Общая оценка количества погибших в Нанкинской резне является очень спорным вопросом в китайской и японской историографии. В начале Второй японо-китайской войны Японская императорская армия совершила марш-бросок на Шанхай и китайскую столицу Нанкин, где большое количество китайских военнопленных и гражданских лиц было жестоко убито японцами после того, как они вошли в Нанкин 13 декабря 1937. Точное число погибших остаётся неизвестным. С конца 1960-х, когда появились первые академические работы о Нанкинской резне, оценки количества погибших стали важной темой в дискуссиях между исследователями.
 Историками предлагался большой спектр различных оценок, а также разные варианты интерпретации имеющихся доказательств. Отмечаются постоянные трудности в определении масштабов насилия и определении того, кого можно считать «жертвами резни». Исследователи, верящие, что убийства продолжались в географически более обширной области и на протяжении более долгого периода времени, а также те, что более широко определяют «жертв», обычно приходят к выводу об их большем общем количестве. Например, историк Икухико Хата (англ. Ikuhiko Hata), который оценивал общее количество погибших в 40 000, утверждал, что Нанкинская резня происходила только в самом Нанкине в период с 13 декабря 1937 по начало февраля 1938, а «жертвами резни» можно считать только гражданских и безоружных военнопленных. В то же время историк Токуси Касахара (англ. Tokushi Kasahara), оценивающий количество жертв примерно в 200 000, возражал, считая, что Нанкинская резня имела место и в городе Нанкине, и в окружающих его сельских районах между 4 декабря 1937 и концом марта 1938 и что некоторые убитые на поле боя китайские солдаты также наряду с гражданскими и военнопленными должны считаться «жертвами резни».
 В настоящее время наиболее надёжными и более широко принятым является широкий спектр оценок от 40 000 до 200 000 жертв резни на территории всего Нанкинского специального административного района (англ. Nanking Special Administrative District), хотя японские ревизионисты и представители правительства Китая нередко оперируют меньшими или большими цифрами соответственно.
 В июле 1937 года на севере Китая началась война между этой страной и Японией. К августу война пришла в Шанхай. После его захвата 1 декабря японская армия решила продолжить свою военную кампанию, продвигаясь к Нанкину, где находилось в то время националистическое правительство Китая. Нанкин расположен примерно в 300 километрах к западу от Шанхая. Японцы окружили Нанкин и нанесли поражение его китайскому гарнизону  13 декабря. Небольшое количество китайских солдат в городе официально сдалось в плен. Однако гораздо большее число вместо этого выбросило свою форму и оружие и растворилось среди гражданского населения. Во время японской оккупации Нанкина японцы охотились на этих китайцев, нередко устраивая их массовые казни. В то же время японские солдаты совершали убийства гражданского населения, акты мародёрства, поджоги и изнасилования. Эти события известны под общем названием Нанкинской резни.
 На международном уровне о Нанкинской резне стало известно в течение недели после того, как она произошла, а первая оценка количества погибших была опубликована 24 января 1938, в New China Daily. В этом сообщении австралийский журналист  en:Harold Timperley как сообщалось заявил о 300,000 убитых гражданских. Однако его источником относительно этой цифры был французский гуманитарный деятель отец Жакино, который во время резни находился в Шанхае, также возможно, что в это число входят потери среди гражданских лиц во время Битвы за Шанхай. Вторую оценку Тимперли включил в свою опубликованную позднее в том же году книгу Japanese Terror In China, где ссылался на «иностранного сотрудника факультета Нанкинского университета» писал о «близком к 40,000 числе безоружных людей, убитых в стенах и вблизи стен Нанкина». Источником этих данных был en:Miner Searle Bates, американец из Нанкина, который в своих вычислениях использовал похоронные записи  Общества красной свастики.
 С этого времени и до конца 1940-х годов репортёры и СМИ обычно ссылались на эти две оценки. Например, en:Edgar Snow в своей книге 1941 года The Battle for Asia писал, что в Нанкине погибли 42,000 человек, а всего от Нанкина до Шанхая было убито 300,000 - цифры, которые видимо были основаны на вышеназванных оценках . В фильме 1944 года en:The Battle of China утверждается о 40,000 погибших в Нанкинской резне.
