Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in U._ (nachfolgend Holdinggesellschaft oder Beschwerdegegnerin) war 100%-ige Muttergesellschaft der B._ GmbH mit Sitz in V._ (Österreich; heute: C._ GmbH, nachfolgend Tochtergesellschaft). Beteiligte an der A._ AG waren zu 50% D.E._, zu 49% die von F._ beherrschte G._ GmbH (nachfolgend Beteiligungsgesellschaft) sowie zu 1% F._.
F._ (50%; 1% direkt, 49% via Beteiligungsgesellschaft) D.E._ (50%) G._ GmbH (49%) (Beteiligungsgesellschaft) A._ AG (Holdinggesellschaft) B._ GmbH (Tochtergesellschaft)
Am 20. Oktober 2009 und am 28. Januar 2010 erstatteten F._ und die Beteiligungsgesellschaft bei der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen Strafanzeige gegen D.E._ und H.E._, den Vater von D.E._ und gleichzeitig Geschäftsführer der Tochtergesellschaft. In der Strafanzeige wurde D.E._ namentlich angelastet, dass er gesetzes- und statutenwidrig ohne vorgängige Information, Einberufung und Beschlussfassung der Generalversammlung der Holdinggesellschaft deren einziges Aktivum, die 100%-ige Beteiligung an der Tochtergesellschaft, für EUR 200'000.-- an die I._ AG (nachfolgend I._), eine Tochtergesellschaft des Migros-Genossenschafts-Bundes, veräussert habe; ausserdem hätten sich H.E._ und D.E._ gleichzeitig in einer Nebenabrede ausbedungen, dass eine Minderheitsbeteiligung von 40% an der Tochtergesellschaft in der Folge wiederum auf sie übertragen werde. Nachdem F._ und die Beteiligungsgesellschaft in der Folge eine dringliche Anordnung des Kreisgerichts See-Gaster erwirkt hätten, mit welcher der Holdinggesellschaft einstweilen unter Androhung der Bestrafung gemäss Art. 292 StGB verboten worden sei, ihre Beteiligung an der Tochtergesellschaft zu veräussern bzw. einen allenfalls bereits geschlossenen Vertrag zu vollziehen, hätten D.E._ und die I._ dieses Verbot umgangen, indem das Stammkapital der Tochtergesellschaft - zum Nennwert unter Verzicht auf das Bezugsrecht der bisher Beteiligten zugunsten der I._ - massiv (um EUR 2.2 Mio.) mittels Verrechnung mit einem von der I._ gewährten Darlehen erhöht worden sei, sodass in der Folge die I._ zu 98.4% und die Holdinggesellschaft nur noch zu 1.6% an der Tochtergesellschaft beteiligt gewesen sei.
Am 8. Mai 2012 schlossen der Migros-Genossenschafts-Bund, die I._, die Tochtergesellschaft, die Beteiligungsgesellschaft, die Holdinggesellschaft, die von D.E._ und H.E._ beherrschte J._ GmbH, F._ sowie H.E._ und D.E._ eine Vergleichsvereinbarung. Gemäss dem Vergleich hatte D.E._ seine Beteiligung von 50% an der Holdinggesellschaft (50 Aktien à nominal je Fr. 1'000.--) zum Preis von Fr. 450'000.-- auf die Beteiligungsgesellschaft zu übertragen (so dass F._ direkt bzw. indirekt - via die Beteiligungsgesellschaft - Alleinbeteiligter an der Holdinggesellschaft wurde). Ausserdem verpflichtete sich die Holdinggesellschaft, ihre Beteiligung von 1.6% an der Tochtergesellschaft an I._ abzutreten, während I._ der Holdinggesellschaft einen Betrag von Fr. 4.7 Mio. bezahlen sollte. F._ übernahm die Verpflichtung, sämtliche Strafanzeigen gegen D.E._ und H.E._ zurückzuziehen bzw. sein Desinteresse an einer weiteren Strafverfolgung zu bekunden. Nachdem die Verpflichtungen gemäss dem Vergleich vollzogen worden waren, insbesondere F._ und die Beteiligungsgesellschaft gegenüber der Staatsanwaltschaft St. Gallen eine Desinteresseerklärung abgegeben hatten, verfügte diese mit Nichtanhandnahmeverfügung vom 31. Mai 2012 namentlich, dass gegen D.E._ und H.E._ kein Strafverfahren eröffnet werde.
