新幹線変形ロボ シンカリオン

『新幹線変形ロボ シンカリオン』（しんかんせんへんけいロボ シンカリオン、）は、ジェイアール東日本企画・小学館集英社プロダクション・タカラトミーの3社によって立ち上げられたプロジェクトにより開発され、タカラトミーから発売されている新幹線から巨大ロボットに変形するプラレールの玩具シリーズ、ならびにそれを基とするテレビアニメ作品・劇場版アニメ作品などのメディアミックス作品群。
2021年以降の作品は『新幹線変形ロボ シンカリオンZ』に名称を改めて展開している。
概要.
プラレールの玩具シリーズとしては、トミカハイパーシリーズのプラレール部隊として2012年から2013年にかけて展開されていた『プラレールハイパーシリーズ』の後継にあたる。子どもたちに鉄道ロボットという夢のある新しいコンテンツを提供すべく、“正体不明の巨大な敵に立ち向かうため、日本の夢と技術が詰まった新幹線をベースに開発されたロボ”という設定で、JR東日本監修（テレビアニメのスポンサーも担当）のもと、実在する新幹線がロボットに変形するキャラクターとして誕生した。タカラトミーの変形ロボットで鉄道車両をモチーフとしたものは、前身のトミーが手がけていた『超特急ヒカリアン』・『電光超特急ヒカリアン』以来となる。
本作の特徴としてJR東日本グループのジェイアール東日本企画が企画時から関与していることが挙げられ、JR東日本の呼びかけに応じる形で新幹線を運行するJR各社（JR東海・JR西日本・JR北海道・JR九州）をはじめ、新幹線車両を保有していないJR四国を含めた関連企業も協力している。2018年から放送されたテレビアニメには実在する鉄道関係施設も登場しており、この経緯からテレビアニメでは初めてJRマークが正式使用された。
テレビアニメは従来のプラレールのターゲット層である未就学児から小学校低学年の男児だけでなく、JR各社の協力体制が功を奏して鉄道ファンの大人からも人気を得たことが特徴として挙げられる。作中には初音ミクや『新世紀エヴァンゲリオン』とのコラボレーションや、JR発足初期のCM（クリスマス・エクスプレス、ファイト!エクスプレス、劇場版ではJR SKISKI）や他局を含めたテレビ番組（プロフェッショナル 仕事の流儀、タモリ倶楽部、クイズ$ミリオネア など）のパロディといった「子どもと一緒に見るであろう大人」が好みそうな要素が仕込まれており、鉄道に興味のない大人たちも引き込んでいった。また、従来タカラトミーでは小学生で戦隊ものに興味が移ってしまうことが悩みであったが、シンカリオンの登場によりプラレール離れを防いで対象年齢を小学校高学年まで広げ、さらにその後はNゲージへの移行を狙うといったグループ全体の販売戦略の確立にも繋がっている。
歴史.
企画の発足から初期「シンカリオン」.
企画の発端となったのはテレビ東京系列で放送されていた『のりスタ!』。2012年から2013年ごろに放送された「新幹線の走行シーン」が好評であったため新幹線というコンテンツを活かす企画が検討されるが、当初新幹線を保有するJR各社からは新幹線のキャラクター化の許諾を得られず、交渉を重ねて唯一許諾を得られたJR東日本の協力により企画は始動した。
JR東日本の子会社であるジェイアール東日本企画と、『のりスタ!』を製作した小学館集英社プロダクションの主導により「新幹線E5系をモチーフにしたロボット」のコンセプトモデル『Project E5』が製作され、2014年6月の東京おもちゃショー2014で展示された。参考出品であったため当初は玩具として展開する予定はなかったが、タカラトミーの参加により認知度の高い「プラレール」をベースとした商品化が検討される。タカラトミーと小学館ミュージック&デジタル エンタテイメントによって玩具とアニメーションを両立するデザインについての検証が何度も重ねられ、実車サイズから変形する「映像用」と、デフォルメされたプラレールから変形する「玩具用」の2種類のデザインが完成した。
2015年3月16日にジェイアール東日本企画・小学館集英社プロダクション・タカラトミーの3社原案による新たなコンテンツとして『新幹線変形ロボ シンカリオン』が発表され、「シンカリオン E5はやぶさ」の紹介映像が公開される。2015年7月18日に「シンカリオン E5はやぶさ」「シンカリオン E6こまち」、次いで2015年9月17日に「シンカリオン E7かがやき」が発売される。JR東日本の呼びかけに応じる形で他のJR各社の許諾も得られたことで「シンカリオン H5はやぶさ」「シンカリオン 500こだま」「シンカリオン N700Aのぞみ」、兄弟機の「シンカリオン E3つばさ フレアウイング」と「シンカリオン E3つばさ アイアンウイング」、3体合体の「シンカリオン トリニティー」が発売され計9種類まで拡大、2016年6月1日には山寺宏一が歌うテーマソング『チェンジ！シンカリオン』も発表された。
初期「シンカリオン」シリーズで最後に発売されたのは、2017年10月5日に発売された500 TYPE EVAをモデルとした「シンカリオン 500 TYPE EVA」であった。
テレビアニメ化以降の「DXSシンカリオン」.
テレビアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATION』は、2017年10月7日の第24回鉄道フェスティバルにおいてTBS系列での放送開始が発表され、アニメサタデー630で放送されていた『トミカハイパーレスキュー ドライブヘッド 機動救急警察』の番組枠を引き継いで2018年1月6日から放送が開始された。それに伴って玩具シリーズは「DXSシンカリオン」シリーズにリニューアルされ、すでに発売されていたシンカリオンもデザインや仕様が一新されたものがテレビアニメの進行に合わせて順次再販された。なお、以下の文中において初期シリーズを「旧製品版」、リニューアルされたDXSシリーズを「DXS版」と呼称する。
テレビアニメは当初12月までの1年間の予定であったが好評により延長が決定され、テレビアニメの人気を受けて玩具の売り上げも急増する。2019年6月22日放送では2019年冬の劇場版アニメの公開も発表されるが、TBSの番組編成上の都合により2019年6月29日放送でテレビアニメの放送が終了する。
劇場版アニメ『劇場版 新幹線変形ロボ シンカリオン 未来からきた神速のALFA-X』は2019年12月27日に公開される。劇場版アニメ公開を前に10月11日から10月30日までの期間限定で東京と大阪にポップアップストアが設置され、11月21日には劇場版アニメに登場する「シンカリオン ALFA-X」が発売された。また劇場版公開に連動して京都鉄道博物館では7月20日から9月10の期間と公開直前の12月16日に、JR東日本では公開に合わせて東北地方で11月27日から翌年2月24日の期間にそれぞれイベントが開催された。
DXS版で最後に発売されたのは、2020年12月5日に発売された同年6月に運用開始されたばかりのN700S系をベースにした「シンカリオン N700Sのぞみ」であった。
テレビアニメ第2期以降の「シンカリオンZ」.
第2期のテレビアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオンZ THE ANIMATION』は、2021年2月12日放送のテレビ東京系列『おはスタ』で放送開始が発表され、第1話を先行公開するイベントが3月26日に開催され後に4月9日から放送が開始された。それに伴って玩具シリーズは「シンカリオンZ」シリーズに改められ、在来線をベースに開発された特殊武装車両「ザイライナー」やザイライナーとの合体「Z合体」も併せて商品展開されていく。4月10日には「シンカリオンZ E5はやぶさ」「シンカリオンZ E6こまち」と「ザイライナー E235ヤマノテ」「ザイライナー E259ネックス」、次いで4月24日に「シンカリオンZ E7かがやき」と「ザイライナー E353アズサ」がそれぞれ発売された。
第2期の主人公・新多シンは都市伝説に興味があるキャラクター設定がされており、テレビアニメ作中には都市伝説に関するエピソードや敵が登場することも多い。2021年8月6日には総集編として関暁夫がシンカリオンZを都市伝説風に解説する動画が作成され、Youtube上で公開された。
2022年3月18日放送でテレビアニメが終了。2022年8月4日にはアニメに登場した「ダークシンカリオンアブソリュート」が発売され、その後はアニメには登場しなかった「シンカリオンZ アルファエックス」「シンカリオンZ 700Sソニックニチリン」「シンカリオンZ 500 TYPE EVA-02」も発売された。2023年2月28日からは公式サイト上でアニメの後日談を描いた全8話の新作ショートノベルが公開されており、アニメ未登場であった「シンカリオンZ 700Sソニックニチリン」のほか新機軸の「PF-Z合体」によって強化されたシンカリオンZが登場した。
他作品との関わり.
2018年8月24日に公開された劇場版アニメ『映画 ドライブヘッド〜トミカハイパーレスキュー 機動救急警察〜』には、テレビアニメ第1期の主人公・速杉ハヤトとE5はやぶさがゲスト出演した。なお、劇場版公開前に放送されていたテレビアニメ『トミカハイパーレスキュー ドライブヘッド 機動救急警察』は、本作テレビアニメ第1期が放送された放送枠の前番組である。
『新世紀エヴァンゲリオン』とは前述した旧製品版「シンカリオン 500 TYPE EVA」を皮切りに、テレビアニメ第1期第31話・劇場版アニメ・テレビアニメ第2期第21話ではコラボレーションした物語が作成され『新世紀エヴァンゲリオン』のキャラクターもゲスト登場した。それに伴ってDXS版・シンカリオンZとしても玩具が発売されており、またテレビアニメ第2期第21話には500 TYPE EVAと同様に『新世紀エヴァンゲリオン』のラッピングが施された名鉄2000系（ミュースカイ）をベースとしたザイライナーが登場し玩具も発売された。またテレビアニメ終了後に京都鉄道博物館で特別展示されたエヴァンゲリオン弐号機をモチーフとした500 TYPE EVA-02をモデルにした「シンカリオンZ 500 TYPE EVA-02」も発売された。
バーチャルシンガー『初音ミク』をモチーフとしたキャラクター「発音ミク」がテレビアニメ第1期および劇場版に登場した。発音ミクの音声には、初音ミクの音声データ提供者の藤田咲がアフレコした音声を、「初音ミク」の発売元であるクリプトン・フューチャー・メディアが音声合成して音声化するという試みが行われた（初音ミクのメディア展開も参照）。発音ミクが着用するパイロットスーツも「初音ミク」の基本コスチュームをモチーフとしており、劇場版の3Dライブシーンは初音ミク発売元のクリプトン・フューチャー・メディア自らが制作を手掛けている。また、発音ミクが作中に初登場した第1期第15話では、函館駅前のモブキャラクターとして初音ミク以外のピアプロキャラクターズたち（鏡音リン・レン、巡音ルカ、MEIKO、KAITO）も登場している。なお、声を担当する藤田は、初音ミクと発音ミクは別人という認識を示している。
『銀河鉄道999』とは、2019年の劇場版アニメに合わせてコラボレーションしたグッズが製作された。テレビアニメ第2期にはメーテルをモチーフにしたキャラクターが登場し、作中に登場した「超進化銀河鉄道ヴァルドル」の発進シーンでは映画版『銀河鉄道999 (The Galaxy Express 999)』の主題歌であるゴダイゴの「銀河鉄道999」が挿入歌として使用された。
『ハローキティ』とは、ハローキティ新幹線をベースとしたDXS版「シンカリオン ハローキティ」が2020年3月26日に発売されPVが作成されたほか、テレビアニメ第2期第16話ではPVを元にした物語が作成された。
玩具展開.
新幹線超進化研究所によって新幹線車両をベースに開発された人型ロボット。新幹線形態の『シンカンセンモード』（アニメでは「モードシンカンセン」）と、ロボット形態の『シンカリオンモード』（アニメでは「モードシンカリオン」）の2形態が存在する。
商品展開はプラレールと同じ3両編成が基本で、3両編成の場合は1両目が上半身と腕、3両目が下半身と両足に変形し、中間車は多くの場合は武器庫になっている。車両の造形もプラレールと可能な限り同じでプラレールとしての走行も可能だが、ごく一部を除いて電動走行を可能とする動力車は付いていない。そのため手転がしが基本となるが、別売りの動力貨車「超進化電動貨物＆ウエポンコンテナセット」などの動力ユニットを中間車に組み込むことで、中間車が武器庫になっているシンカリオンについては単体で電動走行させることも可能。
シンカリオン.
テレビアニメ放送以前に発売された旧製品版シンカリオンと、テレビアニメ放送以後のDXS版シンカリオンでは仕様が異なる。例えば旧製品版は各部にバネが仕込まれて半自動で変形するギミックになっているが、DXS版ではバネは採用されておらず手動での変形が基本となる。デザインや名称なども一部一新されているため、以下の説明ではDXS版の玩具を基本として説明するが、旧製品版について言及する必要がある場合は「旧製品版」と明記した上で記載する。
テレビアニメでは開発は当初E2系をベースに試作機「シンカリオン E2」が作られるが、「第1回超進化速度到達実験」の爆発事故で失われ、残された機体の後尾車が大宮支部に留置されている。また、シリーズ構成の下山健人からは、試作にはE3系も使用されていた可能性が示唆されている。
基本的構造のシンカリオン.
以下に列記するのは特殊な合体機構を持たない基本的な構造を有するシンカリオン。旧製品版から存在した「リンク合体」の機構のみを持つが、一部は単独での特殊なモードチェンジを備える。
とは上半身と下半身で異なるシンカリオンを合体させるシステムで、基本的構造のシンカリオン同士で可能。上半身となるシンカリオンをベースに、下半身となるシンカリオンに準じた性能が強化または追加される。合体時には上半身となるシンカリオンの頭部に、下半身となったシンカリオンに対応したヘッドギアが装着される。リンク合体後の名称は上半身になるシンカリオンの型式番号と下半身になるシンカリオンの型式番号を「+（リンク）」で繋いで表記する。具体的に例示すると、E5はやぶさとE6こまちのリンク合体は「E5+E6」となる。
テレビアニメでは、リンク合体のためにはそれぞれの運転士たちが呼吸を合わせることが必要で、合体時に上半身となったシンカリオンの下半身、および下半身となったシンカリオンの上半身と運転士は別の場所に転送される。テレビアニメにはE5とE6・E7・800の3種類と、E6とE3の計4種類のリンク合体が登場した。
トリニティー合体機構を持つシンカリオン.
トリニティー合体とは、「700シリーズ」と呼称される700のぞみ・700ひかりレールスター・N700みずほの3機が合体してシンカリオン トリニティーとなる合体システム。旧製品版から存在。3体のいずれが中心になるかによって以下の3つの形態をとる。
全長・重量はいずれの形態も55m・140t。使用武器は700シリーズそれぞれの武器を合体させた「トリニティーハルバード」。なお、700シリーズ各機は下半身と武器台座が変形した「ギガブースター」として、基本的構造のシンカリオンの背中に合体することが可能。
テレビアニメでは3人の適合率が一致する場合のみ合体できる。なお、700のぞみが中心となる「のぞみバージョン」のみ登場し、「ギガブースター」形態も登場しない。必殺技として各車両先頭部の連結器カバーを開いて粒子ビームを同時に発射する「トリニティーストライク」を使用。
クロス合体機構を持つシンカリオン.
クロス合体とは以下に列記するクロス合体機構を持つ特定のシンカリオン（以下「クロス合体機体」）と、基本的構造のシンカリオンの先頭車が合体するシステム。両腕と下半身はクロス合体機体の部品、頭部・胸部は合体相手の部品になるが、クロス合体機体に応じたヘッドギアが合体相手の頭部に装着される。クロス合体後の名称は主となるクロス合体機体と合体相手の型式番号を「×（クロス）」で繋いで表記する。具体的に例示すると、500こだまとE5はやぶさのクロス合体は「500×E5」となる。
テレビアニメでは運転士の適合率を上昇させるためのシステムとされ、ドクターイエローの場合は合体実現には双方の運転士の適合率が0.2％以内の誤差でないと合体できないという制約もあった。
オーバークロス合体機構を持つシンカリオン.
オーバークロス合体とは以下に列記するオーバークロス合体機構を持つ特定のシンカリオン（以下「オーバークロス合体機体」）と、基本的構造のシンカリオンが合体するシステム。頭部・両腕・腹部・脚部はオーバークロス合体機体の部品、胸部・下腹部・大腿部は合体相手の部品になるが、合体相手に応じたヘッドギアがオーバークロス合体機体の頭部に装着される。オーバークロス合体後の名称はクロス合体と同様に2つの機体の型式番号を「×」（表記はクロス合体よりも大きい）で繋ぐが、テレビアニメ公式サイトの用語集ではカタカナ表記の「オーバークロス」が用いられているため、本項目でもカタカナ表記で統一する。合体後の名称を具体的に例示すると、E5はやぶさ MkIIとE6こまちのオーバークロス合体は「E5 MkII オーバークロス E6（E5 MkII×E6）」となる。
テレビアニメでは「謎の新幹線」の出現後にシャショットにプログラムが追加されたことで可能になる。
シンカリオンZ.
テレビアニメ第2期が放送開始された2021年以降「シンカリオンZ」のシリーズ名で玩具展開されている。旧「シンカリオン」シリーズと形状自体は共通しているが、腕や脚が着脱する形で変形するなど機構などが異なり、互換性はない。
テレビアニメにおいては新たに来たる脅威に対抗するために改良されたと語られており、旧シンカリオンの強化改造によるものとなっている。
基本的構造のシンカリオンZ.
