Ниже приведен список и описание серий американского научно-фантастического телевизионного сериала «Звёздные врата: Атлантида».
 Сериал выходил на экраны с 16 июля 2004 года по 9 января 2009 года, показано 100 эпизодов.
 Древние имели не только один город в этой системе, но и оборонные точки. Учёные Атлантиды нашли один из обесточенных защитных комплексов, который мог бы помочь в защите от рейфов. Но для того, чтобы заставить оружие работать, одному из ученых, отправившихся на него для ремонта, нужно остаться.
 
 Атлантис неожиданно инициирует режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь не работает, жители маленькими группами отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли в транспортере, и Шепарду с Лорном довольно легко удается освободить их. Для дальнейшего продвижения по городу им приходится задействовать вентиляцию. МакКей не сразу узнаёт о проблемах, приятно проводя время в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун.
 Загадочный инопланетный организм выбирает доктора Келлер в качестве носителя. Чтобы спасти её от смерти, пробужденный из стазиса Беккет и атлантийцы вынуждены отчаянно искать сыворотку. Причём найти её нужно до того, как паразит сумеет захватить Атлантиду.
 Оставшиеся в живых репликаторы из группы Неама прибывают на Атлантиду в поисках способа вознесения.
 Родни МакКей заражается паразитом, который вызывает симптомы, характерные для болезни Альцгеймера. Самое ужасное, что ему уже ничем нельзя помочь.
По крайней мере, так заявляет доктор Келлер. Но так ли безнадёжна ситуация на самом
деле?
 Шепард и Беккет присоединяются к команде майора Энни Телди на планете с одной из исследовательских лабораторий Майкла, скрытых в системе пещер планеты и предназначавшихся для создания ранних версий человек-ирактусных гибридов. К сожалению для атлантийцев, гибриды Майкла проснулись.
 Тейла выдаёт себя за королеву улья Тодда (Кристофер Хейердал), давая ему возможность вступить в переговоры с другим ульем и его королевой.
 Атлантийцы прибывают на планету, где Рейфы преследуют Беглеца. События принимают неожиданный оборот, когда Беглец захватывает Келлер — ему нужно, чтобы она оказала медицинскую помощь его 10-летней спутнице. МакКей и Декс отправляются на поиски Дженнифер.
 Дэниэл Джексон возвращается на Атлантиду, чтобы найти лабораторию мятежного лантийского учёного Януса. Найдя эту лабораторию, они с МакКеем невольно активируют подпространственный передатчик. Спустя некоторое время Атлантиду навещают таинственные инопланетяне и похищают Родни и Дэниэла.
 Шепард должен спасти МакКея и Дэниэла Джэксона из лаборатории Януса до того, как Тодд, угнавший звёздный крейсер Земли, доберется до них первым.
 Шепард и его отряд встречают мужчину и женщину, двоих из того немногочисленного числа баларанцев, переживших на своей родной планете эпидемию хоффанской чумы, а теперь живущих среди народа, которому помогает доктор Беккет.
 Атлантийцы обвиняются в преступлениях против народов Пегаса на трибунале. Процесс был начат некой «Коалицией», день за днём набирающей свою силу и влияние в галактике Пегас. Вполне вероятно, за Коалицией стоят дженаи.
 В поиске ребёнка Тейлы, Майкл и его гибриды захватывают Атлантиду. В то время как гибриды один за другим берут под свой контроль все новые секторы города, взводы Шепарда и Лорна пытаются отбить у них город обратно.
 Родни МакКей приглашён на научную презентацию устройства управления погодой. Но совсем скоро все начинает идти не так, как хотелось бы.
 На орбите Атлантиды появляется корабль рейфов и присылает просьбу о помощи. Отряд отправляются на разведку и узнает, что рейфов и их улей поразило странное заболевание.
 Детектив Джон Шепард и агент ФБР Ричард Вулси расследуют в Лас-Вегасе (шт. Невада) дело, касающееся нескольких убийств, отличительная черта которых — тела выглядят так, как будто из них высосали жизнь. Вполне вероятно, что в Лас-Вегасе орудует голодный рейф.
 Команда узнает, что ненасытные Рейфы сумели приобрести несколько МНТ для усиления ещё более устрашающего корабля-улья — и теперь он направляется к Земле.