Erwägungen:
1.
Am 20. Februar 2018 reichte die A._ AG Strafanzeige gegen B._ wegen Diebstahls und Urkundenfälschung ein. Sie machte geltend, B._ habe wiederholt Geld gestohlen, mehr Arbeitsstunden aufgeschrieben als effektiv geleistet und private Rechnungen über das Unternehmen verbucht.
B._ wurde am 10. April 2018 zu den Vorwürfen befragt. Sie bestritt, Geld gestohlen und mehr als tatsächlich geleistete Arbeitsstunden aufgeschrieben zu haben. Die Bezahlung ihrer Benzin- und Bücherrechnung über die A._ AG sei ihr erlaubt worden. Einmal habe sie fälschlicherweise eine Rechnung über das Unternehmen bezahlt. Den Betrag habe sie zurückerstattet.
Mit Verfügung vom 11. Dezember 2018 stellte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren gegen B._ ein. Die von der A._ AG gegen die Einstellungsverfügung erhobene Beschwerde hiess das Kantonsgericht Freiburg mit Urteil vom 16. Mai 2019 teilweise gut. Es hob die Einstellungsverfügung hinsichtlich der Bezahlung der privaten Rechnungen über die A._ AG auf und wies das Verfahren diesbezüglich zur Fortführung sowie neuen Entscheidung an die Staatsanwaltschaft zurück. In den übrigen Punkten, so auch bezüglich des Vorwurfs der unrichtigen Erfassung der Arbeitszeit, bestätigte das Kantonsgericht die Einstellungsverfügung.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die A._ AG, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 16. Mai 2019 sei aufzuheben. Die Sache sei zur Vervollständigung des Sachverhalts und Erweiterung der Untersuchung an die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg zurückzuweisen.
2.
Die Vorinstanz hiess die Beschwerde in Bezug auf die Bezahlung der privaten Rechnungen über die A._ AG gut und wies sie im Übrigen ab, so auch bezüglich des Vorwurfs der unrichtigen Erfassung der Arbeitszeit. Damit fällte sie einen Teilentscheid (BGE 141 III 395 E. 2.2 S. 397; 135 III 212 E. 1.2.1 S. 217; je mit Hinweisen), gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 91 lit. a BGG).
3.
Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde in Strafsachen nur berechtigt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss Art. 41 ff. OR, die üblicherweise vor den Zivilgerichten geltend gemacht werden müssen. Die Privatklägerschaft muss im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung des Beschwerderechts strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderungen es geht (BGE 141 IV 1 E. 1.1 S. 4 f. mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin hat sich im Strafverfahren als Privatklägerin konstituiert (Urteil S. 3 E. 1.3.2). In ihrer Beschwerde legt sie nicht dar, inwieweit sich der angefochtene Entscheid auf ihre Zivilforderungen auswirkt. Dies ergibt sich aber aus dem von ihr angezeigten Sachverhalt, d.h. dem Vorwurf, die Beschwerdegegnerin 2 habe ihre Arbeitszeit unrichtig erfasst, um sich unrechtmässig aus dem Vermögen der Beschwerdeführerin zu bereichern, und aus den kantonalen Akten; im Polizeirapport wird der geltend gemachte Schaden explizit genannt und beziffert (kantonale Akten act. 2000 ff.). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 7 und Art. 319 Abs. 1 lit. b StPO sowie des Grundsatzes "in dubio pro duriore". Sie macht geltend, in der Lehre und Rechtsprechung sei umstritten, wann einer privaten schriftlichen Erklärung Urkundencharakter zukomme. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz könne angesichts dieser schwierigen Abgrenzungsfragen nicht von Vornherein von einer klaren Straflosigkeit ausgegangen werden. Eine abschliessende rechtliche Würdigung des konkreten Sachverhalts sei dem Sachgericht überlassen (Beschwerde S. 3 f.).
4.2. Die Vorinstanz erwägt zusammengefasst, aufgrund der herrschenden Unordnung bei der Beschwerdeführerin sei davon auszugehen, dass die effektiv von der Beschwerdegegnerin 2 geleisteten Stunden auch bei einer Weiterführung des Verfahrens nicht mehr erstellt werden könnten und somit auch nicht beurteilt werden könne, ob die Beschwerdegegnerin 2 tatsächlich zu viele Arbeitsstunden aufgeschrieben habe. Bereits aus diesem Grund sei die Einstellung in diesem Punkt gerechtfertigt (Urteil S. 5 f. E. 3.2). Selbst wenn davon ausgegangen würde, dass nachgewiesen werden könnte, dass die Beschwerdegegnerin 2 zu viele Stunden aufgeschrieben habe, müsste dadurch ein Straftatbestand erfüllt worden sein, um die Einstellungsverfügung aufzuheben. Der Beschwerdegegnerin 2 werde eine Urkundenfälschung bzw. ein Betrug vorgeworfen. Vorliegend seien keine objektiven Gründe ersichtlich, welche die Wahrheit der von ihr aufgeschriebenen Arbeitsstunden gewährleisten würden. Insbesondere habe die Beschwerdegegnerin 2 gegenüber der Beschwerdeführerin nicht in einer garantenähnlichen Stellung gestanden. Ohne solche Garantien handle es sich jedoch lediglich um eine nicht strafbare schriftliche Lüge. Es sei daher davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin 2 vom Vorwurf der Urkundenfälschung freigesprochen würde, selbst wenn nachgewiesen werden könnte, dass sie absichtlich mehr Arbeitsstunden als effektiv geleistet aufgeschrieben habe. In Bezug auf den Vorwurf des Betrugs führt die Vorinstanz aus, es sei unbestritten, dass die Beschwerdeführerin nie kontrolliert habe, ob die aufgeschriebenen Stunden auch geleistet worden seien. Gemäss den Angaben der Beschwerdeführerin habe die Beschwerdegegnerin 2 die Lohnabrechnungen selber erstellen und sich so mehr Stunden verrechnen können, als sie effektiv geleistet habe. Die Vorinstanz hält fest, von einem Unternehmen dürfe erwartet werden, dass ein Mindestmass an Aufmerksamkeit aufgewendet und überprüft werde, ob die erstellten Lohnabrechnungen ungefähr stimmen könnten. Dies hätte sich vorliegend umso mehr aufgedrängt, als die Beschwerdeführerin bei der Anstellung der Beschwerdegegnerin 2 gewusst habe, dass bereits deren ehemalige Arbeitgeberin Strafanzeige wegen Vermögensdelikte gegen diese erstattet habe. Die Beschwerdeführerin habe somit jegliche Schutzmassnahmen ausser Acht gelassen. Sie habe keine Umstände geltend gemacht, welche auf eine besondere Schutzbedürftigkeit ihrerseits hinweisen würden. Mangels jeglicher Kontrollen müsse auch bezüglich eines Betrugs von einem Freispruch ausgegangen werden, selbst wenn nachgewiesen werden könnte, dass die Beschwerdegegnerin 2 tatsächlich mehr Stunden als effektiv geleistet aufgeschrieben habe (Urteil S. 6 E. 3.3).
4.3.
4.3.1. Gemäss Art. 319 Abs. 1 StPO verfügt die Staatsanwaltschaft die Einstellung des Verfahrens u.a. dann, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a) und wenn kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b). Der Entscheid über die Einstellung des Verfahrens richtet sich nach dem aus dem Legalitätsprinzip fliessenden Grundsatz "in dubio pro duriore" (vgl. Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 StPO i.V.m. Art. 319 Abs. 1 StPO und Art. 324 Abs. 1 StPO). Danach darf eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden. Erscheint eine Verurteilung wahrscheinlicher als ein Freispruch, ist Anklage zu erheben. Dasselbe gilt in der Regel, wenn sich die Wahrscheinlichkeiten eines Freispruchs oder einer Verurteilung in etwa die Waage halten. Der Grundsatz, dass im Zweifelsfall nicht eingestellt werden darf, ist unter Würdigung der im Einzelfall gegebenen Umstände anzuwenden. Bei zweifelhafter Beweis- bzw. Rechtslage hat mithin nicht die Untersuchungs- oder Anklagebehörde über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden, sondern das für die materielle Beurteilung zuständige Gericht. Jedoch sind Sachverhaltsfeststellungen unter Berücksichtigung des Grundsatzes "in dubio pro duriore" auch bei Einstellungen zulässig, soweit gewisse Tatsachen "klar" bzw. "zweifelsfrei" feststehen, so dass im Fall einer Anklage mit grosser Wahrscheinlichkeit keine abweichende Würdigung zu erwarten ist. Den Staatsanwaltschaften ist es mithin nur bei unklarer Beweislage untersagt, der gerichtlichen Beweiswürdigung vorzugreifen. Die kantonalen Instanzen verfügen bei der Überprüfung von Einstellungsverfügungen über einen gewissen Spielraum des Ermessens, den das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung überprüft (BGE 143 IV 241 E. 2.2.1 S. 243 und E. 2.3.1 S. 244; 138 IV 186 E. 4.1 S. 190, 86 E. 4.1 S. 90; 137 IV 219 E. 7.1 f. S. 226 f.; Urteil 6B_388/2019 vom 8. Juli 2019 E. 2.1.1; je mit Hinweisen).
4.3.2. Wie die Beweise nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu würdigen sind (und ob die Vorinstanz gestützt darauf einen hinreichenden Tatverdacht verneinen durfte), prüft das Bundesgericht nur auf Willkür. Es prüft aber im Rahmen einer Beschwerde gegen eine Einstellung nicht, wie beispielsweise bei einem Schuldspruch, ob die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich sind (Art. 97 Abs. 1 BGG), sondern nur, ob die Vorinstanz willkürlich von einer "klaren Beweislage" ausging oder gewisse Tatsachen willkürlich für "klar erstellt" annahm. Dies ist der Fall, wenn offensichtlich nicht gesagt werden kann, es liege ein klarer Sachverhalt vor, beziehungsweise wenn ein solcher Schluss schlechterdings unhaltbar ist (BGE 143 IV 241 E. 2.3.2 S. 244 f. mit Hinweis; Urteil 6B_384/2019 vom 21. August 2019 E. 3.2 mit Hinweisen).
4.3.3. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbstständigen Alternativbegründungen, so ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt. Soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen. Ficht der Beschwerdeführer nur eine von zwei selbstständigen Begründungen an, bleibt der angefochtene Entscheid gestützt auf die unangefochtene Begründung im Ergebnis auch bestehen, wenn die in der Beschwerde erhobenen Einwände begründet sind. Die Beschwerde läuft in diesem Fall auf einen blossen Streit über Entscheidungsgründe hinaus, die für sich allein keine Beschwer bedeuten (BGE 142 III 364 E. 2.4 S. 368; 133 IV 119 E. 6.3 S. 120 f.; 132 I 13 E. 3 S. 17; 121 IV 94 E. 1b S. 95 f.; je mit Hinweisen).
4.4. Mit ihren Vorbringen bezieht sich die Beschwerdeführerin lediglich auf einen Teil der vorinstanzlichen Erwägungen. Die Vorinstanz hebt die Einstellungsverfügung in Bezug auf den Vorwurf der unrichtigen Erfassung der Arbeitszeit nicht nur deshalb nicht auf, weil sie annimmt, bei den Arbeitsrapporten der Beschwerdegegnerin 2 handle es sich um sog. einfache schriftliche Lügen und weil die Arglist beim Betrug nicht gegeben sei, sondern insbesondere, weil sie davon ausgeht, es könne angesichts der "herrschenden Unordnung bei der Beschwerdeführerin" nicht mehr erstellt werden, wie viele Stunden die Beschwerdegegnerin 2 tatsächlich gearbeitet habe, mithin könne nicht nachgewiesen werden, dass diese in der Tat zu viele Stunden aufgeschrieben habe. Mit dieser vorinstanzlichen Schlussfolgerung, die nicht zu beanstanden ist, setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Diese Begründung vermag den angefochtenen Entscheid selbstständig zu stützen. Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin gegen die andere Begründung ist daher nicht weiter einzugehen.
4.5. Weiter führt die Beschwerdeführerin aus, die Beschwerdegegnerin 2 sei faktisch die Geschäftsführerin ihres Ladens gewesen. Sie habe u.a. mehr Arbeitsstunden aufgeschrieben, als sie tatsächlich geleistet habe und sich gestützt auf entsprechende Rapporte zu viel Lohn ausbezahlt. Ein solches Verhalten könne auch eine ungetreue Geschäftsbesorgung sein, was zu prüfen sei. Das Verfahren sei entsprechend auszuweiten (Beschwerde S. 3).
Auf diese erstmals vor Bundesgericht vorgetragene Ausführung ist nicht einzugehen (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG). Es ist weder dargelegt noch ersichtlich, inwiefern erst der angefochtene Entscheid Anlass dazu gab. Zudem ist es nicht Aufgabe des Bundesgerichts, Beweise abzunehmen und Tatsachen festzustellen, über die sich das kantonale Gericht nicht ausgesprochen hat (BGE 136 III 209 E. 6.1 S. 214 f. mit Hinweisen).
5.
Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Art. 142 StPO. Weder sie, vertreten durch die Geschäftsführerin, noch die Beschwerdegegnerin 2 oder die Mitarbeiterin und ehemalige Lernende seien vor der Einstellung des Strafverfahrens durch die Staatsanwaltschaft einvernommen worden. Eine Konfrontationseinvernahme sei auch nicht durchgeführt worden (Beschwerde S. 4 Ziff. 3).
Die Beschwerdeführerin erhebt diese Rüge erstmals vor Bundesgericht, obwohl dies bereits zuvor möglich und zumutbar gewesen wäre. Mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs ist auf ihre Rüge nicht einzutreten (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG; Urteile 6B_49/2019 vom 2. August 2019 E. 4.2; 6B_129/2019 vom 28. Mai 2019 E. 3.4.2; je mit Hinweisen).
6.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini