Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom — компьютерная игра в жанре платформер, разработанная и выпущенная компанией «Tecmo» в 1991 году. В Японии известна как Ninja Ryūkenden III: Yomi no Hakobune (яп. 忍者龍剣伝III 黄泉の方船). В Северной Америке была издана в августе 1991 года для системы NES. Игра была портирована на игровую консоль Atari Lynx. Релиз для платформы Atari Lynx состоялся в Северной Америке в 1991 году, в Европе в 1993 году. Также игра была издана в составе Ninja Gaiden Trilogy для платформы SNES в Японии и Северной Америке в 1995 году. В Японии трилогия вышла под названием Ninja Ryūkenden Tomoe. Позже игра появилась в сервисе Virtual Console для платформы Wii U релиз в Северной Америке состоялся 18 февраля 2016 года, в Европе 26 ноября 2015 года; для платформы 3DS в Северной Америке 28 ноября 2013 года, в Европе — 23 января 2014 года.
 События игры происходят между второй и первой частью серии, а сама игра является заключительной частью трилогии на NES. Игрок управляет персонажем Рю Хаябусой (англ. Ryu Hayabusa), который обвинён в убийстве Ирен Лью, и расследует обстоятельства её смерти. В конечном счёте он раскрывает план агента ЦРУ Фостера и другого человека Кленси, которые хотят использовать меж пространственный разрыв для создания и управления расой суперлюдей мутантов. Рю необходимо сражаться с мутантами, которые называются бионоиды. По сравнению с второй частью игры произошли изменения в геймплее. Рю может висеть на горизонтальных поверхностях, у него была уменьшена скорость падения, изменены способности прыжков, бонусы на сферах являются видимыми. Также Рю необходимо сразиться со своим клоном и с человеком по имени Клэнси (англ. H.P. Clancy), который командует военным кораблём. Клэнси мутировал, он предложил Рю создать новый мир, но Рю отказался и уничтожил Клэнси.
 Действие игры происходит между событиями Ninja Gaiden и Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos. Ирен Лью (англ. Irene Lew) , агент ЦРУ, задействованная в миссии «Кардинал», убегает от человека похожего на Рю Хаябусу. Загнная к краю утеса,   оступается, падает в воду и погибает. Рю несправедливо обвинили в убийстве и он начинает расследование с лаборатории, которую исследовала Ирен.
 Исследуя лабораторию Рю встречает таинственного человека, который отправляет Рю за подбробностями убйиства Ирен в крепость Castle Rock. У крепости Рю встречает, агента ЦРУ и начальника Ирен, Фостера. На распросы об Ирен он отвечает: «Я не знаю, о чём Вы говорите». Продолжив путь, Рю встречает своего клона. Они сражаются на мечах, но клон, сообщив Рю что это он убил Ирен, уходит.
 Рю продолжает двигаться к крепости Castle Rock и встречает Клэнси, незнакомца, с которым он столкнулся при исследовании лаборатории. Клэнси работал вместе с Фостером над программой «Biohazard», но больше не может, так как тот создал монстра под названием био-ноид. После гибели демона на развалинах крепости Castle Rock появился межпространственный разлом из которого поступает неограниченная жизненная энергия. Фостер восстановил крепость и экспериментировал с жизненной энергией, с помощью которой в итоге создал существ — био-ноидов. Фостер управляет ими, и Клэнси просит Рю остановить Фостера.
 В крепости Рю встречает Фостера вместе с клоном. Фостер хочет использовать тело Рю для получения секрета клана Дракона, чтобы создать с его помощью совершенного био-ноида. Появляется живая Ирен Лью, которая тайно вместе с армией противодействовала плану Фостера. Клон превращается в био-ноида. Ирен стреляет в био-ноида, но это не даёт никакого эффекта. Тогда Рю сражается с био-ноидом и побеждает. Из межпространственного разлома появляется Клэнси. Он  использовал Фостера, Рю и Ирен, чтобы заполучить крепость и владеть жизненной энергией. Фостер пытается следовать за уходящим в разлом Клэнси, но энергия разрывает его на части. Рю в одиночку входит в разлом и встречает там, воскрешенного и превращеного в суперсущество, Фостера. Победив Фостера, Рю встречает Клэнси и узнает что руины крепости это гигантский боевой корабль. Клэнси планирует создать новый мир, а руины крепости будут источником новой жизни. Корабль взлетает и стреляет в даль энергетическим оружием, демонстрируя колоссальную мощь. Открывается люк и Рю падает вниз наружу корабля, но пробирается обратно внутрь к Клэнси. Клэнси превратился в бионойда и предлагает присоединиться к нему, уничтожить человеческую расу и создать новый мир, но Рю отказывается. Начинается финальная битва. Клэнси два раза эволюционирует в более мощных монстров, но Рю все равно побеждает. После этого Рю телепортируется на землю к Ирен, и они оба смотрят, как корабль падает и взрывается.
 Также разрушается крепость Castle Rock. Рю и Ирен стоят на вершине скалы и смотрят на восходящее солнце.
 Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom это платформер с горизонтальной прокруткой, игрок управляет персонажем Рю Хаябуса. В игре семь актов, каждый из которых делится на отдельные уровни. При этом некоторые уровни необходимо проходить, двигаясь по вертикали.
 Рю может висеть на вертикальных поверхностях, отталкиваться от них и прыгать в противоположную сторону, а также атаковать специальным оружием. Другая способность Рю — это возможность висеть на трубах или платформах при этом можно пользоваться только вспомогательным оружием. Состояние здоровья Рю отображает шкала, которая при ранении персонажа уменьшается. Если шкала жизней закончится, Рю теряет одну жизнь. Также персонаж теряет жизнь если падает в пропасть или если истечёт время, отведённое на прохождение уровня. При этом даётся попытка возобновить игру с начала прерванного уровня. Всего даётся пять попыток. Когда персонаж теряет все жизни, игра заканчивается.
 На уровнях игрок может собирать специальные сферы нескольких видов: восстанавливающие силу ниндзя (мана), позволяющие увеличить силу ниндзя, восстанавливающие шесть пунктов шкалы жизней, дополнительная жизнь, меч «Дух дракона». Существует два вида сфер восстановления силы ниндзя: восстанавливающая силу частично (синяя) и полностью (красная). Основное оружие Рю — меч дракона, и, если игрок берёт сферу, меч дух дракона — версия меча с увеличенным радиусом. Помимо основного оружия, Рю использует вторичное оружие: бросок метательной звёздочки, которая летит вперёд и возвращается назад как бумеранг; бросок огненных шаров, которые летят вверх под углом; бросок огненных шаров, которые летят вниз под углом; бросок вакуумных лезвий, которые одновременно летят вверх и вниз(«техника вакуумной волны»); призыв огненных шаров, которые вращаются вокруг персонажа и уничтожают любого врага при соприкосновении. Использование каждого вида вторичного оружия отнимает определённое количество очков силы ниндзя: если очки кончились или их не хватает, пользоваться вторичным оружием нельзя.
 В конце каждого акта есть босс. Каждый босс имеет шкалу здоровья, которая уменьшается при ранении: если шкала заканчивается, Рю побеждает. Первые четыре босса представляют четыре стихии: огонь, воздух, вода и земля. Это бионоиды, которых создал Фостер.
 Директором игры Ninja Gaiden III: The Ancient Ship of Doom был Масато Като. В титрах первой игры он был упомянут как Runmaru, в двух других как Runmal. Также в разработке участвовал создатель серии Ninja Gaiden Хидэо Ёсидзава. В третьей части серии он был исполнительным продюсером. Первые две части игры были созданы на основе идей навеянными мифами Ктулху, третья часть тяготела к научной фантастике, были добавлены механические враги. Американская версия была сложнее, чем японское издание. В американской версии игры враги наносят увеличенный урон. Также из американской версии была удалена система паролей, которая присутствует в японской версии. По словам Като, это было сделано потому, что в Северной Америке были популярны жёсткие игры, и компания потребовала сделать игру для NES сложнее. В третьей части игры была убрана возможность призывать тень ниндзи, которой игрок мог пользоваться в Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos. Это было сделано по причине аппаратных ограничений Famicom. Также были убраны эффект псевдо-3D и бесконечное возрождение противников.
 Две предыдущие части игры выходили в Европе под названием Shadow Warriors. Игра не вышла под этим названием. Предыдущие части игры вышли в Европе с задержкой, после того как они появились в Японии и Северной Америке. К тому времени, когда игра могла выйти в Европе, появилось новое поколение консолей. Действия в игре Ninja Gaiden III происходят между событиями, произошедшими в предыдущих двух частях серии Ninja Gaiden. Cобытия в игре Ninja Gaiden II: The Dark Sword of Chaos закончились хорошо, также был уничтожен меч дракона. Поэтому разработчики решили построить сюжет вокруг Фостера и поместить события до второй части игры. Также она была портирована на портативную консоль Tiger. Помимо Ninja Gaiden III, на консоль были портированы две предыдущие части игры. В силу технических спецификаций функционал игры для этой консоли был ограничен.
 В целом игра получила положительные оценки. Обозреватель сайта Nintendo Life раскритиковал сюжет игры, при этом отметил впечатляющие визуальные эффекты, достойную музыку и отличный геймплей. Лукас Томас из IGN писал, что способность призывать тень ниндзи была вырезана из игры, вместо этого появились новые способности. Это меч, который позволяет увеличить длину и мощь удара, оружие вакуумные лезвия, которое полезно, когда персонаж поднимается вверх по стенам, и возможность висеть на платформах. Также Томас отмечает высокую сложность игры.