Faits :
A.
Le 4 mai 2016, le Service des communes et du logement du canton de Vaud (ci-après: le Service des communes) a adressé un courrier à la Municipalité de la Commune de Jouxtens-Mézery (ci-après: la Commune), concernant le rendement des impôts valable pour le décompte des péréquations 2015. Le Service des communes indiquait qu'il avait constaté que la Commune avait renoncé à facturer l'impôt foncier. Dès lors que la disposition topique disposait qu'il fallait prendre en considération, notamment, " l'impôt foncier normalisé au taux théorique de 100 " pour déterminer le rendement communal du point d'impôt, le Service des communes expliquait qu'il entendait se baser, par mesure de simplification, sur le montant de l'impôt foncier encaissé par la commune en 2014. Ainsi, le montant de l'impôt foncier normalisé s'élevait à 447'917 fr. pour l'année 2015. La Commune s'est opposée à ce calcul et a refusé de valider la fiche de rendement 2015 qui lui avait été soumise. Elle estimait que, dès lors qu'elle ne percevait plus l'impôt foncier, il fallait retenir un montant de 0 fr.
Le 6 juillet 2016, la Cheffe du Département des institutions et de la sécurité du canton de Vaud (ci-après: la Cheffe du Département) a adressé à toutes les municipalités des communes vaudoises une décision portant sur le décompte final des péréquations 2015 indiquant qu'elle validait les calculs du Service des communes.
B.
Par arrêt du 20 avril 2017, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours de la Commune interjeté contre la décision du 6 juillet 2016.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Commune demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 20 avril 2017 en ce sens que "le poste d'impôt foncier de la Commune de Jouxtens-Mézery est pris à concurrence de 0 fr. dans le cadre de la décision de péréquation financière 2015 au lieu de 447'917 fr."; subsidiairement, d'annuler ledit arrêt et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal, plus subsidiairement, de la renvoyer à l'autorité de première instance, pour qu'elle établisse un nouveau décompte de péréquation financière 2015 comportant un poste d'impôt foncier de la Commune de Jouxtens-Mézery de 0 fr. au lieu de 447'917 fr.
D. La Cheffe du Département conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. Le Tribunal cantonal conclut également au rejet du recours en se référant aux considérants de l'arrêt attaqué.
La Commune s'est encore prononcée par écriture du 28 août 2017.
Considérant en droit :
1.
La recourante étant une collectivité publique, il convient en premier lieu de s'interroger sur sa qualité pour recourir, étant rappelé que le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 142 IV 196 consid. 1 p. 197).
1.1. C'est à juste titre que la recourante ne fonde pas sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 2 LTF: en effet, selon la jurisprudence, les communes vaudoises ne sont pas autonomes en matière de péréquation financière intercommunale et la législation cantonale en matière de péréquation ne touche pas non plus l'autonomie restreinte dont elles bénéficient en matière fiscale (arrêt 2C_366/2009 et 2C_368/2009 du 3 mars 2010 consid. 2.2; arrêt 2P.293/2004 du 1er décembre 2005, consid. 5).
1.2. Il faut examiner si l'autorité peut se prévaloir de l'art. 89 al. 1 LTF, ce que la recourante prétend. Si cette disposition est en premier lieu conçue pour des particuliers, il est admis que les collectivités publiques peuvent s'en prévaloir à certaines conditions qui doivent toutefois être appréciées restrictivement (ATF 140 I 90 consid. 1.2 p. 93; 135 I 43 consid. 1.3 p. 47).
1.2.1. Peuvent recourir sur la base de l'art. 89 al. 1 LTF les communes et les collectivités publiques si la décision les atteint de la même manière qu'un particulier, ou du moins de manière analogue, dans leurs intérêts juridiques ou patrimoniaux (ATF 140 I 90 consid. 1.2.1 p. 93; 138 II 506 consid. 2.1.1 p. 509; 138 I 143 consid. 1.3.1 p. 148 s.; 136 I 265 consid. 1.4 p. 268 s.).
En l'espèce, la recourante n'est pas touchée comme un particulier. En effet, le montant litigieux correspond au montant des impôts communaux pris en compte pour déterminer " le rendement communal du point d'impôt ", dans le cadre des péréquations intercommunales, au sens de l'art. 2 de la loi vaudoise du 15 juin 2010 sur les péréquations intercommunales (ci-après: LPIC ou la loi vaudoise sur les péréquations intercommunales; RS/VD 175.51). Elle n'est donc concernée qu'en tant que collectivité publique.
1.2.2. Les communes ou les collectivités publiques sont aussi légitimées à recourir, en application de l'art. 89 al. 1 LTF, si elles sont touchées dans leurs prérogatives de puissance publique et qu'elles disposent d'un intérêt public propre digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'acte attaqué (ATF 138 I 143 consid 1.3.1 p. 149; 138 II 506 consid. 2.1.1 p. 508). Un intérêt général à une correcte application du droit n'est cependant pas suffisant au regard de cette disposition (ATF 135 II 156 consid. 3.1 p. 158; 134 II 45 consid. 2.2.1 p. 47; 133 II 400 consid. 2.4.2 p. 406). N'importe quel intérêt financier découlant directement ou indirectement de l'exécution de tâches d'intérêt public ne permet pas non plus à la commune de se fonder sur l'art. 89 al. 1 LTF (ATF 134 II 45 consid. 2.2.1 p. 47 et les références citées). Il faut dans ce cas que la commune soit touchée dans des intérêts centraux liés à sa puissance publique (cf. ATF 140 I 90 consid. 1.2.2 p. 93; 138 II 506 consid. 2.1.1 p. 509 in fine; 138 I 143 consid. 1.3.1 p. 149; 135 II 156 consid. 3.1 p. 159).
L'exigence selon laquelle la commune doit être affectée de manière qualifiée dans ses intérêts de puissance publique se comprend comme une clause de minimis; celle-ci vise à éviter que le Tribunal fédéral ne doive entrer en matière sur des cas-bagatelle qui sont soulevés par des collectivités publiques ne pouvant pas se fonder sur les voies de recours qui leur sont spécifiquement réservées à l'art. 89 al. 2 LTF (ATF 140 I 90 consid. 1.2.4 p. 94). Cela vaut également en matière de péréquation cantonale et intercommunale.
L'atteinte à des intérêts centraux est toutefois présumée exister en présence de décisions mettant en cause la péréquation cantonale ou intercommunale (cf. ATF 140 I 90 consid. 1.2.2 p. 93; 135 I 43 consid. 1.3 p. 47; 135 II 156 consid. 3.3 p. 160).
En l'espèce, on ne saurait qualifier la présente cause de cas-bagatelle, notamment eu égard au montant en cause, à savoir 450'000 fr. selon la recourante, mais 355'000 fr. selon l'intimée, qui justifierait de ne pas entrer en matière. En outre, la question relève de la péréquation financière. Par conséquent, il y a lieu de reconnaître à la Commune de Jouxtens-Mézery la qualité pour recourir sur la base de la clause générale de l'art. 89 al. 1 LTF.
2.
Le présent litige porte sur l'interprétation de l'art. 2 al. 2 let. d LPIC. Cette disposition définit, dans le cadre de la péréquation financière intercommunale, les impôts sur la base desquels le rendement communal du point d'impôt est déterminé. Est plus particulièrement en cause la question de savoir si l'impôt foncier doit être pris en compte à cette fin, lorsque celui-ci n'est pas perçu par la commune.
3.
Dans un premier grief, la recourante soutient que les juges précédents ont interprété l'art. 2 al. 2 let. d LPIC de manière arbitraire. Elle estime précisément que rien ne permet la prise en compte, pour déterminer le rendement communal du point d'impôt, d'un impôt foncier non perçu. Or, elle n'a pas prélevé ledit impôt en 2015.
3.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. ATF 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 139 I 229 consid. 2.2 p. 232). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat. Si l'interprétation défendue par l'autorité précédente ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (ATF 142 II 369 consid. 4.3 p. 380; 141 I 49 consid. 3.4 p. 53; 140 III 167 consid. 2.1 p. 168).
3.2. L'art 2 LPIC a la teneur suivante:
"1 Les impôts communaux suivants sont pris en considération pour déterminer le rendement communal du point d'impôt:
a. impôt sur le revenu et impôt sur la fortune des personnes physiques, y compris bénéfice et prestations en capital;
b. impôt spécial affecté à des dépenses déterminées;
c. impôt sur le bénéfice net et sur le capital des personnes morales, y compris l'impôt minimum;
d. impôt spécial dû par les étrangers.
2 S'y ajoutent, pour déterminer le rendement au sens de la présente loi, les impôts suivants:
a. impôt à la source;
b. impôt personnel;
c. impôt complémentaire sur les immeubles appartenant à des personnes morales;
d. impôt foncier normalisé au taux théorique de 100."
3.3. Contrairement à ce que soutient la recourante, c'est sans arbitraire que le Tribunal cantonal a jugé que la lettre de l'art. 2 al. 2 let. d LPIC n'était pas claire: selon cette disposition, doit être pris en considération " l'impôt foncier normalisé au taux théorique de 100 ". Or, la signification de l'expression " normalisé au taux théorique de 100 " ne tombe pas sous le sens. La lettre de cette disposition démontre cependant, malgré ce que prétend la recourante, que le législateur a clairement eu la volonté de traiter l'impôt foncier de manière différente des autres impôts que les communes peuvent prélever, puisque l'adjonction "normalisé au taux théorique de 100" ne se retrouve pour aucun des autres impôts mentionnés à l'art. 2 LPIC.
Le Tribunal cantonal a examiné la disposition litigieuse en se fondant sur une interprétation historique et téléologique. Il a constaté que le législateur avait voulu que soit pris en compte, pour déterminer le rendement communal du point d'impôt, l'impôt foncier normalisé à un taux théorique (100) et non l'impôt foncier effectivement perçu. En effet, l'arrêt attaqué souligne à raison qu'un des objectifs de la nouvelle péréquation était de se fonder sur la capacité contributive potentielle des communes en lieu et place de l'effort fiscal ou du taux communal effectifs (Exposé des motifs et projet de loi sur les péréquations intercommunales de février 2010, ch. 1, 3 et 4 [ci-après: Exposé des motifs], https://www.vd.ch/autorites/grand-conseil/seances-precedentes/annee-2010/seance-du-8-juin-2010/expose-des-motifs-et-projet -de-loi-sur-les-perequations-intercommunales-et-plusieurs-projets-de-lois-modifiant/). L'Exposé des motifs signale, dans la partie "Commentaire article par article" (p. 29), à propos de l'art. 2 LPIC que cette disposition "détermine les impôts entrant dans le calcul de la valeur du point d'impôt, en reprenant les éléments de la loi actuelle, voire en les précisant. Ainsi, pour ce qui est de l'impôt foncier "normalisé", il fallait entendre que cet impôt était pondéré pour chaque commune par un coefficient de 100". Le critère de l'effort fiscal avait, en effet, été "fortement critiqué" en raison des possibilités offertes d'influencer le solde dû à la péréquation par une modification du taux communal (Exposé des motifs, ch. 4); ainsi, le projet de loi a fait "quasiment disparaître l'effort fiscal des critères de péréquation, de sorte qu'une commune ne pourra plus moduler aussi facilement qu'aujourd'hui sa part contributive". Il ressort, en outre, du rapport de la Commission du Grand Conseil du canton de Vaud que la présidente de l'Association des communes vaudoises et le président de l'Union des communes vaudoises ont souligné que "le système choisi et proposé est plus juste et plus équitable que celui qui est appliqué actuellement. Il est aussi plus clair et plus transparent. L'influence du taux d'imposition est fortement réduite... Elle [la présidente de l'Association des communes vaudoises] dénonce deux défauts du système actuel : le fait qu'il soit manipulable et son instabilité, deux éléments qui rendent difficile la gestion des communes" (Bulletin du Grand Conseil du 8 juin 2010 p. 283 s.). Interpréter l'art. 2 al. 2 let. d LPIC comme signifiant que l'impôt foncier doit être pris en compte au taux théorique de 100 pour toutes les communes vaudoises indépendamment du taux communal effectif et du montant encaissé découle ainsi des interprétations historique et téléologique de la loi vaudoise sur les péréquations intercommunales. Avec ce système, une commune percevant un impôt foncier au taux de 0,50o/oo et encaissant de la sorte, par hypothèse, 100'000 fr. se verra imputer un revenu de 200'000 fr. ("taux théorique de 100"), dont 100'000 fr. sont fictifs, lors du calcul de la valeur du point d'impôt. On ne saurait dès lors considérer comme arbitraire qu'un impôt foncier théorique soit pris en compte dans le cadre de la péréquation intercommunale même si cet impôt n'est pas prélevé dans les faits, comme c'est le cas dans la commune recourante. Le contraire ouvrirait précisément la porte à des manipulations que la nouvelle péréquation a notamment pour but de combattre. Cette disposition ne comporte au demeurant pas de réserve en faveur des communes qui ne perçoivent pas d'impôt foncier. Le fait que l'art. 1 let. e de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux (LICom; RS/VD 650.11) prévoie que les communes "peuvent" percevoir un impôt foncier ne change rien à ce constat, contrairement à ce que prétend la recourante.
De plus, un des buts de la loi vaudoise sur les péréquations intercommunales consiste à atténuer les inégalités de charge fiscale consécutives aux différences de capacité contributive des communes, tout en garantissant l'autonomie de celles-ci en matière de fiscalité (art. 1 al. 2 let. a LPCI; cf. aussi art. 168 al. 2 de la Constitution du canton de Vaud du 14 avril 2003 [RS 131.231]); la volonté de continuer à compenser les disparités des ressources fiscales entre communes ressort clairement des travaux préparatoires relatifs à la nouvelle péréquation intercommunale vaudoise (Exposé des motifs, ch. 2.1 et ch. 4; Rapport du mai 2010 de la Commission chargée d'examiner l'objet suivant: Exposé des motifs et projet de loi sur les péréquations intercommunales, p. 4 adresse internet susmentionnée). Prendre en compte un impôt théorique de 100 est une façon de poursuivre cet objectif. Ainsi, comme l'a relevé l'intimée, la commune agricole qui n'a qu'une valeur foncière faible verra sa capacité contributive générale faiblement augmentée par l'impôt foncier, alors que cette augmentation sera plus importante pour la commune résidentielle à valeur foncière plus élevée. Dans ces conditions, il n'est pas insupportable de considérer, comme le relèvent les juges précédents, qu'un impôt foncier théorique permet de faire supporter un effort supplémentaire aux communes qui bénéficient d'un important potentiel fiscal et qui peuvent donc se permettre de fixer un taux bas ou de ne pas prélever du tout l'impôt foncier. Ne pas prendre en compte, dans la détermination du point d'impôt, l'impôt foncier parce qu'une commune ne le perçoit pas irait à l'encontre du but de la péréquation qui consiste, comme on l'a vu ci-dessus, à atténuer les inégalités financières entre communes consécutives aux différences de capacité contributive de celles-ci.
Au regard de ce qui précède, les juges précédents n'ont pas fait preuve d'arbitraire dans l'interprétation de l'art. 2 al. 2 let. d LPIC.
4.
4.1. L'art. 2 al. 2 let. d LPIC prévoit donc que doit être pris en compte "l'impôt foncier normalisé au taux théorique de 100". La recourante estime que le Tribunal cantonal viole également l'interdiction de l'arbitraire, en considérant que le " taux théorique de 100 " correspond à un taux de 1.00o/oo.
4.2. L'arrêt attaqué rappelle la teneur de l'art. 19 al. 2 LICom, selon lequel l'impôt foncier est proportionnel et ne peut excéder 1,5o/oo de l'estimation fiscale; cette disposition exprime donc en o/oo le taux de l'impôt foncier. Puis, il mentionne que le projet de loi prévoyait uniquement, quant à l'art. 2 al. 2 let. d LPIC, que l'impôt foncier pris en compte serait "normalisé"; la Commission du Grand Conseil, trouvant la disposition peu claire, avait proposé d'ajouter la mention "au taux théorique de 100" (Bulletin du Grand Conseil du 8 juin 2010 p. 305). Dès lors que le taux de l'impôt foncier est fixé en o/oo, cette adjonction n'est effectivement pas limpide. Dans une interprétation qui n'est pas insoutenable, le Tribunal cantonal a jugé qu'il fallait prendre en considération l'impôt foncier aux taux de 1o/oo pour déterminer le rendement communal du point d'impôt. Ceci a pour conséquence qu'une commune qui a fixé l'impôt foncier à 0,3o/oo de l'estimation fiscale se voit ajouter un impôt théorique de 0,7o/oo dans le calcul de la péréquation. Cette interprétation semble correspondre à la volonté du législateur qui mentionne un taux "normalisé": ainsi, un taux de 1o/oo est en quelque sorte un taux moyen, puisque, selon l'art. 19 al. 2 LICom, celui-ci peut aller de 0o/oo à 1,5o/oo. En outre, cette interprétation a le mérite de raccrocher le "100" au taux légal exprimé en o/oo.
La recourante explique que ladite mention de "taux théorique de 100" pourrait aussi être interprétée comme signifiant le 100% du taux maximum du taux d'impôt d'impôt foncier, à savoir 1,5o/oo. Le Tribunal fédéral constate que cette interprétation est moins convaincante que celle retenue par les juges précédents, puisque la disposition litigieuse cite un " taux théorique de 100" et qu'avec l'interprétation de la recourante, qui lui serait au demeurant défavorable, il n'est plus question d'un taux théorique mais d'un pourcentage appliqué au taux d'imposition. Quoi qu'il en soit, le fait qu'une autre interprétation de la norme litigieuse soit possible ne suffit pas à rendre celle de l'instance précédente arbitraire (cf. consid. 3.1). Partant, le grief d'arbitraire dans l'interprétation du droit cantonal est rejeté.
5.
5.1. La recourante soutient que l'interprétation de l'art. 2 al. 2 let. d LPIC viole le principe d'égalité: toutes les communes seraient traitées de la même façon, c'est-à-dire soumises à un impôt normé au taux de 1o/oo, quel que soit le taux d'imposition effectif fixé par chacune d'entre elles. Ainsi, les communes prélevant un impôt foncier à un taux élevé verraient leur part dans le calcul de la valeur du point d'impôt être la même que celles qui perçoivent un impôt moindre.
5.2. L'autorité précédente a correctement exposé le principe d'égalité (art. 8 al. 1 Cst.) et la jurisprudence y relative (ATF 142 V 316 consid. 6.1.1 p. 323; 141 I 153 consid. 5.1 p. 157; 137 I 145 consid. 2.1 p. 147), de sorte qu'il y est renvoyé.
Le Tribunal fédéral examine avec un plein pouvoir d'examen si la norme de droit cantonal est conforme au droit fédéral (ATF 134 I 269 consid. 6.2 p. 283 et les références citées).
5.3. Il est vrai que les communes vaudoises sont traitées de façon identique dans la détermination du rendement du point d'impôt, puisque l'impôt foncier est pris en considération au taux uniformisé de 1o/oo pour chacune d'entre elles. Ce taux n'est cependant pas appliqué à la même " assiette " pour toutes les communes puisque celle-ci est fonction des estimations fiscales des biens fonciers imposables dans la commune. Cette façon de procéder prend donc en considération la capacité contributive théorique de chaque commune, conformément à la volonté du législateur qui voulait accroître la solidarité entre communes (cf. supra consid. 3.3). Ainsi, le montant de l'impôt foncier pris en compte, dans le cadre de la détermination du rendement communal du point d'impôt, sera différent d'une commune à l'autre. En outre, si le taux normalisé de 1o/oo est le même pour toutes les communes, celles-ci sont cependant libres d'arrêter le taux d'imposition effectif de leur choix, la loi se contentant de mentionner un maximum qui se monte à 1,5o/oo (art. 19 al. 2 LICom). Ainsi, le fait de ne pas prélever d'impôt foncier relève du seul choix de la recourante; à cet égard, il faut souligner que celle-ci est la seule des 309 communes du canton de Vaud à ne pas percevoir cet impôt.
En conclusion, le traitement des communes est différencié, contrairement à ce que prétend la recourante. L'art. 2 al. 2 let. d LPIC, tel qu'interprété par les juges précédents, ne viole donc pas le principe d'égalité. Partant, le grief est rejeté.
6.
Bien qu'elle mentionne à différentes reprises, dans son mémoire, que l'interprétation du Tribunal cantonal de l'art. 2 al. 2 let. d LPIC viole le principe de la légalité, la recourante ne développe aucune argumentation relative à ce principe, dont elle n'expose même pas le contenu ni ne précise en quoi consisterait la violation. Une telle façon de procéder ne répond pas aux exigences de motivation applicables aux principes fondamentaux (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 142 I 135 consid. 1.5 p. 144; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 139 I 229 consid. 2.2 p. 232). Partant, il ne sera pas entré en matière sur ce point.
7.
Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
La recourante qui succombe et dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF) supportera les frais judiciaires. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département des Institutions et de la Sécurité et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 1er février 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon