Faits :
A.
B.X._ est décédé en novembre 2013. Le 27 mai 2014, son exécuteur testamentaire a informé le Service des contributions de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Service des contributions) qu'après avoir établi l'inventaire successoral, il apparaissait que feu B.X._ n'avait pas déclaré une partie de sa fortune, ainsi que les rendements y relatifs. L'exécuteur testamentaire a fait parvenir des relevés fiscaux des années 2010 à 2012 d'un portefeuille de titres détenu auprès d'une banque, précisant que ces titres étaient la propriété exclusive du défunt et que A.X._, la veuve de ce dernier, ignorait totalement le caractère incomplet des déclarations d'impôt. L'exécuteur testamentaire a demandé au Service des contributions qu'il procède à un rappel d'impôt simplifié pour les héritiers. Il a complété sa demande le 13 juin 2014 en priant l'autorité fiscale d'ajouter un montant de 196'585 fr. correspondant à l'inventaire d'un coffre-fort détenu auprès d'une autre banque.
Le 23 juin 2014, le Service des contributions a informé l'exécuteur testamentaire du défunt de l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt simplifié. Après avoir obtenu divers documents, dont notamment les cartes de signatures du portefeuille de titres, le Service des contributions a indiqué qu'il allait ouvrir une procédure de rappel d'impôt "ordinaire" pour les années 2004 à 2012 à l'égard de A.X._, co-titulaire du compte et ayant-droit économique de la relation bancaire. Il a renoncé à toute procédure pénale. A.X._ est décédée en décembre 2014. Les époux X._ ont eu trois filles, seules héritières de leurs parents (art. 105 al. 2 LTF).
B.
Par deux décisions du 24 juin 2015, le Service des contributions a taxé les héritières de feu A.X._ et les héritières de feu B.X._ pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) des années 2004 à 2009 ( recte 2012) et pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) des années 2009 ( recte 2004) à 2012 (art. 105 al. 2 LTF). Les héritières ont été astreintes à payer les montants de 60'595 fr. 85, 301'648 fr. 90 et 163'276 fr. 20 pour respectivement l'IFD, l'impôt direct cantonal et l'impôt direct communal des années concernées. Le 14 mars 2016, sur réclamation, le Service des contributions a confirmé ses décisions, précisant (art. 105 al. 2 LTF) que les héritières survivantes de feu B.X._ avaient été taxées pour les périodes fiscales 2009 à 2012 (rappel d'impôt simplifié) et que celles de feu A.X._ avaient été taxées pour les périodes fiscales 2004 à 2012 (rappel d'impôt ordinaire). Les héritières de feu A.X._ et de feu B.X._ ont contesté ce prononcé sur réclamation auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal). Par arrêt du 22 août 2017, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les héritières de feu A.X._ et de feu B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 22 août 2017 du Tribunal cantonal et de soumettre l'ensemble du portefeuille de titres au rappel d'impôt simplifié. Elles se plaignent d'établissement inexact des faits et de violation du droit fédéral et cantonal.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. Le Service des contributions et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. art. 146 LIFD [RS 642.11], art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.). Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF).
1.2. Les trois héritières de feu B.X._ et de feu A.X._ demandent que la succession de cette dernière soit soumise au rappel d'impôt simplifié pour les montants soustraits et pas au rappel d'impôt ordinaire, comme l'a confirmé l'autorité précédente. Elles ont donc toutes trois qualité pour recourir en tant qu'héritières de feu A.X._ (art. 89 al. 1 LTF). Elles n'ont en revanche pas d'intérêt à recourir en tant qu'héritières de feu B.X._, dès lors qu'elles ont déjà bénéficié du rappel d'impôt simplifié dans le cadre de cette première succession.
2.
Citant l'art. 97 al. 1 LTF, les recourantes se plaignent en premier lieu d'un établissement inexact des faits.
2.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.2. Les recourantes contestent les faits sous plusieurs points. Elles mentionnent que c'est à tort que l'autorité précédente n'a pas tenu compte du fait que les avoirs se trouvant dans le portefeuille de titres ne sont constitués que du produit de l'activité lucrative de feu leur père et qu'avant de se trouver auprès de la banque actuelle, ces titres, dont feu leur père était seul titulaire, étaient déposés auprès d'une autre banque. Les recourantes sont encore d'avis que le Tribunal cantonal aurait dû tenir compte du fait que les avoirs se trouvant dans le portefeuille de titres ont été annoncés comme étant des acquêts et que feu B.X._ a rédigé des instructions confidentielles, à teneur desquelles son épouse n'a jamais été au courant des avoirs se trouvant dans le portefeuille de titres.
Dans la partie en fait de son arrêt, le Tribunal cantonal a retenu que les recourantes avaient allégué que les avoirs se trouvant dans le portefeuille de titres provenaient de l'activité professionnelle de feu B.X._. Il n'en a cependant déduit aucune conséquence juridique dans la partie en droit. Quant aux autres éléments, le Tribunal cantonal ne les a pas cités et n'en a par conséquent pas non plus tenu compte dans son arrêt.
2.3. En l'occurrence, s'agissant en premier lieu du fait que les avoirs en cause se trouvaient précédemment sur un compte auprès d'une autre banque, les recourantes ont produit au dossier un courrier du 16 septembre 2014 de cette banque attestant de la clôture, les 19 mai 1998 et 10 août 1999, de relations numériques dont seul feu B.X._ était titulaire. Certes, le Tribunal cantonal n'a pas mentionné ce courrier et n'en a tiré aucune conclusion. Toutefois, ce document n'a aucune incidence sur l'issue de la cause, dans la mesure où il ne permet pas de conclure que ce sont bien les fonds se trouvant sur le compte actuel qui ont été transférés. On ajoutera que les documents relatifs à l'ouverture du compte actuel ne permettent pas non plus de déterminer si ce sont ces fonds qui ont été transférés. Dans ces conditions, le grief d'appréciation arbitraire des preuves doit être écarté.
En outre, les autres éléments de fait contestés par les recourantes n'ont pas été retenus par le Tribunal cantonal, mais ne sont en réalité que de simples affirmations devant l'autorité précédente qui n'étaient étayées par aucun moyen de preuve. Les recourantes n'expliquant pas avoir produit ou avoir été empêchées de produire des moyens de preuve à propos de ces faits devant l'autorité précédente, la motivation de leur grief ne saurait être considérée comme étant suffisante au sens de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.
3.1. Il ressort de l'arrêt entrepris que, par courrier du 27 novembre 2014, le Service des contributions a informé l'exécuteur testamentaire qu'il allait ouvrir une procédure en rappel ordinaire des impôts pour les années 2004 à 2012. Il s'est fondé sur les pièces bancaires produites par courrier du 14 novembre 2014, desquelles il apparaissait que l'épouse du défunt était cotitulaire de la relation bancaire non déclarée.
3.2. Selon le Tribunal cantonal, il n'est pas nécessaire de déterminer le propriétaire et ayant droit économique des fonds soustraits du point de vue du droit civil, puisqu'en application de l'art. 200 al. 2 CC, disposition qui n'a toutefois pas été citée par l'autorité précédente, un bien est présumé appartenir aux deux époux dans la mesure où aucune preuve du contraire ne peut être apportée. Se fondant sur les éléments au dossier, dont un contrat d'ouverture d'un compte de dépôt, l'autorité précédente a jugé que les défunts détenaient conjointement le portefeuille de titres faisant l'objet du rappel d'impôt. Elle a ajouté que, même si le compte n'avait été détenu que par feu B.X._ et que son épouse n'avait eu qu'un simple pouvoir de signature, les conséquences auraient été les mêmes. Le Tribunal cantonal a donc jugé que la part (en l'occurrence la moitié) qui ne concernait pas feu B.X._ devait être reprise sur dix ans, selon les dispositions sur le rappel d'impôt "ordinaire".
3.3. Les recourantes sont quant à elles d'avis que le Tribunal cantonal a violé les dispositions légales applicables. Elles estiment avoir réussi à démontrer que le portefeuille de titres n'appartenait qu'à feu B.X._ et, partant de ce constat, que le rappel d'impôt simplifié doit s'appliquer pour l'entier du montant repris et pas uniquement pour la moitié.
3.4. Le litige porte donc sur le point de savoir si les recourantes peuvent prétendre à se voir appliquer le rappel d'impôt simplifié sur l'entier du portefeuille de titres repris, respectivement si, en tant qu'héritières de feu A.X._, elles peuvent prétendre à un rappel d'impôt simplifié. Il est ici précisé que l'arrêt contesté ne traite pas d'une éventuelle reprise du montant de 196'585 fr. issu de l'inventaire d'un coffre-fort. Les recourantes limitant toutefois le litige à la reprise du portefeuille de titre aussi bien dans leurs conclusions que dans leurs motifs (quant à la délimitation du litige: cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.2 p. 156), il n'y a pas à examiner plus avant si c'est à tort que le Tribunal cantonal n'en a pas traité.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. Aux termes de l'art. 153a al. 1 LIFD, chacun des héritiers a droit, indépendamment des autres, au rappel d'impôt simplifié sur les éléments de la fortune et du revenu soustraits par le défunt, à condition qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de la soustraction d'impôt (let. a); qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits (let. b); qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû (let. c). Selon l'art. 153a al. 2 LIFD, le rappel d'impôt est calculé sur les trois périodes fiscales précédant l'année du décès conformément aux dispositions sur la taxation ordinaire et perçu avec les intérêts moratoires.
4.2. Dans son arrêt 2C_116/2015 du 15 septembre 2015, confirmé dans l'arrêt 2C_790/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a relevé que le rappel d'impôt simplifié concernait tous les éléments de la fortune et du revenu soustraits par le défunt (art. 153a al. 1 LIFD), c'est-à-dire qui n'ont à tort pas été déclarés. Cette notion constitue l'élément objectif de l'infraction de soustraction d'impôt de l'art. 175 LIFD (arrêts 2C_116/2015 du 15 septembre 2015 consid. 2.2; 2C_790/2015 du 3 mai 2016 consid. 2.4.1). Le Tribunal fédéral a ensuite jugé que l'infraction de soustraction d'impôt de l'art. 175 LIFD constitue un délit propre dont seul le contribuable peut être auteur. Ni les héritiers, ni l'époux survivant, dans la mesure où leurs propres éléments imposables ne sont pas touchés, ne peuvent être coauteurs. Le fait que l'époux ait contresigné la déclaration d'impôt n'y change rien (art. 180 LIFD). Si l'époux survivant commet également une soustraction d'impôt, seuls ses propres éléments imposables seront concernés, à l'exclusion de ceux du défunt. Dans un tel cas de figure, l'époux survivant peut effectuer une dénonciation spontanée portant sur ses propres éléments imposables, mais la procédure de rappel d'impôt consécutive sera une procédure ordinaire portant sur une période de dix ans (cf. art. 152 al. 1 LIFD). Toutefois, en rapport avec les éléments imposables soustraits par le défunt, l'époux survivant sera traité comme les autres héritiers et bénéficiera d'un rappel d'impôt simplifié car il n'a pas participé à cette soustraction. Cela concerne tout autant les biens provenant de la succession que ceux provenant de la liquidation du régime matrimonial (cf. arrêts 2C_116/2015 du 15 septembre 2015 consid. 2.3.2; 2C_790/2015 du 3 mai 2016 consid. 2.4.2; MARTIN E. LOOSER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Zweifel/Beusch [éd.], 3 e éd. 2017, n. 6 ad art. 153a LIFD; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3 e éd. 2016, n. 11 ad art. 153a LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n. 9 ad art. 153a LIFD). Dans la procédure de taxation, chaque époux n'est donc tenu de collaborer que pour déterminer ses propres éléments imposables. Les obligations de chaque époux se limitent à déclarer leurs éléments imposables respectifs dans la déclaration commune du couple et d'attester du caractère complet et correct de cette déclaration par une signature. Cela a une incidence sur la soustraction d'impôt, dont la disposition légale topique (art. 180 LIFD) prévoit expressément que chaque époux ne répond que de la soustraction des éléments imposables qui lui sont propres (cf. arrêts 2C_116/2015 du 15 septembre 2015 consid. 2.5.2; 2C_790/2015 du 3 mai 2016 consid. 2.4.3). En instaurant le rappel d'impôt simplifié pour les héritiers à l'art. 153a LIFD, le législateur n'avait pas comme but de privilégier les héritiers (époux survivants) qui s'étaient eux-mêmes rendus coupables de soustraction d'impôt au sens de l'art. 175 LIFD ou de participation à une telle soustraction au sens de l'art. 177 LIFD (dans les deux cas en relation avec l'art. 180 LIFD). En d'autres termes, un époux survivant qui a lui-même commis une soustraction fiscale ne doit pas pouvoir prétendre à un rappel d'impôt simplifié au sens de l'art. 153a LIFD. La mort de l'un des époux ne doit pas supprimer la culpabilité du coauteur (ou participant) et permettre à celui-ci de bénéficier d'un rappel d'impôt simplifié (arrêt 2C_790/2015 du 3 mai 2016 consid. 2.4.6).
4.3. En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, impliquent que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252 et les références citées).
4.4. En l'occurrence, feu A.X._ ayant survécu à feu son mari, elle en est par conséquent devenue héritière (et à sa suite ses propres héritières). Forte de ce statut, elle pourrait donc en principe se prévaloir du rappel d'impôt simplifié de l'art. 153a LIFD. Pour faire échec à l'application de cette disposition, il convient, en application de la jurisprudence précitée, de démontrer que les biens soustraits constituaient des éléments imposables propres (cf. art. 175 LIFD) ou à tout le moins que l'héritière a intentionnellement participé à l'infraction commise par feu son mari (cf. art. 177 LIFD). Déterminer un tel élément permet d'augmenter la taxation, raison pour laquelle il appartenait au Service des contributions d'en apporter la preuve (cf. consid. 4.3 ci-dessus).
Il ressort de l'arrêt entrepris que le compte sur lequel figurait l'argent soustrait au fisc a été ouvert au nom des deux époux décédés. Aussi bien le mari que la femme disposaient donc d'un pouvoir de signature. En revanche, rien dans les faits retenus par l'autorité précédente ne permet de déterminer d'où provenait l'argent se trouvant sur le compte. Le Tribunal cantonal a présenté une motivation alternative pour l'éventualité où le contenu du compte serait la copropriété de feu les époux X._ ou uniquement la propriété de feu B.X._, expliquant dans ce dernier cas qu'un simple pouvoir de signature sur un compte suffit pour exclure la procédure de rappel d'impôt simplifié.
En premier lieu, on doit constater que cette seconde motivation ne saurait être confirmée, dans la mesure où, contrairement à ce que relève l'autorité précédente, le simple fait que deux personnes soient titulaires d'un compte bancaire ne dit en principe rien quant aux relations internes existant entre ces personnes et n'a donc aucune influence sur la propriété des biens se trouvant sur le compte (cf. ATF 112 III 90 consid. 5 p. 98 s.; EMCH/RENZ/ARPAGAUS, Das Schweizerische Bankgeschäft, 7 e éd. 2011, n. 665; BRIGITTA KRATZ, in Berner Kommentar, 2015, n. 68 ad art. 150 CO; CARLO LOMBARDINI, Droit bancaire suisse, 2 e éd. 2008, n. XII/63 p. 339). En revanche, la présomption de l'art. 200 al. 1 et 2 CC (cf. arrêt 5A_478/2016 du 10 mars 2017 consid. 6.1.1 et les références citées; cf. également art. 248 CC), qui dispose que quiconque allègue qu'un bien appartient à l'un ou à l'autre des époux est tenu d'en établir la preuve (al. 1) et qu'à défaut de cette preuve, le bien est présumé appartenir en copropriété aux deux époux (al. 2), permet à l'autorité fiscale, faute de preuve apportée par l'épouse héritière, de tenir celle-ci comme copropriétaire des biens de son mari défunt. Par conséquent, dans le cas d'espèce, les biens se trouvant sur le compte (commun) en cause doivent être considérés comme ayant été la copropriété des deux époux défunts, respectivement comme des éléments imposables de ceux-ci. Les recourantes n'ont en effet pas apporté de preuve relative à la propriété exclusive de feu B.X._, mais se sont uniquement contentées de l'affirmer, ce qui ne saurait être suffisant (cf. consid. 2.3 ci-dessus).
4.5. Sur le vu de ce qui précède, il convient donc de considérer que le comportement de feu A.X._, qui n'a pas déclaré les éléments imposables qui se trouvaient sur le compte bancaire dont le contenu était la copropriété des époux, est, à l'instar de celui de feu B.X._, constitutif de soustraction d'impôt. Elle ne peut dès lors pas bénéficier du rappel d'impôt simplifié et le montant figurant sur le compte en cause sera repris en application de la procédure de rappel d'impôt ordinaire. Le recours doit en conséquence être rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôts cantonal et communal
5.
Les principes juridiques précités qui concernent la procédure de rappel d'impôt pour les héritiers trouvent leur parallèle en matière d'ICC (art. 223a de la loi neuchâteloise du 21 mars 2000 sur les contributions directes [LCdir/NE; RSN 631.0] fondé sur l'art. 53a LHID; art. 250, 252 et 254 LCdir/NE fondés sur les art. 56 et 57 al. 4 LHID). La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101 et les références citées). Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. Le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
6.
Succombant, les recourantes doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire des recourantes, au Services des contributions et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 30 mai 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette