Индонезия является, согласно действующей конституции, унитарной республикой и делится на провинции (индон. provinsi, иногда до сих пор практикуется старый вариант написания propinsi), которых в настоящее время насчитывается 38. В строгом понимании провинциями являются 36 из них, помимо которых существуют еще две административно-территориальных единицы, приравниваемые по статусу к провинциям: особый столичный округ Джакарта и особый округ Джокьякарта. Провинция Ачех имеет особый статус автономии, предусматривающий, в частности, использование норм Шариата, а статус шести провинций, расположенных на территории острова Новая Гвинея, предполагает особые условия для реализации прав коренного папуасского населения в социальной и культурной сферах.
 В основу деления страны на провинции, закрепленного в действующей конституции 1945 года, заложена система, принятая ещё голландской колониальной администрацией в начале XX века. К 1950 году Индонезия делилась на 10 провинций: Восточная Ява, Западная Ява, Калимантан, Малуку, Нуса-Тенгара, Северная Суматра, Сулавеси, Центральная Суматра, Центральная Ява и Южная Суматра. В том же году был образован особый округ Джокьякарта.
 В 1956 году провинция Калимантан была разделена на Западный Калимантан, Южный Калимантан и Восточный Калимантан. В 1957 году Центральная Суматра была разделена на провинции Западная Суматра, Джамби и Риау. Из части Западной Явы был образован особый округ Джакарта. Из Северной Сумарты выделен Ачех. В 1958 году провинция Нуса-Тенгара была разделена на провинции Бали, Западная Нуса-Тенгара и Восточная Нуса-Тенгара. Из провинции Южный Калимантан была выделена провинция Центральный Калимантан. В 1960 году провинция Сулавеси была разделена на провинции Южный и Юго-Восточный Сулавеси и Северный и Центральный Сулавеси.
 В 1963 году в состав Индонезии вошла ранее принадлежавшая Нидерландам западная часть острова Новая Гвинея, на территории которой была образована провинция Западный Ириан. В 1964 году из провинции Южная Суматра была выделена провинция Лампунг. В том же году провинция Южный и Юго-Восточный Сулавеси была разделена на провинции Южный Сулавеси и Юго-Восточный Сулавеси, а провинция Северный и Центральный Сулавеси на провинции Северный Сулавеси и Центральный Сулавеси. В 1967 году из Южной Суматры была выделена провинция Бенкулу. В 1973 году провинция Западный Ириан была переименована в Ириан-Джая.
 В 1976 году Индонезия аннексировала бывшую португальскую колонию Восточный Тимор, образовав там одноимённую провинцию. В 1999 году Восточный Тимор был передан под управление ООН, соответствующая провинция была упразднена.
 Резкое обострение этноконфессиональных противоречий и рост сепаратистских настроений в ряде регионов в контексте политического и социально-экономического кризиса конца 1990-х годов подвигли правительство Индонезии к комплексу мер по децентрализации государственной власти и разукрупнению административно-территориального деления страны. Его важнейшим элементом стало создание в период с 1999 по 2004 год новых провинций. Так, в 1999 году была образована провинция Северное Малуку (выделена из провинции Малуку). В 2000 году образованы провинции Банка-Белитунг (из части Южной Сумарты), Бантен (из части Западной Явы), Горонтало (из части Северного Сулавеси). В 2002 году из провинции Риау была выделена провинция Кепулауан-Риау, а провинция Ириан-Джая переименована в Папуа. В 2003 году от провинции Папуа была отделена провинция Западная Ириан-Джая (в 2007 переименована в Западную Папуа). В 2004 году из Южного Сулавеси была выделена провинция Западный Сулавеси.
 В 2012 году из провинции Восточный Калимантан была выделена провинция Северный Калимантан. В 2022 году из провинций Папуа и Западное Папуа были выделены 4 провинции: Папуа-Пегунунган, Центральное Папуа, Южное Папуа и Юго-Западное Папуа.
 Провинции возглавляются губернаторами (индон. gubernur), которые, в соответствии с действующим законом о местном самоуправлении, избираются напрямую местным населением (до 2005 года избирались местными органами законодательной власти) сроком на пять лет. Должность губернатора официально имеют главы Джакарты и особого округа Джокьякарта, часто именуемые в зарубежных источниках «мэрами».
 Законодательная власть в провинциях и особых округах осуществляется местными Советами народных представителей, также избираемыми населением на пятилетний срок.
 Особый статус Джакарты, Джокьякарты и трех провинций — Ачех, Папуа и Западное Папуа — подразумевает наделение властей этих регионов некоторыми дополнительными полномочиями в социальной, культурной, духовной и других сферах. В Ачехе, в частности, наряду с национальным законодательством Индонезии действуют (с ограничениями) законы шариата, а также особая местная административная система, восходящая корнями к государственному устройству султаната, располагавшегося на этой территории до начала XX века.
 Провинции, в соответствии с действующим законом о местном самоуправлении, делятся на округа — кабупатены (индон. kabupaten) и городские муниципалитеты — коты (индон. kota, до 1999 года — индон. kotamadya), не входящие в округа и равные им по статусу.
 Округ управляется регентом — бупати (индон. bupati), город — мэром — валикота (индон. walikota). Полномочия регентов и мэров городских муниципалитетов идентичны, те и другие избираются местным населением сроком на пять лет. В округах и городских муниципалитетах органами законодательной власти также являются Советы народных представителей, избираемые местным населением на пятилетний срок.
 Исключением является административное деление Столичного округа, который состоит из пяти административных городских муниципалитетов (индон. kota administrasi) и одного административного округа (индон. kabupaten administrasi). Эти административные единицы имеют существенно меньшую степень управления, чем обычные городские муниципалитеты и округа: они не имеют собственных законодательных органов власти, а их мэры и, соответственно, регент назначаются губернатором Джакарты.
 По состоянию на начало 2020 года в Индонезии насчитывалось 416 округов и 98 городских муниципалитетов, при этом сохраняется тенденция к увеличению их числа — в контексте упомянутой программы децентрализации госуправления.
 Округа и городские муниципалитеты подразделяется на районы, в большей части провинций имеющие название кечаматан (индон. kecamatan), во главе каждого из которых стоит руководитель — чамат (индон. camat), назначаемый регентом округа или мэром города. В районах также действуют выборные органы законодательной власти — Советы народных представителей.
 В Папуа и Западной Папуа район называется дистрик (индон. distrik), его руководитель — главой дистрика, кепала дистрик (индон. kepala distrik).
 Районы подразделяются на деревни — на большей части территории деса (индон. desa), в некоторых регионах законодательно закреплены местные названия, а также на поселения — келураханы (индон. kelurahan). Деревни пользуются более широкой степенью самоуправления, их главы — в большинстве мест кепала деса (индон. kepala desa) — избираются местным населением, в отличие от руководителей поселений — лурахов (индон. lurah), назначаемых главами районов.