Faits :
A.
A.a. A._ (ci-après: la société ou la recourante) est une entreprise de droit italien, intervenant en Suisse à travers une succursale sise à B._, active dans le domaine de la construction électrique.
A.b. Depuis plusieurs années, les Transports publics genevois ont entrepris la construction d'un nouveau dépôt et centre de maintenance sous l'appellation "C._". À la suite d'un appel d'offres pour un marché de travaux publics de construction en procédure ouverte concernant ledit chantier, les Transports publics genevois ont, par décision du 14 mars 2017, informé la société qu'ils lui avaient adjugé le marché portant sur le "LOT 12 - installation électrique". Les parties ont conclu un contrat d'entreprise le 31 mars 2017. Il prévoyait, à sa clause 6.2, des pénalités pour les cas suivants :
- non-respect par l'entrepreneur des dates et délais indiqués au planning de la direction des travaux. L'entrepreneur s'exposait à verser, outre les dommages intérêts, une pénalité correspondant à 10 % au plus de la rémunération totale. Le maître de l'ouvrage était autorisé à déduire la pénalité avec le prochain paiement (partiel). Le montant de la pénalité pour « n semaines de retard pour chaque jalon » serait calculé à raison de : « semaine 1 : CHF 30'000.- » et « dès la semaine 2 : CHF 10'000.- », la pénalité de retard étant limitée à 10 % du montant global du marché (let. a);
- non-respect des obligations en matière de législation sociale, de formation professionnelle, des conditions de sécurité du travail. L'entrepreneur s'exposait à verser "une pénalité correspondant à cinq fois le montant du préjudice total par événement subi par les travailleurs ou des institutions sociales ou publiques, notamment en matière de protection des travailleurs, de formation professionnelle, de conditions de travail, d'assurances sociales ou à l'impôt à la source, et ce pendant toute la durée du contrat" (let. b).
Le contrat renvoyait également à une annexe intitulée "Conditions générales complémentaires à K2 et conditions particulières à l'ouvrage" et à sa clause 1.1.32, qui précisait les pénalités en cas de non-respect des obligations légales en matière de législation sociale, de formation professionnelle, conditions de travail et sécurité et des obligations légales en matière de protection de l'environnement; dans ces cas, l'entrepreneur s'exposait à une pénalité correspondant à cinq fois le montant du préjudice total subi par le maître de l'ouvrage par événement, mais au moins 10'000 fr., et ce pendant toute la durée du contrat. Le soumissionnaire acceptait que lesdites pénalités soient immédiatement déduites sur la situation de travaux à venir, dès transmission de la facture correspondante par le maître d'ouvrage.
A.c. Les travaux se sont déroulés normalement jusqu'en juin 2019. Par décision du 12 juin 2019, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail de la République et canton de Genève a refusé à la société, et par conséquent à ses travailleurs, l'accès au chantier de construction du dépôt des Transports publics genevois "C._", en se fondant sur l'art. 2 al. 4 de la loi du 12 juin 1997 autorisant le Conseil d'État à adhérer à l'accord intercantonal sur les marchés publics (L-AIMP - L 6 05.0). La décision, déclarée exécutoire nonobstant recours, déployait ses effets à compter du lendemain de sa notification et précisait que le refus d'accès au chantier durerait tant et aussi longtemps que la société n'aurait pas prouvé qu'elle respectait les conditions de travail en usage dans son secteur d'activité pour l'ensemble du personnel actif sur le marché public. Cette décision était motivée par le fait que la société n'avait pas respecté les conditions de travail en usage à Genève dans le secteur d'activité, soit les usages métallurgie du bâtiment, que l'entreprise avait signé auprès de l'office précité en date du 29 septembre 2016 en lien avec son activité sur le marché public susvisé.
Le 25 juin 2019, la société a interjeté recours contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la Cour de justice), concluant, préalablement, à la restitution de l'effet suspensif et, principalement, à son annulation. Le 27 juin 2019, la Cour de justice a restitué l'effet suspensif au recours et, à la suite de cela, les travailleurs de la société ont réintégré ledit chantier. La cause a été rayée du rôle par la Cour de justice, le 27 août 2019, à la suite du retrait du recours par la société.
