日本における2019年コロナウイルス感染症の流行状況

日本における2019年コロナウイルス感染症の流行状況（にほんにおける2019ねんコロナウイルスかんせんしょうのりゅうこうじょうきょう）では、日本における新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行状況について述べる。
2020年1月15日、日本国内では、初の新型コロナウイルス陽性者として中国武漢への渡航歴のある神奈川県在住の30代の中国籍の男性が報告された。3月1日、厚生労働省はこれまでの集団感染事例から、「換気の悪い密集空間」（「3つの密」も参照）に行くことを避けるよう勧告した。2021年8月6日には、国内の累計感染者数が1,000,000人を超えた。2022年7月14日には、国内の累計感染者数が10,000,000人を超えた。
2023年5月8日までに日本国内の1日当たりの感染者数が最も多かったのは、2022年8月19日に確認された261,004人である。
統計.
死者数が1000人増えるまでの期間を比較すると、
となり、死者の増加ペースは急速に上がっている。
各都道府県の累積感染者・死亡者・退院者等の数は下表で示される。
日本では、感染者全体の正確な把握をめざす計画的な検査は行われていない。5月2日に神戸市立医療センター中央市民病院の研究チームの発表によれば、4月7日までの8日間に外来を受診した患者、1,000人の血液を検査したところ、2.7%が新型コロナウイルスに感染したことを示す抗体を持っていた。これは、約150万人の神戸市民のうち、41,000人に感染歴があったことになる。また、ソフトバンクグループが同社の従業員や医療機関の関係者など44,066件を対象とした抗体検査の結果では、陽性率が0.43％（191件）だった（任意提出であり無作為抽出ではない）。検査期間は5月12日-6月8日。検査対象のうち5,850件が医療関係者で、陽性率は1.79％。その他の陽性率は0.23％だった。
集団感染（クラスター）.
厚生労働省の勧告.
集団感染におけるクラスターとは、感染経路が追えている数人から数十人規模の患者の集団のことである。
厚生労働省は2020年3月1日、これまでの集団感染事例にスポーツジム、屋形船、ビュッフェスタイルの会食、雀荘、スキーのゲストハウス、密閉された仮設テントなどがあったとし、『換気が悪く、人が密集して過ごす空間、不特定多数の人が接触する場所に行くことを避ける』よう勧告した。
3月3日、共同通信は、独自の集計で日本における新型コロナウイルスの集団感染（クラスター）が全国で9件発生し、ここからつながりのある感染者数が80人以上になると報道した。これは調査対象となった感染者260人のうち約30%を占める。この調査では、1カ所で4人以上が感染したとみられる事例をクラスターとした。
3月15日、厚生労働省はクラスター全15箇所の地図を公開した。
4月24日、読売新聞が全国の新型コロナウイルス感染者（計1万1845人）を分析したところ、感染者集団（5人以上）の形成が31都道府県で125か所あると判明した。緊急事態宣言が発令されてから1週間、クラスターの追跡の必要性が改めて分かった。
クラスター発生事例.
病院 (院内感染).
2020年2月以降、各地の病院で集団感染が起こった。以下では院内感染だけでなく、病院および介護施設での感染事例も扱う。
4月21日時点で医療機関で感染した疑いがある医療従事者や患者は感染者数の1割近くに達した。
スポーツ関連.
スポーツジム.
名古屋市のスポーツジムで9人が感染する集団感染が起き、千葉県市川市でもフィットネスクラブの利用者4人の感染が起こった。
名古屋のスポーツジムで感染を拡大させたハワイから帰国した女性 (60代) の感染が判明したのは2020年2月15日で、スポーツジムで14人が感染、うち一人から別の場所で別の一人に感染したのが2月16日だった。このことから、名古屋市が2月15日の時点で、スポーツジムの詳細を公表し注意を呼び掛けていれば感染は防げていた可能性もあると指摘された。その後3月8日には、スポーツジムでの感染者からその家族などへ感染し、別の場所などで感染し、一方、緑区のデイサービス施設でも集団感染が起こったことが分かった。3月11日までに名古屋のスポーツジムからの集団感染者は45人となった。
卓球スクール.
新潟市の卓球スクールで集団感染が発生し、2020年3月9日までに8人の感染が確認、うち7人は卓球スクールや卓球大会などに参加し、1人はその家族だった。3月10日に新たに3人の感染が確認され、うち2人は卓球スクール関係者だった。
武道館.
愛知県警でクラスターが発生し、2020年4月8日までに警察官24人の感染が確認され、うち17人は1月から3月末まで愛知県武道館で剣道の稽古をしており、65人が参加していた。一緒に稽古していた大学生2人も感染し、また警察官の家族への感染が確認された。
愛知県警は、感染者と接触した可能性がある96人の警察官に対して自宅待機の措置を取った。
音楽・ライブ・演劇関連.
ライブハウス・ライブバー.
2020年3月4日、大阪府で新たに9人の感染者が確認された。このうち3人の感染者は、集団感染が疑われている大阪市都島区のライブハウス「大阪京橋ライブハウスArc」 で開催されたコンサートに行っていたことが判明。ライブハウスにいて感染が確認された2人は高知県と愛媛県から訪れていた。
また、大阪市北区にあるライブハウス「Soap opera classics」 でも4人の感染者が確認され、新たな集団感染となった。
2020年3月7日、札幌市中央区ススキノのライブバーで従業員3人と客2人の感染が確認され、集団感染の可能性について調査がされた。3月12日までにこのライブバーに関係する感染者は計16人となった。同バーは約40平方メートルの小規模な店舗で1日3回ライブショーの合間に客がカラオケを楽しむ形態で、中高年の常連客が多かった。札幌市は「歌うことで飛沫が出る。換気の良くない場所」で、感染リスクが高い場所だったと説明した。
東京都渋谷区のライブハウスLOFT HEAVENで2020年3月20日に開かれたイベントの出演者・参加者とその家族の感染が4月5日までに複数確認された。
合唱団.
岐阜県可児市の合唱団やスポーツジムで集団感染が発生した。可児市の2つの合唱団で2020年3月22日に最初の感染が確認され、27日までに7人が陽性だった。2月16日に美濃市文化会館で開かれた「中濃合唱祭」にはこの合唱サークルを含む29団体、約550人が参加しており、調査している。
和太鼓グループ.
2020年4月8日までに大分県竹田市の和太鼓演奏グループDRUM TAOの社員5人の感染がわかり、クラスター扱いとされる。この運営会社では55人が共同生活を送り、4月3日に社員20人が福岡の顧客と会食をしており、この顧客も感染が判明している。
舞台.
東京都新宿区の新宿シアターモリエールで2020年6月25日から7月5日に行われた舞台「THE★JINRO―イケメン人狼アイドルは誰だ!!―」で、出演者・スタッフ・観客など集団感染が確認され、7月21日の読売新聞調べで11都府県の115人に上り、感染者の職場の同僚や家族に二次感染が広がるなど被害が出ている。演劇関係では初のクラスター発生とみられる。小規模な劇場のため公演中は密閉状態となり、体調不良の出演者がいながら上演を強行した疑いや、一部の出演者は出待ちしたファンに握手やサインなどをしたり、出演者・観客ら800人以上が濃厚接触者と指定されるなどソーシャルディスタンス維持ができていなかった可能性があり、東京都は会場と主催者側に詳しい状況を調査する考えを示した。
2020年10月、埼玉県さいたま市の劇団の稽古場で稽古をしていた劇団員らが感染した。稽古の際は検温・消毒・換気などの対策を実施していた。13日までに、合計72人の感染が確認された。
野外フェスティバル.
2021年8月28日と8月29日に愛知県常滑市の愛知県国際展示場（AICHI SKY EXPO）の多目的広場野外ステージで野外フェスティバル「NAMIMONOGATARI」が開催され、同年9月6日までにイベントに参加した14人の感染者を確認しクラスターと認定。このイベントには約8000人が集まったが新型コロナウイルスの感染拡大防止策が不十分で、酒類の提供も行われていた。
酒場・飲食店.
屋台（さっぽろ雪まつり）.
国内外から約200万人の観光客が訪れたさっぽろ雪まつり（2020年1月31日-2月11日）を訪れた人の感染が北海道内だけでなく、千葉県や熊本県でも報告された。会場のテント内などで濃厚接触し、感染が広がった可能性があると指摘されている。東北大学の押谷仁教授は、多数の屋台がビニールハウスやプレハブ小屋で出店しており、「人が密集する閉鎖空間で食事をしている中に感染者がいれば、ウイルスは拡散しやすい」と指摘している。
屋形船.
東京都では、2020年1月18日に屋形船での新年会に参加した12人が感染した。
ナイトクラブ.
岐阜市の歓楽街柳ヶ瀬のナイトクラブ「シャルム」でクラスター（感染集団）が発生し、関係する感染者は2020年3月31日から4月8日までに34人となった。のぞみの丘ホスピタルや岐阜大学病院の精神科医師3人が、3月26日に同店を利用し、4日に感染が判明したため岐阜大学病院は謝罪、4月19日まで外来診療をやめた。また金沢市の岡部病院の医師一名も同店を利用しており、そこから4人の院内感染が発生した。入居ビルの別の飲食店を利用した客の感染も判明しており、エレベーターが感染経路となった可能性も指摘された。
ショーパブ.
鹿児島市天文館のショーパブ「new おだまLee男爵」で従業員・客など多数の感染者が判明し、7月12日までに同店関連の感染者は110人となった。店はアルコールジェルの使用推奨や店内の消毒、換気などの感染対策を取っていたが、雨や桜島の火山灰が降る時は出入口の開放ができなかったことが感染を広げたものとみられている。
英国風パブ.
2020年4月1日、宮城県仙台市の英国風パブ「HUB仙台一番町四丁目店」で9人の感染が確認され、クラスターが発生した。同店利用者の山形県の家族2名に感染が確認された。
大学の送別会.
京都産業大学の関係者を中心とする集団感染が発生した。2020年3月29日、男子学生5人の感染が確認された。うち4人はヨーロッパへの卒業旅行から帰国した学生であり、うち3人の感染が確認された。また、ゼミの送別会の参加者31人のうち14人の感染も確認された。京都産業大学は31日に22人の学生を含む32人の集団感染が確認されていると発表し、京都市は4月8日までに合計60人のクラスターが発生したと発表した。
4月8日までに京都産業大学に抗議の電話やメールが数百件寄せられ、中には殺害や放火予告を表明するものもあったという。また、京産大生が飲食店の入店を断られたり、アルバイトをクビになった事案もあったという。
その他.
住宅設備展示会.
北海道北見市で2020年2月14日と15日に開かれた住宅設備の展示会では10人が感染した。
美容室.
福岡県豊前市の美容室で6人の感染が2020年4月に発覚し、県内5例目のクラスターとなった。福岡県は「換気が不十分だった可能性など個別の条件が考えられる。この一例をもって美容院の感染リスクが高いとは言えない」と発表した。
建設現場.
大成建設は東京都内の建設現場で2020年7月15日までに同社従業員15人の感染が判明し、専門工事業者についても2名の感染が判明した。同社によれば建設現場では国や業界団体のガイドラインに沿ってマスク着用や消毒液の設置、間隔を空けた朝礼などの対策をしており、全ての工事を止めることはしないとしている。
相撲部屋.
力士などが一箇所に大人数起居する大部屋生活を原則とする相撲部屋においてのクラスター例が散見される。2020年4月に高田川部屋で複数名が感染する角界初のクラスターが発生 し、28歳の三段目力士である勝武士幹士が新型コロナウイルス感染症による多臓器不全で死亡した（勝武士は糖尿病の既往症があった）。その後も散発的に玉ノ井部屋、立浪部屋、荒汐部屋、九重部屋 などで親方・力士など日本相撲協会員が複数名感染するクラスターが発生している。
郵便局.
長崎県佐世保市の佐世保郵便局では、2021年9月6日までに計9人の規模のクラスターが発生、配達員全員が濃厚接触者に該当したため、全社員が出社不能に陥り（全国の郵便局では初めて）、郵便配達に大幅な遅れが生じている。
神奈川県横浜市磯子区の磯子郵便局では、2021年9月14日までに計29人の規模のクラスターが発生したため、9月15日以降、磯子区内の速達を含む全ての通常郵便物の配達を一時休止した。9月17日時点では、67人に拡大している。
クラスター対策の評価と課題.
WHOのテドロス事務局長は2020年3月13日、日本が「クラスター（患者集団）の早期発見・早期対応」という戦略をとって様々な取組を進めてきたことを高く評価した。
3月19日の新型コロナウイルス感染症対策専門家会議報告では、諸外国では数百~数千人の感染者数になるまで介入されなかったことが死亡者数の急増を引き起こしたのに対して、日本では少人数のクラスターから把握したために、感染症を一定の制御下に置くことができたとされた。
しかし、同報告では、日本のクラスター対策体制には、クラスター対策を指揮できる専門家が少なく、保健所における労務負担が過重でクラスター対策に人員を割けないことなど課題があるとされた。
変異株の流行.
2020年12月25日に、空港の検疫で国内初の変異株の感染者が確認された。
アルファ株（N501Y・イギリス型）.
イギリス型の変異株（アルファ株）はN501Yの変異が見られるが、これはスパイクタンパク質の501番目のアミノ酸がNからYに置換されたという変異を示している。
関西ではイギリス型の変異株が多く確認されており、2021年4月の関西圏の急激な感染拡大の原因の一つとされている。
その後、4月28日の東京都のモニタリング会議では、「都内の新規感染者のうち、N501Y変異株が6割を占めて、主流になった」という推計を報告した。
国立感染症研究所の4月6日の推定では、大阪府と兵庫県では2021年2月から変異株が急増し始め、3月中には半数が変数株となった。またこの状況が続くと、5月中にほぼ全てがN501Y変異ウイルスに置き換わると予測している。同研究機関は5月12日に、国内の新型コロナウイルスの9割以上が変異株に入れ替わったとの分析を発表した。
デルタ株（L452R・インド型）.
インド型の変異株（系統 B.1.617）は、主にL452Rの変異があるデルタ株（系統 B.1.617.2）とL452RとE484Qの変異を併せ持つカッパ株（系統 B.1.617.1）があるが、特に前者の変異株はWHOなどにより懸念される変異株 (VOC) にも指定され、日本においてもそれによる感染拡大が起こった。
またL452R変異は、日本人の6割が持っている白血球型「HLA-A24」が作る免疫細胞から逃れる能力があるとされている。
日本でも2021年11月22日時点で91,206人の感染が確認されている。
5月7日にはインド・ネパール・パキスタンからの入国者に6日間の宿泊施設での待機を求めることを決定した。
5月24日、インド型によるクラスターが初めて都内で発生した。
5月26日、厚労省に助言する専門家組織の脇田隆字座長は「（インド型への）置き換わりが起こる可能性は、かなり高いだろう」と述べた。
オミクロン株（E484A・南アフリカ・ボツワナ型）.
オミクロン株（系統B.1.1.529）はN501YとE484Aの両方の変異がある。2021年11月26日にWHOによって懸念される変異株（VOC）に指定された。
11月30日からは世界のすべての国や地域を対象に、外国人の新規入国を原則停止した。
2021年12月22日大阪府は、府内に住みオミクロン株に感染した3人について、感染経路が不明で市中感染にあたると発表した。市中感染は国内初である。
その他.
2021年6月1日、神戸市は新型コロナウイルスに感染していた50代男性の検体から、イギリス型（アルファ株）のN501Y変異とインド型（デルタ株ではなくカッパ株など）のE484Q変異を併せ持つ新たな変異株が初めて確認されたと発表した。
変異株ごとの感染者数は下表に表される。
検査体制.
検査体制への批判.
厚生労働省は2月18日、1日に最大3,800人の検査ができる体制を整備したと発表した。
しかし、2月18日から2月24日の間に実施されたPCR検査件数は約6,300件で、1日平均約900件だったことが各界から批判された。
1月17日から2月26日までの検査数は地域によって大きな開きがあり、神奈川県811件、東京都704件、和歌山県609件、千葉県300件、愛知県182件、一方、徳島県14件、群馬県13件、青森県12件、高知県7件、岩手県4件であった。東北医科薬科大学の賀来満夫教授は「検査の件数は感染者数や保健所のマンパワーなどによってどうしても地域で偏りが出てくる。和歌山の検査を大阪が協力したように、検査が比較的少ない地域が代わりに行うなど日本全体で協力しあっていく必要がある。そのためには国が率先して協力体制を整えてほしい」と話した。
5月2日には、神戸市立医療センター中央市民病院で4月7日までの8日間に同病院を受診した外来患者1000人の血液を検査したところ、33人（3.3％）から新型コロナウイルス感染後にできる抗体が検出されたと発表された。男性489人、女性511人の無作為抽出で、内訳は30代から80代の男性16人、女性17人であった。同病院の研究チームはこの結果から、緊急事態宣言が出る4月7日以前に、神戸市内ですでに2.7％に当たる約4万人に感染歴があったと推定し、PCR検査によって発表された感染者数の数百倍が感染していた可能性があるとしている。
血液専門医・内科医師の久住英二は、一度に多くの検体を処理でき遺伝子の抽出など一連の工程を自動で行える検査機器を日本は十分に備えていなかった。今は世界で争奪戦になっており買えなくなってきている。見逃された軽症者が普段通りに生活し感染を広げているのではないか と批判している。
医師会.
2月27日に東京都医師会は、PCR検査が必要だと医師が判断したのに保健所から拒否されたケースが相次いでいることを明らかにし東京都などに改善を訴えた。理由としては「現状では重症の肺炎患者を優先している」などという声が多かった。
日本医師会に3月3日までに寄せられた報告によると、地域の医師が検査必要と判断したものの保健所に断られ、検査可能な「帰国者・接触者外来」を紹介してもらえないケースが北海道と6つの県で合わせて30件あった。保健所からは「まだ重症ではない」「地域の検査能力が足りない」などと言われたとしている。また日本医師会は3月18日、医師が必要だと判断したのにPCR検査を実施されない不適切な事例が26都道府県で290件あったと発表した。
医師の批判.
日本の検査体制についてマスコミや医療界などからも批判がある。
上昌広医療ガバナンス研究所理事長も1日最大3,800人という点について「1日20万件以上も検査できる能力を持つ民間企業もあるのにも関わらず、厚労省は検査数を絞っているように見える」と述べ、背景には自らの管理下で検査を行うことで影響力を維持したい厚労省の政治的思惑や予算の問題がからんでいると主張した。また上はウイルスを検出するためのPCR検査についての厚労省による基準は「医学的根拠のない」ものとして批判し、症状が軽く風邪と誤認したまま感染源となっているケースがあると主張した。さらに上は、スイスの製薬会社ロシュの簡単な遺伝子検査キットを日本政府が「頑なに」導入しないのは、厚労省が検査方法を独自開発するために予算をつけたからだと述べた。しかし、厚生労働省健康局結核感染症課によれば、2月13日にはロシェ検査キットは使えるようになっており、国立感染症研究所のマニュアルでも従来のキアゲン (QIAGEN) 検査キットと感度は同等とされており、「日本政府が頑なに導入しない」という事実はないと反論した。
上は2月25日に放送されたTBSテレビのNEWS23において、日本の民間の検査会社の約100社は合計900ほどのラボを持っており、1日9万件検査が可能だとし、日本のPCR検査が韓国に比べて少ないことについて「厚生労働省がよほど（検査を）やりたくないのだなあと。そういうニュアンスを感じます」、国立感染症研究所は「『自分たちでやりたい』『自前でやりたい』という意識が強いと思うんです。自分たちで検査を開発する･･･その予算もついてました」「感染者を多く見せたくないんじゃないかというウラがあるような気がします」と述べた。
研究者の批判.
2月28日、テレビ朝日番組『モーニングショー』で白鷗大学の岡田晴恵特任教授が地方衛生研究所のデータは国立感染症研究所が掌握しており、ある感染研OBがデータを「自分で持っていたい」と言っていると告発した。
3月31日、山中伸弥京都大学iPS細胞研究所所長は5つの提言の中で、検査数が少ないから気付かず「オーバーシュート」は起こらない。無症状者などは専用の施設に入ってもらった上で同時に検査数を増やすと提言した。
4月6日、本庶佑京都大学名誉教授は提言の中で韓国やドイツに比べ5日までに検査を受けた人が約4万5千人で著しく少なすぎるとして、1日1万人以上に増やすことが重要だとしている。
中村祐輔シカゴ大学名誉教授は、感染症対策は事実に基づくべきなのに日本は検査数という分母が実態に即していない。科学的な統計として成り立っていない。
島田眞路山梨大学学長は日曜日の検査数が少ないことは検査体制の不備を示しており、国立大学医学部の活用など至急改善の必要があるとしている。
野党による批判.
立憲民主党の枝野幸男代表は「検査してもらいたいのに放っておかれているとの声があがってくる。わが国が持っている資源をフル稼働できていない」と批判した。
2月27日の衆議院予算委員会で、立憲民主党の川内博史議員は、国立感染症研究所から北海道庁に派遣された3人の専門家が「検査をさせないようにしている疑念がある」と指摘し、また日刊ゲンダイのインタビューに「政府は検査を拡大することで、多くの陽性患者が発覚することを恐れているのではないか」と述べた。同日、日刊ゲンダイは、感染者数を増やさないようにするため厚労省が「検査妨害」をしたと報じた。
批判への反論.
神戸大学病院感染症内科の岩田健太郎教授は新興感染症に対して場当たり的に大量の検査を行うことは不合理であると批判した。また、岩田は厚労省の症例定義にこだわりすぎ、一種のマニュアル主義に陥ってしまうことや、感染症の専門家ではない厚労省の医系技官が仕切っていると批判し、中国や韓国にもあるCDCは早急に日本にも作る必要があり、日本では軽症者が多いこの感染症を「指定感染症」にしたせいで医療を疲弊させており指定は解除すべきだと主張した。
臨床遺伝専門医の仲田弘美医師は2月23日に、現在の市中感染の段階では医療リソースは限りがあるため緊急度に従って優先順をつけることが肝要で、厚生労働省行政の批判だけをするのはアジテーションだと反論した。
血液内科医の中村幸嗣医師は2月27日に現在の市中感染の段階では、早期診断してもしなくても新型コロナウイルス患者の転機は変わらず、むしろ院内感染リスクが高まれば感染が拡大すると反論した。
神奈川県医師会は4月14日、菊岡正和会長名義で「神奈川県民の皆様へ」と題したメッセージの中で、「新型コロナウイルスのPCR検査の感度は高くて70%程度で30%以上の人は感染しているのに『陰性』と判定され、『偽陰性』となる」「正確で次の検査の人に二次感染の危険性が及ばないようにするには、一人の患者の検査が終わったら、すべてのマスク・ゴーグル・保護服などを、検査した本人も慎重に外側を触れないように脱いで、破棄処分しなければならない。マスク・保護服など必須装備が絶対的に不足する中、どうすればよいのか。次の患者に感染させないようにするために、消毒や交換のため、30分以上1時間近く必要となる」と医療現場の立場からPCR検査の問題点を挙げ、「専門家でもないコメンテーターが、まるでエンターテインメントのように同じような主張を繰り返しているテレビ報道があります。視聴者の不安に寄り添うコメンテーターは、聞いていても視聴者の心情に心地よく響くものです。不安や苛立ちかが多い時こそ、慎重に考えてください」「メディアなどで主張する専門家やコメンテーターは、そのようなことを考えたことがあるでしょうか」と、PCR検査ありきのワイドショーを中心とした報道姿勢に対し批判している。
都立駒込病院（第一種感染症指定医療機関）の今村顕史感染症科長は、現在の日本の状況では集団感染（クラスター）対策が最も重要であるとしたうえで、感染経路を把握するためにも濃厚接触者の検査は重要で、濃厚接触者ではない人を片っ端から検査することは望ましくないとする。無症状や軽症も多いという新型コロナウイルスの特徴から、その中に陽性者がいる可能性は否定できないが、安易な検査拡大で、病床・人員・防護服などの用品の不足などから、本当は避けることができる医療崩壊が始まるとする。軽症者でベッドが埋まり、防護具が減ると、コロナ患者だけでなく、それ以外の重症者も救えなくなるとする。また保健所も人数が限られていることも指摘したうえで、メディアは患者への配慮が足りないと批判した。
心臓外科医の澁谷泰介はテレビ朝日系『グッド!モーニング』の取材に、「PCR検査を今後増やしていくこと自体は大事なことではあるのですけれども、今現在、現場で不必要な検査が増えることは現場としては全く望んでいません。 もちろん基礎疾患があるですとか、感染している家族と濃厚に接触していたとか、プラスアルファのものがある方には積極的に検査をする、またはそれができるように検査数を増やすことは大切なことですけども、今現在、急場で検査数だけ増やしてくれと言われても、ちょっと難しいなというのが正直なところです」という見解を示した。
マスコミによる報道.
