История Хайфы восходит к III веку до нашей эры. Местность, где расположена Хайфа, в разное время находилась под управлением таких народов, как: хананеи, израильтяне, римляне, византийцы, арабы, крестоносцы, курды, мамлюки, турки — османы и британцы. В настоящее время Хайфа является крупным городом в Израиле со смешанным населением, в котором значительная часть приходится на арабских граждан Израиля.
  Территория современной Хайфы находится в районе горы Кармель в Левантийском коридоре, который сыграл важную роль в изучении эволюции человека и выхода его из Африки. Весь Левантийский коридор представлял собой сухопутный путь миграции растений, животных и людей между Евразией и Африкой. Люди населяли местность Левантийского коридора с доисторических времен, поэтому территория современной Хайфы и её ближайших окрестностей изобилует пещерами на горе Кармель, в которых были найдены многочисленные археологические находки, как правило, вследствие строительства современной Хайфы. Так, в 1927 году британскими мандатными властями в Палестине при строительстве хайфского порта было принято решение вместо запланированной (~20 км к югу от Хайфы) каменоломни сохранить древние пещеры и провести раскопки под руководством британской женщины-археолога Дороти Гаррод. Открытия Дороти Гаррод спасли особенно важный, с точки зрения понимания эволюции человека, археологический памятник Нахаль Меарот, в 2012 году, через 90 лет после её раскопок, признанный объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО. Археологические находки в пещерах На́халь Меаро́т свидетельствуют о непрерывном заселении на протяжении 500 тысяч лет, делая этот археологический объект ключевым для хроно-стратиграфической схемы человеческой истории в целом и истории Ближнего Востока в частности. Самые нижние слои раскопок соответствуют периоду каменного века, палеолита, и связаны с вымершей, параллельной людям на уровне гоминид, ветви человека — неандертальцах. Хронологию развития человечества отражают такие артефакты Нахаль Меарот, как предметы:
 В 12 км южнее Хайфы находится Пещера Мислия, культурно и хронологически эквивалентная пещерам Нахаль Меарот. В пещере Схул были найдены фоссилии гоминидов, относящихся к виду Homo sapiens, что делает эти останки (гоминиды группы Схул-Кафзек) одними из старейших этого вида в Евразии.
 Непосредственно в пределах современной Хайфы, в Неве-Давид, были обнаружены находки кебарской культуры (18 000-15 000 лет до нашей эры) охотников-собирателей нашего вида (Homo sapiens) конца последнего ледникового периода. 
 На территории современного микрорайона Наве-Шеанан были найдены следы древнего человека в пещерах Вороньей стены.
 С целью систематизации археологического материала в Хайфе, в 1962 году, был создан «Музей праистории им. М.Штекелиса» с исследовательским отделом.В 1988 году был создан «Институт археологии им. Зинмана» при Хайфском университете с целью проведения спасательных раскопок не только в Хайфе и её окрестностях, но и по всему cеверу Израиля.
 В пещерах Нахаль Меарот, входящих в состав земель западной части Плодородного полумесяца, были найдены признаки начала неолитической революции (переход человечества от охоты и собирательства к земледелию). В 10 км южнее Хайфы, в 300—400 м от берега Средиземного моря было обнаружено древнее затопленное неолитическое поселение Атлит-Ям —самое раннее известное свидетельство существования агроскотоводческой и морской системы жизнеобеспечения (средиземноморская рыбацкая деревня) на левантийском побережье. Сложную генетическую историю древних земледельцев изучали по останкам из разных мест Израиля, в том числе и из пещеры Ракефет, расположенной на горе Кармель возле Хайфы и давшей важные сведения о начальном периоде одомашнивания растений и животных самыми первыми земледельцами и одном из самых ранних мест производства пива (кашеобразное пиво 11 тысячелетия до нашей эры). В пещере Нахаль Орен, на горе Кармель, в 10 км к югу от Хайфы, в ходе строительства дороги, были обнаружены в ходе раскопок, наряду с кебарской (верхний палеолит) и натуфийской культурой (мезолит), также и докерамическая неолитическая промышленность A и B. Была обнаружена также затопленная керамика эпохи неолита, а в ямах— самое старое (7100-6300 лет) известное свидетельство извлечения оливкового масла на якорных стоянках у побережья современной Хайфы (Кфар-Самир, Кфар-Галим, Тель-Хрейз, Мегадим, Неве-Ям).
 Непосредственно в пределах современной Хайфы (западная Хайфа), в Неве-Давид, были обнаружены временные стоянки керамического периода неолита перед появлением постоянных поселений.
 К медному веку территория современной Хайфы принадлежала Ханаану, который следующие 2—3 тысячи лет находился под протекторатом более развитого Древнего Египта.
 Небольшой портовый город Тель-Абу-Хуам существовал в районе Хайфы в эпоху поздней бронзы (XIV век до н. э.). Географ VI века до н. э. Скилак описывает город «между заливом и мысом Зевса» (гора Кармель) в персидский период. Город был перенесен на новое место, расположенное к югу от территории Бат-Галим, в эллинистический период, после того как старый порт был заилен, о чём свидетельствуют археологические раскопки. Гора Кармель и река Кишон также упоминаются в Библии. Пещеру на вершине горы Кармель, известную как «Пещера Илии» связывают с пророком Илией и его учеником Елисеем. На арабском языке самая высокая вершина хребта Кармель называется «Эль-Мухрака», или «место сжигания», что объясняется всесожжениями и жертвоприношениям на этой вершине холма в ханаанские и ранние израильские времена. С Эль-Мухракой связывают победу Илии-пророка над жрецами Ваала. 
 Античный период: Хайфа
 Многие исследователи полагают, что название «Хайфа» относится к поселению, остатки которого были обнаружены на территории, лежащей в пределах от современной больницы Рамбам до еврейского кладбища на улице Яффо. Жители занимались рыболовством и сельским хозяйством, функционировал порт, принимающий группы людей, которые в конечном итоге поселились в городе. Считается, что до того, как персы пришли в этот район в 600 г. н. э., население Хайфы было широко рассредоточено по территории.
 Город впервые упоминается в талмудической литературе примерно в III веке нашей эры как небольшая рыбацкая деревня, в которой находится дом раввина Авдимоса и других еврейских ученых. Эллинизированное население, проживавшее вдоль побережья, в это время занималось торговлей. Город Хайфа был расположен отдельно от города Шикмона, главного еврейского города в этом районе в то время и центра производства традиционной краски Техелет, используемой для храмовой одежды еврейских священников.
 Под властью Византии Хайфа продолжала развиваться, хотя порт Хайфы имел меньшее значение, чем порт Акры.
 Византийское правление закончилось в VII веке, когда город был завоеван сначала персами, а затем арабами в 640-х годах. Во время раннего арабского правления порт Хайфы игнорировался в пользу порта Акко. При халифате Рашидун Хайфа начала развиваться, а в IX веке при халифате Аббасидов Хайфа установила торговые отношения с египетскими портами, в городе работало несколько верфей, жители были заняты торговлей и морской торговлей. Производство стекла и красителей из морских улиток были самыми прибыльными отраслями города.
 Насир-и-Хрсров, посетив город в 1047 году, отметил, что «Хайфа лежит на берегу моря, и здесь много пальмовых садов и деревьев. В этом городе есть корабелы, которые строят очень большие суда».
 В 1100 году город был завоеван крестоносцами после ожесточенной битвы с его еврейскими жителями и сарацинским гарнизоном. Под властью крестоносцев город был частью Галилейского княжества, пока в 1265 году его не захватили мамелюки.
 Орден кармелитов был основан и назван в честь горы Кармель в XII веке. Кармелиты построили здание на вершине Кармель, которое было потом превращено в мечеть, опять стало монастырем и больницей. В XIX веке здание было реконструировано, как монастырь кармелитов, а находящаяся там пещера, действующая как склеп монастыря, почиталась, как пещера Илии.
