Keskustelu:SARS-CoV-2-virusmuunnokset

message: En tiedä onko näillä huomioilla kellekään merkitystä, mutta ehkä se selventää joidenkin lähteiden tulkintaa. Kuvitellaan että viruksen perimä on "CCC UCA UAU CCC UCA" (kirjaimet merkitsevät nukleiinihappoja: C = sytosiini jne.) Aminohappoina ilmaistuna nämä kolmen emäksen ryhmät eli kodonit muuttuu muotoon "P S T P S" (P = proliini jne.).
Aminohappoketjun N-terminaalin aminohappo kirjoitetaan ensiksi ja tässä esimerkissä se on siis proliini (DNA:n/RNA:n kohdalla asiat kirjoitetaan vasemmalta oikealle 5'-päästä 3'-päähän). Jos tapahtuu pistemutaatio ja "P S T P S" muuttuu muotoon "P P T P S", voidaan tämä mutaatio ilmaista muodossa "S2P". Tämä meinaa että 2. aminohappo N-terminaalista lukien on alunperin seriini (S), mutta se on pistemutaation seurauksena muuttunut proliiniksi (P). Aminohappojen kirjainsymbolit on täällä.
Siten esim. "N501Y" meinaa että 501. aminohappo N-terminaalista lukien, joka on alunperin asparagiini (N), on muuttunut tyrosiiniksi (Y). Deleetio-mutaatiossa aminohappoja on poistunut tiettyjen aminohappojen väliltä, ja niissä saatetaan käyttää deltaa (Δ) tän symbolina. Aminohappoja voi tulla myös lisää, jolloin kyse on insertio-mutaatiosta. Näitä symboleita on lisää täällä. 5-HT2AR (keskustelu) 26. helmikuuta 2021 kello 21.42 (EET)
replies: text: Kiitos huomiosta, linkistä ja ensikorjauksista. Otsikkoa laajemmin: Aloitin toissapäivänä ajankohtaisen artikkelin kääntämisen lähinnä enwikin pohjalta sisältöä samalla osittain ajantasaistaen/sovittaen fiwikin tarpeisiin. Kaikki ei siirry valitettavasti edes teknisesti toisesta wikistä suoraan fiwikiin. Siinä vaiheessa kun väsymys oli jo vienyt voiton wikipedististä, päätin silti laittaa ensimmäisen version jakeluun. Käännettävästä leipätekstistä (enwikiä, muita wikejä ja muutamaa viitettä apuna käyttäen) huomattava osa eli virusmuunnokset, tärkeimpien mutaatioiden kuvaus - sisältäen niiden arvioidut kliiniset vaikutukset ja vaikutukset rokotteiden toimivuuteen - oli ja on yhä tällä hetkellä lisäämättä fiwikin artikkeliin. Teknisesti ja kielellisesti parampi lähestyminen olisi ehkä ollut muokata tekstiä useampi päivä hiekkalaatikolla valmiimmaksi. Edes kaikkia viitteistyksen bugeja ei oltu korjattu julkaisuhetkellä. Osin keskeneräisen mutta hieman ajantasaistetun (yhteenvetotaulukon) käännöksen julkaisumme saattoi liipaista enkkuwikiä täydentämään sisälöään (esim. lisäsivät muunnoksen B.1.525). Jotkut työstövaiheen sisällön kummallisuudesta on nopean käännösyrityksen seurausta (monia lähdeviitteitä ei ole tässä vaiheessa luettu tai edes enemmälti silmäilty läpi), osa juontuu alkuperäisen tekstin ilmaisujen hämäryydestä. Sisältöä on hyvä selventää selkeän tietokirjoittamisen keinoin, fakkitietoa tietosanakirjamaisemmaksi muokaten ja oleellista epäoleellisesta esiinnostaen. On hyvä jos minua enemmän biokemiaa taitavat käyvät sisältöä ja suomennusta läpi. Tiedekirjastojen/yleislainaamoiden koronakiinniolo on hankaloittanut lähdeteosten saamista ja niissä työskentelyä. Jotain kyllä löytää sähköisenäkin. Toivottavasti pääsen täydentelemään nyt uupuvia kohtia alkaneena viikonloppuna. Alkuun metsästän viitebugeja.--Paju (keskustelu) 27. helmikuuta 2021 kello 01.04 (EET)
replies: text: :Enkkuwikissä todetaan nyt selvennystä kaipaavasta taulukosta "This table is an adaptation and expansion of Alm et al., figure 1". En ole vielä käännösvaiheessa avannut tätä enempää muun muassa, koska en ole vielä tutustunut syvällisemmin Almin artikkeliin. Ja artikkelista ei ilmeisesti löydä kaikkea taulukon sisältöä, jos kyseessä on Almin taulukon mukaelma ja laajennettu esitys. --Paju (keskustelu) 27. helmikuuta 2021 kello 01.04 (EET)
replies: text: ::Voitko merkitä lähteet? Esim. "Toisessa lähteessä GISAID mainitsee 7 kladia ilman O kladia, mutta sisätäen GV kladin." ei viittaa mihinkään, eikä "According to the WHO, "[l]ineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor"." ja on yhä epäselvää, että mihin "Taulukko on muunnelma ja laajennus Alm et al. kuvasta 1 (2020)." viittaa. Lisäksi suomenkielisessä Wikipediassa kannattaa käyttää suomenkielisen wikipedian lähdeviitemallinteita. Englanninkielisestä wikipediasta voi kääntää, mutta lähdekritiikkiä kannattaa käyttää (käyttää luotettavia lähteitä, mutta myös lukea itse kukin viitattu lähde), sillä eng. wikiin kirjoittavatkin tekevät virheitä. Jos taas ei ymmärrä jotain lähdettä (vaikuttaa esim. ettei siinä ole väitettyä asiaa/homma on liian tekninen), kannattaa kysyä tai etsiä korvaava lähde jonka sisällön ja merkityksen itse tajuaa. 5-HT2AR (keskustelu) 4. maaliskuuta 2021 kello 18.39 (EET)
thread_title: Mutaatioista