Am 19. Januar 2016 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung der Kantons Zug die Holdinggesellschaft für die direkte Bundessteuer 2012 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 3'083'400.--; es wurde kein Beteiligungsabzug gewährt.
B.
Am 17. Oktober 2016 hiess die kantonale Steuerverwaltung eine Einsprache der Holdinggesellschaft gut und gewährte dieser den Beteiligungsabzug. Eine Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung gegen den Einspracheentscheid wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zug am 28. November 2017 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Februar 2018 beantragt die Eidgenössische Steuerverwaltung, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, der Gewinn der Holdinggesellschaft für die direkte Bundessteuer 2012 sei auf Fr. 3'083'400.-- festzulegen und es sei kein Beteiligungsabzug zu gewähren.
Das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegnerin schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die kantonale Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet. In einer weiteren unaufgefordert eingereichten Stellungnahme hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen einen Entscheid einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG bzw. mit Art. 12 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 17. Februar 2010 (OV-EFD; SR 172.215.1) zur Beschwerde an das Bundesgericht legitimiert.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 155 E. 4.4.5 S. 157) und verfügt über volle Kognition (Art. 95 BGG; BGE 141 V 234 E. 2 S. 236).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 155 E. 4.4.3 S. 156). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig - das heisst willkürlich - sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 142 V 2 E. 2 S. 5). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinn mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- und Rügeanforderungen nicht (vgl. BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).
Die Sachverhaltsfeststellung oder Beweiswürdigung einer Gerichtsbehörde ist willkürlich (Art. 9 BV), wenn diese den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt, wenn sie ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn sie auf Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (dazu BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 137 I 58 E. 4.1.2 S. 62). Dass die Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234; 136 III 552 E. 4.2 S. 560).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Zwar habe sie anerkannt, die Unrechtmässigkeit der Vorgänge betreffend die Kapitalerhöhung bei der Tochtergesellschaft hätte aufgrund des Abschlusses des Vergleichs vom 8. Mai 2012 und der Einstellung des Strafverfahrens nicht abschliessend geklärt werden können. Dennoch habe die Vorinstanz in willkürlicher Art und Weise den Sachverhalt dahingehend festgestellt, dass die Kapitalerhöhung unzulässig gewesen sei (Beschwerdeschrift, S. 7 Ziff. 6.). Die Vorinstanz habe ohne überprüfbaren Nachweis eine unzulässige Kapitalerhöhung bejaht und gleichzeitig den aktenkundigen Verzicht auf deren Rückgängigmachung ausgeblendet (Beschwerdeschrift, S. 11 Ziff. 7.3).
2.2. Ob die bei der Tochtergesellschaft durchgeführte Kapitalerhöhung handelsrechtlich zulässig war, ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin Rechtsfrage und keiner Beweiswürdigung zugänglich. Tatfrage ist hingegen, ob die Kapitalerhöhung rückabgewickelt wurde. Wie die Vorinstanz festgestellt hat, haben I._ und die Beschwerdegegnerin vereinbart, dass die Beschwerdegegnerin die Kapitalerhöhung Zug um Zug gegen Bezahlung der ersten Kaufpreistranche genehmigen würde. Dies lässt keinen anderen Schluss zu, als dass die Kapitalerhöhung nicht rückabgewickelt wurde.
