Пандемия COVID-19 достигла Северной Македонии в феврале 2020 года. Первоначально инфекция в стране была в основном связана с Италией, поскольку там проживает около 70 000 македонцев, которые вернулись в родную страну, принеся с собой вирус.
 12 января 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) подтвердила, что новый коронавирус стал причиной респираторного заболевания в группе людей в городе Ухань (провинция Хубэй, Китай), о котором ВОЗ узнала 31 декабря 2019 года
 Летальность от COVID-19 намного ниже, чем у SARS, пандемия которого произошла в 2003 году, однако заразность нового заболевания намного выше, что приводит к повышенной смертности.
 26 февраля Северная Македония подтвердила свой первый случай заболевания SARS-CoV-2. Пациенткой оказалась 50-летняя женщина, которая прошла тестирование в Клинике инфекционных заболеваний в Скопье. Она была в Италии в течение месяца и болела в течение двух недель. Вернувшись в Северную Македонию, она немедленно сообщила о себе в клинику. Этот случай был единичным и не привёл к дальнейшим инфицированиям.
 6 марта были подтверждены ещё два случая: супружеская пара из Баланци, Центар-Жупа, которые были жителями Брешии, Италия, и предположительно вернулись в страну из страха перед вирусом. 27 февраля они въехали в Северную Македонию и 2 марта отправились в клинику в Дебаре. Первоначально они не были проверены на SARS-CoV-2, но когда их симптомы ухудшились, они были протестированы 6 марта. После получения положительных результатов пара была переведена в клинику в Скопье.
 9 марта число инфицированных в стране увеличилось до 7 — три члена семьи, зарегистрированных 6 марта, и Нина Кака Биляновска, директор Клиники кожных заболеваний в Скопье. Случай Биляновской вызвал споры, так как она не изолировалась после возвращения из отпуска в Италии. Кроме того, она продолжала ходить на работу и выступала на конференции, в которой приняли участие 100 человек, прежде чем проходить тестирование. Министр здравоохранения впоследствии уволил её.
 10 марта, после официального запроса мэра Дебара (город, в котором были обнаружены 5 из 7 случаев) и противоречий, касающихся Биляновской, Министерство здравоохранения Северной Македонии приняло более строгие меры для предотвращения дальнейшего распространения вируса, включая временное закрытие всех учебных заведений на две недели (от детских садов до университетов), запрет на поездки в наиболее зараженные страны (Китай, Южная Корея, Италия, Франция, Германия и т. д.), запрет на все публичные мероприятия и закрытие спортивных событий для общественности. Позже в тот же день был подтвержден первый случай отрицательного тестирования на повторный тест на коронавирус. Пациент, однако, все ещё восстанавливается в больнице.
 11 марта ещё два случая были подтверждены, оба из Дебара. Они связаны с первыми случаями, зарегистрированными в городе.
 13 марта ещё четыре случая были подтверждены положительными. Поскольку все четверо были из Дебара, правительство объявило чрезвычайное положение в муниципалитетах Дебар и Центар-Жупа. Все движение внутри и за пределами двух карантинных муниципалитетов было запрещено; только людям, живущим там, было разрешено вернуться в свои дома. Позднее президент Пендаровски принял решение о развёртывании армии в пострадавших районах в Дебаре и Центар-Жупе. Также было объявлено, что въезд в страну иностранных граждан, прибывающих из «стран с высоким уровнем риска», будет запрещён.
 14 марта 8 человек были проверены на коронавирус, тесты 6 из них дали положительный результат (5 из Дебара и один из Скопье, вернувшийся из поездки в Барселону, Испания). В общей сложности 14 пациентов были госпитализированы в Клинику инфекционных заболеваний в Скопье, а 5 новых случаев из Дебара остались в местной больнице.
