RFLP

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。
ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、
といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、
と、半日程度で可能となった。
断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法.
以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。
 個体A
 a b c
 | 2 kb | 1 kb |
 DNA -----------|---------------------|---------|-------
 SfaN I SfaN I SfaN I
 プローブと相補的な領域
 個体B
 a b c
 | 3 kb |
 DNA -----------|-------------------------------|-------
 SfaN I SfaN I
 
 サザンブロッティングの結果 ↓ 
 5 kb _____ 
 4 kb _____ 
 3 kb _____ ______ 
 
 2 kb _____ ______ 
 
 1 kb _____ 
 
 サイズ　 個体A 個体B 
 マーカー 
 上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。
 個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しないはプローブが結合する領域。
 下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。
 （簡略のため一倍体生物を想定している）