南京事件

南京事件（ナンキンじけん）は、日中戦争初頭の1937年（昭和12年/民国26年）12月、大日本帝国軍が中華民国の南京市を占領した際、約2カ月にわたって多数の中華民国軍の捕虜、敗残兵、便衣兵および一般市民を殺害、略奪、強姦、放火したとされる事件。この事件の実否や実態などについては、これまで数多くの疑問が出されており、多くの学説が示されるなど、現在まで論争のもとになっている。この事件の呼称は「南京事件」以外にも、様々な呼称がある（後述）。
第二次世界大戦の終戦後、この事件の存在は極東国際軍事裁判（東京裁判）で認定され、事件に関する責任が南京軍事法廷や極東国際軍事裁判で裁かれた。この事件の存在を認定した極東国際軍事裁判は、現在でも正当性や是非をめぐる議論が続いている（）。南京軍事法廷についても、死者数について「総数は三〇万人以上に達する」としているが、当時の人口は20万人であったことなどが後に判明しており、信頼できる判決であるかは疑問が残る。
事件の真相には不明な点があり、各史料に食い違いが多いため、事件の規模、虐殺の存否、戦時国際法違反か否かをめぐる論争や、犠牲者数をめぐる論争が存在しており、この事件の実否は確定していない。日本国政府は「非戦闘員の殺害や略奪行為等があったことは否定できないが、被害者の具体的な人数は諸説あり認定できない」と主張している。
一方、産経新聞は、2021年3月に阿羅健一が外務省に南京事件の根拠となった資料の公開を求めたところ、2022年1月に「該当文書を確認できなかったため、不開示（不存在）とした」との通知があったと述べていると報じた。
2023年4月3日の参議院決算委員会において、南京事件における根拠となる文書は外務省内には存在しない、という初の国会答弁が出た。質問者の和田政宗によると、答弁にあった『戦史叢書　支那事変陸軍作戦』で一般住民を日本軍が意図的に殺害したとの明確な記述はこれらの資料からは得られず、「南京付近の死体は戦闘行動の結果によるものが大部分であり、計画的組織的な虐殺とはいいがたい」と明記されている。と述べている。
なお、歴史上「南京事件」と称される出来事は1913年9月（1913年の南京事件）、1927年3月（1927年の南京事件）にも存在したが、単に「南京事件」というと一般には1937年の本事件を指す。
南京戦.
南京戦の概要.
1937年11月、上海戦で中国軍を撃破した日本軍は、首都南京に向かい進撃を開始した。10月29日、蔣介石は国防最高会議で遷都を説き、長期抗戦実施のため重慶に遷都し四川を抗敵の大後方とすることを明示し、11月20日、林森は、1000人余の官僚とともに龍興号に乗船し南京を離れ、26日に重慶に到着した南京の防衛か放棄かが討議され、唐生智が南京の死守を唱え、24日、国民政府は南京衛戎司令に唐を任命した。
南京は揚子江方面以外の三方面を完全に日本軍に包囲されていた。唐は各部隊に陣地の死守を命じ、違反者は厳重に処分すると通達し、各部隊の所有船舶は全て第78軍長が管理し、勝手な乗船渡江を禁じ、違反者は武力で制止するとした。
12月1日、上海派遣軍の南京攻略命令下達により、上海派遣軍は山田支隊、第十六師団、第九師団などをもって東方から、第一〇軍は第三師団先遣隊、第百十四師団、第六師団などをもって南方から前進を開始し、8日、南京城外の第一線防衛陣地を突破し、包囲の態勢を整えた。12月7日早暁、蔣は宋美齢とともに廬山に向けて故宮飛行場を飛び立った。9日までに外郭陣地は喪失し、烏龍山砲台、紫金山、雨花台が残った。
12月9日、松井は、和平開城の勧告を飛行機で散布した。回答は翌10日正午句容街道上の歩哨線で受領するとした。10日、武藤章参謀副長、中山寧人参謀等が中山門－句容街道上で午後1時まで待ったが軍使が姿を現さなかったため、午後1時、松井は総攻撃の命令を発した。
12日午後、唐は蔣から撤退命令を受け、午後5時、師長以上を集めて軍事会議を開き、蔣の撤退命令を読み上げ、各指揮官に夜6時から明朝6時までに南京を撤退するよう命じた。日本軍に利用されないよう、重要建築物の放火破壊が始まり、第36師が中山北路に面する軍政部、鉄道部 (南京衛戎司令部)、交通部などを焼燬し、1時間以内に市内の主要な建築物は烈しい火と濃い煙に包まれた。12日午後9時、唐は副指令羅卓英等とともに軍用小火艇で浦口に渡り脱出したため、残された軍人や市民は烏合の衆と化し、悲劇を生む一因になった。
山田支隊は烏龍山北側から南下し下関へ向かい、牛島支隊は南から北上し下関へ向かい、佐々木支隊は城北部の門を制圧しつつ前進し、13日午後に下関を占領した。第十六師団は、教導総隊約4万が守備する東部の紫金山を攻撃し、13日夜明け近く、中山門を占領した。第一一四師団、第六師団は、第88師が防衛する雨花台方面を攻撃し、13日正午過ぎ、中華門周辺に到達した。13日正午、国崎支隊がを占領し、中国軍の江北への退路を完全に切断した。前線から潰走してきた兵士、傷病兵、難民が中山門、中華門から入ってきたが、難民区に入ろうとして拒絶されると、一部はを通りから下関に、一部は中央路からを通り燕子磯に向ったが、両門とも完全に閉鎖されていた。渡江しようとする中国軍とそれを阻止する部隊との間に同士討ちが始まり、多くの兵士はなんの目途もなく寒夜揚子江に逃げ入り、徒死するにいたった。
中国軍による破壊行為・殺害.
中国軍の「清野作戦」による日本軍の進攻が予想される地域や南京城壁周辺での建物の焼き払い、「督戦軍」などの中国軍による中国人兵士らに対する殺害も生起していた。
また、馮玉祥は「軍隊が日本人より残酷に人民を殺戮するのを目撃し、民衆は将兵たちを強盗でもみるような目で見ていたのである。唐生智が南京を守備しようにももはや不可能であった。軍隊はかれの命令をきかず、なにより蔣が軍人の信頼を完全に失っていたからである。なぜそうなったのか。蔣は食糧も与えず、負傷者を放置し、将兵が水びたしになっても何の手も打たない。こうしたことが最大の原因だ、そして最も根本的な原因なのである。」と述べた。また、馮は武漢で蔣に対して「負傷兵は優遇しなければならない。憲兵に銃殺させてはいけない。武昌の街で憲兵が何人もの負傷兵を射ち殺している。こんなことでどうして軍心を引きとめておかれようか。」と言ったという。　
堅壁清野.
『ニューヨークタイムズ』は「中国軍の放火による財産破壊の額は、容易に2000万から3000万ドルに達する。これは南京攻略に先駆けて数カ月にわたって行われた日本軍の南京空襲による破壊より大きいものであり、おそらく、南京攻撃における日本軍の爆撃や占領後の日本軍部隊によってもたらされた被害に匹敵するであろう。中国軍指導部は、軍事的必要性から、市周辺全域を焼き払ったと常に説明していた。」と報じた。
笠原十九司によれば、中国軍が強行した「清野作戦」の結果、食糧略奪と民家宿営に頼ってきた中支那方面軍の諸部隊は、城外区域に駐屯することができず、「注意事項」で厳禁された城内駐屯をせざるをえなくなり、食料物資の略奪が城内で行われることになり、道路沿いの農村が焼き払われたため、諸部隊の食糧徴発行動はさらに遠隔の農村にまで波及した、という。
督戦隊.
退却命令の不徹底から、狭隘な通路に殺到した中国兵達と、潰走兵の武力阻止を命令された第36師212団が衝突し、双方が発砲して大パニックとなった。銃撃の死傷者と後方からの圧迫で多数の兵士が踏み潰され、築かれた高さ2メートルに及ぶ死体の山を乗り越えた兵士の多くが垂直の城壁を急造ロープで降りようとして墜死した (挹江門事件)。下関は、残された少数の船を奪い合う地獄と化し、退却開始の12日夕刻から日本軍の先頭部隊の到着までの約20時間の間に、挹江門から下関碼頭に至る地域では、撤退作戦の不手際により「空前未曾有の惨劇」 (郭岐) が展開され、多数の中国軍兵士の生命が失われた。
南京市の概況.
面積.
南京市は東西（中山門から漢中門）約5.3km、南北（大平門から中華門）約8kmで、総面積は35km2、城外の下関碼頭や水西門・中華門外の市街を含めても、39 - 40km2であり、鎌倉市（39.67km2）程度の面積である。
総人口.
南京の市街地の人口は、日中戦争以前は100万人以上とされるが、上海事変以来の爆撃や、南京攻撃が近づいて中国政府首脳が重慶に移転したり、富裕層などが疎開したため、元からの住民の人口はかなり減少した。ラーベは11月28日の日記に「警察庁長から20万人と聞いた」、12月6日の日記に「約80万人の恵まれた市民が逃れた」と聞き伝えを記しており、スマイスの報告書には、陥落当時20万～25万人であったと記されている。ただし、日本軍の急進撃により、住民の脱出の試みは短期間に集中することになり、揚子江を渡る船便の不足や運賃の高騰により、脱出できずに取り残された人も実際にはかなりいたとみられる。また、夏ごろからの爆撃で疎開した者の中には初めから南京城市郊外に疎開していた者、日本軍の進攻が予想される地域から南京を目指してきた難民が多数あり、周辺地域の人口はかなり増えていたことも考えられる。実際に、南京城市外にも多数の難民キャンプが出来ている。
食糧供給の一端を担った南京安全区国際委員会が入城前に上海日本当局へ送った11月30日付の電報には「安全地帯を運営する際には、総計20万人の世話をする必要があると見積もられている」とあり、12月18日、25日にも20万人と記録され、翌年1月14日以後は日本軍のカウントを基に25万人へと上方修正してはいるものの、それ以外の数字の変化は無く、12月13日の日本軍入城後も市民人口は一定であったとの認識を示している。むろん、城外の人口が無くなっているわけではなく、スマイスはこれらの地域の人口と被害状況の調査にも取組んでいる。
犠牲者.
概略.
南京戦において圧倒的に多数発生し激しかったとされるのが、軍属を含む中国兵捕虜、軍服を脱いで民間人に紛れた敗残兵、あるいは、それら敗残兵ではないかとの疑いやその可能性により民間人が、日本兵により殺害されたとされる事件であり、様々な略奪、陵虐、放火などの事件である。これらの事件については当時も事態を知った諸外国から抗議を受け、戦後、東京裁判ではその犯罪性が厳しく追及されたものの、その被害実数や違法性ばかりか事件そのものの有無についても、問題となっている。
中国兵の犠牲者.
中国軍の南京防衛兵力に関しては、6-7万（「南京戦史」偕行社）、10万（秦郁彦説、台湾公式戦史から）、15万（笠原十九司説・孫宅巍説）と諸説あり、その中での捕虜等になる前に戦死した人数や逃亡し終えた人数も諸説がある。ダーディンは約5万、上海派遣軍参謀長飯沼守は約10万、南京衛戍軍参謀譚道平は約8万としている。南京防衛兵力については、南京戦#南京防衛軍の総兵力に関する諸説を参照。
また、中国軍の敗残兵には軍服を脱いで民間人に紛れて安全区へ逃走をはかったものが多数あった。
しかし、一方で、日本陸軍は同年8月に陸軍次官名で「捕虜という名称もなるべく使わないように」と現地軍に通知、これがハーグ陸戦条約の厳密遵守の必要なしとするかのようにも解釈されたとする見方がある。（南京事件論争#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法を参照）
敗残兵・便衣兵に対する日本軍の対応.
『南京戦史』によると、公式文書等に記載された捕虜・摘出逮捕した敗残兵・便衣兵への対応は以下のとおりである
一般市民の犠牲者.
なお、行政区としての南京市は上述の広大な農村部地域とその中の市場町を抱える、6つの県（県といっても、中国の県は伝統的に小さな単位であり、英語では日本の県がprefectureで郡がcountyとなるが、中国の県はcountyとされる）からなり、南京城市はその県の一つの中に存在する。
ただし、
一方で、また、日本軍が南京占領直後に中国側の発電所の技術者も虐殺したという主張もある。
なお、我々が南京と通常呼んでいる地域は南京城市にせいぜい周辺を含めた地域であるが、スマイス調査ではその地域に限定せず、南京を中心とした広大な農村部地域においては2万6千人以上の犠牲があったと推計しているが、これも南京事件の被害に含める見解がある（笠原十九司等）。
南京安全区.
