Faits :
A.
A.a. X._ est actionnaire et unique administrateur de A._ SA, une société anonyme qui a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A._ SA détenait la moitié du capital-actions de B._ Promotions Immobilières SA (ci-après: B._, désormais en liquidation) qui avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X._ était membre du conseil d'administration de B._ jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B._ a donné à bail à A._ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C._ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. X._ y réside depuis le 4 mai 1999.
Dans la feuille C (prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes) des déclarations fiscales de A._ SA pour les années 2006 et 2007, X._ figurait en qualité d'actionnaire, associé ou personne proche.
B.
Le 21 octobre 2011, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration cantonale) a informé X._ de l'ouverture à son encontre d'une procédure en rappel d'impôt ainsi que d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007. Il aurait bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A._ SA durant ces périodes, notamment sous la forme de la mise à disposition gratuite d'un logement. Il n'avait par ailleurs jamais déclaré les actions qu'il détenait dans cette société.
Par sommation du 18 octobre 2012, l'Administration cantonale a demandé au contribuable de lui transmettre les justificatifs des paiements de son loyer pour les années 2001 à 2010.
Le 6 janvier 2014, l'Administration cantonale a notifié à X._ des bordereaux de rappel d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007, les années 2002 et 2003 ayant fait dans ce cadre l'objet d'une taxation d'office. Les reprises concernant le loyer s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 32'096 fr. pour 2005, à 27'020 fr. pour 2006 et à 27'288 fr. pour 2007 tant pour l'impôt direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC). L'Administration cantonale lui a également notifié des bordereaux d'amende. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 6 février 2014, X._ a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. ll faisait en substance valoir que la villa de C._ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles A._ SA participait. Il n'avait pas pu se déterminer sur l'assertion, nouvelle, selon laquelle il détenait des actions de A._ SA.
Par décision du 3 août 2015, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes. X._ avait reconnu être propriétaire d'actions A._ SA, mais ne les avait jamais déclarées.
Le 3 septembre 2015, X._ a recouru contre la décision sur réclamation du 3 août 2015 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), concluant à sa nullité, subsidiairement à son annulation.
Par jugement du 3 mai 2016, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du contribuable pour les périodes fiscales 2001 à 2007, liées à la détention des actions de A._ SA, et confirmé que le fait d'avoir eu gratuitement à sa disposition la villa dont le loyer était payé par A._ SA représentait une prestation appréciable en argent imposable. Il a par ailleurs d'emblée confirmé le montant des amendes pour soustraction d'impôt qui avaient été fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que l'intéressé ne les avait pas expressément contestées dans son recours.
Le 6 juin 2016, X._ a recouru contre le jugement du 3 mai 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), concluant à son annulation ainsi qu'à celle de la décision sur réclamation du 3 août 2015. En substance, il a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'il n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'il avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son revenu imposable n'étaient pas justifiées, car il n'avait pas bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A._ SA. Il n'était par ailleurs propriétaire des actions de A._ SA que depuis 2009.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable de X._ pour les périodes fiscales 2001 à 2007, le contribuable s'étant limité à alléguer sans aucune preuve qu'il n'était actionnaire que depuis 2009. La Cour de justice a également confirmé que, durant ces mêmes périodes fiscales, X._ avait obtenu un avantage appréciable en argent de la part de A._ SA, du fait qu'il avait vécu gratuitement dans la villa sise à C._. La prescription du droit de taxer avait été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001, mais pas pour les périodes fiscales 2002 et 2003, qui avaient toutes deux fait l'objet d'une taxation d'office. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant la période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 en matière d'IFD et d'ICC, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans sa décision du 3 août 2015 soient toutes annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. Le recourant a répliqué.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La décision attaquée est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par le destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3 p. 176; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).
3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).
II. Griefs formels
4.
Le recourant reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Il y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50 LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3 LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.
4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 117 Ia 116 en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C_326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in ATF 144 II 41; 2C_1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in ATF 140 I 271).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de le recourant et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment du recourant.
4.2. Selon l'art. 50 al. 3 LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3 LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57 bis al. 3 LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, le recourant n'en formule aucun. Il se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Il n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.
4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50 LHID sont partant rejetés.
III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription
5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a estimé que la période fiscale 2001 était atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4 LIFD). Quant aux périodes fiscales 2002 et 2003, il fallait considérer qu'elles étaient entrées en force le 3 août 2015.
5.1. Le recourant soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente concernant la prescription du droit de taxer est erroné et arbitraire. Il invoque une violation de l'art. 120 al. 4 LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a Cst.).
5.2. Toutes les périodes fiscales litigieuses (soit 2001 à 2007) ont fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt, qui a été ouverte le 21 octobre 2011. L'Administration cantonale a notifié au recourant les éléments imposables par décisions (sur rappel d'impôt) du 6 janvier 2014. Dans ce contexte, les éléments imposables des périodes fiscales 2002 et 2003 ont été établis d'office. Le recourant a contesté les décisions y afférentes par réclamation du 6 février 2014. La décision sur réclamation est intervenue le 3 août 2015 et la Cour de justice a statué le 2 août 2017.
5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4 LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont admis que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, le recourant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact des taxations d'office 2002 et 2003 dans sa réclamation. Dès lors, l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (arrêt attaqué, consid. 20 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation de la décision sur réclamation du 3 août 2015 concernant les années ayant fait l'objet d'une taxation d'office, soit 2002 et 2003; de ce fait, l'ensemble des décisions de taxation en rappel d'impôt pour les exercices y relatifs ont entrées en force avec effet au 3 août 2015, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 20, 2e paragraphe).
5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.
5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant les périodes fiscales 2002 et 2003 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 20) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.
5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4 LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120 LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte en l'espèce, puisque l'ensemble des périodes fiscales litigieuses avait déjà fait l'objet de taxations, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour chacune d'elles. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152 LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3 LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3 en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3 LIFD; cf. arrêt 2C_304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par le recourant dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3 LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force avec effet ex tunc ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.
5.4.3. Il faut donc constater que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. En revanche, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2003 n'est pas éteint, le délai de quinze ans échéant au 31 décembre 2018.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si le recourant a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LIFD les griefs d'ordre constitutionnels qu'il fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription (cf. supra consid. 5).
6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.
6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in ATF 144 IV 136; 2C_1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1 et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b CP (arrêt 2C_173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).
Selon l'art. 205f LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C_844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C_12/2017 précité consid. 4.1 non publié).
6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 6 janvier 2014, soit plus de dix ans après la fin des périodes fiscales 2002 et 2003
7.
La période fiscale 2002 est ainsi prescrite, tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. La période fiscale 2003 est prescrite s'agissant du droit de sanctionner la soustraction d'impôt.
Restent donc litigieuses les périodes fiscales 2004 à 2007 ainsi que la période fiscale 2003, mais uniquement, pour cette période, s'agissant de la reprise d'impôt.
III.2 Griefs relatifs à l'existence d'avantages appréciables en argent
8.
Le recourant soutient que la Cour de justice a violé les art. 57 et 58 al. 1 let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à sa disposition de la villa sise à C._ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises dans son revenu imposable.
8.1. Le litige ayant trait à l'imposition sur le revenu du recourant, ce sont les dispositions relatives à cet impôt qui sont applicables en premier lieu.
L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD). Selon l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, est imposable au titre de rendement de la fortune mobilière les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations en tout genre.
8.1.1. Font partie des avantages appréciables en argent au sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD les distributions dissimulées de bénéfice, à savoir les prestations qu'une société fournit sans obtenir de contre-prestation correspondante à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près, qu'elle n'aurait pas accordées à de telles conditions à un tiers et que la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; arrêt 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 6.3.4).
8.1.2. Il y a distribution dissimulée de bénéfice si une société effectue une dépense qui ne sert qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir (cf. arrêt 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a ainsi, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C_276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C_795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C_543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C_124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C_795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office), constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C_795/2015 consid. 4.5 et 4.6).
8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que le recourant logeait gratuitement et depuis 1999 dans une villa qui était mise à sa disposition par A._ SA et que cette société payait aussi des charges afférentes à cette villa. Elle a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée et qu'il incombait au recourant de démontrer le contraire. Or, le recourant avait échoué à le faire. Il avait allégué en vain que la villa représentait le siège de A._ SA. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C._. Le recourant n'avait par ailleurs pas prouvé que A._ SA avait conclu le contrat de bail avec B._ dans le but d'exercer son activité lucrative dans la villa. Il ressortait de ses allégations que le recourant utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de sa part. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par A._ SA, lequel avait été abaissé en conséquence. La société n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que le recourant soutenait que s'il n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide et A._ SA aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.
8.3. Le recourant objecte que la villa était le lieu depuis lequel A._ SA déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa-témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale permettait à la société d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par le recourant. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'un avantage appréciable en argent. X._ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à A._ SA les frais de gardiennage de la villa.
8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure à l'absence d'avantage appréciable en argent.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée dans les circonstances d'espèce. Le fait pour un actionnaire de bénéficier d'un logement gratuit dans une villa, le loyer étant payé par la société qui en assume du reste aussi à tout le moins une partie des charges d'entretien, constitue a priori manifestement un avantage appréciable en argent qui n'aurait pas été accordé à un tiers.
