Ниже приведён полный список эпизодов телесериала «Клиника», премьера которого состоялась 2 октября 2001 года на канале NBC.
 В России первые три сезона были переведены и впервые транслировались на Первом канале (ночной эфир). Сериал шёл под названием «Медицинская академия». Позже сериал стал демонстрировать канал «MTV Россия» и «МУЗ-ТВ», на нём сериал назывался уже «Клиника». С 12 сентября 2007 года MTV вновь начало трансляцию «Клиники». С 1 июля 2012 года МУЗ-ТВ новая трансляция «Клиника: Без купюр». Первые три сезона сериала также транслировались телеканалом «Домашний».
 Название каждого эпизода начинается со слова «Мой…» (англ. My…). Это связано с тем, что повествование в сериале ведётся от лица одного из героев, доктора Джона Дориана. Несколько эпизодов имеют иные названия («Его…», «Её…»), поскольку повествование в них ведут другие герои. В девятом сезоне, поскольку место действия изменилось, а повествование ведётся от лица другого персонажа, название каждого эпизода стало начинаться с «Наш…» (англ. Our…).
 В первом сезоне описывается, как Джон «Джей Ди» Дориан (Зак Брафф) и его лучший друг Кристофер Тёрк (Дональд Фэйсон) после медицинского колледжа поступают в качестве интернов в клинику «Sacred Heart». Вскоре Джей Ди знакомится со своим наставником доктором Коксом (Джон Макгинли); симпатичной девушкой-интерном Эллиот (Сара Чок), в которую он влюбляется; больничным уборщиком (Нил Флинн), который избрал своим призванием всячески досаждать Дориану; главным врачом Робертом Келсо (Кен Дженкинс), который заботится больше о бюджете клиники, чем о пациентах; и медсестрой Карлой Эспиносой (Джуди Рейес), ставшей впоследствии девушкой Тёрка. Персонажам предстоит столкнуться с романтическими и дружескими отношениями, горой бумажной работы и огромным количеством пациентов. Первый сезон также представляет второстепенных персонажей, таких как сексуально озабоченный хирург Тодд, больничный юрист Тед, медсестра и лучшая подруга Карлы, Лаверн, и Джордан Салливан, член совета директоров клиники и бывшая жена доктора Кокса.
 (англ. My Way or the Highway)
 Джей Ди, Тёрк и Эллиот заканчивают интернатуру и становятся ординаторами. Они набираются опыта и уверенности в себе как во врачах. Пока отношения Тёрка и Карлы продолжают развиваться, отношения Джей Ди и Эллиот терпят очередной крах. Пэри Кокс и Джордан узнают, что у них будет ребёнок.
 Третий сезон повествует о последнем годе ординатуры Джей Ди и Эллиот. Тёрк и Карла готовятся к свадьбе. Эллиот меняет себя и свой облик. Джей Ди понимает, что всё больше хочет возобновить с ней отношения.
 Четвёртый сезон повествует о следующем годе работы и жизни героев. Тёрк и Карла теперь официально женаты и им предстоит столкнуться с трудностями большинства молодых семей. Джей Ди и Эллиот пытаются наладить дружеские отношения после разрыва в конце третьего сезона. В клинике появляется новый врач, психиатр Молли Клок. И, наконец, Джей Ди и Эллиот становятся штатными врачами Клиники, коллегами доктора Кокса.
 Пятый сезон повествует о пятом годе работы Джей Ди, Тёрка и Эллиот в клинике. Тёрк заканчивает ординатуру и становится штатным хирургом. В клинику поступают новые стажеры в подчинение Джей Ди и Эллиот. У одного из этих стажеров, Кита Дудмейстера, возникают романтические отношения с Эллиот, что порождает много проблем и слухов, ведь Эллиот — начальница Кита. Тёрк и Карла решают завести ребёнка.
 Шестой год работы героев в клинике. Выясняется, что Ким Бриггс беременна от Джей Ди. У Терка и Карлы рождается ребёнок. У доктора Кокса и Джордан рождается второй ребёнок. Эллиот увольняется из клиники и переходит на частную практику, но, тем не менее, продолжает развивать свои отношения с Китом.
 Для сокращения расходов на восьмой сезон Билл Лоуренс заявил, что они разделили персонал на две группы, половина которых будет играть в первых 9 сериях и другая половина в оставшихся сериях, за исключением Гаррет Донован, Нила Голдмана, Билла Каллахана и Теда Куилла, которые остаются на весь сезон.
 Дениз назначает ненужную процедуру пациентке-подростку, из-за которой у неё на всю жизнь остаётся шрам. Санни пытается понять, почему уборщик мстит её друзьям, но не ей. Новый стажёр-хирург Дерек решает ни во что не вмешиваться, в то время как все герои друг на друга обижаются.
 Повествование в девятом сезоне ведётся от лица Люси Беннет (Керри Бише) — впечатлительной студентки медицинского колледжа, иногда (в течение первых пяти эпизодов) повествование возвращается к Джону «Джей Ди» Дориану (Зак Брафф). После ухода на работу в другую больницу Джей Ди возвращается в Святое Сердце, чтобы преподавать в медицинской школе наряду с Кристофером Тёрком (Дональд Фэйсон), Перри Коксом (Джон К. МакГинли), Дэниз Махони (Элиза Коуп) и Бобом Келсо (Кен Дженкинс). Вместе они выступают в роли профессоров для нового класса медиков-студентов, включая Люси, бросившего в прошлом учиться на врача Дрю (Михаэль Мосли) и наглого Коула (Дэйв Франко). Джей Ди женат на Эллиот Рид (Сара Чок) и счастливая пара ждёт своего первого ребёнка.