 В 1761 году Захир аль-Умар, арабский правитель Акко и Галилеи, разрушил старый город Хайфы («Хайфа Эль-Атика») и основал город на новом месте, окружив его стеной, тем самым начав современную эру города. После смерти Захира в 1775 году город оставался под властью Османской империи до 1918 года, за исключением двух коротких периодов: в 1799 году Наполеон Бонапарт завоевал Хайфу в рамках своего неудачного похода на Палестину и Сирию, но в том же году отступил; а между 1831 и 1840 годами правил египетский наместник Мехемет Али после того, как его сын Ибрагим-паша вырвал контроль у османов.
 В годы, последовавшие за египетской оккупацией, население и значение Хайфы росли, в то время как Акко приходил в упадок. В 1859 году российское правительство выбирает Хайфу для строительства нового порта и строит 30-метровую пристань, позволяющую принимать крупные суда.  Тогда же были построены две башни-маяка для защиты от пиратов.
 Поворотным моментом в развитии Хайфы стало прибытие в 1868 году немецких храмовников, поселившихся на территории, которая сейчас известна как немецкая колония. Храмовники построили паровую электростанцию, открыли фабрики и начали осуществлять перевозки в Акко, Назарет и Тверию.
 В конце XIX века север страны приобрел важное значение для Веры бахаи, так останки Баба были сначала перенесены в Акко, а в 1909 году — в Хайфу, где Абдул-Баха возвел для этой цели усыпальницу на горе Кармель. Хайфа остается важным местом поклонения, паломничества и управления для бахаев. Всемирный центр бахаи (включающий Усыпальницу Баба, сады с террасами и административные здания) находится на северном склоне горы Кармель. Расположение святых мест бахаи в Хайфе связано с изгнанием основателя религии Бахауллы в район Хайфы/ Акки во время османского владычества над Палестиной. Святые места бахаи являются самой посещаемой туристической достопримечательностью Хайфы.
 В 1913 году мэром города становится араб Хасан Шукри, в его честь названа улица в Хайфе, на которой в 1942 году было построено здание муниципалитета Хайфы.
 В начале XX века первые мусульмане- ахмади мигрировали в Кабабир, небольшой пригород Хайфы. На протяжении многих лет община развивалась, она транслирует свои программы на арабский мир через канал MTA 3 из Хайфы. Кабабир также известен своей мечетью Махмуд, уникальной архитектурной достопримечательностью.
 В начале XX века Хайфа превратилась в промышленный портовый город, были построены Хиджазская железная дорога и технологический университет Технион.В Хайфском округе проживало ~ 20 000 жителей, 96 % из них арабы (82 % — мусульмане и 14 % — христиане) и 4 % — евреи. По мере увеличения алии количество еврейского населения возрастало. К 1945 году арабов было 53 % (33 % мусульман и 20 % христиан) и евреев 47 %. Перепись 1922 года зафиксировала наличие в Хайфе 25 тыс. человек, из них 9 тыс. мусульман, немного меньше арабов-христиан и более 6 тыс. евреев. По переписи 1931 года в городе проживало 50 403 человека, в том числе около 20 000 мусульман, 15 923 еврея и около 14 000 христиан.
 В 1933 году к терминалу Хайфского порта был проложен нефтепровод из Ирака, к северу от Хайфы был построен  нефтеочистительный завод (завершение строительства в 1944 году). В 1940—42 году, во время Второй мировой войны, Хайфский НПЗ являлся целью для итальянских лётчиков, но был успешно защищён. 
 С железнодорожного вокзала Хайфы (Хайфа восточная) становится возможным добраться в Каир (Африка), Дамаск (Азия), Стамбул (Европа).
 Государство Израиль
 В 1947 г. население составляло 70 910 арабов (41 000 мусульман и 29 910 христиан) и 74 230 евреев. Христиане принадлежат в основном к греческой православной церкви (арабской православной церкви). Хайфа была определена как часть еврейского государства в Плане раздела ООН 1947 года, в котором предлагалось разделить подмандатную Палестину на два государства. В декабре 1947 года еврейская военизированная группировка «Иргун» бросила две бомбы в группу арабов, ожидавших начала работы на стройке за пределами Объединенного нефтеперерабатывающего завода в Хайфе, в результате чего 6 человек погибли и 42 получили ранения. Вспыхнули беспорядки, в ходе которых 2000 арабских служащих убили 39 своих еврейских коллег в ходе так называемой резни на нефтеперерабатывающем заводе в Хайфе. В ответ было совершено нападение евреев на арабскую деревню Балад аль-Шейх 31 декабря 1947 года. Контроль над Хайфой, крупным промышленным портом страны, был важнейшей задачей во время арабо-израильской войны 1948 года.
 21 апреля 1948 года британцы ушли из большей части города, но сохранили при этом контроль над портовыми сооружениями.
 23 апреля 1948 года город был захвачен бригадой Кармели Хаганы. Большая часть мусульманского населения бежала через порт, контролируемый британцами. Однако к июню 1948 года в городе все ещё проживало 2000 христиан и 1300 мусульман. К концу июня оставшиеся британские силы покинули Хайфу.
 В 1949 году перестал действовать нефтепровод из Ирака в Хайфу, нефтеперерабатывающие заводы перешли на сырьё, доставляемое танкерами.
 В пятидесятые годы XX века, в Хайфу прибыла значительное количество репатриантов из Марокко, которых поселили в бывшем мусульманском районе Вади-Салиб. В 1959 году социальная напряжённость в Вади-Салиб привела к беспорядкам. В 1953 году население Хайфы достигло 153,5 тыс. человек, а в 1954 году на реке Кишон был выстроен вспомогательный порт и открыта судоверфь. Развитие порта вызывало приток рабочей силы и рост населения, так в 1959 году в Хайфе был открыт единственный в Израиле подземный фуникулер Кармелит, в 1967 году население города выросло до 210 тыс. человек, причём к концу 60-х гг. в порту работало 10 % населения.
 В 1970 году на южном въезде в Хайфу началось строительство комплекса высокотехнологических компаний МАТАМ, ставшего одним из первых комплексов Израильской кремниевой долины.
 До конца 1970-х годов основная коммерческая активность в городе была сосредоточена вокруг порта и в соседнем районе — Хадаре, но развитие автотранспорта привело к упадку этого района и развитию торговых центров на периферии, особенно в районе «Чек-поста». В 1970-е-1980-е годы роль города как промышленно-транспортного центра понизилась, в том числе из-за развития ашдодского порта. В 1990-е, во время Большой алии, город принял больше всего репатриантов из стран СНГ.
 В 1977 году Марша Фридман с четырьмя другими активистками феминистского движения основала в Хайфе первое в Израиле убежище для женщин, пострадавших от насилия.
 В начале 2000-х годов, во время интифада Аль-Аксы, в городе было совершено несколько крупных терактов, а в 2006 году, во время Второй ливанской войны, город пострадал от ракет Хезболлы.
 В 2010-е годы был введен в эксплуатацию Кармельский тоннель, пущен Метронит. Началось заселение нового микрорайона района Западная Хайфа — Неот-Перес (2014). В 2016 году был принят план развития города до 2025 года.
 В 2020-е была введена в строй новая канатная дорога Ракавлит.
 
По данным Центрального статистического бюро Израиля в настоящее время в Хайфе проживает около 285 316 человек (2020).
 В 2020 году археологи из Института морских исследований Леона Реканати при Хайфском университете обнаружили 25-метровый корабль, датируемый XII веком. На корабле была обнаружена самая большая коллекция византийской и ранней исламской керамики в Израиле. Было обнаружено множество надписей как греческими, так и арабскими буквами, имя Аллаха и многочисленные христианские кресты, в том числе 103 амфоры шести типов, из которых два типа ранее никогда не обнаруживались.