とは、南京戦前の11月、ジョン・ラーベ及びアメリカ人宣教師たち（プラウマー・ミルズ、ジョン・マギー、マイナー・シール・ベイツや女性宣教師ミニー・ヴォートリンなどを中心とする約15名）によって、戦災に巻き込まれた市民を救済するという名目で組織された南京安全区国際委員会（別称：南京難民区国際委員会）が、南京城市内に設定した地域である。
安全区設置の目的については、（ヴォートリンの日記に記されていた、安全区設立発案者のミルズの発言'try to encourage and comfort the Chinese army'から）、布教の為に中国軍の支援保護を行うことにあったとし、その前提に1937年5月6日の全国基督教連盟による、プロテスタントである蔣介石の実質的な建国活動（＝新生活運動：スローガンは民衆生活の軍事化・生産化・芸術化）への全面支援決議があったとする見方がある（安全区内に、戦闘中は中国軍の砲台が置かれ、戦闘後は中国兵の潜伏を許したことが確認されているとの主張がある）。上海安全区とは異なり中立性に疑義があったため日本からは承認されず、非公式なものであった。
安全区内の人口は南京陥落直後は約20万人（諸説あり）との推測値があり、南京城内の南京安全区以外の区域は住民が少ない状況となった。
南京安全区（別称：難民区）に対しては、日本軍は砲撃を仕掛けなかった（いわゆる「ラーベの感謝状」）。また占領後も日本軍は南京城市内で組織的な地域住民全ての虐殺といったことは行っていないが、安全区内でも個々の暴虐（例：敗残兵狩りの過程での一般人の逮捕と区外連れ出し後の処刑など）の記録はあり、決して過少ではない。また、その後、安全区の人口が5万人ほど増えたとされるが、欧米人が設置した安全区が南京市内の中で安全であり、荒廃した市内などから安全区に移動したとされるなお、安全区の人口については、南京事件論争#人口推移、南京事件論争#人口推移の論点を参照。
生起した原因.
南京事件が起きた原因（ただし、規模については論議ある）としての日中両軍の対応について、日中歴史共同研究によると、日本側の研究者は以下のように評価した。
日本側の問題としては、宣戦布告のない「事変」であったために日中両国が批准したハーグ陸戦条約を日本陸軍が意識的に徹底せず（戦時国際法関連は南京事件論争#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法説明あり）、そのため中国兵捕虜の取り扱い指針の欠如と占領後の住民保護を含む軍政方針の欠如が発生したこと、また他方、補給を無視した進軍が略奪を招いたことによる軍紀の緩み、非行を取り締まる憲兵の少なさ、後続として送り込まれた予備兵の紀律の低さなどが指摘されている。
また、捕虜となることを恥とする習慣から相手国の捕虜への軽侮につながったことなどが指摘されている。
中国側の問題としては、防衛戦の誤り、指揮統制の放棄（南京城司令官であった唐生智は「わが血肉をもって南京城と生死を共にする」と誓い徹底抗戦を叫んでいながら、結局、蒋介石の南京放棄への方針変更により、南京を脱出）、民間保護対策の欠如など（南京戦#評価にも記載あるとおり、日本軍の開城勧告に応じず、脱走困難な部下らを見捨てていち早く南京を脱出したり、十分な住民保護を怠ったことなど）が指摘されている。南京安全区国際委員会のジョン・ラーベも中華民国政府の対応を批判している。
欧米人による報道・反応.
米英メディアによる報道.
当時、南京には欧米人記者5名が駐在しており、日本軍占領後に船で上海に移動したが、5名の記者達は、一部は、ベイツ宣教師から渡された声明をそのまま、一部は声明にアレンジまたは自分の体験を加え、欧米で南京事件を報道した。そして、アメリカの『シカゴ・デイリーニューズ（英語版）』（12月15日付）や『ニューヨーク・タイムズ』（12月18日、19日付）、イギリスの『タイムズ（ロンドン・タイムズ）』（12月20日）のような有力紙の記事、ロイター通信社による新聞記事によって、事件初期の殺人、傷害、強姦、略奪などの犯罪行為（Nanjing Atrocities）が日本軍によって行われたとして伝えられて報道された。1938年以降も新聞記事や雑誌（アメリカ雑誌「ライフ」誌の特集（1月、5月）で報道される。池田悠によれば、発信源はほぼ全て現地に残留した米国人宣教師たちで、彼ら宣教師による事件の創作を中国政府が利用した、という。
事件発生後の外国人の反応.
当時、南京に在住した欧米人は、日本に家族をおいていた人や（南京戦の前の）南京在住の日本人との交際などから得た好印象を日本に対して持つものもおり、、「日本軍の入城後の秩序の安定」への期待が、南京攻略時に在住した記者の書いた『ニューヨーク・タイムズ』（12月18日）の記事やドイツ人ビジネスマンのジョン・ラーベに記録されている。しかし、南京戦後は、日本軍入城前後より戦闘終了後に日本軍が戦時国際法違反を行い、それも人道上、非常に問題ある行為を看過できないほど行ったとラーベ、マギー、ベイツらが記述し、またラーベ、ベイツ、ヴォートリンは中国兵による放火や暴行も記録している。
中国政府の対応.
中華民国（国民党）.
