Подразделение украинской киберспортивной организации Natus Vincere по игре Counter-Strike основано в 2009 году. В 2010 году команда по игре Counter-Strike 1.6 впервые в истории мирового киберспорта выиграла три главных турнира за один год — Intel Extreme Masters, Electronic Sports World Cup и World Cyber Games 2010. На мейджор-турнирах по Counter-Strike: Global Offensive состав NAVI три раза доходил до финала (Cluj-Napoca 2015, MLG Columbus 2016 и FACEIT Major 2018) пока не стал чемпионом PGL Major Stockholm 2021.
 Команда была основана 17 декабря 2009 года. После распада украинского проекта KerchNET, поддержку бывшим игрокам команды оказал известный меценат и организатор киберспортивных турниров Мурат «Арбалет» Жумашевич. Новая команда получила название «Arbalet.UA». В её состав вошли харьковчане Даниил «Zeus» Тесленко и Иоанн «Edward» Сухарёв, киевлянин Сергей «starix» Ищук, Арсений «Ceh9» Триноженко из Львова и Егор «markeloff» Маркелов из Днепра. Менеджером команды стал Александр «ZeroGravity» Кохановский из Киева.
 31 января 2010 года Arbalet.UA побеждает в турнире Arbalet Cup Asia 2010, дважды обыграв китайцев из TyLoo и в финале взяв верх над ForZe 16:5 (inferno).
 В феврале был объявлен конкурс на лучшее название команды. К тому времени этот состав выступал под клантегами «Arbalet.UA», а также «Na`Vi». Голосование проходило на сайте hltv.org, где было оставлено более 2000 комментариев. Победителем стал португалец Bruno «hArt1k» Estevens, предложивший название «Team Vincit», производным от которого стало финальное название «Natus Vincere» (с лат. — «рождённые побеждать»), позволившее оставить тег без изменений — «Na`Vi».
 В конце 2012 года команда Natus Vincere перешла в новую дисциплину — Counter-Strike: Global Offensive
 Осенью 2023 года команда Natus Vincere перешла в Counter Strike 2.
 6 марта 2010 года Natus Vincere становится чемпионом мира и зарабатывает $50 000, победив в гранд-финале четвёртого сезона Intel Extreme Masters шведскую команду Fnatic: 16:13 (train), 16:14 (inferno). Интересно, что первые матчи квалификации начались ещё в сентябре 2009 года, и команда играла под другим названием (KerchNET) и с другими игроками, из которых в состав чемпионов мира входил лишь starix.
 В апреле 2010 года в новом игровом центре «Киев Киберспорт Арена» в Киеве состоялся шоу-турнир с участием команд Na`Vi, Fnatic, SK Gaming и UNITED. Каждая из команд играла с каждой на пяти картах. Турнир прошёл в течение трёх игровых дней, а победа и приз 12 000$ достались украинцам из Na`Vi.
 После неудачного выступления на Arbalet Cup СНГ 2010 (4 место) команда решает пропустить следующий крупный турнир ASUS Winter 2010, чтобы подготовиться к Arbalet Cup и украинским отборочным ESWC. Тем не менее, в середине мая 2010 года Na`Vi успевают занять второе место в престижном турнире Arbalet Cup Europe 2010 (Стокгольм), проиграв в финале Fnatic и заработав $10 000 призовых. В конце концов, Na`Vi побеждают в ESWC Ukraine.
 В финальной части ESWC команда попала в наивысший посев наряду с SK Gaming, Fnatic и mTw.dk. 4 июля 2010 года Natus Vincere добилась лучшего достижения в истории украинского киберспорта, став победителем чемпионата мира по версии ESWC (чего ранее не удавалось ни одной команде СНГ), разгромив в финале SK Gaming: 16:5 (train) и 16:4 (inferno). По ходу турнира, команда, лишь благодаря везению, вышла из группы, но сумела обыграть в плей-офф Fnatic и mTw.dk.
 После победы в чемпионате мира Natus Vincere анонсировали участие в двух турнирах Arbalet Cup Dallas (Даллас) и GameGune 2010 (Бильбао). 18 июля 2010 года Na`Vi побеждают в турнире Arbalet Cup Dallas, обыграв в финальном матче Mousesports: 19:15 (dust2), 16:12 (inferno). После получения полагающихся победителю $25 000 команда выходит на первое место по количеству призовых, заработанных европейскими коллективами за год. На следующих турнирах команда занимает третьи места: GameGune 2010 и Extreme Masters — Shanghai.