 Другую раннюю оценку представило китайское государственное  Центральное Новостное Агентство, в феврале 1938 сообщавшее о том, что японцы убили в Нанкине от 60,000 до 70,000 военнопленных. В том же месяце представитель китайского правительства (националистов)  заявил о гибели от рук японцев в ходе Нанкинской резни 20,000 гражданских лиц. Однако Чан Кайши в своей речи, произнесённой в 1942 году говорил о «более чем 200,000 гражданских». В 1938 Красная армия Китая (подчинённая Коммунистической партии) заявила об общем количестве жертв резни в 42,000. Йон Рабе, германский глава Международного комитета Нанкинской зоны безопасности, оценивал количество погибших в Нанкине китайцев в 50,000-60,000, его оценка включала как военные, так и гражданские жертвы.
 После окончания войны между Китаем и Японией в 1945, эти оценки, в свою очередь, были вытеснены выводами двух судов по военным преступлениям. Это были  Международный военный трибунал для Дальнего Востока и Нанкинский трибунал по военным преступлениям. В одной из своих оценок последний из них указал общее количество погибших в 300,000, хотя в другой в 430,000 человек. Международный военный трибунал для Дальнего Востока насчитал 155,000 жертв резни, хотя в приговоре генералу Иванэ Мацуи употреблена другая цифра «более 100,000 человек». Однако сторона обвинения во время этих судов сделала лишь немногое для того, чтобы проверить точность оценок, также известно, что оба они приняли большое количество сомнительных и в настоящее время дискредитированных данных.
 Первым историком, который провёл работу по академическому изучению вопроса о количестве жертв Нанкинской резни, стал Томио Хора (см. en:Tomio Hora), который в 1967 году написал книгу Kindai Senshi no Nazo («Riddles of Modern War History» т. е. "Загадки современной военной истории"), высказываясь в пользу оценки в 200,000. С тех пор количество погибших во время резни стало большой дискуссионной темой для историков по всему миру. Однако эмоциональные споры и вмешательство в дискуссию политики, как правило, мешают построению академического консенсуса относительно количества погибших в этих жестоких событиях.
 Дэвид Аскью (англ. David Askew), историк из Университета Ритсумейкан, утверждает, что количество погибших при Нанкинской резне может быть вычислено современными историками на основе источников четырёх типов. Первый из них - устная история, но он называет её «самым проблематичным методом изучения инцидента», частично из-за больших нестыковок в показаниях японских и китайских очевидцев.
 Вторым типом источников являются похоронные записи, сделанные китайскими благотворительными обществами. IMTFE заявило, что всего в и в окрестностях Нанкина после падения города было похоронено 155,300 тел, основываясь при этом на статистике Общества красной свастики и организации Chongshantang, хотя точность данных последней многие современные историки ставят под сомнение. Аскью оценивает реальное количество захороненных в и вне Нанкина трупов в 17,500, в то время как военный историк Масахиро Ямамото (англ. Masahiro Yamamoto) считает, что более верна цифра в 43,000. Касахара в целом защищает более высокие данные IMTFE, признавая при этом, что не все цифры, предоставленные Chongshantang можно принимать на веру. Однако и Касахара, и Ямамото указывают, что использование данных о захоронениях представляет собой проблему, так как может привести и к преувеличению, и к преуменьшению количества жертв резни. С одной стороны, погребальная статистика объединяет жертв резни и военные потери китайцев, что может привести к завышению общего количества погибших. С другой стороны, она не включает данные о телах, которые были уничтожены и не были захоронены, что может привести к занижению результата.
 Третий тип источников - японские военные записи, содержащие информацию о количестве казнённых китайских военнопленных. Между тем, Аскью замечает, что японские соединения часто преувеличивали количество убитых ими. Когда  en:Yoshiaki Itakura, независимый писатель, ставший одним из ведущих исследователей Нанкинского инцидента, подверг записи японской армии анализу, при этом умножив окончательный итог на .6 чтобы сделать поправку на преувеличение и получил в результате от 13,000 до 19,000 жертв. Хотя Икухико Хата также использовал японские военные документы для своих подсчётов, он не применял такой поправки. Боб Вакабаяси, историк из Йоркского университета, считает, что записи японской армии доказывают, что всего её солдатами в Нанкине было убито от 29,240 до более чем 46,215 человек.
 Японские военные записи являются ценным источником для оценки количества убитых японскими солдатами китайских военнопленных, но установить количество гражданских жертв сложнее. Последним типом источников, упомянутых Дэвидом Аскью является выборка данных, причём было проведено всего одно подобное исследование, а именно работа en:Lewis S.C. Smythe «War Damage in the Nanking Area», важный документ, позволяющий судить о количестве погибших в резне гражданских лиц. По данным Смита в Нанкине было убито 12,000 гражданских, а в сельских районах вне города ещё 26,870 мирных жителей. При этом другие историки возражают, считая эти цифры преувеличением, либо, наоборот, занижением реальных потерь. С одной стороны, Касахара утверждает, что исследование существенно недооценивает общее количество жертв, отчасти потому, что Смит обращал внимание только на покинутые дома, упуская жилища и семьи которые были полностью уничтожены или не смогли вернуться в свои дома. С другой стороны, Минору Китамура (англ. Minoru Kitamura) утверждает, что связи Смита с националистическим правительством Китая могли заставить его завысить количество погибших.
 В дополнение к этому, общая численность гражданского населения Нанкина по состоянию на  декабрь 1937 года и размер китайского гарнизона, оборонявшего город, которые используются как база для расчёта общего количества погибших, также оцениваются специалистами по-разному, а различия в этих оценках весьма существенны, что дополнительно осложняет дело. К примеру, Токуси Касахара утверждает, что в 1937 население Нанкина составляло от 400,000 до 500,000 гражданских и 150,000 солдат, а Дэвид Аскью считает, что гражданских было 200,000-250,000, а солдат от 73,790 до 81,500.
 Выполняя свой заключительный анализ, Касахара изучал документы и дневники солдат японской армии и заключил, что не менее 80,000 китайских солдат и военнопленных, а возможно, и более 100,000, были убиты японцами, то есть большая часть от общей численности войск, оцениваемой в 150,000. Касахара отмечает, что изыскания Смита доказывают, что не менее 12,000 гражданских были убиты в Нанкине, хотя другие сравнимые источники дают цифры от 50,000 до 100,000, плюс не менее 26,870 за пределами города. Он делает общий вывод, что количество убитых должно быть значительно больше 100,000, а возможно, около 200,000. Его уточнённая оценка даёт цифры от 160,000 до 170,000.
 Иное мнение высказал Икухико Хата, также исследовавший документы японской армии, и пришедший к выводу о 30,000 убитых китайских военнопленных из общей численности (войск) в 100,000 человек. Хата использует данные Смита о, как минимум, 12,000 погибших гражданских, но отмечает, что только 8,000 из них можно считать подтверждёнными жертвами резни. Хата снижает оценку количества погибших, отвергая цифры в сотни тысяч жертв, основываясь при этом на сведениях Смита о гражданском населении Нанкина, составлявшем всего 200,000-250,000 человек. По его мнению, в Нанкине и поблизости от него было похоронено в общей сложности 40,000 тел, поэтому Хата приходит к выводу о том, что суммарное количество погибших составило 38,000-42,000 гражданских и военнопленных.
 Комментируя широкое расхождение подходов, пользуясь которыми различные исследователи описывают резню, Аскью подтвердил, что дискуссия об общем количестве погибших «не имеет смысла, если используются два совершенно разных понятия». Отмечая, что различные определения приводят к совершенно разным оценкам, он убеждён, что даже существенные разногласия между историками en:Tokushi Kasahara и en:Ikuhiko Hata исчезли бы, используй они одни и те же дефиниции.
 Первые научные отчёты о Нанкинской резне включали в число её жертв всех китайцев, убитых японской армией в и вокруг Нанкина, в том числе и погибших в бою. Это определение разделяли Хора и ранние исследователи инцидента. В 1986 Икухико Хата стал первым из историков, поставившим его под сомнение. Хата доказывал, что уничтоженные на поле боя китайские части следует относить к Битве за Нанкин, а не к Нанкинской резне, а жертвами резни считать только гражданских лиц и не вооружённых военнопленных.
 Заем Касахара предложил компромиссное определение. Он согласился с Хата в том, что активно участвовавшие в военных действиях китайские военнослужащие не могут считаться жертвами резни, но включил в число её жертв тех китайских солдат, что были убиты на поле боя, не имея возможности активно сопротивляться, отметив, что многие столкновения японской и китайской армий были больше похожи на односторонние расправы, нежели на сражения. Например, настигнув китайцев в Нанкине, японские войска открывали огонь и убивали китайских солдат, пытавшихся спастись бегством, переплыв реку Янцзы. Многие историк, включая Касахару, рассматривали подобные инциденты, в которых японцы стреляли по бегущему противнику как резню, в то время как Хата считал их частью военных действий
 Итакура же применял в своих работах даже более жёсткий стандарт, нежели Хата, считая, что только захваченные в военной форме и затем убитые китайцы могут считаться жертвами резни. Он утверждал, что избавившиеся от своей формы китайские солдаты были казнены на законных основаниях, так как законы ведения войны того времени не могли применяться к ним. Тем не менее, эта логика вызвала среди других историков жаркие дебаты. Большинство японских ультранационалистов, отрицающих Нанкинскую резню, признают уничтожение японской армией большого количества китайских военнопленных, но считает эти акты легальными казнями, хотя данный аргумент отвергается историками, придерживающимися сложившегося среди большинства исследователей консенсуса.
 Международный военный трибунал для Дальнего Востока постановил, что резня происходила в разных частях захваченного 13 декабря 1937 года Нанкина и продолжалась до начала февраля 1938. Хотя многие и сегодня отстаивают точку зрения IMTFE на географический размах резни, в 1984 журналист Кацуичи Хонда (см. en:Katsuichi Honda) стал первым, кто поставил это определение под сомнение. Хонда утверждал, что акты жестокости не начались внезапно, когда японская армия достигла Нанкина 13 декабря, но были частью продолжавшегося процесса, стартовавшего когда японцы вышли из Шанхая в ноябре. Хонда считает, что все преступления, происходившие «по дороге в Нанкин» были частью резни.
 Затем в 1997 Касахара предложил компромиссное определение. По его мнению, под Нанкинской резнёй следует понимать всё, что происходило в так называемом «Нанкинском специальном административном районе». Этот район включает в себя не только сам город Нанкин, оккупированный японцами 13 декабря, но также шесть окрестных сельских округов, известные как Jiangning, Lishui, Jurong, Jiangpu, Luhe и Gaochun. Это определение, расширительное по отношению к позиции Трибунала, тем не менее не включает в себя города в окрестностях Шанхая, такие как Сучжоу и Уси, которые включает в фокус резни Хонда. Касахара считает, что сельские районы добавляют 30,000 человек к общему количеству жертв резни.
 Тем не менее, включение в зону резни районов вне Нанкина вызывает споры. Представленная Хондой в 1984 аргументация в пользу этого рассматривается некоторыми исследователями, участвующими в дебатах по вопросу Нанкинской резни как «частичное признание поражения» (Хондой). По их мнению, последний, заявляя ранее о более чем 100,000 жертвах резни в Нанкине, не смог доказать своих утверждений и раздвинул географические границы инцидента для того, чтобы иметь возможность говорить о большем количестве погибших в нём. Французский историк Жан-Луи Марголин (англ. Jean-Louis Margolin), к примеру, жёстко критиковал аргументацию Хонды, заявляя: «Так как имеющиеся у нас знания не позволяют получить убедительных цифр для такой обширной территории, такие методы могут рассматриваться как попытка безнадёжно размыть дискуссию.»