以下に列記するのは特殊な合体機構を持たない基本的な構造を有するシンカリオンZ。シンカリオンZシリーズで新たに登場した「Z合体」の機構のみを持つ。
Z合体とザイライナー.
'とはシンカリオンZの性能を強化するために、在来線をベースに開発された特殊武装車両。大きく分けて腕強化型・脚強化型の2つが存在し、互いに干渉しないため腕強化型と脚強化型はそれぞれ1つを合体させることが可能。シンカリオンZとザイライナーの合体は'と呼称され、Z合体後の名称はシンカリオンZの型式番号とザイライナーの名称（腕・脚の順に）を続けて表記する。具体例を示すと、E5はやぶさとE235ヤマノテ・E259ネックスのZ合体は「E5ヤマノテネックス」となる。
シンカリオンZとザイライナーは基本的にどの組み合わせでも合体が可能だが、玩具では「E5ヤマノテ」「E6ネックス」などセット販売されている組み合わせがあり、テレビアニメではその組み合わせでの運用が前提とされている。そのため複数のザイライナーとのZ合体は基本的にテレビアニメには登場しないが、物語終盤にはZ合体の進化形として1体のシンカリオンZが複数のザイライナーと合体する「ダブルZ合体」が登場した。なお、テレビアニメでは合体には「Zコード」が必要である。Z合体の際には司令部からZコードが運転士のZギアに転送され、運転士がZギア上のZキーをタップすることで合体が実行される。Z合体には一定以上の適合率が必要。
アニメ終了後に公開されたショートノベルでは、Z合体をさらに強化し「（パーフェクトゼットがったい）」が登場。改善が施されたことで1つのザイライナーで腕部・脚部の同時強化が可能となったことで、「パーフェクト＝完全」と名付けられた。
以下はザイライナーの一覧。説明文では、玩具でセット販売されている組み合わせおよびテレビアニメに登場した形態のみ言及している。なお、ダークシンカリオンとダークホースの合体もZ合体と表記されているため、「ダークホース」とそれと同じような位置づけの「アブソリュートユニコーン」も一覧に含めている。
超Z合体機構を持つシンカリオンZ.
超Z合体（ちょうゼツがったい）とは以下に列記する超Z合体機構を持つ特定のシンカリオン（以下「超Z合体機体」）と、基本的構造のシンカリオンZが合体するシステム。超Z合体機体に対して合体相手の先頭車両が組み込まれる形で合体し、先頭車両の頭部には超Z合体機体に応じたヘッドギアが装着される。同様の合体機構は後発のアルファエックスでは「超Z合体」の表記は用いられていないが、ドクターイエローのものとほぼ同様の合体機構であるため、同一のものとして扱うこととする。超Z合体後の名称は主となる合体相手の型式番号と超Z合体機体の名称を続けて表記する。具体的に例示すると、E5はやぶさとドクターイエローの超Z合体は「E5ドクターイエロー」となる。
テレビアニメでは合体する両機の運転士の適合率が96%以上で、かつ互いの適合率誤差が0.1%以内でなければ超Z合体ができない。
ストーリー.
旧製品版のストーリー.
新さいたま市に住んでいる速杉ハヤトは鉄道博物館に勤める父・ホクトの影響で、新幹線や電車が大好きな少年である。ある朝ハヤトは、ホクトが置き忘れた『Shinca』というカードで鉄道博物館の地下に存在する特務機関「新幹線超進化研究所」へ迷い込んでしまう。
最深部の格納庫で新幹線E5系を発見したハヤト。すると、なぜか乗車扉が開いたので乗り込んでみたその時、突然、警報とアナウンスが響き渡った。新幹線E5系はハヤトの持つ『Shinca』に反応し、ハヤトを乗せたまま、自動操縦により目的地に向かって発車してしまう。
異次元からやってくる巨大な物体『バチガミ』が街へ近づき暴れているのが見えたとき、ハヤトがホクトの指示で運転席に『Shinca』をタッチすると、車両は『新幹線超進化研究所』が秘密裏に開発した人型ロボット『シンカリオン E5はやぶさ』へと変形する。日本の安心と安全を守るため、ハヤトはE5はやぶさと共にバチガミへ立ち向かう。
テレビアニメ第1期のストーリー.
鉄道ファンの小学生・速杉ハヤトは、鉄道博物館の職員である父・速杉ホクトと一緒に東京駅から新幹線に乗る。東北新幹線「E5系はやぶさ」に乗るという約束で出発した旅は、ホクトが指定席券を忘れたため「E2系やまびこ」での旅となったが、ハヤトは普段忙しいホクトとの旅を楽しみにしていた。しかし、突然の鉄道博物館からの電話でホクトは大宮駅で下車することになり、旅は半ばで打ち切りとなってしまう。失意のハヤトだったが、ホクトから預かったタブレットに残されたIDカードを届けるためにホクトを追い、鉄道博物館のバックヤードへと迷い込み、普段とは違う様子で何かに対応するホクトの姿を目撃する。
鉄道博物館の地下にあったのは特務機関『新幹線超進化研究所』の大宮支部。「巨大怪物体」と呼ばれる存在への対応を目的とした組織で、巨大怪物体に対抗するために秘密裏に開発された人型変形ロボット「シンカリオン」を保有していた。大宮支部の格納庫には調査のために捕獲された巨大怪物体が保管されていたが、再起動して暴走し格納庫があと10分で破壊される状態におかれていた。ホクトは大宮支部指令長・出水シンペイとともに、この巨大怪物体への対処を迫られていた。ハヤトはこの様子をずっと覗き見ていたが、車掌型ロボット・シャショットに見つかり不審者と勘違いされる。騒動で職員にも発見されるが、シャショットの計測によりハヤトがシンカリオン運転士適合者であることが判明する。新人指令員・三原フタバはハヤトをシンカリオンに乗せることに反対するが、ハヤト自身は「お父さんの役に立てるなら」と志願。専用の「Shinca」受け取ってシンカリオン E5はやぶさへと乗り込み、シャショットのサポートを受けながら巨大怪物体の撃退に成功する。
ハヤトと同じ大宮支部の男鹿アキタのE6こまち、大門山ツラヌキのE7かがやき、月山シノブのE3つばさ、名古屋支部の清洲リュウジのN700Aのぞみ、北海道支部の発音ミクのH5はやぶさ、門司支部の大空レイの800つばめとシンカリオンの配備が進む。リンク合体も活用しながら巨大怪物体を撃退していくが、その中で数段異なる強さを持ち、会話・意思疎通が可能な巨大怪物体が襲来する。この時の巨大怪物体は後に、人類以前の種族であるキトラルザスのエージェントの1人・ゲンブであると判明し、これ以降ビャッコ・スザク・セイリュウら他のエージェントや、それらを束ねるイザの存在も表面化するようになる。なお、巨大怪物体が出現する際には「黒い粒子」（「ナノマシン」「ルクスヴェテ」などと呼称）が確認されており、超進化研究所ではこの粒子の調査・研究も始まる。
敵対するキトラルザス側にもシンカリオンが存在し、セイリュウのブラックシンカリオンは圧倒的な力を見せ付ける。西日本における指令体制構築のために京都支部に転属されていたホクトは、激化する戦いを見据えて大人が搭乗可能なシンカリオンの開発に着手する。こうして試作された500こだまは従来のシンカリオンを強化するクロス合体の機構を備えており、クロス合体したE5×500の超グランクロスでブラックシンカリオンの撃退に成功する。この戦いを通じてハヤトはセイリュウとの対話の可能性を考えるようになり、一方のセイリュウも戸惑いつつも興味を持つ。セイリュウはスザクの助けを受けて人間界を訪れ上田アズサと出会い、知らず知らずのうちにハヤトとも遭遇した。超進化研究所では西日本に五ツ橋ギン・五ツ橋ジョウ・霧島タカトラのトリニティも配備するが、キトラルザスとの対話も考慮されようになる。
一方のキトラルザスでは、「人類とは戦い以外の道はない」と考える旧世代のエージェントが帰還しつつあった。現代のエージェントは人類との対話の道を模索しつつあったが、中でもビャッコは自分たちの作戦が無に帰すことを危惧して焦り、自ら決着をつけるべく新たにドクターイエローに搭乗したリュウジやハヤトを地下世界へと誘い込むが敗北。ビャッコはこの敗北や、戦いに介入したトラメを妨害したことで、古い掟にしたがってカイレンにより胸の赤い石を抜かれて石化する。ビャッコの石化を知ったゲンブは、ソウギョクに対してカイレンにビャッコの意思を伝える時間を設けるように求める。承諾を得るとゲンブは自らシンカリオンを知るために人間界へ赴き、ソウギョクにシンカリオンの強さを見せるために戦い一方的に攻撃を受けて敗北する。ゲンブは倒れていたところを超進化研究所に保護されるが、当初は仲間のことを考えて心を閉ざしていたが、ハヤトやツラヌキとの対話を通じて態度を軟化させる。対話のために一旦地底世界へ戻ろうとするが、ソウギョクの計略により巨大怪物体化させられ意思とは関係なく暴走し、ハヤトによって胸の赤い石を破壊されることを望む。赤い石が破壊されたゲンブは石化するが、ハヤトは自分たちを守るためにゲンブが自ら石化することを選んだことを知り号泣する。
セイリュウはソウギョクから「ゲンブを殺したのはシンカリオン」と伝えられるが、言葉の真偽を確かめるべく再び人間界へと赴く。ハヤトから事実であると回答されるが、その真意を問う間もなくソウギョクの計略によって呼び戻され、怒りをハヤトに向けたままブラックシンカリオンでハヤトと戦うことになる。E5×ドクターイエローとブラックシンカリオンの戦いの最中に、ハヤトとセイリュウは精神世界で対話する。セイリュウの問いにハヤトは「ゲンブは仲間だ」と回答し、対してハヤトからは「好きなものは何か」と問われるがセイリュウは答えることができなかった。戦いは両機のグランクロスのぶつかり合いとなり、敗れたセイリュウがハヤトに「ハヤトたちを信じた自分の気持ちを信じる」「俺もシンカリオンが好きだ」と答え去っていった。決着後、セイリュウは地底世界には戻らず人間界を放浪していたが、再会したアズサから懇願される形で迷いながらもクレアツルスのと戦いに苦戦するハヤトたちを救援する。この行為によりトラメから「反逆者」として断定されるが、セイリュウ自身はしばらくハヤトたちとは一定の距離を保っていた。後にキトラルザスとの決別を決意しハヤトたちと共闘、適合率上昇に伴い進化したブラックシンカリオン 紅とともに大宮支部所属のシンカリオン運転士として認められる。同時にこの頃、空席となっていたN700Aの運転士にリュウジの弟・清洲タツミが就いていた。
大宮支部への正式加入後、セイリュウを仲介役としてイザとの対話が試みられる。しかしカイレンらの妨害によって失敗に終わり、カイレンの影武者との戦いにおいてE5×500はリミッターを解除した超グランクロスの使用を余儀なくされ、その結果リミッターの役割を担っていたシャショットが機能停止してしまう。影武者を退けたハヤトたちはイザの下にたどり着く。かつて八代イサブロウの名でプロジェクトシンカリオンに参加したイザは、かつての部下であるホクト・出水に対して人類とキトラルザスの双方にシンカリオンを与えて、その結果創造される未来が見たかったという思いを語る。しかし、カイレンは自らが審判者だとして人類は不要と考えイザと思想が対立しており、イザはカイレンを止める願いをこめてハヤトに「E5はやぶさ MkII」を託し、ハヤトとホクトを東京駅に送ることをスザクに命じる。1人残された出水にイザは地底世界が維持できないことを語り、もう一人いると意味深な言葉を投げかけて避難を促した後、イザ本人は崩れてきた岩の下敷きとなった。
一方でカイレン本人は地上への宣戦を布告し、黒い貨物列車で新幹線超進化研究所総合指令部がある東京駅へ向かう。直前には東日本ではソウギョク、西日本ではトラメが同時に出現したことでシンカリオン各機が対応に追われており、無防備となっていた東京駅には最終防衛手段の「中央迎撃システム」が展開される。ソウギョク・トラメを退けてE5はやぶさ・500こだま以外のシンカリオンが東京駅に集結するが、真の姿となったカイレンの前に圧倒されていった。ハヤトたちが帰還しE5はやぶさ MkIIが参戦すると戦況は互角となるものの防御を崩せずに攻め手を欠くが、突如復活したシャショットの励ましにより形勢優位へと傾く。最後はE5はやぶさ MkIIとブラックシンカリオン 紅のダブルグランクロスを受けてカイレンは倒される。
キトラルザスとの戦いは終わり、セイリュウ・スザクの2人は人間界で生活を送っていた。各地に以前倒した巨大怪物体が再出現する事象も散見されたが、E5はやぶさ MkIIを主機体とするオーバークロス合体により撃破していく。そんな折、行方不明になっていたソウギョクが再来し、ブラックシンカリオンを複製した「ブラックシンカリオン ナンバーズ」を駆使して、セイリュウからオリジナルのブラックシンカリオン 紅を強奪する。これによりセイリュウはハヤトたちと和解した後の記憶を失ってしまうが、シノブから一時代替機として運用され、現在は予備機として保管されていたE3つばさ アイアンウイングを借り受けて再来したナンバーズとの戦いに臨み、戦いの中で記憶を取り戻していった。
ソウギョクは、自分たちよりも古い時代に人間との共存を模索して潜入したキリンと接触していた。表向きは協力体制をとっていたが、その思惑は異なっていた。キリンは他者の運転士適合率をある程度推測できるアズサの得意な能力に目をつけ、協力関係に合った科学産業省に勤める倉敷ヤクモが超進化研究所司令員のフタバの幼馴染であることを利用して接触。この時ソウギョクはアズサを手中に収めようと誘拐を画策するが、アズサたちを「客人」として扱うキリンにより一撃を加えられ姿を消す。キリンはハヤトら運転士に試練を与えていたことを明かし協力を要求するが、拒否されると豹変して超進化研究所各支部にナンバーズを差し向けるとともに、自身はブラックシンカリオン オーガに乗り込んで東京都庁へと移動し日本政府との交渉を要求した。この件により今まで一般には秘匿されていたシンカリオンの存在が露見する。ハヤトは新造された923 ドクターイエローとのオーバークロス合体でキリンに挑むが、最新鋭の戦力をもっても互角の形勢であった。セイリュウはヤクモからブラックシンカリオンを返還され、キトラルザス同士で決着をつける決意でハヤトたちに仲間になってくれてありがとうと礼を述べ、キリンを無理やり地底世界へと押し込み、出入口を破壊して外界との接続を絶って相討ち覚悟の決戦に挑む。
セイリュウを案じるハヤトたちは、ヤクモの父でキリンに協力していた倉敷イズモがCEOを勤めるクラシキ重工が敷設していたトンネルを利用して櫻島の地下へ駆けつけ、セイリュウを説得して力を合わせてキリンを討つ決意を固める。
ヤクモが罪滅ぼしにフタバに連絡してきたトンネルのことで、出水は一つの疑問に対して答えを得ていた。かつてドクター・イザとの対話を求め地底世界に赴いた際、そこに「E5はやぶさ MkII」があることに引っかかっていたが、ヤクモよりクラシキ重工が地底世界に繋がるトンネルを作っていたことを知り疑問が氷解した。八代イサブロウだった頃のイザが地底世界に向かったのはE5が開発されるよりずっと前、その情報を知るはずがなかった。それなのに地底世界にE5 MkIIがあるのはクラシキ重工とソウギョクが繋がり、地底世界に超進化研究所の情報がリークされていたからなのだった。スザクも自分たちの世界と地上とがトンネルで繋がりがあることに、非常に驚いていた。
ハヤトとセイリュウはスザクからルクスヴェテを提供され、ブラックシンカリオン オーガを名古屋支部へと転送し、シンカリオン全機が集結して最終決戦へと突入する。しかしライジングモードを展開したブラックシンカリオン オーガの力は圧倒的で、シンカリオン全機は一時撤退を余儀なくされ、名古屋支部を脱出したブラックシンカリオン オーガは国会議事堂を目指す。高速で飛行するブラックシンカリオン オーガに追いつく手段がなく、頼りのルクスヴェテも残っていなかったため絶望的な空気となるが、研究所内にごく僅かに保管されていることが思い出され、また人々が「協力」することでルクスヴェテが増殖することが判明する。一般の人々はシンカリオンの一切が秘匿されていたことで不安や疑念を抱いていたが、アズサがこれまでに撮影・編集しながらも公開されることがなかった動画を公開すると払拭され、世間の支持と協力を得ることに成功し大量のルクスヴェテが確保される。スザクは、ルクスヴェテの増殖で復活したビャッコやゲンブと協力して名古屋支部との直通線路を作ることに成功し、ブラックシンカリオン オーガに追いついたシンカリオン各機は一斉攻撃を開始し、最後はE5 MkII オーバークロス ブラックシンカリオン 紅の攻撃によりブラックシンカリオン オーガは倒される。
劇場版のストーリー.
速杉家では速杉ハヤトが北海道への家族旅行のために荷支度をしていた。ハヤトは自室のクローゼットから父・ホクトが子どものころに「超進化速度」「長距離海底トンネル」などを描いたノートを発見するが、そのうち1ページが破かれていることを不思議に思う。北海道へ向かう道中に青函トンネルを通過する際にノートの話題に触れ、父も鉄道好きの少年であったことをハヤトは確信する。ニヤマ高原スキー場を訪れたハヤトは、ライブイベントで歌うミクと再会する。速杉一家と談笑するミクは、以前出現したがすぐに姿を消した「ゴジラのような姿の怪物体」がスキー場近くに再来するのを確認する。ハヤトとホクトは「雪のゴジラ」と名付けられた怪物体に対応するため北海道支部へ急行しシンカリオンで出撃するが、その強大な力に圧倒され、ハヤトがゴジラが放つビーム状の光の粒子の直撃を受け、ホクトはハヤトを救うべく手を伸ばし光の粒子へと突入してしまう。一方その頃、大宮支部ではシンカリオンを離れて地元に戻っていたアキタ・ツラヌキ・シノブが集められ、セイリュウを含めた4人でシミュレーター検査を受けるが誰一人として新型のシンカリオンには適合しなかった。
気を失ったハヤトは北海道支部の医務室で目を覚ますが、隣のベッドには見知らぬ少年が眠っていた。フタバとヒビキから状況説明を受けるハヤトは、例の見知らぬ少年が現場近くで発見されたこと、回収された923ドクターイエローが無人であったことを知る。ハヤトは大宮支部から急行した4人とアズサ、リュウジと対面するが、勝手にシミュレーターを使用した例の少年が適合者であることが発覚する。新型のシンカリオンとは何かを問うアキタらに出水は、キリンとの戦いの3か月後に宇宙の巨大人工物が地球に向かっていることが発覚したことで開発中だった「ALFA-X」の開発を急いでいたことと、今から数ヶ月前に北海道新幹線延伸のためのトンネル掘削工事中に見つかった地下空間から完成されたALFA-Xが発見され、同時に超進化研究所大宮支部のALFA-Xの開発データに起動データが書き加えられたことを明かし、万が一に備えてALFA-Xの運転士を探す必要があったと説明した。「ALFA-X」に適合した少年の素性を探ろうとするハヤトは、その口調が妹・ハルカに似ていることに気づき、父・ホクトの幼い姿であることに気づき困惑する。中学受験を控えながら「鉄道好き」であることに迷いがあった少年ホクトはその旨を吐露、その迷いをハヤトに肯定されたことで気を許していく。持っていたノートに「鉄道路線の夢」を描き、1ページを破いてハヤトに渡した。それでも本音は戸惑っていたハヤトであったが、母・サクラから「信じて待とう」と励まされる。
出水の説明した「宇宙の巨大人工物」の正体はメトロポリタン・ヴァルハラン。宇宙へと散らばったキトラルザスの一派「ヴァルハラン」の本拠地で、リーダー・ナハネが率いる時空間を操る「光の粒子」を持つ種族であり、光の列車から変形する光の機械神「ヴァルドル」を有していた。小田原駅付近に光の列車が出現しN700A・800・トリニティーが出撃するが、「光の粒子」の力で過去の時代・場所に転送されてしまい連絡不能の状態となる。続いて岩手県内にブラックシンカリオン オーガが出現、E5・E6・E3・H5・ブラックシンカリオン 紅とリュウジが搭乗する923ドクターイエローが出撃するが、こちらも「光の粒子」の力で別の時代・場所に転送されてしまう。
ハヤトが少年ホクトを探すとALFA-Xの前にいた。少年ホクトは青函トンネルの存在により自分が過去からやってきたこと、自分がハヤトの父親であることを察していた。そして、ハヤトと家族を悲しませないためにも自分は元の世界に戻ることを望み、そのためにALFA-Xに乗ることを決意する。E5 MkIIとALFA-Xは光の列車とヴァルハランが迫る東京駅へと急行するが、またも「光の粒子」の力で別の時代・場所に転送される。しかし、これはナハネや裏で糸を引いていたソウギョクにとっても計算外でありナハネの側近・オハネフによって即時呼び戻されるが、ハヤト自身は別次元の出来事は思い出せなかった。ヴァルハランの中でハヤトはナハネと対峙し、ナハネは地球に望みを叶える力があるというメッセージを受け取ったと伝え、人類から地球を奪い返すことを宣言する。直後ALFA-Xは操られE5 MkIIに対して攻撃を開始、少年ホクトは自らのノートを破り捨てることで「シンカリオンそのもの」の存在を消してハヤトを救おうとするがハヤトに説得されて思いとどまる。相変わらずのE5 MkIIの窮地は、駆けつけたゲンブのE5によって救われる。
一方でソウギョクの前には巨大怪物体化したビャッコが立ち塞がる。何のつもりかと問うビャッコにソウギョクは、シンカリオンとの最終決戦の後から宇宙に散らばったキトラルザスに対して「地球を去らなければならなかった問題は解消した」とのメッセージを送っており、それに最初に応えたのがヴァルハランであったこと答える。ヴァルハランはヴァルドルの完成のために未来の技術を欲しており、それに対してソウギョクは開発中のALFA-Xの存在を提供し、ヴァルハランは求める技術が「将来完成するであろうALFA-X」に搭載されていると踏んだが十分な量の「光の粒子」は残されておらず、偶然その頃に地中に埋まっていた膨大な「光の粒子」を人類が掘り当てたことを利用し、未来から完成したALFA-Xを現代へと呼び寄せたと続けた。
ナハネはヴァルドルを呼び込みALFA-Xを取り込み、光の列車に変形して東京駅へと向かう。対応できるシンカリオン不在の東京駅では中央迎撃システムを展開、光の列車は中央迎撃システムの中へと誘導される。一方ハヤトたちはヴァルハランの中に残されていたが、「黒い粒子」の影響で忘却していた別次元の出来事を思い出し、姿を消した他のシンカリオンたちも別次元にいるのではないかと推測した。ヴァルハラン上空の光の集合体を破壊するとシンカリオン全機が帰還すると、一斉に中央迎撃システムを目指す。再度変形したヴァルドルに対し全機が必殺技を使用するが通用しなかった。
その刹那、ブラックシンカリオン オーガが東京駅に襲来。乗っていたのはソウギョクから機体を奪い取ったビャッコであり、到着するとすぐブラックシンカリオン 紅とオーバークロス合体し、その攻撃によってALFA-Xの解放に成功する。ALFA-Xが解放されるとすぐさまE5 MkIIとオーバークロス合体し一気呵成に転じるが、「光の粒子」に護られたヴァルドルは堅固であった。ハヤトは逆に「光の粒子」を利用することでヴァルドルを倒すことを思いつき、スザクから転送された「黒い粒子」を利用して「光の粒子」を増幅させ、最後はアルティメットグランクロスでヴァルドルを撃破する。
戦いが終わると少年ホクトは姿を消していた。大人ホクトとの再会を喜ぶ速杉一家。ハヤトの傍らには少年ホクトから渡されたノートの1ページが残っていた。
テレビアニメ第2期のストーリー.
キトラルザスとの戦いから数年後。オカルト好きの小学生・新多シンは、ジャーナリストを志望する姉・新多アユともに碓氷峠鉄道文化むらを訪れていた。旅の目的は旧丸山変電所に現れた宇宙人と見られる謎の影の正体を探ることであったが成果は得られず、荻野屋で昼食をとっていた。姉弟で「夢」について意見をぶつけているとそれを聞いていた走り屋に絡まれるが、居合わせた少年・碓氷アブトやカメラマン・明星アケノに助けられる。アブトは何かの呼び出しに応じて急いで場を後にするが、アブトの持つ小型ロボットに興味を持ったシンはアブトを追跡し、再び碓氷峠鉄道文化むらへと辿り着く。
一般には秘匿されていたが、碓氷峠鉄道文化むらの地下には『新幹線超進化研究所 横川支部』が存在しており、今まさに巨大怪物体の対応に追われていた。アブトは自ら強化・改造を担当したシンカリオンZ E5はやぶさで巨大怪物体と戦うために駆けつけるが、適合率の低さからE5はやぶさは起動できず悔し涙を流す。一方、アブトを追って格納庫に潜入したシンは、目の前のシンカリオンが数年前に謎の怪獣と戦ったと噂される正体不明の新幹線型のロボット「テツドウダー」の正体だと確信する。現場近くの一般人（アケノ）に巨大怪物体が迫るがシンカリオンは出動せず、業を煮やしたシンはアブトに「シンカリオンは世界を救うんじゃないのか」と詰め寄る。その時、アブトが持つ小型ロボット・スマットの計測器がシンの高い適合率を表示する。アブトは迷いながらも起動に必要なZギアをシンに手渡す。E5はやぶさで出動したシンは、アブトやスマットの助けも受けつつ巨大怪物体の撃退に成功する。運転士になれない悔しさを島に慰められるが、アブトは複雑な思いでE5を見つめていた。
正式にE5はやぶさの運転士となったシンは、E235ヤマノテとのZ合体にも成功して強化されて再来した巨大怪物体をも退ける。その後は同じく運転士となった大曲ハナビのE6こまち、戸隠タイジュのE7かがやきとも協力して巨大怪物体を撃退していく。戦いを通じて地下空間に「黒い結晶体」（「ブラックストーン」「クサビ石」などと呼称。以下「ブラックストーン」とする。）の存在が発覚し、敵対するテオティを名乗る集団で目的がこのブラックストーンの破壊であることが判明する。戦いの激化に備えて主要メンバーの大宮支部転属が決定されるが、そんな折にテオティのワダツミの横川支部への潜入を許してしまう。シンは辛くもこれを撃破するが、ワダツミは去り際に宣戦を布告する。シンたちは大宮支部へと転属し、中州ヤマカサの800つばめ、安城ナガラのN700Sのぞみ、嵐山ギンガの500こだまと各地にシンカリオンZやザイライナーの配備は進む一方で、開発のキーマンであったアブトは「父さんの手がかりを掴んだから会いに行く」と言い残して姿を消す。アブトが旅立ってから間もなく突然襲来した「闇の新幹線」（ダークシンカリオン）が現れ、シンカリオンZ3機を相手に戦いを繰り広げる。かつて異動を巡りめがね橋の上での追いかけっこでアブトが驚異的な身体能力で自分の頭上を越えて回避した時と同じ動きに愕然となり、ダークシンカリオンの運転士がアブトだと気づく。想像だにしなかったアブトの背信行為に大宮支部に激震が走る。特にアブトの手で作られたスマットは混乱してアブトの記憶を封じようとし、一時シンのE5はやぶさは適合率不足の状態となりZ合体ができない状態に陥る。シンの協力により、スマットはシンとともにアブトを取り戻す決意を固め、時を同じくして大宮支部を襲撃したワダツミの迎撃で再度Z合体に成功するとともに適合率上昇によりE5ヤマノテは覚醒する。これによりワダツミは撃退され、ワダツミは全身を赤い結晶に覆われ活動を停止する。
アブトは、父からのメッセージと考える予知夢に出て来るダークシンカリオンに乗り込んでテオティに潜入していた。テオティの内部を探るために実質的指導者・カンナギの命を受けてダークシンカリオンに搭乗し、苦痛を堪えながらもシンたちと何度か戦ううちに、カンナギたちが「ザガン」と呼ぶダークシンカリオンの開発者が父・トコナミであることに気づく。アブトがどうやって宇宙空間にあるユゴスピアに来たのか疑問に思いつつもトコナミは数年ぶりの再会に驚きながらも失踪したことを謝罪し、アブトにダークシンカリオンの「デビルモード」の危険性を説き、そのダークシンカリオンの力で地球とシラユキを守って欲しいと懇願する。トコナミはテオティであることや設計図などは思念波として送っていたことを告白するが、「闇の新幹線」については送っていないと語り、アブトが利用されてユゴスピアに来させられたと告げるもプライドの高いアブトは敵に踊らされたとは認めたくなくて必死に否定する。その時トコナミはアストレアの気配を察し、アブトにカンナギの危険性を伝えようとするも一時的に声を奪われ、父親を人質にされたアブトは地球に戻るよう命じられ地球上のテオティの基地に監禁され、ソウギョクを伴って現れたアストレアは顔の上半分を常に隠す仮面を外して素顔を見せ、今まで地球では地球人の女性に変身し、女性カメラマンの明星アケノと名乗りアブトや運転士たちを騙していたことを明かしアブトを絶望させる。地球に降りた際、彼らと会うことがあっても余計なことを口走ればかつての仲間を害すると告げ、また、生きて父親に会いたければカンナギに仕えろとアストレアは脅迫した。
テオティとの戦いにはブラックストーンが重要と考えた超進化研究所は、地下空間を調査するための機能を備えたシンカリオンZ ドクターイエローを開発していた。運転士には安城シマカゼが抜擢され、大宮支部周辺では上野と横川に地下空間が発見された。上野の地下空間に赴いたシマカゼはカンナギと遭遇し、カンナギは「ダークシンカリオンがある限りテオティは止められない」と言い残して姿を消す。シマカゼはこの言葉から横川に地下空間に向かったシンの身を案じたが、案の定シンの前にアブトが立ち塞がっていた。シンとスマットは対話を試みるが、声を奪われているアブトからの返答はなかった。無反応の様子から父親を人質にされているとは想像できないシンたちはアブトが洗脳されている可能性を考えて攻撃を決断するが、アブトの反撃によって追いつめられブラックストーンも破壊されてしまう。シンは救援に駆けつけたシマカゼによって救われるが、戦いの衝撃により地下空間が崩落し双方ともに撤退を余儀なくされる。この戦いでシンは自らの戦闘能力不足を痛感する。一方でアブトはデアボルの襲来の際に声を戻されテオティの民を護ったことで事情を知らない民に英雄視され、そんなテオティの民との交流で先住民族であり地球を離れざる得なかった事情を知り動揺する。自分たち親子を引き裂き不幸を齎したテオティに対して憎しみしかなかったが、カンナギはテオティが憎いアブトを民の善意を利用して憎しみを向けられぬよう雁字搦めにし、先住民族の不遇と地球帰還を願う姿を見せて同情を誘い2つの種族の板挟みで悩み苦しめ嘲笑する。アブトは守るべき民をも道具として利用し同情につけ込むカンナギの策略に嵌まってしまい、人質にされたトコナミとテオティの狭間で葛藤するようになるが、それすらもカンナギの悪意に満ちた思惑の内とは知る由もなかった。
さらなるドクターイエローの調査により、岩手県の遠野と香川県の大歩危に新たな地下空間が発見される。この2箇所にはヴァルトムの計略による巨大怪物体が出現し、大歩危にはハナビ、遠野にはタイジュが派遣されこれを撃退する。この時タイジュは遠野でキトラルザスの1人・ソウギョクと遭遇しており、超進化研究所では以前から各地で目撃されていたソウギョクがテオティに組していることを確信する。これらの作戦を相次いで失敗したヴァルトムは手柄を求めて自ら巨大怪物体化してシンカリオンとの戦いに臨むが、片腕を失う深手を負ったことで王からは後方転属を命ぜらる。ヴァルトムはこれを不服としてクーデターを起こして王家の力を奪い、偶然目撃したセツラを人質として連れ去り地球へと向かう。セツラの身を案じたアブトは地球へと急行するが、セツラを駆け引き材料にもならないと判断したヴァルトムは排除を試み、アブトの救助の手は及ばずセツラは爆発の中に姿を消す。激怒したアブトはヴァルトムに攻撃を仕掛けるが、天井の崩落により気を失う。
一方でソウギョクはスザクの叱責によりテオティとの関係性に迷いを抱くが、アストレアにより退路を絶たれて竜飛崎で自ら巨大怪物体化し、初出撃の月野メーテルとH5はやぶさによって撃退されていた。実は1年前の2021年1月10日に偶然ソウギョクの通信を傍受し、出水の指示で動向を探っていたため、当初は対話を求めるもアストレアの監視と圧力によりソウギョクは拒絶せざるを得なかった。H5に敗れた後はヴァルトムの下から爆発を偽装してセツラを救い出して大宮支部に送り届ける、ザイライナー 261ホクトのZコード探索に助言するなど、超進化研究所に協力する姿勢も見られる。セツラと出会ったシンたちはアブトのZギアにセツラを保護した旨のメッセージを写真付きで送信するが、目を覚ました直後の曖昧な状態で写真を見たアブトはシンたちがセツラを連れ去ったと勘違いし、筋違いの怒りを燃やし大宮支部を目指す。一方で超進化研究所の総司令長・出水シンペイは東京駅中央迎撃システムの発動を決定、シンカリオンZ全機の出動を命じる。両親もセツラも守れない自分自身に対する怒りと無力感によりトレランティアを暴発させたアブトは命じられるままにダークシンカリオンでの戦闘を繰り返し、心を喰らう特性により精神を侵食されダークシンカリオンの神経中枢との融合を遂げる。青みがかった銀の髪が黒く長くなり、額と両頬にピンクの光る紋様が出て、瞳は光る金色になり激昂すると赤くなり、アホ毛の赤みの強いピンクのメッシュは真紅に変貌した。カンナギのマインド・コントロールにより心のかなり深い部分まで支配された結果、正気を失いヒステリックで冷酷な性情となり「デビルモード」を解放するものの、集結したシンカリオンZ全機の連携攻撃と超Z合体により圧倒され、グランクロスの撃ち合いで意識を失う。その直後、突如現れた明星アケノが実はテオティのアストレアだという正体を明かしアブトとセツラを連れて姿を消す。
テオティへの対応が検討される最中、ヴァルハランとの戦いの後に時空間を越えて彷徨っていたヴァルドルがニヤマ高原スキー場近くに漂着する。ヴァルドルはヴァルトムによって暴走させられ光の機械神へと変形するが、我が子を救うためにトコナミが超進化研究所に遣いとして送ったセツラがもたらした情報によりZ合体に成功したH5ホクトによってヴァルドルは沈静化される。ヴァルトムを殺してでも阻止すべくカンナギに呼び寄せられたアブトは肩透かしだったが、カンナギを優先して「父さんと母さんを守るためなら俺は鬼にも悪魔にでもなる」と言いつつ真に自分を愛し心配するトコナミを蔑ろにしトレランティア暴発以降は親子関係は悪化するばかりだった。そんな矢先、大宮支部に所属していた頃の同僚だったキトラルザスのキリンのことをアストレアに問われ、トコナミは嫌々ながら情報を差し出とすことになったが、アストレアにより巨大怪物体化させられたキリンは不本意ながらも因縁のシンカリオンZに戦いを挑む。シンカリオンを熟知するキリンの攻撃に窮地に追い込まれるシンたちだったが、自分たちの機体を研究開発したザガンという人物がアブトの父親だとセツラに教えられ、今は無理でも必ずテオティとの対話を実現させ共存の道を見つけてみせると宣言しキリンは敗れる。キリンはかつてトコナミとの会話や八代の言葉を思い出し、これ以降は傍観者として地球の行く末を見つめることをシンたちに告げて超進化研究所の保護下に戻った。トコナミはアブトを取り戻そうとテオティとの和解と共存を目指すシンの姿に、息子を救う希望を見い出す。
セツラはテオティの本拠地が宇宙空間に存在する小惑星に偽装した超巨大宇宙船「ユゴスピア」である情報も提供する。ヴァルドルは桜島の地下に設けられた超進化研究所の実験線へと搬送され、技術班によって「超進化銀河鉄道ヴァルドル」へと改修。ヴァルドルによってユゴスピアに運ばれたE5はダークシンカリオンと闘技場で対峙、苦戦しつつシンの有利となるもヴァルトムによりトレランティアの力を注ぎこまれたアブトは激情のままにデビルグランクロスを放ち、E5は宇宙空間に放り出されてしまう。トコナミの依頼を受けたテオティの戦士によって救出される。アブトは殺したと思ったシンが生きていることを知り、彼に寄り添うトコナミの姿もあり怒りに燃える。損傷したE5はトコナミによって修理され再戦に挑み、トコナミに呼応したテオティの戦士たちの協力やヴァルドルによって届けられたヤマノテとのZ合体をトコナミの支援を受けて成功させダークシンカリオンを撃破、アブトは正気を取り戻しカンナギの呪縛から解放された。一方でトコナミは依然強硬な姿勢を続けようとするカンナギとアストレアを危険視し、アブトにシラユキを託して、宮殿へと侵入してユゴスピアから宮殿を切り離してカンナギたちとともに宇宙に去る。
アブトはシンたちとともに横川に戻り、シラユキに数年前の父の失踪の真相を語る。ダークシンカリオンの処遇はアブトに委ねられるが、トコナミを助けて親子3人の幸福な生活を取り戻すためにダークシンカリオンと向き合う決意を固める。指導者不在となったテオティでは、セツラやバフラムたちが中心となり民たちが自分たちの力で生活を立て直そうと団結していた。その一方で、ヴァルトムはワダツミの亡骸に関与して暴走させ大宮支部へと差し向ける。ワダツミの発する波動に一時アブトは干渉を受けるが、シンたち仲間との絆によって機体を「ダークシンカリオンアブソリュート」に超進化を果たし、ワダツミを撃破した。ワダツミを撃破するとヴァルトムが出現し「王になる者の顔を覚えておけ」と宣言して姿を消すと、アブトは各地のブラックストーンの状態確認を依頼し「アラバキ」の存在を語る。一方でカンナギはダークシンカリオンを悪用した侵攻作戦に失敗し、アブトを奪還され、トコナミにより姉とともに宇宙空間を漂流する屈辱に逆上し、禁じられた「敗者必滅」のコードを使用して地球へと戻りシンカリオンZ全機との戦いに突入するが、この機に乗じたヴァルトムが現存していた全てのブラックストーンを相次いで破壊、地中から巨大な腕が出現してカンナギを取り込んだ。
各地のブラックストーン所在地の周辺にはアラバキの各部位が出現し、シンカリオンZ各機が各地のアラバキに分散対応することが試みられるが、アラバキは富士山地下への集結を目指していると考えられた。富士山地下のアラバキ本体の前ではヴァルトムと、アラバキに取り込まれたカンナギが対面していた。ヴァルトムがカンナギに服従を要求するが、カンナギはヴァルトムの隙を突いて奪われていた王家の力を奪還する。アブトやシンが富士山に急行すると、そこにはトレランティアを暴発させたカンナギの姿があり、その様子を憂いたアストレアはアブトにカンナギを救うことを懇願する。アブトとの一騎討ちでカンナギは正気を取り戻すが、カンナギは禁忌のコードの副反応により暴走してしまう。カンナギはアブトを追いつめるも駆けつけたバフラムとカマルスに押さえ込まれ、アブソリュートグランクロスによりコードを粉砕されて救われ、カンナギとアストレアは悔い改めた。
その直後、アラバキが完全復活を遂げる。ヴァルトムは勝利宣言するが、アラバキの力を制御できておらずヴァルトム本人を飲み込み、富士山頂へと移動して旧火口から根を伸ばして地球の中心からエネルギーを吸収しようとしてると推測された。シンカリオンZによる一切の攻撃はアラバキには効果がなく、アブトはブラックストーンの近くにZコードを隠したトコナミに一縷の望みをかけ、宇宙空間を漂う宮殿区画に急行してトコナミを救出し心からの抱擁を交わす。一方で超進化研究所では塩分によってアラバキが脆い結晶化する可能性が発見されるものの、具体的な作戦の立案には至らなかった。そんな折、トコナミによりシンカリオンZに秘められた力を知ったアブトからの通信によってアラバキ討伐の作戦が立案される。Z合体を果たしたシンカリオンZ全機やテオティの戦士によってアラバキ討伐作戦が開始され、まずは塩を利用してアラバキが地中に伸ばした根が全て絶たれる。続いて2機のシンカリオンダブルZがアラバキを持ち上げ、トコナミがユゴスピアのアンカーを打ち込みアラバキは地表から引き剥がされ、そのまま宇宙空間に引っ張り出されたアラバキとの最終決戦の時を迎える。2機のシンカリオンダブルZによるグランクロスを受けてアラバキは爆散、太古から続く破壊神との決戦に終止符が打たれた。
登場人物.
旧製品版.
旧製品版で設定されていたパイロット。
テレビアニメ第1期の人物.
キトラルザス.
巨大怪物体を裏で操る謎の存在。当初は「地の底より這い出し種族」「滅び行く種族」などと名乗ったが、後に「キトラルザス」という種族であることが判明した。人類以前に地底で高度な文明を発達させていたが、環境の変化に対応できず進化の道が途絶え衰退していった。キトラルザスを束ねるドクター・イザは、キトラルザスが生き残る道は人類と戦って住処を得る「戦いの道」、住処となる異なる星を探す「移住の道」、環境に対応して生き延びる「変革の道」のいずれかだと考えているが、現代のキトラルザスは「戦いの道」を選ぶ者も多い。
胸に赤い宝石のようなコアが溶け込んでおり、コアの輝きが弱まると石化が始まり、輝きが消えてしまうか何らかの要因でコアが胸部から抜かれた場合は完全に石化してしまう。また、古き掟により敗北や裏切りは厳格に許されなかった。
しかし、地上世界の侵略を強行するカイレンたちと、共存を願うセイリュウたちとに分裂し、最終的に対話を拒絶したカイレンたちをハヤトたちと協力関係となったセイリュウたちが戦い倒した。
また、武力による支配で異種族を受け入れさせようとするキリンも倒し超進化研究所の保護下に。
人類より長身の者が多く身体能力にも優れており、視覚はステルスに惑わされず金属や鉱物を見ることがでたり、地上の人類の耳では聴きとれない距離でも会話を聞くことができるなど五感も優れている。
現代のエージェント.
物語開始時点では以下の4人が登場している。当初はそれぞれが人間を観察しながら個々に挑んでいたが、敗北を重ね、スザクの提案により共闘するようになった。
種族の壁を越えて地上世界の人類と共存の道を選び、地球残留組と新天地探索組とに分かれ、新天地を求めて地球を離れたビャッコとスザクは一時的に太陽圏に戻りテオティの王カンナギを中心とするテオティの移住派と協力して宇宙に移住先の探索に再び旅立った。
旧世代のエージェント.
本編の10年前に人類に攻撃を仕掛けたファーストエネミー事件を引き起こした3人を指す。カイレンが指揮を執って人類に攻撃を仕掛けたが失敗に終わり、5年後に地球を離れて移住可能な星を探索するため宇宙に旅立ったが結局見つけられず、作中においてまずトラメが帰還し、追って他の2人も帰還した。3人とも好戦的な性格であり、滅びから逃れるためには人類に対し武力行使による道しかないという思想のため、ビャッコたち現在のエージェントとは反りが合わない。
最終的に共存を望むセイリュウたちと対立し、激闘の末に倒された。
テレビアニメ第2期の人物.
新幹線超進化研究所関係者（第2期）.
横川支部 / 大宮支部（第2期）.
横川支部は碓氷峠鉄道文化むらの地下に存在する超進化研究所の支部のひとつ。テオティとの戦いの激化とブラックストーンの分析のため、後に主要メンバーは大宮支部に異動した。
以下の人物は、#大宮支部（第1期）を参照。
以下の人物は、#現代のエージェントを参照。
その他の研究所職員（第2期）.
以下の人物は、#運転士（第1期）を参照。
以下の人物は、#大宮支部（第1期）を参照。
以下の人物は、#その他の研究所職員（第1期）を参照。
その他の研究所関係者（第2期）.
以下の人物は、#運転士（第1期）を参照。
以下の人物は、#その他の研究所関係者（第1期）を参照。
以下の人物は、#現代のエージェントを参照。
以下の人物は、#その他のキトラルザスを参照。
テオティとその協力者.
とはテレビアニメ第2期における新たな敵対勢力。見た目は地球人に似た姿だが、明らかに地球人とは異なる髪や肌の色合いや独特な耳の形をしており、地球人類よりも身体能力や五感が優れている。また、地球人と並ぶと大人と子供みたいに身長差のある長身であり、身体のどこかにタトゥーのような光る紋様や鉱物のような光るものを持つ。口内は青紫色。一部のテオティは変身を含めた超能力を有する者も存在する。
地球人類が誕生する以前に地球にいた先住民族であり高度な文明を誇った戦闘民族だが、アラバキの出現によって数が激減し、環境の変化によって地球脱出を余儀なくされ小惑星に偽装した超大型宇宙船ユゴスピアに避難した。その後は地球の環境復活を宇宙で待っていたが、その間に地球では新たに人類が文明を築いていたことから、母なる星がよそ者に盗まれたと思い込み、一方的に憎悪を抱くようになる。
政治形態としては王政を敷き、物語開始時点では老齢の王に代わり、実質的に指導者の地位は王位継承者である息子のカンナギに移っている。種族として地球奪還を掲げてはいるが、ヴァルトムはブラックストーン（クサビ石）を次々と破壊して先祖が苦労して封印した破壊神アラバキを利用して侵略しようと行動し、ワダツミはそれを黙認して戦いを優先し、カンナギはアブトを操ってダークシンカリオンによる侵攻を主張する一方でブラックストーンをアブトに破壊させ、復活させたアラバキを王家の力で操って地球人類を殲滅して地球をリセットしようと考えるなど、一枚岩ではない。
以下の人物は、#旧世代のエージェントを参照。
その他の登場人物（第2期）.
以下の人物は、#その他の登場人物（第1期）を参照。
ゲストキャラクター.
第1期第31話・劇場版・第2期第21話には特別編成の500系をベースとしたシンカリオン・シンカリオンZが登場し、それに伴ってテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』とのコラボレーションが行われた。ストーリーはいずれも主人公の夢の中という位置づけの番外編的なエピソードとなっており、物語本編には直接影響はしない。なお第2期第21話には、放送当時に『新世紀エヴァンゲリオン』のイベントを開催していた東映太秦映画村も登場した。
原作での設定などは新世紀エヴァンゲリオンの登場人物を参照。
敵.
テレビアニメ第1期の敵.
巨大怪物体（第1期）.
10年前に突如現れた正体不明のモンスターの総称。漆黒の新幹線やエージェントが「黒い粒子」を周囲の建物などに作用して変化させて出現させる。動力源などは一切不明で、形態も出現する度に毎回変化している。以下に作中に登場した巨大怪物体を列記するが、その名称は（エージェントの名称を除いて）超進化研究所が命名したもの。
クレアツルス.
旧世代のエージェントらが呼び出す地底世界に住まう生物達。環境の異なる地上で活動するため体内に黒い球体を取り込んでおり、球体が破壊されると地底世界へと強制送還される。
テレビアニメ第2期の敵.
巨大怪物体（第2期）.
シンが好むUMAや妖怪などに似た容姿の巨大怪物体も多く、それにちなんだコードネームが名づけられることも多い。ソウギョク登場後は第1期に登場した巨大怪物体・クレアツルスの再登場も見られる。
テレビアニメの概要.
第1期の概要.
『新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATION』（しんかんせんへんけいロボ シンカリオン ジ・アニメーション）のタイトルで2018年1月6日から2019年6月29日までTBS系列『アニメサタデー630』第2部で全76話が放送された。終了に伴いTBSでは本作を持って子供向けアニメおよび全年齢層を対象としたファミリー・一般向けアニメから撤退したが、2023年10月からスタートする「七つの大罪 黙示録の四騎士」にて復活する予定である。
各話リスト（第1期）.
サブタイトルは『○○!!××』に統一している（第21話と第65話は例外）。
この他、第19話までの内容を編集した総集編『団らん!!速杉家とシンカリオン』が配信限定で公開されている。
放送局（第1期）.
日本国外での放送（第1期）.
時間帯は全て現地時間。
DVD・Blu-ray（第1期）.
この作品を収録したDVD版が2018年12月21日以降、Blu-ray版が2019年1月30日以降順次発売。発売元はNBCユニバーサル・エンターテイメントジャパン。
第2期の概要.
『新幹線変形ロボ シンカリオンZ』（しんかんせんへんけいロボ シンカリオンゼット）のタイトルで、2021年4月9日から2022年3月18日までテレビ東京系列ほかにて放送された。第1期から数年後が舞台となり、新たな登場人物たちを中心とする物語が展開される。
各話リスト（第2期）.
この他、第15話までの内容を編集した総集編『スペシャル総集編！やりすぎ!?シンカリオンZ都市伝説ファイル』が配信限定で公開されている。
放送局（第2期）.
日本国外での放送（第2期）.
時間帯は全て現地時間。
DVD・Blu-ray（第2期）.
2021年9月29日以降順次発売。発売元はNBCユニバーサル・エンターテイメントジャパン。
DVD BOX
Blu-ray BOX
劇場アニメ.
テレビアニメ第1期の劇場アニメ『劇場版 新幹線変形ロボ シンカリオン 未来からきた神速のALFA-X』（げきじょうばん しんかんせんへんけいロボ シンカリオン みらいからきたしんそくのアルファエックス）が2019年12月27日に全国公開。DVDとBlu-rayが2020年6月26日に発売されている。興行収入は3億1900万円。
地上波ではこの劇場版の宣伝を兼ねてTOKYO MXで2019年7月7日 - 2020年12月20日の毎週日曜 10:30 - 11:00に第1期テレビアニメ全話が放送され、2021年1月3日には劇場版もTOKYO MXで初放送された。
登場人物（劇場版）.
劇場版オリジナルのキャラクターのみ記述する。
漫画.
『てれびくん』2015年11月号から2018年1月号までコミカライズ連載した。当初は玩具版をベースにする形であったが、アニメ版の放送開始を受けて、2017年12月号よりアニメ版をベースにする形にリニューアルした。その後、劇場版の制作を受けて、2019年8月号より劇場版のストーリーをベースにする形でコミカライズ連載を再開した（全5話）。また、『別冊コロコロコミックSpecial』2018年4月号 より『新幹線変形ロボ シンカリオン 超変形ギャグ外伝』のタイトルで同年8月号まで連載された。
ショップ.
テレビアニメと連動した店舗であるシンカリオンストアを期間限定で全国各地に出店していた。