Железнодорожный транспорт в Якутии — одна из важнейших составляющих частей транспортной системы республики. С развитием железнодорожного транспорта в республике связываются перспективы интенсификации её экономического развития, освоение месторождений ряда полезных ископаемых, включение значительной части территории республики (на которой проживает большинство её населения) в зону круглогодичной транспортной доступности и снижение затрат на организацию северного завоза.
 Железнодорожные линии, проходящие по территории республики:
 Организации, осуществляющие эксплуатацию и строительство железнодорожных линий на территории Республики:
 Важнейшим шагом на пути реализации целевой программы «Схема комплексного развития производительных сил, транспорта и энергетики Республики Саха (Якутия)» стало сооружение железной дороги Беркакит — Томмот — Якутск, которая в сочетании со строительством автомобильных дорог и модернизацией водного и воздушного транспорта станет основой транспортной сети и позволит радикально улучшить всю транспортно-экономическую ситуацию на 1/5 части территории России.
 Строительство железной дороги Беркакит — Томмот — Якутск началось в 1985 году, ещё в советские годы, но в 90-е годы из-за экономических трудностей в стране было заморожено. К тому моменту рельсы доходили до Томмота. Новый этап в реализации проекта наступил в 2002 году при активном содействии тогдашнего президента Якутии В. А. Штырова. В 2004 г. был введён в постоянную эксплуатацию с пуском пассажирского движения участок Нерюнгри — Томмот, а в 2005 г. продолжилось строительство железной дороги на север к Якутску.
 Ныне строительство второй очереди железной дороги — участка Томмот — Нижний Бестях вступило в завершающую стадию. В ноябре 2011 г. состоялась укладка «золотого звена» на будущей станции Нижний Бестях. Идёт строительство станции Нижний Бестях и других объектов, балластировка пути, прокладка оптоволоконного кабеля и др. работы. Приёмка в постоянную эксплуатацию всей линии запланирована на 2013—2014 годы.
 Амуро-Якутская железнодорожная магистраль, даже пока ещё не достроенная, положительно влияет на экономическое развитие региона. На круглогодичное обеспечение товарами и материальными ресурсами перешли два крупных района республики — Нерюнгринский и Алданский, а также в значительной степени группа заречных улусов. В настоящее время по функционирующему участку в основном вывозится уголь — около 9 млн тонн в год, а завозятся нефтепродукты — 240—250 тыс. тонн и 600—700 тыс. тонн промышленных и продовольственных товаров.
 Приход железной дороги в Якутск коренным образом изменит транспортную схему республики, особенно в центральных улусах, где проживает большая часть её населения. Основной грузопоток до Якутска перейдёт на железнодорожный транспорт, что приведёт к снижению перевозок на речном транспорте и росту грузовых перевозок на автомобильном и, частично, на авиационном транспорте. К этому времени будет построен грузоперерабатывающий комплекс на правом берегу Лены, а также автомагистрали круглогодичного действия Якутск — Вилюйск — Мирный, Якутск — Хандыга — Магадан и в отдалённой перспективе Якутск — Верхоянск. В эффективном взаимодействии, взаимодополнении разных видов транспорта — залог успеха, развития транспортного комплекса и экономики республики в целом.
 В этой связи, для развития транспорта республики жизненно важен проект совмещённого железнодорожно-автомобильного моста через Лену (см. подробнее: Транспорт в Якутии#Мост через Лену в районе Якутска).
 Основные направления развития железнодорожного транспорта в республике предусматривают строительство пионерных железнодорожных линий, которые пройдут по местам залегания углеводородного, каменноугольного, железорудного, титанового, полиметаллического и золоторудного сырья и будут способствовать освоению промышленно-сырьевого потенциала малоосвоенных районов страны, в частности, в рамках крупного регионального проекта «Комплексное развитие Южной Якутии»: железнодорожная ветка Улак — Эльга, железные дороги Усть-Кут — Непа — Витим — Ленск, Хани — Олёкминск, продолжение строительства АЯМа в направлении Якутск — Магадан. По подсчётам экономистов, каждый вложенный в развитие транспортной системы Республики Саха (Якутия) рубль даст 25 рублей дохода.
 Полный список планируемых в ближайшем и отдалённом будущем железнодорожных линий:
 На 01.01.2012 пассажирское сообщение в Якутии существует от её южной границы до станции Томмот. Станция Нерюнгри-пассажирская является конечной станцией Дальневосточной железной дороги (Тындинское отделение). От станции Нерюнгри курсируют:
 Участок Нерюнгри — Томмот эксплуатируется компанией «Железные дороги Якутии». Ходит регулярный пассажирский поезд Томмот — Нерюнгри и ряд беспересадочных вагонов:
 Таким образом, станции Нерюнгри и Томмот включены в общероссийскую сеть железных дорог и имеют прямое пассажирское сообщение с Москвой, Хабаровском, Благовещенском, Иркутском, Новосибирском, Екатеринбургом и другими городами, а также с курортами Северного Кавказа.
 Главные железнодорожные станции Якутии: Беркакит, Нерюнгри-пассажирская, Нерюнгри-грузовая, Алдан, Томмот.
 Основной ход Байкало-Амурской магистрали
 Действующий участок Амуро-Якутской магистрали