B.
Les Transports publics genevois avaient constaté que de nombreuses heures de travail n'avaient pas été acquittées à plusieurs des employés de la société. Selon leur analyse, la valeur des créances potentielles des travailleurs contre la société était de 127'858.83 fr. pour les mois de janvier à mars 2019.
Le 1 er juillet 2019, les Transports publics genevois ont fait parvenir à la société une première facture d'un montant de 684'303.18 fr., mentionnant qu'il s'agissait d'une "Pénalité en application de l'art. 6.2 lit. b du contrat d'entreprise du 31 mars 2017". Celle-ci se fondait sur le fait que la société n'avait pas été en mesure de fournir des explications ni produire des pièces pertinentes sur les faits susvisés. En application de ladite clause, les Transports publics genevois ont déterminé un montant de 635'679 fr. hors taxe (684'303.18 fr. toutes taxes comprises [TTC]), correspondant à cinq fois le montant de 127'135.80 fr.
Par courrier du 2 juillet 2019, la société leur a signifié que sa facture du 30 avril 2019 n'avait pas été réglée, en violation de ses obligations contractuelles. La société se voyait donc contrainte de mettre formellement en demeure les Transports publics genevois de régler le montant de 1'623'376.71 fr., correspondant au solde de ladite facture.
Le 8 juillet 2019, les Transports publics genevois ont envoyé à la société une seconde facture d'un montant de 100'000 fr. hors taxe (107'700 fr. TTC) mentionnant qu'il s'agissait d'une "Pénalité en application de l'art. 6.2 lit. a du contrat d'entreprise du 31 mars 2017".
Par courrier du même jour, les Transports publics genevois ont signifié à la société qu'à la suite de leur courrier du 2 juillet 2019 relatif à la facture du 30 avril 2019 portant sur un montant de 1'623'376.71 fr. TTC, seul un montant de fr. 1'278'736.71 TTC leur avait été versé, le solde de 340'640 fr. TTC étant, quant à lui, éteint par compensation au sens de l'art. 120 du code des obligations (CO; RS 220). S'agissant de la manière dont le montant compensé avait été ventilé, il était précisé que le montant de 107'700 fr. TTC était compensé à titre de pénalité de retard, en application de la clause 6.2 lit. a du contrat d'entreprise, dans la mesure où les Transports publics genevois avaient constaté que, dès le retour de l'entreprise sur le chantier, la société y avait engagé des effectifs réduits, de sorte que le retard sur le chantier avait été estimé à huit semaines.
Par courrier du 9 juillet 2019, la société a intégralement contesté les déductions opérées par les Transports publics genevois et précisé qu'elle n'avait d'autre choix que de résilier le contrat en application de l'art. 107 al. 2 CO. Par courrier du 10 juillet 2019, les Transports publics genevois ont relevé que les conditions de l'art. 107 CO n'étaient manifestement pas réalisées en l'espèce.
Par acte du 2 août 2019, la société a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice contre les "décisions" rendues par les Transports publics genevois les 1 eret 8 juillet 2019 "sous forme de factures portant pour la première sur le montant de 684'303.18 [fr.] (y compris TVA) au titre de pénalité [...] et la seconde portant sur un montant de 107'700 [fr.] (prix TVA) au titre de pénalité [...]". La société concluait à la recevabilité de son recours et à ce que la Cour de justice dise que les décisions objets du recours étaient "nulles et sans effet", subsidiairement, à leur annulation, avec suite de frais.
