Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры (АО «ЦЭНКИ») — предприятие Роскосмоса.
 ЦЭНКИ был создан приказом генерального директора Российского космического агентства от 10 ноября 1994 года № 94 в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 24 августа 1994 года № 996 «О мерах по обеспечению выполнения Соглашения между Российской Федерацией и Республикой Казахстан. Об основных принципах и условиях использования космодрома „Байконур“ от 28 марта 1994 года».
 В соответствии с данным постановлением Министерство обороны Российской Федерации приступило к передаче Российскому космическому агентству объектов космодрома «Байконур» в целях реализации Федеральной космической программы России.
 Распоряжением Правительства РФ от 5 июня 2000 года № 770-р ЦЭНКИ был преобразован в федеральное государственное унитарное предприятие «Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры».
 16 декабря 2008 года Президент РФ Д. А. Медведев подписал указ о реорганизации федерального государственного унитарного предприятия «Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры» в форме присоединения КБ «Мотор», КБОМ, КБТМ, КБТХМ, НПФ «Космотранс», ОКБ «Вымпел», ФКЦ «Байконур». Реорганизация осуществляется в целях сохранения, развития и оптимизации использования интеллектуальных, производственных и финансовых ресурсов российской ракетно-космической промышленности для реализации федеральной программы создания космических и наземных систем. Таким образом, ЦЭНКИ становится одним из крупнейших предприятий российской космической отрасли (наряду с РКК «Энергия», ЦСКБ-Прогресс и ГКНПЦ им. М. В. Хруничева).
 В 2009 году к ЦЭНКИ присоединены КБ «Мотор», КБОМ, КБТМ, ОКБ «Вымпел», КБТХМ, НПФ «Космотранс», ФКЦ «Байконур»; таким образом, численность байконурского филиала ЦЭНКИ («Космический центр „Южный“») выросла с 700 до 3500 человек. В 2012—2013 годах в «Космический центр „Южный“» передан ряд вспомогательных подразделений из состава РКК «Энергия», ЦСКБ-Прогресс и ГКНПЦ им. М. В. Хруничева.
 C 1999 по 2013 годы генеральным директором ФГУП «ЦЭНКИ» являлся Александр Сергеевич Фадеев. 4 декабря 2013 года подал заявление об увольнении по собственному желанию. Исполняющим обязанности генерального директора назначен Сергей Владимирович Лазарев, заместителями генерального директора — В. И. Ганжа и Г. А. Савосина.
 С августа по ноябрь 2014 года и с февраля по май 2015 года  обязанности генерального директора исполнял Смирнов Сергей Павлович, являющийся первым заместителем генерального директора ФГУП «ЦЭНКИ» с ноября 2012 года.
 В ноябре 2014 года исполняющим обязанности генерального директора ФГУП «ЦЭНКИ» назначен Сироткин Александр Валентинович, ранее работавший в должности заместителя Генерального директора ОАО «Концерн ПВО «Алмаз-Антей» по производственно-технологической политике. В феврале 2015 года он уволен с этой должности.
 В декабре 2016 года генеральным директором ФГУП «ЦЭНКИ» назначена Ранохон Фрунзевна Джураева.
 В июне 2018 года генеральным директором ФГУП «ЦЭНКИ» назначен Андрей Васильевич Охлопков.
 В структуре предприятия функционируют филиалы:
 По мнению ряда источников, в ближайшие годы космодром «Плесецк» будет передан от Министерства обороны России в ведение Роскосмоса, и эксплуатация его объектов будет также возложена на ЦЭНКИ.
 В июле — августе 2012 года в СМИ появилась информация о возможной реформе Роскосмоса в 2012 году, в ходе которой в состав ФГУП «ЦЭНКИ» вольются ФГУП «Центральный научно-исследовательский институт машиностроения», ФКП «Научно-исследовательский центр ракетно-космической промышленности», ФГУП «Центр им. Келдыша», ФГУП «Организация „Агат“», ФГУП «Научно-производственное объединение „Техномаш“» и ФГБУ «Центр подготовки космонавтов им. Гагарина».
 В сентябре 2012 года ФГУП «ЦЭНКИ» выбрано в качестве генерального подрядчика на создание стартового комплекса для ракет «Союз-2» (максимальная стоимость лота 9 млрд руб.) и заправочного комплекса с кислородно-азотным заводом (4,1 млрд руб.) на космодроме «Восточный». Стартовый и заправочный комплексы должны быть построены, испытаны и сданы в эксплуатацию к 25 ноября 2015 года.
 
 Основные направления деятельности:
 25 февраля 2016 года на должность директора филиала ФГУП «ЦЭНКИ» — КЦ «Южный» назначен Раковский Евгений Иванович.  Ранее (с 25 февраля 2014 года) на этой должности работал Варданян Михаил Юрьевич. С 2001 года по июль 2009 года, и с июня 2012 года по февраль 2014 года байконурский филиал ЦЭНКИ возглавлял Анисимов Евгений Николаевич. В 2009—2012 годах директором филиала являлся Смирнов Сергей Павлович.
 В 2012 году в состав филиала «Космический центр „Южный“» переданы ряд служб из байконурских филиалов Космического центра имени Хруничева, ОАО "Ракетно-космическая корпорация «Энергия», ФГУП «ЦСКБ-Прогресс».
 Роскосмос в 2012 году на содержание инфраструктуры и реконструкцию объектов Байконура направил более 1 миллиарда рублей (33,3 миллиона долларов); кроме того, около 2,5 миллиарда рублей (83,2 миллиона долларов) в объекты космодрома было вложено из средств ФГУП «ЦЭНКИ». В 2012 году продолжена реконструкция аэропорта «Крайний», введена в эксплуатацию заправочно-нейтрализационная станция на площадке 91 космодрома. В бюджет города Байконур филиал ФГУП «ЦЭНКИ» — «Космический центр „Южный“» в 2012 году перечислил более миллиарда рублей в виде различных налогов.
 Основу для создания новой системы телекоммуникационного обеспечения жизнедеятельности космодрома «Байконур» заложил приказ генерального директора Росавиакосмоса от 11 мая 2000 № 87 «О назначении в Российском авиационно-космическом агентстве Генерального заказчика и головных исполнителей по системам и средствам связи и информатизации». Данный приказ определил Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры как головного исполнителя по разработке, внедрению и обеспечению эксплуатации систем и средств связи и информатизации.
 Имевшаяся до 2000 года на космодроме система связи принадлежала министерству обороны РФ и не соответствовала современным требованиям.
 2000—2006 были годами активного строительства системы телекоммуникационного обеспечения на космодроме «Байконур», создания инфраструктуры по эксплуатации и развитию системы.
 Система телекоммуникационного обеспечения Космического центра «Южный» включает:
 Корпоративная сеть ЦЭНКИ соединяет объекты ведомства в центральном регионе России с космодромом Байконур и основана на каналах Е1, организованных на основе сети КОМКОРа. К УАТС головного офиса Роскосмоса на улице Щепкина в Москве осуществлена привязка телефонных станций основных предприятий отрасли. Для получения доступа в Интернет организован порт сети передачи данных с пропускной способностью 2048 кбит/с. Трафик распределяется по имеющейся корпоративной сети.
 Для того, чтобы предприятия отрасли могли обмениваться между собой и с подразделениями на космодроме «Байконур» конфиденциальной информацией, в Росавиакосмосе в кооперации с КОМКОРом создана система конфиденциальной электронной почты (СКЭП-Р). Абонентами почтового сервера ЦЭНКИ в Московском регионе сегодня являются большинство предприятий авиакосмической промышленности. Для закрытия информации корпорацией используется программно-аппаратный комплекс межсетевого экрана WatchGuard Security System.
 Внедрение сети ЦЭНКИ значительно улучшило оперативность управления объектами космодрома, упростило связь между предприятиями отрасли, способствовало повышению конфиденциальности передачи информации и сокращению затрат на междугородные телефонные переговоры.
 Начальником КЭССТ с 2000 г. по 2019 г. являлся Савкин Анатолий Иванович, с 2019 г. по 2022 г. - Сергеев Сергей Фёдорович. С 2022 г. по настоящее время начальником КЭССТ является Бурханов Рустам Закирович.
 22 июня 2018 года КЭССТ отметил 20-летний юбилей.
 Отдел метеорологического обеспечения (ОМО) космодрома передан в ведение ЦЭНКИ от министерства обороны РФ в начале 2006.
В кратчайшие сроки была произведена замена физически и морально устаревшего (выпущенного в 1970—1980-х) метеорологического и телекоммуникационного оборудования метеослужбы на современное, выполнен ремонт зданий и сооружений метеослужбы.
 Отдел метеорологического обеспечения филиала ЦЭНКИ на космодроме «Байконур» осуществляет непосредственное метеорологическое и аэрологическое обеспечение выполнения космических программ, а также представление руководству, оперативно-информационным пунктам предприятий Роскосмоса, метеорологической и аэрологической информации, необходимой для планирования и проведения мероприятий в соответствии с требованиями документов, регламентирующих порядок их проведения.
 Метеорологическое обеспечение выполнения космических программ осуществляют расчеты отдела метеорологического обеспечения филиала: расчет метеорологического обеспечения на стартовом комплексе и расчеты метеорологического, аэрологического, шаропилотного обеспечения, назначаемые на период работ по запуску ракет космического назначения (РКН) и испытаний ракетной техники во взаимодействии с дежурной сменой.
 Отдел метеорологического обеспечения решает следующие задачи:
 В декабре 2008 года была создана авиационная метеорологическая группа (АМГ) для метеообеспечения полётов на аэродроме «Крайний» (в августе 2010 года реорганизована в АМСГ). В марте 2009 года на основе ОМО, АМГ и присоединяемого отдела астрономо-геодезического обеспечения (АГО) создан метеорологический комплекс. Его начальником является Богачев Павел Сергеевич.
 Имеет в своем составе:
 Экологическая группа осуществляет:
 Аналитическая лаборатория контроля химических загрязнений объектов окружающей среды оснащена современным аналитическим оборудованием и аккредитована в системе Госстандарта России.
В область аккредитации лаборатории входят анализы как на специфические, так и на общепромышленные загрязнения. Возможно проведение анализов в пробах воды, растений, почвы, воздуха и биотканей.
 Лаборатория осуществляет скрининговые и экспресс анализы с выездом на место обследования, высокоселективные анализы спектрофотометрическими и хроматографическими методами в лабораторных условиях, позволяющие проводить:
 Начальником Комплекса является Копылов Вячеслав Анатольевич.
 В 2008 году на Байконуре завершился процесс расформирования войсковых частей, входивших в состав пятого государственного испытательного космодрома Минобороны России, и передача их объектов предприятиям российской ракетно-космической отрасли. В конце года байконурский аэропорт «Крайний» передан в ведение ЦЭНКИ, в связи с чем в структуре предприятия было создано новое подразделение — комплекс «Аэродром „Крайний“». Специалисты организации разработали штатное расписание гражданского аэропорта и определили перечень необходимых работ для сертифицирования аэродрома в «Росаэронавигации».
 В связи с приёмом аэропорта количество специалистов ЦЭНКИ на космодроме было значительно увеличено (почти в два раза).
 Поскольку аэродром построен более 40 лет назад, ныне он нуждается в реконструкции, первым этапом которой стал проведённый в августе—ноябре 2009 года средний ремонт ВПП. Реконструкция, предположительно, будет завершена к 2014 году. После завершения реконструкции аэродром сможет принимать большинство современных типов самолётов: Ан-124 «Руслан», Ан-225 «Мрия», Боинг-747, 767, 777, Аэробус-А310, А320.
 В августе 2010 года комплекс «Аэродром „Крайний“» реорганизован в авиапредприятие «Аэропорт „Крайний“». Директором является Репях Валерий Васильевич.
 С 10 июля 2010 года аэродром Крайний включён в Государственный реестр гражданских аэродромов Российской Федерации.
 К 2012 году на аэродроме заменено радиотехническое и светотехническое оборудование. 15 сентября 2012 года закончена реконструкция КДП и состоялось торжественное открытие нового аэровокзала.
 В 2012 году ФГУП ЦЭНКИ приобрело два шестиместных вертолёта, которые с 2013 года базируются на аэродроме Крайний и
используются для предпускового облёта трассы выведения ракет космического назначения, а также при обучении пилотов, для перемещения и эвакуации иностранных специалистов по программе МКС.
 20 июля 2023 года, на фоне вторжения России на Украину, центр попал в блокирующий санкционный список США против предприятий поддерживающих войну России против Украины в целях «ограничить возможность России по разработке аэрокосмических технологий, которые могут быть использованы для поддержки её сухопутных войск, воюющих в Украине».