AMBER (分子動力学)

AMBER（アンバー、）は、生体分子の分子動力学計算のための力場群である。最初はカリフォルニア大学サンフランシスコ校のピーター・コールマンのグループによって開発された。AMBERは、これらの力場をシミュレーションする分子動力学ソフトウェアパッケージの名称でもある。現在は、ラトガース大学のデイビッド・ケイス、ユタ大学のトム・チーサム、NIEHSのトム・ダーデン、ミシガン州立大学のケン・マーズ、ストーニーブルック大学のカルロス・シマーリング、カリフォルニア大学アーバイン校のレイ・ルオ、エンサイシブ・ファーマシューティカルズ社のジュメイ・ワンによって維持管理がされている。
力場.
「AMBER力場」という用語は、一般的にAMBER力場群によって使われる関数形式を意味する。この形式は数多くのパラメータを含む。AMBER力場群のそれぞれのメンバーはこれらのパラメータに対する値を提供し、独自の名称を持つ。
関数形式.
AMBER力場の関数形式は以下の通りである。
力場という用語にもかかわらず、この式は系のポテンシャルエネルギーを定義する。力は位置に関するこのポテンシャルの導関数である。
右辺の項の意味は以下の通りである。
ファンデルワールスエネルギーの形式は、平衡距離（formula_6）およびポテンシャル井戸の深さ（formula_7）を用いて計算される。係数formula_8は、平衡定数がformula_6であることを保証する。このエネルギーはformula_10であるformula_11を用いて再定式化されることがある。
ここで用いられている静電エネルギーの形式は、原子中のプロトンと電子による電荷が単一点電荷（孤立電子対を扱うパラメータセットの場合は少数の点電荷）によって表わすことができることを仮定している。
パラメータセット.
AMBER力場を使うためには、力場のパラメータ（例えば力の定数や平衡結合長、平衡結合角度、電荷）に対する値を持っている必要がある。かなりの数のパラメータセットが存在し、AMBERソフトウェアユーザーマニュアルに詳細に記述されている。個々のパラメータセットは名称があり、特定の種類の分子に対するパラメターを与える。
ソフトウェア.
AMBERソフトウェアスイートは、生体分子のシミュレーションにAMBER力場を適用するためにプログラム群を提供する。Fortran90とC言語で記述されており、主要なUnixシステムとコンパイラで使用可能である。最新版は毎偶数年の春にリリースされ、2020年現在AMBER 20（2020年4月にリリース）が最新版である。