Keskustelu:GFAJ-1

message: Perustuuko siis arseenin myrkyllisyys juuri siihen, että arsenaatilla on taipumus korvata fosfaatti elävissä soluissa? --Höyhens 3. joulukuuta 2010 kello 11.39 (EET)
replies: text: Näin olen ymmärtänyt, ja tämä GFAJ-1 -veijari on poikkeus. --Alcedoatthis 3. joulukuuta 2010 kello 11.43 (EET)
replies: text: :Koska se ei ole paikassa, jossa se joutuisi normaaliolosuhteisen veden kanssa tekemisiin eikä näin ollen liukene hajottaen kudoksia. Onko tämä liian omaa tutkimusta lisättäväksi artikkeliin arseeni? Sinne kuuluisi nimenomaan biokemiallinen selitys alkuaineen myrkyllisyydestä. --Höyhens 3. joulukuuta 2010 kello 11.48 (EET)

text: :Ainakin - bakteereilla se haittaa monenlaisia solukalvon ja ATP:n tehtäviä, aminohapposynteesia/-aineenvaihduntaa , myös eläimillä. Mutageeninen/Genotoksinen, vahingoittaa suoraan DNAta/aiheuttaa DNA-solmuja.  --(λ (?) (!)) 3. joulukuuta 2010 kello 11.50 (EET)
replies: text: ::Tohdimmeko siis laittaa sen artikkeliin arseeni? --Höyhens 3. joulukuuta 2010 kello 11.52 (EET)
replies: text: :::"At the level of the citric acid cycle, arsenic inhibits pyruvate dehydrogenase and by competing with phosphate it uncouples oxidative phosphorylation, thus inhibiting energy-linked reduction of NAD+, mitochondrial respiration, and ATP synthesis" en:Arsenic_toxicity --(λ (?) (!)) 3. joulukuuta 2010 kello 11.53 (EET)
replies: text: ::::enwikissä on näköjään tosiaan ainoana ihan artikkeli aiheesta ja lähteistettykin aika tehokkaasti. Sillä mennään. --Höyhens 3. joulukuuta 2010 kello 12.45 (EET)

text: Muokkasin vähän artikkelia: vieraslaji ei tarkoita alienia, vaan vaikka tiikeriä Suomessa ja tarkensin hiukan evoluutiojuttua. Lähteen sanoma nimittäin on se, että tämä ötökkä on samaa alkujuurta kuin kaikki muutkin maapallon organismit (samaa evoluutiopuuta), eli se jakaa esi-isän muidenkin bakteerien kanssa. Kyseessä ei ole siis tilanne, jossa kaveri olisi ihan oman kehityslinjansa tulos (oman evoluutiopuunsa) eikä yhdenkään nykyisen tunnetun bakteerin sukulainen. --albval(keskustelu) 3. joulukuuta 2010 kello 12.59 (EET)
replies: text: :Niin. Muuten ihan kiva, mutta noinhan tutkija taas ei sanonut. --(λ (?) (!)) 3. joulukuuta 2010 kello 13.27 (EET) 3. joulukuuta 2010 kello 13.26 (EET)
replies: text: ::Ei, vaan juuri noin hän sanoi. Mikä tuossa nyt on vikana? Guardianin artikkelia luen. --albval(keskustelu) 3. joulukuuta 2010 kello 13.31 (EET)
replies: text: ::: Alkuperäisjulkaisun mukaan "Currently this isolate, strain GFAJ-1 identified by 16S rRNA sequence phylogeny as a member of the Halomonadaceae family of Gammaproteobacteria", mistä välittömästi seuraa sen kuuluminen samaan evoluutiopuuhun maapallon muun elämän kanssa. Tuollainen nimetyn tutkijan siteeraminen näyttää hassulta. --Xepheid 3. joulukuuta 2010 kello 13.38 (EET)
replies: text: ::::Eli periaatteessa riittäisi vain, kun sanoisi että "Vaikka GFAJ-1 voi elää fosforilla tai arseenilla, se kuitenkin kuuluu samaan evolutiiviseen kehityslinjaan kuin kaikki muutkin maapallolla elävät eliöt." Vai tarvitaanko tuota evoluutiopuu-termiä jossain tässä? --albval(keskustelu) 3. joulukuuta 2010 kello 13.44 (EET)
replies: text: :::::Eipä sitä tarvi. Kunhan nyt käy ilmi, että (toisin kuin vielä eilen spekuloitiin) tämä kaveri jakaa yhteisen alkuperän muun eliökunnan kanssa. Bakteereilla tuo "puu" on ymmärtääkseni muutenkin vähän kyseenalainen ilmaus. --Xepheid 3. joulukuuta 2010 kello 13.51 (EET)
replies: text: ::::::Maailmankuvaani tämä sopii kuin nenä päähän. Totta -----sa tämä mikrobi on kehittynyt maapallolla ja muuntunut olosuhteisiinsa soveliaaksi. Sillä on kuitenkin läpimurtava merkitys ajatukselle että elämää voisi syntyäkin muuten kuin fosforilla, joskin täte se olisi monin verroin helpompaa kunhan on olosuhteet. Ei tämä tarvi alieneja mutta se on yksi osoitus maapallon elämäntavasta poikkeavankin elämän olemassaolosta. Ainakin siihen suuntaan. Todisteeksi se ei tietenkään kuitenkaariitä. ––Höyhens 4. joulukuuta 2010 kello 04.58 (EET)

message: Nyt katosi jonnekin tutkimusta kohtaan esitetty kritiikki. Kuten artikkelista aikaisemmin selvisi, ei tämän tutkimuksen perusteella voi tietää onko kyseessä vähällä fosforilla selviytyvä arseeninsietoinen bakteerilaji vaiko todellakin arseenilla fosforin sijaan selviytyvä bakteerilaji. Tutkimuksessa yksinkertaisesti löydettiin arseenia 200 mikromoolin arseenipitoisuudessa kasvaneen bakteerin eri solufraktioista.
Kritiikki tulisi palauttaa artikkeliin. Tällaisenaan se rikkoo WP:NN henkeä. --(λ (?) (!)) 4. joulukuuta 2010 kello 08.14 (EET)
replies: text: Niinpäs on kadotettu tällä  muokkauksella. Uskon NASAn tutkijoiden olevan itsekin kriittisiä työssään, mutta on toi nyt syytä palauttaa, mutta ehkä tämä on sen verran herkkä aihe että muokkaussotiakin voi tulla, käyttäjä Xepheidiä en kuitenkaan ainakaan vielä syytä mistään. --Höyhens 4. joulukuuta 2010 kello 13.48 (EET)
thread_title:  Bias 

message: Tähän väliin perustelua ylläolevalle kommentilleni. Miten kritiikkiä tulisi artikkelissa esittää, lähteistämisestä puhumattakaan, en ota vielä kantaa.
Tuolla, http://scienceblogs.com/webeasties/2010/12/guest_post_arsenate-based_dna.php, on listattu eri hyvin näitä ongelmakohtia, tai joku sanoisi suoraan "hypeä", valottava artikkeli (tai blogiposti). Se listaa monta hyvää syytä miksi tämä tutkimus ei oikein vielä selvitä/todista mitään. --(λ (?) (!)) 13. tammikuuta 2011 kello 18.14 (EET)
replies: text: Tai no, ehkä tuota voisi suoraan käyttää lähteenä, olettaen että pidetään Harvardissa ja Scientific Americanille työskentelevää mikrobiologian tohtoria lainaavaa blogipostia merkittävänä lähteenä, olipa sen kommenteissa myös tämä http://www.cbc.ca/technology/story/2010/12/06/arsenic-microbe-dna-nasa-wolfe-simon.html --(λ (?) (!)) 13. tammikuuta 2011 kello 18.22 (EET)
replies: text: :Löytyypä vielä tämäkin: This study should never have been published --(λ (?) (!)) 14. tammikuuta 2011 kello 11.43 (EET)
thread_title:  Tutkimuksen kyseenalaista statusta valottava artikkeli 

message: Voisi vihdoin päivittää nämä. Kuten osoitin aiemmin, artikkeli epäneutraalissa tilassa, bias. Nature kertaa uudessa artikkelissa kritiikin.  
Kuten aikaisemmin huomautin, ei voida todeta että bakteeri selviäisi arseenilla, ei ainakaan tieteellisten todisteiden valossa. Voidaan ehkä todeta että "Media X sanoi niin". Eri lähteistä mm. "the authors used flawed methods to calculate the ratios of arsenic and phosphorus in their growth media", "does not support the more exceptional claim that As replaces the functions of P".
Kuten toisaalla Fi.Wikipediassa, tässäkin yksinkertainen argumentaatiovirhe johtanut höpö höpöön: "This as an entirely a 'we were right' response, and that's a bad sign in science." --(λ (?) (!)) 28. toukokuuta 2011 kello 15.35 (EEST)
replies: text: Jostain syystä on Gopasen mielestä kiellettyä kertoa miksi en muokkaa itse, joten hän sensuroi tästä kommenttejani.  En muokkaa muutoksia itse artikkeliin monissa artikkeleissa ja keskustelusivullani esiintyneiden syytösten vuoksi, niistä seuranneen sensuurin ja perusteettomien estojen vuoksi (koska, en halua joutua enää sensuurin ja vapauteeni kohdistuvan väkivallan kohteeksi). :)

text: Ehkä joku muu uskaltaa silti muokata artikkelia. --(λ (?) (!)) 28. toukokuuta 2011 kello 15.49 (EEST)
replies: text: :Tällä sivulla keskustellaan artikkelista. Näkemykset muista asioista toisaalle. Gopase+f 28. toukokuuta 2011 kello 15.58 (EEST)
replies: text: ::Hyvä, asia nyt selvä kaikille. Kiinnostaisiko Gopasea lisätä ym. totuusarvoja artikkeliin, tai ainakin korjata sen sisältämän virheellisen väitteen siitä että olisi osoitettu että aineenvaihdunnassa toimii arseeni? --(λ (?) (!)) 28. toukokuuta 2011 kello 16.02 (EEST)
replies: text: :::En ajatellut muokata artikkelia. Gopase+f 28. toukokuuta 2011 kello 16.06 (EEST)
thread_title:  Mediahölynpölyä