1999年のJリーグ

この項目では、1999年シーズンの日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）について述べる。
概要.
JリーグがJリーグ ディビジョン1（J1）とJリーグ ディビジョン2（J2）2部制となって行われる初めてのシーズンであり、成績による「入れ替え」が初めて導入されたシーズンでもある。入れ替えは自動昇降格枠が2枠設定され、J1の年間順位の下位2チームとJ2の上位2チームが自動入れ替えとされた。
J1.
前年のJリーグ18チームから、横浜マリノスと合併した横浜フリューゲルス（横浜F・マリノスとして参加）、ならびにJ1参入決定戦の結果によりJ2参入となったコンサドーレ札幌を除いた16チームにより争われた。
前年同様2ステージ制を導入し、優勝は前後期の優勝チーム同士によるチャンピオンシップにより決定した。
J2.
J2初年度となった今シーズンは、J1参入決定戦でJ1参入を果たせなかったコンサドーレ札幌と川崎フロンターレ、1998年のJFLからJ2参入を希望した8チームの計10チームにより争われた。
J1と異なり通年制（4回戦総当たり）で行われ、上位2クラブがJ1へ自動昇格することになった。
入れ替え.
J1からJ2へ降格.
J1リーグ年間総合15位の浦和レッドダイヤモンズ、同16位のベルマーレ平塚がJ2へ自動降格した。
J2からJ1へ昇格.
J2リーグ優勝の川崎フロンターレ、同2位のFC東京がJ1へ自動昇格した。