examiner si la partenaire locataire était en demeure dans la mise à disposition des locaux lors de la résolution des contrats le 20 septembre 2016.
4.3.1. La question de savoir si les faits constatés au sujet de la demeure satisfont à la condition de la demeure qualifiée, au sens de l'art. 108 ch. 1 CO, relève du droit, ce que le Tribunal fédéral examine librement (art. 106 al. 1 LTF).
Relève également du droit, et donc d'un examen libre par le Tribunal fédéral (art. 106 al. 1 LTF), la question de savoir quel sens il y a lieu d'attribuer aux conclusions et aux déclarations des parties dans leurs actes judiciaires. En effet, selon la jurisprudence, ces actes et les autres déclarations des parties étant des manifestations de volonté faites dans le procès, adressées tant au juge qu'à la partie adverse, il y a lieu de les interpréter objectivement, soit selon le sens que, d'après les règles de la bonne foi, les destinataires pouvaient et devaient raisonnablement leur prêter (principe de la confiance; ATF 105 II 149 consid. 2a p. 152; arrêt 4A_66/2016 du 22 août 2016 consid. 4.1.2). Il faut donc rechercher le sens des déclarations de volonté unilatérales d'une partie telles qu'elles pouvaient être comprises de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances. Le principe de la confiance permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 144 III 93 consid. 5.2.2 p. 99; 130 III 417 consid. 3.2 p. 424; 129 III 118 consid. 2.5 p. 122; 128 III 419 consid. 2.2 p. 422).
4.3.2. Contrairement à ce que soutient l'intimée, qui conclut à l'irrecevabilité du recours faute de motivation, la recourante a suffisamment critiqué la motivation cantonale au sujet de l'absence de demeure de la partenaire locataire (du fait du changement des cylindres et du dépôt d'un appel contre la décision de mesures provisionnelles) pour que le Tribunal fédéral puisse entrer en matière sur cette question de droit.
4.3.3. Après que la partenaire locataire a changé les cylindres des serrures, ce dont la partenaire sous-locataire s'est plainte le 19 août 2016, celle-ci a mis celle-là en demeure de lui remettre les locaux à disposition en formant une requête de mesures provisionnelles; à ce stade, la partenaire sous-locataire souhaitait donc poursuivre les contrats.
La partenaire locataire s'est, dans un premier temps, exécutée en déférant à l'ordonnance du juge qui lui ordonnait de restituer immédiatement la possession exclusive des locaux, sous la menace des peines de l'art. 292 CP: elle a réinstallé les anciens cylindres des serrures le 5 septembre 2016, ce dont elle a informé la partenaire sous-locataire par fax. Il n'est guère contestable que la partenaire sous-locataire ait donc disposé des locaux à compter de cette dernière date, contrairement à ce que la recourante sous-locataire soutient dans une motivation alambiquée.
4.3.4. Mais, dans un second temps, comme l'a constaté la cour cantonale, la partenaire locataire a déposé un appel contre cette ordonnance le 14 septembre 2016, ce qui a conduit la partenaire sous-locataire à résoudre les contrats le 20 septembre 2016 en se prévalant de l'art. 107 al. 2 CO, et à solliciter la réparation de son dommage.
4.3.4.1. La cour cantonale a considéré qu'il ressortait de la correspondance échangée entre les parties et de la procédure de mesures provisionnelles visant à la restitution de la possession des locaux sous-loués, que la partenaire locataire souhaitait la continuation du rapport contractuel; selon elle, indépendamment des motifs invoqués à l'appui de l'appel, le seul dépôt de celui-ci ne permettait dès lors pas de justifier une résolution des contrats, la partenaire locataire pouvant faire valoir ses droits en justice, par les voies de recours offertes.
4.3.4.2. Ce faisant, la cour cantonale n'a pas procédé à l'interprétation objective, selon la bonne foi, de ce comportement de la partenaire locataire, lequel lui est imputable même s'il ne correspond pas à sa volonté interne. Ce qui est décisif à cet égard, c'est la façon dont tout destinataire peut, de bonne foi, comprendre l'appel par lequel la partenaire locataire s'oppose à la restitution de la possession des locaux à la partenaire sous-locataire. Or, du dépôt de l'appel, on déduit sans équivoque que la partenaire locataire n'entendait pas laisser les locaux à la disposition de la partenaire sous-locataire. Comme le soutient celle-ci, la partenaire locataire a persisté par cet acte à déclarer se refuser à honorer sa prestation essentielle et c'est sur la base de cette déclaration qu'elle a préféré renoncer à poursuivre la collaboration à peine initiée et a déclaré résoudre les contrats.
Lorsque la cour cantonale retient que la partenaire locataire "souhaitait la continuation du rapport contractuel ", malgré l'appel interjeté, soit elle se base sur sa volonté subjective, qui n'est pas décisive, soit elle cautionne une attitude contradictoire de la partenaire locataire, qui ne peut en effet pas s'opposer à la remise de la chose louée et en même temps vouloir le maintien du contrat. C'est à tort que la cour cantonale ne voit dans l'appel que l'exercice d'un droit légitime de la partenaire locataire, soit celui de faire valoir ses droits en justice par les voies de recours offertes par la loi. Cet appel est aussi une manifestation de volonté à l'égard de sa partie adverse, un refus de s'exécuter, qui remet en cause la collaboration prévue et justifie la résolution du contrat composé. De ce point de vue, et donc pour l'avenir de la collaboration, il importe peu que la réinstallation des cylindres ait été effective à ce moment puisque la partenaire locataire entendait en obtenir la révocation.
Contrairement à ce que soutient l'intimée, l'appréciation juridique à donner à l'appel ne saurait rester indécise; la critique de la recourante ne porte pas sur une question de fait, contrairement à ce que croit l'intimée. Le refus de la partenaire locataire de s'exécuter ainsi manifesté le 14 septembre 2016 et reçu quelques jours plus tard dispensait la partenaire sous-locataire de lui notifier une nouvelle interpellation entre le 14 et le 20 septembre 2016. Le reproche que la partenaire sous-locataire aurait résilié les contrats par convenance personnelle ne trouve aucun appui dans l'état de fait, ce d'autant moins que celle-ci avait déjà entrepris des travaux dans les locaux. Il n'y a pas non plus lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle constate en fait les raisons pour lesquelles l'appel a été déposé (selon l'intimée, pour violation de la condition du préjudice difficilement réparable de l'art. 261 al. 1 let. b CPC) dès lors qu'il s'agit de procéder à une interprétation objective du comportement de la partenaire locataire.
4.3.5. En résumé, par l'introduction de cet appel le 14 septembre 2016, la partenaire locataire remettait en cause la collaboration même à laquelle elle s'était engagée par le contrat de partenariat et les deux contrats de sous-location, collaboration (sereine) qui ne se conçoit guère par procès interposés. La partenaire locataire était ainsi en demeure qualifiée, au sens des art. 107 al. 1 et 108 ch. 1 CO, du fait du dépôt de cet acte procédural, de sorte que la partenaire sous-locataire était en droit de résoudre le contrat composé le 20 septembre 2016, en vertu de l'art. 107 al. 2 CO.
5.
La résolution des contrats par la partenaire sous-locataire le 20 septembre 2016 étant valable, les conséquences pécuniaires tirées par la cour cantonale en faveur de la partenaire locataire sont dénuées de fondement.
5.1. Ainsi, la partenaire sous-locataire ne saurait être condamnée à payer les deux tranches de 125'000 fr. chacune avec intérêts dues sur la base du contrat de partenariat.
Il est donc superflu de se prononcer sur la clause de " caducité " selon laquelle le défaut de paiement du droit d'entrée, respectivement en temps utile, avait pour effet de rendre la convention de partenariat caduque, ni non plus sur le but dans lequel devait être utilisé ce montant.
Il est inutile de se prononcer sur le grief d'enrichissement illégitime et, subsidiairement, l'adaptation du contrat en vertu de la clausula rebus sic stantibus.
La partenaire locataire ne fait que mentionner, dans un autre contexte, soit pour s'opposer à la prétention en dommages-intérêts négatifs (pour les travaux effectués dans les locaux loués; cf. consid. 6.1 ci-dessous), l'éventuelle indemnité pénale de 125'000 fr. prévue par l'art. IX point 3 du contrat de partenariat. Faute de motivation, avec indication des allégués et offres de preuves que la partenaire locataire aurait présentés devant le tribunal, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce point.
5.2. La résolution des contrats étant admise, il n'y a pas eu de restitution anticipée des locaux et, partant, la partenaire sous-locataire ne doit pas être condamnée à payer les loyers et charges du 6 septembre 2016 au 31 décembre 2017.
6.
Quant aux conclusions en paiement de dommages-intérêts négatifs (de 131'818 fr. 95) et de dommages-intérêts positifs (de 327'675 fr. avec intérêts), rejetées par la cour cantonale et que la partenaire sous-locataire recourante reprend dans son recours, elles sont irrecevables pour les motifs qui suivent.
6.1. En ce qui concerne les dommages-intérêts négatifs, à l'appui desquels la recourante invoquait l'art. 107 al. 2 CO, la cour cantonale les a refusés puisqu'elle n'a retenu ni la résolution des contrats, ni leur caducité.
Dans son présent recours, à l'appui de son chef de conclusions n° 4, la recourante se limite à invoquer qu'elle a démontré avoir subi un dommage par la production de pièces et l'audition de témoins, qu'elle avait entamé des travaux, payé des entreprises et acheté du mobilier en vue de son entrée dans les locaux, en se référant à la page 12 de l'arrêt attaqué.
Ce faisant, elle n'indique pas où elle aurait allégué dans ses écritures de première instance et d'appel les faits justifiant sa prétention, ni les moyens de preuve qu'elle aurait offerts pour les établir. On ne trouve aucune indication dans ce sens dans la référence donnée à l'arrêt attaqué. Lorsque, dans ses observations, elle se prévaut du fait qu'il n'y a pas de règle imposant l'épuisement des griefs, elle méconnaît que, lorsque l'état de fait de l'arrêt cantonal est incomplet, le recourant doit, pour obtenir son complètement, satisfaire aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF: il doit démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'il a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure civile, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats; si la critique ne satisfait pas à ces exigences, ses allégations ne pourront pas être prises en considération (cf. consid. 2.1 in fine ci-dessus).
Il s'ensuit que, faute de satisfaire à ces exigences, la Cour de céans peut renoncer à renvoyer la cause à la cour cantonale pour compléter l'état de fait et statuer sur cette prétention.
6.2. Il en va de même pour la prétention en dommages-intérêts positifs, que la recourante invoque à titre subsidiaire. Dans son présent recours, elle se limite à invoquer qu'elle a le droit de solliciter un dédommagement en lien avec l'inexécution par sa partie adverse, soit des dommages-intérêts positifs tels que le gain manqué, qu'elle chiffre au montant de 327'675 fr. sans plus ample précision.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis et l'arrêt attaqué partiellement réformé en ce sens que la demande est partiellement admise en son premier point (1) et qu'il est constaté que la demanderesse n'est débitrice d'aucun montant envers la défenderesse et que la demande reconventionnelle est entièrement rejetée. Il se justifie de répartir les frais judiciaires de la procédure fédérale à raison de 1/4 à charge de la recourante et de 3/4 à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée versera une indemnité de dépens réduits à la recourante (art. 68 al. 1-2 LTF). Il n'y a pas lieu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour nouvelle fixation des frais et dépens des instances cantonales, le droit genevois dispensant les parties de l'obligation de payer des frais judiciaires et de verser des dépens dans les causes soumises à la juridiction des baux et loyers (art. 22 al. 1 LaCC/GE; ATF 139 III 182 consid. 2.6).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué partiellement réformé en ce sens que la demande est partiellement admise, en son premier point (1), et qu'il est constaté que la demanderesse n'est débitrice d'aucun montant envers la défenderesse et que la demande reconventionnelle est entièrement rejetée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis pour 2'000 fr. à la charge de la recourante et pour 6'000 fr. à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 6'750 fr. à titre de dépens réduits.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 12 mars 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron