Учебный год в Японии начинается в апреле. Уроки продолжаются с понедельника по пятницу либо по субботу, в зависимости от школы. Учебный год состоит из трёх триместров, каждый из которых отделён небольшими каникулами — весной и зимой, и отдыхом продолжительностью в один месяц — летом.
 Школьная система состоит из:
 Начальная и средняя школа являются обязательными. Старшую школу, несмотря на то, что она не является обязательной, заканчивают около 96 % японских школьников.
 До XIII века японская система образования находилась под влиянием китайских и корейских аналогов. Во времена правления Императора Одзина в стране работали учёные Атики (яп. 阿直岐) и Вани (яп. 王仁) из корейского государства Пэкче. Около 552 года при посредничестве Пэкче в Японию попал буддизм. Его адепты распространяли в стране континентальные научные знания, технические и художественные навыки. В 607 году японский принц Сётоку отправил к китайской династии Суй посольство вместе с учениками в надежде перенять передовые азиатские знания. Во времена правления Императора Тэндзи в Японии была сооружена первая правительственная школа Сёдзё (яп. 庠序).
 В VIII веке, в период Нара, японцы поддерживали контакты с китайской династией Тан. Под её влиянием, вступления в силу кодекса Тайхо, в Японии была заложена китайская система образования. Согласно этой системе в японской столице Нара была основана Академия (яп. 大学寮), а в провинциях — провинциальные школы. Эта система сохранилась после переноса столицы Киото в 794 году.
 В течение IX—XII вв. в Японии происходил процесс адаптации китайской культуры. Получили развитие иероглифические литература и поэзия, были изобретены азбуки хирагана и катакана, появились литература и поэзия, написанные азбукой. Основными образовательными центрами для знати и чиновников были провинциальные школы и буддистские монастыри эзотерических сект. Для простонародья существовали специальные школы, построенные монахами, в которых учили читать, считать, а также давали определённые технические навыки. Самой известной из таких школ была Сюгэй-сюти (яп. 綜芸種智院), основанная монахом Кукаем.
 После основания Камакурского сёгуната китайская централизованная система образования пришла в полный упадок. Получило распространение домашнее и частное образование — в домах учёных или монастырях. Бывало, что обители сект предоставляли начальное образование. Специальное образование получали в храмах и общежитиях монастырей секты Дзэн. Образованием простолюдинов занимались монахи новоявленных сект амидаи и нитирэн. Среди знати и состоятельного монашества появился обычай учреждать частные библиотеки и архивы.
 В период Эдо (1603—1868 годы) центральные и местные власти учредили много школ. Система государственных школ дополнялась частными школами при буддийских и синтоистских храмах (тэракоя). Максимальная программа таракоэ в конце XVIII века предусматривала три уровня: минимальные навыки чтения и письма; элементарные нравственные понятия, изложенные в конфуцианских трактатах; знакомство с китайской поэзией, историческими фактами.
 Образованием самураев занимались их сюзерены — князья (дайме), которые учреждали специальные школы для них. Для обучения в них приглашали конфуцианских ученых и специалистов в военном искусстве. Одна из первых государственных школ для самураев была открыта в 1603 году.
 За организацию образования по западному образцу выступал Фукудзава Юкити, основавший в 1858 году частный пансион, превратившийся затем в Университет Кэйо. В период реставрации Мэйдзи были приняты законы, создавшие единую централизованную систему образования. По закону 1872 года открывались современные школы, доступные для всех, независимо от социальной принадлежности. Введение сначала обязательного трехлетнего образования, затем, в 1900 году — четырёхлетнего и, наконец, в 1908-м — шестилетнего сделало Японию одной из немногих к тому времени стран мира, где население практически полностью было обучено грамоте. В 1877 году был основан государственный Токийский университет, первый из Императорских университетов.
 В 1930-е годы в связи с милитаристскими и националистическими настроениями в стране обучение в школе было нацелено на формирование у детей безграничной веры в божественную миссию Японии, воспитание фанатической преданности императору.
 После 1945 года произошла децентрализация и демократизация системы образования.
 Дошкольное образование представлено яслями (яп. 保育所 хоикудзё), детсадами (яп. 幼稚園 ё:тиэн) и специальными школами для инвалидов (яп. 特別支援学校 токубэцу сиэн гакко:). Ясли принимают детей до 6 лет, но не дают никакой образовательной подготовки. Из-за этого ясли находятся вне официальной системы образования и подчиняются Министерству благосостояния и труда, а не Министерству культуры и образования, как все образовательные учреждения. Детсады осуществляют подготовку к начальной школе детей в возрасте от 3 до 6 лет. В детсадах дети находятся до середины второй половины дня, в яслях — целый день, в зависимости от особенностей рабочего дня родителей. Ношение формы учениками детсада является обязательным.
 По состоянию на 2009 год в стране насчитывалось 22 925 яслей. Среди них 11 008 были публичными, а 11 917 — частными. На работе в яслях было занято 2 132 081 человек, которые присматривали за 2 040 974 детьми. На очереди попасть в ясли стояло 25 384 ребёнка.
 По состоянию на 2005 год в Японии насчитывалось 13 954 детсадов. Из них 49 были государственными, 5 — публичными, 5546 — префектурными или муниципальными, а 8354 — частными. Часть детсадов являются дочерними учреждениями начальных школ или университетов.
 Начальное образование представлено начальной школой (яп. 小学校 сё:гакко:) и специальными школами для детей с инвалидностью. В заведения начального образования поступают дети в возрасте от 6 лет. Начальное образование является обязательным.
 Обучение в начальной школе длится 6 лет. В ней преподают общеобразовательные предметы: японский язык (в том числе каллиграфия), арифметика, музыка, искусство, физкультура (1 — 6 лет обучения), основы жизнедеятельности (1 — 2 года обучения), гуманитарные науки, естественные науки (3 — 6 лет обучения), труд (5 — 6 лет обучения). В некоторых частных школах дополнительно преподают религиоведение, светскую этику и т. д. Общегосударственных учебников не существует. Соответствующие учебники, доступные в широком ассортименте, выбирают образовательные комитеты муниципальных районов или руководство школы. У школ нет установленной формы, ученики приходят в домашней одежде. Уборка учениками школы является обязательной.
 По состоянию на 2008 год в стране насчитывалось 22 476 начальных школ. Из них 73 были государственными, 22 197 — публичными и 206 — частными. В них обучался 7 121 781 ребёнок в возрасте от 6 до 12 лет. В государственных и публичных школах обучение мальчиков и девочек проходит вместе. В некоторых частных школах — раздельно. В большинстве школ ученики принимают обед, оплачиваемый родителями.
 В отличие от российских школ, начальные школы в Японии называются по названиям местностей, в которых расположены, а не номерами. Школы строятся из железобетона на возвышенной местности из-за опасности землетрясений и цунами. Большинство зданий имеют стандартную архитектуру и включают в себя спортивное крыло и крыло для кружковых занятий.
 Помимо младших средних школ (яп. 中学校 тю:гакко:) есть специальные школы для детей с инвалидностью. В заведения младшей ступени среднего образования поступают дети в возрасте от 12 лет. Ученики могут посещать школу заочно с 15 лет. Младшее и среднее образование является обязательным.
 Обучение в средней школе продолжается 3 года. В обязательные предметы входят: государственный язык, гуманитарные науки (география, история, обществознание), математика (алгебра, геометрия), естественные науки (физика, химия, биология, геология), музыка (освоение музыкальных инструментов и совместное выступление), изобразительное искусство, физкультура, труд, английский язык. В некоторых частных школах дополнительно преподают религиоведение, светскую этику и т. д. Есть также классный час, посвященный изучению истории края, пацифизму, школьным мероприятиям. Общегосударственных учебников не существует. Соответствующие учебники выбирают образовательные комитеты муниципальных районов или руководство школы. Ношение формы и уборка учениками школы является обязательным.