 16 марта 7 человек (5 официально) получили положительные результаты тестов (4 из Дебара, 1 из Скопье и двое прошли тестирование в частной клинике). Пациент в Скопье только что вернулся из поездки в Нидерланды через Вену, два дополнительных случая дали положительный результат в частной больнице Филиппа II. На следующий день они прошли повторную проверку в государственной лаборатории, и их положительные результаты подтвердились. Из-за возросшего числа случаев, как внутри страны, так и во всём мире, правительство Северной Македонии решило закрыть два международных аэропорта (Скопье и Охрид) и запретить въезд иностранцам в страну. Запрет не распространяется на дипломатов и медицинский персонал (которому требуется получение разрешения от Министерства внутренних дел) и водителей грузовиков.
 17 марта было подтверждено 5 новых положительных случаев — 4 в Дебаре (две медсестры и два доктора, одним из которых был Арбен Аголи, бывший кандидат в мэры и политический активист) и один в Скопье, число случаев увеличилось до 32. Политические лидеры решили отложить досрочные парламентские выборы, назначенные на 12 апреля.
 18 марта были подтверждены 4 новых случая. Все из Скопье, прибыли из Бельгии. Премьер-министр Оливер Спасовский объявил, что правительство рассматривает вопрос об объявлении в стране чрезвычайного положения, чего раньше никогда не было. Чрезвычайное положение было официально объявлено президентом позднее в тот же день, и после этого события, поскольку парламент был распущен, правительство приобрело законодательную и исполнительную власть. Позже в тот же день ещё 7 человек получили положительный результат на вирус (4 в Скопье и 3 в Дебаре).
 19 марта были подтверждены 6 новых случаев: 3 в Дебаре, 1 в Скопье, 1 в Гостиваре и 1 в Штипе. Случай в Гостиваре является гражданином Македонии из Швейцарии, случай в Штипе — это 4-летний ребенок, заразившийся в детском саду в Англии, а остальные — граждане страны, имеющие отношение к ранее подтвержденным случаям.
 20 марта стало известно о 19 новых случаях, все в Скопье. 17 из них были проверены в частной больнице Жан Митрев. С этой вспышкой Скопье превзошел Дебар по количеству подтвержденных случаев. Позже в тот же день 3 человека дали положительный результат (2 в Скопье и 1 в Штипе). Одна из пациенток из Скопье сообщила, что она ездила в Сербию до того, как была подтверждена положительная реакция. Опять же, позже в тот же день 6 новых случаев оказались положительными (4 в Скопье и супружеская пара в Кавадарци).
 21 марта были подтверждены положительные результаты 9 новых случаев: 7 в Скопье и 2 в Штипе. Позже в тот же день правительство ввело комендантский час в качестве меры защиты от вспышки вируса. Комендантский час будет применяться, начиная с 22 марта, с 9 вечера до 6 утра.
 22 марта были подтверждены 29 новых случаев: 22 в Скопье, 3 в Штипе, 2 в Дебаре, 1 в Охриде и 1 в Куманово. 22 марта в Северной Македонии был зарегистрирован первый случай смерти 57-летней женщины из Куманово, у которой был подтвержден положительный результат на вирус уже после смерти.
 23 марта были подтверждены  22 новых случая: 15 в Скопье, 4 в Дебаре, 2 в Куманово и 1 в Охриде. В тот же день была подтверждена вторая смерть. 63-летний мужчина из Дебара был госпитализирован в Скопье 17 марта. Его состояние было стабильным, но внезапно ночью ухудшилось. Его подсоединили к аппарату искусственной вентиляции лёгких, но этого было мало.
 24 марта были подтверждены положительные результаты 12 новых пациентов: 7 в Скопье и 5 в Куманово.
 25 марта были подтверждены 29 новых случаев: 20 в Скопье, 3 в Куманово, 3 в Велесе, 2 в Прилепе и 1 в Дебаре. В тот же день «нулевой пациент» вспышки в Дебаре, у которой был установлен положительный результат 6 марта, скончалась. Ей было 66 лет.
 26 марта были зарегистрированы 24 новых случая: 15 из Скопье, 4 из Куманово, 2 из Дебара и по одному из Охрида и Штипа, а также первый случай из Тетово. 2 пациента выздоровели.
 27 марта были зарегистрированы 18 новых положительных случаев: 11 из Скопье, 4 из Прилепа, 2 из Куманово и 1 из Тетово.
 28 марта были подтверждены 22 новых случая: 9 в Скопье, по 3 в Куманово и Струге, по 2 в Тетово, Прилепе и Дебаре, и 1 в Битоле. Также был подтвержден четвертый случай смерти 66-летней женщины из Струги.
 29 марта были подтверждены 18 новых случаев заболевания: 6 в Штипе, 3 в Скопье, 3 в Велесе, 2 в Струге, 1 в Струмице, 1 в Дебаре, 1 в Тетово и 1 в Гевгелии. Также подтвердились два новых случая смерти: 31-летний и 91-летний мужчины.
 30 марта были подтверждены 26 новых случаев: 19 в Скопье, 3 в Куманово, 1 в Прилепе, 1 в Тетово, 1 в Дебаре и 1 в Крива-Паланка. Была зарегистрирована седьмая смерть (79-летний мужчина из Дебара), в то время как 9 пациентов выздоровели (8 из Скопье и 1 из Дебара).
 31 марта Минздрав объявил о 44 новых случая заболевания. Скончались 45-летний мужчина из Куманово и 78-летний мужчина из Дебара, оба с хроническими болезнями. До этого дня было проведено 3518 испытаний.
 1 апреля Министерство здравоохранения объявило о 25 новых положительных случаях заболевания: 7 в Куманово, 7 в Скопье, 4 в Тетово, 3 в Битоле, 2 в Струге, 1 в Гевгелии и 1 в Кочани. Скончалась 64-летняя женщина из Струги с хроническими заболеваниями. Было также обнаружено, что 66-летняя женщина, также из Струги, которая умерла за день до того, получила положительный результат теста после смерти. 5 пациентов выздоровели.
 2 апреля было зарегистрировано 30 новых положительных случаев заболевания: 12 из Скопье, 9 из Прилепа, 8 из Куманово и 1 из Крива-Паланки.
 3 апреля было зарегистрировано 46 новых положительных случаев заболевания: 23 из Куманово, 13 из Скопье, 2 из Дебара, 2 из Велеса, 2 из Гевгелии, 2 из Тетово, 1 из Прилепа и 1 из Гостивара. Была подтверждена еще одна смерть: 68-летний мужчина из деревни под Тетово. Вечером ещё один подозрительный летальный исход подтвердился как положительный от COVID-19. Умер 70-летний мужчина из Куманово.
 4 апреля было зарегистрировано 53 новых положительных случая заболевания: 14 из Струги, 13 из Скопье, 8 из Куманово, 6 из Кочани, 5 из Штипа, по 2 из Прилепа, Тетово и Гостивара и 1 из Велес. Также были подтверждены пять новых случаев смерти.
 5 апреля было зарегистрировано 72 новых положительных случая заболевания: 21 из Куманово, 14 из Скопье, 11 из Тетово, 9 из Прилепа, 7 из Кочани, по 2 из Крушево, Битолы и Радовиша по 1 из Струги, Велес, Гостивар и Штип каждый. Также был подтвержден еще один новый случай смерти — 63-летний мужчина из Струги. Позже в тот же день Институт общественного здравоохранения Республики Северная Македония исправил ранее объявленные цифры по городам, указав, что один случай из Гостивара является гражданином, возвращающимся из Словении на карантин в Гостивар, но живет в Струмице и один случай из Тетово является возвращавшимся из-за границы, который находится на карантине в Тетово, но живет в Радовише.
 6 апреля было зарегистрировано 15 новых положительных случаев: 8 в Куманово, 4 в Скопье и по 1 в Тетово, Струге и Штипе каждый. Также было подтверждено три новых случая смерти: 69-летний и 65-летний мужчины из Тетово и 40-летний мужчина из Кочани. 6 пациентов выздоровели .
 7 апреля были зарегистрированы 29 новых положительных случаев: 15 в Скопье, 7 в Куманово, по 3 в Струге и Кочани и 1 в Прилепе. Также было подтверждено 5 новых смертей: 52- и 53-летние мужчины из Куманово, 81-летняя женщина из Штипа, 65-летняя женщина из Струги и 62-летняя женщина из Тетово. Позже в тот же день была подтверждена ещё одна смерть.
 8 апреля было зарегистрировано 18 новых положительных случаев заболевания: 7 в Скопье, 4 в Прилепе, по 2 в Битоле и Куманово, по 1 в Крушево, Кочани и Кавадарци. Также были подтверждены две новые смерти: 73-летний мужчина из Куманово и один положительный случай из Кавадарци. Он был 44-летним иностранным гражданином, найденным мертвым в его квартире, был проверен посмертно. 7 пациентов выздоровели. Позже в тот же день была подтверждена ещё одна смерть. 27-летняя женщина из Куманово, которая, будучи заражённой, родила 30 марта.
 9 апреля было зарегистрировано 46 новых положительных случаев заболевания: 13 в Куманово, 12 в Скопье, 8 в Прилепе и Велесе, 2 в Струге и по 1 в Тетово, Кочани и Пробиштипе каждый.
 10 апреля было зарегистрировано 48 новых положительных случаев: 25 в Куманово, 11 в Скопье, 4 в Прилепе, 3 в Струге, 2 в Гостиваре и по 1 в Охриде, Штипе и Тетово. Были также подтверждены две новые смерти.
 11 апреля было зарегистрировано 49 новых случаев заболевания: 14 в Куманово, 13 в Скопье, 8 в Прилепе, по 6 в Штипе и Велесе и по 1 в Гостиваре и Кочани. Были также подтверждены две новые смерти.
 12 апреля было зарегистрировано 68 новых положительных случаев: 18 в Куманово, 15 в Скопье, 14 в Прилепе, 10 в Струге, 6 в Велесе, 2 в Тетово и по 1 в Гостиваре, Битоле и Кочани.
 13 апреля были зарегистрированы 26 новых положительных случаев: 11 в Куманово, по 4 в Скопье и Тетово, 3 в Прилепе, 2 в Велесе и по 1 в Пробиштипе и Кочани. Также были подтверждены четыре новые смерти: 63-летний мужчина и 79-летняя женщина из Скопье, 58-летний мужчина из Велеса и 67-летний мужчина из Прилепа. 3 пациента выздоровели.
 14 апреля были зарегистрированы 54 положительных новых случая: 25 в Куманово, 13 в Скопье, 10 в Прилепе, 2 в Велесе, по 1 в Штипе, Тетово, Гостиваре и Кичево. Были подтверждены шесть смертей и 42 выздоровления. До этого дня было проведено 9 262 теста. В тот же день Дебар и Центар-Жупа официально вышли из карантина из-за 10 дней без единого случая. Армия была отправлена в Куманово, где ситуация стала критической.
 15 апреля были зарегистрированы 66 новых случаев: 27 в Куманово, 10 в Скопье, по 5 в Тетово и Охриде, по 4 в Струге и Прилепе, по 3 в Кочани и Штипе, по 2 в Велесе и Неготино и 1 в Гостиваре. Одна женщина из Скопье умерла в возрасте 76 лет. 12 пациентов выздоровели.
 16 апреля были зарегистрированы 107 новых случаев: 44 в Куманово, 28 в Скопье, 11 в Прилепе, 6 в Битоле, 5 в Тетово, 4 в Велесе, по 2 в Дебаре и Гостиваре, по 1 в Струге, Штипе, Кавадарци, Кочани и Кичево. Это также ознаменовало первые случаи заболевания в Дебаре через две недели и всего через два дня после выхода из карантина. Была подтверждена одна новая смерть и 23 выздоровления. В этот день было проведено 660 новых тестов, в результате чего общее число тестов стало равняться 10 422. В тот же день премьер-министр Оливер Спасовский, вице-премьер Бужар Османи, министр здравоохранения Венко Филипсе, министр образования Арбер Адеми и государственный секретарь министерства здравоохранения Владимир Милошев были помещены в 14-дневный карантин после того, как появилась новость о том, что мэр Куманово, который недавно провел с ними встречу, сдал положительный тест.
 17 апреля было зарегистрировано 36 новых случаев заболевания: 22 в Скопье, 4 в Куманово, по 3 в Прилепе, Струге и Велесе и 1 в Битоле. Были подтверждены три смерти и 18 выздоровлений.
 18 апреля были зарегистрированы 53 новых случая: 13 в Скопье, 12 в Велесе, по 9 в Куманово и Прилепе, 4 в Тетово, по 2 в Македонски-Броде, Битоле и Струге. 25 пациентов выздоровели.
 19 апреля были зарегистрированы 37 новых положительных случаев заболевания: 9 в Куманово, по 8 в Скопье и Охриде, 5 в Прилепе, по 3 в Велесе и Тетово и 1 в Кочани. Были подтверждены две смерти: 83-летний мужчина из Штипа и 66-летний мужчина из Скопье. 15 пациентов выздоровели.
 20 апреля было зарегистрировано 18 новых положительных случаев: 9 в Куманово, по 2 в Штипе, Скопье и Тетово, по 1 в Велесе, Пехчево и Гостиваре. Был подтверждены три смерти и 21 выздоровление. Это был первый день, когда выздоровевших было больше, чем инфицированных.
 21 апреля было зарегистрировано 7 новых положительных случаев: 3 в Тетово и по 2 в Куманово и Кочани. Была подтверждена одна смерть: 70-летний мужчина из Лабуништы, деревни недалеко от Струги. 24 пациента выздоровели.
 22 апреля было зарегистрировано 28 новых положительных случаев заболевания: 11 в Скопье, 9 в Прилепе, 3 в Велесе, по 2 в Куманово и Тетово и 1 в Валандово. Была подтверждена одна смерть: 51-летний мужчина из Скопье. 48 пациентов выздоровели. Со следующего дня комендантский час будет отменён, но каждый должен будет носить маску или шарф в общественных местах и в закрытых помещениях (таких как супермаркеты, магазины, общественный транспорт).
 Подготовительные меры против потенциальной вспышки начались в конце января 2020 года. Национальные меры по борьбе с пандемией возглавляются министром здравоохранения Венко Филипче и Комиссией по инфекционным болезням.
 Начиная с 27 января тепловые камеры, установленные в аэропорту Скопье, начали отслеживать пассажиров, прибывающих из Стамбула и Дубая, которые служат пересадочными узлами для путешествий в Китай, который на тот момент был эпицентром эпидемии. После первой встречи с представителем ВОЗ Джихане Тавила готовность страны к раннему обнаружению и прекращению распространения вируса была оценена как удовлетворительная. Министр здравоохранения Венко Филипче объявил, что система здравоохранения Северной Македонии полностью готова к потенциальной вспышке. В дополнение к тепловизионным камерам в полицейские участки распространялись информационные листовки, были введены таможенные проверки на всех пограничных пропускных пунктах.
 4 февраля первые реагенты для обнаружения вируса были импортированы из Ниша, Сербия. Филипче сказал, что в настоящее время в стране имеется около 40 000 хирургических масок и медицинских защитных костюмов, но были рассмотрены дополнительные закупки для подготовки страны к потенциальной вспышке. С начала февраля Институт общественного здравоохранения поддерживает тесные контакты с ВОЗ и выполняет их рекомендации. 6 февраля общественности был объявлен первый набор профилактических рекомендаций — от частого мытья рук, использования носового платка при чихании или кашле, избегания незащищенного контакта с больными людьми и т. д. В этот день Филипче встретился с китайским послом в Северной Македонии, Чжаном Зуо, и было решено, что все сотрудники Sinohydro должны пройти 14-дневный карантин, прежде чем вернуться на свои посты в Северной Македонии.
 После встречи с Филипче 15 февраля представитель ВОЗ Джихане Тавила объявил, что они считают систему Северной Македонии для раннего выявления и раннего вмешательства в области инфекционных заболеваний одной из лучших в регионе.