2016年度新人選手選択会議 (日本プロ野球)

2016年度新人選手選択会議（2016ねんどしんじんせんしゅせんたくかいぎ）は、10月20日にグランドプリンスホテル新高輪国際館パミールで行われた第52回のプロ野球ドラフト会議である。大正製薬が特別協賛しており、公式名称は「プロ野球ドラフト会議 supported by リポビタンD」。なお、大正製薬は2016年度からNPBパートナーになっている。
概要.
1巡目指名のみ入札抽選を行い、重複の場合は抽選を繰り返し、12球団の選択が確定するまで入札を行う。なお、今回から1巡目指名が重複した際の抽選くじは、当たりの場合には「交渉権確定」の印、外れの場合は白紙に変更となった。
2巡目以降はウェーバー方式で指名を行う。なお、2016年度のウェーバーの優先権はセ・パ交流戦で勝ち越したパシフィック・リーグが獲得している。3巡目は指名順が逆になり、その後は交互に折り返して指名する。
新人選手選択会議で87名、育成選手選択会議で28名が指名され交渉権が確定した。
球団別選択選手一覧.
球団名はウェーバー順。育成選手入団で太字は、後に支配下登録された選手。