熊本県の二級水系一覧

熊本県の二級水系一覧では、熊本県を流れる水系のうち、熊本県が管理する二級水系を記述する。2000年4月1日現在、81水系、148河川ある。
"リストの順序は、北から南に、河口の位置を基準にして並んでいる。島嶼部の河川は末尾にまとめ、それぞれの島内で反時計回りに並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。"