畿内・近国の戦国時代

畿内・近国の戦国時代（きない・きんごくのせんごくじだい）では、畿内とその近国、おおよそ現在の近畿地方の室町時代後期、戦国時代について記す。
戦国時代の区分については諸説あるが、この項では狭義の戦国時代の始まりとされる明応の政変が起きた明応2年（1493年）から、戦国時代の下限とされる天正元年（1573年）までを戦国時代として扱う。
概要.
戦国期の畿内は天皇の許、足利将軍家が統治し管領の細川氏が将軍家を輔弼する首都・京都を擁する山城、守護不設置ながら興福寺が実質的に守護を担う大和、天文期に本願寺が大坂に本山を据えることになる摂津、国際貿易港・堺を要する和泉、三管領家の一つである畠山氏が守護を務める河内からなり、これらの5ヵ国は天下と総称されていた。またその周辺の朝廷、公家の荘園が多く存在した丹波、六角氏が支配し足利将軍が戦乱を逃れて度々滞在することになる近江などの近国についてもここに記述する。
戦国期の畿内・近国の政治情勢は、明応～永正期の足利義稙と足利義澄による二人の将軍の対立の地方への波及、永禄年間の三好氏と将軍の争いが地方に新たな政治機軸を創出させる等、畿内・近国のみならず日本列島各地の政治動向にも影響を与えた。一方で地方の戦国大名達も上位権力の承認を受けずに自らの支配の正当性を確立することは困難であり、京都の朝廷や幕府との結びつきを必要としていた。また楊弓会事件のように京都が地方の大名の政治抗争の場になるなど、畿内・近国の戦国時代は戦国期日本列島史において重要な位置を占めている。
研究史.
戦後、戦国史の研究では地方の戦国大名研究が活発に行われる中、畿内戦国史の研究は低調な状況にあった。だが1970～1980年代にかけての今谷明の研究を起点とし、今谷の研究を克服しながら畿内戦国史研究は進展していった。戦国史研究では、応仁・文明の乱によって室町幕府が崩壊したとする認識が戦後も大勢を占めていたが、今谷の研究により幕府は乱後も畿内に一定の権力基盤を有するという見通しが示された。その今谷も、明応の政変以降の幕府は細川京兆家の傀儡に過ぎないとしていたが、研究の進展とともに、明応の政変以降も幕府は一定の権力を有していたことが明らかにされていった。また今谷の研究も含め、畿内戦国史に関する研究は、室町幕府よりも細川政権に論点の重心が置かれていると批判されていたが、21世紀以降、畠山氏や六角氏などの大名等も含めた歴史像の構築が進められている。
戦国期の天皇・朝廷についても幕府・将軍と同様に権威だけの存在とされ、天皇・朝廷の持つ権力に関する研究はあまり行われていなかった。しかし、これについても1990年代以降、天皇を含め戦国期の朝廷・公家研究が活発になっている。
また畿内・近国の戦国史研究は、首都・京都や寺内町などの都市や惣村などの村落史、民衆史の研究が進んでいるのも特徴である。これら畿内戦国史の研究を支え、推し進めているのが現代まで残された豊富な文書群である。
御所の女官たちが書き継いだ『御湯殿上日記』や、京都の貴族たちが記した日記の他、関白・九条政基による、4年に及ぶ和泉国日根野荘での荘園経営の備忘録『政基公旅引付』も貴重な資料である。在地の民衆レベルでも、中世惣村研究史上最重要の資料群である『菅浦文書』や、丹波国山国荘の中近世文書なども、中世後期村落研究の重要史料として研究に活用されている。このように畿内・近国では村人自身が作成した文書・帳簿なども含め惣村文書・村落文書が豊富に残され、また荘園領主による村落関係資料も豊富である。
権門においても、奈良・興福寺の塔頭・多聞院で書き継がれた『多聞院日記』を始め、本願寺第10世宗主・証如による『天文日記』や、同じく本願寺の僧・実従による『私心記』などがある。『私心記』には、天文元年（1532年）に勃発した山科本願寺の戦いについての記載があり、中世においては稀な合戦の敗者の側による日記記録として注目されている。この他、興福寺大乗院門跡・尋尊によるとされる明応2年（1493年）の幕府による河内親征の際の陣立て図『明応二年御陣図』も、中世後期の河内国を描いた貴重な絵図資料である。
明応・文亀年間.