一部ではマスコミによる報道が恣意的であるという主張がある。特にテレビ朝日系『モーニングショー』では 新型コロナウイルスの感染拡大と政府の対策について不安を煽るような出演者（主に岡田晴恵、玉川徹、青木理など）の発言内容や番組制作のあり方について識者や世論の批判がしばしば起こっている（モーニングショー#新型コロナウイルス感染症の流行に関する報道を参照）。
また、同じテレビ朝日系の『グッド!モーニング』で放送された心臓外科医の澁谷泰介への取材では同番組が恣意的な編集を行ない、同番組が当初から主唱している「全員へのPCR検査実施を望む」かのような正反対の意見として報道したとされている。これについて、上智大学教授・元日本テレビ『NNNドキュメント』ディレクターの水島宏明は「検証も反省もない『訂正放送』でお茶を濁すままなら、この局にテレビ報道（ジャーナリズム）を務める資格はないはずだ。それをそのままでよしとするままなら、放送というメディアにもジャーナリズムの資格がないことになってしまう」とマスコミ全般に対しても主張している。
国立感染症研究所・厚生労働省の反応.
3月1日、国立感染症研究所は、上記の「PCR検査の拡大を感染研OBが妨害している」「検査件数を抑えることで感染者数を少なく見せかけようとしている」「実態を見えなくするために、検査拡大を拒んでいる」といった主張に対して、これらの主張は事実と異なり、職員や関係者を不当に扱うもので、新型コロナウイルス感染症対策へ悪影響を及ぼしていると反論した。
3月7日、厚生労働省は現在の日本の検査体制について、かかりつけ医が必要と考える場合には、すべての患者がPCR検査を受けることができる十分な検査能力を確保しているとし、国立感染症研究所・検疫所、地方衛生研究所、民間検査会社や大学などの協力のもと1日6,000件程度の検査能力を確保しており、3月末には8,000件を超えると発表した。
また、PCR検査の医療保険適用によって、帰国者・接触者相談センター（24時間対応）から紹介された帰国者、接触者外来で検査が必要とされたときは、保健所を経由することなく、民間の検査機関に直接、検査依頼を行うことが可能となった。かかりつけの医者が検査が必要と判断した場合には、帰国者・接触者外来を紹介受診し、検査を行う。地域の検査能力に限界があるために断られるということがないようにするとし、同時に、検査時間を大幅に短縮できる新しい簡易検査機器の開発を進めていくと述べた。
新型コロナウイルス感染症対策専門家会議.
5月4日、件数が少ない事について、韓国やシンガポールはSARSなどの経験を踏まえ検査拡充を進めていた。大量のPCR検査を行う想定をしていなかった日本ではコロナでも重症化の恐れがある人や濃厚接触者を優先するしかなく、急増した3月下旬以降も十分に対応できなかった。保健所や衛生研究所に業務が集中し過ぎた事や検体を採取する人やマスクや防護服の圧倒的な不足、民間の検査会社に検体を運ぶ業者の確保が難しかった事を挙げた。政府に対しては、検査を補う迅速診断キットの開発など質の高い検査体制の構築を求めた。
疑似症報告制度.
厚生労働省は疑似症報告制度を採用しており、ここでいう疑似症とは感染症予防法で「感染症を疑わせるような症状のうち、集中治療その他これに準ずるものが必要であり、かつ、直ちに特定の感染症と診断することができないと判断したもの」と定義されるものである。この疑似症報告制度によるPCR検査実施人数には、退院時の確認検査や、疑似症報告に該当しない検査、クルーズ船やチャーター便に関連する検査などは含まれておらず、実際の実施総数より少ない。
例えば、この疑似症報告制度の枠組みの中で報告が上がった2月18日から3月11日までの新型コロナウイルスに係るPCR検査の実施件数の総数は25,456件であったが、退院時の確認検査などは含まない場合の3月11日までのPCR検査の実施件数の累計は10,024件となる（下の表参照）。
検査制限.
厚生労働省は、2月に新型コロナウイルス感染に関する相談・受診の目安について「風邪の症状や37.5度以上の発熱が4日以上（高齢者や持病を伴うなど重症化の恐れがある場合は2日以上）続く」「強いだるさや息苦しさがある」のいずれかに該当する場合、保健所に設置された帰国者・接触者相談センターに相談するという指針を出していた。この指針に基づき「37.5度」という数字の印象が強く先行し、感染を疑われる人が相談・受診を過度に控えているとの指摘があった。また、目安に該当しないとして診察やPCR検査が受けられないケースも多発していた。
当時内閣総理大臣の安倍晋三は2月29日の会見で、医師がPCR検査が必要だと考えた時には「すべての患者が検査を受けられる十分な検査能力を確保する」と発言していた。
新型コロナウイルス感染症対策専門家会議委員の釜萢敏日本医師会常任理事は、4月22日の会見で「発熱後4日間の自宅待機ルール」に関して「普段あまり受診されていない方でも体調が悪い状態が4日も続くようなら受診してくださいという趣旨だった」と発言し、責任回避ともとれる言動に対して批判が続出した。
その後、5月8日に厚生労働省は「37.5度以上の発熱が4日以上続く」との表記を削除した新指針を公表した。受診基準の見直しを受けて、当時厚生労働大臣の加藤勝信は同日の会見で「目安ということが、相談とか、あるいは受診の一つの基準のように（とらえられた）。我々から見れば誤解でありますけれど…」「これについては幾度となく、通知を出させていただいたり、『そうではないんだ』ということを申し上げて、相談や受診に弾力的に対応していただいた」などと発言。加藤の発言に対して、あたかも検査制限について国民や現場（保健所）に責任を転嫁するようなものと捉えられ、SNSや著名人などから加藤や厚労省に対する批判が続出している。
届け出.
医師が患者を確認した際に保健所に提出する届け出は、規定の用紙に手書きしファクシミリで送信することになっていたが、現場での負担が大きいという声があり、5月6日からオンラインでの申請が可能となった。
医療.
医薬品.
ワクチン.
2023年4月6日時点で383,335,169回（内1回目：104,693,027回、2回目：103,364,208回、3回目：86,395,633回、4回目：58,405,782回、5回目：30,476,519回）接種が行われた。そのうち、オミクロン株対応ワクチンについては56,362,815回である。
社会・経済への影響.
新型コロナウイルスの感染拡大によって各業界へ影響が及び、また多数のイベントや行事などが中止・延期された。
その他.
医療体制の逼迫.
日本救急医学会と日本臨床救急医学会は2020年4月9日に声明を発表し、「救急医療体制の崩壊をすでに実感している」と危機感を示した。発熱などの症状がある病人を救急搬送しても病院に受け入れられず、殆どの場合救急救命センターで受け入れざるをえなくなっている結果、重症の救急患者の受け入れができなくなっていると指摘した。
日本医師会の横倉義武会長（当時）は2020年4月26日、福岡県の状況について「医療崩壊の一歩手前」と強い危機感を示した。PCR検査の体制拡充については「3月20日ごろから検査の拡充を訴えたが、政府はなかなか動かなかった」、政府の緊急事態宣言については「もう少し早く判断してもらいたかった」と指摘した。また日本医師会の中川俊男会長（2020年6月に就任）は7月22日に、「23日からの4連休を『我慢の4連休』としていただきたい」と述べ、県境を越える移動や不要不急の外出を避けるように呼びかけた。
日本感染症学会の学術講演会が8月19日から21日にかけて開かれ、この中で学会の理事長である舘田一博は「今、日本は第2波のまっただ中にいる。この先、どう推移するのか注意が必要だ」とする見解を示した。
12月に入り全国的に感染者が増大する中で、12月21日、日本医師会など医療関係9団体は合同記者会見を開き、新型コロナウイルス感染症の感染拡大と医療体制の逼迫を受けて「医療緊急事態宣言」を出した。日本医師会の中川会長は冬季に流行するインフルエンザと比較しても、新型コロナは「別格の脅威だ」と指摘。感染者の増加が止まらないことで、「誰もが平等に医療を受けられる日本の医療制度が風前のともしびになっている」と危機感を訴えた。
ただし、これらの主張に対し、国際政治学者の三浦瑠麗は「（指定感染症二類相当対応のために）ごく少数の病院だけにコロナ患者を集中させた結果、そこが悲鳴を上げている」と病院側の体制に不備があるにも関わらず、「全てを国民の責任にしている」と追及したうえで「なぜ医療体制がこんなに簡単に崩壊してしまうかについての分析はひとつもない」と批判 し、元厚生労働省医系技官で作家・医師の木村盛世も「毒性の強くない新型コロナを指定感染症二類相当（一部1類）という高いレベルに指定してしまったため、新型コロナ患者の受け入れ病院が限定されてしまった。これが医療崩壊危機の実態」と評している。
また、現場の医療従事者の一部からも「二類相当措置の見直しは必要」との意見もあり、日本赤十字社医療センター呼吸器内科部長の出雲雄大は12月17日のテレビ朝日系『報道ステーション』に出演し「濃厚接触者に認定されると基本的には2週間自宅待機しなければならない。当院では1度53人が濃厚接触者になったことがあり、全員にPCR検査をしたら陽性者は1人だけで、つまり52人は特に症状がなく感染もしていないのに、2週間働けない状況であった。当然人員が足りなくなり、病棟を閉鎖したり、外来や救急、手術を止めたりしなければならない」「入院は重症の患者さんを中心とするべきだと思う。濃厚接触者の洗い出しなどの作業を保健所等でしているが、そのようなマンパワーをほかに割いていくべきだ」と現状を訴え、現状の指定感染症二類相当からインフルエンザと同じ五類へ引き下げを主張した。また、感染者の入院調整などを担当する保健所からも同様の声が上がっており、大分県東部保健所長の内田勝彦（全国保健所長会会長）は、「私が勤める保健所では感染症法上で2類に分類される結核の報告数は年に30件ほどだが、新型コロナの報告は（12月上旬の）2週間で約80件。結核でいうと3年弱の業務量が2週間で押し寄せた。東京や大阪は、一気に通常の100倍以上の負担であり、土日出勤は当然で、深夜までの長時間労働で回していますが追いつかない」と状況を訴え、「2類相当という方針を、感染が拡大した地域だけでも変えるなど、柔軟に対応していただきたい」と提言している。
一方で2020年末から2021年に入り、感染した人工透析患者への対応が難しくなっており、日本透析医会でコロナ対策にあたるワーキンググループの菊地勘は透析分野では医療崩壊が起こっているという意見を表明した。
2021年1月13日、政府が既に同月7日に東京都など1都3県に発出していた特措法に基づく緊急事態宣言の地域に大阪府など2府5県を加えて追加発出を決めたが、中川日本医師会会長が記者会見で「現実は特に首都圏など緊急事態宣言対象地域において、通常の入院患者の受け入れを断るなど、すでに医療崩壊の状態になっている。さらに、このまま感染者数の増加が続くと、医療崩壊から医療壊滅になってしまう恐れがある」と危機感を表し、政府に全国的な緊急事態宣言も視野に迅速な対策を求めた。その一方で、一部の公立病院などにコロナ患者対応が集中し、民間病院のコロナ患者受け入れ態勢に不十分な点がみられるなど、特措法・感染症法の問題やコロナ患者の民間病院受け入れに消極的とされる医師会の問題が指摘されている にもかかわらず、中川はほぼ毎週行われている定例会見で、国民に対する「気の緩み」「自粛疲れ」といった精神的な問題などを批判し、緊急事態宣言の全国的な拡大や国民への行動制限を何度も訴えるなど、中川や日医に対して「国民任せだ」「上から目線で偉そうだ」などといった世論の反発も大きくなっていた が、その後、中川以下複数の日医執行部の役員が、まん延防止等措置適用中の4月に都内で行われた日本医師連盟の組織候補である自見英子参議院議員の政治資金パーティーに参加したことが明るみに出たことで、識者や世論による中川ら日医執行部へ対する批判がさらに拡大している。
