日本における2019年コロナウイルス感染症の流行のタイムライン

日本における2019年コロナウイルス感染症の流行のタイムライン（にほんにおける2019ねんコロナウイルスかんせんしょうのりゅうこうのタイムライン）では、日本における新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行について、時系列順に記述する。
概説.
日本における新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の流行は、国内で蔓延しているウイルスのゲノム配列に基づいて、2つの波に分けることができる。国立感染症研究所の遺伝子研究から、第1波の変異株は、中国や東アジアの患者に流行している武漢型に由来すると特定されている。1月に中国からの旅行者や帰国者を介して日本に侵入し、3月には日本全国で多数の感染集団（クラスター）を発生させ、その後は消滅に向かっている。日本の医学的検診では、武漢から帰国した神奈川県在住者が1月16日に国内で初めての感染事例と確認された。2月5日から本格的な検疫が開始されたダイヤモンド・プリンセス号を基点とするウイルス株は、4月16日時点では検出されておらず、日本国内では既に終息したものと思われる。
第1波に続いて、フランス、イタリア、スウェーデン、イギリスの初期患者にさかのぼる欧州型の変異体に由来する第2波が発生した。日本の医学的検診では、3月11日から3月23日までの間に欧米からの旅行者や帰国者によって新たな流行が発生した可能性が高いと政府の専門家会議が結論づけた、3月26日に第2波が検出された。国立感染症研究所は、3月以降日本で流行しているウイルスの大半が欧州型であることを立証するデータを示した上で、積極的疫学調査による感染の発生源と濃厚接触者の特定が功を奏し、武漢型ウイルスの封じ込めには成功したものの、3月の行動制限の不十分さから、3月下旬から4月中旬にかけて欧州型ウイルスの輸入および国内での拡散を許したことが「強く示唆」されると結論づけている。4月上旬に地方で確認された大規模クラスターは、首都圏への出張が基点となっていたことが判明している。
欧州系統のウイルス株が全国規模で同時多発的に流行した後、欧州株から1、2塩基変異した、地域に固有のクラスターは5月下旬に少しずつ収束へ向かった。3月中旬から5月中旬に確認された症例報告数の増加は一旦落ち着いたことから、5月25日には全国に発出されていた緊急事態宣言がすべて解除され、6月19日には全国を対象とした県境を越える移動の自粛要請も全面的に解除された。しかし、6月上旬から感染者数が再び増加傾向に転じ、中旬以降、大都市および周辺地域において20代から30代の若い世代を中心に新規感染者数が再び増加しており、7月にかけて東京都を中心にクラスターの多発が確認された。それに並行して、7月上旬から地方でも検査陽性者数が増加した。6月中旬の段階で、欧州株（3月中旬）から比較して6塩基の変異を有するゲノム・クラスターが確認されており、これ以降、全国各地で確認されている陽性患者の多くは、ゲノム分子疫学上、このクラスターに集約されるものと見られている。6⽉19日から、十分な感染症対策を前提として部分的に経済活動が再開されているが、収束に⾄らなかった感染者群を起点とするクラスターが発⽣し、地⽅出張などが⼀つの要因になって東京⼀極では収まらずに全国各地へ拡散してしまった可能性が推察される。
その後、第2波が収束していない中で10月下旬頃から再び感染者が増加し、11月には第2波のピークを上回った。これは第3波とされており、観光等も原因になったとされている。11月18日には初めて1日の感染者が2,000人を超えたことが明らかとなった。
2020年.
日付は日本標準時 (JST) による。
第1波：中国・武漢発（1月から3月まで）.
第6週（2月3日–2月9日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は13例（疑い例を含む）。
第7週（2月10日–2月16日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は54例（疑い例を含む）。
第8週（2月17日–2月23日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は80例（疑い例を含む）。
第9週（2月24日–3月1日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は90例（疑い例を含む）。
第10週（3月2日–3月8日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は197例（疑い例を含む）。
第11週（3月9日–3月15日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は264例（疑い例を含む）。
第12週（3月16日–3月22日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は264例（疑い例を含む）。
第2波：欧州発（3月から6月まで）.
第13週（3月23日–3月29日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は730例（疑い例を含む）。
第14週（3月30日–4月5日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は1,710例（疑い例を含む）。
第15週（4月6日–4月12日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は3,044例（疑い例を含む）。
第16週（4月13日–4月19日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は2,913例（疑い例を含む）。
第17週（4月20日–4月26日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は1,965例（疑い例を含む）。
第18週（4月27日–5月3日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は1,218例（疑い例を含む）。
第19週（5月4日–5月10日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は507例（疑い例を含む）。
第20週（5月11日–5月17日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は230例（疑い例を含む）。
第21週（5月18日–5月24日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は154例（疑い例を含む）。
第22週（5月25日–5月31日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は297例（疑い例を含む）。
第23週（6月1日–6月7日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は326例（疑い例を含む）。
第3波（6月以降）.
第24週（6月8日–6月14日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は487例（疑い例を含む）。
第25週（6月15日–6月21日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は329例（疑い例を含む）。
第26週（6月22日–6月28日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は494例（疑い例を含む）。
第27週（6月29日–7月5日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は988例（疑い例を含む）。
第28週（7月6日–7月12日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は1,560例（疑い例を含む）。
第29週（7月13日–7月19日）.
この週の国立感染症研究所への症例報告数は2,291例（疑い例を含む）。
データ.
2022年3月時点の感染者数など。