 По состоянию на 2005 год в стране насчитывалось 11 035 средних школ. Из них 76 были государственными, 10 238 — публичными и 721 — частными. В них обучалось 3 626 415 детей в возрасте от 12 до 15 лет. В государственных и публичных школах обучение мальчиков и девочек проходит вместе. В некоторых частных школах — раздельно.
 Средние школы в Японии называются так же, как и начальные, а именно по названиям местностей, в которых расположены, а не номерами.
 Старшая школа представлена старшей средней школой (яп. 高等学校 ко:то: гакко:), техникумами (яп. 専修学校 сэнсю: гакко:) и специальными школами для инвалидов. В заведения старшего среднего образования поступают дети в возрасте от 15 лет. Форма обучения очная. Несмотря на то, что старшая школа не является обязательной, её посещают более 96 % школьников (по данным на 2005 год). Число частных старших школ составляет около 55 %, тем не менее и государственные, и частные старшие школы являются платными.
 Обучение в старшей средней школе длится 3 года. Существует специализация по гуманитарным и естественным предметам. Главной целью обучения является поступление в университет. В дисциплины, преподаваемые в старшей средней школе, входят: государственный язык (современный, древний), гуманитарные науки (география, история Японии, всемирная история), общество (социология, этика, политология, экономика), математика (алгебра, геометрия), естественные науки (физика, химия, биология, геология), искусство (музыка, изобразительное искусство, проект, ремёсла), физкультура, труд, английский язык, информатика. Специализированными предметами на выбор являются агрономия, промышленность, торговля, рыбалка, медицинская подготовка, благосостояние, иностранные языки и т. д. В частных школах дополнительно преподают другие предметы. Проводится также классный час, посвященный изучению истории края, пацифизму, школьным мероприятиям. Общегосударственных учебников не существует. Подходящие учебники выбирают образовательные комитеты муниципальных районов или руководство школы. Ношение формы и уборка учениками школы является обязательным. После уроков учащиеся участвуют во внеклассной деятельности (клубах), изучая кэндо, дзюдо, кюдо, каллиграфию, атлетику, политэкономию и т. д.
 По состоянию на 2005 год в стране насчитывалось 5418 высших средних школ. Из них 15 были государственными, 4082 — публичными и 1321 — частными. В них обучалось 3 605 242 детей в возрасте от 15 до 18 лет. В государственных и публичных школах обучение мальчиков и девочек проходит вместе. В некоторых частных школах — раздельно.
 Старшие средние школы в Японии именуются так же, как и начальные.
 На 2005 год, более 2,8 млн студентов Японии обучались в 726 университетах (яп. 大学 дайгаку). Высшее образование предполагает четырёхлетнее обучение для степени бакалавра. Иногда предлагается шестилетняя программа для достижения определённой профессиональной степени. Имеется 2 типа университетов: 96 национальных университетов и 39 государственных университетов. Оставшиеся 372 заведения на 1991 год были частными.
 Бесплатное высшее образование в стране практически отсутствует. По данным на 2011 год, из 2 880 000 студентов японских вузов только около 100 получили стипендию японского правительства. Стипендии дают только самым талантливым и самым необеспеченным ученикам, причём выдаются они с условием возврата и расходы на обучение покрывают не полностью[неавторитетный источник].
 По данным рейтинга QS World University Rankings, в тридцать лучших университетов Азии в 2015 году входили: Токийский университет (12-е место), Осакский университет (13-е место), Киотский университет (14-е место), Токийский технологический институт (15-е место), Университет Тохоку (20-е место), Университет Нагои (21-е место), Университет Хоккайдо (25-е место), Университет Кюсю (28-е место).