Российско-эстонские отношения — двусторонние международные отношения между Российской Федерацией и Эстонией. Дипломатические отношения между РСФСР и Эстонской Республикой были установлены 2 февраля 1920 года.
 В 1030 году князь Ярослав Мудрый пошёл войной на чудь и срубил в их землях крепость Юрьев (ныне Тарту). В 1061 чудь вернула себе эти земли. Во время правления Ярослава Мудрого в Эстонии была построена первая русская христианская церковь[нет в источнике], было основано православное епископство, которое впоследствии было превращено ливонскими рыцарями в католическое.
 В 1558—1582 шла Ливонская война, в которой против России выступали Дания, Великое княжество Литовское и Королевство Польское (позже Речь Посполитая), Швеция. По Ям-Запольскому договору 1582 года с Речью Посполитой и по договору со Швецией в 1583 Россия теряла выходы к Финскому заливу. Ситуация была частично восстановлена через 12 лет после новой войны между Швецией и Россией.
 В результате поражения Швеции в Северной войне в 1721 году России перешли прибалтийские земли (ныне северная часть Эстонии) и Ливония (ныне Южная Эстония и Северная Латвия).
 В 1918—1920 в период Гражданской войны в России на территории Эстонии шла также война за независимость, частью которой были военные действия между Красной Армией с одной стороны и эстонскими войсками при поддержке российской Северо-Западной армии белых, с другой. 2 февраля 1920 года между Российской Советской Федеративной Социалистической Республикой и Эстонской Республикой был заключён Тартуский мирный договор, которым обе стороны официально признали друг друга.
 До присоединения к СССР в 1940 году примерно 8 % населения Эстонии было русскоговорящим.
 В 1940 году Эстония стала частью СССР, хотя некоторые государства (США, Великобритания, Канада, Австралия, Швейцария, Ирландия, Ватикан и др.) продолжали де-юре признавать Эстонскую Республику в качестве независимого государства. 29 сентября 1960 Совет Европы принял резолюцию, осуждающую военную оккупацию прибалтийских стран со стороны СССР.
 16 ноября 1988 года Верховный Совет Эстонской ССР объявил о суверенитете Эстонии. 17 сентября 1991 года Эстония стала полноправным членом ООН.
 Российско-эстонские отношения были восстановлены в январе 1991 года, когда главы Верховных Советов России и Эстонии, Борис Ельцин и Арнольд Рюйтель, встретились в Таллине и подписали договор, регулирующий отношения между двумя странами. Россия вновь признала Эстонскую Республику 24 августа 1991 года, после провала попытки государственного переворота. Дипломатические отношения были установлены 24 октября 1991 года. Советский Союз признал независимость Эстонии 6 сентября. Договоры о границе были подписаны в 2005 году, но не вступили в силу. В 2012 году вступил в силу договор о сотрудничестве по пенсионному страхованию. 18 февраля 2014 года Россия и Эстония подписали новый договор о границе и одобрили проект разграничения акваторий в Нарвском и Финском заливах.
 С распадом Советского Союза в декабре 1991 года, Российская Федерация стала независимой страной, получив широкое признание правопреемницы СССР в дипломатических делах. В Эстонии по переписи 2000 года проживало 86 067 граждан России (6,28 % населения), по данным на 2011 год — 95 570 (7 % населения). В России в 2002 году проживало 1066 граждан Эстонии. По оценке ФСБ 2007 года, однако, в приграничном Печорском районе Псковской области жило около 10 000 человек с двойным гражданством России и Эстонии.
 В 2018 году страны обменялись «чёрными списками».
 Первая за почти 11 лет встреча двух президентов состоялась 18 апреля 2019 года. В этот день Президент Эстонской Республики Керсти Кальюлайд посетила Москву с рабочим визитом. На её встрече с Президентом Российской Федерации Владимиром Путиным обсуждались вопросы двусторонних отношений в торгово-экономической и культурно-гуманитарной сферах. До этого аналогичная встреча на высшем уровне проходила 28 июня 2008 года — президенты Медведев и Ильвес встречались в Ханты-Мансийске.
Член совета эстонской железнодорожной компании Eesti Raudtee Энн Вескимяги выразил надежду на то, что состоявшаяся в Москве 18 апреля встреча президентов Эстонии и РФ положит начало контактам двух стран на правительственном уровне, он назвал визит эстонского президента в Москву «крайне смелым шагом» и призвал правительство этой балтийской республики перестать требовать ужесточения санкций в отношении РФ.
 2020 год: российское посольство опубликовало комментарий Департамента информации и печати МИД РФ, который был посвящён 80-летию вступления Латвии, Литвы, а также Эстонии в состав СССР; отмечалось, что вхождение Прибалтики в состав Советского Союза «произошло по взаимному согласию». В ответ, глава МИД Урмас Рейнсалу заявил, что республика не присоединялась к СССР добровольно и подчеркнул, что данные заявления не идут «на пользу двухсторонним отношениям». 23 июля министр распорядился вызвать посла РФ и выразить ему протест, заявив о том, что Москва пытается «исказить» некоторые исторические события и «переписать историю».
 В 2022 году, после начала вторжения РФ на Украину, в сентябре Эстония, наряду с Литвой, Латвией и Польшей, приняли решение запретить въезд гражданам России по шенгенским визам, в том числе выданным третьими странами.
18 октября 2022 года парламент Эстонии (Рийгикогу) объявил российский режим террористическим, а Россию — государством-спонсором терроризма. Эстония передаёт украинскому правительству различное вооружение. Также, власти Эстонии проводят активный снос советских памятников в стране.
 11 января 2023 года в МИД Эстонии был вызван российский посол Владимир Липаев, где его проинформировали о необходимости до 1 февраля сократить количество дипломатов, работающих в дипмиссии в Таллине, до восьми (решение принято для того, чтобы уравнять число должностей в российском и эстонском посольствах, действующих в столицах стран). 
23 января МИД России принял решение о понижении уровня дипломатических отношений с Эстонией до временного поверенного в делах, причиной для того шага в ведомстве назвали тотальную русофобию и культивирование враждебности в отношении Москвы со стороны официального Таллина; таким образом, посол Эстонии Маргус Лайдре должен покинуть Россию до 7 февраля; Эстония заявила что посол РФ, на принципе паритета, должен будет покинуть страну 7 февраля.
 В советский период доля русскоговорящих в Эстонии увеличилась с менее 10 % до более 30 %, составляя почти половину населения в столице Таллине, и даже большинство в некоторых районах на северо-востоке Эстонии. После восстановления Эстонией независимости, эстонский снова стал единственным официальным языком. В автоматическом предоставлении гражданства было отказано большей части русскоязычного меньшинства: советским переселенцам периода 1940—1991, а также их потомкам.
1 июля 1993 года, в ответ на эстонский «Закон об иностранцах», Верховный Совет России принял резолюцию «О мерах в связи с нарушением прав человека на территории Эстонской Республики», предусматривающую санкции в отношении Эстонии. Ряд заявлений по Эстонии приняла в 1995—2001 г. Государственная Дума РФ.
 По сообщению DELFI, в феврале 2002 года замминистра иностранных дел России Евгений Гусаров в устной форме высказал послу Эстонии Карин Яани список из семи требований, которые Эстонии необходимо выполнить в целях улучшения отношений между двумя странами. Эти требования включали: сделать русский язык официальным в регионах, где русскоязычные составляют большинство; предоставление гражданства путём натурализации как минимум 20 000 жителей ежегодно; официальную регистрацию Русской Православной Церкви; обеспечение получения среднего и высшего образования на русском языке.
 Россия участвовала в качестве третьей стороны в делах «Миколенко против Эстонии» и «Коробов и другие против Эстонии» в Европейском суде по правам человека.
 В 2009 году МИД РФ отметил дискриминацию русскоязычного меньшинства в Эстонии и расценил законопроект о государственном языке как иллюстрацию усиливающего её развития мысли эстонских законотворцев. В 2011 году МИД РФ отметил, что «в Эстонии сохраняется целый ряд острых правозащитных проблем, особенно в сфере обеспечения прав национальных меньшинств».
 Эстония неоднократно обвинялась официальными представителями России в оправдании сотрудничества c нацистской Германией во Второй мировой войне и «воскрешении нацизма».
 Перемещение Бронзового солдата из Таллина и эксгумация захоронений с площади в центре Таллина в апреле 2007 года спровоцировали резкую реакцию России. 27 апреля Совет Федерации утвердил заявление, в котором содержится призыв принять «максимально жёсткие меры» в отношении Эстонии. Первый вице-премьер Сергей Иванов заявил, что в отношении Эстонии должны быть приняты адекватные меры, в первую очередь, экономические. Президент России Владимир Путин по случаю Дня Победы 2007 года заявил, что умаление подвигов героев Второй мировой войны и осквернение памятников, воздвигнутых в память о них, приводит к разногласиям и недоверию между странами и народами. Посольство Эстонии в Москве было осаждено протестующими.
 5 сентября 2014 года эстонские власти заявили, что на границе с Псковской областью России, близ пограничного пункта Лухамаа, на территории Эстонии сотрудник полиции безопасности Эстон Кохвер был похищен вооруженными неизвестными и вывезен ими в Россию. В свою очередь, ФСБ России заявила о том, что сотрудник полиции безопасности Эстонии был задержан на российской стороне границы при проведении агентурной операции. Инцидент произошел вскоре после визита президента США Барака Обамы, в ходе которого он заверил своих балтийских союзников, что США и НАТО в случае необходимости окажут им военную поддержку, а также роста напряженности между Россией и НАТО на фоне обострения вооруженного конфликта на Востоке Украины. 19 августа 2015 года Кохвер осуждён в России по обвинению в шпионаже в пользу Эстонии, и приговорён к 15-ти годам заключения с отбыванием наказания в колонии строгого режима, а также к штрафу в 100 тысяч рублей. МИД Эстонии резко осудил решение российского суда, заявив, что «похищение Кохвера с территории Эстонской Республики сотрудниками ФСБ 5 сентября прошлого года и последовавшее противоправное удержание его в России — это грубое нарушение международного права и прав человека».
 Одним из следствий конфликта вокруг дела Кохвера стало решение Эстонии возвести на границе с Россией заграждения. Директор Центра исследований в области безопасности и стратегии Латвийской национальной военной академии Янис Берзиньш считает, что «эстонцы также хотят укрепить свою границу, чтобы было невозможно похищать на их территории граждан Эстонии, как это произошло с Эстоном Кохвером». Кроме того, запланировано усиление охраны границы вооружённым спецназом.
 По состоянию на 2012 год доля России в эстонском импорте составила 7,3 % (РФ заняла 6-е место среди стран-импортеров Эстонии), в эстонском экспорте — 12,1 % (3-е место среди стран-экспортеров эстонской продукции).
 В конце августа 2022 года МИД Эстонии опубликовал список 28 эстонских компаний, которые обратились к властям с просьбой временно освободить их от исполнения санкций против России, и разрешить им в порядке исключения ещё некоторое время продолжить импорт нефтепродуктов из РФ. Среди этих предприятий фигурируют местные импортеры энергоносителей, и государственная железнодорожная корпорация Operail AS.
 18 февраля 2014 года министры иностранных дел России и Эстонии Сергей Лавров и Урмас Паэт подписали новый договор о границе между двумя государствами. В нынешней версии договора подчеркивается, что стороны не имеют территориальных претензий друг к другу.
 Россия по состоянию на 2018 год ратификацию пограничного договора не завершила. В начале 2018 года министр иностранных дел России Сергей Лавров заявил, что ратификация пограничного договора возможна лишь при неконфронтационных отношениях двух государств. Законопроект № 747785-6 «О ратификации Договора между РФ и ЭР о российско-эстонской государственной границе и Договора между РФ и ЭР о разграничении морских пространств в Нарвском и Финском заливах» всё ещё рассматривается Госдумой с 19 марта 2015 года.