 15 августа Na`Vi выигрывают украинские отборочные на World Cyber Games и получают оплаченную путёвку на финальную часть, проходящую в Лос-Анджелесе с 30 сентября по 3 октября 2010 года.
 Следующим турниром для Natus Vincere становится ASUS Summer 2010, на который команда получила прямое приглашение. Турнир стал первым из серии ASUS Open, проводящимся за пределами России, в киевском игровом центре «Киев Киберспорт Арена». В полуфинале Na`Vi проигрывают казахской команде k23, и в итоге занимают третье место.
 4 октября 2010 года Natus Vincere становятся чемпионами мира по версии World Cyber Games, обыграв в напряжённом финале датскую команду mTw.dk. Эта победа делает Na`Vi первой командой в мире, которой удалось завоевать сразу три самых престижных чемпионских титула (IEM, ESWC, WCG) за один год. В конце октября 2010 года комментатор ESL TV Бакр «KinGSaicx» Фадль заявил, что SK Gaming собираются пригласить на место своего шведского состава украинскую команду, однако менеджер Natus Vincere опроверг информацию о переходе.
 В начале ноября 2010 года Natus Vincere принимают участие в турнире World e-Sports Masters (WEM 2010), ежегодно собирающем лучшие команды со всего мира в китайском городе Ханчжоу. Среди восьми участников турнира Na`Vi занимают четвёртое место, завоевав 7 500$.
 С 25 по 27 ноября 2010 года в шведском городе Йёнчёпинг прошла одна из крупнейших европейских LAN party DreamHack Winter 2010. Для участия в турнире по Counter-Strike Natus Vincere пришлось пропустить совпадающий по срокам проведения крупнейший российский турнир ASUS Autumn 2010. После выхода в плей-офф Na`Vi последовательно обыграли команды puta, fnatic и Frag eXecutors, а в финале не оставили шансов датчанам из mTw.dk, став победителями турнира. За четыре матча плей-офф украинцы проиграли лишь один «тайм» — команде fnatic  на появившейся впервые карте de_mirage. Сергей Ищук («Starix») был признан лучшим игроком турнира.
 После победы в этом турнире команда установила очередной рекорд, заработав за год $220 000 (по другим данным — чуть более $215 000). Предыдущее достижение принадлежало шведскому коллективу fnatic, заработавшему в 2009 году $189 000 (до них лучшими были также шведы из SK Gaming — $183 000 в 2003 году).
 5 марта 2011 года в Ганновере Natus Vincere отстаивает титул чемпионов мира по версии Intel Extreme Masters и зарабатывает $35 000, победив в гранд-финале польскую команду Frag eXecutors: 16:12 (train), 16:10 (dust2). Из выигрыша команды было вычтено $4 550 (13 % от общей суммы) в качестве штрафа за нарушение правил.
 В период игры Counter-Strike версии 1.6 состав команды ни разу не менялся. Свою роль поменял менеджер Александр «ZeroGravity» Кохановский, а его место занял Игорь «caff» Сидоренко. В конце 2012 года все игроки перешли в новую тогда дисциплину — Counter-Strike: Global Offensive.
 Сумма призовых в 2012 году — $387 320 (по состоянию на 7 апреля 2012 г.), что является наивысшим достижением за всю историю профессионального Counter-Strike. Предыдущие рекорды принадлежали шведским командам SK Gaming ($183 000 в 2003 году) и fnatic ($189 000 в 2009 году).
 По результатам 2010 года сайт HLTV.org  составил рейтинг 20 лучших игроков в Counter-Strike, первое место в котором получил Егор «markeloff» Маркелов. Сергей «Starix» Ищук занял 4-е место, Иван «Edward» Сухарев — 5-е, а капитан команды Даниил «Zeus» Тесленко, помимо 19-го места, получил звание «Лучшего капитана года».
 В конце 2012 года весь состав команды Counter-Strike перешёл на новую игровую дисциплину. В феврале 2013 года состоялось первое боевое крещение на лан-турнире в Вене. Первые медали ребята выиграли в апреле того же года на финалах пятого сезона SLTV StarSeries в Киеве.
 В августе 2013 года в составе команды произошли серьёзные изменения, команду покинул Егор Маркелов. После небольшой паузы, менеджмент команды принял решение и пригласил двух игроков из России — Дениса Костина и Антона Колесникова, младшего брата Алексея Колесникова. Основными задачами поставленными перед составом были сыгранность и стабильность. Однако коллектив не смог показать хороших результатов и после DreamHack Winter 2013 в команде снова произошли изменения.
 9 декабря 2013 года команду покинули Арсений Триноженко и Антон Колесников. Триноженко заявил, что покидая команду, он останется в проекте Natus Vincere.
