Иоганна Магдалена Саксен-Альтенбургская (нем. Johanna Magdalena von Sachsen-Altenburg; 14 января 1656 (1656-01-14), Альтенбург, герцогство Саксен-Альтенбург, Священная Римская империя — 22 января 1686, Вайсенфельс, герцогство Саксен-Вейсенфельс) — немецкая принцесса из дома Веттинов, урождённая принцесса Саксен-Альтенбургская; в замужестве — герцогиня Саксен-Вейсенфельская.
 Иоганна Магдалена родилась в Альтенбурге 14 января 1656 года. Она была единственной дочерью герцога Фридриха Вильгельма II Саксен-Альтенбургского и его жены Магдалены Сибиллы Саксонской, дочери курфюрста Иоганна Георга I Саксонского.
 Осталась круглой сиротой в раннем возрасте, когда родители умерли друг за другом в 1668 и 1669 годах. Попечение над принцессой взяли на себя родственники по линии отца. В 1671 году её дяди Иоганн Георг II и Мориц решили, что из династических соображений, она выйдет замуж за своего двоюродного брата, будущего герцога Иоганна Адольфа I Саксен-Вейсенфельского.
 Старший брат принцессы Иоганны Магдалены, наследный принц Кристиан, умер молодым, а младший брат, Фридрих Вильгельм III, который унаследовал титул герцога Саксен-Альтенбургского, находился под опекой дядей по линии отца и не имел детей.
 Оба дяди, представители Альбертинской ветви дома Веттинов предположили, что Альтенбургская линия, часть Эрнестинской ветви, скорее всего, угаснет, а с помощью брака Иоганны Магдалены, Вейсенфельсу, который принадлежал Альбертинской ветви, мог бы претендовать на Альтенбург. Герцог Август Саксен-Вейсенфельский согласился с этим браком и с тем, что при угасании Вейсенфельской линии Вейсенфель отойдёт другим ближайшим линиям Альбертинской ветви.
 Герцог Фридрих-Вильгельм III умер от оспы, спустя шесть месяцев после свадьбы сестры. Альбертинские и Эрнестинские линии дома Веттинов принялись делить наследство. После длительного обсуждения земли герцогства отошли к представителям Эрнестинской ветви — Эрнесту I, герцогу Саксен-Готскому и Иоганну Эрнесту II, герцогу Саксен-Веймарскому. Их права подтверждали династические браки с Альтенбургской линией, заключённые в 1630-х годах.
 Герцогиня Иоганна Магдалена получила богословское образование у Иоганна Штиля и Иоганна Кристфрида Сагиттариуса. Она была благочестивой личностью и уделяла большое внимание нуждам церкви в герцогстве. Постоянно читала Библию и писала многочисленные комментарии на полях. Ею были изданы молитвенники, сборники пословиц и дидактические пособия, которые она раздала родственникам и придворным. Герцогиня пожертвовала золотые вышитые одежды в замковую церковь и золотой потир и дарохранительницу. В 1681 году она пожертвовала серебряную купель в церковь святой Марии в Вайсенфельсе.
 Герцогиня Иоганна Магдалена умерла 22 января 1686 года и была похоронена в оловянном гробу в церкви дворца Ной-Августусбург. Памятные монеты с её изображением были отчеканены и розданы на похоронах герцогини. Она пользовалась большим уважением у подданных за свою благотворительную деятельность. На протяжении всей жизни герцогиня регулярно жертвовала средства на нужды бедных жителей Вайсенфельса, оставив им средства и в своём завещании.
 Принцесса Иоганна Магдалена в Альтенбурге 25 октября 1671 года сочеталась браком с принцем Иоганном Адольфом, сыном герцога Августа Саксен-Вейсенфельского и принцессы Анны Марии Мекленбург-Шверинской. Всего в браке родились одиннадцать детей: