উপাঞ্চল (অনাক্রম্যতন্ত্র)

মানব অনাক্রম্যতন্ত্রের আলোচনায় উপাঞ্চল বা প্রত্যুৎপাদকীয় নির্ধারক বলতে কোনও প্রত্যুৎপাদকের সেই প্রোটিন অংশটিকে বোঝায়, যে অংশটিকে অনাক্রম্যতন্ত্রের প্রতিরক্ষিকা, বি কোষ বা টি কোষগুলি শনাক্ত করতে পারে। প্রতিরক্ষিকাগুলি এই উপাঞ্চলটির সাথে আবদ্ধ হতে পারে। প্রতিরক্ষিকার যে অংশটি উপাঞ্চলের সাথে আবদ্ধ হয়, সেটিকে ঐ প্রতিরক্ষিকার পরাঞ্চল বলে। সাধারণত উপাঞ্চলগুলি বহির্জাত প্রত্যুৎপাদকের প্রোটিন অংশ হয়ে থাকে। তবে স্বতঃঅনাক্রম্য রোগের ক্ষেত্রে অনাক্রম্যতন্ত্রের কোষগুলি পোষকদেহের নিজস্ব কোষের প্রোটিনকেই ভুলবশত উপাঞ্চল হিসেবে শনাক্ত করতে পারে। গাঠনিক কাঠামো ও পরাঞ্চলের সাথে আন্তঃক্রিয়ার উপর ভিত্তি করে প্রোটিন প্রত্যুৎপাদকগুলির উপাঞ্চলগুলিকে দুইটি শ্রেণীতে বিভক্ত করা হয়; এগুলি হল অনুরূপী উপাঞ্চল এবং রৈখিক উপাঞ্চল। অনুরূপী ও রৈখিক উপাঞ্চলগুলি উপাঞ্চলগুলির ত্রিমাত্রিক অনুরূপিতা অনুযায়ী পরাঞ্চলের সাথে আন্তঃক্রিয়া সম্পাদন করে, যে ব্যাপারটি সংশ্লিষ্ট উপাঞ্চলের অবশিষ্টাংশসমূহের পৃষ্ঠতলীয় বৈশিষ্ট্যাবলি ও প্রত্যুৎপাদকের অন্যান্য খণ্ডসমূহের আকৃতি বা তৃতীয়-পর্যায়ের কাঠামো দ্বারা নির্ধারিত হয়। পরস্পর অসংলগ্ন অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশগুলির আন্তঃক্রিয়ার ফলে গৃহীত ত্রিমাত্রিক অনুরূপিতা দ্বারা অনুরূপী উপাঞ্চল গঠিত হয়। এর বিপরীতে, পরস্পর সংলগ্ন অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশগুলির আন্তঃক্রিয়ার ফলে গৃহীত ত্রিমাত্রিক অনুরূপিতা দ্বারা রৈখিক উপাঞ্চল গঠিত হয়। একটি রৈখিক উপাঞ্চল কেবলমাত্র সংশ্লিষ্ট অ্যামিনো অ্যাসিডগুলির প্রাথমিক কাঠামো দ্বারাই নির্ধারিত হয় না। ঐ ধরনের অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশগুলিকে অন্যান্য যে অবশিষ্টাংশগুলি ঘিরে থাকে, এবং অপেক্ষাকৃত দূরবর্তী অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশগুলিও উপাঞ্চলের ত্রিমাত্রিক উপরূপিতা গ্রহণের ক্ষমতাকে প্রভাবিত করে। ৯০% উপাঞ্চল অনুরূপী শ্রেণীর হয়ে থাকে। অনাক্রম্যতন্ত্র - immune system অনুরূপী উপাঞ্চল - conformational epitope অবশিষ্টাংশ - residues অসংলগ্ন - discontiguous অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ - amino acid residue উপাঞ্চল - epitope খণ্ডাংশ - segment টি কোষ - T cell তৃতীয়-পর্যায়ের কাঠামো - tertiary structure ত্রিমাত্রিক অনুরূপিতা - 3-D conformation পরাঞ্চল - paratope পৃষ্ঠতলীয় বৈশিষ্ট্য - surface feature পোষক - host প্রতিরক্ষিকা - antibody প্রত্যুৎপাদক - antigen প্রত্যুৎপাদকীয় নির্ধারক - antigenic determinant প্রাথমিক কাঠামো - primary structure প্রোটিন - protein বহির্জাত - exogenous বি কোষ - B cell রৈখিক উপাঞ্চল - linear epitope সংলগ্ন - contiguous স্বতঃঅনাক্রম্য রোগ - autoimmune diseases গুপ্তাঞ্চল Mahmoudi Gomari, Mohammad; Saraygord-Afshari, Neda; Farsimadan, Marziye; Rostami, Neda; Aghamiri, Shahin; Farajollahi, Mohammad M. (১ ডিসেম্বর ২০২০)। "Opportunities and challenges of the tag-assisted protein purification techniques: Applications in the pharmaceutical industry"। Biotechnology Advances। 45: 107653। এসটুসিআইডি 226276355। ডিওআই:10.1016/j.biotechadv.2020.107653। পিএমআইডি 33157154 |pmid= এর মান পরীক্ষা করুন (সাহায্য)।  Huang J, Honda W (এপ্রিল ২০০৬)। "CED: a conformational epitope database"। BMC Immunology। 