概説.
明応2年（1493年）2月、足利義材(義尹、義稙)は畠山基家討伐のために河内に親征を行った。守護大名らもこれに参加したが、各守護達にとって河内親征は畠山氏の内紛に過ぎず、前年の近江親征に続いての軍事行動は厭戦気分を招いた。
4月、管領・細川政元は日野富子や伊勢貞宗・伊勢貞陸と示し合わせて足利義材不在の京都でクーデターを起こした。政元らは義材を廃し新たに14歳の足利義澄（香厳院清晃）を将軍に擁立した（明応の政変）。政変を起こした動機について政元は、六角征伐・河内征伐のいずれも政元は反対したにも拘らず義材が強行した上に、政元自身をも討伐する意向を示したためと語っている。京都でクーデターが実行されると、河内に在陣していた守護達は各自撤退し幕府軍は瓦解した。
政元は河内に軍勢を派遣し、畠山政長を自害に追い込み義材を龍安寺に幽閉した。政元は義材を讃岐に配流させようとしたが、義材は畠山氏の守護管国の一つ越中に逃亡し、以後義稙系、義澄系に分かれて政権の座を争う状況が続くことになった。この抗争は地方にも波及し、各地方における抗争の中から戦国大名が生まれていったと考えられており、明応の政変は戦国時代の重要な政治的転機とされている。
その後、京都の中央政権では政所執事兼山城守護の伊勢貞陸が山城の一円知行を目指し、興福寺衆徒・古市澄胤を南山城二郡の守護代に任じて山城国一揆の弾圧に乗り出した。一揆を構成する国人達の中には細川氏と被官関係を結んでいる者もいたが、義材派の反撃が予想される中で同盟者である伊勢氏との対立を忌避した政元は一揆勢を救援せず、山城国一揆は崩壊した。明応4年（1495年）11月、畠山義豊(基家改め)の重臣である遊佐弥六が南山城に進出すると、これを敵視した政元は翌明応5年（1496年）8月、配下の赤沢朝経を山城に侵攻させ弥六を撤兵させた。翌明応6年（1496年）、政長の息子である畠山尚順が挙兵すると、これに危機感を抱いた政元と貞陸が歩み寄り、南山城三郡の守護代を朝経が、北山城五郡の守護代を政元の重臣である香西元長が務め、守護伊勢氏を細川氏の軍事力が支えるという体制が確立された。
北陸に逃れた義材は再上洛を目指したが、内衆の中では和睦上洛派と武力上洛派とで路線対立が存在していた。明応7年（1498年）春、義材は畿内に使者を派遣し帰洛交渉を行ったが不調に終わり、武力により上洛を目指すことで意見が一致した。明応8年（1499年）、義尹(義材改め)は朝倉貞景らの助力を得て上洛作戦を実行に移した。南方では尚順が紀伊から河内に進出。義尹も貞景とともに近江まで南下し京都に迫ったが11月、六角高頼が義尹軍に勝利し敗れた義尹は周防に逃亡した。12月には尚順も政元勢に敗れ紀伊に逃れた。
同性愛者で子供のいない政元には後継者がいなかった。そこで文亀2年（1502年）、九条政基の子を養子とした(細川澄之)。しかし阿波の内衆から異論が出されたため、阿波守護・細川義春の子、細川澄元も養子に迎えた。こうして政元は二人の後継者を抱えることになった。
文亀元年（1501年）3月、政基は九条家の荘園の一つ、和泉・日根荘に下向した。戦国期、公家の荘園が在地領主に横領されるなか「家門御下向」として荘園領主自らが荘園支配に乗り出すことがあり、政基も日根荘で直務にあたることになった。公家である政基は自前の軍事力を保持していなかったが、そんな中でも4年弱に亘って荘園経営を行い、永正元年（1504年）12月帰洛した。
年表.
明応2年（1493年）
明応3年（1494年）
明応4年（1495年）
明応5年（1496年）
明応6年（1497年）
明応7年（1498年）
明応8年（1499年）
明応9年（1500年）
明応10年/文亀元年（1501年）
文亀2年（1502年）
文亀3年（1503年）
永正年間.
概説.
細川政元の後継問題は政変に発展した。永正4年（1507年）6月、細川澄之が政元を暗殺。その澄之を細川澄元方についた細川典厩家の細川高国が襲撃し澄之は死亡した。こうして澄元は京兆家の家督を相続することになった。
京都での政治的混乱は、足利義尹にとって京都への復帰を果たす絶好の機会が到来したことを意味した。義尹は同年中に上洛を決意し翌永正5年（1508年）4月、周防守護・大内義興、伊予守護・河野通宣など中国・四国の領主たちとともに堺に上陸を果たした。この動きに澄元との関係が悪化していた高国が合流。不利を悟った澄元は、将軍の足利義澄とともに近江に出奔した。7月、義尹は上洛し将軍に復帰。高国は京兆家の家督を相続した。
近衛尚通が「そもそも世上の義しかしながら戦国の時のごとし」と自らの日記『後法成寺関白記』に記したように、政元の暗殺に端を発して、澄之の討伐と、澄元と高国の反目。そして義澄の没落と義尹と義興の上洛へと至る永正4年から5年にかけての目まぐるしい政情の変転は、まさに戦国的状況であった。
永正8年（1511年）、義澄と澄元は大規模反抗作戦を開始した。澄元は阿波から上洛し和泉上守護の細川元常、淡路守護の細川尚春、播磨守護赤松氏、その他義澄方の近江勢、畠山義英勢、細川政賢らとともに高国・義興連合軍と一戦に及んだ。しかし義澄はそれ以前に近江で死亡しており、奉るべき主君がいない中行われた船岡山合戦で澄元は敗れ、阿波に敗走した。澄元はこの後も京都復帰を窺い続けたが、細川成之と細川之持没後の細川讃州家立て直しのため、しばらく阿波を離れられない状態が続いた。
船岡山合戦の勝利で義尹政権は安定状態に入った。義尹は新たに御所を建設。義興は伊勢参りをするなど京都は落ち着きを取り戻した。
永正15年（1518年）8月、大内義興が帰国すると細川家内に確固たる支持基盤を持たない高国の立場の不安定さが露わになり、義稙(義尹改め)政権は動揺した。永正16年（1519年）11月には阿波に逼塞していた澄元が摂津に渡海し、高国と澄元との間で摂津を舞台に抗争が始まった。戦いは澄元勢が優勢で永正17年（1520年）2月、澄元が摂津・越水城を攻略すると高国は義稙とともに近江に逃れようした。しかし既に澄元と通じていた義稙は京都に留まり高国は単身近江に没落した。5月1日には三好之長が澄元の名代として義稙に出仕。義稙は澄元に京兆家の家督相続を承認し、各国の守護に任命するなど高国から澄元に乗り換えようとした。しかし義稙のこの決断は失敗に終る。
5月5日、高国は六角定頼とともに京都に侵攻し之長を等持院で破り自害させた(等持院の戦い)。澄元も6月に阿波で病没し義稙は高国と和睦した。しかし一度破綻した両者の関係を修復するのは難しく、永正18年（1521年）義稙は阿波に出奔し政権を失った。高国は義稙に代わって、新たに足利義晴を将軍として擁立することになった。
永正18年3月、後柏原天皇は践祚後21年目にして即位礼を行った。この践祚から即位礼まで21年も間隔があいた事について、以前は朝廷衰微、幕府財政の困窮の象徴のように語られていたが、時々の政治情勢に影響された結果であることが明らかになっており、現在ではこの説は否定されている。
年表.
文亀4年/永正元年（1504年）
永正2年（1505年）
永正3年（1506年）
永正4年（1507年）
永正5年（1508年）
永正6年（1509年）
永正7年（1510年）
永正8年（1511年）
永正9年（1512年）
永正10年（1513年）
永正11年（1514年）
永正12年（1515年）
永正13年（1516年）
永正14年（1517年）
永正15年（1518年）
永正16年（1519年）
永正17年（1520年）
大永・享禄年間.
概説.
大永5年（1525年）4月、細川高国は子の細川稙国に家督を譲り、14歳の将軍・足利義晴を18歳の管領・細川稙国が補佐する新体制が発足した。しかし10月に稙国が病没したため、高国が政務に復帰することになった。
大永6年（1526年）9月、高国は家臣の香西元盛を、阿波の細川晴元への内通を疑い自害させた。これに元盛の兄弟の柳本賢治、波多野元清が高国に強く反発し晴元と共闘するようになった。この好機に晴元は兵を起こし12月には堺に軍を派遣。高国が賢治に敗れ義晴とともに近江に出奔すると、自身も大永7年（1527年）3月に足利義維とともに堺に上陸した。晴元方は上洛戦を前に調略を行い高国方の但馬守護・山名誠豊を因幡守護・山名豊治に攻撃させた。また高国派の伊勢国司・北畠晴具をけん制するため、伊勢の国衆を高国不支持で纏め上げ、更に高国派であるはずの六角氏とも縁談を進めるなど綿密に包囲網を形成していた。義維は京都の警固を柳本・波多野兄弟に任せ、自らは堺に留まったため堺公方、堺大樹と呼ばれた。
10月、義晴と高国は六角定頼、朝倉宗滴とともに京都奪還作戦を開始した。しかし晴元方も丹波勢や三好元長を上洛させたため戦局は膠着状態に陥った。晴元方の元長と高国方の宗滴が和睦調停を試みたが失敗に終わり、不利を悟った高国は大永8年（1528年）5月、義晴と再度近江に逃れた。
その後高国は伊賀の仁木氏、伊勢の北畠氏、出雲の尼子氏などに支援を依頼したがいずれも不首尾に終わった。しかし播磨守護代の浦上村宗が支援を確約し、享禄3年（1530年）、高国は村宗と反抗作戦を開始し、摂津の諸城を攻略していった。これに近江の義晴・六角定頼も呼応し上洛を目指したが、晴元方の木沢長政や丹波勢らに阻まれ入洛することができなかった。
摂津戦線では高国・村宗が戦いを優位に進め、義維・晴元方は劣勢に立たされた。そこで晴元は阿波から三好元長を渡海させ、高国・村宗勢と対峙させた。元長は計略を働き高国・村宗軍に従軍していた播磨守護・赤松政村を高国・村宗方から離反させることに成功した。元長は弱体化した高国・村宗軍を天王寺の戦いで破り村宗は戦死し、逃れた高国も尼崎でとらえられ自害させられた。義晴・六角勢も近江に退き、義維と晴元は堺で政権を維持することに成功した。
しかし、堺公方府内では政権構想の違いが権力闘争に発展していた。柳本賢治は義晴のもとに義維を統合し、晴元を京兆家家督として据えようとしていたのに対し、三好元長は義維のもとで高国と晴元を統合させる考えを持っていた。享禄5年（1532年）、晴元は本願寺・証如と同盟を結び、一向宗を動員し堺の義維方の攻撃に向かわせた。21万という軍勢に包囲されるなか元長は自刃。義維も晴元方に捕らえられ堺政権は崩壊した。
年表.
永正18年/大永元年（1521年）
大永2年（1522年）
大永3年（1523年）
大永4年（1524年）
大永5年（1525年）
大永6年（1526年）
大永7年（1527年）
大永8年/享禄元年（1528年）
享禄2年（1529年）
享禄3年（1530年）
享禄4年（1531年）
天文年間.
概説.
天文元年（1532年）6月に堺政権を崩壊させた一向宗徒たちの活動は、歯止めの利かない状態になり畿内は騒乱状態に陥った。細川晴元は六角氏、法華宗徒を動員し一向宗徒たちの討伐に当たらせた。この対応は成功し、翌天文2年（1533年）6月、晴元と本願寺・証如は和睦し一向宗徒の活動は終息に向かった。天文3年（1534年）8月、晴元は初めて上洛し、9月には六角義賢の供奉により足利義晴も帰洛した。こうして京都に義晴と晴元による新政権が成立した。
一向一揆討伐に貢献し京都で勢力を伸張させた法華宗と法華宗徒だが、一方で同じく京に多くの門徒を抱える山門(比叡山)との関係に軋轢が生じていた。天文5年（1536年）3月、山門僧が京都で法華宗徒と宗論を行い敗れる事件が起こり、法華宗と山門との対立が決定的になった。7月、山門と六角氏が洛中の法華宗寺院を攻撃し、法華21ヶ寺が焼き討ちに遭い、約3000人が死亡した。また下京が全焼し上京も1/3が焼亡する大惨事となった(天文法華の乱)。
天文10年（1541年）、畠山氏の被官で、晴元の被官でもあった木沢長政が義晴・晴元に対して反旗を翻した。しかし天文11年（1542年）3月17日、同じく晴元被官の三好長慶が摂津で長政を討ち取り、長政の反乱は失敗に終わった(太平寺の戦い)。
天文12年（1543年）、細川高国の後継を標榜する細川氏綱が和泉・槙尾寺で挙兵した。氏綱は晴元が派遣した長慶に堺で敗れるものの、以降も河内守護・畠山稙長、河内守護代・遊佐長教と共闘し晴元と戦い続けた。その後、天文14年（1545年）の稙長の死去により一度は勢いを失った氏綱派たが、天文15年（1546年）8月、再度挙兵し氏綱と長教、政長流畠山氏の惣領名代・畠山政国らが和泉国堺を包囲した。9月、氏綱派は摂津国の国衆を糾合し、細川国慶が京都に侵攻したため、義晴は近江国に退避し晴元も丹波国に出奔した。晴元が劣勢に陥る中、義晴は氏綱との関係構築を模索し始め、10月には「武家（将軍、室町殿）、分国を氏綱に給う」とし細川京兆家の家督を晴元から氏綱に交替させようとした。
翌天文16年（1547年）、劣勢に陥っていた晴元の反攻作戦が始まった。2月、阿波国守護の細川持隆、三好長慶、三好義賢らを四国から招喚した晴元は氏綱派に与していた摂津国の諸城を攻略していった。これに対し義晴と嫡男の義輝は3月29日、山城国北白川城に籠城し晴元勢と対峙した。しかし晴元方は6月には前年氏綱勢により失っていた摂津国芥川山城を奪還するなど攻勢を見せたため、7月19日になって六角定頼の仲介により両者は和睦することになった。2日後の7月21日は摂津国舎利寺で氏綱方の遊佐長教が三好長慶に敗北した。さらに晴元は8月、長教らの追討のため河内国に出兵し、10月には国慶が洛中西北の大将軍で敗死したため、氏綱による2度目の蜂起は失敗に終わった。しかし天文17年（1548年）10月、晴元との関係が悪化した長慶が晴元方から離反し、氏綱方に転向したため氏綱勢は勢力を取り戻した。
その後晴元、氏綱・長慶の両者は摂津を中心に抗争を続けたが、天文18年（1549年）6月長慶方の十河一存が、晴元方の三好政長を摂津・江口で破り(江口の戦い)、敗れた晴元は義晴とその嫡男で、天文15年（1546年）に将軍位を譲られていた義輝とともに近江に出奔した。政権の主導権を握ることに成功した長慶は、晴元に代えて氏綱を京兆家家督に据えた。しかし義晴・義輝父子は近江に留まり続けており、将軍と京兆家を擁立することで正当性を獲得しようとしていた長慶の構想はとん挫した。当初、氏綱と長慶の関係には氏綱の政治的な主体性が見られたが、天文22年（1553年）頃には共同統治体制に移行し}、その後長慶が氏綱から権力を委ねられて実権を獲得した。
近江に逃れた義輝は、天文19年（1550年）に東山に中尾城を築くなど反長慶の戦いを続けたが、京都を奪回することは出来なかった(中尾城の戦い)。結局義輝は長慶と和睦することになり、天文21年（1552年）1月、6年ぶりに帰洛した。長慶も2月になって氏綱とともに上洛し義輝に出仕した。しかし両者の間は良好といえず、天文22年（1553年）3月義輝と長慶の関係は決裂した。義輝は京都郊外の東山霊山城に入城。さらに反長慶の戦いを続けていた晴元を赦免し、晴元方の丹波勢を動員し長慶と交戦状態に入った。対する長慶も四国から一族を渡海させ兵力の増強を図り義輝に対抗した。8月1日、長慶は東山霊山城を攻め落とし、敗れた義輝は近江・朽木に逃れた(東山霊山城の戦い)。
年表.
享禄5年/天文元年（1532年）
天文2年（1533年）
天文3年（1534年）
天文4年（1535年）
天文5年（1536年）
天文6年（1537年）
天文7年（1538年）
天文8年（1539年）
天文9年（1540年）
天文10年（1541年）
天文11年（1542年）
天文12年（1543年）
天文13年（1544年）
天文14年（1545年）
天文15年（1546年）
天文16年（1547年）
天文17年（1548年）
天文18年（1549年）
天文19年（1550年）
天文20年（1551年）
天文21年（1552年）
天文22年（1553年）
天文23年（1554年）
弘治・永禄年間.
概説.
弘治年間に入っても三好長慶と足利義輝・細川晴元の抗争は続いたが、弘治3年（1557年）、晴元の息女が六角義賢の猶子に入ったうえで本願寺顕如に輿入れしたことにより三者による同盟が締結された。これにより東方の晴元・六角氏と西方の大坂本願寺による三好包囲網が成立し、翌永禄元年（1558年）、義輝の上洛作戦が再び発動された。三好勢と将軍方は京都郊外でにらみ合いとなり戦局は膠着したが、永禄元年（1558年）11月になって六角氏の仲介により、義輝と長慶の間で和睦が成立。義輝は5年ぶりに還京し、久しぶりに京都に幕府が存在する状況が復活し、幕府と三好政権が並立する状況が生まれた。細川晴元はなおも反長慶の戦いを続けたが永禄4年（1561年）になって長慶と和睦し、永禄6年（1563年）摂津・普門寺で亡くなった。
天文末年以降の畠山氏権力内では遊佐長教暗殺の首謀者である萱振氏を討伐した安見宗房が台頭し、永禄元年（1558年）には河内守護・畠山高政が紀伊国に出奔する事態が起きていた。このような状況に対し永禄2年（1559年）、長慶は高政の河内国復帰を支援するために河内に出兵した。長慶は宗房を飯盛山城に逼塞させ、高政を高屋城に復帰させた。しかし永禄3年（1560年）になると高政と宗房は和睦し長慶と争うようになった。長慶は再び河内に侵攻し、敗れた高政と宗房は紀伊に逃れた。また三好氏の重臣・松永久秀が宗房と友好関係にあった筒井順慶を攻撃するため、長慶の河内攻めと連動して大和国に侵攻し、以後大和での支配を拡大させていった。河内を平定した長慶は永禄3年（1560年）11月、摂津芥川山城を嫡男の義興に譲り、自らは北河内の飯盛山城に本拠を移した。また南河内の高屋城には三好実休が入城し、和泉岸和田城には十河一存と一族を配置。京兆家当主・細川氏綱の拠る山城国淀城、淡路洲本城の安宅冬康や大和信貴山城・多聞山城の松永久秀も含め、三好氏は五畿内に強力な支配体制を構築した。
前述の通り永禄4年（1561年）、細川晴元と三好長慶との和睦が成立し、この時晴元の嫡男の昭元が氏綱の次に京兆家を継ぐことが決定した。しかし晴元次男の晴之の後見人である六角義賢がこの決定に反発し、三好氏と抗争中の畠山氏と連携し挙兵した。翌永禄5年（1562年）3月、畠山氏は久米田の戦いで三好実休を敗死させ、六角氏も洛中を占拠し三好氏は窮地に立たされた。しかし5月、教興寺の戦いで三好勢が畠山勢に大勝し畠山氏は紀伊に撤退。六角氏も三好氏と和睦し近江に退いた。教興寺合戦の結果、三好政権は全盛を迎えたが、永禄4年（1561年）3月には一存が死没。永禄6年（1563年）には長慶の後継者の義興が病没と、長慶を支える一門衆が相次いで亡くなった。永禄7年（1564年）5月、長慶は冬康を飯盛山城で自害させ、7月には長慶自身も43歳で亡くなった。三好本宗家は阿波三好家の義継が相続し、三好三人衆ら三好家の一門衆が義継を輔弼する体制がとられた。
義輝と長慶の後を継いだ義興の間は良好で融和的な関係にあった。しかし義興が永禄6年に亡くなると義輝政権と三好政権の並立状況に変化が起き始めた。義輝は御所の改修に乗り出し、上杉謙信に北条氏康との和睦を促すようになった。永禄8年（1565年）5月、三好勢は義輝に何事かを訴えるために御所巻を行ったが、その最中戦闘に発展し義輝は戦死した。三好勢は義輝の弟の足利周暠を殺害。もう一人の弟足利義昭も興福寺に幽閉されたが7月に脱出し近江に逃れた。この状況下、反三好勢力が期待をかけていたのは関東管領の謙信だった。義昭・畠山氏は謙信に上洛を求め、越前の朝倉氏も謙信に上洛を勧めた。しかし武蔵を巡って北条氏と緊張関係にあった謙信は上洛することは出来なかった。
義輝弑逆後の三好政権内部では不和が生じていた。同年11月、三好三人衆は義継に久秀と義絶することを迫り、義継・三人衆と松永久秀は断交した。久秀は畠山高政と安見宗房と同盟し翌永禄9年（1566年）2月、両者は和泉国上野芝で合戦し三人衆方が勝利した。追い詰められた久秀は堺に立て籠もったのち、5月に姿をくらました。その後三好三人衆と畠山氏ら反三人衆勢力との間で和睦が成立し、畿内国人たちへの知行割も実施された。永禄10年（1568年）2月、久秀が再び姿を現し堺で蜂起した。義継・三人衆・宗房らが討伐に向かったが、三人衆との関係が悪化していた義継が離反し久秀と通じた。久秀と義継は大和を根拠地に三人衆と争うことになった。4月、三人衆は大和に攻め込み久秀・義継と奈良で市街戦を展開。さらに8月には畠山氏が再度反三人衆方に転じ、畠山氏・安見氏・根来寺衆も大和に軍勢を派遣し三人衆と対峙した。この奈良市街戦は6ヶ月もの長期に亘ったが10月10日夜、久秀・義継軍は東大寺大仏殿に陣取る三人衆を急襲し、大和国の支配を維持した（東大寺大仏殿の戦い）。
永禄11年（1568年）3月、三人衆に推戴され足利義栄が摂津・富田で将軍位に就任したが、上洛することは出来ず9月に同地で没した。
一方、近江・矢島に逃れた義昭は朝倉義景を頼って越前に入国し、上洛のための馳走を各地の戦国大名に呼びかけた。その中から以前より供奉の意思を示していた尾張の織田信長が、隣国・美濃の斎藤氏を追放し上洛への態勢を整えることに成功したため、永禄11年（1568年）7月、義昭は越前を発ち信長の本拠地美濃・岐阜へ移動した。9月、足利義昭は織田信長に供奉され上洛し、その後畿内平定を完了させた。10月、京都に凱旋し15代将軍に就任した義昭は、五畿内各守護の再編を実施し京都の防衛体制の強化を図った。西方の備えとして摂津には和田惟政・伊丹親興・池田勝正の三守護を、河内には三好義継・畠山高政を守護として配置。さらに大和に松永久秀、西岡へは三淵藤英・細川藤孝を配置。東方の越前・近江の備えには信長が当たった。
信長らが率いる幕府軍の前に一旦は本国の阿波に退いた三人衆だが翌永禄12年（1569年）1月、早くも兵を動かし京都・本圀寺に義昭を攻撃した（本圀寺の変）。しかし守護や奉公衆らによる幕府軍がよく守り三人衆を撃退した 。
年表.
天文24年/弘治元年（1555年）
弘治2年（1556年）
弘治3年（1557年）
弘治4年/永禄元年（1558年）
永禄2年（1559年）
永禄3年（1560年）
永禄4年（1561年）
永禄5年（1562年）
永禄6年（1563年）
永禄7年（1564年）
永禄8年（1565年）
永禄9年（1566年）
永禄10年（1567年）
永禄11年（1568年）
永禄12年（1569年）
元亀年間.
概説.
義昭期幕府は足利義昭が天下の政治、織田信長は軍事とそれぞれで役割を分担のうえ統治されていた。しかし本圀寺の変後、信長は単独での将軍推戴に限界を感じ元亀元年（1570年）1月、各国の諸領主に触状を発し「武家御用」のため上洛を命じた。だが越前の朝倉義景はこれに応じず、同年4月、信長は朝倉氏の成敗に乗り出したが浅井長政の謀反により失敗に終わった。しかし6月には近江・野村で朝倉・浅井連合軍を徳川家康とともに撃破した。しかし敗れた義景は三好三人衆、浅井長政、本願寺・顕如とともに信長包囲網を形成し信長に対し抵抗を続けた。12月に勅命講和により一旦は和睦するものの、元亀3年（1572年）、義景は浅井氏、顕如に加え、甲斐守護の武田信玄も仲間に引きずり込み再び信長包囲網を形成した。信長は西方の本願寺と三好三人衆、東方の朝倉・浅井連合軍に挟撃され、同盟者の家康も遠江・三方ヶ原で信玄に大敗するなどし窮地に立たされた。しかし12月になって義景が越前に帰国したため、信長はひとまず危機を脱した。
義景の催促に応じて反信長の兵をあげた信玄は、越前に撤退してしまった義景を非難したが叛意させることは出来なかった。出兵の大義を失ってしまった信玄は自身の出兵を正当化させるため元亀4年（1573年）2月、将軍の足利義昭を反信長陣営に引き入れた。こうして信長に対して挙兵した義昭だが、信玄は元亀4年（1573年） 4月、信州・駒場の陣中で病没してしまい、7月には山城国・槙島で信長に敗れ義昭は京都から追放された。天正に改元後の8月には朝倉、浅井氏も信長の攻撃により滅亡。11月には河内・若江城の三好義継も信長配下の佐久間信盛に攻められて自害し、元亀の騒乱は終息した。
年表.
永禄13年/元亀元年（1570年）
元亀2年（1571年）
元亀3年（1572年）
元亀4年/天正元年（1573年）