Par arrêt 14 janvier 2020, la Chambre administrative de la Cour de justice a déclaré le recours interjeté par la société irrecevable, au motif que la contestation qui lui était soumise relevait du droit privé, de sorte qu'elle n'avait pas la compétence matérielle pour en connaître.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre cet arrêt. Elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de l'annuler et de dire que "les décisions rendues part les Transports publics genevois (TPG) en date du 1er juillet 2019 et du 8 juillet 2019, sous forme de factures portant pour la première sur un montant de CHF 684'303.18 (y compris TVA) au titre de pénalité [...] et la seconde portant sur un montant de CHF 107'700 (y compris TVA) au titre de la pénalité, sont nulles et sans effets." Subsidiairement, elle requiert l'annulation de l'arrêt querellé et le renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle retient les mêmes conclusions sous l'angle du recours constitutionnel subsidiaire.
La Cour de justice renonce à se prononcer sur le recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Les Transports publics genevois concluent à l'irrecevabilité du recours en matière de droit public, subsidiairement, à son rejet, ainsi qu'à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire et, subsidiairement, à son rejet. La recourante a répliqué et les Transports publics genevois dupliqué.
Considérant en droit :
1.
1.1. La voie de droit ouverte devant le Tribunal fédéral, recours en matière civile (art. 72 ss LTF) ou recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF), dépend de la nature civile ou publique de la créance litigieuse et non pas de la procédure suivie ou du type d'autorité qui s'est prononcée précédemment (ATF 137 II 399 consid. 1.8 p. 405). Toutefois, lorsque la nature de la procédure était déjà litigieuse devant l'instance précédente, qui a décliné sa compétence à raison de la matière, la voie de droit ouverte devant le Tribunal fédéral se détermine en fonction de la procédure suivie sur le plan cantonal (arrêt 2C_254/2018 du 29 août 2019 consid. 1.1 non publié aux ATF 145 II 252).
En l'espèce, la recourante se plaint de la qualification à son avis erronée de droit civil de la cause par l'instance précédente et reproche à celle-ci de ne pas être entrée en matière sur son recours. Il s'ensuit que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
1.2. Le présent litige concerne toutefois des pénalités à payer dans le cadre de l'exécution d'un contrat relatif à un marché public. Se pose donc la question de savoir si la présente cause entre dans le champ d'application de l'art. 83 let. f LTF, lequel prévoit qu'en matière de marchés publics, un recours en matière de droit public n'est recevable qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe. Selon la jurisprudence, lorsque le Tribunal fédéral est amené à examiner une cause dans laquelle la question est de savoir si c'est le droit des marchés publics ou si c'est un autre domaine du droit public, non soumis aux exceptions de l'art. 83 LTF, qui s'applique, la voie de droit permettant au Tribunal fédéral d'examiner le plus largement possible la cause doit être retenue (ATF 144 II 184 consid. 1.3). Il y a donc lieu d'admettre que le recours en matière de droit public est ouvert en l'espèce, sans qu'il soit besoin à ce stade d'examiner si les critères de l'art. 83 let. f LTF sont remplis.
1.3. Au surplus, le recours a été formé contre un arrêt d'un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par la société qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
Le recours constitutionnel subsidiaire est partant irrecevable (cf. art. 113 LTF).
1.4. La Cour de justice a déclaré irrecevable le recours interjeté devant elle par la recourante. Seule la question de la recevabilité peut être portée devant le Tribunal fédéral. Les conclusions portant sur le fond sont partant irrecevables (cf. ATF 138 III 46 consid. 1.2).
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux, ainsi que de celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 146 IV 114 consid. 2.1; 142 III 364 consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 142 II 355 consid. 6; 139 II 373 consid. 1.6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 137 II 353 consid. 5.1). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.
La cause concerne deux factures des 1 eret 8 juillet 2019 adressées par les Transports publics genevois à la recourante à titre de pénalités pour non-respect des obligations en matière de législation sociale, de formation professionnelle et des conditions de sécurité au travail, d'une part, et pour retard dans l'exécution des travaux, d'autre part.
L'objet du litige consiste à examiner si cette cause relève du droit public ou du droit privé, comme l'a retenu l'autorité précédente.
3.1. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application du droit cantonal et fait valoir que ces pénalités ont été prononcées sur la base de l'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP, qui permet de sanctionner des violations du droit des marchés publics pendant l'exécution du contrat, mais aussi d'obligations contractuelles imposées dans ce contexte à l'adjudicataire, en lien avec l'art. 20 du règlement genevois du 17 décembre 2007 sur la passation des marchés publics (RMP; L 6 05.01). Selon elle, ces sanctions ne pouvaient être prononcées qu'en application du droit public, par le biais de décisions attaquables.
En outre, la recourante estime que l'arrêt entrepris parvient de manière insoutenable à la conclusion que la première facture ne pouvait pas résulter de l'application de l'art. 2 al. 1 L-AIMP, puisque le montant de la sanction dépassait le plafond de 60'000 fr. prévu par cette disposition. Au surplus, elle fait valoir que l'art. 2 al. 1 L-AIMP, dans sa teneur en vigueur au moment des faits pertinents, ne prévoyait plus un tel plafond. Elle fait enfin valoir que l'arrêt attaqué est arbitraire dans son résultat, puisqu'il a pour effet de soustraire à un contrôle juridictionnel une sanction de droit public.
3.2. La Cour de justice a tout d'abord relevé que l'ancien art. 2 al. 1 L-AIMP, en vigueur jusqu'au 19 décembre 2017, prévoyait une sanction d'amende administrative limitée à 60'000 fr., moins importante que celle prévue dans la disposition applicable aujourd'hui. L'acte d'adjudication et le contrat d'entreprise étant antérieurs à l'entrée en vigueur de cette nouvelle disposition, elle a estimé que la présente cause devait être examinée selon l'ancien droit. La Cour de justice a ensuite relevé que la première facture du 1er juillet 2019 avait pour fondement, selon son libellé, la clause 6.2 let. b du contrat d'entreprise alors que la seconde, du 8 juillet 2019, se fondait sur la clause 6.2 let. a dudit contrat. Les objets visés par la clause 6.2 let. b du contrat, relative au respect des obligations en matière de législation sociale, de formation professionnelle et des conditions de sécurité au travail, se recoupaient, selon elle, à tout le moins partiellement, avec ceux visés par l'art. 2 al. 1 L-AIMP qui mentionne de manière générale la violation du droit des marchés publics.
Les juges cantonaux ont toutefois exclu que la première facture puisse se fonder sur l'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP, après avoir constaté que le montant de cette facture de 684'303.18 fr. TTC avait été établi selon les règles de calcul figurant à la clause 6.2 let. b du contrat et que celui-ci était supérieur au montant d'amende maximum de 60'000 fr. prévu par l'ancien art. 2 al. 1 L-AIMP. Ils ont également écarté la possibilité d'un fondement de la deuxième facture sur la L-AIMP après avoir constaté que l'amende de 107'700 fr. TTC avait été calculée sur la base du tableau figurant dans le contrat d'entreprise et qu'aucune disposition légale relative aux marchés publics ne permettait d'infliger une sanction pour un motif lié à un retard dans l'exécution des travaux. La Cour de justice a déduit de ce qui précède que les factures en cause avaient été établies sur la base d'un contrat d'entreprise de droit privé et qu'il ne s'agissait partant pas de sanctions administratives fondées sur le droit public.
3.3. L'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 20 décembre 2017, prévoit qu'en cas de violation des dispositions en matière de marchés publics, l'adjudicateur peut prononcer une amende administrative jusqu'à 60'000 fr. Selon l'alinéa 2 de cette disposition, les sanctions sont infligées en tenant compte de la gravité de l'infraction ainsi que des circonstances dans lesquelles elle a été commise. Depuis le 20 décembre 2017, l'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP a la teneur suivante: "En cas de violation du droit des marchés publics, pendant la procédure d'adjudication ou l'exécution du contrat, l'adjudicateur peut infliger les sanctions suivantes : [...] c) une amende administrative pouvant aller jusqu'à 10% du prix total du marché". L'alinéa 5 de la nouvelle disposition correspond à l'alinéa 2 de l'ancienne version. L'art. 20 al. 1 RMP prévoit que pour le personnel appelé à travailler sur le territoire genevois, les soumissionnaires et les entreprises exécutantes doivent respecter les dispositions relatives à la protection sociale des travailleurs et aux conditions de travail applicables à Genève dans leur secteur d'activité.
Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 318 consid. 5.4 p. 326 s.).
3.4. En l'espèce, la recourante se contente d'invoquer que l'art. 20 RMP réglementerait de façon exhaustive la question du respect des conditions de travail par une entreprise adjudicataire, en ajoutant que ni la L-AIMP, ni le RMP ne prévoient la possibilité pour l'autorité adjudicatrice d'insérer des peines conventionnelles tendant au respect du droit des marchés publics dans les contrats qu'elle passe avec celle-ci. Elle n'explique toutefois pas en quoi la Cour de justice aurait appliqué le droit cantonal de façon insoutenable en retenant que les parties au contrat pouvaient prévoir des peines conventionnelles pour sanctionner un non-respect des délais d'exécution des travaux ou des règles sur la protection des travailleurs. Le recours, qui n'expose pas de façon claire et précise en quoi le droit cantonal serait manifestement violé, ne satisfait ainsi pas aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2.1).
Par ailleurs, la recourante se réfère en vain à l'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP. En effet, si cette disposition permet à l'adjudicateur de sanctionner une violation des marchés publics en lien avec l'exécution du contrat, elle perd de vue que la sanction des dispositions relatives à la protection des travailleurs n'est pas réglée par l'art. 2 al. 1 let. c L-AIMP, mais par le biais de l'art. 5 al. 3 et 4 L-AIMP (cf. également le rapport explicatif au projet de loi 12070 modifiant la L-AIMP p. 5). Le contrôle et la sanction de telles violations appartiennent ainsi à l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail de la République et canton de Genève (art. 45 al. 1 let. b, en lien avec l'art. 1 al. 3 de la loi genevoise du 12 mars 2004 sur l'inspection et les relations du travail [LIRT; RS/GE J 1 05] et l'art. 5 al. 3 L-AIMP; cf. rapport explicatif précité p. 5). Au surplus, l'existence d'une base légale permettant de sanctionner un comportement sur le plan administratif ne permet pas en soi d'exclure la possibilité de prévoir également pour un objet similaire des pénalités sous l'angle du droit privé.
En résumé, la recourante ne démontre pas que les sanctions en cause reposeraient sur du droit public cantonal.
4.
Selon l'arrêt entrepris, les pénalités en question ont été infligées et calculées par les Transports publics genevois sur la base du contrat du 31 mars 2017 relatif à un marché public.
4.1. En matière de marché public, si la première phase, qui s'achève par l'adjudication, relève du droit public, celle qui suit et qui conduit à la conclusion du contrat entre la collectivité publique et l'adjudicataire appartient, en principe, au domaine du droit privé (cf. ATF 134 II 297 consid. 2.1; ETIENNE POLTIER, Droit des marchés publics, 2014, nos 456 ss et 458 p. 291 s.; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2e éd., 2014, n° 79a ad art. 83 LTF). La liberté contractuelle du pouvoir adjudicateur est limitée. Les éléments du futur contrat, en particulier pour ce qui concerne les points essentiels, se trouvent largement prédéterminés par les exigences requises dans l'appel d'offre. Au stade de la préparation du contrat, seules certaines modalités de détail de celui-ci peuvent encore être réglées (cf. POLTIER, op. cit., n° 454 s. et 472 ss p. 289 s. et 298 ss.).
