Федера́льное аге́нтство нау́чных организа́ций (сокр. ФАНО́ России) — существовавший в 2013—2018 годах федеральный орган исполнительной власти, осуществлявший функции по нормативно-правовому регулированию и оказанию государственных услуг в области науки, образования, здравоохранения и агропромышленного комплекса, а также по управлению федеральным имуществом, находящимся в ведении Российской академии наук.
 Агентство было создано в 2013 году в рамках реформы Российской академии наук (РАН).
 Процесс реформы был инициирован существовавшим в то время Министерством образования и науки Российской Федерации и юридически оформлен в виде федерального закона от 27 сентября 2013 года. Согласно закону, к РАН были присоединены академии медицинских и сельскохозяйственных наук, а организации, входившие в академии, и их имущество переданы в управление новому органу федеральной власти (ФАНО России). Агентство подчинялось Правительству Российской Федерации.
 24 октября 2013 года председатель Правительства Российской Федерации Дмитрий Медведев назначил главой ФАНО России Михаила Котюкова (ранее — заместителя министра финансов РФ), который оставался в этой должности в течение всего времени существования ФАНО России.
 25 октября стало известно, что агентство будет управлять всем имуществом научных организаций России, а не только имуществом, принадлежавшим бывшим учреждениям РАН. Позже было уточнено, что науку в вузах оставят в ведении Минобрнауки России.
 30 декабря 2013 года распоряжением Правительства Российской Федерации № 2591-р был утверждён список из 1007 учреждений, переходящих в подчинение ФАНО России; после серии корректировок, на ноябрь 2017 года, он включал 1008 учреждений. Все эти организации ранее подчинялись Российской академии наук, Российской академии медицинских наук или Россельхозакадемии.
 В ноябре 2014 года путём открытого голосования на сайте ФАНО России были отобраны кандидаты в состав комиссии по оценке результативности деятельности научных организаций. 25 ноября при Агентстве был образован Научно-координационный совет в составе 45 ведущих российских учёных.
 В 2015 году ФАНО России предприняло шаги по развитию академических библиотек — дополнительное финансирование центральных академических библиотек в 2015 г. составило 260 млн руб., из них 60 млн руб. на отечественную и зарубежную подписку.
 С 6 июля 2017 года руководитель ФАНО России получил право определять, какие сведения относятся к государственной тайне.
 Для структурирования науки в России ФАНО России разделило все науки на четыре секции:
 С 2015 года научные организации ФАНО России были сгруппированы в 29 кластеров, внутри которых вычислялся так называемый «Индикативный рейтинг научных организаций».
 Существовали территориальные управления Федерального агентства научных организаций:
 ФАНО России осуществляло оценку научной деятельности подведомственных организаций в соответствии с приказами и постановлениями.
 В 2017 году целью оценки являлось формирование эффективной системы научных организаций, увеличение их вклада в социально-экономическое развитие страны, развитие международного сотрудничества в сфере науки, повышение престижа российской науки в обществе, а также повышение качества принятия управленческих решений в сфере науки. Научные организации разделили на три категории, по которым планировалось принять соответствующие организационные решения (→):
 В конце марта 2018 года из 454 прошедших проверку организаций к первой категории отнесено 142, ко второй — 205, к третьей — 107.
 Поскольку в руководстве ФАНО России не было людей с профессиональным опытом научной работы, в средствах массовой информации высказывалось мнение, что агентство создано в целях обогащения лиц, приближённых к власти. Намеренный развал структур РАН, вывод недвижимости, ранее занимавшейся институтами РАН, являлись косвенным подтверждением этого широко распространённого в научной среде мнения.
 Избранный в 2017 году президентом РАН академик Александр Сергеев также весьма критически относился к ФАНО, отмечая, что его функционирование привело к «обюрокрачиванию научной деятельности, росту административно-управленческого аппарата при одновременном ухудшении качества административно-хозяйственной деятельности».
 Агентство упразднено 15 мая 2018 года Указом Президента Российской Федерации. Одновременно было принято решение о разделении Минобрнауки России на Министерство просвещения Российской Федерации и Министерство науки и высшего образования Российской Федерации; в структуру последнего вошло теперь уже бывшее ФАНО России. Экс-руководитель ФАНО Михаил Котюков назначен на пост министра науки и высшего образования РФ.