 28 июля 2017 года организация исключила Ладислава «GuardiaN» Ковача и Дениса «seized» Костина из основного состава по Counter-Strike: Global Offensive. Контракты игроков выставлены на трансфер. Главной причиной исключения игроков стало неудовлетворительное выступление команды на PGL Major Kraków 2017. На турнире в Польше Natus Vincere не смогли попасть в сетку плей-офф и впервые за три года лишились статуса «Легенд».
 9 августа 2017 года Даниил «Zeus» Тесленко перешёл в Natus Vincere после года выступлений за Gambit Esports. В стартовый состав также вернулся Денис «seized» Костин, которого выставляли на трансфер после результата команды на PGL Major Kraków 2017.
 17 октября 2017 года появились слухи об исключении Дениса «seized» Костина из основного состава Na’Vi. На следующий день организация подтвердила эту информацию. 6 ноября 2017 года стало известно, что Денис «electronic» перешёл с команды FlipSid3 Tactics в Natus Vincere. На следующем же Major турнире Na’Vi вышли в полуфинал, а затем в финалы ещё нескольких крупных турниров. Летом 2018 Na’Vi выиграли 3 турнира подряд, включая ESL One Cologne. Игрок команды Александр «s1mple» Костылев за этот промежуток 6 раз удостаивался звания MVP.
 28 мая 2019 года Иоанн «Edward» Сухарев был заменён на Кирилла «BoombI4» Михайлова. 29 мая 2019 года Edward стал частью Winstrike Team на правах аренды. 7 сентября 2019 года у Edward истёк срок аренды, и он вернулся в Na’Vi.
 14 сентября 2019 года Даниил «Zeus» Тесленко и Михаил «kane» Благин покинули Na’Vi.20 сентября 2019 года к составу присоединился Ладислав «GuardiaN» Ковач, Андрей «B1ad3» Городенский стал тренером.
 24 января 2020 года Natus Vincere подписали Илью «Perfecto» Залуцкого в состав, Ладислав «GuardiaN» Ковач был отправлен на скамейку запасных. После подписания молодого таланта, команда дебютировала на ICE Challenge 2020,где заняла второе место. Уже на следующем турнире, главном турнире зимнего периода и одном из самых престижных турниров, IEM Katowice 2020,они одержали победу. Александр «S1mple» Костылев стал лучшим игроком турнира, получив заветную медаль, а Boombl4 и Perfecto выиграли свой первый крупный турнир.
 В 2021 году Natus Vincere стали победителями PGL Major Stockholm. Natus Vincere стали единственной командой, выигравшей мейджор без единой проигранной карты.
 Лучшая киберспортивная команда по мнению HLTV 2021 года
 PGL Major Antwerp 2022 команда провела достаточно хорошо, она сразу прошла в этап «Легенд», где сначала одолела G2 Esports со счётом 19:17 в формате Best of 1, затем победила BIG со счётом 16:8, а в решающем матче одолела Ninjas in Pyjamas со счётом 2:1 в формате Best of 3, тем самым обеспечив себе место в плей-офф.[источник не указан 569 дней]
 В 1/4 финала Natus Vincere победили Heroic — 2:1, в полуфинале справились с ENCE — 2:0, но в финале не смогли одолеть FaZe Clan, поэтому вновь заняли второе место на данном турнире.[источник не указан 569 дней]
 29 мая 2022 года Кирилл Михайлов покинул состав Natus Vincere, как объявлено, в связи с репутационными рисками команды.
 3 июня 2022 года к составу присоединился Виктор Оруджев «sdy», также известен как «somedieyoung», встав на место стрелка вместо Дениса «electronic» Шарипова, ставшего капитаном.
 После вторжения России в Украину оба российских игрока — сначала Perfecto, а потом Electronic — отказались от выступления под российским флагом: в декабре 2022 года они попросили заменить его на нейтральный в киберспортивном википроекте Liquipedia.
 Топ-2 лучшая команда 2022 года по версии HLTV.
 30 июня 2023 года состав покинули Денис «electronic» Шарипов, Илья «Perfecto» Залуцкий и Андрей «npl» Кухарский.
 В сентябре 2023 года команда перешла в дисциплину Counter Strike 2.
 Осенью 2023 года, после релиза Counter Strike 2 (состоялся 27 сентября 2023 года) команда Natus Vincere перешла в новую дисциплину.
 26 октября 2023 года Александр «s1mple» Костылев объявил о временной приостановке профессиональной карьеры. На его место был подписан 18 летний игрок из Украины Игорь «w0nderful» Жданов.