2.3. Hiervon zu unterscheiden ist die Frage, von welcher Rechtslage hinsichtlich der Kapitalerhöhung bei der Tochtergesellschaft die Parteien beim Abschluss des Vergleichs vom 8. Mai 2012 ausgingen. Die Vorinstanz hat diesbezüglich festgestellt, dass die am Vergleich beteiligten Parteien - insbesondere die I._, welche die vollständige rechtliche und wirtschaftliche Herrschaft über die Tochtergesellschaft erlangen wollte - die Kapitalerhöhung und damit den Aktienerwerb seitens I._ jedenfalls nach schweizerischem Rechtsverständnis für unzulässig hielten. Die Parteien mussten deshalb damit rechnen, dass die Beschwerdegegnerin den Aktienerwerb durch I._ mit zumindest überwiegender Wahrscheinlichkeit auf die eine oder andere Weise hätte ungeschehen machen können. Diesfalls wäre die Beschwerdeführerin alleinige Gesellschafterin der Tochtergesellschaft geblieben.
2.4. Diesen Wissensstand und diese Motivationslage lässt bereits der Betrag von Fr. 4.7 Mio. unzweideutig erkennen, den I._ zu bezahlen versprach. Hätte er sich lediglich auf eine Restbeteiligung von 1.6% bezogen, erschiene er im Licht der bis dahin im Hinblick auf den Erwerb der gesamten Tochtergesellschaft aufgewendeten Beträge (gemäss Sachdarstellung in der Strafanzeige EUR 200'000.-- mit gleichzeitiger Nebenabrede, D.E._ und H.E._ zu 40% an der Tochtergesellschaft zu beteiligen; Kapitalerhöhung um EUR 2.2 Mio. mittels Verrechnung mit einem Darlehen, das I._ der Tochtergesellschaft gewährt hatte) als völlig überhöht. Wie die Vorinstanz weiter erkannte, erschöpfte sich die Leistung der Beschwerdegegnerin aber nicht in der Übertragung der Restbeteiligung. Vielmehr versprach die Beschwerdegegnerin, die Kapitalerhöhung mittels Übergabe entsprechender Verwaltungsrats- und Generalversammlungsbeschlüsse Zug um Zug gegen Erhalt der ersten Kaufpreistranche über Fr. 3 Mio. zu genehmigen. Diesen Verzicht auf die Anfechtung der erlittenen Verwässerung seitens der Beschwerdegegnerin hat die Vorinstanz so gedeutet, dass sich der übereinstimmende Parteiwillen nicht auf die Übertragung der Restbeteiligung von 1.6% beschränkte, sondern in Tat und Wahrheit auf die Übertragung der alleinigen und unanfechtbaren rechtlichen und wirtschaftlichen Beherrschung der Tochtergesellschaft gerichtet hatte.
2.5. Die übrigen Streitpunkte zwischen den beiden Lagern (u.a. Rückzug der Strafanzeige), die mit der Vergleichsvereinbarung beigelegt wurden, berührten I._ nicht. Daraus schloss die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht, dass die vorgenannte Leistung der Beschwerdegegnerin - Übertragung der Stellung als Alleingesellschafterin der Tochtergesellschaft mittels Genehmigung der Kapitalerhöhung und Übertragung der Restbeteiligung - in einem direkten und ausschliesslichen Austauschverhältnis zur Zahlung von Fr. 4.7 Mio. stand und die Beschwerdegegnerin daneben nach dem übereinstimmenden Parteiwillen keine weiteren Leistungen an I._ zu erbringen hatte.
3.
3.1. Der Hauptvorwurf der Beschwerdeführerin richtet sich gegen die Auslegung von Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG durch die Vorinstanz. Die Bestimmung verlange nach ihrem klaren Wortlaut für die Gewährung des Beteiligungsabzugs auf Kapitalgewinnen aus der Veräusserung von Beteiligungen namentlich, dass die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betragen oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründet habe. Die Vorinstanz sei mit Bezug auf dieses Erfordernis einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise gefolgt, indem sie angenommen habe, trotz der Veräusserung von (nur) 1.6% an der Tochtergesellschaft seien wirtschaftlich gesehen im vorliegenden Fall weit mehr als 10% veräussert worden. Der klare Wortlaut, die bisher zu Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG ergangene Bundesgerichtspraxis und auch die eigene Praxis der Beschwerdeführerin sprächen jedoch gegen die Zulassung einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise bei der Anwendung der Bestimmung. Die Vorinstanz habe mit ihrem Entscheid somit Bundesrecht verletzt (Beschwerde, Ziff. 7.2 S. 8 f.).
