Folding@homeコアのリスト

Folding@homeの分散コンピューティングプロジェクトは、FahCores(ファーコア)またはCore(コア)と呼ばれる科学的なコンピュータプログラムを使用して計算を実行する。Folding@homeのコアは、, GROMACS, AMBER, , SHARPEN, ProtoMol, などの計算用分子シミュレーションプログラムの修正・最適化されたバージョンに基づいている。これらの種類には、それぞれ任意の識別子(Core xx)が与えられている。同じコアを様々なバージョンのクライアントで使用することができるが、コアをクライアントから分離することで、クライアントの更新なしに必要に応じて科学的手法を自動的に更新することができる。
使用されているコア.
これらのコアは、現在プロジェクトで使用されている。
GPU.
グラフィックス・プロセシング・ユニットのコアは、分子動力学を行うために、新しいビデオカードのグラフィックスチップを使用する。GPU Gromacs コアは Gromacs の真の移植ではなく、Gromacs の主要な要素を取り入れ、GPU機能のために強化したものである。
GPU3.
これらは第3世代のGPUコアで、パンデGroupが独自に開発した分子シミュレーション用のオープンライブラリであるOpenMMをベースにしている。GPU2のコードをベースにしているが、安定性と新機能が追加されている。
使用されないコア.
これらのコアは、時代遅れになりつつあるために引退しているか、一般的なリリースの準備ができていないため、現在プロジェクトでは使用されていない。
TINKER.
は、分子力学と分子動力学のための完全かつ一般的なパッケージを備えた分子動力学シミュレーションのためのコンピュータ・ソフトウェア・アプリケーションであり、生体高分子のためのいくつかの特別な機能を備えている。
CPMD.
カー・パリネロ分子動力学法(Car-Parinello Molecular Dynamics)の略で、このコアは第一原理計算("ab-initio")の量子力学的分子動力学を実行する。力場アプローチを用いる古典的な分子動力学計算とは異なり、CPMDではエネルギー、力、運動の計算に電子の運動が含まれる。 量子化学計算は、非常に信頼性の高いポテンシャルエネルギー面が得られる可能性があり、自然にマルチボディ相互作用を組み込むことができる。
Desmond.
このコアのソフトウェアは、で開発された。 Desmondは、従来のコンピュータクラスタ上で生物系の高速分子動力学シミュレーションを実行する。 このコードは、新しい並列アルゴリズムと数値計算技術を用いて、多数のプロセッサを含むプラットフォーム上で高い性能を実現しているが、単一のコンピュータ上でも実行することができる。  Desmondとそのソースコードは、大学やその他の非営利の研究機関が非商業的に利用するために無償で提供されている。
AMBER.
Assisted Model Building with Energy Refinementの略で、AMBERは分子動力学のための力場のファミリーであり、これらの力場をシミュレートするソフトウェアパッケージの名前でもある。 AMBERはもともとカリフォルニア大学サンフランシスコ校のPeter Kollmanによって開発され、現在は様々な大学の教授によって管理されている。 倍精度AMBERコアは現在SSEやSSE2で最適化されていないが、AMBERはTinkerコアよりも大幅に高速で、Gromacsコアでは実行できない機能も追加されている。
ProtoMol.
は、分子動力学(MD)シミュレーションのためのオブジェクト指向、コンポーネントベースのフレームワークである。ProtoMolは、高い柔軟性、容易な拡張性とメンテナンス、並列化を含む高い性能要求を提供する。 2009年には、Pandeグループはノーマルモード・ランジュバン・ダイナミクス(Normal Mode Langevin Dynamics)と呼ばれる補完的な新しい手法に取り組んでいたが、これは同じ精度を維持しながらシミュレーションを大幅に高速化できる可能性を秘めていた。
GPU.
GPU2.
これらは第2世代のGPUコアである。引退したGPU1コアとは異なり、ATI CAL対応の2xxx/3xxx以降のシリーズとNVIDIA CUDA対応のNVIDIA 8xxx以降のシリーズのGPU向けのバリアントである。
GPU3.
これらは第3世代のGPUコアで、パンデ・グループが独自に開発した分子シミュレーション用のオープンライブラリであるOpenMMをベースにしている。GPU2のコードに基づき、安定性と新機能が追加されている。