ペプチドリーム株式会社
有価証券報告書－第17期(2022/01/01－2022/12/31)

３【事業の内容】(1)事業概要当社グループは、当社独自の創薬開発プラットフォームシステム（*１）であるPDPS（PeptideDiscoveryPlatformSystem）を活用した創薬開発事業、及び当社の100%子会社であるPDRファーマ株式会社（以下PDRファーマ）による放射性医薬品事業を実施しております。当社事業の系統図は、以下のとおりです。なお、当連結会計年度より、報告セグメントの区分を変更しており、当社グループのセグメントは創薬開発事業と放射性医薬品事業の２つのセグメントになります。詳細は、「第５経理の状況１連結財務諸表等（1）連結財務諸表⑥連結財務諸表注記５．セグメント情報」をご参照ください。＜事業系統図＞※当社見解に基づく/当社作成(注)当社の各種売上金の詳細については後述「(3)当社のビジネスモデルについて」に記載のとおりであります。創薬開発事業において当社は、特殊環状ペプチド（*２）を基にした医薬品開発を中核とした事業を展開しております。「特殊環状ペプチド」とは、当社の造語であり、生体内タンパク質を構成する20種類のL体のアミノ酸だけではなく、天然には存在しないD体のアミノ酸やN-メチルアミノ酸等の特殊なアミノ酸（非天然アミノ酸、*３）を含んだ特殊なペプチドを環状構造にしたものです。当社では、創薬に適していると考えられるこの特殊環状ペプチドから医薬品を創製することを主たる事業としております。当社は、PDPSを活用しターゲット（標的分子）に対して高い結合能を持つ特殊環状ペプチドを短期間でスクリーニング（*４）し、得られた化合物の最適化を行い臨床試験に進めるための体制を整備しております。当社の創薬開発事業における事業概要は、以下のとおりであります。(A)創薬共同研究開発：当社と製薬企業との間で創薬共同研究開発契約に基づき製薬企業の興味のあるターゲットに対する共同研究開発を実施します。当社では、PDPSを活用して多様性のある特殊環状ペプチドライブラリーを作製し、ターゲットに対して高い結合能を持つ特殊環状ペプチドを製薬企業に提供します。その後製薬企業が提供した特殊環状ペプチドの創薬開発を進め、当社は契約一時金に加え製薬企業の創薬開発・販売の進捗に応じて、マイルストーンフィーやロイヤルティー等の対価を受領することができます。(B)PDPS技術ライセンス：製薬企業からのPDPSを当該製薬企業内で実施したいとの要望に応じ、当社では研究開発コラボレーションの一環として、PDPS技術の非独占的な実施許諾（技術ライセンス契約、*５）を行っております。実施許諾契約の締結に伴い、当社は技術ライセンス料（契約一時金）を受け取ることになるほか、PDPSを用いることで創製された医薬品候補化合物について設定されたマイルストーンフィー及び上市後の売上高に応じたロイヤルティーを受け取ることができます。(C)戦略的提携による自社パイプラインの拡充(戦略的提携/自社創薬)：当社は、自社で設定したターゲットに対する医薬品候補化合物に関するプログラムを複数有しており、これらの研究開発を進めています。また、世界中の特別な技術を有する製薬企業やバイオベンチャー企業、アカデミア等の研究機関と戦略的提携を実施し、自社又は共同での研究開発を推進しております。放射性医薬品事業における事業概要は、PDRファーマを通じて国内において放射性医薬品等の研究・開発・製造・販売を行っております。現在、PDRファーマでは放射性診断薬として、22品目のSPECT（SinglePhotonEmissionComputedTomography）製剤と、２品目のPET（PositronEmissionTomography）製剤、及び８品目（３製品カテゴリー）の放射性治療薬を販売しております。また、放射性診断薬の画像読影の支援を目的とした画像解析ソフトウェアの開発・提供も行っております。(2)当社の技術について①ペプチド医薬品について一般的にペプチド（*６）とは、２個～50個の天然アミノ酸がペプチド（アミド）結合によりつながった化合物の総称です。生体内の様々な場所で多種類のペプチドが造られており、それらはホルモンや各種伝達物質として生体維持（筋肉の弛緩、血管の拡張、胃酸の分泌、自律神経の制御等）にとって不可欠なものとして働いており、古くから研究対象とされております。“ペプチド医薬品”としては、1980年代にインスリンが遺伝子組み換え技術により大腸菌もしくは酵母から製造され、糖尿病治療に使用され始め、その後も、心不全治療薬や前立腺癌治療薬としてペプチド医薬品が承認され使用されております。一方で、19世紀には植物等から単離・精製されたアルカロイド類の中から、分子量が500以下の小さな“低分子医薬品”が使用され始め、1899年に現在でも使用され続けている消炎鎮痛薬アスピリンが市販されました。その後も多くの低分子医薬品が様々な形で研究開発され、一時期は医薬品市場全体の９割近くを占め、現在においても約５割を占める医薬品カテゴリーとなっております。また“抗体医薬品”は1980年ころから技術革新が急速に進み、1990年代にいくつかの大型新薬が上市され、爆発的に医薬品市場を開拓してまいりました。2020年代に入って、抗体医薬品は医薬品市場全体の２割強を占めるまで成長しております。低分子医薬品と抗体医薬品は、多くの項目（活性・特異性、体内動態、血液脳関門BBB通過の可能性、経口投与への可能性、細胞内ターゲットへの可能性、製造コスト等)で顕著な違いがあり、それぞれの優れた特徴が活かせる疾患領域への開発が進められております。一方、2000年以降は分子量が低分子医薬品より大きく、抗体医薬品より小さいペプチド医薬品と核酸医薬品が“中分子医薬品”と定義され、様々な技術革新と共に多くの製品が上市され始め、次世代創薬の中心的存在になるものと考えられております。古典的ペプチド医薬品は、低分子・抗体と同じターゲットタンパク質に結合することを想定した場合、２つのモダリティと比較して活性・特異性などに大きな優位性はなく、さらに体内動態や経口投与の可能性が無いなどの弱点も存在します。一方で、古典的ペプチド医薬品が有する数多くの弱点を克服可能とする“ペプチド医薬品”を創製できれば、低分子医薬品では狙うことが困難なターゲットタンパク質への創薬が可能となり、さらに抗体医薬品でしか狙うことが出来なかったターゲットタンパク質に対して、より小さな“ペプチド医薬品”により、抗体医薬品では不可能な経口投与薬開発の可能性も生まれます。そのような次世代型のペプチド医薬品として、当社では“環状ペプチド・特殊環状ペプチド”に注目しております。一般に、20残基以内のアミノ酸がリング状に連なった“環状ペプチド”は、同じ残基を有する“鎖状”のペプチドと比較して、構造のフレキシビリティーが低減されることで、活性や特異性が向上するだけでなく、生体内安定性が著しく高く、優れた体内動態を示すことが分かっています。さらに天然に存在するアミノ酸20種類だけでなく、その光学異性体や側鎖修飾を施した“非天然型アミノ酸”を組み込むことで、医薬品研究開発で必要となるあらゆる物性調整が可能となります。特殊環状ペプチドは低分子医薬品、抗体医薬品と比較して素晴らしい特性があると当社では考えております。例えば、低分子医薬品は分子量が相対的に小さく細胞内標的を含めターゲットの多様性が優位点である一方、ターゲットに対する結合力や特異性が劣り、ターゲット以外の分子に結合してしまうことなどにより副作用を引き起こしてしまうリスクが相対的に高いことが問題点となります。抗体医薬品は、低分子医薬品に比べて分子量が非常に大きいため、細胞外ターゲットしか対象にできず、その多様性は低いものの、ターゲットに対する結合力や特異性に優れていることが優位点と考えられます。しかし、その分子量の大きさゆえに細胞内のターゲットに対応できないこと、経口投与ができないこと、生体内で免疫反応を惹起してしまう（生体が異物と判断してしまう）リスクが相対的に高いこと等の問題点が存在します。低分子医薬品や抗体医薬品に比べて、特殊環状ペプチドは、分子量で評価すると低分子医薬品よりやや大きい程度であることや、前述の物質的な特性から、従来の低分子医薬品や抗体医薬品の問題点を低減しながら、同時に双方の優位点を実現できる可能性があります。環状ペプチドの医薬品は過去20年で約20種類以上が上市されていますが、そのターゲット領域は内分泌や心血管に関する疾患や抗生物質等が中心であり、ほとんどは天然（体内のホルモンや菌類・動物・植物由来）の環状ペプチドを最適化したもの、もしくは最適化の過程で非天然アミノ酸を使用しているものです。当社は、そのようなベースとなるペプチドが存在しないターゲットに対してもペプチドの薬を開発することができることが強みであり、これにより一気にペプチド創薬の可能性が広がると考えております。②当社の研究開発体制についてa.当社における創薬研究開発技術の全体像当社は設立以来、継続して研究開発機能を拡張してまいりました。設立当初はPDPSによるヒット化合物の取得にフォーカスしておりましたが、タンパク質の調整、ペプチド合成/精製/QC、メディシナルケミストリー、Insilicoモデリング及びインフォマティクス、タンパク質と化合物の共結晶化とその立体構造解析、薬物動態等の前臨床研究のほとんどの部分を自社で行える体制を構築いたしました。これにより従来と比べ多くのプロジェクトを同時進行させることができるようになり、それぞれの創薬共同研究開発パートナーが求める高いレベルでの研究開発作業が行えるようになりました。＜当社の研究開発機能＞※当社見解に基づく/当社作成＞さらにPDPSの自動化プラットフォームを構築したことにより、手作業で行っていた時と比較して飛躍的に作業の効率化が図れました。特にヒットペプチド探索の際に、多種多様な条件（ターゲットタンパク質の種類、温度、アミノ酸の種類等々）を一度に、しかも正確に実施することが容易になり、結果として確実に種々のヒットペプチドを見出すことができます。直近では、自社での臨床開発の実施まで視野に入れたin-houseプログラムの開発のため、研究と開発をつなぐトランスレーショナルリサーチ機能も強化しております。b.PDPSについてPDPSは当社独自のペプチド創薬技術であり、以下のような特長を持つことから特殊環状ペプチドのヒット化合物を早く、高い成功確率で見出すことができるという利点がございます。PDPSの3つの特長1.数兆種類以上の特殊環状ペプチドのライブラリーへのアクセスが可能PDPSを用いて数兆種類以上という非常に高い多様性を持つ特殊環状ペプチドのライブラリーを作製することが可能です。PDPSの特徴は、ランダムDNAライブラリーを用いた無細胞系転写/翻訳システムであるという点と、ペプチドの構成要素であるアミノ酸として天然アミノ酸だけでなく非天然アミノ酸も組み込めるという点です。ペプチドはそれぞれ対応したmRNA/CDAタグによりバーコード化されており、迅速に配列を同定することができます。2.高い確率でのターゲット結合ペプチドライブラリーを用いて、目的とする生体内のターゲットに対するスクリーニング、目的外のターゲットに対するカウンタースクリーニングが実施され、高い結合性と選択性を持つヒットペプチドを取得します。ペプチドに付加された「バーコード」により、セレクションサイクルを何回も実施することでヒットペプチドを増幅し、その配列を迅速に同定することが可能です。PDPSはペプチドの最適化やヒット化合物の評価にも使うことができ、創薬のプロセスを飛躍的に加速することができます。3.進化し続けるプラットフォーム当社では常にPDPSの技術の改善・向上を行っています。ペプチドの構成要素であるアミノ酸の種類を増やすことでより高い多様性を持たせたことや、自動化プロセスを開発したことでより安定的な結果が得られるようになったことなどが挙げられます。さらに高品質なペプチドライブラリーの設計を行うためのinsilico解析システムの開発を行う等、当社は常にペプチド創薬の最先端の技術を産み出しています。c.PDPSを起点とした3つの創薬アプローチ当社では上述のPDPSによりターゲットタンパク質に対して高い結合性・特異性を有する特殊環状ペプチド（ヒット化合物）を同定した後、大きく分けて3つの創薬アプローチ（①ペプチド医薬品／低分子医薬品、②ペプチド薬物複合体（PDC：PeptideDrugConjugate、*８）医薬品、③多機能ペプチド複合体（MPC：Multi-functionalPeptideConjugate、*９）医薬品による創薬研究開発を行っております。1.ペプチド医薬品／低分子医薬品取得したヒットペプチドを出発点に、医薬品として求められる各種要件（生物活性、選択性、投与形態に沿った製剤、体内薬物動態等）を最適化し、ペプチド医薬品候補化合物へ仕上げるのが当社の基本的なアプローチとなります。その最適化においては、タンパク質Ｘ線結晶構造解析（*10）やクライオ電子顕微鏡などを用いてペプチドとターゲットタンパク質の複合体の立体構造解析を行い、抗体と同程度の生物活性や選択性を付与するのに最適な非天然型アミノ酸の組み込みや薬物動態のコントロールを行います。最近の研究により、以前には困難と言われていた経口投与可能な特殊環状ペプチドの創製も可能であることがわかってきました。また、特殊環状ペプチドの経口投与化が難しい場合でも、得られた複合体の立体構造情報を基にinsilicoモデリングや計算化学的手法等も活用し低分子化することで、経口剤としての開発も可能になります。2.PDC医薬品①（ペプチド医薬品／低分子医薬品）とは異なり、取得したターゲットタンパク質に対して高い結合性・特異性を有するペプチドに薬効を求めず、薬効を有する各種ペイロード（放射性核種、核酸、低分子、毒性化合物等）を、目的の組織/細胞に選択的に送達させる（＝キャリアーペプチド）というコンセプトの医薬品です。この場合、キャリアーペプチドには高い結合性・特異性及び体内動態の調整が求められ、ペプチドはそれらの調整が容易なことがわかっています。PDC医薬品は薬効成分であるペイロードを直接体内に入れた場合に、1）目的の組織/細胞に届く前に代謝・排泄を受けやすい、2）目的の組織/細胞以外に届くと毒性発現する等の様々な理由から、何かしらのキャリアーを必要としているケースなどが考えられます。同様のコンセプトで抗体をキャリアーとして用い、毒性化合物等を選択的に送達する抗体薬物複合体（ADC：AntibodyDrugConjugate）が先行して複数開発・承認されていますが、ペプチドをキャリアーとすることでPDCならではの特性（体内動態のコントロールが容易、免疫原性の低減が図れる、ペイロードの種類を問わず複合体化・製造が比較的容易である等）を有しており、注目されている次世代の創薬アプローチです。当社では、RI-PDC、核酸PDC、Cytotoxic-PDCなど各種ペイロードに対するPDC医薬品を開発しております。3.MPC医薬品複数の異なるターゲットタンパク質（異なるメカニズム）に対して、それぞれ薬効が異なるペプチド同士を結合し、複数の薬効を１分子（１つの薬剤）で表現する医薬品となります。化学合成的に複数の異なるペプチドを結合し複合体を得る手法は既に開発されており、多種多様なMPC医薬品を容易に展開することが可能となっております。これにより、複数の医薬品をそれぞれ開発し、それらを合わせて投与するカクテル療法などを適用することに対してハードルが高かった治療分野において、１剤で複数の薬効を有するMPC医薬品を置き換えることが可能となります。同様のコンセプトに二重特異性抗体（bispecific抗体）や多重特異的抗体があり、近年はがんやがん免疫の分野での研究開発競争が激化しています。③知的財産権（特許等）について当社は先端研究開発型製薬企業であり、知的財産権の開発、維持、発展は重要な経営課題と認識しております。次の図は、当社の特許ポートフォリオ（*11）の概念図です。この図のように当社の特許ポートフォリオは、フレキシザイム技術開発に関わる特許をコアにして、周囲を取り囲むように関連する複数の特許・発明で固めることにより、特許（技術）が単独のものとして孤立することなく、特許ポートフォリオを同心円状に強化することが可能になりました。概念図中「ライブラリー特許」とあるのは、各種、特殊環状ペプチドライブラリーを作成する技術等を含み、これらにより特殊環状ペプチドの可能性を拡大するとともにポートフォリオを強化することができます。ライブラリーの発明は、今後、研究開発の進展によりさらに増加させていくことが可能と考えております。概念図中「ノウハウ特許」とあるのは、特定の機能を持った特殊環状ペプチドをスクリーニングする技術ノウハウであり、各種機能を持ちうる特殊環状ペプチドを特定の機能に絞り込み、スクリーニングの段階で選別することが可能になりました。概念図中「物質特許」とあるのは、研究途上で発見された特殊環状ペプチドの物質特許（発明）であります。当社の通常の共同研究活動では、特殊環状ペプチドの物質特許（発明）は、創薬開発権利金の支払いと引き換えに、クライアントに対し提供されます。ライブラリー特許（発明）、ノウハウ特許（発明）、物質特許（発明）に関しては随時権利化（出願）を進めております。＜当社の特許ポートフォリオの概念図＞※当社見解に基づく/当社作成PDPSの基盤技術となる特許・発明の詳細は次の表のとおりです。＜当社の特許ポートフォリオ＞発明の名称出願人出願国出願・特許番号多目的アシル化触媒とその用途国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent8,188,260B2EPPatent1964916特許第5119444号N末端に非天然骨格をもつポリペプチドの翻訳合成とその応用国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent8,557,542B2EPPatent2088202B1特許第5200241号環状ペプチド化合物の合成方法国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent9,090,668B2EPPatent2141175B1EPPatent2990411B1EPPatent3012265B1特許第5605602号ペプチド翻訳合成におけるRAPIDディスプレイ法当社米国（出願中）欧州（登録）日本（登録）US20200199579A1EPPatent2492344B1特許第5174971号特許第5837478号新規人工翻訳合成系（FITシステム）国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（出願中)日本（登録）中国（登録）USPatent9,701,993B2EP2610348A4特許第5725467号CNPatent103189522BN-メチルアミノ酸及びその他の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチド化合物ライブラリーの翻訳構築と活性種探索法国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent9410148B2EPPatent2615455B1特許第5818237号ペプチドライブラリーの製造方法、ペプチドライブラリー、及びスクリーニング方法国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent10195578B2EPPatent2647720B1特許第6206943号安定化された二次構造を有するペプチド、及びペプチドライブラリー、それらの製造方法国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）中国（登録）USPatent9657289B2USPatent10435439B2EPPatent2647721B1特許第6004399号CNPatent103328648Bペプチドライブラリの製造方法、ペプチドライブラリ、及びスクリーニング方法当社国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent10711268B2EPPatent2995683B1特許第6440055号大環状ペプチド、その製造方法、及び大環状ペプチドライブラリを用いるスクリーニング方法国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（出願中)日本（登録）USPatent10234460B2EP3040417A4特許第6754997号荷電性非タンパク質性アミノ酸含有ペプチドの製造方法当社国立大学法人東京大学米国（登録）欧州（登録）日本（登録）USPatent10745692B2EPPatent3031915B1特許第6357154号Dアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡのＤ及びＴアームの改変国立大学法人東京大学米国（出願中）欧州（出願中）日本（登録）シンガポール（出願中）US2020308572A1EP3699276A1特許第7079018号SG11202003483SAＮ－メチルアミノ酸の取り込みを増強するｔＲＮＡのＴステムの改変国立大学法人東京大学米国（出願中）欧州（出願中）日本（出願中）シンガポール（出願中）WO2021/100833EP4063377A1特開2021-78428SG10202203885P(注)上図の「特許」には特許登録されているものと出願中のものがあります。(3)当社のビジネスモデルについて事業概要に記載のとおり、当社は創薬共同研究開発、PDPS技術ライセンス、戦略的提携/自社創薬、放射性医薬品の研究・開発・製造・販売という複数のビジネスモデルを組み合わせることにより、リスクを分散し成功確率を高めるとともに創薬開発の早期から売上を生み出すことができると考えております。各ビジネスモデルの収益源は下図のとおりです。＜当社における各ビジネスモデルの収益源＞創薬共同研究開発契約は、クライアントからターゲットを受領し、そのターゲットごとにプロジェクトを設定し、順調に研究開発が進み一定のクライテリアを達成した場合「マイルストーンフィー」を受領する設計になっております。さらに、最終的に製品が上市された場合は製品売上金額に対して、一定の料率を乗じて得られる額を「売上ロイヤルティー」として受領する権利を有しております。PDPS技術ライセンスにおいては、クライアントにPDPS技術の非独占的な実施許諾を行い、その対価として「技術ライセンス料（契約一時金）」を受領します。さらにクライアントがPDPSを用いることで創製された医薬品候補化合物についてあらかじめ設定された「マイルストーンフィー」及び上市後の売上高に応じた「売上ロイヤルティー」を受け取ることができます。戦略的提携/自社創薬は自社又は自社と戦略的提携先と共同で研究開発活動を実施し、臨床開発及び事業化のために製薬企業等にライセンスを行うことを目指します。創薬開発事業における典型的な収益項目の例を下表に示します。＜当社における一般的な研究開発の流れと各ステップで発生する可能性のある収益項目＞創薬共同研究開発PDPS技術ライセンス戦略的提携/自社創薬契約一時金〇〇〇研究開発支援金〇非臨床マイルストーンフィーステップ１〇ステップ２〇ステップ３〇〇創薬開発権利金（又は知的財産譲渡）〇臨床開発マイルストーンフィー治験申請提出〇〇第１相・臨床試験開始〇〇〇第２相・臨床試験開始〇〇〇第３相・臨床試験開始〇〇〇新薬承認申請提出〇〇〇米国にて新薬承認〇〇〇欧州にて新薬承認〇〇〇日本にて新薬承認〇〇〇売上ロイヤルティー〇〇〇販売マイルストーンフィー〇〇〇一方、放射性医薬品事業においては国内で販売している放射性医薬品の製品売上を主たるものとし、業務受託によるサービスフィーも受領しております。他社へのライセンスアウト製品が将来上市した際にはマイルストーンフィー・売上ロイヤルティーを受領する権利を有しております。＜用語解説＞*１創薬開発プラットフォームシステム創薬開発において、もととなる医薬品候補化合物を創出するための基盤となる技術をシステムとして機能するようにしたもの。*２特殊環状ペプチド天然の20種類のアミノ酸のみならず、特殊アミノ酸と呼ばれる天然アミノ酸以外のアミノ酸を組み込んだ、一般には６～20アミノ酸残基からなる環状構造のペプチド。*３非天然アミノ酸20種類の天然アミノ酸以外のアミノ酸。*４スクリーニング集団の中から探索条件にあうものを選択すること。*５実施許諾特許の実施権は独占的通常実施権と非独占的通常実施権があり、独占的通常実施権は他社に実施権を付与しない旨の特約がついており、より強い効力を持っている。加えて第三者サブライセンス権を持つことにより、最も強固な特許契約となる。*６ペプチドアミノ酸が２つ以上結合してできた分子の総称。一般のペプチドは６～50アミノ酸残基からなり、さらに大きくなったものがタンパク質と呼称される。*７タンパク・タンパク相互作用生体内のタンパク質分子間に起こる相互作用。PPIと呼ばれる。各種の生理作用が生じるため、PPI阻害剤など創薬ターゲットとして注目されている。*８PDCペプチド-薬物複合体（PeptideDrugConjugate）のことであり、ペプチドと薬理効果を持つ化合物を化学的に結合させた複合体。*９MPC複数の異なるターゲットタンパク質（異なるメカニズム）に対して、それぞれ得られた薬効が異なるペプチド同士を結合し、複数の薬効を１分子で発揮できるペプチド複合体。*10タンパク質Ｘ線結晶構造解析タンパク質の立体構造を解明するために、タンパク質を結晶化させ、Ｘ線を照射したことで得られる反射（回析という）データを基に解析する方法。*11特許ポートフォリオ業界における技術動向を踏まえたうえで。自社が保有する特許群の評価を行い、全体として自社特許群の強み・弱みを分析、判断する際に活用する指標のこと。特許ポートフォリオを利用することで、自社の特許群をさらに強固なものに作り上げることができ、ひいては自社が保有する複数の特許群でさらに強い対外的な守りを作り上げることができる。