4.2. Selon son contenu, le contrat peut toutefois aussi constituer un contrat de droit administratif et appartenir au domaine du droit public (cf. ATF 134 II 297 consid. 2.2 p. 301; arrêt 2C_795/2012 du 1er mai 2013 consid. 4.4, in RtiD 2013 II 58). Un tel contrat se distingue du contrat de droit privé en particulier par son objet, considéré sous l'angle des intérêts en présence, et de sa fonction. Il s'agit d'un contrat de droit public lorsque l'intérêt public est directement en jeu, à savoir lorsque le contrat a pour objet direct l'exécution d'une tâche publique ou qu'il concerne un objet réglementé par le droit public comme une question d'équipement (ATF 134 II 297 consid. 2.2 et les références; arrêt 5A_567/2019 du 23 janvier 2020 consid. 7.1.3).
4.3. En l'espèce, on peut tout d'abord s'étonner que la Cour de justice n'ait pas examiné cette question, au moins sommairement. Cela étant, la recourante ne prétend pas qu'il s'agirait d'un contrat de droit administratif et aucun indice ne va dans ce sens. A ce titre, le projet concerné par la procédure d'adjudication vise la construction d'un nouveau dépôt et centre de maintenance et le contrat d'entreprise en question vise à l'évidence à procurer aux Transports publics genevois les moyens d'effectuer leurs tâches. Un tel constat parle en faveur d'un contrat de droit privé (cf. ATF 134 II 297 consid. 2.2 p. 301).
Enfin, la recourante ne fait pas valoir que les Transports publics genevois auraient outrepassé le cadre de leur liberté contractuelle en prévoyant les clauses en question et, ainsi, violé le droit des marchés publics. En particulier, elle ne démontre pas que la question des pénalités pour non-respect des délais et des dispositions sur la protection des travailleurs aurait déjà été réglée au stade de l'appel d'offres (cf. supra consid. 4.1).
Il découle de ce qui précède que les sanctions en cause ont été prononcées sur la base d'un contrat de droit privé.
5.
La recourante invoque en vain la théorie des deux niveaux, de laquelle on pourrait déduire pour l'autorité qui agit comme partenaire de droit privé une obligation de rendre une décision (cf. ATF 145 II 303 consid. 6.5.1, lequel laisse la question ouverte). En effet, dans le présent cas, les factures en cause découlent de l'exécution d'un contrat de droit privé (cf. supra consid. 4.3). Ces sanctions sont des actes de droit privé qui ne sauraient être convertis en acte de nature publique en application de la théorie susmentionnée. Par ailleurs, la recourante ne prétend pas qu'elle aurait requis formellement une décision de la part des Transports publics genevois lorsque ceux-ci agissaient comme partenaire privé.
6.
Sur le vu de ce qui précède, la Chambre administrative de la Cour de justice n'a pas violé le droit fédéral en retenant que le litige porté devant elle relevait du droit privé et en déclarant irrecevable le recours interjeté par la recourante contre les "décisions" des Transports publics genevois des 1eret 9 juillet 2019.
7.
Certes, la recourante relève à juste titre que la Cour de justice a arbitrairement retenu que l'ancien art. 2 al. 1 L-AIMP était applicable, alors que les faits pertinents ayant conduit aux sanctions étaient postérieurs à l'entrée en vigueur de cette disposition (concernant le droit applicable en l'absence de dispositions transitoires topiques, cf. arrêt 2C_492/2017 du 20 octobre 2017 consid. 7.3 et références). Elle mentionne également à raison que la Cour de justice a versé dans l'arbitraire en retenant que l'art. 2 al. 1 L-AIMP ne pouvait pas fonder la première facture, puisque le montant de celle-ci dépassait le plafond de 60'000 fr. prévu par cette disposition. En effet, le seul constat factuel de dépassement de ce plafond ne permet aucunement de trancher la question de la nature de la relation existant entre les parties.
Ce nonobstant, l'existence de ces considérations arbitraires dans l'arrêt attaqué ne change rien au fait que celui-ci reste soutenable dans son résultat (cf. supra consid. 6). Celles-ci ne peuvent partant pas conduire à l'annulation de l'arrêt attaqué (cf. supra consid. 3.3).
8.
Le recours en matière de droit public doit partant être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais de procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la mandataire des Transports publics genevois et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 18 février 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : de Chambrier