1938年1月に国際連盟の第100回理事会で中国の顧維鈞代表は日本の侵略を非難し、南京事件に関連した発言も行った。
国民政府は、1937年7月、「出版法」を修正して戦時言論統制への布石を打ち、8月、「修正戦時新聞検査標準」を制定し、南京から武漢、重慶へと撤退していく中で、新聞・雑誌・図書に対する審査を一段と強化していった。
国民党の新聞中央日報、新華日報には、戦闘的気運の高揚を目指す記事が多く、戦勝の記事、勝利への確信の記事が繰り返される一方、敗北や混乱の報道はほとんどなされておらず、南京については時折小さな報道記事やアメリカの上海新聞での新聞「大美晩報 ()」や「密勒氏評論報 (The China Weekly Review: )」などに掲載された記事を翻訳して伝えるという形であった。関根謙は、「「南京事件」に対する中国新聞界の姿勢は、今から見るときわめて異様だが、戦意高揚のために敗北と壊滅は語らないという暗黙の了解が、知識人の間にあったというのは言いすぎだろうか。」と述べた。
蔣介石は、1938年7月7日漢口での「日本国民に告ぐ」において、日本軍の略奪、暴行、殺人を非難しているが、南京事件と特定していない。蔣の夫人宋美齢は、1938年1月5日に漢口の総統司令部からマサチューセッツ州に住むウェルズリー大学の同窓生のミリアム・H・クラークに宛てた手紙で「彼らは上海と南京の間で五体満足な男性すべてを一人ずつ、あるいは束にまとめて射殺しているのです。わずかに生き残った五体満足な男は、日本軍の使役を強要されています。南京において彼らは冷酷にも何千人も屠殺いたしました。同様な虐殺は華北全体でも行われています。」と書いた。
中国共産党.
事件当時、中国共産党軍は陝西省延安の山岳地帯にいた。1938年1月1日に武漢で発行された中国共産党広報誌『群衆』では南京で残虐行為が起きたという短評が発表された。
遠藤誉によれば、中華人民共和国では事件についてほとんど触れられることはなく、1982年の第一次教科書問題をきっかけに、人民日報が初めて「南京大虐殺」を解説したのは1982年8月であった。戦後の中華人民共和国刊行物での記載をみると、中共中央文献研究室編纂『毛沢東年譜』での1937年12月13日欄には、「南京失陥」（南京陥落）とあるだけで、全9冊で6000頁以上あるこの年譜では「南京大虐殺」に一言も触れていない。1957年の中学教科書（江蘇人民出版社）には南京大虐殺が書かれていたが、1958年版の『中学歴史教師指導要領』には「日本軍が南京を占領し、国民政府が重慶に遷都した」とあるのみで、60年版でも1975年版の教科書『新編中国史』の「歴史年表」にも虐殺について記載がない。遠藤は、毛沢東が虐殺に触れなかったのは、事件当時、中国共産党軍が日本軍とは、まともには戦わなかった事実が知られることや、国民党軍の奮闘と犠牲が強調されるのを避けたかったためだったとしている。
日本政府の反応.
外務省本省には福井淳南京総領事代理からの電信報告や岡本季正上海総領事から南京安全区国際委員会が作成したアトロシテーズの詳報が送られてきた。東亜局長石射猪太郎は、一月六日木曜日の日記に「上海から来信、南京に於ける我軍の暴状を詳細し来る、掠奪、強姦目もあてられぬ惨状とある。嗚呼之れが皇軍か。日本国民民心の退廃の発露であろう。大きな社会問題だ。」と記した。東亜局第一課長だった上村伸一は「南京安全区国際委員会からの抗議も、南京総領事館を経由して外務省の本省に寄せられた。東亞局第一課の部屋には、報告書や写真が山積みとなった。」と回想した。石射は三省事務局長会議で度々陸軍側に警告し、広田大臣からも陸軍大臣に軍紀の粛正を要望した、という。広田は、杉山陸相に軍紀粛正を要望したが、閣議に南京事件を提起しなかった。閣僚の多くは南京事件について知らされず、東京裁判では広田の「犯罪的な過失」と看做された。1938年1月下旬、陸軍は参謀本部第二部長本間雅晴少将を南京に派遣し、その調査を受け、2月に、中支那方面軍司令官松井石根が召還された。
教育総監畑俊六大将は、1月29日付日誌に「支那派遣軍も作戦一段落と共に軍規風漸く頽廃、掠奪、強姦類の誠に忌はしき行為も少なからざる様なれば、此際召集予后備役者を現役者を以て代らしめ、又上海方面にある松井大将も現役者を以て代らしめ、又軍司令官、師団長等の招集者も逐次現役者を以て交代せしむるの必要あり。」と記した。第十一軍司令官の司令官として上海に上陸した岡村寧次中将は、参謀宮崎周一大佐、中支那派遣軍特務部長原田熊吉少将、杭州特務機関長萩原 (萩原直之？) 中佐等から聴取して総合し、「南京攻略時、数万の市民に対する掠奪強姦等の大暴行があったことは事実である。」「第一線部隊は休養困難を名として俘虜を殺してしまう弊がある (註 後には、荷物運搬のため俘虜を同行せしめる弊も生じた。)」「上海には相当多数の俘虜を収容しているがその待遇は不良である。」「最近捕虜となったある敵将校は、われらは日本軍に捕えられれば殺され、退却すれば督戦者に殺されるから、ただ頑強に抵抗するだけであると云ったという。」と回想した。
1937年8月28日、憲兵司令部警務部長通牒「時局に関する言論、文書取締に関する件」では、「国境を超越する人類愛又は生命尊重、肉親愛等を基調として現実を軽蔑する如く強調又は諷刺し、為に犠牲奉公の精神を動揺減退せしむる虞ある事項」などが言論取締りの対象とされた。
戦後の軍事裁判における扱い.
1945年6月から1947年3月にかけて敗戦国日本の戦犯裁判にあたって連合国戦争犯罪委員会極東小委員会と中華民国は日本人戦犯合計3147人を選定し、GHQに提出した。1945年冬、国民政府は戦争犯罪処理委員会を設立した。1946年2月15日に国民政府国防部軍事法廷（南京軍事法廷）が成立した。南京における事件の「主要罪犯」として選定されたのは第6師団長谷寿夫だった。谷は1946年2月に東京で逮捕され、10月南京法廷に送られた。
南京裁判.
検察報告.
1947年2月の南京地方院検察所「敵人罪行調査報告」では、「敵（日本）側の欺瞞妨害など激烈にして民心消沈し、進んで自発的に殺人の罪行を申告する者甚だ少」く、日本軍の暴行を語らないもの、否認するもの、体面を憚って告知しないものがおり、調査は困難を極めたが、「確定せる犠牲者は既に30万に達し、この外なおまだ確証を得ざる者20万人を下らない」とされた。南京で集団屠殺（虐殺）を行った部隊は、中島、畑中、山本、長谷川、箕浦、猪木、徳川、水野、大穂の9個単位であった。
判決.
1947年3月10日、南京国防部軍事裁判所(裁判長：石美瑜)は、被告の第6師団司令官谷寿夫に対して次のような事実認定と判決を下し、死刑を申し渡した。
谷の反論
この弁明について法廷は、「責任を逃れようとする弁解」であるとし、暴行の事実は明白で、強弁する余地はないと以下、判定した。
これらは被告らが共同で暴行をおこなった証拠であり、「被告はついにでまかせで虐殺を抹殺しようとし、偽造であるなどと妄言を弄したが、全く理由にはならない」と難じた。
被告は兵を放任し捕虜および非戦闘員を虐殺し、強姦・略奪・財産破壊などの暴行をおこなった。殺戮にあった者は数十万に達した。これは戦争犯罪および人道に反する罪であり、ハーグ陸戦法規（4条2項、23条3款・7款、28条、46条、47条）違反、戦時捕虜待遇条約（2条、3条）違反、戦争犯罪裁判条例（1条、2条2款、3条1款・4款・24款・27款、11条）、中華民国刑事訴訟法291条前段、中華民国刑法（28・55・56・57条）によって、極刑に処す。
1947年4月26日に谷は銃殺された。その後7月には磯谷廉介中将も南京事件の責任を問われ、終身刑の判決を受けた。1948年1月には第6師団中隊長田中軍吉が三百人斬りを行ったとして、また第16師団歩兵第9連隊の野田毅と向井敏明が百人斬り競争を行ったとして死刑となり、3人は処刑された。8月南京法廷は香港攻略戦等での俘虜および民間人殺害・強姦の罪で酒井隆中将を死刑とし、9月に処刑した。
谷寿夫への判決文や裁判資料や証言は、中国政府の要請によって2015年10月9日、ユネスコ記憶遺産に登録された。
東京裁判.
1946年（昭和21年）5月3日に開廷した東京裁判では「第二類殺人の罪」訴因45として、被告荒木貞夫、橋本欣五郎、畑俊六、平沼騏一郎、広田弘毅、板垣征四郎、賀屋興宣、木戸幸一、松井石根、武藤章、鈴木貞一、梅津美治郎は1937年12月12日以降、訴因2の条約に違反して南京を攻撃し、かつ国際法に反して住民を鏖殺することを日本軍に不法に命じ、かつ許すことにって不法に員数不詳なる数万の中華民国の一般人および武装兵を殺害し殺戮した、と告訴された。このほか1938年10月21日以後の広東攻撃（訴因46）、1938年10月27日前後の漢口攻撃（訴因47）、さらに1944年6月の大陸打通作戦における湖南省長沙・衡陽攻撃、11月の広西省桂林・柳州に対する攻撃と殺戮が告訴された（訴因48-50）。
「第三類通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」訴因55では、被告土肥原・畑・星野・板垣・賀屋・木戸・木村・小磯・武藤・永野・岡・大島・佐藤・重光・嶋田・鈴木・東郷・東条・梅津は、1941年12月7日から1945年9月2日までの間に、アメリカ、イギリス連邦、フランス、英仏・オランダ・フィリピン・中華民国（1931年9月18日以降）の数万の俘虜と一般人に対し戦争の法規慣例上の義務を無視し、戦争法規に違反したとして一括して訴追された。上海派遣軍司令官の朝香宮鳩彦王については、皇族であったことから占領軍の戦後処理の方針により訴追されなかった。
1947年11月24日、松井被告への尋問が行われた。
東京裁判に出廷した日本人証言は宣誓した上で証言し、かつ検察官による反対尋問が行われた。なお、中国人証人に対しての反対尋問は行われていない。
被告の松井石根元中支那派遣軍司令官は、検察側の主張するような大規模虐殺は終戦後の米軍放送によって初めて知ったもので、そのような事実は断じてない、一部若年将兵の暴行があったが即刻処罰しているし、また戦乱に乗じて中国兵や一部不逞の民衆が暴行掠奪を行ったものも少なくなかったので全てを日本軍の罪行とすることは事実に反する、と陳述した。
判決.
判決は1948年（昭和23年）11月4日に「第二章法（C）起訴状」、11月11日に「第八章 通例の戦争犯罪、南京での暴虐（The Rape of Nanking)」、11月12日に「第十章判定」が朗読された。
「起訴状」では、訴因45から訴因50（訴因44は除く）までの訴因は、攻撃の不法性か、それとも戦争法規違反で訴追しているのか、明瞭ではなく曖昧である。戦争法規違反は訴因54・55とも重複している。訴因39から訴因52まで（訴因44は除外）について判定する必要がない、とされた。
「通例の戦争犯罪（残虐行為）」では、以下が事実認定された。
1937年12月朝、日本軍が南京市に接近すると、百万の住民の半数以上と、南京安全区国際委員会を除く中立国人は市外へ避難した。約5万の残留軍以外の中国軍は撤退した。12月12日夜日本軍が南門に迫ると、中国軍は北門と西門から市外へ遁走したり、武器と軍服を放棄し安全区に避難した。12月13日朝の日本軍入城の際、全抵抗は止まっていた。目撃者によると、日本兵は市内で男女子供を無差別に殺害し、強姦・掠奪・放火を行った。
被告松井は、訴因1・27・29・31・32・35・36・54・55で訴追されたが、共謀罪を構成する共同謀議の証拠は発見できなかった。1937年と1938年の中国での松井の軍務を、侵略戦争とは見倣せない。訴因27について検察は証拠を提示できなかった。
中国軍が撤退し無防備となった都市を占領後、日本軍は、無力な市民に対する身の毛のよだつ残虐行為 (atrocities) 、大量虐殺、殺人、強姦、略奪、放火を長期間実施した。残虐行為を日本人証人は否認したが、様々な国籍の中立国の目撃者による証言とその疑う余地のない信頼性は圧倒的である。残虐行為は1937年12月13日から1938年2月初めまで続き、数千の婦人が強姦され、10万余の人が殺害され、掠奪され、焼かれた。残虐行為が最高潮にあった12月17日に松井は入城しており、これらの暴行を知っていた。憲兵隊と領事館員から報告を受けていることを松井は認めている。松井は事件を知っていたが、暴行を止めさせる対策をとらなかった。占領前に厳正を命じたが、効果はなかった。指揮官被告には事件の責任があり、軍を統制し、南京市民を保護する義務と権限をもっていた。義務の不履行について刑事責任があり、訴因55について有罪、訴因1・27・29・31・32・35・36・54について無罪とする。
「人道に対する罪」と訴因.
ニュルンベルク裁判の基本法国際軍事裁判所憲章で初めて規定された「人道に対する罪」が南京事件について適用されたと誤解されていることもあるが、南京事件について連合国は交戦法違反として問責したのであって、「人道に関する罪」が適用されたわけではなかった。
東京裁判独自の訴因に「殺人」がある。ニュルンベルク・極東憲章には記載がないが、これはマッカーサーが「殺人に等しい」真珠湾攻撃を追求するための独立訴因として検察に要望し、追加されたものである。これによって「人道に対する罪」は同裁判における訴因としては単独の意味がなくなったともいわれる。しかも、1946年4月26日の憲章改正においては「一般住民に対する」という文言が削除された。最終的に「人道に対する罪」が起訴方針に残された理由は、連合国側がニュルンベルク裁判と東京裁判との間に統一性を求めたためであり、また法的根拠のない訴因「殺人」の補強根拠として使うためだったといわれる。このような起訴方針についてオランダとフィリピン（戦後アメリカの植民地から独立）、中華民国側からアングロサクソン色が強すぎるとして批判し、中華民国側検事の向哲濬（浚）は、南京事件の殺人訴因だけでなく、広東・漢口での残虐行為を追加させた（訴因46-50)。
東京裁判において訴因は55項目であった（ニュルンベルクでは4項目）が、大きくは第一類「平和に対する罪」（訴因1-36）、第二類「殺人」（訴因37-52）、第三類「通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」（訴因53-55）の三種類にわかれ、南京事件はこのうち第二類「殺人」（訴因45-50）で扱われた。
名称の種類と変遷.
南京事件については、「南京大虐殺（ナンキンだいぎゃくさつ）」、「南京大虐殺事件（ナンキンだいぎゃくさつじけん）」
「南京虐殺事件（ナンキンぎゃくさつじけん）」「南京残虐事件（ナンキンざんぎゃくじけん）」「南京暴虐事件（ナンキンぼうぎゃくじけん）」「南京暴行事件（ナンキンぼうこうじけん）」「南京アトロシティー」「南京大残虐事件」など、多様な表記と呼称がある。
なお、1913年清朝復活を企図した張勲による第二革命での南京事件が「南京虐殺事件」と当時報道されている。
また1927年の南京で中国国民軍が日本人など外国人に暴虐行為を加えた事件は「南京事件（the Nanking Affairs)」や「南京汚辱事件」とも表記された。
東京裁判.
1946年（昭和21年）4月29日に起訴され、5月3日に開廷した東京裁判での呼称は「訴因第四十五」であり、ここでは鏖殺・殺戮と記述されている。開廷一週間後の朝日新聞は「南京大虐殺事件」と報道、同年10月9日の貴族院帝国議会では星島二郎が「南京事件」といっている。
日本国外における表記.
中国または中華民国ではほぼ一定して「（簡体字）・（繁体字）」と呼称される。
英語圏では「Nanking Atrocities」あるいは「The Rape of Nanking」「Nanking (Nanjing) Massacre」などと呼ばれる。1997年、アイリス・チャンは著書で「ザ・レイプ・オブ・南京 - 忘れられたホロコースト」と表現した。また、イギリスやアメリカメディアでの論説ではNanking massacre（南京虐殺）をNanking Incident（南京事件）と表記することは虐殺の軽視であるという批判もある。
近年の動向.
産経新聞は、2021年3月に阿羅健一が外務省に南京事件の根拠となった資料の公開を求めたところ、2022年1月に「該当文書を確認できなかったため、不開示（不存在）とした」との通知があったと述べていると報じた。
2023年4月3日の参議院決算委員会において、南京事件における根拠となる文書は外務省内には存在しない、という初の国会答弁が出た。質問者の和田政宗によると、答弁にあった『戦史叢書　支那事変陸軍作戦』で一般住民を日本軍が意図的に殺害したとの明確な記述はこれらの資料からは得られず、「南京付近の死体は戦闘行動の結果によるものが大部分であり、計画的組織的な虐殺とはいいがたい」と明記されている。と述べている。
歴史上の「南京大虐殺」.
松本健一は、中国では「南京大虐殺」（南京大屠殺）は一つの固有名詞であり、「歴史的に定着している言葉」であるという。また黄文雄によれば、中国の戦争には「屠城」という伝統があった。
歴史上の「南京大虐殺」には以下のようなものがある。
この他、南京以外での虐殺で南京大虐殺と記録としてなどの関連性が指摘されているものに、1645年の揚州大虐殺がある。揚州大虐殺の犠牲者は80万人といわれる。
本事件に関する文書資料のユネスコの世界遺産への登録.
2015年10月9日、ユネスコは中国の申請によって「Documents of Nanjing Massacre」を記憶遺産に登録した。