 Вне контекста вопроса о географии, некоторые историки, включая Касахара, отрицают, что резня закончилась в начале февраля и продлевают её до 28 марта, хотя такой большой промежуток времени оспаривается другими исследователями. С другой стороны, как минимум, один историк считает, что имевшие место в Нанкине жестокости могут быть приравнены ко всей  войне, которую Япония вела против Китая. Согласно этому определению, «Нанкинская резня» может быть символически ограничена временными рамками с 1931 по 1945 год, распространена на всю территорию Китая и включать 10 миллионов жертв.
 В начале 1970-х оценка японского историка Хора, который насчитал 200,000 жертв резни, была впервые поставлена под сомнение журналистом Акирой Судзуки (англ. Akira Suzuki), который предложил версию, согласно которой убиты были «несколько десятков тысяч». Вскоре некоторые ревизионисты заявили, что резни и вовсе никогда не было. Изучение Нанкинской резни в Японии в конце концов разделилось на три лагеря в зависимости от принятой в каждом из них оценки количества погибших: школа «иллюзии» (Отрицание Нанкинской резни, школа «великой резни» (сотни тысяч жертв), и школа «срединного пути», она же «центристская» (десятки тысяч погибших).
 Однако когда журнал Shokun! опросил членов каждой «школы», желая выяснить их мнения о резне, многие так называемые «центристы» отстаивали чрезвычайно низкие оценки общего числа жертв, в том числе профессор en:Dokkyo University Акира Накамура, журналист en:Yoshiko Sakurai, и исследователь Тосио Танабэ (англ. Toshio Tanabe), каждый из которых назвал цифру в примерно 10,000 убитых, а также военный историк Такэси Хара (англ. Takeshi Hara), выбравший 20,000. Рассматривая данный опрос, Аскью заключил, что все эти «центристы» за исключением Хара в реальности являются отрицателями резни. Боб Вакабаяси (англ. Bob Wakabayashi) же наоборот устанавливает планку выше и убеждён, что оценка в 40,000 жертв, введённая Икухико Хата, является наименьшей из возможных и рассматривает цифры ниже неё как попытки преуменьшить жестокость резни.  В настоящее время большинство японских историков, принадлежащих к так называемой школе «великой резни» снизили свои оценки её масштаба и защищают планку вf «100,000 плюс» в противоположность ранее существовавшему консенсусу в 200,000. Историки Харуо Томацу (англ. Haruo Tohmatsu) и Виллмотт (англ. HP Willmott) считают, что японские исследователи обычно рассматривают оценку в приблизительно 40,000 жертв Нанкина как «наиболее академически достоверную».
 Официальная позиция правительства КНР состоит в том, что 300,000 или более китайцев погибли во время резни в Нанкине. Изначально эта цифра считалась общим числом погибших, включая павших в бою, но в 1980-х её стали воспринимать как количество жертв именно резни.
 Сегодня многие историки, разделяющие общепринятый в исторической науке подход, считают эту цифру преувеличенной. Она изначально базировалась на вердикте Нанкинского трибунала по военным преступлениям (англ. Nanking War Crimes Tribunal), который получил её, сложив записи о захоронении 155,300 тел с 72,291 уничтоженными телами, в результате придя к числу 279,586, хотя ошибка в сложении здесь очевидна. Более того, эта оценка базируется на обвинении японской армии в убийстве в Муфушане 57,418 китайских военнопленных, но по современным исследованиям количество убитых там составило от 4,000 до 20,000. Эта цифра также включает 112,266 трупов, предположительно захороненных организацией Chongshantang, хотя многие современные историки считают её данные если не полностью сфабрикованными, то, как минимум, преувеличенными. Боб Вакабаяси англ. Bob Wakabayashi делает из этого вывод, что оценкам, в которых число жертв превышает 200,000 не следует доверять. Икухико Хата (англ. Ikuhiko Hata) рассматривает число в 300,000 как «символ» китайских страданий времён войны, а не цифру потерь, которую следует воспринимать буквально.
 Тем не менее, китайское правительство проводит жёсткую линию, отстаивая оценку в 300,000 жертв. Китайские исследователи обычно поддерживают её, а на несогласных авторов иных оценок государству уже случалось налагать цензурные ограничения. en:Joshua A. Fogel, историк, специализирующийся на Китае из Йоркского Университета осуждает попытки китайцев преувеличить количество погибших во время резни «заставить замолчать любого, кто не согласен».
 В 2006 году, Каз Росс (англ. Kaz Ross), историк из Университета Тасмании, анонимно проинтервьюировала группу университетских исследователей из Нанкина, желая узнать их частные мнения о количестве жертв Нанкинской резни. Она обнаружила, что китайские историки благоволят оценкам от 40,000 до 150,000 и «снижение официальной китайской оценки количества жертв проложило бы путь для прогресса в примирении между Японией и Китаем». Однако они опасаются, что открытое высказывание таких мыслей «повредит их карьере.» В противоположность КНР, Китайская Республика в собственной официальной версии истории Второй японо-китайской войны заявляет, что количество жертв Нанкинской резни составило «более 100,000 человек».
 К 2000 году западными специалистами было проведено очень небольшое количество исследований вопроса о количестве погибших в Нанкинской резне. Большинство источников просто повторяли цифры из ранних оценок, в том числе фигурировавшие в выводах Международного военного трибунала для Дальнего Востока, то есть в качестве общего количества указывались цифры в 100,000 человек или более, а Майнер Сирл Бэйтс (англ. Miner Searle Bates), говорил примерно о 40,000. В книге The Cambridge History of China, историк Ллойл Истман (англ. Lloyd Eastman), доказывает, что количество погибших составило «как минимум 42,000», хотя офицер по имени Фрэнк Дорн (англ. Frank Dorn) в своей книге The Sino-Japanese War, 1937-41 пишет, что погибли «более 200,000 гражданских».
 По данным канадского исследователя Дэвида Брюса МакДоналда (англ. David Bruce MacDonald), большие оценки потерь в 100,000 жертв резни выглядят более обоснованными, в то время как ирландский историк Куллен англ. LM Cullen считает, что более низкие оценки, говорящие о десятках тысяч, «вероятно наиболее достоверны.»
 В настоящее время наиболее надёжные источники свидетельствуют, что количество погибших во время Нанкинской резни составило от 40,000 до 200,000 жертв на территории Нанкинского специального административного района (англ. Nanking Special Administrative District). Некоторые оценки исследователей и свидетелей включены в таблицу, представленную ниже.
 Споры о количестве жертв продолжаются уже многие десятилетия. Некоторые историки даже стали задаваться вопросом об их полезности и сомневаться, не отвлекают ли эти подсчёты от изучения других, более важных аспектов резни. Дацин Ян (англ. Daqing Yang), историк в Университете Джорджа Вашингтона, считает, что «болезненное увлечение цифрами низводит произошедшие зверства до абстракции и служит для того, чтобы обойти критический анализ причин и ответственности за эти чудовищные зверства», а Кэрол Глюк (см. en:Carol Gluck) соглашается, заявляя, что «Жестокий вопрос истории остаётся в плоскости морали: как обычные японцы могли сотворить то, что они сделали? Дискуссия о количестве погибших и разграничение сравнимых зверств не дают ответа на этот вопрос.». Однако Масахиро Ямамото (англ. Masahiro Yamamoto) опубликовал ответ на критику Глюк в своей книге Nanking: Anatomy of an Atrocity, возражая что «Чтобы определить степень и природу ответственности [Японии], 'дискуссия о количестве погибших и разграничение сравнимых зверств', которые [Глюк] считает иррелевантными моральному вопросу, необходимы. Только после чёткого установления 'исторических деталей' ответственность Японии можно ясно установить. А основываясь на ясном определении ответственности можно ответить и на 'моральный' вопрос.»