3.2.
3.2.1. Es ist zwar zutreffend, dass die Vorinstanz ihr Urteil teilweise unter Bezugnahme auf wirtschaftliche Gesichtspunkte begründet hat. Sie hat jedoch parallel auch auf den übereinstimmenden tatsächlichen Willen der Parteien der Vergleichsvereinbarung und des Abtretungsvertrags abgestellt (vgl. oben E. 2). Was die Parteien beim Vertragsabschluss gewusst, gewollt oder tatsächlich verstanden haben, ist eine Tatfrage, weswegen entsprechende Feststellungen der Vorinstanz für das Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 1 BGG grundsätzlich verbindlich sind (BGE 135 III 410 E. 3.2 S. 413; 133 III 675 E. 3.3 S. 681; 131 III 606 E. 4.1 S. 611). Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich gemäss Art. 18 Abs. 1 OR nach dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien (BGE 139 III 404 E. 7.1 S. 406 f.). Gemäss der vorinstanzlichen Feststellung richtete sich der übereinstimmende Wille der Beschwerdegegnerin und der I._ auf die Beseitigung des bestehenden Schwebezustands und auf die (unanfechtbare) Übertragung der Stellung als Alleingesellschafterin der Tochtergesellschaft von der Beschwerdegegnerin auf I._ mittels Genehmigung der Kapitalerhöhung und Übertragung der verbleibenden Beteiligung. Dafür wollte I._ Fr. 4.7 Mio. bezahlen.
3.2.2. Bei dieser Sachlage geht es nicht an, die Übertragung der Beteiligung der Beschwerdegegnerin an I._ isoliert von der ihr zugrundeliegenden Vergleichsvereinbarung und der Genehmigung der Kapitalerhöhung zu betrachten, wie das die Beschwerdeführerin geltend macht. Die umstrittene Kapitalerhöhung und vor allem ihre Genehmigung durch die Beschwerdegegnerin waren Teil eines zweifellos ungewöhnlichen, aber für die Zwecke von Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG dennoch einheitlich zu beurteilenden Erwerbs- und Veräusserungsvorgangs über 100% des Stammkapitals der Tochtergesellschaft zwischen der Beschwerdegegnerin und I._. Dieser Vorgang fand mit dem Vollzug der Vergleichsvereinbarung und des damit zusammenhängenden Abtretungsvertrags seine Vollendung. Erst mit der Genehmigung der Kapitalerhöhung und der Übertragung ihrer (restlichen) Beteiligung gab die Beschwerdegegnerin ihre Position als alleinige Gesellschafterin der Tochtergesellschaft unwiderruflich auf, wodurch sie I._ die unanfechtbare alleinige Berechtigung am Stammkapital und damit die ungestörte Kontrolle über die Tochtergesellschaft verschaffte.
3.3. Aufgrund des Gesagten erscheint der Betrag von Fr. 4.7 Mio. vollumfänglich als Erlös einer Veräusserung von 100% des Stammkapitals der Tochtergesellschaft. Die Anforderungen von Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG sind damit erfüllt und die Beschwerdegegnerin ist in Bezug auf den Veräusserungserlös zum Beteiligungsabzug berechtigt, soweit er nach Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG die Gestehungskosten der Beteiligung übersteigt. Das vorinstanzliche Urteil erweist sich dementsprechend als bundesrechtskonform.
4.
Die Beschwerde ist unbegründet. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Eidgenössischen Steuerverwaltung aufzuerlegen, zumal diese Vermögensinteressen verfolgte (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 [e contrario] BGG). Ebenso hat die Eidgenössische Steuerverwaltung der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 und Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Eidgenössischen Steuerverwaltung auferlegt.
3.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat der Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung von Fr. 6'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. März 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler