La investigación, fue realizada en el Centro de Investigación y Producción Illpa de la Universidad Nacional del Altiplano, ubicado en el distrito de Paucarcolla provincia y Región Puno, a una altitud de 3850 msnm, con el objetivo de evaluar la producción agroecológica de ecotipos de quinua nativa de colores (Chenopodium quinoa Willd.) con la utilización de Microorganismos Eficaces; asimismo, evaluar las características físico químicas y biológicas del suelo al inicio y final del experimento, caracterizar los pigmentos de los ecotipos y comparar los costos de producción. El experimento fue conducido bajo un diseño de bloque completo al azar con un arreglo factorial de 9 x 3 x 2, nueve ecotipos de quinua, tres dosis de Microorganismos Eficaces y dos prácticas agroecológicas (materia orgánica y control ornitológico) haciendo 54 tratamientos en 3 bloques con un total de 162 unidades experimentales. Los análisis de suelo fueron realizados por procedimientos de rutina, el análisis microbiológico, fue realizado mediante recuento en Unidades Formadoras de Colonias de microorganismos. El mejor rendimiento de grano fue con el ecotipo Negra Collana con 3072.17 kg/ ha, con la dosis de 15% de EM y aplicaciones agroecológicas. Hubo un incremento significativo de la microbiología del suelo al final del periodo de cultivo, en bacterias aerobias, levaduras, mohos, lactobacillus y actinomicetos. Los pigmentos caracterizados fueron betacianinas (roja a violeta) y betaxantinas (amarilla a naranja) con predominio de las codificaciones 150 a 159. Los ecotipos Negra Collana y Mistura, con dosis de EM al 15% y aplicaciones agroecológicas tuvieron mayores utilidades netas, rentabilidad y relación B/C

University of the Altiplano, located in the district of Paucarcolla province and Region Puno, located at 3850 m.a.s.l. The aim of this research was to evaluate the agroecological production of quinoa ecotypes of colors (Chenopodium quinoa Willd.) by the use of Effective Microorganisms (EM); to evaluate the physical and chemical characteristics of the soil at the beginning and end of the experiment; to characterize the pigments of the quinoa ecotypes and compare production costs. The experiment was conducted under a randomized complete block design with a factorial arrangement of 9 x 3 x 2, of nine quinoa ecotypes, three doses of EM and two agroecological practices (organic matter and ornithological control) with 54 treatments in 3 blocks and a total of 162 experimental units. The soil analyzes were performed by routine procedures, the microbiological analysis was carried out by counting in colony forming units. The best grain yield was with the Black Collana ecotype with 3072.17 kg / ha, with the dose of 15% of EM and agro-ecological applications. There was a significant increase in soil microbiology at the end of the growing period, in aerobic bacteria, yeasts, molds, lactobacillus and actinomycetes. The characterized pigments were betacyanines (red to violet) and betaxanthins (yellow to orange) with a predominance of 150 to 159 codings. The Black Collana and Mistura ecotypes, with 15% EM doses and agroecological applications had higher net profits, profitability and B/C ratio