Les arguments développés par le recourant dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient le recourant, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel A._ SA déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la société se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence du recourant aurait permis à A._ SA d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, le recourant échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa par A._ SA soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient pour le recourant, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que X._ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la société des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, le recourant n'a pas démontré que le travail qu'il a prétendument effectué à domicile justifiait une prise en charge du loyer par la société.
Finalement, en tant que le recourant soutient que A._ SA s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucun avantage appréciable en argent ne pourrait être retenu, il perd de vue que l'existence d'un tel avantage est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si A._ SA a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec son actionnaire et administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.
8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en jugeant que la mise à disposition de la villa de C._ au recourant et que la prise en charge de frais d'entretien ou de consommation constituait un avantage appréciable en argent imposable à titre de revenu.
Les autres conditions à l'existence d'un avantage appréciable en argent sont au surplus réunies: la prestation a été fournie au recourant, soit à un actionnaire de la société, et les organes de A._ SA ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs du recourant sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées dans le revenu imposable.
9.
Le recourant conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Il soutient qu'il n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. Le recourant avait du reste toujours été transparent avec l'administration et sa fiduciaire, car il n'avait jamais caché que la villa était occupée. L'autorité fiscale disposait du reste de tous les documents nécessaires concernant la villa. La production du rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B._ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve du recourant.
9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). Le recourant n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble ne jamais avoir existé, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.
9.2. Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
9.3. La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).
9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que le recourant avait régulièrement bénéficié d'économies d'impôt en ne déclarant pas les revenus issus des avantages appréciables en argent perçus de A._ SA et ce au cours de plusieurs exercices fiscaux, qu'au vu de la position qu'il exerçait au sein de cette société, il ne pouvait pas l'ignorer que la jouissance de cette maison à titre gratuit constituait un avantage imposable et qu'il avait donc agi à tout le moins par dol éventuel. Quoi qu'il en dise, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence du recourant dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait qu'en bénéficiant d'un logement gratuit et de la prise en charge d'autres frais, il a accepté un avantage appréciable en argent de la part de la société, dont il ne pouvait ignorer qu'il représentait un revenu imposable. On ne voit au surplus pas que le fait que le recourant ait été, comme il le dit, transparent avec la fiduciaire qui a rempli sa déclaration d'impôt jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1 LIFD est partant rejeté.
9.5. Au surplus, le recourant ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).
IV. Impôt cantonal et communal
10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).
10.1. S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3 LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3 LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 (comme l'a déjà admis la Cour de justice) et 2002.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3 LHID; cf. arrêt 2C_760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C_12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
10.2. La notion d'avantage appréciable en argent en sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD est identique à celle prévue à l'art. 6 let. c de l'ancienne loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-IV; aRSGE D 3 14, abrogée par l'art. 69 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 en vigueur dès le 1 er janvier 2010; RSGE D 3 08). Elle correspond par ailleurs à l'art. 7 al. 1 LHID. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.
10.3. Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, l'art. 69 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que l'art. 56 LHID et correspondant à l'art. 175 al. 1 LIFD.
11.
S'agissant des reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant, en lien avec la détention d'actions de A._ SA, il faut relever ce qui suit.
11.1. L'impôt sur la fortune comprend les actions d'une société anonyme (art. 13 LHID et art. 2 let. b de l'ancienne loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-III; aRSGE D 3 13), abrogée par l'art. 69 al. 1 LIPP.
11.2. L'arrêt attaqué a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant des périodes fiscales 2001 à 2007 en lien avec la non-déclaration des actions de A._ SA, tout en constatant la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001.
11.3. Dans ses conclusions, le recourant demande certes l'annulation de "toutes" les reprises effectuées. Toutefois, il concentre ses griefs sur les reprises qui ont été effectuées dans son revenu et ne formule aucun grief à l'encontre des reprises qui ont été effectuées dans sa fortune en lien avec la détention d'actions de A._ SA. Le mémoire de recours ne contient par ailleurs aucun grief selon lequel les juges précédents auraient arbitrairement constaté qu'il était détenteur d'actions de A._ SA durant toutes les périodes fiscales litigieuses. Il faut donc en déduire que le recourant ne conteste désormais plus qu'il était actionnaire de A._ SA durant ces périodes. Les reprises sont donc confirmées. Comme l'a constaté la Cour de justice, la prescription a toutefois été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001. Elle l'est également, depuis le 31 décembre 2017, s'agissant de la période fiscale 2002 (cf. supra consid. 10.1).
V. Conséquences, ainsi que frais et dépens
12.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est prescrit s'agissant de la période fiscale 2002, tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC, et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour les périodes fiscales 2002 et 2003, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
13.
Comme le recourant obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, il ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge du recourant et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
La Greffière : Vuadens