Faits :
A.
Par lettre du 1er février 2016, le mandataire de A._ a informé le service de recouvrement de l'Administration fiscale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) que son mandant allait recevoir en 2016 un dividende exceptionnel soumis à l'impôt anticipé, dont le remboursement allait couvrir en grande partie l'impôt cantonal et communal (ICC) 2016. Il sollicitait dès lors de nouveaux bulletins de versement prenant en compte sa nouvelle estimation pour le paiement des acomptes provisionnels ICC 2016.
Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale 2016 remise le 14 juillet 2017, le contribuable a mentionné détenir 100% du capital de la société B._ Sàrl (ci-après: la société), soit 1000 parts pour une valeur fiscale totale de 804'200 fr. Il n'a déclaré aucun rendement brut soumis à l'impôt anticipé, la case prévue à cet effet étant restée vide. Le 11 septembre 2017, l'Administration fiscale a prié le contribuable de lui remettre le bordereau d'encaissement du dividende de 380'000 fr. soumis à l'impôt anticipé, échu le 28 février 2016, découlant de ses parts détenues dans la société. Le 2 octobre 2017, le contribuable lui a remis un extrait de compte de sa banque mentionnant un dividende de 247'000 fr (380'000 fr. moins l'impôt anticipé de 35%) perçu le 1er mars 2016.
B.
Par décision de taxation datée du 23 octobre 2017, l'Administration fiscale a fixé l'ICC 2016 à 129'948.60 fr. sur la base d'un revenu imposable de 467'922 fr, et d'une fortune imposable de 1'042'310 fr., au taux de 1'227'153 fr., et refusé le remboursement de l'impôt anticipé de 133'000 fr. prélevé sur le dividende de 380'000 fr., le contribuable n'ayant pas déclaré spontanément ce revenu.
Le 1er mars 2018, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation formée par le contribuable contre cette décision.
Le 12 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours interjeté par le contribuable contre la décision sur réclamation du 1er mars 2018.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite des frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt précité du 12 novembre 2018 et d'ordonner à l'Administration fiscale de lui rembourser l'impôt anticipé de 133'000 fr. perçu sur le dividende qui lui a été versé le 1er mars 2016 par la société en l'imputant sur le relevé de compte de l'ICC et de l'IFD 2016. Subsidiairement, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'Administration fiscale, plus subsidiairement au Tribunal administratif de première instance, pour nouvelle décision au sens des considérants.
La procédure a été suspendue par ordonnance présidentielle du 14 décembre 2018. A cette occasion, les parties ont été invitées à se prononcer sur l'issue du litige dans l'hypothèse d'une entrée en vigueur de la modification de la LIA du 23 septembre 2018. Dans ses observations, le recourant a indiqué qu'il remplissait les conditions du nouveau droit lui permettant d'obtenir le droit au remboursement. L'Administration fédérale des contributions s'est déterminée sous l'angle du nouveau droit et a conclu au rejet du recours. L'Administration fiscale s'est ralliée à la détermination de l'Administration fédérale des contributions en concluant également au rejet du recours. Le 20 mars 2019, le Président de la Cour II du Tribunal fédéral a ordonné la reprise de la procédure. Le recourant a déposé des observations spontanées.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF par le contribuable qui a un intérêt digne de protection à sa modification (art. 89 al. 1 LTF). Le jugement a en outre été rendu par une autorité judiciaire de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), du moment que la présente cause ne traite que du remboursement de l'impôt anticipé pour l'année fiscale 2016, à l'exclusion des taxations pour cette année (cf. art. 35 al. 2 et 56 LIA et art. 15 du règlement genevois du 30 décembre 1958 d'application de diverses dispositions fiscales fédérales [RDDFF/GE; RS/GE D 3 80.04]); il s'agit d'une exception à l'obligation de tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 86 al. 2 i.f. LTF; arrêt 2C_896/2015 du 10 novembre 2016 consid. 1). Au surplus, déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours est recevable.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). En revanche, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, conformément au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF; ATF 142 II 369 consid. 2.1 p. 372; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41). Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF.
3.
Le litige porte sur le remboursement de l'impôt anticipé de 133'000 fr. prélevé sur le dividende de 380'000 fr. versé au contribuable en 2016. Il n'est pas contesté que le recourant peut demander le remboursement de l'impôt prélevé sur le dividende qui lui a été versé et y a en principe droit (art. 21 al. 1 let. a et 22 al. 1 LIA). Demeure litigieuse la question de savoir si le recourant a perdu son droit au remboursement.
3.1. L'art. 23 LIA, qui traite de cette question a une nouvelle teneur depuis le 1er janvier 2019 (RO 2019 433) :
"1Celui qui, contrairement aux prescriptions légales, ne déclare pas aux autorités fiscales compétentes un revenu grevé de l'impôt anticipé ou la fortune d'où provient ce revenu perd le droit au remboursement de l'impôt anticipé déduit de ce revenu.
2 Il n'y a pas de déchéance du droit si l'omission du revenu ou de la fortune dans la déclaration d'impôt est due à une négligence et si, dans une procédure de taxation, de révision ou de rappel d'impôt dont la décision n'est pas encore entrée en force, ce revenu ou cette fortune:
a. sont déclarés ultérieurement, ou
b. ont été portés au compte du revenu ou de la fortune suite à une constatation faite par l'autorité fiscale."
L'objectif visé par cette modification était d'assouplir la pratique fondée sur l'ancien droit, qui exigeait en particulier pour éviter la déchéance du droit au remboursement une annonce spontanée par le contribuable du revenu grevé de l'impôt (cf. arrêts 2C_612/2017 du 7 mai 2018 consid. 2.2; 2C_87/2018 du 6 février 2018 consid. 3.1 s.) et ainsi d'éviter une imposition à double titre (cumul de l'impôt sur le revenu et de l'impôt anticipé) (Message du 28 mars 2018 concernant la modification de la LIA; FF 2018 p. 2380, 2382 et 2389 s.). Selon le nouveau droit, le contribuable conserve son droit au remboursement si le non-respect de l'obligation fiscale résulte de la négligence et si la décision de taxation, de révision ou de rappel d'impôt n'est pas entrée en force. L'annonce spontanée du revenu en cause n'est plus une condition impérative, l'autorité fiscale pouvant prendre en compte de son propre chef les prestations non déclarées (art. 23 al. 2 let. b LIA; FF 2018 p. 2380 et 2390).
3.2. Selon la disposition transitoire figurant à l'art. 70d LIA, l'art. 23 al. 2 LIA s'applique aux prétentions nées à partir du 1er janvier 2014 pour autant que le droit au remboursement de l'impôt anticipé n'ait pas encore fait l'objet d'une décision entrée en force.
En l'occurrence, la prétention au remboursement de l'impôt anticipé est postérieure au 1er janvier 2014 et la décision concernant ledit remboursement n'est pas entrée en force. La présente cause est donc soumise au nouveau droit.
4.
En l'espèce, il n'est pas contesté par les parties, à juste tire, que la seconde condition de l'art. 23 al. 2 LIA est remplie. En effet, le revenu soumis à l'impôt anticipé a été pris en compte par l'autorité fiscale alors que la décision de taxation en cause n'était pas encore entrée en force. Les parties s'opposent en revanche sur le point de savoir si l'omission de déclarer le revenu en question était intentionnelle ou résultait d'une négligence. L'Administration fédérale des contributions, suivie en cela par l'Administration fiscale, ont estimé qu'une omission par négligence ne pouvait être retenue, ce que le recourant conteste.
4.1. En l'occurrence, sur le plan subjectif, pour examiner si l'omission en cause est intentionnelle ou résulte de la négligence, il n'y a pas lieu de s'écarter de ce qui a été développé en matière de soustraction fiscale.
Une soustraction intentionnelle ou une tentative de soustraction suppose que le contribuable ait agi avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP [RS 311.0], applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP). Le dol éventuel suffit; il suppose que l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode au cas où il se produirait. Il n'est toutefois pas aisé de distinguer le dol é ventuel de la négligence consciente (ATF 133 IV 9 consid. 4.1 p. 16; arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; tous deux avec les références citées). Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; tous deux avec les références citées). Selon la jurisprudence constante, la preuve d'un comportement intentionnel en relation avec une tentative de soustraction fiscale doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes, ce qui doit s'établir en fonction de l'ensemble du comportement de l'intéressé lors de la déclaration. Si tel est le cas, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel, afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1; 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 15.2; tous deux avec les références citées).
Agit par négligence celui qui, par une imprévoyance coupable, ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand le contribuable n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, ce par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle (ATF 135 II 86 consid. 4.3 p. 91; arrêt 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.4.4, in RF 73/2018 p. 255; RDAF 2017 II 630).
4.2. En l'occurrence, le Tribunal administratif de première instance ne s'est pas prononcé sur le caractère intentionnel de l'absence de déclaration du dividende perçu, ce qui ne peut pas lui être reproché puisqu'un tel élément était sans pertinence sous l'ancien droit. Dans le cas présent, les éléments ressortant de l'arrêt attaqué et du dossier permettent toutefois de retenir une omission par négligence. Les parties se sont en outre déjà prononcées sur le litige sous l'angle du nouveau droit. Dans ces circonstances, un renvoi à l'autorité précédente pour instruction complémentaire serait vain et aboutirait à un allongement inutile de la procédure. Il se justifie dès lors, dans le cas présent, de préciser d'office certains faits, pertinents pour la solution du litige, conformément à l'art. 105 al. 2 LTF.
4.3. En l'espèce, il ressort de l'arrêt entrepris que le 1er février 2016, le recourant par son mandataire, a annoncé à l'Administration fiscale qu'il allait recevoir en 2016 un dividende exceptionnel soumis à l'impôt anticipé. Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale 2016, le recourant a mentionné qu'il détenait la totalité du capital de la société. Dans les cases correspondant aux rendements, il n'a pas indiqué "zéro" ou tracé un trait; celles-ci sont seulement vides. En mars 2016, la société, dont le recourant était l'associé-gérant unique, a annoncé à l'Administration fédérale des contributions le versement d'un dividende de 380'000 fr. et le prélèvement d'un impôt anticipé de 133'000 fr. La distribution du dividende précité figurait également dans les comptes et la déclaration 2015 de la société. Enfin, les autorités fiscales ne prétendent pas que la non-déclaration du dividende en question aurait pu servir les intérêts du recourant. Dans de telles circonstances, en particulier du fait que le recourant avait annoncé qu'un dividende exceptionnel lui serait versé en 2016 et qu'il a laissé vide la rubrique concernant ce point dans sa déclaration d'impôt, il faut admettre que celui-ci n'avait ni la conscience, ni la volonté de ne pas déclarer le revenu en cause et qu'une telle omission relevait de la négligence. L'importance du dividende non déclaré de 380'000 fr. au regard du revenu brut déclaré en 2016 de plus de 400'000 fr. ne suffit pas, contrairement à ce que laisse entendre l'Administration fédérale des contributions, à établir une omission intentionnelle.
4.4. Sur le vu de ce qui précède, les conditions de l'art. 23 al. 2 LIA sont remplies. Le recourant n'a ainsi pas perdu son droit au remboursement de l'impôt anticipé prélevé sur le dividende de 380'000 fr. versé le 1er mars 2016.
5.
5.1. Le recours doit partant être admis et l'arrêt attaqué annulé. L'Administration fiscale est chargée de procéder à la restitution de l'impôt anticipé de 133'000 fr. au recourant, soit directement, soit par imputation sur le décompte final concernant la période fiscale 2016. Sur ce point, il est précisé que l'imputation se fait en principe sur l'ICC et non sur l'IFD (cf. art. 31 al. 1 LIA; art. 16 RDDFF). Les autres griefs soulevés par le recourant sont en conséquence sans objet.
5.2. En raison de la modification du droit intervenue après le prononcé du jugement attaqué, il n'y a pas lieu de mettre les frais judiciaires à la charge de la République et canton de Genève qui succombe et défend un intérêt patrimonial (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Pour la même raison, il n'y a pas lieu de modifier le règlement des frais et dépens de la procédure cantonale.
5.3. Les circonstances justifient d'allouer des dépens au recourant, représenté par une fiduciaire (art. 68 al. 1 et 2 LTF et art. 9 du règlement du Tribunal fédéral sur les dépens [RS 173.110.210.3]; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2014, n° 17 ad art. 68 LTF), lesquels seront supportés par la République et canton de Genève.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du Tribunal administratif de première instance du 12 novembre 2018 est annulé et la cause renvoyée à l'Administration fiscale pour qu'elle statue dans le sens des considérants.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaire.
3.
La République et canton de Genève versera au recourant une indemnité de 5'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante du recourant, à l'Administration fiscale et au Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 27 juin 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : de Chambrier