7: 7। ডিওআই:10.1186/1471-2172-7-7। পিএমআইডি 16603068। পিএমসি 1513601 ।  Anfinsen CB (জুলাই ১৯৭৩)। "Principles that govern the folding of protein chains"। Science। 181 (4096): 223–30। ডিওআই:10.1126/science.181.4096.223। পিএমআইডি 4124164। বিবকোড:1973Sci...181..223A।  Bergmann CC, Tong L, Cua R, Sensintaffar J, Stohlman S (আগস্ট ১৯৯৪)। "Differential effects of flanking residues on presentation of epitopes from chimeric peptides"। Journal of Virology। 68 (8): 5306–10। ডিওআই:10.1128/JVI.68.8.5306-5310.1994। পিএমআইডি 7518534। পিএমসি 236480 ।  Bergmann CC, Yao Q, Ho CK, Buckwold SL (অক্টোবর ১৯৯৬)। "Flanking residues alter antigenicity and immunogenicity of multi-unit CTL epitopes"। Journal of Immunology। 157 (8): 3242–9। পিএমআইডি 8871618।  Briggs S, Price MR, Tendler SJ (১৯৯৩)। "Fine specificity of antibody recognition of carcinoma-associated epithelial mucins: antibody binding to synthetic peptide epitopes"। European Journal of Cancer। 29A (2): 230–7। ডিওআই:10.1016/0959-8049(93)90181-E। পিএমআইডি 7678496।  Craig L, Sanschagrin PC, Rozek A, Lackie S, Kuhn LA, Scott JK (আগস্ট ১৯৯৮)। "The role of structure in antibody cross-reactivity between peptides and folded proteins"। Journal of Molecular Biology। 281 (1): 183–201। ডিওআই:10.1006/jmbi.1998.1907। পিএমআইডি 9680484।  Antibodies bind to conformational shapes on the surfaces of antigens (Janeway Immunobiology Section 3.8) Antigens can bind in pockets or grooves, or on extended surfaces in the binding sites of antibodies (Janeway Immunobiology Figure 3.8) Rubinstein ND, Mayrose I, Martz E, Pupko T (সেপ্টেম্বর ২০০৯)। "Epitopia: a web-server for predicting B-cell epitopes"। BMC Bioinformatics। 10: 287। ডিওআই:10.1186/1471-2105-10-287। পিএমআইডি 19751513। পিএমসি 2751785 ।  Rubinstein ND, Mayrose I, Pupko T (ফেব্রুয়ারি ২০০৯)। "A machine-learning approach for predicting B-cell epitopes"। Molecular Immunology। 46 (5): 840–7। ডিওআই:10.1016/j.molimm.2008.09.009। পিএমআইডি 18947876।  Saravanan V, Gautham N (অক্টোবর ২০১৫)। "Harnessing Computational Biology for Exact Linear B-Cell Epitope Prediction: A Novel Amino Acid Composition-Based Feature Descriptor"। Omics। 19 (10): 648–58। ডিওআই:10.1089/omi.2015.0095। পিএমআইডি 26406767।  Singh H, Ansari HR, Raghava GP (২০১৩)। "Improved method for linear B-cell epitope prediction using antigen's primary sequence"। PLOS ONE। 8 (5): e62216। ডিওআই:10.1371/journal.pone.0062216 । পিএমআইডি 23667458। পিএমসি 3646881 । বিবকোড:2013PLoSO...862216S।  MHCBN: A database of MHC/TAP binder and T-cell epitopes Bcipep: A database of B-cell epitopes SYFPEITHI – First online database of T cell epitopes IEDB – Database of T and B cell epitopes with annotation of recognition context – NIH funded ANTIJEN – T and B cell epitope database at the Jenner institute, UK IMGT/3Dstructure-DB – Three-dimensional structures of B and T cell epitopes with annotation of IG and TR – IMGT, Montpellier, France SEDB: A Structural Epitope Database – Pondicheery University, DIT funded