新型コロナ患者の病床が増加させられない一因として、2020年から2021年冬季にかけての第三波で見られた点では、コロナ患者を受け入れる際は入念な感染防護対策が必要で、通常よりも人手や手間がかかるため、看護師らスタッフ確保の目詰まりがあることや、コロナが改善した後もリハビリが必要な高齢患者らの入院が長引いてしまうことが挙げられている。また、コロナ病床を大幅に増やせば、通常医療が圧迫されるという問題も指摘されており、2021年3月以降、国内では変異株に流行が置き換わったことで若年層でも感染・重症化しやすいとの指摘があり、入院患者や重症者数を徐々に押し上げ、さらに医療逼迫の大きな要因となっている。
2021年4月、まん延防止等措置が発令された都府県のうち、感染者が増大している大阪市、神戸市、仙台市内では急病人らの搬送先がすぐに決まらない「救急搬送困難事案」が増加しており、病床逼迫の影響があるとみられる。宮城県の仙台医療圏では新型コロナ患者の病床使用率が9割を超えており、大阪府でも吉村洋文知事は同月12日の会見で「重症の治療をしてくれている医療機関に対して新型コロナ以外の一般医療の一部の制限を要請し、コロナの重症者の病床を確保する。中身としては急ぎではない予定の入院や手術は延期を要請する」と一部の医療機関に対して医療制限を要請したことを公表している。この状況について日本医科大学特任教授の北村義浩は「（大阪府では）自分で治療法を選べない、死に方も選べない確率が高まっている。これはもう社会崩壊。医療崩壊ではなく社会崩壊に近い」と評している。
2021年7月、緊急事態宣言下での東京五輪開催の最中、首都圏を中心に感染者の増大が顕著に表れ、東京都では同月28日に一日の新規感染者が初めて3,000人を突破した。重症化リスクのある65歳以上の高齢者の感染者はCOVID-19ワクチンの優先接種の効果もあってか低水準で推移しているものの、この時点でワクチン接種が十分に行き届いていない40～50代を中心とした入院患者が増加している傾向が見られている。また、同年春に見られた「救急搬送困難事案」（前述）が再び増加しており、大阪で見られた新型コロナ専用病床の増床・確保とともに、医療機関に通常医療の制限を検討する通知を東京都が同月26日に出したことが明らかになっている。新型コロナウイルス感染症対策分科会の尾身茂会長は、同月28日の衆議院内閣委員会の閉会中審査で「医療の逼迫が既に起き始めているというのがわれわれの認識だ」と答弁し、翌29日の参議院内閣委員会の閉会中審査でも「今、まさに今までの1年半のコロナ対応の中で最も厳しい状況にいる」「このまま接触機会の増加が続くと、先般の大阪のように、自宅療養中に重症化して亡くなる人が出てくる。そういうことも当然、想定して今から対策を打つ必要がある」と答弁し、危機感を強めている。
8月に入るとこれまで首都圏中心の感染者の増大がさらに全国に波及した。同月10日には東京消防庁の救急隊が臨時編制した隊を含め全て出場中となり救急要請に応えられない状態となった。同月13日には全国の1日当たりの新規感染者が20,000人を突破する事態に陥った。総務省消防庁は同月11日に救急車が到着しても搬送先の病院がすぐに決まらない「救急搬送困難事案」が同月8日までの1週間に全国で2,897件あったと発表、7月の最初の週から1カ月余りで2.5倍に急増している。感染者の増悪による入院の調整も保健所などの業務逼迫により難航する傾向が出ており、特に東京都内では自宅療養者が20,000人を突破するなど、専門家は都内の医療提供体制は「深刻な機能不全に陥っている」と指摘する声がある。さらに同月15日までの1週間に「救急搬送困難事案」が全国で3,361件と急増し、コロナウイルスに感染した疑いがあるケースは約半数に上った。そのような最中で千葉県柏市で新型コロナウイルスに感染し自宅療養をしていた妊娠8か月の妊婦の容態が急変し、かかりつけの産婦人科医や保健所などで入院調整が行われたものの入院先が決まらず、その結果自宅で出産する事態となり、新生児は早産のため病院に搬送されたが死亡するといった事例が起きるなど、新たな問題も発生している。
8月22日、東京大学医学部附属病院の瀬戸泰之病院長は菅義偉首相と面会。瀬戸は「新型コロナウイルス感染症の医療が重要である一方で、コロナ以外の医療も重要なので、両立させることが重要だと首相に申し上げた」と、記者団に説明した。
8月23日、田村憲久厚生労働大臣と小池百合子都知事が会談し、都内の医療機関に対し改正感染症法に基づく協力要請を同日付で行う事を決めた。要請では不急の入院・手術の延期など通常医療の制限も視野に入れ、入院患者の受け入れ、病床確保、臨時の医療施設など都が要請した施設への人材派遣などに協力するよう求める。同法に基づく国の要請は初めてとなる。また、同日から東京都では増悪した自宅療養中の感染者が酸素投与を受けられる「酸素ステーション」の運用を開始している。
自宅・宿泊療養.
「第5波」感染拡大に伴う政府の自宅療養への方針転換.
2021年7月以降、デルタ株が全国的に蔓延している「第5波」では1日における過去最多の感染者となる都道府県が続出し、高齢者と比べてワクチンの優先的な接種に及んでいない若・中年層の増悪による入院搬送が増加傾向であり、特に東京都では入院調整が難航するなど緊急医療体制が逼迫を極めている。
菅義偉首相は8月2日、逼迫する新型コロナウイルス感染症の医療体制について「重症患者や重症リスクの高い方以外は自宅での療養を基本とし、症状が悪くなれば入院できる体制を整備する」と発言し、小池百合子東京都知事も「基本的に入院は中等症以上という仕分けになっている。宿泊療養、ホテル、自宅での療養がより安全になるために指示もしている」と答え、政府はこれまでの原則入院から中等症の人の一部を自宅療養とする、事実上の方針転換を決めた。さらに田村憲久厚生労働大臣は「重症リスク、例えば年齢とか基礎疾患とかでも比較的症状が軽くてリスクがそれほど高くない方は、在宅ということも含めて対応せざるを得ない」と、高齢者や基礎疾患保有者でも自宅療養となる可能性を示唆した。
政府の療養方針転換に際し、識者や世論のほか、与野党からも厳しい批判が相次いでいる。
このような批判に対して、菅首相は4日の記者の取材に「（対象は）東京や首都圏などの爆発的感染拡大が生じている地域で、全国一律ではない」と説明。「中等症でも重症化リスクのある方は入院していただく。自宅患者もこまめに連絡を取れる態勢を作り、悪化したらすぐに入院ができる」と理解を求めたうえで、「今回の措置は必要な医療を受けられるようにするためで、理解してもらいたい」と撤回しない方針を表明した。
一方で、田村厚生労働大臣は5日の参議院厚生労働委員会の閉会中審議で、「中等症は原則入院だ」「（肺炎で息苦しければ）入院するのは当たり前」と答弁し、政府方針に対する世論の不安に対して答弁を軌道修正しており、同日に政府は与党間の実務者協議で、与党の撤回要求を踏まえて説明資料を「入院は重症患者、中等症患者で酸素投与が必要な者、投与が必要でなくても重症化リスクがある者に重点化」と修正し、中等症でも原則入院の対象とすることを明確化することで事実上の方針修正に追い込まれた。
菅義偉首相は自宅療養者が酸素の投与が必要になった場合に『酸素ステーション』を設置して対処する体制を構築することを明言しているものの、医療関係者からは「自宅療養が長引き、症状が悪化した自力で動けない人をどう搬送するのか」という課題や「保健所が健康観察や緊急時の対応を一手に担っていることで、医療機関との接点がない在宅患者が増えており、保健所に連絡がとりづらくなり、結果的に救急要請が増える悪循環が起きている」という制度面の問題を指摘する意見もあり「即効性は期待薄」との見方がある。酸素ステーションを考案したとされる神奈川県医療危機対策統括官の阿南英明は「酸素ステーションは、あくまでもその人の病床が確保されるまでの時間稼ぎ。最終的なゴールというのは、やはり病床の拡大」であり、酸素ステーションは「使うべきではないです。使うような事態は異常」と語り、「酸素ステーション作れば解決するなんて、とんでもない」と菅の発言を厳しく批判している。
感染者・死者数の要因.
2020年.
日本経済新聞の矢野寿彦編集委員は2020年5月26日の同紙記事で、日本の感染者数や死亡者数などの数値は台湾や韓国などと比べても遜色ないものであるが、日本の対策はデータを重んじる合理性や一貫性を欠いていたと指摘し、「勝因」を分析する必要があるとしている。2020年5月中旬までの時点において、日本を含む東アジア諸国は欧米諸国に比べて、新型コロナウイルス感染者数も死亡者数も圧倒的に少ないが、これには遺伝的な要因が関連しているという指摘がある。
麻生太郎財務相は6月14日の参議院財政金融委員会での答弁で、日本で死者数が少ない理由について「（海外から理由を問う）電話がかかってきた。国民の民度がちがうというとみんな黙る」と答弁し、国民の協力が要因にあるという認識を示した。
京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥所長は、日本人の死亡者が少ない背景には何らかの隠れた要因があると推測し、これを「ファクターX」と命名している。
一方で、他のアジア諸国と比較した場合、日本の2020年5月時点までの人口10万人当たりの死亡者数は0.56人と、フィリピン（0.77人）に次ぐ2位の多さとなっており、韓国（0.51人）や中国（0.32人）、台湾（0.03人）等を上回っている
2021 - 2022年.
日本の2021年の平均寿命は、2020年からわずかに下がったが（女性0.14、男性0.09歳）、2019年よりも高かった。
日本は世界で最も高齢化の進んだ国であり、COVID-19は高齢者の死亡リスクが高いため、死亡率が高くなることが予想された。しかし、実際には、ニュージーランドやオーストラリア、ノルウェーなどと共に死亡率の増加（2019年12月 - 2021年12月）が最も少ない国のひとつとなった。<br>東京慈恵会医科大学の研究グループは、その要因について分析し、COVID-19の超過死亡率は「60歳平均余命（60歳の人があと何年生きられるかの平均値）の長さ」が最も強く相関していると結論した。「60歳平均余命の長さ」は、「高齢者に肺炎球菌やインフルエンザのワクチン接種を促す地域プログラムがある」「高齢者にやさしいコミュニティがある」「バランスのとれた栄養」「適度な運動」「助け合い精神」「誰でも高度な医療を受けられる地域医療の質の高さ」などの、総合的な指標のことであり、平時の努力の積み重ねのうえに改善される。つまり、平時から予防できる病死を確実に予防できる国では、パンデミックに対してもレジリエント（回復力、抵抗力）があると述べている。
広島大学の研究グループは、国民がマスク着用やソーシャルディスタンス、手洗いなどの感染予防に取り組んだことで、インフルエンザや肺炎球菌などCOVID-19以外の感染症が著しく減少したことを明らかにし、基礎疾患がある人や高齢者などの疾患の予防のために、行動変容を行うことは意義があると指摘した。
2021年3月3日 - 11月30日（デルタ流行期）の日本のデータでは、ワクチン接種はCOVID-19の患者数を33％（56万4596人）、死亡数を67％（1万8622人）抑制したと推算された。この試算は直接的な効果のみだが、ワクチン接種には間接的な効果もあり、全体の接種率が高くなると感染の連鎖や医療の逼迫が起こりにくくなるため、感染や死亡を抑制する効果はさらに大きいと考えられる。
2023年.
2023年1月23日、アメリカの感染対策を主導したアンソニー・ファウチは、NHKのインタビューに答え、日本のCOVID-19対策がうまくいったのは、『3密の回避』とマスク着用をしっかりと守ったからだと評価した。
2023年2月15日現在、G7（先進7ヶ国）で10万人当たりのCOVID-19による2020年からの累積死亡者数は、日本は55人であり、アメリカ337人、イタリア311人、イギリス307人、フランス255人、ドイツ200人、カナダ135人と比べて最も少ない。
超過死亡については、
日本の人口動態統計データを用いた厚生労働省研究班の分析では、2020年は過去5年のデータに基づく予測死亡数よりも平均で3.5万人少なく（過小死亡）、2021年は平均5.2万人の超過死亡、2022年は平均11.8万人の超過死亡がみられた。2020 - 2022年末までに報告されたCOVID-19の累積死者数は5万7千人で、累計超過死亡数は平均で13.5万人だった。