B3 DNA結合ドメイン

 B3 DNA結合ドメイン（B3 DNA binding domain）あるいはB3ドメイン（B3 domain）とは、DNA結合ドメインの一つである。転写因子のみに見られ、現在までに40種以上の転写因子（ ）にて発見されている。それら全ての遺伝子において、B3ドメインは他のドメイン（AP2 DNA結合ドメインなど）と共に高度に保存されている(InterPro: IPR003340)。 
B3ドメインは100-120アミノ酸残基で構成され、7つのベータストランドと2つのアルファヘリックスを含み、DNA結合性偽バレル構造をフォールディングにより形成する（SCOP 117343）。この立体構造はDNAの主溝と相互作用することで、B3ドメインがDNAと結合することを可能にする。 
B3ファミリー.
"シロイヌナズナにおいて"、B3ドメインを含む転写因子には3つの主要なファミリーがある： 
 及び については、溶液NMRでの構造解析結果のみ判明している。
関連タンパク質.
エンド型制限酵素EcoRIIのN末端ドメイン。また、エンド型制限エンドヌクレアーゼ BfiIのC末端ドメインは、同様のDNA結合性擬似バレル構造を有している 。