Kaggle competition: COVID-19 diagnostic
tt = train.groupby(['Country_Region'])['ConfirmedCases'].sum().sort_values(ascending=False)
<import_modules>
train = pd.read_csv("/kaggle/input/covid-diagnostic/covid_19_train.csv")
 test = pd.read_csv("/kaggle/input/covid-diagnostic/covid_19_test.csv")
 submission = pd.read_csv("/kaggle/input/covid-diagnostic/covid_19_submission.csv" )
print(type(tt))
print(tt[:,0])
<sort_values>
y = train["covid_19"].values
y
train.groupby(['Country_Region'])['Fatalities'].sum().sort_values(ascending=False )<sort_values>
df = pd.concat([train, test])
 df.shape
train[train['Province_State'].isna() ==True].groupby(['Country_Region'] ).sum().sort_values(by='ConfirmedCases',ascending=False)
<define_variables>
df.isna().mean(0 ).values
map_state = {'US':'United States',
'Congo(Kinshasa)':' Congo',
'Congo(Brazzaville)':'Congo',
'Timor Leste':'East Timor',
'Korea, South':'South Korea',
'Cote d'Ivoire':'Ivory Coast',
'Eswatini':'Swaziland',
'Holy See':'Vatican City',
'Jersey':'United Kingdom',
'Taiwan*':'Taiwan',
'occupied Palestinian territory':'Palestine'
}<define_variables>
df = df.drop(( df.isna().mean(0)).index[df.isna().mean(0)> 0.95].values, axis = 'columns' )
train.loc[train['Country_Region']=='US',['Country_Region']]='United States' 
<categorify>
df.groupby('age_quantile' ).agg({'Platelets': np.median} )
data = [train,test]
for dataset in data:
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='US',['Country_Region']]='United States'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Congo(Kinshasa)',['Country_Region']]='Democratic Republic of the Congo'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Congo(Brazzaville)',['Country_Region']]='Democratic Republic of the Congo'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Timor-Leste',['Country_Region']]='East Timor'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Korea, South',['Country_Region']]='South Korea'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Eswatini',['Country_Region']]='Swaziland'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Holy See',['Country_Region']]='Vatican City'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Jersey',['Country_Region']]='United Kingdom'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Taiwan*',['Country_Region']]='Taiwan'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='occupied Palestinian territory',['Country_Region']]='Palestine'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Czechia',['Country_Region']]='Czech Republic'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='North Macedonia',['Country_Region']]='Macedonia'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Ireland',['Country_Region']]='Republic of Ireland'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Gambia',['Country_Region']]='The Gambia'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Netherlands',['Country_Region']]='Kingdom of the Netherlands'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Cabo Verde',['Country_Region']]='Cape Verde'
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='China',['Country_Region']]="People's Republic of China"
dataset.loc[dataset['Country_Region']=='Brunei',['Country_Region']]='Brunei Darussalam' 
<define_variables>
df['Platelets_gr'] = df['Platelets'] - df.groupby('age_quantile')['Platelets'].transform(np.median )
countries = [
{'timezones': ['Europe/Andorra'], 'code': 'AD', 'continent': 'Europe', 'name': 'Andorra', 'capital': 'Andorra la Vella'},
{'timezones': ['Asia/Kabul'], 'code': 'AF', 'continent': 'Asia', 'name': 'Afghanistan', 'capital': 'Kabul'},
{'timezones': ['America/Antigua'], 'code': 'AG', 'continent': 'North America', 'name': 'Antigua and Barbuda', 'capital': "St.John's"},
{'timezones': ['Europe/Tirane'], 'code': 'AL', 'continent': 'Europe', 'name': 'Albania', 'capital': 'Tirana'},
{'timezones': ['Asia/Yerevan'], 'code': 'AM', 'continent': 'Asia', 'name': 'Armenia', 'capital': 'Yerevan'},
{'timezones': ['Africa/Luanda'], 'code': 'AO', 'continent': 'Africa', 'name': 'Angola', 'capital': 'Luanda'},
{'timezones': ['America/Argentina/Buenos_Aires', 'America/Argentina/Cordoba', 'America/Argentina/Jujuy', 'America/Argentina/Tucuman', 'America/Argentina/Catamarca', 'America/Argentina/La_Rioja', 'America/Argentina/San_Juan', 'America/Argentina/Mendoza', 'America/Argentina/Rio_Gallegos', 'America/Argentina/Ushuaia'], 'code': 'AR', 'continent': 'South America', 'name': 'Argentina', 'capital': 'Buenos Aires'},
{'timezones': ['Europe/Vienna'], 'code': 'AT', 'continent': 'Europe', 'name': 'Austria', 'capital': 'Vienna'},
{'timezones': ['Australia/Lord_Howe', 'Australia/Hobart', 'Australia/Currie', 'Australia/Melbourne', 'Australia/Sydney', 'Australia/Broken_Hill', 'Australia/Brisbane', 'Australia/Lindeman', 'Australia/Adelaide', 'Australia/Darwin', 'Australia/Perth'], 'code': 'AU', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Australia', 'capital': 'Canberra'},
{'timezones': ['Asia/Baku'], 'code': 'AZ', 'continent': 'Asia', 'name': 'Azerbaijan', 'capital': 'Baku'},
{'timezones': ['America/Barbados'], 'code': 'BB', 'continent': 'North America', 'name': 'Barbados', 'capital': 'Bridgetown'},
{'timezones': ['Asia/Dhaka'], 'code': 'BD', 'continent': 'Asia', 'name': 'Bangladesh', 'capital': 'Dhaka'},
{'timezones': ['Europe/Brussels'], 'code': 'BE', 'continent': 'Europe', 'name': 'Belgium', 'capital': 'Brussels'},
{'timezones': ['Africa/Ouagadougou'], 'code': 'BF', 'continent': 'Africa', 'name': 'Burkina Faso', 'capital': 'Ouagadougou'},
{'timezones': ['Europe/Sofia'], 'code': 'BG', 'continent': 'Europe', 'name': 'Bulgaria', 'capital': 'Sofia'},
{'timezones': ['Asia/Bahrain'], 'code': 'BH', 'continent': 'Asia', 'name': 'Bahrain', 'capital': 'Manama'},
{'timezones': ['Africa/Bujumbura'], 'code': 'BI', 'continent': 'Africa', 'name': 'Burundi', 'capital': 'Bujumbura'},
{'timezones': ['Africa/Porto-Novo'], 'code': 'BJ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Benin', 'capital': 'Porto-Novo'},
{'timezones': ['Asia/Brunei'], 'code': 'BN', 'continent': 'Asia', 'name': 'Brunei Darussalam', 'capital': 'Bandar Seri Begawan'},
{'timezones': ['America/La_Paz'], 'code': 'BO', 'continent': 'South America', 'name': 'Bolivia', 'capital': 'Sucre'},
{'timezones': ['America/Noronha', 'America/Belem', 'America/Fortaleza', 'America/Recife', 'America/Araguaina', 'America/Maceio', 'America/Bahia', 'America/Sao_Paulo', 'America/Campo_Grande', 'America/Cuiaba', 'America/Porto_Velho', 'America/Boa_Vista', 'America/Manaus', 'America/Eirunepe', 'America/Rio_Branco'], 'code': 'BR', 'continent': 'South America', 'name': 'Brazil', 'capital': 'Bras\xc3\xadlia'},
{'timezones': ['America/Nassau'], 'code': 'BS', 'continent': 'North America', 'name': 'Bahamas', 'capital': 'Nassau'},
{'timezones': ['Asia/Thimphu'], 'code': 'BT', 'continent': 'Asia', 'name': 'Bhutan', 'capital': 'Thimphu'},
{'timezones': ['Africa/Gaborone'], 'code': 'BW', 'continent': 'Africa', 'name': 'Botswana', 'capital': 'Gaborone'},
{'timezones': ['Europe/Minsk'], 'code': 'BY', 'continent': 'Europe', 'name': 'Belarus', 'capital': 'Minsk'},
{'timezones': ['America/Belize'], 'code': 'BZ', 'continent': 'North America', 'name': 'Belize', 'capital': 'Belmopan'},
{'timezones': ['America/St_Johns', 'America/Halifax', 'America/Glace_Bay', 'America/Moncton', 'America/Goose_Bay', 'America/Blanc-Sablon', 'America/Montreal', 'America/Toronto', 'America/Nipigon', 'America/Thunder_Bay', 'America/Pangnirtung', 'America/Iqaluit', 'America/Atikokan', 'America/Rankin_Inlet', 'America/Winnipeg', 'America/Rainy_River', 'America/Cambridge_Bay', 'America/Regina', 'America/Swift_Current', 'America/Edmonton', 'America/Yellowknife', 'America/Inuvik', 'America/Dawson_Creek', 'America/Vancouver', 'America/Whitehorse', 'America/Dawson'], 'code': 'CA', 'continent': 'North America', 'name': 'Canada', 'capital': 'Ottawa'},
{'timezones': ['Africa/Kinshasa', 'Africa/Lubumbashi'], 'code': 'CD', 'continent': 'Africa', 'name': 'Democratic Republic of the Congo', 'capital': 'Kinshasa'},
{'timezones': ['Africa/Brazzaville'], 'code': 'CG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Republic of the Congo', 'capital': 'Brazzaville'},
{'timezones': ['Africa/Abidjan'], 'code': 'CI', 'continent': 'Africa', 'name': "Cote d'Ivoire", 'capital': 'Yamoussoukro'},
{'timezones': ['America/Santiago', 'Pacific/Easter'], 'code': 'CL', 'continent': 'South America', 'name': 'Chile', 'capital': 'Santiago'},
{'timezones': ['Africa/Douala'], 'code': 'CM', 'continent': 'Africa', 'name': 'Cameroon', 'capital': 'Yaound\xc3\xa9'},
{'timezones': ['Asia/Shanghai', 'Asia/Harbin', 'Asia/Chongqing', 'Asia/Urumqi', 'Asia/Kashgar'], 'code': 'CN', 'continent': 'Asia', 'name': "People's Republic of China", 'capital': 'Beijing'},
{'timezones': ['America/Bogota'], 'code': 'CO', 'continent': 'South America', 'name': 'Colombia', 'capital': 'Bogot\xc3\xa1'},
{'timezones': ['America/Costa_Rica'], 'code': 'CR', 'continent': 'North America', 'name': 'Costa Rica', 'capital': 'San Jos\xc3\xa9'},
{'timezones': ['America/Havana'], 'code': 'CU', 'continent': 'North America', 'name': 'Cuba', 'capital': 'Havana'},
{'timezones': ['Atlantic/Cape_Verde'], 'code': 'CV', 'continent': 'Africa', 'name': 'Cape Verde', 'capital': 'Praia'},
{'timezones': ['Asia/Nicosia'], 'code': 'CY', 'continent': 'Asia', 'name': 'Cyprus', 'capital': 'Nicosia'},
{'timezones': ['Europe/Prague'], 'code': 'CZ', 'continent': 'Europe', 'name': 'Czech Republic', 'capital': 'Prague'},
{'timezones': ['Europe/Berlin'], 'code': 'DE', 'continent': 'Europe', 'name': 'Germany', 'capital': 'Berlin'},
{'timezones': ['Africa/Djibouti'], 'code': 'DJ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Djibouti', 'capital': 'Djibouti City'},
{'timezones': ['Europe/Copenhagen'], 'code': 'DK', 'continent': 'Europe', 'name': 'Denmark', 'capital': 'Copenhagen'},
{'timezones': ['America/Dominica'], 'code': 'DM', 'continent': 'North America', 'name': 'Dominica', 'capital': 'Roseau'},
{'timezones': ['America/Santo_Domingo'], 'code': 'DO', 'continent': 'North America', 'name': 'Dominican Republic', 'capital': 'Santo Domingo'},
{'timezones': ['America/Guayaquil', 'Pacific/Galapagos'], 'code': 'EC', 'continent': 'South America', 'name': 'Ecuador', 'capital': 'Quito'},
{'timezones': ['Europe/Tallinn'], 'code': 'EE', 'continent': 'Europe', 'name': 'Estonia', 'capital': 'Tallinn'},
{'timezones': ['Africa/Cairo'], 'code': 'EG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Egypt', 'capital': 'Cairo'},
{'timezones': ['Africa/Asmera'], 'code': 'ER', 'continent': 'Africa', 'name': 'Eritrea', 'capital': 'Asmara'},
{'timezones': ['Africa/Addis_Ababa'], 'code': 'ET', 'continent': 'Africa', 'name': 'Ethiopia', 'capital': 'Addis Ababa'},
{'timezones': ['Europe/Helsinki'], 'code': 'FI', 'continent': 'Europe', 'name': 'Finland', 'capital': 'Helsinki'},
{'timezones': ['Pacific/Fiji'], 'code': 'FJ', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Fiji', 'capital': 'Suva'},
{'timezones': ['Europe/Paris'], 'code': 'FR', 'continent': 'Europe', 'name': 'France', 'capital': 'Paris'},
{'timezones': ['Africa/Libreville'], 'code': 'GA', 'continent': 'Africa', 'name': 'Gabon', 'capital': 'Libreville'},
{'timezones': ['Asia/Tbilisi'], 'code': 'GE', 'continent': 'Asia', 'name': 'Georgia', 'capital': 'Tbilisi'},
{'timezones': ['Africa/Accra'], 'code': 'GH', 'continent': 'Africa', 'name': 'Ghana', 'capital': 'Accra'},
{'timezones': ['Africa/Banjul'], 'code': 'GM', 'continent': 'Africa', 'name': 'The Gambia', 'capital': 'Banjul'},
{'timezones': ['Africa/Conakry'], 'code': 'GN', 'continent': 'Africa', 'name': 'Guinea', 'capital': 'Conakry'},
{'timezones': ['Europe/Athens'], 'code': 'GR', 'continent': 'Europe', 'name': 'Greece', 'capital': 'Athens'},
{'timezones': ['America/Guatemala'], 'code': 'GT', 'continent': 'North America', 'name': 'Guatemala', 'capital': 'Guatemala City'},
{'timezones': ['America/Guatemala'], 'code': 'HT', 'continent': 'North America', 'name': 'Haiti', 'capital': 'Port-au-Prince'},
{'timezones': ['Africa/Bissau'], 'code': 'GW', 'continent': 'Africa', 'name': 'Guinea-Bissau', 'capital': 'Bissau'},
{'timezones': ['America/Guyana'], 'code': 'GY', 'continent': 'South America', 'name': 'Guyana', 'capital': 'Georgetown'},
{'timezones': ['America/Tegucigalpa'], 'code': 'HN', 'continent': 'North America', 'name': 'Honduras', 'capital': 'Tegucigalpa'},
{'timezones': ['Europe/Budapest'], 'code': 'HU', 'continent': 'Europe', 'name': 'Hungary', 'capital': 'Budapest'},
{'timezones': ['Asia/Jakarta', 'Asia/Pontianak', 'Asia/Makassar', 'Asia/Jayapura'], 'code': 'ID', 'continent': 'Asia', 'name': 'Indonesia', 'capital': 'Jakarta'},
{'timezones': ['Europe/Dublin'], 'code': 'IE', 'continent': 'Europe', 'name': 'Republic of Ireland', 'capital': 'Dublin'},
{'timezones': ['Asia/Jerusalem'], 'code': 'IL', 'continent': 'Asia', 'name': 'Israel', 'capital': 'Jerusalem'},
{'timezones': ['Asia/Calcutta'], 'code': 'IN', 'continent': 'Asia', 'name': 'India', 'capital': 'New Delhi'},
{'timezones': ['Asia/Baghdad'], 'code': 'IQ', 'continent': 'Asia', 'name': 'Iraq', 'capital': 'Baghdad'},
{'timezones': ['Asia/Tehran'], 'code': 'IR', 'continent': 'Asia', 'name': 'Iran', 'capital': 'Tehran'},
{'timezones': ['Atlantic/Reykjavik'], 'code': 'IS', 'continent': 'Europe', 'name': 'Iceland', 'capital': 'Reykjav\xc3\xadk'},
{'timezones': ['Europe/Rome'], 'code': 'IT', 'continent': 'Europe', 'name': 'Italy', 'capital': 'Rome'},
{'timezones': ['America/Jamaica'], 'code': 'JM', 'continent': 'North America', 'name': 'Jamaica', 'capital': 'Kingston'},
{'timezones': ['Asia/Amman'], 'code': 'JO', 'continent': 'Asia', 'name': 'Jordan', 'capital': 'Amman'},
{'timezones': ['Asia/Tokyo'], 'code': 'JP', 'continent': 'Asia', 'name': 'Japan', 'capital': 'Tokyo'},
{'timezones': ['Africa/Nairobi'], 'code': 'KE', 'continent': 'Africa', 'name': 'Kenya', 'capital': 'Nairobi'},
{'timezones': ['Asia/Bishkek'], 'code': 'KG', 'continent': 'Asia', 'name': 'Kyrgyzstan', 'capital': 'Bishkek'},
{'timezones': ['Pacific/Tarawa', 'Pacific/Enderbury', 'Pacific/Kiritimati'], 'code': 'KI', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Kiribati', 'capital': 'Tarawa'},
{'timezones': ['Asia/Pyongyang'], 'code': 'KP', 'continent': 'Asia', 'name': 'North Korea', 'capital': 'Pyongyang'},
{'timezones': ['Asia/Seoul'], 'code': 'KR', 'continent': 'Asia', 'name': 'South Korea', 'capital': 'Seoul'},
{'timezones': ['Asia/Kuwait'], 'code': 'KW', 'continent': 'Asia', 'name': 'Kuwait', 'capital': 'Kuwait City'},
{'timezones': ['Asia/Beirut'], 'code': 'LB', 'continent': 'Asia', 'name': 'Lebanon', 'capital': 'Beirut'},
{'timezones': ['Europe/Vaduz'], 'code': 'LI', 'continent': 'Europe', 'name': 'Liechtenstein', 'capital': 'Vaduz'},
{'timezones': ['Africa/Monrovia'], 'code': 'LR', 'continent': 'Africa', 'name': 'Liberia', 'capital': 'Monrovia'},
{'timezones': ['Africa/Maseru'], 'code': 'LS', 'continent': 'Africa', 'name': 'Lesotho', 'capital': 'Maseru'},
{'timezones': ['Europe/Vilnius'], 'code': 'LT', 'continent': 'Europe', 'name': 'Lithuania', 'capital': 'Vilnius'},
{'timezones': ['Europe/Luxembourg'], 'code': 'LU', 'continent': 'Europe', 'name': 'Luxembourg', 'capital': 'Luxembourg City'},
{'timezones': ['Europe/Riga'], 'code': 'LV', 'continent': 'Europe', 'name': 'Latvia', 'capital': 'Riga'},
{'timezones': ['Africa/Tripoli'], 'code': 'LY', 'continent': 'Africa', 'name': 'Libya', 'capital': 'Tripoli'},
{'timezones': ['Indian/Antananarivo'], 'code': 'MG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Madagascar', 'capital': 'Antananarivo'},
{'timezones': ['Pacific/Majuro', 'Pacific/Kwajalein'], 'code': 'MH', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Marshall Islands', 'capital': 'Majuro'},
{'timezones': ['Europe/Skopje'], 'code': 'MK', 'continent': 'Europe', 'name': 'Macedonia', 'capital': 'Skopje'},
{'timezones': ['Africa/Bamako'], 'code': 'ML', 'continent': 'Africa', 'name': 'Mali', 'capital': 'Bamako'},
{'timezones': ['Asia/Rangoon'], 'code': 'MM', 'continent': 'Asia', 'name': 'Myanmar', 'capital': 'Naypyidaw'},
{'timezones': ['Asia/Ulaanbaatar', 'Asia/Hovd', 'Asia/Choibalsan'], 'code': 'MN', 'continent': 'Asia', 'name': 'Mongolia', 'capital': 'Ulaanbaatar'},
{'timezones': ['Africa/Nouakchott'], 'code': 'MR', 'continent': 'Africa', 'name': 'Mauritania', 'capital': 'Nouakchott'},
{'timezones': ['Europe/Malta'], 'code': 'MT', 'continent': 'Europe', 'name': 'Malta', 'capital': 'Valletta'},
{'timezones': ['Indian/Mauritius'], 'code': 'MU', 'continent': 'Africa', 'name': 'Mauritius', 'capital': 'Port Louis'},
{'timezones': ['Indian/Maldives'], 'code': 'MV', 'continent': 'Asia', 'name': 'Maldives', 'capital': 'Mal\xc3\xa9'},
{'timezones': ['Africa/Blantyre'], 'code': 'MW', 'continent': 'Africa', 'name': 'Malawi', 'capital': 'Lilongwe'},
{'timezones': ['America/Mexico_City', 'America/Cancun', 'America/Merida', 'America/Monterrey', 'America/Mazatlan', 'America/Chihuahua', 'America/Hermosillo', 'America/Tijuana'], 'code': 'MX', 'continent': 'North America', 'name': 'Mexico', 'capital': 'Mexico City'},
{'timezones': ['Asia/Kuala_Lumpur', 'Asia/Kuching'], 'code': 'MY', 'continent': 'Asia', 'name': 'Malaysia', 'capital': 'Kuala Lumpur'},
{'timezones': ['Africa/Maputo'], 'code': 'MZ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Mozambique', 'capital': 'Maputo'},
{'timezones': ['Africa/Windhoek'], 'code': 'NA', 'continent': 'Africa', 'name': 'Namibia', 'capital': 'Windhoek'},
{'timezones': ['Africa/Niamey'], 'code': 'NE', 'continent': 'Africa', 'name': 'Niger', 'capital': 'Niamey'},
{'timezones': ['Africa/Lagos'], 'code': 'NG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Nigeria', 'capital': 'Abuja'},
{'timezones': ['America/Managua'], 'code': 'NI', 'continent': 'North America', 'name': 'Nicaragua', 'capital': 'Managua'},
{'timezones': ['Europe/Amsterdam'], 'code': 'NL', 'continent': 'Europe', 'name': 'Kingdom of the Netherlands', 'capital': 'Amsterdam'},
{'timezones': ['Europe/Oslo'], 'code': 'NO', 'continent': 'Europe', 'name': 'Norway', 'capital': 'Oslo'},
{'timezones': ['Asia/Katmandu'], 'code': 'NP', 'continent': 'Asia', 'name': 'Nepal', 'capital': 'Kathmandu'},
{'timezones': ['Pacific/Nauru'], 'code': 'NR', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Nauru', 'capital': 'Yaren'},
{'timezones': ['Pacific/Auckland', 'Pacific/Chatham'], 'code': 'NZ', 'continent': 'Oceania', 'name': 'New Zealand', 'capital': 'Wellington'},
{'timezones': ['Asia/Muscat'], 'code': 'OM', 'continent': 'Asia', 'name': 'Oman', 'capital': 'Muscat'},
{'timezones': ['America/Panama'], 'code': 'PA', 'continent': 'North America', 'name': 'Panama', 'capital': 'Panama City'},
{'timezones': ['America/Lima'], 'code': 'PE', 'continent': 'South America', 'name': 'Peru', 'capital': 'Lima'},
{'timezones': ['Pacific/Port_Moresby'], 'code': 'PG', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Papua New Guinea', 'capital': 'Port Moresby'},
{'timezones': ['Asia/Manila'], 'code': 'PH', 'continent': 'Asia', 'name': 'Philippines', 'capital': 'Manila'},
{'timezones': ['Asia/Karachi'], 'code': 'PK', 'continent': 'Asia', 'name': 'Pakistan', 'capital': 'Islamabad'},
{'timezones': ['Europe/Warsaw'], 'code': 'PL', 'continent': 'Europe', 'name': 'Poland', 'capital': 'Warsaw'},
{'timezones': ['Europe/Lisbon', 'Atlantic/Madeira', 'Atlantic/Azores'], 'code': 'PT', 'continent': 'Europe', 'name': 'Portugal', 'capital': 'Lisbon'},
{'timezones': ['Pacific/Palau'], 'code': 'PW', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Palau', 'capital': 'Ngerulmud'},
{'timezones': ['America/Asuncion'], 'code': 'PY', 'continent': 'South America', 'name': 'Paraguay', 'capital': 'Asunci\xc3\xb3n'},
{'timezones': ['Asia/Qatar'], 'code': 'QA', 'continent': 'Asia', 'name': 'Qatar', 'capital': 'Doha'},
{'timezones': ['Europe/Bucharest'], 'code': 'RO', 'continent': 'Europe', 'name': 'Romania', 'capital': 'Bucharest'},
{'timezones': ['Europe/Kaliningrad', 'Europe/Moscow', 'Europe/Volgograd', 'Europe/Samara', 'Asia/Yekaterinburg', 'Asia/Omsk', 'Asia/Novosibirsk', 'Asia/Krasnoyarsk', 'Asia/Irkutsk', 'Asia/Yakutsk', 'Asia/Vladivostok', 'Asia/Sakhalin', 'Asia/Magadan', 'Asia/Kamchatka', 'Asia/Anadyr'], 'code': 'RU', 'continent': 'Europe', 'name': 'Russia', 'capital': 'Moscow'},
{'timezones': ['Africa/Kigali'], 'code': 'RW', 'continent': 'Africa', 'name': 'Rwanda', 'capital': 'Kigali'},
{'timezones': ['Asia/Riyadh'], 'code': 'SA', 'continent': 'Asia', 'name': 'Saudi Arabia', 'capital': 'Riyadh'},
{'timezones': ['Pacific/Guadalcanal'], 'code': 'SB', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Solomon Islands', 'capital': 'Honiara'},
{'timezones': ['Indian/Mahe'], 'code': 'SC', 'continent': 'Africa', 'name': 'Seychelles', 'capital': 'Victoria'},
{'timezones': ['Africa/Khartoum'], 'code': 'SD', 'continent': 'Africa', 'name': 'Sudan', 'capital': 'Khartoum'},
{'timezones': ['Europe/Stockholm'], 'code': 'SE', 'continent': 'Europe', 'name': 'Sweden', 'capital': 'Stockholm'},
{'timezones': ['Asia/Singapore'], 'code': 'SG', 'continent': 'Asia', 'name': 'Singapore', 'capital': 'Singapore'},
{'timezones': ['Europe/Ljubljana'], 'code': 'SI', 'continent': 'Europe', 'name': 'Slovenia', 'capital': 'Ljubljana'},
{'timezones': ['Europe/Bratislava'], 'code': 'SK', 'continent': 'Europe', 'name': 'Slovakia', 'capital': 'Bratislava'},
{'timezones': ['Africa/Freetown'], 'code': 'SL', 'continent': 'Africa', 'name': 'Sierra Leone', 'capital': 'Freetown'},
{'timezones': ['Europe/San_Marino'], 'code': 'SM', 'continent': 'Europe', 'name': 'San Marino', 'capital': 'San Marino'},
{'timezones': ['Africa/Dakar'], 'code': 'SN', 'continent': 'Africa', 'name': 'Senegal', 'capital': 'Dakar'},
{'timezones': ['Africa/Mogadishu'], 'code': 'SO', 'continent': 'Africa', 'name': 'Somalia', 'capital': 'Mogadishu'},
{'timezones': ['America/Paramaribo'], 'code': 'SR', 'continent': 'South America', 'name': 'Suriname', 'capital': 'Paramaribo'},
{'timezones': ['Africa/Sao_Tome'], 'code': 'ST', 'continent': 'Africa', 'name': 'S\xc3\xa3o Tom\xc3\xa9 and Pr\xc3\xadncipe', 'capital': 'S\xc3\xa3o Tom\xc3\xa9'},
{'timezones': ['Asia/Damascus'], 'code': 'SY', 'continent': 'Asia', 'name': 'Syria', 'capital': 'Damascus'},
{'timezones': ['Africa/Lome'], 'code': 'TG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Togo', 'capital': 'Lom\xc3\xa9'},
{'timezones': ['Asia/Bangkok'], 'code': 'TH', 'continent': 'Asia', 'name': 'Thailand', 'capital': 'Bangkok'},
{'timezones': ['Asia/Dushanbe'], 'code': 'TJ', 'continent': 'Asia', 'name': 'Tajikistan', 'capital': 'Dushanbe'},
{'timezones': ['Asia/Ashgabat'], 'code': 'TM', 'continent': 'Asia', 'name': 'Turkmenistan', 'capital': 'Ashgabat'},
{'timezones': ['Africa/Tunis'], 'code': 'TN', 'continent': 'Africa', 'name': 'Tunisia', 'capital': 'Tunis'},
{'timezones': ['Pacific/Tongatapu'], 'code': 'TO', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Tonga', 'capital': 'Nuku\xca\xbbalofa'},
{'timezones': ['Europe/Istanbul'], 'code': 'TR', 'continent': 'Asia', 'name': 'Turkey', 'capital': 'Ankara'},
{'timezones': ['America/Port_of_Spain'], 'code': 'TT', 'continent': 'North America', 'name': 'Trinidad and Tobago', 'capital': 'Port of Spain'},
{'timezones': ['Pacific/Funafuti'], 'code': 'TV', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Tuvalu', 'capital': 'Funafuti'},
{'timezones': ['Africa/Dar_es_Salaam'], 'code': 'TZ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Tanzania', 'capital': 'Dodoma'},
{'timezones': ['Europe/Kiev', 'Europe/Uzhgorod', 'Europe/Zaporozhye', 'Europe/Simferopol'], 'code': 'UA', 'continent': 'Europe', 'name': 'Ukraine', 'capital': 'Kiev'},
{'timezones': ['Africa/Kampala'], 'code': 'UG', 'continent': 'Africa', 'name': 'Uganda', 'capital': 'Kampala'},
{'timezones': ['America/New_York', 'America/Detroit', 'America/Kentucky/Louisville', 'America/Kentucky/Monticello', 'America/Indiana/Indianapolis', 'America/Indiana/Marengo', 'America/Indiana/Knox', 'America/Indiana/Vevay', 'America/Chicago', 'America/Indiana/Vincennes', 'America/Indiana/Petersburg', 'America/Menominee', 'America/North_Dakota/Center', 'America/North_Dakota/New_Salem', 'America/Denver', 'America/Boise', 'America/Shiprock', 'America/Phoenix', 'America/Los_Angeles', 'America/Anchorage', 'America/Juneau', 'America/Yakutat', 'America/Nome', 'America/Adak', 'Pacific/Honolulu'], 'code': 'US', 'continent': 'North America', 'name': 'United States', 'capital': 'Washington, D.C.'},
{'timezones': ['America/Montevideo'], 'code': 'UY', 'continent': 'South America', 'name': 'Uruguay', 'capital': 'Montevideo'},
{'timezones': ['Asia/Samarkand', 'Asia/Tashkent'], 'code': 'UZ', 'continent': 'Asia', 'name': 'Uzbekistan', 'capital': 'Tashkent'},
{'timezones': ['Europe/Vatican'], 'code': 'VA', 'continent': 'Europe', 'name': 'Vatican City', 'capital': 'Vatican City'},
{'timezones': ['America/Caracas'], 'code': 'VE', 'continent': 'South America', 'name': 'Venezuela', 'capital': 'Caracas'},
{'timezones': ['Asia/Saigon'], 'code': 'VN', 'continent': 'Asia', 'name': 'Vietnam', 'capital': 'Hanoi'},
{'timezones': ['Pacific/Efate'], 'code': 'VU', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Vanuatu', 'capital': 'Port Vila'},
{'timezones': ['Asia/Aden'], 'code': 'YE', 'continent': 'Asia', 'name': 'Yemen', 'capital': "Sana'a"},
{'timezones': ['Africa/Lusaka'], 'code': 'ZM', 'continent': 'Africa', 'name': 'Zambia', 'capital': 'Lusaka'},
{'timezones': ['Africa/Harare'], 'code': 'ZW', 'continent': 'Africa', 'name': 'Zimbabwe', 'capital': 'Harare'},
{'timezones': ['Africa/Algiers'], 'code': 'DZ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Algeria', 'capital': 'Algiers'},
{'timezones': ['Europe/Sarajevo'], 'code': 'BA', 'continent': 'Europe', 'name': 'Bosnia and Herzegovina', 'capital': 'Sarajevo'},
{'timezones': ['Asia/Phnom_Penh'], 'code': 'KH', 'continent': 'Asia', 'name': 'Cambodia', 'capital': 'Phnom Penh'},
{'timezones': ['Africa/Bangui'], 'code': 'CF', 'continent': 'Africa', 'name': 'Central African Republic', 'capital': 'Bangui'},
{'timezones': ['Africa/Ndjamena'], 'code': 'TD', 'continent': 'Africa', 'name': 'Chad', 'capital': "N'Djamena"},
{'timezones': ['Indian/Comoro'], 'code': 'KM', 'continent': 'Africa', 'name': 'Comoros', 'capital': 'Moroni'},
{'timezones': ['Europe/Zagreb'], 'code': 'HR', 'continent': 'Europe', 'name': 'Croatia', 'capital': 'Zagreb'},
{'timezones': ['Asia/Dili'], 'code': 'TL', 'continent': 'Asia', 'name': 'East Timor', 'capital': 'Dili'},
{'timezones': ['America/El_Salvador'], 'code': 'SV', 'continent': 'North America', 'name': 'El Salvador', 'capital': 'San Salvador'},
{'timezones': ['Africa/Malabo'], 'code': 'GQ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Equatorial Guinea', 'capital': 'Malabo'},
{'timezones': ['America/Grenada'], 'code': 'GD', 'continent': 'North America', 'name': 'Grenada', 'capital': "St.George's"},
{'timezones': ['Asia/Almaty', 'Asia/Qyzylorda', 'Asia/Aqtobe', 'Asia/Aqtau', 'Asia/Oral'], 'code': 'KZ', 'continent': 'Asia', 'name': 'Kazakhstan', 'capital': 'Astana'},
{'timezones': ['Asia/Vientiane'], 'code': 'LA', 'continent': 'Asia', 'name': 'Laos', 'capital': 'Vientiane'},
{'timezones': ['Pacific/Truk', 'Pacific/Ponape', 'Pacific/Kosrae'], 'code': 'FM', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Federated States of Micronesia', 'capital': 'Palikir'},
{'timezones': ['Europe/Chisinau'], 'code': 'MD', 'continent': 'Europe', 'name': 'Moldova', 'capital': 'Chi\xc5\x9fin\xc4\x83u'},
{'timezones': ['Europe/Monaco'], 'code': 'MC', 'continent': 'Europe', 'name': 'Monaco', 'capital': 'Monaco'},
{'timezones': ['Europe/Podgorica'], 'code': 'ME', 'continent': 'Europe', 'name': 'Montenegro', 'capital': 'Podgorica'},
{'timezones': ['Africa/Casablanca'], 'code': 'MA', 'continent': 'Africa', 'name': 'Morocco', 'capital': 'Rabat'},
{'timezones': ['America/St_Kitts'], 'code': 'KN', 'continent': 'North America', 'name': 'Saint Kitts and Nevis', 'capital': 'Basseterre'},
{'timezones': ['America/St_Lucia'], 'code': 'LC', 'continent': 'North America', 'name': 'Saint Lucia', 'capital': 'Castries'},
{'timezones': ['America/St_Vincent'], 'code': 'VC', 'continent': 'North America', 'name': 'Saint Vincent and the Grenadines', 'capital': 'Kingstown'},
{'timezones': ['Pacific/Apia'], 'code': 'WS', 'continent': 'Oceania', 'name': 'Samoa', 'capital': 'Apia'},
{'timezones': ['Europe/Belgrade'], 'code': 'RS', 'continent': 'Europe', 'name': 'Serbia', 'capital': 'Belgrade'},
{'timezones': ['Africa/Johannesburg'], 'code': 'ZA', 'continent': 'Africa', 'name': 'South Africa', 'capital': 'Pretoria'},
{'timezones': ['Europe/Madrid', 'Africa/Ceuta', 'Atlantic/Canary'], 'code': 'ES', 'continent': 'Europe', 'name': 'Spain', 'capital': 'Madrid'},
{'timezones': ['Asia/Colombo'], 'code': 'LK', 'continent': 'Asia', 'name': 'Sri Lanka', 'capital': 'Sri Jayewardenepura Kotte'},
{'timezones': ['Africa/Mbabane'], 'code': 'SZ', 'continent': 'Africa', 'name': 'Swaziland', 'capital': 'Mbabane'},
{'timezones': ['Europe/Zurich'], 'code': 'CH', 'continent': 'Europe', 'name': 'Switzerland', 'capital': 'Bern'},
{'timezones': ['Asia/Dubai'], 'code': 'AE', 'continent': 'Asia', 'name': 'United Arab Emirates', 'capital': 'Abu Dhabi'},
{'timezones': ['Europe/London'], 'code': 'GB', 'continent': 'Europe', 'name': 'United Kingdom', 'capital': 'London'},
{'timezones': ['Asia/Taipei'], 'code': 'TW', 'continent': 'Asia', 'name': 'Taiwan', 'capital': 'Taipei'},
{'timezones': ['Asia/Hong_Kong'], 'code': 'HK', 'continent': 'Asia', 'name': 'Hong Kong', 'capital': 'Hong Kong'},
{'timezones': ['CET'], 'code': 'XK', 'continent': 'Europe', 'name': 'Kosovo', 'capital': 'Pristina'},
{'timezones': ['America/Puerto_Rico'], 'code': 'PR', 'continent': 'America', 'name': 'Puerto Rico', 'capital': 'San Juan'},
]<feature_engineering>
df.groupby('age_quantile' ).agg({'Monocytes': np.median} )
def def_value() :
return 'apple'
conti = defaultdict(def_value)
 tu=[]
for i in countries:
conti[i['name']] = i['continent']
tu.append(i['name'])
 tu = set(tu )<filter>
df['Monocytes_gr'] = df['Monocytes'] - df.groupby('age_quantile')['Monocytes'].transform(np.median)
 df['Leukocytes_gr'] = df['Leukocytes'] - df.groupby('age_quantile')['Leukocytes'].transform(np.median )
print(train.loc[train['Country_Region']=='United States'] )<define_variables>
df.fillna(-999, inplace = True)
 df
ty=[]
for i in range(0,len(train)) :
ty.append(train['Country_Region'][i])
 ty = set(ty )<compute_test_metric>
df = df.drop('covid_19', axis='columns' )
print(ty-tu )<prepare_output>
df = df.drop('id', axis='columns' )
train.insert(11,'Continent','')
 test.insert(9,'Continent','' )<categorify>
train_X = df.iloc[:4000, :].select_dtypes(exclude=['object'] ).values
test_X = df.iloc[4000:, :].select_dtypes(exclude=['object'] ).values
data = [train,test]
for dataset in data:
dataset['Continent'] = dataset['Country_Region'].map(conti)
<data_type_conversions>
data = [train,test]
for dataset in data:
dataset['Province_State'] = dataset['Province_State'].fillna(dataset['Country_Region'] )<count_missing_values>
print(train.isnull().sum() )<count_missing_values>
print(train.isnull().sum() )<prepare_x_and_y>
tree_clf = DecisionTreeClassifier(
 max_depth=10,
min_samples_leaf=28,
max_features=0.94,
criterion="gini",
random_state=1)
 dt = tree_clf.fit(train_X, y)
 y_pred = dt.predict_proba(test_X )
<install_modules>
imp = pd.DataFrame({
'colnames': df.columns,
'importances': tree_clf.feature_importances_
})
 good_columns = imp.loc[imp['importances'] != 0, :].colnames.values
!pip install pycountry-convert 
<prepare_x_and_y>
train_X = df.iloc[:4000, :].loc[:, good_columns].values
test_X = df.iloc[4000:, :].loc[:, good_columns].values
X_train = train.iloc[:,[1, 2,11,6,7,8,9,10]].values
X_test = test.iloc[:,[1,2,9,4,5,6,7,8]].values
Y_train = train.iloc[:,[4]].values
Y_train1 = train.iloc[:,[5]].values<categorify>
lbl = LabelEncoder()
X_train[:, 0] = lbl.fit_transform(X_train[:, 0])
 X_train[:, 1] = lbl.fit_transform(X_train[:, 1])
 X_train[:, 2] = lbl.fit_transform(X_train[:, 2])
 X_test[:, 0] = lbl.fit_transform(X_test[:, 0])
 X_test[:, 1] = lbl.fit_transform(X_test[:, 1])
 X_test[:, 2] = lbl.fit_transform(X_test[:, 2])
 ct = ColumnTransformer(
 [('one_hot_encoder', OneHotEncoder(categories='auto'), [0, 1,2 ])],
remainder='passthrough' 
)
 X_train = ct.fit_transform(X_train ).toarray()
X_test = ct.fit_transform(X_test ).toarray()<train_model>
import lightgbm as lgb
regressor = DecisionTreeRegressor(random_state = 1)
 regressor.fit(X_train,Y_train)
 y_pred = regressor.predict(X_test)
 regressor1 = DecisionTreeRegressor(random_state = 1)
 regressor.fit(X_train,Y_train1)
 y_pred1= regressor.predict(X_test)
<data_type_conversions>
bt = lgb.LGBMClassifier(colsample_bytree=0.85, min_child_samples=20, min_split_gain=0, n_estimators=250,
num_leaves=10, reg_alpha=0.0, reg_lambda=0.1, subsample=1, n_jobs=-1, objective='binary',
boosting_type='gbdt', learning_rate=0.01, random_state=1 )
y_pred = y_pred.astype(int)
 y_pred1 = y_pred1.astype(int)
 print(y_pred)
 print(y_pred1 )<define_variables>
bt.fit(train_X, y )
for i in range(0,len(y_pred1)) :
if(( y_pred1[i])>1 and y_pred[i]>0):
print(i," ",y_pred[i]," ",y_pred1[i] )<compute_test_metric>
bt.predict_proba(test_X)[:,1]
<save_to_csv>
submission['covid_19'] = bt.predict_proba(test_X)[:,1]
submission
fields = ['ForecastId','ConfirmedCases','Fatalities']
with open("submission.csv", 'w')as csvfile:
csvwriter = csv.writer(csvfile)
 csvwriter.writerow(fields)
 for i in range(0,len(y_pred)) :
csvwriter.writerow([test['ForecastId'][i],y_pred[i],y_pred1[i]] )<train_model>
submission.to_csv('submission.csv', index=False )
Image(".. /input/covid19-forecast-week-2/COVID-19 forecast - week 2.png" )<feature_engineering>
submission.to_csv('submission.csv', index=False )